alı saldırı ve Fairfax County, Virginia'daki CIA merkezine uçakla intihar saldırısı gerçekleştirilmesinden oluşmaktaydı.

25 Haziran 1996'da, Suudi Arabistan'ın el-Huber şehrinde bulunan ve koalisyon güçlerinin konakladığı konut kompleksine bomba yüklü araçla bir saldırı düzenlendi. 19 Amerikan askeri ile bilinmeyen sayıda diğer ölümlerin ve 400'den fazla kişinin yaralandığı saldırının arkasında, kesin olmayan bazı iddialara göre el-Kaide yer almaktaydı. 23 Ağustos 1996'da Londra merkezli "el-Kuds el-Arabi" gazetesinde yayınlanan Bin Ladin'e ait bildiriyle Suudi Arabistan'da bulunan Amerikan kuvvetleri ve dünya genelinde Müslümanlara karşı olan tutumları sebebiyle Amerika Birleşik Devletleri'ne karşı cihat ilan edildi. Bildiride amaçlarını Amerikan güçlerini Arap Yarımadası'ndan çıkarmak, Suudi yönetimini devirmek, İslam'ın kutsal yerlerini kurtarmak ve dünya üzerindeki bütün İslami devrimci örgütleri desteklemek olarak sıralamıştı. Diğer taraftan Muhammed Ömer liderliğindeki Taliban, Eylül 1996'da başkent Kâbil'i ele geçirerek Afganistan İslam Emirliği'ni kurdu. Taliban'ın ülke yönetiminde söz sahibi olmasının ardından el-Kaide, Taliban'ın koruması altında varlığını devam ettirmeye başladı. El-Kaide tarafından, Taliban'ın elit gerilla birlikleri olarak faaliyet gösteren 055 Tugayı adlı askerî birimin finanse edilmesine ve eğitilmesine başlandı. 23 Şubat 1998'de bin Ladin ile ez-Zevahiri'nin "El-Kuds el-Arabi"de yayınladıkları fetvada yer alan "Kudüs'teki Mescid-i Aksa ile Mekke'deki Mescid-i Haram'ı özgür kılmak için Amerikalıları ve onların müttefiklerini öldürmek her Müslümanın görevi" ifadeleri ile birlikte Hristiyan ve Yahudilere karşı cihat çağrısı yapıldı. 1996'daki çağrının aksine bu fetva, çeşitli İslami kuruluşlar ve akademisyenler tarafından da onaylanmış; beş farklı İslamcı örgüt liderinin imzasıyla Dünya İslam Cephesi adıyla yayınlanmıştı.

7 Ağustos 1998'de el-Kaide ve Mısır İslam Cihadı tarafından, Tanzanya'nın Darüsselam şehri ile Kenya'nın başkenti Nairobi'deki Amerika Birleşik Devleti konsolosluklarına bomba yüklü kamyonlarla saldırı düzenlendi. Saldırılarda 224 kişi öldü, 4.000'den fazla kişi ise yaralandı. 20 Ağustos günü Hartum'daki el-Şifa fabrikası ile Afganistan'daki bazı el-Kaide eğitim kamplarına Amerikan güçleri tarafından füzeyle saldırılar düzenlendi. Bin Ladin'in kimyasal silah ürettiği gerekçesiyle düzenlenen saldırı sonucunda fabrika imha edilirken, daha sonra yapılan incelemeler ve Amerikalı hükûmet yetkililerinin açıklamalarıyla fabrikada böyle bir üretimin gerçekleşmediği ve yalnızca ilaç üretimi yapıldığı, bin Ladin ile fabrika arasında herhangi bir bağlantı olmadığı tespit edildi. Öte yandan Amerikan istihbarat yetkilileri, bin Ladin ile Sudan hükûmetine ait Military Industry Corporation adlı şirket arasında birtakım finansal ilişkilerin olduğunu öne sürdü.

1 Ocak 2000'de veya yakın tarihlerde el-Kaide üyeleri tarafından, Ürdün'deki dört farklı noktaya (başkent Amman'daki Radisson Hotel, İsrail-Ürdün sınırı, Hristiyanlar için kutsal sayılan Nibu Dağı ve Yahya'nın İsa'yı vaftiz ettiğine inanılan Şeria Nehri kıyısındaki bir yer), Amerika Birleşik Devletleri'nin Los Angeles şehrindeki Los Angeles Uluslararası Havalimanı'na ve Yemen'in Aden şehrinde demirlemiş olan Amerika Birleşik Devletleri Donanması'na bağlı USS "The Sullivans" (DDG-68) muhribine bombalı saldırılar yapılması planlansa da bunların hiçbiri çeşitli sebeplerden dolayı gerçekleşmedi. 12 Ekim 2000'de, Aden'de demirlemiş olan Amerika Birleşik Devletleri Donanması'na bağlı USS "Cole" (DDG-67) muhribine el-Kaide militanlarınca düzenlenen intihar saldırısında 17 Amerikan askeri hayatını kaybetti, 39 asker ise yaralandı.

11 Eylül 2001'de, Amerika Birleşik Devletleri'nde iç hatlar uçuşu gerçekleştirilen dört uçak kaçırıldı. American Airlines'ın 11 sefer sayılı uçuşu ile United Airlines'ın 175 sefer sayılı uçuşu New York'taki Dünya Ticaret Merkezi'nin iki kulesine çarptırılırken, iki kulenin de yıkılmasına yol açtı. American Airlines'ın 77 sefer sayılı uçuşu, Arlington County'deki Pentagon'a çarparken, Washington, DC'de bulunan Amerikan Kongre Binası veya Beyaz Saray'a çarptırılması planlanan United Airlines'ın 93 sefer sayılı uçuşu ise yolcuların kalkışması sonucu Pensilvanya'daki Somerset County'e düştü. Saldırılar sonucunda, uçakları kaçıran 19 kişi dahil 2.996 kişi hayatını kaybetti, 6.000'den fazla kişiyse yaralandı. 16 Eylül günü bin Ladin tarafından yapılan açıklamada saldırıların arkasında kendisinin olmadığını belirtilse de, 29 Ekim 2004'te yayınlanan videosunda ilk kez saldırıların sorumluluğunu üstlendi ve uçakları kaçıran 19 kişiyi bizzat kendisinin eğittiğini söyledi. FBI tarafından yürütülen araştırma neticesinde saldırıları gerçekleştiren kişilerin, bin Ladin'in liderliğindeki el-Kaide ile bağlantılı olduğu belirlendi. Amerika Birleşik Devletleri tarafından Afganistan'daki Taliban rejimini sonlandırılmak için Terörizmle Savaş adı altında bir kampanya başlatıldı. 7 Ekim 2001'de, Afganistan'daki Taliban ve el-Kaide hedeflerinin Amerikan ve Britanya kuvvetleri tarafından bombalanmasıyla Afganistan Savaşı fiilen başlamış oldu. Kuzey İttifakı ile birlikte hareket eden koalisyon güçleri, Kasım 2001'de başkent Kâbil'i ele geçirip Afganistan İslam Emirliği'ni yıkarak Taliban yönetimine son verdi.

Terörizmle Savaş'ın başlamasının ardından el-Kaide'nin hem yönetici kademesinde hem de militanlarında kayıplar yaşanmaya başlansa da örgütün faaliyetleri devam etti. 22 Aralık 2001'de, Paris'ten Miami'ye gerçekleşen American Airlines'ın 63 sefer sayılı uçuşu sırasında, ayakkabısında sakladığı bombayı patlatmaya çalışan bir el-Kaide üyesinin bu girişimi kabim memurları ve yolcular tarafından engellendi. 11 Nisan 2002'de, Tunus'a bağlı Cerbe adasındaki El-Griba Sinagogu'na el-Kaide'ye bağlı bir kişi tarafından düzenlenen intihar saldırısı, 21 kişinin ölümüne yol açtı.

Ebu Musab ez-Zerkavi tarafından 1999'da Ürdün'de kurulan ve 2001'de başlayan Afganistan Savaşı sonrasında ez-Zerkavi'nin Irak'a hareket ederek faaliyetlerine burada devam ettiren Tevhit ve Cihat Cemaati, Mart 2003'te Irak'ın İşgali ile başlayan Irak Savaşı'yla birlikte Irak'ta silahlı faaliyetlere başladı. 17 Ekim 2004'te İnternet ortamında yayınladığı bildiriyle el-Kaide'ye bağlılık yemini eden örgüt, Irak el-Kaidesi adını aldı. Irak'taki el-Kaide oluşumu, Batı ülkelerinden çok genel olarak ülkedeki Şii azınlığa yönelik bombalı saldırılar ve intihar saldırıları gerçekleştirmekteydi.

15 Ocak 2006'da örgüt sözcüsü Ebu Meysere el-Iraki tarafından, "Irak'ı işgalden kurtarmak, tüm mücahitleri tek bir çatı altında toplamak ve birlikte hareket etmesini sağlamak ve İslam ile Sünnet bayrağını yüceltme" amacıyla, Irak el-Kaidesi'nin de aralarında olduğu altı örgütün birleşmesiyle Mücahit Şura Meclisi adlı çatı örgütün kurulduğu duyuruldu. 7 Haziran 2006'da, ez-Zerkavi'nin de katıldığı bir örgüt toplantısının yapıldığı binaya Amerika Birleşik Devletleri Hava Kuvvetleri'ne bağlı uçaklar tarafından düzenlenen hava saldırısıyla ez-Zerkavi'nin öldürülmesi sonrasında örgütün liderliği Ebu Eyyub el-Mısri'ye geçti. 15 Ekim 2006'da yayınlanan videoyla oluşum; Bağdat, Anbar, Diyala, Kerkük, Selahaddin ve Ninova illerinin tamamı ile Babil ilinin bir kısmını içinde barındıran bölgede Irak İslam Devleti'ni kurduğunu açıkladı. El-Mısri'nin 18 Nisan 2010'da öldürülmesi sonrasında Ebu Bekir el-Bağdadi örgütün yeni lideri oldu. El-Bağdadi, 8 Nisan 2013'te yaptığı açıklamada, el-Kaide'ye bağlı olarak Suriye'de faaliyet gösteren en-Nusra Cephesi ile birleştiklerini ve böylece Irak ve Şam İslam Devleti'ni kurduklarını ifade etti. El-Kaide tarafından 3 Şubat 2014'te yayınlanan bildiride Irak ve Şam İslam Devleti'nin kuruluşunda kendilerine danışılmadığı ve kendilerinin onayı alınmadığı, faaliyetlerinden memnun olmadıkları ve desteklemedikleri örgütün el-Kaide ile herhangi bir bağlantısı kalmadığı ifadelerine yer verildi.

Öte yandan Mart 2007'de İnternet'te yayınlanan bir videoyla kuruluşu duyurulan ve Irak'a bağlı Kürdistan Bölgesel Yönetimi'nde faaliyet gösteren el-Kaide Kürt Taburları da Kürt liderlere karşı mücadele vermeye başlamıştı.

Arap Baharı'nın etkisiyle Mart 2011'de Suriye'de, Devlet Başkanı Beşşar Esad'e karşı sivil protesto ve ayaklanmalar başladı. Suriye Silahlı Kuvvetleri'ne mensup bazı askerlerin Temmuz 2011'de kurdukları Özgür Suriye Ordusu adlı oluşum sonrasında ülkedeki durum silahlı iç çatışmalara, daha sonrasında ise iç savaşa dönüştü. 23 Ocak 2012'de, Ebu Bekir el-Bağdadi tarafından Suriye'ye gönderilen ve buradaki cihatçı hücreleri toparlayarak bir el-Kaide yapılanması oluşturmakla görevlenen Ebu Muhammed el-Cevlani'nin liderliğinde en-Nusra Cephesi adlı örgütün kurulduğu duyuruldu. Ancak daha önceleri Suriye'deki el-Kaide bağlantılı kişiler faaliyetlerine başlamış, 23 Aralık 2011'de başkent Şam'da gerçekleştirdikleri intihar saldırılarında 44 kişi hayatını kaybetmişti. Kuruluşunun ardından örgüt, süregelen iç savaşta Suriye hükûmeti karşısında mücadele vermeye başladı.

Irak İslam Devleti lideri el-Bağdadi 8 Nisan 2013'te, en-Nusra Cephesi ile birleşildiği ve Irak ve Şam İslam Devleti'nin kurulduğunu bildirdi. Ertesi gün el-Cevlani, bu birleşmeyi kabul etmediklerini ve örgütünün el-Kaide ile lideri Eymen ez-Zevahiri'ye bağlı olduğunu açıkladı. Bu gelişmelerin ardından örgütün bazı üyeleri Irak ve Şam İslam Devleti'ne katılırken, bazıları el-Cevlani'ye bağlı kaldı. 2014 başlarında Irak ve Şam İslam Devleti karşısında da silahlı mücadeleye başladı. 28 Temmuz 2016'da yapılan açıklamayla oluşumun feshedildiği ve el-Kaide ile bağlantısının sonlandırılarak Şam Fethi Cephesi adlı yeni bir oluşumun kurulduğu bildirildi.

Haziran 2006'da oluşturulmasının ardından çıkan iç savaşta Somali'nin güneyindeki bazı bölümlerin yönetimini ele geçiren İslam Mahkemeleri Birliği'nin Aralık 2006'da dağılması sonucu kurulan eş-Şebab, bu aşamada sonra ülkedeki Federal Geçiş Hükûmeti ile Etiyopya askerî birimlerine karşı silahlı mücadeleye başladı. Örgüt, Şubat 2012'de yayınlanan bir