この間、有識者で構成された「特別史跡五稜郭跡保存整備委員会」が、2000年（平成12年）に「箱館奉行所復元構想」を、2001年（平成13年）に「箱館奉行所復元計画（郭内土塁内エリア整備計画）」を策定し、箱館奉行所庁舎等の復元整備と活用・公開等についての計画を立案した。
期间，部分专家组成“特别史迹五棱郭迹保存整备委员会”，并且在2000年提出“箱馆奉行所复原构思”和2001年提出“箱馆奉行所复原计划（郭内土垒内范围整备计划）”，针对复原整备箱馆奉行所厅舍以及活化公开等，提交了各种各样的方案。