Tunca’ kod adıyla nitelendirdiği yazısında da, o dönem ikinci meslekleri gazetecilik olan iki kişi arasındaki konuşmada JİTEM için çalıştığını söyleyen Tunca, İbrahim Şahin ile Abdullah Çatlı ile birlikte göründüğü bir fotoğrafı medyaya kendisi tarafından sattığını anlatıyor. Akşam gazetesinin o dönemde genel yayın yönetmeni olan Behiç Kılıç ta "Güney, arşivden aldığı birtakım fotoğraflarla dönemin Başbakan'ı Mesut Yılmaz'ı Abdullah Çatlı'yla birlikte gösteren bir fotomontajı Yılmaz'a muhalif bir milletvekiline sattığını" söylemektedir.

Millî İstihbarat Teşkilatı, Sabah'ın haberi üzerine bir basın açıklaması yayınladı. Yapılan açıklamada MİT, haberde yer alan belgelerin teşkilata ait olduğunu doğrulanmış olduğunu belirtmiştir. Ancak Tuncay Güney'in o dönem şüpheli faaliyetlerinden dolayı dikkati çeken ve üzerinde çalışma yapılan bir kişi olduğundan kayıtlı bir haber kaynağı olmadığı, Kontrterör merkezinin 1997'de lağvedildiği ve sorumluları ile birlikte kuruluş şemasından çıkartıldığı belirtilmiştir. Güney ise Sabah'ın haberi ve MİT'in açıklaması üzerine kendisine MİT elemanı olup olmadığı sorulduğunda "Konuşmak için erken olduğunu, konuşup MİT ile karşı karşıya gelmek istemediğini ve çalışmalarını MİT yasası gereği anlatmayı doğru bulmadığını söyledi. Ağustos ayında bir açıklama daha yapan MİT, Tuncay Güney'in kurumda çalışmadığını açıkladı.

Eski Millî İstihbarat Teşkilatı görevlisi Mahir Kaynak, MİT'in açıklaması üzerine, davanın seyrini değiştirmek için Tuncay Güney'in aracı olarak kullanıldığını ileri sürdü. Sonuç olarak Mehmet Eymür kendi internet sitesinde Güney'i tanımadığını sonra da Tuncay Güney'in hiçbir istihbarat servisine üye olmadığını ileri sürmüştür.

Ergenekon davasının 32. duruşmasında Strateji dergisinde bir dönem Güney ile beraber çalışan Ümit Oğuztan, Güney’in PKK taraftarı aşırı sağ gruplar ile cemaatlere girip çıkan bir muhabir olduğunu öne sürmüş, “Bir keresinde dergide oturuyordu, bir telefon geldi, yüzü kireç gibi oldu. Ne olduğunu sordum. ‘Mehmet Eymür beni aradı, niye arıyor ki beni?’ diye cevap verdi” demiştir. Güney’in o dönemin siyasi parti liderleri Necmettin Erbakan, Tansu Çiller ve Mehmet Ağar ile de sıkça görüştüğünü öne süren Oğuztan, Güney’in Susurluk sürecinde ifade verdiğini ve kendisine bu durumdan çok korktuğunu anlattığını belirtti.

Güney'in iddialarına göre Samanyolu televizyonunda "Gündemdekiler" adlı programı yaptığı sıralarda, bir Harp Okulu öğrencisi sayesinde emekli Albay Necabettin Ergenekon ile tanıştı. Albay Ergenekon kendisinin 1982'de emekli olduğunu söyleyerek, Güney'i tanımadığını belirtmiştir. Ancak Güney, Necabettin Ergenekon aracılığıyla Veli Küçük'le tanıştığını da ileri sürmektedir. HBB isimli televizyonda çalıştığı sıralarda Güney, burada Veli Küçük’ün adamları olduğunu söylediği Behiç Kılıç ve Selahattin Sadıkoğlu ile tanıştı ve bu kişilerle birlikte Akşam gazetesine geçti. 1996 yılında Akşam'dan da ayrıldı.

Sabah gazetesinin haberine göre, Veli Küçük tarafından gazeteci kimliği altında; Mesud Barzani, Celal Talabani, Hizbullah lideri Fadlallah ile Hasan Nasrallah gibi liderlere bilgi edinmesi amacıyla JİTEM adına gönderilmişti. Ancak Güney, edindiği bilgileri önce MİT'e veriyor, ardından MİT`in bilgisi dahilinde JİTEM ile iletiyordu.

Sabah'ın başlık kısmını yayınladığı belgenin tamamını birkaç hafta sonra Bugün gazetesi de yayımladı. 7 Şubat 1997 tarihli olduğu anlaşılan belgeye göre Güney'i takip eden MİT elemanları, Güney'in Veli Küçük'ün emrinde JİTEM'de çalıştığını da belirten bir rapor yazmıştı.

Tuncay Güney Samanyolu TV'de çalıştığı dönemde, günümüzde pek çok yöneticisi Ergenekon sanığı olan İşçi Partisi ile de ilişki kurmuştur. Ulusal Kanal'ın Genel Müdürlüğü görevini yöneten Ferid İlsever, 1990'lı yıllarda Güney'in İP yayın organı olan Aydınlık dergisine gidip geldiğini söyleyerek bu bilgiyi doğrulamıştır. Güney, kendisinin 2001'deki sorgusunun ardından Türkiye'de kalmasının Adil Serdar Saçan ve Ergenekon'un çıkarına olmadığından, İP Merkez Karar Kurulu üyesi Adnan Akfırat ve bir emniyet yetkilisinin çıkışını kolaylaştırdığını da ileri sürmüştür."

1 Mart 2001'de otomobil kaçakçılığı ile ilgili bir operasyonda Ümit Oğuztan ve eniştesi Adem Taşdemir ile birlikte Emniyet Müdürlüğü Asayiş Şube Müdürlüğü tarafından gözaltına alındı. Bu gözaltının nedeni ise; Timur Büyükölmez adlı vatandaşın, bir jeep alım satımıyla ilgili olarak Erdal Güventürk ve Orhan Sonuç adlarındaki iki polis tarafından dolandırıldığı iddiasıyla Fatih Cumhuriyet Başsavcılığı'na başvurması, bu başvuru sonucu yapılan soruşturmada kendilerini polis olarak tanıtan bu kişilerin Güney ve Adem Taşdemir olduğunun ortaya çıkması nedeniyledir. Bunun üzerine düzenlenen operasyonda, olaya karıştığı düşünülen kişiler gözaltına alındı. Güney’in evinde yapılan aramada, 2 ruhsatsız tabanca, 115 sahte diploma ve 36 adet fişek ile üzerinde Güney adına düzenlenmiş sahte kimlikler ve birçok farklı belge ele geçirildi. 6 Mart 2001’de Güney’le beraber suça karıştığı düşünülen Teğmen Murat Oğuz’un Hasdal Kışlasında bulunan birliğindeki odasında ve evinde arama yapıldı ama herhangi bir suç unsuruna rastlanılamadı. Gözaltında bulunan Ümit Oğuztan ile Güney’in Strateji dergisindeki işyeri ve Güney'in evinde gerçekleştirilen aramada ise Ergenekon örgütü ile ilgili 6 çuval büyüklüğünde belge bulundu. Şüpheliler önce Gayrettepe'de bulunan Asayiş Şube Müdürlüğü'nde sorgulandı. Tuncay Güney, birkaç gün sonra resmî kayıtlara göre "ifadesinde Susurluk olayı ve bir kısım organize suç örgütleriyle ilgili beyanda bulunduğunun tespiti üzerine" İstanbul Organize Suçlarla Mücadele Şube Müdürlüğü'ne sevk edildi. Güney, kendisini sorgulayan Organize Şube Müdürü Adil Serdar Saçan'a Ergenekon hakkında detaylı bilgiler verdi.

Yapılan soruşturmanın sonucunda 4 zanlı hakkında 16 Mayıs 2001 tarihinde İstanbul Devlet Güvenlik Mahkemesi Cumhuriyet Başsavcılığı’nca "cürüm işlemek için teşekkül oluşturmak", "sahte nüfus cüzdanı kullanmak","sahte resmî evrak kullanmak", "memuriyet unvanının gaspı" ve "dolandırıcılık" suçlarından iddianame düzenlendi. Davanın iddianamesine göre; Güney, Hasdal Kışlası’nda görevli Teğmen Oğuz’la lüks ve pahalı araçlara sahte ruhsat ve plaka hazırlamaya karar verdi. Bu teklifi Güney’in kayınbiraderi Adem Taşdemir'de kabul etti. Bu sırada, emekli emniyet müdürü Ümit Bavbek, Güney’in yardımını istedi. Bavbek, o sıralar güvenlik müdürlüğünü yaptığı iş adamı Korkmaz Yiğit’in, Akın Birdal'a Türk İntikam Tugayı adına düzenlenen suikastın azmettiricisi Semih Tufan Gülaltay tarafından tehdit edildiği belirtti. Güney Bavbek'in isteğini kabul etti. Bavbek, daha sonra Teğmen Oğuz ve Güney’e emekli olmasına az bir süre kalmış Tuğgeneral Veli Küçük’e hediye edilmek üzere bir cip verdi. Küçük cipi kabul etmedi ve Güney ile Oğuz, alacaklarına karşılık olarak otomobile el koydu. Cipin plakasının sahte olduğu anlaşıldı. Ardından Güney ile Oğuz cipi iki farklı kişiye sattı ve bu iki kişiden ayrı ayrı peşinat aldı. Otomobili alan kişiler durumu anlayınca şikayetçi oldu.

Güney'in bu sorgusunda Teğmen Murat Oğuz ile birlikte arsa dolandırıcılığına karıştığı anlaşıldı. Güney, Oğuz'la 1997'de askerliğini yaparken tanışmıştı. Güney ve Oğuz, kendilerini JİTEM'in görevlisi Albay olarak tanıtmış, İl Özel İdare'sine ait köy plajı ile köy arazilerini üçüncü kişilerin ele geçirmesine aracılık etmek amacıyla Kilyos Kısırkaya köyü muhtarıyla anlaşmışlardı. Kısırkaya köyü muhtarı da bu iddiayı doğrulamaktadır. Oğuz'un 2001'de askerliğini yaptığı dönemde Hasdal Kışlası'nda Ergenekon Operasyonu'nu başlatan Ümraniye'deki el bombalarının sahibi Oktay Yıldırım ve yine aynı davanın sanıklarından olan Albay Fikri Karadağ'da bulunmaktadır. Aynı yıl Üzeyir Garih cinayeti'ni işleyecek olan Yener Yermez ise Hasdal'da Teğmen Oğuz'un çaycılığını yapmaktaydı.

Güney, Mart 2001'deki bu operasyonun Adil Serdar Saçan'ın elindeki Ergenekon'un belgelerine ulaşmak için düzenlediği bir komplo olduğunu savunmaktadır. Güney gözaltında tutulduğu 9 gün boyunca cinsel organına elektrik verme gibi ağır işkenceler yapıldığını söylemektedir. Adil Serdar Saçan ise Güney'in bu suçlamalarını reddetmiştir. Ancak daha sonra bilirkişi raporuyla Saçan'ın Tuncay Güney'e işkence ettiği kesinleşmiştir. Adil Serdar Saçan hakkında bu olayın dışında da birçok işkence suçlaması bulunmaktadır. 2001'de kendisi hakkında dolandırıcılık suçundan dava açılmasına rağmen, Ergenekon belgeleri ile ilgili hakkında yasal işlem başlatılmadı. Ablasının kefaletini ödemesinin ardından tahliye edildi. Dava kapsamında ifadesi alınmayan Güney, hakkındaki yurtdışına çıkma yasağına karşın ABD'ye gitti. Güney davadaki şikayetçilerin zararlarını Taksim'de sahibi olduğu binayı satarak karşıladı ve davacılar şikayetlerini geri aldı. Tuncay Güney'in sorgu kasetleri ve ondan ele geçirilen Ergenekon belgeleri 12 Aralık 2003'te Duyu-San şirketinin yanındaki Karadeniz Ekmek Fırını'nın altında Terörle Mücadele ekiplerinin yaptığı bir baskında bulundu. Belgeler İstanbul Organize Suçlarla Mücadele Şube Müdürlüğü'ne geri verildi. Şube de kasetleri Fatih Cumhuriyet Başsavcılığı'na iletti. Bu olayla ilgili Fatih 2. Asliye Ceza Mahkemesi'nde yargılanan Saçan, bu davada 5 ay hapis cezası aldı. Saçan 23 Eylül 2009 tarihinde Ergenekon soruşturmasının 9. dalga operasyonunda Ergenekon yapılanmasının üzerini örtmek ve örgütle ortak iş yapmakla suçlamasıyla tutuklandı.

İddiaya göre Güney'e 10 yıl süreli ABD vizesi alındı ve MİT İstanbul Bölge Başkanı Kubilay Günay'ın ekibi ile beraber Türk Hava Yolları uçağıyla ABD'ye gitti.

Cip davası nedeniyle Güney hakkında 27 Ocak 2003’te “gıyabi tutuklama” kararı çıkarıldı. Ancak 2009 Şubat ayında dava zaman aşımına uğradı ve gıyabi tutuklama kararı da kaldırılmış oldu.

Güney, 1989-1991 yılları arasında Altunizade’deki Fem Dersanesi’nin en üst katında bulunan Fethullah Gülen’in bürosunda çalışmıştır. Güney, büroda randevuları düzenlemiş, görüşmelere katılmış, ayrıca Samanyolu TV’yi kuran ekip içerisinde de yer almıştır. Samanyolu televizyonunda 1991 yılında "Gün