今から2年前、惑星グラディウスは突如現れた亜時空星団バクテリアンによる侵略を受け、苦戦を強いられたグラディウス軍は最後の手段として超時空戦闘機ビックバイパーを発進させた。
两年后的现在，Bacterion军团派出了特殊部队GOFER前往攻击Gradius星，因此Gradius军立刻派出了VicViper进行反击。