ayrıldı. 9 Mart 1796’da Josephine ile evlendi.

Devam etmekte olan Fransız Devrim Savaşları’nın İtalya cephesinde görevlendirilen Napolyon, Alpler ordusunun başkomutanlığına getirilerek düğününden iki gün sonra Paris’ten ayrıldı. Fransa Cumhuriyeti'ne karşı Avusturya, Prusya, İngiltere, Sardinya-Piyemonte Krallığı tarafından oluşturulan I. Koalisyon güçlerine karşı savaşacaktı. Yanında sekreteri Andoche Junot ve yaverliğini yapan kardeşi Louis Bonaparte ile birlikte yola çıktı ve ordu karargahının bulunduğu Nice’e 27 Mart’ta ulaştı.

Napolyon, yetersiz donatılmış orduyu kısa sürede savaşabilecek duruma getirdi ve 12 Nisan 1796’da Alpler’i aşarak Kuzey İtalya’ya saldırıya geçti. 28 Nisan’da Sardinya-Piyemonte Krallığı Cherasco Ateşkesi ile savaştan çekildi. 15 Mayıs 1796’da Napolyon’un ordusu Milano’ya girdi. Avusturya ordularını art arda yenilgiye uğrattıktan sonra Ocak 1797'de İtalya'daki Avusturya askeri varlığını püskürterek Viyana üzerine yürüdü. Ön-barış anlaşması 18 Nisan’da Leoben’de yapıldı. Barış görüşmeleri sürerken 12 Mayıs 1797’de Venedik işgal edildi. Avusturya ile barış antlaşması 17 Ekim 1797 tarihinde imzalandı.

İtalya seferi sırasında 18 meydan savaşı kazanan Napolyon'un Fransa'daki ünü arttı. Bölgeden topladığı vergiler sayesinde Direktuar yönetimine mali kaynak yaratması sayesinde politik olarak da sivrildi.

İtalyan Seferi sürerken Fransa’da 21 Mart 1797’de yapılan seçimlerde oyların çoğunu kraliyetçiler alınca üç direktör 4 Eylül 1797’de ordunun desteği ile bir darbe yaptı; seçimler iptal edildi ve kraliyetçiler tutuklandı. Tarihe “"18 Fructidor Darbesi"” olarak tarihe geçen bu darbenin gerekçesi olarak Napolyon’un gönderdiği belgeler gösterilmişti. İtalya seferi sürerken Napolyon casusluk yaptığından şüphelendiği Antraigues Kontu Emmanuel-Louis-Henri of Launay'i Milano’da tutuklamıştı. Kontu bizzat sorgulayarak elde ettiği itirafname, darbenin gerekçesi kabul edildi. Napolyon, darbeye destek için Pierre Augereau komutasında bir ordu göndermiştir.

Napolyon, 1797 yılı sonunda Paris’e döndü. Fransız yönetimi (Direktörler), 1798 yılı başlarında onu İngiltere anakarasının istilasıyla görevlendirdiler. Ancak Napolyon, denizlerde etkili bir üstünlük sağlanmadan böyle bir operasyonun başarı şansı taşımadığını, İngiltere'ye karşı dolaylı bir strateji izlemenin en mantıklısı olduğunu savunmuş ve Mısır'ın işgal edilerek İngiltere'nin Uzak Doğu ticaret yolunun kesilmesini önermiştir. Dışişleri Bakanı Talleyrand ile anlaşıp önerisini Direktuar hükumetine kabul ettirdi ve Fransız donanması 19 Mayıs 1798’de Mısır seferi için yola çıktı.

Akdeniz’de devriye gezen Britanya donanmasını 10-13 Haziran’da yenilgiye uğratıp stratejik öneme sahip Malta'yı işgal eden Fransız donanması, 1 Temmuz’da İskenderiye önüne demir attı; İskendriye’yi işgal ettikten sonra Kahire’ye yöneldi. Mısır resmen Osmanlı toprağı sayılsa da güç, Memluk Beylerinin elindeydi. Memluk Beyi’nin ordusunu Piramitler Muharebesi’nde yendikten sonra 22 Temmuz’da Kahire’ye muzaffer bir komutan olarak girdi. İslam padişahının dostu olduğunu, Memlûk Beyleri’nin nüfuzunu sona erdirmek üzere Kahire’ye girdiğini iddia eden Napolyon yaptığı din propagandası ile halkı yanına çekmeye çalıştı. Merkez ve eyaletlerde kurduğu divanlara ulemaları atayarak ülkeyi divanlar aracılığıyla yönetmeye başladı.

Ne var ki Napolyon’un Mısır’daki başarısı kalıcı olmadı. İngiliz Amiral Horatio Nelson komutasındaki İngiliz donanması, Abukir körfezinde demirlemiş Fransız donanmasını Nil Muharebesi’nde imha edince ordunun ikmal bağlantısı kesildi. Napolyon ve ordusu Mısır’a hapsolmuştu. Bu gelişme Napolyon’un Kahire’de giriştiği düzenlemelerin hızını kesmedi. Sulama projeleri, okul ve hastane inşaası, gazete açma, tiyatro kurma gibi projeleri sürdürdü. Akdeniz’den Kızıldeniz’e bir kanal açılması için planlar hazırlamaya, Mısır’ın ekonomik olarak kalkınması için tedbirler almaya başladı. Dindar Müslümanları memnun etmeye çalıştı hatta kendisinin Müslüman olduğunu ima etti. Mısırlılar artık ona “"Ali Bonapart"” demeye başlamıştı.

Ancak bir süre sonra Fransızların İslam’a saygı duyduklarını söylemelerine rağmen Mısır’ı sömürmek için ellerinden geleni yapmaları, ülkede Fransızlara karşı bir tepki doğurdu. 21 Ekim’de El-Ezher Camisi etrafında kümelenen Müslümanlar ayaklanma başlattı. Ayaklanmayı çok kanlı bir şekilde bastıran Napolyon, durumunun sağlam olmadığını görüyordu. Mısır’a kara yönünden gelecek tehditleri engellemek için Şubat 1799’da orduyu Filistin’e doğru yürüyüşe geçirdi. Hedefi, ""Doğu’nun imparatoru"" olmak, İndus’e kadar ilerlemekti.

Ordusuyla Yafa’ya giren Napolyon şehirdeki on bin kadar asker ve sivili kılıçtan geçirdi; 19 Mart’ta Akka Kalesi önüne geldi. Cezzar Ahmet Paşa komutasındaki sert Osmanlı direnişi karşısında bozguna uğradı. Bu yenilgi karşısında Mısır'a geri dönmek zorunda kaldı.

Avrupa’da Fransa’nın Koalisyon ordularına yenildiğini haberini alınca ülkesine dönme kararı aldı. Eylül 1799’da ordusunu Mısır'da bırakarak iki küçük gemiyle Fransa'ya döndü.

Napolyon, Paris’e varır varmaz Direktuar üyelerinden Emmanuel-Joseph Sieyes tarafından planlanan darbenin hazırlıklarına katıldı. 9 Kasım 1799 tarihinde gerçekleşen hükümet darbesiyle Fransa tarihinde yeni bir dönem başladı. Kısa bir süre içinde anayasada değişiklikler yapıldı ve Yeni anayasa ile cumhuriyet görüntüsü altında bir diktatörlük oluşturulmuştu. Yönetim üç konsülün eline bırakılmıştı; en önemli görev olan 'birinci konsül'lüğe Napolyon getirildi. Diğer iki üye Sieyes ve Roger-Ducos idi. Napolyon, bir ay sonra ikinci konsüllüğe Cambacérès’i, üçüncü konsüllüğe Lebrun’u getirdi. 7 Şubat 1800’de bir ulusal referandum düzenlendi ve halka Napolyon’un ömürboyu konsül olmasını onaylayıp onaylamadıkları soruldu. 18 Şubatta ilan edilen resmi sonuçlara göre 3,011,007 “"Evet'2”, 1562 “"Hayır"” oyu verilmişti. Böylece anayasada değişiklik yapıldı ve Napolyon “"ömürboyu konsül"” oldu.

Bu sırada İtalya'da savaş devam ediyordu. Napolyon Paris’ten ayrılıp İtalya’daki ordunun başına geçti. 14 Haziran’da Avusturya ordusu karşısında Marengo Muharebesi Fransızların galibiyeti ile sonuçlandı. Paris’e geri dönen Napolyon, ekonomi ve yasal alanda reform çabaları içine girdi. Sahip olduğu çok geniş yetkilerden yararlanarak devlet mekanizmasının işleyiş etkinliğini artıracak yönde geniş düzenlemeler yaptı. Fransız Merkez Bankası’nın kurulması, devlet okullarının açılarak eğitimin bir kamu hizmetine dönüştürülmesi, "Code Napoléon"'u (Napolyon Kanunları) olarak da bilinen Fransız Medeni Kanunu’nun hazırlanması çalışmalarına başlanması, subay okulları açılması, onun dönemindeki gelişmelerdendir. Reform ve yasa çalışmaları halk tarafından da desteklendi.

1802’de İtalya Cumhuriyeti’ni kuran Napolyon ilk devlet başkanı seçildi. Aynı yıl 25 Mart’ta imzaladığı Amiens Barış Antlaşması ile Fransız Devrim Savaşları’na son verdi.

Napolyon’un konsüllüğü 1804’te irsi imparatorluğa dönüştü. Teklif, Mayıs ayında oybirliği ile Tribunat meclisinden (Lazare Carnot’un karşı oyu hariç) ve Senato’dan (üç karşı oy hariç) geçti. Karar, 2 Ağustos’ta yapılan halkoylaması ile onaylandı: 3,572,329 ""evet" ve 2579 ""hayır"" oyu verildi. Napolyon, yeni rejimi kurmaya başlamak için halkoylaması sonuçlarını beklemeyi gerekli görmedi. Hemen ağabeyi Joseph ile kardeşi Louis’yi prens ilan etti; Les Invalides’te bir tahta oturup yetenekli subaylara Legion d'honneur nişanı verdi.

29 Kasım’da Josephine ile dini nikah kıyan Napolyon imparatorluk tacını 2 Aralık 1804’te Notre Dame Katedrali'nde giydi. Tacı Papa’nın giydirmesi planlamıştı ama Papa’nın önünde eğilmek, otoritenin Tanrı’dan geldiğinin kabulü olarak yorumlanabilirdi. Eğilmek yerine tacı eline alıp önce kendisi giydi; sonra eşi Josephine giydirdi. Törende olayı resimlemek üzere bulunan ressam Jacques-Louis David; Le Sacre de Napoléon adlı ünlü tablosunda Napolyon’un eşine tacı giydirdiği anı betimlemiştir.

Büyük Şarlman (Charlemagne, Karl der Große) İmparatorluğu'ndan esinlenerek bir Fransa İmparatorluğu kuruldu. Ama Napolyon'a tepki büyüktü, annesi onunla irtibatını kesti, Beethoven bestelerinden onun adını sildi ve daha birçok diplomat, bürokrat, devlet adamı ve asker onunla irtibatını kesti. En çok tepki gösterenler devrimciler, ihtilalciler ve askerlerdi.

Ancak bu barış dönemi uzun sürmedi. Fransa’nın Avrupa’daki ekonomik ve politik gücünün giderek artması İngiltere açısından giderek genişleyen bir tehdit oluşturmaktaydı. Sonunda İngiltere 1803 yılının Mayıs ayında Fransa’ya savaş ilan etti.

1804 yılının Mayıs ayında, kralcıların bir komplosunu bahane eden Napolyon kendisini imparator ilan etti. Kendi eliyle taç giydi ama, Paris'teki Notre Dame Katedrali'ndeki törende Papa VII. Pius'un da bulunmasını sağladı. Mart 1805'te ise İtalya’da kendi kurduğu cumhuriyeti lağvederek kendini İtalya kralı ilan etti.

İzleyen dönemde İngiltere’nin çabalarıyla Avusturya, Rusya ve Napoli ve İsveç’in katıldığı Fransa'ya karşı bir ittifak olan III. Koalisyon oluşturuldu.

1805 yılının Ekim ayında Fransız-İspanyol birleşik donanmasının Trafalgar Deniz Savaşı’nda İngiliz donanması karşısında yenilmesi üzerine Napolyon, İngiltere yerine onun müttefiklerini dize getirme yolunu seçti. Fransız ordusunu Manş kıyılarından Orta Avrupa’ya yürüten Napolyon, Ulm ve Austerlitz zaferleriyle Avusturya’yı ve Napoli’yi savaş dışı bıraktı.

Eylül 1806'da Prusya ordusunu Jena Muharebesi'nde, hemen ardından da Rus ordularını Friedland Savaşı'nda bozguna uğrattı. Temmuz 1807'de Rus çarı I. Aleksandr’la Tilsit Antlaşması imzalandı ve Rusya savaştan çekilmek zorunda kaldı.

İmparatorluğu dönemindeki olumsuz unsurlar İngiliz donanmasının gücü, İspanya ve İtalya'da akrabalarını tahta geçirmesi, halkın bu kişileri istememesi ve Fransa'ya bağlı devletlerdeki milliyetçilik akımları oldu.

1810 yılının Mart ayında Habsburg hanedanından ikinci eşi Marie-Louise ile evlendi, yasal varisi Napolyon II, 1811'de doğdu.
I. Aleksandr’la yapılan antlaşma, Rusya’ya İngiltere’ye karşı askeri harekata kadar varacak yaptırımlar uygulama