di ujung stasiun sebelah timur terdapat perlintasan sebidang.
perlintasan ini dulunya memiliki pos jaga, namun kini sudah dibongkar.
sebagai penggantinya, pengendalian palang dilakukan langsung oleh petugas dari ruang ppka. sementara di baratnya, terdapat rumah dinas pegawai kai dan menara yang tinggi.
dahulu persis di dekat jalur 3, seberang stasiun terdapat gudang yang kini tidak terpakai dan menjadi sarang kelelawar.
kelelawar-kelelawar itu keluar setiap kali azan maghrib tiba.
ruang tunggu penumpang dulu berada di bagian timur dari ruang tunggu yang sekarang, namun karena dipakai untuk ruang kerja distrik jalan rel, ruang tunggu dan bufet "disulap" menjadi ruang dinas.
ruang tunggu kini dipindahkan persis di depan loket tiket.
saat ini stasiun ini hanya melayani persilangan atau persusulan antarkereta api saja, bukan untuk menaikturunkan penumpang.
persilangan atau persusulan yang dilayani secara resmi berdasarkan gapeka 1 april 2015 adalah:
ka senja utama yogya tujuan yogyakarta (ka 138a) bersilang dengan ka mutiara selatan tujuan bandung (ka 131a) yang melintas langsung
ka logawa tujuan surabaya bersambung jember (ka 188/189) bersilang dengan ka sawunggalih pagi tujuan jakarta (ka 139) yang melintas langsung
ka pasundan tujuan surabaya (ka 180) bersilang dengan ka argo wilis tujuan bandung (ka 5) yang melintas langsung
ka krakatau tujuan jakarta bersambung merak (ka 165/168) bersilang dengan ka argo dwipangga tujuan solo (ka 10) yang melintas langsung
ka progo tujuan jakarta (ka 185) bersilang dengan ka argo dwipangga fakultatif tujuan solo (ka 10f) yang melintas langsung
ka sawunggalih malam tujuan jakarta (ka 141) bersilang dengan ka jaka tingkir tujuan solo (ka 156) yang melintas langsung
ka krakatau tujuan kediri (ka 167/166) bersilang dengan ka kahuripan tujuan bandung (ka 181) yang melintas langsung
ka malabar tujuan malang (ka 100l) bersilang dengan ka bima tujuan jakarta (ka 46/43) yang melintas langsung
ka bima tujuan surabaya bersambung malang (ka 44/45) bersilang dengan ka argo dwipangga fakultatif tujuan jakarta (ka 9f) yang melintas langsung
pada siang hari tanggal 23 september 2007, ka pasundan anjlok 500 m di timur stasiun kutowinangun.
tidak ada korban dalam kejadian ini.
hanya, ratusan penumpang telantar dan baru dapat melanjutkan perjalanan setelah menunggu hampir 4 jam.
berkas:kwn 03.jpg|stasiun kutowinangunberkas:reynan-pendopo-kutowinangun-2015-01-06-791_result.jpg | pendopo kecamatan kutowinangun yang berada sekitar 500 meter ke arah selatan stasiun kutowinangunberkas:reynan-stasiun-kutowinangun-perlintasan-sebidang-2015-01-06-793_result.jpg | pelintasan sebidang di sebelah timur stasiun kutowinangun yang membujur dari utara ([[poncowarno, kebumen|kecamatan poncowarno]]) menuju arah selatan ke ([[kutowinangun, kebumen|kecamatan kutowinangun]]).berkas:reynan-stasiun-kutowinangun-bagian-depan-2015-01-06-794_result.jpg | bagian depan stasiun kutowinangun.berkas:reynan-stasiun-kutowinangun-tiket-2015-01-06-797_result.jpg | ruang penjualan tiket dan validasi tiket keberangkatan di stasiun kutowinangun (per 5 maret 2015 sudah ditutup)berkas:reynan-stasiun-kutowinangun-arah-barat-2015-01-06-796_result.jpg | jalur ke arah barat menuju [[stasiun wonosari]] dan [[stasiun kebumen]]berkas:reynan-stasiun-kutowinangun-arah-timur-20150106-151448_1.jpg | jalur ke arah timur menuju [[stasiun kutoarjo]]
stasiun wonosarijalur kereta api kroya-kutoarjostasiun berikutnya: