第二次世界大戦後、国共内戦中に中国共産党に接収され、1949年8月に国立南京大学になる（1950年10月に単に南京大学と改めた）。
1949年8月，中华人民共和国成立前夕，国立中央大学更名国立南京大学（简称南大）（1962年中华民国在台湾另行重建国立中央大学），1950年10月，去“国立”二字，径称南京大学。