if olarak sultanlık görevlerini görmeye başladı. Ona bu görevde destek sağlayanlar başında Memlûklu emiri Aybeg, Emir Fahreddin Yusuf ve Emir Baybars Bundukdarî bulunmaktaydı.

Mansure kalesi önünde Haçlılarla yapılan Mansure Muharebesi ile Farispur Muharebesi'ne ve esir alınan Fransa Kralı IX. Louis ile yapılan barış antlaşması, büyük fidye alınması ve Haçlı'ların Mısır'ı terketmesi konularında Emir Aybeg'in katkıları hakkında elimizde belgesel bilgiler bulunmamaktadır. Çok önemli Memlûklu Emiri olan Emir Fahreddin Yusuf'un Mansure önündeki Mısır ordusu komutanı iken Mansure Muharebesi'nden önceki bir baskında öldüğü ve Haçlılara karşı yapılan muharebelerde önemli rolü oynıyan Memlûklu emir Baybars Bundukarı olduğu da bilinmaktedir. Aynı şekilde son Eyyubiler Sultanı Muazzam Turanşah'in katline neden olan Memlûklu emirler tarafından yapılan komploya Emir Aybeg'in şahsi katkısı da bilinmemektedir. Bu dönemlerde Mısır'daki devletin efektif idarecisinin Şecer-üd-Dürr olduğu bilinmektedir ve Sultan Muazzam Turanşah'ın öldürülmesini teşvik eden yine bu kişidir. Şecer-üd-Dürr'ün Memlûklu emirlerden yakın danışmanları olduğu ve bunların devlet idaresinde baş rolü oynadığı da belgelidir. Sultan Muazzam Turanşah'ın öldürülmesinden sonra Şecer-üd-Dürr Kahire Kalesinde Memlûklu kölemen emirler tarafından "İslamların Sultanı" olarak ilan edilerek Mısır hükümdarı olmuştur. Onun yakın danışmanı olan Memlûklu Emir Aybeg de aynı zamanda "Askerler Atabeyi (Atabek el-Asakir)" unvanı alarak Mısır orduları başkomutanı oldu. Bundan dolayı bu olaydan daha önce de Emir Aybeg'in Mısır'daki Haçlılarla muhaberelere ve barışın erişilmesine önemli katkıları olduğu büyük olasılıklıdır.

Mısır ilerigelenleri ve Memlûklu emirleri ve Memlûk orduları Şecer-üd-Dürr'e biat edip onun hükümdarlığını kabul ettiler. Buna aleyhtar olan Şam ilerigelenleri, Eyyubiler Halep Emiri olan Nasır Yusuf'u Şam'a çağırdılar. Onun Eyyubiler Suriye Sultanlığı görevine geçtiği ilan edildi. Eyyubiler Suriye Sultanı olan Nasır Yusuf ve diğer Suriye emir ve valileri Şecer-üd-Dürr'u "İslamların Sultanı" olarak kabul etmediler; ona biat etmediler. Eyyubiler Hama Emiri II. Mansur Muhammed de Şam'a geldi. En yaşlı Eyyubiler lideri olarak liderliği altında bir Eyyubiler hükümdarları grubu toplanmasına başlandı. Gruba daha az önemli Eyyubiler Hanedanı mensubu hükümet idarecileri de katıldı. Bu grup Mısır'e ele geçirip Eyyubiler idaresini Mısır'da yeniden kurma amacı ile Mısır'a bir askeri sefer tertip etme hazırlıklarına başladı.

Bağdad'da bulunan Abbasiler Halifesi Mustasım Billah da Şecer-üd-Dürr'ün bir kadın olması nedeniyle hükümdarlığını kabul etmedi.

Bu siyasi çıkmaza bir çare olmak üzere Şecer-üd-Dürr Mısır'ı 80 gün hükümdar olarak idare ettikten sonra tahttan feragat etti. Yakın danışmanı ve Atabey olan Aybeg'le evlendi. Aybeg Mısır Sultanı olarak tahta geçirildi.

Yeni Mısır hükümdarı olan Aybeg "Malik Muizz-id-din Aybeg" taht adını aldı. Hükümdarlığı başından itibaren destek gördüğü 4 Memlûklu emir bulunmaktaydı: Farisseddin Aktay, Baybars Bundukdari, Kutuz ve Bilban El-Raşidi. Bunlarin hepsi Sultan Salih Eyyub'un şahsi köleleri oldugu için bu kliğe "Salihiye Memlûkluları" adı verilmektedir.

Tam bu sırada Suriye Şam'da toplanan Eyyubiler hanedanı üyeleri tarafından Mısır'a bir askeri sefer uygulanması kararı alındığı haberi erişti. Sultan Aybeg ve danışmanları Memlûklu emirleri bu gelişmeden hiç hoşlanmadılar. Önce Kahire ve Mısır'da bulunan Eyyubiler destekçileri yakanıp tutuklandılar.

Sultan Aybeg gayet temkinli davranarak kendi idaresinin meşruluğuna işaret etmek üzere Kahire'de göstermelik ismen bir Eyyubiler hükümdarının bulunmasını kabul etti. Bunu sağlamak için Mısır Sultanı ilan edilmiş Aybeg bir hafta gibi geçici bir süre için sultanlıktan ayrıldı ve onun yerine Eyyubiler hanedanı mensubu olan 6 yaşında bir çocuk olan Eşref Musa Mısır Sultanı olarak ilan edildi.

Bu dönemde Sultan Aybeg eski sahibi olan Eyyubiler Sultanı Salih Eyyub'u şereflendirmek için oldüğünde Haçlılar tehdidi dolayısıyla Mansure'ye gizlice gömülmüş olan Sultan Salih Eyyub'un cesedini Kahire'de Bain El-Kasrain semtinde Sultan Salih'in inşa ettirdiği medĴrese yanında yine kendi yaptırmış olduğu türbeye naklettirip büyük bir cenaze merasimi ile gömdürdü.

Çok geçmeden Eyyübiler Suriye ordusu ve diğer Suriye'de Eyyubiler emirinin orduları Eyyubiler Suriye Sultanı Nasır Yusuf komutasında Mısır'a girdi ve Kahire'ye ilerlemeye koyuldu. Kahire'den gelen ve Memlûklu emirler komutasındaki Mısır ordusu ile istilacı Suriye Eyyubiler ordusu Kahire dışında "Salihiye Muharebesi"'ne giriştiler ve Mısır Memlûklular ordusu galip çıktı. Suriye Eyyubiler ordusu Kahire önünden geri püskürtüldü. Sonra da Mısır ordusu "Kora Muharebesi"'nde Nasır Yusuf'un Suriye Eyyübiler ordusunu yenip bu orduyu Mısır'dan dışarı çıkarttı.

Sonraki birkaç yılda Memlûkluler Sultanı Aybeg'in Memlûklular ordusu Suriye Eyyubiler ellerinde bulunan bazi arazileri de fethederek Filistin ve Suriye'nin güney kısımlarının yönetimini de eline geçirdi. Suriye'de bulunan Eyyubiler hükümdarları bir Mısır Memlûkluler ordusunun Suriye'yi istila etmesinden korkmaya başladılar.

1253 yukarı ve orta Mısır'da "Hisnaldin Talab" adli bir kişi devlete karşı ciddi bir halk ayaklanması başlattı. Bu ayaklanma Mısır Bahri Memlûklular ordusu ile komutanı Memlûklu Emir Farisseddin Aktay tarafından bastırıldı. Bu Memlûklu Emir Farisseddin Aktay'ın siyasi gücünü güçlendirdi. 1254'de Emir Farisseddin Aktay Eyyubiler Hama Emiri Mansur'un kız kardeşi ile evlilik yapmak ve yeni karısı ile Kahire kalesinde ikamet etmek için Sultan Aybeg'den izin istedi. Bahri Memlûklularının lideri olan Emir Farisseddin Aktay'ın ve ona bağlı olan Memlûklülerin devlet içinde devlet olup Aybeg yönetimin tehdit edebileceğinden korkmaya başladı. Sultan Aybeg Emir Aktay'ın kendini meşru Eyyubiler Sultanı olarak ilan edeceğinden şüphelendi. Sultan Aybeg, Emir Kutuz ve diğer danışmanı olan Memlûklüler ile birlikte bir komplo hazırladı. Sultan Aybeg Emir Farissuddin Aktay'ı Kahire kalesinde sultanlık sarayına davet edildi. Orada Aybeg'in Memlûkluları tarafındn öldürüldü ve kesik kellesi kale duvarlarından aşağı atıldı. Aktay'ın kliğinde bulunen Bahri Memlûklu emirler, bunlar arasında sonradan Sultan olacak olan Baybars Bundukdari ve Kalavun, geceleyin Suriye'de Karak ve Şam'a bazıları da Anadolu Selçuklu Devleti arazilerine kaçtılar. Sultan Aybeg Bahri Memlûklularının sahibi oldukları gayrimenkulleri talan ettirdi ve 1252'den beri Aktay'ın kendi mülküymüş gibi idare ettiği İskenderiye şehrinin kontrolünü kendi eline geçirdi. Bu Bahri Memlûklular kliğine dahil olup da kaçamayan Memluklular hapise konuldular veya idam edildiler. Sultan Aybeg Bahri Memlûklular kliğinin gücünü kestikten sonra göstermelik olarak kendisi ile güya ortak sultan olan Eyyubiler hanedanındaa Eşref Musa'yi Sultanlıktan hal etti ve onu kırsal Mısır'da bulunan eskiden dedesinin olan ve o zaman teyzelerinin olan aile evine gönderdi. Böylece Mısır'da 4 yıl önce efektif olarak sona eren Eyyubiler hanedanı bu şekilde gerçekte de sona erdi.

Sultan Aybeg Memlûklu Devleti'nin ve Mısır'ın tek hükümdarı oldu. O zaman Mısır ve Eyyubiler gelenekssel idaresine göre Suriye'ye dahil olan güney Filistin ve güney Suriye de ıdaresi altında bulunmaktaydı. Ama Suriye'de bulunan Eyyubiler Sultanı Nasır Yusuf ile arasındaki savaş durumu kalkmamıştı. İki devlet arasında yapılan müzakereler sonunda Nasır Yusuf'un Suriye Eyyubiler devletinin Mısır'da Memlûklu Devleti meşru devlet olarak tanıması şartı ile geleneksel olarak Suriye'ye bağlı olması gereken arazileri Sultan Aybeg yine Suriye devleti idaresine terk etti. Suriye Eyyubileri ile Aybeg'in bu anlaşma yapmasının bir nedenin İran'da kurulun Moğol İlhanlılar devletinin Doğu Akdeniz ve hatta Mısır'a gayet büyük tehlike yarattığının anlaşılması idi.

1255'de yukarı Mısır'da İzzeddin Aybeg El-Afram adlı bir Memlûklu yeni bir ayaklanma çıkarttı. Şam'da bulunan Eyyubiler Suriye Sultanı Nasır Yusuf elindeki ordu ile güneyinde bulunan Memlûk Devleti'nin sınırlarına yürüdü. Bu sefer yanında Mısır'dan Sultan Aybeg'dan kaçmış olan Bahri Memlûklular, özellikle Emir Baybars ve Emir Kalavun, bulunmaktaydı.

Sultan Aybeg'ın karısı Şecer-üd-Dürr ile arası açılmıştı. 1257'de Sultan Aybeg bir polo oyunundan sonra sarayının sultanlık dairesinde hamamda yıkanmakta iken karısı Şecer-üd-Dürr tarafından öldürüldüğü belgelenmiştir. Bu öldürülme için tarihçiler çeşitli değişik nedenler vermişlerdir.

Bazı tarihçilere göre Sultan Aybeg Şecer-üd-Dürr ile evlenmeden başka kadınlarla evli olup çocukları bulunmakta idi. Şecer-üd-Dürr'den hiç çocuğu olmadığı ve yine de genç ve güzel cariyelere gözü olduğu için karısının kıskançlık hislerini kabartmıştı. 60 yaşında olan Sultan Aybeg'ın yeni bir genç ve güzel cariye ile yakınlık kurup Şecer-üd-Dürr'ü tamamen bir tarafa bırakmasının, onu Sultanlık makamına kadar yükseltmiş olan karısının kıskançlıkla onun nankör olduğunu kendini inandırması nedeni ile öldürmesine neden olmuştur. Diğer tarihçilere göre Sultan Aybeg Suriye'den gelen Bahri Memlûklular tehlikesine karşı ülkesini korumak için kendisi ile birlikte onların tehdidine karşı gelebilecek bir müttefik aramakta iken Musul Atabeki Bedreddin Lulu'nun genç kızı ile evlenip onunla akrabalık dolayısı ile bir ittifak kuracağını düşünmüştü. Ama bu genç kızla evlenmek istemesi Şecer-üd-Dürr'un onu öldürmeye kadar erişebilecek büyük kıskançlığına neden olmuştu. Tarihçi El-Makrizi'ye göre Sultan Aybeg 7 yıl sultanlık yaptıktan ve 60 yaşına vardığında ondan bıkan Şecer-üd Dürr Eyyubiler Suriye Sultanı ile Sultan Aybeg'ın öldürülmesi için bir komplo yapılması için bağlantı kurmuştu. Bu bağlantı ve komplo haberinin Bedreddin Lulu tarafından Sultan Aybeg'e iletildiği de bildirilmektedir. Sultan Aybeg bu bağlantı ve planları öğrenip Şecer-üd-Dürr'ü elemine etmeye karar vermişti. Ama Şecer-üd-Dürr onun bu karşı planını öğrenip Sultan Aybeg'den daha önce davranıp onu hamamda öldürmüştür.

Hamamda öldürüldüğü zaman Sultan