しかし、走行特性上重連使用ができないことが判明したため投入は200番台の8両のみで中止、1,000t以下の列車のみに限定運用とされたため、EF59形を全面的に置き換える計画は実現しなかった。
然而，由于EF61型200番台机车的重联控制存在缺陷，因此该型机车仅试制八台之后就停止改造，并且只可用于担当1000吨以下列车的补机，而1200吨的货物列车则仍然加挂两台重联的EF59型电力机车作为补机。