しかし、もともと性質のことなる両者の提携であるから常に互いに反撃しあい、神道側のなかでも軋轢を生じ、事態の紛糾を招き、また外部からも教部省と大教院の方針に対する非難もあり、ついに明治8年（1875年）4月、神仏合同布教禁止の令が発せられ、5月、大教院は解散、閉鎖された。
在明治6年后，神道的神职和佛教僧侣互相倾轧，同时大教院也受外界非难，因此在明治8年（1875年）4月发出神佛分离令并关闭大教院，改设神道事务局。