問題となったのは、スペイン商人として乗船していたアウグスティノ会の宣教師ペドロ・デ・スニガ、ドミニコ会の宣教師ルイス・フロレスの2人で、彼らは平戸藩主松浦隆信と長崎代官末次平蔵、長崎奉行長谷川権六のもとで取調べを受けた。
成为问题焦点的是以西班牙商人名义搭船的传教士，奥斯定会的佩德罗·德·兹尼加（PedrodeZuniga）与道明会的路易斯·弗洛雷斯（LuisFroles），他们两人受到平户藩藩主松浦隆信与长崎代官末次平藏、长崎奉行长谷川权六的审讯。