nü attı ve ligde 1000 dakikadan fazla süredir gol atamama serisini bozdu. 17 Ekim'de, Everton deplasmanında aldıkları 0-3'lük galibiyette, Premier League tarihindeki 187. golünü atarak Andrew Cole'u yakaladı ve lig tarihinin en golcü futbolcuları sıralamasında ikinci sıraya yükseldi. 3 Kasım'da Old Trafford'da, ÇSKA ile oynadıkları Şampiyonlar Ligi grup karşılaşmasında attığı golle takımına 1-0'lık galibiyeti getirdi. Bu golle aynı zamanda, resmî maçlar baz alındığında United forması altında 237 gole ulaşmış ve Denis Law'u yakalayarak ile birlikte kulüp tarihinin en golcü ikinci oyuncusu konumuna yükselmişti. 28 Kasım'daki Leicester City karşılaşmasında ayak bileğinden yaşadığı sakatlık sebebiyle oyundan alınan Rooney, 19 Aralık'taki Norwich City maçıyla sahalara döndü. Bu maç aynı zamanda United formasıyla çıktığı 500. resmî maçtı ve bu sebepten ötürü maç öncesinde kendisine Bobby Charlton tarafından bir ödül takdim edildi.

2 Ocak 2016'daki Swansea City maçında attığı skoru belirleyen golle maç 2-1 lehlerine sonuçlanırken bu golle birlikte Cole'u geride bırakarak Premier League'in, Law'u geride bırakarak ise Manchester United tarihinin en golcü ikinci ismi oldu. 9 Ocak'ta, Sheffield United ile oynanan ve 1-0 kazandıkları FA Cup üçüncü turu mücadelesinin duraklama dakikalarında penaltıdan kaydettiği golle takımına 1-0'lık galibiyeti getirdi. 12 Ocak'ta, 3-3 sona eren ligdeki Newscastle United deplasmanında teki penaltıdan olmak üzere iki gol kaydetti. Bir sonraki maç olan 17 Ocak'taki Liverpool deplasmanının tek golünü attı. Bu gol aynı zamanda Premier League'de Manchester United adına 176. golü olurken, Thierry Henry'yi geride bırakarak tek bir takım formasıyla Premier League'de en çok gol atan oyuncu oldu. 29 Ocak'ta, FA Cup'ın dördüncü turunda oynanan ve United'ın 1-3'lük galibiyetiyle sona eren Derby County maçının ilk golü Rooney'den geldi. 2 Şubat'daki Stoke City ile oynanan karşılaşmada skoru 3-0 olarak belirleyen golü attı. 13 Şubat'taki Sunderland maçında dizinden sakatlık yaşasa da oyundan çıkmayı reddetti ve maçı tamamladı; ancak bu sakatlık sebebiyle iki ay kadar sahalardan uzak kaldı. 16 Nisan'daki Aston Villa maçına ilk on birde başlayarak sakatlık sonrası ilk maçına çıktı. 17 Mayıs'ta, Bournemouth karşısında alınan 3-1'lik galibiyette takımının ilk golünü kaydetti. 21 Mayıs'ta, Sunderland ile oynanan 2016 FA Cup Finali'nde takım kaptanı olarak sahaya çıktı ve maçın normal süresinin 1-1 berabere sona ermesi sebebiyle oynanan uzatma süresi de dahil olmak üzere 120 dakika sahada kaldı. Manchester United maçı 2-1 kazanırken, Rooney de kariyerindeki ilk FA Cup şampiyonluğunu elde etti. Sezon boyunca 41 resmî maça çıkan ve 15 gol kaydeden Rooney, 17 gollü Anthony Martial'ın ardından United adına sezonun en golcü ikinci oyuncusu oldu.

7 Ağustos'ta oynanan sezon ilk resmî maçı olan 2016 FA Community Shield karşılaşmasında Leicester City'yi 2-1 yenen takım kupayı kazanırken, Rooney de Manchester United kaptanı olarak ikinci kupa şampiyonluğunu yaşadı. 3-1 kazandıkları 14 Ağustos'taki Bournemouth deplasmanında takımının ikinci golünü kaydetti. 3 Kasım'da 2-1 yenildikleri UEFA Avrupa Ligi'ndeki Fenerbahçe deplasmanında takımının tek golü kendisinden geldi. 6 Kasım'daki 3-1'lik Swansea City galibiyetinde Zlatan Ibrahimović'in iki golünün asistini yaparak Premier League tarihinde 100 asist barajını geçen üçüncü isim oldu. UEFA Avrupa Ligi'nde, 24 Kasım'daki 4-0'lık Feyenoord mücadelesinde kaydettiği gol kendisinin Manchester United formasıyla UEFA yarışmalarındaki 39. golü olurken, Ruud van Nistelrooy'u geride bırakarak takımın UEFA yarışmalarındaki en golcü oyuncusu oldu.

7 Ocak 2017'de, 4-0 kazandıkları Reading ile oynanan FA Cup üçüncü turu maçında attığı golle kulüp tarihindeki 249. golüne ulaşarak Bobby Charlton'ı yakaladı ve kulüp tarihinin en golcü iki oyuncusundan biri oldu. 21 Ocak'ta, Stoke City deplasmanının son dakikasında takımına 1-1'lik beraberliği getiren golle birlikte kulüp kariyerindeki 250. golüne ulaştı ve Charlton'ı geride bırakarak Manchester United tarihinin en çok gol atan futbolcusu oldu. 29 Ocak'taki Wigan Athletic maçı öncesinde kendisine, bu unvanın bir nişanesi olarak Bobby Charlton tarafından bir Altın Ayakkabı ödülü takdim edildi. Bu başarısının ardından kendisine ayrıca 2017 yılının FWA Övgü Ödülü takdim edildi. 26 Şubat'ta Southampton ile oynanan ve takımının 3-2 kazandığoı 2017 EFL Cup Finali'nde yedekler arasında olan futbolcu, takım kaptanı olarak üçüncü kupasına ulaşırken aynı zamanda kariyerindeki üçüncü EFL Cup şampiyonluğunu elde etti. 23 Nisan'daki 2-0'lık Burnley deplasmanında takımının ikinci golünü atan Rooney, 30 Nisan'daki 1-1 sona eren Swansea City maçında takımını 1-0 geçen golü penaltıdan kaydetti. 14 Mayıs'taki 2-1 kaybettikleri Tottenham Hotspur deplasmanında takımının tek golünü atarken, bu gol kendisinin Manchester United formasıyla attığı son gol oldu. 24 Mayıs'ta Ajax ile 2017 UEFA Avrupa Ligi Finali'nde karşılaşan Manchester United, maçtan 2-0 galip ayrılarak kupayı kazanan taraf oldu. Rooney ise maçın 89. dakikasında oyuna girmişti. UEFA Avrupa Ligi kupasını kazandığı bu maç, Rooney'nin Manchester United kariyerindeki son maçı oldu. Premier League'de attığı 5 gol, kariyerindeki en az lig golünü attığı sezon olurken; tüm resmî organizasyonlarda attığı 8 gol ise 2002-03 sezonuyla birlikte kariyerinin gol bakımından en verimsiz sezonu oldu.

9 Temmuz 2017'de, Manchester United'ın bonservis bedeli talep etmemesi sonrasında, eski kulübü Everton ile iki yıllık sözleşme imzaladı. Rooney'ye, Romelu Lukaku'nun takımdan ayrılmasıyla boşa çıkan 10 numaralı forma verildi. Dönüşü sonrasında kulübüyle ilk resmî maçına 27 Temmuz'da, 1-0 kazandıkları MFK Ružomberok ile oynanan Avrupa Ligi üçüncü eleme turu ilk maçında çıktı. 12 Austos'ta, Stoke City'yi 1-0 yendikleri lig maçında, ikinci Everton dönemindeki ilk Premier League maçına çıkan Rooney, aynı zamanda ilk golünü de bu maçta kaydetti. 21 Austos'taki 1-1 sona eren Manchester City deplasmanında, Premier League kariyerindeki 200. golünü atarak Alan Shearer'ın ardından 200 gol barajını geçen ilk oyuncu oldu. 28 Eylül'de, Avrupa Ligi grup aşamasında oynanan ve 2-2 sona eren Apollon Lemesu maçında, ikinci Everton dönemindeki ilk Avrupa kupaları golünü attı. 15 Ekim'deki Brighton & Hove Albion deplasmanının 90. dakikasında penaltıdan attığı golle 1-1'lik skoru belirledi. Ligin ertesi haftası, 22 Ekim'de oynanan ve 5-2 kaybettikleri Arsenal karşılaşmasının ilk golü de kendisinden gelmişti. 29 Kasım'da, West Ham United karşısında aldıkları 4-0'lık galibiyette hat trick yaptı. Bu maçta attığı üçüncü gol, Premier League Ayın Golü olarak belirlendi. 10 Aralık'taki Liverpool derbisinde, penaltıdan attığı golle durumu 1-1'e getirerek maçın skorunu belirledi. 13 Aralık'taki Newcastle United deplasmanında, takımına 1-0'lık galibiyeti getiren golü attı. 18 Aralık'ta, 3-1 kazandıkları maçta da penaltıdan golünü kaydederek ligde üç hafta üç üste gol atmış oldu. Aynı zamanda maçta yaptığı asistle Premier League'de 103 asiste ulaşarak, Frank Lampard'ın ardından lig tarihinin en çok asist yapan üçüncü oyuncusu oldu. Sezonun ikinci yarısında oynadığı maçlarda gol atamayan Rooney, sezon boyunca 40 maça çıkarken 11 gol kaydetmişti.

İngiltere 16 yaş altı millî takımı forması giyerek millî takım kariyerine başlayan Rooney, İngiltere 17 yaş altı millî takımı ile 2002 Avrupa 17 Yaş Altı Futbol Şampiyonası'nda yer aldı ve turnuvanın oyuncusu olarak belirlendi. İngiltere 19 yaş altı millî takımı ile ilk ve tek maçına Yugoslavya karşısında çıktı. 12 Şubat 2003'te, 17 yaşındayken oynadığı Avustralya maçıyla İngiltere millî futbol takımı formasını giyen en genç oyuncu oldu. Fakat bu rekor 30 Mayıs 2006'da, kendisinden 36 gün genç olan Theo Walcott tarafından kırıldı. 7 ay sonraki Makedonya maçında millî formayla ilk golünü atan Rooney, İngiltere millî takımı tarihinde gol atan en genç oyuncu unvanını kazandı.

İlk turnuva deneyimini 2004 Avrupa Futbol Şampiyonası'yla yaşadı. 17 Haziran 2004'teki İsviçre maçında attığı iki golle turnuva tarihinde gol atan en genç futbolcu oldu. Fakat bu rekor 4 gün sonra, İsviçreli oyuncu Johan Vonlanthen tarafından kırıldı. Çeyrek finalde oynanan ve İngiltere'nin penaltı vuruşları sonucu elendiği Portekiz maçının 27. dakikasında sakatlanarak oyundan çıkmak zorunda kaldı.

Nisan 2006'da oynadığı bir lig maçında sakatlanması sebebiyle 2006 Dünya Kupası'nda oynayamaması, oynasa dahi eski formunu yakalayamaması riski doğdu. Turnuvaya yetişebilmesi için oksijen çadırı kullanılarak tedavisi hızlandırıldı. Bu sayede İngiltere'nin gruplarda oynadığı ikinci maçı olan Trinidad ve Tobago maçının ikinci yarısında forma şansı buldu. İsveç maçına ise ilk 11'de başladı. Çeyrek finalde Portekiz ile karşılaşan İngiltere'de Rooney, maçın 62. dakikasında Ricardo Carvalho ile topa sahip olmak için girdiği mücadelede rakibinin üzerine bastığı için kırmızı kart gördü. Manchester United'dan takım arkadaşı Cristiano Ronaldo, Rooney'nin hareketlerine tepki gösterdiği için Rooney tarafından itildi. Rooney 3 Temmuz'da verdiği bir demeçte Carvalho'ya yaptığı hareketin kasıtlı olduğunu kabul etmedi ve Ronaldo'ya karşı kin gütmediğini söyledi. Hakem Horacio Elizondo ise maçın ertesi günü yaptığı açıklamada Rooney'nin oyundan atılış sebebinin, Carvalho ile girdiği mücadelenin oyun kurallarını çiğnemesi olduğunu onayladı. Rooney, bu hareketi sonucunda FIFA tarafından iki maçlık oynamama ve 5.000 İsviçre frangı para cezasına çarptırıldı. Seri penaltı atışları sonucunda maçı kaybeden İngiltere kupadan elenirken, Rooney turnuvayı golsüz tamamladı.

Rooney, 2010 FIFA Dünya Kupası elemelerinde İngiltere'nin yaptığı 10 maçın 9'una ilk on birde başladı. 10 Eylül 2008'deki 4-1 kazanılan Hırvatistan, 6 Haziran 2009'daki 4-0 kazanılan Kazakistan ve 10 Eylül 2008'deki 4-1 kazanılan Hırvatistan maçlarında birer; 11 Ekim 2008'deki 5-1 kazanılan Kazakistan, 15 Ekim 2008'deki 3-1 kazanılan Beyaz Rusya, 10 Haziran 2009'daki 6-0 kazanılan Andorra ve 9 Ey