主な投入予定線区である上越線の沿線が国内有数の豪雪地帯であったことから、雪害対策を特に重視し、車内機器配置方法は大きく変更された。
考虑到上越线所在地区的冬季常有暴雪天气，因此EF64型1000番台电力机车也特别重视防雪措施，并对车内设备布置作出了大幅度变更。