ununla birlikte, Banşu köyü olma ihtimali de vardır. Ailesi Şinmen boyuna bağlıydı. Musaşi daha sonra "Beş Çember" isimli kitabında Şinmen boyuna atıfta bulunarak tam adının "Şinmen Musaşi no Kami Fujivara no Genşin" olduğunu ifade etmiştir.

Musaşi'nin doğumu ile ilgili belirsizlikler de bulunmaktadır. Doğduğu yer ve zamana ait bilgiler kesin değildir. Elimizdeki kaynaklarda babasının Hirata Munisayi (ya da Miyamoto Munisayi veya Miyamoto Muninosuke) olduğu geçmektedir. Hirata Munisayi, Şinmen efendisine bağlı, jitte silahı konusunda üstad olarak ün yapmış yetenekli bir dövüşçüydü. Aynı zamanda kılıç konusunda da ustaydı. Gençliğinde, şogun olan Aşikaga Yoşiyaki'nin önünde kılıç ustalarından biri olan Yoşiyoka ile yaptığı müsabakayı kazanması üzerine, şogun tarafından kendisine "Japonya'nın En İyisi" unvanı verildi. Munisayi, yerel bir dojoda ailesine jitte teknikleri konusunda eğitim verdi. Munisayinin mezarında 1580 yılında öldüğünü yazılmıştır ki bu tarih, Musaşi'nin doğum tarihi olarak kabul edilen 1584 yılıyla uyuşmamaktadır. Suları bulandıran bir diğer durum ise; Miyamoto ailesinin günümüze kadar gelen genolojisine göre Musaşi 1583 yılında doğduğu ifadesidir. Kenji Tokitsu "Go Rin No Şo"'nun edebi yorumuna dayanarak Musaşi'nin kabul edilen doğum tarihi olarak bilinen 1584 yılının yanlış olduğuna işaret etmektedir.

Munisayi'nin ölüm tarihi, Musaşi'nin babası olup olmadığı gibi nedenler, eşinin -doğal olarak Musaşi'nin annesinin de- kim olduğu durumunu belirsizleştirmektedir. Olasılıklar aşağıda yer almaktadır:


İsmini, Minamoto no Yoşitsune'ye hizmet etmiş savaşçı rahip Musaşibö Benkeyi'den aldığı düşünülen ancak henüz kanıtlanmamış bu büyük savaşçı silah ustası (Dokuz veya daha fazla silahı ustaca kullanabilme) olarak kabul edilmektedir. Soyu hakkındaki gerçekler ne olursa olsun, ilk eğitimi eğitimi amcası tarafından verilmiştir. Yedi yaşına geldiğinde amcası Dorinbo (ya da Dorin) tarafından Hirafuku'ya üç kilometre uzaklıktaki budistlere ait bir tapınak olan Şoriyan'a götürülmüş, burada Budizm ve okuma-yazma üzerine eğitim alması sağlanmıştır. Yukarıda da belirtildiği üzere kılıç ve aile sanatı olan jitte konusundaki eğitimlerini Munisayi'den almıştır. 1589 yılında Şinmen Sokan, Munisayi'ye öğrencisi Honiden Gekinosuke'yi öldürme emrini verdi. Honiden ailesi bu durumda çok kızdı ve Munisayi dört kilometre uzaktaki Kavakami köyünde taşınmak zorunda kaldı. Böylece Munisaşi'nin eğitimi sona ermiş oldu.

Söylenenlere göre Musaşi, Yoşiyoka riyu okulunda çalışmıştır. Kesin olmamakla beraber Musaşi'nin sonraki yıllarda tek elle yendiği bir okuldur.Bu okul pek çok Japon Kılıç usta sını daha çıkarmıştır.

Beş Çember Kitabı'nın giriş bölümüne göre Musaşi'nin ilk başarılı düellosu; Sukara Bokuden tarafından keşfedilmiş olan "Şinto-riyu" stili ile dövüşen Arima Kiheyi isimli düşük seviyedeki bir samuray ile gerçekleşmiştir. Düellonun ana kaynağı "Merhum Üstad Hakkındaki Anektodlar"dır ("Yoho senşi denki"). Özetle, izahat aşağıdaki gibidir:

1556 yılında Musaşi henüz 13 yaşındayken sanatını geliştirmek için seyahat eden Arima Kiheyi, Hirafuku-mura'da genel bir meydan okuma ilan etti. Musaşi meydan okuma ilanına adını yazdı. Musaşi'nin kalmakta olduğu Dorin Tapınağı'na gelen bir haberci düellonun Kiheyi tarafından kabul edildiğini bildirdi. Dorin bu duruma çok şaşırdı ve Musaşi'nin adına özür dilemeyi denedi. Düellodan vazgeçmesi istenildiğinde Kiheyi; onurunun sadece düello günü Musaşi'nin kendisinden özür dilemesi ile mümkün olacağı şeklindeki inatçı tavrını sürdürdü. Düello zamanı geldiğinde rahip Musaşi adına özür dilemeye başladığı sırada Musaşi düello alanına elinde kılıç şeklinde bir tahta parçasıyla atlayarak Kiheyi'ye meydan okudu. Kiheyi vakizaşi ile saldırdı ama Musaşi, Kiheyi'yi üzerinden atarak saldırıyı savuşturdu ve Kiheyi yerden kalkmaya çalışırken Musaşi gözlerinin arasına vurdu ve öldürünceye kadar dövdü.

Musaşi'nin Arima ile düello etmesine neden izin verildiği, özür dilemenin bir dalavere olup olmadığı ve en başından beri Arima'nın neden orada olduğu gibi cevapsız sorular düelloyu tuhaf kılmaktadır.

Üç yıl sonra, 1599'da (her ne kadar " Tanji Hokin hikki" 1599 yılında 16 yaşında olduğunu yazsa da "Sakuşu bölgesinin kayıtları" "Tosakişu"'ya göre 15 yaşında idi) Musaşi köyünden ayrıldı. Ailesinin mobilya, silah, soy ve diğer kayıtları gibi malları Hirayo Yoğimon ile evli kızkardeşine bıraktı.

Bütün zamanını gezerek ve düellolara girerek geçirdi. Örneğin Tajima şehrinden Akiyama isimli bir üstad ile.

1600 yılında Toyotomi ve Tokugava arasında bir savaş başladı. Görünüşe göre Musaşi, Şinmen boyu (ailesinin bağlı bulunduğu boy) yani Toyotomi'nin -Batının Ordusu"- tarafında yer aldı. Özellikle 1600 yılının Temmuz ayında Fuşimi Kalesi'ni alma girişimine, Ağustos ayında kuşatma altındaki Gifu kalesinin savunmasuna ve ünlü Sekigahara Savaşına dahil oldu. Musaşi'nin son savaşı hakkında "Hiyoho senşi denki"de bazı şüpheler vardır. Herhangi bir efendiye bağlı olmayan Musaşi'nin babasının yanında (Efendi Utika'nın taburunda) savaşmayı reddettiği aktarılmaktadır. Ancak Musaşi'nin bu savaştan çıktığı varsayımı Beş Çember Kitabı'nda Musaşi'nin altı savaşa girdiği ifadesi ile çelişmektedir.

Ne olursa olsun Batı'nın Ordusu kesin bir yenilgi almış ve Şinmen Sokan Kiyuşu şehrine kaçmıştır. Ayrıca Musaşi'nin de kaçtığı ve zamanının bir kısmını eğitim ile geçirdiği ifade edilmektedir.

Sekigahara savaşından sonra Musaşi kayıtlarda görünmemektedir. Bir sonraki kayıt Musaşi'nin 20 (ya da 21) yaşında Kiyoto'ya gelişi ve Yoşiyoka okuluna karşı girdiği ünlü düellolar serisine başlaması ile ilgilidir.

Daha önce de belirtildiği gibi Musaşi'nin babası Yoşiyoka okulundan bir üstad ile dövüşmüş ve "Japonya'nın En İyisi" unvanını almıştır. Yoşiyoka okulu (Şinto riyu veya Kiyo haçi riyu soyundan gelmektedir) Kiyoto'daki sekiz büyük dövüş sanatları okulunun ("Kiyo riyu"/"Kiyoto'nun okulları") en başında yer almaktaydı. Efsaneye göre bu sekiz okul kutsal dağ Kurama'da bulundan neredeyse efsanevi bir dövüşçü tarafından eğitilen sekiz keşiş tarafından kurulmuştur. Yoşiyoka ailesi sadece kılıç sanatı konusunda isim yapmaya başlamakla kalmamış, aynı zamanda kendilerine ait olan tekstil ve boyama işi üzerine de ün kazanmışlardır. 1614 yılında Tokugava İyeyasu'ya karşı Batının Ordusu'nda yer alarak kaybettikleri Osaka Savaşı sırasında kılıç konusunda eğitim vermeyi bırakmışlardır. Ancak 1604 yılında Musaşi düellolara başladığında hala üstündüler. Düellolar hakkında çeşitli kayıtlardan biri olan Yoşiyoka ailesinin evrakları, Musaşi'nin sadece bir düelloyu -Yoşiyoka Kenpo'ya karşı- kaybettiğini belirtmektedir.

Musaşi, Yoşiyoka okulunun başı Yoşiyoka Seyijuro'ya meydan okumuştur. Seyijuro düelloyu kabul etmiş ve 8 Mart 1604 tarihinde Rendaji Tapınağı dışında karşılaşmak için anlaşmışlardır. Musaşi geç gelmiş ve Seyijuro'yu çok sinirlendirmiştir. Anlaşmalarına göre Musaşi karşılaşmada tek bir hamle yapmıştır. Bu hamle Seyijuro'nun sol omzuna isabet etmiş, bayıltmış ve sol kolunu sakat bırakmıştır. Görünüşe göre okulun başkanlığını Musaşi'den intikam almak için hemen düello talep eden kardeşine devretmiştir. Düello, Kiyoto dışında ve Sanjusangen-do isimli tapınakta yapılmıştır. Musaşi ikinci kez geç gelirken, Denşiçiro çelik halkalarla güçlendirilmiş bir asa (ya da muhtemelen bir top ve zincir eklenmiş) taşımaktaydı. Musaşi, Denşiçiro'nun silahını elinden almış ve yenmiştir. Bu ikinci zafer sonucunda liderleri 12 yaşındaki Yoşiyoka Maraşiçiro olan Yoşiyoka boyunu öfkelendirmiştir. Okçular, tüfekli ve kılıçlı adamlar toplayarak Musaşi'ye Kiyoto dışında, İçiyoji tapınağı yakınlarında tekrar meydan okumuşlardır. Musaşi geç gelme adetini bu sefer bozarak birkaç saat önceden tapınağa gizlenmiş, adamlara saldırmış ve Mataşiçiro'yu öldürerek kaçmıştır. Mataşiçiro'nun ölümü üzerine Yoşiyoka okulu yok olmuştur.

Bazı kaynaklara göre Musaşi, Kiyoto'yu terk ettikten sonra Nara bölgesindeki Hozoyin'deki mızrak konusunda uzman olduğu bilinen keşişlerle düello etmeye ve eğitim almaya gitmiştir. Tada Hanzaburo'nun kardeşi olan baş-keşişe eğitim verdiği Banşu'daki Enkoji Tapınağı'nda kalmıştır. Daha sonra Hanzaburo'nun torunu Ensu riyu temelli Enmeyi riyu öğretileri ve iyağijutsuyu geliştirmiştir.

1605'den 1612'ye kadar çeşitli düellolar ile yeteneğini pekiştirerek Japonya'da seyahatler yapmıştır. Gerçek düellolarda bokken ya da bukoto kullandığı söylenmektedir. Bu zamandaki düellolarda iki taraf aksine anlaşmamış ise karşı tarafı öldürmeye çalışılmazdı. Ancak çoğu düelloda Musaşi'nin strateji konusunda uzman olması sebebiyle rakibinin silahını önemsemediği bilinir.

Miyamoto Munisayi'nin öğretilerinin nakli olduğunu bildiren 1607 yılının 9. ayının 5. gününe ait bir evrak Munisayi'nin en azından bu tarihe kadar yaşadığını göstermektedir. Bu yılda Musaşi Nara'dan Edo'ya doğru yola çıktığı sırada Şişido Bayiken isimli bir kusari gama pratisyeni ile düelloya girmiş ve öldürmüştür. Edo'da, daha sonraları nüfuzlu bir kurmay okulu olan Şinto Muso Riyu okulunu kuran Muso Gonnosuke'yi yenmiştir.

Musaşi'nin 60'ın üzerinde düelloya girdiği ve yenilmediği söylenmektedir ancak büyük savaşlarda girdiği ölümle sonuçlanan dövüşler muhtemelen bu ılımlı tahmine dahil edilmemiştir. Japon tarihçileri girdiği bütün düelloları yalnız başına, öğrencilerinden yardım almadan kazanabileceğine inanmamalarına rağmen Musaşi'nin öğrencileri üstündeki eşsiz hakimiyeti nedeniyle bu pek mümkün görünmemektedir. Kendi kitaplarında da belirttiği üzere çoğu öğrencisi Musaşi'nin tekniklerini zor bulmaktadır.

1611 yılında Musaşi Miyoşinji Tapınağında zazen çalışmaya başlamıştır. Burada efendi Hosokava Tadayoki'ye bağlı Nagayoka Sado ile karşılaşmıştır. Sekigahara savaşında kuzey Kiyuşu'nın yönetimini alan Tadayoki güçlü bir efendiydi. Munisaşi kuzey Kiyuşu'ya taşınarak Tadayoki'nin öğretmeni oldu. Nagayoka, Sasaki Kojiro isimli bir üstada düello teklif etmiştir. Tokitsu, bu düellonun Tadayoki'nin toprakları üzerindeki hakimiyetini sağlamlaştırmak gibi politik bir amaç taşıdığına ina