1977'de Münih'te oynanan Borussia Mönchengladbach maçı ile Bayern'e veda etti. 2-2 biten maçta, 90. dakikada Münih'in ikinci golünün asistini yapmıştı.

1977'de özel sebeplerden ötürü Amerikan ekibi New York Cosmos'a transfer olduğunu açıkladı. Bu nedenler arasında eşinden ayrıldıktan sonra, Alman BILD gazetesi yazarlarından biri ile beraber olması bulunuyordu.

Ünlü futbolcu Pele'nin futbolcu bırakmasından sonra, Carlos Alberto Torres ile birlikte takıma transfer edildi. İlk sezonunda 15 maçta forma giydi ve 4 gol 5 asistlik performans gösterdi. Cosmos, sezonu 5 sene sonra şampiyonlukla kapadı. Beckenbauer ligin en değerli futbolcusu ödülünü kazandı. Cosmos aynı başarıyı 1978'de tekrarladı. 1979'da doğu konferansı şampiyonu olsalar da play-off'larda elendiler. 1980'de bir kez daha şampiyonluğa uzandılar.

1983'te Cosmos'a geri dönen Beckenbauer, 25 maçta 2 gol 10 asist ile oynayıp doğu konferansı liderliğine yardım etti ancak çeyrek finalde elendiler. Bu turnuvadan sonra aktif futbolu bıraktı.

1980-81 sezonu öncesinde Beckenbauer, Bundesliga'ya dönme kararı aldı ve Kasım ayında Hamburg'a transfer oldu. Bu transferde Bayern'de beraber çalıştığı Branko Zebec'in Hamburg'un başında olmasının büyük etkisi vardı. Hamburg ile Beckenbauer'in eksi takımı Bayern Münih arasında geçen şampiyonluk yarışında gülen taraf Bayern olmuştu.

1981-82, Beckenbauer'in son Bundesliga sezonu oldu. 10 lig maçında forma giyen futbolcu kariyerinde son kez Bundesliga şampiyonluğu yaşadı. Ayrıca UEFA Kupası'nda da 5 maçta mücadele edip Hamburg'un ikinci olmasına yardım etti.

Beckenbauer, ilk kez millî takım formasını 8 Mart 1964 tarihinde Lörrach'ta İsviçre karşısında Almanya genç millî takımda giydi. Almanya maçı 2-1 kazanırken 2 gol kaydetti. UEFA Gençler Turnuvası'nda iki grup maçında da forma giyip bir gol kaydetti.

10 Mart 1965'te ise ilk kez Almanya B millî takımı forması giydi. 1 Eylül 1965'te ise ikinci ve son kez Sovyetler Birliği karşısında forma giydi.

26 Eylül 1965'te İsveç ile oynanan FIFA Dünya Kupası eleme maçında ilk kez Almanya millî futbol takımı forması giydi. İlk maçına çıkarken sadece 6 Bundesliga maçı oynamıştı. 2-1'lik galibiyet ile İngiltere'de düzenlenen FIFA Dünya Kupası'na katılma biletini kazandılar. 23 Mart 1966'da Hollanda ile oynanan beşinci millî maçında ilk gollerini attı.

İngiltere'de düzenlenen 1966 FIFA Dünya Kupası'nda Beckenbauer, defansif orta saha olarak oynamasına rağmen turnuvada yıldızlaştı. İsviçre ile oynanan ve 5-0 kazandıkları ilk kupa maçında iki gol kaydetti. Turnuvada ise dört gol ile, gol krallığında üçüncü olan dört futbolcudan biri oldu. İngiltere ile oynanan final maçında, İngilizlerin efsanevi ismi Bobby Charlton ile birebir mücadele etti ve bu nedenle final maçında çok etkili bir mücadele gösteremedi. Aslında Arjantin ve SSCB maçlarında aldığı sarı kartlar nedeniyle finalde oynamaması gerekiyordu, ancak FIFA'nın o dönem uyguladığı karar neticesinde kartların finallere yansımaması sağlanmıştı.

1 Haziran 1968'de Almanya, tarihinde ilk kez İngiltere'yi yendi. 1-0 biten maçın tek golünü Beckenbauer kaydetmişti.

Meksika'da düzenlenen 1970 FIFA Dünya Kupası'nda Beckenbauer, her zaman oynadığı libero pozisyonunda oynayamadı çünkü yerinde Willi Schulz ve Karl-Heinz Schnellinger oynuyordu. Çeyrek finalde İngiltere karşısında 2-0 geriye düşen Almanya'nın ilk golünü kaydetti ve maçı uzatmalarda 3-2 kazandılar. Yarı finalde İtalya ile karşılaştılar. Uzatmalara giden maçta Beckenbauer 111. dakikada omzundan sakatlandı. Ancak Almanya'nın oyuncu değiştirme hakkı bitmişti, bu nedenle omzu sarılı bir şekilde oyuna devam etti. Almanya, İtalya'ya 4-3 yenilerek elendi. Beckenbauer, sakatlığı nedeniyle üçüncülük maçında oynatılmadı. Almanya turnuvayı Dünya üçüncüsü olarak bitirdi.

1971'de teknik adam Helmut Schön tarafından tekrar libero pozisyonuna geçti. 25 Nisan 1971'de İstanbul'da Türkiye ile oynanan maçta ilk kez Almanya kaptanı olarak sahaya çıktı. Aslında Uwe Seeler'ın ardından Wolfgang Overath kaptanlığı devam ettirecekti ancak, Overath'ın sakatlığı nedeniyle Beckenbauer kaptanlığı aldı ve Overath'ın dönüşünden sonra da bu görevi devam ettirdi.

1972 Avrupa Futbol Şampiyonası'nda Almanya liberosu ve kaptanı Beckenbauer'in takımı SSCB'yi finalde 3-0 yenip Avrupa Şampiyonluğunu kazandı. Bu turnuva sonrası Avrupa'nın en iyi futbolcusu ödülünü kazandı. 1970'te Gerd Müller'den sonra bu ödülü kazanan ikinci Alman futbolcu oldu.

24 Kasım 1973'te Stuttgart'ta oynanan ve İspanya'yı 2-1 yendikleri maç ile, 73 maç ile Almanya millî takımının en çok forma giyen ismi oldu. Uwe Seeler'in rekorunu kıran Beckenbauer'in rekoru 20 yıl sonra Lothar Matthaus tarafından kırıldı.

1974'te Beckenbauer, üçüncü kez FIFA Dünya Kupası'na katıldı. 1974 FIFA Dünya Kupası grup maçları çok parlak geçmemiş, Doğu Almanya'ya 1-0 yenilmişlerdi. Ancak daha sonra performanslarını ikinci turda arttırıp sırasıyla Yugoslavya, Polonya ve İsveç'i yenip finale çıktılar. Finalde Hollanda'yı 2-1 yenerek FIFA Dünya Kupası'nı müzelerine götürdüler.

Beckenbauer'in son uluslararası turnuvası 1976 Avrupa Futbol Şampiyonası oldu. Beckenbauer, bir kez daha takımını şampiyona finallerine taşımıştı. Beckenbauer'in 100. millî maçı olan Çekoslovakya karşısında oynanan final maçında penaltılarla şampiyonluğu kaybettiler. Buna rağmen Beckenbauer, turnuva sonrası Avrupa'nın en iyi futbolcusu ödülünü bir kez daha kazandı.

Beckenbauer, millî takımlar ile birlikte dördüncü kez bir uluslararası turnuva finalinde mücadele etmişti. Beckenbauer, iki Avrupa şampiyonası ve iki FIFA Dünya Kupası finalinde oynayan tek Avrupalı futbolcudur. (Fransız millî futbolcular Fabien Barthez, Marcel Desailly, Bixente Lizarazu, Lilian Thuram ve Sylvain Wiltord da dört finalde mücadele etmiş ancak bunların içinde bir ya da iki tane FIFA Konfederasyonlar Kupası finali bulunmaktadır.)

1977'de ABD ekibi New York Cosmos'a transferi millî takım macerasının sonu anlamına geliyordu. 1974 FIFA Dünya Kupası'nda Real Madrid'de oynayan Günter Netzer'in performansından sonra, yurt dışında oynayan futbolcuların iyi çalıştırılmadığı düşünülüyordu. Amerika Ligi'nin de imajı bu yargıyı destekliyordu. Ayrıca Cosmos, Beckenbauer'ı 1978 FIFA Dünya Kupası kadrosuna yollamayacağını açıklamıştı.

Bu nedenle 23 Şubat 1977'de Fransa'ya 1-0 yenildikleri 103. millî maçı Beckenbauer'ın son maçı oldu. 17 Kasım 1993'e kadar en çok forma giyen millî futbolcu unvanını korudu. 12 yıllık millî takım hayatında 103 maçta forma giyip 14 gol kaydetti.

1984 Avrupa Futbol Şampiyonası'nda Almanya'nın başarısızlığı üzerine, şampiyona sonrasında görevden alınan Jupp Derwall'ın yerine Bild gazetesi ve menajeri Robert Schwan'ın tezgahladığı Beckenbauer gazeteye "Hazırım" mesajı verdiği asparagas haberden sonra kamuoyu baskısıyla, antrenörlük lisansı bulunmamasına karşın "Teamchef" yani "Takım Şefi" unvanıyla millî takımın teknik direktörlüğüne getirildi. "Takim Şefi"'ne, bir Bundesliga takımını yönetmekte olan bir yardımcı antrenör eşlik etmek zorundaydı. Bu görevi önce Horst Köppel, sonra da Holger Osieck üstlenmiştir.

Beckenbauer'in millî takım başındaki ilk maçı 12 Eylül 1984'te Düsseldorf'ta oynanan ve Arjantin'e 1-3 yenildikleri maç oldu. Ancak 1986 FIFA Dünya Kupası eleme maçlarında Portekiz, İsveç, Çekoslovakya ve Malta'lı grupta birinci olarak turnvuaya katılma hakkı kazandı. Tek mağlubiyetini, gruptan çıkmayı garantiledikten sonra Portekiz'e karşı aldı.

1986 FIFA Dünya Kupası'na Beckenbauer ile katılan Almanya'dan büyük beklentiler bulunmamaktaydı. İlk turda Danimarka'ya 2-0 yenilen ve iyi maçlar oynamayan takım yine de FIFA Dünya Kupası finaline yükseldi. Finalde Arjantin ile karşılaşan takım, turnuvadaki en iyi maçlarından birini oynayıp, 2-0 geriden durumu 2-2'ye getirse de maçı 3-2 kaybedip Dünya ikincisi oldular.

FIFA Dünya Kupası sırasında, Beckenbauer ile kaleci Uli Stein arasında yaşanan sorunlar da turnuvaya damga vurmuştu. Beckenbauer, turnuvada birinci kaleci olarak Harald Schumacher'i kullanmaya karar vermişti. Stein ise Beckenbauer'in rol aldığı bir çorba reklamına gönderme yaparak "çorbadaki palyaço" yorumunu yaptı. Beckenbauer, Stein'ı açıklamalarından ötürü turnuva devam ederken kadro dışı bırakıp, evine gönderdi.

Almanya'da düzenlenen 1988 Avrupa Futbol Şampiyonası'nda ev sahibi takım, turnuvanın favorilerinden biri olarak gösteriliyordu. Ancak, Almanya turnuvayı kazanacak olan Hollanda'ya 2-1 yenilerek yarı finalde elendiler. Bu galibiyet, Beckenbauer'in de mücadele ettiği 1974 FIFA Dünya Kupası finalinin rövanşı olarak görülüyordu.

Beckenbauer, 1990 FIFA Dünya Kupası elemelerinde zor anlar yaşayıp, turnuvaya katılmayı son maçta Galler'i 2-1 yenerek başarmıştı. Almanya, grupta Hollanda'nın ardından ikinci olmuştu. İtalya'da düzenlenen FIFA Dünya Kupası'nda iki takım turnuvanın ikinci turunda tekrar karşı karşıya geldi. Almanya, bu sefer Euro 1988'in rövanşını alıp, rakiplerini yendi.

Turnuva kadrosuna Beckenbauer, İtalya'da forma giyen Alman futbolcuları tercih edip, Inter futbolcusu Lothar Matthäus'u kaptan yapmıştı. Önceki turnuvalara hep kötü başlayan Almanya, bu sefer Yugoslavya'yı 4-1 yenerek turnuvaya başladı. Beckenbauer, dört sene önceki turnuva gibi takımı yine finale taşıdı ve yine rakip Arjantin'di. Beckenbauer, Arjantin'in yıldızı Diego Maradona'yı tutma görevini Guido Buchwald'a verdi ve başarılı oldu. Almanya'nın tek kale oynadığı maçı, 85. dakikada penaltı ile Andreas Brehme'nin bulduğu golle kazanıp FIFA Dünya Kupası'nın üçüncü kez sahibi oldular. Franz Beckenbauer, Brezilyalı Mario Zagallo'dan sonra FIFA Dünya Kupası'nı hem oyuncu hem de teknik direktör olarak kazanan ikinci ve son kişi oldu. Turnuvadan sonra Almanya Futbol Federasyonu, Beckenbauer'a onursal bir teknik direktörlük lisansı verdi. Turnuva sonrası, kulüp kariyerine başlamak için millî takımı bıraktı.

1990-91 sezonunda Beckenbauer, Fransız ekip Olympique de Marseille'da önce koç, sonra da teknik direktör olarak çalışmaya başladı. Sezona Gérard Gili ile başlayan takıma ligin 10. haftası dahil