島式ホーム1面2線を有する地下駅で、のりばの番号は京王線新宿駅（1-3番線）・新線新宿駅（4・5番線）・都営地下鉄大江戸線新宿駅（6・7番線）と連番になっている。
本站为岛式月台1面2线的地下站，月台编号分别为京王线新宿站的1-3号线、新线新宿站的4与5号线、都营地下铁大江户线新宿站的6、7号线。