2006年、日本学士院は、大隅の業績について「一貫してオートファジーの分子機構の解明に正面から取り組んでおり、他の追随を全く許さない研究を続けている」と高く評価し、日本の学術賞としては最も権威ある日本学士院賞を授与している。
2006年，日本学士院高度评价大隅的成就：“一贯正面致力于细胞自噬的分子机制的阐明，完全不跟风”，并授予他日本学士院奖。