Anastasya saraya girdiğinde Mahpeyker adını almıştır. Ancak zamanla diğer cariyelere de yol yordam gösterdiğinden kendisine Kösem ismi verilmiştir. I. Ahmed'in annesi Handan Valide Sultan tarafından seçilen Kösem padişaha sunulmuştur. Sultan Ahmed çocuk yaşta olduğundan yarı naip olarak Handan Sultan oğlu adına bizzat devleti yönetiyordu. Bu konuda Leslie Peirce, Handan Sultan'ın oğlu döneminde çok güçlü biri olduğunu ve tecrübesiz oğlu için zihinsel anlamda pek çok şeyi aşıladığını ve geri planda devleti yönettiğini varsaymaktadır.

Handan Valide Sultan oğluna çocuğu olması için birçok cariye gönderiyordu, fakat oğlu cariyelere karşı ilgisizdi. İyi yürekli bir kadın olan Handan Sultan Şehzade Mustafa'nın da öldürülmesine engel olmuştur. Kendisinin ölümünden sonra da 1612 yılına kadar bu konu kapalı kalmıştır. 1604 yılının Mart aylarında I. Ahmed ve kardeşi Şehzade Mustafa ölümcül bir rahatsızlık yaşamışlardır. Hanedanın yok olma tehlikesi ile karşı karşıya olduğu bu hastalıktan padişah ve şehzade ancak Nisan aylarında kurtulabildiler. Bu nedenle Sultan Ahmed'in bir an evvel çocuk yapması gerektiği daha iyi anlaşıldı.

Kösem hareme girdiğinde kendisinden önce Mahfiruz isminde bir cariye Sultan Ahmed'in gözdesi olmuştu ve hamile kalmıştı. Yaklaşık 4 ay sonra Kösem'in de hamile kaldığı haberi yayılmıştır. 3 Kasım 1604'e gelindiğinde Mahfiruz Hatice Sultan ve I. Ahmed'in ilk şehzadesi olan Şehzade Osman'ı doğurarak Baş Haseki oldu. 1605 yılının Mart ayında ise Kösem Sultan'dan Şehzade Mehmed doğdu. Böylece Kösem de Haseki Sultan oldu.

Sultan Ahmed dindar bir padişah olarak bilinir ve genel olarak bu dindarlığı kendisine annesi aşılamıştır. Bu dönemde Aziz Mahmud Hüdayi ile de tanışmış ve annesi ile ziyaretlerine gitmişlerdir. Validesinin vefatından sonra I. Ahmed ile ziyaretlere genellikle Kösem Sultan gitmiştir.

1605 yılına kadar haremi yöneten Valide Sultan'ın vefatı ile I. Ahmed oldukça müteessir olmuş ve bu ölüm önceki sakin yapısından daha çok şiddetli ve isyan edenlere karşı sert yaptırımlar uygulayan bir hükümdara dönüşmesine sebep olmuştur. Oğlu üzerinde oldukça etkili olan Handan Valide Sultan yaşadığı sürece Kösem'in yükselmesine imkan yoktu. Handan Valide Sultan'ın vefatından sonra annesi tarafından kendisine inanmaması için tamamen ikna edildiği Derviş Paşa'nın padişah üzerinde tesiri olmuş, fakat onun da 1606 yılında idam edilerek öldürülmesi ile kendisini kısa zamanda kendini kabul ettirdiği küçük yaştaki padişah Kösem Sultan'ın etkisine girmiştir. Sultan Ahmed'in ilk eşi ise zamanla gözden düşmüştür.

Hatta padişahın bir hasekisi ile Kösem Sultan'ın arasında 1607 yılında gerçekleşen ağır bir kavga olduğu da söylenir ve Ahmed'ın haberdar olunca her iki hasekisine de kızdığı belirtilir.

Mevcut Osmanlı kaynaklarının hiçbiri Sultan Ahmed'in Kösem'le evlendiğini yazmamaktadır. İstisnai durumlar hariç padişahlar eşleri ile nikâh kıymıyorlardı. Yabancı kaynaklar ise çoğu zaman nikâhtan bahsetmeyerek Kösem'i Ahmed'in eşi olarak alıp konuyu muallakta bırakmaktadır. Örneğin, 1609 yılında Venedik'li Elçi Bon, Ahmed'in üç kadından dört çocuğu olduğunu, ancak hiçbiriyle nikâhlanmadığını bildirmektedir. İngiltere'de Richard Knolles'un 1603'te basılan ve gayet başarılı bir şekilde Osmanlı Devleti tarihini anlatan ""The generall historie of the Turkes"" ("The General History of the Turks") adlı kitabının içeriğini 1621'e kadar genişleten Edward Grimestone ise Kösem'in, Ahmed'in eşi olduğunu yazmaktadır, ama bunun nikâhlı eşi anlamına gelip gelmediği tartışmalıdır.

Son yıllarda genç araştırmacı Özlem Kumrular Venedik Devlet Arşivi'nde yaptığı bir tarama araştırmada Sultan IV. Murad'ın cülûsunu ilan eden ve üzerinde IV. Murad'ın tuğrası bulunan bir name ortaya çıkartmıştır. Bu namede yeni padişahın "valide-i kerimeleri Kösem Sultan"dan bahsederken Kösem'in "ki sabıkan merhum ve mağfurun-leh Sultan Ahmed'in gayetden mu'teber ü makbulesi olmağın onu nikâh-ile tazimen tezevvüc edip"... Ahmed'in "muteber ü makbulesi" olduğu vurgulanmakta ve onu övmeye devam edilmektedir. Bu belge padişah I. Ahmet'in hasekisi Kösem Sultan ile nikâh yapıp evlendiğini açıkça göstermektedir. Özetle, Kösem Sultan da tıpkı seleflerinden olan Hürrem Sultan gibi zevcinin yasal eşi olma şerefine nail olmaya muvaffak olmuştur.

Tarihçilerin aktardıklarına göre, Kösem Sultan ilk başlarda huzurlu bir hayat sürmüş, tasavvufa meraklı olan I. Ahmed ile birlikte dergâhlara gitmiş ve çocuklarıyla ilgilenmiştir. Dini tutumu kuvvetli olan I. Ahmed, çocuk yaşta tahta geçmesine rağmen babası gibi başkalarının etkisi altında kalmadığını kanıtlamak konusunda çok titizdi. Kösem Sultan bu nedenle I. Ahmed döneminde siyasi işlere fazla bulaşmamıştır.

1612 yılına gelindiğinde I. Ahmed'in dört oğlu olmuştur. Bu çocuklarının ismi Mehmed (1605), Selim (1611) ve Murad (1612) olarak belirlenmiştir. Şehzade Selim aynı yıl içinde ölmüştür. Şehzadesi çok olduğundan Sultan Ahmed kardeşini katlettirmek istemiş, ancak devlet büyükleri akli dengesi bozuk olduğundan zararı olmaz fikrini padişaha kabul ettirerek bu ölüme engel olmuşlardır. Tabii ki burada Kösem Sultan'ın tahta Şehzade Osman'ın çıkıp öz oğlunu katlettirmesine engel olmak için I. Ahmed üzerinde bir etki oluşturmaya çalıştığı da söylenebilir.

I. Ahmed'in erkek çocuklarından 6 tanesini Kösem Sultan doğurmuştur. Bunlardan iki tanesi küçük yaşta vefat etmiştir. Bu nedenle saraydaki en nüfuzlu kadın da Kösem Sultan olmuştur. Mahfiruze Sultan'ın 1620 yılında genç yaşta ölümü de bunda etkili olmuştur. Bundan sonra Şehzade Osman'ı Kösem Sultan büyütmüştür.

Kösem Sultan gücünü arttırmak için kızları Ayşe, Gevherhan ve Fatma Sultan'ı, özellikle ilk kızı olan Ayşe Sultan'ı, güçlü olan paşalarla evlendirdi, böylece Divan-ı Humayun'da büyük bir nüfuza sahip oldu. Ayşe Sultan'ın henüz 6 yaşındayken 1611’de Veziriazam Nasuh Paşa ile nikâhı kıyıldı bir yıl sonra da düğünleri yapıldı. Ayşe Sultan, Nasuh Paşa'nın sarayına nakledildi; fakat zifaf, saray âdeti mucibince çocuğun bulûğa ermesine talik olunmuştu. Nasuh Paşa, zeki, muktedir ve devrin kapısı en zengin vezirlerindendi. Fatma Sultan'ı Kaptan-ı Derya Hasan Paşa ile, diğer kızı Gevherhan Sultan'ı ise Öküz Kara Mehmed Paşa ile küçük yaşlarda suri (göstermelik) olarak evlendirmiştir.

Daha Kuyucu Murad Paşa'nın sadareti zamanında, saraya bir mektup göndererek, eğer mührü hümayun kendisine tevdi edilirse padişaha kırk bin altın takdim edeceğini bildirmişti. Padişah, bu mektubu derhal Murad Paşa'ya yolladı. Murad Paşa da nadir bir pişkinlikle Nasuh Paşayı çağırtarak teklif ettiği parayı derhal tahsil eylemişti. Bu hâdiseden dolayı Padişah I. Ahmed, Nasuh Paşa hakkında hiçbir kötü düşünceye kapılmamış olmalı ki, Murad Paşa ölür ölmez onu sadarete getirdi. Arkasından Ayşe Sultan izdivacıyla taltif etti. Fakat, padişahların aşırı iltifatları daima tehlikeli olmuştur.

Nasuh Paşa'nın ikbali de ancak üç yıl sürdü. 18 Ekim 1614 günü, idam hükmünü infaza giden Bostancıbaşı, Sadrazamı Küçük Ayşe Sultan'la bir odada bulmuştu. Küçük Ayşe Sultan'ı kaldırıp pencerenin içine oturttular ve gözü önünde paşayı boğdular. Gerçi, Hazine gibi Ayşe Sultan da Rüstem Paşa'dan sonra Osmanlı tarihinin en zengin vezirlerinden sayılan Nasuh Paşa'nın bir kısım servetine tevarüs etmiş, fakat gözü önünde işlenen bu cinayet, hayatı için fena bir başlangıç olmuştu. Nasuh Paşa'nın idam edilmesinden sonra diğer kızı Gevherhan Sultan'la evli olan Öküz Mehmed Paşa veziriazam makama getirildi.

Osman küçükken Kösem ile araba gezintilerine çıkardı; bu gezintilerde yol kenarında duranlara para atarak kendini göstermeyi severdi. Daha sonra Ahmed, oğluyla hasekisi arasındaki bu ilişkiye müdahale etti; elçi Valier 1616'da padişahın Kösem ile Osman'ın görüşmesini yasakladığını bildirmişti. Belki de gerekçesi Valier'in de yorumladığı gibi, Kösem'in oğullarının geleceği hakkında iyi bilinen planlarının şehzadelerin güvenliğini tehlikeye sokması korkusuydu. Bir diğer olası sebep de artık ergenlik çağına gelen bir şehzadenin namahrem bir kadının yanında olmasının uygunsuz düştüğü yargısıydı. Yine de Ahmed'in ölümünden sonra ilişki yeniden devam etti. 1619'da Osman, padişah olarak Kösem'i eski sarayda üç günlük bir ziyafetle onurlandırdı.

Kösem, Osmanlı hanedan tarihinde ekberiyete geçişin mümkün hale geldiği dönüm noktasında, son derece nüfuzlu bir hasekiydi. Eğer Ahmed veliaht sahibi olduktan sonra, gelenek gereği kardeşi Mustafa'yı idam etmiş olsaydı, yerine en büyük oğlu Osman geçecekti. Hükümdarlığın babadan oğula geçme usulü böyle gerektiriyordu. Muhtemelen yeni padişah da erkek çocuk sahibi olur olmaz Kösem'in oğulları Murad, Kasım ve İbrahim de dahil bütün kardeşlerini idam ettirecekti. 1612'de Venedik elçisi Simon Contarini, Kösem'in Osmanlı hanedanının geleneğine ters bile olsa kardeşine zarar vermemesi gerektiğini savunarak, Ahmed'i Mustafa'nın canını bağışlamaya ikna ettiğini bildirmişti. Contarini'ye göre burada Kösem'i harekete geçiren şey "şimdi kendisinin bir kardeşe gösterdiği bu merhametin ileride ilk doğan şehzadenin kardeşi olan kendi oğlu için de gösterebileceği"ydi.


22 Kasım 1617'de Sultan I. Ahmed vefat etti. Cenazesi Sultanahmed Camii yanındaki türbesine defnedildi. Padişahın genç yaşta vefatı ile tahta kimin çıkacağı da tartışma konusu olmuştur. Taht için namzet isimler Şehzade Mustafa ve Şehzade Osman'dı. Fakat kaideler gereği bir padişah vefat ettiğinde oğullarından birinin tahta geçmesi uygundu. Fakat devlet erkânı tahta daha büyük yaşta olan Şehzade Mustafa'nın geçmesini uygun buldu. Evladının ölmemesini isteyen Kösem Sultan ise bu işe destek vermek için altınlar saçtırdı ve I. Mustafa'nın tahta geçmesi için tüm imkanlarını kullandı. Zaten hanedanın en kıdemli erkek üyesi olması bakımından, I. Mustafa'nın tahta çıkarılması I. Ahmed döneminde kabul edilen taht veraset kaidelerine uymakta idi. Devlette söz sahibi olanlar bu kaideyi uygulayıp Mustafa'yı tahta geçirmeyi kabul ettiler. Halbuki I. Ahmed'in en büyük şehzadesi Osman gayet iyi eğitim almıştı. Buna ek olarak haremde yaşayanları