i Semaun olacak ve Darsosno da yardımcısı olacaktır. Parti genel sekreteri dahil olmak üzere liderlerinden beş tanesi Hollandalı olan örgüt Komünist Enternasyonal’e dahil edilir. 3. Enternasyonal olarak da bilinen bu uluslararası birliğe dahil olan ilk Asya komünist partisidir. 1921 yılındaki Komünist Enternasyonal 2. Kongresinde partiyi Henk Sneevliet temsil eder. Sarekat Islam’ın aynı yıl içindeki altıncı kongresine giden dönemde parti Sneevliet’in etkisinden ve gitmekte olduğu yönden rahatsız olacak ve buna karşı önlem alacaklardır. Örgütün sekreteri Agus Salim, üyelerinin başka bir örgüte üye olamayacaklarını açıklayacak ve ISDV etkisini kırmaya çalışacaktır. Tan Malaka ve Semaun’un muhalefetine rağmen öneri kabul edilir, komünistler taktik değiştirmek zorunda kalır. Bu dönemde Hollanda koloni yönetimi siyasi faaliyetlere çok sıkı önlem almaktadır, bunun üzerine Sarekat Islam dini konulara ağırlık vermeyi tercih ederek siyaset alaındançekilecektir. Böylelikle komünistler ülkede aktif siyaset yapan tek özne haline gelirler. 1922 yılında Semaun Moskova’daki bir işçi konferansına katılırken Tan Malaka sürmekte olan bir işçi grevini ülke çapındaki tüm sendikaların katıldığı bir eyleme çevirmeye çalışır. Girişim başarısız olur, Tan Malaka tutuklanır, ülke içinde veya dışında sürgüne gitmek arasında seçim yapması istenir. O ise yurt dışına çıkmayı seçerek Sovyetler Birliğine gider. Mayıs 1922’de Semaun Rusya’da geçirdiği 7 aydan sonra döner ve işçi sendikalarını örgütlemeye başlar. 22 Eylül 1922’de Persatuan Vakbonded Hindia (Endonezya Sendikaları Birliği) kurulur. 1924 yılındaki Beşinci Komintern toplantısında komünist partiler için en önemli olanın sendikalarda söz sahibi olmak olduğu bildirilir. Bu olmadan devrimin başarılı olamayacağı belirtilir. PKH sendikalara yoğunluk vermeye başlar. 1924 yılında parti ismi tekrar değişir ve "Partai Komunis Indonesia" PKI (Endonezya Komünist Partisi) adını alır.

Mayıs 1925’de Komintern Yürütme Komitesi toplantısında Endonezya’daki komünistlere komünist olmayan ulusal örgütlerle birleşik bir anti-emperyalist cephe kurulması talimatını verdi. Ancak partideki Alimin ve Musso yanlıları Hollanda koloni yönetimini devirmek için bir ayaklanma planını uygulamaya geçirirler. Java’da Prambanan şehirnde yapılan konferansta komünistlerin elindeki sendikalar devrimci ayaklanmanın demiryolu işçilerinin greviyle başlamasına karar verirler. Bu şekilde genel grev başaltılacak ve devrimci ayaklanma başlatılacaklardır. Endonezya Komünist Partisi de Hollanda koloni yönetiminin yerini alacaktır. Ayaklanmanın Padang Sumatra’da başlaması öngörülmekteydi ancak 1926 yılı başında başlatılan geniş çaplı tutuklamalar sonucunda örgütlenme yasağı getirilecek, birçok PKI üyesi tutuklanacak, parti iyice yeraltına çekilmek zorunda kalacaktır. Ayaklanmanın planlaması ve zamanlamasına dair başarısızlık yüzünden parti içerisinde huzursuzluk ve ayrılık yaşanacak, Komintern’in Güneydoğu Asya ve Avustralya sorumlusu olan ve ayaklanma planına başından beri karşı çıkan Tan Malaka’ya göre partinin yeterince kitle desteği yoktur. Bu fikir ayrılıkları yüzünden Haziran 1926’da ayaklanma planı ertelenir. Bu karara rağmen 12 Kasım günü Batavia (bugünkü Cakarta) şehrinde sınırlı bir ayaklanma yaşanır. Benzer patlamalar Padang, Bantam ve Surabaya’da yaşanır. Batavia’da bir-iki gün içinde bastırılan ayaklanma, ülkenin diğer yerlerinde de sorunsuzca yenilgiye uğratılır. Ayaklanmalar yüzünden 13.000 kişi tutuklanır, 4.500 kişi hapis cezalarına çarptırılır, 1.308 kişi esir kamplarına atılır, 823 kişi de Yeni Gine’de sürgüne gönderilir. Birçok kişi tutukluyken hayatını kaybedecektir. Koloni yönetimi komünist olmadığı belli olan birçok kişiyi de hedef alır. Komünistleri yakalama bahanesiyle her türlü özgürlüğün bastırıldığı bir ortam yaratılacaktır. 1927 yılında PKI yasa dışı ilan edilecektir. Yeraltına çekilen parti Hollanda ve daha sonra Japon kaynaklarına göre rejim için tehdit unsuru olarak görülmemiş ve aldığı darbeden sonra toparlanamamıştır. Yeraltındaki partinin önde gelen liderleri tutuklandığı için geçiş dönemi zor olmuştur. 1935 yılında Moskova’da sürgünde bulunan Musso, gizlice ülkeye dönerek PKI yeraltı örgütünü tekrar oluşturmaya girişir. Parti bu sırada sendikalardaki hakimiyetini tekrar kazanmaya çalışacak, Hollanda’daki Endonezyalı öğrenciler arasında örgütlenecektir.

Endonezya Komünist Partisi II. Dünya Savaşından sonra Japon işgalinin ardından siyasi sahneye tekrar aktif olarak çıkar. Hollanda’dan bağımsızlığın alınması için yoğun faaliyet gösterir. Japon işgaline karşı silahlı direnen birçok gerilla partinin emrindeydi. Hollanda koloni yönetimine karşı başarıyla mücadele veren komünistler, ulusal lider Sukarno’yu düşündürmekteydi. Sukarno, kendi konumunu tehdit eder gördüğü komünistlerden kurtulmak için bahane aramaktadır. Ayrıca bağımsızlık isteyen muhafazakar kuvvetler ve ABD başta olmak üzere Sovyet karşıtı Batılı ülkeler tarafından da komünistlerin güçlü varlığı rahatsız edicidir. Bu yüzden komünistlerle diğer bağımsızlık yanlısı güçler arasındaki ilişkiler hiç iç açıcı değildir. Şubat 1948’de PKI ile Endonezya Sosyalist Partisinin sol kanadı Halın Demokratik Cephesi adı altında birlikte mücadele etmeye başlayacaktır. Cephe fazla uzun ömürlü olmasa da sol kanat PKI ile birleşecektir. 11 Ağustos 1948 günü Musso 12 yıl Sovyetler Birliğinde kaldıktan sonra Cakarta’ya döner ve partinin yönetim kademesi, Politbürosu yeniden oluşturulur. 1948 yılında imzalanan Renville Anlaşması sonucu silah bırakan bazı komünist gerillaların varlığı Endonezya sağını rahatlatacak ve saldırıya geçmeye teşvik edecektir. Bazı silah bırkamayan gerilla birlikleri öldürülecek ve büyük tepki alacaktır. Tepkilerin artması ise komünistlerin üzerine yürümek isteyen muhafazakar örgütlerin eline bahane verecektir. Ordu istihbaratının iddialarına göre Endonezya Sovyet Cumhuriyeti peşinde olan komünistler ayaklanma peşindeydi. İddiaları reddeden PKI kamuoyunu sükunete çağırsa da komünistlere karşı yeni bir bastırma harekatı başlamıştır. Bu sefer binlerce parti militanı öldürülecek ve 36.000 kişi tutuklanacaktır. Öldürülenler arasında 31 Ekim günü öldürülen Musso da bulunmaktadır. Aidit ve Lukman Çinne kaçacaktır, PKI yasal olarak yasaklanmasa da fiilen ağır saldırıya maruz kalmıştır. Partinin yeniden inşası 1949 yılında olacaktır. Partinin yeni yayınları Harian Rakyat ve Bintang Merah yeni dönemde etkili olacaktır. 1950’li yıllarda parti Dipa Nusantara Aidit liderliğinde Endonezya cumhurbaşkanı Sukarno yönetiminin sömürgeciliğe ve Batıya karşı ulusal tutumunu destekler. Aidit ve ekibi (Sudisman, Lukman, Njoto ve Sakirman) partiye yeni katılan genç bir kuşaktır, hiçbirisinin yaşı 30’un üzerinde değildir. Aidit liderliğinde parti gittikçe büyüyecek, 1950 yılında 5.000 olan üye sayısı 1954 yılında 165.000’ e çıkacak, 1959 yılında ise rekor bir sayı olan 1.5 milyona ulaşacaktır.

1955 seçiminden önce PKI, Sukarno’nun güdümlü demokrasi planlarını savunmakta ve Sukarno’nun aktif bir destekçisiydi. 1955 seçimlerinde PKI oyların %16’sını alarak dördüncü sırada yeraldı. 257 koltuklu mecliste 39 vekillik, 514 koltuklu senatoda ise 80 vekillik aldı. Bu dönemde Java’da sürmekte olan Hollanda hakimiyetine karşı muhalefet PKI siyasetinde ön planda yer aldı. Bu gelişmelere rağmen İslamcı Masyumi Partisi komünist partinin kapatılmasını isteyebiliyordu. PKI kontrolünde olan sendikalar ise Hollandalı şirketlere el konmasını talep ederek eyleme geçecektir. El konan yabancı şirketlere karşı verilen mücadele, komünistlerin ulusal ölçekte sahiplenilmesini sağlanmış olacaktır. karışık iç siyasi ortam sürerken Şubat 1958’de ABD yanlısı ordu üst yönetimi ve sağcı partiler darbe girişiminde bulunurlar. Sumatra ve Sulawesi’de iktidarı ele geçiren güçler Endonezya Cumhuriyeti Devrimci Hükümetinin kurulduğunu ilan ederken komünistleri tutuklamaya ve öldürmeye başlar. PKI ise isyanın bastırılması için sukarno yönetiminden yana olacak ve sonunda isyan bastırılacaktır. 1959 Ağustos ayında ise ordunun PKI kongresinin toplanmasını engelleme girişimi başarısız olacaktır. Ülkedeki denge veya pat durumunu belki de 1960 yılındaki Sukarno sloganı en iyi şekilde açıklar; Nasakom yani Nasionalisme (Milliyetçilik), Agama (Din), Komunisme (Komünizm). Sukarno’nun siyasetinde komünizmin yeri resmileşse de ülkedeki tehlikeli denge durumu sürmekte ve alar çanları çalmaktadır.

PKI, Sukarno’yu desteklese de, siyasi olarak otonomisini kaybetmedi. Mart 1960’da PKI, Sukarno’nun ülke bütçesini demokratik olmayan şekilde kullandığı için eleştirecektir. Temmuz ayında ise hükümeti eleştiren yazılar sebebiyle PKI yönetimi ordu tarafından tutuklansa da Sukarno’nun emriyle serbest bırakılacaktır. Partiye artan destek üye sayısına da yansıyacak ve 1965 yılında üye sayısı 3 milyon olacaktır. Endonezya Komünist Partisi Sovyetler Birliği ve Çin dışındaki en güçlü komünist parti haline gelir. Partinin kkitle örgütlerinde önemli desteği vardı. Buna örnek olarak Tüm Endonezya Merkezi İşçi Örgütü (Sentral Organisasi Buruh Seluruh Indonesia), Halkçı Gençlik (Pemuda Rakyat), Endonezyalı Kadınlar Hareketi (Gerakan Wanita Indonesia), Endonezya Kadınlar Cephesi (Barisan Tani Indonesia), Halk Kültürü Ligi (Lembaga Kebudayaan Rakyat) ve Endonezyalı Aydınlar Birliği (Himpunan Sarjana Indonesia). Parti ve onun örgütlerinin toplam üyeliği en yüksek seviyesindeyken Endonezya nüfusunun beşte birine eşitti. Mart 1962’de PKI hükümete katılır. PKI liderleri Aidit ve Njoto bakan olacaktır. Aynı yıl Nisan ayında parti kongre toplayacaktır. 1963 yılında Malezya, Endonezya ve Filipinler hükümetleri bölgesel toprak anlaşmazlıklarıyla ilgili yapılan zirvede Filipinler Cumhurbaşkanı Macapagal tarafından ortaya atılan bölgesell bir birlik olan Maphilindo Konfederasyonunu gündeme alırlar. PKI Maphilindo birliğini reddetmekteydi. PKI militanları komşu Malezya’ya geçmekte ve İngiliz, Avustralya birliklerine saldırmaktaydı. Bazı gruplar ise Malaya’daki kavgaya katılmak için oraya kadar gitmişti. PKI’ye bağlı silahlı birlikleri