司令部は、南方海軍司令部が置かれるフロリダ州ジャクソンヴィルのメイポート海軍補給基地に置かれ、2008年7月1日に正式に発足した。
第四舰队主要由美国南方司令部（SOUTHCOM）的海军部队所构成，2008年7月1日正式成立。