i ile Turanşah'ı öldürdü. Diğer kaynaklara göre komplocuların reisi Baybars değil, Fariseddin Aktay'dı ve Sultanın ölümü bu kişi eliyle oldu.]

Sultan Turanşah'ın öldürülmesinden sonra Memluklu emirler Sultan otağında (Arapçası "Dihlis") toplandılar ve Şecer-üd-Dürr'ün yeni Sultan olarak hükümdar olmasına ve Memluklu emirlerden Muizziddin Aybeg'in de ona "Atabek" olmasına karar verdiler. Şecer-üd-Dürr bu sırada Kahire kalesindeki Sultan sarayında bulunmakta idi. Kendine gelen temsiliç[ilere bu görevi kabul edeceğini bildirdi. Tüm devlet erkanı Şecer-üd-Dürr'e biat etti. Şecer-üd-Dürr'e sultanlık unvanı olarak "El-Malike İsmeteddin Umm-Halil Şecer-üd-Dürr"; "Maliket-el-Müslimin" ve "Validat El-Malik El-Mansur Halil Emir El-Mu'aminin" verildi. Camilerde okutulan Cuma hutbelerinde "Umm El-Malik Halil" ve "Sahibat El-Malik Es-Salih" (yani Sultan Halil'in annesi ve Sultan Salih'in Karısı) olarak ismi geçti. Bu unvanları kullanılarak sikkeler derbedildi. Sultanlık buyrukları ve belgelerini "Validat Halil" adı ile imzaladı. Böylece olmuş kocasının ve yaşı küçük oğlunun isimlerine dayanarak meşru olarak hükümet ettiği belirtilmek istenmişti.

İlk devlet tedbiri yenilmiş olan Haçlılar ordunun esir düşmüş komutanı olan Fransa Kralı IX. Louis hakkında kararlar almak oldu. IX. Louis Fariskur Muharebesi'nde de esir düşmüştü ve Mansure'de tutuklu bulunmakta idi. Dizanteri hastalığına yakalanmış ve bir Arap hekim tarafından tedavi görmüş ve iyileştirilmişti. Haçlılar hala Dimyat kalesini ellerinde bulundurmaktaydılar. Esir Kralın salıverilmesi için 800,000 Bizans altını (Bezant) (500 000 Fransız altını livres tournois) fidye verilmesi ve Dimyat kalesinin Haçlılar tarafından terkedilmesi şart koşulmuştu..

Esir kral ile koordinasyon Sultan Turanşah'ın azlettiği yardımcı sultan olan Emir Hüsamemeddin tarafından yapılmakta idi. Salıverilme şartlarını Kral IX. Louis kabul etmiş ve bu Dimyat'ta bulunan Haçlılar ordusuna bildirilmişti. Seçer-ud-Durr sultan ilan edildikten sonra 800.000 Bizans altının Dimyat'ta toplanmasının çok güç olacağı için şartlar değiştirildi. Haçlıların bu fidyenin iki taksitte ödemeleri kabul edildi. İlk taksit ödendikten sonra Kral serbest bırakılıp Dimyat'a gidecek ve Dimyat'ta bulunan tüm Haçlı ordusu ile birlikte Filistin'e çekilecek ve hemen fidyenin ikinci taksidini verecekti. Kral fidyesi Tapınak Şövalyelerinden avansla borç alınarak ödendi. Dimyat'tan ilk taksit gelince Kral ve diğer Haçlı esirler serbest bırakıldı ve Dimyat'a gittiler. 8 Mayıs 1250'de Kral IX. Louis yanında 12.000 savaş esiri olmuş ve kurtarılmış Haçlı asker ve Dimyat'taki orduda kalanlar ile Dimyat'tan ayrıldı ve Filistin'e Akka'ya döndü...

Şecer-üd-Dürr'un Mısır'da iktidarı ele alması ve Mısır Eyyubileri sülalesinin devlet iktidarından atılması Mısır'da fazla aksi tesir doğurmadı. Ama Haçlı ordusu komutanı Fransa Kralı IX. Louis'in esirlikten fidye vererek kurtulmasına itiraz edenler bulundu. Ama onun hükümdar ilan edilmesine en önemli karşı çıkmalar Şam'daki Suriye Eyyubileri ve Bağdad'daki Abbasi halifesinden geldi.

Sultan Turanşah'ın bir suikastla öldürülmesi ve yerine Şecer-üd-Dürr'un Mısır'a hükümdar olarak kabul edilmesi haberi Suriye'ye çabuk olarak yetişti. Suriye'de bulunan emirlerden Şecer-üd-Dürr'e biat etmeleri istendi; ama Suriye'deki emirler bunu kabul etmediler. Sultan yardımcısı olan Krak kalesi emiri ise Kahire'daki Şecer-üd-Dürr'e karşı isyan ettiğini ilan etti. Suriyeli emirler bu ülkenin Sultanlığı'nı Eyyubiler sülalesinden olan Eyyubiler Halep Emir Nasır Yusuf'a verdiler. Buna karşılık olarak Mısır'daki idareciler Mısır'da bulunan ve Eyyubilere sadık olduklarını bildiren tüm emirleri tutukladılar.

Diğer taraftan Bağdad'da hala hüküm süren Abbasiler halifesi Mutasım bir kadın olan Şecer-üd-Dürr'ün bir müslüman ülkeye hükümdar olabilmesinin prensip olarak kabul edilemiyeceğini bildirdi. Halife Mutasım'ın Bağdad'dan Kahire'ye gönderdiği ileti şöyle idi:

Eğer orada hükümdar olabilecek bir "erkek" yoksa biz size buradan bir "erkek" göndermeye hazırız. 

Abbasi halifesinin Şecer-üd-Dürr'ü Mısır hükümdarı olarak kabul etmemesi ona destek sağlayan Bahri Memluklular kliğine çok fena tesir yaptı. Mısır'daki devlet geleneğine göre Mısır hükümdarının meşru olarak kabul edilmesi ancak yeni Mısır hükümdarının Bağdad'daki Abbasiler Halifesi tarafından teyit edilmesi mümkün olmaktaydı. Mısır Sultanlarının dinsel hiçbir ünvanları olmamakla beraber ve dinsel olarak tamamiyle bağımsız olmalarına rağmen, yeni sultanın Abbasi halifesi tarafından sultanlığının teyit edilmesi mutlaka gerekli olduğu kabul edilmekte idi.

Mısır'da egemen olam Memluklu emirler halifenin bu ısrarı üzerine bir başka çareye baş vurdular. Şecer-üd-Dürr sultanlıktan feragat ettiğini ilan etti. Bahri Memlukluların en önemlilerinden olan ve "atabek" olan Emir Aybeg Şecer-üd-Dürr ile evlendi ve Aybeg Sultan olarak görevi üzerine aldı.

Böylece resmen Şecer-üd-Dürr'ün sultanlığı sona erdi. Aynı zamanda Mısır'da Eyyubiler hanedanının da hüküm sürmesi de sona buldu. Yeni bir devlet olan Memluklüler devleti kurulmasının ilk adımları atılmış oldu. Ama yeni Sultan olan Aybeg'in karısı olduğu için Şecer-üd-Dürr kocasına söz geçirebildikce Mısır'da yine baş iktidar gücü olmaya devam etmekte idi.

Emir Aybeg Mısır hükümdarı olduğu zaman "Malik Muiziddin Aybeg" taht adını aldı. Sultan Aybek Eyyubi Sultanı Salih Eyyub'un şahsi kölesi idi ve bunu için "Salihiye Memlûkluları" kliği adını alan dört emirle birlikte (Farisseddin Aktay, Baybars Bundukdari, Seyfeddin Kutuz ve Bilban El-Rasidi ile) Mısır'ı idareye başladı.

Sultan Aybeg Bağdad'daki halifeyi tatmin etmek için Halifenin Mısır'da temsilcisi olduğunu ilan etti. Suriye Eyyubilerinin tatmin etmek ve yönetimin meşruluğuna işaret etmek için Eşref Musa adli, Sultan Kamil bin Adil'in torunu olup Eyyubiler sülalesinden olan 6 yasında bir çocuğu Kahire'de göstermelik olarak ismen Eyyubiler Mısır Sultanı olarak ilan etti. Bunu sağlamak için Mısır Sultanı ilan edilmiş olan Memluklu Aybeg bir hafta gibi geçici bir süre için sultanlıktan ayrıldı. Fakat sonra Aybeg "Ortak hükümdar" olarak Eşref Musa'nın dört yıllık hükümdarlığı boyunca fiilen Mısır'ı yönetti.

Suriye Eyyubileri bundan tatmin olmadılar. Eyyibiler Suriye Sultanı Nasır Yusuf komutası altında Suriye ordusu ve diğer Eyyubiler hükümet idarecilerinin orduları Mısır'a saldırıp Kahire'ye ilerlemeye koyuldular. Kahire'den gelen Memluklu emirler komutasındaki Mısır ordusu ile Kahire dışında "Salihiye Muharebesi" adli bir muharabe yapıldı. Mısır Memluklular ordusu galip çıktı ve Suriye Eyyubiler ordusunu yenerek geri püskürttü. Sonraki "Kora Muharebesi" ile Mısır Memluklur ordusu Suriye Eyyubileri tekrar yenip Mısır'dan attı. Memluklüler sonraki birkaç yılda arazilerini genişletip Filistin ve Suriye'nin güney kısımlarının idaresini ellerine geçirdiler. Suriye'de bulunan Eyyubiler hükümdarları bir Memlükler ordusunun Suriye'yi istila etmesinden korkmaya başladılar.

Bağdad'daki Abbasiler halifesi bu sırada Moğolların kuzey ve kuzeybatıdan ilerlemesinden kuşkulanmaktaydı ve Memluklu Mısır ile Eyyubiler Suriye devletleri arasında bir barış sağlamak için barış müzakerelerine aracı oldu. Yapılan barış antlaşmasında Mısır Memlukluları daha önceki Eyyubiler Mısır Sultanlığından çok daha fazla araziyi idaresi altına almia oldu.

1254'te Sultan Aybeg'in Mısır yönetimine karşı bir içsel tehdit ortaya çıktı. Bahri Memlukluları lideri olan Emir Fariseddin Aktay'ın ve ona bağlı olan (Baybars Bundukdari, Kalavun El-Alfi gibi) emirler devlet içinde devlet olmakla Sultan Aybeg'in idaresine tehdit etmekteydiler. Son Eyyubiler Mısır Sultanı olan Salih Eyyub'un köleleri oldukları için "Salihiye Memlukluları" adı verilen bu kliğin başı Emir Fariseddin Aktay idi. Emir Fariseddin Aktay Eyyubiler Hama Emiri Mansur'un kız kardeşi olan yeni eşi ile Kahire kalesinde yaşamak için Aybeg'den izin istedi. Sultan Aybeg Emir Aktay'ın bu evlilikle kendini meşru Eyyubiler Sultanı olarak ilan edeceğinden korktu. Aybeg, Emir Seyfeddin Kutuz ve diğer memluklüler bir komplo hazırlayıp Fariseddin Aktay'ı Sultanlık sarayında öldürdüler. Emir Fariseddin'in yakın arkadaşı olan Emir Baybars Bundukdarî, Emir Kalavun El-Alfi ve onlara bağlı olan Memluklular, Karak'a sonra Suriye'ye kaçtılar. Sultan Nasır Yusuf bunları Mısır'a geri göndermedi. 1255'te Suriye Sultanı Nasır Yusuf tekrar Mısır sınırına Suriye ordusunu gönderdi ve bu ordu içinde Mısır'dan kaçan "Salihiye Memluklar" kliği üyeleri de bulunmaktaydı. Bu ordu da Sultan Aybeg'in Mısır ordusu tarafından mağlubiyete uğratıldı.

Sultan Aybeg Suriyeli Eyyubilere karşı savaşmakta iken devlet idaresi Şecer-üd-Dürr elinde kaldı. Fakat Şecer-üd-Dürr ile kocası Sultan Aybeg'in arası bozulmaya başladı. Şecer-üd-Dürr'ün devlet idaresinide aldığı kararları ve sonuçları kocasından sakladığı iddia edilmektedir. Sultan Aybeg'in Şecer-üd-Dürr'den önce "Umm Ali" adli bir karısı bulunmakta idi ve bu kadından (sonradan Aybeg yerine Memluklu Sultanı olacak) Mansur Ali adlı bir oğlu vardı. Şecer-üd-Dürr, kıskançlıktan olacak, kocasını bu eşinden boşanmaya zorladı.

1257'de Sultan Aybeg özellikle Suriye'ye kaçmış olan Mamluklulara karşı bir ittifak kurmak için Eyyubiler Musul Emiri Bedreddin Loalo'nun kızı ile evlenmeye karar verdi. El Makrizi'nin bildirdiğine göre Bedreddin Loalo, Sultan Aybeg'e karısı Şecer-üd-Dürr'ün Şam'daki Eyyubiler Suriye Sultanı Nasır Yusuf ile mektuplaştığını ve ona hediyeler göndererek Aybeg'i öldürüp Sultan Nasır Yusuf'la evlenip onu Eyyubiler Mısır Sultanı yapmaya hazır olduğunu bildirdiğini Sultan Aybeg'e söyledi. El-Makrizi'ye göre bunu öğrenen Sultan Aybeg Şecer-üd-Dürr'ü öldürtmeye karar vermişti.

Yine El-Makrizi'ye göre Şecer-üd-Dürr kocası Aybeg'in kendini öldürteceğini hissedip ve Sultan yaptığı kocasının kendine büyük bir ihanette bulunmasından daha önce davranmıştı. Sultan Aybeg bir akşam hamama gitmişken hizmetçilerine Sultan'ı öldürme emirini vermişti. El Makrizi'ye göre Sultan Aybeg hizmetçilerin kendini öldüreceklerini anlayınca karıs