2001年（平成13年）1月6日、中央省庁再編に伴い、学術・教育・学校等に関する行政機関だった旧文部省と、科学技術行政を総合的に推進する行政機関で旧総理府の外局だった旧科学技術庁とが統合されて誕生した。
2001年（平成13年）1月6日，随着中央省厅再编，负责学术、教育、学校等事务的原文部省与负责促进科学技术行政的原总理府分支机构的原科学技术厅（日语：科学技术庁）合并为新的文部科学省。