n sonra 1944-45 ve 1945-46 sezonlarında da ligi kazanan siyah beyazlı takım, 8 yılda 7 kez şampiyon olma başarısı göstermiştir. 1949-50 ve 1950-51 sezonlarını da şampiyon olarak tamamlayan Beşiktaş, böylece profesyonelliğin kabulünden önce oynanan ligin son şampiyonu olmuştur. Ayrıca 1937 yılından itibaren Ankara, İstanbul ve İzmir liglerinde mücadele eden takımların katılımıyla organize edilmeye başlanan Millî Küme'de 1941, 1944 ve 1947 yıllarında, Başbakanlık Kupası'nda da 1944 ve 1947 yıllarında şampiyon olmuştur.

24 Eylül 1951 tarihinde Futbol Profesyonel Talimnamesinin yürürlüğe girmesiyle birlikte futbol resmî olarak profesyonelleşmiş ve 1952 yılında Türkiye'nin ilk profesyonel ligi olan İstanbul Profesyonel Ligi kurulmuştur. 1952'de düzenlenen ilk profesyonel lig, 8 takımın katılımıyla çift devreli lig usulüne göre oynanmış ve Beşiktaş oynadığı 14 karşılaşmada yenilgi almadan ilk profesyonel ligin şampiyonu olmuştur. Bu şampiyonluktan sonra 1953-54 ve 1955-56 sezonlarında da şampiyonluğa ulaşmıştır. Ayrıca Türkiye Futbol Federasyonu tarafından Şampiyon Kulüpler Kupası'na katılacak takımı belirlemek amacıyla 1956-57 ve 1957-58 sezonlarında Federasyon Kupası ismiyle düzenlenen organizasyonda da şampiyon olmuştur. Böylece Beşiktaş takımı, 1958-59 Şampiyon Kulüpler Kupası ile beraber ilk kez Avrupa'da mücadele etmiştir. Beşiktaş, 8 kez organize edilen İstanbul Profesyonel Futbol Ligi'nde, toplam 2 kez şampiyon olmuştur. 1959 yılında, Millî Lig isminde kırmızı ve beyaz olmak üzere iki gruba ayrılan yeni bir lig kurulmuştur. Beşiktaş, ilk sezonda 8 takımın yer aldığı beyaz grupta mücadele etmiş ve ligi 2. sırada tamamlamıştır. Beşiktaş, ligdeki 3.şampiyonluğunu 1959-60 sezonunda elde etmiştir. 20 takımın mücadele ettiği ligde, Beşiktaş 5 puan farkla şampiyon olmuştur. Siyah beyazlılar, 5 sene sonra 1965-66 sezonunda Türkiye 1. Futbol Ligi'nde Yugoslav teknik direktör Ljubiša Spajić yönetiminde 4. kez şampiyon olmuştur. Bir sonraki sezonda aynı teknik direktörler ligde şampiyonluğa ulaşan Beşiktaş, 14 sezon boyunca şampiyon olamamıştır. Beşiktaş, Spajić yönetiminde 1967 Cumhurbaşkanlığı Kupası'nda, Altay'ı 1-0 mağlup ederek ilk kez şampiyon olmuştur. 1962-63 sezonundan itibaren düzenlenmeye başlanan Türkiye Kupası'nda da, 1974-75 sezonunda iki maç üzerinden oynanan final maçında Trabzonspor'u toplamda 3-0 mağlup ederek ilk kez şampiyon olmuştur. 1981-82 sezonunda Yugoslav teknik direktör Đorđe Milić yönetiminde 6. kez lig şampiyonluğunu kazanmıştır. 1985-86 sezonunda Bosnalı teknik direktör Branko Stanković yönetiminde, ligi Galatasaray ile birlikte 56 puanda bitirmiştir. Siyah beyazlılar averajla ile ligde 7. kez şampiyon olmuştur.
Beşiktaş İngiliz teknik direktör Gordon Milne yönetiminde, Türkiye Kupası'nın 1988-89 sezonunda Fenerbahçe'yi iki maç sonucunda 3-1 mağlup ederek 2. kez şampiyon olmuştur. 1989 Cumhurbaşkanlığı Kupası'nda da yine Fenerbahçe'yi 1-0 mağlup ederek 4. kez şampiyonluğa ulaşmıştır. 90'lı yıllar Beşiktaş'ın ligde en fazla şampiyonluk yaşadığı yıl olmuştur. Beşiktaşlılar tarafından efsane olarak kabul edilen Metin Tekin, Ali Gültiken ve Feyyaz Uçar'dan oluşan ileri üçlü de bu yıllarda ünlenmiştir. Beşiktaş 1989-90 sezonunda, ligin 6. haftasında karşılaştığı Adana Demirspor'u Metin, Ali ve Feyyaz'ın golleriyle 10-0 yenerek Türkiye Ligi'nin en farklı galibiyet rekorunu kırmıştır. Beşiktaş aynı sezonda ligde 8. şampiyonluğuna ulaşırken, Türkiye Kupası'nda da finalde Trabzonspor'u 2-0 mağlup ederek 3. kez şampiyon olmuştur. Beşiktaşlı Feyyaz Uçar ise 28 gol ile ligde en çok gol atan futbolcu olmuştur. 1990-91 sezonunda da Milne yönetiminde ligi şampiyon olarak tamamlayan Beşiktaş, bir sonraki sezon ise oynadığı toplam 30 maçta yenilgi almadan şampiyonluğa ulaşmış ve 'nde namağlup şampiyon olan ilk takım olmuştur. İngiliz teknik direktör Milne, Beşiktaş'ta görev yaptığı 1987-1994 yılları arasında toplam 12 kupa kazanmıştır. Beşiktaş, 1993-94 sezonunda Alman teknik direktör Christoph Daum yönetiminde 4. kez Türkiye Kupası şampiyonu olmuştur. Ayrıca 1994-95 sezonunda ligde de 11. şampiyonluğunu elde ederken, 1994 Cumhurbaşkanlığı Kupası'nda da Galatasaray'ı 3-1 mağlup ederek 6. kez şampiyon olmuştur.
2002 yılında Rumen Mircea Lucescu'nun Beşiktaş'ın teknik direktörlüğüne gelmesinden sonra, Beşiktaş 2002-03 sezonunda ligdeki 12. şampiyonluğunu elde etmiştir. Daha sonra Fransız Jean Tigana Beşiktaş'ın yeni teknik direktörü olmuştur. Beşiktaş, Tigana yönetiminde ligde şampiyon olamazken, 2006 Türkiye Süper Kupası'nda Galatasaray'ı 1-0 mağlup ederek 8. kez şampiyon olmuştur. 2005-06 ve 2006-07 sezonlarında Türkiye Kupası'nda üst üste iki kez şampiyonluğa ulaşmıştır. 2008 yılında teknik direktörlüğe Mustafa Denizli getirilmiştir. Onun yönetiminde, 2008-09 sezonunda Beşiktaş Süper Lig'deki 13. şampiyonluğunu kazanmıştır. Ayrıca 2008-09 Türkiye Kupası'nda da şampiyon olmuştur. Beşiktaş, Tayfur Havutçu yönetiminde 2010-11 Türkiye Kupası'nda da şampiyonluğa ulaşarak, Türkiye Kupası'nı toplamda 9. kez müzesine götürmüştür.
Beşiktaş 2011 yılındaki şike davasında, 2 maç sonucunu etkilemek suçundan, dönemin Beşiktaş Futbol Komitesi Başkanı Serdal Adalı, teknik direktör Tayfur Havutçu ve Futbol A Takımı Güvenlik Müdürü Ahmet Ateş ise 11 Mayıs 2011 günü oynanan Beşiktaş - İBB maçının sonucunu etkilemekten dolayı Profesyonel Futbol Disiplin Kurulu'na sevk edilmiştir. Fakat herhangi bir ceza almamışlardır. Beşiktaş, 2013 yılında ise Avrupa Ligi'ne katılım hakkı elde etmiştir. Ancak UEFA şike soruşturmasında adının geçmesi sebebiyle Beşiktaş'ı 1 sezonluğuna UEFA turnuvalarından men etmiştir. Bu kararın ardından Beşiktaş, Uluslararası Spor Tahkim Mahkemesi'ne (CAS) başvurmuştur. CAS, 18 Temmuz 2013 tarihinde UEFA'nın verdiği kararın yürütmesini durdurmuş ve Beşiktaş'ın CAS'taki yargılama bitene kadar turnuvalarda oynamasını kararlaştırmıştır. CAS, 30 Ağustos 2013 tarihinde aldığı karar ile Beşiktaş'ın itirazını reddederek; UEFA Temyiz Kurulu'nun verdiği cezaları onamıştır. Bu kararın ardından Beşiktaş'ın yerine, play-off turunda elediği Tromsø IL takımı gruplara alınmıştır. Şike soruşturması kapsamında yapılan II. dalga operasyonundan sonra, Beşiktaş Futbol Komitesi Başkanı Serdal Adalı ve Beşiktaş Teknik Direktörü Tayfur Havutçu 1 yıl 3 ay hapis cezası alsalar da daha sonra yapılan tekrar yargılamalarda bu cezalar haksız bulunarak ikisi de diğer tüm sanıklarla birlikte beraat etmişlerdir.

Beşiktaş, Federasyon Kupası (Türkiye) şampiyonu olarak Türkiye'yi Şampiyon Kulüpler Kupası'nda temsil etme hakkı kazanmıştır. Ancak o dönemde Türkiye Futbol Federasyonu'nun Beşiktaş'ın ismini UEFA'ya geç bildirmesi sebebiyle Avrupa kupalarına katılım hakkını yitirmiştir. Federasyon Kupası (Türkiye)'nda da şampiyonluğa ulaşan Beşiktaş, bir kez daha 1958-59 Şampiyon Kulüpler Kupası'na katılım hakkını kazanmıştır. 3 Temmuz 1958 tarihinde çekilen kurada Yunan takımı Olympiakos ile eşleşmiştir. Ancak çıkan diplomatik sorunlar sebebiyle Olympiakos takımı turnuvadan çekilince; Beşiktaş ilk Avrupa kupası maçını oynamadan hükmen galip olarak tamamlayarak bir üst tura yükselmiştir. Daha sonra ilk turda İspanyol takımlarından Real Madrid ile eşleşen Beşiktaş, ilk maçta deplasmanda 2-0 yenilmiştir. Bu maçın rövanşında ise rakibiyle 1-1 berabere kalarak elenmiştir. Avrupa kupaları tarihinde Beşiktaş'ın ilk golü de bu maçta Kaya Köstepen'den gelmiştir.
Beşiktaş Avrupa kupalarında en farklı galibiyetini, 3 Ekim 2002 tarihinde 2002-03 UEFA Kupası rövanş maçında Sarajevo takımına karşı 5-0'lık skorla elde etmiştir. En farklı mağlubiyetini ise 6 Kasım 2007 tarihinde 2007-08 Şampiyonlar Ligi grup maçında Liverpool'a karşı 8-0'lık skorla almıştır. İbrahim Üzülmez 63 kez ile UEFA turnuvalarında Beşiktaş formasıyla en fazla maça çıkan futbolcudur. Oktay Derelioğlu ise Beşiktaş formasıyla attığı toplam 14 gol ile Beşiktaş'ın Avrupa kupalarında en çok gol atan oyuncusudur.

Beşiktaş A2 takımı, Beşiktaş'ı A2 Ligi'nde temsil eden ve A takımdan bir önceki seviyedeki futbol takımıdır. Takım kadrosunda 23 yaşında ve büyük kaleci dahil 3 futbolcu bulunur. Ayrıca en az üç yıldır Türkiye'de bulunan 23 yaş altındaki yabancı futbolcuları da kadrosunda bulundurabilmektedir. Beşiktaş A2 takımı daha önce 1999-2000 ve 2002-03 sezonlarında A2 Ligi'nde şampiyonluğa ulaşmıştır. Bunun yanında Beşiktaş U-19 Akademi, Beşiktaş U-17 Akademi, Beşiktaş U-16 Akademi, Beşiktaş U-15 Akademi, Beşiktaş U-14 Akademi, Beşiktaş U-13 Minik, Beşiktaş U-12 ve Beşiktaş Kız takımları Beşiktaş'ın özkaynak düzeninde yer alan diğer takımlardır. Beşiktaş'ın TFF Plaj Futbolu Ligi'nde mücadele eden bir plaj futbolu takımı mevcuttur. 2012 yılında kurulan plaj futbolu takımı, aynı yıl ligi şampiyon olarak tamamlamıştır. 2014-15 sezonundan itibaren ise Beşiktaş Kadın Futbol Takımı kurulmuş ve Bayanlar 3. Ligi'nde mücadele etmeye başlamıştır.
Beşiktaş, 2013 yılının Aralık ayında Dikilitaşspor ve Sefaköy Kartalspor ile pilot kulüp anlaşması imzalamıştır. Ayrıca Beşiktaş 2014 yılında Belçika takımlarından KSV Roeselare ile pilot kulüp olarak anlaşmıştır. Beşiktaş'ın Adana, Ankara, Antalya, Balıkesir, Batman, Bursa, Çanakkale, Diyarbakır, Elâzığ, İstanbul, İzmir, Kahramanmaraş, Kayseri, Kocaeli, Konya, Mardin, Malatya, Mersin, Muğla, Muş, Rize, Sakarya, Siirt, Şanlıurfa, Tunceli, Tekirdağ ve Van'da futbol okulları bulunmaktadır. Yurt dışında ise Almanya, Avustralya, Azerbaycan, Hollanda, Kırgızistan ve Moğolistan'da futbol okulları mevcuttur.
Beşiktaş'ın basketbol şubesi 1933 yılında kurulmuştur. (basketbol takımı) faaliyetlerine 1933 yılında başlarken, Kadın Basketbol Takımı ise 1966 yılında kurulmuştur. Her iki takımda maçlarını BJK Akatlar Arena'da oynamaktadır. (basketbol takımı) Türkiye Basketbol Ligi'nde, Kadın Basketbol Takımı ise Kadınlar Basketbol Süper Ligi'nde mücadele etmektedir. Kulübün basketbol şubesi bünyesinde, Beşiktaş Genç Kız, Beşiktaş Genç Erkek, Beşiktaş Küçük Erkek, Beşiktaş Küçük Kız, Beşiktaş Yıldız Erkek, Beşiktaş Yıldız Kız ve Beşiktaş Minik Erkek takımları faaliyet göster