1990年に宇宙飛行士の候補に選出され、STS-57（1993年）、STS-63（1995年）、STS-83（1997年）、STS-94（1997年）、STS-99（2000年）のミッションにミッションスペシャリストとして参加した。
到目前为止，迈克尔·格恩哈特博士作为任务专家参加了4次太空飞行，分别为1995年的STS-69、1997年的STS-83和STS-94、2001年的STS-104，总计飞行时间为43天。