ıydı. Bu konuşma diğer Avrupalı liderlerin protestolarına neden oldu ve Muhafazakâr Parti içinde Avrupa siyaseti konusunda derin bir çatlağın olduğunu ortaya çıkardı.

6-8 Nisan 1988'de Türkiye'ye resmi bir ziyarette bulundu. Yapılan görüşmelerde ele alınan başlıca konular, Türkiye'nin Avrupa Ekonomik Topluluğu'na üyelik başvurusu, yeni Türkiye iktisadı ve Birleşik Krallık'tan yatırım talepleri, Kıbrıs sorunu, İran-Irak Savaşı ve Filistin sorunu oldu. Thatcher, Turgut Özal ile birlikte yaptığı basın toplantısında ""Bildiğiniz üzere Birleşik Krallık , Türkiye'nin ve Avrupa'nın büyük bir dostu olmuştur ve Türkiye ile Avrupa Ekonomik Topluluğu arasındaki Birlik Anlaşması'nın daha etkin çalışmasını görmeyi istemektedir"" dedi.

1989'da, sürdürülemez haldeki iktisadi patlamayı durdurmak için faiz oranlarını arttırması üzerine Thatcher'ın kamuoyu desteği bir kez daha düştü. Thatcher, Avrupa para birliğine hazırlanma siyaseti izleyen Hazine Bakanı Nigel Lawson'u suçladı. Kasım 1987'de "Financial Times" gazetesine verdiği bir demeçte, Thatcher, bu siyasetten haberdar olmadığını ve tasvip etmediğini söyledi.

Haziran 1988'de Madrid'deki Avrupa Ekonomik Topluluğu zirvesi öncesi yapılan bir toplantıda, Lawson ve Dışişleri Bakanı Geoffrey Howe, Thatcher'ı parasal birliğin hazırlık aşaması olan Döviz Kuru Mekanizması'na katılmak için gerekli koşulları kabul etmeye zorladı. Toplantıda ikisi de Thatcher'ın koşulları kabul etmemesi halinde istifa edeceklerini söylediler. Thatcher, buna Howe'u azlederek ve iktisadi konularda daha çok danışmanı Alan Waters'a danışarak karşılık verdi. Lawson, Thatcher'ın kariyerinin altını oyduğunu düşünerek Ekim 1989'da istifa etti. Ancak Howe ve Lawson gibi tecrübeli siyasetçilerin ayrılmaları, Thatcher'ın ekibini zayıflattı. Bu durum, ayrıca, Thatcher'ın farklı görüşlere müsamaha gösteremeyen bir başbakan olduğu imajını güçlendirdi.

Aynı yılın Kasımında, Thatcher, Muhafazakâr Parti liderliği için Anthony Meyer'in rekabetiyle karşılaştı. Thatcher Meyer'i kolayca yense de, altmış kişi Meyer'e oy verdi veya seçime katılmadı - ki bu iktidardaki bir başbakan için yüksek bir sayıydı. Öte yandan, partideki taraftarları, Thatcher'ın on yıldır başbakanlık koltuğunda yıprandığını ve toplam oy sayısının 370 olduğunu vurgulayarak bu sonucun başarlı olduğunu öne sürdüler.
Thatcher'ın yerel yönetim vergilerini kaldırmak üzere önerdiği 1987 seçimlerinde Muhafazakâr Parti programında da yer alan yeni vergi sistemi, İskoçya'da 1989'da, İngiltere ve Galler'de 1990'da uygulamaya alındı. Mal varlığına dayalı hesaplanan yerel vergilerin yerine "kelle vergisi" olarak bilinen ve herkes için genelde eşit olan (düşük gelirlilere bazı indirimler vardı) vergi tepkilere ve sokak gösterilerine yol açtı.

Thatcher'ın başbakanlıktaki son icraatlarından biri, ABD Başkanı George H. W. Bush'a Saddam Hüseyin'i Kuveyt'ten çıkarmak için Orta Doğu'ya asker göndermesi yönünde baskı yapmak oldu. Bush'un bu plan hakkında bazı çekinceleri vardı, ama Thatcher ona ""tereddüt edecek vaktimiz yok!"" diye karşılık verdi.

Ekim 1990'daki Muhafazakâr Parti kongresinden önceki Cuma günü, yeni Hazine Bakanı John Major'a faiz oranlarını %1 indirmesi talimatını verdi. Major, onu, parasal istikrarı korumak için tek yöntemin "Madrid koşulları"na uymasalar bile aynı zaman zarfında Döviz Kuru Mekanizması'na katılmak olduğuna ikna etti.

Thatcher'ın siyasetten uzaklaştırılması, Alan Clark'a göre Britanya siyasi tarihinin en dramatik olaylarından biridir. Uzun süre iktidarda kalan, seçimlerde mağlup edilemeyen bir başbakanın parti içi oylamayla azledilmesi ilk bakışta inanılmaz gözükmektedir. Mamafih, 1990'a gelindiğinde, Thatcher'ın yerel yönetim vergi politikası, hükümetinin iktisadı kötü yönettiğine ilişkin kamuoyunda yayılan görüş (özellikle %15 mertebesine ulaşan yüksek faiz oranları, ev sahipleri ve işadamlarının desteğinin aşınmasına yol açtı) ve Avrupa ile bütünleşme konusunda Muhafazakâr Parti içinde ortaya çıkan bölünmeler, hem kendisinin hem de partisinin siyasi alanda giderek zayıfladığını gösteriyordu.

1 Kasım 1990'da, Thatcher'ın en eski ve sadık müttefiklerinden Geoffrey Howe, Thatcher'ın Avrupa siyasetini protesto etmek için Başbakan Yardımcılığı görevinden istifa etti. Eski rakibi Michael Heseltine, parti liderliği için kendisine meydan okudu ve ilk turda oylamayı ikinci tura taşıyacak kadar fazla oy elde etti. Önceleri ikinci turda da yarışmak istediğini söylemekle birlikte, Thatcher, kabine üyelerine danıştıktan sonra seçimden çekilmeye karar verdi. 22 Kasım günü saat sabah 09:30'da Kabine'ye ikinci turda aday olmayacağını açıkladı. Hemen ardından, kamuoyuna istifasıyla ilgili bir açıklama yapıldı:
Mağlup Thatcher, Avam Kamarası'nda hükümetine karşı yapılan bir güven oylaması sırasında, etkileyici konuşmalarından birini yapma fırsatını yakaladı:
Selefi olarak John Major'ı destekledi ve o da liderlik yarışını kazandı. İstifasının ardından yapılan bir ankette, Britanya halkının %52'si "son kertede Thatcher'ın ülkeye yararlı olduğunu" söylerken, %48'i "kötü" olduğunu söyledi. 1991'de Parti'nin yıllık kongresine girdiğinde daha önce görülmemiş şekilde dakikalarca ayakta alkışlanarak karşılandı, ancak konuşma yapması için yapılan çağrıları reddetti. Mamafih, Başbakanlıktan istifa ettikten sonra zaman zaman Avam Kamarası'nda konuştu. 1992 seçimlerinden sonra parlamentodan ayrıldı.

1992'de barones unvanı aldı. Bu sayede Lordlar Kamarası'na girme imkânı elde etti. Kamara'da Maastricht Antlaşması'nı eleştiren bir dizi konuşma yaptı. ""Fazla ileri giden bir antlaşma"" olarak niteledi, Haziran 1993'te ise ""Ben bu antlaşmayı asla imzalamazdım."" dedi. Antlaşmanın referanduma sunulmasını talep etti, üç büyük parti de onay verdiğine göre halkın görüşünün sorulması gerektiğini savundu.

Ağustos 1992'de NATO'ya Gorajde ve Saraybosna'daki Sırp saldırısını durdurması ve Bosna-Hersek Cumhuriyeti'ni koruması için çağrıda bulundu. Bosna'daki olayların "Nazilerin en kötü azgınlıklarını hatırlattığını" söyledi. Aynı yılın Aralık ayında Bosna'da bir soykırım olabileceğini söyledi. Nisan 1993'te, Srebrenica'daki ilk katliamın ardından Thatcher bunun "Avrupa'da bir daha asla görmeyeceğimizi düşündüğü türden bir ölüm tarlası" olduğunu söyledi.

1990'da Başbakanlıktan istifa ettikten kısa süre sonra Kraliçe tarafından Birleşik Krallık 'nin en büyük nişanlarından Liyakat Nişanı ile ödüllendilmişti. Ayrıca, eşi Denis Thatcher'a 1991'de baronetlik verildi (böylece oğulları Mark, bir soyluluk unvanı devralabilecekti). Bu, 1965'ten beri baronetlik unvanının ilk verilişiydi.

Haziran 1992'de tütün devi Philip Morris şirketine yılda 250.000$ maaş ve vakfına yıllık 250.000$ bağış karşılığı, "jeopolitik danışman" oldu.

1993'ten 2000'e kadar, 1693 kraliyet beratıyla kurulan Virjinya, ABD'deki William ve Mary Koleji'nde rektörlük yaptı. Ayrıca Birleşik Krallık'ın tek özel üniversitesi olan Buckingham Üniversitesi'nin rektörlüğünü yürüttü. Bu işinden 1998'de emekliye ayrıldı.

1995'te Thatcher'a, Birleşik Krallık 'ın en yüksek şövalyelik örgütü olan Garter Örgütü üyeliği verildi. 1997'de ise Ronald Reagan Özgürlük Ödülü'nü eski ABD first lady'si Nancy Reagan'dan aldı.

Hatıralarını "Güce Giden Yol" ve "Downing Street Yılları" adında iki cilt halinde kaleme aldı. 1993'te BBC televizyonunda yayımlanan "Downing Street Yılları"'nda Thatcher, başbakanlıktan istifa etmesine neden olan bakanlar kurulu isyanını ""yüzü gülen ihanet"" olarak tasvir etti.

Kamuoyu nezdindeki desteğini sürdürmekle birlikte, özel konuşmalarında Thatcher, John Major'a siyasetinden duyduğu rahatsızlığı belli etti. Bu görüşleri basına da sızdı ve yayımlandı. Major hükümetinin kamu harcamalarını artırmasını, vergi artırımlarını ve Avrupa bütünleşmesine verdiği desteği eleştirdi. 1994'te Tony Blair'in İşçi Partisi lideri seçilmesinin ardından Mayıs 1995'te verdiği bir mülakatta, Blair'i ""Muhtemelen Hugh Gaitskell'den beri en müthiş İşçi Partisi lideri. Onların ön saflarında çok sosyalist görüyorum ama Bay Blair bunlardan biri değil. Gerçekten değiştiğine inanıyorum."" diye övdü.

Muhafazakâr Parti'nin İşçi Partisi tarafından hezimete uğratıldığı seçimlerin ardından yapılan parti başkanlığı seçiminde, Thatcher, "devlet hakkında modası geçmiş fikirlere sahip ve Avrupa'nın bütünleşmesini savunan" Kenneth Clarke'tan "sonsuz kere daha iyi bir başkan olabilecek" dediği Iain Duncan Smith'i destekledi.

2002'de yayımladığı "Devlet Sanatı: Değişen Dünya İçin Stratejiler" adlı kitabında, 1990'daki istifasından beri uluslararası ilişkiler konusunda geliştirdiği düşünceleri dile getirdi. Kitabın özellikle Avrupa Birliği konusundaki bölümleri tartışma yaratıcı mahiyetteydi: Birleşik Krallık 'nin millî egemenliğini koruması için üyelik koşullarının gözden geçirilmesini, bunun başarısız olması halinde, Avrupa Birliği'nden ayrılarak NAFTA'ya katılmayı öneriyordu. Bu bölümler, "The Times" gazetesinde yazı dizisi halinde yayımlanmaya başladığı 18 Mart Pazartesiden, sağlık sebepleriyle demeç vermesinin doktorları tarafından yasaklandığının açıklandığı 22 Mart Cumaya kadar siyasi alanda öfkeye neden oldu. Thatcher, bir dizi küçük felç geçirmiş, sağlık durumu çok hassas bir duruma gelmişti.

Denis Thatcher, 26 Haziran 2003'te vefat etti, 3 Temmuz'da naaşı yakıldı. Thatcher, "Downing Street Yılları" kitabında eşini andı: "Başbakanlık yalnız olduğunuz bir görevdir. Bir bakıma da öyle olmalıdır: Kalabalığın içinden yönetemezsiniz. Ama Denis sayesinde asla yalnız kalmadım. Ne adam. Ne koca. Ne arkadaş.".

11 Haziran 2004'te, Thatcher, eski ABD Başkanı ve dostu Ronald Reagan'ın Washington Ulusal Katedralindeki cenaze töreninde video kaydıyla gösterilen dokunaklı bir veda konuşması yaptı. Art arda geçirdiği felç nöbetleri nedeniyle zihni melekelerinin gerilemekte olduğu göz önüne alınarak, konuşma birkaç ay önce kaydedilmişti.
Aralık 2004'te Muhafazakâr milletvekilleriyle yaptığı özel bir toplantıda, Britanya Hükümeti'nin nüfus kağıdı çıkarma projesine karşı olduğunu açıkladığı söylenir. Thatcher'ın nüfus kâğıtları için ""bu