tujuan didirikannya puui adalah untuk membantu sangha (persamuhan biku-bikuni), oleh karena itu mbi menyatakan diri sebagai pembantu utama sangha agung indonesia (sagin) dalam pembinaan umat.
dalam maha samaya i puui tahun 1959, terpilih maha upasaka sariputra sadono sebagai ketua umum puui dengan upasaka nyoo siok liang sebagai sekjen m.u. sariputra sadono.
dalam maha samaya ii puui yang diadakan 16-18 maret 1969 di wihara vimaladharma, bandung, terpilih kembali maha upasaka sariputra sadono sebagai ketua umum puui.
dari puui ke muabi
dalam maha samaya iii puui yang diselenggarakan pada tanggal 3 s/d 5 maret 1972 di wihara dharmaratna, sukabumi, puui diubah menjadi majelis ulama agama buddha indonesia (muabi) dan sebagai ketua umum muabi adalah maha upasaka sasanasinha soemantri ms. dia adalah seorang anggota tni angkatan darat dengan pangkat terakhir brigadir jenderal (brigjen).
pada tahun 1976 melalui maha samaya iv yang juga diadakan di wihara dharmaratna, sukabumi kepanjangan muabi disempurnakan menjadi majelis upasaka-pandita agama buddha indonesia dengan singkatan tetap sama yaitu muabi. m.u. sasanasinha soemantri m.s. kembali terpilih sebagai ketua umumnya.
namun sejak tahun 1976 muabi tidak lagi menjadi satu-satunya majelis agama buddha di indonesia, majelis-majelis agama buddha lain mulai bermunculan dan disahkan keberadaannya oleh dirjen bimas hindu dan buddha gde puja, m.a. beberapa tokoh pengurus muabi di antaranya drs. oka diputhera, giriputra soemarsono, dan sudarsono mengubah lembaga pendidikan dharmaduta kasogatan menjadi majelis dharmaduta kasogatan.
dari muabi ke mbi
setelah kongres umat buddha tanggal 7-8 mei 1979, tokoh-tokoh muabi yang datang dari seluruh indonesia atas restu dan petunjuk bhante ashin jinarakkhita berkumpul di wihara buddha prabha, yogyakarta, untuk melaksanakan musyawarah bersama.
dalam musyawarah tersebut nama muabi diubah menjadi majelis buddhayana indonesia (mbi).
selama kepemimpinan m.u.sasanasinha soemantri ms, sebagai ketua umum muabi sampai denan mbi dia banyak dibantu oleh pengurus lainnya seperti suwarto kolopaking, prajnamitra, sumananda yasmin dicky dharma kusumah, drs. johan sani, dan cokrowibowo, sh. melalui kongres luar biasa walubi, pada tahun 1981 ketua umum mbi, m.u. sasanasinha soemantri m.s., yang sebelumnya menjabat ketua dewan pembina walubi mendapat kepercayaan untuk menjadi ketua umum dewan pimpinan pusat walubi.
pada tahun 1986 mbi mengadakan kongres v di wihara sakyawanaram, pacet, cianjur, jawa barat, terpilih menjadi ketua umum mbi adalah drs. tjoetjoe alihartono dengan sekjen drs. eddy hertanto, sh.
selama memimpin mbi, drs. tjoetjoe alihartono yang juga salah satu ketua walubi aktif antara lain menjadi ketua umum panitia waisak nasional di candi agung borobudur selama tiga tahun berturut-turut.
pada tahun 1992 bersama-sama dengan mahathera girirakkhito dan drs. budi setiawan, drs.
tjoetjoe alihartono memprakarsai diadakannya festival seni baca dhammapada tingkat nasional yang pertama di candi agung borobudur dan dia berhasil mengusahakan piala bergilir presiden republik indonesia untuk diperebutkan.
sebagai ketua umum mbi, dia juga aktif di berbagai kegiatan kenegaraan seperti saat menerima kunjungan paus yohanes paulus ii ke indonesia.
namun setelah munas ii walubi berhasil dilaksanakan pada tahun 1992 keadaan kemudian berubah.
mbi bersama sagin, karena konsisten mempertahankan keputusan munas ii walubi termasuk hasil kerja badan perumus ad/art walubi, pada tanggal 15 oktober 1994 dikeluarkan dari keanggotaan walubi.
sebelumnya ketua umum mbi, drs. tjoetjoe alihartono dan dua tokoh majelis rohaniwan tridharma seluruh indonesia, yaitu kittinanda dan pramana winardi sempat mengalami penganiayaan fisik.
upaya penggembosan dan penekanan terhadap sagin dan mbi terus dilakukan, bahkan upaya tersebut didukung sepenuhnya oleh dirjen bimas hindu dan buddha, yang menjurus pada upaya pembubaran kedua organisasi ini.
bukan hanya pimpinan sagin dan pimpinan pusat mbi yang ditekan, tetapi juga pimpinan dan umat mbi di berbagai daerah, terutama di provinsi lampung di mana mbi memiliki basis massa terbesar.
pada tanggal 14 dan 18 februari 1995 para pandita dan tokoh umat buddha se-provinsi lampung dikumpulkan di lapangan korem garuda hitam dan pendopo gubernuran untuk ditekan agar beralih ke majelis agama buddha lainnya, karena dikatakan bahwa sagin dan mbi telah dibubarkan oleh pemerintah.
pada tanggal 16-18 oktober 1998 mbi mengadakan kongres vi di bandar lampung, dengan hasil antara lain pimpinan pusat mbi untuk periode tahun 1998  2003 berbentuk presidium beranggotakan tujuh orang, yaitu drs.tjoetjoe alihartono (ketua), dr.krishnanda wijaya mukti (sekretaris), dr.parwati soepangat,ma, sudhamek aws,se,sh, susanto, drs.darwis hidayat,mm, dan ir.hermawan wana, m.si.
pada tanggal 2426 oktober 2003 mbi menyelenggarakan musyawarah nasional vii di hotel surya, pasuruan, jawa timur, dan sudhamek aws,se,sh terpilih sebagai ketua umum mbi periode 2003-2008.
sudhamek aws,se,sh, yang merupakan anak angkat dari bhante narada dari srilanka, berupaya menata manajemen majelis buddhayana indonesia agar mbi yang merupakan warisan dari pelopor kebangkitan kembali agama buddha di indonesia, bhante ashin jinarakkhita, kelak menjadi organisasi yang maju dan solid.
penataan organisasi mbi saat ini masih terus dilakukan melalui konsolidasi dan kaderisasi, baik di tingkat pusat maupun di tingkat daerah, serta penataan badan-badan otonom pendukung mbi, seperti sekretariat bersama persaudaraan muda-mudi wihara-wihara buddhayana indonesia (sekber pmvbi), wanita buddhis indonesia (wbi), paguyuban warga usia lanjut bahagia (wulan bahagia), serta organisasi-organisasi sarjana dan kaum profesional di kalangan mbi.
kedepan diharapkan organisasi mbi akan semakin besar dan maju sebagaimana tertuang dalam misi dan visi mbi.
badan otonom mbi
wulan bahagia (paguyuban warga usia lanjut bahagia)
wbi (wanita buddhis indonesia)
siddhi (perkumpulan sarjana dan profesional buddhis indonesia)
sekber pmvbi (sekretariat bersama persaudaraan muda-mudi vihara-vihara buddhayana indonesia)
imabi (ikatan mahasiswa buddhis indonesia)
majelis buddhayana indonesia (mbi)
wanita buddhis indonesia (wbi)
perkumpulan sarjana dan profesional buddhis indonesia (siddhi)
sekretariat bersama persaudaraan muda-mudi vihara-vihara buddhayana indonesia (sekber pmvbi)
the boan an (jinarakkhita),