odern Lucca) kentinde bir araya geldi. Roma'ya tam bir karmaşa hâkimdi ve Clodius'un popülist kampanyası Crassus ve Pompey arasındaki ilişkinin altını oymaya başlamıştı. Toplantıda Üçlü yönetim yenilenirken Sezar'ın prokonsüllüğü beş yıllık bir süre için yeniden uzatıldı. Crassus ve Pompey'in yeniden konsül seçilmesi ve tıpkı Sezar gibi aynı süreler için Crassus'un Suriye ve Pompey'in Hispania prokonsülü olmaları kararlaştırıldı. Sezar'ın Venetileri deniz savaşında yenmesi ile Armorica'nın fethi tamamlanırken, genç Crassus da güneybatıda Aquitanilerin topraklarının fethini tamamlamıştı. MÖ 56 yılındaki seferin ardından sadece alçak kıyı bölgelerde yaşayan Morini ve Menapi kabilelerinin toprakları Roma'nın kontrolü dışında kalmıştı.

MÖ 55 yılında, Galya'ya karşı Cermen kabileleri Usipeteler ve Tencteriler tarafından gerçekleştirilen bir işgal girişimini defeden Sezar, hemen ertesinde Ren Nehri üzerine bir köprü yaptırdı ve geri dönüp köprüyü sökmeden Cermen topraklarında bir süre dolaşarak gövde gösterisi yaptı. Aynı yıl yaz mevsiminin sonlarında doğru Morini ve Menapilere boyun eğdirdi ve Britonların bir önceki yıl kendisine karşı savaşan Venetilere yardım ettiği gerekçesiyle Britanya'ya geçti. İstihbaratı zayıftı ve Kent kıyılarında bir kıyıbaşını ele geçirdiği halde bu durumu muhafaza etmenin güçlüklerinden dolayı kışı geçirmek üzere Galya'ya geri döndü. Ertesi yıl daha büyük bir güç ve daha iyi hazırlanarak geri dönen Sezar ülkenin içlerine kadar ilerledi ve Trinovanteli Mandubracius'u, rakibi Cassivellaunus ile anlaşma sağlayarak müttefik kral olarak tespit etti. Ancak Galya'da hasatın kötü gitmesi, Eburoneli Ambiorix'in liderliğini yaptığı ve Sezar'ı tüm kış ve takip eden yılın ortalarına kadar sürecek bir çatışmaya sürükleyen bir ayaklanmaya neden oldu. Ambiorix'in ortadan kaldırılmasıyla Sezar artık Galya'nın tamamen kontrol altına alındığına kanaat getirdi.

Sezar'ın Britanya'da seferde olduğu sırada Pompey'in karısı olan kızı Julia doğum yaparken öldü. Sezar, ittifak anlaşmasını yenilemek ve desteğini kaybetmemek için Pompey'e Gaius Marcellus'la evli olan yeğeni Octavia'yı teklif ettiyse de Pompey bu öneriyi reddetti. Crassus, MÖ 53 yılında, başarısız bir Part ülkesini işgal girişimi sırasında öldü. Roma, şiddetin sınırına gelmişti. Pompey tek başına konsül olarak atandı ve hemen ardından düzeni sağlamak için boş konsül koltuğuna oturması için davet ettiği, Sezar'ın politik rakiplerinden Quintus Metellus Scipio'nun kızı Cornelia ile evlendi. Triumvirlik sona ermişti.

MÖ 52 yılında Arverni kabilesinden Vercingetorix'in liderliğini yaptığı yeni bir isyan tüm Galya'ya yayıldı. Vercingetorix tüm Galya kabilelerini bir araya getirmeyi başarmış ve Sezar'ı Gergovia Savaşı'da dahil birkaç çarpışmada yenerek askeri yeteneğini göstermişti ancak Sezar'ın Alesia savaşı'ndaki özenle hazırlanmış kuşatma planı karşısında nihayet teslim olmak zorunda kalmıştı. Ertesi yıl boyunca süren dağınık isyanlara rağmen Galya tam olarak fethedildi.
Titus Labienus, Sezar'ın en yüksek rütbeli legatesi olarak Galya seferi sırasında propraetor unvanı aldı. Sezar'ın komutası altında görev yapan diğer dikkat çekici kişiler arasında akrabası olan Lucius Julius Caesar, Crassus'un oğulları Marcus ve Publius, Cicero'nun kardeşi Quintus, Decimus Brutus, ve Marcus Antonius bulunur.

Plutarch, ordunun tüm Galya Savaşları boyunca savaşmak zorunda kaldığı asker sayısının üç milyon civarında olduğunu, bunlardan bir milyonun öldürüldüğünü, geri kalanlardan bir milyonunun da köleleştirildiğini iddia eder. 300 kabileye boyun eğdirilmiş ve 800 kent yıkılmıştır. Avaricum (Bourges) kentinin nüfusunun neredeyse tamamı (toplam 40.000) kılıçtan geçirilmiştir. Jül Sezar, memleketlerinden ayrılan Helvetler kabilesine mensup insan sayısının 368.000 kişi olduğundan, bunlardan 92.000 kişinin silah taşıdığından ve sadece 110.000 kişinin geri dönebildiğinden bahseder. Ancak doğru sayıyı bilebilmenin zorluklarına ilave olarak Sezar'ın propaganda amaçlı verileri ve antik metinlerdeki abartılı rakamlar göz önüne alındığında düşmanın sahip olduğu savaşçı sayısının bu kadar yüksek olamayacağı aşikardır. Furger-Gunti, 60.000 askerden fazla bir mevcuda sahip ordunun planlanan taktik açısından kuşkulu olacağını bu sebeple Helvetilerin 40.000 savaşçıya karşın toplam 160.000 göçmenden oluşmuş olabileceğini iddia eder. Delbrück, sayıyı daha aşağıya çeker ve 100.000 göçmene karşın Romalıların sahip olduğu 30.000 kişilik asker gücünün neredeyse yarısı olan 16.000 savaşçı olduğunu iddia eder.

Sezar adı, sahip olduğu askeri yeteneklerden dolayı tarihçiler tarafından tarihin en önemli askerî taktisyen ve stratejistleri olarak kabul edilen Büyük İskender, Sun Tzu, Halid bin Velid, Hannibal, Cengiz Han ve Napolyon Bonapart'la birlikte anılmıştır. Sezar, gerek Galya savaşları sırasındaki Gergovia savaşında, gerekse iç savaş sırasındaki Dyrrhachium savaşında taktik açıdan göz alıcı zaferler kazanmıştır. Ancak, Sezar'ın taktik dehası kendini Galya Savaşları sırasındaki Alesia kuşatmasında, iç savaş sırasındaki Farsalus savaşında, Pompey'in sayıca fazla birliklerini geri püskürtmesiyle ve Pharnaces'in ordusunu Zela savaşında yok etmesiyle göstermiştir.

Sezar'ın hangi topraklarda ya da hangi hava koşullarında olursa olsun seferlerindeki başarısının sırrı, komuta ettiği Lejyonların sahip olduğu sıkı ama adil disiplindi. Sezar birinci sınıf piyade ve süvarilere sahip olmanın yanında müthiş Roma ağır silahlarına ve üstün mühendislik yetenekleriyle donatılmış bir orduya sahipti. Aynı zamanda manevra yapan birliklerin ulaştığı hız efsane haline gelmişti; Sezar'ın ordusu bazen bir günde o zaman için inanılmaz bir mesafe olan 40 mil (yaklaşık 64 km.) yol alabiliyordu. Sezar'a ait "Galya Savaşı Üzerine Yorumlar" adlı kitapta anlatılanlara göre, oldukça sarp ve yüksek bir plato üzerine kurulmuş olan bir Galya şehrinin kuşatması sırasında, Sezar'ın mühendisleri sert kayadan bir tünel açmış ve şehrin su çektiği kaynağa ulaşıp yönünü değiştirerek ordunun kullanımına tahsis etmişti. Su kaynağı kesilen şehir bir süre sonra teslim olmak zorunda kalmıştı.

MÖ 50 yılında Pompey'in önderliğindeki Senato, prokonsüllük görevinin sona erdiği gerekçesiyle Sezar'a Roma'ya geri dönmesi ve ordusunu terhis etmesi emrini verdi. Dahası, Senato Sezar'ın "in absentia" (gıyabında) ikinci kez konsül seçilmesini de yasakladı. Sezar, konsüllerin kullandığı dokunulmazlık hakkı ya da ordusunun gücü arkasında olmadan Roma'ya girmesi halinde kovuşturmaya uğrayacağını ve politik olarak dışlanacağını düşünüyordu. Pompey, Sezar'ı başkaldırı ve vatana ihanetle suçladı. Sezar'ın 10 Ocak MÖ 49'da generallerin ordularıyla geçmelerinin yasak olduğu Rubicon nehrini "Lejyon XIII Gemina" ile geçmesiyle Roma'da iç savaş başlamış oldu. Plutarch, Sezar'ın Rubicon'u geçtiğinde Atinalı bir oyun yazarı olan Menandros'a ait "ἀνερρίφθω κύβος" deyişini kullandığını söyler. Suetonius bu deyişin Latince karşılığını "alea iacta est" yani "ok yaydan çıktı" olarak verir.

Güneye kaçan Metellus Scipio ve Genç Cato'nun da aralarında bulunduğu Optimatlar, özellikle Kuzey İtalya'daki şehirlerin çoğunluğunun teslim olmasının ardından yeni toplanan birlikler sayesinde biraz nefes aldılar. Samarium'da giriştikleri bir lejyon toplama girişimi, lejyonun kayda değer bir çarpışmaya katılmadan teslim olmasıyla sonuçsuz kaldı. Sezar'ın sahip olduğu tek lejyon olan Onüçüncü Lejyon'dan çok daha fazla bir güce sahip olmasına rağmen Pompey'in savaşmaya pek niyeti yoktu. Sezar, Senato ve Lejyonlarını kıstırarak Pompey'i kaçmadan yakalama umuduyla onu Brindisium'a kadar kovaladı. Pompey onu atlattı ve Sezar'ın barikatları yıkmasından hemen önce limandan demir alarak kurtulmayı başardı.

Limanda bulunan tüm gemiler Pompey tarafından birliklerinin tahliyesi için kullanıldığından onu takip etmek mümkün değildi ve bunu üzerine Sezar yönünü Hispania'ya çevirdi. Roma'yı Marcus Aemilius Lepidus'un prefect'liğine ve İtalya'nın geri kalanını tribün Marcus Antonius'un kontrolüne bırakan Sezar, şaşırtıcı bir hızla 27 gün içinde Hispania'ya ulaştı ve kendisine katılan iki Galya Lejyonu ile Pompey'in vekillerini bozguna uğrattı. Hemen ardından Pompey'le hesaplaşmak üzere doğuya, Yunanistan'a doğru ilerledi. 10 Temmuz MÖ 48'de Dyrrhachium'da yapılan savaş sırasında tahkimat hattının yıkılması nedeniyle neredeyse felaketle sonuçlanabilecek bir bozgundan kıl payı kurtuldu. Sezar, kısa süre sonra yapılan Farsalus savaşıyla kendisinden çok daha güçlü (Sezar'ın piyadelerinin iki katı piyade ve kayda değer miktarda süvari fazlası) olan Pompey'i MÖ 48 yılında kesin olarak yenilgiye uğrattı.

Roma'da Sezar diktatör olarak atanırken Marcus Antonius da onun Magister Equitum'u olarak göreve başladı. Bu göreve atanmasından sadece 11 gün sonra diktatörlükten istifa eden Sezar, Publius Servilius Vatia ile ikinci kez Konsül seçildi.

Sezar, Pompey'i Kral XIII Ptolemaios'un hizmetinde çalışan eski bir Romalı subay tarafından öldürüleceği İskenderiye'ye kadar kovaladı. Ardından XIII. Ptolemaios ve onun kız kardeşi, karısı ve aynı zamanda vekil kraliçe olan Firavun Kleopatra VII arasındaki iç savaşa müdahil oldu. Bunun sebebi belki de Ptolemaios'un Pompey'in katlindeki rolüdür. Sezar Kleopatra'nın tarafını tuttu. Anlatılanlara göre XIII. Ptolemaios'un mabeyincisi Pothinus tarafından kendisine hediye olarak takdim edilen Pompey'in kesik başına ağlamıştı. Her halükârda, Ptolemaik güçler MÖ 47 yılında yapılan Nil Savaşı ile Sezar tarafından yenildiler ve hemen ardından Sezar'dan Caesarion adlı bir çocuğu olduğundan şüphelenilen Kleopatra, tahta çıkarıldı. Sezar ve Kleopatra İskenderiye iç savaşı sırasında elde ettikleri zaferi MÖ 47 yılı baharında Nil üzerinde düzenledikleri bir zafer alayı ile kutladılar. Kraliyet kayığına eşlik eden 400 gemi, Sezar'a Mısır Firavunlarının sahip olduğu ihtişamı yansıtmayı amaçlıyordu. 
Sezar ve Kleopatra hiç evlenmediler zira Roma kanunlarına göre bunu yapmaları mümkün değildi. Evlilik kurumu sadece Roma yurttaşları arasında yapıldığında geçerli oluyordu ve