大番と同じく将軍の旗本部隊に属し、他の足軽組等を付属した上で、備内の騎馬隊として運用されるが、敵勢への攻撃を主任務とする大番と異なり、書院番は将軍の身を守る防御任務を主とする。
书院番和大番一样是将军的旗本部队，基本没有差别，配属有足轻组和骑马队，但是同大番不同书院番的主要任务是保护将军的安全，因此不对敌人发起冲锋。