cipe genelinde dört yıllık ilkokul eğitimi zorunlu olup, kız ve erkek çocukların okula gitme ortalaması 11 yıl düzeyinde tahmin edilmektedir. Ülkede 2001 yılından bu yana öğrencilerin okula gitme oranları ile ilgili sağlıklı bir veri bulunmamaktadır. Ülke genelinde mevcut olan dersliklerin, eğitim malzemelerinin yetersizliği ile öğretmenlerin düşük maaş nedeniyle yaşadığı sorunlar nedeniyle çocukların okula gönderilmesi konusunda toplumsal destek pek bulunamamaktadır. Hükumetlerin finansal destek sağlayamadığı eğitim alanındaki faaliyetler, dış finansal desteğin sağlanmasına bağlı bir konumda yürütülmektedir.

Ülke genelinde 5-14 yaş aralığında bulunan çocukların 2006 verilerine göre %8'i çocuk işçi olarak kullanılmaktadır.

Ada ülkesinin koloni öncesine ait bir tarihi bilinmediği için bulunmamaktadır. Adaya ilk gelen Portekizli kaptan ve kaşif João de Santarém ayak bastığında adada herhangi bir yaşam bulunmamaktaydı.

João de Santarém yetkiyi Portekiz kralı V. Alfons'dan alan iş adamı Fernão Gomes adına Afrika kıyılarında masrafları kendisi tarafından karşılanmak üzere keşife çıkmış ve bunun sonucunda 21 Aralık 1471 tarihinde São Tomé adasına ayak basarak, adayı Portekiz adına el koymuştur. Adayı keşfettiği gün "Aziz Thomas" kutlamalarının olması nedeniyle adaya "São Tomé" adını veren Santarém, bu olaydan yaklaşık bir ay sonra da ada ülkesinin diğer adası olan Príncipe adasını da ilk Avrupalı olarak keşfederek Portekiz adına bu adayı da sahiplenmiş ve adaya "São Antão" adını vermiştir.

Adalar her ne kadar 1471 ve 1472 yıllarında keşfedilmiş olsa da ilk yerleşme çabaları 1485 yılından gerçekleştirilmiş ancak başarılı olunamamıştır. İlk olarak 1495 yılında Alvaro de Caminha Portekiz kralından kendisine yurtluk esasına göre São Tomé adasında tahsis edilen bölgeye daimi olarak yerleşmiştir. Ülkenin diğer adası olan Príncipe adası da ilk olarak 1500 yılında yine yurtluk esasına göre Portekizli soylular tarafından yerleşim yeri olarak kullanılmaya başlanmıştır.

Adaya gelen ilk yerleşimciler kendi rızasından ziyade zorunlu olarak yerleştirilmiş, Portekiz'deki hükümlülerin yanı sıra Afrika'nın güneyinden getirilen köleler ile İspanya'dan göçe zorlanan ve 1492 yılında Portekiz'e kaçan ancak buradan da bu adaya sürülen ve kendilerine Sefarad olarak adlandıran Musevilerden toplanan 2.000 çocuk bu adanın ilk yerleşimcilerinden olmuşlardır. Özellikle Museviler Portekiz'e kaçtıktan sonra buradaki yasalar nedeniyle zorluklar yaşamışlar, kendilerinden Musevi olmaları nedeniyle talep edilen vergileri ödeyememiş bunun üzerine de kral bu ailelerden çocuklarını alarak bunları adaya sürgüne göndermiştir.

1506 yılına gelindiğinde adada 600'ü musevi çocuklar olmak üzere bin nüfusun yanı sıra 2.000 köle yaşamaktaydı. Ada bu yıllarda Portekiz köle ticaretinin önemli merkezlerinden biri haline gelmiş, Portekiz buradan birçok köleyi kendisine ait olan Brezilya ile Karibik'te bulunan sömürge bölgelerine göndererek plantasyonlarda çalıştırmıştır. Yine aynı dönemlerde Portekiz mevcut köle gücünü kullanabilmek adına ada üzerinde şeker kamışı plantasyonları kurmuş ve köleleri burada çalıştırmıştır. 16.yy sonlarına gelindiğinde ada üzerinde 12.000 ton şeker imalatı üretilmekteydi. 1572 yılından itibaren São Tomé, 1573 yılından itibarende Príncipe direkt olarak Portekiz kraliyetine bağlanmıştır.

17.yy başlarından itibaren ada üzerinde değişimler yaşanmıştır. Bundan önceki 100 yıl boyunca bulunduğu ortamlardan kaçan köleler ulaşımın zor olduğu sık ormanlık alanlarda yerleşimler kurarak hayatlarına devam eden geldikleri bölgeden dolayı "Angolas" olarak adlandırılan köleler 17.yy'den itibaren şeker kamışı plantasyonlara ve yerleşim yerlerine saldırarak bu alandaki ekonominin ciddi zarar görmesine sebep olmuşlardır. Yaşanan bu olumsuzlukların yanı sıra Brezilya'da bulunan şeker kamışı plantasyonlarının daha verimli çalışması nedeniyle üretim ada üzerinde bundan önceki üretimlerin onda birine kadar düşmüştür. Adada yaşayan birçok varlıklı Portekizli aile burayı terkederek Brezilya'ya göçmüş ve yatırımlarına orada devam etmişlerdir. Tüm bu olayların yaşanması neticesinde koloni sahibi Portekiz'in ada üzerindeki ilgisi azalmış, bununla birlikte ada limanlarını Afrika ülkeleri ile Güney Amerika arasında ticaret yapan diğer uluslara ait gemilerine de açarak ada üzerindeki ticareti canlı tutmaya çabalamıştır. Ancak bu dönemde çok sık yaşanmaya başlayan köle isyanları izole olmuş ada bölgesinde sorunlar yaşanmasına neden olmaktaydı. 1844 yılına gelindiğinde ise 185 beyaz Avrupalı'ya karşın adada "filhos de terra" (Türkçe: "Yeryüzünün çocukları") olarak adlandırılan ve Portekizliler ile yerli halktan doğma çocukların oluşturduğu 7.054 melez ırk, bunun yanında da 5.514 köle ile 1.200 dolayında Angolas yaşamaktaydı.

1822 yılında Portekiz'in Brezilya üzerindeki hakimiyetin son bulması üzerine ada da ikinci kolonileşme dönemi başlamıştır. Brezilya'nın kaybedilmesi sonucu Portekizliler yeniden adaya yatırım yapmaya başlamış ve plantasyonlar kurmuşlardır. Bu süreçte hak sahiplerinin Portekiz'de bulunduğu plantasyonlar yerli halkın elinden zorla ve kandırılarak alınmış ve ada üzerindeki sahipleri tarafından belirlenen yöneticiler tarafından idare edilmiştir. Yaşanan bu olaylar neticesinde yerli halk toprağını kaybetmiş, verimli, volkanik toprakların tamamı Portekizli büyük işletmelere geçmişti. Portekizliler bu süreçte yeni ürün ekimlerine de başlamış bu doğrultuda kahve ve kakao plantasyonları kurmuşlardır. 1869 yılında Portekiz ile birlikte tüm kolonilerinde köleliğin yasaklanmasına rağmen kölelerin dokuz yıl boyunca "eski sahipleri" için çalışma zorunluluğu getirildiği için kölelik adada fiili olarak 1878 yılında sonlandırılmıştır. Kölelik kaldırılmış olsa da ücret karşılığı zorunlu çalıştırılma uzun yıllar adada devam etmiştir. Ada yerlileri bu süreçten sonra plantasyonlarda çalıştırılmayı kölelik ile eş tuttukları için reddetmiş, zor durumda kalmak istemeyen toprak sahipleri de "servicais" adını verdikleri sözleşmeli işçiler Afrika'nın diğer bölgelerinde adaya getirterek çalıştırılmışlardır. Afrika ana kıtasından sözleşmeli işçi olarak adaya gelen kişilerin aksine adada yaşayanların sözleşmeli işçi olarak başvurmaları yasaklanmış, bu yasak yerli halkın köleliğin kaldırılması sonrası zor durumda kalmasına neden olmuştur. 1900 yılına gelindiğinde adada çalışan sözleşmeli işçi sayısı 42.000'e ulaşmış vaziyetteydi. 1908 yılında ise São Tomé ve Príncipe dünyanın en büyük kakao üreticisi haline gelmişti. 1909 yılında Britanyalı gazeteci Henry Nevinson'un adadaki "modern kölelik" ile ilgili yazı yazması ve bu bağlamda çikolata üreticilerini adadan gelen "kölelik kakaoları"nı boykot çağrısı yapması neticesinde Portekiz 1909 yılında adada çalıştırılan diğer Afrika bölgelerinden gelen işçilerin ve bu işçilerin adada doğan çocuklarının tekrar ülkelerine dönüşlerine izin vererek onları geri dönmelerini sağlamıştır. Portekiz bunun sonucunda ortaya çıkan işçi problemini de diğer sömürge bölgeleri olan Mozambik ve Yeşil Burun Adaları'nda hapishanelerde bulunan kişilerin adaya getirilerek çalıştırılması ile çözümlemiştir.

Yeni yüzyıla girilmesi ile birlikte ada ekonomisi sıkıntılı bir sürece girmiş olmasına rağmen, adanın yerli zenginleri çocuklarını okuması için anavatan Portekiz'e gönderme imkanı yakalamışlardı. Portekiz'e gönderilen çocuklar burada farklı gazeteler çıkarmış, 1919 yılında da özgürlükçü kulüp "Liga Africana"'yı kurarak örgütlenmişlerdir. Aynı örgütlenme çabaları adada da yürütülmüş, Portekiz'in bağımsızlığını kazandığı 1911 yılında yerel yetiştiriciler "Liga dos Interesses Indigenas" (Türkçe:"Yerel halkın çıkarları için lig") adında bir oluşum kurarak Portekizli büyük toprak sahiplerine karşı örgütlenmişlerdir. Bu girişim 1926 yılında yasaklanarak kapatılmıştır. 1937 yılında koloni yönetimi çıkarttığı yeni kişi başına vergi yasası ile yerlileri plantasyonlarda çalışmaya zorlamıştır. 1951 yılında adalar pratikte herhangi bir değişikliğe yol açmamasına rağmen Portekiz'in denizaşırı ili statüsüne getirilmiştir. 1952 yılında dönemin valisi tarafından kişilerin 90 gün zorunlu olarak çalıştırmasını gerektirecek şekilde kişi başına ödenmesi gereken vergiyi arttırarak 90 Escudos'a çıkartmıştır. 1953 yılında yerli toprak sahiplerine ait olan toprakların Yeşil Burun Adaları'ndan işe alınanlar lehine istimlak edilecek söylentilerinin yayılması neticesinde ayaklanma çıkmış, bu ayaklanma tarihte Batepá katliamı olarak yerini almıştır. Bu ayaklanma ve sonucunda kolluk kuvvetlerinin, gönüllü beyazların, suçluluların ve taşeron işçilerin bu ayaklanmayı bastırma çabaları farklı kaynaklara göre yüz ile 2.000 arasında kişinin hayatını kaybetmesine neden olmuştur. O dönemin yetkilileri olaylara karıştığı iddia edilen kişileri yargılayarak sınırdışı etmiş, sorumlu vali ve diğer kamu görevlileri ise ödüllendirmiştir. Yaşanan bu ayaklanma ada genelinde ulusal bilincin başlamasına yol açan önemli bir faktör olarak kabul edilmiştir.

Ada genelinde Portekiz'in Afrika ana kıtasında sahip olduğu diğer sömürge bölgeleri Angola, Mozambik ya da Portekiz Ginesi (günümüzde Gine-Bissau) bölgelerinde olduğu gibi silahlı bir isyan örgüt meydana gelmemiştir. Tüm organize protestolar yurt dışında sürgünde bulunan kişiler tarafından gerçekleştirilmiştir. 1960 yılında adanın bağımsızlığını hedef alan "Comissao de Libertacao de São Tomé e Principe" (CLSTP) (Türkçe:"São Tomé ve Principe Kurtuluş Komitesi") kurulmuş, bu komite 1964 yılında da Afrika Birliği Örgütü tarafından da bağımsızlık hareketi olarak kabul edilmiştir. Komitenin liderliğini üstlenen ve ilerleyen yıllarda da ada ülkesinin başbakanı olarak da görev alacak olan Miguel Trovoada, hareketi Gabon topraklarından yönetmiştir. Gabon'dan aldığı destek karşılıksız bir konumda değildi, Gabon söz konusu adaların kendi topraklarına katılması yönünde düşüncelerine sahipti. 1972 yılında komite adında değişikliğe giderek "hareket" ismini almış ve bu yıldan itibaren "Movimento de Libertação de São Tomé e Príncipe" (MLSTP) (Türkçe:"São To