室町時代になると、代々神祇大副（神祇官の次官）を世襲していた卜部氏の吉田兼倶が吉田神道を確立し、神祇管領長上を称して吉田家が全国の神社の大部分を支配するようになり、白川家の権威は衰退した。
室町时代末期，吉田兼俱创始吉田神道（唯一神道），吉田家作为神社界的宗家，支配全国的神社・神职，到明治时代为止在神道界拥有绝大的权威。