3D Slicer

3D Slicer (3D Dilimleyici), görüntü analizi ve bilimsel görselleştirme için ücretsiz ve açık kaynaklı bir yazılım paketidir. Dilimleyici, otizm, multipl skleroz, sistemik lupus eritematozus, prostat kanseri, akciğer kanseri, meme kanseri, şizofreni, ortopedik biyomekanik, KOAH, kardiyovasküler hastalık ve beyin cerrahisi dahil olmak üzere çeşitli tıbbi uygulamalarda kullanılmaktadır.

Hakkında 
3D Slicer, görüntü analizi ve görselleştirme için esnek, modüler bir platform olan ücretsiz bir açık kaynaklı yazılımdır. 3D Slicer, çeşitli uygulamalar için hem etkileşimli hem de toplu işleme araçlarının geliştirilmesine olanak sağlayacak şekilde genişletilmiştir.

3D Dilimleyici, diğer özelliklerin yanı sıra görüntü kaydı, DTI işleme (difüzyon traktografisi), görüntü yönlendirme desteği için harici cihazlara bir arabirim ve GPU etkin hacim oluşturma sağlamaktadır. 3D Slicer, yeni işlevlerin eklenmesine izin veren ve rakip araçlarda bulunmayan bir dizi genel özellik sağlayan modüler bir organizasyona sahiptir.

3D Slicer'ın etkileşimli görselleştirme yetenekleri, keyfi olarak yönlendirilmiş görüntü dilimlerini görüntüleme, görüntü etiketlerinden yüzey modelleri oluşturma ve donanımla hızlandırılmış hacim oluşturma özelliğini içermektedir. 3D Dilimleyici ayrıca zengin bir dizi açıklama özelliğini desteklemektedir (referanslar ve ölçüm widget'ları, özelleştirilmiş renk haritaları).

Dilimleyicinin yetenekleri şunları içermektedir:

 DICOM görüntülerini kullanma ve çeşitli diğer formatları okuma/yazma
 Hacimsel Voksel görüntülerin, çokgen ağların ve hacimsel oluşturmaların etkileşimli görselleştirmesi
 Manuel düzenleme
 Katı ve katı olmayan algoritmalar kullanarak verilerin birleştirilmesi ve birlikte kaydedilmesi
 Otomatik görüntü segmentasyonu
 Difüzyon tensör görüntüleme verilerinin analizi ve görselleştirilmesi
 Görüntü kılavuzlu prosedürler için cihazların takibi.

Dilimleyici, Windows, Linux ve macOS dahil olmak üzere birden çok bilgi işlem platformunda kullanılmak üzere derlenmiştir.

Slicer, BSD stili, ücretsiz, açık kaynak lisansı altında dağıtılmaktadır. Lisansın, yazılımın akademik veya ticari projelerde kullanımına ilişkin herhangi bir kısıtlaması yoktur. Ancak, yazılımın belirli bir görev için yararlı olduğu konusunda herhangi bir iddiada bulunulmaz. Yerel kural ve düzenlemelere uyulmasını sağlamak tamamen kullanıcının sorumluluğundadır. Dilimleyici, ABD'de FDA veya başka bir yerde herhangi bir düzenleyici kurum tarafından klinik kullanım için resmi olarak onaylanmamıştır.

Galeri

Tarihçesi

Slicer, 1998 yılında Brigham and Women's Hospital'daki Cerrahi Planlama Laboratuvarı ile MIT Yapay Zeka Laboratuvarı arasında bir yüksek lisans tezi projesi olarak başlamıştır. 3D Slicer sürüm 2 birkaç bin kez indirilmiştir. 2007'de Slicer'ın tamamen yenilenmiş 3. versiyonu yayınlanmıştır. Slicer'ın bir sonraki büyük yeniden düzenlemesi, Slicer'ın GUI'sini KWWidgets kullanmaktan Qt'ye geçiren 2009'da başlatılmıştır. Qt özellikli Slicer sürüm 4, 2011'de piyasaya sürülmüştür.

Dilimleyici yazılımı, tümü görüntü analizini geliştirmeyi amaçlayan çeşitli araştırma yayınlarına olanak sağlamıştır.

Bu önemli yazılım projesi, NA-MIC, NAC, BIRN, CIMIT, Harvard Catalyst ve NCIGT toplulukları dahil olmak üzere, NIH tarafından finanse edilen birçok büyük ölçekli çabanın katılımıyla sağlanmıştır. Finansman desteği, NCRR, NIBIB, NIH Yol Haritası, NCI, NSF ve DOD dahil olmak üzere çeşitli federal finansman kaynaklarından gelmektedir.

Kullanıcılar

Slicer'ın platformu, çok modlu görüntü verilerinin segmentasyonu, kaydı ve üç boyutlu görselleştirilmesi için işlevlerin yanı sıra difüzyon tensör görüntüleme, fonksiyonel manyetik rezonans görüntüleme ve görüntü kılavuzlu radyasyon tedavisi için gelişmiş görüntü analiz algoritmaları sağlamaktadır. Standart görüntü dosyası formatları desteklenir ve uygulama, arayüz özelliklerini biyomedikal araştırma yazılımına entegre etmektedir.

Dilimleyici çeşitli klinik araştırmalarda kullanılmıştır. Görüntü kılavuzlu terapi araştırmalarında, Slicer, alet takibi için uzamsal koordinatların elde edilmesine olanak sağlamak amacıyla ameliyat öncesi ve sırasında mevcut olan MRI verilerinin koleksiyonlarını oluşturmak ve görselleştirmek için sıklıkla kullanılmaktadır. Aslında, Slicer görüntü güdümlü terapide zaten çok önemli bir rol oynamıştır. 1998'den beri Slicer'a atıfta bulunan 200'den fazla yayınla bu alanın yanında büyüdüğü düşünülmektedir.

Slicer, geleneksel MRI görüntülerinden 3D modeller üretmeye ek olarak, fMRI'den (beyindeki nöral veya omurilik aktivitesiyle ilgili kan akışını değerlendirmek için MRI kullanarak), DTI'den (sınırlı difüzyonu ölçmek için MRI kullanarak) türetilen bilgileri sunmak için de kullanılmıştır. görüntülenen dokudaki su) ve elektrokardiyografi. Örneğin, Slicer'ın DTI paketi, DTI görüntülerinin dönüştürülmesine ve analizine olanak tanımaktadır. Bu tür analizlerin sonuçları, morfolojik MRG, MR anjiyogramlar ve fMRI analizinden elde edilen sonuçlarla entegre edilmektedir. Slicer'ın diğer kullanımları arasında paleontoloji ve beyin cerrahisi planlaması yer almaktadır.

Geliştiriciler

Slicer Developer Orientation, platformda yeni olan geliştiriciler için kaynaklar sunmaktadır. Dilimleyici geliştirme, dilimleyici geliştirme posta listesinde koordine edilmekte ve Ohloh'ta geliştirme istatistiklerinin bir özeti bulunmaktadır.

3D Slicer, bilimsel görselleştirmede yaygın olarak kullanılan boru hattı tabanlı bir grafik kitaplığı olan VTK ve görüntü segmentasyonu ve görüntü kaydının geliştirilmesi için yaygın olarak kullanılan bir çerçeve olan ITK üzerine kurulmuştur. 4. sürümde, çekirdek uygulama C'de uygulanmaktadır. API, dahil edilen Python konsolunda hızlı, yinelemeli geliştirme ve görselleştirmeyi kolaylaştırmak için bir Python sarmalayıcısı aracılığıyla kullanılmaktadır. Kullanıcı arayüzü Qt'de uygulanır ve C veya Python kullanılarak genişletilmektedir.

Dilimleyici, çeşitli modüler geliştirme türlerini desteklemektedir. Tamamen etkileşimli, özel arayüzler C veya Python ile yazılabilir. Herhangi bir dilde komut satırı programları, grafiksel bir arabirimin otomatik olarak oluşturulduğu hafif bir XML belirtimi kullanılarak sarılmaktadır.

Slicer çekirdek uygulamasında dağıtılmayan modüller için, Slicer içinden seçmeli indirme için otomatik olarak oluşturulacak ve dağıtılacak bir sistem mevcuttur. Bu mekanizma, Dilimleyici çekirdeği için kullanılan izin verilen BSD tarzı lisanstan farklı lisans gereksinimlerine sahip kodun dahil edilmesini kolaylaştırmaktadır.

Dilimleyici oluşturma işlemi, ön koşul ve isteğe bağlı kitaplıkları (Qt hariç) otomatik olarak oluşturmak için CMake'i kullanmaktadır. Çekirdek geliştirme döngüsü, çevrimiçi bir gösterge panosu kullanılarak izlenen tüm platformlarda artan ve gecelik derlemelerin yanı sıra otomatik testleri içermektedir.

Dış bağımlılıklar 
VTK
ITK
CMake
CPack
Python
Nrrd
MRML
IGSTK
Qt

Ayrıca bakılabilir
Analyze
GIMIAS
Özgür ve açık kaynak kodlu yazılım paketlerinin listesi
Mimikler

Kaynakça

Görüntü işleme yazılımları
Bilgisayarlı görme yazılımları
Üç boyutlu grafik tasarım yazılımları
Özgür grafik tasarım yazılımları
Resim görüntüleyenler
Tıbbi görüntüleme
Tıbbi yazılımlar
Bilim yazılımları
Biyoenformatik
Sağlık yazılımları
Özgür uygulama yazılımları
Sağlık bilişimi
Özgür bilim yazılımları
C++ ile programlanmış ücretsiz yazılımlar
Python ile yazılmış özgür yazılımlar
Tcl ile programlanmış ücretsiz yazılımlar