a hakkı kazandı. Aynı sezon UEFA Kupası'nda ise oynanılan yarı final İtalyan teknik adamın kariyerini parlatan noktalardan birisi oldu. 
2003-04 sezonunda UEFA Şampiyonlar Ligi'nde eleme turunda Benfica'yı elemeyi başaran Mancini ve öğrencileri, grup aşamasında Chelsea FC - Sparta Praha ve Beşiktaş ile aynı grupta yer alırken, 6 maç sonunda topladığı 5 puanla grupta sonuncu oldu ve elenmekten kurtulamadı. Mancini'nin öğrencileri, ligi 6. sırada bitirirken yeni sezonda UEFA Kupası'na eleme turunda katılma hakkı kazandı. Avrupa ve ligdeki başarısızlığın yanı sıra Lazio aynı yıl Coppa Italia'da şampiyonluk sevinci yaşadı ve genç teknik adam kariyerine bir kupa daha yazdırmış oldu. Sezon sonunda ise İtalya futbolunun devlerinden FC Internazionale Milano'dan teklif alan Mancini, teknik adamlık kariyerinin dördüncü yılında mavi-siyahlı takımın başına geçmeyi kabul etti.

2004-05 sezonu öncesinde Inter'in başına geçen Roberto Mancini, ilk resmi karşılaşmasında ezeli rakibi Juventus FC karşısında Supercoppa Italiana'da şampiyonluk sevinci yaşadı. Sezon sonunda ise ligi şampiyon Juventus'un 16 puan arkasında 3. sırada bitirirken, takımıyla birlikte UEFA Şampiyonlar Ligi'nde de eleme aşamasında Basel'i eleyerek grup aşamasına katılma hakkı kazandı. Grup aşamasında Vaencia - Anderlecht ve SV Werder Bremen ile birlikte G Grubu'nda yer alan Inter, grubunu namağlup lider tamamlamış ve ikinci tura adını yazdırmıştır. Bu turda da FC Porto'yu iki maç sonunda 4-2'lik sonuçla eleyen Inter, çeyrek finalde ezeli rakibi Milan karşısında iki maç sonunda 5-0'lık sonuçla elenmekten kurtulamamıştır. Coppa Italia'da ise şampiyonluk sevinci yaşayarak FC Internazionale Milano ile ikinci kupasını kazandı. 
2005-06 sezonunda ise tüm dünyayı sarsan şike skandalı öncesinde tamamlanan İtalya Ligi'nde normal sezonu 3.sırada tamamlayan Mancini ve öğrencileri, şike skandalıyla ilgili olarak yaşanan gelişmelerin ardından Inter'in yaklaşık 15 yıl süren şampiyonluk hasretini sona eriyordu. İtalya Ligi'nde sezon sonunda elde edilen şampiyonluğun yanı sıra, UEFA Şampiyonlar Ligi'nde eleme turunda FK Şahtar Donetsk'i eleyerek gruplara kalan İnter, grup aşamasında da H Grubu'nda mücadele ettiği Rangers, FC Porto ve Petržalka takımlarının önünde grubu lider tamamlama başarısı gösterdi. İkinci tur aşamasında AFC Ajax'ı eleyerek çeyrek finale yükselen Inter, bu aşamada Villareal'e deplasman golü kuralıyla elendi. İtalya Kupası'nda ise ezeli rakip AS Roma karşısında mutlu sona ulaşan Inter, hem sezon öncesi kazanılan Supercoppa Italiana hem de sezon sonu kazanılan Coppa Italia ile AS Roma taraftarlarını yıkmıştı. 
2006-07 sezonu başında kadrosunu Zlatan Ibrahimović, Maicon, Fabio Grosso, Patrick Vieira ve Hernán Crespo gibi yıldızlarla güçlendiren FC Internazionale Milano, Obafemi Martins, David Pizarro ve Juan Sebastián Verón gibi oyuncularını da satarak kadroda ufak çaplı bir değişime gidiyordu. 2006-07 sezonunda ezeli rakipleri Juventus'un bir alt ligde olması, bir diğer rakip Milan'ın ise -8 puan ile lige başlamasından dolayı avantajlı konuma gelen Mancini'nin öğrencileri, büyük bölümünü sürklase ettiği Serie A'da üst üste ikinci kez şampiyonluğa ulaştı. UEFA Şampiyonlar Ligi'nde ise doğrudan grup aşamasında yer alan ve Bayern Münih - Spartak Moscow - Sporting CP üçlüsüyle birlikte B Grubu'nda yer alan Inter, bu aşamada grubunu ikinci sırada tamamladı ve ikinci tur oynamaya hak kazandı. İspanyol ekibi Valencia ile karşılaşan Inter, geçen sezon bir başka İspanyol takımı Villareal'e elendiği gibi, bu turda da deplasman golü kuralıyla Vaencia karşısında turnuva dışında kalsa da Serie A Şampiyonu olarak takımdaki pozitif gidişatı sürdürdü.
2007-08 sezonu başında İtalya'da üst üste kupalara kazanan Mancini'den ve David Suazo ve Cristian Chivu gibi isimlerle kadronun güçlenmesi nedeniyle taraftar bu sezon için büyük beklentiler içine girdi ve takımlarından Avrupa başarısı bekledi. Supercoppa Italiana'da yine ve yeniden AS Roma karşısında şampiyonlukla başlayan sezon, İtalya Ligi'nde alınan galibiyetlerle devam etti. UEFA Şampiyonlar Ligi'nde doğrudan grup aşamasında yer alan Inter, bu aşamada G Grubu'nda Fenerbahçe, PSV ve CSKA Moskova ile birlikte yer aldı ve grubunu lider olarak tamamlayarak adını ikinci tura yazdırdı. Şampiyonlar Ligi'nde mutlak başarı hedefleyen Inter, ikinci turda İngiliz ekibi Liverpool'a iki maç sonunda 3-0'lık sonuçla elenince Roberto Mancini'nin geleceği sorgulanmaya başladı. İtalya Ligi'nde üst üste üçüncü kez şampiyon olan Inter'de sezon sonunda Roberto Mancini görevinden ayrılma kararı aldı ve veda konuşmasında 2009 yılına kadar takım çalıştırmama kararı aldığını açıkladı. Bu kararın arkasında yatan nedenlerden birisinin Inter yönetimiyle yaptığı özel prosedür olduğu uzun bir süre konuşuldu. 1991 yılında takımdan ayrılan teknik direktör Giovanni Trapattoni'den sonra son 18 yılda Inter'de en uzun süre görev yapan teknik direktör oldu. Bu süreçte, biri Juventus FC'tan alınan şampiyonluk olmak üzere Inter'e 3 lig şampiyonluğu yaşattı. Inter'e 1988-89 sezonundan sonra ilk şampiyonluklarını kazandırdı. Ayrıca 2 kez İtalya Kupası ve İtalya Süper Kupası'nı takımına kazandırdı. Roberto Mancini'nin yerine ise Portekiz'li Jose Mourinho getirildi.

Kimilerine göre kişisel kararı, kimilerine göre ise FC Internazionale Milano ile yaptığı özel prosedür nedeniyle bir sezon takım çalıştırmayan Roberto Mancini, 2009-2010 sezonunun ilk yarısında da takım çalıştırmadı. Arap şeyhlerinin satın alması sonucunda tarihinin en güçlü aynı zamanda en pahalı kadrosunu kuran Manchester City ile görüşen Mancini, Mark Hughes'in performansından memnun olmayan Manchester City tarafından 19 Aralık 2009 tarihinde teknik direktörlüğe getirildi. Roberto Mancini, ligin ikinci yarısından itibaren görev yaptığı Manchester City'de ligi 5. sırada tamamladı ve yeni sezonda UEFA Avrupa Ligi'ne katılma hakkı elde etti. 
Roberto Mancini, 2010-11 sezonu başında kadrosunu Jérôme Boateng, Yaya Toure, David Silva, Aleksandar Kolarov, Mario Balotelli ve James Milner gibi yıldız futboluclarla güçlendiren ve £116m gibi önemli bir harcama yapan Manchester City ile Avrupa'nın iki numaralı kupası olan UEFA Avrupa Ligi eleme turunda Timişoara'yı elemeyi başarmıştır ve grup aşamasına yükselmiştir. Grup aşamasında Juventus - Lech Poznań ve Red Bull Salzburg ile birlikte aynı grupta yer alan Manchester City grup aşamasını lider tamamlamış ve ikinci turda Yunan temsilcisi Aris'i eleyerek son 16 takım arasına kalmıştır. Roberto Mancini'nin çalıştırdığı bu sezonda en az bir kupa parolası ile başlayan Manchester City, devre arasında kadrosunu Wolfsburg'un Bosna-Hersek'li futbolcusu Edin Džeko'yu kadrosuna katmıştır. Bunun yanı sıra UEFA Avrupa Ligi'nde Son 16 turuna kalan İngiliz devi, bu turda Ukrayna ekibi FK Dinamo Kyiv ile eşleşeti. Andriy Şevçenko ve Husyev'in gollerine engel olamayan Manchester City Son 16 turunun ilk ayağında deplasmanda 2-0 mağlup oldu. Son 16 turunun ikinci ayağında ise Aleksandar Kolarov, Manchester City'i 1-0 öne geçirse de ilk maçın dezavantajıyla FK Dinamo Kyiv'e elenerek turnuvaya veda etti. Premier League'de ise sezon sonunda ligi 3. sırada tamamlayan Roberto Mancini'nin öğrencileri, sezon sonunda FA Cup'ta şampiyonluk sevinci yaşayarak eleştirileri bir nebze olsun azaltmayı başardı. Ayrıca Mancini 2010 yılının Aralık ayında "Ayın menajeri" ödülünü almıştır.
2011-12 sezonuna mutlak şampiyonluk parolasıyla hazırlanan Manchester City, sezon başında kadrosunu Gaël Clichy, Samir Nasri ve Arjantinli golcü Sergio Agüero ile güçlendirirken yıllar sonra yer aldığı UEFA Şampiyonlar Ligi'nde grup aşamasında mücadele etti. Bayern Münih ve SSC Napoli'nin arkasından grubunu 3. sırada tamamlayan City, UEFA Avrupa Ligi'ne katılmaya hak kazandı. UEFA Avrupa Ligi'nin üçüncü turunda FC Porto'yu iki maç sonunda 6-1 gibi bir skorla eleyen İngiliz devi, ikinci turda da yine bir Portekiz temsilcisi Sporting CP ile karşılaştı. Bu turda rakibine deplasman golüyle elenen Manchester City, bir kez daha elendi. Premier League'de ezeli rakibi Manchester United ile büyük bir rekabet içerisine giren Manchester City, sezonun son maçında Queen Park Rangers ile karşılaştı. Futbol tarihinin unutulmaz geri dönüşlerinden birine imza atan Mancini ve öğrencileri 1-2 geri düştüğü maçta 90+2de Edin Džeko ve 90+4te ise Sergio Agüero'nun golleriyle maçı 3-2 kazandı ve sezon sonunda ezeli rakibinin önünde şampiyonluk sevinci yaşarken, Roberto Mancini kulüp tarihinde en son 44 yıl önce kazanılan başarıyı tekrar eden menajer olarak büyük bir başarıya imza attı ve kişisel kupa koleksiyonuna Premier League şampiyonluğunu da ekledi. Ayrıca Mancini 2011 yılının Ekim ayında "Ayın menajeri" ödülüne layık görüldü. Manchester City takımı şampiyonlukla tamamladığı 2011-2012 sezonunda Premier League'in en az (29) gol yiyen ve en çok gol atan (94) takımı olmayı başarırken, 14 maç üst üste kazanarak ligin en iyi performansını sergiledi. Ayrıca Maviler, rakipleri karşısında 18 maçta kalesini gole kapatarak bu alanda da ligin en iyilerinden oldu. 
2012-13 sezonu öncesinde kadrosuna önceki sezonlarda olduğu gibi yüksek bedelli transfer yapmayarak başlayan City yalnızca Maicon ve Javi García'yı kadrosuna kattı. Sezonun ilk kupası olan FA Community Shield mücadelesinde ise Chelsea FC karşısında Yaya Toure, Carlos Tevez ve Samir Nasri'nin golleriyle şampiyonluğa ulaşan Roberto Mancini ve öğrencileri, bir önceki sezonun lig şampiyonu olarak UEFA Şampiyonlar Ligi'nde direkt olarak grup aşamasında yer aldı. Manchester City, grupta birlikte yer aldığı Real Madrid - Borussia Dortmund ve Ajax'ın ardından grubu son sırada tamamladı. Devre arasında ise antrenmanlarda yaşadığı problemler dolayısıyla tüm dünya basınında da birçok haber yapılan Mario Balotelli ile yollar ayrılmıştır. Önceki sezonlarda olduğu gibi bu sezonda beklenen Avrupa başarısını elde edemeyen İtalyan teknik adam, bu başarısızlığın ardından çok sert eleştirilerle karşılaşıyor ve İngiliz basınında adeta yerden yere vuruluyordu. Mancini'nin öğrencileri, sezon sonund