黒は南スーダンの民（黒人）、白は平和、赤は自由のために流された血、緑は国土、青はナイル川の水、金色（黄色）の星はベツレヘムの星で南スーダンの団結を象徴している。
黑色部分象征南苏丹人民（以黑人为主），红色代表为自由而流的血，绿色代表土地，蓝色代表尼罗河，而黄星则象征伯利恒之星。