r. A konumu ancak P konumuna ilk aminoasil-tRNA bağlandıktan sonra çalışır. Birden çok amino asidin bir zincir halinde birbirine bağlı olduğu bir peptidil-tRNA molekülü, P konumunda bulunan kodona bağlıdır. Aminoasil tRNA'ya ilk bağlanan yer, P konumudur. P oknumunda bulunan bu tRNA sentezlenmiş olan amino asit zincirini taşır. E konumunda ise, ribozomu terk etmek üzere olan boş tRNA yer alır.

Canlılar genomlarında bulunan tRNA genlerinin sayısı bakımından farklılık gösterir. Genetik çalışmalarda yaygın olarak kullanılan bir model organizma olan Nematod solucanı "C. elegans"ın çekirdek genomunda 29.647 gen vardır, bunların 620'si tRNA genleri kodlar. Ekmek mayası "Saccharomyces cerevisiae"nın genomunda 275 tRNA geni vardır. İnsan genomunda 27.161 gen vardır, bunların 4421'i protein kodlamayan RNA genleridir,bunların arasında tRNA genleri de vardır. 22 tane mitokondriyal tRNA geni; 497 tane sitoplazmik tRNA kodlayan çekirdek geni ve 324 tane tRNA kökenli psödogen vardır.

Sitoplazmik tRNA genleri antikodon özelliklerine göre 49 aileye gruplandırılabilir. Bu genler, 22. ve Y kromozomu hariç tüm kromozomlarda bulunabilir. Kromozom 6'nın 6p bölgesinde 140 tRNA geni ile yüksek bir yoğunlaşma vardır.

Ökaryotik hücrelerde tRNA moleküllerinin transkripsiyonu RNA polimeraz III tarafından yağılır. Buna karşın, mRNA moleküllerinin transkripsiyonu RNA polimeraz II tarafından yapılır. Pre-tRNA'larda intronlar bulunur. Bakterilerde bunlar kendi kendini çıkarma özelliğine sahiptir. Ökaryot ve ve arkelerde ise tRNA uçbirleştirmesi yapan endonükleazlar bu işlemden sorumludur.

Francis Crick, RNA alfabesinin proteine aktarılması için bir adaptör molekül olması gerektiği varsayımından yola çıkarak tRNA'nın varlığı hipotezlemişti. 1960'larda ABD'de Alex Rich, Don Caspar, Jacques Fresco ve Birleşik Krallık'ta King's College London'da bir grup tarafından tRNA'ların yapısı üzerine önemli çalışmalar yapılmıştır. 1965'te Robert W. Holley tarafından yapılan bir diğer yayın, birincil yapı üzerine olmuştur. İkincil ve üçüncül yapılar 1974'te Amerikalı Kim Sung-Hou ve Britanyalı Alexander Rich and Aaron Klug'un araştırma grupları tarafından X-ışını kristalografisi ile elde edilmiştir.






Ribozomal RNA

Ribozomal RNA (rRNA), ribozomlarda bulunan bir RNA tipidir, ribozomun protein senteziyle ilişkili katalitik fonksiyonundan sorumludur. Ribozomal RNA'nın görevi, mRNA'daki bilginin translasyon süreci sırasında amino asit dizisine çevrilmesi için taşıyıcı RNA (tRNA) ile etkileşmek ve uzayan peptit zincirine amino asit takmaktır. Hücre sitoplazmasında bulunan RNA'nın %80'i rRNA'dan oluşur.

Ribozom iki alt birimden oluşur, bunların her biri rRNA ve proteinlerden meydana gelir. Mesajcı RNA (mRNA)'nın ribozom tarafından çevirisi sırasında mRNA bu iki altbirim arasında yer alır. Küçük altbirime iki tRNA bağlıdır, bunlardan birine uzamakta olan peptid zinciri bağlıdır, öbürüne ise bu zincirin ucuna eklenecek olan bir amino asit. Ribozom bu amino asidin peptid zincirine eklenme tepkimesini katalizler.

rRNA molekülleri sentezlenirken önce bir öncül RNA (prekürsör rRNA veya pre-rRNA) meydana gelir. Pre-rRNA sentezlendikten sonra, önce belli nükleotitlerdeki bazlar kimyasal değişimlere uğrar (bazı şeker gruplarının metillenmesi ve bazı uridinlerini psödouridine dönüşmesi gibi). Bunun ardından pre-rRNA kesilip kırpılarak üç farklı rRNA türü meydana getirir. Bu işlemler snoRNP'ler (İngilizce "small nükleolar ribonucleolar particles"; küçük nükleolar ribonükleolar tanecikler) tarafından gerçekleşir. SnoRNP'ler, snoRNA olarak adlandırılan kısa bir RNA molekülü ve sekiz-on proteinden oluşan birer kompleksdir; snoRNA, baz eşleşmesi yaparak rRNA üzerinde belli bir diziye bağlanır, böylece snoRNP'deki enzimlerin bu hedef diziye yönlenmesini sağlar. Bu enzimler rRNA'da kimyasal değişiklikler yapar ve onu keser.

rRNA belli bölgelerindeki nükleotit dizileri birbirini tümleyici olduğu için bunlar birbirleriyle baz eşleşmesi yaparak molekülün kendine has üç boyutlu bir şekle girmesini sağlarlar. Ribozomdaki proteinler rRNA'nın belli kısımlarını tanıyıp oralara bağlanır, ardından bu proteinler arasındaki etkileşimler rRNA'nın daha da katlanmasına neden olur ve sonunda ribozom meydana gelir. Pre-rRNA'nın transkripsiyonu, işlenmesi, rRNA'ların proteinlerle birleşerek ribozom altbirimlerini oluşturması çekirdekçikte meydana gelir.

rRNA'nın bazı kısımları ribozomda tRNA'nın bağlanma yerlerini (A-, P- ve E- konumları) oluşturur. Başka kısımları mRNA ile etkileşerek onun çeviriminin başlama yerini belirler. Ayrıca, rRNA, peptid bağının oluşumunu sağlayan peptidil transferaz adlı katalitik aktiviteden sorumludur. 23S rRNA molekülünün, yardımcı bir protein olmaksızın peptidil transferaz aktivitesine sahip olduğu gösterilmiştir.

Ribozomlar hem prokaryot hem de ökaryotlarda iki altbirimden oluşur. Bu altbirimler santrifüjleme sırasında hangi hızda sedimante oldukları ile ilişkili olarak adlandırılır (adlarındaki S, Svedberg birimine karşılık gelir). Tabloda parantez içindeki rakamlar, altbirimde bulunan rRNA moleküllerine aittir.

Not: Altbirimlerin S birimlerinin toplamı ribozomun S birimine eşit değildir, çünkü sedimantasyon hızı sadece kütle değil, taneciğin şekline de bağlıdır.
Ayrıca ribozomların oluşumunda birkaç proteinlerde yer alır. Ökaryotların ribozomal küçük altbirimi 33 protein ve büyük altbirimi ise 49 protein içermektedir.

Prokaryotlarda 30S ribozomal altbirimde 16S ribozomal RNA bulunur. 50S ribozomal altbiriminde ise iki rRNA türü vardır, bunlar 5S ve 23S rRNA'lardır.

Bakterilerde 16S, 23S ve 5S rRNA genleri beraberce transkripsiyonu yapılan bir operon olarak organize olurlar. Genomda bu rRNA operonlarından birden fazla bulunabilir (örneğin, "E. coli" 'de yedi tane vardır). 
Arkelerde de bir veya birden çok rRNA olabilir. 16S, 23S ve 5S rRNA'ları, öncül bir RNA transkriptinin (pre-rRNA) üç parçaya kesilip, bu parçaların da uçlarının kısaltılması sonucu meydana gelirler.

Ribozomlarda 16S rRNA'nın 3' ucu, mRNA'nın 5'ucunda bulunan Shine-Dalgarno dizisine bağlanır.

Ökaryotlarda küçük ribozomal altbirimde 18S bulunur, büyük altbirimde ise üç tane rRNA türü vardır: 5S, 5.8S ve 28S rRNA'lar.

Ökaryotlarda rRNA genlerinin pek çok kopyası vardır, bunlar art arda dizilmiş tekrarlar şeklinde olur.

Yukarıda belirtilen sitoplazmik ribozomlardaki rRNA tiplerine ek olarak hayvanlardaki mitokondri ribozomlarında da rRNA'lar (12S ve 16S) bulunur. Bitki mitokondrilerinde bu ikisine ek olarak bir de 5S rRNA vardır.

Ribozomal rRNA'lardan 28S, 5.8S ve 18S rRNA'lar, tek bir RNA molekülünün işlemden geçmesi sonucu oluşur. Memelilerde bu öncül rRNA (pre-rRNA) 45S büyüklüğündedir, bunun başından ve sonundan birer parça, iç kısmından da iki parça çıkınca kalan parçalar 28S, 5.8S ve 18S büyüklüğünde olur. Bu işlemden sonra 5.8S rRNA ve 28S rRNA birbirlerine hidrojen bağlarıyla bağlanırlar. 5S rRNA ayrı bir genden yazılır.

Büyümekte olan hücreler pek çok ribozoma gerek duyduklarından çok sayıda rRNA sentezlemek durumundadırlar. Bu yüzden genomda çok sayıda rRNA geni bulunur. 45S rDNA geni, her biri 30-40 tekrar oluşan (kromozom 13, 14, 15, 21 ve 22'de) beş küme halindedir. Bunların transkripsiyonu RNA polimeraz I tarafından yapılır. 5S rRNA'nın transkripsiyonu ise RNA polimeraz III tarafından yapılır. 5S rRNA, 200-300 gen tarafından kodlanır, bunlar da art arda dizilmiş tekrarlardan oluşur, bu tekrar kümelerinden en büyüğü kromozom 1q41-42'dedir. Kurbağa yumurtalarında gözlemlenmiş bir olgu, rRNA gen kopya sayısının diğer hücre tiplerinden birkaç bin katı daha çok olduğudur. Yumurta hücresinin büyüklüğü ve onun çok miktarda protein üretme gereğinden dolayı, genomdaki rRNA gen sayısının amplifikasyonunu sağlayan bir mekanizma mevcuttur.

28S, 5.8S ve 18S rRNA'ları çekirdekçikte sentezlenir, 5S rRNA'sı ise çekirdeğin farklı bir bölgesinde sentezlenir.

Ribozomlarda 18S rRNA'sının 3' ucu, mRNA'nın 5'ucu ile baz eşleşmesi yaparak mRNA'nın çevirisinin başlamasını sağlar.

Ribozom altbirimlerindeki RNA'nın üç boyutlu yapısı X-ışını kristalografisi ile çözülmüştür. Bu RNA dört bölgeden oluşur, bunlar 5', merkez, 3' majür ve 3'minör bölgelerdir. 5' bölgenin yapısının modeli (500-800 nükleotitten oluşan) şekilde gösterilmiştir. Ribozomda peptit bağının oluştuğu aktif merkez tamamen rRNA'dan oluşur.

Ribozomal RNA'nın işlevsel bölgelerinde (örneğin, peptidil transferaz veya altbirim arayüzünde) bulunan nükleozitlerin çoğu transkripsiyon sonrası değişime uğramıştır, muhtemelen bu değişimler ribozom fonksiyonu için önemlidir. rRNA'daki baz modifikasyonlarının meydana gelmesinden küçük nükleolar RNA'lar (snoRNA'lar) rol oynar, bunlar rRNA ile baz eşleşmesi yaparak modifikasyonu yapacak enzimleri pre-rRNA'nın uygun yerlerine yönlendirirler.

Translasyon, mRNA tarafından taşınan bilginin ribozomlarda proteine çevrilmesi sürecidir. Prokaryotlarda 16s rRNA, mRNA'nın başlama kodonunun akış yukarısındaki bir dizi ile baz eşleşmesi yapar.






Otium

Otium, Latince "barış" ya da "boş zaman" anlamına gelen sözcük.

Latinler, canları istemediği hâlde, yaşamlarının geleceği için yapmak zorunda oldukları işlerden hoşlanmadıklarından zorunlu işlerden oluşmayan vakit ve uzama, hem toplumsal hem de içsel barış anlamına gelen (İngilizce'deki peace kelimesi gibi) otium adını vermişlerdi. Birçok kadim metin bize, o vakitlerde otium'un değerinin bilinerek yüceltildiğini gösterir. Zaten o nedenle de otium"un dışında kalanı kelimenin olumsuz hâliyle, "nec otium diye isimlendirmişlerdir. İngilizce, Fransızca vb. dillerden birini bilenler "negociant", "negociation" gibi sözcüklerinin anlamlarının ticaretle ya da her türlü tecimsel ilişkilerle, işlerle ilgili olduklarını bilirler.

Bu sözcüklerin nec otium'dan gelmiş olmasını bir tesadüf olarak görmemek gerekir. Ticaret de, o zaman için, mecburiyetten yapılan, aslında gönülden istenmeyen bir uğraştı. Horatius, zenginlik ve gücün asla otium'dan daha değerli olduğunu düşünmediğini anlatır.




Gel ve Gör

Gel ve gör (orijinal adı: Rusça: Иди и смотри, "İ