1901年7月3日馬公要港部設置1906年11月22日水雷敷設隊廃止1922年4月1日軍法会議設置1941年11月20日馬公警備府に昇格1943年4月1日高雄警備府を設置し、旧馬公警備府を馬公特別根拠地隊に改編。
马公要港部是台湾日治时期于1901年7月2日将澎湖马公港定为“要港”而设置的军事管理机构，隶属于第三海军区，于1941年11月20日改编为马公警备府，1943年4月1日再改编为高雄警备府。