ほかに国立大学法人として全国86法人および、大学共同利用機関法人として人間文化研究機構、自然科学研究機構、高エネルギー加速器研究機構および情報・システム研究機構の4法人を主管している。
另还管理全国86个国立大学法人，以及大学共同利用机关法人（日语：大学共同利用机関法人）的人间文化研究机构（日语：人间文化研究机构）、自然科学研究机构（日语：自然科学研究机构）、高能加速器研究机构与情报、系统研究机构（日语：情报・システム研究机构）等4法人。