secara teoretis pembagian lembaga negara tersebut meliputi: (1) lembaga negara utama (primary state institution); (2) lembaga negara penunjang (supporting state institution); dan lembaga negara tambahan (auxiliary state institution).
lembaga negara utama sebagaimana yang diatur dalam uud 1945 meliputi:
mpr (majelis permusyawaratan rakyat)
presiden dan wakil presiden
dpr (dewan perwakilan rakyat)
dpd (dewan perwakilan daerah)
bpk (badan pemeriksa keuangan)
ma (mahkamah agung)
mk (mahkamah konstitusi)
lembaga negara penunjang yang diatur dalam uud 1945 adalah:
pemerintah daerah (provinsi dan kabupaten/kota)
kpu (komisi pemilihan umum)
ky (komisi yudisial)
lembaga negara tambahan dibentuk/diatur melalui berbagai peraturan perundang-undangan di bawah uud dan jumlahnya saat ini cukup banyak, antara lain:
... dst [untuk dilengkapi]
uraian selanjutnya di bawah ini belum sempat disunting.
lembaga negara yang masuk dalam lapis kedua yang disebutkan dalam uud 1945:
duta dan konsul (pasal 13 ayat 1)
suatu dewan pertimbangan yang bertugas memberikan nasihat dan pertimbangan kepada presiden, yang selanjutnya diatur dalam undang-undang (pasal 16) - dahulu dewan pertimbangan agung (dihapus saat amendemen) sekarang dewan pertimbangan presiden
menteri negara (pasal 17)
menteri dalam negeri, menteri luar negeri, menteri pertahanan disebutkan secara eksplisit dalam uud 1945 (pasal 8 ayat 3)
komisi pemilihan umum yang bersifat nasional, tetap, dan mandiri, yang diatur lebih lanjut dalam undang-undang - komisi pemilihan umum (pasal 22e ayat 5)
bank sentral yang susunan, kedudukan, kewenangan, tanggungjawab dan independensinya diatur lebih lanjut dengan undang-undang - bank sentral (pasal 23d)
tentara nasional indonesia (pasal 30 ayat 3)
angkatan darat, angkatan laut dan angkatan udara disebutkan secara eksplisit dalam uud 1945 (pasal 10)
kepolisian negara (pasal 30 ayat 4)
selain enam lembaga yang disebutkan dalam uud diatas, terdapat juga lembaga lain yang disejajarkan dengan organisasi lapis ke dua yakni lembaga negara yang dibentuk dengan uu, yang disusun antara dpr dan presiden.
lembaga ini dapat dibubarkan apabila uu atau pasal yang mengatur lembaga tersebut dibatalkan melalui judicial review di mahkamah konstitusi.
beberapa contoh lembaga ini yaitu:
kejaksaan agung (uu 16 tahun 2004);
otoritas jasa keuangan (uu 21 tahun 2011);
lembaga penjamin simpanan (uu 24 tahun 2004);
komisi nasional hak asasi manusia (uu 39 tahun 1999);
komisi pemberantasan korupsi (uu 20 tahun 2002);
komisi penyiaran indonesia (uu 30 tahun 2002);
komisi pengawas persaingan usaha (uu 5 tahun 1999);
komisi kebenaran dan rekonsiliasi (uu 27 tahun 2004) - dibatalkan mahkamah konstitusi;
komisi perlindungan anak indonesia (uu 23 tahun 2002);
ombudsman republik indonesia (uu 37 tahun 2008); dan lain-lainnya.
kelompok ketiga adalah organ konstitusi yang termasuk kategori lembaga negara yang sumber kewenangannya berasal dari regulator atau pembentuk peraturan di bawah undang-undang.
artinya, keberadaannya secara hukum hanya didasarkan atas kebijakan presiden (presidential policy) atau beleid presiden.
jika presiden hendak membubarkannya lagi, maka tentu presiden berwenang untuk itu.
artinya, keberadaannya sepenuhnya tergantung kepada beleid presiden.
contoh lembaga-lembaga ini yaitu:
badan ekonomi kreatif (perpres 6 tahun 2015)
badan pengawas keuangan dan pembangunan (perpres 192 tahun 2014)
lembaga kebijakan pengadaan barang/jasa pemerintah (perpres 106 tahun 2007)
lembaga ketahanan nasional (perpres 67 tahun 2016); dan lain-lainnya
penataan lembaga negara "perlu undang-undang penataan kelembagaan"
di samping itu, ada pula lembaga-lembaga daerah yang diatur dalam bab vi uud 1945 tentang pemerintah daerah.
dalam ketentuan tersebut diatur adanya beberapa organ jabatan yang dapat disebut sebagai organ daerah atau lembaga daerah yang merupakan lembaga negara yang terdapat di daerah.
lembaga-lembaga daerah itu adalah:
pemerintahan daerah provinsi (terdiri atas gubemur &
pemerintahan daerah kabupaten (terdiri atas bupati &
dprd kabupaten); dan
pemerintahan daerah kota (terdiri atas walikota &
lembaga tingkat daerah
lembaga di tingkat daerah disebut lembaga daerah yang dapat dibedakan pula, yaitu:
lembaga daerah yang dibentuk berdasarkan uud, uu, peraturan pemerintah atau peraturan presiden yang pengangkatan anggota dilakukan dengan keputusan presiden; contoh: badan pelaksana pengelola masjid istiqlal, badan pengembangan wilayah surabaya-madura, badan penanggulangan lumpur sidoarjo, otorita batam, dan lainnya.
lembaga daerah yang dibentuk berdasarkan peraturan tingkat pusat atau peraturan daerah provinsi dan pengangkatan anggotanya ditetapkan dengan keputusan presiden atau pejabat pusat; contoh: sekretaris daerah.
lembaga daerah yang kewenangannya diatur dalam peraturan daerah provinsi dan pengangkatan anggotanya dilakukan dengan keputusan gubernur;
lembaga daerah yang dibentuk berdasarkan peraturan gubernur yang pengangkatan anggotanya ditetapkan dengan keputusan gubernur;
lembaga daerah yang dibentuk berdasarkan peraturan gubernur yang pengangkatan anggotanya ditetapkan dengan keputusan bupati atau walikota;
lembaga daerah yang dibentuk berdasarkan peraturan daerah kabupaten/kota yang pengangkatan anggotanya ditetapkan dengan keputusan bupati atau walikota; dan
lembaga daerah yang dibentuk berdasarkan peraturan bupati atau walikota yang pengangkatan anggotanya ditetapkan dengan keputusan bupati atau walikota.
jimly asshiddiqie (2006): perkembangan dan konsolidasi lembaga negara pasca reformasi hal. 53
lembaga negara yang telah dibubarkan
lembaga tinggi negara
dewan pertimbangan agung
kementerian / departemen negara
lembaga pemerintah non kementerian / departemen
badan pengembangan kebudayaan dan pariwisata
lembaga informasi nasional
lembaga non struktural
badan penyehatan perbankan nasional
badan rehabilitasi dan rekonstruksi untuk aceh dan nias
unit kerja presiden untuk pengelolaan program kebijakan dan reformasi
lembaga struktural di bawah kementerian / departemen negara
badan akuntansi keuangan negara (di bawah departemen keuangan)
daftar susunan organisasi lembaga negara
kategori:daftar bertopik indonesia