COVID-19 testi

Solunum koronavirüsü hastalığı 2019 (COVID-19) ve ilişkili SARS-CoV-2 virüsü için laboratuvar testi, virüsün varlığını ve enfeksiyona yanıt olarak üretilen antikorları tespit eder.

Örneklerde virüslerin varlığı, koronavirüs RNA'sını tespit eden RT-PCR ile doğrulanır. Bu test spesifiktir ve sadece SARS-CoV-2 virüsünün RNA'sını tespit etmek için tasarlanmıştır. Çok yeni veya aktif enfeksiyonları doğrulamak için kullanılır.

Antikorların tespiti (seroloji) hem tanı hem de popülasyon gözetimi için kullanılabilir. Antikor testleri, semptomları küçük olanlar da dahil olmak üzere kaç kişinin hastalığa yakalandığını gösterir. Hastalığın kesin mortalite oranı ve sürü bağışıklığı seviyesi bu testin sonuçlarından belirlenebilir.

Sınırlı testler nedeniyle, Mart 2020'den itibaren hiçbir ülke, popülasyonunda virüsün yaygınlığı hakkında güvenilir veriye sahip değildi. 23 Mart'a kadar hiçbir ülke nüfuslarının% 3'ünden fazlasını test etmemişti ve ülkeler arasında ne kadar test yapıldığına dair büyük değişiklikler vardı . Bu değişkenliğin, bazı ülkelerde önemli ölçüde fazla tahmin edilmesi muhtemel olan bildirilen vaka ölüm oranlarını da önemli ölçüde etkilemesi muhtemeldir.

Test yöntemleri

PCR testleri 

Gerçek zamanlı ters transkripsiyon polimeraz zincir reaksiyonu (rRT-PCR)  kullanılarak test, nazofaringeal sürüntü veya balgam örneği dahil olmak üzere çeşitli yöntemlerle elde edilen solunum örnekleri üzerinde yapılabilir. Sonuçlar genellikle birkaç saat ila 2 gün içinde elde edilebilir. Boğaz çubuklarıyla yapılan RT-PCR testi, sadece hastalığın ilk haftasında güvenilirdir. Daha sonra virüs, akciğerlerde çoğalmaya devam ederken boğazda kaybolabilir. İkinci haftada test edilen enfekte insanlar için, alternatif olarak derin hava yollarından emme kateteri ile örnek materyal alınabilir veya öksürük materyali (balgam) kullanılabilir. 

Erken PCR testlerinden biri, gerçek zamanlı ters transkripsiyon polimeraz zincir reaksiyonu (rRT-PCR) kullanılarak Ocak 2020'de Berlin'deki Charité'de geliştirildi ve Dünya Sağlık Örgütü (WHO) tarafından dağıtım için 250.000 kitin temelini oluşturdu. Birleşik Krallık da 23 Ocak 2020'de bir test geliştirmişti.

Güney Koreli şirket Kogenebiotech, 28 Ocak 2020'de klinik sınıf PCR tabanlı SARS-CoV-2 saptama kiti (PowerChek Coronavirus) geliştirdi. Bu kit, tüm beta koronavirüsler tarafından paylaşılan "E" genini ve SARS-CoV-2'ye özgü RdRp genini arar.

Çin'de BGI Grubu, PCR temelli SARS-CoV-2 tespit kiti için Çin Ulusal Tıbbi Ürünler İdaresi'nden acil kullanım onayı alan ilk şirketlerden biriydi.

Amerika Birleşik Devletleri'nde, Hastalık Kontrol ve Önleme Merkezleri (CDC) 2019-Yeni Koronavirus (2019-nCoV) Gerçek Zamanlı RT-PCR Teşhis Panelini Uluslararası Reaktif Kaynağı aracılığıyla halk sağlığı laboratuvarlarına dağıtıyor. Test kitlerinin eski versiyonlarındaki üç genetik testten biri, hatalı reaktifler nedeniyle yanlış sonuçlara ve Atlanta'daki CDC'de test darlığına neden oldu; bu, Şubat 2020'nin tamamı boyunca günde ortalama 100'den az numunenin başarıyla işlenmesiyle sonuçlandı. İki bileşen kullanan testlerin 28 Şubat 2020'ye kadar güvenilir olmadığı tespit edildi ve o zamana kadar eyalet ve yerel laboratuvarların teste başlamasına izin verilmedi. Test, Acil Durum Kullanım Yetkisi kapsamında Gıda ve İlaç İdaresi tarafından onaylandı.  

ABD ticari laboratuvarları 2020 Mart ayı başlarında teste başladı. 5 Mart 2020 itibarıyla LabCorp, RT-PCR'ye dayalı olarak ülke çapında COVID-19 testinin mevcut olduğunu duyurdu. Quest Diagnostics benzer şekilde ülke çapında COVID-19 testini 9 Mart 2020'den itibaren kullanıma sunmuştur. Herhangi bir miktar sınırlaması açıklanmadı; örnek toplama ve işleme CDC gerekliliklerine göre yapılmalıdır.

Rusya'da COVID-19 testi, Viroloji ve Biyoteknoloji VEKTÖR Devlet Araştırma Merkezi tarafından geliştirildi ve üretildi. 11 Şubat 2020'de test, Sağlık Hizmetlerinde Federal Gözetim Hizmeti tarafından kaydedildi.

12 Mart 2020'de Mayo Clinic'in COVID-19 enfeksiyonunu tespit etmek için bir test geliştirdiği bildirildi.

13 Mart 2020'de Roche Diagnostics, 3.5 saat içinde yüksek hacimde gerçekleştirilebilecek bir test için FDA onayı aldı ve böylece bir makinenin 24 saatlik bir sürede yaklaşık 4.128 test yapmasına izin verdi.

19 Mart 2020'de FDA, Abbott'un m2000 sistemi üzerinde bir test için Abbott Laboratories'e acil kullanım izni (EUA) verdi; FDA daha önce Hologic, LabCorp ve Thermo Fisher Scientific'e benzer yetki vermişti. 21 Mart 2020'de, Cepheid de benzer şekilde 45 dakika süren bir test için FDA'dan EUA aldı.

Yeni koronavirüsün nükleokapsid proteinine (N proteini) spesifik olarak bağlanan bir monoklonal antikor kullanan bir test, hızlı bir grip testi gibi 15 ila 20 dakika içinde sonuç sağlayabileceği umuduyla Tayvan'da geliştirilmektedir.

2020 Mart'ında yapılan bir literatür incelemesi, " göğüs radyografilerinin erken evrelerde tanı değerinin çok az olduğu, ancak CT [ bilgisayarlı tomografi ] bulgularının semptom başlangıcından önce bile mevcut olabileceği sonucuna vardı.  BT'nin tipik özellikleri arasında periferik, asimetrik ve posterior dağılımlı bilateral multilobar zemin cam opasiteleri yer alır. Hastalık geliştikçe subplevral hakimiyet, çılgın kaldırım ve konsolidasyon gelişir. Mevcut pandeminin başlangıç noktasında Wuhan'daki PCR ile CT'yi karşılaştıran bir çalışma, CT'nin PCR'den daha önemli olduğunu, ancak daha az spesifik olmasına rağmen, görüntüleme özelliklerinin birçoğunun diğer pnömoniler ve hastalık süreçleriyle örtüştüğünü göstermiştir. Mart 2020 itibarıyla, Amerikan Radyoloji Koleji "CT'nin COVID-19 tanısı koymak için ilk basamak testi için veya ilk basamak testi olarak kullanılmaması gerektiğini" önermektedir.

Mart 2020'den itibaren CDC, ilk tarama için PCR önermektedir.

Antikorların tespiti 
Enfeksiyona karşı immün yanıtın bir kısmı, IgM ve IgG dahil antikorların üretilmesidir. Bunlar semptomların başlamasından 7 gün sonra başlayan bireylerde enfeksiyonu tespit etmek, bağışıklığı belirlemek ve popülasyon gözetiminde kullanılabilir. 

Deneyler merkezi laboratuvarlarda (CLT) veya bakım noktası testi (PoCT) ile yapılabilir. Birçok klinik laboratuvardaki yüksek verimli otomatik sistemler bu testleri gerçekleştirebilir, ancak bunların kullanılabilirliği her sistem için üretim hızına bağlı olacaktır. CLT için genellikle tek bir periferik kan örneği kullanılır, ancak bağışıklık yanıtını takip etmek için seri örnekler kullanılabilir. PoCT için genellikle cilt delinmesi ile tek bir kan örneği elde edilir. PCR yöntemlerinden farklı olarak tahlilden önce bir ekstraksiyon aşamasına gerek yoktur. 

26 Mart 2020'de FDA, ajansa gerektiği gibi bildirim sağlayan ve şimdi antikor testlerini dağıtabilen 29 kuruluşu seçti. Kısa süre önce FDA tarafından onaylanan bir test  15 dakikada sonuç verebiliyor. Bir haber bültenine göre% 91 klinik özgüllük oranı ve% 99 klinik duyarlılık oranı var. Oldukça hassas bir test nadiren hatalı sonuç verir. Oldukça spesifik bir test nadiren testin hedefi olmayan herhangi bir şey için pozitif bir sınıflandırma kaydeder.

Mart 2020'nin sonlarında, Euroimmun Tıbbi Laboratuvar Teşhisi ve Epitop Teşhisi, kan numunelerindeki virüse karşı IgG ve IgA antikorlarını tespit edebilen test kitleri için Avrupa onayları aldı. Test kapasitesi saatler içinde birkaç yüz örnektir ve bu nedenle viral RNA'nın geleneksel PCR tahlilinden çok daha hızlıdır. Antikorlar genellikle enfeksiyonun başlamasından 14 gün sonra saptanabilir.

Diğer viral tespit yöntemleri 

FDA, PCR yerine izotermal nükleik asit amplifikasyon teknolojisi kullanan bir testi onayladı. Bu, bir dizi alternatif sıcaklık çevrimi gerektirmediğinden, bu yöntem beş dakika gibi kısa bir sürede pozitif sonuçlar ve 13 dakika içinde negatif sonuçlar verebilir. Şu anda ABD'de bu makinelerin yaklaşık 18.000'i var ve Abbott günde 50.000 test yapmak için üretimi hızlandırmayı bekliyor.

Test Yaklaşımları 
Hong Kong, şüpheli hastaların evde kalabileceği bir plan hazırladı. Plana göre acil servis hastaya örnek tüp verecekti, hastalar tükürdüler, geri gönderdiler ve bir süre sonra test sonucu aldılar.

İngiliz NHS, evde şüpheli vakaları test etme planını uyguladığını açıkladı ve bu da bir hastanın hastaneye gelmesi veya başka bir ambulansın kullanılması durumunda dezenfekte edilmesi riskini ortadan kaldıran bir durum olduğunu açıkladı.

Şüpheli vakalar için geçiş merkezlerinde uygulanan COVID-19 testinde, sağlık uzmanı uygun önlemler kullanarak numune alır. Geçiş merkezleri, Güney Kore'nin herhangi bir ülkenin en hızlı, en kapsamlı testlerinden bazılarını yapmasına yardımcı oldu.

Almanya'da Ulusal Yasal Sağlık Sigortası Hekimleri Birliği, 2 Mart'ta, ayakta tedavi ortamında günde yaklaşık 12.000 test kapasitesine sahip olduğunu ve önceki hafta 10.700 test yapıldığını söyledi. Test bir doktor tarafından sipariş edildiğinde masraflar sağlık sigortası tarafından karşılanıyor. Robert Koch Enstitüsü başkanına göre, Almanya haftada toplam 160.000 test kapasitesine sahip. 19 Mart tarihi itibarıyla birçok büyük şehirde test yapıldı. 26 Mart 2020 tarihi itibarıyla Almanya'da yapılan testlerin toplam sayısı bilinmemektedir, çünkü sadece olumlu sonuçlar bildirilmiştir. Sağlık bakanı Jens Spahn haftada 200.000 test yapıldığını tahmin ediyor. İlk laboratuvar araştırması, 12/2020 takvim haftası itibarıyla, 12/2020 haftasına kadar dahil olmak üzere toplam en az 483.295 örneğin test edildiğini ve 33.491 örneğin (% 6.9) SARS-CoV-2 için pozitif tespit edildiğini ortaya koydu.

İsrail'de, Technion ve Rambam Hastanesindeki araştırmacılar 64 hastadan aynı anda test örnekleri aldı ve örnekleri bir araya getirerek ve sadece birleşik numunenin pozitif olduğu tespit edildiğinde daha fazla test ederek bir test metodu geliştirdi.

Wuhan'da "Huo-Yan" adında geçici bir 2000 metrekarelik acil durum tespit laboratuvarı (Çince: 火眼  veya İngilizce: Ateş Gözü") 5 Şubat 2020'de günde 10.000'den fazla örneği işleyebilen BGI, tarafından açılmıştır.  BGI kurucusu Wang Jian tarafından denetlenen ve 5 gün süren yapı ile  ilgili modelleme, Hubei'deki vakaların % 47 daha yüksek olacağını ve bu test kapasitesi olmasaydı karantina ile mücadele maliyetinin iki katına çıkacağını gösterdi. Wuhan Laboratuvarı hemen Shenzhen Tianjin, Pekin ve Şanghaydaki Huo-Yan laboratuvarlarını Çin genelinde toplam 12 il içinde takip etti. 4 Mart 2020 itibarıyla günlük toplam üretim miktarı 50.000 testtir.

Origami Tahlilleri tarafından salınan ve sadece 93 tahlil kullanarak COVID19 için 1122 hasta örneğini test edebilen açık kaynaklı, çoklanmış tasarımlar piyasaya sürülmüştür. Bu dengeli tasarımlar robotik sıvı işleyicilerine ihtiyaç duymadan küçük laboratuvarlarda çalıştırılabilir.

Mart ayına kadar, AB'de, İngiltere'de  ve ABD'de eksiklikler ve yetersiz miktarda reaktif kitle testinde ihtiyaç oluştu. Bu, bazı yazarların 'de ısıtma örneklerini içeren örnek hazırlama protokollerini daha fazla test için RNA genomlarını serbest bırakmak üzere 5 dakika boyunca tutulması gerektiğini keşfetmesine yol açtı.

31 Mart'ta Birleşik Arap Emirlikleri'nin diğer ülkelere kıyasla artık kişi başına daha fazla Coronavirüs için test yaptığı ve nüfusun büyük kısmına ulaşmak için test düzeyini yükseltmek üzere olduğu açıklandı . Bu, araç içinde test olanağının bir kombinasyonu ve Grup 42 ve BGI'den (Çin'deki "Huo-Yan" acil durum tespit laboratuvarlarına dayanarak) nüfus ölçeğinde bir kitlesel verimlilik laboratuvarı satın alma vasıtasıyla oldu. 14 gün içinde yapılan laboratuvar günde on binlerce RT-PCR testi yapabilmektedir ve bu ölçüde dünyada Çin dışında faaliyet gösteren ilk firmadır  .

Üretim ve hacim 

Çin, Fransa, Almanya, Hong Kong, Japonya ve Amerika Birleşik Devletleri'nde koronavirüs genetik profilinin farklı bölümlerini hedefleyen farklı test reçeteleri geliştirilmiştir. Dünya Sağlık Örgütü, düşük gelirli ülkelere gönderilen kendi kitlerini geliştirmek için kaynakları olmayan üretim kitleri için Alman reçetesini kabul etti. Alman reçetesi 17 Ocak 2020'de yayınlandı; ABD Hastalık Kontrol Merkezleri tarafından geliştirilen protokol 28 Ocak'a kadar mevcut değildi ve ABD'deki mevcut testleri geciktirdi 

Çin  ve Amerika Birleşik Devletleri , salgının başlarında test kitlerinin güvenilirliği ile ilgili problemler yaşadılar ve bu ülkeler ve Avustralya  sağlık uzmanları tarafından yapılan testler için talep ve önerileri karşılamak için yeterli kit sağlayamadılar. Buna karşılık uzmanlar, Güney Kore'nin geniş kapsamlı test kullanılabilirliğinin yeni koronavirüsün yayılmasını azaltmaya yardımcı olduğunu söylüyor. Test kapasitesi, büyük ölçüde özel sektör laboratuvarlarında, Güney Kore hükûmeti tarafından birkaç yıl içinde oluşturulmuştur. 16 Mart'ta Dünya Sağlık Örgütü, COVID-19 salgınının ilerlemesini yavaşlatmanın en iyi yolu olarak test programlarını hızlandırmaya çağırdı.

Virüsün geniş yayılması nedeniyle yüksek test talebi, özel ABD laboratuvarlarında yüz binlerce testin birikmesine neden oldu, sürüntü ve kimyasal reaktiflerinin tedariki zorlandı.

Kesinlik 
Mart 2020'de Çin  test kitlerinde doğrulukla ilgili sorunlar bildirmiştir. Amerika Birleşik Devletleri'nde, CDC tarafından geliştirilen test kitlerinde "kusurlar" vardı; hükûmet daha sonra özel testleri engelleyen bürokratik engelleri kaldırdı.

İspanya, enfekte ve test edilenlerin en az% 80'ini tespit etmesi gereken test kitlerini Çin'den satın aldı, ancak sadece% 30'unun tespit edildiği bulundu.

Çek Cumhuriyeti'nin Çin'den satın aldığı test kitlerinin% 80'i yanlış sonuç verdi.

Slovakya, Çin'den yanlış olduğu tespit edilen 1.2 milyon test kiti satın aldı. Başbakan Matovic bu testleri Tuna nehrine atmayı önerdi. .

Türkiye Sağlık Bakanlığı'ndan Ateş Kara, Türkiye'nin Çin'den satın aldığı test kitlerinin "yüksek hata oranına" sahip olduğunu ve "onları kullanıma sokmadığını" söyledi.

İngiltere, Çin'den 3,5 milyon test kiti satın aldı ancak Nisan 2020'nin başlarında bunların kullanılamayacağını açıkladı.

Etki 
Testler, pozitif tespit edilenlerin karantinası ve SARS-CoV-2 pozitif kişilerin temas ettiği kişilerin izlenmesi ile devam etti, olumlu sonuçlarla sonuçlandı.

İtalya 
İtalya'daki ilk COVID-19 ölümünün gerçekleştiği İtalyan kasabası Vò'da çalışan araştırmacılar, yaklaşık on gün arayla yaklaşık 3.400 kişinin tüm nüfusu üzerinde iki tur test yaptılar. Pozitif tespit edilen insanların yaklaşık yarısında hiçbir belirti yoktu ve keşfedilen tüm vakalar karantinaya alındı. Komün seyahat kısıtlamasıyla, bu yeni enfeksiyonlar tamamen ortadan kaldırıldı.

Singapur 
Sıkı bir şekilde temas izleme, gelen seyahat kısıtlamaları, testler ve karantinaya alma ile Singapur'daki 2020 koronavirüs pandemisi, diğer gelişmiş ülkelere göre çok daha yavaş ilerlemiştir, ancak restoranların ve perakende kuruluşlarının zorla kapatılması gibi aşırı kısıtlamalar olmamıştır. Birçok etkinlik iptal edildi ve Singapur, sakinlere 28 Mart'ta evde kalmalarını tavsiye etmeye başladı, ancak okullar 23 Mart'ta tatil molasından sonra, zamanında yeniden açıldı.

Diğerleri 
Diğer bazı ülkeler pandemiyi sıkı temas takibi, gelen seyahat kısıtlamaları, testler ve karantinaya alma ile, ancak İzlanda  ve Güney Kore  gibi daha az agresif kısıtlamalarla yönetmiştir.

Doğrulayıcı test 
WHO, test kapasitesi olmayan ülkelerin ve COVID-19 konusunda sınırlı deneyime sahip ulusal laboratuvarların, ilk beş pozitif ve ilk on negatif COVID-19 örneğini, doğrulayıcı test için 16 WHO referans laboratuvarından birine göndermesini önermektedir. 16 referans laboratuvarından 7'si Asya'da, 5'i Avrupa'da, 2'si Afrika'da, 1'i Kuzey Amerika'da ve 1'i Avustralya'da bulunmaktadır.

Ülkelere Göre COVİD-19 Testi 
Test rakamları ülkelerin test politikasından etkilenmektedir. Vaka sayıları da dahil olmak üzere birçok açıdan birbirine benzeyen ülkelerde test rakamları birbirinden uzaksa bu ülkelerin test politikasını ortaya koymaktadır. Bazı ülkeler sadece hastalık belirtisi gösterenleri test ederken, teste erişimi daha fazla olan ülkeler belirti göstermeyenleri de test etmektedir. Sadece belirti gösterenleri test eden ülkelerin test/onaylanmış vaka oranı rastgele kişileri de test eden ülkelere göre daha yüksek olacaktır.  Benzer nüfuslara sahip ülkelerden biri diğerine göre daha fazla test yaptıysa test/milyon kişi başına test oranı daha yüksek olacaktır.

Kaynakça 

COVID-19 pandemisi