ara varmış ve bir öğrenciyi üniversiteden tamamen ihraç etmiş, yedi öğrenciye de farklı sürelerde olmak üzere uzaklaştırma cezası vermiştir.

Kurdaş'ın ayrılışından sonra Mütevelli Heyeti, Mühendislik Fakültesi dekanı Prof. Dr. Mustafa Parlar'ı rektör olarak atadığını duyurmuştur. Parlar'ı istemeyen öğrencilerin başlattığı prostetolar büyüyerek "öğrenci-öğretim üyesi direnişi"ne ve genel boykota dönüşmüş, jandarma olaylara müdahale için üniversiteye girmiştir. Basın toplantısı düzenleyen Öğrenci Birliği Başkanı, Parlar'ın "devrimci düşmanı" olduğu için tehdit edildip istenmediğini söylemiştir. Ayrıca forum düzenleyen öğretim üyeleri, Parlar rektörlükten çekilmezse 600 öğretim üyesinin istifa edeceğini açıklamıştır. Ertesi gün Parlar, rektörlük görevinden çekilmiş ve ayrıca fakültede yürütmekte olduğu dekanlıktan istifa etmiştir; ancak öğretim görevlileri Erdal İnönü, Yaşar Gürbüz ve İsmet Ördemir dışında hiç kimseyi rektör olarak tanımayacağını duyurmuş, öğrenciler de adaylardan biri göreve gelene kadar boykota devam kararı almıştır. 2 Şubat'ta Mütevelli Heyeti'nin rektör seçimini 28 Şubat'tan sonraya bırakması üzerine aralarında Erdal İnönü ve Yaşar Gürbüz'ün de bulunduğu 300'e yakın öğretim üyesi istifa etmiş ve öğretim üyeleri ortak bir bildiri yayınlayarak üniversitenin girdiği çıkmazın nedeninin Mütevelli Heyeti olduğunu belirterek heyeti istifaya çağırmıştır. 17 Şubat 1970'te Mütevelli Heyeti, rektör seçilinceye kadar Prof. Dr. Erdal İnönü'yü rektör vekilliğine atamıştır ve 1 Mart 1970'te Mütevelli Heyeti'nin istifasının ardından öğrenciler boykota son vermiştir. 16 Ağustos'ta seçilen yeni Mütevelli Heyeti göreve başlamışır.

11 Ocak 1971'de Türkiye İş Bankası'nın Emek şubesi, yüzlerini gizlemeyen Deniz Gezmiş, Yusuf Arslan, Sinan Cemgil ve Hüseyin İnan tarafından soyulmuştur. Soygunda kullanılan arabanın ODTÜ arazisinde bulunması üzerine 13 Ocak'ta yüzlerce polis ve jandarma kuvveti üniversiteye arama yapmak için girmiştir. Soygun nedeniyle 18 Ocak'a kadar tatil edilen üniversitenin bina ve yurtlarında yapılan bu aramaya havadan keşif uçakları ve helikopterler de eşlik etmiştir; ancak yapılan aramalarda soyguncular bulunamamıştır. 17 Ocak akşamında Deniz Gezmiş olduğunu iddia eden biri, rektör İnönü'yü telefonla aramış ve İnönü'ye "Beni saklayın" demiştir. Arayan kişiye polise teslim olmasını söyleyen İnönü, kısa süren görüşmenin bitmesinin ardından hemen valiyi aramış ve "Ciddi mi, değil mi? Bilmiyorum. Böyle bir telefon aldım" diyerek durumu bildirmiştir. Valiyle konuşması sırasında alt kattan şiddetli bir patlama sesi duyulmuş ve İnönü'nün iki katlı evinin giriş kapısı dinamitle patlatılmıştır. Aynı zamanda üniversitenin öğretim üyeleri Mümtaz Soysal ile Uğur Alacakaptan'ın evleri de bombalanmıştır.

21 Ocak 1971'de öğrenci yurtları ve üniversitelerin kitlesel öğrenci hareketinin dayanakları olarak hükümet için arzettiği tehlike nedeniyle ODTÜ, süresiz olarak kapatılmıştır. Jandarma yurtları aramış ve öğrencileri tek tek kontrol ederek üniversiteden çıkarmıştır. Aramaların biterek asayişin tekrar sağlanması üzerine 10 Şubat 1971'de ODTÜ öğretime tekrar açılmıştır. 19 Şubat'ta Hacettepe Üniversitesi'nin yurtlarının polis tarafından boşaltılmasının ve devamında çıkan çatışmanın ertesi günü ODTÜ öğrencileri, baskını protesto etmek için Ankara-Eskişehir yolunu iki saat trafiğe kapatmıştır.

4 Mart 1971 saat 01.30 sularında Ankara'da bulunan NATO Elektronik taburunda görevli Amerikalı 4 asker Gölbaşı mevkiinde içlerinde Deniz Gezmiş, Yusuf Arslan ve Hüseyin İnan'ın da bulunduğu bir grup tarafından kaçırılmıştır. Sabah 8.30'da Anadolu Ajansı'na gelen silahlı üç kişi ültimatom bırakmış ve Türkiye Halk Kurtuluş Ordusu (THKO) ismi ile Emek'teki banka soygunu dahil daha önce gerçekleşmiş 5 olayı üstlenmiştir. Aynı saatlerde TRT ve Türk Haberler Ajansı'na da içinde THKO'nun bildirisi ve kaçırılan askerlerin kimlik kartları bulunan zarflar teslim edilmiş, metnin tam olarak yayınlanmaması hâlinde ajans binalarının tahrip edileceğini bildirilmiştir. "Türkiye Halk Kurtuluş Ordusu'nun bütün dünya halklarına ve Türkiye halkına çağrısı" başlıklı bildiride 400 bin dolar fidye, hapisteki bütün "devrimciler"in serbest bırakılması ve manifestonun TRT'den duyurulması istenerek "silahlı kurtuluş savaşı"nın başlatıldığı ilan edilmiştir. Bildirinin yayınlanması için 36 saat süre tanıyan THKO, yayın yapılmazsa verilen sürenin sonunda Amerikalı askerleri kurşuna dizeceğini açıklamıştır.

THKO üyelerinin ODTÜ yurtlarında üslendikleri gerekçesiyle, kaçırılan dört Amerikalı askeri aramak için 5 Mart 1971'de Ankara İl Jandarma Alayı, Nevşehir Jandarma Komando Taburu ve Ankara Toplum Polisi, ODTÜ'yü sarmıştır. Saat 04.00 sularında zırhlı birlikler ve 4000'e yakın silahlı asker tarafından çevrilen yerleşke arazisi üzerinde 2 helikopter ve 5 keşif uçağı aralıksız 
olarak uçuş yapmıştır. Saat 04.30'da 2. yurda gelen rektör Erdal İnönü, rektör yardımcısı, İl Jandarma Alay Komutanı, ODTÜ Öğrenci Birliği Başkanı ve ODTÜ SFK (Sosyalist Fikir Kulübü) yöneticisi görüşmüş; elinde arama için mahkeme kararı olduğunu söyleyen albaya öğrenciler, arananların yurtlarda olmadığını, askeri birliklerin arama yapabileceğini ama polisi üniversiteye sokmayacaklarını bildirmiştir. Albay, teklife ilk başta olumlu yaklaştıysa da telefonla aradığı İçişleri Bakanı "öğrencilerin hiçbir talebinin karşılanmamasını" söylemiştir. Bunun üzerine mahkeme kararının yasalara uygun olmadığını söyleyerek aramaya karşı çıkan öğrenciler adına konuşan Öğrenci Birliği Başkanı "Hepimiz ölmeden aratmayız" demiş ve bu esnada yurttan tabancalarla ateş edilmeye başlamıştır. Ardından yurttan ayrılan albay, bütün telefonları ve elektrikleri kestirmiş, jandarmaları sipere çekmiştir. Saat 06.40'ta jandarma ve komandolar makineli tüfeklerle ateşe başlamıştır. Saat 07.30'da öğrenciler ateşkes istemiş ve bir heyetin yurtlarda arama yapmasına izin verileceğini söylemiştir. Polise "hazır ol emri" verilmiş, ardından bir grup asker arama yapmak için yurda doğru hareket etmiştir. Bu sırada ateş açan öğrenciler, megafonla "Polise ihtar. Polis olduğu yerde kalacak, buraya yanaşmayacak" demiştir. Polis olduğu yerde kalırken heyet de geri çekilmiştir. Saat 7.55'te 2. yurtta yaralanan öğrenciler ambulans ile hastaneye nakledilmiş; ancak 6. yurdun çatısında beyninden ağır yaralı olarak yatan Erdal Şener için helikopter isteği, "helikopterin ele geçirilip, Deniz Gezmiş ve arkadaşlarının kaçacağı" sebebiyle reddedilmiş, Erdal Şener hayata veda etmiştir. Saat 09.40'ta istirahat eden askerlerden bir grup, stadyumun yakınındaki boş alanda miğferlerini çıkarmış hâlde otururken yurttan beş el ateş açılmış ve isabet eden kurşundan ağır yaralanan Mevlüt Meriç isimli er komaya girmiş, kaldırıldığı Gülhane Hastanesi'nde vefat etmiştir. Ara ara kesilen çatışmalar devam ederken İl Jandarma Kumandanı Albay Öztoprak kalp krizi geçirmiş ve kumanda başkasına devredilmiştir. Yeni komutan, öğrenciler teslim olmazsa havan ateşi açılacağını megafonla bildirmiştir. Bunun üzerine öğrenciler beyaz çarşaflar göstererek teslim olmuştur. Yurtları boşaltan öğrenciler jandarma kordunu altında stadyum ile spor salonuna doldurulmuş ve yurtların aranmasına başlanmıştır. Yurtlarda yapılan aramalarda silah ve Amerikalı askerler ile onları kaçıranlar bulunamamış, sadece patlayıcı bazı maddeler ele geçirilmiştir. Günün sonunda üniversite, Mütevelli Heyeti kararıyla süresiz olarak kapatılmıştır. Olaylarda Erdal Şener ve Mevlüt Meriç'in yanı sıra olay esnasında civarda bulunan MTA aşçısı Aziz Yaltay da hayatını kaybetmiş, bir üstteğmen, bir er ve yaklaşık yirmi öğrenci yaralanmıştır. Gözaltına alınan 1500 öğrenciden 32'si tutuklanmış, 54'ü hakkında gıyabî tutuklama kararı verilmiştir. Bunlardan 10'u Dev-Genç davasında anayasayı ihlâle teşebbüsten 4 yıl iki ay ceza almıştır.

Ankara Cumhuriyet Savcısı Fazıl Alp, kaçakların ODTÜ'nün yer altı tesisat tünellerinde saklanabileceği ihtimali üzerinde durmuş ve bu konu hakkında kampüsün mimarı Behruz Çinici'ye danışılmıştır. Yapılan aramaların ardından kaçırılan askerler bulunamadıysa da 5 tabanca ele geçirilmiş ve ODTÜ orman memurlarının 9 av tüfeğine de balistik inceleme için el konulmuştur. Kaçıran askerler 8 Mart'ta gözleri kapalı bir şekilde Kavaklıdere'de bir apartmana bırakılmıştır. Aynı gün ODTÜ yetkilileri hakkında tahkikat açılmış ve savcı Alp olaylarla ilgili olarak 26 kişiyi sanık olarak tespit ettiklerini bildirmiştir. Ertesi gün ODTÜ Akademik Konseyi yayınladığı bildiride "son olayların Türk gençliği ile Türk Silahlı Kuvvetleri'ni karşı karşıya getirmek için tertip olduğunu" belirtmiş ve hükümeti suçlamıştır. Bunun üzerine Mütevelli Heyeti, Akademik Konsey'i siyasi davranışlar içinde bulunduğu gerekçesiyle lağvetmiştir. Ayrıca tahkikat sonuçlanıncaya kadar üniversiteyi güvenlik kuvvetlerine teslim eden heyetin bu kararlarının ardından Erdal İnönü, rektörlükten istifa etmiştir. 11 Mart günü, görevlerine son verilen Akademik Konsey üyeleri, fakülte dekanları, bölüm başkanları ve öğretim üyeleri yaptıkları basın toplantısında konseyin fesih kararını kanun dışı olarak nitelendirmiş ve bu hareketin "Orta Doğu Teknik Üniversitesini ortadan kaldırmayı amaçlayan düşüncenin başlangıcı olduğunu" iddia etmiştir. Yapılan bu açıklamalar birçok üniversite ve kuruluştan destek görmüştür.

Olayların ardından 12 Mart'ta Silahlı Kuvvetler, bir muhtıra vererek hükûmeti istifaya zorlamıştır. Bunun üzerine Süleyman Demirel başbakanlıktan istifa etmiş ve 26 Mart'ta 1. Nihat Erim hükûmeti kurulmuştur. Türkiye İşçi Partisi (TİP) ve Devrimci İşçi Sendikaları Konfederasyonu (DİSK) kapatılmış, birçok ilde sıkıyönetim ilan edilmiştir. Ayrıca muhtıranın verilişinin ardından kısa bir süre sonra yakalanan Deniz Gezmiş, "ODTÜ arazisinde daha önceden kazdığı mağara gibi bir kovuğun içinde" arkadaşlarıyla birlikte saklandığını itiraf etmiştir.

12 Mart Muhtırası'nın ardından Mütevelli Heyeti onlarca rektör yardımcısı, dekan, öğretim üyesi ve asistanın sözleşmelerini feshetmiş, rektörlük görevine Emekli Korgener