rt ay sonra Ekim 1995'te Galatasaray'a geri döndü. 1995-96 sezonunda dokuzuncu haftadaki Fenerbahçe maçından itibaran sezon sonuna kadar takımın bütün karşılaşmalarında ilk 11'de maça başladı. Takım ise sezonu Türkiye Kupası'nı kazanarak bitirdi.

1996-1997 sezonunda takımın teknik direktörlüğünü daha önce Türkiye millî takımını çalıştıran Fatih Terim yapmaya başladı. Futbol kariyerindeki en başarılı sezonu bu sezonda yaşayan Şükür, yaşayacağı gol krallıkları ile bu sezondan itibaren "Kral" lakabıyla anılmaya başlanacaktı. 27 Ekim 1996 tarihinde Galatasaray'ın 8-1 galibiyetiyle biten Altay deplasman maçının 48. saniyesinde ligdeki 100. golünü attı. Galatasaray formasıyla 39 maçta 48 gol attı. Ligde attığı 38 golle ligin gol kralı olan Şükür, Metin Oktay'la birlikte, 39 gole sahip Tanju Çolak'tan sonra bir sezonda en fazla gol atan ikinci futbolcu oldu. Cumhurbaşkanlığı Kupası'nda Kocaelispor karşısında attığı golle toplamda 5 gole ulaşarak kupa tarihinde en çok gol atan futbolcu oldu. Ligdeki 38 golü ile Avrupa gol krallığı Altın Ayakkabı yarışında üçüncü olan Şükür, daha önce birinci ve üçüncü olan Tanju Çolak'tan sonra ödül alan ikinci Türk futbolcu oldu. Kulüp başarısının yanı sıra millî takım formasıyla San Marino karşısında attığı golle toplamda 22 gole ulaşarak millî takımın yeni gol kralı oldu. Sezon sonunda Bayern Münih ve Atlético Madrid'den transfer teklifi alsa da takımda kalan Hakan Şükür, Hong Kong'un İngiltere'den Çin'e devredilişinin anısına düzenlenen maça FIFA tarafından davet edildi ve Dünya Karması kadrosunda oynadı. Bu sezondan itibaren 4 yıl boyunca Lig şampiyonluğunun ve 2000 yılında UEFA Kupası'nın kazanılmasında en büyük katkıyı yapan futbolculardan biriydi.

1997-1998 sezonuna Galatasaray, Şükür'ün sakatlığı nedeniyle oynayamadığı hazırlık maçında Türkiye Spor Yazarları Derneği Kupası'nı kazanarak başladı. Hakan Şükür ise Monako ile Ali Sami Yen Stadyumu'ında oynanan sezon açılışı maçında 2 gol atarak sezona başladı. 13 Ekim 1997 tarihinde ırkçılığı protesto amacıyla Dünya Profesyonel Futbolcular Birliği tarafından Madrid'de düzenlenen Dünya karması maçında forma giydi ve iki gol attı. Bu maçtan kısa bir süre sonra Deportivo'ya transfer olacağını açıklasa da takımda kaldı. Ligin ilk yarısında formsuz bir gürüntü sergilemiş olsa da ilk yarıyı 15 golle gol kralı olarak tamamladı. Uluslararası Futbol Tarihi ve İstatistikleri Birliği tarafından Dünya'da 1997 yılının en iyi golcüsü seçilen Şükür, 12 Ocak 1998 tarihinde Almanya'nın Rotenborg kentinde düzenlenen törenle Klaus Fischer'in elinden ödülünü aldı. Devre arasında Deportivo Galatasaray kulübüne Hakan Şükür'ün transferi için 8 milyon Dolar (1,7 trilyon TL) önerse de kulüp yönetimi ve Şükür bu teklifi reddetti. Galatasaray takımı ligin 33. haftasında İstanbulspor'u yenerek şampiyon oldu. 86 gol atarak şampiyon olan takımda Hakan şükür 32 gol atarak geçen sezon olduğu gibi bu sezonda gol kralı oldu. Sezon sonunda Real Madrid gibi büyük kulüplerden transfer teklifi aldı ancak Galatasaray'la 2 yıllık sözleşme imzaladı.

1998-1999 sezonuna Galatasaray geçen sezon olduğu gibi Türkiye Spor Yazarları Derneği Kupası'nı kazanarak başladı. 10 Ekim 1998 tarihinde Avrupa Şampiyonası eleme grubu maçında Almanya karşısında 47 yıl sonra galibiyet alan Türkiye millî futbol takımının tek golünü atan oyuncuydu. Galatasaray'ın üçüncü olarak tamamladığı ligin ilk yarısını Hakan Şükür Elvir Baliç'le beraber 12'şer golle gol kralı olarak tamamladı. Devre arasında Juventus'tan transfer teklifi aldı. 10 günden fazla süren transfer görüşmeleri sonucunda Juventus yöneticileriyle anlaşma yapmak için İsviçre'nin Lugano kentine, daha sonra da İtalya'nın Torino kentine gitti. Yapılan bu görüşmelerde de anlaşma sağlayamadı ve Galatasaray'da kaldı Galatasaray, sezon bitimine bir hafta kala şampiyon oldu, Hakan Şükür ise 19 golle ligi gol kralı olarak tamamladı.

1999-2000 sezonunda Galatasaray takımı UEFA Kupası'nı kazandı. Kazanılan bu kupa Şükür'ün kulüp kariyerindeki en büyük başarıydı. Sezon sonunda İtalya'nın Inter kulübüne transfer oldu. Transferi sırasında Galatasaray yönetimiyle anlaşamadı ve bonservis sorununun çözülmesiiçin FIFA ya başvuruldu: "Yöneticiler beni tutmak için ellerinden geleni yaptıklarını söylüyorlar. Bu doğru ama kendi şartlarına göre anlaşmak için. Maç başına para anlaşması yapmak istemediğimi söyledim. Bana, "Prensiplerimiz var, kimse için prensiplerimizi çiğneyemeyiz" yanıtını verdiler. Kimse demagoji yapmasın. Hagi'ye olduğu gibi bana da toplu para verilse ben şu anda kesinlikle Galatasaray'daydım."

1999-2000 sezonu sona erdiğinde Avrupa'da oynamak istediğini belirten Hakan Şükür, Bundesliga ekiplerinden Bayern Münih, Premier League ekiplerinden Chelsea ve Serie A ekiplerinden Juventus, Milan, Roma ve Internazionale Milano tarafından izleniyordu. 6 Temmuz 2000'de, Hakan Şükür, teknik direktörlüğünü Marcello Lippi'nin yaptığı Internazionale Milano ile 3 yıllık sözleşme imzaladı. Tam 5 yıl 36 gün sonra bir İtalyan kulübüne transfer olan Hakan; ""Geçmişe dönmek istemiyorum ama Torino'dan giderken, bir gün mutlaka İtalya'ya döneceğim dedim ve döndüm. Çok büyük bir kulübe döndüm. Tek hedefim burada sürekli oynamaktır."" diye konuştu. Inter'de 54 numaralı formayı giymek istemesinin nedenlerini ise şöyle sıraladı: ""Inter'de 54 numaralı formayı giymek istiyorum ve bunun 2 nedeni var. Bunlardan biri depremde büyük hasar gören Sakarya'yı hatırlamak, ikincisi 9 numaralı formayı Ronaldo giyiyor. Bu yüzden de 5+4=9 olduğu için bu numarayı seçtim."" Takımın menajeri Giacinto Facchetti ise Hakan'a güvendiklerini ve onun "İtalya'da yılın transferi" olacağını belirtti. Yaklaşık 1 yıl süren bonservis bedeli pazarlıkları sonucunda Inter, Galatasaray'a 16 milyon mark (8,5 milyon TL) ödedi.

Inter'in Şampiyonlar Ligi 3. ön eleme maçında İsveç'in Helsinborgs takımına elenmesiyle takım UEFA kupasında mücadele etti.

İtalya'nın FC Internazionale Milano kulübünde istediği forma şansını bulamayan Hakan Şükür, Serie A’da zor günler yaşayan AC Parma ile anlaştı. 8 Ocak 2002'de Parma'ya imzayı atan Kral, burada 11 numaralı forma ile mücadele etmiştir. Forvet hattında Marco Di Vaio ile iyi bir ikili oluşturan Kral,sezon sonunda İtalya Kupası sevinci yaşamıştır.

Torino'dan tekrar Galatasaray'a döndüğü sırada birlikte çalıştığı hocası Graeme Souness'ın isteği üzerine Parma'dan ayrılarak İngiltere Premier Lig takımlarından Blackburn Rovers'la anlaşmıştır. Blackburn Rovers'da Galatasaraylı eski oyuncu Tugay Kerimoğlu ile beraber oynamıştır. Blackburn Rovers'taki ilk gollerini Fulham karşısında atmıştır. Hakan Şükür'ün 2 gol attığı maçı, takımı 4-0 kazanmıştır. Ligin 10. haftasındaki Manchester United maçı öncesi antrenmanda ayağı kırılınca sezonu kapatmıştır.

İngiltere Premier Lig tecrübesinin ardından tekrar Galatasaray ile anlaşan Hakan Şükür 5 yıl boyunca bu formayı giymiştir. Süper Lig'de forma giydiği 540 lig maçında toplam 260 gol atmış, UEFA'nın düzenlediği turnuvalarda ve şampiyonalarda ise 94 maçta 38 gole imza atmıştır. 2004-05 Türkiye Kupası'nda Gol Kralı olan Hakan şükür, 2005-06, 2007-08 sezonlarında Galatasaray ile şampiyonluk yaşamıştır. 2003 yılında TFF tarafından son 50 yıla damgasını vuran futbolcu olarak seçilerek UEFA tarafından Jübile Ödülü ile taltif edilmiş ve "Altın Oyuncu" unvanı kazanmıştır. Hakan Şükür aynı zamanda futbol hayatındaki son golünü 10 Mayıs 2008 tarihinde oynan Galatasaray-Hacettepe maçının 36.dakikasında atmış ve maç 2-0 bitmiştir.

25 Mart 1992'de Türkiye'nin Lüksemburg'u 3-2 yendiği hazırlık maçında ilk kez Türkiye millî futbol takımının formasını giyen Hakan Şükür, Türk millî futbol takımının 85 yıllık tarihinde en fazla gol atan futbolcusudur. 10 Eylül 1997 tarihinde San Marino ile oynanan millî maçta attığı golle millî takımda attığı gol sayısı 22'ye ulaşan Şükür, Lefter Küçükandonyadis'in 21 gollük rekorunu kırarak yeni gol kralı oldu. Millî formayla çıktığı 112 maçta toplam 51 gole imza atmıştır. 1987 yılından beri 112 defa A Milli, 25 defa Ümit Milli, 13 defa A Genç Milli, 6 defa B Genç Milli, 5 defa Olimpik millî takım formasını giyen Hakan Şükür, toplam 161 defa millî takım forması giyerek toplamda en çok millî olan futbolcudur. Hakan Şükür, U-16 millî takımının 25 Ekim 1987'de Polonya ile 1-1 berabere kaldığı Avrupa Futbol Şampiyonası eleme maçında ilk kez millî olmuştur. O karşılaşmada ay yıldızlı ekibin tek golünü atan Hakan Şükür atmıştır.


2002 FIFA Dünya Kupası grup eleme maçlarında atmış olduğu 6 gol ve 3 asistiyle Türkiye'nin 48 yıl aradan sonra FIFA Dünya Kupası'na katılmasında başrol oynayan Hakan Şükür'ün, FIFA Dünya Kupası Finalleri'nde Türkiye'nin Güney Kore ile yaptığı üçüncülük maçında, maçın başlama vuruşundan 9 saniye sonra attığı gol, Dünya Kupaları'nda atılan en erken gol olarak tarihe geçmiştir. Hakan Şükür, FIFA Dünya Kupası Finalleri'nde Türkiye adına yaptığı 2 asistle (Hasan Şaş ile birlikte) asist kralı olmuştur. Hakan Şükür'ün FIFA Dünya Kupası Finalleri'nde toplam 1 golü ve 2 asisti bulunmaktadır.

FIFA Dünya Kupası golleri






Hakan Şükür, futbolu bırakmasının ardından, Sakaryaspor'dayken aynı takımda oynadığı Bülent Uygun ile birlikte enerji ve gıda sektörlerine girdi. İkili, Enda Grup ile birlikte, Ankara'da üç adet restoranın açılışını yaptı. Bunun yanında Albe Enerji ile ortak olarak kurulan "HBA Enerji Üretim, Gıda, Turizm ve İnşaat" adlı şirket ile ikili, başta enerji olmak üzere çeşitli sektörlerde yer aldı. 2009 yılında TRT 1 kanalında yayınlanan Stadyum programında TV yorumculuğu yaptı. Milletvekili seçildikten sonra 2012 yılı Ocak ayında Lig TV'de yorumculuk yapmaya başladı.

2011 yılında televizyonda sürdürdüğü spor yorumculuğunu bırakarak siyasete girmeye karar verdi ve 12 Haziran seçimlerinin ardından Adalet ve Kalkınma Partisi'nden İstanbul 3. bölge milletvekili seçildi. 16 Aralık 2013 günü mensubu olduğu partisinden istifa etmesinin ardından siyasi hayatını bağımsız milletvekili olarak devam ettirdi. 7 Haziran 2015 genel seçimlerinde yine İstanbul 3. bölgeden, bu kez bağı