また、独立行政法人水資源機構を厚生労働省、経済産業省及び国土交通省と、土木研究所を国土交通省と、北方領土問題対策協会を内閣府と共管している。
另外，独立行政法人水资源机构（日语：水资源机构）与厚生劳动省、经济产业省及国土交通省共管，土木研究所（日语：土木研究所）与国土交通省共管，北方领土问题对策协会（日语：北方领土问题対策协会）与内阁府共管。