アイヌ集団にはニヴフなど本土日本人以外の集団との遺伝子交流も認められ、これら複数の交流がアイヌ集団の遺伝的特異性をもたらしたとされる。
除了与和人外阿伊努人也确认与尼夫赫人有基因交流、多方交流导致了阿伊努人的遗传特异性。