太平洋戦争の勃発とともに、日系カナダ人は、敵性外国人とみなされ、学校は1941年12月7日に強制閉鎖され、日系人は強制収容所へ送られた（日系人の強制収容を参照）。
1944年由于太平洋战争，学校被日军方征用，学生也被迫参加新店煤矿的“学徒勤劳奉仕”之劳役，翌年5月31日(即美军在冲绳岛作战时）台北神学校宣告停课。