mparatoru II. Manuil, Limni'de gözaltında tutulan Murad'ın amcası Mustafa Çelebi'yi, Gelibolu'yu Bizans'a vermesi karşılığında, serbest bıraktı. İmparator II. Manuel Mustafa Çelebi'yi meşru padişah kabul edip, bir Bizans donanma filosu ile Limni'den Rumeli'ye geçmesini sağladı. Mustafa Çelebi, özellikle İzmiroğlu Cüneyd Bey'in yardımı ile Rumeli beylerinin de desteğini aldı. II. Murat'ın veziriazamı olan Amasyalı Beyazıt Paşa Edirne'deki ordu ile Mustafa Çelebi'nin yeni topladığı orduya karşı yola çıktı. Yapılan Sazlıdere Muharebesi sonucunda sadrazamın ordusunun büyük bir kısmı taraf değiştirdi ve II. Murad'ın veziriazamı teslim olmak zorunda kaldı. İzmiroğlu Cüneyd Bey'in ısrarı üzerine Mustafa Çelebi esir aldığı Amasyalı Beyazıt Paşa'yı idam ettirdi. Mustafa Çelebi'yi ikinci başkent olan Edirne halkı tezahüratlarla karşıladı. Mustafa Çelebi Edirne'de hükümdarlığını ilan edip kendi adına hutbe okutup sikke bastırdı.

Bir padişah gibi hareket eden Mustafa Çelebi siyasetinde bazı büyük hatalar yaptı. Bizans'a vadettiği Gelibolu'yu vermeyerek ilk ve baş destekçisini kaybetti. Sonra 12 bin sipahi ve 5 bin yaya ordusuyla Galata Cenevizlilerinin gemileri ile Gelibolu'dan Anadolu'ya geçti ve Bursa'yı kuşatmaya koyuldu. Fakat Anadolu'da savaşa girişmek istemeyen Rumeli asıllı ordu bu sefere pek gönüllü değildi. Diğer taraftan II. Murad'ın Mustafa Çelebi'nin Beyazıt'ın oğlu olmayıp "Düzmece" olduğuna dair menfi propagandalarının inandırıcı olması Mustafa Çelebi'nin ordusunun dağılmasına neden oldu. Özellikle II. Murad tarafından kendisine İzmir ve Aydın beyliği teklif edilen İzmirlioğlu Cüneyd Bey bu teklifi kabul edip, yandaşları ile Mustafa Çelebi'nin ordusundan ayrıldı. Mustafa Çelebi ordusundan kalanlarla geri çekilirken Ulubat civarında bir köprüde Hacı İvaz Paşa'nın birliği ile tutuştuğu çarpışmada büyük zararlar aldı.

Mustafa Çelebi Gelibolu'ya kaçmayı başardı ve orada Boğaz trafiğini durdurup Bizanslıları kendine destek vermeye zorlamaya çalıştı. Fakat II. Murad Cenevizli Foça Podestası Adorno'dan kiraladığı gemi ve askerlerle birlikte Rumeli'ye geçmeyi başardı. Mustafa Çelebi Gelibolu'da duramayıp Edirne'ye kaçtı. II. Murat 2 bin zırhlı Foça Podestası askeriyle takviyeli orduyla Edirne üzerine yürüdü. Edirne'liler onu şehir dışında karşılayıp ona sadık olduklarını bildirdiler. Mustafa Çelebi devlet hazinesini de alarak Edirne'den kaçtı. Fakat Tunca Vadisi'ndeki Kızılağaç Yenicesi'nde yakalanıp Edirne'ye gönderildi. Mustafa Çelebi gailesi, Mustafa'nın Edirne kale burcundan asılması ile böylece 1422'de son buldu. Fakat tarihçiler hala Mustafa Çelebi'nin "düzmece" mi yoksa gerçekten padişah oğlu olup olmadığı sorusunu tartışmaktadırlar. Elimizde bulunan Mustafa Çelebi adına basılan sikkelerde 1422 tarihi ve "Mustafa bin Beyazid Han" ismi bulunmaktadır.

Bu olayın ardından Mustafa Çelebi'yi destekleyen Bizanslılar yeni bir oyun sergileyerek, bu desteğin o zaman güç kazanan bir saray kliği tarafından uygulandığını ve imparator II. Manuel'in gerçekte II. Murat'ın dostu olduğunu beyan ettiler. Fakat yeni veziriazam Çandarlı İbrahim Paşa, Vezir Hacı İvaz Paşa ve Lala Yorguç Paşa'nın görüşlerini alan Murat, Bizans'a sert tepki gösterdi ve 2 Haziran 1422'den Eylül başına kadar Konstantinopolis'i karadan kuşatmaya aldı. Bu kuşatma Bizans için büyük asker ve bina hasarına yol açtı. Bu kuşatmadan kurtulmak için Bizans'lılara bu sefer kuşatma sürerken Ağustos ayında II. Murat'ın kardeşi Küçük Mustafa'yı ayaklandırmayı başardılar.

Karaman ve Germiyan beyleri ile birlikte Hamid-İli'nden hareket eden Küçük Mustafa Bursa'ya gelip bu şehri kuşattı. Bursa Ahileri Şehzade Küçük Mustafa'nın lalası olan Şarapdar İlyas'a heyet göndererek şehrin kendini savunacak personel ve ikmal maddesi olduğunu ve Ahilerin bu savunmayı destekleyeceğini bildirdiler. Bunun üzerine Şehzade Küçük Mustafa İznik üzerine yönelip 40 günlük kuşatmadan sonra bu şehri eline geçirdi. Şehzade Küçük Mustafa burada "İbrahim Paşa Sarayı"'na yerleşip padişahlığını ilan ettirdi.

Bunun üzerine Murat, 6 Eylül'de Konstantinopolis kuşatmasını kaldırıp Anadolu yakasına geçti. Mihaloğlu Mehmet Bey'i sipahilerle İznik üzerine gönderdi. Şehzadenin lalası Şarapdar İlyas ise beylerbeylik verme vaadleri ile elde edildi. Şubat 1423'te Mihaloğlu İznik'i bastığı zaman, Şehzade Küçük Mustafa hamamda idi; yandaşları onu savunup kaçırmaya çalışırken Mihaloğlu yaralandı. Fakat lala Şarapdar İlyas küçük Şehzadeyi kendi atına bindirip götürüp II. Murat'a teslim etti. Şehzade Küçük Mustafa boğulup idam edildi; cesedi İznik dışında bir incir ağacına asıldı ve sonra Bursa'ya götürülüp Yeşil Türbe'ye gömüldü.

1423'te II. Murat Şehzade Küçük Mustafa olayını gizliden destekleyen Candaroğulları beyi İsfendiyar Bey üzerine yürüyerek topraklarının büyük bölümünü ve özellikle Taraklıboru (Safranbolu) şehrini Osmanlı ülkesine kattı. Karamanoğlu Mehmet Bey'in Antakya'yı kuşatması sırasında ölmesi, yerine geçebilecekler arasında bir çatışmaya neden oldu. II. Murat, II. Mehmet Bey'in (1423-1426) hükümdar olmasına yardımcı oldu ve bunun sonucu bir anlaşma ile Karamanlıların ellerine geçirmiş oldukları Göller Bölgesi Osmanlılar tarafından geri alındı.

Eflak voyvodasının Osmanlı topraklarına yaptığı saldırılar püskürtüldü ve akıncıların yıldırıcı hücumlarını durdurmak için Eflak Voyvodası yine bağımlılığı kabul etti.

Konstantinopolis kuşatması sırasında Venedikliler Selanik ve Mora'yı kendi denetimleri altına almak için Bizans ile görüşmeler başlatmışlardı. 1423'te Osmanlı ordusu Selanik'i kuşatmakta iken Bizanslılarla Selanik'i Venedik Cumhuriyeti'ne teslim etmek üzere anlaştılar ve Venedik Selanik'e sahip oldu. 1424'te Venedikliler Çanakkale Boğazı'nı ablukaya aldılar.

Bunun üzerine Konstantinopolis'in de Venediklilere bırakılabileceği endişesiyle II. Murad 1424 yılında Cenevizliler aracılığıyla Bizans ile bir antlaşma yaptı. Bu antlaşmaya göre Bizans imparatoru her yıl vergi olarak 30.000 düka altın vermeyi ve Ankara Savaşı'nın ardından tekrar Bizanslıların eline geçmiş olan Ege ve Karadeniz kıyılarındaki toprakları Osmanlılar'a iade etmeyi kabul etti.

Aynı yıl Evrenosoğlu İshak Bey idaresindeki akıncılar Arnavutluk'a ve yerel Arnavut beylerine karşı bir sıra hücuma geçti. Gjion Kastrioti ve Atariti adlı Arnavut beyleri ancak II. Murat'ın üst egemenliğini kabul edip bu akınların önüne geçebildiler. Kastrioti 4 oğlunu Edirne'deki Osmanlı sarayına rehin ve eğitim almak için göndermek zorunda kaldı. Bu çocuklardan en küçüğü olan İskender Bey sonradan Osmanlı devleti başına büyük gaileler çıkartmıştır.

1424'te Edirne sarayında, bir büyük düğün merasimi ile II. Murad, Candaroğulları beyi İsfendiyar Bey'in torunu Tacunnisa Hatice Halime Hatun ile evlendi. Aynı merasimde II. Murad'ın kız kardeşleri de evlendirildi. Sultan Hatun, İsfendiyaroğlu Kasım Bey'le; Ayşe Hatun Osmanlı komutanlarından Karaca Bey'le ve Hafsa Hatun Çandarlı Halil Paşa'nın oğlu olan Mahmud Bey ile evlendiler.

II. Murad 1425 Anadolu'da birlik sağlama çalışmalarına girişti. Önce Düzmece Mustafa vakasında Aydınoğlu Beyliği verilen İzmiroğlu Cüneyd Bey ile uğraşıldı. Cüneyd Bey ardı ardına gerçek ve sahte şehzade ayaklanmalarına destek vermişti. Önce Şehzade İsmail'e isyanında yardım etmiş ve 1425'te ise Selanik'te Venedik desteği ile isyan çıkaran kimliği bilinmeyen yeni bir Düzmece Mustafa'ya destek vermişti. II. Murat Cenevizlilere tekrar Karadeniz'de bulunan liman kolonilerini geri verip onlarla anlaşarak Midilli ve Sakız'dan getirilen Ceneviz filolarını kullanarak Cüneyt Bey'in denizden destek sağlamasına engel oldu. Sonra İzmiroğulları'nın kökünü kazımak hedefiyle, bir kara ordusuyla uzun süren bir uğraştan sonra 1426'da Cüneyd Bey, ailesi ve hanedanının diğer mensupları yakalanarak hepsi idam edildi.

1426'da II. Murad Rumeli'de birkaç koldan ordular göndererek Rumeli ve Balkanlarda bir askeri harekata başladı. Bu harekatın bir hedefi Venedik desteği verilen ne olduğu belirsiz yeni bir "Düzmece Mustafa"'nın Selanik ve civarında çıkardığı isyan idi. Diğer hedef ise Macarların desteği ile Balkanlarda çıkan karışıklıklar idi. II. Murad şahsen bir ordu başında Sofya'dan Vidin'e gitti. Osmanlı akıncıları Bosna'ya hücum edip talan ettiler ve Hırvatistan'a kadar ilerlediler.
Sonra Menteşe ve Teke beylikleri Osmanlı topraklarına katıldı. Fakat daha doğuda bulunan Karaman ve Çandarlı beyliklerin egemenliklerine son verilmedi. Buna bir neden bu siyasetin Timur'un yerine geçen Şahruh'un bir zamanlar Selçuklular ve İlhanlılar'ın hükümdarlığı altında bulunan bütün arazilerin üstünde hak ilan etmesi ve bir istila hareketine girişmesi tehdidinin ortaya çıkması idi.

1428-1429'da Osmanlı ülkesinde veba salgını başladı. Bu veba salgınında Bursa'da İslam ve tasavvuf dünyasında tanınmış düşünce adamı Emir Sultan; devlet adamı , asker, mimar Hacı İvaz Paşa; Sadrazam Çandarlı İbrahim Paşa ve II. Murad'ın gözlerine mil çektirdiği küçük kardeşleri Mahmud Çelebi ve Yusuf Çelebi hayatlarını kaybettiler.

1429'da erkek çocuğu olmayan Germiyanoğlu II. Yakup Bey'in ölümünün ardından vasiyeti üzerine Germiyanoğulları Beyliği Osmanlı topraklarına katıldı.

II. Murad Anadolu'da barışı sağladıktan ve veba salgını atlatıldıktan sonra tüm gücünü Venediklilere yöneltti. Venedik Cumhuriyeti bu zamana kadar Selanik'i elinde tutarak Çanakkale Boğazı'nda abluka uygulamaktaydı. Osmanlılar 29 Mart 1430'da Selanik'i, ardından da "Yuvan-ili" ve sonra Yanya'yı ele geçirdiler. Bir Osmanlı-Venedik Antlaşması imzalandı.

1430'da Rumeli'de toprak tahriri başlamıştı. Bu sayımlardan sonra bu arazilere tımar sistemi uygulanmaya geçildi. Osmanlılar, Selanik'i ele geçirdikten sonra, Üsküp valisi olan Evrenosoğlu İshak Bey yerel isyancı Arnavut beyi Gjon Kastrioti'nin elindeki arazilere hücumlar uygulayıp onun elindeki tahkimli mevkileri eline geçirdi ve iki tanesi hariç diğer hepsini yıktırdı. Zaten devamlı yerel isyancı olan Arnavutlar tımar sisteminin uygulanması aleyhtarı olarak 1432-1434 döneminde de devam eden Arnavutluk isyanını çıkardılar. Edirne'de bulunan Arnavut