la Polonezköy'e dönüşmüştür.

19. yüzyılda Saint-Benoît'nın öğrencileri genellikle yabancı ve levanten hıristiyan ailelerin çocuklarından oluşsa da, zamanla yerli gayrimüslim çocukların sayısı da artış göstermiştir. Bu dönemde okula özellikle Ermeni Katolik ve Bulgar Katolik cemaatinin ilgi gösterdiği görülmektedir.

1841 yılında okula bir de ilkokul kısmı eklenmiş ve aynı yıl Fransa Dışişleri Bakanı François Guizot'nun maddi desteğiyle 1866'ya kadar faaliyet göstermiş olan bir matbaa açılmıştır. Yine 1841 yılında, Fransa kralı Louis-Philippe tarafından Saint-Benoit lisesine, eğitim kalitesinin yüksekliği dolayısıyla "collège royal" (Kraliyet Koleji) unvanı verilmiş, böylelikle Saint-Benoit diplomasının Fransa'daki lise diploması ile denkliği resmen sağlanmıştır.

1844'te okula bir eczane ve 1862 yılında bir dispanser eklenmiştir. Bilimsel derslere verilen önemin ilginç bir sonucu olarak, Saint-Benoît lisesi Türkiye'de meteorolojik ölçümlerin bilimsel yöntemlerle yapıldığı ilk yer olmuştur. Okulda fizik derslerinin yürütülmesinden sorumlu olan rahip Jean Régnier, 1848-1853 yılları arasında yaptığı ölçümleri kaydederek bir ilke imza atmıştır.

Kırım Savaşı (1853-1856) sırasında Saint-Benoît'daki rahibeler, askeri hastanelerde önemli yararlılıklar göstermişler ve onlara duyulan şükranın ifadesi olarak zamanın Bahriye Nazırı okulu ziyaret ederek önemli miktarda maddi bağışta bulunmuştur. Okulun devlet katında prestijinin artmasının sonucu olarak, ilk Müslüman öğrenciler 1855 yılında okula kaydolmuşlardır. Bu tarihte okula kayıt yaptıran 3 müslüman öğrenciden biri Saray Baştabibi'nin oğludur.

Saint-Benoît Lisesi, Bulgar Katolik Kilisesi'nin oluşmasında önemli rol oynamıştır. Bu cemaatin liderlerinden Dragan Tsankov 1859-1861 yılları arasında propaganda amacıyla yayınladığı "Bılgariya" gazetesini, zamanın lise müdürü Eugène Boré'nin izniyle burada bulunan matbaada basmıştır. Zaten bu cemaat, kendi kiliselerinin ibadete açıldığı 6 Ocak 1861 tarihine kadar Saint-Benoît'nın kilisesini kullanmışlardır. Lisenin yakınındaki Eskiparmakkapı Sokak'ta bulunan "Sveta Troitsa" Bulgar Katolik kilisesinin bakımından uzun dönem Saint-Benoît'da görevli rahibeler sorumlu olmuştur.

1869 yılında resmî bir ziyaret için İstanbul'da bulunan Fransa İmparatoriçesi Eugénie okulu ziyaret etmiştir.

1874 yılında Saint-Benoît'da 86'sı yatılı, 43'ü yarı-pansiyoner ve 1'i gündüzlü olmak üzere toplam 130 öğrenci bulunmaktaydı.

"93 Harbi" olarak da bilinen 1877-78 Türk-Rus Savaşı sırasında, okulda görev yapmakta olan rahibeler askerî hastanelerde çalışmak için gönüllü olmuşlardır. Yaralı askerlerin tedavisi amacıyla hastaneye dönüştürülmüş olan Beylerbeyi Sarayı'nda görev yapan 6 Saint-Benoît'lı rahibe, koleraya yakalanarak hayatlarını kaybetmiş; zamanın sadrazamı Ahmet Vefik Paşa, okul müdürü Eugène Boré'ye bir mektup göndererek bu kayıplardan duyduğu derin üzüntüyü dile getirmiş ve minnet duygularını ifade etmiştir. Savaşın Türkiye'nin aleyhine dönmesi üzerine Balkanlardan başlayan göç akını sırasında, okul yatakhaneleri muhacirlere tahsis edilmiş, ayrıca başrahibe Soeur Mahéo önderliğinde halka ücretsiz yemek dağıtılmıştır.

Zamanla yıpranmış ve yer yer yanmış olan okul binaları tamamen yıkılarak 1875-1880 yılları arasında bugünkü haliyle inşa edilmiştir. 14.000 metre karelik bir alana yayılan binalar, Fransa Büyükelçiliği adına tapuya kaydedilmiştir; okul binaları halen de büyükelçiliğin gayrimenkulüdür. Binanın mimarı, Saint-Benoît mezunu olan ve Paris'te mimarlık eğitimi gören Alphonse Cingria'dır. Okulun ana bahçesine bakan saat, Aziz Benediktus yortusuna denk gelen 11 Temmuz 1880 günü saat 12:00'de törenle çalıştırılmış ve inşaat resmen tamamlanmıştır.

1894'teki İstanbul depreminin yarattığı korkunun da etkisiyle, okulun fen bilimleri öğretmeni rahip Jean Guérovitch okula bir sismograf yerleştirmiştir. Aynı dönemde okuldaki bilimsel koleksiyonların sayısı artmış ve bazı sınıflar ile salonlar adeta müzeye benzemiştir. Doldurulmuş kuş, mineral, kelebek ve denizkabuğu gibi nesnelerden oluşan bu koleksiyonlar günümüzde de muhafaza edilmektedir.

23 Aralık 1895 tarihinde okulda bir tiyatro salonu açılmış ve Türkiye'deki tüm Fransız okullarında olduğu gibi, Saint-Benoît'da da tiyatro kolu en çok önem verilen öğrenci aktivitesi olmuştur.

I. Dünya Savaşı yıllarında Fransa ve Osmanlı İmparatorluğu'nun savaş halinde bulunması nedeniyle okul 18 Kasım 1914 tarihinde hükümet kararıyla kapatılmış, Fransız din adamları yurtdışına çıkarılmış ve okul binası dört yüz yataklı bir askerî hastaneye dönüştürülmüştür. Okulun dış cephesi bu dönemde hastane rengi olan sarıya boyanmıştır. Kısa bir süre sonra ise binaya İstanbul Erkek Lisesi yerleşmiştir. Binadaki kilise ise Avusturya Lisesi'nde görev yapan rahiplere devredilmiş ve böylelikle zarar görmeden açık kalması temin edilmiştir. 1919 yılında Fransız rahip ve rahibelerinin dönüşüyle Saint-Benoît Lisesi 594 öğrencisiyle tekrar açılmıştır.

1921 tarihli Ankara Antlaşması ve 1923 tarihli Lozan Antlaşması sırasındaki mektup teatisiyle Türkiye'deki Fransız eğitim, sağlık ve din kurumlarının faaliyetlerine devam etmeleri garanti altına alınmış ve böylelikle Saint-Benoit Lisesi bugünlere ulaşabilmiştir. 1924 tarihli Tevhid-i Tedrisat ve 1935 tarihli Özel Eğitim Kurumları yasalarıyla tüm yabancı okullarda olduğu gibi Saint-Benoit'da da önemli değişiklikler gerçekleşmiştir. Her şeyin başında okul binalarında dinî sembollerin, yabancı devlet adamlarına ait fotoğrafların ve bayrakların bulundurulması; ayrıca okulda görevli din adamları ve rahibelerin okul binasında dini kıyafetle dolaşmaları yasaklanmıştır. Türkçe, Tarih ve Coğrafya derslerinin Türk öğretmenlerce Türkçe olarak okutulması kuralı da bu kanunlarla getirilmiştir. Bunun dışında okulda Müdür Başyardımcısının da mutlaka Türk olması koşulu konmuştur. Bu yeni kuralları benimsemeyen çok sayıda rahip ve rahibe bu dönemde Türkiye'den ayrılmayı tercih etmişlerdir.

Okulun girişinde bulunan ve Fransa Büyükelçisi Salignac Baronu Jean de Gontaut-Biron ile Macaristan ulusal kahramanı II. Rákóczi Ferenc'in mezarlarını da barındıran kilise, 1929 yılında onarılmıştır.

1931 yılında yabancıların ilkokul açmalarının yasaklanmasıyla Saint-Benoit ilkokulu kapanmış ve kurum eğitime ilkokul sonrası iki sene hazırlık (o zamanki adıyla "ihsarî"), üç sene orta ve üç sene lise olmak üzere toplam sekiz yıllık bir okul olarak devam etmiştir. 1930'larla beraber daha önceleri öğretmenlerin büyük çoğunluğunu oluşturan Fransız rahip ve rahibelerin sayısı yavaş yavaş azalmış ancak müdürler hep "Lazarist" teşkilatına mensup rahipler arasından atanmıştır.

Türkiye'de öğrenci kulüplerinin kurulmasına öncülük etmiş okullardan biri olan Saint-Benoît Lisesi, daha 1950'lerden itibaren Gezi Kolu, Spor Kolları gibi aktiviteler geliştirmiştir. 1948 yılında kurulmuş olan Satranç Kolu, her sene düzenlenen İstanbul Liselerarası Satranç Turnuvalarında 1959 yılına kadar aralıksız birinci olmuştur.

Disipline ve öğrencilerinin kılık-kıyafetine verdiği önemle tanınan Saint-Benoît'da uygulanmakta olan kurallar zamanla gevşemiş ve disiplin diğer özel okulların düzeyine inmiş olsa da, 1960'lı yıllara kadar geçerli olan bazı cezalar "(500 satır yazma cezası; okul içinde Türkçe konuşma yasağı ve bu yasağı çiğneyenlere verilen boynunda dev bir paslı anahtar taşıma cezası; dersten sonra "retenu"'ye kalma cezası)" eski mezunların hatıralarında yaşamaktadır.

Saint-Benoît Lisesi, 1950'li yılların başında adlî bir olayla gündeme gelmiştir. 30 Mart 1953 tarihinde Dimitri Elefteriadis isminde bir kişi, Saint-Benoit Kız Lisesi'nden mezun olduktan sonra aynı lisede muallim muavini (öğretmen yardımcısı) olarak görevlendirilen kızkardeşi Anastasya'nın Katolik mezhebine geçmesinden okulda görevli rahibeleri sorumlu tutmuş ve lise binasına gelerek, Kız Bölümü Müdiresi Soeur Anna Hubert'i ve Başrahibe Soeur Marie-Sophie'yi tabancayla yaralamıştır. Olayla ilgili davada, saldırıdan yaralı olarak kurtulan rahibeler söz konusu kişinin mezhep değiştirmesinden sorumlu olmadıklarını belirtmişler; saldırgan ise iddialarında ısrar etmiştir. Olayın yarattığı huzursuzluk sonucu özellikle Rum cemaatinden pek çok veli çocuğunu okuldan almıştır. Dönemin basını konuya geniş yer ayırmış, okulda herhangi bir dinî propagandanın yapılıp yapılmadığının tespiti için Millî Eğitim Bakanlığı müfettişler görevlendirmiştir.

1960 yılında erkek bölümünün Lüleci Hendek Caddesi'ndeki girişi kapatılmış ve Kemeraltı Caddesi üzerindeki kapı kullanılmaya başlanmıştır.

1974 yılında okulun yatılı bölümü kapatılmış ve kurum tamamen gündüzlü hale gelmiştir. Yine bu dönemde, okulun kız bölümünde yer alan şapel kapatılarak, kız bölümünün öğretmenler odası olarak düzenlenmiştir.

1976-1977 eğitim yılında kısa süreli de olsa bir öğrenci gazetesi ("Thème") yayınlanmıştır.

1987 yılında Kız ve Erkek bölümleri birleştirilmiş ve karma eğitime geçilmiştir. Bu dönemde öğrenci sayısı toplam 1600'e ulaşmıştır. Aynı yıl, okulun din adamı olan son müdürü Père Yves Danjou, 1977 yılından beri sürdürmekte olduğu görevinden ayrılmış ve okula din adamı olmayan ilk Fransız müdür olarak Michel Goupil atanmıştır.

1991 yılında ÖYS'de kolaylık sağlamak amacıyla daha önce Fransızca okutulan Psikoloji, Felsefe ve Sosyoloji dersleri Türkçeye çevrilmiş ancak Fizik, Kimya, Biyoloji, Geometri ve Matematik dersleri Fransızca olarak devam etmiştir.

Saint-Benoit tıpkı Fransızca eğitim yapan Türkiye'deki diğer liseler gibi, 1992 yılında kurulmuş olan Galatasaray Üniversitesi'nde özel bir kontenjana sahiptir.

1995 yılında okulun felsefe öğretmenlerinden Nuran Direk'in girişimleriyle ve Millî Eğitim Bakanlığı'ndan alınan izinle kurulan "Felsefe Kulübü", türünün ilk örneği olarak yurt çapındaki diğer ortaöğretim kurumlarına da öncülük etmiştir.

Bir dönem beden salonu olarak kullanılmış olan okulun tarihi tiyatro salonu, 1998 yılında onarılarak eski haline getirilmiştir.

Okuldaki dispanserde hemşirelik yapan Fransız rahibelerin azalması nedeniyle 1998 yılında "Suore di Carita dell'Imm