ideri Şeyh Ahmed Yasin’i, iki korumasını ve orada bulunan dokuz kişiyi öldürdü. 17 Nisan’da, Hamas’ın birkaç intihar saldırısı girişiminin ardından, Yasin’den sonra gelip yerine geçen Abdul Aziz El-Rantisi’yi öldürüldü oğluyla birlikte.

Gazze Şeridi’ndeki çatışmalar mayıs 2004’te, Erez ve Kami geçiş alanlarındaki birçok saldırı girişimlerinin ardından, feci şekilde arttı. 2 mayısta, Filistinli militanlar, hamile bir kadını ve dört kızını vurarak öldürdü . Uluslararası Af Örgütü, bu saldırıyı bir insanlık suçu olarak gördüğünü açıkladı ve Filistinli silahlı grupların, İsrail ve İsrail işgali altındaki yerlerde, sivilleri hedef almamaları gerektiği çağrılarını tekrarladılar. Buna ek olarak, 11-12 Mayıs tarihlerinde, Filistinli militanlar iki İsrailli zırhlı aracı yok edip 13 askeri öldürdü ve vücutlarını parçaladılar. İsrail Güvenlik Güçleri iki baskın yaparak cesedleri aldılar. Bu baskınlarda 20-40 arası Filistinli öldürüldü ve baskının yapıldığı alana büyük zarar verildi.
Daha sonra, 18 mayısta, İsrail Güvenlik Güçleri, Gökkuşağı Operasyonunu başlattı. Operasyonun amacı Rafah’taki terör yapılarını vurmak, kaçakçılık tünellerini yok etmek ve tank savar silahlarla SA-7 füzelerinin nakliyatını durdurmaktı. Operasyonda 41 Filistinli militan ve 12 sivil öldürüldü ve 45-56 civarında Filistinlilere ait bina yok edildi. İsrailli tanklar, yaklaşan Filistinli protestocuların üzerine yüzlerce bomba attı ve 10 Filistinli öldü. Protestocular, İsrailli askerlerin uyarılarını dikkate almadı. Bu olay operasyona karşı dünya çapında tepkiye sebep oldu.

29 eylülde, bir Qassam roketinin, Sdreot kasabasını vurup iki İsrailli çocuğu öldürmesinin ardından, İGG Tövbekarlık Günleri Operasyonunu başlattı. Gazze Şeridi’nin kuzeyinde başlayan bu operasyonun amacı, Sderot kasabasındaki Qassam roketlerinin ve roketleri kullananların yok edilmesiydi. Operasyon 16 Ekimde sona erdi. Büyük zararlar verdi ve 100 den fazla Filistinlinin ölümüne sebep oldu. Ölenlerin az 20 si 16 yaşının altındaydı. Filistinli tıp görevlilerine göre, İsrail güçleri 62 militan ve 42 sivil olduğu bilinen kişiyi öldürdü. Haaretz’in belirttiği sayılara göre, 87 militan ve 42 sivil öldürülmüştü. Saldırılarda Filistin mülteci kampları büyük zararlar gördü. İGG’lerine göre 12 Qassam saldırısı engellenmişti ve birçok terörist öldürülmüştü.

8 mayıs 2001 de, 1967 yılından sonra ilk defa İsrail savaş uçaklarını kullandı hedeflere saldırmak için. Bu saldırılardan önce, hava saldırıları helikopterler tarafından gerçekleşmişti. 12 Filistinli bu saldırılarda öldürüldü.
1 Haziran 2001 de, bir İslami Cihad intihar bombacısı, Tel Aviv kıyısında bulunan Doplhinarium dans kulübünde kendini patlattı. Çoğu lise ögrencisi olan 21 İsrailli sivil öldü ve 132 kişi de yaralandı. 
21 Ekimde İsrail Hava Kuvvetleri, Hamasın tecrübeli bomba yapıcısı Adnan El-Ghoul’u ve Qassam roketlerini icad eden kişiyi öldürdü. 
11 Kasımda Yaser Arafat Paris’te hayatını kaybetti.

Gazze’deki gerginliğin artması, Mahmud Abbas’ın Suriye’ye gittiği zamana denk geldi. Abbas’ın Suriye’ye gitmesindeki amaç, Filistin’deki fraksiyonlar arasında bir ateşkes yapılmasıydı ve Hamas liderliğini İsrailliler üzerinde saldırılar yapmamalarına ikna etmekti. Hamas silahlı saldırılara devam edeceğina dair yemin etti ve Nahal Oz yakındalarına birçok Qassam Roketi gönderdi. Roketlerden biri Kfar Darom’daki bir kreşe isabet etti.

9 Aralıkta beş Filistinli silah kaçakçısı öldürüldü ve iki kaçakçı ise Rafah ve Mısır sınırında yakalandı. Aynı gün, Jamal Ebu Samhadana ve iki koruması, bir füze saldırısında yaralandı. Bu Samhadana’nın öldürülmesini amaçlayan dördüncü girişimdi. Samhadana Halk Direniş Komitesi’nin iki liderinden biri ve kaçakçılık tünellerinin arkasındaki ana isimlerden biridir. Samhadana’nın ayrıca, Gazze’de, üç Amerikalının öldüğü diplomatik konvoy saldırısından sorumlu olduğuna inanılır. 10 aralıkta, Gazze Şeridi’ndeki Neveh Dekalim yerleşim birimine Hamas, havan mermisi saldırısında bulundu ve İsrailli askerler de, Khan Younis mülteci kampına saldırdı. Saldırıda 7 yaşında bir kız öldü. İGG kaynaklarına göre, saldırı Hamas havan mermilerini kullananlara karşı yapılmıştı. 
Yaser Arafat’ın ölümünden sonra gerçekleştirilen en büyük saldırı 12 Aralıkta beş İsrailli askerin ölmesine ve 10 kişinin yaralanmasına neden oldu. Mısır ve Gazze şeridi arasındaki, askerler tarafından kontrol edilen geçiş noktalarından birinin altındaki bir tünelde 1.5 tonluk patlayıcı patlatıldı ve üç askerin ölmesine neden oldu bu patlama. Filistinli militanlar, sonrasında diğer iki İsrailli askeri öldürdü. Söylemlere göre, Hamas ve El fetih birleşerek ortak bir saldırıda bulundular. El Fetih’ten Ebu Majad, saldırıyı El Fetih adına üstlendi. Majad’a göre bu saldırı, İsrailliler tarafından zehirlenerek öldürülen Yaser Arafat’ın öcünü almak içindi.

Filistin Cumhurbaşkanlığı seçimleri 9 ocakta yapıldı ve Mahmud Abbas, seçimleri kazandı. Abbas’ın politikaları, İsrail’le barışçıl müzakereler yapmak ve şiddet kullanmadan Filistin çıkarlarını elde etmeye çalışmaktı. Abbas militanlardan saldırılarını durdurmalarını istedi ve bununla birlikte İsrail tarafından baskınlar karşısında korunacakları sözünü verdi. Güç kullanarak silahsızlandırmaları desteklemedi.

Gazze Şeridi’ndeki şiddet devam etti ve Ariel Şaron, Filistin Yönetimi’yle bütün diplomatik ve güvenlik girişimlerini dondurdu. Sözcü Assaf Shariv, “Abbas terörü durdurmak için gerçek adımlar atmazsa, kendisiyle hiçbir toplantı yapılmayacaktır. İsrail bugün bunu bütün Dünya liderlerine bildirdi” dedi. Filistin yönetiminden bir görevli ise, Abbas’ın daha yeni göreve geldiğini ve daha resmi olarak göreve geçmeden nasıl hemen sonuç beklediklerini belirterek eleştiride bulundu.

Uluslararası baskı ve İsrail’in Gazze Şeridi’nde geniş çaplı bir askeri operasyon yapacağı tehdidi üzerine, Abbas, Filistin polisini, Gazze Şeridi kuzeyine Qassam roketleri ve havan mermileri saldırılarını engellemek için konumlandırdı. İsraillilere yönelik saldırılar tamamen durmadı ama oldukça belirgin şekilde azaldı. 8 Şubat 2005 tarihinde Şarm El Şeyh 2005 zirvesi toplandı. Şaron ve Abbas, İsrail ve Filistin Yönetimi arasında iki taraflı ateşkes ilan etti. Ürdün ve Mısır’ın da içinde olduğu Şarm El Şeyh’teki bu zirvede el sıkıştılar. Buna rağmen, Hamas ve İslami Cihad, bu ateşkesin kendi üyeleri için bağlayıcı olmadığını belirtti. İsrail, teröristlere ait silahlı merkezlerin temizlenmesi istediğinden geri adım atmadı. Bu gerçekleşmeden Barış Planı’nın gerçekleşmesi mümkün değildi.

Birçok taraf ateşkesin kırılgan olduğunu ve sürecin yavaş olması gerektiğini ve bu süreçte ateşkesin şartlarının yerine getirilmesi gerektiğini ve sessizliğin korunması gerektiğini belirttiler. 9 Şubat gecesi, 25-50 civarındaki Qassam roketi ve havan topu mermisi Neve Dekalim yerleşim birimini vurdu bir o kadar da gece yarısında vurdu. Hamas, bu saldırıların, İsrail yerleşim biriminin yakınında ölen bir Filistinlinin intikamı için olduğunu açıkladı. Abbas Filistin Güvenlik Güçlerine bir daha böyle saldırıların gerçekleşmemesini sağlamaları emrini verdi. Abbas ayrıca Filistin Güvenlik güçlerinin kıdemli komutanlarını kovdu. 10 Şubatta İsrail Güvenlik güçleri, Ömer Şucat Ebu Hamis adlı, Nablus’ta yaşayan bir Filistinliyi tutukladı. Hamis, Kudüs’teki Fransız Tepesi’nde bir otobüse intihar saldırısı düzenlemek üzereydi.

1 Şubat 2005 tarihinde, Abbas; Hamas ve İslami Cihad örgütü liderleriyle görüşmeye başladı. Amacı onların kendisini takip etmeleri ve ateşkesin şartlarına uymaları gerektiğini anlatmaktı. Hamas liderlerinden İsmail Haniyah, “Sakinliğe yönelik pozisyonumuz değişmemeye devam edecek ve İsrail bundan sonra gerçekleşecek ihlaller ve şiddetten sorumlu tutulacaktır” dedi.

Haziran ayı ortasında, Filistinli silahlı gruplar Sderot üzerine daha gelişmiş Qassam roketleriyle saldırılarını artırdı. Bu saldırılar 2 Filistinli, 1 Çinli ve 2 İsraillinin ölümüne sebep oldu. Bu saldırı dalgaları İsrail toplumunda geri çekilme planına olan desteği azalttı. İslami Cihad ve El- Aksa Şehitleri Karargâhı ’nın saldırıları Temmuzda arttı ve 12 Temmuzda bir intihar saldırısı Netanya şehrinde gerçekleşti ve 5 kişinin ölümüne sebep oldu. 14 Temmuzda, Hamas, Gazze Şeridi ve dışındaki İsrail yerleşim yerlerine qassam roketleriyle saldırdı. Saldırılar sonunda bir İsrailli kadın öldü. 15 Temmuzda İsrail, hedeflenmiş öldürme politikasını devam ettirdi ve 7 Hamas militanını öldürüp, 4 Hamas’a ait binayı bombaladı. İsrail yerleşim yerleri üzerine yapılan saldırılar ve Filistin polisiyle Hamas arasındaki sokak çatışmaları, 2005 Şarm el Şeyh zirvesindeki ateşkesi tehlikeye attı. İsrail Güvenlik Güçleri de Gazze Şeridi etrafında silahlı ve zırhlı birlikler konumlandırmaya başladı.

İkinci İntifadanın sona ermesi, belirgin bir olayın üzerine olmaması nedeniyle bir tartışma konusudur. Sever Plocker gibi bazı görüş bildirenler, intifadanın 2004 sonuna doğru, Yaser Arafat’ın hastalanıp ölmesiyle bittiğini belirtmiştir. Filistinliler, uluslararası tanınmış liderlerini yitirdiler ve bu da intifadanın gücünü azalttı. Durum Filistinli fraksiyonların birbirleri arasındaki kavgaya dönüştü. Remzy Baroud gibi bazı kişiler ise İsrail’in tek taraflı çekilme kararının intifanın sonunu getirdiğini belirtmiştir. Filistin lideri Mahmud Abbas, Şarm El Şeyh Zirvesinin intifadanın sonu olacağını işaret etmişti. Zirvede Abbas, şiddetin sona ereceğini bildirmişti ve Ariel Şaron ise 900 Filistinli tutsağın bırakılacağını ve Batı Şeria’dan çekileceğini bildirmişti. Bazı kişiler bu olanları intifadanın sonu olarak bildirler. Devamındaki saldırılar Filistin Yönetiminin izni ve desteği olmadan devam etti.

İkinci İntifada ile ilgili veriler farklı kaynaklar tarafından yayınlandı ve toplam ölü sayısı hakkında genel bir anlaşma olmasına rağmen, kayıpların nasıl olduğu ve sayıldıkları hakkında belirsizlikler vardır.

B'Tselem’e göre 30 Nisan 2008’e kadar Filistinliler tarafından yapılan saldırılarda 1.053 İsrailli öldürüldü. Ağustos 2004’te Haaretz’teki yazısında, Zeev Schiff, Shin Bet’i kaynak gös