紀元前115年、彼女の姉妹でプトレマイオス9世の妻であるクレオパトラ4世が母クレオパトラ3世に追放されると、プトレマイオス9世と結婚した。
姐姐克利奥帕特拉四世被母亲克利奥帕特拉三世赶出埃及后的第二年（前115年），塞勒涅成为大哥托勒密九世的第二任妻子。