ının diğer yaşayan varlıklar için hissettiği derin duygulardan yoksundur.

Yüce Başkan Valorum’un isteği üzerine, Obi-Wan ve ustası Qui-Gon Jinn, Ticaret Federasyonu'nun Naboo ablukasına barışçıl bir çözüm bulmak amacıyla görevlendirilirler. Ticaret Federasyonu'nun kurnaz üyeleri Neimoidianlılar, Jedilar'a tuzak kurarak onları öldürmeye çalışır. Kenobi ve ustası kaçmayı başarır ve Naboo yüzeyine, bir Ticaret Federasyonu işgal aracına saklanarak inerler.

Obi-Wan bunu takip eden günlerde, Naboo’dan Coruscant’a ve Naboo Savaşı'nda savaşmak için tekrar Naboo’ya yolculuk eder. Ustası Qui-Gon Jinn, Tatooine’de karşılaştıkları ve serbest kalmasını sağladıkları küçük Anakin Skywalker’ı Jedi Konseyi'ne sunduğu zaman genç Jedi şok geçirir. Qui-Gon , Anakin’in eski Jedi kehanetindeki “Seçilmiş Kişi” olduğunu iddia etmekte ve onu Padawan'ı olarak almak istemektedir. Konsey, Jinn’in çocuğu eğitme isteğini reddeder.

Bu, Obi-Wan ve Qui-Gon arasındaki birçok anlaşmazlıktan sadece biridir. Jinn, yaşayan Güç’ün büyük bir savunucusu olarak, birleştirici Güç'ü savunan Jedi Konseyi'nin gözünde disiplinsiz olarak görülmektedir. Obi-Wan, ustasını konseye karşı gelmemesi için uyarır ama Qui-Gon ona her seferinde, Güç'ün ona tavsiye ettiği şeyleri yapması gerektiğini söyler. Naboo’nun özgürlüğüne kavuşması sırasında, Qui-Gon ve Obi-Wan, ölümcül bir Sith Lordu'yla karşı karşıya gelirler. Unutulmuş bir tehlike olan Sithler, yüzyıllardır süren sessizlikten sonra geri dönmüşlerdir. Karanlık savaşçı Darth Maul, inanılmaz hızı ve çift uçlu ışın kılıcını kullanarak Jedilar'ı zorlar. Düellonun ilerleyen bölümlerinde, Obi-Wan ve Qui-Gon ayrı düşerler. Obi-Wan, Darth Maul’un ustasını öldürmesine çaresizce tanık olur. Daha sonra ise zekasını ve Güç üzerindeki kontrolünü kullanarak onu öldürür.

Qui-Gon’un ölmeden önce, Obi-Wan’ın Anakin’i eğitmesi için son bir ricada bulunur. Konsey en sonunda Obi Wan’ın, Anakin’i Padawan’ı olarak almasını kabul eder. Jedi Ustası Yoda’nın ise bu konuda hala şüpheleri vardır. Konsey aynı zamanda Obi-Wan’a Jedi Şövalyesi ünvanını da verir.

Bunu takip eden 10 yıl boyunca Obi-Wan, genç Anakin’i bir Jedi Şövalyesi olmak üzere eğitir. Macera düşkünü genç Padawan'ı eğitmek Obi-Wan’ı yaşının çok üstünde zeki ve alaycı yapmıştır. Jedi Şövalyesi Anakin’in hem güçlü hem de zayıf yönlerini görebilmekte ve ustası Qui-Gon gibi sabır ve anlayış göstermeye çalışmaktadır.

Anakin geliştikçe, Obi-Wan da, Padawan’ının gücü yüzünden tehlikeli bir şekilde küstahlaştığını fark edip, telaşlanmaktadır. Bu düşüncelerini Jedi Konseyi'nin üyelerine bildirir ama konsey onun eğitmenliğine güvenmeye devam ederler.

Ansion’daki bir sınır çatışmasından döndükten hemen sonra Obi-Wan ve Anakin, Yüce Başkan tarafından Senatör Padme Amidala’nın hayatını korumaları için görevlendirilirler. Obi-Wan, politikaya pek sıcak bakmamasına rağmen, görevine çok ciddiye alır. Başarısız bir suikast girişimi sonucunda ipucu olabilecek ve Jedi Tapınağı'ndaki droidler tarafından tanınmayan egzotik bir silah bulur.

Anakin, ilk yalnız görevinde Padme Amidala’yı gezegeni Naboo’ya götürürken, Obi-Wan da araştırmaya devam eder. Eski bir arkadaşı olan, restoran sahibi Dexter Jettster’la konuşur. Dex, silahı bir Kamino kılıç oku olarak tanımlamayı başarır.

Kamino’yu araştırmaya başlayan Obi-Wan,galaksideki en büyük arşivlerden biri olan Jedi Arşivleri'nden gezegenin kayıtlarının silindiğini keşfeder.

Bir Jedi Yıldız Savaşçısıyla yola çıkan Kenobi, fırtınalarla sarsılan gezegen Kamino’ya gider. Orada başbakan Lama Su ile konuşur ve gezegenle ilgili esrarengizlik daha da belirgin hale gelir. Kaminolular'ın açıklamasına göre, Obi-Wan beklenmektedir. Bundan 10 sene önce, Kaminolular, Cumhuriyet'in kullanması için Jedilar'ın isteği üzerine dev bir klon ordusu yaratmaya başlamışlardır. Görünüşe göre, Jedi Ustası Sifo Dyas ordunun kurulması emrini vermiştir.

Kaminolular, Kenobi’ye Tipoca şehrindeki, klonlama ünitelerinde bir tur düzenlerler. Obi-Wan, yüzlerce klon askeri görür. Ama bu olayın Amidala’ya yapılan suikast girişimleri ile hiçbir ilgisi yok gibi gözükmektedir. Ta ki, Kenobi, klonların orijinal genetik kaynağı ile karşılaşıncaya kadar. Kötü şöhretli kelle avcısı Jango Fett, 10 seneden beri Kamino’da yaşamaktadır. Obi-Wan, avcıyla kısa ama gergin bir konuşma yapar ve zırhını Coruscant’taki suikast girişimlerinden hatırlar. Bunun üzerine konsey onu Fett’i sorgulamak için Coruscant’a getirmekle görevlendirir.

Kenobi ve Fett arasında şiddetli bir dövüş yaşanır. Jango Fett, silahlı zırhı ve oğlu Boba sayesinde, gemisi Slave I’a atlayarak kaçmayı başarır. Ama Kenobi de gemiye bir izleme aygıtı yerleştirmeyi başarmıştır.

Kenobi, Jango’yu etrafı halkalarla kaplı gezegen Geonosis’e kadar izler. Burada Fett izlendiğini fark edince, tehlikeli bir kovalamaca yaşanır. Fett, Kenobi’nin öldüğünü düşünerek, gezegene iner. Obi-Wan da onu takip etmeye devam eder.

Obi-Wan, Geonosis’e gizlice inmeyi başarır ve dev kule benzeri komplekslerinden birinin içine sızar. İçeride ayrılıkçıların, liderleri Dooku eşliğinde bir toplantısına tanık olur. Kont Dooku’nun, kendisine taraf topladığını ve Cumhuriyet ile başa çıkabilecek büyük bir ordu kurduğunu öğrenir. Bunun üzerine konseyle bağlantı kurmak için gemisine döner. Ayrılıkçı hareket hakkında onları uyarır fakat bu sırada yakalanarak esir alınır. Bir Geonosian zindanında tutulan Kenobi, Dooku tarafından ziyaret edilir. Karizmatik eski Jedi, Kenobi’nin öğretmeni ve kendisinin de eski öğrencisi olan Qui-Gon’dan övgüyle bahseder. Olayların bu seviyeye gelmesine gerçekten üzülmüş gibidir. Kenobi’ye Senatonun, Kara Sith Lord’u Darth Sidious’un kontrolü altında olduğunu bile anlatır. Kenobi, Dooku’nu sözlerine inanmayı reddeder, ona katılması için yaptığı teklifi de geri çevirir. Geonosian kurallarına göre idam edilecek olan Kenobi, Anakin ve Padme’yle arenada karşılaşır. Jedi Şövalyeleri onlara yardıma gelir, Obi-Wan da kahramanca savaşır ve sağ kalmayı başarır. Bu sırada yeni kurulmuş Cumhuriyet ordusu imdatlarına yetişir. Kont Dooku kaçmaya çalışırken, Obi-Wan ile Anakin onu takip eder ve onu gizli bir hangarda yakalarlar. Obi-Wan, öğrencisini Dooku'ya karşı beraber saldırmaları için uyarırken, inatçı Padawan onu dinlemez ve Dooku’nun Karanlık Taraf Güç'ü karşısında çaresiz kalır. Kenobi, saldırıya geçer ama Dooku daha güçlüdür. Obi-Wan yaralanarak yere düşer, Dooku öldürücü darbeyi vurmak üzereyken Anakin ustasını kurtarır. Skywalker ve Dooku düelloya devam eder ama Dooku yine üstündür. Anakin, kolunu kaybeder ve çaresiz ustasının yanına yığılır.

Nihayet Jedi Ustası Yoda olay yerine gelir ve Dooku’yu durdurmaya çalışır. Yoda’nın mükemmel ışın kılıcı saldırısı karşısında Dooku, Obi-Wan ve Anakin’in üzerine dev bir sütunu atarak kaçmayı başarır. Yoda, iki genç Jedi'ı kurtarmak için Dooku’nun kaçmasına izin vermiştir.

Kenobi, Geonosistan sonra klon ordusunun gerekli olduğuna inanmaktadır. Yoda, üzüntüyle Geonosis’teki zaferin aslında bir zafer olmadığını belirtir. Bu sadece galaksideki en karanlık zamanların başlangıcıdır.

Klon Savaşları’nda bir General olan Obi-Wan Kenobi, birçok cephede Cumhuriyet ve Senato’ya kahramanca hizmetlerde bulunmuştur. Korkularına rağmen, alışılmış dışı Padawan’ı Anakin Skywalker sayesinde iyi bir yıldız savaşçısı pilotu olmuş ve ikili Ayrılıkçı cephelerinde beraberce büyük başarılara imza atmışlardır.

Jedi Ustası Obi-Wan Kenobi, dövüş sanatının en yetenekli ve en tehlikeli ışın kılıcı savaşçılarından biridir. Aynı zamanda da Klon Savaşları’nın vahşeti ve yıkımı sırasında bile barışçıl ve sakin kalmayı başarabilen ender ruhlardan birisidir. Dövüşmeden de bazı sorunların çözülebileceğine inanan Obi-Wan, sadece Galaktik Cumhuriyet’in değerlerini ve ideallerini korumak için kılıcını kullanır. Öğrencisi Anakin’in Jedi Şövalyesi unvanını edinmesini sağlayan Obi-Wan, Anakin’in kendi inatçı öğrencisini yola getirmek için verdiği çabayı keyifle izlemektedir.

Kenobi ve Skywalker’ın kazandıkları bu başarılar, Cumhuriyet’te bir efsane haline gelmiştir. Anakin, korkusuz davranışları sebebiyle “"korkusuz kahraman"” unvanını alırken, Obi-Wan’ın daha ölçülü ve düşünülerek yapılan hareketleri ona “"uzlaştırıcı"” sıfatını kazandırmıştır. Birçok durumda Obi-Wan Kenobi, tek bir lazer tabancası ateşlenmeden ikilemleri ve problemleri yoluna sokmuştur. Fakat diplomasi yetersiz kalıp kaba kuvvet gerekli olduğunda Kenobi ona da hazır bulunmuştur. Jedi Generali’nin emrinde tam donanımlı bir klon ordusu bulunmaktadır. En güvendiği klon askeri, Kumandan 2224 ya da diğer adıyla Kumandan Cody, Obi-Wan’a Cato Neimoidia ve diğer cephelerde çok büyük yardımı dokunmuştur.

Klon Savaşları sırasında Kenobi, Jedi Ustası seviyesine getirilmiş ve Jedi Konseyi’ne alınmıştır. Dehası ile en yüksek dereceden Jedi Stratejilerine katılmış ve böyle yüksek bir pozisyonda bulunmak ona Jedi Konseyi ve Yüce Şansölye Palpatine’in ofisi arasındaki gerginliği görme fırsatını vermiştir. Kenobi’nin, Palpatine ile ilgili ne kadar şüphesi varsa, Şansölye’yi General Grievous’un elinden kurtarma görevine giderken bunları zorla unutması gerekmekteydi. Siborg General ve emrindeki droid ordusu, Coruscant’a sürpriz bir saldırı yapmış ve Şansölye’yi kaçırmayı başarmıştı. Obi-Wan ve Anakin’de bunu duyduklarında Dış Halka kuşatmalarını terk edip direkt olarak, Jedi yıldız savaşçılarıyla savaşın içine daldılar.

Coruscant’ın üstünde, Cumhuriyet savaşçıları, kaçan Konfederasyon gemilerini kovalarken büyük çatışma devam etmekteydi. 7. Filo tarafından korunan Obi-Wan ve Anakin, kaosun içinden geçerek General’in gemisine ulaşmaya çalışıyorlardı. Bir Testere droidi sürüsünün Obi-Wan’ın yıldız savaşçısına tam uçuş sırasında saldırması, Jedi Ustası'nın pilotluk konusunda bütün fikirlerini değiştirdi. – küçük mekanik haydutlar tam uçuşun ortasında Obi-Wan’ın gemisini parçalayıp, General Grievous’un bayrak gemisine acil iniş yapmak zorunda bıraktılar. –

Bayrak gemisinin içinde Obi-Wan ve Anakin droid kuvvetlerini yararak Şansölye’yi aramaya başladılar. Bu muhtemelen bir tuza