1982年、第5期全国人民代表大会常任委員会第23回会議で承認された行政機構改革により、農業部、農墾部、及び水産総局が合併して設立された。
中华人民共和国农牧渔业部是于1982年5月4日，根据第五届全国人大常委会第二十三次会议批准的国务院部委机构改革实施方案，农业部、农垦部、国家水产总局合并，设置农牧渔业部。