isini işgal edince Bizans imparatoru I. Aleksios, kendisine karşı denizden bir ordu gönderse de İlhan Muhammed, gölün girişinde şiddetli bir hücum yaparak Bizanslılar'ı bozguna uğratmıştır. Fakat imparatorun karadan gönderdiği ordu İlhan'ı esir ve mağlup etmiştir . Bundan sonraki mücadeleler için kaynaklar susmaktadır ve Çaka Bey'in yeni bir istila münasebetiyle haberler bize intikal etmektedir. Nitekim Çaka Bey, denize açılarak Çanakkale istikametinde ilerlemiş ve o dönem Bizans'ın doğu gümrüğü sayılan Aydos'u kuşatarak fethetmiştir. Çaka Bey geçmişte de Midilli, Sakız, İstanköy ve Rodos adalarını da fethederek Bizans'ın başkenti İstanbul'u tehlikeye atmış ve Aydos'u alarak da burayı tehdit etmeye başlamıştır. Yine Çaka Bey, geçmişte Peçenekler ile ittifak yapmıştı ki bu ittifak Nisan 1091'de Peçenekler'in Bizans ve Kıpçaklar tarafından katliyle son bulmuştu. Ebu'l Kasım'ın devleti idare ettiği dönemde Selçuklular'la ittifak yapan Çaka Bey; Kılıç Arslan'ın sultan olmasıyla yeniden bir ittifak kurmuş ve kızını Kılıç Arslan'la evlendirmiştir.

Bu yüzden telaşlanan I. Aleksios, Anadolu'da Çaka Bey'in sultanlık peşinde koştuğu ve çok güçlendiği, ilk fırsatta Kılıç Arslan'ı ortadan kaldıracağı şeklinde dedikodular yaydırmıştır. Ayrıca kendisi de Kılıç Arslan'a bir mektup göndermiş ve Kılıç Arslan'ı, aynı ifadelerle Çaka Bey'e karşı kışkırtmıştır. Halbuki Çaka Bey'in böyle bir niyeti bulunmamaktaydı ve beyliği dünyanın öbür ucuna kadar uzasa yine Selçuklular'a bağlı bir bey olarak kalacağını belirtmekteydi. Nitekim tahtını kaybetmek korkusuyla sarsılan Kılıç Arslan harekete geçmiş ve Çaka Bey, iki büyük ordu ile donanmanın arasında sıkışıp kalmıştır. Bu yüzden Çaka Bey, damadı Kılıç Arslan ile görüşmek için onun ordugahını gitmiş ve burada öldürülmüştür . Çaka Bey'in ölümüyle ilgili üç rivayet vardır ki bunlardan birincisine göre Çaka Bey, ordugahtaki ziyafet esnasında zehirlenmiştir. İkinci rivayete göre bizzat Kılıç Arslan kılıcını çekerek kayınpederini öldürmüştür. Üçüncü rivayete göreyse Kılıç Arslan'ın tuttuğu bir besleme arkadan hançerlemek suretiyle Çaka Bey'i öldürmüştür ki Çaka Bey ölmeden önce son gücüyle bu beslemeyi öldürmüştür.

Çaka Bey'in ölümüyle beraber Kılıç Arslan; Bizans'la sulh yaparak garp sınırlarını güvence altına almış ve İlhan'ı İznik'de bırakarak 1095 yılında şarka yönelmiştir. Aynı yıl Ortodoks Ermeni Gabriel'in hakimiyetinde bulunan Malatya'yı kuşatma altına alan Kılıç Arslan, böylece Danişmed Gümüş-tekin'den (Danişmend Gazi) daha erken davranmış ve mancınıklarla surları dövmeye başlamıştır. Ancak eski surlardan başka Gabriel'in şehri iyi tahkim etmesinden dolayı kuşatma uzamıştır. Gabriel'den nefret eden şehir halkı ise zaten teslim olmak istemekteydi ve bu yüzden Kılıç Arslan'ın veziri, şehrin Süryani patriğiyle görüşerek Gabriel'e birtakım vaatlerde bulunarak teslim olmasını istemiştir. Ama Gabriel bu teklifi reddetmiş ve patriği de öldürtmüştür. Nitekim kuşatma daha da uzamış ve Kılıç Arslan şehrin fethine yakınken Haçlılar ve Bizanslılar'ın İznik'i kuşattıklarını öğrenince Malatya'daki kuşatmayı kaldırarak geri dönmek zorunda kalmıştır .

Türkler'in Malazgirt Meydan Muharebesi'ne müteakip Anadolu'da yerleşme ve vatan kurma devresinde başlayan Haçlı seferleri; bu faaliyetleri tehdit edecek bir ehemmiyet taşır. Türkler'in Marmara kıyılarına kadar geldikleri ve Bizans'ın tüm Anadolu'ya kaybettiği zaman o dönemin Bizans imparatoru Mihael; yine o dönem Papa olan VII. Gregorius'a 1074 yılında müracaat etmiş fakat yaptığı müracaat sonuç vermemiştir. Lakin Papa'nın giriştiği tahrikler Avrupa'da bir Haçlı havası yaratmış, cehalet ve dini taassup içindeki o dönem Avrupalılar'ını Selçuklular'a karşı hazırlamıştır. Bizans imparatoru I. Aleksios'de zor durumda kalınca 1091 yılında Papa II. Urban'dan yardım istemiştir.

Bu ikinci müracaat sonucunda Hristiyan Batı ve Müslüman Doğu dünyası için önemli sonuçlar doğuran Haçlı seferleri başlamıştır. Bu seferler esnasında, Bizans'ın istediği küçük askeri yardımlar yerine çok büyük kitleler harekete geçmiş ve çoğu disiplinsiz, savaştan anlamayan insanlardan olan kitleler, akın halinde doğuya ilerlemeye başlamışlardır . Bazı İslam kronikleri; bu seferlerin başlamasında Şii Fâtımî Devleti'nin de, Suriye bölgesindeki rakiplerini zayıflatmak için Haçlılar'ı bölgeye davet ettiğini rivayet eder .

Nitekim I. Haçlı Seferi başlamış ve ilk Haçlı kitleleri, Keşiş Piyer'in idaresinde Avrupa'dan yola çıkmıştır. 1096 Eylül ayında Bizans'ın başkenti İstanbul'a ulaşan bu disiplinsiz ve savaştan anlamayan kişilerden oluşan Haçlı kitleleri, Bizans imparatoru I. Aleksios tarafından Anadolu'ya geçirilmiştir. Ancak bunlar, Anna Komnini'ye göre İlhan'ın, İbn ul-Kalanisi'ye göre Kılıç Arslan'ın kardeşi Kulan Arslan'ın (bazı kaynaklarda Davud olarak geçer) komutasındaki Selçuklu ordusu ve Türkmenler tarafından İzmit'e ulaşamadan imha edilmiştir. Bazı kaynaklara göre Anadolu Selçukluları 60.000 Haçlı'yı imha etmiştir .

Daha sonra kontların ve düklerin komutasındaki, disiplinli ve savaşçı şövalyelerden oluşan asıl Haçlılar'ın sayısı, miğferli ve zırhlı 100.000 askerden başka diğer asker, kadın ve çocuklarla beraber sayıları 600.000'i bulmuştur . Bizans'ın başkenti İstanbul'a ulaşan bu Haçlılar; I. Aleksios ile bir anlaşma yapmış ve Anadolu'ya geçirilmişlerdir. Bu antlaşmaya göre Haçlılar, Anadolu'da ele geçirdikleri yerleri Bizans'a teslim edecek, Bizanslılar'da Anadolu'da Haçlılar'a rehberlik yapacaktır. Nitekim bu gelen Haçlılar ve Bizanslılar, Anadolu Selçukluları'nın başkenti İznik'i kuşatmışlardır. İznik'in surlarla ve göl sularıyla çevrili olmasından dolayı kuşatma zorlaşmış ve şehirdeki Türkler, göl vasıtasıyla temel ihtiyaçlarını karşılamışlardır. Bu sırada Kılıç Arslan Malatya şehrini kuşatmaktaydı ve İznik'ten gelen yardım çağrılarıyla kuşatmayı kaldırarak süratle batıya hareket etmiştir. Kılıç Arslan bölgeye ulaştığında Haçlılar ve Bizanslılar; ilk başta kuşatamadıkları güney kapısını da sarmışlar, ayrıca Bizanslılar'da Kios'ta inşa ettikleri gemileri göle atarak şehrin dışarıyla irtibatını kesmişlerdi . Bu yüzden şehrin altındaki ovaya ordugah kuran Kılıç Arslan , şiddetli taarruzlarla kuşatmayı yarmayı denemiş fakat başarısız olmuştur. Halbuki Kılıç Arslan, düklerin ve kontların komutasında gelen Haçlılar'a gerekli ehemmiyeti vermemiş ve bunları da Keşiş Piyer'in idaresindeki Haçlılar gibi zannederek İznik'teki adamlarının yardım çağrılarına önem vermemişti. Ayrıca İznik'e doğru gelirken gönderdiği mektuplarda da böyle söyleyerek müdafileri cesaretlendirmekteydi .

Nitekim Kılıç Arslan, böyle tepeden tırnağa zırhlı bir ordunun karşısında kendi ordusunu yıpratmamak için geri çekilmiş ve İznik'teki müdafilerin yazdığı mektuplarda istediklerini tercih etmekte serbest bırakmıştır. İznik'teki Türkler, canlarını ve ailelerini kurtarmak koşuluyla Bizanslılar'a şehri teslim etmişlerdir. Bizans imparatoru, çoğunu Peçenek Türkleri'nin teşkil ettiği 40.000 kişilik bir orduyu Tadık'ın komutasında şehri teslim almaya memur etmiş ve böylece altı hafta süren şiddetli çarpışmalar sonucunda 26 Haziran 1097'de İznik, Bizanslılar'ın eline geçmiştir. Bizans imparatoru, Türkler'e çok iyi muamele etmiş ve onların fidyeyle kurtulmalarına müsaade etmiştir. Ayrıca İznik'in Bizans ve Haçlılar tarafından zapt edilmesiyle beraber Kılıç Arslan'ın zevcesi, Çaka Bey'in kızı da Bizanslılar'ın eline esir düşmüştür. Böylece 325 yılında toplanan konsil ile meşhur olan bu şehir tekrar Bizanslılar'ın eline geçmiş ve Orhan Gazi'nin 1331 yılındaki fethine kadar onların elinde kalmıştır. Bizans imparatoru I. Aleksios, İznik'in alındığını bütün Avrupa'ya mektuplarla bildirmiş ve Avrupa'da büyük bir sevinç meydana gelmiştir. Haçlılar ise Anadolu içlerini doğru ilerlemeye başlamışlardır .

Kılıç Arslan; Haçlılar karşısında Danişmend Gazi ile Kayseri emiri Hasan Bey'i yanına almış ve kuvvetlerini Dorileon'da (Eskişehir) toplamıştır. Türkler; Bohemond'un kumandasında Dorileon'a gelen ilk Haçlı kuvvetlerini eski taktikleriyle vurup çekilmişler ve Haçlılar'a kayıp verdirmişlerdir. Fakat Bohemond'dan sonra Godefroi, Hugue, Saint-Gilles, Robert, Tancred ve Etienne de Blois kumandasındaki bütün Haçlılar'ın yetişerek taarruza geçmişlerdir. Temmuz sıcağında cereyan eden Dorileon Muharebesi (1097)'ne şahit olan bir Haçlı yazarı; "Türkler'in metanet, kahramanlık ve savaş kabiliyetlerini kim tasvir edebilir." der. Ayrıca Türkler'in; Araplar'ı, Ermeniler'i, Süryaniler'i ve Rumlar'ı korkuttukları gibi Haçlılar'ı da tehdit edebileceklerini sandıklarını kaydederek "Onlar Haçlılar ile aynı menşeden geldiklerini ileri sürüyor; Haçlılar ile kendileri müstesna, kimsenin şövalye olamayacağını iddia ediyorlardı. Buna kimsenin itiraz edemeyeceği hakikatini söyleyeceğim. Eğer onlar Hristiyan olsalar idi şüphesiz kudret, cesaret ve muharebe ilminde kimse onlara müsavi olamazdı" diyerek taraflı bir tutum izlemiş ve Türkler'e olan hayranlığını dile getirmiştir .

Kılıç Arslan ve Türkler'in kahramanlıklarına, savaş kudretlerine rağmen Haçlılar ve Bizanslılar; ağır zırhlarıyla taarruzları önlemişler ve kayıpları 4.000 civarında olmuştur. Böyle büyük ve baştan aşağı zırhlı bir orduya taarruz durumunda sarılma ve yok olma tehlikesini gören Kılıç Arslan; ordusunu muhafaza etmek ve düşmanı çete savaşlarıyla yıpratmak maksadıyla ricat etmiştir. 4 Temmuz 1097 tarihinde sona eren savaş sonrası Haçlılar; Kılıç Arslan'ın bıraktığı altın, gümüş, çok miktarda at, deve, öküz, katır, koyun ve türlü ganimetleri ele geçirmişlerdir. Bununla beraber Selçuklular hemen hemen hiç esir vermemiştir. Haçlı müelliflerine göre Türkler; savaş sonrası gittikleri şehirlerde Hristiyanlara neşeli görünmüşler ve zafer kazanmış gibi davranmışlardır, Kılıç Arslan'ın esirleri, başka yoldan götürdüğünü belirtmişlerdir. Nitekim bu kalabalık ve tepeden tırnağa zırhlı Haçlı ordusu karşısında geri çekilmeye karar veren Kılıç Arslan; Haçlılar'ın geçebileceği yollar üzerindeki gıda maddelerini ve suyu yağma yahut tahrip ettirerek onları açlığa mahkum etmiştir..

Dorileon S