本館2階科学技術・経済情報室（科学技術及び経済社会関係の参考図書、科学技術関係の抄録・索引誌）人文総合情報室（総記・人文科学分野の参考図書類、図書館・図書館情報学関係の主要雑誌等）本館3階古典籍資料室（貴重書、準貴重書、江戸期以前の和古書、清代以前の漢籍等）本館4階地図室（一枚ものの地図、住宅地図等）憲政資料室（日本近現代政治史料、連合国軍日本占領関係資料、日系移民関係資料）新館1階音楽・映像資料室（レコード、CD、ビデオテープ、DVD等）電子資料室（CD-ROMなどの電子資料、電子ジャーナル等）新館3階議会官庁資料室（内外の議会会議録・議事資料、官公報、法令集、判例集、条約集、官庁刊行資料目録・要覧・年次報告、統計資料類、政府間国際機関刊行資料、法律・政治分野の参考図書等）、新館4階新聞資料室（新聞の原紙、縮刷版・復刻版、マイクロフィルム、新聞切抜資料）かつてはアジア・北アフリカ諸国の諸言語資料を専門とするアジア資料室も東京本館に置かれていたが、関西館の開館にともなってその蔵書とともに関西館に移転し、アジア情報室と改称した。
目前东京本馆的专门室，包括：本馆2层的科学技术・经济信息室（科学技术及经济社会相关的参考图书、科学技术相关的抄录·索引）及人文综合信息室（总目・人文科学领域的参考图书、图书馆・图书馆信息学相关的主要杂志等）、本馆3层的古代典籍资料室（珍贵书、较珍贵书、江户时期以前的日文和古书、清代以前的汉籍等）、本馆4层的地图室（珍贵地图、住宅地图等）と宪政史料室（日本近现代政治史料、日本占领海关相关资料、日系移民相关资料）、新馆1层的音乐·图像资料室（唱片、CD、录像带、DVD等）和电子资料室（CD-ROM等电子资料、电子杂志等）、新馆3层的议会官厅资料室（国内外的议会会议记录・议事资料、官方公报、法令集、判例集、条约集、官厅出版资料目录・要览・年次报告、统计资料类、政府间国际机关出版资料、法律・政治领域的参考图书等）、新馆4层的报纸资料室（报纸原版、缩印版・复刻版、缩微胶卷、剪报资料）等共计9个专门室。