植物防疫所（法律第8条第1項）支所・出張所（法律第9条第2項）横浜植物防疫所（省令第65条）名古屋植物防疫所（省令第65条）神戸植物防疫所（省令第65条）門司植物防疫所（省令第65条）那覇植物防疫事務所（法律第8条第2項）出張所（法律第10条第2項）動物検疫所支所・出張所（法律第11条第2項）動物医薬品検査所（政令第87条）農林水産研修所（政令第87条）農林水産政策研究所（政令第87条）農林水産技術会議（法律第12条）事務局（法律第15条）研究調整課（技術会議事務局組織規則第1条）研究企画課研究推進課国際研究官農林水産省の地方支分部局は地方農政局と北海道農政事務所の2区分がある。
植物防疫所（日语：植物防疫所）（法律第8条第1项）支所、出张所（法律第9条第2项）横滨植物防疫所（省令第65条）名古屋植物防疫所（省令第65条）神户植物防疫所（省令第65条）门司植物防疫所（省令第65条）那霸植物防疫事务所（法律第8条第2项）动物检疫所（日语：动物検疫所）支所、出张所（法律第11条第2项）动物医药品检查所（政令第87条）农林水产研修所（政令第87条）农林水产政策研究所（政令第87条）农林水产技术会议（日语：农林水产技术会议）（法律第12条）事务局（法律第15条）研究调整课（技术会议事务局组织规则第1条）研究企划课研究推进课国际研究官农林水产省的地方支分部局分为地方农政局（日语：地方农政局）与北海道农政事务所（日语：北海道农政事务所）。