Virreinato del Perú

En 1542, la Corona Española creó el Virreinato del Perú, que se reorganizó después de la llegada del virrey Francisco de Toledo en 1572. Él puso fin al Estado neoincaico y ejecutó a Túpac Amaru I. También buscó el desarrollo económico, a través del monopolio comercial y la extracción de minerales, principalmente de las minas de plata de Potosí. Reutilizó el sistema inca de la mita, un programa de trabajo forzado, para movilizar a las comunidades nativas para el trabajo de minería. Esta organización transformó al Perú en la principal fuente de riqueza y poder de España en América del Sur.

La ciudad de Lima fue fundada por Pizarro, el 18 de enero de 1535 como la Ciudad de Reyes (en honor a los reyes magos). Se convirtió en la capital del nuevo virreinato, con jurisdicción sobre la mayor parte de la América española. Los metales preciosos pasaron por Lima en su camino hacia el Istmo de Panamá y de allí a Sevilla, o de México a Filipinas pasando por Acapulco. En el siglo xviii, Lima se había convertido en una capital colonial distinguida y aristocrática, sede de una universidad y el principal bastión español en América.

Por las Capitulaciones de Toledo, que Pizarro había firmado con la corona española en 1529 se establecía que este podía gobernar en nombre del Rey todas las tierras al sur (hasta 250 leguas) de Tumbes. Posteriormente, el otro líder conquistador, Diego de Almagro, obtendría el mismo estatus en los territorios al sur de la gobernación de Pizarro. Sin embargo, el límite estaba cerca del Cuzco, lo que hizo que uno y otro bando reclamaran la posesión de la capital del Imperio incaico. Ello fue el inicio en 1538 de una larga etapa de luchas intestinas entre los conquistadores, donde no solo se disputaron territorios sino derechos (encomiendas) y privilegios, a veces solo entre ellos, a veces contra la corona.

Se dividen estas guerras civiles entre los conquistadores en cuatro grandes bloques:

* La guerra entre Francisco Pizarro y Diego de Almagro el Viejo (1537-1538), que culminó con la victoria pizarrista en la batalla de las Salinas.
* La guerra entre Diego de Almagro el Mozo y Cristóbal Vaca de Castro (1541-1542), que culminó con el triunfo de los pizarristas y partidarios del Rey unidos contra los almagristas, en la batalla de Chupas.
* La rebelión de Gonzalo Pizarro (1544-1548), que se alzó contra la corona española encabezando a los encomenderos, siendo finalmente derrotado en la batalla de Jaquijahuana.
* La rebelión de Francisco Hernández Girón (1553-1554), otro líder de encomenderos que finalmente fue derrotado en la batalla de Pucará.

Las dos primeras fases se pueden resumir como una disputa entre los bandos de almagristas y pizarristas, estos últimos alineados finalmente en torno al representante de la Corona, el visitador Vaca de Castro. Mientras que las dos fases siguientes se definen claramente como la rebelión de los encomenderos en contra de la Corona española, motivada por algunas leyes u ordenanzas que iban contra sus intereses: en el caso de la rebelión de Gonzalo Pizarro, por la supresión de las encomiendas hereditarias, y en el caso de la de Francisco Hernández Girón, por la supresión del trabajo personal de los indios, entre otras razones.

La Corona española finalmente impuso su autoridad, estableciendo que el Perú sería un Virreinato del imperio español. Así se estableció una corte en Lima, la ciudad fundada por Pizarro en la costa central del Perú, donde una serie de 40 virreyes gobernaron ininterrumpidamente buena parte de Sudamérica entre 1544 y 1824. A partir del último tercio del siglo xviii se fueron creando nuevos virreinatos con territorios escindidos del virreinato peruano (Virreinato de Nueva Granada y Virreinato del Río de la Plata).

La sociedad virreinal era conservadora y clasista. Los hijos de españoles nacidos en América (los criollos) tenían en un principio menor estatus que los propios españoles, y estaban impedidos de acceder a los más altos cargos. Debajo de ellos, en la escala social, estaban los indígenas y los mestizos. Solo los curacas andinos conservaron parte de sus antiguos privilegios y merecieron instituciones especiales como escuelas para hijos de nobles. Se importaron esclavos de África ecuatorial y fueron colocados en el último escalón de la sociedad.

Algunas instituciones incas fueron mantenidas pero corrompidas en perjuicio de la población andina. La mita, por ejemplo, se usó de excusa para el reclutamiento sin retribución de personal para el trabajo en las minas y las haciendas. Pero no fueron los únicos problemas de los andinos: Durante el gobierno del virrey Francisco de Toledo (1569-1581) se hizo reorganizaciones forzosas de las comunidades andinas en pueblos llamados reducciones de indios. Además la religión católica fue impuesta a la población andina en medio de una agresiva evangelización caracterizada por la destrucción sistemática de santuarios y símbolos religiosos (Extirpación de idolatrías).

El mercantilismo imperaba y el libre comercio no fue permitido sino hasta mediados del siglo xviii, lo que no impidió la existencia del contrabando de manera abundante. El centro comercial por excelencia era la aduana del Callao, puerto de Lima, desde donde se enviaba a España (vía Panamá) y a Filipinas (vía Acapulco, México)

Desde los tiempos de los conquistadores se fundaron nuevas ciudades, algunas de las cuales alcanzaron un gran esplendor registrado en la riqueza de sus templos, como Arequipa, Huamanga (Ayacucho), Huancavelica, Trujillo, Zaña y las refundadas ciudades incas de Cuzco y Cajamarca. Una ciudad en Filipinas, Zamboanga, fue establecida por soldados y colonos peruanos gracias a los esfuerzos del exgobernador de Panamá, Sebastián Hurtado de Corcuera.

Perú ha estado enviando soldados y colonos a Filipinas, específicamente a Zamboanga hasta 1821, cuando Juan Fermín de San Martín, hermano del líder independentista sudamericano José de San Martín, había comandado el ejército combinado filipino y sudamericano en la ciudad de Zamboanga.