. 584'te bir İslav talan ordusu ta başkente yaklaşıp şehrin etrafını talan etmişti. 586 işe Avarlar Selaniki kuşattılar; İslavlar ise ta Mora yarımadasına kadar Bizans arazilerini talan ettiler.

591den itibaren Mauricius inisiyatifi eline alıp İslavlar ve Avarlar üzerine seferler tertip etti. Bizans orduları Tuna boylarına ve nehri geçip barbar kavimlere bırakılmış arazilere hücuma başladı. 592 Bizans orduları Singidunum kalesini Avarlar elinden aldı. 593'te Bizans orduları başkomutanı olan "Priscos" komutanlığında Tuna Nehri güneyinde bulunan Bizans arazileri üzerinde değişik İslavlar, Avarlar ve Gepidler talan ordularını mağlup etti. Bundan sonra Tuna Nehri'ni geçerek sonradan Eflak adı ile anılan arazilerde bu barbar ordularını arayıp mağlup etti. 594de Mauricius Balkan ordularının başkomutanlığını değiştirdi ve tecrübeli ve yetenekli bir general olan Priscos yerine kendi kardeşi olan ve pek az askeri tecrübesi olan kardeşi "Peter"i başkomutan tayin etti. O yıl "Peter" emri altında Bizans ordusu Tuna Nehrini tekrar geçip yine Eflak arazilerinde askeri başarılar kazandı.

595'te Tuna Nehri'nin daha kuzeybatısında Priscos komutanlığı altında bir başka Bizans ordusu gönderilip Avarlar mağlup edildi ve 597'de aynı ordu tekrar Avarlara karşı başarılı savaşlar yaptı. Bunu üzerine Avar Kağanı olan I. Bayan ile Bizans arasında bir barış anlaşması imzalandı. Bu barış anlaşmasına genellikle uyuldu. Fakat zaman zaman yerel Avar gruplarının talan hücumları ve bunlara Bizanslıların Avarlara bırakılmış arazilere girip çok şiddetle karşılık vermeleri şeklinde anlaşmaya aykırı askeri hareketlerde ortaya çıktı. 599 ve 601'de Bizans orduları talan için hücumlarda bulunan Avar ve Gepid ordu gruplarına karşılık olarak yaptıkları hücumlarla bu kavimlerin arazilerinde büyük zararlara neden oldular. 602'de İslavlar Eflak içinde büyük bir mağlubiyete uğratıldı. Böylece Bizans orduları artık Tuna boyunu sınır olarak emniyette tutmaya başladılar. Mauricius Tuna'nın gerisinde ve devamlı barbar hücumları dolayısıyla harap olmuş ve nüfusu kaybolmuş arazilere, özellikle Doğu Anadolu'dan, yeni göçmenler yerleştirme planları yapmaya başladı.

Mauricius'un Bizans İmparatorluğu içişlerinin idaresi için çok büyük yeni bir katkısı olmuştur. Bu Bizans'ın Batı sınırlarında bulunan ve devamlı düşman tehtidi altında olan kuzey İtalya'daki Bizans bölgesi ve Kuzey Afrika'daki Kartaca merkezli Bizans bölgeleri için Eksarhlık adı verilen özel birer yerel idare sisteminin kurulması idi. Bizans İmparatorluğu'nun yerel idare o zaman imparator Diocletianus tarafından ilk olarak kurulmuş olan eyaletler ve her eyalette askeri ve sivil idarenin katı olarak birbirinden ayrılması prensiplerine göre işlemekteydi. Eksarhlık sistemi ise askeri ve sivil idarenin birleştirilip belirlenmiş bir eyalete bir hem askeri ve hem de sivil iktidar gücü olan bir Eksarh (olağanüstü güçlü valiye) siyasi iktidarın devredilmesi prensibine dayanmaktaydı. Mauricius imparqtor iken 584'te Ravenna merkezli kuzey Eksarhlığı ve 591'de Kartaca merkezli kuzey Afrika Eksarhlığı kurulmuştur. Bu Eksarhlık sistemi uygulaması suretiyle özellikle Revenna'daki İtalya Eksarhlığı Lombardların İtalya'da ilerlemesini yavaşlatmış ve hatta durdurmuştur. Eksarhlık sisteminin başarısı üzerine sonraki imparatorlar bu şekil prensiplerine benzeyen Thema sistemi geliştirmişler ve bazı tarihçilere göre bu şekil yerel idare Bizans'ın yüzyıllarca devam etmesine neden olmuştur.

597'de Mauricius bir siyasi vasiyetname hazırlamıştır. Bu vasiyetnamede İmparatorluğun nasıl idare edilmesi gerektiğine ait düşüncelerini kaleme dökmüştür. Buna göre imparatorluk ikiye bölünecek; doğusu Konstantinopolis merkezli olarak en büyük oğlu Theodosius idaresine verilecek; batı ise Roma merkezli olarak ikinci oğlu Tiberius'a verilecekti. Ayrıca iki daha genç oğluna İlirya ve Afrika Eksarhlığı verilecekti. Mauricius'un bu planı Diocletianus'in Tetrarşi sistemine çok benzemekteydi ve buna göre imparatorluğu sadece birleştirilmesi ile yetinilmeyip o zaman barbar kavimlerce işgal edilip yerleşilmiş arazileri de geri alması gerekecekti. Mauricius'un bir askeri isyan sonucu çok elemli ölümü sonucu bu vasiyetname ve planlar hiç uygulanmamıştır.

Mauricius dinsel alanlarda Kalsedon Konsili kararlarına ve prensiplerine destek vermekteydi. Fakat bu prensiplerin ortadan kaldırmayı amaçladığı Monofizit düşünce ve inançlara karşı çok müsamahakardı. Monofizit inanışların çok yaygın ve çoğunlukta olduğu Lombardlara karşı Roma'da bulunan Papa I. Gregorius'un giriştiği dinsel mücadeleye karşı olmuş ve bunun için Papa ile çatışmıştı.

602'de Mauricius, devlet harcamalarında tasarruf yapmak için, Balkanlarda bulunan ordunun kış için Konstantinopolis'e dönüp sonra ertesi yıl tekrar Tuna boylarına sefere gitmesinin masraflarını yüklenmemek için, ordunun Tuna Nehri'nin kuzeyinde kalıp kışı bir kampta geçirmesini emretti. Bundan askerler hiç hoşlanmadılar. Ordu sekiz aydan beri seferde bulunmaktaydı ve askerler hem fizikî bakımdan hem de moralman yorgun düşmüşlerdi. Bu sefer sırasında askerler pek çok ganimet toplamışlardı ve bunları paraya çevirmek ancak başkentin gelişmiş pazarlarında mümkündü. Sonra Roma ve Bizans ordusunun bir geleneği olarak askerler kışın seferden dönüp karıları ve aileleri ile birlikte olurlardı. Bunun yerine ordunun geleneksel Roma toprağı olmayan Tuna Nehri kuzeyinde bir çadırlı kampta kalması; bu kampta Panonya ovasının soğuğuna ve her türlü konfordan uzaklığına dayanmaları ve devamlı olarak barbar hücumları tehdidi altında bir kış yaşamaları istenmekteydi. Bu nedenle ordu askerleri emirleri dinlememeye başladılar ve bir ordu isyanı başladı.

Mauricius ordunun psikolojisini ve durumundan haberi yoktu ve emirlerini birkaç kere ulak ile göndermişti. Ordu icinde yetişmiş bir subay olan Phocas'i kendilerine sözcü ve başkan seçtiler. Ordu "Scurciska" (Niğbolu ve şimdiki Nikopol) kalesine geldiği zaman (Mauricius'un kardeşi olan) baskomutan "Peter"in emirlerine, açıklamalarına ve hatta yalvarmalarına yüzlerini geri çevirip söylenenlere aldırmaz hale gelmişlerdi. Roma geleneklerine uyarak "Phocas"ı kalkanları içinde ordugahta gezdirerek imparator ilan ettiler; fakat Phocas daha tereddüt halinde idi. "Peter" hayatını kurtarmak için Konstantinopolis'e kaçtı ve durumu Mauricius'a açıkladı. İsyancılardan getirdiği mesajda mutlaka Phocas'ın imparator olmasını istemediklerini ama Mauricius'un da imparator kalmasının imkânsız olduğunu, fakat Mauricius ailesinden uygun bir kişiyi imparator olarak kabul edecekleri bildirilmişti. Bu uygun kişi ya 17 yaşında ve ortak imparator olarak taç giymiş Mauricius'un büyük oğlu "Theodosius" ya da onun kayınpederi "Germanus" olabilecekti. Bir sürek avında bulunan bu iki kişiyi Mauricius yakalama emrini verdi. Theodosius yakalanıp meydan dayağına çekildi; Germanius ise Ayasofya'ya sığındı.

İsyancı askerlerin Konstantinopolis üzerine yürümekte oldukları haberleri gelmeye başladı. Mauricius şehrin kapılarını kapayıp direnmek için şehirdeki partiler ("demes") olan "Maviler" ve "Yeşiller" 'in desteğini sağlamaya çalıştı. Başarı kazanamadı. Şehirde ahali de imparator aleyhinde gösterilere başlamıştı. 12 Kasım'da İmparator, karısı ve 8 çocuğu birkaç sadık yüksek devlet yönetici memuru ile birlikte gizlice bir gemiye binerek Marmara Denizi'ne açıldılar ve İzmit Körfezi kıyısında bir kilise yakında karaya çıktılar. Gut yüzünden ayağından mustarip olan Mauricius, karısı ve çocukları burada saklandılar. Yüksek devlet memurları imparatorun damadı olan Sasani İmparatoru II. Hüsrev'den yardım istemek için Anadolu'ya yöneldiler.

Phocas ise başkente geldiğinde fikrini değiştirdi. Askerlerin imparator olmasını kabul edecekleri Theodosius babasıyla kaçıp saklandığı ve Germanius'un ise sığındığı Ayasofya'dan yaptığı soruşturmalar sonunda şehrin partileri ("demes") ve halkı tarafından tutulmayacağını öğrendiği haberleri ona da erişmişi. Phokas şehir yakınlarında kaldığı ordugahtan haber göndererek Konstantinopolis Patriği'nin ve Senato üyelerinin "Vaftizci Aziz John" Kilisesine hemen gelerek kendinin imparatorluk taç giyme törenini icra etmelerini istedi ve birkaç saat sonra bu tören çabukça yapılıp bitirilip, Phokas resmen Bizans İmparatoru oldu. Bunu bir genelge olarak Ayasofya'da halka da ilan ettirdi. Ertesi gün Phokas sanki bir Zafer alayı gibi dört beyaz atla çekilen bir harp arabasına binmiş halde başkent sokaklarında bir imparatorluk gösterisi yaptı. Sonraki gün ise daha şaşaalı bir törenle karısı Leontia'ya Augusta olarak taç giydirildi.

Mauricius daha yaşamaktaydı ve yeni imparator Phocas onu aratmak için kendi yakını bir ordu birliğini onu aramak için Asya tarafına gönderdi. Çok geçmeden Mauricius ve ailesi saklandıkları kilisede bulundular. 27 Kasım 602 günü "Lilius" adlı bir subay emrindeki bu birlik askerleri önce Mauricius'un 3 oğlunu öldürdüler ve sonra da Mauricius'u öldürüp kafalarını kesip Konstantinopolis'e getirdir bunlar halka gösterdiler. İmparatoriçe Konstantina ve üç kızı rahibe yapılıp manastırlara gönderildiler. Fakat üç yıl sonra Phocas onları da öldürttü.

Mauricius'un imparatorluk dönemi sırasında ülke daha Doğu Roma İmparatorluğu şeklinden ayrılmamış ve Bizans şekline girmemişti. Zamanında saray, devlet bürokrasisi ve silahlı kuvvetler içinde konuşma ve yazışma Latince idi. Mauricius askerlikten yetişmiş ve genel olarak çok yetenekli ordu başkomutanı ve imparator nitelikleri göstermiştir. Bu görevlerinde kavrayış, cesaret ve içten heves göstermiştir. İranlı Sasanilere özellikle II. Hüsrev'e karşı ve Balkanlarda Slav ve Avarlara karşı askeri kampanyalarında ve barış müzakerelerinde askeri ve dışişleri sorunları üzerindeki bilgi ve tecrübesi Doğu Roma İmparatorluğu için avantajlı sonuçlara yol açmıştır. Askeri ve sivil idareyi tek bir ele toplayan Eksarhlık idarelerini kurması ve kendinde çok sonra aynı bu idarelerin thema adı bütün imparatorluğu kapsayan yöresel idari birimleri olması ileri görüşlü devlet idareciliğini göstermektedir. Bu thema sistemi yerel idare Bizans İmparatorluğu iç