aki kopyalarından bilinen güneş merkezli teorisinin ilk taslağını yazdı ve Commentariolus olarak sıkça ifade edilir. Bu matematiksel aygıtlar olmadan yapılan dünyanın güneş merkezli mekanizmasının kısa bir teorik açıklamasıydı ve De revolutionibus’daki geometrik yapıdan bazı önemli detaylarda ayrılıyordu; ama zaten dünyanın üçlü hareketine ilişkin aynı varsayımlara dayanıyordu. Commentariolus’da Kopernik yalnızca planladığı kitabın ilk çizimini hazırladı ve basılı dağıtım için ayrılmamıştı. 1515-1530 arası birlikte tutulma gözlemlerini yaptığı birkaç Krakow astronomu da dahil olmak üzere yalnızca birkaç yakını için el yazması kopya hazırladı. Tycho Brahe 1602 yılında yayınlanan bilimsel eserinde Commentariolus’dan Astronomiae instauratae progymnasmata başlıklı bir bölüme yer verdi. Commentariolus tam ve basılı olarak ilk kez 1878’de ortaya çıktı.
1510’da veya 1512’de Kopernik Frombork’a gitti. Burada 1512’nin Nisan ayında Fabian of Lossainen seçimlerine Warmia başpiskoposu 

olarak katıldı. Dini meclisin Kopernik’e “harici papalık mahkemesi” – katedral tepesinin surlarının dışında bir ev- verdiğinde tarih henüz 1512 Haziranının başlarıydı. 1514 yılında Frombork kalesi surlarının içinde kuzaybatı kulesini satın aldı. Töton tarikatının saldırılarıyla Ocak 1520’deki dini meclisin binaları zarar görmesine rağmen bu iki residansı hayatı boyunca iyi durumda tutmaya çalıştı ve bu saldırı sırasında muhtemelen Kopernik’in astronomi aygıtları da zarar gördü. Kopernik astronomi gözlemlerini 1513-1516 arasında tahminen harici mahkemesinden devam ettirdi ve 1522-1543 arasında tanımlanamayan bir “küçük kule” (turricula)’dan eski zamanlarda tasarlanmış ilkel aygıtlar olan iletki, gönye ve halkalı küre kullanarak devam ettirdi. Hayatının sonuna kadar kalacağı Frombork’a kalıcı olarak yerleşmiş olmasıyla Kopernik kendisini Warmia dini meclisinin ekonomi ve yönetim merkezinde buldu. Warmia’nın politik olarak karmaşık yapısının yanında dışarıdan Töton tarikatı tarafından (Töton ordusunun saldırıları; Polonya-Töton savaşı 1519-1521) içeridense güçlü ayrılıkçı baskılar (Warmia başpiskoposluk seçimi; para reformu) tarafından tehdit ediliyordu. Kopernik dini meclisin bir bölümüyle birlikte Polonya krallığıyla sağlam bir iş birliği programını temsil ediyordu ve bunu bütün hareketlerinde gösteriyordu (Tarikatın fetih planlarına karşı ülkesini savunması, Polonya krallığıyla parasal sistemi birleştirme önerileri, Warmia egemenliğinin dini yönetimindeki Polonya çıkarlarını desteklemesi). Polonya-Litvanya birliğinin vatandaşı olduğunun bilincindeydi. Dayısı piskopos Watzenrode’un ölümünden kısa bir süre sonra dini meclisin bir bölümünün muhalefetine rağmen Polonya krallığıyla yaptığı asil işbirliği için Warmia piskoposu atamasını düzenleyen Piotrkow Trybunalski’nin ikinci paktına katıldı (7 Aralık 1512).

Aynı yıl (8 Kasım 1512’den önce) Kopernik dini meclisin ekonomik girişimlerini yönetmek için sorumluluğu üstlendi (1530’da tekrar bu ofise sahip olacaktı). 1511’den beri zaten başkanın vergilerinin ve dini meclisin arsalarının ziyaretçilerinin sorumluluğunu alıyordu.

İdari ve ekonomik görevleri Kopernik’i yoğun gözlemsel aktivitesinden alıkoymuyordu. Mars ve Satürn gözlemleri ve özellikle de 1515’de yaptığı bir dizi güneş gözlemlerinin sonuçları dünyanın dış merkezliliğinin değişkenliğinin ve güneşin apojesinin sabit yıldızlara göre hareketindeki değişkenliğin keşfedilmesine sebep oldu. O dönemde yaptığı bazı gözlemlerin 1513 yılının ilk yarısında Fossombrone piskoposu Paul of Middelburg’un talebi üzerine Jülyen takviminde yapılan yenilikle bir bağlantısı olmuş olabilir.

1516 ve 1521 arasında Kopernik Olsztyn kalesinde Warmia, Olsztyn ve Pieniezno’nun ekonomik yöneticisi olarak kaldı. Buradayken çalışkan çiftçileri tımarlara yerleştirmek ve 

Warmia ekonomisine katkıda bulunmak için Locationes mansorum desertorum (Çölleşmiş tımarların bölgeleri) başlıklı bir el yazması hazırladı. Olsztyn Töton şövalyeleri tarafından kuşatıldığı sırada Kopernik Polonya güçlerinin oluşturduğu Olsztyn ve Warmia savunmasını yönetti. Daha sonra gelen barış müzakerelerinde de Polonya tarafını temsil etti.

Kopernik’in bazı yakın arkadaşları Protestan oldular fakat Kopernik asla böyle bir eğilim göstermedi. İlk saldırı ona Protestanlardan geldi. Wilhelm Gnapheus, Elblag’da kalan alman mülteci, Morosphus (Aptal bilge) başlığıyla latince bir komedi yazdı ve orada kurduğu Latin okulunda bunu sahneledi. Kopernik bu oyunda tanrı tarafından gönderildiğini kabul eden soğuk, uzak kibirli ve astrolojiye merak salmış bir adam olarak karikatürize ediliyordu ve göğsünde çürüyen büyük bir çalışma yazdığı dedikodusu yapılıyordu.

Başka bir yerde Protestanlar Copernik’in teorisinin haberlerine ilk tepki gösterenler oldular. Melanchthon şöyle yazdı:

Bazı insanlar Dünyayı hareket ettiren ve güneşi durduran Polonyalı astronomun yaptığı kadar saçma bir şeyin çalışmak için doğru ve muhteşem olduğuna inanıyorlar. Doğrusu bilge yöneticiler bu tür parlak zihinler için bir sınırlama getirmelidir.

Yine de 1551 yılında yani Kopernik öldükten 8 yıl sonra astronom Erasmus Reinhold Kopernik’in eski askeri düşmanı olan Protestan Duke Albert’in sponsorluğuyla Kopernik’in çalışmalarına dayanan bir dizi astronomi tablosundan oluşan Prusya tablolarını yayımladı ve astrologlar öncülleri yerine bunu hemen benimsediler.

1514’den bir süre önce Kopernik “Commentariolus” u arkadaşlarına sundu. Yedi adet temel prensibi içeriyordu (aşağıda bahsediliyor). Daha sonra daha detaylı çalışması için veri toplamaya devam etti.

1532 civarı Kopernik De revolutionibus orbium coelestium’daki çalışmasını ana hatlarıyla tamamladı, fakat arkadaşlarının ısrarlarına rağmen fikirlerini açık bir şekilde ifade etmekten hor görülme riskine karşı çekiniyordu.

1533 yılında Johann Albrecht Widmannstetter Roma’da Kopernik’in teorisinin girişini anlatan bir dizi ders verdi. Papa 7. Clement ve birkaç Katolik kardinal dersleri duydular ve teoriyle ilgilendiler. 1 Kasım 1536’da Capua’nın başpiskoposu kardinal Nikolaus von Schönberg Kopernik’e Roma’dan şunu yazdı:

"Birkaç yıl önce senin yeterliliğine ilişkin bir kelime bana ulaştı, herkes sürekli konuşuyordu. O sırada sana yüksek saygı duymaya başladım… Öğrendiğime göre sen yalnızca eski astronomların keşiflerini olağanüstü bir şekilde iyi bilmemiş aynı zamanda yeni bir kozmolojiyi formüle dökmüşsün. İddia ettiğine göre dünya hareket ediyor güneş evrenin merkezinde küçük bir yer kaplıyormuş… Bu nedenle büyük bir istekle sana yalvarırım, bilgili efendim, eğer zahmet olmayacaksa, bu keşfinizi evren küresi hakkındaki yazılarınızı tablolar ve bu konuyla alakalı her şeyle birlikte bana gönderdiğiniz mümkün olan en kısa zamanda âlimlere bildirmek isterim"…

O zamana kadar Kopernik’in çalışması nihai formuna ulaşıyordu ve teorisi hakkındaki dedikodular bütün Avrupa’daki eğitimli insanlara ulaşmıştı. Birçok makamın ısrarına rağmen Kopernik kitabının yayımlanmasını erteledi, muhtemelen eleştirilme korkusu yüzünden. Âlimler kopernik’in kaygısının ihtimal dâhilindeki astronomik ve felsefik itirazlarla sınırlı kaldığına veya dini itirazlar hakkında da kaygı duyduğuna katılmıyorlardı.

Kopernik hala De revolutionibus orbium coelestium üzerinde çalışıyordu (yayımlamak istediği kesin olmasa bile). 1539’da George Joachim Rheticus Frombork’a geldi. Philipp Melanchthon Rheticus için birkaç astronomla ziyaret ve çalışma ayarladı. Rheticus Kopernik’in öğrencisi oldu. 2 yıl boyunca onunla kaldı ve Narratio prima (ilk hesap) adlı Kopernik’in teorisinin özünün taslağını barındıran bir kitap yazdı. 1542’de Rheticus Kopernik’in trigonometry üzerine bilimsel bir kitabını yayımladı (Daha sonra De revolutionibus’un ikinci kitabında yer aldı).

Rheticus’dan gelen yoğun baskı altında Kopernik De revolutionibus’u yakın arkadaşına vermeyi kabul etti. Chelmno’nun piskoposu Tiedeman Giese kitabı Nürnberg’de Alman yayıncı Johannes Petreius’a bastırması için Rheticus’a iletti. Rheticus ilk başta baskıyı denetlediği halde tamamlanmadan Nürnberg’den ayrıldı ve baskının geri kalanını denetleme görevini Andreas Osiander’e verdi.

Osiander tuhaf hipotezlerle saldırmaya çalışanlara karşı çalışmayı savunmak için isimsiz ve imzasız bir önsöz ekledi. Astronomların gözlediği hareketlerin sebeplerini farklı bulabileceğini ve kavraması en kolay geleni seçebileceklerini açıkladı. Hipotez güvenilir hesaplamalara izin verdiği sürece, bir filozofun gerçek olarak neyi aradığıyla eşleşmek zorunda değildi.

1542 yakınlarına doğru, Kopernik beyin kanaması ve felç geçirdi. 24 Mayıs 1543 günü 70 yaşında öldü. Efsaneye göre öldüğü gün kitabının son basılan sayfaları ona gösterilmiş, komadan uyanıp kitabına bakmış ve huzur içinde ölmüş.

Söylentiye göre Kopernik Frombork Katedral’inde gömülü fakat 200 yılı aşkın bir süredir arkeologlar onun kalıntılarını aramak için nafile bir çaba içindeler. 1802, 1909, 1939 ve 2004’deki çabalar sonuçsuz kaldı. Fakat 2005’in ağustosunda arkeoloji ve antropoloji enstitüsü başkanı Jerzy Gassowki başkanlığında bir takım katedralin tabanının altını taradıktan sonra Kopernik’in kalıntısı olduğuna inandıkları şeyler keşfettiler.

Keşif biraz daha ileri bir araştırmadan sonra 3 Kasım 2008’de duyuruldu. Gassowski “Kopernik olduğundan neredeyse yüzde yüz eminiz.” dedi. Polonya polis merkezi adli laboratuvarından Dariusz Zajdel kafatasını kullanarak bir yüz oluşturdu ve Kopernik’in özelliklerine benziyordu. Ayrıca kafatasının Kopernik’in öldüğü yaş olan 70 yaşlarında birine ait olduğunu da tespit etti.

Mezarı kötü şartlardaydı ve iskeletten bütün kalanlar bulunmamıştı. Mezarda bulunan kemiklerden alınan dna isveç’de Uppsala üniversitesi kütüphanesinde bulunan kopernik’e ait bir kitaptan alınan saç örnekleriyle eşleşiyordu.

22 Mayıs 2010’da Kopernik’in ikinci cenaze töreni yapıldı. Bulunan kemikleri bulunduğu yer olan Frombork Katedraline yeniden gömüldü. Siyah granitten oluşmuş mezar taşı onu Güneş merkezli teorinin kurucusu ve kilise papazı olarak tanımlıyor. Mezartaşı Kopernik’in güneş sistemi modelinin