西表島、石垣島の両島をはじめ、石垣島と西表島との間にある石西礁湖と呼ばれるサンゴ礁の海域と、その海域に点在する隆起サンゴ礁の黒島、竹富島、小浜島、新城島、西表島南西方の仲の神島などからなる。
区域以西表岛和石垣岛为主，其他包括石垣岛和西表岛之间海域的珊瑚礁以及珊瑚礁岛屿：黑岛、竹富岛、小滨岛、新城岛，以及位于西表岛西南方的仲之神岛。