1986年、パウエルは最初にウンクイロサウルスをカルノサウルス類に分類した2004年、ノヴァスとアグノリンは後方を向いた恥骨を持つ骨盤の特徴からウンクイロサウルスがマニラプトル類か少なくともマニラプトル形類であり、アヴィラエか鳥似たアルヴァレスサウルス類に近縁で、おそらく基盤的メトルニス類（Metornithes）の鳥であるとした。
在2004年，诺瓦斯及Agnolin修正耻骨的方向错误后，提出乌奎洛龙属于手盗龙类、或至少在手盗龙形类的范围，并是鸟翼类或阿瓦拉慈龙科的近亲；甚至有可能是鸟类演化支“Metornithes”的原始物种。