1955年に衛生処は「台湾省環境衛生実験所」を設立し、上下水道及びゴミ問題、水質管理、大気汚染、放射能汚染及び騒音問題等、環境に関する内容の調査、研究、監督を担当するようになった。
1987年8月22日，行政院卫生署环境保护局升格为“行政院环境保护署”，下设综合计划处、空气质量保护及噪音管制处、水质保护处、废弃物管理处、环境卫生及毒物管理处、管制考核及纠纷处理处、环境监测及资讯处。