なお、日本二十六聖人に捧げられた教会堂として建設された「日本26聖殉教者聖堂」を正式名称とする大浦天主堂が既に存在した関係で、聖堂の正式名称は、殉教者の一人フェリペ・デ・ヘススにちなんだ「日本二十六聖人記念聖堂聖フィリッポ教会」である。
此外，由于该市南山手町另有一座正式名称为“日本二十六圣殉教者圣堂”的大浦天主堂，所以圣堂的正式名称乃“日本二十六圣人纪念圣堂圣菲利浦教会”（（日文）日本二十六圣人记念圣堂圣フィリッポ教会）。