終戦後、1945年8月20日より青函航路に転属し活躍したが、1947年より洞爺丸型が順次就航すると、1949年7月30日に終航し、函館桟橋南側岸壁に係留された。
摄津号于1945年11月20日正式自海军战斗序列除名，其残骸于1946年6月打捞上岸，并拖往吴市，后于1947年8月在该处拆解。