国土交通省の発足に当たっては、旧・運輸省の運輸政策局と旧・建設省の建設経済局を統合して「総合政策局」が、旧・国土庁の大都市圏整備局、地方振興局のそれぞれ一部を統合して「国土計画局」が、旧・建設省の都市局と旧・国土庁の大都市圏整備局、地方振興局のそれぞれ一部を統合して「都市・地域整備局」が、旧・国土庁の土地局と長官官房水資源部を統合して「土地・水資源局」が、旧・運輸省の海運局と海上技術安全局を統合して「海事局」が、いずれも新設されたほか、旧・建設省からは、河川局、道路局、住宅局が、旧・運輸省からは、鉄道局、自動車交通局、航空局、港湾局が、そのまま移行した。
国土交通省成立后，旧运输省的运输政策局与旧建设省的建设经济局整合为“综合政策局”，旧国土厅的大都市圈整备局、地方振兴局的各一部分整合为“国土计划局”，旧建设省都市局与旧国土厅大都市圏整备局、地方振兴局各一部分整合为“都市、地域整备局”，旧国土厅土地局与长官官房水资源部整合为“土地、水资源局”，旧运输省海运局与海上技术安全局整合成立“海事局”，而旧建设省的河川局、道路局、住宅局，与旧运输省的铁道局、自动车交通局、航空局、港湾局保留。