k Devletleri konsoloslukları saldırıları sonrasında, Amerikan silahlı kuvvetleri denizaltılar üzerinden bu kamplara cruise füzeleri fırlatarak onların faaliyetlerinin kısıtlanmasına neden oldular.

Birleşmiş Milletler Güvenlik Konseyi'nin 1999 ve 2000'de yayınladığı 1267 ve 1333 sayılı kararlarında Taliban yönetiminden, el-Kaide'ye yapılan finansal ve askeri kaynak aktarımının durdurulması, Bin Ladin'in Ağustos 1998'de Amerika Birleşik Devletleri konsolosluklarına yapılan saldırılardan yargılanması için teslim edilmesi ve El-kaide eğitim kaplarının kapatılmasını istiyordu.

11 Eylül 2001'deki saldırılar sonrası, araştırmacılar süratle Usame bin Ladin ile alakalı deliller topladılar. Üç yıl sonraki bir teyp kaydında, bin Ladin kendisinin de 11 Eylül saldırılarına benzer şeyler tasavvur ettiğini açıkladı.

20 Eylül 2001'de, bir Kongre oturumunda yaptığı konuşmada, ABD Başkanı George W. Bush Taliban'a bir ültimatom gönderdi. Ültimatom'da şu isteklerde bulunuluyordu:


Taliban Bush ile yüz yüze görüşmeyi kabul etmedi, çünkü Müslüman olmayan bir siyasi lider ile konuşmanın İslam'ı aşağılamak olduğunu düşünüyorlardı. Ama Pakistan'daki elçiliklerinde devlet adamları yoluyla görüştüler. Taliban bin Ladin ile 11 Eylül saldırılarını birbirine bağlayan kesin bir delil olmadığını söyleyerek, 21 Eylül 2001'de ültimatomu reddetti.
22 Eylül 2001'de, Birleşik Arap Emirlikleri, ve onu izleyen günde de, Suudi Arabistan Taliban'ı Afganistan'ın yasal hükümeti olarak tanımayı bıraktı, komşusu Pakistan diplomatik ilişkileri sürdüren tek ülke olarak kaldı. 4 Ekim 2001'de, Pakistan'da uluslararası bir mahkemede İslami Şeriat yasalarına göre yargılanması karşılığı Taliban'ın bin Ladin'i vermeyi gizlice teklif edeceğine inanılıyordu. Pakistan ise bu teklifin reddedileceğine inanıyordu.

Taliban içindeki ılımlılar ve Amerikan elçilik görevlileri, Molla Muhammed Ömer'i bin Ladin'i ABD'ye teslim etmesi için ikna etmek ve olabilecek misillemeleri engellemek için, Ekim ortasında Pakistan'da buluşarak bir çözüm yolu bulmaya çalıştılar. Başkan Bush Taliban'ın tekliflerini samimiyetsiz oldukları gerekçesiyle reddetti. 7 Ekim 2001'de, askeri operasyonların başlangıcından önce, Taliban bin Ladin'i Afganistan'da bir İslami mahkemede yargılamayı teklif etti. Bu karşı teklif ABD tarafından yetersiz olduğu gerekçesiyle hemen reddedildi. 14 Ekim 2001'de, savaş araya girdikten yedi gün sonra, Taliban bin Ladin'in bir üçüncü ülkenin denetiminde yargılanmasını açıkca teklif etti. Ama bunun karşılığında bin Ladin'in 11 Eylül ile ilişkisini kanıtlayan kesin delillerin ortaya konmasını istiyordu.

Sürmekte olan tartışmalar sonunda BM Güvenlik Konseyi, BM Sözleşmesi'nin 51. Maddesindeki işgal tehlikesine karşı kolektif meşru savunma hakkı şartına dayanarak, Afganistan'daki NATO liderliğindeki askeri operasyonlarda güç kullanılmasına izin verdi. Güvenlik Konseyi, bununla birlikte, Uluslararası Güvenlik Destek Gücü'ne ülkeyi koruma görevinde güç kullanma yetkisi verdi.

Tahminen 16:14 UTC (12:15 p.m. EDT, 20:45 ) 7 Ekim 2001 Pazar günü, Amerikalı ve Britanyalı güçler Taliban güçlerine ve El-Kaide'ye yönelik bir hava bombardımanı seferi başlattılar . Başkent Kabil'e (ülkenin elektrik ihtiyacının karşılandığı yer), Kandahar'ın havalimanı ve askeri komuta merkezine (Taliban'ın En yüksek Lideri Molla Ömer'in evinin olduğu yer), ve aynı zamanda Celalabad şehrine de (eğitim kampları) saldırılar olduğu rapor edildi. Taliban bu saldırıları kınadı ve onları "İslam'a saldırı" olarak adlandırdı.

Saat 17:00 UTC'de, Başkan Bush saldırıları ulusal televizyonda doğruladı. Aynı anda Britanya Başbakanı Tony Blair'da verdiği söylevde olayları doğruladı. Bush Taliban askeri ve terörist eğitim kamplarının hedeflendiğini, bu saldırıların aynı zamanda "Afganistan'ın açlık ve eziyet çeken erkekleri, kadınları ve çocuklarının" yiyecek ve sağlık ihtiyaçlarının karşılanması için olduğunu beyan etti..

CNN'in gönderdiği Kabil'in bombalanmış haldeki görüntüleri tüm Amerikan televizyonlarında tahminen 7 Ekim 2001'de saat 17:08'de yayınlandı. Bu saldırıda birtakım farklı teknolojiler kullanıldı. Amerika Birleşik Devletleri Hava Kuvvetleri generali ve ABD Genelkurmay Başkanı Richard Myers, saldırıda tahminen Britanya ve ABD denizaltıları ve gemileri tarafından fırlatılan 50 Tomahawk seyir füzesi, 25 saldırı uçağı ve onları taşıyan uçak gemileri, USS CARL VINSON (CVN-70) ve USS ENTERPRISE (CVN-65) ve 15 ABD Hava Kuvvetleri bombardıman uçağı, B-1 Lancer, B-2 Spirit, B-52 Stratofortress kullanıldığını beyan etti. İki C-17 Globemaster nakliyat jeti saldırının ilk gününde Afganistan içerisindeki mültecilere 37,500 gündelik erzağı havadan bıraktı .

Saldırılardan önce, Usame bin Ladin'in Afganistan'a karşı her saldırıyı kınadığı önceden kaydedilmiş bir video kaydı ortaya çıktı. Arapça uydu haber kanalı El Cezire, bu videoları saldırıdan kısa süre önce aldıklarını rapor etti. Bu kayıtta Bin Ladin Birleşik Devletler'in Afganistan'da başarısız olacağını ve sonra tıpkı Sovyetler Birliği'nin olduğu gibi çökeceğini iddia ederek, Müslümanlara ABD'ye karşı bir cihad çağrısı yapmıştır.

Uçaksavar ateşi menzillerinin dışında, yüksek irtifada uçma kabiliyetine sahip bombardıman uçakları El-Kaide eğitim kampları ve Taliban hava savunmalarını bombalamaya başladı. Başlangıçtaki geliştirilen güncel saldırılar boyunca, basında 1980 Sovyet işgali boyunca Sovyet helikopterlerine karşı kullanılan Amerikan yapımı Stinger uçaksavar füzesinin Taliban kuvvetleri tarafından Amerika'ya karşıda kullanıldığına dair bir takım spekülasyonlar çıkmıştır. Eğer ki ellerinde bu füzelerden varsa bile, hava saldırısı sırasında hiç kullanmadılar ve ABD düşman ateşiyle hiçbir hava aracını kaybetmemiştir. Bunun yanında, Taliban, çoğunluğu Sovyet işgalinden kalan ordu ve silahlara güvenerek uçaksavar silahların mevzilerinde kuvvetler bulundurmuştur. Cruise füzeleri ülkeyi topa tutarken, Apache savaş helikopterinin dahil olduğu ABD hava araçları savaşta görev aldılar.

Saldırılar başlangıçta Kabil, Celalabad ve Kandahar içleri ve etraflarında toplandı. Birkaç gün içinde çoğu El-Kaide eğitim kampları zarar gördü ve Taliban hava savunması yok edildi. Savaş daha sonra Taliban güçlerinin iletişim kabiliyetlerini zayıflatmak amacıyla emir, kontrol ve iletişim hedefleri üzerinde yoğunlaştı. Fakat, Afgan Kuzey İttifakı'nın tuttuğu ve kesin bir zafer kazanılamayan hat önlerde yer aldı. Savaşın ikinci haftasında Kuzey İttifakı hava saldırısının daha yoğun olduğu ön saflara istendi. Savaş uzadıkça uzarken, zarar gören siviller de savaştan etkilenen alanlara yerleştirilmeye başlandı. Bu arada, Pakistan'dan binlerce Peştun militanı ABD kaynaklı güçlere karşı Taliban'a takviye olmak üzere ülkenin içlerine sızmışlardır.

Savaşın sonraki aşaması uçak gemilerinde konuşlandırılmış F/A-18 Hornet bombardıman uçağının Taliban araçlarını nokta atışıyla vurması ve diğer Birleşik Devletler uçaklarının Taliban savunmasına aralıksız bomba yağdırmasıyla başladı. Yılın ilk zamanları, Kuzey İttifakı komutanları büyük umutlar besledikleri ön hattaki ciddi sonuçları görmeye başladılar. Taliban destekli yapılar hava saldırısının baskısı altında yıprandılar. Amerikan Özel Kuvvetleri Molla Ömer'in üslerinden birini de vurarak, Taliban'ın kalbi olan Kandahar'a korkusuzca bir baskın yaparak sızdılar. Fakat, savaşın ilerlemesinin çok yavaş olduğu görüldü. Ekimin son haftası bitmiş ve henüz Kasım'ın başıydı.

Bu zamanda, Kuzey İttifakı'nın beklentilerini uygulamak için hava harekatının sonraki kısmı başladı. Taliban'ın ön safları 15,000-pound ağırlığındaki papatya kesicisi bombaları ve AC-130 özel nakliye uçakları ile bombalandı. Zayıf Taliban taktikleri saldırının etkilerini artırdı. Savaşçıların daha önce Amerikan ateşgücüne karşı hiç tecrübeleri yoktu ve genellikle çıplak tepeler ve mevzilerde dururlardı, bunun sonucunda da özel kuvvetler onları rahatlıkla fark edip yakın hava desteğine haber verirlerdi. Taliban'ın ön kuvvetleri 2 Kasım'da önemli ölçüde azaltıldı ve ilk defa Kabil'de Kuzey İttifakı sınırı imkânı doğdu. El-Kaide'nin yabancı savaşçıları Afgan şehirlerinin güvenliğinin yönetimini aldılar ve bu da Taliban rejiminin dayanıksızlığını ortaya çıkarmıştır. Bu arada, Kuzey İttifakı ve onların CIA/Özel Kuvvetler danışmanları saldırının sonraki kısmını planladılar. Kuzey İttifakı birlikleri Mezar-ı Şerif'i ele geçirecekler, dolayısıyla Taliban'ın tedarik hattı kesilecek ve ülkelerden kuzeye doğru teçhizat akışı başlayacak ve bunları da Kabil'in içinden olacak bir saldırı izleyecektir.

9 Kasım 2001'de ABD bombacılarının şehrin güney girişindeki Chesmay-e-Safa vadisinde yoğunlaşmış Taliban güçlerine halı bombardımanı yapmasıyla Mezar-ı Şerif muharebesi başladı. Öğleden sonra 2'de Kuzey İttifakı güçleri güneyden batıya kaydırıldı, şehrin ana askeri üssü ve havaalanı ele geçirildi. Kuvvetler daha sonra şehrin önündeki vadide Taliban'ın kalan güçlerini çok zayıf bir direnişle karşılaşarak temizlediler. 4 saat içerisinde muharebe bitmişti. Gün batımıyla beraber Taliban'dan akıllarda kalan güneye ve batıya doğru kaçışmalarıydı. Mezar-ı Şerif alınmıştı. Sonraki gün, misilleme amacındaki Kuzey İttifakı güçleri şehri taradılar ve şüpheli Taliban destekçilerini infaz ettiler. Moralmen çökmüş ve yenilmiş, çoğu Pakistan'dan olan savaşçılardan yaklaşık 520 Taliban, saklandıkları okulda bulundu ve vuruldular. Mezar-ı Şerif'te yağma da oldukça yaygınlaşmıştı.

10 Kasım'da Kuzey İttifakı güçleri 5 kuzey vilayetine doğru hızlı bir biçimde ilerlerken, aynı gün resmi Taliban destekçileri Mezar-ı Şerif'te katliam yapıyorlardı. Mezar-ı Şerif'in düşmesi, Taliban mevzilerinin toplu biçimde çökmesine neden olmuştur. Bazı yerel kumandanlar savaşmak yerine taraf değiştirmişlerdir. Kuzeye doğru yayılarak rejim çözülmeye başlamıştı. Kuzey İttifakı güneyden arkalarına ilerlerken, yerel kumandanların çoğunun ön hat birliklerine karşı üstünlük sağlanmış ve Kunduz şehrinin kuzeyinde çevrilmişlerdi. Güneyde de, bekleyen güçleri nihayet çok zayıf düşmüşlerdi. Dini polisde onların düzenli devriye