lerin altından kalkabilecek tek kişi olarak görünen I. Petro tahta geçirildi.

II. Viyana Kuşatması'nda Köprülü ailesi'nden Merzifonlu Kara Mustafa Paşa'nın yenilmesi ve idam edilmesi, aynı aileden olan Fazıl Mustafa Paşa'yı hırslandırmıştır. 1689'da sadrazam olan Fazıl Mustafa Paşa, önce orduda yeniliklere gitmiş, başıbozuk askerleri cezalandırmış, daha sonra Baruthane-i Amire'de gerekli düzenlemeyi yapıp, bütçeyi denkleştirerek sefere çıkmıştır.

Avusturya Ordusu 11 Temmuz 1690 günü Kanije Kalesi'ni ele geçirmişti. Paşa'nın komutasındaki Osmanlı Ordusu, Kırım Hanı Selim Giray'ın yardımcı kuvvetleriyle 21 Ağustos'ta Zernecht çarpışmasını kazandı. Daha sonra Belgrad'a ulaşan Osmanlı Ordusu, 8 Ekim 1690 günü Belgrad'ı geri aldı. Savaş sırasında 15 bin, savaştan sonra ise 10 bin Avusturya askeri öldürüldü.

Avusturya seferindeki Fazıl Mustafa Paşa, Salankamen'de düşman ordusuyla karşılaştı. Çok yoğun çarpışmalar sonucu Avusturya Ordusu'nda ilk dağılmalar başladı, bu arada Kırım Hanı'nın ordusu da Osmanlı Ordusu'nun yanında savaşmak için ilerliyordu.

Tam savaş devam ederken Fazıl Mustafa Paşa'nın alnına isabet eden bir kurşun sebebiyle ölmesi Osmanlı hatlarının çözülmesine yol açtı. Osmanlı Ordusu'nun bocaladığını gören Habsburg kuvvetleri tam taarruza geçtiler. Kırım Hanı savaş yerine geldiğinde dağılmış Osmanlı Ordusu ile karşılaştı.

Sadrazam ve Serdar-ı Ekrem Fazıl Mustafa Paşa'nın ölmesi Osmanlı ordularının gerilemesine ve Kutsal İttifak güçlerinin yeni taarruzlarına neden oldu. 1692 ve 1693 yıllarında Lehler Tuna'ya inip Kamaniçe ve Varat'ı aldılar. Venedikliler ise Dalmaçya'da ilerlediler ve Gabella Kalesi'ni aldılar.

21 Eylül 1694 günü Venedikliler Kaptan-General Antonio Zen komutasındaki Venedik donanması Ege Denizi'ne girerek Sakız Adası'na 9,000 asker çıkardılar. 2,000 askerden oluşan Osmanlı garnizonu önce iç kaleye çekildiyse de denizden bombardımandan sonra Osmanlı garnizonu Venediklilerle yapılan bir anlaşmaya göre Sakız adasında yaşayan Müslüman halk ile birlikte anlaşma şartlarına uyularak hiç dokunulmadan gemilerle Çeşme'ye nakledildi.

1695'te tahta çıkan II. Mustafa döneminde Osmanlı cephesinde Mezomorto Hüseyin Paşa komutasındaki Osmanlı donanmasının başarıları ve Köprülü Amcazade Hüseyin Paşa'nın çabaları göze çarparken, İttifak cephesinde ise Savoy Prensi Eugen öne çıkar. Padişah II. Mustafa ise Avusturya seferlerinde ordusunu başarıyla yönetmiş olmasına rağmen Zenta yenilgisi ile ordusunu kaybetmiştir.

9 Şubat 1695'te Mezomorto Hüseyin Paşa Koyun Adaları Deniz Muharebesi ile Sakız Adası çevresindeki Venedik ablukasını kaldırdı. Hemen peşinden, 18 Şubat'ta Osmanlı donanması, Sakız Adası'nı Venediklilerden geri aldı. Mezomorto Hüseyin Paşa Kaptan-ı Deryalığa, Kaptan-ı Derya Amcazade Hüseyin Paşa ise Sakız Adası muhafızlığına getirildi.

19 Eylül 1695'te Sakız ve İstanköy'ü vurmak üzere gelen 96 gemilik Venedik donanması Midilli Adası'nın Zeytinburnu karşısında tekrar mağlup edildi. "Zeytinburnu Deniz Muharebesi" olarak anılan bu çarpışmada Venediklilerin on kalyonu battı ve Venedikliler Ege Denizi'nden çekildi.
5 Temmuz 1697'de Bozcaada önlerine gelen Venedik Donanması, "Bozcaada Deniz Muharebesi"'nde tekrar yenilgiye uğratıldı.

1695 ve 1696 yıllarında Rusya, Çar 1. Petro komutasında Osmanlıların kontrolündeki Azak bölgesine iki sefer düzenledi.

1695 ilkbaharında I. Petro 90 binin üzerinde bir kuvvetle Azak'taki 7.000 kişilik Osmanlı garnizonuna saldırmak için yola çıktı. Bu ordu sadece kaleye saldıracak olan orduydu, bunun dışında Boris Petroviç Şeremetev komutasındaki 120.000 kişilik bir ordu da Kırım Hanlığı'ndan gelebilecek bir saldırıyı önlemek için Dinyeper nehri kıyılarına yerleştirilmişti.

7 Haziran'da kale kuşatıldı ama Kefe Beylerbeyi Murtaza Paşa ve Kırım prensi Kaplan Giray'ın emrindeki Osmanlı ordularının direnişi yüzünden bir sonuç elde edilemedi ve kuşatma kaldırıldı.

1695 sonlarında Rusya'da ikinci bir sefer hazırlığı başladı. İlkbahara gelindiğinde kuşatmaya denizden yardımcı olacak, 2 ana muharebe gemisi, 4 kundak gemisi ve 23 kadırgadan oluşan bir "Azak Filosu" inşa edildi. Komutan Boris Petroviç Şeremetev'in 75.000 kişilik süvari ordusu yeniden Dinyeper kıyılarına yerleştirilirken, Aleksei Shein'in komutasındaki 75.000 kişilik ana kuvvet 23-26 Nisan tarihlerinde hem karadan hem de Voronezh ve Don nehirleri üzerinden Azak Kalesi'ne doğru ilerledi. Çar I. Petro ise kadırga filosundaydı, o da filosuyla 3 Mayıs'ta Azak'a doğru hareket etti.

Azak Kalesi karadan ve denizden devamlı bombardıman edilirken 14 Haziran'da Türk filosu bölgeye geldi, ama muharebede iki gemi kaybedince savaştan çekildi. İlk kuşatmada zaten oldukça harap olan kaledeki destek kuvvet alamayan Türk garnizonu 17 Temmuz günü Ukrayna ve Don Kazakları'nın dış suru tamamen ele geçirmesine engel olamadı. Sonunda 19 Temmuz'da kale garnizonu teslim oldu.

II. Mustafa, kendinden önceki padişahların yapmadığını yaparak, ordusunun başında sefere çıkmak istiyordu. Aynı dönemlerde gelen Mezomorto Hüseyin Paşa'nın başarıları ve ilk Azak direnişi de padişahı yüreklendirmişti. Haziran 1695'te ilk seferine çıkan sultan II. Mustafa'yı, Temeşvar'ı kuşatmak için bekleyen Habsburg Ordusu komutanı Kont Veterani ve Saksonya Elektörü I. Frederick Augustus bekliyordu. Ordunun başına geçen Veterani, iki Osmanlı taarruzunu püskürttü, ama üçüncü saldırıda yaralanıp öldü ve ordusu dağıldı, böylece 22 Eylül günü Lugoş'ta ("Lugoj") Avusturya Ordusu mağlup edildi, Lugoş Kalesi de fethedildi. 3 Ağustos 1696'da Frederik'in tekrar Temeşvar'a saldırması üzerine ikinci seferine çıkan II. Mustafa, 27 Ağustos'ta Ulaş'ta ("Olasch") Habsburg Ordusunu tekrar yenilgiye uğrattı.

Bu sırada Avusturya uzun süredir içinde bulunduğu ve Fransa'ya karşı savaştığı 9 Yıl Savaşları'nı 1697'de bitirmiş ve Osmanlı Devleti'ne barış teklifi götürmüştü. Bu sırada ölen Jan III. Sobieski'nin yerine Lehistan tahtına Saksonya Elektörü Frederick geçmiş, onun yerine Avusturya Ordusunun başına ise Fransız asıllı başarılı komutan Savoylu Eugene getirilmişti. II. Mustafa da barış teklifini reddetmiş, Avusturya'ya üçüncü sefer için hazırlıkları başlatmıştı.

13 Nisan 1697'de Edirne Sarayı'ndaki Arz Odası'nın önüne tuğlar dikildi. 18 Nisan'da Sultan II. Mustafa 100.000 kişilik bir kuvvetle üçüncü seferine çıktı. Yol üzerinde, Avusturyalıların Bihke Kalesi önünde bozguna uğradığı ve Hersek'te Venediklilerin çekildiği haberleri ordunun moralini yükseltti.

11 Ağustos'ta Belgrad'a ulaşan padişah, komutanlarını alarak 12 Ağustos'ta bir harp meclisi topladı. Mecliste iki görüş ortaya çıktı: ya Sava üzerinden Varadin'e geçilecek, ya da Tisa'dan karşıya geçilecekti. Köprülü Amcazade Hüseyin Paşa ""Üç keredir sefer yapıp düşmandan bir karış toprak almadan evinize dönüyorsunuz. Eğer yeterince teçhizatınız varsa Varadin'i muhasara ediniz"" diye görüş belirtti. Ama bu görüş kabul görmedi.

Daha sonra Temeşvar muhafızı Cafer Paşa ordugâha geldi ve meclise katıldı. Cafer Paşa da Titel Kalesi'nin bulunduğu yerden Zenta yönünde gidilmesi ve Macar topraklarında büyük çaplı operasyon gerçekleştirildikten sonra, en son olarak Varadin'e geçilmesi yönünde görüş belirtti. Amcazade Hüseyin Paşa ve Anadolu Beylerbeyi Mısırlızade İbrahim Paşa bu planı tehlikeli buldularsa da Cafer Paşa'nın II. Mustafa ile önceden beri var olan yakın ilişkileri nedeniyle Zenta yönünde gidilmesine karar verildi.

Osmanlı Ordusu ilerlerken Prens Eugen Varadın'e çekilmişti.Sadrazam Elmas Mehmed Paşa, Avusturyalılar buraya daha yeni yerleşirken hemen saldırma teklifinde bulundu ama teklif kabul edilmedi. Osmanlıların Tisza yönünde ilerlediğini duyan Eugene hızla Tisza'ya yöneldi, burada Osmanlı Ordusu'nun büyük kısmı köprüden geçmemişti. Eugen'in geldiği haberi alınınca geçiş hızlandı ama bu yeterli olmadı, kurulan köprü aşırı yük almış ve dayanıksızlaşmış, yer yer de parçalanmıştı. Sonunda çarpışma başladı, nehri geçemeyen Osmanlı Ordusu mevzi almaya karar verdi, bu işe Avusturya topçusunun karşı kıyıları hiçbir karşılık almadan bombalamasına yol açtı. Sonunda ordu 30,000 kadar kayıp vererek dağıldı ve geri çekilmek zorunda kaldı. Sadrazam Elmas Mehmed Paşa öldü. Kantemiroğlu Elmas Mehmed Paşa'nın şehit düşmediğini, yeniçeriler tarafıdan öldürlduğunu yazar.

Bu muharebe sonunda Avusturya orduları eline geçen Osmanlı ordusu ait eşyaların hepsi şahsen Prens Eugene tarafından Avusturya İmparatoru'na hediye edilmiştir. Bunlar arasında şunlar bulunmakta idi: Sadrazam Elmas Mehmed Paşa'nın koynunda bulunan sedaret mührü , ordudaki 6,000 araba dolusu değerli eşya ve ağırlıklar , 80 büyük top ve 56 küçük top; binlerce deve at, öküz; padişahın 8 atla çekilen arabası; mehterhanenin tüm çalgıları; 40 bin florinlik hazine; Macaristan Krallığı tacı; 423 sancak ve vezirler için 7 at tuğu; 10 tane köle harem kadını; ve üç büyük sandık devlet evrak arşivi..

Zenta Muharebesi, Osmanlı-Kutsal İttifak Savaşları'nın son önemli çarpışmasıdır.

Zenta Muharebesi yılın geç döneminde yapıldığı için Avusturya güçleri komutanı Prens Eugene bu Zenta Muharebesi'ndeki zaferini diğer bir büyük etkili harekat ile, özellikle Timaşvar Kalesi kuşatıp ele geçirme ile, takip edemeyeceğini anladı. Fakat kış gelmeden Osmanlılara bir başka darbe vurmak arzu etmekteydi. Bunun için büyük Avusturya ordusunun bir kısmı ile bir Osmanlı eyaleti olan Bosna'ya saldırmaya karar verdi. Hedefi Bosna eyalet merkezi Saraybosna'yı ele geçirmekti. Avusturya ordusunun bu saldırı için kurulan parçası 13 Eylül 1697'de sınır olan Tuna Nehri üzerindeki Osek (modern Hırvatistan'da Osijek)'den ayrıldı ve bu ordu çok engebeli yollardan geçerek 3 Eylül günü Saraybosna önlerine geldi. Osmanlılar şehri terk etmişlerdi. Avusturya ordusu şehre girip talan etti; binalar harabeye döndürüldü ve şehir tümüyle yakıldı. Prens Eugene savaş jurnalında bunu şöyle ifade etmiştir:

Şehir tümüyle yakıldı; her bölge boş yangın alanına döndürüldü. Askerlerimiz düşmanı kovaladılar ve avladıklarını ve kadınları ve çocukları, getirdiler.
Ertesi yıl 1698de Avusturya ordusu ilkbahar, yaz ve güz