ürkiye'den takımların yer aldığı Millî Küme mantığında bir ligi başlattı. Beşiktaş üç ön eleme maçını kazanarak İstanbul'u Galatasaray ile beraber temsil etti. Beşiktaş, ligin ilk sezonunda 10 maçın 8'ini kazanıp, 1 beraberlik ve 1 mağlubiyet ile şampiyon oldu. Böylece 1957-58 Şampiyon Kulüpler Kupası'nda Türkiye'yi temsil etme hakkı kazandı ancak federasyonun Beşiktaş'ın adını göndermeyi unutması yüzünden temsil hakkını kaybetti.

1957-58 sezonunda ise kendi grubunda birinci olan Beşiktaş diğer grup şampiyonu Galatasaray ile karşılaştı ve iki maçı da 1-0 kazanarak bir kez daha şampiyon oldu. Bu sefer TFF'nin hata yapmamasıyla 1958-59 Şampiyon Kulüpler Kupası'a katıldı. İlk turda rakip Olimpiakos sahaya çıkmayınca iki maçı da hükmen kazandı. Bir sonraki turda geçen yılın şampiyonu Real Madrid ile eşleşti. Leandro Remondini yönetimindeki ilk maçta deplasmanda rakibine 2-0 yenildi. İkinci maçta ise 1-1 berabere kaldı. O sezon kupayı yine Real Madrid kazandı. 1959'da Millî Lig sistemine geçiş yapılınca, Federasyon Kupası iki kez lige çıkan ve ligden düşen takımları belirleme amaçlı oynandı.

Beşiktaş'ın kazandığı iki Federasyon Kupası'nın şampiyonluk olarak sayılıp sayılmadığı tartışma konusu olmuştur. Eski yöneticilerden Cenk Koray'ın bunu kabul ettirme çabaları sonuçsuz kalmış ve konu unutulmuştur. 2001'de Türkiye Futbol Federasyonu'nun 5 şampiyonluğa 1 yıldız takma hakkı uygulaması ortaya çıkınca Beşiktaş bu şampiyonlukların sayılıp sayılmaması için UEFA'ya da başvurarak o yıllarda federasyonun takımı "şampiyon" unvanıyla UEFA'ya bildirdiklerini belgeledi. 2002'de TFF "Türkiye 1.Liginin başladığı tarih TFF tarafından 1959 yılı olarak kabul edilmesine karşın, TFF Tahkim Kurulunun 09.05.2002 tarih, 2002/52E ve 2002/68K sayılı kararı tahtında BEŞİKTAŞ JİMNASTİK KULÜBÜNÜN 1956-1957 ve 1957-1958 sezonlarında Türkiye Ligi şampiyonu olduğuna ve bu şampiyonlukların TFF Yıldız Kriterine dahil edileceğine karar verilmesi sebebi ile toplam şampiyonluk sayısı, toplam lig sezonu sayısından 2 fazladır. " açıklamasıyla Federasyon Kupası'nı lig olarak kabul etmeyip, şampiyonlukları kabul etmiştir.

Federasyon Kupası'nda sonra 1959'da "Millî Lig" adında son bir lig daha yapıldı. Bu lig ile beraber profesyonel Türkiye 1. Ligi kuruldu. Ligin ikinci sezonu olan 1959-60 sezonunda Andrea Kutik yönetimindeki Beşiktaş şampiyon oldu. İkinci ve üçüncülüklerle geçen birkaç sezon sonrası Yugoslav çalıştırıcı Ljubiša Spajić ile 65-66 ve 66-67 sezonlarında şampiyonluğu yakaladı.

1960ların sonu ve 1970'ler lig performansı bakımından Beşiktaş'ın en kötü dönemleri oldu. Beşincilik, altıncılık, dokuzunculuk (2 kere) ve hatta en kötü derece olan onbirincilik (2 kere) alındı. Bu dönemde alınan bir Türkiye Kupası, iki Başbakanlık Kupası, bir Cumhurbaşkanlığı kupası teselli oldu.

15 yıl sonraki şampiyonluk Yugoslav Đorđe Milić yönetiminde geldi. Anadolu'nun ilk şampiyonu Trabzon ile kıyasıya rekabet içinde geçen sezonun son maçına Beşiktaş rakibinin 1 puan önünde ve 4 averaj daha iyi girdi. Rakip Eskişhirspor'un da kümede kalması için kazanması gereken bir maçtı. Eskişehir'de oynanan maç 1-1 devam ederken dakika 76'da Beşiktaş gol atıp 2-1 öne geçti. Ancak sahaya atılan cisimler yüzünden hakem Talat Tokat maçı tatil etti ve Beşiktaş olaylı maçı hükmen 3-0 kazanarak şampiyon oldu.

Beşinci ve dördüncü olunan iki sezondan sonra 1984-85'te şampiyonluk, averajla Fenerbahçe'ye kaybedildi. 1985-86'da ise Beşiktaş sonra haftaya Galatasaray'la aynı puanda ama daha iyi averajla girdi. Son hafta Beşiktaş da Galatasaray da maçlarını 1-0 kazandı ve Beşiktaş önceki sezon averajla kaptırdığı şampiyonluğu bu sezon averajla kazandı.

Şampiyonluğun ertesinde Şampiyon Kulüpler Kupası 1986-87'ye katıldı. İlk turda Arnavut takımı Dinamo Tiranë'yı eledi, ikinci turda Kıbrıs takımı APOEL maçlara çıkmayı reddedince çeyrek finale kaldı. Çeyrek finalde FK Dinamo Kyiv'e 0-5 ve 0-2 yenilerek elendi ancak Şampiyon Kulüpler Kupası (ve Şampiyonlar Ligi) tarihindeki en iyi derecesine imza attı.

1980'lerde Beşiktaş'ın yarıştığı bir diğer turnuva ise Donanma Kupası oldu. İlk kez 1982 Şubat'ında düzenlenen kupada Beşiktaş üçüncü oldu. İkinci kez ve bu sefer lig formatında düzenlenen kupada ise averaj ile kupayı kaybetti. Ocak 1986'da son kez düzenlenen kupayı Beşiktaş ilk kez kazandı.

1987 yılında başkan Süleyman Seba kariyeri boyunca İngiltere'de çalışmış, gençliğinde [[Liverpool FC|[[Liverpool FC|Liverpool]]'da top koşturmuş [[Gordon Milne]]'i göreve getirdi. İlk geldiği dönem Fulya Tesisleri'nde eksiklikler, takım şablonunda belirsizlikler vardı. Gordon Milne iki sezon üst üste ikinci oldu. Seba'nın istikrar adına onu görevde tutması ve kaçan şampiyonlukların yarattığı hırs 1989-90 sezonunda şampiyonluğu getirdi. O sezon ayrıca Türkiye Kupası da kazanıldı. Aynı sezon Süper Lig'nin gelmiş geçmiş en farklı skoru olan 10-0'lık Adana Demirspor galibiyeti ve efsanevî 5-1'lik Fenerbahçe galibiyeti alındı.

[[Feyyaz Uçar]], [[Metin Tekin]], [[Ali Gültiken]], [[Kadir Akbulut (futbolcu)|Kadir Akbulut]], [[Gökhan Keskin]], [[Engin İpekoğlu]], [[Ulvi Güveneroğlu]], [[Recep Çetin]], [[Mehmet Özdilek]] ve kaptan [[Rıza Çalımbay]]'ı bulunduran altın kadro; 1990-91 sezonunu da Fenerbahçe Stadı'ndaki Fenerbahçe galibiyetiyle şampiyon kapadı. 1991-92 sezonunda Beşiktaş; üst üste üçüncü kez şampiyon olan üçüncü takım unvanını alırken Süper Lig'inde namağlup şampiyon olan ilk ve tek takım oldu.

Son dakikalara kadar mücadele eden, kondisyonu iyi bir takım haline gelen Beşiktaş'ın Gordon Milne dönemindeki diğer başarılarıysa 2 Cumhurbaşkanlığı Kupası, 1 Başbakanlık Kupası ve 4 TSYD Kupası oldu. 1989-90 sezonunda Beşiktaş tarihinin ikinci gol kralı, Feyyaz Uçar oldu.

Ancak bu başarılara rağmen Milne'nin yurtdışında aldığı başarısız sonuçlar, camiayı rahatsız ediyordu. Bir diğer eleştirilen konu ise yabancı transferlerindeki problemlerdi. 1992-93 sezonunda takım, ikinci oldu. 1993-94 başında yaptığı başarısız [[Francesco Manessero]] ve [[Osvaldo Nartallo]] transferleri ve bunlardan komisyon aldığı iddiaları yönetimle arasında sorun çıkmasına sebep olmuş ve 1993-1994 sezonu ortasında görevinden ayrılmıştır.

Beşiktaş, 1993-94 sezonu orasında teknik direktörlüğü ünlü Alman teknik adam [[Christoph Daum]]'u getirdi. İlk sezonunda takıma Türkiye Kupası ve Cumhurbaşkanlığı Kupası'nı getiren Daum, 1994-95 sezonunda ise takıma 11. şampiyonluğunu yaşattı. Bir sonraki sezon takımı Şampiyonlar Ligi'ne taşıyamayıp, ligde de başarısız olunca Daum sezonun bitmesine iki hafta kala görevini bıraktı. 1996-2000 yılları arasında Galatasaray'ın üst üste 4 şampiyonluk yaşadığı yılların üçünde Galatasaray'ın en büyük rakibi Beşiktaş olmuş ve ikinciliği elde etmiştir. Ligde altıncı olduğu 1997-98 sezonunda ise [[John Toshack|John Benjamin Toshack]] yönetiminde [[1997-98 UEFA Şampiyonlar Ligi]]'ne katılarak tarihinde ilk kez Şampiyonlar Ligi'ne katıldı. Toshack, Beşiktaş'a ayrıca aynı sezon Türkiye Kupası ve Cumhurbaşkanlığı Kupası da kazandırdı.

1999-2000 sezonunda UEFA Şampiyonlar Ligi'ne kalamayan Beşiktaş lig ve Türkiye Kupası'nı da kaybedince, taraftarın tepkisi Süleyman Seba yönetimine yöneldi. Mart 2000'de düzenlenen kongrede aday olmayan Süleyman Seba, 16 yıl sonra görevini bıraktı ve Beşiktaş'ın başkanı genç iş adamı [[Serdar Bilgili]] oldu.

[[Dosya:Bobo13.JPG|right|thumb|250px|57 gol ile Beşiktaş tarihinde [[Süper Lig]]'de en çok gol atan yabancı futbolcu ve 12 golle de Avrupa kupalarından en çok gol atan yabancı futbolcu [[Bobô]].]]
Avrupa arenasına alışan Beşiktaş [[2000-01 UEFA Şampiyonlar Ligi]]'e katılmak için iki ön elemeyi geçti. [[AC Milan]], [[FC Barcelona|Barcelona]] ve [[Leeds United FC|Leeds United]]'lı grupta sonuncu olsa da 3-0'lık Barcelona galibiyeti dikkat çekti. Ancak teknik direktör değişimlerinden dolayı istikrarı sağlayamadı ve ligde başarılı olamadı.

2002-03 sezonu Beşiktaş JK'nin 100. yılını kutladığı ve dolayısıyla çok önemli bir sezondu. Teknik direktörlüğe Galatasaray'a Süper Kupa kazandırmış ve bir önceki sezon şampiyon yapmış [[Mircea Lucescu]] getirildi. 2003 Mart'ında yaşayan en yaşlı Beşiktaşlı futbolcu [[Şeref Görkey]] ve eski golcülerden Feyyaz Uçar stattaki meşaleyi yakarak 100. yıl kutlamalarını başlattı. [[Sergen Yalçın]]'ın başını çektiği, [[Tayfur Havutçu]], [[Antônio Carlos Zago]], [[Federico Giunti]], [[İlhan Mansız]], [[Tümer Metin]], [[Pascal Nouma]] gibi futbolcuların bulunduğu kadro [[2002-03 Süper Lig]]'i kazandı. Aynı zamanda [[2002-03 UEFA Kupası]]'nda çeyrek finale kadar çıkarak takımın Avrupa macerasında en önemli başarılarından birine imza attılar. O dönem lig şampiyonluğunda tek mağlubiyeti Diyarbakırspor'a karşı alındı. 2003-04 sezonuna da fırtına gibi giren takım ligin ilk yarısını namağlup lider olarak tamamlarken, [[Chelsea FC|Chelsea]]'yi deplasmanda yendiği bir Şampiyonlar Ligi serüvenini üçüncülükle bitirip UEFA Kupası'na dahil oldu. Ancak 25 Ocak 2014'te [[Samsunspor]] karşısında oynanan ve Beşiktaşlı beş futbolcunun kırmızı kart görmesi ile hükmet mağlubiyetin alındığı maç itibarıyla Beşiktaş düşüşe geçti. İlk yarı sonunda farklı önde götürdüğü ligi Fenerbahçe'ye kaptıran Beşiktaş'ta, önce başkan Serdar Bilgili, sonra da teknik direktör Mircea Lucescu, hakem hatalarıyla şampiyonluğun kaybettirildiğini öne sürerek istifa etti.

2004-05 sezonu başında Beşiktaş başkanlığına gelen [[Yıldırım Demirören]], takımın başına eski Real Madrid teknik direktörü [[Vicente del Bosque]]'u getirdi ve sezona önemli transferle başladı. Ancak ilk galibiyetini beşinci hafta alabilen takım ligde dördüncülüğün üstüne çıkmayarak, sezonu da dördüncü tamamladı. Yıldırım Demirören zamanında da teknik adam ve istikrar problemleri yaşansa da 2006 ve 2007 yıllarında [[Jean Tigana]], Beşiktaş'a iki Türkiye Kupası ve bir Süper Kupa kazandırdı. 2007-08 sezonunda takımın başına Beşiktaş'ın eski futbolcusu [[Ertuğrul Sağlam]] getirildi. Sağlam'lı Beşiktaş, 2007-08 sezonunda UEFA Şampiyonlar Ligi gruplarına kalma başarısı gösterse de 2008 ve 2009'da arka arkaya gelen [[Liverpool F