pada awalnya jalur ini merupakan jalur ganda biasa yang dibangun oleh perusahaan kereta api belanda nederlandsch-indische spoorweg maatschappij pada tahun 1876.
namun karena kebijakan dirjen perkeretaapian saat itu, maka dibangunlah jalur kereta api baru yang berupa jalur ganda layang yang mulai dikerjakan pada tahun 1988 dan selesai pada tahun 1992 dengan tujuan meniadakan perlintasan sebidang yang justru akan menyebabkan kemacetan dan kecelakaan lalu lintas di perlintasan kereta api.
banyak kereta api kelas eksekutif yang melintasi jalur di antara stasiun gambir dengan stasiun manggarai, dan jalan layang ini sangat membantu mengatasi kemacetan.
dengan dibangunnya stasiun layang baru, stasiun-stasiun sepanjang jalan ini juga memiliki warna yang berbeda.
stasiun jayakarta berwarna merah, stasiun mangga besar berwarna orange, stasiun sawah besar berwarna pink, stasiun juanda berwarna biru, stasiun gambir berwarna hijau, stasiun gondangdia berwarna kuning, dan stasiun cikini berwarna krem.
banyak panorama indah yang bisa dinikmati ketika menaiki kereta api yang melintas di jalur ini, seperti jalan raya yang melintang di bawah jalur layang ka, gedung-gedung pencakar langit, menara tinggi, tugu monas ketika berada di dekat stasiun gambir, masjid istiqlal, gedung mahkamah agung dan panorama indah lainnya.
dahulu, sebelum dibangun jalur layang, jalur ini mempunyai berberapa stasiun, yaitu: stasiun pegangsaan, stasiun cikini lama, stasiun kebonsirih, stasiun gambir lama, stasiun pintu air dan stasiun sawah besar lama. di stasiun cikini lama dahulu mempunyai percabangan menuju ke stasiun tanahabang dan stasiun kramat.
di stasiun pegangsaan dahulu juga mempunyai bercabangan menuju stasiun salemba.
berikut ini adalah daftar stasiun-stasiun yang berada di lintas layang jakarta kota - manggarai:
stasiun jakarta kota, yang merupakan stasiun awal dan akhir dari perjalanan kereta api yang memiliki jurusan stasiun ini, terintegrasi busway koridor 1 (blok m - stasiun jakarta kota) dan koridor 12 (pluit-tanjung priok).
stasiun jayakarta, khusus krl commuter line ac.
stasiun mangga besar, khusus krl commuter line ac.
stasiun sawah besar, khusus krl commuter line ac.
stasiun juanda, khusus krl commuter line ac, terintegrasi busway koridor 3 (kalideres-pasar baru) dan koridor 2 (pulogadung-harmoni (arah harmoni)).
stasiun gambir, stasiun terbesar di kota jakarta bagian pusat, dekat dengan monas.
stasiun ini melayani ka eksekutif dan bisnis jarak jauh maupun dekat dan semua perjalanan krl berjalan langsung, terintegrasi busway koridor 2 (pulogadung-harmoni).
stasiun gondangdia, khusus khusus krl commuter line ac.
stasiun cikini, khusus krl commuter line ac.
stasiun manggarai, stasiun ini adalah akhir dari jalur layang jakarta kota - manggarai, terintegrasi busway koridor 4 (pulogadung-stasiun sudirman).
stasiun ini adalah persimpangan jalur kereta api dari tanah abang, bogor, jakarta kota dan jatinegara, serta jalur masuk ke dipo krl bukit duri dan balai yasa manggarai.
berikut ini adalah daftar stasiun-stasiun yang berada di lintas layang jakarta kota - manggarai:
blue line (cikarang branch) jakarta kota-cikarang
red line jakarta kota-bogor
red line (depok branch) jakarta kota-depok
blue line jakarta kota-bekasi
jalur kereta api batavia noord-manggarai
kategori:jalur kereta api di indonesia