これに並行して鎮守府諸施設の工事が始まり、1901年（明治34年）10月1日に舞鶴鎮守府が開庁、初代司令長官は当時海軍中将であった東郷平八郎が任命された。
1901年（明治34年）10月1日，舞鹤镇守府正式开张办公，初代司令长官是当时为海军中将的东乡平八郎。