かつて、江戸時代に将軍の徳川家綱の寄進によって法蓮村（現在の奈良市法蓮町）へ移転した尼寺「興福院」があり、平城京の「三条大路」と「西一坊大路」が交差する「辻」（現在の三条大路5丁目交差点）付近があったことから、当駅周辺が「尼ケ辻」という地名となっていたことに由来する駅名である。
江户时代时，因德川家纲将军的捐献而尔后迁至法莲村（今奈良市法莲町）的尼寺（日语：尼寺）兴福院（日语：兴福院）位于平城京三条大路（日语：三条通り）和西一坊大路的交叉路口（日语中称之为“辻”）附近，故该地区名为“尼辻”（日语：尼ヶ辻），该站亦由此得名。