Ögedey'in emri altına sokmaya mecbur etmişti. Gürgenç kuşatması 1221 ilkbaharına kadar Reşîdüddîn'e göre 7 ay, İbnül Esir'e göre ise 5 ay sürdü. Bu Moğolların en zor savaşlarından biri oldu. Cüveynî, bu savaşta iki tarafın kaybettiği insan sayısını bana söyledikleri zaman inanamadım onun için de buraya yazmadım demektedir. Zafer, 1221 yılının Nisan ayında geldi. Karşı koyan kalmayıp herkes teslim olunca, şehirde bulunanları dışarıdaki boş alana sürdüler. Bunlar arasında meslek ve sanat sahibi yüz binden fazla kimseyi ayırdılar kadınları ve küçük çocukları köle yapıp esir aldılar. 
Gürgenç'in 1221’de Moğolların eline geçmesiyle Harezmşahlar Devleti resmen tarihe karışmış oldu. Harezm’in zaptından sonra Cengiz Han oğlu Cuci’ye, Harezm ülkesinin bu bölümü de dahil olmak üzere ele geçirdiği Batı Sibirya’yı vererek onu bölgeye idareci olarak gönderdi. Aleaddin Muhammed'in ölüm haberini aldıktan sonra Amu Derya'yı geçerek Horasan'a girdi ve Belh şehrini fethetti. Küçük oğlu Tuluy'u ise Horasan'daki şehirleri ele geçirmesi içim yolladı. Horasan'da insanlık tarihinde eşine az rastlanır biçimde bir katliam gerçekleştirildi. Cüveynî, seferden sonra geriye halkın onda birinin bile kalmadığını söyler. Nişabur’da Cengiz Han’ın en sevdiği damadı olan Toguçar bir Nişaburlunun attığı ok ile ölmüştü. Bu olayın Şubat 1221'de Tuluy'un şehri ele geçirdikten sonra yaşanan bir isyan sırasında mı yoksa kuşatma sırasında mı olduğu açıklığa kavuşmuş değil. İki ihtimalde de şehirdeki insanların ölüm fermanının imzalanmasının bu olay sonucu olduğu biliniyor. Cengiz Han’ın kızı, kocasının ölüm haberini aldığı için acılıydı ve Nişabur’daki her insanın öldürülmesini istedi. Tuluy orduyu yönetiyordu ve bu görevi yerine getirdi. Kadınlar, çocuklar, bebekler hatta köpekler ve kediler bile katledildi. Bazı şehir sakinlerinin yaralı olup ölmemesinden endişelenen Cengiz Han’ın kızı söylenenlere göre herkesin kafasının kesilmesini istedi, kesilen kafalarla piramitler oluşturuldu. On gün içinde piramitlerin hepsi tamamlanmıştı. Nişabur’da kaç kişinin öldüğü her zaman tartışma konusu olsa da çok sayıda insanın yaşamını yitirdiği bilinmekte. Bu katliam yaşanırken Cengiz Han’ın şehirde olmadığı tahmin ediliyor. Nişabur'un ardından direnen Merv de ele geçirildikten sonra korkunç bir yıkıma maruz kaldı. Kale yerle bir edilirken Büyük Selçuklu hükümdarı Sultan Sencer'in anıt mezarı tahrip edildi. Horasan'ın en zengin ve gelişmiş şehirlerinden Merv harabe haline dönüştü. Nişabur ve Merv'deki katliamlardan gözü korkan Herat ise teslim oldu. Böylece Tuluy üç ay gibi kısa bir sürede Horasan’ın Merv, Nişabur ve Herat şehirlerini ele geçirdi.

Alaaddin Muhammed ölmeden birkaç gün önce oğlu Celaleddin’i veliaht ilan etmişti. Celaleddin bu devleti yeniden toparlamak istedi. Bunun için Moğollarla mücadele etti. Celaleddin Harezmşah, Hindikuş'un güneyinde önemli bir ordu kurmuş ve tehdit oluşturmaya başlamıştı. Gazne'de 60 bin askerle yerleşmiş olan Celaleddin, Toharistan'da Valiyan'ı kuşatan Moğol ordusunu yendi. Sultan Celaleddin’in sayısı az olan ve başka yerden yardım alamayan Moğol ordusunu yendiğini haber alınca Cengiz Han hiç vakit geçirmeden, Gazne’ye geldi. Celaleddin'in on beş gün önce oradan Sind geçidini geçerek Hindistan'a gitmek için ayrıldığı haberini alması üzerine Celaleddin'in peşine düştü. Cengiz Han, 26 Kasım 1221'de İndus nehri sahilinde ona yetişti ve her taraftan Sultan’ın ordusunu kavis içine aldılar. Şiddetli bir çarpışma yaşandı. Celaleddin mağlup olarak annesini ve karısını nehre attırdıktan sonra nehri geçip Hindistana kaçtı. Cengiz Han, Celaleddin'e karşı zaferinin etkisini güçlendirmek için Hindistan'a girip onu takip etmedi. Hindistan çok büyüktü ve hakkında hiçbir bilgiye sahip değildi. Delhi Sultanlığı hatırı sayılır bir güce sahipti. 1223 yazını bugünkü Taşkent’in bulunduğu yerde geçiren Cengiz Han, geri dönüş için hazırlıklara başladı.

Subutay ve Cebe 1221'de yakalamakla görevli oldukları Harezmşah Alaeddin Muhammed'in ölümünü öğrendiklerinde artık tek amaçları olan Harezmşah'ı ele geçirmek söz konusu olmadığı için serbest hareket etmeye başladılar. Bu serbestlik onlara insanlık tarihinin bugüne kadar bilinen en büyük süvarilik harikalarından birini gerçekleştirmelerine imkan tanımıştı. Kafkasya'ya girerek Gürcüleri kış ortasında başkentleri Tiflis'te yenilgiye uğrattılar. Hazar Denizi ve Karadeniz'in kuzeyinde yaşayan Kıpçaklar, Moğollar ile tek başlarına başa çıkamayacaklarını anlayınca Ruslara çağrıda bulundular. Cebe ve Subutay, 31 Mayıs 1223'te 80 bin kişilik Rus-Kıpçak ordusunu Kalka Nehri kıyısında mağlubiyete uğrattılar ve oradan Kırım'a doğru uzanarak Sudaka'yı zaptettiler. Dönüş yolunda Hazar Denizi kuzeyinde İdil Bulgarları tarafından kuşatıldılar. Subutay ve Cebe birçok tarihi kaynağa göre İdil Bulgarlarlarını mağlup etti. Bazı tarihçiler, Moğollarım yenildiğine dair rivayetleri İdil Bulgarlar'ının Ruslara, Moğolları yendiklerini ve onları topraklarından sürdüklerini söylemek için uydurdukları hikâyelerin oluşturduğunu iddia etmektedirler. Cebe ve Subutay, 1223'ün sonu veya 1224'ün başında İrtiş Vadisi'nde, dönüş yolunda olan Cengiz Han'a katıldılar.

Cengiz Han, Harezmşahlar üzerine sefere gitmeden önce yardım için asker istediği kendisine taabi Tangut Krallığı olarak bilinen Batı Xia hanedanının tavrını unutmamıştı. Karakurum'a döner dönmez bu sorunu halletmek için hazırlıklara başladı. Sefere yanında eşlerinden Yesüy ile birlikte 1225 sonbaharı ya da 1226 ilkbaharında çıktı. Av esnasında attan düştü. Karın bölgesinde çok ciddi ağrıları vardı ve ateşi çok yüksekti. Telaşlanan Yesüy, kazayı ve Cengiz Han'ın rahatsızlığını haber vermek için oğullarını ve komutanlarını topladı. Seferin ertelenmesi önerisi kabul edildi. Tam toplanıp gidilecekken Cengiz Han; eğer geri çekilirsek Tangutlar korktuğumuzu düşünür diyerek karşı çıktı. Meseleyi diplomasi yoluyla çözmek için Tangut kralına elçi gönderildi. Kral barıştan yanaydı ancak bakanı Aşagambu onu vazgeçirdi ve Moğollar savaşmak istiyorsa gelsin boy ölçüşelim, altın, gümüş ve ipek istiyorlarsa almak için ilerlesinler diye cevap gönderdi. Yüksek ateşten bitkin bir vaziyette olan Cengiz Han, ölmem gerekse bile artık geri çekilemeyiz dedi ve Moğollar saldırıya geçti. Cengiz Han, Lipuan Dağlarında gizli bir vadiye götürülerek ve şifalı bitkiler ile tedavi edilmeye çalışıldı. Diğer taraftan Moğol ordusu bölgeyi öyle kötü yıkıp yağmaladı ki Tangut Kralı barış istemek zorunda kalmıştı. Tangut Kralı Cengiz Han'ın huzuruna çıkarılmadı. Yalnızca otağının önüne gitmesine izin verildi. Gerçeği saklamak çok da mümkün olamamıştır ancak bu haberin dışarı sızmaması gerekiyordu. Cengiz: “Ölümümü kimsenin öğrenmesine izin vermeyin. Hiçbir zaman ağlamayın ve yas tutmayın, böylece düşmanlarımızın hiçbir şeyden haberi olmaz. Tangutlu idareciler ve halk belirlenen zamanda şehri terk ettiklerinde hepsini yok edin!” demiştir. Tangut kralı öldürülmüş, Yinçuan şehri yağmalanmış, hükümdar mezarları açılmış ve halkı tamamen ortadan kaldırılmıştı. Bu yüzdendir ki kaynaklarda bundan sonra Tangutlar hakkında bir bilgiye rastlanılmamaktadır. Böylece Cengiz Han'ın emri yerine getirilmişti.

Yapılan hesaplara göre Cengiz Han 25 Ağustos 1227 yılında büyük bir ihtimalle iç kanamadan öldüğünde 65 yaşında idi. Cengiz Han'ın cesedine ne olduğu nerede bulunduğu konusu günümüzde bile hâlâ sırrını korumaktadır. Moğolların Gizli Tarihinde bu konu ile ilgili hiçbir kayıt yoktur. Ülkesinden 1600 km uzakta ölen Cengiz Han'ın cesedinin ülkesine nasıl götürüldüğü konusunda soru işaretleri vardır. Bu mesafe bugün araba ile son sürat gidildiğinde üç haftada alınabilir. Üç haftada da ceset çürürdü. Moğollar mumyalama tekniğini bilmiyorlardı. Bazı yazarlar Cengiz Han'ın öldüğü yere gömüldüğünü iddia etmektedirler. Bazıları doğduğu yerde gizli bir yere gömüldüğünü, cenaze konvoyunda görev alan herkesin öldürüldüklerini ve mezarının gizli tutulması için birçok atın mezarın üstüne gezdirilerek mezarın belirgınliği giderildiğini kaydederler. Bazıları ise cesedin Karakurum’a getirilerek Onon ve Kerulen nehirlerinin kaynakları civarında bulunan kutsal Burhan-Haldun dağında gizli bir yere gömüldüğünü söylemektedirler. Cengiz Han’ın mezarı bütün arkeolojik aramalara rağmen hâlâ bulunamamıştır.

Cengiz Han'ın fiziksel görünümü hakkında 1221'de kendisine yollanan Song elçisi, Çinli general Meng-hung ve onu Horasan'da görmüş olan insanlardan bilgi alan İranlı tarihçi Cüzcani'nin anlattıkları dışında hiçbir bilgi yoktur. Meng-hung, onun uzun boyu, geniş yüzü ve uzun sakalıyla diğer Moğollardan faklı olduğunu söylerken Cüzcani, hanı yapılı, beyaz saçlı ve kedi gözleri olan biri olarak tasvir eder. Cengiz Han'ın, düşmanlarına ve kendisine ihanet edenlere karşı acımasız ve sert bir tavır sergilerken kendisine sadakat gösterenleri de o derecede mükafatlandırdığı görülmektedir. Küçük yaştan itibaren zorluklar ve yok olma tehlikesi içinde yaşamış bu nedenle kendine yardım eden herkesi kardeşi ve babası gibi görmüş ve davranmıştır. Hükümdar olduğu zaman gençlik yıllarında verdiği mücadele esnasında yanında olan herkesi mükafatlandırmıştı. Tayciutlara esir düştüğü zaman kaçarken onu evinde saklayan Sorhan Şira ve çocukları, çalınan atlarını bulmak için at hırsızlarının peşindeyken tanıştığı ve çok iyi dost olduğu Bughurçi, Camuka ile savaşı esnasında yaralandığı zaman onun yarasını iyileştiren ve karnını doyuran Celme ile yine Camuka ile savaşında atını öldüren oku atmasına rağmen gelip bağlılığını bildiren Cebe, her birini en yüksek mevkide rütbelerle mükafatlandırmıştır. En karakteristik vasıflarından biri de hainlere karşı duyduğu nefretti. Kötü duruma düşen efendilerine ihanet ederek kendisine yaranacaklarını sananları derhal idam ettirir, düşmanı olan hükümdarlara sonuna kadar sadık kalanları da hizmetine alarak mükafatlandırmıştır. Mükafatlandırılacaklarını umarak Kerayitlerin lideri Tuğrul'un oğlu Sangum'u yerini söyleyen onun seyisi ile Camuka'yı yakalayıp Cengiz Han'a teslim eden beş arkadaşının da akıbeti felaket olmuş, öz hanla