開通当初から愛称のゆりかもめもしくは新交通ゆりかもめで呼ばれることが多く、また同じ東京臨海副都心地区を通る東京臨海高速鉄道りんかい線との紛らわしさもあり、正式な路線名は一般にはほとんど用いられていない。
该路线自开通时起，就一直采用“百合鸥”或者“新交通百合鸥”作为常用称呼，因台场地区还有一条同样命名为“临海线”（りんかい线）、由东京临海高速铁道所经营的高运量铁路路线存在，为避免混淆，除了官方文书中外，甚少会以“临海线”这路线正式名称呼百合鸥号。