rgulanmalarının ardından Hatay Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından serbest bırakılırken Hilmi Tuğluoğlu 4 Aralık'ta "yasa dışı örgüte yardım" suçlamasıyla tutuklandı.

İstanbul Emniyet Müdür Yardımcısı Halil Yılmaz 30 Kasım günü, Bet İsrael Sinagogu'na yapılan saldırıda istihbarat ve gözcülük yaptıktan sonra eylem talimatı veren kişinin Yusuf Polat olduğunu ve önceki gün tutuklandığını açıkladı. Devlet Güvenlik Mahkemesi Cumhuriyet Başsavcılığı nezaretinde yapılan olay yeri tatbikatı kapsamında Bet İsrael Sinagogu'na düzenlenen saldırının gerçekleştirildiği yere getirilen Polat, saldırı sabahı keşif yaptığı sırada sinagogun ana girişinin bulunduğu sokağın müsait olmaması üzerine saldırgan Mesut Çabuk'a telefon açarak sinagogun arka kapısını kullanması yönünde talimat verdiğini, saldırıdan 10 dakika kadar önce bölgeden ayrıldığını ve Neve Şalom Sinagogu'na düzenlenen saldırıdan haberi olmadığını söyledi. Polat'ın 25 Kasım günü, sahte bir pasaportla İran'a geçmek isterken Gürbulak Sınır Kapısı'nda yakalandığı belirtildi. Devlet Güvenlik Mahkemesi'nde yapılan sorgulamanın ardından "anayasal düzeni silah zoruyla değiştirmeye teşebbüs etmek" suçlamasıyla tutuklanarak Bayrampaşa Cezaevi'ne gönderildi. Polat ile birlikte gözaltına alınan beş kişi ise serbest bırakıldı. Kendisine yapılan sorgulamada Yusuf Polat, örgütün lideri Habib Aktaş ile Azad Ekinci'nin, el-Kaide'nin ikinci adamı Eymen ez-Zevahiri ile birebir görüştüğünü söylemişti.

20 Kasım'daki saldırılar sonrasında, dört saldırıyı da el-Kaide'nin Türkiye yapılanmasına mensup 10 kişilik grubun gerçekleştirdiği tespit edildi. Daha önceleri, 15 Kasım'daki saldırılardan 15 gün önce Dubai'ye gittiği iddia edilen Feridun Uğurlu'nun, yapılan DNA testleri sonucunda, 20 Kasım'da Birleşik Krallık Başkonsolosluğu'na gerçekleştirilen saldırıyı gerçekleştirilen isim olduğu belirlendi. Yapılan soruşturmalarda, eylemleri gerçekleştiren grubun bombacısı olarak tespit edilen ve Hakkâri'de yakalanan Fevzi Yitir'in gösterdiği depoda yapılan aramada patlayıcı hammaddesi, kablolar ve çeşitli işlemler sonucunda patlayıcıya dönüştürülebilen aseton, oje ve ruj gibi kozmetik malzemeleri bulundu. Soruşturmalar sonucunda grubun asıl bombacısının ise Gürcan Baç olduğu belirlenmişti.

Saldırılarla ilişkisi olduğu iddiasıyla gözaltına alınan 10 kişiden Murat İdrak, Bülent Tozoğlu ve Ahmet Özaydın "yasa dışı örgüte üye olmak", Harun Gecü "yasadışı örgüte yardım ve yataklık etmek" suçundan 2 Aralık'ta; gözaltına alınan 3 kişiden Mustafa Atlıhan "yasadışı örgüte üye olmak" suçundan 5 Aralık'ta; gözaltına alınan 7 kişiden Tarkan Kalaycı, Hakan Çalışkan ve Burhan Perk "yasadışı örgüt üyesi olmak ile yardım ve yataklık etmek" suçundan 7 Aralık'ta; gözaltına alınan 2 kişiden Nurettin Gündüz 11 Aralık'ta; gözaltına alınan 5 kişiden Ramazan Tahta "yasadışı örgüte üye olmak" suçundan 12 Aralık'ta; Fevzi Yitiz 14 Aralık'ta; Muhammedül Emin Bastın "yasadışı örgüt üyesi olmak" suçundan 15 Aralık'ta; Adnan Eröz "anayasal düzeni değiştirmeye teşebbüs" suçundan 18 Aralık'ta; Mehmet Kuş "yasadışı örgüt üyelerine yardım ve yataklık yapmak" suçundan 22 Aralık'ta; Ahmet Demir "yasadışı örgüte üye olmak" suçundan 2 Ocak 2004'te, Seçkin Mandacı, Ümit Bayrak ve Evren Hıdıroğlu ise 8 Ocak'ta tutuklandı. Afganistan'daki el-Kaide kamplarında eğitim aldığı yönünde beyanda bulunan Yitiz, saldırılarda kullanılan bombaları hazırlayanlardan biri olduğunu, intihar saldırılarını gerçekleştiren kişileri kendisinin bulduğunu ve saldırı emrini Habib Aktaş ile Azad Ekinci'den aldığını itiraf etti. Örgüt üyelerinden olduğu tespit edilen Harun İlhan, 22 Aralık'ta Konya'da düzenlenen bir operasyonda yakalandı ve sonrasında İstanbul'a getirildi. Polis tarafından yapılan sorgulanmasında Neve Şalom Sinagogu'ndaki patlamadan bir hafta önce sinagog ve çevresinde dört gün keşif yaptığını ve Gökhan Elaluntaş ile saldırıdan 20 gün önce yüz yüze, saldırı günü ise üç kez telefonla görüştüğünü söyledi. Örgütün üst düzey isimleri olarak lanse ettiği Azad Ekinci, Gürcan Baç ve Habib Aktaş ile yaptığı toplantıda bu iki sinagogu hedef olarak belirlediklerini ifade etti.

Saldırılarla ilgili iddianamenin tamamlanmasından sonra, eylemlerle ilişkisi olduğu gerekçesiyle aranan Engin Vural 7 Nisan 2004'te polise teslim oldu. Suriye asıllı Louai Sakka ile Hamed Obysi ise el-Kaide üyesi olduğu gerekçesiyle Ağustos 2005'te yakalandı ve İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından tutuklandı.


25 Şubat 2004'te, Devlet Güvenlik Mahkemesi İstanbul Başsavcılığı tarafından 50'si tutuklu 69 sanık hakkında dört saldırıyı da kapsayacak bir şekilde dava açıldı, yakalanamamış olan 9 sanığın dosyaları ise yakalanamadıkları gerekçesiyle ayrıldı. Hazırlanan 128 sayfalık iddianamede sanıklardan 5'inin; Fevzi Yitiz, Adnan Ersöz, Yusuf Polat, Harun İlhan, Osman Eken'in Türk Ceza Kanunu 146. maddesine göre "anayasal düzeni silah zoru ile ortadan kaldırmaya kalkışmak" suçundan ömür boyu ağırlaştırılmış hapis cezasına, 64'ünün ise en ağırı 22,5 yıl olmak üzere çeşitli hapis cezalarına çarptırılmaları istendi. Fevzi Yitiz patlayıcıları hazırlayıp kamyonlara yerleştirmekle, Adnan Ersöz el-Kaide'nin Türkiye yapılanmasının finansal sorumlusu olmakla, Yusuf Polat Bet İsrael Sinagogu saldırısını organize etmekle, Harun İlhan her iki sinagog saldırısına bombalı intihar eylemi talimatını vermekle, Osman Eken bombalı kamyonetlerin hazırlanmasında aktif görev almakla, Süleyman Uğurlu anayasal düzeni silah zoruyla değiştirmeye kalkışmak eylemine iştirakle, Metin Ekinci anayasal düzeni silah zoruyla değiştirmeye teşebbüse iştirakle, Seyit Ertul el-Kaide'nin Türkiye yapılanmasının Konya ve Adana sorumlusu olduğu öne sürülerek örgütün özel görevli üyesi ve yöneticisi olmakla, Baki Yiğit ise örgütün kurucu liderlerinden olduğu iddiasıyla suçlanmaktaydı.

Dava öncesinde tutuklu bulunan 50 sanıktan 24'ü, 4959 sayılı Topluma Kazandırma Yasası kapsamında af ve ceza indirimi talebinde bulundu. İstanbul 2 Numaralı Devlet Güvenlik Mahkemesi'ndeki davanın ilk duruşması 31 Mayıs'ta, 12 sanığın dinlenmesiyle başladı ve beş güne yayılan beş oturum hâlinde gerçekleştirildi. İlk oturumda, Devlet Güvenlik Mahkemelerinin kaldırıldığı belirtilerek 2845 sayılı "DGM'lerin Kuruluş ve Yargılama Usulleri Hakkında Kanun"un halen yürürlükte olmasına karşın bu kanunun dayanağı olan Anayasa'nın 143. maddesi yürürlükten kalkmış olması sebebiyle davanın esasla ilgili herhangi bir işlem yapılmaması ve yeni yasanın beklenmesine hükmedildi. 1 Haziran'da gerçekleştirilen ikinci oturumda da 12 sanık dinlenirken tutuklu durumda bulunan sanıkların tahliye talebi mahkeme tarafından reddedildi. 2 Haziran'daki oturumda 14 sanık dinlenirken tutuklu yargılanan Ahmet Aslanoğlu tahliye edildi. 10 sanığın dinlendiği 3 Haziran'daki dördüncü oturumda, tutuklu sanıklardan Bülent Tozoğlu ile İsmet Alçık'ın tahliyesine karar verildi. 4 Haziran'daki beşinci ve son oturuma ise 18 sanığın katılımıyla ilk duruşma tamamlandı. Öte yandan oturumlar sırasında ayakta duran ve bunun gerekçesini "Müslüman bir kişi olarak laik rejim karşısında oturup kalkmak istemiyorum. Bu durumu temel hak ve özgürlüklerle de bağdaştıramıyorum." sözleriyle ifade eden bazı sanıkların avukatı Abdurrahman Sarıoğlu hakkında, bu söylemleri sebebiyle Devlet Güvenlik Mahkemesi Cumhuriyet Başsavcılığı ile İstanbul Baro Başkanlığına suç duyurusunda bulunuldu.

29 Haziran'da gerçekleşen davanın ikinci duruşmasının ilk oturumunda Serkan Altay tahliye edildi. 30 Haziran'daki ikinci oturum, anayasa ve yasa değişikliği sebebiyle İstanbul 10. Ağır Ceza Mahkemesi sıfatıyla gerçekleştirildi. Bu oturumda Ziya Çelik tahliye edildi. 12 tutuklu sanığın dinlendiği 1 Temmuz'daki üçüncü oturumda Ahmet Aydoğmuş, Ahmet Özaydın, Badettin Yıldırım, Hıdır Elibol, Harun Gecü ve Mehmet Kuş serbest bırakıldı. 2 Temmuz günü yapılan duruşmanın son oturumunda 16 tutuksuz sanığın ifadesi alındı.

13 Eylül 2004'te gerçekleşen üçüncü duruşmada Fevzi Yitiz, Adnan Ersöz, Yusuf Polat, Harun İlhan, Osman Eken, Süleyman Uğurlu, Metin Ekinci, Seyit Ertul ve Baki Yiğit'in ifadeleri alındı. Duruşmada Harun İlhan, Türkiye'deki eylemlerin sorumluluğunun Habib Aktaş başkanlığında Gürcan Baç ve kendisine ait olduğunu ve el-Kaide'ye bağlı olduklarını itiraf etti. lk hedeflerinin Alanya'daki İsrail'e ait bir askerî gemi olduğunu; ancak uygunsuz hava şartları sebebiyle eylemin sinagoglarla sınırlı kaldığını anlatan İlhan, Amerika Birleşik Devletleri Konsolosluğu'nun yeni taşındığı ve yeri müsait olmadığı için burada bir eylem yapmaktan vazgeçtiklerini ifade etti. Adnan Ersöz, 2003 yılında Pakistan'da Ebu hafs adlı el-Kaide üyesiyle görüştüğünü ve Ebu Hafs'ın kendisine, Habib Aktaş'ın saldırılarda kullanılmak üzere talep ettiği $150.000 kadar para talebinin karşılandığını söylediğini belirtti. Ebu Hafs'dan, CIA tarafından yakalanan Halid Şeyh Muhammed'in bu para meselesinden haberi olduğunu, konuşursa Türkiye'dekilerin tehlike içinde bulunacaklarını öğrendiğini söyleyen Ersöz, bunun üzerine Aktaş'ı uyarmak üzere Türkiye'ye dönerek Aktaş'a durumu anlattığını, Aktaş ile olan görüşmesinde ise Aktaş'ın parayı, Suriyeli Alaaddin'den aldığını öğrendiğini söyledi. Ersöz, patlamaları İnternet üzerindeki haberlerden öğrendiğini ve olaylarla herhangi bir ilişkisi olmadığını, eşinin gözaltına alındığını öğrendikten sonra ise Türkiye'ye dönerek teslim olduğunu belirtti. el-Kaide üyelerinden Alaa Fettahi tarafından verildi. Saldırılarda kullanılan patlayıcı yüklü kamyonetleri Habib Aktaş hazırlarken sanıklar Fevzi Yitiz ve Gürcan Baç da Aktaş'a yardımcı oldu. Duruşmalarda gizlilik kararı alınması ve yayın yasağı konulması talebi ise mahkeme heyetince reddedildi. 22 Kasım'daki duruşmada, tutuklu sanıklar Zafer Mert, Güngör Mandacı ile tutuksuz sanık Ömer Öztürk hakkında açılan dava dosyası, hukuki ve fiili bağlılık bulunduğu gerekçesiyle bu davayla birleştirilmesi kararı çıktı. Aynı duruşmada tutuklu sanıklardan Memiş Arlı ile Burhan Perk'in tahliyelerine karar verildi.

14 Şubat 2005'teki duruşmada Cemile Aktaş ile Mediha