T-coffee

Το T-Coffee (Tree-based Consistency Objective Function For alignment Evaluation) είναι ένα πρόγραμμα που χρησιμοποιείται για πολλαπλή στοίχιση ακολουθιών και βασίζεται σε μια προοδευτική μέθοδο στοίχισης των ακολουθιών.  Αρχικά πραγματοποιεί όλες τις κατα ζεύγη στοιχίσεις και τα αποτελέσματα συνδυάζονται σε μια αρχική βιβλιοθήκη. Στη συνέχεια σε ένα βήμα επέκτασης της βιβλιοθήκης, καθορίζεται πώς τα ζεύγη καταλοίπων 
στοιχίζονται σε σχέση με τα άλλα κατάλοιπα. Τέτοιες τριπλέτες χρησιμοποιούνται για να βρεθεί πόσο καλά οι ακολουθίες στοιχίζονται δεδομένων των υπολοίπων (σε αντίθεση με τον έλεχγο δύο ακολουθιών απομονωμένα). Τέλος κατασκευάζεται η τελική στοίχιση, προδευτικά με βάση τις πληροφορίες της βιβλιοθήκης.  Το Τ-Coffee μπορεί επίσης να συνδυάσει προηγούμενες πολλαπλές στοιχίσεις ακολουθιών και οι τελευταίες εκδόσεις του μπορούν να ενσωματόσουν και δομικές πληροφορίες από αρχεία PDB (3D-Coffee). Χρησιμοποιεί προηγμένες μεθόδους για να αξιολογήσει την ποιότητα των στοιχίσεων και πάρεχει  επιπλέον την δυνατότητα να χρησιμοποιηθεί και για εύρεση μοτίβων (Mocca). Η μορφή των στοιχίσεων που παράγει κανονικά είναι aln (Clustal), αλλά μπορεί επίσης να παράγει πολλαπλές στοιχίσεις σε μορφή PIR, MSF, και FASTA. Το Τ-Coffee υποστηρίζει, επίσης, τις πιο διαδεδομένες μορφές αρχείων εισόδου (FASTA, PIR).

Σύγκριση με άλλες μεθόδους πολλαπλής στοίχισης
Ενώ το από προεπιλογή αρχείο εξόδου του T-Coffee είναι τύπου Clustal, είναι αρκετά διαφορετικό εντούτοις από το αρχεíο εξόδου του ClustalW/X, με αποτέλεσμα πολλά προγράμματα που υποστηρίζουν τη μορφή αρχείου Clustal να αδυνατούν να το διαβάσουν. Παρολαυτά το ClustalX μπορεί να υποστηρίξει τη μορφή των αρχείων που παράγει το T-Coffee, οπότε μια πιθανή λύση σε αυτό το πρόβλημα είναι να εισάγουμε τα αρχεία που παράγει το T-Coffee στο ClustalX και στη συνέχεια να τα μορφοποιήσουμε. Μια άλλη πιθανή λύση είναι να "ζητήσουμε" από το T-Coffee να παράγει αρχεία εξόδου τύπου Clustalw χρησιμοποιώντας την επιλογή "-output=clustalw_aln".

Μια σημαντική ειδική λειτουργία του T-Coffee είναι η ικανότητά του να συνδυάζει διάφορες μεθόδους και διαφορετικούς τύπους δεδομένων. Στην τελευταία έκδοση, το T-Coffee μπορεί να συνδυάζει πρωτεϊνικές ακολουθίες μαζί με δομές, αλλά και RNA ακολουθίες με δομές. Μπορεί επίσης να τρέξει και να συνδυάσει τα αποτελέσματα των στοιχίσεων των πιο διαδεδομένων μεθόδων ακολουθιών και δομικών στοιχίσεων.

Το T-Coffee διαθέτει επιπλέον μια προηγμένη πλατφόρμα μορφοποίησης των ακολουθιών που ονομάζεται seq_reformat.

Παραλλαγές
M-Coffee  μια ειδική λειτουργία του T-Coffee που δίνει τη δυνατότητα στο χρήστη να συνδυάσει το αποτέλεσμα των πιο διαδεδομένων μεθόδων πολλαπλής στοίχισης (Muscle, ClustalW, Mafft, ProbCons, κτλ.). Οι τελικές συνδυασμένες στοιχίσεις που προκύπτουν είναι καλύτερες από τις αρχικές στοιχίσεις που δίνει η κάθε μια μέθοδος ξεχωριστά. Το κυριότερο είναι όμως ότι δείχνει στο χρήστη τις περιοχές στη πολλαπλή στοίχιση που οι διαφορετικές μέθοδοι συμφωνούν. Συνήθως περιοχές με μεγάλο ποσοστό συμφωνίας είναι περιοχές που στοιχίζονται πολύ καλά.

Expresso and 3D-Coffee  πρόκειται για ειδικές λειτουργίες του T-Coffee που δίνουν τη δυνατότητα στο χρήστη να συνδυάσει σε μια πολλαπλή στοίχιση ακολουθίες με δομές. Οι στοιχίσεις που βασίζονται στη δομή μπορούν να πραγματοποιηθούν κάνοντας χρήση των πιο διαδεδομένων μεθόδων δομικών στοιχίσεων οπώς το TMalign, το Mustang, και το sap.

R-Coffee  μια ειδική λειτουργία του T-Coffee που δίνει τη δυνατότητα στο χρήστη να κάνει στοίχιση RNA ακολουθιών χρησιμοποιώντας ταυτόχρονα δευτεροταγής δομικές πληροφορίες.

PSI-Coffee  κάνει στοίχιση πρωτεϊνών με μακρινή συγγένεια με βάση την ομολογία (αργό αλλά ακριβές)

TM-Coffee  κάνει στοίχιση διαμεμβρανικών πρωτεϊνών με βάση την ομολογία

Pro-Coffee  κάνει στοίχιση σε ομόλογες περιόχες υποκινητών 

Accurate  αυτόματα συνδυάζει τα πιο ακριβή μοντέλα για DNA, RNA και Πρωτεΐνες (experimental!).

Combine  συνδιάζει δύο (ή περισσότερες) πολλαπλές στοιχίσεις σε μία.

Δείτε επίσης
Λίστα με μεθόδους στοίχισης ακολουθιών
Clustal
MAFFT
LiSA Web  — βιβλιοθήκη ελεύθερου λογισμικού για δομική ανάλυση.
MARNA — διακομιστής για πολλαπλή στοίχιση ακολουθιών RNA.

Αναφορές

Εξωτερικοί σύνδεσμοι 
Επίσημη ιστοσελίδα
T-Coffee Aligner Server
T-Coffee download page
Technical documentation
Tutorial
List of third party aligners supported by T-Coffee

Αλγόριθμοι
Βιοπληροφορική