太平洋戦争（大東亜戦争）で1945年に日本が敗北すると、台湾は中華民国（南京国民政府）の統治下に入り、台湾総督府鉄道も中華民国当局によって接収され、台湾鉄路管理局に組織改編された。
1945年抗战胜利，中华民国收回东北地区和台湾的主权，国民政府分别设置东北运输总局（兼管公路和铁路）和台湾铁路管理委员会（台湾铁路管理局前身）以管理铁路事宜。