rbahçe burunlarının yer aldığı hareketli bir kıyı çizgisi yer almaktadır. Fenerbahçe Burnu ile Bostancı arasında sahil şeridi fazla girintili çıkıntılı olmayan oldukça düz bir çizgiye sahiptir. Ancak sahil şeridi yapılan dolgularla doğal özelliğini önemli ölçüde yitirmiştir.

Kadıköy'ün başlıca akarsuları Kuşdili Deresi (Kurbağalıdere), Çamaşırcı Deresi (Bostancı Deresi), Turşucu Deresi ve Seyit Ahmet Deresi'dir.

Kadıköy'ün kuruluşu İstanbul'un kuruluşundan çok eski yıllara dayanır. Fikirtepe'de 1942 ile 1952 yılları arasında yapılan kazılarda MÖ 3000 yıllarına ait aletler ve insan iskeletleri bulunmuştur. Ayrıca balık, köpek, koyun, keçi kemiklerine rastlanmıştır. Bulunan araçlar arasında taştan çekiç, kemik, keramik, taş ağırşakları, bronz eserler, inci taneleri, firuze taşından eserler de vardır.
Moda Burnu'nda Kalkedon kentinde Fenikelilerden kalma kandiller, vazo kırıkları, öküz heykeli, pişirilmiş balçıktan sakallı erkek başı, Kalkedonya Kitabesi'nin yazıldığı bronz levha bulunmuştur.

Fikirtepe'deki Karhadon, Moda Burunu'ndaki Kalkedon kentleri, Fenikelilerin Karadeniz kıyılarında kurdukları kentlere hareket ermek için durma, gereksinimlerini tamamlama merkeziydi.

İyonya'dan (Anadolu'nun Ege Denizi kıyılarından) gelen ve Yunanistan'a inen Akaların bir kolu MÖ 675 yıllarında Fikirtepe ve Moda'daki iki Fenike kentini aldı. Bugün Bahariye, Mühürdar, Moda semtlerinin bulunduğu yerlere yerleştiler. Kalkedon şehrini genişlettiler. Kısa süre içinde İzmit'e kadar olan bölgeyi el geçirdiler. Buralarda Kalkedon Devleti'ni kurdular. Anadolu'nun içlerinden gelenleri bu topraklara yerleştirdiler. Başkent Kalkedon (Kadıköy) oldu. Ülkenin adına Kalkedonya deniyordu. Kalkedonyalılar savaşçı ve uygarlıkta ileriydiler.

Kalkedonyalılar bugünkü Haliç'in Unkapanı'yla Eyüp arasında oturan Traklarla, Fenike kentleriyle, İzmit'teki Bitinyalılarla, Bergama Devleti'yle ticaret yaparlardı.

Haydarpaşa Deresi'nin düzlüklerinde hipodromları, tapınakları vardı. MÖ V. yüzyılda Kral Periyut, "talen" adı verilen madeni paralar çıkardı.
Kalkedonyalılar şehrin savunmasını da düşünmüşlerdi. Perslerden, Bitinyalılardan, Gotlardan korunmak için Haydarpaşa çayırıyla Kuşdili çayırı arasında bir hisar yapmışlardı. Sonradan doğudan ve batıdan gelenler buradaki surları ve eserleri yıktılar.

Kalkedonyalılar cam eşya, altından küpe, yüzük gibi süs eşyası yapmasını ve mermeri işlemesini iyi biliyorlardı. Kentlerinin kapısına "Khalkedon" yazılı kitabeler asarlardı.

MÖ 658 yıllarında Yunanistan'ın Korent kanalı dolaylarından kurtulmak, daha verimli topraklarda yaşamak için kendilerine yeni bir yurt aradılar. Delf Tapınağı'nın kâhini, Megara Kralı Vizas'a "Körler ülkesinin karşısındaki yerler size yurt olacak" dedi.

Kral Vizas halkıyla birlikte yurt aramaya çıktı. MÖ 650 yılında Sarayburnu'na geldi. Sarayburnu'ndan etrafına bakınca buranın güzelliğine şaştı. Kalkedonyalıların bu kadar güzel, bu kadar yaşamaya elverişli yeri göremeyip boş bıraktıklarına göre kör olması gerektiğini düşündü ve kâhinin dediği, körler ülkesinin karşısındaki yer burasıdır diye Sarayburnu'nda konakladı. MÖ 608'le 600 yılları arasında Sarayburnu'nda kendi adını verdiği "Bizans" şehrini kurdu.

Pers Kralı Dârâ (Darius) İskitlerle savaşa giderken Kalkedonya'yı da aldı. Bunun üzerine Kalkedonyalılar Bizanslılarla birlik olarak Dârâ'ya karşı savaştılar. Dârâ, Kalkedonyalıların evlerini, tapınaklarını, kentlerini yaktı, yıktı. Dârâ, Fenikelilerle birlik oldu. Kalkedonyalılar önce İyonlarla, sonra Bizanslılarla birleşip yeniden savaşa tutuştular. Kalkedonyalılar savaş alanını bırakıp kaçtı. Fenikeliler donanmalarıyla Bizanslılara saldırdı, Kalkedonya'yı yakıp yıkarak ele geçirdiler.

Kalkedonya Perslerin eline geçmişti. Makedonya Kralı İskender, Persleri yenip Pers kentleriyle birlikte Kalkedonya'yı da aldı.

MÖ 281 yılında Bitinyalılar Marmara kıyılarındaki kentlerin çoğunu ellerine geçirdiler. Kalkedonya'yı da aldılar. Kalkedonya bir ara özgür kalmışsa da çok geçmeden Romalıların yönetimine girdi. Makedonya Savaşı sırasında Kalkedonyalılarla Romalılar anlaştılar. Romalılar Kalkedonyalılara savaş gemileri göndererek askeri yardım yaptılar.

Kalkedonya 561 yılının 21 Mart'ında Arapların saldırısına uğradı, 667 yılında Araplar yeniden İstanbul kıyılarında görüldüler. Kıyı kentlerinden birçok tutsak alıp ülkelerine döndüler.

Haçlı savaşlarında da Haçlı orduları birkaç kez Kalkedonya'yı çiğnediler.

781 yılında Abbasi Devleti Halifesi Harun Reşit'in komutanlarından Malatyalı Battal Gazi Kalkedonya'yı aldı. Bu tarihten sonra Kalkedonya adı yerine Gaziköy adı kullanılmaya başlandı.

Kutalmışoğlu Süleyman Şah 1080 yılında Kalkedonya'yı Anadolu Selçuklu Devleti'ne kattı. Fakat bir süre sonra son kez Bizanslıların eline geçti. 1096 yılında Haçlı orduları Kalkedonya'dan Asya'ya geçtiler. Daha sonra dördüncü Haçlı orduları 1204'te Kalkedonya'yı İstanbul'la birlikte işgal ettiler. Yakıp yıktılar, yağmaladılar, anıtlardaki değerli madenleri söktüler.

Antik kaynaklara göre Khalkedon şehrinin dört limanı vardı. Biri bugünkü Kadıköy Meydanı’ndaki, ikincisi Fenerbahçe Burnu’ndaki Hiera Limanı, üçüncüsü Fenerbahçe burnunun kuzey tarafındaki Eutropo, dördüncüsü Kurbağalıdere çevresinden Kalamış Koyu’na doğru olan kısımda yer alır. Ayrıca şehre ait tiyatro, hipodrom, Constanius Sarayı, Ayai Eufemiave, Ayaios Yeoryios kiliseleri ile çeşitli yapıların varlığı bilinse de bugüne yerüstünde herhangi bir kalıntıya ulaşmamıştı. Ancak Altıyol civarı ile 1970'li yıllarda Osmanağa Camii yakınlarında yapılan çeşitli inşaat kazılarında pişmiş toprak ve mermerden su künkleri ile sur duvarlarına rastlanmıştı. Bazı altyapı ve inşaat çalışmaları sırasında rastlanan arkeolojik kalıntılar nedeni ile İstanbul Arkeoloji Müzeleri az sayıda kurtarma kazısı yaptı. Bu kazılardan M.Ö. 6. yüzyıl (Arkaik Dönem) ile Roma Dönemi’ne (M.Ö 1-M.S.4. yüzyıl) tarihlenen birçok eser ortaya çıkartılmıştı ve bunlardan bir bölümü hâlen müzenin ‘Çağlar Boyu İstanbul’ sergi salonunda sergileniyor.
1987 yılında Altıyol’da Arkeoloji Müzeleri’nin yapmış olduğu kurtarma kazısı sırasında 6 adet lahit ile birlikte bir podyum ile çok sayıda depo ve mutfak kapları da bulunmuştu.

Arkeologlar Derneği'nin 2013 yılında hazırladığı raporda Fenerbahçe Şükrü Saracoğlu Stadyumu'nun bulunduğu alan SİT Alanı ilân edilerek kurtarma kazıları yapılması isteniyor. Raporda, "Tarih sahnesinde önemli bir yeri olan Khalkedon antik kentinde sistemli hiçbir araştırma maalesef yapılmamıştır. Antik kent içerisinde yapılan hiçbir inşai faaliyet denetim altında yapılmamıştır. Çok az sayıda ihbarın sonucunda yapılan kazılar dışında herhangi bir kazı çalışması gerçekleştirilmemiştir. Çok büyük bir kısmı tahrip olan kentte en azından bugünden itibaren denetimli inşaat faaliyetleri yürütülmesi sağlanıp kent ile ilgili bilgiler toplanmalıdır. Antik Khalkedon’un sınırları tam olarak belirlenip III. derece arkeolojik sit ilan edilerek inşaai faaliyetlerin denetim altında yapılması sağlanmalıdır." deniyor.

Stat, eski haritalara göre antik Khalkedon kentinin tam kalbinde yer alıyordu. Antik kente ait saray, tapınak ve hipodrom kalıntıları da bu bölgedeydi.
Kadıköy’deki yerleşmenin başlangıcını oluşturan tarihsel çekirdek Haydarpaşa Koyu ile Moda Burnu’nun oluşturduğu alanda yer alır. Bugün bu alan Kadıköy çarşısı, Yeldeğirmeni ve Moda gibi tarihi yerleşme alanlarını da içeren Rasim Paşa, Osman Ağa ve Cafer Ağa mahallelerinden oluşuyor.
MÖ 1000 yılları civarında Fenikeliler tarafından Fikirtepe’de çeşitli kaynaklardan ‘Harhadon’ adı ile anılan bir ticaret kolonisi oluşturulduğu da biliniyor.

Arkeologlar Derneği raporunda bölge şöyle tarif ediliyor: "Bu dönemde Kuşdili Deresi bir haliç şeklindedir ve kıyı çizgisi de bugüne göre içeride kalan Fikirtepe - Hasanpaşa arasına kadar uzanır. Daha sonra bu yerleşmenin karşısında Moda Burnu ile Yoğurtçu arasında ‘Khalkedon’ (Bakır Ülkesi) adıyla ikinci bir yerleşme daha oluşur. Bilicilik merkezi Apollon Tapınağı ile ün salan Khalkedon’un merkezini oluşturan yer, bugün Kalamış ve Haydarpaşa koylarının arasındaki tepelik burun üzerinde yer alır, yerleşmenin surları bugün Altıyol, Sakızağacı, Mühürdar, Söğütlüçeşme arasında, kabaca dikdörtgen oluşturacak şekilde uzandığı düşünülmektedir. Muhtemelen Altıyol civarında bir kapı vardı ve şehrin Kalamış Koyu’na bakan kesiminde de mezarlıklar bulunmaktadır."

Kadıköy 1353 yılında Orhan Bey zamanında Osmanlı İmparatorluğu topraklarına katıldı. Fatih Sultan Mehmet 29 Mayıs 1453'te İstanbul'u aldığı sırada Kadıköy'ün yönetimini İstanbul Kadısı Hızır Bey Çelebi'ye verdi. Bu tarihten sonra da ilçe Kadıköy adıyla anıldı. Kadı Hızır Bey zamanında ilçede sekiz yüz ev vardı. Evliya Çelebi Seyahatname'sinde, onun yaşamış olduğu on yedinci yüzyılda Kadıköy'ün bir Müslüman mahallesi, yedi Rum mahallesi, altı yüz bağı bulunduğu, yeldeğirmenlerinin işlemekte olduğu yazılıdır. Merdiven Köyünde Şahkulu ve Göztepe'de Gözcübaba isimli Bektaşi Tekkeleri bulunmaktadır.
18inci yüzyıldan itibaren kent genişledi, yazlık semtler oluştu. Tanzimat devrinde Kızıltoprak, II. Abdülhamit zamanında Fenerbahçe semtleri yerleşme alanı oldu, yeni köşklerle, binalarla süslendi.Tanzimat Devrinde belediye işleri İstanbul Şehir Emaneti'ne bağlıydı. 1869'da Kadıköy, Üsküdar Sancağı'na bağlandı.

I. Dünya Savaşı'nda Osmanlı Devleti yenilince 30 Ekim 1918 Mondros Ateşkes Antlaşması uyarınca 13 Kasım 1918'de İstanbul ve Kadıköy'e İngiliz, Fransız, İtalyan ve Amerikan askerleri girdi. İlçenin çeşitli yerlerine kendi askeri karakollarını kurdular. Yabancılar yönetimi ellerine aldılar. Kurtuluş Savaşı'nın zaferle sonuçlanması ve Lozan Barış Antlaşması'nın imzalanması üzerine beş yıl kadar süren işgal günleri sona erdi. İstanbul'la birlikte Kadıköy de 6 Ekim 1923'te Kurtuluş Gününün sevincini yaşadı.

1869'dan 1930'a kadar Üsküdar Sancağı'na bağlı olan Kadıköy, 23 Mart 1930'da ilçe yapıldı. Kadıköy ilçesi'nin eskiden iki bucağı vardı. Erenköy ve Kızıltoprak bucaklarına daha sonra Merkez Bucağı da eklendi. Daha önce İstanbul Belediyes