奉行所の復元に際し、当初、函館市は奉行所の建物全体の復元を計画したが、建築基準法では1,000平方メートルごとに防火壁を設置しなければならず、復元と防火壁の両立を文化庁と協議した結果、景観上芳しくないこともあり断念し、約1,000平方メートル以内の復元に留めることとなった。
函馆市最初希望复原整个奉行所，但是由于建筑基准法（日语：建筑基准法）规定每1,000平方米的地方必须设置防火墙，最终在与文化厅商讨后，认为景观上也可能造成影响而放弃，将复原部分维持在约1,000平方米内。