しかし2006年にトルコ政府は、博物館内の小部屋をキリスト教徒やイスラム教徒のスタッフが祈りを捧げる場所として使えるよう許可を出したと伝えられた。
不过在2006年，有报导指土耳其政府允许把圣索菲亚大教堂博物馆的一些小房间用作小型祈祷室，供博物馆职员开放给基督徒及穆斯林使用。