inden ayrılınca kalanlara Scorpiomon saldırdı. Fakat son anda Lilymon ve Zudomon tarafından kurtarıldılar.Ne yazık ki, hala MetalSeadramon’u yenecek kadar güçlü değildiler ve görünen o ki,bu kez kaybedeceklerdi. 

42.Bölüm 
Baskı Altında;
Whamon,çocukları kurtardı fakat MetalSeadramon Divermon’u gönderdi ve okyanusu araştırıp onları bulmasını istedi.Izzy,WarGreymon’un silahlarına Dramon yokediciler dendiğini ve Dramon tipi Digimon’larda etkili olduğunu öğrendi.Okyanus’tan kurtulduklarında MetalSeadramon’un kendilerini beklerken buldular ve WarGreymon onunla savaştı. 

43.Bölüm 
Oyun Oynamak;
Çocuklar, MetalSeadramon’u yendi ve ormana doğru yöneldiler.Ormanda ilerlerken zeminin taşıyıcı bir kayışa dönüştüğünü ve onları yukarı kaldırdığını fark ettiler.Sonra daha da garip şeyler olmaya başladı.Çocuklar,Matt ve T.K kalıncaya dek teker teker kaybolmaya başladılar.Puppetmon,T.K’yi kaçırdı ve yaşadığı yere *****ürdü.Fakat Puppetmon bakmadığı bir an T.K kaçtı ve diğerlerini de serbest bıraktı. 

44.Bölüm 
Kötü Bir Gün;
T.K’in başının çaresine bakabildiğini ve kendisine ihtiyacı olmadığını gören Matt depresyona girmişti.Matt ve Gabumon gruptan ayrıldı ve kendi başlarına yola çıktılar.Ormanda Cherrymon’la karşılaştılar.Cherrymon,Matt’in rakibi T.K’yi yenmesi gerektiğini söyledi.Bu arada diğer çocuklar da Puppetmon’un uşağı ile savaşıyordu.Matt ve Gabumon diğerlerinin olduğu yere geri döndüler. Gabumon MetalGarurumon’a dönüştü ve Tai ile Agumon’a meydan okuyarak duelloya davet etti. 

51.Bölüm 
Arkadaşlık Madalyonu;
Tai ve diğer çocuklar sonunda Piedmon’un Spiral Dağı’ndaki kale’sine ulaştılar.Bu arada Matt ve Gabumon,Matt’in kalbinin karanlık yanlarınca yaratılmış olan mağarada dolaşıyorlardı.Fakat Gabumon’un yüreklendirmesiyle, Matt gerçek duygularının farkına vardı ve mağara yok oldu.Matt ve Joe tekrar bir araya geldiler.Fakat Spiral Dağı’na doğru giderken T.K ile karşılaştılar.T.K onlara Sora’nın bir mağaraya düştüğünü söyledi.Bu mağara Matt’in de düştüğü mağaraydı.Arkadaşları onu olanlardan sorumlu olmadığına ikna edince,Sora’nın tüm olumsuz düşünceleri ve tabii mağara da yok oldu.Sonra aceleyle kaleye gittiler ve yaralı olan Tai ile WarGreymon’u Piedmon’la savaşırken buldular. Matt’in Arkadaşlık Madalyon’u onları ölümün eşiğinden döndürdü. İki Mega Digimon düşmana saldırdılar.

52.Bölüm
Kutsal Silahşör! HolyAngemon (İzlemek İçin Tıkla)
İki son seviye WarGreymon-MetalGarurumon Piedmon'u bir hayli zorlasada yenmeyi başaramazlar ve Piedmon özel saldırısıyla Hikari ve Takeru ve digimonları haricinde herkesi bez bebeğe çevirir.
Takeru ve Hikari Piedmon'dan kaçarak kurtulmaya çalışırlar fakat Piedmon bir şekilde onları bulur ve saldırır.
Patamon Angemon'a dönüşerek Piedmonla dövüşür. Piedmon, Angemon'un Cennetin Yumruğu atağını döndürür ve Angemon'u etkisiz kılar. Takeru umudunu kullanarak Umudun başlığını aktifleştirir ve Angemon Mükemmel Seviyesi Olan HolyAngemon'a Dönüşür ve herkesi kurtarır ve bundan sonraki son bir digimonu beraberce yenerler ve primary köyünde Andromon sayesinde bebek digimonlarla fotoğraf çektikten sonra eve dönerler ve bu sıradada digimonlar sahiplerine veda ederler.

İlk sezonun devamı niteliğindedir.Üç yıl sonra, seçilmiş çocukların çoğu 14 yaşında ve lisededir. Dijital Dünya'nın güvende ve huzurlu olduğu düşünülür. Fakat Digimon İmparatoru adında yeni bir düşman ortaya çıkmıştır. Bu düşmanın öncekilere göre farkı seçilmiş çocuklar gibi bir insan olmasıdır.Digimon İmparatoru siyah halkalar ve kontrol kuleleriyle digimonları köle haline getirir ve bir yolla digimonların normal yolla gelişimini engeller. Bununla birlikte üç yeni seçilmiş çocuğa ve eski seçilmişlerden olan T.K ve kari'ye üstünde çeşitli amblemler bulunan beş digi yumurta atanmıştır. Zırhlı gelişim denen,bu yeni evrimsel oluşum çocukların kötülüğü yok etmesine yardımcı olur.Sonunda çocuklar Digimon İmparatorunu, onun digimonu Wormmon'un fedakarlığıyla yenmeyi başarır.Her şeyin düzene girdiği düşünülürken, aktif kontrol kulelerinden yeni düşman digimonlar ortaya çıkar ve Digimon dünyasında tehlikeye neden olurlar.Geçmişteki yanlışlarını bağışlamaları için Ken çocukların grubuna katılır. Ken ile birlikte çocukların sayısı 6'ya çıkmış olur. Kara kulelerden yüz tanesinin bir araya gelmesiyle oluşan 'kara wargreymon' dijital dünyanın kutsal taşlarını yok etmeye başlar. Çocuklar bunu engelleyebilmek için DNA gelişimini keşfederler ve 2 dijimonun bir araya gelmesiyle ortaya daha güçlü bir dijimon açığa çıkar (örn:Silphymon). Kara Wargreymon 1 tanesi hariç tüm kutsal taşları yok etmeyi başarır. Son kutsal taşı yokedemeden çocuklar Azulongmon'u (Kyoto ejderhası) çağırmayı başarırlar ve Kara Wargreymon durdurulur.Azulongmon yok edilen kutsal taşların yerine yıldız tohumları eker ve dijital dünya normale döner. Daha sonra Dijital Dünya'ya açılan bir sürü kapı gerçek Dünya'da belirir.Kontrol kuleleri de gerçek Dünya'ya taşınır.Dijimonlar bir kez daha gerçek Dünya'yı istila etmeye başlarlar. Bu istilayı durdurabilmeleri için Azulongmon Ken ve Davis'e çok büyük bir güç verir.Aynı zamanda eski seçilmiş dijimonlarada bir kez daha üstün formlarına gelişme hakkı tanır. Tüm bu güçlerle eski ve yeni seçilmiş çocuklar tüm Dünya'yı dolaşırlar ve her yerdeki dijimonları Dijital Dünya'ya geri yollarlar.Her şey bitmiş gibi gözükürken eski bir düşman olan Myotismon kara çiçekler sayesinde tekrar dirilir ve daha güçlü bir form olan MaloMyotismon'a dönüşür. Seçilmiş çocuklar Dijital Dünya'da olmadıkları için dijimonlar her gelişmiş hallerini aynı anda kullanabilirler ve bu sayede MaloMyotismon yok edilir. Sezonun sonunda tüm çocukların gelecekte hangi meslekte olacakları ve ne iş yapacakları bilgisi verilerek dijimonun 2. sezonu sona erer.

Takato bir digimon fanatiğidir ve arkadaşlarıyla Digimon Kart oyunu oynamaya bayılır. Takato ve iki arkadaşı gizli bir yerde buluşur burada kart oyunu oynar ve kartları burada saklarlar. bu yer ise parktaki oyuncaklardan birinde olan gizli bölmedir. bir gün takato okula gitmeden önce bu gizli yerde arkadaşıyla kart oyunu oynarken okula geç kalırlar ve arkadaşı önden gider. Takato ise acele bi şekilde kartları toplarken kartlar etrafa saçılır ve bir mavi kart gözüne çarpar. Bu kartı digimon kart oyununda puanları hesaplamak için kullanılan bir aletten geçirdiğinde alet yanar.

Okula gittiğinde ise çok geç kalmıştır. Cebinden kalem kâğıt çıkarır ve bir digimon çizer ve okul çıkışı parktaki gizli yere gittiklerinde kartlarını koyduğu kutunun parladığını görür ve tabii ki arkadaşları da oradadır. Kutuyu açtığında ise digi-vice ı görür akşam eve gider ve digimon çizdiği not defterini digi-vice dan geçirmeye çalışır ve geçiremez. takatonun annesi yemek hazır diye seslenir ve takato digi-vice ı ve not defterini bi kenara bırakır. odadan dışarı çıkacakken digi-vice not defterinin sayfalarını tek tek çeker ve bilgileri okur. bunu gören takato digi-vice ı alır ve guilmonla tanışır. Guilmon onun digi partneridir. İlerki bölümlerde Takato Henry ve Rika'yla görünür. Henry'nin digi partneri terriermon, Rika'nın ise Renamon'dur... İlk on bölüm üç çocuk arkadaş olmasa da sonradan olurlar ve 14.bölümde Devalar çıkar.Hepsi üstün seviyedir.Sırasıyla onları yenerler.Bu arada impmon diye acemi seviye yaramaz bir digimon çıkar.Caturamon adlı 12 Devadan biri İmpmonun beynini çeler ve onu virüs olarak mega seviyeye geliştirir ve Beelzebumon adlı demon lord digimon çıkar.Beelzebumon çocuklara saldırır o an guilmon mega seviyesine gelişir ve Dukemon adlı bir kraliyet şövalyesi çıkar.Baya savaşırlar ancak yenişemezler.Sonra Digital dünyanın dört koruyucusundan biri olan Zhuqaimonla Quinglongmon savaşır ve Dukemonda savaşa girer.Ancak bunların savaşması hiçbir şey değiştirmez ve D-reaper adlı virüs çıkar.Culumon adlı digimon bütün kutsal digimonları yanına çağırarak güç toplar ve seçilmiş çocuklara verir.Dreaper dünyaya girmeyi başarır ve Takatonun arkadaşı Jurie ve Culumonu esir alır.Bu virüs tüm şehre yayılmaya başlar.Finalde ise Dukemon arkadaşı Grani ile birleşir ve Dukemon Crimson modu olur ve Dreaperı yok ederler.

Dijital dünya, 3 melek digimon tarafında yönetilmektedir. Bu 3 meleğin ismi; Cherubimon (lopmon mega), Seraphimon (patamon mega) ve Ophanimon'dur. İçlerinden bir tanesi, Cherubimon, ayaklanmıştır. Bu yüzden, dijital dünyanın dengesi bozulmuş ve parçalanmaya başlamıştır. Antik çağda dijital dünyayı kendi yaşamları karşılığında kurtaran 10 efsanevi savaşçı artık yoktur. En tehlikeli zamanda efsanevi savaşçıların ruhları başka bir dünyada olan çocuklara yeni bir güç sunuyorlardır. Gerçek dünyadaki bu çocuklar Digimon dünyasını girerler ve bir Digimon olurlar.

Toei, ilk başta Digimon'un 4. sezonunun adını "Digimon Scanners" olarak koyacakdı. Ancak ani bir karar değişikliğiyle Digimon Frontier olarak çıkarmaya karar verdi. Aslında Scanners daha uygundu belki... Çünkü; devamlı gelişen Digimonlar daha da değişti. 3. sezondaki Mega değişimden sonra bu sefer kahramanlarımız taradıkları digimon oluyorlar, tabi biraz daha karmaşık. Kahramanlarımız Digimon dünyasında bir ruh gücüne sahip ve bunun sayesinde ruhunu taşıdıkları Digimon'a dönüşüyolar. Bu dönüşüme Hybrid adı verilmiş.İlk başta virüs Cherubimonun adamları olan Grottomon Arbormon Ranamon Mercurymon ve Duskmon çıkar.13. bölümde seraphimonu adice bir saldırıyla mercurymon yener ve datasını saklar.Sırasıyla grottomon arbormon ve ranamonu yenerler ve mercurymon ise seraphimon datasıyla birleşir shadow seraphimon olur.Ancak Shadow Seraphimonu Aldamon yener ve mercurymonda ölür.Duskmon ise başrollerden Kojinin kardeşi olan Koichidir ve Duskmon iyi olur.Ophanimonu esir tutan cherubimon ise ophanimonla savaşır.Ophanimon ölmeden önce koji ve takuyaya güç verir.Onlar mega seviyesi ile Cherubimonu yenerler.Ardından Lucemon adlı digimon çıkar.Yardımcıları iki kraliyet şövalyesidir ve onlarıda yenerler.Son bölümlerde Lucemon gelişir ve Lucemon Chaos mode olur.Koichi ölür.Sonra bütün çocuklar birleşir ve susanoomon olur.Lucemon Chaos Mode ölür ve Lucemon Shadowlord mode olur.Onuda finalda yenerle