第3新東京市の地下空間「ジオフロント」に存在する国連直属の特務機関「NERV」の最高司令であるゲンドウは、NERV本部に到着したシンジに、NERVが開発した汎用ヒト型決戦兵器・人造人間「エヴァンゲリオン」の一体、初号機を見せ、そのパイロットとなって使徒と戦うことを強いる。
本作主人公碇真嗣被父亲・NERV总司令碇源堂召唤而来，NERV作战部长葛城美里带其到地下都市NERV总部，最后真嗣半推半就地驾驶着巨大人型兵器EVA初号机与使徒对抗。