M Genel Kurulu’nda reddedildi. 1995 seçimlerinden önce ABD'deki malvarlığını Zübeyde Hanım Şehit Anaları Vakfı'na bağışlayacağını açıklamasına rağmen daha sonra bundan vazgeçti.

DYP, Tansu Çiller liderliğinde girdiği ilk seçim olan 1994 yerel seçimlerinde birinci olmasına karşın 1989'a göre oyları yaklaşık 4 puan geriledi. 18 Şubat 1995 tarihinde yapılan birleşme kurultayında hükümet ortağı SHP feshedilerek CHP'ye katıldı. SHP-CHP birleşmesi, DYP-SHP koalisyonunu pek etkilemedi ve koalisyon DYP-CHP koalisyonuna dönüştü. Birleşmeden sonra sadece bazı bakanlar değiştirildi, ama koalisyon hükümeti işbaşında kaldı. Bununla birlikte, Deniz Baykal’ın 10 Eylül 1995’te CHP genel başkanlığına seçilmesi, kısa süre içinde, koalisyon hükümetinin sonunu getirdi. 20 Eylül 1995'te Çiller ile Baykal arasında yapılan görüşmede hükümetin sürdürülmesi konusunda anlaşma sağlanamadı.

Bunun üzerine Çiller, 20 Eylül’de hükümetin istifasını Cumhurbaşkanı’na sundu. İstifayı kabul eden Demirel, bir gün sonra, hükümeti kurma görevini yeniden Çiller’e verdi. Çiller öteki parti liderleriyle yaptığı görüşmelerden bir sonuç alamadı ve bir koalisyon ortağı bulamadı. Bunun üzerine azınlık hükümetinin güvenoyu alabilmesi için, Meclis’te temsil edilen küçük partilerle temaslarda bulundu; Milliyetçi Hareket Partisi’nden (MHP) destek sözü alan Çiller bir azınlık hükümeti kurma yolunu seçti. Çiller’in oluşturduğu DYP azınlık hükümeti 5 Ekim’de Cumhurbaşkanı Demirel tarafından onaylandı. Bu süreçte, Çiller'in başbakan olduktan sonra Demirel'e cephe alması ve ona yakın isimlere karşı rezerv koyması DYP içinde bir çözülmeye neden oldu; Hüsamettin Cindoruk'un Tansu Çiller’le anlaşmazlığa düşerek, 1 Ekim’de TBMM başkanlığından istifa etmesinin ardından 12 Ekim tarihinde beş milletvekili (Orhan Kilercioğlu, Şerif Ercan, İbrahim Arısoy, Akın Gönen ve Ersin Faralyalı) DYP'den istifa etti. DYP'nin büyük fire verdiği 15 Ekim’de yapılan güven oylamasında Çiller’in azınlık hükümeti güvenoyu alamadı. Hükümet güvenoyu alamayınca Çiller Cumhurbaşkanı’na istifasını sundu. Bu arada, güvenoylamasına katılmayıp ya da katılıp da ret oyu veren, aralarında Cindoruk'un da olduğu 10 DYP'li milletvekili partiden ihraç edildi (16 Ekim).

16 Ekim’de bir araya gelen Çiller ve Baykal erken seçim koşuluyla bir DYP-CHP koalisyon hükümetinin kurulması konusunda anlaşmaya vardılar. Bu arada bir önceki DYP-CHP koalisyonunun bozulmasında etkisi olan İstanbul Emniyet Müdürü Necdet Menzir, Çiller-Baykal uzlaşmasının sağlandığı gün görevinden istifa etti. Cumhurbaşkanı Demirel, 17 Ekim’de, Meclis’te temsil edilen partilerin genel başkanlarıyla yaptığı görüşmelerden sonra, yeni hükümeti kurma görevini üçüncü kez Çiller’e verdi. Bakanlar kurulu listesi açıklanmadan önce, TBMM, 26 Ekim’de erken seçim kararı aldı ve 24 Aralık 1995’te erken seçime gidilmesini kararlaştırdı. 5 Kasım’da hükümet 172 ret oyuna karşılık 243 kabul oyuyla güvenoyu aldı.

24 Aralık 1995 genel seçimleri, Çiller’in, genel başkan olarak katıldığı ilk genel seçim oldu. DYP milletvekili aday listesi, temayül yoklaması ve ön seçim sonuçları değiştirilerek, muhalif grup üyelerinin imzaları olmadan, Tansu Çiller ve Yeminli grubun istediği şekilde oluşturuldu. Çiller'in Demirel ile seçim öncesinde yaşadığı sert bir tartışma nedeniyle Demirel’e yakınlıklarıyla bilinen Ekrem Ceyhun, Münif İslamoğlu ve Bekir Sami Daçe’ye milletvekili aday listelerinde yer vermediği iddia edildi. MHP ile yapılan seçim ittifakı görüşmeleri başarısızlıkla sonuçlandı. DYP seçim kampanyası boyunca milliyetçi bir söylem ve Tansu Çiller’in, laik Türk kadını imajını kullandı. Çiller, seçim kampanyasında ANAP lideri Mesut Yılmaz ve Refah Partisi lideri Necmettin Erbakan’a yüklendi. 1991 seçimlerinde DYP, %27,03’lük oy oranıyla birinci parti olurken; 1995 seçimlerinde, 135 milletvekilliği kazanarak %19,18’lik oy oranıyla üçüncü parti oldu. 1991 seçimlerine kıyasla oy oranı yüzde 30 oranında azaldı.

24 Aralık 1995 seçimlerinden kısa süre önce Tansu Çiller'i arayan Selçuk Parsadan, emekli Orgeneral Necdet Öztorun'un adını kullanarak “emekli ve muvazzaf askerlerin seçimlerde DYP'ye çalışmak istediklerini” belirterek kendisinden para talebinde bulundu. Bu talebin Çiller tarafından olumlu karşılanmasıyla Başbakanlık Örtülü Ödeneğinden Parsadan'a 5,5 milyar ödeme yapıldı. Mayıs 1996'da patlak veren bu skandalda Parsadan, dolandırıcılıktan dolayı yargılandı ve mahkûm oldu. Çiller ise örtülü ödeneği siyasi çıkar için kullandığı gerekçesiyle eleştirilere uğradı. Tansu Çiller'in başbakanlığı döneminde örtülü ödenek ile yaşanan ikinci skandal Çiller'in, Başbakanlık görevini Yılmaz'a devretmeden hemen önce örtülü ödenekten usulsüz biçimde 500 milyar TL çektiği iddiasıydı. 11 Mayıs 1996 tarihinde "Hürriyet"'te yayımlanan 13 Şubat 1996 tarihli belgede bu miktarın örtülü ödenek hesabının tutulduğu Vakıfbank Merkez Şubesi'nden çekildiğini gösteriyordu. Çiller iddiaları şiddetle reddetti, 19 Haziran 1996'da, Çiller için için verilen "örtülü ödenek" önergesi TBMM'de reddedildi.

25 Aralık 1995 gecesi Çanakkale'den İsrail'e seyretmekte olan Figen Akat adlı Türk bandıralı bir yük gemisinin Bodrum Yarımadası'dan 3,8 mil uzaklıktaki Kardak Kayalıkları'nda karaya oturması, Türkiye ile Yunanistan arasında "Karasuları Sorunu"nu yeniden gündeme taşırken, iki ülke arasında ulusal egemenlik alanlarının saptanması konusunda da yeni bir tartışma başlattı. 1996'nın başlarında krize dönüşen bu kazadan sonra, Yunanistan Başbakanı Kostas Simitis'in Kardak Kayalıkları'ndaki Yunan bayrağının kalacağına ilişkin açıklamasına Çiller'in "O asker gidecek, o bayrak da inecek" yaklaşımını sergilemesiyle gerginlik daha da tırmandı.

30 Ocak 1996 tarihine gelindiğinde, Kardak Kayalıkları'nın, doğusundan Türk savaş gemileri, batısından da Yunan savaş gemileri tarafından ablukaya alınmasıyla birlikte iki ülke arasında topyekün bir çatışma riski yükselmeye başladı. 30/31 Ocak gecesi, Türk SAT komandoları, "Yunus 1" adı verilen bir operasyonla, bölgedeki Yunan deniz kuvvetlerine fark ettirmeden Kardak Kayalıkları'ndan ikincisine (Batı Kardak Kayalığı) çıktılar. Kriz giderek tırmanırken, Amerika Birleşik Devletleri Başkanı Bill Clinton'ın, Çiller ve Simitis'i telefonla arayarak, iki NATO müttefikinin gerginliği artıracak davranışlardan kaçınmasını istemesiyle gerginlik yumuşamaya başladı.

Seçim sonucunda hiçbir partinin tek başına hükümet kurabilecek sayısal çoğunluğa ulaşamaması üzerine koalisyon görüşmeleri başladı. Seçimlerden birinci olarak çıkan Refah Partisi'nin genel başkanı Erbakan, hükümeti kurmakla görevlendirilmesine rağmen hiçbir partinin onunla koalisyon kurmak istememesiyle görevi iade etti. Kamuoyunun bir bölümü, iş çevreleri ve merkez medya'nın istediği iki merkez sağ partinin hükümet kurmasıydı. Bu taleplerin sonucu olarak yaklaşık iki ay süren koalisyon turlarından sonra Yılmaz ve Çiller 27 Şubat 1996'da “dönüşümlü başbakanlık” formülüyle ve Bülent Ecevit liderliğindeki Demokratik Sol Parti'nin (DSP) dışarıdan desteğiyle koalisyon kurmak üzere anlaştı. Başbakanlık koltuğuna önce Yılmaz oturacak, Çiller Başbakan olana kadar hükümete girmeyecekti. 53. Hükümeti Anayol koalisyonuyla 6 Mart 1996'da böyle kuruldu. Anayol azınlık hükümeti hakkında 12 Mart tarihinde yapılan güvenoylamasına 544 milletvekili katıldı ve 207 ret oyuna karşılık 257 olumlu oyla Yılmaz Hükümeti güvenoyu aldı. RP ve CHP milletvekilleri olumsuz oy kullanırken DSP Grubu çekimser kaldı.

Ancak hem Tansu Çiller ile Mesut Yılmaz arasındaki kişisel rekabet, hem de kendisinin devredışı bırakılmasını hazmedemeyen Refah Partisi'nin tüm gücüyle hükümete saldırmasıyla Anayol Hükümeti uzun süreli olamadı. RP bir yandan "Bir hükümetin güvenoyu almış sayılması için, oylamaya katılan milletvekillerinin salt çoğunluğunun olumlu oy vermiş olması gerektiğini, Mesut Yılmaz Hükümeti'nin ise yeterli güvenoyu alamadığını" ileri sürerek Anayasa Mahkemesine iptal davası açarken (12 Nisan), diğer yandan da Çiller ve eski Enerji ve Tabii Kaynaklar Bakanı Şinasi Altıner hakkında "TOFAŞ ve TEDAŞ ihalelerinde usülsüzlük ve yolsuzluk yapıldığını belirlenmesine karşılık gerekli işlemleri yapmayarak devleti zarara uğratarak görevini kötüye kullandıkları" iddiası konusunda iki ayrı soruşturma önergesi verdi.

Koalisyonun iki ortağı arasındaki geçimsizlik giderek artarken, Çiller aleyhine verilmiş olan TEDAŞ soruşturma önergesi 24 Nisan tarihinde, TOFAŞ soruşturma önergesi ise 9 Mayıs tarihinde RP, CHP, DSP ve koalisyon ortağı ANAP'ın olumlu oy kullanmasıyla kabul edildi. Çiller için meclis soruşturmaları açılmasının yolunu açan bu önergelere ANAP'lıların da olumlu oy vermesi koalisyon ortaklarının arasının iyice açılmasına neden oldu.

Refah Partisi'nin itirazını ele alan Anayasa Mahkemesi 14 Mayıs'ta yaptığı son toplantıdan sonra kararını açıkladı. Buna göre, Anayasa Mahkemesi RP'nin güvenoylamasına ilişkin iptal istemini yerinde bularak, oylamayı iptal etti. Mahkeme, yürütmeyi durdurma talebini ise reddetti. Bu kararın ardından haziran ayı başında DYP'nin hükümetten desteğini çekmesiyle Anayol koalisyonu kurulduktan 3 ay sonra karşılıklı suçlamalar eşliğinde dağıldı. Mesut Yılmaz 6 Haziran tarihinde başbakanlıktan istifa etti.

RP, Çiller'i, TEDAŞ ve TOFAŞ dosyalarıyla zorlarken, ANAP da Örtülü Ödeneği usulsüz kullandığı gerekçesiyle Çiller'e karşı bir araştırma önergesi vermişti. Zor durumda kalan Çiller RP ile koalisyon kurmayı kabul etti. 29 Haziran 1996'da Erbakan'ın başbakanlığı altında kısaca Refahyol olarak adlandırılan RP-DYP koalisyon hükümeti kuruldu, Çiller de başbakan yardımcısı ve dışişleri bakanı oldu. 19 Haziran 1996'da, Çiller için verilen "örtülü ödenek" önergesi RP'nin desteğiyle TBMM'de reddedildi. 25 Kasım'da, Çiller'in TEDAŞ ihalelerinde görevini kötüye kullandığı iddiasıyla oluşturulan TBMM Soruşturma Komisyonu RP'li ve DYP'li sekiz üyenin oyuna karşılık yedi oyla Çiller'in Yüce Divan'a sevkine gerek olmadığına karar verdi. 28 Kasım tarihinde de TOFAŞ Soruşturma Komisyonu yine Refahyol ortaklarının oylarıyla Çiller'i ak