古来「十社（じっしゃ）大明神」や「十社宮」などと称されて来たが、明治4年（1871年）に「三田井神社」と改称、更に同28年（1895年）現社名に改称した。
高千穗神社在古代被称为十社大明神”或“十社宫”，明治4年（1871年）改名为“三田井神社”，1895年改为现名。