2000年になって、類似の反復クラスターがその他の真正細菌や古細菌で見つけられ、この時はshortregularlyspacedrepeats(SRSR)と名付けられたが、2002年にCRISPRと命名された。
2000年，相似的重复序列在其它真细菌和古细菌中被发现，并被命名为短间隔重复序列（ShortRegularlySpacedRepeats，SRSR）。