マレーシア、インドネシア、フィリピンなどの東南アジアには、海上保安庁の職員や退職者を国際協力機構を通じて人員を派遣している。
在国际合作方面，海上保安厅也透过国际协力机构派遣职员或退休人员至马来西亚、印尼、菲律宾等东南亚各国进行合作。