舞台は地球が宇宙人に侵略されている近未来であり、XCOM:EnemyUnknownではプレイヤーはXCOM(ExtraterrestrialCombatUnit、対異星人戦闘部隊の省略形)と呼ばれる、異星人の侵略から地球を守る使命を背負った精鋭の多国籍部隊の指揮官になる。
与前作一样，玩家会在《XCOM2》中饰演同一军事组织的指挥官，而这次的任务内容为抵抗占领了地球的外星人，而玩家管理的地方则名叫“复仇者”（Avenger），XCOM的新移动基地。