e soruşturması nedeniyle takımdan ayrılan Emmanuel Emenike, 2 yıl aradan sonra 13 milyon euro karşılığında transfer edildi. Bir önceki sezonu ikinci sırada bitiren Fenerbahçe, Şampiyonlar Ligi'ne eleme turlarından katıldı. 3. eleme turunda Avusturya ligi takımlarından Salzburg'u 1-1 ve 3-1'lik skorlarla eleyerek play-off turuna yükseldi. Play-off turunda Arsenal ile eşleşen Fenerbahçe, rakibine 3-0 ve 2-0'lık skorlarla elenerek Şampiyonlar Ligi'ne veda etti. 29 Ağustos 2013 tarihinde ise devam eden şike soruşturması sonuçlanarak Fenerbahçe Avrupa kupalarından 2 yıl süreyle men edildi.

2014-15 sezonunda istifa eden Ersun Yanal'ın yerine teknik Direktörlüğe İsmail Kartal getirildi. Takıma yalnızca Diego transfer edildi. Cristian Baroni ve Joseph Yobo ile yollar ayrıldı. Miroslav Stoch, Birleşik Arap Emirlikleri ekibi Al Ain FC kulübüne 1 yıllığına kiralandı. Salih Uçan, Serie A'nın önemli takımlarından AS Roma'ya 2 yıllığına kiralandı. Galatasaray'ı penaltılar sonucu 3-2 yenerek sezona 2014 Türkiye Süper Kupası ile başladı. Türkiye Kupası'na yarı finalde Bursaspor'a elenerek veda etti. 4 Nisan 2015 tarihinde Çaykur Rizespor maçı sonrasında Trabzon Havalimanına ilerleyen otobüse Sürmene ilçesinde silahla ateş açıldı. Olayda otobüs şoförü yaralandı.

2015-16 sezonunda sportif direktörlüğe İtalyan Giuliano Terraneo getirildi. İsmail Kartal ile yollar ayrılarak Portekizli teknik direktör Vítor Pereira takımın başına getirildi. Fenerbahçe sezona hızlı ve önemli transferlerle başladı. Abdoulaye Ba ve Fabiano Riberio, Portekiz ekibi FC Porto'dan kiralandı. Simon Kjaer, Şener Özbayraklı, Fernandão, Josef de Souza ve ayrıca Nani ve Robin van Persie gibi önemli futbolcuları kadrosuna kattı. Pierre Webó, Selçuk Şahin, Bekir İrtegün, Egemen Korkmaz, Mert Günok ve kaptan Emre Belözoğlu gibi isimlerle yollar ayrıldı. Emmanuel Emenike, Birleşik Arap Emirlikleri ekibi Al Ain FC kulübüne 1 yıllığına kiralandı.

2016-17 sezonunda takımdan izinsiz olarak ülkesine giden Vítor Pereira yerine teknik direktör olarak Hollandalı teknik direktör Dick Advocaat takımın başında yer aldı.

2017-18 sezonu başında takımın daha önce 2010-2013 yıllarında teknik direktörlüğünü yapan eski futbolcu Aykut Kocaman ile 2 yıllık sözleşme imzalandı. Sezon başında UEFA Avrupa Ligi Üçüncü ön eleme turunda Sturm Graz'ı 1-2 ve 1-1 l,k sonuçlarla eleyen takım play-off turunda Makedon temsilci Vardar'a 2-0 ve 1-2'lik maçlarla yenilerek Avrupa Kupası defterini çok erken kapattı. Süper Lig'e de iyi bir başlangıç yapamayan takım 11 hafta sonunda 4 galibiyet, 5 beraberlik ve 2 mağlubiyet alarak 7. sırada yer aldı. Daha sonrasında çıkışa geçen Kocaman'ın öğrencileri ilk yarıyı lider Medipol Başakşehir'in 3 puan gerisinde ilk yarıyı 3. sırada tamamladı. İkinci devrede 12 kez kazanan Fenerbahçe 3 beraberlik 2 mağlubiyet aldı. Bu sonuçlarla ezeli rakibi Galatasaray'ın 3 puan gerisinde sezonu 2 tamamladı ve bir sonraki sezonda Şampiyonlar liginde ön eleme oynamaya hak kazandı. Sezonda 14'ü ligte olmak üzere toplam 15 gol atan Giuliano takımın en golcü ismi oldu. 2017-18 Türkiye Kupası'nda yarı finalde Beşiktaş'la eşleşen Fenerbahçe ilk maçta deplasmandan 2-2'lik skorla döndü. 19 Nisan 2018'de oynanan rövanşta maç 0-0 devam ederken çıkan saha olayları nedeni ile hakem Mete Kalkavan maçı tatil etti. 25 Nisan'da toplanan Türkiye Futbol Federasyonu yönetim kurulu maçı kaldığı 57. dakikadan seyircisiz olarak devamına karar verdi. Beşiktaş alınan karara tepki olarak 3 Mayıs olarak belirlenen tarihte sahaya çıkmadı ve Fenerbahçe 3-0 hükmen galip olarak finalde Akhisar Belediyespor'un rakibi oldu. 10 Mayıs'ta Yeni Diyarbakır Stadyumu'nda oynanan final maçında Fenerbahçe Akhisar Belediyespor'a 3-2 mağlup olarak Türkiye Kupası'nı ikinci sırada tamamladı.

2018-19 sezonu başlamadan 3 Haziran 2018 tarihinde yapılan olağan genel kurulunda 20 yıldır kulübün başkanı olan Aziz Yıldırım'ın karşısına Ali Koç başkan adayı olarak çıktı. Kongre sonucunda 20.736 geçerli oyun 16.092'sini alan Ali Koç Fenerbahçe'nin 37. başkanı oldu. Başkanlık seçiminin ardından Fransız futbol insanı Damien Comolli sportif direktörlük görevine getirildi. 18 Haziran 2018 tarihinde teknik direktör Aykut Kocaman ile yolların ayrıldığı duyuruldu.

Fenerbahçe'nin kuruluşu bahara rastladığından kulübün renkleri Fenerbahçe'nin çayırlarında açan sarı ve beyaz papatyalardan esinlenerek sarı-beyaz olarak belirlendi. İlk yıllarda takımın giymekte olduğu forma uzun kollu ve kalın olduğundan yaz aylarında oyuncular için sıkıntı yaratıyordu. Bu nedenle kulübün başkanı Nurizade Ziya Bey 1908 yılında takıma yazlık forma siparişi vermek üzere İngiliz tüccar Baker'ın dükkanına gitti. Baker, ısmarlanacak formaların yaza yetişemeyeceğini söyledi. Bunun üzerine elinin altında bulunan sarı-lacivert çizgili yazlık gömlekleri verme teklifinde bulundu. İstanbul'da başka forma satan yer olmaması ve yaz sıcakları nedeniyle teklifi kabul eden Nurizade Ziya Bey tüm formaları satın alarak, takımın renklerinin de sarı-lacivert olması yönünde karar aldı.

Fenerbahçe'nin renklerinin sarı lacivert olmasından sonra Topuz Hikmet tarafından kulübün ilk amblemi çizildi. Topuz Hikmet'in ifadesine göre, amblemde bulunan ""Fenerbahçe Spor Kulübü 1907"" yazılı beyaz yuvarlak çerçeve temizlik ve açık yürekliliği, kırmızı ve beyaz renk Türk bayrağını ve Fenerbahçeliler arasındaki sevgi ve bağlılığı, ortadaki sarı renk Fenerbahçe için duyulan gıpta ve kıskançlığı, kalp şeklindeki lacivert renk asaleti temsil etmekteydi.

Fenerbahçe 1977-78 sezonundan itibaren formasına sponspor almaya başladı. Sadece 1978-1980 yıllarında ve 1987-88 sezonunun bir döneminde sponspor kullanmadı. Günümüzde Fenerbahçe'nin formalarını Adidas üretmekte olup, forma sponsporluğunu ise Türk Telekom, Avea ve Ülker yapmaktadır. Formaların göğüs kısmında Türk Telekom'un, kol kısımlarında Avea'nın, sırt bölümünde ise Ülker'in reklamı bulunmaktadır. 2014-15 sezonunda Fenerbahçe Futbol Takımı göğüs ve kol reklamı almamıştır.

"Stadyumla ilgili daha fazla bilgi için: Fenerbahçe Şükrü Saracoğlu Stadyumu"
"Tesislerle ilgili daha fazla bilgi için:" "Can Bartu Tesisleri", "Lefter Küçükandonyadis Tesisleri", "Düzce Topuk Yaylası Tesisleri"

Fenerbahçe, iç saha maçlarını İstanbul Kadıköy'de bulunan Fenerbahçe Şükrü Saracoğlu Stadyumu'nda yapmaktadır. 1908 yılından önce "Papazın Çayırı" olarak bilinen stadın ismi, bu tarihten sonra "Union Club", 1915'ten sonra ise "İttihat Spor Kulübü" oldu. 1929 yılında Fenerbahçe Spor Kulübü'nün stadı kiralaması ile birlikte stadın ismi "Fenerbahçe Stadı" oldu. 1933 yılında kulüp tarafından satın alınan stadın adı, 1998 yılında Fenerbahçe Şükrü Saracoğlu Stadyumu olarak değiştirildi. Stad aynı zamanda, 17 Ocak 1909 tarihinde Galatasaray ve Fenerbahçe arasında oynanan ilk derbi maçına da ev sahipliği yaptı. Bununla birlikte 20 Mayıs 2009 tarihinde FK Şahtar Donetsk ile SV Werder Bremen takımları arasında oynanan 2009 UEFA Kupası Finali'ne evsahipliği yapmıştır.

Fenerbahçe, 1928 yılına kadar iç saha maçlarını bu stadda oynadı. 1928-1947 yılları arasında ise Fenerbahçe Stadı'nı, Şeref Stadyumu'nu ve Taksim Stadı'nı kullandı. 1947-1982 yılları arasında iç saha maçlarını BJK İnönü Stadyumu'nda oynadı. 1982 yılında ise yeni stadın resmi olarak açılışı ile birlikte kendi stadına geçti.

Fenerbahçe Şükrü Saracoğlu Stadyumu, 50.509 kişilik seyirci kapasitesine sahip olup, Türkiye'nin kapasitesine göre 4. büyük futbol stadyumudur.

2015-2016 sezonunda Ülker, Fenerbahçe Şükrü Saracoğlu Stadyumu'na isim sponsoru oldu. 2015-2016'dan başlamak üzere 10 sezon boyunca stadyumun adı Ülker Stadyumu Şükrü Saraçoğlu Spor Kompleksi kısaca Ülker Stadyumu olacak. Ülker, bu anlaşma karşılığında Fenerbahçe'ye 90 milyon $ ödedi.

Fenerbahçe, günlük antremanlarını İstanbul Sancaktepe'de bulunan Can Bartu Tesisleri'nde yapmaktadır. Diğer bir antrenman sahası ise daha önce "Fenerbahçe Dereağzı Tesisleri" olarak bilinen Lefter Küçükandonyadis Tesisleri'dir. Takım sezon öncesi hazırlık kamplarını ise çoğunlukla Düzce’nin Kaynaşlı ilçesinde bulunan Düzce Topuk Yaylası Tesisleri'nde gerçekleştirmektedir.

Fenerbahçe, İstanbul merkezli bir kulüp olmasına karşın, ülke çapında büyük bir taraftar topluluğuna sahiptir. 2013 Nisan ayında Bilyoner.com'un ülke çapında yaptığı araştırma sonucuna göre Fenerbahçe, Türkiye'de en çok taraftarı olan ilk 3 kulüpten birisidir. Bunun dışında Fenerbahçe'nin organize olmuş taraftar grupları bulunmaktadır. Fenerbahçe'nin başlıca taraftar grupları "Genç Fenerbahçeliler, Kill For You, 1907 ÜNİFEB, Vamos Bien, Antu/Fenerlist, EuroFeb, Cefakâr Kanaryalar(Grup CK), FEDER, Cadde" ve "Sol Açık"'tır.

Fenerbahçe taraftarının destek felsefesini ifade eden sloganı "Hep Destek Tam Destek"'tir. Fenerbahçe taraftarı maçlardan önce Eviva España şarkısının Türkçe uyarlaması olan Yaşa Fenerbahçe Marşını söylemektedir. Bununla birlikte 100.Yıl Marşı, Benim Kanım Sarı Lacivert Akıyor ve Son Mohikan şarkıları maç öncesi çalınan ve söylenen diğer şarkılardır.

Fenerbahçe'nin en büyük taraftar grubu olan Genç Fenerbahçeliler 2011 Kasım ayında Sırbistan takımı Novi Pazar'ın taraftar grubu Torcida Sandzak ile kardeş taraftar grubu olmuştur. Bu dostluğun göstergesi olarak İstanbul Büyükşehir Belediyespor ile yapılan maçta ""Kalbimiz Seninle Novi Pazar"" pankartı açılmıştır. Buna karşılık Novi Pazar'ın taraftar grubu ise kendi lig maçında ""Sancak'ta atıyor, Fenerbahçe'nin kalbi"" yazılı pankartı açmıştır.

İstanbul'un 3 büyük takımı olan Fenerbahçe, Galatasaray ve Beşiktaş 100 yılı aşkın süredir rekabet halindedir.

Türk futbolunun en büyük derbileriden olan Galatasaray-Fenerbahçe rekabeti ilk kez 17 Ocak 1909 tarihinde günümüzde Fenerbahçe Şükrü Saracoğlu Stadyumu'nun bulunduğu yerde olan Papazın Çayırı'nda başladı. Bu maçı Galatasaray 2-0 kazandı. Fenerbahçe ise ezeli rakibine karşı ilk üstünlüğünü 4 Ocak 1914 tarihinde yapılan maçta rakibini 4-2 yenerek elde etti. İstanbul'un iki yakasının takımlarını karşı karşıya getiren bu derbi maçı "Kıtalararası derbi" olarak da bilinmekte