inde Leeteuk, Yesung ve Eunhyuk ekibe katıldı. Sungmin ve Donghae SM’in sponsor olduğu yarışmada 2001 birinciliğini aldıktan sonra trainee oldular. 2002’de Heechul ve Kangin Los Angeles California’da bir kast ajansı tarafından keşfedilen Kibum’la birlikte ekibe katıldı. Siwon 2003’te keşfedildikten sonra, Shindong ise 2004’te trainee oldu. Ryeowook 2004’te Chin Chin Youth Festival şarkı yarışmasını kazanarak 2005’teki çıkışlarından yalnızca 2 ay önce trainee oldu. Kyuhyun aynı yarışmada üçüncü olarak 2006 yılında çıkışlarından sonra gruba katıldı.

2005’in başlarında, Lee Soo-man, yıl sonunda çıkış yapmak üzere, tamamı erkek 12 üyeli bir grup hazırladığını duyurdu. Bu gruptan ‘’Asya’nın yıldızlar geçidi’’ olarak bahsediyordu ki çıkış öncesi üyelerin çoğu aktör, MC, model ve radio sunucuları olarak deneyim kazanmıştı. Heechul ve Kibum o dönemde çoktan aktör olarak tanınmış, üyelerin çoğu televizyon ve medyada çeşitli şekillerde yer almışlardı. Japon kız grubu Morning Musume’un rotasyonal konseptinden ilham alarak Lee, bu yeni grubun her yıl -grubu sürekli genç ve her alanda başarılı kılmak için- yeni üyelerin eklenmesiyle kadro değişikleri deneyimleyeceğini söyledi. Bu konsept K-pop marketine yeni yeni tanıtılıyordu.

Bir süre grubun adının ‘’Obey the Voice for Each Rhythm’’in kısaltması olan O.V.E.R olacağı konuşuluyordu. Ancak grubun şu anki isminde karar kılındı. Üyeler şirkete genç yaşlarda katılmalarına atfedilerek ‘’juniors’’ olarak adlandırılıyorlardı. Üyelerin bir piknikte şirkete yeteneklerini sergilemesinden sonra şirket grup isimlerini Super Junior olarak tamamladı ve sonunda resmen Super Junior’ın ilk jenerasyonu Super Junior’05 oldular. Super Junior 05 çıkış öncesi performanslarını Kore kanalı Mnet’te 11 Eylül’de gerçekleştirdiler. Show’da B2K’nın’’Take It to the Floor’’ şarkısı eşliğinde hip-hop dansının çeşitli stillerini sergilediler. Hankyung, Donghae ve Eunhyuk birlikte Usher’ın Caught Up’ıyla dans ederek ayrıca bir performans daha ortaya koydular. Ancak performans 2006, 16 Mayıs’a kadar yayınlanmadı.

Şubat 2006’da Super Junior 05 çıkış albümlerindeki ikinci promosyonel singleları Miracle
için performanslar sergilemeye başladılar. Miracle Tayland’da müzik listelerinin zirvesine oturarak uluslararası marketlerden ilgi görmeye başladı. Miracle’ın promosyonları sona erdiğinde, SM Entertaintment yeni nesil Super Junior 06 için üye seçimlerine başladı. Şirket gruptan mezun olacak üyeler için bir liste dahi hazırlamıştı. Ancak şirket 2006’da 13. bir üyenin, Kyuhyun ’un eklenmesiyle değişim konseptini terk etti. Grup böylece 05 takısı olmadan Super Junior olarak bilinmeye başladı. Üyelerden Eunhyuk indirekt olarak bir varyete şovunda Kyuhyun rotasyonal konsepti bozana kadar, SHINee’nin grubun bir parçası olabileceğinin düşünüldüğünü açıkladı.

Kyuhyun’un katılımından sonra Super Junior yeni singleları ‘’U’’yu 25 Mayıs 2006’da bedava indirilmek üzere resmi internet sitelerinden yayınladılar. ’’U’’ 5 saat içerisinde 400,000 indirilmeyi geçti ve sonunda 1.7 milyon indirmeyi aşarak, sunucuların çökmesine neden oldu. Toplamda 3 şarkı içeren fiziksel single ‘’U’’ 6 Haziran’da yayınlandı ve Kore’de 81,000 kopyanın üzerinde sattı. Single Kore’de en popüler iki müzik programında art arda 5 hafta zirveye oturarak yılın en popüler şarkısı haline geldi. Yılın sonunda Güney Kore’nin en iyi 5 müzik programından 7’den fazla ödül toplamış, 21. Golden Disk Awards’ın en iyi çıkış yapan ödülünü alan 3 gruptan biri olmuştur.

2006 yılının sonlarına Kyuhyun, Ryeowook, Yesung Super Junior’ın ilk alt grubu olan Super Junior-K.R.Y’yi oluşturmuştur. Kore draması Hyena’nın OST’si olan ilk singlelarını ‘’The One I Love’’ ı, 5 Kasım 2006’da KBS kanalının müzik programı Music Bank’te seslendirdiler. Şubat 2007’de Leeteuk, Kangin, Sungmin, Eunhyuk, Heechul ve Shindong trot söyleyen alt grup Super Junior-T’yi oluşturdu. İlk singleları ‘’Rokuko’’yu 23 Şubat 2007’de yayınlayıp iki gün sonra debut performanslarını Popular Songs’da sergilediler.

Super Junior’ın ikinci resmi albümünün 2006 sonlarında yayınlanması planlanıyordu. Ancak birtakım kazalardan dolayı ‘’Don’t Don’’ Eylül 2007’ye kadar yayınlanamadı. Don’t Don ilk gününde 60.000’in üzerinde kopya satmış aylık listelerde birinciliği elde etmiştir. Bazı eleştirilere maruz kalmasına rağmen Don’t Don yıl sonuna kadar 160,000 kopyanın üzerinde daha satarak 2007’nin en çok satan ikinci albümü olmuştur. 2007 Mnet/KM Müzik Festivali’nde 2007 adaylık almış, içinde Yılın Sanatçısı da bulunmak üzere ödüllerin üçünü almıştır. Birçokları tarafından törenin en çok dikkat çekeni ilan edilmiştir. 22. Golden Disk Awards’da Bonsang ödülü dahil iki ödül daha alarak ilgi toplamıştır. (Yılın Albümü)

Super Junior’ın Hankyung, Siwon, Kyuhyun, Donghae, Ryeowook ve Super Junior-M üyeleri Henry ile Zhou Mi’yi içeren Mandopop(Çin popu) alt grubu 2008 Nisan’ında oluşturuldu. Grubun oluşturulması fanlarla grubun yönetimi arasında güçlü bir anlaşmazlığa sebep olsa da sonunda grup Super Junior’ın en başarılı alt grubu olmuştur: Hong Kong’da iki konser vererek, görünüşleriyle Çin’in variety programlarında yüksek rating oranları yakalayarak ve Çin’de en yüksek ödemeli kontratlar imzalayarak. Çinli müzik festivallerinde birçok ödül kazandılar ve ikinci kayıtları olan ‘’Super Girl’’ü yayınladıktan sonra grubu 21. Golden Melody Awards adaylığına götürecek yüksek beğeniyi topladılar. Super Junior-M’in çıkışından kısa bir süre sonra dördüncü bir alt grup oluşturuldu. Super Junior-T’nin üyeleri ve Yesung; Super Junior-Happy’yi oluşturdu. EP’(Extended Play)leri ‘’Cooking? Cooking’’i 5 Haziran 2008’de yayınladılar. Kasım 2009’da Super Junior-T Japon komedi ikilisi Moeyan ile işbirliği yaparak Japonya çıkışını gerçekleştirdi. Singleları ROCK&GO, Rokuko’nun Japonca versiyonu Oricon Daily Charts’a 19. sıradan giriş yaptı ve yalnızca üç gün sonra 2 numaraya tırmandı.

Super Junior’ın Asya’yı kapsayan ilk turu, Super Show, 22 Şubat 2008’de Seul’den başladı. Grup Tokyo’da Nippon Budokan’da birkaç gün içinde 12,000 bilet satarak, başarılı bir iki günlük fan buluşması düzenledi. Grup etkinliği tamamlamak için, limited versiyonunda U’nun Japonca versiyonunu içeren, bir araya getirilmiş bir ‘’U/Twins’’ single’ı yayınladı. Single Japonya’nın Oricon Daily Chart’ında yayınlandığı ilk gününde 4. Numaraya yükseldi, ikinci gündeyse 4 sıra geriledi. Single Japan’s Oricon Weekly Chart’da ilk 10’a giren ilk Koreli artist olarak bir rekor kırmıştır.

Grup 3. albümleri Sorry Sorry’yi 12 Mart 2009’da yayınladı. Albüm İlk gününde 29,000’in üzerinde satarak Hanteo Charts’da birinciliğe oturan ilk albümleri oldu. Yayınlanmasından yalnızca bir ay sonra Kore’nin en çok satan 2009 yılı albümü oldu. 250,000 kopyanın üzerinde satıldı. Tayvan, Tayland, Çin, Filipinler’de (ki ülkede müzik listelerinde birinciliği elde eden ilk Kpop grubudur) en çok satan albüm oldu. Albüme adını veren ‘’Sorry Sorry’’ Kore’de birbirini takip eden 10 hafta, 10 kez birincilik kazanarak çabucak hit haline geldi. Tayvan’da 34 hafta zirvede kalarak rekor kırdılar. Hem uluslararası hem de yerel başarı kazanan Sorry Sorry halen grubun en çok satan albümüdür. Yılın albümü ödülü de içinde olmak üzere 24. Golden Disc Awards’da birçok ödüle layık görüldüler.

Sorry Sorry’nin başarısını takiben 17 Temmuz 2009’da Seul’dan başlayarak Asya’yı kapsayan 2. Turları, Super Show 2’yi düzenlediler.

Kritik başarılarına rağmen grup konser turları sırasında, hukuki karışıklıklar ve kadro değişikliği gibi sorunlarla karşı karşıya kalmışlardı. Kibum Super Show 2’nin reklam ve promosyonel videolarında görünmesine rağmen konserlerde yer almadı. Sonunda gruptan, oyunculuk hayalini kovalamak üzere, kalıcı ayrıldığını duyurdu. Ekim 2009’da Kangin alkollüyken içinde 3 yolcu bulunan bir taksiye çarpıp kaçmakla suçlandı. Aralık 2009’da Hankyung S.M Entertaintment’e kontratının hukuksuz, acımasız ve haklarına karşı olduğunu iddia ederek dava açtı. Gruptan ayrılarak Temmuz 2010’da 510,000 kopya satan solo albümü Geng Xin’i yayınladı. Aynı ay Kangin iki yıllık askerlik görevini tamamlamak üzere ayrılacağını duyurdu.

Yalnızca 10 üye kaldığında, Super Junior Mayıs 2010’da 4. Stüdyo albümleri Bonamana’yı yayınladı. Albüm Sorry, Sorry kadar olmasa da Kore’de 300,000’in üzerinde satışla başarıya ulaşmıştır. Bonamana aslında Micheal Jackson’ın müzik videolarının dans figürlerinin bir araya getirilmiş koreografisidir. Grup bu albümle, Tayvan’da 61 hafta liste başı olarak kendi rekorunu kırmıştır.

Albümü tanıtmak için grup 2010-2011 yıllarında Asya’yı kapsayan 3. Turları Super Show 3’ü düzenledi ve her duraklarında yok sattılar. Şubat 2011’de Super Junior bütün CGV ve Primus sinemalarında Super Show 3 3D adıyla konseri üç boyutlu olarak yayınladılar. Film listeye 6. sıradan giriş yaptı daha sonra Kore’nin en çok satan 3D filmi oldu. Japonya turundan sonra Şubat 2011’de Tower Records online satış listelerine 2. sıradan giren Super Junior Japan 'Super Show 3' Opening Commemorative Album’ü yayınladılar. Super Junior Japan Limited Special Edition-Super Show 3’ün Dvd versiyonu 2. sıradayken, Cd versiyonu da listeye 10. sıradan girdi. Albüm ayrıca 2 hafta Oricon Weekly Chart’da 3. numarada yerini korudu. Japonya’daki başarılarını takiben grup Haziran 2011’de Oricon Daily Chart’da 2. olup ayrıca ilk haftadan 59,000’in üzerinde satan Bonamana’nın Japonca versiyonunu yayınladı. Ancak SM bunu Japonya debutu olarak görmedi ve çıkışlarının daha sonra yapılacağına işaret etti.

Super Show 3’ün ardından grup SMTown Live ’10 World Tour’da yer alarak Los Angeles, Paris, Tokyo, New York’u turladı ve SM Entertaintment sanatçılarıyla birlikte ilk kez Asya dışında konser vermiş oldu. Super Junior’ın performansları medya tarafından beğeniyle karşılandı. Ayrıca Hallyu dalgasını yaymadaki rollerine bağlı olarak, Kültür Spor ve Turizm bakanı tarafından Pop Culture Art Awards’da Kore’nin National Pop Culture Icon’u ödüllüyle onurlandırıldılar. CNN’in Talk Asia programında yer alarak popülariteleri ve müzik endüstrisi içindeki st