u lise genci olan 21 İsrailli sivil öldü ve 132 si yaralandı.

469 Filistinli ve 199 İsrailli 2001 yılında öldürüldü. Dünya Af Örgütü’nün intifadanın ilk yılı sonundaki raporunda şunları belirtti: 

Filistinli teröristler 2001 sonlarında doğru intihar saldırılarına devam etti. Bunların arasında Sbarro Katliami (7 si çocuk olan 15 sivilin ölümüne sebep oldu) , Naharya Tren İstasyonu intihar bomba saldırısı ve Pardes Hanna otobüsü bomba saldırısı (her iki saldırıda da 3er kişi öldü, Ben Yehuda Sokağı bomba saldırısı (11 sivil öldürüldü –çoğunluğu çocuktu) ve Haifa 16 nolu otobüsü bomba saldırısı (15 sivil öldü) vardı.

Ocak 2002’de, İsrail Güvenlik Güçleri Shayetet 13 adlı deniz komandoları, İran’dan İsrail’e doğru hareket eden Karine A adlı kargo gemisini ele geçirdi. Geminin içerisinde Filistinli militanların İsrail’e karşı kullanmaları için silahlar vardı. Soruşturmalarda, bu kargonun oluşmasında Filistin Yönetimi’nin ve Yaser Arafat’ın da payının olduğu İsrail tarafından bulundu. 
Filistinliler, İsrailli sivillere karşı intihar saldırılarına başladı. 3 Martta, Filistinli bir sniper, Ofra yakınlarındaki kontrol noktasındaki 10 İsrailli sivili öldürdü ve 4 kişiyi yaraladı. Hamad daha sonra yakalandı ve müebbet hapse mahkûm edildi. 2002 nin kanlı mart ayında, 30 sivilin ölümüne sebep olan Netanya Pesah Katliamı gerçekleşti. Mart ayında 130 dan fazla İsrailli öldürüldü. 
İsrail 2002 Savunma Kalkanı Operasyonuyla cevap verdi. Birleşmiş Milletler, 1-7 Mayıs arası İsrail operasyonlarında 497 Filistinlinin öldüğünü ve 1447 Filistinlinin yaralandığını tespit etti. Bu sayı B’Tselem’e göre 240 idi. Ölenlerin çoğu Filistinli askerlerdi. İsrail tarafında ise 30 kişi öldü ve 127 kişi yaralandı. Operasyon, Filistin Yönetimi’nin kontrolündeki yerlerin ele geçirilmesiyle doruğa ulaştı.

2 – 11 Nisan arasında, Filistin mülteci kamplarından biri olan Jenin’de bir kuşatma ve şiddetli çatışmalar meydana geldi. Kampın hedef olmasının sebebi, İsrail’deki sivillere yönelik birçok saldırının bu kamptan çıktığına dair bulgulardı. Jenin savaşı iki taraf içinde alevlenme noktasıydı. Savaş İsrail güvenlik güçleri tarafından kazanıldı. 
İsrail Güvenlik güçlerinin operasyonu esnasında, Filistinliler, yüzlerce insanın katledildiğiyle ilgili İsrail’i suçladı. Filistin Yönetiminden bir isim, ölü sayısının 500 olduğunu belirtti. Çatışmalar esnasında İsrailli yetkililer de ölü sayısının yüzlerce olduğu görüşündeydi. İsrail konuyla ilgili, Güvenlik Konseyi’nde oybirliğiyle kabul edilmiş soruşturma kararına karşı çıktı. Birleşmiş Milletler katliam söylemlerinin aksine raporunda aşağı yukarı 52 Filistinlinin öldüğünü belirtti ve her iki tarafı da Filistinlilerin hayatlarını riske attıkları için eleştirdi. Uluslararası Af Örgütü ve İnsan Hakları İzleme Örgütü kendi raporlarında bazı İsrail Güvenlik Güçleri elemanlarının savaş suçları işlediklerini belirtti ama bir katliamın gerçekleşmediğini teyit ettiler. Her iki kuruluş ta soruşturmaların başlatılması gerektiğini belirtti.

Çatışmalardan sonra, her iki tarafın kaynaklarının da içinde bulunduğu kaynaklar, Filistinli can kayıplarının 52-56 olduğuna işaret ediyordu. İnsan Hakları İzleme Örgütü ölenler arasında en az 27 askerin ve 22 sivilin olduğunu belirtti. İsrail Güvenlik Güçleri ise 48 inin militan olduğunu ve 5 kişinin sivil olduğunu iletti. İnsan Hakları İzleme Örgütü’ne göre 140 bina yok edilmişti . İsrail Güvenlik Güçleri, 23 İsrailli askerin öldürüldüğünü ve 75 inin yaralandığını rapor etti.

2 nisandan 10 mayısa, Beytüllahim’deki Doğum Kilises’ini İsrail Güvenlik Güçleri askerleri çevreledi. İçerde Filistinli siviller, militanlar ve rahipler vardı. Kuşatma esnasında İsrailli sniperlar içerdeki 8 militanı öldürdü ve 40 dan fazla kişiyi yaraladı. Bu çatışma, içerdeki 13 teröristin Avrupa’ya gönderilmesiyle sonuçlandı.

Yaser Arafat’ın, El Aksa Şehitleri Tugayı’na 20.000 dolar verdiğini belirten, İsrail istihbaratı raporundan sonra, ABD, Filistin Yönetimi’nden demokratik refomlar talep etti. Arafat’tan bağımsız bir başbakanın göreve getirilmesini de ayrıca talep etti. ABD’den gelen baskılar sonucu 13 Mart 2003 tarihinde, Arafat, Mahmud Abbas’ı Filistin başbakanı olarak tayin etti.
Abbas’ın atanmasının ardından, ABD yönetimi, Orta Doğu Çözüm Süreci Dörtlüsü’nün barış süreci yol planını destekledi. Plan; askeri grupları dağıtarak, yerleşimleri durdurarak ve demokratik ve barışçıl bir Filistin Devleti kurarak, İsrail – Filistin Savaşı’nı sonlandırmayı amaçladı. Planın ilk aşaması, Filistin Yönetimi’nin gerilla aktivitelerini bastırmasını, terörist saldırılarını durdurmasını ve yasadışı silahlara el koymasını talep etti. Silahlı gruplarla yüzleşmekten çekinen Abbas, geçici bir ateşkese varmaya çalışıp, gruplardan, İsrailli sivillere yönelik saldırıları durdurmalarını istedi.

20 Mayısta, İsrail donanma komandoları, Lübnan’dan Gazze Şeridi’ne doğru hareket eden Abu Hassan adlı kargo gemisini ele geçirdi. Gemide roketler, silahlar ve mühimmatlar vardı. İçlerinde kıdemli bir Hizbullah üyesi bulunan, gemideki sekiz mürettebat tutuklandı. 
29 Haziran 2003’te, El Fetih, Hamas ve İslami Cihad, tek taraflı bir şekilde geçici ateşkes ilan etti. Bu ateşkes, üç ay boyunca İsrail’e yönelik saldırıların durdurulacağını deklare etti. Bir sonraki ay, şiddet azaldı ama İsrailli sivillere yönelik intihar saldırıları ve buna cevaben militanlara karşı İsrail tarafından gelen askeri operasyonlar devam etti.

Üçü militan olan dört Filistinli, Nablus yakınlarındaki Askar’da gerçekleşen, İsrail Güvenlik Güçlerinin zırhlı araçlarla gerçekleştirdiği silahlı baskında, öldürüldü ve İsrailli bir asker de militanlardan biri tarafından öldürüldü. Filistinlilerin yakınındaki, kılık değiştirmiş İsrailli bir ekip, Abdullah Kavasameh’e Hebron’daki camii den ayrılırken ateş açtı. İsrail terörle mücadele polisi YAMAM, Kavasameh’in kendisini tutuklamaya kalkınca üzerlerine ateş açtığını belirtti.

19 Ağustosta, Hamas, Kudüs’teki kalabalık bir otobüse intihar saldırısı düzenledi ve 7 si çocuk, 23 İsrailli sivil öldürüldü. Hamas, liderleri Abdullah Kavasameh’in de içinde bulunduğu dört Filistinlinin ölümünden dolayı bu intikam saldırısını gerçekleştirdiğini belirtti ve saldırıyı üstlendi. ABD ve İsrail medyası, bu saldırıyı ateşkese son veren saldırı olarak yansıttı. 
Saldırının ardından, İsrail Güvenlik Güçleri, Hebron ve Gazze Şeridi’ndeki bütün Hamas liderlerinin tutuklanması ya da öldürülmesi emrini aldı. Otobüs saldırısını tasarlayan kişiler yakalanıp öldürüldü ve Hebron’daki hamas liderleri büyük darbe aldı. Nablus, Jenin ve Tulkarem’de sıkı sokağa çıkma yasakları uygulandı. Nablus’ta bu yasaklar 100 günden fazla sürdü. Nazlet’te 60 tan fazla dükkân İsrail’e ait buldozerler tarafından yıkıldı. İsrailli sivil yönetim, dükkânların izinsiz inşa edilmelerinden dolayı yıkıldıklarını belirtti. Filistinliler, İsraillilerin uyguladığı askeri sokağa çıkma yasaklarını ve dükkânların yıkılmasını, masum Filistinlilere karşı gerçekleştirilen toplu cezalandırmalar olarak algıladı.

Arafat’ın etkisiyle, iyi bir yönetim gerçekleştiremeyen Abbas, 2003 eylülünde istifa etti. Ahmed Qurei (Edu Ala) Abbas’ın yerine geçti. İsrail hükümeti müzakerelerin çözüme ulaşacağı umudunu yitirdi ve tek taraflı bir karar alarak, İsrail ve Filistin toplumlarını fiziksel olarak ayırma kararı aldı. Bu kararla, Batı Şeria duvarını inşa etmeye başladı. İsrail, bu duvarin, Filistinli teröristlerin İsrail’e geçmesini engelleyecek bir yöntem olduğunu bildirdi. Filistinliler, duvarın, Filistinli toplumları birbirlerinden ayırdığını ve gerçekte bunun amacının Filistin topraklarını ele geçirme olduğunu iddia ettiler.
4 Kasımda, 21 İsraillinin ölümüne sebep veren, Hayfa’daki Maxim restoranında gerçekleşen intihar saldırısından sonra, İsrail, saldırının arkasında İran ve Suriye’nin olduğunu ve İslami Cihad’la Hizbullah’a saldırılar için destek verdiklerini iddia etti. Maxim saldırısından sonraki gün, İsrail Hava Kuvvetlerine ait savaş uçakları, Suriye’nin Ain Saheb kentinde bulunan, Filistinlilerin eğitim üssü olarak bilinen yeri bombaladı. Depolanan savaş malzemeleri yok edildi ve bir sivil güvenlik görevlisi yaralandı.

Gazze’den, Qassam Roketleri ve havan mermileriyle tekrar tekrar gelen bombalamalara cevaben, Rafah’ta operasyonlarını yürüten İsrail Güvenlik Güçleri, militanların Mısır’dan kaçak yollarla; silah, mühimmat, kaçak insanlar, sigara, araba parçaları, elektrikli cihazlar, döviz, altın, uyuşturucu ve giysi getirdikleri tünelleri bulup yok etmeye odaklandı. Eylül 2000 ve Mayıs 2004 arasında, Mısır ve Gazze’yi birbirine bağlayan 90 tünel bulunup yok edildi. Rafah’taki baskınlar birçok aileyi evsiz bıraktı. İsrail’in resmi açıklamalarına göre bu evler militanlar tarafından ele geçirilip, İsrail Güvenlik Güçleri’yle girilen çatışmalarda yok edilmişti. Bu evlerden birçoğu İsrail askerlerinin baskınlarından dolayı terk edilmişti ve daha sonra yok edilmişlerdi. İnsan Hakları İzleme Örgütü’ne göre, 1500 ev, şehirde bir tampon bölge yaratmak için yok edildi ve 1600 civarında kişi evlerinden oldu.

2 Şubat 2004 tarihinde, İsrail Başbakanı Ariel Şaron, Gazze Şeridi’ndeki bütün Yahudi yerleşimcileri transfer edecek planını açıkladı. Muhalefet tarafı bu açıklamayı bir medya propagandası olarak görüp tersledi ama İsrail İşçi Partisi, böyle bir kararı destekleyeceğini belirtti. Şaron’un sağ kanat koalisyon partnerleri Milli Dindar Parti ve Milli Birlik, planı kabul etmedi ve uygulamaya konulması durumunda hükümetten ayrılacakları sözünü verdiler. Oslo ve Genevre Anlaşmalarının mimarı ve barış aktivisti Yossi Beilin de çekilme planını kabul etmedi. Gazze’den barış olmadan ayrılmanın terörü ödüllendireceğini belirtti. 
Geri çekilme planının Ariel Şaron tarafından ilan edilmesinin ve Erez geçiş alanı ve Ashdod limanındaki intihar saldırılarının ardından, İsrail Güvenlik Güçleri, cevap olarak Gazze şeridi’ne (Rafah ve çevresindeki mülteci kamplarına) silahlı baskınlarda bulundu ve 70 Hamas militanını öldürdü. 22 mart 2004 tarihinde, İsrail silahlı helikopterlerinden biri Hamas l