li Brian Hinton "Kilise orgu ve tonundaki kibar iniş çıkışlara rağmen tamamen ateşli bir seks hakkında" yorumunu yaptı. Bu şarkı, sanatçının zihninin erotik ve dini temalarla dolu olmasına da kanıttır. Şarkının sonlarında tempoyu düşürmesi rahatça fark edilebilir. Tempodaki bu düşüş Van'in müziğin spontane olması gerektiği inancınını gösterir.

Morrison 1990'da "The Best of Van Morrison" albümünü çıkarttı ve bu albümden elde ettiği geliri "Avalon Sunset" albümünü çıkartmak için sermaye olarak kullandı. Her ne kadar 1967'de çıkardığı toplama şarkılardan oluşan albümünün ismi de "Best of" olarak geçse de bu albüm Morrison'ın kariyerindeki ilk "Best of" çalışması olarak bilinir. Genellikle hit olmuş şarkılarından oluşan, içindeki parçaları bizzat müzisyenin seçtiği albüm senenin yarısında Britanya listelerinde kalmayı başardı ve Allmusic'in yorumu "kariyeri boyunca en çok satan albümü" şeklinde oldu. Aynı yıl "Enlightenment' isimli başka bir albüm daha yayınladı. Bu albüm, ilk olarak 10 sene önce kaydedilmiş, hit single "Real Real Gone"'ı da içeriyordu.

Morrison, 1990'da ayrıca, kariyerindeki ikinci videoyu çıkardı:"Van Morrison The Concert". 1989'da New York'ta kaydedilen konser, iki özel konuk da içeriyordu. Uzun yıllardır sanatçının dostları olan Mose Allison ve John Lee Hooker kendi şarkılarını seslendirdiler. Videoda çoğunlukla müzisyenin son iki albümünden çalışmalar yer aldı. Hem "Avalon Sunset"'ten hem de "Irish Heartbeat"'ten dört şarkı vardı.

21 Temmuz 1990'da, Morrison pek çok başka misafir sanatçıyla beraber, Roger Waters'ın Berlin'deki The Wall konserine katıldı. Bu konserde izleyici sayısı 300.000 ile yarım milyon arasında idi ve konser televizyondan canlı yayınlandı. Morrison, bu konserde, Roger Water ve The Band'den arkadaşları Levon Helm, Garth Hudson ve Rick Danko ile birlikte Comfortably Numb'ı söyledi. Konserin sonunda da tüm diğer katılımcılarla birlikte "The Tide is Turning"'i seslendirdi.

1991 yılının Mart ayında BBC2 televizyon kanalı Morrison'ın kariyerini özetleyen "One Irish Rover" isimli bir televizyon programı yayınlamaya başladı. Film, Van Morrison ve Bob Dylan'ın Atina'da yaptıkları bir düet ile başlıyordu. İki sanatçı toplam üç şarkıda düet yaptılar: "Crazy Love", "Foreign Window" ve "One Irish Rover". Televizyonda yayınlanan bir başka Van Morrison belgeseli ise Channel 4'da yayınlanan "Without Walls" oldu. Bu belgesel diğerinden birkaç gün sonra yayınlandı. Programda Morrison'ın İrlandalı şairler Michael Longley, Seamus Deane ve John Montague ile olan sohbeti yer aldı. Şairler ve Morrison şiir, müzik ve mistisizm arasındaki ilişkiyi tartıştılar. Yine 1991 yılında Morrison, Tom Jones'un yeni albümü "Carrying a Torch" için albüme ismini veren parça da dahil olmak üzere dört şarkı besteledi. Tom Jones, sanatçının kendisine, şarkıyı besteleyip kaydettikten sonra "Bu şarkı Tom Jones için" diye düşündüğünü söylediğini açıkladı. Morrison, daha sonra bu şarkıyı, 1991'de çıkardığı duble albüm olan "Hymns to the Silence"'a da aldı.

Ocak 1993'ta Rock and Roll Hall of Fame'e kabul edilen Morrison, kendi kabul törenine katılmayan ilk sanatçı oldu. The Band'den Robbie Robertson onun yerine ödülünü aldı. Törende, Counting Crows sanatçının "Caravan" isimli parçasını seslendirdiler.

1990'ların ortasına gelirken, Morrison'ın müzik kariyeri de 30. senesine gelmişti. Kariyeri boyunca İngiltere'de ilk beşe girmiş albümler çıkartmış, tüm biletleri tükenen konserler vermiş ve toplum tarafından tanınma ve takdir yaşamıştı. Ocak 1993'te "The Best of Van Morrison Volume Two" isimli bir toplama albüm daha yayınlayan sanatçı, aynı yıl yayınladığı "Too Long in Exile" ile gene İngiltere'nin en iyi beş listesine girdi.

14 Şubat 1994'te, Britanya müziğine yaptığı katkılardan ötürü Brit ödülü aldı.

Morrison, 30 Kasım 1995'te, Amerika Birleşik Devletleri başkanı Bill Clinton'ın Kuzey İrlanda'da Belfast'i ziyareti sırasında sayıları 60.000 ile 80.000 arasında değişen izleyici kitlesine konser verdi. Şarkısı "Day Like This", Kuzey İrlanda'daki barış hareketinin simgelerinden biri oldu.

14 Haziran 1996'da, İngiltere kraliçesi 2. Elizabeth, Buckingham Sarayı'nda sanatçıya müziğe olan katkılarından ötürü şövalyelik unvanı verdi.

1997'de, "The Healing Game" albümünü çıkardı. Bir sonraki sene ise önceden kaydettiği ve fakat yayınlamadığı şarkılardan oluşan "The Philosopher's Stone" isimli iki disklik bir albümü dinleyenlerine sundu. Bundan sonra ise 1999 yılında "Back on Top" isimli, 1978'den sonra ilk defa ABD listelerine girebilen bir albüm çıkardı.

Eylül 1999'da Morrison, yeni açılmış olan Irish Music Hall of Fame'e kabul edilen ilk müzisyen oldu. Bob Geldof Morrison'ı ödül vermek üzere çağırırken, sanatçıyı: "İrlanda müziğinde tek bir dahi var. O da Van Morrison" diyerek sundu. Niall Stokes bu konuyla ilgili şöyle konuştu: 
Van Morrison İrlanda'nın yaşayan en büyük efsanesidir, çok derin ve inanılmaz güzellikte işler çıkartan yaratıcı bir güçtür.

Bu dönemde Morrison, birbirinin zıddı kariyerler yapan iki vokalle yakın çalışmaya girdi: Georgie Fame ve Brian Kennedy. Daha önceleri ara sıra Morrison ile çalışmış olan Fame, onun için vokal yaptı ve klavye çaldı. Brian Kennedy ise hem stüdyoda hem de canlı performanslarda Morrison'ın sesini tamamladı.

Milenyuma yaklaşırken, sahnede yaptığı işbirlikleri, albüm kayıtlarına da yansıdı. 1995 yılında, İrlandalı folk grubu The Chieftains ile "The Long Black Veil" isimli bir albüm kaydetti. 1996 yılında, bu albümde The Chieftains ile birlikte tekrar seslendirdiği, "Have I told you lately" isimli şarkısıyla Grammy kazandılar. 1997 yılında ise blues efsanesi olan John Lee Hooker'ın albümü "Don't Look Back"'in yapımcılığını üstlendi ve pek çok şarkıya destek verdi. Bu albüm, 1998 yılında, En iyi blues albümü kategorisinde Grammy kazandı. Albümle aynı ismi taşıyan, Morrison-Hooker düeti olan "Don't Look Back" isimli şarkıyla da Hooker ve Morrison Grammy aldılar. Morrison, ayrıca, Tom Jones'un 1999 yılında çıkardığı "Reload" albümüne de destek oldu ve Jones ile birlikte "Sometimes we cry" isimli şarkıda düet yaptı. Son olarak, 2000 yılında "Mark Knopfler"'in "Sailing to Philadelphia"'da vokal yaptı.

Van Morrison, 2000'lerde de kayıtlara ve turlara devam etti ve haftada iki ya da üç kere sahneye çıktı. Kendi alanındaki diğer şarkıcılar gibi konserlerinde iyi bilinen şarkılarına yer vermedi ve konserlerinin nostaljik bir havada geçmesine izin vermedi. 2006 turnesinde, kendisiyle röportaj yapan Paul Sexton'a şöyle dedi: "Gerçekte konser turunda değilim. Bu tamamen bir yanlış anlama. Ben, 1970'lerin sonunda ve 1980'lerin başında tura çıkmayı bıraktım. Şu anda sadece çalıyorum. Haftada ortalama iki kere çalıyorum. Sadece Amerika'da ortalamam yükseliyor çünkü orada, iki kere çalamıyorsunuz aksine on ya da daha fazla sayıda çalmanız gerekiyor." Kendini müzik endüstrisinin insafına bıraktığını düşündüğü günlerin aksine, artık kendi bağımsız plak şirketi Exile Productions Ltd.'i kuran Morrison, her kaydettiği albümün yapımıyla ilgili her şeyi üstleniyordu. Bu sorumluluklara albümün başlangıcından bitişine kadar olan bütün kayıtları, pazarlaması ve dağıtımı dahildi.

2000 yılında, sanatçı, Jerry Lee Lewis'in kardeşi olan Linda Gail Lewis ile ortaklaşa çalıştığı "You Win Again" isimli albümü çıkarttı. R&B ve
country tarzındaki bu çalışmada harika bir düet ortağı olduğunu kanıtlayan Lewis ile bir sonraki albüm "Choppin' Wood"'da da birlikte çalıştı. 2000'inin sonlarında bu albümün tamamlandığı günlerde Morrison ve Lewis bozuştular. 
Sonuç olarak, Morrison yeniden kayda girerek, çalışmadan Lewis'in katkılarını çıkardı ve albümün neredeyse tamamını yeniden kaydetti. Bu sırada bazı şarkıları tamamen sildi ve yenilerini ekledi. Bu çalışmanın sonucunu 2002 yılında "Down the Road" ismiyle yayınladı.

Temmuz 2001'de, kendi memleketi olan Belfast'teki Queen's University of Belfast, sanatçıya fahri doktora verdi. Bu dokuz sene önce, 1991'de gene Kuzey İrlanda'daki üniversitelerden biri olan University of Ulster'in verdiği fahri doktoradan sonra aldığı ikinci doktoraydı. "Geçmiş yüzyılın en önemli şarkı yazarlarından biri olması" sebebiyle Van Morrison, Haziran 2003'te, New York City'de "Songwriters Hall of Fame"'e kabul edildi. Ödülünü Ray Charles'ın elinden alan Morrison, daha sonra efsane şarkıcı ile birlikte Moondance albümünde yer alan, daha önce Bob Dylan'la da düet yaptığı "Crazy Love"'ı seslendirdi. Charles'a olan hayranlığı ödül töreninde iyice açığa çıkan Morrison, daha sonra Rolling Stone Dergisi'nde yayınlanacak bir makale de yazdı. 2004 yılında yayınlanan bu makalede Ray Charles'ın müziğini ve kişiliğini nasıl etkilediğini anlattı. Aynı yıl, "What's Wrong with This Picture?" isimli bir albüm de yayınladı. Albüm, ünlü caz plak şirketi Blue Note Records'tan çıktı. Sanatçı bu albümle En iyi Blues Albümü Grammy Ödülü'ne aday olacaktı. Yine 2004 yılı içerisinde, 1979'da çıkardığı "Into the Music" albümünde yer alan "Bright Side of the Road" isimli şarkısı UNESCO'nun Dünya Basın Özgürlüğü Günü reklamlarında kullanıldı. Ekim 2004'te ise Van Morrison Londra Ödülleri'nde Müzik yapımcıları nesline sonsuz ilham kaynağı oluşturduğu için BMI ICON ödülünü aldı.

2005 yılında "Magic Time" isimli bir albüm çıkarttı. Bu albümle kamuoyunda hala popüler olduğunu ispatlayan Morrison, Amerika Birleşik Devletleri listelerine 25 numaradan girdi. Rolling Stones Dergisi'nin "2005 yılının 50 albümü" listesinde ise 17 numarada yer aldı. Bu yılın ilerleyen günlerinde ise "Hurricane Relief: Come Together Now" isimli bir albüm çıkardı. Bu albümün tüm geliri Katrina ve Rita kasırgalarında zarar gören afetzedelere aktarıldı.

7 Mart 2006'da ise "Pay the Devil" isimli country tarzında bir albüm çıkardı. Albümün çıkış günü Nashvilleliler tarafından "Van Morrison Günü" olarak ilan edildi. ve Morrison, kendine ait bu ilk günde "Ryman Auditorium"'da sahneye çıktı. Bu konserin biletleri satışa çıktıktan 12 dakika sonra tükendi. Albüm, Billboard 200 listesine 26 numaradan girdi ve En iyi Country albümleri listesinde