1990年代末より低迷期に入り、1998年にブンデスリーガ2部へと降格、更に2000年にはレギオナルリーガ（3部）にまで降格したが、翌年に2部へ復帰した。
经过两年在高级联赛(汉堡/石荷区)的努力，荷尔斯泰因基尔于1998年夏天重返地区联赛北区，直到2000年再度降级。