これは、海水が余り蒸発しない（年のほとんどの期間、海面が氷で覆われているため）地表を通ってきた大量の水が湾に流れ込むため（カナダの国土の相当部分の雨水はハドソン湾に流れる）さらに毎年流氷が溶けるたびに、河川からの流入量の三倍の淡水が湾の表層に供給される塩分濃度の高い大西洋との出入り口や海水のやり取りが少ないことが理由に挙げられる。
主要原因有三：湾内蒸发速度较为缓慢（海湾在每年的大部分时候都是结冰的），大量河流淡水注入（大约每年700立方公里，以哈德森湾为出海口的河流有数十条之多，其流域占了加拿大近一半的土地）以及与高盐度的大西洋水域连接口不广阔。