e deneyden hoşlanmamasının bir işareti sayılabilirdi. 1865 yılındaki yolculuğun ardından James isteksizce de olsa tıp alanındaki çalışmalarına devam etti. Ancak sağlık sorunları yine kendini göstermeye başlamıştı. Çiçek hastalığı göz zayıflığına neden olmuştu ve sırt ağrıları çekiyordu. Bu nedenle okuması güçleşmişti, hastanede dolaşmaları ve ayakta yaptığı laboratuvar çalışmaları zorlaşmıştı. O dönemde sırt sorunları için Avrupa’ya maden suyu banyosu almaya gidiliyordu. James de bu neden 1867’de Almanya’ya gitmek üzere yola çıktı. Sağlığı için attığı bu adım ile Almancasını da geliştirmeyi umuyordu. Gözleri iyileşmişti ve o dönemde Almanya’da gelişmekte olan fizyolojik yönelimli ruh bilimi dikkatini çekiyor, bu alanda okumalar yapıyordu. İlk kez Wundt’un adını duymuş ve Heidelberg’de Wundt’u ve Helmholtz’u ziyaret etme girişiminde bulunmuştu. Berlin’de du Bois-Reymond ‘un derslerine katılmıştı ve yeni düzenekçi ruhbilimin açıklayıcı gücünden etkilenmişti. James Berlin Üniversitesindeki fizyoloji derslerine devam edip zamanın “ Psikolojinin yeni bir bilim olmaya başladığı zaman” olduğunu belirtmişti. Cambridge’e döndüğünde James biraz iyileşmişti ancak ruhsal olarak bir çöküntü durumundaydı. Duygusal olarak iyileşmesinde 29 Nisan 1870’de okuduğu, Fransız felsefecisi Charles Renouvier tarafından özgür istenç üzerine yazılan denemenin etkisi büyüktü. James‘ın ruhsal durumu yavaş olsa da sürekli iyileşiyordu. 1869 yılında Harward ‘dan tıp diplomasını aldı. 1872 yılında Harward’ın başkanı Charles Eliot, James‘dan fizyoloji derslerinin yarısı vermesini istedi. James bunalımdan tam olarak kurtulamadığını ve bu dersin getireceği sorumlulukları üstlenemeyeceğini düşünüyordu. Bir yıl izin isteyerek Avrupa gezisine çıktı. Geri döndüğünde görevi kabul etti. Hatta bir sonraki yıl dersin yarısını değil tümünü üstlenmesi istenmişti. James bundan sonraki yaşamı boyunca birincil olarak bir Harward profesörü kimliğinde kalacaktı.

William James 1878 yılında yayımcı Henry Holt ile psikoloji ile ilgili bir kitap yazmak için anlaştı. Alman, İngiliz ve Fransız literatürü ile yakından ilgili olduğu için çalışmanın kolay olacağını düşünerek, Henry Holt’a iki yıl içerisinde bitireceğine söz verdi. Ancak 1880 yılında henüz yazmaya yeni başlamıştı. 1990 yılına kadar psikoloji ile ilgili çeşitli dergilerde yazılar yazdı. Bunları metnin parçaları olarak toparlayarak 1890 yılının Ocak ayında Holt’a 350 sayfalık bir el yazması gönderdi ve bunun kitabın kısa bir bölümü olduğunu, kalanının da yakın zamanda gönderileceğini söyledi. 1890’ların sonlarına doğru Psikoloji’nin İlkeleri iki kalın cilt halinde yayınlandı. 12 yıl süren bu çalışma James’ i fazlası ile bunaltmıştı ve yayıncıya yolladığı son bölümlerde gönderdiği bir mektupta kendini beceriksiz olarak tanımlayıp şunları söylemekteydi: “ Hiç kimse kitabın görünüşünden benden daha çok iğrenemez. Hiçbir konu 1000 sayfada ele alınmaya değmez! On yılım daha olsaydı onu 500 sayfada yeniden yazabilirdim.”.

Psikolojinin İlkeleri psikoloji dünyasında büyük ses getirmiş ve İngilizce’de en çok satan psikoloji metni olmuştur.  Kitabın yayınlanması psikoloji tarihi için büyük bir öneme sahiptir. Binlerce öğrencinin görüşlerini etkilemiş ve birçok çalışmaya ilham kaynağı olmuştur. Ayrıca yapısalcı ABD’de yapısalcı görüşündeki psikologların işlevselcilik ekolüne doğru yönelmesinde neden olmuştur. Kitabın ilk cildi biyolojik temellerle başlamaktadır. Zihinsel işleyişin sinir sistemi faaliyetleri ile oluştuğundan ve benzer tepkilerin oluşumunun ilk oluşumdan sonra daha kolay olduğundan bahsetmektedir. Bu durum alışkanlıkları zihinsel yaşam için önemli bir hale getirmektedir. Birinci cildin kalan kısmı ise psikolojinin konusu ve araştırma metotları ile devam etmektedir. İkinci cilt ise; duyum davranışı, algı, inanç, muhakeme, içgüdü, irade, hipnoz ve psikogenesis konularından oluşmaktadır.  

James insan davranışının içgüdü ve alışkanlıklardan etkilendiğini söylemiştir. Arkadaşları ile birlikte insan içgüdüleri için hazırladıkları listede ‘ bir araya gelmek, bir arada bulunmak, birbiri ile kavga etmek’ gibi içgüdülerden bahsetmiştir. Alışkanlıklar ve duygular gibi fenomenler iç güdüler ile etkileşim halindedir ve deneyimlere bağlı olarak iç güdülerde değişimler olabilmektedir.

James için alışkanlıklar belli bir yere kadar özgürlüğümüzü iç güdülerimizden fazla kısıtlamaktadır. Tekrar fiziğin olduğu gibi fizyolojinin de temel öğelerindendir. Sinir sisteminin işleyişi gereği tekrarlanan faaliyetler zamanla daha kolay hale gelmektedir ve daha az dikkat gerektirmektedir. James’e göre öğrenilmiş edimlerin tüm insanlardaki tekrarlanışları toplumu bir arada tutan şeydir. Ancak kötü şartlar içerisinde bulunan insanların durumlarını değiştirememesinin nedeni de alışkanlıklardır. Alışkanlıklardan ‘dönme dolabı’ diye söz etmiştir. Kişilik 30 yaşına kadar insana yerleşir ve sonrasında onlar yürüyen alışkanlık yığınlarıdır.

Wundt'un bilinç anlayışına karşı çıkan James, aynı akıntıya iki kez girmenin olanaksız olduğunu söyleyen Yunan filozof Herakleitos'a göndermede bulunarak, bilincin durmayan sürekli hareket halinde olan bir şey olduğunu söylemiştir. Bilinç yerinde durmayan, yeni durumlarla karşılaşıp yeni bölgelere geçen bir ırmak gibidir.  Süreklidir ve parçalara ayrılamaz. Zaman ve alanda bir bütün halindedir. Wund’un içebakış yöntemine karşı çıkma nedeni de budur;  bilinçli düşünce sürekli bir akış halinde olduğu için durdurulamaz ve yapısına zarar verilmeden çözümlenemez.

William James’e göre benliğin 3 yönü bulunmaktadır. Benliğin 3 yönü; a) Maddesel Benlik, b)Sosyal Benlik, c)Ruhsal Benlik'tir. Maddesel benlik kişinin kendisine ait olan, sahip olduğu her şeydir. Bedeni,  kıyafetleri, ailesi, arabası, banka hesabı gibi. Buradaki vurgu kişinin başkaları ile ve maddesel şeylerle özdeşleşmiş olmasıdır. Özdeşleştiği şey değişime uğrarsa kişinin benliği de değişim yaşar. Örneğin sahip olduğumuz ailemizi kaybettik, bu durumdan benliğimizde etkilenir ve ailevi benliğimizin de yok olduğunu söyleyebiliriz.Sosyal benlik içinse James, kişilerin kendi sosyal yaşamları içinde bulundukları ortama, konuma, statüye göre birtakım maskeler kullanmakta olduğumuzu söylemektedir. Örneğin; aile benliğimiz, dernek benliğimiz, arkadaş benliğimiz. Kişiler bulundukları ortamlardaki üstlendikleri roller içinde tutarlı davranışlar sergilemektedir ancak  birbirlerini farklı bir otamda tanıyan kişiler başka ortamda birbirlerini izlediklerinde farklı sosyal benlik içerisinde olduğunu görünce şaşırabilirler. Bunun nedeni bizi daha önce farklı bir benlikle tanımış olmalarıdır.James ruhsal benliğimizin ise çok subjektif olduğunu ve bizim kendimizi nasıl değerlendirdiğimizde ve nasıl agıladığımızda belirleyici olduğunu söyler. Yeteneklerimizi, ilgilerimizi, görüşlerimizi, tutumlarımızı kendi içimizde kişisel olarak değerlendirme biçimimiz ruhsal benliğimizin içine girmektedir.Benliğin bu üç yönü ‘Deneyimci Benlik’ adı verilen bir bütünü oluştururlar.

James, benliğin doğası ile ilgili çalışırken benlik saygısı kavramını da gündeme getirmiştir. Bu konuda bir formül geliştirmiştir ve bu formül kişilik değerlendirmeleri konusunda geliştirilen ilk formüllerden biridir. Bu formül:

Başarı / İstekler = Benlik Saygısı

James bu formülle kişinin belik saygısı üzerinde ne isteklerin ne başarının ne de amaçların tek başına etkili olmadığını göstermek istemiştir. Benlik saygısını, insanın kendisiyle barışık olma durumu, isteklerini gerçekleştirebilmesi yani başarılarının isteklerine oranı etkilemektedir. Örneğin; dünyanın en ünlü ressamı olma gibi bir isteğiniz vardı ve siz şu anda küçük bir okulda herhangi resim öğretmeninden biri oldunuz. Bu durum sizin kendine olan saygınızı etkiler ve benlik saygınızı düşürebilir. James’in bu formülüne göre mutlu olan kişi; hayata bakış açısı daha gerçekçi olan, ortalama bir başarıda dahi kendilerine pay çıkarıp kendilerini değerli gören kişiler olacaktır.

William James gençliğinde bir bunalım geçirmiştir. Günümüzde ‘varoluş krizi’ denilmektedir. Bu dönemde bilimsel yönünü, bilimsel bakış açısını, kendi üzerinde bir yük olarak görmeye başlamıştır. Yaptığı çalışmalar onu insan doğasına ilişkin bir takım sonuçlara inandırmıştır. İnsanın bir neden sonuç ilkeleri içerisinde var olan karmaşık bir makine olduğuna inanmıştır.Bu düşünceler onu intihar etme düşüncesine, nevrotik semptomlar geliştirmeye itmiştir.

James, filozof Charles Renouvier’in özgür irade üzerine yazdığı birkaç makaleyi okumuştur ve bu okumalardan sonra özgür iradenin varlığına inanmaya başlamıştır. Böylece özgür iradeye güvenerek ve kendi iradesini kullanarak kendi kendini iyileştirebileceğini düşünmeye başlamıştır. Bir nebzede olsa bu sayede kendini iyileştirmeyi başarmıştır.

James’in bu öyküsü onun yaşadığı objektif ve subjektif bakış açıları arasındaki çatışmayı yansıtmaktadır. Bilim objektiftir ve dıştan gözlem gerektirir ,insanın kendi yaşamı ise subjektiftir ve içten bakışı gerektirmektedir.James özgür irade yaklaşımını benimsemiştir ancak bu yaklaşım bilimsel bir yaklaşım değildir ve James psikolojinin bir bilim olarak iradenin özgürlüğüne dair sorulara cevap üretemeyeceğini de belirtmiştir. Bu  metafizik bir sorudur ve metafiziki sorular bilimsel araştırmalarla yanıtlanamamaz. James’e göre, eğer bilimsel psikoloji, davranışın, kalıtımsal özelliklere, iç güdülere veya alışkanlıklara bağlanabileceğini savunuyorsa; bu durum metafizik sorulara ilişmediği sürece geçerlidir.

Ormanda bir ayı gördüğümüzde sağduyumuza göre korktuğumuz için koşarak kaçarız. James ise sağduyunun böyle bir yorumlamasını doğru bulmamıştır. Ona göre korktuğumuz için değil, kaçtığımız için korkarız. Yani, bu süreç tersinedir. Aynı kuram, James’ten bağımsız olarak, Carl Lange isimli Danimarkalı bir fizyolog tarafından da ortaya atıldığı için ‘’James Lange kuramı’’ adını almıştır. Her ikisinin de öne sürdükleri şey, davranışın, duyguları belirlediğidir. Yani kişi, davranışı yönünde duygular içinde bulunur. Bu görüşü vurgulayan, pek çok örnek verebiliriz. Sabahları kalkınca