ジェファーソンはまた、シャーロッツビルにバージニア大学を設立し、この大学はアメリカ合衆国で初めて宗教的原理とは完全に分離された大学となった。
因对改革的进程不满，杰佛逊后来创立了弗吉尼亚大学，为美国第一所与宗教学说完全无关的高等学院。