kompleks candi digunakan oleh penduduk setempat dan juga peziarah yang beragama hindu sebagai tempat pemujaan.
candi ini juga merupakan tempat pertapaan bagi kalangan penganut kepercayaan asli jawa/kejawen.
laporan ilmiah pertama mengenai candi ceto dibuat oleh van de vlies pada tahun 1842. a.j. bernet kempers juga melakukan penelitian mengenainya.
ekskavasi (penggalian) untuk kepentingan rekonstruksi dan penemuan objek terpendam dilakukan pertama kali pada tahun 1928 oleh dinas purbakala (commissie vor oudheiddienst) hindia belanda.
berdasarkan keadaannya ketika reruntuhannya mulai diteliti, candi ini diperkirakan berusia tidak jauh berbeda dari candi sukuh, yang cukup berdekatan lokasinya.
riwayat kompleks percandian
pemugaran pada akhir 1970-an yang dilakukan sepihak oleh sudjono humardani, asisten pribadi suharto (presiden kedua indonesia) mengubah banyak struktur asli candi, meskipun konsep punden berundak tetap dipertahankan.
pemugaran ini banyak dikritik oleh para pakar arkeologi, mengingat bahwa pemugaran situs purbakala tidak dapat dilakukan tanpa studi yang mendalam.
beberapa objek baru hasil pemugaran yang dianggap tidak original adalah gapura megah di bagian depan kompleks, bangunan-bangunan dari kayu tempat pertapaan, patung-patung yang dinisbatkan sebagai sabdapalon, nayagenggong, brawijaya v, serta phallus, dan bangunan kubus pada bagian puncak punden.
selanjutnya, bupati karanganyar periode 2003-2008, rina iriani, dengan alasan untuk menyemarakkan gairah keberagamaan di sekitar candi, menempatkan arca dewi saraswati, sumbangan dari kabupaten gianyar, pada bagian timur kompleks candi, pada punden lebih tinggi daripada bangunan kubus.
sebelum memasuki aras kelima (teras ketujuh), pada dinding kanan gapura terdapat inskripsi (tulisan pada batu) dengan aksara jawa kuna berbahasa jawa kuna berbunyi pelling padamel irikang buku tirtasunya hawakira ya hilang saka kalanya wiku goh anaut iku 1397.
tulisan ini ditafsirkan sebagai fungsi candi untuk menyucikan diri (ruwat) dan penyebutan tahun pembuatan gapura, yaitu 1397 saka atau 1475 masehi.
di teras ketujuh terdapat sebuah tataan batu mendatar di permukaan tanah yang menggambarkan kura-kura raksasa, surya majapahit (diduga sebagai lambang majapahit), dan simbol phallus (penis, alat kelamin laki-laki) sepanjang 2 meter dilengkapi dengan hiasan tindik (piercing) bertipe ampallang.
kura-kura adalah lambang penciptaan alam semesta sedangkan penis merupakan simbol penciptaan manusia.
terdapat penggambaran hewan-hewan lain, seperti mimi, katak, dan ketam.
simbol-simbol hewan yang ada, dapat dibaca sebagai suryasengkala berangka tahun 1373 saka, atau 1451 era modern.
dapat ditafsirkan bahwa kompleks candi ini dibangun bertahap atau melalui beberapa kali renovasi.
pada aras selanjutnya dapat ditemui jajaran batu pada dua dataran bersebelahan yang memuat relief cuplikan kisah sudamala, seperti yang terdapat pula di candi sukuh.
kisah ini masih populer di kalangan masyarakat jawa sebagai dasar upacara ruwatan.
dua aras berikutnya memuat bangunan-bangunan pendapa yang mengapit jalan masuk candi.
sampai saat ini pendapa-pendapa tersebut digunakan sebagai tempat pelangsungan upacara-upacara keagamaan.
pada aras ketujuh dapat ditemui dua arca di sisi utara dan selatan.
di sisi utara merupakan arca sabdapalon dan di selatan nayagenggong, dua tokoh setengah mitos (banyak yang menganggap sebetulnya keduanya adalah tokoh yang sama) yang diyakini sebagai abdi dan penasehat spiritual sang prabu brawijaya v.
pada aras kedelapan terdapat arca phallus (disebut "kuntobimo") di sisi utara dan arca sang prabu brawijaya v dalam wujud mahadewa.
pemujaan terhadap arca phallus melambangkan ungkapan syukur dan pengharapan atas kesuburan yang melimpah atas bumi setempat.
aras terakhir (kesembilan) adalah aras tertinggi sebagai tempat pemanjatan doa.
di sini terdapat bangunan batu berbentuk kubus.
di bagian teratas kompleks candi ceto terdapat sebuah bangunan yang pada masa lalu digunakan sebagai tempat membersihkan diri sebelum melaksanakan upacara ritual peribadahan (patirtan).
di timur laut bangunan candi, dengan menuruni lereng, ditemukan sebuah kompleks bangunan candi yang kini disebut sebagai candi kethek ("candi kera").