ezzar Ahmed Paşa komutasındaki ordu 18 Mart 1799 tarihinde Akka önlerinde karşılaştığı Fransız ordusunu başarıyla geriye püskürttü. Bonapart komutasındaki Fransız ordusu 1 Ağustos 1799'da Osmanlı kuvvetleri karşısında bir muharebe kazandı, ancak Fransa ordusunun yetersiz olduğu ortaya çıkmaktaydı. Bu durumu göz önünde bulunduran ve Fransa'daki siyasi bunalıma müdahale etmek isteyen Napolyon Bonapart Fransa'ya geri döndü (22 Ağustos 1799). Mısır'da gücünü pekiştiremeyen Fransa sonunda 27 Haziran 1801 tarihinde imzalanan sözleşmenin hükümleri uyarınca Mısır'dan geri çekildi. 9 Ekim 1801'de imzalanan Paris Antlaşması Fransa'nın Mısır seferini sona erdirdi; bu şekilde Mısır yeniden Osmanlı yönetimine geçti.

Mısır konusundaki anlaşmazlık olumlu bir sonuca bağlandıktan sonra Fransa'yla olan ilişkiler kısa zamanda düzeldi. 25 Haziran 1802'de Paris'te imzalanan bir diğer barış antlaşması da Fransa ve Osmanlı Devleti arasındaki dostluğu pekiştirdi. Napolyon Bonapart 1804 yılında kendini "I. Napolyon" adıyla imparator ilan ettikten sonra İstanbul'a bir elçi gönderdi. Horace Sébastiani adındaki bu elçi III. Selim'in çok yakın güvenini kazandı. Sébastiani III. Selim'i Rusya ve Birleşik Krallık'a karşı savaş açmaya ikna etmeye çalışıyordu. Ruslar da tam tersine Osmanlıların Fransa'ya savaş ilan etmesini istiyorlardı. Ancak Rusya'nın Osmanlı Devleti'nden kendisini Balkanlardaki Hristiyanların koruyucusu olarak kabul etmesini istemesi ve Sırp isyanlarını desteklemesi Rusya'yla olan ilişkileri gerginleştirdi. Sonunda Rusya'nın Eflak ve Boğdan'a girmesiyle Osmanlılar Rusya'ya savaş açtılar. Birleşik Krallık Osmanlı Devleti'nden Sébastiani'yi sınır dışı etmesi, Fransa'ya savaş açması, Eflak ve Boğdan'ın Rusya'ya verilmesi gibi kabul edilemeyecek taleplerde bulundu. Bu talepler kabul edilmeyince de "Admiral Sir John Thomas Duckworth (1748-1817)" komutasındaki Birleşik Krallık donanması 19 Şubat 1807'de Çanakkale Boğazı'ndan Marmara Denizi'ne girerek Osmanlı donanmasını yok etti. Donanmasını İstanbul limanında demirleyen Duckworth, Osmanlı Devleti ile anlaşmaya çalıştı. Bir anlaşmaya varılamadı ama geçen süre boyunca Sébastiani'nin de yardımıyla İstanbul'un savunması güçlendirildi. Siperler kazıldı ve şehri savunmak için toplar yerleştirildi. O günlerde III. Selim'in şehri korumak için Sébastiani ile birlikte bizzat siper kazdığı söylenir. Şehrin savunmasını kıramayacağını anlayan Duckworth donanması geri çekerek İstanbul limanından ayrılmak zorunda kaldı. Böylece İstanbul önemli bir bombardıman tehlikesini atlatmış oldu.

Askeri alanda özellikle subay yetiştirilmesine önem verilmiştir. III. Selim; Yeniçerilerin ve Tımarlı Sipahilerinin ıslahatıyla ilgili 72 maddelik bir ferman yayınlanmıştır. Bu maddelerin ana başlıkları;

1789-1807 arası hüküm süren III. Selim, döneminde birçok yeniliğe imza atmıştır. Öte yandan bu yenilikleri salt III. Selim'in kişiliğine atfetmek ve ondan önceki dönemlerinin sadece bir karanlık çağ olarak tanımlanması da çok yerinde değildir. III. Ahmed döneminde başlayan yenilikler 1730 Patrona Halil isyanı ile sekteye uğrasa da, ondan sonra yönetimde olan I. Mahmud 1730-1754, III. Osman 1754-1757, III. Mustafa 1757-1774 ve I. Abdülhamid 1774-1789 zamanına da azımsanmayacak yenilikler yapılmıştır. Bu 59 yıllık süreci hiçbir şeyin yapılmadığı karanlık bir dönem olarak anmak yerine, III. Selim tarafından köklü değişikliklerin yapıldığı dönemin hazırlandığı, bazen yüksek bazen düşük ama sürekli bir değişimin olduğu dönem olarak tanımlamak daha doğru olacaktır. İşte bu değişim döneminde de muhalefet hiçbir zaman kaybolmamış ve her zaman isyan boyutunda olmasa da birçok kez kendini göstermiştir. III. Selim döneminde ise bu muhalefet üç kez belirgin ve çatışma düzeyinde ortaya çıkmıştır.

Nihai olarak yeniçerilerin yerine geçmek üzere kurulan birliklere Levent çiftliğinde eğitim çalışmaları yapılırken, yeniçerileri gücendirmemek ve kendilerinin bir parçası sanısı vermek amacıyla da onlara Bostani Tüfekçisi ismi verilmişti. Ancak bu birliğe ayda 50 akçe gibi yüksek bir ücret ödenirken Yeniçeri Tüfekçisi'ne bunun yarısı kadar ücret ödenmekteydi, Bostani Tüfekçisi'ne ücretsiz olarak ve daha iyi et ve ekmek de veriliyordu. Bu durum yeniçeriler arasında huzursuzluk yaratırken, Nizam-ı Cedid askerinden dışlanan ulema, esamelerden mahrum kalanlar ve Nizam-ı Cedid'i finanse etmek için ihdas edilen İrad-ı Cedid hazinesine ek katkıda bulumak zorunda kalan ayanlar, mültezimler v.b. de bu değişimden hoşnut değildi. 1805 Nisan'da yapımı tamamlanan Selimiye Kışlasının yanındaki Selimiye Camii'nde yapılacak ilk selâmlık töreninde yeniçerilerin yerini Bostani Tüfekçi askerlerinin alacağı söylentisi, yeniçeriler tarafından uzun zamandır şüphelendikleri ocaklarının kaldırılması yolunda atılmış açık bir adım olarak yorumlanmış, Üsküdar'a geçen bazı yeniçeriler sağa sola ateş açmaya başlamış ve Üsküdar Kışlası’ndaki Bostani Tüfekçi Ocağı askerlerini ortadan kaldıracakları tehdidinde bulunmuşlardı. Bunun üzerine III. Selim yönetimi geri adım atarak Selimiye Camii'ndeki selâmlığın başka bir tarihe ertelendiğini ilân etmiş, yeniçerilere de selamlık törenindeki geleneksel yerlerinin korunacağı teminatını vermişti.,

III. Selim döneminde başlatılan yenilikler aslında sadece İstanbul ile sınırlı kalmamış, tüm imparatorluk topraklarına yayılması planlanmıştı. Fakat merkez yönetiminin otoritesinin zayıflığı, sancaklarda ayanların gücü gibi nedenlerle bu hedefe ulaşılamamıştı. Başlarda sancaklarda bazı kışlalar kurulması ya da en azından yeni Bostani tüfekçiler sancaklara gönderilmesi istenmiş ancak tepkilerden çekinilerek ertelenmişti. Ancak 1806 da tekrar ve özellikle de İstanbul'dan sonra yeniçerilerin en güçlü olduğu ve Balkanlar'daki âyanları doğrudan kontrol altına alabilmek için önemli bir üs olan Edirne den başlayarak bu plan tekrar yürürlüğe koyuldu. Önce eşkıya takibini mazeret göstererek Kadı Abdurrahman Paşa idaresindeki Bostâni Tüfekçisi askerlerini Rumeli'ye gönderilmiş, Dağlı eşkıyası karşısında bazı başarılar kazanan yeni ocağın askerlerinden bir kısmı İstanbul'a geri çağrılmamış, Çorlu'ya ve Lüleburgaz'a yerleştirilmişti . Bu duruma açık bir tepkinin gelmemesi üzerine de 1806 ilkbaharında Tekirdağ'da asker yazmak ve kışla kurmak için harekete geçildi. Tekirdağ'daki yeniçerilerin Edirne’deki yeniçerilerden de aldıkları destekle asker yazılmasına karşı çıkması ve bu konudaki fermanı uygulamaya çalışan nâibi öldürmeleri karşısında şaşıran III. Selim yönetimi ilk başta Selimiye Camii vakasında olduğu gibi geri adım attı, ancak ardından Kadı Abdurrahman Paşa idaresindeki yeni orduyu donanmanın da desteği ile Tekirdağ ve Edirne'deki âsilerin üzerine yolladı.

Yeni orduya Anadolu'da asker yazılması sürecince gereksiz yere şiddet uyguladığı için eleştirilere uğramış olan Kadı Abdurrahman Paşa'nın aynı tavrına Rumeli'de de devam etmesi, Tekirdağ'ı ablukaya alan Donanma-yı Hümâyun gemilerinin şehri bombardıman etmesi, olayları bir iç savaş şekline sokmuş, geçtiği yerlerde ahalinin pasif ve açıktan direnişi ile karşılaşan Abdurrahman Paşa giderek daha da sert yöntemlere başvurup girdiği yerleşim merkezlerinde ahalinin malına zorla el koyması gibi gelişmeler II. Edirne Vakası olarak adlandırılan bu olayı III. Selim için iyice içinden çıkılmaz hale getirmişti. Ahaliden destek göremeyen Abdurrahman Paşa kuvvetlerinin iâşe sorunuyla karşılaşmasının yanı sıra İstanbul'da da yeniçerilerin bir isyana kalkışabilecekleri korkusu III. Selim’i en sonun da geri adım atmaya zorlamış, padişah Abdurrahman Paşa kuvvetlerini geri çekerek yeni düzenin Rumeli'de uygulanması politikasından vazgeçtiği sözünü vermişti.

III. Selim Avusturya ve Rusya'yla Ziştovi ve Yaş Antlaşmaları ile barışı sağladıktan sonra çok uzun zamandır planladığı yenilik hareketlerini 1793 yılında Nizam-ı Cedit ordusunu kurarak başlattı. Yeni ordu Levent çiftliğinde talimlere başladı. 1.600 asker İstanbul'a diğer 12.000 kişi ise diğer vilayetlere gönderildi. Nizam-ı Cedit ordusunda uygulanan talim zamanla imparatorluğun çoğu yerinde uygulanmaya başlandı. Rus gemilerinin İstanbul Boğazı'na hareketlerini durdurmak için İstanbul ve Karadeniz'in muhtemel noktalarına da Nizam-ı Cedit programı uygulanmıştır. Fransa ve Prusya'dan getirilen uzman ve danışmanlar bu yeni ordunun kurulmasında yardımcı oldular. Nizam-ı Cedit ordusu Mısır'ın savunmasında başarılı oldu ancak 1806-1812 Osmanlı-Rus Savaşı'nda Ruslara karşı fazla bir başarı gösteremedi.

Bu arada yeniçeriler arasında Nizam-ı Cedit'e karşı olan rahatsızlık git gide büyümekteydi. 1807 yılında yeniçeriler Nizam-ı Cedit ordusunun kaldırılması talebiyle Kabakçı Mustafa'nın liderliği altında ayaklandılar. III. Selim Nizam-ı Cedit ordusunu dağıtmak ve 29 Mayıs 1807 tarihinde de kendisi tahttan çekilmek zorunda kaldı. III. Selim'in yerine tahta geçen IV. Mustafa'nın döneminde Osmanlı başkentinde büyük bir kargaşa yaşandı. Yeniçeriler şehirde bir terör ortamı yarattılar. Eski Nizam-ı Cedid askerlerini kapı kapı dolaşarak bulup öldürdüler. Padişahın hiçbir otoritesi kalmadı. Eski Nizam-ı Cedid taraftarlarından Rusçuk ayanı Alemdar Mustafa Paşa bu kargaşaya son vermek ve III. Selim'i tekrar tahta geçirmek amacıyla bir ordu oluşturarak İstanbul'a yürüdü. Alemdar Mustafa Paşa saray kapısında ordularıyla bekleyerek IV. Mustafa'yı tahttan inmeye zorlamaktayken IV. Mustafa kendisi yerine tahta çıkarılabilecek iki Osmanlı hanedanı üyesini boğdurtmaya karar verdi. Böylece hanedanın tek üyesi olarak kaldığı için kendisinin tahtta bırakılacağını hesaplamıştı. III. Selim kendisini boğmak için saraydaki odasına gelen cellatlarla büyük bir mücadele verdi ama sonunda can verdi. IV. Mustafa'nın adamları padişahın kardeşi şehzade Mahmut'u da öldürmek istediler ancak Mahmut saklanarak ölümden kurtuldu. Bu sırada sabrı taşan Alemdar Mustafa Paşa askerleriyle saraya girdiğinde III. Selim'in naaşıyla karşılaştı. Bu esnada şehzade Mahmut can güvenliğinin sağlandığını görünce ortaya çıktı ve IV. Mustafa'nın yerine tahta çıkarıldı. Böylece III. Selim yapmak istedi