ジェファーソンは、自らの外交官により交渉され、ロンドンに承諾された、1806年のモンロー＝ピンクニー条約（英語版）でジェイ条約を更新することを拒否した。
杰斐逊在1806年拒绝签署作为《杰伊条约》替代条约的《门罗-平克尼条约》，该条约由杰斐逊委任的外交官谈判（促成）并得到伦敦方面同意。