ilis"" adıyla bilinen yasaları ve hukukçu alıntılarını kanunlaştırdı. 534'te "Corpus" güncellendi ve Justinianus tarafından 534'ten sonra konulan yasalar ile beraber, geriye kalan Bizans döneminin hukuk sistemi büyük ölçüde çizilmiş oldu. "Corpus", birçok modern devletin hukuk düzeninin temelini oluşturur.

532'de, Justinianus doğu sınırlarını güvenceye almak adına I. Hüsrev ile antlaşma imzaladı ve Sasaniler'e yıllık büyük haraçlar vermeye razı oldu. Aynı yıl Konstantinopolis'te büyük bir ayaklanmadan daha da güçlenerek sağ kurtuldu (Nika ayaklanması) fakat bu olay sonunda imparatorun emriyle 30 ila 35 bin insan öldürüldü. Justinianus, 533'te batı fetihlerini, generali Belisarius'u, 429'dan beri, başkenti Kartaca ile birlikte Vandallar'ın hakimiyeti altında olan Afrika eyaletini tekrar ele geçirmek üzere gönderdiğinde başlatmış oldu. Bu fetihler beklenmedik bir kolaylıkla kazanılsa da, 548'e kadar büyük yerel kabileler bastırılamadı. Ostrogot İtalya'sında Teoderik, onun yeğeni, varisi Athalarik ve kızı Amalasuntha ölünce, Amalasuntha'nın katili Theodahad (taht: 534–536) başa geçti fakat bu yeni otorite daha güçsüzdü.

535'te Sicilya'ya yapılan bir Bizans seferi kolayca başarıya ulaştıysa da, Gotlar direnişlerini güçlendirdiler ve Belisarius'un başarılı Napoli ve Roma kuşatmaları sonucunda Ravenna'yı ele geçirdiği 540'a kadar herhangi bir zafer elde edilmedi. 535–536'da Theodahad, Papa I. Agapetus'u Konstantinopolis'e göndererek Bizans güçlerinin Sicilya, Dalmaçya ve İtalya'dan çekilmesini rica etti. Her ne kadar Agapetus, Justinianus'la barış imzalama görevinde başarılı olamasa da, Theodora'nın tüm desteğine ve korumasına rağmen Monofizit I. Anthimos kınandı ve en azından bu konuda başarılı olmuş oldu.

Ostrogotlar kısa sürede Kral Totila komutası altında birleşerek Roma'yı 546'da ele geçirdi. 544'te İtalya'ya gönderilmiş olan Belisarius, sonunda 549'da Konstantinopolis'e geri çağrıldı. Ermeni hadımı Narses'in İtalya'ya 35.000 kişilik bir orduyla varışı (551 sonu), Gotik geleceğinde yeni bir yön çizdi. Totila, Taginae Muharebesi'nde yenildi; ondan sonra gelen Teya'da Mons Lactarius Savaşı'nda (Ekim 552) yenik düştü. Birkaç Gotik garnizonunda devam eden direnişe ve Franklar ve Alamanlar'ın ardışık işgallerine rağmen İtalyan yarımadası için yapılan savaş sona erdi. 551'de, Vizigot Hispania'sından bir asil olan Athanagild, Justinianus'tan krala karşı yaptıkları ayaklanma için yardım istedi ve imparator başarılı bir komutan olan Liberius'un altında bir birliği onlara gönderdi. Böylece Bizans, Herakleios dönemine kadar İber Yarımadası'nda bir sahil kesimini elinde tuttu.

Doğuda Roma-Pers savaşları 561'de Justinianus ile Hüsrev'in elçilerinin elli yıllık bir barış imzalamasına kadar sürdü. 550'lerin ortalarına doğru Justinianus, Balkanlar haricinde savaştığı pek çok cephede galibiyet kazanmıştı. Balkanlar'da Slavlar ve Gepidler sürekli akınlarına devam ediyordu. Sırplar ve Hırvatlar'ın dahil olduğu kabileler Herakleios döneminde Balkanlar'ın kuzeybatısına yerleştirildi. Justinianus, Belisarius'u emekliliğinden geri çağırdı ve yeni Hun tehlikesini bertaraf etti. Tuna Nehri donanmalarının güçlendirilmesi, Kutrigur Hunları'nın geri çekilmesine ve Tuna'nın gerisine güvenli geçişleri garantileyen bir antlaşma imzalanmasına yol açtı.

Her ne kadar çoktanrıcılık 4. yüzyıldaki Konstantin zamanından beri devlet tarafından bastırılmış olsa da, geleneksel Greko-Romen kültürü, 6. yüzyılda halen Doğu İmparatorluğu'nda etkiliydi. İoannis Filoponus gibi filozoflar, bu dönemde Hristiyan düşünce ve deneyciliğine ek olarak var olan neoplatonik fikirlere dikkat çeker. Ancak Helenistik felsefe yerini yavaş yavaş yeni Hristiyan felsefesine bıraktı. 529'da Platon Akademisi'nin kapatılması önemli bir kilometre taşıdır. Besteci Romanos tarafından yazılan ilahiler Kutsal Liturji'nin gelişimini işaret ederken, mimar Miletli İsidoros ve Trallesli Anthemius, Kutsal Bilgelik Kilisesi veya bilinen adıyla Ayasofya'yı, Nika ayaklanması sırasında yıkılan önceki bir kilisenin yerine inşa etti. 537'de tamamlanan Aya Sofya, Bizans mimarlık tarihindeki en göze çarpan eserlerden biri olarak varlığını sürdürmektedir. 6. ve 7. yüzyıllarda, imparatorlukta veba salgınları patlak verdi. Bu salgınlar, nüfusu tahrip ettiği gibi ekonomik kayıplara yol açarak ülkeyi güçsüzleştirdi.
565'te Justinianus öldüğünde, kendinden sonra gelen II. Justinus, Perslere yüksek miktarlarda haraç ödemeyi reddetti. Bu sırada Cermen Lombardlar İtalya'yı işgal etti; yüzyılın sonunda İtalya'nın sadece üçte biri Bizans elindeydi. Justin'den sonra gelen II. Tiberius, düşmanları arasında seçim yaptı ve Avarlar'a yardım ederek Persler'e savaş ilan etti. Tiberius'un generali Mauricius, doğu sınırlarında başarılı bir sefer yürütse de, Avarlar aldıkları yardımlara rağmen dizginlenmemişti. Avarlar Balkanlar'da ilerleyerek 582'de Sirmium kalesini ele geçirdi ve Slavlar Tuna'nın karşısında seferlere başladı.

Bu sırada Tiberius'un yerini alan Mauricius, Pers iç savaşına müdahale etti, meşru II. Hüsrev'i tekrar tahta çıkartarak kızını onunla evlendirdi. Mauricius'un damadıyla anlaşması neticesinde, Bizans'ın sınırları doğuya doğru genişledi ve enerjik imparator dikkatini Balkanlar'a odaklama şansı buldu. 602 itibarıyla, başarılı Bizans seferleri Avarları ve Slavları Tuna'nın gerisine itti. Ancak Mauricius'un Avarlar tarafından alınan birkaç bin esiri için fidyeyi reddetmesi ve birliklerini kış ortasında Tuna'ya sürmüş olması onun şanını kısa sürede aşağıya çekti. Phocas adında bir subay, birlikleri Konstantinopolis'e geri getirerek bir isyan çıkardı. Mauricius ve ailesi kaçmaya çalışırken öldürüldü.

Phocas'ın Mauricius'u öldürmesinin ardından Hüsrev, bunu Mezopotamya eyaletini işgal etmek için bir bahane olarak kullandı. Birçok Bizans kaynağında hiç değişmeden "zorba" olarak anılan ve halk tarafından tutulmayan Phokas, Senato önderliğinde kendisine birçok komplonun kurulduğu bir isimdi. Herakleios, 610 yılında Kartaca'dan ucuna ikon iliştirilmiş bir gemiyle Konstantinopolis'e gelerek Phocas'ı yerinden etti.

Herakleios'un başa geçmesiyle Sasani ilerleyişi Levant'ın derinliklerine doğru iyice yayıldı ve Sasaniler Şam ve Kudüs'ü ele geçirerek Gerçek Haç'ı alıp Tizpon'a götürdü. Buna misillemeyle yanıt veren Herakleios için bu mücadele bir kutsal savaş karakterindeydi ve askerî sembol olarak İsa'nın acheiropoietos görüntüsünü kullanıldı (benzer bir şekilde, Konstantinopolis 626 yılında Avar - Sasani - Slav güçleri tarafından kuşatıldıktan sonra elde edilen zafer, Patrik Sergios'un şehir surlarında yürüyüş eşliğinde taşıdığı Meryem Ana'nın ikonuna atfedilmişti). Yine bu kuşatma sırasında Bizans-Sasani Savaşı zirve noktasına erişmişti ve ittifak ordusu 626'nın Haziran ve Temmuz ayları arasında Konstantinopolis'i kuşatmış oldu. Bunun hemen ardından Sasani kuvvetleri Anadolu'ya çekilmek zorunda kaldı. Bunun ardından Herakleios'un kardeşi Theodorus'un Sasani generali Şahin'i yenilgiye uğrattığı haberi gelince Pers yenilgisi kesinleşti. Bunun üzerine Herakleios, Sasani Mezopotamya'sına tekrar işgal kuvvetleri yolladı.

Ana Sasani kuvvetleri Ninova'da 627'de yenilgiye uğratıldı ve 629'da Herakleios, Gerçek Haç'ı o sırada savaş nedeniyle anarşinin ve iç savaşın hüküm sürdüğü Sasani başkenti Tizpon'dan alarak büyük bir şölenle Kudüs'e götürdü. Nihayetinde Persler bütün kuvvetlerini geri çekip eskiden Roma'nın elinde olan Mısır, Levant, Mezopotamya ve Ermenistan topraklarını Bizans'a önceden 595 yılı dolaylarında yapılmış bir antlaşmaya tekrar uyarak geri verdi. Bu savaş Bizans ve Sasani imparatorluklarını oldukça zayıflattı ve onları hemen sonraki yıllarda ortaya çıkan Müslüman kuvvetlerine karşı son derece hassas hale getirdi. Bizanslılar 636'daki Yermük Muharebesi'nde Araplara karşı çok ağır bir yenilgiye uğradı, Tizpon ise 637'de düştü.

O sıralarda Suriye ve Levant'ı sıkıca kontrol altında tutan Araplar, Anadolu içlerine sık sık işgalci kuvvetler yolluyordu ve 674–678 arasında doğrudan Konstantinopolis kuşatıldı. Arap donanması Rum ateşi tekniğinin de yardımıyla püskürtüldü ve Emevîler ile otuz yıllık ateşkes imzalandı. Buna karşın Anadolu işgalleri son hız devam ediyordu ve buradaki halk, eski şehir surları içinde daha küçük alanlara duvarlar ördüğünden veya yakındaki kalelere taşındığından klasik kent kültürü iyice bozuldu. Konstantinopolis'in nüfusu bu süreçte 500.000'den 40.000–70.000 aralığına kadar geriledi ve diğer şehirler gibi kısmen kırsallaştı. Şehir, Bizans 618'de Mısır'ı önce Perslere, sonra Araplara kaptırınca ücretsiz tahıl taşımacılığı hakkını kaybetti ve halka buğday dağıtımı durma noktasına geldi.

Eski yarı-özerk belediye kuruluşlarının yok olmasıyla ortaya çıkan boşluk, Anadolu'yu eyaletlere ayıran ve kent yönetiminin imparatorluk idaresine doğrudan sorumlu olduğu belirli ordulara bırakıldığı thema sistemiyle dolduruldu. Bu sistemin kökenleri Herakleios'un geçici kurallarından kaynaklanabiliyor olabilir fakat 7. yüzyıl boyunca imparatorluk yönetiminin yepyeni bir sistemi haline dönüştü. İmparatorluğun 7. yüzyılda yaşadığı toprak kayıplarını izleyen bu devasa kültürel ve kurumsal yeniden yapılanma, Akdeniz'in doğusundaki "Romalılık" kavramının kırılmasına ve bundan sonrasında Bizans'ın Roma'nın doğrudan devamı olmaktan ziyade herhangi bir başka ardıl ülke olarak okunarak daha iyi anlaşılır hale gelmesine yol açtığı söylenegelmiştir.

Balkanlar'dan çok sayıda birliğin önce Persler, sonra Araplar ile savaşmak üzere ayrılması, Slav halklarının yarımadanın güneyine doğru yayılmasına zemin hazırladı. Bunun bir sonucu olarak, Balkanlar'da da Anadolu'da olduğu gibi birçok şehir küçük surlu yerleşimlere büzüştü. 670'lerde Bulgarlar, Hazarlar'ın gelişiyle Tuna'nın güneyine geçmeye başladı. 680'de bu yeni yerleşimleri dağıtmak üzere gönderilen Bizans kuvvetleri yenilgiye uğradı.

681'de IV. Konstantinos, Bulgar hanı Asparuh ile bir antlaşma imzaladı ve yeni Bulgar devleti, daha önce ismen de olsa Bizans yönetimini tanıyan birkaç Slav kabilesi üzerinde bağımsızlık elde etti. 687–688'de Her