21世紀以後の動向電子図書館事業の拡充に力が注がれる一方、2005年（平成17年）の国立国会図書館法における館長の国務大臣待遇規定の削除、2006年（平成18年）の自由民主党行政改革推進本部の国会事務局改革の一環としての独立行政法人化の提言、2007年（平成19年）の国会関係者以外からは初めてとなる長尾真（元京都大学総長）の館長任命など、国立国会図書館の組織のあり方をめぐる動きが相次いでいる。
近年来，除了致力于发展电子图书馆外，也有一系列对国立国会图书馆组织结构的变革，包括2005年国立国会图书馆法中规定的图书馆长享受的国务大臣待遇被取消，2006年自由民主党行政改革总部提出图书馆的独立行政法人化方案，以及2007年首次任命与国会无关的长尾真（原京都大学校长）为馆长等。