ğmen Henry'nin akademiyi bitirmesine izin verildi ve Arsène Wenger'in Monacosu'na genç oyuncu olarak girdi. Daha sonra Henry profesyonel olarak Monaco'yla sözleşme imzaladı ve sahalara ilk kez 1994'te adım attı. Wenger, Henry'yi sol kanata koydu, çünkü Henry'nin top sürüşüyle, kendine özgü top kontrolü ve becerisiyle kanattaki defans oyuncularına karşı ortadaki defans oyuncularından daha etkili olacağına inanıyordu. Monaco'yla ilk sezonunda Henry 18 karşılaşmada ağları üç kez havalandırabildi.

Wenger, Henry için en iyi yeri aramayı sürdürdü. Teknik direktör, Henry'nin kanatta oynaması yerine forvette oynamasının daha doğru olacağından tam olarak emin değildi. Çalıştırıcısının eğitmenliğinde Henry, 1996 yılında Fransa'da Yılın Genç Futbolcusu Ödülü'nü aldı. Henry'nin olağanüstü çabaları kulübü Monaco'nun 1996-97 sezonunu birinci bitirerek şampiyon olmasına yardımcı oldu. 1997-98 sezonu'nda kulübünün UEFA Şampiyonlar Ligi yarı finali'ne kalmasında pay sahibi oldu ve turnuvada yedi gol atarak bir Şampiyonlar Ligi sezonunda en çok gol atan Fransız oyuncu olmayı başardı. Üçüncü sezonuyla birlikte Henry, Fransa millî futbol takımı tarafından ilk defa kadroya çağrıldı ve Fransa'nın 1998 FIFA Dünya Kupası'nı kazandığı yıl takımın bir parçası oldu. Henry Monaco'da geçirdiği sezonlarla herkesi etkilemeye devam etti. Fransız genç kanat oyuncusu Monaco'yla geçirdiği beş sezonda 105 karşılaşmaya çıkıp 20 gol attı.

Ocak 1999'da Henry, dostu ve takım arkadaşı David Trézéguet'den bir yıl önce Monaco'dan ayrıldı ve 10.5 milyon £ karşılığında Serie A kulübü Juventus'a transfer oldu. Kanatta oynadı, ama Serie A'nın Henry'ye göre olmayan katı defans anlayışı ve disiplinli savunma kurgusu onu maçlarda etkisiz kıldı. Henry 16 karşılaşmada sadece üç gol atabildi.

Henry, Ağustos 1999'da Juventus'tan Arsenal'e 10 milyon £ karşılığında anlaştı ve eski teknik direktörü Arsène Wenger'le yeniden aynı çatı altına geldi. Futbolcu, Arsenal'da zamanla uluslararası bir yıldız konumuna yükselecekti. Transferi Arsenal'da herhangi bir tartışmaya yol açmadı. Henry'nin yeteneklerine o daha çocukken şahit olan Wenger, onun transfer ücreti değerinde bir futbolcu olduğunu bildiği için transfer konusunda ikna olmuştu. Kendisi, Real Madrid'e transfer olan Nicolas Anelka'nın yerine, onunla eş değer bir futbolcu olarak, transfer edilmişti. Monaco forması giydiğinde kanatta oynayan futbolcu, hocasının onu hücum hattına koymasıyla kendini göstermeye başladı ve kısa sürede Wenger'e ayak uydurdu. Buna rağmen, hızlı ve fiziksel açıdan sert olan İngiltere futbolu karşısında, yeteneklerini sergilerken ilk sekiz maçında uyum sağlayamayacağına dair birtakım kuşkular uyandırsa da, İngiltere'deki birkaç farklı bir şekilde geçen aydan sonra Henry, iyi bir forvet olmak için çalışmıştır. Hakkındaki bu şüpheleri, ilk sezonu olan 1999-2000 sezonundaki maçlarda etkili olup toplamda 26 gol atarak dağıttı. Arsenal, sezonu Manchester United'ın arkasında ikinci olarak bitirdi ve 2000 UEFA Kupası Finali'nde Galatasaray'a kaybetti.

Uluslararası kariyerinde zaferle sonuçlanan Euro 2000 mücadelesi sonrasında Henry, 2000-01 sezonu için hazır olmasına rağmen gol ve asist bakımından ilk sezonununun gerisinde kaldı. Buna rağmen Henry, Arsenal'daki ikinci sezonunda kendini geliştirerek gol kralı oldu. O yıl Arsenal, Manchester United'a Premier League şampiyonluğu için sürekli kafa tuttu. Henry bu sezonda takımıyla bir başarı kazanamamasına rağmen Arsenal'i güçlü bir kulüp yapmak istediğini söylüyordu.

Başarılı geçen 2001-02 sezonunda Arsenal sezonu, en yakın takipçisi olan Liverpool'un 7 puan önünde bitirerek şampiyon oldu ve Chelsea'yi 2002 FA Kupası Finali'nde 2-0'lık skorla geçerek FA Kupası'nın yeni sahibi oldu. Henry, o sezon attığı 32 golle ligin gol kralı oldu. Bu durum, Henry'li Fransa'nın 2002 FIFA Dünya Kupası'nda geçen kupadaki başarısını tekrarlayacağına dair güçlü bir beklenti yaratsa da Fransa, turnuva boyunca beklenmedik sürpriz futbolunu grupta 3 maç oynayıp elenene kadar sürdürdü.

Premier Lig'in 2002-03 sezonu, Henry'nin 32 gol atıp 23 asist yapmasıyla dikkate değer bir forvet olarak kendini bir kez daha ispatlamasına sahne oldu. Bunu yaparken, Arsenal tekrar bir FA Cup zaferi yaşamasına rağmen, bu şampiyonluk tahtını korumada başarısız oldu. Sezon boyunca, Manchester United'lı Ruud van Nistelrooy'la gol krallığı için mücadele etti ve Nistelrooy'dan farkını ortaya koyan Henry, bu mücadeleyi kazanan isim oldu. Bunula beraber Henry, İngiltere'de Yılın Futbolcusu Ödülü ve Futbol Yazarları Derneği Yılın Futbolcusu Ödülü'nü kazandı. Henry'nin yükselen kariyeri, Dünya'nın en iyi futbolcularından biri olduğunu onaylattı. Ayrıca, 2003 FIFA Dünya'da Yılın Oyuncusu Ödülü'nde ikinci oldu.
Arsenal 2003-04 sezonunun başlangıcında, Premier Lig şampiyonluğuna talip olmaya karar verdiğini gösterdi. Henry tekrar takımının önceki başarılı sezonunun üstünde, etkili bir performans sergileyerek; Dennis Bergkamp, Patrick Vieira ve Robert Pirès'le uyumlu bir şekilde takımıyla mücadele etti. Arsenal'ın "the Gunners" adını, takımının daha önceki yüzyılda olmadığı kadar başarılı olmasına katkı sağlayan isimlerden biri olarak emniyete aldı. İngiltere'de Yılın Futbolcusu Ödülü ve Futbol Yazarları Derneği Yılın Futbolcusu Ödülü başarılarının yanında, Henry, 2004 FIFA Dünya'da Yılın Oyuncusu Ödülü'nde de kendini gösterdi. Oynadığı maçlarda attığı 39 golle Avrupa'da en çok gol atan futbolcu olarak Avrupa Altın Ayakkabı Ödülü'nü kazandı. Aldığı bu ödüllere rağmen, 2002'den Euro 2004'e kadar devam eden süreçte uluslararası arenada önemli bir başarı yakalayamadı.

İstikrarlı bir çizgi sürdürmesine rağmen küçük bir düşüş yaşayan Arsenal, 2004-05 sezonunun lig maçlarında istikrarsız bir çizgi sürdürdü ve bu çizgisini son haftalara doğru şiddetlendirerek liderliğini koruyamadı ve şampiyonluğu Chelsea'ye kaptırdı. Kulübünün FA Kupası'nı Henry'nin sakatlığıdan dolayı final maçını kaçırdığı maçta kazanmasına rağmen Henry, Avrupa'nın en çok korkulan golcülerinden biri olma şöhretini sezon içerisinde attığı 31 golle korudu.Diego Forlán'la beraber Avrupa Altın Ayakkabı Ödülü'nü aldı ve böylece halihazırda bu ödülü 2 sezon üst üste resmi olarak kazanan ilk ve tek futbolcu oldu (Aynı başarıyı ödülün resmi olarak verilmediği yıllarda bazı futbolcular da yakalamıştı) Vatandaşı Vieira'nın 2005'in ortalarındaki beklenmedik ayrılışıyla Henry, takımının kaptanlık pazubandını taktı ve takımda farklı bir rol de taşımaya başlamış olmasının ona göre olmadığını belirtip, kaptanlığın genellikle oyunu iyi okuyabilen defans veya orta saha oyuncularına verildiği gerekçesiyle rahatsız olduğunu dile getirmiştir. Kaptan golcü oyuncu olmasının yanında aldığı sorumluluklardan biri de takımda bulunan birçok genç oyuncuya yol gösterici olmaktı.
2005-06 sezonunda 17 Ekim 2005 tarihinde Henry, takımının tüm zamanların en çok gol atan futbolcusu olma unvanını elde ederek dikkat çekmiştir. Sparta Prag'a Şampiyonlar Ligi'nde attığı 2 gol ise Ian Wright'ın 185 gollük rekorunu kırdı ve Guinness Rekorlar Kitabı'na da ismini yazdırdı. 1 Şubat 2006'da ise West Ham'a attığı gol, ona 151 golle Arsenal'ın efsane oyuncularından biri olan Cliff Bastin'in ligde attığı 150 gol rekorunu kırmasını sağladı. Henry, Premier Lig'deki 100. golünü ise Highbury'de atarak adını Arsenal tarihine yazdırdı. Kariyerinde 3. kez ligin gol kralı oldu ve Futbol Yazarları Derneği Yılın Futbolcusu Ödülü'nü kazandı.

Bununla birlikte, Arsenal lig şampiyonluğunda tekrar başarısızlığa uğradı ancak, 2006 UEFA Şampiyonlar Ligi Finali'ne kadar kalabildi. “The Gunners” ("Topçular") sonuçta 2-1'lik skorla Barcelona'ya kaybetti. Arsenal'ın Premier Lig şampiyonluğu için yeterli olamayışı birbirini izleyen 2 sezon boyunca Arsenal'in kadrosundaki genç oyuncuları kaynaştırma çabasının yarattığı karmaşa birçok söylentiye yol açtı ve bu, Henry'de başka bir kulübe gitme isteği doğurdu. Ne var ki, kulübüne olan sevgisi nedeniyle sözleşmesini 4 yıl daha uzattı ve futbol kariyeri boyunca Arsenal'da kalmak istediğini söyledi. Arsenal başkan vekili David Dein sonradan, Henry'nin yeni sözleşmeyi imzalamadan önce bir İspanyol kulübünden 50 milyon £'lik teklif aldığını açıklamıştır. Eğer bu transfer gerçekleştirilmiş olsaydı, Zinédine Zidane'ın o zamanki en yüksek transfer ücreti olan 47 milyon £'i geçerek rekor kıracaktı.

Henry'nin 2006-07 sezonuna yaşadığı sakatlıklar gölge düşürdü. Sezonu şubat ayında kapatmasına rağmen, Arsenal'da oynadığı 17 yerli maçta 10 gol attı. Beklenmeyen ayak ve sırt sakatlıklarıyla birçok maçı kaçıran Henry, yeterince hazır olmadığını sonradan oyuna dahil olduğu Şampiyonlar Ligi'ndeki PSV maçında gösterdi. Birbirini izleyen birkaç günde ortaya çıkan ve doktorlar tarafından iyileşmesi için en az 3 aylık süre verilen yeni kasık ve karın sakatlıkları, Henry'nin 2006-07 sezonunu tamamen kapatmasına yol açtı. Wenger, Henry'nin sakatlıklarını uzayan 2005-06 sezonundaki maçlara dayandırdı ve Henry'nin 2007-08 sezonunda da takımın yeniden inşası için kalacağını yineledi.

25 Haziran 2007’de, beklenmeyen bir biçimde Henry 24 milyon € karşılığında Barcelona’ya transfer oldu. Yıllık 6.8 milyon € (4.6 milyon £) karşılığında dört yıllık sözleşme imzaladı. Sözleşmenin, Henry'nin serbest kalabilmesi için 125 milyon € (84.9 milyon £)’luk bir rakam belirlenen serbest kalma maddesinin bulunduğu ortaya çıktı. Henry, kararsız bir tavırla Arsenal'dan ayrılmak ve Wenger'in gelecekteki planları içerisinde yer almak istemediğini belirtti ve “Eğer bir gün Arsenal'dan ayrılırsam oynayacağım kulüp Barcelona olurdu” iddiasını ileri sürdü. Arsenal, kaptanının ayrılmasına karşın 2007-08 sezonuna çok etkili bir başlangıç yaptı ve Henry, eğer takımda kalsaydım takıma yardımcı olmak yerine engel olmaktan başka bir işe yaramazdım diye itirafta bulundu. Henry: “Topla göze batan oyun stilim, kaptan olmam, ve takımımın yaşça en büyük oyuncusu olmam nedeniyle futbolcular, ben en iyi pozisyonda olmasam bile topu bana vermek istiyorlardı, dolayısıyla bu açıdan takımdan ayrıldığım iyi oldu.” diye