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局长副局长主任秘书总工程司副总工程司规划组工务组铺轨工程总队测量工程总队机电组电力工程总队电务工程总队号志工程总队运务组工管组工程材料施工所劳安室（任务编组）人事室政风室主计室秘书室公关室（任务编组）资讯室（任务编组）东部工程处南部工程处中部工程处南港施工区（任务编组）台北铁路地下化专案台北车站地下化松山专案万板专案南港专案（台铁部分）东部铁路改善计划东部铁路后续改善计划（含冬山车站站场高架工程）台铁台南沙仑支线计划（由高速铁路工程局设计，铁路改建工程局施工）台铁新竹内湾支线改善计划（由高速铁路工程局设计，铁路改建工程局施工。