地表にあった第3新東京市が消滅し、荒廃したNERV本部へ戻ったシンジは、エヴァMark.09から降りたレイと改めて顔合わせし、碇ゲンドウからは渚カヲルとともにエヴァ第13号機に乗るよう命じられる。
地表之上的第3新东京市早已消失，回到被摧毁的NERV总部的真嗣，接到碇源堂命令，要与渚薰一起驾驶EVA第13号机。