pada awalnya sekolah ini bernama sma abc paedagogik, yang didirikan oleh beberapa tokoh dari fakultas sastra universitas gajah mada jurusan paedagogik, yaitu pada tanggal 1 september 1952.
pendirian sekolah ini kemudian dikukuhkan dengan sk menteri pendidikan pengajaran dan kebudayaan republik indonesia no. 38115/kab tanggal 21 oktober 1952.
kemudian sekolah ini berkembang sehingga dapat menempati gedung milik yayasan pancasila di jalan sagan no. 1 yogyakarta.
pada awal berdirinya, kepemimpinan dipegang oleh prof. drs. sutedjo brojonegoro dan tokoh- tokoh lainnya, antara lain prof drs.
tahun 1956 pimpinan digantikan oleh broto hamidjojo.
dalam perkembangannya, pada tahun 1958, sekolah jurusan b dipindahkan ke sekip, sementara jurusan ac tetap di jalan sagan 1.
meskipun dipisahkan di dua lokasi, kepemimpinan masih dipegang oleh broto hamidjojo, sampai tahun 1960.
tahun 1960 sma ac paedagogik dipimpin oleh drs. sutanto dan tahun 1963 digantikan oleh drs. ramelan, kemudian pada tahun 1964 sma paedagogik ini berganti nama menjadi sma fip ugm dan mengikuti program gaya baru jurusan ilmu pasti dan ilmu pengentahaun alam (paspal), ilmu sosial dan budaya (sosbud).
pada tahun 1965 berganti nama lagi menjadi sma fip ikip yogyakarta dan tahun1967 dipimpin suhardjo, ba .
pada tahun 1969 berganti nama lagi menjadi sma percobaan i ikip , mengikuti kebijakan sekolah percobaan ujian sebagaimana halnya 8 sma ikip lainnya di indonesia.
tahun 1971 dengan sk menteri no 172/1971 berganti nama menjadi sma pembangunan dan melaksanakan tugas proyek perintis sekolah menengah pembangunan (ppsp) yang dimulai tahun 1972 dan mendapat jalur stream akademik, stream vocasional, stream kesekretariatan, stream tata niaga dan stream keteknikan.
tahun 1973 sekolah dipimpin oleh dra. sartati satmoko dan pada tahun 1974 berganti nama menjadi sma 1 ikip jurusan eksakta dan non eksakta masih dalam program ppsp.
pada tahun 1975 ketika sma di lingkungan kanwil p dan k menggunakan kurikulum 1975 dengan ppsp, maka sma i ikip memakai kurikulum ppsp klasikal dengan jurusan palma (pengetahuan alam matematika) ipa dan sosba (sosial bahasa ips) hingga tahun1983.
dengan sk mendikbud no. 0709/b/1986 tanggal 10 oktober 1986, sma i ikip dialihkan pengelolaannya dari ikip yogyakarta ke kanwil depdukbud diy. penyerahan alih kelola ini dilakukan oleh rektor ikip yogyakarta kepada kepala kanwil depdikbud provinsi diy pada tanggal 22 januari 1987,kemudian pada tanggal 1 februari 1987 sekolah ini resmi menggunakan nama sma negeri 9 yogyakarta.
tahun 1997, sejalan dengan perubahan program pendidikan menengah yang terbagi menjadi 2 program, yaitu smu dan smk, maka sma negeri 9 yogyakarta pun berubah nama menjadi smu negeri 9 yogyakarta.
dan dengan berlakunya kurikulum 2004, mulai april 2004 sekolah pun berganti nama lagi, kembali menjadi sma negeri 9 yogyakarta, sampai sekarang.
dan mulai tahun pelajaran 2006/2007 sma negeri 9 yogyakarta menggunakan kurikulum tingkat satuan pendidikan (ktsp).
nilai akreditasi: 91.18 akreditasi sma negeri 9 yogyakarta
peringkat akreditasi: a
tanggal penetapan: 12-oct-2009
ruang belajar 18 kelas
laboratorium komputer / ti
ruang seni kerawitan
ruang perpustakaan dengan pengembangan e-library
ruang kantor bp/bk
ruang kantor guru
ruang kantor tu
ruang kantor kepala sekolah
ruang kantor wakil kepala sekolah
ruang pecinta alam
parkir kendaraan siswa
parkir kendaraan guru / karyawan
seluruh ruang kelas dilengkapi fasilitas lcd projector dan terjangkau wireless internet