しかし17世紀以降は没落し、19世紀初頭にはナポレオン・ボナパルトによる侵攻を受け（ポルトガルではこの時期、王室がリオデジャネイロに避難している）、スペイン独立戦争を通じて独立を勝ち取ったものの、その余波がラテンアメリカにも波及し、植民地に独立を許すこととなる。
然而两国都在17世纪之后没落，19世纪早期被拿破仑入侵占领（葡萄牙在这一时期，王室逃到里约热内卢），虽经过西班牙独立战争获得独立，其余波影响到拉丁美洲，殖民地先后独立。