23 Ekim 1990’da 72 yaşında kalp krizinden öldü.

Althusser’in erken dönem çalışmaları, Karl Marx ’ın Kapital’ini Althusser ve öğrencilerinin yoğun bir felsefi tekrar okumalarını bir araya getiren etkileyici "Kapital’i Okumak" isimli çalışmayı içerir. Kitap “politik ekonominin eleştirisi” olarak Marksist teorinin felsefi durumunu ve bunun nesnesini yansıtır. Bu çalışmanın İngilizce çevirisi sadece Althusser ve Étienne Balibar’ın yazılarını içerirken, esas Fransızca kitapta Jacques Ranciere , Pierre Macherey ve diğerlerinin ek makaleleri de bulunmaktadır. Proje, Marksizm dahilinde, Althusser’in çok yakın ilişki içinde olduğu Jacques Lacan tarafından üstlenilen Freud’a çağdaş psikoanalitik dönüş çalışması ile oldukça benzerdir. (Althusser’in Lacan ile kişisel ve mesleki ilişkisi çok karmaşıktı; ikili bazen çok yakın arkadaş ve dost bazen düşmandılar)
Bazen kendisi, argümanlarını çelişkiyi tahrik etmek için kasten abartsa da, Althusser’in birçok teorik pozisyonu Marksist felsefede oldukça etkili olmuştur. Althusser "Genç Marx Hakkında" adlı eserinde bilim felsefecisi Gaston Bachelard’dan aldığı bir terimi Genç Marks’ın “Hegel ve Feuerbach etkisindeki” yazıları ile daha sonraki Marksist yazıları arasındaki “epistemolojik kopuşu” ortaya koymak için kullanmıştır. "Marksizm ve Hümanizm" adlı eseri, bir burjuva ideolojisi olan hümanizmin yansımaları olarak sık sık Marksistler tarafından öne sürülen “insan potansiyeli” ve “insan doğası” gibi düşüncelerin yanlışlığını ortaya koyan Marksist teorinin güçlü bir hümanizm karşıtı tezini ortaya koydu. "Çelişki ve Üst-Belirlenme" adındaki çalışmasında, politik durumlarda çoklu nedenselliğin daha karmaşık bir modelinin “çelişki” düşüncesinin yerini alması için psikanalizden üst belirlenme düşüncesini ödünç almıştır ( Antonio Gramsci’nin hegemonya düşüncesi ile oldukça yakın bir düşüncedir) 
Althusser daha çok bir ideoloji teorisyeni olarak bilinir, en çok tanınan eseri "İdeoloji ve Devletin İdeolojik Aygıtları: Bir Soruşturmaya Dönük Notlar"’dır. Çalışma aynı zaman da Antonio Gramsci’nin hegemonya teorisine dayanarak ideolojinin kapsamını oluşturur. Hegemonyanın sonuç olarak tamamen politik güçler tarafından oluşturulduğu yerde, ideoloji Freud’un ve Jacques Lacan’ın sırasıyla bilinçsiz ve ayna-fazlı düşüncelerini kullanır ve bizim kendinin anlamlı bir içeriğe sahip olarak ulaşmamıza izin verdiği yapı ve sistemleri tanımlar. Althusser için bu yapılar, hem bastırmanın hem de kaçınılmazlığın temsilcileridir – ideolojiden ve onun nesnesi olmaktan kaçmak imkânsızdır. İdeoloji ve bilim veya felsefe arasındaki ayrım epistemolojik kopuş ile bir seferde ve her şey için sağlanamaz: bu “kopuş” kronolojik olarak sağlanan bir olay değil işleyiştir. Nihai bir zafer yerine ideolojiye karşı sürekli bir mücadele söz konusudur: "İdeolojinin tarihi yoktur".

Üretimin nihai koşulu üretim koşullarının yeniden üretilmesidir. Bu yeniden üretim, üretim güçlerinin yeniden üretimi (işgücü) ve var olan yeniden üretim ilişkilerinin yeniden üretimi ile olur. Üretim ilişkilerinin yeniden üretilmesi Devletin İdeolojik Aygıtları ile olmaktadır.

Althusser’e göre toplum ekonomik, siyasal ve ideolojik pratiklerden oluşmaktadır. Burada pratiği Althusser, belli insan emeği ile etkilenmiş, belli üretim araçları kullanarak, belli bir ürünün iletişim süreci olarak tanımlar.

Althusser’e göre kapitalizm üretken bir sistem olarak üretim koşullarını yeniden üretir. Yeniden üretim işgücünün düzenin kurallarına uymasının sürdürülmesidir. İşgücünün üretilmesi aileyi, ustalığın ve tekniklerin öğrenilmesi öğretim ve eğitim sistemini gerektirir.

Devlet toplumsal üretimin toplumun tümünün rızasıyla yapılmasını uzun dönemde sermayenin ve yönetici sınıf bloğunun hegemonyasını sürdürmesini güvence altına alan yapıdır. Üretimin yapıldığı aygıtlar, devlet tarafından örgütlenmiş olsun olmasın Devletin İdeolojik Aygıtlarıdır (DİA).

"Marx'ın düşüncesinin tamamen yanlış anlaşıldığı ve küçümsenerek değerlendirildiği düşüncesi Althusser'e aittir". Onun çalışmalarının çeşitli yorumlarını - tarihselcilik, idealizm, ekonomizm, bunların tarih bilimi, tarihsel materyalizm ile Marks'ın sosyal değişimin devrimci bir açıklamasını yaptığını fark etmeyi başaramadığı için acımasızca eleştirmiştir. Onun anlayışına göre bu hatalar, Marks'ın bütün çalışmalarının tutarlı bir bütün olarak ele alınırsa anlaşılabilir diye düşünülmesinden kaynaklanıyordu. Bunun yerine Althusser bunların radikal bir "epistemolojik kopuş" yaşandığını düşünüyordu. Erken dönem çalışmaları Alman felsefesi ve klasik politik ekonominin kategorileri ile ilgili olsa da, "Alman İdeolojisi" (1845) eseriyle Marks'ın daha sonraki çalışmalarına yol açan ani ve eşsiz bir kopuşu meydana gelir.

Sorunu karmaşık hale getiren nokta ise bunu, sadece çapraz ve geçici olarak konuşabilerek Marks'ın kendisinin bile bu çalışmasının önemini tamamen farkına varmamış olmasıdır. Değişiklik ancak dikkatli ve duyarlı bir "semptomatik okuma" ile açığa çıkarılabilir. Böylece, açığa çıkarılmamış söylenenlere olabildiğince dikkat edilerek, Marks'ın sıradışı teorisinin orijinalliğinin ve gücününün bizim tarafımızdan tamamen kavranmasını sağlamak Althusser'in projesi olmuştur. O, Thales'in matematiğe, Galileo'nun fiziğe veya daha iyisi Freud'un psikanaliz katkısına benzer şekilde daha önce gelen ataları tarafından ortaya konan hiçbir şeye benzemeyen teorisinin yapısında Marks'ın bir "bilgi kıtası", tarih, keşfettiğine hükmetmiştir.

Althusser, Marks'ın keşfinin altını çizmenin, onun çalışmasını daha öncekilerle bağdaşmaz kılan özne ve nesne arasındaki dikotominin reddine dayanan yer sarsıcı bir epistemoloji olduğuna inanmıştı. Bu sarsıntının kökünde, klasik ekonomistler tarafından, bireylerin ihtiyaçlarının birer maddi unsur veya ekonomik organizasyonun birer "verili" bağımsız unsuru olarak değerlendirilebileceği ve dolayısıyla üretim biçiminin özelliğini açıklayan bir teorinin öncülü ve toplum hakkındaki bir teorinin bağımsız bir başlangıç noktası olarak iş görebilir düşüncesinin reddedilmesi yatmaktadır.

Althusser açısından, Marks sadece basit bir şekilde insanların ihtiyaçlarının içinde bulundukları toplumsal çevre tarafından oluşturulduğunu tartışmamaktadır çünkü bu zamana ve yere göre değişebilir; o, daha çok, insanların nasıl bir yerden geldiklerini açıklayan herhangi bir teoriden daha önce ele alınan insanların nasıl olduğunu açıklayan bir teori olabileceği düşüncesini anlamsızlaştırmıştır.

Bununla beraber Marks'ın teorisi klasik politik ekonomide karşılığı olmayan içerikler üzerine kuruludur - üretici güçler ve üretim ilişkileri gibi. Mevcut terimler uyarlandığında bile - artı değer teorisi açısından David Ricardo'nun kira, kar ve faiz nosyonlarının kombinasyonu gibi- teorideki diğer içeriklerle anlam ve ilişkisi önemli bir şekilde farklıdır. Daha ötesinde, kendi benzersiz yapısından ayrı olarak, tarihsel materyalizmin açıklayıcı gücü, politik ekonominin ekonomik sistemleri bireylerin ihtiyaçları için bir yanıt olarak açıklamasının yanında Marks'ın çözümlemesinin bir yapısal bütünlük içersinde yer alan kısımlar anlamında daha geniş bir sosyal fenomen yelpazesini içermesi gibi klasik politik ekonomiden ayrılmaktadır."Sonuç olarak Marks'ın Kapitali hem bir ekonomi modeli hem de bütün bir toplumun yapı ve gelişiminin bir tanımını vermektedir."

Hümanizmin, tarihselciliğin ve Hegelciliğin izlerinin Kapital'de bulunduğu gösterildiğinden, Althusser dönüşümün varlığı iddiasını sürdürse de, daha sonra 1845'teki dönüm noktasının oluşumunun çok açık bir şekilde ifade edilmemiş olduğunda ısrar etmiştir. "Marks'ın sadece Gotha Programı'nın Eleştirisi ve Adolph Wagner'in bir kitabı hakkındaki bazı notlarının insancıllık ideolojisinden tamamen arınmış olduğunu söyleyecek kadar ileri gitmiştir."

Gerçekte, Althusser, epistemolojik kopuşu açıkça tanımlanmış bir olay yerine bir işleyiş olarak düşünmüştü. "Marksizm ve psikanalizi her zaman ideolojiye karşı savaşmak zorunda kalan çünkü böylece meydana gelen kopma ve bölünmeleri açıklayan "makas ayağı" bilimler olarak tanımlamıştır". Bunlar "makas ayağı" bilimlerdir çünkü nesneleri ("sınıf mücadeleri" veya bilinçaltı) kendiliğinden bölünmüş ve ayrılmıştır.

Marks’ın birey ve toplum arasındaki yakın ilişkiye olan inancından dolayı, Althusser’in bakışına göre, bireyin öncelikli içeriğine yaslanan bir toplum teorisi inşa etmeye çalışmak anlamsızdır. 
Althusser için ekonomik gerekircilik kavramına yaslanan bu bakış açısını Marks’a atfetmek bir hataydı: çünkü Marks, bir sosyal teorinin insanın ihtiyaçlarının tarihsel içeriğine dayandırılan bir toplum teorisi düşüncesini eleştirdiği kadar, bir toplumun diğer durumlarını açıklamak için bağımsız olarak tanımlanan bir ekonomik pratik nosyonunun kullanılabileceği düşüncesini de reddeder. Georg Lukacs, gibi Althusser de altyapı ve üstyapının bütüne bağımlı olduğuna inanıyordu. Bir başlangıç noktası olarak bireyler açısından pratiklerin sağladığı avantaj, her pratik bir toplumun karmaşık bütününün bir parçası olmasına rağmen , her pratik kendi içinde kısımların çeşitli farklı biçimlerini; mesela ekonomi pratiği, ham maddeleri, araçları, bireyleri vb içermektedir, barındıran bir bütündür.

Althusser, toplumu bir araya geldiklerinde tek bir karmaşık bütünü oluşturan – ekonomi pratiği, ideoloji pratiği ve politik-legal pratik gibi- bütünlüklerin iç içe bağlı bir toplamı olarak kavrıyordu. Ona göre bütün pratikler birbirine bağımlıydı. Mesela , üretim ilişkileri açısından bu kapitalistler ve işçiler arasında işgücünün alımı ve satımıdır. Bu ilişkiler ekonomi pratiğinin parçasıdır, ancak bireysel temsilcileri alıcı ve satıcı olarak kurgulayan yasal bir sistemin mevzuatı içinde varolabilir; daha ötesinde ise anlaşma mutlaka politik ve ideolojik açıdan güvence altına alınmalıdır. Bu açıdan ekonomi pratiğinin durumlarının üstyapıya ve aynı zamanda tam tersi şartlara bağlı olduğu görülebilir.

Dayanışık uygulamaların terimleriyle anlaşılan bir çözümleme, bizim bir toplumun nasıl düzenlendiğini kavramamıza yardımcı olur ancak aynı zamand