yağmalandı, baskın yapan Kazakların çoğu dönüş yolunda yakalandı ve öldürüldü. Osmanlı Devleti'ne karşı yapılan bu savaşlara Venedik katılmamıştı, bundan dolayı Venedik ile ilişkiler olumlu gelişme gösterdi ve 1614'te bir ticaret antlaşması imzalandı. 1616 yılında, Karadeniz'de dolaşan Kazak gemileri üzerine sefer yapıldı ama sonuç alınamadı. I. Ahmet döneminde Akdeniz'deki Osmanlı deniz ticareti korunmaya çalışıldı, Fransa ve Venedik ile ticari ilişkiler gelişti ve Kuzey Afrika'daki Osmanlı otoritesi güçlendirildi. IV. Murad devrinde, Bağdat Seferi'ne çıkılınca Venedik savaş açtı. Venedikliler Dalmaçya'yı işgal etti, Venedik donanması ile Osmanlı donanması karşı karşıya gelmedi ve sonunda barış yapıldı, Dalmaçya iade edildi. Sultan İbrahim döneminde Venedik ile tekrar savaş başladı, Girit'e Osmanlı donanması sefer yaptı ancak Kandiye ele geçirilemedi, Venedik'in adaya olan lojistik desteği engellenemedi. Kaptan-ı Derya Kara Musa Paşa bu savaşta öldü. Girit Seferi'nde Osmanlı donanması, Haçlı donanmasına karşı da mücadele etmek zorunda kaldı. Fakat Otuz Yıl Savaşı sebebiyle güçlü bir Haçlı donanması oluşturulmadı, bu da Osmanlı donanması lehine bir gelişme idi. Girit, Fransızlar tarafından ciddi düzeyde desteklendi ve savaş uzadı, bu arada 1654 yılında Venedik donanması Çanakkale boğazını ablukaya aldı. Kara Mehmed Paşa komutasındaki Osmanlı donanması saldırıya geçti, Venedik donanması 6 gemi ve çok sayıda kayıp vererek mağlup edildi. Girit ile deniz bağlantısı tekrar sağlandı, fakat Venedik donanması tekrar Çanakkale önlerine geldi. Sarı Kenan Paşa komutasındaki Osmanlı donanması ablukayı kırmak istedi, fakat ağır bir yenilgi alındı; yaklaşık 100 gemisi batan ve çok sayıda kayıp veren Osmanlı donanması dağıldı ve Limni ile Bozcaada düştü. Venedik donanmasının Marmara'ya girmesinden endişe duyulurken Köprülü Mehmed Paşa sadrazam oldu, Osmanlı donanması toparlandı ve 1657'de Topal Mehmed Paşa komutasında saldırıya geçildi; Venedik donanması dağıldı ve amirali Lazzaro Mocenigo öldü, Limni ile Bozcaada geri alındı. 27 Eylül 1669 tarihinde çok ağır kayıplar neticesinde Kandiye düştü ve Girit, Osmanlı kontrolüne geçti.

II. Viyana Kuşatması'nın ardından bir haçlı birliği oluşturuldu ve Osmanlı-Kutsal İttifak Savaşları başladı. Papalık, Cenova ve Venedik Osmanlı ile deniz savaşları yaptı. 13 Temmuz 1690 tarihinde Osmanlı ordusu Edirne'den yola çıktı, orduyu desteklemek için Mezomorto Hüseyin Paşa komutasındaki 34 gemilik ince donanma da Tuna Nehri'nde ilerliyordu. Bu ince donanma ile Belgrad'ı basan Mezomorto Paşa, Vidin'de de Osmanlı ordusunu destekledi. II. Ahmet devrinde Venedik donanması sık sık Ege Denizi'ne baskınlar yaptı ve Girit saldırıya uğradı. Eylül 1694'te Venedik donanması Sakız Adası'na saldırdı, ada halkının da Venedik'i desteklemesi ile ada Venedik kontrolüne geçti. Bu arada II. Ahmet öldü ve yerine II. Mustafa geçti; Mezomorto Hüseyin Paşa adayı geri almak üzere denize açıldı. 9 Şubat 1695 tarihinde yapılan Koyun Adaları Muharebesi kesin Osmanlı zaferi ile sonuçlandı, Sakız adasının bu sayede lojistik desteği kesildi ve 21/22 Şubat 1695 tarihinde ada geri alındı. Sakız'ın geri alınması için Mezomorto Paşa donanmayı uzun süre hazırladı. Belgrad, İzmir, Selanik, Kocaeli ve Malatya illerinden ham madde desteği ile üretim yapıldı, işe yaramayan toplar eritilerek el bombaları ve güherçile temin edildi. Ayrıca 60 adet fırkateyn denize indirildi ve donanmaya katıldı, Osmanlı donanmasında kalyonlara ağırlık verilmeye başlanmıştı. Koyun Adaları Muharebesinden sonra Mezomorto Hüseyin Paşa, kaptan-ı derya oldu ve Venedik'e karşı deniz seferlerini sürdürdü. 1699 yılında Karlofça Antlaşması yapıldı ve bu sayede Venedik ile deniz savaşları sona erdi, Mezomorto Hüseyin Paşa donanmaya birçok yenilik getirdi ve kalyon sınıfını güçlendirdi.

Kaptan-ı Derya Mezomorto Hüseyin Paşa'nın ölümünden sonra Çorlulu Ali Paşa'nın sadrazamlığında donanmada iyileştirmeler yapıldı, yeni gemiler donanmaya katıldı. 1711 yılında Rusya ile Prut Muharebesi yapıldı ve Azak Kalesi geri alındı, Azak Denizi yeniden Osmanlı kontrolüne geçti. Ancak bu savaş esnasında Osmanlı donanmasının faaliyette bulunup bulunmadığı bilinmiyor. 1715 yılında Avusturya-Venedik ikilisi ile Osmanlı arasında savaş başladı, Silahdar Damat Ali Paşa karadan taarruza geçerken, Canım Hoca Mehmed Paşa donanması ile denize açıldı. Mehmed Paşa, Mora'nın çevresindeki adaları ele geçirdi, karadan ilerleyen ordunun da taarruzu ile Mora tamamen kontrol altına alındı. 1717 yılında Kaptan-ı Derya Kel Hoca İbrahim Paşa komutasındaki Osmanlı donanması; Portekiz, Malta, Papalık ve Venedik dörtlüsünün donanmasını ağır kayıplar neticesinde mağlup etti. 1718 yılında barış yapıldı, Mora'daki Osmanlı hakimiyeti tanındı. 1730 yılında çıkan Patrona Halil İsyanı sonucunda Kaptan-ı Derya Kaymak Mustafa Paşa öldürüldü. 1735 yılında Rusya-Avusturya ikilisi ile Osmanlı arasında savaş başladı, bu savaşta Ruslar Azak Kalesini ele geçirdi ve Azak Denizine indi. Savaşın ardından 1739'da imzalanan Belgrad Antlaşması ile Azak Kalesi yıkıldı, Rusların Karadeniz'deki ticaret haklarına kurallar getirildi ve Karadeniz'de küçük bir Osmanlı donanması kuruldu.

1768 yılında başlayan Rus-Osmanlı Savaşı'nda Osmanlı Donanması yakıldı, baskına uğrayan Osmanlı Donanmasının çok sayıda savaş gemisi battı. 1774 yılında yaklaşık 30 savaş gemisinden oluşan bir filo, Kerç Boğazı'nda Rus Donanmasına baskın yaptı, bu muharebenin kesin sonucu bilinmemektedir. Rus Çarlığı ile olan savaş bitince, Kaptan-ı Derya Cezayirli Gazi Hasan Paşa donanmanın yetersizliğini fark etti ve III. Mustafa'nın da iznini alarak yabancı ülkelerden askeri uzmanlar getirdi, donanmanın modernleşmesi için çalışmalar başlattı. 1773'te, Fransız subay Baron de Tott'un da girişimleri ile Mühendishane-i Bahrî-i Hümâyûn kuruldu. Bu okul modern donanma eğitiminin verildiği bir kuruluş özelliğine sahipti. Fransa'dan gelen ve 1770-1784 yılları arasında inceleme yapan Bonneval, donanmanın modernleşmesi üzerine bilgiler verdi. 1784'te Fransa ile teknoloji alışverişi için çalışmalar yapıldı ve aynı yıl, Fransa'dan gelen bir mimar ekibi modern kalyonların inşasına başladı. Bu ekibin mevcudu zamanla 23'e kadar ulaştı. Fransız uzman Le Bruns'un çalışmaları ve 12 kişilik İsveçli bir ekibin de desteği ile Osmanlı Devleti'ndeki bilinen ilk kuru havuz kuruldu. 1798 yılında Napolyon ile başlayan savaş üzerine bu uzmanların çoğu İstanbul'dan ayrılmak zorunda kaldı. Ahmed Hoca, Molla Mustafa, Dimitri Kalfa, Nikola Kalfa, Nevsim Kalfa ve İsmail Kalfa isimli mimarlar, bu yabancı heyetlerden öğrendikleri ile gemi yapımlarında çalıştı.

III. Selim döneminde donanma için Tıphane ve Cerrahhane de açıldı. 1804 yılında Umûr-ı Bahriye Nezareti (Denizcilik Bakanlığı) kuruldu. II. Mahmud döneminde yenileşme hareketleri hız kazandı. Bu arada 1807 yılında Britanya İmparatorluğu ile bir savaş çıktı ve 1809'da sona erdi. Kale-i Sultaniye Antlaşması ile Britanya'nın kapitülasyon hakları devam etti ve boğazlardan başka devletlerin askeri gemilerinin geçişine dair yasak devam etti. Yunan isyanı'nda Kavalalı Mehmed Ali Paşa, donanması ve kara ordusu ile Osmanlı Devleti'ni destekledi. 1827 yılında Mısır ve Osmanlı donanmaları, Birleşik Krallık, Fransa ve Rusya donanmaları tarafından savaş ilanı olmaksızın Navarin'de yakıldı. Navarin'de 58 savaş gemisi battı, çok sayıda tecrübeli Osmanlı denizcisi öldü. Navarin'deki saldırının ardından II. Mahmud, modernleşme çalışmalarında Avrupalılardan uzaklaştı ve Amerika Birleşik Devletleri'ne yanaştı. 1830'da ABD ile ticaret antlaşması imzalandı. Bu arada, 31 Aralık 1828'de Mehmed Efendi ve Mehmed Kalfa isimli mimarların inşa ettiği "Mahmudiye" denize indirildi. İstanbul'a gelen Sir Adolphus Slade tarafından da en büyük kalyon olarak nitelendirilen Mahmudiye, 1874 yılında memur maaşlarının ödenmesi için söküldü ve parçaları satıldı. 1831 yılında Henry Eckford, bir Amerikan muhribi ile İstanbul'a geldi ve Osmanlı donanmasına dair rapor sundu. Amerikan savaş gemileri tarzında gemi yapımına başlandı ancak Eckford uyum sağlayamayarak İstanbul'dan ayrıldı. Eckford'un ardından gelen Forster Rhodes, gemi yapım çalışmalarını sürdürdü ve 1835 yılında "Nusretiye" kalyonu denize indirildi. İstanbul'da ilk buharlı gemiler de Rhodes'in girişimleri ile denize indirildi. 1839 yılında II. Mahmud öldü. Bunun üzerine Amerikalı uzmanlar istifaya zorlandı; yeniden Avrupa ile ortak çalışmalar başladı. Ancak Amerikalı uzmanlar sayesinde Osmanlı tersanelerine modern denizcilik sanayisine girdi. Abdülmecid döneminde, 1840 yılında Bahriye Meclisi kuruldu. Bu meclis, Tersane-i Amire'nin her türlü işleriyle ilgileniyordu. Abdülmecid döneminde yelkenli gemilerin yerini buharlı gemiler almaya başladı. 1848 yılında Osmanlı Donanması 74 gemiden oluşuyordu.

Kırım Savaşı başlayınca, Balkanlar'da ilerleyen Osmanlı kuvvetleri deniz yoluyla desteklendi. Karadeniz filosu ikiye ayrıldı. İkinci filo Patrona Osman Paşa komutasında idi ve personeli tecrübesizdi. Bu filo Sinop'ta demirledi. 30 Kasım 1853 tarihinde, donanma personeli Cuma namazı için izinli iken Rus donanması baskın yaptı. Donanma ve şehir ateşe verildi, kıyıdan açılan Osmanlı topçu ateşi etki edemedi; Osmanlı donanmasının 11 adet gemisi battı ve 2700 asker kaybedildi. Kırım Savaşı'nda Birleşik Krallık, Fransa ve Osmanlı birleşik donanması kuruldu. Yeni kurulan donanma, 9'u Osmanlı olmak üzere 34 savaş gemisinden oluşuyordu. Bu yeni donanma Sivastopol Muharebesine denizden destek verdi ve karaya çıkarma yapıldı. Bu savaş ile donanma, askeri ve teknik konularda tecrübe kazandı. Britanya ve Fransa savaş gemileri, onarım için İstanbul tersanelerine geldi ve buradaki tersanelerde onların girişimleri ile yenilikler yapıldı. 1856 yılında imzalanan Paris Antlaşması ile savaş sona erdi ve Karadeniz'de Rus ve Osmanlı savaş gemilerinin bulunması yasaklandı. Abdülaziz döneminde mali sıkıntılara rağmen modernleşme çalışmaları hız kazandı. Tersane-i Amire'de, İzmit ve Gölcük tersanelerinde yenilikler yapıldı. Abdülaziz döneminde