'yu geçerek FIFA Ballon d'Or ödülünü -3. kez- kazandı. Johan Cruyff, Michel Platini ve Marco van Basten'in ardından FIFA Ballon d'Or ödülünü 3 kez kazanan dördüncü futbolcu oldu.

Messi, 19 Şubat 2012 tarihinde Valencia karşısında kariyerindeki 200. La Liga maçına çıktı ve o maçta da dört gol atıp Barça'nın maçı 0-1 geriden gelip 5-1 kazanmasını sağladı. 7 Mart 2012 tarihinde Şampiyonlar Ligi 2. tur rövanş mücadelesinde, Bayer 04 Leverkusen e karşı 5 gol birden atarak Şampiyonlar Ligi tarihinde bir maçta en fazla gol atan futbolcu unvanını kazandı.

Messi, 20 Mart 2012 tarihinde 5-3 kazanılan Granada maçında hat-trick yaparak rekoru 232 gollü César Rodríguez Álvarez'in elinden alarak adını bir kez daha Barcelona kulüp tarihine yazdırdı.

Messi, çeyrek final rövanş maçında da Milan'a karşı iki gol atarak José Altafini'nin Şampiyonlar Ligi'nde (Şampiyon Kulüpler Kupası adıyla da dâhil olmak üzere) bir sezonda attığı 14 gollük rekoru da egale etmiş oldu ve Şampiyonlar Ligi adıyla ise 2002-03 sezonunda 12 gol atan Ruud van Nistelrooy'un da rekorunu kırdı. Barcelona, yarı finalde ise Chelsea'ye elenmekten kurtulamadı ve Messi, o maçta da bir penaltı kaçırdı. Maçtan sonra bazı gazeteler, özellikle Marca gazetesi Messi'yi çok eleştirdi.

Messi, 11 Nisan 2012 tarihinde 4-0 kazandıkları Getafe maçında bir gol (yani sezonun 61. golünü) attı ve Isidro Langara'nın İspanya'da 1933-34 sezonunda resmi maçlar olmak üzere toplam attığı 60 gollük rekorunu da kırmış oldu.

2 Mayıs 2012 tarihinde ise Malaga karşısında yine hat-trick yaptı ve 68. golüne ulaşarak Gerd Müller'in 1972-73 sezonunda attığı 67 golün rekorunu kırarak Avrupa'da bir sezonda en çok gol atan futbolcu unvanını elinde bulundurdu. 5 Mayıs 2012 tarihinde Barselona derbisi mücadelesinde Espanyol karşısında 4-0 kazanılan maçta ikisi penaltıdan olmak üzere dördünü de (aynı zamanda 72. golünü) attı ve böylece 1924-25 sezonunda Dünyada toplam 70 gol atan Archie Stark'ın da rekorunu kırmış oldu.

21 Nisan 2012 tarihinde "kazanan şampiyon" olarak nitelendirilen maçta Barcelona, Real Madrid'e evinde 2-1 yenildi ve şampiyonluk yolunda büyük yara aldı. Real Madrid, bu sonuçtan sonra farkı koruyarak ligi şampiyon olarak tamamladı. Messi, Avrupa'da asist krallığında ise 15 asistle, 17 asist ile Avrupa'da asist kralı olan Türk asıllı Alman futbolcu Mesut Özil'in gerisinde kaldı. Sezonun 73. golünü ise; 2012 Copa del Rey Finali'nde Athletic Bilbao karşısında attı ve Barcelona, kupanın sahibi oldu. Messi, böylece sezonu 73 golle ve kırdığı rekorlarla tamamlamış oldu. Lionel Messi, Rayo Vallecano maçında 2 gol atarak profesyonel futbol yaşamındaki 301. gole ulaşmış oldu.

Messi, Cristiano Ronaldo ve Franck Ribery ile birlikte üst üste 3. kez UEFA En iyi oyuncu ödüllerine aday gösterildi. Ribery ödülü 36 oyla kazandı. Messi 14 oyla 2. oldu. 18 Ağustos 2013'te Messi 2 gol bir asistle 2013-14 La Liga sezonunu Levante'ye karşı açtı, maçı Barcelona 7-0 kazandı.

28 Ağustosta Barcelona 11. kez İspanya süper kupasını Atletico Madrid karşısında kazandı. 1 Eylül’de Messi, Valencia CF karşısında kariyerinin 23. hat-trickini yaptı.Bu gollerle birlikte 100. deplasman golüne ulaştı ve lig tarihinin deplasmandaki en skorer ismi oldu.

18 Eylül 2013'te Ajax'ı 4-0 yendikleri maçta Messi kariyerinin 24. hat-trickini yaptı.Bu gollerle birlikte Raul'un ardından 62 golle Şampiyonlar Ligi'nin 2. en golcü oyuncusu ve aynı zamanda Şampiyonlar Ligi'nde 4 kez hat-trick yapan ilk futbolcu oldu.Messi 10 Kasım'da Real Betis'i 4-1 yendikleri maçta sakatlandı ve Ocak 2014'te kadar sahalardan uzak kaldı.Bu Messi'nin bu sezon 3. sakatlığıydı.

8 Ocak’ta Messi, Barcelona'nın Getafeyi 4-0 yendiği maçta 2 gol atarak geri döndü. 13 Ocakta 2013 FİFA Ballon d'Or ödüllerinde Cristiano Ronaldo'nun ardından 2. oldu. 15 Şubatta Rayo Vallecano'yu 6-0 yendikleri maçta 2 gol attı ve Arjantinli Alfredo di Stefano'yu geride bırakarak 228 golle La Liga tarihinin en çok gol atan 3. oyuncusu oldu.

16 Mart’ta Osasunaya karşı hat-trick yaptı ve Paulino Alcantara'yı geçerek Barcelona tarihinin en golcü oyuncusu oldu.23 Mart’ta Real Madrid’e karşı hat-trick yaparak El Clasico’nun en skorer oyuncusu ve Hugo Sanchez'i geçerek La Liga tarihinin en golcü 2. oyuncusu oldu.

Barcelona sezonu sadece İspanya Kupasını kazanarak bitirdi.La Liga'da Atletico Madrid'in ardından 2. oldular.Şampiyonlar Ligi'nde yarı finalde elendiler.Ayrıca Copa del Rey finalinde Real Madrid'e yenildiler.Messi sezonu 41 gol ve 15 asistle tamamladı. Ligdeki 28 golü onun altın ayakkabı ödülünü alması için yeterli olmadı. 16 Mayıs 2014'te Katalan kulübüyle yeni sözleşme imzaladı

Haziran 2004 tarihinde, Paraguay'a karşı oynadığı bir 20 Yaş altı hazırlık maçı ile birlikte Messi ilk kez Arjantin forması giydi. 2005 yılında Arjantin U-20 millî takımı ile Hollanda'da FIFA 20 Yaş Altı Dünya Kupası'nı kazandı. Bu turnuvada "Altın Top" ve "Altın Ayakkabı" ödüllerini de kazandı.

Arjantin millî futbol takımında ise ilk maçına 17 Ağustos 2005'te, 18 yaşında Macaristan'a karşı çıktı. 63. dakikada oyuna girdiği maçta, formasını çeken Vilmos Vanczák'a attığı dirsek yüzünden 2 dakika içinde hakem Markus Merk tarafından oyundan atıldı. Bu tartışmalı pozisyon sonrası Maradona, bu kartın önceden tasarlandığını iddia etti. Messi takıma 3 Eylül'de Paraguay'a 1-0 yenildikleri maçta geri döndü. 28 Mart 2009'da Venezuela ile oynanan Dünya Kupası eleme maçında Messi, ilk kez 10 numaralı Arjantin formasını giydi. Bu maç ayrıca Diego Maradona'nın Arjantin teknik direktörü olarak sahaya çıktığı ilk resmi maçtı. Arjantin maçı 4-0 kazanırken, Messi de maçtaki ilk golü kaydetti.

Messi, 17 Kasım 2010 tarihinde Katar'ın Doha şehrinde yapılan hazırlık maçında Brezilya'ya karşı son dakikalarda gol attı ve Arjantin maçı 1-0 kazandı. Messi böylece A millî takım formasıyla ilk kez Brezilya'ya karşı gol atmış oldu. 9 Şubat 2011 tarihinde ise İsviçre'nin Cenevre şehrinde yine hazırlık maçında Portekiz'e karşı yine son dakikalarda penaltıdan gol kaydetti ve Arjantin maçı 2-1 kazandı. 27 Haziran 2016'da millî takımı bıraktığını açıklamıştır.

2005-06 sezonunun sonunda sakatlığı nedeniyle iki ay forma giyemeyen Messi'nin bu sakatlığı Dünya Kupası'na katılmasını tehlikeye sokmuştu. Yine de, Messi 15 Mayıs 2006'da turnuvaya gidecek futbolcular listesine girdi. Dünya Kupası öncesi son maçında Arjantin U-20 millî takım ile Angola karşısında oynanan maçta 64. dakikada oyuna dâhil oldu.

Fildişi Sahili ile oynanan ilk maçtaki galibiyete Messi, yedek kulübesinden tanıklık etti. İkinci maç olan Sırbistan maçında, Messi 74. dakikada Maxi Rodríguez'in yerine girerek, Dünya Kupalarında Arjantin'i temsil eden en genç futbolcu oldu. Oyuna girdiği dakikada Hernán Crespo'nun golünün asistini yaptı ve 6-0'lık galibiyetin son golünü de kaydetti. Böylece turnuvanın en genç golcüsü oldu ve Dünya Kupası tarihinin en genç golcüleri listesine 6. sıradan girdi. Hollanda ile 0-0 berabere kaldıkları maçta ilk 11'de başladı. Sonraki Meksika maçında, Messi 84. dakikada oyuna girdi. Maç 1-1 berabere iken attığı bir gol, ofsayt olarak değerlendirildi. Çeyrek finalde Almanya ile oynadıkları maçta teknik adam José Pekerman tarafından yedek kulübesinde tutuldu. Maç sonunda penaltılarda 4-2 yenilerek, elendiler.

Messi, 2007 Copa América turnuvasındaki ilk maçına 29 Haziran 2007 tarihinde 4-1 yendikleri maçta ABD karşısında çıktı. Bu maçta Messi, "oyun kurucu" bölgesinde oynadı. Carlos Tévez, maçın 79. dakikasında Messi'nin yerine oyuna girdi ve bir dakika sonra gol atmayı başardı.

İkinci maçına Kolombiya karşısında çıktı ve takımına bir penaltı kazandırdı. Messi'nin oynadığı maçta Arjantin 4-2 kazandı ve çeyrek finale çıkmayı garantiledi.

Paraguay'la oynanan üçüncü maçta, çeyrek final garantilendiği için Messi dinlendirildi. 64. dakikada Esteban Cambiasso'nun yerine oyuna giren Messi, 79. dakikada Javier Mascherano'nun golünü hazırladı. Çeyrek finalde Peru'yu 4-0 yenerlerken, Messi, Riquelme'nin asistiyle takımının 2. golünü kaydetti. Yarı finalde de Meksika karşısında alınan 3-0'lık galibiyette Messi, Oswaldo Sánchez'in üstünden aşırttığı topla golü buldu. Ancak Messi'nin de ilk 11'de başladığı final maçında Brezilya'ya 3-0 yenildiler.

2008 Olimpiyatları için önce Messi'nin gitmesine izin vermeyen Barcelona, Josep Guardiola ile yapılan konuşmalar sonucu Messi, Guardiola sayesinde 2008 Yaz Olimpiyatları'na katıldı. Fildişi Sahili'ni 2-1 yendikleri maçta ilk golü attı. Hollanda'yı uzatmalarda 2-1 yendikleri maçta ilk golü attı ve Ángel Di María'nın golünün asistini yaptı. Ezeli rakipleri Brezilya'yı 3-0 yenip finale çıktıkları maçta da forma giydi. Nijerya'ya karşı oynadıkları altın madalya maçında, Messi yine Di María'ya asist yaptı ve maçı bu golle 1-0 kazandılar.

Messi, 2010 FIFA Dünya Kupası'nda Arjantin forması altındaki ilk maçına 1-0 kazandıkları maçta Nijerya karşısında çıktı. Bu maçta bir sürü pozisyonlar buldu ama Nijerya'nın kalecisi Vincent Enyeama'yı geçemedi. Messi, 2. maçına 4-1 kazandıkları maçta Güney Kore karşısında çıktı. Bütün gollerde asist yaptı ve Gonzalo Higuaín'in 3 gol atmasında yani hat-trick yapmasında büyük katkısı oldu. Messi, 3. maçına ise 2-0 kazandıkları maçta Yunanistan karşısında kaptan olarak çıktı ve Messi, bu maçta maçın adamı seçildi.

Messi, Son 16'da Arjantin - Meksika maçında Carlos Tévez'e asist yaptı ve Arjantin, Meksika karşısında maçı 3-1 kazandı. Bu pozisyonda net ofsayt olmasına rağmen hakem golü verdi. Ancak çeyrek finalde Arjantin, Almanya'ya 4-0 yenildi ve Messi, gol bile atamadan Arjantin turnuvadan elendi.

Messi, FIFA Dünya Kupası Altın Top Ödülü'ne aday olan on oyuncudan birisiydi ve adaylık sırasında Messi'yi; "Olağanüstü ekibi, muhteşem, verimli, top sürme, hızı ve yaratıcılığıyla ön planda." sözüyle övdüler.

Messi, 2011 Copa América turnuvasında Arjantin millî futbol takımıin kadrosunda yer aldı. Turnuvada Messi 3 asist yaptı ama gol atmayı başaramadı. 1-1 berabere kaldıkları Bolivya ve 3-0 kazandıkları Kosta Rika maçlarında maçın adamı seçildi. Arjantin, çeyrek finalde n