kitap fuarında sergileyecekti fakat fuar iptal edildi. ve romanını Viyana'daki Burgtheater tiyatrosunda tanıttı. Tiyatro sahnesinde romanından bazı bölümleri Türkçe olarak okuyan Pamuk, romanında "sınıfsal bir durum üzerine oturtulmuş bir aşk hikâyesi"ni yazdığını belirtti. Roman, Amerika Birleşik Devletleri'nde 20 Ekim 2009 tarihinde Knopf tarafından "The Museum of Innocence" adıyla yayımlandı ve romanın çevirisi Maureen Freely tarafından yapıldı. İngiltere'de, İngiliz kitabevi Waterstone's tarafından ayın kitabı seçildi.

Tekstil zengini Basmacı ailesinin iyi okumuş 30 yaşındaki oğulları Kemal'in Sibel ile nişanlanmaya doğru giden bir ilişkisi vardır. Sibel'e çanta almak için gittiği dükkânda yıllardır görmediği 18 yaşındaki uzak akrabası Füsun ile karşılaşır. Füsun'dan etkilenen Kemal, zamanla Füsun ile buluşmaya ve birlikte olmaya başlar. Füsun tezgahtarlık yapmanın dışında üniversite sınavlarına hazırlanmakta ve Kemal ile birlikte matematik çalışmaktadır.

Günler süren buluşmaları Kemal'in Sibel ile nişanlanmasından sonra kesilir. Kemal, Füsun'u Merhamet Apartmanı'ndaki aynı dairede aynı saatte sürekli beklemektedir; fakat Füsun, buluşmaya gelmemektedir. Füsun'a ulaşamayan Kemal mutsuz günler geçirmeye başlar. Sibel'den ayrılır ve Füsun ile seviştiği dairede Füsun'un eşyaları ile birlikte zaman geçirir.

Kemal'in babasının ölmesiyle Füsun'dan Kemal'e taşındıkları evin adresini içeren bir not gelir. Kemal, verilen adrese gittiğinde Füsun'un evlendiğini öğrenir. Füsun'un beş ay önce evlendiği kocası Feridun, Füsun'a çocukluğundan beri âşık, şişman ve sevimli, işsiz bir genç sinemacıdır. İlerleyen zamanlarda Kemal, Füsunlara gidip gelmeye başlar ve Füsun'un kendisine ulaşmasının asıl nedeninin kocasının çekeceği Yeşilçam filmi nedeniyle duydukları sermaye ihtiyacı olduğunu anlar. Kemal, Füsun ile olan ilişki kopmasın diye Füsun'un başrolünde oynayacağı, Feridun'un çekeceği filmin finansörü olmaya karar verir. Füsun, Kemal ve Füsun'un kocası Feridun, akşamları beraber yazlık sinemalara gidip film izlemektedirler. Füsun, Kemal'i eve davet etmesine rağmen, ona yakın davranmamaktadır. Nadiren anlık yakınlaşmalar olsa da ortak geçmişlerine dair bir işaret vermemesi Kemal'i ondan uzaklaştırmamaktadır. Füsun'un annesi Nesibe Hanım'ın, Füsun'un evliliğinin namusu kurtarmak için yapılmış geçici bir ilişki olduğunu anlatması ve er geç Füsun'la birlikte olacaklarını ama sabırla beklemesi gerektiğini öğütlemesi Kemal'e şevk vermektedir.

Kemal zamanla Füsun'u bir gün kaybedeceği korkusuyla ona ait nesneleri gizlice alarak biriktirmekte ve suçunu örtmek için her hırsızlık ertesinde eve değerli hediyeler getirmektedir.

Kemal, Füsun'un başrolünde oynayacağı film için Limon Filmcilik'i kurar. Fakat ne Kemal ne Feridun Füsun'un filmde oynamasını isterler. Onun yerine daha sonraları Feridun'un gönül verip yaşamaya başlayacağı Papatya'yı seçerler. Film başarı getirir, fakat Füsun ile Feridun'un evliliği kopmuştur ve Kemal de bu sonuçtan memnundur.

Füsun'un babasının ölmesiyle Kemal ve Füsun birlikte olmaya doğru adım atarlar fakat Füsun, kendisinin Kemal'in ailesine, arkadaşlarına Kemal tarafından takdim edilirse ve söz, nişan, nikâh, düğün törenlerini yapılırsa evleneceğini söyler. Önce sözlenirler sonra Füsun, Kemal ve Füsun'un annesi Paris'e gitmek için arabayla yola koyulurlar. Babaeski'de Edirne yoluna bakan bir otelde dinlendikleri gecenin sabahında Füsun'un kullandığı ve Kemal'in de bulunduğu araç kaza yapar. Füsun ölür, Kemal ise ağır yaralanır. Kemal iyileştikten sonra, yıllar boyunca topladığı eşyayı sergileyeceği bir müze açmaya karar verir. Fusünların Çukurcuma'daki evini müze haline getiren Kemal, müzenin kataloğunu roman biçiminde yazılması için yazar Orhan Pamuk'a teklif götürür ve Pamuk kitabı yazmayı kabul eder. Başından itibaren birinci tekil kişi anlatımıyla ilerleyen kitabın son sayfalarında, Kemal sözü kitabın kahramanı olan yazar Orhan Pamuk'a bırakır. Pamuk, Kemal'in ölümünü de anlatarak kitabı sona erdirir.

Edebiyat eleştirmeni Pakize Barışta "Taraf" gazetesinde "Masumiyet Müzesi" için yazdığı eleştirisinde, romanda kimi zaman duygunun genişletilmiş hallerinin var olduğunu, kimi zaman da durumun fazlasıyla abartılmış halleriyle yer aldığını belirtti. Romandaki insani yüzeyin dayanağı olan gerçeklik ile kurgulanmış olan gerçeklikler arasındaki uyumsuzluğun romanın şiirine zarar verdiğini, Kemal'in aşkının ise gerçekliğin zorlanması olduğunu yazdı. Eleştirmen, "Masumiyet Müzesi'nde delice bir aşık olma durumu mu var?, Yoksa delice bir tutku hali mi?" sorularını sorduğu yazısında romanın aşk romanından ziyade tutku romanı olduğunu belirtti. Barışta'ya göre Füsun'un fiziksel özellikleri dışında tanıtılmaması, okurun Kemal'in Füsuna neden bu derece sevdalandığını anlamada zorluk yarattı. Ayrıca Barışta, gerçek hayata da taşınan müze meselesine sıcak bakmadığını, bunun sadece bir "ısrar" olduğunu ve bir iletişim stratejisi olabileceğini yazdı ve "Neden hayali bir kahramanın, sağdan soldan derlenmiş hayal mahsulü objelerini gidip görmek istesin ki okur?" sorusunu sordu.

"Radikal" gazetesinin "Kitap" ekinde kitabın eleştirisini yapan A. Ömer Türkeş, zengin-fakir ilişkisi gibi unsurları barındıran romanda tipik bir Yeşilçam kalıbı kullanıldığını yazdı. Pamuk'un anlattığı aşkın, Cumhuriyet Türkiyesi'nin modern muhafazakâr karakterinden kaynaklanan bir aşk türü olduğunu, 592 sayfalık romanın her parçasını birbirine bağlayan kusursuz kurgu sayesinde, yazarın taklit ettiği melodramların saçmaya varan rastlantısallıkları, onun hikâyesinde nedenselliğe dönüştüğünü belirtti. Türkeş'e göre Pamuk dikey bir üslup kullanmış, böylece uygusal içeriği yoğun konuları yeri geldiğinde yalın, serinkanlı, duygusuz bir dille anlatmayı başarmış. Gerek anlatıcının konumu gerekse de üzerinde durulan temalar açısından Masumiyet Müzesi'nin Proust'un "Kayıp Zamanın İzinde"'sini çağrıştırdığını yazdı. Orhan Pamuk’un ‘Masumiyet Müzesi’ni piyasaya çıkmadan önce okuyan edebiyatçı ve gazeteciler romanı beğendiklerini ifade etti. Gazeteci Filiz Aygündüz, Yazar-Televizyoncu Yekta Kopan, Orhan Pamuk romanlarının kapak tasarımcısı Hakkı Mısırlıoğlu ve Masumiyet Müzesi hakkında Orhan Pamuk’la ilk röportajını yapan Gazeteci Banu Güven romanın beklentileri fazlasıyla karşıladığını söyledi.

Kitap hakkında Türkiye dışında da çeşitli eleştiriler yapıldı. İngiltere'de yayımlanan "Financial Times", kitabı James Joyce'un "Ulysses"'i, Tolstoy'un "Anna Karenina"'sı ve Nabokov'un "Lolita"'sına benzetti.

"Masumiyet Müzesi"'nin ana karakterleri Kemal ile Füsun'un arasında geçen ilişkide Kemal, Füsun'un ardından Füsun'un sarı ayakkabıları, küpesinin teki gibi nesneleri toplar. Pamuk da romandaki yıla ait bu nesneleri toplayarak, satın aldığı bir binada bu nesnelerin sergilendiği bir müze açacağını ifade etti ve müzenin, kitabın yayımlanışından bir yıl sonra tamamlanabileceğini düşündü. Müzenin yeri için Sultanahmet ile Galata'da dolaştıktan sonra Pamuk, Çukurcuma'da müzeyi açmaya karar verdi. Avrupa ve Asya'da birçok müze gezen yazar, İstanbul Çukurcuma'da yıllar önce satın aldığı binanın restorasyonunu Türk mimarlar İhsan Bilgin, Cem Yücel ve Alman mimar Gregor Sunder-Plassmann yaptı. "Eski Brukner Apartmanı" tipi bir arsaya yapılan müze binası, 2003 yılında tamamlandı. Kitapta bu müzeye giriş bileti ve müzenin bulunduğu yerin haritası kitabın 574. sayfasında yer alıyor.

Orhan Pamuk, müzenin açılması için "Masumiyet Vakfı" adıyla, bir vakıf kurmak amacıyla mahkemeye başvurdu ve 5 Şubat 2009 tarihinde mahkeme tarafından, vakfın tesciline karar verildi. Toplam sermayesinin 1.000.000 TL olduğunu belirten vakfın amaç maddesi şöyle açıklandı:
"Vakıf; gerek Masumiyet Müzesi ismi altında gerekse de başka isimler altında müze, kültür ve sanat merkezleri kurmak, işletmek, sanat ve düşün alanında yeni, işlenmemiş, masum sanatsal yanları ve yaratıcı sanatın çocuksu masum taraflarını ortaya çıkarmak, Ferit Orhan Pamuk'un kültürel, sanatsal, edebiyat ve iletişim alanlarındaki faaliyetlerini desteklemek, bu konuda çalışmalar yapmak, kültür, sanat, edebiyat ve iletişim alanlarında çeşitli faaliyetlerde bulunmak, çalışmalar yapmak, toplantılar, etkinlikler, sergiler düzenlemek, Vakfın faaliyetleri bölümünde belirtilen işlemleri, etkinlikleri gerçekleştirmek amacıyla kurulmuştur."
İstanbul 2010 Avrupa Kültür Başkenti Ajansı'ndan sağlanan mali destekle açılacak olan müze, Alman mimarlar Brigitte ve Gregor Sunder-Plassmann tarafından düzenlenecek. Müzenin açılışı 2010 yılında gerçekleşeceği söylendi fakat sonradan yapılan açıklamalarla 2011 yılının ilkbaharında açılması planlandığı belirtildi, yine daha sonradan yapılan açıklamalarla müzenin 28 Nisan 2012 tarihinde açılacağı duyuruldu ve bu tarihte bu kesin olarak açıldı. Müzenin kültür-sanat basınına tanıtımı sırasında yaptığı açıklamada Pamuk, müzenin ilk eşyalarını romanı yazmaya başlamadan önce toplamaya başladığını, romanı bu eşyalara bakarak yazdığını belirtti. Ayrıca kitabın içinde yer alan seksen üç bölüm, seksen üç kutuyla temsil edildi. Ayrıca romanda yer almayan bazı ayrıntılar, Kemal'in babasının aynı zamanda Monte Carlo'ya gidip kumar da oynaması gibi, müzede yer almaktadır.

Orhan Pamuk, NTV'den Yavuz Harani'ye verdiği bir demeçte, herkesin kendisine "Orhan sen bir yazarsın, niye bunu yaptın?" diye sorduğunu ve buna "tek bir cevabı" olmadığını belirtti. Ayrıca bu konu hakkında şunları ifade etti:
"İçimden bu geldi. Buna inandım. Ben ressam olmak istemiştim. Müzelere inanıyorum. Müze severim. Çok giderim. Biz niye yapamayalım? Zihinsel yaratıcılıkla, edebi yaratıcılıkla, sanatsal buluşlarla ilginç bir şey yapabiliriz diye de düşündüm. Hem babaannem hem anneannem bu hediyeleri alırdı. Romanın geçtiği yılların millî piyango biletleri. 31 Aralık çekilişi. Romanda anlattığım gibi işaretlemek için kuru fasulye kullanılırdı."

Kitabı okuduktan sonra romanın baş karakterlerinin aşkından etkilenen Türk pop müziği sanatçısı Nazan Öncel, kitaptan aldığı ilhamla "Canım Benim Nasılsın" adlı bir şarkı yazdı. "Başka Kült