10月に残存していた編成は長野総合車両所へ廃車回送され、これをもってJRグループ全体から本系列の営業用車両が姿を消した。
随着租约期间的届满，秋田新干线车辆保有株式会社以2010年3月为限解散，所有车辆被有偿转让给JR东日本。