n büyük bölümünü katlettiği 1066 Gırnata Katliamı'dır. "1.500'den fazla Yahudi aile, toplam 4.000 kişi bir günde öldürüldü." Bu, Yarımada'da İslami yönetim altında Yahudilere yönelik ilk saldırıydı. Ayrıca, 12. yüzyılda Endülüs'deki Muvahhid hanedanının hükümdarları tarafından da öldürüldüler ya da din değiştirmeye zorlandılar. İkamet seçimlerinin Yahudilerin elinden alındığı durumlara verilebilecek en önemli örneklerden biri ise, Fas'ta 15. yüzyılda başlayan, özellikle de 19. yüzyılın başlarından itibaren Yahudilerin duvarlarla çevrili mahallelerde (mellahlar) toparlanması uygulaması gelir. Din değiştirme olaylarının birçoğu ise gönüllü olmuş ve çeşitli sebeplere dayanmıştır. Ne var ki, 12. yüzyılda, Kuzey Afrika ve Endülüs'teki Muvahhid hanedanının yanı sıra, İran'da da Yahudilerin din değiştirmeye zorlandığı kimi olaylar yaşanmıştır.

Yahudilerin ilk İslami metinlerde resmediliş tarzı, onlara karşı Müslüman toplumlarda tavırları şekillendirmekte önemli bir rol oynamıştır. Jane Gerber'a göre, "Müslümanlar sürekli olarak İslam tarihinin ilk dönemlerinde, teolojiye serpiştirilen antisemitizmden sürekli olarak etkilenmiştir." Yahudilerin Muhammed karşısındaki mağlubiyeti ışığında, Müslümanlar geleneksel olarak Yahudileri hor görmüş ve tezyif etmişlerdir. Yahudiler saldırgan, sinsi ve kinci ama bununla birlikte de zayıf ve etkisiz görülmüşlerdir. Yahudilere en sık yakıştırılan özellik korkaklıktı. Yahudiler ile ilişkilendirilen bir diğer klişe de, yalan ve dolana meyilli oldukları iddiasıdır. Bazı Yahudi karşıtı polemikçiler bunları sadece Yahudilere has özellikler olarak görürken, İbn Haldun, bu özellikleri, Yahudilerin hakimiyeti altında yaşadıkları milletlerin elinde gördüğü kötü muameleye bağlar. Bazı Müslüman yazarlar Yahudi karşıtı polemiklerine ırkçı motifler de sokmuşlardır. El-Cahız, Yahudi ırkının aşırı akraba evliliği yüzünden bozulduğundan bahseder. İbn Hazm da Yahudilere yönelik saldırılarında ırksal niteliklerden bahseder. Ne var ki, bunlar daha ziyade istisnai durumlardır ve ırkçı tema Orta Çağ'daki Yahudi karşıtı yazılarda pek iz bırakmamıştır.

Yahudi karşıtı duygular genelde Müslümanların siyasi veya askeri açıdan zayıf düştüğü ya da Müslümanların kimi Yahudilerin İslam hukuku tarafından kendilerine emredilen aşağı konumun sınırlarını aştığını hissettiği durumlarda alevlenmiştir. Endülüs'te, ibn Hazm ve Ebu İshak Yahudi karşıtı yazılarında bu suçlamalardan ikincisine yoğunlaşmıştır. 1066 Gırnata katliamının ardındaki başlıca neden de bu olmuştur. 1033 yılında da Fez'de de 6.000 Yahudi katledilmiştir. Bu şehirde, 1276 ve 1465 yıllarında da başka katliamlar yaşanmıştır.

İslam hukuku, her ikisi de zımmi statüsündeki Yahudiler ile Hristiyanlar arasında bir ayrım yapmaz. Bernard Lewis'e göre, modern zamana kadar Müslüman yönetimlerdeki normal uygulama şeriatın bu yönü ile tutarlı olmuştur. Bu görüşe, tüm zımmiler arasında Yahudilerin en düşük statüye sahip olduğunu savunan Jane Gerber karşı çıkar. Gerber, Osmanlı İmparatorluğu'nun verdiği kapitülasyonlar çerçevesinde Hıristiyan cemaatlerinin Yahudilerin yararlanamadığı korumalardan faydalanabildiği sonraki yüzyıllarda bu durumun özellikle belirginlik kazandığını savunur. Örneğin, 18. yüzyılda Şam'da bir festival düzenleyen bir Müslüman soylu, tüm sosyal sınıfları önem sırasına göre davet ederken, Yahudiler sadece köylüler ve fahişelerin üzerinde kalmışlardı. 1839 yılında, tüm Osmanlı vatandaşları için eşitlik ilan edildiğinde, buna ilk karşı çıkanlar, Müslümanların ardından ikinci sırada gelen Rumlar olmuştu. Bazı Rumlar, "Devlet bizi Yahudilerle aynı yere koydu. Biz, İslamın üstünlüğünden memnunduk," şeklinde itirazlar gelmişti.

Kimi uzmanlar, "antisemitizm" kelimesini modernizm öncesi dönemlerdeki Müslüman kültürü için kullanmanın ne kadar doğru olduğunu da sorgulamıştır. Robert Chazan ve Alan Davies, modernizm öncesi İslam ve Hıristiyan dünyaları arasındaki en bariz farkın, Müslüman ülkelerdeki "ırksal, etnik ve dini toplulukların zengin çeşitliliği" olduğunu, bunun içinde de "daha önce çok tanrıcılığın hakim olduğu dünyada ya da sonraları Orta Çağ Hıristiyan dünyasının büyük bölümünde olduğunun aksine, Yahudilerin hiçbir şekilde yalnız muhalifler olarak göze çarpmadığı"nı savunuyorlar. Chazan ve Davies'e göre, böylesi bir eşsizliğin yokluğu Orta Çağ İslam dünyasında Yahudilerin içinde yaşadığı şartları iyileştirmiştir. Norman Stillman'a göre ise, Yahudilerden Yahudi oldukları için nefret edilmesi anlamında antisemitizm "Orta Çağ Arap dünyasında, hoşgörünün en yüksek seviyede olduğu dönemde dahi vardı."

Tarihçi Martin Gilbert, Yahudilerin Müslüman ülkelerdeki durumunun 19. yüzyılda kötüleştiğini yazar.

1828 yılında, Bağdat'da Yahudilere yönelik bir katliam gerçekleştirilirken, 1839 yılında da İran'ın Meşhed şehrinde Yahudi Mahallesi'ne giren kalabalık sinagogu yakarak Tevrat tomarlarını parçaladı. Katliam ancak zorunlu din değiştirme ile önlenebildi. 1867'de de Barfuruş'da bir başka katliam yaşandı.

1840 yılında, Şam'daki Yahudiler bir Hristiyan keşiş ile Müslüman uşağını öldürüp Hamursuz Bayramı'nda pişirdikleri ekmeklerde kanlarını kullanmakla suçlandılar. Bir Yahudi berbere, "suçunu itiraf edene" kadar işkence edilirken, iki Yahudi daha işkence altında hayatını kaybetti. Bir üçüncüsü ise Müslümanlığa geçerek hayatını kurtardı. 1860'lar boyunca, Libya Yahudileri, Gilbert'in tabiri ile, cezai vergiye maruz kaldılar. 1864 yılında, Fas'ın Marakeş ve Fez şehirlerinde 500 civarında Yahudi öldürüldü. 1869 yılında, Tunus'da 18 Yahudi öldürülürken Jerba Adası'nda da Araplardan oluşan kalabalık Yahudi ev ve dükkânlarını yağmalayarak sinagogları yaktı. 1875 yılında, Fas'ın Demnat şehrinde 20 Yahudi öldürülürken, ülkedeki diğer şehirlerde de çok sayıda Yahudi sokak ortasında saldırıya uğradı ve öldürüldü. 1891 yılında, Kudüs'ün Müslüman liderleri Osmanlı yetkililerinden Rusya'dan gelen Yahudilerin bölgeye girmesinin yasaklanmasını talep ettiler. 1897 yılında, Trablusgarp'ta sinagoglar basılarak Yahudiler katledildi.

Mark Cohen'e göre, birçok uzman modern dünyada Araplar arasındaki antisemitizmin 19. yüzyılda, Yahudi ve Arap milliyetçilikleri arasındaki sürtüşme ile yükseldiği ve Arap dünyasına öncelikle milliyetçi Hristiyan Araplar tarafından ithal edildikten sonra ancak kademeli olarak "İslamlaştığı" sonucuna varmıştır.

Müslüman ülkelerde Yahudilere yönelik baskılar 20. yüzyılda da devam etmiştir. Martin Gilbert, 1903 yılında Fas'ın Taza şehrinde 40 Yahudinin öldürüldüğünü yazar. 1905'te, Yemen'de Yahudilerin Müslümanlar önünde seslerini yükseltmeleri, Müslümanlardan daha yüksek evlerde oturmaları ve geleneksel olarak Müslümanlara ait zanaat ve mesleklerde çalışmalarını yasaklayan eski yasalar yeniden hayata geçirildi. Fez'deki Yahudi Mahallesi 1912 yılında Müslüman kalabalıklar tarafından neredeyse tümüyle yıkıldı. 1930'larda, Cezayir'de Nazilerden esinlenilmiş pogromlar yaşanırken, 1940'larda da Irak ve Libya'da Yahudilere karşı büyük saldırılar gerçekleştirildi. 1941'de Bağdatlı Nazi yanlısı Müslümanlar şehirdeki onlarca Yahudiyi öldürdü.

George Gruen, Arap dünyasındaki Yahudilere karşı artan husumeti Osmanlı İmparatorluğu ve geleneksel İslami toplumun parçalanması; Batılı sömürgeci güçlerin hakimiyeti ve bu dönemde bölgenin ticari, mesleki ve idari yaşamda Yahudilerin orantısız ölçüde yüksek bir rol kazanması; destekçilerinin devlet yoluyla yerel Yahudilerin serveti ve bulundukları pozisyonları ele geçirmek istediği Arap milliyetçiliğinin yükselişi; Yahudi milliyetçiliği ve Siyonist harekete duyulan içerleme; toplumsal desteği olmayan rejimlerin yerel Yahudileri siyasi amaçlarla günah keçisi yapmaya istekli olması gibi çok sayıda etkene bağlar.

Filistin'deki Britanya Mandası'nda Siyonist faaliyetlerin yayılmasıyla birlikte, husumet ve şiddet daha da arttı. Ortadoğu'daki Siyonist karşıtı propaganda, İsrail ve liderlerini şeytanlaştırmak için sıklıkla Holokost (Yahudi Soykırmını)terminolojisi ve sembollerini kullanır. Aynı zamanda, Holokost'un inkarı ve Holokost'un küçümsenmesine yönelik çabalar, bazı Ortadoğu ülkelerinde tasvip edilen tarihi söylem olarak giderek açık kabul görmektedir. Hitler'in "Kavgam" adlı kitabı ve "Siyon Liderlerinin Protokolleri"'nin Arapça ve Türkçe baskıları bölgede okuyucu kitlesi bulurken, yerel entelektüeller ve medyadan gelen eleştiriler ise kısıtlı kaldı.

Robert Satloff'a göre, Fas, Tunus ve Libya'daki İtalyan ve Alman işgali sırasında Müslümanların ve Arapların hem Holokost (Yahudi Soykırımı) işbirlikçileri hem de Yahudileri kurtaranların saflarında yer aldığını belirtir.

Antisemitizmin Arap ve İran medyası ve okul kitaplarında yer bulduğu söylenmektedir. Örneğin, Freedom House adlı kuruluşa bağlı Dini Özgürlük Merkezi, Suudi Eğitim Bakanlığı'nın şu anki eğitim ve öğretim yılında ilk ve orta okullardaki İslam etüdleri derslerinde kullanılan okul kitaplarını araştırmıştır. Vahabi olmayan Müslümanlar ve "kafirler"e karşı ifade ve fikirler arasında, Müslümanlara Hristiyanlardan, Yahudilerden, "çok tanrıcılar"dan, diğer "kafirlerden" ve Vahabi olmayan Müslümanlardan "nefret etmeleri" öğretilirken, tutarsız bir şekilde de, onlara karşı "adaletsiz" davranmamaları söylenmekte; "Siyon Liderlerinin Protokolleri", tarihi gerçekler olarak öğretilip günümüzden olaylarla ilişkilendirilmekte; "Yahudilerin ve Hristiyanların müdminlerin düşmanı olduğu" ve bu iki taraf arasındaki "çatışma"nın ebedi olduğu öğretilmekte; "Müslümanlar ile Yahudiler arasındaki çatışma"nın Mahşer'e kadar süreceği ve Müslümanların sonunda Yahudilere karşı zafer kazanacaklarının vaat edildiği öğretilmekte; Yahudilere karşı şiddet öğretisi seçici bir şekilde verilirken aynı zamanda, Kur'an ve hadislerde hoşgörüyü öğütleyen bölümler göz ardı edilmekte; İsrail'e 1967 öncesi sınırları içinde, "Filistin: 1948'den bu yana İşgal Altında" ibaresi ile yer veren bir Ortadoğu haritası içermekte; Yahudilerden şiddet bağlamında bahsedilmekte ve modern dünyadaki neredeyse tüm "yıkıcı eylemler" ve savaşlardan Yahudiler sorumlu tutulmaktadır. Suudi Arabistan'daki