rkındalığın bir anlamı olmuyor. Takım arkadaşlarım da yeteneklerimin farkına varınca her şey kendiliğinden oldu aslında."" açıklamalarında bulundu. Rothen, böylece; oynadığı 35 maçta (32'si ligde olmak üzere) beş gol attığı (dördü ligde olmak üzere) 2011-12 sezonunu birçok başarılarla geride bırakmış oldu.

Bastia, Ligue 2'de yaşadığı başarılardan sonra Rothen ile sözleşmesini 2014'e kadar uzattığı öğrenildi. Rothen, 2012-13 sezonu için; ""Benim takımla 2014 yılına kadar sözleşmem var. Ben hâla kendimi ayrıcalıklı hissediyorum. Ben takımın şampiyon olacağı konusunda iddia etmiyorum. İstediğim, ligi en kötü 17. sırada tamamlayalım. Takımda deneyim eksikliği nedeniyle Ligue 1 tecrübesi fazla olan oyuncular almamız lazım."" açıklamalarında bulundu.

Rothen, 2012-13 sezonundaki ilk maçına; 11 Ağustos 2012 tarihinde Sochaux karşısında çıktı ve Bastia, çekişmeli geçen maçı 3-2 kazanarak lige iyi bir başlangıç yaptı. 25 Ağustos 2012 tarihinde oynanan ve 3-2 kaybedilen Rennes maçında ise kariyerinde, Fransa ligleri mücadelesindeki 400. maçına çıktı. Rothen, 29 Eylül 2012 tarihinde ise; 2-2 biten Nice maçında hem serbest vuruştan gol atarak sezonun ilk golünü kaydetti, hem de Anthony Modeste'nin golünde asist yaparak sezonun ilk asistini yaptı. Bu performansıyla, iki kez geriye düşen Bastia'nın maçı berabere bitirmesini sağladı. 4 Kasım 2012 tarihinde ise 5-2 kaybettikleri Lyon maçında ise penaltıdan gol attı.

Rothen, 7 Kasım 2012 tarihinde; Fransa Lig Kupası mücadelesinde oynanan ve 1-0 kazanılan Auxerre maçının 79. dakikasında sakatlık geçirdi ve yerini Toifilou Maoulida'ya bıraktı. Maç sonrası yapılan kontrollerde, Rothen'in sakatlığı nedeniyle 10 Kasım 2012 tarihinde Ligue 1 mücadelesinde oynanacak olan Valenciennes maçında forma giyemeyeceği açıklandı. Rothen'in sonraki Brest maçına kadar iyileşmesi beklenirken; Rothen'in ancak Kasım ayının sonuna doğru iyileşebileceği açıklandı. Rothen'in tedavisinin ilk bir haftası; daha önce çocukken yetiştiği INF Clairefontaine akademisinde, sakat olan diğer oyuncular; Sylvain Marchal ve Gilles Cioni ile birlikte yapıldı. Bu sakatlığı tam bir ayda atlatan Rothen, 7 Aralık 2012 tarihinde oynanan Toulouse maçında teknik direktör Frédéric Hantz tarafından 18 kişilik kadroya çağrıldı. O maçta; Monaco'da oynarken başladığı bölgede, yani ofansif orta sahada, takım kaptanı olarak başladı ve 80. dakikada yerini Ilan'a bıraktı. Maç ise 0-0 bitti.

Rothen, 22 Aralık 2012 tarihinde ise 4-2 kazanılan Nancy maçında; hem 9. dakikada kafa vuruşuyla gol attı, hem de 13. dakikada kornerden yine Modeste'ye asist yaptı. Maç boyunca etkili performans sergileyen Rothen, 71. dakikada yerini Julien Sablé'ye bıraktı. Nancy karşısında attığı gol, kariyerinde kafa ile attığı ilk gol oldu. Ayrıca; o maçta gösterdiği performans ile ligde 19. haftada oynanan maçlar sonunda "haftanın takımı"'nda kendine yer bulmayı başardı. 6 Ocak 2012 tarihinde, Fransa Kupası mücadelesinde oynanan ve 2-0 kaybedilen CA Bastia maçı öncesi baldırından sakatlık geçirmesi nedeniyle o maçta oynayamadı. Bu sakatlığı çabuk atlatan Rothen, sahalara; 13 Ocak 2013 tarihinde 2-1 kazandıkları maçta Reims karşısında döndü ve o maçta gol atan Ilan'ın asistini yaptı. 20 Ocak 2013 tarihinde oynanan ve 2-0 kaybedilen Rennes maçında, belinden geçirdiği ağrının devam etmesi nedeniyle bu maçta forma giyemedi. Bu bel ağrısını da atlatan Rothen, sahalara; 27 Ocak 2013 tarihinde oynanan ve 3-0 kaybedilen maçta St. Etienne karşısında takım kaptanı olarak geri döndü.

Rothen, 2 Mart 2013 tarihinde "Korsika derbisi" mücadelesinde oynanan ve beş kırmızı kartın çıktığı Ajaccio maçının 90+3. dakikasında rakip futbolcu Benjamin André ile tartışıp kavga etti ve 90+7. dakikada ikisi de kırmızı kart gördü. Rothen, bu maçta gördüğü kırmızı kartla böylece; hem Ligue 1'deki ilk, hem de kariyerinin ikinci kırmızı kartını görmüş oldu. Rothen'in kırmızı kart gördüğü maç, aynı zamanda Ligue 1'de; "bir maçta en çok kırmızı kart çıkan maç" olarak da tarihe geçti. Buna rağmen, ligde 27. haftada oynanan maçlar sonunda "haftanın takımı"'nda kendine yer bulmayı başardı. Ligue de Football Professionnel'in verdiği karar sonucunda Rothen, Ajaccio maçında gördüğü kırmızı kart nedeniyle üç maç ceza aldı (Bordeaux, Lyon ve Valenciennes maçlarında cezalı duruma düştü).

Rothen, 1 Mart 2013 tarihinde; bir bahis şirketine Ligue 2 maçları hakkında tahminde bulunduğu için LFP tarafından üç ay hak mahrumiyeti cezası aldı ancak "bir yıl içinde aynı olayı tekrarlamaması" şartıyla bu ceza ertelendi.

Rothen, üç maçlık cezası bittikten sonra sahalara; 6 Nisan 2013 tarihinde 4-0 kazandıkları maçta Brest kaşrısında geri döndü ve o maçta da Florian Thauvin'in attığı ilk golünde de asisti yaptı. Bundan bir hafta sonra; 13 Nisan 2013 tarihinde 4-1 kaybedilen Lorient maçında atılan tek golde yine asist yaptı. Bu maçtan yine bir hafta sonra; 21 Nisan 2013 tarihinde 2-1 kaybedilen Lille maçında yine atılan tek golde asist yaptı. 11 Mayıs 2013 tarihinde ise; Montpellier karşısında, maçın 68. dakikasında oyuna sonradan girdi ve o maçta da bir asist yaparak Bastia'nın maçı 3-1 kazanmasında etkili oldu. Bu maç, aynı zamanda Rothen'in de Bastia forması altında giydiği son maç oldu.

Rothen, 18 Mayıs 2013 tarihinde ligde oynanan ve 2-1 kazanılan Nancy maçı öncesi dizinden yaşadığı sakatlık nedeniyle o maçın kadrosunda yer almadı. 26 Mayıs 2013 tarihinde ligin son haftasında oynanan ve 0-0 biten Sochaux maçı öncesi dizinden yaşadığı sakatlık devam edince o maçta da kadroya giremedi. Rothen, böylece sezonu 30 maçta (28'i lig) attığı üç golle tamamladı.

Rothen, 2012-13 sezonunu tamamladıktan sonra gelecek sezon için; ""Ben harika iki yıl geçirdim. Ligue 1 ya da Ligue 2'de yeni bir maceraya ihtiyacım var. Çünkü, Paris'te olan çocuklarıma biraz daha yakın olmak istiyorum ve onların da bana ihtiyacı var."" açıklamalarında bulundu ve takımdan ayrılabileceğini söyledi. Bu konuyla ilgili Bastia kulübünün başkanı Pierre-Marie Geronimi ise; ""Jérôme takımda kalmak isterse, bizle olan sözleşmenin son yılı onur yılı olacaktır. İki sezon boyunca bizimle geçirdiği için ve bizim için gösterdiği performans nedeniyle ona ne kadar teşekkür etsek az gelir. Daha önce de bana; Paris'teki çocuklarını özlediğini ve en azından Paris'e yakın olmak istediğini dile getirdi. Eğer takımdan ayrılmak isterse ona engel olmayacağız ve kararına saygı duyacağız."" açıklamalarında bulundu. Bu açıklamalardan sonra; Auxerre, Lorient ve Reims'in, Rothen'i transfer etmek istediği iddiaları ortaya atılmaya başlandı. Bu zamanlarda da oynadığı takımın teknik direktörü olan Hantz ile tartışma yaşadığını açıkladı ve gelecek sezonu başka bir teknik direktörle geçirmek istediğini söyledi. Rothen; ""Hantz benim liderliğime meydan okumaya karar verdi. Geçen sezon takımda iki kaptan vardı. Birinci kaptan Cahuzac, ikinci kaptan ise benim. Hantz bana defolup gitmemi söyledi, bu hiç adil değil."" açıklamalarında bulundu. Ayrıca gelecek sezon için de Nantes ve Reims ile de görüştüğünü söyledi. Lens teknik direktörü olan ve aynı zamanda Rothen PSG'deyken kadroya almayan Antoine Kombouaré'nin, Rothen'i eski takım arkadaşı ve Kombouaré'nin de eski hocası olan Guillaume Hoarau ile birlikte Lens'e transfer etmek istediği iddia edildi, fakat Rothen, Lens ile hiç görüşmediğini, temasa dahi geçmediğini söyledi. 2 Temmuz 2013 tarihinde ise, kulüp yöneticileriyle görüşerek takımda kalıp kalmayacağının belli olacağını açıkladı. Rothen, o gün yöneticilerle görüştü ve sonuç olarak; Bastia ile bir yıl daha sözleşmesi olmasına rağmen ailesine daha yakın olma isteği üzerine takım ile anlaşarak karşılıklı olarak sözleşmesini feshetti ve serbest kaldı.

Rothen, Bastia ile sözleşmesini feshettikten sonra eski takımı Caen'in de onu transfer etmek istediği iddia edildi. Lens'e transfer olacağı iddiaları hakkında konuşan Rothen; ""Benim Kombouaré ile bir sorunum yok ancak bu, Lens'e imza atacağım anlamına gelmez."" açıklamalarında bulundu. Ayrıca, Nantes'a da transfer olacağı iddiaları hakkında ise durumun daha belirsiz olduğunu söyledi. Auxerre, Caen ile Lens takımlarından teklif aldığını doğrulayan Rothen, buna ek olarak; Tours ile Valenciennes takımlarından da teklif aldığını söyledi. Ayrıca; Auxerre başkanı Guy Cotret de, Rothen'i istediklerini doğruladı. Daha çok Ligue 1'e yükselme mücadelesini veren Ligue 2 takımlarından birine gitmek istediğini söyledi. Sebebini ise; Ligue 1'deki takımların genç futbolcuları, ilk 11'e girmek için çok mücadele ettikleri için kendisi gibilerinin gençlerden dolayı ilk 11'de süreklilik sağlamasının zor olacağını açıkladı. Hangi takıma transfer olacağını da 8 Temmuz 2013 tarihinde belli olacağını söyledi. Ancak; 6 Temmuz 2013 tarihinde Caen, resmî sitesinde ve Twitter hesabından Rothen ile anlaştıklarına dair bir haber yayımladı. Bu haber doğrulanınca, Rothen böylece; 6 Temmuz 2013 tarihinde profesyonel futbol kariyerine başladığı takım olan Caen'e transfer oldu ve bir sene sonra tekrar Ligue 2'ye geri döndü. Caen başkanı Jean-François Cortin, Rothen ile bir yıllığına anlaştıklarını açıkladı. Rothen, 8 Temmuz 2013 tarihinde eski takımı Caen ile bir yıllığına –+ Ligue 1'e yükselmesi hâlinde de bir yıl opsiyonlu– iki yıllık sözleşme imzaladı ve her zaman olduğu gibi takımda yine 25 numaralı formanın sahibi oldu. Sözleşme imzaladıktan sonra yaptığı açıklamada; ""Caen, her zaman benim kariyerimde ayrı bir yer edinmiştir. Buraya geldiğim için çok mutluyum. Burası, her şeyin başladığı yerdir. Ben, Caen'in Ligue 1'e yükselmesine yardımcı olmak için burdayım. Ligue 2 karmaşık ama kolay bir lig. Farklı takım, farklı hoca, farklı futbolcularla beraber Ligue 1'e yükselmek için uğraşacağız. Bu çok heyecan verici bir mücadele."" sözlerini söyledi.

Rothen, Caen forması altındaki ilk maçına; 2 Ağustos 2013 tarihinde 3-1 kazandıkları maçta Dijon karşısında çıktı ve Livio Nabab'ın attığı 2. golde serbest vuruştan asist yaptı. 77 dakika sahada kalan Rothen, yerini Thomas Lemar'a bıraktı. Bundan dört gün sonra, yani 6 Ağustos 2013 tarihinde; Fransa Lig