同年9月に発足した麻生内閣で内閣府特命担当大臣（規制改革）に任命され、また、行政改革担当、公務員制度改革担当の国務大臣も兼務した。
麻生内阁成立后，甘利担任内阁府特命担当大臣（规制改革担当），兼任行政改革、公务员制度改革担当。