g deplasmanında, biri penaltıdan olmak üzere iki gol attı. 9 Aralık'taki Manchester derbisini United 2-3 kazanırken, takımın iki golü kendisinden geldi. Bu gollerle Rooney hem Premier League'de 150 gole ulaştı hem de 10 golle derbi tarihindeki en golcü isimler olan Joe Hayes ve Francis Lee'nin bu unvanına ortak oldu. 15 Aralık'taki 3-1 kazandıkları Sunderland karşılaşmasında da takımının üçüncü golünü atan Rooney, 25 Aralık'ta yaptığı antrenman sırasında dizinden bir sakatlık yaşadı. Sakatlığı sebebiyle sezonun ilk yarısının kalan kısmında forma giyemeyen oyuncu, sezonun ilk yarısını altısı ligde biri Şampiyonlar Ligi'nde olmak üzere yedi golle tamamladı.

16 Ocak 2013'teki West Ham United ile oynanan FA Cup maçıyla birlikte sakatlığını atlattıktan sonra ilk kez sahada yer aldı. Bu mücadelede gerçekleştirdiği penaltı vuruşunu gole çeviremese de maçtaki tek gol kendisinden gelmişti. Fulham ile 27 Ocak'ta oynadıkları ve 4-1 kazandıkları FA Cup mücadelesinde de rakip kaleye bir gol gönderdi. 30 Ocak'ta Southampton'u ağırlayan United, 0-1 geriye düştüğü maçtan Rooney'den gelen iki golle 2-1'lik galibiyetle ayrıldı. United, 2 Şubat'taki Fulham deplasmanında da Rooney'nin golüyle 0-1 galip geldi. Tam bir ay sonra, 2 Mart'taki 4-0'lık Norwich City mücadelesinde bir gol atan Rooney, 10 Mart'ta Chelsea ile oynanan 2-2'lik FA Cup ve 16 Mart'ta Reading ile oynanan 1-0'lık lig maçlarında da birer gol kaydetti. Reading maçıyla birlikte 2013 yılında Old Trafford'da oynadığı 8 maçta 7 gol atma başarısı gösteren oyuncu, bu sezon oynamış olduğu 21 lig lig maçında attığı 12 gol ve yaptığı 9 asistle takımının kaydettiği 21 gole direkt olarak katkıda bulundu. Rooney'nin, United'ın Premier League şampiyonluğuna ulaşıp şampiyonlar kupasını kaldırdığı 2 Mayıs'taki Swansea City maçının kadrosuna alınmamasının gerekçesini teknik direktör Ferguson, Rooney'nin kulüpten ayrılmak istemesi olarak açıkladı. Öte yandan bu şampiyonluk Rooney'nin Premier League şampiyonluğu idi. Sezonun geri kalanında United formasıyla gol atamayan Rooney, sezon genelinde 37 maça çıkarken 16 gol atmayı başardı.

2012-13 sezonu sonunda United'ın teknik direktörü Alex Ferguson'un görevinden ayrılmasının ardından takımın teknik direktörlüğüne, Rooney'nin Everton'da oynadığı sıralarda da takımın başında da Everton'ın başında bulunan David Moyes getirildi. 5 Temmuz 2013'te Moyes; Chelsea, Arsenal, Real Madrid ve Paris Saint-Germain'in ilgilendiği Rooney'nin satılmayacağı yönünde açıklamada bulundu. 17 Temmuz'da Chelsea tarafından yapılan açıklamada kulübün Rooney için yaklaşık 20 milyon £ değerinde teklif yaptığı; ancak bu teklifin United tarafından reddedildiği belirtildi. 4 Ağustos günü Chelsea tarafından yapılan 25 milyon £ ve diğer ek ödemelerin yer aldığı teklif de kulüp tarafından reddedildi. Omuzundan yaşadığı sakatlık sebebiyle 11 Ağustos günü Wigan Athletic ile oynanan ve United'ın 2-0 kazandığı FA Community Shield maçında görev alamadı. 17 Ağustos'ta, Swansea City deplasmanında kendisi adına sezonun ilk resmî maçına çıktı. Rooney'nin sonradan dahil olduğu maç United'ın 1-4'lük galibiyetiyle sona erdi. 31 Ağustos günü yapılan antrenmanda takım arkadaşı Phil Jones ile çarpışması sonucunda kafasında bir açılma meydana geldi ve ertesi gün oynanan Liverpool karşılaşmasında oynayamadı. 14 Eylül'de Crystal Palace ile oynanan ve 2-0 sonuçlanan maçta, kendisi adına sezonun ilk golünü serbest vuruştan kaydetti. 17 Eylül'de, takımının Şampiyonlar Ligi'ndeki Alman rakibi Bayer 04 Leverkusen karşısında iki gol attı. United maçı 4-2 kazanırken, Rooney'nin United formasıyla resmî maçlarda attığı gol sayısı ise 200'e ulaşmış ve bu başarıyı elde eden dördüncü oyuncu olmuştu. 22 Eylül'de deplasmanda karşılaştıkları Manchester City maçında da serbest vuruştan bir gol atmasına rağmen maç, City'nin 4-1'lük üstünlüğüyle sona erdi. Bu golle birlikte 10'ar gollü Joe Hayes ve Francis Lee'yi geride bıraktı ve derbi tarihinin en golcü oyuncusu unvanının sahibi oldu. 28 Eylül'deki West Bromwich Albion mücadelesinde attığı golle birlikte son üç lig maçında gol atma başarısı gösterirken, United maçı 1-2 kaybetti. Bacağından yaşadığı sakatlık sebebiyle 2 Ekim günü Şahtar Donetsk ile oynanan Şampiyonlar Ligi karşılaşmasını kaçırdı. 26 Ekim'de United'ın Stoke City ile oynadığı ve 3-2 kazandığı maçta United'ın bir golü Rooney'den geldi. 2 Kasım'daki 1-3'lük Fulham deplasmanında takımının üçüncü golünü attı. 24 Kasım'daki 2-2 sona eren Cardiff City deplasmanının ilk golünü kaydetti. 1 Aralık'ta Tottenham Hotspur ile deplasmanda oynanan ve 2-2 berabere sona eren maçta United'ın iki golünü de atan isim oldu. Bu gollerle Premier League'de attığı gol sayısı 164'e yükselirken, 163 gollü Robbie Fowler'ı geride bırakarak lig tarihinin en golcü beşinci oyuncusu konumuna geldi. Sezonun ilk yarısındaki son golünü ise 26 Aralık'taki 2-3 kazandıkları Hull City mücadelesinde kaydetti. Bu sayede Manchester United formasıyla Premier League'deki 150 golünü atmış ve Arsenal oyuncusu Thierry Henry ile birlikte tek bir takım formasıyla Premier League'de 150 gol atma başarısını gösteren ikinci oyuncu olmuştu.

21 Şubat günü kulübüyle 5,5 yıllık yeni bir sözleşme imzaladı. Bu sözleşmeyle birlikte Rooney, haftalık 300.000 £ alacaktı. 22 Şubat günü, United formasıyla çıktığı 300. Premier League maçı olan ve 0-2 sonuçlanan Crystal Palace maçında takımının ikinci golünü attı. 8 Mart'taki 0-3'lük West Bromwich Albion deplasmanında bir gol kaydetti. 29 Mart'ta, Boleyn Ground'da oynanan ve 2-0 sonuçlanan West Ham United mücadelesindeki gollerin her ikisi de Rooney'den geldi. Bu gollerle birlikte Rooney, 211 gollü Jack Rowley'i geride bırakarak, resmî maçlarda atılan goller göz önüne alındığında kulüp tarihinin en golcü üçüncü oyuncusu konumuna geldi. 29 Mart günü Old Trafford'daki 4-1'lik skorla sona eren Aston Villa galibiyetinde attığı iki golle, iç sahada oynadığı 11 maç sonrasında golle tanıştı. Bu maçtaki golleriyle birlikte aynı zamanda, 170 gollü Frank Lampard'ı geride bırakarak Premier League tarihinin en golcü dördüncü oyuncusu oldu. 26 Nisan'daki 4-0'lık Norwich City karşılaşmasında da teki penaltıdan olmak üzere rakip kalesine iki gol gönderdi. Bu goller kendisinin 2013-14 sezonundaki son golleri olurken, 29 lig maçında attığı 17 golle United adına ligde sezonun en golcü oyuncusu oldu. Toplamda da 40 resmî maça çıkmış ve bu maçlarda attığı 19 golle takımının en golcü ismi olmuştu. Öte yandan Rooney, URFA Şampiyonlar Ligi'nde yaptığı 8 asistle turnuvayı asist lideri olarak tamamladı.

2014-15 sezonu başında takım kaptanı Nemanja Vidić'in takımdan ayrılmasının ardından yeni teknik direktör Louis van Gaal, kaptanlık görevine Rooney'nin getirildiği açıkladı. Premier League'in 2014-15 sezonunun açılış günü olan 16 Ağustos'ta, Old Trafford'da Swansea City ile oynanan maçta attığı röveşata golüyle skoru 1-1'e getirse de United maçı 1-2 kaybetti. 14 Eylül'de iç sahada Queens Park Rangers ile oynadıkları ve 4-0 kazanarak ligdeki ilk galibiyetlerini aldıkları karşılaşmada United'ın 3. golü Rooney'den geldi. 27 Eylül günü oynanan ve United'ın 2-1'lik galibiyetiyle sonuçlanan West Ham United mücadelesinde durumu 1-0'a getiren golü attı. Bu gol onun Premier League'teki 176. golü olurken, 175 golü Thierry Henry'yi geride bırakarak lig tarihinin en golcü üçüncü ismi oldu. Öte yandan oyun esnasında rakibi Stewart Downing'e yaptığı müdahale sonrasında kırmızı kart gördü ve üç maçlık ceza aldı. 22 Kasım'daki 1-2 kazandıkları Arsenal deplasmanında skoru 0-2'ye getiren golü attı. Sırasıyla 29 Kasım ve 14 Aralık'taki 3-0'lık Hull City ve Liverpool galibiyetlerinde de takımı adına birer gol kaydeden Rooney, 26 Aralık'ta Newcastle United karşısında aldıkları 3-1'lik galibiyette 2014-15 sezonunda United formasıyla ilk kez bir maçta iki gol birden attı. Gösterdiği performans sonucunda Aralık ayında Manchester United'da Ayın Futbolcusu seçildi. Öte yandan van Gaal'in göreve gelmesi sonrasında Rooney, zaman zaman orta sahada da görev almaya başlamıştı.

16 Şubat 2015'te Preston North End ile oynadıkları FA Cup maçında girdiği pozisyonda ceza alanı içerisinde yerde kalarak takımına kazandırdığı penaltı vuruşunu gole çevirerek 3-1'lik skorla galip geldikleri maçın son golünü, kendi adına ise 2015'in ilk golünü kaydetti. Maçın ardından penaltı pozisyonunda rakibin müdahalesi olmadan kendisini yere attığı yönünde gelen eleştirilerle ilgili olarak İngiltere millî takımı teknik direktörü Roy Hodgson, Rooney'yi savundu ve bu şekilde hakemi aldatmaya yönelik bir hareket yapmaya zorlandığını dile getirdi. Rooney ise davranışı için özür dileyerek "Pozisyon, takımıma penaltı kazandırmak için bir fırsattı. Bunu kullanmak zorundaydım." yönünde bir söylemde bulundu. 28 Şubat'ta Sunderland ile oynanan lig maçında, teki penaltıdan olmak üzere attığı gollerle takımına 2-0'lık galibiyeti getirdi. Bu gollerle aynı zamanda, Premier League tarihinde 11 sezon boyunca 10 gol barajını geçen ilk futbolcu oldu. 9 Mart'ta Arsenal ile oynanan FA CUP karşılaşmasında takımı geriye düşse de attığı golle beraberliği yakaladı; ancak maçı 2-1 kaybeden United kupadan elenen taraf oldu. United'ın 3-0 kazandığı 15 Mart'taki Tottenham Hotspur ve 3-1 kazandığı 4 Nisan'daki Aston Villa karşılaşmalarında takımının üçüncü gollerini kaydetti.

2014-15 sezonunda ligde attığı 12, toplamda ise attığı 14 golle her iki kulvarda da takımın en golcü oyuncusu olsa da, toplam gol sayısı göz önüne alındığında 1981-82 sezonundan beri bu başarıyı en az gol atarak elde eden isimdi. Toplam gol sayısı bakımından ise United kariyerindeki en düşük istatistik yakaladığı sezonu geride bıraktı.

26 Ağustos 2015'te, Belçika ekibi Club Brugge ile deplasmanda oynanan ve 0-4 sonuçlanan Şampiyonlar Ligi play off turu ikinci maçında, turnuva tarihindeki hat trick'ini yaparak kendisi adına sezonun ilk gollerini kaydetti. 23 Eylül'de, Ipswixh Town'u 3-0 yendikleri Football League Cup maçının ilk golü Rooney'den geldi. 26 Eylül'deki Sunderland karşısında alınan 3-0'lık galibiyette United'ın ikinci golü