しかし孫洪伊は、国務総理段祺瑞の腹心である国務院秘書長徐樹錚が越権行為を繰り返すのを咎め、これと激しく対立、抗争することになる。
任内，孙洪伊对国务院秘书长徐树铮（国务总理段祺瑞的心腹）的越权行为多次进行指责，双方矛盾激化。