地方農政局（法律第17条）事務所・事業所（法律第19条）北海道農政事務所（法律第17条）東北農政局（政令第91条）関東農政局北陸農政局東海農政局近畿農政局中国四国農政局九州農政局林野庁（国家行政組織法第3条第2項、法律第23条）林政部森林整備部国有林野部林政審議会森林技術総合研修所森林管理局水産庁（国家行政組織法第3条第2項、法律第23条）漁政部資源管理部増殖推進部漁港漁場整備部水産政策審議会広域漁業調整委員会漁業調整事務所農林水産省が主管する独立行政法人は2017年4月1日現在、農林水産消費安全技術センター、家畜改良センター、農業・食品産業技術総合研究機構、森林研究・整備機構、水産研究・教育機構、国際農林水産業研究センター、農畜産業振興機構、農業者年金基金及び農林漁業信用基金の9法人である。
地方农政局（法律第17条）事务所、事业所（法律第19条）北海道农政事务所（法律第17条）东北农政局（日语：东北农政局）（政令第91条）关东农政局（日语：関东农政局）北陆农政局（日语：北陆农政局）东海农政局（日语：东海农政局）近畿农政局（日语：近畿农政局）中国四国农政局（日语：中国四国农政局）九州农政局（日语：九州农政局）林野厅（日语：林野庁）（国家行政组织法第3条第2项、法律第23条）林政部森林整备部国有林野部林政审议会森林技术综合研修所森林管理局水产厅（日语：水产庁）（国家行政组织法第3条第2项、法律第23条）渔政部资源管理部增殖推进部渔港渔场整备部水产政策审议会广域渔业调整委员会渔业调整事务所2017年4月1日为止，农林水产省主管之独立行政法人有农林水产消费安全技术中心（日语：农林水产消费安全技术センター）、家畜改良中心（日语：家畜改良センター）、农业、食品产业技术综合研究机构（日语：农业・食品产业技术総合研究机构）、森林研究、整备机构（日语：森林研究・整备机构）、水产研究、教育机构（日语：水产研究・教育机构）、国际农林水产业研究中心（日语：国际农林水产业研究センター）、农畜产业振兴机构（日语：农畜产业振兴机构）、农业者年金基金（日语：农业者年金基金）及农林渔业信用基金（日语：农林渔业信用基金）九法人。