紅巾軍の一方の将領であった貧農出身の朱元璋（太祖・洪武帝）は南京を根拠に長江流域の統一に成功し、1368年に明を建国した。
明代，朱元璋定都南京后，南京回族人口大增，朱元璋于洪武元年（1368年）敕建净觉寺于三山街。