Tanrı'yı yani ilk aklı düşünür. Tanrıyı düşünmesi sayesinde ortaya bir üçüncü akıl çıkar kendini düşünmesi sayesinde ise ilk semâ (felek), yani en dıştaki küre oluşur. Üçüncü akılın da aynı şekilde ilk aklı düşünmesi sayesinde dördüncü bir akıl, kendisini düşünmesi sayesinde ise ikinci semâ ortaya çıkar. Bu küre ise yıldızlardan oluşan küredir. Bu süreç tekrarlanır ve Tanrı'dan başka on akıl ile sıra ile iç içe Satürn, Jüpiter, Mars, Güneş, Venüs, Merkür semâları oluşur, en son olarak da ay-altı alemimiz, yani dünya oluşur.

Farabi'nin doğa görüşü oldukça deterministtir. Bu determinizm onun metafizik anlayışındaki determinizmden gelmektedir. Plotinus'çularda olduğu gibi Farabi'de de "âlemin özü" problemi felsefesinde büyük bir rol oynar. Bunu açıklayabilmek için Plotinus Bir, akıl ve ruh üçlüsünü dünyanın ilkesi olarak kabul eder. Farabi bunu kabul etse bile maddi bir dünyanın açıklanması ile meşgul gibidir. Bazı Eflatuncuların "Gök"ü mutlak olarak manevi kabul etmelerine karşın, Farabi göğün maddi olduğunda ısrar eder.

Hilmi Ziya Ülken, Hıristiyanlıktaki teslis anlayışına yaklayan Plotinus'un üçlük (Bir/Allah, akıl, ruh) eğilimini Farabi'nin kabul etmesinin bir çelişki olduğunu, Vahdaniyetçi, yani Tanrı'nın birliğine inanan bir müslüman filozof olan Farabi'nin bu teslisi reddetmesi gerektiğini söyler. Çünkü akıl ile Allah arasında epey büyük bir mesafe vardır. Ancak Farabi bu sayede fizik ile metafiziğin iç içe geçmesini sağlamış ve Farabi metafiziği Musa ibn Meymun yoluyla Spinoza felsefesinin oluşmasını sağlamıştır.

Farabi'nin metafizik öğretileri modern araştırmacılara bazı zorluklar çıkarmaktadır. Bu zorlukların bir kısmı İbn-i Sina öğretisini yansıtan bazı eserlerin Farabi'ye atfedilmedilmesinden, bir kısmı da Farabi'nin olduğu kesin olan eserlerde bile Aristocu ve Neoplatoncu metafiziklere yaklaşımındaki belirsizlikten gelmektedir. Druart'ın ileri sürdüğü ve Deborah L. Black'ın da kabul ettiği yaklaşıma göre Farabi, Neoplatonculuğun merkezinde yer alan sudûr teorisinin Aristo'nun görüşü olmadığını farketmesine rağmen benimsemiştir. Yazarlar, Farabi'nin bu teoriyi kabul etmesinin nedeni olarak, Aristo'nun ihmal ettiği ilahi ve maddi varlıklar arasındaki nedensellik ilişkisini Neoplatoncu sudûr felsefesinin açıklayabildiğini ileri sürerler.

Farabi'nin metafiziğinin kendisinden sonraki dönemlere nasıl etki etmiş olduğunu en iyi İbn-i Sina'nın aktardığı bir anısı gösterir. Buna göre İbn-i Sina Aristo'nun "Metafizik"ini kırk defa okumasına karşın amacının kendisine kapalı kalmış olduğunu, ancak tesadüfen Farabi'nin "Filozof Aristoteles'in amaçları (Kitâb-ül agrâz-il-Hâkîm Aristôtâlis)" adlı risalesini okuyunca şaşkınlığı ortadan kalkmıştır. İbn-i Sina bu kafa karışıklığını Farabi'nin nasıl çözdüğünü belirtmez ancak bunda Farabi'nin teoloji ile ifadelerinin etkili olduğu anlaşılır. Çünkü Farabi risalesine Aristo metafiziğinin bir "ilahi ilim" olarak tanımlandığını, halbuki gerçekte ilahi varlıklarla ilgili değil maddi varlıklarla ve onların kökenleri ve özellikleri ile ilgili bir inceleme içerdiğini söyleyerek başlar.

Farabi akıllar ve feleklerden oluşan sudûr teorisine karşın müneccimlerin yıldızlara bakarak onlardan anlamlar çıkarmasına karşı "Yıldızlar üzerine doğru olan ve olmayan şeyler hakkında nükteler kitabı (Kitâb-ün-nüket fî-mâ yesihhü velâ yesihhü min ahkâm-in-nücüm)" adlı bir risale yazmıştır. Tüm Ortaçağ dönemi boyunca düşünürleri ve Farabi'yi bu kadar uğraştıran gök akılları ve felekleri kuramı Rönesanstan sonra felsefede bütün değerini kaybetmiştir.

Farabi'nin psikoloji ve zihin felsefesi anlayışı metafizik ve tasavvuf anlayışına bağlıdır. "Akıl hakkında kitap (Kitâb-ün fi'l-akl)" psikoloji konusuna özel olarak değindiği tek eseridir. Gerçi "Hikmetlerin yüzük taşları kitabı (Kitâb-ü füsûs-il-hikem)" adlı kitapta da bu konuya değinilir, ancak Halil Georr bu eserin Farabi'ye ait olmadığını, düşüncelerine yakın bir başka kişiye ait olabileceğini ileri sürmüştür. Bu konudaki görüşleri metafizik ve siyasetle ilgili yazıları içinde yer alır.

İnsan nefsi konusundaki görüşlerini ayrıntılı olarak "Faziletli şehir halkı fikirlerinin esasları (Kitâb-ün fî mebâdî ârâ-i ehl-il Medînet-il-fâzıla)" adlı kitabında açıklar. Buna göre nefis beş kısımdan oluşur: Besleyici kuvvet, duyma kuvveti, muhayyile kuvveti, nâtık (düşünme) kuvveti ve isteme kuvveti. Her bir kuvvetin bir hakim kuvveti, bir ya da birkaç hadım/tabii kuvveti vardır. "Besleyici kuvvet" ("ğaziye") insanda ilk vücud bulan kuvvettir ve onu beslenmeye sevk eder. Hakim kuvveti ağızda bulunur. Tabi ve hadım kuvvetleri ise vücudun çeşitli yerlerine dağılmış durumdadır. Kursak, karaciğer, dalak vb. hadım kuvvetler olarak hakim kuvvete hizmet eder. "Duyma kuvveti"nin ("hâssa") hakim kuvveti kalpte bulunur. Hadım kuvvetler ise gözlere, kulaklara ve diğer uzuvlara dağılmıştır. "Muhayyile kuvveti"nin ise diğer uzuvlara dağılmış tabi kuvvetleri yoktur. Sadece hakim kuvveti vardır ve o da kalpte oturur. "Duyma kuvveti" ile duyduklarımızı, duyularımızdan silindikten sonra "muhayyile kuvveti" muhafaza eder. "Nâtık kuvvet"in de, diğer organlara dağılmış tabi ve hadım kuvvetleri yoktur. Aynı muhayyile kuvveti gibi kalpte bulunur ve hem muhayyile hem duyma kuvvetlerine reislik eder. "İsteme kuvveti" ise bir şeyi özleyen veya yadırgayan kuvvettir. İrade bu kuvvet sayesinde oluşur.

"Muhayyile kuvveti" ile "düşünme kuvveti"nin yeri olarak kalbin gösterilmesi Aristo geleneğine dayanmakta idi. Aristo'dan sonra yaşamış olan Galen'in geliştirdiği fizyoloji bilgileri sayesinde bu kuvvetlerin merkezlerinin beyinde yer aldığını gösterilince, bu geleneği takip eden filozoflar bu görüşte bir revizyon yaptılar ve kalbin merkez gösterilmesinin bâtınî olduğunu ifade ettiler. Farabi beyinin (dimağ) rolünü kalbe hizmet etmek olarak tanımlar. Dimağ duyma sinirlerinin kuvvetlerini muhafaza etmektedir. Ayrıca omirilik ile beyin arasındaki ilişkiyi de şöyle tanımlar:"Bu sinirlerin çoğunun bitki tarlası, dimağ olup onları muhafaza eden kuvvetler dahi bizzat dimağdan beslenirler. Bazı sinirlerin bitki tarlası, murdar ilik olup üst ucundan dimağa bitişik bulunmaktadır. Bu sinirleri dimağ, murdar ilik yardımiyle besler."

Farabi'nin peygamberlik ve kehanet konularında tahayyül kuvvetine verdiği önem yüzünden "muhayyile kuvveti" ile ilgili görüşeri önem taşır. "Muhayyile kuvveti" varlıkların resimlerini muhafaza etmek ve bunları birbirine ekleyerek sentezlemenin dışında bir üçüncü işlevi daha yerine getirir ki, bunu Farabi "benzetme" ve "taklit" olarak tanımlar. Bu yetenek sayesinde kaydetmiş olduğu varlıklarla ilgili resimleri ilgili bulundukları duyguya benzetir; "bazen makulleri, bazen besleme kuvvetini, bazen isteme kuvvetini taklit eder, bazı anlarda cismimizin tesiri altında kaldığı mizacı taklit eder; cismiminizin mizacını nemli bulursa, su veya yüzme gibi nemle ilgili mahsûsleri taklit eder; cismimizin mizacını kuru bulursa, kuraklıkla ilgili şeyleri taklit eder. Aynı surette soğuk ve sıcak bulduğu cismimizin soğuk ve sıcaklığını teklid eder." Muhayyile kuvveti bu taklit yeteneği sayesinde nesneleri diğer nesnelerin suretiyle temsil edebildiği gibi, beden mizaçları, arzuları, heyecanları ve hatta maddi olmayan şeylerin dahi taklidini yapabilir. Farabi, tahayyülün bu taklit yeteneğini "şiir ilmi' ile ilgili psikolojik temelleri açıklarken kullandığı gibi peygamberlik ve kehanet gibi konuları açıklarken de kullanır. Ancak bu ilişkiyi anlayabilmek için önce Farabi'nin "natık kuvvet" yani akıl ile ilgili düşüncelerini bilmek gerekir.

Farabi Aristoteles'in De Anima'sındaki tanımlardan yola çıkar. De Anima 3, 4 ve 5'te yapılan "her şey olan" bir akıl ve "her şeyi yapan" bir akıl şeklindeki nispeten gevşek tarifleri "güç halinde akıl" (bilkuvve akıl) ve "faal akıl" olarak yeniden tanımlar. Ve aklın aşamalardan oluştuğu ve bu iki derece arasında da derecelerin olduğunu şeklinde bir görüşü benimser. Buna göre Farabi dört akıl aşaması tanımlar.>


Farabi Afrodisyaslı İskender gibi "güç halinde aklı" nesnelerin formlarının ve özelliklerinin onlara karşılık gelen suretlerinden ("sensible images") ayrılmasını sağlayan potansiyel bir yetenek olarak görür. Bu "güç halinde akıl" yeteneklerini artırdıkça potansiyel bir güç olmaktan çıkar ve eyleme dönüşür ve ikinci tür bir akla, yani "fiil halinde akıl"a dönüşür. Bu dönüşüm birdenbire değil tedrici olarak gerçekleşir ve hedefi tüm varlıkları ve insanın bilmesi mümkün olan tüm bilgileri bilmesidir. Bu hedefe muhtemelen sadece birkaç kişi ulaşabilecektir. Akıl nihayet bu hedefe ulaştığında potansiyel halinden kalan tüm izler yokolur ve saf suret ve saf fiililik halini alır. Bu noktada artık maddeden ayrılabildiği için kendini tefekkür edebilme yeteneğine ulaşır. Bu yetenek sayesinde de üçüncü akıla, yani "kazanılmış akıla" ulaşabilir. Bu akıl aşamasında insan aklı tamamen fiili hale gelmiş olur ve maddi olmayan varlıkların alemine daha çok yaklaşmış olur. Ancak bu üçüncü aşamaya ulaşabilenlen faal akıla yaklaşabilir, onu düşünebilir. Aristo'ya göre faal akıl ilk ilkedir (Allah). Fakat Farabi'ye göre faal akıl ilk ilke değildir, çünkü ilk ilke (Allah) şeylere varoluş ve yetkinlik vermeli, kendisi de kusursuz olmalıdır.Oysa faal akıl sınırlı şekilleri meydana getirir, bu da onda bir eksiklik olduğunu gösterir. Bu yüzden faal akıl Allah olamaz. Allah, faal akla hareket veren bir ilke olmalıdır. Bu yolla Farabi'nin metafizik psikolojisi onu tasavvufa götürmüştür. İlahi akıl düşünülemez, insan aklı için bilinemez kalır. İlahi güce ulaşabilmek için ancak aşk ve vecd yolları, yani tasavvuf kullanılabilir.

Farabi siyaset felsefesi üzerine iki eser yazmıştır: "Faziletli şehir halkı fikirlerinin esasları (Kitâb-ün fî mebâdî ârâ-i ehl-il Medînet-il-fâzıla)" ve "Şehir siyaseti kitabı (Kitâb-ül-siyâset-il-medeniye)". Birbirini bütünleyen bu kitaplarda Farabi Eflatun'un görüşlerine yakın görüşler geliştirir. Eflatun'un "Devlet" diyaloglarını tamamlar ve İslam inancı ile uzlaştırmaya çalışır. Ülgen'e göre Farabi bir çeşit ütopisttir, ama onun ütopyası Tho