ぶち（白斑）や黒などを決定する遺伝子は常染色体上に存在するが、オレンジ（茶）を決定するO遺伝子のみはX染色体上に存在し、伴性遺伝を行う。
因决定黑色和橘色的基因是性联遗传位于X染色体上（白色基因在常染色体上），若是猫的基因在分化的时候随机去活性化，可能毛色细胞内黑色基因被去活性而表现出橘色，反之则呈现黑色，因此绝大部分三色猫都是雌性。