防衛省・自衛隊との交流も進展しており、防衛大学校への留学生派遣や防衛省主催の各種セミナーへの参加を続けているほか、2004年には防衛大学校校長がモンゴルを公式訪問している。
蒙古军方与日本自卫队互动频繁，一直在向日本防卫大学派遣留学生及持续参加防卫省主持的各种讲座，2004年防卫大学校长曾对蒙古进行官方访问。