semula, semenjak operasional pertamanya pada 1980-an, kereta api ini dijalankan dengan rangkaian campuran kelas bisnis dan eksekutif, bersama dengan kereta api ekspres malam turangga yang juga memiliki konfigurasi kelas bisnis dan eksekutif.
tetapi, mulai 11 oktober 1999, semua rangkaian kereta api mutiara selatan diganti dengan kelas bisnis, sedang turangga menjadi kereta api kelas eksekutif.
pada 28 september 2016, kereta api mutiara selatan diganti seluruh rangkaiannya dengan kereta ekonomi terbaru buatan tahun 2016.
kereta api ini melayani penumpang dengan rangkaiannya yang terdiri atas 6-8 kereta ekonomi rangkaian terbaru (k3), 1 kereta makan dan pembangkit (mp3), dan 2 kereta barang hantaran paket (b).
mulai 3 oktober 2016, kereta api mutiara selatan dari bandung ke surabaya dan diperpanjang rute sampai ke malang.
ka mutiara selatan diberangkatkan dari stasiun malang pada pukul 16.20 wib tiba di stasiun bandung pada pukul 09.59 wib dan berangkat dari stasiun bandung pada pukul 16.50 wib tiba di stasiun malang pada pukul 09.35 wib.
tarif kereta api ini adalah antara rp 240.000,00 - rp 300.000,00, bergantung pada jarak tempuh, subkelas/posisi tempat duduk dalam rangkaian kereta, serta hari-hari tertentu seperti akhir pekan dan libur nasional.
selain itu, berlaku pula tarif khusus yang hanya dapat dipesan di loket stasiun mulai dua jam sebelum keberangkatan kereta api ini pada rute sebagai berikut:
bandung-banjar maupun sebaliknya rp. 50.000,-
yogyakarta-madiun maupun sebaliknya rp. 50.000,-
madiun-surabaya maupun sebaliknya rp. 40.000,-
surabaya-malang maupun sebaliknya rp. 40.000
khusus relasi surabaya-malang maupun sebaliknya dapat dipesan sejak h-90.
berikut jadwal perjalanan kereta api mutiara selatan berdasarkan gapeka 2015 revisi 1.
jadwal dan harga tiket ka mutiara selatan
ka 131a mutiara selatan (malang-bandung) ka 132a mutiara selatan (bandung-malang)
stasiun kedatangan keberangkatan stasiun kedatangan keberangkatan
malang - 16.20 bandung - 16.50
lawang 16.46 16.48 kiaracondong 17.00 17.02
sidoarjo 17.50 17.54 cipeundeuy 18.54 19.03
surabaya gubeng 18.20 19.00 tasikmalaya 19.53 19.59
mojokerto 19.39 19.47 ciamis 20.25 20.27
jombang 20.08 20.11 banjar 20.53 20.58
kertosono 20.26 20.32 kroya 22.24 22.39
nganjuk 20.53 20.55 gombong 23.28 23.37
madiun 21.35 21.46 kutoarjo 00.29 00.33
walikukun 22.30 22.37
yogyakarta 01.27 01.35
solo balapan 23.20 23.25 solo balapan 02.24 02.30
yogyakarta 00.15 00.30 paron 03.38 03.40
kutoarjo 01.26 01.41 madiun 04.02 04.08
kebumen 02.16 02.25 nganjuk 04.50 04.52
karanganyar 02.37 02.53 kertosono 05.12 05.15
gombong 03.02 03.04 jombang 05.30 05.33
kroya 03.30 03.34 mojokerto 05.55 06.04
maos 03.48 03.50 surabaya gubeng 06.43 07.20
banjar 05.06 05.10 sidoarjo 07.47 07.50
ciamis 05.41 05.43 lawang 09.07 09.10
tasikmalaya 06.10 06.20 malang 09.35 -
cipeundeuy 07.10 07.20
kiaracondong 09.44 09.49
bandung 09.59 -
untuk ka 131 mutiara selatan dari surabaya-bandung rutenya seperti biasa dari sebelum perjalanan.
untuk keberangkatan ka mutsel dari surabaya gubeng jam 19.00 dan tiba ke bandung jam 09.59.
gerbong ka mutiara selatan
1 lokomotif cc201/cc203
3 kereta bisnis ac (k2)
1 kereta makan pembangkit (kmp2/mp2)
3 kereta bisnis ac (k2)
2 kereta bagasi livery dan parcel (b)
mulai 21 oktober 2016 rangkaian ka mutiara selatan kelas ekonomi ac plus tersebut untuk memenuhi rangkaian ekonomi ac plus ka argo parahyangan dari nomor (k3 0 16 21 sampai k3 0 16 40) agar menjadi kelas eksekutif argo dan ekonomi ac plus.
mulai 25 oktober 2016, ka mutiara selatan seperti semula dari kelas ekonomi ac plus menjadi kelas bisnis ac sebelumnya dan rangkaian k3 2016 ini digunakan oleh ka argo parahyangan sebagai tumbal kelas bisnisnya.