a üçüncü kez askere çağrıldı. Çankırı'da bir buçuk ay görev yapan yazar, mesleğine geri döndü. Daha sonra ise bakanlık emrine alınarak konservatuvardan ayrıldı. 4 Aralık 1945 günü İstanbul'da çıkan komünizm karşıtı gösterilerde Sabahattin Ali'nin de faaliyet gösterdiği bazı kurumlara çeşitli saldırılar oldu.

1944 sonrasında "Markopaşa", "Malum Paşa" veya "Ali Baba" gibi yerlerdeki yazılarında daha sert ve daha eleştirel bir dil kullandı. Zekeriya Sertel'e 1946 yılında söylediğine göre siyaset ve politikayla daha fazla ilgilenmek istiyordu. Yine aynı yıl ailesini Ankara'da bırakarak İstanbul'a geldi ve Aziz Nesin'le beraber "Markopaşa" dergisini çıkardı. "Markopaşa" ilk üç sayısında tırajını artırarak yayın hayatına devam etti. Daha sonra da mizahî yönünden çok siyasî yönüyle tartışmalara neden oldu. İlerleyen dönemlerde dergide çıkan ve çoğu imzasız olan yazılardan ötürü derginin sorumluluğunu üstlenen Sabahattin Ali'ye davalar açıldı. Davaya konu olan yazılardan biri dışındaki yazılar Aziz Nesin ve Rıfat Ilgaz'a aitti; fakat derginin sorumlusu olduğu için Sabahattin Ali hapis cezasına çarptırıldı. İstanbul ve Paşakapısı Cezaevi'nde bir süre yatan yazar, 10 Eylül 1947 tarihinde tahliye oldu. Yine bu dönemlerde "Markopaşa" kapatıldı, bunu takiben de "Merhum Paşa" ve "Malum Paşa" gazeteleri çıkartıldı.

İlerleyen dönemlerde yazar hakkında tekrar tutuklama kararı çıkartıldı fakat tutuklama işlemi gerçekleşmedi. Bu dönemlerde "Ali Baba" dergisini çıkardı ve "Sırça Köşk" adlı öyküsünü yayınladı. Bu öykü Bakanlar Kurulu kararıyla toplatıldı, kendisi de Sultanahmet Cezaevi'ne gönderildi. 31 Aralık 1947 tarihinde serbest kalan yazar, ekonomik sıkıntılar çekti ve "Ali Baba" dergisi kapatıldı. Daha sonra nakliyecilik yapmak istedi ve Adalet Cimcoz'un da yardımlarıyla bir kamyon aldı. Yazarın M. Ali Cimcoz'a anlattıklarına göre bu mesleğe başlamasında şehirlerin sıkıcı etkisinden kurtulmak, yeni insanlar tanımak ve edebi eserleri için malzeme toplamak gibi amaçlar gütmesi etkiliydi. Eşi Aliye Ali bu dönemler için "1947'de "Markopaşa"nın çıkmasıyla hayatımız bozuldu. Yurt dışına gitmek istiyordu: İngiltere veya Fransa'ya falan" ifadelerini kullanmıştır. Niyazi Berkes'in aktardığı bilgiler Sabahattin Ali'nin Fransa'ya gitmek istediğini fakat kendisine pasaport verilmediği yönündedir. Nihayetinde Sabahattin Ali 1948 yılı Mart ayı sonlarında arabasının tamirini yaptırdı ve "Edirne'ye peynir götüreceğim" diyerek M. Ali Cimcoz'la sabah beş civarı vedalaşarak ayrıldı.

Sabahattin Ali'nin Edirne'ye gitmekteki amacı peynir taşımak değil, Bulgaristan sınırını aşarak Avrupa'ya ulaşmaktı. Kendisine yasal yollardan pasaport verilmediği için kaçak yollarla bu amacına ulaşmaya çalıştı. Bulgaristan sınırını denemeden önce de Suriye sınırından kaçmak istedi fakat başarılı olamadı. Avrupa'ya kaçmak istediği dönemler ise hakkındaki davaların aleyhinde seyrettiği zamanlardı. Evinde kaldığı Mehmet Ali Cimcoz'la vedalaşırken asıl amacını söylemedi. Çünkü Cimzoz'un Millî Emniyet Hizmetleri (MAH) ajanı olduğundan şüphelenmekteydi. Avrupa'ya kaçış için kendisine yardım edecek kişi Üsküdar Paşakapısı Cezaevi'nden Berber Hasan'dı. Berber Hasan, Sabahattin Ali'yi Ali Ertekin'le tanıştırdı. Sabahattin Ali'ye rehberlik edecek Ali Ertekin eski bir subaydı ve silah çalmak suçundan ordudan ihraç edilmişti.

Sabahattin Ali ve Ali Ertekin tanıştıktan bir süre sonra Kırklareli'ne doğru kamyonla yol aldılar. Kamyonda ilk başta üç kişi olsalar da daha sonradan şoför Salim'i bırakıp beraber yola devam ettiler. Ali Ertekin'in Kırklareli Cumhuriyet Savcılığına verdiği ifadeye göre Sabahattin Ali'nin kendisine sınırı geçtikten sonra Bulgaristan ve Rusya'da çalışmalar yaparak Türkiye'de komünist bir ihtilal çıkaracağını söylediğini ve konuşmalarından onun kötü bir insan olduğunu düşündüğünü söyledi. "Nokta" dergisindeki bir röportajında ise yol boyunca Sabahattin Ali'yle tartıştıklarını ifade etti. İlerleyen vakitlerde Ertekin, Sabahattin Ali'yi kitap okuduğu sırada elindeki bir sopayla kafasına defalarca vurarak öldürdü. Öldürmesine gerekçe olarak da millî hislerini tahrik ettiğini öne sürdü. Ayrıca Ali Ertekin'in Millî İstihbarat Teşkilatı mensubu olduğu da iddia edilegeldi.

Ali'nin bedenini bir çoban buldu ve 16 Haziran 1948 günü jandarmaya giderek durumu bildirdi. Yapılan incelemeler sonucunda ölünün kimliği teşhis edilemedi. Bu dönemlerde İstanbul polisi Bulgaristan'a adam kaçıran bir şebekeyi yakaladı. Sabahattin Ali'yi öldüren Ali Ertekin de bu şebekenin mensubuydu ve yakalanınca Sabahattin Ali'yi öldürdüğünü itiraf etti. Ali Ertekin idam cezasıyla yargılanmasına rağmen dört yılla hüküm giydi, kısa bir süre sonra da serbest kaldı. Sabahattin Ali'nin cesedi üzerinden çıkan giysilerle Ali Ertekin'in verdiği bilgiler doğrultusunda ele geçirilen eşyaları yakın çevresi tarafından teşhis ettirildi. Bu dönemlerde ölümü üzerine farklı spekülasyonlar yapıldı ve yazılı medyada yaşayıp yaşamadığına dair farklı iddialar yer aldı. Ayrıca ölüm şekli ve ölüm yerine yönelik olarak da farklı iddialar mevcuttur. Rasuh Nuri İleri, Sabahattin Ali'nin sınırı geçtiğini sandığını bir yerde yakalanıp ardından da Kırklareli'nde yargılandığı sırada işkenceden öldüğünü öne sürdü. Yalçın Küçük ise Rasuh Nuri İleri ve Kemal Bayram Çukurkavaklı'nın "işkencede öldü" iddiasını "kahrolası bir köylü ideolojisi" ile öne sürüldüğünü belirterek Sabahattin Ali'nin kaçakçı şebekesine karşı emniyetle işbirliği yaptığını ve sınırda çıkan bir çatışmada öldüğünü iddia etti. Yalçın Küçük'ün diğer bir iddiası ise Sabahattin Ali'yi Ali Ertekin'in öldürmediği ve suçun onun üzerine kaldığı yönündeydi. Sabahattin Ali'nin ölümünün siyasi nedenlerden olduğunu savunanlar da vardır. Arkadaşı Aziz Nesin ise Sabahattin Ali'yi MİT'in öldürmediğini iddia ederek Ali'nin "kişisel kusurları yüzünden" ölüme gittiğini söyledi.

Sabahattin Ali fikir hayatına Türkçülük düşüncesiyle başladı ve Ziya Gökalp'i "Milliyet aşkını gönüllere serpen nebi" diye niteledi. Nihal Atsız, Sabahattin Ali'nin Türk Ocakları'na gittiğini ve oradaki ortama uygun şiirler yazdığını söyledi. Kendisinin komünizmle tanışmasının Almanya'da olduğunu ve propaganda yaptığı iddiasıyla Türkiye'ye geri gönderildiğini iddia edenler vardır. Fakat kendisinin Nihal Atsız'a anlattığına göre Türklüğe hakaret eden bir Alman'ı dövdüğü için Almanya'dan geri gönderilmişti. Sabahattin Ali, Almanya dönüşünde hem "Resimli Ay" dergisinde hem de "Atsız Mecmua"da şiir ve yazılar yazdı. Ayrıca romantik karakterli hikâyeler yerine toplumsal içerikli hikâyelere yöneldi. Kendisinin toplumcu gerçekçi yönüyle yazdığı hikâyeler "Resimli Ay"da takdir ve kabul gördü. Bu durum Nâzım Hikmet'in "Türk edebiyatında hikayeci olarak yalnız sen varsın!" tepkisiyle karşılık buldu.

Türk devlet büyüklerine hakaret ettiği iddiasıyla tutuklanmasının ardından tek parti yönetimine karşı daha sert ve eleştirel bir üslup kullandı. Hasan İzzettin Dinamo, Sabahattin Ali'nin tutukluluğu hakkında "Konya'daki bu şiir ihbarı olmasaydı onun solculuğu tatlı bir gevezelik olarak kalacaktı." ifadelerini kullandı. Nâzım Hikmet ise 1952 yılında "Novoye Vremya" gazetesinde yayınlanan bir yazısında, Sabahattin Ali'nin Sovyetler Birliği'ne derin bir sevgi beslediğini iddia etti.

Sabahattin Ali, "Markopaşa" gibi yerlerde yazdığı yazılarında yabancı sermayelerin Türkiye'de ikinci kapitülasyonlar dönemini başlatacağını ve ülke bağımsızlığını etkileyeceğini; niteliksiz yöneticiler ve yarı aydınların kendi çıkarları için ülkeyi Amerikan ve İngiliz emperyalizmine peşkeş çekeceğini ve bunun tehlikeli sonuçlar doğuracağını söyleyerek millet idaresine dayalı nitelikli politikalar üretilmesi gerektiğinden bahsetti. Bu konudaki bir görüşü şu şekildedir:

Genel olarak tek parti yönetimine karşı sert ve eleştirel bir tutum sergileyen Sabahattin Ali, partinin çalışmalarını da "baskıcı" şeklinde nitelendirdi. Ayrıca Bakanlar Kurulu tarafından toplatılan "Sırça Köşk" adlı eseri bu tutumundan izler taşımaktaydı. Kendisinin ırkçılık ve Turancılık gibi fikirler ile yozlaşmış dini kalıplara yönelik yazıları da vardır. Sabahattin Ali'nin Marksist yönü de edebi eserlerine yansıdı fakat bu fikirleri bir yaşam tarzı olarak görmemekteydi. Kendisi bu yönü hakkında çeşitli eleştirilere de maruz kaldı. Girmek istediği bir işçi partisi ise kendisini güvenilir kabul etmeyerek onu parti üyeliğine almadı. Arkadaşı Emir Türker de Sabahattin Ali'yi öyküleri dışında Marksist bir yönünün olmamasını gerekçe göstererek eleştirdi. Ayrıca Samet Ağaoğlu ve M. Ali Cimcoz da kendisini bu yönde eleştiren diğer isimlerdir.

Sabahattin Ali ilk yıllarında sanatı "İçinde yaşanan cemiyet şartlarının şuurlu veya şuursuz bir ifadesi" olarak yorumlamaktaydı. Daha sonra da sanatın yalın bir yansıtma işi olmasına karşı çıkarak "sanatın bir maksadı olmalı" değerlendirmesinde bulundu. Bir mülakatında ise sanatın insanı yükseltmek ve daha iyiye götürmek dışında bir maksadının olmadığını vurguladı. Dönemin sanatkârlarını "eski gazelhanlar" ve "sahib-i mezak" olarak değerlendirdi, halktan yana olmayan eserler verdiklerini, yüksek zümreye hitap ettiklerini ve zamanla unutulup gideceklerinden bahsetti. Yeni edebiyatçıların da kalıcı olabilmeleri için realist olmaları gerektiğini söyledi. 1938 yılında kendisiyle yapılan bir söyleşide ise şiir hakkında "Bence şiirin eskisi yenisi yoktur. İyi şiir, muhakkak ki insana bir şey ilave eder, bu şey bazen tez olur, bazen bizim manen daha genişlememizi temin eden bir heyecan olur." ifadelerini kullandı.

Sabahattin Ali, öykü ve roman gibi türlerde kalıcı olabilmek için seçilen karakterlerin canlı olmasını ve konuların güncelliğini yitirmeyecek türden olması gerektiğini savundu. Edebi eserler üzerine yapılan eski-yeni tartışmasını ise lüzumsuz olarak değerlendirdi, eserlerin iyi-kötü ölçeğinde değerlendirilmesi önerisinde bulundu. Bu önerisine örnek olarak da yeni ve kalitesiz yazarlar yerine eski ve kaliteli yazarların okunacağını, hatta kendisinin Fuzûlî ve Şeyh Galip gibi isimleri okuduğunu belirtti. Yaşar Nabi Nayır'a