adetmişti. Ancak Yusuf Sofinin sözünde durmaması üzerine Timur, yeniden Harezm üzerine yürümek zorunda kaldı. Yusuf Sofi bu sefer de çeyizlerin hazırlanmakta olduğu bahanesiyle af dileyerek 1374 yılında Süyün Bek Hanım'ı Semerkand'a gönderdi. Bu evlilik ile Timur kendisinden sonra oğlunu da Cengiz soyundan bir hanımla evlendirerek hanedana damat etmiş oldu. Hanzade Süyün Bek Hanım, Timur'un ileride veliaht olarak göstereceği Muhammed Sultan'ı doğurmuştur.

1379 yılında Harezm meselesi tekrar patlak verdi. Harezm hakimi Yusuf Sofi Timur'un doğu ile meşgul olmasından yararlanmak istemiş ve Buhara tarafına asker sevk etmişti. Timur bir elçi gönderdiyse de Yûsuf Sofi bu elçiyi de yakalatmıştı. Timur, Yusuf Sofi'yi 3 ay kuşatma altında tuttu. Yusuf Sofi'nin rahatsızlanarak ölmesi ve yerine geçen Süleyman Sofi ile anlaşma sağlanması üzerine sefer sona erdi. Böylece Harezm bölgesi Timur'a bağlanmış oldu, ancak bir süre sonra Toktamış'ın etkisi ile ile bu bölgede hakim olan Sufî ailesi tekrar Timur'a muhalefet etti. Sufi ailesinin de mensup olduğu Kongrat kabîlesi Harezm'de hakim olan boydu. Bu boy Altın Orda'ya daha yakın bir boydu. Toktamış'ın annesi bu boya mensuptu. Bu boya mensup emirler Altın Orda'da etkili emîrlerdi. Hatta Ali Bey Kongrat, Toktamış Han'ın baş beyi idi. Timur 1371–1379 arasında düzenlediği dört seferle Harezm bölgesini fiilen hakimiyeti altına almıştı. Ancak Sofi ailesini ve Kongratları tam anlamıyla kendine bağladığı söylenemez. Kongratlar, Toktamış'ın Altın Orda devletinin toparlamasından sonra ona meyletmişlerdi. Süleyman Sofi'nin Toktamış'ın tarafına geçmesi bardağı taşıran son damla oldu. Böylece 1388'de Timur beşinci defa çöl yolundan Harezm'e yürüdü. Bunun üzerine Süleyman Sofi, Toktamış'ın yanına kaçtı. Harezm'i işgal eden Timur, öfke ile halkın Semerkand'a sürülmesini, Ürgenç'in de tahrip edilip yerine arpa ekilmesini emretti. Ancak üç yıl sonra şehrin yeniden imarı için emir verdi.

Timur, Harezm meselesi hallolduktan sonra İran’ın parçalanmış durumunu düzeltmek için buraya yöneldi. O dönemde İran'da şu devletler mevcuttu. Herat merkez olmak üzere Horasan’da Kertler (1245–1383); merkezi Sebzvar olmak üzere Horasan’ın batı tarafında Serbedârlılar; merkezi Cürcan olmak üzere Astarabad, Bistam, Damgan ve Simnan yöresinde Toga Timurlular; merkezi Şiraz olmak üzere Fars ve Kirman taraflarında Muzafferîler (1294–1393); merkezi Bağdad olmak üzere Irak-ı Arab, Irak-ı Acem ve Azerbaycan bölgelerinde ise Celayirliler (1336–1432) hüküm sürüyordu. Bunlar arasında sürekli çekişmeler yaşanıyordu. Timur Kert hanedanından başlayarak bütün bunları hakimiyeti altına aldı.

Timur 1380 yılında Kert'lerin elinde bulunan Herat'ı ele geçirdi. Daha sonra Horasan'ın batısına hakim olan Serbedarlılar'ın başşehri Sebzvar'ı ele geçirdi. 1381'de ise Emir Veli yönetimindeki Toga Timurlular'ın üzerine yürüdü ve İsferayin'i ele geçirerek Astarabad'a kadar ilerledi. Emir Veli, Timur'un ordusu ayrıldıktan sonra ülkesine yeniden hakim oldu ancak 1384'te Timur'un ordusu tekrar gelince Azerbaycan taraflarına kaçtı ve ülkesi tamamen Timur'un topraklarına katıldı. Timur,1381 yılında Tus şehrine girdiği zaman, Eserlerinde Türkleri sürekli kötüleyen Şehname’nin yazarı İran’lı şair Firdevsî’nin mezarını sorar. Mezarın bulunduğu yer kendisine gösterilir. Emir Timur, Firdevsî’nin harap mezarı karşısına geçerek: "Ey Firdevsî, kalk, kalk da, her satırında kötülediğin mağlup Türk'ü şimdi gör. Kalk, kalk'ta bak, Isfahan mı güzel yoksa Semerkand mı?
Bağdat'tan şu yattığın yere kadar Fars bırakmadım. Topal ayağımın bastığı yerde ot bitmez oldu " diye seslenir.

Timur, Horasan seferleri sırasında İran'ın durumunu daha yakından görüp 1386'da bu ülkeyi tamamen ele geçirmeye karar vererek Semerkant'tan harekete geçti. Hac kervanlarına hücum ettiği bahanesiyle Luristan hakimi Melik İzzeddin'i ele geçirip oğullarıyla birlikte Semerkant'a gönderdi. Buradan Azerbaycan'a yöneldi. Bağdat hakimi Sultan Ahmet Celayir'in Tebriz'e ilerlemekte olduğu haberini almştı ancak Sultan Ahmet Celayir, Timur'un üzerine geldiğini duyunca Bağdat'a geri döndüğünden Tebriz Timur tarafından kolayca ele geçirildi. Yazı Tebriz'de geçiren Timur baharda Gürcüler üzerine gaza amacıyla sefer düzenledi. Nahcivan yakınlarında Ziyaülmülk-Köprüsünü geçen Timur, Iğdır’ın kuzey-batısında ve Kağızman’ın doğusundaki Sürmeli Kalesi’ni aldı ve kalenin Tuman/Tutan adlı hakimini esir etti. Bu olayı müteakip Kars Kale ve Hisarın’na gelip etraf ve civarını alan Timur, Kars Kalesi valisi olan Firuzbaht’ı itaate alıp, Akbuğra mevkiinin yukarısına geldi. Kar ve yağmur mevsimi olduğundan buradan da ayrılıp Kitu-Zerşat-Çıldır-Akılkelek yoluyla Tiflis önlerine geldi. Timur, Tiflis'i ele geçirip Şirvan taraflarını da kendine tabi kıldıktan sonra kışlamak için Karabağ'a geldi. Timur Gürcistan'a düzenlediği seferlerinde Müslüman olan Gürcüleri serbest bırakmış ve onları bu davranışlarından dolayı çeşitli şekillerde ödüllendirmiştir. Bu durumda onun Gürcistan'a karşı yapmış olduğu seferlerde gaza amacının samimi olduğu görülmektedir.

1387 yılı baharında Nahcivan’dan hareketle Karakoyunlular’ın üzerine yürüdü. Timur hacı kafileleri ve ticaret kervanlarına saldıran Karakoyunlu Kara Mehmed’i yakalamak için Korug-Argun’a gelip, ağırlığın Aladağ (Ağrıdağ) da durmalarını emretti; ve kendisi oradan askerleriyle hareketle Aydın Kalesi’de denilen bugünkü Doğu Beyazıt’ı ele geçirdikten sonra Kara Mehmed’in oğullarından Mısır Hoca’nın elinde bulunan Erzurum’un güney-doğusundaki Avnik Kalesi’ne erişti. Timur bu kalenin zaptına girişmeyerek Avnik önünden hızla Erzurum’a varıp bu şehri 1 Temmuz 1387 aldıktan sonra günümüzde Bingöl ili merkezi Ab-ı Cabakcur’dan geçip sağdan Murat Nehri’ne karışan suya gelip indi. Burada Erzincan idarecisi Taharten’in elçisini kabul ederek, oradan Muş sahasına hareket ile vilayeti ele geçirerek Ahlat’a geldi. Ahlat’ı ve sonra Adilcevaz’ı zapt ettikten sonra Timur, ağırlığın bulunduğu Aladağ’a yöneldi ve burada Abaka Sarayı çayırlığında biraz oturup, yeniden Van Gölü havzasına inerek, Van şehrini aldı. Timur'un Karakoyunlu topraklarındaki bu harekatı üzerine Türkmenler süratle çekilerek Çapakçur civarına gelmişlerdi. Burada geçitleri tutan Türkmenler, Timur'un gönderdiği kuvvetleri ağır bir yenilgiye uğrattılar.

Kara Mehmed'i ele geçiremeyeceğini anlayan Timur, İran'a dönmeye karar verdi. Meraga yakınlarına geldiğinde Muzafferiler'den Zeynelabidin'e adamlar göndererek babası Şah Şuca'nın ölmeden önce gönderdiği bir mektupta onu kendisine emanet ettiğini dolayısıyla yanına gelmesini istedi. Zeynelabidin bu davete aldırmadığı gibi Timur'un gönderdiği adamlara da dönme izni vermedi. Bunun üzerine Timur 1387 sonbaharında Hamedan üzerinden İsfahan önlerine geldi ve burayı fethetti. İsfahan’da önce yörenin önde gelenleri, seyyidler, alimler, Timur’u karşılamaya çıktılar ve şehir halkının emân karşılığında mal vermeleri kararlaştırıldı. Şehrin ileri gelenleri orduda alıkondu, Timur Melik ile Mehmed b. Sultan Şah bu malı toplamak için şehre gittiler. Şehirden bir grup şehre giren askerlere saldırarak hepsini öldürdüler. Timur, Isfahanlılar isyan edince şehre tekrar döndü ve yedi yaşından küçük çocukları ailelerinden ayırtarak bir araya topladı. Daha sonra bu yedi bin çocuğu ailelerinin gözleri önünde saatlerce atlılara ezdirmek suretiyle katletti ve kafalarını vücutlarından ayırdı. Kentin yarısını dolaşmış olan tarihçi Hafız Ebu her biri 1500 kelleden 28 kule saydığını yazmaktadır. Timur İsfahan’ı ele geçirdikten sonra Aralık 1387'de Şiraz’a yöneldi. Bu sırada Zeynelabidin'in Şuşter'e kaçmış olması nedeniyle şehri kolayca ele geçirdi. Onun Şiraz’da olduğu sırada Toktamış’ın muhalefet ederek asker gönderdiği, ve Semerkand tarafında karışıklık olduğu haberi ulaştı. Bunun üzerine Timur Semerkand’a döndü.

Timur'un Kuzey İran ve Azerbaycan’ı ele geçirmesi, vaktiyle Cuci ulusu ile İlhanlılar arasında olduğu gibi bölgede çatışmaların yeniden başlamasına yol açtı. Timur’un desteğiyle Altın Orda’da hâkimiyeti ele geçiren Toktamış Han ona karşı gelmeye başladı. Her ikisinin de zengin Azerbaycan’ı kendi istekleriyle terketmeyeceği açıktı. Toktamış Han, Kahire’ye Memlük sultanına bir elçilik heyeti yollayıp Timur’un İran’da kuvvetlenmesi ihtimaline karşı onunla ittifak hazırlığına girişti. Cengiz Han'ın oğlu Cuci'nin soyundan gelen Toktamış, Ak Orda hükümdarı Urus Han, babasını öldürtünce Semerkand'a giderek 1375'te Timur'a sığınmıştı. Timur'dan sağladığı destekle 1375'ten başlayarak Doğu Deşt-i Kıpçak'a egemen olup 1378'de Altın Orda Devleti'nin egemenliğini ele geçirdi. Bu konuma yükselince, Timur'un kendisine yapmış olduğu tüm yardımları unuttuğu gibi, onu bir bakıma küçümsemeye başladı. Bu başarılardan sonra Altın Orda Devleti'ni eski sınırlarına kavuşturmak amacıyla Timur'a bağlı bulunan Harezm'i geri istedi. Bu isteği Timurla aralarının açılmasına neden oldu. 1387'de Yağma amacıyla Timurun egemenlik sınırları içindeki Azerbaycan'a girmekten çekinmedi ardından aynı yıl Timur'un çıktığı batı seferinden yararlanarak onun oğlu Ömer Şeyh'i yenip tüm Maveraünnehir'i acımasızca yağmaladı.

Timur, Toktamış üzerine yürümeden önce Harezm’e yürümüştü Toktamış’ın en önemli destekçileri olan bu Kongratlar’a bir darbe vurduğu gibi önemli bir muhalifini de ortadan kaldırmıştı. Timur, 1390 yılında Semerkant’tan Deşt-i Kıpçak’a gitmek üzere harekete geçti. Otrar yakınlarında Karaasman mevziine ulaştıklarında Toktamış Han’ın elçileri geldi. Görüşmede elçiler Toktamış’ın af dileyen mesajını ilettiler. Timur elçilere, Toktamış’tan iyi bir davranış görmediğini, ona güvenmediğini belirtti. Timur güvenlik gereği elçiyi tutuklattıktan sonra 22 Şubat 1391’de harekete geçti. Timur çok büyük bir mesafeyi kat etmiş, bu arada ordusunda çıkan ciddi boyutlu açlık ve susuzluk problemlerini aşmış, nihayet Toktamış’ın ordusu ile 20 Haziran 1391'de Kunduzca mevkinde karşılaşmayı başarmıştı. Timur ordusunu alışılmış üçlü sistemden (merkez, sağ, sol) farklı olarak 7 kol düzenine göre tanzim etmişti. Çok çetin geçen savaşı