1869年に明治天皇が皇居（東京城、旧江戸城）に入ると、東京は近代日本の事実上の首都となった（東京を首都とする法的根拠はないとする意見もある。
1869年，明治天皇迁都东京，将朝廷与政府从京都迁往东京，使得东京正式在实质上成为日本的首都（虽然天皇没有正式的迁都令）。