1801年3月、トーマス・ジェファーソンが大統領に就任すると、ジェファーソン大統領はディアボーンを陸軍長官に任命した。
1801年3月4日，托马斯·杰斐逊就任总统，并任命詹姆斯·麦迪逊为国务卿。