Tepesi’nde bulunma hakkına sahip olduğunu anlatmaktı, buna rağmen, Likud sözcüsü Ofir Akunis’e göre, amaç, Likud iktidarı geldiğinde Tapınak Tepesi’nin İsrail egemenliğinde kalacağını göstermekti. Ariel Şaron’un hükümeti, bölgeyi Filistinlilerin eline vermekle suçlamasına cevap olarak, İsrail hükümeti Şaron’a bölgeyi ziyaret etmesi için izin verdi. Niyetini öğrenince, Yaser Arafat, Saeb Erakat ve Faysal Hüseini gibi önemli Filistinli isimler, Şaron’dan ziyareti iptal etmesini istediler.

Filistinliler 10 gün önce, Sabra ve Şatilla katliamını anmışlardı. Kahan Komisyonu, Sabra ve Şatilla Katliamı gerçekleştiğinde Ariel Şaron’un Savunma Bakanı olduğunu gerçeğinden dolayı, Filistinlilerin Şaron’u katliamdan sorumlu tuttuklarını belirtti. Filistinlilere göre Şaron katliam ve intikam tehlikesini göz ardı etmişti ve bu katliamı durdurmak için önlemler almamıştı. Şaron’un İsrail’in kontrolü altındaki Beyrut’ta bulunan popülasyonu korumada gösterdiği bu ihmalkarlık, görevini yerine getirmemek olarak görüldü ve istifası önerildi ama Şaron istifa etmedi. Daha sonra bir barış yürüyüşünde bir İsraillinin ölmesiyle görevinden ayrıldı ama İsrail kabinesinde kaldı. 
Filistinliler Şaron’un ziyaretini bir provokasyon ve istila gördüler çünkü yüzlerce korumayla gelmişti. Eleştiriler, Şaron’un, ziyaretinin şiddeti tetikleyeceğini bildiğini ve ziyaretinin politik olduğunu belirtti. Yossef Bodansky’e göre,

Yossef Bodansky, "The High Cost of Peace" (Prima Publishing, 2002) ISBN 0-7615-3579-9 pp.353–354.

New York Times’a göre, Arap Dünyas’ındaki birçok insan, Şaron’un ziyaretini İkinci İntifada’nın başlangıcı ve barış sürecinin raydan çıkmasının nedeni olarak gördü. Juliana Ochs’a göre, Şaron’un ziyareti ikinci intifadanın sembolik teşvikiydi.

29 Eylül 2000 tarihinde, Şaron'un ziyaretinden bir gün sonra, Cuma namazı sonrası, Kudüs'ün Eski Şehir çevresinde büyük ayaklanmalar patlak verdi. Filistinlilerin Tapınak Dağı üzerinden, dua eden Yahudilerin üzerine taş atmaya başlamasından sonra, İsrail polisi dört Filistinli genci kauçuk kaplı çelik mermilerle ateş ederek öldürdü. Polis daha sonra normal mermiler kullanmaya başladı. 200 kadar Filistinli ve polis yaralandı. Eski Şehir’deki Zeytin Dağ’ında da üç Filistinli öldürüldü. Günün sonunda, 7 Filistinli öldürüldü ve 300 Filistinli de yaralandı 70 İsrail polisi yaralandı çarpışmalarda.

Sonraki günlerde Batı Şeria ve Gazze’de protestolar başladı. İsrail polisi gerçek mermi ve kauçuk kaplı çelik mermilerle cevap verdi. İlk beş günde, 47 Filistinli öldü ve 1885 i yaralandı. Tarafların arasında arabulucu olan Fransa başkanı Jacques Chirac, Ehud Barak’ı protesto etti ve bir gün içerisindeki yaralanan ve ölen Filistinlilerin arasındaki oranın, başkalarını Filistinlilerin şiddetten sorumlu olduklarına inandıramayacak kadar kötü olduğunu belirtti. Ayrıca Barak’a, taş atan kişilere helikopterden ateş ederek cevap vermeleri ve uluslararası sorgulamalara izin vermemelerini, Arafat’ın üçlü müzakerelere çağrısına cevap vermemeleriyle eş tuttu. 27 Eylül'de, Gazze Şeridi yerleşim birimlerinden Netzarim’in yakınında Filistinli militanlar tarafından gerçekleştirilen bombalama sonrası bir İsrailli asker öldürüldü ve başka bir asker de hafif yaralandı. İki gün sonra, Filistin polis memuru Nail Süleyman, ortak devriye sırasında bir İsrail Sınır Polisi aracına Batı Şeria’daki Qalqiliyah şehrinde ateş etti ve Yosef Tabeja’yı öldürdü. Ayaklanmaların ilk günlerinde, İsrail Güvenlik Güçleri aşağı yukarı 1.3 milyon kurşun kullandı. 
Uluslararası Af Örgütü’ne göre, ilk Filistinli can kayıpları, sadece protestolara katılanlardandı. Örgüt daha sonra ilk ay içinde öldürülen Filisitnlilerin 80% inin, İsrail güvenlik güçlerine tehlike teşkil etmedikleri yerlerde bulunduklarını belirtti. 
30 Eylül 2000 tarihinde, bir kameraman, Gazze şeridindeki bir dar sokakta, babasının arkasında saklanırken öldürülen Muhammed El-Durrah’nın ölüm anını çekti. Onu öldüren ateşin hangi taraftan geldiği hala kesin olarak bilinmemektedir.

“Ekim 2000” olayları, İsrail’deki Arap vatandaşlar ve İsrail polisi arasında birkaç gün süren kargaşa ve çarpışmalara denir. Olaylar ayrıca Arap ve Yahudilerin geniş çaplı ayaklanmalarını içerdi. 12 İsrailli Arap vatandaş ve Gazze’den bir Filisitinli İsrail polisi tarafından öldürüldü.

1 Ekimde, İsrail kuzeyinde genel grev ve protestolar başladı ve birkaç gün sürdü. Gösteriler zaman zaman İsrail Polisine taş atma, molotof kokteyli ve mermili ateşleri içeren çarpışmalara döndü. Polis göz yaşartıcı gaz kullandı, kauçuk kaplamalı plastik mermiler ve bazen gerçek mermilerle ateş etti. Bazen bu durum gösterileri önleme protokolünü aştı ve komisyona göre ölümlerin nedeni de buydu. 
8 ekimde, Tel Aviv’de, binlerce Yahudi İsrailliler şiddet eylemlerine katıldı. Bazıları Araplara taş attı ve Arap mal varlıklarına zarar verdi.

Protestolardan sonra, Yahudi ve Arap vatandaşlar arasında yüksek derecede gerginlik vardı ve Arap vatandaşlarla polis arasında da büyük bir güven sorunu vardı. Yargıç Theodor Or’un başkanlığı yaptığı soruşturma komitesi, ayaklanmayı inceledi ve İsrail polisinin böyle bir ayaklanmayı kontrol etmekte hazır olmadığı kanısına vardı. Birçok yüksek rütbe polisini kötü muamelesiyle suçladı. Or Komisyonu Başbakan Ehud Barak’ı eleştirdi ve Şlomo Ben-Ami’nin Kamu Güvenliği Bakanlığı görevinden ayrılıp bir daha aynı görevi yapmamasını önerdi. Komite ayrıca Arap liderlerini ve Knesset vekillerini olanlara destek verip atmosferi etkileyerek tansiyonu yükseltmelerinden dolayı suçladı.

12 Ekimde, Filistin Yönetimi polisi, yanlışlıkla Ramallah’a giren iki İsrailli yedek askeri tutukladı. Tutuklanan askerlerin gizli bir İsrail birimine ait olduklarına dair söylentiler yayıldı ve kısa sürede Filistinli bir kalabalık karakolu bastı. İki asker dövüldü, bıçaklanarak karınları deşildi ve cesetlerden biri yakıldı. Bir italyan televizyonu grubu ölümleri kaydedip uluslararası yayınlara iletti. Bir İngiliz gazetecinin kamerası protestocular tarafından kırıldı. Ölümlerin nasıl gerçekleştiği İsraillileri şok etti. Bune cevaben İsrail misilleme hava saldırılarında bulundu. Saldırılarda Batı Şeria ve Gazze Şeridi’ndeki Filistin Yönetimine ait hedefler vuruldu. Ölümlerin gerçekleştiği karakollar boşaltıldı ve operasyonlar esnasında yok edildi. İsrail daha sonra ölümlerden sorumlu olan kişilerin izini sürdü ve tutukladı.

İsrailli Güvenlik Güçleri ve Filistinliler arasındaki çarpışmalar 1 kasımda şiddetlendi. Üç İsrailli asker ve altı Filistinli öldürüldü ve dört İsrailli askerle 140 Filistinli yaralandı. Sonraki günlerde, İsrailli güçlerin düzeni tekrar sağlamaya çalışmalarıyla birlikte kayıpların sayıları arttı. Kasım ayının her gününde çatışmalar devam etti. Toplamda 122 Filistinli ve 22 İsrailli öldü. 27 Kasımda, Ramazan ayının ilk gününde İsrail Kami Geçişinden ürün ve akaryakıt geçişini hafifletti. Aynı gün, Kudüs’ün Gilo muhitinde, Beit Jala’dan Filistinliler ağır makineli silah saldırısı gerçekleştirdi. İsrail kısıtlamaları bir hafta sonra artırdı ve Filistinliler İsrail Güvenlik Güçleriyle çarpışmaya devam etti. Toplamda 51 Filistinli ve 8 İsrailli Aralık ayında öldü.

İsrail ve Filistin Yönetimi arasında yapılan Taba Zirvesi, Ocak 21 -27 2001 arasında, Sina Yarımadası’ndaki Taba’da gerçekleşti. İsrail başbakanı Ehud Barak ve Filistin Yönetimi Lideri Yaser Arafat geçmiş barış müzakerelerinden oldukça fazla yol kat etti ve bir anlaşmaya oldukça yaklaştılar fakat bu zirvede amaçlarına ulaşamadı.

17 Ocak 2001 tarihinde, Ofir Rahum adlı İsrailli genç, El Fetih’in silahlı örgütünün bir elemanı olan Mona Jaud Awana tarafından kandırılıp Ramallah’a getirildi ve öldürüldü. Awana, Ofir’le internet üzerinde tanışıp birkaç ay boyunca internet üzerinden iletişimde kaldı. Daha sonra Ofir’i Ramallah’a tanışmak için çağırdı. Geldiğinde üç silahlı tarafından yakalandı ve 15 ten fazla mermi sıkıldı üzerine. Awana daha sonra, askeri ve polis operasyonlarında tutuklandı ve ömür boyu hapse çarptırıldı. Ocak ayında 18 Filistinli ve 6 İsrailli öldürüldü. 
Ariel Şaron, o dönemde Likud Partisi içinden Ehud Barak’a karşı seçimlere girdi. Şaron, 6 Şubat 2001 tarihindeki özel başbakanlık seçiminde İsrail başbakanlığına seçildi. Şaron daha sonra Yaser Arafat’la yüz yüze tanışmayı reddetti. 
Mart ayındaki çatışmalar, çoğunluğunun sivil olduğu 8 İsraillinin ve 26 Filistinlinin ölümüyle sonuçlandı. Hebron’da Filistinli bir Sniper, Şalhevet Geçidi’nde on aylık bir bebeği öldürdü. Bu ölüm İsraillileri şok etti. İsrail polisinin soruşturmalarından sonra bu atışın kasıtlı olduğu kanısına varıldı. 30 Nisan 2001 tarihinde, yedi Filistinli militan bir patlamada öldü, ölenlerden biri Ofir Rahum’un katline karışanlardan biriydi.

7 mayıs 2001’de İsrail güvenlik güçleri, Filistin Yönetimi kontrolündeki Gazze’ye doğru ilerleyen Santorini adlı gemiyi ele geçirdi. Gemiye silahlar yüklenmişti. İsrailli soruşturmalar sonunda, silahların Ahmet Jibril’in Filistin Halk Kurtuluş Örgütü – Genel Komutası tarafından satıl alındığı sonucuna varılmıştı. Geminin ve içindekilerin toplam değeri 10 milyon dolardı. Raporlara göre, gemideki tayfa içinde silah bulunan iyice kapanmış varilleri varışta indirecekti. İndirecekleri yer daha önce Filistin Yönetimi tarafından seçilmiş özel bir yerdi.

8 mayıs 2001 tarihinde 13 yaşındaki Yaakov Koby Mandell ve Yosef İşran (14 yaş) köylerinin yakınlarında yürüyüş yaparken kaçırıldı. Cesetleri sonraki sabah yaşadıkları yerin yakınlarında bir mağarada bulundu. USA Today gazetesi, polislere göre, iki gencin bağlanıp, bıçaklanarak ve taşlanarak öldürüldüklerini yazdı. Mağaranın duvarlarına gençlerin kanları sürülmüştü. 
18 Mayıs 2001’de, İsrail, 1967 yılından sonra ilk defa savaş uçakları kullanarak saldırılarda bulundu. Bu saldırılardan önce müdahaleler ve hava saldırıları silahlı helikopterler aracılığıyla yapıldı. 12 Filistinli, Filistin Yönetimi kontrolü altındaki yerlerde öldürüldü. 
1 Haziran 2001 tarihinde İslami Cihad’a üye bir intihar bombacısı, Tel Aviv sahilindeki Dolphinarium adlı kulüpte kendini patlattı. Çoğunluğ