皇族・貴族の子弟が歴代住持となる別格の寺院を指して「門跡」と称するが、妙法院は青蓮院、三千院（梶井門跡）とともに「天台三門跡」と並び称されてきた名門寺院である。
是由皇族・贵族子弟担任历代住持的“门迹”寺院，和青莲院、三千院并称“天台三门迹”。