1999年、「同友アニメーション株式会社」へと法人転換し、2001年からはついに念願の自社元請製作に踏み切り、以後は自社オリジナル作品も多数発表する。
直至2000年代，公司正式研究持续参与独立以至原创制作企划的可能性，并于2007年完成首部动画《Myself;Yourself》。