1864年（元治元年）に竣工、6月15日に箱館奉行・小出秀実が奉行所を五稜郭内に移転し業務を開始した。
元治元年（1864年），五棱郭建成，同年6月15日箱馆奉行小出秀实（日语：小出秀実）从奉行所移至五棱郭内开始办工。