ıyla ilişkisi bulunmadığına karar verilen Bursa milletvekili Osman Nuri Bey, Trabzon milletvekili Ahmet Muhtar Bey, Erzurum milletvekili Münir Hüsrev Bey, İzmit milletvekili Mustafa Bey, Kastamonu milletvekili Halit Bey, Kars milletvekili Ömer Bey ve Sarı Efe Edip Bey'in kayınbiraderi Doktor Mustafa Şevket serbest bırakıldı.

Savcı Necip Ali Bey'in 30 Haziran günü yayınlanan iddianamesi, suikastın esas suçluları dışındaki paşalar ve diğer sanıklarla ilgili olarak hazırlanmıştı. Bu iddianamede adı geçen isimler, suikastın düşünce ve planlama aşamasında katılımları ve haberleri bulunmakla suçlanmaktaydı. 3 Temmuz günü paşaların sorgusuna geçildi.

Sabit Bey'in eski ifadesini tekrarlamasının ardından sorgulanan Rüştü Paşa, suikastla ilgisi olmadığını, Sabit Bey'den Şükrü Bey'in suikastla ilgilendiğini duyduğunu ve sonradan da bunu yalanladığını belirtti. Kâzım Karabekir Paşa sorgusunda, suikasttan haberi olmadığını, haberi olanların da hükûmete haber vermesi gerektiğini ve Terakkiperver Cumhuriyet Fırkası üyelerinden katılımcı varsa partiyi dahi kapatabileceğini söyledi. Sonrasında sorgulanan Ali Fuat Paşa da suikastla ilgisi olmadığını, içki sofrasındaki suikast konuşmalarını gerçek olarak yorumlamadığını söylerken, Refet Paşa ve Cafer Tayyar Paşa da aynı şekilde suikast hazırlıkları hakkında bilgi sahibi olmadığını belirtti.
Paşaların ardından sorgulanan Halis Turgut Bey'in suikast olayıyla hiçbir ilgisinin olmadığını ileri sürmesi üzerine kendisi, Ziya Hurşit Bey ile yüzleştirildi. Bu yüzleştirmede Ziya Hurşit Bey'in İstanbul'da Ahmet Şükrü Bey ile buluştuklarını ve suikastı konuştuklarını, Halis Turgut Bey'in kendisine vermeyi vadettiği silahları vermediğini açıklamasına rağmen Halis Turgut Bey, tüm bunların yalan olduğunu söyledi. 6 Temmuz'da sorgulaması yapılan eski Maliye Nazırı Cavid Bey de suçlamaları reddetti. Bu sorgulamanın ardından savcı Necip Ali Bey, elde ettiği bulgulara dayanarak olayın, İzmir'de planlanan suikast ve karışıklık çıkartarak hükûmetin devrilmesi olmak üzere iki yüzlü olduğunu ileri sürerek bu ikinci kısmın Ankara'da görüşülmesini istedi. Böylece dokuz sanığın yargılanması Ankara'ya sevk edildi. Akabinde sorgulanan İstanbul milletvekili İsmail Canbulat Bey, Cavid Bey'in evinde yapılan toplantının Mustafa Kemal Paşa'ya sunacakları teklifle ilgili olduğunu, sonraki toplantının da Kara Kemal Bey'in Mustafa Kemal Paşa ile yaptığı görüşmeyi öğrenmek için düzenlendiğini ve suikasttan haberi olmadığını söyledi. 8 Temmuz'da savcı Necip Ali Bey, Tokat milletvekili Bekir Sami Bey, Afyonkarahisar milletvekili Kâmil Bey, Dersim milletvekili Feridun Fikri Bey, Mersin milletvekili Besim Bey, eski Erzurum milletvekili Necati Bey, Gaziantep milletvekili Hafız Mehmet Bey, eski Sivas milletvekili Kara Vasıf Bey ve eski Isparta milletvekili Cemal Paşa'nın suikast olayını duyduktan sonra Refet Paşa'nın evinde toplandıkları için, olayın başlangıcını hazırlayarak Avrupa'ya gittiklerini ileri sürdüğü Rauf Bey, İstanbul milletvekili Adnan Bey ve eski İzmir Valisi Rahmi Bey'in gıyabında yargılanmasını istedi. Bu isteğin ardından adı geçen kişilerin sorgulamasına geçildi.

Yaşlı bir adam olduğundan iktidar hırsına sahip olmadığını söyleyen Bekir Sami Bey'in ardından konuşan Feridun Fikri Bey, gerçekleştirdikleri toplantının bir amacı olmadığını ve Ahmet Şükrü Bey'in milletvekili olmasına rağmen tutuklanışını görüştüklerini söyledi. Besim Bey, Gümüşhane milletvekili Zeki Bey ve Canik milletvekili Ahmet Nafiz Bey'in sorgularında da kendilerinin konuyla bir ilgisi olmadıklarını belirtmelerinin ardından eski Mersin milletvekili Selâhattin Bey'in sorgusuna geçildi. Muhalif bir parti olmadan demokrasi olamayacağı fikrini savunan Selâhattin Bey, Kara Kemal Bey ile kurduğu ilişkinin yalnızca kendisinin siyasî tecrübesinden yararlanmak için olduğunu belirtti. Eski Erzurum milletvekili Hüseyin Avni Bey, kendi programına uygun bulduğu için Terakkiperver Cumhuriyet Fırkası'na katıldığını, İttihatçılarla yalnızca bilgi edinmek için görüştüğünü ve partinin kapatılmasını zamanın şartları içinde doğal karşıladığını belirttikten sonra suikast konusu hakkında bilgi sahibi olmadığını söyledi. Olayla ilişkisi olduğunu itiraf eden Hafız Mehmet Bey, Ziya Hurşit Bey'e rastladığı bir gün Sabit Bey, Rauf Bey ve Halis Turgut Bey'in de kendilerine yardımcı olduklarını belirtti.

11 Temmuz günü savcı Necip Ali Bey tarafından okunan iddianamede, suikast hakkında Ali Fuat Bey ve arkadaşlarının bilgisi olduğu ve Ankara'da yapılması planlanan suikast girişimini yalnızca Sabit Bey'in engellemeye çalıştığı ileri sürüldü. İddianamede Ahmet Şükrü Bey, Miralay Rasim Bey, Ziya Hurşit Bey, Laz İsmail, Gürcü Yusuf, Çopur Hilmi, Hafız Mehmet Bey, Kara Kemal Bey ile Abdülkadir Bey'in idamı; Halis Turgut Bey, İsmail Canbulat Bey, Rahmi Bey, Sürmeneli Vahap, Adnan Bey, Rauf Bey ve Rüştü Paşa'nın küreğe konulması; Kâzım Karabekir Paşa, Cafer Tayyar Paşa, Ali Fuat Paşa, Refet Paşa, Cemal Paşa, Sabit Bey, Münir Hüsrev Bey, Faik Bey, Bekir Sami Bey, Kâmil Bey, Zeki Bey, Besim Bey, Feridun Fikri Bey, Halit Bey, Necati Bey'in beraati istendi.

Yapılan sorgulamaların ve hazırlanan iddianamenin ardından sanıklar, savunmalarını yapmaları üzere 12 Haziran günü mahkeme salonuna getirildi. İlk olarak savunmasını yapan Ziya Hurşit Bey suikast yapmayı planladığını ve bu planı uygulamaya koyduğunu kabul ederken, anayasayı değiştirmek ve hükûmeti devirmek suçlamalarını kabul etmeyerek Türk Ceza Kanunu'nun 46. maddesine göre sürgün cezasına çarptırılması gerektiğini söyledi. Suikast teşebbüsüne katıldığını belirtse de suçluluğunu reddeden Sarı Efe Edip Bey, İstanbul'a gelip Celâl Bey'i suikast planından haberdar edeceğini söyledi ve kendisine ceza verilirken bu durumun göz önünde bulundurulmasını istedi. Gürcü Yusuf ile Laz İsmail, kendilerinin cahil olduklarını ve aldatıldıklarını ileri sürerek affedilmelerini talep etti. Çopur Hilmi, suikast teşebbüsünü önce vatan hizmeti sandığını, bu duruma alet edilecek bir adam olmadığını ve planı haber vermeye karar verse de Giritli Şevki'nin kendisinden önce davrandığını belirterek cezasının hafifletilmesini istedi. Ahmet Şükrü Bey iddiaların asılsız olduğunu belirterek, kendisi gibi bir adamın suikastla işi olmayacağını söyledi. Kendisi hakkındaki tüm suçlamaları reddeden Arif Bey, suikast toplantılarından haberi olmadığını, Laz İsmail'in kendi evinde kalmadığını ve bu konuda şoförü ile hizmetçisinin yanlış ifadeler verdiğini savundu. Masum olduğunu ve hiçbir işe karışmadığını söyleyen Abidin Bey, kendisinden istenilen parayı vermediğini ve Rüştü Paşa ile olan konuşmaları hasta olduğu gerekçesiyle hatırlamadığını söyledi. Hafız Mehmet Bey önceleri suikasta dahil olduğunu; ancak sonraları bundan vazgeçtiğini belirterek suçsuz olduğunu dile getirdi. Miralay Rasim Bey ek bir savunma yapmazken, Sürmeneli Vahap, amcası Hafız Mehmet Bey'e iş bulma amacıyla müracaat ettiğini, onun da kendisini Ziya Hurşit Bey'e gönderdiğini ve cahil birisi olduğundan hiçbir şey anlamadığını ileri sürerek suçlamayı reddetti. Karşıyaka'daki bahçesinde yapılan toplantının neden yapıldığını bilmediğini söyleyen İdris, olayla ilgisinin bulunmadığını söyleyen Naciye Nimet Hanım, İsmail Canbulat Bey ve Halis Turgut Bey suçsuz olduklarını savundu. Herhangi bir savunma yapmayan Rüştü Paşa, mahkemenin insaf ve adaletine sığındı. Kâzım Karabekir Paşa, Ali Fuat Paşa, Refet Paşa, Cafer Tayyar Paşa ve Bekir Sami Bey ise savunma yapmayacaklarını belirtti.

İzmir yargılamaları 13 Temmuz 1926'da son buldu. Yargılanan 49 kişiden; suikast hazırlıklarına doğrudan karışan ve bu planlardan haberi olup da resmî makamlara ihbarda bulunmayan on beş kişinin idamına, bir kişinin 10 yıl kalebentlik cezasına çarptırılmasına ve cezası Konya'da sürgüne çevrilmesine, dokuz kişinin duruşma dışı tutulup, yargılamalarının Ankara'da görülecek İttihatçılar davası ile birleştirilmesine ve geri kalan yirmi dört kişinin beraatına karar verildi. Ancak mahkemeye katılmayan ve hakkında gıyaben idam kararı çıkanlardan Abdülkadir Bey Bulgaristan'a kaçmak üzereyken yakalanarak, daha sonra Ankara'da yargılanması kararlaştırıldı. Yine duruşmalara katılmayan Kara Kemal Bey ise 27 Temmuz günü İstanbul'da yakalanmak üzereyken intihar etti. İnfazlar, 13 Temmuz'u 14 Temmuz'a bağlayan gece İzmir'in çeşitli yerlerinde gerçekleştirildi. Gerçekleştirilen idamların sonrasında cenazeler önce Merkez Hastanesi'ne götürüldü, üzerindeki eşyaların alınmasının ardından da Kadifekale yakınlarındaki Kokluca Mezarlığı'na defnedildi. İzmir'de yapılan duruşmalarda tutuklu bulunanlar ve haklarında alınan kararlar aşağıdaki gibidir:





İkinci davayı görmek üzere 16 Temmuz'da İzmir'den yola çıkan İstikâl Mahkemesi heyeti, ertesi gün Ankara'ya vardı. 21 Haziran günü başlayan sanıkların ilk hazırlık soruşturmaları 31 Temmuz'da tamamlanmış, 28 Temmuz günü Denizli'den Ankara'ya gelmek için yola çıktığını belirten savcı Necip Ali Bey'in iddianamesi ise 31 Temmuz günü tamamlanmıştı. Ankara'da yargılanmalarına karar verilen eski İttihatçıların yargılaması eski Meclis Encümenler Binası'nda, 2 Ağustos'ta başladı. İddianameye göre suikast kin ve nefret dışında hükûmeti devirip iktidarı ele geçirmek amacıyla gizli bir komite tarafından da desteklenmiş, söz konusu gizli komite üyelerini bazı Terakkiperver Cumhuriyet Fırkası mensupları ile İttihat ve Terakki Cemiyetinin eski yöneticilerinin bir kısmı oluşturmuş ve komitenin başkanlığını ise Kara Kemal Bey yürütmüştü.

Sorgulamalar Talât Bey ile başladı. Talât Bey, İttihat ve Terakki Cemiyeti üyesi olduğunu; ancak cemiyetin hükûmet ve iktisadî konulardaki çalışmalarına karışmadığını söyledi. Daha sonra sırasıyla İttihat ve Terakki genel sekreteri Mithat Şükrü Bey, polis müdürü Azmi Bey, eski hariciye nazırı Ahmet Nesimi Bey, doktor Hüseyinzâde Ali Bey, Eyüp Sabri Bey, doktor Rasuhi Bey ve Hamdi Baba sorguya çekildi.

İttihat ve Terakki Cemiyetinin sekiz ay boyunca sekreterliğini yapan Doktor Nâzım Bey, bu dönemde halk tarafından yapılan bağışların âkıbetinin ne olduğunu bilmediğini