藤孝の生母は後妻の智慶院（清原宣賢の娘）で、彼女は足利義晴から下げ渡され晴員の妻となったため、一説には藤孝は義晴の落胤であるという。
藤孝的生母是后妻智庆院（清原宣贤的女儿），而智庆院是由足利义晴下赐给晴员，因此有说法指藤孝其实是义晴的儿子。