しかし、明治時代の神仏分離令・修験道廃止令によって、これらの行を支えた神仏習合的な信仰が失われたことにより、明治初期以降、滝修行は廃れ、那智四十八滝の実像は不明となっていた。
但是明治初年实施神佛分离令与修验道禁止令后，维持入瀑修行基础的神佛习合信仰随之衰微，至明治中期，四十八瀑的名称与所在即已失传不考。