ltan IV. Mustafa'nın 14 aylık saltanatı boyunca korku dolu günler geçirdi. İstanbul’dan sağ kurtulup kaçabilen Nizam-ı Cedidciler Rumelide yenilikçi ve III. Selim yanlısı olan Rusçuk ayanı Alemdar Mustafa Paşa’nın yanına sığınmışlardı. Tarihe Rusçuk yaranı diye geçen bu kişiler III. Selim’i tekrar tahta çıkarmaya karar vermişlerdi. Alemdar Mustafa Paşa 28 Temmuz 1808'de 15.000 kişilik ordusu ile Sultan III. Selim'i tahta çıkarmak için Topkapı Sarayına dayandığında, tahtta bulunan Sultan IV. Mustafa, Sultan III. Selim ve kardeşi Şehzade Mahmud'un ölüm emrini verdi. Haremdeki dairesinde feci şekilde öldürülen Sultan Selim'in cesedi Arz Odası'nın önünde bırakıldı ve Alemdar Mustafa Paşa sarayın Babüssade Kapısını kırdığında tahta çıkarmak için geldiği Sultan III. Selim'in cesedi ile karşılaştı. Bunun üzerine Şehzade Mahmud'un derhal bulunup getirilmesini emretti. O sırada haremde Şehzade Mahmut'u katletmek için cellatlar ile Şehzadenin hizmetkarları arasında çatışmalar yaşanıyordu. Şehzadenin maiyetindeki cariyelerden Cevri Kalfa'nın hamam külhanından aldığı bir kase külü katillerin yüzüne avuç avuç atmasıyla kazanılan zamanla ağalar Şehzade Mahmud’u damdan kaçırmayı akıl ettiler. Haremden kuşhane’nin damına geçen şehzade, kuşaklarla birbirine bağlanan iki merdivenle Baş İmam Hafız Ahmet Efendi ve arkadaşları tarafından Enderun avlusuna indirildi ve Alemdar Mustafa Paşa'nın bulunduğu yere getirildi. Oradan Hırka-i Saadet dairesine geçilerek Sultan II. Mahmud'a biat edildi. Sultan II. Mahmud tahtı borçlu olduğu Alemdar Mustafa Paşa'yı sadrazamlığa getirdi. Tahta çıktığı ilk gün Sultan III. Selim'in ölümüne sebep olanlar birer birer idam edildi ve o gün sarayın kapısında 33 kesik baş sergilendi. Ancak Sultan II. Mahmud, Alemdar Mustafa Paşa'nın ısrarına rağmen ağabeyi Sultan IV. Mustafa'yı öldürtmedi. Buna karşın Sultan IV. Mustafa, daha sonraları, 17 kasım 1808'de, yeniçeriler ile beraber tekrar tahta geçme planları yaptığı gerekçesiyle, şeyhülislam fetvası ile boğdurtulmuştur . Sultan II. Mahmut, hayatının kurtulmasını sağlayan Cevri kalfayı ise Hazinedarbaşılığına getirdi ve ona Çamlıca'da geniş arazi vererek, bir de köşk yaptırdı.

İstanbul’daki karışıklıklar ve güvensizlik nedeniyle Sultan Mahmut’un kılıç alayı uzun bir gecikmeden sonra 13 Eylül 1808’de yapıldı. O gün Topkapı Sarayı’ndan çıkılarak Seyf-i Nebevi’yi Silahdar Ağa alayın önünde taşırken Enderun müezzinleri tekbir getiriyor; Alemdarın seğmenleri de muhafızlık ediyordu. Sultan Mahmut, Eyüp Sultan’da Muhammed’in halifesi olduğu için ona izafe edilen kılıcı sağ tarafına atası Osman Gazi’nin kılıcını ise Osman oğullarının soy atası olması umut edildiği için sol tarafına kuşandı.

Sultan Mahmut ilk olarak tahta geçmesine yardımcı olan Alemdar Mustafa Paşa'ya geniş yetkiler vererek iç karışıklıklara ve devletin otoritesinin zayıflamasına neden olan ayanlar meselesinin çözülmesini istedi. Bunun üzerine 29 Eylül 1808'de İstanbul'da toplanan ayanlar ile hükümetin emirlerini yerine getireceklerine dair Sened-i İttifak'ı imzaladı. Bu olay padişahın ayanlar karşısında çaresiz durumda görülmesine yol açtığı için bu belgeler kısa bir süre sonra yok edildi. Amcası III. Selim'in yolundan ilerleyen Sultan Mahmut, Nizam-ı Cedid ordusunu Sekban-ı Cedid adıyla yeniden düzenledi. Sekban-ı Cedid'in giderek güçlenmesi ve aylıklarının fazla olması nedeniyle rahatsız olan Yeniçeriler ayaklandılar. Bu ayaklanmada Alemdar Mustafa Paşa hayatını kaybetti. İstanbul'da birçok yangının ve yağmanın başlaması üzerine 18 Kasım 1808'de Sekban-ı Cedid ocağı kaldırıldı.

Sultan Mahmud padişah olduğunda Ruslarla sınır muharebeleri devam ediyordu. 1810‘da Ruslar ikinci defa Silistre kalesini kuşatmışlardı. 1811‘de Napolyon Ruslara savaş açınca Osmanlı sınırındaki Rus baskısı azaldı, bir rahatlama oldu. Bu sıralarda Napolyon, Rusya seferine çıkmak üzereydi. Osmanlıya da Rusya’ya yürümesini teklif etti. Yalnız, İngiltere ve Osmanlı dışında bütün Avrupa’yı işgal etmiş olan Napolyon’un dönek siyaseti, «dünyanın merkezi olmaya ancak İstanbul lâyıktır» dediği biliniyordu. Napolyon asla güvenilip müttefik olarak kabul edilemezdi; Sultan Mahmut teklifi reddetti. Ruslarla 28 Mayıs 1812’de Bükreş anlaşması yapıldı. 8 Eylül 1812 tarihinde imzalanan Bükreş Antlaşması ile Rusya, Eflak ve Boğdan'dan ile birlikte işgal ettiği topraklardan çekilecek, Besarabya bölgesi ise Ruslar'da kalacaktı.

Sırp meselesini halletmek Sultan Mahmud için en hayati meselelerden biriydi. Sırplar 9 senedir isyan halinde idi. Bu isyanlar bir türlü bastırılamamıştı. Rumelideki 3. Ordu bunun için görevlendirildi. Hurşit Ahmet Paşa tertip ettiği 80 bin kişilik ordusuyla Niş’ten yürüyüşe geçerek Sırpların üzerine yürüdü. 30 Ekim 1813’te Hurşit Ahmet Paşa Belgrad’a girdi. Sırplar'ın eline geçen kaleler ve şehirlerin geri alınmasıyla isyan sona erdi. İsyanın lideri Kara Yorgi Avusturya’ya kaçmak zorunda kaldı.

Sultan II. Mahmud, Bükreş Antlaşmasının getirdiği barış ortamını fırsat bilerek tahta geçer geçmez imzalamak zorunda kaldığı Sened-i İttifak’ı, devlete başkaldıran ayanları ortadan kaldırmak için bir delil kabul etti. Alemdar’ın öldürülmesinden sonra Rumeli’de ve Anadolu’da ayanlar, başkenti hiçe sayarak hareketlerine devam ettiler. Sultan Mahmud Otoritesini imparatorluğun her tarafında geçirmek için bu ayanlara karşı esaslı bir harekete geçti. Bu doğrultuda yapılan çalışmalarla ayanlardan bir kısmı öldürüldü. Bazıları da sürüldü. Bütün bu ayaklanmalara ve iç harplere rağmen Rumeli’de ve Anadolu’da devlet otoritesini kurmak mümkün oldu.

1813 yılındaki Gülistan Antlaşması ile Kuzey Azerbaycan ve Kafkaslar'da Ruslara büyük ölçüde toprak kaptıran İran'daki Kaçar Hanedanı, bu toprak kayıplarını Osmanlılar'dan toprak alarak telafi etmek istediği için, Avrupalıların da kışkırtmalarıyla Bağdat ve Şehrizor bölgelerine saldırılar düzenledi. Sınır olaylarının ve saldırıların yoğunlaşması üzerine II. Mahmut, İran'a savaş ilan etti (1820).

İran orduları, Osmanlı idaresinden memnun olmayan, Doğu Anadolu'daki bazı İran (Kaçar) yanlısı aşiretlerin de yardımıyla Doğu Beyazıt ve Bitlis'i aldıktan sonra Erzurum ve Diyarbakır'a doğru iki koldan ilerlediler. Savaş Osmanlılar'ın aleyhine devam ederken İran Ordusunda büyük bir kolera salgını başladı. İran Ordusu'nun ağır kayıplar vermesi üzerine Kaçar hükümdarı Feth Ali Şah barış istedi ve Erzurum Antlaşması yapıldı. Bu antlaşmayla İran ele geçirdiği yerleri geri vererek eski sınırlarına çekilmeyi kabul etti.

1821 yılında Yunan âsilerin Mora’daki sivil Türkler’i kılıçtan geçirmeleri üzerine II. Mahmut, isyanın başlıca tahrikçisi olan İstanbul’daki Ortodoks Patriğini astırdı. Romanya’da da Rusya’nın tahrikiyle bir isyan çıktı. Türk ordusu, bu isyanı kolayca bastırdı. Yalnız, Mora isyanı bastırılamadı. Zira bir Fransız kolordusu başta olmak üzere, bütün Avrupa’dan yardım alıyordu. Yalnız Avusturya, Osmanlı’yı tutuyordu. Prusya ile İngiltere ve İspanya, tarafsızdı. Rusya ile Fransa, Yunanistan’a bağımsızlık verilmesini şiddetle istiyorlardı. Lord Cochrane ve Sir Richard Church gibi İngiliz generallerinin komutasındaki Yunanlar, tamamen ezilmişler, isyan Mısır ordusu tarafından tamamen bastırılmıştı ki, 20 Ekim 1827’de Navarin faciası oldu. Türk donanması, Mora’nın güneybatısındaki bu limanda bulunuyordu. İngiliz – Fransız – Rus müttefik donanması, savaş bayrağı çekmek usulden olduğu halde, bunu yapmaksızın limana girdi, böyle bir hareket beklemeyen Osmanlı donanmasına birdenbire ateş açıp imha etti. Navarin faciasının hemen akabinde 1828'de Rusya da Yunanistan ile ilgili istekleri kabul ettirmek için Osmanlı Devletine savaş açtı. Bir sene önce donanması Navarin'de yok olan, Yeniçeriler’i de kanlı bir katliamla ortadan kaldıran, yeni modern ordusu henüz çekirdek halinde bulunan II. Mahmut, Avrupa’nın baskısına karşı koyamadı. Rus ordusunun Balkanları geçip Edirne’ye kadar gelmesi üzerine Rusya ile Edirne Antlaşması imzalandı. Ruslar, bütün Osmanlı topraklarından çekildi. Ancak Yunanistan’a bağımsızlık koparmakla yetindi; böylece, Balkanlar’daki Ortodokslar arasında koruyucu rolüne sahip çıkmayı umuyordu. Mora ve Attika yarımadaları ile Eğriboz ve Kiklad adalarından ibaret küçücük 49.414 km² bir Yunan Krallığı kuruldu.

1797 yılında Yeniçeriler'in Cezayir'in yönetimi için seçtiği İzmirli Hüseyin Paşa, Fransa için borç para vermişti ancak Fransa borcu ödemeyince Hüseyin Paşa'nın hakaretlerinden dolayı iki ülke arasında gerginlik oluştu. Bu sırada, düşmek üzere olduğu için halkı dış meselelerle oyalamak istiyen Fransa Kralı X. Charles da, 1830 yılında da Cezayir'i işgal etti. Ancak o sırada Kavalalı Mehmet Ali Paşa'nın isyanının başlaması üzerine Cezayir meselesi sonuçsuz kaldı Buna rağmen bazı Türk sancakbeyleri, bilhassa Konstantin sancakbeyi Ahmet Paşa, Fransızlar’ı yıllarca uğraştırdı.

Kavalalı Mehmet Ali Paşa, Mora’da büyük güçler karşısındaki kayıplarını tazmin için Sultan Mahmut’tan zengin insan ve doğa kaynakları olan Suriye eyaletinin valiliğini istedi. Sultan Mahmut ona bunun yerine Girit valiliğini verdi ama adada düzen sağlamanın kendisi için büyük mali yük getireceğinin farkında olduğundan Mehmet Ali Paşa bunu reddetti. 1831’de Suriye’ye karşı karadan ve denizden bir sefere girişti. Yeniden canlandırılan Mısır ordusuna komuta eden oğlu İbrahim Paşa, Akka, Şam, Hama, Humus'u alarak Toroslar'ı aştı. Anadolu'da yerel nüfustan heyecanlı bir karşılama gördü. Sultan Mahmut, böylesine açık bir isyana tahammül gösteremezdi. Mehmet Ali Paşa ve oğlu İbrahim Paşa asi ilan edilip üzerilerine Sadrazam Reşid Mehmet Paşa komutasında bir ordu gönderildi.İki ordu Konya'da karşılaştığında Osmanlı ordusu yenildi ve sadrazam esir alındı.

Mehmet Ali Paşa, Sultan Mahmut’tan af dilemek ve kazandığı toprakları elinde tutmayı talep etmek üzere bir mektup yazarken, İbrahim Paşa babasına kendi adına hutbe okutup, sikke kestirip bağımsızlık ilan etmesi için baskı yapıyordu. 1833 yılının Ocak ayında İbrahim Paşa, Bursa’ya bir adımlık mesafedeki Kütahya’ya varmıştı. Mısırlıların ilerlemesi İstanbul’un tedarik ha