inde, bazıları disiplinli ordular halinde, büyük insan sürüleri halinde Avrupa'yı geçmeye başladılar. Bizans imparatoru Batı Avrupa Hristiyanlarından yardım istemişti ama istediği yardımin bu şekilde geleceğini düşünmemişti. Bunun icin bu şekilde Hristiyan desteği Aleksios'ta büyük şaşkınlık hatta korku yarattı. Özellikle bu güruhların iaşesi ve barınması eğer bir düzene konulmazsa Bizans topraklarının ve şehirlerinin talan edileceğini ve hem kırsaldaki ahaliye hem de şehir ahalisine çok büyük zararların doğacağını anlamıştı. Diğer taraftan düzenli Haçlı ordularının komutanlarının, çoğu bu sefere bir dinsel görevi yerine getirmek için değil, hükümdarlığını yapabilecekleri topraklar bulup zaptetmek ve kendi idarelerinde özerk devletler kurmak için katıldıkları gayet açıkca bilinmekteydi.

Aleksios bu tehlikelere karşı uygun bir plan yapmış ve genellikle bu planı başarı ile uygulayabilmiştir. Bu plana göre Bizans'ın elinde bulunan Balkan topraklarına giren Haçlı ordularına Bizans ordu birlikleri refakatçi olarak verilecek ve Haçlı orduları bu refakatçilerin kılavuzluğu ve idaresi altında Balkanlarda kalıp daha sonra gidecekti. Bu refakatçi Bizans ordusu, Haçlı ordusunun yem ve yiyecek bulma araştırmalarını kontrol edecekti. Bu Bizans refakat orduları için Aleksios çok sayıda paralı Peçenek askerleri tutmuştu. Haçlı ordusu İstanbul'a vardığında, şehir dışında belirlenmiş ve Bizans ordusu tarafından savunan bir ordugâha geçecekti. Bu ordugâhlarda bulunanların bütün iaşeleri Bizans tarafından karşılanacaktı ve Haçlılar, ordugâh yakınında veya uzağında su, yiyecek ve yem araştırması yapmayacaktı. Bu sırada Haçlı ordusu mensupları küçük gruplar halinde Bizanslı kılavuzlar idaresinde o zamanların en büyük ve şaşaalı şehrinin kiliselerini, yollarını, meydanlarını, saraylarını gezip göreceklerdi. Ordu komutanları ise Bizans İmparatoru huzuruna çıkacak, ele etek öpecek, Bizans İmparatoru'nun vassalı olduklarına dair yemin edecek ve ellerine geçirecekleri eski Bizans arazilerini Bizans'a devretmeyi kabul edecekti. Bundan sonra Haçlı ordusu Bizans gemileri ile Anadolu'ya, Selçukluların elindeki arazilere gireceklerdi.

1096 yılında resmen başlayan Birinci Haçlı seferi'ne dahil olan Haçlı ordulari dalgalar hâlinde gelmeye başladı. Yaklaşık 40.000 kişilik ilk dalga "Keşiş Pierre" emri altında kuzey Fransız, Alman ve daha küçük sayıda kuzey İtalyan köylülerinden ve ailelerinden oluşmaktaydı; asillerin sayısı çok az olduğu için bu dalgaya "Halkın Haçlı Seferi" denmiştir. Bu dalga Bizans arazisi olan Belgrad'a girmeden evvel Sava Irmağı karşısında, Macaristan'a ait bulunan Zemun'da (Semlin) bir ayakkabı yüzünden karışıklık çıkartarak iç kaleye hücum edip 4.000 Macar'ı öldürdüler ve sonra Belgrad'ı da talan edip yaktılar. Bu güruh takip ettiği yolda Bizans halkının çeşitli şikayetlerine (hırsızlık, soygunculuk, kızlara kadınlara tecavüz vb.) konu oldu. Haçlılar Niş'e geldikleri zaman da yeni bir isyan çıkardılar fakat bu sefer Aleksios'un Bulgaristan eyalet valisi, bir süvari kuvveti gönderip bu Haçlı isyanını bastırdı. Bu güruh 1 Ağustos 1096'da İstanbul'a vardığında 1/4'ünü kaybetmişti. Hemen koruma altında 6 Ağustos'da Bizans gemileri ile Anadolu'ya çıkartılıp İzmit üzerine yöneltildiler. İzmit'i ele geçiren Haçlılar bu şehri Bizans'a teslim ettiler; fakat Almanlar ve Fransızlar arasında kavga çıkınca ayrılıp iki ayrı güruh halinde İzmit Korfezini dolanıp Yalova yakınlarında iki ordugâh kurdular. Fransızlar Selçuklu başkenti olan İznik'e karşı hucuma başlayıp, yoldaki yerleşkeleri talana, müslüman ve hristiyan ayrılığı yapmadan yerli ahaliye tecavüz edip öldürmeye başladılar. Buna karşılık Almanlar ise İznik'i geçip Xerigordon adlı bir kaleyi zaptedip oraya yerleştiler. Burada Eylül sonunda Selçuklu ordusunun hücumuna uğradılar ve neredeyse tümüyle imha edildiler. Yalova'da bulunan 20.000 kişilik Haçlı ordusu bunu duyunca 21 Ekim'de yeniden yürüyüşe başladı, fakat bu Haçlı ordusu da yeni bir Selçuklu tuzağına düştü. Bu ordu ile birlikte, Yalova'daki kampta kalan artçıların hepsi elimine edildi. Böylece "Halkın Haçlı Seferi" sona erdirildi.

Aleksios bundan sonraki dokuz ay boyunca asiller tarafından komuta edilen daha düzenli ve disiplinli olan, sayıları 90.000'i aşkın askerden ve bunların yanında bulunan kadın ve çocukdan oluşan yeni Haçlı orduları ile uğraşmak zorunda kaldı. Bunların ortaya çıkardığı, Bizans'in şimdiye kadar hiç karşılaşmadığı zorluktaki askerî, ekonomik, lojistik ve diplomatik sorunlarla karşılaşıldı, ancak Bizans yine çok büyük zararlar almadan bunları bertaraf edebildi.

Bu ikinci ve daha güçlü Haçlı ordusu yine dalgalar halinde, Godfrey de Bouillon, Taranto'lu Boemondo, Toulouse'lu IV. Raymond ve diğer önemli Batı Avrupa asil aile temsilcilerinin komuta ettiği gruplar halinde Konstantinopolis'e vardılar. Bundan dolayı Aleksios Haçlı liderleri ile İstanbul'a vasıl olma zamanlarına göre ayrı ayrı görüşmeler sağladı. Bu asilleri kendisini üst egemen saydıklarına yemin ettirdi ve Kudüs'e giderken ellerine geçirecekleri arazileri Bizans İmparatorluğu'na verecekleri hakkında akit yaptı. Üst egemen sayma yemini verdikleri için İstanbul civarında bulundukları sırada Bizans onların tüm levazım ihtiyaclarını sağlamayı kabul etmekte idi ve Anadolu'da ilerlemek için de tedarik mümkünse Bizans destek verecekti. Aleksios'un aldığı kararla, İstanbul etrafında fazla kalmadan her ayrı grup Bizans gemileri ile Anadolu yakasına geçirildi.

Bizans açısından bakıldığında Birinci Haçlı seferi onlara önemli bir kazanım sağladı. Bizans İmpartorluğu'nun yıllar önce elinden çıkan önemli şehir ve adalar tekrar Aleksios idaresine geçti. Bunların başında Selçuklu başkenti İznik (Nicea) gelir. Haçlı ordularının bu kaleyi kuşatmasıyla kent 1097'de imparatora teslim oldu. Haçlıların Eskişehir yakınlarında kazandıkları Birinci Dorileon Savaşı Anadolu'nun batısının büyük oranda tekrar Bizans yönetimi altına girmesine yol açtı. 1097–1099 döneminde Sakız Adası (Chios), Rodos Adası, İzmir (Smyrna), Efes, Sart ve Alaşehir tekrar Bizans idaresine girdi. İmparator Aleksios'un kızı olan Anna Komnini yazdığı "Aleksiad" adlı tarih kitabında bütün bunları Aleksios'un politik ve diplomatik alanlardaki üstün yetenekliğine bağlamaktadır.

Gelgelelim o zamanın Latin asıllı Haçlıları ve diğer Haçlı tarihi yazarları imparatorun sahteliğinden, yalancılığından ve hatta ihanetinden şikâyetçi olmaktaydılar. Haçlılar çok büyük güçlükle sürdürdükleri Antakya kuşatması sırasında Tatikios'un emri altında bulunan Bizans destek kuvvetinin kendilerine yardım etmekten kaçınmasının, imparator Aleksios'a verdikleri sadakat yemininin geçerliliğini ortadan kaldırdığını iddia ettiler. Bu şekilde I. Boemondo, Haçlıların eline geçen ve hala büyük bir Rum Ortodoks nüfusu barındıran Antakya'yı (Antiochia) Bizans'a geri vermemiş ve orayı Antakya Prensliği olarak ilan etmiştir. Yine Urfa'yı (Edessa) işgal eden Baodouin de Urfa Kontluğu'nu kurmuştur. Aynı şekilde Trablus Kontluğu ve Kudüs Krallığı Haçlı komutanların hükümdarlığında kurulmuştur. Bu Haçlı devletlerinden çoğunun müslümanlarla Bizans arasında bir tampon görevi görerek Aleksios için faydalı olduğu öne sürülebilir. Yine de Antakya'nın bir Ortodoks şehri oluşu ve orada hükümdarlığını ilan eden I. Boemondo'nun Norman orduları komutanı olarak Aleksios'la savaşmış eski bir düşman oluşu nedeniyle, bu devletin kurulması Bizans için uygunsuz düşmüştür.

Antakya Bizans için önemli bir bölgeydi. Hem önemli bir liman, ticaret merkeziydi hem de Ortodoks Kilisesi için önemli bir merkezdi. Boemondo burayı kendi hakimiyetine aldığında Aleksios elbette bunu reddetti. Haçlıların bölgede kurdukları hakimiyetten dolayı bu de facto durum bir süre devam etse de, Boemondo'nun önce Danişmendlilerin eline geçmesi, ardından 1104 yılında Harran Savaşı'nda Selçuklulara yenilmesiyle birlikte vaziyet değişmeye başladı. Boemondo önce Antakya'da yeğeni Tankred'i kendi yerine atayıp batıya yol aldı.

Amacı Avrupa'da tekrar toparlanmak ve yardımcı birlikler toplamaktı. Hem papanın hem Fransa kralının desteğini alarak geri dönen Boemondo, Adriyatik üzerinden geçerek Dyrrhachium'u kuşattı. Aleksios bu durum karşısında bir meydan savaşından kaçınmıştı. Bu kuşatma devam ederken Boemondo'nun ordusunda veba baş gösterdi ve Beomondo'nun ordusu kırıldı. Venedikliler de Boemondo'nun denize açılmasını engelledi, blokaj yaptı. Papa II. Paschalis de desteğini çekince Dyrrhachium kuşatması başarısız kaldı ve Boemondo yine Bizans'la savaşı kaybetti. 1108'de Bizans ve Beomondo arasinda yapilan "Devol Antlaşması" ile Boemondo Bizans'ın yüksek egemenliğini tanıdı. Bu da imparator Aleksios'un başarı hanesine yazılmıştır.

Hayatının son yirmi yılında Aleskios halk gözünde popülerliğini kaybetmişti. Bu yılların en önemli gelişmeleri dinsel aykırılık yaratan "Polisiyen" ve "Bogomil" mezheplerini elimine etmesi olmuştur. İmparatorluğu döneminde halka açık yapılan son gösteri, bir Bogomil lideri olan, kendisiyle teolojik bir münakaşaya giriştiği 'in bir meydanda diri olarak yakılması olmuştu. Birinci Haçlı Seferi Selçukluları sindirmesine rağmen, 1110–1117 döneminde de Selçuklular Bizans topraklarına akın yapmaya devam etmişlerdir.
Aleksios arkasında durup yıllar boyu kendini desteklemiş olan, çok zeki ve çok yetenekli bir siyasetçi olan annesi Anna Dalassini'nın nüfuzu altında kalmıştı. Bu nedenle Aleksios "Augusta" olarak, göreneğe göre karısı İrini Dukena'yi onurlandıracağına, annesi Anna'ya taç giydirmişti. Aleksios uzun süren askeri seferlere çıkıp Konstantinopolis'ten uzaklaştığı zamanlarda imparatorluğun faal idarecisi annesi Anna olmuştu. Anna, torunu olan Anna Komnini'nin yetiştirilmesini ve eğitimini tamamen üstlenmişti. Öte yandan Anna Dalassini gelini olan İrini Dukena ile uyuşmazlık halindeydi.

Aleksios'un son yıllarında kendisinden sonra kimin imparator olacağı sorunu kendisi için de önemli bir sorun olmuştu. 1092'de altı yaşındaki oğlu II. İoannis'a ortak imparator olarak taç giydirtmişti. Fakat İoannis'in annesi olan İrini Dukena'nın imparatorluğun ba