基礎ブレーキは、E5・H5系と同じく空圧式で電動台車がキャリパー式車輪ディスクブレーキ（各車輪1枚）、付随台車がキャリパー式車輪ディスクブレーキ（各車輪1枚）+車軸ディスクブレーキ（各軸1枚）を装備する。
一般刹车方面，与E5系拖车装备一样采用钳式车轴刹车盘（各车轮1张），附带装备转向架钳式刹车盘（各车轮1片）+车轴车轮刹车盘（各轴1片）。