azyumardi memulai karier pendidikan tinggginya sebagai mahasiswa sarjana di fakultas tarbiyah iain jakarta pada tahun 1982, kemudian atas bantuan beasiswa fullbright, ia mendapakan gelar master of art (ma) pada departemen bahasa dan budaya timur tengah, columbia university tahun 1988.
ia memenangkan beasiswa columbia president fellowship dari kampus yang sama, tetapi kali ini azyumardi pindah ke departemen sejarah, dan memperoleh gelar ma pada 1989.
permata hijau pemikir islam
pada 1992, ia memeroleh gelar master of philosophy (mphil) dari departemen sejarah, columbia university tahun 1990, dan doctor of philosophy degree dengan disertasi berjudul the transmission of islamic reformism to indonesia: network of middle eastern and malay-indonesian ulama ini the seventeenth and eighteenth centuries.
tahun 2004 disertasi yang sudah direvisi diterbitkan secara simultan di canberra (allen unwin dan aaas), honolulu (hawaii university press), dan leiden, negeri belanda (kitlv press).
kembali ke jakarta, pada tahun 1993 azyumardi mendirikan sekaligus menjadi pemimpin redaksi studia islamika, sebuah jurnal indonesia untuk studi islam.
pada tahun 1994-1995 dia mengunjungi southeast asian studies pada oxford centre for islamic studies, oxford university, inggris, sambil mengajar sebagai dosen pada st. anthony college.
azyumardi pernah pula menjadi profesor tamu pada university of philippines, philipina dan university malaya, malaysia keduanya pada tahun 1997.
anggota dewan audit ipb periode 2007-2012 selain itu, dia
adalah anggota dari selection committee of southeast asian regional exchange program (seasrep) yang diorganisir oleh toyota foundation dan japan center, tokyo, jepang antara tahun 1997-1999.
sejak desember 2006 menjabat direktur pascasarjana uin syarif hidayatullah, jakarta.
sebelumnya sejak tahun 1998 hingga akhir 2006 azyumardi azra adalah rektor uin syarif hidayatullah jakarta.
ia pernah menjadi wartawan panji masyarakat (1979-1985), dosen fakultas adab dan fakultas tarbiyah iain syarif hidayatullah, jakarta (1992-sekarang), guru besar sejarah fakultas adab iain jakarta, dan pembantu rektor i iain syarif hidayatullah, jakarta (1998).
ia juga merupakan orang asia tenggara pertama yang di angkat sebagai professor fellow di universitas melbourne, australia (2004-2009), dan anggota dewan penyantun (board of trustees) international islamic university islamabad pakistan (2004-2009).
ia juga masih menjadi salah satu anggota teman serikat kemitraan bagi pembaruan tata pemerintahan.
azyumardi menikah dengan ipah farihah, dikaruniai 4 anak yakni raushanfikri usada, firman el-amny azra, muhammad subhan azra, dan emily sakina azra.
azyumardi azra dikenal sebagai profesor yang ahli sejarah, sosial dan intelektual islam.
ketika menjadi rektor pada institut agama islam negeri (iain) syarif hidayatullah jakarta, ia melakukan terobosan besar terhadap institusi pendidikan tersebut.
pada mei 2002 iain tersebut berubah nama menjadi universitas islam negeri (uin) syarif hidayatullah jakarta.
hal ini merupakan kelanjutan ide rektor terdahulu prof.dr. harun nasution, yang menginginkan lulusan iain haruslah orang yang berpikiran rasional, modern, demokratis dan toleran.
pada awalnya, sesungguhnya azyumardi tidak berobsesi atau bercita-cita menggeluti studi keislaman.
sebab, dia lebih berniat memasuki bidang pendidikan umum di ikip.
akan tetapi karena desakan ayahnya, azyumardi masuk ke iain sehingga dia kini di kenal sebagai tokoh intelektual islam indonesia..
pada 2006, posisinya sebagai rektor resmi digantikan oleh prof. dr. komaruddin hidayat.
dalam rapat senat yang ia pimpin sendiri, komarudin hidayat terpilih menggantikannya dengan mengalahkan dua kandidat lainnya.
prof dr komaruddin hidayat: rektor uin jakarta 2006-2010
buku-buku yang ia terbitkan:
jaringan ulama, terbit tahun 1994
pergolakan poitik islam, terbit tahun 1996
islam reformis, terbit tahun 1999
konteks berteologi di indonesia, terbit tahun 1999
menuju masyarakat madani, terbit tahun 1999
pendidikan islam: tradisi dan modernisasi menuju milenium baru, terbit tahun 1999
esei-esei pendidikan islam dan cendekiawan muslim,1999
renaisans islam di asia tenggara  buku ini berhasil memenangkan penghargaan nasional sebagai buku terbaik untuk kategori ilmu-ilmu sosial dan humaniora pada tahun 1999, terbit tahun 1999
islam substantif, terbit tahun 2000
historiografi islam kontemporer: wacana, aktualitas dan aktor sejarah (2002)
paradigma baru pendidikan nasional: rekonstruksi dan demokratisasi (2002)
reposisi hubungan agama dan negara (2002)
menggapai solidaritas: tensi antara demokrasi, fundamentalisme, dan humanisme (2002)
konflik baru antar-peradaban: globalisasi, radikalisme, dan pluralitas
islam nusantara: jaringan global dan lokal (2002)
surau: pendidikan islam tradisional dalam transisi dan modernisasi (2003)
disertasi doktor berjudul the transmission of islamic reformism to indonesia: network of middle eastern and malay-indonesian ulama in the seventeenth and eighteenth centuries, pada tahun 2004 sesudah direvisi diterbitkan secara simultan di canberra (allen unwin dan aaas), di honolulu (hawaii university press), dan di leiden negeri belanda (kitlv press).
penulis paling produktif, dari penerbit mizan, bandung, tahun 2002
kategori:sejarawan islam indonesia
kategori:rektor uin syarif hidayatullah jakarta
kategori:tokoh pendidikan indonesia
kategori:alumni uin syarif hidayatullah jakarta
kategori:cerdik pandai minangkabau
kategori:tokoh dari padang pariaman