ini basabilmek için gerekli olan bilimsel işbirliğini sağlayabilmek üzere Paris’e yerleşti. Başlangıçta yalnızca iki yıl süreceğini umduğu bu devasa iş Humboldt’un yirmi bir yılını aldı ve yine de tamamlanamadı. Paris’te bulunduğu ilk yıllarda önceleri rakibi ama artık arkadaşı olan Joseph-Louis Gay-Lussac ile hem kaldığı hem de çalıştığı yeri paylaştı, gaz analizleri ve atmosferin yapısı üzerine onunla birlikte çalıştı. 

Humboldt artık, Napolyon Bonapart'tan sonra Avrupa'daki en ünlü kişiydi. Her yerde alkışlarla karşılanıyordu. Hem yerli hem de yabancı akademiler, Humboldt'u üyeleri arasına katabilmek için yarışıyordu. Prusya Kralı III. Friedrich Wilhelm, Humboldt'u saray nazırı ilan etmiş, herhangi bir görev beklemeden daha sonra ikiye katlanacak olan 2.500 talerlik bir maaş bağlamıştı. Humboldt, 1810 yılında Prusya eğitim bakanlığı görevini reddetti. 1814 yılında müttefik hükümdarlara Londra'da eşlik etti. 1818 yılında Prusya Kralı'nın emriyle Aachen Kongresi'ne katıldı. 1822 sonbaharında yine aynı kralla birlikte Verona Kongresi'ne katıldı, buradan kraliyet maiyetinde önce Roma'ya sonra Napoli'ye geçti ve 1823 sonbaharında Paris'e döndü.

Uzun süredir Fransa başkentine gerçek evi gözü ile bakıyordu. Orada yalnızca bilimsel sempati ile karşılaşmamış, güçlü ve dinamik zekâsının aradığı sosyal uyaranları da bulmuştu. Gerek balo salonlarının aslanı, gerekse enstitü ve gözlemevinin bilgini olarak kendini doğal ortamında hissediyordu. Kendi hükümdarı Berlin'de saraya davet ettiğinde bu çağrıya derin bir hüsran duyarak karşılık verdi. Doğduğu şehrin taşralılığı tiksindirici geliyordu. Her zaman, Spree Nehrinin kıyılarında karşılaştığı dinden uzak bağnazlığa, kültürden yoksun estetiğe ve anlayıştan uzak felsefeye karşı durdu. İki iyi niyetli prensin samimi bağlılığı ve aralıksız yardımları minnettar kalmasını sağladıysa da hoşnutsuzluğunu dindirmeye yetmedi. Önceleri yeni ikâmetinin “belirsizlikle dolu atmosfer”inden kurtulmak için sık sık Paris’e yolculuk yaptıysa da yıllar geçtikçe bu gezintiler Potsdam ile Berlin arasında saray maiyetinin tekdüze “salınımları”na eşlik etmeye dönüştü. 12 Mayıs 1827’de kalıcı olarak Prusya başkentine yerleşti ve çalışmalarını Dünya’nın manyetizması üzerinde yoğunlaştırdı. 
Uzun yıllar boyunca, uzak noktalarda aynı anda yapılacak gözlemlerle Dünya’nın manyetik alanında karşılaşılan ve "manyetik fırtına" adını verdiği karışıklıkların doğasını ortaya çıkarıp bunları yöneten yasaları bulmak için çabaladı. 18 Eylül 1828’de Berlin’de yapılan bir toplantı sonrasında yeni kurulan bilimsel bir derneğin başkanlığına seçilmesi, dikkatli kişisel gözlemleri ile birleşecek yoğun bir araştırma sistemi kurmasına olanak sağladı. 1829 yılında Rusya hükümetinden istediği yardım sonucunda kuzey Asya boyunca manyetik ve meteorolojik araştırma istasyonları hattı kuruldu. "Royal Society"nin başkanı olan Sussex Dükü’ne Nisan 1836'da yazdığı mektupla, Britanya İmparatorluğu’nun topraklarında aynı işin yapılmasını sağladı. Dolayısıyla modern uygarlığın en onurlu eserlerinden biri olan uluslararası bilimsel işbirliği ilk olarak Humboldt sayesinde başarıyla organize edildi.

1811’de Rus hükümeti ve 1818’de Prusya hükümeti tarafından Humboldt’a Asya’da keşif gezisi projeleri önerildiyse de her seferinde istenmeyen koşulların ortaya çıkması nedeniyle sonuçlanmadı. Humboldt ancak altmış yaşına bastıktan sonra, gençliğinde olduğu gibi bilim adına yeniden yolculuğa çıkabilecekti. 1829 yılının Mayıs ile Kasım ayları arasında asistanları Gustav Rose ve C. G. Ehrenberg ile Rusya İmparatorluğu’nu Neva’dan Yenisey’e kadar baştan başa geçerek yirmi beş hafta içinde 15.472 km katetti. Yolculuk Rus hükümetinin doğrudan himayesi altında olmanın verdiği avantajlara sahip olsa da faydalı olabilmek için yeterince yavaş değildi. Bu yolculuğun en önemli başarıları, Orta Asya platosunun yüksekliği hakkında o güne kadarki abartılı tahminleri düzeltmek ve Ural’ların altın tortuları ile kaplı arazilerinde elmas madenleri bulmak olmuştur.

1830 ile 1848 yılları arasında von Humboldt, çok samimi olduğu Louis Philippe’in nezdinde sıklıkla diplomatik görevlerde bulundu.
Kardeşi Wilhelm von Humboldt 8 Nisan 1836’da Alexander'ın kollarında öldü. Alexander, yaşamının geri kalanını üzüntüye boğan bu ölümle "diğer yarısını" kaybettiğini söylemiştir.

IV. Friedrich Wilhelm’in Haziran 1840’ta tahta çıkmasıyla Humboldt’un saray nezdindeki desteği arttı. Ancak, yeni kralın von Humboldt ile birlikte olmaktan duyduğu mutluluk nedeniyle, uyku dışında yazılarına ayırmak için yalnızca birkaç saati kalıyordu.

Hayatının projesini yetmiş altıncı yaşına kadar erteleyip sonra da başarıyla gerçekleştirmek pek sık rastlanan bir durum değildir. Humboldt’un şaheseri sayılabilecek olan "Kosmos"‘un ilk iki cildi 1845 - 1847 yılları arasında yazıldı ve yayımlandı. Genelleştirmeyi detaylarla destekleyen ve detayları genelleştirmeyle değerlendiren, grafiksel tanımlamanın ötesinde fiziksel dünyayı yaratıcı bir kavram olarak iletebilecek bir çalışmanın fikri yarım yüzyıldan uzun süredir zihnini rahatsız ediyordu. Bu fikir ilk olarak 1827 – 1828 kışında Berlin Üniversitesi’nde verdiği bir dizi konferansta şekillenmişti. Daha sonraları biyografisini yazan yazarın ifade ettiği gibi bu konferanslar “"muhteşem Kosmos freskosunun karikatürü"” idi. Bu dikkat çekici çalışma için kısaca doğanın karmaşıklığı içinde ortaya çıkan birliğin betimlenmesi denebilir. Bu çalışmada 18. yüzyılın geniş ve belirsiz idealleri 19. yüzyılın kesin bilimsel gereklilikleriyle birleştirilmeye uğraşılmıştır. Kaçınılmaz eksikliklerine rağmen bu girişim büyük oranda başarılı olmuştur.

Anlatım tarzının kendine özgü ağırlığı ve zahmetli pitoresk söylem, genel okuyucuya çekici gelmekten çok görkemli gelmektedir. Ancak bu yapıtın asıl üstünlüğü ve ebedi değeri, büyük bir kişinin zihninin sadık bir yansıması olmasındadır. Evrenin portresini çizmeye kalkışan Alexander von Humboldt için, çok yönlü zekâsını gösterecek bundan daha iyi bir methiye yazılamazdı.
Hayatının son on yılını eserini tamamlamaya ayırdı ve üçüncü ile dördüncü ciltler 1850 ve 1858’de yayımlandı. Beşinci cildin bir bölümü ölümünden sonra 1862’de yayımlandı. Bu ciltlerde, ilk ciltte yaptığı geniş incelemenin içerdiği bilim dalları üzerine detayları tamamlamaya çalıştı. Çabalarının çoğu, başkaları ile birlikte çalışmaktan kendine yarar sağlayabilmesi ve farklı düşünceleri bir potada eritebilmesi sayesinde başarılı oldu.

24 Şubat 1857’de Humboldt görülen semptomları olmayan ikinci derece bir apoplektik felç geçirdi. 1858-1859 kışına doğru kuvvetten düşen Humboldt ilkbaharda 6 Mayıs’ta seksen dokuz yaşında sessizce öldü. Hayatı boyunca gördüğü itibarı öldükten sonra da görmeye devam etti. Naaşı Tegel’de aile mezarlığına gömülmeden önce devlet töreniyle Berlin sokaklarından geçirildi ve katedral girişinde naip prens tarafından karşılandı. Doğumunun yüzüncü yılı hem Eski hem de Yeni Dünya’da 14 Eylül 1869’da büyük ilgiyle kutlandı. Adına sayısız anıt dikildi, ününe ve tanınmışlığına tanıklık edecek şekilde yeni keşfedilen bölgelere adı verildi.

Özel mektuplarını yok ettiği için Humboldt'un özel yaşamının büyük bölümü gizemini sürdürmektedir. Magnus Hirschfeld ile çalışan cinsiyet araştırmacısı Paul Näcke, 1908 yılında, Humboldt’un Berlin’deki eşcinsel altkültürün etkinliklerine katıldığını hatırlayan kişilerin anılarını derledi. Yaşamı boyunca erkeklerle güçlü duygusal bağlar kuran Humboldt hiç evlenmemiş ve kadınlarla herhangi bir duygusal bağ da kurmamıştır. Kardeşinin ailesine ise büyük bir bağlılık duymaktaydı. Son yıllarında ise eski ve sadık bir hizmetlisi ile evlilikten öte bir ilişki içindeydi. Bazılarının zayıflık diye adlandırdıkları büyük bir cömertlikle ölümünden dört yıl önce tüm mal varlığını Seifert adındaki bu kişiye bağışlamıştır.
İç yaşamına ilişkin ipuçlarını dehasının dayattığı ve sürekli kendinden söz ederek ortaya çıkan egoizminde görebiliriz. Bağlılıkları, bir kere kurulduktan sonra samimi ve uzun solukluydu. Sayısız arkadaşı vardı ve hiçbiriyle de ilişkisini sona erdirmedi. Hayatı boyunca yardımseverdi. Galiçya ve Franconia’daki madencilerin koşullarının iyileştirilmesi konusundaki gayreti, köleliğe karşı duyduğu tiksinti, genç bilim insanlarını himayesi altına alma gibi özellikleri karakterinin temelini gözler önüne serer.
İlerleyen yaşının kusurlarının uygunsuz bir şekilde öne çıkarılması, Varnhagen von Ense ile olan yazışmalarının düşüncesizce yayımlanmasından kaynaklanmıştır. Bu kusurların başında, dalkavukluğa varacak kadar aşırı kibar konuşmasına rağmen özel yazışmalarında oldukça alycı ve iğneleyici olması gelir. Her zaman göze çarpan kibri, mizah duygusuyla dengeleniyor ve iyi niyetle açıkça söylendiğinden sempati yaratıyordu. Yine de her açıdan değerlendirildiğinde Humboldt ülkesinin bilimsel yanını temsil etmek üzere Goethe’nin yanında yer alabilecek kadar muazzam bir kişilik olarak karşımıza çıkar.

Keşif gezilerinin sonucu olarak Humboldt, o zamana kadar Avrupa’da bilinmeyen birçok coğrafi oluşumu ve canlı türlerini tanımlamıştır. Onun adı verilen türler arasında şunlar sayılabilir:


Adı verilen coğrafi oluşumlar:

Aşağıdaki yerleşim birimleri Humboldt’un adını taşımaktadır:

Ölümünden sonra arkadaşları ve yakın çalışma arkadaşları, Von Humboldt’un genç bilim insanlarına karşı olan cömert yardımseverliğini sürdürmek için Alexander von Humboldt Vakfı’nı kurdular. İlk bağış, 1920’lerin Alman hiper enflasyonunda ve II. Dünya Savaşı sonrasında değerini kaybetse de, Alman hükümeti tarafından Vakıf yeniden ıslah edilmiştir ve günümüzde yabancı araştırmacıları Almanya’ya çekmek ve Alman araştırmacıların yurtdışında bir süre çalışmasını sağlamak açısından önemli rol oynamaktadır.
Edgar Allan Poe son şaheseri “"Eureka"”yı von Humboldt’a ithaf etmiştir. Humboldt'un “"Kosmos"” adlı eserindeki bilimleri birleştirme çabası Poe’nun projesi için büyük ilham kaynağı olmuştur.
Charles Darwin, Amerika kıtasındaki bilimsel gezilerini anlattığı “"Voyage of the Beagle"” adlı eserinde Humboldt’un çalışmalarına sık sı