eyman Şah'ın ölümüne takriben altı ay sonra Suriye'ye gelen Melikşah; bu sırada iç kale hariç Halep'i fethetmiş bulunan kardeşi Tutuş'u Şam meliki olarak bırakmış ve Tutuş, Dımaşk şehrine çekilmiştir. Melikşah, Halep'i Kasım ud-devle Ak-sungur'a, Antakya'ya varınca oraya Süleyman Şah'ın vezirinden alıp Yağı-sıyan'a, Urfa'yı Bozan Bey'e ve Musul'u da Çökermiş Bey'e ikta etmiştir. Artuk Bey ise; geçmişte Tutuş tarafından kendisine ikta edilen Kudüs'e yerleşmiştir . Böylece bölgedeki düzen ve asayiş sağlanmıştır.

Hakkında belirsizlik olan Urfa şehrine gelince; Filaret'in yerine Barsuma idaresinde bulunan Urfa, Bozan Bey tarafından kuşatılmış ve şehir halkının Barsuma'ya isyanıyla fethedilmiştir. İbn ül-Adim; Melikşah'ın Urfa'ya varınca, burayı Müslüman Filaret'e verdiğini yazarken daha evvel vukubulan bir hadiseyi yanlışlıkla bu zamana almıştır . Urfalı Mathieu ise böyle bir şeyden bahsetmediği gibi şehrin Melikşah tarafından görevlendirilen Bozan Bey tarafından fethedilmesi, Melikşah'ın burayı Filaret'e vermediğini göstermektedir. Nitekim, şehir halkının Filaret'e olan nefretinden dolayı Urfa değil Maraş Filaret'e verilmiştir ve Filaret, 1085 yılında burada ölmüştür.

Urfalı Mathieu; "dünyanın sultanı, Hristiyanlar'ın hamisi ve babası" olarak nitelendirdiği Melikşah'ın, sayısız bir orduyla Anadolu'ya gittiğini yazarken tüm Anadolu'yu değil sadece Bizans'a ait sayılan Antakya ve Urfa havalisini kastetmiştir. Böyle belirsiz ifadelere İslam kaynaklarında da rastlanıldığı halde Melikşah, doğu ve güney Anadolu'dan daha ileriye gitmemiştir. Bu rivayetlerin Süleyman Şah'ın ölümünden sonra İznik üzerine gönderilen Porsuk Bey'in veya Bozan Bey'in seferiyle karıştırıldığı muhakkaktır .

Güneydoğu Anadolu ve Kuzey Suriye'de durum böyleyken Süleyman Şah'ın bu sefere çıkarken, başkent İznik'te yerine vekil olarak bıraktığı Ebu'l Kasım ; Anadolu Selçukluları'nı idare etmeye başlamıştır. Hatta bazı rivayetlere göre Ebu'l Kasım İznik tahtına çıkmış ve kardeşi Ebu'l Gazi'yi Kapadokya (Kayseri) valiliğine tayin etmiştir . Ebu'l Gazi'nin; Haçlı seferlerinde Kılıç Arslan'la beraber Ereğli savaşını yapan Hasan Bey olduğuna değinilecektir.

Ebu'l Kasım; devleti idareye başladıktan sonra Süleyman Şah'ın, Bizans'la imzaladığı 1081 muahedesini bozmuş ve İstanbul Boğazı ile Marmara kıyılarına akınlar başlatmıştır. Bu yüzdendir ki Bizans müellifi Anna Komnini; Bizans'ın eskiden üç kıtaya hükmeden durumuna göre şimdiki şark hududunun İstanbul Boğazı, garp hududunun ise Edirne olduğunu belirtir. Bizans imparatoru I. Aleksios, mukabil kuvvetler göndererek Ebu'l Kasım'ı sulha zorlamak istemiştir ki buna muvaffak olamamıştır. Daha önemlisi, Selçuklular Marmara kıyılarında fethettikleri "Kios" limanında donanma yapmaya başlamışlardır ve bu sayede Bizans'la daha iyi mücadele etmeye çalışmışlardır. Ayrıca Anadolu Selçukluları, İzmir'de beylik kurmuş ve tarihteki ilk Türk donanmasını oluşturmuş olan Çaka Bey'le ve Balkanlar'da Bizans ile mücadele halindeki bir Şamani Türk boyu olan Peçenekler ile ittifak kurmuşlardır. Öyle ki Anna Komnini, Çaka Bey'in donanmasıyla beraber denize açılıp Bizans üzerine yürüdüğü sırada Ebu'l Kasım'ın da İzmit üzerine harekete geçtiğini belirtir .

Bu durumda Bizans imparatoru I. Aleksios; Makedonya'da iskan ettiği Vardar Türkleri'ne mensup Tadikios kumandasında bir orduyu İznik üzerine gönderirken donanmayı da Butumites idaresinde harekete geçirmiştir. Bizans donanması inşa halindeki Selçuklu gemilerini yakarken Bizans ordusu da İznik önünde karargâh kurmuş ve şehri kuşatmıştır. Türkler ise küçük bir baskın yapıp surların içine kapanmışlardır.

Marmara civarında durum böyleyken Melikşah; Porsuk Bey idaresindeki 50.000 kişilik büyük bir orduyu, Anadolu Selçukluları'nı kendine bağlamak için İznik üzerine göndermiştir. Porsuk Bey'in, tüm Anadolu beylerini itaat altına alarak İznik'e yaklaşması üzerine İznik'i kuşatmakta olan Bizanslılar kaçmış ve bu kaçışı hisarlardan gören Ebu'l Kasım; Bizanslılar'ı takibe koyulmuş ve İzmit'in fethine muvaffak olmuştur. Fakat Porsuk Bey sebebiyle Ebu'l Kasım'ın sulh teklifini kabul eden Bizans imparatoru, kendisini İstanbul'a davet etmiş ve Ebu'l Kasım bir süre burada ikamet ettikten sonra, Bizanslılar'ın kendisine verdiği hediye ve askeri yardım vaatleriyle geri dönmüştür. Porsuk Bey ise İznik şehrini kuşatma altına almıştır. Bizans imparatoru I. Aleksios'un muhasara altındaki İznik'e yardım göndererek eski siyasi ananeye uygun olarak "Roma İmparatorluğu'nun iki düşmanından en zayıfını tutarak birbirine vurdurmak" istediğini bizzat imparatorun kızı tarihçi Anna Komnini'de itiraf etmektedir. Bizans ordusunun İznik civarına gelmesi üzerine bizzat imparatorun da mevcudiyetini sanan Porsuk Bey ve ordusu kuşatmayı kaldırmışlardır . Porsuk Bey'in bu seferi belirsiz kalmakta ve burada bitmiş gözükmektedir. Yukarıda belirtildiği üzere Süleyman Şah'ın kendi memleketi ve bizzat başkenti üzerine bir ordu gönderildiği sırada Suriye'de fetihlerle uğraşamayacağı düşünülürse bu seferin Süleyman Şah'ın ölümünden sonra gerçekleştiği hususunda bir tereddüde meydan bırakmaz. Porsuk Bey'in 1087 Nisan ayında Melikşah'ın kızının düğünü münasebetiyle Bağdat'ta bulunduğu göz önüne alınırsa bu seferin Süleyman Şah'ın ölümüyle 1087 Nisan ayı arasında gerçekleştiği muhakkaktır . Lakin Porsuk Bey'in neden Anadolu'dan geri döndüğü meçhul ve Porsuk Bey'den sonra Melikşah'ın yine Anadolu üzerine gönderdiği Bozan Bey'in ne zaman Anadolu'ya geldiği de belli değildir.

Porsuk Bey'in dönüşünden sonra Anadolu Selçukluları'nı itaate memur edilen Bozan Bey'in 28 Şubat 1087'de Barsuma'nın idaresindeki Urfa'yı fethi ve ona müteakip Gence seferi de bu yılda olduğu için Bozan Bey'in, 1087 yılından sonra Anadolu'ya gönderildiği muhakkaktır. Çünkü Melikşah'ın vefat ettiği 1092 yılında Bozan Bey Anadolu'da bulunmaktaydı .

1087 yılından sonraki bir tarihte Melikşah tarafından Anadolu'ya gönderilen Bozan Bey; Anadolu'daki beyleri müşkül bir duruma düşürerek İznik'i kuşatmıştır. Öyle ki Sinop'u fethetmiş bulunan Kara-tekin, bulunduğu durumdan dolayı şehrin Bizanslılar'ın eline geçmesini engelleyememiştir .

Bozan Bey'in şehri kuşatmasına rağmen Ebu'l Kasım, burayı şiddetle müdafaa etmiş ve bu hususta Bizans'tan destek almıştır. Yaptığı birkaç hücum teşebbüsü muvaffak olmayınca Bozan Bey, İznik kuşatması kaldırmış ve Anadolu'daki başka şehirleri zaptetmek için Ulubat Gölü tarafına çekilmiştir. Bununla beraber Ebu'l Kasım; kardeşi Ebu'l Gazi'yi İznik'te bırakarak on beş katır yükü altınla İran'a gitmiş ve Melikşah'dan Bozan Bey'i geri çekmesini, İznik'i kendisine bırakmasını istemiştir. Nitekim Melikşah, Ebu'l Kasım'a; "Emir Bozan'ı oraya tayin ettikten sonra bir daha geri çekemem. Ona git, bu parayı kendisine ver ve talebini ona bildir; onun rızası benim iradem olacaktır" şeklinde bir cevap vermiştir. Böylece Ebu'l Kasım bir süre İsfahan'da ikamet ettikten sonra geri dönüp Bozan Bey'le anlaşmayı planlarken kendisini takip eden Bozan Bey; gönderdiği adamlarla kendisini yakalatmış ve yayın kirişiyle kendisini boğdurmuştur. Bizans müellifi Anna Komnini; Ebu'l Kasım'ın, Melikşah'ın emriyle boğdurulduğunu ilave eder. Ebu'l Kasım'ın kanı akıtılmadan yayın kirişiyle boğdurulması onun Selçuklu hanedanına mensup olduğunu gösterir ve Sultan unvanını aldığına dair kayıt doğruysa bu husus daha sağlam bir delil oluşturmaktadır .

Urfalı Mathieu; Bozan Bey'in emrindeki orduyla beraber Antakya beyi Yağı-sıyan'ı ve Halep beyi Ak-sungur'u da kuvvetleriyle beraber yanına alarak büyük bir orduyla Bizans üzerine yürüdüğünü, İstanbul'u fethetmek istediklerini, fakat bunun imkansızlığını anlayınca tekrar İznik önlerine döndüklerini ve Melikşah'ın ölümüyle (1092) bu beylerin memleketlerine döndüklerini belirtir . Nitekim Bozan Bey; Ebu'l Kasım'ı öldürmüş fakat kardeşi Ebu'l Gazi'nin elindeki İznik'i alamamıştır. Bozan Bey'in düzenlediği bu seferin başlangıç tarihi ve Anadolu'daki hareketleri hakkında tafsilat yoktur.

Süleyman Şah'ın Ayn Seylem Savaşı'nda ölümünden sonra oğulları Kılıç Arslan ve Kulan Arslan, Tutuş tarafından Antakya'ya götürülmüştür. Daha sonra bölgeye gelen Melikşah ise Kılıç Arslan ve Kulan Arslan'ı İsfahan'a götürmüştür . Böylece Melikşah, ölümüne kadar Süleyman Şah'ın bu iki oğlunu serbest bırakmamış ve 1086-1092 yılları arasında Kutalmışoğulları'nın Anadolu'da hakimiyetlerini müsaade etmemiştir. Bu yüzden Anadolu Selçuklu Devleti, Melikşah'ın ölümüne kadar altı yıl sultansız kalmıştır. Kılıç Arslan ve Kulan Arslan; 1092 yılında Melikşah'ın ölümüyle beraber serbest kalmışlar ve İznik'e gitmişlerdir.

Kılıç Arslan ve Kulan Arslan İznik'e ulaştıklarında Bizanslılar, şehri kuşatma altına almış durumdaydılar. Bu, Bozan Bey'in dönüşüyle Bizanslılar'ın fırsat bulduklarını ve Selçuklular'la yapmış oldukları muahedeyi feshettiklerini göstermektedir. Süleyman Şah'ın oğulları İznik'e gelince Selçuklular onları büyük bir heyecanla karşılamış ve Ebu'l Gazi, hiçbir direniş göstermeden idareyi onlara devretmiştir. Büyük kardeş Kılıç Arslan, sultan unvanını almış ve İznik'deki muhariblerin kadın ve çocuklarını getirerek şehirde yerleştirerek şehri kendisine payitaht (başkent) yapmıştır. Bu tedbirleri alan Kılıç Arslan, Ebu'l Gazi'yi başkentin kumandanlığından alarak yerine Muhammed'i beylerbeyi makamına çıkarmış ve diğer beyleri onun idaresine vermiştir .

Kılıç Arslan, sultan sıfatını almasıyla geçmişte babasına tabii olan Anadolu'daki feodal beyler de kendisine tabii olsa da bu beyler babasının ölümüyle müstakil bir hal almıştı. Bu yüzden Kılıç Arslan'ın ilk günlerinde önce Ebu'l Kasım'ın daha sonra da kardeşi Ebu'l Gazi'nin muhafaza ettiği yerler kendi kontrolünde bulunmaktaydı. Aynı zamanda Kılıç Arslan tahta çıktığında İzmir'de bir beylik kurmuş olan Çaka Bey ile iyi münasebetler kurmuş ve onun kızıyla evlenmiştir.

Kılıç Arslan, Bizanslılar'ın taarruza geçerek Marmara sahillerini işgale başlamaları üzerine beylerbeyi makamına çıkardığı "İlhan" lakaplı İlhan Muhammed'i Bizans üzerine göndermiştir. İlhan Muhammed Ulubat Gölü ve Kapudağ haval