ığın tavandakinden düşük olduğunu fark etti. Bu açıklama üzerine Einstein deneyi değiştirdi ve bu etkinin basitçe oda içerisindeki sıcaklık eğiminden kaynaklı olduğu sonucuna vardı. Reich'e mektup yazarak deneyinin sonucunu ve Reich'in deneylerine biraz daha kuşkucu bakması gerektiğine yönelik umut ifadelerini belirtti.

Reich 25 sayfalık bir mektupla Einstein'a cevap verdi. Tavandan yayılan ısıma, "havada bulunan mikroplar" ve "brown hareketi"ne katılarak yeni buluşlara neden olabileceğini söyledi. Einstein ile Reich arasındaki bu mektuplaşmalar 1953 yılında, muhtemelen Einstein'in izni olmadan, "Einstein Meselesi (The Einstein Affair)" adıyla yayımlandı.

12 Aralık 1941'de, Pearl Harbor'dan beş gün sonra Reich, gece saat 02'de evindeyken FBI tarafından komünist geçmişe sahip olan bir göçmen olduğu gerekçesiyle tutuklandı ve üç haftadan fazla tutulacağı Ellis Island'a götürüldü. Öfkeden ne yapacağını bilmez bir halde geçmişinde komünist olmasından, yeterli tanık olmamasına karşın, ilk eşini ve yaşadıkları fakir hayatı sorumlu gösterdi. Sedef hastalığı yeniden azdığı için doktoru tarafından Reich'in bir hastahane gözetiminde tutulması gerektiğine otoriteler ikna edildi. Ilse, haftada iki kez onu ziyaret etmeye izinliydi. Wolfe ve bir avukat ellerinden gelenin en iyisini yaptılar. Wolfe, birçok kez Washington'a protesto amacıyla gitmesine rağmen, tutuklandığını 26 Aralık'ta ancak öğrenebildi ama yine de Reich'in neden tutuklanmış olabileceğini anlayamıyordu. FBI tarafından Reich'e evinde bulunan Hitler'in "Kavgam", Troçki'nin "Hayatım" ve çocuklar için rusça alfabesi kitaplarıyla ilgili sorgulandı. Sonunda, Reich'in açlık grevine gitmekle tehdit etmesi üzerine 5 Ocak 1942'de serbest bırakıldı. 2000'yılında FBI tarafından Reich ile ilgili 789 sayfalık belgeler açıklandı:

Bu Alman göçmen, kendisini Tıbbi Psikoloji Doçenti, Orgon Enstitüsü Yöneticisi, Wilhelm Reich Vakfı'nın araştırmacı hekimi ve genel müdürü ve biyolojik enerjinin veya hayat enerjisinin kaşifi olarak tanımlamaktadır. 1940'ta Reich'in komünist bağlantılarının derinliğini tespit etmek amacıyla bir soruşturma başlatıldı. Bir Düşman Uyruk kurulu, Reich'in ABD güvenliği için bir tehdit oluşturmadığına hükmetti.

Terapi gelirlerinden kazandıkları ve öğrencilerinin bağışlarıyla geçinen Reich, 1942 Kasım'ında Maine'de Dodge Pond yakınlarında 647,5 dönüm arazi, orman ve tepelerden oluşan "Orgonon"u satın aldı. 1945'te orada bir laboratuvar kurdu ve 1948'de yine bir laboratuvarı, kütüphanesi ve atmosferik orgon çalışmaları için gözlem güvertesi olan Orgon Enerji Gözlemevi'nin inşaasına başladı.

1947'ye kadar Reich, Amerika'da eleştirisiz basının keyfini sürüyordu. Psikoterapi uygulamaları iyi gidiyor, psikoanalitik teorileri üniversitelerde öğretiliyor ve "Amerikan Medikal Birliği Gazetesi" ve "Amerikan Psikiyatri Gazetesi"nde tartışılıyordu. İsmi "Amerikan bilim insanları" listesinde yayımlandı ve "The Nation" dergisi Reich'in yazıları hakkında olumlu görüş belirtti. Sadece bir bilimsel gazete, "Psikosomatik Tıp (Psychosomatic Medicine)" gazetesi, Reich'in orgon hakkındaki düşüncelerine "gerçeküstücü yaratım" diyerek onu eleştirdi.

Şöhreti Mayıs 1947'de aniden düşüşe geçti. 26 Mayıs'ta bağımsız yazar Mildred Edie Brady tarafından "The New Republic" gazetesinde "Wilhelm Reich'in Tuhaf Durumu" başlıklı ve alt başlığında Reich'i "Nevroz ve kanseri tatmin edici olmayan cinsel birleşmeye dayandıran, sadece bir bilimsel gazetenin karşı çıktığı adam" olarak tanımlayan bir makale yayımlandı. Brady, söz konusu makalesinde şunları yazdı: "Orgon, cinsel orgazm sonrası olduğu söylenen, Reich'e göre, kozmik enerjidir. Reich onu sadece keşfetmekle kalmamış, görmüş, ispatlamış ve Maine'de bir kasabaya -Orgonon- da adını vermiş. Burada, muhtemelen bundan "orgazmik potansiyel" sağlayan, hastalarına kiraladığı akümülatörleri üretmiş." Sharaf buradaki imalı anlatımın açık olduğunu, ancak bu akümülatörlerin kullanılmasındaki asıl amacın kanser tedavisi olduğunu ve kanserli olmayan biri için orgazmik potansiyeli harekete geçirdiğini yazar. Brady'e göre, büyüyen Reich tarikatına dikkat edilmesi gerekiyordu.

Tıbbi aletlerle ilgili reklamlar ve düzenlemeler "Federal Ticaret Komisyonu (Federal Trade Commission)" ve "Amerikan Gıda ve İlaç Dairesi (U.S. Food and Drug Administration - FDA)" tarafından ortaklaşa düzenleniyordu. 23 Temmuz'da Federal Ticaret Komisyonu'nun Tıbbi Tavsiye Departmanı'ndan Dr. J.J. Durrett, FDA'ya mektup yazarak Reich'in talebi üzerine orgonun sağlığa yararlarını incelemelerini istedi. FDA, konuyla ilgilenmek üzere bir müfettiş atadı. Teftiş sonucunda Reich'in 250 akümülatör ürettiği öğrenildi. FDA, "büyük ölçüde dolandırıcılık" olduğuna karar verdi. Sharaf konuyla ilgili, FDA'nın incelemeleri sırasında bir tür seks mesleği olduğundan kuşkulandığını, orgonomi ile ilgilenen kadınlar hakkında FDA'nın "bu kadınlarla ne yapıldığı"nı sorduklarını yazmaktadır.

Kasım ayında, Reich "Komplo" adında bir yazı yayımladı. "Zincirleme Duygusal Reaksiyon:" "Doğasal fenomenleri, silahlar bana doğrultulmadan araştırma hakkım için yalvarıyorum. Ayrıca asılarak idam edilmeden hata yapabilme hakkını da istiyorum. Kızgınım, çünkü iftiralar her şeyi yapabilir ancak şu an da görüldüğü gibi hakikatler çok az şey." Sharaf konuyla ilgili, Reich'in gittikçe, Brady'in Stalin'in ajanlarından biri ve "komünist suikastçi" olduğuna inandığını yazar.

Yıllar boyunca FDA, Reich'in öğrencileriyle, hastalarıyla ve hekimlerle Reich'in orgon akümülatörleri hakkında sorular sorarak görüşmeler yaptı. 29 Temmuz 1952'de FDA tarafından Orgonon'a önceden haber verilmemiş bir denetim yapıldı. Müfettişlerden biri FDA'nın kendi müfettişi, diğeri FDA'nın tıp uzmanı ve üçüncü müfettiş ise FDA'nın tıbbi cihaz uzmanıydı. Reich'in çatkapı misafirlerden nefret ettiği biliniyordu: bir keresinde yandaki araziyi gözetleyen bazı insanları elinde silahıyla kovalamıştı. FDA'dan gelen müfettişlere de ateş açıp kendisiyle görüşmek istiyorlarsa önce yazdıklarını okumalarını söyleyerek Orgonon'dan ayrılmalarını söyledi.

Bu ziyaret ile FDA'nın denetleme dönemi, Reich'in de "hükümetin kabadayıları", "kızıl faşistlerin maşaları" gibi kavgacı karşılıkları ile birlikte başlamış oldu. Reich, hükümette devlet başkanı olan Eisenhower da dahil olmak üzere kendini koruyacaklarına inandığı güçlü arkadaşları olduğu fikrine kapıldı. A.B.D. hava kuvvetlerinin Orgonon üzerinden uçuyor oluşu da her şeyin yolunda olduğu izlenimi destekliyordu.

10 Şubat 1954'te, ABD savcılığı, "Federal Yiyecek, İlaç ve Kozmetik Kanunu'nun (Federal Food, Drug, and Cosmetic Act)" 301. ve 302. maddesine dayanarak orgon akümülatörlerinin eyaletler arası dolaşımının ve Reich'in bu cihazın promosyon ve reklamını yapan yazılarının yasaklanması istemiyle dava açtı. Reich, hiçbir mahkemenin onun çalışmalarını değerlendirebilecek nitelikte olmadığını söyleyerek mahkemeye çıkmayı reddetti. Clifford Mahkemesi'ne yazdığı uzun mektupta şunları yazdı:

Benim bu davadaki hakiki konumumla birlikte bugünün bilim dünyası, benim Yiyecek ve İlaç Dairesi'ne karşı bir davaya girmeme müsaade etmiyor. Böyle bir davaya girmek, ilkel, atom öncesi orgon enerjisi gibi özel bir branş hakkında hüküm verme hak ve yetkisinin hükümette olduğunu kabul etmek anlamına gelecektir. Ben, bu nedenle, tarafınıza eksiksiz bir güven ile bu davadan çekiliyorum.
Mahkeme 19 Mart 1954'te, Reich'in akümülatörleri satışıyla ilgili yasaklama emrini Reich'in gıyabında onayladı. Verilen hüküm, dava isteminde talep edilenden daha kapsamlıydı: Tüm akümülatörler ve parçaları ile bunlar hakkında yazılmış tüm promosyon materyalleri ve kullanma talimatlarının yok edilecekti. Bu, Reich'in orgone enerjisi hakkında yazdığı on kitabı da, orgon ile ilgili referansları silininceye kadar kapsıyordu. Bu kitaplar arasında "Kişilik Çözümlemesi" ve "Faşizmin Kitle Ruhu Anlayışı" da vardı.

Mayıs 1956'da Reich Bulut Dağıtan (cloudbuster) ile deney yapmak amacıyla Arizona'ya seyahat etti. Reich'in yokluğunda ve bilgisi olmadan, öğrencilerinden biri olan Dr. Michael Silvert yasaklama emrini ihlal ederek akümülatörlerden bazılarını ve yasaklı bazı kitapları Maine eyaletindeki Rengeley Kasabası'ndan New York'a götürdü. Reich ve Silvert mahkemeye itaatsizlik ile suçlandılar. Bir kez daha Reich yasal savunmasını yapmayı reddetti ve bunun üzerine Maine'de Portland'daki mahkemeye zincire bağlanmış olarak çıkarıldı. Kendi avukatlığını kendisi üstlendi, yasayı ihlal ettiğini kabul etti ve savunmasında mahkemeye kitaplarının bir kopyasını gönderdi. 7 Mayıs 1956'da mahkemeye itaatsizlikten suçlu bulundu ve iki yıl hapsine karar verildi. Silvert ise bir yıl bir güne hüküm giydi. 1949'da Wilhelm Reich ve öğrencileri tarafından kurulan Wilhelm Reich Vakfı'na ise 10.000 dolar para cezası verildi.

Reich'in arkadaşlarından ve akademi üyesi bir psikiyatrist olan Dr. Morgan Herskowitz, mahkeme heyetine şunları yazdı: "Kendisini tarihsel bir kişilik olarak gördüğünden, tarihsel konuşmalar yapıyor ve böyle yaparak mahkeme heyetini etkiliyordu. Onun yerinde olsaydım, hapishaneden kaçmak isterdim, özgür olmak isterdim vs. Ben olsaydım, mahkemeyi kesinlikle hukuk ilkeleri ile etkilemeye çalışırdım. Ama o bunu yapmadı." Reich Ocak 1956'da temyize gitti ancak Temyiz Mahkemesi, alt mahkemenin verdiği 11 Aralık tarihli kararı uygun bularak onayladı. Bunun üzerine ABD Yüksek Mahkemesine başvuran Reich, Mahkemenin 25 Şubat 1957 tarihinde, alt mahkemelerin kararlarının incelenmesine gerek olmadığına hükmetmesi üzerine Silvert'le birlikte cezalarında mümkünse bir indirim ya da ara verme isteminde bulundular. 11 Mart'ta talepleri kabul edilmezse hapishane yolunun görüneceği bir celse duruşma daha düzenlendi. Duruşma sonucunda mahkeme heyeti ABD Şartlı Tahliye Kurulu'na Reich'in cezada bir indirim veya erteleme istediğini bildirdi ancak hükümet Reich'in orgon akümülatörü pazarlamaktan vazgeçmeyeceğini belirtti. Reich son olarak devlet başkanına müracaat etti ancak sonuç alamadı.

5 Haziran 1956'da, Reich mahkeme kararına ilk kez temyize giderken, i