taufik memperoleh gelar kesarjanaannya dari jurusan sejarah fakultas sastra &
kebudayaan ugm yogyakarta (1961).
kemudian dia melanjutkan pendidikannya hingga memperoleh gelar master dan doktor di universitas cornell, ithaca, amerika serikat (1970).
disertasinya scholl and politics: the kaum muda movement in west sumatra, diterbitkan oleh universitas cornell pada tahun 1971.
selain jalur formal, dia juga pernah mengikuti orientasi program east-west centre di universitas hawaii, honolulu, amerika serikat.
taufik mengawali karier sebagai peneliti di lipi, dengan jabatan kepala bagian umum majalah ilmu pengetahuan indonesia (biro mipi), jakarta (1962-1963) dan asisten peneliti leknas lipi (1963-1967).
kemudian ia menjadi peneliti leknas (1967-1974), direktur leknas lipi (1974-1978) dan peneliti leknas lipi (1978), sampai menjabat sebagai ketua lipi (2000-2002).
di luar negeri, taufik aktif sebagai peneliti dan pegiat sosial.
dia menjadi peneliti di departemen ilmu politik universitas chicago, universitas wisconsin, dan netherlands institute for advanced studies in the humanities and social science (nias) wassenaar.
lalu menduduki posisi penting di institusi lintas bangsa, seperti ketua komite eksekutif program kajian asia tenggara (iseas) singapura, wakil presiden asosiasi ilmu sosial asia tenggara kuala lumpur, serta wakil presiden asosiasi sosiologi internasional dewan riset sosiologi agama.
selain sebagai seorang peneliti, taufik juga merupakan seorang penulis yang cukup aktif.
tulisannya tersebar di berbagai media dan jurnal, baik lokal maupun luar negeri.
hingga saat ini, setidaknya sudah ada 30 buku yang berhasil diselesaikannya.
atas karya-karyanya itu, pada tahun 2009 taufik memperoleh gelar doktor honoris causa dari universitas indonesia.
schools and politics: the kaum muda movement in west sumatra (1927-1933), 1971
tentang pemuda dan pembangunan: kumpulan esei, 1972
aspek reformasi islam di indonesia, 1976
islam di indonesia: sepintas lalu tentang beberapa segi, 1974
islam di asia tenggara, 1976
arah gejala dan perspektif studi sejarah indonesia, 1980
agama, etos kerja, dan perkembangan ekonomi, 1982
manusia dalam kemelut sejarah, 1983
ilmu sejarah dan histografi, 1985
sejarah lokal di indonesia: kumpulan tulisan, 1985
dari peristiwa ke imajinasi: wajah sastra dan budaya indonesia: kumpulan karangan, 1985
islam and society in southeast asia, 1986
islam dan masyarakat: pantulan sejarah indonesia, 1987
sejarah dan masyarakat: lintasan historis islam di indonesia, 1987
metodologi penelitian agama: sebuah pengantar, 1990
amanat sejarah ummat islam indonesia, 1991
sejarah ummat islam indonesia, 1991
pemuda dan perubahan sosial, 1991
sang jenderal, 1991
film indonesia: bagian i : 1900-1950, 1993
pengalaman, kesadaran, dan sejarah, 1995
50 tahun indonesia merdeka: 1945-1965, 1995
islam dan pluralisme di asia tenggara, 1996
konsep fungsi ganda koperasi di indonesia, 1996
the heartbeat of indonesian revolution, 1997
walk in splendor: ceremonial dress and the minangkabau, 1999
pemikiran dan peradaban, 2002
pemikiran islam di nusantara dalam perspektif sejarah: sebuah sketsa, 2002
sejarah umat islam indonesia, 2003
muncul dan berkembangnya faham-paham keagamaan islam di indonesia: periode reformasi islam, 2008
indonesia: towards democracy, 2009
kompas, 3 januari 2006