マサチューセッツ州アンドーヴァーのフィリップス・アカデミーで学び、イェール大学に進学して宗教哲学や数学を学ぶ。
在麻省就读菲利普斯学院后，萨缪尔·摩尔斯进入耶鲁学院修读宗教哲学、数学及有关马匹的科学。