oherty gibi oyuncularla birlikte pratikler yaptı. 13 yaşındayken, Doc Martens ayakkabı şirketi ile kendisine beş yıllığına yıllık £5,000 sterlin sağlayacak sponsorluk anlaşması yaptı ve Dünya Şampiyonası kazanma ve dünya bir numarası olma isteğini belirtti. 1998 yılında, 15 yaşındayken, profesyonel oldu.

Steve Prest 2006/2007 sezonuna kadar Murphy'nin koçluğunu yaptı. Willie Thorne ve Ray Reardon ona rehberlik yaptılar, ve 15 yaşındayken, babası ona eski istekasını verdi.

Murphy kariyerine Birleşik Krallık Turu (2000 yılında Challenge Tour olarak yeniden adlandırıldı) ile başladı, o zamanlar ikinci seviye bir profesyonel turnuvaydı. 1997/1998 sezonundaki Birleşik Krallık Turu'nun dördüncü yarışmasında final oynadı, 2000/2001 sezonunda Challenge Turu'nun üçüncü ve dördüncü yarışmasını kazandı, turnuvadaki "Liyakat Sıralaması"'nda birinci oldu. 2000 yılında, Dünya Snooker Yılın Yeni Geleni Ödülüne kabul edildi ve Dünya Profesyonel Bilardo ve Snooker Federasyonu tarafından verilen "Yılın Fark Yaratmış Genç Oyuncusu" ödülünü kazandı. 2000 yılında, İngiltere Açık Şampiyonası'nı kazandı.

Murphy ilk profesyonel turnuvası zaferini 2000 Benson & Hedges Şampiyonası'nı kazanarak elde etti. Şampiyonluk yolunda Mark Davis'i yarı finalde 6–1'lik skorla geçti, ve Stuart Bingham'ı finalde 2-5'lik skordan geri gelerek 9–7 yendi. Although he was not yet on the first-level main tour, this victory brought qualification for the Masters—a prestigious non-ranking invitation tournament with places for members of the top 16, the winner of the qualifying tournament, and a limited number of wildcards. Masters'da televizyonda yayınlanmış ilk maçını oynadı, dünya 15 numarası Marco Fu'yu yendi, ve daha sonraki maçta yedi kez dünya şampiyonu Hendry karşısında 4-1 öne geçmeyi başardı, fakat maçı kaybetti. Kariyeri boyunca yaotığı tek maksimum seriyi 2001 Benson & Hedges Şampiyonası'nda yaptı.

Murphy sıralama turnuvalarında ana tabloya ilk defa Crucible Tiyatrosu ev sahipliği yaptığı 2002 Dünya Şampiyonası'nda çıktı, ilk turda Stephen Hendry'e 4-10 yenildi. 2002/2003 sezonunda, İskoçya Açık turnuvasında ana tabloya kalmayı başardı fakat Drew Henry'e ilk turda 5-3 yenildi. Dünya Şampiyonası'nda ise, siyah oyunuyla Doherty'e 10-9 kaybetti.

2003/2004 sezonunda, Murphy 64. sıraya çıktı ve üç sıralama turnuvasında elemeleri geçerek ana tabloya çıktı. LG Kupası'nda, Murphy ikinci turda Steve Davis'i 5–4 yendi, fakat John Higgins'e üçüncü turda 5-2 yenildi. Davis'e karşı zaferinin ardından, Murphy "Bu benim snooker kariyerimdeki en büyük günlerden biridir." açıklamasını yaptı. İngiltere Açık turnuvasında, Dave Harold'u ilk turda 5–1 ile geçti, fakat ikinci turda Paul Hunter'a 5-2 yenildi. Oyuncular Şampiyonası'nda—İskoçya Açık turnuvasının yeni ismi oldu—turnuvanın son şampiyonu Jimmy White'a ikinci turda 5-3'lük skorla kaybetti. He failed to reach the World Championship, losing a qualifying match 7–10 against Stuart Pettman, in which Pettman was docked a frame for arriving late.

2004/2005 sezonunda, Murphy 48. sıraya çıktı ve dört sıralama turnuvasının elemelerini geçip ana tablolara çıktı. Grand Prix—LG Kupası'nın yeni ismi oldu—Stephen Maguire'a ilk turda 5-2 mağlup oldu. İngiltere Açık turnuvasında sıralama turnuvalarındaki ilk yarı finaline ulaştı, fakat Higgins ona frame vermeden 6-0 yendi. Malta Kupası'nda daha ilk turda Matthew Stevens'a 5-2 yenildi.

Murphy 2005 Dünya Şampiyonası'nda ana tabloya gelebilmek için iki eleme maçı kazandı. Dünya altı numarası olan Stevens ile finalde karşılaşabilmek için eski dünya şampiyonları Higgins'i 13–8, Davis'i 13–4, ve Peter Ebdon'u 17–12'lik sokrlarla yendi. İlk günün bitiminde 10-6'lık skorla Stevens'in gerisinde kalmıştı (Dünya Şampiyonası finali ikin günden daha fazla bir zaman diliminde oynanır), fakat geri dönüş yaparak skoru 16-16'ya getirdi. Sonra ona iki frame kazandıran serileri yaptıktan sonra şampiyonluğa ulaştı. Yaptığı 11 yüzlük seri ile o yılın en çok yüzlük serisi yapan oyuncu oldu.

Murphy'nin zaferi büyük sürpriz olarak nitelendirildi. Turnuva öncesinde bahislerde ona 150-1 oranında şans veriyordu, zaferinden önce, bekleneni veremeyen bir oyuncu olarak görülüordu. Murphy Terry Griffiths'ten sonra elemelerden gelip Dünya Şampiyonası'nı kazanan (ya da finale ulaşan) ikinci oyuncudur. 22 yaşındaki Murphy, 21 yaşındaki Hendry'den sonra Dünya Şampiyonası'nı kazanan en genç ikinci oyuncudur. Hiçbir önceki dünya şampiyonu turnuvayı kazandığında yedi numaradan aşağı değildi, ve Murphy turnuvayı 48. sırada kazanarak tüm dünya şampiyonları içinde sıralamada en aşağıda bulunan oyuncu oldu. Joe Johnson'dan beri sadece Murphy Dünya Şampiyonası'nı kazanarak ilk sıralama turnuvası zaferini elde etmiştir. Turnuva devam ederken ona "Büyücü" lakabı takıldı ve turnuva zaferi onun önceki kariyer para ödülünü ikiye katladı, Mercedes-Benz ile bir ev satın aldı. Zaferinden sonra, nişanlısı Clare ile Temmuz 2005'te evlendi.

Yeni sezonda, 21. sıraya ilerlemişti, bu genellikle sıralama turnuvaları için yeterlilik garantisi olmaz. Ancak, dünya şampiyonu olarak sezondaki her turnuvadaki elemlerde otomatik olarak iki numaralı seribaşı olurdu (2006 Dünya Şampiyonası'nda bir numaralı seri başıydı). Murphy Premier League Snooker turnuvasına katıldı, 25 saniyelik vuruş hakkı verilen davetiye turnuvasıdır, fakat round-robin aşamasında elendi.

Sezonun açılışında, davetiye turnuvası Kuzey İrlanda Kupası'nda çeyrek finale çıktı fakat Neil Robertson'a 5-4 yenildi ve elendi. Sezondaki ilk üç sıralama turnuvasında—Grand Prix, Birleşik Krallık Şampiyonası, ve Malta Kupası—son 16'ya ulaştı, fakat sırayla Bingham'a, Robertson'a, ve Graeme Dott'a yenildi. Bingham'a yenilmesinden sonra, Dünya Şampiyonası'ndaki durumu göze alındığında, dıştaki masada oynamaktan şikayet etti. Pot Black yeniden oynanmaya başlandığında, tek freymli eleme turnuvası,1991'den beri oynanmıyordu, Murphy finalde Stevens'a finalde yenilerek ikinci oldu. Aralık 2005'te BBC Doğu Midlands Spor Ödülleri'nde "Yılın Sporcusu" ödülü kazandı.

Masters turnuvasında, Murphy çeyrek finade Higgins'e 6-4 yenildi, fakat Galler Açık'da ikinci sıralama turnuvası finaline ulaştı, ama Stephen Lee'e 9-4 yenildi. Dünya Şampiyonası'nda çeyrek finale ulaştı, fakat "Crucible Laneti"'nin kurbanı oldu—hiçbir dünya şampiyonu Crucible Tiyatrosu'nda ünvanını korumayı başaramamıştır— Ebdon'a 13-7 yenildi.

Sonraki sezonda, Murphy dünya sıralamasında 5. sıraya yükselmişti, ilk defa elit top 16 sıralamasına girdi, böylece sıralama turnuvalarında elemeleri otomatik olarak geçerek ana tabloya kaldı ve Masters turnuvasına otomatik olarak kabul edildi.

Kuzey İrlanda Kupası'nda (bu sezonda sıralama turnuvasıydı), çeyrek finalde Lee'e 5-4 ve Birleşik Krallık Şampiyonası ikinci turunda Alan McManus'a 9-3 yenildi. Masters'ta çeyrek finalde çıktığında karşısında Stephen Hendry vardı, Hendry'e 6-3 yenildi, fakat ikinci sıralama turnuvası şampiyonluğuna Ryan Day'i Malta Kupası'nda 9-4 yenerek ulaştı. Kazandıktan sonra, he said it was a relief to get rid of the one-hit wonder label. Sonraki maçta, Jamie Cope'u 2007 Galler Açık'ta yenmeyi başardı, maçta art arda dört yüzlük seri yapmayı başararak bunu yapabilen ikinci snooker oyuncusu (Higgins'in 2005 Grand Prix finalinde yaptıklarından sonra) ve en iyi dokuz frame üzerinden oynanan maçta bunu yapan tek oyuncu oldu. Daha sonra çeyrek finalde Maguire'ye 5-3 yenildi. Dünya Şampiyonası'nda, Murphy çeyrek finalde Stevens'i 13-12 yenmeyi başardı—11-5 geriden geldi ve knocking the latter out of the top 16—fakat yarı final karşılaşmasında Mark Selby karşısında 13-12 kaybetti.

2007/2008 sezonunda, kendisinin en yüksek sıralaması olan üçüncü sıraya yükseldi ve en az beş sıralama turnuvasında yarı finali gördü, hiçbirini kazanamadı.

Sezonun açılış turnuvası olan Şanghay Ustalar'da, daha birinci turda Ian McCulloch'a 5-2 yenildi. Sonra Pot Black'de final oynadı fakat Doherty'e yenildi. Grand Prix turnuvasında, Ronnie O'Sullivan ile yar finalde karşılaştı, O'Sullivan onu 5-2 geriden gelip 6-5 yenmeyi başardı. İlaveten Kuzey İrlanda Kupası ve Birleşik Krallık Şampiyonası'nda yine yarı finaldeydi, şanssızlık ki her iki yarı finalde karşısında Maguire vardı. Kuzey İrlanda Kupası'nda 6-5 ve Birleşik Krallık Şampiyonası'nda ona 9-5 yenildi. Birleşik Krallık Şampiyonası'ndan önce, geçici olarak bir numaraydı. Malta Kupası şampiyonluğunu (turnuva o yıl sıralama turnuvası değildi) Doherty'i 9-3 yenerek korumayı başardı. Çin Açık şampiyonasında, yarı finalde Selby'yi 6-3 yendi—kendisinin oynadığı yedi sıralama turnuvasında altıncı yarı finaliydi—fakat finalde Maguire'ye 10-9 yenildi. Dünya Şampiyonası öncesinde, tekrar bir numaraya olmuştu.

Dünya Şampiyonası'nda, favorilerden biriydi, ikinci turda Ali Carter'a 13-4 gibi ezici bir skorla yenildi. Mağlubiyetinin ardından, Murphy masaların konumunu eleştirdi. Rakibi Carter ise Dünya Şampiyonası finaline kadar ilerledi.
Murphy dünya üçüncülüğünü 2008/2009 sezonundada korudu. Davetiye turnuvası olan Paul Hunter Classic'i finalde Selby'i 4-0 yenerek kazandı. Fakat sezonun ilk dört sıralama turnuvasının ilk turlarında yenildi, Bahreyn Şampiyonası'dan dünya 47 numarası Mike Dunn'a 5-4 yenilmesi buna dahildir. Ekim ayında, Murphy ve eşi üç yıllık evliliğin ardından ayrıldılar. Murphy Grand Prix'da yüzüğünü hiç takmadı.

Birbirini izleyen dört ilk tur yenilgisine rağmen—bunlara eşiyle ayrılığı sebep olmuştur—Murphy üçüncü sıralama turnuvası şampiyonluğunu Birleşik Krallık Şampiyonası finalinde Fu'u düşük kaliteli bir maçta 10-9 yenerek elde etti. Karar freyminde pembe topu şans eseri ve biraz da etkileyici biçimde maç topu olarak attı. Zaferi Davis, Alex Higgins, Griffiths, John Parrott, Hendry, O'Sullivan, Williams, John Higgins ve Ebdon'dan sonra hem Dünya şampiyonu hem de Birleşik Krallık şampiyonu olan onuncu oyuncu oldu dünyadaki elit snooker oyuncuları arasındaki yerini sağlamlaştırdı.

Dünya Şampiyonası'nda Murphy'nın ayrılmış olan eşi onun Andrew Higginson'a karşı ilk tur maçı sırasında ona boşanma belgelerini