しかしフェリペ3世（ポルトガルではフィリペ2世）時代から、スペインは帝国を構成するカタルーニャ、アラゴン、ナバラ、ポルトガルの自治を縮小させ、中央集権化を図るようになった。
但是，腓力三世（葡萄牙的腓力二世）时代，缩小构成西班牙帝国的加泰罗尼亚、亚拉冈、纳瓦拉、葡萄牙的自治权，强化中央集权。