başardı. Böylece Rothen, kariyerinde ilk kez mücadele ettiği Şampiyonlar Ligi'nde finali gördü. Monaco'nun bu ve ligdeki başarısı sayesinde, kendisi; Fernando Morientes, Dado Pršo ve Ludovic Giuly ile beraber takımın en etkili oyuncular olarak gösteriliyordu.

Rothen, 30 Nisan 2004 tarihinde oynanan ve 2-1 kazanılan Nice maçında yaşadığı sakatlık nedeniyle 34. dakikada yerini Jaroslav Plašil'e bıraktı. Maç sonrasında yapılan kontrollerde kendisinin kasık iltihabı geçirdiği öğrenildi. Bu sakatlık, Rothen'in Şampiyonlar Ligi finalinde oynayamaması endişesine düşürse de bu sakatlık, çabuk atlatıldı. Sonraki günlerde Rothen, bu kez diz ve sırt ağrısından şikayetçiydi. Fransa millî takımının fizyoterapisti Philippe Boixel, bu ağrıların geçmesi için Rothen'e kulağındaki inci küpeyi çıkarmasını tavsiye etti ve Rothen bu ilginç tedaviyle diz ve sırt ağrılarından kurtulmuş oldu.

Şampiyonlar Ligi finalinde Porto ile karşılaşan Monaco, maçın 23. dakikasında Giuly'nin de sakatlanıp oyuna devam edememesinin etkisiyle maçı 3-0 kaybedip turnuvada ikinci oldu. Bu maçta Fenerbahçe'nin teknik direktörü Christoph Daum, Rothen'i bizzat izlemek için final maçının oynanacağı stadda yer aldı ve incelemelerde bulundu. Rothen ise o sezon Deco ile birlikte UEFA Şampiyonlar Ligi'nin en fazla asist yapan futbolcusu oldu. Fransız futbolcu, 2003-04 sezonunda 45 maça çıktı ve bir gol atabildi. Monaco'da ise; 106 maça çıktı ve 6 gol attı.

UEFA Şampiyonlar Ligi ve Ligue 1'de asist kralı olmayı başaran Rothen, büyük takımların iyice dikkatini çekti. Chelsea, Valencia, Barcelona gibi takımlardan teklifler aldı. Chelsea, Rothen için 25 milyon $'ı gözden çıkardı ancak pahalı olduğu için transfer etmekten vazgeçti. Barcelona da Rothen'i almak için Marc Overmars'ı serbest bıraktı ve takımdan ayrılıp başka kulübe gitmesini bekledi. Ancak futbolcu bu teklifleri reddetti ve hem kendisinin, hem de Paris Saint-Germain'in o zamanki teknik direktörü Vahid Halilhodžić'in isteğiyle; 28 Haziran 2004 tarihinde 11 milyon € karşılığında hayranlık duyduğu ve oynamak istediği takım olan Paris Saint-Germain'e transfer oldu. Fransız futbolcu, gelmesinin nedeni olarak; ""Ben Paris Saint-Germain taraftarı olarak doğdum ve büyüdüm. Bu yüzden bütün teklifleri hiç düşünmeden reddettim ve Paris Saint-Germain'i seçtim."" açıklamasını yaptı.

Rothen, Paris Saint-Germain forması altındaki ilk maçına; 7 Ağustos 2004 tarihinde 2-1 kaybettikleri maçta Rennes karşısında çıktı. 14 Eylül 2004 tarihinde Şampiyonlar Ligi H Grubu'nda 3-0 kaybettikleri Chelsea maçında kasığındaki ağrısı nedeniyle 84. dakikada yerini Jean-Hugues Ateba'ya bırakmak zorunda kaldı. 20 Ekim 2004 tarihinde ise; Şampiyonlar Ligi H Grubu'nda 2-0 kazandıkları Porto maçında ayak bileği kırıldı. Bunun sonucunda Rothen, sahalardan dört ay uzak kalmak zorunda kaldı. Bu Rothen'in 2004-05 sezonunda yaşadığı ikinci ciddi sakatlıktı. 19 Ocak 2005 tarihinde ise, ayak bileğindeki alçının alınması için operasyon geçirdi. Rothen, sahalara; 26 Şubat 2005 tarihinde 1-0 kazandıkları maçta, sonraki yıllarda formasını giyeceği takım olan Bastia karşısında döndü. 22 Nisan 2005 tarihinde ise 3-1 kazandıkları Nice maçında, Paris Saint-Germain forması altındaki ilk golünü attı. Rothen, 2004-05 sezonunda yaşadığı sakatlıklar nedeniyle sadece 22 maça çıkabildi ve bir gol atmayı başarabildi.

Rothen, 2005-06 sezonundaki ilk maçına; 29 Temmuz 2005 tarihinde 4-1 kazandıkları maçta Metz karşısında çıkarken; ilk golünü de bu maçta attı. O sezon; her ne kadar geçen sezona göre daha fazla maçta oynadıysa da, yaşadığı sakatlıklar yüzünden eski formuna kavuşmayı başaramadı ve hocaları; Laurent Fournier ile Guy Lacombe, Rothen'e pek şans vermiyordu. Ancak buna rağmen, aynı sezonda Fransa Kupası'nda finalde forma giydi ve PSG, Marseille'yi 2-1 yenerek kupanın sahibi oldu. Bu kupa, Rothen'in PSG forması altında kazandığı ilk kupa oldu. Rothen, 2005-06 sezonunda 33 maça çıktı ve bir gol attı.

Rothen, 30 Temmuz 2006 tarihine gelindiğinde ise; Fransa Süper Kupası maçında, Lyon karşısında oynadı ve o maçta gol atarak, Paris Saint-Germain tarihinin 2.500 golünü attı.

Rothen, 2006-07 sezonundaki ilk lig maçına; 5 Ağustos 2006 tarihinde 3-2 kaybettikleri maçta Lorient karşısında çıktı. Kasım 2006'da, takımının hocası Lacombe ile tartıştı ve takımdan ayrılmak istedi. Hatta; eski takımı Monaco, Lille ve PSV Eindhoven'ın kendisini istediğini de açıkladı. Rothen, Lille ile her konuda anlaştı ve tam sözleşme imzalayacağı gün, PSG hocası Lacombe görevden alınmıştı ve yerine Paul Le Guen geldi. Le Guen, geldiği ilk gün Rothen'i takımda kalmaya ikna ettirmeyi başardı ve Rothen, Lille ile sözleşme imzalamaktan son anda vazgeçip takımda kaldı. Rothen, yeni hocası Le Guen'in kendisine verdiği destekten dolayı da çok mutlu olduğunu söyledi. Rothen; Le Guen takımın başına geçtiğinden itibaren formunu yakalamaya, takımda sürekliliği sağlamaya başladı ve sezondaki ilk golünü; 21 Nisan 2007 tarihinde 4-0 kazandıkları maçta Nantes'a karşı attı. 28 Nisan 2007 tarihinde ise Toulouse karşısında maçın son saniyesinde gol atarak takımının kümede kalmasını sağladı. Rothen, 2006-07 sezonunda 36 maça çıktı ve üç gol attı.

Rothen, 2006-07 sezonunun ikinci yarısından itibaren gösterdiği etkileyici performansıyla Beşiktaş ile Lyon takımlarının dikkatini çekti. Hatta Lyon'un, Rothen'i takımdan ayrılan Florent Malouda'nın yerine istediği öğrenildi ancak Rothen, 27 Temmuz 2007 tarihinde takımıyla olan sözleşmesini dört yıla, yani 2011'e kadar uzattığını açıkladı.

Rothen, 2007-08 sezonundaki ilk maçına; 4 Ağustos 2007 tarihinde 0-0 biten maçta Sochaux karşısında çıktı. İlk golünü ise; Fransa Lig Kupası mücadelesinde 16 Ocak 2008 tarihinde 4-0 kazandıkları maçta Valenciennes karşısında kaydetti. Sezonun ilk lig golünü ise; 23 Ocak 2008 tarihinde 3-0 kazandıkları maçta Metz'e karşı attı. Aynı sezon Fransa Lig Kupası şampiyonluğu yaşadı. Fransa Kupası'nda ise final oynadı. Rothen, 2007-08 sezonunda 40 maça çıktı ve dört gol attı.

Rothen, 2008-09 sezonundaki ilk maçına; 9 Ağustos 2008 tarihinde 1-0 kaybettikleri maçta eski takımı olan Monaco'ya karşı çıktı. Ekim ayının başlarında Nancy maçı öncesi sakatlık geçirdi ve o maçta forma giyemedi. 18 Ekim 2008 tarihinde oynanacak olan Lorient maçına yetiştirilmeye çalışılan Rothen, son anda hazır hale getirildi ve o maçta defansın sol kanadında başlamasına rağmen; Loris Arnaud'un attığı galibiyet golünün asistini yaparak, PSG'nin maçı 3-2 kazanmasında büyük rol oynadı. Sezonun ilk golünü ise; 26 Ekim 2008 tarihinde 4-2 kazandıkları "Fransa'nın derbisi" olarak adlandırılan maçta Marseille karşısında serbest vuruştan attı. Avrupa kupalarındaki son golünü de; yine PSG formasıyla, 26 Şubat 2009 tarihinde yine Wolfsburg'a karşı kaydetti. PSG, UEFA Kupasında çeyrek finale kadar gelmeyi başardı. 19 Nisan 2009 tarihinde Ligue 1 maçında 3-0 kazandıkları ve "maçın en iyisi" seçildiği maçta Le Havre takımına karşı attığı gol ise, PSG kariyerindeki son golü oldu. Rothen, 2008-09 sezonunda 49 maça çıktı ve dört gol attı.

Rothen'in 2009 yaz mevsiminde Trabzonspor'a gideceği yönünde haberler çıkmasına rağmen, Trabzonspor Rothen'le ilgilenmediğini açıkladı. Ayrıca bu sezon Rothen'in adı İspanya'nın Real Mallorca ile Espanyol, Fransa'nın Nice ile St. Etienne, İngiltere'nin Blackburn Rovers, Birmingham ile Portsmouth, Almanya'nın Schalke 04, Hannover ile Eintracht Frankfurt, Yunanistan'ın Olympiakos ile Panathinaikos ve Katar'dan gideceği belli olmayan takım ile anıldı, ancak bu transferler gerçekleşmedi. O dönemde tekrar Fenerbahçe'nin teknik direktörü olan Daum'un ilk olarak Rothen'i istediği iddia edildi. Rothen, Fenerbahçe'den ve Schalke 04'ten teklif aldığını doğrularken; Fenerbahçe'nin teklifini kulübün zorlamasıyla reddettiğini söylerken, Schalke 04 ile her konuda anlaştığını ancak Rafinha takasın gerçekleşmediğini söyledi. Takasın gerçekleşmemesinin sebebini; Her iki kulübün anlaştığını ancak Schalke'nin son anda, Rafinha'yı 15 milyon € karşılığında Bayern Münih'e satması olduğunu söyledi. Rothen, PSG'den ayrılan Paul Le Guen'nin yerine Antoine Kombouaré'nin gelmesiyle kadroya girmekte zorlanmaya başladı. Bu durumdan sonra, 2009-10 sezonunda PSG'nin rezerve takımında mücadele etmeye başladı. Rothen, rezerve takımıyla tek maçını 8 Ağustos 2009 tarihinde Le Mans rezerve takımı karşısında yaptı ve PSG bu maçı 2-0 kaybetti.

Rothen, 1 Eylül 2009 tarihinde 1,5 milyon € karşılığında Scottish Premier League takımlarından Rangers'a kiralandı ve sezon sonuna kadar sözleşme imzaladı. Bu Rothen'in ilk yurt dışı transferi oldu. Rangers'taki ve 2009-10 sezonundaki ilk maçına; 12 Eylül 2009 tarihinde Motherwell karşısında çıktı ve 0-0 biten maçta 60 dakika sahada kaldı. Rothen, Rangers formasıyla Stuttgart karşısında oynadığı maçla beş yıl sonra ilk kez UEFA Şampiyonlar Ligi'nde forma giymiş oldu. Bu maçta ilk 11'de sağ kanatta başladı ve Madjid Bougherra'nın attığı golde asist yapıp maçın 1-1 bitmesini sağladı.

17 Ekim 2009 tarihinde oynanan ve 2-1 kazanılan St. Johnstone maçı ise, onun Rangers'taki son lig maçı oldu. Bu maçta 73 dakika sahada kaldı. Rothen, 20 Ekim 2009 tarihinde Şampiyonlar Ligi mücadelesinde Unirea Urziceni karşısında Rangers forması altındaki son resmî maçına çıktı ve Rangers evinde oynadığı maçı 4-1 gibi farklı bir sonuçla kaybedip grubu sonuncu tamamladı. O maçta yine sağ kanatta ilk 11'de başlayan Rothen, sahada 74 dakika kaldı. Daha sonra takımın kriz nedeniyle kendisinin maaşının ödenememesiyle, teknik direktör Walter Smith'in kendisini istememesiyle ve geçirdiği hastalığının da etkisiyle (domuz gribi şüphesi ile) Rangers'tan ayrıldı. Rothen, Rangers formasıyla; dördü lig, biri kupa, üçü Avrupa maçları olmak üzere 8 maça çıktı.

MKE Ankaragücü, 22 Ocak 2010 tarihinden itibaren Rothen ile görüşmelere başladıysa da, bundan bir gün sonra (yani 23 Ocak 2010 tarihinde) vazgeçip diğer Fransız futbolcu Camel Meriem'i almak istediği ortaya çıktı. Meriem, bu teklife ikna olsa da Rothen, bu transfer iddiası hakkında Fransız radyo Europe 1'e