l attı. Türkiye Kupası'nda ise 1 maça çıktı.
2005-06 sezonunda ise birçok Süper Lig kulübünden teklif alsa da Dardanelspor'da kaldı. O sezon ilk maçına 28 Ağustos günü Mersin İdman Yurdu karşısında çıktı. Sezonun ilk yarısında 15 maça çıkan Selçuk, o sezonki ilk ve son golünü ise 18 Eylül günü Yozgatspor'a attığıiki golle kaydetti. Selçuk dört yıl oynadığı takımda 76 lig maçına çıkıp 6 gol attı. 2005-06 sezonunun devre arasında ise Ersun Yanal yönetimindeki Manisaspor'a transfer olarak, yeni takımıyla 4,5 yıllık sözleşme imzaladı.
Devre arasında Galatasaray'dan da teklif alan Selçuk, daha az forma şansı bulabileceği için bu takımı tercih etmedi. Kadrosunda Arda Turan, Burak Yılmaz, Caner Erkin, Sezer Öztürk, Sinan Kaloğlu, Hakan Balta, Ufuk Ceylan ve Ersan Gülüm gibi isimleri bulunduran Manisaspor ile 4,5 yıllık sözleşme imzaladı. Selçuk ilk lig maçına 21 Ocak 2006'da MKE Ankaragücü ile oynanan maçta çıkarken, ilk golünü iki hafta sonraki 3-1 kazanılan Sivasspor karşılaşmasında attı.Selçuk İnan sezon boyunca 13 maça çıkıp 3 gol attı. Sezon sonuna kadar çoğu maçta görev aldı.
2006-07 sezonunda takımın değişmezlerinden biri oldu. İlk maçına 6 Ağustos 2006 günü Beşiktaş karşısında çıktı ve takımının 1-0 gibi bir skorla kazanmasında pay sahibi oldu. O sezonki ilk golünü ise 19 Ağustos 2006 günü Galatasaray ile 2-2 berabere kalınan karşılaşmada attı. Sezon boyunca 31 lig maçında forma giyen Selçuk, 3 gol attı. Kulübü gibi kendisi de lige çok iyi başlamasına rağmen, ilerleyen haftalarda düşüşe geçti. O sezon oynadığı 2751 dakika ile takımının en fazla forma giyen ikinci ismi oldu. Türkiye Kupası'nda ise 7 maça çıktı.
Ertesi sezon adeta takımının kaptanı olan Selçuk, gösterdiği performansla büyük kulüplerin transfer listesine girdi. O sezon ilk maçına Kayserispor karşısında çıkan İnan, ilk golünü ise 2 Eylül günü Galatasaray ağlarına attı. Giray Bulak yöetimindeki takımda Uğur İnceman ve Filip Holosko gibi isimlerle takımın değişilmezi olsa ve sezon boyunca 30 maça çıkıp 5 gol atmasına rağmen takımının küme düşmesini engelleyemedi. Sezon sonu ise zor durumda olan takımından ayrılacağı açıklandı.

Selçuk İnan, Manisaspor'un kümeye düşmesinin ardından 31 Mayıs 2008 tarihinde 2.000.000 € bonservis bedeli ile eski teknik direktörü Ersun Yanal'ın başında olduğu Trabzonspor'la 3 yıllık sözleşme imzaladı. Yeni kulübünde 8 numaralı formanın yeni sahibi olan Selçuk, ilk lig maçına sezonun ilk haftasındaki Ankaraspor ile oynanılan ve 2-0 kazanılan karşılaşmada çıkarken, ilk lig golünü de bu maçta attı. Bir sonraki haftayı da boş geçmeyen genç futbolcu, 1 Kasım 2008 tarihli 4-0 biten İstanbul Büyükşehir Belediyespor maçında takımının ikinci golünü atarak Trabzonspor'un tarihindeki 2000. golüne imza attı. Sezon boyunca istikrarlı performansını sürdüren Selçuk, teknik direktör Ersun Yanal'ın takımdan ayrılmasından sonraki ilk maç olan Kayserispor maçında oynamadığı için basında eski teknik direktörünün gidişine üzüldüğü ve kulübe tepki gösterdiği haberleri çıktı. Ancak daha sonra karşılaşmaya sağlık sorunları nedeniyle çıkamadığını açıkladı. Başarılı futbolcu bordo mavili takımdaki ilk sezonunda 32 maçta forma giyip 3 gol atmıştır.
Selçuk İnan, 2009-10 sezonunda Toulouse FC karşısında ilk resmi maçına çıktı ve bu maç onun kariyerindeki ilk Avrupa kupası maçı oldu. Ancak takımı bu takıma elenerek turnuvaya veda etti. Selçuk, çıktığı ilk maç olan Sivasspor karşılaşmasında gol atarak, bir önceki sezon olduğu gibi bu sezonda da takımının ligdeki ilk golünü attı. Zaman zaman yaşadığı hastalıklar sebebiyle ilk 11'in dışında kalan Selçuk, Kayserispor'la oynanılan 10. hafta mücadelesinde 29. dakikada oyuna girdi ve takımına galibiyeti getiren ikinci golde Ceyhun Gülselam'a asist yaptı. Başarılı futbolcu, Trabzonspor'un zor günler geçirdiği bir dönemde Eskişehirspor ile oynanılan ve 2-1 kazanılan karşılaşmada takımının ilk golünü atarak bordo mavililere nefes aldırdı. Takımın başına Şenol Güneş'in takımın başına gelmesiyle çoğu maçta 90 dakika forma giyen Selçuk, sakat olduğu Manisaspor ve Ankaragücü maçları hariç tüm karşılaşmalarda forma giydi. İlk kez bir kupa sevinci yaşadığı Türkiye Kupası'ndaki tüm karşılaşmalarda forma giyerken Fenerbahçe ile oynanılan final maçında takımı mağlupken Umut Bulut'a attırdığı beraberlik golüyle bordo-mavilileri ateşleyen Selçuk, kupanın kazanılmasında büyük pay sahibi oldu. Sezon boyunca 28 maça çıkıp 2 gol kaydeden başarılı orta saha oyuncusu, sezonun sona ermesiyle millî takımın ABD'deki hazırlık kampı kadrosunda da yer aldı.
2010-11 sezonu başında yazılı basında sıkça Galatasaray'ın Selçuk'la ilgilendiği yönünde haberler çıktı. Ancak Selçuk ve Trabzonspor yönetimi bu haberleri yalanladı. Sezon başında Bursaspor ile oynadıkları Süper Kupa maçında da bir asist yapma başarısı gösterdi. Süper Kupa'yı da 3-0'lık skor ile Trabzonspor kazandı. Bu maçtan günler sonra UEFA Avrupa Ligi'nde Liverpool FC ile eşleşen Trabzonspor'da her iki karşılaşmada da boy gösteren Selçuk, takımının elenmesine engel olamadı. 2010-11 sezonunda ilk maçına MKE Ankaragücü maçında çıkan Selçuk, ilk golünü ise Süper Lig'in 4. haftasında 6-1 kazanılan Sivasspor karşılaşmasında attı. Bir hafta sonra ise eski takımı Manisaspor'a gol atan İnan, takımının kendi evinde 3-1 yenilmesini engelleyemedi. Sezon boyunca Gustavo Colman ile ortasaha'da görev yapan Selçuk, ligde tam 33 maça çıkan ve bu maçların tümünde 90 dakika forma giyen yıldız oyuncu, attığı iki golün yanı sıra tam 13 asist yaparak ligde bu alanda zirvedeki isimler arasında yer aldı. Takımının pas dağıtımını gerçekleştiren ve oyunu yönlendiren bir numaralı isim olan Selçuk, son haftaya dek müthiş bir performans sergilese de Trabzonspor’un averajla şampiyonluğu kaybetmesine engel olamadı.

2011-12 sezonundan itibaren geçerli olmak kaydıyla Galatasaray ile 5 yıllık sözleşme imzaladı.
Galatasaray'da Süper Lig'teki ilk golünü, aynı zamanda ilk resmî golünü Süper Lig'in 2011-12 sezonunun 2. haftasında oynanan Samsunspor karşısında penaltıdan kaydetmiştir.Galatasaray taraftarları tarafından da çok sevilen Selçuk ilk sezonunda ise kendi kariyer rekorunu kırmıştır ve Galatasaray'ın başarısında Felipe Melo ile birlikte büyük pay sahibi olmuştur. Duran toplarıda çok etkili kullanan Selçuk , duran toplardan hem asistler yapmış, hem de kendi adına goller atmıştır. Eski takımı Trabzonspor'a attığı frikik golü ise birçok otorite tarafından takdir edilmiştir. Galatasaray'ın teknik direktörü Fatih Terim, 2-0 geriye düşüp 4-2 kazanılan Samsunspor maçının ardından ; " "Selçuk'un form durumuna ve attığı gollere çok seviniyorum oyunun iki yönünde de çok etkili inşallah böyle devam eder" " demiştir. Ayrıca Selçuk İnan 10 Mart 2012'de oynanan Gençlerbirliği maçında bir frikik golü atmış ve takımının 2-0 galip gelmesinde büyük pay sahibi olmuştur. Ayrıca attığı 3 frikik golüyle Selçuk İnan kariyerinde en çok frikik golü attığı sezonu yakalamıştır. Selçuk İnan 8 Nisan 2012'de oynanan Manisaspor maçında Eski takımı Manisaspor'a biri 30 metre'den diğeri ise penaltıdan olmak üzere iki gol atmıştır ve 34 haftalık maratonu 11 gol ve 12 asist ile tamamlayarak Double-Double yapmıştır. [[22 Nisan 2012 tarihinde [[TT Arena]]'da oynanan [[Fenerbahçe (futbol takımı)|Fenerbahçe]] derbisinde serbest vuruştan gol atan Selçuk, Süper Final 3. hafta maçında eski takımı [[Trabzonspor (futbol takımı)|Trabzonspor]]'a 1 gol(frikik) ve 1 asist ile takımının 2 golünde direkt katkı sağladı. Ayrıca Selçuk İnan'ın bu "freekick" golü Galatasaray kulüp tarihinde [[Gheorghe Hagi]]'nin 2000-2001 sezonunda 5 gollük rekorunu egale etmiş oldu. Sezon sonunda şampiyonluğa ulaşan Galatasaray ile birlikte kariyerinin ilk Süper Lig şampiyonluğunu elde etti. 2012-2013 sezonunda Süper Lig'de ilk golünü 2.hafta oynanan Beşiktaş derbisinde kaydetti.Galatasaray'da 57 maçta 16 gol ve 22 asist yapma başarısını göstermiştir.
[[Dosya:Selçuk İnan 2012 (2).JPG|120px|thumb|Selçuk İnan 2012-13 sezonunda [[Galatasaray (futbol takımı)|Galatasaray]] formasıyla|left]] 
Selçuk İnan, Fenerbahçe ile oynanan [[2012 Türkiye Süper Kupası]] maçına ilk 11 başlamıştır ve bu maçta [[Umut Bulut]]'a iki asist yapmış ve 89.dakikada takımını öne geçiren golü Penaltı'dan kaydetmiştir ve [[Umut Bulut]] ile beraber maçın adamı seçilmiştir. Selçuk İnan [[Süper Lig]]'de ilk maçına ise ilk hafta da [[Kasımpaşa SK]] karşısında çıkmıştır. O sezon liigdeki ilk golünü ligdeki ilk asistini de yaptığı karşılaşma olan maçta, [[Süper Lig]]'in 2.haftasında penaltıdan [[Beşiktaş (futbol takımı)|Beşiktaş]] ağlarına göndermiştir. Selçuk bu golü atarak [[Beşiktaş (futbol takımı)|Beşiktaş]] karşısında [[Galatasaray (futbol takımı)|Galatasaray]] formasıyla ilk golünü atmıştır ve takımıyla üç büyüklerin de ağlarını sarsan ender oyunculardan biri olmuştur. O sezon ayrıca [[Galatasaray (futbol takımı)|Galatasaray]] formasıyla ilk [[UEFA Şampiyonlar Ligi]] tecrübesini yaşayan Selçuk, [[UEFA Şampiyonlar Ligi]]'ndeki ilk maçına Ekim 2012'de [[Manchester United FC]] karşısında çıkmıştır. 27 Ekim 2012'de ise [[Kayserispor]] maçında [[Cristiano Marques Gomes|Cris]]'in golününve [[Burak Yılmaz]]'ın golünün asistini yaparak bu maçla birlikte [[Süper Lig]]'de 3. asistini yapan Selçuk, ligdeki ikinci golünü ise bir sonraki haftada [[İstanbul Başakşehir FK|İstanbul Büyükşehir Belediyespor]]'a atmıştır ve bu maç 3-0 Galatasaray üstünlüğü ile sonuçlanmıştır. Selçuk İnan 2012-13 sezonundaki ilk frikik golünü ise [[Galatasaray-Fenerbahçe Rekabeti|Avrasya derbisi]]'nde atmıştır ve 16 Aralık 2012'de oynanan maçta Galatasaray Fenerbahçe'yi 2-1 mağlup etmiştir. [[UEFA Şampiyonlar Ligi]]'nde ise tüm grup maçlarında 90 dakika forma giyen Selçuk, 20 Kasım 2012'de [[Türk Telekom Stadyumu|Türk Telekom Arena]]'da oynanan ve hayati önemi olan [[Manchester United FC]] maçında [[Burak Yılmaz]]'ın golünün asistini köşe vuruşundan yapmış ve takımının 1-0 galip gelmesinde en büyük pay sahiplerinden biri olmuştur. Galatasaray grubun son maçında ise [[Aydın Yılmaz]] ve [[Burak Yılmaz]]'ın golleriyle 2-1 [[SC Braga]]'yı mağ