顕微鏡下では細菌鞭毛と殆ど見分けがつかず、見た目の違いは違いは若干細い事、大抵は複数の鞭毛が束になっていることぐらいである。
鞭毛虫可以根据其鞭毛的样式来进行区分，有的鞭毛虫有好几根鞭毛，有的只有一根很长的鞭毛。