arayına giden İspanyol asilzade Ruy Gonzales De Clavijo Timur'un Hayatı & Kadiz'den Semerkant'a Seyahatler kitabında Timur'un, Türk göçmenlerinin ırkından olup soylarıyla övünen asil bir nesilden geldiğini belirtmiştir. Richard Bulliet, Barlasların Moğollukla ilgisi olmadığını söylerken Rene Grousset'de Timur’un kendi zamanında yazılan kitaplarda soyunun Cengiz’e dayandırıldığını, halbuki onun Moğollukla alâkası olmadığını belirterek Timur’un Türk olduğunu söylemektedir. Zeki Velidi Togan'a göre Cengiz Han Türk’tür bu nedenle Timur da Cengiz ile aynı kökten olduğu için o da Türk’tür. Fransız Türkolog Jean-Paul Roux ise Timur'un Türkleşmiş bir Moğol olduğunu ileri sürmektedir. Türkiye'de Timur tarihinin önde gelen isimlerinden Prof. Dr. İsmail Aka, Timur ve Devleti adlı eserinde, Timur ve Cengiz’in aynı soydan geldiklerini yazmaktadır ancak, Türk veya Moğol olduğu konusunda bir şey söylememektedir. Ona göre Timur’un ilk evlilikleri ve kız kardeşlerinin yaptığı evlilikler onun soyunun alelade bir yere bağlanmadığını göstermektedir. Prof. Dr. Hayrunisa Alan da Bozkırdan Cennet Bahçesine Timurlular adlı eserinde Timur ve Cengiz’in uzak atalarının bir olduğunu belirtmektedir. Ancak, o da İsmail Aka gibi Timur’un Türk ve Moğol olduğu konusunda bir şey söylememektedir.

Emir Timur'un soyu ölümünden sonra torunu Uluğ Bey tarafından Isık Göl civarından getirilip Semerkant'ta yazılarak, Timur'un mezarı üzerine dikilen yeşim taşı üzerinde şu şekilde kaydedilmiştir: "Emir Timur Küregan b. Emir Turagay b. Emir Berkel b. Emir İlengir b. Emir İtil b. Emir Karaçar Noyan b. Emir Suguçcin b. Emir Erdemci Barula b. Emir Kaçulay b. Emir Tummanay". Timur'un ceddi Tumanay'ın beşinci göbekten Cengiz Han'ın da atası olduğu düşünülmektedir.

Çağatay Hanı Tuğluk Timur 1360 yılında Maveraünnehir’e geldiği dönemde burada bulunan bazı beyler bölgeyi terk etmelerine rağmen Timur akıllıca bir iş yaparak terk etmeyerek Çağatay hanına bağlılığını bildirdi. Bundan böyle, Çağatay Hanı'nın bendesi olacaktı. Karşılığında ise atalarının yurdu olan Keş ve çevresi kendisine bırakılmıştı. Yirmi dört yaşındaki Timur, Barlas boyunun başına geçmeyi başarmıştı. Timur, yeni durumunu pekiştirmek için Horasan'ın Belh şehrinde bölgesel bir güç olarak ortaya çıkmış, soylu yönetici Kazakhan'ın torunu Emir Hüseyin'inin yanına giderek onunla ittifak kurdu. Timur' un, Hüseyin'in kız kardeşi Aliye Türkanağa'yla evliliği aralarındaki ilişkiyi pekiştirdi. Timur'un Çağatay Hanına bağlılığı uzun sürmedi, çünkü bazı boy beylerinin çı­kardığı kanlı bir ayaklanma sonucu, Çağatay Hanı oğlu İlyas Ho­ca' yı Maveraünnehir'e vali olarak atadı. Çağatay Hanı Tuğluk Timur, oğlu İlyas Hoca Oğlan'ı Maveraünehir'in idaresine getirirken, Emir Begicek'i onun atabegliğine, Timur'u da hizmetine tayin etmişti. Timur, emir komuta zincirinde ikinciliğe razı olmadı. Tepki vermekte hiç gecikmedi. Timur ve Hüseyin o andan itibaren kanun kaçağı olup gizlenmek zorun­da kaldılar. Ondan sonraki birkaç yıl, iki arkadaş Timur ve Hüseyin geçimlerini eşkıyalık, yol kesicilik ve paralı askerlikten sağlayarak, Asya'nın yukarı taraflarında dolaşıp durdular. Kimi zaman şansları yaver gidi­yor ve hatırı sayılır bir ganimet ele geçiriyorlardı. Fakat Çağatay Hanına yerlerini belli etmemek için devamlı hareket etmek zo­rundaydılar. Tarihi kayıtlara göre, bir ara Timur'un maiyetinde yalnızca karısı ve bir tek adamı kalmıştı. 1362'de Horasan'a kaçarlarken Türkmenler tarafından yakalandılar ve Mahan'da karısıyla birlikte haşerat dolu bir ahırda iki ay hapse­dildikten sonra serbest bırakıldılar. Bu sırada düşman karşısında zor duruma düşen Sistan hakimi Melik Fahrenddin'in kendilerini çağırması üzerine bin kişilik bir kuvvet ile yardıma geldiler. Kendilerini yardıma çağıran Fahreddin'in vaatlerini yerine getirmemesi üzerine buradan ayrılmak isteyince Sistanlılar tarafından yolları kesildi. Timur, sağ bacağıyla sağ kolunu aksak bırakan ve düşmanlarının onu aşağılamak için kullandığı Aksak Timur lakabını ilham eden yarayı burada muhtemelen Afganistan'ın güneybatısında, bugün Deşt-i Mergi 
(Ölüm Çölü) olarak bilinen bölgenin bir yerinde aldı. Burada yapılan çarpışmada Timur'un sağ eline ok isabet ederek yaralandı. Muhtemelen ayağının sakatlanması da bu çarpışma esnasında olmuştur.

Yaralarının iyileşmesinden sonra Timur ve Hüseyin tekrar Maveraünnehir'e geldi. O dönemde, hem kendi şanını yürütmek hem Maveraünnehir'i ele geçirmek için savaş alanında kullandığı, kendi icadı olan dahiyane taktiklerle nam salmaya başladı. Bir çarpışmada askerlerine, düşmanın kendininkinden kat kat üstün olan güçleri etrafındaki tepelerde yüzlerce kamp ateşi yaktırarak, onları dört bir yandan kuşatıldıklarına inandırmıştı. Hasımları kaçarken, onları kovalayan askerleri­nin eyerlerine bol yapraklı ağaç dalları bağlatmış, böylece kalkan toz duman içinde dev bir ordunun gelmekte olduğu sanısını uyandırmıştır. Bu aldatmacalar çok işe yaramıştı. Tirmiz, Belh ve Semerkant yakınlarındaki Şehrisebz şehirlerini İlyas Hoca Oğlan'ın adamlarının elinden aldı. Timur ve Hüseyin uzun mücadelelerden sonra Maveraünnehir'e hakim olmuşlardı. kurultay toplayıp, Tuva Han'ın torunlarından Kabilşah Oğlan'ı han ilan ettiler. 1365 yılında Maveraünnehir'in eski valisi İlyas Hoca bir kez daha işgale kalkışmıştı. Timur'la Hüseyin'in güçleriyle karşılaştığı zaman, ordusu Taşkent yakınlarındaydı. Moğolların üstüne çullanan Timur, üstünlüğü ele geçirdi ve şe­kil olarak komutanı durumunda bulunan Hüseyin'e, kendi adamlarıyla düşmanın işini bitirmesi için işaret verdi. Fakat Hüseyin geri durdu. Moğol güçleri, bu hayati yanlıştan fayda­lanmakta geç kalmadılar; saldırıya geçip dört bir tarafta kılıç­tan geçirilmedik adam bırakmadılar. On bin kişi öldü. Timur'la Hüseyin, Ceyhun Nehri'ni geçerek güneye doğru kaçtılar. Bu olay Hüseyin'le it­tifakı konusunda içine kuşku tohumları ekmişti. Çarpışmanın en kritik anında, müttefiğiyle birlikte vuruşmayı reddeden Hüseyin'e karşı güveni sarsıldı. Timur, kendini ihanete uğramış sayıyordu. Ancak Emir Kazakhan'ın torunu soylu göçebe Hüseyin, resmen Timur'un üstüydü. Mir çarpışmasında uğradığı ağır kayıpların telafisi için Timur'un emirleri ve askerleri üzerine, ceza niteliğinde bir kafa vergisi salmıştı. Tarihi kayıtlara göre bu o kadar yüksek bir meblağdı ki hiçbirinin ödemesine olanak yoktu. Timur atlarını, hatta Hüseyin'in kardeşi olan karısı Aliye'nin altın ve gümüş kolye ve küpelerini vermek zorunda kaldı. Hüseyin, bunların aile mü­cevherleri olduğunu bile bile, hiç oralı olmadan hepsini aldı. Mir çarpışmasından bir yıl sonra Timur'la Hüseyin, Semerkand'ın bağımsız Serbedar yönetimini mağlup ederek buranın yeni yöneticileri olmanın zaferini kutladılar. İki savaşçı arasındaki ittifak, Timur'la Hüseyin'in kardeşi Aliye'nin evlenme­si ile mühürlenmişti. Aliye'nin bu sıradaki ölümü, aileler ara­sındaki son bağı da kopardı. Timur 1370'te Hüse­yin'in başkenti Belh'e doğru hücuma geçti. Timur galip gelip şehri ele geçirdikten sonra Hüseyin, yakalanarak ona teslim edildi. Daha önce canını bağışlama sözü verdiği için Hüseyin'in öldürülmesini emretmeyen Timur, gene de onunla kardeşini öldürdüğü için arasında husumet bulunan adamlarından Key­hüsrev'in, bu işi yapmasına engel olmamıştır. Timur, Hüseyin'in yenilgisi ve katledilmesinin ardından Cengiz Han'ın, en yüksek idari makamın ancak hükümdar soyundan asil kanlı bir kişiye verilebileceği töresinden hareketle, kukla ve sadece sözde yönetici olarak, bir Çağatay hanını başa getirdi. Bu yalnızca adet yerini bulsun diye yapılmıştı. Gerçek ik­tidar Timur'un elinde idi. İbn Arabşah, "hem yö­neten hem yönetilen onun hükmü altındaydı," diye yazar. Bu tarihte Sultanların nezdinde Halifeler nasılsa o da öyleydi. Bu güç ve mevki paylaşımının aslı, gayet gösterişli bir tahta çıkma töreniyle, tam olarak ortaya çıktı. 9 Nisan 1370'te Timur, Belh kurultayının onayıyla, Çağatay hükümdarı olarak taç giydi. Emir Hüseyin'in Haremi ve hazineleri de Timur'un eline geçti. Timur bunlardan dördünü kendi haremine aldı bazılarını da yanındaki ileri gelen beylere verdi. Timur'un zafer ganimetieri ara­sında Hüseyin'in dul eşi Saraymülk Hanım da vardı. Bu, Ma­veraünnehir'in son Çağatay Hanı Kazan'ın kızı ve Cengiz Han'ın sülalesinden gelme soylu bir kadındı. Timur, Saraymülk Hanım'ı eş olarak alıp idaresine meşrui­yet kazandırdı. Bu evlilik, Saray Mülk Hanım'ın han kızı olması dolayısıyla Timur'a han damadı anlamına gelen "küregen"(Gürgan) unvanını taşımaya hak kazandırmıştır. Bundan böyle ve ömrünün sonuna dek, kendi adıyla çıkarttığı paralarda, Cuma hutbelerinde ve tüm törenlerde kendine, Hanlarhanı'nın damadı anlamında, Timur Gurgan dedirtti.

Cengiz Han'a ait ülkelerin taksiminde Kuzey ve Batı Harezm Cuci ulusuna, Kat ve Hive Çağatay ulusuna ait idi. Timur da kukla han tayîn ederek idâreyi ele alan bir emîr olarak Cengiz Han soyundan Suyurgatmış Han'ı tahta çıkardıktan sonra Çağatay hanedanı adına hareket etme imkanı bulmuştu. Timur, Kongurat Oymağından Tengüdey'in oğullarının elinde olan Harezm bölgesinin önemli şehirleri Kat ve Hive ile ilgilenmekteydi. Buraları kontrol eden Hüseyin Sofi'ye elçi göndererek bu iki memleketin Çağatay Han'a ait olduğunu, bu yüzden burayı bırakmasını istedi. Hüseyin Sofi, Harezm'i kılıçla aldığını ve elinden yine kılıçla alınabileceğini bildirdi. Bunun üzerine Timur 1371 yılında derhal Harezm üzerine yürüdü. Ancak sefere çıkmak üzereyken her zaman Timur'un yanında bulunan Mevlana Celaleddin Keşşi adındaki bir derviş, Sofu'ya gidip dökülmemesi için nasihatta bulunmak ve Timur ile uzlaşmasını rica etme teklifinde bulundu. Timur bunu kabul etti ve onu elçi olarak Harezm'e gönerdi. Fakat Hüseyin Sofi, elçi olarak gelen Mevlana Celaleddin Keşşi'nin nasihatlerini dinlemeyrek onu hapsettirdi. Bunun üzerine Timur, Harezm'i kuşattı ve Kat kalesini ele geçirdi. Yapılan savaş sonucunda kahrından ölen Hüseyin Sofinin yerini alan kardeşi Yusuf Sofi, Timur'a itaat ettiği gibi, Özbek Han soyundan olan ve Hanzade diye meşhur olan Süyün Bek Hanım ile Timur'un büyük oğlu Mirza Cihangîr'e vermeyi v