lerle enfeksiyonlara uyum sağlama devam eder ve bağışıklık sistemi gelecek salıdırılar için kendini hazırlar.

Bağışıklık belleği, aktif veya pasif şekillerde görülebilir:

Yeni doğanların mikroplarla daha önce tecrübesi olmamıştır ve enfeksiyonla hasarlanmaları kısmen mümkündür. Pasif bağışıklığın bazı tabakaları anne tarafından sağlanır. Gebelik sırasında, IgG olarak adlandırılan antikorların bir kısmı anneden bebeğe plesanta yoluyla geçer ve böylece insan bebekleri doğduklarında bile annelerininki kadar aynı düzeyde antijen özgüllüğüne ve antikorların büyük kısmına sahiplerdir.

Göğüs sütü ayrıca yenidoğanın sindirim sistemine de geçen antikorları içerir ve yenidoğan kendi antikorlarını sentezleyince kadar bebeği bakteriyal enfeksiyonlardan korur. Bu pasif bağışıklıktır çünkü fetüs aslında hiç bellek hücresi ya da antikor üretemez, onları sadece ödünç alır.

Bu pasif bağışıklık genellikle kısa sürelidir, birkaç gün ila birkaç ay sürer. Tıpta, koruyucu pasif bağışıklık ayrıca, bir canlıdan diğerine antikor zengini serum verilerek yapay olarak sağlanabilir.

Uzun süreli "aktif" bellek enfeksiyon sonrası B ve T hücrelerinin etkinleştirilmesine gerek duyar. Aktif bağışıklık ayrıca yapay olarak aşılamayla da sağlanabilir. Aşılamanın (bağışıklama) arkasında yatan temel kural, patojenden gelen bir antijenle bağışıklık sistemini uyarmak ve bu patojen karşısında özgül bağışıklığı ev sahibinde hastalığa neden olmadan geliştirmektir. Bu önceden planlanmış bağışıklık yanıtı başarılıdır çünkü bağışıklık sisteminin doğal özgüllüğünü kullanır. 
İnsan populasyonun ölüm nedenlerinden önde gelen nedenlerden enfeksiyon hastalıklarında, bağışıklık sisteminin insanlıkla gelişiminden beri en etkili uygulamayı "aşılama" sunmaktadır.

Çoğu viral aşı yaşayan zayıflatılmış virüslerden elde edilirken, bakteriyal aşılar mikroorganizmaların zararsız toksinlerini de içeren aselüler (hücresiz) bileşenlerine dayanır.

Bazı antijenler aselüler aşlılardan elde edildiklerinden beri edinilmiş yanıtın çok güçlü olmasına neden olmadıklarından beri, bazı bakteriyal aşılar bağışıklığı yükselten ve doğuştan gelen bağışıklığın antijen sunan hücrelerini etkinleştiren ek yardımcılar da taşımaktadırlar.

Bağışıklık sistemi fark edilebilir derecede özgüllüğün, toplanmanın ve uyumun birleştirilmesi gibi etkileyici bir yapıya sahiptir. Ev sahibinin savunmasında hatalar oluşabilir ve bunlar üç kategori altında incelenir: bağışıklık yetmezlikleri, kendine bağışıklık, ve aşırı duyarlılık.

Bağışıklık yetmezliği, bağışıklık sisteminin bileşenlerinden biri ya da birkaçı inaktif duruma geldiğinde meydana gelir. Bağışıklık sisteminin patojenlere olan yanıtı genç ve yaşlıların her ikisinde de, 50'li yaşlarda belirgin olarak "bağışıklık yaşlılığıyla" ilişkili olarak azalır. Gelişmiş ülkelerde obezite, alkolizm ve yasal olmayan ilaçlar bağışıklık işlevlerinin zayıflamasına neden olan başlıca sebeplerdir. Bununla beraber iyi beslenmeme de gelişmiş ülkelerde bağışıklığı düşüren önemli nedenler arasındadır. Protein fakiri beslenme hücre-aracılı bağışıklığının azalması, tamamlama etkinliği, fagositik işlevsellik, IgA antikor yoğunluğu değişimi ve sitokin üretimiyle ilişkilendirilir. Şunlar gibi tekli besinlerin eksiklikleri de; demir, bakır, çinko, selenyum, vitaminler, A vitamini, C vitamini, E vitamini ve B ve folik asit (vitamin B) ayrıca bağışıklık yanıtlarını azaltır. Ek olarak, timusun erken yaşlarda genetik mutasyonlar veya operasyonlar sonucu kaybedilmesi bazı bağışıklık yetmezliklerine neden olabilir ve yüksek enfeksiyon kapma olasılığıyla sonuçlanır. Bağışıklık yetmezlikleri ayrıca "kalıtılabilir" ya da "edinilebilir". Fagositlerin patojenleri yok etmek için indirgenmiş bir yetenek kazandıkları kronik granülomatus hastalığı kalıtılmış ya da konjenital bir bağışıklık yetmezliği örneğidir. AIDS ve kanserlerin bazı tipleri de edinilmiş bağışıklık yetmezliklerine neden olur.

Aşırı etkin bağışıklık yanıtları bağışıklık sisteminin işlevsizliğinin başka bir sonucunu; özellikle "kendine bağışık" yetmezlikleri kapsar. Burada bağışıklık sistemi "kendinden" ve "kendinden-olmayanı" uygun şekilde ayırmakta hataya düşer ve vücudun kendi parçalarına saldırır. Normal şartlar altında bile bazı T hücreleri ve antikorlar kendinden-olan peptidlerle tepkimeye girerler. Timus ya da kemik iliğinde özelleşmiş hücrelerin fonksiyonlarından biri, genç lenfositleri kendi antijenleriyle vücudun içine üretip sunmak ve bu hücrelerin kendinden-antijenleri, kendine bağışıklığı engelleyerek seçmesidir.

Aşırı duyarlılık, vücudun kendi dokularına zarar veren bir bağışıklık yanıtıdır. Aşırı duyarlılık reaksiyon zamanı ve uyarlandıkları karmaşık mekanizmalara göre 4 sınıfa ayrılır:
"Tip I aşırı duyarlılık;" sıkı sık alerjiyle ilişkili olan derhal ya da anaflaktik olan reaksiyondur. Semptomlar orta düzey rahatsızlıktan ölüme kadar gidebilir. Tip I aşırı duyarlılığa mast hücrelerinden ve bazofillerden salınan IgE ile aracılık eder.
"Tip II aşırı duyarlılık;" antikorlar hastanın kendi hücrelerindeki antijenlere bağlanıp, onları yıkım için işaretlediklerinde meydana gelir. Bu ayrıca antikor-bağımlı (ya da sitotoksik) aşırı duyarlılık olarak isimlendirilir ve IgG ve IgM antikorları tarafından aracılık edilir.
Çeşitli dokularda bulunan bağışıklık kompleksleri (antijenlerin yapışmaları, kompleman proteinler ve IgG ve IgM antikorları) "tip III aşırı duyarlılık reaksiyonları"nı tetikler. 
"Tip IV aşırı duyarlılık;" (hücre-aracılı ya da gecikmiş tip aşırı duyarlılık olarak da bilinir); genellikle gelişmesi iki ya da üç gün süren aşırı duyarlılık tipidir. Type IV reaksiyonları bazı kendine bağışık ve enfeksiyonöz hastalıklarıyla ilişkilidir, fakat bunlardan başka "kontakt dermatitis" (zehirli sarmaşık) ile de ilişkili olabilir. Bu reaksiyonlara T hücreleri, monositler ve makrofajlarca aracılık edilir.

Edinilmiş bağışıklık sistemleri şeklinde bağışıklık yanıtı ilk kez omurgalılarda ortaya çıkmıştır çünkü omurgasızlarda lenfositler veya antikora-dayalı humoral yanıtlar görülmez. Bununla beraber bazı türler omurgalı bağışıklığına bakışta öncü olarak görülen bazı mekanizmaları kullanırlar. Bakteriler ve (belki bazı diğer prokaryotik organizmalar) kendilerini bakteriyofaj gibi viral patojenlerden korumak için restriksiyon-modifikasyon sistemi olarak bilinen eşsiz bir savunma mekanizması geliştirmişlerdir. Patern tanıma reseptörleri, nerdeyse bütün organizmalarca, mikrobiyal patojenlerle ilişkili molekülleri tanımlamak için kullanılan proteinlerdir. "Defensinler" olarak adlandırılan antimikrobiyal peptidler, bütün hayvanlar ve bitkilerde bulunan ve omurgasızlarda sistemik bağışıklığın ana şekillerini gösteren evrimsel olarak korunmuş doğuştan gelen bağışıklığın bileşenleridir. Kompleman sistemi ve fagositik hücreler de ayrıca omurgasızların çoğu hayat formlarınca kullanılırlar. Ribonükleaz ve RNA interferans yolları bütün ökaryotlarda saklıdır ve virüslere karşı bağışıklık yanıtının oluşmasında rol aldıkları düşünülmektedir.

Hayvanlardan farklı olarak, bitkiler fagositik hücrelerden yoksunlardır ve çoğu bitkinin bağışıklık yanıtları, bitkinin tamamına yayılan sistemik kimyasal sinyaller gönderir.

Bitkinin bir parçası enfekte edildiğinde, bitki sınırlı bir hipersensivite yanıtı (HR) oluşturur, enfeksiyonun olduğu bölgede bitkinin diğer parçalarına yayılmasını engelleyen hızlı programlanmış hücre ölümü gerçekleştirilir. Sistemik kazanılmış dayanıklılık (SAR), tüm bitkiyi birçok enfeksiyon ajanına karşı dirençli hale getiren bir savunma yanıtı tipidir. RNA interferans mekanizmaları özellikle bu sistemik yanıtlarda virüs replikasyonunu önleyebildikleri için önemlidir.

Bağışıklık sisteminin başka bir önemli rolü de tümörleri tanıması ve yok etmesidir. Tümörlerin değişime uğramış hücreleri, normal hücrelerde bulunmayan tümör antijenlerini ifade ederler. Bağışlıklık sistemine bu antijenler yabancı olarak görünür, sunumları bağışıklık sistemini hücrelerinin değişmiş tümör hücrelerine saldırmasına neden olur. Tümör hücrelerince ifade olunan antijenlerin bazı kaynakları vardır; bazıları servikal kansere neden olan insan papillomavirüsü gibi onkojenik virüslerden köken alırken, diğerleri düşük seviyelerde normalken yüksek seviyelerde kansere neden olan canlının kendi proteinleridir. Enzimlerden tirosinaz olarak bilineni yüksek seviyelerinde olağan deri hücrelerini (örn. melanositleri) "melanoma" diye bilinen tümörlere değiştirir. Tümör antijenlerinin üçüncü bir olası kaynağı hücre büyümesi ve yaşamasını düzenleyen, çoğunlukla onkogen diye adlandırılan moleküllerin kansere dönüşmesini sağlayan proteinlerdir. Bağışıklık sisteminin tümörlere ana yanıtı; yardımcı T hücrelerinin yardımıyla öldürücü T hücrelerini kullanarak anormal hücreleri yok etmesidir. Tümör antijenleri viral antijenlere benzer yollarla MHC sınıf I molekülleri üzerinden sunulur. Bu, öldürücü T hücrelerinin tümör hücrelerini "anormal" olarak tanımasına izin verir. Doğal öldürücü hücreler de ayrıca tümörlü hücreleri benzer yollarla, özellikle tümörlü hücreler yüzeylerinde normalden biraz daha az MHC sınıf I molekülünü taşıyorlarsa öldürür, bu tümörlerde yaygın bir durumdur. Antikorlar bazen kompleman sistemince yıkılmalarına izin veren tümör hücreleri karşısında üretilir. Açıkçası, bazı tümörler bağışıklık sisteminden kaçabilir ve yaşamaya devam edebilirler. Tümör hücreleri çoğunlukla yüzeylerindeki MHC sınıf I moleküllerinin bir kısmını indirgemişlerdir, bu yüzden öldürücü T hücrelerinin taramasından kaçabilirler. Bazı tümör hücreleri ayrıca bağışıklık yanıtını baskılayan ürünler de salarlar; örneğin lenfositlerin ve makrofajların etkinliğini baskılayan TGF-β sitokini gibi. Ek olarak, bağışıklıksal dayanıklılık (tolerans) tümör antijenleri karşısında gelişebilir ve böylece bağışıklık sistemi artık tümör hücrelerine saldırmaz olur. Birbirine ters olarak, tümör hücrereleri makrofajları çeken sitokinleri ve tümör gelişimini besleyen gelişme faktörlerini bıraktıklarında, makrofajlar tümör gelişimini desteklerler. Ayrıca tümördeki hipoksinin bir kombinasyon