sı’ndandı. 30 Ocak 1940 tarihinde, 78.000 Yahudi, Almanya, Avusturya ve Çekoslovakya’dan Lublin’e gönderildi. 12 ve 13 Şubat 1940’da Pomeranyalı Yahudiler, Lublin’e gönderildi. Böylece Pomeranyalı Nazi valisi Franz Schwede-Coburg, kendi bölgesinin Yahudilerden tamamen temizlemiş (Judenrein) olduğunu deklare eden ilk kişi oldu. 24 Mart 1940 tarihinde Göring, Nisko Plânı’nı durdurdu ve nisan ayında sona erdirdi. Nisana kadar, toplam 95.000 Yahudi Lublin’e sürgün edilmişti ve birçoğu açlıktan ölmüştü.

Temmuz 1940’ta, Genel Hükûmet altındaki artan popülasyonu yönetmek zorlaştığından Hitler sürgünleri durdurdu.

1940 Ekiminde, valiler Josef Bürckel ve Robert Heinrich Wagner, Bürckel operasyonuyla, kendi bölgelerindeki ve Alsace-Lorraine’deki Yahudileri, Fransa’nın işgal edilmemiş bölgelerine sürmek istedi. Sadece Hristiyanlarla evli olan Yahudiler sürülmemişti. Operasyondan etkilenen 6.500 Yahudi, toplanmadan iki saat önce durumla ilgili bildirildi (22-23 Ekim 1940 geceleri). Dokuz tren Fransa uyarılmadan sınırı geçti ve gelen Yahudileri kabul etmek istemeyen Fransızlar mutsuzdu. Sürülen kişiler kendi eşyalarını alamadılar ve bu eşyalar Alman yöneticiler tarafından ele geçirildi. Alman Dışişleri bakanı Joachim von Ribbentrop, Vichy Hükûmeti'nin sürgünlerle ilgili şikâyetlerine karşı oldukça yavaş hareket aldı. Bunun sonucu, sürülen Yahudiler Vichy Hükûmeti tarafından gurs, Rivesaltes ve Les Milles kamplarında kötü muameleye tabi tutuldu ve hepsi Almanya’ya geri dönme umuduyla bekledi. 
1940 ve 1941 boyunca, çok sayıda Yahudi’nin işgal altındaki Polonya’da katledilmesi süreci ve Genel Hükûmet bölgesine Yahudilerin sürülme süreci devam etti. Aralık 1939 tarihine gelindiğinde, Genel Hükûmet bölgesinde, 3,5 milyon Yahudi toplanmıştı.

Nazi Almanyası’nın kurulmasından beri, toplama kampları, hapishane olarak kuruldular. Bu kamplardaki ölüm 50% gibi yüksek bir oranda olsa da, bu kamplar öldürme merkezleri olarak kurulmadılar (1942’ye doğru, Naziler tarafından işgal edilmiş olan Polonya’da, altı imha kampı toplu ölümler için kurulmuştu) . 1939’dan sonra, kamplar, Yahudi ve Savaş tutsaklarının öldürüldüğü ve az yemekle ve işkenceyle çalıştırıldığı kamplar haline geldi. Tahminlere göre, Almanlar, çoğunluğunun Doğu Avrupa’da olduğu 15.000 kamp ve alt kamp kurdu Yeni kamplar, yoğun oranda Yahudilerin, Polonyalı entelektüellerin, komünistlerin ve Romanların olduğu yerlerde kuruldu. Yahudilerin transferleri, eski tren kompartımanlarıyla kötü şartlarda gerçekleşti ve birçok Yahudi gidecekleri yerlere ulaşmadan öldü. 
Çalıştırarak imha etme, sistematik bir ölüm politikası haline geldi ve bu yöntemle, mahkûmlar durmadan, fiziksel olarak tükenene kadar çalıştırıldılar. Tükenen ve çalışamayacak duruma gelen mahkûmlar, yeni gelenlere yer açmak için ya vurularak ya da gaz odalarına gönderilerek öldürüldü. Bâzı kamplar, ulaşan mahkûmları dövmelerle numaralandırdı Çalışabilecekler 12-14 saat sürecek mesailerine gönderilirdi. Çalışma öncesinde ve sonrasında, saatler süren yoklamalar yapılırdı düzenli olarak ve birçok mahkûm birçok nedenden dolayı ölürdü Mahkûmlar çalışarak savaşa yarayacak birçok şey ürettiler. Örneğin, Mittelbau-Dora kampında mahkûmlar V-2 roketi ürettiler.

Polonya’nın işgalinden sonra, Naziler, Yahudilerin ve Romanların ölüm kamplarına gönderilmeden önce tutulup kontrol altında kalmaları için gettolar inşa etti. 29 Eylül 1939 tarihinde ilk girişim olarak, Heyrich’ten başkanlarına gelen bir mektupla konseylerin kurulması emrini verdi. Her getto, " (Yahudi Konseyi) adlı, Almanlar tarafından seçilmiş, Yahudi toplumundaki liderler tarafından kurulan konseylerle yönetildi. Bu konsey, günlük işleri düzenleyip gıda, su, ısınma, ilâç ve barınak dağıtımından sorumlu oldu. Konseyin stratejisi, Nazi yöneticileriyle işbirliği yaparak, kayıpları oldukça aza indirmekti. Rica ederek ve Nazi muamelelerini kabul ederek, merhamet ve daha iyi koşullar için çalıştılar.
Konseyler ayrıca ölüm kamplarına transferler için hazırlık yapmak zorundaydı. Böylece konseyin cesaretini ve karakterini ortaya koyan noktalar, transferler için istenen listelerin hazırlandığı zamanlardı. " üyeleri daha önce denenmiş ve test edilmiş erteleme, rüşvet, engel olmaya çalışma, yalvarma metotlarını kullandılar ama eninde sonunda bir karar alınmalıydı. Chaim Rumkowski gibi bâzıları, ’ın kurban edilebilecek kişilerle, kurtarılması gereken kişiler arasındaki ayrımı yapmakla sorumlu olduğunu belirtti. Dr. Joseph Parnas gibi liste oluşturmaya karşı çıkan liderleri vurularak öldürüldü. 14 Ekim 1942 tarihinde, Byroza’daki bütün üyeleri, Nazilerle listeler için işbirliği yapmamak adına intihar etti

Varşova gettosu 380.000 kişiyle en geniş olandı; Łódź gettosu 160.000 kişiyle ikinci en geniş gettoydu. Gettolar oldukça geniş ve kalabalık hapishanelerdi ve Michael Berenbaum’un deyimiyle gettolar, yavaş ve pasif ölüm araçlarıydı. Varşova gettosu Polonya başkenti popülasyonunun 30%’unu içinde bulundurmasına rağmen, bütün şehir alanının 2,4%’sini kapsıyordu. Oda başına ortalama 9,2 kişi düşüyordu

1940 ve 1942 arasında, açlık ve hastalık (özellikle tifo) binlerce kişinin ölümüne sebep oldu. 1941’de 43.000 üzerinde Yahudi gettoda öldü. 1942’de toplam getto nüfusunun yarısından fazlası öldü.

19 Temmuz 1942 tarihinde, Himmler transferlerin başlamasını emretti ve üç gün sonra, Varşova gettosundan transferler başladı ve sonraki 52 gün boyunca, 12 Eylül'e kadar 300.000 Yahudi Treblinka ölüm kampına trenlerle gönderildi. Birçok getto tamamıyla boşaltılmıştı. 
İlk getto ayaklanması 1942 Eylül'ünde, Polonya’nın güney doğusunda bulunan Łachwa adlı küçük bir kasabada başladı. 1943 yılında, daha büyük silahlı ayaklanmalar gerçekleşti. Varşova Gettosu Ayaklanması ve Białystok Gettosu Ayaklanması Yahudiler için, güçlü Naziler karşısında yenilgiyle sonuçlandı. Hayatta kalan Yahudiler ya öldürüldü ya da ölüm kamplarına gönderildi.

İkinci Dünya Savaşı döneminde yerel nüfuslar tarafından gerçekleştirilen pogromlar oldu. Bâzıları spontane bir şekilde oldu, bâzıları da Nazilerin teşvikiyle oldu. Bu pogromlar arasında, 30 Haziran 1941 tarihinde Romanya’da gerçekleşen Laşi Pogromu (14.000 Yahudi öldürüldü) Romanyalılar ve polis tarafından gerçekleştirildi. Temmuz 1941’de gerçekleşen Jedwabne pogromunda 1.600 civarında Yahudi yerel Polonyalılar tarafından öldürüldü.

1941 yılında Almanya’nın Sovyetler Birliği'ni işgal etmesiyle, yeni bir safha başladı. Naziler Litvanya’yı işgal ettikten sonra Holokost daha yoğunlaştı ve ülkenin Yahudilerinin 80%’i olan 220.000 kişi yıl bitmeden katledildi. 1942 başlarında işgal edilen, Beyaz Rusya, Estonya, Letonya, Litvanya, Ukrayna, Moldova ve Rusya’nın batı kısmındaki Leniningrad-Moscow-Rostow’da toplam üç milyon Yahudi vardı. 
Sovyet sınırlarından işgal edilen bâzı yerlerde yerel nüfus Yahudilerin ve diğer insanların öldürülmesinde yardımcı oldu. Litvanya, Letonya ve batı Ukrayna’da, Almanya işgalinin başından beri Yahudilerin öldürülmesinde oldukça aktif rol oynamışlardır. Leton Arais Taburu, bu yardım birimlerine bir örnekti. Buna ek olarak, Leton Ve Litvanyalı ülkelerinin yanı sıra, Belarus ve Ukrayna’daki Yahudilerin öldürülmesine de yardımcı oldu ve Polonya’daki imha kamplarında güvenlik görevlisi olarak çalıştılar. Bu yerel katılımcıları Almanlar organize ediyordu.

Toplu kıyımların birçoğu halka açık bir şekilde gerçekleştirildi. Naziler öldürmeleri, partizan ve haydutlara karşı operasyon olarak tanımladılar ama Alman tarihçi Andreas Hillgruber’e göre, “savaş suçu” veya “insanlık suçu” bu ölümler için daha uygun isimlerdi. Hillgruber’e göre, 2,2 milyon korunmasız ve masum kadın, erkek ve çocuğun ırksal ideolojilerle öldürülmesi hiçbir şekilde açıklanamazdı ve ’i partizanlığa karşı bir tepki olarak gören alman generaller aslında yalan söylüyorlardı.

Ordu, SS güçleriyle, Yahudi karşıtı ve partizanlara karşı operasyonlarda sıkı işbirliği yapmaktaydı.1941 yılı ortasında, Herman Fegelain liderliğindeki SS süvari tugayı, Pripyat bataklığında gerçekleşen bir anti partizan operasyonda, 699 Kızıl Ordu Askeri, 1.100 Partizan ve 14.178 Yahudi öldürdü. Operasyon öncesinde Fegelain, bütün ergin Yahudilerin vurulmasını ve kadın ve çocukların bataklıklara sürülmesini emretti. Operasyondan sonra, Ordu Grup Merkezinin arka taraflarını komuta eden General Max von Schenkendorff, 10 Ağustos 1941 tarihinde, Fegelein’in emrinin bütün Wehrmacht Güvenlik Bölümlerince her yerde gerçekleşmesini emretti ve 24 Eylül 1941 tarihinde bir seminer organize ederek, Yahudilerin en iyi nasıl ve verimli şekilde öldürülebilecekleri üzerinde tartıştı. Seminer 322 nolu taburun Knjashizy adlı köyde 32 Yahudi’yi öldürmesiyle bitti. Bu 32 kişinin öldürülmesindeki amaç toplanan taburlara, nasıl partizanları ayırt edebileceklerini öğretmekti. 322 nolu taburun kayıtları şöyle yazdı:
.”

Mogilev’deki bu seminerde öğrendiklerini göz önünde bulundurarak, bir Wehrmact subayı adamlarına “Partizan neredeyse, orda bir Yahudi vardır ve Yahudi nerdeyse orda bir partizan vardır” dedi. 24 Kasım 1941 tarihli emirde, 707. Bölük komutanını şunları belirtti:

Wehrmacht savaş suçları üzerinde uzmanlaşmış olan Alman tarihçi Jürgen Förster, Wehrmacht’ın Holokost’ta önemli bir rol oynadığını ve Shoah’yı sadece SS’in işi olarak görmenin yanlış olacağını belirtti.
Raul Hilberg, Alman kumandanlarının sıradan vatandaşlar olduğunu, çoğunun bir mesleğe sahip olduğunu, birçoğunun entelektüel insanlar olduğu ve bütün yeteneklerini, eğitimlerini ve bilgilerini iyi katiller olmak için kullandıklarını yazmıştır

İşgal edilen Sovyet topraklarındaki geniş çapta gerçekleşen Yahudi infazları, Heydrich altındaki SS kuvvetlerinin görev grubuna verilmişti. Bu gruplar 1939 yılında Polonya’da daha kısıtlı bir şekilde kullanılmıştı ama gelinen noktada daha büyük bir kapsamda görevlendirildiler. "A" Baltık bölgede görevlendirilmişti, Belarus’ta, Ukrayna’nın orta ve kuzey kesimlerinde ve Moldova ve Ukrayna’nın güneyi, Kırım ve 194 boyunca kuzey Kafkaslarda görevlendirilmişti. 
Otto Ohlendorf’a göre (mahkemesi esnasında belirttiği üzer