ve Hakkı Saffet Tan, İngiliz ve Rumların maçlarını izlemekte ve İngilizlerin yer aldığı Moda FC'de oynayan Bobi lakaplı Fuat Hüsnü Kayacan'ı seyretmekteydiler. 1907 ilkbaharında yine bir maç dönüşünde Necip, Ziya ve Ayetullah Beyler, Necip Bey'in Moda Beşbıyık Sokaktaki evinde toplandılar. İçinde bulundukları tarihin de desteğinden güç alan bu gençler, kuracakları takımın ilk fikir harcını attılar. Gerekli parayı finanse edecek olan dönemin zenginlerinden Saint Joseph mezunu Mühendis Nurizade Ziya Bey'e kulübün kurucu başkanlığını, Osmanlı Bankası memurlarından Ayetullah Bey'e katiplik (sekreter) görevini, Bahriye Subayı Necip Bey'e de kaptanlık ve veznedarlık (sayman) görevini verdiler. Kulübün adını ise, oturdukları semtten esinlenerek, Fenerbahçe Futbol Kulübü olarak belirlediler. Böylece Fenerbahçe Spor Kulübü, bir futbol takımı olarak 1907 yılında İstanbul'un Kadıköy ilçesinde kuruldu.

Kulüp başkanı Ziya Bey'in İngiltere'den getirttiği; önü ve kolları düğmeli olan sarı beyaz bol formaları, lacivert şort pantolonları ve sarı löverli yün çorapları ile takım ilk antrenmanlarına başladı. Kısa zamanda çevrenin futbola kabiliyetli gençlerini de kendi etrafında toplayan kulübün ilk kadrosu, olası olarak; Hint Asaf - Necip , Ziya - Hasan, Hassan, Sabri - Nasuhi , Şevkati , Galip , Hüseyin , Hayrullah terkibinde, ya da; Asaf - Ziya , Sami - Ayetullah , Mazhar , Necip - Fethi , Galip , Hüseyin , Hasan , Nevzat şeklinde oluştu.
Fenerbahçe futbol takımı, 1909 yılında ilk kez İstanbul Ligi'ne katıldı. Takımın ilk teknik direktörlüğünü, aynı zamanda takımın oyuncu olan Hüseyin Dalaklı yapmaktaydı. İlk iki yıl İstanbul Ligi'nde varlık gösteremeyen takım, 1911-12 sezonunda Zeki (Mazlum), K. Arslanyan, Abbas (Elkatipzade), Mustafa (Elkatipzade), Yahya (Berki), Hüseyin (İzzi), Arif, Kemal (Aşkın), Tevfik, Nuri, Galip (Kulaksızoğlu), Nasuhi ve Hasan Kâmil (Sporel)'den oluşan kadrosuyla şampiyon olarak tarihindeki ilk lig şampiyonluğunu elde etti.

1912-1913 sezonu Balkan savaşları nedeniyle yapılmadı. Resmi kuruluşu 1907 olarak bilinen Fenerbahçe'nin tescili ise 1913 yılında yapıldı. ""1907'de Kuşdili Çayırı'nda kurulan ve başkanlığını Hamid Hüsnü (Kayacan) Bey'in yaptığı Fenerbahçe Spor Kulübü'nün kuruluş amacı "Beden ve fikir eğitimini yaygınlaştırmak, vatan gençlerini hayat mücadelesine, sıkıntılara ve askeri seferlere (savaşmaya) alıştırmak"" ifadelerini ihtiva eden belge ile kulüp resmi olarak tescil edildi. Bu kayıt aynı zamanda, bir Türk futbol kulübü hakkında şu ana kadar bulunmuş tek resmî Osmanlı tescil belgesidir. 1913-14 ve 1914-15 sezonlarında ise Galip Kulaksızoğlu'nun teknik direktörlüğündeki takım iki sezon art arda İstanbul Lig şampiyonluğunu kazandı. 1912 yılında kurulan ve 1923 yılına kadar devam eden Cuma Ligi'nde de mücadele eden Fenerbahçe, 1920-21 ve 1922-23 sezonlarını şampiyon olarak tamamladı.

Fenerbahçe'nin 1922-23 sezonu şampiyonluğu dünyada eşi benzeri görülmemiş bir sezon olarak tarihe geçti. Takım kadrosunun tamamı yüksek okul mezunları ve öğrencilerden oluşan Fenerbahçe, sezonu hiç yenilmeden ve gol yemeden 58-0 gibi bir skorla tamamladı.

1923 yılının Fenerbahçe açısından en önemli olaylarıdan bir diğeri ise Birleşik Krallık işgal kuvvetleri komutanı General Charles Harington Harington'ın İstanbul'dan ayrılırken kendi adına bir turnuva düzenlemesi oldu. General, bu kupaya yönelik olarak ""Gardler Muhteliti Türk kulüplerine meydan okuyor. Galibine, Başkumandanın adını taşıyan büyük bir kupa verilecek bu maça Türk kulüpleri diledikleri gibi takviye de alabilirler."" şeklinde bir ilan verdi. Fenerbahçe ise generalin ilanına ""Fenerbahçe Kulübü yalnız kendi kadrosuyla bu maçı şartsız olarak kabul eder."" şeklindeki gazete ilanıyla karşılık verdi.

29 Haziran 1923 tarihinde General Harrington Kupası adıyla Taksim Stadı'nda yapılan maçı Fenerbahçe, dönemin önemli oyuncularından olan Zeki Rıza Sporel'in atmış olduğu iki golle 2-1 kazandı. Maç gecesi Lozan Konferansı'nda bulunan Türk Heyetine de bu galibiyet haberi ulaştığında heyet başkanı İsmet Paşa tarafından Fenerbahçe kulübüne ""Heyetimiz adına hepinizi mutlulukla tebrik eder, meserretle gözlerinizden öperim."" şeklinde bir kutlama telgrafı gönderildi.

1932 yılının Haziran ayında meydana gelen Kuşdili Yangını sonucu kulüp binası ciddi ölçüde zarar gördü ve kupalar, üye kayıt ve maç defterlerini de içeren belgeler dahil olmak üzere çoğu maddi eser ve belge yok oldu.

1936 yılında en güçlü İstanbul, Ankara ve İzmir takımlarının yer aldığı Millî Küme kuruldu. 1938 yılında kendi isteğiyle ligden çekilen Fenerbahçe, bunun dışındaki tüm turnuvalara katılmış 1937, 1940, 1943, 1945, 1946 ve 1950 yıllarında olmak üzere 6 kez şampiyonluk kazanarak bu kupada en çok zafere ulaşan takım olmuştur. Bu yılların en önemli futbolcularından birisi ise Fenerbahçe formasıyla çıktığı 615 maçta 423 gol atan Lefter oldu. 1947-1951 ve 1953-64 yılları arasında Fenerbahçe forması giyen Lefter, Türkiye'de kulübü tarafından jübilesi yapılan ilk futbolcu oldu. Fenerbahçe taraftarlarının gönlünde taht kuran ve Ordinaryus lakabı takılan Lefter için "Tribünler söyledi binlerce kere. Ver Lefter'e yaz deftere. Bitti kalem doldu defter. Bu âlemde kral Lefter.." sloganı yazıldı.

1939 yılında Türk futbol tarihinde ilk kez gece maçları oynanmaya başlandı. 9 Eylül 1939 tarihinde saat 21.00'de Fenerbahçe ile Beyoğluspor arasında yapılan bu ilk maçta, Fenerbahçe rakibini 4-2 mağlup etti. İlk gece maçının ilk golünü ise Fenerbahçeli futbolcu Fikret Kırcan kaydetti.

Fenerbahçe, ilk olarak 1911-12 sezonunda katıldığı ve 1958-59 sezonuna kadar farklı statülerde yapılan İstanbul Ligleri'nde 16 şampiyonluk kazandı. Bu şampiyonluklardan 14'ü İstanbul Ligi, 2'si İstanbul Cuma Ligi kupasıydı.

21 Şubat 1959 tarihinde sadece İstanbul, Ankara ve İzmir takımlarının katılabildiği Türkiye 1. Futbol Ligi kuruldu. Beyaz ve kırmızı grup şeklinde düzenlenen ve 16 takımın yer aldığı ligde, Fenerbahçe, beyaz grupta yer aldı. Macar teknik direktör Ignace Molnar yönetimindeki Fenerbahçe, 12 galibiyet ve 2 beraberlik alıp 26 puanla grubunu lider tamamladı. Finalde ise kırmızı grubun birincisi Galatasaray ile karşılaştı. İki maç şeklinde düzenlenen finalde, ilk maçı 1-0 kaybetmesine karşın ikinci maçta rakibini Yüksel Gündüz, Mustafa Güven, Naci Erdem ve Şeref Has'ın attığı gollerle 4-0 yenerek Türkiye 1. Futbol Ligi'nin ilk şampiyonu oldu.
1959-60 sezonunda ligi ikinci olarak bitiren Fenerbahçe, aynı sezon tarihinde ilk defa Şampiyon Kulüpler Kupası'na katıldı. 1. ön eleme turunda Macaristan ligi şampiyonu Csepel'i 1-1 ve 3-2'lik skorlarla eleyerek ikinci tura yükseldi. İkinci turda Fransa ligi şampiyonu Nice'yle karşılaşan Fenerbahçe, rakibine elenerek turnuvaya veda etti.
1960 yılında takımın başına Macar teknik direktör László Székely getirildi. Fenerbahçe, 1960-61 sezonunda 38 maçta aldığı 26 galibiyet, 9 beraberlik, 3 mağlubiyetle ligi yeniden şampiyon olarak tamamladı. Bu sezonun en önemli gelişmelerinden birisi ise Fenerbahçe'nin en önemli futbolcularından olan Can Bartu'nun sezon sonunda bir İtalyan takımı olan ACF Fiorentina'ya transfer olması oldu. 1961-62 sezonunda ise yeniden Şampiyon Kulüpler Kupası'nda mücadele etme hakkı kazanan Fenerbahçe, 2. turdan katıldığı turnuvada Nürnberg'e 2-1 ve 1-0'lık skorlarla yenilerek kupaya veda etti. 1962 yılının Ocak ayında takımın başına Necdet Erdem getirildi. 1962 yılının Temmuz ayında ise takımın başına Yugoslav teknik direktör Miroslav Kokotović getirildi.1962-63 sezonunu üçüncü olarak bitiren Fenerbahçe, 1963-64 sezonunda Kupa Galipleri Kupası'na katıldı. Ön eleme turunda Romanya ligi takımlarından FC Petrolul Ploieşti'yi geçen Fenerbahçe, birinci turda Kuzey İrlanda ligi takımı olan Linfield'i eleyerek tarihinde ilk defa Şampiyon Kulüpler Kupası'nda çeyrek finale kaldı. Çeyrek finalde Macaristan ligi takımlarından MTK Budapeşte ile eşleşti. İlk maçı 2-0 kaybeden Fenerbahçe, ikinci maçı 3-1 kazanarak turu playoff'a taşıdı. Ancak playoff maçında rakibine 1-0 yenilerek kupaya veda etti. Miroslav Kokotović yönetiminde hem Avrupa'da hem de Türkiye'de başarılı bir sezon geçiren Fenerbahçe, aynı sezon ligi şampiyon olarak tamamladı.

1964-65 sezonunda teknik direktörlüğe İngiliz Oscar Hold getirildi. Fenerbahçe bu sezonda dördüncü kez lig şampiyonluğu elde etti. 1965-66 sezonunda Selahattin Torkal yönetimindeki takım, ligi üçüncü, 1966-67 sezonunda ise Abdullah Gegiç yönetiminde ligi ikinci sırada bitirdi. Bu sezonun en önemli gelişmelerinden birisi ise Fenerbahçe'nin Balkan Kupası'nı kazanması oldu. Fenerbahçe'nin Balkan Kupası şampiyonluğu, bir Türk futbol takımının uluslararası resmi bir organizasyonda kazandığı ilk şampiyonluk oldu. Kupa'nın final maçında Yunanistan ligi takımlarından AEK ile karşılaşan Fenerbahçe, rakibini Ogün Altıparmak'ın iki, Yılmaz Şen'in ise attığı bir golle 3-1 mağlup etti.

1967-68 sezonunda takımın başına yeniden Ignace Molnar'ı getiren Fenerbahçe, sezonu en yakın takipçisi Beşiktaş'ın 7 puan önünde şampiyon olarak tamamladı. Aynı sezon Türkiye Kupası finalinde Altay ile karşılaşan Fenerbahçe, rakibini Ogün Altıparmak ve Nedim Doğan'ın attığı gollerle 2-0 mağlup ederek ilk Türkiye Kupası şampiyonluğunu kazandı. 1968-69 sezonunda Şampiyon Kulüpler Kupası'na 1. turdan katılan Fenerbahçe İngiltere Premier League takımlarından Manchester City'i ilk maçı 0-0 biten maçın ardından ikinci maçta 2-1 mağlup ederek 2. tura yükseldi. 2. turda Hollanda ligi takımlarından Ajax ile karşılaşan Fenerbahçe, iki maçı da 2-0 kaybederek turnuvaya veda etti. 1969 yılı Mart ayında Ignace Molnar takımdan ayrıldı. Sezonu sırasıyla Fikret Kırcan ve Basri Dirimlili yönetimde geçiren Fenerbahçe ligi dördüncü sırada bitirdi.

1969-70 sezonunda takımın başına Rumen teknik direktör Traian Ionescu'yu getiren Fenerbahçe, sezonu Eskişehirspor'un 7 puan önünde şampiyon olarak tamamladı. Sezonun en önemli istatistiklerinden birisi ise Ilie Datcu'nun kalesini koruduğu Fenerbahçe'nin toplam 30 maçta kalesinde sadece 6 gol görmesi oldu. Bu durum günümüzde bir re