evko, bir suikast ile Emmi ile Çakır'ı öldürmek istemiştir. Emmi ile Çakır kıraathaneden çıkarken, Şevko'nun adamları arabadan çıkarak onları öldürmeye çalışmış fakat Polat, Emmi ile Çakır'ı yeri yatırarak canlarını kurtarmıştır. Bundan sonra Polat ile Çakır can dostu oldular. Çakır ile Şevko arasındaki husumetin sebebi, kumarhane açma hakkının Şevko yerine Çakır'a verilmesiydi. Çakır'ın Şevko ile arası açılınca Konsey araya girerek bir barış sağlamış fakat bu barış çok kısa sürmüştür. Şevko'nun Duran Emmi ile de arası açıktı çünkü Şevko, Kanlıca Sırtların'daki evleri zorla zapt ederek oraya yeni binalar dikmek istiyordu ama Kanlıca sakinleri bunu reddediyordu. Evi Kanlıca'da bulunan Polat'ın çok sevdiği ve sonra dan üvey babası olduğunu öğrendiği Ömer Candan, bu yüzden Duran Emmi'den yardım istemiştir. Bunun üzerine Emmi, Şevko'nun yazanesine gitmiş ve ona Kanlıca işinden vazgeçmesine söylemiştir. Şevko bundan dolayı Duran Emmi'ye düşman olmuştu. Şevko, Konsey'in üyesi olanTombalacı Mehmet'in liderliğinde kurulan sehemde yer almış ve Tombalacı'dan başka sınır kapılarını kontrolü altında tutan Tuncay Kantarcı ve çok büyük miktarda parası olan İplikçi Nedim ile işbirliği yapmıştır. Bu sehemde amaç, İsrail'den gelecek olan uçaksavar mermilerini Irak'a ulaştırmaktır. Ancak bunu öğrenen Aslan Akbey, uçaksavar mermilerini taşıyan tırları Cizre'de durdurdu ve bu mermilerin ileride kullanılmak üzere gömülmesini emretti. Bu işte de başarısız olan Şevko, bir gazeteciye mektup yazarak herşeyi anlatacağını, amacının sadece kendisini aklamak olduğunu söylemiştir. Bundan haberdar olan Tombalacı, Şevko'yu öldürtmek için Şevko'nun saklandığı hastaneye adamlarını göndermiş ayrıca Çakır ile Polat'da, Şevko'yu sehem konusunda konuşturmak için hastaneye gitmişlerdir. Ancak Aslan Akbey, herkesten erken davranarak Şevko'yu konuşturdu ve sehemi Tombalacı'nın kurduğunu öğrendi ve Şevko'yu pencereden atarak öldürdü. Daha sonra Tombalacı Mehmet, Çakır'ın açtığı kumarhaneyi kendisine vermesini istedi ancak Çakır bunu kabul etmeyince kumarhaneyi tarattı ve birçok kişinin ölümüne ve yaralanmasına sebep oldu. Ölenlerden biri de Çakır'ın kızkardeşi Derya idi. Gene Polat ile Elif'te yaralanmıştı hatta Elif, omuriliğine mermi isabet etmesinden dolayı felç olmuştu ancak ileride fizik tedavi ile iyileşmiştir. Tombalacı, Çakır'ı öldüremeyince, birçok kez daha Çakır'ı öldürmek istemiş fakat hepsinde başarısız olmuştur. Çakır, iyileşince mahkemede yargılandı ve kumarhane işletmekten dolayı mahkum edilerek hapse gönderildi. Daha sonra, Elif, Polat, Memati ve Seyfo Dayı'nın çabalarıyla kurtuldu. Karahanlı, Tombalacı ile Çakır arasındaki meseleyi sona erdirmek için Tombalacı'yı yurtdışını göndermeye karar verdi. Karahanlı'nın sağ kolu ve Konsey üyesi Kılıç, Çakır ile görüşürken bunu Çakır'a bildirmiş ve Tombalacı'nın nereden hangi yatla gideceğini de Çakır'a söylemiştir. Çakır ve Polat, Tombalacı gelmeden önce yata baskın yaptılar ve kaptanla mürettebatın elini kolunu bağladılar. Böylece Tombalacı gelince onu pusuya düşürdüler ve yakaladılar. Tombalacı'yı, tarattığı kumarhaneyi getirdiler ve onu bir masaya bağladılar. Çakır, beyzbol sopasıyla Tombalacı'nın bütün kemiklerini kırdı ve Polat, Tombalacı'nın kafasına sıktı. Böylece Tombalacı'dan hesap sorulmuş oldu.

Süleyman Çakır, Şevko'nun ölümümden sonra bir süre boş kalan İstanbul Sefirliği'ne getirildi. Çakır, sefir olunca İstanbul'daki tüm küçük mafyaları mekanına davet etti. Ancak Cerrahpaşalılar sorun çıkarsalar da Cerrahpaşalı Metin, Çakır'ın mekanına geldi. Çakır, bu mafyalardan kendisine biat etmelerini istedi. Cerrahpaşalı Metin, sorun çıkarınca Polat, ona biat etmesini söyledi. Polat, Metin'den "Sen kimsin lan racon kesiyorsun?" şeklinde bir cevap aldı. Bunun üzerine Polat, "Racon kesmiyorum, kafa kesiyorum"diyerek Cerrahpaşalı Metin'in kafasını kesti. Diğer mafyalarda biat ettiler. Ancak Cerrahpaşalı meselesi burada bitmedi. Konsey'in bir üyesi olan ve Konsey'in suikast işlerini yürüten Testere Necmi, Cerrahpaşalılar'dan yana oldu. Cerrahpaşalı Metin'in abisi Cerrahpaşalı Halit, intikam için yanıp tutuşuyordu. Çakır'a biat eden mafyalarda biatlarından döndüler ve Halit'den yana oldular. Testere Necmi, Çakır'ın karısı Nesrin'in kızkardeşi olan Meral'i kaçırdı ve bir eve hapsetti. Halit'de o eve saklandı. Çakır, evi bulunca eve girdi ve Meral'in yanına giderken Halit tarafından pusuya düşürüldü. Bunun sonucunda ağır yaralandı. Polat, Çakır'dan sonra eve gelince Meral'in ellerini ve ayaklarını bağlayan iplerini çözdü. Daha sonra Çakır'ı alarak hastaneye götürdüler. Fakat Çakır tüm müdahalelere rağmen kurtarılamadı ve öldü. Polat Alemdar, biatlarından dönen mafya babalarının hepsini Çakır'ın ölümüyle aynı gece öldürdü. Gene aynı gece, Cerrahpaşalı Halit'in evini bastı ve Memati, Halit'i boğarak öldürdü. Böylece Polat, Çakır'ın hesabını sordu ve başta Memati Baş olmak üzere Çakır'ın tüm adamları Polat'ın adamı oldular.

Aslan Akbey, başına buyruk istihbaratçılardan olan Pala ve ekibi tarafından öldürüldü. Daha sonra da Seyfo Dayı'yı da aynı şekilde öldürdüler. Bunun üzerine Polat, Pala'yı yakaladı ve Aslan Akbey'i kimin emriyle öldürdüğünü sordu ve Kirve cevabını aldı. Daha sonra Pala, Polat tarafından öldürüldü ve bir çukura atılarak üstüne beton döküldü. Seyfullah Yördem'in namı diğer Seyfo Dayı'nın cenazesi sırasında Kirve, Polat ve Laz Ziya ile Kılıç'a, mezarı göstererek hepinizin geleceği yer burasıdır dedi. Bundan sonra Polat, Konsey üyelerinden Laz Ziya ile bir olarak Kirve'yi yakaladılar. Daha sonra Kirve'yi, Halo Dayı'ya teslim ettiler. Halo, Kirve'nin vaktiyle zulüm edip delirttiği Deli Mesut'u akıl hastanesinden aldı ve bir odaya aldı. Daha sonra Kirve'yi de o odaya attı. Mesut, bir gözlük camıyla Kirve'yi paramparça etti. Polat'ın öz babası Mehmet Karahanlı'nın amacı, dizide pek çok insanın bildiğinin aksine bizzat Dünya'nın düzenini değiştirmeyi planlayan bir amacı olan Tapınak Şövalyeleri'ni bertaraf edip dünyada hâkim bir güç haline gelmekti ancak zaafı onu ele verdi. Tek zaafı yıllar önce Aslan Akbey tarafından kaçırılan oğlu Efe Yakup Karahanlı, (Polat Alemdar veya Ali Candan)'dır. Oğluna karşı olan zaafı onu bitirmiştir. Mehmet Karahanlı, Tapınakçılar tarafından öldürüldü. Karahanlı'nın ölümünden sonra KGT'nin (Kamu Güvenliği Teşkilatı) kurucusu olan Doğu Eşrefoğlu, Polat'a gerçekleri anlatarak kendisinin Mehmet Karahanlı'nın oğlu olduğunu söylemiştir. Böylece Polat geçmişini öğrenmiştir. Polat, kendisinin aslında Ali Candan olduğunu, görev amacıyla Polat olduğunu ailesine anlatmıştır ve ailesine büyük bir sevinç vermiştir.

Mehmet Karahanlı'nın ölümüyle iyice güç kaybeden Kurtlar Konseyi'ne rakip olarak, İbrahim Ahıskalı'nın lideri olduğu Rus Konseyi Türkiye'ye gelmiştir. Ancak bu Konsey'in üyelerinin tamamı, gene bu Konsey'in üyesi olan Akrep Bekir'in ihanetiyle Memati tarafından helikopterden taranarak öldürüldü. Kongrenski adlı örgütün lideri ve eski bir KGB ajanı olan Tilki Andrei, Rus Konseyi'ni denetlemeye, inisiyatifine bağlı olarak da öldürmek için Türkiye'ye gelmişti. Fakat Polat'ın bu konseyi ortadan kaldırması üzerine Tilki, ilk önce Konsey'e ihanet eden Akrep Bekir'in yatağına bir akrep koyarak Akrep Bekir'i öldürdü. Tilki Andrei, daha sonra Polat'ın dört adamını kaçırdı ve Polat'tan Samuel Vanunu'nun kellesini istedi. Fakat verdiği süre dolmadan Polat'ın adamlarını öldürdü ve Rusya'ya geri döndü.
Polat Alemdar, bizzat Mehmet Karahanlı tarafından yazılan Kripteks adındaki belgeleri ele geçirmiştir. Fakat Kripteks'i açamamıştır. Çünkü Kripteks'in anahtarı Karahanlı'nın sağkolu Kılıç'ın çakısıydı. Kurtlar Konseyi'nin üyesi ve Karahanlı'nın avukatı olan Nizamettin Güvenç, tek başına Türkiye'ye hakim olmak istedi. Bunun sonucunda Konsey'in son kalan üyelerinden Laz Ziyayı hapishanede şişletti ve Kılıçı, çakısını kalbine saplayarak öldürdü. Böylece Kripteks'in anahtarı Nizamettin'in eline geçti. Ancak Nizamettin çok geçmeden Polat Alemdar tarafından yakalandı ve asılarak öldürüldü. Kılıç'ın çakısıyla Kripteks'i açan Polat, bundaki bilgileri aldı. Kripteks, daha sonra Polat'ın adamı Nevzat tarafından, Elif Eylül'ün defni sırasında Elif'in mezarına atıldı ve böylece burada gizlendi. Elif Eylül, Polat'ın Ali olduğuna öğrenince şoka girmişti ve bir trafik kazası geçirerek ağır yaralanmıştı. Daha sonra hastanede ölmüştü.

Polat Alemdar, tüm bu olaylardan sonra, Los Angeles'a giderek Tapınakçılar'ın Dünya Baronu Amon ile görüştü. Amon, Polat'tan, Kripteks'i istedi. Polat Kripteks'i vermedi ve Amon ile bir anlaşma yaparak Türkiye'ye geri döndü. Türkiye'de, faaliyetlerinden dolayı mahkemede yargılanan Polat, serbest bırakıldı.

En yakın dostu Süleyman Çakır'dan kalan adamlarıyla birlikte ülkeyi ele geçirmeye çalışan İskender Büyük adındaki emekli bir generalle savaştı. İskender Büyük'ün ortaya çıkması, İhtiyarlar adı verilen Türk derin devletinin Polat Alemdar ile temasa geçmesini sağlamıştır. Bu yüzleşmenin gerçekleşmesini istemeyen İskender Büyük'ün tüm engellemelerine karşın, Polat Alemdar buluşmayı gerçekleştirmiştir. Bu buluşma neticesinde ülke hakkındaki en net bilgileri edinmiş ve İhtiyarların desteği ile hareket rotasını belirlemiştir.
Annesinin kalp krizi geçirmesi yüzünden Ebru Duru ile evlenmiştir. Kayınpederi Ercüment Duru'nun İskender Büyük'ün adamı olduğu ortaya çıkarmıştır. İskender Büyük ve yapılanması ile savaşmıştır. Başbakana yapılması planlanan suikastı engellemeye çalışırken başbakanın koruması tarafından vurulmuş ve ağır yaralanmıştır.

En nihayetinde İskender Büyük, Davut Tataroğlu, İstihbaratlar ve Müsteşarlar gibi birçok üst düzey kişi ve makamı belirli bir amaç doğrultusunda, belirli sürelerde kullanan en büyük ve derin yapılanmayı, yani Gladio'yu keşfetmiş. Bu oluşumun Türkiye sorumlusu Aron Feller ile yüzleşmiş ve onunla mücadeleye girişmiştir.

Gladio, Polat Alemdar'ın en yakın adamlarından birisi olan Abdülhey Çoban'ı kaçırıp konuşturmayı denemiş fakat kullandıkları yöntemler sonucu Abdülhey'in hafızasının son 10 yılı silinmiştir. Polat Alemdar A