一方、副大臣及び副大臣会議は閣議決定案件に何らの権限も有しておらず、閣議決定案件の事前調整はもっぱら事務次官等会議によって事実上担われてきた（事務次官等会議は2009年、鳩山由紀夫内閣によって廃止されるが、2011年の東日本大震災を契機に事務次官等の事務方を中心とする「各府省連絡会議」が定例化）。
然而，副大臣及副大臣会议无法影响阁议（日语：阁议）决议案件，阁议决议案件的事前协调是由事务次官等会议（日语：事务次官等会议）负责（事务次官等会议在2009年由鸠山由纪夫内阁废除，但在2011年东日本大震灾后事务次官等事务方再次组成“各府省连络会议”）。