'nda 7'şer karşılaşmada forma giydi. Ligde toplam 2418 dakika süre alırken, toplam 7 gol attı. Türkiye Kupası'nda ise 581 dakika süre alırken, gol atma başarısı gösteremedi. UEFA Kupası'nda toplam 488 dakika süre aldı ve 1 gol attı. Sezonun sona ermesinin ardından İspanyol spor dergisi "Don Balón" tarafından, 1987 ve üstü doğumlu 100 yıldız futbolcu arasında en iyi 8. futbolcu olarak gösterildi.

2008-09 sezonunda Galatasaray'ın yeni teknik direktörü Alman Michael Skibbe oldu. 
Arda sezonun ilk resmî maçına, 13 Ağustos 2008 tarihinde UEFA Şampiyonlar Ligi üçüncü ön eleme turunda oynanan ve 2-2 berabere sonuçlanan Steaua București maçında çıkarken, Nonda'nın attığı 2. golde ortayı yapan isim oldu. 17 Ağustos 2008 tarihinde Kayserispor ile oynanan Türkiye Süper Kupası maçında sakatlığı sebebiyle forma giyemedi. Galatasaray, 2-1'lik sonuçla kupada şampiyonluğu elde etti. Turan, kariyerinde ilk defa bir Türkiye Süper Kupası şampiyonluğu yaşadı. Turan, 23 Ağustos 2008 tarihinde Galatasaray'ın 4-1 kazandığı Denizlispor mücadelesine yedek kulübesinde başladı. Maçın 46. dakikasında Hasan Şaş'ın yerine oyuna dahil olarak, sezonun ilk lig maçına çıktı. 5 Ekim 2008 tarihinde 2-1 kaybettikleri Bursaspor maçında takımının tek golünü attı. Bu gol, bu sezon attığı ilk resmî gol oldu. Bu maçtan 14 gün sonra, 3-0 kazandıkları Trabzonspor karşılaşmasındaki ilk golü attı. Maçta atılan 2. golde ise altı pas bölgesinden yaptığı vuruşta, top takım arkadaşı Servet Çetin'e çarparak ağlarla buluştu ve atılan gol Çetin'e yazıldı. Maçta attığı gol, Galatasaray resmî İnternet sitesinde yapılan oylamada taraftarlar tarafından Ekim ayının en güzel golü seçildi. 23 Ekim 2008 tarihinde, 1-0 kazandıkları UEFA Kupası B Grubu maçında, Yunan ekibi Olympiakos karşılaşmasında ilk on birde sahaya çıktı. Bu maçla birlikte bu sezonki ilk Avrupa kupası maçına çıkmış oldu. 90 dakika oyunda kalmasına karşın gol atamadı. Bu maçtan bir hafta sonra, Türkiye Kupası B Grubu'nda 1-1 eşitlikle biten Ankaraspor maçında forma giyerek, bu sezonki ilk Türkiye Kupası maçına çıktı.

2 Kasım 2008 tarihinde ligde oynanan ve 3-1 galibiyetle sonuçlanan Gaziantepspor maçında skoru belirleyen son golü attı. Ayrıca, Harry Kewell'ın attığı maçın ilk golünde asist yaparken, Gaziantepspor'un golle sonuçlanan penaltısına sebebiyet veren isim oldu. 16 Kasım günü İstanbul Büyükşehir Belediyespor ile oynanan lig maçının 75. dakikasında yere yığıldı. Ambulansla hastaneye kaldırılan Turan'ın kalp ritminin yükseldiği belirtilirken, ertesi gün taburcu edildi. 22 Şubat 2009 tarihinde ligde Kocaelispor karşısında alınan 5-2'lik mağlubiyet sonrasında, teknik direktör Skibbe gönderildi ve yerine Galatasaray'ın eski kaptanlarından Bülent Korkmaz getirildi. 26 Şubat 2009 tarihinde Girondins de Bordeaux ile oynanan UEFA Kupası 3. tur maçında 2 gol attı. Bu gol, Turan'ın hem kulüp hem de Galatasaray kariyerinde, Avrupa kupalarında bir maçta 2 gol attığı ilk karşılaşma oldu. Ayrıca bu maçtaki performansı ile Galatasaray resmî İnternet sitesi üzerinde yapılan oylamada taraftarlar tarafından maçın adamı olarak seçildi.

1 Mart 2009 tarihinde 1-0 kazanılan Konyaspor ve 15 Mart 2009 tarihinde 2-2'lik skorla biten Trabzonspor lig maçlarında 1'er gol attı. Ayrıca, Trabzonspor mücadelesinde Milan Baroš'un attığı ilk golün pasını veren isim oldu. 12 Nisan 2009 tarihinde 0-0 eşitlikle sonuçlanan Fenerbahçe derbisinde, oyuncular arasında çıkan kavga sırasında rakip futbolcu Semih Şentürk'e yumruk atması nedeniyle kırmızı kart gördü. 30 Mayıs 2009 tarihinde Sivasspor ile oynanan ve 2-1'lik galibiyetle sonuçlanan ligin son karşılaşmasında takımına galibiyeti getiren golleri attı.

Arda Turan, Galatasaray takımıyla 2008-09 sezonunda yalnızca 1 kupa şampiyonluğu yaşadı. Ligde toplam 29 maçta forma giydi ve 7 gol attı. Bu maçların 27'sinde ilk on birde sahaya çıkarken, toplam 2471 dakika süre aldı. Türkiye Kupası'nda toplam 6 maçta forma giydi ve 2 gol attı. 5 maçta sahaya ilk on birde çıktı. Bu maçlarda toplam 510 dakika sahada kaldı. Şampiyonlar Ligi elemelerinde 2 maçta ilk on birde sahaya çıktı ve toplam 180 dakika forma giydi. Bu maçlarda gol atma başarısı gösteremedi. UEFA Kupası'nda forma giydiği 8 maçın tamamında ilk on birde sahaya çıktı. 711 dakika süre aldığı bu maçlarda toplam 2 gol attı.

Galatasaray, 2009-10 sezonuna da teknik direktör değişikliği ile başladı. Bir önceki sezon başında göreve gelen Bülent Korkmaz'ın yerine, Hollandalı Frank Rijkaard getirildi. Arda Turan, 10 Temmuz 2009 tarihinde düzenlenen bir basın toplantısı ile Galatasaray kaptanlığına getirildi. Böylelikle 22 yaşındayken bu göreve getirilen Turan, Turgay Şeren, Bülent Korkmaz ve Tugay Kerimoğlu'ndan sonra Galatasaray tarihinin en genç kaptanı oldu. Yine aynı tarihte, yeni sezonda 10 numaralı formayı giyeceği açıklandı. Arda sezonun ilk maçına, 9 Ağustos 2009 tarihinde deplasmanda 3-2 kazandıkları Gaziantepspor karşılaşmasında çıktı. Ayrıca bu karşılaşma, Galatasaray kaptanı olarak çıktığı ilk maç oldu. Karşılaşmanın 8. dakikasında takımını 1-0 öne geçiren golü attı. Ayrıca Galatasaray'ın 2009-10 sezonundaki ilk resmî golünü kaydetti. Attığı bu golle birlikte Galatasaray'da, beş sezon sonra sezonun ilk golünü ilk kez bir Türk oyuncu atmış oldu. 15 Ağustos 2009 tarihinde, ligde 4-1 kazanılan Denizlispor karşılaşmasında takımını 2-1 öne geçiren golü attı. Böylece ligde oynadığı ilk iki karşılaşmada da gol atma başarısı gösterdi. Galatasaray'ın 20 Ağustos 2009 tarihinde, Levadia Tallinn'i 5-0 mağlup ettiği Avrupa Ligi karşılaşmasında 90 dakika forma giydi. Yıl sonunda, Uluslararası Futbol Tarihi ve İstatistikleri Federasyonu tarafından 2009 yılının en popüler aktif futbolcusu olarak gösterildi.

31 Ocak 2010 tarihinde, Galatasaray'ın deplasmanda Denizlispor'u 2-1 mağlup ettiği lig karşılaşmasında, takımını 1-0 öne geçiren golü attı. Bu gol, 2010 yılında attığı ilk resmî gol oldu. 28 Şubat 2010 tarihinde Kasımpaşa ile oynanan ve 4-1 kazanılan lig maçında, takımını 1-0 öne geçiren golü attı. Attığı bu gol, 2009-10 sezonundaki son resmî golü oldu. 11 Nisan 2010 tarihinde Galatasaray'ın Diyarbakırspor'u 4-1 mağlup ettiği karşılaşmanın 60. dakikasında, oyundan alındığı sırada taraftarların bir bölümü tarafından ıslıklı protestoya maruz kaldı. Bu protestolara alkışla karşılık verdikten sonra doğrudan soyunma odasına gitti. Turan, ligin 31. haftasında oynanan Bursaspor maçının ardından, "Avrupa’da oynamak istiyorum. Herhalde taraftar da burada daha fazla faydalı olamayacağımı düşünüyor." açıklamasını yaptı. Bu haberler üzerine ulusal basında, Premier League takımlarından Tottenham Hotspur'un Arda için Galatasaray'a €12.000.000 teklif ettiği haberleri çıktı. Kasım 2010'daki yurt dışındaki tatili sırasında domuz gribine yakalandı; ancak birkaç günlük tedavinin ardından iyileşerek takımla birlikte çalışmalara başladı.

Ligde takımı ile 29 maça çıktı ve 7 gol attı. Bu maçların 27'sinde ilk on birde görev alırken toplam 2279 dakika sahada kaldı. Takımı ise ligi 3. sırada tamamladı. Türkiye Kupası'nda toplam 6 maça çıktı. Oynadığı maçların hepsinde ilk on birde başlayan Turan, 467 dakika süre alırken toplam 4 gol attı. Galatasaray kupada çeyrek finalde elendi. Avrupa Ligi'nde ise 8 maça çıktı. 6 maçta ilk on bir başlayan Turan, 593 dakika süre aldığı bu organizasyonda hiç gol atamadı. Galatasaray turnuvaya 2. turda veda etti.

Arda 2010-11 sezonunun ilk resmî maçına, 29 Temmuz 2010 tarihinde Galatasaray'ın OFK Beograd ile 2-2 berabere kaldığı Avrupa Ligi maçında çıktı. Karşılaşmada takımının 2 golünü de kendisi attı. Böylece sezonun ilk resmî maçında 2 gol attı. Ligdeki ilk maçına ise 14 Ağustos 2010 tarihinde Galatasaray'ın deplasmanda Sivasspor'u 2-1 mağlup ettiği karşılaşmada çıktı. 79 dakika saha kalan Turan, Mustafa Sarp'ın attığı ilk golde asisti yapan isim oldu. Galatasaray 31 Ağustos 2010 tarihinde, resmî İnternet sitesi aracılığıyla İspanyol kulübü Atlético Madrid'den Arda Turan için yazılı bir transfer teklifi geldiğini ancak oyuncuyu satmayı düşünmediğini duyurdu. Ligdeki ilk 3 karşılaşmada ilk on birde forma giyen Turan, Türkiye'nin Belçika ile oynadığı millî maçta sakatlık geçirdi ve 12 hafta boyunca sahalardan uzak kaldı. Ekim 2010 tarihinde, Almanya'nın başkenti Münih'te ameliyat oldu. Galatasaray'ın ligde 15 Ekim 2010 tarihinde Ankaragücü'ne 4-2 kaybettiği maçında ardından, teknik direktör Frank Rijkaard'ın görevine son verildi ve yerine Gheorghe Hagi getirildi. Ekim 2010 tarihinde, Galatasaray ile 2012-13 sezonunun sonuna kadar geçerli olacak yeni bir sözleşme imzaladı.

Turan, Aralık 2010 tarihinde takımla birlikte çalışmalara başladı ancak ligin 15. haftasında oynanan Kasımpaşa maçında, teknik direktör Hagi tarafından kadroya alınmadı. Sakatlık döneminin ardından ilk resmî maçına, 11 Aralık 2010 tarihinde 2-0 kaybedilen Gençlerbirliği maçında çıktı. Ligde oynanan bu mücadelenin 55. dakikasında, sakatlanan Sabri Sarıoğlu'nun yerine oyuna dahil oldu. Bu maç, Ali Sami Yen Stadyumu'nda oynanan son lig maçı oldu. Nike firması, Turan'ın uzun süren sakatlık döneminden sonra yeşil sahalara dönmesi sebebiyle, futbol kariyerindeki sayısal verilere dayalı kısa bir film yayınladı. 19 Aralık 2010 tarihindeki sezonun ilk yarısının son lig karşılaşmasında, Konyaspor'a karşı deplasmanda 1-0'lık sonuçla kazanılan karşılaşmada tedbir amaçlı maç kadrosuna alınmadı.

11 Ocak 2011 tarihinde, Türkiye Kupası'nda 3-1 kazanılan Beypazarı Şekerspor mücadelesinde ilk on birde sahaya çıktı. Maçta takımını 2-1 öne geçiren golü attı. Bu gol bu sezonki ilk Türkiye Kupası golü oldu. Ayrıca bu maç Ali Sam Yen Stadyumu'nda oynanan son resmî karşılaşma oldu. 18 Ocak 2011 tarihinde, Antalyaspor ile oynanan ve 0-0 eşitlikle sonuçlanan Türkiye Kupası maçında 90 dakika forma giydi. Bu maçtan sonra sakatlığı tekrar nüksetti. Bu maçtan 5 gün sonra Sivasspor ile oynanan ve 1-0 kazanılan ligin ikinci yarısındaki ilk maçta kasık ağrısı sebebiyle kadrodan çıkarıldı. Turan'ın kasığından tekrar sakatlanması üzerine, Galatasaray'ın eski sağlık kurulu başkanı Mehmet K