ye Basketbol Birinci Ligi'ne çıkma hakkı elde etse de altyapı yetersizliği nedeniyle bu hakkından feragat etmek zorunda kalmıştır. Takım, 2004-05 sezonunda başkan İsmail Uyanık'ın özel gayretleri sayesinde tekrar Türkiye Basketbol Birinci Ligi'ne yükselmeyi başarmıştır ve fikstür çekimine dahi giren takım Panasonic'in isim sponsoru olmasına karşın Uyanık'ın başkanlığı bırakmasıyla birlikte yeni yönetim tarafından yeterli desteğin gösterilmediği gerekçesiyle liglerden çekilmiştir. Günümüzde kulübün tüm amatör şubeleri kapatılmış olup yalnızca futbol şubesi faaliyet göstermektedir.

2005-06 sezonunda Süper Lig adını alan 1. Futbol Ligi'nde başarısız bir sezon geçiren kulüp ligi 17. tamamlamış ve on üç sezon sonra küme düşmüştür. Aynı sezon Türkiye Kupası'nda ise çeyrek finale kadar yükselinmiş fakat Denizlispor'a elenerek kupaya veda edilmiştir.

2006-07 ve 2010-11 sezonları arasında eskiden 2. Futbol Ligi adıyla düzenlenen 1. Lig'de mücadele eden takım 2010-11 sezonunun tamamlanmasına iki hafta kala lig 2.si olarak Süper Lig'e çıkmayı garantilemiş ve Süper Lig hasretine son noktayı koymuştur. Ayrıca aynı sezon Samsunsporlu Simon Zenke ligde gol kralı olmuştur. 2011-12 sezonundaysa Süper Lig'de mücadele eden kulüp topladığı 36 puan ile ligi 16. sırada bitirerek tekrar 1. Lig'e düşmüştür. 2012-13 sezonunda ise küme düşmeme mücadelesine giren kulüp ligin bitimine iki hafta kala kümede kalmayı garantilemiş ve sonraki sezonda da 1. Lig'de mücadele etme hakkı kazanmıştır. Ertesi sezon şampiyonluk hedefiyle lige başlanmış, ligin ilk yarısında gösterilen başarısız performans sonrası hedef play-off olarak güncellenmiş ve sezon sonunda takım play-off'lara katılmaya hak kazanmıştır. Süper Lig'e yükselecek son takımın belirleneceği play-off'ların yarı finalinde Ankaraspor ile eşleşen Samsunspor iki ayaklı eşleşmede rakibini Samsun'da 1-0 mağlup etmiş, deplasmanda da 1-1'lik beraberlik alarak finale yükselmiştir. Normal sezonda deplasmanda 0-3 önde iken 5-4 yenildiği, evinde ise 3-3 berabere kaldığı Mersin İdman Yurdu ile eşleşilmiş, final maçında Güven Varol'un golüyle 42. dakikada geriye düşen Samsunspor rakibine karşılık verememiş, 87. dakikada yediği bir diğer golle 2-0 mağlup olmuştur. Bu yenilgiyle Mersin İdman Yurdu play-off şampiyonu olarak Süper Lig'e yükselmiş, Samsunspor 1. Lig'de kalmıştır. Ertesi sezon normal sezonu 6. sırada tamamlayan takım play-off yarı finalinde Alanyaspor ile eşleşmiştir. İki karşılaşmada rakibine toplamda 9-1'lik üstünlük sağlayan Samsunspor play-off finaline yükselmiştir. Finalde Antalyaspor ile eşleşen takım iki kere geriye düştüğü maçta beraberliği yakalamayı başarmış, karşılaşma uzatmalara gitmiştir. Uzatmalara sonucunda da beraberlik bozulmayınca seri penaltı atışlarına geçilmiş, Recep Niyaz ve Sezer Özmen'in penaltıları kaçırması sonucu penaltılarda 4-1 üstünlük sağlayan Antalyaspor Süper Lig'e çıkmıştır. Final maçının adamı ise Samsunspor adına iki gol kaydeden Mbilla Etame olmuştur. 2015-16 sezonunda ligi 44 puanla kapatan takım puan tablosunda 9. sırada yer almıştır. 2016-17 sezonundaysa ligin ilk yarısını 17. sezonda tamamlayan Samsunspor sezon sonunda üçlü averaj ile 15. sırada yer alarak ligde kalmıştır. Aynı zamanda sezonun son maçı olan 20 Mayıs 2017 tarihindeki Bandırmaspor karşılaşmasıyla 19 Mayıs Stadyumu'na son kez çıkan takım 2017-18 sezonuyla birlikte Yeni 19 Mayıs Stadyumu'na taşınmıştır.

2017-18 sezonuna şampiyonluk hedefiyle Alpay Özalan teknik direktörlüğünde yeni transferlerle başlayan Samsunspor'da alınan kötü sonuçlar nedeniyle sezonun ilk yarısı bitmeden Özalan istifa etmiş, yerine Engin İpekoğlu gelmiştir. Kulüp olağanüstü kongreye gitmiş, yapılan kongrede aday çıkmaması ve mevcut yönetim kurulunun da istifası sonrasında kulüp tarihinde ilk kez kayyıma devredilmiştir. Kongre sürecinde futbolcuların maaşlarının ödenememesi nedeniyle takımda huzursuzluk yaşanmış, birçok futbolcu sözleşmelerinin feshedilmesi amacıyla kulübü Türkiye Futbol Federasyonuna şikâyet etmiş, transfer tahtası kapanan kulüp giden futbolcuların yerine takviye yapamamıştır. Kötü gidişat nedeniyle İpekoğlu da istifa etmiş, Besim Durmuş 2017-18 sezonu içerisinde Samsunspor'un üçüncü teknik direktörü olarak sözleşme imzalamıştır. Sezon boyunca kötü gidişatı süren takım sezonu 16. sırada tamamlayarak tarihinde ilk kez 2. Lig'e düşmüştür. Sezon sonundaysa kayyım yönetimi tarafından son on yılda görev yapan yönetimler hakkında görevi kötüye kullanma, görevi ihmal ve emniyeti suistimal suçlarından suç duyurusunda bulunulmuştur. Denetim ekibi kulübü incelemeye başlamış, süreç devam ederken gerçekleştirilen seçimli olağanüstü genel kurulda eski başkanlardan İsmail Uyanık kendisine kulübün şirketleştirilmesi yönünde izin verilmesi durumunda başkan adayı olacağını açıklamış, genel kurul bu onayı verdikten sonra ise tek aday olduğu seçimde bir kez daha Samsunspor başkanı olarak seçilmiştir.

Kulübün amatör yıllarında renkleri siyah ve beyaz iken 1965 yılındaki profesyonelleşme sırasında dört farklı kulüp Samsunspor'a katılmış ve yeni renk arayışına girilmiştir. Sonuç olarak millî bayrakta kullanılan renkler olan kırmızı ve beyazda karar kılınmıştır. Bu iki renk aynı zamanda Türk kulüpleri arasında en popüler olan renklerdir. 1989 yılında geçirilen kazanın ardından da bu renklere hayatını kaybeden futbolcuların anısına siyah da eklenmiştir.

Samsunsporun amatör döneminde giydiği ilk forma bilinmemekle birlikte bu dönemde giyilen formalar bir standarda sahip değildi. Siyah-beyaz renklerden oluşan formaların tasarımı futbolcudan futbolcuya farklılık gösterebiliyordu. Profesyonel dönemle birlikte forma tasarımları bir düzen içerisine oturtulmuştur. İlk profesyonel sezon olan 1965-66 sezonunda giyilen formalar düz kırmızı ve düz beyaz takımlardan oluşuyordu. Sonraki sezonda ilk kez çubuklu forma giyilmiş, deplasman forması olarak kırmızı forma tercih edilmiş, formalar beyaz şort ve kırmızı beyaz çoraplarla tamamlanmıştır. 1968-69 sezonunda ise ilk kez giyilen beyaz formanın altına beyaz şort ve kırmızı beyaz çoraplar giyilmiştir. 1971-72 sezonunda giyilen beyaz üzerine iki kırmızı yatay çizgili forma Samsunspor tarihindeki ilk özel tasarımlı forma olmuştur. 1973-74 sezonuysa parçalı formanın ilk kez giyildiği sezon olmuştur.

1977-78 sezonuna dek farklı işletmelerden temin edilen formaları kullanan Samsunspor bu sezonda ilk defa forma üreticisi bir şirketin ürettiği formalarla sahaya çıkmıştır. Umbro tarafından üretilen formalar yalnızca bir sezon giyilmiştir. 1981-82 sezonuna dek yine kendi formalarını kendisi üreten Samsunspor bu sezonda farklı bir şirketin, Adidas'ın ürettiği formaları giymiştir. 1982-83 sezonunda farklı bir şirket ile anlaşan kulüp ertesi sezon tekrar Adidas ile çalışmaya başlamıştır. İleriki sezonlarda Puma, Lotto ve Erreà gibi şirketlerle de çalışan Samsunsporun forma sponsoru 2014-15 sezonunda Lescon üstlenmiştir. 2015-16 sezonu ile sonraki sezonun ilk yarısında LiG tarafından üretilen formaları giyen takım sezonun ikinci yarısıyla birlikte Kappa giymeye başlamıştır. 2017-18 sezonunda da aynı firmayla devam eden Samsunspor 2018-19 sezonunda da yine Kappa giymektedir.

Samsunspor formasına ilk kez 1982-83 sezonunda reklam almıştır. Alınan bu ilk reklam ileride kulüp başkanı olacak Hasbi Menteşoğlu tarafından verilmiştir ve formalarda "Menteşoğlu" ibaresi yer almıştır. Sonraki sezon formaya VakıfBank reklamını alan kulüp 1984-85 sezonunda Hasbi Menteşoğlu'nun kulüp başkanı olmasıyla tekrar Menteşoğlu reklamını taşımaya başlamıştır. 20 Ocak Faciası'na dek beş sezon bu reklamla sahaya çıkan Samsunspor 1989-90 sezonunda Fotospor ile anlaşarak gazetenin reklamlarını taşımaya başlamıştır. 1990-91 sezonunda Panasonic'in reklam verdiği Samsunspor sonraki sezon tekrar VakıfBank reklamını formasında taşımıştır. İlerleyen yıllarda sırasıyla Bayındır, Metro Turizm, Sarelle, Yılyak Kömür, VakıfBank, Tadelle, Uzan, Turkcell, Yeşilyurt ve Bank Asya reklamları alan kulüp 2011-12 sezonundan 2014-15 sezonu sonuna dek Spor Toto reklamlarını taşımıştır. 2015-16 sezonuyla birlikte Yeşilyurt ile yeniden anlaşan kulüp hâlen aynı reklamları göğsünde taşımaktadır.

Kulübün amatör yıllarında herhangi bir arma kullanılmamıştır. Profesyonel dönemde ise tescil edilen ilk arma düz beyaz ve kırmızı çerçeve içerisinde yine kırmızı beyaz şeritlerin üzerine eklenen beyaz yuvarlak arka plan içerisindeki sağ tarafa bakan kırmızı renkli Onur Anıtı siluetinden ve siyah "Samsunspor" yazısından oluşsa da bu arma hiçbir zaman formalarda kullanılmamıştır. İlk profesyonel sezon olan 1965-66 sezonunda formalarda yer alan arma beyaz yuvarlak arka plan üzerine yerleştirilen kırmızı renkteki Onur Anıtı silueti ve siyah renkle üzerine yazılan "Samsunspor" ile altına yazılan "1965" ibarelerinden oluşmakta idi. Arma üzerinde yapılan ilk değişiklik 1968 yılında Yılmaz Ulusoy başkanlığı döneminde gerçekleşmiştir. Bu değişiklikle birlikte armaya kırmızı renkte iki çerçeve eklenmiş, Onur Anıtı siyah renge dönüştürülüp sol tarafa döndürülmüş ve yazılar da kırmızı renkte yazılmıştır. Bir sonraki değişiklik ise 1970 yılında yine Yılmaz Ulusoy döneminde yapılmıştır. Bu dönemde arka plan kırmızı renk yapılmış, Onur Anıtı beyaz renge dönüştürülmüş, yazılar da yine beyaz renkle yazılmıştır. Ayrıca kırmızı ve beyaz olmak üzere iki adet çerçeve eklenmiştir. Bu iki arma dönüşümlü olarak 1989-90 sezonuna dek kullanılmıştır. 1989-90 sezonu başında ise arma tasarımında ufak değişikliklere gidilmiştir. Beyaz arka plan çevresine kırmızı bir çerçeve koyulmuş, Onur Anıtı'nın silüeti eklenmiş ve yazılar da yine kırmızı yazılmıştır. Bu tasarım ayrıca 1992-93, 1993-94 ve 1996-97 sezonlarında da kullanılmış, bu sezonların haricinde yine dönüşümlü olarak eski armalar kullanılmıştır. Arma üzerinde yapılan son değişiklik ise 1998-99 sezonu başında yapılmıştır. Kırmızı arka plan çevresine beyaz çerçeve ve beyaz yazılardan oluşan armaya siyah renkte Onur Anıtı silueti eklenmiştir. 1999-2000 sezonunda da bu arma kullanılmış ve bu sezondan sonra tekrar 1968 yılınd