Katolik misyonerler; ülkedeki geniş ovalarda yaşayan halkın büyük bölümünü Hristiyanlığa yöneltmiştir. Ülkeye gelen Hristiyan vakıfları, birçok okul, üniversite ve hastane inşa etmiş; böylece halkın Hristiyanlığa girişi hızlanmıştır. İspanyol sömürge yönetimi, 1863'te aldığı bir kararla ülkedeki devlet okullarını parasız hâle getirmiştir. Filipinler'deki büyük eğitim seferberliği ise meyvelerini, Amerikan yönetimi yıllarında vermiştir.
Takımadadaki İspanyol egemenliği süresince; İspanya birçok dış ve iç sorunla mücadele etmek zorunda kalmıştır. Ülkedeki yerli boyların çıkardığı çokça isyan bastırılmış; özellikle ticaret gemilerine saldıran Çinli korsanlarla mücadele edilmiştir. Bunun yanında İspanyollar için adadaki en büyük dış tehditler Hollanda ve Portekiz yayılmacılığı olmuştur. Yedi Yıl Savaşı'nın bir parçası olarak Büyük Britanya Krallığı, Manila'yı 1762'den 1764'te kadar işgal altında tutmuştur. Ülkedeki İspanyol hakimiyeti Paris Antlaşması (1763) ile yeniden tesis edilmiştir.

19. yüzyılda, Filipin limanları dünya ticaretine açıldı ve ülkede antropolojik sınıflar oluşmaya başladı. Birçok İspanyol ticaret için geldikleri Filipinler'de, aile kurdu. İber Yarımadası devlet geleneğine göre; yeni açılan Latin Amerika yerleşimlerindeki devlet pozisyonlarına sadece İspanyol kökenliler atanabiliyordu. Bu nedenle, özellikle Filipinler'deki Mestizo adı verilen karışık kökenli İspanyollar, yapılan ticaret çalışmalarıyla büyük finansal girdiler elde etti. Ülke ekonomisindeki kalkınma ve yerli halkın özgürlük isteği; Filipinler'deki yenilik hareketlerini güçlendirmeye başladı. 1872'de başarısızlıkla sonuçlanan Cavite İsyanı, Filipin Devrim'inin öncüsü oldu.

Ülkedeki sömürge yönetimini yıkma düşüncesi, 1872'de Mariano Gómez, José Burgos ve Jacinto Zamora adındaki üç rahibin "insanları isyana azmettirmek suçuyla "idam edilmesi sonrasında iyice alevlenmiştir. Marcelo H. del Pilar, José Rizal ve Mariano Ponce; bu olaydan etkilenerek İspanya'da; Filipinler'de yapılacak yeni bir reform için lobi faaliyetlerine başlamıştır. Bunun sonucunda Rizal, 30 Aralık 1896'da isyan çıkarmaya teşvik suçundan idam edilmiştir. Ancak reform yanlıları Andrés Bonifacio önderliğinde bir araya gelerek gizli bir örgüt olan ve Katipunan olarak adlandırılan yapılanmayı kurmuştur. Örgüt, silahlı isyan yoluyla İspanyol hükûmetinden bağımsızlık taleplerinde bulunmuştur.

Bonifacio yönetimindeki Katipunan, 1896'da, Filipin Devrimi'ni başlatmıştır. Cavite'de Katipunan'dan ayrılan yeni bir grup Bonifacio'yu devirerek yerine Emilio Aguinaldo'yu getirdi. 1898'de Küba'da başlayan İspanya-Amerika Savaşı, Filipinler'e taşındı. Aguinaldo, 12 Haziran 1898'de Filipinler'in İspanya'dan bağımsızlığını Cavite'de ilan etti. Bir sonraki yıl, Birinci Filipin Cumhuriyeti, Barasoain Kilisesi'nde kuruldu.

İspanya-Amerika Savaşı'nın son Amerikan zaferi olarak; Filipinler İspanya tarafından Amerika Birleşik Devletleri'ne devredilmiştir. Buna karşın ABD, 1898 Paris Antlaşması uyarınca İspanya'ya 20 milyon dolar tazminat ödemiştir. ABD'nin yeni bir kurulum aşamasında olan Birinci Filipin Cumhuriyeti'ni tanımayacağı gittikçe netlik kazanmıştır. Bunun üzerine patlak veren Filipin-Amerikan Savaşı Birinci Cumhuriyet'in yenilgisiyle sonuçlanmıştır. Böylece ABD tarafından kurulan yeni bir hükûmete adayı yönetme yetkisi verilmiştir.

Amerikan yönetimi ülkedeki, Birinci Cumhuriyeti oluşturan alt devletçikleri baskı altına almış ve güçlerini kırmıştır. Başta Sulu Sultanlığı olmak üzere, başkaldıran Tagalog Cumhuriyeti, Negros Cumhuriyeti ve Zamboanga Cumhuriyeti bu politika ile hakimiyet sahalarını kaybetmiştir. Ancak bu dönem Filipinler için kültürel bir aydınlanma sürecini başlatmıştır. Filipin sineması ve edebiyatında büyük bir gelişim gözlemlenmiştir. Daniel Burnham Manila'nın modern bir kente dönüşümü için yeni bir mimari plan hazırlamıştır

1935'te, Filipinler'e dönemin Filipin Devlet Başkanı Manuel L. Quezon'un çabalarıyla İngiliz Milletler Topluluğu statüsü verilmiştir. Quezon, ulusal bir dilin tasarlanması ve kadınlara oy hakkının verilmesi konusunda çalışmalar yapmıştır. Ülkenin bağımsızlığına kavuşması için çeşitli planlar yapsa da, ilereyen yıllarda patlak veren II. Dünya Savaşı bu süreci sekteye uğratmıştır. II. Dünya Savaşı yıllarında ülke Japon İmparatorluğu tarafından işgal edilmiştir. Bunun ardında Japon destekli İkinci Filipin Devleti, José P. Laurel tarafından kurulmuştur. Bu devletin kurulmasının ardından, Manila Savaşı Dönemi'nde birçok katliam yapıldığı ve savaş suçunun işlendiği iddia edilmektedir. Bataan Ölüm Yürüyüşü ve Manila katliamı bilinen tarihî vakalar bu iddiaların en önemlileridir. 1944'te Quezon sürgünde olduğu ABD'de ölmüştür ve onun yerine Sergio Osmeña geçmiştir. 1945'te ise Müttefik Devletler Japonları yenilgiye uğratmıştır. II. Dünya Savaşı sonlanana kadar bir milyondan fazla Filipinlinin öldüğü tahmin edilmektedir.

24 Ekim 1945'te, Filipinler Birleşmiş Milletler'in kurucu üyelerinden biri olmuştur. Bir yıl sonra (4 Temmuz 1946'da) ise Amerika Birleşik Devletleri Manuel Roxas yönetimindeki Filipinler'in bağımsızlığını tanımıştır. Soğuk Savaş Dönemi'nde Komünist bir gerilla hareketi olan Hukbalahap özellikle ülkenin kırsal kesiminde etkili olmuştur. Başkan Elpidio Quirino'nun halefi Ramon Magsaysay; ülkedeki Hukbalahap propagandasını bastırmıştır. Magsaysay'ın halefi Carlos P. Garcia ise ülkenin ilk millî politikalarının geliştirilmesinde önemli bir rol oynamıştır; Garcia, Emilio Aguinaldo'nun bağımsızlık ilanınını bayram ilan etmiştir. Böylece 4 Temmuz ile 12 Temmuz arası, Bağımsızlık Günü olarak kutlanmaya başlanmıştır. Bunun yanında Filipinler, ülkenin doğusunda kalan Kuzey Borneo üzerinde hak iddia etmeye başlamıştır.

1965'te, Macapagal; Ferdinand Marcos ile girdiği başkanlık yarışını kaybetmiştir. Marcos başkanlığının ilk dönemlerinde birçok kamusal projenin mimarı olmuştur. Ancak, halka açık fonlarda yapıldığı iddia edilen banka vurgunu gibi büyük yolsuzluk iddiaları ortaya çıkmıştır. Bu iddiaların ardından, Marcos rejiminin son dönemlerinde, toplum geneline büyük bir kargaşa hâkim olmuştur. Bunun üzerine 21 Eylül 1972'de Marcos ülkede sıkıyönetim ilan etmiştir. Bu dönem ülkede büyük bir politik geri çekilme ortaya çıkmıştır. İnsan hakkı ihlalleri yaşanmış ve basına sansür uygulanmıştır. Marcos'un eşi olan Imelda'nın savurganlıklarının yanında ülkedeki yoksul sayısında büyük bir artış yaşanmıştır.

21 Ağustos 1983'te, muhalif liderlerden Benigno Aquino, Jr.'ye Manila Uluslararası Havaalanı'nda bir suikast düzenlenmiş ve Aquino öldürülmüştür. Aquino'nun eşi ise eşinin ölümünden sonra muhalefet cephesinin başına geçmiş ve başkanlık adayı olmuştur. Sonuç olarak, Aquino'nun eşi Maria Corazon Aquino; marcos'a karşı 1986 devlet başkanlığı seçimlerinde aday olmuştur. Marcos kazandığını açıklasa da muhalefet seçim sonuçlarının şaibeli olduğunu iddia etmiştir. Bunun üzerine halk sokaklara çıkmış ve Halkın Gücü Devrimi olarak bilinen olaylar sonucunda; Marcos rejimi devrilmiştir. Marcos ve onun müttefikleri, Hawaii'ye kaçmıştır. Ülkenin yeni devlet başkanı Corazón Aquino olmuştur.

1986'da ortaya çıkan reform hareketlerinden sonra; demokrasinin geri getirilmesi, ulusal borçların azaltılması ve yolsuzlukların önlenmesi için mücadele verilmiştir. Bunun yanında yeni rejimi devirmek için düzenlenen darbe girişimi engellenmiş, Moro'daki ayrılıkçı milislerle mücadele edilmiş, 4362 kişinin ölümüyle sonuçlanan MV Doña Paz feribot kazasının yaraları sarılmaya çalışılmış ve yeniden canlanan Komünist hareketlerin etkinliği azaltılmıştır. Corazon Aquino'nun yönetimi Haziran 1991'deki Pinatubo Yanardağı patlamasıyla son bulmuştur. 1991'de ABD Üslerinin Süresinin Uzatılması Antlaşması parlamentoda kabul edilmemiştir. Bu karar uyarınca, Kasım 1991'de Clark Hava Üssü; Aralık 1992'de ise Subic Bay'daki üs tahiliye edilmiştir. Böylece ülkedeki Amerikan askerî üstleri son bulmuştur.

Filipinler ekonomisi "Asya Ekonomisinin Kaplanı" olarak adlandırılmaktadır. Mayıs 1992'deki Filipinler başkanlık seçimleriyle başa geçen Fidel V. Ramos'un yönetiminde yıllık ortalama %6'lık bir GSYİH artışı sağlanmıştır. Moro Ulusal Kurtuluş Cephesi ile sağlanan uzlaşı; ülkedeki ekonomik gelişim ve siyasi istikrara rağmen; 1997 Doğu Asya Mali Krizi ülkenin gelişimini sekteye uğratmıştır.

Ramos'tan sonra başkanlık seçimlerini kazanan Joseph Estrada Haziran 1998'de göreve başlamıştır. Estrada döneminde Filipinler, 1997 Doğu Asya Mali Krizi'nin ortasında %-0,6 büyüme oranından % 3.4'lük (1999) bir büyüme oranına kadar ulaşmıştır. Hükûmet, Mart 2000'de Moro İslami Kurtuluş Cephesi 'ne karşı başlatılan operasyonlarda, direnişçilerin karargâhı da dâhil olmak üzere örgüt kampları etkisiz hâle getirilmiştir. Ebu Sayyaf ile yapılan savaşın ortasında, hükûmet için yolsuzluk iddiaları gündeme gelmiştir. Bunun üzerine, Estrada rejimi 2001 EDSA Devrimi ile yıkılmıştır. Estrada'nın yerine, Başkan Yardımcısı Gloria Macapagal-Arroyo 20 Ocak 2001, devlet başkanlığı koltuğuna oturmuştur.

Arroyo'nun 9 yıllık yönetiminde, %4'lük GSYİH büyümesi 2002'den 2007'ye kadar %7'ye yükselmiştir ve 2004'te tamamlanan Manila Hafif Raylı Sistemi gibi önemli altyapı projeleri gerçekleştirilmiştir. Küresel Ekonomik Kriz'den en çok etkilenmesi beklenen ülkelerden olan Filipinler; Arroyo yönetiminde krizin etkilerini azaltmayı başarmıştır. Buna rağmen, ülke tarihinde birçok kez olduğu gibi ortaya çıkan rüşvet ve yolsuzluk iddiaları, Arroyo yönetiminin sonunu getirmiştir. 2004 başkanlık seçimlerinde kullanılan oyların yönlendirime uğratılmasıyla ortaya çıkan Hello Garci skandalı; ortaya atılan yolsuzluk iddialarının en çok öne çıkan maddesi olmuştur. 23 Kasım 2009'da 34 gazetecinin öldürülmesine sonuçlanan Ampatuan Katliamı, Arroyo yönetiminin iyice sarsılmasına yol açtı.

2010 seçimlerini kazanan Benigno Aquino III, ülkenin 15. devlet başkanı olmuştur. Aquino, ülkenin ilk bekâr devlet başkanı olmuştur. 15 Ekim 2012'de Müslüman azınlığın yaşadığı ayrılıkçı Mindanao bölgesi ile Bangsamoro Çerçeve Antlaşması imzalanmı