ストーリーは二部・六章構成で成り立っており、1作目にあたる『ef-thefirsttale.』には序章と広野紘・宮村みやこ・新藤景・雨宮優子らを中心にした物語第一部前編（1、2章）が、2作目にあたる『ef-thelattertale.』には新藤千尋・麻生蓮治・火村夕らを中心にした物語第一部後編（3章）と物語第二部（4章）、終章が収録されている。
故事以二部共六章组成，在前篇《ef-thefirsttale.》以广野纮、宫村宫子、新藤景及堤京介为中心的故事（以两个章节构成），后篇《ef-thelattertale.》以新藤千寻、麻生莲治、羽山瑞希、久瀬修一、火村夕及雨宫优子为中心的故事（以三个章节构成）。