nin Midilli'nin Kydona köyünden ya da Girit'in Kydonies bölgesinden gelmiş olabilecekleri düşünülmektedir. İsim konusunda bazı görüşler de Ayvalık'ın Aioliki'nin (Eolya'nın) bozulmuş şekli olduğudur. Ayvalık anlamına gelen Kydonie ismi ise, MÖ 330'dan beri süregelmektedir.

Antikçağ'da, Ayvalık Adaları'na "Hekatonisa" ismi veriliyordu. Bu isim, adaların en büyüğü "Nesos" (Moshonisi, Cunda veya Alibey Adası) aynı isimle söylenen "Nesos" ya da "Nasos" antik kentinin baş tanrısı olan "Hekatos" olarak da anılan Apollon'dan gelmekteydi. Apollon Adaları'nda Nesos dışında "Chalkis", "Pordoselene" ve "Kydonia" antik yerleşmeleri vardı. Antik kaynaklar "Chalkis", "Pordoselene" ve "Nasos"'tan çok söz etmelerine karşılık, Kydonia hakkında yazan sadece yazları akan ünlü bir sıcak su kaynağına sahip olduğunu bildiren Plinius olmuştur. Bu dört antik kentten "Chalkis" ve "Pordoselene" yok olmuşlar, ancak "Kydonia" ve "Nesos", sırasıyla Ayvalık ve Cunda "(Alibey)" olarak günümüze ulaşmışlardır.

Bugün, eski "Kydonia" olduğu düşünülen alanda, ciddi bir arkeolojik çalışma olmamasına karşılık halen antik devre ait bol miktarda çanak çömlek parçalarına rastlanmaktadır. Bu parçalar üzerinden yapılan ön çalışmalar, Helenistik (MÖ 330-30) ve Roma (MÖ 30-MS 395) çağlarına ait yerleşim yerleri bulunduğunu işaret etmektedir. Doğu Roma verilerine dayanılarak Roma döneminde en parlak çağını yaşadığı düşünülen şehrin, Bizans döneminde önemini yavaşça kaybettiği, yerleşimin Ayvalık'ta yer alan İlkkurşun Tepesi eteklerine kaydığı düşünülmektedir. Kentin daha sonraki çağlardaki gelişimi bu bölge merkezli olmuştur.

İlkçağda Misya, Hititler, Frigler, Lidya, ortaçağda Roma İmparatorluğu ve Doğu Roma İmparatorluğu, 14. yüzyıldan itibaren de Osmanlı İmparatorluğu egemenliğine girmiştir. 19. ve 20. yüzyılın başlarında en parlak dönemini geçiren kentte yaşayan Rum ahalinin, 1821 yılında Yunan ayaklanmasına katılması sonucu ilçenin büyük bir kısmı boşaltılmış, daha sonra dönmelerine izin verilmekle beraber kent eski canlılığına kavuşamamıştır. Bugün eski dönemlerden fazlaca kalıntıya rastlanmamasına rağmen, yer yer Antik Yunanistan ve Antik Roma çağlarına ait çanak ve çömlek parçacıkları görülmektedir. Ayvalık'ta birçok tarihi yapının yanı sıra ve Rumlardan kalma ev ve kiliseler bulunmaktadır.

Kent dokusu Osmanlı döneminde formunu kazanmıştır. Bugünkü Ayvalık'ın kurulması 1430-1440 yıllarına rastlar. Ayvalık o zamanlar limana hakim bir tepe üzerinde kurulu idi. Doğu Roma İmparatorluğu'nu sıkıştıran Osmanlı İmparatorluğu, Alibey Adası'nda bir deniz üssü kurmuştur. Daha sonraları şehre Rumlar yerleşmeye başlamış ve kısa sürede Türk nüfusu aşmışlardır. Osmanlı kaynaklarında Ayvalık adına ilk kez 1772 yılında yayınlanan bir fermanla rastlanır. Bu fermanın, 1770'te Çeşme önlerinde Rus donanmasıyla yapılan bir savaştan dönerken Ayvalık'a uğrayan, daha sonra sadrazam olan Cezayirli Hasan Paşa tarafından çıkarttıldığı düşünülmektedir. Bölge, 1789'dan itibaren gayrimüslimlerin yaşadığı bir özerk bölge olmuştur. Bu özerklik 1821'deki Yunan ayaklanmasına dek sürmüş, bu ayaklanma sonucunda Ayvalık boşaltılarak 1840'ta Karesi Sancağı'na bağlı bir ilçe yapılmıştır. Daha sonra Rumların dönmesine izin verilmesine rağmen, ilçe eski canlılığına kavuşamamıştır. Osmanlı İmparatorluğu yönetiminin Anadolu'da incelemeler yapmak için gönderdiği Vital Guinet tarafından yayımlanan 1891 tarihli istatistiğe göre 21.666 olan kent nüfusunun 21.486'sı Rum, 180'i Türk'tür.

1900-1914 tarihli bir Fransız yıllığında Ayvalık'ın o zamanki sosyo-ekonomik yapısı hakkında şu bilgiler verilmektedir;
"30.000 nüfusludur. Postasını Avusturya-Macaristan İmparatorluğu işletmektedir. Zeytinyağı, balmumu, yerli ipek, şarap, sabun dışsatımı yapılır ve şeker, kahve, yün, pamuklu kumaş, ham deri ithal eder. Fransa, Büyük Britanya ve İrlanda Birleşik Krallığı, Avusturya-Macaristan İmparatorluğu, İtalya Krallığı'nın kentte konsoloslukları bulunur. Bankalar; Osmanlı Bankası, Atina Bankası, Viyana Kredi Bankası'dır. Aynı zamanda bir akademi, iki oteli bulunan ilçede içinde eczanesi de olan bir genel hastane ve cüzzam hastanesi faaliyet göstermektedir."

İlçe I. Dünya Savaşı sonrası İzmir'in işgali ile birlikte 29 Mayıs 1919'da Yunan egemenliğine girmiştir. İşgal sonrası Anadolu'da ilk direniş 172. Alay Komutanı Yarbay Ali Çetinkaya tarafından başlatılmıştır. Bu işgal 15 Eylül 1922'ye kadar sürmüştür. 24 Temmuz 1923'te imzalanan Lozan Antlaşması'nda belirtilen Türkiye-Yunanistan Nüfus Mübadelesi gereğince, Girit, Makedonya ve Midilli Türkleri ilçeye yerleştirilmiştir. Burhaniye'ye bağlı varlık gösteren Ayvalık, 19 Mayıs 1928 tarihinde ilçe olmuştur.

Ayvalık, Türkiye'nin Balıkesir ilinin Ege Bölgesi'nde kalan bir ilçesi olup Midilli adası'nın tam karşısında kurulmuştur. Çam ormanları ve Zeytin bakımından zengin olan ilçe Ege Denizi kıyısında olup Ayvalık Adaları adı verilen takımadalara sahiptir. Ayvalık'ın kuzeydoğusunda Gömeç, güneyinde İzmir ili'ne bağlı Dikili ve Bergama ilçeleri, batısında ise Ege Denizi bulunur.

Ayvalık'ın karşısında ise Yunanistan Cumhuriyeti'nin, Kuzey Ege Adaları coğrafi bölgesinin Midilli iline bağlı olan ve hem Midilli ilinin hem de Kuzey Ege Adaları coğrafi bölgesinin yönetim merkezi olan Midilli şehri çıplak gözle görülebilecek yakınlıktadır.

Ayvalık, bir adalar topluluğudur. Kaşık, Poyraz, Kamış, Büyükkuruada ve Güvercinada bunlardan bazılarıdır.

Ayvalık ilçesinde dağlar denize dik uzandığından kıyılar girintili çıkıntılıdır. Bu kıyılar boyunca burunlar ve koylar meydana gelmiştir. İlçenin Ege Denizi'ne olan kıyıları 34 km'dir.

İlçede Akdeniz iklimi hüküm sürer. Ege Bölgesi'nde yer alması nedeniyle kışları ılık ve yağışlı, yazları sıcak ve kuraktır. Devamlı hafif rüzgarlı günler mevcuttur. Yaz sıcaklığı ortalama 24-34 °C'dir. Kışlar ise ılıktır. Özellikle yazları tüm çevre kavurucu sıcaklıkta iken Ayvalık'ta batıdan esen ve genellikle öğleleri başlayan imbat ilçeyi serinletir. Bazı yazlar da "meltem" rüzgarları eser. Kazdağı yönünden gelen esintinin haftalarca sürdüğü de olur.

Ayvalık ilçesine bağlı irili ufaklı 22 kadar ada vardır. Bu adaların en büyüğü Alibey Adası ya da diğer ismi ile Cunda Adası olup 1964 yılında bir köprü ile Lale Adası'na oradan da ilçe merkezine bağlanmıştır. Bu köprülerden biri aynı zamanda Türkiye'nin ilk boğaz köprüsü olma özelliğini taşır. Alibey Adası dışındaki tüm Ayvalık Adaları 1995 yılında millî park ilan edilmiş ve yerleşim yasaklanmıştır. Adalar içinde tarihi ve turistik öneme sahip olan bir diğeri de Tımarhane Adası'dır. Bu adaya Türkler eski zamanlarda "Taşlı Manastır" olarak da adlandırmışlardır. Bu ada özellikle Osmanlı İmparatorluğu döneminde Ayvalık'ta yaşayan Rumların içkiyi fazla kaçırması üzerine sert esen rüzgarı ile akıllarını başlarına toplamaları için gönderildikleri bir mekân olduğundan bu ismi almıştır.

Bölgede ilk nüfus sayımı 1891'de Vital Guinet yönetiminde yapılmış, 21,666 olan kent nüfusunun 21,486'sının Rum, 180'inin Türk olduğu belirtilmiştir. İlçe nüfusu 1975 sayımına göre 33,000 kişidir. Belediye nüfusu 1980 yılı sayımında 19.371, 1985'te 21.381, 1990'da 25.687, 1997'de ise 29.342 kişi olarak belirlenmiştir. Bu rakamlara göre yıllık ortalama nüfus artış hızı %2.5 dolaylarındadır.

İlçe nüfusu 2009 sayımlarına göre 62,460 kişidir. Bu nüfusun yaklaşık olarak 36,000'i ilçe merkezinde yaşar. Yazları gelen turistlerle nüfus oldukça artar. Ayvalık Türkiye'nin en kalabalık 207. yerleşim birimidir.
İlçe ekonomisi büyük ölçüde zeytin ve turizme bağlıdır. Ayvalık'ta zeytin dışında pamuk, çam fıstığı ve mandalina gibi tarım ürünleri de yetiştirilir. Ayrıca bölgede, Bağyüzü Köyü'nde yetiştirilen Kozak üzümü tanınmış bir üründür. Son yıllarda turfanda sebzecilik ve Kozak çam balı üretimi de yapılmaktadır. Arazinin %70'i zeytinlik olan Ayvalık'ta zeytinden sabun ve zeytinyağı üreten sanayi kuruluşları bulunmaktadır. Türkiye'de 110 milyon zeytin ağacı vardır ve bunun 2.500.000'i ilçede bulunur. Balıkçılık ve balık restoranları da önemli bir gelir kaynağıdır.

Turizm alanında büyük bir potansiyele sahip olan ilçede başta Şeytan Sofrası olmak üzere çeşitli doğal güzellikler olmakla birlikte, özellikle eski Rum evleri ve yapılarına dayanan kültür turizmi de gelişmiştir. Özellikle Sarımsaklı Plajları ve Alibey Adası'nda ise deniz turizmi gelişmiştir.

İlçede 1994 yılında yapılan bir çalışmaya göre 1842-1914 yılları arasından kalma toplam 363 bina bulunmaktadır.

İlçe son yıllarda Ege Adaları'ndan çok sayıda günübirlik misafir ağırlamaktadır. Bu ziyaretlerin amacı genellikle alışveriştir. Bu durumun ciddi ekonomik girdisinin oluşmaya başlaması ardından ilçe dükkânlarının vitrinleri Yunanca yazılar ile dolmuştur. Ayvalık'ın merkezinde her perşembe günü büyük bir pazar kurulur. Özellikle Yunanistan'ın Midilli ilinden olmak üzere, on binlerce Yunan turist günü birlik ziyarette bulunur. Yunan turistlerin ziyarette bulunduğu en önemli yerler ise Ayvalık pazarıdır. Son yıllarda Ayvalık'a gelen turistlerin çevre ilçelere de uğraması özellikle Ayvalık-Edremit arasında rekabete yol açmıştır.

Ayvalık doğal güzellikler bakımından zengin bir ilçe olmakla birlikte mutfağı ile de ünlüdür. İlçeye özgü en önemli yiyecek sosis, sucuk, kaşar, turşu, mayonez, ketçap gibi malzemelerle hazırlanan Ayvalık tostu'dur. Diğer önemli bir yiyecek tüm Balıkesir ilinde yaygın olarak yapılan ve Höşmerim olarak da bilinen Hoşmerim tatlısıdır. Papalina olarak bilinen bir balık türünün (çaça balığı), genellikle meze olarak tüketilen ızgarası ve zeytinyağında unla yapılan kızartması da Ayvalık'ın önemli yemekleri arasında sayılır. Deniz kıyısında olması nedeniyle deniz ürünlerinden yapılan mezeler ve zeytinyağlı yemekler Ayvalık mutfağının temelini oluşturur. Ayvalık'ta son zamanlarda zeytinli dondurma da ilgi odağı olmuştur.



Ayrıca Ayvalık'ta her yıl kış aylarında geleneksel olarak deve güreşleri de düzenlenmektedir.
Ayvalık'ta engellilere yönelik bir takım etkinlikler düzenlenmekle birlikte bazı kesimlerce ilçe Engelliler Başkenti olarak adlandırılmaktad