そして、CCDは成虫のミツバチが消える現象なので、幼虫における症状が認められない問題点や、CCDを被ったミツバチが遺伝子組み換え作物と接触したことがあるという証拠が無い問題点があるものの、直接の関連があるかもしれないと考える人もいる。
不少发生CCD的养蜂场都有对养蜂使用不同的抗生素及杀螨剂，因此难以断定引发CCD的化学物剂；部分以有机方式饲养蜜蜂的人士指出，纵使他们附近的非有机养蜂场发生CCD，他们并无受到CCD的影响。