現在の駅舎は旧駅舎を取り壊した上で1999年（平成11年）に新築されたもので、待合室のほか深川市役所納内支所や多目的ホールを併設している。
纳内车站目前所使用的站房是在1999年时新落成，除了候车室的功用外，也与深川市役所（市公所）纳内支所的办公室及多用途厅共构。