後醍醐天皇を祀る神社を別に作ることを計画していた政府は五条県の案を却下したが、金峯山寺の廃止が迫る情勢となったことから、奈良県が神社への改組を働きかけ、明治6年（1874年）12月17日に後醍醐天皇社の名で神社になることが太政官に承認された。
太政官政府驳回了五条县的提案，但因为撤废金峰山寺是几近不可能的，奈良县仍将吉水院改组为神社，于明治六年（1874年）12月17日以后醍醐天皇社的名义得到太政官政府承认。