sekolah ini awalnya didirikan untuk menutupi kekurangan tenaga pamong praja di negara bagian yogyakarta pada tahun 1950.
mengingat sejak jakarta ditetapkan menjadi ibu kota ris pada tahun 1949, maka kegiatan pemerintah pusat berangsur-angsur dipindahkan dari yogyakarta ke jakarta, bersama-sama dengan pegawai pamong prajanya.
untuk mengatasi kekurangan atau bahkan kekosongan pegawai ini, digelar pertemuan antara tokoh-tokoh ugm dengan para pendidik yang ada, merumuskan upaya apa yang tepat dan apa yang dapat dilaksanakan, untuk mengisi kekosongan formasi pamong praja tersebut.
dari hasil rapat itu, diputuskan untuk mendirikan sebuah sekolah.
pada awalnya sekolah baru ini dinamai sma yuridis ekonomi.
siswanya diambil dari pegawai-pegawai yang berijazah smp/sltp dan ex-tp (tentara pelajar).
karena pada saat itu jenis sma yang ada adalah sma/a dan sma/b maka akhirnya sma yuridis ekonomi berubah nama menjadi sma/c, sesuai dengan sk pendirian (instillingen besluit) yang diterbitkan oleh menteri pendidikan, pengajaran dan kebudayaan pada 1 juli 1950.
pada saat itu, sma negeri c terbagi menjadi 2 sekolah yaitu sma ic masuk siang dan sma iic masuk pagi dalam satu lokasi yang sama.
beberapa tahun kemudian, ada perubahan nama sesuai urutan jumlah sma negeri yang berada di kota yogyakarta pada waktu itu, maka sma ic berubah menjadi sma 5c dan sma iic menjadi sma 6c.
seiring dengan perkembangan waktu itu, sma 5c memisahkan diri dari sma 6c kemudian menempati gedung baru di jl.
nyi pembayun kota gede sedangkan sma 6c tetap bertahan di jl. cornelis simanjuntak 2 sampai saat ini.
karena kekhasan nama sma 6 dengan huruf "c", maka hingga saat inipun masyarakat lebih sering menyebut sma n 6 yogyakarta dengan sebutan "namche".
kepala sekolah yang pertama adalah alm. r.m.
namun dia hanya menjabat kurang lebih setahun saja (31 maret 1950 hingga 1 desember 1951).
lalu dia digantikan oleh alm.
r.a. djoko tirtono, sh. (1 desember 1951 - 1 juni 1968).
kemudian saat ini dipimpin oleh drs. miftakodin, m.m. sampai saat ini, sma 6 yogyakarta telah memiliki 16.000 orang alumni yang tersebar di seluruh nusantara dan bahkan dunia.
pada tahun ajaran 2009/2010, telah ditetapkan sebagai "the research school of jogja" yaitu sekolah tingkat sma yang berbasis riset atau penelitian yang pertama di yogyakarta dan di indonesia.
nilai akreditasi: 96.11 akreditasi sma negeri 6 yogyakarta
peringkat akreditasi: a
tanggal penetapan: 12 oktober 2009
sma negeri 6 yogyakarta pada tahun ajaran 2014/2015 telah menggunakan kurikulum 2013 secara utuh untuk 3 jenjang pendidikannya.
diawali dengan tes peminatan dan tes psikologi untuk 256 siswa baru yang diterima pada tahun 2014, di mana peminatan dilakukan pada saat kelas x sma. pada implementasi awal kurikulum 2013 ini, telah terbentuk 6 rombongan belajar peminatan mia dan 2 rombongan belajar peminatan iis untuk kelas x di sma negeri 6 yogyakarta dengan lintas studi english subject &
fasilitas-fasilitas di sma negeri 6 yogayakarta semakin bertambah dari waktu ke waktu.
fasilitas-fasilitas tersebut antara lain:
setiap ruang kelas dengan dilengkapi lcd projector, kipas angin, dan lampu
ruang perpustakaan dengan pengembangan e-library dengan ac
ruang kepala sekolah dan wakil kepala sekolah
ruang bimbingan konseling
ruang tata usaha
laboratorium fisika 1 buah
laboratorium kimia 1 buah
laboratorium biologi 1 buah
laboratorium bahasa 1 buah
laboratorium komputer 2 buah
laboratorium ips (dalam pengembangan)
ruang audio visual 2 buah
ruang aula dan panggung
wi-fi dengan 8 titik hotspot
lapangan bola basket
lapangan bola voli
tempat parkir sepeda, sepeda motor dan mobil yang representatif
ruang uks (untuk konsultasi ke dokter sekolah)
ruang muda wijaya red cross pmr
ruang muda wijaya hiking and mountaineering club pecinta alam
ruang teater muda wijaya
ruang research centre
ruang pengolahan limbah cair
ruang perpustakaan toyota eco youth
kantin smart serta kantin kejujuran
kategori:sekolah menengah atas di yogyakarta