çakıldığında bir kere daha ölümden kıl payı kurtuldu. İki pilot ve bir mühendis ölmüş, Arafat ise yalnızca hafif yara bere ile atlatmıştı.

1990'ların başında Arafat ve önde gelen el-Fetih yetkilileri 1993 Oslo İlkeler Anlaşması'na yol açacak olan bir dizi gizli görüşme için İsrail hükümeti ile temas kurdu. Anlaşma beş yıllık bir dönemde Batı Şeria ve Gazze Şeridi'nin bazı bölümlerinde Filistinlilerin kendini yönetmesi ve bu bölgelerde İsrail yerleşiminin durdurulup, varolanların taşınması yönündeydi. Anlaşmaya göre yerel halktan ya da yurtdışında yaşayan Filistinlilerden oluşacak bir Filistin polis gücü Filistin yönetimi olan yerlerde devriye görevini sağlayacaktı. Eğitim, kültür, sosyal refah, doğrudan vergilendirme ve turizm gibi çeşitli alanlarda yetki ve idare Filistin geçici yönetimine verilecekti. Her iki taraf da altyapı, sanayi, ticaret ve iletişim gibi özel ekonomik sektörlerde kooperasyon ve koordinasyonu sağlayacak bir komitenin kurulmasında anlaştılar.

Anlaşmaları imzalamadan önce Arafat Filistin Kurtuluş Örgütü'nün başkanı ve resmî yetkilisi olarak şiddeti reddeden ve resmî olarak İsrail'in varlığını tanıyan iki yazıyı imzaladı. Buna karşılık olarak İsrail adına başbakan İzak Rabin resmî olarak Filistin Kurtuluş Örgütü'nü tanıdı.

Anlaşmayı takip eden yıl, Arafat ve Rabin'e Şimon Perez ile birlikte Nobel Barış Ödülü verildi. Filistinlilerin tepkisi karışık oldu. Retçi Cephe anlaşmalara karşı ortak olarak muhalif oldukları islamcıların yanında yer aldı. Ayrıca Lübnan, Suriye ve Ürdün'de bulunan Filistinli mülteciler, birçok Filistinli entelektüel ve yerel Filistinli liderler tarafından da bu anlaşmalar reddedildi ancak sözü geçen bölgelerde yaşayanların çoğunluğu anlaşmayı ve Arafat'ın barış ve ekonomik refah sözlerini kabul etti.

Oslo Anlaşmasının koşullarına uygun olarak Arafat'ın Batı Şeria ve Gazze Şeridi'nde FKÖ'nün yönetimini kurması gerekiyordu. Bu yönetimi kurmak için finansal desteğin gerekli olduğu konusunda ısrar etti, bu desteğe bölgede yaşayan Filistinlilerin yönetimi kabul etmesi için gereksinimi vardı ancak Arafat'ın her zaman arkasında finansal detek olmuş olan Körfez Arap ülkeleri 1991 yılında Körfez Savaşı sırasında Arafat'ın Irak'a duyduğu sempati nedeniyle FKÖ'ne önemli bir bağış yapmaktan kaçınıyordu. Oslo'da el-Fetih uzlaşmacılarının önemli isimlerinden Ahmed Kurey FKÖ'nün iflas ettiğini açıkladı.

1994 yılında Arafat, Filistin Ulusal Yönetimi'nin kontrolü altında bulunan şehirlerden Gazze'ye taşındı. Arafat Filistin Ulusal Yönetimi'nin başkanı, başbakanı, Filistin Kurtuluş Ordusu'nun başkomutanı ve Filistin Yasama Konseyi'nin başkanı oldu. Temmuz ayında Filistin Ulusal Yönetimi Filistinlilerin resmî hükümeti olarak ilan edildi ve temel yasaları üç ayrı versiyon olarak yayımlandı. Arafat Filistin Ulusal Yönetimi'ni yapılandırmaya başladı. Yirmi üyeden oluşan bir kabine kurdu. Arafat ayrıca Gazze ve Nablus gibi önemli şehirlerin belediye başkanlarını da değiştirdi ve yenilerini atadı. Eğitim, sağlık ve sosyal işlerle uğraşan sivil toplum örgütlerinin başına seçimle gelenleri Filistin Ulusal Yönetimi'nin yetkilileriyle değiştirerek kendine bağladı. Daha sonra da Dünya Bankası tarafından yeni Filistin varlığına yardımcı olmak için gelen yardım parasını kontrol eden finans örgütünün başına kendisini atadı.

Arafat 13 Mayıs'ta etkin olan bir Filistin polis kuvveti kurdu. Asıl olarak Filistin Kurtuluş Ordusu askerlerinden oluşan bu kuvvete Önleyici Güvenlik Servisi adı verildi. Arafat bu örgütün başına Muhammed Dahlan ve Cibril Racub'u atadı. Amnesty International, bu polis gücünün siyasi muhalifleri işkenceden geçirip öldürmesi, ve insan hakları eylemcilerini tutuklaması gibi istismarlarının yeterince incelenmemesi nedeniyle Arafat ve Filistin Ulusal Yönetimi liderliğini suçlamıştır. 24 Temmuz 1995'te Arafat'ın eşi Süha Fransa, Sorbonne'da bir kız çocuk dünyaya getirdi. Arafat'ın ölmüş annesi Zehva'nın adı çocuğa verildi.

20 Ocak 1996'da Arafat %88,2'lik önemli çoğunlukla Filistin Ulusal Yönetimi'nin başkanlığına seçildi. Diğer tek aday yardım düzenleyicisi Semiha Halil'di. Hamas ve diğer muhalif hareketler başkanlık seçimlerine katılmama kararı aldığından başka aday yoktu. Arafat'ın bu seçim zaferi Filistin Yasama Konseyi'nin 88 koltuğunun 51'inin el-Fetih'e geçmesini garantiledi. Her ne kadar kendinden "general" olarak söz etse de, başkanlığa seçildikten sonra Arafat'tan artık "Reis" olarak söz edilmeye başlandı.

1997 yılında Filistin Yasama Konseyi'nin, Filistin Ulusal Yönetimi'nin yürütme kurulunu finansal kötü idare ile suçlaması sonucu Arafat'ın kabinesinin dört üyesi istifa etmek zorunda kaldı. Arafat görevinden istifa etmeyi reddetti.

1996'ın ortasında Benjamin Netanyahu %1'lik bir farkla İsrail'in başbakanı olarak seçildi. Süregelen anlaşmazlıklarla Filistin-İsrail ilişkileri daha da düşmanca bir tavır aldı. İsrail-FKÖ anlaşmasına rağmen Netanyahu Filistin Devleti fikrine karşı çıktı. 1998'de ABD Başkanı Bill Clinton iki lideri buluşmaya ikna etti. Bu buluşmanın sonucunda ortaya çıkan Wye Nehri Memorandumu'u barış sürecini tamamlamak için İsrail hükümeti ve Filistin Ulusal Yönetimi'nin atması gereken adımları detaylandırıyordu.
Arafat görüşmelere Netanyahu'nun halefi Ehud Barak ile Temmuz 2000'de Camp David Zirvesi'nde devam etti. Hem kendi politik görüşü hem de Başkan Clinton tarafından uzlaşma için ısrar edilmesi nedeniyle Barak Arafat'a Batı Şeria'nın %73'ünde ve Gazze Şeridi'nin tamamında bir Filistin Devleti önerdi. On ile yirmi beş yıllık bir süre içinde Filistin'in iktidar alanı %90'a genişleyecekti. Ayrıca anlaşmada az sayıda mültecinin dönmesine izin veriliyor ve dönemeyenlere de tazmin sözü veriliyordu. Arafat Barak'ın önerisini reddetti ve hemen bir karşı öneri yapmadı. Başkan Clinton'a "Kudüs'ü teslim edecek Arap liderinin henüz doğmadığını" söyledi. Bu hareket kendi kabinesinde bulunan Nebil Amr gibi kişiler tarafından bile eleştirilmiştir.

Görüşmeler Ocak 2001'de yapılan Taba Zirvesi'nde devam etti. Bu sefer Ehud Barak İsrail'de seçim kampanyasını sürdürmek için görüşmelerden çekildi. Ekim ve Aralık 2001'de Filistinli militan grupların yaptığı intihar bombalama eylemleri artarken İsrail karşı saldırıları da yoğunlaştı, sonucunda da İkinci İntifada başladı. Ariel Şaron'un şubat ayında seçilmesinin ardından barış süreci geriye gitti. 2002 yılında yapılması öngörülen Filistin seçimleri ertelendi. Sebep olarak İntifada nedeniyle konulan acil durum önlemleri nedeniyle kampanya yapılamaması ve Filistin toprakları üzerinde İsrail Ordusu'nun hareket serbestliğini kısıtlaması gösterildi. Aynı ay içinde Şaron, İsrail'in el Hüdeyra şehrindeki intihar bombalaması eyleminin ardından Arafat'ın Ramallah'ta bulunan Mukata'a merkezinde kapalı tutulmasını emretti. ABD Başkanı George W. Bush Arafat'ın "barışın önünde bir engel" olduğunu söyleyerek Şaron'un hareketini destekledi.

Orta Doğu'nun siyasi arenasının oldukça tehlikeli olmasına ve suikastların sıklığına rağmen Arafat'ın uzun süre hayatta ve siyasette kalabilme becerisi birçok batılı yorumcu tarafından asimetrik savaş konusunda ustalığının ve taktisyen olarak yeteneklerinin bir işareti olarak görülmektedir. Bazı yorumcular ise hayatta kalmasını, İsrail'in, kendisinin öldürülmesi hatta tutuklanması hâlinde bile, Filistin davası için bir şehit olarak görüleceğinden korkmasına bağlamaktadır. Başkaları ise İsrail'in Arafat'tan el-Fetih üzerinde kontrolü ele geçiren diğer islami hareketler ve Hamas'tan daha az korkması nedeniyle harekete geçmediğine inanmaktadır. ABD, İsrail, Suudi Arabistan ve diğer Arap ülkeleri arasındaki ilişkilerin karmaşık ve narin yapısı da Arafat'ın Filistinlilerin lideri olarak bu kadar uzun süre hayatta kalmasına yardımcı olmuştur.

Arafat'ın yeni taktik ve politik durumlara uyum yeteneği Hamas ve Filistin İslami Cihad örgütlerinin ortaya çıkışıyla bir anlamda sınavdan geçti. Bu islamcı gruplar İsrail'e karşı retçi muhalefeti benimseyerek, psikolojik zararı artırmak ve sivillere zarar vermek için özellikle sinema salonları ya da alışveriş merkezleri gibi askerî olmayan hedeflere karşı intihar bombacılarıyla saldırarak yeni taktikler uyguluyordu. 1990'larda bu gruplar, Arafat'ın bir devlet olma amacı taşıyan birleşmiş, laik, milliyetçi bir örgütü bir arada tutabilme kapasitesini zorlar gibi göründü. Bu gruplar Arafat'ın nüfuz alanı dışında hareket ediyor ve el-Fetih ile çekişme içine giriyordu. Bazıları ise bu hareketlere, İsrail üzerinde baskı yaratması nedeniyle Arafat tarafından göz yumulduğunu iddia etmekteydi.

2002 yılında Arap Birliği, İsrail'in Altı Gün Savaşı'nda işgal ettiği tüm bölgelerden çekilmesi ve Arafat'ın Filistin Ulusal Yönetimi'nin yönettiği Filistinlilere bir devlet kurulmasına karşılık İsrail'i tanıma önerisi yaptı. Kısa bir süre sonra Hamas militanlarının saldırısı sonucu hamursuz bayramını kutlayan yirmi sekiz İsrailli sivil öldürüldü. Buna karşılık İsrail, Batı Şeria'nın ana şehirlerine karşı Koruma Kalkanı Harekâtı verilen geniş çaplı bir askeri müdahale başlattı.

2002 yılında bazı İsrailli hükümet yetkilileri el-Fetih örgütünün silahlı gruplarından El-Aksa Şehitleri Tugayları'nın Hamas ile mücadele edebilmek için İsrail'e karşı saldırılara başladığını bildirmiştir. 6 Mayıs'ta İsrail hükümeti, Arafat'ın Ramallah'ta bulunan merkezinin işgali sırasında ele geçirilen belgelerle bir rapor yayımladı. Bu rapora göre El-Aksa Şehitleri Tugayları'nın eylemleri için para verilmesine izin veren Arafat imzalı dokümanların kopyaları bulunmaktaydı.

İsrail hükümetinin sürekli olarak Filistinlileri temsil edecek başka bir lider arama çabaları sonuçsuz kaldı. İkinci İntifada sırasında ortaya çıkan El-Aksa Şehitleri Tugayları'nın liderlerinden Marvan Barguti olası bir aday gibi gözükmüştü ancak İsrail tarafından 26 kişinin ölümünden sorumlu tutularak tutuklandı ve beş kere ömür boyu hapse çarptırıldı.

Arafat'ın sonunda 3 Mayıs'ta bulunduğu yerden ayrılmasına izin verildi. Uzun görüşmeler sonucu varılan anlaşmaya göre Arafat ile birlikte saklanan altı militan İsrail'e tesim edilme