saldırganların evine girdiğini fark eder. Max saldırganları öldürür ancak karısı ve çocuğunu kurtaramaz. 
Karısının ve çocuğunun cenazesi kaldırıldıktan sonra evine giren saldırganların kanında yüksek dozda "Valkyr" adlı daha önce ne adı duyulmamış bir sentetik uyuşturucu maddenin çıktığını öğrenir. Ailesinin ölümüyle bu madde arasında bir ilişki olduğunu düşünür. Bu yüzden daha önce Narkotik Şubesi(DEA)'nden arkadaşı Alex Balder'ın kendisine yaptığı transfer teklifini kabul eder ve tam üç yıl boyunca bu maddenin şehirde alım-satımını yapanın kim olduğunu araştırır. Sonunda bu maddenin sağlayıcısının Don Angelo Punchinello'nun başında olduğu Punchinello suç ailesinin hiyerarşisi içinde Don Puchinello'dan sonra ikinci sırada gelen Jack Lupino olduğunu öğrenir. Max, gizli göreve çıkarak şehrin en azılı mafya ailesinin arasına sızmaya çalışacaktır ve bu görevden yalnızca arkadaşı Alex'in ve bir başka DEA ajanı B.B'nin haberi vardır. Max bir gün B.B'den aldığı bir telefonda Alex'in kendisini Roscoe Caddesindeki metro istasyonunda beklediğini öğrenir. Max oraya gittiğinde Alex'i bulmak yerine kendisini, çok büyük bir banka soygununun içinde bulur. Lupino'nun adamları metronun güvenlik birimlerini etkisiz hale getirerek 1940'lı yıllarda kapatılmış olan ve o civardaki bir bankanın kasasının çok yakınından geçen bir metro tünelinden yol bulup bankayı soymaktadır. Soyguncularla çatışarak ilerleyen Max nihayet Alex'i a bulur ama tam konuştukları sırada Max'in görmediği bir yerden bir el ateş edilir ve Alex öldürülür.(Tetikçinin yüzünü unutmayın) 
Hem banka soygununun gerçekleştiği hem de bir Narkotik ajanının öldürüldüğü suç mahalinde bulunmak gizli görevde bulunan Max için ciddi sorunlar yaratacaktır. Bu yüzden Max hızla istasyondan uzaklaşır. Max 'in aklında tek bir düşünce vardır: Lupino'nun Alex'i öldürtüp bunun suçunu üzerine yıkmaya ve kendisini devredışı bırakmaya çalıştığıdır (dolayısıyla da gerçek kimliğinden Lupino'nun haberi olduğunu düşünmektedir). Max, Jack Lupino'nun oraya çok yakın bir yerde bulunan oteline gider ama kendisini karşılayan Finito kardeşler onun kim olduğunu bilmektedir. Max'in gizli tutulan kimliği açığa çıkmıştır. Max, Finito kardeşleri öldürür. Otelden çıkmak ister ama onların masasının üstünde bulduğu bir mektup buradan çıkışın pek kolay olmadığını gösterir. Jack Lupino'nun sağ kolu olan Vinnie Gognitti tarafından yazılan bir mektupta Don Punchinello'nun adamlarını hizada tutmak için adeta Keyser Söze olarak kullandığı Rico Muerte'nin bir Valkyr pazarlığının güvenliğini sağlamak üzere otelde olduğu yazılıdır. Ayrıca radyodan dinlediği bir haberde Alex'in katil zanlısı olarak duyurulur. Artık hem kimliği açığa çıkmış, hem Mafia'nın ölüm listesine eklenmiş, hem de polisin arananlar listesine girmiştir. Önce Valkyr pazarlığını basan Max, Rico'yu da öldürüp otelden çıkar. Jack Lupinoya ulaşmak için adamı Vinnie Gognitti'yi bulmaya çalışır. Onun kaldığı yere giderken siyah bir Mercedes içinde Rus mafyasının lideri Vladimir Lem'i görür. Lem oradan ayrılırken, Vinnie Gognitti'nin binalarında ardı ardına patlamalar gerçekleşir. Aralarında bir savaş vardır. Max Vinnie'nin bulunduğu binada ilerlerken bir telefon çalar. Telefonu açar ve telefondaki kişi kimle konuştuğunu sorar ve kısa bir konuşmadan sonra telefonu kapatır. Max Vinnie'yi bulur. Vinnie'yi yaralar ama Vinnie kaçar. Uzun bir kovalamacadan sonra onu yakalar ve patronu Jack Lupino'nun yerini öğrenip yaralı halde onu bırakır ve Lupino'nun saklandığı gotik bir gece kulübü olan Ragna Rock'a gider.
Kulübün mimarisinde tam bir gotik havası vardır. İçeride ise ya zombilerle ya da benzeri şeylerle ilgili kitaplar ya da video kasetler vardır. Lupino aldığı aşırı dozda Valkyr nedeniyle akli dengesini kaybetmiştir ve çeşitli dinlerden, mitolojilerden şeytanları kendisine tapması için çağırmakta ve hatta kendisini cehennemden gönderilmiş bir mesajcı olarak görmektedir. Max, Lupino'yu öldürür. Bu arada oraya Don Punchinello'nun karısı Lisa'nın ikiz kardeşi ve bir kiralık katil olan Mona Sax gelir. Mona, Max'e yanlış adamı öldürdüğünü ve arkadaşı Alex'i öldürtüp bunun suçunu üstüne atanın Don Punchinello olduğunu anlatır. Kardeşi Lisa, Don Punchinello tarafından sadistçe dövülen Mona da Don Punchinello'nun peşindedir ve Max'in Punchinello'nun malikanesini basıp önüne geleni öldürebileceği ve kardeşinin de öldürülebileceği düşüncesiyle Max'i kandırıp içkisine Valkyr koyar ve onu bayıltıp kaçar.

Max gözünü açtığında kendisini Frank "the Bat" Niagra tarafından bir beyzbol sopasıyla Jack Lupino'nun otelinin kazan dairesinde bir sandalyeye bağlı tartaklanırken bulur. Frank kendisinden gayet emin, Max'i sandalyeye bağlı bırakıp otelin barına birşeyler içmek için gittiğini ve geri dönüp işini bitireceğini söyler. Max kurtulur ve Frank'i öldürür. Ardından otelden ayrıldığında takip edildiğini anlar. Onu takip eden kişi Rus mafyasının lideri Vladimir Lem'dir. Max onları durdurur ve neden peşinde olduklarını öğrenir. Vladimir, Max'e bir anlaşma teklifiyle gelmiştir. Eskiden Vladimir için çalışan ve ülkeye kaçak silah sokan gemici Boris Dime, Vlad'e ihanet edip Punchinello'nun tarafına geçmiştir. Zaten Valkyr maddesinin dağıtımıyla iyice güçlenen Punchinello bu silahları aldığı takdirde Vladimir için her şey bitecektir ki aynı şey Max için de geçerlidir. Bu yüzden ortak düşmana karşı birlikte hareket etmeyi teklif eder. Ayrıca Vladimir, gemiyi ele geçirip Boris Dime'ın kellesini de getirirse Punchinello'yu öldürmek için istediği kadar silahı da Max'e vermeye hazırdır. Max gemiyi ele geçirir ve Vlad'i büyük bir dertten kurtarır. Ancak hala Punchinello'nun evine doğrudan saldıracak durumda olmadığı için ona bir anlaşma teklif ederek tuzağa düşürüp öldürmeyi planlar. Punchinello onu kendisine ait "Casa di Punchinello" adlı restorana çağırır. Ama tuzağa düşen Max olur. İçeri girer girmez restoran patlamalarla yanmaya başlar. Max buradan da kurtulur ve şu anda tek yardımcısı gibi gözüken Vladimir tarafından arabayla oradan alınıp doğruca Punchinello'nun malikanesine bırakılır. Max, Punchinello'nun en azılı katilleri "Trio" tarafından karşılanır ama onları da teker teker öldürür. Max evde çalan bir telefonu açar ve telefondaki ses Lupino'nun otelindeki telefondan kendisiyle konuşan sesle aynıdır. Telefondaki adam oradan bir an önce uzaklaşması gerektiğini söyler ama Max umursamaz görünür. Max sonunda Punchinello'ya ulaşır ama Punchinello'nun da bu Valkyr işinde sadece bir piyon olduğunu anlar. Çünkü Punchinello emirleri devlet ya da ondan daha büyük bir kadın tarafından aldığını söyler ve o anda içeri takım elbiseli katiller (Killer Suits) girer ve Punchinello'yu öldürür. Max onlardan kurtulur ama dışarda bir kadın ve yanında bir sürü silahlı adam onu beklemektedir ve adamlar Max'i yakalar. Kadın Max'e yüksek dozda Valkyr verir ve öleceğini umarak onu orada bırakır. Max bayılmadan önce kadının azğından çıkan "Cold And Steel" sözünü duyar.

Max şehrin dışında bulunan "Cold And Steel" adlı fabrikaya gider. Ama fabrika sıradan bir çelik fabrikası değildir ve Max'in fabrikada ilerledikçe karşılaştığı silahlı adamlar da bu durumun daha karmaşık olduğunu göstermektedir. Max orada bulduğu bir raporda yazan "D-6" numaralı hangarı bulur ve fabrikanın üstündeki gizem perdesi ortadan kalkar. Ancak elini de çabuk tutmak zorundadır çünkü Max'in güvenliği aşıp fabrikanın içinde olduğu anlaşılmıştır ve fabrikanın kendini imha işlemleri başlatılmıştır. Max burada yerde kocaman bir askeri işaret görür. Bu işaret büyük bir "V" harfi ve ortasından geçen bir kılıçtan oluşmakta ve altında da "Valhalla Projesi" yazmaktadır. Bu işaretin değişik versiyonlarını daha önce şehrin her yerinde ve cinayet günü kendi evinin duvarında da görmüştür. Şehirdeki verisyonunda yalnızca V harfinin ortasından geçen kılıç bir şırıngayla yer değiştirmiştir. Bundan da V harfinin hem "Valkyr" hem de "Valhalla" için olduğunu anlar. Fabrikanın içindeki gizli laboratuvarın birinde daha önemli şeyler öğrenir. Amerikan ordusunun İskandinav mitolojisinden esinlenerek Valhalla adını verdiği bu askeri proje kapsamında, soğuk savaş sırasında çöldeki birliklerin tıpkı aynı adlı mitolojide olduğu gibi korkusuz, cesur, dayanıklı olmasını ve yaralarının çabucak iyileşmesini sağlamak amacıyla Valkyr adı verilen maddeyi ürettiğini, deneylerin başarısızlıkla sonuçlanmasına rağmen birilerinin ısrarla devam ettirdiğini görür. Sonra projede bir bilgi sızıntısı yaşandığını ve bazı dosyaların bir yere yollandığını fark eder. Sistemde verilen infaz adresi Max Payne'in New Jersey'deki evidir. Artık her şey açığa kavuşmuştur. Punchinello malikanesinde kendisini yakalayan kadının bu olayda bir numaralı sorumlu olduğu açıktır. Max fabrika patlamadan önce oradan çıkar ve Roscoe Caddesi metro istasyonunda yaşananlardan beri hiç görmediği B.B onu arar. Max buluşmaya giderken kendisini neyin beklediğini bilmektedir. Çok gizli tutulan kimliğinin birden açığa çıkması ancak içerden bilen birinin sızdırmasıyla mümkün olabilirdi ve o gizli tutulan kimliğini arkadaşı Alex'ten başka tek bilen B.B'dir. Max Payne böylece Alex'i öldürenin ve suçu üstüne yıkanın da B.B olduğunu anlamıştır. B.B, yarım bıraktığı işi tamamlamak için Max'i çağırmaktadır. Max bir otoparka giderek B.B. ile buluşur. Max, B.B'yi öldürmeye çalışır ve uzunca bir kovalamaca yaşanır. Bu arada Max yine bir telefonu açar ve duyduğu ses yine aynı gizemli adamın sesidir ve adam onu şehir dışındaki bir binaya çağırır. Max B.B'yi öldürdükten sonra binaya gider ve kendisini karşılayan kişi aynı zamanda ona ilginç biçimlerde ulaşan telefonlardaki sesin sahibi Senatör Alfred Woden'dır. Woden onu Inner Circle adlı devlet için çalışan gizli örgütle tanıştırır. Ona gerçek düşmanının adını verir. Max Payne'in gerçek düşmanı daha önce Punchinello malikanesinde rastladığı Nicole Horne'dur. O da daha önceleri Inner Circle'la beraber Valhalla projesinin içinde yer almış ama hükümet projenin başarısız olması nedeniyle ödeneği kesmek istediği için elindeki bilgileri açıklamakla örgütü tehdit etm