一般的には、国家行政組織法において「国の行政機関」と定める省とそれらの外局（委員会、庁）、および、内閣府設置法に定める内閣府とその外局（委員会、庁）を指す。
在日本政府体制内所称的的行政机关，一般是指《国家行政组织法》中“国家的行政机关”规定的省及其外局（委员会、厅），以及《内阁府设置法》中规定的内阁府及其外局（委员会、厅）。