an Theodorus Hall, spor salonu olarak 1904'te açılan Dodge Hall, 1906'da açılan Washburn Hall, 1913'te açılan Anderson Hall ve dispanser olarak 1914'te açılan Sloane Hall izledi. Böylece Güney Kampüs'te yer alan tarihi binaların inşası I. Dünya Savaşı'na kadar tamamlandı. Binaların yapımında bu kampüste bulunan ocaktan çıkarılan mavi kireçtaşı kullanıldı.

Bağışlarla gelişen Robert Kolej, 1929 Dünya Ekonomik Bunalımı öncesi ve sonrasında birçok finansal sıkıntı yaşadı. 1932'de Paul Monroe, aynı anda hem Robert Kolej'in hem de Amerikan Kız Koleji'nin başına geçen ilk kişi oldu. Böylece iki okul da aynı kişinin idaresine girdi. 1935'te ilk Türk müdür Hüseyin Pektaş başa geldi. 1957'de kolej yüksekokula dönüştürüldü. İki yıl sonra Robert Kolej ve Amerikan Kız Koleji tek bir mütevelli heyet tarafından idare edilmeye başladı. 1960'lı yıllara gelindiğinde yöneticiler, iki koleji birleştirip karma eğitim veren bir okul hâline getirmeyi düşünmeye başladı. Bununla birlikte bugün Güney Kampüs olan alanın tamamen Türkiye hükûmetine bırakılması fikirleri gelişti.

26 Ocak 1971'de Yönetim Kurulu, Robert Kolej'in üzerinde Boğaziçi Üniversitesi adıyla bağımsız bir üniversite kurulması için Türkiye hükûmetini teşvik eden önergeyi kabul etti. Ağustos'ta Türkiye Büyük Millet Meclisi okulun devlete geçişi hakkındaki maddeleri görüşmeye başladı, bazı milletvekilleri okulun adının Boğaziçi Üniversitesi yerine Fatih Üniversitesi olması fikrini öne sürse de bu fikir kabul görmedi. Aynı ay kabul edilen kanun tasarısıyla birlikte Boğaziçi Üniversitesi'nde üç yıllık bir geçiş sürecinin ardından Türkiye'de kabul edilen üniversiteler kanununa göre eğitim verilmeye başlanması kararlaştırıldı. 10 Eylül'de, günümüzde Güney Kampüs olan 118 dönümlük alan binalar, kütüphane ve laboratuvarlarıyla birlikte resmen Türkiye'ye devredilerek Boğaziçi Üniversitesi adıyla kamulaştı. Aynı ay Robert Kolej ile Amerikan Kız Koleji birleşerek aynı adla Arnavutköy'de karma eğitim vermeye başladı. Aptullah Kuran, Boğaziçi Üniversitesi'nin ilk rektörü seçildi. 20 Eylül'de üniversite yeni adıyla ilk derslerine başladı.

Boğaziçi Üniversite'nin beşi Avrupa Yakası'nda ve biri Anadolu Yakası'nda olmak üzere toplam altı kampüsü vardır. Bu kampüsler toplamda 1,672,106 m'lik bir alanı kaplar. Güney Kampüs, üniversitenin ana kampüsüdür ve büyük kısmı 18. yüzyılın sonu ile 19. yüzyılın başında yapılan binalardan oluşur. Bebek, Beşiktaş'a kurulmuştur. 118 dönümlük bir alanı kaplar. 1. Erkek Yurdu (Hamlin Hall); 1. Kız Yurdu (Zeynep-Ayşe Birkan Kız Yurdu ya da Theodorus Hall); konferanslarda, konserlerde, başta öğrenciler ya da öğretmenlerin yaptığı çeşitli toplantılarda kullanılan 487 kişi kapasiteli Albert Long Hall; fen-edebiyat fakültesinde yer alan çeşitli bölümlerin derslerinin verildiği Anderson Hall; Bilgi İşlem Merkezi; finansal ofis, iletişim ofisi, iş ofisi, kayıt işleri ofisi ve postaneden oluşan Yönetim Binası ya da diğer adıyla Gates Hall; Hülya Bozkurt Güzel Sanatlar Atölyesi; Kurumsal İletişim Ofisi; Öğrenci Dekanlığı; Mezunlar Derneği (BÜMED); Mithat Alam Film Merkezi; bir spor salonu ve tiyatro içeren Öğrenci Faaliyetleri Binası; Öğretim Üyeleri Merkezi (Kennedy Lodge); 1963'te inşa edilen ve mühendislik fakültesi olarak kullanılan Perkins Hall; sosyoloji ve psikoloji derslerinin görüldüğü Sloane Hall; Üniversite Kültürel Miras Müzesi; rektör, rektör yardımcıları, genel sekreter ofisi ile personel, araştırma ve planlama ofislerinden oluşan 1932'de inşası tamamlanan Van Millingen Kütüphanesi; iktisadi ve idari bilimler fakültesinin derslerinin görüldüğü Washburn Hall ile Yönetim Ofisleri üniversitenin Güney Kampüs'te yer alan birimleridir.
Kuzey Kampüs, Hisar Kampüsü ve Uçaksavar Kampüsü üniversitenin Bebek'teki diğer kampüsleridir. Kuzey Kampüs'te merkezi kütüphane koleksiyonlarını içeren Abdullah Kuran Kütüphanesi; Eğitim Fakültesi Binası; YADYOK Hazırlık Birimi; Mesleki Çalışmalar Yüksekokulu'nun elektronik laboratuvarları, üniversitenin yayınevine ait ofisleri ile matbaayı içeren Eğitim Teknolojileri Binası ve öğretim üyelerinin ofisleri, seminer odaları ile laboratuvarlardan oluşan Fen ve Mühendislik Binası ya da diğer adıyla Kare Blok Kuzey Kampüs'te yer alır. Kare Blok'ta bulunan laboratuvarlar bilgisayar mühendisliği, elektrik ve elektronik mühendisliği, fizik, inşaat mühendisliği, kimya, kimya mühendisliği, moleküler biyoloji ve genetik, makine mühendisliği ile nükleer mühendislik laboratuvarlardır. Kuzey Kampüs'te ek derslik ihtiyacına çözüm olması için inşa edilen Yeni Bina (New Hall), dört yurt ve bir kitabevi de bulunur. Üç ana binası olan Hisar Kampüsü, 1990'da açılmıştır. 7,924 m alana sahiptir ve içinde bir spor tesisinin yanı sıra Çevre Bilimleri Enstitüsü ve Uygulamalı Bilimler Yüksekokulu bulunur. Uçaksavar Kampüsü'nde görevliler için lojmanlar, öğrenciler için bir yurt, Garanti Kültür Merkezi, kapalı spor salonu ve stadyum vardır.

Sarıtepe Kampüsü, Kilyos'ta Karadeniz kıyısında yer alır. 1,272,600 m alana sahip olan bu kampüs sadece hazırlık öğrencileri içindir, YADYOK ve üç yurdun yanı sıra bir sosyal tesis içerir. 2014'ün sonundan bu yana üniversiteye ait rüzgâr santrali ile elektrik ihtiyacını karşılar ve bu özelliğe sahip ilk üniversite olarak kayıtlara geçmiştir. Ayrıca burada üniversitenin mezunlar derneğinin işlettiği Burc Beach adlı bir plaj da vardır. Kampüs arazisi 1985'te üniversiteye katılsa da buradaki ilk derslere 2002-2003 akademik yılında başlanmıştır. İyileştirme çalışmalarına rağmen kampüsün İstanbul'un sık nüfuslu alanlarına uzaklığı ve buna bağlı olarak gelişen ulaşım sorunları Kilyos'ta okuyan öğrencilerin birçok kez eylem yapmasına sebep olmuştur. Kandilli Kampüsü, Kandilli Rasathanesi'nin 1982'de Boğaziçi Üniversitesi'ne bağlanmasıyla oluşmuştur ve rasathaneye bir de Deprem Araştırma Enstitüsü eklenmiştir. Üniversitenin Anadolu Yakası'ndaki tek kampüsüdür ve Kandilli, Üsküdar'da yer alır.

Boğaziçi Üniversitesi'nde demokratik, katılımcı, özerk ve özgürlükçü üniversite yönetim modeli uygulanır. Üniversite Yönetim Kurulu ve Üniversite Senatosu yönetimde en fazla söz sahibi olan birimlerdir. Yönetim kurulu rektör ve yardımcıları dahil olmak üzere yirmi bir kişiden oluşurken senato, yine rektör ve yardımcıları dahil olmak üzere on dört kişiden oluşur. Bu iki birim tarafından 2547 sayılı Yükseköğretim Kanunu kapsamında katılımcı bir sistem sağlayabilmek için birçok komisyon ve kurul oluşturulmuştur. Akademik yönetim ise dört fakülte dekanı, altı enstitü müdürü, üç yüksekokul müdürü, otuz bir bölüm başkanı ile yirmi altı uygulama ve araştırma merkez müdürü tarafından sağlanır.

Rektör, üniversitenin baş yöneticisidir ve Yükseköğretim Kurulu kuralları gereğince görev süresi dört yıldır. Şu anki rektör Mehmed Özkan, önceden yapılan seçimlere aday olmaksızın Kasım 2016'da YÖK'ün önerisiyle Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan tarafından doğrudan atanarak göreve geldi. Temmuz 2016'daki seçimlerde %86 oy alarak üniversite tarihinin en yüksek oy oranıyla tekrar seçilen önceki rektör Gülay Barbarosoğlu, geçen dört aylık süre içinde göreve atanmamış ve Ekim'de hükûmet partisi AK Parti, olağanüstü hâl kapsamında çıkardığı kanun hükmünde kararname ile üniversitelerdeki rektörlük seçimlerini kaldırmıştı.

Rektörlüğe bağlı yirmi üç birim vardır: Araştırma-Planlama-Koordinasyon Şube Müdürlüğü, Arşiv ve Dokümantasyon Merkezi, Bilimsel Araştırma Projeleri Mali Koordinatörlüğü, Bilimsel Araştırma Projeleri Satınalma Şube Müdürlüğü, Bilimsel Araştırma Projeleri İdari Koordinatörlüğü, Burs Ofisi Koordinatörlüğü, Döner Sermaye İşletme Müdürlüğü, Engelliler Birimi Danışmanlığı, ERASMUS Kurumsal Koordinatörlüğü, İç Denetim Birimi Başkanlığı, İnsan Kaynakları Geliştirme Birimi Koordinatörlüğü, 
Kurumsal İletişim Ofisi, Kandilli Kampüsü İdari ve Teknik Koordinatörlüğü, Kilyos Sarıtepe Kampüsü Koordinatörlüğü, Lise Tanıtım Koordinatörlüğü, Mezunlar Ofisi Koordinatörlüğü, Öğrenci Faaliyetleri Koordinatörlüğü Öğretim Üyesi Yetiştirme Programı Kurum Koordinasyon Ofisi İdari Koordinatörlüğü, Özel Kalem, Spor Koordinatörlüğü, Stratejik Planlama Koordinatörlüğü, Teknoloji Transfer Ofisi, Uluslararası İlişkiler Koordinatörlüğü ve Yaz Dönemi Koordinatörlüğü.

Boğaziçi Üniversitesi'nde 2014 rakamlarıyla 11,417 lisans ve 4,267 lisansüstü olmak üzere 15,684 öğrenci okumaktadır. Bu sayının 7511'i kadınken 8173'ü erkektir. Buna ek olarak Türkiye dışındaki yaklaşık 75 ülkeden gelen 755 öğrenci de bulunmaktadır. Boğaziçi, ÖSYS sonucunda öğrenci alır ve Türkiye'nin ÖSYS'deki tüm puan türlerinde en yüksek puanla öğrenci alan devlet üniversitedir. Her yıl 1500'ün üzerinde öğrenci okula kabul edilir, 2015 yılında 1891 öğrenci kabul edilmiştir. Aynı yıl ÖSYS'deki tüm puan türlerinde ilk bine giren öğrencilerden 667'si Boğaziçi Üniversitesi'ni tercih ederek önceki yıl 623 olan bu sayıyı yükseltmiştir. Okulu kazanan öğrencilerden %48'i birinci tercihine, %20'si ikinci tercihine ve %12'si üçüncü tercihine Boğaziçi'ni yazarak yerleşmiştir.

Boğaziçi Üniversitesi'nde eğitim dili İngilizcedir. Bu yüzden yeni kazanan öğrencilerden belirli bir İngilizce bilgisine sahip olduklarını Üniversite Senatosu tarafından kabul edilen bir sınavla kanıtlamaları gerekir. Öğrencilerin İngilizce seviyelerini belirlemek amacıyla YADYOK tarafından İngilizce Yeterlik Sınavı (BUEPT/BÜYES) ve Düzey Belirleme Sınavı (DBS) yapılır. Yeni kayıt yaptıran tüm öğrencilerin Düzey Belirleme Sınavı'na girmeleri zorunluyken İngilizce Yeterlik Sınavı'na girmek öğrencinin isteğine bağlıdır. Yeterlik Sınavı'ndan en az C alanlar hazırlık eğitimi görmeksizin bölümlerinde eğitim görmeye başlar. Bu sınava girmeyenler ya da girdiği hâlde yeterli notu alamayanlar ise Düzey Belirleme Sınavı sonucundaki puanlarına göre hazırlık eğitimine alınır.

Boğaziçi Üniversitesi'nin tam zamanlı 449 öğretim üyesi, 89 öğretim görevlisi, 79 Türk uyruklu olmayan öğretim elemanı, 322 araştırma görevlisi ve 984 idari personeli vardır. Okulda dört fakülte, iki yüksekokul, altı enstitü bulunur ve bunların içinde 32 lisans, 56 yü