大政奉還の後、新政府により箱館府が設置されると、五稜郭は、1868年（慶応4年）閏4月に箱館奉行・杉浦誠から箱館府知事・清水谷公考に引き渡され、箱館府が引き続き政庁として使用した。
大政奉还后，新政府设置了箱馆府（日语：箱馆府），而五棱郭则在庆应4年（1868年）由箱馆奉行杉浦诚（日语：杉浦梅潭）移交给箱馆府知事清水谷公考（日语：清水谷公考），并且成为箱馆府的政厅。