さらに近衛天皇の母藤原得子（美福門院）や忠通らの信頼を得て発言力を強め、二条天皇の永暦元年（1160年）には、従兄弟の藤原宗輔の後を受けて正二位・太政大臣に昇進、以後、死去の年まで5年に渡って在任した。
藤原道长的孙子、敦明亲王的堂弟敦成亲王（后一条天皇）在宽弘五年（1008年）出生，之后藤原道长对天皇施了很大的压力，逼迫他退位。