漢の滅亡後も九寺は六朝の頃まで庶務機関として重要視されたが、魏において機密文書の処理機関であった尚書が長官を宰相とする実務行政の最高機関となり始め、魏晋南北朝時代を通じて尚書省の各部局（のちの六部）が次第に九卿の実務を奪っていった。
汉朝灭亡后，九寺在六朝之际重要性下降，曹魏机密文书处理机关尚书台官员成为实质的宰相，魏晋南北朝时代，尚书台演化的尚书省所属各部（后来的六部）分割了九卿的权力。