eler ayrıca kazığa oturtma, kasatura ile karın yarma gibi işkence biçimlerini de kullanıyordu.

9 Mart 1919 tarihinde 15. Tümen Kumandanı Mustafa Asım Bey ve Samsun Mutasarrıfı İbrahim Ethem Bey'in şehirde sıkıyönetim ilan etmesiyle 200 kişilik Britanya askerî müfrezesi tarafından Mondros Mütarekesi şartları gerekçe gösterilerek şehir işgal edilmiştir. Rumlar tarafından sevinçle karşılanan işgal kuvvetleri İlyasköy'deki sekiz kışlaya yerleşmiş, daha sonra gelen 150 kişilik ANZAK kuvvetlerinin bir kısmı kışlaya bir kısmı ise Samsun Sultanisi binasına yerleşmiştir. Rum çetelerinin baskınları ve işgal kuvvetlerinin kışlaları doldurması dolayısıyla 15. Tümene bağlı erlerden bir kısmı kaçmış, çoğu ise terhis edildiğinden dolayı Samsun'daki tümenin mevcudu 4/3 oranında azalmıştır. 1 Şubat 1920'de halk Samsun Şehremaneti önünde toplanarak işgalleri protesto etmekte iken aynı sırada kara birliklerine ek olarak Amerikan savaş gemilerinin Samsun Limanı'na yanaşmasını kutlayan Rumlar şehremanet binasını işgal etmiş, olaylar büyümüştür.

30 Nisan 1919'da 9. Ordu müfettişliğine atanan Mustafa Kemal, 19 Mayıs günü Samsun'a ulaşmıştır. Görevinin gereklerini yerine getirmeye koyulan Mustafa Kemal bazı incelemelerde bulunmuştur. Bu incelemeler sonucunda Rum çetelerinin Müslüman halka saldırdığı, yerel yöneticilerinse dış devletlerin de duruma karışmasıyla bu olaylara müdahale edemediği kanısına varmıştır. Bunun üzerine Canik mutasarrıfını görevden alarak yenisini atamış ve bölgede oluşan karışıklıklara yabancı askerlere aldırmaksızın doğrudan müdahale etmesini emretmiştir.

Mustafa Kemal'in Samsun'dan ayrıldıktan sonra başkanlık ettiği Erzurum Kongresi ve Sivas Kongresi'nin ortaya koyduğu millî heyecan Samsun'da da etkisini göstermiş ve Samsun Müdafaa-i Hukuk Cemiyeti kurulmuştur. Daha öncesinde Cemiyet-i Hayriye-i İslamiye, İhtiyat ve Zabıtan Cemiyeti, Karadeniz Türkleri Müdafaa-i Hukuk Cemiyeti ve Oymak Teşkilatı adında cemiyetler kurulmuş olsa da etkili olamamışlar, bunların arasından yalnızca Oymak Teşkilatı kayda değer çalışmalar yapabilmiştir.

7 Mayıs 1920'de Samsun'a gelen Şefik Avni Paşa 15. Tümen kumandanlığını üstlenmiş ve Büyük Millet Meclisi'nin yardımlarıyla tümen yeniden silahlandırılmıştır. 10 Temmuz 1920'de kurulan Umur-u Bahriye Şubesi'ne bağlı olarak Samsun Bahriye Muhafız Müfrezesi kurulmuş ve Rum çetelerine karşı mücadele etmeye başlamıştır. 1920'nin sonlarına doğru da giderek büyüyen müfreze tam kadrolu bir tabur haline gelmiştir. Rum çeteleri ile Samsun Bahriye Muhafız Müfrezesi'nin şiddetli çatışmalara girdiği 1921 ilkbaharında Türk çete lideri Topal Osman da Samsun'a gelmiştir. Britanya ve Fransa güçlerinin şehirden çekilmesiyle birlikte Rum çetelerine karşı Samsun Bahriye Muhafız Müfrezesi, Topal Osman ve 15. Tümen büyük bir karşı saldırı başlatarak Türk köylerine saldıran çetelere büyük darbe vurmuşlardır. 15. Tümenin 17 Mayıs 1921 tarihinde batı cephesine hareket etmesi üzerine Samsun'da 10. Tümen oluşturulmuş, vekil olarak Samsun Askerlik Dairesi Başkanı Yarbay İsmail Hakkı Bey atanmıştır. İsmail Hakkı döneminde de Rum çeteleri ile çatışmalar devam etmiştir. Ardından Cemil Cahit Bey tarafından devralınan tümen onun döneminde Samsun çevresindeki Rum çetelerini büyük oranda imha etmiştir. Rum çetelerinin çoğunun yok edilmesinden ve dağıtılmasından sonra Samsun İstiklal Mahkemesi yargılamalara başlamış, 79 kişi idama, 5 kişi 15 sene 1 kişi ise 5 sene küreğe, 17 kişi seferberlik sonuna kadar 1 kişi de 10 seneliğine hapis cezasına mahkûm edilmiştir.

Samsun Müdafaa-i Hukuk Cemiyeti, kentte tehlikenin sona ermesiyle birlikte 30 Ağustos 1921'de Saathane Meydanı'nda miting düzenlemiştir. Mevcut durum hakkında konuşmalar ile bilgilendirmelerin yapıldığı miting müftünün duasıyla sona ermiş ve Ankara Hükûmeti'ne bağlılık telgrafı çekilmesi kararı alınmıştır. 6 Ocak 1922'de ise Samsun Türk Ortodoks Cemiyeti Ruhani Lideri Papa Atnas tarafından Samsun'a davet edilen Türk Ortodoksları Ruhani Lideri Papa Eftim'in de katılımıyla bir bildiri okunmuş ve Türk Ortodokslarının Ankara'ya bağlılıklarını açıklamışlardır. Aynı yıl Samsun Ermenileri de bir bildiri ile İstanbul Ermeni Patrikhanesi ile ilişkilerini kestiklerini ve Ankara'ya bağlı olduklarını duyurmuşlardır.

Karadeniz'de ellerindeki birkaç küçük gemiyle Sovyetler Birliği'nden silah ve cephane getirmeye çalışan Türk denizcileri, Yunan avcı botları ve savaş gemileriyle baş etmekte zorlanıyorlardı. Daha büyük gemilere ihtiyaç duyan gemiciler için Trabzon Nakliyatı Bahriye Kumandanı Fahri Bey'in planı doğrultusunda, Yunanların Karadeniz'deki büyük ticaret gemilerinden birinin ele geçirilmesine karar verilmiştir. Plana göre Sovyetlerin Novorossiysk Limanı'nda yükleme yapan "Enosis" kargo gemisi yola çıktıktan sonra iki küçük Türk gambotu tarafından durdurulup el konularak gizlice Trabzon'a getirilecekti. Plan 26 Nisan 1922 akşamı hayata geçirilmiştir. Birkaç saat süren kovalamacadan sonra "Enosis", içindeki 500 bin liralık malzeme ile altınlarla birlikte ele geçirilmiş ve "Trabzon" adı verilerek Türk nakliye filosuna katılmıştır. O güne kadar yalnızca taşımacılık yapan Karadeniz'deki Kuva-yi Milliyeci denizciler, bu harekatla ticarî gemiler yoluyla Yunan güçlerine darbe vurmaya başlamışlardır. Yunanlar ise misilleme olarak Samsun Bombardımanı'nı planlamışlardır.

7 Haziran 1922 tarihinde sabaha karşı "Georgios Averof" ve "Kilkis" zırhlıları, panter sınıfı iki muhrip, iki yardımcı kruvazör ve dört küçük mayın tarayıcı gemiyle Yunan filosu Samsun açıklarına gelmiştir. Savunma önlemleri alan Samsun Bahriye Muhafız Müfrezesi ve 10. Tümen siperlere cephane yığmaya başlamış, sahile topçu bataryaları yerleştirilmiştir. Yunanlar saat 10.00 civarında gözlemci sıfatıyla Samsun Limanı'nda demirli olan Amerikan gemilerine Samsun Mutasarrıfı Faik Bey'e verilmek üzere protesto mektubu vermiş, mektup mutasarrıfa ulaştırılmıştır. Protestoda Samsun'un askerî üs haline getirildiği ve kent özelliğini kaybettiği belirtilerek şehrin teslim edilmesi istenmiştir. Ankara Hükûmeti ile yapılan telgraflaşma sonucunda bu istek reddedilmiş, Samsun'un açık bir şehir olduğu ve bombalanamayacağı şayet bombalanırsa tüm sorumluluğun Yunanistan Krallığı'na ait olacağı cevabı verilmiştir. 15.30'da hükûmet konağı, kıyıdaki ambarlar ve deniz araçları, kentin batısındaki Rus petrol tankları ile Amerikalı ve Hollandalı tüccarlara ait tütün depoları hedef alınarak bombardıman başlamış, Türk tabyaları ise sahildeki topçu bataryaları ile cevap vermiştir. İki saat süren bombardıman sırasında Yunan gemileri 500'den fazla mermi kullanmış, 4 asker ölmüş ve 3 asker de yaralanmıştır. Ayrıca 4.170 teneke petrol, 68.368 kg benzin, 900 kilogram ispirto ile askerî yiyecek ambarı yanmış; 48 ev, 3 dükkân, hükûmet konağı, gümrük binası, Canik Surp Nigoğayos Ermeni Kilisesi ve yetimhanesi yıkılmış, sahildeki 16 balıkçı teknesi hasar görmüştür. İki saat sonunda "Georgios Averof" zırhlısının çekilmesiyle birlikte diğer gemiler de çekilmiş ve bölgeyi terk etmişlerdir.

Bombardımandan sonra toplanan Türkiye Büyük Millet Meclisi 12 Haziran ve 16 Haziran 1922 tarihli toplantıları sonucu bütün Karadeniz sahillerini savaş alanı ilan ederek bölgedeki Rumların tehcirine karar vermiştir. Samsun'daki Rum çeteciliğinin önde gelen ailelerinden Yelkencioğulları, Andavallıoğulları ve Enfiyecioğullarına ek olarak varlıklı Rumlar Dahiliye Vekaleti'nin izniyle İstanbul'a gitmişlerdir. Ardından 10. Tümen kumandanı olarak atanan Trabzonlu Albay Veysel Bey döneminde Rum çetelerini organize eden idareciler yakalanmıştır. Trabzonlu Albay Veysel Bey'in batı cephesine atanmasıyla yerine Mustafa Bey atanmış ve Rum çetelerine onun döneminde büyük darbeler vurulmuştur. 10. Tümen Tugay Kumandanı Kurmay Yarbay Hafız Zühtü Bey'in de Çarşamba ve Ünye civarındaki çeteleri temizlemesiyle Samsun ve yöresi Rum çetelerinden tamamen temizlenmiştir. Türk zaferiyle birlikte Megali İdea ülküsü tarihe karışmış, batı cephesindeki 15. Tümen Samsun'a dönmüş ve 10. Tümen dağıtılmıştır.

Kurtuluş Savaşı'nın sonlanması ve Türkiye Cumhuriyetinin ilanı ile Türkiye sınırları içerisinde kalan Samsun, sancak ve mutasarrıflıkların il yapılmaları üzerine il statüsü kazanmıştır. 1923 mübadelesi ile şehirdeki Rumlar Yunanistan'a göç etmiş, Rumlardan boşalan yerler ise mübadillere tahsis edilmiştir.

Cumhuriyetle birlikte il olan Samsun il merkezi dışında Bafra, Çarşamba, Havza, Terme ile Vezirköprü olmak üzere beş farklı ilçeye bölünmüştür. Bu ilk beş ilçe dışında ilk olarak 1 Haziran 1928 yılında Ladik'in ilçe yapılmasıyla Samsun'daki ilçe sayısı altıya yükselmiş, 1934'te Kavak, 1944'te de Alaçam ilçelerinin kurulmasıyla şehirdeki toplam ilçe sayısı sekiz olmuştur. 19 Haziran 1983 tarihinde kabul edilen 3392 numaralı kanun ile de Salıpazarı, Asarcık, Ondokuzmayıs ve Tekkeköy ilçeleri kurulmuştur. 9 Mayıs 1990'da kabul edilen 3644 numaralı kanunla ise Ayvacık ve Yakakent adında iki ilçe daha kurulmuştur. 2 Eylül 1993 tarihinde kabul edilen 504 numaralı kanun hükmünde kararname ile büyükşehir belediyesi kapsamına alınan Samsun'un merkez ilçeleri de büyükşehir ilçeleri adını almıştır. 6 Mart 2008'de 5747 numaralı kanun ile Atakent, Kurupelit, Altınkum, Çatalçam ve Taflan beldelerinin birleşerek Atakum beldesine katılmasıyla Atakum; Gazi ve Yeşilkent beldelerinin İlkadım'a katılmasıyla İlkadım adında bir ilçe kurulması ve Canik beldesinin de ilçe yapılması karara bağlanmıştır. Bu değişiklik ile büyükşehir ilçeleri Atakum, İlkadım, Canik, Tekkeköy olarak belirlenmiştir. 2012 yılında çıkarılan 6360 sayılı kanun ile 2014 Türkiye yerel seçimlerinin ardından büyükşehir belediyesinin sınırları il mülki sınırları oldu.

1927'de elektrik şebekesinin hizmete açıldığı şehrin su şebekesine kavuşması ise 1929 yılını bulmuştur.

Samsun, Karadeniz Bölgesi'nin Orta Karadeniz Bölümü'nde yer almaktadır. 2014'ten önce merkezi oluşturan Atakum, Canik, İlkadım ve Tekkeköy 661m²'lik bir alanı oluşturmaktadır. İl merkezinin kuzeyinde Karadeniz, batısında Bafra ve Ondokuzmayıs ilçeleri, güneyinde Kavak