かつてソル・シエールの世界に災厄をもたらした魔神ミュール、その封印を担うはずの少女ミシャが誘拐され、アル・トネリコの塔からウイルス生命体と呼ばれるモンスターがあふれ出し始めた。
随着曾经为索‧希艾尔的世界带来灾厄的魔神．谬露诱拐了负责封印它的少女弥纱，潜藏于艾尔托内里可之塔内的病毒生命体开始源源而出。