alih kesultanan mataram
chouji bersama shikamaru dan ino memasuki babak kedua tes.
di hutan mereka mencari lawan terlemah dan menghindari musuh-musuh yang berbahaya.
tetapi mereka malah menemui neji, dan choji berkata apakah ia dapat meminta tandatangannya.
tim shikamaru akhirnya lolos ke babak ketiga.
choji berhadapan dengan ninja oto, dosu.
sayangnya dia kalah walaupun sudah berubah menjadi bola daging.
ino juga gugur karena imbang melawan sakura.
di pertarungan shikamaru dan temari di babak final, choji benar-benar gelisah sampai memakan kudapannya dengan brutal.
tapi dia lega setelah shikamaru menyerah karena dia tahu shikamaru itu seperti itu, dia pemalas namun ber-iq di atas rata-rata orang biasa.
chouji yang sedang menganggur mendapat tawaran dari shikamaru yang mendapatkan misi dari tsunade untuk mengejar sasuke.
mereka (kiba dan akamaru anjing kesayangan nya, neji, shikamaru, naruto, dan chouji) lalu mengejar rombongan ninja oto. di tengah perjalanan, mereka dihadang oleh ninja-nija tersebut.
chouji melawan jiroubou.
jiroubou memiliki kekuatan yang sangat mengerikan.
saat chouji mengeluarkan pil pertamanya, jirobou terdesak.
tetapi setelah jirobou menggunakan joutai 2 miliknya, chouji kewalahan dan hampir kalah.
chouji lalu memakan pil ke-3, yang efeknya sangat memberatkan tubuh karena membakar kalori untuk menjadikannya chakra(meski resikonya adalah kematian)
chakra chouji lalu membentuk kupu-kupu raksasa, lalu chakra itu disalurkan ke tangan kanannya.
jiroubou dengan satu tangan berhasil dilampaui kekuatan totalnya.
dia lalu menghajar habis-habisan jirobou.
choji benar-benar marah karena jiroubou menghabiskan snack terakhirnya dan menghina sahabat terbaiknya shikamaru dengan pukulannya yang penuh cakra chouji membunuh jiroubou dengan satu kali pukulannya.chouji heran dan bangga karena ia berpikir orang sepertinya ternyata bisa menang dan menuju ke sebuah pohon yang ditulisi oleh shikamaru,kiba dan naruto.chouji pingsan,sekarat namun berhasil ditemukan dan diselamatkan tim medis konoha.
choji muncul sebentar di bagian pencarian sasuke.
tim shikamaru, asuma, izumo dan kotetsu berangkat mengejar hidan dan kakuzu.
mereka bertemu di sebuah kota kecil dan langsung bertarung.
asuma gugur dalam pertarungan ini.
chouji dan ino sedikit terlambat untuk menyembuhkan luka asuma yang sudah sangat parah.
shikamaru lalu meminta hokage untuk mengizinkannya mengejar dan membunuh hidan dan kakuzu.
tsunade menolaknya, tetapi kakashi datang dan menawarkan bantuan pada mereka.
karena ada kakashi, maka tsunade bisa melepas mereka dan meminta shikamaru untuk mengulur waktu bila bertemu untuk menunggu tim bantuan yang akan tiba.
mereka lalu bertemu di hutan.
choji kali ini tidak terlalu besar.
tetapi dia berhasil melindungi kakashi dari serangan kakuzu dan menyerangnya dengan baika no jutsu.
tim yamato datang di akhir pertempuran dan menghabisi kakuzu saat itu juga.
naruto dengan rasenshuriken-nya membunuh kakuzu.
penyerangan pain dan konan ke konohagakure
sementara keadaan desa konoha sedang sangat kacau karena diserang pemimpin 'akatsuki' yaitu pain dan konan.
pain yang telah memiliki satu tubuh baru lagi, menjadi sangat kuat dan tidak terkalahkan.
pain bertemu dengan iruka, dan hendak membunuhnya tetapi diselamatkan oleh kakashi.
pertarungan pain dan kakashi pun dimulai.
kakashi yang mengeluarkan raikiri ditangkis dengan mudah oleh pain.pertarungan kakashi dan pain semakin mendekati akhir.
tapi pada waktu itu datanglah salah satu tubuh pain untuk membantu pain. tubuh tersebut berubah menjadi senjata dan menyerang kakashi.
tapi karena kehebatan kakashi, kakashi mengubah cakranya menjadi bayangan klon petir.
tubuh kakashi pun melemah karena penggunaan jurusnya menguras chakra-nya.
akhirnya datanglah dua anggota klan akimichi, choji akimichi dan ayahnya chouza akimichi.
kedatangan klan akimichi, sangat membantu kakashi.
walaupun dalam keadaan terdesak, kakashi masih bisa mempunyai ide.
awalnya, ide itu berjalan mulus untuk menyerang pain lewat dalam tanah.
ternyata itu hanya sebuah trik agar chouji dan chouza bisa menyerang pain. serangan itu bisa ditahan oleh salah satu tubuh pain yaitu deva.
dalam keadaan terkejut, kakashi semakin tak berdaya.
ia diserang pain dengan salah satu paku yang berasal dari bangunan yang runtuh.
sesaat sebelum paku tersebut mengenai kakashi dia menggunakan mangekyou sharingan untuk menghilangkan pakunya dan kakashi menggunakan tenaga terakhirnya untuk melindungi chouji yang akan melapor pada tsunade.tubuh pain yang satunya yaitu ashura, ternyata masih hidup dan menyerang chouji dan digagalkan kakashi lewat mangekyou sharingan.
chouji yang telah bertemu tsunade menanyakan apakah kakashi baik-baik saja karena tsunade bisa memeriksa keadaan shinobi yang diperiksa kumpulan katsuyu, namun tsunade tidak mengatakan apapun.
naruto yang telah menguasai teknik sage bisa merasakan semua chakra didesa konoha menanyakan pada tsunade apakah kakashi pergi keluar desa untuk mengerjakan suatu misi karena naruto tidak merasakan chakra kakashi.
tsunade yang tidak mengatakan apapun membuat naruto mengerti apa yang terjadi pada kakashi.
setelah naruto berhasil mengalahkan pain, pain memutuskan untuk memperbaiki kesalahannya.
ninja-ninja konoha yang telah dibunuhnya seperti shizune dan kakashi hidup kembali.
perang dunia ninja keempat
dalam perang dunia ninja keempat,chouji ditugaskan di divisi 4 yang dipimpin kazekage ke-5,gaara bersama temari dan para petarung jarak jauh lainnya.ia,ino yamanaka dan shikamaru nara sempat ditugaskan untuk membantu divisi 1 darui untuk mengalahkan kinkaku dari kumokagure yang telah berubah menjadi kinkaku demon(seperti naruto )karena dulu ia dan saudaranya ginkaku pernah ditelan kyuubi saat hendak menangkapnya,tetapi berhasil selamat karena memakan daging dalam tubuh kyuubi.dengan bantuan dari divisi 2 petarung jarak dekat yang dipimpin kitsuchi dari iwagakure dan divisi 1 darui,akhirnya mereka berhasil menyegel kinkaku ke dalam gucinya sendiri.mereka sempat dihadang oleh kakuzu yang di-edo tensei.kakuzu lalu menunjuk asuma sarutobi dan dan katou yang telah di-edo tensei lalu bermaksud menyerang tim 10 tetapi dihadang dan ditangkis oleh izumo dan kotetsu hagane yang lanjutnya juga dibantu darui.tim 10 akhirnya memutuskan melawan asuma.chouji sempat bimbang karena melawan gurunya sehingga tim 10 sempat terdesak sampai chouza akimichi turut membantu dan mencoba meyakinkan chouji.setelah ino memasuki pikirannya dan berhasil meyakinkannya,chouji tersadar dan mengeluarkan chakra berbentuk sayap kupu-kupu di punggungnya tanpa memakan pil.dengan gabungan kagenui shikamaru.shintensin no jutsu ino dan baika no jutsu yang diakhiri dengan pukulan raksasa berchakra tinggi chouji ,tim 10 berhasil mengalahkan asuma.sebelum disegel,asuma mengatakan , "formasi ino-shika-cho yang baru telah sempurna . aku sekarang benar-benar tak bisa berkata apa-apa lagi" yang membuat chouji,shikamaru dan ino terharu dan sempat menitikkan air mata.chouji kembali melepaskan chakra sayap kupu-kupunya dalam wujudnya yang menjadi raksasa dan berkata,"akan kuselesaikan semua ini.shikamaru,ino tolong bantu aku!".shikamaru menjawab,"siap,teman.",sedang ino berkata,"chouji aku sudah lama bersama denganmu.tetapi aku tak pernah melihatmu memimpin seperti ini".