1890年に帝国大学（現・東京大学）理科大学物理学科を卒業、その後大学院で気象学と地震学を専攻し、イギリスから招かれた地震学者ジョン・ミルンの指導のもとで1891年に発生した濃尾地震の余震についての研究を行った。
1890年大森房吉毕业于东京帝国大学理学院物理学系，之后在东京大学的研究所攻读气象学和地震学，并且在该校接受来自英国的地震学家约翰·米尔恩（英语：JohnMilne）（JohnMilne，以御雇外国人身份来日）指导，直到他于1895年离开日本为止。