幕末は佐幕・倒幕どちらにも与せず中央を傍観する立場をとったが、明治2年（1869年）6月、豊後諸藩の中で最も早く版籍奉還を行い、最後の藩主久通は明治政府より藩知事に任命された。
幕末出现佐幕及倒幕两派纷争时，臼杵藩维持旁観的立场，后于明治2年（1869年）6月、稻叶久通奉还领地，是丰后诸藩中最早版籍奉还的藩，藩主久通被明治政府任命为藩知事。