大臣政務官と副大臣の違いとしては、副大臣がその府省の政策全般（ただし、内閣府副大臣は大臣委員会の範囲を除く）について大臣を助けるのに対し、大臣政務官は特定の政策について大臣を助けること、副大臣（内閣府副大臣を除く）が大臣不在時に各省大臣の職務を代行し得る（国務大臣としての職務は代行できない）のに対し、大臣政務官にはそのような権限が与えられていないことなどが挙げられる。
大臣政务官与副大臣的不同处是，副大臣是针对该府省的政策进行全面性的辅佐（但内阁府副大臣不处理大臣委员会（日语：大臣委员会）相关事务），大臣政务官是针对特定政策进行协助，副大臣（内阁府副大臣除外）在大臣不在时代行各省大臣职务（但不代行国务大臣职务），大臣政务官则无此权力。