南軍のレオニダス・ポーク将軍がケンタッキー州コロンバスを占領し、実質的にケンタッキー州の中立を犯した後で、バックナーは1861年9月14日に南軍の准将として任官した。
此后邦联陆军的列奥尼达斯·波尔克（LeonidasPolk）占领肯塔基州哥伦布，破坏了该州的中立性，巴克纳也在1861年9月4日与之前许多州民兵部下一起加入邦联陆军，成为准将。