寛永9年（1632年）、肥後熊本藩の加藤忠広が改易されたため、その跡を受けて小倉から熊本54万石に加増移封された（後任の小倉城主には忠利の義兄弟である小笠原忠真が就任した）。
宽永9年（1632年），因为肥后熊本藩的加藤忠广被改易，于是从小仓加增移封至熊本54万石（小仓城城主由妻子之兄小笠原忠真继任），此时成为熊本藩的初代藩主，父亲忠兴隐居在八代城。