日本では一般に理学部や医学部に属する生物学系の自然人類学を伝統的に人類学とすることが多く、社会科学系学部に設置された民族学（文化人類学）は制度上完全に分離されており、学会も自然人類学の日本人類学会と文化人類学の日本文化人類学会（旧称・日本民族学会）などに分かれている。
在日本的大学，一般来说，隶属于理学部生物学系的“自然人类学”（华语译为“体质人类学”），以及社会科学系学部设置的文化人类学，在学院制度上完全分离。