狭義の日本脳炎ウイルスがインド以東の東アジア・東南アジア、マレーヴァレーウイルスが一部の東南アジア、クンジンウイルスがオーストラリア、セントルイス脳炎ウイルスがアメリカ大陸、そして西ナイルウイルスが発見地アフリカのほか、オセアニア、中東、中央アジア、西アジア、ヨーロッパの各地である。
狭义的日本脑炎病毒分布在印度以东的东亚、东南亚，墨累山谷脑炎病毒分布在东南亚的一部分，库宁病毒分布在澳大利亚，圣路易斯脑炎病毒分布在美洲大陆、发现西尼罗河病毒的非洲，以及大洋洲、中东、中亚、西亚、欧洲各地。