mayın beni". Nietzsche, aralık ayında August Strindberg ile mektuplaşmaya başladı ve uluslararası bir dönüm noktasının eksikliğini hissedip eski yazılarını yayımcıdan geri satın alarak diğer Avrupa dillerine tercüme ettirebileceğini düşündü. Dahası, "Nietzsche Wagner'e Karşı" derlemesinin ve şiirlerinden oluşan "Dionysos Dithrambosları" koleksiyonunun yayımını planladı.

Nietzsche, 3 Ocak 1889'da zihinsel bir çöküş yaşadı. Torino sokaklarında toplumsal kargaşa çıkardığı için etraftaki iki polis onun yanına geldi. Gerçekte orada tam olarak ne olduğu bilinmiyor fakat Nietzsche'nin ölümünden sonra ortaya çıkan hikâyeler, Nietzsche'nin Piazza Carlo Alberto çıkışında bir atın kırbaçlanmasını görmesi üzerine atı korumak için ona koşup boynunda sarıldığı ve sonra yere yığıldığı üzerinedir.

Bunu takip eden günlerde Nietzsche, "Wahnbriefe" ("Delilik Mektupları") olarak bilinen kısa yazıları yazıp birkaç arkadaşına (Cosima Wagner ve Jacob Burckhardt da dahil) gönderdi. Yazıların çoğu "Dionysos" olarak imzalanmıştı. Eski arkadaşı Burckhardt'a şöyle yazmıştı: "Caiaphas'ı zincirlere vurdum. Ayrıca geçen yıl Alman doktorlar tarafından çok bitkin bir halde çarmıha gerildim. Wilhelm, Bismarck ve tüm antisemitistler ortadan kaldırıldı." Ayrıca Alman imparatoruna, vurulup Avrupa güçlerini Almanya'ya karşı askeri harekete geçmeye çağırmak için Roma'ya gitmesini komuta etmişti.

6 Ocak 1889'da Burckhardt, Nietzsche'den aldığı mektubu Overbeck'e gösterdi. Bir sonraki gün Overbeck benzer bir mektup daha aldı ve arkadaşlarının Nietzsche'yi Basel'e geri götürmeleri gerektiğine karar verdi. Overbeck Torino'ya gidip Nietzsche'yi Basel'de bir psikiyatri kliniğine getirdi. İşte o zaman Nietzsche'nin tamamen, ciddi bir zihinsel hastalığın pençelerine kapılmış olduğu anlaşıldı ve bunun üzerine annesi Franziska, onu Otto Binswanger'ın yönetiminde Jena'daki bir kliniği naklettirmeye karar verdi. 1889 kasımından 1890 şubatına kadar, sanat tarihçisi Julius Langbehn, doktorların yöntemlerinin Nietzsche'nin durumunu düzeltmede yetersiz kaldığını ileri sürerek Nietzsche'yi kendisi tedavi etmeye çalıştı. Langbehn'in Nietzsche üzerindeki kontrolü, tedaviyi gizlilik içinde sürdürmesinin kendine olan güvenin sarsılmasına kadar artarak devam etti. 1890 martında Franziska, Nietzsche'yi klinikten aldırdı ve 1890 mayısında onu Naumburg'daki kendi evine götürdü. Bu süreçte Overbeck ve Gast, Nietzsche'nin yayımlanmamış eserlerine ne yapılacağı konusuna kafa yoruyordu. 1889 ocağında, o anda basılmış ve ciltlenmiş olan Putların Alacakaranlığı'nın planlanmış bir yayımıyla ilerlediler. Şubatta "Nietzsche Wagner'e Karşı"`nın elli kopyalık özel basımını sipariş ettiler, ama yayımcı C. G. Naumann gizlice yüz tane bastı. Overbeck ve Gast, "Deccal" ile "Ecce Homo"`nun yayımını, daha radikal içerik taşıdıkları gerekçesiyle alıkoymaya karar verdi. Nietzsche algısı ve tanınması, ilk dalgasını atlatmıştı.

1893'te Nietzsche'nin kız kardeşi Elisabeth, kocasının intiharının ardından Nueva Germania'dan döndü. Nietzsche'nin yapıtlarını okuyup inceledi ve yayım işlerini tek tek kendi kontrolüne aldı. Overbeck, nihayetinde görev dışı kalmıştı. Gast da sonunda işbirliğine girdi. Franziska'nın 1897'deki ölümünden sonra Nietzsche, Elisabeth'in bakımındaki ve Rudolf Steiner (1895'te, Nietzsche'yi öven ilk kitaplardan birini yazan kişi) dahil kendisini görmeye gelen ziyaretçilerin olduğu Weimar'da yaşadı. Elisabeth bir ara öyle ileri gitti ki Steiner'ı, kardeşinin felsefesini anlamakta kendisine yardım edecek bir danışman olarak işe almak istedi. Steiner hemen birkaç ay sonra Elisabeth'e felsefe konusunda herhangi bir şey öğretmenin imkansız olduğunu söyleyerek bu girişime engel oldu.
Nietzsche'nin zihinsel hastalık kökeninin teşhisi, o zamanın medikal paradigması olan üçüncü devre sifilis olarak kondu. Birçok yorumcu hastalığın felsefesine bir etkisi olmadığını söylese de Georges Bataille, bu konuda karanlık ipuçları bırakmış ve René Girard'ın postmodern psikanalizi Nietzsche'de Richard Wagner ile arasında bir rekabet saptamıştır. Sifilis teşhisi sorgulanmış ve Schain'in çalışmasından önce Cybulska tarafından vasküler bunamayı takiben periyodik psikozlu manik depresiflik ortaya atılmıştır. Leonard Sax, tıbbi kanıtları inceledikten sonra bunun sifilis değil, sağ taraflı retroorbital beyin zarı tümörü (menenjiyom) olduğuna hükmetmiştir ve Nietzsche'nin bunamasının en akla yatkın açıklaması bu olmuştur. Orth ve Trimble ise frontotemperal demans teşhisini koymuştur. Diğer birkaç kişi ise CADASIL adlı bir sendrom ileri sürmüştür.

1898 ve 1899'da Nietzsche, en az iki kere daha inme geçirerek konuşamaz ve yürüyemez hale gelecek şekilde felç kaldı. 1900 ağustosunun ortalarında zatürreye yakalandıktan sonra 24-25 Ağustos gecesi bir başka inme geçirdi ve 25 Ağustos öğlesinde öldü. Elisabeth, onu Röcken bei Lützen'deki kilisede babasının yanına defnettirdi. Arkadaşı Gast, cenaze konuşmasında "Kutsal olsun adın tüm kuşaklar için!" dedi. Nietzsche, "Ecce Homo"`da (cenaze yapıldığı zamanda hala yayımlanmamıştı) bir gün adının "kutsal" olarak anılmasından nasıl korktuğunu yazmıştı.

Elisabeth Förster-Nietzsche, Nietzsche'nin yayımlanmamış notlarından ""Güç İstenci""ni derledi ve yayımladı. Elisabeth, Nietzsche'nin daha önceki taslaklarını kendi isteğince birleştirdiği ve bu materyalle büyük imtiyaz sahibi olduğu için, ortak görüşe göre bu kitap Nietzsche'nin niyetini yansıtmamaktadır. (Örneğin Elisabeth, Nietzsche'nin Deccal'inde İncil'den bir pasajı aynen yazdığı 35. aforizmayı kaldırmıştır.) Gerçekten de Nietzsche'nin ""Nachlass""ının yayımcısı Mazzino Montinari, bu yapılanı bir tahrifat olarak adlandırmaktadır.

Tarih anlatıcıları ve Nietzsche üzerine çalışmalar yapmış akademisyenler, Nietzsche'yi gerek kültürel geçmişinden, gerekse kullandığı dilden dolayı "Alman bir filozof" olarak tanımlamışlardır. Diğerleri ise onu belirli bir milli kimlikle etiketlememişlerdir. Nietzsche, Almanya birleşerek millî devlet haline gelmeden önce, o zaman Alman Konfederasyonuna dahil bir bölge olan Prusya'da, Prusya vatandaşlığı ile doğdu. Doğduğu yer olan Röcken, bugünkü Almanya'nın Saxony-Anhalt eyaletindedir. Basel'deki görevini kabul ettiği zaman Prusya vatandaşlığının iptali için devlete başvurdu. Vatandaşlığının iptalinin 17 Nisan 1879 tarihine ait resmi onay belgesi geldi ve Nietzsche, o tarihten sonra hayatının sonuna kadar resmi olarak devletsiz yaşadı.

Nietzsche, atalarının Leh olduğuna inanıyordu. Hayatının sonlarına doğru bu hikâyeye iyice adapte olmuştu. 1888'de, "Atalarım Leh asilzadeleriydi (Nietzky); bu karakterin, üç jenerasyondur var olan Alman annelere rağmen iyi korunduğu görülmekte," diye yazmış ve daha sonra Leh kimliğiyle ilgili olarak daha kararlı bir tavır sergilemiştir: "Ben kanında bir damla bile kötü kan olmayan, safkan bir Leh asilzadesiyim, kesinlikle Alman kanına sahip değilim". Bir başka yazısında, "Alman milleti, yalnızca damarlarında oldukça fazla Leh kanı olduğu için yüce bir millettir [...] Leh soyundan geldiğim için gurur duyuyorum." yazmaktadır. Nietzsche, isminin Almanlaştırılmış olabileceğini düşünüyordu. Bir mektubunda, "Kanımın kökenini ve ismimi, Leh asilzadelerine atfediyorum; onlar ki Niëtzky diye anılmış, yaklaşık 100 yıl önce evlerini ve asilliklerini bırakmış, ve en sonunda dayanılmaz derecedeki baskıya boyun eğerek Protestan olmuşlardır." demiştir.

Birçok akademisyen, Nietzsche'nin ailesinin kökeni konusunda tartışmışlardır. Hans von Müller, Nietzsche'nin kız kardeşinin öne sürdüğü ve asil Leh kalıtımını doğrulayan soyağacını ortaya çıkardı. Weimar'daki Nietzsche Arşivinin müdürü Max Oehler, Nietzsche'nin, eşlerinin aileleri dahil bütün atalarının Alman isimleri taşıdığını savunmuş ve Nietzsche'nin eski bir Alman Lutherci ruhban soyundan geldiğini iddia etmiştir. Günümüzdeki araştırmacılar da Nietzsche'nin Leh soyundan geldiği iddialarının "safkan uydurması" olduğunu düşünüyorlar. Nietzsche'nin toplu mektuplarının yayımcıları olan Colli ve Montinari, Nietzsche'nin bu iddialarının "hatalı ve temelsiz düşünceler" olduğunu açıklamışlardır. Nietzsche ismi bir Leh ismi değildir, fakat Almanya'nın orta bölgelerinde bu isim ve benzerleri ("Nitsche" ve "Nitzke" gibi) son derece yaygın bir şekilde mevcuttur. Bu isim, bir ilk ad olan Nikolaus'tan kısaltılmış hali olan Nick'e, daha sonra Slavik dillerle asimile olmuş hali "Nitz", daha sonra da sırayla "Nitsche" ve "Nietzsche" olmuştur.

Nietzsche'nin kendisini Leh soyluluğuna sahip olduğunu düşündürmek isteme sebebi bilinmemektedir. Biyografi yazarı R. J. Hollingdale'e göre Nietzsche'nin Leh soyundan geldiği propagandasının sebebi daha sonraki dönemlerinde kendi içinde "Almanya'ya karşı verdiği savaş"ın bir parçası olabilirdi.

Lou Salomé'ye yaptığı evlilik teklifine rağmen hiç evlenmedi. Nietzsche araştırmacısı Joachim Köhler, Nietzsche'nin hayat hikayesini ve felsefesini, filozofun homoseksüel olduğunu iddia ederek açıklamaya çalıştı. Köhler, Nietzsche'nin frengi hastası olduğunu, bu hastalığı da "genellikle, Köln veya Leipzig'deki bir genelevdeki bir hayat kadınıyla olan münasebetinden ve/veya eşit oranda muhtemel olduğu üzere "Cenova'daki bir erkek genelevinden kapmış olabileceğinin düşünüldüğünü" öne sürmektedir. Köhler ayrıca, Nietzsche'nin Paul Rée ile arkadaşlığın yanında romantik bir ilişki de yaşamış olabileceği ihtimali üzerinde duruyor. Köhler'in görüşleri, Nietzsche araştırmacılarının ve anlatıcılarının arasında fazla kabul görmedi. "The Journal of Modern History" adlı kitabında Allan Megill, "Köhler, Nietzsche'nin homoseksüel arzularla yüzleşmiş bir adam olduğu iddiasının kolayca reddedilemeyeceğini tespit etmiştir." diyor, fakat "kanıtın çok az olduğunu" da ekliyor. Diğer kişilerse Nietzsche'nin felsefesini anlamada Köhler'in cinsellik tabanlı yorumunun fayda sağlamayacağını savunuyorlar.

Üstinsan sözcüğünü ilk olarak teolog ve yazar Heinrich Müller, 17. yüzyılda yazdığı "Geistlichen Erquickstunden" adlı eserinde kullanmıştır.
Nietzsche, üstinsanın tüm evrenin amacı ve sebebi olduğunu ileri sürmekted