ベトナムがカンボジアに侵攻すると両国関係はすぐに悪化、マレーシアには1970年代後半から1980年代にかけて難民が流入し、経済問題と国家安全保障問題が発生した。
1970年代末期以来柬越战争和越南船民涌入马来西亚的问题曾引致两国关系紧张，不过这些问题已在1980年代解决，自此两国之间的经贸往来渐趋频繁，贸易额增长强劲。