ネズミ上科Muroideaトゲヤマネ科Platacanthomyidaeメクラネズミ科Spalacidaeヨルマウス科(カンガルーハムスター科)Calomyscidaeアシナガマウス科Nesomyidaeキヌゲネズミ科Cricetidaeネズミ科Muridaeトビネズミ上科Dipodoideaトビネズミ科Dipodidaeなお、歴史的には、以下の種類もネズミ下目に属していた。
鼠总科Muroidea刺睡鼠科Platacanthomyidae鼹形鼠科Spalacidae暮鼠科Calomyscidae马岛鼠科Nesomyidae仓鼠科Cricetidae鼠科Muridae跳鼠总科Dipodoidea跳鼠科Dipodidae以前，鼠形亚目也包括下列一个或两个的总科。