このため政府は1908年12月5日、鉄道局と帝国鉄道庁を統合した内閣鉄道院を新設し、再び内閣の直属機関とした（第2次桂内閣）。
1908年12月5日，与铁路局合并帝国铁路厅并设置内阁铁道院再次作为内阁的直属机关。