ry" dergisinin editörlüğü yapmakta olan Whit Burnett'ın Columbia Üniversitesi'nde yazarlık dersleri verdiği akşam kursuna devam etti. Burnett'a göre Salinger, kursun ikinci döneminin son birkaç haftasına kadar kendini göstermedi ama o sıralar "birden canlandı" ve üç öykü birden tamamladı. Burnett Salinger'a öykülerinin maharetli ve başarılı olduğunu söyleyerek amaçsız gençler hakkındaki "Gençler" öyküsünü "Story"'de yayımlamayı kabul etti. Salinger'ın ilk eseri olan bu öykü derginin Mart-Nisan 1940 sayısında yayımlandı. Burnett Salinger'ın mentoru oldu ve ikili yıllarca yazıştılar.

1941'de Salinger, oyun yazarı Eugene O'Neill'in kızı Oona O'Neill ile çıkmaya başladı. Genç kız çok kendiyle ilgiliydi ve Salinger'a göre "Küçük Oona çaresizce küçük Oona'ya aşık" idi, ancak yazar kızı sık sık aradı ve ona uzun mektuplar yazdı. İlişkileri Oona'nın Charlie Chaplin ile görüşmeye başlamasına kadar sürdü ve genç kadın daha sonra ünlü aktörle evlendi. 1941'in sonlarında Salinger kısa bir süre, Karayiplere giden bir yolcu gemisinde aktivite yönetmeni ve oyuncu olarak çalıştı.

Aynı sene Salinger "The New Yorker"'a kısa öyküler göndermeye başladı. O yıl içinde yazarın içlerinde "Lunch for Three", "Monologue for a Watery Highball" ve "I Went to School with Adolf Hitler"'in de bulunduğu yedi öyküsü dergi tarafından reddedildi. Ancak dergi Aralık 1941'de, hükümetten şikayet eden ve "savaş öncesi asabiyete" sahip Holden Caulfield isimli gencin Manhattan'da geçen öyküsü olan "Slight Rebellion off Madison"'ı kabul etti. Aynı ay içinde Japonya'nın Pearl Harbor Saldırısı'nı gerçekleştirmesinin ardından öykü "yayımlanamaz" olarak değerlendirildi ve 1946'ya kadar dergide yer almadı.

Salinger 1942 ilkbaharında, ABD 2. Dünya Savaşı'na girdikten aylar sonra askere alındı ve 4. Piyade Bölüğü 12. Piyade Alayı ile muharebelere katıldı. Normandiya Çıkarması sırasında Utah Plajı'nda çarpıştı, ayrıca Bulge Muharebesi'ne ve Hürtgen Ormanı Muharebesi'ne katıldı. Normandiya'dan Almanya'ya doğru ilerlerken, kendisini etkilemiş bir yazar olan ve savaş muhabiri olarak Paris'te bulunan Ernest Hemingway ile bir buluşma ayarladı. Salinger bu görüşme sırasında Hemingway'in arkadaşça ve alçakgönüllü davranışlarından etkilendi ve onu genelde bilenen huysuz karakterine göre daha "yumuşak" buldu. Heminway ise Salinger'ın yazdıklarından etkilendi ve onu büyük bir yetenek olarak tanımladı. İki yazar mektuplaşmaya başladılar. Temmuz 1946'da Salinger Heminway'e, sohbetlerinin savaşla ilgili birkaç iyi hatırasından biri olduğunu yazdı. Aynı mektupta, "Slight Rebellion off Madison" öyküsünün protagonisti Holden Caulfield ile ilgili bir tiyatro oyunu yazmakta olduğunu ve oyunda bu rolü kendisinin oynamayı düşündüğünü de belirtti.

Daha sonra karşı istihbarat biriminde görevlendirilen Salinger, burada Fransızca ve Almancadaki yetkinliğini savaş tutsaklarını sorgulamakta kullandı. Ayrıca, ele geçirilip tutsakların kurtarıldığı bir toplama kampına giren ilk askerler arasında yer aldı. Salinger'ın savaşta yaşadıkları, duygusal açıdan yazarı etkiledi. Almanya'nın çekilmesinin ardından birkaç hafta hastanede kalarak savaş stres reaksiyonu tedavisi gördü. Sonrasında kızına bu döneme ilişkin olarak şunları söyledi: 
Yazarın hayatını yazan her iki biyografi yazarına göre, Salinger birçok öyküsünde savaş dönemindeki deneyimlerinden yararlandı. Örneğin "Esmé İçin - Sevgi ve Yoksunlukla" öyküsü sarsıntı geçiren bir asker tarafından anlatılmaktaydı. Salinger ordudayken de yazmaya devam etti ve "Collier's" ile "The Saturday Evening Post" gibi dergilerde birçok öyküsü yayımlandı. Ayrıca "The New Yorker"'a da öyküler göndermeye devam etti ancak yayımlatmayı başaramadı. Dergi 1944 ile 1946 arasında yazarın gönderdiği tüm öyküleri, 1945'te ise 15 şiirden oluşan bir dosyayı reddetti.

Almanya'nın yenilgisi sonrasında Salinger, Almanya'da denazifikasyon görevinde yer almak için altı aylığına ABD Karşı İstihbarat Birliği'ne yazıldı. Bu dönemde Weissenburg'da yaşadı ve Sylvia Welter isimli bir kadınla evlendi. Nisan 1946'da birlikte ABD'ye döndüler ancak evlilikleri sürmedi ve Sylvia sekiz ay sonra Almanya'ya geri döndü. Yıllar sonra 1972'de Salinger Sylvia'dan bir mektup aldı ama zarfı bile açmadan yırtıp attı. O sırada yanında olan kızı Margaret daha sonra yazdığı biyografide babası için "birisiyle işi bitmişse, onu silip atar" dedi.

1946'da Whit Burnett, yazarın öykülerinden bir derlemeyi "Story" Press'in Lippincott Imprint yayınevinde basmak için Salinger ile anlaştı. 20 öyküden oluşacak bu derlemenin adı "The Young Folks" olacaktı. Kitaba adını veren "Gençler" ve "Slight Rebellion off Madison" ile birlikte on yayımlanmış öykünün yanı sıra henüz yayımlanmamış on öykü de kitapta yer alacaktı. Burnett kitabın yayımlanacağını söylemişti ve hatta Salinger ile 1.000 dolarlık bir avans ödemesi için pazarlık da yapmıştı, ancak Lippincott Burnett'in kararını yok sayarak kitabı reddetti. Salinger kitabın yayımlanmamasından Burnett'ı sorumlu tuttu ve ikili birbirlerinden uzaklaştı.

1940'ların sonlarında Salinger Zen Budizmi'nin tutkulu bir izleyicisi olmuştu; hatta flörtlerine bu konuda okuma listeleri veriyordu ve Budist bilgin D. T. Suzuki ile bir görüşme ayarlamıştı. 1948'de "Muz Balığı İçin Mükemmel Bir Gün" isimli bir kısa öyküyü "The New Yorker"'a gönderdi. "Öykünün özgün kalitesinden" çok etkilenen dergi editörleri öyküyü derhal yayımladı ve gelecekteki öyküleri için Salinger ile ilk reddetme hakkını da içeren bir sözleşme imzaladı. Öykünün aldığı olumlu eleştirilerin yanı sıra, diğer yayınlarda öykülerinin değiştiriliyor olmasına kızan Salinger neredeyse sadece "The New Yorker" için yazmaya başladı. Öykü aynı zamanda, yazarın öykülerinde defalarca görünen, iki emekli vodvil oyuncusu ve onların erken olgunlaşmış yedi çocuğundan oluşan hayalî Glass Ailesi'nin yer aldığı ilk öyküydü. Salinger Glass Ailesi ile ilgili toplamda yedi öykü yayımladı ve bunlarda özellikle parlak ama sorunlu en büyük çocuk olan Seymour'a odaklandı.

1940'ların başında Salinger Whit Burnett'a yazdığı bir mektupta, finansal açıdan güvende olmak için bazı öykülerinin sinema uyarlaması haklarını satmak istediğini açıklamıştı. Ian Hamilton'a göre yazar 1943 tarihli kısa öyküsü "The Varioni Brothers" hakkındaki "Hollywood söylentilerinin" sonuçsuz kalmasıyla hayal kırıklığına uğradı. Bu yüzden, 1948'in ortalarında bağımsız film yapımcısı Samuel Goldwyn'in "Sarsak Dayı Connecticut'ta" isimli öyküsünün film haklarını satın alma teklifini derhal kabul etti. Menajeri Dorothy Olding'e göre Salinger öyküyü satarken "iyi bir filme dönüşeceği" umudunu taşıyordu ancak film 1949'da gösterime girdiğinde çok ağır eleştiriler aldı. "My Foolish Heart" ismi verilen ve Dana Andrews ile Susan Hayward'ın başrol oynadığı bu filmin senaryosu da Salinger'ın öyküsünden oldukça farklıydı. Bu kötü deneyim sonrasında Salinger hiçbir eserinin film uyarlamasına izin vermedi. Brigitte Bardot "Muz Balığı İçin Mükemmel Bir Gün"'ün haklarını satın almak istediğinde Salinger olumsuz yanıt verdi.

(Özgün adıyla: The Catcher in the Rye), 1967'deki Adnan Benk'in İngilizce aslından değil de Fransızca versiyonu olan "L'Attrape-cœurs"den yaptığı dolaylı çevirisinden ötürü kitap Türkiye'de "Gönülçelen" olarak tanınır. Kitabın Yapı Kredi Yayınları basımı çevirisi Coşkun Yerli'ye aittir ve bu kez Türkçe adı özgün adına daha yakındır: "Çavdar Tarlasında Çocuklar".

1940'larda Salinger birçok kişiye, kısa öyküsü "Slight Rebellion off Madison"'ın genç protagonisti Holden Caulfield'ın yer aldığı bir roman üzerinde çalıştığını açıklamıştı ve "Gönülçelen" isimli bu roman 16 Temmuz 1951'de Little, Brown and Company tarafından yayımlandı. Romanın basit bir konusu vardı; elit bir kolejin hazırlık sınıfından kovulan ve burayı terk eden on altı yaşındaki Holden'ın New York'taki deneyimleri anlatılıyordu. Holden daha önceki üç okulundan da atılmış olan bir öğrenciydi. Roman özellikle birinci şahıs anlatıcı olan Holden'ın başından geçenleri kendinden farklı biriymiş ve olaylara tanıklık ediyormuş gibi anlatması sebebiyle kayda değerdir. Olup bitenler hakkında bilgili ancak güvenilmez bir anlatıcı olan Holden, tekrar tekar sadakatten, yetişkinliğin sahteliğinden ve kendi ikiyüzlülüğünden bahseder. 1953'te bir lise gazetesine verdiği röportajda Salinger romanın "bir nevi" otobiyografik olduğunu söylemiş ve şöyle demiştir:
Kitaba karşı ilk tepkiler karışıktı. "The New York Times" romanı "alışılmadık derecede parlak bir ilk roman" sözleriyle yüceltirken, eleştiriler kitabın monoton diline ve dini kötüleyen, rastgele cinsel ilişki ile fahişelikten açıkça bahseden Holden'ın "sapkınlığına" odaklanıyordu. Roman popüler başarı yakaladı; yayımlanışının ikinci ayında sekiz baskıya ulaştı. The New York Times Best Seller listesinde otuz hafta boyunca kaldı.

Kitabın ilk başarısının ardından popülerliğinin azaldığı bir dönem geldi. Ancak Ian Hamilton'a göre kitap 1950'lerin sonunda "kabuğunu kırmaya çalışan tüm ergenlerin alması gereken bir kitaptı, asiliğin havalı tarzlarının öğrenilebileceği vazgeçilmez bir el kitabıydı." Kitap Mark Twain'in "Huckleberry Finn'in Maceraları" romanıyla karşılaştırılıyordu. Gazeteler, romanın özgün adına atfen "Catcher Cult" olarak adlandırılan olguya ilişkin makaleler yayımlamaya başladı. Konusu ve "Catholic World" gibi dergilerde de bahsi geçen küfürlü anlatım biçimi sebebiyle roman birçok ülkede ve bazı ABD okullarında yasaklandı. Hatta azimli bir veli romandaki küfürlerin listesini oluşturdu: roman boyunca 237 defa "goddam", 58 defa "bastard", 31 defa "Chrissake" ve 6 defa "fuck" geçiyordu.

1970'lerde birçok lise öğretmeni, kitabı okuttukları için istifa etmek zorunda bırakıldı ya da kovuldu. 1979 tarihli bir sansür incelemesine göre "Gönülçelen" bir dönemde "şüpheli bir şekilde hem tüm ülkede en fazla yasaklanan hem de kamu okullarında ikinci en fazla okutulan kitaptı" (ilk sıradaki kitap ise John Steinbeck'in "Fareler ve İnsanlar"'ıydı). Kitap halen çok okunmaktadır; 2004 itibarıyla yılda 250.000 kopya satan kitabın tüm dünyadaki toplam