sma negeri 39 yang berlokasi di jl. r. a fadillah kelurahan baru kecamatan pasar rebo jakarta timur, dengan luas tanah 9278 m2. mulai melaksanakan proses belajar mengajar sejak tahun 1974 dengan nama sma 14 filial sebagai kepala sekolahnya adalah dra. odieng sampai tahun 1975.
pada tahun 1975 terjadi pergantian kepala sekolah dari ibu oding kepada bapak drs.
mora tigor.sejak itu sma negeri 14 filial jakarta mulai berkembang pesat, baik jumlah siswa maupun tenaga pengajar serta staff tata usahanya.
pada tgl. 1 april 1978 sma negeri 14 filial jakarta atas dasar prestasi dan kualifikasinya kemudian diberikan wewenang untuk mandiri sebagai sekolah menengah umum tingkat atas ( sma ) dengan nama sma negeri 39 jakarta.
periode kepemimpinan bapak drs. mora tigor sebagai kepala sma negeri 39 jakarta berakhir pada tahun 1980, digantikan oleh bapak koerdi sastradinata yang memimpin sma negeri 39 jakarta sampai tahun 1985.
segala aspek kegiatan, kurikuler maupun ekstrakurikuler ditingkatkan.
begitu pula dengan kedisiplinan sekolah baik siswa-siswinya dan pengajarnya benar-benar diperhatikan.
setelah berakhir kepemimpinan bapak koerdi sastradinata dilanjutkan periode kepemimpinan oleh bapak abdul gafar.
dan pada tahun 1991 periode kepemimpinan bapak abdul gafar berakhir dengan ditunjuknya bapak r.m. radjagoekgoek sebagai kepala sma negeri 39 jakarta periode 1991-1996.
periode kepemimpinan bapak r.m. radjagoekgoek berakhir pada bulan maret 1996.sebelum ditunjuknya kepala sekolah pengganti, untuk sementara dijabat oleh plh bapak h. buchori sibat,sh.
barulah kemudian sma negeri 39 jakarta dipimpin oleh bapak dodo a. nawawi.
prestasi yang diraih sma negeri 39 jakarta terus bertambah berkat kerjasama yang baik antara seluruh stakeholder sekolah.
pada tahun 1999 periode kepemimpinan bapak drs. dodo a. nawawi berakhir . untuk selanjutnya kemudian sma negeri 39 jakarta dipimpin oleh bapak drs. h. iwan trikarso sampai tahun 2003.
penerimaan lulusan yang diterima di ptn melalui jalur pmdk pun selalu mengalami peningkatan, begitu pula yang melalui jalur sipenmaru.
setelah selesai periode bapak drs. h. iwan trikarso kepemimpinan sma negeri 39 jakarta dilanjutkan oleh bapak drs. h. extris mpd.
sampai tahun 2006.
tidak hanya prestasi di tingkat daerah saja yang diraih oleh siswa-siswi sma negeri 39 jakarta namun prestasi tingkat nasional juga diraih.
untuk kedua kalinya sma negeri 39 jakarta dipimpin oleh seorang ibu yaitu ibu dra. hj.
hartini, mpd yang mulai memimpin tahun 2006-2010.
saat ini sma negeri 39 jakarta merupakan sekolah plus tingkat provinsi, berdasarkan sk dinas dikmenti dki jakarta no. 206a/2004, sekolah dengan akreditasi a untuk tahun 2009-2014 serta bersertifikasi iso 9001:2008 no. qs 6769 tanggal 27 februari 2009.
dalam sejarah pergantian kepala sekolah tercatat dengan tinta emas pada tahun 2010 karena sma negeri 39 jakarta dipimpin oleh seorang kepala sekolah yang juga pernah menjadi guru di sma negeri 39 jakarta yaitu bapak drs.didih hartaya.
dibawah kepemimpinan bapak drs. didih hartaya segala daya dan upaya terus dilakukan sampai sekarang guna meraih prestasi yang terbaik akademis maupun non akademis , sehingga mampu menghantarkan sma negeri 39 jakarta menjadi sekolah yang unggul dalam mutu, berwawasan global dengan dilandasi iman dan taqwa.
kepala sekolah yang pernah menjabat
1. 1975  1979 drs. mora tigor;
2. 1979  1984 koerdi sastradinata;
3. 1984  1990 abdul gafar;
4. 1990  2018 rm radjagoekgoek;
5. 1996  1999 dodo a nawawi;
6. 1999  2003 drs. h. iwan trikarso;
7. 2003  2006 drs. h. extris, m.pd;
2006  2009 dra. hj. hartini, m.pd;
9. 2010  2013 drs. didih hartaya;
2015 - sekarang horale tua simanullang, spd. mm
kurikulum yang digunakan dalam sma negeri 39 jakarta adalah kurikulum 2013 kepada setiap siswa yang bersekolah di sma negeri 39 jakarta.
masjid nurul jannah
ruang kelas (dilengkapi ac, cctv, audio speaker dan lcd+layar di tiap kelas)
ruang kepala sekolah
unit kesehatan sekolah (uks)
lapangan olahraga (futsal, basket, bulu tangkis, hockey)
ruang pentas seni mini
ruang bimbingan konseling
ruang tata usaha.
remaja masjid (remas)
rohani kristen (rohkris)
kelompok siswa pecinta alam trinawa bhuwana (pala)
kelompok ilmiah remaja (kir)
palang merah remaja (pmr)
paskibra (paskibra achmad yani)
paduan suara (swarna gita)
kurohanabi (japan club)
mading (maple dan galan magazine)
daftar sekolah menengah atas negeri di dki jakarta