sewaktu kerajaan belanda menyerang kesultanan aceh pada agresi tentara belanda kedua pada bulan shafar 1290 hijriah/10 april 1873 masehi, masjid raya baiturrahman dibakar.
kemudian, pada tahun 1877 belanda membangun kembali masjid raya baiturrahman untuk menarik perhatian serta meredam kemarahan bangsa aceh. pada saat itu kesultanan aceh masih berada di bawah pemerintahan sultan muhammad daud syah johan berdaulat yang merupakan sultan aceh yang terakhir.
sebagai tempat bersejarah yang memiliki nilai seni tinggi, masjid raya baiturrahman menjadi objek wisata religi yang mampu membuat setiap wisatawan yang datang berdecak kagum akan sejarah dan keindahan arsitekturnya, di mana masjid raya baiturrahman termasuk salah satu masjid terindah di indonesia yang memiliki arsitektur yang memukau, ukiran yang menarik, halaman yang luas dengan kolam pancuran air bergaya kesultanan turki utsmani dan akan sangat terasa sejuk apabila berada di dalam masjid ini.
pada tanggal 26 maret 1873 kerajaan belanda menyatakan perang kepada kesultanan aceh, mereka mulai melepaskan tembakan meriam ke daratan aceh dari kapal perang citadel van antwerpen.
pada 5 april 1873, belanda mendarat di pante ceureumen di bawah pimpinan johan harmen rudolf khler, dan langsung bisa menguasai masjid raya baiturrahman.
khler saat itu membawa 3.198 tentara.
sebanyak 168 di antaranya para perwira.
namun peperangan pertama ini dimenangkan oleh pihak kesultanan aceh, di mana dalam peristiwa tersebut tewasnya jenderal johan harmen rudolf khler yang merupakan jenderal besar belanda akibat ditembak dengan menggunakan senapan oleh seorang pasukan perang kesultanan aceh yang kemudian diabadikan tempat tertembaknya pada sebuah monumen kecil di bawah pohon kelumpang yang berada di dekat pintu masuk sebelah utara masjid raya baiturrahman.
sebagai markas perang dan benteng pertahanan rakyat aceh, pada saat itu, masjid raya baiturrahman digunakan sebagai tempat bagi seluruh pasukan perang kesultanan aceh berkumpul untuk menyusun strategi dan taktik perang.
sejarah mencatat bahwa pahlawan-pahlawan nasional aceh seperti teuku umar dan cut nyak dhien turut serta mengambil andil dalam mempertahankan masjid raya baiturrahman.
masjid raya baiturrahman terbakar habis pada agresi tentara belanda kedua pada tanggal 10 april bulan shafar 1290h/april 1873 m yang dipimpin oleh jenderal van swieten.
tindakan belanda yang membakar masjid raya baiturrahman yang merupakan masjid kebanggaan milik kesultanan aceh darussalam inilah yang membuat rakyat aceh murka sehingga melakukan perlawanan yang semakin hebat untuk mengusir belanda dari kesultanan aceh. pembakaran masjid raya baiturrahman yang dilakukan oleh pihak belanda ini membuat salah seorang putri terbaik aceh, cut nyak dhien sangat marah dan berteriak dengan
lantang tepat di depan masjid raya baiturrahman yang sedang terbakar sambil membangkitkan semangat jihad fillsabilillah bangsa aceh.
wahai sekalian mukmin yang bernama orang aceh!
saksikan sendiri dengan matamu!
masjid kita dibakarnya!
mereka menentang allah subhanahuwataala!
tempatmu beribadah dibinasakannya!
nama allah dicemarkannya!
janganlah kita melupakan budi si kafir yang serupa itu!
masih adakah orang aceh yang suka mengampuni dosa si kafir yang serupa itu?
masih adakah orang aceh yang suka menjadi budak kafir belanda? (szekely lulofs, 1951:59).
empat tahun setelah masjid raya baiturrahman itu terbakar, pada pertengahan shafar 1294 h/maret 1877 m, dengan mengulangi janji jenderal van sweiten dan sebagai permintaan maaf juga untuk meredam kemarahan rakyat aceh maka gubernur jenderal van lansberge menyatakan akan membangun kembali masjid raya baiturrahman yang telah terbakar itu.
masjid raya baiturrahman ini selesai dibangun kembali pada tahun 1299 h dengan hanya memiliki satu kubah.
pada tahun 1935 m, masjid raya baiturrahman diperluas bagian kanan dan kirinya dengan tambahan dua kubah.
perluasan ini dikerjakan oleh jawatan pekerjaan umum (b.o.w) dengan biaya sebanyak f. 35.000,- (tiga puluh lima ribu gulden) dengan pimpinan proyek ir. m.
thahir dan selesai dikerjakan pada akhir tahun 1936 m.
usaha perluasan dilanjutkan oleh sebuah panitia bersama yaitu panitia perluasan masjid raya kutaraja.
dengan keputusan menteri tanggal 31 oktober 1975 disetujui pula perluasannya yang kedua dan pelaksanaannya diserahkan pada pemborong nv.
zein dari jakarta.
perluasan ini bertambah dua kubah lagi dan dua buah menara sebelah utara dan selatan.
dengan perluasan kedua ini masjid raya baiturrahman mempunyai lima kubah dan selesai dekerjakan dalam tahun 1967 m.
pada tahun 1991-1993, masjid raya baiturrahman melaksanakan perluasan kembali yang disponsori oleh gubernur dr. ibrahim hasan, yang meliputi halaman depan dan belakang serta masjidnya itu sendiri.
bagian masjid yang diperluas, meliputi bagian lantai masjid tempat shalat, perpustakaan, ruang tamu,
ruang perkantoran, aula dan tempat wudu.
sedangkan perluasan halaman meliputi, taman dan tempat parkir serta satu buah menara utama dan dua buah minaret.
sehingga luas ruangan dalam masjid menjadi 4.760 m2 berlantai marmer buatan italia, jenis secara dengan ukuran 60  120 cm dan dapat menampug 9.000 jamaah.
dengan perluasan tersebut, masjid raya baiturrahman sekarang memiliki 7 kubah, 4 menara, dan 1 menara induk.
dari masa ke masa masjid ini telah berkembang pesat baik ditinjau dari segi arsitektur maupun kegiatan kemasyarakatan.
sesuai dengan perkembangan, luas area masjid raya baiturrahman  4 ha, di dalamnya terdapat sebuah kolam, menara induk dan bagian halaman lainya ditumbuhi rumput yang ditata dengan rapi dan indah diselingi tanaman/pohon hias.
saat bencana tsunami meluluh lantakan tanah rencong aceh pada tanggal 26 desember 2004 lalu, masjid raya baiturrahman masih tetap berdiri dengan megahnya, ombak tsunami yang mulai membasahi bumi aceh sungguh tak mampu menghancurkan rumah allah ini.
pada saat itu masjid raya baiturrahman menjadi tempat bagi rakyat aceh berlindung juga sebagai tempat evakuasi jenazah para korban tsunami yang bergelimpangan.
setelah melewati berbagai peristiwa-peristiwa bersejarah, sampai saat ini masjid raya baiturrahman masih tetap berdiri kukuh sebagai simbol agama, budaya, semangat, kekuatan, perjuangan dan nasionalisme suku aceh.
jumlah wisatawan yang berkunjung ke aceh terus meningkat setiap tahunnya, mereka mengunjungi tempat-tempat bersejarah yang tersebar diseluruh penjuru aceh.
salah satu objek wisata sejarah yang sangat diminati oleh para wisatawan adalah masjid raya baiturrahman, para wisatawan biasanya menghabiskan waktu dengan cara mempelajari sejarah masjid raya baiturrahman, menikmati keindahan arsitektur masjid raya baiturrahman serta mengabadikan foto saat berada di masjid raya baiturrahman.
replika masjid raya baiturrahman terletak di sebuah taman miniatur terbesar di dunia bernama taman minimundus di klagenfurt, karintia, austria.
bangunan pada replika tersebut terlihat sangat mirip dengan aslinya.
miniatur ini menggunakan skala 1:25.
berkas:moschee banda aceh miniatur.jpg|replika masjid raya baiturrahman di taman minimundus di [[klagenfurt]], [[karintia]], [[austria]]berkas:masjid_raya.jpg|langit-langit masjid raya baiturrahmanberkas:bagian_dalam_mesjid_raya_banda_aceh.jpg|interior masjid raya baiturrahmanberkas:tugu_modal_aceh.jpg|menara utama masjid raya baiturrahman di beri gelar sebagai "tugu aceh daerah modal republik indonesia" oleh presiden soekarno
mesjid besar baiturrahman
tabloid gema baiturrahman
situs resmi kementrian pariwisata