元亀3年（1572年）12月の三方ヶ原の戦いにも参加したが、武田信玄に大敗して徳川軍は敗走し、清長は負傷し、一族や郎党が数十名戦死した。
元龟3年（1572年）12月爆发的三方原之战中，清长亦有参战，然而德川军却大败于武田信玄，清长本人亦受伤，同族和郎党共数十人战死。