kadar çeşitli saldırılar gerçekleştireceğini bildirdi. 13 Kasım 1995'te, Riyad'da bulunan Amerikan güçlerinin kontrolündeki Suudi Arabistan Ulusal Muhafızları eğitim merkezine bomba yüklü araçlarla saldırı düzenlendi. 7 kişinin hayatını kaybettiği saldırıyı gerçekleştirenler arasında olduğu öne sürülen dört kişi, Nisan 1995'te televizyonda yayınlanan itiraflarında bin Ladin'den etkilendiklerini ifade etti. Bin Ladin, verdiği röportajlarda bu saldırıyla herhangi bir ilgisi olmadığını ancak saldırıdan memnuniyet duyduğunu dile getirdi. 26 Haziran 1995'te, Mısır Devlet Başkanı Hüsnü Mübarek'e, Etiyopya seyahati sırasında suikast girişiminde bulunuldu. İstihbarat raporlarına göre girişim, el-Kaide ile birlikte hareket eden ve Mısır'da faaliyet gösteren İslam Cemaati ile Mısır İslam Cihadı tarafından gerçekleştirilmiş ve Sudan hükûmeti ile ülkenin istihbarat servisleri tarafından desteklenmişti. Bin Ladin, Amerika Birleşik Devletleri'nin baskısı sonucu Mayıs 1996'da Sudan'dan sınır dışı edildi ve Afganistan'ın Celalabad şehrine döndü.

Mayıs 1997'ye kadar Celalabad yakınlarında yaşayan bin Ladin, 23 Ağustos 1996'da Londra merkezli "El-Kuds el-Arabi" gazetesinde yayınlanan bildiriyle Suudi Arabistan'da bulunan Amerikan kuvvetleri ve dünya genelinde Müslümanlara karşı olan tutumları sebebiyle Amerika Birleşik Devletleri'ne karşı cihat ilan etti. Bildiride amaçlarını Amerikan güçlerini Arap Yarımadası'ndan çıkarmak, Suudi yönetimini devirmek, İslam'ın kutsal yerlerini kurtarmak ve dünya üzerindeki bütün İslami devrimci örgütleri desteklemek olarak sıralamıştı. Muhammed Ömer liderliğindeki Taliban'ın Eylül 1996'da başkent Kâbil'i ele geçirerek Afganistan İslam Emirliği'ni kurmasının ardından Muhammed Ömer'in davetiyle Celalabad'dan Kandehar'a hareket etti. Taliban'ın ülke yönetiminde söz sahibi olmasının ardından el-Kaide, Taliban'ın koruması altında varlığını devam ettirmeye başladı. 23 Şubat 1998'de ez-Zevahiri ile birlikte "El-Kuds el-Arabi"de yayınladıkları fetvada yer alan "Kudüs'teki Mescid-i Aksa ile Mekke'deki Mescid-i Haram'ı özgür kılmak için Amerikalıları ve onların müttefiklerini öldürmek her Müslümanın görevi" ifadeleri ile Hristiyan ve Yahudilere karşı cihat çağrısı yapıldı. 1996'daki çağrının aksine bu fetva, çeşitli İslami kuruluşlar ve akademisyenler tarafından da onaylanmış, beş farklı İslamcı örgüt liderinin imzasıyla Dünya İslam Cephesi adıyla yayınlanmıştı.

7 Ağustos 1998'de el-Kaide ve Mısır İslam Cihadı tarafından, Tanzanya'nın Darüsselam şehri ile Kenya'nın başkenti Nairobi'deki Amerika Birleşik Devleti konsolosluklarına bomba yüklü kamyonlarla saldırı düzenlendi. Saldırılarda 224 kişi öldü, 4.000'den fazla kişi ise yaralandı. 20 Ağustos günü Hartum'daki el-Şifa fabrikası ile Afganistan'daki bazı el-Kaide eğitim kamplarına Amerikan güçleri tarafından füzeyle saldırılar düzenlendi. Bin Ladin'in kimyasal silah ürettiği gerekçesiyle düzenlenen saldırı sonucunda fabrika imha edilirken, daha sonra yapılan incelemeler ve Amerikalı hükûmet yetkililerinin açıklamalarıyla fabrikada böyle bir üretimin gerçekleşmediği ve yalnızca ilaç üretimi yapıldığı, bin Ladin ile fabrika arasında herhangi bir bağlantı olmadığı tespit edildi. Öte yandan Amerikan istihbarat yetkilileri, bin Ladin ile Sudan hükûmetine ait Military Industry Corporation adlı şirket arasında birtakım finansal ilişkilerin olduğunu öne sürdü. 4 Kasım 1998'de Amerika Birleşik Devletleri'nde hakkında açılan davada, konsoloslukların bombalanması olayında suçlu bulundu. Haziran 1999'da bin Ladin, Federal Soruşturma Bürosu (FBI) tarafından oluşturulan Ten Most Wanted Fugitives ("En Çok Aranan On Kaçak") listesine dahil edildi. 1 Ocak 2000'de veya yakın tarihlerde, el-Kaide üyeleri tarafından farklı noktalarda eş zamanlı olarak gerçekleştirilmesi planlanan saldırılar çeşitli sebeplerden dolayı gerçekleşmedi. 12 Ekim 2000'de, Aden'de demirlemiş olan Amerika Birleşik Devletleri Donanması'na bağlı USS "Cole" (DDG-67) muhribine düzenlenen saldırıda 17 Amerikan askeri hayatını kaybetti.

11 Eylül 2001'de, kaçırılan dört yolcu uçağından (United Airlines'ın 93 sefer sayılı uçuşu, American Airlines'ın 77 sefer sayılı uçuşu, American Airlines'ın 11 sefer sayılı uçuşu ve United Airlines'ın 175 sefer sayılı uçuşu) ikisi New York'taki Dünya Ticaret Merkezi'nin iki kulesine, biri Arlington County'deki Pentagon'a çarptı, dördüncü uçak ise Pensilvanya'daki Somerset County'ye düştü. Uçakları kaçıran 19 kişi dahil 2.996 kişi hayatını kaybetti. Bin Ladin 16 Eylül günü yayınlanan açıklamasında saldırıların arkasında kendisinin olmadığını belirtti. Ancak 29 Ekim 2004'te yayınlanan videosunda ilk kez saldırıların sorumluluğunu üstlendi ve uçakları kaçıran 19 kişiyi bizzat kendisinin eğittiğini söyledi. FBI tarafından yürütülen araştırma neticesinde saldırıları gerçekleştiren kişilerin, bin Ladin'in liderliğindeki el-Kaide ile bağlantılı olduğu belirlendi. Amerika Birleşik Devletleri tarafından Afganistan'daki Taliban rejimini sonlandırmak üzere Terörizmle Savaş adı altında bir kampanya başlatıldı. 7 Ekim 2001'de, Afganistan'daki Taliban ve el-Kaide hedeflerinin ABD ve Britanya kuvvetleri tarafından bombalanmasıyla Afganistan Savaşı başladı.

11 Eylül saldırıları sonrasında bin Ladin halka açık alanlarda görülmemeye başladı. Bu dönemde farklı kanallar aracılığıyla ses kayıtları ve videoları yayınlanırken, çeşitli haber kuruluşlarınca bin Ladin'in durumu ve konumu hakkında bilgilere yer verildi. Atiye Abdurrahman'ın Ebu Musab ez-Zerkavi'ye yazdığı 11 Aralık 2005 tarihli mektupta, bin Ladin'in ve el-Kaide liderliğinin Pakistan'ın Veziristan bölgesinde olduğu bilgisi verilmekteydi. Başında Kaliforniya Üniversitesi, Los Angeles'tan Thomas W. Gillespie ve John A. Agnew'in bulunduğu araştırma grubunun Şubat 2009'da yayınladığı raporda, uydu görüntüleri incelenerek yapılan analiz sonucunda bin Ladin'in Pakistan'ın Paraçınar şehrinde saptanan üç farklı komplekste olabileceği belirtildi. Mart 2009'da "Daily News"te yayınlanan haberde, bin Ladin'i arama çalışmalarının Çitral ilçesinde yoğunlaştığı belirtildi ve yazar Rohan Gunaratna'nın, yakalanan üst düzey el-Kaide üyelerinin bin Ladin'in Çitral'de saklandığını söylediği yönündeki sözlerine yer verildi. Aralık 2009 başında, Pakistan'da tutuklu bulunan bir Taliban üyesinin, bin Ladin'in 2009 yılında Afganistan'da olduğunu söylediği haberi yayınlandı. Habere göre tutuklu, 2009'un Ocak veya Şubat ayında, 15-20 gün önce bin Ladin'i Afganistan'da görmüş olan güvenilir bir bağlantıyla buluşmuştu. Fakat 6 Aralık günü ABD Savunma Bakanı Robert Gates, bin Ladin'in yıllar boyunca nerede olduğu konusunda güvenilir bir bilgiye sahip olmadıkları yönünde açıklama yaptı. Pakistan Başbakanı Yusuf Rıza Gilani ise ülkesinin terörizmle mücadele hâlinde olduğunu ve bin Ladin'in Pakistan'da saklandığını düşünmediğini söyledi. 7 Haziran 2010'da yayınlanan "Al-Siyase" gazetesi, İran ile bağıntısı olan bir kaynaktan elde edilen bir bilgiye göre bin Ladin'in beş yıldır İran'ın kuzeydoğusundaki Sebzevar şehrinde saklandığını iddia etti. 18 Ekim 2010'da, adı belirtilmeyen bir NATO personeli, bin Ladin'in Pakistan'ın kuzeybatısında sağlıklı ve rahat bir şekilde yaşadığını, yerel halk ve ülkenin istihbarat servislerince korunduğunu açıkladı. Pakistan hükûmeti adına konuşan bir görevli ise bu iddiayı reddetti.

Bin Ladin'in ölümüyle sonuçlanan harekât öncesinde, sırasında ve sonrasında yaşananları soruşturmak amacıyla, Pakistan hükûmetinin talebi doğrultusunda Pakistan Yüce Mahkemesi tarafından 20 Haziran 2011'de adli bir komisyon olan Abbottabad Komisyonu oluşturuldu. Komisyon, tanık olarak belirlenen 201 kişinin sorgulanması ve çeşitli dokümanların incelenmesi ile hazırladığı raporu 25 Mayıs 2012'de tamamladı. Kamuoyuyla resmî olarak paylaşılmayan raporun tamamı, Temmuz 2013'te Al Jazeera tarafından sızdırıldı. Raporda bin Ladin'in 2002 yılı ortalarında Pakistan'a giriş yaptığı belirtiliyordu. Bin Ladin'in en genç eşi Emel, Abbottabad'a yerleşmeden önce 2,5 yıl kadar Haripur ilçesindeki Çak Şah Muhammed köyünde yaşadıklarını, 2005 yılı sonlarında ise buraya geldiklerini söylemişti. Emel ayrıca Afganistan'da gerçekleştirilen iki ameliyat sonrasında bin Ladin'in böbreğindeki rahatsızlığın düzeldiğini, kendisinin sağlıklı ve zinde olduğunu belirtmişti.

Bin Ladin'in yakalanması için Başkan Bill Clinton döneminde çalışmalara başlandı. Ocak 1996'da CIA'in Terörizmle Mücadele Merkezi bünyesinde, bin Ladin'i izlemekle görevli bir birim oluşturuldu. CIA merkezinden birkaç kilometre uzakta faaliyetlerini sürdüren birim Bin Laden Issue Station adını taşımaktaydı. 11 Eylül saldırıları sonrasında basına yansıyan bilgilere göre Clinton, 1998'deki konsolosluk saldırılarının ardından CIA'ye, saldırılar sebebiyle başlatılan hukuki süreç kapsamında bin Ladin'i yakalama, canlı yakalamanın imkansız olduğu durumda ise öldürmeye yönelik güç kullanma yetkisi vermişti. 20 Ağustos 1998'de, Umman Denizi'nde bulunan Amerika Birleşik Devletleri Donanması'na bağlı gemiler tarafından ateşlenen 66 füze ile Afganistan'ın Host şehri yakınlarındaki el-Kaide kamplarına saldırı düzenlenirken, istihbarat raporlarına göre bin Ladin bu kampları saldırıdan birkaç saat önce terk etmişti. Harekâtla ilgisi bulunan bazı kişilerin ifadesine göre 1999'da CIA, Pakistan istihbarat birimlerine bağlı 60 kadar komandoyu, Afganistan'a girerek bin Ladin'i yakalamak veya öldürmek üzere eğitti ve teçhizatlandırdı. Harekât, Pakistan Başbakanı Navaz Şerif ve ülkenin istihbarat şefi ile Clinton yönetimi tarafından organize edilmişti ve harekât karşılığında Pakistan'a uygulanan ambargoların kaldırılması ile ekonomik yardım paketi vaatlerinde bulunulmuştu. Ancak Ekim 1999'da gerçekleşen askerî darbeyle Şerif'in görevinden uzaklaştırılması sebebiyle harekât gerçekleşemedi. Bin Ladin, 7 Haziran 1999'da FBI tarafından yayınlanan Ten Most Wanted Fugitives ("En Çok Aranan On Kaçak") listesine giren 456. isim oldu.
11 Eylül saldırıları sonrasında baş şüpheli konumuna gelen bin Ladin 10 Ekim 2001'de, 11 Eylül saldırıla