ki İç Savaş'ın kızıştığı bir dönemde MÜSKOM'un bu taleplerinin kabul edilmesi pek çok Menşevik Tatarın Bolşeviklerin yanına geçmesini sağladı. 23 Mart 1918'de NARKOMNATS, Çarlık döneminde ayrı eyaletlerde yaşamış Tatar ve Başkurtların Tatar-Başkurt Cumhuriyeti'nde birleştirilmesi kararını verdi. Sultangaliyev bu kararın Rusya'daki bütün Türk halklarının tek bir Turan Cumhuriyeti çatısı altında birleşmesinin ilk adımı olarak görmekteydi. İç Savaşın kızışması nedeniyle bu karar hiçbir zaman fiilayata geçmedi.

Mayıs 1918'e gelindiğinde Sultangaliyev komutasındaki Müslüman Kızıl Ordu 50 bin kişilik bir kuvvete ulaşmıştı ve Urallar civarında Beyaz Ordu generallerinden Kolçak'a karşı savaşan V. Kızıl Ordu'nun %75'ini oluşturmaktaydı. Aynı dönemde Vahidov MÜSKOM örgütlenmesini Rusya çapında yaygınlaştırmayı başarmış ve Türk Bolşeviklerden oluşan bir çekirdek kurmuştu: Sultangaliyev ve Galimcan İbrahimov (Tataristan), Veli İbrahimov (Kırım), Turar Rıskulov ve İsmail Sadvokasov (Kazakistan), Necmettin Samurski (Dağıstan), Neriman Nerimanov (Azerbaycan), Feyzullah Hocayev ve Ekmel İkramov (Türkistan). Anadolu'dan gelmiş olan Mustafa Suphi de aynı dönemde MÜSKOM yönetimine katıldı ve yayın organı "Yeni Dünya" gazetesini çıkarmaya başladı.

Sultangaliyev 23-31 Mayıs 1918 tarihleri arasında Rusya Müslüman Öğretmenler Kongresi'ni düzenledi ve kongrede Türk halkları arasında Bolşevik kadrolar yetiştirmek için Müslüman Bilim Kurulu isimli bir akademi kurulması kararı alındı. Kazan'da bir Müslüman Üniversitesi, Doğu Müzesi ve Merkez Müslüman Kütüphanesi kurmak için çalışmalar başlatıldı.

Sultangaliyev, Vahidov ile birlikte 8 Haziran 1918'de Müslüman Kızıl Ordu'ya subay yetiştirmek için Müslüman Subay Akademisi'ni kurdu. 17-23 Haziran 1918 tarihleri arasında Kazan'da Müslüman Komünistleri Birinci Konferansı'nı düzenlediler ve kongrede Müslüman Komünistleri Bolşevik Partisi'nin kuruluş kararı alındı. Rus Komünist (Bolşevik) Partisi'nden özerk olarak çalışacak bu yeni partinin Vahidov başkanlığındaki 11 kişilik Merkez Komitesi içinde Sultangaliyev de yer aldı.

6 Ağustos 1918'de İç Savaş'ın dönüm noktalarından biri yaşandı ve Sibirya'dan Moskova'ya doğru ilerlemekte olan Kolçak komutasındaki Beyaz Ordu Kazan'ı ele geçirdi. Kazan'da tutunamayan Kızıl Ordu'nun Moskova'ya kadar geri çekilmesi söz konusuydu. Vahidov Kazan'daki çatışmalar sırasında tutuklandı ve 19 Kasım 1918'da kurşuna dizildi. Müslüman Kızıl Ordu'nun komutasını devralan Sultangaliyev Kazan'a bir karşı saldırı gerçekleştirdi ve 10 Eylül'de şehri tekrar ele geçirdi. Böylece Sultangaliyev Beyaz Ordu'nun Moskova'ya yürüyüşünü durdurmuş oluyordu. Kolçak'a karşı savaşan V. ve II. Kızıl Ordu'nun komutanı Frunze, bu zafer üzerine şu açıklamayı yaptı: "Siz Türkler ihtilalin en güvenilir askerleri olduğunuzu kanlı mücadele sahalarında ispat ettiniz."Frunze, daha sonra Türkiye'ye Sovyet Büyükelçisi olarak gidecek ve o dönemde de Mustafa Kemal Paşa'ya şöyle diyecektir: "Beyaz Ordu'ya karşı Türklerle omuz omuza savaştık."

İç Savaş sonrası Rusya'daki Bolşevik iktidarın yavaş yavaş tesis edildiği dönemde Sultangaliyev, Vahidov'un bütün görevlerini üstlendi Müslüman Komiseri görevine getirildi. Böylece Sultangaliyev hem İç Savaş'ın tanınmış komutanları arasında yer almış hem de Rusya çapında yetki sahibi tanınmış bir Bolşevik yönetici haline gelmiş oluyordu. 1919'dan itibaren Sultangaliyev Rusya'daki Müslümanların fiili ve resmi önderi konumundaydı. MÜSKOM'un o dönem 26 şehirde şubesi bulunmaktaydı ve Türkçenin 4 ayrı lehçesinde basılan 10 farklı gazete çıkarmaktaydı. Müslüman Kızıl Ordu'nun mevcudu da 200 bini aşmıştı. O dönemde Kızıl Ordu'nun toplam asker sayısı ise 1 milyona ulaşmıştı.

Ancak Rusya'daki Müslüman Bolşeviklerin özerk örgütlenmesi Stalin'in müdahaleleriyle yavaş yavaş tırpanlanmaya başladı. Sultangaliyev ise özerkliği korumak için Politbüro'ya direnişe geçti ancak süreci engelleyemedi. 19 Ekim 1918'de MÜSKOM'un yerel örgütlerinin Moskova'daki Müslüman Komiserliğine, yani Sultangaliyev'e değil bulundukları bölgelerdeki Bolşevik Parti örgütlerine bağlanması kararı çıktı. Bu kararı değiştirmek isteyen Sultangaliyev 5 Kasım 1918'de 1. Müslüman Komünistleri Kongresi'ni topladı. Kongrede Stalin ile açık bir tartışmaya girişti ancak istediği kararların çıkmasını sağlayamadı. Stalin'in isteği üzerine Kongre, Müslüman Komünist Partisi'ni lağvetme ve en küçük atölye hücresine varana kadar Rusya Komünist (Bolşevik) Partisi'ne bağlama kararı aldı. MÜSKOM da lağvedildi ve Sultangaliyev'in rütbesi Tatar-Başkurt Komiserliği olarak ilan edildi. Böylece Sultangaliyev Rusya'daki bütün Müslümanların değil sadece Tatar ve Başkurtların lideri konumuna indirilmiş oluyordu.

18-23 Mart 1919 tarihleri arasında toplanan Bolşevik Parti 8. Kongresi'nde ise Sultangaliyev'in bütün karşı çıkışına rağmen ulusal komünistlerin tümünün kaldırılması kararı alındı. Stalin'in başkanı ve Sultangaliyev'in başkan yardımcısı olduğu Müslüman Örgütleri Merkez Bürosu'nun ismindeki Müslüman kelimesi de çıkarıldı ve büro Doğu Halkları Komünist Örgütleri Merkez Bürosu'na dönüştü. Müslüman örgütlenmenin resmen lağvedilmesi üzerine Sultangaliyev Nisan 1919'da gizli bir örgütlenme başlattı. Bu örgütün ismi net değildir; kaynaklarda Erk Partisi, İttihat ve Terakki Partisi, Türkistan Sosyalistleri Partisi gibi farklı isimler geçer. Sultangaliyev yıllar sonra sorgusunda verdiği ifadede Turan Sosyalist İşçi Köylü Partisi isimli bir parti vasıtasıyla SSCB'den bağımsız Turan Demokratik Halk Cumhuriyeti'ni kurmak istediklerini söyleyecektir.

Sultangaliyev, Marksizmi ve Bolşevik düşünceyi eleştiren fikirlerini derli toplu ilk olarak bu dönemde kaleme döktü. Editörlüğünü yaptığı "Milletlerin Hayatı" isimli dergide "Sosyal Devrim ve Doğu" makalesini yayınladı. Devrimin o dönem Bolşevik liderlerde hakim olan görüşteki gibi Batıya değil Doğuya doğru yayılmasını savunan bu makalesi büyük tartışma yarattı ve Sultangaliyev'e yönelik "milliyetçi" olduğuna dair eleştiriler Bolşevik Parti yöneticileri tarafından açıkça ifade edilmeye başladı. Nitekim 3 bölüm halinde yayınlamayı planladığı makalesi sansürlendi ve son bölümü dergide yer almadı. Sultangaliyev, benzer görüşleri Aralık 1919'da Lenin'in de izleyici olarak katıldığı Doğu Halkları Komünist Örgütleri Merkez Bürosu II. Kongresi'nde de dile getirdi. Batı işçi sınıfının artık devrimci olmadığı, Bolşevik Devrimin enerjisini ve dikkatine Doğu halklarına yöneltmesi gerektiğini savunduğu konuşması büyük yankı yarattı. Sultangaliyev, Bolşevik liderliğe yönelik bu eleştirel görüşleri nedeniyle yavaş yavaş gözden düşmeye başladı. Nitekim Eylül 1920'de Bakü'de düzenlenen Doğu Halkları Kurultayı'na katılması engellendi. Halbuki, kurultayı ilk öneren, planlayan ve örgütleyen Sultangaliyev'di. Sultangaliyev'in görüşlerini destekleyen pek çok delege olmasına karşın Kurultay'da Radek, Zinoviyev ve Béla Kun gibi ünlü Bolşevik liderler ağırlığını koydu ve ""Doğu halklarının kurtuluşunun sadece Batı proletaryasının zaferine bağlı olduğu"" kararı çıkartıldı.

Bakü'deki Kurultay'ın hemen ardından Ekim 1920 tarihinde Müslüman Kızıl Ordu da lağvedildi ve 300 bine yaklaşan bu büyük askeri güç Kızıl Ordu içinde eritildi. Sultangaliyev'in yetkileri Moskova merkezli küçük bir büronun yöneticiliğine indirildi. Ancak Sultangaliyev pek çok yetkisinin alındığı bu dönemde yine de Bolşevik Parti içindeki mücadelesini sürdürmeye kararlıydı ve Doğu Emekçileri Komünist Üniversitesi (KUTV) isimli bir parti okulunun kurulmasına önayak olmayı başardı. Dünyanın dört bir tarafından devrimcinin eğitim göreceği bu okulda ders verecek 20 kişiden ve yönetici üç kişiden biriydi. KUTV'de eğitim gören pek çok isimden en ünlüleri şunlardır: Vietnam Devrimi'nin lideri olacak Ho Chi Minh, Çin Devrimi'nin önemli isimlerinden Liu Şao Çi, Türkiye'den Nâzım Hikmet ve Şevket Süreyya.

Yetkileri budanmasına karşın Sultangaliyev Rusya'daki Müslümanların ve Türk halklarının ulusal haklarının korunması için elinden geleni yapmaya devam etti ve 1921-1922 yıllarında önemli kazanımlar elde etmeyi başardı. Bunlar, Ocak 1921'de Kırım'ın özerkliğini kabul ettirmek ve Tataristan'ın resmi dilinin Rusçanın yanı sıra Tatarca olmasını da sağlamaktı. Yüksek Sovyet Milletler Meclisi'nin 25 Nisan 1922 tarihli toplantısında özerk cumhuriyetlerin yalnızca millî kimlikleri, eğitimleri ve konuştukları diller açısından değil ekonomik açıdan da özerk olması gerektiğine dair önerisini kabul ettiremedi. 22 Aralık 1922'de Sovyetler Birliği'nin kuruluşun ilan edildiği 10. Sovyet Kurultayı'nda ise Sultangaliyev'i bir başka çetin mücadele bekliyordu: O dönem Rusya'ya bağlı özerk cumhuriyetler olan Tataristan, Başkurdistan ve Türkistan'ı SSCB'nin kurucu devletlerinden biri olarak kabul ettirmek. Ancak başarılı olamadı ve ilan edilen dört kurucu devlet şunlar oldu: Rusya, Beyaz Rusya, Ukrayna ve Kafkas Federasyonu. Bu karara şiddetle itiraz eden Sultangaliyev şu önemli konuşmayı yaptı:"Tarihsel olarak Türkler, Ukraynalılardan kat be kat köklü bir millettir. Türklerin üzerinde yaşadığı yüzölçümü ve Türklerin nüfus yoğunluğu Ukraynalılarla karşılaştırılamayacak düzeydedir. Kurucu devlet olarak yalnız bahsi geçen dört ülke belirlenecekse, bu bir tek Türklerin özerkliğe sahip olmayacağı anlamına gelecektir. Çarlık döneminde bile Türklerin daha çok hakkı vardı."Sultangaliyev Kongre'yi ikna edemedi, hatta Bolşevikleri Çarlık döneminde bile geri olmakla suçlaması şimşekleri üstüne çekmesine neden oldu. Stalin'in Kongre'deki konuşmasında açıkça "milliyetçi" olarak suçlanınca Sultangaliyev artık geri dönüşü olmayacak bir süreci başlatan şu cümleleri kurdu: "İç cebimde parti kartı taşırken ben bu eşitsizliği hak eden biri değilim. Siz SSCB kurma fikrini bozmak yolundasınız, Yoldaş Stalin. Sizin teklif ettiklerinizin hepsi, Lenin'in önünde göz boyayarak anlatılmış bir ikiyüzlülükten ibaret!"Sultangaliyev bununla da yetinmedi ve Lenin'in hasta olduğu için katılmadığı Kongre'nin kararlarını Lenin'e götürerek onun da fikrini almayı önerdi. Stalin'in yanıtı çok sert old