2010年の行政院組織法改正により、2012年（民国101年）から順次再編されていき、最終的に従来の39組織（8部・2会・2局・1処・3署・21委員会）から14部・8委員会・2処・1行・1院・3独立機関の合計29組織が設置されることになる。
自由时报立法院三读通过《行政院组织法》修正案，行政院将于民国101年（2012年）1月1日起，由现有的三十七个部会整并为十四部、八会、三独立机关、一行、一院、二总处等29个组织。