一方、時を同じくして日本では「きよめ教会」が国家によって弾圧を受け、1942年にはいわゆる「ホーリネス教会弾圧」が起こり、多くの牧師が投獄されたが、大槻は中国で伝道に従事していたため難を逃れた。
二战期间，乌克兰一度在1942年遭到纳粹德军占，而自主教会也趁机恢复活动，但1943年苏联夺回乌克兰后，自主教会又遭到了打压，并有部分主教在流亡海外期间受邀加入并带领加拿大乌克兰礼正教会。