大阪府警は事故の3日後の29日の現場検証で、爆発は手榴弾によるものと断定し、乗客の暴力団山口組組員（当時43歳）に事情聴取したところ、組員は手榴弾を密輸目的でマニラから持ち込んだこと、機体左後部のトイレ内で自身で安全ピンを誤って抜いてしまい、そのまま放置して手榴弾を爆発させたことを自供した。
此事故因与事发前一年（即1985年）发生的日本航空123号班机空难均涉及飞行中失压，而被怀疑是机体自身的结构问题所致，但大阪府警察于事发后3天检查现场时发现爆炸后的手榴弹，因此断定乘客中一名时年43岁的暴力团成员试图从马尼拉走私手榴弹，在飞机左后部的卫生间内误将手榴弹的安全栓拔下，从而引发手榴弹的爆炸。