連絡通路は「北通路」「中央通路」と呼ばれる地下道、南口の跨線橋、JR新宿ミライナタワー・バスタ新宿と接続する跨線橋（旧新南口・旧サザンテラス口）の4つである。
站区内共有4条换乘通道，分别是称作“北通道”、“中央通道”的地下道、南口天桥、与JR新宿MIRAINATOWER（日语：JR新宿ミライナタワー）、Busta新宿连结的天桥（旧新南口、旧SouthernTerrace口）。