原作と同様に主人公は星野鉄郎で、メーテルと共に999号に乗って永遠の命を持つ機械の身体を求めて宇宙へ旅立ち、行く先々の星で人々と出逢い、別れ、様々な体験を重ねながら旅を続けていく。
主角星野铁郎受母亲的影响，希望搭上银河铁道999，到达可以获得免费改造成机械身体权利的安达罗星云，母亲却被机械伯爵掳去使用后杀害，后来遇上谜样的女子，给他的车票，于是搭上列车，展开旅程，途中经过宇宙中各种不同的星球，发生各种事情。