輸送艦船は艦隊司令官の指揮下にあり、また統合参謀本部中央兵站司令部に所属する共和国海軍兵站参謀次長からの作戦命令を受けた。
后勤用船在行政上归舰队司令管辖，作战上归后勤副参谋长（隶属于南越联合参谋本部的中央后勤司令部）管辖。