2016年10月25日には、JR九州の全株式の一括売却が完了し、機構が株主となっているのは、JR北海道・JR四国・JR貨物の3社である。
2016年10月25日，出清JR九州全部股分，剩下持有JR北海道、JR四国、JR货物的股分。