ki ve onun eklenti paketlerindeki oyuncu karakterinin mutantlaşması "Far Cry 2de yer almamıştır. Aynı zamanda bir gece-gündüz döngüsüne ve fırtına, rüzgar gibi değişik hava durumlarına sahip dinamik hava sistemi bulunmaktadır. Oyundaki zaman kavramı yapay zekâyı olumlu yönde etkilemekte ayrıca düşmanların uyanıklık ve saldırganlık özellikleri bakımında değişkenlik göstermesini sağlamaktadır örneğin bir düşmanın geceleyin biraz farkındalığı artmakta fakat gizlenmekte olan oyuncuyu göremez durumda olur, ancak öğle saatleri sırasında düşmanlar gölgede otururlar ve uzun mesefaden bile oyuncunun varlığını tespit edebilirler.

Oyuncunun aynı zamanda savaş tüfekleri, nişancı tüfekleri, roket atarlar ve hafif taramalı tüfekler dahilinde gerçek silahların geniş çaptaki cephaneliklerine erişme olanağına sahiptir. Oyun içinde bu silahlar üç çeşide ayrılmaktadır: Birincil Silahlar, çoğunlukla iki elle tutulabilen piyade tüfeği, nişancı tüfeği ve çifte gibi silahlardır; İkincil Silahlar ise, bir elle tutulabilen, tam otomatik veya yarı otomatik tabancalar, küçük bir bomba atar, ev yapımı patlayıcı maddeler; Özel Silahlar, çoğunlukla ağır silahlardan oluşmaktadır örneğin hafif taramalı tüfekler, roket atarlar ve zehirli oklar atan tüfekler. Bu üç silah türüne ek olarak da, her daim taşınabilen pala benzeri bıçaklar da vardır. Geniş bir oynanılabilirlik içeren oyunda tüm bu silahlar bir süre sonra eskiyor. Silahlar kullanıla kullanıla kirleniyor ve tutukluk yapmaya eğimli hale geliyor ve nihayetinde tamamen kullanılamaz oluyor. Oyuncu silah dükkânlarından silah satın alabilir, bir kere silah aldı mı sınırsız cephanelik temin edebilir ve beraberinde manual olarak silahların doğruluk ve güvenilirlik özelliklerini de geliştirebilir. Çoğu silahlar ticaret yaptığımız silah şirketinin rakibinin silah taşıyan konvoyunu yok ederek açılabilir.

Oyunda öldürülen düşmanlardan ele geçirilen ve eskimiş tüm silahlar sıkışmaktadır. Eskiyen silahlar gerçek hayattaki gibi kirlenir ve bir süre sonra tamamiyle kullanılamaz hale gelir. Oyuncu silah dükkânlarından belli bir ücret karşılığında silah satın alabilir ve sınırsız cephane elde etme hakkına sahip olabilir. Ayrıca satın alınan silahların doğruluk ve güvenilirlik özellikleri geliştirilebilir.

Oyunda silahların belli bir süre sonra kullanılamaz hale gelmesi ve devingen hava sistemi gibi önceleri sözü edilen özellikler bulunmaktadır. Hem de oyuncu bir noktaya ulaşmak için elinde kâğıt harita tutup portatif (GPS) bir navigasyon sistemini kullanması gerekmektedir, fakat bunlar oyuncu çevrede gezindiğinde otomatik olarak güncellenmektedir. Oyuncu arabalar, nişancı kuleleri, cephane kamyonetleri ve binalar gibi nesneleri harita üzerinde izleyebilmek için etiketleyebilir. Oyuncu karakteri ölmek üzereyken, kendisine ilk yardım yapması için komut vermelidir; örneğin, oyuncu vurulduğunda kurşunları vicudundan çıkartmalı ve ateş altındaysa oradan uzaklaşmalıdır. Taşıtların hasarı gerçeğe yakın yapılmıştır, araç hasar aldığında oyuncu aracı onarmalıdır. 
Oyuncu aynı zamanda sıtmayla boğuşmaktadır. Sıtmanın etkisi görüldüğünde gerçek saate göre her 30 veya 40 dakikada bir oyuncu hap almalıdır. İlaç bittiğindeyse, ilaç almak için tek bir görev yapmalıdır. Oyuncu saygınlığı çoğaldıkça ve oyuncunun adı çıktıkça, tıbbi tedavi sağlamak daha da zorlaşıyor. Oyuncu sağlığını düşündükçe, daha sağlıklı olur ve iyileşmesi hızlanır. Karakter daha dayanıklı olduğu sürece; daha hızlı depar atabilir, su altında nefesini uzun süre tutabilir. Bunlar gerçekleşmesi için oyuncu düzenli olarak hap almalıdır. Buna rağmen oyuncu boş olduğunda veya yan görevleri yaptığında tedavi sağlamak zorunda değildir; sadece ana görevlerde hap kullanması gerekiyor.

Dunia Motoru oyunda karmaşık düzene ve olaylar döngüsüne olanak sağlar; oyunda gece gündüz döngüsü bunun yanında ağaçların ve bitkilerin yenilenme özelliği bulunmaktadır. Çapışmalar sırasında oyuncuya avantaj veya dezavantaj sağlayan kıvılcım parçası, benzersiz bir ateş yayılma düzeneği sayesinde yayılarak büyük çalılıkların yanmasına yol açmaktadır. Ateşin tepkisi rüzgarın hızı, rüzgarın doğrultusu, yağmur ve bitkilerin türüne bağlıdır. Örneğin, bir ateş parçası kuru, otlak düzlüklerde ve çayırlıklardaki gibi gür ve nemli ormanlarda hızlıca yayılmaz.

Oyunda çeşitli türlerde Afrika yabani hayvanlarla karşılaşmak mümkündür ve bunlar düşmanı başka tarafa çekmede bunun yanında da onları oyuncunun varlığından haberdar edebilir. Oyundaki tüm hayvanlar zebralar, gnular , ceylanlar, gibi vahşi otçulların yanı sıra keçi ve tavuk gibi evcil otçullar da bulunur. Ayrıca oyunun geçtiği bölgenin güney yakasında nadir de olsa buffalolara rastlanılır. Hayvan kaynaklı saldırı ise aşırı nadir görülür zira oyunda yırtıcı hayvan yoktur.

Bazı eleştirmenlere göre suya dalarkenki odaklanma çok ileri götürülmüş ve oyuncuları çileden çıkartan bir sorun olarak görülmüş hatta berbat oyun tasarımı oyuncu karakterinin ölümüne neden olduğu söylenmiştir.

Karakterimiz, Jackal adında bir silah tacirini öldürmek için yemin eder ve Afrika'ya gelir. Motele gitmek için havaalanında bir taksi çevirir ve Pala'ya doğru yola çıkarlar. Yolda giderken bir sürü olaya şahit olur, taksici olayları anlatır, karakterimiz için her zamanki gibi suskundur. 15 dakikalık bir yolculuğun ardından Pala'ya varırlar. Pala o bölgenin merkezi ve ateşkes bölgesidir. Ancak karakterimiz Sıtma hastalığına yakalanmıştır, acı gerçek burada ortaya çıkar. Motelin önünde baygınlık geçiren karakterimiz ayıldığında kendini bir motelin odasında uzanmış bir vaziyette bulur, az ilerisinde Jackal vardır. Jackal karakterimizin eşyalarını kurcalarken bir günlük bulur, günlükte karakterimiz geliş amacının Jackal öldürmek olduğu yazar, Jackal bu yazıyı görünce sinirlenir, karakterimiz berbat bir haldedir. Ayağa kalkamayacak kadar hasta ve bitkindir. Jackal karakterimizi korkutmak için kafasının üstüne bıçak saplar. Silah çeker ancak karakterimizi öldüremez, oradan uzaklaşır. Aniden patlama meydana gelir. Karakterimiz yatağından fırlar, bıçağı ve tabancayı alır. Dışarıda azılı iki grup çatışmaktadır, karakterimiz birkaç adam öldürür ve Pala'dan kaçmak üzere yola koyulduğunda sıtma nedeniyle fazla uzaklaşamadan yere düşer ve bayılır.

Ayıldığında kendini bir hücre evinde bulur ve bir teğmen karşısındadır. Oyunu kaydedip ilk yardım çantasından ilaç aldıktan sonra teğmen size bir görev verecek, görev basit: Bir hücre evine gidip çevresindeki korumaları öldürmek ve hücre evini ele geçirmek. Korumalar genelde iki kişi oluyor, sessizce öldürün ve hücre evine girin, uyuyun, cephane alın. Uyandığınızda yine teğmen arayacak. Bir yeri gözetlemenizi ve oradakileri öldürmenizi isteyecek. Görevi yaptıktan sonra eğitim bölümü bitmekte ve asıl hikâye bölümü başlıyor.

Merkez Pala'da "UFLL" ve "APR" örgütleri arasındaki çatışmalar sona ermiş ve ateşkes ilan edilmiştir. Bu arada oyuncu karakteri bir barda Reuben Oluwagemb adında bir gazeteciyle tanışır. Gazeteci süregelen çatışmalar hakkında bir kitap yazmaktadır. Bu kitapta Jackal'dan da söz edilmektedir. Gazeteci oyuncuya Jackal'la yapmış olduğu bir görüşmeye ait ses kaydını verir. Gazeteci oyuncunun sıtma hastası olduğunu anladığı an merkez Pala'daki kilisede görev yapan ve sivilleri bu baskıdan kurtarmaya çalışan rahibe yardım ederek ondan sıtma ilacı alabileceğini söyler. Oyuncu Jackal'ın izini sürerken bazı yan görevler de yapabilir. Oyuncu mültecilerin sıtmaya iyi gelen ilaçlar için ülke dışına göç etmesine rahipten aldığı damgalı seyahat belgelerini onlara ulaştırabilir, daha fazla silah ve mühimmat çeşidi için rakip firmaların nakliyat konvoylarına pusu kurabilir, bazı bölgelerde bulunan baz istasyonları üzerindeki telefonlara cevap vererek edinilen bilgilere göre hedeflere suikast düzenleyebilir.

Oyuncu UFLL ve APR örgütlerine ayrı ayrı çalışması için zorlanmaktadır. Her bir taraf da bu büyük çaptaki savaşı feshetmek amacıyla oyuncuyu inkar edilebilir bir casus olarak kullanmaktadır. Nice başarılı görevlerin ardından bir örgütün lideri diğer örgütün başında bulunan kişiye suikast girişiminde bulunması için oyuncuyla anlaşmaktadır. Suikast başarılı olur oysa oyuncu anlaşma yaptığı kişinin askerleri tarafından çoğu defa pusuya düşürülür ve ihanet edilir. Oyuncu paçayı kurtarır ancak bu kargaşanın içinde ya rahibi ve sivilleri korumaya ya da yoldaş askerlere yardım etmeye zorlanmaktadır. Oyuncu karakteri nihayetinde çarpışmalarda mahvolur, cesetlerle dolu bir kamyonun kasasında uyanır. Kamyondan yolun üzerine düşer ve çölde kum fırtınasında sığınacak bir yer aramaya koyulur ancak sıtmanın etkisiyle fazla geçmeden bayılır. Kum fırtınasının sona ermesiyle Jackal çıkagelir ve baygın haldeki oyuncuyu emniyetli bir yere götürür. Ancak lidersiz kalan diğer örgütün çekilmekte olan askerleri gelince Jackal kaçmak zorunda kalır. Bu örgütün bir teğmeni oyuncuyu bu durumdan kurtarması için oyuncuya ihanet eden örgüt liderine suikast düzenlemesini ister. Oyuncu bir alay mitinginde bulunan hedefe suikast düzenler ve güneydeki Bowa-Seko iline kaçar.

Bowa-Seko'da oyuncu ve dostu bölgenin dengelerini değiştirmek amacıyla teğmenin emirlerini yerine getir ve Selao Limanı'nda çarpışmaları yeniden alevlemek amacıyla yanlış bayrak eylemini gerçekleştirir. Bunu takiben, iki örgüt yeni ilde savaş durumdalar, bunun yüzünden her iki taraftan da çeşitli görev talepleri geliyor. Nihayetinde, oyuncu iki örgütün lideri olan Oliver Tambossa veya Addi Mbantuwe tarafından örgütler arasında barış anlaşması yapılması için karşı örgüte elmas dolu evrak çantasını götürmekle görevlendiriliyor. Oyuncu mekâna vardığında, alanı mahvedilmiş ve örgüt liderinin ölmüş olarak buluyor. Jackal çıkagelir ve çarpışmaların devam etmesini istediğini ve savaş lordlarının barışı sadece insanların dikkatini çekmeden suç işlemek amacıyla istediğini izah eder. Ardından da Jackal elmasları ele geçirip oyuncu karakterini bayıltır.

Oyuncu ayıldığında eski bir köle hapishanesinde mahkûm durumundadır ve şamar oğlanı gibi kullanıldığını, suikastlardan sorumlu tutu