Ayrıca, Selçuklu şehzadesi olduğu iddiasıyla Karamanoğlu Mehmed Bey’in ortaya çıkardığı Cimri "(Gıyaseddin Siyavuş)"’nin yakalanması hadisesinde (1277) rol aldıklarına göre bu tarihte Kütahya, Afyon ve Denizli taraflarında yerlesmiş oldukları tahmin edilmektedir. Baba İshak'ın Babai isyânı sırasında Malatya’da olan Germiyanlılar’ın Cimri hadisesi esnasında Batı Anadolu’da bulunmaları, muhtemelen Moğol istilası sebebi ile bu bölgeye göç ettiklerine delâlet etmektedir.

Cimri olayı sırasında (1277) Batı Anadolu’da bulunan ve Anadolu Selçukluları’nın hizmetinde hareket eden Germiyanlılara bu hizmetleri karşılığında Kütahya ve civari iktâ, yani timar olarak verilmiştir. Bu hadise sırasında Sâhipataoğulları Beyliği emrinde oldugu görülen Germiyanlılar, bu tarihten itibaren güçlü bir beylik haline gelmeye başladılar. Nitekim Batı Anadolu’daki Aydın, Menteşe, Saruhan, Denizli beyleri ilk zamanlarında Germiyanoğulları’na tâbi idiler.

Moğollar’ın Anadolu’yu işgali ve Selçuklu Devleti üzerinde hakimiyet kurmalarından sonra XIII. yüzyılın sonları ile XIV. yüzyılın başlarında uçlardaki beyler bağımsızlıklarını almaya başladılar. Germiyanlılar da Selçuklu-Moğol idaresine karşı çıkarak 1283’ten itibaren bir beylik olarak teşkilatlanarak II. Mesud’a karşı mücadeleye giriştiler. 1286 tarihinde Germiyan Türkleri Eşrefoğulları'nın Gargurum Vilayeti'ni yağma ederek tahribatta bulundular. Bunun üzerinde II. Gıyaseddin Mesud Moğol ve kendi kuvvetleri ile Germiyanlılar üzerine yürüdü. Germiyan askerlerinden elde edilenlerden bazıları katledildilerse de çoğu çekilmek durumunda kaldı. Bu sırada Selçuklu veziri Sahip Ata Fahrettin Ali Konya'ya gelip oradan Gargurum'da bulunan ve Germiyanlıları cezalandırmaya giden II. Mesud'un yanına geldi. II. Mesud, ortadan kaldırdığı Germiyan kuvvetlerinin tekrar meydana çıkacağını ümit etmediğinden askerini ihtiyatsız bulundurmuştu. Hatta Germiyan emirlerinden Mesud'un ordusuna esir olan 10 kişi serbest bırakıldı. Serbest bırakılanlar, Selçuklu ordusunun gafil vaziyetini Germiyanlılara bildirdiler ve Germiyanlılar da ansızın II. Mesud'un ordusuna baskın yaparak Ramazan ayının 17. günü, çarşamba, Selçuklu ordusunu bozguna uğrattılar ve esirlerini de kurtardılar.

1287'de II. Gıyaseddin Mesud kuvvet toplayarak tekrar Germiyanlılar'ın üzerine yürüdü. Germiyan kuvvetleri hiç gözükmediler. Mesud, Germiyan vilayetini yağma ederek ve birçok ganimet malı alarak Kayseri'ye döndü.

1288'de II. Mesud İlhanlılar'ın yanında iken I. Yakub Bey'in kız kardeşinin çocuğu Bedreddin Murat Selçuklular'la barışmak üzere Konya'ya geldi. Gıyaseddin Mesud'un ümerasından Hasbalaban Konya dışında ordugah kuran Germiyanlılar'ın yanına giderek onlarla görüştü ve kendilerine ikram ile gönüllerini aldı ve bu suretle mücadele sona erdi.

1289 senesinde Selçuklular ile Germiyanoğulları arasında harp tekrar başladı, hatta sınırlardaki emirler de harekete geçtiler. Mesud'un ümerasından İzzeddin Beylerbeyi, Germiyanoğulları üzerine yürüdü ve Bedreddin Murat'ın kuvvetlerine Denizli merkez kazası yakınlarında saldırdı. Germiyan askeri bozuldu ve Bedreddin Murat öldü. Bedreddin'in başı Konya'ya getirilerek teşhir edildi. Germiyanlılar bu mağlubiyetle yılmadılar; Germiyan eyaleti yağma edildi, bazen Mesud'un kuvvetleri bazen Germiyanoğulları galip geldi. 1290 senesinde kavga yatıştı. Bu olaylardan sonra Selçuklular ile Germiyanoğulları arasındaki münasebetin ne olduğu bilinmiyorsa da 1299 tarihli bir kitabeden Germiyanlılar'ın görünüşte de olsa Selçuklular'ın hakimiyetini tanıdıkları görülür.

Aydınoğlu Mehmed Bey'in I. Yakub Bey'in emiri olduğu, Rumlar'la harp etmek üzere batıdaki İzmir Vilayeti ve etrafına gönderildiği bilinmektedir.

Menteşeoğulları'ndan Menteşe Bey'in damadı olan Emir Sasa Bey batıya daha evvel gelmiş, Tire ve Ayasluğ (Selçuk)'u almış Sakız Adası'nı yağma etmişti. Sasa Bey, kendi fethine ortak olmak isteyen Germiyan kumandanı Mehmet Bey'in Birgi (Ödemiş) Kalesi'ni elde etmesini çekemedi. Aydın oğlu ile yalnız başa çıkamayacağını anlayan Sasa Bey Hristiyanlarla ittifak ettiyse de aralarında meydana gelen savaşta Sasa Bey öldürüldü (1310). Mevlânâ'nın torunu Ulu Arif Çelebi'nin ilk defa Birgi'yi ziyareti esnasında oranın yeni zaptedilip Aydın oğlu Mehmet Bey'in Birgi'de Germiyan emirinin su başısı olarak bulunduğu yazar. Bu olaylardan Aydınoğulları Beyliği'nin Germiyan emirlerinden Mehmet Bey tarafından tesis edildiğini açıkça gösterir. Zaten Saruhan Bey ve Karesi Bey gibi hükümet teşkil eden emirlerin de Germiyanoğulları emirlerinden olmaları pek muhtemeldir.

İzmir etrafına kadar kuvvet gönderen Germiyan hükümdarlarının, Alaşehir ve Simav bölgesine kadar yayıldığı malumdur. Manisa ve Balıkesir civarına yayılan Karesi ve Saruhan Beyleri'nin her tarafı Germiyan kuvvetleri ile çevrilen bu bölgeye nereden geldiklerinin bilinmemesi de bu beylerin Germiyanoğulları'nın emirleri olduğunu doğrular. Gerek Aydın oğlu Mehmet Bey ve gerek diğer uç beyleri zaptettikleri yerlerde hükümet ederek bir müddet için Germiyanoğulları'nın hakimiyetini tanımışlardır. Aydınoğlu Mehmet Bey'in damadı olan Emir Sadeddin Mübârek Kâbız'ın Germiyan emiri olması Mehmet Bey'in Germiyanoğulları'yla olan münasebetini açıklar.

Ertuğrul Bey'in uca yerleşmesinden ve Osmanoğulları'na sınırdaş olmasından dolayı Germiyanoğulları Osmanoğulları'yla rekabet içerisindeydi. Bundan dolayı aralarındaki münasebet, I. Yakub Bey zamanında daimi surette düşmanca olmuştur. Hatta bu anlaşmazlıktan Rumlar memnun idi. Germiyan hükümdarı Bilecik taraflarına akın ederek Rum memleketlerini yağmalamış, sonradan Ertuğrul Gazi'nin o bölgeye yerleşmesiyle Germiyan oğlu bundan sonra Bilecik Rumları üzerine saldırılarından vazgeçmiştir. Ertuğrul Gazi'nin vefatı yaklaşık 1289 tarihlerinde olduğu için iki beylik arasındaki düşmanlığın başlangıcı Yakub Bey'den önceye dayanmaktadır.

Germiyan oğlunun Osman Bey'e husumet göstermesine bir sebep, Eskişehir'in Selçuk hükümdarı tarafından Osman Bey'e verilmesidir. 
1313 senesinde Osman Bey, Leblüce (Leblebici) Hisarı'nı fethe giderken; Germiyanlılar saldırmasın diye Karacahisar'ın muhafazasını oğlu Orhan Bey'e bırakmıştı.

1315 senesinde Germiyan oğlunun teşviki ile Çavdar Tatarları Orhan Gazi'nin Eskişehir'de bulunduğu ve askerinin de terhis edildiği sırada Osman Bey'in arazisine hücum ederek Karacahisar şehrini ve pazarını yağmaladı. Bunu duyan Orhan Bey tedarik ettiği bir kuvvetle Tatarlar'ın arkalarından yetişerek Çavdar oğlunu mağlup etmiş ve esir almıştır.

Germiyanlılar'dan bir mültezim, Eskişehir pazarında alış-veriş eden halktan gümrük vergisi almaya kalkmış ve buna engel olunarak mültezim Eskişehir'den kovulmuş ve bu olay iki hükümet arasında savaşa sebebiyet vererek Germiyanoğulları mağlup olmuştur.

1318 senesinde Osman Bey'in ihtiyarlığına rahatsızlığı da eklenmiş, ordu kumandasına Orhan Bey geçmiştir. Orhan Bey, Bizans İmparatorluğu arazisine esaslı bir saldırı hazırlamış ve bu planın tatbiki için mühim bir kuvvet gönderdiği sırada Germiyanoğulları'nın saldırısından dolayı bu teşebbüs neticesiz kalmıştır.

1361'de Orhan Gazi, Dimetoka'nın fethini belirten fetihnâmeyi Sarı Laçin vasıtasıyla Germiyanoğulları'na göndermiş, Germiyanoğulları'da karşılık olarak Mevlânâ Ali Fakih ile cevapnâme göndermiştir.

Süleyman Şah: ""Karaman oğluna kız vireli Osman oğlu diyarımıza el uzattı"" diyerek Osmanoğulları'ndan şikayet etmiştir. Bu durum, bu tarihlerde Süleyman Şah ile I. Murad'ın aralarının bozuk olduğunu gösterir. Karaman ve Osmanlı Devleti gibi iki kuvvetli hükümetin arasında kalmış olan Germiyan Devleti, bu iki hükümetin saldırılarına daima açıktı. Bu tehlikeli vaziyeti gören ve her iki hükümetle de dostluk ilişkileri çok iyi olmayan ve bilhassa Karamanoğlu'nun düşmanca vaziyetinden son derece tedirgin olan Süleyman Şah, kızını I. Murad'ın oğlu Yıldırım Bayezid'e vermek isteyerek Edirne'ye bir heyet gönderdi ve en güzel memleketlerini Osmanlılara hediye etti.

Germiyanogulları Beyliği’nin kurucusu Yakub bin Kerimüddin Ali Şîr olup, onun zamanında en parlak devrini yaşamıştır. Yakub Bey, Anadolu Selçuklu Devleti hizmetinde emir-i kebir sıfatını taşıyacak derecede önemli vazifelerde bulunmuştur. Yakub Bey bu dönemde nüfus sahasını Kırşehir’e kadar uzattı. III. Alâeddin Keykubad’ın saltanattan çekilmesinden sonra Selçuklu tahtına ikinci defa geçen II. Gıyaseddin Mesud’a tabi olmayan Yakub Bey, İlhanlı Devleti’nin hakimiyetini tanıyarak senelik vergi vermeye başladı. Bu dönemde Karamanoğlu Beyliği’nden sonra Anadolu’da en önemli beylik Germiyan Beyliği idi. Yakub Bey yaklaşık 1305’de kumandanı Aydınoğlu Mehmed Bey'i, Batı Anadolu'daki sınırlarını genişletmek maksadıyla görevlendirdi. Aydınoğlu Mehmed Bey, Birgi merkez olmak üzere İzmir ve civarının fethine teşebbüs etmiş ve daha sonraları bölgede kendi beyliğini kurmuştur. Yakub Bey zamanında Bizanslılar’la karşılıklı savaslar yapılmıştır. Nitekim Yakub Bey 1305’de Menderes nehri kenarındaki Tripolis şehrini ve Angir (Kiliseköy)’ü zaptetmiş ve Otuz Bin kişilik bir kuvvetle Alaşehir "(Filadelfiya)" kentini kuşatmıştır. Ancak Bizans’ın isteği üzerine yardıma gelen Katalanlar’ın saldırısı karşısında geri çekilmek zorunda kalmıştır. Katalanlar’ın bölgeyi terketmesinden sonra Yakub Bey, yeniden Alaşehir "(Philadelphia)" üzerine giderek burayı vergiye bağladı (1314).

İlhanlı hükümdarı Olcaytu’nun Anadolu'daki beylikleri itaat altına almak için gönderdiği (1314) Emir Çoban’ın davetine gelerek itaatlerini bildiren beyler arasında Germiyanlı Alişiroğulları ve Germiyanoğulları’na tâbi beyler de vardı. Daha sonra Emir Çoban oğlu Timurtaş Noyan "(Demirtaş)", Anadolu’ya geldiğinde (1325) Eşref ve Hamidoğulları Beylikleri'ni ortadan kaldırmış, diğerlerini zaptetmek için Eğridir’de hazırlık yaparken maiyyetindeki beylerden Eretna’yı da Karahisar-i sahip taraflarına göndermişti. Yakub Bey’in damadı olan Karahisar Bey’i kayınpederinin yanına Kütahya’ya sığınmıştır. Yakub Bey ile Eretna Bey arasında bir savaş çıkmak üzere iken Timurtaş Noyan "(Demirtaş)"’tan gelen emir üzerine Eretna Bey Sivas’a ç