gibi bir kalp sorunu olduğu ortaya çıkar. Lucas bu durumu annesi Karen'dan gizlemek zorunda kalır, çünkü tedavi için gerekli ilaçları karşılamak için paraları yoktur. Dan bu masrafları karşılamanın karşılığında Lucas'ın evine taşınmasını sağlar. Bu sırada Keith de, Dan'in hastalığı nedeniyle, onun işine bakmaya başlar. Ama Karen ile arası hala iyi değildir. Nathan, para kazanmak için babasının şirketine geçici olarak bakan amcasının yanında çırak olarak başlar. Böylece iki kardeş, hayatlarında sadece isimlerini bilmeleriyle kaldıkları insanları, bir şekilde yakından tanıma fırsatı bulurlar.

Peyton, Karen'ın yan dükkânında bir kulüp açar ve Karen'ın desteğiyle burada müzik gruplarını çıkararak hayallerini gerçekleştirmeye başlar. Şehre dönen Jake ile kısa süreli bir ilişkisi olur, ama Jake yine ayrılmak zorunda kalır. Brooke, ailesinin iflası ve parasız kalmasıyla birlikte zor dönemler geçirir. Haley ise, bu kulüpte çalmaya çıkan Chris Keller'dan etkilenir, ve müzisyen olmaya karar vererek turneye çıkar. Ancak Chris Keller'ın içten içe Haley'e duyduğu ilgi ve Nathan'ın yanlış anlamaları, ikilinin aralarının açılmasına sebep olur. Nathan, turne sırasında Atlanta'ya gider ve Haley'nin mutlu olduğunu görür. Tree Hill'e dönüşte daha kötü olur ve Haley'den ayrılmaya karar verir.

Karen, Lucas'ın doğumu nedeniyle gidemediği üniversiteye gitmeye başlar ve İşletme dersi hocası Andy Hargrove ile yakınlaşır. Keith de, Jules isimli bir müşterisine aşık olur ve çıkmaya başlarlar. Karen'ın Andy ile, Keith'in de Jules ile yakınlaşmaları, Dan'in araya girerek onların ilişkilerini etkilemesi olayları büyütür. Keith'in Jules ile evlenme kararı alması ve hemen ertesinde Dan'in Jules'u, Keith'in ona aşık olması için kiralanmasının Lucas tarafından farketmesi, Dan ile Lucas arasında soğuk rüzgarlar estirir. Lucas durumu annesi Karen ve Andy'e anlatır. Keith'den olayı gizlerler ve Dan'in bir açığını yakalamaya çalışırlar. Ancak büyük bir plan yapan Dan, tüm bunları boşa çıkarır. Evlilik töreni için kilisede bulundukları esnada Jules geçide gelmez ve kiliseden kaçar. Keith büyük bir hayal kırıklığı daha yaşar.

Bu sırada Tree Hill lisesinde Okul Başkanlığı seçimlerini eski başkan Erika Marsh'ı mağlup ederek Brooke kazanır. Aynı dönemde 50 yıl sonra açılacak bir zaman kapsülü yapılır ve öğrenciler hayattan beklentilerini kimsenin bilmediği bir kasette kayda alırlar. Herkes burada çeşitli itiraflarda bulunmuştur.

Anna, cinsel tercihleri yüzünden önceki okulundaki gibi çıkan söylentiler nedeniyle, Felix de bu söylentileri Peyton'ın üzerine yıkmaya çalışması ve okulda bunun için yaptığı disiplinsiz hareketleri nedeniyle okuldan kovulup askeri liseye yazdırılması nedeniyle şehirden ayrılırlar. Brooke, Lucas'ın evinde Karen'ın yanında yaşamaya başlar. Lucas'ın tekrar eve dönmesi ile ikili arasında ilginç yakınlaşmalar olur. Nathan'ın dayısı, Deb'in erkek kardeşi olan ve NASCAR yarışçısı olan Cooper Lee, hem Deb'in Dan ile yaşadığı sorunlar, hem de Nathan'ın Haley yüzünden bozulan moralini yerine getirebilmek için Tree Hill'e gelir. Nathan ve Lucas'ı bir piste götürerek NASCAR arabalarıyla tur atmalarını ve morallenmelerini ister. Ancak Nathan, çok ciddi bir kaza geçirir ve hastaneye kaldırılır. Haley haberi alır almaz arar, ancak Nathan onunla konuşmak istemez. Tüm bunlar olurken Dan de, evliliğin iptali için gerekli belgeleri hazırlayıp Haley'i imzalatmak zorunda bırakır, ancak Haley imzalamaz. Lucas da New York'dayken Haley'i görmeye gider ve onu Tree Hill'e dönmesi için ikna etmeye çalışır.

Sezon finalinde, Andy, yerleşme vizesi bittiğini ortaya çıkaran Dan tarafından köşeye sıkıştırıldığı için memleketi Yeni Zelanda'ya gitmek zorunda kalır. Keith, Julie ile yaşadıklarının ardından şehri yine terkeder. Karen her iki sevdiği adamı kaybettiği için çok üzgündür. Deb, Dan ile yaşadıkları yetmezmiş gibi, Nathan'ın kazası nedeniyle zor günler geçirir, bu yüzden ilaç ve alkol kullanımını kontrolsüz biçimde artırır. Lucas, Brooke'a olan hislerini açıklar, ancak Brooke ailesi ile Los Angeles'a gidecektir. Peyton'ın biyolojik annesi Ellie Harp ortaya çıkar. Haley'nin Tree Hill'e döndüğü gece, Dan'in işyerinde yangın çıkar. O sırada Dan oradadır, ve alevlerin arasında kalır. Acaba normal bir yangın mıdır, yoksa Dan'e olan nefretini bir şekilde gösteren birinin kundaklaması mıdır?

Dan, Lucas tarafından yangından kurtarılır. Vücudunda çok ciddi olmayan yanıklar vardır. Ancak yangının bir kundaklama olduğuna emin olmasına rağmen olay anını bir türlü hatırlayamaz. Kendisini kurtaran Lucas'ı yangını başlatan kişi olarak görür. Kimin bu yangını çıkarttığını öğrenmek için planlar kurmaya başlar. Brooke tüm yaz boyunca erkeklerle birlikte gönül eğlendirir. Tree Hill'e dönüşte de Lucas ile benzer bir yakınlaşma içine girer, gönülden bir bağ olmayan, sadece cinsel unsurların ön planda olduğu bir yakınlaşma... Lucas'ın kalp problemi gittikçe ciddi boyuta ulaşmaya başlamıştır, ve Dan ile arası kötü olduğundan tedavisi için gerekli ilaçları da alamamaktadır. Haley, yangın gecesi Tree Hill'e dönmüştür, ancak Nathan artık onun yanında olmasını istemez. Annesi Deb'in yanında kalmaktadır, ve eski evlerini de artık Brooke kiralamıştır. Brooke ile yaşamaya başlar, eskiden olduğu gibi Karen'ın kafesinde garson olarak çalışmaya devam eder. Peyton ise biyolojik annesinin ortaya çıkmasının verdiği zor duruma kendini alıştırmaya çalışmaktadır.

Dan, okul aile birliğini ikna ederek Koç Durham'ı görevden aldırmaya ve yerine geçmeye çalışır. Ancak aynı zamanda belediye başkanı olan Mullins'in karşı çıkmasıyla bu oylamayı kaybeder. Bunun üzerine Mullins'i takip eder ve onu birkaç fahişe ile bir otel odasında yakalar. Olayı videoya kaydederek ona şantaj yapar ve görevi bırakmasını sağlayarak, yaklaşan seçimlerde Tree Hill Belediye Başkanlığına aday olur. Aynı zamanda da Deb üzerinde ciddi anlamda yıpratıcı oyunlar oynamakta ve onu psikolojik olarak rahatsız etmeye çalışmaktadır. Deb dayanamaz ve bir kliniğe yatar, çıkar.

Karen da basketbol sezonunun açılışında Dan'in yaptığı propagandaya karşılık belediye başkanlığına aday olur ve ikili arasında gerginlik had safhaya çıkar. Belediye Başkanlığı seçimini büyük paralar yatıran Dan kazanır. Bunlar olurken Keith de Tree Hill'e dönmüştür ve bir şekilde yine Karen ile görüşmeye başlarlar, bu seferki ilişki biraz daha ciddidir ve Karen'la ilk kez ilişkiye girerler. Bunun sonucunda Karen hamile kalır, ve Keith'e evlenme teklif eder. İkili evlenmeye karar verirler. Ancak Dan, yangını çıkaranın Keith olduğuna emindir, ve içten içe ondan intikam almaya yeminlidir.

Okulun ponpon kız seçimleri yapılırken okula yeni gelen Rachel, Brooke ile ciddi bir rekabet içine girer. Rachel, hem Lucas'a kur yaparak, hem de ponpon takımındaki etkisini artırmaya başlamıştır. Lucas her ne kadar Brooke ile beraber olsa da kalbi Peyton'dadır. Peyton, biyolojik annesi Ellie Harp'ın göğüs kanseri olduğunu öğrendiğinde onu tanımak ister. Ancak Ellie ölür. Peyton iki annesini de kaybetmenin üzüntüsü ile, zaten sürekli yalnız kaldığını düşündüğü için kötü bir ruh halinde iken daha da depresif hale gelir.

Geçen sene doldurulan ve 50 sene boyunca açılmaması gereken zaman kapsülü, Rachel tarafından çalınır ve okulda yayınlanmaya başlar. Bunun çok kötü getirileri olur. Nathan, Haley'den nefret ettiğini, Lucas Dan'i içten çökertmeye çalıştığını söylediği için, Brooke da göğüslerini gösterdiği için okulda infial yaratır. Jimmy'nin yaptığı itiraflar ve herkesi kötüleyerek konuşmaları yüzünden duyduğu ızdırap nedeniyle intihar etmek ister. Okula silah getirir ve bazı öğrencileri rehin alır. Bu olay sırasında Peyton, bacağından vurulur ve Lucas tarafından kütüphaneye götürülür. Orada bulunan Keith okula girer ve Jimmy'i silahını bırakması için ikna etmeye çalışır. Ancak Jimmy intihar eder. O sırada okula giren Dan, silahı alarak Keith'i vurur ve öldürür. Bu olay dışarıya Jimmy'nin Keith'i vurduğu ve intihar ettiği şeklinde yansır. Böylece hem Dan, Keith'den intikamını almıştır, hem de Jimmy katil olarak anılmaya başlamıştır.

Brooke ile Lucas'ın arası, Lucas'ın Peyton'ı vurulduğu sırada kütüphanede onu öptüğünü Brooke'a itiraf etmesiyle Brooke soğuk bir duş yaşar. Bu durum Peyton ile Brooke'un arasını bozar. Peyton, Savannah'a Jake'in yanına gider, ancak Jake onun Lucas'ı sevdiğini anlar ve onu istemez. Peyton bir hayal kırıklığı daha yaşar. Artık o da Lucas'ı sevdiğine emindir, ancak bunu platonik olarak yaşamaya başlar.

Rachel, zaman kapsülünü çaldığı için suçluluk duyduğundan herkesi ailesinin kır evine bir haftasonu tatili için davet eder. Burada Nathan, Haley'e yeniden evlenme teklif eder. İkili bu sefer herkesin katılacağı bir tören düzenlemek için Tree Hill'e dönerler. Rachel, Nathan'ın dayısı Cooper ile birlikte olmaya başlar, ancak Cooper'ın Rachel'ın yaşından haberi yoktur. Bu ortaya çıkınca Rachel'dan uzaklaşır, ancak Rachel onu takıntı yapmıştır.

Düğün esnasında Dan ile Deb arasında, Peyton ile Brooke arasında ve Rachel ile Cooper arasında soğuk rüzgarlar esmektedir. Tüm bunlar yaşanırken Brooke ile Lucas'ın arası da bozulur. Ortada Karen'dan başka bir hamilelik testi daha yapan vardır. Ancak kimin olduğu belli değildir. Düğün sırasında limuzini kaçıran Rachel'ı durdurmak için arabaya atlayan Cooper ile Rachel arasında arabada kavga çıkar. Bu sırada yeni evli Nathan ve Haley balayı için İngiltere'ye gideceklerdir, Lucas'ın arabasıyla havalimanına doğru yola çıkarlar. Rachel hamile olduğunu söyler, ancak Cooper inanmaz. Rachel direksiyona hamle yapar ve Cooper kontrolü kaybeder. Köprüde karşılaşan iki araba birbirine çarpacakken limuzin nehre uçar. Nathan, Cooper ve Rachel'ı kurtarmak için suya atlar. Ancak üçü de su yüzüne çıkamaz..

Kazadan Rachel hafif yaralarla kurtulurken Cooper yoğun bakıma alınır. Rachel herkesin hedefindedir. Dan hastaneye gelir ve Deb ona yangını çıkaranın kendisi olduğunu itiraf eder. Dan, Deb'e hayatını zehir edeceğine dair söz verir, ancak Keith'i öldürdüğü için vicdan azabı çekmektedir, halüsinasyonlar görmeye başlar. L