adar bu görevini sürdürdü. Stokholm'deyken bilim akademisinin kurulmasında görev aldı. Çalışma kapasitesi ve öğreticiliği mükemmeldi. Linnee, Rudbeck zamanında kurulmuş olan botanik bahçesini geliştirdi ve Avrupa'daki en güzel botanik bahçesi haline getirdi. Linnee, araştırılmamış bölgelere araştırıcı olarak gruplar yolladı; birçok keşif seyahatleri düzenledi ve birçok kişinin çalışmasında önderlik etti. 

Linnaeus, minerallerin yer altında gelişen canlı maddeler olduğunu düşünüyordu. Linnaeus'un kütüphane ve koleksiyonları bir Londralı tabip olan J. E. Smith tarafından satın alındı.

Linnaeus, biyoloji ve botanikte sınıflandırma esasını getirmiş, bütün canlıları bir cetvelde göstermiştir. Onun bu metodu, bugün de kullanılmaktadır.

1737 yılında yayınladığı "Genera Plantarum" (Bitki Cinsleri) adlı yapıtında bitkileri çiçek yapılarına göre cins düzeyinde tavsif etmiştir. Linnaeus 1753'te derlediği "Species Plantarum" (Bitki Türleri) kitabında 6 bin kadar bitki türüne ikili adlandırma sistemini uyguladı. 1761'de kendisine asalet imtiyazı verildi ve Carl von Linné diye anılmaya başlandı.

Linnaeus, bitki ve hayvanlarda ikili isimlendirmeyi başlatmıştır. Bu sistemde Latince veya Yunanca bir isimden sonra özel bir ikinci isim gelmektedir. Bitkiler için yaptığı sınıflandırma ile, o güne kadar tarif edilemeyen bazı bitkiler, kolaylıkla tarif edilebildi. Bitki ve hayvanları, iç bünyelerinin benzerliğine göre cins cins gruplandırdı. Botanik ve zoolojide bugün de kısmen kullanılan taksonomiyi (isimlendirmeyi) başlattı.

Bunlardan başka, Linnaeus ilaçlar üzerinde, İsveç etnolojisi ve coğrafyası üzerinde de çalışmaları bulunmaktadır. İsveç'in gelişmemiş bölgelerini gezmiş ve gördüklerini anlatmıştır.

‘"Methodus Plantarum"’da  Linnee, bitki ve hayvanların sınıflandırılmasındaki genel özelliklerini içeren belli başlı prensipleri vermiş ve bitkilerin tayini için çeşitli kısımlarının açıklanmasını yapmıştır. Nomenklatatur, eşanlamlar, sistemin çeşitli kategorilerinin karakteristikleri üzerine çalışmıştır. Linnee'nin doğa anlayışı, dönemindeki düşünür ve bilim adamlarının düşüncelerinden farklıdır. O, asla Stahl Hoffmann ve Boerhaave gibi bir hayat fenomenleri geliştirmemiştir. Gençlik eserlerinde son derece sade bir doğa kavramı vardır. Linnee’ ye göre doğa, Tanrı'nın emri ile doğa var olmuştur ve de onun rehberliğinde var olmaya devam etmektedir. Linnee, ‘Evrenin temeli nedir?’ sorusuna yanıt aramıştır; ona göre evrenin özü, eski çağ filozoflarında görüldüğü gibi dört element olan toprak, su, ateş ve havadır. Linnee, hayvansal hayatı, solunumla temin edilen eterik elektrik ateşi aracılığıyla korunan hidrolik bir makine olarak tanımlamıştır. Linnee'de Seneca'da görülen yarı-panteistic bir tanrı anlayışı vardır ve eserinde İncil'den alıntılar verir. Linnee'nin evren ve hayat ile ilgili görüşlerini Aristo, Cesalpino ve van Helmont'tan aldığı fikirlerle desteklemeye çalıştığı görülür.

Linnee devrinde Aristocu olmakla suçlanmıştır. Erken tarihlerde babasının bahçesinde çalışma imkanı bulmuştur. Linnee, birçok yerde tespit ettiği bitkileri kaydedip onları numaralandırmış ve bu bitkileri daha önce verilen birçok sisteme uygun bir şekilde ele alıp incelemiş, ancak bunlardan tatmin olmamıştır. Linnee, daha sonra bir gazeteden Camerarius'un bitkilerde cinsiyeti bulduğunu öğrenmiştir. Bunu öğrendiğinde çok heyecanlanmış ve derhal konuyu incelemeye başlamış ve bitkilerin stamen ve pistüllerinin onların en hayati organları olduğunu ve sistematiğin temeline konması gerektiğini öne sürmüştür. Bu, onun cinsiyete dayanan sınıflandırma sisteminin ortaya çıkmasına sebep olmuştur.

Linnee, her şeyden önce, döneminde bilinen bitki ve hayvan türlerini (bunlara Latince adlar vermeye başlamıştı) sınıflandırmasıyla tanınır. Bu iki kelimelik yapının ilk kelimesi o yaşam formunun ait olduğu cinsin ismidir. İkinci kelime ise o cinsin değişik türlerini belirtmek için kullanılan ve türün genel özelliklerine bağlı olarak seçilmiş bağımsız bir kelimedir. Bu yaklaşım şimdi kullanılan iki kelimelik isimlendirme için bir temel teşkil etmiştir. Bu iki kelimelik isimler türlere ait bilimsel isimler veya türlerin sistematik isimleridir. Türlerin ayırt edilmesini daha da kolaylaştırmak için üç kelimelik isimlendirme kullanılmaktadır. Bilimsel adların doğru yazılması için; cins isimleri büyük harfle başlamalı, tür isimleri küçük harfle başlamalı ve yazar ismi ve yayın notu eklenmelidir. Her canlı varlığı iki adla (1. cins adı, 2. Tür adı

Örnek : kedi için "Felis cadus", fasulye için "Phaseolus vulgaris") adlandırma yöntemi olan ikili adlandırma yöntemini bulan Linnee'dir. Linnea ikili adlandırma sistemini 1753'te geliştirmiştir. 1742'den sonra bazı bitkilerdeki değişiklikleri gözleyen Linnee, bir bölge ya da ülkenin bitki ve hayvan topluluklarını belirtmek için ilk kez flora (bitey) ve fauna (direy) terimlerini kullandı.

Linnaeus'dan önce, bazen bir tanımlayıcı sıfat içeren bazen ise farklı birçok kelimeden oluşan bir isimlendirme kullanılıyordu. Bilim insanları aynı tür için farklı isimlerde kullanabiliyorlardı. Bu adlandırma bilim dünyasında birçok karışıklığa neden oldu. Linnaeus'un sistemi bitki ve hayvan türlerine verilen bu farklı isimlendirmeleri bir standarda ve kolay anlaşılan bir şekle kavuşturdu. Linnaeus sistemini cins, takım, sınıf gruplarını ekleyerek daha da geliştirdi ve vefat etti.

Linnee ünlü eseri, ‘Systema Naturae’ döneminin en önemli biyoloji eserlerinin başında gelir. Bu eserde, doğanın üç (bitkiler, hayvanlar, mineraller) alemi üzerine doğal bir sistem teklif eden Linnee, bu alemleri ordo, genus ve tür taksonlarına ayırmıştır. Eser 1735'te Leiden'de
‘"Fundamenta Botanica"’ ile aynı zamanda basıldı. Bunlardan üç yıl sonra Linnee'nin diğer bir önemli eseri olan ‘"Classes Plantarum"’ yayınlandı. Linnee tür fikrini temel olarak almıştır. Linnee'ye göre, canlılar yumurtadan oluşmutur ve her yumurta her yönden ebeveynine benzer bir canlı meydana getirme kapasitesine sahiptir. Böylece kendinden üremeye yer yoktur. Başlangıçta her tür, bir tek çiften meydana gelmiştir. Böylece aynı türün bütün fertleri genel bir kökene sahiptir. Bitki türleri arasında sayıca, şekilce ve durumca farklı çiçekler kadar, çok genus vardır. Sınıflar, genuslar toplamıdır; belirli ana vasıfları çiçeklenme de aynıdır. Ordo, sınıfın alt bölmesidir, daha kolayca bir araya toplanacak genuslardan meydana gelmiştir. Linnaeaus'un genel cinsiyete göre sınıflama sisteminde, sınıflar esas olarak erkek organ, ordolar dişi organ başının dilim sayısına göre belirlenir. Bu sistem organik sistem üzerine temellendirilmiştir, bundan dolayı tek yönlüdür.

Linnee'nin hayvanlar alemi için teklif ettiği sınıflandırma bitkilerdeki kadar başarılı değildir. Linnee hayvanları altı gruba ayırır;


Quadrupediler'i ve kuşları Linnee şöyle betimler; Quadrupedler; kıllı vücutlu ve dört ayaklıdır; dişi yavruyu meydana getirir ve onu emzirir. Kuşların tüylü vücudu, iki kanadı, gagası vardır; dişi yumurta bırakır. Linnee canlıları sadece iki gruba ayırmaktadır. Balıkları Linnee, Artedi'ye göre belirlemiştir. Basit organizasyonlu hayvanlardan sadece böcekler onu ilgilendirmiştir. Linnee hayvan sistematiği için, ‘"Fundamenta Botanica"’ sına benzer herhangi bir genel prensip geliştirmemiştir. Tür terimini belirlemiş ve bugün de olduğu gibi sınıflandırma sisteminin temeline koymuştur. Linnee türlerin değişmezliğine inanıyordu ve ‘iniş teorisi’ ile ilgili görüşlere en şiddetli tepki gösterenler arasındaydı, çünkü ona göre canlılar başlangıçta yaratıldıkları zamandan beri sabittiler, herhangi bir değişikliğe uğramamışlardı. Linnee'ya göre tür, genel bir kökene sahipmiş gibi birbirine benzeyen fertlerin bir toplamı olarak kabul edilmektedir. Linnee'nin hayvan sistematiğinde yaptığı en önemli iş, balinaları dört ayaklılarla birleştirmesidir. Daha sonra bu grup memeliler adını alacaktır. Bu sınıfı dış yapılarına göre gruplara ayırmıştır. İnsan ve maymunları (apes) birleştiren Linnee, ‘"Systema Naturae"’
nın son edisyonunda (1758) insanı "Homo genus" ve "sapiens", Linn. Şekilde sınıflandırmıştır. Buna göre ‘Homo genus’ ve ‘sapiens’ tür adıdır. Homo grubuna
Linnee orangutanı da dahil etmiştir. Orangutanı "Homo troglodytes", yani mağarada yaşayan adam adını vermiştir.

‘"Philosophia Botanica"’ (1751) adlı eserinde birçok grup belirlemiş ve bu grupları isimlendirmiştir. Aynı zamanda melez türlerini bizzat kendi bahçesinde görmüştür ve kendisi de başarılı melezler yapmıştır. Orijinal yaratma doktrininden kaçınamamıştır, fakat genusların yaratılmış olabileceğini düşünmeye başlamıştır. ‘"Systema Naturae"’ nın bu edisyonunda, hiçbir yeni türün kesinlikle ortaya çıkmayacağı görüşünü terk etmiştir. ‘"Philosophia Botanica"’ da Linnee, bitki alemine uygun bir organik teori geliştirmiştir. Burada bitkilerin çeşitli kısımlarının karakterleri formüle edilmiştir. Linnee'ye göre, bütün yapraklar gerek bitki yaprağı gerekse çiçek petali olsun genel bir gelişim süreci gösterir. Bu keşifi Goethe'ye atfetmiştir.

Linnee, karşılaştırmalı anatomide özellikle bitki ve hayvanlar arasında yaptığı karşılaştırmalarda başarısız olmuştur. Linnee'nin bitki ve hayvanların hangi şartlar altında doğada yaşadıkları konusunda yaptığı katkı, olağanüstü çok yönlüdür. Linnee'ye göre bütün bitkiler eğer başlangıçtan beri mevcut olmasalardı, Adem bunlardan İncil'de bahsetmezdi. Linnee dünyanın dört bir yanından topladığı örnekler üzerine temellendirdiği bir bitki dağılım teorisi geliştirmiştir. Bugün bizim fenomenolojik, ekolojik ve coğrafik zooloiji ve botanik dediğimiz disiplinler ondan kökenini alır.

Linnee, doğada aradığı dengeyi, ahlaki alemde de aramıştır ve ‘Nemesis Divina’ adlı eserini kaleme almıştır. Linnee, İsveçli öğrencilerinin çoğunu, eğitimlerini tamamladıktan sonra yabancı ülkelere koleksiyon yapmak ve gittikleri çevreyi incelemek üzere yollamıştır. Bu öğrenciler seyahat edip koleksiyon yapmışlardır. Onun öğrencileri arasında örneğin Christian Fabricius (1745-1808) böcekler üzerinde başarılı araştırmalar yapmış ve entomoloji konusun