運輸施設整備事業団政府の特殊法人改革の一環として、まず1966年12月に発足した船舶整備公団（設立時は、国内旅客船公団）と1991年10月に発足した鉄道整備基金（旧新幹線鉄道保有機構）が1997年10月に統合されて運輸施設整備事業団となり、造船業基盤整備事業協会が2001年3月に統合された。
做为政府特殊法人改革的一环，首先将1966年12月设立之船舶整备公团与1991年10月设立之铁道整备基金于1997年10月整合为运输设施整备事业团，再与1964年3月设立之日本铁道建设公团于2003年10月1日整合成铁道建设、运输设施整备支援机构，是一个将从事铁道交通、海上交通相关事业之三个特殊法人统合起来的机构。