onunda da onu tutuklattı.

Aynı yıl Almanya'da bulunan İmparator aleyhine olan Gelfler ile imparatörün Hohenstaufen hanedanını tutanlar arasında bir barış sağlandı. 1160'de Baverya ve Saksonya Düklüğü görevinden hal edilmiş olan ve Aslan Henry'nin torunu olan Otto, Çocuk adlı hükümdar prens Friedrich'in arazilerini geri verdi ve Friedrich de Otto'dan gasp etmiş olduğu arazileri ona geri verdi. 1180'de itibaren Alman imparatorluk aleyhtarı olan ve asillik unvanları ile sınıfları belirsiz olan Gelflerin hukuki statüsü ve kendilerine ait olan, ama sahipliği hukuken belirsiz olan, araziler yeni kurulan Brunswick-Lunnebrg Düklüğüne bağlandı.

İmparator Friedrich için Lombariya'daki durum problemli idi. 1233'te İmparatorun Lombardiya üzerindeki imparatorluk otoritesinin (o zaman bir şehir ayaklanması ile Roma'dan kovulmuş olan) Papa IX. Gregorius yardımı ile tekrar yenilenmesi için yaptığı girişimlerin hepsi sonuçsuz kalmıştı. 
Friedrich Alplerin kuzeyinde barışı sağladığı için Lombardiya'da isyancı şehirlere karşı kullanp onların isyanlarını bastırmak üzere Alman prenslerinden bir büyük ordu toplayabildi. Bu büyük Alman ordusu ile Alplerden güneye Lombardiya'ya inmeye başladı. Papa Gregorius bu Alman ordusunun İtalya'ya girmesini önlemek için çeşitli diplomatik girişimlerde bulundu ise de bunlar başarısız kaldı. Bu güneye inişte Friedrich ordusunun bir kısmı ile Avusturya Dükü II. Friedrich'in çıkardığı isyanı bastırmak için geçici olarak hedefinden ayırılmak zorunda kaldı. Friedrich Şubat 1237'de Viyana'da 9 yaşında oğlu olan Conrad'ın Romalılar Kralı olarak taç giymesi törenine katıldı.

Lombardiya şehirleri, Papalık ve imparatorluk diplomatları bu İtalya'ya müdahalenin nedenlerini ortadan kaldırmak için diplomatik konuşmalar yamaktaydılar. Fakat bu konuşmalar bir sonuç vermedi. Freidrich Verona[] üzerinden ordusu ile İtalya'ya girdi. Kasım 1237'de Lombard Birliği orduları ile imparatorluk ordusu arasında yapılan Cortenuevo Muharebesi imparatorluk ordusu tarafından kararlı olarak galibiyetle sonuçlandı. Freidrich'in bu galibiyetini kutlamak için Cremona'da organize edilen antik Roma İmparatorları için yapılan Zafer Alayına benzetilen bir gösteri yapıldı ve bu gösteride bir (sonradan Roma komününe gönderilen) "dört tekerlekli savaş sunağı arabası (carroçio)" ve bir fil'de gösteriye katıldı.

II. Friedrich bu galibiyetinden sonra Lombard Birliği şehirlerinden barış yapmak için müzakereler yapma teklifleri aldı. Hatta Milano şehri yöneticileri bu barış yapma müzakereleri için teklifleri yanında imparatora büyük miktarda para da göndermişlerdi. Fakat Friedrich bu isyancı şehirlerin kayıtsız şartsız teslim olmalarını isteyerek barış yapmak için müzakereler tekliflerinin hepsini geri çevirdi. Tarihçiler imparatorun bu tutumunu sahip olduğu gücü yanlış değerlendirmesinde bulurlar. II. Friedrich'in nefretinin muhakeme yeteneğini zehirlemesi ve olası tüm barış için müzkereler yapma tekliflerini geri çevirmiş olması ciddi tarihi öneme sahip bir andır. İmparatorun şehirlerden gelen bu gayet rasyonel teklifleri redetmesi Milano, Brescia, Bologna ve Piacenza şehirlerinin imparatora karşı daha da fazla azimle direniş yapmalarına neden oldu. İmparator bu sırada Brescia şehrini kuşatma altına almıştı. Fakat Brescia'nın gayet gayretle direnişte bulunması Ekim 1236'de Brascia kuşatmasını kaldırmasına neden oldu. Bu sıralarda çeşitli düşmanları Friedrich'i yakalayıp kaçırmak için çeşitli planlar yaptılar ama hiçbirisi icraya koyulamadı. 
1239'da II Friedrich ve saray maiyeti Padova'da iken Papa IX. Gregorius'un kendini aforoz ettiğinin haberini aldı. Buna imparatorun karşılığı önemli Katolik keşiş tarikatları olan Fransiskanlar ve Domikanlar tarikatlarının Lombardiya'da bulunmalarını yasaklamak oldu. Oğlu olan Enzo Sardunyalı'yı da Kuzey İtalya için İmparatorluk Valisi olarak atadı. Çok geçmeden Enzo Sardunyalı ismen Papalık Devleti'ne bağlı olan bazı şehir ve bölgeleri işgal edip kendi arazilerine bağlamaya başladı. Bunların başında Romagna, Marcha ve Spoleto Düklüğü gelmekte idi. Friedrich, Venedik Cumhuriyeti'nin imparatora karşı gelip Sicilya'ya bir gemi filosu gönderdiği bahanesi ile Venedik'i eline geçirip bu eski Cumhuriyeti ortadan kaldıracağını tehdit etti ama böyle bir tehdidi gerçekleştiremedi. 1239'un Aralık ayında imparator Roma üzerine bir askeri sefere koyuldu. Önce Toskana'nin bir kenarında diğer kenarına geçti ve bir zafer kazanmış tutumla Folignio'ya girdi. Oradan Viterbo üzerine gitti ve bu kaleyı kuşatmaya aldı. Buradan Roma üzerine yürümek bu şehri zaptedip üs yapmayı hedeflenmişti ve böylece antik Roma İmparatorluğu'nun eski ihtişamını tekrar restore etme hevesine kapılmıştı. Fakat Viterbo kuştaması pek etkin olmadı ve beklediği gibi kolay olmadı. Şehir direniş göstererek imparatora teslim olmadı. Freidrich Güney İtalya'ya döndü. Bu yolda iken bir Papalık Devleti şehri olan Benevento'yu eline geçirdi ve şehri talan etti. Papalık Devleti ile yapılan barış müzakereleri de sonuçsuz kaldı.
Bu sırada Ghibellinolar (imparatorluk taraftarı) şehir olan Ferrara'da imparatorun Alman ordusu tarafından ele geçirilmişti. Friedrich bu sefer hedefini kuzeydoğu İtalya'ya çevirdi. Ravenna şehrini eline geçirdi. Uzun bir kuştamadan sonra Faenza'da imparatorluk tarafından zaptedildi. Faenza'ya yakın ve rakip olan Forli şehri Ghibellino yani imparatorluk taraftarı, olmakta devam ettiği için kendilerine rakip olan Faenza şehrinin kuşatılıp İmparatorluk eline geçmesinde imparatora sadık olmaya devam ettiler. Bu nedenle Forli'ye verilen imtiyazlar arasında Forli şehrinin armasına bir Hohenstaufen kartal şenbolunun konulması izni verildi. Bu gelişme İtalya'daki bağımsız şehir-devletlerinin daha yüksek bir siyasi seviyede olan İmparatorluk ile Papalık arasındaki rekabeti nasıl maksimum bir şekilde kendi yararlarına kullanmaya hazır olduklarına iyi bir örnek olmaktadır.
Papa IV. İnnocentius bu sefer İtalya'da bir Konsil toplama için girişimde bulundu. Fakat Ghibellinolar (imparatorluk taraftarı) olan Pisa Cumhuriyeti papanın bu girişimi sıfıra indirmeyi hedeflendi. Genova'dan Roma'ya deniz yoluyla yüksek kilise mensuplarının getirilmesi İmparatorluk tarafından yasakladı. Pisa Cumhuriyeti gemileri bu güzergahta yakaladıkları yüksek kilise mensuplarını tutuklamaya başladı. Ceneviz Cumhuriyeti ise gemileriyle yüksek kilise mensuplarını Liuürya'da Roma'nın liman şehrine getirmekte ısrar eti. Bu nedenle 1241'de yapılan Pisa Cumhuriyeti ile Ceneviz Cumhuriyeti arasında Meloria Deniz Muharebesi (1241) (veya Giglio Deniz Savaşı) çıktı.

Pisa'dan kırk kadırga ve Sicilya'dan 20 kadırgadan oluşan ve Ugolino Buzaccherini tarafından komuta edilen Imparatorluk-Pisa filosu Montecristo ve Gıglio adaları arasında dinsel papazlar ve eşyaları ile dolu olan 27 kadirgalık Ceneviz filosunu pusuya düşürdü. Yapılan çok şiddetli deniz savaşında Cenevizliler yenik düştü. 21 Ceneviz kadirgası imparatorlukjk ve Pisa filosu eline geçti. Bu Ceneviz filosunda Konsil toplantısina gitmek üzere seyahat eden kilise adamlarının çoğu da esir alındı. Bundan sonra Papa konsil toplama girişiminden vazgeçti.

İmparator Friedrich de Papalık taraftarlarının bu deniz savaşı yenilgisinden sonra Papalık Devleti içinde bulunan Umbria bölgesine bir akın tertip etti ve bu bölgeyi yakıp yıkıp talan etti. Sonra Roma'ya hücum etmek için Grottaferrata'ya saldırıp bu şehri tamamiyle tahrip etti.

22 Ağustos 1241'de Papa Gregorius oldu. İmparator Freidrich'de hücumlarının Katolik Kilisesi'ne değil de onu kötü yöneten Papa'ya karşı olduğunu vurgulamak için askerlerini Roma yolundan geri çekti ve Capua zindanında tutuklama altında bulundurduğu iki Kardinalı de serbest bıraktı. Fakat bu jestler Roma'daki Papalık yönetimi ile İmparatorluk yönetimi arasındaki çatışma atmosferini değiştirmedi. Papalık Devleti ordusu Tivoli'de bulunan İmparatorluk askeri garnizonuna saldirida bulundu. İmparator çok geçmeden Roma'ya girdi. 1242 ve 1243 yılları Papalık güçleri ile İmparatorluk güçleri arasında karşılıklı çatışmalarla geçti.

25 Haziran 1243'te IV. İnnocentius adını alan yeni bir papa seçildi. Yeni Papa İtalya'da bulunan geleneksel imparatorluk taraftarı ailelerden önemlilerinden birinin mensubu idi. İmparator Friedrich'in mahiyeteine bulunan İtalyanlar arasında yeni Pap'nin yakın akrabaları bulunmakta idi. Bunun için önceleri imparator bu yeni papa seçimini sevinçle karşıladı. Fakat çok geçmeden anlaşıldı ki yeni Papa imparatorun gayet ciddi ve çetin bir aleyhtarı hatta düşmanı idi. Papalık ile imparatorluk taraftarları arasında konuşmalar 1243 yazında yapılmaya başlandı. Fakat İtalya'da siyasi durum Viterbo'da entrika çevirmekten hoşlanan yerli kardinal Ranier Çapocci'nin tahrikleri ile imparatora karşı bir isyan başlayınca değişti. Freidrich Roma yakınlarında bulunan gayet stratejik ve gayet korunaklı bir mevki olan Viterbo'yu Papalık güçlerine bırakma imkanı bulunmamakta idi ve bunun için Viterbo hemen kuşatma altına alındı. Papa İnnocientius ayaklanmacıları bir baris anlaşması imzalamaya inandırdı; ve buna uyan Friedrich imparatorluk garnizonlarına şehirden çekilme emri verdi. Ama 13 Kasımda yerli kardinal Ranieri Çapocci halkı kışkırttıp çekilmekte olan imparatorluk birliklerine saldırmalarını sağladı ve imparatorluk birlikleri büyük zayiat verdiler. Bu Imparotor Friedrich'i gayet çok kızdırdı. Yeni Papa iyi bir diplomattı ve imparatorun kızgınılığına rağmen onu barış anlaşması imzalamaya ikna etti. Fakat bu baris anlaşması da hemen bozuldu.

Tam bu sırada yeni Papa kendinin gayet usta bir Guelfo siyasetçisi olduğunu açığa çıkarttı. Roma'da bulunan kardinallerin çoğunluğu ile birlikta Papa limanda bulunan Ceneviz gemilerine binip Ligurya'ya gitmek üzere Roma'dan kaçıp ayrıldılar ve Ligurya'da 7 Temmuz'da karaya çıktılar. Papanın hedefi Lyons'a gitmekti. Burada 24 Haziran 1245'ten beri bir Katolik Kilisesi Konsil'i toplantı halinde idi. Papa geldikten sonra bu Konsil'un uzlaştırıcı çareler ile Kilise-İmparatorluk ayrılığının çözebileceği kabul edilmekte idi. Fakat Kardinal Raineri yine duruma