しかし、劣勢を覆すことができないまま病に倒れ、延元4年/暦応2年（1339年）8月15日、奥州に至らず、吉野へ戻っていた義良親王（後村上天皇）に譲位し、翌日、吉野金輪王寺で朝敵討滅・京都奪回を遺言して崩御した。
延元4年/历应2年（1339年）八月十五，后醍醐天皇让位给了回到吉野的义良亲王（后村上天皇），翌日遗言“讨灭朝敌、夺回京都”，在吉野的金轮王寺驾崩，享年52岁（满50岁）。