Nasturiler'in bir kısmı karara aykırı bir şekilde tehcire tabi tutulmuştur. Diyarbakır'da Ermeniler ve diğer Hristiyan ahaliden yaklaşık 2.000 kişi öldürüldüğünde ise Osmanlı hükümeti, Ermeniler için uygulanan inzibat tedbirlerinin (Akçam'ın kitabında "öldürme eylemleri") diğer hristiyanlar için uygulanmaması gerektiğini hatırlatan telgraf çekmiştir.

Bunu izleyen aylarda Anadolu'nun Ermeni nüfusunun büyük bir kısmı kafileler şeklinde yola çıkarılarak, bölgedeki varlık mücadelesinin zorlukları nedeniyle çatışmalardan arık bulunan nadir osmanlı toprakları arasına giren, Suriye Çölü'ndeki Deyrizor'da kurulan toplama kamplarına sevkedilir. Kafilelere katılanların önemli bir bölümü yolda ölür veya öldürülür. 4 Ağustos'ta yayımlanan bir hükümet emriyle Katolik ve Protestan Ermenilerin sevki durdurulsa da bu emrin bir etkisi olmaz.

Türk Tarih Kurumu eski başkanı Yusuf Halaçoğlu'nun Osmanlı Arşivlerine dayanan rakamlarında, bölgedeki çetelerin saldırısı, hastalık vb. durumlarla toplam 56.610 Ermeninin öldüğü aktarılmaktadır.

Tehcire tabi tutulan kimselerin mecliste, 1919 senesinden itibaren tekrar iskan edilmesi kararı alınır, ve uygulamalar sonucuna, mahfuz arşiflere göre, 277.000 civarında ermeni tekrar memleketlerine yerleştirilmiştir.

Tehcir sürerken, kendilerine verilen yetkiyi istismar eden, görevini kötüye kullananlar hakkında yargılama yapılmıştır. Henüz savaşı hangi tarafın kaybedeceğinin de belli olmadığı Eylül 1915 ile Haziran 1916 arasında, vilayetlerde kurulan Divan-ı Harbi Örfi mahkemelerinde 1.673 kişi yargılanmış, 67’si idam olmak üzere 659'u cezalandırılmıştır. Bu yargılamalar, Osmanlı devletinin sistematik soykırım amacı gütmediğinin kanıtlarının başında gösterilmektedir. Asker, memur ve sivillerden oluşan toplam 1.673 kişi yargılanır. Bunlardan 67’si idama, 524 kişi hapse, 68 kişi kürek, para, pranga ve sürgün cezalarına çarptırılırlar. 1918 senesi ve Mondoros Mütarekesi’ne kadar aralıklarla yapılan yargılamalarda cezalandırılanların sayısı bir kat daha artarak 1.397'ye kadar yükselir.

1918 senesinde ise, ilk olarak 28 Ekim 1918’de Talat Paşa ve Said Halim paşa Yüce Divan'a sevkedilecekler. Çok geçmeden de 19 Şubat 1919’da Birinci Cihan Harbi'nin tarafsız ülkeleri Danimarka, İsveç, İsviçre, Hollanda ve İspanya’ya başvurularak iddiaları soruşturmak üzere ikişer yargıç görevlendirmelerini talep edilecektir. Ancak, bu girişimi İngilizler ve Fransızlar engelleyeceklerdir.

Birinci Dünya Savaşı'ndan sonra 18 Ocak 1919 tarihinde Britanya Yüksek Komiseri Amiral Calthorpe Malta Adası'na götürülür ve bu olaylarda katliam yapmakla suçlanan 145 kişinin yargılandığı bir mahkeme kurulur. 29 Temmuz 1921'de İngiliz Kraliyet Başsavcısı sanıkların hepsine beraat kararı verir. Bu mahkemede ABD tarafından da ellerinde bu konunun soykırım olduğunu gösterir hiçbir belge olmadığı bildirilmiştir (ABD o dönemde bölgede konuyla ilgili gözlemciler bulundurmaktadır).


Teşkilât-ı Mahsusa'nın kayıtlarının imha edilmiş bulunması ve İttihat ve Terakki Cemiyeti kayıtlarının kaybedilmiş olması, bunların işe bulaşmış olup, tehcir kanununun gerçekde bir toplu imha projesi olduğu tezini kanıtlamayı kimilerince güçleştirmektedir.

Teşkilât-ı Mahsusa ve İttihat ve Terakki arşivlerinin Ekim-Kasım 1918'de, yani Osmanlı Devleti'nin savaşta yenildiği ve Talât Paşa hükûmetinin düştüğü günlerde, yakılarak imha edildiği aktarılmaktadır.

Şevket Süreyya Aydemir, Talât Paşa'nın 7 Kasım 1918'de yurt dışına kaçmadan önce Arnavutköy'de bulunan bir dostunun yalısına bavullar dolusu evrak götürdüğünü ve bu evrakların yalının alt katındaki ocakta yakıldığı nakledildiği aktarmıştır.

Teşkilât-ı Mahsusa şefi Hüsamettin Ertürk'e göre, 14 Ekim 1918'de kurulan Ahmet İzzet Paşa hükûmeti, Teşkilât-ı Mahsusa Müdürlüğü'ne çalışmaların derhal durdurulması ve arşivlerin yokedilmesi emrini vermiştir.

Mithat Şükrü (Bleda) ve Ziya Gökalp'a göre, önemli evraklar Dr. Nazım Bey tarafından alınıp götürülmüştür.

Teşkilât-ı Mahsusa hakkında (bu güne kadar tek köklü araştırmanın yazarı olan) Philipp Stoddard'a göre, Teşkilât-ı Mahsusa Ermeni tehcirinde hiçbir rol oynamamıştır. Guenter Lewy Stoddard'la 2001 senesinde görüştüğünü ve Stoddard'ın hâlâ aynı görüşü savunduğunu bildirmiştir.

2005 senesinde yayınlanan, Talat Paşa'nın Enver Paşaya yazmış olduğu bir mektupta Teşkilât-ı Mahsusa ile ilgili şu ifadeleri bu iddianın yanlışlığını belgelemektedir : "(...) Mayıs'ın yirmi beşine kadar olan İstanbul gazetelerini okuduk. Arkadaşları 
Teşkilât-ı Mahsusa'dan dolayı itham ediyorlar. Guya bütün Ermeni ve Rum tehcirini ve bir takım fenalıkları 
Teşkilât-ı Mahsusa yapmış. Bu da İttihat ve Terakki Merkez-i Umumisi'ne tabi imiş. Bundan bir netice çıkaramadıkları reis ve müddeiumumilerin mütemadiyen istifa ettikleri anlaşılıyor. Mahkum edemeyeceklerini anladıklarından dolayı, Malta'ya göndermiş olacaklar. (...)"

Örgütün kayıtlarını ermeni sorunu nedeniyle imha etmiş olması tezi, Talat Paşa'nın ermeni tehciri konusunda kaleme almış olduğu evrâk-i metrukesi'nin mahfuz olması nedeniyle, savunulan imhanın önceliğinin ermeni faciası olamayabileceği antitezini ayrıca kuvvetlendirmektedir.

Kayıtların imha edilmesi konusunda, somut olarak soykırım projesinin belgelerinin yok edilmesi tezinin haricinde farklı gerekçeler öne çıkmaktadır. Teşkilatın yurt içi ve yurt dışında, (kimileri idamla sonuçlanabilecek olan) çok sayıda yasa dışı eylemleri bulunuyordu : karşı-istihbarat, propaganda, örgütlenme, suikast ve darbe gibi. Bu gizli örgütün 8 Ekim 1918'de İttihat ve Terakki hükümetinin iktidardan ayrılması ile tasfiye edilmiş olması neticesinde üyelerinin divan-ı harpça takibe alınılması kararlaştırılmıştı. Söz konusu kayıtların imha edilme gerekçelerinin, savunulan tehcirde teşkilatın rol oynamasıyla ilintilendirilmesinin dışında, dönemin osmanlı hukukunca idama kadar gidebilecek olan pek çok suçları olması kayıtlarını imha etmelerini kuvvetle izah etmeye yetebilir niteliktedir.

Ankara İstiklal Mahkemesinde İzmir Suikastı sanıklarından Kör Ali İhsan Bey sorgu esnasında elindeki (Kırım ile ilgili ?) bütün belgeleri yaktığını söylemiştir.

Belgelerin bazısının (örneğin: Andonyan Belgeleri) düzmece olduğu ortaya çıkarılmıştır. Bundan dolayı hükûmetin parmağı olduğunu kanıtlama iddiasındaki yayınların birçoğu savaş zamanındaki propagandanın damgasını taşımaktadır.

Savaş zamanının Alman kaynakları hakkında aynı şey (propaganda olduğu) savunulmamıştır.

Enver Paşa'nın amcası Halil Paşa (Kut) anılarında (güncel Türkçe çeviriye göre) şöyle yazmıştır:

Ahmet Refik 1919'da yayımlanan "İki Komite İki Savaş" adlı eserinde İttihatçıların Ermenileri imha etmek ve bu surette Vilâyât-ı Sitte meselesini ortadan kaldırmak istediğini aktarmıştır.

Bursa milletvekili Hasan Fehmi Bey (Kolay), TBMM'nin 17 Teşrinievvel 1336 (17 Ekim 1920) tarihli gizli oturumunda şöyle konuşmuştur:
Vahakn N. Dardian'ın aktardığına göre, Mustafa Kemal (Atatürk), yabancı basına karşı kitle halinde acımasızca evlerinden göçürülen ve kırıma uğratılan milyonlarca Hristiyan yurttaşımızın hayatlarının hesabını vermek zorunda olduğunu söylemiştir. Fakat "Türkiye'de zuhura gelmiş şayan-ı arzu olmayan bazı ahval" olarak bahsettiği olaylarda Ermenilerin başına ne geldiyse kendi politikaları yüzünden geldiğini söyleyerek Müslümanların sorumlu tutulmayacağını eklemiştir.

Mustafa Kemal Atatürk, bu Ermeni sorununun kapitalist devletler tarafından kendi yararlarına göre çözümlenmek istediğini şu sözleri ile belirtmiştir:

Ermeni Kırımı sırasında kaç Ermeni'nin hayatını kaybettiğine dair fikir birliği olmamasına rağmen batılı tarihçiler, 1914 ve 1918 arasında 500.000'den fazla Ermeni'nin öldüğünü genel anlamda kabul eder. Tahminler 800.000 ile 1,500.000 (Fransa, Kanada ve diğer bazı devletlerin rakamı) arasında değişiklik gösterir. "Encyclopædia Britannica", Britanya Dışişleri Bakanlığı yetkilisi Arnold J. Toynbee'nin yaptığı bir araştırma sonucunda 600.000 Ermeni'nin "öldüğünü veya tehcir sırasında katledildiğini" belirttiği 24 Mayıs 1916 tarihli rapora dayanarak aynı sayıyı aktarır. Ancak bu rakam Kırım'ın yalnızca ilk yılını hesaplamıştır ve Mayıs 1916'dan sonra hayatını kaybedenler bu sayıya dahil değildir.

Daha önceden Talat Paşa'ya ait olan belgelere göre 1915'ten 1916'ya kadar 970.000'den fazla Osmanlı Ermenisi, ülkenin resmî nüfus kayıtlarında ortadan kayboldu. Belgeler ve kayıtlar, 1983'te Paşa'nın eşi Hayriye Talat Bafralı tarafından bunları "Talât Paşa'nın Evrak-ı Metrukesi" ("Talat Paşa'nın Kara Kaplı Defteri" olarak da bilinir.) adıyla yayımlayacak olan Türk gazeteci Murat Bardakçı'ya verildi. Belgelere göre, Osmanlı İmparatorluğu'nda 1915 yılına gelmeden önce 1,256.000 Ermeni yaşamaktaydı. Ancak Talat Paşa'nın kendisinin eklediği dipnotta bu sayının yüzde 30 kadar fazlasının gerçek rakamı vereceği tahmin edilmiştir. Buna ek olarak Paşa, yaptığı hesaplamaya Protestan Ermenileri dahil etmemiştir. Bu yüzden tarihçi Ara Sarafyan'a göre savaş başlamadan önce imparatorluğun Ermeni nüfusu 1,700.000 civarındaydı. İki yıl sonra 1917'ye gelindiğinde ise bu sayı 284.157'ye düşmüştü.

Amerikalı tarihçi Justin McCarthy, savaş öncesindeki Ermeni nüfusunu ve ardından ölümden kurtulan kişi sayısını tahminen hesaplayarak 600.000'den biraz az sayıda Ermeni'nin 1914 ile 1922 arasında öldüğünü öne sürdü. Daha sonradan yayımladığı makalelerden birinde ise 1913'teki kayıtlar göz önüne alındığında sayıya 250.000 kişinin daha eklenmesi gerektiğini yani toplamda 850.000 kişinin hayatını kaybettiğini ifade etti.

Ancak McCarthy'nin rakamlarına birçok uzman tarafından karşı çıkılmıştır. Bunlardan Frédéric Paulin, McCarthy'nin metodolojisini sert bir şekilde eleştirerek kusurlu olduğunu öne sürdü. Diğer uzmanlardan Hilmar Kaiser de profesörler Vahakn Dadrian ve Levon Marashlian gibi benzer eleştiriler sundu. Bu eleştiriler yalnızca McCarthy'nin metodolojisi ve hesaplama sonuçlarıyla ilgili değildi, ayrıca kendisinin birincil kaynaklarıyla yani Osmanlı nüfus sayımlarıyla da ilgiliydi. Eleştiri yapan uzmanlar, 1912'de yapılmış resmî bir nüfus sayımı o