しかし、反発も多く、多数の寺院が離脱していくなかで1901年（明治34年）に教王護国寺は、真言宗山階派・真言宗小野派・真言宗泉涌寺派とともに四派聯合を形成していたものの、最終的にはそれも分裂し、1907年（明治40年）、教王護国寺を総本山とする真言宗東寺派として独立し、真言宗は解体された。
1901年（明治34年），教王护国寺和山阶派・小野派・泉涌寺（古义真言宗）连合，但又分裂，于1907年（明治40年），以教王护国寺为总本山的真言宗东寺派独立，真言宗就此解体。