実質的にはSEELEの下部組織にあたり、SEELEの計画を実行する組織として存在しているが、NERV司令のゲンドウや冬月らは極秘裏にSEELEとは別の人類補完計画を目論んでおり、旧劇場版ではその対立が顕在化する。
在TV版中，虽然NERV是SEELE的下属执行机关，但碇司令和冬月主持之下，NERV和SEELE的关系渐趋紧张，乃至最终破裂。