pada tanggal 12 mei 1847, root secara sukarela menjadi serdadu selama 6 tahun di ambon dengan gaji 60 gulden.
pada tahun 1848, root ikut dalam batalyon iii yang ikut dalam perang bali ii dan ikut lagi - di bawah overste toontje poland - dalam penaklukan jagaraga.
tak lama setelah perang bali iii, root dipindahtugaskan ke batalyon xiii dan bertolak ke kalimantan barat.
kongsi-kongsi yang dibentuk pendatang tionghoa di sana menekan penduduk dayak dan semakin menunjukkan perlawanan terhadap kepentingan belanda di sana, sehingga belanda merasa perlu menempuh jalan kekerasan dengan ekspedisi.
pada bulan juni 1850, angkatan laut dengan sebuah divisi pendaratan melakukan penyerangan ke kubu-kubu tionghoa di sungai sekadau, namun menderita kekalahan telak karena bala bantuan sambas turut membela tionghoa.
karena itulah, orang tionghoa merasa dirinya kuat dan terus-menerus memperkuat diri.
pada tanggal 11 september, belanda menyerbu pemangkat dipimpin oleh letkol.
frederik johannes sorg. sorg meninggal akibat penyerangan itu, dan digantikan oleh letkol.
le bron de vexela, yang memimpin 2 kompi dari batalyon xiii dan kemudian 2 howitzer dari jawa ke kalbar.
orang-orang tionghoa di pemangkat harus diserang kembali.
pasukan belanda bertolak dari sambas pada tanggal 18 november dan 2 hari kemudian menyerang benteng pertahanan orang tionghoa.
dengan susah payah, pasukan belanda dapat menundukkannya dengan artileri, yang di sana para personelnya mengalami kehilangan besar, sehingga pasukan (terdiri atas 25 perwira beserta 544 lainnya) harus kembali dan tiba di bivak dengan 28 korban tewas dan luka-luka.
johannes root termasuk di antara mereka, yang terkena tembakan di kaki kiri.
atas segala keikutsertaanya, ia diberikan sebutan kehormatan menurut dekret kerajaan 19 juli 1851.
operasi atas pemangkat terbilang sukses namun pada tanggal 9 desember terjadi serangan ke benteng sorg dan dapat dipertahankan secara kuat.
mungkin karena orang tionghoa kekurangan bahan makanan akibat ketatnya blokade, permusuhan di kedua belah pihak disepakati berakhir.
di saat yang sama, perlawanan tidaklah serta merta padam.
di awal tahun 1853, sebuah ekspedisi baru diluncurkan, yang terdiri dari garnisun-garnisun di pantai barat.
selanjutnya terjadi serangkaian pertempuran, dan al turut serta pula.
dalam pertempuran yang berlangsung di kaki gunung sekadau pada tanggal 22 juni 1853, johannes root yang ikut di batalyon xiii terkena luka tembak masuk dengan fraktur lengan kiri.
operasi militer itu mengawali ekspedisi sengit di bawah letkol.
a.j. andresen dan may. de brabant namun tidak sampai tanggal 28 mei 1854 di monterado, titik fokus perlawanan, para pemberontakan dipaksa tunduk di bawah kapt. gustave verspijck, asisten residen sementara.
dengan koninklijk besluit 21 oktober 1854, root diangkat sebagai ksatria kelas iv militaire willems-orde atas tindakannya dalam operasi militer di borneo, selama bulan maret hingga juli 1853.
tak lama sebelum luka terakhirnya, root diikutsertakan kembali dalam pasukan dengan gaji 20 gulden.
ia dipindahtugaskan ke jawa pada tanggal 29 oktober 1853.
pada tanggal 25 november, ia menerima medali perunggu dengan bonus 12 gulden dan pada tanggal 22 maret 1854 menerima tunjangan 153 gulden per tahun.
ia meninggalkan knil pada tanggal 28 juli untuk selanjutnya menetap di banda.
setelah dinas militernya, root bekerja di krediet en handelsvereniging banda.
een veteraan in de tropen: johannes root, ridder der militaire willemsorde vierde klasse.
eigen haard, hal. 36-37.