遺伝子比較によるとスマトラオランウータンから約340万年前に分岐したが、7万5千年前のトバ火山の大噴火によってさらに分離が進んだ。
基因对比分析显示打巴奴里猩猩大约在距今340万年前与同在苏门达腊岛发现的苏门达腊猩猩发生分化，而前者的基因种群也因为距今7.5万年前多峇湖火山喷发而与后者更加隔离。