独立前の経緯によりマラヤ連邦とフィリピンとの間ではボルネオ島のサバ（かつてのイギリス領北ボルネオ（英語版））を巡る領有権問題があった。
马来西亚联邦成立之前，菲律宾曾根据苏禄苏丹国与北婆罗州公司之前的合约，宣称拥有北婆罗洲（沙巴）主权。