ドイツ騎士団に対抗し1440年に旧市街と新市街がそれぞれ自治領連合であるプロシア連合に加盟してポーランド王の庇護を受けるようになり、十三年戦争で1466年にポーランド王国がドイツ騎士団に勝利すると以後は同君連合連邦のポーランド・リトアニア連合のなかの自治都市として発展、1569年にはルブリン合同が成立し、トルニはより統一の進んだ国家であるポーランド・リトアニア共和国のうちのポーランド王国に正式加盟。
在1454年—1466年为期十三年的战争中，波兰立陶宛联盟与条顿骑士团的断断续续的战争，期间曾先后四次停战谈判，最终波兰立陶宛联盟凭借雄厚的国力打败了条顿骑士团国，在1466年的《以托伦合约》签订之后，条顿骑士团国一分为二，西部的王室普鲁士直接隶属于波兰立陶宛联盟，而普鲁士公国名义上臣服于波兰立陶宛联盟，此时的波兰立陶宛联盟的领土疆域达到120万平方公里，其治下的人口有1100万左右。