yice zayıflamış Samsonlar, Tzanikhitiler, Kamakheniler gibi yerli aileler kendi topraklarında özerk hareket etmeye başlamışlardır. Basileus, bu hareketlerin önünü alabilmek için Megadük Lekes Tzatzintza ile oğlu Trabzon Ordusu'nun başkomutanı Tzamba'ya suikast düzenletmiştir. Basileus'un yerel lordları öldürmesiyle gerginleşen ortama halkın hoş bakmadığı başka durumlar da eklenince bir Güneş tutulmasında halk imparatora başkaldırmıştır. Daha sonra Basileus'u zehirleyen ilk eşi Trabzon tahtına oturmuştur. Fakat o da Basileus'un kendisini bırakarak evlendiği ikinci eşi İrini'yi ülkeden kovunca tekrar iç savaş çıkmıştır. Karadenizli Komnenosların haricinde birinin, kendilerinden olmayan bu İstanbullu Kraliçenin tahtta oturmasından rahatsız olan yerlilerden Sebastian Tzanikhiti ve diğer yerli kabileler Aziz Eugene Kilisesi'ni ele geçirmişlerdir. Daha sonra İstanbul'dan gönderilen kuvvetler bu isyanı bastırıp ele başlarını idam ettirseler de Laz Lordlarından Anakhoutlu'nun torunu II. Aleksios'un kızı Anna, yerli askerlerin yardımıyla Trabzon tahtını ele geçirmiş, İstanbullu Kraliçeyi de İstanbul'a geri göndermiştir. Anna'nın tahta geçmesi yerlilerin güçlenmesi Roma'nın bölgedeki etkinliğini kaybetmesi demekti. Bu yüzden İstanbul, hemen Trabzon tahtına geçmesi için -ve Bizans taraftarı olması için- Mihail'i desteklemek üzere 3 gemi asker göndermiştir. Romalılar tarafından törenlerle yeni hükümdar ilan edilen Mihail'in hakimiyetine başta sessiz kalınır gibi görünse de hemen sabahına sarayı basan Lazlar, Mihail'i yaka paça dışarı atmış gemilerle gelen Bizanslıları da öldürmüşlerdir. Fakat daha sonra Ceneviz gemileriyle Trabzon'a gelen III. İoannis, İmparatoriçe Anna'yı boğdurarak başa geçmiştir.

Trabzon İmparatorluğu 1340'larda büyük bir veba salgınıyla sarsılmıştır. Ardından İtalyanlar Giresun'u yağmalamışlardır. Bu olaylar üzerine Türkmenler de büyük bir orduyla gelerek imparatorluğu ele geçirmeye çalışmışlarsa da çok ciddi kayıplar vererek geri çekilmek zorunda kalmışlardır.

III. Aleksios iç çatışmalara bir son vermeyi amaçlamış ve bunu büyük ölçüde başarmıştır. Onun döneminde İoannis Tzanikhiti'nin, Gümüşhane'deki Tzantzak/Canca Kalesi’ni ele geçirmesi gibi küçük anlaşmazlıklar da yaşanmıştır.

Tüm iç karışıklıklar, veba salgını, depremler, İtalyan ve Türkmenlerle girilen çatışmalar Trabzon İmparatorluğu'nu zayıf düşürmüş ve Panaret'in Kronik'inde "felaket" olarak adlandırılan Gürcistan'ın Timur tarafından işgali gerçekleşmiştir. 15. yüzyıla girerken de Osmanlı Devleti ile Trabzon İmparatorluğu artık sınır komşusu olmuşlardır. Aynı dönemde Türkmenler de Giresun'a girmişlerdir. Trabzon, Osmanlı tarafından ilk kez 1440'larda kuşatılmışsa da alınamamıştır. Yine akabinde Şeyh Cüneyd önderliğindeki Türkmenler, Trabzon'u kuşatmışlarsa da geri çekilmek zorunda kalmışlardır. Son olarak Fatih Sultan Mehmed 1461 yılında 140.000 kişilik ordusuyla gelerek yaklaşık 1 aylık bir direnişten sonra şehri teslim almıştır.

Trabzon, Osmanlı fethinden sonra da aşağı yukarı eski yönetim alanına göre eyalete çevrilmiş bu eyalete de Trabzon Eyaleti adı verilmiştir. 1800'lerde de daha çok kültür ve ekonomik yapısına göre yeniden organize edilen topraklar Canik(Samsun), Gümüşhane(Canca), Lazistan(Caneti) ve Merkez (Trabzon) sancakları olmak üzere 4 büyük idari bölümden oluşan Trabzon Vilayeti'ne dönüştürülmüştür. Böylece Trabzon İmparatorluğu'nun kuruluşundan cumhuriyetin ilanına dek varlığını koruyan idari yapıyla Trabzon şehri yüzlerce yıl boyunca Samsun, Ordu, Giresun, Gümüşhane, Rize, Artvin, Batum gibi illerin merkezi statüsünde olmuştur.

İmparatorluk halkı öteden beri Ksenofon, Arrianus ve Prokopius gibi Antik Çağ'ın ünlü yazarları tarafından da aktarıldığı üzere antik Kolkhis Krallığı'na dek uzanan Tzanik kökenden gelmektedir. Trabzon İmparatorluğu'nda nüfusun büyük çoğunluğunu da kadim zamanlardan beri bölgede ikamet eden Kafkas kökenli Tzanlar(Lazlar) oluşturmaktadır. Bu durum imparatorlukla çağdaş tarihçilerin belgelerine de yansımış ve Trabzon İmparatorluğu "Tzaniti (Lazistan) Krallığı" olarak anılmıştır. Aynı durum Bizans İmparatorluğu'nun kendisi tarafından da onaylanmış ve Trabzon İmparatoru "Laz Hükümdarı" olarak tanımlanmıştır. Yine Tzanika/Canik (Samsun, Ordu, Giresun), Tzantzak/Canca (Gümüşhane), Tzaneti/Caneti (Rize, Artvin) gibi yer adlarında da Tzan izleri görülmektedir.
Rum kelime anlamı itibarıyla "Romalı" demek olup çoğunlukla Bizans vatandaşlarını tanımlamaktadır. MÖ 1. yüzyılda Roma İmparatorluğu ile mücadeleye girişen Karadenizliler aynı yüzyılın ortasında yarım milyonun üzerinde insanın ölümüyle sonuçlanan savaşlar sonucunda 1300 yıl sürecek Roma hakimiyetine girmişlerdir. Roma bölgeyi ele geçirse de takip eden yüzyıllarda bölgede hakimiyetini tam olarak sağlayamamış 6. yüzyıla kadar çarpışmalar ara ara devam etmiş, Roma en elit lejyonlarından "Güneş Tanrısı'nın kulları" anlamına gelen "Apollinaris" adlı lejyonunu Doğu Karadeniz'de mevzilendirmiştir. I. Theodosius döneminde -halk arasında büyük bir kitleye yayılmasından da ötürü- Hıristiyanlığı resmi din olarak kabul eden Roma, MS 4. yüzyılın sonunda Doğu ve Batı Roma İmparatorluğu olarak ikiye ayrılınca Doğu Karadeniz toprakları Bizans hakimiyetinde kalmıştır. Doğu Karadeniz'de tam bir Roma hakimiyeti sağlamak isteyen I. Justinianus, General Tzittas komutasında bir ordu hazırlayarak Tzan kabilelerinin üzerine göndermiştir. Tzanlar parça parça kabileler halinde ve kralsız yaşadıklarından birleşerek büyük bir güç oluşturamamış bu yüzden Bizans bölgede hakimiyetini kurmuştur. Ancak zaten önceden kimlik bakımından çatışan Tzanlar ile Romalılar bu kez inanç bakımından da karşı karşıya geleceklerinden Bizans'nın bölgeye Hıristiyanlığı aşılamaya başlaması bölgede Rumlaşma (Romalılaşma) sürecini başlatmıştır. Fakat halk Roma (Rum) vatandaşlığına asimile olsa bile "Tzan/Laz" gibi isimleriyle kendi kimliğini tanımlamaya devam etmiştir.

Trabzon İmparatorluğu halkını tasvir eden bazı İtalyan gezginler ve Arap yazarlar bu halkın fertlerinin dış görünüşleri bakımından çok güzel olduklarını belirtmişlerdir. Tarihçiler de imparatorların dış güzelliklerini Kafkas kökenlerine borçlu olduklarını belirtmişlerdir.

Trabzon İmparatorluğu toplumu gelenekçi ve feodal bir yapıya sahiptir. Yeni gelen din ile anadil değişse de ulus yapısının çok da değişmediği göze çarpmaktadır. Zira bağımsızlıklarına düşkün olan Tzan aile önderleri ve kabile şefleri bazen Trabzon İmparatorluğu'na bağlı hareket etseler de bazen de başlarına buyruk hareket etmişler hatta Trabzon Sarayı'nın idaresine karışmışlardır. (Bu ulusal yapı binlerce yıl boyunca böyle süregelmiş ve yabancılara karşı güçlü bir birliğin oluşturulmasına engel olmuştur.) İçlerinden en etkilileri "Büyük Düka" unvanına sahip yerel liderler ve ordu komutanları; "John(Yahya)", "Michael(Mihail)", "David(Davud)" gibi Hıristiyan isimlerine sahip olsalar da "Tzanikhiti, Kabaziti, Kamakheni.." gibi yerli soyadları alarak kimliklerini koruma uğruna sergiledikleri duruşlarını sürdürmeye devam etmişlerdir. Bu halkın savaşçılığını konu alan bazı tarihi kayıtlarda da yine İtalyanlar ve Araplar; savaş alanında sayıca az olsalar bile Trabzon İmparatorluğu halkının korkusuz, avının kaçmasına izin vermeyen ürkütücü aslanlar gibi savaştıklarını aktarmışlardır.

6. yüzyıla kadar Güneş merkezli Tzan inanışının hakim olduğu Doğu Karadeniz toprakları 6. yüzyılda Bizans hakimiyetiyle Hıristiyanlığa geçmeye başlamıştır.

Kökleri Kolkhis Krallığı'na ve daha öncesine uzanan yerli Tzan inanışı Güneş merkezlidir. Antik dünyada Güneş'in Doğu Karadeniz topraklarından yükselmeye başladığına, Tzanların başına geçen kralın da Güneş'in oğlu olduğuna inanılmıştır. İnanç bu yönleriyle ünlü Altın Post Efsanesi'ne yansımıştır. Bu inançta aynı zamanda ağaçlar ve kuşlar da kutsaldır. Roma İmparatorluğu Karadenizlilerin bu inancını bildiğinden yörenin savaşçı halkına karşı kurnaz bir hamle yaparak "Apollinaris: Güneş Tanrısı'nın sadık kulları" adlı lejyonunu Tzantzak'ta (Gümüşhane) mevzilendirmiştir.

Tzan inanışının 6. yüzyıldan itibaren yavaş yavaş terk edildiği bilinse de tam olarak ne zaman geri plana düştüğü bilinmemektedir. Ancak bazı yerlerde geç dönemlere dek gizli gizli bu inançların sürdürüldüğü tarihi kayıtlara yansımıştır. Karadeniz'de Germak'oçi, Karakoncoloz adıyla bilinen efsanevi korkunç yaratıklar ve suyla ilgili (bazen ıslatılma, yıkanma bazen de sudan kaçınma) gelenekler bu antik inanışın günümüze kalan izleridir.

Tzan toplulukları ilk kez Lazika Krallığı döneminde 6. yüzyılda resmi olarak, eski dinlerinden Hıristiyanlığa geçmeye başlamışlardır. Aynı yüzyılda tüm Doğu Karadeniz'de yürütülen faaliyetler yerli kabileleri pagan inançlarından Hıristiyanlığa döndürmeye yöneliktir. Bizans bu politikasına yönelik bölgede pek çok kale ve kilise inşa ettirmiştir. Tzanların eski inançlarına ve izole yaşantılarına dönmelerini engellemek uğruna yol açtırmak için de ormanları kestirmeye başlamıştır. Böylece bölgede Hıristiyanlık yayılmaya başlamış ve bunun bir neticesi olarak 600 yıl sonra Ortodoks Hristiyan karakterli, yerel Trabzon İmparatorluğu kurulmuştur. Bahsi geçtiği üzere halk Slavlar, Yunanlar ve Gürcüler gibi Ortodoks Hristiyanlık mezhebine mensuptu. Hıristiyanlığın Ortodoks mezhebinin merkezi İstanbul'daki Romalıların (Rum) Ortodoks Patrikhanesi olduğu için de bu mezhebe bağlı topraklar "Rum toprakları" olarak anılmıştır. Mihailoviç gibi tarihçilerin de Gürcistan'ı dahi "Rum ülkesi" olarak anmasının ve çoğunluğunu Slav kökenli etnik unsurların oluşturduğu Balkan topraklarının da "Rumeli" olarak adlandırılmasının sebebi budur. Bu adlandırmanın sebebi bahsi geçen yöre insanlarının çoğunun Ortodoks Hristiyanlık mezhebine bağlı ve önemli kesiminin Bizans hakimiyetinde olmasından kaynaklanmaktaydı. Yüzlerce yıllık bu Roma etkisi öylesine özdeşleşmişti ki Türklerin Anadolu'da kurduğu Anadolu Selçuklu Devleti bile "Rum Selçuklu Devleti" olarak da anılmıştır.

Anadolu, Orta Doğu özellikle de Kafkasya'da etkili olan ve saygı duyulan Trabzon İmparatorları, Papa IV.