土壌呼吸（どじょうこきゅう）とは、土壌中の微生物と植物の地下部（根）の細胞呼吸による二酸化炭素の生成である。
土壤呼吸(Soilrespiration)，生物在土壤中呼吸作用产生二氧化碳的过程，包含植物的根、根际、微生物和动物的呼吸。