指定面積は、陸域が3,520ha、海域が90,475ha（うち海域公園地区が8,290ha、普通地域が82,185ha）で、海域の面積は西表石垣国立公園を上回り国内最大。
扩张后的面积是陆域3,520ha、海域约82,185ha（之内的海域公园地区约8,290ha），海域公园超越西表石垣国立公园，面积是国内最大。