しかし、1967年（昭和42年）の国会で日本社会党や日本共産党などの野党の追及を受けた防衛庁長官の「周辺国の脅威になる爆撃機能（対地攻撃能力）を持たせない」との答弁を受けて、核兵器制御装置（DCU-9/A）、爆撃コンピュータ（ASQ-91）、空対地ミサイル・ブルパップ制御装置（ARW-77）、空中給油装置を省略した機体をF-4EJとして採用した。
自1968年至1981年间，日本航空自卫队共购买了140架F-4EJ，这批战机原先是希望直接授权生产F-4E，但是在1967年国会中日本在野党对防卫厅的质询下因此日本的F-4E以“避免对周边国家造成威胁”的理由取消了DCU-9/A核武操作装置、AN／ASQ-91武器投放系统、AN/ARW-77空对地导弹控制器、空中加油等能力。