awal pendirian sekolah ini berasal dari mgr. a. e. j. albers o.carm (uskup malang) yang pada 16 januari 1951 menugasi pastor joseph wang, cdd. yang baru tiba dari medan untuk mendirikan sekolah katolik bagi anak-anak cina di kota malang.
21 februari 1951, keuskupan malang membeli sebuah gedung rusak bekas neutrale school yang terletak di jl. dr. soetomo 35, malang, dengan luas tanah sekitar 5000 meter persegi.
di atas tanah inilah sekolah menengah katolik ini didirkan dengan nama sm-rk hua-ind dan secara resmi, berdiri pada tanggal 19 maret 1952, yang ditetapkan oleh mgr. a. e. j.
sebagai pelindung sekolah, nama santo yusup dipilih dan diperingati setiap tanggal 19 maret.
pada 20 desember 1953, mgr. a. e. j. albers o.carm memintah pastor wang untuk membuka 1 kelas sma dan pada 4 januari 1954, satu kelas bagian b dibuka dengan jumlah murid 27 orang.
dengan semakin berkembangnya sekolah tersebut, tahun 1972 dirasa perlu untuk memindahkan tk-sd-smp sehingga sekolah di dr. soetomo bisa digunakan seluruhnya untuk sma. tetapi ternyata kenyataannya sebaliknya, sma dipindahkan ke lahan baru, yaitu di blimbing dengan luas tanah sekitar 2 hektar, bekas sawah dan belum ada tetangga.
pada 1 september 1974 lokasi sma lahan di blimbing mulai di tempati.
saat itu jumlah ruang kelas sudah bertambah menjadi 9 kelas.
dari tahun ke tahun jumlah murid semakin bertambah sehingga perlu adanya penambahan fasilitas kelas dan fasilitas pelengkap lainnya.
saat ini rombongan belajar (rombel) di smak kolese santo yusup sebanyak 34 rombel, menempati area seluas 3,5 hektare dengan jumlah murid sebanyak 1.323 orang yang berasal dari 26 provinsi dan telah meluluskan sebanyak 13.863 siswa yang berkarya di berbagai penjuru dunia.
kualitas pendidikan di smak kosayu diperkuat dengan adanya penetapan status 'disamakan' sejak tahun 1985.
penetapan status disamakan terakhir berdasarkan surat keputusan dirjen pendidikan dasar dan menengah no. 2722/i04/2001 tanggal 9 februari 2001.
pada tahun 2007 status smak kolese santo yusup dinyatakan terakreditasi "a" oleh badan akreditasi nasional (ban), dan terakhir diakreditasi adalah pada tahun 2012 dengan tetap mempertahankan nilai "a" oleh ban.
mars kolese santo yusup
kolese santo yusup mater alma
di kota malang kau bersemayam
dari dikau kudapatkan budaya
untuk bekal siswa paripurna
untuk bekal darma bakti kita
didik prasiswa susila cakap tertib
rajin belajar bersenam berdoa
jatuh bangun teguh maju pantang mundur
dengan jiwa nan tetap bersemangat
santo yusup menempa prasiswa
santo yusup dikau tetap jaya
staf pimpinan smak kolese santo yusup
kepala sekolah: petrus harjanto, m.pd (sejak juli 2014)
wakil kepala sekolah bidang humas: elisabeth aning adicahyani, s.pd (sejak juli 2016)
wakil kepala sekolah bidang kurikulum: dra.
wakil kepala sekolah bidang kesiswaan: s. tri cahyono s.pd.
wakil kepala sekolah bidang sarana dan prasana: petrus wisnu w. sakti, s.p.d.
minat bakat (dapat diikuti oleh siswa kelas x, xi, dan xii)
bbk (bimbingan belajar kosayu) [sebelumnya: perbaikan]
pilihan pelajaran: bahasa inggris, matematika, fisika, kimia, akuntansi, dan bahasa mandarin.
program ini diikuti oleh siswa yang pada rapor bulanan tidak tuntas pada salah satu atau beberapa pelajaran dan dapat juga diikuti oleh siswa karena keinginannya sendiri untuk memperbaiki nilainya.
kelas x: bahasa inggris, matematika, fisika, kimia, biologi, dan kir (karya ilmiah remaja).
kelas xi: bahasa inggris, matematika, fisika, kimia, akuntansi, biologi, dan kir (karya ilmiah remaja).
program ini diikuti oleh siswa yang terpilih karena memiliki kemampuan dan nilai yang memuaskan pada salah satu atau beberapa pelajaran di atas.
program ini ditujukan untuk mengembangkan kemampuan siswa secara lebih dalam, di mana siswa akan mewakili sekolah untuk mengikuti berbagai lomba yang diadakan di luar sekolah.
bbi (bimbingan belajar intensif)
pilihan pelajaran: bahasa indonesia, bahasa inggris, matematika, biologi, fisika, kimia, akuntansi, dan ekonomi.
program ini ditujukan untuk mempersiapkan siswa kelas xii di dalam menghadapi ujian akhir yang diadakan oleh sekolah dan pemerintah.
komunitas di kosayu
sampai sekarang ini, smak kolese santo yusup telah memiliki 4 komunitas yang berfungsi sebagai wadah untuk menampung hobi, minat dan bakat siswa-siswinya.
klc (kosayu library club) adalah komunitas pecinta buku perpustakaan.
kpc (kosayu photography club) adalah komunitas pecinta fotografi.
kpk (komunitas pesepeda kosayu) adalah komunitas hobi pesepeda.
kttc (kosayu table tennis club) adalah komunitas peminat permainan tenis meja.
beberapa kegiatan di smak kolese santo yusup
kegiatan yang melibatkan masyarakat luar sekolah
kosayu intelligence competition (kic)
kosayu basketball competition (kbc)
gelar budaya "pelangi bangsaku"
kosayu choir competition (kcc) (diluncurkan pada 19 oktober 2013)
latihan dasar kepemimpinan osis bersama 5 sma mitra se-malang.
prestasi akademik pada umumnya:
memperoleh medali pada olimpiade sains nasional baik di tingkat kota, provinsi, maupun nasional
mewakili indonesia dan berhasil memperoleh medali perunggu (2009) dan perak (2008) dalam olimpiade matematika international (imo)
anggota dari tim olimpiade komputer indonesia (toki)
anggota dari tim olimpiade matematika indonesia (tomi)
mewakili indonesia ke olimpiade komputer tingkat internasional ( international olympiad in informatics)
memperoleh 2 medali emas dan 1 medali perak pada bali international choir competition 2014
cilia limantara, miss online 2015 artikel:"cilia limantara bangga dengan gelar miss online" okezone.com artikel:"cilia limantara (peksy 2010)  kontestan 15 besar miss indonesia 2015" di peksy.org
murdaya poo, pengusaha dan pendiri berca group artikel:"murdaya poo sempat tak berani pacaran" di lensaindonesia.com artikel:"persatuan dan kesatuan bangsa mutlak diperlukan
[politik dan keamanan" di pelita.or.id]