lemişti; 1989 yerel seçimlerinde elde edilen başarı bu defa çok uzaktaydı. Bu, en fazla parti içi muhalefetin işine yarayacaktı. SHP seçimlere Halkın Emek Partisi (HEP) ile birlikte katıldı. Seçimlerden sonra TBMM açılışında Kürt kökenli milletvekillerinin Kürtçe yemin etmeye kalkışması ortalığı karıştırdı. 21 Mart 1992 Nevruz Bayramı'nda çıkan olaylar sonucunda da SHP içindeki HEP kökenliler partiden istifa ettiler. HEP hakkında kapatma davası açılınca DEP kuruldu ancak her ikisi de daha sonra kapatıldı.
Hükümeti kurma görevi DYP Genel Başkanı Süleyman Demirel'e verildi. Demirel DYP-SHP koalisyon hükümetini 20 Kasım 1991'de kurdu. SHP Genel Başkanı Erdal İnönü Başbakan Yardımcılığı görevini aldı.
25-26 Ocak 1992'deki 7. Olağanüstü Kurultay öncesinde Deniz Baykal ve İsmail Cem birlikte Yeni Sol adlı bir kitap yayımladılar. SHP'nin yeniden yapılandırılmasını öngördüler. 7. Olağanüstü Kurultay'da İnönü, Baykal’ı bir kez daha yendi ve genel başkanlığa seçildi.

Deniz Baykal, yaklaşık birer yıllık iki kısa kesintiyle (1995, 1999-2000) de olsa, CHP'nin ikinci kuruluşu sonrası döneminde yaklaşık 15 yıl 8 ay genel başkanlık yapmıştır.

19 Haziran 1992'de 12 Eylül rejiminin ürünü eski siyasi partilerin aynı adla tekrar açılmasını engelleyen yasa kaldırıldı ve eski partilerin yeniden açılabilmesi sağlandı. Bu karar en fazla CHP tabanını etkiledi. 3 Mayıs 1992'de CHP'nin hayatta olan son genel yönetim kurulu üyeleri bir bildiri yayımladılar. "Cumhuriyet Halk Partisi" yeniden açılıyordu. Bildirinin altında "Erol Tuncer, Hayrettin Uysal, Altan Öymen, Metin Somuncu, Metin Tüzün, Erdoğan Bakkalbaşı, Coşkun Karagözoğlu, Orhan Akbulut, Avni Gürsoy, Güler Gürpınar, Mehmet Gümüşlü, Hayri Öner, Celal Doğan, Mehmet Nebil Oktay, Nail Atlı, Mehmet Dedeoğlu, Çetin Bozkurt, Hüseyin Doğan, İlyas Kılıç, İsmet Atalay, Orhan Vural'ın imzası bulunuyordu.
CHP tabanı bu bildiriyle hareketlendi, 12 Eylül öncesi gençlik kolları bir araya geldi. Cumhuriyet Halk Partisi'nin doğum tarihi de belirlenmişti: 9 Eylül 1992.

9 Eylül 1992'de, bir önceki kurultay olan 1979'daki 8. Olağanüstü Kurultay delegelerinin büyük çoğunluğunun katılımı ve oybirliği ile tekrar açılan partinin 25. Olağan Kurultay'ında, Deniz Baykal ve Erol Tuncer'in girdiği genel başkanlık yarışını 679 oyla Deniz Baykal kazanırken Tuncer 425 oy alabildi. Böylece Baykal; Mustafa Kemal Atatürk, İsmet İnönü ve Bülent Ecevit'ten sonra dördüncü CHP genel başkanı oluyordu. CHP'nin maksadı diğer iki sol partiyi de bünyesine alarak tek güç haline gelmekti; ancak Sosyaldemokrat Halkçı Parti Genel Başkanı Erdal İnönü birleşmenin SHP'de olmasını isterken, Ecevit ise iş birliğine yanaşmıyor ve DSP ile yola devam edeceğini açıklıyordu. 15 Mart 1993'deki ilk parti meclisi seçiminde genel sekreterliğe Ertuğrul Günay seçildi. Genel başkan yardımcıları İsmail Cem, Erol Çevikçe, Hasan Fehmi Güneş, Adnan Keskin, İstemihan Talay ve Ali Topuz oldular. İlk etapta 21 milletvekili SHP ve DSP'den ayrılarak anayasanın parti değiştirme engelini aşmak için Bütünleşme Partisi'ni kurdular ve bu partinin daha sonra CHP'ye katılmasıyla CHP, TBMM'de grup kurmayı başardı.

1993 yılı Türkiye açısından oldukça önemli olayların yaşandığı bir yıl oldu. 24 Ocak 1993 günü Cumhuriyet gazetesi yazarı Uğur Mumcu öldürüldü. Suikast uzun yıllar boyunca karanlıkta kaldı ve halen çözülemedi. Ancak siyasette bütün taşları yerinden oynatacak gelişme Nisan ayında yaşandı. 17 Nisan 1993'te Cumhurbaşkanı Turgut Özal vefat etti. Cumhurbaşkanının kim olacağı merakla beklenmekteydi. DYP Genel Başkanı ve Başbakan Süleyman Demirel cumhurbaşkanlığına aday oldu ve 16 Mayıs 1993'te yapılan üçüncü tur oylamada koalisyon ortağı SHP'nin desteğiyle dokuzuncu cumhurbaşkanlığına seçildi. CHP bu seçimlerde İsmail Cem'i aday göstermiştir. Bu gelişmeyle DYP-SHP hükümeti de sona ermiş bulunuyordu. 3 Haziran 1993'te Tansu Çiller, DYP Genel Başkanı seçildi. 6 Haziran'da ise SHP Genel Başkanı İnönü, Eylül ayındaki kurultayda aday olmayarak siyaseti bırakacağını açıkladı. 25 Haziran 1993'te, Tansu Çiller başbakanlığında yeni DYP-SHP hükümeti göreve geldi. 2 Temmuz 1993'te Sivas - Madımak Oteli'nde 33 aydın ve 2 otel çalışanının yakılarak katledilmesi ülkeyi iyice gerdi. SHP olaylara karşı ilgisiz kalmakla suçlanmaktaydı. Eylül ayındaki kurultayda Murat Karayalçın, SHP'nin başına geçti.

26 Mart 1994 yerel seçimlerine aynı siyasî kulvardaki SHP, DSP ve CHP ayrı ayrı girdi. Sonuç tek kelimeyle hüsrandı. Çünkü üç sol parti toplam ancak %25 oy alabilmişti. Bir önceki seçimde kazanılan büyük kentlerden İstanbul ve Ankara Refah Partisi'ne, İzmir de DYP'ye teslim edilmişti. CHP bu seçimlerde sadece %4.7 oranında oy alabildi. Sol oylar gitgide eriyordu ve birleşmekten başka çare yoktu. 18 Şubat 1995'te toplanan CHP kurultayında 1003 delege birleşmenin CHP, 635 delege de SHP çatısı altında olması yönünde oy kullandı. Bunun üzerine hemen toplanan SHP kurultayında 121'e karşı 508 oy ile parti feshedildi ve CHP'ye katılım kararı alındı. Hikmet Çetin oybirliğiyle CHP Genel Başkanı seçildi. Çetin, CHP'nin 5. Genel Başkanı oldu. Birleşme sürecinde CHP Genel Sekreteri Ertuğrul Günay, partiden istifa etti ve yerine Adnan Keskin getirildi. Birleşmeden sonra 25 Şubat'ta yapılan seçimde Adnan Keskin Genel Sekreter oldu.

CHP'nin 1990'larda katıldığı hükümetler:

Haziran 1995'te İstanbul Emniyet Müdürü Necdet Menzir'in İnsan Haklarından Sorumlu Devlet Bakanı CHP'li Algan Hacaloğlu ilgili söyledikleri sözler, hükümet ortakları arasında gerilime ve nihayetinde hükümetin dağılmasına neden oldu. 9 Eylül 1995'deki kurultayda ise Deniz Baykal genel başkanlığa tekrar seçildi. DYP genel başkanı Tansu Çiller'in kurduğu azınlık hükümeti TBMM'de güvenoyu alamayınca, 30 Ekim'de DYP ve CHP ülkeyi seçime götürecek yeni bir koalisyon hükümeti kurdu. Bu hükümette CHP Genel Başkanı Deniz Baykal, Başbakan Yardımcısı ve Dışişleri Bakanı olarak yer aldı. TBMM seçimlerin 24 Aralık 1995'te yenilenmesi kararını aldı. 24 Aralık 1995 milletvekilliği seçimlerinde CHP yüzde 10 barajını kıl payı aşarak TBMM'ye girdi. Seçimlerin galibi ise Necmettin Erbakan'ın başında bulunduğu Refah Partisi olmuştu. RP, %21.3 oyla 158 milletvekili kazanmıştı. (Milletvekili sayıları: DYP:135, ANAP:132, DSP:76, CHP:49). CHP, %10.71 oyla ancak 49 milletvekili elde edebilmişti. Öte yandan DSP %14.64 oy almıştı. Seçimlerden sonra öncelikle Mesut Yılmaz başbakanlığında ANAP-DYP koalisyonu kuruldu ancak hükümetin güvenoylaması Anayasa Mahkemesi tarafından reddedilip iptal edilince başbakanlık görevini alan Necmettin Erbakan Haziran 1996'da DYP ile Refahyol koalisyonunu kurdu.

30 Haziran 1997'de kurulan ANAP-DSP-DTP azınlık koalisyonu hükümetini CHP dışarıdan destekledi. Ancak 1998 yılının Kasım ayında Türkbank ihalesi yolsuzluğuna Başbakan Mesut Yılmaz'ın adı karışınca CHP hükümete gensoru verdi ve koalisyonu düşürdü. Uzun süren hükümet çalışmaları sonucunda DYP, DSP Genel Başkanı Bülent Ecevit başbakanlığında kurulacak bir azınlık hükümetine destek vereceğini açıkladı ve Ecevit 11 Ocak 1999'da 21 yıl sonra tekrar başbakan oldu. Başbakanlığı sırasında PKK'nın lideri Abdullah Öcalan, Kenya'nın başkenti Nairobi'de yakalanarak Türkiye'ye getirildi. Bu olay DSP'ye 1999 genel seçimlerine yaklaşılırken büyük bir itibar sağladı.

1999 genel seçimlerinde iş birliğine girmek amacıyla Demokratik Halk Partisi ile müzakerelerde bulunmuş ve kamuoyunca tanınmayan DEHAP'lı 20 ismin kendileri tarafından seçilip CHP listelerinden seçime girmelerini önermiş; ancak müzakereler başarısızlıkla sonuçlanmıştır.

18 Nisan 1999 günü yapılan genel ve yerel seçimlerde Bülent Ecevit'in DSP'si oyların %22.18'ini alarak birinci parti oldu ve 136 milletvekilliği kazandı. (MHP:129, FP:111, ANAP:86, DYP:85, Bağımsızlar:3). Sol oyların bu şekilde DSP'de toplanması CHP'yi askeri darbeler dönemi dışında ilk defa meclis dışına itti. CHP %8.71 oy almış ancak %10 barajını geçemediği için TBMM dışında kalmıştı. Seçimlerden sonra koalisyon pazarlıkları başladı ve 28 Mayıs 1999'da Bülent Ecevit başbakanlığında DSP-MHP-ANAP koalisyon hükümeti kuruldu.

Deniz Baykal seçim yenilgisinden kendisinin sorumlu olduğunu belirterek 22 Nisan 1999'da genel başkanlıktan istifa etti. 22 Mayıs 1999'da toplanan IX. Olağanüstü Kurultay'da Altan Öymen genel başkanlığa seçildi. Haziran ayındaki X. Olağanüstü Kurultay parti meclisi seçimleri içindi ve Tarhan Erdem genel sekreter seçildi.

Deniz Baykal'ın CHP'den ayrı kalması kısa sürdü. Yaklaşık 1.5 yıl sonra 30 Eylül 2000 tarihinde toplanan XI. Olağanüstü Kurultay'da Baykal genel başkanlığa döndü. CHP genel sekreterliğine ise Önder Sav seçildi.

CHP, TBMM dışında olmasına rağmen iktidardaki koalisyona karşı muhalefetini sürdürdü. Özellikle Şubat 2001 ekonomik krizinden hükümeti sorumlu tutarak muhalefetini şiddetlendirdi. 2002 yılının Mayıs ayında başbakan Bülent Ecevit rahatsızlandı. Ekonomik gidişat zaten kriz nedeniyle iyi değildi. Ekonomi, krizden sonra ABD'den getirilen iktisatçı Kemal Derviş'e teslim edilmişti. Başbakanın sağlık durumunun bozulması koalisyonda sarsıntıya neden oldu. Yaz aylarında koalisyon ortağı MHP, kendisinin bulunmadığı hükümet modelleri konuşulmaya başlanınca 3 Kasım 2002'de erken seçime gidilmesini talep etti. Koalisyonun büyük ortağı DSP'de ise Ecevit'in rahatsızlığından kaynaklanan iktidar mücadelesi partiyi böldü. DSP grubunun yarısı partiden ayrılarak İsmail Cem genel başkanlığında Yeni Türkiye Partisi'ni kurdu. Ekonomiden Sorumlu Devlet Bakanı Kemal Derviş önceleri YTP içinde siyaset yapacağının sinyallerini verse de Ağustos ayında CHP'ye katıldı. Ayrıca 3 milletvekili de CHP'ye katılarak partinin TBMM'de temsil edilmesini sağladı. TBMM Ağustos ayında toplanarak hem 3 Kasım'da erken seçim kararı aldı hem de Avrupa Birliği uyum yasalarını çıkardı. CHP 3 Kasım 2002 Milletvekilliği Seçimleri'ne umutla gidiyordu. Kemal Derviş'in partiye katılımı ivme kazandırdı. Öte yandan Türk-İş başkanı Bayram Meral, sanatçı Zülfü Livaneli ve ilahiyatçı Prof. Dr. Yaşar Nuri Öztürk de partiye katılıp milletvekili adayı