mek istediği adaylar başarısız kalıp seçilemediler ve kral aleyhtarlarının çoğu üye seçildi. Bundan dolayı Nisan ayında, Kral ile yeni Parlamento Avam Kamarası arasındaki ilişkiler keşmekeşe döndü.. 20. Northampton Kontu Algerion Percy ve 1. Staffordshire Kontu Thomas Wentworth kral ile parlamento arasını bulmak için arabuluculuk rolü oynamaya başladılar. Bunların hazırladığı arabulucu teklife göre, Kral "Ship Money" adlı vergiyi almaktan vazgeçerse, parlamento, krala yeniden £650.000 değerinde ek vergi geliri getiren yeni vergi salması yetkisinin verilmesi kabul edecekti. Bu teklifle toplanacak yeni vergi geliri, yine de Kralın harcama tahmini olan £1 milyonun altında olacak idi. Ama birçok Parlamento üyesi tarafından yine de bu arabulucu teklifi tatmin edici görülmemekteydi. Parlamento üyeleri bu arabulucu teklifini kabul etmeleri halinde, Kraldan yeni politik reformlar yapmasını istediler. Bu yeni reform istekleri, Lordlar Kamerası üyelerinin hâlâ kendi tarafında olduğunu bilen, Kral Charles tarafından hasıraltı edilip Parlamento toplantılarında hiç ele alınmadı. Northumberland Kontu'nun protestolarına rağmene Kral Charles, toplanmasından bir ay bile geçmeden, (sonradan "Kısa Parlamento" adı verilen) bu yeni Parlamentoyu feshedip dağıttı.

Bu etapta 1632'den beri "İrlanda Naip Lordu" olan 1. Staffordshire Kontu yanında William Laud'la beraber Kral Charles’ın en yakın danışmanı olarak ortaya çıktılar. 1. Staffordshire Kontu 1628'e kadar Kral Charles’ın büyük tenkitçisi idi; ama o tarihten sonra Buckingham Dükü tesiri ile Kralın yakın bir destekçisine dönüşmüştü. Bu iki danışman krallık merkezî yönetiminin, yerel idarelerin ve kral aleyhtarlarının aksine olarak, daha etkin ve efektif olması politikasını gütmeye başladılar.

İngiltere "Kısa Parlamentosu"nun başarısız kalıp dağıtılması, İskoçya Parlamentosu'nun kendine iç güven sağlamasına destek sağladı. İskoçya Parlamentosu, Kral Charles’ın özel izini olmadan, hukuken kendi başına İskoçya'yı idare edebileceğine oybirliği ile karar verdi. Ağustos 1640'ta İskoçya Parlamentosu ve İskoçya Kilisesi isteklerine göre, İskoçya Kilisesinin piskoposlarla idare edilemesi aleytartarı "İskoçya Milli Sözleşmesi" taraftarlarının kurduğu ve ""Sözleşmeciler Ordusu" olarak anılan yeni İskoçya ordusu, İngiltere'ye karşı harekata geçti. Böylece "İkinci Piskoposlar Savaşı" başlamış oldu.

İskoçya "Sözlemeciler Ordusu" İngiltere ülkesinin kuzey doğusundaki Northumberland arazilerine girdiler. İngiltere ordusunun komutanı "Northumberland Kontu" idi; ama o hasta idi. Bu ordunun komutasını Kral Charles ve Staffordshire Kontu aldılar. Staffordshire Kontu da dizanteri ve gut hastalıklarından müztarıp idi. İngiltere ordusu komutanı Kral Charles ve ordu mensubu askerlerin savaş tecrübeleri yoktu. Buna karşılık İskoçya "Sözleşmeciler Ordusu" yüksek moralli; Avrupa kıtasında Otuz Yıl Savaşı'na katılmış İskoçyalı ticari askerlerden oluşan yüksek derece askeri savaş eğitimli ve tecrübeli askerlerle dolu idi. Bu nedenle İngiltere ordusu sınırların savunmasında başarısız kalıp mağlubiyete uğradı. İskoçya "Sözlemeciler Ordusu" gayet zayıf mukavemet görerek Newcastle Upon Tyne şehrine kadar ilerledi. Bu şehir önünde yapılan Newburn Muharebesi'nden İskoçya ordusu galip geldi. Newcastle upon Tyne şehri İskoçya egemenliği altına girdi. İskoçya "Sözlemeciler Ordusu" İngiltere ülkesinde daha da güneye ilerleyerek komşu Durham Kontluğu arazilerini ve Durham kalesini ellerine geçirdiler.

Yeni bir parlamento çağırması için Kral Charles üstüne baskılar büyümeye başladı. Bunu yapmamak için Kral Charles hiçbir gelenek ve göreneğe bağlı kalmadan İngiltere'de ilk defa olarak bir "Lordlar Büyük Konseyi" kurduğunu ilan ederek bunu toplantıya çağırdı. Bu Konsey 24 Eylül'de York'da ilk defa toplantı yaptı. Fakat bu zamana kadar Charles’ın danışmanlarının hepsi danışmalar ve nasihatları ile Kralı yeni bir İngiltere Parlamentosu çağırmaya inandırmışlardı. Charles Lordlar Büyük Konseyinde yaptığı ilk konuşmada onlara yeni bir Avam Kamarası'nın çağrıldığı haberini verdi ve onlardan İskoçlara karşı sınırı savunmakta olan İngiltere ordusunu nasıl finanse edebilmek için fonlar bulunabileceği konusu hakkında bu konseyden fikirlerini beyan etmelerini istedi. Bu Lordlar Konseyi kralla İskoçlar arasında biran evvel bir barış anlaşması imzalamasını tavsiye ettiler.

Bunu üzerine Charles, İskoçlarla Ekim 1640'ta Ripon Anlaşması adı verilen bir "ateşkes antlamaşı" imzaladı. Bu bir nihai barış antlaşması değildi. Bu ateşkes anlaşması İngiltere için çok ağır şartlar getirmekte idi. Anlaşmaya göre Kral İngiltere Parlamentosu'nu toplayıp İskoçlara savaş tazminatı ödemesi yapmak için Parlamento'dan onay alana kadar, nihai barış anlaşması imzalanmayacaktı. İskoçya "Sözlemeciler Ordusu" ordusu işgal ettiği Northumberland ve Durham Kontluğu arazilerinden çekilmeyecekti. İngiltere nihai barış imzalana kadar her gün £850 İskoçlara savaş tazminatı verecekti.

Bunun üzerine Kral Charles (sonradan "Uzun Parlamento" olarak anılacak) yeni bir İngiltere Parlamentosu çağırmaya karar verdi. Bu parlamento üyelerinin seçiminde de kral tarafını tutan adaylardan ancak küçük bir kısmı seçildi. Yapılan seçimlerde Parlamento üyeliğine seçilen 493 kişiden, 350'den fazlası kral ve kraliyet aleyhtarı idi..

Kral Charles’ın "Uzun Parlamento"ya karşı durumu daha önce dağıttığı "Kısa Parlamento"ya karşı durumundan daha kötü idi. "Uzun Parlamento" 3 Kasım 1640'ta ilk oturumunu yaptı. Bundan çok geçmeden bu parlamento kralın başlıca danışmanlarını yüksek vatan hainliği sucundan bir "yüce divan" kurup yargılamak için Parlamento oturumlarında görüşmeye başlanıldı. 10 Kasım'da Kralın başdanışmanı olan Staffordshire Kontu tutuklamaya alındı. Diğer yakın danışman olan Canterbury Başpiskoposu Laud hakkında 18 Aralık'ta suçlama ile "yüce divan"da yargılanma kararı verildi. Ertesi gün 19 Aralık'ta diğer bir danışman olup "Krallık Mührü Taşıyıcı Lordu (Lord Keeper)" olarak görevli olan Robert Finch suçlama ile hakkında "yüce divan"da yargılanma kararı verildi. Robert Finch Kral Charles in bilgisi ile ve onun tavsiyesi ile 21 Aralık'ta Hollanda Lahey'e kaçtı. 
Bu parlamento Kral'ın parlamentoyu dağıtıp kapatması hakkında hukuki yetkisini kısıtlamak amacıyla "Üç Yıllık Kanun (Triennial Act") adlı bir kanunu oybirliği ile kabul etti. Bu kanunun bir kısmında Parlamento'nun her üç yıllık dönemde asgari bir defa çagrılmasını ongormekte idi. Yine bu kanuna göre, eger kral bu şarta uymazsa, "Krallik Muhuru Tasiyici Lordu" ve onunla birlikte Krallık'in 12 tane asil lorduna yeni bir parlamento cagirma yetkisi verilmekte idi. Bu kanunla birlikte, Krala yeni vergi koyma yetkisi veren kanun da bir "torba kanun" olarak Parlamento'da kabul edildi. Bu "torba kanun", yeni vergi gelirlerin gayet büyük ihtiyacı olduğunu bilen, Kral Charles tarafından 10 Kasim'da kendini zorluyarak onayalanıp imzalandi..

Uzun Parlamento'nun kral aleyhtari uyelerinin onemli bir lideri olan John Pym kralin basdanismani Staffordshire Kontu'na bas dusman kesilmisti. 22 Mart 1641'de Staffordshire Kontu "yüce divan" olarak görev yapan Parlamento'da yargilanmaya başladı ve bu yargilanmada John Pym sanki bir sorgu savcisi imis gibi bir rol oynamaya koyuldu. Bu yargilanmada Staffordshire Lordu'na bas itham Sir Henry Vane tarafından ifsa edilen onun "İrlanda Naip Lordu" iken İngiltere'deki merkezi idareye karsi İrlanda ordusu getirip merkezi Krallık idaresini ele alma tehdidini acikca yapmasi idi. Fakat Sir Henry Vane'in ithami yargilama için getirilen diğer sahitler tarafından teyit edilmedi. Bunu uzerine 10 Nisan'da "Yüce Divan" olarak Staffordshire Kontu'na karşı olan dava sona ermis oldu. Bu dava dusmesinden hemen sonra John Pym ve yandas paralamento uyeleri "Kanunsuzluk Kanun Teklifi (Bill of Attainder)" adı verilen yeni bir kanun teklifini parlamentoya sundular. Bu kanun teklifinde hic itham ayrintilarain girilmeden Staffordshire Kontu'nun vatan hainliginden suclu olduğu ve cezasinin idam olmasi belirtilmekte idi. Bircok Avam Kamersasi uyei ve Lordlara Kamerasi uyesi bunu nbir adli katil olacagini bildirerek bu teklife oy vermeiyeceklerini bilidirmislerdi. Kral Charles ise verdiği bir konuşmada danismanina

Bir kralın yeminine göre sen hayatini, serefini ve servetini kaybetmiyeceksin

dedığı ve bu kanun teklifi Parlamento'dan gecse bile Kral'in onayından gecmeyecegini bildirilmiştir.

Fakat tam bu sırada kraliyet ordusunun koyu kral taraftari bazi subaylarının Staffordshire Kontu lehinde bir komplo hazırlayip uygulamaya koydukları ve bu komplonun onlendığı ve bu komploya Kral Charle'in izin verdiği haberi ortaya cikti. Bu komplo zamanında durduruldu ama Parlamento ile Kral arasındaki gerilim gayet artip hatta iliskiler koptu. 20 Nisan'da Parlamento Avam Kamerasi bu kanaun teklifi uzerinde oyklama yaptıgında 204 lehte 59 alyehte ve 230 cekimser oyla ve Lordlar kamerasi 26 lehte, 19 aleyhte ve 19 cekimser oyla bu kanaun teklifini kabul ettiler. Karal Charles is ebir kargasalik ciktigında kendi ve ailesinin hayatinin tehlikeye girceginden korkmaktaydı ve krallaik yargicları ve Anglikan priskoloslara danis tiktan sonra, 9 Mayis'ta bu kanunu onayladı. 1Kontu kafasi kesilerek idam edildi.

Kral Charles İngiltere'de krallık iktidar gücünü korumak için birçok önemli taviz vermek zorunda kalmıştı. İskoçya Krallık iktidar gücünü önce Ağustos-Kasım 1641 döneminde Edinburgh, İskoçya'ya gidip orada Presbiteryenlik mezhebini resmî İskoçya devleti dini olarak kabul etmesi ile çok popülarite kazandı ve İskoçya Kralı görevinde daha iyice yerleşti. Fakat tam bu sırada kendini Monarşist olarak niteleyen Montrose Markizi James Graham'in İskoçya "Sözleşmeciler" kliği başkanları olan Argyll Markizi, Hamilton Markizi ve sonra Hamilton Dükü olan kardeşi Lanark Kontu, aleyhinde sadece "Olay (Incident)" adı ile anılan bir komplo düzenlediği ortaya çıkartıldı. Kral Charles bu komplo ile hiç ilişkisi olmadığını iddia etti ama kilisede piskoposçu yönetim sistemini lağvetmek zorunda kaldı ve "Sözleşmeciler" kliği başkanlarını "İskoçy