arında kardeşlik bağı kurmuş, beraber çalışıp öğrendikleri teknikleri birbirlerine öğretmişlerdir. Kyuubi'nin Konoha'ya saldırısı sırasında küçük kardeşi Sasuke'den sorumlu olan Itachi, Uchiha Izumi ile de beraber güneydoğu sığınağına gitmişlerdir. Kyuubi'nin köye saldırısı Konoha'nın yöneticileri ve Uchiha Klanı'nın arasının bozulmasına sebep olmuştur. Böylece yöneticiler Uchiha Klanı'nı köyün geri kalanından uzak tutmak ve daha iyi gözlemleyebilmek için köyün ücra köşesine taşınmak zorunda bırakmıştır.

Itachi her ne kadar barışçıl bir insan olsa da shinobi sanatları konusunda doğal bir yeteneğe sahiptir. Hep en yüksek puanları almış ve ona öğretilen her tekniği, Jonin seviyesinde bile olsa, kolayca öğrenmiştir. Daha sonra kendi köyünün, klanının tarihini, dünya tarihini öğrenmeye, çalışmaya başlamış ve bu sayede neyin önemli olduğunu görmeye başlamıştır. Pek çok şey öğrenmek onun geçmişteki olayların nedenlerini ve sonuçlarını anlamasını sağlamış ve şimdiki olayların nereye varacağını tahmin etmesine katkıda bulunmuştur. Yetenekleri fark edildikten sonra, daha 7 yaşındayken en yüksek puanla Akademi'yi bir yılda bitirmiştir. Animede daha sonra 2.Takım'ın bir üyesi olmuş ve bu takım Daimyo'yu yıllık Konoha gezisinde korumakla yükümlü kılınmıştır. Görev esnasında konvoy Maskeli Adam (Tobi) tarafından saldırıya uğramış ve Itachi'nin takım arkadaşı olan Izumo Tenma'nın ölümünü görmesi Sharingan'ının uyanmasını sağlamış ve Itachi aynı yaşta (8) Sharingan konusunda uzmanlaşmıştır. 10 yaşına geldiğinde Chunin sınavlarına girilmesine izin verilmiş ve bu sınavları başarıyla tamamlayan Itachi, Chunin olmuştur.

11 yaşına geldiğinde ANBU'ya katılmıştır. Itachi'nin başarıları ailesini gururlandırmış, babası onun Uchiha Klanı'nın gelecekte yükselmesinde büyük rol oynayacağını düşünmüş ve küçük kardeşine rol model olmuştur. Itachi, Sasuke ile harika zaman geçirmiş, onunlar beraber antrenman yapmış ve babalarının ona göstermediği sevgi ve onaylamayı göstermiştir.

Daha sonra Uchiha Klanı kendilerine yapılan muameleden hoşlanmadıkları için hükümete bir darbe planı yapmışlardır. Fugaku, Uchiha'nın ve darbenin planının başı olarak Itachi'yi ANBU ve köy hakkında ajanlık yapması için teşvik etmiştir. Itachi ise Uchiha'nın ayaklanmasından sonra diğer devletlerin de boş durmayacağını, köye saldıracağını ve başka bir savaş çıkacağını biliyordur. Bu yüzden çifte ajan olmuş ve Uchiha'nın yaptıklarını Hokage'ye ve Konoha Heyeti'ne raporlamış, onların barışçıl bir çözüm bulacağını ümit etmiştir.

Itachi, klanına ihanet etmesinin yükünü Shisui ile paylaşmıştır. Shisui, Kotoamatsukami ile klan liderini kontrol almayı ve Konoha ile anlaşmaya varmaya zorlamayı düşünmüş ise de sağ gözü Shimura Danzo tarafından çalınmış ve planını gerçekleştirememiştir. Shisui'nin seçenekleri tükenmiş ve kalan gözünü Itachi'ye vermiş, ondan köyü ve klanının onurlu adını korumasını istemiş daha sonra kendini Naka Nehri'ne atarak intihar etmiştir. Shisui'nin ölümünü gören Itachi bu sayede Mangekyou Sharingan'ını uyandırmıştır. Ertesi gün Itachi'den başından beri şüphe duyan bazı klan üyeleri onu Shisui'yi öldürmekle ve daha sonra da intihar süsü vermekle suçlamış, Itachi de kontrolünü kaybedip onlara saldırmış ve alt etmiştir. Bu olaydan sonra ailesi ile arası açılmıştır. Itachi daha sonra 13  yaşında ANBU takım kaptanı olmuştur.

3.Hokage hala Uchiha ile anlaşma yapmanın yollarını ararken Danzo artık Uchiha Klanı için bir kurtuluş olmadığını anlamıştır. Danzo daha sonra bunu Itachi'ye açıklamış ve ona iki seçenek sunmuştur:

- Darbeyi destekle ve Sasuke dahil bütün klanın katledilsin.

- Darbe yapılmadan önce klanını saf dışı bırak ve böylece kardeşin kurtulsun.

Itachi kardeşini kurtarmayı seçmiştir. Son hazırlıklarını yaparken Konoha'da gizlice dolaşan Tobi'yi fark etmiştir.  Onu izlerken onun gerçekten de yeni bir çatışma arayan Uchiha Madara olduğunu düşünmüştür. Itachi ondan klanını yok etmede yardım etmesini istemiş ve bu sayede geçmişin intikamını almak isteyen Madara da bunu kabul etmiştir.

Daha sonra bir gecede Tobi ile beraber tüm klanı katletmişlerdir. Itachi ebeveynlerini kişisel olarak kendisi öldürmüştür. Ailesi ihanetine rağmen ona karşı garez beslemediklerini ve hatta kendisiyle gurur duyduklarını söylemiş, Sasuke'ye sahip çıkmasını istemiş ve Itachi'ye karşı bir direnç göstermemiştir. Itachi yaptıklarının cezasını ona ödetebilecek kişi olarak sadece Sasuke'yi görmüştür. Sasuke'yi bu yola sokmak için ona kötü biri olduğunu, tüm bunları güç için yaptığını söylemiş ve ailesinin cansız bedenlerinin önünde ona Tsukuyomi uygulamış, ailesinin ölümünü defalarca göstererek psikolojik olarak işkence etmiş ve onu aslında hiç sevmediğini söylemiştir. Itachi, Sasuke'yi onu öldürecek kadar güçenmesi için teşvik etmeye çalışmış ve ona da Mangekyou Sharingan'ını uyandırmasını söylemiştir. Itachi ayrılırken Sasuke'nin Sharingan'ı uyanmış ve bayılmadan hemen önce Itachi'nin ağladığını görmüştür.

Daha sonra Itachi bir karga klon aracılığı ile Danzo'yu tehdit etmiş ve eğer sözünü tutmayıp Sasuke'ye dokunursa Konoha'nın bütün sırlarını diğer köylerle paylaşacağını söylemiştir. Köyden ayrılmadan önce 3.Hokage'nin yanında gitmiş ona görevini tamamladığını söylemiştir. Danzo'nun güvenilir olmadığını bilen Itachi; Hokage'den, Sasuke'ye göz kulak olmasını istemiştir. Hokage'nin sözünü alan Itachi daha sonra köyü görünürde bir hain olarak terk etmiş ancak gizli bir görev almıştır. Bu görev Tobi'nin örgütü Akatsuki'ye sızma ve Konoha'ya saldırmasına engel olma görevidir. Animede Akatsuki'ye katıldıktan sonraki ilk partneri Biwa Juzo'dur. Ancak onlara verilen görevde Kirigakure'de Yagura tarafından pusuya düşürülmüş, güçlü bir Jinchuuriki olan Yagura'yı Amaterasu sayesinde yenmiş ancak Juzo bu esnada öldürülmüştür.

Belli bir vakit sonra Orochimaru, Itachi'nin gözlerini çalmaya çalışmış ancak Itachi onu genjutsu ile kolayca mağlup etmiş, sol elini kesmiş ve örgütten ayrılmak zorunda bırakmıştır. Daha sonra tıpkı kendisi gibi hemşehrilerini katletmiş olan Hoshigaki Kisame ile partner olmuştur. Itachi, Orochimaru'nun ayrılmasıyla oluşan üye boşluğunu doldurmak için Deidara ile savaşmış ve onu da genjutsu ile kolayca alt edip örgüte katılmasını sağlamıştır. Animede Itachi, Hidan'ın da örgüte katılmasını sağlamıştır. Daha sonra Pain, Orochimaru'nun Konoha'yı yok etme girişimini duymuş ve olayı araştıracak bir takım istemiştir. Sasuke'nin güvenliğinden emin olmak isteyen Itachi de bu göreve gönüllü olmuştur.

Bu sıralarda Itachi ölümcül bir hastalığa yakalanmış ve yıllarca ilaçlar ve irade gücüyle kardeşi Uchiha Sasuke'nin kollarında ölebilmek için hastalığa direnmiştir.

Itachi'nin kardeşi Sasuke yıllarca ağabeyine kin besleyerek büyümüştür. 12 yaşında Konoha'dan ayrılıp Orochimaru adlı eski Akatsuki üyesi, 3. Hokage'nin ölümünden sorumlu suçlunun yanına gitmiştir eğitilmek için. 15 yaşında Orochimaru'yu öldürüp kendini özgür kılmış, 16 yaşındaysa kendi suç örgütü Hebi (Yılan) ile ağabeyinin karşısına çıkmıştır. Ağabeyi gibi Mangekyou Sharingan açamamış olduğundan Itachi karşısında pek bir varlık gösteremez. Buna rağmen Itachi ölümcül bir hastalığa yakalanmıştır ve savaşta bilerek aldığı darbelerin de etkisiyle bitkin düşer, ölmeden önce kardeşine parmak darbesi(çocukluğunda hep yaptığı gibi) ile önemli güçler bırakır (aynı zamanda Amaterasu'sunu yeniden programlayıp Uchiha Obito'nın sharinganını görür görmez Amaterasu'yu etkinleştirmesini sağlar) ve bu dövüşün hayalini kuran saygıdeğer Itachi, Sasuke'den onu affetmesini isteyerek mutlu bir şekilde hayata gözlerini yumar.

Ölümünün ardından Tobi, Sasuke'ye aslında Itachi'nin bir Konoha ajanı olarak görev aldığını, klanını da Danzou'dan aldığı emir doğrultusunda öldürdüğünü iddia eder. Ama görevine aykırı olarak bir tek kardeşi Sasuke'yi öldüremediğini ifade eder.

Daha sonraki bölümlerde Orochimaru'nun binevi bedenini alan Yakushi Kabuto Orochimarunun yasaklı bir jutsusu olan "Edo Tensei" yi geliştirip 4.Büyük Ninja Savaşı'nda Uchiha Itachi'yi canlandırır.

Kabuto'nun Itachiyi canlandırmasından sonra Itachi kotoamatsukami denen Shisui Uchiha'nın göz tekniğini kullanarak Edo tensei kontrol mührünü kırıp Naruto ve Killer Bee ile Nagato karşısında dövüşür ve Totsuka no tsuguri sayesinde Nagato mühürlenir bunun üzerine Itachi Edo tensei yi kaldıracak bir planı olduğunu söyleyip Sasukeyi Narutoya emanet eder ve Ortalıktan ayrılır

4. Ninja Savaşı patlak verdiğinde Orochimaru'nun öğrencisi Kabuto, Edo Tensei isimli jutsuyu kullanarak Itachi'yi yeniden diriltir. Itachi ve Nagato'yu Naruto ve Killer Bee'yi yakalaması için yollar. Itachi, Kabuto'nun kontrolü altında olmasına rağmen bilinci yerindedir. Mangekyou Sharingan'ını kullanarak Naruto'ya saldırdığında daha önceden Naruto'ya verdiği gizli güç ortaya çıkar: Shisui'nin gözü. Shisui, Itachi'nin en yakın arkadaşıdır. Ölümünden kısa bir süre önce kalan tek gözünü Itachi'ye vermiştir. Itachi de bu gözü bir kargaya implant edip ileride Sasuke ile olacak muhtemel savaşında Sasuke'nin ikna olmaması durumunda 'Konoha'yı koru.' emri ile Naruto'ya vermiştir fakat edo Itachi Naruto ile karşılaşır ve Itachi'nin mangekyou sharingan'ı karşısında bu teknik aktifleşir. Bunun sonucunda Itachi'nin ipleri artık Kabuto'nun elinde değildir, hür iradesine paralel olarak Konoha'yı koru emri doğrultusunda Naruto'ya yardım edip Edo Nagato(Pain)'yu yener ve tekrar dünyaya getirilmemesi için ruhunu totsuka kılıcı ile mühürler. Bundan sonra Kabuto'yu bulmak için Naruto ve Bee'nin yanından ayrılır. Yolda kardeşi Sasuke'yle karşılaşır. Cevaplar isteyen kardeşine vakit ayırmaz ve birlikte Kabuto'nun yanına varırlar. Itachi ve Kabuto savaşmaya başlar. Kardeşinden yana tavır alan Sasuke, Itachi'ye yardım eder. Kabuto'ya karşı Izanami'yi aktifleştiren Itachi Izanami'nin Izanagi'nin aksine, gerçeği illüzyona değil de illüzyonu gerçeğe dönüştürerek kadere yön verdiğini söyler.Daha sonra Kabuto'yu Izanamiye hapseden Itachi Edo Tensei'yi durdurur.Bu esnada Sasuke ona kendi duygularından bahseder ve onunla vedala