t alarak Pasifik Grubu'nu birinci sırada tamamlamıştı. İlk turu ve yarı finalde Portland Trail Blazers ve Seattle SuperSonics'i rahatça geçen O'neal'lı Lakers geçen sene çeyrek finalde elendikleri Batı Konferansı birincisi Karl Malone'lı John Stockton'lı Utah Jazz ile batı finalinde karşı karşıya geldiler. Geçen seneki tablo bu senede yaşandı. Bu sefer Jazz rakibini 4-0 ile süpürdü.
1998-99 sezonunda O'neal ve genç süper yıldız Kobe Bryant'dan beklentiler yüksekti. Ama takımda bazı değişikliklerin yaşanmasının vakti de gelmişti.
Önce takımın eski oyuncularından yıldız oyun kurucu Nick Van Exel Denver Nuggets'a takas oldu. Takımın yıldızlarından şutör gard Eddie Jones ve yedek pivot Elden Campbell ligin süper yıldızlarından şutör gard Glen Rice karşılığında Charlotte Hornets takımına takas oldular. Baş Antrenör Del Hariss kovuldu. Eski Lakers oyuncusu Kurt Rambis sezonun geri kalanını antrenör olarak tamamladı.1998-99 sezonu lokavt nedeniyle 50 maç üzerinden yapıldı. Lakers sezonu 31 galibiyet 19 mağlubiyet ile Pasifik grubunu ikinci sırada tamamladı. Playoff ilk turunda Houston Rockets'ı 3-1 le geçen La Lakers yarı finalde genç süper yıldız Tim Duncan'lı San Antonio Spurs'e 4-0 ile süpürülerek playofflardan elendi.

1999-00 sezonu öncesi takım Phil Jackson'la anlaştı. Böyle büyük bir antrenörün gelmesiyle takım gerçek gücüne kavuştu. Jackson Chicago Bulls'da uyguladığı "üçgen hücumu" (triangle offense) Lakers'da da uyguladı. Böylece Phil Jackson önderliğinde bu iki süper yıldız (2000,2001,2002) yıllarında 3 kez arka arkaya şampiyonluk yaşadılar. O'neal, bu 3 şampiyonlukta 3 kez NBA finallerinin en değerli oyuncusu seçildi. 2000 yılında normal sezonun en değerli oyuncusu ve sayı kralı da olmuştu.

Kendisiyle ilgili ilginç detaylardan birisi de, 2001 yazında Louisiana State Üniversitesinin basketbol kampında o zamanlar 15 yaşında lise öğrencisi olan Boston Celtics oyuncusu Glen Davis'le gösteri için güreşmişti.2002 yılının ocak ayında Chicago Bulls pivotu Brad Miller'ın top alırken kendisine yaptığı sert faul sonrası yumruk atmış ve büyük bir arbede yaşanmıştı. Bu olay sonrası Shaq 3 maç ceza ve 15.000 bin dolar para cezası almıştı.
2002-2003 sezonu Lakers normal sezonu 50 galibiyet alarak bitirmiş playoff ilk turunda Minnesota Timberwolves'u 4-2 ile elemiş ama yarı finalde San Antonio Spurs'e 4-2 ile elenerek 3 yıllık hanedanlık son buluyordu. 2003-2004 sezonu öncesi güçlü bir kadro kurmak isteyen Lakers, Utah Jazz'ın efsane uzun forveti Karl Malone'u ve yıldız oyun kurucu Gary Payton'ı kadroya katarak çok güçlü bir takım haline gelmişlerdi. Her ne kadar NBA finallerine kadar gelebildiyseler de en iyi savunma yapan takım olan Detroit Pistons'a 4-1 elendiler ve şampiyon olamadılar. Artık Shaq-Kobe arasındaki ilişkinin çok kötü olduğu bilinen bir gerçekti. Shaq kendisinin takas edilmesini istiyordu. Lakers genel menajeri Mitch Kupchack Dallas Mavericks
süper yıldızı Dirk Nowitzki ile takas planları yapmasına rağmen Dallas'ın sahibi Mark Cuban bu takas isteğini geri çevirdi. Böylece bir süre takas dedikodusu kapandı. Miami Heat O'neal ile ilgilendiklerini söyledi ve bu takas belli bir süre sonra gerçekleşti.

14 Temmuz 2004 günü Miami Heat resmi olarak Caron Butler, Lamar Odom, Brian Grant ve 1.tur draft hakkı karşılığında O'neal'ı aldı. Shaq 8 yıldır giydiği 34 numaralı formasını değiştirerek Orlando Magic'de giydiği 32 numaralı formayı giymeye başladı. O'neal taraftarlara şampiyon olma sözünü verdi. Artık yeni takımında genç yıldız Dwyane Wade ile oynayacaktı. Heat forması altında ilk sezonunda 22,9 sayı 10,4 ribaund ortalaması ile oynadı. 12. kez All-Star takımına seçildi. Heat sezonu 59-23 le doğu konferansını birinci sırada tamamlamıştı. Doğu finaline gelene kadar ilk tur ve yarı finalde New Jersey Nets ve Washington Wizards'ı 4-0 süpürdü.Savunma şampiyonu ve bir önceki yılın NBA şampiyonu Detroit Pistons'a çetin geçen seriyi 4-3'le kaybederek sezonu kapadı. O'neal, 1994-95 sezonundaki gibi yılın en değerli oyuncusu ödülünü Steve Nash'in ardından ikinci sırada kalıyordu.

2005 yılının Ağustos ayında Shaq, Miami ile 5 yıllık 100 milyon dolar karşılığında bir sözleşme imzaladı. Böylece her yıl 20 milyon dolar Heat O'neal'a ödeme yapacaktı. 2005-2006 sezonunun ikinci maçında ayak bileğinden sakatlanınca 18 maç kaçırdı. Tekrar Heat antrenörlüğüne geri dönen Pat Riley O'neal'ın bu durumunu bilerek temkinli davrandı. Normal sezon da 59 maça çıktı ve 30,6 dakika sahada kaldı. Böylece playofflara iyileşmiş ve dinlenmiş olarak girdi. O'neal açısından bakıldığında kariyerinin en düşük ortalamalarıyla oynadı. 20.0 sayı ve ilk defa 10 barajının altında kalarak 9,2 ribaund ortalaması yakaladı.
2006 Nisan ayında Toronto Raptors ile oynanan maçta 15 sayı, 11 ribaund ve 10 asist yaparak kariyerinin ikinci triple double'nı gerçekleştirdi. 10 asist aynı zamanda onun bu zamana kadar yaptığı tek çift haneli asist sayısıdır. Sezonu %60 şut isabeti yüzdesi ile birinci sırada tamamladı. Miami Heat ile 2006 NBA şampiyonluğuna ulaştı.Finallerin en değerli oyuncusu kendisi değil genç yetenek Dwyane Wade olmuştu. Konferans finalinde Detroit Pistons'la tekrar karşılaşan Heat bu sefer 4-2 ile kazanmasını bildi. Finalde Dallas Mavericks'e rakip olan Heat 2-0 geriden gelip seriyi 4-2 ile kazandı ve kulüp tarihindeki ilk şampiyonluğa ulaştı. Shaq normal sezonda yakaladığı bu düşük istatistiklere rağmen Miami'nin playoff ilk turunda karşılaştığı Chicago Bulls ve konferans finalinin altıncı maçında Detroit Pistons'a karşı domine edici iki maç oynadı. Bulls serisinin altıncı maçında 30 sayı 20 ribaundla oynarken Pistons serisinin altıncı maçında ise 28 sayı 16 ribaund ve 5 blokla oynayarak eski günlerden kalma Shaq performansını gösterdi.

2006-07 sezonunda sağ dizindeki sakatlığı sebebiyle 30 maç kaçırdı. Dwyane Wade'in sol omzunun çıkması sebebiyle zor zamanlar yaşayan Heat zorda olsa playoff'a kalabildi. Ama ilk turda Chicago Bulls karşısında adete denize dökülen Heat 4-0 ile süpürülerek veda etti. O'neal, 2007-08 sezonunda kariyerinin en düşük ortalamalarıyla oynadı. Genellikle çok kötü performans sergileyen Shaq 14 yıl arka arkaya oynadığı All-Star maçına 2008 yılında seçilmedi.

Phoenix Suns, O'neal'ı Shawn Marion ve oyun kurucu Marcus Banks karşılığında takas etti. 20 şubat 2008 günü Shaq eski takımı Lakers karşısında 15 sayı, 9 ribaund oynadı ama Lakers 130-124 kazandı. Takas sonrası Suns formasıyla 28 maça çıktı ve 12,9 sayı, 10,6 ribaund ile oynadı. Suns 55 galibiyet 27 yenilgi le pasifik gurubunu Lakers'ın ardından ikinci sırada bitiriyordu. İkinci turda San Antonio Spurs ile karşılaşan Suns 4-1 ile elenmişti. Shaq bu 5 maçta 15,2 sayı ve 9,2 ribaund ortalamsı ile oynadı. 2008-09 sezonu Shaq için olumlu yönde gelişmeler oldu. Sezonun yarısında 41 maçta 18 sayı 9 ribaund 1,6 blokla oynadı. Bir sene aradan sonra tekrar All-Star maçı için seçilen O'neal Lakers'dan eski takım arkadaşı Kobe Bryant ile All-Star maçının en değerli oyuncusu ödülünü paylaştı.
27 şubat 2009 yılında Toronto Raptors karşısında 45 sayı ve 11 ribaundla oynayarak kariyerinin 49. kez 40 sayı ve üstünü elde etti. Suns da 133-113 ile Raptors'u 20 sayı farkla yenmişti. Phoenix Suns sezonu 46-36 ile kapamış ve playofflara girememişti. Bu O'neal için 1992-93 çaylak sezonundan beri ilk defa gerçekleşen bir durumdu.

25 haziran 2009 günü Cleveland Cavaliers kendisini Sasha Pavlovic, Ben Wallace, 500,000 dolar ve 2010 ikinci tur draft hakkı karşılığında aldı.
Takas olduktan sonra düzenlediği basın toplantısında "Artık tek bir görevim var: Kralı korumak" diyen O'neal, Lebron James'e yardımcı olmak istediğini söyledi. 25 Şubat 2010 günü Boston maçında elinden sakatlanarak uzun bir süre forma giyemedi. 1 mart günü ameliyat olduktan sonra ancak 17 nisan günü playofflara yetişebildi. 2009-10 sezonu istatistiksel olarak kariyerinin başından bu sezona kadar olan dönemin en kötü sezonuydu. 53 maçta yer alabildi ve 12,0 sayı, 6,7 ribaund ve 1,2 blok ortalaması ile oynayabildi. Cavaliers'da ilk beş başlamayı başaran Shaq playofflarda 11 maçta 11,5 sayı 5,5 ribaund ile oynadı. Cavaliers yarı finalde Celtics'e 4-2 ile elenerek sezonu kapadı.

4 Ağustos 2010'da Boston Celtics'e transfer olmuştur. Sakatlıklarından dolayı 2010-11 sezonunda 45 maç kaçıran Shaq çıktığı 37 maçın 36'sında ilk 5 başlamış ve ortalama 20.3 dk. süre almıştır. İstatistiksel olarak bu sezonu 9.2 sayı 4.8 ribaunt 0.7 asist 1.1 blok ile kariyerinin en düşük rakamlarıyla tamamlamıştır. Ve kendine özgü bir şekilde Twitter'dan yayınladığı bir videoyla 2 Haziran 2011'de emekli olmuştur.

Kariyerinin başından bu zamana kadar geçen süre hep başarılarla doludur. Normal sezonda 1207 maçta yer alan O'Neal, bu zaman kadar 23.7 sayı %58.2 atış yüzdesi 10.9 ribaund ve 2,3 blok ortalaması ile oynamaktadır.
2,16 m boyunda, 147 kg ağırlığında ayak numarası 57'dir. İri cüssesine rağmen hızlı, çevik ve patlayıcı bir yapısı vardır. O'neal, "alçak post" hareketi olan "drop step"i iyi uygulayanlar arasındadır. Drop Step, temelinde önce büyük bir adım sonra bir kez top sektirme ve ardından potaya yönelerek sayı bulma hareketidir. Shaq bunu uygularken dirseklerinden çok iyi yararlanır,bu hareketin smaçla bitme olasılığı yüksektir veya kendisine faul yapılır. Aynı zamanda kendisi bu hareketine kara kasırga ismini takmıştır. Bu O'neal'ın hücumda en etkin ve en tehlikeli taraflarından birisidir. Son yıllarda yaşının ilerlemesi ve sakatlıklarından dolayı bunu pek fazla yapmamaktadır. Sağ eliyle potaya yakın yerlerde çengel atışlar da etkili olduğu atışlardandır.
Bu teknikleri iyi kullanması neticesi ile kariyerinde % 58.2 isabet oranıyla oynamaktadır.
Shaquille O'neal'ın en büyük zaafı kariyeri boyunca çok kötü serbest atış kullanması olmuştur. 18 yıllık kariyerinde % 52,7 isabet oranıyla oynayan O'neal zaman zaman faul atış yüzdesini biraz düzeltse bile hiçbir zaman kendisini yalnız bırakmayacak bir sorun yaşamıştır. 8 aralık 2000 yılında Seattle SuperSonics'e karşı tam 11 serbest atış kaçırarak rekor kırmıştır. Zamanla bu zaafını takımlar