この研究所はもともと1930年に中国国立中央研究院自然博物館（南京）として発足し、1934年に自然歴史博物館と改名、日中戦争中は湖南省などに移転した。
该所前身为1930年成立于南京的的国立中央研究院自然历史博物馆，1934年7月自然历史博物馆改名动植物研究所。