bağımsız olarak Türkiye Büyük Millet Meclisindeki varlıklarını sürdürmeye devam etti. Partinin kapatılmasının ardından eski İttihat ve Terakki Cemiyetinin Cumhuriyet Halk Fırkası'na katılmayan bazı üyeleri, gizli bir muhalif hareket olarak İstanbul'da bulunmaktaydı.

Diğer taraftan 7 Mayıs 1926'da Ankara'dan ayrılarak ülkenin çeşitli yerlerine trenle ziyaretler düzenlemeye başlayan Mustafa Kemal Paşa, 8 Mayıs'ta Eskişehir ve Afyonkarahisar'dan geçerek Akhisar'a, oradan da Konya'ya vardı. 9 Mayıs'ta Tarsus'a, 10 Mayıs'ta Mersin'e, 16 Mayıs'ta Adana'ya, 18 Mayıs'ta tekrar Konya'ya, 20 Mayıs'ta Bursa'ya, 13 Haziran'da ise Balıkesir'e uğramış; 14 Haziran'da ise İzmir'e geçmeyi planlamıştı.

Balıkesir'de bulunduğu sırada Mustafa Kemal Paşa, kendisine karşı İzmir'de suikast düzenleneceği bilgisini içeren ve İzmir Valisi Kâzım Bey tarafından gönderilen telgrafı aldı. Bu telgrafta bahsi geçen suikast planını ortaya çıkaran mektup, planda görev alan isimlerden biri olan Giritli Şevki adlı bir motorcu tarafından yazılmıştı. Telgraf üzerine 15 Haziran gecesini Balıkesir'de geçirmesinin ardından Mustafa Kemal Paşa, yarım kalan gezisine devam etmek ve yaşananlar hakkında daha detaylı bilgiye sahip olmak için 16 Haziran günü İzmir'e geldi. Diğer taraftan 14 Haziran günü Başbakan İsmet Paşa da, İzmir'den aldığı telgraflarla suikast olayını öğrenmişti. İsmet Paşa'nın istiklâl mahkemesi savcı ve yargıçlarına kendisine gelen telgrafları göstermesinin ardından ilk iş olarak kapatılmış olan Terakkiperver Cumhuriyet Fırkası milletvekillerinin tümünün tutuklanmasına, evlerinin aranmasına ve bulunan belgelerin İzmir'e gönderilmesine karar verildi. İstiklâl mahkemesi heyeti ise İzmir'e hareket etti ve 17 Haziran günü İzmir'e vardı.

Suikastın öğrenilmesinin ardından telgrafta geçen isimlerin yakalanması için harekete geçen İzmir polisi, ilk olarak Ziya Hurşit Bey'i kaldığı Gaffarzâde Oteli'nde, yatağının altına sakladığı silah ve bombalarla birlikte yakaladı. Laz İsmail, Gürcü Yusuf ve Çopur Hilmi Ragıp Paşa Oteli'nde; Sarı Efe Edip Bey ise İstanbul'daki Bristol Oteli'nde tutuklandı. Diğer taraftan istiklâl mahkemesi heyeti Ankara'dan ayrılmadan önce, eski Terakkiperver Cumhuriyet Fırkası Kastamonu milletvekili Halit Bey hariç Türkiye Büyük Millet Meclisi toplantılarına katılmayı sürdüren tüm eski Terakkiperver Cumhuriyet Fırkası milletvekillerinin ve birtakım eski İttihat ve Terakki Cemiyeti üyesinin tutuklanmasına karar vermişti. Tutuklananlar arasında Kurtuluş Savaşı'nda yer alan Kâzım Karabekir Paşa, Ali Fuat Paşa, Cafer Tayyar Paşa, Bekir Sami Bey, Rüştü Paşa, Refet Paşa ile eski maliye bakanı Cavid Bey de vardı. Ancak Başbakan İsmet Paşa, Ankara'da tutuklanan Kâzım Karabekir Paşa'yı, suçluluğuna inanmadığı ve milletvekili dokunulmazlığının böyle bir tutuklamanın önünde bulunduğu gerekçesiyle serbest bıraktırdı. İstiklâl mahkemesi ile arasında geçen görüşmelerde İsmet Paşa'ya dokunulmazlığın bu olaylarda işe yaramayacağı, gerekirse kendisinin dahi tutuklanabileceği söylendi. Araya Mustafa Kemal Paşa'nın girmesiyle İzmir'e giden İsmet Paşa, mahkemenin sonucunu bekleyeceği yönünde açıklamada bulundu. Suikast girişimi ve faillerin yakalandığı bilgileri, 18 Haziran günü "Hâkimiyet-i Milliye" gazetesinde yayınlanan bir bildiri ile kamuoyuna duyuruldu. İstiklâl mahkemesinin Anadolu Ajansı'na veriği listeye göre ilk tutuklama dalgasında Ankara, İzmir ve İstanbul'da toplam kırk dokuz kişi tutuklanmıştı. Girişimin kamuoyu tarafından öğrenilmesinin ardından başta İzmir olmak üzere ülkenin farklı yerlerinde çeşitli gösteriler düzenlendi.

Duruşmalar 26 Haziran günü, Elhamra Sineması salonunda başladı. İstiklâl mahkemesi heyetinin başkanlığını Afyonkarahisar milletvekili Kel Ali yaparken, üyeliklerini Gaziantep milletvekili Kılıç Ali ve Aydın milletvekili Reşit Bey, yedek üyeliğini Rize milletvekili Laz Ali, savcılığını ise Denizli milletvekili Necip Ali Bey yapmaktaydı. Mahkeme üyelerinin dördünün adının Ali olması sebebiyle mahkeme, "Aliler Mahkemesi" olarak da adlandırılmıştı. Zanlılar, doğrudan suikastta görev alanlar, suikastı hazırlayıp kışkırtanlar, suikasta doğrudan katılmayan ancak Türk inkılabına ve Mustafa Kemal Paşa'ya karşı olan eski İttihatçılar ve kapatılan Terakkiperver Cumhuriyet Fırkası üyeleri ve paşalar olmak üzere dört gruba ayrılarak yargılandı.
Yapılan yargılamalar sonucunda, savcı Necip Ali Bey'in hazırladığı iddianamede suikast girişiminin kimler tarafından, nasıl ve ne zaman planlandığı sanıkların ifadelerine göre yer aldı. Bu iddianameye göre suikast ilk önce Ankara'da yapılmak istenmiş ve Türkiye Büyük Millet Meclisi I. dönem Lazistan milletvekili olarak görev yapan Ziya Hurşit Bey, hırsızlıktan sabıkalı Laz İsmail ve Gürcü Yusuf'un bu amaç doğrultusunda, İzmit milletvekili Ahmet Şükrü Bey'in maddî yardımlarıyla Ankara'ya hareket ederek buradaki Terakkiperver Cumhuriyet Fırkası genel merkezinde misafir olarak kalmıştı. Daha sonra Ahmet Şükrü Bey'in evinde yapılan konuşmalarda suikastın yeri için önce Eskişehir milletvekili Arif Bey'in Çankaya yolu üzerindeki köşkünün yolu üzerindeki bahçesi ve dolayları, sonra da Türkiye Büyük Millet Meclisi binası ve bakanlar kurulunun toplandığı bina ile Anadolu Kulübü düşünülse de Ziya Hurşit Bey'in kardeşi olan Ordu milletvekili Faik Bey durumdan haberdar olarak kendilerini engelledi. Erzincan milletvekili Sabit Bey'in de kendilerini ihbar ile tehdit etmesi üzerine bu plandan vazgeçildi. Suikastın daha sonra Bursa'da yapılması düşünüldüyse de Laz İsmail dikkat çekmemek için yanına Naciye Nimet isimli bir kadını alarak burada yaptığı incelemeler sonucu şehrin böyle bir plan için uygun olmadığını tespit etti. En sonunda suikastın İzmir'de yapılması kararlaştırıldı. İstanbul'daki Ahmet Şükrü Bey'den gerekli cephane ve parayı alan Ziya Hurşit Bey, Laz İsmail ve Gürcü Yusuf, 15 Haziran'da "Gülcemal" vapuruyla İzmir'e geldi ve suikast için gerekli hazırlıkları yapmaya başladı. İzmir'e gelindiğinde Ziya Hurşit Bey Gaffarzâde Otel'ne, Laz İsmail ile Gürcü Yusuf ise Ragıp Paşa Oteli'ne yerleşti.

Ziya Hurşit Bey'e Ahmet Şükrü Bey tarafından verilen ve Miralay Rasim Bey tarafından imzalanıp Sarı Efe Edip Bey'e hitaben yazılan mektup sayesinde üç suikastçı, Sarı Efe Edip Bey ile tanıştı. Sarı Efe Edip Bey'in çiftlik kâhyası Çopur Hilmi'nin de katılımıyla önce Karşıyakalı İdris'in bahçesinde, sonra da Giritli Şevki isimli motorcunun evinde toplanan grup, suikast planını konuştu. Hazırlanan plana göre suikastın Mustafa Kemal Paşa'nın İzmir ziyareti sırasında, İzmir'in Kemeraltı semtinde yapılması belirlenmişti. Baş Durak Caddesi (günümüzdeki adı Anafartalar Caddesi) ile Hükûmet Caddesi'nin (günümüzdeki adı 853. Sokak) kesiştiği kavşakta dönmek için yavaşlayacak olan Mustafa Kemal Paşa'nın otomobiline, Gaffarzâde Oteli'nin altındaki berber dükkânından Ziya Hurşit Bey, Gürcü Yusuf ile Laz İsmail tarafından ateş açılacak ve bombalar atılacaktı. Bu sırada yan sokaktaki otomobilde bekleyecek olan Çopur Hilmi ile Giritli Şevki ile birlikte olay yerinden kaçılacak ve daha sonra Giritli Şevki'nin kullanacağı bir motorla Sakız Adası'na geçilecekti. Tüm bu suikast planı, Sarı Efe Edip Bey'in İstanbul'a gitmesinin ardından şüphelenen Giritli Şevki'nin suikast girişimini haber veren ihbar mektubunu Mustafa Kemal Paşa'ya iletmesi için, 14 Haziran günü İzmir Valisi Kâzım Bey'e, vermesiyle bu plan gün yüzüne çıktı.

İddianamenin okunmasının ardından ilk sorgulama Ziya Hurşit Bey'e yapıldı. Suikastı eski Ankara valisi Abdülkadir Bey ile planladıklarını, paraları olmadığından kendilerine destek sağlamak için İzmit milletvekili Ahmet Şükrü Bey ile görüştüklerini, daha önce Ankara ve Bursa'da da suikast planladılarsa da gerçekleştiremediklerini belirterek suikast için yapılan tüm hazırlıkları anlatan Ziya Hurşit Bey'in ifadeleri; daha sonra sorgulanan Laz İsmail, Gürcü Yusuf ve Çopur Hilmi'ninkilerle paralellik göstermekteydi. Çopur Hilmi'den sonra sorgulanan Sarı Efe Edip Bey, suikasttan bir gün önce İstanbul'a gidiş sebebini durumu Celâl Bey'e bildirecek olması olarak açıklamış; suikast için kendisini Ahmet Şükrü Bey'in kışkırttığını ve gerekli olan paraları kendisine onun verdiğini söylemişti. Sonradan sorgulanan Miralay Rasim Bey ile Abidin Bey ise, suikastla olan ilişkilerini reddetti. Bu sorgulamalarla birlikte suikastta birinci derecede suçlu olanların sorgusu tamamlanmış oldu.

Ziya Hurşit Bey'in ağabeyi Faik Bey'in ifadesine göre; Rauf Bey kendisine, kardeşi Ziya Hurşit Bey'in bir suikast girişiminde olduğunu ve bunu Sabit Bey'den öğrendiğini, buna engel olunmasını istediğini söyledi. Faik Bey ayrıca, Ziya Hurşit Bey'in bunu reddetmesi üzerine kendisinin yatıştığını; ancak yine de Arif Bey'in Çankaya'daki evine giderek bilgi almak istediğini ve orada Ahmet Şükrü Bey'e rastladığını ifade etti. Daha sonraları ise Rauf Bey'in, Kâzım Karabekir Paşa ile Rıfat Paşa'ya da olayı anlattığını; ancak bunların uydurma olduğunu düşünerek sessiz kaldıklarını sözlerine ekledi. Faik Bey'in ardından sorgulanan Ahmet Şükrü Bey; suikastla ilişkisi olmadığını, Ziya Hurşit Bey'i ara sıra gördüğünü ve Laz İsmail'i hiç tanımadığını söyleyerek bütün suçlamaları reddetti. Ziya Hurşit Bey, Sarı Efe Edip Bey'e iletmesi için verdiği mektubun tütün ticaretiyle ilgili olduğunu söylemesinin ardından Miralay Rasim Bey ve Sarı Efe Edip Bey ile yüzleştirildi. Sarı Efe Edip Bey suikastı birlikte hazırladıklarını ve gelen mektubun suikastla alakalı olduğunu söylese de Ahmet Şükrü Bey bunları kabul etmedi. Miralay Rasim Bey ise, sarhoş olan Ahmet Şükrü Bey'in isteğiyle Sarı Efe Edip Bey'e mektup yazdığını kabul etmişti. Sonrasında sorgulanan Arif Bey ise Ziya Hurşit Bey'i gazinoda görerek tanıştığını, Laz İsmail'in evinde kalmadığını ve suikastla bir ilgisinin olmadığını söylese de yapılan yüzleştirmede Laz İsmail, Arif Bey'i kendisini özel otomobiline alarak evine getirdiğini söyledi. Arif Bey'in şoförü ve hizmetçisi Ayşe'nin de bu yöndeki ifadelerine rağmen bu anlatılanlar Arif Bey tarafından reddedildi.
Diğer taraftan suikast olay