atih'ten önce ilmiye teşkilatının en yüksek derecesi kazaskerlik olarak kabul edilmekteydi.

Osmanlılarda devletin sembolü olarak görülen kadı; kadı olarak görevlendirildiği andan itibaren hukukçu olarak nitelendirilebiliyordu. Fethedilen bir yerde kadının çalışmaya başlaması, o yerin Osmanlı egemenliğine girdiğinin en önemli kanıtı sayılıyordu. 1326 yılından itibaren kadıların şeriat adına hüküm verdikleri görüşü iyice yerleşmiş, işlerine müdahale edilemeyeceği kuralı benimsenmişti. Bu dönemde devletin üst düzey görevlilerinin önemli bir kısmının kadılık mesleğinden gelenlerden olduğunu görüyoruz.

Osmanlı Devleti'nde medreselerde kullanılan öğretim metodu dedüktif karakterde idi. Bu metodun esasını meseleleri naslara ve otoritelere dayandırmak teşkil etmektedir. Bu dedüktif metot, ilk zamanlarda ezberi esas almıştır. İlk önce Kur'an'ı ezberlemek ve mümkün olduğu kadar çok sayıda hadis öğrenmek gerekiyordu. Bir müddet sonra imlâ metodu gelişmeye başlamıştır. Buna göre talebeler ders esnasında hocanın karşısında halkalar halinde oturarak dersi takip etmekte ve gerektiği yerlerde not tutmaktaydılar. Bu not tutma yöntemi Kur'an dersleri hariç hemen hemen bütün derslerde uygulanmaktaydı. Zamanla imlâ metodunun yanında şerh ve izah metodu da gelişmeye başlamıştır. Medreselerde okutulan kitapların nüshalarının çoğalması ve bunların öğrencilerin eline geçmesinden sonra yavaş yavaş imlâ metodu terk edilmeye başlanmıştır. Bundan sonra metni bir öğrenci yükse sesle okuyor, hoca da gerekli izahlarda bulunuyordu ve metin üzerinde düzeltmeler yapıyordu. Ayrıca hoca, kendisinin yapmış olduğu izahları talebelere yazdırıyordu. Müderrisler, kimi zaman okuttukları derslerden herhangi bir bahis üzerine talebelerine münazaralar yaptırırlar ve neticede iki taraf arasında hakem olup mütalâalarını söylerlerdi.

Medreselerde soru-cevap metodu da kullanılmaktaydı. Hoca öğrencilere soru sorup cevabını beklediği gibi, öğrenciler de belirli bir nizama göre hocaya soru sorabilirlerdi. Yani derslerde takrir ve karşılıkla konuşmaya yer verilirdi. Belirli günlerde halka açık toplantılar da düzenlenirdi. Medreselerde her ne kadar kendi binalarında ders yapılıyorduysa da camilerde de sık sık ders yapılır ve bu dersi herkes izleyebilirdi. ""Ders-i âmm"" denen meşhur hocalar kent ve kasabaların büyük camilerinde "cami dersleri" adıyla herkese açık olarak dersler verirlerdi. Cemaat hocanın etrafında halka olur, anlatılanları dinlerdi. Bu derslerin düzenli izleyicileri bulunmaktaydı. İkindi namazından sonra daha sık yapıldıkları için "ikindi dersleri" de denilmekteydi. Osmanlı medreselerinde dersler kolaydan ("muhtasar"dan) zora ("mufassal"a) doğru bir seviyede okutulurdu.

Medreselerdeki öğretim metodu, daha sonraları müşahede, tecrübe, tetkîk ve tenkide yer vermeyen; sadece ayetlerin, hadislerin veya diğer metinlerin Aristo mantığına göre şerh ve tefsirine inhisar eden bir metot halini almıştır. Mânâdan ziyade lafza kıymet veren, yazı öğretimine yer vermeyen skolastik bir nitelik halini kazanmıştır. Müderrisler, felsefî ve kelamî meselelere çözüm bulmak ve tartışmak yerine, bu konuları eski bilgilerle geçiştirmeyi tercih etmişlerdir. Böylece medreselerde amaç; düşünen, araştıran ve sorgulayan insan yetiştirmek olmaktan çıkmış, sadece mevcut bilgilerle yetinen, sorgulamayan hazırla yetinen insan modeli yetiştirmek şekline dönüşmüştür. Bu kısır döngü talebenin zihninin gereksiz bilgilerle dolmasına, dolayısıyla öğrenci boyutunda zaman kaybının oluşmasına yol açmıştır.

Özellikle İstanbul'un alınışı ve devlet merkezi olarak seçilmesinden sonra açılan yüksek dereceli medreseler, zamanla gelişerek devletin yönetici ve aydın kitlesini yetiştirecek bir düzeye erişmişse de 16. yüzyılın sonundan itibaren medrese öğretimi kuruluş ve yükseliş devrindeki dinamikliğini yitirmeye başlamıştır.

Kanuni Sultan Süleyman döneminde, padişahın bazı kişileri alt kademelerde müderrislik yapmadan üst kademelere ataması, ilmiye mensupları arasındaki bozulmanın başlangıç noktaları olmuştur. Hocazadeler, Fenarizadeler gibi bazı ulema soyları ortaya çıkmıştır. Bu durumu meşrulaştırmak için ""Hocazadeler Kanunu"" gibi resmî destekler sağlanmıştır. Bu tür bozulmalar daha sonra II. Selim, III. Murad ve III. Mehmet dönemlerinde çoğalmış; 16. yüzyıl sonlarında ise hem medrese öğretimi hem de ilmiye sınıfı tamamen bir kargaşanın içine düşmüştür. Birçok ""mevali gözdeler"" soylarının adından faydalanarak kısa zamanda üst rütbelere yükselmişlerdir. İltimas ve rüşvetle pek çok kişi kadılık ve müderrislik görevlerine atanmışlardır. Bu şekilde müderris olanlar medresede ders vermemeye başlamışlardır. Ayda bir kere bile medreseye varmayan müderrisler türemiştir. Bunlar medreseye varsalar ders dinleyecek öğrenci bulamamışlar; öğrenci bulsalar ders verecek bilgiden yoksun olmuşlardır. Hocazadelere, büluğ çağına geldiğinde ""Dâhil elli"" derecesinde medreselerde müderrislikler, Müftüzadelere ""Hariç"", Kadıasker oğullarına ""ibtidai kırklı"", İstanbul kadılarının oğullarına da ""yirmibeşli"", ""otuzlu"" derecesindeki medreselerde müderrislik verilmesi adet olmuştur.

Bu sistem içinde 17. yüzyıl ortalarına kadar pek çok değerli kadılar, hâkimler ve hukuk bilginleri yetişmiş ise de; medresede uygulanan öğretim yöntemlerinin gelişmelere uyum sağlayamaması, bilakis gerilemesi ve devletin gücünün günden güne azalması nedeniyle, tüm kurumlarda olduğu gibi bu alanda da çöküş başlamıştır. Kadı atamalarında, müderrislik unvanı ve mülâzımlık belgesi verilmesinde uyulması gereken kurallara uyulmamaya başlanmış; daha çok aile üyeleri atanmaya başlanmıştır. Bu uygulamanın ilk örneklerinden biri; 16. yüzyıl'da Hoca Sadettin Efendi'nin yaptığı atamalardır. Hoca Sadettin Efendi'nin büyük oğlu Mehmed Efendi henüz oldukça gençken Mekke Kadısı ve hemen ardından İstanbul Kadısı tayin edildi. İki ay kadar sonra da Anadolu Kazaskeri oldu; bu tarihte 29 yaşında idi. Diğer oğlu Esad Efendi medreseden birdenbire Edirne Kadılığına geçti ve arkasında İstanbul'a kadı oldu, henüz 25 yaşında idi. Medreselerde bu tarihten sonra ilmi hürriyet kalkmış, iltimas ve siyaset karışmaya başlamıştır. Önceleri medresede yükselmek için gerekli bilimsel yeterlilik aranırken, 16. yüzyıldan sonra, bilimsel yetki arka plana düşürülerek, kayırmacılık ön plana geçmiştir.

Tarihsel süreç içersinde müderrisliğe tayin olunacak "mülazimler", mülazim olduktan 7 yıl sonra ""Rüus"" sınavına girer, başarılı olanlara ""Ders-i Âmlık"" payesi ve "İptidâ-i Hâriç" medreselerde öğretim yapma yetkisini verecek olan ""İstanbul Rüûsu"" denilen bir diploma verilirdi. Göreve en düşük seviyedeki medreseden başlayan müderrisler, zamanla kademe kademe yükselerek daha üst dereceli medreselere kadar çıkabilirlerdi. Oysa 1592 yılından itibaren müderrislik görevi bir rütbe haline getirilmiş; müderrislik payesi, yüksek dereceli ulemanın çocuklarına daha küçük yaşlardan itibaren verilmeye başlanmıştır. Böylece, ilmî hiyerarşiye uyulmaksızın terfi, ilerleme, ölçme ve değerlendirme yapılması gibi olaylara sıkça rastlanır olunmuştur.

Rüşvet ve iltimasın alabildiğine arttığı bir toplumda, bilginin ve faziletin hiçbir ayırıcı ve üstün özelliği kalmamıştır. Bu ortamda medreselerin öğretim programları alabildiğine karışmış; 16. yüzyılın ilk yarısında 2-3 yıl olarak belirlenen öğretim süreleri, aynı yüzyılın ikinci yarısında bir yıl, altı ay, üç ay gibi giderek azalmıştır. Doğal olarak bu kısalan süre içinde uygulanması öngörülen ders programı da giderek küçültülmüştür. Üstelik bazı dersler hakkındaki tutum da değişmiş; Fatih Sultan Mehmed zamanında ""kânün üzere şugl oluna"" diye okutulması yasalaştırılan bazı kitaplar (""Şerh-i Mevâkıf"", ""Haşiye-i Tecrîd""), ""bu dersler felsefiyattır"" denilerek daha sonraki dönemlerde ""Hidaye"", ""Ekmel"" gibi biraz daha az felsefî olan kitaplarla değiştirilmiş, daha sonra bunlar da ortadan kaldırılmış; medrese felsefî ve müspet ilimlere düşman bir kurum haline getirilmiştir. Bu atamalarla hakiki alimler geri planda kalmış; şeyhülislam, kazasker, padişah hocası gibi önde gelenlerin çocukları iyi mevkiilere gelir olmuştur. 18. yüzyıldaki bazı büyük ilmiye ailelerinin hakimiyeti, ilmiye teşkilatının niteliklerinden meydana gelmiştir. Niteliklerine bakılmaksızın aile üyelerinin atanması sonucunda, 18. yüzyılda artık ilmiye sınıfı tüm reformlara karşı çıkan, kendini yenilemekten uzak, gelişen bilim ve hukuk konusunda çağının gerisinde bir konuma gelmiştir.

15. ve 16. yüzyıllarda Batı, bilimde yeni dallar ve yöntemlerle büyük gelişmeler gösterirken; 17. yüzyıl başlarından itibaren Osmanlı'da müsbet ve deneysel bilimlerin öğretim programlarından çıkarıldığı görülmektedir. Kâtip Çelebi'nin ""Keşfü'z-zünun"" adlı eseri, Osmanlılar döneminde yazılan eserlerin açıklamalı bir dökümünü vermektedir. 17. yüzyılda yazılan bu esere göre, eserlerin %95'i tasavvuf, din, tarih ve edebiyata; sadece %5'i müsbet bilimlere aittir. 16. yüzyıl sonlarına kadar astronomide Kadızâde Rümî ve Takiyeddin Efendi gibi büyük alimler sayesinde bilgi düzeyi çok düşmese de 17. yüzyılda böyle bilimadamları da bulunmadığından büyük bir gerileme olmuştur. Coğrafya alanında da denizciler dolayısıyla önceleri çağdaş bir bilgi görülse de 17. yüzyılda bu bilimin de yüzüstü bırakılmıştır. Bu gerileme bütün alanlarda görülmüştür. Öyle ki, 17. yüzyılda mimari bile yabancıların eline geçmiştir.

17. yüzyıldaki din yorumlaması da medrese programları üzerinde etkileyici olmuştur. 16. yüzyıl sonlarında Birgivî Mehmet Efendi, toplumdaki din ve mezhep sürtüşmelerini kaldırmak için ""Tarikat-ı Muhammediye"" adlı bir eser yazmıştır. Bu eser, geniş düşüncenin yerine şüphe ve tereddütün geçmesinde etkili olmuştur. Bu kitap dinen yasak olan bir sürü hareket belirlemiştir. Bu eserde bilimler de ""mubah"" ve ""merdûd"" (redd) ilimler diye ikiye ayrılmış; kelam, astroloji ve birçok tabiat bilimleri ikinci sınıfa sokulmuştur. Birgivî'nin bu görüşü, daha sonraki yıllarda "Kadızâdeler" tarafından savunulmuştur. Dini konularda yorumlara açık görüşü savunanlara da "Sivasizâdeler" denmiştir.