ı. Danimarka'daki Carlsberg araştırmacılarının bira mayalanması üzerindeki çalışmaları sayesinde hem maya hem de fermantasyon hakkında pek çok bilgi edinildi.





Amino asit

Aminoasitler, proteinleri oluşturan temel yapı taşlarıdır.

Kimyada bir aminoasit hem amin hem de karboksil fonksiyonel gruplar içeren bir moleküldür. Aminoasitlerin peptit bağlarıyla uç uca eklenmesiyle oluşturdukları kısa polimer zincirler "peptid", uzun polimer zincirler ise "polipeptid" veya "protein" olarak adlandırılırlar. Hücre içerisinde ribozomlar, mRNA moleküllerini kalıp olarak kullanarak aminositleri uç uca ekleyerek proteinleri sentezlerler. Bu işleme translasyon (çeviri) denir.

Bahsedilen amino asitlerin hepsinin aynı anda herhangi bir proteinin yapıtaşında bulunması gerekmez. Ayrıca hepsi eşit miktarda da değildir. Proteinlerde bunlardan çok daha farklı amino asitler de bulunabilir. Farklı amino asitler, 20 temel amino asitle oluşturulmuş polipeptidlerin daha sonra “farklılaşmaları” ile oluşur. Bu tür amino asit farklılaşmaları, proteinin özelliklerini ve işlevlerini oldukça fazla değiştirir. Örneğin çözünürlüklerini arttırabilir veya azaltabilir ya da diğer molekülerle etkileşmelerini düzenleyebilir.

Amino asitlere ek olarak proteinler, çok daha farklı gruplar da barındırabilirler. Amino asit dışında, yapısında farklı türler barındıran amino asitlere, “konjuge proteinler” denir. Konjuge proteinler, kovalent veya non-kovalent bağlarla, nükleik asitlerle nükleoproteinleri, lipidlerle lipoproteinleri, karbonhidratlarla glikoproteinleri ve daha birçok küçük molekül kütleli maddelerle, metallerle ve metal içeren gruplarla kompleks yapılar oluşturabilirler.

Her amino asitin, bir karboksil ve bir de amino grubu vardır. Bu gruplar birbirlerinden α-karbon adı verilen tek bir C atomuyla ayrılırlar. Nötral sulu çözeltilerde α-karboksil grubu bir protonunu kaybeder ve eksi (-) yüklü hale geçer (-COO-). Aynı şekilde α-amino grubuysa bir elektron kaybederek artı (+) yüklü olur (-NH3+). Amino asitlerin asimetrik merkezleri (kiral karbonları) vardır. Örneğin Glisin’de, amino asitin α-karbonu dört farklı gruba bağlanabilir. Bu sebepten her amino asit D veya L formunda bulunabilir. Ribozomlar üzerinde amino asit sentezinde her zaman L amino asit kullanılır. Sadece mikroorganizmalar, belli küçük peptidlerin sentezinde D amino asitlerini kullanırlar. 
İlginç bir örnek olarak, Güney Amerika ağaç kurbağasınnnın derisinde sentezlenen bazı peptidler verilebilir. Bu peptidlerde D amino asitleri bulunmuştur. Bu peptidlerden “dermorphin” , sıçan beynindeki opiate reseptörleri (beyindeki uyuşturucu madde reseptörleri) ile etkileşime girerek oldukça güçlü bir ağrı kesici etki göstermiştir. Bu kurbağaların senteaeazlediği peptidlerdeki D amino asitleri, peptidde daha önceden bulunan L amino asitleri ile birleşerek enzimleri aktive edebilmektedir.

Polipeptidin ana zinciri, her amino asit için aynı olan grupların birleşimidir. Yan zincir veya R grubu ise, α-karbonuna bağlıdır ve 20 amino asitin her birinde farklıdır. Bu farklılık, proteinin kendine özgü oldukça değişik yapıları ve aktiviteleri kazandırır. Tüm amino asit yan zincirleri bir arada düşünüldüğünde, artı veya eksi yüklüden hidrofobiğe kadar oldukça fazla çeşitli yapısal özellikler gösterirler. Ayrıca bu yan zincirler, oldukça farklı çeşitlilikte kovalent ve nonkovalent bağların yapısına katılabilirler.

Bir enzimin “aktif bölgesi”, birçok farklı organik reaksiyonu katalizleyebilir. Yan zincirlerin çeşitli karakteristiği, molekülün yapısını ve aktivitesini belirleyen molekül içi (intramoleküler) etkileşimlerden, peptidin diğer polipeptidler gibi moleküllerle aralarınddaki ilişkiyi belirlerleyen moleküller arası etkileşimlere kadar birçok şeyi etkiler.

Apolar aminoasitler, yan zincirlerinde hidrofobik özellik gösteren radikal grup bulundururlar. Elektrostatik bağlar yapamayan amino asitlerdir. Yan zincirlerinde, genellikle oksijen veya azot yoktur. Öncelikli olarak (bir proteindeki özel bir boşluğa hangi amino asitin en iyi şekilde uyabileceğini belirleyen) büyüklük ve şekillerine göre ayrılırlar. Van der Waals kuvvetleri ve hidrofobik etkileşimler sayesinde bir arada tutunurlar.

Prolin bir iminoasittir, yani amino grubu değil imino grup taşır. Bunu kâğıt kromatografisinde farklı renge boyandığından da anlayabiliriz.

Polar yüksüz aminoasitler, nötral pH'da yüksüzdürler. Bu gruptaki amino asitlerin yan zincirleri zayıf asit ve bazlardır. Fizyolojik pH’da tamamen yüklü değildirler, ancak kısmi artı (+) ve eksi (-) yükler içerirler. Bu sebeple, su da dahil olmak üzere, diğer moleküllerle H-bağı yapabilirler. Genelde oldukça reaktif amino asitlerdir.


Ayrıca, iki Sisteinin disülfit bağı ile birleşmesiyle oluşan dipeptite sistin denir.

Polar asidik aminoasitler, fizyolojik pH'da negatif yüklüdürler ve asidik özellik gösterirler.

Polar bazik aminoasitler, yan zincirlerinde proton alıcı moleküller taşırlar.


Yukarıdaki tabloda gösterilen 3-harfli ve 1-harfli aminoasit koduna ek olarak, kimyasal veya kristalografik analizler sonucunda bir proteinin belli bir pozisyonundaki aminoasit kesin olarak belirlenemediğinde, aşağıdaki tablodaki kısaltmalar da kullanılabilmektedir.

Proteinlerin yapısını oluşturan 20 çeşit amino asit arasında 10 tanesi "temel amino asitler" olarak adlandırılır. Bu amino asitler insan vücudu tarafından ihtiyacı karşılayacak düzeyde sentezlenemedikleri için dışarıdan beslenme yoluyla alımları zorunludur. Sistein, tirozin, histidin ve arjinin çocuklar için yarı zaruri aminoasitler olarak kabul edilmektedirler çünkü bunların sentezlenmesini yürüten metabolik reaksiyonlar çocuklarda tam olarak gelişmemiştir.


Adolph Strecker tarafından bulunan Strecker amino asit sentezi bir aldehit (ya da keton)dan bir dizi kimyasal reaksiyonla bir amino asit sentezlenmesidir . Aldehit potasyum siyanür eşliğinde amonyum klorür ile bir α-aminonitril oluşturacak şekilde reaksiyona sokulur. Daha sonra bu α-aminonitril hidrolize edilerek istenilen amino asit elde edilir. Orijinal Strecker reaksiyonunda asetaldehit, amonyak ve hidrojen siyanür ün verdiği reaksiyon ürünü, hidrolizlenerek alanin elde edilmiştir.

Amonyum tuzlarının kullanımı ornatılmamış amino asitleri verirken, primer ve sekonder aminlerin kullanımı da ornatılmış amino asitleri verir. Aynı şekilde, aldehitlerin yerine ketonların kullanımı α,α-disubstitüe amino asitleri verir.

Adolph Strecker’in 1850 yılından beri uygulanan geleneksel sentezi rasemik α-amino nitrilleri verir iken son zamanlarda asimetrik yardımcı maddeler ya da asimetrik katalizörler kullanılarak değişik yöntemler geliştirilmiştir.
Strecker sentezinin günümüzde kullanıldığı bir örnek "3-metil-2-bütanon"’dan başlayarak bir L-valin türevinin çok miktarda sentezlenmesidir :





PGPLOT

PGPLOT grafik kütüphanesi Fortran ve C tarafından çağırılabilen, basit bilimsel grafikler yapmak için kullanılan ve aygıttan bağımsız bir grafik paketidir. Minimum çaba harcayarak bilimsel yayın kalitesinde grafikler hazırlamak için tasarlanmıştır.

PGPlot kütüphanesi iki ana kısımdan oluşur: 
1- Aygıttan bağımsız
2- Çeşitli görüntü göstericiler, nokta vuruşlu yazıcılar, lazer yazıcılar ve kalemli yazıcılardan çıktı alabilmek için aygıta bağımlı kısım

PGPlot, Postscript ve GIF formatları da dahil olmak üzere yaygın olan dosya biçimlerini destekler. PGPlot'un kendisi de çoğunlukla Fortran 77'de yazılmıştır. PGPlot alt programcıkları Fortran 77 veya Fortran 90 gibi programlardan direkt olarak çağırılabilir. C bağlantı kütüphanesi ("cpgplot") ve başlık dosyası ("cpgplot"), PGPlot’ un C veya C++ programlarından çağrılabilmesini sağlamaktadır; bu bağlanti kütüphanesi C ve Fortran arasında irtibatı sağlar. PGPlot Unix (çogunlukla Linux, SunOS, Solaris, HPUX, AIX, ve Irix’leri içeren çeşitleri) ve OpenVMS işletim sistemleri ile test edilmiştir.

PGPlot kamuya açık olmayan bir yazılım olmakla birlikte ticari maksatla kullanılamaz. Kaynak kodu ve dokümantasyonu California Institute of Technology tarafından telif hakkı ile korunmaktadır.




Honduras

Honduras, Orta Amerika'da bir demokratik cumhuriyettir. Britanya Hondurası'ndan (yani Belize) farklı olarak İspanyol Hondruras'ı olarak da bilinir. Batısında Guatemala, güneybatısında El Salvador, güneydoğusunda Nikaragua bulunur.

Orta Amerika'da, Karayip Denizi kıyısında, Guatemala ve Nikaragua arasında ve Kuzey Pasifik Okyanusu kıyısında, El Salvador ve Nikaragua arasında yer alır. Alçak arazilerde subtropikal iklim, yükseklerde ve dağlarda ise ılıman iklim görülmektedir. İç kısımlarda çoğunlukla dağlar, kıyı bölgelerinde dar ovalar yer almaktadır. Ülkenin en yüksek noktası: Cerro Las Minas 2,870 m olup ülkede kereste, altın, gümüş, bakır, kurşun, çinko, demir, antimon, kömür, balık, hidro enerji gibi doğal kaynaklar bulunmaktadır. Hafif depremler yaygındır; Karayip kıyılarında kasırga ve su baskınları zarara yol açar. Yazları sıcak ve kurak kışları bol yağışlıdır.

Nüfusu 6,7 milyona varan Honduras'ta kilometrekareye 60 kişi düşmektedir. Halkın yarısından çoğu kırsal (%53) alanda yaşamaktadır fakat 1998'deki Mitch kasırgasının ardından şehre göçte artış gözlenmiştir.

Honduras halkı kökenlerine göre üç ana gruba ayrılır:

Son dönemde ortalama yaşam süresi kadınlarda 67, erkelerde ise 65 yıla yükselmiştir. Ülkede her 1600 kişiye bir doktor düşerken her 900 kişiye de hastanede bir yatak düşmektedir. Binde 30 bebek ölümlerine rastlanmaktadır.

Dünya Sağlık Örgütü verilerine göre halkın gıda gereksinimi %98'lik bir oranla giderilmesine rağmen halkın yarısına yakın bir kısmı hatalı veya yetersiz beslenmeden muzdariptir.

Ülkede okuma yazma oranı %76'dır (kadınlarda ve erkeklerde ortalama aynı). Kırsal alanda okuma yazma oranı şehre kıyasla oldukça düşüktür.

Son yıllarda gözlenen hızlı nüfus artışı (2004 verilerine göre %2,2) nedeniyle Honduras'ta nüfusun yarısından çoğunu 18 yaşın altındaki çocuklar ve gençler oluşturmaktadır. Nüfus, son dönemdeki hızıyla artmaya devam ederse 2025'te toplam nüfusun 14 milyona ulaşması beklenmektedir. Yalnız h