Yıldırım, Mehmet Helvacı, Abdullah Demir, Yusuf Dural, Ahmet Selami Demir, Hüseyin Suat Öz ve Muhammedül Emin Bastın'ın tahliyesi kararı çıktı. Duruşmadaki ifadesinde Harun İlhan, eylemleri turizmin yoğun olduğu yaz aylarında yapmayı planlasalar da bombaları hazırlayamadıklarından dolayı daha geç gerçekleştirdiklerini, amaçlarının sinagogların yıkılması olduğunu ve istedikleri sonuçları alamadıklarını söyledi. Sanıklardan Hüseyin Suat Öz, Kasım ayında Konya'da "el-Kaide üyesi olmak" iddiasıyla tekrar tutuklandı.

4959 sayılı Topluma Kazandırma Kanunu'nundan yararlanmak için 22 sanığın yaptığı başvuruyla ilgili Emniyet Genel Müdürlüğünün görüşlerini içeren rapor, 22 Şubat 2005'te İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığına ulaştı. Hiçbir sanığın bu kanundan yararlanamayacağı belirtilirken Adnan Ersöz, Seyit Ertul ve Seçkin Mandacı'nın örgütün üst düzey yöneticisi konumunda olması, 7 sanığın verdiği bilgilerin doğru olsa da bu kişilerin de yaptıkları eylemlerin kanunun yürürlüğe girmesinden sonra gerçekleşmesi, 11 sanığın ise verdiği bilgilerin örgütün dağılması ve meydana çıkarılmasına yeterli olmadığı gerekçe olarak gösterildi.

11 Nisan'daki duruşmada Harun İlhan, gözaltında bulunduğu dönemde işkence gördüğünü öne sürerken aranan sanıklardan Saadettin Aktaş ile Burhan Kuş'un Irak'taki Ebu Gureyb Cezaevi'nde tutuklu olduğu bildirildi. 27 Haziran'daki duruşmada esas hakkındaki görüşlerini açıklayan İstanbul Cumhuriyet Savcısı Zekeriya Öz; Harun İlhan, Fevzi Yitiz, Adnan Ersöz ve Yusuf Polat'ın lehlerine olduğu için eski Türk Ceza Kanunu'nun 146. maddesinin 1. fıkrası uyarınca "Türkiye Cumhuriyeti Anayasasını değiştirmeye cebren teşebbüs etmek" suçundan müebbet ağır hapis, örgütün Konya yapılanmasının sorumlusu olduğu ileri sürülen Seyit Ertul ile Usame bin Ladin ile yapılan görüşmede eylemlerin yapılması kararında yer alan Baki Yiğit'in yeni Türk Ceza Kanunu'nun 314. maddesinin 1. fıkrası uyarınca "yasadışı örgütün yöneticiliğini yapmak" suçundan 15 ile 22,5 yıl arasında ağır hapis, 18 sanığın yine lehe olduğu için eski Türk Ceza Kanunu'nun 169. maddesi uyarınca "yasadışı örgüte yardım ve yataklık etmek" suçundan 4,5 ile 7,5 yıl arasında ağır hapis, 15 sanığın yeni Türk Ceza Kanunu'nun 314. maddesinin 2. fıkrası uyarınca "yasadışı örgüte üye olmak" suçundan 7,5 yıldan 15'er yıla kadar ağır hapis, 1 sanığın "6136 sayılı Ateşli Silahlar Kanunu'na muhalefet etmek" suçundan 1 ile 3 yıl arasında cezasına çarptırılmalarını, kalan sanıkların ise beraatını istedi. 24 Ocak 2006'daki duruşmada, savcı değişikliği yapılıp Zekeriya Öz'ün yerine atanan Süleyman Ersöz'ün esas hakkındaki mütalaasını hazırlaması amacıyla erteleme kararı çıktı.

20 Mart 2006'da, Louai Sakka ve Hamed Obysi hakkında açılan davanın, İstanbul'daki bombalı saldırılarla ilgili dava ile birleştirilmesine karar verildi. Aynı gün ana davadaki tutuklu sanıklardan Ümit Bayrak, Güngör Mandacı, Evren Hıdıroğlu, Seçkin Mandacı ve Tarkan Kalaycı; 22 Mayıs'taki duruşmada ise Ramazan Tahta, Süleyman Uğurlu, Zafer Mert ve Metin Ekinci tahliye edildi.

4 Ağustos'ta yapılan duruşmada ilk kez Sakka'nın ifadesi alındı. Antalya'ya gelen İsrail askerî gemilerine yönelik bir saldırı için Türkiye'ye geldiğini belirten Sakka, elektrik kontağı sebebiyle evinde yangın çıktığını, eve gelen polislerin planlarını öğrendiğini, İstanbul'daki saldırılarla ilgisi olmadığını ve sivillerin öldürülmesine karşı olduğunu ifade etti. 14 Kasım'daki duruşmada Sakka ve Obysi ile ilgili esas hakkındaki görüşlerini açıklayan Cumhuriyet Savcısı Süleyman Ersöz, Sakka'nın "cebir ve şiddet kullanarak Türkiye Cumhuriyet Anayasası'nın ön gördüğü düzeni kaldırmaya teşebbüs" suçundan ağırlaştırılmış müebbet hapis, "tehlikeli maddeleri izinsiz bulundurmak", "resmî evrakta sahtecilik" ve "genel güvenliğin taksirle tehlikeye sokulması" suçlarından da 9 ila 26,5 yıl arasında hapis, Obysi'nin ise "suç işlemek amacıyla oluşturulan örgüte üye olmak", "tehlikeli maddeleri izinsiz bulundurmak", "resmî evrakta sahtecilik" ve "genel güvenliğin taksirle tehlikeye sokulması" suçlarından 15 ila 35,5 yıl arasında hapis cezasına çarptırılmasını talep etti. Aynı duruşmada ayrıca Mustafa Atlıhan, Şükrü Hakan Yiğit, Halil Ökçe, Ahmet Demir, Nurettin Gündüz, Servet Özcan, Abdülmenaf Dağaç, Mehmet Yılmaz, Suat Sarman, Hayrettin Basınlı, Cahit Öztürk, Ali Yaman, Murat İdrak ve İsmail Duru'nun tahliyesine karar verildi.

Yapılan eklemelerle birlikte 76 sanığa ulaşan ve 16 Şubat 2007'de sonlanan davanın gerekçeli kararı Nisan 2007'de açıklandı. 7'si müebbet olmak üzere 48 sanık çeşitli hapis cezalarına çaptırıldı, 26 sanık ise beraat etti. Gıyabi tutuklu olan Habib Aktaş ile Gürcan Baç ise dava devam ederken ölmüştü. Sanıklar ve haklarında verilen kararlar şu şekildeydi:


2009 Haziran'ında Yargıtay 9. Ceza Dairesi, davada alınan kararların bazılarını sanıklar yönünden onaylarken bazılarını sanıklar yönünden bozdu. Niyazi Karadaş, Onur Şengül, Metin Bak, Selami Özdoğan, İsmail Adıgüzel ve Muhammedül Emin Bastın'ın beraatlarına ilişkin kararı "eksik soruşturma" sebebiyle; Ziya Çelik, Bülent Uzun, Ufuk Korkmaz, Birol Çoruh ve İrfan Kavak hakkındaki beraat kararları "delillerin değerlendirilmesinde yanılgıya düşüldüğü" sebebiyle, Ali Üzüm hakkında verilen beraat kararı "el-Kaide terör örgütünün Türkiye yapılanmasıyla ilgili bağlantılarının belirlenmesi" istemiyle, Cemile Aktaş hakkındaki mahkumiyet kararı "delillerin takdirinde yanılgıya düşüldüğü ve üzerine atılı suçun oluşumunda manevi unsurun oluşmadığı" sebebiyle; Metin Ekinci hakkında verilen mahkumiyet kararı "silahlı terör örgütüne yardım suçunu oluşturduğu gözetilmeden suç vasfında yanılgıya düşülerek hüküm kurulması" sebebiyle; Servet Özcan hakkındaki mahkumiyet kararını "bomba imalinde kullanılan malzemeleri evinde saklamaktan ibaret eyleminin silahlı terör örgütüne yardım suçunu oluşturduğu dikkate alınmadan suç niteliğinde yanılgıya düşülerek hüküm kurulması" sebebiyle; Hüseyin Suat Öz'e verilen mahkumiyet kararı "Öz'ün eylemlerinin terör örgütüne yardım suçunu oluşturması" sebebiyle; Louai Sakka'nın "patlayıcı madde imal etme, taksirle yangına neden olma ve sahtecilik suçlarından cezalandırılması gerekirken bu suçlardan hüküm kurulmasına yer olmadığına karar verilmesi sebebiyle; Hamed Obysi hakkında ise "sahte kimlik kullanmak" suçundan verilen cezada artırıma gidilmesi sebebiyle yeniden yargılanma kararı verildi.

26 sanıkla tekrar başlanan dava Nisan 2013'te sonuçlandı. Louai Sakka'nın "tehlikeli maddelerin izinsiz olarak bulundurulması", "resmî belgede sahtecilik", "taksirle yangına neden olmak" suçlarından 9 yıl 6 ay hapis ve 18 bin lira adli para; Baki Yiğit'in "silahlı terör örgütü yöneticisi olmak" ve "resmî belgede sahtecilik" suçlarından 20 yıl 6 ay hapis; Seyit Ertul'un "ruhsatsız silah bulundurmak" suçundan 6 ay, Hakan Yiğit'in aynı suçtan 5 ay hapis; Hamed Obsysi'nin "resmî belgede sahtecilik" ve "taksirle yangına neden olmak" suçlarından 2 yıl 11 ay hapis; 11 sanığın "terör örgütüne üye olmak" suçundan 6 yıl 3 ay hapis cezasına çarptırılmalarına; Cemile Aktaş, Feyzullah Birışık ve diğer 1 sanığın beraatına; Metin Ekinci, Servet Özcan, Hüseyin Suat Öz ve Süleyman Uğurlu hakkındaki davanın zaman aşımı sebebiyle düşürülmesine, 3 sanık hakkındaki davanın ise ayrılmasına hükmedildi.

Esas davanın iddianamesinin tamamlanmasından sonra polise teslim olan Engin Vural hakkında yapılan soruşturmalar Nisan 2004'te tamamlandı ve zanlı hakkında "yasa dışı silahlı terör örgütüne üye olmak" suçundan 15 yıldan 22,5 yıla kadar hapis cezası istemiyle tutuksuz yargılanmak üzere dava açıldı. Bu dava daha sonra esas davayla birleştirildi. tutuklu sanıklar Zafer Mert, Güngör Mandacı ile tutuksuz sanık Ömer Öztürk hakkında açılan dava dosyası da 22 Kasım 2004'te esas davayla birleştirildi. Ağustos 2005'te yakalanan ve İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından tutuklanan Louai Sakka ile Hamed Obysi hakkında yürütülen soruşturma sonrasında hazırlanan iddianame Şubat 2006'da tamamlandı. İddianamede Sakka'nın, İstanbul'da düzenlenen saldırıların sorumlusu olduğu ileri sürülerek ağırlaştırılmış müebbet hapis cezasına, Obysi'nin ise "yasadışı örgüte üye olmak", "izinsiz patlayıcı madde imal ve ithal etmek" suçlarından 35 yıla kadar hapis cezasına çarptırılması talep edildi. İstanbul 10. Ağır Ceza Mahkemesi'nde açılan davanın 20 Mart 2006'daki duruşmasında, bu dava ile İstanbul'daki bombalı saldırılarla ilgili davanın birleştirilmesine karar verildi.

Saldırılarla ilişkileri olduğu iddiasıyla Suriye'de yakalanmalarının ardından Türkiye'ye iade edilen Hilmi Tuğluoğlu ile eşi Leyla Tuğluoğlu'na Ankara 1 numaralı Devlet Güvenlik Mahkemesi'nde, Türk Ceza Kanunu'nun "yasa dışı örgüte yardım ve yataklık" suçunu düzenleyen 169. maddesi ve Terörle Mücadele Yasası'nın artırım öngören 5. maddesi uyarınca 7,5'ar yıla kadar hapis cezasıyla dava açıldı. İstanbul'da sürdürülen soruşturmalar dolayısıyla dosya İstanbul Devlet Güvenlik Mahkemesi Cumhuriyet Başsavcılığına gönderilse de yetkisizlik kararı verilerek dosya Ankara'ya döndü. Sanıklar, 25 Mart günü yapılan ilk duruşmada tahliye edildi. Ankara 1 numaralı Devlet Güvenlik Mahkemesi'nde, 25 Mart 2004 günü gerçekleştirilen ve iki isme ek olarak Mustafa Ömer Hız'ın da sanık olarak yer aldığı ilk duruşmada Tuğluoğlu tahliye edildi. 20 Temmuz 2004'teki duruşmada ise dava, tüm sanıkların beratıyla sonuçlandı.

Ekim 2012'de Türkiye'ye iade edilen Burhan Kuş'un yargılanmasına Aralık 2013'te, İstanbul 22. Ağır Ceza Mahkemesi'nde başlandı. Nisan 2015'te İstanbul 5. Ağır Ceza Mahkemesi'nde tamamlanan davada, Kuş'un "Türkiye Cumhuriyeti Anayasası'nın tamamını veya bir kısmını ortadan kaldırmaya teşebbüs etmek" suçundan müebbet hapis cezasına çarptırılması kararı alındı.

Guantanamo Kampı'nda tutuklu bulunan el-Kaide'nin üst düzey yöneticilerinden Halid Şeyh Muhammed; Mart 2007'de başlayan Savaşçı Statüsünün Gözden Geçirilmesi Mahkemesi'ndeki duruşmalarda, Amerika Birleşik Devletleri Savunma Bakanlığı tarafından yayımlanan mahkeme tutanaklarına göre s