五大湖およびウィニペグ湖のような、内水域漁業の保全と保護にも、多数の州との協調的な合意を通じて精力を傾けているが、連邦政府の省は憲法上、海水域漁業のみを掌握することになっている。
渔业部也执行内陆淡水渔业的保护，像是与各省签定五大湖和温尼伯湖的合作协定，但联邦政府在宪法上只有海洋渔业的任务。