Fırkası’nın içindeki ağırlığı, görüşleri ve faaliyetleri ile partinin kurucusu Fethi Bey’in yanındaki en önemli isimdir. Parti kapandıktan sonra aktif siyasetten çekilen Ahmet Ağaoğlu, ölümüne kadar yazılarıyla milliyetçiliği ve liberal düşünceyi savunmaya devam etmiştir.

Türkiye'nin ilk kadın avukatı Süreyya Ağaoğlu'nun, eğitimci ve milletvekili Tezer Taşkıran'ın, elektrik yüksek mühendisi ve iş adamı Abdurrahman Ağaoğlu'nun; siyasetçi, edebiyatçı ve hukukçu Samet Ağaoğlu'nun ve tıp doktoru Gültekin Ağaoğlu'nun babasıdır.

1869 yılında Azerbaycan'ın Karabağ bölgesindeki Şuşa kentinde doğdu. Resmi adı, Ahmet Agayev’dir. Babası Hasan Agayev (Mirze Hesen); annesi Sarıca Ali adlı göçebe bir kavimden Taze Hanım’dır. Aile fertleri Şuşa asilzadelerindendi ve ulema sınıfına mensuplardı.

Babası onun bir İslam bilgini olarak yetişmesini istiyordu ama o babasından habersiz bir Rus okuluna yazıldı. Ermenilerin devam ettiği, çok az Türk öğrencinin kaydolduğu bu okulda modern bir eğitim aldı ve mezuniyetinden sonra 1884’te daha yüksek dereceli bir Rus okuluna kaydoldu. Rus okullarında gördüğü eğitim sayesinde Rus ve dünya kültürünü yakından tanıdı. 1887’deki mezuniyetinin ardından 1888’de Petersburg’daki Mühendislik Enstitüsü’ne kaydoldu. Altı yıl sonra gözlerindeki rahatsızlık nedeniyle tahsiline ara verip yurda dönmek zorunda kalan Ahmet Bey, yarım kalan tahsilini tamamlamak üzere 1889’da Paris’e gitti; hukuk eğitimi aldı.

Ahmet Bey, Paris’te kaldığı 6 yıllık dönemde Hukuk Fakültesi’nin yanı sıra iki farklı yüksekokula devam ederek yaşayan Doğu dillerini öğrendi. “"Şark Halkları Tarihi"” dersini veren Fransız şarkiyatçı James Darmesteter'in yardımıyla 1890’da ilk bilimsel makalesini yayımladı. Bu ilk makalenin ardından çeşitli dergilerde yazıları yayımlanan Ahmet Bey ile tanınmış şarkiyatçı Ernest Renan yakından ilgilendi. 1892’de Londra’da toplanan Uluslararası Şarkiyatçılar Kongresi’nde bir bildiri sundu.

Paris yıllarında Ahmet Rıza Bey, Doktor Nâzım Bey, Bahattin Şakir gibi ileri gelen Jön Türkler’le ve panislamist aktivist Cemaleddin Afgani ile tanıştı. Bu tanışıklıklar onun fikir hayatının oluşmasında etkili oldu.

1894 yılında Hukuk Mektebi ve “"College de France"”’ diplomalarını alarak Fransa’dan ayrıldı; 4 ay İstanbul’da kaldıktan sonra Şuşa’ya döndü. Mezun olduğu Rus okulunda Fransızca öğretmenliği yapan Ahmet Bey, bir süre sonra Tiflis’e göçerek öğretmenliğe devam etti ve Paris’te iken yazılar gönderdiği ""Kafkas"" gazetesinde muhabirlik etti.

1899’da Bakü’ye geldi; Rusça yayınlanmakta olan ""Kaspi"" gazetesinde çalıştı; gazeteyi Azerbaycan Türklerinin hukukunu savunan Rusça bir Türk yayın organı haline getirdi. Bir yandan da Fransızca öğretmenliğine devam etti.

Azerbaycanlı Sitare Hanım ile evlenen Ahmet Bey, bu evlilikten beş çocuk sahibi oldu.

1905’te “"Hayat"” adlı günlük gazeteyi çıkarmaya başladı. Bu gazete, Azeri Türklerinde milliyetçilik düşüncesinin yeşertilmesinde önemli rol oynadı. O dönemde Azerbayan halkı, dil olarak Türkçe’ye, inanç olarak İran’a, siyasi olarak Rusya’ya bağlıydı; insanlar kendilerini ne Türk ne de İranlı olarak görüyorlardı; sadece“"Müslüman"” olarak tanımlıyorlardı. Ahmet Bey’in gayreti, Azerbaycan halkına Türk olduklarını telkin etme yönündeydi. 1906’da Hayat’ın kapanmasının ardından Bakü’de ilk Türkçe gazete olan ""İrşad""’ı, daha sonra ""Terakki"" gazetelerini çıkardı. İttihat ve Terakki'nin yayın organı olan Şurayı Ümmet'e yazılar yazdı.

1905’te patlak veren Türk –Ermeni çatışması üzerine “"Fedai"” adlı bir gizli örgüt kuran Ahmet Bey, Ermenilere ve bazı Rus memurlara karşı silahlı gruplar kurdu. Birkaç kere Petersburg’a giderek Rus İmparatoru ve bakanlarla görüştü. Üzerindeki baskılar yoğunlaşınca, 1909'da ailesiyle birlikte İstanbul'a göç etti.

Türkiye’ye geldikten sonra memlekette kullandığı ""Ağayev"" soyadı yerine ""Ağaoğlu"" adını kullanmaya başladı ve bu isimle tanındı. İstanbul’a geldiğinde, II. Meşrutiyet ilan edilmiş, Paris yıllarından tanıdığı arkadaşları hükümette önemli görevler almışlardı. Maarif Nezaretinde İlköğretim Müfettişliği görevine getirildi ve Süleymaniye İttihat ve Terakki Kulübü’nün başkanı oldu. Bu kulüp, dönemin önemli bir kültür merkezi idi. Ağaoğlu Ahmet, bir yandan da “"Sırat-ı Müstakim"", ""Sebilürreşad"", ""Hikmet"", ""Ateş""" gibi yayınlarda yazılar yayınlamaya devam etti. Bir süre “"Tercüman-ı Hakikat"” gazetesinin başyazarlığını üstlendi.

1912'de Türk Yurdu ve Türk Ocağı cemiyetlerinin kurucuları sırasında yer aldı. Cemiyet yayın organı olan Türk Yurdu dergisinde yayımladığı ""Türk Alemi"", ""Osmanlı İnkılabının Şarktaki Tesiratı"", ""İslam'da Davayı Milliyet"" gibi yazı dizileri ilgi uyandırdı. Babanzâde Ahmet Nâim ve Süleyman Nazif Bey gibi, İslamcı ve Osmanlı yazarlarla giriştiği tartışmada Türkçülükle İslamcılığın çelişmediğini kanıtlamaya çalıştı.

1912’den itibaren Darülfünun’da Rusça ve Türk tarihi dersleri vermeye başladı. "Türk Medeniyet Tarihi" kürsüsü başkanı oldu.

1914 yılında Osmanlı Meclis-i Mebusanı’na Afyon milletvekili seçildi. 1915 yılında İttihat ve Terakki’nin genel merkez üyesi oldu.

Ağaoğlu, Meclis-i Mebusan’da sık sık söz alıp görüşlerini bildiren, konuşmacılardan izahat isteyen bir milletvekili idi. Konuşmalarında parlamenter sistemin gerekliliğini savundu, meselelerin bir müzakere yeri olan mecliste uzun uzun tartışılmasını istedi. Kanunlara namus meselesi ve din meselesinin karıştırılmamasını gerektiğini belirten konuşmalar yaptı. Sık sık hükümeti Kafkasya’daki Türk ve Müslümanların durumu ile ilgilenmeye ve bir şeyler yapmaya davet etti.

31 Mart 1918’de Ermenilerin Bakü’de katliam yapması üzerine Azerbaycan’ı kurtarmak için girişilen askeri harekat sırasında Ağaoğlu Ahmet Bey, Afyon mebusluğu görevi üzerinde kalmak üzere Kafkas İslam Ordusu’nun siyasi müşaviri olarak görevlendirildi. Görevi, kurtarılmış Azerbaycan’daki ilk Türk hükümetini kurmaktı. Yeni kurulan Azerbaycan Cumhuriyeti parlamentosuna üye seçildiğinde iki farklı Türk devletinin parlamentosunda da görevli tek kişi oldu. Paris Barış Konferansı’nda devlet başkanı Ali Merdan Bey ile birlikte Azerbaycan’ı temsil etmek üzere seçildi. Ne var ki 1918’de Mondros Mütarekesi’nin imzalanması üzerine Kafkasya’dan çekilen Osmanlı ordusu ile birlikte İstanbul’a dönmek zorunda kaldı. İstanbul’u işgal etmiş olan İngilizler tarafından Kasım 1918’de tutuklandı, 21 Mayıs 1919’da Limni Adası’na , 21 Eylül 1919’da Malta’ya sürüldü.

Ağaoğlu Ahmet Bey, İngilizler tarafından “"asayişi bozmak"” ve “"Ermeniler’e zorbalık"” iddiasıyla tutuklanmış ve 2764 numaralı sürgün olarak Malta’ya sürülmüştü. Suçlamaların dayanağı, gazetelerdeki yazıları idi. İngilizlerle İstanbul’da başladığı kavgasını Limni’de ve Malta’da da sürdürdü; sonu gelmez dilekçeler vererek özgürlüğü için savaştı.

Malta'da bulunduğu sırada “"Üç Medeniyet"” adlı kitabını yazdı. Dünyanın üç büyük medeniyetinden Buda-Brahma Medniyeti ile İslam Medeniyetinin çökmekte olduğunu, Batı Uygarlığı modelinin benimsenmesi gerektiğini savundu. Bu kitap, 1927’de yayımlanabilmiştir.

1921’de Malta esirlerinin, Türk millî kuvvetlerinin tutukladığı İngiliz subaylar ile değiş tokuş edildiği bir anlaşma çerçevesinde Ankara hükümeti tarafından kurtarıldı. 21 Mayıs 1921’de İstanbul’a gelen Ağaoğlu Ahmet, oradan hemen Ankara’ya geçti.

1921’de serbest bırakılan Ağaoğlu Ahmet, hemen Ankara’ya giderek millî mücadele hareketine katıldı. İlk olarak Kars’ta çıkarılması düşünülen bir gazetenin başına gönderilmişti ancak Kütahya-Eskişehir Muharebeleri’ndeki olumsuz gelişmeler nedeniyle mücadelenin durumu hakkında halk aydınlatmak ve moralleri yükseltmek için “"İrşad Heyetleri"” kurulması gündeme gelince Ağaoğlu daha Kars’a varmadan önce bir irşad heyetine başkan seçildi. Doğu Anadolu’yu ve Karadeniz sahillerini dolaşarak çok başarılı bir şeklide milliyetçilik propagandası yaptı.

29 Ekim 1921’de halen Kars’ta iken Ankara hükümeti tarafından Matbuat Genel Müdürlüğü görevine getirildi; 1923’e kadar bu görevi sürdürdü. Ankara’da Hakimiyet-i Milliye gazetesinin başyazarlığını da üstlendi.
1923 yılında II. dönem Kars milletvekili olarak TBMM’de yer aldı. Aynı yıl Matbuat Umum Müdürlüğü’nden ayrılarak ve bir şirket halinde yeniden kurulan Anadolu Ajansı’nın İdare Meclisi Reisi olan Ağaoğlu, bir yandan yazarlığa devam etti diğer yandan Ankara Hukuk Mektebi’nin kuruluşunda görev aldı ve bu kurumda anayasa dersleri verdi.

Cumhuriyetin ilanından sonra Ağaoğlu’nun bilgi ve birikimlerinden yeni devletin kuruluşunda yararlanıldı. 1924 Anayasası’nın hazırlanmasında önemli rol oynadı. Mustafa Kemal’e devrimler konusunda danışmanlık yaptı ve özellikle laikliğe dair devrimlerin meşrulaştırılması çalışmasında katkıda bulundu. Cumhuriyet Halk Fırkası’nın içinde bireysel özgürlüklerin savunucusu olan Ağaoğlu, fırkanın bazı politikalarına eleştiriler getirdi. III. Dönemde de Kars milletvekili olarak TBMM’de yer aldı.

1930’daki Türkiye’deki çok partili hayata geçiş denemesinde Gazi Mustafa Kemal’in isteği üzerine Serbest Cumhuriyet Fırkası’nın kuruluşuna katıldı. Parti programı ve tüzüğünün oluşmasına katkıda bulundu, partinin ideologu olarak tanımlandı. Fırkanın teşkilat yapısını ve siyasi faaliyetlerinin esasını belirleyen fırka tüzüğünü hazırladı.

Partinin 17 Kasım 1930’da kendisini feshetmesinden sonra tekrar eski partisi CHP’ye dönmedi ve liberal görüşlerini yazılarıyla savunmaya devam etti.

Siyasetten çekildikten sonra İstanbul’a dönen Ağaoğlu Ahmet, Darülfünun’da hukuk tarihi müderrisi oldu.

1932’den sonra her Pazartesi evinde devrin tanınmış düşünürlerinin katıldığı büyük toplantılar düzenledi. Nâzım Hikmet’ten Peyami Sefa’ya kadar pek çok tanınmış kişinin katıldığı bu toplantıları ölümüne kadar sürdürdü.

1932’de Cumhuriyet gazetesinde Kadrocular’la amansız bir fikir tartışmasına girdi. Batıda hürriyet ve serbestinin fertleri güçlendirdiği; güçlü fertlerin batıyı kalkındırdığı görüşünü savundu. Şevket Süreyya ise bu görüşlerin ömrünü tamamladığı, savaş döneminin bir ürünü olduğu görüşündeydi. Tartışma Ağaoğlu’nun 5 Şubat 1933’de yay