lerinden öğeler kullanıyor. Bu öğeler ve oyunun tamamiyle gece vaktinde geçmesi oyunun karanlık dünyasını pekiştiriyor. 
Oyun New York, Hong Kong, Paris, Area 51 ve Vandenberg Askeri Hava Üssünde geçiyor.

2052 senesinde dünyadaki kargaşa ortamı her geçen gün artmaktadır. Bu ortamın oluşmasındaki en önemli nedenlerden biri, bütün dünya ülkelerini etkilemiş olan esrarengiz bir salgın hastalıktır. Bu hastalığa dünya toplumları "grey death" (gri ölüm)ismini takmıştır. Bu hastalıktan en çok etkilenmiş ülkelerin başında Amerika Birleşik Devletleri gelmektedir. Gri Ölüme karşı gelebilen tek ilaç ise Versalife şirketi tarafından geliştirilen Ambrosia isimli bir aşıdır. Ancak bu aşıdan toplumun sadece çok küçük bir kısmı faydalanabilmektedir. Bunun sebebi ise bütün hastalara yetecek kadar aşının olmamasıdır. Aşıdan bulabilmek için toplum düzeni için önemli biri olarak kabul edilmeniz gerekmektedir. Bu nedenden dolayı aşı sadece siyasetçilere, askeri liderlere, devlet görevlilerine, bilim adamlarına, zenginlere ve entelektüellere verilmektedir. Bu durumdan dolayı umudunu kaybeden birçok sıradan insan, dünyanın değişik ülkelerinde ayaklanmalara katılır. Bu ayaklanmaları yönlendiren terörist gruplar vardır. Bunlardan bir tanesi, Fransız, Silhouette diğeri ise Amerikalı Ulusal Ayrılıkçı Güçler (National Secessionist Forces) tür.
Bu tür tehditler ile savaşmak için Birleşmiş Milletlerin (BM) etki alanı ve gücü orantısal olarak artırılmış. Birleşmiş Milletler Anti-Terrorist İttifakı (UNATCO) bu tehditler ile başedilmek için kurulan kurumlardan biridir. Bu kurumun görevileri arasında uluslararası barışı korumak ve yeni oluşan terrörist örgütler ile mücadele etmek bulunuyor.
İlk olarak New York ta Özgürlük Anıtının altında kurulan UNATCO, bir terrörist saldırı sonrası yine Özgürlük Anıtının üzerinde bulunan adada yeni bir sığınağa taşınır.

Oyuncu JC Denton isminde nanoteknoloji ile güçlendirilmiş bir ajanı oynamaktadır. JC Denton UNATCO için çalışmaktadır. Denton olarak ajan eğitiminden geçtikten sonra UNATCO başkanı olan Joseph Manderley verdiği görevleri yerine getirmeye başlıyorsunuz. İlk görevlerinizde Ulusal Ayrılıkçı Güçler'e karşı mücadele ediyorsunuz. Bu görevlerdeki en temel hedefiniz UAG'nın üyelerini tespit etmek ve çalınan Ambrosia aşılarını bulmaktır.





Fin Del Camino (Büyük Kaçış bölümü)

Fin Del Camino, Prison Break dizisinin ikinci sezonunun yirmi birinci bölümüdür. Bölümün Amerika'daki ilk yayın tarihi 26 Mart 2007'dir. Dizi Türkiye'de CNBC-e kanalında yayınlanmaktadır. Dizinin Türkiye'deki ilk gösterim tarihi 19 Temmuz 2007'dir. Fin Del Camino'nun Türkçesi "yolun sonu" demektir. Bu bölüm, bir önceki bölümün bitiminin doğrudan devamıdır. Biri Panama'da, diğeri Chicago'da olmak üzere iki ana hikâyesi vardır. Ana karakterlerden Rockmond Dunbar (C-Note) bu bölümde yer almamıştır.
Sara'nın duruşmasının üçüncü günü gelmiştir. İtirazlara rağmen mahkeme Lincoln ve Michael'ın televizyon muhabirine çektirttikleri kasetin kanıt olarak sunulmasına izin verir. Bu sırada Kellerman Sara'nın duruşmasıyla ilgili haberi görmektedir ve intihara hazırlanmaktadır. Silahı tutukluk yapınca kız kardeşi Kristine'i çağırır ve eski günahlarını itiraf eder. Kristine ise ona geçmişte yaptığı hataları düzeltebileceğini, her şeye yeniden başlayabileceğini söyler. Kız kardeşi ona sıkıca sarılırken Kellerman gözyaşlarına boğulur.

Sara mahkemede suçunu kabul edip hapis süresini 12 yılda en üst düzey güvenlikli bir hapishanede geçirmeye hazırlanırken avukatlarından biri önemli bir tanığın gelip ifade vereceğini söyler. Kellerman'ın gelmesiyle Sara şok olur.

Lincoln yatta yalnız kalmıştır. Kardeşinin T-Bag'i yakalamak için Panama City'ye gittiğini fark eder.

Michael Panama City'ye gelmiş ve T-Bag'i Fin Del Camino Otel'de hemen bulmuştur. İki ajanın onu izlediğini farketmiştir. Sucre ve Bellick çıkagelir. Bellick silahını Michael'a doğrulturken Sucre Europeangoldfinch.net'e herhangi bir şey yazmadığını söyler. Michael böylece bir tuzak kokusu alır. Bellick ile anlaşır. Bellick parayı alacak, Maricruz zarar görmeyecek ve T-Bag yakalanacaktır.

Panama City'ye giderken Mahone Pam'i arar. Pam ona gelecek hakkında umut vermiştir. Bu konuşmadan sonra Mahone T-Bag'i izleyen ajanları arar.

Yangın alarmını çalıştırıp T-Bag'i otelden çıkartmayı başaran Michael, Sucre ve Bellick, T-Bag'i izleyen iki ajanın arkasından Panama City sokaklarında takibe başlar. Mahone da tam bu takibe katılacakken Lincoln aniden ortaya çıkar ve onu çeker. İkisi kavgaya tutuşur ve Lincoln kazanır ancak Mahone çevik bir hareketle Lincoln'ü yakalar.

T-Bag bir binaya girer. Michael, Sucre ve Bellick iki ajanın silahlarını alırlar ve onları bağlarlar. Michael bir şeyler döndüğünün farkındadır ama Sucre ve Bellick'in ardından o da binaya girer. T-Bag kurnazca onları tuzağa düşürür ve ölü bir hayat kadınıyla aynı odada kitli durumda bırakır. Polisler yaklaşmaktadır. Kaçmayı başarırlar ama sonra Bellick bacağından vurulup yakalanır. T-Bag'e araba çarpar, Michael ve Sucre onu yakalar. Sucre araba ararken T-Bag Michael'ın bu tuzakla ilgili sorularını cevaplamaktan kaçınır. Sucre düz kontak yapıp bir araba çalmayı başarır ve T-Bag'i bırakmak üzere ABD büyükelçiliğine doğru yola çıkarlar. Ama T-Bag yerden bir tornavida alıp Sucre'ye saplar ve kaza yaparlar.

Michael Sucre'yi ordan geçen birine emanet edip T-Bag'i kovalamaya başlar. Kovalamacanın sonunda bir barakada karşılaşırlar. Michael T-Bag'in sağ kolunu bıçaklar. Polis geldiğinde Michael parayı alıp gitmiştir. Yata gelir ama kardeşini bulamaz. Sucre'yi bulmak için hastaneleri telefonla ararken Lincoln'den bir arama gelir. Lincoln Michael'a üzgün olduğunu söyler ve telefonu Mahone'a verir. Mahone Lincoln'ü yakaladığını ve kendisinin de ortalıktan kaybolması gerektiğini söyler. Michael'a teklifini sunar : yat ve 5 milyon dolar karşılığı Lincoln'ü serbest bırakacaktır.




Sona (Büyük Kaçış bölümü)

Sona, Prison Break dizisinin ikinci sezonunun yirmi ikinci bölümüdür ve 2. Sezon Finali'dir. Bölümün Amerika'daki ilk yayın tarihi 2 Nisan 2007'dir. Dizi Türkiye'de CNBC-e kanalında yayınlanmaktadır. Dizinin Türkiye'deki ilk gösterim tarihi 26 Temmuz 2007'dir. "Sona"dan Sweet Caroline ve Panama bölümlerinde bahsedilmişti. Ana karakterlerden Rockmond Dunbar (C-Note) bu bölümde yer almamıştır.

Michael Scofield yattadır. Panamalı bir genç (Chaco) ona esrar satmak ister ama Michael geri çevirir. Mahone'dan telefon gelir ve Mahone Westmoreland'ın parası ve yat karşılığında Lincoln'ü bırakacağını temin eder. Michael teklifi kabul eder ve yola koyulur. Yoldayken Sara'ya elveda mesajı bırakır.

Michael ile konuştuktan sonra Mahone Kim'i arayıp ve kardeşleri yakın zamanda teslim edeceğini söyler ve Kim'in mümkün olan en kısa sürede Panama'ya gelmesini ister.

Chicago'da ise Kellerman Sara'nın duruşmasında ifade vermektedir. Eski ABD başkan yardımcısı Caroline Reynold'un emri üzerine Lincoln'e tuzak kurduğunu itiraf eder. Böylece Sara suçlamalardan aklanır ancak Kellerman yargılanacaktır. Mahkemenin dışarısında bir gazeteci Lincoln'e yöneltilen suçlamaların da geri çekildiğini söyler. Sara Panama'ya gidip Michael ve Lincoln'e bu haberi vermeye karar verir.

Kim "Pad Man" ile bir limuzinde buluşur. "Pad Man", "Sona" hakkında soru sorar ve Kim'e son olarak "yalnızca biri lazım" yazar.

Ambarda Mahone eski karısı Pam'i arar ve ilişkilerine yeniden başlamak için bir şans ister. Bu arada Lincoln kelepçelerinden birini tutan boruyu sökmeye başlar.

Panama City'de bir hastanede Sucre Maricruz'u düşünmektedir. Tıbbî olarak riskli olmasına rağmen hastaneyi terkeder ve ABD büyükelçiliğine telefon açıp Bellick'i sorar. Bellick nezarette bir avukat istediğini haykırır. T-Bag de birazdan aynı nezarete gelir ve ikili kafa kafaya gelir. Bellick nezaretten çıkarılıp kelepçelenir.

Dışarda Sucre Bellick'in götürüldüğünü görür. Bağırarak Maricruz'un nerede olduğunu sorar. Bellick ise ancak yardım edebilirse ona Maricruz'un yerini söyleyeceğini söyler. Bellick götürülürken Sucre yere yığılır.

Chaco Michael'i yerel bir uyuşturucu satıcısıyla tanıştırır ve uyuşturucu satıcısının sahildeki yatındadırlar. Michael ondan bir şey isteyecektir.

Michael yatı ambarın yakınına getirir, ambara girmeden önce parayı saklar. Michael girdiği sırada Mahone polisi arar ve iyi giyinişli Asyalı bir adamın iki Amerikalı tarafından öldürüldüğünü söyler. Mahone ve Michael para hakkında tartışırken Kim gelir. Mahone Kim'i vurmak için döner ama tam o sırada Michael'ın para karşılığında kiraladığı anlaştığı adamlar basar depoyu . Yaylım ateşi sırasında Lincoln boruyu söker ve kaçar.Kiralık gangsterları'ın bir tanesini vurup diğerininde boynunu kırdıktan sonra Mahone da ambardan koşarak çıkar ve michaelin teknesiyle kaçar.

Chicago'da Kellerman hapishaneye nakledilmektedir. Yolda giderken nakil aracının motorunda bir arıza çıkar ve bir köprünün altında dururlar. İki maskeli adam gelip Kellerman'ın oturduğu yere birkaç kez ateş ederler.

Gatun Gölü Panama Kanalı geçişinde Mahone polis tarafından durdurulur. Yatın yasadışı işlerde kullanıldığını söylerler. Polisler yatı arar ve büyük miktarda kokain bulurlar. Mahone tutuklanır.

Lincoln ve Michael engebeli bir ormanda Chaco'yu bulmak için yürümektedirler. Chaco onları küçük bir tekneye götürür. Sara yattan çıkar ve mahkeme sürecini Lincoln ve Michael'a anlatır. Sonra içeri içki almak için girer ve bu sırada Kim gelir, polis ekibi ise yoldadır. Lincoln ona parayı önerir ama Kim paranın olduğu çantayı tekmeleyip suya atar. Kardeşlerden yalnız birine ihtiyacı olduğunu söyler. Tam ateş edecekken Sara onu vurur.

Polis gelir ve Lincoln, Michael ve Sara kaçmaya başlarlar. Lincoln diğer ikisinden ayrılır ve kendini eski bir tersanede bulur. Michael ve Sara ise ormana doğru kaçmaktadır.

Michael ve Sara terkedilmiş bir baraka bulurlar ama polisler hemen oranın etrafını sarar. Michael Sara'yı sakinleştirmeye çalışır. Randevuları olduğunu hatırlatır ve polislere olayı anlatıp gideceklerini söyler. Sarılıp öpüşürler ve "seni seviyorum" derler.

Ba