sma yayasan pupuk kaltim (ypk) didirikan pada tanggal 28 oktober 1985, dan mulai beroperasi pada tahun pelajaran 1986/1987 sebagai bagian dari wujud pelaksanaan salah satu tujuan yang diemban oleh yayasan pupuk kaltim, berlokasi di tempat yang strategis di tengah-tengah kompleks pemukiman karyawan pt. pupuk kalimantan timur.
pengembangan lebih lanjut dalam dua tahun terakhir, sma ypk telah menjadi rintisan sekolah kategori mandiri untuk menuju sekolah standar internasional.
visi yang diemban oleh lembaga pendidikan ini adalah untuk menjadi lembaga pendidikan yang memiliki budaya unggul mutu, kreatif, mandiri, dan berwawasan global.
sma ypk menggunakan kurikulum tingkat satuan pendidikan standar internasional (ktsp si) dengan menguatkan pada teknologi informatika dan penguasaan bahasa asing (inggris dan jepang).
materi muatan lokal dipilih yang berorientasi prospektif seperti penguasaan multimedia, perangkat keras komputer, jaringan, serta disain grafis.
sementara untuk pengembangan diri dilakukan melalui bidang ilmiah, olahraga, seni, dan humaniora.
paket pembelajaran intrakulikuler dikemas sebanyak 38 jam pelajaran/minggu (senin hingga jumat).
kelas regular, pengelompokan belajar siswa menganut asas heterogen murni, baik jenis kelamin, agama, kecerdasan, tempat tinggal, status orang tua/wali, maupun guru pengajarnya.
kelas regular dilaksanakan selama di kelas x dan xi, sedangkan pada kelas xii dibedakan menjadi kelas administrasi dan kelas belajar.
kelas model/ kelas unggulan, pengelompokan belajar siswa berdasarkan kriteria: minat siswa, lulus seleksi, tambahan biaya. proses belajar mengajar dilakukan menggunakan 2 bahasa, multimedia dan multi-metode, serta ditunjang dengan fasilitas belajar yang lengkap.
kelas model dilaksanakan sejak kelas x sampai kelas xii.
cibi (cerdas istimewa  bakat istimewa), kelompok siswa yang memiliki bakat istimewa dibidang mipa (matematika dan ipa).
dibiayai oleh direktorat plb (pendidikan luar biasa)
moving class, program moving class di mulai tahun ajaran 2008/2009, seiring dengan perubahan status sma ypk menjadi rintisan sekolah kategori mandiri menuju sekolah berstandar internasional.
program ini bertujuan untuk mengurangi kejenuhan belajar, mengurangi beban sarana-prasarana, efisiensi kelas, menyesuaikan dengan iklim belajar di perguruan tinggi, serta meningkatkan efisiensi kerja guru
sistem kredit semester (sks), proses belajar mengajar dilakukan dengan menggunakan sistem kredit semester.
program pengayaan dan remedial, program ini merupakan salah satu bagian dari proses belajar mengajar yang ditujukan untuk membantu siswa yang mengalami kesulitan dalam penguasaan materi pelajaran, memperbaiki cara belajar siswa, ataupun membantu siswa yang mengalami kesulitan dalam aspek sosial pribadi.
pemeriksaan psikologis, program pemeriksaan psikologis ditujukan untuk membantu siswa dalam menggali potensi minat dan bakat yang dimilikinya sesuai dengan penjurusan yang ada.
paket persiapan un dan umptn, program persiapan un dan umptn diselenggarakan secara berkala untuk siswa tingkat akhir untuk membantu para siswa dalam mempersiapkan diri menghadapi ujian masuk perguruan tinggi.
konsultasi pemilihan jurusan ptn, progeam ini sebagai upaya mengarahkan untuk membantu siswa dalam hal pemilihan jurusan di perguruan tinggi yang sesuai dengan potensi dan bakat masing-masing.
hutan lindung, untuk mendukung kegitan belajar pada mata pelajaran biologi, sma ypk tidak hanya melakukan kegiatan praktikum di lab biologi, tetapi praktikum juga di lakukan di area hutan lindung yang ada disekitar lokasi sekolah.
dengan adanya kegiatan praktikum seperti ini siswa selain belajar juga dapat melonggarkan pikiran di alam terbuka.
laboratorium kimia, sma ypk memiliki sebuah ruang lab kimia, sebagai salah satu sarana penunjang kegiatan proses belajar mengajar ipa yang memadai.
laboratorium komputer, sma ypk memiliki dua ruang lab komputer.
tiap lab komputer tersebut memiliki fasilitas 33 komputer yang memungkinkan tiap siswa dapat mempraktikkan teori secara langsung.
lab tersebut dilengkapi juga dengan akses internet sehingga memungkinkan siswa menggali ilmu pengetahuan secara mandiri dan tidak tidak semata-mata berasal dari guru.
perpustakaan, sma ypk memiliki fasilitas perpustakaan yang luas dan dilengkapi dengan pendingin udara sehingga siswa dapat membaca dengan nyaman.
fasilitas perpustakaan ditujang dengan koleksi yang berjumlah lebih dari 8433 judul buku dan beberapa macam majalah bulanan.
laboratorium bahasa, sma ypk yang memiliki fasilitas audio dan video yang memadai sebagai alat bantu yang baik bagi siswa untuk mempelajari bahasa asing.
ruang kelas kondusif, untuk menciptakan suasana belajar yang nyaman dan kondusif, ruang belajar mengajar dilengkapi dengan fasilitas pendingin udara, dan proyektor lcd sebagai penunjang pengajaran multimedia.
ruang fitnes, sma ypk memiliki fasilitas ruang fitnes yang dapat digunakan baik oleh guru, karyawan, dan murid menjaga kebugaran tubuh mereka.
taman sekolah, sma ypk memiliki taman sekolah yang tertata rapi menciptakan suasana sejuk dan damai sewaktu belajar.
pemenang v sekolah sehat tingkat nasional tahun 2005
juara 2 sekolah sehat se-provinsi kaltim tahun 2010
juara umum olympiade sains nasional tingkat kota bontang tahun 2005
juara umum olympiade sains nasional tingkat kota bontang tahun 2006
juara umum olympiade sains nasional tingkat kota bontang tahun 2007
juara umum olympiade sains nasional tingkat kota bontang tahun 2010
juara 1 lomba debat pertambangan se-kalimantan timur tahun 2010
juara ketiga tenis meja 02sn tingkat provinsi kalimatan timur tahun 2011
peraih medali perunggu olympiade sains nasional bidang kebumian tingkat nasional tahun 2012