呉服橋駅：1914年廃止、東京駅北方（-0.3km付近）神奈川駅：1928年廃止、東神奈川駅-横浜駅間（28.2km付近）平沼駅：1915年廃止、横浜駅南方（29.5km付近）興津川駅：1890年廃止、由比駅-興津駅間清見寺仮乗降場：1907年廃止、興津駅-清水駅間（臨）袖師駅：1971年廃止、興津駅-清水駅間(166.7km)（貨）笹島駅：1986年廃止、名古屋駅同一地点扱い(366.0km)新垂井駅：1986年廃止、大垣駅-関ケ原駅間（下り専用線、大垣駅起点8.1km）大宮通仮停車場：1877年廃止、梅小路駅付近戎仮乗降場：1915年廃止、西宮駅-芦屋駅間（574.5km付近）岡本仮乗降場：1915年廃止、摂津本山駅・甲南山手駅付近（初代・2代目は578.2km付近、3代目は576.6km付近）（貨）東灘駅：1972年廃止、現在の東灘信号場(583.7km)#廃止区間にあるものをのぞく。
吴服桥站（日语：呉服桥駅）：1914年废除，东京站北方（-0.3公里附近）神奈川站（日语：神奈川駅(国铁)）：1928年废除，东神奈川站－横滨站间（28.2公里附近）平沼站（日语：平沼駅(国铁)）：1915年废除，横滨站南方（29.5公里附近）兴津川站：1890年废除，由比－兴津间清见寺临时乘降场：1907年废除，兴津－清水间（临）袖师站（日语：袖师駅）：1971年废除，兴津站－清水站间（166.7公里）（货）笹岛站（日语：笹岛駅）：1986年废除，被视作名古屋站同一位置（366.0公里）新垂井站（日语：新垂井駅）：1986年废除，大垣站－关原站间（下行专用线，大垣站起计8.1公里）大宫通临时停车场：1877年废除，梅小路站附近戎临时乘降场：1915年废除，西宫站－芦屋站间（574.5公里附近）冈本临时乘降场：1915年废除，摄津本山站、甲南山手站附近（初代、2代578.2公里附近，3代576.6公里附近）（货）东滩站：1972年废除，现时为东滩信号场（日语：东滩信号场）（583.7公里）#废除路段的信号场除外。