e bu maçta atmıştır. Emre sezonu 25 maç 10 gol performansıyla bitirmiştir ve kadrosunda Serdar Eylik ve Anıl Dilaver gibi oyuncuları bulunduran takımda adını duyurmaya başlamıştır.

2009 yılında ise Galatasaray A2 takımından Galatasaray A Takımının 2009 yılı yaz kampına dahil edilen oyunculardan biri olan Çolak, Galatasaray'ın Temmuz 2009'da Tobol ile oynadığı maçta yedek kulübesinde yer alan isimlerden biri oldu. Ancak bir süre sonra tekrar A2 takımına döndü ve bu takımla ilk maçına 25 Ağustos 2009'da Beşiktaş A2 karşısında çıktı ve penaltıdan bir de gol attı. Aralık 2009'da ise tekrar A takım alındı ve Trabzonspor ile oynanan Türkiye Kupası maçında yedek bekledi. Galatasaray A Takım formasıyla ilk resmi maçı ise Galatasaray'ın Denizli Belediyespor'u 5-1 mağlup ettiği 17 Ocak 2010 tarihinde oynanan Ziraat Türkiye Kupası maçı oldu. Bu karşılaşmanın 46.dakikasında Galatasaray Teknik Direktörü Frank Rijkaard tarafından Caner Erkin'in yerine oyuna dahil edilen Emre Çolak, ilki 62.dk.'da penaltıdan ve diğeri de frikikten 65.dk.'da olmak üzere, aynı zamanda A takım formasıyla çıktığı ilk resmi maçta 2 gol birden atan ender futbolculardan da biri oldu. Maçtan sonra yaptığı bir röportajda ise "Yanılmıyorsam 2-0 öndeydik. O andan sonra Rijkaard beni oyuna aldı. Bir penaltı, bir de frikikten iki gol attım, ikisini de Arda abi sayesinde attım. İlk maçını oynayan genç bir oyuncunun hem penaltıyı hem de frikiği kullanması beklenmezdi. Ancak Arda abi iki pozisyonda da topu getirip, "Sen atacaksın" dedi. Hatta penaltıyı Barış Özbek kullanacaktı. O sırada Arda abi gitti topu elinden aldı, bana getirdi. Kısacası Arda abi bana pas vermeden resmen iki asist yaptı o maçta." ifadelerinde bulundu. Bu maçın ardından 6 gün sonra ise Gaziantepspor karşısında 90. dakikada Arda Turan'ın yerine girerek ilk lig maçına çıkmıştır. Bu maçtan günler sonra ise oynanan MKE Ankaragücü Türkiye Kupası maçında "39" numaralı formasıyla 90 dakika sahada kalmıştır. 27 Ocak'ta oynanan bu maç 0-0 beraberlikle bitmiştir. 3 Şubat 2010'da Antalyaspor ile oynanan Türkiye Kupası maçında da kadroda yer almış ancak oynama şansı bulamamıştır. Bu maçın rövanşında Ali Sami Yen Stadyumu'nda 46. dakikada oyuna giren Emre bir tanede gol atmış ancak takımı rakibini 3-2 yense de deplasman golü kuralı ile veda etmiştir. O sezon ligde ise 11 kez kadroda olan Çolak, 3 kez ilk onbirde başladı ve 5 kez oyuna sonradan girdi. İlk Süper Lig golünü ise ligin son haftasında sağ kanat'ta başladığı Gençlerbirliği'ne karşı 57.dakikada Caner Erkin'in ortasıyla sağ ayağıyla atmış ancak takımı 2-1 mağlup olmuştur.
2010-2011 sezonu başında da Frank Rijkaard tarafından Ahmet Kesim, Emirhan Ergün, Çetin Güngör, Caner Öztel ve Cumhur Yılmaztürk gibi genç isimlerle birlikte kamp kadrosuna dahil edilmiştir. Bu sezondan itibaren ise memleketi olan Ordu'nun plaka kodu 52 numarayı sırtına geçirmiştir. O sezon Galatasaray, Abdul Kader Keita, Caner Erkin ve Giovani dos Santos ile yollarını ayırmış ve Juan Pablo Pino, Zvjezdan Misimović ve Lorik Cana gibi oyuncuları kadrosuna katmıştır. İlk maçına Kleve ile oynanan hazırlık maçında çıkmıştır. Fenerbahçe de içinde olmak üzere birçok hazırlık maçında şans bulan Emre, takımdaki yerini sağlamlaştırmıştır. Hatta Hasselt ile oynanan hazırlık maçında bir de gol attı. O sezon Galatasaray için iyi başlamadı, UEFA Avrupa Ligi'nde ilk olarak Beograd'ı eleyen kadroda bulunan Emre şans bulamasa da ikinci maç olan Karpaty Lviv maçının rövanşında son 10 dakika şans buldu ancak takımı bu turnuvaya veda etti. Emre Çolak'ta böylelikle ilk Avrupa deneyimini yaşadı. Süper Lig'de de kötü başlayan Galatasaray'da ligin ilk haftasında Sivasspor deplasmanında ilk 11 başlayan Çolak, Frank Rijkaard'ın 4-3-3 sisteminin sol açık bölgesinde 61.dakikaya kadar görev yapmış ve yerini Mehmet Batdal'a bırakmıştır. Bu maçın ardından teknik direktör Rijkaard, Harry Kewell, Milan Baroš ve Arda Turan üçlüsünü tercih etti ve sonraki iki hafta Emre'ye şans vermedi. Eylül 2010'da ise Galatasaray A2 takımına dönmüştür. Bu takımda ilk maçına 14 Eylül 2010'da İstanbul BB karşısında çıkmıştır. Daha sonra 3 maçta da şans bulmuştur. O sezonki ilk golünü ise Bursaspor A2 ağlarına 21 Eylül 2010'da yollamıştır. Daha sonra bu takımdaki performansı beğenilen Çolak, Ekim 2010'da teknik direktörlüğe Galatasaray'ın eski efsanevi oyuncusu Gheorghe Hagi'nin getirilmesiyle A takıma alınmıştır. 24 Ekim 2010'da oynanan derbi maçta kadroda yer alan Emre, 0-0 biten maçın 77. dakikasında oyuna girmiş hatta net bir fırsattan da yararlanamamıştır. Maç 0-0 biterken, Emre Çolak ise ilk resmi derbi maçına çıkmıştır. Fenerbahçe maçının ardından oynanan 4 maçta da şans bulan Emre, 14. haftadaki Beşiktaş maçında kadroda olsa da şans bulamamıştır. O sezon ilk kupa maçına ise 10 Kasım 2011'de Denizlispor karşısında çıkmış ve ilk asistini de bu maçın 88.dakikasında Juan Pablo Pino'ya yapmıştır. 11 Ocak 2011'de de Ali Sami Yen Stadyumu'nda oynanan son maçta kadroda bulunan Emre, maçın 71.dakikasında oyuna dahil olmuş ve bu tarihi kadroda yer alma başarısı göstermiştir. Galatasaray sezonun ilk yarısını beklentilerin çok altında yapmış devre arasında kadro Juan Emmanuel Culio, Bogdan Stancu ve Fenerbahçe'den Colin Kâzım Richards ile güçlendirilmiştir. Devre arası kampını A takımla geçiren Emre, Türk Telekom Arena stadyumunun açılış maçı olan AFC Ajax maçında ilk 11 başlamış ve tam 89 dakika sahada kalmıştır. 2011 yılındaki ilk resmi maçına ise Türk Telekom Arena'da oynanan ilk Süper Lig maçında çıkmıştır. 23 Ocak 2011'de oynanan karşılaşmada Colin Kâzım Richards'ın arkasında forvet arkası mevkiinde 58 dakika görev yapmış yerini Bogdan Stancu'ya bırakmıştır. Şubat 2011'de yine Galatasaray A2 takımına giren Emre, Gheorghe Hagi'nin istifa etmesi ve yerine Bülent Ünder'in getirilmesiyle tekrar A takıma çıkmıştır. Bülent Ünder yönetiminde ilk maçına 9 Mayıs 2011'de Kasımpaşa SK karşılaşmasında çıkmış ve 90 dakika sahada kaldığı karşılaşmayı Galatasaray 3-1 kazanmıştır. Bu maçın ardından 14 Mayıs 2011'de ise Gençlerbirliği SK karşısında ilk 11 başlamış ve Colin Kâzım Richards'ın attığı golün asistini yapmıştır. Bu maçın ardından da son haftada şans bulan oyuncu yine 90 dakika forma giymiştir. Sezon boyunca ise Süper Lig'de 520 dakikadan 13 maça çıkan Çolak, 1 asist yapmış 2 sarı kart görmüştür. Oynadığı 13 maçın 7 maçına ise sonradan girmiştir. Türkiye Kupası'nda ise 3 maçta üçü de sonradan olmak üzere şans bulan Çolak, 50 dakika forma giymiş bir de asist yapmıştır. O sezon arada Galatasaray A2 takımında da oynayan Çolak, A2 takımıyla, 10 maça çıkmış ve 4 gol atmıştır. Galatasaray o sezonu 8. sırada bitirirken tarihinin en kötü sezonunu geride bırakmıştır.

2011-12 sezonu öncesinde Galatasaray'da başkan Adnan Polat'ın yerine Ünal Aysal gelmiş, başkan da hocalık görevine Fatih Terim'i getirmiştir. Takımda sezon öncesi kadroya Selçuk İnan, Felipe Melo, Johan Elmander, Emmanuel Eboué, Engin Baytar Fernando Muslera, Albert Riera kadroya katılırken Mustafa Sarp, Bogdan Stancu, Juan Pablo Pino, Lorik Cana, Harry Kewell, Lucas Neill, Barış Özbek ve Arda Turan gibi isimlerle yollar ayrıldı. Hazırlık maçlarında kanatlarda genllikle Arda Turan'ı, Colin Kâzım Richards'ı bazen de Engin Baytar'ı kullanan Fatih Terim sezon başında Emmanuel Eboué'yi de bu mevkiide denemiştir. Daha sonra Albert Riera'nın gelmesiyle o şans bulmuştur. Emre Çolak ise ligin ilk 3 haftası kadroya dahi alınmamıştır. O sezon ilk kez Eskişehirspor ile 4. haftada oynanan maçın 78.dakikasında şans bulan Emre, 11. haftaya kadar zaman zaman şans bulmuştur hatta 2 maçta forma giymiştir. Ancak 11 ve 12. haftalarda Beşiktaş ve Sivasspor maçlarında kadroya girememiştir. Ligin 13. haftasında ise Engin Baytar ve Colin Kâzım Richards'ın yokluğunda Gençlerbirliği maçı kadrosunda yer alan Emre, 66.dakikada Albert Riera'nın yerine girmiş ve takımı 0-0 devam eden maçı Emre'nin yüksek katkısı ve Emmanuel Eboué'nin golüyle 1-0 kazandı. Maçın ardından ise Çolak taraflı tarafsız birçok kişinin beğenisini topladı. Bir sonraki hafta ise Fenerbahçe'ne karşı yedekte başlaması beklenen oyuncu, Fatih Terim tarafından ilk 11'de başlatıldı. Bu maçta çok iyi bir performans gösteren Emre, sol açık mevkiinin değişilmez ismi oldu. Ayrıca bu maçta Galatasaray rakibini 3-1 yendi ve liderlik koltuğuna oturdu. Bu maçın ardından takımın değişilmez oyuncusu olan Emre ilk golünü ise 3 Ocak 2012'de iki gol attığı karşılaşmada attı. Uzaktan attığı gollerle spikerlerin "Gheorghe Hagi gibi gol attı" dedikleri Emre, normal sezonu 25 maç 3 gol ve 1 asistle bitirdi. Normal sezonun ardından statü gereği Play-off usulüyle oynanan ve Trabzonspor, Beşiktaş ve Fenerbahçe'nin ilk 4 arasında bitirdiği için oynamaya hak kazandığı Süper Final'e lider olarak başlayan Galatasaray'ın formasını 4 kez forma giydi. Türkiye Kupası'nda da o sezon 1 maça çıkan Emre, totalde 30 maç 3 gol ve 1 asist performansıyla oynadı. Sezonun son maçında ise Fenerbahçe Şükrü Saracoğlu Stadyumu'nda Galatasaray, Fenerbahçe ile karşılaştı bu maçta 1 puan dahi alsa şampiyon olacak Galatasaray'da yedek kulübesinde başlatılan Emre, maç devam ederken bir de sarı kart gördü. Galatasaray maç sonunda rakibiyle 0-0 berabere kalırken, Emre Çolak'ta bu formayla ilk şampiyonluğunu yaşadı.

2012-13 sezonu öncesinde Galatasaray, SS Lazio ve ACF Fiorentina gibi rakiplerle karşılaşan Galatasaray'da, 1 Ağustos 2012 günü Olimpija Ljubljana karşısında müthiş bir vole golü atan Emre, o sezon resmi olmasa da ilk golünü attı. Daha sonra ise Türkiye Süper Kupası'da Fenerbahçe ile eşleşen Galatasaray kadrosunda bulunan Emre, bu maça ilk 11 başladı ve 82 dakika sahada kaldı. Uzun bir süre maçı 10 kişi sürdüren Galatasaray, rakibini 3-2 mağlup etti ve 2012 Türkiye Süper Kupası'nın sahibi oldu. Emre'de böylelikle ilk Türkiye Süper Kupası maçında ikinci kupasını kazandı. O sezon ilk lig maçına ligin ilk haftasonda Kasımpaşa SK karşısında çıkan Emre, attığı çalımlarla dikkat çekti. Ayrıca Emre, bu maçta 2 gol atan Umut Bulut'un 2 golünün de asistini yaptı. Sezpn başında No