国際平和協力本部（国際連合平和維持活動等に対する協力に関する法律）日本学術会議（日本学術会議法）官民人材交流センター（国家公務員法）原子力立地会議（原子力発電施設等立地地域の振興に関する特別措置法、法律附則第4条の2）沖縄総合事務局（法律第44条）総務部財務部経済産業部農林水産部開発建設部運輸部宮内庁（宮内庁法、法律第48条）公正取引委員会（独占禁止法第27条）国家公安委員会（警察法第4条）-警察庁（警察法第15条）個人情報保護委員会（個人情報の保護に関する法律第50条）金融庁（金融庁設置法第2条）消費者庁（消費者庁及び消費者委員会設置法第2条）宮内庁は旧総理府の外局であったが、現在は内閣府の外局（内閣府設置法第49条）ではなく内閣府に置かれる独自の位置づけの機関とされている（内閣府設置法48条）。
国际和平协力本部（联合国和平维持活动等协力法（日语：国际连合平和维持活动等に対する协力に関する法律））日本学术会议（日本学术会议法）官民人材交流中心（日语：官民人材交流センター）（国家公务员法）原子力立地会议（原子力发电设施等立地地域振兴特别措置法（日语：原子力発电施设等立地地域の振兴に関する特别措置法）、法律附则第4条之2）冲绳综合事务局（日语：冲縄総合事务局）（法律第44条）总务部财务部经济产业部农林水产部开发建设部运输部宫内厅（宫内厅法（日语：宫内庁法）、法律第48条）公正交易委员会（独占禁止法（日语：私的独占の禁止及び公正取引の确保に関する法律）第27条）国家公安委员会（警察法（日语：警察法）第4条）-警察厅（警察法第15条）个人情报保护委员会（个人情报保护法（日语：个人情报の保护に関する法律）第50条）金融厅（金融厅设置法第2条）消费者厅（消费者厅及消费者委员会设置法第2条）宫内厅过去是旧总理府的外局，但现在非内阁府的外局（内阁府设置法第49条），而是内阁府下的独立机关（内阁府设置法48条）。