ich Filistin'de Haçlı Seferi'ni geride bırakıp şahsi şeref ve itibarının büyük bir kısmını kaybetme bahasına Sicilya Krallığı'na dönmeyi düşündüğü bildirilir. Fakat kış havasında Akdeniz'in geçilmezliği yüzünden bu imkan dahilinde değildi ve bu nedenle Filistin'de harekata devam etti.

İmparatorun yanında getirdiği askerlerin en önemli kısmı 500 ağır süvari şövalyeler idi. Fakat Papa tarafından aforoz edildiği için bunların kendine ne kadar itaatkar olacakları hakkında şüpheleri olduğu aşikardı. İmparator bu orduya ödeme yapmak için sahip olduğu hazır fonları bulunmamakta idi ve büyük borç altına girmesi gerekmişti.

Akka merkezli Kudüs Krallığı hükümet idaresi ve Katolik kilisesinin Kudüs Patrikliği de Friedrich'e verecekleri destek üzerinde ayrılığa düşmüşlerdi. Friedrich'in Papa tarafından aforoz edilmesi haberi Filistin'e eriştiği için Katolik Kilisesi bürokrasisi ve Kudüs Katolik Patriği "Gerald Lozanlı" Frederich aleyhindeydiler. Töton Şövalyeleri Freidrich'in lehindeydi. Tapınak Şövalyeleri ve Hospitalier Şövalyeleri'nin tutumları daha karışıktı. Papanın aforozu nedeni ile Freidrich'in ordusuna doğrudan doğruya katılamadılar; fakat Friedrich'in ordusu Müslümanlara karşı harekata geçtiği zaman, ordu komuta heyetinden gelen emirlerde Friedrich'in ismi bulunmazsa veya çıkartılmış ise, bu emirlere uymayı kabul etmişlerdi. Doğu Akdeniz'de yerleşmiş Frank asillerin tutumları da karışıktı. Önce imparatoru gayet sevinçle karşılamışlar ve onun emrinde askeri sefere amade olduklarını ona bildirmişlerdi. Fakat zaman geçtikçe İmparatorun askeri harekatı merkezileştirmesi ve harekatın tek elden imparatorluk düzenine ve planlarına göre uygulanması bu Frank asillerini imparatordan gocundurdu. Özellikle imparatorun Kıbrıs'ta John İbelinli'ye karşı tutum ve davranışı hakkında ve bu asillerin uydukları ülke hukuk, kanun, kaide ve devlet idare şekillerine karşı imparatorun gayet antipatik olması hakkında haberler yayıldıkça bu kesimler imparatora karşı daha soğuk ve çekingen durmaya başladılar.

Freidrich emrinde bulunan kendi ordusu ve kendine gizliden uyan tarikat şövalyeleri ordusu ile birlikte Kudüs'ün tekrar alınması için Eyyubilere karşı yapmak istediği harekatın başarılı olması için yeter sayıda askeri bulunmadığını ve Eyyubiler devletine askeri savaşla Kudüs'ü geri alamayacağını bilmekteydi. İmparator tekrar Kudüs'ün Hristiyanlar idaresi alınması için barışçıl diplomatik yolu kullanması gerektiğini ve Sultan'la yazışmalarından bunun imkan dahilinde olduğunu da bilmekteydi.

İmparator ile Sultan Kamil karşılıklı barış müzakerelerine girişebilmek için İmparatorun askeri gücünü göstermesi ve bunun Sultan Kamil ve Yakın Doğu Müslümanları için büyük tehlike doğuracağının herkese açıkça gösterilmesi gerekmekteydi. Her ne nedenle olursa olsun, Kasım 1228 ortalarında İmparator Haçlı ordusu ile Akka'dan sahilden güney'e Yafa mevkiine indi. Aralık'ta ise bu mevkideki daha önceden Haçlıların eline geçmesini önlemek için Eyyubiler tarafından yıkılmış bulunan Yafa kalesi mevkiini eline geçirip burada bulunan eski kaleyi tekrar korunaklı hale getirmeye uğraşmaya başladı. Haçlıların bu mütecaviz ilerlemesi ve Yafa kalesini yeniden kurmaları Sultan Kamil tarafından büyük bir endişe ile karşılandı ve Sultan Kamil Batı Avrupa'nın en güçlü hükümdarı olan İmparator ile çok uzun ve çok ciddi askeri çarpışmaların olasılığı hakkında kendine yardıma gelen ve gelebileceklere haberler gönderdi.

Bundan birkaç hafta sonra daha hiç çarpışmalar olmadan bir yeni barış metni hazırlanmıştı ve bu barış 16 Șubat 1229'da imzalanıp yürürlüğe konuldu. Bu barışın şartları şunlardı: 

17 Mart 1229'da İmparator II. Friedrich Kudüs'e şahsen gidip Hristiyan kutsal yerlerini gezip ziyaret etti. Bu Kudüs gezileri sırasında Tapınak Tepesi'nde İmparator II. Friedrich ile Eyyubiler Mısır Sultanı Kamil bin Adil şahsen görüşüp karşılıklı konuşmalar yaptılar.

II. Friedrich 18 Mart günü İsa'nın mezarı bulunan Kutsal Kabir Kilisesi'inde bir taç giyme töreni ile taç giydi. Bu törenin anlamı hakkında epeyce tartışma ortaya çıkmıştır. İmparator hala Papa tarafından aforoz edilmiş bir kişi idi ve bunun için Katolik Kudüs Patriği olan "Gerald Lozanlı" ne bu ziyaretlerde ne de taç giyme tõreninde imparatora refakat etmişti. İmparatora hangi devlet tacının giydirildiği de tartışmalıdır. Günümüz tarihçilerinin çoğu bunun İmparatorluk tacı olduğuna hemfikirdirler. Fakat sadece ima için olsa bile, Kutsal Kudüs Krallığı tacı olması da olasılıdır ve bu halde II. Friedrich Kudüs üstünde hükümdarlık hakkını ilan etmekteydi. Fakat Friedrich'in Kutsal Kudüs Krallığına hukuken hakkı bulunmamaktaydı. Hukuken Kutsal Kudüs Kralı, Maria Monferratlı ve Jean Brienne'in torunu olan ve 1228'de Friedrich'in Sicilya'dan ayrılmasından hemen önce doğan ve Kutsal Kudüs Kralı hakkı olan karısı (ve doğumdan sonra ölen) Yolande'nin tek oğlu olan II. Konrad Kudüslu (veya İV. Konrad Almanyalı] idi ve II. Freidrich onun olsa olsa naibi idi. Fakat bu taç giyme ile imparator Avrupa'da papalığa ve Doğu Akdeniz'de kendine karşı olanlara bir iktidar gösterisi yapmış olmaktaydı.

II. Friedrich İtalya'da bir Papalık Devleti ordusu başında bulunan kayın pederi "Jean Brienne"'nin bir sefere çıkıp İmparator'un idare ettiği İtalya topraklarına el koyduğunu öğrendi. Bu yeni Papalık istila tehdidine karşı koymak için imparatorun mutlaka şahsen İtalya'da bulunup işlere el koyması gerekmekteydi. Bu nedenle II. Friedrich 1 Mayıs 1229'da Kudüs'ten ayrıldı ve Akka, Limasol yolu ile 10 Haziran 1229'da İtalya'da Brindisi limanına ulaştı.

Fakat bir çocuk doğurduktan sonra hemen ölmüş olan karısı İsebella/Yolanda dolayısıyla Kudüs Krallığına olan meşru iddiası nedeniyle bu Krallığı büyük bir keşmekeş içinde geride bıraktı. Doğü Akdenis'de bulunan Kıbrıs Krallığı ve Kudüs krallığı'nda Friedrich'in adamları ile yerel Haçlı asiller arasında dök geçmeden "Lombardlar Savaşı" denilen bir iç savaş başladı.

II. Friedrich'in Altıncı Haçlı Seferinde hiç kan dökülmeden Kudüs'ün Haçlılara eline geri verilmesini sağlaması Avrupa'nın çoğunluk zümrelerinde prestijini artırdı. Fakat II. Friedrich bu başarıyı Papa'nın kendisini hala aforoz etmiş iken yaptığı için Katolik Kilisesi papazları ve bürokrasisi imparatora nefretle bakmaktaydılar. Fakat birçok Hristiyan tarikat mensubu (bunlar arasında Gezici Joachimit keşiş vaizleri ve Fransikenlar) İmparator lehindeydiler ve Papaların onu aforoz etmesini uygun görmemekteydiler.

İmparator Friedrich Haçlı Seferinde iken Sicilya ve güney İtalya'daki arazileri için geride bıraktığı kral naibi olan "Rainald Spoletolu" İtalya'da Marche bölgesine ve Spoleto Düklüğü'ne askeri hücumlarda bulundu. Papa IX. Gregarius yeni bir ordu toplamak için finansman sağladı ve bu ordunun başına II. Friedrich'in kayınpederi eski Kudüs Kralı olan Jean de Briennes'i geçirdi. 1229'da bu ordu güney İtalya'ya taarruza geçti. Bu Papalık ordusu Montecassino'da Sicilya ve imparatorluk ordularının direnişini kırdı ve güney İtalya'da Apulia bölgesini işgal etti. Fakat Haziran 1229'da imparator Akka'dan apartopar gemiyle ayrılıp Brindisi limanına geldi. Ordusunun başına geçerek Papalık ordusunu işgal etmiş olduğu arazilerden geri püskürttü ve kendisine karşı isyan etmiş olan yörel asilleri tutuklayarak mahkemelerde cezalandırılmalarını sağladı. Fakat Papalık Devleti'nin sınırları içine girmekten kaçındı.

Bu savaş, 1230 yazında Papa IX. Gregarious ile İmparator arasında imzalanan yeri bir "San Germano Antlaşması" ile sona erdirildi. Papa imparatoru bu antlaşma ile aforozlu olmaktan affetti. Ek olarak antlaşma ile Papalık Devleti ile olan eski sınırlar geri getirlldi ve II. Friedrich Sicilya'daki Katolik Kilisesi hakkında Papa'ya bazı yeni imtiyazlar sağladı. İmparator II. Freidrich ile Papa IX. Gregarious Anasagni'de karşıkarşıya şahsen buluştular. Ayrıca Ağustos 1231'de İtalya'daki arazilerinin yörel idari ve politik problemlerini çözümlemek için II. Friedrich "Melfi Esas Kanunları" adlı yerel bölge ve asillerin haklarını düzenleyen bir sıra kanun yayınladı.

Diğer taraftan II. Friedrich Almanya'da bulunan arazileri ve Alman yörel presleri hakkında daha zor problemlerle karşılaştı. Almanya'ya naip ve Almanya Kralı olarak göndermnis olduğu, 1211'de Sicilya'da II. Friedrich'in birinci karısı olan Konstanza Aragonlu'nun oğlu olarak doğmuş olan VII. Heinrich Alman prensleri ilen onların imtiyazları konusu üzerinde çok agrasıf tutumu dolayısıyla anlaşmazlığa düşmüştü. Alman Prensleri direnişe geçince sonunda VII. Heinrich onların tüm isteklerini kabul eden "Statütüm in favorem principum (Prenslerin Lehine Kanunlsr)" adli bir antlaşma ile imparatorun Almanya'daki imtiyaz ve iktudar gücünü gayet kısıtlayan bir kanunu Worms'de yapılan müzakerelerden sonra kabul etmek zorunda kalmıştı. 1232'de II. Friedrich Aquieia'da oğlu VII. Heinrich ile bir görüşme yapmayı talep etti. Bu görüşmede VII. Heinrich çaresislik ile bu kanunlara ve imparatorluk haklarının kısıtlanmasını zorla kabul ettiğiuni babasına bildirdi. Sonunda II. Friedrich de "Statütüm in favorem principum" antlaşmasını kabul etti.

VII. Heinrich babasıyla bu görüşmesinden sonra Almanya'ya döndü. Ama babası II. Friedrich'in isteklerine tamamen zıt olarak Alman Prensleri aleyhine bir politika ve politik tedbirler uygulamaya koyuldu. II. Frieddirch kendine itaat etmeyen oğlunu durdurmak için önce Papa IX. Gregarius ile görüşerek Temmuz 1234'te oğlu VII. Heinrich'nin Papalık tarafından aforoz edilmesini sağladı. VII. Heinrich babasının Almanya'ya bir ordu ile gelmesini önlemek için bir sıra tedbir aldı. Önce Almanya'da kendine müttefik, babasına aleyhtar olacak, prens hükümdarlar bulmaya çalıştı. İtalya ve Almanya arasındaki Alp Dağları geçitlerini babasının ordusuna kapamak için Lombardiya şehirleri ile ilişkilere girişti. Fakat II. Friedrich Mayıs 1235 yanında bir ordu olmadan Almanya'ya geçmeyi başardı. Oğlu Heinrich ile Worms'de görüşerek onun Almanya Krallığı tahtından feragat etmesini ve kendinin sahip olduğu bütün Almanya arazilerini elinden çıkarmasını zorla sağladı ve s