1613年、江戸幕府よりキリシタン追放令が出されると、キリシタンであった如安にも累が及び、翌1614年、高山右近らとともにマニラに追放された。
然而1613年，德川家康下达伴天连追放令，驱逐基督教徒，翌年内藤如安同高山右近一起被放逐到了吕宋。