パリ第12区のヴァンセンヌの森にあるパリ動物園(ヴァンセンヌ動物園として知られている)と、クレル(セーヌ＝マリティーム県)にある中世荘園におけるクレル動物園との二つの動物園も、本博物館に所属する。
巴黎十二区文森森林的万塞讷动物园（ZoodeVincennes）和滨海塞纳省克莱尔动物园（ParczoologiquedeClères），都为博物馆的一部分。