幕府は会津松平家を京都守護職に任命して京の治安回復に当たらせ、同様に治安の乱れが及んだ大坂も諸大名に命じて警備を受け持たせた。
幕府判断仅凭京都所司代无法抵御，便另设京都守护职，希望重建幕府威信及恢复治安。