vaşı, Pers kuvvetleri Atina'ya girdikten hemen sonra gerçekleşmiş gibi anlatır, ama bunu açıkça belirtmemektedir. Termopylae ve Artemision muharebelerinin Eylül ayı başlarında gerçekleştiği kabul edilecek olursa bu olabilir. Fakat Pers Donanması'nın onarım ve ikmali için iki ya da üç hafta zaman geçirilmiş olması daha olasıdır. Onarım ve ikmalin Phaleron Körfezi'nde yapılmış olduğu ileri sürülmektedir. Buna göre Pers Donanması 4 Eylül gibi Eğriboz'dan hareket etmiş, 7 Eylül gibi Phaleron'a ulaşmıştır.

Atina'nın ele geçirilmesinden sonra Serhas Donanma komutanlarıyla bir savaş konseyi toplamıştır. Herodot'a göre konsey Phalerum'da (Atina Körfezi) toplandı. Savaşa girilmemesi yönünde fikir ortaya atan tek komutan Artemisia olmuştur. Tüm komutanlar savaştan yanaydı.
Karya Filosu'ndaki beş gemiye komuta eden Halikarnas Kraliçesi Artemisia, Serhas'ı Greklerin savaş iradelerinin gevşemesini beklemesi için ikna etmeye çalıştı. Donanmayı savaşa sürmemesini önerdi. "Kimse yolunuzda duramaz. Direnenler, hak ettikleri sonu buldular." dedi. Yunanistan'ın büyük bölümünün, özellikle seferin en önemli hedefi Atina'nın istila edilmiş olduğunu anımsattı. Adamlarını bir deniz muharebesinde tehlikeye atmanın ne gereği olduğunu sordu. Salamis Boğazı'nda muharebeye girmenin gereksiz bir risk olduğu görüşündedir. Grek Donanması'nın Salamis açıklarında ikmal sorunları yaşayacağını, aldığı istihbaratlara dayanarak ileri sürüyordu. Bu durumda fazla kalamayacaklarını, kentlerine çekileceklerini öngörüyordu. Netice olarak Grek İttifakı'nın bir süre içinde çözülecekti. Ama üzerlerine gidilirse tüm Greklerin savaşmaya hazır olacağını hatırlattı. Şu an bir deniz savaşına girişilirse, "korkarım ki" dedi, Donanma imha olacaktı. Bu, Ordu'nun da yenilgisi olurdu. O'nun önerdiğe strateji, donanmayı sahilde tutmak, muharebeye girmemekti. Eğer Grek Donanması saldıracak olursa Kral'ın amaçlarına kolayca erişeceğini söyledi. Ancak Serhas ve baş danışmanı - damadı Mardonius savaştan yanaydı.

Olayların savaşa varmasının tek nedeni, kuşkusuz ki tarafların saldırıdan yana olmaları değildir. Bu sırada Serhas'a, Grekler arasında görüş ayrılıkları çıkmaya başladığına ilişkin haberler gelmektedir. Esas ayrılık, Grek İttifakı Donanması Komutanı Spartalı Eurybiades'in ve diğer Moralı komutanların, henüz yapılabiliyorken Salamis'den Mora kıyılarına çekilmek istemeleriydi. Oysa Themistokles Salamis Boğazı'nda kalmak ve muharebeyi burada kabul etmek görüşündedir. Themistokles Salamis'ten çekilmenin, hem Perslerin hem de Greklerin gözünde bir çeşit teslimiyet olarak görüleceğini muhtemelen biliyordu. Diğer yandan Themistokles'e göre Salamis Boğazı, Pers Donanması'nın sayısal üstünlüğünün bir işe yaramayacağı bir muharebe alanıydı. Grek müttefikler arasındaki bu anlaşmazlığın Pers komutanlığını yanıltmak ve yanlış karar vermesini sağlamak için planlı olarak yayıldığı yönünde görüşler de vardır. Salamis açıklarından çekilme yönündeki eğilimleri, bir yılgınlığın göstergesi olarak görmek de olasıdır. Yunanistan'ın büyük bir bölümü Pers Ordusu'nca istila edilmiş ve üç kent yağmalanmıştı. Bunların Greklerde bir yılgınlık, umutsuzluk yaratmış olması beklenebilir. Nitekim Atina yağmalanırken, en azından bir hafta Grek iradesi hareketsiz kalmıştır. Diğer yandan bir Pers kuvvetinin, Grek İttifakı Donanması'nın kararlılığını denemek için ve aynı zamanda Grek komutanlar arasındaki fikir ayrılığını kışkırtmak için Kıstak yönünde yürüyüşe geçirilmiş olması da etkili olmuş olabilir.

Serhas, bu haberleri alınca Donanma'ya, Salamis sahilleri açığında devriye çıkartarak Körfez'in güney kesimini ablukaya almaları emri vermiştir. Daha sonra hava kararırken, muhtemelen Grekleri acele bir geri çekilmeye kışkırtmak için ablukayı kaldırma emri vermiştir. Bu arada Grek komutanlar arasındaki stratejik anlaşmazlığın farkında olduğundan Ordu'ya Korint Kıstağı Heordot'un anlatımına göre aynı akşam (24 Eylül akşamı) Themistokles, son derece başarılı uygulanan bir yanıltma girişiminde bulunmuştur. Serhas'a "Sicinnus" adındaki kölesini göndermiştir. Köle Plutarkhos'a göre bir Persdi ve Themistokles'in çocuklarının hocasıydı. Sicinnus, kendisini Atinalı generalin, diğer Grek komutanlarından habersiz olarak gönderdiğini, kendisinin Pers tarafında olduğunu, savaşı Perslerin kazanmasını tercih ettiğini söylemiştir. Serhas'ı Grek komutanların neredeyse panik halinde olduklarına, konumlarını terk etmeyi hesapladıklarına ikna etmiştir. Grek İttifakı Donanması'nı elden kaçırmak istemiyorsa, Salamis Boğazı'nın güney çıkışını ablukaya almalıdır. Eğer Donanması'nı Salamis'le Yunanistan anakarası arasına sürerse Grek Donanmasını kolaylıkla yenilgiye uğratabilirdi. Bu girişimle Themistokles kendisini Perslerle işbirliği yapmaya çalışıyor gibi göstermiştir. Hatta, taraf değiştirmeye eğimliydi. Bu tam da Serhas'ın duymak istediği haberdi. Atinalıların teslim olmaya eğilimli olduklarını düşündü. Bu durumda Grek İttifakı Donanması'nın Artemision'dan geriye kalan kısmını da imha edebilirdi. Greklerin dağılmasını göze alamazdı, bu takdirde her kente ayrı ayrı saldırması gerekecekti. Tüm Grek gücünü tek hamlede imha etmeliydi. Bütün bunları doğru kabul eden Serhas o akşam donanmayı Boğaz'ın güney girişini tutmak üzere harekete geçirmiştir. Bunun için gece yarısı batı kanatlarını Salamis'i saracak şekilde manevra ettiler. Amaçları Grek İttifakı Donanması'nın buradan kaçmasını önlemekti. Bir başka önlem olarak da boğazın güney çıkışının ortasında Psyttaleia olarak bilinen adaya yaklaşık 400 asker çıkarmıştır. Burada amaç, batan ya da karaya vuran gemilerden adaya çıkan Grek askerleri öldürmek ya da esir almaktır. Tüm bu hazırlıklar, Grek tarafınca duyulmasından endişe edildiği için olabildiğince sessizce yürütüldü ve mürettebatı, gece boyu uyumadı. Bu arada muharebe sahasını rahatlıkla görebileceği şekilde boğaza hakim bir dağın eteklerinde kendisine bir taht kurdurmuştur. Aynı zamanda başarılı savaşan komutanlarını da belirleyecektir.

Herodot'a göre Grekler geceyi, davranış biçimleri üzerinde hararetli tartışmalarla geçirmiştir. Henüz Pers Donanması'nın Salamis Boğazı'nı güneyden kuşattığından haberleri yoktur. Peloponesliler tahliyeden yanaydılar. Özellikle Spartalılar ve Donanma Komutanı Eurybiades karada, Kıstak'a yakın savaşmaktan yanaydılar. Herhangi bir yenilgi durumunda Mora içlerine çekilme olanakları olurdu. Themistokles, Pers Donanması'nın Ordu'yu sürekli ikmal edebileceğini söyleyerek Eurybiades'e kaç savunma duvarı inşa edeceğini sormuştur. Bu arada Themistokles Serhas'a karşı giriştiği savaş hilesi işleri savaşa doğru sürüklüyordu. Aynı gece Atina'dan sürgün edilmiş olanları geri çağıran bir karar sayesinde Aristides Aegina'dan geri geldi. Aritides'den başka Perslerden kaçanlar da vardı. Bu sayede Grek komutanları Pers Donanması'nın o geceki manevrasını öğrendiler. Aristides onlara Pers Donanması tarafından bütünüyle sarılmış olduklarını anlattı ve kendilerini savunmaya hazırlanmalarını tavsiye etti. Bu durumda Moralılar, başta çoğu bu haberlere inanmadıysa da Pers Donanması'ndan kaçan bir triremenin kaptanı bu olayı teyid etmiştir. Bunun üzerine tüm komnutanlar çekilemeyeceklerini, savaşmak zorunda olduklarını kabul ettiler ve bir deniz savaşı için hazırlıklara başladı.

Aslında Themistokles'in Serhas'a karşı uyguladığı savaş hilesinin bir amacı da Salamis'ten çekilme kararına engel olmak ve Grek İttafakı Donanması'nın muharebeyi burada kabul etmesini sağlamaktı. Bununla birlikte Moralılar Themistokles'in hilesinden haberdar oldukları öne sürülmüştür. Bu yüzden sakince Salamis'de muharebeye girmeyi kabul ettiler. Böylece Grek İttifakı Donanması bir gün sonra girişilecek muharebenin hazırlıklarına başlayabilmiştir. Diğer yanda ise Pers Donanması tüm gece boyunca boşu boşuna bölgeden çekilen Grek gemilerini aramıştır. Pers Donanması ertesi sabah Grek İttifakı Donanması'na hücum etmek için boğaza yöneldiler. Bu konuda nasıl karar alındığı yönünde bir bilgi yoktur. Sadece, Grek İttifakı Donanması ile muharebeye karar verildiği açıktır.

MÖ 5. yüzyılda Akdeniz'de deniz savaşlarında kullanılan en gelişkin savaş gemileri triremelerdir. Uzunlukları 36 - 40 metre, genişlikleri ise 6 metre olan bu gemiler üç sıra kürekçi takımına sahiptir. Uygun rüzgar olduğunda toplam alanı 175 metrekareyi bulan yelken takımıyla hareket edebilirlerdi. Ancak yeterli rüzgar olmadığında kürekçi takımıyla hareket edilmektedir. Ancak muharebelerde, gereken manevraları yapabilmek için mutlaka kürekçi takımına dayanmak zorundadırlar. Bu gemilerde 170'i kürekçi olmak üzere 200 mürettebat istihdam edilmektedir. Denizci olarak kaptanın dışında en önemli eleman dümencidir. Kıçta, iki dümenle gemiye yön verirdi ve usta bir dümencinin savaştaki başarıda önemli payı olurdu. Yunan-Pers Savaşları döneminde Grek triremeleri 10 savaşçı ve 4 okçu bulundurmaktadır. Pers triremelerinde ise 40 savaşçı ve okçu olurdu. Sadece bu unsurlardan otuz kadarı ve gemi kaptanı Persdir, çoğu kez kalanı Saka savaşçılarıdır. Gemiler, kürekçiler ve diğer savaşçılar, bağımlı devletler tarafından sağlanmaktadır. Silahlı adamların Pers ve Saka olması, özellikle Grekçe konuşan mürettebatın muharebede taraf değiştirmesini önlerdi. Grek Donanması'nda ise tüm gemiler, kürekçiler ve savaşçılar Grektir.

O dönemde Akdeniz'de temel deniz muharebesi taktikleri gemilerin pruvasında bulunan ve geminin pruvasından 2 metreden biraz fazla ileri uzanan, üç yanı keskin "mahmuz"u kullanarak düşman gemisini mahmuzlayarak batırmaktı. Eğer bu mümkün olmazsa trireme düşman gemisine olabildiğince yakın geçiş yapmaya ve bir taraftaki kürekleri kırarak gemiyi manevra yapmaz hale getirmeye çalışırdı. Bir başka manevra da düşman gemisine bordalayarak asker çıkarmaktı. Bu kez düşman gemisi güvertesinde kıyasıya bir çatışma yaşanırdı ki, bu herhangi bir kara çatışmasıyla hemen hemen aynı şartlarda olurdu. Her iki tarafın savaş gemilerinde bu tür olası bir çatışma için asker bulunmaktadır. Grek İttifakı Donanması'nda tam silahlı hoplitler, Pers Donanması'nda ise hafif piyadeler. Her iki