継続使用する車両には特別保全工事が施工される一方、仕業減少や老朽化により廃車も進行し、2003年度に3両（3,6,21）、2004年度に2両（2,16）、2005年度に3両（5,8,17）、2008年度には保留車扱いだった3両（1,15,19）が廃車された。
此后，JR北海道除了保留部分ED79型电力机车继续使用外，开始陆续报废一些状况较差的基本番台机车，2003年首先报废3台（3、6、21），2004年报废2台（2、16），2005年报废3台（5、8、17），2008年报废3台机车（1、15、19）。