しかし国鉄分割民営化により山陽新幹線と（当車両所を含む）関連施設がJR西日本に承継された一方で、その後建設が始まった九州新幹線の運営主体は九州旅客鉄道（JR九州）となり、九州新幹線の車両基地は当車両所とは別途設けられることになった。
不过，当国铁分割民营化后，山阳新干线由JR西日本继承，而九州新干线的开发、建设和营运则由JR九州继承，因此九州新干线开通后，并不以此车厂作为九州新干线的车厂。