1945年（昭和20年）2月5日の第十方面艦隊新編にともない（上述）、第一南遣艦隊と第二南遣艦隊は南西方面艦隊からのぞかれて第十方面艦隊へ編入された。
作为游兵的第一・第二南遣舰队与第十三航空舰队于1945年（昭和20年）2月移至新设的第十方面舰队、3月第四南遣舰队解队、菲律宾战同时编入的第一航空舰队亦于5月移管至联合舰队、最终归南西方面舰队指挥的只有第三南遣舰队。