olan "Diner" isimli filmde başrol oynadı. (Filmde ayrıca Paul Reiser, Daniel Stern, Steve Guttenberg, Tim Daly ve Kevin Bacon da rol almışlardı.) Bu filmin ardından Rourke, Francis Ford Coppola'nın "The Outsiders" isimli filme devam olarak çektiği ve reşit olma hikâyesi anlatan "Siyam Balığı"'nda önemli bir rol üstlendi. Matt Dillon'ın karakterinin esrarengiz ağabeyini canlandıran Rourke, bu filmde oyunculuk yeteneği ile övgü aldı. (Filmde, Dennis Hopper, Vincent Spano, Diane Lane, Nicolas Cage, Chris Penn, Laurence Fishburne ve Tom Waits da rol almıştı.)

Rourke'un Daryl Hannah ve Eric Roberts ile birlikte rol aldığı "The Pope of Greenwich Village" isimli filmdeki performansı da eleştirmenlerin dikkatini çekti. Film gösterime girdiğinde başarısızlığa uğrasa da, sonradan bir kült haline geldi.

1980'lerin ortalarında Rourke çeşitli başrollerde oynadı. "9½ Hafta" isimli cinsel temalı "box-office"de başarı kazanmış ve çok tartışılan filmde başrolü Kim Basinger ile paylaştı ve bu film Rourke'a "seks sembolü" satüsü kazandırdı. "Barfly" isimli filmde canlandırdığı alkolik yazar Henry Chinaski (Charles Bukowski'nin edebi anlamdaki "öteki benliği") karakteriyle eleştirmenlerden övgü aldı. Rourke "Year of the Dragon" isimli filmle de eleştirmenlerin beğenisini topladı. 1987 yılında "Angel Heart" isimli filmde rol aldı. Alan Parker tarafından yönetilen ve Robert De Niro'nun da başrol üstlendiği "Angel Heart" birçok ödüle aday gösterildi. Film, üstlendiği rol ile ödül kazanan Lisa Bonet'in seks sahnesi nedeniyle de tartışıldı. Rourke'un bir takım filmleri ABD'de tartışmalı bulunsa da, Rourke "dağınık, biraz kirli, asi kişilik" seven Avrupalı seyirciler tarafından özellikle 9½ Hafta, Angel Heart, Desperate Hours ve Year of the Dragon filmlerindeki performansıyla beğenildi ve benimsendi.

1991 yılında Rourke "boksa dönmesi gerektiğine" karar verdi çünkü kendisini "...kendine zarar veren ... (ve) kendi kendisine kendisine aktör olarak saygısı olmayan biri" olarak görüyordu. Rourke bu dönemde sekiz karşılaşma yaptı ve hiç yenilmedi. Yaptığı karşılaşmaların altısını kazanan (dördü nakavtla) Rourke iki de beraberlik aldı. İspanya, Japonya, Almanya gibi uzak diyarlarda dövüştü. Ancak hiçbir zaman ABD çapında tanınan bir boksör olamadı ve burun, ayak parmağı, kaburga kemikleri kırılmaları, dil yarılması ve elmacık kemiği ezilmesi gibi çeşitli sakatlıklarla karşılaştı.Boks kariyeri boyunca antrenörü Hells Angels üyesi Chuck Zito'ydu ve maça çıkış şarkısı Guns N' Roses'ın "Sweet Child o' Mine'ıydı".

Boks otoriteleri Rourke'un zirvedeki boksörlere karşı başarı kazanmak için çok yaşlı olduğunu söylediler. Aslında, Rourke'un kendisi de, ringlere dönmenin bir tür kişisel test olduğunu kabul etti: "Ben yalnızca kendime bir şans vermek; hâlâ vaktim varken kendimi fiziksel olarak denemek istedim ("The Gate"'deki Christopher Heard'e verdiği röporajdan)." 1995 yılında, Rourke boks kariyerini sonlandırdı ve aktörlüğe geri döndü.

Rourke'un boks kariyeri, 1990'larda dikkat çekici fiziksel değişikliklerle sonuçlandı. Yaralanmaları tedavi etmek amacıyla, yüzünün ameliyetla yeniden yapılandırılması gerekti. Rourke'un yüzü daha sonraları "neredeyse tanınmaz" olarak nitelendirildi.. 2009'da, Rourke The Daily Mail gazetesine ameliyat için "yanlış kişiye" gittiğini ve plastik cerrahının yüz hatlarını "bozup attığını" söyledi.

1990'ların başında, Rourke Ucuz Roman isimli filmde kendisine teklif edilen Butch Coolidge rolünü reddetti. Bu rol daha sonra Bruce Willis tarafından üstlenildi. Boks yapmayı bıraktıktan sonra Rourke, 1990'larda aralarında John Grisham'ın aynı adlı romanından uyarlanan Francis Ford Coppola'nın çektiği The Rainmaker (1997 film), Vincent Gallo'nun Buffalo '66, Steve Buscemi'nin Animal Factory, Sean Penn'in The Pledge ve Sylvester Stallone'nin Get Carter isimli filmlerinin de bulunduğu birçok filmde yardımcı rol üstlenmeyi reddeti. Rourke bu dönemde, Sir Eddie Cook adı altında, aralarında Bullet'ın (bu filmde Rourke başrolü Tupac Shakur ile paylaşmıştır) da bulunduğu birkaç filmin senaryosunu yazmıştır.

Rourke, Terrence Malick'in İnce Kırmızı Hat isimli filminde oldukça önemli bir rol üstlendiyse de, Rourke'un sahnleri kurgu esnasında filmden çıkartılmıştır. Perşembe isimli filmde küçük bir rol üstlenen Rourke, bu filmde sahtekar bir polisi canlandırmıştır. Jean-Claude Van Damme ile birlikte başrolü üstlendiği ve filmdeki ana kötü karakter rolünü üstlendiği 1997 yapımı Double Team isimli film Rourke'un ilk önemli aksiyon filmidir. Aynı yıl Rourke 9½ Hafta'nın devamı niteliğindeki Another 9½ Weeks'i çekmiş, ancak, bu filmin dağıtımı sınırlı kalmıştır. Rourke, 1990'ları sinemada gösterilmeyerek doğrudan videoya giden Out in Fifty, Shades ve Epsom Derbisini kazanan safkan bir yarış atının kaçırılması hakkındaki Shergar isimli televizyon filmini çekerek tamamlamıştır.

Rourke altı senaryo yazmış/ortak yazmıştır: "Homeboy", "The Last Ride", "Bullet", "Killer Moon", "Penance" ve son olarak "Pain". Bunların ilk üçü 1988 - 1996 yılları arasında filme çekilmiştir.

2001 yılında, Enrique Iglesias'ın Hero isimli şarkısına çektiği ve Jennifer Love Hewitt'in de rol aldığı klipte kötü adamı canlandırdı. 2002'de, Jonas Åkerlund'un Spun isimli filminde "The Cook" rolünü üstlendi ve bir kere daha Eric Roberts ile birlikte çalıştı. Yönetmen Robert Rodriguez ve Tony Scott ile Once Upon a Time in Mexico ve Man on Fire isimli filmlerde ilk kez birlikte çalıştı, ancak, bu filmlerde ufak roller üstlendi. Bununla birlikte, bahsekonu bu iki yönetmen, daha sonraki filmlerinde Rourke'u başrollerde oynatmaya karar verdi.

2005'te, Robert Rodriguez'in Frank Miller'ın çizgi romanından uyarladığı Sin City isimli filmde üstlendiği başrolle (Marv) Hollywood'da bir "geri dönüş" yaşadı. Rourke, bu filmdeki rolüyle Chicago Film Eleştirmenleri Birliği, IFTA ve Çevrimiçi Film Eleştirmenleri Topluluğundan ödül kazandı. Aynı zamanda, Total Film isimli sinema dergisi tarafından "Yılın Adamı" seçildi. Rourke, Sin City'nin ardından Tony Scott'un Domino isimli filminde bir yardımcı rol üstlendi. Bu filmde Keira Knightley ile birlikte rol alan Rourke, bir "ödül avcısı"nı canlandırdı.

Elmore Leonard'ın Killshot uyarlamasında "The Blackbird"; Alex Rider'ın romanından uyarlanan Stormbreaker'da "Darrius Sayle" rollerini canlandırdı. John McNaughton'un "The Night Job"unda Ray Liotta ile birlikte oynaması; Sin City 2'nin bir bölümü olan Dame to Kill For'da da "Marv" rolünü üstlenmesi beklenmektedir.

Bunlara ilaveten, 2004 yılında, Driver isimli bilgisayar oyununun üçüncü bölümünde "Jericho" isimli karaktere sesini verdi. Berlin'de mukim Zoo Magazine isimli dergi için fotoğrafçı Bryan Adams tarafından hazırlanan 40 sayfalık hikâyede resim verdi. "Mickey Rourke Rising" başlıklı, Rourke'un düzenli aktörlük kariyerine dönüşü hakkındaki makalede, yazar Christopher Heard aktörler/müzisyenler Tupac Shakur, Johnny Depp, Sean Penn ve Brad Pitt'in "Rourke ve onun çalışmalarına övgü yağdırdıklarını" belirtmiştir. "Newsweek" tarafından Oskar adayı aktörleri bir araya getirmek amacıyla düzenlenen bir yuvarlak masa toplantısı sırasında, Brad Pitt, oyunculuğa ilk başladığı yıllarda Rourke'un Sean Penn ve Gary Oldman ile birlikte kendisinin oyunculuk alanındaki kahramanlarından biri olduğunu söylemiştir.

Hayatının belli dönemlerinde oyunculuktan aktörlükten çekilen ve şimdi yaratıcı "kapalı-gişe" filmleri olarak nitendirdiği filmler (örneğin aksiyon filmi "Harley Davidson and the Marlboro Man") çekmiş olan Rourke, "...başımdan geçen her şey...beni daha iyi, daha ilginç bir aktör haline getirdi" demiştir. Rourke'un yeniden aktörlüğe ilgi duyduğu ise "... en iyi işimi henüz yapmadım" demesinden anlaşılabilir.

2008'de, Mickey Rourke "The Wrestler" (Güreşçi) isimli filmde başrolü üstlenmiştir. Venedik Film Festivali'nde En İyi Film dalında Altın Aslan ödülünü kazanan film, işi bitmiş bir güreşçi olan Randy "The Ram" Robinson hakkındadır. Rourke bu filmdeki rolü için World Wrestling Entertainment'ın eski güreşçisi Afa the Wild Samoan ile birlikte çalışmıştır. Rourke bu rolüyle En İyi Erkek Oyuncu dalında BAFTA, Altın Küre ve Bağımsız Ruh ödüllerini kazanmış ve En İyi Erkek Oyuncu dalında Oscar'a aday gösterilmiştir. Oscar ödülleri öncesinde Rourke, geçmişte Hollywood aleyhine sarfettiği sözler nedeniyle Oscar'ı kazanma şansı konusunda karamsar davranmıştır. Rourke, Oscar'ı Sean Penn'e kaptırmış, ancak Penn ödül konuşmasında Rourke'a atıfta bulunmuştır.

Rourke, The Informers isimli filmde küçük bir çocuğu kaçırmayı planlayan eski bir güvenlik görevlisi olan "Peter" rolünü üstlenmiştir. Film, 2009 yılında piyasaya çıkmıştır.

2009'da Rourke John Rich'in Shuttin' Detroit Down isimli klibinde Kris Kristofferson ile birlikte rol almıştır.

2009 yılı başında Rourke World Wrestling Entertainment'ın süperstarı Chris Jericho'ya karşı bir olaylar dizisinin sonucu olarak düşmanlık geliştirmiştir. Olaylar dizisi, 5 Nisan 2009'daki WrestleMania XXV'te Jericho'nun Jimmy Snuka, Ricky Steamboat ve Roddy Piper'a karşı maçlarını kazanmasının ardından Rourke tarafından atılan sol kroşe neticesinde yere yıkılmasıyla zirveye çıkmıştır.

Rourke'un siyasi görüşleri, 1989'da çektiği "Francesco"'dan kazandığı paranın bir kısmını Geçici İrlanda Cumhuriyet Ordusu'na bağışlamasının ardından çeşitli eleştirilerle karşılaştı. Rourke daha sonra, her ne kadar IRA sembolü olan bir dövme taşıyor olsa da, bağışa ilişkin olarak yaptığı açıklamayı geri aldı.

Rourke, bir röportajında, ABD eski Başkanı George W. Bush ile 11 Eylül saldırıları hakkında "Başkan Bush yanlış zamanda yanlış yerdeydi. Bir başkası bu durumla nasıl başa çıkardı bilemiyorum" demiştir. Rourke sözlerini şöyle sürdürmüştür: "Kimin Başkan olduğunu zerre kadar umursamıyorum. Bush ya da bir başkası fark etmez. Bu sorunun basit bir çözümü yoktur... Ben her şey için Bush'u suçlayanlerden değilim. Hrıstiyanlar ve Müslümanlar arasındaki bu b.k Haçlı Seferlerine kadar uzanıyor; öyle değil mi?"

Rourke, Terry Farrell ve Sasha Volkova'nın da aralarında bulunduğu bi