港湾は現在交通部が管理する商業港湾と、経済部が管理する工業専用港湾、行政院農業委員会が管理する漁港に分類される。
台湾各港口的管理业务，分别由中华民国交通部航港局负责主管商港（分为国际商港、国内商港），中华民国经济部工业局负责管理工业专用港，行政院农业委员会渔业署负责管理渔港。