mıştır. Şii Müslümanlığı'na daha eğilimli olan şehir halkı, bu yönetici hanedanlardan sonra, o sırada Suriye ve Irak'a doğru kontrol alanını genişletmeyi amaçlayan ve Humus'un yönetimini böylece ele geçiren, Mısır kökenli, Şii Fatımî Halifeliği'ne karşı çıkmamışlardır. Bu durum, 1090 yılında, Sultan Melikşah dönemindeki, Halep Selçuklu emiri, Aksunkur el-Hacib'in ("Aq Sunqur al-Hajib"), Humus'u işgal etmesiyle sona ermiş ve Sünnilik tekrar, asıl mezhep olmuştur. Bunun sonucundaysa, genel açıdan Sünni faaliyetlerinde artış görülmüştür.

1096 yılında, Birinci Haçlı Seferi'nin başlamasından sonra Haçlılar, 1098'de Humus'un kuzeybatısındaki Antakya'yı ele geçirmiş, Maarat el-Numan'ı ağır şekilde yağmalamış ve bunların hemen sonrasında Humus'u kuşatmışlardır. Haçlılar kentin ana limanı Tartus'la olan tüm bağlantılarını kesmelerine rağmen yine de Humus'u ele geçirememişlerdir. Kuşatmadan hemen sonra, Humus'u ele geçirerek, Büyük Selçuklu'ya bağlı, Suriye Selçuklu Devleti kontrolüne alan Selçuklu Şam Atabeyi, şehri, Haçlıların, Müslüman topraklarının derinlerine doğru ilerlemesini engelleyen, takviyeli, büyük bir ordugâha ve önemli bir kale haline getirmiştir. Saldırı ve savaştan uzak bir kent haline gelen Humus, Müslümanların birliklerini düzenleyerek topladığı ve Akdeniz kıyısı boyunca uzanan Haçlı yerleşkelerine saldırı ve yağmalar düzenlediği önemli bir merkez olmuştur. 12. yüzyıl başlarında, iç savaş ile meşgul olan Selçuklular için, Humus'u ele geçirmek bir ödül değeri taşımıştır. 1117'de Suriye Selçuklu Devleti'nin son bulmasının ardından, Humus, 1149'da, Zengi Halep Beyi, Nureddin Mahmud Zengi tarafından ele geçirilerek, Zengi Hanedanı topraklarına katılmıştır. Bundan kısa süre sonra, 1157'de, Büyük Selçuklu Devleti yıkılmış ve Humus'taki, yaklaşık 30 yıl sürecek Zengi yönetimi kesinlik kazanmıştır.

Müslüman coğrafyacı El İdrisi, 1154'te yazdığı yazıda, Humus'ta kalabalık bir nüfus yaşadığını, şehrin taş döşeli cadde ve sokaklara sahip olup, Suriye'nin en büyük camilerinden birini elinde bulundurduğunu (Büyük El Nuri Camii), açık hava pazarları içerdiğini ve şehirde "ender bulunan ürün çeşitlerinin yanında kentte üretilenlerle de" ilgilenen gezgin, seyyah ve tüccarlar tarafından tam bir uğrak noktası olduğunu belirtmiştir. Humus sakinleri hakkındaysa, "tatlı, birlikte yaşaması kolay ve makbul tavırlara sahip insanlar" demiştir. Kadınlar ile ilgili olarak da "güzelliklerinin yanında, zarif ve bakımlı ciltlere" sahip olduklarını belirtmiştir. 1157'de meydana gelen depremler, Humus'a ve Humus Kalesi'ne ağır hasar vermiştir. Ardından 1170'te meydana gelen daha küçük bir depremse ilkini izlemiştir. Ancak, stratejik konumunun ve Haçlı Trablus Kontluğu'na karşı olmasının da etkisiyle, hasar kısa sürede, Müslümanlar tarafından onarılmıştır. 1164'te İmadeddin Zengi, şehrin kontrolünü bir fief olarak Esedüddin Şirkuh'a vermiştir. Ancak beş yıl sonra 1169'da, Şirkuh'un ölümünden sonra, kontrolü tekrar kendisi almıştır. 1175'teyse, Şirkuh'un yeğeni Selahaddin Eyyubi şehrin kontrolünü almış, 1179'daysa kuzey Suriye'de kazandığı toprakları düzenleyerek şehri ve fiefi kendi yönettiği Eyyubiler Devleti'ne bağlamıştır. Şirkuh'un yönetimi alışı olan 1164'ten veya yeğeni Selaheddin Eyyubi'nin kontrolü aldığı tarih olan 1175'ten, El-Eşref Muzaffereddin Musa'nın ölüm tarihi olan 1263'e kadar, neredeyse bir yüzyıl boyunca Şirkuh'un nesli, Humus'un yönetimini elinde bulundurmuştur.
Arap coğrafyacı Yakut al-Hamavi, 1225'te, Humus hakkında, "büyük, ünlü, surlarla kaplı bir şehir olup, içerisindeki güney tepede, iyi takviye edilmiş bir kale" bulundurduğundan bahsetmiştir.

Eyyubi yönetiminin sonlarına doğru, Humus, Eyyubiler ile Haçlılar arasındaki savaşların yaşandığı önemli bir merkez olmaya devam etmiştir. Ayrıca, bu sırada şehir, Moğol İmparatorluğu'nun, İlhanlılar kolu ile Memlük Sultanlığı arasındaki kanlı savaşlarada ev sahipliği yapmıştır. Memlükler ve Moğollar arasındaki ilk savaş olan, 10 Aralık 1260'taki, Birinci Humus Savaşı ve ikincisi olan, 29 Ekim 1281 tarihli, İkinci Humus Savaşı kesin Memlük zaferi ile sonuçlanmıştır. Ancak, Moğollar sonunda Üçüncü Humus Savaşı ya da diğer adıyla, Vadi El Hazandar Savaşı olarak da bilinen, 22 Aralık-23 Aralık 1299 tarihi boyunca süren, muharebede galip gelmeyi başarmışlardır. Bunlara rağmen daha sonraki Suriye savaşlarında, Memlüklere karşı galip gelemeyen Moğollar, Suriye'yi ele geçirmeyi başaramamışlardır.

Humus, Baybars yönetimindeki Memlüklerin kontrolüne geçtikten sonra, politik açıdan gerilemiştir, çünkü Memlük seferleri Haçlı ve Moğolların İlhanlılar kolunu, Suriye'nin tamamından çıkartmıştır. 14. yüzyıl'ın başında, şehir sadece, Memlükler'in, Suriye'deki en küçük ilinin başkenti olarak kalmış, hatta bazen Şam ilinde bile sayılmıştır. 1335'te, Humus'u ziyaret eden ünlü Mağribli gezgin İbn Battuta, şehrin güzel ve bakımlı sokak ve caddelere, kaliteli pazarlara ve iyi bir Cuma camiine sahip olduğunu, bunların dışında neredeyse tüm sakinlerinin Arap olduğunu yazmıştır. 1400 yılında Timur, şehri ele geçirerek Timur İmparatorluğu'na bağlamış ve bir süre elinde tutmuştur. Daha sonra, 15. yüzyıl'ın ileri dönemlerinde, Memlüklerin, Orta Doğu'da iyice zayıflaması, şehre ve çevresindeki kırsal bölgelere güvensizlik ve korku getirmiştir. Bu zayıflama sırasında şehir ve yöresi, Bedevi kabileler tarafından yağmalanmış ve tahrip edilmiştir. 1510 yılında, dönemin Şam valisi, Humus'un valisi, kendi hizmetlerinin karşılığı olan maddi bedeli ödemediği için, şehirdeki, pazar ve marketleri yağmalaması amacıyla, bölgeye, El Fedil bin Nuayr ("al-Fadl bin Nu'ayr") komutasında, güçlü bir Bedevi birliği göndermiştir.

1516 yılında, Humus, uzun süre içerisinde kalıcağı, Osmanlı İmparatorluğu topraklarına dahil olmuştur. Bu ani yönetim değişimlerinden dolayı Memlük dönemindeki gerileminin üstüne, yeni ve geçici bir politik düşüş daha eklenmiştir. Ancak, çevre bölgelerden gelen çok sayıda, tarımsal ve pastoral ürünü işleyerek, ekonomik bir merkez olarak gelişmeye devam etmiştir. Humus, bu dönemde, bilhassa ipek ve yün dokumacılığıyla ünlenmiştir. Özellikle de, "alaca (alaja)" isimli, kadın giyiminde kullanılan, altın ipliklerle süslenmiş, benekli muslinden yapılma şık kıyafetin dokumacılığıyla tanınmıştır. Şehirde dokunan ipek, Osmanlı başkenti İstanbul ve civarına kadar ihrac edilmiştir. Dokuma endüstrisine ek olarak, şehirde, buğday ve susam yapmak için değirmenler (su değirmeni ve normal değirmen), zeytinyağı elde edilen zeytin mengeneleri (kompresör) bulunmaktaydı. Ayrıca bunların yanında, 16. yüzyıl'da şehrin hemen dışındaki bataklık ve benzeri topraklarda yetişen pirinç, yeşil ve siyah üzümler, şehrin pazarlarında bollukla yer almaktaydı. Dahası, çiftlik hayvanları alanında da Humus, Halep'ten gelen koyun, kuzu ve keçi sürüleri ile, Şam ve daha güneyden gelen, deve ve sığırların birleşerek, satıldığı, pazarlandığı ya da sergilendiği bir ticaret merkezi olmuştur.

Osmanlı'nın gelişi Humus'a idari değişiklikler de getirmiştir. Kent, eyalet sistemi döneminde, Haçlı Seferleri dönemindeki, eski rakibi ve düşmanı Trablus Kontluğu bölgesinde yer alan, Trablusşam Eyaleti'ne bağlı, kendi adını taşıyan Humus Sancağı'nın başkenti ("başkazâsı") olmuştur. Bu zamanlarda şehri ziyaret eden Fransız bir gezgin, şehir surlarının ve kalenin büyük bir onarım ve tadilat altında olduğunu ancak içindeki birçok şeyin çürümekte olduğunu, yalnızca şehrin yıllardır korunan, ünlü, kapalı çarşılarının ve pazarlarının güzelliğini koruduğunu yazmıştır.

Tahrir defterlerine göre, 1524 ila 1594 yıllarında ve arasındaki dönemde şehir nüfusunun büyük bir kısmını Sünni, Şii ve Alevi Müslümanlar oluştururken, bunlar yanında, şehirde ikamet eden Hırıstiyan ve Yahudi azınlıklarda bulunmuştur.

1785'te, başka bir Fransız gezgin, Constantin François de Chasseboeuf ya da kısaca "Volney", Humus'u ziyaret etmiş ve şehir hakkında, daha önceki önemini ve şöhretini büyük ölçüde kaybettiğini ve sefil bir durumda olduğunu belirtmiştir. Kenti, idari olarak Şam'a bağlı, büyük ve bozulmuş bir köy olarak nitelendirmiştir. Osmanlı yöneticileri, Humus'u yeniden canlandırmak ve Bedevi baskınlarına karşı güvenini tekrar sağlamak için büyük adımlar atmamışlardır. Bunlar sonucu, 17. ve 18. yüzyıl'da bölgede ortaya çıkan, kabile huzursuzlukları, şehrin iyi konumdaki pazarlarının yağmalanması ve birçok mahalinin asi kabileler tarafından, tahrip edilmesiyle sonuçlanmıştır. 18. yüzyıl'ın ortalarında güvenlik daha da aksamıştır. Humus sakinlerinin canlarının tehlikeye girmesi sonucu, Osmanlı yönetimi, şehir surlarından, kapıları sökerek, girişi tamamiyle engellemişlerdir.

19. yüzyıl'ın ilk yarısında, Humus ve çevresindeki kırsal bölgedeki Bedevi isyan ve yağmaları daha da artmıştır. Ancak, 1832 ila 1840 arasında, Osmanlı'ya karşı isyan eden, Kavalalı İbrahim Paşa yönetimindeki, Kavalalılar Hanedanı, Mısır ve Suriye'yi, dolayısıyla Humus ve çevresini de ele geçirerek bu Bedevi başkaldırılarına bir son vermiştir. Bedevi başkaldırıları son bulsada, Humus sakinleri, Mısır kökenli Kavalalılar yönetimine karşı çıkarak ayaklanmışlardır. Ancak, Kavalalılar bu ayaklanmayı bastırmış ve sonuç olarak şehrin, halihazırda dayanıksız halde olan kalesi yıkılmıştır. Kısa süre içerisinde Osmanlı hakimiyeti tekrar onarılmıştır ve 1860'lara doğru, Humus, ayrık ticari ekonomik birimini kurup, çevre köylerden ve bölgedeki komşu Bedevi kabilelerden gelen tarımsal ve pastoral ürünleri işleyerek, ticaretini yapacak kadar gelişmiştir.

Osmanlı İmparatorluğu yönetiminin Humus ve çevresindeki güvenliği arttırmasıyla, o dönemlerde yükselişte olan şehir ekonomisi daha da canlanmış, bunun sonucunda, kent çevresinde yeni köyler kurulup, eski köylere tekrar yerleşilmesiyle beraber, bölgede nüfus artışı yaşanmıştır. Ancak, çevresinde Osmanlı hakimiyetinin onarılmasıyla ekonomik yönden gelişen Humus, kendisini büyük Avrupa merkezleriyle ekonomik ve ticari bir yarış içerisinde bulmuştur, bu da şehri zor duruma sokmuştur. Buna rağmen, Humus, 1870'lerdeki, Avrupa'daki ekonomik daralma sırasında,