Peptid kütle parmak izi

Biyo-bilişimde, bir peptid kütle parmak izi veya peptid kütle haritası, analiz edilen sindirilmiş bir proteinden gelen bir peptit karışımının bir kütle spektrumudur. Kütle spektrumu, proteini tanımlamaya hizmet edebilecek bir model olması anlamında bir parmak izi görevi görür. 1993 yılında geliştirilen peptid kütle parmak izi oluşturma yöntemi, bir proteinin izole edilmesinden, onu tek tek peptitlere ayrıştırılmasından ve bir tür kütle spektrometresi aracılığıyla peptitlerin kütlelerinin belirlenmesi adımlarından oluşur. Bir kez oluşturulduktan sonra, bir peptit-kütle parmak izi, ilgili protein ve hatta genomik diziler için veri tabanlarında arama yapmak için kullanılabilir. Bu da ilgili proteini kodlayan genlerin açıklanması için bu tekniği güçlü bir araç haline getirir.

Kitle parmak izinin önemli bir avantajı, gerçekleştirilmesinin peptit dizilemesine göre önemli ölçüde daha hızlı olması ve sonuçların eşit derecede faydalı olmasıdır. Dezavantajlar arasında analiz için yalnızca tek bir proteine ihtiyaç duyulması ve protein dizisinin bir veri tabanında en azından önemli bir homoloji ile yer alması gerekliliği bulunmaktadır. Tek tek peptitlerin kütlesi bir parmak izi oluştururken ölçüldüğünden, farklı protein karışımları güvenilmez sonuçlar verebilir. Bu nedenle numune hazırlama, süreçte önemli bir adımdır. Şayet ki, güvenilir sonuçlar elde edilirse, sonuçların yararlı olması için aranılan veri tabanında eşleşen bir peptid dizisi bulunmalıdır.

Ayrıca bakınız 

 De novo peptid dizileme
 Protein kütle spektrometresi
 Peptid kütle parmak izi alma
 Proteomik

Kaynakça

Dış bağlantılar 

 https://www.bruker.com/fileadmin/user_upload/8-PDF-Docs/Separations_MassSpectrometry/InstructionForUse/8702557_IFU_Bruker_Guide_MALDI_Sample_Preparation_Revision_E.pdf 
 http://www.matrixscience.com/help/pmf_help.html 
 http://www.matrixscience.com/cgi/search_form.pl?  FORMVER = 2 & ARA = PMF 
 https://www.youtube.com/watch?v=xh8GGzsc2r4

Biyoenformatik