k için gemilerde taşınabilecek çok sayıda mancınık, rampa ve merdiven inşa etmişlerdi.
Ancak 14 Haziran'da 35.000 kişi yerine sadece 12.000 kişilik bir Haçlı ordusu Venedik'teki Lido Adasın'da toplanabilmişti. Daha önce bu sefere katılmak isteyen bazı Avrupalılar, özellikle Venedikliler'e ödenmesi gereken ücreti beğenmeyerek sefere katılmaktan vazgeçmişler; diğer bazı Haçlılar'sa, gemi ile Mısır'a gitmekten hoşlanmayarak doğrudan doğruya Filistin'e gitmek için diğer Akdeniz limanlarına gitmiş ve hala Haçlılar elinde bulunan Akka kalesine yönelmişlerdi.

Haçlılar'ın azlığından dolayı 84.000 gümüş toplanamamıştı. Haçlılar'ın başında bulunanlar; hükümdarlar, asiller ve bu sefere gidecek ve yardım etmek isteyecek herkesten paralar topladı ise de toplanan 51.000 gümüş marklık meblağ ordu nakliyat tazminatını karşılamaya yeterli değildi. Bunun üzerine Venedik Dükü Enriko Dandolo, toplanmış olan askerî güçlerin Mısır'a gitmek için yola çıkmadan önce Venedik idaresine isyan etmiş olan Moglie, Trieste ve Zara şehirlerine gönderilip bu isyanları bastırması ve bu şehirleri yine Venedik idaresi altına vermeleri durumunda gereken nakliye ücretinin büyük bir kısmının karşılanacağını bildirdi. Haçlıların Mısır'a gittiklerinde elde edecekleri kazançlardan ücretin kalan kısmının ödenebileceğini açıkladı.

"Ana madde: Zara Kuşatması"

Zara Adriyatik kıyısında bir Katolik şehriydi fakat nüfusunun çoğu İtalyan asıllı değil Slav'dı. O zamana kadar Venedik idaresinde bulunan Zara şehri 1183 yılında isyan etmişti. Şehrin bağımsızlığı ve savunması, Papa ve Macaristan Kralı Emerik tarafından garanti edilmişti. Halbuki bu iki garantici de Dördüncü Haçlı Seferi'nin idaresine baş çekmekteydiler. Papa III. Innocentius yazılı bir protesto göndererek Zara'ya hücum edeceklerin aforoz edeceğini bildirdi. Toplanan Haçlı gücüne katılan bazı kişiler bu girişimi uygunsuz bulup katılmamayı tercih ettiler. Fakat toplanan Haçlılar'ın çoğu çok önemli bir hedef olan kutsal toprakların ve Kudüs'ün tekrar ele geçirmek için bunun bir vasıta olduğuna inanıp Zara'ya gitmeyi kabullendiler.
Zara'ya 60 harp gemisi , 50 çıkartma gemisi ve 110 at gemisi ile götürülen Haçlı ordusu, Zara limanının önünde kurulmuş olan zincir ve diğer yüzer engellerin Venedik harp gemileri tarafından etkisizleştirilmesinden sonra, hiç direniş görmeden asker ve harp malzemesi çıkararak şehri zapetti. O zamanki hukuka göre haklı olarak bu şehri üç gün talan ettiler. Papa III. Innocentius, Haçlı ordusunun bu şekilde Hristiyanlara hücum etmesine çok kızdı; önce Zara'yı zapteden bütün Haçlılar'ı aforoz ettiyse de, sonra danışmanları tarafından zorlanıp sadece Venedikliler'i aforoz etti. Ama bu aforozda, önceden aforoz edilen İtalyan şehirlerinde olduğu gibi neticesiz kaldı.

Bu seferden sonra Bizans tacında hak iddia eden II. İsaakios'un genç oğlu IV. Aleksios, Haçlı komuta heyetine ve özellikle Haçlı Ordusu komutanı Boniface'ye, eğer Haçlı güçleri İstanbul'a gelir ve orada tahtı gasp eden amcası III. Aleksios'un yerine kendisini imparator yaparlarsa, Haçlı güçlerine büyük katkılar yapacağına inandırdı. Aleksios'un vaadleri şunlardı: 

Birçok dindar Katolik Haçlı ve özellikle Papa III. Innocentius için bu son şart çok uygun görülmüştü. Bu şekilde İstanbul'u ve Bizanslılar'ı tek bir Hristiyan kilisesi içinde ve Papa'nın liderliği altında toplamak, kutsal Kudüs'u yeniden almak kadar çekici görülüyordu.

Bunun yanında İstanbul'un bir servet yatağı olduğu Batı Avrupa'da ve özellikle önceki Haçlı seferlerinden dönenler tarafından, yıllarca masal gibi söylenip gitmişti. Her Orta Çağ ordusu mensubu gibi İstanbul'u bir ordu ile almak ve hukuken kabul edilen üç günlük talan izni, bir Haçlı askeri için inanılmaz çok ganimet toplamak ile bir anlama gelmekteydi.

Nisan'da Haçlı ordusunu taşıyan donanma Zara'dan ayrıldı; Dıraç limanı ve Korfu adasına uğradıktan sonra bu büyük donanma 24 Haziran 1203'de İstanbul şehri önünde Boğaz ağzında demir attı. Bizans İmparatoru III. Aleksios, bu donanmanın yakında geleceğinden haberi vardı; ama bu tehdidi karşılayacak askerî güç, özellikle deniz gücü, elinde bulunmuyordu. Önceki imparator olan kardeşi II. İsaakios, Bizans'in gemi yapımı ve bakımı kontratını 16 yıl önce bir ihale sonucu Venedikliler'in eline bırakmıştı ve kayın biraderi olan Bizans donanma komutanı amiral de donanmanın elinde bulunan çımaları, yelkenleri ve halatları ihale ile satmıştı. Böylece Bizans donanması hiç donanımsız birkaç tekneye dönüşmüştü.

istanbul'a gelen Venedik gemilerinden oluşan büyük Venedik/Haçlı donanması o zaman İstanbul'un limanı olan Haliç'e giremedi. Çünkü Haliç'in ağzına 500 metre uzunlukta büyük ve ağır bir zincir çekilmişti. Bu nedenle Venedik/Haçlı donanması önce Anadolu yakasında o zaman Kadıköy'de bulunan bir saray önünde demirleyip etraftaki tarla, bostan ve bahçeleri yağmalayarak yiyecek ve içecek tedariki yaptı. Ufak bir Bizans süvari birliği burada Haçlılara hücum ettiyse de hemen geri püskürtüldü. Buraya Bizans İmparatoru III. Aleksios'un gönderdiği elçi de iyi karşılanmadı. Eğer III. Aleksios, yeğeni yerine tahttan feragat ederse kendinin affedilip iyi muamele göreceğini, eğer feragat etmezse, bir daha elçi ve mesaj göndermemesi; kendini ve şehrini savunmaya hazırlaması istendiği bildirildi.

5 Temmuz'da bütün Haçlı birlikleri ve donanması Avrupa yakasında, Galata'nın hemen yakınına bir ordugah kurdu. O zaman Galata bir ticaret merkezi olduğu için surları bulunmuyordu. Galata yakasında büyük ve yuvarlak, kule şeklinde bir kale vardı ve Haliç'i gemilere kapayan zincirin bir ucu bu kuleye girip oradan büyük makaralarla indirilip yükseltiliyordu. Bu kaleyi savunmak için büyük bir Bizans birliği bulunmaktaydı ve bu birliğe moral sağlamak için III. Aleksios şahsen bu kulenin etrafının ve içinin savunmasının komutasını üzerine almıştı. Fakat Haçlıların ağır zırhlı süvari birlikleri hücuma geçince kulenin etrafındaki Bizans birlikleri başlarında imparator olmak üzere hemen kaçmaya koyuldular ve kule içindeki güçlerin direnişi de ancak 24 saat sürdü. Böylece Haliç'i kapatan zincirin bir tarafını eline geçiren Haçlılar zinciri denize indirdiler ve Haliç'e girişi açtılar. Böylece büyük Venedik donanması İstanbul'un limanı olan Haliç'e girmeyi başarmış oldu.

Bizanslılar şehirlerini savunmaya kararlıydılar. Karaya bakan surlar çok korunaklı olup Barbar kavimlerin, Araplar'ın ve Bulgarlar'ın kuşatmalarına karşı yüzyıllarca başarı ile savunulmuştu. Ancak Haliç kıyısındaki surlar daha alçak, daha dar ve bu nedenlerle daha az korunaklıydı. Buna rağmen Bizanslı savunucu güçler bu surları da savunmaya hazırdılar. Haçlılar, Haliç surlarının daha az korunaklı olduğunu ve özellikle şehrin kuzey batı köşesindeki Tekfur Sarayı civarında kara surları ile Haliç surlarının birleştiği kavisin zayıf olduğunu iyi bilmekteydiler.

17 Temmuz 1203 günü Haçlı Latinler karadan ve Venedikliler denizden Haliç surlarına, özellikle de bu surların en zayıf kısmına karşı büyük bir hücum başlattılar. Venedik gemileri mancınık ve atacakları taşlarla dolu bulunuyordu. Gemi direkleri arasına çekilen halatlara surlara ve kulelere çıkmak için merdivenler ve platformlar bağlanmıştı. Gemiler sahilde hemen karaya oturacak kadar yaklaştırılıp alçak boyda olan surları ve sur kulelerini mancınıklarla bomdardıman edip platformlar ve merdivenlerle gemilerden hemen sur üstüne çıkmak imkânı bulunuyordu. Venedik Dükü Enrico Dandolo idaresindeki Venedikli deniz güçleri başarı ile surları ve sur kulelerini ellerine geçirmeye başladılar. O günün sonunda Dandolo müttefiki olan Haçlı komuta heyetine verdiği raporda 25 sur kulesinin Venedikliler'in eline geçtiğini; Venedikli denizcilerin surlarda açılan gediklerden şehrin kuzey batısına girdiğini ve civardaki tahta evlerden oluşan şehir mahallelerinin hepsinin ateşe verdiğini, yangının devam ettiğini bildirdi.

İlk hücum esnasında Venedikliler, zayıf Haliç surlarını aşıp İstanbul'un kuzeybatı mahallerini yaktılar. Bu yangının sonucunda yaklaşık 20.000 Bizanslı evsiz kaldı. Gene ilk hücum esnasında III. Aleksios, San Romanus Kapısından çıkarak bir huruç hücumuna geçti. Fakat imparatorun aciz komutanlığı nedeniyle Bizans kuvvetleri bozguna uğradı ve şehre çekildi. Saray mensupları, Aleksios'u yeni bir hücuma zorladılar. Aleksios, yeni bir hücuma komuta etmeyi kabul etse de 17 Temmuz gecesi gizlice ufak bir gemiye binerek Trakya'ya kaçtı. Kaçarken yanında Eirene isimli kızı ve hazinede bulunan 500 kilo altın vardı. Böylece Aleksios, kuzeybatı mahallesindeki yangın esnasında diğer iki kızını ile karısını kaybettiği ve büyük bir tehdit altındaki başkentten kurtulmuştu. 

Angelos kaçınca Bizans başsız kaldı. Alelacele toplanan konseyde II. İsaakios'un zindandan çıkartılması ve tahta oturtulmasına karar verildi. II. İsaakios'un gözleri görmüyordu; Bizans hukukuna göre körler imparator olamazdı ama İsaakios meşru imparatordu. Bizans'ın ileri gelenleri, İsaakios'u tekrar imparator yapmakla Haçlılar'ın kuşatmayı kaldırmak için öne sürdükleri tek şart olan yani II. İsaakios'un tekrar imparator olması şartını karşıladıklarını sanmaktaydılar. Ayrıca Haçlılar'a yardım eden ve onlarla beraber gelen İsaakios'un oğlunun da, IV. Aleksios adıyla ortak imparator yapmaları gerekti. Nitekim 1 Ağustos 1203'de II. İsakios ile IV. Aleksios taç giydi ve ülkenin idaresini ellerine aldılar.

Meşru hükümdarların tahta geçmesini, kuşatmanın kaldırılması için şart koşan Venedikliler ve Haçlılar, şartlarının yerine getirilmesiyle taarruzlarını durdurdular. İstanbul'da ele geçirdikleri yerleri boşaltıp Haliç'in karşı kıyısında bulunan Galata'nın dışındaki bir ordugaha çekildiler.Meşru hükümdarların tahta geçmesini şart koşan Venedikliler ve Latinler bu gerçeği kabul ederek hücumlarını durdurup, şehrin içinde girdikleri yerlerden çıkıp Haliç'in karşı yakasında Galata dışında bir ordugaha çekildiler. Burada IV. Aleksios'un verdiği sözleri yerine getirmesi için beklemeye koyuldular.

IV. Aleksios, vaatlerini yerine getirmek için finans kaynaklarına ihtiyaç duyuyordu. Amcasının yaptığı aşırı israflı ha