ネブラスカは就役後ジョージア州キングスベイの第10潜水艦部隊に配属されたが、2004年10月1日にワシントン州バンゴールへ転属した。
内布拉斯加号潜艇最初入驻佐治亚州的金斯湾海军基，被编入第十潜艇集群；后于2004年10月1日迁往华盛顿州的班戈海军潜艇基地，被编入第九潜艇集群，第十七潜艇中队。