設置当初は、農林省（のうりんしょう）という名称だったが、200海里水域問題など種々の問題で水産行政の重要性が高まりつつあったため、1978年7月5日に現在の省名に改められた。
本省设置当初称为农林省（のうりんしょう），但在200海里水域问题等让日本政府开始重视水产行政的重要性后，于1978年7月5日改为现名。