その塩基配列は、ウイルスの粒子状構造に必要な3種のタンパク質分子（C、prM、E）と感染した宿主細胞にのみ発現し、ウイルスの複製に必要となる7種のタンパク質分子（NS1、NS2a、NS2b、NS3、NS4a、NS4b、NS5）をコードしている。
登革病毒基因组（遗传物质）包括大约11,000个核苷酸碱基，编码形成病毒颗粒的三种不同蛋白质分子（C、prM和E）和七种其它蛋白质分子（NS1、NS2a、NS2b、NS3、NS4a、NS4b、NS5），这七种蛋白分子只在受感染宿主细胞内可见，是病毒复制所需。