manevrada kaybetmişti. Aceleyle geri döndü. Yorgun askeriyle Çubuk Ovasında elverişsiz susuz bir yerde konaklarken Timur'un ordusu en iyi koşullarda konuşlanmıştı. Savaş Timur'un askerlerinin saldırısıyla başladı ve Osmanlıların sol kolu bozuldu. Tatarlar ve Timur'un yanına sığınmış Anadolu beylerinin Bayezid'in ordusundaki askerleri kendi beylerinin yanına kaçtılar. Kendi askeriyle kalan Bayezid'in bozgunu gören birlikleri kendi yurtlarına dönmeye bakıyordu. Devlet ileri gelenlerinden her biri bir şehzadeyi alarak kaçmış ve Bayezid, Timur'un bütün seferleri sırasında yanında bulundurduğu sadık adamlarından Mahmud Han tarafından esir alınmıştı.

Zafer akabinde Timur, Mirza Muhammed'i, Bayezid'in oğlu Süleyman Çelebi peşinde yağma ve Bayezid'in hazinesini ele geçirmek üzere Osmanlı başkenti Bursa üzerine gönderdi. Timur birlikleri Bursa'ya Süleyman Çelebi oradan ayrıldıktan hemen sonra girip şehri yakıp yıkıp yağmaladılar. Osmanlı tarihçisi Neşri, Timur'un oğlu Mirza Muhammed'in Bursa'yı yakıp yıkıp talan ettiğini, saraydaki Osmanlı hazinesini aldığını ve Ulu Cami'yi ahır yapıp içine adamlar koydurarak ateş yakıp yemek pişirdiklerini, Bursa halkının da başına gelen bu olaydan dolayı haftanın günlerini unutup cuma namazlarını kılamadıklarını aktarır. Süleyman Çelebi, Rumeli'ye geçmek üzere babasının yaptırdığı Anadolu Hisarı'na sığınmıştı. Anadolu Hisarı'na yakın bir dağda çarpışmalar üzerine Timur bu tarafa kuvvet gönderdi. Süleyman Çelebi'ye iki adam gönderip huzuruna çağırttı. Süleyman Çelebi'ye giden adamlar, Çelebi adına zengin armağanlarla geri geldiler. Bayezid'in büyük oğlu Süleyman Çelebi, Timur'un çakeri olmayı kabul edip her ne zaman emrederse gecikmeden huzuruna geleceğine dair söz verdi ve ardından Edirne'deki Osmanlı tahtına oturdu. Timur, Anadolu'da Bayezid'in ortadan kaldırdığı beylikleri ihya etti. Her tarafta Bayezid'in ortadan kaldırdığı küçük büyük hanedanlara yarlıglar vererek kendi egemenliği altına aldı. Emirzadeler Bursa'dan sonra İznik ve Çanakkale boğazına doğru ilerleyip yüklü miktarda ganimet elde ettiler. Akdeniz kıyılarına, Antalya ve Teke'ye gönderilen emirler ise tüm bölgeyi yağma edip büyük ganimetlerle döndüler. Daha sonra Timur Sivrihisar'a geldi ve çadırlar kuruldu. Oradan Kütahya'ya indiler ama malı alıp şehre zarar vermediler. Germiyanoğulları'nın ziyafetleriyle işret meclisi kuruldu. Muhammed Sultan Manisa'da, Şahruh Uluborlu-Keçiborlu taraflarında kışlarken Timur ise Denizli-Aydın yolu ile İzmir'e yakın Tire 'de kışlamaya geldi.

İzmir önlerine geldiğinde Muhammed Sultan da kendisine katıldı. Timur, 14. yüzyıl ortalarından itibaren Türklerin elinden çıkmış olan İzmir'i Hristiyanların elinden almaya, Bayezid'in yapamadığı fetih işini kendi yapmaya karar verdi. İzmir’de Rodos Şovalyeleri hüküm sürmekteydi. İzmir’i tepelerden seyreden Timur, beyaz taş duvarlı kale ile diğer binaları hayranlıkla seyretti. Dünyanın bütün kale, kent ve denizlerini gördüğünü ama böylesi güzellikle ilk kez karşılaştığını itiraf etti. İzmirliler işgal için gelenleri önemsemedi. Bu yüzden kuşatmanın ilk gününde teslim olmalarını isteyen beyaz bayrağın, ikinci günde zorla zapt edileceklerini ihtar eden kırmızı bayrağın ve üçüncü günün de yağmayı ve talanı ihtar eden siyah bayrağın dalgalanmasını umursamadılar. Timur, kalenin temellerindeki lağım açma çalışmaları sürerken ordusunun büyük kısmına çevre tepelerden söktürdüğü kayaları limanın girişine taşıtıyordu. Birkaç gün değil, birkaç yıl aynı biçimde çalışılsa bile liman girişinin engellenemeyeceğini düşünen İzmir halkı boşuna bir çaba olarak gördükleri çalışma bittiğinde kayaların limanın girişini kesmek için değil, limana giriş çıkış yapan gemilere top atışı yapmak gayesiyle kurulacak iskeleye temel işlevini yerine getireceğini anlayacaklardı. Asıl dehşet lağımcıların yoğun çabası sonucu kale burçları aynı anda havaya uçurulurken içeriye giren Timur’un askerlerinin kestiği başlar top mermisi olarak limandaki gemilere atılırken yaşandı. 
Rodos Şovalyeleri ve onlara yardıma gelen gemiler denizin üstünü kaplayan kesik başlardan dehşete kapılarak limandan uzaklaştılar. Bir süre limanın uzaklarında gezindikten sonra gözden kayboldular. İki haftalık kuşatmadan sonra İzmir fethedildi. Bir rivayete göre Yıldırım Bayezid bu duruma hayran kalmıştır.

Bu sırada Bursa'da yerleşen Yıldırım Baeyid'in bir diğer oğlu İsa Çelebi de elçisini gönderdi. Timur onu da iyi karşıladı, İsa Çelebi bağımlılığını pişkeş vererek sundu. Timur Cenevizler elindeki Foça kalesine de Muhammed Sultan'ı gönderdi. Kaledikiler aman diledi ve haraç ödemeyi kabul etti. Muhammed Sultan'ın rahatsızlığını işiterek Akşehir'e doğru yöneldi. Bu sırada 8 Mart 1403'te Bayezid'in öldüğü haberini aldı. Haberi öğrenen Timur çok üzüldü, Bayezid'e ait bütün ülkelerin ve ona bağlı beylerin kendi hükmü altına girdiğini ilan etti. Akşehir'de babasının yanında bulunan Bayezid'in oğullarından Musa Çelebi'ye hilat, kemer, kılıç ve tirkeş vererek ağırlayıp Bursa'yı ona bağışladı ve eline yarlıg verdi. Musa Çelebi'ye babası Bayezid'in naşını Bursa'ya götürmesi için teslim etti. Bayezid'ten birkaç gün sonra da Timur'un veliaht ilen etmiş olduğu torunu Muhammed Sultan 13 Mart 1402'de 29 yaşında öldü. Kukla han olarak sürekli yanında taşıdığı Mahmud Han ise bu sırada 11 Mart 1403'te ölmüştü.

Ankara Savaşı’ndan sonra Anadolu'da sekiz ay kadar kaldıktan sonra geri dönüş yoluna koyularak 1403 yılı Temmuz ayında Gürcistan'a gelen Timur kışlamak üzere Karabağ'a yöneldi. Kışı Karabağ'da geçirdikten sonra 1404 yılı Mart ayında Semerkant'a gitmek üzere Karabağ'dan hareket etti. Erdebil'e gelindiğinde daha önce kararlaştırılan toy toplandı ve altamgalı yarlık ile Hülagü Han tahtı, Azerbaycan, İstanbul'a kadar tüm Anadolu, Irak-ı Acem, Arran, Mugan, Ermenistan ve Gürcistan bölgeleri Miranşah oğlu Mirza Ömer'in idaresine bırakıldı. Miranşah'ın askerleri ve beyleri de ona verildi böylece Miranşah oğlunun buyruk ve vesayeti altına girmiş oluyordu. Timur 1404 yılı Temmuz ayında Semerkant'a geldi. Zaferlerini kutlamak için toylar düzenletti ve imar faaliyetlerine girişti. Torunlarından altısının nikahlarını kıydırarak evlendirdi.

Timur, 18 Şubat 1405 tarihinde, Çin’e sefere giderken Otrar’da 
69 yaşında öldü. Ölüm sebebi kulunç idi. Hemen, Semerkand’a getirilerek torunu Halil Sultan tarafından, daha önce ölmüş olan torunu Muhammed Sultan’ın Ruh Abâd yakınlarındaki medresesine defnedildi. Timur, torunu Muhammed Sultan'ı tahtının varisi gibi görüyordu. Ancak Muhammet Sultan'ın 1404 yılında, beklenmedik şekilde genç yaşında ölümünün ardından Timur bu çok sevdiği ve ardılı olarak gördüğü torunu için Semerkant’ın seçkin bir tepesinde adına yaraşır bir büyük mozeleum inşasını emretmiş Muhammed Sultan buraya defnedilmişti. Mozeleum, anıt mezar, camii ve medrese yapılarından oluşuyordu. Timur da ölümünün ardından çok sevdiği torununun yanına defnedildi. O zamandan sonra Gur Emir, tüm Timur hanedanın birlikte yattığı anıt mezar durumuna getirildi. Timur’un ölümünden sonra oğlu Şahruh, diğer oğlu Miranşah ve torunu Uluğ Bey buraya defnedildi. Gur Emir Mozolesi yedi bölümden oluşuyordu: Sağda Müslümanların dua ettiği hanaka, solda medrese ve merkezde mosoleum, iki tarafında anıtı tamamlayan iki minare. Medrese ve hanaka günümüze ulaşamamıştır. Anıtın yüksek kubbesinin altında üç sıra halinde yan yana yatan on kadar mermer mezar taşı bulunmakla birlikte Sadece Timur’un mezartaşı siyah renkte nephritis taşıdır ancak burası sembolik mezardır. Gerçek mezar bu salonun altındaki salonda bulunmaktadır ve ziyarete açık değildir.Timur’un bedeni, taş lahdinin içinde yatmaktadır. İslam geleneği ile başı Mekke’deki Kabe’ye yöneliktir. Orta Asya geleneğinde kutsal ölülerin mezarlarına konulan at kuyruğunun burada da bulunduğu mozelenin onarımı sırasında ortaya çıkarılmıştır.

Timur, Şehr-i Sebz’de yazlık sarayı yakınlarında, genç yaşta ölen iki oğlu, Cihangir ve Ömer Şah için Mozeleum Kompleksi inşa ettirmişti. Bu kompleks içinde kendisi için de bir mezar odası inşa ettirdiği bilinmekle birlikte bu konuda başka herhangi bir bilgi bulunmamaktaydı. 1960 yılında bir kız çocuğunun Timurlu Mozelesi Kompleksi yakınlarda oynarken üzerine bastığı yerin çöküp açılan çukura düşmesi ile birlikte Timur’un ölmeden kendisi için yaptırdığı mezar odası bulundu. Mezar odasının duvarındaki yazıtta Timur’un mezar odası olduğunu kayıtlı olmakla birlikte odada devasa bir lahit bulunmakta idi. Ağırlığı nedeniyle lahdin kapağı zorlukla açılabilmişti ve içinin boş olduğu görülmüştü. Timur sağlığında mezar odasını hazırlatmış, bu mezar odası muhtemelen Orta Asya geleneğine bağlı olarak Attila’ya, Cengiz Han’a yapıldığı gibi gizli tutulmuştu. Gur Emir ile birlikte Şehrisebz’deki mezar kopleksi bırakılmış ya da unutulmuştur.

19 Haziran 1941'de Sovyet antropolog Mikhail Gerasimov, Timur'un bedenini inceledi. Ancak Timur'un mezarını açmadan önce protestolarla karşılaşmıştı ve mezarın lanetli olduğuna dair bir inanış vardı. Anıt mezarında her kim olursa olsun Timur'un mezarını deşerse ülkesine savaş şeytanlarının dolacağını söyleyen bir yazı olduğu söylenir. Gerasimov mezarı açtıktan 3 gün sonra 22 Haziran 1941'de Nazi Almanyası'nın Sovyetler Birliğine savaş ilan etmesi, bu söylentinin popülerleşmesine ve günümüze dek gelmesine neden olmuştur. Lahitlerden çıkarılan kemikler Leningrad’da götürüldü ve incelendi. Timur'un bedeninde yapılan araştırmada, kendi çağına göre uzun sayılabilcek bir boyda 1.73 cm olmakla birlikte, geniş göğüslü ve belirgin elmacık kemikli biri olduğu anlaşıldı. Ayrıca onun kalça incinmesinden dolayı aksaklığı doğrulandı. Antropolog Gerasimov, kafataslarını inceleyerek tüm hanedanın portrelerini yaptı. Kasım 1942'de Stalingrad Zaferinden önce İslamî törenle tekrar defnedildi.

Timur ile ilgili kaynakların çoğunluğu Farsça olmakla birlikte, dönemin Arapça kaynaklarında da kendisi hakkında önemli bilgiler verilmektedir. Doğumundan ölümüne, dış görünüşünden kişiliğine, günlük hayatından hakimiyet anlayışına kadar birçok özelliği, Timur ile bizzat görüşen v