1881年に合衆国大統領ジェームズ・A・ガーフィールドが陸軍長官のポストを提示すると今度は受諾し、続くチェスター・A・アーサー政権でも同長官を務め、1881年から1885年まで在任した。
1877年，拉瑟福德·海斯总统曾想任命罗伯特·林肯为助理国务卿（英语：UnitedStatesAssistantSecretaryofState），但罗伯特推辞了，之后他却接受担任詹姆斯·加菲尔德总统的战争部长，并自1881年至1885年，先后在加菲尔德及切斯特·阿瑟两位总统任内任职。