u sonucunda BSTc’deki farklılığın transeksüelliğe yol açmadığı, kişilerin cinsiyet kimlikleriyle biyoljik cinsiyetlerinin uyuşmaması sonucu bu farklılığın transeksüel kişilerde yetişkinlikte oluştuğunu öne sürmüştür. Yani transeksüeller BSTc’leri farklı olduğu için transeksüel değildirler. Transeksüel oldukları için BSTc’leri farklıdır.

2008’de Garcia-Falgueras ve Swaab tarafından yapılan bir araştırmada transeksüel ve transeksüel olmayan kişilerin ön hipotalamuslarındaki INAH3 adı verilen bölgenin hacmi ve nöron sayıları incelenmiştir. Kontrol grubundaki erkeklerin INAH3’lerinin hacmi, kontrol grubundaki kadınlarınkinden ortalama 1.9 kat daha büyük, nöron sayılarının ise 2.3 kat daha fazla olduğu bulunmuştur. Erkekten kadına transeksüellerin sonuçları kadınların aralığında çıkarken, kadından erkeğe olan transeksüelin (sadece bir kadından erkeğe transeksüel denek vardır) sonucu erkeklerin aralığında çıkmıştır. Tüm transeksüeller daha önce hormon terapisi almıştır. Ama menopoz öncesi ve menopoz sonrası dönemde olan kadınların INAH3’lerinin hacim ve nöron sayısı bakımından aynı aralıkta olması, erkekten kadına olan transeksüllerinin sonuçlarının kadınların aralığında çıkmasının nedeninin östrojen hormonu almaları olmadığını göstermektedir. Transeksüellerin INAH3’lerindeki farklılık, kısmen de olsa beyinlerindeki erken seksüel farklılışmanın bir işareti olduğunu göstermektedir.

Yine 2008’de Ivanka Savic ve meslektaşları tarafından yapılan bir araştırmada biyolojik erkek ve kadınların ve gynephilic erkekten kadına transeksüellerin (kendini kadın hisseden ama cinsel yönelim olarak yine kadınlara ilgi duyan erkek, başka bir deyişle translezbiyen) erkeklik ve kadınlık kimyasalları olan AND ve EST’i kokladıkları zaman beyinlerinin hangi kısımlarının aktivite olduğu incelenmiştir. Kadınlar ve GEKT’ler erkeklik kimyasalı AND’ı kokladıklarında hipotalamusları aktivite olurken kadınlık kimyasali EST’İ kokladıklarında amigdala ve piriform korteks’leri aktivite olmuştur. Erkekler ise EST’i kokladıklarında hipotalamus bölgeleri aktivite olmuştur. Ama GEKT’lerin EST’i kokladıklarında da sınırlı bir hipotalamus aktivitesi gösterdikleri, AND’ı kokladıklarında kadınlarla, EST’İ kokladıklarında ise erkeklerle bir hipotalamik küme paylaştıkları bulunmuştur. GEKT’lerin EST’e karşı gösterdikleri hipotalamus aktivitesi sınırlı olduğu için GEKT’ler önemli ölçüde sadece erkeklerden farklılık göstermiştir. Araştırmacılar, GEKT’lerin gösterdikleri aktivitelerin kendi biyolojik cinsiyetlerinden uzak, erkeklerin ve kadınlarınkinin ortasında olduğu ama ağırlıklı olarak kadınsal özellikleri gösterdiği sonucuna ulaşmıştır. Araştırma, transeksüelliğin belli hipotalamik bağlantılardaki değişken nöronal farklılaşmanın sonucu olan, cinsiyete göre atipik fizyolojik aktivitelerle bağlantılı olabileceğini göstermektedir.

2009’da Gizewski önderliğindeki Alman radyolog takımı biyolijik erkek ve kadınlara ve androfilik erkekten kadına transeksüellere (kendini kadın gibi hisseden ve cinsel yönelim olarak erkeklere ilgi duyan erkekler) erotik sahneler seyrettirilip manyetik rezonans görüntüleme kullanılarak beyinlerinin hangi bölgelerinin aktivite olduğunu incelemiştir. Erkeklerin beyinlerinin birkaç bölgesinde, kadınlar ve AEKT’lerin göstermediği bir aktivite olduğu gözlenmiştir. AEKT’lerin gösterdiği aktivitelerinse kadınsal yönde olduğu bulunmuştur.

Yine 2009’daki bir araştırmada California Üniversitesi’ndeki araştırmacılar MRG’ler kullanarak biyolojik erkek ve kadınların ve hormon terapisi görmemiş erkekten kadına transeksüellerin (çoğunluğu gynephilic, azınlığı androfilik) beyinlerindeki gri madde değişimini incelemiştir. Erkekten kadına transeksüellerin beyinlerindeki gri madde değişimi, bir bölge hariç erkeklere kadınlarınkinden daha çok benzediği bulunmuştur. Erkekten kadına transeksüellerin beyinlerindeki gri madde değişiminin kadınlarınkine benzediği tek bölgenin sağ putamen olduğu tespit edilmiştir. Bu araştırma beyin anotimisinin cinsiyet kimliğinde rol oynadığını desteklemektedir.

2010’da Rametti ve meslektaşları difüzyon tensör görüntülemeyi kullarak erkek ve kadınların ve hormon terapisi görmemiş androfilik erkekten kadına transeksüellerin beyinlerindeki beyaz maddeyi incelemiştir. AEKT’ler, beyinlerinin birçok bölgesinde hem erkeklerden hem kadınlardan farklılık göstermiştir. Araştırmanın bulgularına göre AEKT’ler, beyaz madde bakımından kadınlar ve erkeklerin ortasında bir sonuç göstermektedir. Araştırma, AEKT’lerin beyin gelişmeleri sırasında bazı fasiküllerinin maskülenleşmeyi tamamlamamış olabileceğini göstermektedir.

Rametti ve meslektaşları aynı araştırmayı biyolojik erkek ve kadınlar ve hormon terapisi görmemiş gynephilic kadından erkeğe transeksüeller (kendini erkek gibi hisseden ve cinsel yönelim olarak kadınlara ilgi duyan kadınlar) üstünde yapmış GKET’lerin beyinlerindeki beyaz maddenin erkeksel yönde olduğunu bulmuştur. Araştırma, kadından erkeğe transeksüellerin beyin yapısının doğuştan gelen bir farklılık içerdiğini kanıt göstermektedir.

2010’da yapılan başka bir araştırma da Nawata ve meslektaşları, heteroseksüel kadınların ve cinsel yönelim olarak kadınlara ilgi duyan ve aynı zamanda kadın kimliğini reddedip kendini erkek hisseden kadınların (gynephilic kadından erkeğe transeksüeller) pozitron emisyon tomografisini kullanarak beyin bölgesel kan akımlarını birbiriyle kıyaslamıştır. Kendini erkek gibi hisseden kadınların hiçbiri daha önce hormon terapisi almamıştır. Araştırma erkekleri içermemesine rağmen, GKET’lerin beyin bölgesel kan akımının erkeksel yönde olduğu sonucu çıkarılabilmiştir. GKET’lerin sol ön singulat kortekslerindeki kan akımı, heteroseksüel kadınlara göre daha az, sağ insulalarında ise daha çoktur. Bu iki bölge bilinç ve cinsel davranışlarla bağlantılı olmasıyla bilinmektedir. Araştırma transeksüelliğin biyolojik bir temeli olduğunu desteklemektedir.

NR3C4 olarak bilinen androjen reseptörü, testosteron ya da dihidrotestosteronun bağlayıcılığı tarafından aktivite edilir. Bu reseptör, birincil ve ikincil erkek cinsiyet karakteristiklerin oluşumunda kritik bir rol oynamaktadır. 2009’da yapılan bir araştırmada Hare ve meslektaşları erkekten kadına transeksüellerde (hem androfilik hem gynephilic), transeksüel olmayan erkeklere göre reseptör geninin kopyalarını daha uzun bulmuştur. Bu uzun kopyalar, testosteronun bağlayıcılığının etkisini azaltmaktadır. Bu bulgu sonucunda araştırmacılar beyin gelişiminde androjen ve androjen sinyalinin azalmasının erkeklerde kadın cinsiyet kimliğinin oluşmasına neden olabileceğini öne sürmüştür.

CYP17 adı verilen bir genin varyasyonu, cinsiyet hormonlarının metobalizmasında rol oynamaktadır ve erken beyin gelişimini etkilemektedir. Bu varyasyon erkeklerde kadınlara göre daha yaygındır. 2008’de Avusturya’da yapılan bir araştırmada, Clemens Tempfer ve meslektaşları kadından erkeğe transeksüellerin %44’ünün, transeksüel olmayan kadınların ise %31’inin bu varyasyona sahip olduğunu bulmuştur. Ayrıca kadından erkeğe transeksüellerdeki alel dağılımı da erkeklerle eşit çıkmıştır. Bu bulgu sonucunda araştırmacılar bu gen varyasyonunun kadınların kendini erkek gibi hissetme olasılığını arttırdığını öne sürmüştür.

2005’te Scheneider ve meslektaşları erkeklerin, kadınların, erkekten kadına transeksüellerin ve kadından erkeğe transeksüellerin 2D:4D parmak oranlarını kıyaslamıştır. 2D:4D işaret parmağının yüzük parmağa oranıdır. Ve doğum öncesi androjene ne kadar maruz kalındığının işareti olduğu düşünülmektedir. Erkekler anne karnında kadınlara göre androjene daha fazla maruz kaldığından 2D:4D oranları genel olarak kadınlara göre daha düşüktür. Araştırma da erkekten kadından transeksüellerin 2D:4D oranları erkeklere göre daha yüksek, kadınlara ise daha yakın olduğu bulunmuştur. Ama kadınlarla, kadından erkeğe transeksüeller arasında bir fark bulunamamıştır. Ayrıca hem erkekten kadına hem kadından erkeğe transeksüellerin, kadınlara ve erkeklere göre daha az sağ yanlı olduğu bulunmuştur. Başka bir deyişle sol yanlı olma veya her iki elini kullanabilme kabiliyetinin transeksüellerde daha yüksek olduğu bulunmuştur. Araştırmadaki erkeklerin %95’inin, kadınların %91’inin, kadından erkeğe transeksüellerin %79’unun, erkekten kadına transeksüellerin ise %74’ünün sağ yanlı olduğu gözlenmiştir.

Doğum sırası efekti, cinsel yönelimin bilinen en güçlü biyodemografik habercisidir. Birçok araştırmaya göre her büyük erkek kardeş bir erkeğin eşcinsel yönelime sahip olma ihtimalini bir öncekinin %28-48’i kadar arttırmaktadır. Doğum sırası efekti aynı zamanda erkekten kadına transeksüellerde de gözlenmiştir. Androfilik erkekten kadına transseksüellerin, gynephilic erkekten kadına transeksüellere göre daha fazla büyük erkek kardeşe sahip olduğu bulunmuştur. Bu bulgular Kanada, Birleşik Krallık, Hollanda ve Polinezya'daki örneklerden elde edilmiştir.

Çoğu transseksüel bireyde, “başka biri olma” duygusu, okul öncesi çağlarda gelişmektedir; fakat bu duygu henüz somut olarak bağlayıcı olmayabilir. Bazıları da okul öncesi çağda bedensel cinsiyetlerinin aksine, kız veya erkek olmak istediklerine dair bir bilinç geliştirdiklerini belirtmektedir. Bu bilinç, ilk defa ergenlik ya da yetişkinlik döneminde de ortaya çıkabilmektedir. Böyle bir durumda, çocukluk dönemindeki anıların bastırılıp bastırılmayacağı sorusu akıllara gelmektedir.
Transseksüel bireylerin karşılaştığı psikolojik baskılar zamanla artmaktadır; özellikle ergenlik ve yetişkinlik dönemlerinde. Psikosomatik hastalıklar ve diğer çeşitli psikolojik problemlerin yanı sıra bu baskıların sonucu olarak depresyon ve uyuşturucu kullanımı gibi sorunlarla karşılaşılmaktadır. Çoğu transseksüel, er ya da geç çevresini transseksüelliğiyle ilgili bilgilendirmeye, cinsiyet rolünü de kalıcı (resmi) olarak değiştirmeye mecbur kalacaktır. Özellikle kriz evresinde alınan bu tür bir kararın sonucu da bireyin hayatını tehdit edebilmektedir.

Transseksüellik sonucunda ortaya çıkan psikolojik problemlerin zamanı, bireyden bireye değişiklik göstermektedir. Bu, bireyin