Naili Moran gibi aradan yıllar geçse de unutulmayan Galatasaraylı atletler pistlere damgasını vurdu . 1930 yılında Atina’da yapılan Balkan Oyunlarında 100 metrede 11.1 saniyelik derecesiyle ikinci gelen Semih Türkdoğan’ın kazandığı gümüş madalya Türkiye'nin uluslararası yarışmalarda atletizm dalında kazandığı ilk madalya oldu. 14 Temmuz 1933 tarihi ise atletizmde en güçlü konumda bulunan Galatasaray ile bu sporda giderek güçlenen Fenerbahçe'nin ilk ikili karşılaşmalarına da sahne oldu ve sarı-kırmızılı ekip ezeli rakibini 56-52 mağlup etti . Ancak Galatasaray Spor Kulübü'nün tarihindeki en önemli sarsıntılardan biri olan "Ateş-Güneş Olayı" sonucunda birçok değerli sporcunun Galatasaray'dan yeni kurulan Ateş-Güneş takımına geçmesi sonucunda 1933 yılından itibaren Galatasaray atletizm takımı, futbol takımı gibi, güç kaybetmeye başladı.

"Ateş-Güneş Olayı"nın olumsuz etkilerini daha ziyade futbol ve atletizmde hisseden Galatasaray, futbolda 1931'de 1949'a kadar İstanbul şampiyonluklardan uzak kalırken , atletizmde de 1935 yılından 1951'e dek İstanbul şampiyonluğu yaşayamadı.

1940'ların sonundaki hamle sarı-kırmızılı takımın eski yıllarındaki kudretini bir ara tekrar ortaya çıkarır gibi oldu. Nitekim uzun mesafeci Cahit Önel ve orta mesafeci Kemal Horulu Londra'da düzenlenen 1948 Yaz Olimpiyatları'nda başarılı sonuçlara imza atarken , Galatasaray İstanbul Şampiyonaları'nda da ikincilikler almaya başladı. 1950 yılında eski kulübüne dönerek yeniden 1953'e kadar başkanlık koltuğuna oturan Yusuf Ziya Öniş bu çabaları daha ileri taşıdı ve 1951 Ocak ayında, 1938 yılına kadar Galatasaray atletizm takımında forma giymiş eski sporculardan müteşekkil bir "atletizm şurası" oluşturdu. Birçok ulusal sporcunun da transferleriyle güçlenen takım 21-22 Temmuz 1951 tarihlerinde Mithatpaşa Stadı'nda gerçekleştirilen İstanbul Şampiyonası'nda 1939'dan beri şampiyonlukları elinde tutan ezeli rakibi Fenerbahçe'nin 82 puanına karşı 93 puan toplayarak 16 yıl aradan sonra şampiyon oldu . Galatasaray'ın başarısı, 4-5 Ağustos 1951 tarihlerinde Fenerbahçe Stadı'nda düzenlenen ilk Türkiye Kulüplerarası Atletizm Şampiyonası'nda da sürdü ve sarı-kırmızılı armada Fenerbahçe'nin Fenerbahçe'nin 26, Harbokulu'nunsa 6 puanına karşı 67 puan toplayarak ilk Türkiye şampiyonu unvanını da kazandı. Aynı dönemde Sevim Con, Necla Evren ve Mesude Dinçcan pistlerdeki ilk Galatasaraylı kadın atletler olarak adlarını duyurdular.

1951 yılında futbolda profesyonelliğin resmen kabulü sonucunda futbol takımının masraflarının artmasına bağlı olarak meydana gelen maddi sıkıntılar sonucunda, 16 yıl aradan sonra kazanılan bu başarıların devamı gelmedi. Galatasaray 1952 yılında Helsinki'de düzenlenen 1952 Yaz Olimpiyatları'nda mücadele eden ulusal takıma Emin Doybak, Kemal Horolu, Cahit Önel ve Erdal Barkay'ı verirken Türkiye'de İstanbul ve Türkiye şampiyonluklarını büyük puan farklarıyla tekrar ezeli rakibi Fenerbahçe'ye terketti. 1954 yılında ise bu branşta faaliyetler durma noktasına geldi. Öyle ki, takım İstanbul Şampiyonası'nda dereceye giremezken, Türkiye Şampiyonası'nda ise 4 puanla yedinci olabilmişti. Oysaki kulüp 1950'li yıllarda salon ve su sporlarında arka arkaya şampiyonluklar almaktaydı. 22 Eylül 1955 tarihinde Yönetim Kurulu'nun atletizm takımının yeninden kalkındırılması için aldığı kararlar sonucu eski şampiyon ve rekortmen atletlerden Semih Türkdoğan şube kaptanı olarak tam yetkiyle görevlendirilmek istenmişse de Türkdoğan bu görevi kabul etmemiş, atletizm takımı ise Fenerbahçe'nin bu branşına tahsis ettiği 25.000 TL'lik bütçenin karşısında 1.200 TL ayrılmasıyla daha da gerilemiştir. Kaçınılmaz son 1957 yılında gerçekleşmiş ve o yıl atletizm şubesi tamamen kapanmıştır.

Uzun süren sessizlikten sonra Galatasaray Spor Kulübü Yönetim Kurulu 1961 yılında nihayet şubenin canlandırılmasına karar verdi ve 29 Eylül 1961 tarihinde alınan kararla bu görevi eski atletlerden Refik Tiryakioğlu'na havale etti. 1962 yılından itibaren güçlü bir kadroyla resmi müsabakalara katılmaya başlayan Galatasaray takımı, 8-9 Haziran 1963 tarihinde Mithatpaşa Stadı'nda gerçekleştirilen İstanbul Şampiyonası'nda Fenerbahçe'nin 76 puanına karşılık 93 puan toplayarak şampiyon olurken ezeli rakibinin 1939'dan beri sürdürdüğü üstünlüğe de son veriyordu .

1966 yılında ise Galatasaray bu defa Türkiye Kulüplerarası Atletizm Şampiyonası'nda Fenerbahçe'nin 1952'den beri sürdürdüğü hegemonyayı sonlandırdı. Ağustos ayında Ankara'da düzenlenen şampiyonada, Seyfi Alanya'nın önderliğinde 1964 yılında kurularak atletizmde büyük bir kuvvet haline gelen Mersin Amatör Atletizm Kulübü'nün 24.388 puanına karşı, 24.897 puan toplayan sarı-kırmızlı ekip 1983'e kadar sürecek üstünlük dönemini başlattı. 1967-1975 dönemi Galatasaray'ın Türkiye şampiyonalarındaki en önemli rakibi Mersin takımı oldu. Galatasaray bu dönemde rakibinin 1967, 1968, 1972 ve 1975 yıllarındaki 4 şampiyonluğuna karşılık 1969, 1970, 1971, 1973 ve 1974 yıllarında 5 Türkiye şampiyonluğu aldı.

1976 yılından sonra ise Galatasaray atletizm takımı pistlerde adeta rakipsiz hale geldi. Devlet kuruluşlarında kadrosuz memur çalıştırılmamasının Mayıs 1975'te TBMM'de yasalaşması üzerine, Beden Terbiyesi Genel Müdürlüğü'ne bağlı bölgelerde fahri olarak hizmet yapan müdürler görevden alınmaya başlandı. Bu bağlamda, Mersin Amatör Atletizm Kulübü'nü dönemin en güçlü atletizm takımlarından biri haline getiren Seyfi Alanyalı da görevden ayrılmak zorunda kaldı. Mersinli atletler 1975 Türkiye Şampiyonası'nda bu kararı pankart açarak ya da yarışları boykot ederek protesto eden 20 Mersin atleti 10 Ağustos 1976'da 6 ay hak mahrumiyeti cezasına çarptırılınca . Galatasaray 1976 Türkiye Şampiyonası'nda rahat bir şampiyonluk aldı ve 1980 yılına kadar hemen hemen rakipsiz şampiyon oldu. Sprinterler Ömer Şakar ve Murat Akman, orta mesafeci Necdet Ayaz, uzun atlamacı Gürol Dinsel, gülleci ve diskçi Turan Kahraman, üç adım atlamacılar Temel Erbek ve Tayfun Demiralay, çekiççi Uğur Sel, sırıkla atlamacı Gürsel Akay ve ciritçi İbrahim Kabal 1976, 1977, 1978, 1979 ve 1980 yıllarındaki şampiyonlukların yıldızları olurken Galatasaray müteakip şampiyonluk için 1983'ü beklemek zorunda kaldı. Zira, 1981 şampiyonasının en büyük favorilerinden olan olan Galatasaray, Atletizm Şube Kaptanı Türker Aslan'ın şampiyona öncesinde 3 Ekim 1981 tarihinde yaptığı basın toplantısında "masabaşı oyunlar oynandığını" öne sürmesiyle, şampiyonadan çekildiğini açıkladı . 1982 yılında ise Galatasaray Şampiyonayı ilk sırada bitirmesine rağmen, uzun atlamacı Temel Erbek'in Ankara Amatör Atletizm Kulübü'nden İhsan Duygulu ile kavga etmesi sonucu iki sporcunun da diskalifiye edilmesi nedeniyle tüm atlayışlarında kulübüne kazandırdığı puanlar silindi. Puanlama konusunun iletildiği Avrupa Atletizm Federasyonu tarafından yapılan sıralama sonucunda Galatasaray üçüncülüğe düşürüldü. Silahlı Kuvvetler Gücü şampiyon oldu.

İstanbul Şampiyonalarında ise 1965 yılından 1983 yılına kadar 12 şampiyonluk kazanan Galatasaray, iki şampiyonluğu 4x400 metre bayrak yarışında rakibine dirsek attığı için diskalifiye olan sporcusunun kaybettirdiği puanlar nedeniyle 1968 yılında Fenerbahçe'ye ve Türkiye Şampiyonası'na daha iyi hazırlanmak amacıyla iştirak etmediği 1979 yılında İTÜ'ye kaybetti. 1975, 1976, 1977, 1980 ve 1982 yıllarında ise bu şampiyonanın çeşitli nedenlerle düzenlenememesi Galatasaray'ı kazanabileceği beş muhtemel şampiyonluktan etti.

1981 ve 1982'de Türkiye şampiyonluğundan uzak kalan sarı-kırmızılı takım 1983 yılında ilk kez iki kademeli düzenlenen Türkiye Şampiyonası'nda Silahlı Kuvvetler Gücü'nün 64.565 puanına karşı 64.578 puanla kıl payı şampiyon oldu. 1984 yılı ise Galatasaray'ın atletizmdeki ikinci altın dönemin son ermeye başladığı yıl oldu. Önce 4-5 Ağustos 1984 BJK İnönü Stadyumu'nda yapılan İstanbul Şampiyonası'nda 29.896 puan toplayan sarı-kırmızlı takım, 29.921 puan toplayan ezeli rakibi Fenerbahçe'ye şampiyonluğu kıl payı kaybederken., 22-23 Eylül 1984 tarihlerinde BJK İnönü Stadyumu'nda tamamlanan Türkiye Şampiyonası'nda da 63.095 toplamasına rağmen, 63.211 toplayan Fenerbahçe'ye bu şampiyonluğu da kıl payı yitiriyordu .

1986 yılında Mehmet Terzi ve Mehmet Yurdadön gibi önemli uzun mesafe koşucularını Şişecam Paşabahçe'ye kaybeden Fenerbahçe'ye karşı kapanan İzmir Yu-Pi takımının ulusal sporcularını alınca kuvvetlenen Galatasaray 24-25 Mayıs 1986'da İnönü Stadyumu'nda düzenlenen İstanbul Kulüplerarası Atletizm Şampiyonası'nda 30.053 puanla, 2-3 Ağustos 1986'da İzmir'de tamamlanan Türkiye Kulüplerarası Atletizm Şampiyonası'nda da 64.140 puanla özlediği şampiyonluklara ulaştı.

1987 yılında kurulan Türkiye Deplasmanlı Atletizm Ligi'nde Galatasaray ilk ve tek şampiyonluğunu 1988 yılında aldı. 28 Ağustos 1988 tarihinde 6. kademe müsabakalarında 5. kademeye kadar liderliğini sürdüren Fenerbahçe'yi geçen sarı-kırmızlılar son kademelerde de liderliği kaptırmadı ve şampiyonluğa ulaştı. 1989'dan itibaren ulusal sporcularını tek tek Fenerbahçe'ye kaptıran Galatasaray'ın atletizmdeki ikinci altın dönemi bu şekilde sona ermiş oldu.

Galatasaray 1989 yılından 1992 yılına kadar Fenerbahçe ile rekabetini sürdürdüyse de 1993'ten itibaren iyice güç kaybına uğradı. Anılan yılda Atletizm Ligi'nde ilk kez ilk üçe giremedi ve bu durum futbol takımının Manchester United'ı eleyerek UEFA Şampiyonlar Ligi'nde oynamaya hak kazanan ilk Türk takımı olduğu dönemde Kongre'de Yönetim Kurulu'nun eleştirilere uğramasına yolaçtı .

Alınan kararlar doğrultusunda altyapıya daha büyük önem veren Galatasaray genç erkekler kategorisinde 1994, 1995 ve 1996 yıllarında Türkiye şampiyonu olurken, Avrupa Şampiyon Kulüpler Kupası'nda B Grubunda 1995 ve 1997 yıllarında sırasıyla Belçika ve Hırvatistan'da dördüncülüğe ulaştı; 1996 yılındaysa İstanbul'da Bayer Uerdingen'in ardından çok küçük bir puan farkıyla Avrupa B Grubu Gençler ikincisi oldu . Ancak A takımı etkileyen bütçe sorunları bu dönemde genç takımın bazı sporcularının protesto amacıyla bazı yarışmalara katılmamaları gibi olaylara da rastlanmasına yolaçtı.

1990'lı yıl