この特別条例は、公布から3年間の時限法とされたが（第30条）、2012年8月29日までに事業がすべて執行しきれなかったことから、立法院は2011年5月24日に特別条例を改正し、「本条例の施行期限内に執行できなかった部分は、必要な際に、行政院の裁定を経て期限を延長する。
其施行期间原订为3年，因重建工作未及于101年8月29日期满前执行完毕，立法院遂于100年5月24日修正该条例第30条第2项：“本条例施行期满未及执行部分，必要时，得经行政院核定酌予延长，延长期间最多以2年为限。