r karşısında çıktı. Eric Gerets, döneminde ilk kez A takıma yükselen Aydın, kendi adına bu sezondaki ilk maçı olan ve ligin kırılma noktalarından olan Konyaspor maçında 84. dakikada oyuna "26" numarasıyla Hasan Şaş'ın yerine girdi ve uzatma dakikalarında galibiyet golünü atarak dikkatleri üzerine çekti. Bu maçla birlikte A takımdaki yerini sağlamlaştıran ve taraftarların göz bebeği olan Yılmaz, bir sonraki hafta da takımının 2-0 kazandığı MKE Ankaragücü maçının 85.dakikasında maça dahil oldu. 2 Şubat 2006'da Giresunspor ile oynanan Türkiye Kupası maçında 58.dakikada Marek Heinz'ın yerine girerek ilk Kupa maçına çıkan Yılmaz, bu maçın 82.dakikasında kariyerindeki ilk Türkiye Kupası golünü de atmış oldu. Bu maçtan günler sonra 12 Şubat 2006'da Süper Lig'de oynanan Gaziantepspor maçının ikinci yarısının başlamasıyla oyuna giren Aydın, Marek Heinz'ın attığı golün asistini yaparak Galatasaray kariyerinin ilk asistini yapmış oldu. İlk derbisine ise 8 Mart 2006'da Türkiye Kupası maçında Fenerbahçe karşısında 88. dakikada oyuna girerek çıktı. Aydın sezon boyunca ise PAF Ligi'nde 15 maçta 6 gol, Süper Lig'de 13 lig maçında 1 gol 1 asist ve Türkiye Kupası'nda ise 2 maç 1 gol istatistiğiyle oynarken o sezon ilk Süper Lig şampiyonluğunu yaşadı.
2006-07 sezonunda Eric Gerets yönetiminde başlayan Galatasaray'da hazırlık kampına dahil edilen oyuncu, ilk resmi maçına Beşiktaş karşısında Türkiye Süper Kupası maçında 77. dakikda çıktı ancak takımı 1-0 mağlup oldu. 2006-2007 sezonunun başlarında ise yaşadığı sakatlıktan dolayı forma şansı bulmayan Aydın Yılmaz, o sezon Süper Lig'deki ilk maçına MKE Ankaragücü karşısında maçın 22.dakikasında Hasan Şaş'ın yerine girerek çıktı ve bu maçın 30.dakikasında Ümit Karan'ın attığı kafa golünün asistini yapan isim oldu. Bu maçın ardından tekrar sakatlanan ve bir süre daha şans bulamayan Aydın, 18 Ekim 2006 tarihinde ise ilk UEFA Şampiyonlar Ligi tecrübesini PSV karşısında ilk 11'de başladığı maçta yaşadı ve 67 dakika sahada kaldı. Süper Lig'in 8.haftasında Kayseri Erciyesspor maçında sakatlanan Aydın, sahalara 17.haftada Gaziantepspor maçında döndü. Bu maçın 62.dakikasında Marcelo Carrusca'nın yerine dahil oldu. Ancak bu maçın ardından sakatlığı nüks etti ve tekrar sakatlandı. Aydın sezon boyunca ise 3 Süper Lig ve 9 PAF Ligi karşılaşmasında görev aldı.

2007-8 sezon başında kamp kadrosunda yer alan ve rehabilitasyon çalışmalarını sürdüren Aydın, transfer döneminin bitimine 1 gün kala Hakan Balta transferin de takasta kullanıldı ve sezon sonuna kadar kiralık olarak sözleşme imzaladı. Ancak Giray Bulak yönetimindeki bu takıma büyük ümitlerle kadroya katılan oyuncunun antrenmanda omzu çıktı ve bu takımda oynayamadan Süper Lig'in 14. haftasında sözleşmesi feshedildi.
2007-08 sezonunda kiralandığı Manisaspor'da omzunun çıktığı için forma şansı bulamayan Aydın, Aralık'ta takımı Galatasaray'a geri döndü ve bu takımda rehabilitasyon sürecine devam etti. Ocak 2008'de kendini geliştirmesi için tekrar kiralık listesine konulan Aydın, Galatasaray Altyapısı'ndan da hocası Abdullah Avcı'nın çalıştırdığı İstanbul BB'a kiralandı. Bu takımda ilk maçına ise Süper Lig'in ikinci yarısının ilk maçında çıkan oyuncu, Fenerbahçe ile oynanan maçın 78.dakikasında oyuna Sertan Eser'in yerine girerek dahil oldu. Son 10 dakikalık periyotta gösterdiği performansla dikkat çekse de Fenerbahçe son 10 dakikalık bölümde Deivid ve Edú Dracena'nın ayağından 2 gol buldu. Böylelikle maç 2-2 sonuçlandı. Aydın bu maçın ardından tekrar sakatlandı ve yaklaşık 10 hafta sahalardan uzak kaldı. Süper Lig'in 29.haftasında Ankaraspor maçıyla sahalara dönen Aydın, son haftalarda takımının en etkili ismi olarak gözüktü. Aydın Yılmaz, sezon sonunda tekrar Galatasaray'a döndü. Aydın bu dönemle ilgili ise bir röportajında "Abdullah Hoca'nın beni istemesi çok önemliydi. Çünkü Galatasaray'ın altyapısından itibaren onunla çalıştım. U-17 millî takımında birlikte çalıştık ve başarılar elde ettik. Onun yönetiminde Avrupa Şampiyonu olduk. Oradaki ekip de çok önemliydi benim için. Arif Erdem ağabeyi, Cenk Özcan ve İbrahim Menderes Hocaları da Galatasaray'dan tanıyordum. Bu da benim açımdan önemli bir avantajdı. Hocalarımın hepsi "Senin yeteneklerin çok farklı. Kendine güvendiğin takdirde Galatasaray'a döndüğün zaman çok başarılı olacaksın" diyorlardı. Bu mental desteğin yanı sıra fiziksel gelişimime de büyük katkı sağladılar. İbrahim Hocayla çok ekstra antrenmanlar yaptım. Hem fiziksel kapasitemi geliştirdim hem de kendime güvenim arttı." ifadelerinde bulundu. Aydın ikinci yarıda İstanbul Büyükşehir Belediye'de kiralık olarak 7 maçta sahaya çıktı. Ancak skora katkı veremedi.

2008-09 sezonunda Michael Skibbe yönetiminde Galatasaray'da hazırlık kampının yıldızlarından biri olan Aydın, o sezon ilk resmi maçına 27 Ağustos 2008'de oynanan Steaua București maçında çıktı ancak takımının UEFA Şampiyonlar Ligi'ne veda etmesine engel olamadı. Süper Lig'de ise ilk maçına 31 Ağustos 2008'de Süper Lig'in 2.haftasında Kayserispor karşısında çıktı ve 0-0 biten karşılaşmada 90 dakika sahada kaldı. Sonraki hafta Antalyaspor maçında o sezonki ilk asistini yapan Aydın, 18 Eylül tarihinde ise Galatasaray'ın UEFA Kupası'nda 4-3 yendiği AC Bellinzona maçında oyuna sonradan girerek o sezonki ilk UEFA Kupası maçına çıkmış oldu. Aydın o sezon ilk golünü ise 6 Mart 2009'da Bursaspor ile oynanan ve Galatasaray'ın 2-1 yendiği maçta atmıştır. O sezonun en enteresan gollerinden biri olan bu gol de Dimitar Ivankov topu oyuna sokmak istermiş ancak topu takım arkadaşına atmak isterken kendine doğru baskı yapan Aydın'a çarptırarak topu kendi ağlarında görmüştür. Aydın sezon boyunca ise Süper Lig'de 15 maç, 1 gol ve 1 asist, Avrupa kupası maçlarında 3 maç, Türkiye Kupası'nda ise 3 maç 2 gol istatistiğiyle oynamıştır.
Aydın Yılmaz 2009-10 sezonuna ise Frank Rijkaard yönetimindeki Galatasaray'da başlamıştır. Kadrosuna Abdul Kader Keita'yı katan Galatasaray'da ikinci plana düşen Aydın, ilk resmi maçına ise FC Tobol karşısında Temmuz 2009'da çıkmıştır. İki ayaklı oynanan bu maçlarda Galatasaray rakibini elemiş ve bir sonraki turda Maccabi Netanya ile eşleşmiştir. İlk maçta deplasmanda 4-1 kazanan Galatasaray'da maça sağ kanatta ilk 11'de başlayan Aydın, Harry Kewell'ın 47.dakikada attığı golün asistini yapan isim oldu. Bu maçın rövanşında ise 6-0 biten Maccabi Netanya maçında ise üç gol pası veren Aydın tüm dikkatleri üzerine çekti. Aydın, Süper Lig'de ilk maçına ise ligin ilk haftasında Gaziantepspor karşısında çıkmış ve 90 dakika sahada kalmıştır. İlk yarıda Galatasaray formasıyla 11 lig, 7 Avrupa ve 2 de kupa maçına çıkan Aydın, forma giydiği 1019 dakikada altı asist yaptı. Özellikle Maccabi Netanya ile Ali Sami Yen'de oynanan maçta verdiği üç gol pasıyla dikkat çekti.

2009-2010 sezonunda etkili bir performans göseren Aydın, Eskişehirspor takımına sezonun 2. yarısı satış opsiyonlu olarak kiralanmıştır. Bu takımla ise ilk maçına 23.haftada Gaziantepspor karşısında çıktı. Aydın bu maçta ise Jaycee Okwunwanne'nin golünün asistini yapan isim oldu. Bu maçtan bir sonraki hafta Galatasaray ile oynanan maçta ise yapılan prensip anlaşması gereği forma giyemedi. Sezon boyunca Rıza Çalımbay'ın takımında 9 maça çıkan oyuncu 1 de asist yapmıştır. Satın alma opsiyonunu elinde bulunduran Eskişehirspor sezon sonunda ise bu opsiyonu kullanmamıştır ve Galatasaray'a geri dönmüştür. 

Aydın 2010-11 sezonunda ise Frank Rijkaard yönetimindeki takıma geri dönmüştür. Bu takımla hazırlık maçlarında gösterdiği performansla dikkat çeken Aydın, kadrodaki yerini sağlamlaştırmıştır. O sezonki ilk resmi maçına ise 26 Ağustos 2010'da Karpaty Lviv karşısında çıkmıştır. Bu maçta takımının tek golünü atan Aydın, takımının elenmesine engel olamamıştır. Sezona kötü başlayan Galatasaray'da Süper Lig'deki ilk maçına 3.haftada eski takımı Eskişehirspor karşısında çıkan Aydın, o sezonki ilk asistini ise ligin 6.haftasında eski takımı İstanbul BB ile oynanan maçta attı. Süper Lig'de ilk golünü 13 Mart 2011'de MKE Ankaragücü'ne mükemmel bir plaseyle atan Aydın, bir de asist yapsa da takımının 3-2 mağlup olmasına engel olamamıştır. Aydın sezonu Süper Lig'de 19 maç, 1 gol ve 4 asistle tamamlarken Avrupa Kupası'nda ise 1 maç 1 gol istatistiğiyle oynamıştır. Türkiye Kupası'nda da 5 maça çıkan Aydın bu maçlarda skoru değiştirememiştir.
2011-12 sezonu başında bir önceki sezon tarihinin en kötü sezonunu geçiren Galatasaray'da başkanlığa Ünal Aysal'ın getirilmesinin ardından takımın başına ise Fatih Terim geçmiştir. 2011-12 sezonunda Real Madrid CF, Olimpiakos ve Liverpool FC maçlarında az da olsa süre bulan Aydın, Süper Lig'de ilk maçına ise Süper Lig'in 7.haftasında Antalyaspor karşısında çıktı. Bu maça kadar kadroya dahi alınmayan Aydın, bu maçta 70 dakika sahada kaldı ve hocası Fatih Terim'in beğenisini topladı. O sezonun ilk yarısında oynanan 17 maçta yalnızca 5 maçın kadrosuna alınan Aydın, takımda Engin Baytar, Albert Riera, Emre Çolak ve Colin Kâzım Richards gibi oyuncuların bulunması nedeniyle yalnıca bu maçların üçünde süre aldı. Devre arasında ise takım Aydın'ın mevkiine Manisaspor'dan Yiğit Gökoğlan'ı aldı. Antalyaspor'dan kadroya katılan Necati Ateş için yapılan anlaşmada ise "Sezon sonunda Aydın Yılmaz veya muadili bir oyuncu Antalyaspor'a verilecektir." ifadelerinde bulunuldu ve Aydın'ın artık Galatasaray'dan gidebileceği dedikoduları çıktı. Aydın Türkiye Kupası'nda ise ilk maçına Ocak 2012'de Balıkesirspor maçının 45. dakikasında çıktı. O sezon Süper Lig'de 26. haftaya kadar kadroya dahi alınmayan Yılmaz, 26. haftada ilk kez Kayserispor maçı kadrosuna dahil edildi ancak dakika bulamadı. Bu maçtan bir hafta sonra da Mersin İdman Yurdu maçı için kadroya alınan Aydın, maçın 78.dakikasında Ceyhun Gülselam'ın yerine otuna dahil oldu. Bu maçta oyuna sonradan dahil olan oyuncu, uzun süre sürdüğü topla ceza sahası içine girmiş ve penaltı olmasına sebep olmuştur. Aydın bu maçta takımının 3 puan almasındaki en büyük etkenlerden olmuştur. Bu maçın ardından bir sonraki hafta Beşiktaş derbisinde de kadroda yer almıştır. Bir sonr