これと並行して郭内中心部の遺構確認試掘調査を行い、奉行所等建物の遺構の残存状況が良好なことを確認し、1985年（昭和60年）から本格的な奉行所遺構の発掘調査を開始した。
与此同时，在五棱郭中心部分的遗构进行确认试掘调查，并且确认奉行所等建筑物的遗构状态良好，及后在1985年正式在奉行所遗构开展考古调查。