ボスニア・ヘルツェゴビナ紛争のとき、モスクはボシュニャク人の象徴として攻撃対象とされ、サラエヴォ包囲ではガジ・フスレヴ＝ベグ・モスクも大きく損傷を受けた。
在波黑战争时期，作为波斯尼亚克人象徴的清真寺成为了被攻撃対象，在萨拉热窝围城战期间格兹·胡色雷·贝格清真寺受到了很大损害。