2003年（平成15年）10月に共に120年以上の歴史を持つ東京商船大学と東京水産大学が統合し開学、2004年4月から学部生の受け入れを開始した。
2003年（平成15年）10月由东京商船大学和东京水产大学合并而成，2004年4月开始招收本科生。