頭端式ホーム14・15番線ホームおよび16・17番線ホームの延長線上）、3・4番線ホームへの階段と5・6番線ホームへの階段との間（中2階コンコース）、9・10番線ホームと11・12番線ホームとを連絡する箇所（2階）、大連絡橋通路（3階）、エキュート上野内1階に直結するエスカレーターの向かい側（3階）の計5か所である。
在来线厕所分别在13号月台（地上），3、4号月台楼梯与5、6号月台楼梯（中2层大厅），9、10号月台与11、12号月台连接处（2楼）、大连络桥通道（3楼）、直通ecute上野内1楼的电扶梯对面（3楼），共5处。