創立された1290年からエヴォラ大学（英語版）が開学した1559年まで、およびそれを運営していたイエズス会が追放されてエヴォラ大学が一度閉校となった1759年からリスボン大学とポルト大学が開学した1911年までのあわせて数百年に及ぶ期間、コインブラ大学はポルトガル唯一の大学の座にあった。
从1290年创立以来直到1559年，以及从1759年至1911年，科英布拉大学都是整个葡萄牙唯一的大学，这也为1911年以后里斯本大学和波尔图大学的成立奠定了师资和科研基础。