ifur Rehman, Amerikan karşıtı savaşçıların desteğiyle milis güçlerinin bazılarını yeniden düzenlemeye başladı. 2002 Mart başında 1,000 kişiye ulaştılar. Asilerin niyeti, bölgeyi gerilla saldırısı başlatmak için bir üs gibi kullanmak ve 1980'lerde Sovyet güçlerine karşı savaşan mücahitlerin taktiğiyle büyük bir saldırıya geçmekti.

Amerikan ve takviye Afgan milisleri Paktia eyaletinde geliştirilen bu artışa karşı koymak için toplu bir baskı kurma hazırlılarına giriştiler. 2 Mart 2002'de, Amerikan ve Afgan güçleri Gardez'in güneydoğusundaki Shahi-Kot dağlarında bir saldırı başlatarak El-Kaide ve Taliban güçlerini kuşattılar. El bombalı roketatar ve havan topları kullanan küçük bir ordu olan Jihadist kuvvetleri, 10.000 feet (3.000 m) yükseklikte bulunan tepelerdeki mağara ve sığınaklarda kuşatıldılar. Bu birlikler Amerikan ve Afgan güçlerine ateş açıp sonra tekrar düşman ateşini ve ısrarlı Amerikan bomba hücumunu savuşturmak için mağara ve sığınaklarına geri dönerek tam bir "vur-kaç" taktiği izliyorlardı. Amerikan komutanları sayıları 200'den az olarak tahmin edilen Taliban ve El-Kaide grubunu başlangıçta küçük görünce, koalisyon birliklerindeki durum şiddetlendi. Sonra dan bazı değerlendirmelere göre gerillaların sayılarının 1,000 ile 5,000 arasında değiştiği ve sürekli de takviye aldıkları görüldü.

6 Mart'ta, 8 Amerikan ve 7 Afgan askeri ölürken, aynı zamanda 400 karşıt gücün de çatışmada öldürüldüğü rapor edildi. Koalisyon kayıplarının biri bir askerin neden olduğu dost ateşinden, yedisi yerden roketatar ve küçük birliklerin ateşi sonucu düşen 2 helikopterden kaynaklanmaktadır ve "Zencefil Operasyonu" adı verilen birliklerin katılmaya mecbur edildiği görev sonrasında da düzinelerce yaralı oluştu. Bunun yanında, birkaç yüz gerilla da kuşatma ağını yararak Pakistan sınırının karşısındaki Waziristan aşiret bölgesine kaçtılar.

Shahi-Kot savaşından sonra, El-Kaide savaşçılarının Pakistan'da kabile büyükleri koruyuculuğunda yeni sığınaklar kuracakları düşünülüyordu, lakin güçlerini yeniden topladılar ve sonra 2002'nin yaz aylarında Amerikan kuvvetlerine sınır ötesi baskınlar yapmaya başladılar. 5 ve 25 kişiden oluşan gerilla birlikleri hala Amerikan konvoy ve devriyelerine, hatta Afgan Ulusal Ordusu'na, Amerika kaynaklı koalisyonda çalışan Afgan milislere ve hükümetten olmayan oluşumlara roket atmak ve pusu kurmak için Pakistan'daki sığınaklarından çıkıp sınırın karşı tarafına geçiyorlardı. Hareketliliğin en fazla olduğu yerlerden biri Paktia eyaletindeki Shkin Amerikan üssünün olduğu alandı.

Bunun yanında, Taliban güçleri 4 önemli eyalet olan Kandahar, Zabul, Helmand Eyaleti, ve Uruzgan'ın kırsal bölgelerinde saklanmaya devam ediyordu. Anakonda Operasyonu'nun başında Pentagon dağ mücadelesi konusunda eğitim almış İngiliz Kraliyet Askerleri'nin bölgede görevlendirilmesini talep etti. Birkaç hafta boyunca çok kısıtlı sonuçlarla bir dizi operasyon yönettiler. 2002 yazında sayıları yüzleri bulan Taliban güçleri, Amerikan güçleri ve Afgan müttefikleriyle mümkün olduğunca çatışmaya girmekten kaçındı ve operasyon boyunca Pakistan sınırının karşısındaki uç Afgan dağlık bölgesindeki mağara ve sığınaklarda gizlendiler.

2002 yazında, Amerikan kuvvetlerinden kaçmayı başardıktan sonra, Taliban'ın geri kalan kuvvetleri gitgitde yeniden kendine güvenlerini toplamaya başladılar ve Taliban'ın gücü elinde bulundurduğu son günlerde Molla Muhammed Ömer'in söz verdiği isyanı uygulamak için hazırlıklara başladılar. Eylül ayı boyunca Taliban güçleri, Afgan hükümeti ve Amerikan kaynaklı koalisyon güçlerine karşı yeni bir "cihat",bir kutsal savaş düzenlemek üzere Afganistan ve Pakistan'ın Peştun bölgelerinde asker toplama çalışmalarına başladılar. Güneydoğu Afganistan'da Taliban'ın önceki önemli bölgelerinde bulunan birçok köyde cihat çağrısı yapmak üzere geceleri gizlice el ilanları dağıtılmaya başlandı. Afgan kaynakları ve Birleşmiş Milletler raporuna göre, gerilla mücadelesi ve terörist taktiklerle yeni askerler yetiştirmek üzere El-Kaide ve Taliban mültecileri tarafından Pakistan sınırı boyunda küçük hareketli eğitim kampları kuruldu. Yeni askerlerin birçoğu Taliban'ın baş gösterdiği Pakistan'ın kabile bölgelerinde bulunan dini okullar olan medreselerde yetiştiriliyorlardı. 2003 yazında Pakistan'ın dağlık kabile bölgelerinde 200 kadar adamdan oluşan ana üsler kuruldu. Sınırın karşısına yerleştirilen Pakistan yarı askerlerinin amacı, sızmaları önlemekti ve Pakistan operasyonları bunun bir nebze işe yarar olduğunu da gösterdi.

Taliban, bir yaz saldırısı düzenlemek için, kışın kuvvetlerini oluşturup gitgide organize hale getirdi. 50 kişilik gruplardan oluşan yeni bir operasyon stili geliştirdi ve bunlarla ileri karakollara ve Afgan askerlerinin ,polislerin veya milislerin konvoylarına saldırıp, daha sonra 5-10 kişilik gruplar halinde, gelecek saldırılar için kaçmayı planlıyordu. Amerikan askerlerine üslere roket fırlatma veya baştan savma patlayıcı düzeneğiyle dolaylı yoldan saldırmayı düşünüyorlardı. Bu planı başında Molla Ömer'in olduğu 10 kişilik lider kadrosundan oluşan bir meclis yönetecekti. Beş operasyon bölgesi oluşturuldu, buralara da Zabul operasyonlarından sorumlu Molla Dadullah gibi değişik Taliban komutanları tahsis edildi. Doğudaki El Kaide güçlerinin ayrıntılı pusularla Amerikalılar'ı yakalamak adına cesur bir motivasyon stratejisi vardı.

Taliban güçlerinin tekrar toparlandığına dair ilk işaret 27 Ocak 2003'te Firavun Faresi Operasyonu'nda, Sipin Boldak'ın 15 mil (24 km.) kuzeyindeki Adi Gar mağaralar bölgesinde Taliban ve Hizb-i-İslami kaynaklı bir grup savaşçının fark edilip, saldırılmasıyla geldi. 18 isyancının öldürüldüğü rapor edildi fakat Amerikan kayıpları hakkında herhangi bir bilgi verilmedi. Bölgenin, Pakistan'dan savaşçı ve tedarik geçişi sağlayan bir üs olduğundan şüphelenildi. Afgan hedeflerine büyük Taliban gruplarıyla ilişkilendirilebilecek ilk izole ataklar da burada gerçekleşti.
Yaz devam ederken "Taliban'ın merkezinde" saldırılar da gelişen sıklıklarla arttı. Düzinelerce Afgan askeri, sivil örgüt mensubu ve gönüllü çalışanlar, ve birçok Amerikan askeri baskınlarda,pusularda ve roket saldırılarında öldü. Gerilla saldırılarına ek olarak, Taliban savaşçıları Dai Chopan bölgesi ve Kandahar ve Uruzgan tarafından desteklenen ve Taliban'ın kalbi olan Zabul iline yerleştirildiler. Dai Chopan bölgesi, güney Afganistan'ın köşesinde uç ve seyrek nüfuslu, yüksek, taşlı dağların arasında dar oluklardan oluşan bir alandır. Taliban savaşçıları buranın Afgan hükümeti ve koalisyon güçlerine karşı direniş oluşturacak mükemmel bir alan olduğuna karar verdiler. Yaz devam ederken, rejimin düşüşünden beri bölgede 1000 kadar gerillaya ulaşan belki de en büyük Taliban militanı grubu toplandı. Afgan polisi de dahil yaklaşık 220 kişi, güçlenen Taliban savaşçıları tarafından 2003 Ağustos ayında öldürüldü.

Sonuç olarak, koalisyon güçleri isyancıları araştırarak bulmak için bir saldırı hazırlığına giriştiler. 2005 Ağustos'unun sonlarında, Afgan hükümet güçleri, Amerikan birlikleri ve ağır Amerikan hava bombardımanı desteğiyle dağlık istihkamlardaki Taliban mevzilerine doğru ilerlediler. Bir haftalık savaştan sonra, izleri sürülen yaklaşık 124 savaşçı (Afgan hükümet rakamları) öldürüldü. Taliban sözcüsü, açıklanan yüksek kayıpları reddetti ve Amerikan tahminlerinin abartılı olduğunu söyledi.

Ocak 2006'da, bir NATO Uluslararası Güvenlik Destek Gücü (ISAF) gücü Özgürleştirme Operasyonları kapsamında güney Afganistan'daki Amerikan birlikleriyle yer değiştirmeye başladı. İngiliz 16. Hava Taarruz Tugayı (sonra dan Kraliyet Askerleri de katılmıştır) güney Afganistan'daki Avustralya, Kanada ve Hollanda birlikleri ve helikopterlerinden oluşan gücün ortasına yerleşmişlerdir. İlk başta kuvvetler, 3,300 İngiliz, 2,300 Kanada, 1,963 Hollanda, 290 Danimarka, 300 Avustralya, ve 150 Estonya askerinden oluşmaktaydı. Hava desteği de Amerikan, İngiliz, Alman, Norveç ve Fransız uçakları ve helikopterleriyle sağlandı.

Ocak 2006'da, güney Afganistan'daki NATO güçleri sırasıyla Helmand Eyaleti'nde İngiliz liderliğinde, Orūzgān Eyaleti'nde ise Hollanda ve Kanada'nın liderliğinde Yeniden Yapılandırma Takımı'nın düzenleme faaliyetlerine yoğunlaştı. Yerel Taliban liderleriyse bu planın tersini iddia etti ve gelen kuvvetlere karşı direniş yemini etti.

Yeni görevlendirilen NATO birliklerinin, yeniden doğan militanlarla girdiği çatışmalar sonucunda, 2001 yılında Amerikan kaynaklı güçlerin Taliban rejimini devirmelerinden beri en kanlı şiddet olayları 2006'da Güney Afganistan'da yaşandı. NATO operasyonları İngiliz, Kanadalı ve Alman komutanlar tarafından yönetildi. Dağ Saldırısı Operasyonu Taliban güçlerini kökten temizlemek amacıyla 17 Mayıs 2006'da başladı. Temmuz ayında Kanadalı güçler, Taliban güçlerini tümüyle bölgeden temizlemek amacıyla, Amerikan, İngiliz, Alman ve Danimarkalı güçlerin de desteğiyle Medusa Operasyonu'nu başlattı. Bunları Dağ Gazabı Operasyonu ve Şahin Zirvesi Operasyonu adlarındaki NATO operasyonları izledi. NATO güçlerinin çatışması, 2006'nın ikinci yarısı boyunca yoğundu. NATO taktiksel zaferler kazanma yönünden başarılı oldu ve muhtelif alanları Taliban'dan temizledi, fakat Taliban tam olarak yenilmemişti ve NATO 2007'de de operasyonlarına devam etmek zorundaydı.

Panjwayi Muharebesi 2006 yazında 2 dönem süren bir savaştır, ilk olarak Kanada ve Afgan askerlerinin; Hollandalı, Amerikalı, Britanyalı güçler tarafından desteklenmesiyle gerçekleşti. Bölgedeki ağır çatışmaya kuvvetlerin katıldığı iki ayrı zaman vardır. İlk bölüm, 2006'nın Şubat ayındaki çatışmalar, diğeri ise 2006'nın Eylül ayından Ekim'ine kadar olanlardır.

Şahin Zirvesi Operasyonu 15 Aralık'ta NATO hava kuvvetlerinin bir Taliban komutan postasını vurmasından sonra, Britanyalı, Kanadalı, Danimarkalı, ve Estonyalı birliklerin Panjwaii bölgesinde kümelenmeleriyle başladı. 
Operasyonun amacı, Eylül ayındaki Medusa Operasyonu'nda yakalanan momentumun devamını sağlamaktı.

Operasyonun ilk kaybı, operasyon boyunca ve operasyondan sonra olacak yeniden oluşumu görüşmek üze