フォン・ヒューネは初めケティオサウリスクスをケティオサウルス科（Cetiosauridae）のカルディオドン亜科（Cardiodontinae）に分類した。
休尼在建立似鲸龙时，将其归类于鲸龙科的央齿龙亚科（Cardiodontinae）。