1772年、ポンバル侯によるイエズス会追放の数年後、司教座は古い中世のこの大聖堂からマニエリスムのイエズス会派教会、コインブラの新大聖堂へ移された。
1772年，庞巴尔侯爵将耶稣会驱逐出葡萄牙之后，主教座堂迁往风格主义的耶稣会教堂，即科英布拉新主教座堂。