ni Valide Külliyesi'nde 13 Ocak 1989 tarihinden 16 Mart 1990 tarihine kadar (62 hafta) verdiği vaazlar, daha sonra "Sonsuz Nur" adıyla üç cilt halinde kitaplaştırıldı. 1992 yılına kadar gönüllü olarak vaazlarını sürdürdü.

1990'lı yıllarda Turgut Özal, Tansu Çiller, Mesut Yılmaz, Bülent Ecevit, Abraham Foxman, Morton Abramowitz, Papa II. John Paul gibi tanınmış din ve devlet adamları ile görüşmeler yapmış, Amerika'da hayatını kaybeden Cumhuriyet Halk Partisi eski genel sekreterlerinden Kasım Gülek'in cenaze namazını vasiyeti üzerine kıldırmış ve çeşitli gazetelerde röportajları yayınlanmıştır. 1995’te "Sabah"'tan Nuriye Akman ve "Hürriyet"'ten Ertuğrul Özkök'e Türkiye'nin içinde bulunduğu durum, Başbakan Tansu Çiller ile görüşmesi, İslam, siyaset, kadın ve eğitim konularında röportajlar vermiştir. Bu yıllarda ayrıca "Cumhuriyet" gazetesi ve Hikmet Çetinkaya'dan dava yoluyla almaya hak kazandığı 150 milyonluk tazminatları Türk Polis Teşkilatını Güçlendirme Vakfı'na bağışladı.

1999 yılı Mart ayında sağlık sorunları nedeni ile Amerika Birleşik Devletleri'ne giden Gülen, o tarihten bu yana, ABD'nin Pensilvanya eyaletindeki Saylorsburg kasabasında yaşamaktadır.

Haziran 2008'de ABD'den "Foreign Policy" ve Birleşik Krallık'tan "Prospect" dergilerinin internet üzerinden okuyucu anketleri ile oluşturduğu "Dünya'nın ilk 100 entelektüeli" listesinde yer almıştır. Ayrıca 2013 yılında Time dergisi tarafından dünyanın en etkili 100 kişisinden biri olarak gösterilmiştir.

28 Şubat süreci devam ederken 1999 yılı Haziran ayında ulusal televizyon kanallarında yayınlanan bazı video görüntüleri Türkiye'deki, laik düzen yerine şeriata dayalı bir İslam devleti kurmak için taraftarlarını teşvik ettiği suçlamalarına neden oldu. Bunun üzerine, 22 Ağustos 2000 tarihinde aleyhinde dava açılmış, bu dava 2000 yılı Aralık ayında çıkan af ile askıya alınmıştır. 2006 yılında Terörle Mücadele Kanununda (TMK) yapılan değişiklik sonrasında Gülen'in avukatlarının başvurusu nedeniyle yeniden görülmüş, 2008 yılında "cürüm ve şiddete başvurarak teşekkül oluşturduğuna dair delil olmadığından beraat" etmiş ve karar Yargıtay Ceza Genel Kurulunca da "oybirliği ile" onanmıştır.

Ocak 2008'de devlet kadrolarına sızdıkları yolundaki iddialara değinen Gülen, bir insanın kendi millet fertlerini yine kendi memleketindeki bazı müesseselere girmesi için teşvik etmesine 'sızma' denemeyeceğini söyledi : 
"Teşvik edilen insanlar da o müesseseler de bu ülkeye ait. Kastedilen manadaki sızmayı belli bir dönemde Türk milletinden olmayanlar yaptılar hatta belli yere kadar geldiler. Belki endişelerinin altında o sızıntıların fark edilmiş olabileceği endişesi var. Bir milletin ferdi, kendi milleti için var olan müesseselere sızmaz; hakkıdır girer oraya; mülkiyeye de girer adliyeye de, istihbarata da girer hariciyeye de." 

30 Ekim 2014 yılında gerçekleştirilen ve yaklaşık 10 saat süren MGK sonucunda Fethullah Gülen'e bağlı kurumlar ifade edilerek "legal görünüm altında illegal faaliyet yürüten paralel yapılanmalar" olarak kaydedilmiştir. Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan alınacak bu karar için öncesinde "Onlarla ilgili çok daha farklı bir adımı atacağız. Çünkü bu operasyon öyle lokal değildir. Geneldir ve bunun adımını atacağız. Bu ay yapacağımız Millî Güvenlik Kurulu toplantısında benim de önemli bir gündemim olacak, o da bunların yanında ülkemizi tehdit eden hangi unsurlar varsa, bunlara yönelik Millî Güvenlik Belgesi'nin gözden geçirilmesidir" demiştir. Bu karar sonrasında MGK Genel Sekreteri Seyfullah Hacımüftüoğlu tarafından Kırmızı Kitap veya Millî Güvenlik Siyaset Belgesi (MGSB) olarak adlandırılan resmi kitaba Fethullah Gülen ile bağlantılı kurumlar PDY/PÖ (Paralel Devlet Yapılanması/Pensilvanya Örgütü) adı altında eklenmiş ve Fethullah Gülen "devlet düşmanı" olarak kabul edilmiştir. MGK'da alınan bu kararlar 24 Kasım 2014 yılında gerçekleştirilen Bakanlar Kurulunda onaylanmış ve böylece resmiyet kazanarak MGK Genel Sekreterliği'ne gönderilmiştir.

İstanbul 1. Sulh Ceza Hakimliği, İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığının talebini şu gerekçe ile uygun görüp, Fethullah Gülen hakkında yakalama kararı çıkardı. İstanbul merkezli "paralel yapı" soruşturması kapsamında Fethullah Gülen hakkında verdiği kararda, "Şüphelinin soruşturma kapsamında, örgüt kurarak yönettiği yönünde kuvvetli suç şüphesinin bulunduğu, 10 yılı aşkın süredir yurt dışında olduğu ve dönmediği, şüpheliye ulaşılamaması ve savunmasının tespitinin mümkün olmaması nedeniyle terör örgütü kurma ve yönetme suçundan hakkında yakalama kararı çıkarılması şeklinde hüküm kurulmuştur" ifadeleri yer aldı.

Fethullah Gülen Cemaatinin, "Molla Muhammed" olarak bilinen Mehmet Doğan ve grubuna yönelik soruşturmada kumpas kurduğu ve usulsüzlük yaptığı iddiasıyla yürütülen soruşturma kapsamında hazırlanan iddianamede, Gülen'in "silahlı örgüt kurmak veya yönetmek" suçundan 15 ile 22,5 yıl, "resmi belgede sahtecilik" suçundan 3 ile 7,5 yıl ve "iftira" suçundan da 1 ile 4 yıl olmak üzere toplamda 19 ila 34 yıla kadar hapsi istenmektedir. İddianamede Samanyolu Yayın Grubu Başkanı Hidayet Karaca, eski emniyet müdürleri Tufan Ergüder, Ali Fuat Yılmazer, Yurt Atayün, Ömer Köse ve Mutlu Ekizoğlu'nun aralarında bulunduğu 15'i tutuklu 32 kişi de şüpheli olarak yer aldı.

Cumhurbaşkanı Erdoğan’ın oğlu Bilal Erdoğan’ın da şüpheliler arasında yer aldığı kapatılan 17 Aralık yolsuzluk ve rüşvet soruşturmasında usulsüzlükler yapıldığı ve şüphelilere kumpas kurulduğu iddiasıyla yürütülen soruşturma kapsamında Gülen hakkında ağırlaştırılmış müebbet hapis cezası istendi. Gülen, ‘Cebir ve şiddet kullanarak Türkiye Cumhuriyeti Hükumetini ortadan kaldırmaya veya görevlerini yapmasını kısmen veya tamamen engellemeye teşebbüs etmek’, ‘silahlı örgüt kurmak veya yönetmek’ ve ‘devletin güvenliği veya iç veya dış siyasal yararları bakımından, niteliği itibarıyla gizli kalması gereken bilgileri, siyasal veya askeri casusluk maksadıyla temin etmek’le suçlanıyor.

Cemaatin kendisini bir sivil toplum hareketi olarak konumlandırması ile cemaat'in her türden kurumsal faaliyetleriini de içine alan bir kapsam genişliğine ulaşmıştır.

Gülen hareketi, Türkiye başta olmak üzere çeşitli ülkelerde eğitim ve sosyal amaçlı faaliyetler gösteren bir organizasyondur. Eğitimde Gülen tarafından "altın nesil" olarak ifade edilen bir insan modelini yetiştirme amaçlı ev, okul, dershane, kültür merkezleri, üniversite gibi kurumlar oluşturulmuştur. Ayrıca cemaatin bu faaliyetlerini finanse etmek için kullandığı, yardım organizasyonlarını gerçekleştirdiği çeşitli vakıf ve dernekleri ile ticari faaliyet gösteren basın yayın kuruluşları, hastaneleri ve finans kurumları mevcuttur.

Hareket, çeşitli toplum kesimlerince Türkiye içi ve dışında, eğitime, Türk kültürünü tanıtmaya, dinlerarası diyaloğa ve fakirlikle mücadeleye yaptığı katkılardan dolayı desteklenirken başka kesimlerince de laiklik için bir tehlike olarak görülmesinin yanı sıra siyasî ve ekonomik bir güç haline gelmesi nedeniyle de eleştirilmektedir.

Gülen'in; çeşitli konuları ele alan çok sayıda kitap, makale, kaset, görüntülü video ve şiirleri mevcuttur. Eserleri başta İngilizce, Arapça, Almanca, İspanyolca ve Rusça olmak üzere değişik dillere çevrilmiştir.

Gülen hakkında birçok biyografi ve inceleme kitapları yayınlanmış ve yurt dışındaki çeşitli kurum ve üniversitelerde hakkında akademik konferanslar yapılmış ve bu konferanslarda 200'den fazla tebliğ sunulmuştur.

Fethullah Gülen'e ait olan "Kırık Mızrap" adlı şiir kitabından alınan 11 şiir; 2005 yılında Ahmet Özhan tarafından Hüzünlü Gurbet albümünde yorumlanmıştır. 2013 yılında ise aralarında Natacha Atlas, Bahroma, Ely Bruna gibi ünlü sanatçıların bulunduğu 12 sanatçı Gülen'e ait 12 şiiri İngilizce olarak Rise Up - Colours of Peace adlı albümde yorumlamıştır.


Gülen'e göre evren bir amacı ve maksadı olan yaratma fiilinin eseridir ve varolmanın gayesi Allah'ı bilmektir ve bilim bu amaca hizmet eden bir araç olarak değer kazanır. Fethullah Gülen'e göre evrim gibi yaratılış inancına karşıt görüşlere ihtimal vermek yıkıcı bir vesvese veya bir Darwin safsatasından ibarettir.

Gülen anlatımlarında Kur'an ve siyer kitaplarından alınmış, mucize, şeytan, cin, melek gibi ruhanilere ve Ashab-ı kehf, Hızır, Lokman, Adem, Havva, Nuh gibi kişilere yer verir. Gülen'e göre Adem'in ilk insan olarak yaratılması ve Adem'in eğe kemiğinden Havva'nın yaratılması inancı sebep-sonuç ilişkisi kapsamında ele alınmaması gereken mucize yaratılışlardır.

Fethullah Gülen, "altın nesil", " asrı-saadet", "gül devri" gibi deyimleri ile idealize ettiği toplum ve idari yapıya ait düşünce ve amaçlarını ortaya koyar. Bunu başkalarının hayalini kurduğu, ama Muhammed'in gerçekleştirdiği bir nevi "fazilet devleti" olarak anlatır: "Batı'dan bize intikal eden ve ruh yapımıza aykırı olmasına rağmen bize dayatılan, bir kısım cazip taraflarının bulunmasının yanında pek çok çirkin yanları da bulunan muasır medeniyetin bizim için fazla bir şey ifade etmediği söylenebilir. Hatta çoğu yerde başkaldırmaya kaymalar, bu medeniyete karşı tepkinin ifadesi olmuştur. İslam dünyası ondan ahlaksızlık, açık saçıklık, eğlence, istihlak (tüketim) esası üzerine müesses bir iktisadi sistem, israf ve kan-irin görmüş ve ürperti duymuştur/duymaktadır. Eğer önemli bir dönemde biz, biz olabilseydik onu kendimize benzetecek, yeniden şekillendirecek, tekniğini, fennini, ilmini, metodolojisini alacak ve zararlı yanlarını atacaktık ama heyhat!!!" Bu amaca eğitim yolu ile ulaşılabileceği, örnek hayatlar yaşanarak insanlara İslamın gerçek yüzünün gösterilebileceğini düşünür ve İslam'ın siyasi bir ideolojiye dönüştürülmesine şiddetle karşı çıkan bir anlayışa sahiptir.

Şeriat ve Laiklik konusunda eleştirel ifade kullanmayan Gülen'e göre, din, İslam ve şeriat kelimeleri eş anlamlı olarak kullanılmaktadır. Gülen laik sistem içerisinde dinin %95'inin yaşanabileceğini, geriye kalan %5lik kısım için kavga çıkartılıp insanların dinden ürkütülmemesini söyler. Bir başka konuşmasında ise laiklik ve demokrasiyi "Allah'ın bize bahşettiği bi