lıkla ve İran'la barışı sağlayamadan Temmuz'da döndü. Safevilerin hücumları ile Gürcistan ve Şirvan da tehlikeye girdi. İran'dan istenilen yerleri İran Şahı'nın terk edeceği hakkında Sadrazam Koca Sinan Pașa'nın Sultan'a verdiği sözler de asılsız çıktığı için 6 Aralık 1582'de sadaretten azledilerek Malkara'ya sürüldü. Sadarete yerine Fatma Sultan'ın zevci Siyavuş Paşa getirildi. Selanikî tarihi Sinan Paşa'nın sürgünü hakkında Sultan III. Murat'ın "İstanbul zahiresine siklet vermesin, Malkara otlu ve sulu bir yerdir, anda karar edersin" dediğini bildirmektedir.

Malkara'da dört yıl kaldıktan sonra sonra sunduğu kıymetli hediyeler sayesinde harem ve saray halkının gayretleriyle yeniden padişahın ilgisini kazanan Sinan Paşa, Aralık 1586'da Şam beylerbeyiliğine getirildi. Ardından bu görevden alındı ve İstanbul'a dönerek Üsküdar'da ikamet etmeye başladı.

Züyuf akçe meselesinden çıkan ve "Beylerbeyi vak'ası" diye bilinen sipahi ayaklanması sırasında Siyavuş Paşa azledilince yine taraftarlarının rolüyle 15 Nisan 1588'de ikinci defa sadrazam oldu. Üç yıldan fazla süren bu sadaretinde birçok önemli icraatta bulundu, özellikle Şah Abbas'ın barış isteği kabul edilerek 1578'den beri süregelen savaşlara 1590 yılında son verildi. Bu dönemde önemli bir problem haline gelen sikke tashihi konusunda verimli çalışmalar yapıldı, maden ocakları etkili bir şekilde işle­tildi, yeni darphaneler kuruldu. Yapımına 1590 yılında başlanan ve tüm masrafları Sinan Paşa tarafından karşılandığı için onun adıyla anılan Topkapı Sarayı kıyı surları üstündeki yeni köşk 1591 yılının Mayıs ayı içerisinde tamamlandı. Mimar Davut Ağa'nın yaptığı, bir cephesi boğaza bir cephesi de sarayın Kabak Meydanı'na bakan Sinan Paşa köşkünde, Sultan III. Murat'ın da katılımıyla bir şölen düzenlendi. Köşk önünde yapılan kayıklar koşusuna ve peremeler yarışına ödüller konuldu. Kabak Meydanı'nda da silahşörler hünerlerini gösterdiler.

Kanuni Sultan Süleyman döneminde, Mimar Sinan ile Kriz Nikola'nın tasarısı olan Sakarya nehri vasıtasıyla Karadeniz-İzmit körfezi kanalının açılması projesini Sinan Paşa canlandırmak istedi. Bu bağlantı sağlandığında Bolu ve Kocaeli'nden İstanbul'a daha çok odun ve kereste sevk edileceği, tersanenin gemi kerestesi gereksiniminin de kolay yoldan sağlanacağı kesin olduğundan Sultan III. Murat kendisine önerilen projeyi başlangıçta uygun bularak 6 Mart 1591'de bir ferman çıkardı. Sinan Paşa, bu iş için 30.000 civarında tımarlı sipahi usta ve amele olarak yazılmasını sağladı. Anadolu Beylerbeyi Hasan Paşa da proje için mübaşir atandı. Kazıların başlatılacağı Hendek'e giden Sinan Paşa, üç gün kalıp mimar ve mühendislerle görüştü. Dönüşünde de raporları Sultan III. Murat'a aktardı. Ancak odun ve kereste işi tekelini elinde tutanlar el altından saraya rüşvetler akıtarak söz konusu projeye onay vermiş olan Sultan III. Murat'ın ikinci bir fermanla işi durdurmasını sağladılar. Sinan Paşa'nın karşıtları olan Ferhad Paşa, Darüssaade Ağası Mehmed Ağa, Kaptanıderya Hasan Paşa gibi isimler padişaha "Sinan kulunuzun maksadı kendi nam ve şanını yüceltip haşa padişahımızı unutturmaya niyet gütmektedir" demekteydiler. Sultan III. Murat sözde donanmaya öncelik verilmesini isteyerek çalışmayı durdurttu. Sinan Paşa aleyhine yapılan çalışmalar sonucu sadaretten 2 Ağustos 1591'de azledilerek yerine Ferhad Paşa getirildi. Bununla da yetinilmeyip vakıf müessesesi açısından çok önemli bir uygulamaya gidilerek Şam, Anadolu ve Erzurum eyaletlerinde, Üsküp ve Dukagin sancaklarında kurduğu vakıf­lar kaldırıldı ve padişah haslarına katıldı. Kendisi yine Malkara'ya sürgüne gönderildi.

Yeniçeriler arasındaki huzursuzluk sebebiyle Ferhad Paşa'nın azli Siyavuş Paşa'nın tayini üzerine eski veziriazam Ferhad Paşa'nın teftişiyle ile görevlendirilen Sinan Paşa, sadarette bulunmuş birinin bu şekilde soruşturulmasının kötü bir örnek teşkil edeceği, ayrıca Malkara'dan İstanbul'a gelmesinin yanlış yorumlanabileceği düşüncesiyle bu görevi kabul etmedi. Kısa bir süre sonra da ulufe dağıtıl­ması hususundaki bir problem yüzünden Siyavuş Paşa azledilince yeniçerilerin desteğiyle 28 Ocak 1593'te üçüncü defa sadaret makamına getirildi.

Sinan Paşa'nın bu üçüncü sadaretinde en önemli olay, Avusturya'ya karşı yeni bir sefer açılması ve böylece 1606 yılına kadar sürecek olan uzun bir savaş döneminin başlamasıdır. 29 Haziran 1593'de Bosna ve Macaristan beylerbeyleri ordusu Kulpa'da Avusturyalılar tarafından baskınla bozguna uğratıldı ve Bosna Valisi Telli Hasan Paşa, sancakbeylerinden Sultanzade ve diğer bazı beyler bu bozgunda şehit oldular.. Bu bozgunun üzerine bazı devlet ve ilim adamlarının itirazına rağmen Sinan Paşa parlak sözler ve vaatlerle Sultan III. Murad'ı savaşa razı etti. Avusturya elçisi Yedikule'ye hapise atıldı. Koca Sinan Paşa 12.000 yeniçeri ve diğer askeri birliklerle 19 Temmuz 1593'te Serdar-ı Ekrem olarak yola çıktı. Kasım ayında Macaristan'a erişen ordu Vespirem ve Polata kalelerini ele geçirdi ise de 4 Kasım 1593'te İstolni Belgrad muhaberesinde yenilip Budin'e çekildi. Kışın gelmesi nedeniyle de İstanbul'a dönüldü.

5 Mayıs 1594'de ordu Serdar-ı Ekrem Sadrazam Koca Sinan Paşa komutanlığında "Hünkar Tepesi"'nden "Sirem Sahrası"na geçip yeni bir Avusturya Seferi başladı. Bu ordu Mayıs sonunda Macaristan'a yetişip Avusturya'lılar tarafından kuşatma altında bulunan Estergon ve Hatvan kalelerini kuşatmadan kurtardı. Sonra Kırım Hanı'nın da sefere katılması ile sınırda bulunan kalelerin alınmasına başlandı. Temmuz 1594'de Osmanlı orduları Avusturyalılardan Tata, sonra (Eylül'de) Yanıkkale (Macarca: Győr) ve Komaron kalelerini ele geçirdiler. Bu sırada Papalık desteği ile 6 Kasım'da Eflak Voyvodası olan Mihail başta olmak üzere ile Erdel Prensi ve Bogdan voyvodası arasında bir "Kutsal İttifak" anlaşması yapıldı. Bu bölgelerde yaşayan Müslüman halkı katliamdan geçirilmeye başlandı; bu bölgelerden, Silistre ve Rusçuk'tan parasız, pulsuz yoksul Müslüman olanlar göçe başladılar ve İstanbul bile bu göçmenlerle dolmaya başladı. 1 Ocak 1595'da Eflak Prensi güçleri İbrail kalesine hücum edip şehri yaktılar.

Serdar-ı Ekrem Koca Sinan Paşa hala cephede bulunmakta olduğu bir sırada 15 Ocak 1595'de çok şiddetli bir kış havası altında İstanbul'da Sultan III. Murad öldü. Yerine geçen oğlu Sultan III. Mehmed Manisa'dan gelip 27 Ocak'ta tahta geçti. Sultan III. Murad'ın ölümü ve yerine oğlu Sultan III. Mehmed'in geçmesi Sinan Paşa'nın durumunu sarstı. Rakibi olan Ferhad Paşa cephede bulunan Sinan Paşa'nın azlini sağladı (16 Şubat 1595). Yeni sultan, cepheden İstanbul'a dönen Koca Sinan Paşa'ya İstanbul'a girmemesi ve sürgüne Malkara'ya gitmesi için buyruk gönderdi. Fakat Koca Sinan Paşa maruzatı olduğu beyanıyla Halkalı'ya kadar geldi; uzerine asker gönderilip Koca Sinan Paşa buradan sürgün yeri olan Malkara'ya götürüldü.

Valide Safiye Sultan'ın desteklediği Ferhat Paşa, Eflak üzerine seferde iken kendi aleyhinde İstanbul'da çevrilen oyunları bozmak için cepheyi bırakıp İstanbul yolunu tuttu. Bu sırada vüzera ve ulemadan etkili taraftarların desteğini alan Koca Sinan Paşa, 30 bin akça rüşvet vererek Şeyhülislam Bostanzade'den fetva alıp Ferhat Paşa'nın yerine 7 Temmuz 1595'te veziriazamlığı elde etti. Çiftliğine çekilen Ferhat Paşa az sonra idam olundu.

Ara verilen Avusturya savaşlarına yeniden başlandı. Oğlu Mehmed Paşa'yı Macaristan cephesine serdar olarak gönderen Sinan Paşa, 17 Ağustos 1595'te Eflak Voyvodası II. Mihal (Cesur Mihal) isyanını bastırmak üzere Eflak'a sefere çıktı. Rusçuk'ta tamamlanmış olan köprüden geçen ordu, Mihal'in kuvvetleriyle Bükreş civarında karşılaştı. Yenilen Mihal, Erdel sınırına çekildi. Sinan Paşa, Bükreş'i alıp bir İslam şehri haline getirdi. Kiliseler camiye çevrildi. Ama Eflak Prensinin gerilla savaşları ve Erdel Prensi Sigismund Batori'den destek görmesi ile bu sefer kış yaklaştıkça zorlaştı. Mihal geri gelerek saldırıya başlayınca Sinan Paşa Yeröğü'ne ricat etmek zorunda kaldı. 27 Ekim 1595'de Osmanlı güçleri Tuna Nehri'nin yakınlarında "II. Mihal'in nispeten ufak Eflak gücünün bir baskınına uğrayıp yüksek sayıda Osmanlı askeri zayiatı vererek mağlup oldu. Mihal köprüyü yıktı ve Osmanlı kuvvetlerini top ateşine tutarak şehri yaktı. Bu arada Avusturya cephesinde, Osmanlılar'ın çok önem verdiği Estergon Kalesi de elden çıkmıştı (Eylül 1595). Bu başarısızlıklar sebebiyle 19 Kasım 1595 azledilen Sinan Paşa yeniden Malkara'ya yollandı.

Yerine getirilen Tekeli Lala Mehmed Paşa'nın 10 gün sonra vefatı üzerine 1 Aralık 1595'te beşinci kez sadrazam oldu. Bu son sadareti sırasında cephedeki nazik durum karşısında bizzat Sultan III. Mehmed'in ordunun başında sefere gitmesini teşvik etti. Valide Safiye Sultan'ın engellemesine rağmen özellikle Hoca Sadeddin Efendi'nin ısrarlarıyla padişah sefere çıkmaya karar verdi. Hazırlıkların sürdüğü bir sırada Sinan Paşa hastalandı. Divan toplantılarına gelemedi, birkaç gün sonra da 4 Nisan 1596 vefat etti ve Çarşıkapı'da Divanyolu üzerindeki türbesine defnedildi.

Siyasî gücü yanında muazzam servetiyle de dikkati çeken Sinan Paşa’nın vefatı sonrasında iç ve dış hazineye büyük borcu olduğu görülmüş, servetine, sahip olduğu mühimmat, cephane ve kıymetli eşyasına el konulmuştur. Öldüğünde serveti; 600 bin düka altını, 2 milyon 900 bin nakit akça, 29 yük kıymetli taş, 20 adet çekmece dolusu zeberced, 15 adet inci tesbih, 61 ölçek inci, 20 miskal altın tozu, 2 adet elmas gerdanlık, 30 parça roza siması, 32 adet murassa kalkan (kıymetli taşlarla süslü), 16 adet murassa bilezik, 20 adet altın ibrik, 1 adet murassa satranç takımı, 140 adet murassa miğfer, 120 adet murassa kemer, 600 adet samur kürk, 600 adet vaşak kürk, 30 adet otuz siyah tilki kürkü, 1.070 parça ipekli ve sırmalı kumaş, 2 adet murassa at koşum takımı, 30 adet inci işlemeli eyer, 16 adet murassa eyer, 34 adet altın üzengi, 1.000 kantardan fazla gümüş kaptan oluşmakta idi.

Lala Mustafa Paşa taraftarlarından olan Gelibolulu Mustafa Ali, Sinan Paşa aleyhinde çok fazla atıp tutmuş, aleyhinde yazılan bütün hicviyeleri toplamıştır. Batılı yazarlar ve kendisi i