du ve bu durum bazarileri iyice kışkırtmaya yaramıştı. (Bu durumu Emir Abbas Hüveyda'nın göstermelik mahkemede yargılanırken onu yargılayan Molla savcının usulüne uygun olmayan üslup ile suçlamasına yaptığı avukatsız savunmada cebindeki İran yapımı tükenmez kalemi çıkararak söylediği "benim dönemimin başlangıcında bu kalem 1 Riyal idi iktidarım bittiğinde de 1 Riyal idi" sözünden iyice anlaşılabilir.) 
Nihayetinde 1979'da protestolar çığırından çıktı 16 Ocakta Şah Kahir'ye gitti ve 1 Şubat 1979'da İmam Humeyni İran’a döndü. İmam Humeyni'nin Air France'a ait Boenig 747'de bir gazetecinin "İran’a dönüşte ne duygunuz var?" sorusuna "Hiç" cevabı vermesiyle çoğu aydın onu desteklemekten vazgeçtiği iddia edilir ve birçok İslam Cumhuriyeti muhalifi hala o konuşmayı hatırlatarak İran’ın nasıl bir rejime emanet edildiğini hatırlatır. İmam Humeyni Tahrana dönüşte yaptığı ilk konuşmada "ben hükümet tayin ederim, ben yumrukla mevcut şah hükümetinin ağzına vururum" cümlesiyle Güçlü bir İslam Cumhuriyeti oluşturacağının sinyallerini vermiştir. Ancak 1 Şubat-11 Şubat arası kara kuvvetleri şaha bağlı kalarak dönemin Musaddık yanlısı liberal başbakanı Şapur Bahtiyar hükümeti resmi hükümet olarak kalmış, Mehdi Bazergan İmam Humeyni’nin tayin ettiği hükümet olarak hâkim olmaya çalışmıştır. Nihayetinde 11 Şubat 1979'da Şapur Bahtiyar istifa etmek zorunda kaldı ve üniversite yıllarını geçirdiği Fransa’ya kaçtı, 6 Ağustos 1991'de İslam Cumhuriyeti istihbarat bakanlığı ajanlarınca evinde öldürüldü. Katili halen Fransa’da hapiste bulunmaktadır.
Devrimin 11 Şubat 1979'da Şapur Bahtiyar'ın istifasıyla zafere ulaşmasını takiben, 24 Şubat 1979'da , Halkali İmam Humeyni tarafından Şeriat Uygulayıcısı (حاکم شرع) ve yeni kurulan Devrim Mahkemeleri Başkanı olarak seçildi. Devrimin ilk günlerinde yeryüzünde sapkınlığı yayma(Arapça: مفسد فی الارض) ve Allah'a karşı savaşma (Arapça: محارب) suçlamalarıyla "yüzlerce eski monarşi görevlisini" idama mahkûm etti. Sanıkların çoğu avukat tutma hakları yoktu. Khalkhalinin mahkemelerde kullandığı üslup hukukçularca mahkeme kurallarına aykırı olarak nitelendirilmiştir. Günümüze kadar gelen bazı görüntülerde Savcı, Hâkim ve jüri görevini tek başına üstlendiği mahkemede Sanık hakaretlere maruz kalmaktadır. Devrimden önce 13 yıl İran başbakanlığı görevini yapan Emir Abbas Hüveyda'nın idam kararı onun başlıca yaptığı işlerdendir. Hüveyda herhangi bir avukat tutma hakkından yoksundu ve kendi başına göstermelik mahkemede yaptığı savunmaya rağmen idam kararını aldı ancak idamı diğerlerinden biraz farklı oldu. İmam Humeyni’nin alelacele idam edilmesine muhalif olmasına rağmen idam sahasına gelmeden önce o dönem güce kavuşan mollalardan biri olan Hadi Ghaffari tarafından boynuna sıkılan 2 tabanca kurşunu tarafından öldürülmüş daha sonra idam hükmü okunarak idam edilmiştir. Khalkhali 20 yıl sonra yazdığı anılarda itiraf ettiği gibi en az 2000 kişiyi sadece 1979'da idama mahkûm etmiştir. Bazı yazarlar verdiği idam hükümlerini 8000e aşkın olduğunu yazmaktadır aynı zamanda birebir tanıklara göre sadece bir kişi ondan müebbet hapis hükmü giymiş geri kalan herkes idama mahkûm olmuştur.. 23 yıl sonra 2002'de Pervin dergisiyle röportajında şöyle demiştir: 1980'de İmam Humeyni'nin yanında Solcuları nasıl durduracağımızı tartıştık ve daha sonra eve gitmek için çıktım eve giderken 15-16 yaşlarında iki çocuğun bir şeyi gizlice birbirine verdiklerini gördüm onları yakalamalarını emrettim. Hatırlıyorum yakalanan çocuğun soyadı "Şeriatı" idi. hemen mahallinde sorguladım ve çocuk solcu gazeteleri birbirlerine verdiklerini itiraf etti. Anında silahımı çıkardım, kafasına sıktım ve çevremdekilere dedim ki "işte bu komünistlerle böyle mücadele edilir." BBC ile yaptığı röportajda da hiçbir şekilde yaptığından pişman olmadığını ve aynı kişiler tekrar dünyaya gelseler tekrar onları idam edeceğini açıklamış kendi anılarında geriye dönüp baktığında idama mahkûm ettiklerinden bazılarının idam edilememesinden üzüntü duyduğunu ifade etmiştir. verdiği sayısız idam hükmü ve tüm bunları böylesine soğukkanlı karşılamasına karşılık İran halkı ona "Devrim Kasabı" ve "Devrim Celladı" lakabı vermiştir gerek halk gerek İslam Cumhuriyeti yetkilileri tarafından sevilmez Mollalar dahi onu sevimsiz olarak nitelemektedir.

Khalkhali 1979-80'de Mehdi Bazargan ve Ebu'l-Hasan Beni Sadr hükümetinin tek celsede verdiği idam kararlarına itirazı üzerine verdiği cevapta şöyle demiştir: "Sorun değil hata yaptıysak cennete giderler." Khalkhalinin idamlarına itirazın artmasıyla birlikte İmam Humeyni'de bir itiraz sunmuş ve muhalefetini dile getirmiş ancak asla onu oturduğu koltuktan almamıştır. O dönemde muhaliflere verdiği cevapta şöyle demiştir: "Muhalifini aynen böyle yakasından tutup bir kenara atıyorsun. Ben aynen bu himayelere sığınarak kendi işime devam edeceğim ve görevimi yerine getirmekten bir an bile geri çekilmeyeceğim." Bu sözüyle aslında devrimin dinci kesiminde aslında devleti tek elden yönetmek için gizli ve eski bir anlaşma olduğunun anlaşıldığı iddia edilmektedir. Ayrıca Khalkhali Mehdi Basargan’ın Liberal bir devlet kurma çabalarını birçok diplomat ve siyasetçinin idam kararıyla yıkmıştır.
Sadık Halhali devrimin ilk günlerinde devrik İran şahı Muhammed Rıza Pehlevi’yi tek celsede idama mahkûm etmiş ancak İran’da bulunmadığı için medyadan Şahı öldürmek için Çakal Carlos ile anlaştıklarını duyurmuştu. 27.06.1979'da Çakal Carlos’a bağlı teröristler o dönem Meksika’da bulunan şaha yönelik helikopter ile suikast düzenlemiş ancak başarılı olamamıştır başarısızlığın ardından kimi kaynağa göre milyonlarca dolar paraya konan Çakal Carlos tüm vaatlerine rağmen bir daha şaha karşı suikast düzenlememiştir. ve takibinde Khalkhali Şahın öldürülmesi için Hazine kaynaklarından 140.000$ ödül tayin ettiğini açıklamıştır. Khalkhali Aralık 1979'da aynı yöntem ancak kendi bünyelerinde yetişen Mücahitler(İslam’ın Fedaileri) ile şahın yeğeni şehriyar şefiki Paris’te yaşamına son verilmiştir ve bunu açıklamaktan çekinmemiştir.
Khalkhalinin idam kararları devlet büyükleriyle sınır kalmamış elbet. Halhali kendi kabul ettiği gibi ayrıca devrimden önce devlete bağlı genel evlerde çalışanlar ve ayrıca alkollü içecek satan ve devrim sonrası İran’ı terk etmeyen kadın ticareti yapanları ve fahişeleri tamamını idama mahkûm etmiştir.

Halhali ve yandaşları İran'ın İslam öncesi Pers tarihine düşmanlık beslemekteydiler. Khalkhali devrimin ilk günlerinde başbakan Mehdi Bazargan'ın muhalefetine rağmen Pehlevi hanedanının kurucusu ve İran’ın modernizasyon lideri Rıza şah Pehlevinin mezarını yeni kurulan Devrim Muhafızları birlikleriyle beraber yok etmiş ve ardından Persepolisi yok etmek için Şiraza gitmiş ancak bu kez sadece hükümetin muhalefetiyle değil Fars Eyaletinin Liberal valisi Nusretullah Amini ve halkın tepkisiyle çatışmaya çekmiş o dönem Devrim Muhafızlarında silahlanma başlamadığından ve güçsüz olduklarından dolayı yıkımı gerçekleştirememişlerdir. Ancak Halhali'nin İslam öncesi İran tarihiyle olan düşmanlığı asla dinmemiş yıkımı gerçekleştirmek için devamlı başarısız girişimlerde bulunmuştur. Nihayetinde bu düşmanlığını bir kitapta dile getirmiş ve Pers imparatorluğu kurucusu Büyük Kirosu serseri, eşkıya ve zampara olarak tarif etmesiyle yetinmek zorunda kaldı. Bu kitap dünya çapında tarihçiler ve edebiyatçıların tepkisini çekmiş, tarihçi ve edebiyatçı aynı zamanda siyasetçi olan Ali-Akbar Sa'idi Sirjani röportajında onun bu kitabını resmi dil Farsçayı bilmediğinden dolayı olabileceğini söylemiştir. İran tarihiyle olan düşmanlık aslında sadece Halhali'ye özgü değildi. Radikal Dindarlar şiddetle yaşayan birçok İslam Devrimi elemanı bu düşmanlığı besliyordu. Örneğin Mahmud Ahmedinejad Cumhurbaşkanı olduğunda yaptığı reformlardan biri okullarda anlatılan İslam öncesi İran - Pers tarihini ders programlarından kaldırmış ve Tarih dersini İslam sonrasına sınırlamıştır böylece Farsların gurur duyduğu İslam öncesi tarihinden bilgisiz bir genç nüfus kurmayı hedeflemiştir. Daha sonra 2010'da Tahranda yaşanan heykel hırsızlığı olaylarında Pers tarihinde büyük öneme sahip şahısların heykelleri çalınmış ve bu olay çeşitli kuşkulara neden olmuştur ta ki Mayıs 2010'da dini lider Hamenei Tahran Fuarından Pers imparatorluğunun en güçlü olduğu iki dönemden birincisi ve imparatorluğun kurucusu olan Ahameniş İmparatorluğu ordusu askerinin heykelini kaldırmayı emretmiştir. Yaptıklarına gerekçe olarak da İslam öncesi tarihin İslamiyet’e ve Allah’a karşı bir savaş olduğunu söyleyip gençlerin beyninin yıkanmaması gerektiğini açıklamışlardır. Ayrıca Pers imparatorluğu kurucusu Büyük Kirosun mezarı (Ancak savaşta öldürüldüğünden dolayı orada yatmamaktadır) Pasargad'ı baraj oluşturarak su altında bırakma çabaları Ahmedinejad tarafından yapılmış ancak Perslik hayranı Fars ırkçılarının direnci neticesinde hala başarılı olamamıştır. 
Khalkhali iki kitaba imzasını atmıştır ancak yazılarında röportajlarında ve kitaplarında hep çelişkili konular yazmaktadır. Örneğin ilk meclisin itiraz namesinde muhalif bir din adamı olan büyük Ayetullah Şeriatmadari için idam istediğini yazmış ancak daha sonra hayatının son yıllarında hem o hem de sevmediği ilk başbakan Mehdi Bazargan'ın methini kitabında yazmış hatta Mehdi Bazargan'ın cenazesinde ağlamıştır.

Aslında İslam devrimi iki bölümden oluşuyor: 1. Pehlevi rejiminin düşüşüyle sonuçlanan Solcu-İslami devrimci gruplarının katıldığı dünya çapında daha çok bilinen devrim ve 2. 1980-83 arası Humeyni ve yandaşlarınca gerçekleşen Kültürel devrim.
1979-80 arası solcuların güç sahibi olmaları mollalar ve özellikle batıyı endişelendiriyordu. Humeyni dini lider olarak İran’a dönüp Shapour Bakhtiyarı istifaya zorladığında çeşitli vaatlerle gelmişti örneğin Humeyni konuşmalarında Su, Elektrik ve Otobüsün bedava olacağını vadetmişti ve devamında sürekli olarak "özgür ülkenin medyasının ve siyasi parti kurmanın özgür olması gerektiğini vurgulamıştı. Bu vaatler devrimin ana çekirdeğini oluşturan yoksul ve eğitimsiz halk tarafından olumlu karşılanıyor ve Humeyni’nin etrafında daha