最も議論の的となっているモデルは「細胞核ウイルス起源説」として知られ、膜結合性の核や他の真核生物の特徴は原核生物へのウイルスの感染によって生じたと仮定する。
还有一项较具争议性的模型，称为“病毒性真核生物起源”（viraleukaryogenesis），此模型认为病毒感染了原核生物，导致膜结合细胞核与其他真核生物特征的成型。