8 Mayıs 1999 tarihinde kurulan koalisyon hükümetinde Başbakan yardımcısı olarak yer aldı. Bu hükümetle, MHP 21 yıl sonra hükümete girdi. 5 Kasım 2000 tarihinde gerçekleştirilen Olağan Kongrede 1301 delegenin oy kullandığı kongrede 1283 oy alarak tekrar genel başkan seçildi. Başbakan yardımcılığı görevini 18 Kasım 2002 tarihine kadar sürdürdü.2002 Türkiye genel seçimleri için yapılan anketler MHP'nin baraj altında kalma tehlikesi olduğunu işaret etti. Bahçeli'nin 29 Kasım 2002 tarihinde Seçim Beyannamesi Tanıtım Toplantısında yapmış olduğu konuşmada seçim vaatlerinin arasında ekonomi alanında yaşanan sıkıntıların aşılması da yer aldı. Seçimlerde partisi MHP'nin oyu %9,62 oranında düşerek %8,36'ya geriledi ve baraj altında kaldı. Bahçeli, seçimlerin ardından yaptığı açıklamada "Başarısızlığın tek sorumlusuyum" açıklamasını yaparak genel başkanlık görevinden istifa etti. 12 Ekim 2003 tarihinde yapılan kongrede MHP genel başkanlığı için Ramiz Ongun, Koray Aydın ve Aytekin Yıldırım ile yarıştı. 1180 delegenin oy kullandığı kongrede 688 oy alarak yeniden genel başkan seçildi, Ramiz Ongun 300 oy alarak ikinci sırada kaldı.

Bahçeli, 19 Kasım 2006 tarihinde yapılan kongrede 1139 delegenin oy kullandığı kongrede 1127 oy alarak yeniden MHP genel başkanı seçildi. 2007 Türkiye genel seçimlerinde partisi oyunu %5.91 oranında artırarak %14,27 oy aldı. 2011 Türkiye genel seçimleri için yapılan anketlerin çoğu MHP'nin oy oranının düşeceğini işaret etti. Bahçeli'nin seçim vaatleri arasında her yıl %7 büyüme olması ve seçim kanununun tekrar gözen geçirilmesi yer aldı. olaca Seçimde MHP'nin oy oranı %1,26 düşerek %13.01'e geriledi. Bahçeli 4 Kasım 2012 ve 21 Mart 2015 tarihlerindeki MHP Olağan Büyük Kongrelerinde tekrar Genel Başkan seçildi.

Genel Başkanlığını yaptığı MHP'nin Haziran 2015 Türkiye genel seçimleri için kullandığı seçim kampanyasının sloganı “Bizimle yürü Türkiye” şeklinde oldu. Seçim vaatleri arasında asgari ücretin 1400 TL yapılacağı, emekliye yılda iki kez 1400 TL ikramiye verileceği ve terörün kökünün kazınacağına yer verildi. Seçimde partisi oyunu %3,28 oranında artırarak %16,29'a getirdi. Seçim sonrası yaptığı değerlendirmede şöyle konuştu:

""Birinci koalisyon, başlangıcından bu yana birliktelikleri devam eden AKP ile HDP arasında olması lazımdır. İkinci bir koalisyon modeli olarak AKP, CHP ve HDP'yi bir araya getirebilirsiniz. Böyle bir yapılanma içinde MHP, şerefi ve haysiyetiyle, ilkeli ve dürüst davranışıyla, politikalarıyla, çok güzel ve Meclis'te denetimi esas alan bir ana muhalefet partisi görevini üstlenmeye de hazırdır""MHP Kasım 2015 Türkiye genel seçimleri seçim kampanyası için "Sen bilirsin Türkiye" sloganını kullandı. Seçim vaatleri arasında Evi olmayan ailelere 250 lira kira yardımı yapılacağı ve Muhtaç ailelere hilal kart verileceğine yer verildi. MHP seçimde %4,39 oy kaybederek %11,90 oy oranına geriledi.

Kasım 2015 Türkiye genel seçimlerinin ardından sosyal medya'da çeşitli hesaplar tarafından Bahçeli'nin genel başkanlık görevinden istifa edeceği iddiaları ortaya atıldı. Fakat Bahçeli'nin Medya ve İletişimden Sorumlu Baş Danışmanı Metin Özkan "Asla istifa yok, yola devam" sözleriyle istifa iddialarını yalanladı. Bahçeli yaptığı yazılı açıklamada istifa iddialarını değerlendirerek, "Partimizin tüm organları görevinin başındadır. MHP ilkelerinden ödün vermeden yolunda yürüyecektir" dedi.

MHP'de 547 delege olağanüstü kurultay taleplerini MHP Genel Merkezi'ne iletti. MHP eski milletvekili Meral Akşener, Açtığı davayı kazanarak ihraç edildiği MHP'ye geri dönen Sinan Oğan ve Koray Aydın kurultay çağrısında bulundu ve genel başkan adayı olduklarını açıkladılar. Fakat Bahçeli kurultay çağrılarını reddederek kurultay tarihi olarak 18 Mart 2018 tarihini işaret etti. 547 imzayı MHP Genel Merkezi’ne teslim eden Muhaliflerin avukatları "Kurultay Çağrı Heyeti" oluşturularak, herhangi bir yanıt alamadığı için partinin olağanüstü kurultaya götürülmesi talebiyle Ankara 12. Sulh Hukuk Mahkemesinde dava açtı. Parti yönetimi imzalarla ilgili açılan davada karar vermek için Ankara 12. Sulh ceza mahkemesinden süre istedi. Ankara 12. Sulh Hukuk Mahkemesi MHP'de olağanüstü kongre kararı verdi ve Yargıtay bu kararı oy birliğiyle onadı.Bahçeli’ye karşı genel başkanlığını ilan eden 6 muhalif adayın katılımıyla 19 Haziran 2016 tarihinde MHP’nin 6.Olağanüstü Büyük Kongresi toplandı. Tüzük kurultayı olarak tanımlanan kongrede, genel merkez aksini iddia etse de kurultay toplanma sayısına ulaşıldığı noter huzurunda teyit edildi. Kongrede kabul edilen değişiklik önerileriyle parti tüzüğündeki 13 madde yenilendi. Değişikliklerle birlikte parti tüzüğündeki ‘olağanüstü kurultaylarda genel başkan seçimi yapılmasını’ engelleyen madde ‘seçim yapılabilir’ şeklinde değiştirildi. Fakat Yargıtay’ın kararıyla 19 Haziran’da yapılan tüzük kurultayının yürütmesi, 3. Asliye Hukuk Mahkemesi tarafından durduruldu. Yargıtay'ın bu kararı sonrasında Akşener, seçimli olağanüstü kongre talebinin reddedilmesi ile ilgili olarak 'tam kanunsuzluk' talebiyle Yüksek Seçim Kurulu'na (YSK) şikayette bulundu. Fakat YSK, Çankaya Seçim Kurulu'nun "MHP'de kongre yapılamaz" kararına Akşener'in yaptığı itirazı reddetti. MHP Genel Merkezinin, 10 Temmuz'da yapılacak kongreyi yapmaktan vazgeçtiğine dair dilekçesi nedeniyle bu kararın alındığı belirtildi. MHP'li muhalifler basına kapalı gerçekleşen toplantı sonrası yapılan açıklamada, 4 genel başkan adayı, ortak hareket edeceklerini, en kısa sürede kurultayı toplayacaklarını söyledi. Bahçeli ""10 Temmuz bizim için amaç ve anlamını yitirmiştir. Artık önümüze bakacağız, oyalanmayacağız. 18 Mart 2018’de Olağan Büyük Kurultayımızı kardeşlik ve ülküdaşlık hukuku içinde yapacağız"" açıklamasını yaptı.

Devlet Bahçeli genel başkan seçilmesinden 2 yıl sonra yapılan 1999 Türkiye genel seçimlerinde Milliyetçi Hareket Partisi (MHP) Osmaniye milletvekili olarak meclise girdi. Sadece 2 partinin meclise girebildiği 2002 Türkiye genel seçimlerinde Osmaniye milletvekili adayı oldu fakat partisi baraj altında kalınca meclise giremedi.

Devlet Bahçeli ilk defa 1999 Türkiye genel seçimlerinde MHP Osmaniye milletvekili olarak meclise girdi. 2002 Türkiye genel seçimlerinde partisi baraj altında kalınca meclise giremedi. 2007 Türkiye genel seçimlerinde MHP Osmaniye milletvekili olarak tekrar meclise girdi. 2011, Haziran 2015 ve Kasım 2015 Türkiye genel seçimlerinde de MHP Osmaniye milletvekili olarak tekrar meclise girdi.

6 Şubat 2010 tarihinde Recep Tayyip Erdoğan ve Adalet ve Kalkınma Partisi tarafınca, TBMM genel kurulunda Erdoğan'a yönelik "kişilik hakları ile parti tüzel kişiliğine saldırıda bulunulduğu" iddiasıyla Bahçeli aleyhinde 50 bin TL'lik manevi tazminat davası açılmıştır. Dava dilekçesinde Bahçeli'nin; "Türkiye'yi bölmeye çalışmak, etnik bölücülük konusunda sicil sahibi olmak, Türkiye'yi ayrıştırma ve bölme projelerini İmralı, Kandil ve Barzani'nin desteğiyle hayata geçirmek için çalışmak, İmralı canisi ile rol paylaşmak, işbirliği içinde olmak, kol kola girmek, aynı çizgide olmak; kimliksiz ve kişiliksiz siyasetin temsilcisi olmak, hayasızlık, ahlaksızlık, namussuzluk, edepsizlik; çürümüş bir zihniyete sahip olarak, etrafa mide bulandıran koku yaymak, ahlak bunalımına girmek, ahlaki ve vicdani bütün ölçülerini kaybetmek, seviye ve seviyesizlik ölçüleriyle tarif edilemeyecek bir çukura düşmek, utanç verici bir kişi olmak, teröristleri kucaklamak, alçaklık, yalancılık, riyakarlık, yalanlarla Türk milletine hakaret etmek" gibi ifadeleri ve sözleriyle Erdoğan ve Adalet ve Kalkınma Partisi'ni itham ettiği kaydedildi. Ankara 13. Asliye Hukuk Mahkemesi'nde görülen davada, her davacı için 10 bin TL olmak üzere toplam 20 bin TL manevi tazminat cezasının ödenmesine karar verilmiştir.

Bahçeli'nin 1999 yılında yayınlanan mal varlığında; 303 metrekare kagir mağaza, 100 metrekare kagir mağaza, Toplam 8659 metrekare 8 adet arsa, 15404 metrekare arsanın 1/3 hissesi, 1071 metrekare arsanın 1/3 hissesi, 375 dönüm tarlanın 1/3 hissesi, 8.000 metrekare arsanın 1/4 hissesi, 3435 metrekare arsa, 60 metrekare yazlık kooperatif evi, Toplam 6583 metrekare 4 adet arsa, 165 metrekare apartman dairesi ve 385 bin TL nakit paraya sahip olduğu açıklanmıştır. Bahçeli, aldığı milletvekili maaşını Mehmetçik Vakfı'na bağışlamaktadır.

Bahçeli, başkanlık sistemi önerisi olması ve anayasanın ilk dört maddesinin değiştirilmek istenmesi durumunda yeni anayasa hazırlığına olumlu bakmayacağını belirtmiştir.

Devlet Bahçeli, partisinin parlamenter sistemden yana olduğunu fakat Başkanlık sisteminin referanduma götürülmesinde herhangi bir sakınca duymadığını bildirdi. Başbakan Binali Yıldırım, Türkiye'nin fiili durumu hukuki durum haline getirmek mecburiyetinde olduğunu ve Başkanlık sisteminini içeren anayasa teklifini kısa süre içerisinde Türkiye Büyük Millet Meclisi'ne getireceklerini belirtti.

15-16 Temmuz 2016 tarihleri arasında kendilerini "Yurtta Sulh Konseyi" olarak adlandıran bir grup asker tarafından askeri darbe girişimi gerçekleştirildi. Darbe girişimi sırasında parti yöneticileri ile Genel Merkez Binasında olan Bahçeli, yaptığı ilk açıklamada bu girişimin kabul edilemez olduğunu bildirdi. Darbe girişiminin ardından olağanüstü toplanan Türkiye Büyük Millet Meclisi'nde yaptığı konuşmada millî iradenin çok ağır saldırı ve suikasta uğradığını ve hükümetin yanında olduğunu savunmuştur. Darbe girişiminin ardından Türkiye'de 3 ay süreyle Olağanüstü Hal kararını doğru bulduğunu ve desteklediğini açıkladı.

1915 Ermeni Kırımı konusunda Fransa'da yaptığı açıklamada soykırım iddialarının asılsız olduğunu ve böyle bir olayın asla yaşanmadığını söylemiştir. 2 Haziran 2016 tarihinde Almanya Federal Meclisi'nde Hristiyan Birlik Partileri, Sosyal Demokrat Parti ve Yeşiller Partisi tarafından hazırlanan ve meclise gelene kadar içeriği gizli tutulan 1915'te Ermenilere yönelik yapılan eylemleri "Soykırım" olarak tanımlayan tasarı önergesi oy çokluğuyla kabul edilmesi üzerine partisinin TBMM'de düzenlenen partisinin grup toplantısında şöyle konuşmuştur:""Sözde Erm