より最近では、P.aeruginosaPAO1(2000)、P.putidaKT2440(2002)、P.protegensPf-5(2005)、P.syringaepathovartomatoDC3000(2003)、P.syringaepathovarsyringaeB728a(2005)、P.syringaepathovarphaseolica1448A(2005)、P.fluorescensPf0-1、P.entomophilaL48を含む様々なシュードモナス菌株のゲノム配列決定がなされた。
2000年，人们获得了假单胞菌属某物种的全基因组序列，其后很多其他菌株的序列也被测出，包括：P.aeruginosastrainsPAO1(2000),P.putidaKT2440(2002),P.protegensPf-5(2005),P.syringaepathovartomatoDC3000(2003),P.syringaepathovarsyringaeB728a(2005),P.syringaepathovarphaseolica1448A(2005),P.fluorescensPf0-1,andP.entomophilaL48。