他の全てのペルオキシソームと同様に、グリオキシソーム中では、脂肪酸がペルオキシソーム系のβ-酸化酵素によって、アセチルCoAに加水分解される。
与其他一般过氧化物酶体一样，在乙醛酸循环体中脂肪酸由过氧化物酶体中的β-氧化酶类水解为乙酰-CoA。