初代司令官は前述の南ベトナム米軍事援助顧問団の司令官を務めていたポール・ハーキンス大将（1962-64年）、南ベトナム軍事援助司令部へと組織が改組されてからはウィリアム・ウェストモーランド大将が1964年に司令官へと就任、次いでクレイトン・エイブラムス大将が1968年に、フレデリック・ウェイアンド大将が1972年にそれぞれ司令官へと就いていた。
美国军事援助越南司令部第一任司令是保罗·哈金斯（英语：PaulD.Harkins），同时兼任驻越美军顾问团的团长，1964年6月，威廉·威斯特摩兰接替哈金斯成为第二任司令，1968年7月，克雷顿·艾布兰成了第三任司令，1972年6月，弗雷德里克·卡尔顿·韦安德（英语：FrederickC.Weyand）成了第四任及末任司令。