赤松則良中将：1889年3月8日-林清康中将：1891年6月17日-井上良馨中将：1892年12月12日-相浦紀道少将：1893年5月20日-※先祖は平安末期、現在の相浦（松浦郡相神浦）から佐賀に移住した松浦党の相神浦氏（心得）柴山矢八大佐：1894年7月13日-※すべての鎮守府長官でただ一人、将官に達しない大佐の地位で長官職を任じられた。
赤松则良中将：1889年3月8日-林清康中将：1891年6月17日-井上良馨中将：1892年12月12日-相浦纪道少将：1893年5月20日-（心得）柴山矢八大校：1894年7月13日-※所有镇守府长官中唯一一人，没有达到将官级别而是以上校军衔就被任命为长官。