lında Richie Sambora ilk solo albümü "Stranger in This Town"'ı yayımladı. "Netherworld" filminin müziklerini hazırlayan David Bryan Güney Amerika'daki bir gezintisi esnasında parazit kaptı ve aylarca hastanede yattı. Alec John Such ise geçirdiği motosiklet kazasının ardından bas tutuşundaki kritik bir sinirini zedeledi. Alec bu sebepten dolayı bas tutuşunu ve gitar çalış pozisyonunu değiştirmek zorunda kaldı.

Jon Bon Jovi ise başarılı bir solo albüm ve gelen ödüllere rağmen mutlu değildi, bunalıma girmişti. Ünlü olmanın hayal ettiği gibi bir şey olmadığını ve rock'n'roll yaşam tarzının kendisine zarar verecek bir yönü olduğunu anlamaya başladı. Gruptan ayrı kaldığı süre boyunca fiziksel ve duygusal olarak kendini onarmaya çalışan Jon Bon Jovi kafasını dinlemek için 1991 yazında tüm ABD'yi kapsayan bir motosiklet turuna çıktı. Daha önce gitmediği yerlere giderek değişik insanlarla tanışarak yapacağı yeni besteler için değişik ilham kaynakları aradı. Bu gezi onun içinde bulunduğu karanlık dönemden çıkmasında büyük rol oynadı.

Grup, 1991 yılının Eylül ayında MTV Video Müzik Ödülleri tarafından yaşam boyu onur ödülü ile onurlandırıldı. Fakat Jon Bon Jovi bu fikirden hiç hoşlanmamıştı. Yıllar sonra verdiği bir demeç esnasında o gün hakkında şu yorumu yapmıştı;

Jon Bon Jovi kritik bir kararla ödül töreninden sonra grubun başarısında büyük rol oynamış olan ve grubun sekiz yıldır menajerliğini sürdüren Doc McGhee'nin işine son verdi. Grubun "McGhee Entertaintment" ile olan bağlarını tamamen kopardı. Bon Jovi'nin müziğine, kararlarna, imajına karşmayacak ve Jon Bon Jovi'den habersiz kararlar almayacak olan ""Bon Jovi Manegement""ı kurdu. Bu tarihten itibaren kendi menajerlik sistemi ile yola devam eden Jon Bon Jovi, daha etkin bir rol oynama kararı aldı.

Jon Bon Jovi, 1991 yılının Ekim ayında, kariyerine solo olarak devam etmesi ya da Hollywood'a giderek şansını oyunculukta denemesi gerektiği yönündeki baskılara aldırış etmeyerek grubu yeniden bir araya getirme kararı aldı. Grubun yüzleşip aralarındaki sorunları çözmesi ve kötü anıları silmesi tam üç ay aldı. Richie Sambora, ilerleyen yıllarda verdiği bir demeçte o günler ile ilgili olarak şu yorumda bulunmuştur;

Grup 1992 yılının Ocak ayında yeni albümün hazırlıklarına başladı. Dört sene aradan sonra yayınlanacak ilk Bon Jovi albümünün prodüktörlüğünü Bob Rock üstlendi ve albüm Kanada'nın Vancouver şehrinde "Little Mountain Stüdyoları"'nda kaydedildi.

Jon Bon Jovi grubu bir araya getirdiğinde yaptığı konuşmada, sadece bir rock n roll grubu olacağız eğer inanıyorsanız bir Rolling Stones olabiliriz diyerek grubun yeni vizyonu bu şekilde açıkladı. Jon Bon Jovi saçlarını kısaltarak yeni bir görünüm edindi. Albüm ise grup üyelerinin 30'lu yaşlarına gelmiş olmalarının da etkisi ile hem şarkı sözleri, hem de sound olarak o güne kadarki en olgun Bon Jovi albümü idi.

Grubun beşinci stüdyo albümü Keep the Faith, 3 Kasım 1992'de satışa sunuldu. Müzik medyası grubun müzikal açıdan değişimini ön plana çıkarırken magazin basını Jon Bon Jovi'nin saçlarını manşetlere taşımıştı. Dünyaca ünlü haber kanalı CNN Jon Bon Jovi'nin saçlarını kestirmesini ana haber bültenine taşımıştı. Grup, albümün promosyonu için hem de köklere geri dönüş olması amacıyla ABD'de küçük kulüpleri kapsayan kısa bir bar turnesine çıktı. Son turnelerinin üzerinden yaklaşık üç sene geçtiği için grup biraz da ısınmak adına bu kısa turneyi gerçekleştirdi. Albümün tanıtımı için MTV ve ABD'deki 130 radyo tarafından aynı anda yayınlanan bir konser gerçekleştirildi. Yarı akustik yarı elektrik ve yer yer cover şarkıların yer aldığı bu "unplugged" tadındaki konser 1993 yılında adında bir video kaset olarak yayınlanmıştır.

Albümden, ""Keep the Faith"", ""Bed Of Roses"", ""In These Arms"", ""I'll Sleep When I'm Dead"", ""I Believe"" ve ""Dry County"" olmak üzere toplam altı single yayınlandı. 12 ay sürecek asıl büyük dünya turnesi 1993 yılının Şubat ayında başladı. Grup, Keep The Faith turnesi ile birlikte daha önce hiç çalmadıkları ülkelerde de konserler verdi. Grup, Keep The Faith turnesi kapsamında Tayvan, Hong Kong, Tayland, Filipinler, Singapur, Guatemala, Venezuela ve Kosta Rika'da kariyerinde ilk kez sahne alırken 13 Eylül 1993 tarihinde İstanbul İnönü Stadı'nda gerçekleşen konserle de Türkiye'deki ilk konserini gerçekleştirdi.

Grup New Jersey turnesinde yaşadığı sorunları bu turnede yaşamamak için her ayakta en az 10 gün ara verip evlerine dönüp aileleriyle ve arkadaşlarıyla vakit geçirmeye özen gösterdi. Bu onların hem zihin olarak hem de ruhsal olarak zinde kalmalarına yardımcı oldu. Grup 2,5 milyon biletin satıldığı Keep the Faith turnesi boyunca 37 ülkede 177 konser vermişti.

1994 yılının Ekim ayında grubun derleme albümü "Cross Road" yayımlandı. Albümde yer alan iki yeni şarkı "Always" ve "Someday I'll Be Saturday Night" büyük ilgi topladı. Amerikan müzik listeleri'nin ilk onunda 6 ay boyunca yer alan ve birçok ülkede 1 numara olmayı başaran "Always", Bon Jovi'nin kariyerinin en başarılı single'ı olurken "Cross Road", İngilterede 1994 yılının en çok satan albümü olarak belirlendi ve tüm dünyada büyük satış rakamlarına ulaşarak Bon Jovi'ye o sene Dünya Müzik Ödülleri'nde yılın en çok satan rock grubu ödülünü kazandırdı.

"Cross Road" albümünün yayımlanışından kısa bir süre sonra grubun 11 yıllık bas gitaristi Alec John Such gruptan ayrıldı. Alec John Such'ın ayrılışı ile, Alec'in Jon Bon Jovi'nin onun bas çalışını sürekli eleştirmesinden şikayetçi olduğu ve Jon Bon Jovi'nin onun bas çalışının berbat olduğunu düşündüğü gibi medyaya yansıyan olumsuz haberlerle ilgili Jon Bon Jovi şu yorumu yapmıştır;

Alec John Such'ın yerine gruba resmi olarak yeni bir bas gitarist alınmadı. 1995'ten beri Bon Jovi albümlerinde ve konserlerinde Hugh McDonald bas gitar çalmaktadır.

Alec John Such'tan sonra grup dışı bir basçıyla yola devam kararı alan Bon Jovi, 1995 yılının Nisan ayında kariyerinin en başarılı turnelerinden birine başladı. Bu arada turne esnasında grubun altıncı stüdyo albümü "These Days" 1995 yılının Haziran ayında yayımlandı. ""This Ain't A Love Song"" ile birlikte büyük başarı yakalayan albüm, Bon Jovi'nin kariyerinin en olgun albümü olarak nitelendirildi. Grup, 23, 24 ve 25 Haziran 1995 tarihlerinde Londra'da Wembley Stadyumu'nda üç gece üst üste kapalı gişe konser vererek bu stadyumda üç gece üst üste kapalı gişe konser veren ilk ve tek grup olarak tarihe geçti. Wembley konserlerinin biletleri beş ay önceden tükenmişti ve toplamda 216 bin bilet satılmıştı. Grubun kariyerinin zirve noktalarindan olan bu Wembley konserleri filme çekildi ve ""Live From London"" adı altında VHS ve daha sonra DVD olarak satışa sunuldu. Live From London o yılın en iyi müzik videoları dalında Grammy'ye aday oldu. Bon Jovi, o sene MTV Avrupa Müzik Ödülleri'nde "En İyi Rock Grubu", BRIT Ödülleri'nde ise "En İyi Uluslararası Grup", ödüllerini kazandı. Grubun 43 ülkede 126 konser verdiği dünya turnesi 1996 yılının Temmuz ayında sona erdi. Grup turne esnasında Hindistan, Güney Kore, Endonezya, Ekvador ve Güney Afrika Cumhuriyeti'nde kariyerindeki ilk konserlerini verdi.

These Days turnesinden sonra grup bir kez daha ara verdi ama karar bu defa biliçliydi grup üyeleri arasındaki herhangi bir olumsuz ilişkiden kaynaklanmıyodu. Her elemanın kendi solo projelerine ağırlık vereceği üç senelik bir döneme girildi. İlk solo albüm, Jon Bon Jovi'den geldi. 17 Haziran 1997'de Jon Bon Jovi ikinci solo albümü "Destination Anywhere"'i yayımladı. O sene Jon Bon Jovi MTV Avrupa Müzik Ödülleri'nde "En İyi Erkek Sanatçı"; BRIT Ödülleri'nde ise "En İyi Uluslararası Erkek Sanatçı" ödüllerini aldı. Jon Bon Jovi tüm bu müzik çalışmaları arasına sinema projelerinide sıkıştırmayı ihmal etmedi ve çeşitli filmlerde rol aldı.

1998'de Richie Sambora da ikinci solo albümü "Undiscovered Soul"'u yayımladı. Tico Torres ise müzik dışı hobilerinde ciddi bir aşama kaydediyor sanat çevrelerinde saygıdeğer bir ressam/heykeltıraş olarak boy gösteriyordu. David Bryan'ın 1999 yılında evinde geçirdiği bir testere kazası sonucu nerdeyse parmakları parçalanıyordu. Bir yıl süren terapi ve rahabilitasyonun ardından parmaklarını hareket ettirme yetisini geri kazandı klavyesine geri döndü. David Bryan bu dönemde "Ed Tv" filminin soundtrack çalışması olan grubun "Real Life" şarkısının kaydında ve klibinde yer alamamıştır. David Bryan 2000 yılında ikinci solo albümü ""Lunar Eclipse""'i yayımladı.

Grup, beş sene aradan sonra çıkacak ilk albümleri için 1999 yılında stüdyoya girdi. 13 Haziran 2000'de grubun yedinci stüdyo albümü " Crush" yayımlandı. Albümde yer alan ""It's My Life"" şarkısı büyük bir ilgiye neden olmasının yanı sıra Bon Jovi'nin yıllar süren kariyeri boyunca eğilimlerin sürekli değişmesine rağmen müzik dünyasındaki kalıcılığının simgesi oldu. It's My Life ile grup "VH1 Ödülleri"nde yılın videosu ödülünü kazandı. Gruba "En İyi Rock Albümü" ve "En İyi Rock Şarkısı" dallarındaki kariyerinin ilk Grammy adaylıklarını getiren "Crush", iyi bir ticari başarı elde edip Bon Jovi'ye bu dönemde genç ve yeni bir hayran kitlesi kazandırdı. Bu hayran kitlesi ilerleyen yıllarda ""Crush Generation"" (Crush Nesli) olarak adlandırılmıştır.

Grup albüm sonrası geniş çaplı bir dünya turuna çıktı. Londra'nın tarihi stadı Wembley'de iki kapalı gişe konser verdiler. Bu konserlerin önemi Wembley Stadyumu yıkılmadan önceki yapılan son etkinlik ve konserler olmasıydı. Grup turnedeyken İsviçre'nin Zürih kentinde verdikleri konser "The Crush Tour" adında DVD olarak yayımlandı. 1985'ten bu yana verdiği konserlerin kayıtlarının derlendiği ve grubun kariyerinin ilk ve tek konser albümü olan One Wild Night Live 1985-2001, 2001 yılının Mayıs ayında yayımladı. Turne, New Jersey'de Giants Stadyumu'nda verilen iki kapalı gişe konserle sona erdi. VH1 bu konserleri canlı yayınladı ve o gece ABD genelinde en çok izlenen ikinci program olarak izlenme rekorları kırdı.

2001 yılının Eylül ayında grubun yeni albümleri için çalışmak üzere stüdyoya kapandığı sırada patlak veren 11 Eylül Olayları'ndan so