このプログラムはMathematica環境と緊密に統合されており、両方のソフトウェアを所有していれば、Mathematicaノートブック内でWolframSystemModelerのモデルの開発、シミュレーション、文書化、解析が行える。
因此，用户可以在Mathematica笔记本中同时使用两种软件来开发、仿真、文档化并且分析他们的WolframSystemModeler模型。