stasiun ini awalnya memiliki lima jalur dengan jalur 1 sebagai sepur lurus, namun jalur 5 sekarang sudah digusur untuk peron baru.
dari jalur 4, jalur mati yang menuju stasiun tarik diaktifkan kembali sebagai bagian dari relokasi jalur kereta api lintas timur menyusul semburan lumpur panas di porong.
sebagai stasiun kelas i, hampir semua kereta api berhenti di stasiun ini.
hanya kereta api barang (ketel dan semen) saja yang melintas langsung/tidak berhenti.
sejak 20 juli 2016 stasiun ini telah menerapkan sistem check-in dan boarding pass seperti yang berlaku di bandara.
layanan kereta api
bima, tujuan surabaya bersambung jakarta via madiun-yogyakarta-purwokerto dan tujuan malang
kelas campuran (eksekutif-bisnis)
mutiara timur, tujuan surabaya dan tujuan banyuwangi (khusus untuk jadwal malam bisa bersambung dari dan ke denpasar, bali, menggunakan armada bus kerjasama antara damri-pt kai).
ranggajati, tujuan surabaya bersambung cirebon via jombang-madiun-solo-yogyakarta-purwokerto dan tujuan jember
mutiara selatan, tujuan surabaya bersambung bandung via jombang-madiun-solo-yogyakarta-tasikmalaya dan tujuan malang
kelas ekonomi ac plus
jayabaya, tujuan jakarta via surabaya-semarang-cirebon dan tujuan malang
kelas ekonomi ac
logawa, tujuan surabaya bersambung purwokerto via jombang-madiun-solo-yogyakarta dan tujuan jember
sri tanjung, tujuan surabaya bersambung yogyakarta via jombang-madiun-solo dan tujuan banyuwangi
probowangi, tujuan surabaya dan tujuan banyuwangi
penataran, tujuan surabaya (gubeng atau kota) dan tujuan blitar via malang
tumapel, tujuan surabaya dan tujuan malang (lebih sering disebut sebagai ka penataran juga)
krd bojonegoro/lokal babat, dari dan tujuan surabaya-bojonegoro via lamongan-babat
delta ekspres (komuter surabaya-sidoarjo/susi), tujuan surabaya dan tujuan porong (non ac)
krd jenggala, dari dan tujuan mojokerto via tulangan (ac)
jadwal kereta api
berikut ini adalah jadwal kereta api di stasiun sidoarjo per 1 november 2016 (revisi gapeka 2015).
no. ka ka tujuan kelas tiba berangkat
90 mutiara timur malam surabaya gubeng (sgu) eksekutif &
bisnis 04.00 04.03
295 komuter surabaya-sidoarjo (susi) porong (pr) komuter ekonomi 04.42 04.44
219 probowangi banyuwangi baru (bw) ekonomi ac 04.58 05.06
459 penataran blitar (bl) 05.18 05.20
296 komuter surabaya-sidoarjo (susi) surabaya kota (sb) komuter ekonomi 06.01 06.03
306 jenggala sidoarjo (sda) komuter ekonomi ac 06.11 -
460l tumapel/penataran surabaya kota (sb) ekonomi ac 06.20 06.22
307 jenggala mojokerto (mr) komuter ekonomi ac - 06.30
44/45 bima malang kotabaru (ml) eksekutif satwa 06.44 06.46
132a mutiara selatan bisnis 07.47 07.50
471l krd bojonegoro/lokal babat sidoarjo (sda) ekonomi ac 07.57 -
461 penataran blitar (bl) 08.14 08.23
11040/10961 ranggajati surabaya gubeng (sgu) bersambung cirebon kejaksan (cn) eksekutif &
bisnis 08.21 08.25
308 jenggala sidoarjo (sda) komuter ekonomi ac 08.36 -
462 penataran surabaya kota (sb) ekonomi ac 08.59 09.01
87 mutiara timur siang banyuwangi baru (bw) eksekutif &
bisnis 09.23 09.26
472/473 krd bojonegoro/lokal babat bojonegoro (bj) ekonomi ac - 09.30
309 jenggala mojokerto (mr)
komuter ekonomi ac - 09.45
190l/187l logawa surabaya gubeng (sgu) bersambung purwokerto (pwt) ekonomi ac 09.47 09.51
310 jenggala sidoarjo (sda) komuter ekonomi ac 11.31 -
311 mojokerto (mr) - 12.05
463 penataran blitar (bl) ekonomi ac 12.09 12.13
196/193 sri tanjung surabaya gubeng (sgu) bersambung yogyakarta lempuyangan (lpn) 12.42 12.44
154/151 jayabaya jakarta pasar senen (pse) ekonomi ac plus 13.15 13.18
297 komuter surabaya-sidoarjo (susi) porong (pr) komuter ekonomi 14.12 14.18
464 penataran surabaya kota (sb) ekonomi ac 14.16 14.20
194/195 sri tanjung banyuwangi baru (bw) 14.53 15.01
88 mutiara timur siang surabaya gubeng (sgu) eksekutif &
bisnis 14.59 15.03
314 jenggala sidoarjo (sda) komuter ekonomi ac 15.11 -
315 mojokerto (mr) - 15.30
46/43 bima surabaya gubeng (sgu) bersambung jakarta gambir (gmr) eksekutif satwa 15.49 15.56
188/189 logawa jember (jr) ekonomi ac 15.54 15.58
298 komuter surabaya-sidoarjo (susi) surabaya kota (sb) komuter ekonomi 16.14 16.16
474/475 krd bojonegoro/lokal babat sidoarjo (sda) ekonomi ac 16.45 -
476 surabaya pasarturi (sbi) - 17.20
316 jenggala sidoarjo (sda) komuter ekonomi ac 17.26 -
317 mojokerto (mr) - 17.40
131a mutiara selatan surabaya gubeng (sgu) bersambung bandung hall (bd) bisnis 17.50 17.54
465l penataran blitar (bl) ekonomi ac 18.28 18.30
11060/10985 ranggajati jember (jr) eksekutif &
bisnis 18.36 18.39
299l komuter surabaya-sidoarjo (susi) porong (pr) komuter ekonomi 18.58 19.02
466l penataran surabaya gubeng (sgu) ekonomi ac 18.56 19.00
318 jenggala sidoarjo (sda) komuter ekonomi ac 19.33 -
300 komuter surabaya-sidoarjo (susi) surabaya kota (sb) komuter ekonomi 19.51 19.53
220 probowangi ekonomi ac 20.11 20.13
467l tumapel/penataran malang kotabaru (ml) 20.39 20.41
319 jenggala mojokerto (mr) komuter ekonomi ac - 21.00
468l penataran surabaya kota (sb) ekonomi ac 21.52 21.54
89 mutiara timur malam banyuwangi baru (bw) bersambung denpasar (den) eksekutif &
bisnis 22.33 22.35
152/153 jayabaya malang kotabaru (ml) ekonomi ac plus 23.51 23.53
jalur kereta api wonokromo-sidoarjo
jalur kereta api sidoarjo-bangil
jalur kereta api sidoarjo-tarik