zenginlikleri, özellikle Antik Libya'lılar ve Deniz kavimleri açısından bölgeyi istila için cazip bir hedef haline getirdi. Başlangıçta Mısır ordusu bu istila girişimlerini püskürtmeyi başardı. Ama sonunda Mısır, Filistin ve Suriye'nin kontrolünü kaybetti. Dış tehdidin etkisi, yolsuzluk, mezar soygunculuğu ve sivil huzursuzluk gibi iç sorunları ağırlaştırıcı yönde oldu. Teb'deki Amon tapınak kompleksi'ndeki yüksek rahipler, çok geniş ölçüde arazi üzerinde güç elde ettiler ve geniş bir servet topladılar. Öyle ki onların gelişen gücü, Üçüncü Ara Dönem boyunca tüm Mısır'a yayıldı.

Mısırlılar Ege Göçleri'yle gelen kavimleri Deniz Kavimleri olarak adlandırmışlardır. MÖ 1.208 yılında Mısır’a saldıran kavimler başarılı olamamışlardır. Mısırlılar bu savaş başarısını unutulmaz kılmak için bu gün adına İsrail Anıt Taşı denilen anıtı dikmişler ve bu anıtın üzerine de egemen oldukları bölge ve halkların adlarını yazmışlardır. İsrail adının ilk kez geçtiği belge bu anıt taşıdır.

Deniz Kavimleri 20. Hanedan (Ramsesler) Dönemi’nin son önemli hükümdarı III. Ramses zamanında farklı yerde ve zamanlarda birçok saldırı düzenlemişler; fakat başarısız olmuşlardır.

Tanis hükümdarı Smendes, XI. Ramses'in MÖ 1.078 tarihinde ölümünün ardından Mısır'ın kuzey kesiminde yönetimi ele geçirdi. Güney ise, Smendes'i sadece ismen tanıyan Teb'deki Amon yüksek rahipleri tarafından kontrol edildi. Bu süre boyunca Delta'nın batısına Libyalılar yerleşiyordu ve Libyalı kabile şefleri özerkliklerini artırmaya başlamıştı. MÖ 945'te Sirenayka'dan bir Berberi kabile şefi olan 1. Şoşeng, Delta'nın kontrolünü ele geçirdi ve yaklaşık 200 yıl hüküm sürecek olan Libya ya da Bubastit hanedanlığını kurdu. Şoşeng önemli dini konumlara ailesinden bireyleri yerleştirerek güney Mısır'ın kontrolünü de ele geçirdi. Libya hakimiyeti, Delta'dan Leontopolis ve Kuşi'de yerleşik rakip hanedanlıklar yönünden gelişen tehditlerle sarsılmaya başladı. MÖ 727 olaylarında Kuşi kralı Piye, kuzeye yönelen akınlarla Teb'in, dolayısıyla sonuçta Delta'nın kontrolünü ele geçirdi.

Mısır'ın geniş kapsamlı ve uzak erimli itibarı ve nüfuzu, büyük ölçüde Üçüncü Ara Dönem'in sonlarına doğru azaldı. Yabancı müttefikleri, Asur İmparatorluğu'nun etki alanına girmiş, iki ülke arasında savaş kaçınılmaz olmuştu. MÖ 671 ile 667 yılları arasında Asur orduları Mısır topraklarına saldırmaya başladılar. Kuşi kralları Taharqa ve onun halefi Tanutamun'un hükümdarlıkları, Nubya yöneticilerinin birkaç zaferine karşın Asurlularla sürekli çatışmalarla geçti. Sonuçta Asurlular Kuşi hakimiyetini Nubya içlerine doğru geri atarak, Memphis'i istila ettiler ve Teb tapınaklarını yağmaladılar.

Kesinleşmiş ve sürekli bir istila planlarının olmaması sonucu Asurlular, Mısır'ın kontrolünü birçok vasala bıraktılar. Bu yöneticiler, Yirmi altıncı Hanedanlık'ın Saite kralları olarak bilinir. Saite kralı ve aynı zamanda Mısır'ın ilk donanmasını Yunan paralı askerlerin de katkısıyla oluşturan 1. Psamtik, MÖ 653 yıllında Asur hakimiyetine son verdi. Yunan etkisi, büyük ölçüde Delta'da Naukratis'de bir Yunan yerleşimi olarak gerçekleşti. Saite krallarının hüküm sürdüğü yeni başkent Sais, ekonomik ve kültürel yönden kısa fakat canlı bir yeniden dirilişe tanıklık etti. Fakat MÖ 525'te II. Kambises önderliğindeki güçlü Pers orduları, Mısır'ı ele geçirme girişimlerine başladılar. Sonuçta Pelisyum Muharebesi'nde firavun 2. Psamtik'i Pers kuvvetlerine esir düştü. II. Kambises, daha sonra resmi olarak firavun unvanını aldı fakat, İran / Huzistan'a dönerek Mısır'ın yönetimini atadığı bir satrap'a bıraktı. MÖ 5. yüzyılda birkaç başarılı ayaklanma yer almıştır. Fakat Mısır, asla Pers hakimiyetini kırmayı başaramadı.

Perslerin istilası ardından Mısır, Ahameniş İmparatorluğu'nun Kıbrıs ve Fenike ile birlikte altı satraplığına katıldı. Mısır'daki Pers hakimiyetinin bu ilk dönemi aynı zamanda 27. Hanedanlık olarak bilinir. 27. Hanedanlık MÖ 402 yılında sona erdi ve MÖ 380 - 343 tarihleri arasında 30. Hanedanlık, son Mısırlı kraliyet hanedanlığı oldu. Mısır, 2. Nectanebo'nun krallığıyla sona erdi. Pers hakimiyetinin kısa bir düzenlemesi bazı kaynaklarda 31. Hanedanlık olarak yer alır. Bu dönem, MÖ 343 - 332 tarihleri arasında yer aldı. Mısır, MÖ 332 yılında Pers yöneticisi Mazaces tarafından savaşmadan Büyük İskender'e teslim edildi.

MÖ 332 tarihinde Büyük İskender Mısır'ı az bir Pers direnmesiyle karşılaşarak istila etti ve Mısırlılar tarafından kurtarıcı olarak karşılandı. Yeni başkent İskenderiye'de Büyük İskender'in yönetimi bıraktığı Ptolemaios Hanedanı tarafından kurulan yeni yönetim, Mısır modeline dayandırıldı. Başkent, Yunan gücünün ve nüfuzunun bir ifadesiydi. Ünlü İskenderiye Kütüphanesi'yle bilimin ve kültürün yeşerdiği bir kent haline geldi. İskenderiye Feneri, kente ulaşan deniz ticaret yolunu aydınlattı. Kentle dış dünya arasında gelişen, papirüs üretimi ve diğer karşılaştırmalı üstünlüğü olan malları konu alan geniş ticari ilişkiler, kente önemli ölçüde gelir sağladı.

Mısır halkının bağlılığını sürdürmek amacıyla Ptolemaios Hanedanı hükümdarları, eski gelenekleri desteklediler ve böylece Yunan kültürü, Mısır kültürünün yerini almadı. Mısır tarzı yeni tapınakların yapımı geleneksel kültürel değerleri destekledi ve yeni hanedanlığın hükümdarlarını halkın gözünde firavunlar kadar saygın duruma getirdi. Mısır ve Yunan tanrıları, örneğin Serapis gibi karma tanrılar olarak birleştirildi (Senkretizm). Yontularda klasik Yunan formu, geleneksel Mısır motiflerini etkiledi. Mısırlıların tepkilerini yumuşatma, soğurma çabalarına karşın Ptolemaios yöneticileri, yerel başkaldırılara, aileler arasındaki sert rekabete ve 4. Ptolemi'nin ölümünden sonra İskenderiye'de ortaya çıkan yoksul kesim arasındaki örgütlenmelere karşı tavır da almıştır. Bu arada Antik Roma'nın tahıl gereksiniminin önemli bir bölümü Mısır'dan karşılanıyordu. Doğal olarak Roma, Mısır'daki siyasi durumla yakından ilgilenmekteydi. Mısırlıların süregelen tepkileri, hırslı yöneticiler, güçlü rakip Suriye, Mısır'ın durumunu istikrarsızlaştırdı. Bu durum Roma'yı, imparatorluğun ister istemez ilgi alanı olan Mısır'daki durumu güven altına almak üzere kuvvet göndermeye yöneltti.

Ptolemaios Hanedanından Kleopatra ile Marcus Antonius komutasındaki Mısır donanmasının Caesar Divi Filius Augustus komutasındaki Roma donanmasına yenildiği Aktium Savaşı ardından Mısır, MÖ 30 yılında Roma İmparatorluğu'nun bir eyaleti oldu. Roma, Mısır'dan gelen tahıl yüklü gemilere bel bağlamıştır ve İmparator tarafından atanan yüksek rütbeli bir komutanın idaresi altındaki Roma ordusu, bu başkaldırıyı bastırmıştı. Aynı ordu, katı bir biçimde ağır vergileri dayattı ve o dönemde önemli bir sorun haline gelen eşkıya faaliyetlerini önledi. Roma'da Mısır'dan gelen lüks mallara yönelik talebin yükselmesiyle İskenderiye'nin doğu ile ticaret hattındaki önemi giderek arttı.

Bununla birlikte Roma yönetimi, mumyalama ve Mısır'ın geleneksel tanrılarına süregelen tapınma ritüelleri konularında Yunanlara oranla daha düşmanca bir tutum sergiledi. Feyyum mumya portreleri gelişme gösterdi ve bazı Roma imparatorları, Yunan yöneticiler kadar yaygın ve kapsamlı olmasa da kendilerini bir firavun gibi betimlediler. Mısır gelenekleri, Mısır dışında yaşadı. Bölgedeki Roma yönetimi, Roma tarzını aldı ve geleneksel Mısır tarzı sona erdi.

MS 1. yüzyılın ortalarında, kabul edilebilir bir diğer din olarak Hristiyanlık İskenderiye'de kök saldı. Ancak Hristiyanlık, "paganlık"'tan Hıristiyanlığa geçişler sağlamak konusunda taviz vermez bir dindi ve bu şekliyle geleneksel yaygın dinsel gelenekleri tehdit ediyordu. Bu durum Hıristiyan inançlarını benimseyen kitleler üzerinde baskıya yol açtı. Hıristiyanların tasfiyesi yönündeki bu baskılar MS 303 yılında imparator Diocletianus'la doruğa ulaştı. Fakat Hıristiyanlığın yayılması önlenemedi. MS 391 yılında Hıristiyanlığı kabul eden Roma İmparatoru I. Theodosius, Hıristiyanlığı yasal hale getirdi, pagan tapınç yasaklanarak tapınakları kapatıldı. İskenderiye, gerek genel gerekse kişisel yontuların imha edilmesiyle sonuçlanan geniş çaplı pagan karşıtı ayaklanmalara sahne oldu. Sonuç olarak Mısır'da pagan kültürü sürekli olarak geriledi. Yerli halk kendi dilini konuşmayı sürdürürken Mısır tapınaklarındaki rahip ve rahibeler azaldı ve hiyeroglifi okuyup yazabilme becerisi giderek ortadan kalktı. Mısır tapınakları ise, bazıları kiliseye dönüştürüldü, bazıları ise çölde terk edildi.

Firavun, ülkenin mutlak hükümdarıydı ve en azından teoride, tüm kaynakların ve toprakların üzerinde hakim görünüyordu. Kral en yüksek askeri komutandı ve devletin başkanıydı. Belirlediği işlerin yürütülmesi için atanan görevlilerden oluşan bir bürokrasiye dayanmaktaydı. Yönetimin üstlenilmesinde onun hemen altındaki yönetim kademesindeki "Vezir", firavunu temsilen hareket etmekteydi. "Vezir", arazi kullanımını, devlet hazinesini, büyük inşaat projelerini, yasal sistemi ve arşivleri koordine edtmekteydi.

Ülke, bölgesel düzeyde Ptolemaios Hanedanı döneminde sayıları 42'ye yaklaşan nom adı verilen yörel yönetim birimine ayrılmıştı. Bu yörel birimler, yetki alanlarında vezire karşı sorumlu olan yarı feodal yönetimlerdi. Antik Mısır'da "nom" olarak adlandırıldılar. Her bir nom, "nomark" adı verilen bir yetkilinin yönetimindeydi.

Tapınaklar ekonominin temel dayanağını oluşturdu. Tapınaklar sadece dini merkezler değildi. Aynı zamanda, bu konulardaki yetkililer tarafından yönetilen kraliyet hazineleri ve tahıl ambarları sistemindeki ulusal servetin toplanmasından, depolanmasından ve yeniden dağıtılmasından da sorumluydular.

Ekonomi büyük ölçüde merkezi olarak düzenlenmişdi ve işleyişi sıkı bir biçimde denetlenmekteydi. Antik Mısır'da Son Dönem'e kadar madeni para kullanılmadı. Ancak mal değişimlerinde bir tür takas sistemi kullanirdılar. Takas sisteminde standart hacimde tahıl ve bir "deben" ağırlığında altın ya da gümüşü ortak bir payda oluşturacak şekilde kullandılar. Antik Mısır'da kullanılan bir ağırlık birimi olan "deben" kabaca 91 gr. ağırlıktı. İşçilere tahılla ödeme yapılırdı. Bir ustabaşı ayda 250 kg