kepulauan yaeyama terdiri dari 24 pulau, 12 pulau di antaranya berpenghuni.
(januari 2012) kepulauan ini berada di bawah administrasi kota ishigaki, kota taketomi, distrik yaeyama dan kota yonaguni, prefektur okinawa.
tiga pulau utama di kepulauan ini adalah pulau ishigaki (luas 289,28 km2), pulau iriomote (222,63 km2), dan pulau yonaguni (28,91 km2).
di antara pulau-pulau di kepulayan yaeyama, pulau ishigaki adalah pulau utama dengan penduduk terpadat sekaligus hub transportasi untuk kawasan ini.
pulau yang luasnya lebih dari 100 km2 hanya pulau iriomote dan pulau ishigaki.
pulau iriomote adalah pulau terbesar yang sebagian besar terdiri dari pegunungan hutan subtropis.
setengah dari luas pulau termasuk ke dalam wilayah taman nasional iriomote.
di pulau ishigaki dan pulau iriomote tersebut terdapat pegunungan yang tingginya antara 300 m hingga 400 m, sungai-sungai, dan hutan bakau.
pulau-pulau lainnya berasal dari pulau karang timbul, sehingga titik tertinggi tidak lebih dari 100 m. di teluk dan muara sungai terdapat hutan bakau, sebagian di antaranya adalah perepat yang tidak tumbuh di tempat lain di jepang, atau pohon nipah dan keben yang biasanya tumbuh di daerah tropis.
kucing iriomote adalah hewan endemik pulau iriomote.
di pulau taketomi terdapat situs desa tradisional ryukyu.
nama pulau wilayah administratif luas (km2) populasi kepadatan penduduk/km2
kota ishigaki 222,63 48.123 216,2
kota taketomi 5,42 315 58,1
kota taketomi 289,28 2.224 7,7
kota taketomi 0,96 41 42,7
kota taketomi 0,15 11 73,3
kota taketomi 7,84 573 73,1
kota taketomi 10,2 205 20,5
pulau aragusuku (aragusuku-kamiji)
kota taketomi 1,76 10 5,7
pulau aragusuku (aragusuku-shimoji)
kota taketomi 1,58 2 1,3
kota taketomi 12,77 540 42,3
kota taketomi 0,39 2 -
kota yonaguni 28,91 1.581 54,7
pulau tak berpenghuni
nama pulau wilayah administratif
dari tahun 1945 hingga 1947, kepulauan yaeyama mengalami epidemi malaria dengan angka fatalitas sangat tinggi.
menjelang berakhirnya perang dunia ii, kepulauan ini tidak pernah diinvasi oleh amerika serikat, namun penduduk tewas dalam jumlah besar akibat malaria.
penduduk dimobilisasi untuk membangun lapangan terbang di pulau ishigaki.
setiap harinya rata-rata dua ribu orang penduduk ditambah 600 buruh korea dipaksa menanam padi dan beternak untuk memberi makan 10.000 tentara jepang di yaeyama.
angkatan darat jepang merelokasi secara paksa penduduk pulau hateruma ke pulau iriomote yang merupakan kawasan endemik malaria.
epidemi malaria juga terjadi di pulau-pulau lain di kepulauan yaeyama.
pada tahun 1945, hampir 16.884 orang (53% dari populasi) penduduk yaeyama menderita malaria, 3.647 di antaranya meninggal dunia.
pada tahun 1946, 9.050 orang menderita malaria, 128 di antaranya meninggal dunia.
di pulau hateruma yang berada di bagian paling selatan, hampir semua penduduk terjangkit malaria, sepertiga darinya (477 orang) meninggal dunia.
malaria kembali mewabah pada tahun 1949 setelah kawasan epidemik kembali dihuni oleh imigran petani dari pulau utama okinawa.
program pembasmian malaria wheeler plan dimulai pada tahun 1957 dengan dana dari administrasi sipil amerika serikat di kepulauan ryukyu.
kepulauan yaeyama dinyatakan bebas malaria pada tahun 1961.
tidak ada lagi kasus malaria baru sejak tahun 1962.
di pulau iriomote didirikan tugu peringatan untuk 461 pelajar dari pulau hateruma yang meninggal akibat malaria.
tugu peringatan korban malaria juga didirikan di pulau ishigaki.
meskipun kepulauan yaeyama adalah wilayah jepang, sejarah dan letak geografis menyebabkan kawasan ini berkembang secara independen dibandingkan wilayah jepang lainnya.
orang yaeyama sangat bangga dengan budaya mereka yang unik dan berbeda dari jepang daratan dan bahkan dari okinawa daratan.
kepulauan yaeyama terkenal sebagai penghasil pemusik dan pencerita.
lagu-lagu yang dinyanyikan di istana kerajaan ryukyu banyak yang diciptakan oleh seniman dari kepulauan ini.
duta-duta dari tiongkok yang berkunjung ke istana kerajaan ryukyu dihibur dengan musik dan tari.
kepulauan yaeyama memiliki banyak lagu-lagu rakyat.
lagu-lagu rakyat kuno tidak diiringi dengan sanshin, melainkan gendang dan gong.
selain itu, ada pula lagu-lagu yang diiringi oleh tepuk tangan, misalnya: ay, nyanyian kerja yunta atau jiraba, dan yungutu.
lagu rakyat yang diiringi sanshin disebut fushiuta atau sanshinuta.
lagu-lagu rakyat dari kepulauan yaeyama misalnya: "yonaguni shongane", "asadoya yunta", dan "hatomabushi".
pada akhir abad ke-20, penyanyi dan pemusik asal pulau ishigaki, rimi natsukawa dan grup begin terkenal di seluruh jepang mempromosikan budaya okinawa dan terutama kepulauan yaeyama.
bandar udara ishigaki yang berada di pulau ishigaki melayani penerbangan reguler dengan bandar udara haneda (tokyo), bandar udara naha, dan bandar udara miyako.