通常の目的は他の方法では明らかにならなかった細胞学的詳細を明らかにすることであるが、染色は特定の化学物質や特異的な化学反応が細胞や組織の中で起こっているのを明らかにしうる。
活体内染色通常而言是为更好显示出非经染色不易看到的细胞细节，但也可以揭示细胞或组织内的特定化学成分或正在进行的化学反应。