その後2005年（平成17年）6月に庁舎建設契約が東京都議会で議決され、東京水上警察署を廃して周辺所轄である深川警察署、城東警察署、三田警察署、愛宕警察署、大井警察署、大森警察署、高輪警察署などの管轄を調整・機能強化する形で新設を決定、警視庁では1998年（平成10年）の竹の塚警察署以来、10年ぶりの新設署であった。
2005年（平成17年）6月东京都议会通过厅舍建设契约，废除东京水上警察署并调整周边深川警察署、城东警察署、三田警察署、爱宕警察署、大井警察署、大森警察署、高轮警察署等辖区，是警视厅自1998年（平成10年）的竹之冢警察署以来，睽违10年的新设警署。