後に隣接する路面外の土地に移設され京王新宿駅を名乗るが、1945年（昭和20年）に空襲で初台の変電所が被災し京王線の電圧が下降した影響で南口跨線橋の急勾配を電車が走行できなくなり、同年7月に東横線新宿駅予定地だった現在の西口に移転している（京王線の新宿駅付近の廃駅を参照）。
之后移往本站站旁并定名为京王新宿站，1945年（昭和20年）因空袭造成初台变电所毁损，京王线电压下降无法行驶南口跨线桥的急弯，同年7月再迁至东横线新宿站（日语：东京横浜电铁新宿延伸计画）预定地，也就是现在的西口。