1892年、激しい偏頭痛から感染症と診断されたヘルツは、何度か手術を受けたが、1894年にボンで、多発血管炎性肉芽腫症（ウェゲナー肉芽腫症）のため死去した。
1892年，赫兹被诊断出感染韦格纳肉芽肿，发病时会有剧烈头痛，他曾尝试去治疗这种疾病。