さらに初号機とともに格納されていたMark.04「コード4B」の迎撃により窮地に陥るも、一時的に覚醒した初号機によって助けられ、初号機とともに地球へと帰還する。
接着遭到与初号机收容在一起的“Mk.04B”的阻击而面临坠入大气层烧毁的危险，明日香向真希波求救，暂时觉醒的初号机将Mk.04B消灭，2号机和初号机一同返回地球。