pada tahun 1940-an, beberapa pemuda kgpm (kerapatan gereja protestant minahasa) berangkat ke makasar untuk mengikuti sekolah alkitab.
tahun 1951 kgpm melaksanakan kongres di sonder, minahasa.
hari pertama kongres tersebut (16 oktober 1951) menjadi hari terakhirkgbi, pembukaan ad, art kgbi. dan terjadilah perpisahan karena lima alasan usulan peserta kongres (1) pengajaran kelahiran baru (pertobatan dan iman), (2) pembaptisan selam bagi orang yang telah percaya, (3) kehidupan rohani, bukti hidup sebagai orang percaya, (4) ketaatan sepenuhnya pada alkitab dan (5) pemberitaan injil dan penanaman gereja di suku-suku lain.
kelompok pemuda, lulusan sekolah alkitab makasar, yang memang banyak berbeda dalam ajaran (terutama karena bersifat evangelical/injili) dan cita-cita menjangkau suku-suku lain di indonesia ini, menghendaki kgpm meninggalkan ciri kesukuan minahasa.
kelompok ini (14 gereja setempat dan 35 pendeta) memisahkan diri dan mengganti kata minahasa pada nama gereja kgpm dengan kata indonesia, (kgpm menjadi kgpi).
hari itu, 16 oktober 1951 menjadi hari jadi kgpi/kgbi.ronny welong, kgbi dalam sejarah penanaman gereja, pontianak, 2008.
disampaikan dalam konferensi misi kgbi, 2008
tahun 1954, melalui kerja sama dengan go yee fellowship (pdt.
robert williams) dimulailah pelayanan di kalimantan barat bersama dua keluarga utusan injil yaitu keluarga pdt. jantje terok dan keluarga ibu julien tangkau-umbas.
tahun berikutnya, tepatnya agustus 1955, kgpi memulai juga pelayanan baru di halmahera, maluku.
pelayanan ini dirintis oleh guru injil h.a.
kasenda dan guru injil daniel lahu. kgpi terus menambah utusan injil pada tahun 1957.
pdt. e. e. korengkeng, ketua pucuk pimpinan pada waktu itu berangkat dari minahasa, sulawesi utara menjadi utusan injil di kalimantan barat.
dan kedatangan nona mien wales di halmahera turut menambah jumlah utusan injil kgpi di maluku.ronny welong, kgbi dalam sejarah penanaman gereja, manado, 2008.
disampaikan dalam konferensi misi kgbi, 2008
tahun 1957, ketua umum kgpi pada waktu itu, pdt. e. e. korengkeng bersama keluarga pergi sebagai misi yang diutus untuk memulai pelayanan baru di daerah meliau, kabupaten sanggau, kalimantan barat.
bekerja sama dengan missionaris go ye fellowship, pdt. robert williams.
pada periode ini dimulailah sekolah alkitab di kabupaten minahasa dan sekolah alkitab di halmahera (1957).ronny welong, kgbi dalam sejarah penanaman gereja, manado, 2008.
disampaikan dalam konferensi misi kgbi, 2008
tahun-tahun 1957  1961 situasi pelayanan mengalami kelambatan dan keterbatasan untuk berkembang karena perang saudara di sulawesi utara (permesta).
karena perang saudara itu juga, pelayanan pdt. e. e.
korengkeng di kalimantan barat tidak dapat diteruskan.
pdt. e. e. korengkeng kemudian bergabung dengan gpkb (gereja protestan kalimantan barat).ronny welong, kgbi dalam sejarah penanaman gereja, manado, 2008.
disampaikan dalam konferensi misi kgbi, 2008
tahun-tahun 1962  1970 kgpi lebih fokus kepada penataan organisasi (denominasi).
sekolah alkitab dilembagakan dan ditingkatkan menjadi sekolah theologia menengah.
para pemimpin kgpi mengutus pemuda-pemudi untuk belajar di seminari theologia baptis indonesia (stbi) di semarang.
di akhir era ini pimpinan kgpi memulai seminari theologia kgpi di tondano.ronny welong, kgbi dalam sejarah penanaman gereja, manado, 2008.
disampaikan dalam konferensi misi kgbi, 2008
seminari kgpi tondano dipindahkan ke manado dan menjadi sekolah tinggi theologia indonesia.
beberapa pekerja gereja melaksanakan studi lanjut di dalam dan di luar negeri pada periode ini, tepatnya 20 januari 1982, dimulailah seminari theologia kalimantan (sekarangsekolah tinggi theologia kalimantan) di pontianak, kalimantan barat.
kerja sama dengan badan misi di luar negeri, seperti cbm (cbom, cbim) dan imb of sbc dalam bidang tenaga kerja juga dimulai dalam periode ini.ronny welong, kgbi dalam sejarah penanaman gereja, manado, 2008.
disampaikan dalam konferensi misi kgbi, 2008
tahun 1974 adalah awal pengiriman kembali utusan injil kgpi, setelah selama 18 tahun tidak melaksanakan pengutusan injil.
langkah ini telah menghasilkan sejumlah utusan injil kgpi sampai pada waktu itu, pada periode 1974  1988 kgpi telah memulai pelayanan baru di gorontalo, kalimantan barat, sumatera utara dan sulawesi tengah.ronny welong, kgbi dalam sejarah penanaman gereja, manado, 2008.
disampaikan dalam konferensi misi kgbi, 2008
pada pertengahan periode ini, kongres ix kgpi, pada tanggal 28 november sampai  2 desember 1979 di manado terjadi perubahan nama kgpi menjadi kgbi (kerapatan gereja baptis indonesia).
sebelum mengubah nama menjadi kgbi, ada situasi seperti tanda tanya besar mengenai identitas.
denominasi ini menggunakan nama protestan tetapi melaksanakan baptisan secara selam.
kongres khusus kgpi 1979 memutuskan untuk menggabungkan kgpi ke dalam rumpun gereja baptis dan mengganti nama protestan menjadi baptis (kgpi menjadi kgbi).
tentu saja setelah beberapa pelayan lulusan stbi semarang telah menjadi anggota pucuk pimpinan kgpi.ronny welong, kgbi dalam sejarah penanaman gereja, manado, 2008.
disampaikan dalam konferensi misi kgbi, 2008
saat ini kgbi telah ada di 24 provinsi di indonesia yaitu (sulawesi utara, gorontalo, sulawesi tengah, sulawesi tenggara, sulawesi selatan, sulawesi barat, maluku utara, kalimantan barat, kalimantan tengah, kalimantan selatan, kalimantan timur, sumatera utara, riau, dan lampung, banten, jakarta, jawa barat, jawa tengah, yogyakarta, jawa timur, bali, nusa tenggara barat, nusa tenggara timur).
pengakuan iman kgbi adalah sebagai berikut:ad art kgbi pasal 2
kami percaya bahwa alkitab adalah firman allah yang lengkap, tanpa salah, dan yang berkuasa mutlak dalam seluruh segi kehidupan manusia.
kami percaya bahwa allah memiliki segala kesempurnaan, pencipta, pemelihara, dan menjadi tujuan akhir dari segala sesuatu.
allah itu esa dan kekal di dalam tiga pribadi, yaitu bapa, dan anak, dan roh kudus.
kami percaya bahwa tuhan yesus kristus adalah allah dan manusia sejati, dan juruselamat manusia.
kami percaya bahwa roh kudus adalah allah.
kami percaya bahwa malaikat adalah makhluk ciptaan allah.
kami percaya bahwa manusia diciptakan allah atas gambar dan rupa-nya, tetapi atas pilihannya sendiri manusia telah berbuat dosa dan kehilangan kemuliaan allah.
kami percaya bahwa keselamatan manusia adalah kasih karunia allah yang diperoleh hanya melalui iman kepada tuhan yesus kristus.
kami percaya bahwa setiap orang percaya adalah imamat rajani yang dapat berhubungan dan bertanggung jawab secara langsung kepada allah.
kami percaya bahwa gereja adalah tubuh kristus; kristus adalah kepalanya.
juga gereja adalah persekutuan dari orang-orang percaya kepada tuhan yesus kristus dan memiliki otonomi.
kami percaya bahwa tuhan yesus kristus akan datang untuk mengangkat gereja-nya, dan dunia akan mengalami siksaan yang dahsyat, dan sesudah itu kristus datang kembali ke bumi untuk mendirikan kerajaan seribu tahun.
orang-orang percaya akan hidup selama-lamanya bersama allah dalam kerajaan kekal dan orang-orang berdosa diadili untuk menerima hukuman kekal dalam neraka.