南方系のオーストロネシア語族とは、音韻体系や語彙に関する類似も指摘されているが、語例は十分ではなく、推定・不確定の例を多く含む。
也有观点指出日语和南岛语系在音韵体系和词汇上有类似之处，然而词例并不充足，也有很多例子只是推断，并不确定。