tünlüğünü kullanıp iki yandan saldırı yapmalarına imkan vermeyen bir dar düzlüğe girmelerine izin verdiler ve sonra Haçlılar şsövalyeleri tekrar bir süvari taarruzuna geçtiler. Halep Meliği'nin hafif süvari ordusu buna karşılık vermeyerek dağıldı ve düzensiz bir şekilde Halep'e doğru geri çekilmeye başladı. Yağı-Sayan ise kaledeki askeri gücünün hemen hepsi ile kaleden huruç hareketi yaptı ve Haçlılar piyadelerinin savundukları ordugahlarına saldırıya geçti. Bu saldırıya karşı kendilerini güç savunan Haçlılar piyadeleri öğleden sonra geri çekilmeye başladıkları sırada ordugaha Haçlılar Şövalyelerinin Rıdvan'ın destek gücünü dağıtığı haberi ulaştı. Bu haberin ne olduğu hemen anlayan Yağı-Sayan ordusunu düzenli olarak tekrar surlar gerisine çekmeyi başardı. Böylece komutanlarının yeteneksizliği dolayısıyla Rıdvan'ın gönderdiği hafif süvari ordusu Haçlılar ordusu ile yaptığı muharebede Haçlılar ordusu tarafından mağlup edildi.

Bu sefer Emir Yağı-Sayan iki haftalık yürüyüş yolunda bulunan Musul Atabeyi Gürboğa'dan yardım istedi. Gürboğa] Nisan 1097 sonunda yaklaşık 30.000 kişilik ordusuyla Antakya'ya yardım için yola çıktı. Fakat önce Urfa'da Edessa Haçlı Kontluğu kuran Baudouin Boulognelu üzerine yürüdü ve Urfa'yı 3 hafta başarısız olarak kuşattı. Ondan sonra yine Antakya üzerine yürümeye başladı.

2 Haziran akşamı Firuz adında Ermeni'den dönme bir zırh tamircisi Emir Yağı-Sayan'ın kendisini karaborsa faaliyetlerinden dolayı cezalandırmasının öcünü almak için ve Haçlıların kendine vadettikleri altın ve toprak bağışlarından gözü kararak şehrin büyük kulelerinden olan "İki Kızkardeş Kulesi"'nde bir pencereden Haçlıların şehre girmesini sağladı.

Şehrinde Haçlıların bulunduğunu anlayan Yağı-Sayan ailesini geride bırakarak 30 kadar kişilik bir muhafiz birliği ile şehirden kaçmayı başardı. Ama hızla kaçmakta iken atı tökezledi ve atı ile birlikte Yağı-Sayan yere kapanıp ölümcül olarak yaralandılar. Ona hiç sağlık yardımı sağlayamacaklarını anlayan muhafızlar onu ağır yaralı yatar bir halde geride bırakarak yanından ayrıldıler. Ertesi gün bir Hıristiyan Ermeni köylü tarafından Yağı-Sayan ölmekte olarak bulundu. Ermeni köylü onun kafasını kesdi ve bahşis almak hedefiyle Antakya şehrini ele geçirmiş olan Haçlılar komutanına götürdū. Komutansız kalan şehirdeki Müslüman güçler çok geçmeden Haçlılar tarafından alt edildiler ve ancak küçük bir kuvvet Emir Yağı-Sayan'ın oğlu Şems-ül Devle komutasında iç kaleye kapanmayı başardı. 3 Haziran günü iç kale hariç şehri ele geçiren Haçlı ordusu bir katliam ve talan hareketine girişti; bütün orduya dâhil askerleri ve sivil Müslümanları, kadınlar ve çocuklar dahil, kılıçtan geçirip öldürdüler. Bütün Müslümanlara ait yapıları ve özellikle camileri yıkıp yerle bir ettiler. Şehrin her yanını talan ettiler..

İç kale daha Şems-ül Devle'nin elinde idi. Haçlı orduları bu kaleyi almak için hücumlar yaptılar. Ama kale çok korunaklı olduğu için ele geçiremediler. Bu hücumların birinde Haçlı komutanlarından Boemondo yaralandı. Şems-ül Devle Haçlıların iç kaleyi terk etmesi için yaptıkları para tekliflerini de kabul etmedi. Haçlı ordusu iç kale etrafına güvenlik karakolları ile bir kordon hattı kurarak şehir içine yerleşti.

Tam bu sırada, Antakya kalesinin düşüşünden üç gün sonra, çeşitli diğer ordularla takviye edilmiş Musul Atabeyi Kerboğa'nın ordusu Antakya önünde göründü. Bu ordu kale içinde bulunan Haçlı ordusunu kuşatmaya aldı.

Haçlılar kaleyi ele geçirdikleri zaman Yağı-Ssyan'ın iaşe stoklarının çok düşük seviyelerde olduğunu görmüşlerdi. Haçlılar daha önce de açlık çekmişlerdi ama o zamanlar etrafa bazen çok uzak taraflara iaşe toplama birlikleri gönderip az da olsa yiyecek bulabiliyorlardı. Ama Gürboğa'nın kuşatması dolayısıyla Antakya kalesi içinde kalınca bunu yapmalarına imkân kalmamıştı. Arap tarihçisi Ali ibn el-Esir'e göre Antakya'ya zapt ettikten sonra 12 gün Frenkler yiyeceksiz kale içinde kapalı kaldılar. Soylu şövalyeler kendi atlarını kesip yediler. Daha fakir olanlar ise ölü hayvanları, ağaç kabukları ve otları yediler. Bazı kaynaklar Haçlılar arasında yamyamlık, yani insan ölüsü yeme alışkanlığı başladığını bildirirler.

Bu sırada Musul Atabey Gürboğa'nın kampında da askerler arasında büyük hoşnutsuzluk çıkmıştı. Gürboğa'nın hemen hücüma geçmemesi birçok asker, subay ve komutanı tedirgin etmekteydi. Birçok emir Gürboğa'nın muharebeyi kazanırsa kendini büyük emir ilan edip diğer emirleri hükmü altına almasından korkmaktaydı. Bunların başında sonradan Gürboğa'ya katılmış olan Şam Meliği Dukak geliyordu. Askerinin bu hoşnutsuzluğunu hisseden Gürboğa Haçlı ordusundan ateşkes için müzakereler istemeye kadar gitmişti. Bunu Gürboğa'nın korkak davranış ve komutasının son bir emaresi olarak gören emirler başta Dukak olmak üzere askerleriyle orduyu terke hazırlanmakta idiler.

Diğer taraftan Antakya kalesi içinde beklenmedik bir "mucize" ortaya çıkmıştı. Haçlılar arasında bulunan, Marsilya'li Pierre Barthelemy adlı bir keşiş bir sıra dinsel hayaller görmeye başladı; St Andreas ona İsa'nın çarmıha gerildikten sonra öldürülmesi için kullanılan "Kutsal Mızrak"ın Antakya'da Katedralinin zemininde gömülü olduğunu ve bu mızrağı kullanarak Müslümanlara karşı galip geleceğini söylemişti. Antakya Katedrali'nde Berthalamy'nin hayalinde görmüş olduğu yerde zeminde kazı yapıldı ve burada bir mızrak bulunup çıkartıldı. Birçok kişi bunun bir mucize olduğundan şüpheliydi, ama Haçlı ordusu morali birden yükseldi. Arap tarihçisi Ali ibn el-Esir Haçlı ordularında Papa'nın temsilcisi olan Le Puy Başpiskoposu Adhemar'in bir mızrağı "Kusyat"ta saklayıp sonradan bulduğunu söyler. Fakat diğer kaynaklar Le Puy'lu Adhemar'ın bu mucizeden şüphesi olan kişiler arasında bulunduğunu belirtirler.

Böylece gayet üstün moral kazanan, başlarında Kutsal Mızrakla Le Puy Başpiskoposu bulunan Haçlı ordusu 18 Haziran 1098'de Antakya'dan bir büyük huruç hareketi yaparak Gürboğa'nın ordusu üzerine büyük bir hücuma geçti. Tam bu sırada Şam Meliği Dükak ve eğer muharebeyi kazanırsa Gürboğa'nın kendilerine hüküm edeceğinden korkan diğer emirler Kerboğa ordusundan ayrıldılar. Kalan ordu büyük bir mağlubiyete uğradı. Gürboğa kendini zor kurtarıp ordusuz Musul'a dönebildi. Antakya'da iç kalede sarılmış bulunan Şems-i Devle de bundan sonra Haçlılarla müzakerelerden sonra kendisini ve askerlerine serbest geçiş hakkı kazandı ve iç kale de Haçlıların eline geçti. Bu galibiyet bir Hıristiyan efsanesine dönüştürülmüş ve Hıristiyan evliyalarının Haçlı ordusunun başına geçerek Gürboğa'nın ordusunu kırarak galibiyeti sağladığı söylene gelmiştir.

Bu beklenmedik galibiyetten sonra Haçlı ordusu bir müddet daha Antakya'da kaldı. Ordunun soylu idarecileri arasında büyük bir anlaşmazlığın çözümlenmesi gerekti. Haçlı ordu komutanları Konstantinopolis'te iken Bizans İmparatoru'na sadakat yemin etmişler ve ellerine geçirecekleri eski Bizans arazilerini tekrar Bizans'a terk etmeyi kabul etmişlerdi. Antakya önemli eski bir Bizans şehri idi ve hala büyük bir Rumca konuşan Hıristiyan nüfus orada bulunmaktaydı. Kuzey Fransa'dan gelen Frank Haçlılar, Güney Fransa'dan gelen Haçlılar ve Güney İtalya'dan gelen Norman Haçlılar birbirlerine düştüler. Güney İtalyalı Norman Boemondo Bizans İmparatoru'nun kendilerine katılmaması dolayısıyla verdikleri yeminin geçersiz olduğu iddiasındaydı ve Antakya kalesinin ele geçirilmesinde gösterdiği şahsi üstün başarı dolayısıyla Antakya ve civarının şahsi hükümdarlığı olarak kendine verilmesini savunmaktaydı. Toulouse'lu Raymond de Saint-Gilles ise buna tamamen karşı idı.

Bu sırada Temmuz, Ağustos aylarında Haçlı ordusu ve şehir nüfusu arasında bir veba salgını (bazılarına göre tifüs salgını) çıktı ve birçok kişi, bunlar arasında 1 Ağustos'ta Papalık temsilcisi Le Puy Başpiskoposu Adhemar, öldü.

Kuşatma sırasında kesilip yendiği için, Haçlı şövalyelerin hiç atları kalmamıştı ve devamlı olarak Haçlılara ve şehir halkına iaşe bulmak gerekmekteydi. Ama önceleri bölgedeki Müslümanlar bunları tedarik etmekten kaçınmaktaydılar. Bunun için Haçlılar Antakya yakınlarındaki köy, kasaba ve şehirlere hücumlar düzenleyip zorla at ve iaşe toplamaya başladılar ve bu zorbalığa karşı duran şehirleri kuşatıp talan ettiler. Bunlar arasında en ünlüsü "Ma'arrat al-Numan" adlı kaleye Aralık'ta yaptıkları hücumdur. Müslüman ve çok inanılır Hıristiyan tarihçiler bir Haçlı ordusu tarafından kuşatılmış bu şehir kalesinin ele geçirilmesinden sonra Haçlıların Müslümanları öldürüp kazanlarda ölülerin etlerini kaynatıp yediklerini bildirirler."Abd'l-Ala" şehri ise 13 Ocak 1099'da yapılan hücumdan sonra tamamıyla yakılıp yıkıldı; kalesinin taşları bile teker teker sökülüp şehir ortadan kaldırıldı. Birçok Arap şehri ise elçiler ve hediyeler göndererek Haçlıların her isteklerini yerine getireceklerini belirttiler.

Fakat özellikle soylu olmayan Haçlılar kendilerini Kudüs'e asker hacı olarak gitme hedefleri olduğu için bu gecikmeden gittikçe tedirgin olmaktaydılar. En sonunda 1099'da Haçlı ordusu tekrar Kudüs üzerine yürümek için Antakya'dan ayrıldı. Ama şehir Bizans'a geri verilmedi ve burada Antakya Prensliği devletini kurup başına Beomondo'yu geçirdiler.

Haçlı ordusunun Antakya'dan Kudüs'e geçişinin ve yaptığı çarpışmaların kronolojik bir özeti şöyle verilebilir:
- 13 Ocak: Toulouse'lu Raymond'un Haçlı ordusu başında Antakya'dan güneye doğru yürüyüşe başlaması.
- 16 Ocak: Haçlı ordusu Saycar şehrine hücum etmeden şehrin kenarından geçmesi.
- 28 Ocak: Toulouse'lu Raymond'un Hisn-el-Akrad kalesini eline geçirmesi.
- 14 Şubat - 13 Mayıs: Toulouse'lu Raymond'un Haçlı ordusunun Akka kalesini başarısız şekilde kuşatması
- 17 Şubat: Haçlı ordusunun Tartus şehrini eline geçirip talan etmesi.
- 2 Mart: Godefroi de Bouillon'un Jabala kalesine başarısız hücumu.
- 16 Mayıs: Haçlı ordusu hücum etmeden Trablusşam şehri etrafından geçmesi.
- 26-29 Mayıs: Haçlı ordusunun Kasariya önünde yürüyüşüne 3 gün mola verip dinlenmesi.
- 1 Haziran: Haçlı ordusunun Arsuf şehrini eline geçirmesi. Haçlı ordusunun doğuya dönerek Ramalah ve Kudüs yönüne yönelmesi.
- 1 Hazi