中央省庁再編・独立行政法人制度の発足に伴い、2001年からは独立行政法人国立博物館、2007年からは独立行政法人国立文化財機構が運営する博物館となり、今日に至る。
2001年，随着重组中央省厅的独立行政法人制度的实施，博物馆先后归独立行政法人国立博物馆和独立行政法人国立文化财机构（2007年起）管理。