1945年4月25日、連合艦隊、海上護衛総司令部（海上護衛総隊）に加え、各鎮守府（事実上、海軍の全部隊）も指揮する海軍総隊が新設された。
在1945年4月25日，除联合舰队、海上护卫总队及各镇守府指挥外设立了海军总队，到终战为止指挥海上护卫及执行各特攻作战。