東西に伸びる1面2線の島式ホームを持ち、京王線の駅とは改札内でつながっているが、この2路線と京王線はそれぞれ離れているため、新線新宿駅と案内されている。
是东西向1面2线岛式月台构造，虽然与京王线车站都在付费区内，但由于距离较远，导览上以新线新宿站表示。