sma negeri mojoagung berdiri tahun 1986.
diresmikan dan prasasti ditandatangani oleh menteri pendidikan dan kebudayaan prof. dr.
berdiri diatas tanah desa kauman kecamatan mojoagung seluas 10.720 m2.
sma negeri mojoagung pada awal berdirinya terdiri dari 3 kelas reguler.
setelah berjalan membuka 3 jurusan, ipa, ips dan bahasa.
dengan perkembangan masa tahun 1998 hanya 2 jurusan yaitu ipa dan ips. sampai sekarang jumlah rombongan belajar telah mejadi 27 kelas.
dengan jumlah guru 54 orang dan dibantu 19 karyawan.
sejak berdiri, sma negeri mojoagung merupakan sekolah yang cukup potensial berkembang di kawasan timur kabupaten jombang.
dimulai dengan bantuan /blockgrant untuk menjadi sekolah model (sekolah binaan diknas pusat jakarta) pada tahun 1999.
setelah lima tahun berturut  turut menjadi sekolah model dan menjadi rangking 1 menurut penilaian pembinaan sekolah model, maka pada tahun 2004 sma negeri mojoagung mendapat bantuan untuk persiapan menjadi rintisan sekolah bertaraf international (rsbi).
satu tahun berikutnya yakni tahun pelajaran 2005  2006, sma negeri mojoagung mulai membuka kelas rintisan sekolah bertaraf internasional dan menjadi sekolah rsbi pertama di kabupaten jombang, bersama dengan sma darul ulum 2 peterongan.
pada tahun 2012 status rsbi dicabut oleh pemerintah sehingga tidak ada lagi sistem rsbi pada sekolah-sekolah berstatus rsbi, termasuk sma negeri mojoagung.
sampai sekarang sma negeri mojoagung telah menjadi sekolah unggulan di kabupaten jombang dengan berbagai prestasi yang telah dicapai.
selama ini sma negeri mojoagung telah mengalami 7 kepemimpinan kepala sekolah :
poerdjito, b.a (19911992)
drs. pandit soetjipto (19921997)
drs. sindung sriwidodo, mm (19972006)
drs. sudarto, m.si (20072011)
drs. wawang hoetawarman, m.pd (20122014)
drs. achmad damanhuri, m.m (2015  sekarang)
kami lah siswa siswi smanema,
demi masa depan bangsaku,
kami lah warga smanema,
bangga bersamanya mengemban,
visi dan misi yang ada.
demi smanema ku
medali perunggu osn kebumian 2011 atas nama eka dhamayanti
medali perak osn kebumian 2012 atas nama eka dhamayanti
medali perak osn 2013 atas nama cendi diar permata dana
medali perunggu international earth science olympiad, new delhi, india, 2013 atas nama eka dhamayanti
nilai un tertinggi se-jawa timur 2013 atas nama alvinura fajrin
juara 3 shodou se-jawa timur-2012
juara umum (trophy bergilir dansatrad 222 kabuh) garuda 12" se-jawa timur, yang diselenggarakan oleh sman 3 jombang
juara 1 gerak jalan kabupaten 2015
juara 1 festival fotografi nasional - ipb 2014
it club (it club-smanema)
volsnema (bola voli -smanema)
iis (intensive islamic studies-smanema)
merupakan sebutan bagi osis sma negeri mojoagung.
osnema memiliki kabinet yang berbeda-beda setiap tahunnya seperti osnema go (2011), osnema jaya (2012), osnema bisa (2013), osnema bersatu (2014), dan kabinet-kabinet selanjutnya.
osis sma negeri mojoagung merupakan organisasi resmi yang berada di sma negeri mojoagung.
osnema nemiliki tugas untuk mengatur kegiatan-kegiatan ekstrakulikuler yang ada di smanema.
setiap struktur di osnema memiliki fungsi dan tugas masing-masing.
osis sma negeri mojoagung terkenal dengan kreativitasnya dalam merangkai proker-proker yang unik dan berbeda seperti smanema solidarity games, new year party, dan acara lain.
regent secondary school - singapore
sejak berstatus rsbi, sma negeri mojoagung menjalin kerjasama dengan sekolah luar negeri, salah satunya regent secondary school, singapore.
kerjasama dilakukan dalam hal student exchange, baik dari smanema ke regent, dan regent ke smanema.
kunjungan terakhir regent secondary school pada november tahun 2012 lalu dengan membawa rombongan 39 siswa.
university of new south wales (unsw) - australia
kerjasama smanema dengan unsw merupakan kerjasama dalam hal penyelenggaraan ujian internasional.
ujian internasional yang dimaksud adalah ujian icas (international competitions and assesments for schools).