明治2年（1869年）、熊本藩主細川韶邦と細川護久が、明治維新に殉じた藩士150柱を祀るために市内花岡山に招魂社を建立したのに始まる。
明治2年（1869年），熊本藩主细川韶邦（日语：细川韶邦）和护久（日语：细川护久）在花冈山（日语：花冈山）建立招魂社，祭祀150名殉难于明治维新的藩士，是为熊本县护国神社之肇始。