鉄道の建設等に関する業務及び鉄道事業者、海上運送事業者等による運輸施設の整備を促進するための助成その他の支援に関する業務を総合的かつ効率的に行うことにより、輸送に対する国民の需要の高度化、多様化等に的確に対応した大量輸送機関を基幹とする輸送体系の確立並びにこれによる地域の振興並びに大都市の機能の維持及び増進を図り、もって国民経済の健全な発展と国民生活の向上に寄与することを目的とする（独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構法第3条）。
铁道建设、运输设施整备支援机构主要是从事铁道建设之相关业务，其目的是为了协助促进铁道事业者、海上运输业者等之运输设施整备，并整体有效率的进行其他相关支援业务，建立以大型运输机关为基干之运输体系，以有效对应国民高度化、多样化之运输需求，维持并增进地区发展与大都市机能，从事运输技术相关之基础研究，促进陆地运输、海上运输及航空运输之效率化，进一步确保国民经济之健全发展，提升国民生活水准（独立行政法人铁道建设・运输设施整备支援机构法第三条）。