研究所の本部はドイツのハイデルベルクにあり、他にイギリスのケンブリッジ近郊のヒンクストン（欧州バイオインフォマティクス研究所（EBI））、フランスのグルノーブル、ドイツのハンブルク等に研究施設を有する。
该实验室在欧洲共有五处分站：位于德国海德堡（Heidelberg）的总部实验室、设在英国Hinxton的欧洲生物信息研究所、以及位于法国格勒诺布尔（Grenoble）、德国汉堡（Hamburg）、以及意大利蒙泰罗通多(Monterotondo，靠近罗马)的分站。