kepribadian yahiko mirip dengan naruto.
mimpinya adalah menjadi pemimpin desanya, dan dia tidak pernah menyerah pada apa pun.
ketika ia masih hidup, yahiko memiliki filsafat kuat "mata ganti mata".
dia membenci cara amegakure dipandang seluruh dunia, dan membenci kenyataan tentang dirinya.
dia mempertahankan diri tetap di desanya, dan mengatakan mimpinya untuk menghentikan hujan yang tak berujung, yang dia ibaratkan sebagai air mata, dan melindungi para penduduk.
yahiko ingin menjadi penguasa dunia sehingga tidak akan ada perang lagi.
banyak dari sifat-sifatnya ini diadopsi oleh nagato setelah yahiko tewas.
di antara tiga yatim piatu ame, yahiko tampak bertindak sebagai pemimpin.
yahiko yang pertama kali mendekati sannin konoha untuk meminta makanan, dan dia pula yang pertama meminta jiraiya untuk mengajari mereka ninjutsu.
karena pengaruh jiraiya pada mereka, yahiko terlihat mulai mengadopsi beberapa perilaku jiraiya seperti ekspresi wajah sombongnya.naruto bab 511 ia juga tampak bertindak sebagai kakak bagi nagato dan konan, mengingatkan nagato untuk tidak menangis dan bertindak lebih jantan (meskipun yahiko yang menangis saat jiraiya meninggalkan mereka).
dia juga berharap menjadi lebih kuat sehingga mampu melindungi nagato dan konan.
dia memiliki kepercayaan pada nagato, saat mereka dewasa.
yahiko bersedia untuk bunuh diri daripada membahayakan hidup konan, menunjukkan kesetiaan yang amat tinggi pada orang-orang dilindunginya.
dia juga membalas perasaan suka konan pada dirinya.
yahiko terbukti cerdas, setelah tahu madara adalah seorang penipu dan mengetahui rencananya hanya tipu muslihat, dan menginstruksikan nagato dan konan untuk menjauh darinya.
hanzo, pemimpin dari amegakure.
hanzo mulai menganggap akatsuki sebagai ancaman bagi dirinya.
sehingga hanzo melakukan siasat untuk menjebak mereka dengan mengadakan pertemuan.
saat pertemuan itu, akatsuki hanya dihadiri oleh yahiko, nagato, dan konan, sedangkan hanzo datang membawa pasukannya dan anggota anbu konoha, dia bersekutu dengan danzo dari root. dengan licik, hanzo menyandera konan, dan menyuruh nagato untuk membunuh yahiko, atau konan akan mati. hanzo melemparkan kunai kepada nagato, pilihan sulit pun diterima nagato, dengan ragu nagato mengambil kunai tersebut, yahiko mendesak nagato untuk membunuhnya, tentu saja nagato tak dapat melakukannya, namun tiba-tiba yahiko berlari ke arah nagato dan menusuk dirinya sendiri dengan kunai yang dipegang nagato.
saat itulah nagato membunuh semua pasukan hanzo menggunakan mata rinnegannya, tetapi hanzo berhasil lolos.
(untuk jiraiya) "jika kita akan "mengerti" satu sama lain, pertama kita harus membuat mereka menderita seperti yang kita alami!
seperti saat mereka menghentikan pertarungan karena seseorang yang terluka!
tapi aku tahu itu takkan pernah terjadi... itulah alasan akan selalu ada perang.
selalu ada hujan disini dan aku membencinya.
seperti seluruh pelosok negeri ini menangis.
aku akan mengubahnya dan melindungi semua orang!"naruto bab 372
(untuk nagato) "aku akan menguasai dunia!!"
"jika perang terus berlanjut  aku akan menjadi tuhan di dunia!!"
(untuk konan) "negara kita masih menangis... masih menahan semua rasa sakit.
aku selalu sangat membenci itu... tetapi sekarang aku ingin menyelamatkannya dari lubuh hati yang terdalam.
dengan tangisanku, seperti yang dulu aku hanya tak bisa membiarkannya."
(untuk nagato) "nagato...
jika kau tetap menangis tak akan ada yang akan terjadi...
(untuk obito) "dengan mengetahui rasa sakit oranglain dan menumpahkan air mata yang sama, kita akhirnya bisa lebih dekat dengan dunia nyata!
(kata-kata terakhir untuk nagato) "kau dan konan bagaimanapun kalian harus tetap hidup kalianlah penyelamat dunia kau bisa membawa kenya--"