2004-2007: tras la marcha de Shaquille O'Neal

Tras el fracaso de la campaña anterior, Shaquille O'Neal fue traspasado a Miami Heat, mientras que Phil Jackson, Gary Payton y Karl Malone dejaron el equipo, por lo que Bryant se convertía en el auténtico líder del equipo. El nuevo entrenador era Rudy Tomjanovich, aunque a mitad de temporada tuvo que dejar el cargo debido a problemas de salud, y su asistente Frank Hamblen lo reemplazó. A pesar de que Bryant fue el segundo máximo anotador de la liga con 27,6 puntos por partido, los Lakers realizaron una pésima temporada y quedaron incluso por debajo de Los Angeles Clippers, el llamado «hermano pobre de L.A.», y no alcanzaron los *playoffs* por primera vez en una década. Bryant no entró en ningún quinteto defensivo y fue relegado al tercer mejor quinteto de la temporada.

Además, las críticas hacia Bryant continuaban en el libro de Phil Jackson titulado *The Last Season: A Team in Search of Its Soul*, que detallaba los eventos de la pasada temporada y calificaba a Bryant, entre otras palabras, de «imposible de entrenar».

La temporada 2005-06 marcó el retorno de Jackson al banquillo angelino a pesar de sus diferencias en el pasado con Bryant. Además, el escolta resolvió sus conflictos con su excompañero O'Neal. Los Lakers realizaron una magnífica campaña y entraron en *playoffs* tras ganar 45 partidos en temporada regular, once más que en la anterior. Los 35,4 puntos por partido de Bryant le valieron para ser el máximo anotador de la liga por primera vez. El recital de Bryant comenzó el 20 de diciembre de 2005, cuando anotó 62 puntos en tres cuartos en la victoria ante Dallas Mavericks. En el último cuarto, la ventaja era tal que Bryant llevaba más puntos que los propios Mavericks (62-61), y fue el único jugador en realizar tal hazaña desde que entró a la liga el reloj de posesión de 24 segundos. El 16 de enero de 2006, cuando los Lakers se encontraron con Miami Heat, Bryant y O'Neal se estrecharon las manos y se abrazaron, lo que dio por finalizadas las disputas que existían entre ambos desde que el pívot salió de Los Ángeles.

La noche del 22 de enero de 2006, en un partido ante Toronto Raptors en el Staples Center, Bryant batió finalmente el récord individual de anotación de la franquicia, que ostentaba Elgin Baylor con 71 puntos, al conseguir 81 en la victoria de los Lakers por 122-104; así, se colocó en el segundo puesto de la clasificación global de la NBA, solo por detrás de los 100 de Wilt Chamberlain en 1962.

También en enero, Bryant se convirtió en el único jugador desde 1964 en anotar 45 puntos o más en cuatro partidos consecutivos (solo Chamberlain y Baylor lo habían logrado). En dicho mes, Kobe promedió 43,4 puntos por partido, el octavo mejor registro en un mes en la historia de la NBA y el mejor de un jugador aparte de Chamberlain. Al final de la temporada, Bryant batió varios récords de franquicia, como el de más partidos por encima de los 40 puntos con 27 y más puntos anotados, 2832, entre otros. Bryant finalizó en el cuarto puesto en la votación para el MVP de la Temporada, superado por segundo año consecutivo por el base Steve Nash dePhoenix Suns.

En *playoffs*, los Lakers se enfrentaron en primera ronda con Phoenix Suns, a quienes llegaron a tener contra las cuerdas con 3-1 en la eliminatoria, con varias actuaciones claves de Kobe como el tiro ganador en el cuarto partido. A pesar de estar a un paso de la clasificación, los angelinos desaprovecharon la ventaja y se vieron batidos por los Suns, quienes remontaron la serie y apearon a unos decepcionados Lakers.

En el verano Bryant anunció que cambiaba su dorsal del 8 al 24, su primer número en el instituto, para la siguiente temporada. Posteriormente declaró a la TNT que en su año rookie quería el dorsal 24, pero no estaba disponible, al igual que el 33, su segundo dorsal de instituto, que estaba retirado en honor a Kareem Abdul-Jabbar. Bryant vistió el 143 en el Adidas ABCD Camp, por lo que eligió el 8 como suma de los tres números. También usó el 8 en Italia en honor a Mike D'Antoni, uno de sus primeros ídolos.

Durante la temporada 2006-07, Bryant fue seleccionado para disputar su noveno All-Star Game jugado en Las Vegas, donde ganó además su segundo MVP del partido tras anotar 31 puntos, capturar 5 rebotes, repartir 6 asistencias y robar 6 balones.

A lo largo de la campaña, Bryant fue protagonista de varios incidentes en la pista. El 28 de enero de 2007 golpeó con el codo la cara de Manu Ginóbili en el aire inmediatamente tras lanzar un tiro en suspensión. La liga lo suspendió con un partido, el que les enfrentaba a New York Knicks en el Madison Square Garden. El 6 de marzo, Bryant repitió la misma acción esta vez con Marko Jarić como víctima. Al día siguiente, el jugador fue suspendido por segunda vez en la temporada. Tras su vuelta, el 9 de marzo ante Philadelphia 76ers, dio un codazo en la cara de Kyle Korver que fue clasificada como falta flagrante de tipo 1.

El 16 de marzo, Bryant anotó 65 puntos en casa ante Portland Trail Blazers, la segunda mejor anotación en su carrera, que ayudó a dar por finalizada la racha de siete partidos consecutivos perdidos. El siguiente partido consiguió 50 puntos con Minnesota Timberwolves como rival, y el siguiente otros 60 ante Memphis Grizzlies, lo que lo convirtió en el segundo jugador de los Lakers capaz de anotar 50 puntos o más en tres partidos consecutivos (el otro fue Elgin Baylor en diciembre de 1962). El 23 de marzo, en el partido que les enfrentaba a New Orleans Hornets, Bryant anotó 50 puntos y resultó ser el segundo jugador en la historia de la liga que consigue anotar 50 puntos o más en cuatro encuentros seguidos detrás de Wilt Chamberlain, quien consiguió hacerlo en siete partidos consecutivos en dos ocasiones. Bryant finalizó la temporada con diez partidos con 50 o más puntos en su cuenta particular (único jugador en lograrlo junto con Chamberlain), lo que le valió su segundo título de máximo anotador de la liga.

Durante el curso, la camiseta de Bryant fue de las más vendidas tanto en Estados Unidos como en China. En *playoffs*, los Lakers fueron de nuevo eliminados en la primera ronda por los Phoenix Suns, esta vez por 4-1.