an gittikçe ciddi başarı kazanmaya başladı. Verina Zeno'yu Konstantinopolis'i terk edip kaçmasını telkin etti ve bunu Zeno'ya kabul ettirmeyi başardı. Zeno Konstantinopolis'de yaşayan bazı Isaurialılar ve devlet hazinesi ile birlikte Antakya (Antioch)'a kaçtı.

Böylelikle Zeno'nun birinci saltanatı 2-3 ay sürmeden sona ermiş oldu. Verina'nin erkek kardeşi olan ve diğer bir isim yapmış Bizans generali olan Basiliscus 9 Ocak 475'te Hebdemon sarayında yüksek saray mensup ve memurları ve Senato tarafından Augustus/Bizans İmparatoru olarak ilan edildi.

Basilicus imparator olduktan sonra, Zeno 20 ay kendini Isauria'da bir kalede koruyarak asker toplayıp onları yetiştirme işine verdi ve bir Isaurialı kabile reisi olarak yaşamaya başladı. İmparator Basilicus, General İllus ve kardeşi Trokundus'u bir ordu ile eski imparator Zeno üzerine gönderdi ve Isauria'da yaptığı harekatta İllus, Zeno'nun kardeşi Longinus'u esir olarak eline geçirdi. Fakat İmparator Basiliscus bu iki generala yaptığı vaadleri tutmadı. Konstantinopolis'da ise halk, vergileri artıran, memurlukları satan, yahut kayırdığı kişileri bu memurluklara geçiren ve Monofizit'leri ve onların doktirinlerini savunan imparatordan büyük hoşnutsuzluk duymaya başladı. Bu haberleri alan İllus taraf değiştirerek Zeno'ya destek verdi ve onun imparatorluğu geri alma için yaptığı askerî çabalarına yardım sağladı.

476 yazında Zeno, yeni hazırladığı bir ordu ile, Konstantinopolis üzerine yürümeye başladı. İmparator Basilicus, yeğeni Harmatius komutasında bir orduyu Zeno'ya karşı gönderdi. Bu genç acayip hareketleri ve giyinişi ile çok gösterişci birisi olarak tanınmakta idi. İmparator'un karısı ve yengesi olan Zenonis ile bir aşk hayatı yaşadığı söylenmekte idi. "Magister militia" rütbesi ile atandığı gün Aşil elbiselerini giyip Homer'in o mitik karakterinin rolünü oynayarak Hipadrom'da kendini göstermişti. Zeno ve taraf değiştirmiş olan İllus, Harmatius'la müzakere etmek istdiklerini bildirdiler. Bu müzakerelerde, eğer taraf değiştirirse kendine hayat boyunca "magister militum" ve oğlu Basiliscus'u da "Sezar" unvanı verilebileceğini açıklandı ve genç Harmatius'da bunu kabul edip ordusunu Zeno emrine verdi. Diğer taraftan Konstantinopolis'de bulunan ordu parçaları ise Strabo emri altında Trakya'da Zeno taraftarı olan Gotlar üzerine yürümek için başkentten ayrıldı. Böylece Zeno Temmuz 477'de Konstantinopolis kapılarına geldiğinde karşı duracak kimse bulunmamakta ve şehir halkı lehinde bulunmaktaydı. Senato, şehir kapılarının eski imparator Isaurialı Zeno'ya açmasını emretti ve Zeno hiçbir direniş görmeden yeniden imparator oldu.

Eski imparator Basiliscus önce yine Aya Sofya'ya sığındı. Sonra kendisine yanındakilerin kanı akıtılmayacağı sözü alınca teslim oldu. Gönderildiği sürgünde bir kalede eski bir su sarnıcina kapatılıp hapsedildi ve hiç kan akıtmadan orada açlıktan ve soğuktan öldü.

Doğu Roma İmparatorluğu'nu tekrar eline geçiren Zeno'yu çok önemli bir karar beklemekteydi. İmparatorluğa tekrar geçişinden hemen iki ay sonra Batı Roma Imparatoru olan küçük Romulus Augustus bir barbar Heruli kabilesi Reisi olan Odoacer tarafından imparatorluktan atıldı. Fakat Odoekar kendini Batı Roma İmparatoru olarak Doğu Roma'ya bağlı hissetmiyordu. Odoacer, Konstantinopolis'e kendine bağlı olan bir Senato üyelerinden oluşan bir heyet göndererek batıda bulunan Batı Roma İmparatorluğu sembollerinin tümünü Konstantinopolis'e Zeno'ya iade etti. Bu heyet Odoacer ağzından artik Batı Roma için kendine yeni Batı Roma İmparatoru gerekmediği, Roma İmparatorluğu'nın tek Konstantinopolis merkezli olup oradaki imparatorun tek Roma İmparatoru olduğunu ifade ettiler. Odoacer, cesareti ve zekası dolayısıyla tek Roma İmparatorluğu'nun Batı'daki arazilerini koruyup idare edebileceğini de bildirdi. Zeno önce Batı'daki Senato'nun Batı Roma İmparatoru'nun tahttan indirme yetkisi olamadığını ve bu nedenle daha önce Batı Senatosu kararıyla Batı İmparatorluğu tahtından atılan Julius Nepos'un tekrar tahta çıkarması gerektiğini bildirdi. Fakat Odoaker'in kendinin tek imparatorluğun tek idarecisi olma teklifinden hoşlanarak Roma İmparatorluğunu kâğıt üzerinde tekrar birleştirdi ve Odoaker'a Partisiyen unvanı vererek onu İtalyan eyaletlerinin tüm idarecisi tayin atti. Bundan sonra Zeno bir müddet Batı'nın idaresine fiilen karışmaz oldu. Fakat Odoacer kendi için "Kral" unvanı kullanmaya başlayınca bu hukuki sorun için başka hukuki çözüm çareleri aramaya koyuldu.

Aynı zamanda Zeno, eski bir Doğu Roma'nin eyaleti olan, Kartaca ve civarına yerleşerek orayı ellerine alıp orada Vandal Kırallığı kuran Geiserik'e bir elçi heyeti gönderip onunla bir devamlı barış için müzakerelere başladı. Vandallar ellerindeki deniz filoları ile Doğu İmparatorluğu kıyılarına ve denizdeki Bizans ticaret gemilerine devamlı korsan hücumları düzenlemekteydiler. Müzakereler sonunda bir barış anlaşması imzalanabildi. Buna göre Doğu Roma İmparatoru Zeno Vandal Kıralığını bir bağımsız devlet ve Geiserik'i de bu devletin kıralı olarak kabul etti. Vandallar doğuya yaptıkları deniz hücumlarını durdurmayı garanti ettiler. O zamanki (Ortodoks-Katolik ayrımının daha ortaya çıkamadığı için) birleşik olan Hristiyan Kilisesi tarafından aforoz edilmiş Aryanizm mezhebinde olan Vandallar ülkelerinde bulunan ve o zamanki Katolik Hristiyanlar için din serbestlik sağladı. Doğu Roma ile Vandallar arasında yapılan bu barış anlaşması 50 yıl yürürlükte kaldı.

472den beri Ostrogot kavminin iki lideri olan Teodemir'in oğulları Büyük Teoderik ile Teoderik Strabo Doğu Roma için devamlı büyük tehlike arzediyordu. Zeno uyguladığı siyaset ve diplomasi ile bu ik lideri bazan birbirlerine düşürmeye başarmıştı. Ama bu iki Ostrogot lideri de Doğu Roma içindeki imparatorluk taht kavgalarından faydalanıp Ostrogotlar lehine faydalar sağlamayı başarmışlardı. Bu iki lidere yüksek yıllık tazminat sağlamak ve her ikisine de yüksek Doğu Roma unvanları vermek suretiyle Zeno Ostrogotların Konstantinopolis üzerine yürümelerini engel oldu.

478'de Zeno aleyhine bir başka büyük komployu da elimine edip iktidarda kalmayı başardı. Bu komploya başlıca neden Zeno'nun kayin annesi olan Verina'nin erkek kardeşi olan Basiliscus ile İllus'un arasını açılmasıydı. Bu ciddi anlaşmazlıği öğrenen Verina İllus'u bir suikast ile öldürmek için bir komplo plan hazırladı. Bu komployu Verina'nin damadı "Markian" ile Ostrogot lideri olan "Teoderik Strabo" tarafından Zeno'ya bir askeri darbe olarak uygulanacaktı. Fakat İllus yine Zeno'ya sadık olduğunu gösterdi ve bu askerî darbeyi bastırdı. Bir başka büyük tehlike de 484'te Zeno ile İllus'un aralarının çok açılması nedeniyle ortya çıktı. Bu tarihte imparatorluğun doğusunda İllus'u tutan Isaurialı kabileler bir iç isyan başlattılar; ama imparator Zeno bu iç isyanı kanlı bir şekilde bastırmayı başardı.

481'de Ostrogot lideri Teoderik Strabo öldü ve onun yerine bütün Ostrogot kavmine kral olarak kardeşi Teoderik seçildi. Teoderik küçükken Doğu Roma'ya rehin olarak Konstantinopolis'e gönderilmiş; I. Leo'nun imparatorluk döneminde Bizans sarayında çok iyi bir Bizans eğitimi almış ve tam bir Bizans soylusu gibi olmuş idi. Fakat kendi kavimi başına kral olduğu zaman, kavmine oturacak ve gelişecek bir arazi ve ülke araması nedeniyle Balkan yarımadasında Doğu Roma için çok büyük tehlike kaynağı olmaya başlamıştı. 487'de Zeno bu tehlikeyi önlemek için bir tedbir buldu. Teoderik'i Ostrogotları İtalya'ya göç edip kavminin İtalya'da yerleşmesine ve orada yerleşmiş yine bir başka barbar Germen Heruli kavimi lideri olan ve Batı Roma İmparatorluğu'nun idaresini eline geçirmiş olan Odoacer ile savaşıp yeni bir Ostrogot krallığı kurmaya ikna etti.

Zeno ilk on yıllık saltanatından sonra hem bedensel ve hem de ruhsal gücünü zayıfladığını hissetti; varisini seçme sorunu ile ilgilenmeye başladı. Karısı Ariadne ile tek bir oğlu olmuştu ve yine Zeno adını taşıyan bu oğlu gençken fena arkadaşlar ve huylar edinmiş ve bir zührevi hastalıktan gençken ölmüştü. Böylece Zeno'nun varisi pek iyi karaketeri olmayan kardeşi Longinus oldu. Longinus rakibi olan İllus'un elimine edilmesinden sonra siyasette ilerlemiş, 490da ikinci defa Roma Konsülü rütbesini taşımış ve devletin idaresini fiilen eline almıştı. Fakat imparator Zeno inandığı ünlü bir kahine danışmış ve varisinin ""silenterius" unvanını taşıyan bir kişi" olacağını öğrenmişti. Bu 30 kişiye sınırlı yüksek görev sahiplerinden en ünlüsü "Pelagius" adlı bir soylu idi. Bu kehanete inanan Zeno Pelagius'u tutuklattı; mülküne el koydu ve sonra onu boğdurttu. Zaten halk tarafından beğenilmeyen Zeno bundan sonra daha da nefret edilmeye başlandı.

Zeno, 17 yıl 2 ay süren bir imparatorluktan sonra, bir sara nöbeti sırasında 9 Nisan 491'de öldü. Ariadne bunu halka ilan ettiği zaman onu halk "İmparatorluğu bir "Romalı"ya ver." bağırtıları ile karşıladı. Bununla Isaurialıları ve ortodoks Hiristiyanlıktan değişik inançları olanları istemedikleri açıkça belirttiler. Bunun üzerine kardeşi Zeno gibi Isauria asıllı Longinus'un imparatorluğu eline geçirme imkânı kalmadı. Karısı Ariadne imparatorluk sarayında yüksek "Silentiarius" unvanlı saray memuru Anastasius'u yeni kocası olarak seçerek onun imparatorluk tahtına geçmesini sağladı. Böylece kehanet doğrulanmış oldu.

Yaygın bir efsaneye göre ölüp gömülmesinden üç gün sonra mezarından sesler geldiği duyulmuş ve bundan diri olarak gömülmüş olduğu anlaşılmıştı. Fakat Zeno herkes için o kadar sevilmemiş bir hükümdardı ki hiç kimse mezarını açıp onu kurtarmaya çalışmamıştı.

Zeno gevşek ve uyuşuk olarak Doğu Roma'nın gelişmesine pek bir şey katmayan bir imparator olarak tanımlanmaktaydı. Fakat Zeno'nun imparatorluk zamanında eyaletlerin kaynaklarında büyük gelişmeler olduğu son araştırmalarda ortaya çıkarılmıştır. Örnegin, Roma İmparatorluk idaresinin Mısır eyaletinden merkez hazineye gelen vergi geliri Zeno'nun saltanatının başında 25 kg kadar altın iken imparatorluğunun sonunda bu yaklaşık 225 kg a çıkmıştır. Böylece Zeno'nun imparatorluğun kaynaklarını zorlamadan ülkesini geliştirerek ölümünde i