Datasets:

species_800

like 2

[ "It", "exhibited", "highest", "16S", "rRNA", "gene", "sequence", "similarity", "(", "93", ".", "4", "%", ")", "with", "Clostridiisalibacter", "paucivorans", "37HS60", "(", "T", ")", ",", "91", ".", "8", "%", "with", "Thermohalobacter", "berrensis", "CTT3", "(", "T", ")", "and", "91", ".", "7", "%", "with", "Caloranaerobacter", "azorensis", "MV1087", "(", "T", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "On", "the", "basis", "of", "genotypic", ",", "phenotypic", "and", "phylogenetic", "data", ",", "it", "is", "suggested", "that", "strain", "SOL3f37", "(", "T", ")", "represents", "a", "novel", "species", "in", "a", "new", "genus", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "The", "name", "Sporosalibacterium", "faouarense", "gen", ".", "nov", ".", ",", "sp", ".", "nov", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "is", "proposed", ",", "with", "SOL3f37", "(", "T", ")", "(", "=", "DSM", "21485", "(", "T", ")", "=", "JCM", "15487", "(", "T", ")", ")", "as", "the", "type", "strain", "of", "Sporosalibacterium", "faouarense", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Streptomyces", "lacticiproducens", "sp", ".", "nov", ".", ",", "a", "lactic", "acid", "-", "producing", "streptomycete", "isolated", "from", "the", "rhizosphere", "of", "tomato", "plants", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0 ]

[ "A", "novel", "actinomycete", ",", "designated", "strain", "GIMN4", ".", "001", "(", "T", ")", ",", "was", "isolated", "from", "the", "rhizosphere", "of", "tomato", "plants", "grown", "in", "Guangzhou", ",", "China", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "The", "strain", "produced", "greyish", "white", "aerial", "mycelia", ",", "lactic", "acid", "and", "a", "large", "quantity", "of", "double", "diamond", "-", "shaped", "crystals", "on", "potato", "dextrose", "agar", "and", "yeast", "extract", "-", "malt", "extract", "agar", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "The", "colour", "of", "the", "substrate", "mycelium", "was", "not", "sensitive", "to", "pH", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Microscopic", "observations", "revealed", "that", "strain", "GIMN4", ".", "001", "(", "T", ")", "produced", "verticillate", "chains", "of", "cylindrical", "spores", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Chemotaxonomic", "data", "confirmed", "that", "strain", "GIMN4", ".", "001", "(", "T", ")", "belonged", "to", "the", "genus", "Streptomyces", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Melanin", "pigments", "were", "not", "produced", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "No", "antibacterial", "activity", "was", "observed", "against", "Escherichia", "coli", ",", "Pseudomonas", "aeruginosa", ",", "Bacillus", "subtilis", "or", "Candida", "albicans", ",", "but", "inhibitory", "activity", "was", "observed", "against", "Penicillium", "citrinum", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 1, 2, 0, 1, 2, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0 ]

[ "16S", "rRNA", "gene", "sequence", "analysis", "revealed", "that", "strain", "GIMN4", ".", "001", "(", "T", ")", "was", "related", "most", "closely", "to", "Streptomyces", "morookaense", "ATCC", "19166", "(", "T", ")", "(", "98", ".", "9", "%", "similarity", ")", "and", "Streptomyces", "lavenduligriseus", "ATCC", "13306", "(", "T", ")", "(", "98", ".", "7", "%", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 1, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 1, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Levels", "of", "DNA", "-", "DNA", "relatedness", "between", "strain", "GIMN4", ".", "001", "(", "T", ")", "and", "the", "type", "strains", "of", "these", "species", "were", "low", "(", "14", "-", "20", "%", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Furthermore", ",", "strain", "GIMN4", ".", "001", "(", "T", ")", "could", "be", "differentiated", "from", "S", ".", "morookaense", ",", "S", ".", "lavenduligriseus", "and", "other", "closely", "related", "species", "of", "the", "genus", "Streptomyces", "based", "on", "morphological", ",", "physiological", "and", "biochemical", "characteristics", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "On", "the", "basis", "of", "its", "physiological", "and", "molecular", "properties", ",", "strain", "GIMN4", ".", "001", "(", "T", ")", "is", "considered", "to", "represent", "a", "novel", "species", "of", "the", "genus", "Streptomyces", ",", "for", "which", "the", "name", "Streptomyces", "lacticiproducens", "sp", ".", "nov", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "is", "proposed", "." ]

[ 0, 0, 0 ]

[ "The", "type", "strain", "is", "GIMN4", ".", "001", "(", "T", ")", "(", "=", "CCTCC", "M208214", "(", "T", ")", "=", "NRRL", "B", "-", "24800", "(", "T", ")", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "An", "rpoB", "signature", "sequence", "provides", "unique", "resolution", "for", "the", "molecular", "typing", "of", "cyanobacteria", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "The", "use", "of", "morphological", "characters", "for", "the", "classification", "of", "cyanobacteria", "has", "often", "led", "to", "ambiguous", "strain", "assignment", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "In", "the", "past", "two", "decades", ",", "the", "availability", "of", "sequences", ",", "such", "as", "those", "of", "the", "16S", "rRNA", ",", "nif", ",", "cpc", "and", "rpoC1", "genes", ",", "and", "the", "use", "of", "metagenomics", ",", "has", "steadily", "increased", "and", "has", "made", "the", "reconstruction", "of", "evolutionary", "relationships", "of", "some", "cyanobacterial", "groups", "possible", "in", "addition", "to", "improving", "strain", "assignment", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Conserved", "indels", "(", "insertions", "/", "deletions", ")", "are", "present", "in", "all", "cyanobacterial", "RpoB", "(", "Beta", "subunit", "of", "RNA", "polymerase", ")", "sequences", "presently", "available", "in", "public", "databases", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "These", "indels", "are", "located", "in", "the", "Rpb2", "_", "6", "domain", "of", "RpoB", ",", "which", "is", "involved", "in", "DNA", "binding", "and", "DNA", "-", "directed", "RNA", "polymerase", "activity", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "They", "are", "variable", "in", "length", "(", "6", "-", "44", "aa", ")", "and", "sequence", ",", "and", "form", "part", "of", "what", "appears", "to", "be", "a", "longer", "signature", "sequence", "(", "43", "-", "81", "aa", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Indeed", ",", "a", "number", "of", "these", "sequences", "turn", "out", "to", "be", "distinctive", "among", "several", "strains", "of", "a", "given", "genus", "and", "even", "among", "strains", "of", "a", "given", "species", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "These", "signature", "sequences", "can", "thus", "be", "used", "to", "identify", "cyanobacteria", "at", "a", "subgenus", "level", "and", "can", "be", "useful", "molecular", "markers", "to", "establish", "the", "taxonomic", "positions", "of", "cyanobacterial", "isolates", "in", "laboratory", "cultures", ",", "and", "/", "or", "to", "assess", "cyanobacterial", "biodiversity", "in", "space", "and", "time", "in", "natural", "ecosystems", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Auritidibacter", "ignavus", "gen", ".", "nov", ".", ",", "sp", ".", "nov", ".", ",", "of", "the", "family", "Micrococcaceae", "isolated", "from", "an", "ear", "swab", "of", "a", "man", "with", "otitis", "externa", ",", "transfer", "of", "the", "members", "of", "the", "family", "Yaniellaceae", "Li", "et", "al", "." ]

[ 1, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "2008", "to", "the", "family", "Micrococcaceae", "and", "emended", "description", "of", "the", "suborder", "Micrococcineae", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "A", "Gram", "-", "reaction", "-", "positive", ",", "aerobic", ",", "catalase", "-", "positive", ",", "non", "-", "spore", "-", "forming", ",", "rod", "-", "shaped", "bacterium", "designated", "IMMIB", "L", "-", "1656", "(", "T", ")", "was", "isolated", "from", "an", "ear", "swab", "of", "a", "man", "and", "characterized", "using", "a", "polyphasic", "approach", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "16S", "rRNA", "gene", "sequence", "analysis", "indicated", "that", "strain", "IMMIB", "L", "-", "1656", "(", "T", ")", "is", "related", "to", "members", "of", "the", "family", "Micrococcaceae", "(", "&", "lt", ";", "95", ".", "1", "%", "sequence", "similarity", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Anaylsis", "using", "different", "phylogenetic", "algorithms", "consistently", "grouped", "strain", "IMMIB", "L", "-", "1656", "(", "T", ")", "with", "members", "of", "the", "genus", "Yaniella", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "The", "organism", "posessed", "a", "cell", "-", "wall", "murein", "based", "on", "L", "-", "lysine", "(", "variation", "A4alpha", ",", "type", "L", "-", "Lys", "-", "Gly", "-", "L", "-", "Glu", ")", ",", "MK", "-", "10", "as", "the", "predominant", "menaquinone", "and", "long", "-", "chain", "cellular", "fatty", "acids", "of", "straight", "-", "chain", "and", "branched", "-", "chain", "saturated", "types", "(", "with", "iso", "-", "C", "(", "15", ":", "0", ")", "and", "anteiso", "-", "C", "(", "17", ":", "0", ")", "predominating", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "The", "polar", "lipids", "included", "diphosphatidylglycerol", ",", "phosphatidylglycerol", "and", "phosphatidylinositol", "in", "addition", "to", "unknown", "glycolipids", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "The", "DNA", "G", "+", "C", "content", "was", "59", ".", "7", "mol", "%", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Based", "on", "its", "distinctive", "genotypic", "and", "phenotypic", "characteristics", ",", "strain", "IMMIB", "L", "-", "1656", "(", "T", ")", "represents", "a", "novel", "species", "in", "a", "novel", "genus", ",", "for", "which", "the", "name", "Auritidibacter", "ignavus", "gen", ".", "nov", ".", ",", "sp", ".", "nov", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2 ]

[ "is", "proposed", "." ]

[ 0, 0, 0 ]

[ "We", "also", "propose", "that", "members", "of", "the", "family", "Yaniellaceae", "be", "transferred", "to", "the", "family", "Micrococcaceae", "with", "amendments", "to", "the", "description", "of", "the", "suborder", "Micrococcineae", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "The", "type", "strain", "of", "Auritidibacter", "ignavus", "is", "IMMIB", "L", "-", "1656", "(", "T", ")", "(", "=", "DSM", "45359", "(", "T", ")", "=", "CCUG", "57943", "(", "T", ")", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 1, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 2, 0, 1, 2, 2, 2, 2, 0, 0 ]

[ "Flavobacterium", "beibuense", "sp", ".", "nov", ".", ",", "isolated", "from", "marine", "sediment", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "A", "taxonomic", "study", "was", "carried", "out", "on", "strain", "F44", "-", "8", "(", "T", ")", ",", "which", "was", "isolated", "from", "a", "crude", "-", "oil", "-", "degrading", "consortium", ",", "enriched", "from", "marine", "sediment", "of", "the", "Beibu", "Gulf", ",", "PR", "China", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "The", "16S", "rRNA", "gene", "sequence", "of", "strain", "F44", "-", "8", "(", "T", ")", "showed", "highest", "similarities", "to", "those", "of", "Flavobacterium", "frigoris", "LMG", "21922", "(", "T", ")", "(", "93", ".", "3", "%", ")", ",", "Flavobacterium", "terrae", "R2A1", "-", "13", "(", "T", ")", "(", "93", ".", "3", "%", ")", "and", "Flavobacterium", "gelidilacus", "LMG", "21477", "(", "T", ")", "(", "93", ".", "1", "%", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Sequence", "similarities", "to", "other", "members", "of", "the", "genus", "Flavobacterium", "were", "&", "lt", ";", "93", ".", "0", "%", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "The", "dominant", "fatty", "acids", "of", "strain", "F44", "-", "8", "(", "T", ")", "were", "iso", "-", "C", "(", "15", ":", "0", ")", ",", "summed", "feature", "3", "(", "iso", "-", "C", "(", "15", ":", "0", ")", "2", "-", "OH", "and", "/", "or", "C", "(", "16", ":", "1", ")", "omega7c", ")", ",", "iso", "-", "C", "(", "15", ":", "1", ")", "G", "and", "iso", "-", "C", "(", "17", ":", "0", ")", "3", "-", "OH", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "The", "DNA", "G", "+", "C", "content", "of", "strain", "F44", "-", "8", "(", "T", ")", "was", "38", ".", "6", "mol", "%", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "These", "results", "are", "consistent", "with", "characteristics", "of", "members", "of", "the", "genus", "Flavobacterium", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Strain", "F44", "-", "8", "(", "T", ")", "could", ",", "however", ",", "be", "readily", "distinguished", "from", "all", "known", "Flavobacterium", "species", "by", "a", "number", "of", "phenotypic", "features", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Therefore", ",", "according", "to", "the", "phenotypic", "and", "16S", "rRNA", "gene", "sequence", "data", ",", "strain", "F44", "-", "8", "(", "T", ")", "represents", "a", "novel", "species", "in", "the", "genus", "Flavobacterium", ",", "for", "which", "the", "name", "Flavobacterium", "beibuense", "sp", ".", "nov", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "is", "proposed", "(", "type", "strain", "F44", "-", "8", "(", "T", ")", "=", "CCTCC", "AB", "209067", "(", "T", ")", "=", "LMG", "25233", "(", "T", ")", "=", "MCCC", "1A02877", "(", "T", ")", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Fungal", "secondary", "metabolites", "-", "strategies", "to", "activate", "silent", "gene", "clusters", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Filamentous", "fungi", "produce", "a", "multitude", "of", "low", "molecular", "weight", "bioactive", "compounds", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "The", "increasing", "number", "of", "fungal", "genome", "sequences", "impressively", "demonstrated", "that", "their", "biosynthetic", "potential", "is", "far", "from", "being", "exploited", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "In", "fungi", ",", "the", "genes", "required", "for", "the", "biosynthesis", "of", "a", "secondary", "metabolite", "are", "clustered", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Many", "of", "these", "bioinformatically", "newly", "discovered", "secondary", "metabolism", "gene", "clusters", "are", "silent", "under", "standard", "laboratory", "conditions", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Consequently", ",", "no", "product", "can", "be", "found", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "This", "review", "summarizes", "the", "current", "strategies", "that", "have", "been", "successfully", "applied", "during", "the", "last", "years", "to", "activate", "these", "silent", "gene", "clusters", "in", "filamentous", "fungi", ",", "especially", "in", "the", "genus", "Aspergillus", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "The", "techniques", "take", "advantage", "of", "genome", "mining", ",", "vary", "from", "the", "simple", "search", "for", "compounds", "with", "bioinformatically", "predicted", "physicochemical", "properties", "up", "to", "methods", "that", "exploit", "a", "probable", "interaction", "of", "microorganisms", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Until", "now", ",", "the", "majority", "of", "successful", "approaches", "have", "been", "based", "on", "molecular", "biology", "like", "the", "generation", "of", "gene", "&", "quot", ";", "knock", "outs", "&", "quot", ";", ",", "promoter", "exchange", ",", "overexpression", "of", "transcription", "factors", "or", "other", "pleiotropic", "regulators", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Moreover", ",", "strategies", "based", "on", "epigenetics", "opened", "a", "new", "avenue", "for", "the", "elucidation", "of", "the", "regulation", "of", "secondary", "metabolite", "formation", "and", "will", "certainly", "continue", "to", "play", "a", "significant", "role", "for", "the", "elucidation", "of", "cryptic", "natural", "products", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "The", "conditions", "under", "which", "a", "given", "gene", "cluster", "is", "naturally", "expressed", "are", "largely", "unknown", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "One", "technique", "is", "to", "attempt", "to", "simulate", "the", "natural", "habitat", "by", "co", "-", "cultivation", "of", "microorganisms", "from", "the", "same", "ecosystem", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "This", "has", "already", "led", "to", "the", "activation", "of", "silent", "gene", "clusters", "and", "the", "identification", "of", "novel", "compounds", "in", "Aspergillus", "nidulans", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0 ]

[ "These", "simulation", "strategies", "will", "help", "discover", "new", "natural", "products", "in", "the", "future", ",", "and", "may", "also", "provide", "fundamental", "new", "insights", "into", "microbial", "communication", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Compartmentalization", "and", "molecular", "traffic", "in", "secondary", "metabolism", ":", "a", "new", "understanding", "of", "established", "cellular", "processes", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Great", "progress", "has", "been", "made", "in", "understanding", "the", "regulation", "of", "expression", "of", "genes", "involved", "in", "secondary", "metabolism", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Less", "is", "known", "about", "the", "mechanisms", "that", "govern", "the", "spatial", "distribution", "of", "the", "enzymes", ",", "cofactors", ",", "and", "substrates", "that", "mediate", "catalysis", "of", "secondary", "metabolites", "within", "the", "cell", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Filamentous", "fungi", "in", "the", "genus", "Aspergillus", "synthesize", "an", "array", "of", "secondary", "metabolites", "and", "provide", "useful", "systems", "to", "analyze", "the", "mechanisms", "that", "mediate", "the", "temporal", "and", "spatial", "regulation", "of", "secondary", "metabolism", "in", "eukaryotes", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "For", "example", ",", "aflatoxin", "biosynthesis", "in", "Aspergillus", "parasiticus", "has", "been", "studied", "intensively", "because", "this", "mycotoxin", "is", "highly", "toxic", ",", "mutagenic", ",", "and", "carcinogenic", "in", "humans", "and", "animals", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0 ]

[ "Using", "aflatoxin", "synthesis", "to", "illustrate", "key", "concepts", ",", "this", "review", "focuses", "on", "the", "mechanisms", "by", "which", "sub", "-", "cellular", "compartmentalization", "and", "intra", "-", "cellular", "molecular", "traffic", "contribute", "to", "the", "initiation", "and", "completion", "of", "secondary", "metabolism", "within", "the", "cell", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "We", "discuss", "the", "recent", "discovery", "of", "aflatoxisomes", ",", "specialized", "trafficking", "vesicles", "that", "participate", "in", "the", "compartmentalization", "of", "aflatoxin", "synthesis", "and", "export", "of", "the", "toxin", "to", "the", "cell", "exterior", ";", "this", "work", "provides", "a", "new", "and", "clearer", "understanding", "of", "how", "cells", "integrate", "secondary", "metabolism", "into", "basic", "cellular", "metabolism", "via", "the", "intra", "-", "cellular", "trafficking", "machinery", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "The", "lipid", "language", "of", "plant", "-", "fungal", "interactions", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Lipid", "mediated", "cross", "-", "kingdom", "communication", "between", "hosts", "and", "pathogens", "is", "a", "rapidly", "emerging", "field", "in", "molecular", "plant", "-", "fungal", "interactions", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Amidst", "our", "growing", "understanding", "of", "fungal", "and", "plant", "chemical", "cross", "-", "talk", "lies", "the", "distinct", ",", "yet", "little", "studied", ",", "role", "for", "a", "group", "of", "oxygenated", "lipids", "derived", "from", "polyunsaturated", "fatty", "acids", ",", "termed", "oxylipins", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Endogenous", "fungal", "oxylipins", "are", "known", "for", "their", "roles", "in", "carrying", "out", "pathogenic", "strategies", "to", "successfully", "colonize", "their", "host", ",", "reproduce", ",", "and", "synthesize", "toxins", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "While", "plant", "oxylipins", "also", "have", "functions", "in", "reproduction", "and", "development", ",", "they", "are", "largely", "recognized", "as", "agents", "that", "facilitate", "resistance", "to", "pathogen", "attack", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Here", "we", "review", "the", "composition", "and", "endogenous", "functions", "of", "oxylipins", "produced", "by", "both", "plants", "and", "fungi", "and", "introduce", "evidence", "which", "suggests", "that", "fungal", "pathogens", "exploit", "host", "oxylipins", "to", "facilitate", "their", "own", "virulence", "and", "pathogenic", "development", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Specifically", ",", "we", "describe", "how", "fungi", "induce", "plant", "lipid", "metabolism", "to", "utilize", "plant", "oxylipins", "in", "order", "to", "promote", "G", "-", "protein", "-", "mediated", "regulation", "of", "sporulation", "and", "mycotoxin", "production", "in", "the", "fungus", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "The", "use", "of", "host", "-", "ligand", "mimicry", "(", "i", ".", "e", ".", "coronatine", ")", "to", "manipulate", "plant", "defense", "responses", "that", "benefit", "the", "fungus", "are", "also", "implicated", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Treatment", "non", "-", "adherence", "in", "teenage", "and", "young", "adult", "patients", "with", "cancer", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Adhering", "to", "treatment", "can", "be", "a", "significant", "issue", "for", "many", "patients", "diagnosed", "with", "chronic", "health", "conditions", "and", "this", "has", "been", "reported", "to", "be", "greater", "during", "the", "adolescent", "years", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "However", ",", "little", "is", "known", "about", "treatment", "adherence", "in", "teenage", "and", "young", "adult", "(", "TYA", ")", "patients", "with", "cancer", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "To", "increase", "awareness", "of", "the", "adherence", "challenges", "faced", "by", "these", "patients", ",", "we", "have", "reviewed", "the", "published", "work", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "The", "available", "evidence", "suggests", "that", "a", "substantial", "proportion", "of", "TYA", "patients", "with", "cancer", "do", "have", "difficulties", ",", "with", "reports", "that", "up", "to", "63", "%", "of", "patients", "do", "not", "adhere", "to", "their", "treatment", "regimens", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "However", ",", "with", "inconsistent", "findings", "across", "studies", ",", "the", "true", "extent", "of", "non", "-", "adherence", "for", "these", "young", "patients", "is", "still", "unclear", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Furthermore", ",", "it", "is", "apparent", "that", "there", "are", "many", "components", "of", "the", "cancer", "treatment", "regimen", "that", "have", "yet", "to", "be", "assessed", "in", "relation", "to", "patient", "adherence", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Factors", "that", "have", "been", "shown", "to", "affect", "treatment", "adherence", "in", "TYA", "patients", "include", "patient", "emotional", "functioning", "(", "depression", "and", "self", "-", "esteem", ")", ",", "patient", "health", "beliefs", "(", "perceived", "illness", "severity", "and", "vulnerability", ")", ",", "and", "family", "environment", "(", "parental", "support", "and", "parent", "-", "child", "concordance", ")", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Strategies", "that", "foster", "greater", "patient", "adherence", "are", "also", "identified", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "These", "strategies", "are", "multifactorial", ",", "targeting", "not", "only", "the", "patient", ",", "but", "the", "health", "professional", ",", "family", ",", "and", "treatment", "regimen", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "This", "review", "highlights", "the", "lack", "of", "interventional", "studies", "addressing", "treatment", "adherence", "in", "TYA", "patients", "with", "cancer", ",", "with", "only", "one", "such", "intervention", "being", "identified", ":", "a", "video", "game", "intervention", "focusing", "on", "behavioural", "issues", "related", "to", "cancer", "treatment", "and", "care", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Methodological", "issues", "in", "measuring", "adherence", "are", "addressed", "and", "suggestions", "for", "improving", "the", "design", "of", "future", "adherence", "studies", "highlighted", ",", "of", "which", "there", "is", "a", "great", "need", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Monovalent", "cations", "regulate", "expression", "and", "activity", "of", "the", "Hak1", "potassium", "transporter", "in", "Debaryomyces", "hansenii", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0 ]

[ "Debaryomyces", "hansenii", "was", "able", "to", "grow", "in", "a", "medium", "containing", "residual", "amounts", "of", "K", "(", "+", ")", ",", "indicating", "the", "activity", "of", "high", "affinity", "K", "(", "+", ")", "transporters", "." ]

[ 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Transcriptional", "regulation", "analysis", "of", "the", "genes", "encoding", "the", "two", "potassium", "uptake", "systems", "in", "D", ".", "hansenii", "revealed", "that", "while", "DhTRK1", "is", "not", "regulated", "at", "transcriptional", "level", ",", "expression", "of", "DhHAK1", "required", "starvation", "in", "the", "absence", "of", "K", "(", "+", ")", "and", "Na", "(", "+", ")", "and", "was", "not", "affected", "by", "changes", "in", "membrane", "potential", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Rb", "(", "+", ")", "transport", "in", "cells", "expressing", "DhHAK1", "was", "activated", "by", "external", "Na", "(", "+", ")", "or", "acidic", "pH", "and", "inhibited", "by", "high", "pH", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "We", "propose", "a", "K", "(", "+", ")", "-", "H", "(", "+", ")", "symporter", "that", ",", "under", "certain", "conditions", "may", "work", "as", "a", "K", "(", "+", ")", "-", "Na", "(", "+", ")", "transporter", ",", "as", "the", "mechanism", "driving", "K", "(", "+", ")", "influx", "mediated", "by", "DhHak1p", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Isocitrate", "dehydrogenase", "-", "1", "mutations", ":", "a", "fundamentally", "new", "understanding", "of", "diffuse", "glioma", "?" ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "The", "discovery", "of", "somatic", "mutations", "in", "the", "gene", "encoding", "isocitrate", "dehydrogenase", "-", "1", "(", "IDH1", ")", "in", "glioblastomas", "was", "remarkable", "because", "the", "enzyme", "was", "not", "previously", "identified", "with", "any", "known", "oncogenic", "pathway", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "IDH1", "is", "mutated", "in", "up", "to", "75", "%", "of", "grade", "II", "and", "grade", "III", "diffuse", "gliomas", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Apart", "from", "acute", "myeloid", "leukaemia", ",", "other", "tumour", "types", "do", "not", "carry", "IDH1", "mutations", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Mutations", "in", "a", "homologous", "gene", ",", "IDH2", ",", "have", "also", "been", "identified", ",", "although", "they", "are", "much", "rarer", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]

[ "Although", "TP53", "mutations", "and", "1p", "/", "19q", "codeletions", "are", "mutually", "exclusive", "in", "gliomas", ",", "in", "both", "of", "these", "genotypes", "IDH1", "mutations", "are", "common", "." ]

[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]