yler bu kararına itiraz edip onu Bursa'ya gitmekten caydırdılar. Savaşın hemen sonunda ortaya çıkan gelişmeleri, özellikle Timur'un Bursa ve İzmir seferlerini ve babasının esirlik haberlerini, Bolu'dan casus haberciler vasıtası ile izledi. Bilindiği üzere devletleri ellerinden alınan anadolu Hükümdarı Beyler Timur Han'a ülkelerini ele geçirip kendilerini tahttan indiren Yıldırım Bayezıd'ı şikayet etmişler ve bunun sonunda da Timur Han defalarca mektuplaşarak uyardığı Osmanlı Hükümdarıyla kaçınılmaz bir savaş karar almıştır. Savaş için Ankara'da karşılaşan Timurlu ve Osmanlı Ordusu çetin bir muharebeden sonra Timur Han savaşı kazanmıştır. Timur Han'ın yanında tahtların ellerinden alınan Anadolunun Türk Hükümdarları askeri güçleri ile bulunuyorlardı. Yıldırım Bayezıd'ın yanında yani Osmanlı Devleti'nin yanında ise sadece Dulkadiroğlu Devleti bulunuyordu. Osmanlıya destek vermek için Timur Anadoluya girdiğinde Timurun ordusununa akınlar düzenleyen Dulkadir akıncıları atlarını, ve adamlarını ele geçirerek Timurun gücünü azaltmaya çalışıyorlardı. Ciddi manada Osmanlıya destek veren Dulkadiroğulları Ankara savaşında da Yıldırım Bayezıd'a destek için Dulkadiroğlu Devleti ordusundan birlikler göndermiş ve savaşmışlardır.

Amasya ve yöresine Timur idareci emir olarak Kara Devletşah'ı atamıştı. Amasyalılar bu idareciden hiç hoşnut olmayıp Mehmet Çelebi'yi çağırdılar. O da 1403'te Bolu'dan gizlice 1000 kişilik bir kuvvetle ayrıldı. Amasya yöresinde kasaba ve köylere hücum ederek yağma toplamakla uğraşan Kara Devletşah üzerine ani bir baskın yapıp onu öldürdükten sonra Amasya'ya girdi.

Timur Anadolu beylerine eski beyliklerini geri vermiş olduğu ve Osmanlı idaresindeki araziler çok daralmış olduğu için Amasya Osmanlı arazilerinden ayrılmış bulunuyordu. Böylece Mehmet Çelebi'nin bu yörede hüküm sürmesi Osmanlı Devleti'ne bağlı yöresel bir idareci olarak değil de, Timur'un üst egemenliğini tanıyan, ondan emirlik için berat alıp ona yıllık tazminat veren, yarı-özerk Amasya Emirliği idaresinin bir Osmanlı şehzadesi tarafından üstlenilmesi şeklinde idi.

Mehmet Çelebi hükmü altında bulunan bu küçük ülkeyi korumak ve yeni topraklar edinip geliştirmek için bazı askerî harekata geçti. Niksar babası tarafından kendine dirlik olarak verilmişti; ama Kubadoğlu Ali Bey tarafından kuşatılmakta idi. Mehmet Çelebi ordusuyla Ali Bey üzerine gidip, onu bir çatışmada yenip Niksar'ı tekrar kendine bağladı. Canik bölgesinde bulunan Kubadoğulları, İnaloğulları, Taşanoğulları, Kadı Burhaneddin Ahmed'in damadı Mezid Bey adlı Türkmen beylikleri ve Köpekoğlu ve Gözleroğlu adlı eşkıya çeteleri ile çatışmalara girişip onları ortadan kaldırdı. Böylece emirlik alanını Tokat ve Sivas'a yörelerine genişletti. 1403'te Timur hâlâ Anadolu'da iken Amasya emirliği Orta Karadeniz-Orta Anadolu'da güçlü bir yarı-egemen ülke konumunu kazandı.

Başarılarını öğrenen Timur tarafından huzuruna çağrıldı. Kendisine Timur tarafından Osmanlı padişahlığı verilecek umudu ile onu görmek için Amasya'dan yola çıktı. Fakat Osmancık ve Murted'de Türkmen beyleri yolunu iki defa kestiler ve bu yüzden Amasya'ya geri dönmek zorunda kaldı. Durumu Timur'a haberci ile bildirdi. Timur bu özürünü kabul etti ve Amasya-Tokat-Sivas yörelerinden oluşan "Rumiye-i Sugra" bölgesi emri olmasını onayladığına dair ona bir al damgalı bir berat, taç, kemer ve hırka gönderdi. Bu beratlı emaret olarak 1403'te Amasya'da üzerinde hem Timur hem kendi adı yazılı akçe darp ettirdi.

Danışmanı olan Subaşı Eyne Bey'in teklifi üzerine Bursa taraflarında bulunan kardeşi İsa Çelebi'ye bir mektup yazıp Anadolu'nun aralarında bölünmesini önerdi ise de İsa Çelebi kendisinin "ulu karındaş" olduğu nedeni ile bu teklifi kabul etmedi. Bunun üzerine Çelebi Mehmet 1404'te Bursa üzerine yürüdü. Kardeşi İsa Çelebi ile Ulubat Savaşı'na girişip galip çıktı. Bursa'ya girip Anadolu'da Osmanlı hükümdarı olduğunu duyurdu. O zaman Semerkent'e dönmüş bulunan Timur'un öfkesini üzerine çekmemek için de kurnaz bir siyasetle Bursa'da Hicrî 806 tarihinde "Sikke-i müştereke" adı ile hem kendinin hem Timur'un adını taşıyan yeni gümüş sikkeler bastırdı. Bazı kaynaklara göre, Çelebi Mehmet, bu sıralarda Germiyanoğlu Yakup Bey'in yanında bulunan babasının cesedini Bursa'ya getirterek babasının yaptırmış olduğu cami yanına gömdürmüştür.

Çelebi Mehmet'i Bursa'dan çıkartmak için, kardeşi İsa Çelebi 1404-1405 yılları arasında bir sıra girişimde bulundu. Bursa'da bulunan Çelebi Mehmet üzerine, İsa Çelebi (önce Edirne'deki kardeşi Süleyman Çelebi'den aldığı ordu ile sonra Candaroğlu, Aydınoğlu, Saruhan ve Menteşe beylerinin vermiş oldukları askerler ile) üç defa yürüdü ise de, her seferinde Çelebi Mehmet onu yenilgiye uğratıp geri püskürttü. Sonunda İsa Çelebi Karamanoğulları'na kaçtı; ama Anadolu'da güçlü bir kuvvet haline gelmiş olan Çelebi Mehmet, Karamanoğlu beyi ile anlaşıp İsa Çelebi'yi Karamanoğlu ülkesinden attırdı. İsa Bey Sultanönü'nde bir müddet saklandı. 1406'da Eskişehir'de bir hamamda yıkanırken Çelebi Mehmet'nin adamları tarafından bir baskınla yakalanarak boğuldu.

Böylece Osmanlı Anadolu topraklarının tek hükümdarı olan Çelebi Mehmet bu sefer 1402'den beri Edirne'de bir meşru Osmanlı hükümdarı olarak tahtta oturan ve Osmanlı Rumeli topraklarını idare eden Süleyman Çelebi'nin tek rakibi oldu. 1406'da Emir Süleyman Rumeli'den topladığı askerle Bizans'ın desteği ile Anadolu'ya geçti. Bursa'da bulunan Çelebi Mehmet eli altında bulunan askerle bu hücuma karşı koyamayacağını anladı ve Bursa'yi bırakıp Amasya'ya çekilmek zorunda kaldı. Süleyman Çelebi Ankara'ya yürüyüp bu şehri de aldı ve Çelebi Mehmet'in eski idaresi altında bulunup fakat geri çekilmesi ile bıraktığı alanları talan etti. Süleyman Çelebi Bursa'da kalıp içki ve alemlerine burada da başlayınca 1406'da Çelebi Mehmet hemen bundan faydalanarak tekrar ordusuyla Bursa önüne geldi. Çelebi Mehmet ve Süleyman Çelebi orduları Yenişehir'de karşı karşıya geldiler. Bu sefer Çelebi Mehmet'in savaşı kazanma olasılığı bulunmaktaydı. Fakat Süleyman Çelebi'nin çok deneyimli başveziri Çandarlı Ali Paşa türlü manevralarla Çelebi Mehmet'in danışmanlarına etki yaparak ve onları kandırarak Çelebi Mehmet ordusunun dağılmasına neden oldu. Bunun üzerine, bu sefer ordusuz, Çelebi Mehmet Amasya'ya döndü.

Çelebi Mehmet Amasya'da üç yıl kalıp tekrar Osmanlı tahtına geçmek için planlar ve hazırlıklar yaptı. Bu sırada Süleyman Çelebi Bursa'da meşru Osmanlı hükümdarı olarak bulunmakta, bazı Anadolu beyliklerine üst egemenliğini kabul ettirmekten başka etkili siyaset gütmemekte ve zevk ve eğlence ile vaktini geçirmekte idi. Çelebi Mehmet 1409'da yeni bir strateji uygulama planına girişti. Bu plana göre kardeşi Musa Çelebi Rumeli'ye gidip asker toplayıp batıdan Balkanlardan Süleyman Çelebi üzerine hücum edecek ve Süleyman Çelebi bu gaile ile uğraşmak için Rumeli'ye geçince Çelebi Mehmet Anadolu'da harekete geçip Bursa'yı geri alacaktı. Eğer Musa Çelebi başarılı olursa Süleyman Çelebi yerine Rumeli'de hükümdar olacaktı.

1409'da bu planı uygulamak için Çelebi Mehmet kuzeni olan Karamanoğlu Mehmet Bey ile temasa geçti. Musa Çelebi Karamanoğlu'na sığınmıştı. İki kardeş Kırşehir civarında bulunan Cemele kalesinde buluştular ve bu plan üzerine anlaştılar. Musa Çelebi Candaroğulları yardımı ile Sinop üzerinden bir gemi ile Eflak'a gitti ve Eflak Voyvodası Mircea tarafından iyi karşılandı. Bu gelişmeyi Süleyman Çelebi Ayasoluğ'da iken öğrendi ve Süleyman Çelebi Aydınoğlu Cüneyd Bey'i yanına alarak Rumeli'ye geçti. Süleyman Çelebi çok geçmeden İstanbul'a gidip Bizans İmparatoru'yla müzakereler yaptı ve yapılan anlaşmaya göre Bizans'dan destek görmek için, olabilecek anlaşmazlıklar, Trakya'nın emniyeti ve Boğazlardan rahat geçişi sağlamak amacıyla erkek kardeşi Kasım'ı ve kız kardeşi Fatıma'yı Bizans'a rehin olarak verdi. Hemen ardından Karamanoğulları ile barış anlaşması yaptı. Ama Süleyman'Çelebi'nin Bursa'dan ayrılması fırsatını iyi değerlendiren Çelebi Mehmet hemen ordusuyla Bursa'ya geldi ve Anadolu'daki Osmanlı hükûmetine el koydu. Planın ikinci aşaması Çelebi Mehmet'in hiçbir müdahalesi gerekmeden Musa Çelebi'nin Balkanlarda kurduğu ordu ile Süleyman Çelebi'yle mücadele etmesi ve sonunda 13 Şubat 1411'de Edirne'ye bir baskınla Süleyman Çelebi'yi kıstırıp onun kaçarken öldürülmesi ile sonuç buldu. Musa Çelebi Edirne'de Osmanlı Rumeli hükümdarı olarak tahta geçti ve böylece yapılan stratejik plan başarı ile uygulanmış oldu. Ancak her iki taraf da Osmanlı devletinin yeniden tek devlet olması idealinden vazgeçmiş değildi.

Edirne'de hüküm sürmeye başlayan Musa Çelebi Bizans'in yerine geçtiği kardeşi Süleyman Çelebi'ye verdiği yakın desteği cezalandırmak için Konstantinopolis'i kuşatmaya başlamıştı. Bizans İmparatoru II. Manuel bu kuşatmayı ortadan kaldırmak için en iyi çare olarak Musa Çelebi'nin siyasal gücünün kardeşi Mehmet Çelebi'nin çabaları ile tümüyle elimine edilmesinde buldu. Bu nedenle 1412 başlarında Bursa'da sarayda hüküm süren Çelebi Mehmet'e gizli bir elçi gönderdi. Bu gizli elçinin görevi Bizans İmparatoru II. Manuel'in kendisiyle ittifak yapmak istediğini ve bu ittifak yoluyla Çelebi Mehmet'in Edirne'yi ve Rumeli'yi eline geçirmesine destek sağlamak istediğini ve böylece tekrar Osmanlı İmparatorluğu'nun Çelebi Mehmet sultanlığı altında tek bir devlet olmasını arzu ettiğini bildirmek idi. Bu tek Osmanlı Devleti'nin padişahı olma imkânı Çelebi Mehmet için Bizans'la ittifakın istenmezliğinden çok daha önemli geldi ve Çelebi Mehmet bu ittifak teklifini kabul etti.

Çelebi Mehmet çok geçmeden Hrisopolis'e (Moren Üsküdar) gitti. Orada II. Manuil tarafından karşılandı ve birlikte bir Bizans gemisiyle Konstantinopolis'e gidip Çelebi Mehmet imparatorluk sarayında misafir edildi. II. Manuil misafirini çok şaşaalı şekilde ağırlandı. Bu devam etmekte iken Mehmet Çelebi'nin Osmanlı ordusu Boğaz'taki Bizans gemileri ile Rumeli yakasına nakil edilmekteydi. Dört gün içinde 15.000 kişilik Anadolu Osmanlı ordusu Rumeli yakasına taşındı. Bu ordunun başına geçen Mehmet Çelebi Konstantinopolis'i kuşatan Musa