ran: Kudüs'e liman olan Yafa şehrinin Fatimi askerî güçleri tarafından yıkılıp terk edilmesi.
- 2 Haziran: Haçlı ordusunun Ramallah şehrini ele geçirmesi ve bu şehir önünde Kudüs'e varmak için yeniden teşkilatlanması.
- 6 - 7 Haziran: Tancred ve Bourg'lu Baudouin komutasında bir Haçlı ordusunun Beytüllahim şehrini ele geçirmesi.
- 7 Temmuz: Haçlı ordusunun Kudüs kalesi önüne gelmesi ve Kudüs Kuşatmasının başlaması.

Kahire'de iktidar gücünü elinde bulunduran Fatimiler başveziri El-Afdal Şahinşah bir Şii olarak ve Ermeni asıllı bir dönme olarak Sünniler ve Selçuklu Türklerden hiç hoşlanmamakta idi. Selçukluların eski Fatimi arazileri olan Suriye, Filistin ve Kudüs'ün ellerine geçirip buraları idareleri altına almaları Fatimilerin hoşuna gitmemekteydi. Zamanının Arap tarihçileri, örneğin Ali ibn el-Esir, Birinci Haçlı seferinin başarısını ve sonunda Doğu Akdeniz'in Müslümanlar elinden çıkmasını Müslümanlar arasındaki ayrımın baş nedeni olmasına bağlarlar.

Daha Nisan 1097de Fatimi Başveziri El-Afdal, Kahire'ye gelen Bizans elçileri tarafından, Kudüs'ü ele geçirmek hedefli büyük zırhlı süvarilerle Hristiyan ordularının Konstantinopolis'e vardığından haberdar edilmişti. Bundan sonra Haçlı'ların Anadolu'da ilerlemeleri hakkında haberler de Mısır'a Bizanslılar yoluyla gelmekteydi. Haçlılar Antakya'yı kuşatmaları sırasında El-Afdal Haçlılara büyük hediyelerle bir Fatimi elçisi gönderip onlara zafer dilemişti. Suriye'nin iki taraf arasında bölünmesini Beyrut'un hemen kuzeyindeki bulunan "Nehr-ül-Kelp (Köpek Nehiri)"'ni Fatimi Devleti'nin yeni kuzey sınırı olarak tayin edilmesini önermişti. Buna Antakya Kuşatması ile meşgul olan Haçlılar pozitif bir yanıt vermemişlerdi. Ama El-Afdal bu sınırın kabul edileceğini beklemekteydi.

Kahire Haziran 1098de Antakya'nın düşüşü ve üç hafta sonra Kerboğa'nın yenilgi haberini aldı. El-Afdal'ın bu haberlere karşı reaksiyonu zamanın Arap tarihçisi El-Kalasini tarafından bir sürpriz olarak anlatılmıştır. Temmuz 1098'de El Efdal komutasında bir büyük Fatimi ordusu ile Filistin üzerine bir sefere çıktı. Bu Fatimi ordusu Mısır'dan hareketle Kudüs'e geldi ve Kudüs'e ele geçirmek hedefiyle bu kaleyi kuşattı. Kudüs'de hükümet süren Selçuk Emirleri Artukoğlu Sökmen Bey ve İlgazi Bey Antakya'ya yardım için gitmişler; yenilen Kerboğa'nın harekâtına katılmışlar ve yenilgiden sonra Kudüs'e yeni geri dönmüşlerdi. Kırk gün kadar süren bir direnmeden sonra Kudüs kalesi Fatimiler eline geçti. El-Afdal şehrin idarecisi olan Artukoğullarına iyi davranıp onları ve maiyetlerini kuzey Suriye'ye gitmek üzere serbest bıraktı. Sonra bu ordu ile Fatimiler Filistin ve Lübnan Akdeniz kıyı boylarındaki şehir ve kalelerin idarelerini ele aldılar. Bu yeni durumdan özellikle Bizans İmparatorluğu ve Mısır'la ticaret eden Avrupalı tüccarın yakından haberleri oldu. Fatimi Baş Veziri, Haçlı ordularından haberdardı ama daha önce yakın ilişkileri olan Bizanslılar gibi bu yeni Hristiyan ordularının da diplomatik ve dış siyaset kurallarına uyacağını sanmaktaydı. Bu yanlış teşhis dolayısıyla Fatimi Baş Veziri Kudüs'te nispeten küçük bir ordu ile İftikar el-Devla'yı e komutanı olarak bırakıp Mısır'a geri çekildi.

El-Afdal Haçlı ordusunun Ocak 1099'da yeniden güney yürüyüşü haberini alınca Fatimiler durumunun iyi olmadığını anladı. Haçlılara karşı yeni bir ordu toplayamayacaktı. Bizans İmparatoru'na Haçlıları durdurmak için elinden geleni yapması için bir mektup gönderdi, ama Aleksius'un Haçlılara Arka kalesini kuşatırken Kudüs'e gitmelerini geciktirme önerisine Haçlı liderleri kulak asmadılar. El-Afdal'ın Haçlılara gönderdiği elçinin Nehr-el-Kalb kuzeyinde durmalarını ve güneydeki Fatimi arazilerine girmemeleri talebi de "Harp teşkilinde mızraklarımız dik, Kudüs'e hepimiz gideceğiz" yanıtıyla çok sert olarak cevaplandırıldı. 19 Mayıs 1099da Haçlı orduları Nehr-el-Kalb'i geçerek Fatimi arazilerine girdiler.

Kudüs komutanı İftikar el-Devla deneyimli bir askerdi. Kale duvarlarının El-Eftal kuşatmasından gördüğü zarar hemen giderildi. Fatimiler eline geçmeden Kudüs kalesi Selçuklu komutanlar tarafından çok iyi bir şekilde stoklanmıştı ve El-Efdal kuşatmasında kullanılan erzak ve edevat yenilendi ve kale uzun bir kuşatmaya hazır hale getirildi. Şehir etrafındaki bölgedeki şu kaynakları ve kuyular zehirlendi. Antakya kuşatmasında deneyime uyularak İftikar el-Devla Hıristiyanları şehir dışına çıkarttı.

Kudüs'e yönelen Haçlı ordusu Toulouse'lu IV. Raymond tarafından sevk ve idare edildi. Uzun ve yıpratıcı bir seferden ve Müslümanlara karşı gerçekleştirdikleri pek çok yağma ve katliamdan sonra gerçekten de 7 Temmuz 1099'da Kudüs'e vardılar.

Hıristiyan Haçlı ordularının ilk hareketlerinin Kudüs'deki Müslümanları şaşırttığı bildirilir. Haçlı orduları ve takipçileri büyük gruplar halinde başları açık dua eder şekilde önlerinde papazları olarak şehrin etrafında ağlayarak ilahiler söyleyerek gezdikleri ve dini veche gelip kendilerini şehrin duvarlarına attıkları yazılmıştır. Fakat çok geçmeden Haçlı askerler duruma hakim olup kuşatma ciddi olarak başladı. Kudüs'ün kuşatılması sırasında Haçlı orduları şehrin surlarına birçok başarısız saldırılarda bulundular ve geri püskürtüldüler.

Şehrin etrafında tahta bulup kuşatma için mancınık ve kuleler yapmak imkânı olmadığı anlaşılmıştı. Ama Filistin'e gelmiş olan Cenevizliler Yafa yakınlarında karaya oturttukları gemilerini parçalayarak tahtalarını Kudüs önlerine getirdiler ve iki tane büyük kuşatma kulesi yaptılar. Bunlar 14 Temmuz gecesi şehrin duvarları önüne getirildi. "Gasta" adlı birincil kaynağa göre, 15 Temmuz günü bu kulelerden şehrin kuzeydoğu kapısı önünde bulunana Godefroi komuta etmekteydi; askerlerinden iki Flandralı şövalye ilk defa kuleden şehre girmeyi başardı. Bundan sonra Godefroi, kardeşi Boulogne'lu Eustace, Tancerd ve askerleri de şehre girdiler. Raymond komutasındaki ikinci kule bir hendek dolayısıyla ilerleyemedi.

Fakat şehre Haçlıların girdiği haberini öğrenen kapı savunma komutanı İftikar el-Devle fazla direniş yapamayacağını anlamıştı. Raymond bir haberci göndererek İftikar El-Devla teslim olursa kendisi ve ordusunun hiç ziyan görmeden serbest Kudüs'ten ayrılmasına izin verileceğini bildirdi. İftikar el-Devle pek fazla düşünmeden Raymond'un tekliflerini kabul edip teslim olup şehir kapılarını Haçlılara açtı. Raymond bu sözünü tuttu ve İftikar El-Devle ve ordusu akşam Kudüs'ten ayrılarak Eskalon kalesine gittiler. Kudüs Haçlılar eline geçti.

15 Temmuz 1099 günü öğleden sonra, akşam üstü ve ertesi sabah Haçlı ordusu mensupları Kudüs'te bulunan bütün Müslümanları ve Yahudileri öldürmeye başlayıp dünya tarihinde eşine az rastlanır bir vahşet gerçekleştirdiler. Haçlı ordusu Kudüs'te iki gün içinde şehirdeki 70 binden fazla olmak üzere tüm Müslümanları ve Yahudileri kılıçtan geçirdiler.

Birçok Müslüman Kudüslü Mescid-i Aksa camisine, Harem-i Şerif, Süleyman Tapınağı Tepesi'ne, Yahudiler ise Batı Duvarı (Ağlama Duvarı) kenarında bulunan kendi havralarına sığınmışlardı. Harem-i Şerif, Süleyman Tapınağı Tepesi üstünde kendi tapınaklarına sığınanların hepsi (Müslüman ve Yahudiler) öldürüldü. Bu tarihi gerçek hem Batı Avrupalı Haçlılardan tarih yazanlar tarafından hem de zamanın tarihini yazan Arap kaynaklarında belgelenmektedir.

O zamanda yaşamış, ismi bilinmeyen bir Latince tarih yazarının "Gesta Francorum" adlı eserinde bu durum şöyle betimlenmektedir:

..Bizim askerlerimiz Süleyman Tapınağına kadar onları katlederek, öldürerek takip ettiler; burada katliamla o kadar çok kişi öldürülmüştü ki ölenlerin akan kanı katliama devam eden askerlerimizin ayak bileklerine kadar yükselmişti.

Yine durumu diğer bir birincil kaynak "Chartres'li Fulcher" tarihinde 

Bu tapınakta 10.000 kişi öldürüldü. Gerçekten orada olsaydınız ayaklarımızın ayak bileklerine kadar öldürülenlerin kanı ile kaplı olduğunu görürdünüz. Daha başka ne denilebilir? Buradaki hiç kimse hayatta bırakılmadı; ne kadınların ne çocukların hayatını bağışladılar.

Diğer Haçlı yazarlardan biri olan, Aguiles'li Raymund ("Historia Francorum qui ceperunt Iherusalem" eserinde) bu vahşeti "övünerek" şöyle anlatır: 

Görülmeye değer harika sahneler gerçekleşti. Adamlarımızın bazıları - ki bunlar en merhametlileriydi - düşmanların kafalarını kesiyorlardı. Diğerleri onları oklarla vurup yere düşürdüler, bazıları ise onları canlı canlı ateşe atarak daha uzun sürede öldürüp işkence yaptılar. Şehrin sokakları, kesilmiş kafalar, eller ve ayaklarla doluydu. Öyle ki yolda bunlara takılıp düşmeden yürümek zor hale gelmişti. Ama bütün bunlar, Süleyman Tapınağı'nda yapılanların yanında hafif kalıyordu. Orada ne mi oldu? Eğer size gerçekleri söylersem, buna inanmakta zorlanabilirsiniz. En azından şunu söyleyeyim ki, Süleyman Tapınağı'nda akan kanların yüksekliği, adamlarımızın ayak bileklerinin boyunu aşıyordu. 
İbn al-Kalanisi (1073-1160) Şam tarihini işleyen "Zeyl Tarih Dimaşk" adlı zamanının tarihinde "

Ahaliden çoğu öldürüldü. Sinagoglarına sığınan Yahudileri Franklar kafalarının üstünden yaktılar

demekte ve bu yangından sonra hiçbir yaşayan Yahudi kalmadığını yazmaktadır. Bazı yazarlar, Haçlı askerlerin havra içerisinde "İsam, Sana Tapıyoruz" ilahisini yanmakta olan Yahudilerin ilintilerini bastırmak için bağıra bağıra okuyup havra etrafında eğlendiklerini yazarlar.

Arap tarihçi Ali İbnü'l Esir (1160-1233) "Al-Kamil fi'l Tarih (Mukkemmel Tarih)" adlı büyük abide eserinde 

Kutsal şehrin nüfusu kılıçtan geçirildi ve Frenkler bir hafta süren bir Müslüman katilamına giriştiler. Mescid-i Aksa Camiinde yetmiş binden fazla kişiyi öldürdüler. 

demektedir.

Bazı yazarlar birkaç Müslümanın bu katliamdan kurtulduklarını söyleyerek bu katliamın önemini azaltmaya yeltenirler. Örneğin, Haçlı komutanı Tancred Tapınak Dağı etrafının kendine verildiği için oraya sığınmış Müslümanlardan bazılarını öldürmekten kurtarmak istediğini; fakat diğer Haçlıların onu dinlemeyip katliama devam ettiklerini bildirirler. Yine ismi bilinmeyen "Gesta Francorum" tarih yazarı 

Şehir inançsızlardan ele geçirilince, bizim askerlerimiz şehirde bulunan çok sayıd