西暦2205年、時の政府は過去へ干渉し歴史改変を目論む「歴史修正主義者」に対抗すべく、物に眠る想いや心を目覚めさせ力を引き出す能力を持つ「審神者」（さにわ）と刀剣より生み出された付喪神「刀剣男士」（とうけんだんし）を各時代へと送り込み、戦いを繰り広げる。
公元2205年时的政府为了对抗目的为干涉过去历史的“历史修正主义者”，拥有将刀剑唤醒的力量的审神者以及刀剑的付丧神“刀剑男士”送往各个时代，展开战役。