2001年1月6日、中央省庁再編の実施に伴い、沖縄開発庁は経済企画庁などと共に内閣府に統合、内閣府の内部部局として沖縄振興局が設置され、沖縄総合事務局は内閣府の地方支分部局となった。
2001年1月6日中央省厅再编后，冲绳开发厅与经济企划厅（日语：経済企画庁）等整合成为内阁府的内部部局冲绳振兴局，冲绳综合事务局（日语：冲縄総合事务局）为内阁府的地方支分部局。