kim'de Manson'ın websitesinde ücretsiz olarak piyasaya sürüldü. 16 Aralık'ta "Deep Six" şarkısı görücüye çıktı ve üç gün sonra video klibi gösterime girdi. Single, Billboard'un Mainstream Rock listesine sekizinci sıradan giriş yaparak, grup tarihinin en başarılı single'ı oldu. 8 Ocak 2015'te ise "Cupid Carries a Gun" single olarak yayınlandı.

20 Ocak 2015'te alternative rock, blues rock, hard rock tarzında, prodüktörlüğünü Marilyn Manson ve Tyler Bates'ın yaptığı "The Pale Emperor" ABD'de yayınlandı. Albüm, Mayıs 2014'te Marilyn Manson'ın Alzheimer'dan hayatını kaybeden annesine adandı. Albüm, Billboard 200 listesine sekizinci sıradan girerek, Eat Me, Drink Me'den sonra en iyi ilk hafta performansını gösterdi. Albüm, Manson'ın son on yılda çıkardığı en başarılı iş olarak gösterilirdi. Rolling Stone dergisi albümü 2015 yılının en iyi metal albümü olarak değerlendirdi. 11 Mayıs'ta "The Mephistopheles of Los Angeles" yayınlandı. Grup albüm sonrası The Hell Not Hallelujah isimli turneye başladı. Bu turne daha sonra The Smashing Pumpkins'in turnesiyle birleştirilip The End Times adını aldı.

Kasım 2015'te Manson verdiği bir röportajda onuncu stüdyo albümü için çalışmalara başladığını ve Twiggy, Bates ve Sharone'nun da kayıtlarda yer alacağını açıkladı. 19 Temmuz 2016'da grubun onuncu albümünün adının SAY10 olacağı ve 2017'nin Sevgililer Günü'nde yayınlanacağı açıklandı. 2016 ABD Başkanlık Seçimi'nin düzenlendiği 8 Kasım'da Manson Donald Trump'a benzeyen ve kafası kesilmiş bir cesedin yanında bıçağını bileyen Manson'ın sahnelerinin bulunduğu kısa bir video yayınladı.

Albüm Şubat 2017'ye yetişmezken Manson, sosyal medya hesaplarından albümle ilgili olduğu sanılan gizemli mesajlar vermeye devam etti ve 9 Mayıs'ta yeni albümün adının Heaven Upside Down olduğu açıklandı. Grup, 20 Temmuz 2017'de Budapeşte'de yeni albümün turnesine başladı. Albümün ilk single'ı "We Know Where You Fucking Live" 11 Eylül'de, ikinci single Kill4Me 20 Eylül'de yayınlandı ve bu çalışmaları 6 Ekim'de yayınlanan albüm takip etti. 30 Eylül'de Marilyn Manson üstüne konser sırasında dekorun düşmesi nedeniyle sakatlandı ve turneye bir süre ara verildi. Bu dönemde Jack Off Jill grubu vokalisti Jessicka'nın, eski sevgilisi Twiggy Ramirez tarafından 1990'larda tecavüze uğradığını iddia etmesi sonrası Twiggy Ramirez gruptan bir kez daha ayrıldı ve turnenin başka bir basgitarist ile devam edeceği açıklandı.

Her ne kadar grubun müziği ana akım medya tarafından shock rock olarak adlandırılsa da, Manson bu tabire karşı çıkmakta ve müziklerini rock and roll olarak tanımlamaktadır. Kariyerleri boyunca grup endüstriyel metal, endüstriyel dance, endüstriyel rock, post-endüstriyel, alternative metal, progressive metal, hard rock, elektronik müzik, glam rock, gotik rock, death metal, blues rock ve pop olmak üzere farklı tarzlarda eserler verdiler.

Grup ile 1996'da yollarını ayırana dek, Daisy Berkowitz grubun ana bestecisiydi ve müziklerin çoğunu tek başına ya da Gidget Gein ile bestelemişti. 2002'de ayrılana kadar ise Twiggy müzikal anlamda en etkili kişi oldu ve bu dönem Manson ile birlikte grubun en önemli hitlerini yazdı. Hiçbir zaman resmi olarak adı geçmese de Ginger Fish, Antichrist Superstar demoları hazırlanırken Manson ve Twiggy'ye şarkıların prodüksiyonu konusunda büyük katkılarda bulundu. Davulu ve ses efektleri başta "The Beautiful People" olmak üzere birçok şarkıda dikkat çekiyordu. John 5 ve Tim Sköld de grubun önemli bestecilerindendi. Sköld, Eat Me, Drink Me'nin bütün şarkılarını yazarken, "The Pale Emperor" ve "Heaven Upside Down" tamamen Tyler Bates tarafından bestelendi. Grubun bütün sözlerini Manson yazarken tarzı albümden albüme değişti. Yazdığı sözler aşk, seks ve seksüelite, cinsel taciz, tüketimcilik, politika, intikam, kapitalizm, şiddet ve ölüm gibi konuların yanı sıra İncil ve Yunan mitolojisine de değinmektedir.

Manson genellikle sözleri melodik bir biçimde sunarken çığlık atma ve brutal vokal gibi teknikler de kullanmaktadır. Bariton bir vokale sahip olan şarkıcının ses aralığı dört oktavdan fazladır. En bas sesi olan A1 "Arma-goddamn-motherfuckin-geddon"da, en tiz sesi E6 "Born Villain" şarkısı "Hey, Cruel World...".de duyulmaktadır.

Manson'ın müzikle ilgili ilk anısı ailecek çıktığı bir yolculukta dinlediği Kiss olup, grubu o zamandan beri önemli bir ilham kaynağı olarak tanımlamaktadır. The Spooky Kids'i kurmadan önce birçok punk rock grubunda çalışan Daisy Berkowitz ise New York Dolls ve the Jim Carroll Band'den etkilenmişti.

Grubun tek sabit elemanı olarak Manson, Screamin' Jay Hawkins, Arthur Brown, Alice Cooper, The Doors, Black Sabbath/Ozzy Osbourne ve Iggy Pop gibi sanatçıların kışkırtıcı çalışmalarından etkilenmiş ve grubun müziğini bu doğrultuya çekmiştir. En büyük ilham kaynağı ise hayatını değiştirdiğini iddia ettiği David Bowie'dir. Her stüdyo albümünde yeni bir görünüş ve müzik tarzına odaklanmalarıyla bu iki artist birbirine benzetilmektedir. Manson'ın ev sevdiği Bowie şarkıları "Quicksand" ve "Ashes to Ashes"tır. Yıllar boyunca Manson, Bowie'nin "Cat People (Putting Out Fire)" şarkısını konserlerden önce sesini ısındırmak için söylemiştir ve daha sonra bu şarkıyı country müzisyeni Shooter Jennings ile yeniden yorumlamıştır.

Nothing Records ile çalışırken grup, plak şirketindeki başta ilk iki albümlerinin prodüktörü Trent Reznor'ın grubu Nine Inch Nails olmak üzere diğer gruplarından da müzikal olarak etkilendi. Manson, grubun daha melodik eserlerinde Queen'den etkilendiğini, daha elektronik eserlerinde ise Depeche Mode ve Gary Numan gibi new wave ve synthpop sanatçılarından etkilendiğini söyledi. Twiggy, The Cure ve Bauhaus gibi gotik rock gruplarını da etkilendikleri arasında saymıştır. Manson'ın diğer ilham kaynakları arasında Johnny Cash, Jimi Hendrix, N.W.A, The Smashing Pumpkins, Justin Timberlake ve Led Zeppelin bulunmaktadır.

Manson, MTV Jenerasyonu'nun en tanınır ve görüntü olarak dikkat çekici video kliplerini çekmesiyle tanınmaktadır. Birçok yorumcu da grubun kliplerinin grubun ticari başarısına büyük katkıda bulunduğunu söylemiştir. Çalışmaları genellikle sürrealist ve grotesk görüntüler içermektedir. "Sweet Dreams (Are Made of This)", "The Beautiful People" ve "The Dope Show" ile toplamda beş kez MTV Video Müzik Ödülleri'ne aday gösterildi. "The Dope Show", 1999'da "En iyi sinematografi" ödülünü kazanırken, 1998 Billboard Video Müzik Ödülleri'nde ise iki ödül kazandı. "The Beautiful People", MTV'nin "En İyi 100 Müzik Videosu" listesinde 54. sırada yer aldı. 2003 tarihli "(s)AINT" ise "NME" tarafından tarihin en aşırı videolarından biri olarak adlandırıldı ve "Time" tarafından "en tartışma yaratan klipler" listesine dahil edildi.

Grup, kariyerleri boyunca birçok Kerrangǃ Ödülü kazandı ve Kerrangǃ Hall of Fame'e 2000'de dahil edildi. Aynı dergi tarafından 2005'te "ikon", 2015'te "yaşam boyu başarı" ödüllerine layık görüldü. Ayrıca dergi "Holy Wood (In the Shadow of the Valley of Death)" albümünü 2000'lerin en iyi 11. albümü seçti ve 2015'te Manson'ı dünyadaki en iyi 28. rockstar olarak belirledi. 2016'da ise "Alternative Press" dergisi tarafından "ikon" ödülüne layık görüldü. VH1, Marilyn Manson'ı "Hard Rock'ın en iyi 100 sanatçısı" listesine 78. sıradan soktu ve "The Beautiful People" şarkısını "En iyi 100 hard rock şarkısı" listesinde 86. sıraya yerleştirdi. Grup, dört kez Grammy'ye aday gösterildi. Marilyn Manson dünya çapında 50 milyon kopya sattı.

Grup, metal camiası içinde American Head Charge, Avatar, Babymetal, Combichrist, Ghost, Korn, Motionless in White, Murderdolls, Mushroomhead, New Years Day, September Mourning and Slipknot. gibi birçok grubu etkiledi. Heavy metal dışında ise Avril Lavigne, Charli XCX, Die Antwoord, Eminem, Grimes, Lady Gaga, Lana Del Rey, Lil Uzi Vert, Lisa Marie Presley, Muse, My Chemical Romance, Mykki Blanco, Natalia Kills, Porcelain Black, Skrillex, Skylar Grey and Years & Years. gibi birbirinden çok farklı sanatçıları etkiledi.

Aralık 1996'da eski ABD eğitim bakanı William Bennett ve Pensilvanya valisi C. DeLores Tucker ile birlikte senatör Joe Lieberman bir basın toplantısı yaparak, Interscope şirketine sahip olan MCA'nın başkanı Edgar Bronfman Jr.'ın Tupac Shakur, Snoop Doggy Dogg ve Marilyn Manson gibi küfür içeren albümler çıkaran sanatçılardan para kazanması ve bu durumu engellememesini sorguladı. Bir sonraki Kasım ayında Temsilciler Meclisi'nden Sam Brownback'in yönettiği yurt içi güvenlik toplantısında Lieberman grubun müziğini "değersiz, nefret dolu, nihilist ve zarar verici" olarak tanımlayarak bir kez daha eleştirdi ve MCA'nın o zamanki sahibi Seagram şirketinin kendilerini Marilyn Manson'dan uzaklaştırmalarını istedi. Bu toplantıda "Antichrist Superstar" albümünü - özellikle de "The Reflecting God" şarkısını - oğlu Richard'ın intiharından sorumlu tutan Burlington'lu Raymond Kuntz dinlendi.

Grubun canlı performanslarını da tepki görmekteydi. Özellikle Dead to the World turnesinin neredeyse her Kuzey Amerika ayağında protestolar yaşandı. Utah, Güney Karolina ve Virginia gibi birçok şehirde grubun devlet tarafından işletilen konser salonlarında konser vermesini engelleyecek kanunlar kabul edildi. Bu kanunların yürütülmesi daha sonra grubun hayranları, Amerikan İnsan Hakları Derneği ve bu kanunlardan biri nedeniyle Giants Stadyumu'nda düzenleyeceği Ozzfest'in New Jersey ayağını iptal etmek zorunda kalan Ozzy Osbourne tarafından açılan davalar sonucu durduruldu.

30 Haziran 2003'te İskoçya, Easthouse'daki evinin yakınlarındaki bir ormanda on dört yaşındaki Jodi Jones'un kesilmiş vücudu bulundu. Jones'a yapılanlar 1947'de öldürülen ve medya tarafından Black Dahlia tarafından adlandırılan aktris Elizabeth Short'a yapılanları yakından andırmaktaydı. 10 ay sonra Jones'ın erkek arkadaşı, o zamanlar on beş yaşında olan, Luke Mitchell tutuklandı. Evinde yapılan bir aramada detektifler "Doppelherz" adlı kısa filmin bulunduğu "The Golden Age of Grotesque" albümünü buldu. Albüm, Jones öldükten iki gün sonra satın alınmıştı. Bu filmden 10 dakikalık bir görüntü v