e 42 puanla 12.sırada tamamlamıştır.
2007-08 yaz transfer döneminde Hakan Ünsal, Ergün Penbe gibi oyuncuları ile yolları ayıran ve uzun bir dönemdir sol bek transferi yapmak isteyen Galatasaray'nün dikkatini çekti. Kamp dönemini Giray Bulak'ın Manisaspor takımında geçşren Balta, o sezonki ilk Süper Lig maçına ise 12 Ağustos 2007 tarihinde Kayserispor deplasmanında çıktı. Maçın 52.dakikasında Uğur İnceman'ın pasını gole çeviren Balta, takımına 1-1 beraberliği getirerek o sezonki ilk resmi golünü atsa da takımı maç sonunda 3-1 mağlup oldu. Hazırlık maçlarında olduğu gibi 4-5-1 sistemini tercih eden Bulak tarafından sol bek mevkiinde görev yapan oyuncu, Ufuk Ceylan, Ümit Bozkurt, Oumar Kalabane, Selçuk İnan, Uğur İnceman ve Sezer Öztürk gibi en fazla dikkat çeken oyunculardan biri olmaya devam etti. Bu maçtan 2 haftasonra yani ligin 3.haftasında Denizlispor maçında o sezonki 2.golünü atan Balta, 4.haftada kendisini takip eden Galatasaray karşısında 90 dakika forma giydi ve maç 2-2 beraberlikle bitti. Bu maçın ardından Galatasaray yöneticileri Manisaspor yöneticileriyle görüşmelere başladı ve Balta'yı kadrosuna kattı. Balta ise bu dönemle ilgili bir röportajda "Ara transfer dönemiydi; ligin dördüncü haftası... Vestel Manisaspor Galatasaray ile karşılaşacak. Maçtan üç gün önce menajerim aradı ve ‘Galatasaray ile görüşmelere başladık; transferin olabilir’ dedi. Maç gününe kadar da hiçbir haber gelmedi. Açıkçası ben olmadı diye düşünmeye başladım. Nihayet pazar günü Galatasaray maçına çıktık. Bir de gol kaçırdım. Hatta arkadaşlarım daha sonra ‘Bilerek mi kaçırdın?’ diye takıldı. Böyle bir şey yok tabii. Karşılaşmadan sonra eşimi selamlamak için tribünlere gittim ve eşim, ‘Hayırlı olsun; başkan söyledi Galatasaray’a gidiyorsun’ dedi. Çok büyük heyecan yaşadım." ifadeleriyle anlattı.

2007-2008 transfer sezonunun son gününde Galatasaray'a transfer olan Hakan'ın bonservisi için Galatasaray kulübü Vestel Manisaspor'a 1.000.000 € ayrıca bonservisi ile Ferhat Öztorun'u ve Aydın Yılmaz ve Anıl Karaer'i 1 sene kiralık olarak vermiştir. Bu transferin ardından Vestel Manisaspor İdari Menajeri Mustafa Turgat, "Geçen sezon Caner'i CSKA Moskova takımına 4 milyon euroya satmıştık. Bu sezon da Hakan Balta'ya karşılık kasamıza 1 milyon euro girdi. Ayrıca Galatasaray'dan 4 önemli oyuncuyu takım kadromuza dahil ettik. Bu transferler herkese hayırlı olsun" ifadelerinde bulundu. Transferi sonrası Balta ise "Stoper oynadım, sol bek oynadım. Sol önde oynadım, ikili arkası oynadım, hatta kaleye bile geçtim. Ama benim en iyi oynadığım yer savunmanın soludur. Hakan Şükür ve Hakan Ünsal’dan sonra Hakan abilerim gibi tarihe geçmek istiyorum." ifadelerinde bulundu. Balta Galatasaray formasıyla ilk maçına ise 16 Eylül 2007'de Konyaspor karşısında 79.dakikada Marcelo Carrusca'nınyerine 7-0 biten karşılaşmasa da girdi. Volkan Yaman ile forma rekabetine giren Balta, ilk defa bu maçtan sadece bir hafta sonra 23 Eylül 2007 tarihinde Kasımpaşa SK karşısında Karl-Heinz Feldkamp tarafından ilk 11 başlatıldı. Bu maçla birlikte takımın vazgeçilmez oyuncusu olan Balta, sol kanatta Manisaspor'dan eski takım arkadaşı Arda Turan ile oynadı ve tüm dikkatleri üstüne çıktı. Bu maçtan bir hafta sonra ise Beşiktaş karşısında forma giyen Balta, ilk derbi maçında Galatasaray formasıyla ilk golünü de atmış oldu. Bu maçın ardından maç kaçırmayan Balta bundan bir sonraki golünü ise 14.haftada İstanbul BB ağlarına yolladı. 2007-2008 sezonu boyunca Hakan Balta, 24'ü ilk on bir olmak üzere 33 maçta forma şansı buldu ve Galatasaray'da 3 gol attı aynı zamanda ilk sezonunda neredeyse sezonun yarısını hocasız geçiren Galatasaray'da Süper Lig şampiyonluğu yaşadı. Ligin son haftasında Gençlerbirliği Oftaş'a uzaktan çok sert bir vuruşla attığı inanılmaz golle dikkatleri bir kez daha üstüne çekmiştir. Öyle ki, golün tekrar görüntüsünde dahi top görülememektedir. 200.3 km hızla ağlarla buluşan bu gol, aynı zamanda Süper Lig tarihinin gelmiş geçmiş en sert gol vuruşu olarak tarihe geçmiştir. 

2008-2009 sezonunda ise sezona Michael Skibbe ile başlayan Galatasaray'da ilk maçına UEFA Şampiyonlar Ligi eleme turunda 13 Ağustos'ta forma giyen Balta, takımının UEFA Şampiyonlar Ligi'nden elenmesine engel olamamıştır. Bu maçın ardından ise 17 Ağustos 2009'da Kayserispor ile Türkiye Süper Kupası'nda karşılaşan Galatasaray'da ilk 11 başlayan Balta bu maçta 72 dakika forma giymiş ve yerini Volkan Yaman'a bırakmıştır. Bu maçın sonucunda Galatasaray rakibini 2-1 mağlup etmiş Balta'da ilk Türkiye Süper Kupası şampiyonluğunu kazanmıştır. Balta o sezon ise takımın en istikrarlı futbolcularından biri oldu. Galatasaray'ın oynadığı resmi maçların 41'i ilk on bir olmak üzere 43'ünde forma giyen Hakan Balta, 2008-09 sezonundaki tek golünü ise sezonun ilk maçında Denizlispor karşısında ceza sahası dışından sol ayağıyla atmıştır ve 2008-09 sezonunda sadece 2 sarı kart görerek Galatasaray'ın en az sarı kart gören oyuncularından olmuştur. O sezon aynı zamanda kariyerindeki ilk UEFA Avrupa Ligi tecrübesini ise ön eleme turunda AC Bellinzona maçının Ali Sami Yen Stadyumu'nda oynanan rövanşında çıkmıştır. Takımdaki sakatlıklar nedeniyle bazen stoper bazen Sağ açık bazen de Sol açık oynayan Balta, bşr röportajda bununla ilgili olarak "O dönemde çok sakat oyuncumuz vardı. Hatta bir dönem ondan fazla sakat oyuncumuz oldu. Genelde stoperde olsam da sol açık, sağ açık oynamışlığım bile vardır. Beni stoperde ya da sol açıkta oynatmak eminim ki onun da ilk tercihi değildi, şartlar gerektirdiği için aldığı kararlardı. O yüzden tepki vermedim, elimden geleni yapmaya çalıştım. Profesyonel futbol da bunu gerektirir." ifadelerinde bulunmuştur. Ayrıca teknik direktör Michael Skibbe ile yolların ayrılmasının ardından yerine Bülent Korkmaz'ın getirilmesiyle ilk maçına FC Girondins de Bordeaux karşısında çıkmıştır. "Efsane maçlar" arasına giren bu maçı Galatasaray 90'da Sabri Sarıoğlu'nun golüyle 4-3 yenerken, adını bir üst tura yazdırmıştır. Balta ise 77 dakika sahada kalmıştır. 
Hakan Balta, 2009-10 sezonunda ise teknik direktörlüğe Frank Rijkaard'ın getirilmesi ile beraber zaman zaman defansın ortasında görev yapmaya başladı. O dönemde kadrosunu Abdul Kader Keita ve Elano Blumer'le güçlendiren Galatasaray, ayrıca Hakan'ın Manisaspor'dan takım arkadaşı Caner Erkin'i kiraladı. Caner zaman zaman Balta'nın mevkiinde forma giyse de genellikle sol açıkta şans buldu. Hakan ise o sezon ilk resmi maçına 23 Temmuz 2009'da Tobol karşısında çıktı ve takımı maçı 2-0 yenerek üsttura yükseldi. Daha sonra Maccabi Netanya ile eşleşen Cim-Bom, 30 Temmuz 2009'da rakibini deplasmanda 4-1 mağlup ederken gollerin biri de Balta'dan geldi. Bu maçın rövanşında ise rakibini 6-0 mağlup eden Cimbom, sonraki turda Levadia Talinn ile eşleşti ve 5-0 yenilen maçta Balta bir tane de asist yaptı. Daha sonra Galatasaray gruplara katılma hakkı kazandı. O sezon ligde ise ilk maçına Gaziantepspor karşısında ligin ilk haftasında çıktı ve tüm alanlarda Aynı sezon, 35'i ilk on bir olmak üzere 39 maçta forma şansı buldu. O sezonki ilk ve tek golünü ise Fenerbahçe ağlarına Fenerbahçe Şükrü Saracoğlu Stadyumu'nda 25 Ekim 2009'da attı. Böylelikle hem Beşiktaş hem de Fenerbahçe ağlarını havalandırmış oldu. Galatasaray o sezon son 18 turunda Atlético Madrid ile eşleşti ilk maçta Vicente Calderon'da ilk 11 başlayan Balta, Abdul Kader Keita'nın attığı golün asistini yaptı ve takımı rakibiyle 1-1 berabere kaldı. Bu maçın rövanşında ise Ali Sami Yen Stadyumu'nda rakibine 2-1'lik skor ile boyun eğerek bu turnuvadan elendi.
Galatasaray SK 2010-11 sezonuna Hollandalı teknik adam Frank Rijkaard ile devam etti. Sezon başında ise kadro Emiliano Insua ile güçlendirirken bu oyuncu sezon boyunca Hakan Balta ile forma yarışına girdi. Balta o sezon ilk maçına OFK Beograd ile oynanan eleme maçında çıktı ve takımı rakibini eledi. Bir sonraki turda ise Karpaty Lviv ile oynanan maçta şans bulan Balta ve Galatasaray ilk maçta kendi evinde 2-2 ikinci maçta ise deplasmanda 1-1 berabere kalarak çok erken bir şekilde UEFA Avrupa Ligi'ne henüz gruplara katılamadan veda etti. Sezonun ilk maçında ise Sivasspor deplasmanında 90 dakika forma giyen Balta, bu maçta 90 dakika forma giysede takımı 2-1 mağlup oldu. Bu maçın ardından dizinin dış bağından sakatlanan sol bek oyuncusu, 7.haftaya kadar forma giyemedi. 8. haftada sahalara dönen Balta, Emiliano Insua'nın sol bek oynaması ve stoperlerin sakatlığı nedeniyle maça sol stoper'de başladı ancak takımı MKE Ankaragücü'ne 4-2 mağlup olarak büyük tepki toplarken, Frank Rijkaard ile Galatasaray yollarını ayırdı. Bu gelişmelerin ardından teknik direktörlüğe Gheorghe Hagi'nin gelmesiyle Fenerbahçe maçıyla birlikte tekrar Sol bek mevkiine geçen Hakan, bu maçta takımının 0-0 berabere kalmasında büyük pay sahibi oldu. Balta o sezonki ilk golünü ise ligin 15.haftasında Kasımpaşa SK ağlarına attı. Balta, 2010-2011 sezonunda 18'i ilk on bir olmak üzere 20 maça çıkmış ve bu sezonda sadece 1 gol atmıştır. Galatasaray o sezon tarihinin en kötü sezonunu geride bırakmıştır. 
2011-2012 sezonunda Beşiktaş'tan transfer teklifi almasına rağmen Fatih Terim'in isteğiyle Galatasaray'da kalan Hakan, takıma birçok sol bek ismi gündemine gelmesine rağmen takımın as sol beki olarak kaldı. Fatih Terim yönetimindeki Galatasaray'da takımın savunmasının vazgeçilmez isimlerinden oldu. Inter FC, Liverpool FC, Olimpiakos ve Real Madrid CF gibi maçlarda Çağlar Birinci'yi maçların ilk yarılarında yedek bıraksa da Fatih Terim Çağlar'ı da bu maçların ikinci yarısında oyuna sürmüştür. 2011-12 sezonunun ilk Süper Lig maçında ise Fatih Terim, Hakan Balta'yı tercih etmemiş Çağlar Birinci'yi tercih etimştir. Ancak Çağlar bu maçta bekleneni verememiş ve maçın sonlarına doğru hafif bir sakatlık geçirmiştir. Bu gelişmelerin üzerine ise Fatih Terim sol bek mevkiinde Süper Lig'in 2.haftası itibarıyla Hakan Balta'yı kullanmıştır. Bu maçla birlikte her maç üstüne koyan Balta, ilk asistini ise Süper Lig'in 4.haftasında Eskişehirspor maçında Felipe Melo'ya yapmıştır. Bu maçın ardından Süper Lig'in 21