ikhtisar alur cerita
ketika ujian tertulis dilaksanakan, neji menggunakan kemampuan byakugannya untuk "mencontek secara terhormat" sesuai instruksi pengawas ujian tersebut.
setelah lolos karena naruto, dia mengikuti ujian kedua yaitu survival.
lee dari tim neji sempat membantu tim naruto yang diserang oleh ninja oto.
setelah memasuki babak penyisihan, neji berhadapan dengan hinata, saudari seklannya.
dia dengan kejam menghajar hinata sampai terluka parah.
naruto yang melihat hal tersebut benar-benar berang dan mengatakan akan menghajarnya bila berhadapan di babak selanjutnya.
ketika babak utama dilaksanakan, ternyata naruto dan neji bertemu dan bertarung.
awalnya naruto kesulitan karena jurus kaiten (memutar chakra menjadi pelindung di sekelilingnya) dan pukulan 64 titik miliknya.
naruto yang kehabisan chakra melepas chakra siluman dalam tubuhnya dan berhasil mendesak neji.
naruto lalu mengalahkan neji dengan berpura-pura pingsan dan menyerangnya dari bawah tanah.
neji akhirnya sadar bahwa orang gagalpun masih bisa mengalahkan orang genius dengan kerja keras.
neji bergabung dengan ,chouji akimichi,narutouzumaki,shikamaru nara(sebagai ketua tim) dan kiba inuzuka untuk mengejar sasuke uchiha yang dibawa oleh ninja oto untuk menemui orochimaru.
ditengah perjalanan, dia melawan salah satu ninja yang bernama kidomaru.
dia menggunakan jaring dari air liur yang bisa mengeras sebagai senjata.
dia juga bisa memanggil ratusan laba-laba baik besar maupun kecil.
setelah pertarungan sengit dan hampir merenggut nyawa neji karena perutnya yang berlubang ditembus panah, akhirnya dia bisa dikalahkan dengan mengalirkan chakra terakhir jyuken neji ke benang yang tersambung pada mulut kidomaru dan neji kehilangan kesadaran diri.namun berhasil diselamatkan tsunade dan tim medis konoha
dua tahun setelah naruto pergi, neji berhasil melewati ujian chuunin dan sekarang dia dalam tingkatan jounin.
ketika berita gaara yang diculik sampai ke konoha, tim gai ditugaskan menjadi back-up tim kakashi.
tim ini dicegat oleh kisame hoshigaki, salah satu anggota akatsuki yang pernah melawan gai. mereka bertarung sengit.
neji yang terperangkap penjara air berhasil lolos dan membantu gai. akhirnya pertarungan selesai setelah gai mengeluarkan jurus asa kujaku yang berarti merak fajar.
ternyata itu adalah orang lain yang digunakan oleh kisame dan memiliki seluruh kemampuan kisame dengan 30% chakra miliknya
setelah bertemu tim kakashi, tim guy berpencar untuk mencabut segel-segel yang ada di lima tempat.
kelima tempat itu bisa dengan mudah ditemukan menggunakan byakugan milik neji.
ternyata disetiap segel terdapat perangkap yang menyebabkan munculnya bayangan pencabutnya menjadi orang yang sama persis.akhirnya dengan jyuken hakke hazangeki dan semangat tim guy yang diingatka rock lee melalui headphone,neji dapat mengalahkan bayangan dirinya.
setelah selesai, tim guy mengejar deidara dan mendesaknya.
deidara lalu meledakkan diri dan selamat melarikan diri.
ketika nagato mulai menyerang konoha, tim guy pergi menjalankan misi.
selama pit-stop di rumah mereka kembali, mereka melihat sejumlah burung tampaknya melarikan diri dari desa.
mereka bergegas ke desa, neji menggunakan byakugan untuk melihat apa yang dia tahu sebelum kedatangan mereka yang sebenarnya.
dengan itu, ia melihat gamabunta dikalahkan, dan memberitahu mereka bahwa konoha hancur.
setelah mereka kembali, mereka menemukan hinata hyuga terluka parah, sennin katak fukasaku(guru sannin jiraiya dan naruto) mati meski mereka tak tahu siapa identitas katak itu awalnya dan mereka dengan cepat mendapat pertolongan medis.
ketika mereka kemudian mengetahui bahwa naruto telah melawan pain, neji bersikeras akan membantunya menghadapi nagato, meskipun naruto uzumaki tidak ingin ada yang membantunya, neji mengatakan bahwa itu terlalu ceroboh untuk naruto untuk pergi sendirian ketika dia lelah.
meskipun demikian, ia tetap tinggal di desa, dan menyapa naruto dengan ninja lainnya sekembalinya.
perang dunia shinobi
zetsu terbukti sangat tahan terhadap kerusakan dan pertempuran, serta satu zetsu hampir menjebak neji dan menyerap beberapa dari chakra nya.
dia menggunakan juuken] untuk membebaskan dirinya, tetapi melihat bahwa zetsu menyerap sebagian dari chakra nya.
saat pertempuran berkecamuk , hinata dan neji berjuang samping dengan samping melindungi punggung masing-masing.
hari sudah menjelang senja setelah hari pertama perang, neji beristirahat bersama hinata, kiba, akamaru dan shino.
lelah dari penggunaan jangka panjang byakugan, kiba inuzuka mendesaknya untuk mengunjungi divisi bantuan medis untuk pengobatan tetapi neji menolak, dan terus menggunakan byakugan sampai ia runtuh, menyebabkan shino dan hinata untuk mengambil alih tugasnya.
tanpa sepengetahuan neji, para zetsu putih yang telah menyerap chakranya sebelumnya mengguna tubuh pengganti dia dan menyusup keruang medis, menewaskan lima ninja medis sebelum dihentikan oleh sakura haruno.
neji yang asli dalam kenyataannya masih di medan perang.
perang hari kedua dimulai, mereka sekali lagi terlibat melawan klon zetsu yang memiliki jurus menyamar menjadi rekan-rekan mereka.
neji cepat menguasai dia dengan jurus barunya.
namun, kemenangannya hanyalah sementara, sepertinya kidmaru menelan mereka dalam teknik perputaran anehnya.
tubuh neji ditinggalkan dalam keadaan koma sementara jiwanya dikirim ke lokasi baru di mana itu menghidupkan kembali dalam penghalang besar.
di dalam, penduduk mampu bertempur dengan normal.
namun, sound four menginformasikan bahwa musuh-musuh mereka dalam waktu, menghentikan aliran chakra tubuh yang sebenarnya mereka akhirnya akan menyebabkan mereka mati.
selain itu, menewaskan sound four tidak akan membatalkan teknik ini.
meskipun mengalami kebuntuan diawal, segel kutukan milik sound four ditingkatkan lebih kuat dari akumulasi kejahatan mereka, dengan cepat membanjiri ninja konoha.
melihat itu, shikamaru mulai sengaja memprovokasi mereka, mengetahui bahwa naruto yang baru menguasai emosi negatifnya akan mengambil di atasnya.
akhirnya, naruto menemukan mereka dan menerobos penghalang, sehingga inoichi, melalui sambungan telepati, untuk melepaskan teknik dan mengembalikan neji dan yang lain untuk tubuh mereka.
saat terbangun, hinata langsung memeluk neji dan menangis dipelukannya.
kemudian, dihadapkan oleh salah satu ditransformasikan zetsu, kiba memanggil keluar kepadanya bahwa hinata adalah dalam bahaya.
cepat pengiriman shinobi, neji mengutuk bahwa dia tidak akan membiarkan hinata ketakutan saat sepupunya yang jatuh ke sisi gunung hanya untuk mengungkapkan sebagai klon zetsu.
seperti naruto melewati atas kepala, neji bertanya-tanya apakah itu benar-benar dia sebelum mengikuti setelah kiba dan akamaru.
ia tiba pada waktunya untuk melihat bahwa itu sebenarnya naruto dan bahwa ia telah melindungi hinata dari serangan musuh.
setelah memberitahu kiba dan ninja iwagakure bahwa ia tidak menyadari bahwa itu adalah dia karena dari perubahan nya dalam penampilan dan tanda tangan chakra.
menuntut bahwa naruto membuktikan bahwa dia adalah naruto, hinata mengatakan tidak ada kebutuhan untuk itu karena dia datang untuk menyelamatkan mereka.
kelompok ini kemudian dikerahkan untuk menyelesaikan sisa musuh.
setelah diberitahu oleh inoichi yamanaka bahwa naruto dan killer bee sedang memerangi madara uchiha bertopeng, neji dan konoha 11 terburu-buru untuk membantunya.
dalam perang ini neji hyuga mati karena melindungi naruto dari serangan juubi.