2008年9月、福田総裁退任に伴う自民党総裁選では、町村も有力な総裁候補ではあったものの、安倍・福田と2代にわたって政権運営に失敗したことから、森・安倍・町村は安倍・福田政権を支え続けた麻生太郎を支持し、清和会から総裁候補を擁立しない方針を採った。
2008年9月，福田总裁辞职后，虽町村本人是有能力的候选人，但安倍、福田2任的政策失败，令派系决定支持麻生太郎，不派出候选人，但中川却改为支持小池百合子，令派内分裂表面化，麻生内阁以细田博之出任干事长，町村不再出任官房长官，但维持集体领导体制。