r Mısır, Irak, Suudi Arabistan ve Suriye gibi devletlerin uyduluğunu yapıyordu.

İdeolojisine bağlı kalan Arafat genel olarak bağımsız hareket edebilmek için büyük Arap hükümetlerinin örgütüne bağışlarını kabul etmedi. Ancak bu devletlerden uzaklaşmak istemediği ve hepsinin tam desteğini almak istediği için de diğer ideolojilere bağlı olan gruplarla ittifaka da girmedi. Ancak Kuveyt'te ve Katar gibi diğer körfez ülkelerinde bulunan zengin Filistinlilerin yardımını alarak el-Fetih'in gelecekteki finansal kaynaklarını oluşturmak için çok çaba sarfetti. 1961 yılında Katar'da Mahmud Abbas ("el Mazen") ile tanıştı. Arafat'ın temas ettiği işadamları ve petrol işçileri cömertçe el-Fetih örgütüne yardım etti. Arafat aynı süreci Libya ve Suriye gibi diğer Arap ülkelerinde de devam ettirdi.

1962-1966 yılında, Arafat ve en yakın arkadaşları Nasır'ın Arap Birliği'nden yeni ayrılan ve İsrail ile komşu olan Suriye'ye göç etti. Burada daha yüksek gelirli üyeler toplayabildi ve sonunda İsrail'e karşı olan silahlı mücadelesine başlayabildi. Bundan önce el-Fetih'in yaklaşık üç yüz üyesi vardı ama hiç savaşçısı yoktu. Arafat'ın 1964 yılında Arap Birliği tarafından kurulan Filistin Kurtuluş Örgütü'nün düzenli askerî kuvveti olan Filistin Kurtuluş Ordusu'nun üyelerine daha fazla maaş verilmesi kararını vermesinin ardından yavaş yavaş el-Fetih'in insan gücü arttı. 31 Aralık 1964'te de el-Fetih'in askerî kolu olan el Assifa (Fırtına) İsrail'e sızmaya çalıştı ancak Lübnan güvenlik güçleri tarafından durduruldu. El-Fetih'in kötü eğitimli, kötü donanımlı savaşçılarıyla yaşanan bu olaydan sonra, çoğu Arafat tarafında doğrudan yönetilen birçok başarılı baskın ya da başarısız baskın girişimi oldu.

13 Kasım 1966'da, İsrail Yeşil Hat'tın güneyinde el-Fetih'in bombalı saldırısı sonucu üç İsrailli askerin ölmesine misilleme olarak Ürdün tarafından idare edilen Batı Şeria'nın el-Samu şehrine büyük bir saldırı başlattı. Çatışmanın sonunda birçok Ürdün askeri öldü ve 125 ev yerle bir edildi. Bu baskın 1967'de yapılan Altı Gün Savaşı'na yol açan faktörlerden biridir.

İsrail'in 5 Haziran 1967'de Mısır Hava Kuvvetleri'ne karşı yaptığı hava saldırısı Altı Gün Savaşı'nın başlangıcı oldu. Savaş Arapların yenilgisi ve İsrail'in aralarında Batı Şeria ile Gazze Şeridi'nin de bulunduğu birçok Arap bölgesini işgaliyle sonuçlandı. Her ne kadar Nasır ve Arap müttefikleri yenilmişse de Arafat ve el-Fetih bir anlamda muzaffer olmuşlardı çünkü artık o güne kadar Arap hükümetlerinin yanında yer alan Filistinlilerin çoğu sorunlarının çözümünün "Filistinliler"den geçtiğini anlamaya başlamıştı. Aralarında George Habbaş'ın ("el Hekim") Arap Milliyetçi Hareketi, Hacı Emin el Hüseyni'nin Arap Yüksek Şurası, İslami Kurtuluş Cephesi ile Suriye destekli birçok Filistinli siyasi parti ve örgüt sponsorlarının yenilgisinden sonra büyük bir çöküş yaşadı. Yalnızca bir hafta sonra Arafat kılık değiştirerek Şeria Nehri'ni geçti ve Batı Şeria'ya girdi. El Halil, Kudüs ve Nablus'da hareketine yandaş aramak için merkezler kurdu.

Nasır danışmanlarından Muhammed Heykal aracılığıyla Arafat ile temas kurdu ve Arafat Nasır tarafından "Filistinlilerin lideri" ilan edildi. Aralık ayında Ahmet Şukeyri Filistin Kurtuluş Örgütü liderliğinden istifa etti. Yerine Yahya Hammuda geçer ve Arafat'ı örgüte katılması için çağrıda bulunur. El-Fetih'e Filistin Kurtuluş Örgütü Meclisi'nin 105 sandalyesinin 33'ü ayrılır. Diğer 57 sandalye çeşitli gerilla grup ve faksiyonlarına ayrılmıştır.

1968 boyunca el-Fetih örgütünün merkezinin bulunduğu, Filistin mülteci kamplarının yer aldığı el-Karameh kasabası İsrail Ordusu tarafından birçok kez hedef alındı. Şehrin Arapça adının anlamı "haysiyet"tir ve 1967 Arap yenilgisinden sonra sembolik önemini artırmaktadır. Buraya düzenlene operasyon, el-Fetih ve diğer militan örgütler tarafından işgal altında bulunan Batı Şeria'da roketli saldırılara karşı misilleme amaçlıdır. Said Aburiş'e göre Ürdün hükümeti ve birkaç el-Fetih komandosu Arafat'ı geniş çaplı bir İsrail saldırısının hazırlıklarını karşı uyarmış, George Habbaş'ın yeni kurulmuş Filistin Halk Kurtuluş Cephesi (FHKC) ile Nayef Hayatme'nin fraksiyoner Filistin Demokratik Halk Kurtuluş Cephesi (FDHKC) örgütleri şehri terketmiştir. Her ne kadar el-Fetih sempatizanı Ürdünlü bir general tarafından kasabayı terkedip tepelere saklanması önerildiyse de Arafat buna karşı çıkmış, ve "Arap dünyasında çekilmeyecek ya da kaçmayacakların da olduğuna tüm Dünya'yı inandırmak istiyoruz" demiştir. Aburiş, el-Fetih'in Arafat'ın emriyle kasabada kaldığını, Ürdün Ordusu'nun eğer ağır çarpışmalar olursa devreye girme kararı verdiğini yazar.

21 Mart gecesi İsrail Ordusu ağır silahlarla, zırhlı araçlarla ve savaş uçaklarıyla el Karameh'e saldırdı. El-Fetih'in kaçmaması İsrail askerlerini şaşırttı. İsrail kuvvetleri harekâtı genişletince Ürdün Ordusu da müdahil oldu ve İsrailliler büyük bir savaş çıkmasını önlemek için geri çekilmek zorunda kaldı. Çarpışmanın sonunda yaklaşık 150 el-Fetih militanı, yirmi Ürdün askeri ve yirmi sekiz İsrail askeri ölmüştür. Arapların ölü sayısının daha çok olmasına rağmen, İsrail'in hızlı geri çekilmesi nedeniyle el-Fetih kendisini muzaffer saymıştır. Arafat savaş alanında bulunmuştur ama katılımının detayları belirli değildir. Ancak hem müttefikleri hem de İsrail haberalma örgütü çarpışma sırasında sürekli olarak adamlarını yerlerinden ayrılmama ve çarpışmaya devam etme konusunda cesaretlendirdiğini belirtmiştir.

Çarpışma "Time" tarafından detaylı olarak izlenmiş ve Arafat'ın portresi 13 Aralık 1963 sayısının kapağında çıkarak Dünya Arafat'ın resmiyle ilk defa tanışmıştır. Savaş sonrası ortamda bu önemli dönüm noktasında Arafat ve el-Fetih ortaya çıkmış ve İsrail'e karşı çıkmaya cesaret eden ulusal kahraman olarak görülmeye başlamıştır. Arap dünyasından gelen toplu takdirler sonucu finansal bağışlar önemli ölçüde artmış ve el-Fetih silah ve mühimmatı gelişmiştir. İçlerinde binlerce Filistinli olmayan Arabın da bulunduğu birçok gencin katılımıyla örgütün üye sayısı artmıştır.

3 Şubat 1969'da toplanan Filistin Ulusal Konseyi'nde Yahya Hammuda Filistin Kurtuluş Örgütü liderliğinden çekildi. Yerine geçen Arafat, iki yıl sonra Filistin Devrimci Kuvvetlerinin başkomutanı oldu ve daha sonra 1973'te FKÖ'nün siyasal kolunun da başına geçti.
1960'ların sonunda Filistinlilerle Ürdün hükümeti arasındaki gerginlikler giderek arttı, ağır silahlarla donanmış Arap direnişçileri Ürdün'de sanki ""devlet içinde devlet"" yaratmıştı ve ülkenin stratejik bazı noktalarını ellerinde tutuyorlardı. El Karameh Çarpışmasından zaferle çıktıktan sonra el-Fetih ve diğer Filistinli gruplar Ürdün'de sivil hayatın kontrolünü ellerine geçirmeye başlamıştı. Yollarda barikatlar kuruyor, açıkça Ürdün Polisini aşağılıyor, kadınların ırzına geçiyor ve yasadışı vergiler koyuyordu. Bunlardan Arafat'ın ya haberi yoktu ya da göz yumuyordu. Krallığının egemenliğine ve güvenliğine karşı bunları bir tehdit olarak gören Ürdün Kralı Hüseyin milis kuvvetlerini silahsızlandırma girişiminde bulundu. Ancak muhalif kuvvetlerle askerî çatışmanın önüne geçmek için Hüseyin kabinesinde bulunan aralarında kendi ailesinden kişilerin de bulunduğu FKÖ karşıtlarını çıkardı ve Arafat'ı Ürdün'ün başbakanı olması için davet etti. Arafat, Filistinlilerin liderliğinde bir Filistin devleti inancı nedeniyle bunu reddetti.

Hüseyin'in girişimine rağmen Ürdün'de militanların eylemleri devam etti. 15 Eylül 1970'te Filistin Halk Kurtuluş Cephesi beş uçak kaçırdı ve bunların üçünü Amman'ın 48 km. doğusunda bulunan Dawson hava üssüne indirdi. Yolcular başka yere nakledildikten sonra bu üç uçak patlatıldı. Bu eylemler, FKÖ'nü oluşturan örgütlerin kontrolünden sorumlu tutulan Arafat'ın aralarında ABD'ninde bulunduğu birçok batılı ülkenin gözünde itibar kaybetmesine neden oldu. Arap hükümetlerinden gelen baskılar sonucu Arafat uçak kaçırma olaylarını açık olarak kınadı ve FHKC'sini birkaç haftalığına silahlı eylemlere katılmasını askıya aldı. FHKC Atina Havaalanı'na saldırdıktan sonra da aynı tedbirleri yineledi. Toprakları üzerinde kontrolü tekrar sağlamak isteyen Ürdün hükümeti harekete geçti ve ertesi gün Kral Hüseyin sıkıyönetim ilan etti. Aynı gün Arafat, Filistin Kurtuluş Ordusu'nun başkomutanı oldu.

Anlaşmazlık arttıkça diğer Arap hükümetleri barışçıl bir çözüm için arabuluculuğa girişti. Bu çabanın sonucunda Cemal Abdülnasır 21 Eylül'de Kahire'de ilk Arap Birliği acil zirvesini topladı. Arafat'ın konuşması katılan Arap liderlerin sempatisini kazandı; diğer devlet başkanları Kral Hüseyin ve babası Kral Tallal ile alay ederek karşısında yer aldı. İki taraf arasında bir barış anlaşmasına varılamadı. Nasır, zirveden saatler sonra ağır bir kalp krizi sonucu öldü.

25 Eylül'de Ürdün Ordusu üstünlüğü ele geçirdi ve iki gün sonra Arafat ile Hüseyin bir dizi ateşkes konusunda anlaştı. Ürdün Ordusu Filistinlilere siviller de dahil olmak üzere ağır kayıplar verdirdi. Yaklaşık 3.500 kişinin öldüğü sanılmaktadır. Arafat ve aralarında iki komutanı Ebu İyad ile Ebu Cihad'ın da bulunduğu el-Fetih kuvvetleri Ürdün'ün kuzey köşesine doğru itildi. Suriye ile İsrail sınırında bulunan Jerash şehri yakınlarına yerleştiler. Filistin yanlısı Ürdün kabine üyesi Münib Mesri'nin ve Suudi Arabistan'ın Ürdün büyükelçisi Fahd el-Humeymi'nin yardımlarıyla Arafat iki bin savaşçısıyla Suriye'ye girmeyi becerdi. Buradan Lübnan sınırını geçerek buradaki el-Fetih kuvvetleriyle bir araya gelerek yeni merkezlerini kurdular.

Lübnan'ın zayıf merkezî hükümeti sayesinde FKÖ hemen hemen bağımsız bir devlet gibi hareket edebiliyordu. Bu dönemde, 1970'lerde ortaya çıkan birçok sol görüşlü FKÖ grubu İsrail içinde ve dışında askerî ve sivil hedeflere karşı saldırılarda bulundu.

1972'de iki önemli olay oldu. El-Fetih içindeki gruplardan Kara Eylül Viyana'ya giden bir Sabena uçağını kaçırdı ve zorla İsrail'in Lod şehrinde Ben Gurion Havalanı'na indirdi. FHKC ve Japon Kızıl Ordusu aynı havaalanında yirmi dört sivili öldürdü. İsrail daha sonra FHKC sözcüsü Ghassan Kanafani'nin öldürülmesinin bu saldırıda FH