ıştı. Balıyan 16 yaşından büyük her erkek çocuğu ve 30 kadar tüccarı şövalye yaptı. Eli silah tutabilen herkese silah dağıtıldı. Etraftan erzak toplatıldı. Devletin hazinesini ele geçirip gereken harcamayı yaptı.

Selahaddin ordusuyla Kudüs önüne 20 Eylül'de vardı ve şehir surlarının kuzeyine ve kuzeybatısına hücuma karar verdi. 26 Eylül'de karargahını değiştirip Zeytindağı'a geçirdi. Bu mevki önünde bulunan ve 88 yıl önce Birinci Haçlı Seferi ordusunun çökertip şehre girdiği kapı etrafında tüneller kazılmaya başlandı ve 29 Eylül'de o mevkide surlarda bir gedik açıldı. Şehrin dinsel lideri olan Patrik Heraclius lideri olduğu cemaatinin ve Kudüs'e sığınmış kadın ve çocukların hepsinin köleliğe alınması tehlikesine karşı çıkıp, teslim olmayı kabul ettiğini bildirdi. 30 Eylül'de Kudüs Kalesi komutanı Baliyan teslim olma müzakerelerine girişmek üzere Selahaddin'in karargahına gitti.

Selahaddin kendisine danışmanlık yapan ve Katolik Haçlıların devamlı hiç hoşgörüsüz konuşma ve hareketlerinden devamlı çok rencide olmuş Ortodoks papazı "Josef Batıt" aracılığı ile zaten şehrin Ortodoks Hristiyan halkının desteğini almıştı ve bunlardan şehir kapısını açacakları vaadini almıştı. Bu nedenle müzakereler de Selahaddin, Baliyan'ın şehri kayıtsız şartsız teslim etmesini talep etti ve 1099'da Kudüs'e giren "Birinci Haçlı Seferi" güçlerinin yaptıkları büyük katliamı hatırlatarak ona gözdağı verdi. Baliyan eğer uygun şartlar verilmezse şehirdeki bütün dinlere ait kutsal binalar dahil tüm binaları yakıp yıkacak ve tüm halkı öldürecek gücü olduğunu belirtti ise de elinde başka bir koz bulunmamakta idi. Selahaddin şehirde bulunan her Hristiyan erkeğin 10 dinar; her kadının 5 dinar ve her çocuğun 1 dinar tazminat vermesi halinde Hristiyanların şehri taşıyabilecekleri malları ile terk etmelerini kabul edebileceğini bildirdi. Baliyan şehirde 20.000 kadar parasız pulsuz fakir muhacir bulunduğunu söyleyip bunların tazminat veremeyeceğini; devlet hazinesinden mümkün olduğu kadar tazminat için para ödeyebileceğini; ama bunun 20.000 kişinin hepsinin tazminatını karşılayamayacağını açıkladı. Selahaddin'in malî danışmanları bunu yeterli bulmadılar. Sonunda 30.000 dinar devlet ödemesi ile 7.000 tazminat ödeyemeyecek Hristiyan'ın ayrılması üzerinde anlaşıldı. Baliyan bunu kabul edip şehri Selahaddin'e teslim etti.

2 Ekim Cuma günü Selahaddin ordusuyla Kudüs'e girdi. O gün Recep ayının 27'si idi ve o gece Miraç Kandili idi.

Akka ve Kudüs'ün Hristiyan Haçlılara tarafından kaybedilmesi haberleri Avrupa'ya eriştiğinde idareciler ve geniş halak kütlesi üzerinde büyük bir şok tesiri yapmıştır. Bazı tarihçiler Akka ve Kudüs'ün kaybedilmesi haberleri Papa III. Urbanus'a yetiştiği zaman onun bir kalp krizi geçirip öldüğünü bildirirler. Fakat 2 Ekim'de Kudüs'ün Müslümanların eline geçmesi haberinin 22 Ekim'de Ferrara'da ölen Papa III. Urbanus'a erişip erişmediği hakkında tartışma bulunmaktadır.

Kudüs'ün teslimi üzerine şehre giren Selahaddin'in ordusu büyük bir disiplinle şehrin idaresini eline aldı; 1099'daki Haçlı ordusunun fethiyle karşılaştırılınca ne bir bina talan edildi; ne bir kişi yaralandı; ne de galip askerler katliama uğrattıkları kişilerin dizlere kadar akan kanları içinden geçip şehrin önemli yerlerine girdiler. Selahaddin hiçbir Hristiyan'a zarar gelmesin diye şehrin sokaklarını devriyelerle korudu. Şehirdeki Hristiyanlar ise şehirden ayrılmak için kişi başına vermeleri gerek tazminatı toplama kaygısı içine girdiler. 7000 kişiyi kurtarmak için gereken 50.000 mark hazinede daha önce II. Henry tarafından verilmiş olan altınlardan karşılandı. Şehirde önemli Hristiyan güç odakları olan Katolik Patriği ve önemli Katolik papazlar; Tapınak Şövalyeleri ve Hospitalier Şövalyeleri kendi menafaatlerinden başka şey düşünmez olmuşlardı ve şehirde bulunan fakir ve kimsesizlere hiç destek sağlamadılar. Tazminatını veremeyen ve 7000 kişi arasında bulunmayanların köleliğe alınmasına hiçbir ilgi göstermediler. Şehir kapısından iki grup ayrıldı. Bir grupda tazminatı şahsen veya hazineden ödenenler bulunuyordu ve bunlar serbest olarak şehirden ayrıldılar. İkinci grup ise tazminat ödeyemeyip köleliğe alınanlardı. Selahaddin ve kardeşi Adil bu ikinci gruba da yardımlarını esirgemediler. Adil kardeşinden kendine mükafaat olarak 1000 köle verilmesini istedi ve bunları hemen serbest bıraktı. Selahaddin köle olması gereken her yaşlı erkek ve kadını serbest bırakmayı kabul etti. Katolik Patriği Heraclius'a 700 köle ve eski şehir komutanı olan Balıyan'a 500 köle bağışlandı ve bunlar da serbest bırakıldı. Selahaddin kocaları ve babaları ölen dul kadınlara ve yetimlere kendi hazinesinden geçimleri için para bağışları yaptı.

Serbest kalan Hristiyanlar, biri Tapınak Şövalyeleri, diğer Hospitaler şövalyeler ve üçüncüsü Balıyan ve Patrik Haraclius komutası altında üç grup kuyruk konvoyu halinde Akdeniz'e doğru yöneldiler. Hristiyanlar elinde bulunan Sur sadece askerleri kabul edip diğerlerine kapılarını kapattı. "Botrun" civarında o bölgenin hakimi olan "Niphin'li Raymond" bir eşkıya gibi kuyruktakilerin taşıyabildikleri şahsi eşyalarını soymaya koyuldu. Kuyruk Trablus'a varınca önce şehre kabul edildiler; ama şehirde kıtlık çıkınca hepsi şehir kapılarından kovuldular. Bu kuyruk sığınabilecek yeri ancak Antakya'ya buldu ve burada bile idareciler bu muhacirlere güçlükler çıkardılar. Bir grup Kudüs muhaciri "Eşkalon" limanına gitmişti. Burada bulunan İtalyan denizciler onları Hristiyan limanlara taşımak için çok büyük ücretler istediler ama liman idarecisi Mısır hükûmet yetkileri bu muhacirleri taşımayan gemilere limandan ayrılma izini vermeyince bu muhacirleri gemilerine alarak Hristiyan limanlarına gitmek üzere ayrılabildiler.

Katolik olmayan Hristiyanlar (Ortodokslar ve Süryaniler) gereken şahsi tazminatı ödemekle ve her yıl çizye vergisi vermeleri gerekmekle beraber Kudüs'ten ayrılmadılar. Katolik Haçlıların geride bıraktıkları gayrimenkullerin çoğu çok kelepir fiyatlarla bu Hristiyanlar ellerine geçti. Selahaddin'in Kudüs fethi Konstantinopolis'e vardığında Bizans İmparatoru II. İsakios Selahaddin'e onu kutlayan bir elçi gönderdi ve Kutsal Hristiyan mevkilerin tekrar Ortodoks Hristiyanlara verilmesini istedi. Selahaddin Hristiyan hacılara hiçbir ekstra yüküm olmasını istemediği için Bizans İmparatorunun bu isteği kabul edilerek ve Kutsal mevkiler Ortodoksların idaresine geçti. Yeniden Müslümanlara eline geçen Kudüs'te bu Kutsal mevkiler gerçekten sadece üç gün kapalı kaldı.

Haçlılar Kudüs'ü işgal ettikten sonra Müslümanlar için kutsal olan Kubbet-üs-Sahra ve Mescid-i Aksa'yi kiliseye çevirmişler; kubbeye hac dikmişler ve Tapınak Şövalyeleri idaresi altına vermişlerdi. Haçlıların ekledikleri her şey çıkarılıp atılıp bu iki kutsal bina daha önceki şekillerine dönüştürüldü. Her iki bina da tekrar Müslüman ibadet yeri olması için içleri ve dışları gül sularıyla yıkandı ve 9 Eylül 1187'de Selahaddin'in de katıldığı Cuma namazı kılınarak bu iki kutsal bina tekrar Müslüman ibadetine açıldı.

Selahaddin Kudüs'ü ele geçirmekle beraber Filistin ve Lübnan'da hâlâ Haçlı Katolik arazileri ve kaleleri bulunmaktaydı. Kerak Kalesi'ni Adil bir yıl süren bir kuşatmaya aldı ve ancak 1188 yılı sonunda kale teslim oldu. Shoubak'taki Montreal Kalesi de kuşatıldıysa da bu önemli sayılmamaktaydı ama Montreal Kalesi de Kerak Kalesi'nden birkaç ay sonra teslim alındı. Daha güneyde Tapınak Şövalyeleri'nin idaresindeki Safed Kalesi bir ay süren kuşatma sonunda Aralık 1188'de alındı. Hunin'deki Şato Neuf Kalesi bu zamanlarda ele geçti. Ürdün Nehri vadisine hakim olan Hospitalier Şövalyelerinin idaresindeki ise Belvoir Kalesi Ocak 1189'da teslim oldu. 

Yeni Papa olan Papa VIII. Gregorius bir beyanname yayımlayarak Kudüs'ün Hristiyanlar tarafından kaybedilişinin Tanrı'nın Avrupa'da yaşayan Hristiyanların günahlarına karşı bir cezası olduğunu ilan etti. Bütün Batı Avrupa'da Kutsal Ülkelerin tekrar Hristiyanların eline geçmesi için yeni bir Haçlı seferi yapılması için büyük bir kampanya başlatıldı. İngiliz Kralı II. Henry ve Fransız Kralı II. Philip aralarında olan savaş durumunu kaldırıp barış yaptılar. Her iki krallık da yeni bir Haçlı seferini finanse etmek için halktan "Salahaddin öşürü (Saladin tithe)" adı verilen özel bir vergi toplamaya başladılar. İngiltere'de kilisenin en büyük dinsel adamı olan Canterbury Başpiskoposu "Exeter'li Baldwin" Galler Ülkesine bir gezi yapıp 3.000 kişilik bir özel ordu toplamayı başardı.

Yaşlı Kutsal Roma Germen İmparatoru I. Friedrich Papanın yeni Haçlı seferi için çağrısına hemen yanıt sağladı. 27 Mart 1188'de yeni bir Haçlı seferine katılacağını ve bu sefere katılacak Alman haçlılara komuta edeceğini halka ilan etti. Büyük bir Alman haçlı ordusu toplandı. 1188de Nuremberg'e gelen Bizans elçileri Balkanlarda Bizans arazilerinde geçiş için organizasyon planları üzerinde uyuşma sağlandı.

İmparator ve üçüncü oğlu IV. Friedrich, Swabia Dükü başlarında olarak Alman Haçlı ordusu 11 Mayıs 1189'da Ratisbon'dan merasimle ayrıldı. Bu ordu Haçlı seferleri sırasında toplanan en büyük Haçlı ordusu konumundaydı ve çok iyi silahlı ve çok iyi disiplinli idi. Ordu Macaristan üzerinden, Bizanslılar elindeki Balkanlardan, Konstantinopolis'e doğru yürüyüşe geçti. Bu orduya 2.000 askerle Macar kralı III. Bela'nın en genç kardeşi Geza da katıldı. Bu ordu Balkanlardan geçişi sırasında daha önce yapılan uyuşmaya genellikle katıldı. Bizanslılar 1176 Miryokefalon Muharebesi'ndeki büyük mağlubiyetten sonra ancak 1185'te Anadolu'da durumu dengelemiş ve o tarihte Anadolu Selçuklu Sultanı II. Kılıç Arslan ile bir barış ve müttefiklik antlaşması imzalamışlardı. Büyük Alman Haçlı ordusunun Bizans topraklarında bulunmasından Bizanslılar hoşnutsuzdu. Fakat Alman Haçlı ordusunun büyüklüğü karşısında Bizans'ın fazla direniş göstermesine imkân yoktu.

Alman Haçlı ordusu Bizans arazilerinden yeniden organize edilmiş şekilde merhale merhale geçişe başladı. Yine Haçlı ordusu disiplinsizlik örnekleri gösterdi ve Friedrich Barbarossa'nın ordusu Filibe (o zamanki Philippopolis şimdiki Plovdiv)