den açık araziye kadar çeşitli alanlarda yaşar. Genel olarak su kenarlarında bulunur ve kaplan gibi yüzmekten hoşlanan kediler olarak dikkat çekerler.

Jaguar genel olarak yalnız dolaşan, avını izleyip pusuya düşüren bir avcıdır ve avını seçerken fırsatçı davranır. Aynı zamanda ekosistemi dengelemek ve av türlerinin nüfuslarını kontrol altında tutmak konusunda önemli rol oynayan hem süper hem de kilittaşı avcıdır. Jaguar, diğer kedilere göre bile oldukça kuvvetli bir çeneye sahiptir. Kuvvetli çenesi sayesinde zırhlı sürüngenlerin kabuklarını deler ve memeliler arasında sıradışı olan bir öldürme yöntemi kullanır. Beyne ölümcül darbeyi indirmek için doğrudan avının kafatasını iki kulağının arasından ısırır.

"Jaguar" kelimesinin etimolojisi tam olarak belli değildir. Bazı kaynaklar Güney Amerika Tupi dilinden Portekizce’ye geçtiğini belirtir. Başka bazı kaynaklar bu sözcüğün Guarani diline ait olduğunu savunur. Tupi dilindeki özgün ve tam isim "jaguara"dır ve aynı zamanda tüm etçil hayvanları tanımlamak için de kullanılır. Birleşik hâli olan "jaguareté" sözcüğündeki -"eté" "gerçek" anlamına gelir. Guarani dilindeki "yaguareté" sözcüğü de "gerçek yırtıcı hayvan", , "köpek gövdeli", ya da "yırtıcı köpek" diye farklı çevirilere sahiptir. İlk etimolojik raporlara göre "jaguara" sözcüğü "avını bir kerede öldüren hayvan" anlamına gelir ve bu bilgi birçok kaynakta bulunmaktadır. Ancak bu bilginin doğru olmadığı öne sürülmüştür. Birçok Orta ve Güney Amerika ülkesinde bu kediye "el tigre" ("kaplan") denir.

"Panthera onca" bilimsel adının ilk kısmının Yunanca "pan-" ("tüm") ve "ther" ("hayvan") sözcüklerinden türetildiği söylense de, bu da halk arasında yayılmış doğru olmayan bir etimolojik yorumdur. "Panthera" büyük olasılıkla Doğu Asya kaynaklıdır ve "sarımsı hayvan" ya da "beyazımsı sarı" anlamlarına gelir.

"Onca" sözcüğünün, hayvanın güçlü pençeleri nedeniyle "çengel" ya da "kanca" olduğu söylense de en doğru etimolojik yorum basitçe, hayvanın Portekizce ismi olan "onça"dan (on-sa) geldiğidir.

Jaguar "Panthera onca", "Panthera" cinsinin Yeni Dünya’daki tek temsilcisidir. DNA araştırmalarıyla elde edilen kanıtlara göre aslan, kaplan, pars, jaguar, kar parsı ve bulutlu pars ortak bir ataya sahiptir ve bu da yaklaşık altı ile on milyon yıl önceye dayanır. Fosil kayıtları, "Panthera" cinsinin 2 ile 3,8 milyon yıl önce ortaya çıktığını göstermektedir. Bulutlu pars ("Neofelis nebulosa") genel olarak bu grubun başına konur. Diğer türlerin evrim ağacındaki konumu değişik çalışmalarda farklılık gösterir ve henüz çözülememiştir. Çalışmaların çoğu kar parsını "Panthera" cinsine katar, kar parsının bilimsel adının "Uncia uncia" ya da "Panthera uncia" olması konusunda belirli bir ortak görüş yoktur.

Morfolojik kanıtlara dayanan Britanyalı zoolog Reginald Pocock, jaguarın daha çok pars ile bağlantılı olduğu sonucuna varmıştır. Ancak DNA kanıtları yetersizdir ve çalışmadan çalışmaya jaguarın konumu değişiklik gösterir. Avrupa jaguarı ("Panthera gombaszoegensis") ve Amerika aslanı ("Panthera atrox") gibi soyu tükenmiş "Panthera" türlerinin fosilleri incelendiğinde hem aslanların hem de jaguarların özelliklerini gösterdikleri görülür. Jaguar mitokondriyal DNA’sının analizi, türün ortaya çıkışını fosillerin belirttiğinden daha yeni bir tarih olan 280.000 ile 510.000 yıl öncesine dayandırmaktadır.

Jaguar alttürlerinin en son betimlemesi 1939 yılında Pocock tarafından yapılmıştır. Pocock, coğrafî orijin ve kafatası morfolojisine dayanarak sekiz alttürü belirlemiştir. Ancak tüm alttürleri dikkatle inceleyebilmek için yeterli sayıda örneğe sahip olmaması nedeniyle önerdiği alttürlerin bir kısmı için şüphelerini belirtmiştir. Daha sonraları çalışmalarının değerlendirilmesi sonucu yalnızca 3 alttür önerilmiştir: "P. o. onca", "P. o. paraguensis" ya da "P. o. palustris", "P. o. hernandesii"

Çok iyi tanımlanmış alttürler oluşturma konusunda son yıllarda yapılan çalışmalar da başarısız olmuştur ve artık kabul görmemektedir. Larson (1997) jaguarın morfolojik değişikliklerini incelemiş, güneyde ve kuzeyde yaşayanlar arasında farklılık olduğunu göstermiştir. Ancak varolduğu ileri sürülen alttürler arasında, alttür olacak kadar büyük farklılıklar bulamamıştır. Eizirik ve arkadaşlarının 2001 yılında yaptıkları genetik bir çalışma, belirgin bir coğrafi alttür dağılımının olmadığını göstermiş, ancak Amazon Nehri gibi büyük coğrafi engellerin farklı popülasyonlar arasındaki gen alışverişini sınırladığını da ortaya koymuştur. Sonraki daha detaylı bir çalışma, Kolombiya’daki jaguarların tahminî popülasyon yapısını doğrulamıştır.

Pocock'un alttür sınıflandırması hâlâ kedinin genel tanımları arasında belirtilmektedir. Seymore bunları üç alttürde gruplandırmıştır:


Jaguar güçlü kaslara sahip bir hayvandır. Vücut ölçüleri önemli değişiklikler gösterir. Ağırlığı genellikle 56–96 kilogram arasında dolaşsa da 131–151 kilogram gelen daha iri jaguarlarla (dişi aslan ve kaplanların ortalama ağırlığına erişir) 36 kilogram gelen daha küçük jaguarlar da kaydedilmiştir. Dişiler genelde erkeklerden %10–20 daha küçüktür. Kedinin boyu 1,62–1,83 metre arasında değişir ve bu boya kuyruk 75 santimetre daha ekler. Omuz yükseklikleri 67–76 santimetre arasındadır.
Bölgeler ve habitatlar arasında boyut farklılıkları da ortaya çıkarılmıştır. Kuzeyden güneye gidildikçe boyut büyür. Meksika’nın pasifik sahilinde Chamela-Cuixmala Biyosfer Rezervi’nde jaguarlar üzerine yapılan bir çalışma yaklaşık bir puma boyutlarında yalnızca 30–50 kilogramlık jaguarların varlığını göstermiştir. Buna karşın Brezilya’da Pantanal bölgesinde yapılan bir çalışmada da ortalama jaguar ağırlığı olarak 100 kilogram bulunmuştur. Orman jaguarları açık alanda bulunan jaguarlara göre daha koyu renklerde ve daha küçüktürler. Bunun nedeni büyük bir ihtimalle ormanlık alanlarda büyük otçul avların daha az olmasıdır.

Kısa ve kalın bacak yapısı jaguarın iyi tırmanmasını, sürünerek ilerlemesini ve yüzmesini sağlar. Kafa sağlamdır ve çene aşırı bir şekilde güçlüdür. Jaguarların tüm kedigiller içinde en güçlü ve memeliler içinde de ikinci en güçlü çeneye sahip olduğu önerilmiştir. Bu güçlülüğün nedeni jaguarların kaplumbağa kabuklarını bile delecek kadar güçlü olmak için adaptasyonudur. Vücut oranına göre ısırma gücünün karşılaştırması jaguarı aslan ve kaplanın önünde, bulutlu parsın yanında en üst sıraya oturtmuştur. National Geographic dergisinin özel bir sayısı da jaguarın dünyanın en kuvvetli kedisi olduğunu önermiştir. Bir jaguarın, 300 kg'lık bir boğayı bile çenesiyle 8 metre sürükleyebileceği ve en ağır kemikleri bile ezebileceği bildirilmiştir. Jaguar cengel içinde 300 kilograma kadar olan hayvanları avlar, kısa ve kalın fiziksel yapısı avına ve çevresine göre geçirdiği adaptasyonun bir sonucudur.

Jaguarın postu asıl sarımsı kahverengi renkteyse de kızıl-kahverengiden siyaha kadar çeşitlilik gösterir. Kedinin kürkü cengel habitatında kamufle olabilmek için gül tarzı beneklerle kaplıdır. Post üstündeki benekler bir jaguardan diğerine farklılık gösterir, gül şeklindeki benekler farklı tipte bir ya da birkeç benek içerebilir. Genellikle kafa ve boyundaki benekler dolu, boşluk olmayan beneklerdir. Kuyruk bölgesinde de aynı şeklde olan benekler birleşerek bir kuşak haline gelir. Göbek, boyunaltı ve ayakların dış yüzleri ile aşağı yanlar beyazdır.

Bu türde melanizm diye bilinen durum oluşur. Melanizme sahip tip benekli tipten daha az yaygındır. Güney Amerika bölgesinde yüzde altılık bir oran bildirilmiştir. Melanizm baskın allelin sonucudur. Melanizm olan jaguarlar tamamen siyah görünseler de yakından incelendiğinde benekler hâlâ görülebilirdir. Melanizmi olan jaguarlar halk arasında kara panter olarak bilinse de ayrı bir tür oluşturmazlar. Bazen beyaz panter diye adlandırılan nadir görülen albino bireyler, diğer kedilerde olduğu gibi jaguarlar arasında da görülür. 
Jaguar parsa çok benzer ama daha kısa ve kalın yapısı vardır. İki hayvan, postlarının üzerindeki gül şeklindeki beneklerden ayırtedilebilirler. Jaguarın benekleri sayıca daha az ve büyüktür. Genelde koyu renklidir ve kalın çizgili beneklerin ortasındaki küçük benekler parsda bulunmaz. Jaguarın kafası daha yuvarlaktır, daha kısa ama kalın bacakları vardır.

Dişi jaguarlar cinsel olgunluğa yaklaşık iki yılda gelirken erkek jaguarlar üç ya da dört yıl sonra ulaşırlar. Doğal ortamında kedinin yıl boyunca çiftleştiği sanılmaktadır ancak av arttığında doğumların sayısı da artış gösterir. Esaret altındaki erkek jaguarlarda yapılan çalışma yıl boyunca çiftleşme varsayımını destekler. Semen özellikleri ve boşalma kalitesinde mevsimsel değişikliklere rastlanmamış ancak esaret altında üreme başarısının düşük olduğu gözlemlenmiştir. Dişilerin adeti 37 günlük çevrimin içinde 6–17 gün sürer ve dişiler idrar ile bıraktıkları koku ve daha yüksek ses tonu ile çiftleşmeye hazır olduğunu bildirir.

Eşler çiftleştikte sonra ayrılır ve yavruların bakımını dişi yapar. Hamilelik 93-105 gün arası sürer ve dişi sıklıkla iki bazen de dörde kadar varan sayıda yavrular. Yavrular doğduktan sonra anne erkeklerin etrafta dolaşmasına izin vermez. Kaplanlarda da görülen bu davranış yavru yamyamlığını önlemek içindir.

Gözü kapalı doğan yavrular iki hafta sonra gözlerini açar. Üç ayda sütten kesilen yavrular anneleriyle birlikte ava çıkmadan önce altı aylık olana kadar inlerinen ayrılmaz. Yavrular bir ile iki yıl arasında anneleriyle birlikte kaldıktan sonra kendilerine ait bir bölge oluşturmak için ayrılırlar. Genç erkekler önceleri göçmendir ve yaşlı erkeklerle kendilerine ait bir bölge oluşturana kadar itişip kakışırlar. Doğal yaşam alanlarında jaguarların yaşam süresi 12 yıl civarındadır. Esaret altında 23 yıl kadar yaşadıkları görülmüştür ki bu onları en uzun yaşayan kedilerin arasına sokar.

Kedilerin çoğunluğu gibi, anne-yavru gruplarının dışında jaguar tek başına dolaşır. Erişkinler genelde kur yapmak ve çiftleşmek için bir araya gelir ve kendilerine geniş bölgeler ayırırlar. Dişilerin 25 ile 40 km² lik bölgeleri birbirini kesebilir ama hayvanlar genellikle yüz yüze