ması bütün doğu Alp bölgesini kapsayan yeni Bayer dükalığının başlangıcı olarak kabul edilir. Doğu Frank imparatoru I. Otto'nun Lechfeld'deki savaşı kazanmasından sonra Macar tehlikesi uzaklaştırıldı ve Macarlar yerleşik hale geçtiler. Bunun hemen ardından yeni bir Bayer dalgası bugünkü Aşağı Avusturya, İstria ve Krain'de geniş bölgeleri ele geçirdi. 10. yüzyılın ikinci yarısında Enns'in doğusunda yeniden, Marchia orientalis olarak adlandırılan bir Bayer eyalet kontluğu ortaya çıktı.

976 yılında II. Otto bu eyaleti merkezden ayırdı ve Babenberger ailesinden gelen Liupold'a (I. Leopold) verdi. Burası için 996 yılında ilk defa resmi olarak Ostarrîchi ismi kullanıldı. Günümüzde Avusturya'nın Almanca ismi olan "Österreich" sözcüğü buradan gelmektedir. Bu ismin yanı sıra uzun süre "Osterlant" (Doğu Ülkesi) adı da kullanıldı. Türkçedeki Avusturya sözcüğü bölgenin isminin Latinceleştirilmiş hali olan "Austria"'dan gelmektedir.
Babenbergerler bilinçli bir politika ve Kuenringerler gibi diğer güçlü hanedanların da desteğiyle güçlü bir idare kurdular. Merkezleri başlarda Pöchlarn'da, daha sonraları da Melk'te bulunuyordu. Kont III. Leopold imparatorluk sarayındaki imparator IV. Heinrich ile kral V. Heinrich arasındaki taht kavgasına karışma şansı buldu ve V. Heinrich'in zaferine katkıda bulundu. Ödül olarak da Heinrich'in kızkardeşi Agnes von Hohenstaufen'le evlendi. Kurduğu manastırlar nedeniyle (özellikle de Klosterneuburg manastırı) ölümünden sonra aziz ilan edildi.

Staufer ve Welfen hanedanları arasındaki çatışmalar sonucu 1139 yılında Bayer Dükalığı Babenbergerler'e geçti. I. Friedrich tartışmayı sona erdirmek istediğinden Bayer Dükalığı'nı Welfenler'e geri verdi. Ancak teselli ikramiyesi olarak "Privilegium minus" adı verilen belgeyle Avusturya 1156 yılında dükalık statüsüne yükseltildi. Böylece Avusturya Bayer Dükalığı'na karşı bağımsızlığını kazanmış oldu ve Kutsal Roma Cermen İmparatorluğu içinde bağımsız bir egemenlik bölgesi oldu. Avusturya'nın ilk dükü Heinrich Jasomirgott yine 1156'da Viyana'yı dükalığın merkezi haline getirdi. 1186 yılında Georgenberger Handfeste adı verilen vasiyetname uyarınca, 1192 yılında Traungauer hanedanı sona erince, Traungau, bugünkü Yukarı Avusturya'nın merkez bölgesi, Aşağı Avusturya'nın güneyindeki Pitten Kontluğu ve bugünkü Slovenya'nın büyük bölümünü kapsayan Steiermark Dükalığı da Babenbergerler'in eline geçti.

VI. Leopold ile ortaçağ Avusturya'sı kültürel olarak doruk noktasına ulaştı. O zamanın devrimci sanatı Gotik VI. Leopold zamanında yayıldı. Onun oğlu olan II. Friedrich ile 1246 yılında Babenbergerler'in atasoylu (erkekler üzerinden taşınan) çizgisi sona erdi.

1256 yılında dükalığın önde gelenleri tarafından karışıklığı gidermek üzere çağrılan Bohemya Kralı Ottokar Přemysl birçok mirasçı arasında başarılı olan kişi oldu. Politikası daha çok asilleri bastırırken, kentlerdeki burjuvaziyi desteklemeye yönelikti ve bu özelliğiyle Habsburglar zamanında bile uzun süre Viyanalı'ların aklında kaldı. Ottokar Kutsal Roma Cermen İmparatorluğu tahtına yönelince, karşısında Rudolf von Habsburg'u buldu. 1278 yılındaki Marchfeld Savaşı'nda Rudolf von Habsburg'un Ottokar'ı yenilgiye uğratmasından sonra Habsburglar Avusturya ve Steiermark dükleri haline geldiler.

1335 yılında Habsburglar Meinhardiner hanedanının mirasçısı olarak Karintiya ve Krain'i elde ettiler. 1363 yılında da Tirollü Margarethe kendi mirasçısı kalmayınca Tirol'ü dük IV. Rudolf'a verdi. Böylece doğu Alplerde bir ülkeler bütünü ortaya çıktı.

IV. Rudolf ortaçağın sonlarının en entrikacı yöneticisiydi. Viyana'nın önemini ön plana çıkartacak önlemler aldı. "Privilegium maius" adında çarpıtılmış bir belge hazırlattı. Bu belgeye göre Avusturya arşidüklüğe yükseltiliyor ve kendisi de birçok ayrıcalık elde ediyordu. Bu belge imparator IV. Karl tarafından kabul edilmediyse de, daha sonra 1453'te Habsburg kökenli imparator III. Friedrich tarafından onaylandı.

1379 Neuberg anlaşmasına göre Habsburg egemenliği ilk defa bölündü. Bunu 1406 ve 1411'de iki bölünme daha izledi. Böylece 3 ülke bütünü ortaya çıkıyordu:


15. yüzyılın neredeyse tamamı miras sorunları ve aile kavgalarıyla geçti. Bu ülkenin politik ve ekonomik gücünü bir hayli zayıflattı. V. Friedrich bütün rakiplerini saf dışı ederek ya da miraslarına sahip olarak sonunda ülkeyi tekrar bütünleştirebildi. V. Albrecht de Luxemburgların varisi olarak Roma-Germen Kralı seçildi. Taht sonunda 1452 yılında Kutsal Roma İmparatoru olarak taç giyen III. Friedrich'e kaldı.

İmparatorun içerideki iktidarı çok büyük değildi. Birçok soylu aileler kendi politikalarına göre iktidara sahip olmak istiyorlardı. Böylece III. Friedrich'in parlak olmayan ama sıkı siyaseti geride sağlam bir iktidar bıraktı. Bu iktidarı 1477'de Kutsal Roma Cermen İmparatorluğu ve Fransa arasındaki Burgundiya ülkelerinin mirasçısı Burgundiyalı Maria ile evlenen oğlu I. Maximilian daha da güçlendirdi. Maria'nın erken yaşta ölümü üzerine Maximilian Bretonya varisi Breton Prensesi Anne ile evlendi. Ancak Fransa'nın müdahalesi Bretonya'nın Avusturya'ya geçmesini engelledi. 1496'da İmparator Maximilian oğlu Güzel Philipp'i Kastilya ve Aragon prensesi Johanna ile evlendirdi. Böylece Avusturya sadece İspanya, Napoli, Sicilya ve Sardinya'da değil, aynı zamanda İspanyol sömürgelerinde de miras hakkı elde etti. Bu dönemde ünlü özdeyiş ortaya çıktı: ""Bella gerant allii - tu felix austria nube"" (Diğerleri savaşsın - sen mutlu Avusturya evlen!). 1499'da Suabe Savaşı sona erdi. Basel Barışı sonucu Habsburglar kendi tarihi kalelerinin bulunduğu Habsburg'u elden çıkartmak zorunda kaldılar. Böylece İsviçre'nin 1648 Westfalya Barışı'yla kesinleşecek olan Kutsal Roma Cermen İmparatorluğu'ndan kopuşu başladı. 1500 yılında Maximilian miras sonucu Görz Prensliği'nin sahibi oldu. Oğlu Güzel Philipp'in miras sonucu İspanya (ve İspanyol sömürgeleri) kralı olması sonucu Avusturya dünya çapında bir güç haline gelme fırsatıyla karşı karşıya kaldı. 1519'da taç giyen V. Karl bu fırsatı kaçırınca 1555'te tahttan çekilmek zorunda kaldı.

1521'de Avusturya toprakları imparator V. Karl tarafından kardeşi I. Ferdinand'a verildi. I. Ferdinand merkezi yönetim yapısını yerleştirdi. Aynı yıl Bohemya ve Macaristan üzerinde miras hakkı olan Anna'yla evlenen I. Ferdinand böylece 1526'da bu toprakları Avusturya'ya kattı. 1524'te V. Karl Friesland'ı imparatorluğa dahil etti. 1526 yılında Mohaç Muharebesi'nin kaybedilmesinden sonra Ferdinand sadece Macaristan, Bohemya ve çevre ülkeleri değil, aynı zamanda Macaristan'ın daha önce kendisine karşı tampon bölge oluşturduğu Osmanlı tehlikesini de miras almış oldu. Üstelik Avusturyalılar ilk kez olarak kral Johann Zápolya'yı destekleyen Macar soylularıyla da çatışmaya düştüler. 1528'de Overijssel ve Utrecht Habsburg idaresine geçti. 1531 yılında I. Ferdinand rüşvet yardımıyla Roma-Germen İmparatoru seçildi. Milano Dükalığı V. Karl tarafından ilhak edildi. 1538 yılında Macaristan Habsburglar, Osmanlılar ve Macar soyluları arasında paylaştırıldı:


1555'te V. Karl Augsburg Din Barışı sonucu tahttan çekildi. Bu Habsburgların İspanyol ve Avusturya hatları olarak ikiye bölünmesine yol açtı. Avusturya hattı 1806 yılına kadar neredeyse kesintisiz olarak Roma-Germen İmparatorluğu'na sahip oldular.

Reformasyon döneminde Tirol hariç Avusturya topraklarında halk büyük oranda Protestanlık'a geçti. Halkın tekrar Katolikleştirilmesi ("Ana madde:" "Karşı-reform") ancak 1600'lere doğru yoğun şiddet politikaları sayesinde mümkün oldu. Bu süreçte ön plana çıkan Cizvitler ve Arşidük Matthias'ın temsilcisi Kardinal Melchior Khlesl oldu. Ancak bu politikanın önde gelen uygulayıcısı II. Ferdinand'dı. II. Ferdinand "sapkın"lardan oluşan bir ülke yerine bir çöl yönetmeyi tercih ettiğini söylüyordu.

Bu politika Avusturya'yı Bohemya Ayaklanması sonucu çıkan Otuz Yıl Savaşları'na sürükledi. Bir süre boyunca Habsburglar Kutsal Roma Cermen İmparatorluğu'nu mutlaki monarşiye dönüştürdüler. Ancak savaşın sonunda gerek Avusturya topraklarını, gerekse de Bohemya'yı yeniden ele geçirebildiler. Böylece bu topraklardan bir devlet oluşturmaya çalıştılar. Daha 1680'lerden başlayarak Philipp von Hörnigk ya da Johann von Justi gibi iktisat teorisyenleri bu yönelime hız verdiler.

Osmanlılar daha 15. yüzyılda Avusturya topraklarında bir güç olarak görünmeye başlamışlardı. Bunu 1529 yılında Osmanlı ordusunun giriştiği I. Viyana Kuşatması izledi. Osmanlılar başarılı olamadılar. Ancak bu süreci yaklaşık 200 yıl sürecek olan sürekli bir Osmanlı-Avusturya savaşı izledi. 

1683 yılında Osmanlılar Viyana'yı tekrar kuşattı. Ancak bu II. Viyana Kuşatması da başarısız oldu. Avusturya bu başarısını Dük Karl von Lothringen'in Polonya Kralı Johann III. Sobieski'nin Kahlenberg üzerinden Osmanlı birliklerine arkadan saldırmasıyla kazandı. Bu yenilgi Osmanlı'nın Avusturya için giderek bir tehlike olmaktan çıkmaya başlamasına yol açtı. Karl von Lothringen ve Prens Eugen von Savoyen gibi komutanların yönetiminde Osmanlı'ya karşı biri 1683-1699 arası, diğeri 1716-1718 arası süren iki bir savaş sonucu Osmanlılar Belgrad'ın arkasına kadar geriletildi. 1699'daki Karlofça ve 1718'deki Pasarofça antlaşmaları Osmanlı'nın yenilgisini resmileştirdi.

Bu süreç Avusturya'yı büyük oranda etkileyen Barok sanatının gelişmesi için gereken olanakları yarattı.

İspanyol Habsburglar'ın soylarının 1700 yılında sona ermesinden sonra Avusturya Habsburgları XIV. Louis ile İspanyol tahtı miras olarak ele geçirmek için bir mücadeleye giriştiler. Savaş İmparator I. Joseph tarafından başarıyla yürütüldüyse de, onun ölümünden sonra başarısızlıklar üst üste geldi. Kardeşi VI. Karl yaşayan son Habsburg olarak eğer diğer Avrupa güçleri tarafından engellenmeseydi dünya çapında bir imparatorluğu miras olarak alabilecekti. Ancak 1713 Utrecht Barışı ile İspanya'nın çevre toprakları (İspanyol Hollandası, Napoli, Lombardiya) miras olarak Habsburglar'a kaldı.

Aynı yıl içinde Avusturya Monarşisi'nin ilk anayasası olarak kabul edilen "Pragmatische Sanktion" yayınlandı. Bu yasa monarşinin bölünm