arl'dan boşalan baş antrenörlük görevine oyunculuk kariyerinde bu takımında bir sezon formasını giymiş Paul Westphal ile anlaştı.

SuperSonics, 1998 NBA Seçmeleri'nde ikinci turda Rashard Lewis'i draft ederek sezona girdi. Lokavt nedeniyle geç başlayan 1998-99 sezonunda takım 25 galibiyet ve 25 mağlubiyet elde ederek konferansını dokuzuncu sırada bitirdi. Ertesi sezon Payton önderliğinde 45-37'lik derece elde eden SuperSonics, konferansını yedinci sırada bitirdi. Play-off'larda ilk turda Utah Jazz ile eşleşen takım seriyi 3-2 kaybederek elendi. Takımın koçu Paul Westphal 28 Kasım tarihinde görevinden kovuldu. Onun yerine takımın eski oyuncusu Nate McMillan baş antrenörlük görevine getirildi. 2002-03 sezonunda SuperSonics, takımının istatistik bakımından lideri Gary Payton Ray Allen karşılığında Milwaukee Bucks'a takas edildi. On bir yıl boyunca takımın formasını giyen ve Seattle'ın tüm zamanlar skor liderliğindede ilk sırada yer alan Payton oynadığı dönemde .500 galibiyet yüzdesi tutturarak bu alanda takım rekorunu kırdı.

2004-05 sezonunda SuperSonics, Rashard Lewis ve Ray Allen önderliğinde 52 galibiyet ve 30 mağlubiyet alarak konferansını üçüncü, bölümünü ise birinci sırada tamamladı. Play-off ilk turunda Sacramento Kings ile eşleşen takım bu seriyi 4-1 geçse de, konferans yarı finalinde Tim Duncan, Tony Parker ve Manu Ginóbili üçlüsünün sürüklediği San Antonio Spurs'e 4-2 ile elenerek sezona veda etti. Daha sonra Spurs, 2005 NBA Finalleri'nde Detroit Pistons'u 4-3 yenerek şampiyon oldu. 2004-05 sezonunda elde ettikleri konferans yarı finali onların kulüp tarihlerindeki son play-off sonucu olarak tarihte yer edindi. 2005 yılının yaz aylarında baş antrenör Nate McMillan takımdan ayrılarak Portland Trail Blazers ile anlaştı. Onun ayrılmasından sonra önceki sezona göre daha da kötüye giden SuperSonics, 2005-06 sezonunu 35 galibiyet, 47 mağlubiyet derecesiyle tamamladı.

22 Mayıs 2007 tarihinde yapılacak 2007 NBA Seçmeleri'nde takım ikinci sıradan seçim hakkı elde ederek tarihindeki en yüksek sıra draft hakkını kazandı. SuperSonics, o hakkını forvet Kevin Durant'ten yana kullandı. Yeniden yapılanma kararı alan ekip oyuncusu Ray Allen'ı, Glen Davis ile birlikte Delonte West, Wally Szczerbiak ve Jeff Green karşılığında Boston Celtics'e takas etti. SuperSonics, ayrıca Rashard Lewis'i bir adet ikinci tur draft hakkı ve 9.500.000 $ karşılığında Orlando Magic'e takas etti. Takım koç PJ Carlesimo önderliğinde normal sezona üst üste sekiz mağlubiyetle girerek tarihinin en kötü sezon başlangıcını yaptı. Sezon sonunda Durant maç başına 20.3 sayı ortalaması tutturarak Yılın Çaylağı ve Yılın Birinci Çaylak Beşi ödüllerini kazandı. Ancak SuperSonics, sezonu 20 galibiyet ve 62 mağlubiyet ile tamamlayarak kulüp tarihinin en kötü normal sezon derecesini elde etti..

2006 yılında SuperSonics kulübünün başkanı Howard Schultz takımı ve WNBA'de mücadele eden Seattle Storm'u Oklahoma City şehrinde bulunan Clay Bennett'in başkanlığını yaptığı bir grup yatırımcıya 350 milyon dolar karşılığında sattığını açıkladı. 2007 yılında kulübün yeni sahibi Bennett takımın bir sene sonra Seattle'dan Oklahoma şehrine gideceğini açıkladı.

Takım SuperSonics, adındayken salonu olan Key Arena'nın sözleşmesi iptal edilmeye çalışılıyordu ve bu sebepten dolayı Bennet ve Seattle şehri mahkemelik oldular Başkan Bennett Seattle kent yönetimiyle uzun süren pazarlıkları sonucu Key Arena'yla kalan iki yıllık leasing anlaşmasının iptal edilmesi için 45 milyon dolar ödemeyi kabul etti. Takımın ileride kazanacağı bir şampiyonlukta 2013 yılında Seattle'a 30 milyon dolar daha kazanç sağlanacaktı. Thunder'ın sahipleri Seattle'da kurulacak gelecekteki olası bir NBA takımı için Seattle SuperSonics'in adını, logosunu ve renklerini yeni kurulacak takımdan ayırmayı kabul etti. Böylece SuperSonics'in logosu, renkleri ve hakları Seattle şehrinde kaldı. Ancak olası bir şampiyonluk durumunda afiş ve kupa dahil olmak üzere Oklahoma City takımının tüm özellikleri bulunacaktı. 3 Eylül 2008 tarihinde takımın rekleri ve ardından ismi Oklahoma City Thunder olarak kamuoyuna açıklandı. Takımın ikinci isminin Thunder olmasının sebebi şehirde çok sık yıldırım ve kasırga olmasındandır.
Thunder, 2008-09 sezonuna 2008 NBA Seçmeleri'nde dördüncü sıradan Russell Westbrook'u draft ederek başladı. Ayrıca aynı drafttan yirmi dördüncü sıradan Serge Ibaka draft edilse de takım tarafından bir sezon daha Avrupa'da oynayıp kendisini geliştirmesi için çağırılmadı. Thunder, takımı yeni salonu Ford Center'daki ilk maçına 14 Ekim'de Los Angeles Clippers ile oynanan hazırlık maçında çıktı. Takım NBA'deki yeni adıyla ilk maçına 29 Ekim 2008'de oynanan ve kendi evinde 87-98 kaybettiği Milwaukee Bucks maçında çıktı ve bu maçta takımın ilk sayısını Earl Watson kaydetti. Normal sezona 1-10'luk dereceyle başladıktan sonra baş antrenör PJ Carlesimo görevinden kovuldu. Daha sonra baş antrenörlük görevine geçici olarak yardımcılardan Scott Brooks getirildi. Thunder, 3 galibiyet, 29 mağlubiyet ile sezona devam ederken sonraki elli maçının yirmisini kazandı ve sezonu 23 galibiyet, 59 mağlubiyet ile tamamlayarak Batı Konferansını on birinci sırada bitirdi.

Takım 2009 NBA Seçmeleri'nde üçüncü sıradan James Harden'ı draft etti. Thunder, 2009-10 sezonunu önceki sezondan iki kattan daha fazla maç kazanma oranıyla 50 galibiyet, 32 mağlubiyet ile tamamlayarak konferansını sekizinci sırada bitirdi ve yeni adıyla tarihinde ilk kez play-off'lara kaldı. Takımın oyuncusu Durant, forma giydiği seksen iki karşılaşmada maç başına 30.1 sayı ortalamasıyla oynayarak NBA tarihinde Sayı Kralı olan en genç oyuncu olma unvanına erişti. Takımın koçu Scott Brooks ise NBA Yılın Koçu Ödülü'nü kazandı. Play-off'larda ilk turda son NBA şampiyonu Los Angeles Lakers ile eşleşen Thunder, ilk iki maçı kaybettikten sonra 22 Nisan'da oynanan serinin üçüncü maçını 101-96 kazandı ve bu ekibin kendi evindeki ilk play-off galibiyeti oldu. Dördüncü maçı da Thunder, kazanıp durumu 2-2'ye getirse de, daha sonra Lakers geriye kalan iki maçı kazanıp seriyi de 4-2 kazanarak tur atladı.

Durant 26 Aralık 2010 tarihinde oynanan Denver Nuggets maçında 44 sayı atarak Thunder'ın bir maçta en çok sayı atan oyuncusu oldu. 24 Şubat 2011 tarihinde takım gerçekleştirdiği bir takasta Jeff Green, Nenad Krstić ve 2012 yılının ikinci tur draft hakkını Celtics'e vererek karşılığında Nate Robinson ve Kendrick Perkins'i aldı. Takım 2010-11 normal sezonunu 55 galibiyet ve 27 mağlubiyet ile konferansını dördüncü sırada tamamladı. Play-off ilk turunda Denver Nuggets ile eşleşen Thunder, seriyi 4-1 ile geçerek tur atladı. Ayrıca Durant serinin ilk maçında 41 sayı atarak play-off'larda en çok sayı atan Thunder'lı oyuncu oldu Konferans yarı finalindeki rakibi Memphis Grizzlies'i de 4-3 ile geçen takım konferans finaline yükseldi Konferans finalinde Dallas Mavericks ile eşleşen Thunder, seriyi 4-1 kaybederek sezonu noktaladı

Takım 2011 NBA Seçmeleri'nde Reggie Jackson'ı yirmi dördüncü sıradan draft ederek lokavt nedeniyle geç başlayan sezona girdi. Thunder, 2011-12 sezonunda 47 galbiyet ve 19 mağlubiyet elde ederek Batı liderliğini San Antonio Spurs'a kaptırsa da normal sezonu ikinci sırada tamamladı. Play-off ilk turunda son şampiyon Dallas Mavericks ile eşleşen takım seriyi 4-0 kazandı. Konferans yarı finalinde ise Los Angeles Lakers'ı 4-1 ile geçen Thunder, Batı Konferansı finalinde San Antonio Spurs ile karşılaştı. Teksas'taki ilk iki maçı kaybeden takım ardından oynanan dört maçı da alarak seriyi 4-2 kazandı ve NBA finaline yükseldi. Thunder'ın NBA finalindeki rakibi ise, Boston Celtics'i yedi maç sonunda 4-3 ile eleyen Miami Heat'di. Finalin ilk maçını kazanan takım seriyi 1-0'a getirse de, arkasından oynanan dört maçta da yenilerek seriyi 4-1 kaybetti ve şampiyonluğu Miami kazandı..

Thunder'ın, 27 Ekim 2012 tarihinde son Yılın Altıncı Adamı Ödülü'nün sahibi James Harden'ı Jeremy Lamb, Kevin Martin ve iki tane birinci tur draft hakkı karşılığında Houston Rockets'a takas etmesiyle medyada takımın çok güç kaybettiği yazılıp çizildi. Takım 2012-13 normal sezonunda 60 galibiyet, 22 mağlubiyet alıp konferansını birinci sırada tamamlayarak medyada yazılanlara yanıt verdi, ayrıca bu takım tarihinin en iyi ikinci normal sezon derecesi oldu. Thunder, Play-off'ların ilk turunda eski oyuncusu Harden'ın liderlik ettiği Houston Rockets ile eşleşti. Takım serinin ilk üç maçını kazanıp seride 3-0 öne geçse de oyuncusu Westbrook'un sakatlanmasıyla Rockets'a üst üste iki maç kaybetti, fakat altıncı maçı kazanıp seriyi 4-2 kazanıp konferans yarı finaline yükseldi. Konferans yarı finalinde Memphis Grizzlies ile eşleşen Thunder, takımı All-Star Oyun kurucu'su Westbrook'un yokluğunda Memphis'e karşı ilk maçı kazansa da sonraki dört maçı üst üste kaybederek seriyi de 4-1 kaybetti ve sezonu noktaladı.

Thunder, 2013-14 sezonuna 2013 NBA Seçmeleri'nde 12. sıradan Steven Adams'ı draft edip, André Roberson'ı kadrosuna katarak başladı. Takım normal sezonda Westbrook'un bir kez daha sakatlanmasıyla moral bozucu bir haber aldı. Fakat Durant'in bireysel performansı sayesinde Thunder üst sıralardan kopmadı. Durant, sezon bittiğinde NBA En Değerli Oyuncu Ödülü'nü kazanarak bu onura erişen kulüp tarihindeki ilk oyuncu oldu. Thunder, takımı ise normal sezonu 59-23'lük bir dereceyle konferansını ikinci sırada tamamladı. Play-off ilk turunda Memphis Grizlies ile eşleşen takım bu seriyi 4-3 geçti. Konferans yarı finalinde ise Los Angeles Clippers ile eşleşen Thunder, ilk maçı kendi evinde farklı bir skorla kaybetse de sonuç olarak turu 4-2 ile geçen taraf oldu. Konferans finalinde ise San Antonio Spurs'un rakibi olan takıma Serge Ibaka'nın bacağından geçirdiği rahatsızlık nedeniyle play-off'ları kapattığı haberi geldi. Serideki üçüncü maç öncesinde 2-0 geride bulunan Thunder, sakat tam hazır olmayan Ibaka'yı sahaya sürmeye karar verdi. Bununda etkisiyle takım üçüncü ve dördüncü maçları kazanarak seride 2-2 eşitliği sağladı. Ancak sonraki iki maçı üst üste kazanan Spurs iki yıl önce gerçekleşen geri dönüş