yenik çıkmıştır. Üç ay sonra bir Ceneviz filosu Galata'ya gelmekte iken, Bizans elinde olan Marmara Ereğlisi'ni (Hereclia) eline geçirmiş; şehri talan etmiş ve yakmıştır. Bu filo sonradan Karadeniz'e yönelmiş ve Trakya tarafında Karadeniz kıyısında bulanan bir Bizans şehri olan Süzebolu'yu (o zamanki Sozopolis, şimdi Bulgaristan'da Suzepol'u) tahrip etmiştir.

Cenevizliller Venedik'in Ege'de önemli deniz üssü olan Eğriboz adasını (o zamanki Negroponte, şimdi Yunanistan'da Eubea) ellerine geçirmişlerdir.

Buna karşılık vermek için Venedikliler kendi ve müttefiklerinin gemilerinden oluşan büyük bir donanma kurmak için müttefik aramaya başlamışlardır. Aragon Kralı Peter eğer masrafların (2/3)si karşılanırsa tam teşkilatlı 26 harp gemisi vermeyi kabul edeceğini ve VI. İoannis de aynı şartlar altında 12 Bizans harp gemisi sağlayabileceğini bildirmişlerdir. Venedik'in Bizans'a ek şartlara göre de eğer bu donanma Cenevizleri yenik düşürürse, Cenevizlerin elinde bulunan Galata ortadan kaldırılacak; surları, evleri ve tüccar dükkân ve depoları yerle bir edilecek ve ayrıca Venedik'te rehinde bulunan Bizans imparatorluk tacı ve mücevheratı da geri verilecekti.

Bu müzakerelere rağmen Venedik VI. İoannis aleyhine bir siyaset sürmeye devam etmiştir. Sırp Kralı IV Dushan aracılığı ile Selanik'te bulunan genç ortak imparator V. İoannis ile eğer Çanakkale Boğazını koruyan Bozcaada'nin (Tenedos'un) idaresi Venedik'e verilirse 20.000 duka altını 'borç' verebileceklerini teklif etmişlerdir. VI. İoannis bunu haber alinca Savoylu Anne'yi oğlunu bundan vazgeçirmek için Selanik'e göndermiştir. Ama Venedik'le sonunda yapılan anlaşma bunun gerçekleşmemesini önlemiştir.

Uzun suren müzakerelerden sonra anlaşma ancak Temmuz 1351'de imzalanabilmiştir. Nikola Pisani komutanlığı altındaki takviyeli Venedik ve Paganino Dorya komutanlığı altındaki Ceneviz donanmaları ise ancak 1352 başında Marmara Denizinde karşı karşıya gelmişlerdir. 13 Şubatta Boğaziçi'nde Haliç ağzında bir deniz savaşı yapılmıştır. Çok dalgalı olan deniz, Boğaz akıntısı ve Cenevizlilerin kendi kolonileri olan Galata duvarlarına yakınlıkları Venedekli donanmasının aleyhinde idi. Bunun yanında Vendik müttefiki olan Aragon filosunun kaptanı başkomutanın emirlerini dinlemeyip hemen hucuma geçmiş ve Cenevizliler tarafından hemen elimine edilmiştir. Bunu gören Bizans filosu da düşmanla savaşa tutuşmadan Halicin kendi tarafına çekilmiştir. Savaş Ceneviz ve Venedik gemileri arasında olmuş; ta geceyarısına kadar yanmakta olan gemiler ışığında devam etmiştir. Fakat geceyarısına doğru buyuk kayıplar ve aleyhlerine olan rüzgar ve akıntı dolayısıyla Venedik donanması savaştan çekilmek zorunda kalmıştır. Gündüz olduğu zaman Venedik'in nerede ise bütün kadırgalarının battığı ve 1.500 kadar denizcinin de olmuş olduğu açığa çıkmıştır. Cenevizliler'in kayıpları da, galip çıkmakla beraber, çok buyuk olduğu için mağlupları takip edememişlerdir ve uzun bir müddet bu savaşın açık haberleri Cenova'dan hatta Galatalılardan saklanmıştır.

Bu Venedik-Cenova savaşı Bizans ve özellikle VI. İoannis için çok buyuk bir mağlubiyet olmuştur. Cenevizlilerle Bizans arasında barış Mayıs 1352'de yapılmış ve buna göre Konstantinopolis'in çok yakınlarında olan Maramara Ereglisi (Heraclea) ve Silivri (Salymbria) Cenevizliler egemenliğine geçmiştir. Bu macera ve sonucu da zaten halk tarafından sevilmeyen VI. İoannis'in daha da yerilmesine sonuç olmuştur ve ortak imparator olan V. İoannis'in o yıl kıdemli imparator olarak dönmesine buyuk bir katkı yapmıştır..

Orhan Bey ile VI. İoannis Kantakuzenos 1345'den itibaren çok yakın şahsi ilişkiler kurmuşlardı. 1346'da Orhan Bey VI. İoannis Kantakuzenos'un ikinci kızı Teordora Kantekuzene Hatun ile bir evlilik yapmış ve Bizanslı kayınbaba ve Osmanlı damadı devamlı yakın ilişkilerde olmuşlardır. 1350'de Selanik'in alınması için imparatorun oğlu Matheos emrine büyük bir Osmanlı süvari birliği verilmişti.

1352de ise kıdemli imparator VI. İoannis Kantakuzenos ile ortak imparator olan V. İoannis arasında çıkan anlaşmazlık sonunda V. İoannis'e Trakya'nın büyük bir kısmının idaresi verilmiş ve oraları idaresinde bulunduran VI. İoannis'in oğlu Matheos Kantakuzinos Edirne valiliğine atanmıştı. Bu çok kısa bir barış sağlamış, ama 1452 yazında V. İoannis Edirne'ye hücumla burayı eline geçirmişti. Matheos babasından yardım istemiş ve VI. İoannis Edirne'yi oğluna geri vermek için büyük bir ordu toplamıştır. Bu ordunun hemen hepsi damadı Orhan Bey'den aldığı Osmanlı Türk birliklerinden oluşmaktaydı ve Orhan Bey'in oğlu Süleyman Paşa'nin komutanlığı altında idi. Osmanlı birlikleri, Sırplarla takviyeli V. İoannis birliklerinin elinden Edirne'yi kurtarmışlar ve bu nedenle İslam törelerine göre Edirne kentini üç gün talan etmelerine izin verilmişti. Hem yabancı ve Müslüman birlikleri kullanması hem de müslümanlarca Edirne'nin talan edilmesi bütün Bizans topraklarındaki halkın VI. İoannis aleyhine dönmesine bir diğer neden olmuştur. Bu Osmanlı birlikleri birkaç ay sonra donmuş olan Meriç Nehri üzerinde bir savaşla Bizans topraklarına girmiş olan bir Sırp-Bulgar ordusunu yenmiş ve Bizans'a Sırp-Bulgar tehdidini önlemiştir. Ondan sonra Osmanlı ordusu Anadolu'ya geri çekilmiştir.

2 Mart 1354'de bütün Trakya çok şiddetli bir depremle sarsılmış ve şehir, kasaba ve köylerin çoğu yerle bir olmuş; bunu soğuk, kar ve tipiler ve devamı olan şiddetli yağmurlar takip etmiş ve insan ve maddi kayıplar çok yüksek seviyelere ulaşmıştır. Bizans için stratejik önemi bulunan Gelibolu şehrinde taş üstüne taş kalmamış ve şehir halkı denizden kaçıp şehri boş bırakmışlardır.

Bazı tarihçilere göre Trakya arazilerini daha yakından tanımış olan Süleyman Paşa buraları fetih etmek için fırsat kollamaya başlamıştır. Deprem haberi Biga'da bulunan Süleyman Paşa'ya ulaşınca kendi ordusu ile, bulup toplayıp göçmeye ve yeniden yerleşmeye hazırlıklı Türkmen sivil ailelerle birlikte Rumeli'ye geçmişler ve genellikle harabe halinde olan boş Gelibolu şehri içine yerleşmişlerdir.

Diğer tarihçilere göre VI. İoannis Edirne'ye sefer için Osmanlı birliklerini kullanmak için gereken finansmanı kiliselerden topladığı kıymetli eşyalar ile yapmaya çalışmış ve bunlar yetişmediği için Osmanlılara Gelibolu yarımadasında bir üs sağlamayı vadetmiştir. Süleyman Paşa Çimpe kalesi adında olan bu üssü onarmak üzere askerleri ile Gelibolu yarımadasına geçmiştir. Ama deprem dolayısıyla Gelibolu'nun da boşaltılmış olduğunu görünce bu boş şehri de ilk Osmanlı Türk yerleşkesi olarak kullanmak üzere almışlardır.

Birkaç ay içinde Gelibolu şehri yeniden yapılmış; surları pekiştirilmiş ve bir Müslüman Türk şehri şeklini almıştır. Bu şehir hemen Rumeli'de hem Anadolu'dan aileleri ile göçmen Türkmenleri hem de Trakya'da çeteler halinde bulunan Türkmenleri çeken bir yerleşke odağı haline gelmiştir.

Her ne şekilde gelirlerse gelsinler, Osmanlıların Rumeli'de yerleşmeye başlamaları VI. İoannis için bir büyük sorun doğurmuştur. Bazı tarihçilere göre Çimpe kalesini (ve Gelibolu'yu) boşaltıp gitmesi için Süleyman Paşa'ya 10.000 Bizans altını tazminat vermeyi teklif etmiştir. Diğerlerine göre önce 10.000 altın; sonra Gelibolu yarımadasını boşaltmak için bunun dört misli 40.000 altın tazminat teklif etmiştir. Fakat buna Süleyman Paşa'nın cevap olarak bu kalenin kendi eline Allah'ın inayeti dolayısıyla geçtiğini; hiç kimsenin yaşamadığı boş bir harabeye yerleştiğini ve boşaltıp geri vermenin Allah'ın ihsanını reddetme olacağı idi. VI. İoannis bu sefer damadı olan Orhan Bey'e başvurmuş ve durumu görüşme teklif etmiştir. Bazı tarihçilere göre Orhan Bey önce bunu kabul etmiş; fakat yaşlılık ve hastalık nedeniyle bu görüşmeye gidememiştir. Diğerlerine göre de Orhan Bey buluşma teklifini yaşlılık ve hastalık nedeniyle hemen reddetmiştir. Her ne olursa olsun bu sonucun İmparatoru büyük bir yeise soktuğu ve şimdiki terimle bir depresyon geçirdiği üzerinde tarihçiler anlaşmaktadırlar.

III. Andronikos'un saltanatının son yıllarında birden genişlemeye başlamış olan İsihazm adı verilen bir mistik dinsel görüş ve doktrin Bizans'ta giderek taraftar bulmaya başlamış ve bu eğilim VI. İoannis'in hükümdarlığı sırasında gittikçe önem kazanıp bazı nüfuzlu Kilise mensupları tarafından resmi Ortodoks kilisesi doktrinleri dışında olduğu iddiasıyla telin edilmiştir. Gerçekten bu doktrin dindar olan kişiye önem verdiği için Ortodoks kilinin papazlar ve keşişler hiyerarşisini tehdit etmekteydi. Fakat bu doktrine karşıtlık, hierarşiye tehdit şeklinde ifade edilmekte, kutsal Ortodoks Kilisesi'nin doktrinininden ayrılması suretiyle kutsal kiliseyi ikiye bölme tehdidi şekilde açıklanmaktaydı. VI. İoannis'in imparatorluğu döneminde Gregori Palamas'ın önderliğini yaptığı bu doktrini VI. İoannis'in kendisi de uygun bulup taraftarı olmuştur ve hatta elimize geçen VI. İoannis'in elinden çıkmış eserler arasında bu doktrini açıklayan bir de dinsel inceleme de bulunmaktadır. Fakat Kantakuzenos'u aforoz ederek iç harbin çıkmasına neden olan Konstantinopolis Patriği Kekelas ve V. İoannis'in annesi ve taht naibi olan İmparatoriçe Savoyalı Anna tarafından şiddetle bu doktrin reddedilmişti.

1351'de VI. İoannis imparatorluk ikametgâhı olan Blakernai Sarayı'nda bir dinsel konsey toplamış ve bu konseyde bu doktrinin Ortodoks Kilisesi'nin resmi doktrini ile olan bağlılık veya farklılıkları incelenmiştir. Bu konsey sonunda hazırlanan resmi raporlara göre, "İsihazm" Ortodoks Kilisesi doktirinlerine uygun bulunmuştur ve konsey dağılmıştır. Bu Konsey kararları Şubat 1352'de Ayasofya'da resmen ilan edilmiş ve İmparator VI. İoannis tarafından Ağustos 1352'de tasdik edilmiştir.

Herakleios'un imparatorluk döneminden beri Bizans İmparatorluğu'nun yerel bölümleri olan thema'lar ortadan kaldırılmıştır. Apandaj şekilli bir yerel sistem kurulmuştur. Bu sisteme göre imparatorluk üç apandaj bolgesine bölünmüştür:

Konstantinopolis halkı meşru olan Paleologos hanedanına ve özellikle V. İoannis'a sadık görünmekte idi ve VI. İoannis'in kendi yandaşlarını, ailesini ve sülalesini imparatorluk başında tutma çabalarına