ı. Başarılı savunma oyuncusu, kariyerindeki yeni gelişmeleri Almanya'nın Hamburg takımı ile birlikte yaşadı. Başlarda işler pek yolunda gitmese de devre arasında Hamburg'a katılan Ujfaluši, 2000-2001 sezonunda 17 lig maçının 16'sında görev yaptı. Ancak sezon sonunda 13. sırada kalan Hamburg, 2001-02 sezonunu da puan tablosunun 11. basamağında bitererek hedeflerinin çok altında kaldı fakat Tomáš Ujfaluši'nin bireysel yetenekleri iyice gözler önündeydi. Bir sonraki sezon ligde dördüncü olan Hamburg, ligin kalesinde en az gol gören üç takımından biri oldu ve 2003 yılında Almanya lig şampiyonu oldu. Ujfaluši'nin liderliği, takımın bu başarıdaki yol göstericisi oldu. UEFA Kupası'ndaki sürpriz Dnipro mağlubiyetiyle başlayan Hamburg, 2003-2004 sezonunda Bundesliga'da bir kez daha rakiplerine en az gol atma şansı veren takım oldu. Almanya'daki futbol yaşantısı sırasında ilk kez 2001 yılında Çek Cumhuriyeti A millî takımına çağrılan futbolcu, 2004 Avrupa Şampiyonası'nda ülkesinin formasını 4 maçta terletti ve takımıyla 2004 Avrupa Futbol Şampiyonası finaline kadar çıktı. Ujfalusi, başta İtalya ligi takımı ACF Fiorentina olmak üzere birçok Avrupa kulübünün transfer listesine girdi ve 2004-2005 sezonunun başında 7.5 milyon euro karşılığında ACF Fiorentina'ya transfer oldu.

Avrupa Şampiyonası'nın ardından İtalya'nın ACF Fiorentina takımına transfer olan Tomáš Ujfaluši, ACF Fiorentina'daki ilk sezonunda iki ayrı teknik direktör ile çalıştı. Çek oyuncu, 2005-06 sezonunda takımın başına gelen Cesare Prandelli ile birlikte yükselişe geçti. Bir önceki sezon belirsizlikler içerisindeki Fiorentina'ya sezon sonunda lig dördüncülüğü ve UEFA Şampiyonlar Ligi'ne katılma hakkı kazandıran Prandelli yönetiminde sağ bek özelliklerini de kullanan Ujfaluši, artık Avrupa'nın en tecrübeli savunma oyuncularından biri hâline geldi.

İtalya'da yaşanan karışıklıkların ardından UEFA Şampiyonlar Ligi kontenjanını kaybeden ve 2006-07 sezonuna -15 puanla başlayan Fiorentina'da toplam dört sezon geçiren Çek savunmacı, sözleşmesinin sona ermesiyle 2008-09 sezonu başında Sevilla FC ile ön sözleşme imzaladı. Ancak Ujfaluši'nin daha sonra tercihini Atlético Madrid yönünde kullanması nedeniyle Sevilla yönetimi tarafından kendisine dava açıldı. 24 Eylül 2009'da açıklanan dava sonucunda Ujfaluši, Sevilla'ya 875 bin euro tazminat ödemeye mahkûm edildi.
Dört yıl bu takımda oynadıktan sonra sözleşmesinin sona ermesiyle 2008-09 sezonu başında Sevilla FC ile ön sözleşme imzaladı. Ancak Ujfaluši'nin daha sonra tercihini Atlético Madrid yönünde kullanmasıyla, Sevilla yönetimi tarafından kendisine dava açıldı. 24 Eylül 2009'da açıklanan dava sonucunda Ujfaluši, Sevilla'ya 875 bin euro tazminat ödemeye mahkûm edildi.

Ujfaluši, yeni takımıyla ilk lig maçına 31 Ağustos 2008'de Málaga CF ile oynanan maçta çıkarken, ilk sezonunda La Liga'yı dördüncü sırada tamamlayan Atlético Madrid için 33 lig maçında forma giyen Tomáš Ujfaluši, sezonun %86'lık bölümünde sahada kaldı. Ertesi sezon da kadronun değişmez isimlerinden biri olmayı başardı. UEFA Şampiyonlar Ligi'ne katılma aşamasında Yunanistan'ın Panathinaikos takımını eleyen Atlético Madrid, grup maçlarında galibiyet alamasa da, üç puanla UEFA Avrupa Ligi'ne geçiş yaptı. ve Panathinaikos önünde grubunu lider bitiren Galatasaray ile üçüncü turda eşleşti.İspanya'da 1-1'lik beraberlikle sonuçlanan maçın ardından Ali Sami Yen Stadyumu'nda Diego Forlan'ın son dakika golüyle üst tura yükselen Atlético Madrid, en sonunda Ujfalusi'nin kaptanlığında UEFA Avrupa Ligi şampiyonluğuna kadar uzandı. Finalde yine Forlan'ın iki golü ve Fulham'a karşı alınan 2-1'lik galibiyet vardı. Ayrıca 2009-10 sezonunu UEFA Şampiyonlar Ligi Şampiyonu olarak tamamlayan Inter'i Monaco'daki karşılaşmada mağlup eden Madrid temsilcisi, UEFA Süper Kupası'nın da sahibi oldu ve Ujfalusi kariyerine bir kupa daha ekledi. Ujfaluši, 19 Eylül 2010'da oynanılan FC Barcelona maçının uzatma dakikalarında Lionel Messi'nin ayak bileğine yaptığı sert müdahale ile sakatlanmasına sebep oldu ve direkt kırmızı kart gördü. Maçtan sonra Messi'den özür dilerken, iki gün sonra "İspanya Futbol Rekabet Komitesi", Ujfalusi'nin yaptığı faulün hafif karakterde olduğuna kanaat getirerek oyuncuya iki maç men cezası verdi. Çek futbolcu, Ekim 2010'da kulübüyle olan sözleşmesini 2012-13 sezonunun sonuna kadar uzattı. Çek futbolcu İspanya'daki kariyerinide 92 lig maçı ile bitirdi.

Galatasaray Sportif A.Ş., Kamuyu Aydınlatma Platformu'na (KAP) gönderdiği açıklamada Club Atletico de Madrid futbolcuları Diego Forlan, Tomas Ujfalusi ve Jose Antonio Reyes için görüşmelere başladığını bildirdi. Fakat Reyes ve Forlan ile anlaşılamadı ama 4 gün sonra Tomas Ujfalusi Galatasaray ile 2+1 yıllık sözleşme imzaladı. Tomas Ujfalusi Galatasaray forması ile ilk maçına hazırlık maçında Liverpool karşısında sağ bek pozisyonunda çıktı ve aynı maçta Milan Baros'a iki asist yaptı. Galatasaray'lı oyuncular tarafından takımın yabancı kaptanı seçilen Ujfalusi, 1.Kaptan Sabri Sarıoğlu'nun oynamadığı maçlarda sahaya kaptan olarak çıktı. Galatasaray taraftarlarının en sevdiği oyunculardan biri olmayı başaran Ujfalusi, kendisi ile yapılan bir röportajda taraftarlar hakkında şunları söyledi; “Olağanüstü bir atmosfer altında maçlarımızı yapıyoruz. Taraftarımız çok etkileyici. Ancak ben buraya geldiğimde hayatım boyunca ilk defa gördüğüm bir duruma şahitlik ettim. Oyuncular, maçlardan önce tribünlere çağrılarak 'oley' sesleri altında motive ediliyordu. O, beni çok etkiledi, çok şaşırttı. Taraftarımız bizim 12. adamımız gibi. Onlara hak ettikleri başarıları yaşatmak için elimizden gelenin en iyisini yapmaya hazırız.” Ujfalusi ilk golünü ise, 29. haftada oynanan ve Galatasaray'ın 4-0 kazandığı Sivasspor deplasmanında atmıştır. Ayrıca Ujfalusi'nin bu golü 5 sezon sonra Ujfalusi'nin attığı ilk resmi gol olmuştur. Ujfalusi bu sezon boyunca Süper Lig'de 40, Türkiye Kupası'nda ise 2 maça çıkmış bir de gol kaydetmiştir. Sezon sonunda ise takımın 3.kaptanı olarak Süper Lig kupasını kaldırmıştır. 

Ujfalusi takıma Burak Yılmaz'ın transfer edilmesinden sonra yeni takım arkadaşına bir jest yaparak kendisi için de ayrı bir öneme sahip olmasına rağmen 17 numaralı formayı Burak Yılmaz'a vermiş ve kendisi Hamburger SV'de giydiği 30 numaralı formayı Galatasaray'da terletmeye başlamıştır. 2012-13 sezon öncesinde oynanan Türkiye Süper Kupası mücadelsinde kart cezası olduğu için forma giyemeyen Ujfalusi, 2012-13 sezonundakii ilk maçında Kasımpaşa karşısında çıkmıştır. Bu maçta "30" numaralı forma ile 90 dakika mücadele eden Ujfa ilk kez bir resmi maçta Dany Nounkeu ile savunmanın göbeğinde görev yapmıştır. Süper Lig'in 2.haftasında ise Beşiktaş ile BJK İnönü Stadyumu'nda oynanan derbi maça da Semih Kaya ile birlikte savunmanın göbeğinde başlayan Ujfalusi, bu maçta 90 dakika takım kaptanı olarak forma gimyiştir. Bu maçtan günler sonra Galatasaray A takımının Galatasaray A2 ile yaptığı hazırlık maçında ayağı çimlere takılan Çek stoper'in çapraz bağları kopmuştur ve 3 ile 6 ay arası forma giyemeyeceği açıklanmıştır. Bunun üzerine Olympique Lyonnais'un 35 yaşındaki Defans oyuncusu Cris transfer edilmiştir. Ujfalusi sakatlığı sonrasında ise "Kendimi ve vücudumu iyi tanıyorum. Futbolda bunun gibi durumlar her zaman olur sakatlanabiliriz bazen 1-2 hafta bazen de daha uzun zaman alabilir. Fakat ben iyimser bir yapıya sahibim her zaman iyiyi düşünürüm. Umarım tedavi sürecinin ardından sahalara hazır dönerim." açıklamalarında bulunmuştur. Ujfalusi, 2012-13 sezonunun ara döneminde takıma dönmüş fakat bu sefer de Menisküs'ü yırtılmış ve bir süre daha sahalardan uzak kalacağı açıklanmıştır. 2012-13 sezonu boyunca bir daha hiç forma giyemeyen Ujfa "Gerekirse ücret almam" dese de yabanvı kontenjanı nedeniyle sözleşmesi uzatılmamıştır. Galatasaray 2012-13 sezonunu Şampiyon tamamlamış böylelikle Ujfalusi'de Galatasaray formasıyla 2. Şampiyonluğuna ulaşmıştır.

TFF'nin yabancı sınırını 10 kişiye indirmesinin ardından kadroda yer alamayan Ujfaluši'nin sözleşmesi uzatılmamıştır. Ujfaluši resmi Twitter hesabından yaptığı açıklamada "Herkese merhaba, benim için endişelenmeyin. Veda etmek için geleceğim. Bütün Galatasaray taraftarlarına kucak dolusu sevgiler bir sene daha başka bir takımda futbol oynamayı düşünüyorum" ifadelerinde bulunmuştur.

Ujfalusi, Galatasaray'da 2 yıl geçirdikten sonra, ülkesinin Sparta Prag takımına transfer olmuştur. Sakatlığı nedeniyle takımla antrenmanlara tam performansıyla çıkamayan Ujfalusi, ilk maçına ise Çek Cumhuriyeti kupası maçında 24 Eylül 2013 tarihinde Fastav Zlín karşısında çıkmıştır ve takımı maçı Tomáš Přikryl'in golüyle 1-0 kazanmıştır. Ujfalusi bu maçta Ondřej Švejdík ile savunmanın göbeğinde görev yapmıştır. Ligde ise ilk kez 28 Ekim 2013 tarihinde FC Slovan Liberec kadrosunda yedekler arasında yerini alan Ujfalusi, bir sonraki maçına ise yine kupa karşılaşmasında Znojmo karşısında Sağ bek mevkiinde çıktı. Bu maçı takımı 2-1 kazandı. Bu maçın ardından Ujfalusi bir daha forma şansı bulamadı. Takımda şans bulamayan Ujfalusi, Twitter'daki "TomasUjfa" isimli hesabından yaptığı açıklamada, emeklilik kararı aldığını belirterek, "Tüm o harika yıllar boyunca bana destek olan sevenlerime teşekkür ederim" ifadesini kullandı.

Ujfaluši, millî takımının formasını ilk kez 28 Şubat 2001'de Makedonya ile oynanan bir dostluk maçında çıktı. Millî takımıyla ilk golünü ise iki gol birden attığı 6 Eylül 2002 tarihli 5-0 biten Yugoslavya maçında attı. Ujfaluši, ülkesinin 2004 Avrupa Futbol Şampiyonası ve 2006 FIFA Dünya Kupası kadrolarında da yer aldı. Son olarak ise takımının da kaptanı olarak 2008 Avrupa Futbol Şampiyonası'nda yer aldı. Türkiye'nin Çek Cumhuriyetine karşı 2-0'dan geri gelip 3-2 yendiği maçta 90 dakika sahada kalmış ve 89. dakikada ise sarı kart görmüştür.

Ülkesinin formasını 77 kez giyip 2 gol atan Ujfaluši, 2010 FIFA Dünya Kupası elemeleri kapsamında 1 Nisan 2009'da Slovakya ile oynanan ve 2-1 kaybedilen maçtan sonra takım arkadaşlarıyla bir restoranda eğlendikleri için Çek medyası ve Çek Cumhuriyeti Futbol Federa