untuk kepentingan optimalisasi rangkaian dan pengaturan waktu perjalanan, mulai 1 maret 2012 ka bogowonto dijalankan siang hari dan diperpanjang rutenya berangkat dari stasiun lempuyangan yogyakartasuara merdeka ol: ka bogowonto dioperasikan siang hari, berita tgl 20/02/2012.
mulai bulan itu juga, kereta api bogowonto mengalami kenaikan tarif seperti halnya kereta api gajah wong.
tarifnya memang lebih mahal daripada kereta api ekonomi biasa, tetapi okupansi penumpang di ka ini relatif bagus.
rangkaian kereta ini juga seringkali bertukar dengan rangkaian kereta api gajah wong, kereta api malioboro ekspres, kereta api fajar utama yogya dan kereta api senja utama yogya.
sejak 2015, rangkaian bogowonto yang merupakan buatan tahun 2010 mulai menggunakan livery kesepakatan, menggantikan livery biru khas ekonomi ac sebelumnya.
sejak 2016, ka bogowonto sudah menggunakan rangkaian baru ekonomi ac plus (k3 2016) buatan pt inka pada tahun 2016.
sesuai gapeka 2015 ka bogowonto berangkat pada pagi hari pukul 09.00 dari lempuyangan menuju jakarta pasarsenen dan kembali pada malam hari pukul 21.45 dari jakarta pasarsenen menuju lempuyangan.
sepanjang perjalanan, ka bogowonto berhenti normal di wates, jenar, kutoarjo, kebumen, gombong, kroya, purwokerto, notog, ciledug, cirebon prujakan, haurgeulis, dan jatinegara pergi-pulang; kecuali keberangkatan dari pasar senen tidak singgah di jatinegara, ciledug, dan notog.
jadwal perjalanan kereta api 2015
lempuyangan-pasar senen, pp.
cc 201, cc 203, cc 204, cc 206
sebuah lokomotif, delapan kereta ekonomi ac pt inka (k3), dan satu kereta makan pembangkit (kmp3/mp3/mp1), satu kereta pembangkit (p, jarang dipakai), satu gerbong bagasi (b).
jumlah tempat duduk
600 tempat duduk untuk satu orang
jadwal sesuai gapeka 2015
ka 161 bogowonto pagi (lempuyangan-pasar senen)
ka 162 bogowonto malam (pasar senen-lempuyangan)
pada tanggal 4 mei 2014, kereta api bogowonto beserta gerbong pembangkit (p 0 08 01) yang ditarik cc206 terguling setelah menabrak truk kontainer di cirebon, jawa barat.
tidak ada korban jiwa, namun masinis dan beberapa penumpang terluka.
kejadian ini menyebabkan jadwal kereta terhambat dan evakuasi berjalan sulit karena bobot cc206 yang berat.majalah ka edisi juni 2014: lagi-lagi cc206 jungkel
pada tanggal 9 september 2016 kereta api bogowonto dari senen menuju ke lempuyangan terlambat di cirebon prujakan terjadi ada ganguan kereta makan pembangkit listrik yang menyebabkan dilakukan pergantian gerbong pembangkit selama 3 jam dari pukul 1 smpai dengan pukul 4 di stasiun cirebon prujakan.
moment ka bogowonto
mulai 14 september 2016 ka bogowonto sudah membawa 2 lokomotif sekaligus yaitu cc 206 13/15 xx dan cc 206 16 xx lokomotif baru.
rencana lokomotif baru dibawa ke jatinegara untuk dilepas satu dari dua lokomotif baru atau lokomotif lama.
berikut ini 11 pengiriman lokomotif yang dibawa ka bogowonto:
cc206 16 01
cc206 16 02
cc206 16 03
cc206 16 04
cc206 16 05
cc206 16 06
cc206 16 07
cc206 16 08
cc206 16 09
cc206 16 10
cc206 16 11
berkas:bogo 136.jpg|kereta api bogowonto melintasi kawasan [[sedayu, bantul]]berkas:bogowonto.jpg|kereta api bogowontoberkas:semboyan 41 131016-40392 kbm.jpg|ppka memberangkatkan kereta api bogowonto dengan semboyan 40berkas:ka bogowonto lpn.jpg|kereta api bogowonto berjalan langsung di [[stasiun songgom]]berkas:cc 206 13 31 bogowonto di stasiun lempuyangan.jpg|kereta api bogowonto sampai di [[stasiun lempuyangan]]berkas:kalimenur spots.jpg|kereta api bogowonto ketika masih dihela [[cc203]] melintas kalimenurberkas:cc20613100 bogowonto.jpg|cc206 13 100 akan berangkat pada malam hari, di [[stasiun jatinegara]].berkas:bogowonto sakanem.jpg|cc206 dengan [[kereta api bogowonto]] melintas di [[jembatan sakalibel]], [[bumiayu, brebes]].berkas:ka 161 bogowonto melintas stasiun tambun.jpg|ka bogowonto melintas stasiun tambun dan penggemar railfans
nyaman berkereta api dengan ka ekonomi ac
jadwal kereta api 2015 (lengkap)