その後、特急・急行列車の増発に伴って、また、中距離通勤客の増加に伴い、地平ホームは特急中心で、高架ホームは各線普通列車中心で運用されるようになり、上野東京ライン開業直前の時期は宇都宮線と高崎線の普通列車は5-8番線の高架ホームと13-15番線の地平ホームのいずれかに、常磐線の普通列車は9・10番線、快速電車は11・12番線に発着するのが基本であった（いずれも、一部例外あり）が、9番線に到着する宇都宮線・高崎線列車、8番線や地平ホームに到着する常磐線普通列車もわずかに存在していた（以前は8番線発の常磐線列車や9番線発の高崎線列車もあった）。
上野东京线通车以前，宇都宫线及高崎线普通列车停靠高架的5～8号月台与地面的13～15号月台，常磐线普通列车停靠9、10号月台，快速电车停靠11、12号月台（但皆有例外班次存在），也有停靠9号月台的宇都宫线、高崎线列车，停靠8号月台与地面月台的常磐线普通列车（以前还有8号月台发车的常磐线列车与9号月台发车的高崎线列车）。