adı ile tanınan Emir Bedreddîn Gevhertaş, Alâeddîn Keykubad’ın lalası idi. Ana dili olan Türkçenin yanında, Farsça, Rumca ve Arapça öğrendi. Ayrıca yüksek İslami ilimleri ve astronomiyi öğrendi.

II. Süleyman Şah'ın ölümü üzerine tekrar sultan olmak üzere Konya’ya doğru harekete geçen babası Gıyaseddin Keyhüsrev, geçişine izin vermesi için İznik İmparatoru I. Theodoros Laskaris ile anlaşma yaparak Ladik, Honas ve bazı kaleleri bırakmayı kabul ettiğinde kaleler teslim edilene kadar onu ağabeyi İzzeddin Keykâvus ile İznik'te rehin bıraktı. İki kardeş, bir süre İznik'te tutsak olarak kalsa da daha sonra Hacib Zekeriya'nın yardımı ile kaçarak Anadolu'ya geçtiler.
II. Gıyaseddin Keyhüsrev 1205 yılında yeniden Selçuklu tahtına geçince Keykubad’ı Tokat’a melik tayin etti. 6 yıl süren meliklik döneminde devlet yönetimini öğrendi ve tecrübe sahibi oldu.

Babasının ölümünden sonra devlet erkanı Sultanlığa ağabeyi I. İzzeddin Keykavus'u seçti; Kayseri'de yapılan bir törenle tahta çıkardı. Bunu kabul etmeyip tahta geçmek isteyen Keykubad, Erzurum meliki olan amcası Tuğrul Şah ve Ermeni Kralı II. Levon ile anlaşarak ağabeyinin bulunduğu Kayseri’yi kuşattı. Fakat taraftarları ağabeyi ile birleşince zor durumda kalarak Ankara Kalesine sığındı. Ankara Kalesi ağabeyi Keykavus tarafından kuşatıldı. Alaaddin Keykubad, bir yıl süren direnişten sonra erzak tükenince; kendisine ve Ankara halkına zarar verilmemesi şartıyla 1213 baharında teslim oldu. Ağabeyi onu önce Malatya’daki Mazara (Minşar) Kalesi’ne daha sonra Kezipert Kalesi’ne hapsetti. İzzeddin Keykâvus'un Keykubad'ı öldürmesine hocası Mecdüddin İshak engel olmuştur.

Keykavus’un oğlu olmadığından 1220 yılında ölümü üzerine Beylerbeyi "Seyfeddîn Ayaba", "Emîr-i Âhûr Zeyneddîn Beşâra", "Emîr-i Meclis Mübârizeddîn Behramşâh" ve "Bahâeddîn Kutluğca" gibi devlet adamları ve komutanlar, Kezirpert Kalesi’nde tutuklu bulunan Alâeddîn Keykubad’ı tahta çıkarma kararı aldı. Kimi kaynaklara göre İzzeddin Keykavus ölüm döşeğinde iken Aleaddin Keykubad'ı çağırtarak varis ilan etmiştir. Yeni hükümdarı tutuklu bulunduğu yerden çıkarıp Konya’ya getirme görevi Seyfeddin Ayaba’ya verildi. Böylece İzzeddin Keykâvus’un yüzüğünü yanına alan Emîr Seyfeddin Ayaba, Alâeddin Keykubâd'ı, tutuklu bulunduğu Kezipert kalesinden çıkararak Sivas'a getirdi. Melik Alâeddin Keykubâd Sivas'ta tahta çıkartıldı. Ardından Konya yolunu tutan Alaeddin Keykubad’a Kayseri, Akşehir ve Konya'da muhteşem karşılama törenleri yapıldı. O tahta çıktığında Abbasi Halifesi Nâsır, İslam filozoflarından Şihabeddin Sühreverdî ile menşur, hil‘at, çetr ve diğer saltanat alâmetlerini göndererek hükümdarlığını tasdik etmiştir.

Alaaddin Keykubad tahta çıktığında ilk işi Asya'yı ve Doğu Avrupa'yı kasıp kavurmakta olan Moğol istilasına karşı önlemler almak oldu. Konya, Kayseri ve Sivas gibi şehirlerin surlarını ve sınır kalelerini yeniden inşa ettirdi. Bağdat’ı Moğollar’a karşı savunmak için asker talep eden Abbasi halifesine Bahâeddin Kutluğca kumandasında beş bin kişilik bir kuvvet gönderdi. Moğollar’ın Bağdat’ı istila etmekten vazgeçmesi üzerine bu birlik geri gönderilmiştir..
Yazı Kayseri’de geçirdikten sonra ""Kalonoros"" adıyla bilinen ve Kilikya Ermeni Krallığı'na bağlı olan Kyr Vart adlı şahsın yönetiminde bulunan Alanya Kalesi üzerine seferine çıktı. Ordusu ve Antalya'dan gelen deniz kuvvetleri ile kış mevsiminde kaleyi kuşattı. İki aylık kuşatmanın sonunda kale teslim oldu. Yapılan anlaşmaya göre Sultan Alâeddin kaleyi teslim alarak Kyr Vart'ın kızı ile evlenecek, ona Alanya’ya karşılık Akşehir beyliği ve birkaç köyün mülkiyeti verilecekti. Böylece Sultan Akdeniz sahilindeki bu kaleye kendi adına nisbetle ""Alâiye"" denilmesini, yeniden imarını ve burada bir tersane inşasını emretti (1221). Kyr Vart’ın kızı ile düğün yaptı. Tarihe "Mahperi Sultan" (Hunat Hatun) olarak geçen Hristiyan eşinden oğlu II. Gıyaseddin Keyhüsrev dünyaya gelmiştir.

Sultan, Alaiye’nin fethinden sonra kışı geçirmek üzere Antalya'ya gitti; yolculuk esnasında Kyr Vart'ın kardeşinin idaresindeki Alara Kalesi de fethedildi.

Antalya’dan Kayseri’ye döndükten sonra babası I. Gıyaseddin Key-hüsrev ve ağabeyi I. İzzeddin Keykâvus zamanından kalan tecrübeli ve yaşlı devlet adamlarından kurtulmanın yolunu aradı. Aralarında Seyfeddin Ay Aba, Zeyneddin Başare, Mübarezeddin Behramşah ve Bahaeddin Kutluğca gibi emirler bulunan bu devlet adamları, servet ve saltanatta Sultan'ı gölgede bırakıyorlar ve bu durum iki taraf arasında da gizliden kuşku ve şikâyetlere sebep oluyordu. Hokkabaz Oğlu Seyfeddin ve annesinden akrabası Emir Komnenos’dan yardım alan Keykubad, cezalandıracağı emirleri sarayına davet etti; yakalatıp hapsettiği emirlerin çoğunu idam ettirdi. Daha sonra ortadan kaldırılan emirlerin yakınları olan ikinci derecedeki amirleri sürgün ettirdi. Eyyûbîler’e sığınan bu kişiler, Eyyûbî Hükümdarı Melik Eşref’in ricası ile ülkeye geri dönebildiler.
Ticaret yollarının güvenliğine büyük önem veren Keykubad, Antalya ve Çukurova'da saldırıya uğrayıp soyulan tacirlerin Kayseri'ye gelip Keykubad'ın huzuruna çıkarak şikayette bulunmaları üzerine yeni bir sefere karar verdi. Aynı dönemde Antakya Haçlı Princepsi IV. Boemondo, veraset meselesi yüzünden mücadele halinde olduğu Ermeniler’e karşı işbirliği teklifinde bulunmuştu. Keykubad, bu teklifi kabul ettiğini Antakya Princepsine bildirdikten sonra, Selçuklu kuvvetlerini üç koldan bölgeye sevk etti. Haleb Eyyûbi meliki el–Melikü’z–Zahir’in gönderdiği kuvvetlerle gücü artan Keykubad, Ermeni topraklarına girdi. Antalya Sübaşısı Mübarizeddin Ertokuş, sahilden ilerleyerek Manavgat ve Anamur başta olmak üzere 40 kaleyi fethederek Silifke'ye kadar ilerledi. Karadan taarruz eden diğer Selçuklu kuvvetleri iki koldan ilerledi. Selçuklu ordusunun İçel, Silifke ve Çınçın kalesini (Maraş) ele geçirmesi ile çok zor durumda kalan Ermeni Kralı Hetum, Keykubad’a elçi göndererek barış isteyince kralın teklifini kabul etti. Yeni anlaşma ile Ermeniler, "her sene bin süvari ve beş yüz çarkçı neferi harp hizmetine göndermeyi, 1218 yılında yapılan antlaşma da belirlenen haracı iki misline, yani 40 bin dinara çıkarmayı ve Ermenilerin keseceği sikkede Sultanın adının da bulunması şartlarını kabul etmek zorunda kalmış ve yeniden Selçukluların tâbii olmuşlardır.

Bu sırada Artuklulardan Diyarbekir hükümdarı olan Mes’ud’un Keykubad adına okunan hutbeyi kaldırması üzerine buraya Mubarezeddin Çavlı kumandasında bir ordu gönderdi. Bu ordu, Mesud’un ordusunu yendi ve Çemişgezek gibi bazı kaleleri ele geçirdi. Ayrıca, Eyyûbî hükümdarı Melik Eşref’in yardımcı olarak gönderdiği kuvvetleri de bozguna uğrattı. Moğol istilasına karşı önlem olarak Eyyûbiler ile iyi geçinmek isteyen Keykubad, esir aldığı Eyyûbî kumandanlarını serbest bıraktı ve onlarla akrabalık kurmak amacıyla 1227 yılında Eyyûbî meliklerinden Muazzam Şerefeddin Îsâ’nın kızı ile siyasi bir evlilik yaptı. Karşılıklı hediye alışverişi, törenler ve düğün Şam’da başlayıp Malatya ve Kayseri’de devam etti. Tarihe Melike Âdile (ya da Gaziye Hatun) olarak geçen ikinci eşinden iki oğlu dünyaya gelmiştir. 

Sultan Alaeddin, Trabzon Rum İmparatorluğunun gücünü kırmak için Sinop’ta bir donanma inşa ettirdi. Karşı kıyıdaki Sudak, 1223’te Moğollar tarafından istila edilmiş ve halkın bir kısmı Selçuklulara sığınmıştı. Trabzon Rum İmparatorluğu’nun durumu fırsat bilerek Sudak Limanı’nı elde etmeye çalıştıklarını öğrenen Keykubad, Kastamonu emiri Hüsameddin Çoban’ı Karadeniz donanmasıyla Kırım Seferine memur etti. Emir Çoban Sudak’ı fethedip (1227) şehirde bir cami inşa ettirdi ve askerlerini yerleştirdiği bir garnizon kurdu. Ruslar Suğdak’ın Selçuklu hakimiyeti altına girmesini tanımak zorunda kaldılar. Buradaki Selçuklu hâkimiyeti uzun sürmemiş, muhtemelen 1239 yılında tekrar Suğdak’a gelen Moğollar burayı ele geçirmişlerdir.

Keykubad, Moğol tehlikesine karşı doğu sınırlarını güçlendirmek için Erzurum ve Erzincan'daki beylikleri ortadan kaldırarak doğrudan Anadolu Selçuklu Devleti'ne bağlamak istiyordu. 1228’de Mengüçlü Beyliği’ni ortadan kaldırdı. Divriği hariç bütün Mengücüklü ülkesini Selçuklu topraklarına kattı. Oğlu Gıyâseddin Keyhusrev’i Mengücük iline melik olarak gönderdi; Antalya subaşısı Mübârizüddin Ertokuş’u da ona atabeg tayin etti. Erzurum Beyi Cihanşah'ın Eyyûbîler ile birleşmesi üzerine Erzurum seferi ertelendi.
Sultan Keykubad Erzincan’da iken Trabzon Rumları’nın Selçuklular’ın elinde bulunan Karadeniz kıyılarını yağmaladıkları haberini aldı. Oğlu Gıyâseddin Keyhusrev'i Trabzon’un fethine gönderdi. Mübârizüddin Ertokuş kumandasındaki Selçuklu ordusu Trabzon’u kuşattı. Fakat günlerce yağan yağmur ve şiddetli rüzgâr Selçuklu ordusunun dağılmasına sebep oldu. Gıyâseddin Keyhusrev Rumlar tarafından esir alındı. İmparator Andronikos kendisine saygılı davrandı ve onu fazla bekletmeden babasına gönderdi.

Moğollar önünden kaçan Celaleddin Harzemşah, Azerbaycan’a yerleşip Tebriz şehrini başkent yapmıştı. (1225). Başlangıçta Anadolu Selçukluları ile iyi ilişkiler kurdu ancak 1229’da Celaleddin Harzemşah’ın Eyyûbîler’e ait Harput’u kuşatması ve Erzurum meliki Cihanşah’ın ona tabi olması ile dostluk bozuldu. Alâeddin Keykubad, Celaleddin Harzemşah’tan, bu teşebbüsünden vazgeçmesini istedi; Moğol tehlikesi karşısında birlik olmak gerektiğini ifade eden bir mektupla elçi gönderdi. Harzemşah’ın bu uyarıları dinlemeyip Ahlat’ı ele geçirmesi ve arkasından da Selçuklular üzerine harekete hazırlanması üzerine Keykubad bu defa onun karşısında birlik sağlamak için Eyyûbî hükümdarlarına elçi gönderdi. Nihayet Harzemşah üzerine yürüyen Alâeddin Keykubad, Sivas yakınında Eyyûbî Hükümdarı Melik Eşref’le buluştu. Birleşen iki ordu, Harzemşah’ın ordusu ile Yassıçemen’de karşılaştı 10 Ağustos 1230’daki savaş Harzemşahlar çok büyük yenilgiye uğradı.

Bu savaştan sonra Harzemşahlar tarih sahnesinden silinirken Keykubad, Erzurum’u kolayca ele geçirdi. Ahlat hakimiyet menşurunu Melik Eşref’e verdi. Alaeddin Keykubat saltanatının en büyük hatası Celalettin Harzemşah'la savaşmasıdır. Türk ve Müslüman devletler arasınd