近世に入って、慶長年間（17世紀初頭）には豊臣秀頼によって、元禄-宝永年間（17世紀末～18世紀初頭）には江戸幕府5代将軍徳川綱吉の生母桂昌院によって伽藍の修造が行われた。
庆长年间（17世纪初）的丰臣秀赖，元禄至宝永年间（17世纪末—18世纪初头）江户幕府的5代将军德川纲吉的生母桂昌院等人对伽蓝进行了修建。