1947年、台湾省政府の成立に伴い、「衛生局」を拡充して「衛生処」を整備、公害地浅くと環境改善指導を担当する行政組織が誕生したのが「環境保護署」の前身である。
1947年台湾省政府成立，下设“台湾省政府卫生处”负责公害防治及环境卫生之改善暨辅导。