2001年（平成13年）1月6日、中央省庁再編に伴い、陸水空の運輸や鉄道・港湾・船舶・自動車交通・気象等を所管する運輸省、都市計画・道路・建築物・住宅・河川・官庁営繕など社会資本整備の建設事業を所管する建設省、北海道の総合開発事務（河川・治山・農業・港湾・官庁営繕等）を行う北海道開発庁、土地・水資源・離島振興・災害対策・大都市圏政策など総合的な国土行政に関する国土庁の4省庁を統合して誕生した。
随着2001年1月6日实行的中央省厅重组，主管海陆空运输、铁路、港湾、船舶、交通、气象等的行政机构的“运输省”，主管道路、河川、政府厅舍建造维护、住宅及都市计划等社会资本维护的建设事业的“建设省”，进行北海道综合开发事务（河川、治山、农业及港湾等）的行政机构“北海道开发厅（日语：北海道开発庁）”，以及掌管土地、水资源、振兴离岛、灾害对策和大都市圏政策等的国土行政的综合行政机构“国土厅（日语：国土庁）”等4个省厅，整并统合为国土交通省，重组规模庞大。