江戸時代に入り、1613年（慶長18年）には禁教令も出されたため、秀吉に改易されながらも最後まで棄教を拒んだ高山右近はマニラ（フィリピン）に追放され、有馬晴信は刑死し、以後キリシタン大名は存在しない。
进入江户时代后，幕府于1613年（庆长18年）发出禁教令（日语：禁教令），拒绝放弃信教的高山右近最后遭流放至菲律宾马尼拉，而有马晴信则遭流放至甲斐国初鹿野，复因冈本大八事件（日语：冈本大八事件）被家臣斩首。