免疫学的機序子宮内膜症では細胞性免疫に異常があること、自己抗体が存在することから自己免疫などの免疫異常があるのではないかと考えられている。
另一种观点认为血栓闭塞性脉管炎的发生是由于免疫异常所致，认为它是一种自身免疫性疾病。