çalıştığı iddia edilen MİT Kontrterör Dairesinin başkanı Mehmet Eymür, Güney'i tanımadığını Güney de hiçbir istihbarat servisinin elemanı olmadığı söyleyerek iddiaları yalanladılar. Ancak Eymür'ün Ergenekon soruşturması sürecinde ortaya çıkan Güney hakkındaki MİT belgesinin içeriğini 2000 yılında "atin.org" isimli internet sitesinde yayımladığı ve Güney'in "çift meslekli gazeteci" olduğunu anlattığı ortaya çıkmıştır. Eymür, Güney'i "Tunca" kod adıyla nitelendirdiği yazısında da, o dönem ikinci meslekleri gazetecilik olan iki kişi arasındaki konuşmada JİTEM adına çalıştığını söyleyen Tunca, Susurluk'la bağlantılı özel tim mensuplarının bir düğünde Abdullah Çatlı ile beraber çekilmiş fotoğrafları basına kendisinin sattığını anlatıyor.

Milli İstihbarat Teşkilatı'nın açıklamasına göre; MİT, Ergenekon'u ilk olarak 3 Temmuz 2002'deki bir ihbar ile öğreniyor. Ekinde 6 adet CD bulunan ve kendini polis olarak tanıtan bir kişinin yazdığı 2 sayfalık mektupta Türk Silahlı Kuvvetleri içerisinde faaliyet gösteren Ergenekon örgütlenmesinden söz ediliyordu. MİT, kendi açıklamasına göre "devleti/rejimi hedef alan bir grubun kendi çıkarları çerçevesinde organize olma çabalarını içerdiği izlenimi edinilmesi, bu bilgilerin müsteşarlığımıza farklı kanallardan gelmesi ve birbirlerini büyük ölçüdü teyit eder olması nedeniyle" elde ettiği bilgileri bir kitapçığa dönüştürüp 10 Temmuz 2003 tarihinde Genelkurmay Başkanlığı'na iletti. Daha sonra 19 Kasım 2003 tarihinde Başbakanlığa gönderdi. MİT'in Ergenekon hakkındaki bir diğer bilgi notu ise ise 19 Ocak 2006'da Başbakanlığa, 26 Mayıs 2006 tarihinde de Genelkurmay İstihbarat Başkanlığı'na iletildi. Bu arada 27 Mart 2007'de de "İşçi Partisi/Karargâh Evleri" başlıklı dokümana ulaşan MİT belgeyi devlet içindeki Ergenekon örgütlenmesinin delili olarak ciddiye alınacak nitelikte buldu ve Genelkurmay'a iletti.

Ayrıca MİT hazırladığı raporda, 1 Nisan 2001'de "Aydınlık"ta ve 12 Mayıs 2001'de "Aksiyon"da yayınlanan haberler ve, "Yeni Şafak"ta Taha Kıvanç müstear adıyla yazan Fehmi Koru'nun 30 Nisan ve 1 Mayıs 2001 tarihli köşe yazılarında "Ergenekon" isimli bir oluşum hakkında dikkati çeker mahiyette haberlere yer verildiğini belirtiyor. Gazeteci Fehmi Koru 30 Nisan ve 1 Mayıs 2001'de "Yeni Şafak"taki köşesinde; eline geçen 24 sayfalık "Ergenekon: Analiz Yeniden Yapılanma, Yönetim ve Geliştirme Projesi" başlıklı bir belgeden söz etmişti. 29 Ekim 1999 tarihli olan ve "Bu çalışmanın amacı; Atatürk ilkeleri doğrultusunda biçimlendirilmiş, Kemalizm'in tek gerçek ve içtenlikli koruyucusu Türk Silahlı Kuvvetleri bünyesinde faaliyet gösteren Ergenekon'un reorganizasyonuna katkıda bulunabilmektedir" diye başlayan bu belgede yeniden kurulması talep edilen Ergenekon adındaki bir gizli birimden bahsedilmektedir. Fehmi Koru'ya en büyük tepki İşçi Partisi'nin yayın organı "Aydınlık"'tan gelmiştir. Hikmet Çiçek, 6 Mayıs 2001'de "Aydınlık"ta yazdığı yazısında "CIA, SüperNATO ve MİT şeflerinin işbirliğiyle Orduyu yıpratma kampanyası her alanda sürdürülüyor. Psikolojik savaşta sözde dosyalar ve raporlar imal ediliyor. 'Ergenekon' hikâyeleri de bu tertibin bir parçası." diyerek Koru'ya tepki göstermiştir. Fehmi Koru'nun yazısından 11 gün sonra 12 Mayıs 2001'de "Aksiyon "dergisi Ergenekon belgesini kapak konusu yaptı. "Aksiyon"da yer alan Harun Odabaşı'nın "Sivil Ergenekon" başlıklı haberinde Ergenekon oluşumu 28 Şubat süreci'nin mimarı olarak tanıtılmıştır. Yazıda Can Dündar'ın, Ergenekon'un asıl unsurlarına hiç dokunmadığı ve örgütü ülkücülerin kurduğu bir mekanizma olarak göstererek olayı geçiştirdiği iddia edilmiştir.

29 Mart 2007'de "Nokta" dergisi eski Deniz Kuvvetleri Komutanı Özden Örnek'e ait olduğunu ileri sürdüğü günlükleri yayınladı. Dergi, dönemin kuvvet komutanlarının AK Parti hükûmetinin izlediği politikalardan rahatsız olduğunu ve 2003-2004 yıllarında Şener Eruygur liderliğinde Sarıkız, Ayışığı ve Yakamoz kod adlı darbe planları hazırladıklarını ancak dönemin Genelkurmay Başkanı Hilmi Özkök'ün muhalefeti ile darbenin gerçekleşmediği iddia ediyordu. Örnek, "Nokta"'nın haberini komutanlığı döneminde hiçbir zaman günlük tutmadığını söyleyerek yalanladı. Haber üzerine 13 Nisan 2007’de "Nokta" dergisinin binası askeri mahkeme kararıyla basıldı. Yapılan aramalarda derginin bilgisayarlarına el konuldu ve dergi hakkında çeşitli soruşturmalar açıldı. Bu olaylardan sonra "Nokta" dergisi, imtiyaz sahibi tarafından kapatıldı. Özden Örnek, günlükleri, günlükleri yayınlayan Nokta dergisi genel yayın yönetmeni Alper Görmüş aleyhine iftira ve hakaret davası açtı. Alper Görmüş, Örnek'in açtığı davadan beraat etti ancak mahkeme, Alper Görmüş'ün teklifine rağmen, soruşturmanın darbe iddialarının araştırılması yönünde genişlemesini reddetti. Yine MİT'in açıklamasına göre; MİT'e 17 Nisan 2007'de kendini subay olarak tanıtan bir kişi tarafından bir mektup daha gönderildi. MİT'in resmi yazısına göre mektubun ekinde yer alan CD içindeki dokümanların, "Eski Deniz Kuvvetleri Komutanı Özden Örnek tarafından Donanma Komutanlığı Kurmay Başkanlığı'na getirilen Tümamiral Özer Karabulut'un bilgisayarından alındığı iddiasında bulunulmuştu" ve belgelerle ilgi herhangi bir işlem yapılmadan 24 Mayıs 2007 tarihinde Başbakanlığa iletildi. Söz konusu dokümanlar, "Darbe Günlükleri"ydi.

2007 Haziran ayında Trabzon İl Jandarma Komutanlığı'na Ümraniye Çakmak Mahallesi Muhtarlığı karşısındaki gecekondunun çatısında patlayıcı madde bulunduğu, bu maddeyi Mehmet Demirtaş'ın sakladığı, patlayıcıları bir astsubayın temin ettiğini ihbarı geldi. Gecekonduda kiracı olarak kalan Ali Yiğit'in babası Şevki Yiğit tarafından yapılan ihbar önce İstanbul Jandarma Komutanlığı'na, ardından da İl Emniyet Müdürlüğü'ne iletildi. Emniyet, ihbarda verilen adresi 12 Haziran 2007'de tespit etti. Aynı gün Ümraniye 2. Sulh Ceza Mahkemesinden arama kararı alınıp gecekonduya gidildi. Düzenlenen operasyonda savunma ve taarruz tipi 27 adet el bombası ve fünyeler bulundu. Gecekondu sahibi Mehmet Demirtaş'ın yeğeni Ali Yiğit'in ifadeleri üzerine Demirtaş'ın askerdeki komutanı olan ve Reina'nın özel güvenlik müdürlüğünü yapan emekli astsubay Oktay Yıldırım gözaltına alındı. Şüpheliler İstanbul Emniyetinde sorgulandı. Mehmet Demirtaş, susma hakkını kullanırken, Oktay Yıldırım kendisine yöneltilen suçlamaları reddetti. Demirtaş'ın yeğeni Ali Yiğit ise bombaların Oktay Yıldırım'a ait olduğunu, kendisinin bu evde geçici olarak ikamet ettiğini söyledi. Yiğit'in ifadesine göre; kendisi LPG istasyonu işleten dayısının teklifiyle Ümraniye'ye gelmiş, dayısının manavını işletmeye başlamıştı. Manava bazen dayısının arkadaşları da uğruyordu. Bu arkadaşlardan birisi de dayısının askerlikteki komutanı olan Oktay Yıldırım'dı. Yine Yiğit'in ifadesine göre; yaklaşık üç dört ay sonra babası Şevki Yiğit, bir gün evin çatısında tahta ararken bomba dolu sandığı bulmuştur. Bombalar kendisine sorulunca Mehmet Demirtaş'a bombaları Oktay Yıldırım'ın getirdiğini 1,5 yıldır çatıda durduğunu söylemiş ve Yiğit'i "Çatıda askeri sandık ve içinde el bombaları var. Malzemelere bir şey olursa başımız belaya girer, kimseye bahsetme, seni de alırlar." diye uyarmıştır. Babasının ısrarla ihbar etmesini istemesine rağmen Ali Yiğit korktuğunu ve ihbar etmediğini söylemiştir. Yıldırım'a ait bilgisayardan Ergenekon'a bağlı sivil unsurların örgütlenmesinin anlatıldığı "Lobi" dokümanı bulundu.

Oktay Yıldırım tutuklandıktan sonra onu Muzaffer Tekin savundu. Emekli yüzbaşı Tekin Mayıs 2006'da Danıştay Saldırısı'ndan sonra saldırgan Alparslan Aslan ile bağlantılı olduğu şüphesiyle aranırken birkaç gün sonra bıçakla intihara teşebbüs etmiş şekilde yakalanmış fakat ifade verdikten sonra olayla somut bir bağı bulunamayarak serbest bırakılmıştı. Tekin, Oktay Yıldırım'ın gözaltısından sonra gazetecilere bombaların hurda olduğunu, Yıldırım tarafından Hasdal Çöplüğü'nde toplanmış olabileceğini söyledi. Arkadaşını savunan Tekin birkaç gün sonra emekli astsubay Mahmut Öztürk ile birlikte gözaltına alındı. Evinde ve işyerindeki aramalarda, Ergenekon örgütü ile ilgili belgelere rastlandı. Daha sonra Muzaffer Tekin ile bağlantılı olduğu şüphesiyle Mete Yalazangil, eski polis Aydın Yüksek ve Muzaffer Şenocak da gözaltına alındı. Muzaffer Şenocak'ta gizli nitelikte askerî belgeler bulundu. Şenocak ifadesinde söz konusu belgeleri Özel Kuvvetler Komutanlığı'ndan emekli binbaşı Fikret Emek'ten aldığını söyledi. Böylece soruşturmanın ikinci dalgası başladı. Emek 26 Haziran günü Eskişehir'de gözaltına alındı. Fikret Emek'in evinde 11 kilo C-3 tipi plastik patlayıcı, 1 adet kanas tipi dürbünlü tüfek, 1 adet kalaşnikof otomatik tüfek, 1 adet av tüfeği, M-16 mermileri, 10 adet Makine ve Kimya Endüstrisi Kurumu yapımı savunma ve taarruz tipi el bombası, 2 adet MKE yapımı olmayan el bombası, gaz bombası, sis bombaları, 210'ar gramlık 12 TNT düzeneği, 6 adet yarımşar kiloluk TNT kalıbı, 1 adet 1,5 kilogramlık TNT kalıbı, 1 kilogramlık tahrip kalıbı, naylon torbada ateşleme mühimmatı bulundu. Fikret Emek hakkında Genelkurmay Askerî Mahkemesi'nde de dava açıldı ve Emek, "askeri eşyayı gizlemek" suçundan, 1 yıl 8 ay 25 gün hapse mahkûm oldu.

Temmuz 2007'de yazar Ergün Poyraz'ın da aralarında bulunduğu birçok kişi gözaltına alındı ve birçoğu tutuklandı. 22 Ocak 2008'de büyük çaplı bir operasyonda emekli Tuğgeneral Veli Küçük, 301. maddeden açtığı davalarla gündeme gelen avukat Kemal Kerinçsiz'in de aralarında bulunduğu çok sayıda kişi tutuklandı. 22 Mart 2008'de aralarında Doğu Perinçek'in de bulunduğu bazı İşçi Partisi yöneticilerine operasyon düzenlendi. 1 Temmuz 2008'deki operasyonda Emekli Jandarma Genel Komutanı, Org. Şener Eruygur, Emekli 1. Ordu Komutanı Org. Hurşit Tolon gözaltına alınmasıyla ilk kez üst rütbeli askerler tutuklanmış oldu. 7 Ocak 2009'da operasyon sonucu eski Özel Harekat Dairesi başkanvekili İbrahim Şahin tutuklandı ve iki hafta sonra Şahin ile bağlantılı olduğu iddia edilen 7 asker ve 10 polis tutuklandı. 13 Nisan 2009'daki gözaltı dalgasında ise aralarında Mehmet Haberal'ında bulunduğu Sarıkız planıyla bağlantıl