翌9月には再度の主導権争いにより筆頭局長の芹沢と副長の新見が粛清され、壬生浪士組は近藤派によって統一された。
由于芹泽屡次在外生事，引起支持新选组运作的会津藩主松平容保不满，同年旧历九月芹泽被近藤一派杀死。