協議会では合併期日を2005年（平成17年）1月1日、新市名を「宮古市」としたが、多良間村では2004年（平成16年）2月に行われた住民投票の結果、反対票が賛成票を上回ったため離脱を表明し、合併協議は暗礁に乗り上げた。
原订于2005年1月1日进行合并，新市名称订为“宫古市”；但多良间村在2004年2月进行的居民投票后，反对合并者超过赞成者，因此脱离合并协议。