le beraber Trablusgarp kıyıları ele geçirildi. 1560 yılında Kuzey Afrika'da Habsburg hakimiyetini pekiştirmek için, çok sayıda savaş gemisinden oluşan bir haçlı donanması oluşturuldu. Haçlı donanması Cerbe Adası'nı ablukaya aldı ve kale ele geçirildi, fakat Piyale Paşa beklenenden oldukça erken geldi ve 9 Mayıs 1560 tarihinde muharebe başladı. Muharebede Haçlı donanması hisar ile Osmanlı donanması arasında düzen almıştı, Osmanlı donanmasının düzeni ise yarım ay şeklinde idi. Osmanlı donanması Haçlı savaş düzenini parçalamayı başardı, deniz muharebesi sürerken Haçlı donanması komutanı Giovanni Andrea Doria kaçtı; Osmanlı donanması galip geldi ve Temmuz ayında Cerbe kalesi de ele geçirildi. Kalenin fethinden sonra İspanyol komutan Don Alvaro de Sande esir alındı. 26 veya 27 Eylül 1560 tarihinde Osmanlı donanması İstanbul'a geldi ve sevinç gösterileriyle karşılandı.

I. Süleyman saltanatının son zamanlarında, 1565 yılında Malta'ya Osmanlı deniz taarruzu başladı. 29 Mart 1565'te yaklaşık 180 parçadan oluşan Osmanlı donanması cephane yüklemelerini tamamladı ve denize açıldı.. Osmanlı donanması Malta'ya ulaştığında adada Avrupa'nın farklı yerlerinden gelmiş askerler ve şövalyeler bulunuyordu. Karaya asker çıkarıldı ve kuşatma başladı, fakat bir şarapnel parçası Turgut Reis'i başından yaraladı ve Turgut Reis öldü. Saint Elmo kalesi ele geçirildiyse de diğer büyük kaleler ele geçirilemedi (St. Michaeld ve St. Anj kaleleri), bu arada Sicilya Krallığı - Napoli Krallığı ve Papalık Devleti bir donanma oluşturup yardıma yollamıştı, Eylül ayında Osmanlı donanması askerlerini toplayarak geri çekildi ve kuşatma böylece başarısızlıkla sonuçlandı. Osmanlılar 30.000 kadar asker kaybederken, Malta ve müttefikleri ise yaklaşık 7.000 kayıp vermişti. Malta yenilgisinin ardından 1566 yılında Ceneviz kontrolündeki Sakız Adası, Piyale Paşa tarafından kan dökülmeden zaptedildi ve böylece Ege Denizi'ndeki Ceneviz varlığı sona erdi. Yeni padişah II. Selim, önceki padişahlara nazaran zayıf ve silik bir padişah idi. Venediklilerin korsanlık yapması üzerine 1570 yılında Osmanlı donanması hazırlıklarını tamamlayarak Kıbrıs'ı ele geçirdi. Kıbrıs'tan sonra Osmanlı donanması hezimete uğradı, İnebahtı Deniz Savaşı'na Osmanlı donanması ile Haçlı donanması karşı karşıya geldi ve çok sayıda kayıp verildi. Muharebeyi hangi tarafın kazandığı hakkında şüpheler vardır. Osmanlı Devleti, bu kayıpları telafi edebildi ve Osmanlı donanması yeniden denizlere açıldı, fakat İnebahtı'daki asker kayıpları ciddi bir eksiklik teşkil etti. 1574 yılında Tunus, Kaptan-ı Derya Kılıç Ali Paşa tarafından ele geçirildi ve Akdeniz'deki Osmanlı kontrolü güçlendi.

1515 yılında Portekiz Krallığı, Hürmüz Adası'nı ele geçirdi ve Müslümanların ticaret gemilerine karşı korsanlık yapmaya başladı. Portekizliler, Hicaz'ı tehdit etmekteydi; 1517 yılında Selman Reis komutasında Cidde kenti savunuldu. Hadım Süleyman Paşa, Aden'in ve Yemen'in ilhak edilerek Portekiz tehlikesinin savuşturulabileceğini bildirdi ve kuvvetli bir donanmanın hazırlanması için I. Süleyman'dan izin aldı. Bölgenin önceki hakimi Memluk Devleti, ormanların yokluğu sebebiyle kuvvetli bir donanma kuramamıştı. Ancak Osmanlı Devleti'nin özellikle Anadolu'da geniş ormanları vardı, buradan getirilecek kereste ile Süveyş'te bir donanmanın kurulması emredildi. 1525 yılında Süveyş'te bir deniz üssü kuruldu ve 1530 - 31 arasında 60 adet geminin getirdiği malzemeler ile yaklaşık 80 gemiden oluşan bir donanma oluşturuldu. Bu arada Hadım Süleyman Paşa, Safevi Devleti'ne karşı savaşmak üzere doğuya gitmişti. 1536 yılında Gucerat Sultanlığı'ndan üç gemilik bir elçi filosu geldi, değerli eşyalar getiren elçiler, Portekiz'e karşı Osmanlı Devleti'nden yardım istedi. Yeni gemiler inşa edildi ve donanmanın eksikleri giderildi; donanmada 800 Hristiyan asker mevcut idi. 13 Haziran 1538 tarihinde 20.000 asker ile sefere çıkıldı. Süleyman Paşa'nın donanması 85 adet gemiden oluşuyordu. Bu arada Portekizlilerin istihbarat için gönderdiği iki gemi ele geçirilmişti. Yine de Portekiz Krallığı, Osmanlı donanmasının planını öğrenmişti ve Hint Okyanusu'nda önlemler almışlardı. Hadım Süleyman Paşa, 3 Ağustos'ta Aden önlerine geldi ve kent zaptedildi. Selman Reis'in eski kölesi Hoca Sefer artık bir vali idi, Hoca Sefer, Hindistan'da müttefikler buldu ve Diu kalesi kuşatıldı. Fakat Hoca Sefer yaralandı, bu arada Osmanlı donanması savaş düzeninde yaklaşmakta idi ve durumu Portekizliler öğrendi. 4 Eylül 1538 tarihinde donanma, Diu önlerine demirledi. 4 Eylül'e kadar birçok gemi fırtınalar sebebiyle kaybolmuş ve donanma güç kaybetmişti. Süleyman Paşa, kaleyi 700 askerin savunduğunu öğrendi; bunun üzerine herhangi bir deniz savaşı yapılmadan kaleye taarruz edilmesi kararlaştırıldı. Bir Portekiz gemisi limandan ayrıldı, Osmanlı gemileri yetişemedi ve gemi Goa'ya giderek Osmanlı donanmasının geldiğini haber verdi. Diu kıyılarına 700 yeniçeri çıkarıldı, yeniçerilerin bölge halkına olan disiplinsiz davranışları neticesinde Hint müttefikler Osmanlı kuvvetlerinin yanından ayrıldı. Olayın tanıklarına göre yeniçeriler, kendilerini sevinçle karşılayan Hintlerin evlerini yağmalamış ve kadınlara tecavüz etmişti; Hint müttefik ordusunun komutanı Ali Can, askerlerin gözü önünde sakalları çekilerek küçük düşürülmüştü. Ali Can, tüm Hint ordularını Osmanlı ordusunun yanından geri çekti ve Osmanlı ordusuna yiyecek yardımı kesildi. Diğer Hint hükümdarlıkları da yardım etmedi. Bölgede yalnız kalan Osmanlı ordusu, 10 Eylül'de taarruza geçti. Hoca Sefer, iki gemiyi birbirine sabitleyerek üzerine bir kule inşa ettirdi. Kulenin içi barut doluydu, plana göre gemiler kıyıya yanaşacak ve bu kule ile Portekiz kalesi tahrip olacaktı. Fakat Portekizliler bu kuleyi gece karanlığında yaktı. Yapılan taarruzlara rağmen kale düşmedi, 2 Kasım'da askerler gemilere geri döndü ve yaralılar karada terk edildi; kuşatma sona erdi. Hoca Sefer'in birlikleri de bundan dört gün sonra geri çekildi ve savaş fiilen sona erdi. Görüş ayrılıkları sebebiyle Portekiz donanması taarruz etmedi ve bir deniz savaşı yaşanmadı. Dönüş yolunda beş Osmanlı gemisi battı, Portekizli esirler öldürüldü. 1547 yılında Süveyş donanmasının başına Piri Reis atandı, Aden, Ali bin Süleyman el Tavlaki adındaki Arap şeyhin isyanı sonucu elden çıkmıştı. 29 Ekim 1547 tarihinde Piri Reis, donanması ile Aden'de kontrolü sağlamak üzere denize açıldı; kale denizden donanma ile, karadan da sancakbeyi Kasım tarafından kuşatıldı. Yakınlarda bulunan Portekiz gemileri kaçtı, kuşatma sonucunda kale ele geçirildi. I. Süleyman, Piri Reis'in Portekizliler farketmeden Basra'ya geçmesini, orada donanmasına asker ve gemi takviyesi yaparak Hürmüz adasını fethetmesini emretti. Fakat Piri Reis harekatın gizli kalmasını başaramadığı gibi yeterince takviye de almadı, 1552 yılında yapılan kuşatma başarısız oldu ve Piri Reis idam edildi. İdamı hakkında çeşitli iddialar vardır, Portekizlilerden rüşvet aldığı için idam edildiği bu iddialar arasındadır. 1554 yılında Seydi Ali Reis komutasındaki Osmanlı donanması, Portekiz donanmasını yendi. Fakat gelen yeni Portekiz saldırıları karşısında donanma yıprandı, Ali Reis elinde kalan birkaç gemi ile Gucerat Sultanlığı'na sığındı ve 1556'da İstanbul'a döndü. Bu seferlerin ardından Sumatra'daki Açe Sultanlığı, Osmanlı Devleti'nden yardım istedi. Açe sultanı Alâeddin'in mektubu İstanbul'a ulaştığında I. Süleyman ölmüştü, yerine geçen yeni padişah II. Selim bu isteği olumlu cevapladı ve Osmanlı denizcileri, Sumatralıları eğitmeye başladı. Osmanlı donanması Hint Okyanusu'nda kesin hakimiyet kuramadı, ancak Müslümanların Portekizlilere karşı direnmesine olanak sağladı.

Duraklama döneminden itibaren Osmanlı donanmasına verilen önem azaldı. Bu dönemde Osmanlı Devleti'nin kara ve deniz gücü zayıflamaya başladı. Sokollu Mehmet Paşa'nın çabalarına rağmen Don-Volga Kanal Projesi başarısız oldu, bu da Osmanlı donanmasının Rusya içlerine kadar müdahale edebilmesini engelledi. Kaptan-ı Derya Kılıç Ali Paşa'nın 1587'deki ölümüne kadar Akdeniz'deki Osmanlı kontrolü güçlükle de olsa devam edebildi. Bu arada dünya deniz ticareti okyanuslarda ağırlık kazandı ve Osmanlı bütçesi açık verdi. Rus Çarlığı, Hazar Gölü'ne kadar gelmişti ve bu sebeple orada da Osmanlı donanması kuruldu. Osmanlı donanması ağırlıklı olarak kadırgalardan oluşuyordu, ancak yüz yıldan uzun zaman sonra Mezomorto Hüseyin Paşa döneminde kalyonlara gereken önem verilebildi. 1580 yılında İspanyol İmparatorluğu'nun Portekiz'i işgal etmesi üzerine Hint Okyanusu'nda seferler yapıldı, 1585 yılında Emir Ali Bey komutasındaki Osmanlı donanması Mombasa'ya kadar ilerledi. 1589'da Osmanlılar tekrar sefere çıktı, fakat Kenya'daki bazı kabilelerin Portekiz'i desteklemesi ve Portekiz donanmasının geri dönmesi üzerine başarısız olundu.

1593-1606 Osmanlı-Avusturya Savaşı'nda Osmanlı donanmasının faaliyetleri hakkında kaynak bulunamamaktadır, ancak Osmanlı ordusunun Tuna Nehri'ni geçerken ince donanmadan yararlandığı biliniyor. 1609 yılında donanma Akdeniz'e açıldı, Malta - Floransa birleşik donanmasının Mısır'ın deniz yolunu abluka altına alması üzerine Kıbrıs'a yönelen Osmanlı donanması, burada Malta - Floransa donanmasını takibe aldı ve muharebe başladı, birleşik donanmada Türklerin "Kara Cehennem" dediği büyük bir kalyon da bulunuyordu. Muharebede "Kara Cehennem" ve birkaç kalyon kontrol altına alındı, yaklaşık 160 adet top ve 2000 kadar tüfek ele geçirilmiş, 500 denizci de esir edilmişti. Kabe'nin onarılması için İstanbul'dan gönderilen malzemeler deniz yoluyla Mısır'a gitmekte idi, bu gemiler Osmanlı donanması tarafından korundu. 1613 yılında Osmanlı donanması, İspanyol donanmasına karşı yenildi ve yedi kadırga kaybedildi, Floransa donanması Silifke'yi vurdu. 6 Temmuz 1614 tarihinde Osmanlı donanması, Malta önlerine geldi ve çıkarma yapıldı. Osmanlı askerleri, üzerlerine gelen süvari ve piyade kuvvetlerini yendi, Malta başarıyla yağmalandı ve ganimetler yüklenerek geri dönüldü. Aynı yıl, Kazaklar, Karadeniz'de bir Osmanlı liman kenti olan Sinop'a baskın yaptı ve şehir