来島村上氏は早くから豊臣秀吉についたため独立大名とされ、他の二家は能島村上氏が小早川氏、因島村上氏は毛利氏の家臣となった。
来岛村上氏在三家之中最早跟随丰臣秀吉，所以被视为独立大名，其他二家的能岛村上氏是小早川氏、因岛村上氏是毛利氏的家臣。