委員長：内閣官房長官委員：内閣官房および関係行政機関の職員のうちから、内閣総理大臣が任命参考までに2003年安全保障会議設置法改正時点での委員は、内閣官房副長官（政務、事務）、内閣危機管理監、内閣官房副長官補、内閣情報官、総務審議官、消防庁長官、法務省入国管理局長、外務省外交政策局長、財務官、財務省関税局長、経済産業省貿易経済協力局長、資源エネルギー庁長官、国土交通審議官、海上保安庁長官、警察庁次長、防衛省防衛政策局長、統合幕僚長安全保障会議の事務は、内閣官房（安全保障担当内閣官房副長官補）において処理した。
委员长：内阁官房长官委员：由内阁总理大臣任命内阁官房与相关行政机关职员出任2003年安全保障会议设置法修正时的委员有内阁官房副长官（政务、事务）、内阁危机管理监、内阁官房副长官补、内阁情报官（日语：内阁情报官）、总务审议官（日语：総务审议官）、消防厅长官（日语：消防庁长官）、法务省入国管理局长、外务省外交政策局长、财务官（日语：财务官(日本)）、财务省关税局长、经济产业省贸易经济协力局长、资源能源厅长官、国土交通审议官、海上保安厅长官（日语：海上保安庁长官）、警察厅次长（日语：警察庁次长）、防卫省防卫政策局长、统合幕僚长安全保障会议的事务由内阁官房（安全保障担当内阁官房副长官补）处理。