mulai dibangun pada tahun 1634, pembangunan (pulau) dejima memakan waktu 2 tahun.
keshogunan memerintahkan kota nagasaki membangun dejima untuk kamp orang portugis.
biaya pembangunan dari kas pemerintah kota nagasaki, dan modal diharapkan kembali dari uang sewa tahunan yang dibayar orang portugis (kemudian orang belanda) yang tinggal di sana.
setelah jepang mengusir orang portugis (1639), kantor perdagangan voc pindah dari hirado ke dejima pada tahun 1641.
sejak itu pula, kontak jepang dengan orang belanda dilakukan di dejima selama sekitar dua abad.
pada prinsipnya, orang jepang dan orang belanda dilarang keluar masuk dejima kecuali untuk urusan resmi.
walaupun demikian, dokter berkebangsaan jerman yang masuk ke jepang sebagai orang belanda, philipp franz von siebold bebas keluar masuk pulau dejima yang sempit.
setelah perjanjian persahabatan jepang-belanda (1855) ditandatangani, orang belanda bebas keluar masuk kota nagasaki.
sejak itu pula dejima kehilangan perannya sebagai pos perdagangan belanda.
pada tahun 1859, pos perdagangan belanda di dejima ditutup.
pada masa politik isolasi, dejima merupakan satu-satunya tempat orang jepang berhubungan dengan orang eropa.
kebudayaan serta flora dan fauna jepang dikenal di eropa berkat tulisan engelbert kaempfer, carl peter thunberg, dan phillip von siebold yang pernah bertugas di dejima.
shogun tokugawa yoshimune menganjurkan orang jepang untuk belajar ilmu terapan, sehingga orang jepang mulai dibolehkan membaca buku-buku dari barat.
buku-buku yang diterima dari belanda di dejima dijadikan satu-satunya sumber untuk belajar ilmu kedokteran dan astronomi.
pada waktu itu, ilmu dari barat dikenal di jepang sebagai rangaku (ilmu belanda).
laut di sekeliling dejima direklamasi pada tahun 1940 sewaktu renovasi pelabuhan nagasaki, sehingga dejima sudah menjadi satu dengan kota nagasaki.
di wilayah sekitar dejima dipasang marka pembatas, agar wisatawan masih bisa merasakan dejima sebagai sebuah pulau.
pemerintah kota nagasaki memiliki anggaran 17 miliar yen untuk merekonstruksi dejima.
pekerjaan rekonstruksi dimulai sejak tahun sejak 1196.
tahap i berupa renovasi 5 bangunan termasuk kediaman wakil kepala kantor perdagangan voc selesai tahun 2000.
dalam tahap ii yang selesai 1 april 2006 berhasil diselesaikan jalur perairan untuk keluar masuk kapal belanda, sejumlah 5 bangunan termasuk rumah kapitan (rumah opperhoofd, kepala kantor perdagangan), kantor pejabat pengawas sekaligus wakil perdagangan pihak jepang, serta gudang gula dan minuman keras.
bila proyek rekonstruksi selesai, parit akan digali di sekeliling dejima, dan bentuk asal dejima yang seperti kipas lipat akan dikembalikan seperti semula.
daftar kepala kantor
jacques specx: 20 september 1609 - 28 agustus 1612
hendrik brouwer: 28 agustus 1612 - 6 agustus 1614
jacques specx: 6 agustus 1614 - 29 oktober 1621
leonardt camps: 29 oktober 1621 - 21 november 1623
cornelis van nijenrode: 21 november 1623 - 1631
pieter stamper: 1631
corneliszoon van neijenroode: 1631 - 31 januari 1633
pieter van santen: 31 januari 1633 - 6 september 1633
nicolaes couckebacker: 6 september 1633 - 1635
maerten wesselingh: 1635-1637
nicolaes couckebacker: 1637 - 3 februari 1639
franois caron: 3 februari 1639 - 13 februari 1641
kazuo nishi, nagasaki dejima oranda ikoku jij (), kadokawa shoten, 2004, isbn 4-04-702128-8
hiroshi akase, "kabushiki gaisha" nagasaki dejima (), kdansha, isbn 4-06-258336-4
kazuo nishi, ed.
fukugen oranda shkan: nagasaki dejima runesansu ( ), ebisu-kosyo shuppan, 2004, isbn 4-900901-35-0