ırada tamamladı sonraki sezon Şampiyonlar Ligi'ne direk katılmaya hak kazandı. Öte yandan 12 Mayıs 2007 tarihindeki Fransa Kupası Finali'nde Sochaux ile oynadıkları maçta 2 gol atmasına rağmen Marsilya maçı penaltılar sonucunda 5-4 kaybetti.

Sezon bittiğinde Cissé halen Liverpool'daydı ve Marsilya onu almak istese de maddi açıdan sıkıntıdaydı. Cissé'de Marsilya'da kalmak istediğini söyledi. Liverpool Marsilya'ya 12 milyon euro önerdi fakat bu Marsilya'nın bütçesini zorlayan bir rakamdı. Marsilya uzun müzakerelerden sonra, Cissé'yle nihayetinde beş yıllık bir sözleşme imzaladı. Transfer ücreti gizli tutulsa da, ücretin 9 milyon euro olduğu tahmin edilmekteydi. 7 Temmuz 2007'de Marsilya başkanı Pape Diouf Cissé için tahmini ödenecek rakamın 8 milyon euro olduğunu söyledi.

2007-08 sezonunun ilk yarısında oynadığı 13 karşılaşmada sadece 2 gol attı. Sahadaki uyumsuzluğu ve oyunundaki kişisel ve spor dışı hareketleri yüzünden, bazı spor gazeteleri ve taraftarlar onu hedef haline getirdi. Bu durum Mamadou Niang'ın güçlü performansıyla daha da şiddetlendi. Bu yüzden Cissé devre arasındaki transfer döneminde takımın transfer listesine kondu. Fakat 2008'in ilk maçında Cissé iyi bir performans gösterdi ve durum tekrar değişti. Daha sonra Niang'ın 2008 Afrika Uluslar Kupası için takımda ayrılması, ona olan güveni daha da artırdı. 26 Ocak 2008'de Cissé Caen'i 6-1 yendikleri maçta hat-trick yaptı. Marsilya'da tek forvet oynaması sayesinde altı maçta yedi gol attı ve "Ocak ayının golcüsü" seçildi. Cissé, ikinci yarının genelinde iyi bir performans ortaya koydu ve taraftara kendini kanıtladı.

Yeni sezona hazırlık için oynanan maçlar sırasında, Cissé en dikkat çeken isimdi ve oynadığı yedi maçta altı gol attı. Fakat 16 Temmuz'da sezon öncesinde alınan yeni oyuncular Bakari Koné ve Hatem Ben Arfa ile girdiği ağız dalaşından sonra bu yerini kaybetti. Şampiyonlar Ligi'ndeki Brann ve ligin ikinci haftasındaki AJ Auxerre maçında yedek kaldıktan sonra, 20 Ağustos 2008 tarihinde Sunderland'a kiralandı.

Sunderland formasıyla ilk maçını, Liverpool formasıyla çıktığı ilk maçına çıktığı sahada, Tottenham karşısında oynadı ve Sunderland, Cissé'nin galibiyet golüyle maçı 2-1 kazanan taraf oldu. Birkaç gün sonra Cissé, takım ile kalıcı bir anlaşma imzalamayı arzuladığı söyledi. Teknik direktör Roy Keane de Cissé'nin imza için olan arzusunu ifade etti ve "The News of the World" gazetesine "Eğer Djibril iş yaparsa ben de transfer rekoru kırmaktan mutluluk duyarım." şeklinde bir açıklama yaptı. Tothenham'a attığı golden sonra üç hafta gol atamayan Cissé, suskunluğunu 27 Eylül 2008 tarihinde 2-1 yenildikleri Aston Villa karşısında takımının tek golünü atarak bozdu. Sunderland'in kanat oyuncusu El-Hadji Diouf, Cissé'nin ilerde daha iyi olacağını, şu anda takıma adapte olma aşamasında olduğunu söyledi. 25 Ekim 2008 tarihli Tyne-Wear derbisinde, Sunderland'deki üçüncü golünü kaydederken, Sunderland maçı 2-1 aldı. 15 Kasım 2008'de Blackburn Rovers ile oynadıkları maçı 2-1 kazandılar ve Cissé galibiyet golünü ana isim oldu. Maçtan sonra teknik direktör Roy Keane, Kenwyne Jones ve Cissé'nin çok güçlü bir ikili oluşturduğunu söyledi. Hull City karşısında aldıkları 4-1'lik galibiyetin ardından Cissé, Roy Keane'in Sunderland'den ayrılmasına rağmen kalıcı anlaşma imzalamak istediği belirtti. Sunderland Cissé'yi satın almak istese de ekonomik kriz sebebiyle Cissé'nin değerinin 3 milyon sterlin artmasıyla birlikte bu istek de ortadan kalktı. 18 Nisan 2009'da Hull City karşısında ligdeki onuncu golünü kaydetti. 24 Mayıs 2009 tarihinde Sunderland ile olan kiralık sözleşmesi bitti ve Marsilya'ya geri döndü.

25 Haziran 2009 tarihinde, Super League (Yunanistan) takımlarından Panathinaikos ile dört yıllık sözleşme imzaladı. Cissé'nin takımdan yıllık 2,5 milyon euro alacağı söylenirken, Olimpik Marsilya'nın da transfer ücreti olarak 8 milyon euro alacağı öğrenildi. Primler de göz önüne alınırsa, toplam transfer ücreti 20 milyon euroyu bulmaktaydı. Yunan takımındaki ilk golünü Girit takımı Ergotelis'e karşı kaydetti. Yunanistan'daki ilk sezonunda Cissé, çıktığı 28 lig maçında 23 gol kaydetti. Sezon sonunda ise takım, hem lig hem de Kipello Ellados şampiyonluğuna ulaşmıştı.

Cissé'nin bu performansı, Panathinaikos taraftarının onu sevmesini sağladı. 30 Ekim 2010'da, Olympiakos-Panathinaikos derbisinde en büyük rakipleri Olympiakos'a karşı 2 gol attı (biri penaltıdan) ve maçı Panathinaikos, evinde 2-1 kazandı. 20 Aralık 2010 tarihinde düzenlenen PSAP Ödülleri'nde En İyi Yabancı Oyuncu Ödülü'ne layık görüldü. Ödül töreninde gazetecilere "Hedefimiz yeni sezonda yine lig şampiyonluğunu kazanmaktır. Şampiyonluğu kazanabiliriz ve biz bunu başarmak için her şeyi yapacağız." şeklide demeç verdi. Yeni sezonda Yunan Ligin'de 20 maçta 18 gol attı ve Yunan Kupası'nda da bir golü bulunmaktaydı.

21 Şubat 2011 tarihinde Olympiakos, Panathinaikos'u 2-1 yendi ve bitiş düdüğünden sonra, düzinelerce Olympiakos taraftarı sahaya girdi. Kutlamaların ortasında, Cissé'nin dediğine göre bazı taraftarlar, Cissé ve Cédric Kanté, Simão Junior, Josu Sarriegi ve Alexandros Tzorvas gibi bazı takım arkadaşlarına tekme ve yumruk atmaya çalıştılar. Cissé, ırkçı Olympiakos taraftarları tarafından hakarete uğradığını belirtti ve 2010-11 sezonu bitiminde Yunan takımından ayrılacağını söyledi. Bu maçta Cissé'nin 90+1. dakikada attığı golün, yan hakem Dimitris Kalopoulos tarafından ofsayt gerekçesiyle iptal edilmesinin ardından yaptığı açıklamada derbiyi Panathinaikos'un kazanması gerektiğini öne sürdü. Cissé'nin maçtan sonra açıklamasında; "Ben bu şartlar altında kariyerimi burada sürdüremem." sözü yer aldı. Bir ay sonra, 20 Mart 2011'deki 2-1 kazandıkları Kerkyra maçında, Panathinaikos forması altında oynadığı resmî maçlardaki 50. golünü attı. Bu golü, Panathinaikos taraftar grubu Gate 13 tişörtü giyerek kutladı.

12 Temmuz 2011'de, Serie A kulüplerinden Lazio ile 5,8 milyon euro karşılığında, dört yıllık sözleşme imzaladı. UEFA Avrupa Ligi'ndeki ilk kez 18 Ağustos'ta Rabotniçki karşısında oynadı ve kendi sahalarında oynadıkları ve 6-0 kazandıkları maçta iki gol attı. 9 Eylül'deki Lazio'nun Milan'la 2-2 berabere kaldığı maçta ligdeki ilk maçına çıktı ve ilk golünü kaydetti. İtalyan takımında yarım sezon geçiren Cissé, 18 lig maçında görev alırken yalnızca bir gol kaydetti.

31 Ocak 2012'de Queens Park Rangers FC ile 4 milyon euro karşılığında, 2,5 yıllığına anlaştı. Cissé, Mark Hughes'un teknik direktörlüğe geldiğinden beri takıma kazandırdığı dördüncü oyuncuydu. 1 Şubat'ta Villa Park'ta oynanan ve 2-2 biten Aston Villa maçında ilk kez QPR forması giydi ve ilk golünü de bu maçta attı. 4 Şubat 2012'deki Wolverhampton Wanderers maçında, rakip takım forması giyen Roger Johnson ile girdiği zorlu mücadeleden sora rakibinin boğazını sıktığı için ikinci maçında doğrudan kırmızı kartla oyundan atıldı. QPR sahada on adamla kalınca maçı da 2-1 kaybetti. 21 Mart 2012'deki maçta, eski takımı Liverpool'u 3-2 yendikleri maçta eşitlik golünü attı. Bundan üç gün sonra, Sunderland'li Fraizer Campbell'a yaptığı müdahaleden sonra yine kırmızı kartla oyundan atıldı. Bu, takımda oynadığı ilk beş maçta gördüğü ikinci kırmızı kart idi. Cezadan döndükten sonra 29 Nisan 2012 tarihinde, Stamford Bridge'deki 6-1'lik Chelsea yenilgisinde takımının tek golünü attı. Çıktığı yedinci maçında da Stoke City ağları havalandırmayı başardı. 13 Mayıs 2012'deki sezonun son maçında Manchester City karşısında durumu 1-1'e getiren golü attı. Maçta ise City, uzatma dakikalarında bulduğu iki golle QPR'yi 3-2 yenmeyi başarmıştı. Son haftaya küme düşme tehlikesiyle giren QPR, Bolton Wanderers'ın Stoke City ile 2-2 berabere kalması üzerine küme düşmekten kurtuldu. Takımıyla 8 lig maçına çıkıp, 6 gol atmayı başaran Cissé, iki de kırmızı kartla sezonu tamamladı.

Ekim 2015 tarihinde, Djibril Cissé, kalça protezi ameliyatı olacağını ve artık üst düzeyde futbol oynayayamayacağını belirterek futbolu bıraktığını açıklamıştır.

Fransa millî futbol takımında oynamadan önce Cissé, Fransa U-19 ve Fransa U-21 takımlarında forma giydi. 2001 FIFA Dünya Gençler Şampiyonası'nda görev aldı ve Fransa formasıyla çeyrek finale kadar yükselmeyi başardı. Turnuvada oynadığı 5 maçta 6 gol atan Cissé; 18 Haziran 2001'deki 5-0 kazandıkları ve gruptaki ilk maçları olan İran'a karşı hat trick yapmış ve 27 Haziran 2001'deki birinci tur maçında da Almanya'ya iki gol atmıştı. 2004 UEFA Avrupa 21 Yaş Altı Şampiyonası'nda oynarken, eleme turlarının ilk maçında Portekiz ile oynadıkları ve 2-1 kazandıları maçta takımının iki golünü attı. Ancak eleme turlarının ikinci maçında, Mário Sérgio'ya sert bir biçimde tekme attıktan sonra kırmızı kartla oyundan atıldı. Fransa toplamda 3-3'lük beraberlikten sonra oynanan penaltılarda 4-1 kaybederek turnuvadan elendi. Kırmızı kart görmesinin sonucu olarak, 5 maçlık ceza yedi ve 2004 Avrupa Futbol Şampiyonası'nda oynama şansını kaçırdı.

Cissé, A millî takımdaki ilk maçına 18 Mayıs 2002 tarihinde, 21 yaşındayken, Belçika karşısında maçın 48. dakikasında David Trezeguet'nin yerine girerek çıktı. Fransa teknik direktörü Roger Lemerre, 2002 FIFA Dünya Kupası için hazırlanan 23 kişilik kadroda Cissé'ye de yer verdi. Turnuvada grup maçlarının hepsinde — Senegal, Uruguay, ve Danimarka karşısında— oyuna sonradan dahil oldu. Ancak Fransa, grubunu sonucu tamamlayarak kupaya veda etti. Millî takımla ilk golünü 7 Eylül 2002'de, 2004 Avrupa Futbol Şampiyonası elemelerinde Kıbrıs Cumhuriyeti'ne karşı attı. Cissé, Fransa'nın kazandığı 2003 FIFA Konfederasyonlar Kupası'nda takımın bir parçasıydı. Turnuvadaki tek golünü 18 Haziran 2003 tarihinde, Kolombiya karşısında penaltıdan kaydetti. Fransa, bu maçı 1-0 kazanmıştı.

2004 Avrupa Futbol Şampiyonası'nda ceza almasından sonra, Cissé için bir sonraki turnuva Almanya'da düzenlenen 2006 FIFA Dünya Kupası'ydı. Ancak, Fransa'nın Çin ile 7 Haziran 2006 tarihinde oynadığı son hazırlık maçının onuncu dakikasında, Çin takımının kaptanı Zheng Zhi tarafından yapılan müdahaleyle yere düştü ve bacağı vücudunun altı