ONA bağımsızlığın kabul edildiği ilk gün birbirine düşman iki gruba ayrılmış, bu ayrılma sonucunda "Monrovia Öbeği" ve "Casablanca Öbeği" ortaya çıkmıştır. Monrovia öbeği Hutu kökenli Paul Mirerekano önderliğinde Hutu ve Tutsi kökenlilerin birlikte yer aldığı, daha ılımlı ve batı yanlısı bir politika benimserken, radikal Tutsilerin oluşturduğu Casablanca öbeği ise boysal bir politika benimsemiştir. Bu ayrılıktan sonra yaşanan süreçte ilk önce ılımlı öbek adına önce André Muhirwa ve daha sonra 18 Haziran 1963 tarihinden itibaren Pierre Ngendandumwe başbakanlık görevini yürütmüş, 1915 yılından bu yana kral olarak ülkeyi yöneten Mwami IV.Mwambutsa'nın Hutu kökenli dört bakanı görevden uzaklaştırması sonucu başbakan Ngendandumwe istifa etmiş, bunun sonucunda da yeni görev radikal Tutsi Albin Nyamoya'ya verilmiştir. 6 Nisan 1964 tarihinde hükumetini kuran Nyamoya, bir önceki hükumetlerin tersine batı ile olan ilişkileri sonlandırarak Çin ile iyi ilişkiler içerisine girmiştir. Aynı yılın Aralık ayında ülke içerisinde Çin kökenli birçok silahın bulunması sonucu kralın güvenini kaybeden Nyamoya, 8 Ocak 1965 yılından kral tarafından görevinden alınmıştır. Göreve yeniden bir önceki başbakan olan Ngendandumwe atanmış ancak Ngendandumwe başbakan olmasından birkaç gün sonra radikal Tutsili bir öbek tarafından öldürülmüştür. Bu olaydan sonra UPRONA'nın lideri Joseph Bamina yeni başbakan olarak atanmış ve bağımsız Burundi'de gerçekleştirilen ilk parlamento seçimlerine başbakan olarak katılmıştır. 10 Mayıs 1965 tarihinde gerçekleştirilen ilk seçimlerden %64 oy oranı ile birinci parti olarak çıkan UPORNA, aşırı radikal Tutsi partisi olan "Parti du Peuple" %30 oy oranı alarak UPORNA ile çatışma ortamına girmiştir. Her ne kadar UPORNA seçimlerden başarı ile çıkmış olsa da, kral Hutu olan Bamina'nın istifasını istemiş, 24 Haziran'da da olağanüstü durum duyurulmuştur. 13 Ekim 1965 tarihinde Mwami özel kalemi olan Léopold Biha'yi başbakan olarak duyurmasından sonra hem aşırı Tutsiler hem de hükumeti kurma görevi konusunda mağduriyet yaşadıklarını düşünen Hutular ayaklanarak Kasım 1965'te darbe girişiminde bulunmuşlardır. Darbe girişimi sonucunda çoğunluğunu Tutsilerin oluşturduğu ordu üyeleri aralarında eski başbakan Bamina ile eski UPRONA genel başkanı Mirerekano da olmak üzere 5000 Hutu'yu öldürmüştür. Bu süreçte saygınlığını yitiren kral ülkeyi bırakarak Avrupa'ya kaçmıştır. İç savaşa sürüklenen ülkede Mwami Mwambutse'nin oğlu olan Charles Ndizeye, V.Ntare adı ile 24 Mart 1966 tarihinde kral olarak duyurulmuş, yeni kral ile ordunun en tepesinde yer alan Michel Micombero ülkedeki gücü ele geçirmeye yönelik güç savaşına girişmiş, kazanan kısa bir süre için de olsa kral V.Ntare olmuştur.11 Temmuz 1966 tarihinde Micombero yeni başbakan olarak atanmış ancak 28 Kasım 1966'da kralın bir yurt dışı gezisinde bulmasını fırsat olarak gören Micombero darbe gerçekleştirerek krallığa son vermiş ve "Burundi Cumhuriyeti"'ni duyurmuştur.

Yaşanan bu olaylar neticesinde cumhuriyetin ilan edildiği Burundi'de Michel Micombero Burundi Cumhuriyeti'nin ilk devlet başkanı olmuştur. Başbakanlık makamının kaldırıldığı ülkede, "Ulusal Devrim Konseyi" adı verilen bir yapının en tepesinde devlet başkanı yer almaktaydı. Bu konsey 1968 yılında kaldırılmıştır. Micombero birkaç yıl içerisinde polis, ordu ve kamu gibi alanlarda görevli tüm üst yönetimde yer alan Hutuları uzaklaştırmıştır.

Ordu bünyesi içerisinde kalan son birkaç Hutu generali Eylül 1969 yılında devlet başkanına karşı darbe girişiminde bulunmuş, başarısızlıkla sonuçlanan darbe sonucunda da 23 kişi idam edilmiştir. Micombero'nun kendi memleketindeki Tutsilere öncelik vermesi nedeniyle Hutuların yanı sıra diğer Tutsi kabilelerin de hoşnutsuz olmasına neden olmaktaydı. Micombero 1971 yılında üst yönetimlerde yer alan ılımlı Tutsiler'ide uzaklaştırmıştır.

O güne kadar Uganda'da sürgünde bulunan ülkenin son kralı V.Ntare henüz tam olarak açıklanamayan nedenlerden dolayı 30 Mart 1972 tarihinde ülkeye dönmüş, dönüşü ile birlikte tutuklanarak göz hapsine alınmıştır. Bu süreçte Hutulara karşı toplu gözaltılar yaşanmış, 29 Nisan 1972 tarihinde de Micombero tüm hükumet üyelerini ve parti başkanını görevden alarak Bujumbura'da büyük gösterilerin gerçekleştirilmesine neden olmuştur. Eski kral V.Ntare tutsak olarak tutulduğu bağ evinde Micombero yanlıları tarafından öldürülmüştür. 6 Mayıs'a kadar süren şiddet olaylarında kendisine bağlı ordu birliklerinin de yardımı ile Micombero kazançlı çıkmış ve iktidarını sürdürmüştür. Bu olaylardan sonra orduda görevli 450 Hutu görevden uzaklaştırılmış, iktidar yanlısı ordu mensupları da şiddet olaylarının önemli bir parçası olmuştur. Bundan sonraki birkaç ay ordu Hutulara karşı sistematik bir şekilde şiddet uygulamış ve 100.000 ila 250.000 Hutu'nun hayatını kaybetmesine neden olmuştur. Ülkedeki tüm eğitimli Hutular ilerleyen dönemlerde Tutsi iktidarını tehlikeye düşürmemesi adına öldürülmüş, tüm bu yaşananlar BM tanımlarına göre soykırım olarak tanımlanmış olsa da o süreçte batı dünyasının ilgisini çekmemiştir. Bu olaylara misilleme olarak Hutular tarafında gerçekleştirilen karşı saldırılarda da 3.000 ila 10.000 Tutsi hayatını kaybetmiştir. Burundi'de 1972 yılında yaşanan bu olaylar 1994 yılında Ruanda'da yaşanan soykırımın önemli bir nedeni olarak düşünülmektedir. 1972 yılındaki olaylarda Hutuların Tutsilere karşı güvenini yitirmiş olması ilerleyen süreçteki soykırımın bir nedeni olarak vurgulanmıştır.

1973 yılına gelindiğinde tüm elit Hutu tabakası ya öldürülmüş ya da yurt dışına kaçmıştı. 11 Haziran 1974 yılında tüm gücü eline alan Micombero, devlet başkanlığının yanı sıra, hükumet başkanlığını ve parti başkanlığını da elinde bulunduruyordu. Bu süreçte meclisi de fesh eden Micombero, ülkeyi tek başına yönetir bir konuma gelmiştir.

1 Kasım 1976 yılında ordu Jean-Baptiste Bagaza ve Édouard Nzambimana önderliğinde gerçekleştirdiği askeri darbe ile Micombero'yı görevden uzaklaştırmış, Micombero'da yaşanan bu olaydan sonra Somali'ye kaçmıştır.

Gerçekleştirilen darbe neticesinde Bagaza ülkenin yeni devlet başkanı olmuş, hükumet başkanı görevini de 12 Kasım 1976 ile 13 Ekim 1978 tarihleri arasında Nzambimana devralmıştır. Oluşturulan "Yüksek Devrim Konseyi" tüm hükumet yetki ve görevlerini üstlenmiş, bir önceki dönemde yaşananlar ile ilgili mahkemeler kurulmuştur. Ancak bu mahkemede 1972-1973 yılları arasında yaşanan soykırımın faillerinden çok azı yargılanmış ve ceza almıştır. Bagaza yönetiminde sosyalist bir politika izlemiş, genel olarak da Tutsi ile Hutu mensupları arasındaki ilişkilerin yeniden iyileştirilmesi yönünde çalışmalarda bulunmuştur. Burundi'de yeni bir anayasanın kabulü ile birlikte resmen devlet başkanı olan Bagaza, bu göreve 31 Ağustos 1984 tarihinde gerçekleştirilen bir sonraki seçimi de kazanarak devam etmiştir. Bagaza yönetiminde ülke 17 yıl aradan sonra Kasım 1982'de ilk meclis seçimleri gerçekleştirmiş, yine Bagaza döneminde ilk muhalefet partisi olan FRODEBU genel başkanı Melchior Ndadeye önderliğinde kurulmuştur. Bagaza'nın resmi temaslarda bulunmak üzere gittiği Kanada'da bulunduğu sırada Pierre Buyoya önderliğinde gerçekleştirilen askeri darbe ile görevinden uzaklaştırılmıştır.

Buyoya devlet başkanı olması ile birlikte ülkeyi "Ulusal Kurtuluş Askeri Komitesi" adını verdiği askeri rejim ile ülkeyi yönetmiştir. Hutu ile Tutsi etnik grupları arasında yaşanan gerilimlerin neticesinde ordu içerisinde çok büyük çoğunluğunu Tutsilerin oluşturduğu askerler tarafından özellikle kuzey bölgelerdeki Hutu mensubu kişilere karşı sistematik tutuklama ve işkenceler gerçekleştirilmiş, Ağustos 1988 yılında yaşanan bu olaylar sivil halka karşı soykırım faaliyetine dönüşmüştür. 11 Ağustos 1988 tarihinde bir askerin Hutu mensubu iki kişiyi vurması nedeniyle asker köy halkı tarafından linç edilmiş, bu olaya istinaden de ordu köylerin yakılması ve göz yaşartıcı bombaların sığınaklara atılması, kaçanların helikopterden vurulması gibi olayları içeren misilleme harekatlarını başlatmıştır. Bu yaşanan olaylar neticesinde çoğunluğu Hutu olmak üzere 20.000 kişi hayatını kaybetmiş, 53.000 fazla Hutu da komşu ülke Ruanda'ya kaçmıştır.

Buyoya 6 Ekim 1988 tarihinde altı Hutu ile altı Tutsi üyeye sahip araştırma komisyonunu kurmuş ve olayların açıklığa kavuşması için çalışmalar gerçekleştirmiştir. Etnik gerilimi azaltabilmek adına hükumette yer alan Hutu bakan sayısını altıdan on ikiye çıkarmış, Hutu kökenli Adrien Sibomana'yı yeni hükumet başkanı yapmıştır. 19 Ekim 1988 yılında alınan bu adımların neticesinde üç yıllık bir süre içerisinde yurt dışına kaçan birçok Hutu ülkeye geri dönmüştür. Mart 1993'te kabul edilen yeni yasa ile etnik ve dini temelleri esas alan partiler yasaklanmış, o güne kadar yasak olan farklı partilerde yasallaştırılmıştır. 1 Haziran 1993 tarihinde gerçekleştirilen devlet başkanlığı seçimlerinde Hutu kökenli Melchior Ndadaye mevcut başkan Buyoya'ya karşı seçimi kazanarak ülkenin yeni devlet başkanı olmuştur. 10 Temmuz'da Ndadaye'nin görevi devralmasından önce 29 Haziran 1993 tarihinde gerçekleştirilen meclis seçimlerine birçok parti katılmıştır. Bu seçimler neticesinde Tutsi mensubu Sylvie Kinigi hükumet başkanı olmuştur.

Ndadaye devlet başkanı seçilmesinden sadece 101 gün sonra bir kısım asker mensubu tarafından gerçekleştirilen ama başarıya ulaşamayan darbe esnasında öldürülmüştür. 21 Ekim ile 27 Ekim tarihleri arasında darbeyi gerçekleştiren darbecilerin lideri François Ngézé yeni devlet başkanı olduğunu ilan etmiş. Bu süreden sonra ordunun devlet başkanlığına bağlı askerleri tarafından gerçekleştirilen operasyonlar ile bu yönetime son verilmiş, yeni devlet başkanı seçilene kadar geçici olarak Kinigi yeni devlet başkanı olmuştur.Kinigi'den sonra bu göreve Hutu kökenli Cyprien Ntaryamira getirilmiştir. 1993 yılının sonbahar aylarında yeniden alevlenen şiddet gösterilerinde bu sefer hedef olarak Tutsiler alınmış, kısa süre içerisinde 200.000 Tutsi hayatını kaybetmiştir. 6 Nisan 1994 tarihinde Burundi ve Ruanda devlet başkanlarının yer aldığı uçak Ru