Datasets:

species_800

like 2

[ "IDH1", "and", "IDH2", "mutations", "are", "early", "events", "in", "the", "development", "of", "gliomas", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Moreover", ",", "IDH1", "and", "IDH2", "mutations", "are", "a", "major", "prognostic", "marker", "for", "overall", "and", "progression", "-", "free", "survival", "in", "grade", "II", "-", "IV", "gliomas", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Mutated", "IDH1", "has", "an", "altered", "catalytic", "activity", "that", "results", "in", "the", "accumulation", "of", "2", "-", "hydroxyglutarate", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Molecularly", ",", "IDH1", "and", "IDH2", "mutations", "are", "heterozygous", ",", "affect", "only", "a", "single", "codon", ",", "and", "rarely", "occur", "together", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Because", "IDH1", "does", "not", "belong", "to", "a", "traditional", "oncogenic", "pathway", "and", "is", "specifically", "and", "commonly", "mutated", "in", "gliomas", ",", "the", "altered", "enzymatic", "activity", "of", "IDH1", "may", "provide", "a", "fundamentally", "new", "understanding", "of", "diffuse", "glioma", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Characterization", "of", "the", "GPI", "-", "anchored", "endo", "Beta", "-", "1", ",", "3", "-", "glucanase", "Eng2", "of", "Aspergillus", "fumigatus", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0 ]

[ "A", "GPI", "-", "anchored", "endo", "Beta", "-", "1", ",", "3", "-", "glucanase", "of", "Aspergillus", "fumigatus", "was", "characterized", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0 ]

[ "The", "enzyme", "encoded", "by", "ENG2", "(", "AFUA", "_", "2g14360", ")", "belongs", "to", "the", "glycoside", "hydrolase", "family", "16", "(", "GH16", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "The", "activity", "was", "characterized", "using", "a", "recombinant", "protein", "produced", "by", "Pichiapastoris", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0 ]

[ "The", "recombinant", "enzyme", "preferentially", "acts", "on", "soluble", "Beta", "-", "1", ",", "3", "-", "glucans", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Enzymatic", "analysis", "of", "the", "endoglucanase", "activity", "using", "Carboxymethyl", "-", "Curdlan", "-", "Remazol", "Brilliant", "Blue", "(", "CM", "-", "Curdlan", "-", "RBB", ")", "as", "a", "substrate", "revealed", "a", "wide", "temperature", "optimum", "of", "24", "-", "40", "^", "0C", ",", "a", "pH", "optimum", "of", "5", ".", "0", "-", "6", ".", "5", "and", "a", "K", "(", "m", ")", "of", "0", ".", "8", "mg", "ml", "(", "-", "1", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "HPAEC", "analysis", "of", "the", "products", "formed", "by", "Eng2", "when", "acting", "on", "different", "oligo", "-", "Beta", "-", "1", ",", "3", "-", "glucans", "confirmed", "the", "predicted", "endoglucanase", "activity", "and", "also", "revealed", "a", "transferase", "activity", "for", "oligosaccharides", "of", "a", "low", "degree", "of", "polymerization", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "The", "growth", "phenotype", "of", "the", "Afeng2", "mutant", "was", "identical", "to", "that", "of", "the", "wt", "strain", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Measuring", "impact", "in", "the", "Millennium", "Development", "Goal", "era", "and", "beyond", ":", "a", "new", "approach", "to", "large", "-", "scale", "effectiveness", "evaluations", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Evaluation", "of", "large", "-", "scale", "programmes", "and", "initiatives", "aimed", "at", "improvement", "of", "health", "in", "countries", "of", "low", "and", "middle", "income", "needs", "a", "new", "approach", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Traditional", "designs", ",", "which", "compare", "areas", "with", "and", "without", "a", "given", "programme", ",", "are", "no", "longer", "relevant", "at", "a", "time", "when", "many", "programmes", "are", "being", "scaled", "up", "in", "virtually", "every", "district", "in", "the", "world", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "We", "propose", "an", "evolution", "in", "evaluation", "design", ",", "a", "national", "platform", "approach", "that", ":", "uses", "the", "district", "as", "the", "unit", "of", "design", "and", "analysis", ";", "is", "based", "on", "continuous", "monitoring", "of", "different", "levels", "of", "indicators", ";", "gathers", "additional", "data", "before", ",", "during", ",", "and", "after", "the", "period", "to", "be", "assessed", "by", "multiple", "methods", ";", "uses", "several", "analytical", "techniques", "to", "deal", "with", "various", "data", "gaps", "and", "biases", ";", "and", "includes", "interim", "and", "summative", "evaluation", "analyses", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "This", "new", "approach", "will", "promote", "country", "ownership", ",", "transparency", ",", "and", "donor", "coordination", "while", "providing", "a", "rigorous", "comparison", "of", "the", "cost", "-", "effectiveness", "of", "different", "scale", "-", "up", "approaches", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "UreA", ",", "the", "major", "urea", "/", "H", "+", "symporter", "in", "Aspergillus", "nidulans", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0 ]

[ "We", "report", "here", "the", "characterization", "of", "UreA", ",", "a", "high", "-", "affinity", "urea", "/", "H", "+", "symporter", "of", "Aspergillus", "nidulans", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0 ]

[ "The", "deletion", "of", "the", "encoding", "gene", "abolishes", "urea", "transport", "at", "low", "substrate", "concentrations", ",", "suggesting", "that", "in", "these", "conditions", "UreA", "is", "the", "sole", "transport", "system", "specific", "for", "urea", "in", "A", ".", "nidulans", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0 ]

[ "The", "ureA", "gene", "is", "not", "inducible", "by", "urea", "or", "its", "precursors", ",", "but", "responds", "to", "nitrogen", "metabolite", "repression", ",", "necessitating", "for", "its", "expression", "the", "AreA", "GATA", "factor", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "In", "contrast", "to", "what", "was", "observed", "for", "other", "transporters", "in", "A", ".", "nidulans", ",", "repression", "by", "ammonium", "is", "also", "operative", "during", "the", "isotropic", "growth", "phase", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "The", "activity", "of", "UreA", "is", "down", "-", "regulated", "post", "-", "translationally", "by", "ammonium", "-", "promoted", "endocytosis", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "A", "number", "of", "homologues", "of", "UreA", "have", "been", "identified", "in", "A", ".", "nidulans", "and", "other", "Aspergilli", ",", "which", "cluster", "in", "four", "groups", ",", "two", "of", "which", "contain", "the", "urea", "transporters", "characterized", "so", "far", "in", "fungi", "and", "plants", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "This", "phylogeny", "may", "have", "arisen", "by", "gene", "duplication", "events", ",", "giving", "place", "to", "putative", "transport", "proteins", "that", "could", "have", "acquired", "novel", ",", "still", "unidentified", "functions", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "The", "Candida", "albicans", "Rgd1", "is", "a", "RhoGAP", "protein", "involved", "in", "the", "control", "of", "filamentous", "growth", "." ]

[ 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Rho", "proteins", "are", "essential", "regulators", "of", "polarized", "growth", "in", "eukaryotic", "cells", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "These", "proteins", "are", "down", "-", "regulated", "in", "vivo", "by", "specific", "Rho", "GTPase", "Activating", "Proteins", "(", "RhoGAP", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "We", "investigated", "the", "role", "of", "Rgd1", "RhoGAP", ",", "encoded", "by", "the", "Candida", "albicans", "RGD1", "gene", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0 ]

[ "We", "demonstrated", "that", "CaCdc42", ",", "CaRho3", "and", "CaRho4", "proteins", "had", "an", "intrinsic", "GTPase", "activity", "and", "that", "CaRgd1", "stimulates", "in", "vitro", "GTP", "hydrolysis", "of", "these", "GTPases", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Deletion", "of", "RGD1", "in", "C", ".", "albicans", "results", "in", "sensitivity", "to", "low", "pH", "as", "already", "described", "for", "rgd1Delta", "in", "Saccharomyces", "cerevisiae", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0 ]

[ "The", "role", "of", "Rgd1", "in", "survival", "at", "low", "pH", "is", "conserved", "in", "the", "two", "yeast", "species", "as", "the", "CaRGD1", "gene", "complements", "the", "Scrgd1Delta", "sensitivity", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "By", "tagging", "the", "RhoGAP", "with", "GFP", ",", "we", "found", "that", "CaRgd1", "is", "localized", "at", "the", "tip", "and", "cortex", "of", "growing", "cells", "and", "during", "cytokinesis", "at", "the", "septation", "sites", "in", "yeast", "and", "filamentous", "forms", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "We", "investigated", "the", "effect", "of", "CaRgd1", "on", "the", "control", "of", "the", "polarized", "growth", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Removing", "CaRGD1", "alleles", "increased", "filamentous", "growth", "and", "cells", "lacking", "CaRgd1", "presented", "longer", "germ", "tubes", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Conversely", ",", "RGD1", "overexpression", "restricted", "hyphae", "growth", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Our", "results", "demonstrate", "that", "Rgd1", "is", "critical", "for", "filamentous", "formation", "in", "C", ".", "albicans", "especially", "for", "filamentous", "elongation", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Surface", "and", "flagella", "morphology", "of", "the", "motile", "form", "of", "Chromera", "velia", "revealed", "by", "field", "-", "emission", "scanning", "electron", "microscopy", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Chromera", "velia", "(", "Chromerida", ";", "Alveolata", ")", "is", "an", "autotrophic", "protist", "isolated", "from", "stony", "corals", "." ]

[ 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Ch", ".", "velia", "possesses", "a", "chloroplast", "thought", "to", "be", "most", "closely", "related", "to", "the", "apicoplasts", "of", "non", "-", "photosynthetic", "apicomplexa", "." ]

[ 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Phylogenetic", "analyses", "place", "Ch", ".", "velia", "as", "a", "close", "relative", "of", "parasitic", "apicomplexa", "and", "predatory", "colpodellids", "." ]

[ 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "We", "have", "used", "field", "-", "emission", "scanning", "electron", "microscopy", "of", "cells", "sputter", "-", "coated", "with", "gold", "or", "chromium", "and", "non", "-", "coated", "cells", "to", "characterise", "the", "surface", "ultrastructure", "of", "the", "motile", "form", "of", "Ch", ".", "velia", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0 ]

[ "In", "overall", "morphology", "the", "biflagellated", "Ch", ".", "velia", "cells", "resemble", "the", "colpodellid", "Colpodella", "edax", ",", "but", "with", "some", "notable", "differences", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "The", "ventral", "side", "of", "the", "flagellated", "Ch", ".", "velia", "cell", "has", "two", "grooves", "extending", "from", "the", "anterior", "flagella", "insertion", "point", "with", "a", "ridge", "rising", "towards", "the", "anterior", "apex", "of", "the", "cell", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "The", "anterior", "flagellum", "is", "shorter", "than", "the", "posterior", "flagellum", "and", "possesses", "a", "distinct", ",", "small", "curved", "appendage", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "The", "insertion", "point", "of", "the", "anterior", "flagellum", "is", "partly", "enclosed", "by", "a", "flap", "extending", "from", "the", "cell", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "The", "posterior", "flagellum", "is", "approximately", "four", "times", "the", "length", "of", "the", "cell", "and", "possesses", "mastigonemes", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "The", "combination", "of", "coating", "techniques", "proved", "superior", "to", "the", "commonly", "used", "gold", "coating", "to", "determine", "fine", "surface", "ultrastructure", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "This", "new", "ultrastructural", "information", "for", "Ch", ".", "velia", "allowed", "us", "to", "emend", "its", "diagnosis", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Stress", "-", "induced", "pseudocyst", "formation", "-", "-", "a", "newly", "identified", "mechanism", "of", "protection", "against", "organic", "solvents", "in", "acanthamoebae", "of", "the", "T4", "genotype", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0 ]

[ "Differentiation", "into", "highly", "resistant", "double", "-", "walled", "cysts", "is", "a", "major", "mechanism", "allowing", "amphizoic", "acanthamoebae", "to", "survive", "under", "long", "-", "lasting", ",", "unfavourable", "environmental", "conditions", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "We", "found", "that", "relatively", "low", "concentrations", "of", "methanol", ",", "acetone", "or", "DMSO", "stimulate", "prompt", "Acanthamoeba", "differentiation", "into", "a", "rounded", "cyst", "-", "like", "stage", "with", "a", "single", "envelope", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "To", "address", "whether", "this", "rapid", "response", "differs", "from", "the", "encystment", ",", "time", "-", "dependent", "changes", "in", "cell", "surface", "characteristics", "and", "cyst", "-", "specific", "gene", "expression", "were", "monitored", "in", "encystating", "cells", "and", "cells", "differentiating", "under", "methanol", "treatment", "using", "microscopic", ",", "lectin", "-", "binding", ",", "PCR", "and", "resistance", "studies", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "In", "contrast", "to", "the", "encystment", ":", "(", "1", ")", "a", "single", "-", "layered", "amorphous", "mannose", "/", "glucose", "coat", "was", "the", "only", "envelope", "assembled", "on", "the", "surface", "of", "the", "solvent", "-", "treated", "cells", ",", "(", "2", ")", "the", "cyst", "-", "specific", "protein", "(", "CSP21", ")", "was", "not", "expressed", ",", "(", "3", ")", "the", "coat", "did", "not", "protect", "cells", "against", "acidic", "pH", "and", "(", "4", ")", "in", "solvent", "-", "free", "encystment", "medium", ",", "the", "coated", "cells", "did", "not", "assemble", "the", "double", "-", "layered", "wall", ",", "thus", "indicating", "that", "these", "cells", "were", "not", "immature", "cysts", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "These", "findings", "lead", "us", "to", "specify", "a", "terminal", "stage", "of", "rapid", "Acanthamoeba", "differentiation", "elicited", "by", "acute", "organic", "solvent", "stress", "as", "&", "quot", ";", "pseudocyst", "&", "quot", ";", ",", "and", "to", "suggest", "that", "encystation", "and", "pseudocyst", "formation", "are", "distinct", "stress", "responses", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Moreover", ",", "the", "possibility", "exists", "that", "pseudocysts", "might", "form", "in", "response", "to", "certain", "contact", "lens", "solutions", "thus", "increasing", "resistance", "of", "acanthamoebae", "to", "disinfecting", "agents", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Possible", "roles", "of", "phospholipase", "A", "(", "2", ")", "in", "the", "biological", "activities", "of", "Acanthamoeba", "castellanii", "(", "T4", "Genotype", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Using", "phospholipases", "A", "(", "2", ")", "-", "specific", "spectrophotometric", "assays", ",", "it", "was", "shown", "that", "A", ".", "castellanii", "lysates", "and", "their", "conditioned", "medium", "exhibit", "phospholipase", "activities", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "The", "extracellular", "levels", "of", "PLA", "(", "2", ")", "detected", "were", "significantly", "reduced", "compared", "with", "the", "cell", "-", "associated", "enzyme", "(", "P", "&", "lt", ";", "0", ".", "05", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Sphinganine", ",", "a", "PLA", "(", "2", ")", "inhibitor", "showed", "robust", "amoebistatic", "properties", "but", "had", "no", "effect", "on", "the", "viability", "of", "A", ".", "castellanii", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0 ]

[ "The", "potency", "of", "sphinganine", "was", "demonstrated", "effectively", "towards", "purified", "PLA", "(", "2", ")", "derived", "from", "porcine", "pancreas", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Using", "sphinganine", ",", "it", "was", "observed", "that", "PLA", "(", "2", ")", "is", "involved", "in", "neither", "binding", "nor", "cytotoxicity", "of", "the", "human", "brain", "microvascular", "endothelial", "cells", "due", "to", "A", ".", "castellanii", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0 ]

[ "Unlike", "as", "was", "the", "case", "for", "Dictyostelium", "amoebae", ",", "PLA", "(", "2", ")", "appeared", "to", "be", "involved", "in", "A", ".", "castellanii", "phagocytosis", "of", "the", "fluorescently", "-", "labelled", "polystyrene", "beads", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Horseradish", "peroxidase", "was", "used", "as", "a", "tracer", "molecule", "to", "develop", "assays", "to", "study", "pinocytosis", "in", "A", ".", "castellanii", "." ]

[ 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0 ]

[ "The", "findings", "revealed", "that", "sphinganine", "impedes", "phagocytosis", "but", "augments", "pinocytosis", "in", "A", ".", "castellanii", "suggesting", "distinct", "nature", "of", "processes", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "A", "complete", "understanding", "of", "the", "role", "of", "phospholipases", "in", "the", "biology", "and", "pathogenesis", "of", "A", ".", "castellanii", "infections", "will", "determine", "their", "potential", "as", "therapeutic", "targets", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "The", "roles", "played", "by", "Aspergillus", "nidulans", "apoptosis", "-", "inducing", "factor", "(", "AIF", ")", "-", "like", "mitochondrial", "oxidoreductase", "(", "AifA", ")", "and", "NADH", "-", "ubiquinone", "oxidoreductases", "(", "NdeA", "-", "B", "and", "NdiA", ")", "in", "farnesol", "resistance", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Farnesol", "(", "FOH", ")", "is", "a", "nonsterol", "isoprenoid", "produced", "by", "dephosphorylation", "of", "farnesyl", "pyrophosphate", ",", "a", "catabolite", "of", "the", "cholesterol", "biosynthetic", "pathway", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "These", "isoprenoids", "inhibit", "proliferation", "and", "induce", "apoptosis", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Here", ",", "we", "show", "that", "Aspergillus", "nidulans", "AifA", "encoding", "the", "apoptosis", "-", "inducing", "factor", "(", "AIF", ")", "-", "like", "mitochondrial", "oxidoreductase", "plays", "a", "role", "in", "the", "function", "of", "the", "mitochondrial", "Complex", "I", ".", "Additionally", ",", "we", "demonstrated", "that", "ndeA", "-", "B", "and", "ndiA", "encode", "external", "and", "internal", "alternative", "NADH", "dehydrogenases", ",", "respectively", ",", "that", "have", "a", "function", "in", "FOH", "resistance", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "When", "exposed", "to", "FOH", ",", "the", "DeltaaifA", "and", "DeltandeA", "strains", "have", "increased", "ROS", "production", "while", "DeltandeB", ",", "DeltandeA", "DeltandeB", ",", "and", "DeltandiA", "mutant", "strains", "showed", "the", "same", "ROS", "accumulation", "than", "in", "the", "absence", "of", "FOH", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "We", "observed", "several", "compensatory", "mechanisms", "affecting", "the", "differential", "survival", "of", "these", "mutants", "to", "FOH", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Regulation", "of", "secondary", "metabolism", "by", "chromatin", "structure", "and", "epigenetic", "codes", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Chromatin", ",", "composed", "of", "DNA", "wrapped", "around", "an", "octamer", "of", "histones", ",", "is", "the", "relevant", "substrate", "for", "all", "genetic", "processes", "in", "eukaryotic", "nuclei", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Changes", "in", "chromatin", "structure", "are", "associated", "with", "the", "activation", "and", "silencing", "of", "gene", "transcription", "and", "reversible", "post", "-", "translational", "modifications", "of", "histones", "are", "now", "known", "to", "direct", "chromatin", "structure", "transitions", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Recent", "studies", "in", "several", "fungal", "species", "have", "identified", "a", "chromatin", "-", "based", "regulation", "of", "secondary", "metabolism", "(", "SM", ")", "gene", "clusters", "representing", "an", "upper", "-", "hierarchical", "level", "for", "the", "coordinated", "control", "of", "large", "chromosomal", "elements", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Regulation", "by", "chromatin", "transition", "processes", "provides", "a", "mechanistic", "model", "to", "explain", "how", "different", "SM", "clusters", "located", "at", "dispersed", "genomic", "regions", "can", "be", "simultaneously", "silenced", "during", "primary", "metabolism", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Activation", "of", "SM", "clusters", "has", "been", "shown", "to", "be", "associated", "with", "increased", "acetylation", "of", "histones", "H3", "and", "H4", "and", ",", "consequently", ",", "inhibition", "of", "histone", "de", "-", "acetylase", "activities", "also", "leads", "to", "increased", "production", "of", "secondary", "metabolites", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "New", "findings", "suggest", "that", "SM", "clusters", "are", "silenced", "by", "heterochromatic", "histone", "marks", "and", "that", "the", "&", "quot", ";", "closed", "&", "quot", ";", "heterochromatic", "structures", "are", "reversed", "during", "SM", "activation", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "This", "process", "is", "mediated", "by", "the", "conserved", "activator", "of", "SM", ",", "LaeA", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Despite", "the", "increase", "in", "knowledge", "about", "these", "processes", ",", "much", "remains", "to", "be", "learned", "from", "chromatin", "-", "level", "regulation", "of", "SM", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "For", "example", ",", "which", "proteins", "&", "quot", ";", "position", "&", "quot", ";", "the", "chromatin", "restructuring", "signal", "onto", "SM", "clusters", "or", "how", "exactly", "LaeA", "works", "to", "mediate", "the", "low", "level", "of", "heterochromatic", "marks", "inside", "different", "clusters", "remain", "open", "questions", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Answers", "to", "these", "and", "other", "chromatin", "-", "related", "questions", "would", "certainly", "complete", "our", "understanding", "of", "SM", "gene", "regulation", "and", "signaling", "and", ",", "because", "for", "many", "predicted", "SM", "clusters", "corresponding", "products", "have", "not", "been", "identified", "so", "far", ",", "anti", "-", "silencing", "strategies", "would", "open", "new", "ways", "for", "the", "identification", "of", "novel", "bioactive", "substances", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Conservation", "of", "POPs", ",", "the", "plant", "organellar", "DNA", "polymerases", ",", "in", "eukaryotes", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "POPs", ",", "plant", "organellar", "DNA", "polymerases", ",", "have", "been", "isolated", "from", "various", "photosynthetic", "eukaryotes", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Previously", ",", "we", "purified", "the", "native", "POP", "of", "Cyanidioschyzon", "merolae", "(", "CmPOP", ")", "from", "whole", "cellular", "extracts", "and", "showed", "that", "CmPOP", "has", "DNA", "polymerase", "activity", "with", "a", "high", "processivity", "and", "a", "3", "'", "-", "5", "'", "exonuclease", "activity", ",", "and", "its", "expression", "is", "related", "to", "cell", "proliferation", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "In", "rice", ",", "the", "recombinant", "protein", "of", "POP", "has", "activities", "found", "in", "CmPOP", ",", "and", "high", "fidelity", "of", "POP", "has", "also", "been", "demonstrated", "." ]

[ 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "These", "facts", "suggest", "that", "POPs", "are", "involved", "in", "the", "replication", "of", "organellar", "genomes", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "POPs", "are", "also", "conserved", "in", "most", "non", "-", "opisthokont", "eukaryotes", ",", "which", "lack", "DNA", "polymerase", "gamma", "(", "Polgamma", ")", ",", "a", "mitochondrial", "replication", "enzyme", "in", "opisthokonts", "(", "fungi", "and", "animals", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "The", "ciliate", "Tetrahymena", "thermophila", "contains", "a", "single", "gene", "for", "a", "putative", "POP", "(", "TetPOP", ")", "." ]

[ 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Immunoblot", "analysis", "demonstrated", "that", "TetPOP", "is", "localized", "in", "mitochondria", ",", "and", "TetPOP", "has", "been", "purified", "from", "mitochondria", "through", "a", "column", "chromatography", "series", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Sensitivity", "to", "phosphonoacetate", "and", "dideoxyTTP", "was", "examined", "in", "POPs", "(", "TetPOP", "and", "CmPOP", ")", "or", "POP", "-", "containing", "organelles", "(", "chloroplasts", "of", "Arabidopsis", ")", "and", "other", "polymerases", "(", "DNA", "polymerase", "I", "and", "mitochondria", "of", "rat", "liver", ",", "which", "contain", "Polgamma", ")", ",", "and", "the", "results", "suggest", "that", "high", "sensitivity", "to", "phosphonoacetate", "is", "unique", "to", "POPs", "in", "Family", "-", "A", "DNA", "polymerases", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Finally", ",", "we", "propose", "a", "model", "for", "the", "succession", "of", "organellar", "DNA", "polymerases", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Identification", "of", "a", "mastigoneme", "protein", "from", "Phytophthora", "nicotianae", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0 ]

[ "Tripartite", "tubular", "hairs", "(", "mastigonemes", ")", "on", "the", "anterior", "flagellum", "of", "protists", "in", "the", "stramenopile", "taxon", "are", "responsible", "for", "reversing", "the", "thrust", "of", "flagellar", "beat", "and", "for", "cell", "motility", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Immunoprecipitation", "experiments", "using", "antibodies", "directed", "towards", "mastigonemes", "on", "the", "flagella", "of", "zoospores", "of", "Phytophthora", "nicotianae", "have", "facilitated", "the", "cloning", "of", "a", "gene", "encoding", "a", "mastigoneme", "shaft", "protein", "in", "this", "Oomycete", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Expression", "of", "the", "gene", ",", "designated", "PnMas2", ",", "is", "up", "-", "regulated", "during", "asexual", "sporulation", ",", "a", "period", "during", "which", "many", "zoospore", "components", "are", "synthesized", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Analysis", "of", "the", "sequence", "of", "the", "PnMas2", "protein", "has", "revealed", "that", ",", "like", "other", "stramenopile", "mastigoneme", "proteins", ",", "PnMas2", "has", "an", "N", "-", "terminal", "secretion", "signal", "and", "contains", "four", "cysteine", "-", "rich", "epidermal", "growth", "factor", "(", "EGF", ")", "-", "like", "domains", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Evidence", "from", "non", "-", "denaturing", "gels", "indicates", "that", "PnMas2", "forms", "large", "oligomeric", "complexes", ",", "most", "likely", "through", "disulphide", "bridging", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]