ğlu'yu geçemezdim, eğer yapsaydum ikili savunmanın içine girecektim ve çok top kaybı yapacaktım." 4. maçta Alman yıldızı daha büyük bir hayal kırıklığı bekliyordu: Mavericks 14 sayılık bir üstünlük yakaladığı maçta takımın 2 uzunu Vlade Divac ve Chris Webber 6 faulle oyun dışında kalırken ve Peja Stojakovic de sakatlık nedeniyle maçta oynayamamasına karşın Nowitzki iki kritik şut kaçırdı ve takımı maçı 115-113 kaybetti. 5. maçta ise demoralize olan Mavericks 114-101'lik mağlubiyetle playoff dışında kaldı. Nba.com Kings'in Mavericks'den daha iyi savunma yaptığını yazdı ve Kings'in 5 maçta 115 turnike basketi bulduğu söylendi. Ancak Nowitzki bu sezon sonrası teselli niteliğinde bir ödül kazandı: Gazzetta dello Sport Nowitzki'yi 104 oyla "Yılın Avrupalı Basketbolcusu" seçti. İkinci Dejan Bodiroga 54, Peja Stojakovic de 50 oy aldı.


2002-03 NBA Sezonu öncesinde Don Nelson ve Mark Cuban savunmanın üzerinde daha önemle durdu ve Mavericks iyi blokçular Raef LaFrentz ve Shawn Bradley ile alan savunması yapmaya başladı ve sezonun ilk 11 maçını kazandı. Finley, Nash ve Nowitzki 2002 Kasım'ında "Batı Konferansının En İyi Oyuncuları" seçildiler. Bu sezonda Nowitzki sayı ortalamasını 25.1, ribaund ortalamasını 9.9 ve asist ortalamasını 3.0'a çıkardı. Ek olarak 41 double-double yaparak sezonu kapadı ve bu alanda 7. oldu. 25.1 sayı ortalamasıyla NBA tarihinde 2.000 sayı barajını aşan ilk Avrupalı oyuncu oldu. All-Star maçına çağrıldı ve yılın En İyi 2. Beşine bir kez daha seçildi. "Yılın En İyi Alman Sporcusu" ödülünde de kayak sporcusu Sven Hannawald'ın arkasından 2. oldu. Mavericks 2002-03 NBA Sezonu'nu 60-22'lik galibiyet rekoruyla noktaladı ve 3. sıradan playoff'a katıldı, rakip de Portland Trail Blazers oldu. Playoff'lar da 5 maç yerine 7 maç üzerinden oynanmaya başladı. Mavs ilk 3 maçı kazandıktan sonra ritim kaybetmeye başladı ve takip eden 3 maçı kaybetti. 7. maçta Portland maçı yakın götürse de Nowitzki bitime 1:21 kala attığı kritik baskele skoru 100-94'e getirerek kopardı ve Mavericks 107-95'lük galibiyet aldı ve turu atlayan taraf oldu. Nowitzki de o basketi şöyle anlattı "Bu, kariyerimin en önemli basketiydi. Bu kadar erken tatile çıkmaya hazır değildim." Ayrıca ESPN röportajında da şu ifadeyi kullandı "Boyalı alanda daha sert olmalı ve ribaundları almalıyız. Bütün sezon boyunca saha avantajı için çok çalıştık ve bugün o avantajı kullandık."

İkinci turda Mavericks bir kez daha Sacramento Kings'in rakibi oldu. Mavericks ilk maçı 124-113 kaybettikten sonra Nowitzki'nin 25, Van Exel'ın 36 sayı attığı maçta rakibini 2. maçta 132-110 yendi. 132 sayının 83'ü ilk yarıda geldi. Kings'in yıldız forveti Chris Webber da menisküsünden sakatlandı. Nowitzki ve Van Exel 3. maçta Dallas'ı uzatmaya giden maçta 141-137'lik galibiyete taşıdı. 4. maçta ise kazanan taraf 99-83'le Sacramento oldu ve Nowitzki saha kenarındaki havluları tekmelemesi nedeniyle diskalifiye edildiği o maçı sadece 11 sayı atarak bitirdi. Devamındaki 2 maçın kaybedilmesinden sonra Nowitzki 7. maçta kritik bir performans sergiledi ve maçı 30 sayı 19 ribaundla bitirdi ve harika bir savunma yaptı. Dallas bu maçı 112-99 kazandı ve konferans finaline yükseldi. ESPN, Nowitzki'ye "Big D" lakabını verdi.

Konferans finalinde Dallas'ın rakibi San Antonio Spurs oldu. San Antonio'daki 1. maçta Nowitzki, Duncan savunmasında 38 sayı atarak takımına 113-110'luk galibiyeti getirdi. İkinci maçta Duncan, Nowitzki'yi faul problemine soktu ve Spurs 132-110'luk rahat bir galibiyet aldı. Üçüncü maçta Manu Ginobili, Nowitzki'ye diziyle çarptı ve bu da Nowitzki'nin sakatlığı sebebiyle seriyi kaçırmasına neden oldu. Ana skorerinden yoksun Mavericks seriyi 3-2'ye getirmesine karşın 6. maçta Steve Kerr üç sayı çizgisinin gerisinden gösterdiği etkili performansla takımına turu getirdi. Don Nelson seri sonrası yaptığı açıklamada "Uzun süredir çok iyi oynuyoruz ama temel kıldı. Yanlış zamanda soğuduk." Nowitzki bu sezonun sonrasında bir kez daha "Yılın Avrupalı Basketbolcusu" seçildi ve NBA genel menajerleri arasında yapılan ankette "En İyi Avrupalı Basketbolcu" seçildi.


Cuban ve Nelson 2003-04 sezonu öncesinde takıma daha fazla hücum oyuncusu katmak için girişimlere başladı ve sonucunda Golden State Warriors'dan All-Star forvet Antawn Jamison(Danny Fortson, Jiri Welsch ve Chris Mills'le birlikte) Van Exel karşılığında takıma dahil olurken Boston Celtics'ten Antoine Walker, Raef LaFrentz karşılığında takıma dahil edildi. Bu takaslar basketbol yorumcuları tarafından dikkatle takip edildi ve eleştirildi. Özellikle takımının bir numaralı pivotunun gönderilmesi eleştiri konusu oldu çünkü sakatlıklarla uğraşan Shawn Bradley yeterli katkıyı yapamıyordu. Takıma pivot alınmaması üzerine Don Nelson çareyi Nowitzki'yi pivot pozisyonuna kaydırmakta buldu. Walker da Nowitzki'nin pozisyonuna geçti ve Jamison skorer 6. Adam rolünü üstlendi. Daha fiziksel bir rol üstlenecek olan Nowitzki de bu durum üzerine çalışmalarına başladı ve yaz ayında yaptığı çalışmalar sonrasında kaslanan Nowitzki 9.1 kilo alarak ezona başladı ve çalışmalarını hücumdan çok savunma üzerine yönlendirdi. Ancak ortalamaları düşüşe geçen Nowitzki 21.8 sayı 8.7 ribaund ve 2.7 asist ortalamalarıyla sezonu tamamladı. Ancak Mavericks'in en çok sayı atan, top çalan(1.2) ve blok yapan(1.35) oyuncusu oldu. Bir kez daha All-Star'a çağrılırken NBA'de Yılın En İyi 3. Takımına seçildi. Dallas 52-30'luk galibiyet rakamıyla ilk turda Sacramento'nun rakibi oldu ancak 5 maç sonrasında elenmekten kurtulamadı.


2004-05 sezonu öncesinde Mavericks'in yine kritik hamleler yaptı ve savunma ağırlıklı pivot Erick Dampier, Golden State Warriors'tan takıma katıldı ancak Nowitzki'nin yakın arkadaşı Steve Nash free-agent olarak Phoenix Suns'a döndü. Sezon içinde koç Don Nelson istifa etti ve yardımcısı Avery Johnson görevi devraldı. Bu sorunlara karşın Nowitzki sayı ortalamasını 26.1'e kadar çıkararak bir Avrupalı basketblcunun NBA'de yakaladığı en yüksek sayı ortalamasının sahibi oldu ve bu alanda kariyerinin en yüksek rakamına ulaştı. Ribaund ortalaması da 9.7'ye çıktı. Ayrıca 1.5 blok ve 3.1 asist ortalamaları bu alanda kariyerinin en iyi rakamları oldu. Nowitzki ayrıca her maçta çift haneli skor yaparken NBA tarihinde en az 1.2 blok ve top çalma ortalaması yapan 4 oyuncudan biri oldu. Bu sezon Nowitzki'ni 2.000 sayı barajını aştığı 2. sezon oldu ve aynı sezon Houston Rockets'a attığı 53 sayıyla halihazırda kıramadığı kariyer rekorunu kırdı. Bu performansı sayesinde kariyerinde ilk kez Yılın En İyi Beşine seçildi. MVP Oylamasında da Nash ve Shaq'ın ardından 3. sırayı aldı. Kariyerinde ilk kez "Yılın Beşi"ne seçildi. ve ABD'de lise veya kolej oynamadan bunu başaran ilk oyuncu oldu.

Ancak Mavericks ve Nowitzki playoff'a kötü başladı. Maverikcs ilk turda sayı kralı Tracy McGrady ve Çinli pivot Yao Ming'in sırtladığı Houston Rockets'a rakip oldu. Nowitzki'nin Ryan Bowen'a yüksek bir sayı ortalaması tutturması bekleniyordu ancak Bowen, Nowitzki'yi ilk maçta 21 tutarken ikinci maçta 26 sayıya rağmen 8-26 saha içi isabetiyle oynattı. Rockets 2-0 öne geçtikten sonra Mavericks üst üste 3 maç kazandı ve durumu 3-2 lehlerine çevirdi. 6. maçı kaybettikten sonra Dallas, Nowitzki'nin kötü şut performansına rağmen seriyi kazanmayı başardı. Konferans yarı finalinde Mavericks'in rakibi Nash liderliğindeki Phoenix Suns oldu. İlk 4 maç 2-2'lik eşitlike geçildikten sonra Suns son 2 maçı kazandı ve turu atladı. Altıncı maçta Nowitzki 28 sayı atmasına rağmen 25 şutunun sadece 9'unu isabete çevirebildi. Ayrıca maç sırasında sık sık takım arkadaşlarına bağırması ve uzatmada kullandığı 5 şutu da kaçırması maç içindeki tedirginliğini de gözler önüne serdi.


2005-06 NBA sezonunda Mavericks'in veteran kaptanı Michael Finley serbest bırakıldı ve Nowitzki; Nash ve Finley ve kendisinden oluşan "Büyük Üçlü"den kalan son parça oldu. Nowitzki de franchise oyuncusu olarak gösterilmeye başlarken 2005-06 sezonunu 26.6 sayı 9 ribaund ve 2.8 asist ortalamalarıyla tamamlamayı başardı. Nowitzki 2,000 sayı barajını aşmayı bir kez daha başardı. Ayrıca 26.6 sayı ortalamasıyla sezonu tamamlayarak Avrupalı bir basketbolcu tarafından bir sezonda ulaşılan en yüksek sayı ortalamasının sahibi oldu. Nowitzki şut yüzdesini %48'e, üçlük yüzdesini %40.6'ya ve serbest atış yüzdesini %90.1'e çıkararak kendi normal sezon rekorlarını kırdı. Houston'da düzenlenen 2006 All-Star Haftasında üçlük yarışmasında Seattle SuperSonics'ten Ray Allen, Washington Wizards'dan Gilbert Arenas gibi oyuncuların katıldığı üçlük yarışmasını kazanan Nowitzki 2006 All-Star maçında da 18 sayı attı.

Sezon sonunda Dallas 60 galibiyet almayı başardı ve San Antonio Spurs, Detroit Pistons'ın ardından ligdeki en iyi 3. rakamın sahibi oldu. 2004-05 sezonunad olduğu gibi Nowitzki; Nash ve LeBron James'in ardından MVP oylmasında bir kez daha 3. sırayı aldı. Bir kez daha NBA'de Yılın En İyi Beşine seçildi. Nowitzki "süperstar" unvanına yakışır bir oyun oynadı ve playoff'u 27.0 sayı 11.7 ribaund ve 2.9 asist ortalamalarıyla tamamladı. Mavericks ilk turda Memphis Grizzlies'ı 4-0 geçmeyi başardı. Konferans yarı finalinde bir kez daha San Antonio Spurs'un rakibi olan Mavericks NBA tarihine geçen serinin 7. maçında 20 sayı öne geçmesine rağmen bitime 30 saniye kalan Spurs, Manu Ginóbili'nin 3'lüğüyle 101-101'lik eşitiği yakaladı. Nowitzki bir sonraki hücumda 3 sayılık isabetiyle Mavericks'i öne geçirdi ve maçı Dallas 119-111 kazandı, Nowitzki de maçı 37 sayı 15 ribaundla tamaladı. Nowitzki bu maçla ilgili şu yorumda bulundu "Topun nasıl girdiğini bilmiyorum. Manu elime vurdu, şanslı bir andı."

Mavericks batı konferansı finalinde Phoenix Suns'ın rakibi oldu. Nowitzki kritik 5. maçta 50 sayı atarak Dallas'ı galibiyete taşıdı ve serinin durumu Dallas lehine 3-2 oldu. Mavericks 6. maçı kazanarak 2006 NBA Finali'nde Miami Heat'in rakibi oldu. Nowitzki final serisi öncesinde şöyle konuştu "Sezon boyunca iyi bir deplasman takımı olduk, birbirimize inandık. Bu sezon iniş ve çıkışlarımız oldu ancak playoff tamamıyla yürek gösterme ve birlikte oyna