ketika pasukan indonesia mendarat di timor leste pada tanggal 7 desember 1975, fretilin didampingi dengan ribuan rakyat mengungsi ke daerah pegunungan untuk untuk melawan tentara indonesia.
lebih dari 200.000 orang dari penduduk ini kemudian mati di hutan karena pengeboman dari udara oleh militer indonesia serta ada yang mati karena penyakit dan kelaparan.
banyak juga yang mati di kota setelah menyerahkan diri ke tentara indonesia, namun tim palang merah international yang menangani orang-orang ini tidak mampu menyelamatkan semuanya.
selain terjadinya korban penduduk sipil di hutan, terjadi juga pembantaian oleh kelompok radikal fretilin di hutan terhadap kelompok yang lebih moderat.
sehingga banyak juga tokoh-tokoh fretilin yang dibunuh oleh sesama fretilin selama di hutan.
semua cerita ini dikisahkan kembali oleh orang-orang seperti francisco xavier do amaral, presiden pertama timor lesta yang mendeklarasikan kemerdekaan timor leste pada tahun 1975.
seandainya jenderal wiranto (pada waktu itu letnan) tidak menyelamatkan xavier di lubang tempat dia dipenjarakan oleh fretilin di hutan, maka mungkin xavier tidak bisa lagi jadi ketua partai asdt di timor leste sekarang.
selain xavier, ada juga komandan sektor fretilin bernama aquiles yang dinyatakan hilang di hutan (kemungkinan besar dibunuh oleh kelompok radikal fretilin).
istri komandan aquilis sekarang ada di baucau dan masih terus menanyakan kepada para komandan fretilin lain yang memegang kendali di sektor timur pada waktu itu tentang keberadaan suaminya.
selama perang saudara di timor leste dalam kurun waktu 3 bulan (september-november 1975) dan selama pendudukan indonesia selama 24 tahun (1975-1999), lebih dari 200.000 orang dinyatakan meninggal (60.000 orang secara resmi mati di tangan fretiln menurut laporan resmi pbb).
selebihnya mati ditangan indonesia saat dan sesudah invasi dan adapula yang mati kelaparan atau penyakit.
hasil cavr menyatakan 183.000 mati di tangan tentara indonesia karena keracunan bahan kimia dari bom-bom napalm, serta mortir-mortir.
timor leste menjadi bagian dari indonesia tahun 1976 sebagai provinsi ke-27 setelah gubernur jendral timor portugis terakhir mario lemos pires melarikan diri dari dili setelah tidak mampu menguasai keadaan pada saat terjadi perang saudara.
portugal juga gagal dalam proses dekolonisasi di timor portugis dan selalu mengklaim timor portugis sebagai wilayahnya walaupun meninggalkannya dan tidak pernah diurus dengan baik.
amerika serikat dan australia "merestui" tindakan indonesia karena takut timor leste menjadi kantong komunisme terutama karena kekuatan utama di perang saudara timor leste adalah fretilin yang beraliran marxis-komunis.
as dan australia khawatir akan efek domino meluasnya pengaruh komunisme di asia tenggara setelah as lari terbirit-birit dari vietnam dengan jatuhnya saigon atau ho chi minh city.
namun pbb tidak menyetujui tindakan indonesia.
setelah referendum yang diadakan pada tanggal 30 agustus 1999, di bawah perjanjian yang disponsori oleh pbb antara indonesia dan portugal, mayoritas penduduk timor leste memilih merdeka dari indonesia.
antara waktu referendum sampai kedatangan pasukan perdamaian pbb pada akhir september 1999, kaum anti-kemerdekaan yang konon didukung indonesia mengadakan pembantaian balasan besar-besaran, di mana sekitar 1.400 jiwa tewas dan 300.000 dipaksa mengungsi ke timor barat.
sebagian besar infrastruktur seperti rumah, sistem irigasi, air, sekolah dan listrik hancur.
pada 20 september 1999 pasukan penjaga perdamaian international force for east timor (interfet) tiba dan mengakhiri hal ini.
pada 20 mei 2002, timor timur diakui secara internasional sebagai negara merdeka dengan nama timor leste dengan sokongan luar biasa dari pbb. ekonomi berubah total setelah pbb mengurangi misinya secara drastis.
semenjak hari kemerdekaan itu, pemerintah timor leste berusaha memutuskan segala hubungan dengan indonesia antara lain dengan mengadopsi bahasa portugis sebagai bahasa resmi dan mendatangkan bahan-bahan kebutuhan pokok dari australia sebagai "balas budi" atas campur tangan australia menjelang dan pada saat referendum.
selain itu pemerintah timor leste mengubah nama resminya dari timor leste menjadi republica democratica de timor leste dan mengadopsi mata uang dolar as sebagai mata uang resmi yang mengakibatkan rakyat timor leste menjadi lebih krisis lagi dalam hal ekonomi.