明治時代に入り、明治政府の宗教政策により、他の真言宗宗派と1879年（明治12年）に合同し、東寺の傘下に入って定額寺となる。
进入明治时代后，根据明治政府的宗教政策，真言宗和古义真言宗、新义真言宗各派各派连合，1879年（明治12年）教王护国寺做为总本山连合。