Augsburg Antlaşmasında Almanya tekrar imparatorluğun hakimiyetine girecektir. Kutsal Roma İmparatorluğu gücünün doruğundadır. Akdeniz ise Türklerle İspanyollar arasında savaş alanına dönmüştür. Türkler Barbaros gibi korsanları da saflarına çekmiştir. Carlos Osmanlılara kimi taktiklerle saldırmakta; askeri üslerine baskınlar düzenlemekte ve liman şehirlerine bizzat kendisi seferler düzenlemekteydi.

İmparator Carlos tüm topraklarını yasal varisi olan oğlu II. Felipe ile kardeşi Fernando arasında pay eder. Fernando’nun payına Habsburg İmparatorluğu düşer. Felipe’ye ise imparatorluğun çıkış yeri Kastilya düşer. Ancak Kastilya kendi başına tüm imparatorluğa yetecek güçte değildir. Kral Felipe’nin Maria Tudor ile evlenmesinden sonra İngiltere ile İspanya müttefik olacaktır. 1547 yılında Fransa tahtına çıkan II. Henry saldırgan bir dış siyaset güdecektir. Felipe ise Fransız birliklerini 1558 yılında San Quintin’de yenecek. 1559 yılında yapılan anlaşmada Fransa, İspanya’nın İtalya’daki fetihlerini tanımaktadır. Fransa kralının ani ölümü üzerine ülke iç savaşa doğru kayacak, ülkedeki Katolikler ile Protestanlar arasında çıkan savaşa İspanya Katolikler lehine müdahale edecektir. Fransa tehlikesini atlatan İspanya 1643 yılına kadar imparatorluğunu genişletecektir. 1557 yılındaki borçlanma ve bütçenin Cenevizli bankerlerin denetimine açılmasıyla beraber ekonomik kriz iyice su yüzüne çıkmış olur. Bu sırada deniz aşırı sömürgelerde fetihler devam etmektedir. 1565 yılında Florida yerleşime açıklacak kurulan San Agustin kenti önemli bir üs olacaktır. Asya kıtasında ise 27 Nisan 1565 günü Filipinlere girilecek ve 1572 yılında bugünkü Manila şehri kurulacaktır. Fransa’ya karşı kazanılan zaferden ve Fransa’nın dini iç savaşların ortasına düşmesinden sonra Felipe güçlüdür. Artık Akdeniz’de kendisine düşmanlıklar yapan Osmanlılardadır sıra.

Kanuni Sultan Süleyman’ın ölmesi ve yerine kapasitesi sınırlı II. Selim’in geçmesi Felipe’yi yüreklendirecek ve savaş ilanına itecektir. 1571 yılında İspanya, Venedik ve Papalık tarafından oluşturulan oluşturulan Kutsal İttifak, Osmanlılara savaş açar. Bir araya getirilen donanma Türk donanmasına İnebahtı’nda ağır bir yenilgi tattırır. Bu yenilgiyle Türklerin Akdenizdeki etkileri azalacak ve Avrupa’daki ilerleyişleri duraklayacaktır. Zafer sayesinde Avrupa ülkeleri nezdinde İspanya’nın saygınlığı artacaktır.
Madrid’deki sevinç uzun ömürlü olmaz. 1566’da Kalvinistler Hollanda’da ayaklanma çıkartacaklar, kral ise Alba Dükünü olaylara müdahale etmesi için gönderecektir. 1568 yılında William Orange, Alba dükünü ülkeden atmaya çalışır ancak başarısız olur. Bu şekilde başlayan bir dizi savaşa Seksen Yıl Savaşları denir. Savaş sonunda Hollanda bağımsızlığına kavuşacaktır. Savaş İspanya için sonu gelmeyen bir hal alacaktır. 1576 yılında Hollanda’da düzeni sağlayabilmek için bulundurulan 80.000 kişilik ordunun masrafları özellikle mali krizdeki imparatorluk için sorun olur. Amerika kıtası açıklarındaki korsanlığın artması da bunu etkendir. Felipe askerlerine belirli bir süre ödeme yapılamayacağını duyurunca, askerler başkaldıracak, şehirler yağmalanacak hatta bazı askerler Hollanda isyanına katılacaktır. Ordunun pasivize edilerek yatıştırılması 3 yıl sürer. Felipe 1580 yılında ölünce ardında varis bırakmadığı için tahtın talibi çoktur. Yeni kral ise İsabel’in oğlu olacaktır. Portekiz’de durumu denetim altına almak isteyen yeni kral Alba Dükünü Portekiz’e gönderir ve durumu kontrol altına alır.Yeni kral elinde büyüyen bir imparatorluk vardır. Ancak İspanya hala borçlarını ödemektedir. 1584 yılında isyancı lider William Orange Katolikler tarafından öldürülür. Bu olay Katoliklere yarayacakken beklenenin tam tersi olacaktır. 1586 yılında İngiltere kraliçesi I. Elizabeth, Protestanlara yardım yollayacak, ünlü korsan Sir Francis Drake Amerika kıtasında İspanyollara göz açtırmayacaktır. Ayrıca Cadiz limanına da saldıracaktır. 1588 yılında II. Felipe, İngiltere kraliçesi I. Elizabeth İngilteresine saldırmak için Yenilmez Armadasını adaya yollar. İngiliz donanmasının inatçı direnişi, kuvvetli fırtınalar ve donanma arasındaki koordinasyonsuzluk ve lojistik hataları yüzünden İspanyol donanması hezimete uğrayacaktır. Buna rağmen 1589 yılında Drake komutasındaki İngiliz karşı saldırısı da başarısız olacaktır. Yenilmez Armada hezimetinden sonra bile denizlerde İspanyol donanmasının hakimiyeti sürmektedir. 1639 yılında Hollanda’ya yenilen İspanyol donanması bu tarihten sonra çöküşe geçmiştir. İspanya, Fransız kralı II. Henry’nin ölümünden sonra Fransa’da çıkan iç savaşa dahil olacaktır. Fransa tahtına geçen III. Henry Paris önlerinde savaşta ölecek, ondan sonra tahta geçen IV. Henry Katoliklere karşı savaşlarda başarı kazanacaktır. İspanyol ordusu hem Fransa’da hem Hollanda’da savaşmak zorunda kalacak ve bölünecektir. İki cephede birden svaşa ülke ekonomisi dayanamayacak ve Vervins Barış Antlaşması imzalanacaktır.

Ekonomisi kötü durumda olmasına rağmen İspanya aynı anda İngiltere, Hollanda ve Fransa ile savaş halindedir ve ekonomik yetersizliğini görmezden gelmektedir. Bu durumu zamanın Fransız tarihçilerinden Duplessis-Mornay, İspanyolların olağanüstü geniş toprakları ve denizleri fethedip büyük zenginliklere kavuştuklarını, bu yüzden de artık her şeyi elde edebileceklerini zannettiklerini söyleyecektir. Özellikle modern edebiyat ve tarihi filmlerde Karayiplerde artan korsanlığın İspanya’nın Amerika kıtasından getirdiği değerli madenlerin akışını kestiği ileri sürülmektedir. Tarihsel araştırmalara bakıldığında özellikle tekil korsan gemilerinin İspanyol kalyonları için kolay birer av olduğu ve ileri sürüldüğü gibi korsanların ticaret taşımacılığına sekte vurduğu doğru değildir. Bazı tekil örneklerde olduğu gibi başarılı korsanlar (Sir Francis Drake bunlardandır) kıyıları yağmaladığı için güvenlik tedbirleri artırılmış ve ticaret gemilerinin korunması için konvoy sistemleri geliştirilmiştir. Ayrıca 16.yüzyılda hiçbir İspanyol kalyonu korsanların eline geçmemiş, 600 savaş gemisinden sadece 2 tanesi batmıştır. Ticaret için asıl sorun teşkil eden Atlantik Okyanusundaki meteorolojik durum ve sık görülen fırtınalardı. Ayrıca Atlantik ticaretinden hacimsel olarak on kez daha yoğun olan Akdeniz ticareti daha büyük bir korsan tehdidi altındaydı, o kadar ki bazen Kanarya adalarının İspanya ile iletişimi bile kolaylıkla kopabiliyordu. Olumsuz gelişmelerin üst üste gelmesiyle ekonomik olarak iflas ettiğini 1596 yılında kabul etmek durumunda kalacak olan kral III. Felipe olacaktır. Siyasetle ilgisiz bu kral, isteği olmadan dahil olduğu tüm savaşlardan kurtulmak istemektedir. 1598 yılında Fransa ile imzalanan Vervins Antlaşmasında IV. Henry Fransa kralı olarak tanınacak, İrlandalı gerillalara verilen destek çekilecek ve İngiltere ile 1604 yılında Stuart Hanedanından I. James ile anlaşmaya varılacaktır. Fransa ve İngiltere ile imzalanan barış sayesinde İspanya dikkatini Hollanda’da bulunan topraklarına çevirebilecektir. Hollandalılar ise 1590 yılında Breda dahil olmak üzere bazı korunaklı şehirlerde varlıklarını sürdürmekteydiler. Ayrıca deniz aşırı zaferler kazanacaklardır ve Batavia’da askeri bir üs elde edilecektir. İspanyol Ordusunun başına geçecek olan yeni komutan Ambrosio Spinola Hollanda’yı fethetmeye çalışsa da başarılı olamayacak ve İspanya ile Hollanda arasında 1609 yılında tarihi bir barış antlaşması imzalanacaktır. İspanya ekonomisini yola koymak, kaybettiği prestijini kazanmak için çaba gösterecek, bu yönde uygulana siyaset ise çarpıcıdır; ülkeden Araplar kovulacak ve zenginliklerine el konacaktır. Bu sayede özellikle Aragon krallığı büyük gelir elde edecektir. İspanya, Avusturya ile müttefik olarak Otuz Yıl Savaşına katılacaktır. 1621 yılında III. Felipe ölecek ve yerine IV. Felipe geçecektir. 1625 yılında İspanya, Hollanda’daki Breda’yı alacaktır. Savaşa Danimarka da müdahil olacaktır. Madrid’de hala Hollanda’nın imparatorluğa bağlanacağı hayalleri kurulmaktadır. Almanya’da Protestanların ayaklanmaları bastırılmış gibi görünmekte, Fransa ise genel iç savaş halinden çıkamamış konumdadır. İspanya’nın kâğıt üzerindeki durumu gayet iyi gözükmektedir. Olivares Dükü durumu ileriye götürüp şöyle diyecektir: “Bugünlerde Tanrı İspanyol, sanki halkımızın bir parçası.”

Olivares zamanının ilerisinde ve öngörüşlü bir kişiydi. İspanya’nın kendisi için barışa ve reforma ihtiyacının olduğunu söylemekteydi. İspanyol ordusunun Hollanda’daki savaşı yolunda gider gibi gözükse de durum yanıltıcıdır. Hollanda donanması yenilenmiş ve İspanyollara zarar verdirmektedir. Ayrıca Filipinler gibi İspanyol kolonilerine Hollanda saldırıları başlamış, ilerleme de kaydedilmiştir. 1627 yılı Kastilya ekonomisinin çöküş yılıdır. İspanyollar paralarının değerini devalüasyonla indirmiş, bu sayede savaşın masraflarının karşılanabileceği sanılsa da önceden Avusturya’da olduğu gibi enflasyon artmıştır. 1631 yılına kadar ekonomik kriz yüzünden ticaret trampa usulüne göre sürecek, hükümet ise kolonilerden vergi toplamakta yetersiz kalacaktır. Almanya’da bulunan İspanyol orduları ödenmeyen maaşlarını kendileri tahsil yoluna gidecektir. Hollanda ise geliştirdiği donanmasıyla İspanyol İmparatorluğunu ayakta tutan biricik yaşam kaynağı olan değerli maden ticaretine engel olmaya başlamaktaydı. 1628 yılında Hollandalı Amiral Piet Hein komutasındaki donanma İspanya’ya Amerika kıtasından gümüş getiren tüm konvoyu ele geçirecek ve İspanya’yı büyük bir servetten mahrum bırakacaktır. 1630 yılında ise Otuz Yıl Savaşı şiddetlenecek, İsveç kralı II. Gustav Almanya’yı işgal edecektir. İlerlediği bölgelerdeki Protestanlardan destek alan İsveç kralı beklenmedik şekilde ölecek ve ordusu ise 1634 yılında Nördlingen Savaşında yenilince ülkedeki Katoliklerin durumu rahatlayacaktır. İspanyol imparatoru durumu güçlüyken bir barış antlaşması imzalamak ister, en güçlü hasımları olan Branderburg ve Saksonya kabul eder ancak Fransa ve özellikle Kardinal Richelieu sorun çıkartmaktadır. Kardinal Hollanda’nın ve Protestanların en büyük destekleyicilerindendir ve Habsburgların gücün