1987年の国鉄分割民営化に際しては、北海道旅客鉄道（JR北海道）25両、東日本旅客鉄道（JR東日本）29両、東海旅客鉄道（JR東海）4両、西日本旅客鉄道（JR西日本）63両、九州旅客鉄道（JR九州）1両、日本貨物鉄道（JR貨物）137両の計259両がJR各社に継承された。
1987年4月1日国铁分割民营化后，尚存的259台DD51型柴油机车被新成立的JR公司继承，其中北海道旅客铁道（JR北海道）25台、东日本旅客铁道（JR东日本）29台、东海旅客铁道（JR东海）4台、西日本旅客铁道（JR西日本）63台、九州旅客铁道（JR九州）1台、日本货物铁道（JR货物）137台。