その後1903年以降は大日本帝国海軍により横須賀海軍工廠として利用され、横須賀海軍航海砲術学校や横須賀海兵団、海軍工機学校、海軍病院、横須賀鎮守府、鎮守府文庫、海軍軍法会議所などの施設が置かれた。
1903年之后经日本帝国海军收编为横须贺海军工厂，设置了横须贺海军航海炮兵学校、横须贺海兵团、海军兵工学校、海军医院、横须贺镇守府、镇守府书库、海军军法会议所等设施。