KC'sinin rolüne karşı misilleme olduğunu açıklamıştır. İki gün sonra çeşitli FKÖ faksiyonları bir otobüs terminalini bombalayıp on bir sivili öldürerek karşılık verdi.

Münih 1972 Olimpiyat Oyunları'nda Kara Eylül grubu 11 İsrailli sporcuyu kaçırdı ve öldürdü. Aralarında Münih Olimpiyatları baskınının planlayıcılarından Muhammed Ude'nin ("Ebu Davud") ve İsrailli tarihçi Benny Morris'in de bulunduğu bazı kaynaklar Kara Eylül'ün el-Fetih'in askerî operasyonlarda kullandığı silahlı bir kolu olduğunu belirtmiştir. Ebu Davud'un 1999 tarihli kitabına göre "Arafat'ın Münih'te rehine alma planlarından haberi vardı." Cinayetler uluslararası olarak kınandı. 1973ve 1974'te Arafat Kara Eylül'ü kapatarak FKÖ'nün İsrail, Batı Şeria ve Gazze Şeridi dışında şiddet eylemlerinden uzaklaşmasını emretti.

1974 yılında Filistin Ulusal Konseyi Arafat ve danışmanları tarafından hazırlanan On Nokta Programını kabul etti ve İsraillilere bir uzlaşma önerdi. Bu uzlaşmaya göre 1948 Arap-İsrail Savaşı'nda İsrail'in ele geçirdiği Batı Şeria ve Gazze Şeridi gibi "kurtarılmış Filistin toprakları" üzerinde bir Filistin Ulusal Yönetimi isteniyordu. Bu FKÖ'nün bazı fraksiyonları tarafından iyi karşılanmadı ve örgütten ayrılan FHKC, FDHKC gibi bazı örgütler Ret Cephesini kurdu.

İsrail ve ABD, Arafat'ın beş diplomat ve beş diğer kişinin öldürüldüğü 1973 Hartum diplomatik cinayetlerine de karıştığını ileri sürdü. 2006 yılında gizliliği kaldırılan 1973 tarihli bir ABD Dışişleri Bakanlığı belgesinde "Hartum operasyonu Yaser Arafat'ın bilgisi ve kişisel onayıyla planlandı ve gerçekleştirildi" diye yazar. Arafat operasyon ile ilgili tüm katılım iddialarını reddetti ve bu eylemin bağımsız olarak Kara Eylül grubu tarafından işlendiğini ısrarla belirtti. İsrail Arafat'ın bu örgütler üzerinde kontrolü elinde tuttuğunu dolayısıyla da terörizmden vazgeçmediğini iddia etti.

Aynı yıl Arap Birliği'nin Rabat'ta yapılan zirvesinde Filistin Kurtuluş Örgütü "Filistin halkının yasal tek temsilcisi" olarak ilan edildi ve birliğe tam üyeliğe kabul edildi. Arafat, Birleşmiş Milletler Genel Kurulu'na hükümet dışı bir örgütün üyesi olarak hitap eden ilk kişi olmuştur. Arafat konuşmasında Siyonizmi kınadı ve "Bugün bir zeytin dalı ile özgürlük savaşçısının silahını taşıyarak geldim. Elimden zeytin dalının düşmesine müsaade etmeyin" dedi. Konuşması Filistin davasına uluslararası alanda sempati kazandırdı.

Her ne kadar başına karışmaya çekinmiş olsa da Arafat ve el-Fetih Lübnan İç Savaşı'nda önemli bir rol oynamıştır. FHKC, FDHKC, Filistin Kurtuluş Cephesi (FKC) gibi FKÖ'nün alt gruplarından gelen baskı sonucu Arafat Filistin Kurtuluş Ordusuyla birlikte komünist ve Nasırcı Lübnan Ulusal Hareketi'nin (LUH) yanında yer aldı. Lübnan Ulusal Hareketi, Arafat ve diğer FKO liderleriyle yakın arkadaş olan Kemal Cumblat'ın liderliğindeydi. Başlarda el-Fetih'in yanında yer alan Suriye Başkanı Hafız Esed Lübnan'da nüfuzunu yitireceğinden korkarak sonradan taraf değiştirdi. Ordusunu ve Suriye destekli Filistinli el Saika ile Ahmet Cibril önderliğindeki Filistin’in Özgürlügü İçin Halk Cephesi-Genel Komutanlık örgütlerini radikal sağ görüşlü Hristiyan kuvvetlerin yanında Filistin Kurtuluş Örgütü ve Lübnan Ulusal Hareketi'ne karşı savaşmak için gönderdi. Hristiyan Cephe; Maruniler, Beşir Cemayel'e sadık Ketaib Partisi (Falanjistler), eski Lübnan Başkanı Camille Şemun'un oğlu Dany Şemun tarafından yönetilen Hür Milliyetçiler Partisi.

Şubat 1975'de Hür Milliyetçiler Partisi'nin milisleri Kaplanlar Filistin yanlısı siyasetçi Maruf Sa'ad'ı öldürdü. Nisan 1974'te Falanjistler Sabra ve Şatila'dan Tel al-Zaatar mülteci kampına otobüsle giden yirmi yedi Filistinli ve Lübnanlıyı öldürdü. Arafat kuvvetle karşılık verme konusunda isteksizdi anacak birçok el-Fetih ve FKO mensubu farklı düşünüyordu. Örneğin FDHKC Lübnan Ordusu'na karşı çeşitli saldırılarda bulundu. 1976'da Hristiyan milislerin oluşturduğu bir ittifak, Lübnan ve Suriye Ordularının da desteğiyle doğu Beyrut'ta bulunan Tel al-Zaatar mülteci kampını kuşattı. FKÖ ve LUH, Falanjistlerin bulunduğu Damour'a saldırarak misillemede bulundu. 330'dan fazla kişi öldü ve daha da fazlası yaralandı. Tel al-Zaatar mülteci kampı altı aylık kuşatmadan sonra Hristiyanların eline geçti ve ardından burada bulunan binlerce Filistinli öldürüldü. Arafat ve Ebu Cihad başarılı bir kurtarma harekâtı düzenleyemedikleri için kendilerini suçlamışlardır.

Filistin Kurtuluş Örgütü'nün İsrail'e karşı sınır ötesi baskınları 1970'lerin sonuna doğru artış gösterdi. Bunların arasında en ciddilerinden biri olan Sahil Yolu Katliamı 11 Mart 1978'de gerçekleştirildi. Yaklaşık bir düzine el-Fetih savaşçısı, botlarıyla Hayfa'yı Tel Aviv'e bağlayan sahil yolunun kıyısına çıktı. Burada kaçırdıkları bir otobüsü ve diğer geçen araçları makineli tüfeklerle tarayarak otuz yedi sivili öldürdüler. Üç gün sonra misilleme olarak İsrail Ordusu Litani Nehri'ne kadar Lübnan'ın güneyinde kontrolü ele geçirmeyi amaçlayan Litani Harekâtını başlattı. İsrail Ordusu hedefine ulaşınca Arafat FKÖ kuvvetlerini kuzeye Beyrut'a geri çekti.

İsrail Lübnan'dan çekildikten sonra İsrail'in Galile bölgesine roket atışlarına devam eden FKÖ nedeniyle 1982'de Lübnan İsrail tarafından ikinciye işgal edildi. Kısa sürede Beyrut işgal edildi ve bombalandı. Arafat şehri "İsrail Ordusu'nun Hanoi'si ve Stalingrad'ı " olarak ilan etti. İç Savaşın birinci aşaması sona erdi ve Tel al-Zaatar'dan el-Fetih'i yöneten Arafat Suudi ve Kuveytli diplomatların yardımıyla zorlukla kurtulabildi. Kuşatmayı sona erdirmek için ABD ve Avrupa hükümetleri Arafat ve FKÖ'nün Tunus'a sürgüne gitmesi konusunda bir anlaşma kopardılar. Sekiz yüz ABD askeri eşliğinde Arafat kuşatmadan çıktı.
Arafat, Beyrut'tan çıkarılmasından bir yıl sonra geri dönerek kuzeydeki Tripoli şehrine yerleşti. Ancak bu seferde Hafız Esed'in yanında çalışan bir Filistinli tarafından sınırdışı edildi. Arafat ikinci sınırdışı edilmesinden sonra bir daha Lübnan'a dönmedi ama birçok el-Fetih savaşçısı geri döndü.

1993'e kadar Arafat ve el-Fetih'in harekât merkezi Tunus'un başkentine yerleşti. 1985'de İsrail Hava Kuvvetleri'nin Tahta Bacak Harekâtı'nın bir parçası olarak örgüt merkezini F-15 savaş uçaklarıyla bombalamasından şans eseri kurtuldu. 73 kişinin öldüğün sabah dışarıya koşmaya çıkmıştı.

Arafat 1980'lerde Libya, Irak ve Suudi Arabistan'dan aldığı parasal destekle oldukça yıpranmış olan FKÖ'nü tekrar yapılandırdı. Batı Şeria ve Gazze Şeridi'nde İsrail işgaline karşı Filistin gençliğinin başkaldırısyla Aralık 1987'de başlayan Birinci İntifada sırasında bu yeniden yapılandırma çok yararlı oldu. İntifada kelimesi Arapça'da "başından savma" anlamına gelir ama genel olarak bir başkaldırıyı, isyanı tanımlamak için kullanılır.

İntifada'nın ilk aşaması Erez kontrol noktasında yaşanan bir olaya karşı cevap olarak başladı. Burada bir İsrail askerî aracı bir grup Filistinli sivile çarparak dördünü öldürmüştü. Ancak birkaç hafta içinde Arafat, 1992-93'e kadar sürecek olan bu başkaldırıyı yönlendirmeye çalışıyordu. 16 Nisan 1988'de İntifada tüm hızıyla sürerken Ebu Cihad Tunus'taki eveinde bir İsrail vurucu timi tarafından öldürüldü. Arafat, yerel Filistin liderliğinde bir denge unsuru olarak gördüğü Ebu Cihad için Şam'da bir cenaze merasimi düzenledi.

İntifada sırasında Filistinlilerin kullandığı en yaygın taktik, daha sonra ayaklanmanın sembolü hâline dönüşen, İsrail Ordusu tanklarına taş atılmasıydı. Bazı Batı Şeria şehirlerinde yerel liderler, vergi boykotu ve diğer boykotlar gibi pasif protesto eylemlerine başladı. İsrail buna ev baskınlarıyla yüksek miktarda paraya el koyarak karşılık verdi. İntifada sona ererken yeni silahlı Filistinli örgütler, özellikle Hamas ve Filistin İslami Cihad Örgütü, intihar bombalama eylemleriyle İsrailli sivilleri hedef almaya başladılar ve Filistinliler arasında iç çekişme de giderek arttı.

15 Kasım 1988'de Filistin Kurtuluş Örgütü bağımsız Filistin Devleti'ni ilan etti. Arafat 13 Aralık ve 14 Aralık tarihindeki konuşmalarıyla, İsrail'e "barış ve güvenlik içinde varolma" hakkını veren Birleşmiş Milletler Güvenlik Konseyi'nin 242 sayılı kararını kabul etti ve "devlet terörizmi de dahil olmak üzere her türlü terörizmi" reddetti. Uzun yıllar boyunca ABD ile FKÖ arasında resmî görüşmelerin başlaması için şart koştukları bu koşulların Arafat tarafından kabul edilmesi ABD hükümeti tarafından kabul gördü. Arafat'ın bu sözleri Filistin Kurtuluş Örgütü'nün ana amaçlarından biri olan İsrail'in yok edilmesinden vazgeçildiğini gösteriyordu. Yeni görüş 1949 ateşkes sınırları içinde bir İsrail Devleti ile Batı Şeria ve Gazze Şeridi'nde bir Arap devleti olarak iki ayrı oluşumun kurulmasıydı. 2 Nisan 1989'da Arafat Filistin Ulusal Konseyi'nin Merkez Konseyi tarafından ilan edilen Filistin Devleti'nin başkanı seçildi.

1990-91'de Körfez Savaşı'ndan önce, İntifada'nın yoğunluğu azalmaya başladığında Arafat Saddam Hüseyin'in Kuveyt'i işgalini destekledi ve Irak'a yapılan ABD liderliğindeki koalisyan saldırısına karşı çıktı. Bu kararı el-Fetih'in ve FKÖ'nün diğer önde gelen üyelerinin onayını almadan vermiştir. Arafat'ın sağ kolu Ebu İyad tarafsız kalmayıönerdi ve Saddam ile bir ittifaka karşı çıktı. Ebu İyad, 17 Ocak 1991'de Irak yanlısı Ebu Nidal örgütü tarafından öldürüldü. Arafat'ın kararı aynı zamanda Mısır ve petrol üreten ve ABD koalisyon kuvvetlerini destekleyen birçok Arap devleti ile olan bağları kopardı. ABD'de birçok kişi Arafat'ın bu kararını barış yanlısı bir kişi olduğunu iddialarını yalanlamak için kullandı. Düşmanlıkların sonunda birçok Arap devleti FKÖ'ne yaptıkları parasal desteği keserek örgütün rakibi olan Hamas ve diğer İslamcı grupları desteklemeye başladı.

1990 yılında Filistinli bir Hristiyan olan Süha Tavil ile evlendi. Evlendiğinde kendisi 61, eşi 27 yaşındaydı. Süha evlenmeden önce müslüman oldu. Evlenmeden önce, Arafat ile Fransa'da tanıştıktan sonra Tunus'ta FKÖ için çalışıyordu. Arafat evlenmeden önce elli Filistinli savaş yetimini evlat edindi.
Arafat, 7 Nisan 1992'de bir kum fırtınası sırasında uçağı Libya Çölü'ne