canlı organizmalar organik maddelerin çürümesi ile meydana gelir; örnek vermek gerekirse fareler depolanmış tahıldan veya kurtçuklar kendiliğinden ette oluşur.

Aristo'ya göre yaprak bitlerinin bitkilerin üstüne sinen nemden, pirelerin kokuşmuş maddelerden, farelerin kirli tahıldan, timsahların suyun derinliklerindeki çürümüş ağaç kütüklerinden meydana geldikleri su götürmez bir gerçekti. 17. yüzyılda bu iddialar sorgulanmaya başlandı; mesela Sir Thomas Browne'ın 1646’da yayımlanan Pesudoxia Epidemica'sı ("Genel Kabul Gören Öğretilerin ve Gerçeklerin Sorgulanması" alt başlıklı), yanlış inanışlara ve kabaca işlenen hatalara bir saldırıydı. Çıkarımları büyük oranda kabul görmedi; örneğin çağdaşı Alexander Ross şunları yazmıştı: “Bunu (kendiliğinden oluşu) sorgulamak, nedeni, algıyı ve deneyimi sorgulamaktır. Eğer şüphesi varsa bırakalım Mısır'a gitsin, orada yerliler için bir felaket olan Nil'in çamurundan doğan tarlalar dolusu fare bulacaktır." 

Akşemseddin (1389-1459) Maddet-ül Hayat'ta geçen "Hastalıkların insanlarda teker teker peyda olduğunu zannetmek yanlıştır. Hastalıklar insandan insana gözle görülmeyecek kadar küçük tohumlar vasıtasıyla geçer" cümlesi ile ilk mikrop teorilerinden birini ortaya atmıştır. Daha sonra 1546'da fizikçi Girolamo Fracastoro salgın hastalıkların canlı olmayabilecek çok küçük, görünmez parçacıklardan ve sporlardan kaynaklanabileceğini kuramsallaştırdı, ancak bu görüş yaygın kabul görmedi. Daha sonra Robert Hooke 1665’te bir mikroorganizmanın ilk çizimlerini yayımladı. Kendisi aynı zamanda mantar örneklerini gözlemlerken keşfettiği hücreyi adlandırmış olmasıyla kayda geçmiştir.

1676'da Anton van Leeuwenhoek mikroorganizmaları keşfetti; yaptığı çizimlere göre bunların protozoa ve bakteriler olduğu düşünülmektedir. Bu mikroskobik dünyaya olan ilgiyi ateşledi.

İlk adım 1688'de bir et parçasına sineklerin yumurtalarını bırakması engellendiğinde larvaların oluşamadığının kanıtlamasıyla İtalyan Francesco Redi tarafından atıldı. Redi, deneyinde ilk başta ağzı açık kavanozların içine et parçaları koydu. Daha sonra bir süre beklediğinde et parçalarının üzerinde larvaların oluştuğunu gördü. Daha sonra sekiz kavanozun içine et koydu ve dördünün ağzını kapattı ve diğer dördünü açık bırakarak bir deney yaptı. Deneyin sonucunda sadece ağzı açık olan kavanozların yani sineklerin yumurtalarını bırakabileceği kavanozların içinde kurtçukların oluştuğunu gördü. Redi'nin karşıtları yani abiyogenezi savunanlar ise dört kavanozun hava almadığı için larvaların oluşmadığını savundular. Redi, bunun üzerine o dört kavanozun ağzını sadece hava alabilecek kadar küçük gözenekleri bulunan bezlerle kapatıp deneyi tekrarladı ve yine larvaların oluşmadığını gözlemledi. Redi'nin bu deneyi biyogenez'i destekler nitelikte bir deney olmuştur. 17. yüzyıldan günümüze en azından bütün yüksek ve gözle görülür organizmalarda, daha önceki kendiliğinden oluş kanaatinin yanlış olduğu açık bir şekilde gösterilmiştir. Alternatif görüş Latince tabiriyle "omne vivum ex ovo" idi: Her canlı daha önce yaşayan bir canlıdan (bir yumurtadan) gelir.
1768'de Lazzaro Spallanzani mikropların havadan geldiklerini ve kaynatılarak öldürülebileceklerini kanıtladı. Ancak 1861'de Louis Pasteur hücre kuramıni destekleyen dikkatlice planlanmış deneylerle bakteri ve mantarlar gibi organizmaların besleyici ortamlarda canlı olmayan maddelerden kendiliğinden üreyemeyeceğini kanıtladı, böylece hücre teorisini güçlendirdi.

19. yüzyılın ortalarında yaşamın doğal yollardan nasıl meydana geldiği sorusu ortaya çıktı.

Charles Darwin, 1 Şubat 1871'de Joseph Dalton Hooker’a yazdığı mektupta yaşamın ilk kıvılcımının "“amonyak ve fosfor tuzları, güneş ışığı, sıcaklık, elektrik akımı vb. unsurların bulunduğu ılık bir su birikintisinde"" oluşmuş olabileceğini, ""böylece daha karmaşık değişimlere gidebilecek bir protein bileşiğinin kimyasal olarak oluşabileceğini”" öne sürmüştür. Bu iddiasını şöyle açıklamaya devam etmiştir: “canlı organizmaların oluşumundan önceki bir olgu olarak artık tespit edilemeyecek şekilde günümüzde bu madde çoktan ortadan kalkmış veya sindirilmiştir.” Diğer bir deyişle yaşamın kökeninin ancak arınık (steril) laboratuvar ortamında araştırılabileceğini ifade ediyordu.

1924'te Aleksandr Ivanovich Oparin, yaşamın evrimi için gerekli yapıların oluşmasında ihtiyaç duyulan organik moleküllerin sentezlenmesini atmosferde bulunan oksijenin engellediğini deneyle kanıtlayana kadar abiyogenez konusunda elle tutulur bir ilerleme kaydedilemedi. Oparin, "Yeryüzünde Yaşamın Kökeni" isimli eserinde güneş ışığının etkisinde, oksijensiz bir atmosfer ortamında organik moleküllerden bir “ilkel çorba” oluşabileceğini iddia etti. Bunlar giderek daha karmaşık şekillerde bir araya gelip nihayet bir koaservat damlacığının içinde çözünmüş olabilirlerdi. Bu damlalar diğer damlalarla kaynaşarak "büyümüş" ve kardeş damlalara bölünerek "üremiş" olabilirdi. Böylece "hücre bütünlüğünü" sağlayan unsurları içeren ilkel bir metabolizma içeren damlacıklar varlıklarını sürdürmüş, diğerleri de yok olmuş olabilirdi.
Günümüzdeki birçok yaşam kökeni kuramı Oparin’in düşüncelerini başlangıç noktası olarak alır. Aynı tarihlerde J.B.S. Haldane de –şimdiki okyanuslardan çok farklı olan- yaşam öncesi okyanusların, yaşamın yapı taşları olan organik bileşikleri içeren “sıcak derişik çorbalar” oluşturmuş olabileceklerini öne sürdü. Bu düşünce, biyopoyez veya biyopoez (canlıların canlı olmayan ama kendi kendini üreten maddelerden oluşması işlemi) olarak adlandırılmıştır.

Morse ve MacKenzie, okyanusların dünya oluştuktan 200 milyon yıl kadar sonra, yüksek sıcaklık (100 °C) indirgeyici bir ortamda meydana gelmiş olabileceğini ve o dönemde 5,8 olan doğal pH'nin hızla nötralleşmekte olduğunu öne sürdüler. Bu iddia Wilde tarafından desteklenmektedir, Batı Avustralya’daki Narryer Dağı’nda değişime uğramış kuvarsitteki zirkon kristallerinin daha önceleri 4,1–4,2 milyar yaşında olduğu sanılırken Wilde bunların yaşını 4.404 milyar yaşında olduğunu göstermiştir. Bu şu anlama gelmektedir: Okyanuslar ve kıtasal kabuk Dünya’nın oluşumunu takip eden 150 milyon yıl içinde oluştu. Buna rağmen Hadean döneminin iklimi yaşamın oluşması için uygun değildi. Bu dönemde çapı 500 kilometreyi bulan büyüklükteki cisimlerin sık sık dünyaya çarpması muhtemeldi, böyle bir çarpmadan birkaç ay sonra okyanus tamamen buharlaşıp, su buharı ve kaya tozları dünyayı çepeçevre saran bulutlanmaya neden olmuş olabilir. Birkaç aydan sonra bulutların yüksekliği azalmaya başlamış ancak bulut seviyesi sonraki bin yıl boyunca yüksek kalmış olabilir. Daha sonraki iki bin yıl içinde yağmurlar yavaşça bulutların yüksekliğini düşürdüğünden çarpma olayından ancak 3000 yıl sonra okyanuslar orijinal derinliklerine ulaşmıştır. Ay ve iç gezegenleri (Merkür, Mars ve muhtemelen Dünya ve Venüs) 3,8 milyar yıl ile 4,1 milyar yıl arasında çiçek bozuğu gibi yüzeylere sahip hale getiren Geç Dönem Ağır Bombardıman, eğer o zamana kadar yeryüzünde yaşam meydana gelmişse büyük olasılıkla onu ortadan kaldırmıştır.

Çarpma sonucu meydana gelen yıkıcı çevresel hasarlar arasındaki zaman aralıklarının, kendi kendini üreten proto-organizmaların oluşumu için gereken süreden daha uzun olması gerektiği göz önüne alınırsa, yaşamın kendi kendine oluşabileceği dönem farklı ortamlar için hesaplanabilir. Maher ve Stephenson’un çalışması eğer derin denizde hidrotermal ortam yaşamın kökeni için uygun bir ortam sağlamışsa, abiyogenez 4 ila 4,2 milyar yıl önce meydana gelmiş olabilir. Eğer yeryüzünün yüzeyinde olmuşsa abiyogenez 3,7 ila 4 milyar yıl önce meydana gelmiş olabilir.

Başka bir araştırma yaşam için daha serin bir başlangıç önermektedir. Stanley Lloyd Miller tarafından yapılan araştırma, sentezlenmek için adenin ve guanin'in suyun donma sıcaklığı, ancak sitozin ve urasil’in kaynama sıcaklıklarına ihtiyaç duyduğunu göstermiştir. Araştırmasına dayanarak yaşamın kökeninin dondurucu soğuğa ve patlayan meteoritlere ihtiyaç duyduğunu iddia etmiştir.. 1972 – 1997 arasında Antarktika’da buzda bırakılan amonyak ve siyanürün yedi değişik amino asit ve 11 tip nükleobaz oluşturduğu bulunmuştur. Hauke Twins ise donma koşullarında tek iplikli bir RNA zincirinin kalıp olarak kullanılarak 400 baz uzunluğunda yeni bir RNA moleküllünün oluştuğunu göstermiştir. Bu yeni RNA ipliği büyüdükçe kalıp molekülüne bağlanmaktadır. Bu kadar düşük sıcaklıkta bu tepkimelerin sıra dışı hızının açıklaması ötektik donmadır. Buz kristali oluşurken, saf halde kalır: yalnızca su molkülleri büyüyen kristale katılır, tuz veya siyanür gibi katışıklar ise dışlanır. Bu katışık maddeler buz içindeki mikroskopik sıvı ceplerde birikir ve bu birikme moleküllerin daha sık birbirleriyle çarpışmasına neden olur.

Yaşamın erken dönemde belirmesinin kanıtı Batı Grönland’daki Isua süper kabuk kemerinde ve yakınındaki Akilia Adası’ndaki benzer oluşumlarda bulunmaktadır. Kaya oluşumlarına giren karbonun δC değeri yaklaşık -5'dir, oysa canlıların C'yi tercihli kullanımı nedeniyle biokütlenin δC değeri -20 ile -30 arasındadır. Bu izotopik parmak izleri çökeltilerde saklanmıştır ve Mojzis bu tekniği kullanarak yeryüzünde yaşamın yaklaşık olarak 3.85 milyar yıl önce başlamış olduğunu kanıtlamıştır. Lazcano ve Miller (1994) yaşamın evrimleşme hızının orta okyanustaki denizaltı sıcak su kaynakları ekseninde suyun devinimiyla belirlendiğini iddia etmektedir. Bir devinim 10 milyon yıl sürmektedir, böylece üretilen herhangi bir organik bileşik 300 °C’yi geçen sıcaklıklarla ya değişime uğramış ya da imha olmuştur. DNA ve proteinli, 100 kilobaz genomlu ilkel bir heterotroftan 7000 genli flamentöz bir siyanobakteriye evrimleşmesi için 7 milyon yıla ihtiyaç olduğunu tahmin edilmektedir.

Yaşamın kökeni için standart bir model yoktur. Ancak günümüzdeki modellerin çoğu, aşağıda kabaca ortaya çıkma sırasında göre sıralanmış, yaşam için gerekli moleküler ve hücresel unsurların keşiflerine dayandırılmıştır:


Temel biyomoleküllerin kaynağı daha kesinleşmemiş olmakla beraber, yukarıdaki 2. ve 3. adımların önemi ve sıralmas