レソトサウルスは、当初は鳥脚類と考えられていたが、ポール・セレノらによる研究により、既知の鳥盤類の恐竜の最も原始的なものであることが示唆された。
然而，最近保罗·塞里诺（PaulSereno）的研究显示它可能代表目前已知最原始的鸟臀目恐龙之一。