00 erişkin bireyi geçkin olarak tahmin edilse de geçmişte daha büyük popülasyona sahip olduğu ve popülasyon azaldığı için bu tür neredeyse tehdit altında türler arasında sınıflandırılmıştır. 1998 yılında El Niño nedeniyle popülasyonları oldukça azalmıştır ve gelecekte de benzer olaylarla azalma tehdidi altındadır. Korunma çabaları özellikle El Niño yıllarından sonra sahada düzenli olarak popülasyon trendlerinin incelenmesi; üreme kolonilerine insanların girmesinin engellenmesi ve balık yatakları ile olan ilişkilerinin incelenmesinden ibarettir.

"Pelecanus philippensis"in tahmini popülasyonu 13.000 ila 18.000 arasındadır ve IUCN tarafından neredeyse tehdit altında türler arasında sınıflandırılmıştır. Burma'da bulunan üreme kolonilerinin yerleştiği alanlardaki ağaçların yok edilmesi ve beslenme alanlarının ortadan kaybolmasıyla birlikte 20. yüzyılda sayıları önemli ölçüde azalmıştır. Ana tehditler yaşam alanı yokolması ve insan aktiviteleridir ancak Hindistan ve Kamboçya'da artan koruma çabalarından sonra popülasyonları istikrarlı hâle gelmiştir.

Küçük pelikan Sahra altı Afrika'nın çoğuna dağılmış olarak büyük bir popülasyona sahiptir. Önemli tehditlerin olmaması ve yaşadığı bölgelerde popülasyonunun azalmaması nedeniyle korunma durumu asgari endişe olarak belirlenmiştir. Bölgesel tehditler arasında su havzalarının kuruması ve Güney Afrika'da giderek artan karışıklık sayılabilir. Bu tür toksinlerin biyobirikiminden ve üreme bölgelerindeki ağaçların yok edilmesinden etkilenmektedir.

Amerikan ak pelikanlarının sayısı artmış ve 2005 yılında popülasyonu 157.000 olarak tahmin edilmiştir. Kıtanın doğusunda sayıları daha fazladır ancak batısında ise sayıları azalmaktadır. Yaşam alanı yokolması ve göller ile akarsuların insanlar tarafından kullanılmasından da etkilendiği için sayılarının pestisitler yüzünden azalıp azalmadığı belirgin değildir.
Ak pelikanlar Afrika ve Asya'nın güneyinde geniş bir alana dağılmıştır. Genel popülasyon trendi belirsizdir, bölgesel olarak azalan, artan ya da istikrarlı popülasyonları vardır ancak hızlı olarak popülasyonunun azaldığına dair kanıt olmadığı için asgari endişe altında türler arasında sınıflandırılmıştır. Tehditler arasında su havzalarının kuruması, üreme kolonilerinin rahatsız edilmesi, zevk için avlanmaları, pestisitler ve ağır metallerden etkilenmeleri sayılabilir.

Tepeli pelikan 19. ve 20. yüzyıllarda sayılarının aşırı derecede azalmasıyla günümüzde 10.000 ila 20.000 arasında popülasyonu ile en az sayıya sahip pelikan türüdür. Devam eden tehditler arasında özellikle Asya'nın doğusunda avlanmaları, üreme kolonilerinin rahatsız edilmesi, kıyılardaki insan aktivitelerinin artması, güç aktarım hatlarının kabloları ile çarpışmalar ve balık kaynaklarının aşırı tüketilmesi sayılabilir. Popülasyon trendinin azalma yönünde olması ve özellikle Moğolistan'da hemen hemen soyunun tükenmesi nedeniyle IUCN tarafından korunmasız türler arasında listelenmiştir. Yine de Yunanistan'da ve Türkiye'de çeşitli kolonilerde popülasyonları 1.000 ila 500 arasında üreyen çift ile artmaktadır.

Avustralya'da yaygın olarak bulunan Avustralya pelikanının popülasyonu 300.000 ila 500.000 arasında tahmin edilmektedir. Su havzalarının durumuna ve kıta çapında kuşların üreme başarısında göre genel popülasyon sayısı değişkenlik göstermektedir. Tür asgari endişe listesi altında sınıflandırılmıştır.

Pelikanların beslendiği balıklarla insanların yakaladığı balıkların çok azı ortak olduğu halde, balık konusundaki rekâbet nedeniyle insanlar tarafından zulüm görmüşlerdir. 1880'lerden itibaren Amerika ak pelikanları sopalarla ya da vurularak öldürülmüş, yumurtaları ve yavruları bilerek ortadan kaldırılmış, beslenme ve üreme alanları bilerek uygulanan su alanı düzenlemeleriyle yok edilmiştir. 21. yüzyılda bile ABD'de Idaho'da sayıları artan Amerika ak pelikanının yöredeki balık avcılığını tehdit ettiği gerekçesiyle sistematik tacizler ve itlaf konusunda resmî girişimler başlatılmıştır.

Güney Afrika'da 19. yüzyılda guano üreten kuşların yumurtalarını yemeleri nedeniyle guano toplayıcıları tarafından ak pelikanlar itlaf edilmiştir. Yakın geçmişte de pelikanların özellikle karabatakları avlaması ve yumurtaları ile beslenmesi nedeniyle Güney Afrika'da bu kuşların popülasyonları tehdit altına girdiği için koruma amaçlı olarak zarar görmüş kolonilerin yakınındaki pelikan popülasyonunun azaltılması önerilmiştir.

Yaşam alanı yokolmasının ve bilerek yapılan zulmün dışında pelikanlar kuş gözlemcileri, kuş fotoğrafçıları ve diğer meraklı ziyaretçilerin üreme kolonilerindeki tacizlerinden de muzdariptirler. Üreme mevsiminde insanların yalnızca yakınlarda bulunmaları bile kuşların yanlışlıkla yumurtalarını kaybetmelerine ve yok etmelerine neden olabilmekte, yeni doğan yavrular korunmasız kalabilmekte ve hatta tamamen üreme kolonilerinden kuşlar ayrılabilmektedir.

DDT kirliliği Kuzey Amerika'da 1950 ve 960'larda kahverengi pelikan popülasyonunun azalmasının ana nedeniydi. Deniz besin ağına giren DDT çeşitli türlerde birikerek besin ağı boyunca ilerlemiştir. DDT'nin metaboliti olan DDE pelikanlarda ve diğer kuşlarda üretim sistemini etkileyen bir zehirli maddedir. Kuş yumurtalarının kabuğunun incelmesine ve zayıflamasına neden olur dolayısıyla yumurtalar kuluçkaya yatan kuşlar tarafından kazayla kolaylıkla kırılır ve üreme şansını oldukça etkiler. ABD'de 1972'den itibaren DDT kullanımına getirilen yasakla birlikte kahverengi pelikanların yumurta kabukları tekrar kalınlaşmış ve popülasyonları biraz artış göstermiştir.

1960'ların sonunda ABD'nin Louisiana eyaletinde kahverengi pelikan sayılarının çok azalması sonucunda Florida'dan 500 pelikan getirilmiş ancak 300 kadarı 1975 yılının Nisan ve Mayıs aylarında bu sefer endrin adlı pestisit zehirlenmesi nedeniyle ölmüştür. 1990 yılında Salton Denizi'nden yedikleri balıklar sonucunda aralarında 7.500 kadar Amerika ak pelikanı da bulunan 14.000 kadar pelikan botulizm sonucunda telef olmuştur. Kaliforniya'da 1991'de "Pseudo-nitzschia" cinsi diyatomelerin ürettiği nörotoksik domoik asit ile kirlenmiş balıkları yiyen kahverengi pelikanlar ve "Phalacrocorax penicillatus" türü karabataklar arasında aşırı sayıda ölümlere rastlanmıştır.

Balıkla beslenen su kuşları olarak pelikanlar petrol sızıntılarından hem doğrudan petrole bulanma yoluyla hem de dolaylı olarak besin kaynaklarının kirlenmesi yoluyla etkilenirler. Kaliforniya'da 2007 yılında yayınlanan resmî bir rapora göre 20 yıllık bir dönemde Kaliforniya'da petrol sızıntısından etkilenen kahverengi pelikan sayısının 500 ila 1.000 arasında olduğu bildirilmiştir. 2011 yılında yayımlanan başka bir rapora göre de 2010 yılı Nisan ayında olan Deepwater Horizon petrol sızıntısından doğrudan petrole kaplanmış 932 kahverengi pelikanın toplandığı ve sızıntının sonucunda bu sayının on katı kadar pelikanın da kötü yönde etkilendiği belirtilmiştir.

Pelikanların balıkçılarla aynı sularda avlandıkları yerlerde özellikle balık ağlarına ve balık oltalarına yakalanmaları da sorun olmaktadır. Balık oltaları yanlışlıkla yutulabildiği gibi boğaz torbasına ya da perdeli ayaklara takılabilmekte; güçlü misinalar gaganın, kanatların ve bacakların etrefına sarılabilmekte ve bunların sonucunda da hayvanlar sakat kalmakta ve açlıktan sıklıkla ölmektedirler. Kuzey Amerika ve Avustralya'da yaralı pelikanları ve diğer hayvanları iyileştirmek için gönüllülük esasına dayanan yerel kurtarma organizasyonları kurulmuştur.

Diğer kuş familyalarında olduğu gibi pelikanlar da çeşitli parazitlerden etkilenirler. Yeni Dünya ve Atlantik karabataklarında görülen "Piagetella" cinsi kuş bitlerine, tüm pelikan türlerinin boğaz keselerinde rastlanır. Kuş sıtması, "Culex pipens" türü sivrisinekle taşınır ve bu sivrisineklerin çok yoğun bulunduğu yerlerde pelikanlar kolonileri terk etmek durumunda kalır. Sülükler kloaka ve bazen de boğaz keselerine yapışabilir. Amerika ak pelikanı üzerinde yapılan bir araştırmada aralarında şerit solucanları, karaciğer kelebekleri, sinekler, pireler, keneler ve yuvarlak solucanların da bulunduğu 75 farklı parazit türüne rastlanmıştır. Bunların çoğunun zararı çok azdır ancak sinekler özellikle zayıf yavruların ölmesine neden olabilir. Kış kenesi "Ornithodoros capensis" bazen erişkin kuşların yuvaları terk etmesine neden olur. Pelikanlara özgü bazı parazitlerin dışında çoğu diğer kuş gruplarında da görülür.

Sağlıklı pelikanlar genellikle bitlerle başa çıkabilir ancak hasta kuşlar üzerlerinde yüzlerce bit barındırabilir bu da ölmelerini hızlandırır. Boğaz kesesinde görülen "Piagetiella peralis" türü bit kesede bulunduğundan kuşlar temizleyerek bunlardan kurtulamaz, bazı kuşların boğaz keselerinin içi tamamen bu bitlerle kaplı olabilir. Çok zararlı olmasa da iltihaplanma ve kanama nedeniyle bitler kuşlara zarar verebilir. Kahverengi pelikanlarda da benzer şekilde çok yaygın parazit bulunur. "Contracaecum multipapillatum" ve "C. mexicanum" türü yuvarlak solucanlar ile "Ribeiroia ondatrae" türü karaciğer kelebeği Porto Riko popülasyonunda hastalığa ve ölümlere neden olmuş ve bu adadaki pelikan popülasyonu tehlikeye düşmüştür. 2012 yılı Mayıs ayında yüzlerce Peru pelikanının Peru'da yuvarlak solucanlar ve açlık nedeniyle telef olduğu bildirilmiştir.

Mısırca "Henet" adı verilen pelikan, Antik Mısır'da ölüm ve ölümden sonra yaşam ile bağlantılıdır. Mezar duvarlarındaki tasvirlerde ve cenaze metinlerinde yılanlara karşı koruyucu sembolü ile betimlenmiştir. Henet, Eski Krallık döneminden kalma Piramit Metinlerinde "firavunun annesi" olarak geçer ve dolayısıyla da bir tanrıça olarak görülür. Kraliyet dışı cenaze metinlerinin bulunduğu papirüslerde de pelikanın ölmüş birisinin öte dünyaya güvenli bir şekilde geçişi kehanetini verebilecek yeteneğe sahip olduğu belirtilir.

Yahudiliğe göre temiz olmayan hayvan kabul edildiğinden yenilmesi yasak olan hayvanlar arasında diğer deniz kuşları ile birlikte pelikan da vardır.

Avustralya'da Queensland eyaletinde bulunan Murri halkının köken mitolojisinde Avustralya pelikanının tüylerinin nasıl siyah ve beyaz olduğu anl