et Ağa'nın İsmail, Süleyman, Hüseyin ve Şakir adlı dört oğlu olmuştur. İsmail Ağa'nın çocukları Midi'den, Yozgat'ın Akdağmadeni ilçesinin Dayılı köyüne göçmüşlerdir. Şakir Ağa'nın evladı olup olmadığı bilinmemektedir.

Ahmet Ağa'nın üçüncü çocuğu olan Hüseyin Ağa (1832 - 1894) ise 1850-1852 şıralarında Deniz eri olarak Istanbul'a gelmiş, okumayı ve yazmayı asker ocağında öğrenmiş, askerliğinin nihayetinde de teskere bırakarak Donanma-yı Hümayun'da kalmış ve makine önyüzbaşlığına Çarkçı Kolağalığı'na terfi etmiştir.

Hüseyin Ağa'nın eşi Emine Hayriye Hanım'dır. İki çocukları olmuştur. Nevber Hanım ile Mehmet Nail Bey (1877- 1944). Mehmet Nail Bey de Osmanlı Donanması'na girmiş ve Deniz Kuvvetlerinde Deniz Güverte Binbaşılığı'ndan emekli olmuştur.

Mehmet Nail Bey'in ilk eşi 1903 yılında Yüzbaşı iken evlendiği Fatma Zehra Hanım (1884 - 1930)'dır. Fatma Zehra Hanım, Deniz Yarbayı (Bahriye Kaymakamı) Osman Fevzi Bey ile Tevfika Hanım'ın kızıdır. Osman Fevzi Bey, Trabzon'lu olup ailesi Kadıoğulları namı ile maruftur.

Mehmet Nail Bey'in ilk eşinden üç çocuğu olmuştur. 12 Ocak 1905'te Hüseyin Nihal (Atsız), 1 Mayıs 1910'da Ahmet Nejdet (Sançar) ve Aralık 1912'de Fatma Nezihe (Çiftçioğlu) dünyaya geldi.

1930 yılında ilk eşinin damar sertliğinden vefatı üzerine Mehmet Nail Bey, 1931 yılında yeniden evlenmiştir. İkinci eşinin adı da Fatma Zehra'dır. İkinci eşinden 1932 yılında Necla (Çiftçioğlu) adlı bir kızı olan Mehmet Nail Bey ikinci eşiyle geçinememiş ve iki yıl sonra ayrılmıştır.

Nejdet Sançar'ın ağabeyidir, Yağmur Atsız ve Buğra Atsız'ın babasıdır. Tarihçi, Türkolog Rıza Nur'un manevi evladıdır.

Hüseyin Nihâl Atsız, 12 Ocak 1905'te İstanbul'da doğdu. 
İlköğrenimini Kadıköy’deki çeşitli okullarda, orta öğrenimini Kadıköy ve İstanbul Sultanilerinde "(İstanbul Lisesi)" yaptı. Buradan mezun olunca Askerî Tıbbiye ye yazıldı.
Atsız, yükseköğrenim çağına gelip Askerî Tıbbiye'ye kaydolduğu çağlarda Türkçülük fikrinin etkisi altına girmeye başladı. Ziya Gökalp'in cenaze töreninin yapıldığı günün gecesi Türkçülük fikrine karşı öğrencilerle kavga ettiği ve daha sonrasında ise aralarında bir takım problemler geçen Arap asıllı Bağdatlı Mesut Süreyya Efendi adlı bir mülazım (teğmen)'a selam vermediği gerekçesi ile 4 Mart 1925 tarihinde 3. sınıf talebesiyken Askeri Tıbbiye'den çıkarılmıştır. 
Bu olaydan sonra üç ay kadar Kabataş Erkek Lisesi'nde yardımcı öğretmenlik yapan Atsız, daha sonraları Deniz Yolları'nın Mahmut Şevket Paşa adlı vapurunda kâtip muavini olarak çalışmış ve bu vapurla İstanbul-Mersin arasında birkaç sefer yapmıştır. 
1926 yılında İstanbul Dârülfünûnu'nun Edebiyat Fakültesi'nin "Edebiyat Bölümü"ne ve İstanbul Dârülfünûnu'nun yatılı kısmı olan Yüksek Muallim Mektebi'ne kaydolan Atsız, bir hafta sonra askere çağrılmış, Atsız askerliğini 9 ay olarak 28 Ekim 1926-28 Temmuz 1927 tarihleri arasında İstanbul'da Taşkışla'da 5. piyade alayında er olarak yapmıştır.

Ahmet Naci adlı arkadaşı ile birlikte hazırladığı 'Anadolu'da Türklere Ait Yer İsimleri' adlı makalenin "Türkiyat Mecmuası"nın ikinci cildinde yayınlanması ile hocası Mehmet Fuad Köprülü'nün dikkatini çeken Atsız, 1930 yılında Edirneli Nazmî'nin divanı üzerinde mezuniyet çalışması yapmıştır ('Divân-ı Türkî-i Basit, Gramer ve Lügati', 1930, 111 s. Türkiyat Enstitüsü Mezuniyet Tezi, no 82). Aynı yıl Edebiyat Fakültesi'nden mezun olmuştur.

Atsız'ın sınıf arkadaşları arasında Tahsin Banguoğlu, Ziya Karamuk, Orhan Şâik Gökyay, Pertev Nâilî Boratav, Nihad Sâmi Banarlı gibi isimler yer alıyordu.

Mezuniyetinden sonra Edebiyat Fakültesi Dekanı olan hocası Prof. Dr. Mehmet Fuad Köprülü, Maarif Vekâleti’nde Atsız için girişimde bulunarak, Yüksek Muallim Mektebi'ni öğrenci olarak bitirdiği için, liselerde yapması gereken 8 yıllık mecburi hizmetini affettirmiş ve 25 Ocak 1931'de Atsız'ı kendisine asistan olarak almıştır. 
Atsız, yine 1931 yılında Dârülfünûnun felsefe bölümünden mezun olan ilk eşi Mehpare Hanım ile evlenmiş, ancak 1935 yılında ayrılmıştır.

Atsız, 15 Mayıs 1931'den 25 Eylül 1932 tarihine kadar "Atsız Mecmua"yı çıkarmaya başladı. Mehmet Fuad Köprülü, Zeki Velidi Togan, Abdülkadir İnan gibi edebiyat ve tarih bilginlerinin de içinde bulunduğu bir kadro ile yayın hayatına atılan bu "Türkçü ve Köycü" dergi, devrinde ilim, fikir ve sanat alanında çok tesir yaratan Türkçü bir çığır açmış, âdetâ Cumhuriyet devri Türkçülüğünün öncüsü olmuştur. 
Atsız, kendini tanıtmaya başlayan ilk yazılarını "H. Nihâl" imzasıyla, hikâyelerini de "Y.D." imzasıyla, bu dergide yayınlamaya başlamıştır. 1932 Temmuzunda Ankara'da toplanan Birinci Türk Tarih Kongresi esnasında, Prof. Dr. Zeki Velidi Togan'a Dr. Reşid Galib'in yaptığı eleştiriler üzerine Atsız, içerisinde ikinci eşi Bedriye Atsız ile Pertev Nâilî Boratav'ın da bulunduğu 8 arkadaşı ile, Dr. Reşid Galib'e "Zeki Velîdî'nin talebesi olmakla iftihar ederiz" diyen bir protesto telgrafı çekmiş ve bu telgraf üzerine de Reşid Galib'in tepkisini üzerine çekmiştir.

19 Eylül 1932'de Reşid Galib, Maarif Vekili olmuştu. Kısa bir süre sonra da Mehmet Fuad Köprülü'nün dekanlıktan ayrılması üzerine Edebiyat Fakültesi Dekanlığı'na vekâleten bakan Ali Muzaffer Bey asâleten tâyin edilmiştir. Reşid Galib, "Atsız Mecmua"nın 17. sayısındaki 'Dârülfünûn'un Kara, Daha Doğru Bir Tabirle, Yüz Kızartacak Listesi' adlı makalesi nedeniyle Edebiyat Fakültesi Dekanı'na baskı yaparak, 13 Mart 1933 tarihinde Atsız'ın üniversite asistanlığına son vermiştir.

Üniversiteden çıkarılmasından birkaç gün sonra Atsız, Edebiyat Fakültesi'nin Dekanı'nı Tokatlıyan Oteli'ndeki bir çayda yakalayıp yüzlerce kişinin önünde tokatlamıştır. Atsız'a bu hadise için hiçbir şekilde tepki gösterilmemiştir.

Üniversite asistanlığından çıkarılan Atsız, Malatya Ortaokulu'na Türkçe öğretmeni olarak tayin edilmiştir, Malatya'da kısa bir müddet (8 Nisan 1933-31 Temmuz 1933) Türkçe öğretmenliği yapan Atsız, Edirne Lisesi edebiyat öğretmenliğine tayin edilmiştir. Atsız'ın Edirne'deki edebiyat öğretmenliği de 3-4 ay kadar kısa bir müddet devam etmiştir. (11 Eylül 1933-28 Aralık 1933).

Atsız, Edirne'de iken "Atsız Mecmua"nın devamı mahiyetindeki aylık Türkçü dergi "Orhun"u (5 Kasım 1933-16 Temmuz 1934, sayı 1-9) yayımlamıştır. "Orhun" dergisinde, Türk Tarih Kurumu tarafından çıkarılan ve liselerde ders kitabı olarak okutulan dört ciltlik tarih kitaplarında bulunduğunu iddia ettiği yanlışları ağır bir şekilde eleştirdiği için 28 Aralık 1933'te bakanlık emrine alınmıştır ve "Orhun" dergisi de 9. sayısında Bakanlar Kurulu kararı ile kapatılmıştır.

Dokuz ay bakanlık emrinde kalan Atsız, 9 Eylül 1934 tarihinde Kasımpaşa'daki Deniz Gedikli Hazırlama Okulu'na Türkçe öğretmeni olarak tayin olunmuştur.

Şubat 1936 tarihinde ikinci eşi olan Bedriye Hanım ile evlenen Atsız'ın bu evlilikten 4 Kasım 1939 tarihinde Yağmur Atsız ve 14 Temmuz 1946 tarihinde de Buğra Atsız adlı iki oğlu olmuştur. Atsız, ikinci eşi Bedriye Atsız'dan da Mart 1975 tarihinde ayrılmıştır.

Atsız, Kasımpaşa'daki Deniz Gedikli Hazırlama Okulu'nda Türkçe öğretmeni olarak 4 yıl kadar çalışmış ve 1 Temmuz 1938 tarihinde bu görevinden ihraç edilmiştir.

Bunun üzerine Özel Yüce-Ülkü Lisesi'ne geçen Atsız, burada 1937 yılından 1939 yılının Haziranının sonuna kadar edebiyat öğretmenliği yapmıştır. Atsız, 19 Mayıs 1939 ile 7 Nisan 1944 tarihleri arasında yine özel bir lise olan Boğaziçi Lisesi'nde edebiyat öğretmenliğinde bulunmuştur.

Atsız, Boğaziçi Lisesi'nin Türkçe öğretmeni iken Basın ve Yayın Genel Müdürü Selim Sarper'in de teşvikiyle "Orhun" dergisini (1 Ekim 1943-1 Nisan 1944, sayı:10 ile 16 arası, 7 sayı) yeniden yayınlamaya başlamıştır.

II. Dünya Savaşı sürerken Türkiye'de komünist faaliyetlerin arttığını düşünen Atsız, "Orhun"un Mart 1944'te yayınlanan 15. sayısında, daha önce 5 Ağustos 1942 tarihli meclis konuşmasında "Bizim için Türkçülük bir kan meselesi olduğu kadar ve lâakal o kadar bir vicdan ve kültür meselesidir." diyen devrin Başbakanı Şükrü Saracoğlu'na hitaben bir açık mektup yayımladı.

Atsız, Nisan 1944'te yayımlanan 16. sayıda, Şükrü Saracoğlu'na hitaben ikinci açık mektubunu yayımlayarak Ahmed Cevat Emre, Pertev Nâilî Boratav, Sabahattin Ali ve Sadrettin Celâl Antel'in Marksist faaliyetlerde bulunduklarını ve Millî Eğitim Bakanı'nın "komünistleri kolladığını" ileri sürerek devrin Millî Eğitim Bakanı Hasan Âli Yücel'i istifaya çağırdı Bu ikinci açık mektup, Türkçü çevreler içinde büyük bir galeyana sebep olarak başta İstanbul ve Ankara olmak üzere birçok şehirde, antikomünist gösterilere yol açtı. Bunun üzerine Hasan Âli Yücel, 7 Nisan 1944'te Atsız'ın Boğaziçi Lisesi'ndeki edebiyat öğretmenliğine son verdi.

"Orhun" dergisi de Bakanlar Kurulu kararı ile yeniden kapatıldı. Sabahattin Ali'nin arkadaşı ve Atsız'ın da yakın arkadaşı olan Ankara Musiki Muallim Mektebi Müdürü Orhan Şaik Gökyay'ın arabuluculuğuna rağmen dava açmak zorunda kaldı. Aleyhine dava açılan Atsız, trenle Ankara'ya gitmiş ve Türkçü gençler tarafından istasyonda karşılanarak bir otelde misafir edildi.

Hakaret davasının 26 Nisan 1944 günü yapılan ilk oturumu olaylı geçti. Bunun üzerine 3 Mayıs 1944 tarihinde yapılan ikinci oturuma üniversite öğrencileri alınmamış, bu yüzden de öğrenci gösterileri olmuş ve yüzlerce kişi tutuklanmıştır. Davanın 9 Mayıs 1944 günü yapılan karar oturumunda, Sabahattin Ali'ye "vatan haini" dediği için 6 aya mahkûm edilen Atsız'ın cezası hâkim tarafından "millî tahrik" gerekçesi ile 4 aya indirilmiş ve 4 aylık bu ceza da ertelenmiştir. Atsız, cezasının ertelenmesine rağmen 9 Mayıs 1944 tarihinde mahkemenin kapısından çıkarken tevkif edilmiştir.

19 Mayıs 1944 törenlerinde Cumhurbaşkanı İsmet İnönü, Atsız ve arkadaşlarını ağır şekilde eleştiren nutkunu söylemiş ve bu nutuk üzerine de Atsız ve 34 arkadaşı İstanbul 1 Numaralı Sıkıyönetim Mahkemesi'nde yargılanmaya başlanmışlardır. Aralarında Alparslan Türkeş gibi subay, üniversite profesörü, öğretmen, doktor ve üniversite öğrencilerinin de bulunduğu sanıklar, sorguya çekilmişler; Atsız dahil sanıklar, daha sonra tabutluk diye adlandırılan hücrelerde işkence