mler Akademisi'nin yayınlamış olduğu "Tabula Imperii Byzantini" adlı kitap serisinin Bizans dönemindeki Doğu Trakya'yı anlatan 12. cildinin 249. sayfasında ""Anô Arsoú"", 269. sayfasında ise ""Aresoú"" olarak geçmektedir.

Bizans döneminden Yunanistan ile yapılan mübadele yıllarına kadarki süreçte, yerli halkı oluşturan Gürpınarlılar tarım ve hayvancılıkla uğraşmışlar ve yaşamlarını birbirlerinden ayrı yerlerde dağınık yerleşim biçiminde sürdürmüşlerdir. Mezra şeklindeki bu eski yerleşimlerden birkaçı, bugünkü Ketengölü ve Pırafça mevkiilerinde idiler. Gürpınar'da meyve ve sebze tarımının yanı sıra bağcılık oldukça gelişmiş durumdaydı. Mübadele sonrası itibarıyla, bugünkü köy merkezinden güney sahiline kadarlık bir alan, neredeyse tamamen bağla kaplıydı.

Çok eski dönemlerde köyün arazisine dağınık yerleşmiş bulunan yöre insanına deniz eşkiyaları rahat vermiyordu. Mübadele öncesinden kalan yaygın söylenceye göre, bu duruma bir çare olarak, yardımseverliğiyle meşhur Ana Ayşe adıyla anılan bir kadın, köy halkının günümüzdeki yerleşim merkezinde toplanmasını sağladı. Böylece yöreye giden insanlar "Ana Ayşe'ye gidiyorum" der olmuşlardı. Zamanla Ana Ayşe sözcüklerinin, ""Anarşe"" halini aldığı rivayet edilir.

Cumhuriyet öncesi dönemde Marmara sahillerinin büyük bir kısmında Rum halk yaşıyordu. Bu dönemde Gürpınar'da Müslüman bir azınlık da yaşamaktaydı. 1'i Roman, 6'sı Türk olmak üzere 7 hane oldukları rivayet edilir. Köyde daha sonra çoğunluğu oluşturacak mübadiller, bu Türkleri ""gacal"" olarak adlandırmaktadırlar.

1924 yılında Yunanistan ile Türkiye arasında imzalanan Lozan Anlaşması'nın ek protokolü çerçevesinde Gürpınar halkının Rum kökenli olanları Yunanistan’a göç ederken Türk kökenli Selânikliler de Yunanistan’dan da bu bölgeye gelmiştir. Mübadele, 1924 yılının ilk aylarında başladı. Dönemin en büyük gemisi olan "Gülcemal" adlı gemi ile Türkiye'ye getirilen çevre köylere iskan edilecek mübadiller, o dönemki adı Kalikratiya, şimdiki adı ise Mimarsinan olan yere indirildiler. Ancak kıyıda bir liman olmaması çeşitli zorluklar çıkardı. İskân sırasında Selanik vilâyetinin; Merkez sancağının Merkez ve Langaza (Lagkadas) kazalarından, Drama sancağının Merkez ve Sarışaban kazalarından, Serez (Serres) sancağından olmak üzere üç sancağı ile, Koçan (Kozani) kazası ve Nasliç (Nasiliç veya Neapoli) kasabası ve Ramna ile Saltıklı gibi çeşitli yerleşimlerden getirilen mübadiller, Gürpınar'a yerleştirilmişlerdir. Mübadele sonucunda Gürpınar'dan yaklaşık 950 Rum ayrılırken; getirilen Türk, az sayıda Arnavut, 10-15 hane Patriyot ve bir hane Pomak'ın toplam sayısı yaklaşık 650 idi. Getirilen göçmenlere gemiye binmeden önce verilen pasaport niteliğindeki belgeler, Türkiye'de kendilerinden alındı ve karşılığında her haneye 5 dönüm tarla, yarım dönüm bağ; ayrıca nüfus başına yarımşar dönüm daha tarla verildi. Köye devletçe ayrıca 30 öküz ve 30 saban verildi. Gürpınar'a yerleşenlere, ayrılan Rumların evleri taksim edildi. İlk esnada, köyün içinden kuzey-güney doğrultusunda geçen pınarın iki tarafına konumlanmış eski Rum yerleşimine, mübadele sonrasında da sadık kalınmıştır. Buna göre pınarın doğu tarafında Langaza kazasından gelenler, batı tarafında ise Drama kazasından gelenler çoğunluğu oluşturuyorlardı.

II. Dünya Savaşı'nın Balkanlar'da hararetlendiği dönemde, Büyükçekmece Körfezi'nden gerçekleşecek olası bir Alman taarruzuna karşı İstanbul'un korunması amacıyla yapılan berkitme çalışmalarının bir parçası olarak 1940-1941 yıllarında yaklaşık 1500 kişilik ağır silâhlı bir askeri birlik, Topyeri mevkiine konuşlandırılmıştır. Mevkiinin adı bu yıllardan kalmaktadır. Bölgede kerpiçten bir kışla ve ahırlar inşa edilmiş ve birlik 1949 yılına kadar Gürpınar'da görev yapmıştır. Günümüzde Topyeri mevkii "Siteler" adıyla anılmaktadır ve Gürpınar Mahallesi'nin merkezidir.

Mahallenin ilk muhtarlarından olan Mümin Çiçek'e göre, Anarşe adı Harf Devrimi sırasındaki bir imlâ hatasıyla Anarşa'ya dönüştü. Mahallenin adı, İçişleri Bakanlığı'nca Ankara-Başbakanlık Devlet Matbaası'nda 1946 senesinde basılmış "Türkiye'de Meskûn Yerler Kılavuzu" adlı kitapta da Anarşa olarak kayıtlıdır. Türkiye'de zaman zaman gerçekleştirilmekte olan yer adlarını değiştirme operasyonlarından biri olan 1961-1965 yılları arasındaki akımdan Gürpınar da nasibini almış; 1961 yılına kadar Anarşa olan adı, o sene Gürpınar olarak değiştirilmiştir. Ancak burada ilgi çekici bir nokta, o dönemde Kıbrıs olaylarından dolayı gelişen Yunan karşıtlığı sebebiyle Yunanca kökenli birçok yer adının, farklı Türkçe isimlerle adlandırılmasıdır. Buna göre, yer adının, yerleşimin Bizans dönemindeki adı olan ""Anô Arsoú""dan evrilmiş olması daha muhtemeldir. (Muhtemel değil... Yer isimlerinin değişimi neredeyse bir kurala bağlanmıştır ki, bunun da kesinlikle böyle olduğu, yâni "Anô Ansou"nun ilk ve kaynak isim olduğu kesindir !) Ancak Anarşa adının tam olarak nereden geldiği, şu an için kesin olarak bilinmemektedir. Öte yandan Gürpınar adının verilmesinin sebebi ise, çevre köylere nazaran Gürpınar'ın pınarlarının bol ve sulak bir yerleşim yeri olmasıdır. En gür pınar ise, bugünkü Atatürk Parkı'nın bulunduğu yerden akmaktaydı. Parkın bugünkü yerinde, köy halkının tahılını öğütebildiği değirmen bulunmaktaydı. Çevrede yapıların çoğalması ve kuyu sondajlarının artması sonucu bu pınar kaybolmuştur.

1980’lere kadar Çatalca ilçesine ve Büyükçekmece bucağına bağlı küçük bir tarım mahallesi olan Gürpınar, yurt içi göç alan önemli bir merkez haline gelmiştir. Daha çok 1980’lı yıllardan sonra Anadolu’nun her bölgesinden insanların, özellikle de Karadenizli ve Orduluların ilgi odağı olmuştur. 1988 yılında Büyükçekmece'nin ilçe olmasıyla beraber, Gürpınar da bu ilçeye bağlanmıştır. Gürpınar, 1989 yılında köy statüsünden 1. kademe belde belediyesi statüsüne çıkartılmıştır. İlk belediye binası olarak Merkez Camii'nin karşısındaki; o dönemde alt katında muhtarlık, bir lokanta ve çeşitli dükkânlar; üst katında ise kahvehane ve postahane bulunan iki katlı bina kullanılmaya başlanmıştır. 1999 yılında, artan nüfusun ihtiyaçlarını giderebilecek "Kuruçeşme" mevkiindeki yeni binaya geçilmiştir. Eski bina ise İçişleri Bakanlığı'na verilmiş ve karakol olarak kullanılmaya başlanmıştır.

24 Eylül 2000 tarihine kadar Merkez Mahallesi Muhtarlığı adı ile tek muhtarlıkla yönetilen Gürpınar, bu tarihte belediye meclisinin almış olduğu bir kararla; Merkez Mahallesi, Adnan Kahveci Mahallesi, Dereağzı Mahallesi ve Pınartepe Mahallesi olmak üzere 4 mahalleye ayrılmıştır. 22 Temmuz 2004 tarihinde ise "Resmi Gazete"de yayımlanan 52116 sayılı kanun ile büyükşehir sınırları, İzmit ve İstanbul büyükşehir belediyeleri için il mülkî sınırları olarak değiştirildiğinden, Gürpınar da büyükşehir sınırları içerisine girmiştir.

Mart 2008'de hükümetçe yapılan son düzenlemelerle belediyenin kapatılması ve Merkez, Adnan Kahveci ve Dereağzı mahallelerinin yeni bir ilçe haline getirilen Beylikdüzü'ne, Pınartepe Mahallesi'nin ise Büyükçekmece ilçesine bağlanması kararlaştırılmıştır. Bu uygulama, 2009 yılındaki yerel seçim ile beraber yürürlüğe konmuştur. Bu durumda adı Gürpınar olan bir yer kalmadığından Merkez Mahallesi'nin adı Gürpınar Mahallesi olarak değiştirilmiştir. Ancak Beylikdüzü Belediyesi tarafından, Gürpınar'ın bütünlüğünün bozulduğu gerekçesiyle Pınartepe Mahallesi'nin de Beylikdüzü ilçesine katılması istemiyle dava açılmıştır. Beylikdüzü'ne bağlandıktan sonra Merkez Mahallesi'nin adı Gürpınar Mahallesi olarak değiştirilmiştir. Yine bu uygulamayla birlikte Gürpınar Karakolu, Beylikdüzü Polis Merkezi olarak hizmet vermeye başlamıştır.

Gürpınarlı mübadillerin torunları, 2007 yılında "Gürpınar Trakyalılar ve Rumelililer Eğitim, Kültür, Yardımlaşma ve Dayanışma Derneği"'ni kurmuşlardır.

1983 yılından beri Kumkapı'da hizmet veren İstanbul balık hâlinin, Büyükşehir Belediyesi'nin isteğiyle Gürpınar'a taşınmasına karar verilmiştir. Dereağzı mevkiindeki, doldurularak yenilenen limana kurulacak hâl, İstanbul'un gelecek 50 yıllık ihtiyacı düşünülerek 240.000 metrekare alan üzerine planlanmıştır. Alan üzerinde; balıkçı barınağı, su ürünleri tesisi, mendirek, çekek yeri, iskele, yanaşma yeri, dalgakıran, kayıkhane, depo, otopark gibi yapılar kurulacaktır. Hâlin kapasitesinin 100.000 ton olması planlanmaktadır.

Belde, Beylikdüzü Belediyesi'ne bağlandıktan sonra, "Mandataşı" ve "Pekmez" mevkiilerine sahil yolu açılmış ve sahil düzenlenmiştir.

Popüler kültürde Gürpınar, ilk kez eski adı ile, Cem Yılmaz'ın 2004 yılında yazdığı ve oynadığı G.O.R.A. filminde geçmiştir. Annesinin babası bir Lozan mübadili Gürpınarlı olan Cem Yılmaz, filmde Erdal Tosun'un canlandırdığı Rendroy karakterinin memleketi olan gezegene "Anarşa" adını vermiştir ve Tosun bir sahnede "Anarşalılar asla yalan söylemez." demektedir. Ayrıca Yılmaz filmdeki Ceku, Amir Toça, Enverina ve Mulu gibi bazı adlarla çeşitli akrabalarına atıfta bulunmaktadır. Ceku, Yılmaz'ın anneannesinin adı olan Hatice'nin yöredeki kısa söyleniş şeklidir. Mulu ve Enverina, Yılmaz'ın annesinin halası ve amcasının; Toça ise annesinin komşularından birinin lakâbıdır.

Türkiye'de 2002 yılında gösterime giren Hong Kong filmi "Te wu mi cheng (Altın Yumruk İstanbul'da)"'nın son bölümleri, 2001 yazında semtte çekilmiştir.

Aşıklar Çeşmesi veya günümüzdeki adıyla Malik Ağa Çeşmesi'nin Rumlardan kaldığı bilinmekle beraber, inşa tarihi kesin olarak bilinmemektedir. Dönemin genç kızları ilgi duyduğu gençleri bu çeşme başında görebiliyorlarmış. Bu özelliği ile Aşıklar Çeşmesi adını alan tarihi çeşme, birçok birlikteliğe şahit olmuştur. Suyu, içme amaçlı olarak artık kullanılmayan çeşmenin kendi kaynağı kurumuştur. Çeşmenin hemen yanı başında mahallenin yaşlıları tarafından yaklaşık üç yüz yaşında olduğu tahmin edilen bir çınar ağacı vardır. Çeşmenin bulunduğu sokağa adını veren bu heybetli çınar, mahallenin yaşlılarının en çok rağbet ettiği dinlenme yeri ve sohbet yerleri arasında yer alıyor. Günümüzde, çeşmeye adını veren Malik Ağa'nın torunu Malik Bey'in işlettiği kahvehanenin bahçesinde bulunan ağaç ve tar