初代奉行の竹内保徳は松前藩の建物を増改築して引き続き使用する方針を示したが、続いて奉行に任命された堀利煕は、同所は箱館湾内から至近かつ遮るものがなく、加えて外国人の遊歩区域内の箱館山に登れば奉行所を眼下に見下ろすことができるので防御に適さず、亀田方面への移転が必要だと上申。
初代奉行竹内保德（日语：竹内保徳）沿用松前藩的建筑物，并且加以改建增建，但是其后接任的堀利熙（日语：堀利煕）认为奉行所相当接近箱馆湾（日语：函馆湾），不仅毫无遮挡，而且邻接的箱馆山属于外国人步行区域，只要登上山顶，奉行所便一览无遗，实在难以防守，因此他上奏希望将奉行所迁移至龟田一带。