stasiun wonokromo semula memiliki tujuh jalur, kemudian berkurang menjadi lima jalur.
jalur 1 (sepur lurus pertama) yang biasanya digunakan untuk pemberangkatan ka ekonomi ke arah barat daya (madiun) dan sebagai jalur berjalan langsung untuk ka yang tidak berhenti di stasiun ini, jalur 2 (sepur lurus kedua) dan 3 digunakan untuk pemberangkatan ka ke arah selatan (sidoarjo) dan kedatangan ka dari arah selatan maupun barat daya, jalur 4 hanya digunakan sebagai tempat parkir kereta perawatan rel (mtt, pbr, ssp, ksp), serta jalur 5 yang jarang digunakan.
mulai 1 agustus 2015, ka ekonomi jarak jauh juga singgah di stasiun ini untuk melayani naik turun penumpang, kecuali ka jayabaya.
sejak 20 juli 2016 stasiun ini menerapkan sistem check-in dan boarding pass seperti yang berlaku di bandara.
layanan kereta api
mutiara selatan, tujuan malang
kelas ekonomi ac
gaya baru malam, tujuan surabaya gubeng dan tujuan jakarta via jombang-madiun-solo-yogyakarta-purwokerto
pasundan, tujuan surabaya gubeng dan tujuan bandung via jombang-madiun-solo-yogyakarta-tasikmalaya
logawa, tujuan purwokerto via jombang-madiun-solo-yogyakarta dan tujuan jember
sri tanjung, tujuan yogyakarta via jombang-madiun-solo dan tujuan banyuwangi
probowangi, tujuan surabaya kota dan tujuan banyuwangi
dhoho, tujuan surabaya kota dan tujuan kertosono via jombang bersambung blitar via kediri
penataran, tujuan surabaya (gubeng atau kota) dan tujuan blitar via malang
tumapel, tujuan surabaya kota dan tujuan malang
krd bojonegoro/lokal babat, tujuan surabaya pasarturi-bojonegoro via lamongan-babat dan tujuan sidoarjo
krd kertosono, tujuan surabaya kota dan tujuan kertosono via jombang
delta ekspres (komuter surabaya-sidoarjo/susi), tujuan surabaya kota dan tujuan porong
persilangan/papasan atau persusulan
ka sancaka sore tujuan yogyakarta (ka 85a) bersilang dengan ka ranggajati tujuan surabaya gubeng bersambung jember (ka 11060/10985) yang melintas langsung
ka delta ekspres (komuter surabaya-sidoarjo/susi) tujuan porong (ka 299l) bersilang dengan ka mutiara selatan tujuan surabaya gubeng bersambung bandung (ka 131a) dan juga disusul ka ranggajati tujuan jember (ka 11060/10985) yang melintas langsung
ka penataran tujuan surabaya kota (ka 445/454l) disusul ka mutiara selatan tujuan surabaya gubeng bersambung bandung (ka 131a) dan juga bersilang dengan ka ranggajati tujuan jember (ka 11060/10985) yang melintas langsung
jadwal kereta api
berikut ini adalah jadwal kereta api di stasiun wonokromo per 1 november 2016 (revisi gapeka 2015).
no. ka ka tujuan kelas tiba berangkat
174 gaya baru malam surabaya gubeng (sgu) ekonomi ac 01.18 01.20
295 komuter surabaya-sidoarjo (susi) porong (pr) komuter ekonomi 04.15 04.22
219 probowangi banyuwangi baru (bw) ekonomi ac 04.31 04.35
449l/442 dhoho kertosono (kts) bersambung blitar (bl) 04.41 04.43
459 penataran blitar (bl) 04.50 04.52
296 komuter surabaya-sidoarjo (susi) surabaya kota (sb) komuter ekonomi 06.45 06.47
460l tumapel/penataran ekonomi ac 06.55 07.10
478l krd kertosono 07.00 07.03
471l krd bojonegoro/lokal babat sidoarjo (sda) 07.16 07.18
132a mutiara selatan malang kotabaru (ml) bisnis 07.26 07.28
461 penataran blitar (bl) ekonomi ac 07.46 07.48
179 pasundan bandung kiaracondong (kac) 08.19 08.21
451/444 dhoho kertosono (kts) bersambung blitar (bl) 08.31 08.33
462 penataran surabaya kota (sb) 09.32 09.34
472/473 krd bojonegoro/lokal babat bojonegoro (bj) 09.56 09.58
441l/450 dhoho surabaya kota (sb) 10.33 10.35
477l krd kertosono kertosono (kts) 10.46 10.48
190l/187l logawa purwokerto (pwt) 10.54 10.56
463 penataran blitar (bl) 11.41 11.43
173 gaya baru malam jakarta pasar senen (pse) 12.04 12.06
453/446 dhoho kertosono (kts) bersambung blitar (bl) 12.16 12.18
297 komuter surabaya-sidoarjo (susi) porong (pr) komuter ekonomi 13.31 13.37
196/193 sri tanjung yogyakarta lempuyangan (lpn) ekonomi ac 13.39 13.41
194/195 banyuwangi baru (bw) 14.34 14.36
188/189 logawa surabaya gubeng (sgu) bersambung jember (jr) 14.45 14.47
464 penataran surabaya kota (sb) 14.52 14.55
443/452 dhoho 15.27 15.32
474/475 krd bojonegoro/lokal babat sidoarjo (sda) 16.14 16.16
480 krd kertosono surabaya kota (sb) 16.20 16.22
298 komuter surabaya-sidoarjo (susi) komuter ekonomi 16.55 16.57
455/448 dhoho kertosono (kts) bersambung blitar (bl) ekonomi ac 17.46 17.48
476 krd bojonegoro/lokal babat surabaya pasarturi (sbi) 17.52 17.55
465l penataran blitar (bl) 17.56 17.58
299l komuter surabaya-sidoarjo (susi) porong (pr) komuter ekonomi 18.07 18.23
445/454l dhoho surabaya kota (sb) ekonomi ac 18.13 18.21
479 krd kertosono kertosono (kts) 19.26 19.28
466l penataran surabaya gubeng (sgu) 19.28 19.30
467l tumapel/penataran malang kotabaru (ml) 20.07 20.09
300 komuter surabaya-sidoarjo (susi) surabaya kota (sb) komuter ekonomi 20.29 20.31
220 probowangi ekonomi ac 20.43 20.45
180 pasundan surabaya gubeng (sgu) 21.29 21.31
468l penataran surabaya kota (sb) 22.21 22.23
447/456 dhoho 22.41 22.43
pada tanggal 22 juni 2002 pukul 21.00, ka pengangkut bbm terbakar di stasiun wonokromo.
tidak ada korban jiwa dalam peristiwa ini.