これらの間には、胚発生のしかたなど、多くの違いがあり、特に、最初の開口部（原口）が前口動物では口に、後口動物では肛門になる。
后口动物和原口动物可以由胚胎发育相区分；在后口动物中，第一个开口（胚孔）变成了肛门，而在原口动物中则变成了嘴巴。