ka’daki amansız bir saldırıda ölen Gerard de Ridefort’un Büyük Ustatlığı esnasında doruk noktaya ulaştı. Ne var ki, on ikinci yüzyıldan on üçüncü yüzyıla geçilirken, Tapınakçılar eski cesaretlerini yitirmeye başladılar ve savaşta daha temkinli davranışlar sergilediler.

Haçlı Savaşları'nın başlamasından yaklaşık bir yüzyıl sonra savaşın gidişatı Hıristiyanlar için değişmeye başladı. Müslümanlar Selahattin Eyyubi gibi komutanların kumandasında Haçlılar karşısında zaferler kazanmaya başladılar. Selahaddin Kudüs'ü, 1187 yılında, özellikle Hittin Savaşı'ndan sonra güçleri kırılan Hristiyanlardan geri aldı. Kudüs'ün kaybıyla tarikat karargâhını kuzeydeki Akka'ya taşımak zorunda kaldı. Hristiyanlar 1229 yılında Kudüs'ü geri aldılarsa da 1244 yılında şehri bu kez Memlükler aldı. Akka'ya taşıdıkları karargâhlarını da 1291 yılında kaybeden tarikat, merkezini Kıbrıs'taki Limasol'a taşımak zorunda kaldı. Bundan sonra askerî açıdan zayıflayan tarikata gelen yardımlar da azaldı. Her ne kadar güçlerini kaybetmiş olsalar da iki yüz yıllık bir yapılanma sonunda tarikat Avrupa'da gündelik yaşamın bir parçası olmuştu ve Papalık fermanı sayesinde monarşiler karşısındaki özerklik de tansiyonu yükseltiyordu. Bir ölçüde zayıflamış olmakla beraber hâlâ ordularının bulunması ve Töton Şövalyelerinin Prusya'da, Hospitalier Şövalyelerinin Rodos'ta yaptığı gibi kendilerine ait bir yönetim oluşturma amaçları sonlarını hazırladı.

Outremer’nin sözde geçici kaybının ardından büyük askeri tarikatların birleşmek zorunda olduğu söylentileri ayyuka çıkmıştı. Zira Tapınak ile Hospitalier Şövalyeleri arasındaki sonu gelmez didişme Kutsal Topraklar’ı kaybetmenin sebeplerinden biri olarak görülüyordu. Ancak her iki tarikat da bu konuda hevesli değildi. 1291 yılının ardından Tapınakçılar, Hospitalier Şövalyeleri ve Töton Şövalyeleri kendilerine yeni bölgeler keşfetmeye koyuldular. Hatta son iki grup hedeflerini dahi yeniden belirlemeye yöneldi. Hospitalierler Akdeniz’i temel operasyon bölgeleri olarak seçip denizci bir kimliğe büründüler. Önceleri Kıbrıs’ta konuşlanan tarikat 1306 yılında Rodos Adasını işgal ettiler ve üç yıl içinde orayı kendi üssü haline getirdiler. Bu hamle sayesinde kendilerine Roma’nın ve Avrupalı kralların müdahalesinden uzak görece fazla bir özerklik sağlamış oldular. Bu arada Töton Şövalyeler önce Venedik’e ardından da Prusya’da Marienburg’a yerleştiler. Burada kendilerini tamamen Baltık bölgesindeki paganlarla savaşmaya adadılar. Bu sayede Roma’da uzak durmakla kalmıyor aynı zamanda Ordensland adıyla Prusya’nın yaratılmasıyla birlikte konumlarını sağlamlaştırmış oluyorlardı. Burası gerçek anlamda yaratılmış bir ülkeydi ve askeri bir tarikat tarafından yönetiliyordu. Bu, Tapınakçılar’ın uzun zamandır yapmak istedikleri şeydi.

Languedoc Akka’nin düşmesinden önce çok uzun zaman boyunca Tapınakçılar’ın en fazla tuttukları bölge olmuştu. Ancak kendilerini kısa vadede Kıbrıs’ta buldular. Her ne kadar adayı 1192 yılında Aslan Yürekli Richard’a satmış olsalar da buradaki topraklarını geri aldılar ve Limasol’u ana karargahları haline getirdiler. Ne var ki, 1190'lı yılların hayaletleri hâlâ tam anlamıyla istirahate çekilmemişlerdi. Bu nedenle Tarikat kendisini yerel politikaların içinde buluverdi. Kıbrıs Kralı Henry dönemin en güçlü ve korkulan askeri aygıtının hemen yanı başına gelmesinden çok da hoşnut değildi. 1298 yılında Tapınakçılar’ın davranışları hakkında, her zamanki kibir ve hırs suçlamalarını yönelten resmi bir şikayette bulundu. 1306’da Henry’nin Tapınakçılar tarafından desteklenen kardeşi Amaury lehine tahttan indirilmesi için bir darbe gerçekleştirildi.
Jacques de Molay’ın Büyük Ustat olarak ilk icraatlarından biri 1294-1295 yıllarında Tarikat’a verilen desteği artırmak amacıyla Batıyı ziyaret etmek oldu. Aralık 1294’te Roma’ya vardığında yeni papa VIII. Bonifacius seçiliyordu. Papa Bonifacius, Tapınakçılar’a Outremer’de sahip oldukları ayrıcalıkları Kıbrıs için de tanıdı. Bu durum Kral Henry’yi değilse de Jacques de Molay’ı çok memnun etti. İtalyan yarımadasından daha fazla yardım eli de uzanıyordu. Napoli Kralı II. Charles Tarikat’ı gıda ihracatından alınan vergilerden muaf tuttu. Bu tür yardım tekliflerinin gelmesinin ardından Jacques Avrupa’daki diğer saraylara da yazmakta gecikmedi. Paris ve Londra’ya gitti. I. Edward daha önce Fransızlar ve İskoçlarla anlaştığı bir haçlı ordusu sağlayacağına söz verdi, ayrıca Tapınağı Londra Tapınağından Kıbrıs’a gönderilen paraların vergilerinden muaf tuttu.
Daha önceki haçlı seferlerinde olduğu gibi Tapınakçılar 1300’den itibaren Doğu’da askeri bir varlığın oluşturulması konusunda merkezi bir rol üstlendiler. Moğollar’ın Kutsal Topraklar’a döneceklerine ve Kudüs’ü Memlük kontrolünden çıkararak Frenkler’e vereceklerine inanılıyordu. Tapınakçılar, 1300 yazı boyunca Mısır ve Suriye’nin kıyı şehirlerine bir dizi akın düzenleyerek olası bir saldırının önünü açmaya çalıştılar. Kasım ayında anakarayı işgal için hazırlıklara başladılar. Altı yüz şövalye, Gazan Mahmud Han komutasındaki Moğollar ve Kral Hetoum komutasındaki Ermeniler’den oluşan birleşik bir gücün gelmesini beklemek üzere Ruad’a gönderildi. Moğollar ve Ermeniler nihayet Şubat 1301’de Tortosa’ya vardıklarında orada kendilerini hiç kimse karşılamadı; herhangi bir takviye güç belirtisi yoktu, Tapınakçılar vazgeçip Kıbrıs’a geri dönmüşlerdi. Daha kötüsü, bu başarısız girişim için Ruad’ın kullanılması Mısır’daki Memluklar’ı harekete geçirdi ve 1302’de garnizon bir Memluk saldırısı sonucu yerle bir edildi. Bu, Outremer’deki son Tapınak mevzisinin yitirilişiydi.

1307 yılında tarikatın başındaki isim olan Jacques de Molay, tarikatı Hospitalierlerle birleştirmek istedi fakat bir anlaşmaya varamadılar. Her iki tarikat da konuyu Papa'ya taşıdı. Fakat bu sırada Papa, özellikle son yıllarda tarikat hakkında yapılan suçlamalardan rahatsız olduğu için Fransa Kralı IV. Filip'in baskısıyla tarikatı aforoz etti ve tarikat üyeleri tutuklanarak işkence altında kabule zorlandıkları suçlamalardan dolayı idam edildiler. 1312 yılında Papa Tarikatı resmî olarak dağıttı ve mülklerinin birçoğunu Hospitalier Şövalyeleri Tarikatı'na geçirdi. Rivayete göre, Molay yakılırken Papa'yı ve Kral'ı lanetleyerek sene sonuna kadar onların da öleceğini söyledi. Hem Kral hem de Papa aynı sene içinde öldüler (1314). Tapınakçılar tarikatının hayatta kalan üyeleri başta İskoçya olmak üzere Papa'nın elinin uzanamayacağı yerlere dağıldılar. Tarikat'ta otuzuncu derece olarak kurulan "Siyah ve Beyaz Kartal Şövalyesi" mertebesinin (İng. "Knight of the Black and White Eagle") öğretisinin ve hedefinin, Jacques de Molay'nin (ok. "jak de mole") intikamını almak için IV. Filip öldürmek olduğu -daha geniş anlamda Katolik Fransız monarşisini ve bütün Katolik monarşileri yok etmek olduğu- ve IV. Filip'i onların öldürdüğü söylenir.

Tapınak ile Hospitalier Şövalyeleri'nın birleştirilmesi söylentisi Kasım 1305’le V. Clemens’in papa seçilmesiyle yeniden alevlendi. Papa, Jacques de Molay ile Hospitalier Şövalyeleri'ın Büyük Ustadı Fulk de Villaret’i bu konu üzerindeki düşüncelerini yazmaları ve anlatmaları için davet etti. Jacques de Molay’a göre bu fikir savunulabilir değildi. 1306 yılında Papa’ya gönderdiği mektupta birleşme ya da birleşmeme sonucunda olacakları tarttı ve aynı hedeflere sahip olsalar da her iki tarikatın bağımsız iken daha iyi işleyebileceği sonucuna vardı. Papa Clemens de yeni bir haçlı seferi konusunda de Molay’ın düşüncelerini sordu. Büyük Ustat ikinci bir mektupla yanıt verdi, geçmişteki seferler ya Birinci Haçlı Seferi’nde olduğu gibi "passagium generale "yani herkesin katılabileceği şekilde ya da daha sonraki seferlerde olduğu gibi "passagium particulare" yani sınırlı sayıdaki profesyonel askerin belli bir hedefe odaklanacağı şekilde gerçekleşmişti. De Molay dönemin yaygın görüşüne karşı çıktı ve Ruad’ın kaybedilmesi örneğini vererek passagium generale’nin tek çözüm yolu olduğunu savundu. Papa Clemens ikna olmadı ve de Molay ile de Villaret’i sorunu daha fazla tartışmak amacıyla Fransa’da buluşmaya çağırdı. Toplantı -1306 yılı Azizler Günü’ne denk getirilmişti- Papa’nın mide iltihabına yakalanması sebebiyle mecburen ertelendi. De Molay 1306’nın sonlarında ya da 1307 başlarında Batı'ya ulaştı. Hospitalier'lerin Rodos’taki işleriyle meşgul olan Fulk de Villaret ise ertesi yaza kadar gelemedi.
De Molay ile Papa Clemens Haospitalier’lerin Büyük Üstadı'nın Fransa’ya gelmesini beklerken üçüncü bir sorun ele alındı. İki yıl önce tarikattan ihraç edilen birkaç şövalye tarafından Tapınakçılar’a ağır biçimde ahlaksızlık suçlamaları yöneltilmişti. De Molay Papa’dan Tarikat’ın saygınlığının kurtarılmasını istedi. 24 Ağustos’ta Papa Fransa Kralı IV. Filip’e Tarikat’a yönelik suçlamalara inanmakta zorlandığını ancak Tapınakçılar’la ilgili çok fazla tuhaf şey duyduğu için ‘büyük bir keder, endişe ve kalp kırıklığı’ içinde bir soruşturma yapılmasına karar verdiğini yazdı. IV. Filip’ten bundan daha fazlasını yapmamasını istedi. Ama Fransız kralı onu dinlemedi. 13 Ekim günü şafak vaktinde görevliler içlerinde Paris Tapınağı’ndan alınan Jacques de Molay’ın da olduğu Fransa’daki tüm Tapınakçılar’ı sapkınlık, homoseksüellik, küfür ve İsa’yı inkar etme suçlarından tutukladılar.

IV. Filip’in yaptıkları Avrupalı kraliyet aileleri arasında güvensizliğe yol açtı. Aragonlu II. Jaime Tarikat’a yöneltilen suçlamaların uydurma olduğuna inanan tek kişi değildi. Onlara göre müflis durumda olduğu herkesçe bilinen IV. Filip Tapınağın büyük varlığına göz dikmişti. Fransız kralının, cüretkarlık ve küstahlık konusunda çağdaşlarını ilk defa hayrete düşürdüğü söylenemezdi. 1303 yılında Papa VIII. Bonifacius’u kaçırarak Fransa’ya getirip Tapınakçılar’a yönelttiklerine benzer suçlamalarla itham etme teşebbüsünde bulunmuş ama çabası sonuçsuz kalmıştı. Ancak bu suçlamalar Bonifacius’un ölümüne neden olmuştu. IV. Filip öte yandan İtalyan bankacıları Lombardlar’a karşı uzun soluklu bir mücadeleye girişmiş, sonunda onları tutuklayarak 1311 yılında ellerindeki tüm varlıklarına el koymuştu. Temmuz 130