酵素によっては反応中に構造が大きく変化するものがあるが、このような場合は酵素の構造を触媒を受けない基質類似体が結合した場合と、結合していない場合それぞれで決定しておくとよい。
机制中有些酶显着改变形态;在这种情况下，确定具有和不具有不经历酶反应的结合底物类似物的酶结构是有帮助的。