ş olan Mes’udiye tekkesi temsil ediyordu. Anadolu Selçukluları’nın nüfuz ve hâkimiyet sahaları tamamen Moğollar’ın denetim ve müsaadesine tâbi bulunuyordu. Birçok şehirlerde İlhanlılar’ın himâyesi altında Şiiliği neşreden "Bâtınû'l-Mezhep Babalar" tarafından açılan zâviyelerin sayıları da gün geçtikçe artmaktaydı. Moğollar’ın nüfuzuyla Mes’udiye Medresesi müderrisi Sünni âlimlerden Şeyh Mecdüddîn İsâ azledilerek yerine Şîʿa-i Bâtın’îyye'nin en değerli dâ’îlerinden Şems’ûd-Dîn Ahmed Baba atandı.

Horasan Erenleri nâmıyla Oğuz boyları arasında kendilerine yer edinen Şîʿa-i Bâtın’îyye dâ’îleri ve millî lisân ile konuşarak halkın ruhiyatına pek uygun telkinlerde bulunan Batıni Babalar iptidaî şerait içerisinde yaşamlarını idâme ettirme mücadelesi sürdüren ve şehirliliğin ince yaşam tarzını bilmeyen Oğuzların bir kısmına kendilerini birer veli olarak tanıtmayı başarıyla becermişlerdi. Batıniler, süslü nâzım lisanından bir şey anlamayan bu aşiretler arasında düzenledikleri sazlı ve şaraplı meclislerde geçmişin tüm hurafe ve efsanelerini halka nakletmek suretiyle insanların gönüllerinde yer ediniyorlardı.

Anadolu Selçuklu Devleti’nin çöküşünün başlangıcı olan Gıyaseddîn-i Keyhüsrev-i Sâni’nin Kösedağ yenilgisi ( H. 640 / M. 1243 ) üzerine Anadolu’nun tamamı Moğollar’ın denetim alanı içerisine girdi. Anadolu’nun tamamı Aksaray’da ikâmet eden ve barışı tesis etmek ile görevlendirilmiş bir Moğol valisi tarafından yönetilmekteydi. İşte bu fetret devrinde, Celâl’ed-Dîn Harzem Şâh Menküberti’nin ordularıyla Orta Asya’dan Anadolu’ya gelen Batıniye dervişleri de devletin takibatından kurtulmuş olarak faaliyetlerini serbestçe sürdürmekteydiler. Anadolu’nun her tarafında Şii ve Batıni-Alevi babalar tarafından art arda zâviyeler açılmaktaydı. Sultan Mes’ud Evvel’in Amasya’daki tekkesine Baba İlyas Horasanî gibi Şîʿa-i Bâtın’îyye Mezhebi’nin en meşhur bir dâ’îsi postnişin olmuştu. Vaktiyle, İlhanlı saraylarında mâkam ve mevki sahibi olan Şii âlimler Anadolu Selçukluları’nın Moğollar’ın himayesi altına girmeleri fırsatından istifadeyle Anadolu’ya yayıldılar. 

Müridi Sâd’ed-Dîn Köpek’in Anadolu Selçuklu vezîr-i â’zamlığına yükseltilmesi ve kazandığı başarılardan son derece memnuniyet duyan Baba İshâk Kefersudî, o zamana kadar Baba İlyas Horasânî nâmına yaptığı dâvetlerden vazgeçerek kendisini ön plâna çıkarmağa başladı. Yirmi bin ihtilâlciden oluşan bir kuvvet ile H. 632 / M. 1235 yılında huruç hareketi başlattı. Emîrû'l-Müminîn Sadrü'd-Dünya ve’d-Dîn ve Resûlullâh Baba İshâk ünvânıyla hâlifeliğini ilan etti. El-Mukannaʿ benzeri bir şekilde Muhammed’in ruhunun Ali’ye, Ali’den de kendisine hulûl ettiğini iddia ediyordu.
Şimşat, Urfa, Kefersud, Maraş, Ayintâb’dan gelen ve Suriye kıt’asındaki Halep Batıni merkezinden takviye edilen binlerce fedainin katılmasıyla birdenbire elli bin kişilik büyük bir ordu haline dönüşen Şîʿa-i Bâtın’îyye fırkaları Amasya, Tokat, Sivas, Çorum’dan batıya doğru ilerlemeye ve civar şehirlere saldırmağa başlamışlardı. Batıni Babâî Ordu’su önlerine gelen bütün engelleri yıkıp hızla Konya’ya doğru ilerliyorlardı. Babâ'îler’in bu huruç hareketi karşısında tecavüze uğrayan memleketlerin seçkinleri, ulemâ ve eşrafı Mısır’a, Pâyitaht Konya’ya ve Anadolu’nun diğer hücra köşelerine doğru kaçışmaktaydılar. Sonunda durumun vahameti ve ihtilâlin ne kadar geniş bir alana yayıldığı hükümdara anlatıldı. İhtilâlin müsebbipleri arasında olduğu anlaşılan Baba İshâk Kefersudî’nin müridi Vezîr Sâd’ed-Dîn Köpek derhal i’dam edildi.

Meşhur Velâyet-Nâme onu Şiiliğin unvan mezhebini taşıyan Câ’fer-i Sâdık’tan Beyazid Bistâmî’nin getirdiği hırkayı giymiş olan Lokman Perende vasıtasıyla Hoca Ahmed Yesevî’ye bağlar. Velâyet-Nâme üzerinde uzmanlaşmış yazarların naklettiklerine göre Hacı Bektaş’ın tarikât silsilesi önce Baba Haydar’a, ondan da Lokman Serhasî’ye, ve oradan da Şücâ’ed-Dîn Ebû’l Bekâ Baba İlyas el-Horasanî vasıtasıyla Hoca Ahmed Yesevi’ye bağlanmaktadır. Âşık Paşa tarihinde ise Hacı Bektaş Horasan’dan Menteş adındaki kardeşiyle beraber Sivas’a gelerek Baba İlyas Horasanî’ye mürid oldular. Bu intisaptan sonra Hacı Bektaş önce Kayseri’ye oradan da Kırşehri’ne geldi, sonra da Karacahöyüğe yerleşti. Buna göre Hoca Ahmed Yesevî müridlerinden olduğuna dâir rivayetin doğru olmadığı anlaşılıyor.

H. 656 / M. 1258 yılında Bağdad Abbasileri’nin çökmesi sonucu Mısır’a kaçmayı başaran ayni aileden “Mûstensir bil-Lâh Ahmed bin Zâhir” Mısır hükümdarı “Melik Zâhir” "(Baybars)" tarafından M. 1261 tarihinde hilâfete geçirildi. Bu durum “Aleviler” tarafından eskiden kendilerine ait olan Fatımi hilâfet makâmının gasp edilmesi olarak algılandı. Fatımi halifelerinin yeniden canlandırılması ve Mısır’ın gelecekteki siyasi güvenliğinin teminat altına alınmasına yönelik bir tedbir mahiyetinde olan bu hareket, yeni Mısır Abbasi hâlifesinin konumunu da Mısır hükümdarının yanında bir tekke şeyhinden fazla bir nüfuza sahip olamayan bir kukla durumuna indirgiyordu. Durumun kendi aleyhlerine vahim bir şekilde geliştiğini çabuk kavrayan Aleviler olanca güçlerini Moğol Kaanları’nın teveccühünü kazanmak için sarfetmeğe başladılar.

Ebû Said Bahâdir Han’ın H. 736 / M. 1336 tarinde vefatı üzerine Hulâgû’nun erkek evlâdından gelen soyu da böylece tamamen kurumuş oldu. Ebû Said’in vefâtını müteakip ortaya bazı küçük devletçikler ortaya çıktı. Bu yeni "“Emaretler”" arasında en fazla göze çarpan iki hükümetten birisi "“Emîr Çoban”" diğeri ise "“İlkâniyan”" adını alan Celâyiroğulları’ndan "“Emîr Hasan”" sülâlesiydi. Muzafferîler de, Serbedârlar da siyâsi birer oluşum yarattıktan sonra Timur’un ortaya çıkmasıyla yok olup gittiler.

Osmanlı Devleti’nin kuruluş devrinde Osman Gazi’nin kayınpederi "“Şeyh Edebali”" ile Yıldırım Bayezid’in eniştesi "“Emîr Şems’ed-Dîn-i Buharî”" tarafından, Kirmastı’da meşhur "“Geyikli Baba”," Antalya Elmalı’da "“Abdal Mûsâ”" ve Eskişehir Karacahisar’da "“Kumral Baba”" gibi daha birçok “Şîʿa-i Bâtın’îyye” dâîleri adına zâviyeler yaptırılarak bunlara büyük vakıflar bağlanmıştı. Kazdağı yamaçlarında yaşayan Yürükler’in haraç rüsumları "“Emîr-i Buharî”" zâviyesine tahsis edilmişti.
İkinci Murad’ın ise her şehirde muakkak bir tekke yaptırdığı ve Üçüncü Murad Han’ın ise tasavvufî şiirleriyle Osmanlı Padişahları arasında ayrıcalıklı bir mevkiye sahib olduğu bilinmektedir. Fatih’in ûlema ve şeyhlere verdiği önemi ise Mevlânâ Câmî’ye gönderdiği paralardan ve Maverâünnehre bulunduğu ihsanlardan anlaşılmaktadır. Fatih, Hoca ÛbeydʿAllâh-ı Ahrar’ın halifelerinden Şeyh’ûl-İlâhî Semâvî’yi de Edremit’ten alıp İstanbul’a getirtmişti. Ayrıca, Sadr’ed-Dîn Kunevî’nin “Cem’ûl-Gayb” isimli meşhur eserini şerhettirmiş ve İstanbul Zeyrek yokuşunda adına bir de zâviyye inşâ ettirmişti. Vilâyetnâme-i Hacı Bektaş-ı Veli’yyûl Horasanî’ye göre Batı Anadolu’nun fütuhatı Hacı Bektaş’ın hâlifeleri sayesinde gerçekleştirimiş olup, Osman Gazi’de Hünkâr’dan nâsip alanlar arasındandır.
Anadolu Selçukluları dönemi ile Osmanlı Devleti’nin kuruluşu sürecinde Âhilik Anadolu’daki sosyal yaşantının gelişmesine çok önemli katkılarda bulunmuştur. Kendi kural ve kurullarına sahip, günümüz esnaf odalarına benzer bir işlevi olan Âhilik Teşkilatı iyi ahlâkın, doğruluğun, kardeşliğin, yardım severliğin kısacası bütün güzel meziyetlerin birleştiği bir sosyo-ekonomik düzendir. 
Âhiler’in reisi olan ve Kırşehir’de yaşayan Ahi Evran’nın Hacı Bektaş Veli ile de dostlukları vardı. Sivas’taki Âhiler çok geniş bir teşkilâta sahip oldukları gibi Babâîler ile de sıkı münasebetlerde bulunuyorlardı. Bayburt’taki Âhiler’in başkanlığına ise Âhi Emîr Ahmed Bayburdî getirilmişti. 

Alevilik tarihinde yer edinmiş, üstün vasıflara sâhip efsanevî özelliklere hâiz bilgelerin, evliyâ ve uluların tamamını tanımlamak maksadıyla kullanılan isimdir. Osmanlı Türkleri’nin başlattığı fetihlerin en ön saflarında giden, geyiklere binerek düşmanı ürküten, bazen yeşil elbiselere bürünerek beyaz atlara binen, doğaüstü güçlere sahip olduklarına inanılan bu efsanevî erenlerin aniden düşmanın gözlerine görünmeleri ve birdenbire hâsımlarının karşılarına dikilmeleri şeklinde hikâye edilen ve Bâtınû'l-Mezhep Babalar tarafından sürekli olarak anlatılan bu masallar o devrin ilkel zihinlerine birer kerâmet olarak sunulmaktaydı. Bunları nakleden Batıni-Babaların sayıları ise gün geçtikçe artmaktaydı.

Türkler bidâyette yirmi dört boya ayrılmışlardı. Oğuzlar hesapsız aşiretlerle, Uygurlar yüz yirmi boya, Orta Asya’dan göç etmeğe başladıklarında ise Türkler dört bin boya bölünmüşlerdi. Oğuzlar’ın bu yirmi dört boy teşkilâtı bütün Türk devletlerinin esasları arasında dâima görülmektedir. Selçuklular, Eyyubiler, Kölemenler, Akkoyunlular, Harezmşahlar, ve Anadolu Türkmenleri de hep ayni teşkilâtı sürdürmüşlerdir.

Oğuzlar kendi aşiretlerine "öz" adını verirlerdi. Her aşiret bir "il" ile birleşmiş ve o ilin bir parçası olarak kendine yer ayırmış olup, aşiretin bağımsız hayâtı yoktu. "İl" ise tam teşekkül demekti. Tatarlar’da ise aşiret tamamen bağımsızdı. Tatar kavmî birçok şubelerden oluşmaktadır. Her aşiret kendisine mahsus husûsî bir alana sahiptir. Çerkesler’deki aşiret yapısı da Evliya Çelebi tarafından nakledilmektedir. 

Sultan Ebû Said Bahâdir Han’ın H. 736 / M. 1336 tarinde vefâtından sonra bu Türkler elli iki aşirete ayrıldılar. Her yüz haneye bir bey seçilerek Anadolu Selçukluları tarafından Bizans sınırlarına yerleştirildiler. Malatya, Kayseri, Sivas, Amasya taraflarında yurt edinen bu kabileler Selçuklular’ın yıkılmasını müteakip ait oldukları mezhepleri sebebi ile, ve Şîʿa-i Bâtın’îyye babalarının da teşvikleri neticesinde dâima İran’a tâbi olmuşlardı. Anadolu Selçukluları ile mezhebî ihtilâf halinde bulunan bu aşiretler, Âlâ’ed-Dîn-î Key-Kûbâd-ı Evvel ve Gıyas’ed-Dîn-i Key-Hüsrev-i Sâni gibi hükümdarların mutasavvıflara karşı göstermiş oldukları sâmimi alâkaları gördükçe, devletle aralarında olan ihtilâfı unutuyorlardı. Gelgelelim, Babâîler İsyânı neticesinde devletin şüphe ve tereddütlerinden kurtulamayan bu aşiretler, Uç Beyleri tarafından yönetilmekte olan vilâyetlere dağıldılar.

Selçuklular’ın yıkılmasınd