ウィニペグ湖、ウィニペゴシス湖、マニトバ湖、ウッズ湖は古代アガシー湖の名残である。
马尼托巴的主要湖泊是马尼托巴湖，温尼伯戈西斯湖和温尼伯湖（世界上第十大淡水湖）。