加えて、この内乱の隙を突いて信長配下の柴田勝家が上杉領及び同盟勢力である加賀や能登、越中を席捲し、会津からも改めて蘆名盛隆が侵攻してくるなど、この御館の乱は謙信時代に培われた上杉家の勢力と威信を大きく後退させたのである。
再加上乘着这次内乱，信长配下的柴田胜家攻进上杉领地以及同盟势力的加贺、能登、越中，会津亦有芦名盛隆侵攻等，这次御馆之乱使得谦信时代培养起来的上杉家势力和威信大幅衰退。