しかし、転写因子結合領域の全ての塩基が実際に転写因子と接触するわけではなく、また結合力の程度も部位によってまちまちである。
然而，转录因子结合区域的全部碱基实际上并不一定都与转录因子接触，结合力的大小也因此而有所不同。