全ての主な中生代の哺乳類の分岐群と主要な白亜紀の真獣類の科から268の特徴を比較したところ、エオマイアはムルトイレステスとプロケンナレステスと共に真獣類の系統樹の根元に位置すると主張されている。
从268个主要中生代哺乳动物分支及白垩纪真兽下纲主要的科中，始祖兽与Murtoilestes及Prokennalestes一同被置放真兽下纲演化树的底部。