eşfe çıkan Fransa, Franceville'de bir istasyon kurarak kendisi açısından Gabon'un keşfini tamamlamış ve "idaresi altına" alınmış olarak kabul etmiştir. 1886 yılında açıklanan kararname ile Gabon'un resmen Fransa sömürgesi olduğu ilan edilmiştir. 1900 yılında Paris Antlaşması ile de komşu sömürge bölgelerinin sınırları cetvel ile çizilerek Gabon'un İspanya idaresindeki İspanyol Ginesi ile Almanya idaresindeki Kamerun arasındaki sınırlar belirlenmiştir.

1903 yılına kadar Libreville, Gabon haricinde günümüzde Kongo Cumhuriyeti'ni de içerisinde barındıran "Fransız Kongosu"nun başkenti konumundaydı. 1903 yılında yapılan açıklama ile bölgenin başkenti Brazzaville olarak değiştirilmiş, Gabon ise 1910 yılından itibaren Fransız Ekvatoral Afrikası'nın bir parçası haline getirilmiştir.

Fransa adına bölgenin önem derecesi elde edilen kauçuk ile doğru orantılı bir konumdaydı. Lastik üretimi ile savaş endüstrisi için önemli bir konumda olan kauçuk, bölgede yaşayan topluluklara toplatılıyordu. Kauçuk toplama esasına göre alınan vergiler ile ilerleme kaydedilemediği durumlarda Fransızlar şiddete başvuruyorlardı. I. Dünya Savaşı'nın devam ettiği dönemde Gabon'da şiddet daha da arttırılmış, zorunlu çalışma koşulları ağırlaştırılmış ve daha fazla kauçuk toplama adına daha da fazla baskı uygulanmıştır. Bu döneme kadar toplumda açlık bir problem olmamasına rağmen, izlenen şiddet politikaları ile birlikte insanları çalışmaya zorlamalar neticesinde açlık bir sorun haline gelmiş ve açlık nedeniyle binlerce insan hayatını kaybetmiştir. 1920'li yıllara kadar sömürge düzenine karşı gösteriler yapılan Gabon'da küçük gruplar tarafından yapılan gösterilerin bölgesel olarak kalması ve ülke genelinde bir etkisi olmaması nedeniyle Fransız sömürge güçleri tarafından kısa sürede bastırılmıştır.

I.Dünya Savaşı'nın sona ermesi ile birlikte kauçuk talebinde azalma ve kauçuka alternatif olarak tahtanın ön plana çıkması ile kauçuk üretiminde azalma yaşanmıştır. Gabon, elde edilen kauçuk gelirleri ile Fransız Ekvatoral Afrikası içerisinde "zengin sömürge" olarak adlandırılmaktaydı. Yüksek refah seviyesinin yanı sıra misyonerlik faaliyetlerin uzun yıllar önce başlamasının bir etkisi olarak 1920'li yıllardan itibaren Gabon'da Avrupalılaşmış ve bilinçlenmiş orta bir tabakanın oluşmasına neden olmuştur. Bu tabakanın yayın organı "L´Echo gabonais" dergisiydi. Aynı zamanda farklı etnik grupları temsilen oluşturulan kulüpler Mpongwe ya da Fang etnik grubu üyelerini bir araya getirmekteydi.

II. Dünya Savaşı sırasında Gabon ilk önce Vichy Fransası yanında yer almış ancak daha sonra Britanya filosunun baskıları sonucu Fransız Ekvatoral Afrikası'na bağlı son sömürge bölgesi olarak Kasım 1940'da Charles de Gaulle önderliğindeki "Forces françaises libres" saflarına geçmişlerdir. 1944 yılında De Gaulle önderliğinde Fransız Kongosu'nun başkenti Brazzaville'de gerçekleştirilen Brazzaville Konferansı'nda anavatan Fransa ile bölge sömürge ülkeleri arasında ilişkilerin yeninden düzenlenmesi kararlaştırılmış, bunun neticesinde Gabon, Fransa'ya bağlı "deniz aşırı bölge" olarak adlandırılmış ve kölelik yasaklanmıştır. Gabon bu tarihten itibaren Fransa meclisine temsilci gönderme hakkını da elde etmiştir.

1940 ile 1950'li yıllarda ilerleyen yıllarda Gabon'un siyasi hayatında ön planda olacak isimlerin öne çıktığı yıllar olmuştur. 1947 yılında Jean-Hilaire Aubame tarafından kurulan "Union Démocratique et Sociale du Gabon / UDSG" (Türkçe:"Gabon Demokratik ve Sosyal Birlik") ile Gabon'un bağımsızlık sonrası ilk devlet başkanı olacak olan Léon M'ba 'nın tüm Afrika'da var olan "Rassemblement Démocratique Africain" (Türkçe:"Afrika Demokratik Topluluğu") hareketinin Gabon şubesi olarak kurduğu "Mouvement Mixte Gabonais / MMG" (Türkçe:"Karışık Gabonlular Hareketi") Gabon siyasetinde önemli bir yer elde etmişlerdir. 1952 yılında sömürge devletinde memur olarak çalışan Paul Gondjout tarafından kurulan "Bloc Démocratique Gabonais / BDG" (Türkçe: "Gabon Demokratik Bloğu") daha sonraki dönemlerde Aubame önderliğindeki UDSG ile birlikte hareket etmiş, 1950'li yıllarda Gabon anayasasını oluşturmak adına birlikte adım atmışlardır. Bu birliktelik Gabon'un bağımsızlığından ziyada De Gaulle'ün Fransa'sı içeriside özerk bir bölge olarak kalmasından yana bir tutum sergilemişlerdir.

1958 yılında Fransız Ekvatoral Afrikası'nın ortadan kalkması sonucunda Gabon 1959 yılında "özerk cumhuriyet" olarak Fransa'ya bağlı bir bölge olarak varlığını devam ettirmiş, bu süreçte M'ba başbakan, Gondjout ise meclis başkanı olarak görev yapmıştır. M'ba bu dönemde Gabon'u erken bir bağımsızlık kararına karşı uyarmış, ülkenin içerisinde bulunduğu ekonomik şartları göz önünde bulundurduğunda bu yönde erken bir kararın Gabon'u "yeni sömürgecilik" modeline sürükleyeceğini ifade etmiştir. Tüm bunlara rağmen bağımsızlık faaliyetleri sürdürülmüş ve Gabon 17 Ağustos 1960 tarihinde Fransa'dan ayrılarak bağımsızlığını ilan etmiştir.

Gabon'un bağımsızlığını elde etmesi sonucu gerçekleştirilen ilk bağımsız seçimlerde ülkede bulunan iki büyük partiden hiçbiri yeterli çoğunluğu elde edememiştir. Bunun üzerine başbakan M'ba tüm partileri birlikte çalışmaya davet etmiş ve bu çağrıya partiler olumlu yaklaşmışlardır. Bu süreçte M'ba tarafından ortaya konan anayasada Gabon'un De Gaulle'ün Fransa'sındaki gibi başkanlık sistemi ile yönetilen bir yapıya büründürülmesini içeren maddeleri barındırması, meclisin muhalif bir tutum sergilemesine neden olmuştur. Bu yaşananlar neticesinde olağanüstü hal ilan eden M'ba, parlamentoyu feshederek, parti içerisinde en büyük rakibi olarak yer alan ve mecliste ortaya çıkan muhalif durumun öncülerinden olan Gondjout'u tutuklatarak iki yıl cezaevine göndermiştir. Başkanlık sistemi ile ilgili düşüncelerini kabul eden UDSG lideri Aubaume ile 1961 yılında yeni seçimlerin yapılması konusunda anlaşmaya varan M'ba, yeni kurulan hükumette de Aubaume'yi dış işleri bakanı olarak görevlendirmiştir.

M'ba 1964 yılının başlarında iktidarını sağlamlaştırma adına "demokratik" yollardan ilerlemiş, BDG ile UDSG partilerinin zorunlu olarak birleşmesini istemiştir. Bu şekilde tek parti düzenini sağlamayı amaçlayan M'ba, iktidarını sağlamlaştırmayı hedeflemiştir. 1964 yılının 17 Şubat'ı 18 Şubat'a bağlayan gecesi 400 kişilik bir isyancı ordu mensubu darbe gerçekleştirerek M'ba'yı görevden uzaklaştırmış, birçok siyasiyi tutuklamıştır. Darbeci ordu mensupları içerisinde Aubame ve Gondjout'un bulunduğu sivil bir hükumeti görev başına getirmişlerdir. Ülkede yaşanan darbeden sadece bir gün sonra başbakan yardımcısını çağrısı üzerine Senegal'de konuşlanan Fransız askerleri paraşütler ile Libreville'ye inerek M'ba'ya görevini yeniden iade etmişlerdir. Bu yaşananlardan sonra 150 M'ba karşıtı muhalif tutuklanarak cezaevine gönderilmiş, Aubame ise 20 yıl cezaya çarptırılmıştır. Fransa hükumeti darbe ile uzaklaştırılan M'ba'ya bu yardımı 17 Ağustos 1960 tarihinde bağımsızlık esnasında Gabon ile varılan "koruma anlaşması"na istinaden gerçekleştirdiğini beyan etmiştir. Fransa sağlamış olduğu desteği imzalanan anlaşmaya bağlamış olsa da, Gabon'un bağımsız bir ülke olarak Fransa'ya ne kadar bağımlı olduğunu da ortaya çıkaran bir gelişme olarak değerlendirilmiştir.

M'ba daha sonra gerçekleştirilen seçimleri de kazanarak iktidarını devam ettirmiş, bu seçimlerde muhalefet partileri her ne kadar meclisin üçte birine sahip olmuş olsa da, seçimlerden kısa bir süre birçok muhalif milletvekilinin iktidar sıralarına geçmesi ile mecliste herhangi bir önem arz edememiştir.

1966 yılında M'ba tarafından kabul edilen yasa ile devlet başkanının hayatını kaybetmesi durumunda yerine otomatik olarak vekilinin getirileceği onaylanmıştır. M'ba'nın bu yasanın kabulünden bir yıl sonra 1967 yılında hayatını kaybetmesi ile yerine yasa gereği vekili Omar Bongo getirilmiştir.

Albert Bonga iktidarı elde ettikten sonra iktidarının kalıcı ve sağlam olabilmesi adına parti üst yönetiminde değişikliğe gitmiş, cezaevlerinde bulunan muhalifleri serbest bırakmış ve yine sürgünde bulunan muhalifler ile de iletişime geçmiştir. 1968 yılı başlarında ülkede bulunan bütün siyasi partileri sömürge düzeninden kalan bir miras olarak nitelendirdiği ve etnik ayrımı körüklediğini iddia ederek kapatmış, "Parti Démocratique Gabonais" (Türkçe: "Gabon Demokratik Partisi") ile yeni bir parti kurarak Gabon'da tek parti dönemine geçmiştir. Bonga partinin kurulmasından sonra tüm Gabolular'ı önceki dönemlerde yaşanan tüm düşmanlıkları unutarak yeni parti etrafında birleşerek partiye katılmaya davet etmiştir. 1972 yılından itibaren Bonga kişilik kültü olarak ön plana çıkmaya başlamış, kendisini "büyük ata" olarak adlandırmış, kendine has ideolojisini "yenileme" olarak adlandırmıştır. Bu ideoloji Bonga'ya göre ne sağcı ne de solcu bir ideolojiydi, kendisine göre kapitalizm ve sosyalizmin etkisinde olmayan Gabon'a özgü bir ideolojiydi. Bongo ilerleyen yıllarda gerçekleştirilen 3 farklı seçimi de %99'un üzerinde oylarlar kazanarak iktidarını devam ettirmiştir.

Bonga'nın 1973 yılında Libya lideri Muammer Kaddafi ile karşılaşması sonucunda islam dinine geçerek adını "Omar Bonga" olarak değiştirmiş, hac vazifesini yerine getirdikten sonra da "El Hadji Omar Bonga" ismini almıştır. 2003 yılında bir kez daha isim değişikliğine giden Bonga, bu yıldan itibaren "Omar Bonga Ondimba" ismini almıştır.

1990'lı yıllarda ülkede yaşanan ekonomik sıkıntılar nedeniyle gerçekleştirilen gösteriler ve şiddet olayları neticesinde maaşların arttırılması yönünde karar almak durumunda kalmış, Mart/Nisan 1990 dönemi için Gabon'un geleceğini belirlemek adına ulusal meclisin kurulmasının sözünü vermek zorunda kalmıştır. PDG ile birlikte 150 farklı siyasi organizasyon üç hafta süren bu ulusal konferansa katılmış, iktidarda yer alan PDG ile ona bağlı ortaklar bir tarafta, kendilerini "Partidos de oposição Frente Unida e associações" (Türkçe: "Birleşik Muhalif Partileri ve Dernekleri Cephesi") olarak adlandıran "Mouvement de Redressement National" ile "Parti gabonais du progrès" partileri de diğer tarafta yer