n dizisine zemin hazırlarken Martha Jones da bu dizide yer almıştır.

Sydney Newman, diziyi kabul ettiğinde özellikle bilim kurgu yapımlarında "patlak gözlü canavar" istemediğini söyledi. Ancak, canavarlar seyircinin daha çok ilgisini çekti ve neredeyse başından beri "Doctor Who" dizisinin başlıca ögeleri oldu.

2005 yılında yeniden başlatılan dizide yürütücü yapımcı Russell T Davies, klasik serinin simgeleşmiş ögelerini yeniden kullanmaya niyetli olduğunu belirtti. Birinci sezonda Nestene Bilinci ile Autonlar ve Dalekler, ikinci sezonda Siberler, üçüncü sezonda Macra ve Usta, dördüncü sezonda Sontaranlar ve Davros, 2009-10 özel bölümlerinde Rassilon'un da aralarında olduğu Zaman Lordları geri döndü. Davies'in görevini devralan Steven Moffat bunu devam ettirdi; beşinci sezonda Silurianlar, altıncı sezonda Cybermat'ler, yedinci sezonda Büyük Zeka ve Buz Savaşçıları ve 50. yıla özel bölümde Zygonlar dönüş yaptı. Ayrıca modern seride yeni uzaylı olarak Slitheen (Raxacoricofallapatoris'lu), Ood, Judoon, Ağlayan Melekler ve Sessizlik tasarlandı.

Nadir görülen Buz Savaşçıları, Ogronlar, Rani ve Siyah Gardiyan dışında özellikle üç düşman ikon hâline geldi: Dalekler, Siberler ve Usta.

Dalek ırkı, ilk kez 1963 yılında dizinin ikinci hikâyesinde göründü, dolayısıyla "Doctor Who"nun en eski düşmanları oldu. Dalekler, Skaro gezegeninden Kaledlerin bilim adamı Davros tarafından mutantlaştırılmasıyla oluştu ve hareket kabiliyetlerinin olması için mekanik zırh kabuklarına yerleştirildi. Gerçekte büyük beyinleriyle ahtapot benzeri olan bu canlılar, tek bir göz sapına sahip, lavabo pompası görünümünde bir el ve yönlendirilmiş el silahı olarak başka bir ele sahip zırhların içindedir. Daleklerin en zayıf noktası gözleridir. Silahlarla gözüne vurulduğunda Dalekler kör olup aklını kaçırmaktadır. Anlık olarak tanınabilen metalik sesleriyle "exterminate" ("yok et") diyen bu canavarların tek amacı Dalek olmayan tüm varlıkları öldürmektir. 50. yıla özel bölümde de görüldüğü gibi Zaman Savaşı'nda Zaman Lordlarına da saldırmışlardır. Doctor Who'da sıklıkla ortaya çıkan Dalekler, en son 2015 yılında yayınlanan "The Witch's Familiar" ve "Hell Bent" bölümlerinde görünmüştür. Yinelenen bir figür olarak da bazen görünen ilk kez "Genesis of the Daleks" hikâyesinde görünürken, birçok oyuncu bu rolü oynamıştır.

Dalekler, senarist Terry Nation (Onları Nazilerin alegorisi olarak görmüştür) ve BBC tasarımcısı Raymond Cusick tarafından oluşturulmuştur. Dalekler ilk kez "The Daleks" (1963-64) hikâyesinde görünmüş, bu hikâyeyle Dalekler ve "Doctor Who" çok ünlenmiştir. 1999 yılında Britanya popüler kültürünü gösteren posta pullarında Lord Snowdon tarafından fotoğraflanan bir Dalek de vardır.

2012 yılında yayınlanan "Asylum of the Daleks" bölümünde dizinin tarihindeki farklı görünümlerdeki birçok Dalek gösterilmiştir.

Siberler ilk kez, Dünya'nın ikiz gezegeni olan Mondas gezegeninden tamamen insan kökenli olarak tanıtıldı. Bu insanlar vücutlarına gittikçe artan yapay parçalar yerleştirmeye başladılar. Bu ırkın yaptığı mantıksız hesaplamalar cyborglara dönüşmelerine yol açtı ve duygusu olmayan bir robot hâline geldiler. Mondas'ın çöküşüyle birlikte Telos'u yeni gezegen olarak edindiler. Siberler, dizide sıklıkla dönüş yapan yaratıklardan oldu.

2006 yılında yayınlanan ikinci sezonda Siberler tamamıyla yenilendi. Paralel evrende Cybus şirketinin sahibi ve deli bir mucit olan John Lumic, Siber zırhlarını yaptı. İnsanları, bu güçlü metal gövdelere beyinlerini nakletmek için korumaya çalışıyordu. Onlara bir cep telefonu ağı kullanarak emir veriyor ve onların duygularını kulaklarındaki elektronik bir çiple önlüyordu.

Evreni yönetmek isteyen Usta, Doktor'un baş düşmanı ve hain bir Zaman Lordudur. Doktor, Sherlock Holmes; Usta, Profesör Moriarty olarak düşünülmüştür. Karakter, ilk kez 1971 yılında görünmüştür. Doktor'da da olduğu gibi, Usta rejenerasyon geçirebildiğinden onu da birçok oyuncu oynamıştır. Bu rolü oynayan ilk oyuncu 1973 yılında ölümüne kadar Roger Delgado olmuştur. Kısa süre Peter Pratt ve Geoffrey Beevers'ın da oynadığı bu rolü klasik serinin sonuna kadar Anthony Ainley oynamıştır. 1996 yılında yayınlanan televizyon filminde Usta rolünü Amerikalı oyuncu Eric Roberts oynamıştır.

2005 yılında başlayan modern serinin ilk Usta'sı "Utopia" bölümünde görünmüş ve Usta'yı Derek Jacobi oynamıştır. Rejenerasyonu sonrası rolü devralan John Simm, birkaç kez Onuncu Doktor'un bölümlerinde görünmüştür.
2014 yılında yayınlanan "Dark Water" bölümünde "Hanım" (İngilizcesi "Missy", Usta'nın İngilizcesi Master'ın dişi versiyonu olarak Mistress'ın kısaltması) olarak "Zaman Leydisi" görünümünde ortaya çıkmıştır. Usta'nın bu yüzünü Michelle Gomez oynamıştır.

"Doctor Who" tema müziği, televizyonda görülen ilk elektronik müzik imzalı melodilerden biriydi ve beş yıl sonra en kolay tanınan müziklerden biri olmuştu. Tema müziği, hem unutulmaz hem de korkutucu olarak adlandırılıyordu. 1970'lerde "Radio Times"ta bir çocuk annesi, oğlunun bu tema müziğinden korktuğunu söylediği açıklandı. "Radio Times" özür dilese de tema müziği kaldı.

Ron Grainer tarafından bestelenen ve Dick Mills'in yardımıyla Delia Derbyshire tarafından BBC Radiophonic Workshop'ta oluşturulan ilk tema, 1964 yılında Decca F 11837'de single olarak çıkarıldı. Çeşitli parçalar; tek tek vurulan piyano telleri, bireysel test osilatörleri ve filtreleriyle kasetler oluşturulup somut müzik teknikleri kullanılarak yapıldı. Derbyshire'ün eseri küçük düzenlemelerle 17. sezonun (1979-80) sonuna kadar tema olarak kullanıldı. Her bir nota tek tek koparılmış dize, beyaz gürültü ve sesi test edilen osilatörlerin basit harmonik dalga formlarını içeren, ekipman ve odaları kalibre etmeye yönelik, müzik olmayacak şekilde tasarlanan tema, analog teyp kayıtlarını kesmek, birleştirmek, hızlandırmak ve yavaşlatmak suretiyle oluşturulmuştu. Müziğin miks yapılması için icat edilen yeni tekniklerle tema düzenlendi.

Peter Howell'ın kaydettiği farklı bir aranjman, 18. sezonda (1980) kullanılırken; "The Trial of a Time Lord" adlı uzun bir hikâyeye sahip olan 23. sezonda (1986) Dominic Glynn'ın aranjmanı kullanıldı. Keff McCulloch'un Yedinci Doktor döneminde sunduğu yeni aranjman, 24. sezondan (1987) itibaren klasik serinin sonuna kadar kullanıldı. Amerikalı besteci John Debney, Ron Grainer'ın ilk temasından yeni bir aranjman yaptı ve 1996 yılındaki "Doctor Who" filminde bu aranjman kullanıldı. 2005 yılında tekrar başlayan dizinin tema müziği için Murray Gold, 1963 yılındaki temanın ses örneklerini de ekleyerek yeni bir aranjman oluşturdu. 2005 Noel bölümü "The Christmas Invasion"dan itibaren Gold'un kapanış müziğine yaptığı düzenlemeler 2007 sezonuna kadar kullanıldı.

2007 Noel özel bölümü "Voyage of the Damned"da Gold'un temaya bir kez daha yaptığı yeni bir aranjman kullanıldı. Steven Moffat'ın baş yazar olduğu sezonda da Gold bestecilik yapmaya devam etti. 2010 sezonunda temanın izleyicilerden düşmanca tepkiler alan yeni bir sürümünden sorumluydu. 2011 yılında, klasik müzik zevklerinin araştırıldığı Classic FM's Hall of Fame radyo istasyonunda tema 228. sıraya yükseldi. Gold'un 2010 aranjmanının gözden geçirilmiş versiyonu 2012 Noel özel bölümü olan "The Snowmen"da kullanıldı ve aranjmanın daha da düzenlenmiş hâli 50. yıla özel olan "The Day of the Doctor" bölümünde sunuldu.

Yıllar sonra "Doctor Who teması"nın pop müzik versiyonu çıktı. 1970'lerin başında Üçüncü Doktor'u oynayan Jon Pertwee, Doctor Who temasının "Who Is the Doctor" adıyla şarkı sözlerini kaydetti. 1978 yılında Mankind grubu tarafından BK, Danimarka ve Avustralya'da temanın disko versiyonu çıkarıldı ve bu parça BK müzik listelerinde 24. sıraya kadar yükseldi. 1988 yılında Mu Mu'nun (daha sonraki adı The KLF) The Justified Ancients grubu tarafından The Timelords adı altında "Doctorin' the Tardis" single'ı çıkarıldı. Bu single, BK'de 1. sıraya yükselirken Avustralya'da 2. sıraya ulaştı. Bu versiyona Gary Glitter'ın ("Doctorin' the Tardis"in CD-single remix versiyonlarının bazıları için vokaller kaydetti) "Rock and Roll Part 2" parçası dahil olmak üzere birçok şarkı eklendi. Temayı ayrıca Orbital, Pink Floyd, Avustralyalı Fourplay, Yeni Zelanda punk grubu Blam Blam Blam, The Pogues, Thin Lizzy, Dub Syndicate ve komedyen olan Bill Bailey ile Mitch Benn yeniden yorumladı. İki komedyen hem temayı hem de takıntılı hayranları "The Chaser's War on Everything" programı üzerinden taşladı. Tema melodisi ayrıca pek çok derleme CD'lere ve cep telefonu zil seslerine eklendi. Hayranlar temanın kendi remixlerini üreterek dağıttı. Ocak 2011'de Mankind, "Gallifrey And Beyond" albümünde temaya özel kendi yaptıkları remixi dijital indirme yoluyla dağıttı.

İlk yıllarda bazı bölümlerde, zaman zaman ve The Beatles ile The Beach Boys popüler müzik akımlarının orijinal kayıtlarından alınan alıntılar gibi stok müzikler kullanılmış olsa da "Doctor Who" için yapılan yenilikçi müziklerin çoğundan serbest besteciler görevlendirildi. 2005 yılında dizi yeniden başladığından beri, ara sıra 1970'lerden 2000'li yıllara kadarki pop müzik alıntıları kullanılıyordu.

"Doctor Who" dizisinin ilk macerası olan "An Unearthly Child"'ın müziği Norman Kay tarafından yazıldı. William Hartnell hikâyelerinin birçoğunun ("The Daleks", "Marco Polo", "The Daleks' Master Plan", "The Gunfighters" ve "The Mutants") bestesi, elektronik müziğin öncüsü Tristram Cary tarafından notaya geçirildi. Bu dönemde görev yapan diğer besteciler Richard Rodney Bennett, Carey Blyton ve Geoffrey Burgon idi.

İlk 15 yıl, müziğe katkısı bulunan Dudley Simpson'dı. Simpson, ayrıca "Blake's 7" için yaptığı müzik ile "The Tomorrow People"'ın 1970'lerdeki orijinal notalarıyla tanınıyordu. Simpson'ın ilk "Doctor Who" müziği "Planet of Giants" (1964) hikâyesinde yer alırken, Jon Pertwee/Tom Baker dönemlerini içeren 1960'lar ve 1970'lerin birçok macerasının müziğini yazdı. Son müziği "The Horns of Nimon" (1979) hikâyesinde çalmıştı. Besteci, ayrıca "The Talons of Weng-Chiang" hikâyesinde cameo (müzik salonu şefi rolüyle) olarak görü