ılı olmadığı bir mezar taşı ile gömülü olduğu için, genelde Mozart'ın parasız ve unutulmuş olarak öldüğü söylenir. Ancak, Viyana'da eskisi kadar yüksek yaşam standartlarında yaşamasa da, komisyonlardan iyi bir gelir elde ediyordu. Yılda yaklaşık olarak 10,000 florin kazanıyordu, bu da 2006'ya göre 42,000 Dolar (ya da 63,000 TL) etmektedir. Söz konusu miktar O'nu 18'inci yüzyılda Dünya'da en fazla para kazanan %5'in içerisine sokar. Ancak, servetini kontrol edemiyordu. Annesi hakkında "Wolfgang ne zaman yeni bir şeyler kazanırsa, kendisini ve malını etrafına veriyordu" demiştir. Oldukça masraflı yaşamı da, onu birçok kez kredi almaya yöneltmiştir. Birçok yalvarış mektupları hâlâ günümüzde vardır, ama fakirliğine değin harcamalarına olduğu kadar fazla bir delil yoktur. Toplu bir mezarda değil, 1785 Avusturya kanunlarına göre halka ait bir mezara gömülmüştür.

St. Marx mezarlığındaki orijinal mezarı kaybolsa da, anıtsal mezartaşları buraya ve Zentralfriedhof'a yerleştirilmiştir. 2005'te Avusturya'nın Inssbruk Üniversitesi ve Maryland-Rockville'deki DNA laboratuvarlarında, Avusturya Müzesi'ndeki Mozart'ın kafatasının ona ait olup olmadığı araştırılmış ve bu anneannesinin ve yeğeninin DNA'leriyle karşılaştırılmıştır. Test sonuçları yetersiz kalmıştır ve DNA örneklerinin birbiriyle bir alakasını bulamamışlardır.

1809'da Constanze Danimarkalı diplomat Georg Nikolaus von Nissen (d. 1761 – ö. 1826) ile evlenir. Yeni eşi de Mozart'ın büyük bir hayranıdır ve Mozart üzerine bir biyografi yazar. Ömrü süresince bunu bitiremese de, öldükten sonra, Constanze bitirmiş ve yayınlamıştır.

Dünya tarihinin belki de gelmiş geçmiş en büyük müzik dehasının sadece 35 yıllık bir ömür yaşaması ve bu ömüre 626 ölümsüz eser bırakması, kendisi belki de müzik dünyasının en büyük kazançlarından biri olsa da, kısa ömrü de müzik dünyasının en büyük kaybıdır.

Ölümünden bu yana geçen iki asırlık zaman içinde, her kuşak onun eserlerinde bir başka anlam ve güzellik bulmuştur. Eserlerindeki derin anlam ruhlara işledikçe Mozart'ın insanlığa yardımı daha da önem kazanacaktır.

Mozart'ın müziği, Haydn'ınki gibi, klasik müziğin ilk örneklerindendir. Çalışmaları, o dönemin tarzını değiştirmiş ve barok tarzı ile de karışımını sağlamıştır. Mozart'ın kendine ait tarzı klasik müziğin tamamının gelişimine paraleldir. Çok yönlü bir besteciydı ve hemen hemen her türde müzik yazardı. Bunların arasında senfoni, opera, solo konçerto, oda orkestrası, yaylı kuartet ve yaylı kentet ve piyano sonatları da vardır. Bu türlerin hiçbiri yeni değildi, ama piyano konçertosu Mozart'ın tek başına geliştirdiği ve popüler ettiği bir türdür. Ayrıca önemli sayıda dini müzik de yayımladı, bunların arasında ayin müzikleri de vardı ve birçok dans müziği de besteledi; divertimenti, serenadlar ve diğer hafif eğlenceli türlerde.

Mozart ilk yıllarından beri müthiş bir kulağa sahipti. Duyduğu her müziği hafızasına bir daha çıkmayacak üzere yazabiliyordu. Gezilerinin de oldukça fazla olmasından dolayı, nadir bir tecrübe koleksiyonu edindi. Londra'da bir çocuk olarak J.S. Bach ile karşılaştı ve müziğini dinledi. Paris, Mannheim ve Viyana'da da buradaki bestekarlarla karşılaştı. Muhteşem Mannheim orkestrasıyla beraber çalıştı. İtalyan açılışları ve opera buffalarıyla karşılaştı. Bunların hepsi, gelişiminde önemli bir rol oynadı. Londra ve İtalya'da galant tarzı o dönemde oldukça popülerdi. Basit, hafif müzik, sesin yavaşlamasına bir tutku, vurgulara önem veren, hakim ve ana notanın üstündeki dördüncü ve altındaki notayı çıkartarak, simetrik cümlelerle ve açık bir mimari sundu. Bu tarzın etrafında gelişen klasik müzik, Barok'un komplike tarzına bir tepkiydi. Mozart'ın ilk çalışmaları, İtalyan uvertürleriydi. Diğerleri J.C. Bach'ın eserlerine oldukça benzerdi ve başkaları da Viyana'daki eserlerin değişik bir şekilde vurgulanmasıydı. Mozart'ın en tanınan özelliklerinden biri de belli bir düzenin uyumuydu; sesin yavaşlamasına ana nota etrafında yöneliyordu ama Mozart, bunu değiştirerek uyumu ses yavaşlamasının daha güçlü yarıya geçmesini sağlamıştı. Mozart'ın Phrygian anlayışı da bunu gösterir.

Mozart olgunlaştıkça, Barok müziğinden birtakım yeni özellikler daha adapte etmiştir. Örnek olarak, 29. Senfoni'nin La Majör (K. 201)'ünde kontrpuana ait iki veya daha çok sayıda melodinin bir arada çalınmasından meydana gelmiş tema kullanıyordu ilk hareketinde ve düzensiz ifade uzunluklarını denemiştir. 1773'teki bazı kuartetleri fugal finalleri vardır ve büyük olasılıkla Haydn'dan esinlenmiştir. O da bunu opus 20 setinde kullanmıştır. Fırtına ve Gerilim akımının etkisi, Alman edebiyatını "Romantizm" akımına doğru yöneltirken, müzikte de bestecileri etkilemiştir.
Mozart'ın çalışma hayatında odağı enstrümantal müzikle operalar arasında gitmiş gelmiştir. Avrupa'da o anda bulunan iki tarzda da operalar yazmıştır. "Figaro'nun Düğünü", "Don Giovanni" ve "Cosi fan tutte" (Bütün Kadınlar Böyle Yapar) [opera buffa] tarzında iken "İdomeneo" ve "Sihirli Flüt" [opera seria] tarzındadır. Daha sonraki operalarında da enstrümanların, orkestranın, ton renginin psikolojik ve duygusal hisleri ve dramatik geçişleri ifade edebilmek için yeni yöntemler geliştirmiştir. Senfonilerinde çözülemeyecek seviyede komplike bir şekilde orkestrasını kullanması, orkestranın psikolojik etkilerini geliştirmiş ve daha sonra da opera olmayan eserlerinde de görülmüştür.

Mozart için Türklerin ayrı bir önemi vardır, Türkler için de Mozart'ın. Mozart Türklerle, müzik ve töreleriyle gençlik çağlarıyla başlayarak ilgilenmiştir. Osmanlıların Viyana'yı kuşatması sırasında ve sonrasında, Avrupalılar, özellikle de de Avusturya-Macaristan İmparatorluğu'nun yurttaşları Türklerle yakın ilişkilere girmiştir.

Mozart'ın nesiller boyunca, tüm müzik türlerinin bestekarlar üzerindeki etkisi oldukça büyüktür. Mozart'dan sonraki tüm önemli bestekarlar Mozart'ın büyüklüğünden bahsetmiştir. Rossini hakkında "O bir dahi kadar bilgili ve bilge kadar dahi olan tek müzisyendi." demiştir. Ludwig van Beethoven'in Mozart hayranlığı da açıktır. Beethoven, Mozart'ı birçok kez kendisine örnek olarak almıştır. Örnek olarak, Beethoven'in Sol majör 4. Piyano Konçertosu Mozart'ın Do majör Piyano Konçerto'suna (K.503) bir göstergedir. Beethoven'in apartmanında öğrencilerinden birine, Mozart'ın Do majör kuartet'ini (K.464) gösterip "Ah, ne eser. Bu, Mozart'ın 'İşte benim yapabileceğim bu, dinleyebilecek kulakların olsaydı!' demesidir." demiştir. Beethoven'in daha birçok eseri Mozart'ın eserlerine benzemekte ve çağrıştırmaktadır. Bunlara Beethoven'in Do minör 3. Piyano Konçertosu ile Mozart'ın Do minör 24. Piyano Konçerto'su da dahildir. İkisi de Haydn öğrencisi olup buluştuklarına inanılır ve Mozart'ın da Beethoven hakkında "Dünyaya hakkında bahsedilecek bir şey bırakacak." dediği söylenmektedir. Çaykovski, "Mozartiana"yı Mozart'ı övmek için yazmıştır. Max Reger'in 1914'te yazdığı "Mozart Tema"sı da en tanınmış eserlerinden biridir.

Buna ek olarak Mozart, Frédéric Chopin, Franz Schubert, Peter İlyiç Çaykovski, Robert Schumann ve birçok besteci tarafından en iyi olarak gösterilmiştir. Hatta Frédéric Chopin, cenazesinde kendi yazdığı cenaze müziğini değil Mozart'ın Requiem'inin çalınmasını istemiştir.

Mozart popüler müzik için de bir ilham kaynağı olarak kalmıştır. Jazz'dan, Rock'a, hatta Heavy Metal'e kadar. Jazz piyanisti Chick Corea, Mozart'ın piyano konçertolarını çalarken kendisini konçertolar yazmaya esinlenmiştir.

Mozart öldükten sonra, eserlerinin dizilimi için birçok defa uğraşılmıştır. Ancak, bunu 12 yıllık bir uğraşı sonunda, 1862'de Ludwig von Köchel başarır. Mozart'ın hâlen eserleri Köchel'in katalog numaralarına göre sıralandırılmıştır. Bu nedenle, örnek olarak La majör 23. Piyano Konçertosu demek yerine, basitçe "K. 488" ya da "KV. 488" diye yazılır. Buradaki KV'nin açılımı Köchel Verzeichnis (Köchel Dizini)'dir. Bu katalog 6 kez revizyona gitmiş, Mozart'ın eserleri de K.1 den K.626'ya kadar numaralandırılmıştır.

Mozart bestekarlar arasında doğal olmayan bir efsane yumağıyla karşılaştı. Bir bakıma çünkü ilk biyografisini yazanlar onu şahsen tanıyorlardı. Bir ürün sunabilmek için hayali öğeler eklemek zorunda kalıyorlardı. Bu söylenceler, Mozart öldükten sonra başladı ama pek azı belli kanıtlar etrafındaydı. Bunlardan biri de Mozart'ın Requiem'ini kendi ölümünü düşünerek yazması üzerineydi. Hayali sözleri, gerçek olaylardan ayırmak Mozart araştırmacılarının devam eden bir görevi haline gelmiştir, lakin efsaneleri gerçek olaylardan ayırmak gerekir. Dramatistler ve senaristler, araştırmacıların sorumluluklarından özgür olarak, bu efsaneleri oldukça iyi birer öğe olarak kullandılar.
Başka bir tartışma konusu da Mozart'ın çocukluktan ölümüne kadar insanüstü dehasıdır. Bazıları ilk eserlerini basit ve unutulabilir bulurken diğerleri Mozart'ın 5 yaşında yazdığı esere bile hayranlık duyarlar. Her halukarda, ilk bestelerinin bir bölümü hâlâ oldukça popülerdir. K. 165 örnek olarak, Mozart tarafından 17 yaşındayken bestelenmiştir ve en tanınan eserlerden biridir. Başka bir söyleyiş de henüz 5 ya da 6 yaşındayken gözleri kapalı olarak ellerini çapraz bir şekilde tutup piyanoyu çalabildiğidir.
Benjamin Simkin, Mozart üzerine yazdığı bir kitapta Mozart'ın Tourette sendromu yaşadığını öngörmüştür. Ancak, hiçbir Tourette sendrom uzmanı, organizasyonu veya psikiyatrist Mozart'ın böyle bir sendroma sahip olduğunu söylememiştir ve birçoğu da yeteri kadar delilin olmadığını vurgular.

Milos Forman'ın 1984 yılında yönettiği Amadeus, Peter Shaffer'in oyunu üzerinedir. 8 Oskar kazanan bu film, o yılın da en popüler filmlerinden biri olmuştur. Film Mozart'ın eserlerini halkın tanıması için oldukça faydalı olmuştur, ancak tarihsel eşitsizlikler yüzünden eleştirilmiştir. Özellikle Antonio Salieri'nin Mozart ile olan rekabeti üzerine pek az tarihsel kanıt vardır. Aksine, büyük bir ihtimalle Mozart ve Salieri birbirlerine arkadaş ve ortak gözüyle bakmaktadırlar. Salieri'nin halk kütüphanesinden Mozart'a partisyonlar verdiğinin belgelerle kanıtları vardır. Bunun yanı sıra, birçok