ile yardıma geldi ve Memluk ordusunu yendi. O dönemlerde Memluk idaresinde bulunan Malatya önlerine kadar gelen Yakup Bey'i Memluk Başkumandanı Özbek Bey pusuya düşürdü ve Osmanlı birliğini imha etti. Karşı koyacak bir ordu olmaması nedeniyle Özbek Bey rahatlıkla Çukurova'ya girdi. Adana ve Tarsus sancak beylerinin öldürülünceye kadar mukavemet göstermelerine rağmen Memluklular Osmanlılar'ı Toroslar'ın gerisine atmayı başardı.

1486 yılı Ocak ayında Anadolu Beylerbeyi Hersekzade Ahmet Paşa, Çukurova'yı tekrar almak için Gülek Boğazı'nı geçerek Memluklular'ın önüne çıktı. Fakat yenilerek esir düştü. Bir yıllık esaret hayatından sonra serbest bırakılan paşa İstanbul'a döndü. Memluk sultanı Kayıtbay savaşın sona ermesi için barış teklifi yapsa da kaybetmeye alışık olmayan Osmanlı devlet adamları barışa razı olmadılar.

1487'de bu sefer bizzat Sadrazam Damat Koca Davut Paşa Çukurova için Memlukluların üzerine yürüdü. Kendisi İçel'e geçerken Rumeli Beylerbeyi Ali Paşa'yı Tarsus'un üzerine gönderdi.

Denge savaşı böyle devam ederken II. Bayezid Memluklarla olan savaş döneminde Venedik'e Osmanlı donanmasının o zamanlar Venedik'e bağlı olan Kıbrıs'ın Magosa limanında demirleme isteğini bildirdi. Memluklarla savaşı göze alamayan Venedik bu isteği nazikçe geri çevirdi.

1488 yazının müthiş sıcağında Osmanlı Ordusu Vezir Ali Paşa kumandasında yine Çukurova'daydı. Adana, Tarsus, Kozan başta olmak üzere Çukurova'yı ele geçirdi. Memluk başkumandanı Özbek Bey yine yetişti ve 16 Ağustos 1488'de Ağaçayırı Muharebesi'nde Osmanlı'yı yendi. Yine Çukurova'yı Osmanlılar'dan temizlemeye çalışan Özbek Bey 7 aylık kuşatma neticesinde Adana'ya girdi. Bu savaşa katılan Paşalar bozgundaki mesuliyetleri nedeni ile azledildiler.

Bu olaylar olurken Osmanlılardan ümidini kesen II. Bayezid'in kayınpederi Dulkadir Beyi Alaüddevle Bozkurt Bey Memluklara yanaştı. Bunun üzerine azledilen Bozkurt Bey'in yerine kardeşi Şah Budak Bey tayin edildi. Elbistan yakınlarında ağabeyi ile yaptığı savaşı kaybeden Şah Budak Bey esir düştü. Kahire'ye gönderilerek idam edildi.

1490'da Kayseri'yi kuşatan ve Karaman'a kadar Osmanlı toprakları içinde ilerleyen Özbek Bey'in üzerine yine Hersekzade Ahmet Paşa gönderildi. Kayseri yakınlarında Osmanlı Ordusu'nu bir kere daha yenen Özbek Bey, Ahmet Paşa'yı yine esir alarak Kahire'ye gönderdi.

Savaşlar daha çok Memluklar'ın lehine geçse de, iki devlet de tam bir sonuç alamamıştı. Memluk komutanı Özbek Bey büyük ün kazanmış ve adı Kahire'deki "Özbekiye" semtine verilmiştir.

Bu son yenilgi üzerine Sultan Bayezid bir sefer-i hümayun başlatmayı düşündü ve bu Sultan Kayıtbay'ı çok endişelendirdi. Zira o zamana kadar topyekûn bir savaşta Osmanlı Devleti'ni sadece Timur yenebilmişti. Bunun üzerine barışa razı oldu. Fakat bizzat barış istemeyi gururuna yediremeyen ve böyle bir barışın imzalanması halinde Osmanlı'nın aşırı isteklerinden korkan Memlük Sultanı başka bir Müslüman ülke olan Tunus hükümdarını araya soktu ve iki ülke savaşın başındaki hale dönülmeyi kabul ettiler. İki ülke de aldıkları toprakları iade ettiler. Böylece 6 sene boyunca birkaç kez ele geçirdiği halde Çukurova'yı elde edemeyen Osmanlı Devleti 1491 yılında Memluklularla barış imzaladı. Bir süre sonra II. Bayezid kardeşi Cem Sultan'ın kızı ile yeni Memluk sultanı Sultan Nasır Muhammed'i evlendirmek suretiyle barışı güçlendirdi. Ancak bu savaş sonucu yıllardır dost, dindaş ve soydaş olarak barış içinde yaşamış bu iki ülke arasında bir çatışma süreci başlamıştı.

Sultan II. Bayezid 10 Mart 1492'de Belgrad'ın fethi amacıyla İstanbul'dan sefere çıktı. Sultan Sofya'ya kadar geldi. Burada karar değiştiren Bayezid bu görevi Süleyman Paşa'ya bırakıp, kendisi Arnavutluk üzerine gitti. Güneybatı yönünde hareket ederek Manastır üzerinden Arnavut topraklarına geldi ve Tepedelen'de durdu. Temmuz sonlarında bu güzergâhta ilerlerken bir Şii fedai tarafından yapılan suikast girişiminden kurtulan Sultan, 1492'nin son günlerinde İstanbul'a döndü. Takriben 9,5 ay süren bu seferde Osmanlı topraklarından çıkılmadığı için herhangi bir vuruşma olmadı.

Belgrad'a ulaşarak kaleyi kuşatan Süleyman Paşa Osmanlı tarihinde II. Murat ve Fatih'ten sonra kaleyi kuşatan üçüncü kişi olmuştur. Kuşatma devam ederken Macarları yıldırmak amacıyla Erdel'e giren Süleyman Paşa burada yenilmiştir. Bu yenilgi ile başarı ihtimali kalmadığını düşünerek kuşatma kaldırıldı ve Kanuni Sultan Süleyman'a kadar bu şehir alınamadı.

Bosna Sancak beyi ve aynı zamanda akıncı komutanı olan şair Yakup Paşa, Sultan Bayezid Amasya'da şehzade iken babası Fatih'in temsilcisi olarak Sultan'ın yanında bulunmuştu. Bayezid tahta geçince Yakup Paşa'yı, önce oğlu Şehzade Alemşah'a atabey, sonra da Bosna beyliğine tayin etti.

Akıncıların 1492'de Avusturya'nın kapısı konumunda olan Slovenya'nın Celje şehrini kuşatmaları, Macarlar kadar Almanlar'ı da endişelendirmişti. 1493'te Yakup Paşa, 8.000 akıncı ile İstirya'ya girdi. Fakat geri dönüşünde önüne çıkan düzenli Macar ordusu tarafından Hırvatistan'da yolu kesildi. Her akıncıya 5 asker düşmesine rağmen, üstün bir gayretle Macarlar bozguna uğratıldı. Sonunda 5.700 ölü, 25.000 esir veren Macarlardan bazı asiller de Osmanlılara esir düştü.

Bu zaferden sonra Yakup Paşa Rumeli Beylerbeyliği'ne getirildi. Aynı zamanda da şair olan Yakup Paşa uzun manzumesinin sonunda şöyle demiştir
Lehistan'ın 1498 yılı başlarında Osmanlı himayesinde bulunan Boğdan Prensliği'ne tecavüzü üzerine Osmanlı-Lehistan savaşı başladı. Öncelikle Rumeli Beylerbeyi Yakup Paşa ve hatta Vezir Mesih Paşa bu savaşa tayin edildi. Lakin Lehistan Kralının Türk-Boğdan birliklerine karşı yürüttüğü savaşta büyük bir yenilgiye uğrayıp, ancak 1.000 atlı ile hayatını kurtarabilmesi ve 20.000 araba dolusu ganimetin Osmanlı'nın eline geçmesi üzerine, buna gerek olmadığı anlaşıldı ve savaşın yönetimi Silistre sancak beyi akıncı kumandanı Malkoçoğlu Balı Bey'e verildi. Balı Bey Lehistan üzerine iki sefer yaptı ve 40.000 akıncının katıldığı bu sefer Osmanlı tarihinin en büyük akıncı seferlerinden biridir.

Ordunun sağ kanadını Balı Bey'in büyük oğlu Ali Bey, sol kanadı ise Mustafa Bey yönetiyordu. Türk atlıları önce Prut Nehri'ni, ardından Dniester nehrini geçti. Mustafa Bey önce Galiçya'ya girdi. Kuzeybatı istikametinde ilerledi. Lviv şehrinin 100 km kuzeybatısındaki Jaroslaw şehrini aldı. Burası Varşova'ya 260, Baltık Denizi'ne ise 500 km uzaklıktadır.

Balı Bey ise kuvvetleri ile Lviv şehrini aldı. Bütün Galiçya'yı geçerek Varşova şehrine girdi. Böylece ilk defa Türk Akıncılar'ı bu kadar kuzeye ulaşmış oluyorlardı. Bu birinci seferden sonra 10.000 seçkin esir ile Akkerman'a döndü.

Yaklaşık 3 ay sonra Osmanlı ordusu tekrar Lehistan'daydı. Bu sefer Podolya ve Galiçya üzerine gidildi fakat şiddetli soğuk yüzünden sefer uzun sürmedi.

Bu büyük başarı ile Balı Bey sancak beyliğinden beylerbeyliğine yükseltildi.

Avrupa'da yeni bir savaşın emareleri görülmeye başlamıştı. Cem Sultan'ın vefatı ile Osmanlı Devleti daha etkin bir politika izlemeye başlamış, akıncıların yaptıkları büyük çaptaki akınlarla bunu ispat etmişti. Böyle bir savaşta Osmanlı'nın birinci rakibi, Almanya ve Macaristan tarafından desteklenen Venedik olacaktı.

1500'de Osmanlı, yeryüzündeki son Sırp topraklarını da ele geçirerek mahalli Sırp derebeyliğine son verdi. Osmanlı Donanması 1496'da Kemal Reis komutasında Rodos donanmasını yok etti. Bu suretle Venedik'le yapılacak savaşta gelecek Rodos yardımının da önüne geçilmiş oldu.

1499 Eylül'ünde İskender Paşa, Udine şehrini işgal etmişti. Osmanlıların kendilerinden bu kadar uzak yerlerde hâkimiyet kurması Avrupa'yı telaşlandırıyordu. Hatta Osmanlılar bölgedeki İtalyanca coğrafya isimlerine Türkçe adlar takmaya başlamış, Tagliemento'ya "Aksu", Isonza'ya "Doline" adını vermişlerdi.

Almanya'da da "Gemeiner Pfennig" adı verilen ve Türklere karşı harp etmek için kullanılacak özel bir vergi çeşidi bile başlamıştı. Ayrıca Papa'nın Almanya'dan topladığı dinî vergileri de Osmanlı'ya karşı kullanılması için Almanya'ya iadesini talep etmişlerdi.

Fatih devrinde alınmaya çalışılmasına rağmen ele geçirilemeyen Güney Mora'daki önemli Venedik deniz üslerinin fethi ve Osmanlı tarihinin ilk açık deniz meydan savaşındaki zafer Osmanlılar için 16. yüzyılın başındaki güzel haberlerdi.

Venedik'e ağır bir darbe vurmak isteğinde olan II. Bayezid denge politikası güdüyordu. Macaristan'la iyi geçinmeye çalışırken, aynı zamanda o zamanlar ayrı şehir devletleri hâlinde olan İtalya'nın zaten Venedikle arası iyi olmayan diğer şehir devletlerinin de Venedik'in yanında yer almaması için çaba sarfediyordu. Bu sıralarda Venedik'in Mora'da yer alan deniz üsleri İnebahtı'nın üzerinde Güney Mora'nın üç yarımadasının en batısında yer alan Modon, Koron ve Navarin limanları idi.

Sultan II. Bayezid, Venedik seferine çıkmak üzere, 31 Mayıs 1499 günü İstanbul'dan ayrıldı. Donanmayı o sıralarda Venedik hâkimiyetinde olan Kıbrıs Adası'nın üzerine göndermek suretiyle, Kıbrıs'ın tehdit altında olduğu izlenimini verdirerek Venediklilerin kuvvetlerini dağıtmayı başarmıştı. Amiral Melchior Trevisano, Mora'daki Venedik üslerinin başkumandanı tayin edildi ve hummalı bir savunma hazırlığına başlandı.

Sultan Vardar Yenicesi'ne geldi. Burada Rumeli Beylerbeyi Koca Mustafa Paşa, Venediklerin elindeki İnebahtı üzerine gönderildi. 1493'den beri Kaptan-ı Derya'lık görevinde bulunan Küçük Davut Paşa Mora sularındaydı.

200 parçalık büyük Venedik Donanması Osmanlı Donanması'nı Mora sularından uzaklaştırmak maksadıyla Modon açıklarına gelmişti. Donanmanın başında Amiral Antonio Grimaldi vardı. Mora'nın güneybatı ucundaki Gallo Burnu'nun açıklarında iki dev Donanma karşı karşıya geldi. Donanmayı Hümayun'u Kemal Reis idare ediyordu.

Sağ cenahın kumandanı Barak Reis amiral gemisini düşman gemilerinin arasına sürdü. Onlarca Venedik gemisi bu gemiyi indirmek için çalışıyorlardı. Düşman gemilerinin en yoğun olduğu bölgeye girip, gemideki barut deposunu ateşe veren Barak Reis, büyük bir patlamaya ve onlarca Venedik gemisinin infilakına neden oldu. Lakin kendisi ile bir