meyeceğini ve yaptığı uygulamaların arkasında olduğunu belirtmiştir. Ayrıca Cumhuriyet Savcılığının TCDD Genel Müdürü Süleyman Karaman hakkında soruşturma açılması talebi Yıldırım tarafından reddedilmiştir. Makinistin tanımlı hız sınırını aştığı söylemiştir. Kazayla ilgili dava, 'zamanaşımı' nedeniyle 7 Şubat 2012 tarihinde düşmüştür.

İslamcı ve liberal yazarların bir arada bulunmasıyla öne çıkan "Yeni Şafak", 6 Ocak 2012 tarihinde sürmanşetten verdiği "TAV Bakanı bu işleri iyi bilir" başlıklı haberde Binali Yıldırım'ın TAV Havalimanları Holding'ine 800 milyon dolara satılan İstanbul Deniz Otobüsleri'nin (İDO) özelleştirilmesinde usulsüzlük yaptığını iddia etti. Fakat TAV Havalimanları Holding'i bu iddiaların gerçeği hiçbir şekilde yansıtmadığını belirterek yalanladı.

Yıldırım'ın kişisel ve aile finansı muhalefetten birçok eleştiri topladı. Mart 2014 tarihinde CHP Genel Başkan Yardımcısı Sezgin Tanrıkulu, Yıldırım'ın oğlunun 30 gemiye sahip olduğunu iddia etti ve 17 Aralık yolsuzluk ve rüşvet soruşturması sırasında Binali Yıldırım ile birlikte isimleri geçen kişilerin ortaklıklarının olduğu şirketlerin hangileri olduğunu sordu. Katıldığı bir programda bu iddiaları "Siyasete girince bütün işlerimi çocuklarıma devir ettim. Çocuklarım, 14 yıldır denizcilikle ilgili çalışıyorlar. Hiçbir kamu kuruluşu ile iş alışverişi ve ilişkileri yok. Çocuklarımın dokunulmazlığı yok buyursunlar istediklerini yapsınlar" sözleriyle yanıtladı.

2005 yılında çekilmiş bir fotoğrafta Binali Yıldırım, Samsun'da bir lokantada 'erkek protokol' ile otururken eşi Semiha Yıldırım'ın ayrı masada tek başına yemek yemesi tartışma konusu oldu. Fotoğrafla ilgili CHP, AK Parti'nin yeni bir toplumsal yapı arayışının sonucu olduğunu iddia etti. Yıldırım yaptığı açıklamada eşi Semiha Yıldırım'ın kendi tercihi ile başka masaya oturduğunu belirtti.

2013 yılında Binali Yıldırım mezun olduğu ve yüksek lisans eğitimini tamamladığı İstanbul Teknik Üniversitesi (İTÜ) tarafından düzenlenen İzmir balosunda yaptığı konuşmada Boğaziçi Üniversitesi'ni kazandığını fakat okulun bahçesinde 'genç kızların ve erkeklerin yan yana oturduğunu' gördüğünü ve bu okula kayıt olduğu takdirde 'yoldan çıkacağı' gerekçesiyle İTÜ'yü tercih ettiğini ifade etmiştir. Boğaziçi Üniversitesi öğrencileri, 'Dert etmeyin, siz zaten yoldan çıktınız' açıklamasını yaparak Yıldırım'a tepki göstermişlerdir.

Ulaştırma Bakanlığı döneminde Binali Yıldırım, 2013 yılında katıldığı Türk Telekom davetinde yaptığı konuşmada Bulut bilişim hakkındaki bilgisizliği sebebiyle sosyal medyada ve kamuoyunda alay konusu oldu. Konuşmasında “Bu bulut sistemi dedikleri bir şey var şimdi. Herkes oraya bir şey atıyor, gelen oradan işine yarayanı alıyor, ben böyle anlıyorum. Belki farklıdır." ifadelerini kullandı. Ayrıca kullanıcıların Bulut Bilişim'i sıkça kullandıkları takdirde akli dengelerini kaybedeceklerini iddia etti. Yıldırım'ın Başbakan olmasından kısa bir süre sonra konuşmasının bu kısmının Amerika Birleşik Devletleri Başkanı Barack Obama'nın 'Take Your Child to the Lab' projesini desteklemek amaçlı yaptığı konuşmasıyla karşılaştırıldığı video sosyal medyada paylaşım rekorları kırdı.

Binali Yıldırım, partisinin 4 Şubat 2014 ve 6 Mayıs 2014 tarihli Türkiye Büyük Millet Meclisi (TBMM) grup toplantılarında kendisine hakaret ettiğini öne sürdüğü CHP Genel Başkanı Kemal Kılıçdaroğlu aleyhine 10 bin Lira manevi tazminat istemiyle dava açtı. Yıldırım'ın avukatı Serkan Bayram aracılığıyla mahkemeye sunduğu dava dilekçesinde, Kılıçdaroğu'nun “devlet ihalelerinin dağıtılmasında usulsüzlük yapıldığını”, “bu paraların bir havuzda biriktirildiğini”, “bu havuzu idare edenin Binali Yıldırım olduğunu” ileri sürdüğü kaydedildi. Dilekçede, Kılıçdaroğlu’nun, “Binali dersek yanlış olur ’Milyon Ali’dememiz lazım buna”, “Milyon Ali devreye giriyor, herkesten 10 bin, 20 bin değil milyonlar istiyor” ve “Sen neymişsin be Milyon Ali, haberimiz bile yokmuş senden" gibi ifadeleri ve sözleriyle Yıldırım'ın kişilik hakları zedelediği kaydedildi. İstanbul 6. Asliye Hukuk Mahkemesi, Kılıçdaroğlu'nun Yıldırım hakkında kullandığı ifadelerin eleştiri niteliğinde olduğu kanaatine vararak davayı reddetti.

2015 yılında Gazeteci Ahmet Şık, adlı kitabında Yıldırım'a hakaret ettiği gerekçesiyle, 4 bin liralık manevi tazminat ödedi. Dava dilekçesinde Yıldırım'a yönelik asılsız ithamlarda bulunarak, hakaret ettiği öne sürülmüş, Yıldırım'ın kişilik haklarının ve manevi şahsiyetinin zedelendiği kaydedilmiştir.

Yıldırım, 2016 Türkiye askerî darbe girişimi sonrası oluşturulmaya çalışılan toplumsal mutabakat ortamına katkıda bulunmak amacıyla 4 Ağustos 2016 tarihinde aralarında siyasiler, yazarlar ve gazetecilerin de bulunduğu isimler hakkında açtığı 1500 davayı avukatı aracılığıyla geri çektiğini açıklamıştır. Ayrıca eşi Semiha Yıldırım ve oğlu Erkan Yıldırım da davalardan vazgeçtiğini açıklamıştır.

2013 yılında Türkiye Cumhuriyeti Ulaştırma, Denizcilik ve Haberleşme Bakanlığından ayrılan Yıldırım, 5 Haziran 2014 tarihinde dönemin AK Parti genel başkanı ve başbakanı Recep Tayyip Erdoğan'ın özel danışmanlığı görevine atandı. 2014 Türkiye cumhurbaşkanlığı seçimi'nde Erdoğan'ın %51,79 oy alarak Cumhurbaşkanı seçilmesinin ve Ahmet Davutoğlu'nun 62. Türkiye Hükûmeti'ni kurarak Başbakanlık görevine başlamasının ardından Yıldırım, Erdoğan'ın danışmanlığı görevini Haziran 2015 Türkiye genel seçimleri'ne kadar gayrıresmi olarak devam etti. Seçimden sonra resmi olarak atanan Yıldırım, Kasım 2015 Türkiye genel seçimleri'nde milletvekili seçilene kadar bu görevini resmen yürüttü. Bu dönemde basın tarafından Erdoğan'ın en yakın destekçisi olarak gösterilmiştir.

2014 Türkiye yerel seçimleri'nde Yıldırım, AK Parti'nin İzmir Büyükşehir Belediye Başkan adayı olarak yarıştı. İzmir, Cumhuriyet Halk Partisi'nin (CHP) yapılan birçok seçimde bu ilde en yüksek oy alması nedeniyle 'CHP'nin kalesi' olarak görülmüştür. Kampanyasında ""İzmir'e iyi bir bakan lazım"" sloganını kullanan Yıldırım, eğer seçilirse İzmir'in plaka kodu olan 35 sayısı kadar proje yapacağını söyledi. Bu projelerin arasında İzmir'in iki yakasını bağlayacak ve 3,5 milyar liralık yatırımla hayata geçirilmesi planlanan Körfez Geçiş Projesi de yer aldı.

2013 yılında yapılan bazı anketler, Yıldırım'ın 1 puan ile CHP'nin önüne geçeceğini belirtti. Ancak Yıldırım oyların %35.9'unu alarak ikinci sırada, İzmir'de 2004 yılından beri yapılan yerel seçimlerde en yüksek oyu alarak İzmir Belediye Başkanlığı görevine seçilen Aziz Kocaoğlu oyların %49.6'sını alarak birinci sırada çıktı. Yıldırım AK Parti'nin 2009 Türkiye yerel seçimleri'ndeki %30'luk oyunu %36'ya çıkardı. Seçim sonrası Yıldırım, partisinin seçimi birinci sırada tamamladığı 6 ilçeye teşekkür ederek bu ilçelere yapılan hizmetlerin artırılacağını ifade etti. 2016 yılında Ahmet Davutoğlu'nun istifa etmesinin ardından İzmir Belediye Başkanı Kocaoğlu, Davutoğlu'ndan sonraki Başbakanın Yıldırım olmasını tercih edeceğini belirtti.

Ahmet Davutoğlu'nun Başbakanlığı döneminde Binali Yıldırım'ın Adalet ve Kalkınma Partisi'nin sonraki genel başkanı olacağı iddia edilmiştir. Özellikle 12 Eylül 2015 tarihinde gerçekleştirilen 5. Adalet ve Kalkınma Partisi Olağan Kongresi'nde Yıldırım'ın AK Parti genel başkanlık görevi için Davutoğlu'yla yarışacağı iddiaları daha da artmıştır. Fakat AK Parti Sözcüsü Beşir Atalay, tek adaylarının Davutoğlu olduğunu belirterek iddiaları yalanlamıştır.

Binali Yıldırım, Ahmet Davutoğlu'nun görevi bırakma kararı sonrasında 22 Mayıs 2016 tarihinde gerçekleştirilen 2. Adalet ve Kalkınma Partisi Olağanüstü Kongresi'nde AK Parti Genel Başkanı seçilmiştir. Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan tarafından hükümet kurma görevi ise 24 Mayıs 2016 tarihinde verilmiştir. Yıldırım, 65. Türkiye Hükümeti'ni kurarak başbakanlık görevine başlamıştır. 1996 ve 1997 yılları arasında başbakanlık yapmış Necmettin Erbakan'dan 20 yıl sonra ilk mühendis başbakan olan Yıldırım'ın kurduğu 65. Türkiye Hükümeti, Türkiye Büyük Millet Meclisi (TBMM) tarafından 315 oyla güvenoyu almıştır.

4 Mayıs 2016 tarihinde Recep Tayyip Erdoğan ve Ahmet Davutoğlu arasında, Cumhurbaşkanlığı kaynakları tarafından "haftalık olağan görüşme" olarak açıklansa da, rutin görüşme gününden bir gün önce Cumhurbaşkanlığı Külliyesi'nde ikili bir toplantı yapıldı. Bu toplantıda bir süredir devam eden ikili arasındaki gerilimin sonucu olarak, Davutoğlu'nun doğrudan istifa etmesi yerine Adalet ve Kalkınma Partisi'ni (AK Parti) kongreye götürmesi ve yeniden genel başkan adayı olmaması kararlaştırıldı. Bu toplantıdan bir gün sonra Davutoğlu, 5 Mayıs 2016 günü Kasım 2015 Türkiye genel seçimleri'nden sonra sadece 6 ay görev yapmasını nazara vererek "4 yıllık sürenin daha kısa sürmesi benim tercihim değildir. Zarurettir" şeklinde bir açıklama yaptı ve AK Parti'yi 22 Mayıs'ta yeni Genel Başkan seçimi yapması için 2. Adalet ve Kalkınma Partisi Olağanüstü Kongresi'ni çağırdı.

Ahmet Davutoğlu'nun istifasının ardından, yeni AK Parti Genel Başkanı'nın Yıldırım, Recep Tayyip Erdoğan'nın damadı ve Enerji Bakanı Berat Albayrak ya da Erdoğan'a yakınlığıyla bilinen diğer AK Parti'li siyasetçilerin olacağı iddia edildi. 19 Mayıs 2016 tarihinde Yıldırım, Adalet ve Kalkınma Partisi Merkez Karar Yönetim Kurulu (MKYK) tarafından Genel Başkan adayı olarak açıklandı. 22 Mayıs 2016 tarihinde gerçekleştirilen 2. Adalet ve Kalkınma Partisi Olağanüstü Kongresi'nde Yıldırım 1,411 delegeden 1,405'ini alarak (6 oy geçersiz sayıldı) AK Parti'nin yeni Genel Başkanı seçildi. Birçok üst düzey AK Parti'li politikacı Merkez Karar Yönetim Kurulu'nda yer almadı.
24 Mayıs 2016 tarihinde kurulan 65. Türkiye Hükûmeti'nde Ekonomik Koordinasyon Kurulu'nun (EKK) başkanlığı, Ekonomiden Sorumlu Başbakan yardımcılığı görevine tekrar atanan Merkez bankası'nın bağımsızlığına yaptığı vurgularla bilinen Mehmet Şimşek'ten alınarak Binali Yıldırım'a verildi. Yeni Ekonomi Bakanı'nın Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan'ın damadı Berat Albayrak olacağı iddia edilse de Bakanlığa Erdoğan ile yakın görüşler dile getiren Nihat Zeybekci atandı. Mal