ガンジスカワイルカはガンジス川だけでなく、インド、バングラデシュ、ネパール、ブータンを流れるブラマプトラ川、Meghna川、Karnaphuli川、Sangu川に棲息する。
印度河亚种分布在印度河流域及印度、尼泊尔、孟加拉与不丹境内的梅克纳河（Meghna）、布拉马普特拉河、戈尔诺普利河（Karnaphuli）与Sangu河流域。