.000 ile en ucuz fiyatı Cavit Çağlar’ın verdiğini belirtecektir. 

26 Mayıs 1999 tarihinde Hazine Müşteşarlığının hazırladığı bir rapor ile Cavit Çağlar’ın Interbank’ta yaptığı hukuki işlemler özetlendi Interbank’a atanan genel müdür Kadir Günay Cavit Çağlar’ın Interbank adına aldığı paraların 1,5 milyar dolar olduğunu açıkladı. 
17 Ağustos 1999 günü DSP-MHP-ANAP koalisyon hükümetinin çıkardığı genel af kapsamından, rüşvet ve zimmet suçlarıyla ilgili 202. Maddesi ile banka boşaltmayı düzenleyen 503 ve 504. Maddelerin çıkartılmasına karar verildi. Anap lideri Mesut Yılmaz ile MHP lideri Devlet Bahçeli’nin yaptığı bir sürpriz görüşme ile alınan karar sonucunda Cavit Çağlar af dışında kalmıştı.

Başbakanlık Teftiş Kurulu’nun Nesim Malki cinayeti ile ilgili hazırladığı raporda Çağlar’ın Nesim Malki’nin öldürüldüğü 28 Kasım 1995 tarihinde kendisine dönemin kuru ile 368 milyon dolar borcu olduğu iddia edildi. 
11 Kasım 1999 tarihinde İnterbank’ın yeni Genel Müdürü ve bankayı devlet adına yöneten Kadir Günay 10 ay süren araştırmasının sonuçlarını Bursa 1. Asliye Hukuk Mahkemesine sundu. Çağlar ve İnterbank iddiaları ana başlıklar olarak şirketlerine açtığı geri dönmeyen krediler, NERGİS Grubu’na verdiği teminat mektupları, Grup şirketlerine verdiği gayri nakdi kredi, Şirketlere iştirak şeklinde aktarılan paralar, Korkmaz Yiğit’e verilen ve geri dönmeyen kredi, değişik gruplara verdiği batan kredi ve faizler olarak toplanmıştı. Interbank’a atanan genel müdür Kadir Günay 25 Aralık 1999 tarihinde basın yolu ile açıkça dava konusunda taciz edildiğini belirtti. 

26 Ocak 2000 tarihinde İnterbank davasının görülmesine Bursa 3. Ağır Ceza Mahkemesinde başlandı. Mahkeme Cavit Çağlar’ın yurtdışına çıkma yasağını kaldırarak eksik evrakların tamamlanması için 7 Mart’a devretti. 
26.06.2000 tarihinde Cavit Çağlar’ın BİS Enerji isimli şirketteki 40 milyon dolarlık hisselerine haciz yolu ile el konuldu. 
5 Temmuz 2000’de İstanbul 5. Asliye Mahkemesinin verdiği karar kesinleşerek toplamı 40 trilyon liraya ulaşan alacak tahsil edilmeye başlandı. Çağlar’ın kişisel eşyalarına el konulması kesinleşmiş oldu. Çağlar'ın avukatlarının bu karara 3 Ağustos’ta yaptıkları itiraz reddedildi. 24 Temmuz 2000'de Cavit Çağlar İnterbank’ın Yeşil Şehir’e koydurduğu 249 milyon liralık hisse rehinini kaldırtmak için açtığı davayı kaybetti. Aynı tarihte Cavit Çağlar’ın İnterbank’ı geri almak için açtığı yürütmeyi durdurma talebi da reddedildi. 
Ağustos ayında İnterbank Cavit Çağlar ile olan görüşmelerin son aşamaya geldiğini açıkladı. 
Çağlar Eylül 2000 de yaptığı açıklamada borçlarını birkaç ay içinde sileceğini açıkladı. 13.09.2000 tarihinde Çavit Çağlar BİS Enerji’deki hisselerini satışa çıkarttığını açıkladı. 06.10.2000 tarihinde Cavit Çağlar bankaya olan 486 milyon dolar ana para borcu ve 520 milyon dolar civarındaki faiz için 3 Ekim 2000 tarihinde bir teklif sundu ve ilk kez bankanın zararının karşılanacağı teklifi sunulmuş oldu.

29.11.2000 tarihinde kurduğu paravan şirketler için davalık olan eski Şişli belediyesi başkanı Gülay Aslıtürk'ün eşi Orhan Aslıtürk’ün günlüklerinde Cavit Çağlar’dan bahsettiği ortaya çıktı. 21 Aralık 2000 tarihinde, o dönemde yurtdışında bulunan Cavit Çağlar’a 300 milyon dolarlık sürpriz ve kesin haciz kararı verildi.

6 Aralık 2000 tarihinde gazeteci Can Ataklı ile görüşen Cavit Çağlar eşinin rahatsızlığı nedeni ile İsviçre’de olduğunu kendisinin de muayene olduğunu ve son dönemde yaşadığı olaylardan dolayı psikolojik tedaviden geçtiğini belirtecekti. 
Tasarruf Mevduatı Sigorta Fonu’na devredilen ve Yahya Murat Demirel‘in eski sahibi olduğu Egebank’la ilgili soruşturmayı yürüten İstanbul DGM Cumhuriyet Savcısı Ercan Cengiz, Cavit Çağlar’ı ifade vermeye davet etti. Savcı Cengiz, bu arada sağlık sorunlarını gerekçe göstererek yurtdışına çıkan ve bir daha Türkiye’ye dönmeyen ve aylardır ifade vermeyen Çağlar hakkında, İstanbul Nöbetçi 1 No’lu DGM’ye başvurarak 2 Ocak 2001 tarihinde gıyabi tutuklama kararı çıkartılmasını sağladı.

3 Ocak 2001 tarihinde, Egebank'tan 7,5 milyon dolar usulsüz kredi kullanan, ancak bu ödemeyi bankanın eski sahibi Yahya Murat Demirel'e yapan iş adamı Cavit Çağlar hakkında gıyabi tutuklama kararı çıkartılmıştı. Ek olarak Sümerbank'tan aldığı ve 'Back to Back' tabir edilen krediyle ilgili olarak da hakkında yakalama kararı çıkarılan iş adamı Cavit Çağlar avukatları aracılığıyla savcılığa kalp rahatsızlığı olduğunun belirtildiği bir rapor göndermişti. Rahatsızlığı nedeniyle, tutuklama kararından önceki 1,5 aydır yurtdışında olan Çağlar, kendisine telefonla ulaşabilen Doğan Haber Ajansı muhabirine konu hakkında konuşmama kararı aldığını söylecekti.

Cavit Çağlar’dan 7 Ocak 2001 tarihinden Amerika'da tutuklandığı 18 Nisan 2001'e kadar haber alınamayacaktı. Türkiye Ocak ayında iadesi için ABD’ye başvurdu. Hakkındaki suçlamalardan dolayı kırmızı bültenle aranan Çağlar uzun süren bir takibin ardından Türkiye’den gelen eşini karşılamak için geldiği New York havalimanında 18 Nisan 2001 tarihinde ABD saatiyle 22.30'da gözaltına alındı. Yakalandığında Çağlar'ın üzerinde herhangi bir kimlik yoktu. Sabah Manhattan Federal Mahkemesine çıkan Cavit Çağlar avukatı aracılığıyla mahkemeye, New York'ta bulunan 4 milyon dolar değerindeki evini teminat gösterip, üzerine 1 milyon dolar nakit para koyarak 5 milyon dolar (6,1 trilyon lira) kefaletle serbest bırakılmasını talep etti. Çağlar'ın avukatı ayrıca Çağlar’a elektronik bileklik takılabileceğini önderdi fakat savcı bu talebin reddedilmesini istedi ve mahkeme Çağlar'ın tutukluluğunun devamına karar verdi.

Cavit Çağlar ikinci duruşmasında, sürpriz bir şekilde Türkiye’ye iade edilmesini talep etti. Mahkeme Çağlar’ın bu talebini kabul ederek işlemlerin başlatılması için konuyu Adalet Bakanlığına iletti. Çağlar, 28 Nisan 2001 tarihinde özel bir ekip tarafından Türkiye’ye getirildi ve tutuklanarak cezaevine konuldu ve 6 Şubat 2002′de tahliye edildi.

Bankasına el konulduktan ve Etibank hakkında yargılanma süreci başladıktan sonra ailesi ile yurtdışı sağlık gezisine çıkan Cavit Çağlar 18 Nisan 2001’de CIA ve FBI işbirliği ile ülke hapishanesine geri döndürülmüştür. Mayıs 2002’de Süleyman Demirel, Amerika'dan getirtilen ve tutuklu yargılanan Cavit Çağlar'ı savunarak kendisine yapılanın bir zulüm olduğunu açıklamıştır. 

4 Aralık 2002 tarihinde Etibank davasından tahliye olduktan kısa bir süre sonra İnterbank’ın içinin boşaltılması ve 1.4 milyar dolar zararla Fon'a aktarılması ile ilgili dolandırıcılık davasında Bursa 3. Ağır Ceza Mahkemesi, bilirkişi heyetinin raporu üzerine sanıklar beraat etmiştir. Ceza Kanunu 504/1 ve 3. maddelerine aykırı bulunduğu iddiasıyla açılan bu davanın yargılamasında 3 Aralık 2002 günü bilirkişi raporu mahkemeye sunulmuştu. İstanbul Üniversitesinden öğretim üyeleri Prof. Dr. Hüseyin Ülgen, Prof. Dr. Ahmet İncekara ile Doç. Dr. Yener Ünver tarafından hazırlanmış olan bu bilirkişi raporunda suç teşkil edici bir durum bulunmadığını bildirilmişti. Konu hakkında Vakit Gazetesinin haberine göre bilirkişiler 5 çuval evrağı incelemeye üşenmiş ve sonrasında ise sorumluluğu birbirlerine atmışlardı. Zaman gazetesinde yer alan bir habere göre Bankacılık suçları başta olmak üzere yolsuzluk davalarının uzmanlık gerektirmesi nedeniyle mahkemeler bilirkişiye başvurmak zorunda kalıyor. Ancak bilirkişilerin taraflı ve yetersiz rapor hazırladığına ilişkin şüphe ve itirazlar ortaya çıkınca yeni bilirkişiler atanarak davalar uzuyordu. 
14 Aralık 2002 tarihinde Bankacılık Düzenleme ve Denetleme Kurumu (BDDK) verilen beraat kararına itiraza hazırlandığını açıkladı. Bunu takiben 18 Aralık 2003 tarihinde Yargıtay 11. Ceza Dairesi, bilirkişi raporunu yersiz görerek Cavit Çağlar'ın da aralarında bulunduğu 37 sanık hakkında Bursa 3. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından dört yıl süren dava sonucunda verilmiş olan bu beraat kararını esastan bozdu ve 25 Aralık 2004 tarihinde Interbank davasında Cavit Çağlar, oğlu Mustafa, dayısı Şükrü Şankaya, Şenol Şankaya ve Ergun Evcil 3 yıl 10 ay hapis, 189 trilyon para cezasına çarptırıldı 

10 Ocak 2005 tarihinde Cavit Çağlar ile birlikte 35 sanığın para cezasına çarptırıldığı İnterbank davasında gerekçeli karar açıklandı. Sanıkların aynı gün ve de birbirini takip eden günlerde İstanbul'da 22'si aynı adreste olan 3-5 milyar lira civarında sermayeli 35 şirket kurdukları belirtildi. Bursa 3. Ağır Ceza Mahkemesi Cavit Çağlar'ın da aralarında bulunduğu 35 sanığı ‘Bankayı aracı kullanarak nitelikli dolandırıcılık' suçundan rekor cezaya mahkûm etmişti. Gerekçeli kararda Cavit Çağlar, oğlu Mustafa Çağlar, dayısı Şükrü Şankaya, dayısının oğlu Şenol Şankaya ve Ergun Evcil'in, diğer sanıklarla birlikte, aynı gün ve takip eden günlerde İstanbul'da 22'si aynı adreste olmak üzere 3-5 milyar lira sermayeli 35 şirket kurdukları belirtilmişti. Mahkeme gerekçeli kararında, 5-10 milyar lira sermaye ile kurulan Vizyon İletişim A.Ş.'nin kullandığı 3,5 trilyon liralık krediyi de örnek göstermişti. Sanıklar, kararı temyiz etti.

1999 yılı sonunda gazetelerde, edilen yolsuzluk dönemin iki önemli olayı, Marmara Depremi ve IMF'in Türkiye Yardımları ile karşılaştırıyor ve İnterbank'ta kaybolan devlet paralarının bu iki olayın da bedeline eşit olduğunu vurguluyordu.. 24.10.2003 tarihindeki bilgilere gore 1999’da devredilen İnterbank’ta zarar 1,269 milyar TL idi. Cavit Çağlar bu bankadan 1 milyar 170 milyon lira kredi kullanmıştı ve açılan davalar sonucunda henüz 19,8 milyar lira tahsil edilmişti..

Verilen bu mahkeme kararında sanıkların çalışanı dahi olmayan, kuruluş, faaliyet ve bilançoları incelendiğinde paravan olan bu şirketlere çeşitli yöntemlerle sağladıkları kredileri virman yolu ile kendi hesaplarına nakil ettikleri ve bu miktarın suç tarihi olan 1997 ve 1998 senelerinde toplam 253 milyar 226 milyon lira, 48 milyon 787 bin 580 dolar olduğu belirtilmişti. 14 Şubat 2006 tarihinde Yargıtay 11. Ceza Dairesi'nin, "İnterbank Davası"nda Cavit Çağlar ve diğer 34 kişinin "dolandırıcılık" suçundan aldığı çeşitli hapis cezalarını, yeni TCK'ya göre indirerek yeniden b