かつては駅舎の南側に貨物ホームがあったほか、駅の南側・根室本線の西側にあるJA十勝清水町の倉庫や本線の東側にある日本甜菜製糖清水工場、駅の北側にあるホクレン清水製糖工場への専用線がそれぞれ分岐していたが、1986年（昭和61年）11月1日までにすべて廃止された。
至于货运用的月台则位于车站大楼南侧，车站南侧、根室本线西侧则是JA十胜清水町的仓库，本线东侧是日本甜菜制糖（日语：日本甜菜制糖）清水工厂，车站北侧原本还设有通往北连（日语：ホクレン农业协同组合连合会）清水制糖工厂的专用铁路之分岔点，但该专用线已在1986年（昭和61年）11月废线。