古生物学に最大節約法を適用する場合の大きな問題として、2種の生物が同じ形質を共有する場合には必ずそれらが遺伝的に関係あると仮定していることがある。
最大简约法曾被断言其最主要的问题，尤其在古生物学，是其假设两物种要在相同位置共享相同核甘酸的唯一方法为此两者需有血缘关系。