ererek tekrar 2. Futbol Ligi'ne düşmüştür. 1983-84 sezonu ortasında kulübün en başarılı döneminde başkanlığını yapacak olan Hasbi Menteşoğlu göreve gelmiş, sezon takımın deplasmanlardaki kötü sonuçları nedeniyle 3. sırada bitirilmiştir. 1984-85 sezonu başında Fethi Demircan teknik direktör olarak getirilmiş, o sezon ligi C Grubu lideri tamamlayan Samsunspor tekrar şampiyonluk yaşayarak 1. Futbol Ligi'nde yer almaya hak kazanmıştır.

Basketbol şubesinin kapanmasının ardından Samsunlu genç basketbolcular Samsun DSİ ve Samsun Yolspor'da basketbol oynamaya başlamıştır. Uzun yıllar amatör liglerde mücadele eden iki kulüpten Samsun DSİ 1989-90 sezonunda Türkiye Basketbol İkinci Ligi'ne çıkma başarısı göstermiş, üç sezon boyunca bu ligde mücadele etmiş, sonrasında ise Samsunspor hem Samsun DSİ hem de Samsun Yolsporun kulüp haklarını alarak aynı ligde devam etmiştir. Böylece uzun bir aradan sonra Samsunsporun basketbol şubesi tekrar faal hale gelmiştir.

1985-86 Türkiye 1. Futbol Ligi sezonu öncesinde Fahrettin Genç takımın başına getirilmiş, Zonguldakspor'dan da takımın değişmez oyuncularından olacak olan Muzaffer Badalıoğlu transfer edilmiştir. O sezon teknik direktör değişikliği ile göreve gelen Fethi Demircan'ın idaresinde ligi 3. sırada bitiren Samsunspor tarihindeki ilk gol kralını çıkarmakla birlikte 33 gol atan Tanju Çolak aynı zamanda Avrupa Bronz Ayakkabı Ödülü'nün de sahibi olmuştur. Bir sonraki sezon ise kulüp, Fethi Demircan'ın yerine getirilen Milorad Mitrović ile birlikte tarihinin en iyi sezonunu yaşamıştır. Tanju Çolak'ın 25 gol ile tekrar gol krallığı yaşadığı ligde 3. sırada yer alan takım Federasyon Kupası'nda ise yarı finale kadar yükselmiştir. Ertesi sezonsa lig sıralamasının 4. basamağında yer alınmış, Federasyon Kupası'nda da finale kadar gidilmiştir. Kupa finaline dek Nevşehirspor, Uşakspor, Kocaelispor ve MKE Ankaragücü elenmiş fakat iki ayaklı final sonucunda Sakaryaspor'a boyun eğilmiştir. Başbakanlık Kupası'ndaysa Beşiktaş'a 3-2 yenilen takım sezonu kupasız kapamıştır.

Samsunspor, ilk defa 1987-88 sezonunda Balkan Kupası ile yurt dışı macerası yaşamıştır. B Grubu'nda yer alan takım Yunanistan'ın İraklis takımına 21 Ekim 1987'de ilk maçta deplasmanda 4-3 yenilmiş, ikinci maçta ise Bulgaristan'ın Sliven takımına Bulgaristan'da 7-0 kaybetmiştir. Samsun'daki maçta ise Samsunspor, Sliven'i 3-2 mağlup ederek gruptaki üçüncü maçını kazanmıştır. Samsunspor, 8 Ocak 1988 tarihinde gruptaki son maçında İraklis'i 6-1 mağlup etmesine rağmen lider Sliven'in ardından ikinci olmuş ve gruptan çıkamamıştır.

Özellikle Hasbi Menteşoğlu'nun kulübe olan maddi katkısı ve dört gollü iki galibiyete verilen ₺14 milyona kadar çıkabilen primler ile 1980'li yılların ikinci yarısında altın dönemini yaşayan Samsunspor bu dönemde toplam 172 maçta 93 galibiyet ve 48 beraberlik almış, 261 gol atıp 125 gol yemiş, 2. Futbol Ligi'nde şampiyonluk yaşayıp iki kez gol kralı çıkarmış ve Türkiye millî futbol takımına dört futbolcu vermiştir. Bunlara ek olarak iki kez 1. Futbol Ligi 3.sü, bir kez lig 4.sü olan Samsunspor, 20 Ocak 1989'daki ölümcül kaza sonrasında büyük bir çöküş dönemi yaşamıştır.

1988-89 sezonuna Nuri Asan teknik direktörlüğünde Uludağ'da kamp yaparak başlayan takım ligin ilk 18 maçlık devresinde 19 puan toplamış, 20 Ocak 1989 tarihinde Malatyaspor ile oynayacağı ikinci devrenin ilk müsabakasına giderken bir trafik kazası yaşamıştır. Saat 9.30 civarında Havza ilçesinde kafileyi taşıyan kulüp otobüsünün bir kamyonla çarpışması sonucu kafileyi taşıyan otobüs uçuruma yuvarlanmıştır. Samsunspor'un kazazedelerine ilkyardımı hemen geriden gelen ve Diyarbakırspor deplasmanına gitmekte olan Çarşambaspor kafilesi yapmış, Çarşambasporlu yönetici, futbolcu ve görevliler kazaya uğrayan Samsunsporluları tek tek otobüsten çıkartıp Havza Devlet Hastanesine taşıyıp kan vermişlerdir. Kazada hayatta kalan birçok oyuncu ve kafile üyesi de ciddi şekilde yaralanmış ve/veya sakat kalmıştır.

Kazada teknik direktör Nuri Asan, futbolcular Muzaffer Badalıoğlu ve Mete Adanır ile otobüs şoförü Asım Özkan olay yerinde; futbolcu Zoran Tomić ise Yugoslavya'da altı ay komada kaldıktan sonra ölmüştür. Malzemeci Halil Albayrak ve futbolcular Emin Kar ile Erol Dinler ise sakat kalarak malûlen emekli olmuşlardır. Burhaneddin Beadini ise yaralanmış ve kendi isteğiyle futbolu bırakmıştır. Yüksel Öğüten, Fatih Uraz, Şanver Göymen, Kasım Çıkla ve Uğur Terzi ise kazada yaralanmış fakat futbol hayatlarına devam etmişlerdir. Yine kazadan yaralı olarak kurtulup futbol hayatına devam eden Orhan Kılınç ise 1994 yılında bir başka trafik kazasında hayatını kaybetmiştir. Kulüp menajeri Yüksel Özan ise yine kazadan yaralı olarak kurtulanlardandır.

Kazanın ardından siyaset ve spor hayatının öne çıkan kişilerinden Samsunspora başsağlığı dilekleri gelmiştir. Cumhurbaşkanı Kenan Evren, Başbakan Turgut Özal, Türkiye Büyük Millet Meclisi Başkanı Yıldırım Akbulut, Millî Eğitim Gençlik ve Spor Bakanı Hasan Celal Güzel, Sosyaldemokrat Halkçı Parti Genel Başkanı Erdal İnönü, Doğru Yol Partisi Genel Başkanı Süleyman Demirel, Trabzonspor Başkanı Mazhar Afacan ve Malatyaspor Başkanı Metin Çağlayan bu kişilerden bazılarıdır.

Trafik kazasından dolayı Samsunspor sezonun kalanına devam edememiş, sezonun sonuna dek tüm maçlarda hükmen 3-0 mağlup sayılmıştır. Ancak Türkiye Futbol Federasyonu tarafından sağlanan özel statü ile ligde bırakılmış, o sezon ligin "onur şampiyonu" ilan edilmiştir. Ayrıca Samsunspor, kırmızı ve beyaz olan renklerine kaybettiği isimlerin anısına siyahı da eklemiştir.

Mehmet Yılmaz'ın İletişim Yayınlarından 2009 yılında çıkan "Samsunspor: Kırmızı Beyaz Siyah" ve Hakan Dilek'in aynı yayınevinden çıkan "İşte Böyle Bir Şey" kitaplarının bir kısmında 20 Ocak Faciası anlatılmaktadır.

Önceki sezonu son sırada tamamlamasına karşın ligden düşürülmeyen Samsunspor kaza nedeniyle takımın dağılması ve aynı dönemde Menteşoğlu Holding'e maliye tarafından kesilen ağır cezalar sonrası kulüp başkanı Hasbi Menteşoğlu'nun 23 Nisan 1989 günü görevi bırakmasıyla yeni bir döneme girmiştir. Kaza sonrası düzenlenen yardım kampanyaları ile yapılan bağışlar ile kurulan yeni takım sezona iyi başlasa da1989-90 sezonunda Samsunspor küme düşmüş, sonraki 5 yıl içinde 1. Futbol Ligi ve 2. Futbol Ligi arasında mekik dokumuştur. 1990-91 sezonunda tekrar 1. Futbol Ligi'ne yüksenilse de ertesi sezon tekrar küme düşülmüştür. Samsunspor, 1992-93 sezonunda şampiyonluk yaşayarak tekrar 1. Futbol Ligi'ne yükselmiş ve istikrarlı yıllar başlamıştır.

1993-94 sezonunda 1. Futbol Ligi'nde yer alan Samsunspor sürekli bir döneme girmiş ve on üç sezon boyunca kesintisiz olarak ligde yer almıştır. Aynı sezon ligi 5. sırada tamamlayan takım eskiden Federasyon Kupası adıyla düzenlenen Türkiye Kupası'nda ise yarı finale dek çıkmıştır. Aynı sezonda uzun zaman sonra yine Balkan Kupası'nda yer alan Samsunspor, bu sefer şampiyonluğu elde etmiştir. Bu kupayı kazanırken Bulgaristan’ın Pirin Blagoevgrad takımı ile Bulgaristan'da 0-0 ve Türkiye'de 4-1'lik; Yunanistan’ın PAS Giannina takımını ise Yunanistan'da 0-3 ve Türkiye'de 2-0'lık skorlarla geçmiştir. Kulüp, bu Balkan Kupası şampiyonluğu ile de Anadolu takımları arasında son kez bu kupayı kazanan takım olmuştur. Sezon sonundaysatakımın en çok gol atan futbolcusu Ertuğrul Sağlam takımdan ayrılmıştır.

1994-95 ve 1995-96 sezonlarında ligi 8. tamamlayan takım aynı sezonlarda Türkiye Kupası'nda da yarı final görmüştür. Samsunspor, Gheorghe Mulțescu'nun takımın başındaki son sezonu olan 1996-97 sezonunda ligi 9. sırada tamamlamış, ayrıca ilk kez UEFA Intertoto Kupası'nda boy göstermiştir. 1997 yılında katıldığı kupadaki ilk maçını 6. Grup'ta Dan rakibi Odense'ye karşı 21 Haziran'da oynayan takım 19 Mayıs Stadı'nda Cenk İşler ve İsmet Taşdemir'in golleriyle 2-0 kazanmıştır. Sekiz gün sonra Litvanya'ya Kaunas deplasmanına giden Samsunspor bu maçı da Ali Akdeniz'in golüyle kazanmıştır. 12 Temmuz'daysa yine kendi evinde oynayan takım Leiftur Ólafsfjörður'u Serkan Aykut'un bir, Cenk İşler'in de iki golüyle mağlup ederek İzlandalı rakibini alt etmeyi başarmıştır. 1997'deki son Avrupa karşılaşmasına ise Hamburg karşısında çıkan Samsunspor, Cenk İşler'in attığı golle öne geçmiş fakat Dirk Weetendorf'un ilk yarının bitmesine 5 dakika kala attığı golle ilk yarıyı beraberlikle tamamlamıştır. Maçın ikinci yarısında Harald Spörl'ün attığı iki golle mağlup olan Kırmızı Şimşekler grupta ikinci sırada yer almış ve kupadan elenmiştir.

1997-98 sezonunda Samsunspor ligde 5. sırada yer alırken aynı zamanda UEFA Intertoto Kupası'nda da mücadele etmiştir. Yeni sezonda eleme usulü ile oynanan kupanın 1. turunu bay geçen takım yarı finale kadar uzanan tırmanışında altı karşılaşma oynamıştır. Yeni sezondaki ilk Avrupa karşılaşmasını Danimarkalı Lyngby karşısında oynayan takım Uğur Dağdelen, İlhan Mansız ve Serkan Aykut'un golleriyle Samsun'da galip gelerek deplasman için avantaj sağlamıştır. Kopenhag'daki rövanşta ise rakibine 3-1 mağlup olmasına rağmen turu geçen taraf Samsunspor olmuştur. 3. turun ilk karşılaşmasında İngiliz Crystal Palace'a konuk olan kırmızı-beyazlı ekip Uğur Dağdelen ve Tümer Metin'in golleriyle galip gelmiştir. Samsun'da oynanan rövanşta ise Serkan Aykut'un golleriyle yine 2-0 galip gelmiş ve yarı finale çıkmaya hak kazanmıştır. Yarı finalde Bundesliga ekibi Werder Bremen ile eşleşen Samsunspor rakibine iki maçta da 3-0'lık skorlarla boyun eğerek Avrupa macerasını sonlandırmıştır. Ayrıca 5 Ağustos 1998'de 19 Mayıs Stadı'ndan oynanan Werder Bremen karşılaşması Samsunspor'un son Avrupa kupası karşılaşması olmuştur.

1998 ve 2006 arası dönemde kayda değer bir başarı elde edemeyen kulübün bu yıllar arasındaki tek istatistiği Serkan Aykut'un 1999-00 sezonunda yaşadığı gol krallığıdır. 30 golle gelen bu gol krallığı Samsunsporlu bir futbolcunun 1. Futbol Ligi'nde yaşadığı son gol krallığıdır.

Futbol takımının uzun yıllar en üst düzey ligde mücadele ettiği sırada kulübün basketbol takımı alt liglerde bulunmaktaydı. Samsunspor basketbol takımı 2001-02 sezonunda Türki