S yönetimine seçildi.

1966'dan itibaren Dutschke, SDS ile birlikte üniversite reformları için, CDU/CSU ve SPD'nin birlikte yaptıkları büyük koalisyona, olağanüstü durum kanunlarına ve Vietnam savaşına karşı birçok gösteriler düzenledi. Giderek büyüyen öğrenci hareketleri paramento dışı muhalefetin bir parçası haline gelmişti.

23 Mart 1966 tarihinde Dutschke ile Gretchen Klotz evlendiler. Mayıs ayında Frankfurt'ta yapılan Vietnam Kongresi'ni düzenleyenler arasında yer aldı. Kongrede konuşmacı olarak, "Yeni Sol"'un temsilcilerinden Herbert Marcuse ve Oskar Negt gibi profesörler ve geleneksel sol temsilcilerinden, SPD dışından, Frank Deppe ve Wolfgang Abendroth yer aldılar.

Aynı yıl Lukács üzerine bir çalışma ile Berlin Hür Üniversitesi'nin o zamanki rektörü Profesör Hans Joachim Lieber'in yanında doktora yapmak istedi. Berlin öğrenci birliğine seçilecek politik vekille ilgili ve Vietnam savaşına karşı eylemler için üniversitede istenen oda nedeniyle ortaya çıkan tartışmalardan sonra Profesör Lieber Dutschke'nin üniversitedeki asistanlığını uzatmadı. Böylece Dutschke'nin akademik kariyeri şimdilik sona erdi.

2 Haziran 1967 tarihinde öğrenci Benno Ohnesorg'un, İran Şahı'na karşı yapılan bir gösteri esnasında, bir polis tarafından vurulmasından sonra, Dutschke ve SDS cinayetin aydınlatılması nedeniyle, tüm ülkede oturma eylemi yapılması çağrısında bulundu. Polisin müdahelesinden sorumlu olanların görevden alınmasını ve medya patronu Axel Springer'in yayın organlarının kamulaştırılmasını talep ettiler. Öğrenciler Axel Springer'e bağlı yayın organlarının kampanya yapar gibi haber yapmaları nedeniyle Ohnesorg'un ölümünden bu medyayı sorumlu tutuyorlardı. Rudi Dutschke'nin arkadaşı Helmut Gollwitzer'de dahil olmak üzere çok az öğretim üyesi öğrencilerle dayanışma halinde oldu.

Diğerlerinin yanı sıra Rudolf Augstein, Ralf Dahrendorf ve Günter Gaus ile yaptığı açık oturumlar ve söyleşiler Dutschke'yi ülke çapında tanınır hale getirdi. Fakat onun için önemli olan genç işçilerle olan ilişkilerdi. Örneğin Şubat 1968'de "Genç Sosyalistler" örgütünün Ruhr bölgesinde düzenlediği ve Johannes Rau ile yapılan "Biz Demokrat mıyız?" başlıklı açık oturumda, otoriteyi hiçe sayan tavrı ile hiç düşünmeden Rau'ya "Yoldaş" diye hitap ederek parlamenter sistemin kurallarını eleştirdi ve işçi ve öğrencilerin tek cephe oluşturmalarını talep etti.

Her konuşması kutuplaşmaya yol açıyordu. Kendisini reddedenler ve kendisine kin besleyenler giderek çoğalıyordu. Springer medyası ve birçok lokal gazete, tüm 68lilere yaptıkları gibi, onların sembolü bilinen Dutschke'nin görüntüsü ve Almanya Demokratik Cumhuriyeti'nden gelişini ön plana çıkarıp, onu kötülüyorlardı. 1967 yılında Berlin Kaiser Wilhelm Gedächtnis Kilisesi'nde yapılan noel ayinini basıp Vietnam savaşı üzerine bir tartışma açmak istediğinde cemaatten birisi Dutschke'yi yere yuvarlayıp yaralamıştı.

Eğitim reformları ile ilgili yapılan birçok gösteriye bağlı olarak Dutschke, Berlin Hür Üniversitesi içerisinde bir "Eleştirel Üniversite" kurulması için harekete geçti. 1967/68 kış sömesterinde yaklaşık 400 Berlinli öğrenci birbirinden bağımsız 33 "Çalışma Grubu" içerisinde çalışıyordu. Daha çok üniversite reformları ve çalışmaya yönelik toplumda akademisyenlerin mesleki durumları üzerine çalışmalar yapıyorlardı. İki "Çalışma Grubu"'nun konusu "Batı Berlin'de Ekonomik Kriz ve Sosyal Politika" ve "Almanya'da Adil Devlet ve Demokrasi" idi. Bu çalışma gurubları Kaliforniya Üniversitesi, Berkeley ve Paris Sorbonne Üniversitesi'ndeki, demokratik temellere dayanan bir öğretim sistemi oluşturma ve öğrenciler ve işçiler için bir "Karşı Üniversite" kurma girişimlerini örnek almışlardı.

Berlin Hür Üniversitesi senatosunun yapılmasını reddettiği Vietnam Kongresi, 17 ve 18 Şubat 1968 tarihinde birkaç bin öğrencinin katılımıyla, Berlin Teknik Üniversitesi'nde yapıldı. Bu kongre, Dutschke'nin önderliğinde Uluslararası Haber Alma ve Araştırma Enstitüsü tarafından yapıldı. Kapanış mitingine 12.000'den fazla insan katıldı. Burada yaptığı konuşmada Dutschke, Amerikan askerlerinin hep birlikte askerden kaçmaları ve NATO'nun feshedilmesi çağrısında bulundu. Polisin izin verdiği güzergahın dışına çıkarak, Amerikan garnizonunun önünde miting yapma planından, nöbetçilerin silah kullanma olasılıklarını göz önünde bulundurarak, vazgeçti.

Berlin senatosu tarafından 21 Şubat 1968 tarihinde düzenlenen Amerika yanlısı mitingde, "Bir Numaralı Halk Düşmanı: Rudi Dutschke" yazılı pankartlar taşındı. Yoldan geçen birisi Dutschke'ye benzetildi ve ölümle tehdit edildi.

Mart 1968 sonlarında Prag Baharı'na katılmak üzere karı koca Prag'a gittiler.

11 Nisan 1968 tarihinde yardımcı işçi Josef Bachmann Kurfürstendamm caddesindeki SDS bürosunun önünde Dutschke'ye üç el ateş etti. İki kurşun kafasına, bir kurşun da sol omzuna geldi. Dutschke'nin beynindeki hasar hayati önem taşıyordu. Yapılan acil müdahele ve saatler süren ameliyat sonucu hayata geri döndü.

Bachmann yakalandığında üzerinde "Kızıl Rudi'yi durdurun. Hemen" manşetli Münih'de yayınlanan "Millî Gazete" ve Dutschke'nin bir fotoğrafı vardı. Evinde kendi yaptığı bir Hitler resmi vardı. Bu nedenle bu suikastın aşırı sağcılar tarafından yapıldığı düşünüldü.

Birçok öğrenci, aylardır Dutschke ve gösteri yapan öğrencilere karşı kışkırtıcı yayınlar yapan Springer medyasını, bu suikastten sorumlu tutuyorlardı. 7 Şubat 1968 tarihli Bild gazetesi örneğin şunları yazıyordu: "Tüm pis işler polise ve onun su fışkırtıcılarına bırakılamaz." Suikasstten bir gün önce de "elebaşıların yakalanması" çağrısında bulunmuştu. Daha sonra ortaya çıkan olaylarda Springer yayınevi binasına saldırıldı ve arabaları ateşe verildi.

Aylar süren konuşma terapileri sonucu, konuşmayı ve hafızasını yeniden kazanmayı çok zorluklar çekerek öğrendi. 1969 yılında itibaren iyileşmek amacıyla İsviçre, İtalya ve İngiltere'de kaldı. Geçici bir oturma yasağından sonra, 1970 yılında Cambridge Üniversitesi'nde öğrenime başladı. 1970 yılında hükümet değişince oturma izni kaldırıldı. Bunun üzerine Århus üniversitesinde sosyoloji doçenti olarak işe başladığı Danimarka'ya taşındı.

Bachmann öldürmeye teşebbüsten yedi yıla mahküm oldu. Dutschke onunla yazışmaya başlayarak, ona karşı kişisel bir kininin olmadığını yazdı ve onu sosyalizm yanlısı yapmayı denedi. Bachmann 24 Şubat 1970 tarihinde hapishanede intihar etti. Dutschke ona daha sık yazamadığı için pişmanlık duydu. "… özgürlük kavgası daha yeni başlıyor. Maalesef Bachmann artık bu kavgada yer alamayacak..."
Mayıs 1972 tarihinde Dutschke tekrar Almanya'ya geldi. Sendikacılar ve fikirlerini paylaştığı, bloksuz, silahsızlandırılmış bir Almanya isteyen Gustav Heinemann'ın da aralarında bulunduğu sosyal demokratlarla konuşmayı denedi. Haziran 1972'de birçok kez Doğu Berlin'i ziyaret etti ve orada daha sonra sürekli arkadaşı olarak kalacak olan Wolf Biermann'la buluştu. Robert Havemann ve Rudolf Bahro gibi diğer SED'yi eleştirenlerle de temaslarda bulundu. 14 Ocak 1973 tarihinde, Bonn'da Vietnam Savaşına karşı yapılan mitingde, kamuoyu önünde, suikastten sonra ilk defa konuştu.

1974 yılında doktorasını bitirdi ve Berlin Hür Üniversitesi Alman Araştırma Topluluğu'ndan bir burs aldı. Şubat ayında, Sovyetler Birliği ve Doğu Bloku'nda insan hakları konulu "Soljenitsin ve Sol" açık oturumunu yönetti. 1976 yılından bu yana, SDS'nin dağılması sonucu ortaya çıkan Sosyalist Büro örgütüne üyeydi. Burada küçük komünist oluşumlar hariç sol örgütlerin ve yeşillerin birleştiği bir parti kurmak için çalışıyordu.

Ocak 1976'dan itibaren Dutschke nükleer santral karşıtları ile temasa geçerek Walter Moßmann'ı ziyaret etti ve Wyhl am Kaiserstuhl, Bonn ve Brokdorf'da yapılan nükleer santral karşıtı büyük mitinglere katıldı. 
1977'de çeşitli sol eğilimli dergilerde serbest yazar olarak ve Hollanda Groningen Üniversitesi'nde misafir doçent olarak çalıştı. Öğrenci hareketleri üzerine çeşitli şehirlerde seminerler veriyordu. Rejim karşıtlarının devlet dairelerinde çalıştırılmaması ile ilgili kanuna karşı çıkma konusunda Uluslararası Russell Mahkemesi'nde yer aldı. Peter Paul Zahl ile mektuplaşmaya başladı, onu 24 Ekim 1977'de ziyaret etti ve birlikte bir kitap yazmak için sözleşti.

Rudolf Bahro'nun Almanya Demokratik Cumhuriyeti'nde 8 yıla mahküm olmasından sonra Dutschke, Kasım 1978 tarihinde, Batı Berlin'de Bahro ile Dayanışma Kongresi'ni organize etti ve yönetti. 1979 yılında Bremen Yeşiller Listesi'ne üye oldu ve onların seçim kampanyasına katıldı. Yeşiller Listesi'nin şehir meclisine girmesinden sonra, Yeşiller Partisi kurma kongresine delege seçildi.

Kongreden yaklaşık üç hafta önce 24 Aralık 1979'da, evindeki küvette, suikast sonucu sık sık yaşadığı sara tutması sonucu boğularak öldü. 3 Ocak 1980 tarihinde Berlin Dahlem'de bulunan St. Annen mezarlığına törenle defnedildi. Mezarlıkta boş yer yoktu; fakat ilahiyatçı Martin Niemöller kendi mezar yerini Dutschke'ye vermişti. Yaklaşık 6000 kişinin katıldığı cenaze töreninde konuşmayı Helmut Gollwitzer yaptı.

Dutschke'nin ikinci oğlu Rudi Marek 1980 Nisan'ında Danimarka'da doğdu. 1968 yılında doğan ilk oğlunun adı Hosea Che, 1968 yılının sonunda doğan kızının adı da Polly Nicole'du.

30 Nisan 2008 tarihinde Berlin Kreuzberg'de, Axel Springer Caddesi'ne sınır olarak, Koch Caddesi'nin (Kochstraße) bir kısmı Rudi-Dutschke-Straße olarak değiştirildi. 2005 yılında yapılan isim değiştirme teklifi, yıllar süren bir tartışma yarattı. Bu caddede bulunan Axel Springer Medyası ve bazı sakinlerin açtığı davalar mahkemece reddedildi.

Dutschke'nin 68. doğum yıldönümünde, 7 Mart 2008 tarihinde doğum yeri Schönefeld'de bulunan eski tren istasyonunun önündeki meydan, Rudi-Dutschke Meydanı olarak değiştirildi.

Rudi Dutschke hakkında birçok belgesel film çekildi. Yönetmen Helga Reidemeister'in 1988 yılında çektiği "Dikine Gitmek, Rudi Dutschke - İzler (Aufrecht gehen, Rudi Dutschke - Spuren)" ve Rudi Dutschke'nin biyografisini yazan Jürgen Miermeister'in, Nisan 1988'de Almanya İkinci Televizyonu ZDF'de yayınlanan filmi "Dutschke, Rudi, Asi (Dutsc