しかし1941年6月に独ソ戦が開始されたため、リトアニアやコヴノからソ連軍は駆逐され、ドイツ軍によって占領されることとなった。
1941年6月14日，苏联开始大规模逮捕，处决和流放立陶宛人到西伯利亚和俄罗斯其他地区。