発足時、東日本旅客鉄道（JR東日本）を除くJR各社の株主となっていたが、2004年3月に西日本旅客鉄道（JR西日本）の株式が全て売却され、2006年4月には東海旅客鉄道（JR東海）、2016年10月には九州旅客鉄道（JR九州）の全株式の売却が完了した（こちらも参照）。
设立时为东日本旅客铁道以外其他JR各社的股东，2004年3月将西日本旅客铁道的股份全部出售，2006年4月出售东海旅客铁道全部持股，2016年10月出售九州旅客铁道全部持股，因此现在为北海道旅客铁道、四国旅客铁道及日本货物铁道的全资股东。