yecekti ama Filistin Ulusal Yönetimi'nin gözetiminde de kalmayacaklardı. Bunun yerine Eriha'da İngiliz ve ABD güvenlik personeli tarafından hapiste tutulacaklardı. Bununla birlikte Filistinlilere Arapça seslenerek İsrail'e karşı saldırılarını durdurma çağrısı yapma şartıyla Arafat serbest bırakıldı. 8 Mayıs'ta böyle bir çağrı yaptı ama daha önceki denemeler gibi dikkate alınmadı. 2003 yılında Arafat başbakanlık görevini Mahmud Abbas'a bıraktı.

2004 yılında ABD Başkanı Bush Arafat'ın görüşmelere katılmasını reddetti. Arafat, diğer Arap devletlerinin liderleriyle çok da iyi ilişkilere sahip değildi. Ne zaman İsrail tarafında baskı altına girse Arap liderlerin desteği artıyordu,örneğin 2003 yılında İsrail Arafat'ı İsrail kontrolü altında bulunan Batı Şeria'dan çıkaracağı kararını verdiğini açıkladığında olduğu gibi. Arap haber kanalı "El Cezire" ile olan bir röportajda, Ariel Şaron'un Arafat'ın Filistin topraklarından kesin olarak sürgün edilmesi önerisine karşı Arafat şöyle cevap vermiştir: "Burası onun mu [Şaron] vatanı, bizim mi? İbrahim Peygamber buraya gelmeden çok önce biz buraya yerleşmiştik, ama görünen o ki onlar [İsrailliler] ne tarihten ne de coğrafyadan anlıyor."

Ağustos 2002'de İsrail Askerî Haberalma Şefi Arafat'ın kişisel servetinin 1,3 milyar ABD doları olduğunu söyledi, ama bu iddiasını kanıtlayacak kanıt ortaya sunmadı. 2003 yılında Uluslararası Para Fonu (IMF) tarafından Filistin Ulusal Yönetimi'nin denetlenmesi sonucunda Arafat'ın kamu hesaplarından 900 milyon doları kendisi ve Filistin Ulusal Yönetimi Baş Ekonomik Danışmanı tarafından kontrol edilen özel bir hesaba geçirdiği açıklandı. Ancak IMF herhangi bir uygunsuzluk olduğunu iddia etmedi, özel olarak tüm fonların yurtiçinde ve dışında Filistin varlıklarına yatırıldığını belirtti.

2003 yılında Arafat'ın finans bakanı tarafından kirlanan Amerikalı muhasebecilerden oluşan bir takım Arafat'ın finans hesaplarını incelemeye başladı. Bu takım Filistinli liderin kişisel servetinin bir kısmının içinde Coca-Cola'nın Ramallah'ta şişeleme tesisi, bir Tunus cep telefonu şirketi ve ABD ve Cayman Adaları'nda risk sermaye hesaplarından oluşan 1 milyar dolarlık gizli bir portföyde olduğunu açıkladı. İnceleme takımının lideri "her ne kadar portföydeki para Filistin vergileri gibi kamu fonlarından gelmiş ama hemen hemen hiçbir miktarı Filistin halkı için harcanmamış; tamamı Arafat tarafından kontrol edilmekteydi. Bu bağlantıların hiçbiri daha önce kamuya açıklanmamıştı." diye belirtmiştir.

Her ne kadar Arafat mütevazı bir yaşam sürdüyse de, ABD Başkanları Bush ve Clinton için müzakerecilik yapan Dennis Ross, Arafat'ın parasının kendisine sadakatı sağlamak için kurulmuş çok geniş bir sistemi beslemek için kullanıldığını iddia etmiştir. Eski bir Dünya Bankası yetkilisi olan ve Arafat tarafından Finans Bakanlığına atanan Selim Feyyad'a göre Arafat'ın emtia tekeli kendi halkını kazıklıyordu, "özellikle de daha da fakir olan Gazzelileri, bu kabul edilemeyecek ahlakdışı bir olaydır." Feyyad, Arafat'ın kamu fonlarından Önleyici Güvenlik Servisi liderlerine ödemek için 20 milyon ABD doları kullandığını iddia etmektedir.

Avrupa Birliği tarafından Filistin Ulusal Yönetimi'nin kötü yollarda kullandığı fonlarda yapılan incelemeler terörist eylemler için kullanıldığını ortaya çıkarmamıştır. Arafat'ın eski finansal yaveri Fuad Şubaki, İsrail güvenlik servisi Shin Bet'e Arafat'ın yardım paralarından birkaç milyon dolarla silah aldığını ve militan grupları desteklediğini söyledi.

Arafat'ın doktorları tarafından "grip" nedeniyle tedavi edildiği açıklaması ilk olarak sözcüsü tarafından, bir toplantıda kusması üzerine 25 Ekim 2004'te yapılmıştır. Bunu takip eden günlerde durumu giderek kötüleşti. Tunusi Ürdün ve Mısır dahil olmak üzere farklı doktorların ziyaretinden ve İsrail ile geri dönmesinin engellenmeyeceği anlaşmasının üzerine Arafat Fransız hükümetine ait bir jet ile Paris banliyölerinden Clamart'da bulunan Percy Askerî Hastanesine götürüldü. Doktorlarından birine göre Arafat, bağışıklık sistemi kaynaklı kanda dolanan plateletlerin aşırı derecede azaldığı trombosit yıkımına neden olan idiyopatik trombositopenik purpura hastalığından muzdaripti. 3 Kasım'da giderek kötüleşecek olan komaya girdi. Komayı izleyen günlerde Arafat'ın sağlık durumu zehirlendiği ya da AIDS'e yakalandığı spekülasyonlarına konu oldu. Birçok kaynak Arafat'ın bitkisel hayata girdiğini ya da öldüğünü iddia etti. Ancak Filistinli yetkililer ve Arafat'ın Ürdünlü doktoru beyin ölümü olduğu raporlarını reddetti ve Arafat'ı yaşam desteğinde tutmaya devam etti.

Filistin Ulusal Yönetimi yetkilileri Fransa'ya Yaser Arafat'ı görmeye geldiklerinde Süha Arafat ile aralarında bir anlaşmazlık yaşandı. Süha "Ebu Ammar'ı canlı canlı gömmeye çalışıyorlar" dedi. Fransız yasaları doktorların hastalarının durumu hakkında başkalarıyla konuşmalarını yasaklar, ancak ölümcül teşhislerde yakın akrabalar ile konuşulabilir. Dolayısıyla Arafat'ın sağlığı hakkında verilen tüm bilgiler eşi tarafından onaylanmaktaydı. Filistinli yetkililer Yaser Araft'ın sağlığı hakkındaki bilgilerin eşi tarafından "süzgeçten geçirilmesi" konusundaki üzüntülerini belirtti.

Ertesi gün, Percy hastanesi başhekimi Christian Estripeau Arafat'ın sağlık durumunun kötüleştiğini ve derin bir komaya daldığını bildirdi. Arafat'ın başucunda bekleyen Filistin yönetiminin islami mahkemelerinin başı Şeyh Taissir Tamimi, Arafat'ı yaşam desteğinden çekmenin söz konusu olmadığını çünkü böyle bir hareketin ona göre İslam dinince yasaklanması gerektiğini söyledi.

Arafat'ın, 11 Kasım sabahı 3:30 'da UTC 75 yaşında öldüğü ilan edildi. Hastalığının tam nedeni bilinmemektedir. Tamimi durumunu "çok acı verici bir sahneydi" diye tarif etmiştir. Arafat'ın ölümü açıklandığında Filistin'de herkes yas tutmaya başladı. Camilerden se'lalar okundu ve caddelerde lastikler yakıldı. Ölümü hakkında Socialist World'de : "Birçok Filistinli Yaser Arafat'ın ölümünü üzüntüyle karşılayacak ve keşke idaresi altında bulunan Filistin Ulusal Yönetiminin hayatlarını karartan yoksulluğu ve baskıyı durdurmak için daha fazla çalışmış olmasını düşünerek karşılayacaktır" denmiştir.

"Le Canard enchaîné" gazetesi Arafat'a ve tıbbi kayıtlarına ulaşabilen bazı kaynakların sızdırdığını iddia ettikleri bilgileri yayımlamıştır. Gazeteye göre, Percy'deki doktorlar Arafat'ın gelişinde kanın içeriğini değiştiren ağır karaciğer lezyonları nedeniyle Arafat'ı hematoloji servisine yatırmış. Lösemi olmadığına kanaat getirilmiş. Aynı kaynağa göre bu siroz teşhisinin açıklanmamasının sebebinin, kamuoyunda genel olarak bu durumun aşırı derecede alkol kullanımıyla bağdaştırılmasıydı. Her ne kadar teşhis alkolik siroz olmasa da, ve Arafat'ın herhangi bir alkol kullanmadığı bilinse de , yine de dedikodu ihtimalleri bulunmaktaydı. Aynı kaynak, Arafat'ın yaşam koşullarının durumu hiç de kolaylaştırmadığını açıkladı. Dolayısıyla hastalığının muhtemel nedenleri çok sayıdaydı, Arafat'ın komaya girmesinin nedeni de sirozun kötüye gitmesiydi. Fransız "Le Monde" gazetesi doktorların Araft'ın "olağandışı bir kan hastalığı ve karaciğer problemi" olduğunu söylediklerini yazdı.

Arafat'ın ölümünden sonra Fransız Savunma Bakanı, Arafat'ın tıbbi dosyasının yalnızca en yakın akrabasına teslim edileceğini açıkladı. Bu kişinin Arafat'ın yeğeni ve Filistin Ulusal Yönetimi'nin BM temsilcisi Nasır el Kudva olduğuna karar verildi, böylece Süha Arafat'ın kocasının hastalığı hakkında sessiz kalması sorunu aşılmaya çalışıldı. Nasır el Kudva'ya Fransız Savunma Bakanı tarafından Arafat'ın 558 sayfalık tıbbi dosyasının bir kopyası verildi.

Eylül 2005'te İsrail gazetesi "Haaretz" Fransız uzmanların Arafat'ın hastalığının ne olduğunu teşhis edemediğini yazdı. Gazete İsrailli bir AIDS uzmanının Arafat'ın AIDS'in tüm semptomlarını taşıdığı iddiasını yayımladı. Bu varsayım daha sonra "The New York Times" tarafından reddedilmiştir.

Arafat'ın yirmi yıldır özel doktorluğunu yapan ve aynı zamanda Ürdün krallarına da hizmet etmiş olan Eşref el Kürdi, Arafat'ın tibbi dosyasında böyle bir enfeksiyonun varlığından sözedilmediğini açıkladı. Bir başka "önemli İsrailli doktor" "Haaretz" 'de yayımlanan makalede bunun bakteriyel bir zehirlenme yerine hasta olmadan dört saat önce içinde "ricin" adlı bir toksin bulunan yemeği yemesi nedeniyle oluşan "klasik bir gıda zehirlenmesi" olduğunu iddia etti. Ancak, "Haaretz" 'in raporu yayımladığı aynı hafta, "The New York Times" Arafat'ın tıbbi kayıtlarına dayandığını iddia ettiği ve Arafat'ın ne AIDS ne de gıda zehirlenmesinden öldüğünü söyleyen ayrı bir rapor yayımladı. Her iki gazete de ölüm nedeninin bilinmeyen bir enfeksiyon ya da başka bir kaynaktan olabileceği üzerine spekülasyonlarda da bulundu. Ancak, özellikle Araplar arasında olmak üzere Arafat'ın zehirlendiği fikri dünyada yaygınlık kazandı. El Kürdi, Arafat'ın eşi Süha'nın ölüm sebebi hakkındaki birçok soruyu cevaplayabilecek otopsiyi reddetmesini üzüntüyle karşıladığını belirtti. 2005'te el Kürdi Arafat'ın şüpheli ölümü hakkında araştırma yapacak bağımsız bir komisyon kurulması için çağrıda bulundu ve "bunların bir zehirlenmenin semptompları olduğunu herhangi bir doktor söyleyebilir" dedi. Daha önce de "Associated Press" 'e Arafat'ta HIV virüsü bulunduğunu, bunun da zehirlenmeyi örtbas etmek için verildiğini söylemişti.

Dedikoduları söndürmek amacıyla Fransız milletvekili Claude Goasguen bir parlamento araştırma komisyonu kurulmasını istedi. Fransız hükümeti Arafat'ın zehirlendiğine dair hiçbir kanıt bulunmadığını, aksi hâlde zaten adli bir soruşturma açılmış olacağını söyledi.

2012'de ise diş fırçası, kıyafet gibi eşyalarının üzerinde anormal düzeyde Polonyum bulunduğu açıklandı.

11 Kasım'da, Paris yakınlarına bir askerî havaalanında Fransız Ordusu Onur Kıtası Arafat için bir cenaze merasimi yaptı. Fransa Cumhurbaşkanı Jacques Chirac "cesaret adamı" olarak tanımladığı bir lidere saygısını göstermek için Arafat'ın cenazesi başında on dakika tek başına saygı duruşunda bulundu. Arafat'ın cenazesi ertesi gün Ramallah'ta gömülmeden önce, kısa b