setelah belanda takluk dan meninggalkan wilayah hindia belanda di bawah kekuasaan inggris (1811), sultan hamengkubuwana ii kembali menduduki tahta kesultanan yogyakarta.
sementara itu, hamengkubuwana iii kembali menjadi putera mahkota serta membuat perdamaian dengan ayahnya pada tanggal 5 november 1811.
namun, kedatangan inggris ditentang oleh keraton-keraton di jawa (yogyakarta dan kasunanan surakarta) yang mengadakan perjanjian rahasia untuk melawan inggris.
ketegangan yang memuncak membuat john crawfurd (residen inggris di yogyakarta) mengontak putera mahkota melalui perantaraan pangeran diponegoro.
pihak inggris bermaksud untuk mengangkat putera mahkota kembali menjadi sultan karena memiliki sikap lebih ramah dan penurut dibandingkan ayahnya yang kaku.
di lain pihak, sultan hamengkubuwana ii bermaksud membujuk inggris untuk mengganti kedudukan putera mahkota kepada mangkudinigrat.
putera mahkota sendiri dikisahkan dalam babad bedhahing ngayogyakarta karya pangeran panular dan tinjauan residen valck tidak berniat merebut kekuasaan meskipun keselamatan dirinya terancam oleh ayahnya.
itulah sebabnya dirinya masih berada di keraton pada saat inggris menyerang.
pada tanggal 13 juni 1812, 1000 orang pasukan inggris (setengahnya sepoy) memasuki benteng vrederburg secara diam-diam di malam hari.
raffles tiba di yogyakarta pada tanggal 17 juni 1812.
keesokan harinya pada pukul lima pagi, keluarga pangeran natakusuma mengungsi ke benteng, sementara pengikutnya memakai kain putih di lengan kiri sebagai tanda pengenal bagi inggris.
pada hari itu, pasukan penyergap yang dipimpin raden harya sindureja berhasil menyergap pasukan kavaleri inggris dan menjadi satu-satunya kesuksesan pasukan keraton dalam menghadapi inggris.
pada hari yang sama, raffles mengultimatum sultan untuk menyerahkan kedudukan kepada putera mahkota yang selanjutnya ditolak oleh sultan.
pada tanggal 19 juni 1812, pasukan inggris mulai membombardir keraton sebagai peringatan, tetapi sultan mengabaikannya.
terjadi insiden pada ''bastion'' timur laut, di mana meriam kyai nagarunting meledak ketika ditembakkan, mengakibatkan beberapa pengawaknya (anggota brigade ''setabel'', artileri keraton) mengalami luka bakar.
sebuah gudang munisi yang dijaga anggota brigade bugis juga dilaporkan meledak terkena peluru meriam inggris.
pertempuran utama terjadi pada tanggal 20 juni 1812 yang dimenangkan oleh inggris.
pada saat fajar keesokan harinya, pasukan inggris menggunakan tangga-tangga bambu yang disiapkan kapitan tionghoa tan jin sing untuk masuk ke dalam keraton.
selain itu, terjadi pula penembakan terhadap ''plengkung'' tarunasura dan pintu pancasura yang memperparah penyerbuan.
penyerangan tersebut mengakibatkan banyak keluarga keraton yogyakarta yang tewas, antara lain salah satu dari ketiga menantu sultan (krt sumadiningrat, panglima pasukan keraton) dan ratu kedaton.
saat pasukan inggris berhasil mengepung ''kedhaton'' (pusat keraton), sultan hamengkubuwana ii menyerah dengan berpakaian serba putih.
seluruh perhiasan di tubuh sultan dan rombongannya dilucuti oleh pasukan inggris.
pasukan inggris menjarah keraton dan mengambil naskah-naskah yang tersimpan untuk dibawa ke inggris.
jumlah naskah-naskah yang dibawa diperkirakan lebih dari 7000 buah.abk. 15 mei 2012.
sultan minta naskah kuno keraton dikembalikan.
selain itu, perhiasan, keris, perangkat alat musik di dalam keraton diangkut ke kediaman residen menggunakan pedati dan kuli-kuli panggul.
namun, saat pengangkatan sultan hamengkubuwana iii, pusaka keris dikembalikan lagi kepada keraton.
setelah perang berakhir, putera mahkota kembali diangkat sebagai sultan hamengkubuwana iii yang secara resmi diundang untuk "kembali mendiami keraton".
pada tanggal 22 juni 1812, raffles mengangkat natakusuma sebagai paku alam i yang menguasai wilayah pakualaman.
pada tanggal 3 juli 1812, sultan hb ii dan kedua puteranya, yaitu pangeran mangkudiningrat dan mertasana, dipindahkan ke semarang dan selanjutnya diasingkan ke pulau penang.