e Parker kendisini arkadaşı Juliet Hulme'den ayırmak isteyen annesini, arkadaşı Hulme ile iş birliği yaparak öldürmüştü. Jackson ve Walsh, davanın yaşandığı dönemdeki gazeteleri okuyup onların eski sınıf arkadaşları ve öğretmenleri ile konuştular. Ayrıca polisler, avukatlar, aile dostları ve psikologlarla da görüştüler. Film, çekimler sona erdikten hemen sonra ölen yapımcı Jim Booth'a adandı. Peter Jackson, 1993 yılında "Cennetin Yaratıkları" filminin dijital özel efektleri için Richard Taylor ve Jamie Selkirk ile iş birliği yaparak Weta Digital şirketini kurdu.

"Cennet Yaratıkları" ("Heavenly Creatures") ilk olarak Venedik Film Festivali'nde gösterildi. Jackson'ın yönetimi, oyunculuklar ve özel efektler büyük övgü aldı. Jackson, bu film ile Venedik Festivali'nde En İyi Yönetmen Ödülü'nü aldı. Ayrıca film En İyi Orijinal Senaryo dalında Akademi Ödülü adayı oldu ve "Time", "The Guardian", "The Sydney Morning Herald", "The New Zealand Herald" gibi gazetelerin "Yılın En İyi 10 Filmi" listesine girdi. Finansal açıdan başarılı olamayan "Cennetin Yaratıkları", yine de bazı yerlerde övgüye değer başarılar kazandı. Örneğin Amerika Birleşik Devletleri'nde 57 sinema salonunda sınırlı gösterime giren film, 3 milyon dolar kazandı. Jackson, ertesi yıl Costa Botes ile "Forgotten Silver" adlı bir yarı-belgesel yönetti. Costa Botes filmin belgesel kısımlarını yönetirken, Jackson da sözde McKenzie tarafından filme çekilen kısımları yarattı. Jackson ayrıca Los Angeles'ta Harvey Weinstein'ın da içinde olduğu sahte kısa görüşmeler hazırladı. Film ilk olarak TV ONE kanalında gösterildi. Film ciddi bir belgesel olarak tanıtıldı. Ancak yöneticiler, izleyicilere kısa süre sonra bunun bir oyun olduğunu hatırlatmak zorunda kaldı.

1996 yılında Jackson'ın yönettiği "Sevimli Hayaletler" ("The Frighteners") gösterime girdi. Bu filmin öyküsü, Jackson ve Fran Walsh'un aklına "Cennetin Yaratıkları" filminin senaryosu yazılırken gelmişti. İki üç sayfalık bir tretman yazıp Hollywood'taki yetenek ajanlarına yolladılar. Robert Zemeckis, tretmanı gördükten sonra Jackson ve Walsh'ı 1993 yılının Ocak ayında tam uzunlukta bir senaryo yazmaları için görevlendirdi. Zemeckis, senaryoyu gördükten sonra filmi Jackson'ın daha iyi yöneteceğine inandı. Yürütücü yapımcılığa geçen Zemeckis, filmin dağıtımı için Universal Pictures ile anlaştı. Universal Pictures, filme yapım için 26 milyon dolar ayırırken Jackson ve Zemeckis'e sanatsal kontrol ve filmin son kurgusu için tam yetki verdi. Filmin yapımı altı ay sürdü. Finansal bakımından başarısızlık yaşayan film, genellikle olumlu eleştiriler aldı. Film eleştirmeni Roger Ebert, Peter Jackson'ın protez makyaj tasarımı, bilgisayar animasyonu ve özel efektlerle, heyecanlı bir senaryo yazmaktan daha çok ilgilendiğini yazdı. Jackson, 2001 yılında gösterime giren "" filmine kadar hiçbir filmi yönetmedi. Jackson aslında "Sevimli Hayaletler"'den sonra 1933 yapımı "King Kong" filmini yeniden çekmeyi planlıyordu. Filmin senaryosunu da hazırlamıştı. Ancak Universal Pictures, "Godzilla" (1998) ve "Mighty Joe Young" (1998) filmlerinin gişede başarısız olduğunu görünce filmin yapımını erteledi.

Jackson'ın "Yüzüklerin Efendisi" ile ilk olarak Ralph Bakshi'nin 1978 yapımı animasyon filmi izlediğinde tanışmıştı. Jackson 1995 yılında, "Sevimli Hayaletler"'i bitirdikten sonra yeni projesinin "Yüzüklerin Efendisi" romanlarını sinemaya uyarlamak olacağını düşündü. Fran Walsh ile birlikte, Miramax Films'in patronu Harvey Weinstein'la iş birliğine giderek, kitapların telif haklarını 1970'lerden beri elinde tutan Saul Zaentz ile görüştü. "King Kong" filminin yeniden çevrimi rafa kaldırılınca Weinstein'dan destek alan Jackson, Fran Walsh ile bir tretman yazdı. Roman üçlemesinin iki filme uyarlanması ve bütçenin 75 milyon dolar olması konusunda anlaşıldı. Peter Jackson, Fran Walsh ve Philippa Boyens ile 1997 yılında başlayan iş birliği sonucunda Tolkien'in "Yüzüklerin Efendisi" romanlarını iki filme senaryolaştırdı. Ancak New Line Cinema projeye katıldığında, yetkililer bir üçleme yapılması konusunda karara vardı. Jackson, Walsh ve Boyens bu yüzden yeni bir senaryo yazmaya başladı. Jackson, kendisine neden ilk olarak üçlemenin başlangıcı sayılan "The Hobbit" romanlarını senaryolaştırmadığı sorulduğunda ""Hobbit" çok daha basit bir öykü. "Yüzüklerin Efendisi" ise adaptasyonu zor olmasına karşılık çok daha tatmin edici" diye cevap verdi. Ayrıca 1976 yılında "The Hobbit" romanın haklarını satın alan United Artist ile anlaşılamamıştı. "" filminin çekimleri Yeni Zelanda'daki geniş bir alanda 11 Ekim 1999 ve 22 Aralık 2000 tarihleri arasında gerçekleşti. Jackson'ın popüleritesini arttıran "Yüzüklerin Efendisi: Yüzük Kardeşliği", 19 Aralık 2001 tarihinde gösterime girdi. Filmin uyarlandığı romana sadık kalması takdir edildi. Eleştirel ve finansal açıdan çok başarılı olan film, dünya çapında 870,761,744 Amerikan doları kazandı. On üç dalda Akademi Ödülü adaylığı elde etti. En İyi Görüntü Yönetmeni, Görsel Efekt, Makyaj ve Orijinal Beste dallarında ödülü kazandı. Peter Jackson da En İyi Yönetmen dalında ödüle aday oldu.

""'nin yapımı 11 Ekim 1999 ve 22 Aralık 2000 tarihleri arasında, serinin diğer iki flmi ile birlikte gerçekleşti. "Entertainment Weekly" dergisindeki bir makalede, Jackson ve New Line şirketinin filmin son kurgusu yüzünden tartışma yaşadıkları yazıldı. Film, ilk olarak 17 Aralık 2002 tarihinde Birleşik Krallık'ta gösterime giren film, ilk üç gününde 61,5 milyon dolar kazandı. Dünya çapında ise toplamda 925,282,504 dolar elde etti. En İyi Film, Sanat Yönetimi - Set Tasarımı, Kurgu ve Ses dallarında Akademi Ödülü adayı olan film, En İyi Görsel Efekt ve Ses Kurgusu dallarında ödülü kazandı. Ayrıca İngiliz sinema dergisi "Empire" tarafından da 2002 yılının En İyi Filmi seçildi. Rotten Tomatoes sitesinde de %97 reytinge sahip oldu.

""'nün çekimleri 2000 yılında gerçekleşti. Filmin galası 1 Aralık 2003 tarihinde Jackson'ın doğduğu kasaba olan Wellington'daki Embassy Sinema Salonu'nda yapıldı. Jackson konu ile ilgili "New Line bana söz verdi ve ben sözlerinde durmaları için elimden geleni ardıma koymayacağım. Bu ülke bir dünya prömiyerini hakediyor ve bunun son filmle olması en mükemmeli" demişti. Film, gösterime girdiği ilk gün 34,5 milyon Amerikan doları kazandı. Dünya çapında ise toplamda 1,119,110,941 Amerikan doları kazandı. Rotten Tomatoes sitesinde %94 reytingin sahibi oldu. En İyi Film, Yönetmen, Uyarlama Senaryo, Orijinal Beste, Şarkı, Görsel Efekt, Sanat Yönetimi, Kostüm, Makyaj, Ses Miksajı ve Film Kurgusu dallarında Akademi Ödülü adayı oldu. Film aday olduğu bütün kategorileri kazandı ve "Baba II" ("The Godfather Part II", 1974) filminden sonra En İyi Film ödülünü kazanan ikinci devam filmi oldu. Jackson, En İyi Yönetmen, Film ve Uyarlama Senaryo dallarında ödülü kazandı. Ayrıca Jackson'ın kurucularından biri olduğu Weta Digital şirketi, "Yüzüklerin Efendisi Üçlemesi"'ndeki çalışmasıyla Akademi Ödülü kazandı.

Universal Pictures, Peter Jackson'a ikinci kez 1933 yapımı "King Kong" filmin yeniden çekmesini teklif etti. Jackson, bu film için 20 milyon dolarlık bir kontrat imzaladı. Ayrıca gelirlerin %20'sini filmin yapımcılarından olan eşi Fran Walsh ile paylaşmayı kabul etti. Jackson, filmi kendi ülkesi Yeni Zelanda'da çekti. Filmin özel efektlerini Jackson'ın şirketi Weta Digital hazırladı. Film, 14 Aralık 2005 tarihinde gösterime girdi ve ilk haftasonunda 50.1 milyon dolar kazandı. 200 milyon Amerikan dolarından daha fazla bir bütçeye sahip olan film, dünya çapında toplamda 550,517,357 Amerikan doları elde etti. En İyi Görsel Efekt, Ses Miksajı, Ses Kurgusu ve Sanat Yönetimi dallarında Akademi Ödülü'ne aday olan "King Kong", Sanat Yönetimi dışında aday olduğu bütün kategorileri kazandı.

Peter Jackson, Alice Sebold'un "Cennetimden Bakarken" adlı romanının uyarlamasıyla 2004 yılının Nisan ayında ilgilenmeye başladı. Jackson, Fran Walsh ve Phillippa Boyens ile yazdığı 120 sayfalık senaryo taslağını 2006 yılının Ekim ayında bitirdi. 2007 yılının Nisan ayında senaryoya son şekli verildi. Yapımcı şirket DreamWorks Pictures filme 70 milyon dolar bütçe ayırdı. Filmin yapımı 2007 yılının Ekim ayında başladı. Filmin 13 Mart 2009 tarihinde gösterime gireceği duyuruldu ama "ödül sezonu" için filmin gösterim tarihi 11 Aralık 2009 tarihine ertelendi.

Teknolojideki ilerlemelerden dolayı üç boyutlu bir film çekmek isteyen Jackson, Steven Spielberg ile iş birliği yaparak Georges "Hergé" Remi'nin çizgi romanı "The Adventures of Tenten"'i uyarlamayı kabul etti. Jackson ve Spielberg öykünün üçleme olması konusunda anlaştı. Projenin ilk filmi olan ""'u Spielberg'in yöneteceği, ikinci filmin ise Jackson tarafından yönetileceği açıklandı. Jackson ve Spielberg, bir aksilik olmazsa üçüncü filmi birlikte yönetmeyi planladıklarını umut ettiklerini söyledi.

Peter Jackson ve Fran Walsh, "The Hobbit" filmini çekmekle 1995 yılında ilgilenmeye başladı. Harvey Weinstein, "The Hobbit" romanlarının film haklarını elinde bulunduran Saul Zaentz ile tanıştığında, filmlerin dağıtım haklarının United Artist'te bulunduğunu öğrendi. ve şirket hala aktif durumdaydı. Bu yüzden Harvey Weinstein'ın romanların hakları alma çabası başarısızlık ile sonuçlandı. Weinstein da Jackson'a "Yüzüklerin Efendisi" romanlarını uyarlamasını teklif etti. Sonunda New Line Cinema, "Yüzüklerin Efendisi"'nin yapımcılığını üstlendi. "The Hobbit"'in haklarını alan şirketin bu anlaşması 2010 yılında sona erecekti. 2006 yılının Eylül ayında, United Artist'in sahibi Metro-Goldwyn-Mayer, New Line ve Jackson'ın "The Hobbit" filmini yapmak ile ilgilendiğini açıkladı.

Peter Jackson, 2005 yılında New Line Cinema'yı ilk filmin hesaplarındaki tutarsızlık ve para çaldıkları gerekçesiyle mahkemeye verdi. Jackson, "" filminin DVD ve gişe gelirlerinde hakkı olduğunu, ancak New Line Cinema'nın bu ödemeyi en aza indirebilmek için alt dağıtımcılara yaptığı film satışlarının gelirlerini yarı yarıya az göstermiş olduğunu iddia etti. Davadan rahatsız olan şirketin kurucularından Robert Shaye, 2007 yılın