i ve 1936'da tüm Almanya'yı dolaşacağı uzun bir yolculuğa çıktı. Bu yolculuk boyunca, gördüğü önemli sanat eserlerini kaydettiği pek çok defter tuttu. Ayrıca tüm ülkeyi sarmaya başlamış olan Nazi hareketine karşı duyduğu hoşnutsuzlukla ilgili notlar aldı. 1937'de kısa bir süre için İrlanda'ya döndü ve "Murphy"'nin yayınlanmasıyla ilgilendi. Romanı ertesi sene kendisi Fransızca'ya çevirdi. Annesiyle yaşadığı bir anlaşmazlık, Paris'te yaşama fikrini daha da destekledi (Beckett 1939'da II. Dünya Savaşı'nın başlamasıyla birlikte Paris'e temelli yerleşecekti, çünkü - kendi sözleriyle - "savaşta Fransa'yı, barışta İrlanda'yı" tercih ediyordu). Aralık 1937 civarında Beckett Peggy Guggenheim ile kısa süreli bir ilişki yaşadı.

Paris'te Ocak 1938'de, ironik biçimde "tedbirli" lakabıyla tanınan ün salmış bir kadın satıcısının ısrarlarını geri çevirmeye çalışırken göğsünden bıçaklanan Beckett ölümden döndü. James Joyce, yaralı Beckett için hastanede özel bir oda hazırlattı. Paris'e daha önceki gelişinden Beckett'ı uzaktan tanıyan Suzanne Deschevaux-Dumesnil, olayın kamuoyunda duyulmasıyla birlikte yazara ilgi gösterdi ve aralarında yaşam boyu sürecek bir birliktelik başladı. Bir ön duruşma sırasında Beckett, kendisine saldıran adama bunun sebebini sordu ve ""Je ne sais pas, Monsieur. Je m'excuse."" ("Bilmiyorum, bayım. Üzgünüm.") cevabını aldı.

Beckett 1940'taki Alman işgali sonrasında Fransız Direnişi'ne katıldı. İki yıl boyunca kurye olarak çalıştı ve birçok defa Gestapo tarafından yakalanma tehlikesi atlattı.

Ağustos 1942'de birliğinin ihbar edilmesi sebebiyle, Suzanne ile birlikte güneye kaçtı ve Alpes-Côte d'Azur bölgesindeki Roussillon, Vaucluse kasabasında saklandı. Burada, evinin arka bahçesinde mühimmat saklayarak Direniş'e yardım etmeyi sürdürdü. Roussillon'da yaşadığı iki yıl boyunca, Maquis gerillalarının Vaucluse Dağları'nda Alman Ordusu'na karşı gerçekleştirdiği sabotajlara destek verdi.

Fransız Hükümeti, Alman istilasına karşı savaşımdaki çabaları sebebiyle Beckett'ı, "Savaş Haçı (Croix de Guerre)" ve "Direniş Madalyası (Médaille de la Résistance)" ile ödüllendirdi. Ancak Beckett hayatının sonuna kadar, bu dönemdeki faaliyetlerini hep "izcilik işleri" olarak adlandırdı. Roussillon'da saklandığı süre boyunca, "bağlantısını koparmamak için" Watt isimli romanı üzerinde çalıştı. (1941'de başladığı bu roman 1945'te bitti, ancak 1953'e kadar yayınlanmadı.)

Beckett 1945 yılında kısa süreliğine Dublin'e döndü. Ardından İrlanda kızılhaçının Saint-Lô'da kurduğu hastanede birkaç ay süreyle ambar görevlisi ve tercüman olarak çalıştı. 1946'da yeniden Dublin'e annesinin yanına gitti. Bu ziyareti sırasında, annesinin odasında bütün edebi hayatını etkileyip yön verecek bir şeyin farkına vardı. Bu deneyimini daha sonra, 1958'de "Krapp'ın Son Bandı" oyununda kurguladı. Oyunda Krapp’ın keşfi fırtınalı bir gece, Dún Laoghaire'nin bir Doğu Rıhtımında gerçekleşir. Bazı eleştirmenler Beckett'ı Krapp ile, Beckett'ın kendi sanatsal esininin de aynı yerde, aynı tür havada gerçekleştiğini ileri sürecek kadar özdeşleştirir. Oyun boyunca Krapp hayatının önceki döneminde yaptığı bir kaseti dinlemektedir; bir ara genç kendisinin şu sözleri söylediğini duyar: “...sonunda açıkça görüyorum ki hep bastırmaya çalıştığım karanlık, gerçekte benim en iyi...” Fakat Krapp kasedi ileri sarar ve seyirci keşfinin tamamını öğrenemez.

Beckett daha sonra James Knowlson'a kayıttaki eksik kelimenin ""dostumdu"" olduğunu söyledi. Beckett'a göre, yaşadığı bu deneyim James Joyce ile olan ilişkisinden kaynaklanmıştı. Çünkü sonsuza kadar Joyce'un gölgesinde kalması ihtimali vardı, onu kendi oyununda hiçbir zaman yenemeyeceğinden emindi. Sonra bu deneyimi yaşadı ve Knowlson'a göre bu ""tüm kariyerini değiştiren bir dönüm noktasıydı."" Knowlson hazırladığı "Damned to Fame" isimli biyografide, Beckett'ın bu deneyimi kendisine nasıl açıkladığını şöyle anlatmıştır: 
"Bana bu deneyimini anlatırken Beckett, kendi ahmaklığının farkına varması üzerine odaklanıyordu, acizliği ile bilgisizliği karşısındaki kaygılarından bahsediyordu. James Joyce'a neler borçlu olduğunu anlatırken, bana bu durumu şöyle dile getirmişti: "Fark ettim ki Joyce, daha fazla bilmek, kendi malzemesine hâkim olmak konusunda gidilebilecek son noktaya varmıştı. Üstelik bunu sürekli geliştiriyordu. Fark ettim ki benim yolum sürekli fakirleşmek, bilgisizleşmek; bir şeyler eklemek yerine sürekli azaltmak yönündeydi." Beckett, daha çok bilmenin, dünyayı yaratıcı olarak anlamanın ve kontrol altına almanın bir yolu olduğunu savunan Joyce felsefesini reddediyordu. Bu yüzden gelecekteki eserleri yoksunluk, başarısızlık, sürgün ve kaybediş üzerine; kendi deyimiyle "bilmeyen" ve "yap-a-mayan" kişilere odaklanacaktı."

1946'da Jean-Paul Sartre'ın "Les Temps Modernes" dergisi Beckett'ın, daha sonraları "La fin" veya "The End" isimleriyle anılacak olan kısa hikâyesi "Suite"'in ilk bölümünü, yarısının teslim edilmediğini farketmeden yayımladı. Simone de Beauvoir hikâyenin ikinci bölümünü yayımlamayı reddetti. Beckett aynı yıl, 1970'e kadar yayınlanmayacak olan dördüncü romanı "Mercier ile Camier"'i de yazmaya başladı. Bu roman pek çok yönden, Beckett'in kısa süre sonra yazacağı en ünlü eseri "Godot'yu Beklerken"'in habercisiydi. Daha da önemlisi, Beckett'in doğrudan Fransızca yazdığı ilk uzun eseriydi. Beckett, "Molloy", "Malone Ölüyor" ve "Adlandırılamayan"'dan oluşan roman üçlemesi de dahil olmak üzere, daha sonraki çoğu eserini Fransızca yazacaktı. Anadili İngilizce olmasına rağmen eserlerini Fransızca yazmasının sebebi, kendi deyimiyle, "üslupsuz" yazmanın Fransızca'da daha kolay olmasıydı. Beckett Fransızca'nın onun için taşıdığı ""yabancılık kokusunu"" seviyordu ve ""bir anadili kullanımının özünde olan otomatizmlerden kurtulmak"" için Fransızca yazıyordu. 

Beckett şöhretinin büyük kısmını "Godot'yu Beklerken" isimli oyununa borçludur. Sıkça alıntılanan bir makalede eleştirmen Vivian Mercier, ""Beckett teorik olarak imkânsız bir şeyi, hiçbir olayın geçmediği ama yine de seyircinin koltuğuna yapışıp kaldığı bir oyun yazmayı başardı. Dahası, ikinci perdede, birinci perdenin kurnazca tekrarlandığı düşünülürse, hiçbir olayın geçmediği bir oyun yazmayı iki defa başardı."" demişti. 1947'den sonraki çoğu eseri gibi bu oyun da ilk olarak "En attendant Godot" adıyla Fransızca yazıldı. Beckett bu oyun üzerinde, Ekim 1948 ile Ocak 1949 arasında çalıştı. 1952'de yayınlanan oyun ilk defa 1953'te sahnelendi. İngilice çevirisi ise iki yıl sonra yayınlandı. Oyun Paris'te popüler oldu, eleştirel başarı elde etti ancak yine de çok tartışıldı. 1955'te Londra'da oynanmaya başladığında kötü eleştiriler aldı, ancak "The Sunday Times"'tan Harold Hobson'ın ve daha sonra da Kenneth Tynan'nın olumlu eleştirileri bu olumsuz havayı dağıttı. ABD'de oyun, Miami'de başarısız oldu, New York'ta ise 59 gösterim ile başarı elde etti. Daha sonra oldukça popüler olan oyun, ABD ve Almanya'da başarıyla sahnelendi.

Beckett artık çoğunlukla Fransızca yazıyordu ve çevirisini Patrick Bowles ile birlikte yaptığı "Molloy" dışındaki bütün çalışmalarını kendisi İngilizce'ye çevirmişti. "Godot'yu Beklerken"`in başarısı yazarına tiyatroda bir kariyer açtı. Beckett uzun oyunlar yazmaya devam etti. Bunlar arasında 1957'de "Oyun Sonu", daha önce adı geçen "Krapp'ın Son Bandı" (İngilizce), 1960'da "Mutlu Günler" (İngilizce) ve 1963'te "Oyun" yer alır.

1961'de Beckett çalışmalarının tanınmasıyla, Jorge Luis Borges ile paylaşacağı Uluslararası Yayıncıların Formentor Ödülü'nü kazandı.

1960'lar hem yazarlığı açısından hem kişisel olarak Beckett için değişim dönemiydi. 1961'de İngiltere'de gizli bir törenle ve daha çok Fransız miras hukukuna bağlı nedenlerden, Suzanne ile evlendi. Oyunlarının başarısı üzerine dünyanın pek çok yerinde prova ve oyunlara davet ediliyordu. Bu sürecin sonunda tiyatro yönetmeni olarak yeni bir kariyer edindi. 1956'da BBC Third Programme'den ilk kez radyo oyunu "Tüm Düşenler" için bir ücret aldı. Düzensiz olarak radyo oyunları yazmayı sürdürdü, sonunda sinema ve televizyon için de yazmaya başladı. Ayrıca, yeniden eserlerini İngilizce yazmaya başladı. Öte yandan, yaşamının sonuna kadar kimi eserlerini Fransızca yazmaya devam etti.

Aktör Cary Elwes, "Prenses Gelin" "(The Princess Bride)" filminin DVD ekindeki video-günlüğünde, Beckett'in Roussimoff ailesiyle komşu olduğunu ve ailenin çocuklarınından birini, çocuk çok iri olduğu için servise binemediğinden, her gün okula bıraktığını anlatır. André René Roussimoff adlı bu çocuk, ileride profesyonel güreşçi André the Giant (Dev André) olacaktır.

Beckett 1969'da Suzanne'le Tunus'ta tatildeyken Nobel Edebiyat Ödülü'nü kazandığını öğrendi. Suzanne gözlerden uzak özel yaşamına aşırı derecede bağlı olan kocasının o andan itibaren şöhretin yükünü taşıyacağını görerek, ödülü "felaket" olarak nitelendirdi. Beckett ödülünü almaya gitmedi. Beckett söyleşilere çok fazla vakit ayırmamakla birlikte, zaman zaman sanatçılarla, edebiyat araştırmacılarıyla ve Montparnasse'deki evinin yakınında bulunan Paris' Hotel PLM'nin lobisinde kendisini arayan hayranlarıyla bizzat görüşüyordu.

Suzanne 17 Temmuz 1989'da öldü. Anfizem ve muhtemelen Parkinsona yakalanan ve bir bakımevinde kalmakta olan Beckett da aynı yıl 22 Aralık'ta öldü. İkisi Paris'te Montparnasse Mezarlığı'nda birlikte gömülüdür ve Beckett'in "gri olmak şartıyla herhangi bir renk olur" direktifine uygun, mermerden bir mezar taşını paylaşmaktadır.

Beckett'in yazar olarak kariyeri kabaca üç döneme ayrılabilir: 1945'de II. Dünya Savaşı'nın sonuna kadar sürecek olan ilk çalışmaları; 1945'den 1960'ların ilk yıllarına kadar süren ve muhtemelen en iyi bilinen çalışmalarını çıkardığı orta dönem; 1960'ların ilk yıllarından ölümüne kadar süren son dönem. Bu son dönemde Beckett'in çalışmaları çok daha kısa olmaya yönelmiştir ve stili de çok daha minimalisttir.

Beckett'ın erken dönem eserleri arkadaşı James Joyce'un eserlerinin yoğun etkisi altındadır. Titizlikle hazırlanmış ve Joyce'un tarzının türevi sayılabilecek bir dilde yazılmış bu metinlerin