farklı gemi denize açılmış olduğundan dolayı öldürülmekten kurtuldu.1638 yılında ise dönemin etkili isimleriyle anlaşmazlık yaşayan Osmanlı hekimbaşı Emir Çelebi, hakkında afyon kullandığı söylenerek IV. Murad'a ihbar edilir. Bunun üzerine IV. Murad'ın bir satranç oyunu sırasında Emir Çelebi'ye zorla fazla miktarda afyon yutturması üzerine Emir Çelebi zehirlenerek ölür.

Hafız Ahmed Paşa'nın isyancılarca öldürülmesi

1631 yılında Hüsrev Paşa'nın yerine ikinci defa sadrazamlığa getirilen Hafız Ahmed Paşa, ilk iş olarak bulundukları yerlerde rahatsızlığa neden olan serbest durumdaki askerleri İstanbul'a getirtmeye çalıştı. Bu sebeple devlet erkanının davet edildiği bir toplantı yapılarak konu görüşüldü ve alınan karar gereği davet mektupları yazılarak askerler İstanbul'a çağırıldı. Böylelikle çok kalabalık bir asker topluluğu İstanbul'da birikmiş oldu. Hafız Ahmed Paşa'nın makamına göz diken Topal Recep Paşa ise İstanbul'a gelenlerle temas kurarak Hafız Ahmed Paşa'yı onların hedefi haline getirmeye uğraştı. Şubat 1632'de kışkırtmaların sonucu öfkeli sipahiler At Meydanı'nda ayaklanarak Hüsrev Paşa'nın azline neden olanları IV. Murad'dan istediklerini beyan ettiler. Bu olaylar sırasında İstanbul'daki dükkânlar, çarşılar kapandı ve insanlar kapılarını kapatarak evlerine çekildi. Ayaklanan askerleri durduracak bir güç bulunmadığından herkes ne yapacağını şaşırmıştı.

Nihayet ayaklananlara sonraki gün bir yanıt verileceği duyuruldu. Hafız Ahmed Paşa da başına geleceklerden çekinmeyerek yola koyuldu. Saray kapısının önü koynu ve cebi taşlarla dolu olan sipahilerce tutulmuştu. At üzerinde geçerken kendilerine selam veren Hafız Ahmed Paşa'ya içlerinden biri taş atınca diğerleri de ona uyarak Hafız Ahmed Paşa'yı taş yağmuruna tutup atından düşürdüler. Paşa'nın muhafızları derhal onu kaldırarak Babıhümayun'dan geçirip bir odaya kaçırdılar. Paşa'yı koruyanlardan birinin göğsüne hançer saplayıp öldürdüler. IV. Murad'ın huzuruna çıkan sadrazam Hafız Ahmed Paşa, mühri hümayunu eliyle teslim ederek sadrazamlıktan çekildi. IV. Murad ise ona kaçıp saklanmasını söyleyince kıyafet değiştirip kayığa binerek Üsküdar tarafına geçti.

Babüssaade önünde ayak divanı isteyen isyancı askerlere karşı Enderun halkını silahlandıran IV. Murad ne istediklerini sordu. Verdikleri listedekileri öldürmek isteyen isyancılar, IV. Murad'a doğru hamlede bulununca padişah hızla geri çekilerek içeri girdi. Sarayda bulunan Recep Paşa, Hafız Ahmed Paşa'nın geri getirtilmesini tavsiye etti. Hafız Ahmed Paşa gelince padişah ikinci kez ayak divanına çıktı ancak kalabalık isteğinden vazgeçmiyordu. Hafız Ahmed Paşa da bunun üzerine, "Padişahım! Hezar Hafız kulun yoluna fedadır ancak ricam budur, beni sen öldürtme, ko, bunlar öldürsün, şehit olayım!" diyerek isyancılara doğru yürüyüp gitti. Hafız Ahmed Paşa pala ve kılıç darbeleriyle öldürüldü.

Mevlevi şeyhi Ebubekir Çelebi'nin sürgün edilişi

Revan seferine giderken Mevlevi postinişin (şeyhi) Ebubekir Çelebi ile de görüşen IV. Murad, ona iltifatta bulunup tekkesi için ödenek verdi. Padişahın yakınlığını kazanan Ebubekir Çelebi, bu sayede çevresinde daha güçlü ve sözü geçer bir hale geldi. Konya’daki hükümet adamları ve kadılar ona başvurmadan bir iş göremez oldular. Bu durumundan rahatsız olanlar da IV. Murad Konya’ya tekrar geldiğinde şikayette bulundular. IV. Murad şikayetler dolayısıyla Ebubekir Çelebi’nin öldürülmesini emrettiyse de araya giren bazı kimselerin ricası üzerine Ebubekir Çelebi'yi bağışlayıp sürgüne gönderdi.

Nakşibendi şeyhi Mahmud Urmevi'nin öldürülmesi

IV. Murad döneminin etkili Nakşibendi şeyhlerinden biri olan Mahmud Urmevi, IV. Murad'ın emri üzerine idam edilmiştir. Mahmud Urmevi'nin 40.000 kadar müridinin bulunduğu kaynaklarda yer alır. "Rumiyye şeyhi" olarak da bilinen Mahmud Urmevi, Evliya Çelebi'nin Seyahatnamesi'nde şöyle geçer: ""Murad Han Diyarbakır'a geldiğinde Kimyacı Maanoğlu kızını ve Rumiyye şeyhi Aziz hazretlerini bir günde şehit edip İstanbul'a hicri 1048 tarihinde girdi ve yedi gün yedi gece şenlikler oldu.""

Sakarya Şeyhi'nin cezalandırılması

Ilgın'da "Sakarya Şeyhi" diye tanınan Ahmed isminde bir şeyh mehdiliğini ilan ederek kendine inandırdığı köylüleri etrafında toplamıştı. İnsanlar para ve adaklarını ona veriyor, onun için canlarını vereceklerini söylüyorlardı. Durdurulması için üzerine asker gönderildiğini haber alan Sakarya Şeyhi, yaklaşık sekiz bin kişiyi toplayıp çarpışmaya karşı hazır bulundu. IV. Murad’ın Sakarya Şeyhi’nin üzerine yollattığı askeri kuvvet yenilince üç bin kişilik ek bir kuvvet daha gönderildi. Ancak bu kuvvet de mehdi olduğunu iddia eden Sakarya Şeyhi Ahmed'i ele geçiremeyince, anlaşmaya varılan bir yerli sayesinde baskınla yakalandı. IV. Murad'ın huzuruna çıkarılan şeyh, padişah tarafından azalarlandı. Parmakları kesilen Sakarya Şeyhi başında siyah bir sarık ile çıplak bırakılıp eşeğe bindirilerek teşhir edildikten sonra burnu, kulağı, elleri ve ayakları kesildi. Böylelikle Sakarya Şeyhi orada can verdi.

IV. Murad'ın devrinde Nef'i, Hezarfen Ahmet Çelebi, Lagari Hasan Çelebi, Bekri Mustafa, Evliya Çelebi, Şeyhülislam Yahya gibi kişiler yaşamıştır. Şair Nef'i hicivleriyle ünlü divan şairidir, döneminin devlet adamlarını çarpık düzenini hicvetmektedir. Bazen hicivleri yüzünden başı derde giren Nef'i padişah tarafından defalarca uyarılmıştır, ancak padişaha söz vermesine rağmen hiciv yazmaya devam edip Vezir Bayram Paşa hakkında hiciv kaleme alınca IV. Murad'ın emriyle 1635 yılında boğdurularak idam edilmiştir.

Hezarfen Ahmet Çelebi ve Lagari Hasan Çelebi'nin uçuş denemeleri bu dönemin en dikkat çeken bilimsel gelişmeleri olmuştur. Sultan IV. Murad'ın izni ve bilgisi dahilinde önce Hezarfen Ahmet Çelebi kendi yaptığı dev kanatlarla Galata Kulesi'nden Üsküdar'daki Doğancılar meydanına bir uçuş gerçekleştirmiştir. Bu uçuşun Galata Kulesi'nden Kız Kulesi'ne yapılması planlanmışsa da rüzgar uçuş rotasını etkilemiştir. Bu uçuş zannedildiği gibi padişaha rağmen değil bizzat padişahın da (Bağdat Köşkü'nün bulunduğu yerden) seyrettiği planlı bir faaliyettir ve uçuşun ardından Hezarfen yine padişah tarafından takdir ve yeni çalışmalar için destek görmüştür. Uçuş dünya havacılık tarihi açısından önemli bir yere sahiptir. Eğer gerçekliği genel kabul görürse Hezarfen o güne kadar gökyüzünde en uzun süre kalan, süzülen ve uçan ilk havacıdır. Dahası uçuşu kıtalararası ilk uçuştur. Ancak bugün yapılan bazı bilimsel çalışmalar Hezarfen'in sadece süzülerek boğazın bir yakasından diğerine kadar uçabilmesini şüpheli görür. Hem Galata Kulesi'nin yüksekliği hem de boğazdaki mevcut hava akımı bu uçuşu zora sokmaktadır. Sadece süzülerek mi uçtuğu, birikimini nereden sağladığı, nerede ve nasıl çalıştığı ya da taktığı kanatların mahiyeti bugün tam olarak bilinememektedir. Ayrıca bu uçuşun Hezarfen'in ilk deneyimi olup olmadığı da tartışmalıdır. Bazı deneme uçuşları yapmış olması muhtemeldir. Kendisi hakkındaki bilgiler çok kısıtlıdır ve çoğu söylence ve dedikodudan ibarettir.

Hezarfen'e gösterilen bu ilgiden cesaret alan Lagari Hasan Çelebi de yine IV. Murad'ın izni ve denetiminde uçuş çalışmaları için destek görmüştür. En önemli ve kayıtlara geçen uçuşu padişahın kızı Kaya Sultan'ın doğum günü ya da düğün merasiminde 1633 yılında Topkapı Sarayı'nda, bugünkü Sarayburnu'nda gerçekleşmiştir. Lagari kendi yaptığı ve içinde bulunduğu bir füze ile tüm davetlilerin gözü önünde gökyüzüne dikey olarak uçmuş ve barutu tükenmeye yakın da kendi yapımı olan bir paraşütle boğaza atlamıştır. Bu uçuşu da doğru kabul edersek Lagari Hasan Çelebi yerden gökyüzüne bu derece yükselmeyi başarabilen ilk insandır. Dahası füzeciliğin ve roketli uçuşun da babasıdır. Kendisi de padişahın desteğini almış olmasına rağmen sonraki dönemlerde sürgüne gönderilmiştir. İddialara göre bu ilk uçuş denemelerine sempatiyle yaklaşan Sultan IV. Murad, hem Hezarfen'den hem de Lagari'den tedirgin olmuş ve ikisini bir daha bir araya gelemeyecek şekilde İstanbul'dan uzaklaştırmıştır. Hezarfen Ahmet Çelebi Fizan'a (Tarablusgarb/Libya) Lagari Hasan Çelebi ise Kırım'a sürgün edilmiştir. Fakat padişahın bu iki bilim adamına ilk aşamada gösterdiği destek gözden kaçmakta ve sürgün nedenlerinin üzerinde durulmamaktadır. Denemelerinin boyutları ve rahatsızlık nedeni tam olarak bilinememektedir. İddialar göre padişaha bazı devlet adamlarının telkinlerde bulunduğu ve "Allah insanların uçmasını isteseydi onları zaten kanatlarıyla birlikte yaratırdı, bu kişiler Allah'a karşı gelmektedirler." diyerek etkiledikleri söylenir. Padişahın bu iki kişiden tedirgin olması ve onları iktidarına karşı bir tehdit olarak algılaması da tartışmalı bir konudur. Çünkü Hezarfen ve Lagari Hasan Çelebi'ler İstanbul'da bulunmakta ve denetim ve destek görerek çalışmaktadırlar. Bundan başka bazı tarihçiler bu iki denemeye de şüpheli yaklaşır. Nedeni kaynaklardan teyit edilemiyor olmasıdır. Abartılı üslubuyla dikkat çeken Evliya Çelebi'nin seyahatnamesi'nin bu derece önemli bir iddiayı referans almak için güvenilir bulanamamasıdır. Çünkü uçuşlarla ilgili tek kaynak Seyahatname'dir. Günümüzde bu olaylarla ve kişilerle ilgili yanlış bilinen birçok bilginin ve iddianın Seyahatname'de yer almadığı ve tamamen kurgudan ibaret olduğu unutulmamalıdır. Tarihçi Erhan Afyoncu ise Evliya Çelebi'nin güvenilir bir kaynak olduğunu iddia eder. Ona göre Seyahatname'deki birçok bilgi, anlatı devrin başka kaynaklarıyla örtüşmekteyken Lagari ve Hasan Çelebi'nin tamamen uydurma olarak değerlendirilmesini doğru ve samimi bulmaz. Ona göre bu iki bilim adamı ve uçuş denemeleri gerçek kabul edilmelidir.

Oldukça sert, disiplinli bir kişiliği olan IV. Murad, emirlerinin kesin olarak yerine getirilmesini bekler ve verdiği emirlerin uygulanışını takip ederdi. Emirlerine uyulup uyulmadığını tespit etmek için kıyafet değiştirerek halk arasında gezerdi. Kızdığı zaman kolaylıkla birini ölümle cezalandırabildiği için etrafındakilerin yanı sıra halk üzerinde de büyük bir korku yaratmıştı. IV. Murad bir gün Beşiktaş'tan geçerken öküz arabasıyla oradan geçen bir köylü nedeniy