zerine) 22 Kasım 1859'da ilk defa kitapçılara dağıtıldı. Kısa sürede büyük popülerlik kazanan ve ilk baskısı tükenen kitap, doğal seçilim fikrini ayrıntılı gözlemlere ve dikkatli mantıksal çıkarımlara dayanarak savunuyor, bazı olası itirazlara da önceden cevap veriyordu. Kitapta insan evrimine doğrudan değinilmiyor, sadece teorinin "insanın kökeni ve tarihine de ışık tutabileceği" söyleniyordu. Giriş kısmında yazdığı bir cümle, Darwin'in teorisini basitçe özetliyordu.
Her canlı türü, yaşaması mümkün olandan daha fazla birey doğurduğundan, ve bunun sonucu olarak sık sık tekerrür eden bir hayatta kalma savaşı mevcut olduğundan, yaşamın karmaşık ve zaman zaman değişen koşullarında kendisine fayda sağlayacak herhangi bir değişikliğe sahip olan her canlı, hayatta kalmada daha yüksek şansa sahip olacak ve "doğal olarak seçilecektir". Kuvvetli kalıtım prensibi sayesinde, seçilen her cins kendi yeni ve değişik formunu yayma eğiliminde olacaktır.

Darwin'in kitabı çok büyük bir ilgiyle karşılandı ve geniş çaplı bir tartışma başlattı. Darwin, kitabının yarattığı tartışmaları yakından takip ediyor, kitap hakkında yayımlanan eleştirileri, yorumları ve karikatürleri özenle kesip saklıyordu. Kitapta doğrudan yer almayan "insanın hayvandan geldiği" iddiası, eleştirilerin ana hedefiydi.

İngiltere Kilisesi'ne bağlı nüfuzlu bilim insanları, ki bunlara Darwin'in eski öğretmenleri Adam Sedgwick ve John Henslow da dahildi, açıkça kitaba karşı tavır aldılarsa da pek çok genç doğabilimci kitaba olumlu tepki verdi. 1860'da yedi Anglikan teolog tarafından yayımlanan "Essays and Reviews" ("Deneme ve Eleştiriler") adlı kitap, Darwin'in teorisini desteklediği için kiliseden büyük tepki aldı.

"Türlerin Kökeni" üzerine en meşhur tartışma Haziran 1860'da "British Association for the Advancement of Science"'ın Oxford'daki toplantısında yaşandı. Oxford piskoposu Samuel Wilberforce Darwin'in kitabını küçümseyen bir konuşma yapınca karşısında Darwin'in arkadaşları Joseph Hooker ve Thomas Huxley'i buldu. Huxley Darwin'i o kadar katı bir biçimde savunuyordu ki o günden sonra kendisine "Darwin'in buldogu" lakabı takıldı. Bu tartışmayla ilgili sıkça anlatılan bir hikâyeye göre, Wilberforce Huxley'e "maymunluğunuz büyükanne tarafından mı geliyor büyükbaba tarafından mı?" diye sorunca Huxley, "birikimini önyargı ve yalanlara hizmet etmek için kullanan kültürlü bir insan olmaktansa maymundan gelmeyi tercih edeceğini" söyledi.

Darwin, hastalığı sebebiyle bizzat katılamadığı bu tartışmaları basından takip ediyor, yazışmalar aracılığıyla kendisine daha çok destekçi bulmaya çalışıyordu. Darwin'i kararlı bir biçimde savunan Thomas Huxley, Charles Lyell ve Joseph Hooker, Richard Owen önderliğindeki muhalif grubu bastırmayı başarınca 1864'te Darwin'e Kraliyet Cemiyeti'nin Copley Madalyası verildi.

Kısa zamanda pek çok baskı yapan ve pek çok dile çevrilen "Türlerin Kökeni", bilimsel konulara yeni yeni merak duymaya başlayan Avrupa orta sınıfının en çok okuduğu bilimsel kitaplardan biri oldu. Zamanının sosyal akımlarını doğrudan veya dolaylı olarak etkiledi ve popüler kültürün önemli bir parçası haline geldi.

Hıristiyan inanışına olan bağlılığını yitiren ve bir agnostik (bilinemezci) olduğunu bildiğimiz Charles Darwin 19 Nisan 1882'de öldüğünde, ailesi onu bölgedeki bir kilise avlusuna, çocuklarının mezarlarının yanına gömmeyi düşünüyordu. Ne var ki, aynı düşünceyi paylaşmayan bazıları çarçabuk harekete geçerek, önde gelen bilim insanları ve hükûmet üyelerini ikna çalışmasına girişti. Amaçları, bu kişileri bir araya getirip Britanya'nın ünlü kilisesi Westminster Abbey'nin baş rahibinden Darwin'in buraya gömülmesini rica etmelerini sağlamaktı. Baş Rahip George Granville Bradley, “gerekli onayın canı gönülden verileceği”ni bildirdi. Böylece, agnostik olan Darwin 26 Nisan günü öğleden sonra Westminster Abbey'ye gömüldü. Tabutunu taşıyanlar arasında eski dostu botanikçi Joseph Dalton Hooker, yazılarıyla Darwin'i kendi kuramını yayımlamaya yönelten genç doğabilimci Alfred Russel Wallace ve ABD'nin Birleşik Krallık büyükelçisi James Russell Lowell da vardı. Darwin bu kilisenin “Bilginler Köşesi” olarak bilinen bölümünde, Sir Isaac Newton'un gömülü olduğu yerin birkaç metre ötesinde ve astronom Sir John Herschel'in yanı başında yatıyor. Darwin, yeryüzündeki canlı türlerinin değişimini betimlemek için “gizemlerin gizemi” tanımlamasını ortaya atan büyük filozof Herschel'e, Türlerin Kökeni kitabının girişinde göndermede bulunmuştu.

Darwin çiftinin on çocuğu oldu. Çocukların ikisi (Mary Eleanor ve Charles Waring) çok küçükken öldü. Ayrıca, Annie'nin on yaşındayken ölmesi çiftin üzerinde yıkıcı bir etki bıraktı. Darwin, çocuklarına bağlı ve sıradışı derecede ilgili bir babaydı. Her hastalandıklarında Darwin çocuklarının, eşi ve kuzeni olan Emma Wedgwood ile yapmış olduğu yakın akraba evliliği sebebiyle belirli zayıflıklarla doğmuş olabileceğini düşünüyordu. Darwin bu konuyu yazılarında ele aldı ve bu durumun diğer bazı organizmalarda ortaya çıkardığı avantajlı sonuçlarla karşılaştırdı. Korkularının aksine Darwin'in hayatta kalan çocukları, büyüdüklerinde seçkin kariyerler elde ettiler ve dikkat çekici bir aile olan Darwin-Wedgwood Ailesi'nin saygın birer bireyi oldular.

Hayatta kalan yedi çocuktan George, Francis ve Horace, sırasıyla astronom, botanist ve inşaat mühendisi olarak Royal Society üyesi seçildi. Diğer oğlu Leonard ise asker, politikacı, ekonomist ve öjenist olarak çalıştı. Ayrıca istatistikçi ve evrimsel biyolog Ronald Fisher'ın akıl hocası oldu.

Bir öpücük böceği sokması sonucu Çagas (Chagas) Hastalığı'na yakalaranarak öldüğü yönünde bilgiler mevcuttur.
Darwin'in ismi daha hayatta olduğu dönemde, birçok türe ve coğrafi cisme verildi. Beagle Kanalı'nin bir bölümünü oluşturan su parçasına Robert FitzRoy tarafından Darwin Boğazı adı verildi, çünkü yıkılan bir buzul parçasının yarattığı dalga sebebiyle teknelerini kaybederek ıssız bir yerde mahsur kalma tehlikesinden, Darwin ile birlikte hareket eden iki ya da üç kişinin zamanında müdahalesiyle kurtulmuşlardı. Ayrıca, Darwin'in 25. doğum günü anısına, And Dağları'nın bu boğazın yakınlarındaki bir tepesine Mount Darwin adı verildi. "Beagle" gemisi 1839'da Avustralya kıyılarını araştırırken, Darwin'in arkadaşı John Lort Stokes'un fark ettiği doğal bir liman, geminin kaptanı John Clements Wickham tarafından "Port Darwin" olarak adlandırıldı. Burada 1869'da kurulan Palmerston isimli yerleşimin adı 1911'de Darwin olarak değiştirildi. Avustralya'nın Kuzey Toprakları bölgesinin başkenti olan bu şehirde Charles Darwin Üniversitesi ve Charler Darwin Millî Parkı da bulunur. 1964'te kurulan Cambridge Darwin Koleji'ne ise, biraz da Darwin ailesinin okulun kurulduğu arazinin bir kısmına sahip olması sebebiyle, ailenin adı verildi.

Darwin tarafından Galapagos Adaları'nda bulunan kuş türüyle alakalı bir grup tür, ispinozgillere değil de, daha çok Amerikan kiraz kuşugiller ya da tangargillere yakın olmalarına rağmen, "Darwin'in ispinozları" adıyla tanındı. Bunun sebebi David Lack'in 1947 bu isimle yayınladığı, bu kuş türünün Darwin'in çalışmalarında büyük öneme sahip olduğu hakkındaki asılsız efsaneleri körükleyen kitaptı.

1992'de Darwin, Michael H. Hart’ın tarihteki en etkileyici 100 kişi listesinde 16. sırada yer aldı. BBC tarafından desteklenen ve halka açık düzenlenen En Büyük 100 Britanyalı oylamasında ise 4. oldu. Bank of England'ın çıkardığı 10 poundluk banknotların üzerindeki Charles Dickens resmi 2001'de Darwin'in resmiyle değiştirildi. Bankanın bu kararında, Darwin'in etkileyici ve gür sakalının (sahte para basımını zorlaştıracağı için) etkili olduğu söylendi.

Linnean Society of London, Darwin'in başarıları anısına 1908'den bu yana Darwin-Wallace Madalyası adı altında bir ödül vermektedir. Evrimin mizahi bir kutlaması olarak her yıl, "kendilerini yok ederek gen havuzumuzu iyileştiren" kişilere Darwin Ödülü verilmektedir.

Ayrıca 1909 yılından beri Darwin'in doğum günü olan 12 Şubat günü, Darwin Günü olarak kutlanmaktadır.

Darwin'in iki yüzüncü doğum yılı ve Türlerin Kökeni'nin yüz ellinci yayınlanış yıldönümü sebebiyle 2009'da tüm dünyada çeşitli etkinlikler ve yayınlar planlandı. New York'taki Amerikan Doğa Tarihi Müzesi'nde 2006'da açılan ve Kuzey Amerika'nın çeşitli kentlerinde tekrarlanan "Darwin" sergisi, Birleşik Krallık geneline yayılmış olan "Darwin200" etkinlik programı çerçevesinde 14 Kasım 2008 - 19 Nisan 2009 tarihleri arasında Londra Doğa Tarihi Müzesi'nde açık kaldı. Ayrıca Cambridge Üniversitesi'nde Temmuz 2009'da bir festival düzenlenecektir. Darwin'in doğum yerinde ise, yıl boyunca sürecek etkinliklerden oluşan "Darwin's Shrewsbury 2009 Festival" hazırlanacaktır.

Birleşik Krallık'ta, üzerinde yazısıyla çevrelenmiş ve bir maymunla yüz yüze duran Darwin portesi olan, kenarında ise "" yazısı bulunan İki Pound'luk özel anma parası basıldı. Koleksiyoner sürümleri belirli bir ücret karşılığında dağıtılacak olan para, yıl boyunca bankalardan ve postanelerden, üzerindeki değer karşılığında temin edilebilecek.

Eylül 2008'de İngiltere Kilisesi, Darwin'in 200. doğum yılının bir fırsat olduğunu söyleyerek, "Seni yanlış anladığımız, sana karşı gösterdiğimiz ilk tepkide hatalı oluşumuz ve bu sebeple başkalarının da seni yanlış anlamasına yol açtığımız için..." sözleriyle Darwin'den özür diledi.

Türkiye'de ise TÜBİTAK'ın aylık yayınladığı Bilim ve Teknik dergisinin 2009 Darwin Yılı sebebiyle hazırladığı Mart 2009 kapağı ve Darwin ile ilgili 15 sayfa, sansüre uğrayıp içeriği değiştirildi ve Bilim ve Teknik dergisinin Genel Yayın Yönetmeni Dr. Çiğdem Atakuman görevinden alındı.

Darwin'in anısına Jon Amiel yönetmenliğinde Yaradılış adında bir film çevrildi. Filmin gösterimini ABD'de üstlenen firma çıkmadı.

Bugün Darwin ile özdeşleşen evrim kuramı, aslında çok öncelere dayanır. Öyle ki ilk kez MÖ 6. yüzyılda İyonyalı filozoflar evrimden söz etmişlerdir. Thales, Anaksimandros, Heraklitos, Aristoteles, İbni Haldun gibi pek çok bilgin, canlılığın oluşumu ve gelişimi konusunda fikirler ortaya atmıştır. Anca