国立研究開発法人放射線医学総合研究所に国立研究開発法人日本原子力研究開発機構の量子ビーム部門の一部および核融合研究部門を統合して名称変更することにより設立された。
国立研究开发法人放射线医学综合研究所，是由国立研究开发法人日本原子能研究开发机构量子光部门的一部分，以及核融合研究部门整合、变更名称而来。