ke arah barat stasiun ini, sebelum masuk stasiun wojo, jawa tengah, terdapat stasiun kedundang yang sudah non aktif sejak tahun 2007 karena pembangunan jalur ganda yogyakarta-kutoarjo.
sedangkan ke arah timur, sebelum stasiun sentolo, terdapat stasiun kalimenur yang sudah non aktif lebih awal, yaitu tahun 1975, akibat minimnya penumpang yang naik kereta di sana.
kereta api yang melintas langsung/tidak berhenti di stasiun ini adalah ka argo wilis, argo lawu (reguler dan fakultatif), argo dwipangga (reguler dan fakultatif), gajayana, bima, turangga, taksaka, malabar, mutiara selatan, dan senja utama solo.
layanan kereta api
kelas campuran (eksekutif-bisnis)
lodaya, tujuan bandung via tasikmalaya dan tujuan solo
fajar utama yogya, tujuan jakarta via purwokerto-cirebon dan tujuan yogyakarta
senja utama yogya, tujuan jakarta via purwokerto-cirebon dan tujuan yogyakarta
kelas ekonomi ac plus
jaka tingkir, tujuan jakarta via purwokerto-cirebon dan tujuan solo
bogowonto, tujuan jakarta via purwokerto-cirebon dan tujuan yogyakarta
gajah wong, tujuan jakarta via purwokerto-cirebon dan tujuan yogyakarta
krakatau, tujuan jakarta bersambung merak via purwokerto-cirebon dan tujuan kediri via solo-madiun
joglokerto, tujuan purwokerto dan tujuan solo
kelas ekonomi ac
gaya baru malam, tujuan jakarta via purwokerto-cirebon dan tujuan surabaya via solo-madiun-jombang
pasundan, tujuan bandung via tasikmalaya dan tujuan surabaya via solo-madiun-jombang
kahuripan, tujuan bandung via tasikmalaya dan tujuan kediri via solo-madiun-jombang
bengawan, tujuan jakarta via purwokerto-cirebon dan tujuan solo
progo, tujuan jakarta via purwokerto-cirebon dan tujuan yogyakarta
logawa, tujuan purwokerto dan tujuan surabaya bersambung jember via solo-madiun-jombang
prambanan ekspres (prameks) i, tujuan kutoarjo dan tujuan solo
persilangan/papasan atau persusulan
ka prambanan ekspres (prameks) i tujuan solo (ka 278) berpapasan dengan ka argo lawu tujuan jakarta (ka 7), keduanya sama-sama sedang melintas
ka bengawan tujuan jakarta (ka 183) berpapasan dengan ka taksaka pagi tujuan yogyakarta (ka 52), keduanya sama-sama sedang melintas
ka jaka tingkir tujuan solo (ka 156) berpapasan dengan ka taksaka malam tujuan jakarta (ka 53) yang melintas langsung
ka krakatau tujuan kediri (ka 167/166) berpapasan dengan ka argo dwipangga tujuan jakarta (ka 9) yang melintas langsung
jadwal kereta api
berikut ini adalah jadwal kereta api di stasiun wates per 1 november 2016 (revisi gapeka 2015).
no. ka ka tujuan kelas tiba berangkat
82 lodaya malam solo balapan (slo) eksekutif &
bisnis 02.29 02.31
138a senja utama yogya yogyakarta tugu (yk) bisnis 02.47 02.49
182 kahuripan kediri (kd) ekonomi ac 04.10 04.12
prambanan ekspres (prameks) i
162 bogowonto yogyakarta lempuyangan (lpn) ekonomi ac plus 05.19 05.21
186 progo ekonomi ac 06.16 06.22
prambanan ekspres (prameks) i
solo balapan (slo)
135a fajar utama yogya jakarta pasar senen (pse) bisnis 07.27 07.30
ekonomi ac plus
188/189 logawa surabaya gubeng (sgu) bersambung jember (jr) ekonomi ac 08.10 08.12
79 lodaya pagi bandung hall (bd) eksekutif &
bisnis 08.35 08.37
prambanan ekspres (prameks) i
solo balapan (slo)
161 bogowonto jakarta pasar senen (pse) ekonomi ac plus 09.34 09.36
165/168 krakatau jakarta pasar senen (pse) bersambung merak (mer) 13.13 13.16
solo balapan (slo)
180 pasundan surabaya gubeng (sgu) ekonomi ac 13.37 13.40
136a fajar utama yogya yogyakarta tugu (yk) bisnis 14.10 14.13
164 gajah wong yogyakarta lempuyangan (lpn)
ekonomi ac plus 14.25 14.28
179 pasundan bandung kiaracondong (kac) ekonomi ac 14.31 14.34
80 lodaya pagi solo balapan (slo) eksekutif &
bisnis 14.43 14.45
185 progo jakarta pasar senen (pse) ekonomi ac 15.01 15.04
183 bengawan 16.01 16.05
190l/187l logawa purwokerto (pwt) 16.55 16.57
173 gaya baru malam
jakarta pasar senen (pse) 17.40 17.42
prambanan ekspres (prameks) i
137a senja utama yogya jakarta pasar senen (pse) bisnis 18.13 18.17
163 gajah wong
ekonomi ac plus 18.35 18.38
174 gaya baru malam surabaya gubeng (sgu) ekonomi ac 18.48 18.51
184 bengawan solo purwosari (pws) 19.18 19.20
181 kahuripan bandung kiaracondong (kac) 19.27 19.29
jakarta pasar senen (pse)
ekonomi ac plus
prambanan ekspres (prameks) i
solo balapan (slo)
156 jaka tingkir solo purwosari (pws) ekonomi ac plus 20.22 20.26
81 lodaya malam bandung hall (bd) eksekutif &
bisnis 20.35 20.37
167/166 krakatau kediri (kd) ekonomi ac plus 21.20 21.23
kategori:wates, kulon progo