k maçında Boluspor'u 3-0 mağlup etti. Trabzonspor, o sezon ligi beşinci sırada tamamladı. Bir sonraki sezona da Güneş ile devam etme kararı verildi. Ancak takımın Hollanda kampında Güneş ile Trabzonspor'un yeni transferi Belçikalı kaleci Jean-Marie Pfaff arasında çıkan anlaşma çözümlenemeyince, Güneş ve yardımcısı Sadi Tekelioğlu 17 Ağustos 1989'da görevlerinden istifa ettiler. Trabzonspor ise yola bir başka Belçikalı Urbain Braems ile devam etme kararı aldı.

Güneş, 1989-1990 sezonunun yedinci haftasında Boluspor'u çalıştırmaya başladı. 29 Ekim 1989'da çıktığı ilk maçında Sakaryaspor'u 3-2 yenerek takımına sezonun ilk galibiyetini kazandırdı ve daha sonrasında yedi maç üst üste yenilmedi. Galatasaray ve Fenerbahçe'yi birer kez mağlup ettiği sezonda takımını ligde tutmayı başardı. Sezon sonunda yönetimle anlaşamayarak takımdan ayrılsa da Boluspor'un aldığı kötü sonuçlar nedeniyle 1990-1991 sezonunun sekizinci haftası itibarıyla takımın tekrar başına geçti. Güneş, 1991-1992 sezonu sonuna kadar Boluspor'u çalıştırmaya devam etti. Ancak o sezonun sonunda Boluspor'un küme düşünce, Şenol Güneş takımdan ayrıldı.

1992-1993 sezonunun onuncu haftasında 2. Lig'de mücadele eden İstanbulspor'un başına geçti. Takımı bir üst lige çıkarmayı başaramayınca sezon sonunda görevinden ayrıldı.

1993-1994 sezonuna iyi başlayamayan Trabzonspor, dördüncü haftanın sonunda Georges Leekens'i gönderip, Güneş'i tekrar takımın başına getirdi. İyi bir sezon geçiren Güneş, Trabzonspor'la ligi üçüncü olarak bitirirlerken, Türkiye Kupası'nda ise yarı finale çıktı. Sezon sonunda Fenerbahçe ile Başbakanlık Kupası finaline çıkıp, rakibini 4-3 yenerek Trabzonspor'da ilk kupasını kazandı. Bir sonraki sezonda da Güneş başarılı performasını sürdürdü. UEFA Kupası'nda Dinamo Bükreş ve Aston Villa'yı eleyip üçüncü tura çıktılar ancak Lazio'ya iki maçta da 2-1 yenilerek elendiler. Ligde ise son haftalara kadar Beşiktaş ile şampiyonluk mücadelesi verdiler. Ligin son 12 maçında mağlubiyet görmeseler de ligin 32. haftasında Galatasaray ile 2-2 berabere kalan Trabzonspor, şampiyonluğu kaybetti ve ligi ikinci olarak bitirdiler. Türkiye Kupası'nda ise finale çıkan takım Galatasaray'ı 3-2 ve 1-0 yenerek kupayı müzelerine götürdü. Sezon sonunda Beşiktaş ile Cumhurbaşkanlığı Kupası finaline çıkan Trabzonspor, bu maçı 2-0 kazanarak kupayı kazandı. Böylece Güneş, Trabzonspor'daki ikinci sezonunun sonunda Türkiye'de kazanabilecek dört resmi kupanın üçünü kazanmış oldu.

1995-96 sezonunda da Güneşli Trabzonspor ligde şampiyonluk mücadelesi verdi. Takım, sezonun ilk 14 haftasında sadece iki beraberlik aldı. Bu seri Fenerbahçe karşısında alınan 3-1'lik yenilgi ile bozulsa da, takım ligin ilk yarısını sadece bir yenilgi ile, Fenerbahçe'nin 2 puan önünde bitirdi. 22. hafta Beşiktaş yenilgisi ile ikinci duruma düşen Trabzonspor, dört hafta sonra liderliği averajla geri aldı. Ligin 32. haftasına girilirken Trabzonspor, ikinci Fenerbahçe'nin bir puan önündeydi ve rakibini kendi sahasında ağırlıyordu. Maçın ilk yarısını 1-0 önde bitiren Trabzonspor, ikinci yarıda yediği iki golle maçı 2-1 kaybetti. Son iki hafta rakibinin puan kaybetmesini bekleyen Trabzonspor, Fenerbahçe'nin iki maçını da kazanmasıyla şampiyonluk özlemine son veremedi ve ligi ikinci bitirdi. Beklentilerin yükseldiği sonraki sezonun 20. haftasında alınan Beşiktaş mağlubiyeti ve takımın dördüncü sıraya düşmesi nedeniyle Trabzonspor'dan ayrıldı.

1997-1998 sezonu başında Antalyaspor'un başına geçti. Sezonun ilk 14 haftasını deplasmanda geçiren takım küme düşmeme mücadelesi veriyordu. Ancak takımın kendi sahasına dönmesiyle sonuçlar nispeten düzeldi ve takım ligi 12. bitirdi. Ancak sezon sonunda yönetim ile anlaşamayan Güneş göreve devam etmedi.

Eylül 1998'de Güneş, ilk dört hafta galibiyet yüzü göremeyen Sakaryaspor'un başına geçti. Ancak o da çıktığı ilk dört maçta galibiyet alamadı. 10 maçta sonunda Sakaryaspor sadece 2 galibiyet alınca, Güneş 16. sıradaki Sakaryaspor'dan istifa etti. Sakaryaspor, sezon sonunda küme düştü. Öte yandan Türkiye Kupası'naki üç maçını da kazanan takımı çeyrek finale çıkarmıştı.

16 Ağustos 2000 tarihinde Türkiye millî futbol takımının başına getirildi. İlk maçı, 16 Ağustos 2000'de Bosna Hersek ile oynanan ve 2-0 kaybedilen hazırlık maçıydı. Eylül ayında 2002 FIFA Dünya Kupası elemeleri başladı. Güneşli millî takım, 10 maçta sadece son dakikalarda yediği gollerle grup birincisi İsveç'e yenildi. Grup ikincisi olarak play-off'lara kalan Türkiye, Avusturya'yı 1-0 ve 5-0'lık galibiyetlerle geçerek, 48 yıl aradan sonra ilk kez bir FIFA Dünya Kupası'na katılmaya hak kazandı. Japonya ve Güney Kore'de düzenlenen turnuvada sadece dünya şampiyonu olan Brezilya'ya iki kez yenilen Türkiye, tarihinin en iyi derecesi olan dünya üçüncülüğünü kazandı. Güneş, UEFA’nın resmî internet sitesinde düzenlenen ankette 2002 yılının en iyi teknik adamı seçildi. 2003'ün Haziran ayında Fransa’da yapılan 2003 FIFA Konfederasyonlar Kupası’nda da Türkiye'yi üçüncülüğe taşıdı. Türkiye, 2004 Avrupa Futbol Şampiyonası elemelerinde de sadece bir kez (grubunun birincisi olan İngiltere'ye) yenilerek, İngiltere'nin bir puan arkasında grup ikincisi oldu. Play-off'larda pek şans verilmeyen Letonya ile eşleşen Türkiye, sürpriz bir şekilde rakibine elendi. Güneş, bu mağlubiyetin ardından 6 Mart 2004'te görevinden ayrıldı. Güneş, millî takım performansı ile UEFA Yılın Takımına teknik direktör olarak seçilen ilk Türk ve dünya klasmanında millî takımı en yüksek sıralamasına (7. sıra) ulaştıran isim olarak Türk futbol tarihine geçti.

Trabzonspor, 2005'in Ocak ayında Şenol Güneş'i üç buçuk yıllık bir anlaşmayla teknik direktörlüğe geri getirdi. Lider Fenerbahçe'nin 6 puan gerisinde olan takıma beş hafta üst üste galibiyet kazandırdı ve takımını ikinciliğe yükseltti. Takımını son haftalara kadar şampiyonluk yarışında tutan Güneş'in Trabzonspor'u ligi şampiyon Fenerbahçe'nin üç puan gerisinde ikinci olarak bitirdi. Trabzonspor, ayrıca Türkiye Kupası'nda yarı finale çıktı ancak Galatasaray'a penaltılarla kaybettiler.

2005-06 sezonuna UEFA Şampiyonlar Ligi ön elemesinde Anorthosis'e elenerek start verdiler. Bu çalkantı sezonun devamında da devam etti. Sadece yedinci hafta sonunda üst üste alınan iki mağlubiyetten sonra Güneş, görevinden istifa etti.

Güney Kore'deki FIFA Dünya Kupası performansı ile tanınan Güneş, 8 Aralık 2006'da bu ülke takımlarından FC Seoul'da kariyerine devam etti. 2007 sezonuna üç galibiyet ile başlayarak dikkat çeken takım, 26 maçta sadece 5 maç kaybetse de 13 beraberlik alması ile normal sezonu averaj ile yedinci bitirip, play-off'ları az farkla kaçırdı. Lig Kupası'nda finale çıkan takım Ulsan Hyundai FC'ye 2-1 kaybederek kupayı kazanamadı.

Bir sonraki sezon ise Güneş, FC Seoul'ü 2. yaparak play-off'lara çıkardı. Takım normal sezonda sadece iki kez yenilse de yine fazla beraberlik sayısı yüzünden birinci Suwon Samsung Bluewings'ten üç eksik averajda kalarak ikinci olmuştu. Finale çıkan FC Seoul, Suwon Samsung ile ilk maçta berabere kalsa da rövanş maçını deplasmanda 2-1 kaybederek sezonu da ikinci olarak bitirdi. Ancak takım 2009 AFC Şampiyonlar Ligi'ne katılma hakkı kazandı.

2009 sezonunda Seoul averaj ile ikinciliği kaçırsa da bir kez daha play-off'lara kalmayı başardı. Ancak ilk turda Chunnam Dragons'a penaltılarla elendiler. Yeni formatında ilk kez mücadele ettikleri Şampiyonlar Ligi'nde ise çeyrek finale kadar çıkan takım Katar ekibi Umm Salal'a elendiler. Sezon sonunda Güneş, Türkiye'ye dönmeye karar verdi. Birden fazla final oynayarak ve kıtanın en iyi turnuvasında mücadele ederek iyi bir performans gösteren Güneş, Kore kariyerini kupasız kapamak zorunda kaldı.

Trabzonspor yönetimi, Hugo Broos'tan boşalan teknik direktörlük koltuğu için Şenol Güneş'le görüşmelere başlamış, prensipte anlaşma sağladı. 1 Aralık 2009'da Trabzon'a gelip tekrar imza atrı. Yarım sezonun sonunda gruplardan aldığı Trabzonspor'u Türkiye Kupası finaline çıkardı. 5 Mayıs 2010'da Fenerbahçe'yi 3-1 yenen Trabzonspor, kupayı müzesine götürdü. Ligde ise takımı sekizinci sıradan beşinci sıraya çıkararak takımına Avrupa Ligi bileti kazandırdı.

2010-11 sezonuna Bursaspor'u 3-0 yenip Süper Kupa'yı müzelerine götürerek başladılar. Lige de Ankaragücü ve Fenerbahçe galibiyetleri ile başladılar. UEFA Avrupa Ligi'nde de güçlü rakipleri Liverpool ile mücadele verdiler. İlk maçı İngiltere'de 0-1 kaybeden takım, Trabzon'da maçı dördüncü dakikadan itibaren 1-0 götürseler de 83. ve 88. dakikada yedikleri goller nedeniyle 1-2 kaybedip elendiler. Trabzonspor, ligin ilk yarısını Bursaspor'un 5, Fenerbahçe'nin ise 9 puan önünde lider bitirdi. Ancak ikinci yarının ilk üç maçında sadece iki puan alan takım, hem puan farkını koruyamadı hem de ikili averajı rakipleri Fenerbahçe'ye kaptırdılar. Geri kalan 14 maçta 12 galibiyet 2 beraberlik alsalar da Fenerbahçe aynı periyotta 13 galibiyet 1 beraberlik aldı ve puanları eşitledi. Trabzonspor, sezonu 82 puanla tamamlasa da ikili averaj nedeniyle sezonu ikinci bitirdi.

2011-12 sezonuna iyi bir başlangıç yapamadılar ve ilk üç hafta sadece iki puan aldılar. Bu dönemde UEFA Şampiyonlar Ligi ön elemesinde Benfica'ya elendiler. UEFA Avrupa Ligi için Athletic Bilbao ile mücadele ederken ikinci maç oynanamadan 2011 Türk futbolu şike davası nedeniyle Fenerbahçe'nin adı UEFA'ya bildirilmeyince otomatikman UEFA Şampiyonlar Ligi gruplarına kaldılar. Güneş'li Trabzonspor, FC Internazionale Milano'yu Milano'da 1-0 yenerek tarihindeki ilk Şampiyonlar Ligi macerasına etkileyici bir başlangıç yaptı. 7 puan toplayan takım üçüncü olarak Avrupa Ligi'ne devam etme hakkı kazandı ancak PSV'ye iki maçta da yenilerek elendiler. Normal ligi üçüncü bitiren Trabzonspor, sadece o sezon uygulanan Süper Final'e kaldı ve burada da üçüncülüğünü korudu.

2012-2013 sezonu başında en önemli silahı Burak Yılmaz'ı Galatasaray'a kaptıran Trabzonspor, lige iyi bir başlangıç yapamazken Avrupa'da da Videoton FC'ye penaltılarla sürpriz bir biçimde elendi. Ligde de 14. ve 19. haftalarda beş maç üst üste galibiyet yüzü görmeyip yarıştan kopt