1939年、旅客船「フロブリ号」にて外遊するも、ブエノスアイレス到着の7日後に祖国ポーランドにナチス軍が侵攻し、以後アルゼンチンで亡命生活をおくる。
在上部巴伐利亚以农场工人的身份匿藏了一段时间后，门格勒于1949年到了阿根廷，在此时阿根廷也有许多其它出逃的纳粹官员避难。