ところが、義満が足利将軍家の菩提寺として相国寺を建立すると、至徳3年7月10日（1386年）に義堂周信・絶海中津らの意見を容れて五山制度の大改革を断行、南禅寺を「五山の上」として全ての禅林の最高位とする代わりに相国寺を「五山」に入れ、更に五山を京都五山と鎌倉五山に分割した。
至德3年（1386年），义满接受义堂周信・绝海中津等人的意见改革五山制度，将南禅寺定为“五山之上”的全禅林的最高位，足利将军家的菩提寺相国寺取代南禅寺加入“五山”，并分割五山成京都五山和镰仓五山。