şkanlık yapmış olan Şükrü Saracoğlu, bir siyaset adamıydı. Bunun yanında sıkı bir Fenerbahçeliydi. Fenerbahçe'ye birçok faydası dokunmuştur. Bugünkü Şükrü Saraçoğlu Stadı'nın yerinde bulunan alan sembolik 1 TL karşılığı Fenerbahçe'ye kazandırılmıştır. Hükumetlerde görevdeyken bile Fenerbahçe başkanlığını sürdürmüş, siyasetteyken, 1934-1950 yılları arasında görevde bulunmuştur. Daha sonraları stadyuma adı verilmiştir.

II. Dünya Savaşı her şeyi olduğu gibi Fenerbahçe'yi de finansal olarak olumsuz etkiledi. Buna karşın sportif anlamda başarılar devam etti. Fenerbahçeli atlet Ruhi Sarıalp, Londra'da düzenlenen 1948 Yaz Olimpiyatları'nda üç adım atlamada bronz madalya kazandı. Bu bir Türk'ün atletizm alanında kazandığı ilk madalyaydı.

1944'te Fenerbahçe, ikinci resmî şubesini basketbol alanında kurdu. Böylece futboldaki Fenerbahçe-Galatasaray rekabeti basketbola da sıçradı. Ekip ilk büyük başarısını 27 Mart 1954'te elde etti. Bu tarihte Galatasaray'ı ilk kez yenerek ezelî rakibinin basketboldaki hegemonyasına büyük bir darbe vurdu. Takım ilk şampiyonluğuna ise 1957 yılında ulaştı.

Fenerbahçe ve Galatasaray ezelî rekabetini 1947 yılında bir başka sporda sürdürdü: Ragbi. Yapılan ilk karşılaşma 18 Mayıs 1947'de oynandı. Bu ayrıca son karşılaşma da oldu. Fenerbahçe karşılaşmayı 12-0 kazandı. Bu sonuç karşısında Galatasaray ragbi şubesini kapatmaya karar verdi.

30 Mart 1947'de Macar Ignace Molnar, futbol takımının başına getirilir. Ignace Molnar yönetiminde takım 1947-48 sezonunda İstanbul Futbol Ligi'ni kazanır. Lefter Küçükandonyadis bu sezon takıma transfer olmuş ve şampiyonlukta önemli katkıları olmuştur. Taksimspor'dan takıma dahil olmuş ve futbol oynadığı dönemde sihirbaz olarak tanınmıştır. Birçok meziyetiyle ön plana çıkmıştır. Fenerbahçe taraftarlarının kalbinde taht kuran Lefter'e ""Ver Leftere, yaz deftere"" sloganı yazılmıştır. Fenerbahçe'de bulunduğu zaman içinde birçok rekora imza atmıştır. Lefter Küçükandonyadis daha sonra 1951'de AC Fiorentina'ya transfer olmuştur.
1950'de açılan Adalet kulübü hızla gelişmek ister. Kulüp, büyük takımın önemli oyuncularına hem önemli transfer ücretleri ödüyor hem de mensucat fabrikasında bir tezgâh veriyordu. Birçok futbolcu Adalet'e geçti. Bunlar içinde Fenerbahçeliler de vardı. Fenerbahçe beş futbolcusunu Adalet'e kaptırır. Bu beş futbolcunun dışında, Lefter İtalya'ya gitmiş, Cihat Arman futbolu bırakmıştı. Fenerbahçe zor bir döneme girdi. Bunların yerine kulüp birçok genç oyuncu aldı. Bu yeni takıma "Küçük Şeytanlar" adı verilmişti. Küçük Şeytanlar Adalet'le oynanan maçı 1-0 kazanmayı başardı. Ayrıca bu genç takım 1952-53 sezonunda şampiyonluğa ulaştı.

Bir ara Fenerbahçe basketbol takımında da oynayan Can Bartu daha sonra futbola geçti. Bartu'nun idolü Lefter'di. Amacı bir gün Lefter gibi Avrupa'da oynamaktı. Fenerbahçe, 1959'da ilk kez düzenlenen profesyonel lige iyi başladı ve Beyaz Grubu birinci tamamlayıp Kırmızı Grup birincisi olan Galatasaray ile final oynamaya hak kazandı. İki ayak üzerinden oynanan finalin ilk ayağında Fenerbahçe, Galatasaray'a 1-0 mağlup oldu. 4 gün sonrasında yapılan ikinci ayak maçında ise Galatasaray'ı 4-0 yenen Sarı-Kanaryalar ilk kez düzenlenen ligde şampiyonluğa ulaştı.

1959 yılında Fenerbahçe Şampiyon Kulüpler Kupası'nda mücadele etmeye hak kazandı. Macar antrenör Ignace Molnar yönetimindeki Fenerbahçe, Macar Şampiyonu Csepel SC ile İstanbul'da Can Bartu'nun golüyle 1-1 berabere kaldı. Fenerbahçe deplasmanda 3-2 kazandı ve bir üst tura çıktı. Bu, Türk takımları için ilkti, çünkü ilk kez bir Türk takımı Avrupa'da bir üst tura çıkmıştı.

1968 yılında Şampiyon Kulüpler Kupası'da Fenerbahçe İngiltere Şampiyonu Manchester City ile eşleşti. Bundan iki yıl önce İngiltere, FIFA Dünya Kupası'nı kazanmıştı. Türkiye ve İngiltere'deki herkes bu eşleşmenin favorisinin açık ara farkla Manchester City olduğunu düşünüyordu. İlk maç Manchester şehrinde oynandı ve özellikle kaleci Yavuz Şimşek'in güzel oyunu maçın 0-0 bitmesini sağladı. İkinci maç 2 Ekim 1968'de İstanbul'da oynandı. Manchester City maça baskılı başladı. Ercan Aktuna kaleci Yavuz'a pas attı fakat pas kısa düşünce Coleman araya girdi ve 12. dakikada durumu İngiliz ekibinin lehine çevirdi. İlk yarı bu skorla tamamlandı. İkinci yarıda oyuna Abdullah Çevrim girdi ve hemen 46. dakikada bir karambolde topu ağlara göndermeyi başardı: 1-1. Kalan dakikalarda skora göre turu geçen taraf olan Manchester City savunmaya çekildi. 76. dakikada Ogün Altıparmak'ın vuruşu gol olunca İngilizler şoka uğradı. Durum 2-1 e geldi ve maç böyle tamamlandı. Fenerbahçe, dönemin en güçlü ekiplerinden Manchester City'yi elemişti. Ertesi gün Türkiye'deki gazetelerde şöyle manşetler atıldı: "Dünya Şampiyonlarının şampiyonunu yendik".

1972 yılında ilginç bir kişi Fenerbahçe'de teknik direktörlük görevine geldi. 1962 FIFA Dünya Kupası'nda Brezilya'nın kupayı almasında pay sahibi olmuş Valdir Pereira takımın başına getirildi. Valdir Pereira'nın diğer ismi Didi idi. Fenerbahçe, Didi yönetiminde üç yılda sekiz kupa kazanmayı başardı. Didi zamanında, Cemil Turan ve Osman Arpacıoğlu'lu takım 18 kez Galatasaray'a karşı oynadı. Fenerbahçe bu maçlarda 10 galibiyet 6 beraberlik alırken Galatasaray 2 kez sahadan yengin ayrıldı. Fenerbahçe, Didi'li yıllarda oldukça başarılı oldu ve popüleritesini artırdı. Milliyet tarafından yapılan anket sonuçlarına Fenerbahçe o tarihte %60,56 ile en çok taraftara sahip kulüptü.

1980 yılında Fenerbahçe, takımın başına Eintracht Frankfurt'tan Alman bir çalıştırıcı getirdi. Friedel Rausch yönetimindeki Fenerbahçe en dramatik sezonunu yaşadı. Takım ligde büyük düşüşler yaşadı ve sezonu 10. sırada tamamlayabildi. 16 takımın olduğu ve 14., 15., ve 16.'nın küme düştüğü ligde Fenerbahçe 10. oldu. Ligden düşen takımlardan Çaykur Rizespor ile aynı puandaydı. Takım averajla ligde kalabilmişti.
Sarı-Kanaryalar için 1985-1988 yılları arası da pek parlak geçmedi. Takım iki kez beşincilik, bir kez de sekizincilik aldı. Bu üç sezonda kulüp altı çalıştırıcı değiştirdi. Bu, değişim için iyi bir zamandı. Rıdvan Dilmen ve Aykut Kocaman transfer edildi. Kaleye Almanya millî takımı kalecisi Harald Schumacher alındı. Alman kaleci daha önce 1982 ve 1986 Dünya Kupalarında, Batı Almanya millî takımında görev yapmıştı. Harald Schumacher dışında kadroda yabancı futbolcu yoktu. Oldukça kaliteli bir kadro kuruldu. 1988-89 sezonu takım için kırılması zor rekorlar yılı oldu. Fenerbahçe 103 kez (maç başına 2,86) rakip fileleri sarsarak bu alanda lig rekorunu kırdı. Kalesinde sadece 27 gol gördü. Fenerbahçe 36 maçtan 29'unu kazanırken 6'sında berabere kaldı, birinde yenildi. Toplayabileceği 108 puandan 93'ünü topladı ve %86,11'lik bir başarı sağladı. Başarı yüzdesi ve alınan puan alanında da rekor kırılmış oldu. Gol kralı Fenerbahçe'den çıktı. Aykut Kocaman 29 gol atmıştı. Rıdvan Dilmen ise tam 41 asist yapmış 19 kez de fileleri sarsmıştı.

Diğer bir parlak başarı 3 Mayıs 1989 tarihinde sağlandı. 1988-89 sezonunda Galatasaray ile Türkiye Kupası'nda karşılaşıldı. Maç Ali Sami Yen Stadı'nda oynandı. Galatasaray ilk yarıyı Tanju Çolak'ın attığı üç golle önde kapadı. Galatasaray üstün durumdaydı ve kimi spor yazarları ikinci yarıda farkın açılacağını, böylece Galatasaray'ın tarihi bir zafer elde edeceğini düşünüyorlardı. Devre arasında Veselinoviç takımı çok iyi bir şeklide motive eder ve onlara: ""Onlar bize bir devrede üç gol atabiliyorsa, biz onlara beş tane atarız. Sahaya çıkın ve ne kadar Fenerbahçeli olduğunuzu onlara gösterin"" der. İkinci yarıda Aykut Kocaman ve Hasan Vezir'in (3) golleriyle Fenerbahçe rakibini 4-3 devirir.

1990-91 sezonunda Fenerbahçe'nin başına Hollandalı çalıştırıcı Guus Hiddink getirildi. O sezon Fenerbahçe için oldukça kötü geçecekti. Harald Schumacher sarılık geçirdi ve futbola ara vermek zorunda kaldı. Rıdvan Dilmen'in peşini sakatlıklar bırakmadı. Fenerbahçe sezona 1-6'lık Aydınspor hezimeti ile başladı. Bu, kulüp tarihinde ligde alınan en büyük yenilgiydi. Sezon istenilen gibi gitmedi ve takım beşinci olarak ligi kapadı. Buna karşın erkek basketbol takımı, tarihindeki ilk şampiyonluğunu bu sezon elde etti.
1990'lı yıllar takım için pek parlak geçmedi. 1990-2000 arasında sadece bir kez lig şampiyonluğuna ulaşıldı. 1995-96 sezonunda takım lig şampiyonluğuna ulaştı. Aynı yıl Türkiye Kupası'nda finale çıktı. İki maç üzerinden oynanan karşılaşmalarda Fenerbahçe, uzatma devresinde yediği golle Galatasaray'a mağlup oldu. Buna karşılık bu dönemde Fenerbahçe 4 yıl lig gol kralını çıkardı. 1991-92 ve 1994-95 sezonunda Aykut Kocaman 25 ve 27 golle, 1992-93 sezonunda Tanju Çolak 27 golle, 1993-94 sezonunda Bülent Uygun 22 golle gol krallığına ulaştı.

Tüm bunlara karşın kulüp 10 yıl boyunca ekonomik ilerlemeler kaydetti. Ali Şen ve Aziz Yıldırım gibi başkanlar sayesindeki bu ekonomik ilerleme ile kaliteli futbolcular ve ünlü teknik adamlar takıma kazandırıldı. Joachim Löw ve Carlos Alberto Parreira bunlardan ikisiydi. Yine birçok ünlü yabancı futbolcu takımda oynadı: Jay-Jay Okocha, Elvir Baliç, Emil Kostadinov, Jes Høgh...

1998 yılında yapılan başkanlık seçimlerinde Aziz Yıldırım, bir oy farkla başkanlığa seçildi. Yıldırım, devamlı bir sportif başarı için, kulüp ekonomisinin sağlam temellere dayanması gerektiğini düşünüyordu. Bu amaçla uzun vadede planlar yaptı. Fenerbahçe Stadyumu olarak anılan stadyumun adını Fenerbahçe Şükrü Saracoğlu Stadyumu olarak değiştirdi. 28.000 kişilik bu stadyumun 1982 yılında projelendirilen kapasite arttırma çalışmalarına başlandı. 1999-2000 sezonunda Yeni Açık diye adlandırılan, Kurbağalıdere tarafındaki tribün yıkılarak inşaata başlandı. Sponsor olarak Migros ile anlaşıldı. 2000-01 sezonunun ilk maçı geldiğinde kapasite 30.000'e çıkarılmıştı. Sezon içinde diğer kale arkası tribün yıkıldı ve inşaasına başlandı. Sponsor olarak Telsim ile anlaşıldı ve 6 Mayıs 2001'deki Fenerbahçe - Galatasaray maçına yetiştirildi. Bu tribünler ile birlikte stadın kapasitesi 42.000'e ulaştırılmıştı. Bu maç ile İstanbul seyirci ve hasılat rekoru kırıldı.

Daha sonra Maraton Tribün yıkıldı.