e Diyarbakır Alay Komutanlığı içerisinde tahsis edilen yerlerde JİTEM levhaları bulunduğunu ifade eden Avcı, Ersever ve ekibinin yapmış olabileceğini tahmin ettiği olayları, HADEP İl Başkanı Vedat Aydın’ın kaçırılıp öldürülmesi, baro başkanın arabasına bomba konulması, "Yeni Ülke" gazetesinin yakılması, bir derginin basılarak bir kişinin öldürülmesi olarak sıraladı.

Emekli tuğgeneral Veli Küçük sanık olarak yer aldığı Ergenekon davasında yaptığı savunmasında Jandarma Genel Komutanlığı bünyesinde hiçbir zaman böyle bir birimin olmadığını ve bu isim kullanılarak sanki gizemli, gayriyasal bir oluşum varmış izlenimi yaratılmaya çalışıldığını iddia etti.

İtirafçı Abdülkadir Aygan bir röportajında üzerinde "Görev yeri: JİTEM" yazan resmi maaş bordrosunu göstermiş ve görev yaptığı yerde JİTEM yazılı tabela bile bulunduğunu öne sürmüştür. Aygan, görev yaptığı dönemde Ergenekon adını hiç duymadığını ancak 2001 yılında Ankara’da JİTEM dışında yeni bir örgütlenmenin hissedildiğini belirtmiş ve Ergenekon Operasyonu başladıktan sonra JİTEM'in Ergenekon'un askerî kanadı olduğu kanaatine vardığını sözlerine eklemiştir.

Emekli albay Arif Doğan'ın, 14 Ağustos 2008'de Ergenekon soruşturması kapsamında gözaltına alınmasıyla beraber JİTEM ile ilgili yeni bilgiler edinildi. Operasyon kapsamında Doğan’ın depo olarak kullandığı İstanbul Beykoz’daki bir evde yapılan aramalarda ise çok sayıda "JİTEM belgesi", 2 kalaşnikof marka tüfek, bin adet mermi ve bin boş kovan ile 280 adet el bombası bulundu. Doğan'dan ele geçirilen 1989-1991 yılları arasına ait dokümanlarda "JİTEM" adının kullanıldığı görülmektedir. Doğan ifadesinde JİTEM'i kendisinin kurduğu ve daha sonra Veli Küçük'e devrettğini itiraf etmiştir.

Doğan'dan ele geçirilen bir belgede ""örgütü geri bölgesindeki kamplarında vurabilmek maksadıyla PKK’nın ideolojisiyle ters düşen örgütlerle görüşme yapıldığı ve bu görüşmelerin bir örgütle üst seviyeye kadar ulaştığı"" bilgisi yer almaktaydı. İddianamede adı açıklanmayan bu örgütün Hizbullah olduğu iddia edildi. Ergenekon iddianamesinde ayrıca JİTEM'in kuruluşunda emir-komuta zinciri içinde olmasına rağman özerk bir hale gelen yapının hukukdışı işlere bulaştığı yorumları yapıldı.
Arif Doğan,emekli Albay, JİTEM’i kendisinin kurduğunu ve kendisinin dondurduğunu söyledi. Habertürk’e konuşan Doğan, Ergenekon ile ilgisinin olmadığını belirterek “Benim ilgim alakam JİTEM’ledir” diye konuştu. JITEM'in kurucusuna göre, örgütde 10 000 kişi görev aldığını itiraf etti . Alman "Der Spiegel" dergisinde yayınlanan "Kürtlere karşı Türkiyenin kirli savaşı" haberine göre, "JITEM Türk jandarmanın özel bölümü" dür . JİTEM itirafçısı Abdülkadir Aygan NTV’ye yaptığı açıklamada, JİTEM grubunun Türkiyenin 9. Cumhurbaşkanı Süleyman Demirel ile görüştükten sonra siyasi iradenin verdiği destekle faili meçhul cinayetler işlediğini söyledi. Aile mensublarını öldüren JITEM'e karşı "Cumartesi Anneleri" olarak bilinen kayıp yakınları Galatasaray Meydanı’nda 300'den fazla oturma eylemlerini yaptılar. Ama Türkiye bu eylemi yasakladı.

Ankara Cumhuriyet Başsavcılığı'nın, emekli albay Arif Doğan'ın kamuoyuna yansıyan bir takım açıklamaları nedeniyle JİTEM ile ilgili başlattığı soruşturmada, JİTEM adlı oluşumun, İçişleri Bakanlığının onayı olmadan ve Genelkurmay Başkanlığı'nın görüşü alınmadan, Jandarma Genel Komutanlığının kendi inisiyatifiyle kurulduğu tespit edildi.

Teşkilatın gözaltında tuttuğu kişilere Filistin askısı, falaka vb. yöntemlerle işkence uyguladığı ve yargısız infazlar yaptığı iddia edilir. Öldürdükleri kişilerin bazılarını gömerek gizledikleri bazılarını ise halkta korku yaratmak amacıyla bir yere attkları da iddialar arasındadır. Eski JİTEM elemanı Aygan'a göre de bölgede cinayetlerin %80'i JİTEM tarafından işlenmiştir. JİTEM adının ilk kez mahkeme tutanaklarına girdiği olay Yüksekova çetesi davasıdır. Silah ve uyuşturucu kaçakçılığı başta olmak üzere bir dizi suçtan yargılanan Yüksekova çetesi yapılanmasında Arif Doğan'ın da adı geçiyordu.

JİTEM ve faili meçhul cinayet tartışmalarında genellikle 17 bin faili meçhul rakamı telaffuz edilir. Ancak bu sayıyı abartılı bulanlar da vardır. Prof. Dr. Ümit Özdağ, 17 bin faili meçhul iddiasının PKK'nın psikolojik savaş sloganı olduğunu savunur.

Abdülkadir Aygan'a göre teşkilatın şeması şöyledir:


Susurluk raporunda yer alan Şerif Avşar cinayetinde JİTEM'ci olduğu öne sürülen eski uzman çavuş Gültekin Sütçü, 2008 yılında Diyarbakır 3. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından 30 yıl hapis cezasına çarptırıldı.

1990'lı yıllarda Diyarbakır ve çevresinde 8 kişinin kaçırılarak öldürülmesi ile ilgili başlatılan soruşturmalarda, Yeşil kod adlı Mahmut Yıldırım, Abdülkadir Aygan ve albay Abdülkerim Kırca'nın aralarında bulunduğu 8 kişi olaylardan sorumlu tutuldu. 1992 açılan hazırlık soruşturmaları 2005'te sona erdi ve Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığı 8 dosyayı birleştirerek dava açtı. Görevsizlik kararları nedeniyle 2009'a kadar askerî ve sivil mahkemeler arasında gidip gelen 8 cinayetle ilgili davaya Diyarbakır'da bulunan mahkemelerin bakması kararına varıldı.

1967 yılında Suriye'de dünyaya gelen İbrahim Babat, 1984'te PKK'ya katıldı. Daha sonra örgüte güvenini yitirince kaçmaya karar verdi ve jandarmaya teslim oldu. Cem Ersever tarafından sorgulandıktan sonra Babat'a PKK'ya karşı mücadele etmesinin teklif edildiği ve "deşifre edilmemesi ve herhangi bir çatışmada ölü olarak gösterilmesi" isteği kabul edilince JİTEM adına çalışmaya başladığı iddia edilmektedir. Babat 1993'te İstanbul'a geçip tahsilat işleri ile uğraşmaya başladı. Ortağı Süleyman Ülger'i öldürmeye teşebbüsten arandığı sırada, ilişkisini hiç kesmediğini söylediği albay Arif Doğan'ın odasında yakalandı. 17 yıl hapse mahkûm oldu. Bu ceza nedeniyle kendini aldatılmış hisseden Babat bildiklerini Başbakanlık Teftiş Kurulu müfettişlerine ve İstanbul DGM Başsavcılığına anlatmaya karar verdi. Babat, Kutlu Savaş'ın Susurluk raporuna giren ifadesinde şöyle demektedir: "JİTEM birlikleri içinde teröre karşı başarılı çalışmalarımız olmakla birlikte açığa çıkmamış ve gizli kalmış ve bugün de devleti sıkıntıya sokan bazı keyfi, hukuk dışı, pis uygulamalar olmuştur. Teröre karşı mücadelede çok yararlı istihbari bilgiler getiren Hacı Ahmet Zeyrek ve Mehmet Bayar adındaki sivil vatandaşlar -ki bunlar ülkesini, devletini seven insanlardı- mantıklı hiçbir gerekçe öne sürülmeden faili meçhul bir şekilde katledildiler. Hacı Ahmet Zeyrek'i 1988'de Silopili olan Lokman Gündüz'e öldürttüler. Mehmet Bayar ise 1990 yılının başında çok kirli bir yöntemle imha edildi. Bayar'ın eline istihbarat gizli servislerinin kullandığı orijinal bombalı bir çanta verildi. İdil'li bir avukatla (Bu avukatın daha sonra Hasip Kaplan olduğu ortaya çıktı) randevu alındı. Mehmet Bayar'a 'Avukatın yanına bu çantayla gideceksin, görüşme esnasında çantanın kolundaki düğmeye basacaksın, ses kayıtlarını alıp bize getireceksin' dendi. Gerekli izahat yapıldıktan sonra Bayar'ı bir arabayla avukatın bürosunun yakınına bıraktık. Mehmet Bayar, arabadan indikten sonra daha büroya varmadan düğmeye basmış olacak ki, çanta infilak etti. Bunda esas amaç görüşmedeki bilgileri almak değil Mehmet Bayar'ı yem olarak kullanıp kendisiyle birlikte avukatı da imha etmekti." Babat'ın ifadeleri üzerine Dönemin İdil Cumhuriyet savcısı, 16 Eylül 1989'da öldürülen üç kişi ile ilgili dosyayı tekrar açtı. 12 Kasım 1998 tarihinde, Babat'ın ifadesini almak amacıyla Midyat Cezaevi'ne naklini talep etti. Ancak Ceza ve Tevkifevleri Genel Müdürlüğü talebi reddetti. Bunun üzerine savcı, Babat'ın ifadesini bizzat almak için izin istediyse yine red yanıtı aldı. İdil savcısı daha sonra Babat'a yanıtlaması üzere 60 soru gönderdi ve bunların cevabı geldi. 25 Şubat 1999'da savcını talebiyle albay Arif Doğan'ın da talebi alındı ancak 8 Ocak 1999'da soruşturma hakkında görevsizlik kararı verilerek dosya Diyarbakır Devlet Güvenlik Mahkemesi savcılığına gönderildi. Dosyası Diyarbakır DGM'de de bazı engellerle karşılaştı ve soruşturmadan bir sonuç alınamadı. İbrahim Babat 2002'de kamuoyunda Rahşan affı olarak bilinen yasadan yararlanarak tahliye edildi.

Eski Cizre Jandarma Alay Komutanı Cemal Temizöz 23 Mart 2009 günü Cizre'de görev yaptığı sırada yaşanan faili meçhul cinayetler nedeniyle gözaltına alındı. Bu olayın öncesinde Cizre'nin Kuştepe köyünde faili meçhul cinayet iddiaları hakkında yapılan kazı çalışmaları sonucu 20 kemik parçası bulunmuş ve soruşturma kapsamında eski Cizre Belediye Başkanı Kamil Atak ve oğlu tutuklanmıştı. Olay hakkında gözaltına alınan kişilerin ifadelerinde Temizöz'ün adı geçmekteydi. 2009 Temmuz ayında açıklanan 104 sayfalık iddianamede Cizre'deki 20 cinayetten sorumlu tutulan Temizöz'ün 9 kez ağırlaştırılmış müebbet hapsi istendi.

JİTEM itirafçısı Abdülkadir Aygan'ın anlatımlarında JİTEM tarafından öldürüldüğü söylenen kişiler şunlardır: Musa Anter, Vedat Aydın, Musa Toprak, Mehmet Şen, Talat Akyıldız, Zahit Turan, Necati Aydın, Ramazan Keskin, Mehmet Ay, Murat Aslan, İdris Yıldırım, Servet Aslan, Sıddık Yetmez, Edip Aksoy, Ahmet Ceylan, Şahabettin Latifeci, Abdülkadir Çelikbilek, Mehmet Salih Dönen ve ismi öğrenilemeyen amcası, İhsan Haran, Fethi Yıldırım, Abdülkerim Zoğurlu, Zana Zoğurlu, Mele İzzettin Acet ve şoförü Mehmet Emin Kaynar, Hakkı Kaya, Harbi Arman, Fikri Özgen ve Muhsin Göl. JİTEM varlığı ve faaliyetlerine ilişkin en detaylı bilgi bir dönem bu kurum da çalıştığını söyleyen Abdülkadir Aygan, 1980'li yılların başında PKK'ya katılmış ve 5 yıl sonra örgütten ayrılarak itirafçı olmuştur. Bir süre Diyarbakır Cezaevi'nin itirafçılar koğuşunda kalmış, cezasında indirime gidildiği için 1990 yılında serbest kalmıştır. Tahliyesinin hemen ardından askere alınan Aygan'ın o dönem yüzbaşı olan Cem Ersever'in girişimleri ile yeni kurulan JİTEM'in ilk 7 kişilik kadrosunda yer aldığı iddia edilmektedir. 1990-2000 yılları arasında Aziz Turan kimliği ile JİTEM'de 10 yıl görev yapmıştır. Daha sonra Burdur İl Jandarma Alay Komutanlığı'na sivil memur olarak atanmış ve kısa bir süre bu görevini sürdürmüştür. Memuriyetinin