Exeter City deplasmanında alınan 0-2'lik galibiyette, yeni takımıyla FA Cup'taki ilk golünü kaydetti. 26 Şubat'ta Portsmouth ile oynanan maçta 2 gol atarak takımını 2-1'lik galibiyete taşıdı. Ligde oynadığı 24 maçta attığı 11 golle United'ın en golcü futbolcusu olarak takımın 77 puanla ligi 3. sırada bitirmesinde önemli rol oynayan Rooney, toplamda ise oynadığı 43 maçta 17 gol kaydederek takımın en golcü oyuncusu oldu. Sezon sonunda ise İngiltere'de Yılın Genç Futbolcusu ödülünün sahibi oldu.

Sezonun ilk maçına 9 Ağustos 2005'te, Şampiyonlar Ligi üçüncü eleme turunda Debreceni karşısında çıkan Rooney, 3-0 biten maçta 1 gol atarak sezona golle başladı. İkinci maçına ise 13 Ağustos 2005'te, Premier League mücadelesinde eski kulübü Everton'a karşı çıktı. Bu maçta da 1 gol atan Rooney, takımının 2-0'lık galibiyetinde pay sahibi oldu. Football League Cup finalinde Wigan Athletic karşısında alınan 4-0'lık galibiyetle kariyerindeki ilk kupayı kazandı. Rooney, bu maçta gösterdiği performans ve attığı iki golle maçın adamı seçildi. Premier League'de ise ikincilik elde ederken, forma giydiği 36 maçta 16 gol kaydetti ve Thierry Henry'nin kazandığı gol krallığı yarışını Frank Lampard ve Robbie Keane'in ardından 4. sırada tamamladı. Aralık ve Mart aylarında ise Premier League Ayın Futbolcusu seçildi.

Nisan sonlarına doğru, Şampiyonlar Ligi'nde toplamda 8-3 kazanılan Roma ile AC Milan'la oynanan ve 3-2 kazanılan yarı final maçında ikişer gol kaydetti. Bu gollerle birlikte Rooney, sezonu toplamda 23 golle tamamladı ve takım arkadaşı Cristiano Ronaldo ile birlikte takımın en golcü oyuncusu oldu.

4 Ağustos 2006'da, Amsterdam Turnuvası kapsamında Porto ile yapılan maçta Pepe'ye dirsek attığı gerekçesiyle kırmızı kart görerek oyundan atıldı. Hakem Ruud Bossen'in, Futbol Federasyonu'na yazdığı 23 sayfalık rapor üzerine Rooney'e üç maçlık ceza verildi. Bunun üzerine Rooney; federasyona, cezasında indirim uygulanmasını isteyen bir mektup yazdı. Mektubunda federasyonu; isteğinin yerine getirilmemesi sonucunda kendisinin görüntü haklarını kullanmasına izin vermeyeceğini ve bundan böyle federasyonun ticari ortağı olmaktan da vazgeçeceği şeklinde tehdit etti. Fakat federasyon, Rooney'nin isteğini, böyle bir yetkisi bulunmaması gerekçesiyle reddetti.

Lige iyi bir başlangıç yapan Rooney, ilk maçına 20 Ağustos 2006'da Fulham karşısında çıktı. 5-1 biten maçta 2 gol kaydetti. 17 Ekim'de København ile yapılan Şampiyonlar Ligi maçında, kulüp tarihinin en genç kaptanı olarak sahaya çıktı. Sonraki 8 maç boyunca gol atamayan Rooney, suskunluğunu 28 Ekim 2006'deki Bolton Wanderers maçında bozdu. 4-0 biten maçta 3 gol atarak galibiyette büyük pay sahibi oldu. Yaklaşık 1 ay kadar sonra, kulübüyle olan sözleşmesini 2012'ye kadar uzattı. 21 Ocak'taki Arsenal maçıyla birlikte iyi bir seri yakaladı ve 7 maçlık suskunluğun ardından Arsenal, Portsmouth, Watford maçlarında toplamda dört gol kaydetti. Yine 7 maç boyunca golle tanışamayan Rooney, 10 Mart'tan 28 Nisan'a kadar oynadığı 12 maçta 11 gol kaydederek yükselişini sürdürdü.

Sezonu Chesea'nin önünde 6 puan önünde, birinci sırada bitiren United ligde şampiyonluğa ulaşırken Rooney de ilk Premier League şampiyonluğunu elde etti. FA Cup'ta ise finale kadar yükselmeyi başaran United, burada karşılaştığı Chelsea'ye 1-0 yenildi ve turnuvayı ikincilikle tamamladı.

Kulübün sezon başında yaptığı açıklamayla, Ruud van Nistelrooy'un Real Madrid'e transfer olmasıyla boşta kalan 10 numaralı formanın Rooney'ye verileceğini belirtildi. Rooney 28 Haziran 2007'de, eski United futbolcusu Denis Law'ın 10 numaralı formasıyla basının karşısına çıktı.

12 Ağustos 2007'de, Reading ile oynanan ve golsüz sona eren Premier League'in ilk hafta maçında; sol ayak tarak kemiği kırıldı. Aynı sakatlığı daha önce, 2004'te de yaşayan Rooney, altı hafta sahalardan uzak kaldı. 19 Eylül'de, Sporting ile oynanan ve 1-0'lık United galibiyetiyle sona eren Şampiyonlar Ligi maçında forma giydi. Roma ile oynanan ve 1-0 biten maçta takımın tek golünü kaydeden Rooney, sonrasında oynadığı 7 maçta 7 gol atmayı başardı. Ancak sahalara dönmesinden 1 ay kadar sonra, 9 Kasım günü yapılan antrenman sırasında ayak bileğinden sakatlandı ve 1 ay daha takımını yalnız bıraktı. Sakatlığı geçtikten sonraki ilk maçına 3 Aralık'ta, Fulham karşısında çıktı. Ev sahibi United'ın 4-1 kazandığı karşılaşmada 70 dakika sahada kaldı. 4-0 biten Sunderland, 2-0 biten Aston Villa ve Reading maçlarında birer gol kaydetti. 23 Şubat'taki Newcastle United maçında Cristiano Ronaldo ile birlikte 2 gol atarak takımının aldığı 5-1'lik galibiyette takımını sırtlayan isimlerden oldu. Toplamda 10 maçı sakatlık sebebiyle kaçıran Rooney, oynadığı 39 maçta; 12'si ligde olmak üzere 18 gol kaydetti. Hem ligde hem de Şampiyonlar Ligi'nde şampiyonluk sevinci yaşayan United ise her iki kulvarda da rakibi Chelsea'yi saf dışı bıraktı.

5 Ekim 2008'de Blackburn'e karşı oynadığı maçla beraber Rooney, Premier League'de 200 kere forma giyen en genç oyuncu olarak tarihe geçti. 14 Ocak'ta, oyunun 54. saniyesinde Wigan Athletic'e gol attığı maçın 8. dakikasında dizinden sakatlık yaşadı ve 3 hafta sahalardan uzak kaldı. Bu sakatlık nedeniyle 4 Premier League, 1 Football League Cup ve 1 FA Cup maçında görev alamadı.

Aralık ayında, kulübüyle birlikte FIFA Kulüpler Dünya Kupası'nı kazanan Rooney, turnuvayı üç golle gol kralı olarak bitirdi ve turnuvanın en iyi oyuncusu ödülünü kazandı. 25 Nisan 2009'da, ilk yarısını 2-0 mağlup kapattıkları Tottenham Hotspur maçından 5-2 galip gelen United'da Rooney; 2 gol atıp, 2 de asist yaptı. Sezonu toplamda 20 golle tamamlayan oyuncu, bir önceki sezonda olduğu gibi 26 gollü Cristiano Ronaldo'nun ardından takımının en golcü ikinci ismi oldu.

2009'da sponsor gelirleri dahil yaklaşık 18 milyon dolar kazanan Rooney, dünyanın en çok kazanan futbolcuları listesinde 8. sırada yer aldı.

Chelsea ile oynanan 2009 FA Community Shield karşılaşmasının 90. dakikasında karşısında attığı golle takımına beraberliği getiren Rooney, sezona golle başladı. Seri penaltı atışlarının şampiyonu belirlediği mücadeleyi kaybeden United, ikincilikle yetinmek zorunda kaldı. Premier League'in açılış maçında Birmingham City karşısında kaydettiği golle United formasıyla çıktığı resmî maçlardaki 99. golüne ulaştı. 22 Ağustos 2009'da, 5-0 biten Wigan Athletic maçında 2 gol atarak, Manchester United formasıyla 100 gol barajını geçen 20. oyuncu oldu.
29 Ağustos 2009'da, Old Trafford'daki Arsenal maçında, Andrey Arşavin'in attığı ve takımını 1-0 öne geçiren gole karşılık penaltıdan kaydettiği golle maçta beraberliği sağladı. Abou Diaby'nin de kendi kalesine attığı golle maç, United'ın 2-1'lik galibiyetiyle bitti. Maçtan beş gün sonra yaptığı basın açıklamasında Rooney; "Beni seyreden herkes bilir ki ben dürüst bir oyuncuyum. Oyunu olabildiği kadar dürüst oynarım. Eğer hakem penaltı verirse, yapabileceğiniz bir şey yoktur." şeklinde hakemin penaltı kararını yorumladı. 28 Kasım 2009'da, 4-1 biten Portsmouth maçında üç yıl aradan sonra -ikisi penaltıdan olmak üzere- ilk kez hat trick yaptı. 27 Aralık 2009'da, Hull City maçında attığı gol ve yaptığı asistle maçın adamı seçildi. Öte yandan Hull City'nin penaltıdan attığı gole sebebiyet veren oyuncu, Andy Dawson'a yaptığı baskı sonucunda kendi kalesine gol atmaya zorladı. 30 Aralık 2009'da, Hull maçından üç gün sonra, 5–0 biten ve yılın son maçı olma niteliği taşıyan Wigan Athletic maçında bir gol kaydetti.

23 Ocak 2010'da, 4-0 kazanılan Hull City maçında, üçü son 10 dakikada olmak üzere atılan gollerin tamamı Rooney'den geldi. Bu maç, Rooney'nin dört gol birden attığı ilk maç olarak tarihe geçti. 27 Ocak 2010'daki Manchester City maçının 2. duraklama dakikasında attığı golle takımının, iki ayaklı olan aşamayı toplamda 4-3 kazanmasını ve Football League Cup finalinde oynamaya hak kazanmasını sağladı. 31 Ocak 2010'da, tıpkı Premier League'deki ilk golü gibi, ligdeki 100. golünü de 3-1 biten Arsenal maçında kaydetti. 16 Şubat 2010'da,Milan'a attığı iki kafa golüyle maçın 3-2 kazanılmasını sağladı. Bu gollerle Rooney, Şampiyonlar Ligi'nin 2009-10 sezonundaki ilk gollerini kaydederken, United'ın Giuseppe Meazza Stadyumu'ndaki ilk Milan galibiyetine ulaşmasını sağladı. 28 Şubat'ta oynanan Football League Cup finalinde Aston Villa'ya attığı golle maçın 2-1 bitmesini ve takımının şampiyonluğa ulaşmasında önemli rol oynadı. Milan ile oynanan ikinci maçı da 4-0'lık skorla takımı adına iki gol atan Rooney, sezon genelinde toplamda 30 gole ulaştı. Avrupa kupası maçından beş gün sonra oynanan ve 3-0 kazanılan Fulham maçında gollerine ikisini daha ekledi.

30 Mart 2010'da, Bayern München ile yapılan Şampiyonlar Ligi çeyrek final ilk maçının son dakikalarında Mario Gómez ile girdiği ikili mücadele sonucu ayak bileği burkuldu. Bağlarında önemli bir yırtık olmasından, hatta ayak bileğinin kırılmış olabileceğinden endişelenilse de, ayak bağlarında ufak bir zedelenme olduğu ve 2-3 hafta sonra yeniden sahalara dönebileceği söylendi. Ligde şampiyonluk yarışında olunan Chelsea ve ertesi haftaki Bayern München ile oynanan Şampiyonlar Ligi çeyrek finalinin ikinci maçında forma giyemeyeceği açıklansa da Bayern München maçına ilk on birde başladı. 41. dakika itibarıyla 3-0 önde olan United, bu dakikadan sonra kalesinde bir gol görürken, kalesinde 2 gol birden görmesi üzerine, sakatlığı nükseden Rooney oyundan alındı. Maçı 3-2 kazanan United, Rafael'in de kırmızı kart görüp oyundan ihraç edilmesiyle on kişi kaldı. İkinci golü de bulan Münih, deplasman golü kuralı sebebiyle United'ı kupadan elerken; sakatlığı nükseden Rooney oyundan alınmak zorunda kaldı. Sezon boyunca 44 resmî maça çıkan ve 34 gol atmayı başaran Rooney 25 Nisan'da, İngiltere'de Yılın Futbolcusu seçildi.

8 Ağustos 2010'da Chelsea ile yapılan FA Community Shield maçında ilk yarı boyunca forma giydi. Maçı 3-1 kazanan United kupanın sahibi olurken Rooney de sezona kupayla başlamış oldu. Ligdeki ilk iki maçında görev almasına rağmen golle tanışamayan oyuncu, 28 Ağustos'ta West Ham United ile oynanan ve 3-0 bite