中脳が頭頚部の筋肉を直接制御するのに対し、間脳は自律神経やホルモン等を介して内臓全体を制御する。
除了负责眼球运动的肌肉是受到中脑的核团控制以外，身体的所有自主控制肌肉都是由脊髓和菱脑中的运动神经元（英语：motorneuron）控制的。