1990年、山東省文物考古研究所が2度目の発掘をおこない、遺跡に3期に分けられる文化層のあることが発見された。
1990年，山东省文物考古研究所对遗址进行了第二次发掘，发现城子崖遗址具有三个不同时期的文化层。