実行ファイル形式としては、以下のものがサポートされている:旧式の.COM実行形式標準的な16ビット.EXE実行形式ボーランドによる16ビットのDOSプロテクト・モード・インターフェイス(DPMI)実行形式以下のDOSエクステンダを使用した32ビットDPMI実行形式:DOS/32ACausewayDOS/4GWGO32/CWSDPMIその他またHXDOSExtenderを使用することにより、多くのWin32コンソールアプリケーションや、QEMUやBochsなどいくつかのGUIプログラムもFreeDOS上で動作する。
大部分类型的可执行文件已经被支持：.COM可执行文件标准.EXE16位DOS可执行文件Borland的16位DPMI可执行文件使用DOS扩展器的32位DPMI可执行文件，例如：DOS/32ACausewayDOS/4GWGO32/CWSDPMI还有更多进一步的，由于HXDOS扩展器的使用，许多Win32终端程序也能在FreeDOS上运行。