ra'ya ve sonra da Bizans İmparatorluğu tahtına geçmek isteyen sabık imparator II. İsaakios'un genç oğlu Aleksios Angelos imparatorluğa geçince ücreti karşılamak için yardım etme vaadi vermesiyle Konstantinopolis'e yöneldi. Haçlı orduları önce 1203'te şehri kuşattıktan sonra şehre girerek II. İsaakios ve IV. Aleksios'u imparator ilan ettirdiler ve Galata civarına geri çekilip yeni imparatorların yardımını beklediler.

Fakat yeni imparatorlar mali kaynak bulamadılar ve Konstantinopolis halkının da Latinlerin devamlı karışmalarından hoşnutsuzluğu yüzünden isyan çıktı. Bir komplo ile V. Aleksios imparator oldu ve Haçlıların meşru imparator saydıkları IV. Aleksius öldürüldü. Bu nedenle ve Enrico Dandolo'nun teşvikiyle Haçlı Ordusu Konstantinopolis'e hücum ederek 12 Nisan 1204de şehri işgal etti.

Dördüncü Haçlı Seferinin diğer Haçlı Seferlerinden farkı güya tek elden emir komuta altında olmasıydı ve denizden Mısır'a ve oradan Filistin'e gitmek hedefliydi. Fakat Venedik Dükü tarafından Kudüs yerine Konstantinopolis'e yöneltildi; karışıklıklardan dolayı Konstantinopolis işgal edildi. Kuşatma sırasında büyük bir kismi zaten yakılan şehir tümüyle talan edilip yıkıldı ve şehrin birçok kıymetli eserleri ya Avrupa'ya götürüldü veya ortadan kayıp oldu. Ortodoks Hristiyan olan Bizans İmparatorluğu yerine Frank asıllı hükümdarlar altında bir Katolik Hristiyan Latin İmparatorluğu kuruldu. Bu seferden en kazançlı çıkan Venedikliler oldu ve Akdeniz'in ve Ege Denizi'nin önemli liman ve adaları gemilerinin nakliye ücreti karşılığı Venedik'e verildi. Fakat bu Latin İmparatorluğu fazla yaşamadı (1204-1261).

1261 yılında Bulgarların ve Konstantinopolis'in Latinler eline geçtikten sonra Nikea'da kurulan İznik İmparatorluğu'nun hücumları sonucu yıkıldı. Bu devletin Bizans İmparatoru adını taşıyan hükümdarı VIII. Mihail tekrar Konstantinopolis'e gelerek gerçek Bizans İmparatoru oldu.

Bunların dışında 1212'de, tam doğru yorumlanmayan, sadece çocukların katıldığı bir seri "Çocukların Haçlı Seferleri" adı verilen seferler düzenlenmiştir. Bu seferler Fransa'da ve Almanya'da yaşayan ve Müslümanlara karşı kışkırtılıp Haçlı Seferine çıkmaya zorlanan halkın coşkusundan etkilenen çocukların organize olmalarına atıflıdır. Bu organizasyonlardan haberdar olan Papa III. Innocentius bu çocuk organizayonlarını Haçlı seferine katılmayan daha yaşlıların değersizliğini tanrının kınamasının bir nişanesi olarak yorumlamıştı. Fransa'da organize olan çocukların başında "Stephen" adlı bir çocuk bulunmaktaydı ve 30.000 kadar sayıda çocuk bu organizasyona katılmayı kabul etmişti. Almanya'da organize olan çocuk sayısı ise 7.000 civarında olup liderleri "Nicholas" adlı bir çocuktu. Bu organize olan çocuk grupları Kutsal Toprakların yakınlarına bile varamadan ortadan kaybolmuşlardır. Bir kısım çocuklar ailelerine geri dönmüşler; diğerleri yolda bulunan hristiyanların yanlarına yerleşmişler; diğerleri ya deniz kazasından ya da açlıktan ölmüşlerdir. Bir kısmını bekleyen en fena akıbet ise Venedikli tacirler tarafından Mısır'a veya Mağrıp'e götürülerek köle olarak satılmaları olmuştur.

Öncülüğünü yeniden ele alan ve Kutsal Şehrin anahtarlarının Mısır'ın elinde olduğuna inanan Papa III. Innocentius 1213'te yeni bir Haçlı Seferi çağrısında bulundu. Bu çağrı 1215 Laterano Konsili'nde kabul edildi. İtalyan bu projeye karşı çekimser, Batılılarsa kararsızdı. Bunun üzerine, Kudüs Kralı Jean Brienne, Nil deltasına doğru bir sefere çıktı (1217-1220). Bunu eski Kudüs krallığını ihya etmek için bir koz olarak kullanmak istemekteydi. Ama bu Haçlı ordusu içinde karar verme papalık temsilcisi Albano Kardinali olan Pelagios elinde idi. Bu ordu Dimyat kalesini kuşattı. Kale 1219'da düştü. Bu Haçlılar kuşatmasi basinda Eyyubiler Mısır Sultanı olan I. Adil öldü ve yerine Mısır Sultanı olarak oğlu Kamil bin Adil geçti ve kardesi olan Eyyubiler Suriye Sultanı Muazzam bin Adil'den takviye almıştı. Bu sefer Eyyubiler ordusu Dimyat'ı sardı. Pelagios zorlaması ile Dimyat'tan çıkış yapan Haçlı ordusunun büyük bir kısmı Kahire üzerine yürüdü. Fakat bu Haçlı ordusu Mansure yakınlarında sel mevsiminde yükselen Nil Nehri ve Eyyubiler tarafından yıkılan nehir kenarı duvarları dolayısı ile etrafı su ile kaplı bir yüksek arazide mahsur kaldı ve bu arazinin de etrafı sarılınca ordu teslim oldu. 1221'de Dimyat'ı kurtuluş fidyesi olarak iade edildi.

Altıncı Haçlı Seferi Kutsal Roma Germen İmparatoru II. Friedrich tarafından yapıldı. II. Friedrich, daha önceki Beşinci Haçlı Seferi'ne Papa III. Honorius'un çeşitli siyasal entrikalar ile katılmasını sağlama uğraşlarına rağmen katılmamıştı. Ama II. Friedrich bir Haçli Seferi'ne katılama yemini etmişti. Papa III. Honorius'un ölümü ve IX. Gregorius'un Papa olması ile imparatora baskılar arttı. 1227'de bir sefere başlamak için ordusu ile Brindisi'den ayrıldı ama gemilerde salgın çıkması nedeniyle geri döndü. II. Friedrich'in özellikle Güney İtalya'daki topraklarında gözü olan ve İtalya'da imparatorluk gücünü azaltmak isteyen Papa IX. Gregorius bunu fırsat bilip II. Friedrich'i aforoz etti.

Buna rağmen II. Friedrich en nihayet 1228'de İtalya'dan gemiler ile Doğu Akdeniz'e çıkıp Altıncı Haçlı Seferi'ni başlattı. Õnce Kıbrıs'a çıktı ve hanedanının akrabalık ilișkileri dolayısıyla Kıbrıs Kralı olduğu için adanın idaresini ele aldı ve o zamana adayı idare eden diğer Haçlılar hükumdarlıklarıyla yakın ilişkileri olan asilleri (özellikle vekilharç görevli Jean İbelinli'yi) kendi aleyhine döndürdü. İlk karısı İsabella/Yolanda dolayısıyla Haçlılar Kutsal Kudüs Devleti'nin de kralı idi ve Eylül 1228'de bu krallığın merkezi olan Akka'ya çıktı.

Mısır, Suriye ve Filistin'in büyük kısmı Eyyubiler elinde idi ve o zaman Eyyubiler Mısır Sultanı Kamil bin Adil üst Eyyubiler sultanı idi. II. Friedrich Arapça bilmesi ve Arap kültürünü derinden anlaması dolayısıyla Sultan Kamil ile imparator gayet geniş konularda birbirleriyle yazışma ilişkileri kurmuşlardı. Sultan Kamil'in Beşinci Haçlı Seferi sırasında Kudüs'ü Haçlılara vermeyi teklif ettiğini II. Friedrich bilmekte idi ve Sultan Kamil'in joepolitik nedenlerle iktidarinin bazı olan Mısır'ı korumak için yine Kudüs'ü gözden çıkartabileceğini de anlamıştı. II. Friedrich Akka'ya çıktıktan sonra da bu karşılıklı ilişkiler devam etmişti. Sonunda II. Friedrich ile Sultan Kamil'in bir gizli anlaşmaya girdikleri kabul edilmektedir. II. Friedrich'in güneye Yafa'ya ilerlemesi gayet abartıp bir antlaşmaya zemin olduğunu herkese duyurdular. Yapılan gizli müzakerelerden sonra 18 Şubat 1229'da Eyyubiler ile Haçlılar arasında 10 yıl süreli bir barış antlaşması imzalandı. Buna göre Kudüs şehri; sahilden Kudüs'e bir yol koridoru ve Hristiyanlarca kutsal sayılan Beytüllahim, Nasıra, Yafa ve Sayda Haçlı Kutsal Kudüs Krallığı idaresine bırakılacaktı. Ama Kudüs'teki Müslümanlara büyük imtiyazlar sağlanacaktı. Bu Haçlı seferi Hristiyan Haçlıların Kudüs'ü alma emellerine barışsal yolla yetiştikleri tek Haçlı Seferi oldu.

Yedinci Haçlı Seferi, Fransa Kralı IX. Louis tarafından sevk ve idare edildi. Mısır'da Dimyat'ı zapteden IX. Louis buradan Kahire üzerine yürüdü. Ama Mansure kalesi õnünde yapılan Mansure Muharebesi'ni kaybetti. Dimyat'a geri çekilmekte iken Fariskur Muharebesi'nde Haçlı ordusu tamamiyle bozguna uğratılıp elemine edildi ve Fransız Kralı esir düştü. Dimyat'ı geri vermek kaydıyla ve büyük bir fidye ödedikten sonra serbest bırakıldı ve 4 yıl sonra ülkesine geri döndü.

Fransa Kralı IX. Louis kardeşinin kışkırtmalarıyla son Haçlı Seferine çıktı. O sırada Tunus'tan kalkan Arap korsanları doğuya giden Hristiyan gemilerine zarar veriyordu. Bu yüzden Tunus'a sefer düzenleyen IX. Louis ve ordusunun yarısı veba salgını nedeniyle öldü.

Sonradan İngiltere Kralı olacak Prens Edward Fransa Kralı IX. Louis'nin Tunus'a karşı Sekizinci Haçlı seferine iştirak etmiş ve bu seferin salgın dolayısıyla sonuçsuz kalmasından etkilenmişti. Kendi komutanlığı altında bir diğer Haçlı Seferi yapmaya yemin etmişti. 1271'de Prens Edward yeni bir Haçlı ordusu ile Memluk Sultanı Baybars'a karşı Kutsal Kudüs Krallığı merkezi Akka'ya gitmek hedefli bir sefer düzenlendi. Bu sefer de öncekiler gibi başarısız oldu ve bu Haçlıların Orta Doğu'ya düzenledikleri Haçlı Seferleri'nin sonuncusu oldu.

1209 yılında Güney Fransa’da bulunan Kathar mezhebi mensuplarına karşı Katolik Fransızlar tarafından bir haçlı seferi düzenlenmiştir. Bu mezhep özellikle Güney Fransa’da doğmuş Papalığa muhalif düalist felsefeyle Hristiyanlığı yorumlayan bir görüştü ve Katoliklerce şiddetle kınanmış ve pek çok kez kanlı saldırılar yapılmıştır.
Kadın ve çocuklarında katledildiği bu seferden sonra Kathar mezhebi mensupları bu bölgeden sürüldü.

Bosna, Heretik (sapkın) Kathar mezhebinin bu bölgedeki ismi olan Bogomil inanışına mensup insanların yaşadığı bir bölgeydi. Papalığın yaptığı Haçlı Seferleri çağrısına 1234 ve 1241 yıllarında uyuldu ve Katharlarla mücadele edildi. Bu seferler Moğol istilasıyla birlikte son buldu.

1240-1241 yıllarında Moğollar Baydar ile Kaydu kumandasında Ukrayna ve Polonya’yı işgal etmişlerdi. Papa IV. Alexander’ın Haçlı Seferi çağrısına uyan Polonyalılar, Almanlar ve Töton şövalyeleri 30 binlik bir güçle Moğollar’ı Oder Nehri civarında karşılamışlardı. Fakat Moğollar bu orduyu mağlup etmiş ve Dük Silezyalı Henri öldürülmüştü.
1382 yılında ise bu kez Altın Orda Han’ı Toktamış Rus Knezliklerini bir bir alarak ilermiş ve 13 Ağustos 1382’de tamamen tahrip ettiği Moskova’ya girmişti. Bu olay üzerine bir grup haçlı şövalyesi ile harekete geçen Litvanya kralı ise Poltava yakınlarında ağır bir yenilgiye uğramıştı.

Danimarka ve İsveç’in Hristiyan Kralları’nın, Livonyalı Almanlar ve Tapınak Şövalyeleri’nin de katıldığı Kuzey Haçlı Seferleri İskandinav adasında yaşayan pagan halkın Hristiyanlaştırılması için yapıldı. Resmi olarak 1193 yılında Papa III. Celestine’nin çağrısı ile başlamış olsa da ilk olarak 1147’de İkinci Haçlı Seferi ile paralel yapıldığı kesindir. Ortaçağ boyunca süren seferlerde İskandinavya’da paganlık bitmiştir.
1242 yılında Töton şövalyeleri Ortodoks Rus