札幌農学校では、同僚であった新渡戸稲造や松村松年、高岡熊雄（後に北大総長）、大島金太郎（後に日本農芸化学会会長）などと親しくなったが、晴耕雨読の生活を夢見るようになったため、1891年（明治24年）3月に退職し、札幌近郊で農業を始めた。
在札幌农学校，他与同事新渡户稻造、松村松年、高冈熊雄（之后担任北海道大学校长）、大岛金太郎（之后担任日本农艺化学会会长）等人交好，但由于玉井梦想着“晴耕雨读”的生活，而于1891年（明治24年）3月辞职，在札幌近郊开始耕作，却以失败收场。