415年、四旬節のある日、総司教キュリロスの下の修道士たちは、馬車で学園に向かっていたヒュパティアを馬車から引きずりおろし、教会に連れ込んだあと、彼女を裸にして、カキの貝殻で生きたまま彼女の肉を骨から削ぎ落として殺害した。
据公元五世纪所奎德《教会史》的记载，415年四旬节期间，基督徒将希帕提娅从车子里拉出来，拖行至教堂，脱光了希帕提娅的衣服，并以砖瓦杀死，肢解后焚尸。