ウエストナイル熱の病原体である西ナイルウイルスは、フラビウイルス科に属し、その1属である狭義のフラビウイルス属は、デングウイルス（DEN）、日本脳炎ウイルス（JE）、ダニ媒介性脳炎ウイルス（TBE）、黄熱ウイルス（YFV）の4グループに分類され、そのうち、日本脳炎ウイルスのグループを構成するのは西ナイルウイルス（WN）、セントルイス脳炎ウイルス（SLE）、マレーヴァレーウイルス（MVE）、クンジンウイルス（KUN）、そして狭義の日本脳炎ウイルス（JE）の5ウイルスである。
西尼罗河热的病原体西尼罗河病毒属于黄病毒科，该科中的一属，也即狭义的黄病毒属分为登革病毒(DEN)、日本脑炎病毒(JE)、蜱媒脑炎病毒(TBE)、黄热病毒(YFV)4种，其中，构成日本脑炎病毒群的是西尼罗河病毒(WN)、圣路易斯脑炎病毒(SLE)、墨累山谷脑炎病毒(MVE)、库宁病毒(KUN)，以及狭义的日本脑炎病毒(JE)5种。