3代祐久は寛永13年（1636年）弟の祐豊に3千石を分与して旗本寄合とし、4代祐由は明暦3年（1657年）弟の祐春に3千石を分与して表向御礼衆交代寄合としたため、以後、石高は5万1千石となった。
3代藩主伊东祐久在宽永13年（1636年）分给担任旗本的弟弟伊东祐丰3千石领地，4代藩主伊东祐由在明暦3年（1657年）同样给予担任旗本的弟弟祐春3千石领地，饫肥藩的石高因此降至5万1千石。