セントジョンザバプテスト郡は東をセントチャールズ郡とポンチャートレイン湖、北をポンチャートレイン湖とモーリパス湖、南をラフォーシェ郡とアレマンズ湖、西をセントジェームズ郡と接している。
施洗者圣约翰县的东面是圣查尔斯县和庞恰特雷恩湖，北面是马蕾帕思湖和庞恰特雷恩湖，南面是拉福什县和阿勒曼湖，西面是圣詹姆斯县。