アニメ第1期からの3年後の話で、CODE-EとMission-Eを繋ぐ内容になっており、事実上「Eシリーズ三部作」の第2部的な位置にある（CODE-Eが第1部、Mission-Eが第3部となる）。
故事开始是第一期(CODE-E)之后的三年、连接CODE-E与Mission-E的内容、事实上,这可以说是第二部作(Mission-E是第三部)。