6’da Yahudiler tutuklanmış ve krallıktan kovularak tüm mallarına el konmuştu. Yanı sıra, IV. Filip birçok defa madeni paraların değerini düşürmüştü. 1306’da kızgın bir kalabalıktan kaçarken Paris Tapınağı’na sığınmak zorunda kalmıştı. İşte bu Tapınak yerleşkesinin içindeyken onların varlıklarını görünüşte hiçbir zaman bitmeyen finansal sorunlarına çare bulmak amacıyla kendi üstüne geçirme planları yapmış olabilir. Ağustos 1307’de Papa Clemens, IV. Filip’e mektup yolladığında Fransız kralının çoktan kararlar verdiği anlaşılıyor. Zira 14 Eylül’de de Tapınakçılar’ın tutuklanması için talimat vermişti.
Tapınakçılar’a yöneltilen temel suçlamanın sapkınlık olması, IV. Filip adına, Tarikat’ı yok etme mücadelesinin kendisini büyükbabası IX. Louis ile aynı konuma yerleştiren kişisel bir haçlı seferi olduğunu gösteriyor. IV. Filip yalnızca küstah bir zorba değil, aynı zamanda tutuklamaların ardındaki diğer başlıca figür olan Mühürdar Guillame de Nogaret gibi fanatik bir dindardı. De Nogaret her şeyden öte IV. Filip’ten daha yobaz biriydi ve kimi zaman onun Tarikatçılara yönelik oyunların ardındaki asıl kişi olduğu düşünülüyordu. On dördüncü yüzyılın başlarında sapkınlık ve büyücülük korkusu yaygındı ve kulübelerinde yaşayan köylülerden paranoyak papalar ve krallara dek toplumun her kesimine nüfuz etmişti. Papa Bonifacius’ye yöneltilen sapkınlık suçlamaları IV. Filip’e ve de Nogaret’ye göre Papa Şeytanın tarafındaydı ve Tapınakçılar’a yönelik benzer suçlamalar bu durumdan kaynaklanıyordu.
Genelde Fransız sarayının kuklalığını yapan zayıf bir papa olarak görülen Papa Clemens, IV. Filip’in öfkesini üzerine çekecek olsa da, Tapınakçılar’a yönelik suçlamaların gereğini yapmadı. Şüphesiz ki, Papa Clement de öfkeliydi. Tarikat yalnızca Roma’ya hesap verdiğinden IV. Filip’in Tapınakçılar'ı kendi himayesi altındaki topraklarda tutuklamaya kalkışması yasa dışıydı. Üstelik aynı dönemde de Nogaret aforoz edilmiş bir kişiydi. 27 Ekim’de IV. Filip’e yazdığı bir mektupta Papa Clemens, IV. Filip’in, Tapınakçılar'ı tutuklayarak “bizlere ve Roma Kilisesine yönelik açık bir saygısızlık” sergilediğini ve “tüm yasaları ihlal ettiğini” yazmıştı. Papa Clemens’in bizzat Kilisenin tehdit altında olduğu fikri artık üzerine gidilmesi gereken gerçek bir sorundu.
Papa Clemens’in IV. Filip’e yazdığı mektuptan iki gün önce 25 Ekim’de Jacques de Molay, Paris Üniversitesi’nden bir heyetin önünde İsa’yı reddettiği ve Haç’a tükürdüğü itirafında bulunmuştu. Tutuklu bulunan diğer önemli Tapınakçılar’dan da benzer itiraflar gelmişti. Bu bir skandaldı ve Paris’te Tarikat’a öfkelerini kusan kalabalıklar sokaklardaydı. Bu durum IV. Filip’in işine geldi. Böylece Papa Clemens’e Tapınakçılar'ı görüldükleri her yerde tutuklanmalarını sağlayacak bir ferman yazması için baskı uyguladı. Sonunda 22 Kasım’da Papa Clemens boyun eğdi ve "Pastoralis praeeminentiae" adlı bir genelge yayınlayarak Avrupa’daki tüm Tapınakçılar’ın tutuklanmasını emretti.
Ancak IV. Filip diğer yöneticilerin de onu takip edeceğini sanarak çok yanılıyordu. Aragonlu Kral II. Jaime kuşkuluydu, İngiltere Kralı II. Edward olabildiğince uzun zaman olabildiğince az şey yaptı, Almanya’da genel bir güvensizlik hakimdi, Kıbrıs’ta suçlamalara kesinlikle inanılmıyordu. İtalya’da durum eyaletten eyalete farklılık gösteriyordu. Napoli ve Papalık eyaletleri hemen harekete geçtiler, Lombardiya’da Tarikata yaygın bir destek vardı, aslında tüm ülkelerde tutuklamalar gerçekleşti ancak itiraf elde etmekteki başarı, ülkelerin ya da eyaletlerin işkenceye izin verip vermemesine bağlı olarak değişiyordu. Örneğin işkencenin kanunen yasaklandığı ya da yalnızca Papa Clemens’in ısrarı sonucu nadiren uygulandığı İngiltere’de ve İber Yarımadası’nda Tapınakçılar’dan çok az itiraf elde edildi. Napoli ve Papalık eyaletlerinde Engizisyona sözde “dini prosedür” adı altında işkence yapma hakkı verilmişti. Buradaki itirafların sayısı, şaşırtıcı olmayan biçimde, daha fazlaydı. Yine de her bir Tapınakçı’nın işkenceye maruz kaldığı -içlerinde Molay da vardı- Fransa kadar değildi.
Tapınakçılar’ın itirafçıları, hiç şüphe yok ki yapılan işkencenin boyutlarına göre çeşitlilik arz etmekteydi. Pek çoğu kabul törenlerinde Haç’ın üzerine tükürdüklerini, bastıklarını ve işediklerini, ayrıca İsa’nın sahte bir peygamber olduğuna inandıklarını itiraf ettiler. Kabul töreni aynı zamanda sırt ve karın bölgelerine kondurulan müstehcen öpücükleri de kapsıyordu. Hatta bazıları kıç ve penis öptüklerini de itiraf ettiler. Takdis töreninin Topluluk haricinde yapıldığı söyleniyordu. Bir çokları Baphomet adlı bir puta taptıklarını da itiraf ettiler. İtiraf edenlere göre değişiklik göstermek üzere bu put ya sivri başlıydı ya da üç yüzlü bir kafaya sahipti. Diğerleri de onun sakallı bir adama, kadına ya da bir kediye ait olduğunu söylediler. Bunların yanı sıra şeytani kadınlarla ilişkiye girdiklerini ve yeni doğan çocukları öldürdüklerini itiraf edenler de vardı.
Papa Clemens, itirafların bir Papalık konseyi önünde de duyulması için ısrar etti. 24 Aralık’ta Jacques de Molay ile diğer önemli Tapınakçılar huzura çıkarıldılar. Artık IV. Filip’in ellerinden görünüşte uzaklaşmış olan Molay itirafını reddetti ve bu itirafları yalnızca işkence altında yaptığını söyledi. Diğer Tapınakçılar da aynı beyanda bulundular. Belirtmek gerekir ki, bu durum IV. Filip ile de Nogaret’nin Tarikat’ı bir kerede çabucak ortadan kaldırma girişiminin hızla sonuçlanması ve Fransız Sarayını Avrupa’nın de facto lideri ve Tek Gerçek İnancın Savunucusu yapma umutlarını suya düşürdü.
Papa Clemens, bir şekilde altta kalmamak için Şubat 1308’de duruşmaları iptal etti. IV. Filip vakit kaybetmeden soruşturmanın yasal zeminini güçlendirmek amacıyla Paris Üniversitesi akademisyenlerine başvurdu. 25 Mart’ta verilen yanıtta akademisyenler IV. Filip’in yeterince dayanağa sahip olmadığını bildirdiler. Kral öfkeleniyordu. Mayıs ayında halkın çoğunluğunun desteğini kazanmak amacıyla Meclisi toplantıya çağırdı. Bu da çare olmadı. Tapınakçılar'a yönelik halk desteği artarken Krala dönük güvensizlik baş gösteriyordu.
Haziran ayında Papa Clemens’in, olayın kontrolünü Fransız Sarayı’nın elinden Kilise’ye kaydırmak amacıyla Poitiers’e gitmesi bardaktan taşan son damla oldu. IV. Filip 72 Tapınakçı’yı itiraflarını tekrarlamaları için onun huzuruna gönderdi. 27 Haziran’da Papa Clemens itirafları dinledi ve davayı ele almak için iki soruşturma yapmaya karar verdi, birinde Tarikat’a tümüyle bakılacak diğerinde ise bireysel olarak Tapınakçılar incelenecekti. Papa Clemens’in en sonunda IV. Filip’in dilediği gibi hareket etmeye başlamasının sebebi Fransız birliklerinin boşalttığı bir kasabada resmen bir ev hapsinde olmasıydı. Yazın geri kalan bölümü bürokratik işlemlerle geçirildi. Her iki komisyon da sürekli çalışma halindeydi. Yalnızca Ağustos ayının bir gününde yaklaşık 500 mektup gönderilmişti. Chinon’da tutulan De Molay ve diğer Tapınak liderleri daha önceki inkârlarını inkâr ettiler. Artık işler IV. Filip’in istediği gibi gitmeye başlamıştı.
Ancak yine de bu kadar kolay olmayacaktı. Kanıtların tamamını düzenlemek umulandan daha uzun sürdü. Philip sabırsızlanıyordu. Papalık duruşmaları bir yıl sonra 22 Kasım 1309’a kadar başlayamadı. Jacques de Molay 26 Kasım’da mahkeme önüne çıktı ve Tarikat’ı savunma isteği olduğunu ancak kendisi “fakir, ve okuma yazması olmayan bir şövalye” olduğu için bunu yapamayacağını dile getirdi. Dönemin artan legalizmi ile uyumlu çalışır gibi görünen diğer askeri tarikatların aksine de Molay yönetimindeki Tapınakçılar Batı’nın değişen politik iklimiyle ilgisiz gibiydiler ve bunun sonucu olarak yönetimlerinin hiçbir yasal dayanağı yoktu. Bu da onların sonunu hazırladı. De Molay iki gün sonra başka kanıtlar verdi ve Tarikat’ı savunmaya muktedir olmadığını tekrarladı. Bunun üstüne yalnızca hem kendisini hem de Tarikatını kişisel bir iradeyle aklayabileceğine inandığı tek kişi olan Papa Clemens dışında kimseyle konuşmayacağı şeklinde bir gaf yaptı.
IV. Filip’in adamları tutuklu Tapınakçılar’a Büyük Ustat’inin kendilerini savunamadığı haberini ulaştırdılar. Bunun onların moralini bozmasını bekliyorlardı. Plan bir süreliğine işe yarar gibi göründü. Ne var ki, Şubat 1310’da duruşmalar tekrar başladığında Bolognalı Peter ile Provinsli Reginald adlı iki Tapınakçı 1307 yılına dek yasal çalışmalar yapmış olmanın getirdiği avantajla, öne çıktılar ve Tarikatlarını yöneltilen tüm suçlamalara karşı savunmak istediklerini dile getirdiler. IV. Filip’in Tapınakçılar’a kendilerini savunmalarına izin vermekten başka çaresi yoktu. 1 Nisan günü Tarikat’ın masumiyetine dair ikna edici bir konuşma yaptılar. Özellikle Bolognalı Peter Tapınakçılar’ın tamamen masum olmakla kalmayıp zalim bir tuzağa düşürüldüklerini de dile getirdiği güçlü bir savunma yaptı. Engizisyoncular’ın yalnızca duymak istediklerini almalarını sağlayan işkence kullanımına saldırdı (bir Tapınakçı işkenceyi durdurmak için Tanrıyı öldürdüğünü dahi itiraf etmişti). Halbuki kendilerine IV. Filip tarafından işkence yapılmayacağına dair söz verilmişti.
Haziran 1308’de Poitiers’de Papa Clemens’i sıkıştırmasına benzer biçimde IV. Filip bir kez daha üste çıktı. 11 Mayıs’ta tutuklu kardeşler arasında savunmalarına dair güven duygusu güçlenmekteyken itiraflarını inkâr eden 54 Tapınakçının sapkınlıkta ısrar suçundan kazığa bağlanarak yakılacağı duyuruldu. Ertesi gün Tarikat’ın 54 üyesi etraflarını saran alevlerin içinden masum olduklarını haykırıyorlardı. Provenceli Reginald hapisten kaçtı, ama tuhaf şekilde geri geldi. Bolognalı Peter ise kayboldu ve bir daha hiç görülmedi. Tarikat’ın kendini savunacak kimsesi kalmamıştı ve Tapınakçılar’ın savunması tamamen çökmüştü.

On dokuzuncu yüzyılın tanınmış Katolik teologlarından ve tarihçilerinden biri olan Ignaz Dollinger’e bir defasında tarihin en kötü gününün hangisi olduğu sorulmuştu. Cevap vermekte gecikmedi: O gün, Tapınakçılar’ın Fransa’da tutuklandıkları 13 Ekim 1307 Cuma günü idi. O dönemde, tutuklamalar emsalsiz boyutlardaki bir suç olarak görülmüştü. Dante IV. Filip’i Pontius Pilate ile kıyaslamı