しかし、1963年（昭和38年）に、教王護国寺を中心とした宗派の形態に復帰することを目的に、真言宗東寺派から、東寺真言宗が分派独立することとなった。
1963年（昭和38年），以回复教王护国寺为中心之宗派型态为目的的东寺真言宗从真言宗东寺派分派独立。