そして戊辰戦争では幕府軍に与して新政府軍と戦ったため、忠紀は官位剥奪の上、2000石を召し上げられて強制隠居を余儀なくされた。
藩主在戊辰战争中为幕府后，战后被夺去官职以及减去2千石，由养子本多忠伸继承。