いいかえれば、smallRNAはArgonauteを標的RNAへ導くガイドとしての働きをしているだけであり、実際の機能を発揮しているのはArgonaute蛋白質である。
研究表明Argonaute家族蛋白具有RNA切割酶活性（sliceractivity），RNAi机制正是由Argonaute家族蛋白的RNA切割酶活性主导。