AutoDock

AutoDock moleküler modelleme simülasyon yazılımıdır. Protein-ligand yanaştırma için özellikle etkilidir. AutoDock 4, GNU Genel Kamu Lisansı altındadır. AutoDock, araştırma topluluğunda en çok alıntı yapılan yanaştırma yazılımı uygulamalarından biridir. Bu program aynı zamanda World Community Grid tarafından yürütülen FightAIDS@Home projesi için bir üstür. Şubat 2007'de, ISI Atıf Dizini'nde yapılan bir araştırma, birincil AutoDock yöntem kağıtları kullanılarak 1.100'den fazla yayınının Autodock'a atıfta bulunduğunu gösterdi. 2009 itibarıyla bu sayı 1.200'ü aştı.

AutoDock Vina, doğruluk ve performans açısından önemli ölçüde geliştirilmiş AutoDock halefidir. Vina Apache lisansı ile edinilebilir.

Hem AutoDock hem de Vina şu anda Scripps Araştırma Enstitüsü, özellikle de Moleküler Grafik Laboratuvarı (Dr. Arthur J. Olson), tarafından sürdürülmektedir.

Programlar 
AutoDock iki ana programdan oluşur:

 Ligandın hedef proteini tanımlayan bir dizi ızgaraya yanaştırılması için AutoDock; 
 Bu ızgaraları önceden hesaplamak için AutoGrid (Grid İngilizcede ızgara anlamına gelir).

AutoDock kullanımı, HIV1 entegraz inhibitörleri dahil olmak üzere birçok ilacın keşfine katkıda bulunmuştur.

Platform desteği 
AutoDock, Linux, Mac OS X, SGI IRIX ve Microsoft Windows üzerinde çalışır. Debian, Fedora, ve Arch Linux dahil olmak üzere çeşitli Linux dağıtımlarında paket olarak mevcuttur.

Ayrıca bakınız 
 Yanaştırma (moleküler) 
 Sanal tarama 
 Protein-ligand yanaştırma (moleküler) yazılımlarının listesi

Kaynakça

Dış bağlantılar 
 AutoDock ana sayfası 
 AutoDock Vina ana sayfası

Simülasyon yazılımları