廃車進行により徐々に運用の範囲を狭めていったが、都営新宿線のATCは耐雑音性が低く、VVVFインバータ制御車が乗り入れられなかったことから、ATC更新まで6000系が乗入用に専用された。
运用范围虽随着废车的进行而变小，但因都营新宿线对ATC的噪声容限低，VVVF变频控制车无法直通运行的关系，6000系直到ATC更新为止都还是直通运行专用车。