gidip "Beni neden oynatmıyorsunuz?" diye sordum. "Kusura bakma. Alman Federasyonu'ndan aradılar ve 'Elinde millî kaleciler varken neden onları oynatmıyorsun?' diye sordular" cevabını verdi." Kelimeleriyle kendi durumunu özetliyordu. Bunu gördükten sonra Almanya'da işinin çok zor olduğunu anlayan Aykut, daha sonra Stuttgart'ın amatör takımında oynadı. O dönem Kevin Kuranyi ve Michael Fink gibi genç yıldız adayları yetiştiren Stuttgart'ta teknik direktör Peter Starzmann, 32 hafta yedeklere dahi almadığı Aykut'u ligin bitimine 2 hafta kala oynanan maçta kadroya aldı ve bu maça Markus Miller'ın yerine oynayan filebekçisi 90 dakika sahada kalsa da kalesinde gördüpü 3 gole engel olamadı. Bir sonraki hafta ise SV 07 Elversberg karşısında maça ilk 11'de başlayan Aykut, bu maçın hemen ilk dakikasın kalesinde golü gördü. Devamında ise rakibine yaptığı müdahale sonucu kırmızı kart gördü, penaltıya sebep oldu ve 45. dakikada oyundan atıldı. Sezonu 2 maç ile bitiren Erçetin, bir sonraki sezon takımlan antrenmanlara alınmadı ve altyapı takımıyla antrenmanlarını sürdürdü. Böylelikle 2002-03 sezonunda hiç maça çıkamadı. Ancak gurbetçi oyuncularla yakından ilgilenen eski Galatasaray'lı Erdal Keser, Aykut'u da keşfetti ve bu oyuncuyu teknik direktör Fatih Terim'e önerdi. O zamanlar omzundan sakat olan Aykut, takımın İspanya kampına çağırıldı. Ancak Aykut "Omsum sakat, Bana birkaç gün zaman verir misiniz?" diye rica etti ve kulüp bu ricayı hoşgörüyle karşıladı. 12 gün sonra ise bu sefer Antalya kampına çağırdı. O sürede omzu sakat olan Aykut, bu arada 12 gün boyunca çift antrenman yaptı.
Takımın Antalya kampına katılan Aykut, Antalya kampında takımla çalışmaya başladı. İlk antrenman maçında ise, Bülent Korkmaz'a "Topu niye bana atmıyorsun" diye bağıran Aykut'a kaptan önce ters ters baksa da İkinci bir pozisyonda ikilinin arasına atılan bir pasta "Bu benim topum" diye uyaran Aykut özgüveni ve soğukkanlılığı ile dikkat çekiyordu.. İki-üç günden sonra ise kulüp idarecileri Aykut'a "Aykut bavullarını toparlıyorsun, Almanya'ya gidiyorsun. Git, mukaveleni feshet ve bizimle sözleşme imzalamak için geri dön." ifaelerinde bulundu. Almanya'ya dönüp mukavelesini fesheden Aykut, geldiğinde ise "Seni 6 aylığına Antalya Kepez'e vereceğiz, sonra geri döneceksin" ifadeleriyle karşılaştı. Ancak kurallara göre bir oyuncu aynı dönem içinde iki transfer yapamamasından ve eğer giderse bir daha Galatasaray'a geri dönemeyeceğinden dolayı Kepez'e gitmedi. Transferi yine çıkmaza giren Aykut'a Burak Elmas "Sen bunu bir düşün" ifadelerinde bulundu. Daha sonra ise Burak Elmas genç eldivenin yanına geldi, "Fatih Hoca ile konuştum. Seni hiçbir yere yollamıyoruz. Şimdi sözleşme imzalayacağız" açıklamalarında bulundu. Aykut böylelikle Galatasaray'ın "İmparator" lakaplı hocası Fatih Terim sayesinde Galatasaraylı oldu. 
2003-04 döneminde sezona Galatasaray ile başlayan Erçetin, 2003-04sezonunu yedek geçirdi. Genellikle "12" numaralı formasıyla Faryd Mondragón'un yedek kaleciliğini yapan Erçetin, ayrıca o sezon UEFA Şampiyonlar Ligi'nde grup aşamasında oynanan tüm karşılaşmalarda yedek kaldı ve bir bakıma ilk Avrupa tecrübesini yaşadı. O sezon Süper Lig'de ilk maçına Denizlispor karşısında Kasım 2003'te kaleci Mondragon'un kırmızı kart görmesiyle çıktı ve takımı 2-1 mağlup oldu. Bu maçtan bir hafta sonra cezalı olması nedeniyle Mondragon'un yerin oynayan Aykut, "12" numaralı formasıyla kalesinde 70.dakikadan sonra kalesinde Celaleddin Koçak ve Muhammet Hanifi Yoldaş'tan iki gol görmüş ve maç 2-2 bitmiştir. Erçetin sezonu Süper Lig'de 7, Türkiye Kupası'nda ise 1 maçla bitirmiştir. 
2004-05 sezonunda ise A takımla sadece bir maça çıkabilen Aykut, bu maça da Türkiye Kupası'nda Kardemir Karabükspor karşısında 22 Aralık 2004 günü çıktı. Takımı bu maçtan 2-0 galip ayrılırken Aykut Galatasaray formasıyla o sezonki ilk maçında "cleansheet" yapıyordu. Bu maçın dışında idmanlara A takımla çıkan Aykut, zaman zaman ise dakika bulması adına Galatasaray A2 takımına yollanmıştır. O sezon kadrosunda Cihan Can, Mülayim Erdem, Cafercan Aksu, Aydın Yılmaz ve Arda Turan gibi genç yıldızları bulunduran A2 tamıyla ilk maçına ise 19 Şubat 2005'te Sakaryaspor A2 karşısında çıkmış ancak takımı 1-0 mağlup olmuştur. Aykut o sezon A2 takımında toplam 5 maça çıkmıştır. Ayrıca A takımın 2004-05 Türkiye Kupası şampiyonu kadrosunda yer alarak ilk kupasını da kazanmıştır.
2005-06 sezonunda da Türkiye Kupası'nda 4 maça çıkan Aykut, Fevzi Elmas ile Faryd Mondragón'un giydiği formayı kapmak için mücadele etmiştir. O sezonki ilk maçına ise Malatyaspor ile 1-1 berabere kalınan Türkiye Kupası maçında çıkmıştır. O sezonki ilk cleansheetini ise 2 Şubat 2006'da Ali Sami Yen Stadyumu'nda oynanan ve takımının Giresunspor'u 5-0 mağlup ettiği maçta yapmıştır. Süper Lig'de tüm sezon Kolombiyalı Faryd Mondragón'un yedek kaleciliğini yaptı. Faryd Mondragón o sezon 34 maçın tamamında forma giyerken, Aykut ise bu maçların çoğunda bu oyuncunun yedeği oldu. O sezon sonunda Süper Lig'de kalesinde yalnızca 11 gol gören Galatasaray, son hafta da Kayserispor ile karşılaşmış ve bu maçı 3-0 kazanmıştır. Bu maçın ardından Süper Lig'de 10 dakika uzatılan Denizlispor - Fenerbahçe maçında Fenerbahçe'nin puan kaybetmesini bekleyen Galatasaray, bu takımın berabere kalmasının ardından Şampiyonluğunu ilan etmiştir ve unutulmaz bir Şampiyonluk coşkusu yaşamıştır. Erçetin ise bu maçta da 90 dakika boyunca yedek beklemiş ve kariyerindeki ilk Süper Lig şampiyonluğunu yaşamıştır.
2006-07 sezonunda ise ilk maçına 25 Ekim 2006'da Bursaspor karşısında Türkiye Kupası maçında çıkan Aykut, 5. dakikada Veliçe Şumulikoski'nin golüne engel olamasa da takımı bu maçı Necati Ateş ve Ümit Karan'ın golleriyle 2-1 yendi. Süper Lig'de ise ilk maçına 11 Mart 2007'de Ali Sami Yen Stadyumu'nda Galatasaray-Trabzonspor rekabeti'nde çıktı. Bu maçı Galatasaray, Arda Turan ve Saša Ilić'in golleriyle 2-1 kazandı. Rakibin tek golü ise 52. dakikada Erdinç Yavuz'dan gelirken, Aykut bu maçta yaptığı kurtarışlarla tüm herkesin takdirini topladı. O sezon Süper Lig'de 4 maça çıkan Aykut, 360 dakikada kalesinde ise 6 gol gördü. Türkiye Kupası'nda ise 2 maça çıktı. Sezonu 6 maçla tamamladı. Bu sezon sonunda ise takımın as kalecisi Faryd Mondragón takımdan ayrılmıştır.

5 yıl boyunca Faryd Mondragón'un ardından ikinci kalecilik yaparken, 2007 - 2008 sezonunda ise Orkun Uşak ile değişmeli olarak takımın birinci kalecisi olan Aykut, "1" numaranın da yeni sahibi olmuştur. 2007-08 sezonunda Süper Lig'de ilk maçına Vestel Manisaspor karşısında çıkan Aykut, Filip Holosko ve Selçuk İnan'ın gollerini kalesinde görmüş ve Galatasaray'da bu gollere 2 gol ile cevap verince maç 2-2 beraberlikle sonuçlanmıştır. Kasım 2007'ye kadar Orkun Usak'ın yedeği olarak görev yapan Erçetin, bu süreçten sonra ilk maçına Türkiye Kupası'nda 1 Kasım 2007'de çıkmış ve takımı Denizlispor maçında 2-1 galip gelmiştir. Bu performansıyla beğeni toplayan Aykut, 3 gün sonra ise Gaziantepspor ile oynanan Süper Lig maçında forma giymiştir. 8 Kasım'da ise kariyerindeki ilk UEFA Kupası maçına Helsingborgs IF karşısında çıkan Erçetin, daha sonra Sarıyer, Gençlerbirliği Oftaşspor ile oynanan Türkiye Kupası maçlarında görev yapan kaleci, yine bir Türkiye Kupası maçında 27 Şubat 2008 tarihinde kariyerinde ilk kez Fenerbahçe karşısında bir maça çıkmıştır. Bu maçta yaptığı başarılı kurtarışlar ile Galatasaray'ın 2-1 galibiyetindeki en önemli faktör olmayı da başarmış ve takımının rakibini elemesine yardımcı olmuştur. Bu maçta dikkat çeken oyuncu uzun süre forma giyemediği Süper Lig'e ise 2 Mart 2008 günü oynanan Beşiktaş maçıyla Süper Lig'de sahalara dönmüştür. Rakibi karşısında kariyerinde ilk kez forma giyen Aykut, BJK İnönü Stadyumu'nda oynanan karşılaşmanın 56. dakikasında Mert Nobre'nin golüne engel olamamış ve takımı 1-0 mağlup olmuştur. Bu maçın ardından formayı Orkun Usak'tan kapan Erçetin, 27 Nisan 2008 günü oynanan ve Süper Lig şampiyonluğu için hayati önem taşıyan karşılaşmada Fenerbahçe karşısında Ali Sami Yen Stadyumu'nda kalesini gole kapamış ve takımı Süper Lig Şampiyonluğu yolunda büyük bir avantaj elde etmiştir. Sezon sonunda kariyerinin 2.Süper Lig Şampiyonluğunu yaşayan Aykut, Süper Lig'de o sezon çoğu ikinci yarıda olmak üzere 13 maça çıkmış ve kalesinde sadece 8 gol görmüştür. Türkiye Kupası'nda ise 6 maça çıkan oyuncu kalesinde 7 gol görmüştür. 
2008-09 sezonunda teknik direktörlüğe Michael Skibbe getirilmiş ve bu teknik adamın isteğiyle İtalya millî futbol takımı kalesini de koruyan Morgan De Sanctis kadroya katılmıştır. Bu oyuncunun gelmesiyle Aykut ise ağırlıklı olarak yedek hatta 3. kaleci olarak kalmıştır. Aykut o sezon ilk resmi maçına ise 13 Ağustos 2008'de UEFA Şampiyonlar Ligi ön elme turunda Steaua București karşısında çıkmış ancak kendi sahalarında oynanan bu maçta kalesinde 2 gol görmüştür ve maç 2-2 skorla bitmiştir ancak Aykut bu maçta yaptığı hatayla tepki toplamıştır. Bu maçtan 4 gün sonra o sezonki ikinci resmi maçına 17 Ağustos 2008'de Kayserispor takımı karşısında Türkiye Süper Kupası maçında çıkmış ve kariyerinin ilk Türkiye Süper Kupası'nı 90 dakika sahada kaldığı kalesinde 1 gol gördüğü anncak takımının 2-1 kazandığı maçta kazanmıştır. Daha sonra Steaua București maçının rövanşında forma giyen Aykut, deplasmanda takımının 1-0 mağlup olmasına engel olamamıştır. O sezon Süper Lig'de ilk ve tek maçına ise ligin ilk haftasında Denizlispor karşısında çıkmış ve 4-1 kazanılan maçta 90 dakika sahada kalmıştır. Bu maçın ardından Süper Lig'de ve UEFA Kupası'nda hiç şans bulamayan Aykut, Türkiye Kupası'nda ise Galatasaray'ın çıktığı tüm maçlarda ilk 11 başlamış ve 570 dakikadan 6 maç oynadığı kupa serüveninde kalesinde 6 gol görmüştür. Galatasaray ise o sezon beklentileri karşılayamamış devre arasında teknik direktörlüğe Aykut'un eski takım arkadaşı Bülent Korkmaz getirilmiş hatta UEFA Kupası'nda büyük başarılara imza atılmıştır. Ancak sezon sonunda Süper Lig'de beklenilen performansın gösterilmemesinin ardından bu teknik adam ile de yollar ayrılmıştır.
2009-10 sezonunda ise kiral