Memeli Promotörleri Veri Tabanı (MPromDb)

Memeli Promotör Veritabanı (MPromDb) ChIP-SEQ sayesinde belirlenmiş  gen promoterlerini içeren bir veriritabanıdır   Yakın promotör bölgesi (akışyukarısına çekirdek promotör bölgesinin yukarısa) çoğu transkripsiyon faktörlerinin (TFS) cis-düzenleyici elementlerini ihtiva eder.

Son zamanlarda, aktif promotörlerü açımlamak için ChIP-seq ve hesaplama tekniklerinin karışımıolan daha iyi bir teknik gösterilmiştir. Bu teknik, memeli sistemlerinde TF'lerin hedef genlerini bulmak için kullanılmıştır. MPomDb bu teknolojiye dayanmaktadır. Ökaryotik organizmalar için küratörlü promotör dizileri, bir EPD veri tabanı tarafından sağlanır; ancak doku / hücre merkezli düzeyde promotör aktivite bilgisi sunulmaz.

MPromDb veri tabanı, RNAP-II antikorları ve altı farklı insan hücre tipi ile gerçekleştirilen on farklı fare hücresi/doku ChIP -seq deneyini analiz ettikten sonra tanımlanan aktif RNAP-II promotörlerini eklemiştir. Veriler, yüksek kaliteyi sağlamak için manuel düzeltmenin ardından bir dizi hesaplama yöntemiyle elde edilmiştir. MPomDb'nin en yeni sürümünde, yaklaşık 507 milyon benzersiz şekilde hizalanmış RNA Pol-II ChIP-seq okumaları, altı insan hücre tipi ve 10 farklı fare hücresi/dokusu dahil olmak üzere 26 farklı veri tabanı üzerinden  analiz edilmiştir.

Kaynakça

Dış bağlantılar 

 http://bioinformatics.wistar.upenn.edu/MPomDb/%5B%5D
 https://web.archive.org/web/20121115182532/http://promoter.cdb.riken.jp/

Protein yöntemleri
Gen ifadesi