1998年から抵抗制御車を先行して廃車が始まり、2001年からは界磁チョッパ制御車、新宿線乗入対応車の廃車も始まったが、当時新宿線用ATCの耐雑音性が低く、VVVFインバータ制御車両が乗り入れできなかったことから、9000系で置き換えた経年の短い京王線専用の8両編成を新宿線乗入対応に改造することで経年が長い乗入対応編成の一部が廃車された。
1998年以电阻控制车为先开始进行废车处理，自2001年激磁斩波控制车、新宿线直通运行对应车虽然也开始进行废车处理，但当时因新宿线用ATC的噪声容限低，使得VVVF变频控制的车辆无法直通运行，而将被9000系替换下的使用年数尚短的京王线专用8辆编组改造为新宿线直通运行对应用，并对使用年数长的一部分直通运行对应编组进行废车处理。