. Bu savaş, Peygamber Muhammed'in Mekke'de İslamı tebliğle görevlendirildiği döneme denk gelir. Kur'ân-ı Kerîm söz konusu mücadeleden, Rûm suresinde şöyle bahseder: "Rumlar (Bizanslılar, Arapların bulunduğu bölgeye) en yakın bir yerde yenilgiye uğradılar. Onlar, bu yenilgilerinden sonra birkaç yıl içinde galip geleceklerdir. Eninde sonunda emir Allah'ındır. O gün müminler de Allah'ın yardımıyla sevineceklerdir. Allah dilediğine yardım eder. O, mutlak güç sahibidir, çok esirgeyicidir." Bu savaştan sonra, M. 624 senesinde Bizanslılar yeniden Kudüs'ü ele geçirdiler.

Mescid-i Aksa Peygamber Muhammed döneminde, Müslümanlar için önemli bir özellik kazanmıştır. Çünkü Hicretin birinci yılında (M. 622), Medine'de müslümanlar yaklaşık 16 ay boyunca Mescid-i Aksa'ya yönelerek namaz kılmış ve burayı kıble olarak kabul etmişlerdir. Berâ b. Âzib Peygamber Muhammed'ten şöyle rivayet etmiştir: "Peygamber Medine'ye geldiğinde on ya da on yedi ay boyunca Beytu'l-Makdis'e doğru namaz kıldı. Bununla birlikte O, Kâbe'ye yönelmeyi arzu ediyordu. Bunun neticesinde şu ayet nazil oldu: "(Ey Muhammed!) Biz senin yüzünü göğe doğru çevirip durduğunu görüyoruz. Artık müsterih ol, işte şimdi seni hoşnut olacağın bir kıbleye döndürüyoruz. (Bundan böyle namazda) yüzünü Mescid-i Haram tarafına çevir. Siz de (ey müminler!) nerede bulunursanız (namazda) yüzünüzü oraya doğru çevirin. Kendilerine kitap verilmiş olanlar da pek iyi bilirler ki o Rabb'lerinden gelen haktır ve Allah onların yaptıklarından gafil değildir. (Bakara (3), 144)" 

Mescid-i Aksa Peygamber Muhammed'in İsra ve Mirac hadisesi sırasında gerçekleştirdiği yolculuğun yeryüzündeki gece yolculuğu olarak bilinen İsrâ kısmında yöneldiği yerdir. Bu yolculuk, O'nun peygamber olarak gönderilişinin 3. senesinde, Recep ayının 27. gecesi gerçekleşmiştir. Müslümanlar Peygamber'in melek Cebrail eşliğinde, Burak adlı bineğe binerek Mescid-i Haram'dan yola çıktığını ve Mescid-i Aksa'ya ulaştığını, Burak'ı Burak Duvarı'na bağlayarak tüm peygamberlere imamlık ederek namaz kıldığını ve sonrasında farklı katlarında Adem, Yahya, İsa, Yusuf, İdris, Harun, Musa ve İbrahim peygamberlerle buluşacak şekilde göğü katederek miraca çıktığını kabul ederler.

Halife Ebubekir, Peygamber Muhammed'ten sonra müslümanların liderliğine geçince Usame b. Zeyd komutasındaki bir orduyu Şam beldesinin fethi ve İslam'ın bu bölgede tebliğ edilmesi için görevlendirdi. Vefatından önce Peygamber, Usame'nin ordusunu teçhiz etmişti. Ebubekir'den sonra hilafete geçen Ömer, bu kez Halid b. Velid'i Şam bölgesinin fethi için görevlendirdiği ordunun komutanlığına getirdi. Bu ordu dahilinde, Ebu Ubeyde b. Cerrah Kudüs şehrine kadar ulaştı. Şehri kuşatmasına rağmen, surlar nedeniyle fethi tamamlayamadı. Çünkü Kudüs ahalisi surları içeriden destekleyerek güçlendirmişti. Hal böyle olunca Ebu Ubeyde, şehir ahalisi bitkin düşünceye dek Kudüs'ü kuşatma altında tuttu. Kuşatmanın getirdiği sıkıntılarla baş etmekte zorlanan şehir ahalisi Ebu Ubeyde'ye bir elçi göndererek barış istedi ve Müslümanların halifesi Ömer'in kendisinin gelerek şehrin anahtarını teslim alması şartıyla şehri kan dökülmeksizin teslim etmek istediklerini bildirdi. Bu durumda halife Ömer, Hicretin 15. senesinde (M. 636) Medine'den çıkarak Kudüs'e ulaştı ve şehir ahalisini koruma sözü vererek, "Ömer Ahitnamesi" adı verilen bir ferman yazdı. Bu sırada Patrik Safranius ona eşlik etmekteydi. Patrik eşliğinde Kıyamet Kilisesi'ne gelen Ömer, buradan Mescid-i Aksa'ya geçti. Mescid-i Aksa'ya girdiğinde şöyle dedi: "Allahu Ekber! Bu, Allah Resulü'nün bize tarif ettiği mescittir." Bu sırada Mescid-i Aksa metruk bir tepe halindeydi ve merkezinde büyükçe bir kaya bulunmaktaydı. Halife Ömer, daha sonra üzerine Kıble Mescidi'nin kurulacağı alana, Aksa Hareminin güney bölgesine bir mescit inşa edilmesini emretti. Ömer döneminde bu mescit yaklaşık 1000 kişiyi alabilecek ahşap bir yapıdan ibaretti. Bu yapı Emevî halifesi Muaviye b. Ebi Süfyân dönemine kadar korundu.

Hicretin 41. senesinde (M. 661) Emevî Devleti kurulduktan sonra, Emevîler, Ömer'in Mescid-i Aksa içerisinde inşa ettirdiği Kıble Mescidi'ni yenilemeye giriştiler. Bu sırada yapı malzemesi olarak ahşap yerine taş kullandılar ve yeni mescidi 3000 kişiyi alacak şekilde genişlettiler. Mucîruddîn, Mukaddesî ve Suyutî gibi bazı Müslüman tarihçiler, Mescid-i Aksa'daki en büyük yenileme hareketinin M. 685 senesinde Halife Abdulmelik b. Mervân döneminde başladığını ve bu yenileme sürecinin sonraki dönemlerde Kubbetu's-Sahrâ'nın inşasına kadar süren geniş bir zaman dilimini kapsadığını ifade ederler. Bu süreç içerisinde değerlendirilebilecek bir şekilde, onun oğlu Velid b. Abdulmelik M. 715 senesinde Kubbetu's-Sahra'nın inşasına başlamıştır. Kubbetu's-Sahra, Mescid-i Aksa'nın merkezinde bulunan ve tepenin en yüksek yerini teşkil eden kayanın üzerine inşa edilmiş altın bir kubbe ve bu kubbeyi taşıyan bir yapıdan ibarettir. Müslümanlar Peygamber Muhammed'in Mirac'a çıkış sırasında ayak bastığı son yeryüzü parçasının bu kaya olduğuna inanırlar. Velid b. Abdulmelik, bu kaya üzerine inşa ettirdiği Kubbetu's-Sahra'nın yapımına başlanmadan önce, hemen onun yanında küçük bir kubbe inşa ettirmiş ve bu kubbe daha sonra "Silsile Kubbesi" olarak anılmıştır. Bu küçük kubbe, büyüğü yapılmadan önce onun bir örneği olacak şekilde inşa edilmiştir. 
M. 746 senesinde Mescid-i Aksa, büyük ölçüde yıkılmasına neden olan bir depreme maruz kalmıştır. Dört sene sonra, Saffâh Emevî halifeliğini ortadan kaldırıp M. 750'de Abbâsî Devleti'ni kurmuştur. Saffâh'ın ölümünden sonra hilafete geçen kardeşi Ebu Cafer el-Mansûr Mescid-i Aksa'yı yeniden inşa etmek istemiştir. Yeniden inşa faaliyeti M. 771'de sona ermiştir. Bununla birlikte 774'teki bir başka deprem, Mansûr'un yeniden inşa ettiği bölümlerin büyük bir kısmının tahrip olmasına neden olmuştur. Bunun bir istisnası Mescid-i Aksa'nın kuzey bölümündeki bir kesimdir. 780'de Halife Muhammed el-Mehdî binanın yeniden yapılmasını emrederek, binayı ence arttırmış uzunlukça kısaltmıştır. 985'te Coğrafyacı el-Mukaddesî, yenilenmesini tamamlanan mescidin "15 revak ve 15 kapı" içerdiğini aktarır.

1033'te gerçekleşen başka bir deprem, Mescit'te geniş bir alana yayılan bir tahribe neden oldu. Fatımî halifesi ez-Zâhir döneminde bu tahripler izale edilerek Mescit 1034 ve 1036 arasında yenilendi. Bu yenileme sırasında Mescit'teki revakların sayısı on beşten yediye indirildi.

1099 yılında, Birinci Haçlı Seferi sırasında Haçlılar Kudüs'ü ele geçirdiler ve sadece Mescid'i tahrip etmekle kalmayıp, adını da Süleyman Mabedi olarak değiştirdiler. Haçlılar Mescid-i Aksa'yı ilk olarak Krallık Sarayı ve At Ahırı olarak kullandılar. Bugün bile, özellikle Kıble Mescidi'nin altında yer alan ve Haçlılar döneminde at ahırı olarak kullanılan Mervan Mescidi'ndeki sütunlarda atların bağlanması için kullanılan delinmiş bölümler görülmektedir. 1119 senesinde Mescid-i Aksa tamamen tapınak şövalyelerinin merkezi haline geldi. Bu evre boyunca Mescid bir tapınağa dönüştürülecek şekilde değişikliklere uğradı. Güney şerefesinin genişletilmesi, Kilise için bir mihrap ve ayırıcı bir duvar inşa edilmesi, yapının önemli bölümlerine oldukça büyük haçlar ilave edilmesi bu değişikliklerden bir kısmı arasında yer alır. Aynı bölgede yeni bir manastır ve kilise inşası da bu değişiklikler arasındadır. Ayrıca tapınak şövalyeleri, yapının batı ve doğu yönlerinde tonozlar inşa ettiler. Bu tonozlardan batı kısmında bulunanı bugün kadınlar mescidi olarak, doğu kısmında bulunanı ise İslam müzesi olarak kullanılmaktadır.

1187 yılındaki kuşatma ertesinde Selahaddin Eyyubi Kudüs'ü Haçlıların elinden geri almayı başardı ve Mescid-i Aksa'da önemli birçok düzenleme ve restorasyon gerçekleştirdi. Mescid'in yeniden müslümanların ibadetine açılabilmesi için Selahaddin, haçlıların mescitteki kalıntılarını temizledi, mescidin zeminini değerli halılarla döşeyerek bunları gül suyu ve buhurla kokulandırdı. Daha önce Nureddin Mahmud Zengi tarafından 1168-1169 yılları arasında Mescid-i Aksa için hazırlanmasını istediği, ancak tamamlanması Zengi'nin vefatı ertesinde gerçekleşen, mükemmel bir ahşap işleme ve geçme tekniğiyle hazırlanmış, ceviz ağacından sedef kakmalı bir minberi 1187'nin Kasım ayında mescide yerleştirdi. 1218 yılında Mescidin güney revakları üç kapıyla birlikte, Dımeşk'teki Eyyubi sultanı el-Muazzam tarafından yapıldı. 1345'te ise Mescid'in doğu tarafına, Memluk sultanı el-Kâmil'in emriyle geniş bir alan taşla döşendi ve iki kapı muhafızlığı eklendi.

Osmanlılar Kudüs'e 1516 yılından 1918'e kadar hükmetmişlerdir. Kudüs'ün varolan önemi, Osmanlı idaresinde daha da artmış ve ilerleyen dönemlerde Kudüs doğrudan İstanbul'a bağlı bir mutasarrıflık haline getirilerek Kudüs-i Şerîf adını almıştır. Osmanlılar Mescid-i Aksa'nın kendisinde büyük yapısal değişikliklere gitmemişlerdir. Bunun yerine "harem-i şerif"in tamamına önemli ilavelerde bulunmuşlardır. 

1516'de Mercidabık zaferiyle Memlukleri yenilgiye uğratan Yavuz Sultan Selim (I. Selim) Şam beldelerini ve Kudüs'ü ele geçirmiştir. Sultan Selim 4 Zilhicce 922 / Miladi 1516'da Kudüs'e girmiş ve şehrin alimleri kendisini karşılamaya gelerek Mescid-i Aksa ve Kubbetu's-Sahra'nın anahtarlarını ona vermiştir. Sultan I. Selim'in vefatından sonra tahta geçen, oğlu Kanuni Sultan Süleyman Kudüs'te gerçekleştirdiği inşa faaliyetlerinin yanı sıra Mescid-i Aksa'ya da önemli ilavelerde bulunmuştur. Kubbetu's-Sahra'nın tüm pencereleri ve dört kapısından üçünü yenileyen Sultan Süleyman, Silsile Kubbesi'ni restore ettirmiş, Halil Kapısı'ndaki kalenin batı tarafında bulunan Kale Camii'ne 1531 yılında bir minare yaptırmıştır. Sultan Süleyman'ın Mescid-i Aksa'da gerçekleştirdiği en etkili inşa faaliyeti, bugün Aksa Harem Bölgesinin sınırlarını oluşturan ve bir kısmı Aksa'nın surları olarak hizmet veren şehir surlarını yenilemesi olmuştur. Sultan Süleyman üç yüz sene boyunca duvarları yıkık bir halde bulunan surları, beş sene içerisinde yeniden inşa ettirmiştir. İki mil uzunluğuna sahip olan surlar, yaklaşık 12-13 metre yüksekliğe sahiptir.