tika yazarı Simon Tisdall'ın köşesinde yer verdiği yazıda Birleşik Krallık'ın, Davutoğlu aracılığıyla Esad'a mesaj ilettiği iddia edilmiştir. Davutoğlu ise görüşmede yalnızca Türkiye'nin taleplerini ilettiğini, Esad'dan ise "Suriye'nin teröristlerle [muhaliflerle] mücadeleden vazgeçmeyeceği" cevabını aldığını belirtmiştir.

9 Nisan 2012 tarihinde Kilis'in Suriye sınırına yakın bölgesinde Esad güçleri ile muhalifler arasında çatışma çıkmış, muhaliflerin Türkiye'ye doğru kaçması karşısında Esad güçleri de Türkiye sınırına doğru ateş açmış ve olaylarda bir Türk vatandaşı da yaralanmıştır.

25 Mayıs 2012 tarihinde Esad güçleri tarafından gerçekleştirilen Hule Katliamı sonrasında ise Türkiye Dışişleri Bakanlığı'nın internet sitesi üzerinden bir açıklama yapılmıştır. "Alçakça" olarak nitelenen bu operasyon nedeniyle Türkiye, Suriye'ye nota vererek tüm diplomatik ilişkilerin askıya alındığını ve Suriyeli diplomatların sınırdışı edileceğini duyurmuştur.

Ağustos 2012'de BBC tarafından yayınlanan bir haberde Suriyeli muhaliflerin Türkiye'nin Adana ilçesindeki bir eğitim kampında eğitilip Suriye'ye gönderildiği iddia edilmiştir. "The Independent" muhabiri Robert Frisk ise Halep'te Esad güçlerine karşı çarpışan muhaliflerin arasında Türk militanların da yer aldığını belgelemiştir. Suriye ise Türkiye'yi ülkeye yasa dışı yollardan giren silahlı oluşumları desteklemekle suçlamıştır. 29 Ağustos 2012 tarihinde Suriye devlet televizyonunda açıklama yapan Beşar Esad, Türk yetkilileri cahillikle suçlamış ve politikacıların tutumunun Türk halkına olan olumlu bakışını değiştirmeyeceğini belirtmiştir.

Aralık 2012'de Türkiye, Suriye sınırına MIM-104 Patriot füzeleri yerleştirmek için NATO'ya başvurmuştur. Sadece savunma amacıyla kullanılacağı garantisi verilen füzelerin yerleştirilme isteği ise NATO tarafından kabul edilmiştir. ABD, Almanya ve Hollanda'nın gönderdiği ilk parti füzeler Adana, Kahramanmaraş ve Gaziantep'e konuşlandırılarak 26 Ocak 2013 tarihinde devreye girmiştir. Bu durum Rusya tarafından endişeyle karşılansa Türkiye füze savunma sisteminin görev süresinin bir yıl daha uzatılmasını talep etmiş ve bu talep kabul edilmiştir.

11 Şubat 2013 tarihinde Özgür Suriye Ordusu kontrolündeki Türkiye-Suriye sınırında bulunan Cilvegözü Sınır Kapısı'nda gerçekleştirilen bombalı araç saldırısında dördü Türk vatandaşı olmak üzere on dört kişi ölmüş, otuz kişi yaralanmıştır. Olay ardından Suriye Hükûmeti yetkilileri bölgenin kontrolünün Özgür Suriye Ordusu'na ait olduğunu işaret ederek saldırıdan muhalifleri sorumlu tutmuş, Suriye Ulusal Konseyi Başkanı George Sabra ise saldırının Suriye Hükûmetince yapıldığını iddia etmiştir. Olaydan bir ay sonra saldırı ile ilgisi olduğu düşünülen sekiz kişi gözaltına alınmış, bunlardan dördü Suriye vatandaşı, biri Türk vatandaşı olmak üzere beş kişi adliyeye sevk edilmiştir. İçişleri Bakanı Muammer Güler zanlıların Suriye istihbaratı ve ordusu ile bağlantılarının olduğunu iddia etmiştir.

2 Ocak 2014'te Hatay'da durdurulan ve Suriye'ye insani yardım taşıdığı iddia edilen İHH İnsani Yardım Vakfı'na ait bir tırda yapılan aramada mühimmat, hücum yelekleri, elektronik cihazlar gibi askerî ekipmanlar olduğu tespit edilmiştir. Türkiye İçişleri Bakanı Efkan Ala tırda askerî ekipmanlar bulunduğunu reddetmemiş, malzemelerin Suriye Türkmenlerine yardım amacıyla gönderildiğini iddia etmiştir. Suriye Türkmenleri tarafı ise tırın içindekiler hakkında bir bilgi sahibi olmadıklarını açıklamışlardır. Ertesi gün ise tırdaki malzemelerin Millî İstihbarat Teşkilatı tarafından devlet sırrı olarak sınıflandırıldığı bildirilmiştir. Olayı takip eden günlerde tırı aramak isteyen ve durduran polisler ile savcının görev yerleri değiştirilmiştir.

22 Haziran 2012 günü silahsız Türk F-4 savaş uçağının Suriye tarafından düşürülmesi iki ülke arasında yeni bir kriz başlamıştır. Uçağın düşürüldüğü gün akşam saatlerinde Türkiye Başbakan Yardımcısı Bülent Arınç yaptığı basın toplantısında uçağın Suriye tarafından düşürüldüğünü açıklamıştır. Suriye hükûmet sözcüsü ise vurdukları savaş uçağının Türk uçağı olduğunun farkında olmadıklarını ve sadece hava sahalarını ihlal eden "kimliği belirsiz" bir uçağa karşı meşru egemenlik haklarını kullandıklarını ifade etmiştir. Türkiye ise uçağın kısa süreliğine Suriye hava sahasına girmiş olduğunu kabul etmekle beraber uluslararası hava sahasında vurulduğunu savunmuştur. Suriye'ye resmî bir protesto çeken Türkiye NATO'ya toplanma çağrısı yapmıştır. NATO tarafından "kabul edilemez" olarak yorumlanan olayda örgüt Türkiye'ye olan desteğini ifade etmiştir. 27 Haziran 2012'de Türkiye Başbakanı Recep Tayyip Erdoğan, 22 Haziran'da yaptığı bir açıklamada Suriye'yi haydut devlet olarak tanımlamıştır. Ayrıca Erdoğan bu olaydan sonra Suriye'ye karşı olan algılarının değiştiğini ve Esad rejiminin artık Türkiye için bir tehdit haline geldiğini belirtmiştir. 3 Temmuz 2012 tarihinde Suriye Cumhurbaşkanı Beşar Esad olay hakkında ilk kez konuşmuştur. Uçağı uçaksavar bataryası ile vurduklarını, uçağın Türkiye'ye ait olduğu vurulduktan sonra öğrendiklerini belirtmiş ve ""%100 keşke düşürmeseydik diyorum"" sözleriyle pişmanlığını dile getirmiştir. Düşürülen uçağın pilotlarının cesetleri ise ancak 4 Temmuz 2012 tarihinde bulunabilmiştir.

Bu olay sonrasında Türkiye angajman kurallarını yenilemiş, Suriye tarafından sınıra yaklaşan her askerî unsurun tehdit olarak değerlendirilip hedef muamelesi görmeye başlayacağı açıklanmıştır.

3 Ekim 2012 tarihinde Suriye'nin Tel Abyad ilçesinden ateşlenen iki adet top mermisi Türkiye'nin Suriye sınırındaki Akçakale ilçesine düşmüştür. 5 kişinin ölmesine ve 10 kişinin yaralanmasına neden olan olay sonrası ilçedeki okullar tatil edilmiş ve bazı noktalar boşaltılmıştır. Türkiye "meşru müdafaa" hakkını kullanarak aynı gün içinde Tel Abyaz ilçesine T-155 Fırtına obüsleri ile topçu ateşi başlatmıştır. Türkiye Büyük Millet Meclisi olayın ardından toplanmış ve Suriye'ye müdahale için hükûmete askerî tezkere verilmiştir. Türkiye ayrıca NATO'yu acil olarak toplanmaya çağırmış, toplantıda ise Türkiye'ye destek kararı çıkmıştır. Ayrıca ABD ve Birleşmiş Milletler de Türkiye'ye olan desteklerini ifade etmişlerdir.

4 Ekim 2012 günü Suriye Enformasyon Bakanı Umran Zubi Suriye tarafından konu ile ilgili yorum yapan ilk kişi olmuştur. Ölenler için üzgün olduğunu dile getiren Zubi, Türkiye'yi ise sınır güvenliğini sağlamaları konusunda uyarmıştır. Ertesi gün Türkiye Başbakan Yardımcısı Beşir Atalay, Suriye hükûmetinin kendilerinden özür dilediğini açıklasa da Suriye'nin BM Daimi Temsilcisi Beşar Caferi özür diledikleri iddialarını yalanlamıştır.

11 Mayıs 2013 tarihinde Hatay'ın Reyhanlı ilçesinde 15 dakika arayla iki bombalı saldırı gerçekleşmiştir. Resmî verilere göre 51 kişinin kişinin ölümüne, 155 kişinin yaralanmasına; resmî olmayan iddialara göre 150'den fazla kişinin ölümüne ve geniş çapta mal kaybına yol açan saldırı Türkiye tarihindeki en ağır bombalı terör saldırısı olarak kayıtlara geçmiştir. Saldırının ertesinde Türkiye Başbakan Yardımcısı Bülent Arınç ve İçişleri Bakanı Muammer Güler saldırının Suriye istihbarat birimi Muhaberat tarafından yapıldığını iddia etse de Suriye bu iddiaları reddetmiştir. Saldırıdan aylar sonra medyada Irak ve Şam İslam Devleti'nin saldırıları üstlendiği haberleri yer almış Emniyet Genel Müdürlüğü yaptığı basın duyurusu ile bu haberleri yalanlamış ve saldırıların Suriye Hükûmeti desteğiyle yapıldığını belirtmiştir. Saldırı ile ilgili hazırlanan iddianamede ise saldırının son eylemini 1983'te gerçekleştiren THKP-C Acilciler'in lideri ve halen Suriye İç Savaşı'nda rejim saflarında savaşan Suriye Direnişi adlı örgütün lideri Mihraç Ural ile Muhaberat tarafından ortaklaşa yapıldığı tespiti yer almıştır. Bu iddianame üzerine açıklama yapan Suriye Enformasyon Bakanı Ümran el Zubi durumun delil üretmekten başka bir şey olmadığını belirterek suçlamaları reddetmiş ve saldırının sorumlusu olarak Türkiye Hükûmeti'ni göstermiştir. Mihraç Ural da Suriye gibi iddiaları reddetmiştir.

RedHack tarafından 22 Mayıs 2013 günü kamuoyuna sunulan Jandarma İstihbarat Daire Başkanlığı'na ait gizli belgeler ise Reyhanlı saldırısından yaklaşık bir ay önce El-Nusra Cephesi'nin bir saldırı hazırlığı konusunda yetkililerin istihbaratının olduğunu göstermektedir. Belgelere göre silahlı Suriye muhalefeti örgütü El-Nusra Cephesi'n,n üç araca Türkiye'ye yönelik bir eylemde kullanmak üzere bomba düzeneği yerleştirdiği 25 Nisan 2013 tarihinde Türk istihbaratı tarafından biliniyordu. Belgelerle ilgili açıklama yapan Türkiye Başbakanı Recep Tayyip Erdoğan ise belgelerin güvenirliğini reddetmemiştir. Türkiye İçişleri Bakanlığı ise bir açıklama yayınlayarak belgelerin Reyhanlı ilçesindeki patlamayla hiçbir ilgisinin olmadığını, başka bir terör örgütü tarafından planlanan farklı bir terör eylemine ilişkin hazırlıkları kapsadığı belirtmiştir. Haziran ayında El-Nusra Cephesi Başmüftüsü Şeyh Ebu Merya el Kahtani imzasıyla yayınlanan bir açıklamada Reyhanlı saldırısını gerçekleştirdikleri yönündeki iddialar yalanlanmıştır.

Ayrıca Suriye Hükûmeti ve Suriye muhalefeti taraflarının her ikisi de saldırıyı kınamışlardır.

Saldırının gerçekleştiği ilk gün Reyhanlı Sulh Ceza Mahkemesi'nin talebiyle medyaya yayın yasağı konmuştur ve yasak halen sürmektedir.

Saldırıyla ilgili olarak 32 şüpheli gözaltına alınmış bunlardan 20'si tutuklanmıştır. Soruşturmadaki tüm şüpheliler Türk vatandaşıdır ve soruşturmada saldırının arkasında Nasır Eskiocak liderliğinde Muhaberat bağlantılı bir silahlı grup olduğu iddiası üzerinde durulmaktadır. Soruşturmanın bir numaralı zanlısı Nasır Eskiocak emniyet ifadesinde saldırıyı yaptıklarını itiraf etmiştir.

16 Eylül 2013 günü Suriye'ye ait Mi-17 tipi bir helikopter sınır ihlali yaptığı gerekçesiyle Türk savaş uçakları tarafından düşürülmüştür. Türkiye Genelkurmay Başkanlığı'nın yaptığı açıklamaya göre Suriye helikopteri sınıra yaklaşık 48 kilometre mesafede iken üssü Diyarbakır'da bulunan Birleştirilmiş Kontrol İhbar Merkezi tarafından takibe alınmış, yapılan uyarılara rağmen