lan İttihad-ı Muhammedi Fırkası'nın (Fırka-i Muhammediye) kurucuları arasında yer aldı. Volkan Gazetesi bu fırkanın yayın organıydı. 13 Nisan 1909 (Rumi 31 Mart 1323) tarihinde 31 Mart Vakası patlak verdi. Selanik'ten gelen Hareket Ordusu aradan 11 gün geçtikten sonra isyanı bastırabildi. Bazıları İttihad-ı Muhammedi Fırkası'nın ileri gelenleri olmak üzere isyanı çıkaranlar ve Derviş Vahdeti ile birlikte Divan-ı Harp Mahkemesinde yargılandı, Derviş Vahdeti ve 16 kişi idam edildi, Said Nursî davadan beraat etti. Serbest kaldıktan sonra Serbesti Gazetesi'nde "ordunun ruhu ve ülküsünün okullu subaylar olduğunu, bunlara isyan etmenin cinayet olduğunu" yazmıştır. 31 Mart Vakasından sonra İttihat ve Terakkinin zulümlü olduğuna inandığı faaliyetlerinden küserek İstanbul'dan ayrıldı. O zamanlar Şark olarak tabir edilen Doğuya; Batum üzerinden Van'a gitti. Sonrasında ise Şam'a gitti. 1911'de Şam, Emevîye Camii'nde okuduğu hutbe daha sonra Hutbe-i Şamiye adıyla kitaplaştırıldı. Münâzarat ve Muhakemât gibi eserlerini telif etti.

Said Nursi I. Dünya Savaşı'nın ilanının hemen ardından gönüllü alay vaizi olarak orduya yazıldı. Van fırkasında görevlendirildikten sonra Pasinler cephesine gönderildi. Bölgede tanınmış biri olan Nursi, Enver Paşanın isteği üzerine talebeleri ve gönüllülerden oluşan 4-5 bin kişilik milis teşkilatı kurdu. Milis Albay rütbesiyle gönüllü alay komutuna olarak kurduğu teşkilatı ile birlikte Van, Muş ve Bitlis'te Rus birlikleri ve Ermeni çetelerine karşı savaştı. Savaş sırasında sigara tablasından, hançer kabzasından ve omzundan olmak üzere üç yerinden vurularak yaralanmıştır. Bitlis'te savaş esnasında Rus askerlerin, Bitlis'te bulunan üç köprüyü de tuttuğu sırada Nursi; Ali çavuş(Ali Arasla) ve bir talebesiyle birlikte köprünün karşı tarafına geçmek için su kemerinin üzerinden atlamış; su üzerinin kar kaplı olması ve gece vakti olması sebebiyle sağ ayağı taşa değerek kırılmıştır. Hayatta kalan üç talebesiyle birlikte ayağı kırık bir halde otuz üç saate yakın su ve çamur içinde kalmıştır. Bitlis'te yaralı olarak Ruslar tarafından esir alındı. Nursi buradan esir olarak Van, Culfa ve Tiflise kadar götürüldü. Yaklaşık 6 ay Tifliste kaldı ve burada tedavi gördü. Tiflisin Varasofski sokağında kırk dört numaralı kampta tutulduğu bilinmektedir. Kosturma'nın Kologrif beldesindeki esir kampına oradan da en büyük esir kampı olan Kosturma'ya sevk edildi.

Kostroma'da esir olarak bulunurken Rus başkumandan Nikolay Nikolayeviç esirleri teftiş için kampa gelir. "Dikkat" komutunun verilmesiyle herkes ayağa kalkmasına rağmen Said Nursi ayağa kalkmaz. Rus başkumandan önünden görmediği düşüncesiyle tekrar geçmesine rağmen Bediüzzaman itaatsiz bir tavırla selam vermez ve ayağa kalkmaz bu tavrı idam cezasına çarptırılmasına neden olur. Neden ayağa kalkmadın sorusuna ise "Ben bir Müslüman âlimiyim. İmanlı bir kimse, Cenab-ı Hakkı tanımayan bir adamdan üstündür. Binaenaleyh, ben sana kıyam etmem" diye cevap verir. Bediüzzaman son arzusu olarak namaz kılmak ister. Rus başkumandan ve askerlerin bakışları arasında namaz kılar. Rus başkumandan bu durum karşısında: "O hareketinizin, mukaddesatınıza olan bağlılıktan ileri geldiğine kanaat getirdim" diyerek idam cezasını kaldırır. Sibiryada esir kamplarında iki buçuk yıl geçiren Nursî 1917'de Kostroma Esir Kampından kaçarak İstanbul'a döndü ve Osmanlıda en üst fetva kurulu olan Dar-ül Hikmet-ül İslamiye'ye atandı.

Nursî I. Dünya Savaşı sonlarında imzalanan Mondros Ateşkes Antlaşması mütareke günlerinde, Çamlıca’daki evinde yeğeni Abdurrahman ile birlikte kalmıştır. Bazı araştırmalar bu dönemde Kürdistan Teali Cemiyeti’ni ve Kürt Neşriyat Cemiyeti gibi cemiyetlere katıldığı yönünde olmasına rağmen Kürt Teali Cemiyeti'nin üyeleri nin Said Nursî'yi cemiyetlerine davet ettikleri, ancak Nursînin bu teklifi cemiyete gönderdiği bir mektupla reddettiği diğer yazarlar tarafından ifade edilmektedir. İngiliz Hava Kuvvetleri Komutanlığı tarafından Bağdat’tan yazılan gizli raporda, Kürtleri Türklere karşı kışkırtarak ayaklandırmak amacıyla kurulmuş olan Kürdistan Teali Cemiyeti’nin kurucuları arasında Said-i Kürdî (Nursî)’nin de adı geçer. 15 Şubat 1919 tarihinde sonradan Teâli-i İslâm Cemiyeti adını alan Cemiyet-i Müderrisîn'in Mustafa Sabri, İskilipli Mehmet Atıf Hoca, Ermenekli Saffet Efendi gibi din ve eğitimcilerle birlikte kurucu azaları arasında yer aldı. 1919'da Mesnevî-i Nuriye adlı eserini yazmaya başladı. Bu günlerde Said-i Nursî “Sünûhât” (1920), “Hakikat Çekirdekleri” (1920), “Nokta” (1921), “Rumûz” (1922) gibi bazı kitapçıkları kaleme almıştır.

Said-i Nursî, İstanbul’da “Darül-Hikmet’ül İslamiye’de çalışmakta iken, Mustafa Kemal Paşa, Doğu Anadolu’da, Kuzey Irak’ta ve Suriye’de İslamı anlatabilecek, bölgedeki insanları Kurtuluş Savaşı’na katılmaya çağıracak din adamlarına ihtiyaç duymaktaydı. Emirdağ Lahikası’nın bir bölümünde Said-i Nursî'nin Kürt bölgelerinde tanınmış ve hatırı sayılan bir din adamı olması dolayısıyla Mustafa Kemal Paşa'nın onu Güneydoğu Anadolu’ya vaiz olarak göndermek istediği kaydedilir. Mustafa Kemal Paşa böylece bir ittifak oluşturacak ve doğulu halkın da bu ittifakta toplanmasını sağlayacaktı. Ancak Said-i Nursî bu dönemde Anadolu’ya geçmeye yanaşmamış, Kurtuluş Savaşı'nın bitimine rastlayan 1922 senesinde Anadolu'ya geçmiştir.

Said Nursî, İstanbul'da İngiliz politikalarına karşı bir risale ve Mustafa Kemal Paşa ile silah arkadaşlarını “dinsiz” ve “zındık” ilan eden hıyanet fetvasına karşı, “bu fetvanın ilmen geçersiz olduğunu” beyan eden “Hutuvat-ı Sitte” adlı bir bildiri hazırlamıştır. Bu eser yüzünden işgal kuvvetleri tarafından gıyabında ölüm cezasına mahkûm edildi. Said Nurs-i bu bildiriyi yayınlamadan önce 3 müftü tarafından imzalanan ve 64 müftünün de onayladığı “düşmana karşı mücadele etmenin din gereği olduğu”nu anlatan bir karşı fetva yayınlanmış bulunmaktaydı.

Eski Van Valisi Tahsin Bey gibi dostlarının ve Mustafa Kemal Paşa'nın davetleri sonucu, 9 Kasım 1922'de Ankara’ya gitmiş ve Milli Meclis'in 2. oturumuna dinleyici olarak katılmıştır. Ancak, milletvekillerine yaptığı, on maddelik, "Türkiye'nin şekillenmesinde mânevî dinamiklerin ihmal edilmemesini" de içeren çağrısı sert tepkiler aldı. Said Nursî, Medreset-üz Zehra ideali için, II. Meşrutiyet döneminde Van’da temelini attığı fakat savaş yüzünden inşaatı başlatılamayan üniversitenin kurulması için Mebuslara bir kanun teklifi hazırlattırdı. Bu teklif mecliste iki yüz milletvekilinden 163’ünün imzasıyla kanunlaştı. 7 Nisan 1923'te talebe yetiştirmek ve münzevi bir yaşam sürmek üzere Van’a gitti, Erek Dağı’nda iki senesini geçirdi.

Nursi Van da Erek dağına inzivaya çekilmesini hayatının dönüm noktası olarak kabul eder. Bu tarihe kadar olan yaşantısını Eski Said daha sonrası için ise Yeni Said olarak tanımlamaktadır. 1925 yılında ortaya çıkan Şeyh Said Ayaklanması'na destek verdiği iddiasıyla Burdur'a sürgün edilen Said Nursî, yargılandığı mahkemede, Şeyh Said'e yazdığı mektupta
Yaptığınız mücadele kardeşi kardeşe öldürtmektir ve neticesizdir. Türk milleti İslâmiyet'e bayraktarlık etmiş, dini uğrunda yüz binlerle, milyonlarla şehid vermiş ve milyonlar veli yetiştirmiştir. Binaenaleyh “kahraman ve fedakar İslam müdafiilerinin torunlarına, Türk milletine kılınç çekilmez” ve ben de çekmem."şeklinde görüşünü bildirdiğini söyleyerek kendisini savunmuştur. Said Nursî Burdur’da "Nur'un İlk Kapısı"nı, 1926'da sürüldüğü Barla'da ise "Sözler", "Mektûbat" ve "Lem'alar"ın da büyük bölümünü yazmıştır.

Buradaki faaliyetleri şüpheli bulunarak 1934'te Isparta’ya sürüldü. 1935 yılında “gizli cemiyet kurmak, rejimin temel düzenini yıkmak” iddiasıyla Eskişehir Ağır Ceza Mahkemesinde aleyhinde dâvâ açıldı ve Tesettür Risalesi’nden dolayı kendisi on bir ay, on altı öğrencisi de altı ay hapse mahkûm edildi. 1936'da hapis cezasının bitiminden sonra 7 yıllığına Kastamonu’ya sürüldü.

1943 yılında 126 talebesiyle birlikte "rejimin temel düzenini yıkmak" iddiasıyla tutuklanarak Denizli hapishanesine sevk edildi. 9 ay tutuklu kaldı. Beraat etti. Daha sonra Emirdağ’a götürülerek burada zorunlu ikâmete mahkûm edildi. 1947 yılında aynı suçlamalarla tekrar tutuklanarak 54 talebesiyle birlikte Afyon hapishanesine sevk edildi. Yaklaşık 20 ay hapiste kaldı. Buradan tekrar Emirdağ’a götürüldü.

1952'de Gençlik Rehberi isimli eseri hakkında açılan dava münasebetiyle İstanbul’a geldi ve bu davadan beraat etti. 1953'te Emirdağ’a döndü. İkinci defa İstanbul’a geldi ve üç buçuk ay burada kaldı. Bundan sonraki hayatı genellikle Emirdağ ve Isparta’da geçti.

Bu dönemde, yazımı tamamlanmış olan Risale-i Nur'un farklı kesimlerden insanlara ulaştırılmasıyla ilgilenmiştir. Bu amaçla birçok şehir ve köylerde el ile yazılan risalelerin okunması, okutulması, bazı merkezlerde risalelerin daktilo ile çoğaltılması; Ankara, İstanbul ve doğu illerini de kapsayacak şekilde risalelerin bütün toplumsal tabakalara ulaştırılması işleri ile ilgilenmiştir. Yine bu dönemde mahkemelerden iade edilen Nur Risaleleri ve bazı illerde bir kısım Nur Talebelerine dava açılması sebepleriyle resmi makamlarla görüşmeleri olmuştur. 1950 yılında iktidara gelen Demokrat Parti hükümetinin Risale-i Nur hareketine olumsuz bakmaması ve yayımlanmasına engel olmaması sebebiyle, risaleler bu dönemde matbaalarda basılmış Anadolu'nun yanında Mısır, Pakistan, ABD, İtalya gibi çeşitli ülkelere de gönderilmiştir.

23 Mart 1960'ta Şanlıurfa’da vefat etti. Urfa Halil-ur Rahman Dergahı'na defnedildi. 27 Mayıs Darbesi sonrasında 12 Temmuz 1960'ta cuntanın emriyle mezarı yıktırıldı. Naaşı konusunda yapılan iddialara göre Isparta’ya götürülerek şehir mezarlığına gizlice defnedilmiştir. Vasiyeti üzerine 1969'da bir-iki talebesi tarafından açılarak, cesedi kendileri dışında kimsenin bilmediği bir yere gömülmüştür. Naaşın taşındığı uçakta yer alan Erol Türegün tarafından ortaya atıldı. Buna göre Said Nursî'nin naaşı Isparta-Afyon arasında bir yere gömülmüştür. Şu an mezarının yeri bilinmemektedir.

Said Nursi'nin vefatından sonra tereke hakimliği tarafından tespit edilen resmi malv