在職中の1892年（明治25年）、田口卯吉の勧めにより雑誌『史海』に転載した論文「神道ハ祭天ノ古俗」の内容が問題となり、両職を辞任した（久米邦武筆禍事件）。
1892年（明治25年），在田口卯吉的推荐下，杂志《史海》转载了久米的论文〈神道乃祭天之古俗〉（神道ハ祭天ノ古俗），结果此论文被当时的神道家攻击，久米被迫辞去前述的职务（久米邦武笔祸事件）。