diresmikan bulan mei 1897, koleksinya terutama peninggalan budaya kyoto dari zaman heian hingga zaman edo. selain itu, museum ini berfungsi sebagai lembaga penelitian.
pada tahun 1889, "museum" di taman ueno (nantinya menjadi museum nasional tokyo) yang berada di bawah yurisdiksi badan rumah tangga kekaisaran secara resmi diberi nama museum kekaisaran (teikoku hakubutsukan).
pada tahun yang sama, museum juga dibangun di kyoto dan di nara.
lokasi yang dijadikan museum di kyoto dulunya masih berada di lingkungan kompleks hk-ji yang memiliki daibutsu.
dari tahun 1870 hingga 1876, di lokasi ini terdapat kymeig (bangunan tempat memuliakan patung buddha dan nisan kaisar)  diakses pada 2 desember 2008
gedung pameran mulai dibangun tahun 1892, dan selesai tiga tahun berikutnya pada tahun 1895.
arsiteknya bernama tkuma katayama yang juga membangun gedung utama museum nasional nara dan museum nasional tokyo.
pada awalnya gedung pameran dirancang sebagai gedung berlantai tiga, namun akhirnya hanya dibuat berlantai satu.
bangunan berlantai dua dari batu bata diketahui banyak yang hancur ketika terjadi gempa bumi mino-owari 1891.
setelah selesai dibangun, gedung museum dibuka untuk umum pada bulan mei 1897 dengan nama museum kekaisaran kyoto (teikoku kyoto hakubutsukan).
tiga tahun setelah museum dibuka, nama museum diganti menjadi museum rumah tangga kaisar kyoto (kyoto teishitsu hakubutsukan).
pada waktu yang bersamaan, museum di tokyo dan nara juga masing-masing berganti nama menjadi museum rumah tangga kaisar tokyo dan museum rumah tangga kaisar nara.
museum dihibahkan kepada kota kyoto sebagai kenang-kenangan pernikahan putra mahkota hirohito (nantinya kaisar shwa) pada februari 1924.
nama museum diganti menjadi museum hadiah kaisar kyoto (onshi kyoto hakubutsukan).
hingga selesainya perang dunia ii, museum berada di bawah pengelolaan kota kyoto.
sejak april 1952, museum dikembalikan kepada pemerintah, dan nama museum diganti menjadi museum nasional kyoto.
ketika dikembalikan kepada pemerintah, museum berafiliasi dengan dewan perlindungan peninggalan budaya (bunkazai hogo iinkai).
pada tahun 1968, museum berafiliasi dengan kantor kebudayaan yang waktu itu baru dibentuk.
sesuai dengan kebijakan reformasi pemerintah pusat 2001/peraturan umum institusi administrasi independen, museum ini dijadikan sebuah institusi administrasi independen pada tahun 2001.
setelah itu, museum ini berada di bawah pengelolaan institut nasional peninggalan budaya sejak 2007 hingga sekarang.
museum nasional kyoto menempati dua bangunan gedung.
pameran khusus diadakan di gedung utama yang dirancang oleh tkuma katayama dari bagian konstruksi badan rumah tangga kekasaran.
sementara itu, pameran reguler diadakan di gedung yang dirancang oleh keichi morita dari universitas kyoto.
sebelum perang dunia ii, koleksi museum sebagian besar berasal dari hadiah yang diberikan kuil buddha dan shinto.
seusai perang dunia ii, koleksi museum berasal dari koleksi dewan perlindungan peninggalan budaya, pembelian oleh pihak museum, atau hadiah dari penduduk.
pada tahun 1954, museum menerima koleksi moriya yang di dalamnya terdapat sutra senju sen-gen daraniky
kanazawa hiroshi (1990).
"bunkazai hogo-h to kyoto kokuritsu hakubutsukan no ayumi" ().
gekkan bunkazai, no. 319.
kategori:museum di jepang