meskipun kimigayo telah lama menjadi lagu kebangsaan de facto jepang, lagu ini secara hukum baru diakui resmi pada tahun 1999 dengan disahkannya undang-undang mengenai bendera nasional dan lagu kebangsaan jepang.
setelah ditetapkan, terdapat kontroversi mengenai diputarnya lagu kebangsaan tersebut pada perayaan-perayaan di sekolah umum.
kimigayo, seperti juga bendera hinomaru, oleh beberapa pihak dianggap merupakan simbol dari imperialisme dan militerisme jepang.
pada tahun 1869 di awal zaman meiji, seorang pemimpin band militer irlandia bernama john william fenton yang sedang berkunjung ke jepang menyadari bahwa jepang tidak memiliki lagu kebangsaan nasional.
ia menyarankan kepada iwao yama, seorang perwira dari klan satsuma, agar menciptakan lagu kebangsaan tersebut.
yama setuju, dan memilihkan liriknya.
lirik yang terpilih memiliki kemiripan dengan lagu kebangsaan inggris, kemungkinan karena adanya pengaruh dari fenton.
setelah yama memilih lirik lagu kebangsaan, ia kemudian meminta fenton untuk menciptakan melodinya.
setelah diberikan hanya tiga minggu untuk menggubah lagu dan hanya beberapa hari untuk berlatih, fenton menampilkan pertama kalinya lagu kebangsaan itu di depan kaisar jepang pada tahun 1870.
ini adalah versi pertama kimigayo, yang disingkirkan karena melodinya dianggap "kurang khidmat".
namun, versi ini masih tetap diperdengarkan setiap tahun di kuil mykji di yokohama, tempat fenton pernah menjabat sebagai pemimpin band militer.
mykji berperan sebagai tempat peringatan bagi fenton.
pada tahun 1880, biro rumah tangga kekaisaran menyetujui suatu melodi baru yang ditulis oleh yoshiisa oku dan akimori hayashi.
komposer versi ini sering tertulis sebagai hiromori hayashi, yang sesungguhnya adalah ayah dan sekaligus atasan dari akimori.
akimori juga merupakan salah satu murid fenton.
meskipun melodi ini dibuat berdasarkan pada bentuk tradisional musik istana jepang, namun ia digubah dalam gaya campuran yang terpengaruhi oleh himne barat, dan menggunakan beberapa elemen dari aransemen fenton.hermann gottschewski: "hoiku shka and the melody of the japanese national anthem kimi ga yo", in: journal of the society for research in asiatic music (), no. 68 (2003), pp. (1)-(17).
published by the society for research in asiatic music.
musisi jerman franz eckert kemudian menerapkan harmoni melodi gaya barat (mode gregorian), sehingga menciptakan versi kimigayo yang dipakai sekarang.
pada 1893, berkat usaha departemen pendidikan, kimigayo masuk dalam perayaan-perayaan di sekolah umum.
kimigayo dimainkan di nada c mayor, menurut harian the japan times.
arti kimi dan kimigayo
sejak zaman heian atau sebelumnya, kata "kimi" telah digunakan:
sebagai kata benda untuk menunjukkan seorang kaisar atau tuan seseorang (yaitu: penguasa);(1998).
a dictionary of japanese  ("kjien"), 5th edition.
published by iwanami shoten, publishers.
sebagai kata benda atau sufiks kehormatan untuk menunjukkan seseorang.
sebagai contoh, tokoh protagonis hikaru genji (?) dalam hikayat genji juga disebut hikaru no kimi atau hikaru-gimi ( atau ?).
dalam konstitusi jepang (yang diumumkan pada 3 november 1946), kaisar jepang tidak lagi berdaulat, tetapi merupakan simbol negara dan kesatuan rakyat.
pada tahun 1999, selama pembahasan undang-undang mengenai bendera nasional dan lagu kebangsaan, definisi resmi kimi atau kimi-ga-yo berulangkali dipertanyakan.
kemudian perdana menteri keiz obuchi menjawab pada 29 juni 1999, sebagai berikut:
undang-undang mengenai bendera nasional dan lagu kebangsaan tidak menjelaskan secara detail bagaimana harus menunjukkan rasa hormat selama pergelaran kimigayo, tetapi badan pemerintahan lokal dan organisasi swasta kadang-kadang menyarankan atau menuntut agar protokol tertentu diikuti.
sebagai contoh, sebuah instruksi pemerintah metropolitan tokyo pada bulan oktober 2003 mengharuskan para guru untuk berdiri saat pergelaran lagu kebangsaan pada upacara kelulusan.
sambil berdiri, mereka diminta untuk menyanyikan kimigayo sambil menghadap hinomaru.
personil militer amerika serikat di jepang, bahkan ketika dalam pakaian sipil, diwajibkan oleh peraturan untuk meletakkan tangan kanan di atas dada mereka ketika kimigayo, the star-spangled banner, atau lagu kebangsaan lainnya dimainkan.
undang-undang mengenai bendera nasional dan lagu kebangsaan juga tidak menentukan kapan atau di mana seharusnya kimigayo diperdengarkan.
meskipun demikian, lagu kebangsaan lazim dimainkan dalam acara-acara olahraga jepang, atau dalam acara olah raga internasional di mana jepang memiliki tim yang bertanding.
pada turnamen sum, kimigayo dimainkan sebelum seremonial pemberian penghargaan.
pada tahun 1999, pemerintah jepang menyetujui undang-undang mengenai bendera nasional dan lagu kebangsaan, yang menetapkan kimigayo sebagai lagu kebangsaan dan hinomaru sebagai bendera nasional.
pemerintah menyatakan pada saat persetujuan undang-undang tersebut bahwa lirik lagu kebangsaan adalah harapan atas jepang yang damai dengan kaisar sebagai lambang persatuannya.
sekolah-sekolah banyak terlibat konflik atas kewajiban pada lagu kebangsaan dan bendera tersebut.
sejak 23 oktober 2003, 410 guru dan pekerja sekolah telah dihukum karena menolak untuk berdiri dan menyanyikan lagu kebangsaan seperti yang diperintahkan oleh kepala sekolah.
hal ini telah menjadi kepala berita di berbagai suratkabar.
dewan pendidikan tokyo menetapkan agar lagu kebangsaan dinyanyikan dan bendera dikibarkan pada berbagai acara di sekolah-sekolah negeri di metropolitan tokyo, dan agar guru-guru sekolah menghormati keduanya (misalnya dengan berdiri untuk menyanyikan lagu kebangsaan) atau menghadapi risiko kehilangan pekerjaan.
meskipun protes telah diajukan dengan argumentasi bahwa peraturan tersebut melanggar konstitusi jepang, namun dewan berpendapat bahwa karena sekolah-sekolah tersebut lembaga milik pemerintah, maka para karyawan mempunyai kewajiban untuk mengajarkan siswa-siswa bagaimana menjadi warga negara jepang yang baik.
katsuhisa fujita, seorang pensiunan guru di tokyo, pada tahun 2006 diancam dengan pidana penjara dan akhirnya didenda sebesar  200.000 (kira-kira rp. 20.000.000,-).
ia dituduh mengganggu upacara kelulusan di sekolah menengah atas itabashi, dengan cara mengajak para hadirin untuk tetap duduk saja selama lagu kebangsaan dimainkan.
sebagai cara untuk menghindari hukuman, para guru yang menentang kewajiban menyanyikan lagu kebangsaan telah mencoba untuk menyebarkan berbagai parodi lirik berbahasa inggris di seantero jepang dan melalui internet.
satu versi parodi yang populer ialah mengubah "kimi ga yo wa" menjadi "kiss me girl, your old one", sehingga memungkinkan orang-orang menyanyikannya namun tetap tidak terdeteksi di tengah orang banyak.
ada pula bias politik pada beberapa versi lirik berbahasa inggris, yaitu dapat dianggap mengindikasikan mengenai wanita penghibur.
segel negara dan kekaisaran jepang