第3話Bパート+第4話+第9話Bパート（錬金術の世界）第7話+第1話Aパート+第3話Aパート（現代世界・ヤミの図書館）第6話+第7話アバン（孤島の世界）第5話（原始創世の世界）第8話+第9話Aパート（竹取物語の世界）第1話Bパート+第2話（夜行列車の世界）第10話Bパート+第11話Aパート（移民船の世界）第10話Aパート+第11話Bパート+第12話（宇宙庭園の世界）第13話（現代世界・ヤミの図書館〈エピローグ〉）「原始創世の世界」と「移民船の世界」は原作にはないアニメオリジナルエピソードである。
本动画的时间轴非常复杂，顺序如下：第3话B部分+第4话+第9话B部分（炼金术世界）第7话B部分+第1话A部分（现代世界）第3话A部分（暗的图书馆）第6话+第7话A部分（孤岛世界）第5话（原始创世世界）第8话+第9话A部分（アルカディア世界）第1话B部分+第2话（夜行列车世界）第10话B部分+第11话A部分（移民宇宙船世界）第10话A部分+第11话B部分+第12话（宇宙庭园世界）第13话（现代世界、暗的图书馆（结局））（P·S）详解（按各线时间顺序）注：为舞台背景；()为主要登场人物；<>为话数。