もし、mRNAが変異により本来より上流に終止コドンを持っているためにエキソンジャンクション複合体がmRNA上に残っていれば、UPF1がUPF2、UPF3と連携してUPF1のリン酸化反応を引き起こす。
翻译终止后，UPF1、SMG1和释放因子eRF1、eRF3在mRNA上形成复合体，如果这一复合体检出外显子-外显子连接复合体仍然留存在mRNA上，UPF1将和UPF2、UPF3接触使得UPF1磷酸化。