最高裁判所裁判官は連合政府の大統領が2名、AUCが2名を任命し、残る1名は各島の地方議会とコモロの歴代大統領による合議で選ばれる。
科摩罗最高法院由八位法官组成，其中两位由总统任命，两位由联邦议院选举，三位由每个岛的议会各选举一位，最后一位由前总统担任。