lera ve AIDS salgınları ile mücadele eden insanlara yoğunlaştı. 3 milyon Nijeryalı 1996'da baş gösteren menenjit salgını sebebiyle aşılandı. 1997'de Taliban'ın kadın hastalıkları ve sağlığını yok sayması konusu dile getirildi. Bunların yanı sıra, tartışmaya açık olarak, MSF'in 90'lar sonundaki en önemli saha çalışmaları "Sierra Leone İç Savaşı" dolayısıyla Sierra Leone 'da gerçekleşti. 1998 yılında, gönüllüler Freetown 'da gerçekleşen ameliyatlarda asistanlık ederek, sayısı hızla artan amputelerin ve "ECOMOG" (Economic Community of West African States Monitoring Group) üyeleri tarafından saldırıya uğrayan sivillerin istatistiklerini tutuyordu. ECOMOG üyeleri, köy köy dolaşarak insanları öldürüyor, sakat bırakıyor, ailelere ateş açıyor, evleri yerle bir ediyor ve yerlileri yaşadıkları topraklardan ayrılmaya zorluyordu. İç savaş son bulduktan sonra, MSF uzun dönem projeleri dahilinde, bu bölgelerde psikolojik destek çalışmalarına ve "hayalet uzuv sendromu" yönetimine devam etti.

1999 yılının sonlarında, gelişmekte olan ülkelerde etkili tedavi eksikliği konusunda farkındalık yaratmak ve buralarda mevcut olması gereken aşıları edinmek için; ""Temel İlaçlara Ulaşım Kampanyası"" başlatıldı. Bu yılda, organizasyon aynı zamanda Kosova ve Çeçenistan 'daki insani yardım ve desteklerin eksikliğini dile getirdi. Bu bölgelerdeki sivilleri etkileyen politik durumlar dolayısıyla saha görevleri kuruldu. MSF Kosova'da 1993 yılından beri faaliyet gösterse de, Kosova Savaşı 'nın başlangıcı olan saldırı, on binlerce mültecinin yer değiştirmesiyle ve bu insanların yaşam koşullarının ağırlaşmasıyla sonuçlandı. MSF; "NATO'nun Yugoslavya'yı Bombalaması" 'ndan dolayı sarsılmış olan bu insanlara sığınak, su, besin ve tıbbi yardımlar sağladı.

Organizasyonun Kosova'daki çalışmaları ile ilintili olarak, MSF Yunanistan bölümü MSF'ten çıkarıldı ve bu durum, MSF içinde ciddi bir krize yol açtı. MSF Yunanistan merkezi, kendilerine limitlerini, nereye kadar gidebileceklerini ve neler görebileceklerini Sırbistan Hükümeti'nin empoze edecek olması koşuluyla, Sırbistan'a erişim hakkı elde etmişti. Üstelik bu koşullar, MSF'in diğer kollarının tamamıyla reddettiği koşullardı. MSF ile bağlantısı olmayan bir kaynak, Yunanistan merkezinin MSF'ten çıkarılmasının NATO bombardımanı sırasında, bu ekip üyelerinin Priştine 'deki Arnavut ve Sırp sivillere yardım etmesinden dolayı olduğunu iddia etti. Bu anlaşmazlık, ancak 2005'te Yunanistan merkezinin geri kabul edilmesiyle ortadan kalktı

Buna benzer bir durum da Çeçenistan'da yaşanmıştı. Buradaki sivil halkın büyük kısmı; evlerini terk etmeye ve sağlıksız koşullarda yaşamaya zorlanmıştı. Aynı zamanda bu siviller İkinci Çeçen Savaşı 'nın şiddetine maruz kalmışlardı .

MSF 1991'den beri Haiti 'de faaliyet göstermekteydi. Fakat ülkenin başkanı Jean-Bertrand Aristide yerinden edilince, sivil halk silahlı grupların saldırıları ve tecavüzlerine maruz kaldı. Var olan hastanelerde yapılan cerrahi ve psikolojik yardımlara ek olarak (sadece Per-au-Prince 'te ücretsiz ameliyat gerçekleştiriliyordu), su ve atık yönetim sistemleri için de saha görevleri ayarlandı. Jeanne Kasırgası'nın tetiklediği selden hayatta kalanların ve ülkede sayıları bir hayli fazla olan AIDS ve sıtma hastalarının tedavisi sağlanarak; bu hastalar gözetim altında tutuluyordu. 12 Ocak 2010 Haiti Depremi 'nin sonucunda rapor edilene göre; MSF'in üç hastanesi de büyük zarar görmüştü ve bunlardan biri tamamen yıkılmıştı. Diğer ikisiyse terk edilmek zorunda kalınmıştı. Deprem sonrasında, mağdurların tedavisini sürdürmek amacıyla, MSF dokuz uçak dolusu tıbbi malzemeyi sahadaki hastanesine ulaştırdı. Buna rağmen, bazı uçakların yere inişi zorunlu olarak ertelendi; zira MSF gibi birçok organizasyonun yardım uçakları ve askeri uçaklar; iniş için sıra bekliyordu ve çok yoğun bir hava trafiği mevcuttu.

Hindistan 'ın kuzeyindeki Keşmir Sorunu (Hindistan-Pakistan Savaşları 'na bakınız), Jammu, Manipur ve Keşmir 'de çatışmalarla beraber yerinden edilen sivillere yardım ulaştırmak amacıyla, MSF'in müdahale etmesi gerekliliğini doğurdu. Burada ilk saha görevi 1999 yılında başlatılmıştı. Görevlerde, psikolojik destek sağlamak en önemli hedef olup; aynı zamanda burada verem, sıtma ve AIDS iyileştirme programları da başlatılmıştı. Ruh sağlığı desteği, 2004 Hint Okyanusu depremi ve tsunamisi 'nden bu yana, güney Asya'daki görevlerde ciddi önceliğe sahipti.

MSF, 2005-2006 yıllarında kendini sorgulama ve müzakere dönemine girdi. Yerellere karşı davranışlar, adil işe alım gibi birçok konu tartışıldı ve organizasyon içinde öz eleştiriler yapıldı.

MSF, çeyrek asırdır pek çok Afrika ülkesinde aktif olarak çalışmaktadır. Bazen, çalıştığı bölgelerdeki tek sağlık hizmeti, temiz su ve besin sağlayıcısı olan MSF, düzenli olarak medyanın ilgisini Afrika'daki duruma çekebilmek; bunun sonucunda uluslararası desteği arttırmak için girişimlerde bulunmuştur. Fakat uzun dönem projeleri hala gereklidir. "Alt Büyük Sahra" 'da yaygın olan AIDS/ HIV konusunda halkı eğitmek ve tıbbi hizmet sunmak; dünyada bu sebeple ölüm yüzdesinin en fazla olduğu bu bölgede; gönüllüler için ciddi bir öneme sahiptir. Gelişmekte olan ülkelerde "antiretroviral" tedavi bekleyen 14.6 milyon hasta içerisinde, Dünya Sağlık Örgütü 'nün hesaplamalarına göre, yalnızca 5.25 milyon kişi tedavi şansını elde edebilmektedir. MSF, bu konuda hükümetlere ve şirketlere büyük sorumluluk yüklemektedir. Bu kuruluşların hastalığın tedavisi için gereken araştırma geliştirmeye yatırım yapmaları için ısrarcı olmaktadır. Böylelikle tedavi masraflarının azalmasıyla birlikte, gereken teçhizatın marketteki mevcudiyeti de artacaktır. ( Daha fazla bilgi için AIDS in Africa 'ya bakınız)

MSF, Kongo bölgesinde 1985'ten beri aktif olmasına rağmen, Birinci Kongo Savaşı ve İkinci Kongo Savaşı ; bölgede gittikçe artan şiddet ve dengesizliğe sebep oldu. Bundan dolayı MSF Bunia ve Ituri gibi bazı bölgelerden, ekstrem şiddet olayları sebebiyle, ekiplerini çekmek zorunda kaldı. Bu bölgeler dışında ise, yerinden edilmiş ve büyük oranda vahşet ve çatışmaya maruz kalmış yerel halk için tedavi ve hizmet sağlamayı sürdürdü. Buna ek olarak, kolera, kızamık, çocuk felci, Marburg ateşi, Afrika uyku hastalığı, AIDS/HIV ve Bubonik veba hastalıkları için mümkün olan aşılama ve tedavi üzerine yoğunlaşıldı.

MSF, Uganda 'da 1980'de faaliyet göstermeye başladı. "İkinci Obote Dönemi" 'nde (Milton Obote) yaşanan gerilla savaşında sivil halkı sakinleştirmek için çalışıldı. Buna rağmen, Tanrının Direniş Ordusu 'nun kuruluşu; Güney Sudan ve Kuzey Uganda'da uzun süren bir şiddet kampanyasının başlamasına sebep oldu. Sivil halk, toplu kıyım, tecavüz, kaçırılma ve işkenceye maruz kaldı; küçük çocuklar seks kölesi olarak satıldılar. 1.5 milyondan fazla insan yerinden edildi. MSF bu yerinden edilen insanlar için temiz su, yiyecek ve tıbbi hizmetler sunan "IDP kampları"nı düzenledi ve tedavi programları başlattı. Verem, kızamık, kolera, ebola , AIDS/HIV salgınları ülkeye yayıldı. Kızamık ve çocuk felci için aşılar, geri kalan hastalıklar için de rutin tedaviler uygulandı. Birçok insanın, dışarıda saldırıya uğrayacakları korkusuyla "IDP kampları"ndan ayrılmayı reddetmesi; MSF'in Uganda ekibinin ruhsal sağlık çalışmalarına yoğunlaşması gerekliliğini ortaya koydu.

MSF'in Fildişi Sahili hizmeti 1990'da başladı. Fakat devam eden şiddet olayları ve 2002'de ülkenin, asi gruplarca ikiye bölünmesiyle iyiden iyiye artan toplu kıyımlar dolayısıyla, MSF içinde, bölgede "etnik temizlik" başladığı düşüncesi yayıldı. Ülkenin tamamına yakın bölgesinde, MSF yardım sağlayan tek kuruluş olarak faaliyet gösterdi ve verem tedavisi, toplu kızamık aşıları yapılarak; çatışmalar sırasında zarar gören MSF hastanelerinin yeniden açılması üzerine çalışıldı.

MSF aynı zamanda Afrika'da doğum kontrolü nün tanıtımını yaptı.

MSF; 1979 yılında, "Tay-Kamboçya Sınırı" üzerinde bulunan kamplara kaçan mültecilere medikal destek sağladı. Savaşın uzun sürmesinden dolayı, ülkenin sağlık sistemi yeterlilikten yoksundu; bu yüzden 1989 yılında, temel medikal malzemeler konusunda destek ve yardım sağlamak için MSF, Kamboçya görevine başladı.

1999 yılında Kamboçya'da sıtma salgını baş gösterdi. Kontrol eksikliğinden dolayı sahte sıtma ilaçları satılmaya başlanması ve doktor ve tıbbi personel eksikliği, hastalığın önlenemez biçimde yayılmasına yol açtı. Sahte sıtma ilaçları salgın döneminde en az 30 kişinin hayatını kaybetmesine sebep oldu. MSF, bu duruma karşılık ""Köy Sıtma İşçileri"" ("Village Malaria Workers") adını verdiği bir sıtmayla savaş projesi başlattı. MSF aynı zamanda başlangıç tedavisini bir kombinasyon tedavisine dönüştürerek; geçmişte kullanılan geleneksel ilaçların sebep olduğu hastalık direncine savaş açtı.

Kamboçya AIDS/HIV'den en çok zarar görmüş Güney Asya ülkelerinden biridir. 2001 yılında MSF, burada "antiretroviral terapi" yi ücretsiz olarak tanıttı. Bu tedavinin özelliği, hastaların yaşam süresini arttıracak olması ve uzun dönem çalışma gerektirmesiydi. 2002 yılında, MSF, AIDS tedavisiyle beraber hipertansiyon, diyabet, eklem iltihabı benzeri hastalıklarla mücadele etmek için, "Kamboçya Sağlık Bakanlığı" ile birlikte, kronik hastalıklar kliniğini kullanıma açtı. Burası, hastalar çok fonksiyonlu bir klinikte tedavi olacağından; sadece AIDS'e odaklanan bir klinik olmaktan öte diğer hastalıkların görülme sıklığını de azaltmayı amaçlıyordu.

MSF , 2002 yılında gerçekleşip; 1,47 milyon kişiyi etkileyen büyük sel baskını gibi doğal afet durumlarında da hizmet sağladı. 2004 yılında bölgenin sapa köylerinde "toplum temelli verem programı"nı öne sürdü. Burada her köy kendi delegesini göndererek, hastaları için gerekli olan tıbbi malzemeleri edinebiliyordu. Diğer sivil toplum kuruluşları ve yerel sağlık örgütleriyle 2006 yılında partnerlik kurularak, yerinden yönetimli klinikler desteklendi. Lokalize olmuş tedavi sistemleri kırsal alanlara da kaydırıldı. 2007'den bu yana, MSF genel sağlık, danışmanlık ve tedavi hizmetlerini, Phnom Penh hapishanesine kadar, hareketli klinikler kullanarak geni