石垣市と竹富町、与那国町では2002年6月に「八重山地域合併検討会」を、12月に任意合併協議会を設置し、2003年7月には法定合併協議会に移行したが、与那国町では2004年10月に行われた住民投票で反対多数となったため、協議会は休止（12月に解散）となった。
2002年6月，石垣市、竹富町和与那国町共同设置了“八重山地区合并讨论会”，12月进一步成立“合并协议会”，但在2004年10月与那国町居民进行投票，反对合并占多数，因此合并协议会于12月解散。