1803年、ロシア皇帝のアレクサンドル1世が新法令を承諾し、アカデミーをヴィリナ帝国大学（ロシア語:ИмператорскiйВиленскiйУниверситетъ）に名称変更した。
1803年，沙皇亚历山大一世恢复和升级了旧耶稣会学院，使之成为了俄罗斯帝国最大的维尔纽斯帝国大学。