Partisi ile ittifak yaparak giren Refah Partisi, İstanbul'dan %16,73 oranında oy aldı. 19. dönem milletvekili olarak Türkiye Büyük Millet Meclisi'ne giren Erdoğan, ilk kez uygulanan seçmenlerin parti milletvekillerini sıralamaya bakmadan tercih edebildiği tercihli oy sisteminde seçmenlerin tercihini ikinci sıradaki aday Mustafa Baş'tan yana kullanması sebebiyle, sonuçların belli olmasından birkaç gün sonra Erdoğan'ın milletvekilliği Baş'a geçti. Sandıklardan Erdoğan'a yaklaşık 9 bin tercihli oy çıkarken, Baş'a yaklaşık 13. bin oy çıkmıştı.

27 Mart 1994'teki yerel seçimlerde İstanbul büyükşehir belediye başkanlığı adaylığı için Refah Partisi; Erdoğan, Ali Coşkun, Nevzat Yalçıntaş, Temel Karamollaoğlu ve Veysel Eroğlu için kamuoyu araştırması yaptırmıştı. 15 Ocak 1994 günü parti başkanı Necmettin Erbakan tarafından Erdoğan'ın İstanbul büyükşehir belediye başkanı adayı olacağı açıklandı. Seçimlerde Erdoğan %25,19 oy oranı alarak İstanbul Büyükşehir Belediyesi Başkanı seçildi. Belediye başkanlığı döneminde 4 milyar dolarlık yatırım gerçekleştirdi. Kentin trafik ve ulaşım açmazına karşı 50'den fazla köprü, geçit ve çevre yolu inşa edildi.

Başkanlık dönemine ilişkin olarak 18 dosyadan İstanbul Devlet Güvenlik Mahkemesi'nde dava açıldı. Bunlardan bazıları Akbil, İsfalt, İstaç ve İdo ile ilgili yolsuzluk davalarıdır. Bu davalar, milletvekili olduğunda dokunulmazlığı nedeniyle dokunulmazlığı süresince donduruldu.

6 Aralık 1997'de Siirt'te düzenlenen bir açıkhava toplantısı sırasında topluluğa yaptığı konuşmada, Ziya Gökalp'ın 1912 yılında Balkan Savaşı'ndaki Türk askerler için yazdığı "Asker Duası" adlı şiirinin sonradan değiştirilmiş bir sürümünden bir dörtlük okudu. Okuduğu dörtlüğün bu şekliyle Gökalp'e ait olduğunu iddia eden Erdoğan, konuyla ilgili olarak "konuşmamın bütünü incelendiğinde millî birlik ve beraberlik mesajım verildiği görülür" demişti. Daha sonraları Erdoğan'ın okuduğu sürümün, Türk Standardları Enstitüsünün 1994'te çıkarttığı "Türk ve Türklük" kitabında bulunduğu ortaya çıktı ancak kim tarafından değiştirildiği anlaşılamadı.

Konuşmayla ilgili olarak bir inceleme başlatıldı ve Yargıtay Cumhuriyet Başsavcısı Vural Savaş, Erdoğan'ın konuşmasının yer aldığı görüntüleri inceledikten sonra, Refah Partisi'nin kapatılması istemiyle açılan davayı görüşen Anayasa Mahkemesi Başkanlığına iletti. Diyarbakır Devlet Güvenlik Mahkemesi Başsavcılığı, Erdoğan hakkında Türk Ceza Kanunu'nun 312/2 maddesine göre "halkı din ve ırk farkı gözeterek kin ve düşmanlığa açıkça tahrik etmek" suçlamasıyla hazırladığı iddianamesini 12 Şubat 1998'de tamamladı. Bir yıldan üç yıla kadar hapis istemiyle dava açılan Erdoğan'ın yargılanmasına 31 Mart 1998 günü başlandı. 21 Nisan 1998'de sonuçlanan dava, Erdoğan'ın iddianamede bahsedilen suçu işlemesiyle sonuçlandı ve Erdoğan'a bir yıl hapis ile 860 bin TL ağır para cezası verildi. Daha sonra kendisini duruşmadaki hâli ve tavrı göz önüne alınarak cezası 10 ay hapis ve 176 milyon 666 bin 666 TL para cezasına çevrildi. 3 Haziran'da açıklanan gerekçeli karara göre Erdoğan, "Siirt'te yaptığı konuşmayla dindar ve dindar olmayan diye bölünen kesimler arasındaki gerginliği canlı tutmayı amaçlamakta"ydı. "Bunları inanç birliği maksadıyla söyledim" şeklindeki ifadesinin inandırıcı bulunmadığı belirtilirken, "benim referansım İslam'dır" diyerek topluluğu inanan ve inanmayan olarak ayırdığı belirtildi. "Cezanın ertelenmesine yer olmadığı" ibaresinin de yer aldığı kararın bir aykırı oya karşılık oy çokluğuyla alındığı ve Yargıtay'a başvurulabileceği kaydedildi. Mahkemenin aldığı karar 23 Eylül'de Yargıtay 8. Ceza Dairesi tarafından, bire karşı dört oyla onaylandı. Kararın ardından kendisine siyasi yasak getirilen Erdoğan, herhangi bir partiyle birlikte veya bağımsız olarak herhangi bir seçime katılamayacaktı. 25 Eylül'de Yargıtay tarafından açıklanan gerekçeli kararda Erdoğan'ın söylemlerinin "savaş çağrısı" niteliği taşıdığı belirtilmekteydi. Ceza infaz yasası gereği hapis cezası 4 ay 10 güne inerken, çeşitli ertelemeler sonrasında İstanbul büyükşehir belediye başkanlığı görevini bırakarak 26 Mart 1999 günü Kırklareli'nin Pınarhisar ilçesindeki Pınarhisar Cezaevi'ne girdi. 24 Temmuz 1999'da ceza süresini tamamlayarak cezaevinden tahliye edildi.

Fazilet Partisi'nin, Anayasa Mahkemesi tarafından daimi kapatılmasının ardından, bağımsız kalan milletvekilleri, yeni parti kurma çalışmalarını "gelenekçiler" ve "yenilikçiler" olarak adlandırılan iki kanattan sürdürdü. "Millî Görüşçü" olarak adlandırılan kanat, Recai Kutan'ın genel başkanlığında 20 Temmuz 2001'de Saadet Partisi'ni kurarken, "değişimci" kanat da, Tayyip Erdoğan liderliğinde 14 Ağustos 2001'de, Adalet ve Kalkınma Partisi'ni kurdu ve Tayyip Erdoğan, parti genel başkanlığına seçildi. Erdoğan "biz gömleğimizi değiştirdik" ifadesiyle muhafazakarlardan büyük tepki aldı. Kurulan Adalet ve Kalkınma Partisi, 3 Kasım 2002 seçimlerinde kayıtlı 41.291.568 seçmenin oy kullanan 32.652.702 kişisi içinden 10.770.704 adet oy alarak %34,29 ile birinci parti oldu.

Erdoğan, siyasi yasağı bulunduğu için seçimlere giremedi ve milletvekili seçilemedi. Seçim sonrasındaki 58. Hükûmet, Abdullah Gül başbakanlığında kuruldu. Bu hükûmet döneminde Erdoğan'ın siyasi yasağının kaldırılması için Türkiye Büyük Millet Meclisine yasa teklifi sunuldu. Bu yasa değişikliği TBMM tarafından oy çokluğuyla kabul edilse de Cumhurbaşkanı Ahmet Necdet Sezer yasayı "öznel, somut ve kişisel" olduğu gerekçesiyle veto etti. Daha sonra aynı yasa değiştirilmeden mecliste tekrar kabul edildi ve Cumhurbaşkanı Sezer yasa değişikliğini bu kez onayladı. Bu yasanın kabulüyle Erdoğan'ın milletvekili seçilmesi için yasal bir engel kalmadı. Seçimlerde Siirt milletvekili seçilen Fadıl Akgündüz'ün milletvekilliğinin düşürülmesinin ardından Siirt'teki seçimlerin tekrar edilmesi kararlaştırıldı. Seçimlerde Adalet ve Kalkınma Partisi'nin ilk sıradaki adayı Mervan Gül'ün adaylıktan çekilmesi ile Erdoğan partinin birinci adayı olarak Siirt seçimlerine girdi ve oyların %85'ini alarak kazandı.

Erdoğan'ın milletvekili seçilmesinin ardından başbakan Abdullah Gül, Erdoğan'ın başbakan olması için Cumhurbaşkanı Sezer'e istifasını sundu. Sezer bu kez hükümeti kurma görevini Erdoğan'a verdi ve genel seçimlerden yaklaşık üç ay sonra Erdoğan başkanlığında 59. Hükümet kuruldu. 22 Temmuz 2007 tarihinde yapılan 23. Dönem Milletvekili Seçimlerinde %46,6 oy alarak 341 milletvekili çıkaran Adalet ve Kalkınma Partisi, Recep Tayyip Erdoğan'ı başbakanlık koltuğuna ikinci kez taşıdı. 12 Haziran 2011 tarihinde 24. Dönem Milletvekili Seçimlerinde oy yüzdesini %49,83'e çıkarmış ve Türkiye genelinde 21.399.082 oy alarak toplamda 327 milletvekili ile üçüncü kez hükümet kurma yetkisini kazanmıştır.

2003 yılı sonunda ülke genelindeki bölünmüş devlet ve il yolların toplam uzunluğu 4.387 km, otoyolların uzunluğu ise 1.714 km iken; 2013 yılı itibarıyla sırasıyla 16.420 km ve 530 km'lik yol inşasıyla bu uzunluklar sırasıyla 20.807 km ve 2.244 km'ye ulaştı. Erdoğan'ın cumhurbaşkanı olması sonrasında başbakanlık görevinden ayrıldığı dönem de dahil olmak üzere 2014 yılı itibarıyla 471 km'lik bölünmüş devlet ve il yolu inşası gerçekleştirildi. 1993 yılında inşası başlamış olan Bolu Dağı Tüneli ve 2000 yılında inşasına başlamış olan Nefise Akçelik Tüneli 2007'de tamamlandı, 2011'de ise halen yapımı devam eden Avrasya Tüneli ve Konak Tüneli'nin temelleri atıldı. Konak Tüneli'nin inşası 24 Mayıs 2015'te tamamlandı. Türkiye'nin ilk denizaltı tüneli olan ve İstanbul Boğazı'nın altından geçen Marmaray'ın 2004'te başlayan inşası 2013'te tamamlandı. 2003-2014 yılları arasında devlet ve il yollarında 41,2 km uzunluğunda 84 tek tüp tünel, 86,9 km uzunluğunda 46 çift tüp tünel; otoyollarda 1 km uzunluğunda tek tüp tünel ve 21,1 km uzunluğunda 12 çift tüp tünel; tüm yollarda ise toplam 64,3 km uzunluğunda 151 tek tüp tünel ve 135,8 km uzunluğunda 75 çift tüp tünel hizmete girdi. 2013'te, İstanbul Boğazı üzerindeki üçüncü köprü olan Yavuz Sultan Selim Köprüsü ile İzmit Körfezi üzerindeki İzmit Körfez Köprüsü'nün inşalarına başlandı. 2003-2013 yılları arasında toplam uzunluğu 114,2 km'yi bulan 1.608 köprü inşa edilirken, 609 köprünün bakım ve onarımı tamamlandı. 2014 yılı itibarıyla inşa edilen köprülerin toplam uzunluğu 120,6 km'ye, toplam sayısı 1.669'a, bakım ve onarımı yapılan köprü sayısı ise 732'ye ulaşmıştı. İlk hattı 2009'da Ankara-Eskişehir arasında devreye giren Yüksek Hızlı Tren daha sonraları çeşitli illere yayıldı.

2002'de 25 olan ülkedeki havalimanı sayısı, Erdoğan'ın başbakanlığı döneminde inşası tamamlanan 27 havalimanıyla birlikte 52'ye yükseldi. Uluslararası seferlerin düzenlendiği Hatay Havalimanı, Şanlıurfa GAP Havalimanı ve Eskişehir Anadolu Havalimanı 2007'de, Zafer Havalimanı ise 2012'de açılırken; İstanbul'daki üçüncü havalimanının inşasına 2014'te başlandı.

Mart 2014 itibarıyla, Erdoğan'ın başbakanlığı döneminde 18'i hidroelektrik santrali olmak üzere 268 baraj inşa edildi.

138 ayrı yerleşim biriminde kentsel dönüşüm yapılarak TOKİ önderliğinde toplu konutlar yapıldı.

2008'de hizmete giren e-Devlet uygulamasıyla halkın, çeşitli devlet hizmetlerine İnternet üzerinden ulaşabilmesi sağlandı.

2008'de Türksat 3A, 2014'te Türksat 4A haberleşme uyduları, 2012'de ise Türkiye'nin ilk yer gözlem uydusu Göktürk-2 uzaya gönderildi.

2002 yılında eğitime ayrılan bütçe 11.3 milyar TL iken 2014 yılında yaklaşık 7 katına çıkarak 78.5 milyar TL'ye ulaştı. 2003 yılında UNICEF işbirliğiyle başlatılan "Haydi Kızlar Okula!" kampanyasıyla ülkedeki kızların okula gitmesi ve eğitim seviyesindeki cinsiyet dengesizliğinin giderilmesi amaçlandı. Kampanya sayesinde 2002'de %87 olan kız çocuğu okullaşma oranının geçen yıl %96 seviyesine yükseldi.

2003 yılında 70 olan üniversite sayısı, 2008 yılı sonunda doğru 130'un üstüne çıkarak ülkedeki 81 il de en az bir üniversiteye sahip oldu. 2012 yılında bu sayı 186'ya ulaştı. 2008'de, 2010'da başlatılan Fatih Projesi kapsamında çeşitli okullardaki bazı sınıflara akıllı tahta konuldu ve bazı öğrenciler