örevinden başka bir de Thomas Okulu’nun dördüncü ve üçüncü sınıflarına Latince dersi vermekle yükümlüydü. Ayrıca üniversitenin resmi törenlerinde akademik müzik şefi olarak katılmak, okulun belli öğrencilerine olağan koro dersi dışında org, klavsen, keman öğretmek de onun görevleri arasındaydı. Bunca çalışmaya karşın eline geçen para çok azdı.

Sanatçı 28 Ekim 1730 günü Georg Erdmann’a yazdığı bir mektupta şöyle diyor:

“Şimdiki yıllığım 700 thaler kadardır, arada ek gelir olursa artar. (thaler o dönemin Almanya’sında kullanılan para birimidir.) Bu da gömülen cenazelerin sayısına bağlıdır. Havalar sağlığa uygun gidince ek gelir azalıyor. Sözgelimi geçen yıl cenaze sayısı eksildiğinden dolayı ek gelirden 100 thaler içeri girdim. Thüringen’de 400 thaler alırken daha iyi geçiniyordum. Burada iki katı elime geçiyor olsa da yaşamın pahalılığından dolayı yine de sıkıntı çekiyorum. Size aile durumumu anlatayım: İlk eşim Köthen’de öldüğünden dolayı ikinci kez evlendim. İkinci evliliğimden bir oğlum ile iki kızım sağdır. Büyük oğlum hukuk okuyor. Ötekisi birinci sınıfta, biriyse ikinci sınıfa devam etmektedir. En büyük kızım daha evlenmemiştir. İkinci evliliğimden olan çocuklar henüz çok küçüktürler: oğlanların en büyüğü altı yaşında. Fakat hepsinin müziğe ilgileri var. Ailemle bir çalgı grubu kurabileceğimize eminim. Özellikle şimdiki karımın güzel bir soprano sesi var, büyük kızım da iyi şarkı söyler… vb.”

Leipzig’e döndükten sonra Sebastian Bach’ın gittikçe artan hastalıkları kendisini de yakınlarını da endişelendirmeye başlamıştı. Özüne karşı pek sert davranan Bach ilk sıralarda bu rahatsızlıkları iki kat etkinlikle alt etmeye uğraştı. Fakat bu sefer ilaçlar yetersiz kalıyordu.
Hele gözlerinden çok rahatsızdı. Eskiden beri miyop olan gözleri fazla çalışmaktan ve notaları kopyalamaktan yorulmuş, yavaş yavaş görmez olmaya başlamıştı. 1749’da gözlerine yapılan ameliyat başarısızlıkla sonuçlanarak tamamen kör olmasına yol açtı.

Bach’ın körlüğü cesaretini, sabrını ve dinsel inancını hiç sarsmadı. O yine çalışmalarını sürdürüyordu. Gözlerinden dolayı karanlık bir odada kalmaya mahkûm olmasına karşın damadı ve çömezi Altnikol’a son koral’ini söyleyip yazdırıyordu. Bu koral “En büyük sıkıntılara düştüğümüzde” (Wenn wir in höchsten Nöthen sein BWV 641) sözleri ile başlıyordu. Bach ölümünün yaklaştığını hissedince o koralin başına “Tanrım işte katına çıktım” tümcesini yazdırmıştır.

Gerçi ölümünden yaklaşık on gün önce gözleri yeniden görmeye başladıysa da bu iyileşme pek geçici kaldı. Sonunda yüksek ateşle bir inme geldi ve yapılan sağaltım yarar sağlamayarak 28 Temmuz 1750 akşamı saat dokuza çeyrek kala, Sebastian Bach 66 yaşında hayatını kaybetti.

J.S.Bach'ın eserleri BWV numaralarıyla indekslenmektedir; kısaltma "Bach Werke Verzeichnis" ( Bach Eserleri Kataloğu) kelimelerinin baş harflerinden oluşur. Katalog, Wolfgang Schmieder tarafından derlenerek 1950 yılında basılmış; kronolojikten ziyade tematik olarak düzenlenmiştir. Örneğin BWV 525'ten BWV 748'e kadar olan eserleri org için yazılmıştır.

BWV 1 - 224
Kantatlar dinsel ve dünyasal olmak üzere ikiye ayrılır. Dinsel kantatlar (ya da kilise kantatları) çoğu zaman kilise yılının kutsal günleri ile Pazar günleri için yıllık takımlar olarak tasarlanmış ama tasarlanan beş takım ya gerçekleşmemiş ya da kayboldukları için günümüze kadar ulaşamamıştır. Günümüze kadar ulaşabilenlerin kilise yılına dağılımı şöyledir:

Noel öncesi 1. pazar (Dominica 1 Adventus Christi / 1. Advent) BWV 36, 61, 92
Noel öncesi 3. pazar (Dominica 3 Adventus Christi / 3. Advent) BWV 141
Noel öncesi 4. pazar (Dominica 4 Adventus Christi / 4. Advent) BWV 132
1. Noel günü (Feria 1 nativitatis Christi / 1. Winhnachtsfesttaf) BWV 63, 91, 110, 142, 191, 197a
2. Noel günü (Feria 2 nativitatis Christi / 2. Winhnachtsfesttaf) BWV40, 57, 121
3. Noel günü (Feria 3 nativitatis Christi / 3. Winhnachtsfesttaf) BWV64, 133, 151
Noel ertesi Pazar (Dominica post nativitatis Christi / Sonntag nach Winhnachten) BWV 28, 122, 152
Yeniyıl günü/İsa yalvacın sünneti (Festo circumcisionis Christi/Fest der Beschneidung Christi / Neujahrstag)BWV 14, 41, 143, 171, 190, ek 8 
Yeniyıl ertesi pazar (Dominica post festum circumcisionis Christi / Sonntag nach der Beschneidung Christi) BWV 58, 153
Görünme kutsal günü (Festo epiphanias/Epiphanis) BWV 65, 123
Görünme ertesi 1. pazar (Dominica 1 post epiphanias/1.Sonntag nach Epiphanias) BWV 32, 124, 154, 217
Görünme ertesi 2. pazar BWV 3, 13, 155
Görünme ertesi 3. pazar BWV 72, 73, 111, 156
Görünme ertesi 4. pazar BWV 14, 81
70. Gün (Septaugesimae) BWV 84, 92, 144
60. Gün (Sexagesimae) BWV 18, 126, 181
Paskalya öncesi 7. pazar (Estomihi) BWV 22, 23, 127, 159
Paskalya öncesi 4. pazar (Oculi) BWV 80a
Hurma pazarı (dominica palmarum aut festo Mariae annunciations/Palm – Sonntag/Fest Mariae Verkündigung) BWV 182
1. Paskalya günü (feria paschatos/Osterfest) BWV 4, 15, 31, 160, 249
2. Paskalya günü (2. feria paschatos/2. Osterfesttag) BWV 6, 66
3. Paskalya günü (3. feria paschatos/3. Osterfesttag) BWV 134, 145, 158
Akpazar/Küçük paskalya (Quasimodogeniti/Weisser Sontag) BWV 42, 67
Paskalya ertesi 2. Pazar (Misericordia Domini) BWV 85, 104, 112
Paskalya ertesi 3. Pazar (Jubilate) BWV 12, 103, 146
Paskalya ertesi 4. Pazar (Cantate) BWV 108, 166
Paskalya ertesi 5. Pazar (Rogate) BWV 86, 87
İsa’nın göğe çıkışı günü (festo ascensionis Christi/Himmelfahrt Christi) BWV 11, 37, 43, 128
Paskalya ertesi 6. Pazar (Exaudi) BWV 44, 183
Pentakot 1. Günü (festo pentecostes/Pfingstfest/1. Pfingsfesttag) BWV 34, 59, 74, 172, 218
Pentakot 1. Günü (feria pentecostes/Pfingstfest/2. Pfingsfesttag) BWV 68, 173, 174
Pentakot 3. Günü BWV 175, 184
Üçlübirlik günü ertesi 2. Pazar BWV 2, 76
Üçlübirlik günü ertesi 3. Pazar BWV 21, 135
Üçlübirlik günü ertesi 4. Pazar BWV24, 177, 185
Üçlübirlik günü ertesi 5. Pazar BWV 88, 93
Üçlübirlik günü ertesi 6. Pazar BWV 9, 170
Üçlübirlik günü ertesi 7. Pazar BWV 107, 186, 187, ek1
Üçlübirlik günü ertesi 8. Pazar BWV 45, 136, 178
Üçlübirlik günü ertesi 9. Pazar BWV 94, 105, 168
Üçlübirlik günü ertesi 10. Pazar BWV 46, 101, 102
Üçlübirlik günü ertesi 11. Pazar BWV 113, 179, 199
Üçlübirlik günü ertesi 12. Pazar BWV 35, 69, 137
Üçlübirlik günü ertesi 13. Pazar BWV 33, 77, 164
Üçlübirlik günü ertesi 14. Pazar BWV 17, 25, 78
Üçlübirlik günü ertesi 15. Pazar BWV 51, 99, 100, 128
Üçlübirlik günü ertesi 16. Pazar BWV 8, 27, 95, 106, 161
Üçlübirlik günü ertesi 17. Pazar BWV 47, 114, 148
Üçlübirlik günü ertesi 18. Pazar BWV 96, 169
Üçlübirlik günü ertesi 19. Pazar BWV 5, 48, 56, ek2
Üçlübirlik günü ertesi 20. Pazar BWV 49, 162, 180
Üçlübirlik günü ertesi 21. Pazar BWV 38, 98, 100, 109, 188
Üçlübirlik günü ertesi 22. Pazar BWV 55, 89, 115
Üçlübirlik günü ertesi 23. Pazar BWV 52, 139, 163
Üçlübirlik günü ertesi 24. Pazar BWV 26, 60
Üçlübirlik günü ertesi 25. Pazar BWV 90, 116
Üçlübirlik günü ertesi 26. Pazar BWV 70
Üçlübirlik günü ertesi 27. Pazar BWV 140
Meryem’in arınması (festo purificationis Mariae/Fest Mariä Reinigung) BWV 82, 83, 125, 157, 158, 161
Meryem’e haber günü (festo annunciationis Mariae/Fest Mariä Verkündigung) BWV 1, 182
Meryem ziyareti (feto visitationis Mariae/Fest Mariä Heimsuchung) BWV 10, 147
Johannes günü (festo St. Joannis Baptistae/Fest Johannis des Täufers/Johannisfest) BWV 7, 30, 167, 220
Mihael günü (festo Michaelis/Michaelisfest) BWV 19, 50, 130, 149, 219
Reform bayramı (31 Ekim, festo reformationis/Reformationsfest) BWV 79, 80
Hangi güne özgü olduğu belirtilmemiş dinsel kantatlar: BWV 21, 51, 54, 97, 117, 131, 150, 189, 192, 200, 221,22, 223, 224
Seçim kantatları: BWV 71, 119, 69, ek4, 120, 69a, ek3, 29, 137, 193
Evlilik kantatları: BWV 34a, 120a, 195, 196, 197
Org kutsaması: BWV 194
Cenaze müzikleri: BWV 53, 106, 118, 157, 198, ek16, 17
Dünyasal kantatlar: BWV 30a, 46a, b, c, 134a, 173a, 193a, 201, 205, 205a, 206, 207, 207a, 208, 208a, 209, 210, 210a, 211, 216, 216a, 249a, b, ek5-15, 18 – 19.

BWV 225 Singet dem Herrn ein neues Lied (Efendimize yeni bir şarkı söyleyin)
BWV 226 Der Geist hilft unsrer Schwachheit (Ruh, güçsüzlüğümüzde destek olur)
BWV 227 Jesu meine freude (İsa, sevincim)
BWV 228 Fürchte dich nicht, ich bin bei dir (Korkma, yanındayım)
BWV 229 Komm, Jesu, komm! (Gel İsa, gel!)
BWV 230 Lobet den Herrn, alle Heiden (Efendimizi övün, tüm dinsizler)
BWV 231 Sei Lob und Preis mit Ehren (Saygıyla övgü sana)

BWV 232 si minör missa, Leipzig 1733
BWV 233 Fa Majör missa, Leipzig 1737?
BWV 234 La majör missa, Leipzig 1737/38?
BWV 235 si minör missa, Leipzig 1737?
BWV 236 Sol Majör missa, Leipzig 1737/38?
BWV 237-242 Missa bölümleri (Do Majör, Re Majör, re minör, Sol Majör, 5 Re Majör Sanctus, 1 sol minör Christe elesion)
BWV 243 Re Majör Magnificat (ilk versiyonu Mi-bemol Majör)

BWV 244 St. Matthew Passion (Matthäuspassion) Matta azabı
BWV 245 St. John Passion (Johannespassion) Yahya azabı 
BWV 246 St. Luke Passion (Lukaspassion) Luka azabı
BWV 247 St. Mark Passion (Markuspassion) Mark azabı
BWV 248 Cristmas Oratorium (Weihnachts-Oratorium) Noel Oratoryosu
BWV 249 Easter Oratorium (Oster-Oratorium) Paskalya Oratoryosu

BWV 439-507 Dinsel şarkı ve aryalar (Schemelli’nin şarkı albümünden şifreli ve şifresiz bas ile)
BWV 508-518 Şarkılar ve aryalar (Anna Magdalena Bach’ın 2. albümünden, 1725)
BWV 519-523 Beş dinsel şarkı
BWV 524 Qoudlibet (eksiktir)

BWV 525-530 Trio sonatlar
Forkel’in bildirdiğine göre Sebastian Bach “iki klavye ve bir pedal için 6 sonat”ı en büyük oğlu William Friedmann (d.1710) için yazmıştır. Başlığını yanlış yorumlayanlar bu eserleri Bach’ın evinde kullandığı bilinen pedalli klavsen için yazdığını ileri sürmüşlerse de org eserleri olduğu kesindir. BWV 528 eser sayılı sonatın ilk bölümü 1723’te yazılmış bir kantatın giriş bölümünden uyarlanmış olduğuna göre hepsi sonatların hepsi, Bach’In Leipzig’deki ilk yıllarında yazılmış ve üstün yetenekli oğlu tarafından çok geçmeden eğitim materyalleri olarak kullanılmış olabilir. İtalyan stilinde konçerto formunun hızlı-yavaş-hızlı akışlı üç bölümlü (sadece BWV 528’de ilk kısa ve yavaş bir giriş