このうち、25兆5,000億円を日本国有鉄道清算事業団が返済し、残る11兆6,000億円を、JR東日本、JR東海、JR西日本、JR貨物、新幹線鉄道保有機構（1991年解散）が返済することになった。
当中日本国有铁道清算事业团（日语：日本国有铁道清算事业団）负责偿还25兆5,000亿日圆，剩下11兆6000亿日圆由JR东日本、JR东海、JR西日本、JR货物、新干线铁道保有机构（日语：新干线铁道保有机构）（于1991年解散）分担，预计经营将会困难的JR北海道、JR四国、JR九州则免除还债。