2001年（平成13年）1月、中央省庁再編に伴い、沖縄開発庁は内閣府に統合され、沖縄総合事務局は内閣府の地方支分部局となった。
2001年（平成13年）1月，中央省厅再编，冲绳开发厅与内阁府整合，冲绳综合事务局成为内阁府的地方支分部局。