Kleopatra Mısır kraliçesiydi. Sezar'ın evliliği 14 yıl önce bir çocuk sahibi olmadan sona erdiğinden Kleopatra ile olan ilişkisi Romalılar tarafından zina olarak değerlendirilmedi ve Sezar, Kleopatra ile olan ilişkisini sorunsuzca sürdürebildi. Kleopatra Roma'yı birkaç kez ziyaret etti ve bu ziyaretlerinde Sezar'ın Romanın hemen dışında, Tiber kıyısındaki villasında ikamet etti.

MÖ 47 yılının ilk aylarını Mısır'da geçiren Sezar, daha sonra Orta Doğu'ya yöneldi ve Pontus kralı II. Farnekes'i yok edeceği Zela Savaşı'nı kazandı. Ardından Pompey'in Afrika'da kalan senatoryal destekçileri ile hesaplaşmak üzere Afrika'ya geçti. Kısa süre sonra MÖ 46 yılında yapılan Thapsus Savaşında Metellus Scipio (bu savaşta öldü) ve Genç Cato'ya (intihar etti) karşı görkemli bir zafer kazandı. Bununla beraber, Pompey'in oğulları Gnaeus Pompeius ve Sextus Pompeius, Sezar'ın eski Legatesi ve Galya savaşlarının iki numaralı komutanı Titus Labienus ile birlikte Hispania'ya kaçtı. Sezar takibe devam etti ve geri kalan son muhalifleri de MÖ 45 yılı Mart ayında yapılan Munda Savaşı ile yok etti. Bu süre zarfında, Sezar MÖ 46 yılında Marcus Aemilius Lepidus'la üçüncü ve MÖ 45 yılında meslektaşı olmadan dördüncü defa Konsül seçildi.

Hispania'da seferde olduğu sırada, Senato Sezar'a "in absentia" (gıyabında) onur payeleri vermeye başladı. Sezar düşmanlarını yasaklamak yerine hepsini affettiği için kendisine karşı güçlü bir muhalefet yoktu. 21 Nisan tarihinde Munda'da elde ettiği zaferin onuruna büyük oyunlar ve kutlamalar düzenlendi.
MÖ 45 yılı Eylül ayında İtalya'ya geri dönen Sezar vasiyetini hazırladı ve yeğeni Gaius Octavius'u (Octavian) unvanı da dahil olmak üzere sahip olduğu her şeyin mirasçısı olarak tayin etti. Sezar ayrıca Octavian'ın kendisinden önce ölmesi durumunda ikinci varis olarak Marcus Junius Brutus'u belirledi.Bazı kaynaklarda Brutus'u evlatlık oğul ilan ettiği de söylenir.

Sezar devlet sübvansiyonlu hububatın satın alınmasını sıkı bir şekilde düzenledi ve alıcıların sayısını belirli bir rakamda sabitleyerek hepsini kayıt altına aldırdı. Fakirler için ayrılan tahıl paylarının satılmasını da yasakladı. MÖ 47-44 arasında emekli askerleri için arazi tahsisi ve Roma dünyası boyunca emekli asker kolonileri kurulmasıyla ilgili planlar hazırladı.

Sezar MÖ 63 yılında, görevleri arasında takvimi ayarlamak da bulunan Pontifex Maximus seçilmişti. Bu yetkiyle mevcut takvim sistemi üzerinde gerçekleştirdiği revizyon, yaptığı en etkili ve uzun soluklu reformlardan biri olarak tarihe geçti. Sezar MÖ 46 yılında her dört yılda bir artık yıl hesabına dayalı 365 günlük takvim sistemini geliştirdi (Jülyen takvimi olarak bilinen bu takvim Papa XIII. Gregory tarafından 1582 yılında revize edilerek günümüzde kullanılan Gregoryen takvimi oluşturulmuştur). Bu reformun bir sonucu olarak 455 gün uzunluğundaki standart bir Roma yılı mevsimlere bölünmüş oldu. Gregoryen takviminin 7. ayına Sezar'ın onuruna "July" (Latince Iulius'tan türetilmiştir) adı verilmiştir.
Bu dönemde Sezar Forumu ve içinde bulunan Venüs Genetrix Tapınağı ile birlikte pek çok kamu binası inşa edildi.

Antik biyografi yazarları Sezar ve Senato arasındaki gerilimi ve onun olası krallık iddiasını ayrıntılı biçimde tasvir ederler. Bu olaylar Sezar'ın Senatoda bulunan politik rakipleri tarafından suikast sonucu öldürülmesinin başlıca nedenidir.

Plutarch farklı bir anlatımla, Sezar'ın Senatoya adına tevcih edilen onurların olması gerekenden daha fazla olduğunu bildirdiğini ancak nankör birisi olarak görülmemek için bu pozisyonları kabul ettiğini aktarır. Kendisine "Pater Patriae" ("Vatanın Babası") unvanı da verilmiştir. Üçüncü kez Diktatör seçilmiş ve hemen ardından aslında onu on yıllık bir süre için diktatör yapacak şekilde birbirini izleyen dokuz tek yıl için Diktatör olarak atanmıştır. İlave olarak üç yıllık bir süre için "praefectus morum" (ahlak prefect'i) seçilmiştir.

Sezar, Senato tarafından "ömürboyu diktatör" anlamına gelen "Dictator Perpetuus" olarak adlandırılmıştır. Cumhuriyet tarihinde İlk kez olmak üzere, ön yüzünde bu unvan ve Sezar'ın profilden figürü arka yüzde ise tanrıça Ceres ve Sezar'ın unvanı olan "Augur Pontifex Maximus" bulunan bir Roma denarius'u basılmıştır. Cumhuriyet döneminde konsüllerin ve diğer kamu memurlarının imajlarının sikkeler üzerine basılması alışılagelmiş bir durum olsa da Diktatör unvanın sikke üzerine ilk kez basılıyor olması oldukça anlamlıydı.

Cassius Dio, MÖ 44 yılında bir senatör heyetinin Sezar'a tevcih ettikleri yeni onursal payeleri bildirmek üzere onu ziyaret ettiğinden bahseder. Sezar heyeti ayakta karşılamak yerine Venüs Genetrix Tapınağında oturarak kabul etmeyi tercih etmişti. Dio'ya göre bu durum gücenmiş senatörlerin Sezar'a suikast düzenlemesinin başlıca nedeniydi. Yine Dio'nun yazdığına göre Sezar'ın yandaşları bu hareketin nedeni olarak Sezar'ın ağır bir ishal geçiriyor olmasını göstermiş ancak düşmanları onun hiç kimsenin yardımı olmadan eve gittiğini gördüklerini iddia etmişlerdir.

Suetonius, Sezar'ın ayağa kalkmamasının nedeni olarak Cornelius Balbus tarafından engellenmesini gösterir. Suetonius ayrıca yüce Sezar Roma'ya döndüğünde toplanan kalabalıkla ilgili bir hikâye anlatır; Kalabalıktan birisi Sezar'ın Rostra'da bulunan heykeline defne dalından bir çelenk koymuştu. Tribünler Gaius Epidius Marcellus ve Lucius Caesetius Flavius duruma müdahale etmiş ve bu çelengin Jüpiter ve hükümdarlığı sembolize etmesi nedeniyle kaldırılmasını emretmiş, bunu duyan Sezar da tribünleri sahip oldukları resmi güçten men etmişti. Suetonius'a göre Sezar bu noktanın bir adım ötesi olan krallık unvanından ilgisini kesememiştir. Suetonius ayrıca kalabalıktan birisinin Sezar'a Latince kral anlamına gelen ""rex"" şeklinde hitap ettiğinden bahseder. Sezar'ın bu sesleniş üzerine "Ben Sezar'ım, Kral değil", şeklinde bir kelime oyunu ile cevap verdiği rivayet edilir. Ayrıca, Sezar Lupercalia festivali sırasında Rostra'da konuşma yaparken, onunla birlikte konsül seçilmiş olan Marcus Antonius defalarca başına bir çelenk takmaya çalışmıştır. Sezar bu çelengi "Jüpiter Opitimus Maximus'a" sunmak üzere bir kenera koymuştur.

Plutarch ve Suetonius'un bu olayları tasvir ediş şekilleri aşağı yukarı aynıdır ancak Dio, Sezar'ın heykeline çelenk ya da diadem takmak isyeyenlerin tribünler tarafından hapse atıldıklarını yazar. Ayrıca Sezar'a ""rex"" diye bağırılması olayının Alban Tepesinde gerçekleştiğini ve bağıran grubun yine tribünler tarafından hapse atıldığını yazar. Plebler, bağıran kişinin fikirlerini özgürce söyleyememesini protesto etmişlerdir. Sezar, Tribünleri Senatonun huzuruna çıkarmış, olayları senatörlerin oyların sunmuş ve hemen ardından da onları görevden alarak isimlerini kayıtlardan çıkarttırmıştır.

Suetonius ilave olarak Lucius Cotta'nın, Part ülkesini ancak bir kralın fethedebileceği kehanetine dayanarak, Senato'ya Sezar'ın kral olarak kabul edilmesini içeren bir öneri sunduğunu aktarır. Sezar gerçekten de Part Ülkesini fethetmeye niyetlenecek ve bu durum ikinci üçlü yönetim sırasında Marcus Antonius'un hayli başını ağrıtacaktı.

Brutus, arkadaşı ve karısının kardeşi Cassius ve diğer adamlarla birlikte kendilerine "Liberatores" adını vererek suikast planını hazırlamaya başladılar. Şamlı Nikolaos tarafından kağıda dökülerek günümüze ulaşması sağlanan pek çok plan üzerinde tartışmalar yapıldı:

Sezar'ın öldürülmesinden iki gün önce Cassius suikastçilerle bir toplantı yaptı ve eğer birileri planlarını öğrenirse hançerlerini kendilerine saplamalarını söyledi.

MÖ 15 Mart 44 tarihinde bir grup senatör, Senatoya gücüne geri vermesini rica eden bir dilekçe taslağını okuması için Sezar'ı foruma çağırdı. Ancak dilekçe bir kandırmacaydı. Suikast planını dehşet içindeki bir Liberator, Servilius Casca'dan bir gece önce kısmen öğrenen ve işlerin kötüleşmesinden korkan Marcus Antonius, Sezar'ı merdivenlerde engellemek için foruma gitti. Ancak Sezar'ın yolu Campus Martius'da bulunan Pompey Tiyatrosundan geçerken bir grup senatör tarafından kesildi ve Sezar doğu portikosuna bitişik bir odaya doğru yönlendirildi.

Sezar sahte dilekçeyi okumaya başladığı sırada dilekçeyi kendisine sunmuş olan Tillius Cimber, Sezar'ın togasını aşağı indirdi. Sezar, Cimber'e "Ama bu bir vahşet!" (""Ista quidem vis est!"") diye bağırdığı sırada, Casca hançerini çekti ve diktatörün boğazını bir yandan diğer yana kesti. Sezar hemen etrafından döndü ve Casca'nın kolunu yakalayarak "Casca, seni hain, ne yapıyorsun?" dedi Korkudan donakalmış olan Casca, Yunanca "Kardeşlerim, yardım edin" diye bağırdı ("", ""adelphe, boethei!""). Tam bu sırada aralarında Brutus'un da bulunduğu grubun geri kalanı da Sezar'ı bıçaklamaya koyuldular. Sezar kaçmaya çalıştı ancak gözleri kandan göremez olduğundan ayağı takıldı ve yere düştü; adamlar, Sezar portikonun alt merdivenlerinde savunmasız bir şekilde kalana kadar hançerlerini saplamaya devam ettiler. Eutropius'a göre bu suikaste müdahil olan kişi sayısı altmışdan fazlaydı. Sezar 23 defa hançerlenmiştir. Suetonius'a göre bir doktor, aldığı yaralardan sadece ikincisinin yani boynuna aldığı yaranın ölümcül bir yara olduğunu ispatlamıştı.

Diktatörün son sözlerinin ne olduğu kesin olarak bilinmemektedir ve bu konu tarih boyunca bilim adamları ve tarihçiler arasında bir tartışma konusu ola gelmiştir. Genellikle en bilinen versiyonu Latince bir deyiş olan "Et tu, Brute?" ( "Sen de mi, Brutus?") şeklindedir ve Shakespeare'in "Julius Caesar" adlı oyunundan alınmıştır. Aslında tam olarak makaronik bir satırın ilk parçası olarak: ""Et tu, Brute?" öyleyse yıkıl (öl) Sezar." şeklindedir. Shakespeare'in versiyonunu Romalı tarihçi Suetonius'un Sezar'ın son sözlerinin Yunanca bir deyim olan "" (""Kai su, teknon?" olarak okunur": Türkçesi "Sen de mi çocuğum?" şeklindedir) olduğunu iddia eden versiyonu takip eder. Diğer taraftan Plutarch Sezar'ın hiçbir şey söylemediğini ve suikastçilerin arasında Brutus'u gördüğünde togasını başının üstüne çektiğini aktarır.
Plutarch, suikastten sonra Brutus'un bir şeyler söylemek için yoldaşı senatörlerin önüne geçm