n maçta, takımının ilk golünü penaltıdan kaydetti ve ligde 13 maç aradan sonra golle tanıştı. 19 Ekim 2010'da teknik direktör Alex Ferguson, katıldığı basın toplantısında Rooney'nin takımla yeni bir sözleşme imzalamak istemediğini ve kulüpten ayrılmak istediğini belirtti. Bu açıklama, Rooney'nin ayak bileğinden yaşadığı sakatlığın uzamasının ardından Ferguson ile yaşadığı tartışmanın ardından yapıldı. Tartışma, Ferguson tarafından ortaya atılan bir iddiadan kaynaklanmaktaydı. İddiaya göre Rooney, Ferguson tarafından oynatılmaması yüzünden sakatlığı varmış gibi davranmaktaydı. Açıklamanın ertesi gün Rooney, kulüpten ayrılmak istediğini açıkladı. Neden olarak ise kulübün kaliteli oyuncu transfer etmediği ve bu sayede kupa kazanmanın imkânsız olduğunu söyledi. Fakat tüm bu yaşananlara rağmen 22 Ekim'de, United ile olan sözleşmesini beş yıl daha uzatarak Haziran 2015'e kadar kulüple anlaşmaya vardı.

Rooney'nin futbola dönüşü 20 Kasım'daki Wigan Athletic maçında sonradan oyuna girmesiyle oldu. Dört gün sonra, Rangers ile oynanan Şampiyonlar Ligi maçına ise ilk on birde başlarken, penaltıdan attığı golle maçın 1-0 United lehine sonuçlanmasını sağladı. 1 Ocak 2011'de oynanan ve deplasmanda 2-1 kazanılan West Bromwich Albion karşılaşmasında ise Premier League'in 2010-11 sezonundaki ilk golünü kaydetti. 1 ay sonra, 1 Şubat 2011 tarihindeki 3-1 kazanılan Aston Villa maçında United'ın iki golü ve Nemanja Vidić'in kaydettiği golün asisti Rooney'den geldi. 12 Şubat'ta, Manchester City derbisinin 78. dakikasında attığı röveşata golüyle takımını 2-1'lik galibiyete taşıdı. Maç sonrasında United teknik direktörü Alex Ferguson bu golün Old Trafford'da gördüğü en güzel gol olduğunu belirtirken; Rooney de yaptığı açıklamada bu golün, kariyerinin en iyi golü olduğunu söyledi. İki hafta sonraki 4-0'lık Wigan Athletic maçının üçüncü, 1 Mart'ta Stamford Bridge'de oynanan ve 2-1 kaybedilen Chelsea maçında takımının tek golünü attı. 12 Mart'da, Arsenal ile oynanan FA Cup mücadelesinde ise United'ın ikinci golünün sahibi oldu ve 2-0'lık galibiyette önemli rol oynadı.

2 Nisan günü, deplasmanda alınan 4-2'lik West Ham United galibiyetinde 2010-11 sezonundaki ilk hat trick'ini yaptı. Attığı bu üç gol Manchester United kariyerindeki beşinci hat trick'i olurken; maçtaki ikinci golü ise United forması altında Premier League'de attığı 100. gol olarak tarihe geçti. Üçüncü golünün ardından yaptığı sevinçte saha yanındaki kameralara gelip, küfür etmesi sebebiyle Futbol Federasyonu tarafından kendisi hakkında soruşturma başlatıldı. Hatasını kabul eden ve yaptığı bu hareket için özür dileyen Rooney, verilen iki maçlık oynamama cezasına ise itiraz etti. Kameralar karşısında küfür eden ilk futbolcu olmadığını ve kendisine ayrımcılık yapıldığını belirterek cezanın hafifletilmesi yönünde yaptığı itiraz, federasyon tarafından reddedildi. Zezası sebebiyle ligdeki Fulham ile FA Cup yarı finalindeki Manchester City maçlarında oynayamadı. West Ham United maçından dört gün sonra, 6 Nisan'da Chelsea ile oynanan Şampiyonlar Ligi çeyrek finali ilk maçının tek golü Rooney'den geldi.. Bunu, 26 Nisan günü Schalke 04 ile oynanan çeyrek final ilk maçında attığı gol takip etti.

14 Mayıs 2011'da, Ewood Park'ta oynanan ve ligin sondan bir önceki maçı olan Blackburn Rovers maçında penaltıdan attığı golle takımına 1-1'lik beraberliği getirdi. Maçtan alınan 1 puan, United'ın lig tarihindeki 19. şampiyonluğuna ulaşması için yeterli oldu.

Rooney sezona, West Bromwich Albion deplasmanında ve iç sahadaki Tottenham Hotspur maçlarında attığı birer golle başladı. 28 Ağustos'taki Arsenal maçında teki penaltıdan, ikisi ise serbest vuruştan olmak üzere üç gol kaydederek hat trick yapma başarısını gösterdi. İlk gol aynı zamanda Rooney'nin United kariyerinde oynadığı resmî maçlardaki 150. golü oldu. Bu sayede 150 gollü Ryan Giggs ve Paul Scholes'u geride bırakarak, 1992'de kurulan Premier League'de Manchester United adına en çok gol atan oyuncu oldu. Maç ise 8-2'lik United galibiyetiyle sonuçlandı. Gollerin yanında Nani'nin attığı golün de asistini yapan oyuncu, maçın adamı seçildi. 10 Eylül'de, Bolton Wanderers ile oynanan dördüncü hafta maçında, Arsenal maçındaki başarısını tekrarlayarak hat trick yaptı. 5-0 biten maçın ardından Rooney; Les Ferdinand, Ian Wright ve Didier Drogba'nın ardından Premier League tarihinde iki maç üst üste hat trick yapan dördüncü oyuncu oldu. Öte yandan United forması altında toplamda yaptığı yedi hat trick ile Bobby Charlton'ı yakalayarak; Denis Law, Jack Rowley ve Dennis Viollet'in ardından en çok hat trick yapma başarısını gösteren dördüncü oyuncu oldu. Ligin ertesi haftasında, 18 Eylül günü oynanan ve 3-1 kazandıkları Chelsea maçında da gol atmayı başardı. Maç 3-1 devam ederken, ikinci yarıda United'ın kazandığı bir penaltıda topun başına geçen Rooney, topa vurmak için hareketlendiğinde kaydı ve dengesiz bir vuruş gerçekleştirdiği top kalenin üstünden dışarı çıktı.

Babası ve amcasının bir bahis operasyonunda tutuklanmasından iki gün sonra Karadağ ile oynanan ve 2-2 sona eren millî maçta, rakibine attığı tekme sonrasında kırmızı kart görmüştü. Bu maç sonrasındaki ilk lig maçı olan 15 Ekim'deki Liverpool maçına yedek başladı. 18 Ekim günü, Şampiyonlar Ligi grubundaki Oțelul Galați deplasmanında tekrar ilk on bire döndü ve 0-2 sonuçlanan maçta, biri penaltıdan olmak üzere iki gol atmayı başardı. Attığı bu iki golle birlikte 24 gollü eski takım arkadaşı Paul Scholes'u geride bırakıp 26 gole ulaşarak, Şampiyonlar Ligi tarihinde en çok gol atan İngiliz futbolcu oldu. Sonraki iki lig maçında golle tanışamayan oyuncu, 2 Kasım'daki Oțelul Galați maçında 2-0 kazanan takımının ikinci golünü atan isim oldu. Bu maçta Rooney, esas mevkisi olan forvette değil, orta sahanın ortasında oynamıştı.

10 Kasım günü, Wolverhampton Wanderers ile oynadıkları ve 4-1 kazandıkları maçta attığı iki golle, ligdeki sekiz, resmî maçlardaki ise beş maçlık golsüzlük serisini sonlandırdı. 18 Kasım'daki Queens Park Rangers deplasmanının ilk dakikasında attığı golle, maçın takımının 0-2 lehine sonuçlanmasında pay sahibi oldu. 0-5 kazandıkları 21 Aralık'taki Fulham mücadelesinde 300. Premier League maçına çıkarken, bu maçta takımı adına bir de gol kaydetti.

8 Ocak'ta, FA Cup üçüncü turundaki Manchester City derbisinde takımı 2-3 kazanırken, iki gol birden atmayı başardı. Bu gollerle United kariyerindeki resmî maçlarda 164 gole ulaştı ve Mark Hughes'u geride bırakarak takım tarihindeki en golcü 7. oyuncu konumuna geldi. Sonrasındaki iki lig maçını golsüz geçirmesinin ardından, takımının 3-0 geriye düştüğü 5 Şubat'taki Chelsea deplasmanında ikisi de penaltıdan olmak üzere iki gol kaydetti ve maçın 3-3 sonuçlanmasında etkili oldu. 11 Şubat'taki 2-1 sonuçlanan ve yalnızca resmî maçlar göz önüne alındığında Rooney'nin United forması altındaki 350. maçı olma özelliği taşıyan Liverpool maçında takımının iki golü kendisinden geldi. 4 Mart'taki 1-3 kazandıkları Tottenham Hotspur deplasmanında attığı golle, 168 gollü Joe Spence'i geride bıraktı ve kulüp tarihinin en golcü altıncı ismi konumuna geldi. 8 Mart günü Athletic Bilbao karşısındaki UEFA Avrupa Ligi mücadelesinde, biri penaltıdan olmak üzere iki gol atsa da takımı kendi evinde 2-3 kaybetti. 11 Mart'taki 2-0 sonuçlanan West Bromwich Albion maçında, yine biri penaltıdan olmak üzere iki gol atan Rooney; Athletic Bilbao ile 15 Mart günü oynanan rövanş karşılaşmasında da takımının tek golünü atan isim oldu. Ancak bu maçı 2-1 kaybeden İngiliz ekibi, toplamdaki 5-3'lük skor sonrasında Avrupa Ligi'ne veda etti.
18 Mart'taki 0-5 kazandıkları Wolverhampton Wanderers maçı öncesinde yaptığı antrenman sırasında çektiği bir şutta top, tribünlerde bulunan 9 yaşındaki Jamie Thomas'a geldi ve çocuğun bileğini kırdı. Olaydan daha sonra haberi olan Rooney çocuktan özür diledi ve kendisine imzalı bir forma hediye edeceğini söyledi. 26 Mart'taki Fulham maçındaki tek gol kendisinden geldi. 8 Nisan'da Queens Park Rangers ile oynanan ve 2-0 kazandıkları karşılaşmada takımının ilk golünü penaltından kaydetti. 15 Nisan'da Aston Villa karşısındaki 4-0'lık galibiyette, yine biri penaltıdan olmak üzere iki gol atmayı başardı. 22 Nisan'daki 4-4'lük Everton maçında attığı iki golle iç sahadaki gollerine devam eden oyuncu, son yedi iç saha maçında da gol atmayı başarmıştı. Öte yandan maçtaki ikinci golüyle birlikte United forması altında oynadığı resmî maçlarda 180 gole ulaştı ve 179 gollü George Best ile Dennis Viollet'i geride bırakarak kulüp tarihinin en golcü dördüncü ismi oldu. Sonraki iki maçı golsüz geçen Rooney, 13 Mayıs günü Sunderland ile oynanan ligin son hafta maçında attığı golle takımına 0-1'lik galibiyeti getirse de; aynı anda oynanan diğer maçta Queens Park Rangers'ı 3-2 yenerek United ile aynı puana ulaşan Manchester City, ikili averaja bakıldığından şampiyonluğa ulaşan takım oldu. Ligi 27 golle tamamlayan Rooney ise kendisi adına ligdeki en gollü sezonuna ulaştı ve gol krallığı sıralamasında 30 gollü Arsenal oyuncusu Robin van Persie'nin ardından ikinci sırada yer aldı. Sezon genelinde ise forma giydiği 44 resmî maçta 34 gol atmayı başardı ve 2009-10 sezonundaki istatistiğinin aynısını yakaladı.

20 Ağustos günü Everton ile oynanan sezonun açılış maçına ilk on birde başlasa da, 25 Ağustos'taki Fulham maçına yedek kulübesinde başladı ve yerine yeni transfer Robin van Persie forma giydi. Maçın 68. dakikasında Shinji Kagawa'nın yerine oyuna dahil olan Rooney'nin, Hugo Rodallega'nın müdahalesi sonrası sağ bacağında kesik meydana geldi ve dört haftalığına sahalardan uzak kalacağı bildirildi. Sakatlığının ardından ilk maçına 26 Eylül'de, Football League Cup üçüncü turunda Newcastle United karşısında çıktı. 20 Ekim'deki 4-2 kazandıkları Stoke City karşılaşmasına kadar takımıyla gol atamayan Rooney, bu mücadelede attığı iki golle United forması altında oynadığı resmî maçlardaki 200. golüne ulaşmış oldu. 7 Kasım'da, Şampiyonlar Ligi'nin grup aşamasında 1-3 kazandıkları Braga deplasmanında penaltından bir gol kaydetti. 1 Aralık'taki 3-4 kazandıkları Readin