永禄12年（1569年）1月、三好三人衆と三好笑岩が和泉に上陸、同5日に本圀寺の足利義昭、明智光秀を急襲したが、細川藤孝、三好義継、摂津国衆の伊丹親興、池田勝正、荒木村重らの援軍に敗れ、再度、阿波に逃亡した（本圀寺の変）。
永禄十二年（公元1569年）1月，三好三人众与三好笑岩趁着信长返回岐阜的空当，再度从和泉登陆，对当时位于本国寺的足利义昭和明智光秀发动突袭，是为本圀寺之变，但败于细川藤孝、三好义继以及摄津的国人众伊丹亲兴、池田胜正和荒木村重组成的援军，再度退回阿波。