Summer" (1986) filmi için kamera karşısına Demi Moore ile geçti.. Bu filmde eleştiri ve gişe bakımından başarılı olsa da Cusack yine filmin iyi olmadığını düşündü . Cusack 2007'de bir röportajında insanların kendisini yaklaşıp bu filmi çok komik bulduklarını ona söylediklerini itiraf etti . Aynı yıl yaptığı bir Stephen King uyarlaması olan "Stand By Me" (1986) filmi En İyi Uyarlama Senaryo Akademi Ödülü'ne aday gösterilse de John'un filmde rolü sadece iki sahneden ibaretti. Ertesı yıl bu sefer En İyi Film Akademi Ödülü dahil Oscar adaylıkları bulunan film "Broadcast News"'da da cameo bir rolün ardından "Tapeheads" ve "Hot Pursuit" isimli komedi filmleri yaptı.

1980'lerin sonu Cusack için oldukça iyi oldu. John artık daha önemli filmler yapmaya başladı. George Weaver'i canlandırdığı gerçek bir olaya dayanan spor dramı "Eight Men Out" (1988) eleştirmenler tarafından oldukça başarılı karşılandı. Sonrakı yıl yaptığı Cameron Crowe'nin "Say Anything" (1989) filmi oldukça başarılı oldu. Rotten Tomateos sitesinde 100% alan ilk John Cusack filmi olması filmin eleştirmenler tarafından ne kadar iyi karşılandığını öne koyuyor. John, filmindeki rolüyle Chicago Film Eleştirmenleri Birliği tarafından "En Ümit Vaad Eden Aktör" ödülü aldı. Büyümek, insanlarla ilişkiler kurmak, dostluk, ve aşk üzerine olan bu gençlik romantik komedi filmi 2002 yılında Entertainment Weekly tarafından "en iyi modern aşk filmi" adlandırıldı, Roger Ebert'in yılın en iyi 10 filmi listesinde de yer alan film yine Entertainment Weekly dergisinde "En Iyi 50 Yüksek Okul Filmleri" listesinde on birinci sırayı tuttu. John Cusack'ın ünlü müzik kutusu sahnesi kült haline gelirken, Pencey Prep ismini taşıyan dağılmış bir grup ise ise Cusack'ın filmdeki karakterinın ismi Lloyd Dobler ile aynı adı taşıyan bir parça yazdılar daha sonra. Bu karakter "Premiere" dergisi tarafından "Film Tarihinin En İyi Karakterleri"'nden biri seçildi .

1990 senesinde "Postcards from the Edge" isimli bir filmde rol aldı. Mike Nichols'un yönettiği ve başrollerinde Meryl Streep, Shirley MacLaine ve Gene Hackman gibi oyuncular oynamakta ve film iki Akademi Ödülüne aday gösterilmişdi. Filmde Cusack, Suzannenin Manson ailesine mensub arkadaşı rolündeydi fakat kendisinin sahneleri filmden kesildi.

John Cusack, 1985 kitabını okuduğu ve filme adapte etmek istediği 1990 yapımlı film "The Grifters"'de rol aldı. Anjelica Huston ve Annette Benning ile kamera karşısına geçtiği film En İyi Uyarlama Senaryo Akademi Ödülü dahil olmakla aday gösterildiği 4 Oscardan hiçbirini alamadı. Prödüksiyonunu Martin Scorsese'nin üstlendiği film Jim Thompson'un aynı adlı ucuz romanından uyarlanmışdı. Stephen Frears yönetmenliğini üstlendi filmin, kendisi daha önce "Dangerous Liasions" filmini yönetmişdi. Zengin diyalogları ile dikkat çeken film, Roger Ebert ve Vincent Carby tarafından da olumlu yorumlarla karşılandı fakat Ebert Cusack'ın performansını abartmamak gerektiğini belirtti. 1990 yılında "Methusalem" isimli bir tiyatro oyununu yönetmekle Joseph Jefferson Ödülü aldı.

Daha sonra yaptığı filmlerden "True Colors", Woody Allen filmi "Shadows and Fog", ufak ama önemli bir rolde göründüğü "Map of the Human Heart", önemli bir kadroyla kamera karşısına geçtiği ve gerçek hayattan bir insanı canlandırdığı "Money for Nothing" pek bilinmeyen filmlere çevrildiler. "Indecent Proposal" filmindeki rolü geri çeviren oyuncu 1994 yılında başka bir Woody Allen filmi "Bullets Over Broadway" de rol aldı ve film En İyi Film Akademi Ödülüne aday gösterildi. "Apollo 13" (1995) filminden gelen teklifi geri çeviren aktör 1994'te yine küçük ama 100% olumlu eleştiriler alan "Floundering" (1994) isimli filmde yer aldı. 1994 yılında yine gerçek karakterlerden oluşan bir Alan Parker komedisi "The Road to Wellville" de yer aldı, filmde Anthony Hopkins, Matthew Broderick ve Bridget Fonda gibi önemli oyunculara rağmen film eleştirmenler tarafından beğenilmedi. Cusack 1996 yılında yine eleştirmenlerin beğenmediği ama kendi idöllerinden Al Pacino ile kamera karşısına geçtiği "City Hall" filmini yaptı ve Pacinonun bu mesleği seçmesinde örneklerden biri olduğunu belirtti.

Cusack için başarı 1997 yılında geldi. "Chicago Cab" isimli filmde ufak bir rol alıp ve aynı şekilde yapımcılığını üstlensede bu film yeteri başarıyı getirmedi. Ama aynı yıl rol aldığı aksiyon filmi "Con Air" iki Oscar ödülü aday gösterilmesinin yanı sıra oldukça büyük bir hasılat elde etti ve Cusack ise Blockbuster Ödülü sahibi oldu. "Grosse Pointe Blank" isimli yine her iki bakımdan başarılı film oldu. Kara komediyi kullanma tarzı, diyaloglardaki başarısı, ve filmin başarılı bir adapte edilmiş senaryosu olması başta Time dergisi ve Rolling Stone'nin dikkatini çekti ve Cusack senaryosundada parmağı geçtiği için Chlotrudis ödülüne aday gösterildi. Eleştirmen Rick Groer filmi beğense de, Mick LaSelle filmden memnun kalmadığını dile getirmiştir. Montreal Film Dergisi de filmden memnun kalmayanlardandı ve böyle ki "Siz daha iyisini hak ediyorsunuz" yazılmışdı . Cusack, katıldığı Charlie Rose programında filmin "Pulp Fiction" ile benzerlikler taşımadığını, bu filmin daha yüksek komedi tarzını kullandığını bir o kadarda klişeden uzak ve sürrealizminde içinde barındıran bir film olduğunu dile getirdi. Filmin magazinsel olayı başrolünü paylaştığı Minnie Driver ile aşk yaşaması oldu ama ilişkileri uzun sürmedi. En iyi 5 Filminden biri gibi gösterdiği Grosse Pointe Blank'ın yanı sıra Clint Eastwood'la çalışma şansını yakaladığı "Midnight in the Garden of Good and Evil" ise eleştirmenler ve filmin kitabının hayranları tarafından iyi karşılanmasa da Kevin Spacey'in oyunculuğu övüldü. Buna rağmen aynı yıl "Anastasia" isimli 2 Oscar ödülüne aday gösterilmiş başarılı bir animasyon filminde seslendirme yaptı. Ertesi yıl zengin bir kadro ile bir Terrence Malick'in En İyi Film Akademi Ödülü'ne aday gösterilmiş savaş filmi "The Thin Red Line" (1998) da yer aldı ve filmdeki tüm oyuncular Satallite Ödülü ile onurlandırıldılar. Film genelde savaş atmosferi ve askerlerin psikolojisi üzerinden yoğunlaşarken esas karakterleri ele almıyor daha bir savaş tasviri ile "Savaşta kazanan taraf olmaz" mesajını veriyor. Aynı yıl yaptığı "This is My Father" filmi Aidan Quinn ve James Caan gibi oyuncuları bir araya getirse ve eleştirmenler tarafından olumlu yorumlar alsa da gişede başarılı olamadı. "New Crime Productions" isimli bir film şirketi kuran Cusack, "The Jack Bull" isimli kendi oynadığı televizyon filminde baş rolü oynadı ve bu filmini de aynı yıl yapılan "Fear and Loathing in Las Vegas" (1998) filminide kendi prodüksiyon şirketi çıkardı . Hunter S. Thompson ile yakın arkadaş olsa da Fear and Loathing in Las Vegas filminde yer alamadı. 1999 yılında yine önemli bir kadro ile çalıştı. Bu film "Cradle Will Rock" (1999) ismini taşıyordu ve filmde Nelson Rockefeller rolündeki başarısı eleştirmenler tarafından çok beğenildi. Filmin yönetmenliğini yakın arkadaşı Tim Robbins üstlendi ve film İstanbul Film Festivalinde de ödüllendirildi . Aynı yıl yaptığı "Pushing Tin" (1999) filminde önemli oyuncularla rol alsa da film hem eleştiri hem de gişe açısından başarısız oldu. Yeni yıldız ve modern seks sembolü Angelina Jolie'nin kısa çıplak göründüğü sahne sadece medyanın dikkatini çekti.

Okuduğu en iyi iki senaryodan biri olduğunu söylediği "Being John Malkovich" filmi büyük başarı yakaladı. Oscar adaylıkları dışında Cusack Bağımsız Ruh Ödülüne aday gösterildi. Cusack'ın egzantrik bir karakteri canlandırması eleştirmenler tarafından ilgiyle karşılandı. Roger Ebert gibi önemli eleştirmenlerden iyi yorumlar alan film toplam 106 eleştirmen tarafından olumlu gösterilmiştir ve bu sayede 92% ile "fresh" reytingi alan film, klip yönetmeni Spike Jonze'nin sinemadaki ilk işiydi. Filmin senaryosunu Charlie Kaufman hazırlamışdı ve bu sayede Bağımsız Ruh Ödülü kazandı. Empire dergisi 2008 yılında En iyi 500 filmi listesinde 441ci sırayı aldı. Genel olarak yüksek seviyeli orijinal senaryosu ile dikkat çekti. Bu sıralar kendisi "The General's Daughter" filmi için düşünüldü ama yaşı o sıralar genç olduğu için rol John Travolta'ya verildi.

2000 yılında Nick Hornby'nin "High Fidelity" isimli eserini Stephen Frears'ın yönetmenlik için ikna edip filme adapte etti Cusack. Filmin senaryosunda da Cusack'ın parmağının olması ona Senaristler Birliği, BAFTA Ödülü , ve USC Scripter Ödülü adaylıkları getirdiği Cusack'a. Oyunculuğu sayesinde Empire, Altın Küre ve Amerikan Komedi Ödülü'ne aday gösterildiği bu başarılı film aynı zamanda John'a Gençlerin Seçimi Ödüllerinde de adaylık getirdi. Hornby adaptasyondan memnun kaldığını dile getirdi ve Cusack'ın kendi kitabını anlayarak okuduğu için tebrik etti. Film de Catherine Zeta Jones ve Jack Black gibi ünlü isimler de yer almaktaydı. John'un hala en önemli filmlerinden gösterilen High Fidelity, John'un kendi favorileri arasındada yer alıyor. Jean Lowerison "John Cusack'ın şimdiye kadarki en iyi rolü" adlandırdığı film başarılı soundtrackı ve romantizm ile komediyi iyi harmanlaması da övgüyle karşılandı. Film aslında 1995 yılında yapılması planlanmıştı ama daha sonra ertelendi. "Boss" lakaplı rock 'n roll ikonu Bruce Springsteen'e senaryonun kopyasını gönderen John Cusack, onu da filmde bir cameo rolde görünmesini sağladı. Roger Ebert filme dört yıldız üzerinden dört verdi ve Cusackın performansını övsede USA Today tarafından film iyi karşılanmadı ve John Cusack'a yanlış rol verildiğini ifade etdi. "Empire" dergisi filmi Yapılmış En İyi 500 Film Listeside 446'cı sıraya layik görüldü . Aynı zamanda Rotten Tomatoes'in En İyi 25 Romantik Komedi Listesinde film 14cü sırayı almaktadır.
Film gişede 47 milyon dolar civarı hasılat elde etdi. 2000 yılında yine John ve ailesi Chicago Film Eleştirmenleri Birliği tarafından özel ödülle onurlandırıldılar.

2001 yılında John Cusack iki romantik komedi filmi daha seçti. Bunların her ikisi karışık eleştiriler alsa da gişe de oldukça başarılı oldular. "Serendipity" (2001) isimli gişede başarı elde eden romantik komedi filminde rol aldı ve diğer rol a