ただし、口腔内の細菌はバランスを取って存在し、他の菌が入ることを防いでいるため、抗菌剤などの利用は口腔常在菌に悪影響を与え菌交代現象などを引き起こす場合がある。
而且抗生素会扰乱体内菌群平衡，滥用抗生素会使细菌产生抗药性，因此在普通感冒中使用抗生素有负面作用，不过有时仍被作为处方开出。