medi ve Berber asıllı birlikler Fatımiler ordusunun önemli bir kısmı olmayı korudular. Fatımiler Devleti Mısır'da başarı ile iyice yerleşince toplanan yerel askerlerden oluşan birlikler de Fatımiler orduasuna katıldılar ama Mısır'da Fatımilar devletinin bulunduğu dönemde bu yerel toplanan birlikler Fatimiler ordusunda nispeten küçük bir rol oynadı.

Fatımiler ordusundan temelden değiştiren değişiklik 15. yüzyılı ikinci yarısı sonlarında Fatımilerin Suriye'ye fethetme girişimlerinden ortaya çıktı. Buralarda Fatımiler ordusu Abbasiler halifelerinin kurdukları ve o devlete bölgelerinden önemli rol oynayan Türk asıllı askerlerin önemli rol oynadıkları ordularla karşılaştı. Bu Türk asıllı askerlerden oluşan orduların savaşma üstünlüğüne Fatimi ordusunun topladığı askerlerle karşı durmanın imkansız olduğu hemen anlaşıldı. Fatımiler halifelerinden Mansur ve Hakim dönemlerinde Türk asıllı askerlerden oluşan birlikler kurulup bunlara Fatımiler ordusunda önemli görevler verilmeye çalışıldı. Bundan sonra diğer asıllılaradan da birlikler Fatımiler ordusuna eklenmeye başlandı. Bunlar arasında Mısır'ın güneyinden toplanan Siyahi Afrikalı askerler ve Güney Kafkasya ve doğu Anadolu'dan toplanma Ermeni asıllı askerler de önemli roller oynamışlardır.

Fatimiler ordularının önemli bir niteliği de ordu birlikleri içlerindeki askerler benzer toplanma mevkilerinden gelmekte ve aynı ırktan olmalarıdır. Değişik ırktan olan askeri birliklere değişin tıp askeri görevler verilmekte idi. Örneğin Berberi asıllı askerlerden birliklere genellikle hafif süvari ve savaşçı piyade görevleri; Türk asıllı askerlerden oluşan birlikler ok atıcı süvariler ve ağır süvari birlikleri; siyahi Afrikalılar, Suriyeliler ve Araplardan oluşan birliklerin ise ağır piyade ve piyade okçuluk görevleri bulunmaktaydı. Arap olmayan ırklardan toplanmış olan askerlerin büyük bir kısmının hukuki hüviyetleri "kölelik" idi. Fatımi ordusunun birliklerini içlerinde etnik olarak homojen olması ve değişik ırktan birliklere değişik görevler verilmesi sadece Fatımiler Devleti'nin askeri niteliği olmadı ve Fatımiler yıkılıp onların Mısır'da yerini alan diğer devletler de Fatımiler ordusu niteliklerini aldılar.

Müslüman bölgeler ve halklar tehlikeler ve tehditler altında kalıp savunmaları gerektiğinde Fatimiler bütün askeri güç ve imkanlarını bu halkların savunmasına yöneltmişlerdir. Orndin Fatimi halifesi Muiz döneminde Bizans İmparatorluğu imparator I. Nikeforos Fokas tarafından yönetilmekteydi. İmparator Nikeforos eski Doğu Roma'ya ait olan arazileri geri almayı hedeflenmişti. Önce 961'de Girit'teki Müslüman Girit Emirliği ile savaşa girdi. Sonra Doğu Akdeniz'in kuzey sahilleri ve yakınlarında bulunan Tartus, El Masaisa, Ayn Zerbe gibi kale ve şehirlerini eline geçirdi.

Bu başarılarına bir neden de buralarda birbirine komşu bulunan Müslüman hükümdarlarının aralarının gayet kötü olması ve birbirleriyle devamlı silahlı mucadele içinde olmalarıydı. Bizans İmparatoru Müslüman arazilerini yakıp yıkıp harabeye döndüre hedefliydi. Uyguladığı taktik küçük köy ve kasabalara hücum etmek, yağmalamk, yakıp yıkmak, halkı yıldırp korkutup yerleşkelerini ve arazilerini böylece bıraktırmaktı. Bir zaman sonra Bizanslı (belki Balkanlı) göçmenleri buralara yerleştirmeyi de planlamaktaydı. İmparator bunu Irak kuzeyinde ve Suriye kuzeyinde uygulamayı başarmıştı. Müslümanlar onun Suriye, Filistin, El Jezire, Diyarbakır, Kuzey Irak, Irak ve hatta Mısır'a gözlerini diktiğini anlamışlerdı. Fatimiler orduları ve donanmalarına büyük gayretlerle ekler yapıp bunların harp eğitiminlerine dikkat ve önem vererek bu Bizans tehlikesini karşı koyabildiler ve Bizans imparatorunun emellerini sıfıra indirdiler.

Değişik etnik unsurların değişik askeri görevlere verilmesi ile oluşturulan Fatımiler Devleti ordusu genel olarak savaş alanında başarılı olmakla beraber, bu çeşit kurulan ordu Fatımi Devleti içişleri politikasına negatif aksi etkiler ortaya çıkardı. Önceleri gelenek olarak Fatımiler ordusunda bulunan Berber asıllı birlikler devlet içişleri politikasında önemli rol oynamaktaydı. Fakat Türk asıllılardan kurulan birlikler ordu içinde önem kazanmaya başlayınca, bunlar Berberlerin önemine karşı olmaya başladılar. 1020'li yıllarda ise Siyahi Afrikalılardan oluşturulan ordu birlikleri Berber asıllı ve Türk asıllı birliklerin siyasi arenada üst rol oynamasına karşı gelip bunların politik etkilerini azaltmak için bir seri ayaklanmaya önayak olmaya başladılar.

1060'li yıllara gelince Mısır çok ciddi bir kuraklık ve açlıktan dolayı büyük bir buhran içine girdi ve bu buhranlı yıllarda değişik etnik unsurlardan oluşan değişik ordu birlikleri arasında daha önce bulunan zayıf bir denge ortadan kayboldu. Kaynakların çok az bulunur hale gelmesi ile bu az bulunur kaynakları kendi ellerine geçirmek için değişik etnik gruplara ait değişik ordu birlikleri arasında yapılan mücadele bir iç savaşa dönüştü. Bu iç savaşa Türk asıllı ile siyahi Afrika asıllı birlikler arasında yapılan çarpışmalar halinde oldu ve Berber asıllı birlikler ise bazen bir tarafı bazen de diğer tarafı tutar olarak göründüler. Fatimi ordusunda bulunan Türk asıllı birlikler Kahire'nin büyük kısımlarını kendi kontrolları altına aldılar ve şehri ve bu şehirde yaşayan Fatımi halifesini ellerinde bir rehine olarak tutmaya başladılar. Buna karşılık Berber asıllı ordu birlikleri ve çoğu Sudan'lı olan siyahî Afrikalı birlikler Mısır ülkesine diğer bölgelerinde değişik araziler arasında dolaşarak birbirleri ile mücadele ederek kendi kontrolleri altında araziler oluşturmayı ve bu araziler üzerinde kontrollerini pekiştirmeye başladılar. Böylece sanki devlet merkezinde olan karışıklık yetişmezmiş gibi bu karışıklık Mısır ülkesinin tümüne de yayıldı.

1072'de bu duruma bir çare arayan Fatımi Halifesi Mûstensir Mısır'ı kurtarmak için gayet cüretli girişim yaparak o zaman Fatımi devletinin kuzey sınır kapısı olan Akka şehri valisi olan Emir Bedr el-Cemâli'yi Kahire'ye çağırdı. Bedr el-Cemâli emri altında bulunan sınır ordusu ile Mısır'ın içine girdi ve bu orduyu kullanarak kısaca bir süre için değişik grup ordu ayaklanmacılarının ordularını başarı ile tepeledi. Bu harekatta en büyük kaybeden asker grubu Türk asıllılar oldu. Bu harekatla Fatimi Halifeliği gayet acil olan ortadan kalkma tehlikesinden kurtarıldı. Fakat uzun asker ayaklanmaları ve mücadeleleri Mısır ülkesi arazilerine büyük zarar vermekle kalmamıș, devlet kurumlarını sanki içten çürütmüş idi. Bu çürük yapılı devlet kurumlarının Fatimi halifelerinin eline geçmesi, eğer köklü reformler yapılmazsa, onlara yapabilecek pek efektif icraat bırakmamıştı.

Bu başarısından dolayı ordu komutanı bir asker olan Bedr el-Cemâli'ye o zamana kadar bir sivil idareci tarafından yüklenilen Vezir yetkileri de verildi. Bu hem sivil devlet yönetim yetkileri hem de askeri başkomutanlık yetkileri olan Vezirlere Fatimiler Devleti içinde "Vezir-ül-Juyuş" adı verildi. Bu tip Vezir-ül-Juyuş" nitelikli devlet idarecileri bundan sonra Fatimiler Devleti son dönemlerinde diğer idarecilerin tümüne baskın tek büyük idareci olarak politik rol oynamaya başladılar. "Vezir-ül-Juyuş" olarak görev verilen Vezirler neredeyse bir devlet hükümdarı rolü aldılar ve Halifeler ise yönetim gücünden yoksun senbolik rol almaya başladılar.

Fatimi Devleti'nin politik idaresinin değişmesinin bir göstergesi Vezir-ül-Juyus Bedr el-Cemâli'nin Kahire içinde yaptırdığı "Cami El-Juyuşî (Ordularını Camii)" olmaktadır. Bu camii 1085'de Halife ve İmam (Fatımi)|Ma'ad al-Mûstensir Billah 'in adına yaptırılmıştır. Aynı zamanda Halife Mustansır'ın ayaklanmacılara karşı galip gelmesinin anısına yapılan bir zafer anıtıdır. Bu zafer anıtı Halife'nin iktidar gücü göstergesi olarak Kahire'nin güneydoğusunda bulunan en yüksek tepe olan Mukattam Tepesi'nin şehre bakan ucunda kayalıklar üzerinde kurulu olup, şehrin her semti bu camiden görülebilmekte ve sehrin her semtinden de yüksek tepedeki camii görülebilmektedir 

İlk "Vezir-ül-Juyuş" olan Bedr el-Cemâli öldükten sonra yine "Vezir-ül-Juyuş" yetileri ile oğlu El-Efdâl Şehinşâh Vezir olmuştur.

1040'li yıllarda Fatımiler Devleti'nin Kuzey Afrika'da babadan oğula geçen valileri olan Berber asıllı Ziriler Mısır'da bulunan Şii Fatımiler halifelerinden bağımsızlık ilan edip Bağdad'da bulunan Sünni Abbasiler halifelerinin Müslümanların halifesi olduğunu ilan ettiler. Buna misilleme olarak Fatımiler Devleti Kuzey Afrika'yı tekrar eline geçirmek için Banu Hilal Savaşı adı verilen bir istila savaşını başlattılar. Bu istila savaşı Akdeniz'in Kuzey Afrika kıyılarının yakılıp yıkılıp yaşanamayacak hale gelmesine yol açtı.

Fatımi Devleti'nin merkezi idaresi yörel idare için ikta sistemine çok dayandığı için ülkenin uzak köşelerine gönderilen askerî komutanlar gittikçe kendilerine verilen ikta arazilerinde yarı-bağımsız yaşamaya başladılar ve merkezi devlet idaresi için büyük sorunlar ortaya çıkarttılar.

Fatımiler Sicilya adasındaki idarelerini önce müslüman bağımsız Sicilya Emirliği'ne sonra da güney İtalya'dan gelen Norman I. Ruggero'ya kaybettiler ve 1190'da Sicilya adası tümüyle tekrar Hristiyan Normanlar eline geçmişti.

1070 civarlarında Fatımilerin Doğu Akdeniz ve Suriye üzerindeki arazileri Türk asıllı Büyük Selçuklu Devleti ve bunlara bağlı Türkmenlerin hücumlarına maruz kaldı ve bu araziler Fatımiler idaresinden çıktı. Birinci Haçlı Seferi'ne yol açan olaylar başında Kudüs'ün Artuklular Sökmen Bey ve İlgazi Bey tarafından ele geçirilmesi gelmekteydi. Ama Temmuz 1098'de Fatımi Devleti Veziri El-Efdâl Şehinşâh komutasında bir büyük Fatımi ordusu Kudüs'ü tekrar Fatımiler eline geçirmiş idi. Birinci Haçlı Seferi Frank Haçlılar ordusu Küdus önüne geldiğinde Kudüs'ü Haçlıların kuşatmasına karşı savunan Fatımiler ordusu ve komutanı İftikar el-Devla idi. Fatımiler Komutanı 15 Temmuz 1099'da Kudüs'ü anlaşma ile Haçlılara terk etti. Bundan sonra Fatımi Devleti, orada kurulan Frank Haçlı Kutsal Kudüs Krallığı ve aynı bölgedeki diğer Frank Haçlı devletlerine tüm Filistin arazilerini terk etmek zorunda kaldı. Fatımi Devleti elinde 1088'