1516年1月28日、フェルナンド2世はシスネロスを16歳の若き王子カルロス（外孫、後の神聖ローマ皇帝カール5世）の後見役に指名して世を去った。
1516年1月28日费迪南死后，他再次出任卡斯蒂利亚摄政，直到1517年费迪南的外孙查理（即西班牙卡洛斯一世和神圣罗马帝国皇帝查理五世）继位。