この洞窟群を住処とするコウモリには、インディアナホオヒゲコウモリ(Myotissodalis)、ハイイロホオヒゲコウモリ(Myotisgrisescens)、トビイロホオヒゲコウモリ(Myotislucifugus)、オオクビワコウモリ(Eptesicusfuscus)、およびアメリカトウブアブラコウモリ(Pipistrellussubflavus)等がある。
猛犸洞是多种蝙蝠的栖息地，包括印第安纳蝙蝠（英语：Indianabat）（Myotissodalis）、灰蝙蝠（英语：Graybat）（Myotisgrisescens）、小棕蝠（英语：Littlebrownbat）（Myotislucifugus）、大棕蝠（英语：Bigbrownbat）（Eptesicusfuscus）和东方伏翼蝠（英语：Easternpipistrelle）（Pipistrellussubflavus）等。