kaleyi almış ve onu Dizdar (kale muhafızı) yapmıştır. Ayrıca Kılıç Arslan halka adalet dağıtmış ve onların gönüllerini alarak ihdas edilen vergileri kaldırmış; Şehrizur'lu Ebu Muhammed Abdullah bin Kasım'ı Musul kadılığına ve Ebu'l-Berekat Muhammed bin Muhammed'i şehir reisliğine getirmiştir. Bu sırada Kılıç Arslan'ın yanında Diyarbakır beyi Yınal oğlu İbrahim ve Harput beyi Çubuk oğlu Muhammed'de bulunmuştur .

Kılıç Arslan; 11 yaşındaki oğlu Mesud'u (veya Şahin Şah) melik ve Bozmış Bey'i kumandan olarak tayin etmiş, yanlarında 6.000 süvari bırakmıştır. Zevcesi de oğluyla beraber Musul'da kalan Kılıç Arslan, Emir Çavlı'nın büyük bir orduyla üstüne geldiğini öğrenmiş ve kuvvetlerini toplamaya başlamıştır. Anlaşma gereğince Bizanslılar ile beraber Haçlılar ve Bohemond'a karşı gönderdiği kuvvetlerini kendisine iltihaka çağırmıştır. Halep'den Melik Rıdvan ve Artuklu İl-Gazi'nin kuvvetlerini yanına alarak ilerleyen Çavlı'ya karşı Kılıç Arslan'da harekete geçiş ve iki ordu, Habur Çayı üstünde karşılaşmıştır. Kılıç Arslan rakibine nazaran daha az bir kuvvete sahipti ve Bizanslılar'la beraber olan askerleri kendisine iltihak etmiş değildi. Buna rağmen yaz mevsiminin sıcağında başlayan çarpışmalarda Kılıç Arslan, üstünlüğe elinde tutuyordu. Fakat Kılıç Arslan'a bağlılıklarını bildiren Doğu Anadolu beyleri şimdi eski metbuları olan Büyük Selçuklu sultanı Muhammed Tapar'ın kumandanı Çavlı'nın tarafına geçerek Sultan'ın bozguna uğramasına sebep olmuşlardır. Bu tehlikeli duruma rağmen Kılıç Arslan harikalar göstermiş ve bizzat Çavlı'nın üzerine atlayarak onun savaş gömleğini (Kezagand) kesmiştir. Yaz sıcağında iki taraf arasındaki çarpışmalar çok şiddetlenmiş, hararetten atlar helak olmuştur. Nitekim Kılıç Arslan bozguna uğramış ve atıyla Habur Çauı'nı geçmek isterken kendisinin ve atının zırhlarının ağırlığı sebebiyle boğularak ölmüştür (14 Haziran 1107). Birkaç gün sonra kıyıya vuran cesedi; civardaki Şemsaniyye köyüne ve oradan tabuta konarak Meyyafarkin'e (Silvan) götürülerek defnedilmiştir. Meyyafarkin valisi bulunan atabeyi Kılıç Arslan'a bir türbe yaptırmış ve bu türbe "Kubbet us-Sultan" adını almıştır. Daha sonra bu türbeye birçok Türk büyüğü ve bizzat Kılıç Arslan'ın kızı Sa'ide Hatun 1130 yılında defnedilmiş, buraya bir zaviye yapılmıştır. İlerleyen zamanlarda büyüyen bu yere Sultan mahallesi denmiştir.

Emir Çavlı, kazandığı bu zaferden sonra Musul üzerine yürümüş ve mukavemet edemiyeceğini anlayan Bozmış Bey, şehri teslim ederek Kılıç Arslan'ın zevcesi ve küçük oğlu Tuğrul-Arslan'ı Malatya'ya götürmüştür. Kılıç Arslan'ın diğer oğlu Mesud (Şahin Şah) ise Çavlı tarafından yakalanıp Sultan Muhammed Tapar'a göndermiştir . Ahlat beyi Sökmen; 1109 Mayıs ayı esnasında, şiddetli bir kış içinde süren yedi aylık bir kuşatma sonucu Kılıç Arslan'ın atabeyi Humar-taş'ın elindeki Meyyafarkin'i almış ve onun me'un, a'şar, kist, darbhane, ihtisab ve emlak vergilerini kaldırmıştır .

Kılıç Arslan; babası Süleyman Şah gibi Büyük Selçuklular'a karşı hakimiyet mücadelesine ve rekabete girişmiş, bu yolda iddialı bir şekilde ilerleyerek Musul'u topraklarına katmış ama daha fazla ilerleyemerek mağlup olmuş ve Habur Çayı'nı geçerken boğularak hayatını kaybetmiştir. Anadolu Selçukluları'nın mağlup olduğu ve Kılıç Arslan'ın, Habur Çayı'nda boğularak vefat ettiği savaştan sonra Büyük Selçuklu ülkesinde, Emir Çavlı'nın yine mağlup olduğu ve Kılıç Arslan'ın Bağdat şehrini işgal ettiği şeklinde bazı dedikodular yayılmış ve bunun üzerine endişelenen dönemin Büyük Selçuklu sultanı Muhammed Tapar; Haşhaşiler'e karşı ilan ettiği cihad hareketini durdurmuş ama Kılıç Arslan'ın zafer kazandığı şeklindeki haberlerin asılsızlığını öğrenince cihada devam etmiştir .

Kılıç Arslan'ın Anadolu'ya gelişi, Türkler arasında nasıl bir sevinç yarattıysa ölümü de o derece bir hüzün ve matem yaratmıştır. Kılıç Arslan; Türkler arasında nasıl sevildiyse aynı şekilde egemenliği altında yaşayan diğer milletlerce de çok sevilmiştir. Öyle ki Ermeni tarihçisi Urfalı Mathieu; "Ölümü Hristiyanlar için bir yas oldu. Zira bu hükümdar çok alicenap ve hayırseverdi." der . Yine Kılıç Arslan'ın, Haçlılar'ın İznik kuşatması öncesinde gerçekleştirdiği Malatya muhasarası esnasında şehrin Süryaniler'i, şehrin hakimi Gabriel yerine Kılıç Arslan'ı tercih etmişlerdir . Kılıç Arslan'ın ölümüyle beraber memleket, Süleyman Şah'ın ölümünden sonrakinden bile daha beter bir buhran yaşamıştır. Kılıç Arslan'ın ölümü esnasında Şahin Şah, Mesud, Arap ve Tuğrul Arslan adlı dört oğlu bulunmaktaydı. Bazı kaynaklar Göksün adlı bir oğlu daha olduğunu da rivayet etmektedir .

Kılıç Arslan'ın ölümüyle beraber onun Anadolu'da kurmuş olduğu siyasi birlik süratle bozulmuştur. Danişmendliler Beyliği; Anadolu Selçukluları'nı gölgede bırakarak Anadolu'nun en güçlü Türk devleti olmuştur. Musul şehrinin Emir Çavlı tarafından zaptından sonra Bozmış Bey, Kılıç Arslan'ın hatunu ve küçük oğlu Tuğrul-Arslan'ı Malatya'ya getirmiştir. Emir Çavlı, Musul'u aldıktan sonra Kılıç Arslan'ın diğer oğullarından Şahin Şah'ı (İbn ül-Esir ve Ebu'l Ferec onun adını Melikşah olarak yazar) yakalayarak Büyük Selçuklu sultanı Muhammed Tapar'a göndermiştir .

Bozmış Bey, Malatya'ya getirdiği Kılıç Arslan'ın küçük oğlu Tuğrul-Arslan'ı sultan ilan etmiş fakat Kılıç Arslan'ın hatunu, İl Arslan adında bir beyle evlenerek Bozmış'ı öldürmüştür. İl Arslan, Malatya halkını tazyik ederek çok miktarda altun toplamış, ardından da Konya'ya gitmek üzere iken Kılıç Arslan'ın hatunu ve oğlu, İl Arslan'ı hapsetmiş, daha sonra da onu Büyük Selçuklu sultanı Muhammed Tapar'a göndermişlerdir. Anadolu'nun başsız kaldığını gören Muhammed Tapar, bu durumda elinde bulunan Şahin Şah'ı Malatya'ya göndererek Tuğrul-Arslan'ı tahtan indirtmiş ve yerine Şahin Şah, Konya'da sultanlığını ilan etmiştir . Süryani kaynaklarının bu tafsilatına karşılık bazı kaynaklar da Şahin Şah'ın, Büyük Selçuklular'ın elinden kaçarak Anadolu'ya ulaştığını ve amcazadesini ortadan kaldırarak tahtı elde ettiğini kaydeder .

Anadolu Selçuklu tahtı bir süre boş kaldıktan sonra, I. Kılıç Arslan'ın oğlu Şahin Şah 1110'da başa geçti. Ama kardeşi Rükneddin Mesud onun sultanlığını tanımadı ve Danişmendlilerin desteğiyle iktidarı ele geçirdi. I. Rükneddin Mesud, bir süre Danişmendlilerin denetimi altında kaldı. 1142'de Danişmendli Mehmed Bey’in ölümünün ardından Anadolu Selçuklularının Anadolu'daki üstünlüğünü yeniden kurdu. Bizans ordusunu 1146'da Konya önlerinde yendi. Ertesi yıl II. Haçlı ordusunu Eskişehir yakınlarında bozguna uğrattı.

I. Rükneddin Mesud, geleneğe uyarak ülkesini üç oğlu arasında paylaştırdı ve II. Kılıç Arslan'ı veliaht ilan etti. I. Rükneddin Mesud’un 1155’te ölmesinin ardından oğulları arasında taht kavgaları başladı. Bu sırada Danişmendliler, Bizanslılar, Musul Atabeyi Nureddin Mahmud Zengi ve Ermeni Derebeyi Toros birleşerek Anadolu Selçuklu Devleti'ne karşı harekete geçtiler. II. Kılıç Arslan devleti ayakta tutabilmek için önce Bizans’la barış yapmanın yollarını aradı ve İstanbul'a giderek bir antlaşma yaptı. Daha sonra, amcası Şahin Şah ile Danişmendlilerin birleşik ordusunu yendi. 1175'te Danişmendlilerin egemenliğine son verdi.

Bir süre sonra II. Kılıç Arslan ile Bizans arasındaki barış bozuldu. Bunun üzerine Bizanslılar büyük bir orduyla Anadolu içlerine girdi. II. Kılıç Arslan 1176'da Denizli / Çivril yakınındaki Düzbel geçidi Miryakefalon Savaşı'nda Bizans ordusunu pusuya düşürdü ve ağır bir yenilgiye uğrattı. Bu, Türklerin Anadolu’da Bizans karşısında Malazgirt'ten sonraki en büyük zaferdi. Bu yenilginin ardından Bizans, Türkleri Anadolu'dan çıkarma umudunu tümüyle yitirdi.

II. Kılıç Arslan 1186'da ülkesini 11 oğlu arasında paylaştırdı. Ne var ki, daha kendisi hayattayken oğulları arasında veliahtlık mücadelesi başladı. 1192'de II. Kılıç Arslan'ın ölümünden sonra oğullarından I. Gıyaseddin Keyhüsrev tahta çıktı. Ama 1196'da tahtını ağabeyi II. Süleyman Şah'a bırakmak zorunda kaldı. II. Süleyman Şah, Erzurum'u alarak Saltuklular'ın varlığına son verdi. 1204'te öldüğünde Anadolu Selçuklu Devleti’ni yeniden eski gücüne ulaştırmıştı.

1205’te I. Gıyaseddin Keyhüsrev ikinci kez tahta çıktı. Karadeniz'deki ticaret yollarını kesen Trabzon İmparatorluğu üzerine bir sefer düzenleyerek bu yolu yeniden Türklere açtı. Daha sonra önemli dış ticaret limanı olan Antalya'yı topraklarına kattı. I. Gıyaseddin Keyhüsrev, sultanın ülke topraklarını oğulları arasında paylaştırma geleneğine son vererek merkezi yönetimi güçlendirdi. Vilayetleri yönetmekle görevlendirilen şehzadeleri merkezi yönetime bağlı birer vali durumuna getirdi.

I. Gıyaseddin Keyhüsrev 1211'de öldü.Sultan Keyhüsrev'in üç oğlu (Alaeddin Keykubad,İzzettin Keykavus,Celaleddin Keyferidun) arasından içlerinden yerine büyük oğlu I. İzzeddin Keykavus tahta çıkmıştır.Önce kendisine karşı ayaklanan kardeşi Alaeddin Keykubad’ı etkisiz hale getiren I. İzzeddin Keykavus, böylece iktidarını sağlamlaştırdıktan sonra bütün dikkatini Anadolu'da ticaretin canlandırılmasına verdi. Kıbrıs Krallığı’yla bir anlaşma yaparak iki ülke arasındaki ticareti serbest hale getirdi. Kuzey ticaret yolunu açmak için Sinop'u Trabzon İmparatorluğu’ndan aldı. Daha sonra, güney ticaret yolunu engelleyen Ermeni derebeyinin üzerine yürüdü ve Ermenileri yenerek Suriye ticaret yolunu açtı. Böylece Anadolu, ticaret kervanlarının merkezi durumuna geldi.

1220'de Keykavus'un ölünce kardeşi I. Alaeddin Keykubad tahta çıktı. En ünlü Anadolu Selçuklu hükümdarlarından biri olan I. Alaeddin Keykubad, Akdeniz kıyısında önemli bir liman olan Kalonoros'u (bugünkü Alanya) aldı. Kendi adından dolayı daha sonra Alanya olarak anılan bu kentte bir tersane kurdurdu ve kentin kalesini yeniden yaptırdı. Tüccarların karada Ermenilerin, denizde Avrupalı korsanların saldırılarına uğraması üzerine İçel'den Antalya'ya kadar bütün kıyı şeridini topraklarına kattı. Moğolların Anadolu’ya girmesi tehlikesi karşısında 1226'da Eyyubilerle ilişkilerini geliştirdi. Bu arada Trabzon İmparatorluğu’yla ittifak kuran Harzemşahları 1230’da Yassı Çemen Savaşı’nda ağır bir yenilgi