このほか、内閣府（大臣委員会及び特命担当大臣の所掌部署を除く）の事務の総括整理も担当することとされており（内閣府設置法8条）、具体的には大臣官房、賞勲局、迎賓館、官民人材交流センター、再就職等監視委員会、国際平和協力本部、宮内庁、公正取引委員会などを所管する。
除此之外，内阁官房长官也负责总管内阁府（大臣委员会（日语：大臣委员会）及特命担当大臣所掌部署除外）事务（内阁府设置法（日语：内阁府设置法）8条），包含大臣官房、赏勲局（日语：赏勲局）、迎宾馆、官民人材交流中心（日语：官民人材交流センター）、再就职等监视委员会（日语：再就职等监视委员会）、国际平和协力本部、宫内厅、公平交易委员会等。