歴史は古く、「神武天皇宮（社）」、「神武天皇御廟」などと称されたが、明治6年（1873年）に「宮崎神社」と改称し、更に同11年「宮崎宮」と改称、大正2年（1913年）に神宮号が許可されて現社名となった。
古称“神武天皇宫”、“神武天皇社”、“神武天皇御庙”等，明治6年（1873年）改称“宫崎神社”；明治11年改称“宫崎宫”；大正2年（1913年）改称“宫崎神宫”，在地人称之为“神武さま”。