stasiun ini dibangun pada tahun 1941 berdasarkan karya j. van der eb. stasiun ini terkadang disebut sebagai stasiun malang kotabaru untuk membedakannya dengan stasiun malang kotalama yang usianya lebih tua.
pada awalnya, bangunan stasiun ini berada di sisi timur bangunan yang sekarang.
sesuai rancangan awal, penumpang yang baru turun dari kereta api akan disuguhi pemandangan gunung panderman di sebelah barat.
oleh karena bangunan stasiun ini dianggap tidak mampu lagi menampung jumlah penumpang yang terus meningkat, maka dibuatlah bangunan baru yang lebih besar di sisi barat.
bangunan baru ini terus dipakai hingga sekarang dan bangunan lama yang kini bersebelahan dengan dipo kereta dan sub dipo lokomotif malang difungsikan sebagai kantor dan gudang untuk menyimpan alat-alat perawatan jalur kereta api.
lokasi stasiun ini sangat strategis karena terletak tidak jauh dari alun-alun bundar, kompleks sma tugu (sma negeri 1, sma negeri 3, dan sma negeri 4 malang), gedung dprd kota malang, balai kota malang, pasar klojen, hotel tugu inn, dan markas kodam v brawijaya.
sejak 27 juli 2016 stasiun ini telah menerapkan sistem check-in dan boarding pass seperti yang berlaku di bandara.
layanan kereta api
gajayana, dari dan tujuan jakarta via blitar-madiun-solo-yogyakarta-purwokerto-cirebon
bima, dari dan tujuan surabaya bersambung jakarta via jombang-madiun-solo-yogyakarta-purwokerto-cirebon
malabar, dari dan tujuan bandung via blitar-madiun-solo-yogyakarta-tasikmalaya (kelas eksekutif-bisnis-ekonomi ac)
malioboro ekspres, dari dan tujuan yogyakarta via blitar-madiun-solo (kelas eksekutif-ekonomi ac plus)
mutiara selatan, dari dan tujuan surabaya bersambung bandung via jombang-madiun-solo-yogyakarta-tasikmalaya
kelas ekonomi ac plus
majapahit, dari dan tujuan jakarta via blitar-madiun-solo-semarang-cirebon
jayabaya, dari dan tujuan jakarta via surabaya-semarang-cirebon
kelas ekonomi ac
matarmaja, dari dan tujuan jakarta via blitar-madiun-solo-semarang-cirebon
tawang alun, tujuan malang kotalama dan tujuan bangil bersambung banyuwangi
penataran, tujuan blitar dan tujuan surabaya (gubeng atau kota)
tumapel, dari dan tujuan surabaya (lebih sering disebut sebagai ka penataran juga)
jadwal kereta api
berikut ini adalah jadwal kereta api di stasiun malang per 1 november 2016 (revisi gapeka 2015).
ka tujuan kelas tiba berangkat
152/153 jayabaya malang kotabaru (ml) ekonomi ac plus 01.17 -
104 malioboro ekspres eksekutif &
ekonomi ac plus 04.00 -
460l tumapel/penataran surabaya kota (sb) ekonomi ac - 04.30
462 penataran 07.01 07.07
459 blitar (bl) 07.05 07.10
172 matarmaja malang kotabaru (ml) 07.50 -
100l malabar eksekutif, bisnis, &
ekonomi ac 08.06 -
44/45 bima eksekutif satwa 08.10 -
101 malioboro ekspres yogyakarta tugu (yk) eksekutif &
ekonomi ac plus - 08.25
42 gajayana malang kotabaru (ml) eksekutif satwa 09.20 -
132a mutiara selatan bisnis 09.35 -
150 majapahit ekonomi ac plus 09.55 -
461 penataran blitar (bl) ekonomi ac 10.11 10.25
154/151 jayabaya jakarta pasar senen (pse) ekonomi ac plus - 11.45
464 penataran surabaya kota (sb) ekonomi ac 12.11 12.20
208/209 tawang alun malang kotalama (mlk) 12.56 13.01
41 gajayana jakarta gambir (gmr) eksekutif satwa - 13.30
463 penataran blitar (bl) ekonomi ac 14.23 14.33
46/43 bima surabaya gubeng (sgu) bersambung jakarta gambir (gmr) eksekutif satwa - 14.25
102 malioboro ekspres malang kotabaru (ml) eksekutif &
ekonomi ac plus 15.37 -
210/207 tawang alun bangil (bg) bersambung banyuwangi baru (bw) ekonomi ac 15.50 15.55
99 malabar bandung hall (bd) eksekutif, bisnis, &
ekonomi ac - 16.00
131a mutiara selatan surabaya gubeng (sgu) bersambung bandung hall (bd) bisnis - 16.20
466l penataran surabaya gubeng (sgu) ekonomi ac 16.56 17.05
171 matarmaja jakarta pasar senen (pse) - 17.00
149 majapahit ekonomi ac plus - 18.20
468l penataran surabaya kota (sb) ekonomi ac 19.53 20.05
103 malioboro ekspres yogyakarta tugu (yk) eksekutif &
ekonomi ac plus - 20.15
465l penataran blitar (bl) ekonomi ac 20.27 20.35
467l tumapel/penataran malang kotabaru (ml) 22.37 -
pada tanggal 4 januari 2011 sekitar pukul 13.15 wib, kereta penumpang ka gajayana tanpa lokomotif yang sedang parkir di stasiun malang tiba-tiba mundur sendiri dan menabrak tiga rumah milik warga yang berada di sekitar stasiun malang kotalama.
seorang balita tewas dalam kejadian ini karena tertimpa reruntuhan rumah akibat ditabrak oleh kereta api tersebut, sedangkan seorang lagi mengalami patah tulang kaki.
ka gajayana tabrak rumah, satu tewas