同時に京都線が奈良線および橿原線と同じ会社での運営となったこともあり、スイッチバックで上本町-京都駅間の直通運転を行なえるよう構内配線も変更された（ただし当時はこの形態でスイッチバックする列車は京都駅発菖蒲池駅行の臨時急行程度でしか設定されていなかった）。
同时，京都线、奈良线及橿原线由同一公司运营，为了在上本町-京都站之间实现直通运行，还改建了院内配线（但在当时以这种形式返回的列车仅限于从京都站发往菖蒲池駅（日语：菖蒲池駅）的临时快车）。