bir telgraf çekti. Ankara'daki Bakanlar Kurulu kardeş kanı akmaması için bir "Nasihat Heyeti" gönderilmesine karar verildi. Heyet Refet Bey ve Fahrettin Bey'in görevden alınmasını isteyince Mustafa Kemal Nasihat Heyeti'nin gönderilmesi engeller ve Çerkez Ethem kayıtsız şartsız Millî kuvvetlere katılırsa affedeceğini bildirir. Çerkez Ethem bu teklifi reddeder. 3 Ocak 1921 tarihinde Refet Bey ve İsmet Bey'in kuvvetleri Çerkez Ethem'in kuvvetlerine hücum eder ama fazla dirençle karşılaşmazlar ve asilerin çoğu millî orduya katılır. Çerkez Ethem ve kardeşleri ise Yunanlara sığınıp kaçtılar. Mustafa Kemal, Nutuk’ta Çerkez Ethem ve kardeşlerinin canlarını kurtarabilmelerinden ötürü Refet Bele'yi eleştirdi. Refet Bele sonraki yıllarda yaptığı bir söyleşide Çerkez Ethem'in kaçarken hiçbir asker ve cephaneyi götürmediğini, yakalanan askerlerin ifadesine göre Çerkez Ethem'in askerlerine millî orduya katılmalarını nasihat ettiğini söyler.

Çerkez Ethem Ayaklanmasını fırsat bilen Yunan kuvvetleri 6-11 Ocak 1921 tarihleri arasında gerçekleştirdiği taarruzun Türk kuvvetleri tarafından püskürtülmesinden sonra Mirliva rütbesine terfi etti ve Paşa oldu. 18 Mart 1921 tarihinde İçişleri Bakanlığı görevinin daha fazla vekaleten idare edilmesi mümkün olmadığından ötürü bakanlıktan çekildi. 
Yunan kuvvetlerinin Mart ayında başlattıkları yeni taarruz II. İnönü Muharebesi zaferi ile sonuçlanmıştı. Ne var ki bu zafer sonrasında Refet Bey komutasında gerçekleşen Aslıhanlar ve Dumlupınar Muharebeleri'nde kesin bir sonuç alınamadı. Mustafa Kemal Paşa bu savaşları yenilgi olarak gördü. Batı Cephesi'ni tek komuta altına almaya karar vererek, Güney Cephesi'ni Batı Cephesi ile birleştirdi. Cephenin komutanlığı İsmet Paşa'ya verdi. Refet Paşa’ya Millî Savunma Bakanlığı teklif ettiyse de o reddederek Genelkurmay Başkanı olmayı istediyse de bu isteği kabul edilmedi. Cepheden ayrılarak Kastamonu'da bir sayfiye yeri olan Ecevit tesislerinde dinlenmeye çekildi. Refet Paşa’nın bu sırada İnebolu’da İstanbul'daki Müttefik orduları başkomutan General Harrington tarafından görevlendirilmiş bir İngiliz subayı ile yaptığı görüşmeler Anadolu'nun sesini İngiltere'ye duyurmak açısından faydalı olmuştur.

Kastamonu'daki dinlenme döneminden sonra 30 Haziran 1921 tarihinde ikinci defa Dahiliye Vekilliğine seçildi. Yunan taarruzu sırasında meydan gelmiş ve bastırılmış olan Koçigiri ayaklanmasından sonra Dersim halkının ayrı yönetim isteği gündeme gelince şiddetle karşı çıktı.

Mustafa Kemal Paşa'nın Başkomutan olduğu 5 Ağustos 1921 tarihinde ek olarak Millî Müdafaa Vekâleti'ni de üstlendi. Ordunun silah ve donatım ihtiyaçlarını sür'atle karşılamak için çok büyük çaba gösterdi. Kilimlerden asker kaputu, gaz tenekelerinden ilaç kutusu, sapan demirlerinden kılıç yaptırmak gibi fikirleri uyguladı. Bu çabalarıyla ordunun zafere ulaşmasına yaptığı büyük katkı Başkomutan Mustafa Kemal Paşa ve Genelkurmay Başkanı Fevzi Paşa'dan takdir aldı. 10 Ocak 1922 tarihinde sağlık durumunu gerekçe göstererek Millî Müdafaa Vekaleti görevinden ayrıldı.

Bakanlıktan ayrıldıktan sonra Hilâl-i Ahmer (Türk Kızılay Derneği) Başkanlığı'nı üstlendi. Yeni savaş hazırlığı sırasında 1. Ordu Komutanlığı görevini kabul etmedi. Dumlupınar Meydan Muharebesi'nin kazanılmasının ardından gerçekleşen Mudanya Mütarekesi görüşmeleri sırasında gerektiğinde delegasyona yardım etmek için Mudanya'da kalması uygun görüldü.

Mudanya Mütarekesi gereği Trakya topraklarının teslimi yapılırken Türkiye'yi temsil edecek kişi olarak Mustafa Kemal'in isteği ile Refet Paşa görevlendirildi. 19 Ekim tarihinde TBMM Muhafız Grubu'ndan 100 kişilik bir kuvvetle "Gülnihal" vapuru ile Mudanya'dan ayrılıp İstanbul'a geldi. Onun gelişi ile Ankara hükûmetinin İstanbul temsilciliği görevi, o güne kadar temsilciliği yürütmüş olan Hamit Bey'den kendisine geçti.

Bu arada İtilaf devletlerinin nota vermesi basına yansımıştı. Bu tartışma konusu olunca Refet Paşa basına Ankara hükümetinin bazı isteklerde bulunduğu açıklamasını yaptı. Refet Paşa karargahını hazırlanmış olan Şark Mahfili'ne kurdu. Daha sonra 8 Kasım da Bab-ı Ali Sadaret Dairesi'ne yerleşti. Bu arada İstanbul'daki Felah Grubu'nu lağvedip buradaki subayları karargahına aldı. Gümrük tarifelerini değiştirdi. Bazı mallarda gümrük vergisini düşürdü veya yükseltti. Bazı kuruluşların mal varlığına el koydu. Bazı işgal yasaklarını kaldırdı, bazılarını hafifletti. İşgal kuvvetlerinin basın sansürünü kaldırdı ve kendi yeni kurallar koydu. Karargahında sansür kurulu kurdu. İstanbul basınının Ankara hükümeti ile ilgili karşıt yayınları sansürlendi. Ankara'dan gelen emirle Renin gazetesini kapattı. Bu gazete eski adı olan Tanin ile yayın hayatına devam etti. İşgal kuvvetlerinin olağanüstü hal mahkemeleri kaldırıldı, burada yargılananların yargısı Türk mahkemelerine kaydırıldı. General Harrington takviye kuvvetleri gönderilmemesi konusunda Lord Curzon ve hükümetini eleştirirken Lord Curzon da Harrington'ın Refet Paşa'nın karşısında sıkı duramadığından yakındı.

Mudanya Mütarekesi'nde olmamasına rağmen Gelibolu'nun Türk idaresi altına alınmasını sağladı. Antlaşmaya göre Türkler asayiş için 8.000 kişilik jandarma çıkarttı. Refet Paşa asayiş için bu miktar jandarmanın yetersiz olduğunu İtilaf devletlerine kabul ettirip ek jandarma birliği çıkartmıştır. Jandarma iki kıtaya ayrıldı. Sabit jandarma en yüksek yerel mülki amire bağlı kalarak iç güvenliği sağlayacak, seyyar jandarma kıtası da eşkıyalık ve çeteciliği önleyecekti.
2 Kasım 1922 tarihinde Ankara hükûmeti Sağlık Bakanı ve Sinop milletvekili olan Dr. Rıza Nur ve arkadaşlarının saltanatın kaldırılması için verdiği tasarı kabul edilince bu haberi Sultan VI. Mehmed Vahdettin'e bildirme görevi verildi. Saraya gidip bu haberi Sultan Vahdettin'e verdi. İstanbul'daki işgal kuvvetleri başkomutanı General Harrington Sultan Vahdettin'in ülkeden ayrılışını bir mektup ile Refet Paşa'ya bildirdi. İşgal kuvvetleri komutanlığına da yetkinin Ankara Hükûmeti'nde olduğunu bildirdi. Ankara'dan gelen emir ile veliaht Abdülmecid ile görüşüp halifeliği kabul edip etmemesi konusunu görüştü. Bu konuda padişahlık hevesinde olmaması için teminat senedi imzalattı. Ankara ayrıca Kutsal emanetlerin kaçırılmaması için korunması emrini verdi. Veliaht bu görüşmede halife olarak tahta geçmek istediğini söyledi.

4 Kasım 1922 tarihinde Ahmet Tevfik Paşa hükûmeti istifa etti. Resmî Gazete "Takvim-i Vekayi" son sayısını çıkardı. 5 Kasım 1922 tarihinde Refet Paşa İstanbul'daki bakanlıklara görevlerini bırakmaları emrini verdi. Halife Abdülmecid'e aşırı saygı göstermesi ve Konya adında bir at hediye etmesi Mustafa Kemal'i rahatsız etti. Bu olaydan hemen sonra İstanbul'daki görevine son verildi. Mustafa Kemal "Nutuk"ta bu konudan bahsetmiştir. 29 Kasım 1922 tarihinde Doğu Trakya'nın tamamı TBMM hükûmeti idaresine alındığında kendisine verilen temsil görevi sona ermişti. İstanbul temsilciliği görevine Adnan Bey getirildi. Edirne Valisi Şakir Bey de Trakya'nın teslim alınmasını gerçekleştirdi. Kendisi ise Trakya'da bir ordu kurmakla görevlendirildi. Karagahını Tekirdağ'a kurdu. Bölgenin işgal hasar raporunu hazırladı. Bu rapora göre 130.000 Türk katledilmiş, çok önemli miktarda mal ve eşya zayiatı verilmişti. Bu zararlar Yunanlar Trakya'yı boşaltıp İtilaf devletleri heyetlerine teslim ederken verilmiş, çoğu götürülmüştü. Oysa Mudanya Antlaşması'na göre işgal kuvvetleri çekilirken İtilaf devletleri önlem alacaklardı fakat hiçbir şekilde almadılar.

Bu arada Genelkurmay başkanı Mareşal Fevzi Paşa'nın emri ile komitacı Fuat Balkan 1923 yılı Ocak ayından itibaren Refet Paşa'ya bağlandı ve en az haftada bir kez rapor verdi. Lozan Antlaşması görüşmeleri başlayınca Refet Paşa Fuat Balkan'a tahsisat verilmeyeceğini ve müfrezesinin lağvedileceğinin karara bağlandığını bildirdi. Aralık 1922'de Lozan Konferansı'nın kesilmesinin gündeme gelmesi üzerine 21 Aralık 1922 tarihinde askeri tedbirler alınmaya başlandı. Bu harekata göre ordular önce boğazı tutacak, düşman gemilerinin geçişini engelleyecek, Anadolu yakasındaki İngilizler denize dökülecekler, Refet Paşa da kuvvetleri ile İngiliz kuvvetlerini imha ve esir edecekti. 23 Nisan 1923 tarihinde ikinci dönem müzakereler başlayınca bu plan durduruldu. Trakya'daki görevini sürdürürken meclis seçimlerine katıldı ve II. dönem meclis seçimlerinde İstanbul milletvekili seçildi. 8 Ekim 1923 tarihinde ordudaki görevi sona erdikten sonra milletvekilliği görevine devam etti.

Millî Mücadele sonrasında köklü ve hızlı devrim hareketlerinden rahatsızlık duyan Refet Bey, 9 Kasım 1924 tarihinde Halk Fırkası'ndan istifa etti. 17 Kasım tarihinde kurulan Terakkiperver Cumhuriyet Fırkasının kurucuları arasında yer aldı. Mustafa Kemal Büyük Nutkunda sık sık İstiklal Savaşını birlikte başlattıkları Ali Fuat Paşa, Kâzım Karabekir ve Rauf Orbay gibi kendisini de eleştirdi. 1922-1923 yıllarında Sovyetler Birliğinin Ankara büyükelçisi Semyon Aralov yazdığı kitabında Rauf Orbay ve Refet Bele'nin Sovyetlere karşı olup komprador burjuvazinin temsilcisi olduğunu yazdı.
Partinin kapatılmasından sonra, Atatürk’e karşı yapılan İzmir Suikastı girişimi nedeniyle kendisi de Ali Fuat Paşa, Kâzım Karabekir ve Rauf Orbay ile birlikte tutuklandı, Refet Paşanın tutuklanma nedeni suikastın en önemli organizatörlerinden İzmit milletvekili Şükrü Bey'in tutuklanmasından hemen sonra Terakkiperver Cumhuriyet Fırkası kurucularının Refet Paşa'nın evinde buluşmasıdır. Refet Paşa mahkemede, Şükrü Bey'in milletvekili olarak tutuklanmasının önemli bir konu yüzünden olabileceğini düşündükleri için bu toplantıyı yaptıklarını söyledi. Yargılandığı İstiklal Mahkemesi’nden beraat etti. Refet Paşa İstanbul'da Kalamış'taki köşkünde oturuyordu.
1 Kasım 1926 tarihinde milletvekilliğinden istifa etti. 8 Aralık 1926 tarihinde kendi isteğiyle askerlikten emekliye ayrıldı. 1935 yılına kadar siyasetten uzak kaldı.

II. Dünya Savaşı başlamadan önce İsmet İnönü, Mustafa Kemal Atatürk'ün siyasetini eleştirdikleri için anlaşmazlığa düştüğü silah arkadaşları ile temasa geçip ılımlı siyaset izlemeye başla