esine rağmen Şah İsmail'e tabi olmuştur. Semerkant'ta kılınan ilk cuma namazında hutbeyi kendi adına değil Şah İsmail ve On İki İmam adına okutmuş, Şah İsmail'e bağlananlar gibi kırmızı başlık giymiştir. Hatıratında pek bahsetmediği bu yıllarda Şiilik inancının esaslarını kabul etmiş ya da kabul eder gibi görünmüştür.

Hatıralarındaki eksik bölümlerin, geçmişindeki bu dönemi silmek için kendisinin çıkardığı bölümler olduğu iddia edilmektedir. Bu ittifak Babür'ün ata toprakları olan Semerkant ve Buhara'yı ele geçirmesini sağlamıştı. Ancak 1514'te Yavuz Sultan Selim'in Şah İsmail’i yenilgiye uğratması sonucu Özbeklerin üzerindeki Safevi baskısı kalkınca Babür Şah, kendisine karşı cihat ilan eden Özbekler karşısında yenilgiye uğramış ve vatanından ayrılmak zorunda kalmıştır. Bu yenilgi ile birlikte Babür, kendisini ihanetle suçlayan Safeviler'in desteğini de kaybetmiştir.

Semerkant'ta tutunamayacağını anlayıp güneye doğru çekilmeye karar veren Babür, 1518'de gerçekleştirdiği Güney Afganistan seferi ile Hayber Geçidi'ni aşıp Sind bölgesini ele geçirdi. 1519 yılının Kasım ayında Sind nehrini 1500 kişilik kuvvetle sallarla geçip Peşaver yakınlarına geldi. Beş defa Pencap’a sefer düzenledi ve bu seferler neticesinde, Pencap bölgesini ele geçirdi. 1522'de ise Kandehar'ı ele geçirdi. Daha önce beş kez Hindistan'a sefer düzenlemiş olan Bübür altıncı seferinde Hindistan'ın en güçlü lideri Delhi Sultanı, İbrahim Ludî ile Nisan 1526'da Panipat Savaşı'nda karşı karşıya geldi. Sultan İbrahim Ludî'nin 100.000 asker ve 1.000 filden müteşekkil büyük ordusunu 13.500 askeri ile 7 saat içerisinde büyük bir mağlubiyete uğrattı. Sultan İbrahim Ludi'nin 50 bin askeri savaş esnasında ölmüştür. Zaferin hemen ardından Delhi ve Agra'yı alıp Agra'yı başkent yapmıştır. Bu savaş onun en büyük zaferidir. Savaşın kazanılmasındaki en büyük etken, Babür'ün "asrımızın biriciği" şeklinde andığı Osmanlı subayı Mustafa Rumi'nin başında bulunduğu topçu taburuydu. O dönemde o bölgede Babür'ün ordusu dışında hiçbir ülkenin ordusunda top kullanılmıyordu. Babür'ün kazandığı bu zafer, Hindistan'daki Timuri hanedanının başlangıcı olarak kabul edilir. Zaferden sonra Babür, Agra imparatorluk sarayına girerek kendisini Hindistan imparatoru ilan etti.

Babür'ün Panipat savaşında kazandığı zafer ve Delhi Sultanlığı'na son vermesi Hinduları korkutmuştu. Çitor Racası Rana Saga başkumandanlığında 200 bin piyade, 1000 süvari ve 1000 savaş filinden oluşan Hindu ordusuyla Babür'ün ordusu 15 Şubat 1527'de Kanya savaşında karşı karşıya geldiler. Sabah 9'da başlayan savaş birkaç saat içinde Babür'ün zafer ile sonuçlandı. Babür on mislinden fazla karşı kuvveti üstün ateşli silahlar ve taktik gücü ile yenilgiye uğratmıştı. Babür, Hindistan'ın son büyük hükümdarı olarak kabul edilen Çitor Racası Rana Saga'yı yendikten sonra Gazi unvanını almıştır. Bu zafer Babür'ün Müslüman olmayan bir hükümdara karşı kazandığı ilk zaferdi ve ona İslam dünyasında büyük ün kazandırdı.

Sanatı ve sanatçıyı desteklemiş bir kültür adamı olan Babür Şah'ın kendisi de bir sanatkâr ve yazardır. Onun Ali Şir Nevâî'den sonra Çağatay edebiyatının en önemli şairi olduğu pek çok ilim adamı tarafından dile getirilmiştir. Babür divanında, Risale-i Vâlidiyye Tercümesi'nin yanı sıra, 119 gazel, 18 mesnevi, 210 rübâi, 50 muamma, 19 kıta, 15 tuyug, 79 matla, 7 masnu şiir, 18 nâtamam gazel, 3 nazm, 16 musarra beyit, 5 müfred, 4 mensur parça yer almaktadır. Ayrıca Farsça olarak kaleme alınmış 2 gazel, 12 rübâi, 8 kıta, 17 matla ve bir mensur parça da divanın içinde mevcuttur. Divanda genel olarak aşk, tabiat, güzellik, sosyal hayat, ahlak ve tasavvuf gibi konularda şiirler yer almaktadır. Divanın beş nüshası bulunmaktadır. Bunlar İstanbul Üniversitesi kütüphanesi, Paris Biblioteque Nationale, Topkapı Sarayı Revan Kitaplığı, İstanbul 100. yıl Atatürk Kitaplığı Muallim Cevdet yazmaları ve Hindistan Nevvab Kütüphanesi'ndedir. Türkiye'de Bilal Yücel tarafından yayına hazırlanmış ve Atatürk Kültür Merkezi Yayınları arasından çıkmıştır.

Babür Şah'ın bir başka eseri Aruz Risâlesi'dir. Adından da anlaşılacağı üzere aruzu anlatan bir eserdir. Risalede beş yüzden fazla vezne yer verilmiştir. Eserin Paris Biblioteque Nationale'deki nüshası Fuad Köprülü tarafından ortaya çıkarılmıştır. Eserin bir diğer nüshası ise Tahran'da 1525 yılında kopyalanmıştır.

Babür Şah'ın bir de Hanefi fıkhına ait ‘Mübeyyen Der Fıkh' isimli bir mesnevisi ve tasavvuf ahlâkına dair Hoca Ahrâr'ın Farsça eserlerinden manzum olarak Türkçeleştirilmiş bir ‘Risâle-i Vâlidiyye'si vardır. Risâle-i Vâlidiyye, Hoca Ubeydullah Ahrar'ın Vâlidiyye adlı Farsça tasavvufi ahlâk risalesinin manzum çevirisidir. Bu eser Babür'ün tasavvufi yönünü ortaya koyan bir eserdir. 243 beyitten oluşan bu eserden sonra Babür'ün tasavvufa yöneldiği söylenir.

Babür Şah'ın en önemli eseri Çağatay Türkçesi ile kaleme aldığı Babürnâme'dir. Babür, bu eserinde çocukluğundan hayatının sonuna kadar bütün hayatını hikâye etmiş, gezip gördüğü yerleri, tanıştığı insanları, kültürleri, coğrafyaları anlatmıştır. Ekber Şah zamanında Çağatay dilinden Farsça’ya çevrisi yapılan Babürname, ilerleyen dönemlerde Urduca, İngilizce, Fransızca, Rusça, Japonca başta olmak üzere birçok dile çevrilmiş, 1943-1946 yıllarında kusursuz bir Türkçe çevirisi Rahmeti Arat tarafından yayımlanmıştır.

Babür Şah'ın kendi icadı olan "Hatt-ı Baburi" ise İslam Hat sanatının yazı üsluplarından biri olmamakla beraber yeni bir alfabedir ve Arap ile Uygur alfabelerinin karışımıdır. Babür Şah'ın devlet adamları ve akrabalarıyla, geliştirdiği bu yazı şekliyle haberleştiği hatta bir de bu harflerle Kur'ân-ı Kerîm yazdırdığı bilinmektedir.

Son derece engin bir kültüre sahip olan Babür, okumaya karşı büyük bir ilgi duymaktaydı. Kendisini unutarak bütün gününü kütüphanelerde geçirebilirdi. Komutanları pek çok zaman bu nedenle ortadan kaybolduğu için endişelenmişlerdir. İyi derecede at binicisi ve avcı olan Babür, iki savaş arasında avlanırken, kimi zaman yollarda şiir yazmak için durur ya da gözlemlerini yazıya dökerdi.

Babür Şah, yakın dostlarıyla sofra sohbetlerinden, çok sevdiği sal gezilerinden, bahçe sefalarından en sıkıntılı zamanlarında bile vazgeçmemiştir. Yakın çevresinden "içki" diye söz ederdi. Meclislerinde sadece şarap içilmez, majun isimli bir uyuşturucu da kullanılırdı. Gece boyunca yenilir içilir sabahları da "sabuhi" yapılır yani bir parça daha şarap içilir öğlen tekrar macun yenirdi. Babür, defalarca tövbe edip defalarca tövbesini bozmasına rağmen günlerce devam eden yemek sohbetleri ve içki alemlerinden hiç vazgeçememiştir.

Bazı araştırmacılar onun Hindistan'ı hiç sevmediğini düşünür. Hindistan coğrafyasındaki aşırı sıcaklar, değişik coğrafya, muson yağmurları Babür'ün pek hoşuna gitmemiştir. Aklı her zaman Semerkant, Buhara ve Fergana ovasında olsa da yine de bu yeni topraklara ilgiyle yaklaşmıştır. Biruni'den sonra en ayrıntılı Hindistan tasviri onun eserlerinden okunmaktadır. Hindistan'da kullanılan takvimden halkın giysilerine, Hindistan'ın tüm kuşlarını, hayvanlarını, balıklarını, ağaçlarını, bitkilerini ve meyvelerini Babürname'de birer birer anlatmıştır. Doğa ve canlılar onu çok büyülemiştir. Çiçekleri inceleyerek saatler geçiren Babür'ün, haleflerinin bakıp büyütecekleri bahçeleri onun bahçelere olan tutkusuna dayanmaktadır. İçinde onlarca farklı bitki türünün yaşadığı havuzlarla serinletilen yemyeşil büyük bahçeler yaptıran Babür'ün en sevdiği bahçesi Bağ-ı Vefa idi. Babür'ün bahçeleri, Orta Asya - Hint bahçe örneklerinden günümüze kalması açısından çok önemli olup aynı zamanda Babür'ün doğa aşkı, bahçe yapma merakı ve bahçe vakfetme anlayışının günümüzde hala yaşayan örneğidir. Babürname'de 22 bahçenin adı geçmektedir. Bunların bazılarını kendi yaptırmış bazıları ise sevdiği ve ziyaret ettiği bahçelerdir. Bahçelerde mutlaka su olması gerektiğini düşünen Babür, havuzların açılmasına bizzat göz kulak olmuştur. "Sefasız ve intizamsız Hind'de güzel, planlı ve muntazam bahçeler kurduk" diyen Babür, devasa yapılar yerine günlük hayatı kolaylaştıran, ihtiyaçları gideren şehir düzenlemeleri yaptırmıştır. Bazı şehirlerde camiler inşa ettirmiştir. Babür, Hindistan’da beş yıl gibi kısa bir süre bulunmasına rağmen, yine de birçok eser yaptırmıştır. Panîpat zaferini ebedileştiren K"bil şah Camii, Sambhal Camii ile Agra Camisi bunlardan bazılarıdır.

Babür Şah ömrünün sonlarına doğru yaşı çok ilerlememiş olmasına rağmen sık sık hastalanıyordu. Çok sık içtiği şarabı birçok kez bırakmak istemiş, ama başaramamıştı. Haftanın 4 gününü alkole, 3 gününü ise majuna ayırmıştı. Babür’ün yakalandığı Şark çıbanı, siyatik, kulak akıntıları, kan tükürme gibi hastalıkları hem ilerlemiş yaşından, hem de aşırı sıcaklardan iyice dayanılmaz hale gelmişti.

Babür Şah, 26 Aralık 1530'da Agra'da 48 yaşında hayatını kaybetmiştir. Tahtını oğlu Hümayun devraldı. Öldüğünde Agra'ya gömülmüş olan Babür Şah'ın mezarı 1539'da Kabil'e kendi kurduğu Babür Bahçelerine nakledildi. Kabri üzerine torunu Şah Cihan tarafından 1646’da bir türbe inşa edildi. 1842 depreminde zarar gören anıt mezar çeşitli restorasyon çalışmaları ile onarılmıştır.

Babür Şah, ölümünden sonra "Hazret-i Firdevs-Mekani" ve "Hazret- i Giti-Sitani" unvanlarıyla anılmıştır. Babür Şah'ın 1526’da kurduğu devlet 1858 senesinde İngilizlerin işgaline kadar, 332 sene varlığını sürdürdü. Babür İmparatorluğu Türkiye, Cumhurbaşkanlığı Forsuna birer yıldızla işlenen tarihteki 16 Türk devletinden biridir. Aynı zamanda Babür Şah'ın Türkiye'de büstleri vardır ve yanında ona ait olduğu iddia edilen bir bayrak dalgalanmaktadır.

Onu ana yurdundan çıkaran en büyük düşmanı Özbekler de günümüzde Babür'ü kendi ataları olarak kabul ederler. Çünkü Özbekler, Timurlu uygarlığının her açıdan mirasçısı olmuşlardır. Günümüzde Babür'ün heykelleri Özbekistan'da da yükselmektedir. Babür yurdu denilen doğduğu Özbekistan'ın Andican şehrinde Babür'ün heykelinin yanı sıra bu anı parkta Babür'ün temsili mezarı ile birlikte bir de müze bulunmaktadır.

Günümüzde Kırgızistan sınırları içerisinde yer alan