ük babam" diye hitap ettiği bir mektup yazarak 1508 yıllarının ilk aylarında Diyarbakır'a çekildi.

10 Eylül 1509'da "Memalik-i Rum" adı verilen Amasya, Tokat, Sivas, Çorum ve çevresinden başlayıp 45 gün şiddetle devam eden depremde halk, iki ay kadar çadırlarda yaşadı. Bu deprem, aynı şiddette İstanbul ve Edirne'de de meydana geldi. 14 Eylül 1509'da İstanbul, Osmanlı tarihinin kaydettiği en şiddetli depreme maruz kaldı. Küçük kıyamet ("Kıyamet-i Suğra") denilen bu depremde İstanbul'da 109 cami ve mescit ile 1.070 ev kullanılamaz hâle geldi. Halktan da 5.000 kadar insan yaşamını yitirdi. Binlerce insan yıkıntılar altında gömülü kaldı. Köpürmüş ve azgın bir hal almış olan deniz dalgaları, İstanbul ve Galata surlarını aşarak sokaklarda tufan meydana getirdi. Bu arada eski su bentleri de yıkıldı. Sultan II. Bayezid, sarayının duvarlarına güvenemediğinden bahçesinde gayet hafif ve tehlikesiz bir çadır kurdurarak orada on gün kadar ikamet etti. 

45 gün kadar, aralıklarla devam eden bu deprem, İstanbul sakinlerini sürekli bir heyecan içinde yaşattı. Çorum halkının üçte ikisi, şehirlerindeki toprak kaymaları yüzünden yarılıp açılan topraklar içinde hayatını kaybetti. Yine bu esnada Gelibolu istihkâmları da yıkıldı. Sultan II. Bayezid'in doğduğu şehir olan Dimetoka bir toprak yığını halini aldı.

Sultan Bayezid, bu deprem nedeniyle devletin ikinci başkenti olan Edirne'ye gittiyse de İstanbul depreminden 15 gün sonra Edirne'de İstanbul'dakinin benzeri olan ve aynı şiddette bir deprem daha meydana geldi. Mimar Hayreddin, 15 gün içinde Padişah için Edirne'de ahşap bir ev yaptı. Padişah, bu ahşap evde ikamete başladı. Aynı sene Edirne'de yine benzer şiddette bir deprem daha oldu. Tunca Nehri taşarak ve yatağını da aşarak depremin yıkıntılarını kapladı. Üç gün geçit vermeyen Tunca'nın taşmasıyla da birçok insan öldü.

Bundan sonra II. Bayezid İstanbul'un yeniden imarı için neler yapılması gerektiği konusunda ilgililerle bizzat toplantılarda bulundu. Toplantılar sonunda İstanbul'da yıkılan yerleri yeniden yapmak veya tamir etmek için yirmi evden bir kişi ve ev başına yirmi ikişer akçe toplandı. Bu şekilde Anadolu'dan 37.000, Rumeli'den de 29.000 cerahor (ücretli amele) çıkarılıp 3.000 kadar mimar ve marangoz getirildi. Bunlardan başka "Yaya"lardan 8.000, "Müsellem"lerden de 3.000 kişi kireç yakmakla görevlendirildi. 29 Mart 1510'da başlayan imar faaliyetleri 65 günde sona erdi. Bu inşaat ve tamiratta, İstanbul surlarından başka Galata'daki mahzenler, Galata Kulesi, Kız Kulesi, Rumeli ve Anadolu hisarları ve fenerlikleri, Çekmece köprüleri ile Silivri kalesi gibi önemli yerler de vardı. Sultan II. Bayezid'in bu çabaları üzerine İstanbul kısa bir sürede adeta yeniden inşa edilmiş oldu. Bu inşaat, bütünüyle Mimar Hayreddin'in nezareti altında yapıldı. İnşaatın tamamlanmasından sonra hükümdarın emri üzerine üç gün ve gece, fakirlere yemek dağıtıldı.

Şah İsmail'in Anadolu'da Şii propagandası yapmakla görevlendirdiği kişi, "Şah Kulu" adı verilen biriydi. Şehzadeler arasındaki huzurluğun ortaya çıktığı dönemde Şah Kulu önderliğindeki Kızılbaşlar isyan etti. İsyancılar; Antalya, Kızılcakaya, Korkuteli, Elmalı, Burdur ve Keçiborlu yerleşimlerine baskın yaptıktan sonra Kütahya önlerine geldi. Kendi üzerine gönderilen Anadolu Beylerbeyi Karagöz Ahmed Paşa yönetimindeki Osmanlı kuvvetlerini mağlup edilerek paşa esir alınsa da şehir ele geçirilememiştir.

Şahkulu isyanının büyümesi üzerine Vezir-i Azam Hadım Ali Paşa isyanı bastırmakla görevlendirildi. Karaman Beylerbeyi Haydar Paşa'yı öldürdükten sonra kuzeye ilerleyen Şahkulu, Altıntaş mevkiinde Şehzade Ahmet ile Hadım Ali Paşa' nın kuvvetlerince kuşatıldı. Bu sırada Şehzade Ahmet ile yeniçeriler arasında yaşanan anlaşmazlıktan faydalanan Şahkulu kuşatmadan kurtulmayı başardı. İsyancıları takip eden Hadım Ali Paşa Sivas civarındaki Çubukova ya da Gökçay mevkiinde Şahkulu kuvvetlerine yetişti ve Temmuz 1511'de yapılan çarpışma sonucunda Şahkulu ve kuvvetleri yenilgiye uğratıldı. Bu çarpışmada Şahkulu öldürülürken, Hadım Ali Paşa'da aldığı yaralar sebebiyle bir süre sonra hayatını kaybetti.

İsyanda esnasında Şehzade Ahmet'in en büyük destekçisi Vezir-i Azam Hadım Ali Paşa' nın ölmesinin yanı sıra Şehzade Ahmet ile yeniçeriler arasında yaşanan anlaşmazlık ileriki yıllarda şehzadeler arasında yaşanan taht mücadelesinde belirleyici olmuş ve yeniçeriler Şehzade Selim'i desteklemişlerdir.

II. Bayezid'in, Mahmut, Ahmet, Şehenşah, Selim, Mehmet, Korkut, Abdullah ve Alemşah isimli 8 oğlu ve pek çok da kızı olmuştu. Oğullarının en büyüğü babasının tahta geçmesinden kısa bir süre sonra vefat etti. Padişah'ın 6., 7., 8. oğulları olan Mahmut, Mehmet, Alemşah ise 1507'den önce öldüler. Hayatta sadece yaş sırası ile Şehzade Ahmet, Şehzade Korkut, Şehzade Selim ve Şehenşah kalmıştı. Hepsi de olgun yaşlara gelmiş, ya kırk yaşını geçmiş veya yaklaşmışlardı. Şehzade Korkut ile Şehzade Selim Alaüddevle Bozkurt Bey'in kızı olan Ayşe Hatun'un çocukları idiler. Şehzade Ahmet Amasya'da vali iken, Korkut Manisa'da, Şehzade Selim ise Trabzon'da vali olarak görevliydi. En küçük şehzade Şehenşah'ın annesi Karamanoğlu sülalesindendi ve bu nedenle Konya valiliğini yürütüyordu.

II. Bayezid'in hayatta kalan oğullarından Şehzade Korkut dışındakilerin hepsinin şehzadeleri vardı; yani hepsi kendisinden sonra tahta geçebilecek erkek çocuklara sahiptiler. Yalnız Şehzade Korkut'un pek çok kızı olmasına rağmen erkek çocuğu yoktu.

1509 yılında 40 yaşındaki Şehzade Korkut Manisa sancak beyi (Saruhan Beyi) iken Antalya sancak beyliğine (Teke Beyi) gönderilmişti. Vezir-i Azam Ali Paşa'nın kardeşi Şehzade Ahmet'i tuttuğunu bilen Şehzade Korkut bu tayinle tahttan uzaklaştırıldığının farkında idi. Babasının ani ölümü halinde kardeşi Ahmet Amasya'da olduğundan İstanbul'a Antalya'dan daha çabuk varabilirdi. Bu nedenle kendisinin tekrar Manisa'ya tayinini istedi, fakat kabul edilmedi. Bunun üzerine babasının gözünü korkutmak isteyen Şehzade Korkut tıpkı amcası Cem Sultan gibi hacca gideceğini söyleyip, 137 kişilik maiyeti ve 8 gemi ile 1509 yılında Antalya'dan yola çıktı. Aslında Şehzade Korkut'un denizciler üzerinde büyük bir tesiri vardı. Zaten denizcileri himaye etmesi ile ün kazanmıştı. Pek çok Osmanlı esirini fidyelerini cebinden verip kurtarmıştı. Bunun yanında denizcilik yapanları, reisleri korur, himaye ederdi.

Şehzade Korkut 29 Mayıs'ta Sultan Kansu tarafından Kahire'de muhteşem bir şekilde karşılandı. Bu arada devlet adamları bu olayın aynen Cem Sultan'ın hikâyesine benzediğinden kuşkulanmışlardı. Fakat Şehzadenin tek hedefi babasının ve Ali Paşa'nın gözünü korkutmaktı. Tüm çabalarına rağmen ataması yapılmadı ve Antalya'da kaldı.

Aynı dönemde Şehzade Selim yaptıkları ile takdir topluyordu. Safeviler'e karşı yapmış olduğu akın ve Gürcü kralları vergiye bağlaması gözleri ona çevirmişti. Şehzade Korkut ise daha yumuşak huylu ve mutedildi. Yalnız erkek çocuğunun olamayışı nedeniyle fazla taraftar toplayamamıştı. Esasen tahta Şehzade Ahmet geçecekti. Zira meşru veliaht, büyük şehzade idi.

Şehzade Selim İstanbul'a çok uzak olan Trabzon sancak beyiydi. Ağabeylerinden Ahmet Amasya'da, Korkut Manisa'da, küçük kardeşi Şehzade Şehenşah ise Konya'daydı. Bu durumda tahta en uzak şehirde olan kendisi idi. Bir defa tahta oturan şehzadeyi oradan atmak neredeyse imkansızdı.

Bu dönemde oğlu Şehzade Süleyman 14 yaşına gelmişti. Buluğ çağına gelen şehzadelere sancak verilmesi kanundu. Babası da oğlu Süleyman için Bolu sancağını istedi. Şehzade Süleyman Trabzon'a bağlı Şebinkarahisar sancak beyiydi. Bolu ise ayrı müstakil bir sancaktı. Selim'in isteği oldu ve Şehzade Süleyman Bolu'ya nakledildi. Tabii bu olaya Amasya Sancak beyi Şehzade Ahmet karşı çıktı. Çünkü Bolu Amasya ile İstanbul arasında bir noktaydı. Bu da kendisi için tehlikeli olabilirdi.

Şehzade Ahmet'in çabaları ile Şehzade Süleyman Bolu'dan ayrılacakken, Şehzade Selim bu sefer oğlu için Kefe sancağını istedi. Kefe Kırım'da bir liman şehriydi. Kırım Hanlığı'na bağlı olmayan şehir doğrudan doğruya İstanbul'a bağlı idi. Şehzade Selim'in düşüncesi kayınpederi olan Kırım hanı Mengli Giray'a yakın bulunabilmekti. Zira Mengli Giray da damadını destekliyordu. Bunun üzerine Şehzade Süleyman 1504 yılında ölen amcası Şehzade Mehmet yerine Kefe sancak beyi oldu.

1511 yılında Şehzade Selim büyük bir maiyet ile Trabzon'dan gemi ile Kırım'a gitti. Güya oğlu Süleyman'ı ve kayınpederini ziyaret edecekti. Asıl amacı kayınpederi ile sıkı bir işbirliği yapmak ve oğlu Süleyman'a talimat vermekti. Veliaht Şehzade Ahmet, Kırım Hanı'na bir mektup gönderdi ve kardeşi Selim'e yardımdan vazgeçmediği takdirde, padişah olduğu zaman Kırım tahtından ümit kesmesini açıkça söylüyordu. Mengli Giray buna kulak asmadıysa da, kayınpederini zor durumda bırakmak istemeyen Şehzade Selim Kırım'dan ayrıldı. Kardeşi Ahmet babasına baskı yaparak kayınpederini azlettirebilirdi.

Selim Kırım'dan Trabzon'a dönmek yerine Rumeli'ye geçti ve artık Trabzon'a dönmeyeceğini ve kendisine Rumeli'de bir sancak verilmesini istedi. Şehzadelere Rumeli'den sancak verilmesi yasalara aykırı olmasına rağmen ordu tarafından sevilen Şehzade Selim'e Semendire ve Vidin sancakları verildi.
Bu arada Şehzade Korkut babasının üzerindeki baskısını arttırarak tekrar Manisa sancağına atandı. 2 Temmuz 1511'de Konya sancak beyi Şehzade Şehenşah'ın 40 yaşında eceli ile vefatı üzerine taht adaylarının sayısı üçe indi.

1511 Temmuz'unda IIŞehzade Selim Vidin'den Edirne'ye geldi. Bu şehri işgal ettikten sonra Çorlu'ya geldi. Ancak 3 Ağustos günü babası II. Bayezid tarafından karşılandı. Birkaç dakikalık vuruşmadan sonra Şehzade mağlup oldu . Kaçmak zorunda kalan Şehzade ihtiyatı elden bırakmamıştı. Bulgaristan sahillerinde gemiler şehzadeyi bekliyordu. Bu olaydan sonra tekrar sancağına dönemezdi. Oğlunun yanına, Kefe'ye gelen şehzade orduyu elde etmeden taht yolunun zor olduğunu böylece anladı.

21 Ağustos 1511 günü II. Bayezid büyük oğlu Ahmet'i tahta geçirmek üzere İstanbul'a çağırdı. Veliaht Şehzade'nin Maltepe'ye kadar gelmesi üzerine Şehzade