本番台区分では車両限界の狭い千代田線並びに小田急線との直通運転用のため、雨樋間2,790mm、基準面間2,770mmの東急5000系などに準じた台形断面車体を採用している（209・E231系狭幅車と断面形状が異なる）。
为了能驶进隧道断面较小的千代田线，2000番台列车放弃了2,950mm宽的阔车体，而与现在服务的209系1000番台一样，选用2,800mm宽的窄身车体（实际为2,790mm）。