しかしタンパク質の3次元的な分子構造がどのようになっているのかについては、一般的な法則は知られているものの、実際にタンパク質構造予測を行うことはコンピュータでも困難な問題となっている。
而解明肽链是如何折叠成三维的蛋白质结构更为困难；虽然大致的程序已经为人所知，但蛋白质结构预测还是需要大量的运算。