基本計画決定翌年の1974年（昭和49年）以来、毎年運輸省（現国土交通省）より海底トンネル等の地質調査費が支出されていたが、事業の目処が立たない状況での調査費支出に対する批判により、2008年（平成20年）5月22日、国土交通省は2008年度の調査費予算の執行を中止すると発表した。
自1974年以来，每年运输省、国土交通省都支用海底隧道等的地质调查费，因而受到批评，最终导致2008年5月22日国土交通省宣布将该年度的调查费预算删除。