yküler üç ve dört bölümdü. Bunun dışında "The Daleks' Master Plan" öyküsü 12 bölümden (ayrıca bir önceki bölümde düzenli kadroyu içermeyen "Mission to the Unknown" adlı bir teaser); yedinci sezonun neredeyse tamamı yedi bölümlük hikâyelerden; "The War Games" öyküsü 10 bölümden ve "The Trial of a Time Lord" adlı sezon 14 bölümden (her ne kadar üç üretim koduna ve dört öyküye ayrılmış olsa da) oluşmuştu. Bazen hikâyeler sekizinci sezondaki gibi gevşek bir senaryo ile birbirine bağlıydı. 8. sezonda Doktor, Usta adında hain bir zaman lorduyla savaş hâlindeydi. Diğer gevşek senaryolar 16. sezonda Zamanın Anahtarı görevi, 18. sezonda E-Uzay yolculuğu ve entropi teması ve 20. sezondaki Siyah Gardiyan Üçlemesi idi.

Her Cumartesi akşamı yayınlanan dizinin ailece izlenebilecek eğitici bir dizi olması amaçlanmıştı. Başlangıçta geçmişte geçen hikâyeler, daha genç izleyicilere tarih hakkında bilgi vermeyi amaçlıyordu. Gelecekteki veya dış uzayda geçen bölümler de bilimi öğretmek için yapılmıştı. Bu durum, aynı zamanda Doktor'un ilk yol arkadaşlarına da yansıyordu. Biri fizik öğretmeni, biri de tarih öğretmeniydi.

Ancak bilim kurgu hikâyeleri diziyi domine etti ve "tarihsel" hikâyeler geride kaldı. 1967 yılında tarihsel olarak "The Highlanders" hikâyesi yayınlandı. Sonrasında çekilen tarihsel bölümler, 1920 yılında İngiltere'de geçen "Black Orchid" hikâyesi dışında genelde bilim kurgu hikâyelerine zemin hazırlıyordu.

İlk hikâyelerde, bir hikâyenin anlatısı bir sonraki hikâyeye akıyordu. Her bölüm, kendi üretim kodlarıyla farklı hikâyeler olarak üretilmesine rağmen kendi başlıklarına sahipti. Bu durum 1966 yılında yayınlanan "The Gunfighters" hikâyesine kadar devam etti. Sonraki hikâyeleri oluşturan bölümlerin adı, hikâyenin bölüm numarası olarak gösterildi.

Dizinin senaristlerinden Robert Holmes, aralarında en üretken olanıydı. "Doctor Who"da da senaryo yazmasına rağmen Douglas Adams, daha çok "Hitchhiker's Guide to the Galaxy" çalışmasıyla biliniyordu.

2005 yılında yeniden başlayan dizide bölüm formatı değiştirildi. Her sezon genelde 45 dakikalık 13 bölümden oluşmaya başladı. Bağımsız bölümler (denizaşırı ticarî kanallarda reklamlarla beraber 60 dakika) ve Noel'e özel yayınlanan bölümler daha uzun olarak yayınlandı. Her sezonda gevşek bir hikâye arkına bağlı çeşitli bağımsız ve çok parçalı bölümler bulunur. Hikâye arkları sezonun son bölümünde çözülür. Bölümler erken "klasik" dönemdekine benzer şekilde her bağımsız bölümün veya bir hikâyeyi oluşturan iki veya üç parçalı bölümler kendi özel adına sahip oldu. Bazen özel olmayıp da 45 dakikayı aşan bölümler gerçekleşti. 2008 yılında yayınlanan "Journey's End" ve 2010 yılında yayınlanan "The Eleventh Hour" adlı bölümler bir saat sürmüştü.

1963 yılından beri 800'ü aşkın "Doctor Who" bölümü yayınlandı. Klasik seride yaygın olarak 25 dakikalık bölümler yayınlanırken 1984 yılında yayınlanan "Resurrection of the Daleks" hikâyesi, 1985 yılında bir sezon boyunca ve modern serinin genelindeki bölümler 45 dakika olarak ayarlanıyordu. İki uzun metrajlı yapım (1983 yılındaki "The Five Doctors" ve 1996 televizyon filmi), on bir Noel özel bölümü (biri 72 dakika olmak üzere çoğu 60 dakika) ve 2009, 2010, 2013 yıllarındaki dört ek bölüm 60-75 dakika arasında değişti. 1993, 2005 yıllarındaki kısa bölümler, 2007 Children in Need'e özel hayır bölümü ve 2008 yılında The Proms'un "Doctor Who" temasından oluşan dört kısa bölüm yaklaşık sekiz dakika sürdü. 1993 yılında yayınlanan "Dimensions in Time" adlı iki bölümlük hikâye BBC pembe dizisi "EastEnders" oyuncularıyla işbirliği yapılarak yayınlandı ve hikâyenin çekimleri kısmen "EastEnders" setinde yapıldı. Ayrıca Comic Relief'in 2011 programı için iki parçalı kısa bölüm yapıldı. Dizi, 2009 özel bölümü "Planet of the Dead"den itibaren HDTV için 1080i olarak çekilmeye başladı. BBC One ve BBC HD aynı anda diziyi de yayınladı.

2013 yılında dizinin 50. yıl dönümüne özel olarak 3 boyutlu "The Day of the Doctor" bölümü yayınlandı. Mart 2013'te Tennant ve Piper'ın döneceği açıklandı. Bölüm ayrıca dünyaçapında aynı anda yayınlanırken sinemalarda da gösterildi.

Nisan 2015'te Steven Moffat, "Doctor Who"nun en az beş yıl daha süreceğini söyledi.

1964 ve 1973 yılları arasında; BBC'nin çeşitli video kasetlerinde ve film kütüphanelerinde depolanan büyük miktarda eski malzeme ya yok edildi, ya silindi ya da zayıf depolama ortamında dolayı yayın kalitesinde ciddi bozulmalar meydana geldi. Bu nedenle pek çok bölüm kayboldu. Bu kayıpların çoğu William Hartnell ve Patrick Troughton döneminde gerçekleşti. Dizinin ilk altı yılında üretilen 253 bölümden 97'si BBC'nin arşivlerinde yer almamaktadır. 3, 4 ve 5. sezonda 79 bölüm kaybolmuştur. 1972 yılında hemen hemen tüm bölümlerin BBC'de yer aldığı biliniyordu. 1978 yılında, o yıla kadar yapılan silme politikası ve "yedek" film kopyalarının imha edilme işlemi durduruldu.

Kasetlerin bazıları transfer edilmeden önce düzenlenmek üzere transfer edilmiş olsa da 1960'lardaki bölümlerin hiçbiri orijinal kasetlerde yer almamaktadır.

Bazı bölümler, yayın için satın alan diğer ülkelerin arşivlerinden veya çeşitli vesilelerle onları satın alan özel kişilerden geri getirildi. Televizyon ekranından 8 mm sinema filmi ve diğer programlarda gösterilen kliplere çekilen alıntıların yanı sıra hayranlar tarafından video kasetlerine çekilen görüntüler de alınırken, kayıp bölümlerin tüm sesleri diziyi kasetlere kaydeden izleyicilerden alındı. Ayrıca "Marco Polo", "Mission to the Unknown" ve "The Massacre of St Bartholomew's Eve" hikâyeleri haricinde her hikâyenin kısa klipleri de ortaya çıktı.

Bunlara ek olarak, 1950'li ve 1960'lı yıllarda pek çok programı belgelemek üzere çeşitli yapım personeli tarafından çalıştırılan fotoğrafçı John Cura'nın "Doctor Who" dizisini de içeren ekran dışı çektiği fotoğraflar vardı. Bu fotoğraflar hikâyelerin yeniden düzenlenmesinde kullanıldı. Bu amatör düzenlemeler, kâr için satılmaması ve düşük kaliteli VHS kopyalara dağıtılmaması şartıyla BBC tarafından kabul edildi.

En çok aranan kayıp hikâye William Hartnell'ın düzenli olarak son kez Doktor rolünü oynadığı, Birinci Doktor'un yerini İkinci Doktor'un aldığı "The Tenth Planet" (1966) hikâyesidir. Hikâyeyle ilgili bulunan tek sahne, zayıf kalitede sessiz 8 mm klip olarak bulunan rejenerasyon sahnesinin birkaç saniyesidir. Bu sahne çocuk magazin şovu "Blue Peter"'da gösterilmiştir. BBC'nin onaylamasıyla, mümkün olduğunca bölümlerin mevcut malzemelerden geri yüklenmesi için çalışılmaktadır.

"Resmî" düzenlemeler ayrıca BBC tarafından VHS, MP3 CD-ROM ve DVD'de özel içerik şeklinde yayınlandı. BBC, Cosgrove Hall animasyon stüdyosu ile birlikte "The Invasion" (1968) hikâyesinin kaybolan 1 ve 4. bölümlerini, yeniden canlandırılan ses parçalarını ve orijinal filme ilişkin kapsamlı sahne notlarını kullanarak animasyon şeklinde düzenledi ve sezonun Kasım 2006'da çıkarılan DVD'sine ekledi. Big Finish ile işbirliği içinde Theta-Sigma animasyon şirketi tarafından "The Reign of Terror" hikâyesinin kayıp bölümleri animasyon hâline getirildi. Mayıs 2013'te Amazon.com'dan satın alınabilecek şekilde sunuldu. 2013 yılında "The Tenth Planet", "The Ice Warriors" ve "The Moonbase" hikâyeleri animasyon hâline getirildi.

Nisan 2006'da "Blue Peter", Doctor Who'nun kayıp bölümlerini bulmak için bir meydan okuma başlattı ve ödül olarak tam ölçekli bir Dalek modeli sözünü verdi.

Aralık 2011'de "Galaxy 4"'ün 3. bölümünü ve "The Underwater Menace"'ın BBC'ye geri döndüğü açıklandı. Bu bölümler, 1980'lerin ortalarında BBC'nin kopyalarını elinde tuttuğunu fark etmeden satın alan bir hayrandan alındı.

10 Ekim 2013 tarihinde BBC, dokuz kayıp bölümü de içeren on bir bölümün Nijerya'nın Jos'taki televizyon yayın istasyonunda bulunduğunu açıkladı. On bir bölüm arasında "The Enemy of the World" hikâyesinin üçüncü bölüm hariç tüm kayıp bölümleri vardı. Diğer bölümler, altı bölümden oluşan "The Web of Fear" hikâyesinin kayıp olan 2, 4, 5 ve 6. bölümüydü. 3. bölüm hâlâ kayıptır.

Doktor karakteri başlangıçta bir gizemle örtülüydü. Dizinin ilk günlerinde onun hakkında bilinen her şey, "TARDIS" (time and relative dimension(s) in space sözcüklerinin kısaltması) adlı, içeriden daha büyük görünen ("boyutsal aşkınlık" olarak adlandırılan bir kalite) bir zaman makinesi ile zaman ve mekânı araştırırken adaletsizlikle mücadele eden çok zeki ilginç bir uzaylı olduğuydu.

Başlangıçta çabuk kızan ve biraz kötü niyetli biri olan Doktor hızla daha merhametli bir figüre dönüştü. En sonunda Gallifrey adlı gezegenden, kendi halkından kaçan bir Zaman Lordu olduğu ortaya çıktı.

Yapımcılar, ana karakterin yeniden düzenlenmesi için rejenerasyon kavramını getirdi. Bu, ilk başrol William Hartnell'ın sağlık sorunlarından dolayı hızlıca verilen bir karardı. Aslında "rejenerasyon" terimi, Doktor'un üçüncü rejenerasyonuna kadar kullanılmamıştı. Hartnell'ın Doktor'u, sadece "yenilenme" sürecinde olduğunu açıklamış ve İkinci Doktor bir "görünüm değişikliği" geçirmişti. Rejenerasyon fikri, dizinin tarihi boyunca oyuncuların Doktor'u tekrar canlandırmasına ve Doktor'un göreceli geçmişi veya geleceğinden gelen alternatif Doktorların tasvir edilmesine izin verdi.

Daha sonra "The Deadly Assassin", "Mawdryn Undead" hikâyelerinde ve 1996 televizyon filminde, bir zaman lordunun yalnızca 12 kez rejenerasyon geçirebildiği, dolayısıyla toplam 13 yüzü olduğu belirtilecekti. Sıklıkla tekrarlanmamasına rağmen bu çizgi toplum bilincinde çakılı kaldı ve yapımcılar tarafından Doktor'un on üçüncü kez rejenerasyon geçirmesine engel konmuş oldu. Dizinin gidişatına göre On Birinci Doktor'un aslında on ikinci rejenerasyon olması nedeniyle "The Time of the Doctor" bölümünde Doktor'un yeni bir rejenerasyon döngüsü alma konusu işlendi. Böylelikle On Birinci Doktor, ikinci döngünün ilk Doktor'u oldu.

1986 yılında Newman'ın, 2008 yılında Davies'in de bulunduğu Doktor'u bir kadının canlandırması fikri ortaya atılsa da bugüne kadarki tüm rolleri erkek oyuncular oynadı. 2017 Noel özel bölümünde On Üçüncü Doktor rolüyle bu rolü devralan Jodi