pagi-pagi hari minggu, 25 juni 2006, shalit ditangkap oleh kaum militan palestina yang menyerang sebuah pos tentara di israel setelah melintasi perbatasan jalur gaza selatan masuk ke israel melalui sebuah terowongan bawah tanah yang mereka gali dekat kerem shalom.
pada penyerangan pagi, dua tentara angkatan pertahanan israel terbunuh dan empat lainnya terluka, tidak termasuk shalit, yang mengalami patah tangan kiri dan luka ringan di bahunya.
para penangkap shalit mengeluarkan sebuah pernyataan pada senin, 26 juni 2006, menawarkan informasi tentang shalit bila israel setuju untuk membebaskan semua perempuan tahanan palestina dan tahanan di bawah 18 tahun.
pernyataan ini berasal dari brigade izz ad-din al-qassam (sayap militer partai palestina yang berkuasa, hamas), komite perlawanan rakyat (termasuk anggota-anggota fatah, jihad islami, dan hamas), dan sebuah kelompok lainnya yang sebelumnya tidak dikenal, yang menyebut dirinya tentara islam.
pada 1 juli pihak palestina mengeluarkan tuntutan lain kepada pihak israel, agar membebaskan 1000 tahanan palestina (selain seluruh tahanan perempuan dan muda usia seperti yang dituntut sebelumnya) dan mengakhiri serangannya di gaza, yang dimulai pada 28 juni, tiga hari setelah penculikan itu.
dua hari kemudian, mereka mengeluarkan ultimatum 24 jam untuk memenuhi tuntutan-tuntutan mereka, dan mengeluarkan ancaman-ancaman, meskipun tidak jelas isinya, bila israel menolak memenuhinya.
namun, beberapa jam kemudian israel secara resmi menolak ultimatum itu, dan menyatakan bahwa "tidak ada perundingan untuk membebaskan para tahanan."
penculikan shalit telah dilaporkan secara luas sebagai insiden yang memicu operasi hujan musim panas, meskipun sumber-sumber lain telah menunjukkan bahwa sehari sebelumnya, 24 juni, dua warga sipil palestina, osama muamar dan saudara lelakinya mustafa muamar diculik oleh idf di al shouka, dekat rafah.
segera setelah penculikan itu, duta besar vatikan untuk israel, uskup agung antonio franco, mengusahakan pembebasan shalit melalui sebuah gereja katolik yang berbasis di gaza, meskipun gagal.
pada 29 juni komandan komando israel selatan, aluf yoav galant, mengukuhkan bahwa shalit masih berada di gaza. menteri kehakiman israel, haim ramon, menambahkan bahwa shalit ditahan di gaza selatan, tepatnya.
koresponden militer untuk dewan siaran israel mengklaim bahwa shalit saat ini ditahan di rafah, dan bahwa tidak ada tanda-tanda bahwa ia masih hidup.
juru bicara idf brigjen.
miri regev menyatakan bahwa "kami tidak yakin bahwa ia masih ditahan di gaza selatan ".
pada 1 juli bbc melaporkan bahwa shalit mungkin telah mendapatkan perhatian medis, kemungkinan untuk luka-luka di perut dan punggungnya.
hal ini telah disangkal oleh pihak palestina.
pemerintah israel juga telah mengancam bahwa "langit akan runtuh " bila shalit dilukai.
pada 6 september 2006, mesir dilaporkan melakukan perundingan dengan hamas atas nama israel untuk pembebasan shalit.
seminggu kemudian, para penengah mesir menerima surat yang ditulis oleh gilad sendiri yang isinya menyatakan bahwa keadaannya baik-baik saja.
tulisan tangannya dikukuhkan sebagai tulisan tangan kopral shalit.
insiden penahanan keluarga muama
gaza kidnapping of israeli soldier  berita dan laporan terakhir tentang kejadian-kejadian yang berkembang menyangkut gilad shalit