gayet iyi tanıyan Darüsaade Ağası Mustafa Ağa'nın Mustafa'nın akıl dengesinin yerinde olmadığına devlet ricalini uyarmıştı.

Sultan Ahmed'in oğullarından en büyük şehzade Osman daha 13 yaşında idi; ama I. Ahmet tahta çıktığında 14 yaşında idi. I. Mustafa devlet meseleleri ile ilgilenmediğini ifade ederek saltanatı kabul etmediyse de bu hal, devlet erkânı tarafından göz önüne alınmadı. Kösem Sultan eşi vefat ettiğinden ikbalden düştü ve Safiye Sultan'ın yanına Eski Saray'a yollandı. I. Mustafa deli bir padişah olduğundan bir süre sonra devlet içerisinde kabul görmemeye başladı. Yazılıp gönderilen emirler bile başkası tarafından yazıldığı anlaşılacak şekilde oluyordu. Eğitimi de eksik olan padişah I. Mustafa devlet işleri ile de ilgilenmeyince tahttan hâl edildi. Nitekim tahta çıktıktan 96 gün sonra 26 Şubat 1618 günü tahttan indirildi, yerine Kösem Sultan'ın kocasının başka bir kadından olma oğlu II. Osman geçti.

Fakat II. Osman yaşı çok genç olmakla birlikte Kösem Sultan'ın devlet işlerine çok karışmasından rahatsız oldu. Bu yüzden Kösem Sultan'ı Eski Saray'da siyasetten uzak tutmaya çalışmıştır. Ancak kendisini büyüten Kösem Sultan'ı da ihmal etmemiş ve daima saygı duymuştur. Örneğin, Genç Osman Kösem Sultan'ı Eski Saray'da üç gün ziyaret etmişti.

Genç Osman, iktidarının üçüncü yılında Lehistan seferine çıkarken, kendisinin yokluğunda herhangi bir oldubitti olasılığını engellemek için, altı kardeşinden en büyüğü olan Şehzade Mehmed’i yaklaşık 16 yaşında iken boğdurttu. En büyük şehzadesi olan Şehzade Mehmet'in II. Osman tarafından idam ettirilmesinden sonra Kösem Sultan genç padişaha düşman olmuştur. Tahttan indirilen I. Mustafa'nın annesi Halime Valide Sultan oldukça hırslı bir kadındı ve Kösem Sultan zamanında oğlunun öldürülmesine engel olduğundan iyi anlaşıyordu. İkisi de Eski Saray'da bulunduklarından iletişimleri oldukça iyiydi.

Halime Sultan oğlu Mustafa'yı tahta çıkarabilmek için damadı Kara Davut Paşa ile ittifak kurmuştu. Hotin Savaşı'ından istediği sonucu alamadan dönen II. Osman ise Anadolu'ya geçerek Mısır Ordusu'na benzer bir ordu kurmanın hayaliyle yaşıyordu. Bunun için tek çıkar yolun hacca gitmek olduğunu düşünen padişah bu sırrı iyi saklayamayınca birçok kişiye gün doğdu. Padişah otağının Üsküdar'a kurulacağı günden bir gün önce, yeniçeriler Süleymaniye'de toplandılar. Ayaklanan yeniçeriler saraya girip bazı devlet adamlarını öldürdüler.

Yeniçeri ve sipahileri ikna etmek isteyen Sultan Genç Osman, yeniçeri ağalarını merhamete getirmeye çalıştı. Ancak bunda başarılı olamadı. Nihayet yenilik taraftarı olmayanların tahrikleri neticesinde isyan eden yeniçerilerin 19 Mayıs 1622’de II. Osman’ı tahttan indirmeleri, Sultan Mustafa’nın yeniden ikinci defa tahta çıkmasına yol açtı. Çıkan isyanda Genç Osman Yedikule Zindanları'nda boğduruldu ve burnu ile kulağı koparılarak öldürüldüğüne inanması için Halime Sultan'a getirildi. Asiler tekrar Şehzade Mustafa'yı tahta çıkardılar.

II. Osman'ın öldürülmesi nedeniyle Anadolu'da ayaklanmalar çıkmıştı. Tımarlı sipahiler, İstanbul'daki kapı kulları aleyhine eyleme geçmişlerdi. Bunlar asi yeniçerileri ve kapıkulu sipahilerini kaygılandırmaya başladı ve aklanmak için çeşitli taşkınlıklarda bulunmaya başladılar. 31 Aralık 1622'de sipahiler II. Osman'ın kan davası ile ayaklandılar. Ocak ayının ilk haftası boyunca Divanhane önüne gelip gürültülü eylemlerde bulunup II. Osman katillerinin cezalandırılmasını istediler. Kara Davut Paşa, II. Osman'ın katlinde rol oynamış olan diğer yakalananlardan vezir Derviş Paşa, Kalender Uğrusu ve Meydan Bey 8 Ocak'ta idam edildiler.

I. Mustafa, Kara Davut Paşa’yı azlettirip öldürttü ise de isyanlar durmadı. İstanbul’daki karışıklıklar ve Anadolu’da meydana gelen isyanlar, Osmanlı Devleti’nin başında devlet işlerinden anlayan ve bunu yapmak isteyen bir padişahın bulunmasını gerekli kılıyordu. Sultan I. Mustafa, akıl sağlığı bozuk olduğu için hiçbir kadını yatağına yaklaştırmamış ve çocuğu da olmamıştır. I. Mustafa 1.5 yıl daha hüküm sürdükten sonra akıl sağlığı bozuk olduğu için 10 Eylül 1623 tarihinde şeyhülislam Zekeriyazade Yahya Efendi'ın fetvası ile akli dengesi yerinde olmayan kişinin halife olamayacağı gerekçesi ile tekrar tahttan indirildi.

Mustafa'nın da tekrar tahttan indirilmesi üzerine Şeyhülislâm Yahya Efendi ve devlet erkânı, I. Mustafa’nın yerine nihayet kendi oğlu IV. Murad'ın geçmesi konusunda karara vardı. Kösem Sultan Valide Sultan olarak Eski Saray'dan Topkapı Sarayı’na yerleşti. IV. Murad tahta çıktığında sadece 11 yaşındaydı ve Kösem Sultan artık oğlu adına devleti büyük ölçüde yönetmeye başladı. Kösem Sultan’ın saltanatı, IV. Murad’ın idareyi tam olarak ele almasına kadar sürmüştür.

Yeniçeriler, üst üste aldıkları cülus bahşişi münasebetiyle Sultan IV. Murad'ın taht-i saltanata iclasında bahşiş istemeye­ceklerine dair söz verdikleri halde, az bir müddet sonra «cü­lus isterük» diye ısrar ettiler. İki milyon Osmanlı altını bulan meblağ saraydaki altın tabakalar ve tepsiler eritilerek karşı­landı.
Sadrazam Kemankeş Ali Paşa, Şeyhülislâm Yahya Efendi'yi görevinden azlettirdi. Yeni gelen zât, Genç Osman'ın kayınpederi, Şeyhülislâmoğlu Şeyhü­lislâm Esad Efendi idi.

IV. Murat tahta geçtikten sonra hızlı bir eğitime tabi tutuldu. Kösem Sultan, oğulları ve torunu dönemlerinde ise, otuz yıla yakın devletin fiili ve idari gücünü bizzat elinde bulundurmuş ve oynadığı siyasi satrançlar ile imparatorluk üzerinde iktidar sahibi olmak isteyen devlet adamlarını bertaraf etmiştir. Genç padişah ise kendisine eğitime olumlu tepkiler verecek ve ileride sahip olduğu entelektüel bir birikimle kendinden söz ettirecektir. Bu süre içerisinde padişah adına annesi Kösem Sultan "saltanat naibesi" adıyla devleti yönetmek zorunda kaldı. Padişah adına devleti annesinin yönetecek olması Osmanlı tarihinde bir ilktir. Bu süre içinde imparatorluk anarşiye ve büyük iç karışıklıklara sürüklendi. IV. Murad tahta geçmeden önceki son altı yılda üç kez culus bahşişi de verildiğinden hazine neredeyse tamamen boşalmıştı.

Kösem Sultan akıllı hamleler yaparak birçok devlet adamını değiştirmiş ve bir kişinin devlet üzerine hakim olmasını önlemiştir. Kösem Sultan Anadolu'daki isyanları bastırmak için birçok girişimde bulunmuş ve en dikkat çekici olan Abaza Mehmet Paşa isyanı son bulmuştur. Kendisi anarşi döneminde ülkeyi toparlama konusunda yoğun bir çaba sarf etti. Kösem Sultan, yaklaşık 10 yıllık saltanatı boyunca 8 veziriazam, 9 defterdar değiştirmiştir.

Safeviler, Irak'ı ele geçirdi, Bağdat başta olmak üzere birçok yerde sünniler kılıçtan geçirildi. Safevi orduları Mardin'e kadar ilerledi. Orta Doğu'daki sünni - şii dengesi bozuldu. Kırım, Yemen, Lübnan ve Mısır'da ciddi isyanlar çıktı. Abaza Mehmet Paşa, Doğu Anadolu'da iki kez isyan çıkardı. Askerlere verilen maaşlar arttırılırken, vergi sistemi bozulduğundan gelirlerde azalma görüldü. Kuzey Anadolu'da işlevsizleşen Tımar Sistemi ve buna bağlı artan yolsuzlukları öne süren halk isyan başlattı.

Safevilere karşı yürüttüğü seferde başarısız olan Sadrazam Hüsrev Paşa'nın azli üzerine 1632 yılında Yeniçeriler sarayı basarak sadrazam ile 17 devlet yöneticisinin kellesini istedi. Yeni Sadrazam Hafız Paşa yeniçerilerce öldürdü, birçok devlet adamının evi yağmalandı. İkinci bir isyana kalkışarak padişaha güvenmediklerini söyleyen yeniçeriler, ileride padişah olacak şehzadelerin hayatlarından şüphe ettiklerini, sağ olduklarının bir ispatı olarak şehzadelerin kendilerine gösterilmesini hatta bazı şehzadelerin Yeniçeri Ocağında kendi himayelerinde kalması gerektiğini söylemişlerdir. Padişah, şeyhülislam ve veziriazamın kefil olması ile yeniçerileri bu isteklerinden vazgeçirmiştir. Asilerin ayak divanına çıkartıp yaptıkları pazarlıklarla genç padişahı zor durumda bırakması, acizliği, yaşı itibarıyla sürekli küçümsenmesi ve annesinin himayesinde kaldığı düşüncesi onun ilerde sert bir mizaca bürünmesine neden olmuştur.

Bunun yanında Kösem Sultan muhtaçlar için aşevleri açtı, hayır kurumları yaptırdı, borçları yüzünden hapishaneye düşmüş olan mahkûmların borçlarını ödeyerek onları hapisten kurtardı ve fakir kızların çeyizlerini düzerek onları evlendirdi. Bu icraatleri ilk döneminde toplum ve bürokrasi çevrelerinde takdir görmüştür.

Zamanla Sultan IV. Murad olgunlaşarak annesinin faaliyetlerini bir ölçüde engellemeye başladı. Ne var ki; çocukluğundan beri annesinin telkinleri etkisinde kalan IV. Murad, çoğu zaman annesinin fikirlerini önemsemeye devam etti. IV. Murat kendini yeterince güçlü ve idareyi ele alacak kabiliyet ve tecrübede hissedince Yeniçeriler'i merasim için Sultan Ahmet Meydanı'nda topladığı, beklemekten canı sıkılan bir yeniçeri subayının disiplinsiz bir şekilde, padişah geçerken yaşı ile alaya varan sözler sarfetmesi üzerine kılıcı ile tek hamlede hem yeniçeriyi hem de atını ikiye böldüğü anlatılır. Bu olaydan sonra hemen Yeniçeri Ocağı'nda düzenlemeye gitmiş ve ocak içerisindeki kimi subayları halletmiş, kimine de boyun eğdirmiştir.

Yeniçeriler Kösem Sultan'ın kızı Ayşe Sultan'ın kocası Hafız Ahmed Paşa'yı öldürdüğünde ve padişaha zorla sadrazamlığa getirten Kösem Sultan'ın diğer kızı Gevherhan Sultan'ın kocası Topal Recep Paşa üstüne, IV. Murad ilk Hüsrev Paşa'nın kellesine aldı ve daha sonra Recep Paşa'y 18 Mayıs 1632 senesinde idam etti, böylece mutlak saltanatı gösterdi.

Sadrazam Topal Recep paşa daima zorbalardan birkaç ki­şiyi yanına alarak Dîvan'a gelirdi. Son ihtilalden iki ay kadar sonra bir gün Dîvan'a mutadı veçhile yanındaki zorbalarla gelen sadrazam onları dış kapıda bırakıp padişahın huzuruna varıp etek öpmeğe durduğunda 4. Murad birdenbire parladı: «Gel bre Toplazorbabaşı.» Recep paşa şaşırdı, ve aman padi­şahım biz sadece sizin kulunuzuz, bütün gayretimiz hizmeti­nizde olmaktır diye dil dökmeye başlayınca «Bre abdest al» hitabı Recep paşanın dilinin tutulmasına, ayaklarının tutma­masına yerlerde sürünmesine sebeb oldu. Padişah «Tiz kafa­sını kesin» dediğinde cellat orda hazır olmadığı için bostancı­lar hemen kement atarak Damad Topal Recep paşanın hayat defterini dürüv