zer birlikleri 26 Temmuz'da kuşatmayı tamamladı ve 180 bin Kızıl Ordu askerini tutsak aldı. Ancak 10 gün süren çatışmalar sırasında 100 binden fazla asker, Alman kuşatma kıskacından kurtulup Moskova yönünde çekilmeyi başarmıştır.

Smolensk Muharebesi'nin sonuçlandığı tarihlerde Amerikan Times dergisi, "... Hitler'in ... Kızıl Ordu'yu yok edeceğini..." okurlarına ilan etti. Oysa bu tarihe kadarki Alman kayıpları 28 bini ölü olmak üzere 390 bindir. Alman ordularının Polonya'ya taarruz ettiği tarih olan 1 Eylül 1939 tarihinden Barbarossa Harekâtı'nın başladığı 22 Haziran 1941 tarihine kadarki sürede, Polonya, Norveç, Fransa, Kuzey Afrika, Balkanlar, tüm bu bölgelerdeki savaşlarda kayıpların toplamı bu rakama neredeyse eşittir. Her ne kadar bu tarihe kadar tutsak alınan Sovyet savaşçılarının toplamı 700 bin kişiyi bulmuşsa da Alman kayıpları, seferin başındaki kuvvetin yüzde onbirinin bulmuştur. Bununla birlikte Sovyet yönetimi insan kaynaklarını seferber edebiliyordu. Kuzeyde, Temmuz ayı sonunda Kızıl Ordu ölüleri arasından kadın savaşçılara da rastlanmaya başlanmıştır.
Harekâtın dördüncü haftası dolduğunda Alman komutanlığı, Sovyet gücünün tehlikeli biçimde hafife alınmış olduğunu fark etti. Alman birlikleri, beklenen stratejik hareket serbestisine ulaşamadan başlangıç ikmal stoklarını tüketmişlerdi. Bütünleme sağlamak için harekât yavaşlatıldı. Yavaşlamayla sağlanan zaman, stratejinin yeni duruma uyarlanması için kullanılacaktı. Kuşatmalardan çok sayıda Sovyet askerinin kurtulması, Hitlerin harekâtın başarısına olan inancını sarsmıştı. Bu aşamada Hitler, Sovyetler Birliği'nin, ekonomik alanda indirilecek bir dizi darbeyle yenilebileceğini düşünmeye başlamıştır. Bu ekonomik darbeler, savaşı sürdürmek için gerekli olan endüstriyel kapasite alanında olmalıydı. Bunun için güneyde önemli endüstri merkezleri olan Harkov ve Donets havzasının ve daha ilerde Kafkasya'nın petrol alanlarının alınması gerekmektedir. Ayrıca yine önemli bir savaş endüstrisi merkezi olan Leningrad'ın da kısa sürede alınması gerekmekteydi. Öte yandan Hitler, kuzeyde Finlerle temas kurmaya da önem veriyordu.

General Fedor von Bock ve harekâta katılmış olan diğer generalleri hemen hemen hepsi, harekâta Moskova yönünde devam etmekten yanaydılar. Düşman başkentini ele geçirmenin psikolojik öneminin yanında, Moskova'nın ülkenin en önemli bir ulaşım - iletişim kavşağı olması ve savaş endüstrisi tesislerinin büyük bölümünü barındırması da göz önünde bulunduruluyordu. Asıl önemlisi, Alman istihbarat raporlarına göre Kızıl Ordu'nun büyük kısmının Moskova dolaylarında toplanmış olmasıydı. Ancak Hitler, General Guderian'a üst komutanı General von Bock'u atlayarak, Merkez Ordular Grubu'na bağlı panzerlerin, Moskova yönünde ilerleyişi geçici olarak durdurarak kuzeye ve güneye kaydırılması yönünde emir vermiştir.

General Halder'in de aralarında bulunduğu bazı generaller, Moskova'da ve Moskova önlerinde toplanmış olan Kızıl Ordu kuvvetlerini çevirerek imha etmek için de Moskova yönündeki taarruzun sürdürülmesi gerektiğini düşünüyorlardı. Hitler ise Kızıl Ordu'nun Moskova gerisine genel bir geri çekilmeye geçmesinden çekiniyordu. Napolyon da doğrudan Moskova'ya yönelmiş, General Kutuzov da Rus ordularını geriye çekmişti. Hitler'e göre harekâtı kanatlara çevirmenin bu yönden de ek bir kazanımı olacaktı. Moskova üzerindeki ağır tehdit yüzünden şimdi Kızıl Ordu birlikleri orada toplanacak, yeniden Moskova'ya dönüldüğünde bu birlikler kıskaca alınabilecekti. Dahası, Sovyet ihtiyatları bu bölgeye akmaktayken cephenin güneyindeki ve kuzeyindeki harekâtlar kolaylaşmış olacaktı. Hitler bir bakıma "düşmanın dikkatini bir yöne çekerek başka yönden saldırmak" istemektedir. Daha sonra cephenin güney ve kuzeyinden ileri hareketle Moskova'nın kıskaca alınması düşünülüyordu. Burada Hitler'in yapmak istediği devasa ölçekte bir Cannae tipi operasyondu.

Bu çerçevede Hitler, 19 Temmuz'da bir emir yayınlayarak harekâtın ana eksenini değiştirmişti. Bu emre göre Merkez Ordular Grubu cephesinden iki panzer grubu alınacak, General Guderian'ın birlikleri Kiev bölgesindeki Sovyet kuvvetlerinin kuşatılması için güneye, General Hoth'un birlikleri de Moskova - Leningrad bağlantısını kesmek için kuzeye çevrilecektir. Merkez Ordular Grubu emrinde sadece Moskova yönünde ilerlemeye devam edecek piyade unsurları bırakılacaktır. Ancak bu manevranın uygulanması için Desna doğusundaki (Smolensk - Roslavl) Sovyet birliklerinin imha edilmiş olması gerekiyordu. Ne var ki bu operasyonlar beklenenden uzun sürdü, Sovyet direnmesi ve karşı taarruzları nedeniyle operasyon ancak Temmuz ayı sonlarında tamamlanabildi. Bundan sonra da zırhlı birliklerin onarım ve bakımı için bir süre ayrılması gerekiyordu. Halen tartışmalar ve zırhlı birliklerin dinlenme süresi devam ederken General Halder ve Mareşal Brauchitsch 19 Ağustos'ta,hedefin Moskova olması gerektiği yönünde bir muhturayı Hitler'e verdiler. Hitler bunu da geri çevirdi ve Ağustos'un 21'inde panzer gruplarının güney ve kuzeye çark etmesini öngören önceki emrini yeniledi. Ağustos ayında cephenin güney kesimindeki bazı gelişmeler endişe yarattı ve bir bakıma Hitler'in kararının yerinde olduğu fikri uyandırdı. Güney Ordular Grubu'nun sol kanadında şiddetli bir Kızıl Ordu taarruzu başlamıştı. Pripyat Bataklığı'ndan taarruza geçen güçlü Rus süvari birliklerinin bu saldırısının yanı sıra General Reichenau'nun 6. Ordu'sunun Kiev önlerinde durdurulması kritik bir durum yaratmıştı.

Bu arada Temmuz ayı ortalarında Alman birlikleri Pripyat Bataklığı'nın güneyinde, Kiev'e birkaç kilometre yaklaşmışlardı. Uman civarında üç Sovyet ordusu, Alman 17. Ordu'sunun doğu yönündeki taarruzu ve 1. Panzer Ordusu'nun güneye ilerlemesiyle bu iki Alman kuvveti arasında tuzağa düşmüştür. Alman piyade kuvvetleri cebi daraltırken tanklar da kuzeye çark ederek Dinyeper'i geçtiler. Bu arada Merkez Ordular Grubu'ndan ayrılan 2. Panzer Ordusu, 2. Ordu sağ kanadında olmak üzere Desna Nehri'ni geçti. İki panzer ordusu bu hareket tarzıyla dört Sovyet ordusunu ve diğer iki ordunun bazı bölümlerini tuzağa düşürmüş oldu.

Leningrad'a son taarruz için 4. Panzer Ordusu, Merkez Ordular Grubu'ndan tanklarla takviye edildi. Alman 18. Ordu'su ve Estonyalı partizanlar Orman Kardeşleri, Sovyet kuvvetlerini atarak Peipus Gölü'ne ilerledi ve Alman 16. Ordu'su 8 Ağustos'ta kuzeydoğudan taarruz ederek Sovyet savunmasını yardı. Ağustos ayı sonunda 4. Panzer Ordusu Leningrad yönünde 48 km.lik bir girme sağlamıştı. Bu arada Fin kuvvetleri Ladoga Gölü'nün her iki yanında ilerleyerek Kış Savaşı öncesi Sovyet - Fin sınırına ulaştılar.

Bu aşamada Hitler, tutsak alınmayarak kentin imhasını emretmiştir. Bu emrin ardından 9 Eylül 1941 tarihinde Kuzey Ordular Grubu, Leningrad'a nihai taarruza başladı. On gün içinde 11 km. gibi bir ilerleme sağladılar. Ancak son on kilometrelik ilerleme çok yavaştı ve kayıplar da yüksekti. Hitler'in Leningrad'la ilgili tutumu bu evrede değişmiştir. Leningrad'a taarruz edilmemesini, kentin açlığa mahkûm edilmesini emretmiştir. Bu tutum değişikliğinde Moskova'ya yapılacak nihai taarruz için Kuzey Ordular Grubu emrindeki bazı zırhlı unsurların Merkez Ordular Grubu emrine alınması kararı da etkili olmuştur.

Moskova taarruzunun başlayabilmesinden önce Kiev Harekâtı'nın sonuçlanması gerekmektedir. Güney Ordular Grubu, Dinyeper üzerindeki köprübaşlarından kuzeye ilerlerken Merkez Ordular Grubu'nun yarısı da Kiev civarındaki Sovyet kuvvetlerinin gerisine doğru güneye taarruz etti. Kiev civarındaki Sovyet birliklerinin kuşatılması 16 Eylül 1941 tarihinde gerçekleştirildi. Sovyet kuvvetleri tanklar, toplar ve hava bombardımanlarıyla ezildi. On gün süren şiddetli çatışmaların sonrasında almanlar, 600 binin üzerinde Kızıl Ordu askerinin tutsak alındığını iddia ettiler. Gerçek kayıplar 452.720 erat ve subay, 3.867 parça top ve havandır. Sovyet 5., 21., 26. ve 37. orduların 43 tümeni savaş dışı kalmış oldu.

Barbarossa Harekâtı'nın en kritik evresi, Ekim ayı yağmurlarının yol açtığı çamur nedeniyle zaten ikmal sorunları yaşandığı bir dönemde geldi. Merkez Ordular Grubu'na Moskova yönünde ilerlemek için emir verildi. Üç ordular grubunun hem teşkilat yapısında hem de operatif görevlerinde değişiklik yapıldı. Kuzey Ordular Grubu, bünyesinden önemli ölçüde Merkez Ordular Grubu'na birlik aktarılırken, Leningrad kuşatmasını tamamlaması, çemberi daraltması ama kenti almaması görevleri verildi. Güney Ordular Grubu'ndan ikisi panzer, biri motorize tümen olmak üzere üç tümen Merkez Ordular Grubu'na kaydırıldı ve Kırım, Harkov ve Rostov yönünde taarruz emri verildi. Kuvvetlerin büyük bir bölümü Merkez Ordular Grubu'nda toplandı. Bu kuvvetler 46 piyade tümeni, 15 panzer tümeni, 9 mekanize tümen, 6 inzibat tümeni ve bir süvari tümeni olmak üzere 1,5 milyonluk bir kuvvet haline getirildi.

2. Panzer Tümeni'nin 38. Panzer Pioneer Abteilung (zırhlı istihkam taburu) unsurları Kremlin'in kulelerini görecek kadar ilerlediler. Bulundukları mevki, Lobnya'nın hemen güneyindeki demiryolu hattıydı ve Moskova'ya 16 km. mesafedeydi. Tarih, 1 Aralık 1941'dir. Moskova Muharebesi'nde başkenti savunan Kızıl Ordu birlikleri, daha iyi ikmal koşullarından yararlanıyorlardı ve Sibirya'dan gelen taze tümenlerle takviye edilmişlerdi. Sonuçta Alman birliklerini Moskova önlerinden geri atmayı başardılar. Aynı kış şartları altındaydılar ama, en azından giysi yönünden daha iyi teçhiz edilmişlerdi. Bununla birlikte aynı şekilde buz ve kar kaplı arazide ulaşım yaptılar, aynı derecede donmuş toprakta siper kazdılar, kullandıkları akaryakıtın donma derecesi aynıydı. Sovyet karşı saldırılarının büyük bölümü, Moskova'ya en yakın konumdaki alman Merkez Ordular Grubu cephesine yönelmiştir.

Kiev Muharebesi'nden sonra artık Kızıl Ordu'nun Alman kuvvetleri karşısındaki sayısal üstünlüğü kalmamıştı. Daha da kötüsü Sovyet ordularının kullanılabilir durumda eğitimli yedek birlikleri de yoktur. Moskova savunması için Stalin 83 tümende 800 bin kişilik bir kuvvet toplamıştı. Fakat gerçekte etkin olabilecek kuvvet 25 tümenin üzerinde değildir.