u 1956-57, 1957-58 ve 1958-59 sezonlarında da devam etmiştir. Bu dönemin yenilmez şampiyonu Fenerbahçe Türkiye Şampiyonalarında da da rakipsizliğini sürdürmüş, 1957 yılında Ankara Koleji'ni, 1958 yılında da Gazi Eğitim Enstitüsü'nü mağlup ederek üç sene üst üste Türkiye şampiyonu olmuştur. 1959 sezonunun sonunda 13-15 Mart'ta İstanbul'daki Türkiye Şampiyonası'nda ise Kolej ve PTT'yi farklı yenen Fenerbahçe sürpriz bir şekilde Gazi Eğitim Enstitüsü'ne 44-37 yenilince Türkiye ikinciliğinde kalmıştır.

İstanbul Ligi ise Fenerbahçe’nin yine yenilmeden kazandığı 1958-59 Şampiyonluğundan sonra yeni bir şampiyon çıkarmıştır: İstanbul Üniversitesi Spor Kulübü (İÜSK). 1959-60 sezonundan itibaren Galatasaray ve Beşiktaş'ın bu spordan el çekmesiyle Fenerbahçe bu branşta üç büyüklerden tek temsilci olarak kalmış, ancak voleybol takımının da 1955-60 arasındaki seri şampiyonluklarının en büyük pay sahibi olan Ayten Salih'in doktorluk mesleğini icra etmek üzere yeni kurulan memleketi Kıbrıs'a gitmek üzere takımdan ayrılmasıyla sarı-lacivertli takım da güç kaybetmiştir.

Fenerbahçeli kadın basketbolcular 1960'lı yıllarda İÜSK'dan sonra İstanbul'un en kuvvetli takımı olma vasfını korumuşlardır. 1960-68 yılları arasındaki dokuz İstanbul Ligi sezonunda da İstanbul ikincisi olan takım, 1963-64, 1964-65, 1965-66, 1966-67 ve 1967-68sezonlarında rakibini dize getirmesine rağmen averajla şampiyonlukları kaybetmiştir. Hakkı olmasına rağmen çoğu zaman maddi nedenleri öne sürerek Türkiye Şampiyonası'na katılmayan Fenerbahçe, sadece Mayıs ayında Ankara'da düzenlenen 1965, İzmir'de düzenlenen 1967 ve Nisan ayında İzmit'te düzenlenen 1968 Türkiye Şampiyonalarına iştirak etmiş ve üç turnuvada da dördüncülük ve beşincilik almıştır. 1968 yılı bu takımın son faaliyet senesi olmuştur.

Fenerbahçe kadın basketbol branşını on yıl aradan sonra 1978'de dirilterek genç takım kurmuştur. 1978-79 sezonunda büyük başarı göstererek İstanbul ikincisi olan takım bir yıl sonra A takım haline getirilerek İstanbul Ligi'ne katılmıştır. Sadece Galatasaray'ı iki maçta da yenen takım beşinci olmuş, 1980-81'de ise ligdeki güçlü takımların yeni kurulan Türkiye Kadınlar Basketbol Ligi'ne katılmasıyla iddialı konuma gelmiş ve İÜSK'nın ardından İstanbul ikinciliğine ulaşmıştır. 1981-82 sezonunda ise Müge, Şengül, Vicdan, Kıvanç, Pınar, Efsan, Meltem, Duygu, Efsan, Mine, Esra, Fergün ve Çiçekler'den oluşan takım 1. Küme şampiyonluğunu kazanmıştır. Ancak, her iki sezonda da Türkiye Kadınlar Basketbol Ligi'ne terfi müsabakalarına katılma hakkı bulunan Fenerbahçe, Lassa, MTA, Ormanspor, Urla, Kağıtspor ve Ankara DSİ gibi müessese takımlarıyla rekabete girişmeyi ilke olarak uygun görmemiş ve maddi nedenlerden ötürü bu ligde kalmayı tercih etmiştir.

İki sezon ilk ikiye giremedikten sonra 1984-85 İstanbul şampiyonluğunu bir kez daha kazanan Antrenör Yaman Eymür tarafından çalıştırılan sarı-lacivertli kadro, Deplasmanlı Lig'e katılma hakkını bu defa 1985 terfi müsabakalarında ilk ikiye girmesi gerekirken Ormanspor ve Urlaspor'un gerisinde kalarak kaçırmıştır.

1985 yılında maddi nedenlerden ötürü dağılan takım 1987'de yeniden toparlanmış ve ilk sezonunda İstanbul üçüncüsü olduktan sonra müteakip sezon İstanbul şampiyonluğunu kazanmış, ancak 2-4 Haziran 1989'da Çanakkale'de düzenlenen terfi müsabakalarında Antalya Koleji ve Ankara Kolejliler'in gerisinde kalarak hedefini bir yıl ertelemek zorunda kalmıştır. 1989-90 sezonunda bir kez daha İstanbul şampiyonu olan takım bu defa Kütahya'da 27-29 Nisan 1990 tarihlerinde düzenlenen terfi müsabakalarında Ormanspor'u 47-43 yenerek ve BOTAŞ'ın ardından ikinci olarak tarihinde ilk kez Türkiye Kadınlar Basketbol Ligi'nde mücadele etme hakkını kazanmıştır.

Buradaki ilk sezonunda ezeli rakibi Galatasaray ile şampiyonluk yarışına giren sarı-kanaryalar kader maçında 19 Ocak 1991'de ilk yarıyı 44-34 önde kapamalarına rağmen 72-68 yenilerek ikincilikte kalmışlar, ancak bu yenilginin rövanşını 4 Nisan'da 70-64'lük galibiyetle Gençlik ve Spor Genel Müdürlüğü Kupası'nı kazanarak almışlardır. Bir sonraki sezon tarihindeki ilk yabancı oyuncusu Adrian Vickers'i kadroda tutarak ve ilave takviyelerle tekrar Galatasaray ile çekişen takım bu defa 4 Nisan 1992'deki kader maçında 63-62 yenilerek yine ikincilikte kalmıştır. Bu sezon Ronchetti Kupası'nda Çekoslovak VSS Kosice takımıyla eşleşen Fenerbahçe ilk turda elense de tarihinde ilk kez Avrupa Kupalarında boy göstermiştir.

Şampiyonluğun bu şekilde kaçması üzerine yönetim takımı dağıtma kararı almış, bu dönemde Amerikalı oyuncu Vickers ülkesine dönmüş, kaptan Derya Taşçı da Galatasaray ile anlaşmıştır. Devam kararı alındıktan sonra da üç millî oyuncunun transferiyle daha da güçlenen Galatasaray'a rakip olmak mümkün olmamış, normal sezonu ikinci sırada tamamlayan takım o sezon ilk kez uygulanan play-off'ta çeyrek finalde Beşiktaş'a 3-2 ile elenmiştir. İlk kez oynanan Türkiye Kupası'nda Galatasaray'a yarı finalde alınan 75-38'lik yenilgi aradaki farkın bir yılda nasıl açıldığını göstermiştir. 1993-94 sezonunda takım gençleştirilmiş, 1994-95 sezonunda ise bir yıl önce namağlup İstanbul ve Türkiye şampiyonu olan genç takım Gülşah Akkaya gibi isimlerle takviye edilerek sahaya sürülmüştür. 1994-95 ve 1995-96 sezonlarında final oynayan takım, 1994-95 sezonunda ayrıca Türkiye Kupası ve 1993'ten beri düzenlenen Cumhurbaşkanlığı Kupası'nda finale erişmiştir. 1995-96 Sezonunda Liliana Ronchetti Kupası'nın 1. ön eleme turunda Bulgaristan'ın Stomana takımını ve 77-61 ve 56-66'lık skorlarla eleyerek tarihinde ilk kez Avrupa Kupalarında tur atlamıştır. Ancak 1996'da bir kez daha darbe yiyen takım müteakip iki sezonu orta sıralarda geçirmiştir.

1998 yılında Fenerbahçe başkanı seçilen Aziz Yıldırım'ın tüm branşlarda şampiyonluk hedefiyle transfer harekatına girişilmiş ve eski oyuncular Serap Yücesir ve Arzu Özyiğit ile Didem Kantarcı Galatasaray'dan alınmış, liglerin sonuna doğru yine eski Galatasaraylı Clarissa Davis ve Macar oyun kurucu Andrea Nagy kadroya dahil edilmiştir. Ligi ikinci sırada bitiren takım Mart ayındaki Türkiye Kupası finallerinde fırtına gibi esmiş ve 14 Mart'ta Balıkesir'deki finalde Galatasaray’ı 72-53 gibi farklı bir sonuçla yenerek tarihinde ilk kez Türkiye Kupası şampiyonu olmuştur. Bu galibiyet Galatasaray’a karşı 1991’den beri 8 yıl aradan sonra kazanılan ilk galibiyettir. Beklendiği gibi bu iki takım play-off'ta da rakiplerini firesiz eleyerek finalde karşı karşıya gelmişlerdir. Normal sezondaki iki maçı da kaybettiği için seriye 1-0 geride başlayan Fenerbahçe, ilk maçı deplasmanda 72-59 kazansa da, ikinci maçı 58-50 kaybetmiştir. Şampiyonluk için Galatasaray'a bir galibiyet yeterken sarı-lacivertliler rakiplerini önce deplasmanda 66-49, sonra 19 Nisan 1999’daki tarihi maçta Clarissa'nın 27, Arzu'nun 13, Didem ve Serap’ın 12'şer ve Nagy'ın 7 sayısıyla rakibini 71-56’lık farklı bir yenilgiye daha uğratmış, tarihinde ilk kez lig şampiyonu olurken, bu branşta Galatasaray’ın 1988'den beri süren saltanatını sona erdirmiştir. Bu şampiyonluğu taçlandıran bir başka olay ise Eylül 1999’da yine Galatasaray’a karşı alınan 45-43’lük galibiyetle tarihin ilk Cumhurbaşkanlığı Kupası'nın da kazanılmasıdır.

Fenerbahçe kadın basketbol takımı sonraki iki sezonun şampiyonluklarını finalde Galatasaray ve BOTAŞ’a kaptırmış, ancak 26 Mart 2000'de Alanya'da Galatasaray’ı 63-57, Mart 2001'de İstanbul'da yine Galatasaray'ı 57-53 yenerek üst üste üç kez Türkiye Kupası'nı kazanma başarısını göstermiştir. Aynı başarıyı Cumhurbaşkanlığı Kupası'nda da gösteren Fenerbahçe 11 Ekim 2000'de Galatasaray'ı 67-65, 6 Ekim 2001'de de Botaş'ı 72-65 yenerek 1999-00 ve 2000-01 sezonlarını ikişer kupayla kapatmıştır. Liliana Ronchetti Kupası'nda ise tarihinde ilk kez grup maçlarında başarılı olarak sekizli finale yükselmiş, bu turda İspanya'nın Caja Rujal takımına elenmiştir.

2001-02 sezonuna Amerikalı oyuncular Vicky Hall ve Beşiktaş'tan Danielle Monique McCulley'i transfer ederek giren Fenerbahçe normal sezonu tarihinde ilk kez birinci bitirdikten sonra, finalde bir yıl önce kaybettiği Botaş'ı 3-1 ile geçerek ikinci kez Türkiye Ligi şampiyonu olmuştur. Bir sonraki sezon ise normal sezonu yine birinci bitirmesine rağmen, play-off'larda form grafiğini yükselten Botaş'a yarı finalde 2-0'lık üstünlükten 3-2 geri düşerek elenmiş ve şampiyonlukların başladığı 1998-99 sezonundan beri ilk kez bir sezonu kupasız kapamıştır.

2003 yılından sonra Fenerbahçe'nin başarı çizgisi tekrar güçlü bir şekilde yükselmeye başlamıştır. Bu ivmeyi yaratan ise, Kulüp bünyesinde Işık Eyigüngör tarafından kurulan ve başta Aras Kargo olmak üzere takıma 16 tane sponsor kazandıran Kadın Basketbol Komitesi olmuştur. Amerikalı Summer Erb, Bethany Donaphine ve çift yumurta ikizleri Coco ve Kelly Miller ile Türk yıldız oyun kurucu Nilay Yiğit'in transferleriyle BOTAŞ ve Erdemirspor ile giriştiği şampiyonluk yarışını mutlu sonla sonuçlandırmıştır. Finalde Erdemir'i 3-0 ile geçen takım, Bursa'daki Türkiye Kupası finalinde de aynı rakibi 58-46 ile, Cumhurbaşkanlığı Kupası'nda ise 79-72 ile safdışı bırakmış, beş yıl aradan sonra üç kupayı birden müzesine götürmüştür.

2004-05 sezonu ise Şaziye İvegin ve Korona Longin Zanze gibi yıldızları kadrosuna katmasına rağmen, o sezon iyi bir yatırım yapan Beşiktaş'a finalde 3-2 yenilerek ikincilikte kalmıştır. Akatlar Spor ve Kültür Kompleksi'nde oynanan final maçında yardımcı antrenör Serhan Koç, oyuncular Serap Yücesir, Müjde Yüksel, Şükran Albayrak ve FBTV muhabirinin Beşiktaşlı taraftarların çıkardığı olaylar sonucu yaralanmasından dolayı, Fenerbahçe kupa seremonisini protesto etmiştir. Fenerbahçe, bu yenilginin rövanşını, rakibini Türkiye Kupası'nda 73-71 ve Cumhurbaşkanlığı Kupası'nda 61-52 ile yenilgiye uğratarak almıştır. Sezona ilişkin ilginç olaylardan biri de, Fenerbahçe'nin normal sezonun son maçında o yıl kulübün 100. yılı yaşanmasına rağmen kümede kalma mücadelesi veren yılların şampiyonu Galatasaray'ı 64-49 yenerek küme düşürmesidir.

2005-06 sezonunda Fenerbahçe'nin kesintisiz lig şampiyonlukları serisi başla