ジェノタイピングの方法としては、DNAシークエンシングの他に、SSCP（SingleStrandConformationPolymorphism、一本鎖高次構造多型）法、RFLP（RestrictionFragmentLengthPolymorphism、制限酵素断片長多型）法、PCR（PolymeraseChainReaction,ポリメラーゼ連鎖反応）法、AFLP(AmplifiedFragmentLengthPolymorphism)法、ASO（AlleleSpecificOligonucleotide)プローブ法、DNAマイクロアレイやDNAビーズに対する結合を検出する方法などがある。
目前的基因型分型方法包括限制性片段长度多态性识别法（英语：restrictionfragmentlengthpolymorphism）（RFLPI）、多态随机扩增检测法（RAPD）、扩增片段长度多态性识别法（AFLPD）、聚合酶链式反应（PCR）、DNA测序、等位基因专有低核苷酸探针检测法探针检测法（英文：allelespecificoligonucleotide(ASO)probes）以及基因微阵列混合法。