üne kadar Bağdat'ta kaldı, daha sonra Bağdat'tan ayrılıp Suriye'ye, Halep'e gitti, bir dönem Halep'te de yaşadı ve dersler verdi. Daha sonra Mısır'ı ziyaret etti ve "El-Medinetü'l-Fazıla"sını özetleyen 6 bölümü 948'de Mısır'da kaleme aldı. Ardından Suriye'ye geri döndü. Suriye'deki Hamdani hanedanından Seyfüddevle'nin koruması altında kaldı ve onore edildi. Bu ilişki sonraki dönem biyografi yazarları tarafından süslenmiştir. Aynı dönemlerde yaşamış olan tarihçi El-Mesûdî'ye göre 339 yılı Recep ayında (14 Aralık 950 ile 12 Ocak 951 arası) Şam'da ölmüştür.

Bu dönemde Suriye'yi kontrolü altında tutan Hamdani hanedanı Şii eğilimli bir hanedandı. Seyfüddevle'nin Farabi'ye büyük saygı duyması ve onu koruması Henry Corbin'e göre nedensiz değildir. Farabi'nin felsefesi ile Şii imamların nübüvvet ve vahiy temelli öğretileri arasında önemli ortaklıklar vardır. Henry Corbin, bu tarihsel ve felsefi değerlendirmelerden yola çıkarak Farabi'nin Şii olduğunu ileri sürer.

Tam adı tüm kaynaklarda, özellikle de en eski ve güvenilir olanlardan biri olan El-Mesûdî'nin kabul ettiği gibi Ebu Nasr Muhammed bin Muhammed el-Farabi'dir. Ancak Farabi'ye ait bazı el yazmalarında Ebu Nasr Muhammed bin Muhammed el-Tarkanî olarak da geçer. Buradaki Tarkan ailevi kökeni ya da bir unvanı belirtmekte kullanılan bir nisbet () gibi durmaktadır. Farabi'nin yaşadığı dönemde ve hemen sonrasında büyükbabasının adına ilişkin bir şey görünmemesine karşın, sonraki dönem metinlerinde şaşırtıcı şekilde Farabi'nin soyağacına ilişkin yeni bir isim belirir: Avzalağ. Avzalağ, İbn Ebî Useybia'ya göre Farabi'nin dedesinin adıyken, İbn Hallikan dedesinin babası olduğunu ileri sürer. Bu iki yazar aynı dönemlerde yaşamış olmalarına karşın "Avzalağ" ismini ilk kullanan İbn Ebî Useybia'dır, İbn Hallilan ise nasıl telaffuz edildiğini yazmıştır. Modern Türk yazarlar ve bazı başka kaynaklar ise, yeterli bir açıklama yapmaksızın ismin Avzalağ şeklinde değil Uyluğ şeklinde telaffuz edilmesi gerektiğini yazarlar.

Doğum yeri bazı kaynaklarda Büyük Horasan'daki Faryab olarak bazı kaynaklarda ise bugün Kazakistan topraklarında bulunan Seyhun kıyısındaki Farab şehri olarak gösterilir. Farabi ile hemen hemen aynı dönemlerde yaşamış olan İbn Havkal Farabi'nin ölümünden 27 yıl sonra yazdığı "Yollar ve ülkeler" (el-mesâlik-ü ve 'l-memâlik) adlı eserinde Farabi'nin küçük bir kale olan Vesic'de doğduğunu söyler. Vesic küçük bir yer olduğu için nisbesinde bağlı olduğu Farab şehrini kullanmış olmalıdır. Buna karşın İbn-ül Nedim ve Beyhaki Horasan'daki Faryab'ı işaret ederler. Farabi'nin etnik kökeninin Türk mü Fars mı olduğu çerçevesindeki tartışmaya benzer şekilde doğum yeri konusunda da bir tartışma süregelmiştir. Buna göre Fars kökenli olduğunu söyleyenler Büyük Horasan'daki Faryab'da doğduğunu, Türk kökenli olduğunu söyleyenler de daha doğuda, şimdiki Kazakistan'daki Farab'da doğduğunu ileri sürerler.

Eski Farsça'da Pārāb (Hudûd el-âlem'de belirtildiğine göre) ya da Fāryāb (Pāryāb da denilir), "nehir yatağını değiştirerek sulanmış toprak" anlamında kullanılan yaygın bir yer adıdır. 13. yüzyılda ise Farab, Seyhun kıyısındaki Farab şehrinin adı olarak bilinir.

Farabi'nin etnik kökenine ilişkin farklı görüşler vardır. Dimitri Gutas'a göre ""[...] sonuç olarak, Farabi'nin etnik kökenini bulmaya çalışmak, bu konuda karar vermek için yeterli delil olmadığı için, yararsız bir çabadır."" David C. Reisman'a göre "[...] bu biyografik olgular karanlıkta kalmış, önemli olmayan ayrıntılardır, ancak yine de ortaçağ biyografi yazarlarının yaptığı gibi hayali öykülerle bezenmiş abartmalara veya modern yazarların yaptığı gibi eserlerinin uydurma yorumlarından yola çıkarak Farabi'nin etnik kimliği ve dinsel aidiyetine ilişkin bir çekişmeye girilmesine karşı durmalıyız."" "Oxford Encyclopaedia of African Thought" 'a göre ise ""[...] Farabi'nin kökeni kendi yaşadığı dönemde veya 950'deki ölümünden kısa süre sonra kimse tarafından kayda geçirilmemiş olduğu için, onun etnik kökenine ve doğum yerine ilişkin kayıtların hepsi rivayetlere dayanmaktadır.""

Ortaçağ Arap tarihçisi ve Farabi'nin ""ʿOyūn"" adlı ilk biyografisinin yazarı olan İbn Ebî Useybia, Farabi'nin babasının Farslı olduğunu yazar. Yine 13. yüzyılda yaşamış olan ve Farabi'nin erken dönem biyografilerinden birini yazan Şemseddin Şehrezuri'ye göre Farslı bir ailede dünyaya gelmiştir.
Ayrıca Farabi'nin, eserlerinde Farsça ve Soğdca çok sayıda kaynak ve dipnot kullanmasına, hatta Yunanca'dan alıntılar yapmasına karşın, ilginç şekilde Türkçeden hiçbir alıntı yapmamıştır.
Farabi'nin anadili Soğdca veya Türki dillerden biri de olabileceği gibi

Farabi'nin Türk kökenli olduğunu ileri süren en eski kaynak İbn-i Hallikân (ö. 1282) olmuştur. Farabi'nin Fars kökenli olduğunu ileri süren Useybia'nın çağdaşıdır ve 669/1271'de tamamladığı ""Wafayat" adlı eserinde Farabi'nin bugün adı Otrar olan Farab kenti yakınındaki Wasij köyünde, Türk bir ailenin çocuğu olarak dünyaya geldiğini yazar. İbn Halikan'ın takipçisi olan modern yazarlar İbn Halikan'ı referans alarak Farabi'nin Türk olduğunu yazarlar. İbn Halikan'ın Farabi için "el Türk" lakabını kullanmış olması Dimitri Gutas gibi yazarlar tarafından eleştirilmiştir. Bu eleştirilerde Farabi'nin hiçbir zaman böyle bir lakap kullanmadığı ileri sürülmüştür. Halbuki, İbn Halikan'ın izleyicisi Ebu el-Fida aslında İbn Halikan'ın kullandığı "el Türki" ifadesinin sadece "o bir Türk idi" "wa-kāna rajolan torkīyan" şeklinde tanımlamak için kullanılmış olduğunu yazar. " İbn-i Hallikân'a göre yaşadığı sürece giydiği Türk kıyafetlerini hiç değiştirmemiştir.

Farabi'nin nasıl bir fikir çerçevesinde yetiştiği açık değildir. Ancak memleketi Samanîlerin kontrolü altında bulunuyordu. Bu sülaleye mensup hükümdarların himayesinde Maveraünnehir'de Yeni İran edebiyatı ortaya çıkmıştır. Bu dönemde Fars edebiyatının kurucusu sayılan Rudeki () başta olmak üzere pek çok şair yetişmiştir. Bunların arasında eserleri bugüne ulaşmamış olan Şehid-i Belhi gibi şair filozoflar da bulunur. Ülke bu dönemde düşünsel akımların gelişmesi açısından son derece verimli idi. Farabi'nin doğum yeri olan Farab da (eğer bu iddia doğruysa) yazar yetiştirmek açısından oldukça bereketliydi. Örneğin "Sahâh-ül-Cevheri" adlı Arapça sözlüğün yazarı İsmail bin Hammâd-il-Cevher'î (ö. 1003) ve "Dîvân-ül-edeb" yazarı Ebû İbrahim İshak bin İbrahim-il-Farabi (ö. 961) de bu şehirden çıkmıştır. Farabi islam ülkelerinin merkezi Bağdat'tan uzak, fakat düşünce hareketleri bakımından çok canlı ve verimli bir bölgede yetişmiştir.

Farabi ve sonraki dönemin kültürel atmosferi oldukça kozmopolittir. Bu atmosferde inanç farklılıklarına bakmaksızın, müslüman, hıristiyan, yahudi ve paganların düşünceleri yer edinebiliyordu. Farklı inançlardaki alimlerin ortak paydaları "kadim ilimlerin" (el-ulûmu'-evâil) tüm insanlığın ortak malı olduğu ve hiçbir gruba maledilemeyeceği şeklindeki bir düşünce biçimiydi. Hıristiyan alimlerden ders alan Farabi, başka hıristiyan alimlere de dersler verdi. Örneğin önemli bir hıristiyan çevirmen ve mantıkçı Yahya bin Adiyy'in (ö. 974) öğretmenidir. Yine dilbilimci İbn Serrac'a da mantık ilmini öğretmiştir, ondan da gramer (nahiv) öğrenmiştir.

Farabi, İbn Ebî Useybia tarafından korunmuş ve kendisine ait olan otobiyografik metinlerde, Bağdat'ta hıristiyan alimlerden Yuhanna bin Haylan ile birlikte mantık çalışmış olduğunu söyler. Farabi, öğrenim müfredatında bulunan kitapların Porfiryus'un "Isagoge"si ve Aristo'nun mantık üzerine 6 ciltten oluşan Organon adlı eserinin Kategoriler, Yorum Üzerine, Birinci Çözümlemeler ve İkinci Çözümlemeler kitapları olduğunu belirtir. Farabi'nin anlatımına göre hocası Yuhanna bin Haylan, dünyevi zevklerden elini eteğini çekmiş, kendisini kiliseye ve dini görevlere adamış bir rahipti. Yuhanna ile birlikte Aristo mantığı üzerine muhtemelen Bağdat'ta çalıştı. Arap tarihçi El-Mesûdî'ye göre Yuhanna Muktedir'in halifeliği sırasında (908-932) Bağdat'ta ölmüştür. Bunun dışında Aristo'nun eserlerini Arapça'ya tercüme edenlerden biri olan Ebu Bişr Metta'nın (ö. 940) yanında da mantık eğitimi gördüğü rivayet edilir. Bu dönemde Bağdat okulu, İskenderiye tıp ve felsefe geleneğinin Arap dünyasında başlıca mirasçısı idi ve Farabi'nin bu hıristiyan alimlerle ilişkisi İslam dünyası ile Yunan felsefesi arasındaki en erken bağlantılardan birini oluşturur.

Bazı kaynaklarda Farabi'nin 40 yaşında Bağdat'a geldiği ve Arapça'yı orada birkaç ay içinde öğrendiği söylenmektedir. Farabi'nin Arapça'yı bir felsefe dili haline getirecek kapsamdaki çalışmaları ve Arapça'nın o bölgelerde çok daha erken yaşlarda öğrenilebilen bir dil olduğu düşünülürse bu olanaksızdır. Farabi'nin İbn Serrac'dan gramer (nahiv) dersleri alması ve buna karşılık ona mantık dersleri vermesinde gerçekte bir çelişki yoktur. Farabi, sonraki çalışmalarında Arapça'daki edatların kapsamlı listelerini yapmış ve Arapça'yı tüm mantık argümanlarını ifade edilebilir biçimde genişletmeye çalışmıştır. Bazı kaynaklarda da Farabi'nin 70 dil bildiğine dair ifadeler geçer. Her ne kadar uzun yolculuklar yapmış ve birçok ülke dolaşmış olsa bile bu kadar dil bilmesi abartılı görünür. A. Adıvar'a göre bu ifade Arapça'da yetmiş anlamına gelen "seb'in" sözcüğünün yanlış anlaşılmasından kaynaklanmaktadır. Buna göre "seb'in" mutlak olarak söylendiği zaman, belli bir sayıya değil, çok olan bir sayıya karşılık gelir, yani Farabi'nin çok sayıda dil bildiğinden bahsedilmektedir.

Farabi,Corbin'e göre derin boyutlu bir dini ve gizemci zekadır. Büyük bir sadelik içinde yaşar, hatta sufilerin giysilerini taşırdı. İç alemi ile başbaşa kalmayı seven bir kişiliği olduğu için sık sık dünya gürültüsünden uzaklaşıp bir kenara çekilirdi. Bununla birlikte musiki meclislerine katılmaktan zevk alırdı. Kendisini müziğe oldukça meraklıydı. "Musiki Üzerine" adlı önemli bir eser bırakmıştı, ki bu eser Ortaçağ musiki kuramının en önemli eseri sayıldı.

Farabi'ye ilişkin en erken rivayet İbn Nedim'in "Kitabu'l-Fihrist"inde yer alır ve Farabi hakkında çok az bilgi verir. Farabi'yi daha detaylı anlatan biyografik e