ile Mayalar arasında savaş yapıldığını ortaya koymuştur ki, bu da o dönemde gücün muharip sınıfın elinde olduğunu ortaya koymaktadır.

9. ve 10. yüzyıllar arasında uzmanların henüz inandırıcı bir şekilde açıklayamadıkları gizemli olaylar olmuştur. Mayalar, bir tür imparatorluk kurdukları bölgenin merkez kısmındaki, Teotihuacan gibi dinsel ve törensel bakımdan da merkezî olan kentleri bilinmeyen bir nedenle terk etmişlerdir. Kimi kentlerde bu ayrılış o kadar ani olmuştur ki, inşa halindeki yapılar yarım kalmıştır. Teotihuacan’ın, sakinlerince aniden terk edilerek önemini yitirmesinin kuşkusuz bu kente sıkı biçimde bağlı bulunan merkezlerin üzerinde etkileri olmuştur. Dolayısıyla, klasik dönemin ardından, özellikle 925 ile 975 yılları arasında bir duraklama dönemi görülür.

Maya teokratik merkezlerinin çöküşü ve ortadan kayboluşu hakkında pek çok varsayım ortaya atılmıştır ki, bunlar çöküş ve kayboluş tarihlerine ilişkin olarak genellikle 750 ile 900 yılları arasını işaret ederler. Bu çöküşü açıklamak üzere ekolojiyle ve iklim değişiklikleriyle ilgili çeşitli varsayımlar ortaya atılmıştır. Bir varsayım, Mayalar’ın kullandığı tarım ürünleriyle ormanı tahrip etmelerinin ardından yaşanan ekolojik çöküşün dine veya dinsel merkeze etkilerde bulunmuş olabileceğini varsayarken, bir başka varsayım nüfusun aşırı artmasının toprak ve besin üretimi üzerinde aşırı baskı yaratmış olabileceğini varsayar. Mayalar’ın 200 yıl süren bir kuraklık geçirmiş olması da varsayımlar arasında bulunur. Bu varsayımlar muhtemelen doğru olsalar da, teokratik merkezlerin yok oluşunu açıklamaya yeterli görünmemektedirler. Teotihuacan’ın ve ona bağlı törensel merkezlerin boşaltılmasının ardından yaklaşık yüz yıl boyunca Maya merkezleri çeşitli krizlere düşmüşler, boşalmışlar ve orman tarafından istila edilmişlerdir. Geç klasik dönemin sonunda yaşanılan bu çöküşte, özellikle M.S. 751 ile 790 arasında varolan ittifaklar bozulmaya başlamış, komşu kent devletleri arasında ticaret azalmış ve ihtilaflar artmıştır. Klasik dönemin sonlarına doğru Meksika unsurlarının bölgeye sızmasının arttığı görülür. Kimi araştırmacılar bu unsurların bölgeye Nahuatl dilini konuşan Toltekler’le taşınmış olabileceğini düşünmektedirler. Orta Meksika’da eski uygarlıkların çöküşüyle yaratılan boşluğu Toltekler doldurmuştur. Chichimec'lerle (Çiçimek okunur) akraba oldukları söylenen Toltekler, önce Tula (Nahuatl dilinde "Tollan") adı verilen kente yerleştiler. Liderleri Quetzalcoatl unvanını taşıyan Topiltzin’di.

Klasik dönemin Maya törensel merkezlerinin terk edilmesinin ardından 1000 ile 1687 yılları arasındaki dönemde sahneye göç eden bir halk çıkar; bu halk etnik bakımdan bölgede yerleşik Mayalar olmakla birlikte, kültür bakımından, Nahuatl içeriği baskın, melez bir halktır. Putún ya da Maya-chontal denilen bu halk Tabasco’nun güneyinde yapılanır ve gerek Orta Meksika halklarıyla gerekse Maya bölgesinin sınırlarında (örneğin Xicalango’da) yerleşik Nahua gruplarıyla yakın ticari ilişkiler kurarlar. Putunlar, çöküşün yaşanmış olduğu bölgenin istikrarsız durumundan yararlanarak, bölgede hakimiyetlerini kurar ve yeni bir yaşam tarzı başlatırlar.

Putunlar’ın geldikler yer ırmakların, derelerin, lagünlerin (deniz kulağı) ve turba bataklıklarının bulunduğu, dolayısıyla su taşımacılığının ön planda olduğu, Usumacinta ve Grijalva ırmaklarının oluşturduğu deltaydı. Bu özellik, Putunlar’ın mükemmel denizci ve dolayısıyla tüccar olmalarını sağlamıştı. Böylece Putunlar Campeche’deki Laguna de Términos‘tan Honduras’taki Sula’ya kadar, Yucatan Yarımadası’nın çevresindeki deniz ticareti yollarını denetim altına aldılar. Pasión ırmağının güneyinde yerleşen Putunlar, topraklarına “kanoların yeri” anlamında "Acalán" (Akalan okunur) adını vermişlerdi. Putunlar'ın iki merkezleri vardı: Biri Champotón ırmağının döküldüğü yerde bulunan Potonchan ya da Putunchan (Putun-çan okunur) diğeri Términos lagününe dökülen şimdiki Candelaria ırmağı yakınındaki Itzamkanac. Fakat ilk merkez Potonchan olmakla birlikte, Acalán’ın başkenti Itzamkanac idi. Zoque halkıyla ve Chiapas’ın “Yukarı Topraklar”ında yaşayanlarla ilişki kurarak ticareti elinde tutan Potonchan’dı. Buna karşılık ırmağın yukarı kesiminde bulunan Itzamkanac önemli bir takas limanı olmuş ve Términos lagünündeki büyük ticari merkez Xicalango’yı denetimine almıştı. Bu ticari yollar üzerinde Cozumel, Xel-Há, Bahía de la Ascención ve Polé (Quintana Roo) gibi birçok liman kurdular. Putunlar’ın bu limanlara hakim olan koluna " Itza" (İtsa okunur, “fasılalarla ses çıkararak konuşanlar” anlamına gelir) adı verilir.

Polé’den hareketle İtzalar 918’de Chichén’i fethettiler ve o zamandan itibaren bu kent Chichen Itza (okunuşuyla Çiçen İtsa) adını aldı. 950’ye doğru Bakhalal (Bakalar) ve Chactemal’a (Chetumal) kadar tüm doğu bölgesine hakim oldular. Putunlar’ın bölgeyi denetimleri altına alan Itza kolu ardından, Campeche’deki Meksikalı komşularıyla iletişim kurdular. Bir rivayete göre, Itzalar’ın Chantal (Çantal okunur) dilini konuştukları kadar Nahuatl dilini de konuştukları, “Meksikanın merkezi”nin derin etkilerini bünyelerine almış oldukları ve Mayalar’da Kukulkan adıyla bilinen Quetzalcoatl’ı karşıladıkları söylenir. Geleneksel Quetzalcóatl (Ketsaal koatl okunur, Nahuatl dilinde “ketsal-koatl” okunur) efsanesinin düzmece bir versiyonu olabilecek bu rivayete göre, Quetzalcóatl Tula’dan kaçmıştı ve Chantal dilini konuşanlarla ittifak kurararak onların 987’de Chichén Itzá’yı fethetmelerini sağladı. (Quetzalcóatl ya da Kukulkan, çeşitli Toltek, Aztek, Maya ve İnka metinlerine göre, bir ilah olmasının yanı sıra, insanlarla bir süre yaşamış, onlara doğru yolu gösterdikten ve uygarlığı öğrettikten sonra göklere geri dönmüştür.) 

Tarihsel Quetzalcóatl’ın Tula'dan kaçıp Yucatan’a gelişine Enrique Florescano, Leonardo López Brillent ve Alfredo López Austin gibi yazarlar kuşkuyla bakmaktadır. Her şeyden önce, tarihlerde uyuşmazlık bulunmaktadır. İkinci olarak, benzer kanıtlar Mixteco (Misteko okunur) ve Tarasco soylularının ve daha sonra Meksikalılar'ın sosyal yapıda kendi konumlarını korumak (statükoculuk) amacıyla bu rivayeti uydurmuş olabileceklerini göstermektedir. “Erken klasik-sonrası dönem”in Orta Amerika toplumlarının içinde bulundukları durum gözönüne alındığında, sanatsal öğelerle süslü bu kaçış rivayeti, savaş için kullanılabilecek bir motivasyon hikâyesi olarak yorumlanabilir. Bu dönemdeki Maya sanat ve mimarisinde Toltek etkileri görülür.

1000 yılına doğru Chichén Itzá kenti Mayapán’da yaşayan Cocom’larla ve Uxmal’da yaşayan Xiu’larla ittifak yaptı. “Mayapan Konfederasyonu” adıyla bilinen bu ittifak 1194’de Cocom’ların lideri Hunacc Ceel tarafından bozuldu. Savaşlarda kaybeden taraf Itza’lar ve Xiu’lardı. Böylece Maya-Toltek kökenli liderlerin önderliğinde ilerleyen Itza’larda yükseliş durdu ve karışıklıklar baş gösterdi. Itzalar kentlerini terk edip Petén bölgesinin ormanlarına yöneldiler ve Petén Itzá Gölündeki Tayasal Adası'nda yeni bir kent kurdular.

Mayapán’ın üstünlüğü 1441’e kadar sürdü. Bu tarihte Uxmal Xiu’larının lideri Ah Xupan Xiu, Mayapán kentini alarak Cocom’lara son verdi. Mayapán’ın nüfusu en parlak döneminde 12.000’i bulmuştu. Mayapán taş duvarlarla tahkim edilmiş bir kentti. Mimarisinde Toltek etkileri açıkça görülmektedir. Eric J. Thompson “Yukatan Yarımadası’nın Doğu Kıyısı Sakinleri” adlı eserinde bu dönemi ayrıntılı olarak işlemektedir.Mayalar’a ait tarihsel kayıtlar bölgede Mayapán egemenliğinin olduğu dönemde (1200-1480) Putun’ların Bakhalal ve Chactemal bölgelerinde nüfuzlarını koruyabildiklerini bildirmektedir. Bu durumda Tabasco’nun güneyindeki kentlerini terk edip Potonchán’a dönüşlerinin nedeni henüz açıklığa kavuşmamış görünmektedir.

Mayapán'ın çöküşünün ardından Yucatan Yarımadası rekabet halindeki 16 beyliğe bölünmüştür. Xiu’lar ile Cocom’ların asla ateşkes yapmadan sürekli savaşmalarının bir mirası olarak, onlar da, aralarında sürekli savaşıp durmuşlardır. İşte ilk İspanyollar geldiğinde bölgenin durumu bundan ibaretti. Hernán Cortés’in 1542’de bölgeye ayak basmasından itibaren birçok başarısız girişimden sonra, nihayet 1697'de son Maya ve Orta Amerika kentleri de istila edildi. Bu son kentler Itza’ların Tayasal kenti, Ko'woj’ların Zacpetén kenti ve Yalnain’lerin Queixil kenti idi.

Mayalar’da temel besin maddesi mısırdı (Maya dilinde "ixim"). Mısır’dan çeşitli içecekler (örneğin "atole") elde ediyor ve hamurundan (Aztek dilinde "nixtamal") "tamal" denilen börekler ve gözlemeye benzeyen etli küçük börekler yapıyorlardı. Bu böreklerin içine et, sebze ya da her ikisi birlikte konurdu. Diğer önemli besin maddelerinin kaynağı kakao idi; tohumundan sağlanan hamur, maddi durumu süt alabilmeye müsait olmayanlarca suyla karıştırılarak bir içecek (çikolata, Nahuatl dilinde" xocolatl") elde edilirdi.

Suyu saf haliyle içmeye alışkın değillerdi, suyu genellikle mısırdan, meyvelerden ve diğer hammaddelerden elde edilenlerle karıştırarak içerlerdi. Törenlerde kullanılan "balché" (mayalanmaya tabi tutulmuş alkollü içecek) adlı içkiyi balché ağacının ("Lonchocarpus violaceus") kabuğu ile su ve balın karışımından elde ederlerdi. Yine törenlerde kullanılan "sakab" adlı içkiyi ise mısır ve baldan elde ederlerdi. Tanınmış Maya yemeklerinden "pozole", "atole" ve "pinole" içeriğinde yine çeşitli şekillerde mısırdan elde edilmiş içecekler bulunmaktadır. Bütün bu içecekler fincanlara konurdu ve içi boşaltılmış kabaklarda (Maya dilinde "chú") taşınırdı.

Çok tüketilen diğer ürünler arasında ısırgan (vitamin bakımından çok zengindir), sakız (Manilkara zapota ağacından elde edilirdi), tuz, fasulye, "Capsicum chinense" biberi ve hem çiçeklerinden, hem tohumlarından ve hem de meyvesinden yararlanılan helvacı kabağı ("Cucurbita maxima") sayılabilir.

Mayalar’ın tanıdığı, Maya bölgesinin faunasında hayvanlar arasında, kızıl geyik, pekari, armadillo, denizineği, tavşan, "çıplak Meksika köpeği" (Xoloitzcuintl),tapir, bayağı yaban domuzu, maymun, sülüngiller, güvercingiller, hindi (kuş), iguana, balık, istiridye, ve diğer kuş ve memelile