müdahale etti. Bir seri İmparator'a haakret eden tez-broşür yazarak Konsil'e katılanaları imparator aleyhine kışkırttı. Bu hakaret dolu tez-broşüler içinde, imparatoru kilise doktirinlerine delalet eden bir İsa aleyhytarı kişi olarak nitelenedirmekte idi. Bu müdahele sonunda Konsil'de de imparator Friedrich aleyhinde olan kararlar oybirliği ile verildi.

Bir ay sonra Papa İnnocentius bir papalık fermanı yayaimlayarak Friedrich'in Katolik Kilisesi tarafından Kutsal Roma İmparatorluk tahtından indirildiğini ilan etti. Bu fermanda imparator hakaret dolu niteliklerle tasvir edilmekteydi. Bunlar arasında "Babıl Sultanı'nın dostu olduğu"; "Arap Sarazen geleneklerini sarayına uyguladığı"; tıpkı Katoliklerin nefret ettikleri saptırılmış Ortodoks inaaçlı Bizasn impratorları gibi "siyahi hadim harem ağaları tarafından korunup savunulan genç cariyelerle dolu bir harem" idare ettiği ithamları bulunmakta ve İmparator Friedrich Hristiyan dininden çıkmış olan bir dinsiz olmakla nitelendirilmekte idi. Papa bundan sonra Thugania Kontu olan Heindrich Raspe'nin Kutsal Roma İmparatorluk tacına rakip olmasını kabul etti. Bununla da kalmayıp Friedrich'in yakın arkasası olan ve Papa'nın kayınbiraderi olan Orlando de Rossi'ye destek sağlayarak Friedrich ve oğlu olan Enzo'nun aleyhinde onaları öldürmek hedefi bir komplo hazırlanmasına ortak oldu. 

Friedrich'e komplo hazırlıyanların plan ve isimleri Caserta Kontu tarafından herkese açıkça ifşa edildi. Bu komplocuların sığınmış oldukları Altaviilla Silentia adlı şehir imparator taraftarları tarafidan ele geçirilidi ve tahrip edilip yerle bir edildi. Bunların eline geçen açıkça suçlu olan komplocular kör edildiler, elleri kolları kesildi veya asılıp idam edildiler ya da diri diri yakıldılar. Kardinal Ranieri komutasındaki bir Papalık ordusu Sicilya'ya hücum etmek için Roma'dan yürüyüşe çıktı. Ama bu Papalık ordusu Spello'da Spelotto İmparatorluk Valisi olan Marino Ebolili tarafından mağlup edilip dağıtıldı.

Papa İnnocentius Almanya'ya gayet büyük finansal fonlar yollayarak Almanya'dan Friedrich'e gelen mali kaynakları kesmeye girişti. Almanya'da Katolik kilisesinin önemli idarecileri olan Köln Başpiskoposu ve Mainz Başpiskoposu da Friedrich'in imparatorluktan azledilidiğini ilan ettiler. Toplanabilen İmparatorluk Diyet mensupları Mayıs 1246'da Heindrich Raspe'yi Almanya Kralı ilan etti. 5 Ağustos 1246'da Heindrich Papa'nın sağladığı fonlarla kiralayıp donattığı ticari askerlerden oluşan bir ordu ile Frankfurt civarında Friedrich'in oğlu olan Conrad'ın ordusunu mağlubiyete uğratti. Buna karşılık Friedrich Güney Almanya'da pozisyonunu hiçbir varıs erkek çocuğu olmadan ölen Avusturya Düklüğü arazilerini de alarak güçlendirdi. 1247 yılında ise Papa'nın Almanya kralı olarak empoze ettiği Heindrich Raspe öldü. Yerine Papa Hollanda Kontu II. William'ı Almanya Kralı olarak empoze etmeye çalıştı.

Şubat ve Mart 1247'de İmparator Friedrich İtalya'da durumunu pekiştirmek amacı ile Terni'de bir diet toplatti. Bu diyette İmparator Friedrich'in yandaşları Kutsal Roma İmparatorluğu'na dahil olan devletlerin başlarına getirildiler. İmparator oğlu olan Manfredo'nun IV. Amadeus Savoyalı'nin kızı ile evlenmesini sağlayarak Montferrato Markizinin kendine biat etmesini sağladı. Buna karşılık Papa İnnocentius Fransa Kralı IX. Louis'den destek istedi. Fakat IX. Louis imparator Friedrich'in arkadaşı idi ve imparatorun Avrupa'da bir barış istediğine inanmıştı. Papa Ottaviano değli Ubaldını komutanlığı altında bir büyük Papalık ordusunu Lombardiya üzerine gönderdi ama bu ordu Lombardiya'ya yetişemedi. Buna karşılık İmparator gayet büyük bir ordu ile Lombardiya'ya girdi ve Torino'da bir diyet topladı.

Hiç beklenmedik bir olay durumu dramatik olarak değiştirdi. Haziran 1247'de önemli bir Lombard şehri olan Parma imparaorluk memurlarını şehirden atarak Papalık yanlısı Guelfo'lar tarafına geçtiğini ilan etti. Enzo bu şehirde bulunmamaktaydı ve alabileceği tek tedbir babasından asker destek istemek oldu. Babası II. Friedrich ordusu ve yakın dostu olan Verona tiranı olan III. Ezzelino de Romano ile şehir onune geldi ve şehirdeki kendi aleyehinde olan ayakalnmacılara karşı şehri kuşatmaya aldı. İmparator şehir içinden kuşatma altındna bulunanlarının açlıktan göçüp fikirlerieni değiştirip İmparator'a teslim olana kadar şehri bloke etmeye hazırdı. Friedrich şehrin surlarını kapsayan ve "Vittoria" adını verdiği tahtadan duvarlaar yaptırdı ve bu tahtadan duvarların bir kısmını kendinin ikamet etmesi için bir tahta konak halinde kurdurdu. Bu tahta konak içinde etrafındaki maiyeti, cariyeleri ve hazinesi ile bir sarayda yaşar gibi yaşamaya başladı. Bu konaktan çok sevdiği bir spor olan sürek avı seferine istediği zaman çıkabilmekte ve etrafda bulunan av hayvanlarını spor için öldürmekte idi.

18 Şubata 1248'de imparator boyle bir sürek avai peşinde iken ve surlara ilgilenmemekte iken şehir içinde bulunan ordu bir huruç hareketi başlattı. İmparatorun ordugahı bu huruç edenlerin eline geçti. Hemen ortaya çıkan Parma Muharebesi'inden şehir ordudu mgalıp geldi ve imparatorun ordusu hemen hemen tahrip edildi. Friedrich ordugahta sakladığı hazinesinin isyancılara kaptırdı. Bu hezimetten sonra imparatorun kendine karşı İtalya'da ayaklanmış olan şehir komünleri ve ppa'ya karşı harekatta buluncak immkanları kalmadı. Papa Sicilya adasına karşı bir haçlılar seferi organize etmek için planlara yapmaya başladı. Friedreich kendine ait olan İtalya bolegesne çekildi; yeniden asker toplamaya başladı ve bu yeni ordu askerlerie savaş eğitimi verdirmeye gayret etti ve böylece eski siyasi ve askeri gücüne erişmeyi başardı. Fakat Parma Muharebesi ve imaparatorun mağlubiyeti birçok İtalyan şehrinin gözlerini açtı ve imparatorluk rejiminin vergi ve asker toplama gücünün yükümlülüklerin sırtlarında tasimek istemeyen birçok İtalyan şehri İmparator aleyhinde olmaya ve İmparator'a direnmeye hazırlıklar yapmaya başladılar.. Bunların başında olan Romagna, Marche ve Spoletto şehirleri imparator tarafından ayrılıp onun aleyhtarı oldular.

Şubat 1249'da II. Friedrich başnazırı ve baş danışmanı olan ve ünlü bir şair ve hukukçu olan Pier delle Vign'i kendi zimmetine para ve mülk geçirmek suçları ile itham edip onu görevinden attı. Bazı tarihçiler Pier'in İmparatora ihanet etme planları hazırlamakta olduğunu bildirmektedir. Matthew Parisli'nin anlatığına göre, İmparator bu yakın danışmanından bu ihaneti beklemiyordu ve bu komplo hakkında bilgi alınca ağlamıştı. Pier'in gözleri kör edildi; zincirlere vuruldu ve zindana atıldı. Bu halde iken Pisa'da, muhtemelen kendikendini öldürerek, hayatını kaybetti. Friedrich'i daha fazla şoke eden bir olay da aynı yılın Mayıs ayında gayrimeşru oğlu olan Enzio Sardunyalı'nın Bologna'lılar tarafından Fossalta Muharebesi'nde yakalanıp esir alınması idi. Yakalandığı zaman sadece 23 yaşında olan Enzo, Bologna'da bir konakta tutuklanmıştı ve 1271'de ölene kadar bu konakta tutuklu kaldı.

Friedrich sonra "Richard Chietili" adlı diğer bir gaurimeşru oğlunu da kaybetti. Fakat imparatorluk içinde askeri çatışmalar devam etmekteydi. İmparatorluk Como ve Modena kalelerini kaybetti ama Ravenna şehrini eline geçirdi. Bir imparatorluk ordusu Kardinal Pietro Capossi komutasında Sicilya Krallığı'nı feth etmek için gönderildi. Ama bu ordu yolda iken 1250'de Marche bölgesinde yapılan Cıngoli Muharebesi'ni kaybetti ve dağılıp imha edildi. 1250'nin ilk aylarında hiç yılmaz bir kişi olarak tanınan Ranieri Viterbolu hayatını katbetti.Aynı zamanda imparatorluğa bağlı paralı askerle birlikleri komutanları (condottiri) birlikleriyle Romagna, Marche ve Spoleto bölgelrini tekrar fethettiler. Romalılar Kralı unvanlı Alman IV. Conrad Almanya'da Hollandalı William'a karşı yaptığı muharebelerde birkaç önemli galibiyet kazandı.

Fredriech bu askeri kampanyaların hiçbirine şahsen katılmadı. Hasta idi ve muhtemelen kendini devamlı olarak yorgun hissetmekteydi. İmparator hayatının son yıllarında kendine yapılanan ihanetler ve ortaya çıkan felaketlere rağmen 13 Arallık 1250'de Apulia bölgesinde (Torramaggiore arazilerinde bulunan) Castel Fiorentino şatosunda bir dizanteri hastalığı nöbetinden sonra Sisteriyen keşişi elbisesi giymiş bir şekilde yatarken gayet sakin olarak hayata gözlerini yumdu.

Öldüğü zaman daha önce Avrupa'da çok üstün siyasi pozisyonu düşmanlarının karşı çabaları suretiyle uygunluğu soru götürebilir duruma gelmişti. Ama genel büyük siyasi şöhretinden daha hiçbir şey kaybetmemişti. Verasetine göre meşru olan oğlu Conrad'a İmparatorluk tacını ve Sicilya hükümdarlığını bıraktı. Diğer oğlu Manfred'e Taranto Prensliğini ve krallığının sivil hükümet bürokrasini miras olarak verdi. Almanyalı VII. Henry'nin oğluna ise miras olarak Avusturya Düklüğü'nü ve Styria Sınır Kontluğu arazilerini bıraktı. Friedrich hazırladığı veraset belgesinde kendinin hayata iken Katolik Kilisesi'nden gasp edip eline geçirdiği arazi ve mülklerin tümünün Katolik Kilisesi'ne geri verilmesini; devlet hapishanelerinde bulunan tüm mahpuslara bir genel af uygulanıp hepsinin serbest bırakılmasını ve imparatorluk vergilerinin de İmparatorluk prestijine hiç zarar gelmeyecek bir şekilde ve bir limite doğru kısıtlanmesını ve böylece halka çok az bir yüküm olmasını miras etmişti.

Fakat II. Friedrich'in ölümünden sadece dört yıl sonra esas varisi olan Conrad'ın ölmesi ile Hohenstaufen Hanedanı Batı Avrupa'da tüm siyasi iktidar gücünü kaybetti. Bundan sonra 1273 yılına kadar imparatorlukda tam bir fetret dönemi başladı. 1274'te de son direk Hohenstauffen Hanedanı mensubu olan Enzo Bologna'daki tutuklanmış olduğu şatoda hayatını kaybetti. Bu dönemde bir efsane gelişti. Bu efsaneye göre Friedrich (ölmüş değil) ama derin bir uyukuda bulunmakta idi. Kyffhuser Dağları altında bulunan yatakta idi ve birgün bu derin uykusundan uyanarak tekrar ordusunu başına geçecek ve imparatorluğu yeniden kuracaktı. Zaman geçtikçe bu efsanenin kahramanı genel olarak değişti. Efsana kahramanı Friedrich olmaktan çıktı ve onun yerine bu efsanenin kahramanı büyükbabası olan Kutsal Roma İmparatoru olan I. F