1985年、東京都中野区上高田に「三井文庫別館」（三井文庫本館は史料館）として開館し、2005年10月8日より、旧三井鉱山の入居していた東京都中央区日本橋室町の三井本館（重要文化財建造物）7階に移転し、「三井記念美術館」と改称した。
2005年10月8日，美术馆搬迁至旧三井矿山的办公地点东京都中央区日本桥室町三井本馆（重要文化财建造物）7层，改名为“三井纪念美术馆”。