stasiun yang didirikan pada tanggal 2 maret 1872 ini melayani pemberhentian ka ekonomi dan ka lokal/komuter yang melintasi yogyakarta.
stasiun ini beserta dengan rel yang membujur dari barat ke timur berada di kecamatan danurejan.
berbeda dengan stasiun kereta api lain di jawa yang umumnya baru melayani pemberhentian rangkaian ekonomi setelah kebijakan pemisahan pelayanan stasiun untuk penumpang ka ekonomi dan non-ekonomi, stasiun ini sudah sejak lama dijadikan tempat pelayanan ka ekonomi yang diberangkatkan dari yogyakarta.
dulu, ketika semua ka ekonomi lain masih diberangkatkan dari stasiun tugu yogyakarta, stasiun ini sudah menjadi titik keberangkatan ka empu jaya jurusan jakarta pasar senen (sekarang berganti nama menjadi ka progo) dan ka argopuro jurusan banyuwangi (sekarang menjadi ka sri tanjung).
ke arah utara dari jalur 5 stasiun ini terdapat rel yang menuju balai yasa yogyakarta/pengok, bengkel ka terbesar di pulau jawa. rel antara stasiun ini dan balai yasa tersebut adalah jalur yang cukup unik karena menembus perumahan penduduk dan berbaur dengan gang-gang di perumahan itu.
sejak 1 juni 2016 stasiun ini telah menerapkan sistem check-in dan boarding pass seperti yang berlaku di bandara.
layanan kereta api
kelas ekonomi ac plus
jaka tingkir, tujuan jakarta via purwokerto dan tujuan solo
bogowonto, dari dan tujuan jakarta via purwokerto
gajah wong, dari dan tujuan jakarta via purwokerto
krakatau, tujuan jakarta bersambung merak via purwokerto dan tujuan kediri via madiun
joglokerto, tujuan purwokerto dan tujuan solo
kelas ekonomi ac
gaya baru malam, tujuan jakarta via purwokerto dan tujuan surabaya via madiun
pasundan, tujuan bandung via tasikmalaya dan tujuan surabaya via madiun
kahuripan, tujuan bandung via tasikmalaya dan tujuan kediri via madiun
bengawan, dari dan tujuan jakarta via purwokerto
progo, dari dan tujuan jakarta via purwokerto
logawa, tujuan purwokerto dan tujuan surabaya bersambung jember via madiun
sri tanjung, dari dan tujuan surabaya bersambung banyuwangi via madiun
sidomukti, tujuan yogyakarta tugu dan tujuan solo (bisnis)
prambanan ekspres (prameks) i & ii, tujuan yogyakarta tugu-kutoarjo dan tujuan solo (ekonomi non ac)
angkutan semen holcim, dari dan tujuan karangtalun
persilangan/papasan atau persusulan
ka logawa tujuan surabaya bersambung jember (ka 188/189) berpapasan dengan ka argo lawu tujuan jakarta (ka 7) yang melintas langsung
ka prambanan ekspres (prameks) i tujuan solo (ka 278) berpapasan dengan ka argo lawu fakultatif tujuan jakarta (ka 7f) yang melintas langsung
ka prambanan ekspres (prameks) i tujuan solo (ka 280) berpapasan dengan ka argo wilis tujuan bandung (ka 5) yang melintas langsung
ka bengawan tujuan jakarta (ka 183) berpapasan dengan ka lodaya pagi tujuan solo (ka 80) yang melintas langsung
ka prambanan ekspres (prameks) i tujuan yogyakarta tugu (ka 287) berpapasan dengan ka argo dwipangga fakultatif tujuan solo (ka 10f) yang melintas langsung
ka bengawan tujuan solo (ka 184) berpapasan dengan ka lodaya malam tujuan bandung (ka 81), keduanya sama-sama sedang melintas
ka prambanan ekspres (prameks) i tujuan solo (ka 290) berpapasan dengan ka gajayana tujuan jakarta (ka 41), keduanya sama-sama sedang melintas
ka sritanjung tujuan surabaya bersambung banyuwangi (ka 194/195) disusul ka sancaka pagi tujuan surabaya (ka 84a) yang melintas langsung
jadwal kereta api
berikut ini adalah jadwal kereta api di stasiun lempuyangan per 1 november 2016 (revisi gapeka 2015).
no. ka ka tujuan kelas tiba berangkat
182 kahuripan kediri (kd)via madiun (mn) ekonomi ac 04.42 04.50
272 prambanan ekspres (prameks) ii solo balapan (slo) komuter ekonomi 05.34 05.37
162 bogowonto yogyakarta lempuyangan (lpn) ekonomi ac plus 05.55 -
273 prambanan ekspres (prameks) i kutoarjo (kta) komuter ekonomi 06.24 06.27
186 progo yogyakarta lempuyangan (lpn) ekonomi ac 06.55 -
10195 joglokerto purwokerto (pwt) ekonomi ac plus 07.08 07.11
194/195 sri tanjung surabaya gubeng (sgu) bersambung banyuwangi baru (bw)via madiun (mn) ekonomi ac - 07.15
274 prambanan ekspres (prameks) i solo balapan (slo) komuter ekonomi 07.39 07.42
275 prambanan ekspres (prameks) ii yogyakarta tugu (yk) 08.25 08.28
188/189 logawa surabaya gubeng (sgu) bersambung jember (jr)via madiun (mn) ekonomi ac 08.40 08.55
161 bogowonto jakarta pasar senen (pse)via purwokerto (pwt) ekonomi ac plus - 09.00
276 prambanan ekspres (prameks) ii solo balapan (slo) komuter ekonomi 09.14 09.16
278 prambanan ekspres (prameks) i 10.01 10.05
277 yogyakarta tugu (yk) 10.33 10.36
145f sidomukti*) bisnis 10.56 10.58
280 prambanan ekspres (prameks) i solo balapan (slo) komuter ekonomi 11.09 11.11
146f sidomukti*) bisnis 11.49 11.53
279 prambanan ekspres (prameks) ii yogyakarta tugu (yk) komuter ekonomi 11.52 11.54
282 solo balapan (slo) 12.19 12.22
165/168 krakatau jakarta pasar senen (pse) bersambung merak (mer)via purwokerto (pwt) ekonomi ac plus 12.28 12.43
281 prambanan ekspres (prameks) i yogyakarta tugu (yk) komuter ekonomi 13.19 13.22
179 pasundan bandung kiaracondong (kac)via tasikmalaya (tsm) ekonomi ac 13.45 14.00
155 jaka tingkir pasar senen (pse)via purwokerto (pwt) ekonomi ac non-pso 19.03 19.13
10256 joglokerto solo balapan (slo) ekonomi ac plus 13.50 13.53
284 prambanan ekspres (prameks) i komuter ekonomi 13.54 13.58
283 yogyakarta tugu (yk) 14.07 14.12
180 pasundan surabaya gubeng (sgu)via madiun (mn) ekonomi ac 14.10 14.25
185 progo jakarta pasar senen (pse)via purwokerto (pwt) - 14.30
286 prambanan ekspres (prameks) i solo balapan (slo) komuter ekonomi 14.49 14.52
164 gajah wong yogyakarta lempuyangan (lpn) ekonomi ac plus 15.05 -
285 prambanan ekspres (prameks) ii yogyakarta tugu (yk) komuter ekonomi 15.09 15.13
183 bengawan jakarta pasar senen (pse)via purwokerto (pwt) ekonomi ac 15.20 15.30
190l/187l logawa purwokerto (pwt) 16.19 16.26
173 gaya baru malam jakarta pasar senen (pse)via purwokerto (pwt) 16.59 17.10
287 prambanan ekspres (prameks) i kutoarjo (kta) komuter ekonomi 17.17 17.19
163 gajah wong jakarta pasar senen (pse)via purwokerto (pwt) ekonomi ac plus - 18.00
288 prambanan ekspres (prameks) ii solo balapan (slo) komuter ekonomi 18.04 18.10
289 prambanan ekspres (prameks) i yogyakarta tugu (yk) 18.08 18.11
181 kahuripan bandung kiaracondong (kac)via tasikmalaya (tsm) ekonomi ac 18.50 18.58
155 jaka tingkir jakarta pasar senen (pse)via purwokerto (pwt) ekonomi ac plus 19.03 19.13
174 gaya baru malam surabaya gubeng (sgu)via madiun (mn) ekonomi ac 19.22 19.32
196/193 sri tanjung yogyakarta lempuyangan (lpn) 19.30 -
184 bengawan solo purwosari (pws) 19.50 19.55
290 prambanan ekspres (prameks) i solo balapan (slo) komuter ekonomi 20.19 20.21
156 jaka tingkir solo purwosari (pws) ekonomi ac plus 20.57 21.02
291 prambanan ekspres (prameks) ii yogyakarta tugu (yk) komuter ekonomi 21.05 21.07
167/166 krakatau kediri (kd)via madiun (mn) ekonomi ac plus 21.51 22.06
keterangan: *): hanya dijalankan pada hari minggu dan libur nasional.
berkas:lempuyangan02.jpg|peron stasiun lempuyangan pada tahun 2009berkas:lempuyangan 2014.jpg|stasiun lempuyangan, 2014berkas:stasiun lempuyangan april 2015.jpg|stasiun lempuyangan di saat subuh, 2015lempuyangan
kategori:bangunan bersejarah di yogyakarta