ios, ona isyanı bırakması için çok uygun şartlar verdi. Skleros resmen impartorluk unvanını bırakacağını ilan edecek; ordusundaki subaylar aynı rütbe ile ana Bizans ordusuna katılacaklar ve askerler ise hemen terhis edilip evlerine dönecekti. Basileios ve Skleros imparatorun Bitinya'da bulunan bir malikanesinde karşı karşıya geldiler. Basileios, Sklerus'un ayağındaki sadece imparatorlara has mor renkli çizmeyi görünce Skleros'la konuşmaktan sakındı. Anacak Sklerus bu mor imparatorluk çizmelerini ayağından çıkardıktan sonra imparatora biat etti ve karşılıklı konuşmaya başladılar.

Basileios'in devamlı isyankar olan Anadolu ileri gelenleri için ne yapabileceğini sorduğu zaman Skleros'un yanıtı enteresandır.
"Onları sıkıca dizginlerinden tutmak gereklidir; sırtlarına çok büyük vergi yükü yüklenmelidir; vergi vermeyi çok sıkı kontrol edip onları devamlı rahatsız etmeli, hayattan bezdirmeli; malî olarak cezalandırılmalı ve hatta kasıtlı ve haksızca mağdur edilmelidirler; böylece kendilerini ve ailelerini ayakta tutmak için sadece kendi işleri ile uğraşmak zorunda kalacaklar ve şahsi hırsla devlet işlerine burunlarını sokamayacaklardır."
İmparator Basileios Skelerus'un affı için verdiği sözünde durmuş ve Sklerus ise Dimetoka'ya çekilerek 991'de ölmüştür.

İmparatorluk gücünü tümüyle eline geçirmesinden sonra Basileios devamlı olarak devlet içişleri ile meşgul oldu. Buna başlıca neden imparator olduğu zaman çok güçlü amcası olan Saray Kethüdası hadım Basileois Lekapene'nin tüm iktidarı elinde tutmasını devamlı hatırlaması ve onu elimine ettikten sonra Basileios bir baş vezir görevini yapacak tek kişiye iktidarını devretmek istememesiydi. Fakat imparator olarak saray ve askerî bürokratlar arasında hangi kişilere inanabileceğini yani belirli bir görev verdiği zaman bu görevi başarı ile ifa edebileceğini, öğrenmeye gayret etmiş; bu nedenle saray ve askerî bürokratların eğitimi ile yakından ilgilenmiş ve bürokratların hiyerarşi içinde ilerlemelerini yakından izlemiştir.

Uzun süren imparatorluk dönemi boyunca Basileios'un çok önemli gördüğü bir içişleri politikası devlet hazinesini zenginleştirmek olmuştu. Fakat bunun için düşük servetli veya gelirli halkı fazla vergilendirmekten kaçındı. Çok sayıda yaptığı askerî seferlerdeki talanlardan elde ettiği gelirleri devlet hazinesinde biriktirmek ve boş yere lükse harcama yapmamak onun baş içişleri malî hedefi olmuştu. Basileous öldüğünde Sarayında bir yeraltı dehlizinde saklanan 200.000 kadar altın sikke; gayet çok sayıda kıymetli taş ve mücevherat ve diğer çok değerli eşyalar bulunduğu kayıt edilmişti..

Basileios, Skelros ve Fokas iç isyanlarını bastırdıktan sonra imparatorluk toprakları içinde asayişi sağlamaya ve ülkesinin iç barışını korumaya büyük gayret göstermiştir. Bu isyanlardan sonraki uzun imparatorluk dönemindeki tek önemli iç isyan 1022'de Anatolikon theması valisi bulunan ve Fokas Bardas'in oğlu olan "Nikephoros Ksiphias" isyanı olmuş ve bu da hemen diğer komşu yerel thema güçleri tarafından bastırılmıştır.

İmparatorluk ve başşehri Konstantinopolis 989'da çok büyük doğa afetlerine sahne oldu. O kış gayet çok soğuk geçti. Boğaz donup buzlarla kaplandı ve deniz nakliyatı durdu. Şehirde ve dışarıdan deniz ve kara nakliyatı yapılamaz hale geldiği için bu zamanının en büyük şehrinin iaşesi bürokratları uğraştıran büyük sorun oldu. Daha sonra 25 Ekim'de Konstantinopolis çok büyük bir depreme uğradı ve şehir harabeye döndü. 40 kadar küçüklü büyüklü şehir kilisesinin yıkılmış olduğu belgelenmiştir. Bunlar arasında şehrin büyük katedrali olan Ayasofya çok büyük hasar geçirdi. Binanın batı kanadını tutan büyük kemer tamamen çöktü ve büyük kubbesi ortasından ikiye ayrıldı. Bu büyük hasar sonunda katedralin batı kanadının ve kubbesinin yeniden inşa edilmesi gerekti. Basileios bu yapım için Ermenistan başkenti Ani'deki büyük katedralin mimarı olan Ermeni "Trdat"'i görevlendirdi. Bu mimar batı kemerini ve kubbeyi tamir edip yeniledi. Bu iş 5 yıl sürdü ve Ayasofya ancak 13 Mayıs 994'te yeniden açıldı.

II. Basileios'un en önemli hedeflerinden biri küçük çaplı tarımcının korunması idi. Ondan önceki imparatorların dönemlerinde çok önemli bir iktisadî gelişme, özellikle Anadolu'da, büyük toprak sahiplerinin ve asillerin arazilerini genişletmeleri, küçük ve orta çaplı tarımcılara siyasi ve iktisadî baskı ile onların arazilerini de kendi büyük topraklarına katmaları ve topraksız kalan çiftçi ve ailelerini şehirlere, özellikle Konstantinopolis'e, göce zorlanmaları ve bunun şehir işçilerinin ücretlerine aksi tesir etmekte idi. Bu iktisadî etki yanında büyük toprak sahipleri büyük siyasi güc kazanmışlardı. Basileios'tan önceki gaspçı imparatorlar ve Basileios'a karşı isyan eden asi generaller bu büyük toprak sahibi sınıfından çıkmıştı. Bu trend Bizans'in gittikçe feodal idareye geçmesine; merkezi iktidarının kırılmasına ve Bizans Devletini kuruluşunda siyasi prensip olan halk ile idareciler arasındaki doğrudan doğruya bağlantı olmasının ortadan kalkmasına neden olmaktaydı. Basileios bu Orta Çağlar feodalizasyon trendini durdurmayı başarmıştır.

1 Ocak 996'da bir Yeni Yasa adında bir kanun yayınladı. Bu kanun son 60 yılda fakir çiftçiden veya devletten adaletsiz bir şekilde ele geçirilen gayrimenkul arazilerin hiç karşı bir bedel ödenmesi gerekmeden geri verilmesini gerektiriyordu. Benzer bir kanun 935'te I. Romanos tarafından çıkartılmıştı; ancak bu geri vermenin 40 yıl içinde başarılmasını ön görülmüştü. Basileios bu 40 yıllık süreyi kaldırdı. Yeni kanuna göre II. Romanos zamanından beri son 61 yılda kanunlu kanunsuz mülke geçirilmiş topraklar, sonra da yapılan geliştirme yatırım ve harcamalarına hiç parasal karşılık ödeme yapmadan, eski sahiplerine veya eski sahibinin ailesine geri verilmekte idi. Bu toprak ele geçirimi İmparator'un veya onun adına en yüksek devlet mercinin (özellikle Basileios'un amcası Saray Kethüdası'nın) özel buyruğu ("chrysobul") ile olsa bile bunlar tümden geçersiz sayılmakta ve arazinin geri verilmesi gerekmekte idi.

Bu kanunun etkileri hemen hissedilmeye başlandı. Büyük toprak sahipleri, özellikle Anadolu'daki ve Kapadokya'daki soylu toprak sahipleri çok büyük arazilerini kaybettiler. Örneğin, Kayseri ve civarından büyük arazilere yayılmış olan Fokas'lar, nerede ise bütün arazilerini kaybetti. Bazı büyük arazi sahipleri civarlarında bulunan fakir çiftçiler seviyesine döndü; bazıları ise o kadar fakirleştiler ki dilenciliğe başladılar. Eskiden hem kendi topraklarını hem de yöresel olarak ortaklaşa olarak sahiplenilmiş ortaklaşa kullanılan toprakları büyük toprak ağalarına kaybetmiş olan küçük çiftçi birden eski topraklarını tekrar eline geçirdi. Bunun yanında son 61 yılda büyük toprak sahipleri çok büyük devlet arazilerini de kendilerine geçirmişlerdi ve bu kanunla çok büyük eski devlet arazileri tekrar devletin oldu. Bu kanuna büyük toprak sahipleri ve kiliseler ve manastırlar karşı çıktılar; fakat Basileios bunları kabul etmedi; hatta protestocuların bazılarını çok şiddetle karşıladı. Örneğin bu kanunda özel olarak isimleri bulunan soylu Konstantin Maleinus ve oğlu sadece topraklarını kaybetmekle kalmadılar ve direnmeleri dolayısıyla hayat boyu hapis cezasına çarptırıldılar.

1004'te Basileios Allelenygon (karşılıklı garanti) adlı kanunu çıkardı. Buna göre belli sınırlar içindeki yörede bulunan fakir halk devletçe konulan vergiyi ödeyemezse, devlet vergi hasılatının azalmaması için, ödenmeyen vergi hasılatı o yörenin zenginleri tarafından karşılanacaktı. Verilen bu ekstra vergiler için yörenin zenginlerinin, özellikle vergisini ödeyemeyenlerden veya devletten, hiçbir karşılık isteme hakları bulunmamaktaydı. Yine büyük toprak sahipleri, kiliseler ve manastırlar buna itiraz ettiler. Konstantinopolis Patriği III. Sergius özel olarak protestolarını imparatorluk konseyine sundu. Ama Basileios'u kararından caydırıp kanunu geri almasını sağlayamadılar.

Basileios Ortodoks Hristiyan kilisesinin dinsel işlerine de şahsen karışmıştır. Zamanının bazı tarihçileri imparatorun otoriter davranış ve tutumunun Ortodoks Kilisesi işlerine karışmasına neden olduğunu bildirmişlerdir. Ortodoks Patrikleri kilise meclisleri tarafından değil doğrudan doğruya imparator tarafından seçilirlerdi. Basileios saltanat döneminde Patrik olan seçilmiş olan Nikolas Krisoberg'in ancak kilisenin 4 yıl patriksiz olarak idare edilmesinden sonra olduğu gerçeği, Kilise papazları ile hükumet yetkileri arasında bir uyuşmazlık olduğuna iyi bir delildir.

Bu patrik seçimdeki gecikmenin imparator ile Roma'da bulunan Papa arasındaki ilişkilerden de etkilendiği muhtemeldir.

Basileios saltanat döneminde Kutsal Roma Cermen İmparatorluğu hükümdarları devamlı olarak Papalık işlerine karışmaktaydılar. Aynı şekilde Kutsal Roma Cermen İmparatorluğu Bizans'ın Güney İtalya'da bulunan arazilerine ve Bizans'a bağlı olan İtalyan halkı üzerine de baskı yapmaktaydı. Bu nedenle Basileios ile Roma'da bulunan ve İtalyan asillerden seçilmiş olan Papa arasında bir ittifak bulunmaktaydı. Papa XIX. Ioannes Bizans'ta Ortodoks Patriği olan Eustache tarafından ziyaret edilmişti. Bu konuşmalar arasında Bizans Ortodoks Patriği'nin din ile devletin ayrılması hakkında konuşmaları Basileios Bizans'da kilise işlerine şahsen karıştığına ve bunun kilise bürokratları tarafından beğenilmediğine bir diğer ipucu sağlamaktadır.

Basileois'un kilise işlerine şahsen karıştığına dair bir diğer ipucu ise ölen Patrik Efstathius yerine Konstantinopolis Ortodoks Patriği olarak Studios Manastırı Başkeşişi Aleksios Studitos'i, hiçbir kilise meclisi üyesine danışmadan ve bu meclis toplamadan seçmesidir.

II. Basileios döneminin en önemli dinsel gelişmesi şüphesiz Rusların Ortodoks Hristiyanlığı kabul etmeleri ve böylece Bizans İmparatorluğu'nun politik ve kültürel etki alanının çok genişlemesidir. 988'den önce Rusya'da Hristiyanlık bulunmaktaydı ama Moravyalı ve İskandinavyali misyonerler tarafından getirilmişti. Bazı kaynaklara göre Kiev Prensi I. Vlademir 987'de hangi dinin Ruslara uygun olacağı hakkında bir araştırmaya girişmişti. Tek tanrılı