iye Bakanlığı'na ise Şimşek'le uzun süredir beraber çalışan Naci Ağbal tekrar atandı. Yıldırım Ulaştırma, Denizcilik ve Haberleşme Bakanlığı görevini Marmaray gibi birçok büyük projede beraber çalıştığı AK Parti Kars milletvekili Ahmet Arslan'a devretti.

2016 Türkiye askerî darbe girişimi sonrası Türk lirası, Amerikan doları karşısında değer kaybetti. Girişimin öncesinde 2,88 civarında seyreden kur darbe bildirisinin yayınlanması ve Yıldırım'ın ilk açıklaması sonrası 3,05 seviyesine kadar çıkarak son iki ayın en büyük değer kaybını yaşadı. Ayrıca Euro karşısında da %5'lik değer kaybı yaşandı. Girişimin bastırıldığına dair açıklamaların gelmesinden sonra değer kazanmaya başlayan Türk lirası 18 Temmuz Pazartesi günü ABD doları karşısında 2,95 seviyesinden işlem görmeye başladı. Türkiye Cumhuriyet Merkez Bankasının (TCMB) faiz indirimi baskısı, soruşturmalar sırasında açığa alınmalar ve tasfiyelerin artmasıyla birlikte 20 Temmuz Çarşamba günü kur yeniden yükselişe geçerek ABD doları 3,06, euro 3,34, İngiliz sterlini ise 3,97 seviyesine kadar çıktı. Darbe girişimi öncesinde kapanan Borsa İstanbul (BİST), darbe girişimi sonrası haftanın ilk gününü %7,08 düşüşle 76.957 puandan kapayarak son on bir ayın en sert düşüşünü yaşadı. Uluslararası kredi derecelendirme kuruluşu Moody's Türkiye’nin kredi notunu yatırım yapılabilir seviye olan 'Baa3'ten, bir basamak aşağı 'Ba1' seviyesine düşürdü. Moody's Türkiye’nin not görünümünü “durağan” olarak belirledi ve Türkiye’de finansal ve jeopolitik durumun kırılgan olduğu belirtti.

65. Türkiye Hükümeti'ni 24 Mayıs 2016 tarihinde kurarak Başbakan olduktan kısa bir süre sonra Binali Yıldırım, Türkiye Büyük Millet Meclisi'nde (TBMM) hükümet programını okurken yeni Hükümet'in öncelikli konusunun yeni anayasa başkanlık sistemi de dahil olmak üzere yeni yönetim sistemini belirleyecek değişikliğin olduğunu ve yeni anayasayı gerçekleştirmek için çalışmalara hemen başlanacağını açıkladı. Ayrıca 12 Eylül Darbesi sırasında yazılmış mevcut anayasayla 2023 Hedeflerine ulaşamayacağını belirterek tüm muhalefet partilerine yeni anayasa çağrısı yaptı.

Milliyetçi Hareket Partisi (MHP) Genel Başkanı Devlet Bahçeli, partisinin parlamenter sistemden yana olduğunu fakat Başkanlık sisteminin referanduma götürülmesinde herhangi bir sakınca duymadığını bildirdi. Yıldırım, Türkiye'nin fiili durumu hukuki durum haline getirmek mecburiyetinde olduğunu ve Başkanlık sisteminini içeren anayasa teklifini kısa süre içerisinde Türkiye Büyük Millet Meclisi'ne getireceklerini belirtti.

15 Temmuz 2016 tarihinde Türk Silahlı Kuvvetleri bünyesinde kendilerini Yurtta Sulh Konseyi olarak tanımlayan bir grup asker tarafından askerî darbe girişimi gerçekleştirildi. Erdoğan, CNN Türk kanalında telefon ile gerçekleştirdiği görüntülü konuşmada darbecilere hiçbir şekilde imkan tanınmayacağını ifade ederek halkı darbeye tepki göstermek için sokağa çıkmaya davet etti. Çağrının ardından, Türkiye'nin birçok ilinde darbe karşıtı protesto gösterileri düzenlendi. 16 Temmuz sabahı, darbe girişimi bastırıldı ve askerler silahları ile birlikte teslim oldu. Darbe girişiminin bastırılması sonrası Binali Yıldırım, Amerika Birleşik Devletleri Başkanı Barack Obama'ya seslenerek Fethullah Gülen'in terör örgütü lideri sıfatıyla Türkiye'ye iade edilmesi çağrısında bulundu. 20 Temmuz 2016 tarihinde Millî Güvenlik Kurulu (MGK) önerisi ve Bakanlar Kurulu kararı ile üç ay süreli olağanüstü hâl ilân edildi. 29 Ekim 2016 tarihinde Cumhurbaşkanı Erdoğan başkanlığında toplanan Olağan Mill Güvenlik Kurulu toplantısı sonrası olağanüstü hal 3 ay daha uzatılmıştır.

Başbakanlık görevini almasından kısa bir süre sonra Binali Yıldırım, yeni hükümetin nasıl bir dış politika izleyeceğini değerlendirdi. 'Düşmanları azaltacağız, dostlarımızın sayısını artıracağız.' sözü yeni dönemde Türk dış politikasında önemli adımlar atılacağı şeklinde yorumlandı. Bazı yerel yorumcular Yıldırım'ın dış politikada bir 'revizyon' gerçekleştireceğini iddia ettiler.

Yıldırım'ın AK Parti Genel Başkanı seçilmesi ve yeni hükümeti kurma görevini almasının ardından Avrupa Birliği (AB), 23 Mayıs 2016 tarihinde yayınladığı bir bildiride Yıldırım'ı tebrik ettiklerini, Ortak bölgesel ve uluslararası zorluklar karşısında beraber çalışmak ve 18 Mart AB-Türkiye anlaşmasında mutabık kalındığı üzere AB-Türkiye ortaklığının tüm yönleriyle gerçekleştirmeye devam etmeyi istediklerini açıklamıştır. Yıldırım, Türkiye'nin Avrupa Birliği üyeliği için tüm şartlarını yerine getirdiğini belirmiştir. Ayrıca Türkiye'nin Avrupa Birliği'ne üyelik sürecinde çifte standart uyguladığını savunmuştur.

4 Kasım 2016 tarihinde aralarında Selahattin Demirtaş'ın da yer aldığı 9 Halkların Demokratik Partisi (HDP) milletvekilinin terör eylemlerini destekleme suçlamasıyla tutuklanmasının ardından Avrupa Birliği yaptığı açıklamada, HDP eş genel başkanları Figen Yüksekdağ ve Selahattin Demirtaş'ın güven duydukları muhataplar olduğunu söylemiş, tutuklanmalarının endişe verici olduğunu bildirmiştir. Türkiye Dışişleri bakanı Mevlüt Çavuşoğlu, bu eleştirilere yanıt olarak çoğu AB ülkelesinin PKK'ya destek olduğunu belirterek, AB'nin Türkiye'ye 'demokrasi dersi' vermesini kabul etmediklerini açıklamıştır. Bazı uluslararası yorumcular Türkiye'nin AB'ye üyelik sürecinin durdurulması gerektiğini iddia etmişlerdir. Avrupa Parlamentosu (EP) Başkanı Martin Schulz, Türkiye'de idam cezası tekrar getirilirse müzakerelerin sona ereceğeni belirtmiştir.

2 Haziran 2016 tarihinde Almanya Federal Meclisi'nde Hristiyan Demokrat Birliği (CDU), Almanya Sosyal Demokrat Partisi (SDP) ve Yeşiller Partisi tarafından hazırlanan ve meclise gelene kadar içeriği gizli tutulan 1915 yılında Osmanlı İmparatorluğu tarafından günümüzdeki Türkiye topraklarında Ermeni tebaaya yönelik yapılan eylemleri 'Soyırım' olarak tanımlayan tasarı önergesi oy çokluğuyla kabul edilmiştir. Başbakan Yıldırım, oylamadan önce Almanya Şansölyesi Angela Merkel'i uyarmış, oylama sırasında Almanya'nın gerçek bir dostluk testinden geçtiğini iddia etmiştir. Ayrıca tasarının 'akıldışı' olduğunu ifade ederek kabulü halinde Almanya-Türkiye arasındaki bütün ilişkilerin zedeleneceğini belirtmiştir.

Tasarının kabulü üzerine Türkiye hükümeti (Ermeni kırımını soykırım olarak tanıyan önceki 29 ülkeye karşı aldığı önlemlerin benzerini alarak) öncelikle Almanya'daki Türkiye Büyükelçisi Hüseyin Avni Karslıoğlu'nu Berlin'den Türkiye'ye geri çağırdı. Ayrıca Almanya'nın Ankara'daki Büyükelçisi Dışişleri Bakanlığı'na çağrılarak Almanya Federal Parlamento'sunun kararını kınayan ve “tarihi olaylara siyasetçiler değil, tarihçiler karar vermeli” tezini yeniden ortaya koyan bir Diplomatik nota verildi. Almanya'nın, Türkiye'nin başta savunma ve sanayi olmak üzere stratejik alanlarda işbirliği yapmayacağı ülkeleri kapsayan 'kırmızı listesine' alınacağı açıklandı.

Başbakan Yıldırım, kararın kabul edilmesinin ardından yaptığı açıklamada Türklerin tarihinde utanç duyulacak hiçbir olayın bulunmadığını iddia etti. Ayrıca 'hatalı' bir karar olduğunu belirterek Türkiye tarafından kabul etmeyeceğini ifade etti. Başbakan Yardımcısı Numan Kurtulmuş, olayların 'çarpıtılmış ve mesnetsiz' olduğunu iddia ederek 'soykırım' olarak kabullenilmesini tarihi bir hata olarak nitelemiş ve Türkiye-Almanya ilişkileri için uyumsuz bir karar olduğunu ifade etmiştir. Oylama sonrası Merkel, Türkiye ve Almanya arasındaki ilişkinin güçlü olduğunu tekrarlamıştır.

Yeni Hükümetin programını açıklarken Başbakan Binali Yıldırım, Rusya ile ilişkilerin karşılıklı diyalog kanallarını açık tutarak normalleştirme ve asgari müştereklerde buluşarak ortak menfaatler temelinde geliştirme yönündeki iradenin sürdürüleceğini ifade etti. 24 Kasım 2015 sınır ihlali gerçekleştiren Rus Su-24 uçağının Türk Hava Kuvvetleri tarafından düşürülmesi olayının ardından Türkiye ve Rusya arasında gerek siyasi gerek ekonomik olarak ciddi bir gerilim yaşanmıştı. 65. Türkiye Hükümeti'nin başlıca dış politika hedefleri arasında Rusya ile ekonomik ilişkilerin normalleşmesini sağlamak yer aldı. Yıldırım'ın Başbakanlık görevine başlamasının ardından Rusya Parlamentosunun üst kanadı Federasyon Konseyi Dış İlişkiler Komitesi Başkan Yardımcısı Vladimir Cabarov, Türkiye'de Hükümetin değişmesiyle pratikte hiçbir şeyin değişmeyeceğini iddia ederek Türkiye-Rusya ilişkilerinde olumlu bir değişimin yaşanmayacağını ifade etti.

Haziran 2016 tarihinde Rusya Devlet Başkanlığı Basın Sekreteri ve Sözcüsü Dmitri Peskov, Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan'ın Rusya Devlet Başkanı Vladimir Putin'e yazdığı mektupta Rus Sukhoi Su-24 uçağının düşürülmesi olayında ölen pilotun ailesine başsağlığı mesajı verdiğini belirterek 'af dilediğini' iddia etti. Yıldırım, Rusya ile yaşanan anlaşmazlığın çözüme ulaştığını, sadece üzüntülerini bildirdiklerini ve 6 ayda yaşananları yaşanmamış gibi kabul edeceklerini söyledi. Bu açıklamaların ardından Putin, Hükümetine Türkiye ile karşılıklı ticari anlaşmaları iyileştirmek üzere görüşmelere başlamaları talimatı verdi. Ayrıca Rus turistlerin Türkiye’ye gelmesini engelleyen seyahat kısıtlamalarını da kaldırma kararı aldı.

Muhammed Mursi'nin 2012 yılından beri sürdürdüğü Mısır cumhurbaşkanlığı görevine el konulduğu 2013 Mısır askerî darbesinin ardından iki ülke arasındaki ilişkilerin gerginleşmesi ve iki ülkenin diplomatik ilişkilerinin maslahatgüzar seviyesine gerilemesi ile ilgili olarak Başbakan Yıldırım, Türkiye'nin Akdeniz ve Karadeniz'de yer alan ülkelerle ilişkilerini geliştirmesini gerektiğini savunarak Mısır-Türkiye ilişkilerini geliştirmekten yana olduklarını belirtmiştir.

Yıldırım, Beşşar Esad'ın Suriye'yi yönettiği sürece Suriye-Türkiye ilişkilerinin normalleşmeyeceğini ve Irak ve Şam İslam Devleti'nin (IŞİD) Esad rejiminin tutumu sonucu ortaya çıktığını ifade etmiştir.

31 Mart 2010 tarihinde Gazze'ye insani yardım taşıyan altı gemiye Akdeniz'de İsrail Savunma Kuvvetleri tarafından gemilerde bulunan aktivistlerden bir kısmının öldürülmesi, bir kısmının yaralanması ve gemilerin yolcularıyla birlikte rehin alınması ile sonuçlanan olayın