den Süleyman Şah; İznik'e dönerek gerekli hazırlıkları yapmış ve önlemleri almıştır. Bu maksatla Süleyman Şah, İznik'e yerine vekil olarak Ebu'l Kasım'ı bırakmış ve Kapadokya'ya, sahil bölgelerine ve tüm Anadolu'ya valiler tayin etmiştir. Bu valileri şark seferi bitene kadar bölgelerini korumakla görevlendiren Süleyman Şah; Antakya üzerine hareket etmiştir. Süleyman Şah Antakya üzerine hareket ederken dayısı Gümüş-tekin Ahmed Gazi'de (Danişmend Gazi) Filaret'e tabii olan Gabriel'in elindeki Malatya'yı muhasara için hareket etmiştir. Bu müşterek taarruz yanında, aynı 1085 yılında, Kara-tekin'de Bizans'ın elindeki Sinop şehrini fethetmiştir .

Süleyman Şah'ın hareketine muvazi olarak Emir Buldacı da; yukarı Ceyhan bölgesini, Elbistan, Göksün ve Ra-ban şehirlerini fethedince bu havalide yalnız Maraş Filaret'in elinde kalmıştır. Bu durumda memleketlerin hızla elinden çıktığını ve Hristiyanların kendisine ihanet ettiğini gören Filaret; Melikşah'la görüşmek için İran'a gitmiştir. Bu durumdan faydalanan Antakya halkı ve başta şehrin valisi gizlice Süleyman Şah'a haber göndererek kendisini davet etmişlerdir. Bundan sonra Süleyman Şah, ordusuyla beraber cebri bir yürüyüşle Antakya'ya doğru hareket etmiştir. Bu seferin duyulmaması için de geceleri ilerleyen Süleyman Şah, gündüzleri ya dinlemiş ya da sapa yolları takip etmiştir. Daha sonra Süleyman Şah, askerlerini Kilikya'da gemilere bindirmiş ve Asi Nehri üzerinden Antakya önüne çıkmıştır . Böylece çok az bir zamanda, Bizans müellifi Anna Komnine'ye göre 12 günde Antakya önlerine gelen Süleyman Şah ve askerleri, Faris kapısından şehre girmişlerdir. Böylece 1084 yılında şehir Süleyman Şah tarafından fethedilmiştir. Fakat iç kaleye kapanan kale muhafızları bir süre direnseler de su ve erzağın kesildiğini, kendilerine aman verildiğini görünce iç kaleyi de teslim etmişler ve böylece 1085 yılında Antakya, tamamen fethedilmiştir. Bu suretle Antakya; 969 yılından beri süren Bizans ve daha sonra Ermeni Filaret'in işgalinden sonra, 1085 yılında kurtulmuştur. Yine aynı yıl Ermeni Filaret; Maraş'ta ölerek tarih sahnesinden çekilmiştir.

Antakya geçmişte; Afşin Bey tarafından ve ayrıca Anadolu'ya geçmeden önce Süleyman Şah tarafından kuşatılmış fakat Bizans'ın şiddetli müdafaasından dolayı şehir düşmemiştir. Daha sonra Süleyman Şah şehri fethetmiş ve bu fetihle beraber; o dönem huzursuzluklar içinde bulunan Halep'in Harim ve Duluk kazaları da kendiliğinden Süleyman Şah'ın eline geçmiştir .

Süleyman Şah'ın Marmara sahillerinden Antakya'ya kadar uzanan çok güçlü bir devlet kurması ve hakimiyetini genişletmesi onun, Büyük Selçuklular'la yahut tabiileriyle çatışmaya girmesini mukadder kılmıştır. Süleyman Şah'ın bu fethi Arap Şerefüddevle Müslim'i telaşlandırmış ve Süleyman Şah, yaptığı Antakya fethine müteakip Melikşah'a elçi göndermiş ve Melikşah, bu durumdan memnun olmuştur. Fakat bu durum da iki amcazade arasındaki ilişkilerin düzeldiğine hükmetmek kolay değildir. Çünkü böyle bir teşebbüs gerçekleşmişse bile bu dini duyguların ve siyasi şartların bir icabıdır. Nitekim Süleyman Şah Antakya'yı fethederken Melikşah'da Doğu Anadolu ve Suriye meselelerinin halli için harekete geçmişti. Çünkü Diyarbakır Mervani emiri Bizans'ın eski bir vassalıydı ve son olarak da Fatımiler'le münasebetleri olan Şerefüddevle Müslim'de Mervaniler'le anlaşarak birçok lütuflarına nail olduğu Melikşah'a nankörlük etmişti . Bu yüzden Melikşah Diyarbakır üzerine bir ordu sevk ediyor ve öte yandan bizzat kendisi Şerefüddevle Müslüm üzerine Musul seferini düzenliyordu. Fakat bu dönemde Melikşah; Horasan'daki kardeşi Tekiş'in isyanıyla karşılaşmış ve geri dönmek zorunda kalmıştır. Melikşah o tarafa dönerken Şerefüddevle'nin itaat teklifini kabulden başka Musul'la beraber Halep'in idaresini de Müslim'e bırakmıştır. Bu durumda Melikşah'ın, Süleyman Şah'a böyle bir yanıt vermesi tabiidir .

Şerefüddevle Müslim; Ermeni Filaret'le iyi münasebetler kurmuş ve Antakya için yıllık bir cizye vergisi almıştır. Fakat Süleyman Şah'ın Antakya'yı fethi üzerine Müslim, bu meblağı Süleyman Şah'dan istemiş ve onu Melikşah'a itaatsizlikle itham ve tehdit etmiştir. Buna cevap olarak Süleyman Şah; kendi cihadıyla bu beldeyi kafirlerden alıp bir İslam beldesi haline getirdiğini ve cizye vermeyeceğini Müslim'e bildirmiştir. Ayrıca bazı Halep kasabalarının Süleyman Şah'ın kontrolüne geçmesi ve Halep ileri gelenlerinin Süleyman Şah'a gelerek kendisini, Halep şehrine davet etmesi Süleyman Şah ile Şerefüddevle Müslim arasındaki gerginliği yükseltmiştir. Nitekim Müslim'in askerleri Antakya civarına akınlar yapmaya başlamış ve Süleyman Şah'da, bir kıta askeri Halep civarına göndermiştir. Böylece iki taraf savaş hazırlıklarına başlamıştır. Süleyman Şah; son kez bir barış teklifi yapsa da ret cevabı almış ve bunun üzerine iki taraf 23 Haziran 1085'te, Halep ile Antakya arasında, Amik Ovası'na akan Afrin Çayı üzerinde karşılaşmıştır. İlk harekette Çubuk Bey, Türkmenleri ile beraber Süleyman Şah tarafına geçmiş ve Arap askerleri bozguna uğramıştır. Şerefüddevle Müslim ise Türkler'in takibi esnasında bir mızrak darbesiyle öldürülmüş ve Sğleyman Şah; Temmuz 1085'te Halep'i kuşatmış ve Müslim'in cesedini, Halep kapısında defnetmiştir .

Süleyman Şah'ın Antakya'yı fethettikten sonra Halep şehrini de kuşatma altına alması, İznik Selçukluları ile İran Selçukluları arasındaki çekişmeyi körüklemekteydi. Halep kuşatması esnasında o dönem şehre hakim olan Şerif Ebu Hasan; bir yandan Süleyman Şah'ı oyalarken bir yandan hem Melikşah'a hem de onun kardeşi olan ve Suriye Selçuklu meliki olan Tutuş'tan yardım isteyerek ya bizzat gelmelerini veya Süleyman Şah'ı bölgeden uzaklaştıracak bir ordu göndermelerini istemiştir. Bu sıralar da Süleyman Şah, Halep'teki taraftarlarıyla aleyhdarlarını baş başa bırakarak Müslim'in askerlerini takibe girişmiş ve onları çöle kaçırmıştır. Daha sonra Ma'arra, Kefertab ve Şayzar kazalarını teslim almış ve Kınnesrin'i kuşatarak fethetmiştir. Burada Şerefüddevle Müslim'in dul kalan zevcesi Menia hatunla izdivaç eden Süleyman Şah; oradan tekrar Halep üzerine yürürken Tutuş'da Şam'dan ayrılarak kendisine doğru gelmeye başlamıştır. Süleyman Şah, Halep'i ikinci defa muhasara ederken şehir halkı "Tutuş ile muharebeniz neticelendikten sonra şehri size teslim edeceğiz" şeklinde bir mesaj vermiştir .

Süleyman Şah üzerine hareket etmekte olan Tutuş'un beraberinde Malazgirt Savaşı'na müteakip Anadolu'da birçok beldeyi fetheden ve çok büyük bir Türkmen kuvvetine sahip Artuk Bey'de bulunmaktaydı. Diyarbakır kuşatması esnasında Fahr ud-devle Cehir ile birlikte bulunan ve onunla bozuşup Melikşah'a gücendikten sonra Suriye'ye giden Artuk Bey, burada Tutuş'la anlaşmış ve Kudüs kendisine ikta olarak verilmiştir. Katıldığı her savaşta muzaffer bir rol oynayan ve yüksek bir şöhretle itibara sahip olan Artuk Bey, Tutuş'la beraber Süleyman Şah'ın üzerine yürümüş ve çok önemli görevler üstlenmiştir .

Süleyman Şah; bu hareketi haber alınca Tutuş'a doğru ilerlemiş ve iki ordu 5 Haziran 1086'da, Halep'in üç mil yakınındaki "Ayn Seylem Mevkii"'inde karşılaşmış
ve Selçuklu hanedanına mensup iki amcazade arasında şiddetli bir savaş yaşanmıştır. Şerefüddevle Müslim'e karşı olan savaşta Süleyman Şah'ın tarafına geçen Çubuk Bey ve Türkmenler'i; şimdi safları değiştirerek Tutuş tarafına geçmiş ve Büyük Selçuklular'ı tercih etmişlerdir. Böylece Süleyman Şah bozguna uğramıştır. Süleyman Şah, ordudaki sarsıntıyı gidermek istese de hezimeti önleyememiştir. Ayrıca Süleyman Şah, bu savaşta hayatını kaybetmiştir. Süleyman Şah'ın ölümüyle ilgili iki rivayet vardır. Bunlardan birincisine göre hezimete uğrayan Süleyman Şah, atıyla savaş meydanından uzaklaşmış ve atından inerek kalkanını yere koymuş ve oturmuştur. Daha sonra Tutuş'un askerlerinin kendisini götürmek istemesi üzerine kılıcını çekerek intihar etmiştir. Diğer rivayete göreyse Süleyman Şah, savaş meydanında şehit olmuştur. Daha sonra Tutuş; Süleyman Şah'ın naaşını bir kefene sarmış ve geçmişte Süleyman Şah'ın Şerefüddevle Müslim'i defnettiği Halep kapısına bu sefer kendisini defnetmiştir. Süleyman Şah'ın savaş meydanından uzaklaşarak intihar ettiğine delalet eden Anna Komnini'nin rivayetine mukabil Halep tarihçisi, Süleyman Şah'ın cesedinin ölüler arasında bulunduğunu ve Tutuş'un "Selçuk oğullarunun ayakları birbirine benzer" diyerek Süleyman Şah'ın naaşını tanıdığı göz önüne getirilirse onun savaş esnasında şehit olduğu rivayeti doğruluğa daha yakındır.

Nitekim bu savaşla beraber Süleyman Şah hayatını kaybetmiş ve başta veziri Hasan bin Tahir olmak üzere askerlerinin mühim bir kısmı esir olmuştur . Anadolu Selçukluları'nın savaşı kaybetmesinde Suriye Türkmenleri'nin Tutuş tarafına geçmesi ve Artuk Bey ana nedenlerdir. Bunlardan başka Süleyman Şah'ın yüksek vasıflarına, askerleri ve tebaası tarafından çok sevilmesine mukabil Tutuş'un kendi maiyetine sert muamelesi dolayısıyla Türkmenler'in karşı tarafa geçmesi ancak Melikşah'ı hesaba katmalarıyla açıklanabilir . Esasen harp başladığı sırada Melikşah'da Urfa'ya varmış bulunmaktaydı . Süleyman Şah'ın ölümünden sonra Tutuş'un, onun veziri Hasan bin Tahir'i, karısını ve çocuklarını Antakya'ya yani Türkiye Selçukluları'na ait bir memlekete götürmesine rağmen Melikşah gelince onları İsfahan'a götürmüş ve ölünceye kadar onları serbest bırakmamıştır. Böylece Melikşah; 1092 yılına kadar Anadolu'da Kutalmışoğulları'nın hakimiyetine fırsat vermemiştir. Yine Melikşah; Süleyman Şah'ın vezirini Antakya'nın mali işlerine ve Yağı-sıyan bin Alp'i de bir miktar askerle şehrin valiliğine tayin etmiştir .

Bu savaşla beraber Antakya, Anadolu Selçuklu Devleti'nin toprağı olmaktan çıkmış ve Büyük Selçuklu Devleti'nin bir toprağı olmuştur. Ayrıca Süleyman Şah'ın ölümüyle beraber Anadolu Selçukluları büyük karışıklıklara sürüklenmiş ve Süleyman Şah'ın bu sefere çıkarken yerine vekil olarak tayin ettiği İznik'teki Ebu'l Kasım Anadolu Selçukluları'nı idare etmeye başlamıştır. Ayrıca Melikşah Anadolu Selçukluları'nı itaat altına almak Porsuk Bey'i tekrar Anadolu'ya göndermiştir .

Sül