事故当時、航空路管制を担う東京航空交通管制部（東京ACC）の関東南Cセクターの管制卓では、レーダー対空席に訓練中の航空管制官（X）と訓練監督の航空管制官（Y）が配置され、事故現場周辺空域を飛行中の航空機に対しては、両名が無線交信を通じて管制指示を出していた。
早在两航机上的空中防撞系统（TCAS）警报响起前，东京航空交通管制部的管制员（该名受训的管制员及负责监督的正规管制员）已经在雷达屏幕上发现两航机有相撞的危险。