Barak daha ılımlı bir yerleşim sistemi üzerinde uğraştı. Amacı daha militan kanalı marjinalleştirmekti. Kasım 1998’deki Wye Nehri Anlaşmasından sonra kurulan 12 yeni karakolları kapatacağı garantisini verdi , ama hali hazırda Batı Şeria’da bulunan yerleşim alanlarını 3000 yeni evle genişletme planı yaptı. Bu plan Filistinli liderler tarafından kınamayla karşılandı. Oslo Anlaşması’nda hali hazırda bulunan yerleşim birimleri içinde yeni inşaalara karşı yasak olmasa da, Filistinli anlaşma destekçileri, inşaanın devam etmesinin anlaşmanın ruhuna ters düşeceğini , kalıcı çözümü kötü etkileyeceğini ve Barak’ın barışa olan isteğinin samimi olmadığını göstereceğini belirttiler . Filistinliler sadece İsrail’in terk ettiği A ve B bölgelerinde değil, ayrıca İsrail’in yönetimindeki C bölgesinde yerleşim birimi inşaasına koyuldu .

Bazıları Yaser Arafat ve Filistin Yönetimi’nin intifadayı önceden planladıklarını iddia etti . Bu iddia için genelde, Aralık 2000’deki, zamanın Filistin Yönetimi İletişim Bakanı İmad Falouji’nin yaptığı konuşmayı alıntı olarak kullanırlar. Konuşmasında Falouji, intifadanın Arafat’ın Camp David Zirvesi’nden dönmeden önce dikkatlice planlandığını belirtti . David Samuels, 28 Eylül öncesi askeri hazırlıklar hakkında kanıtlar barındıran, Filistin Demokratik Halk Kurtuluş Cephesi eski askeri komutan Memduh Nofal’ı alıntı yapar. Nofal, Arafat’ın “şimdi kavgaya gidiyoruz, o yüzden hazır olmalıyız” dediğini belirtti. Barak, Mayıs ayında, her türlü ihtimale karşı herhangi bir intifada girişimini engellemek için planlarını hazırlamıştı. İsrail Güvenlik Güçlerine ait sniperlar, ayaklanmanın ilk günlerinde birçok sayıdaki Filistinlinin ölümüne sebep oldu. Bu Barak’ın taktiklerinden biriydi .

Arafat’ın İntifadayı planladığı fikrine bir destek te Hamas lideri Mahmud El-Zahar’dan geldi. Eylül 2010’da, Arafat’ın 2000’deki Camp David Zirvesinin istediği gibi sonuçlanmayacağını fark edince, Hamas, El Fetih ve El-Aksa şehitleri tugayına, İsrail’e karşı askeri operasyonlar düzenlemesi emrini verdi . Mosab Hassan Yusuf, İkinci İntifada’nın, Arafat tarafından organize edilmiş bir politik manevra olduğunu iddia etti. Yusuf’a göre, Arafat, uluslararası kurbanlık sembolü olarak çok zenginleşti. Bu statüyü bırakıp, işleyen bir toplum kurma sorumluluğunu almaya hazır değildi .

Arafat’ın eşi Suha Arafat, Aralık 2012’de Dubai televizyonuna, ayaklanmayı kocasının planladığını anlattı. 
“Camp David müzakereleri fiyaskosundan hemen sonra, onunla Paris’te buluştuk... Bana Camp David’in başarılı olamadığını, Paris’te kalmam gerektiğini söyledi. Neden diye sordum. Intifada başlatacağını, ondan Filistin meselesine ihanet etmesini istediklerini ve prensiplerden vazgeçmesini istediklerini söyledi.” 
Mayıs 2000’de İsrail’in Lübnan’dan çekilmesiyle birlikte, Filistin Kurtuluş Örgütü yetkilisi Faruk Kaddumi gazetecilere: “Biz optimistiz. Hizbullah’ın direnişi haklarını arayan diğer araplara örnek olarak gösterilebilir” dedi .

Mitchell Raporunda (Barış sürecinin başarısız olmasının nedenleri üzerinde çalışan komiteye ait rapor) İsrail Hükümeti şunları belirtti 
Şiddetin ortaya çıkmasındaki en büyük katalizör, Camp David müzakerelerinin bozulmasıydı ve uluslararası toplumun Filistin’in konuyu kördüğüme bağlamasını takdir etmesiydi. Şiddet Filistin Yönetimi liderleri tarafından planlanmıştı. Böylece, Filistinli can kayıpları yaratıp diplomatik kazanımlar elde edeceklerdi. 

Aynı rapora göre, Filistin Özgürlük Örgütü, İntifadanın planlandığını kabul etmemiş ve Camp David müzakerelerinin, İsrail’in gücünü artırmak için bir girişim olduğunu belirtmişti :

Raporun sonuçlarına göre : 
Şaron’un gezisi El Aksa Ayaklanmasına sebep olmadı. Ama gezinin zamanlaması yanlıştı ve provokatif etkileri önceden görülmeliydi 
ve ayrıca : 
Elimizde Filistin Yönetiminin eline geçen ilk fırsatta şiddet içeren bir ayaklanma hazırlığı yaptığına dair sonuç verecek kanıtlar yok ve aynı şekilde, İsrail’in de böyle bir durumda ölümcül cevaplar vereceğine dair planlar yaptığını da sonuçlandıramayız. 
Mitchell raporu mayıs 2001'de yayınlandı. 29 Eylül 2001’de Marwan Barghouti, Al-Hayat’a verdiği bir röportajında, intifadaki rolünü açıkladı .
Eylülün sonunda olaylar patlamadan önce son günleri yaşadığımızı biliyordum, ama Şaron’un El Aksa Camii’ne varması, intifadanın patlaması için en uygun zamandı... Şaron’un gezisinden önceki gece, yerel bir televizyondaki panele katıldım ve halka ertesi sabah El-Aksa Camii’sine gitmeleri çağrısında bulunabildim. Şaron’un huzurlu bir şekilde El-Haram El Şerif’e varıp geri gitmesi imkansızdı. Bitirdim ve sabah El-Aksa’ya gittim... Aramızda bulunan farklı görüşlere sahip insanlar yüzünden başarılı çatışmalarda bulunamadık... Şaron gittikten sonra, iki saat orda kaldım ve nasıl cevap vereceğimiz üzerinde tartıştık ve bütün şehirlerde aynı anda nasıl yanıt verebileceğimizi konuştuk. Bütün Filistinli bölgelerle iletişime geçtik. 

Filistinliler tarafından El Aksa İntifadası olarak adlandırılan bu ayaklanma, sivil popülasyonun ayaklanmasını ve İsrail Güvenlik Güçleri ile Filistinli siviller arasındaki askeri çatışmaları içerdi . Ariel Şaron’un, müslümanlar arasında El-Haram El Şerif olarak bilinen, hem Müslümanlar hem de Yahudiler için kutsal olan, Tapınak Tepesi’ni ziyaret ettiği esnada Filistinliler arasında protesto başladı ve bu protesto İsrail güvenlik güçleri ve protesto eden kalabalık arasında çatışmanın başlamasına sebep oldu. Ayaklanmanın, bir sonraki, 29 Eylül Cuma günü, namaz ibadetini gerçekleştiren müslümanların yakınlarında İsrail polisinin ve askerlerinin bulunmasının sebep olduğu çatışmalardan ve ölümlerden dolayı başladığına inananların var olmasına rağmen , İkinci İntifada, 28 Eylülde Likud Partisi başbakan adayı Ariel Şaron’un 1000 güvenlik görevlisiyle Tapınak Tepesine varmasıyla başladı Ziyareti esnasında Şaron; “Tapınak tepesi ellerimizdedir ve ellerimiz de de kalacaktır. Yahudilerin en kutsal mekanlarından biri olarak, burayı ziyaret etmek her Yahudinin hakkıdır” dedi. Filistinliler bu söyleneni bir provokasyon olarak görüp, İkinci İntifadanın nedeni olarak adlandırırken diğer birçok kişi Yaser Arafat’ın ayaklanmayı önceden hazırladığını iddia etmiştir .

Bill Clinton gibi bazı isimler, tansiyonun yükselmesinin sebebini Haziran 2000’de gerçekleşip başarısız olan Camp David Zirvesi olarak gördü. Bu isimler, İsrailliler ve İsrail Güvenlik güçleri, 27 Eylül itibarıyla İsrailli can kayıplarının başlamasından dolayı, ayaklanmalara Camp David başarısızlığının neden olduğuna inanır . Birçok yerde, anaakım medya, Şaron’un gezisini İkinci İntifada’nın başlama sebebi olarak yansıttı . Şaron’un ziyaretinden sonraki ilk beş günde, protestolar ve çarpışmalar sonucu İsrail polisi ve güvenlik güçleri 47 Filistinliyi öldürüp 1885 ini yaraladı ve Filistinliler ise 5 İsrailliyi öldürdü .

Filistinliler İkinci İntifadayı, devam eden, İsrail’in topraklarını ele geçirmesine karşı milli kurtuluş çabalarının bir parçası olarak görürler ve İsrailliler ise ayaklanmayı Yaser Arafat tarafından organize edilen Filistin terörizmi olarak görürler .

Birinci İntifada da olduğu gibi, Filistinliler, toplu protestolar, grevler, İsrailli askerler ve sivillere yönelik saldırılarla ayaklanmayı yürüttü. Saldırı metodları arasında, intihar bombaları , İsrail’e doğru ateşlenen roketler ve havan topları , içinde çocukların da olduğu sivil ve askerlerin alı koyulması , silahla saldırılar , cinayetler , bıçaklamalar , taşlamalar ve linçler vardı.

İsrail’in ayaklanmaya karşı tavırları içinde kontrol noktaları kurmak ve sıkı sokağa çıkma yasakları vardı. Filistin yönetiminin polis ve hapishane gibi binalarına yönelik stratejik saldırılar, Filistin’in ayaklanmaları durdurmaları için atılan stratejik adımlar arasındaydı. İsrail’in Güney Lübnan’dan çekilmesinden sonra kaybolduğuna inanılan caydırıcı ayaklanma kontrolü tekrar uygulamaya konuldu.
Bazı İsrailliler de ayaklanmaları Oslo Savaşı (מלחמת אוסלו) ya da Arafat Savaşı olarak da adlandırır. Sebepleri, Oslo Anlaşmalarındaki Filistin tarafından kaybedildiği düşünülen noktalar ve Arafat’ın ayaklanmayı düzenlediğinin düşünülmesidir . Hem İsrail hem de Filistinliler, Oslo sürecinin başarısızlığından dolayı bir birini suçlamaktadır.

11-25 Temmuz 2000 Camp David Zirvesi, Birleşik Devletler Başkanı Bill Clinton, İsrail Başbakanı Ehud Barak ve Filistin Yönetimi Genel Başkanı Yaser Arafat arasında gerçekleşti. Barak ve Arafat daha sonra zirvenin başarısızlığıyla ilgili birbirlerini suçladı. Zirvede anlaşmaya varılmasını engelleyen dört esas engel vardı: sınır, Kudüs ve Tapınak Tepesi, Filistinli mülteciler ve geri dönüş hakkı ve İsrail’in güvenlik endişeleri.

28 Eylülde, İsrail muhalefet lideri Ariel Şaron, Likud partisinden bir delegasyon ve yüzlerce ayaklanma polisiyle, Müslümanlar için üçüncü en kutsal yer olan El Aksa Camii’nin içinde bulunduğu Tapınak Tepesi’ni ziyaret etti. Bu alan İsrail’in 1980’de Doğu Kudüs’ü topraklarına eklemesiyle, İsrail’in egemenliğine girdi. Alan, Yahudiler için en kutsal alandır. Şaron, İsrail İçişleri Bakanının, Filistin Yönetimi güvenlik şefinden gezi esnasında bir problem çıkmayacağına dair aldığı teminattan sonra,bölgeye girme izni aldı. Şaron aslında El Aksa Camii’nin içine girmedi ve normal turist saatlerinde alana girdi. Colin Shindler olanları şu şekilde açıkladı: “ İsrail istihbaratı, İçişleri Bakanı Şlomo Ben-Ami’ye beklenen planlanmış bir şiddet riski olmadığını belirtti. Bu üstü kapalı bir şekilde Filistin Önleyici Güvenlik Başkanı Jibril Rajoub tarafından teyit edildi. Rajoub Şlomo’ya, Ariel Şaron’un Haram’ı gezebileceğini fakat Camii’ye güvenlik sebeplerinden dolayı girmemesi gerektiğini söylemişti” .

Şaron’un alandan ayrılmasından kısa bir süre sonra, Kudüs’te yaşayan sinirli protestocular alanın dışında isyanı patlattılar. İsrail polisi göz yaşartıcı gaz ve plastik mermilerle cevap verdi. Filistinliler ise taş ve mermiler atıyordu ve 25 polisi yaraladı. Üç Filistinli plastik mermilerden yaralandı.

Şaron’ın bölgeyi ziyaret etmesindeki amaç, İsraillilerin Tapınak