これは2003年10月1日に日本の旧航空宇宙3機関である、文部科学省宇宙科学研究所(ISAS)、独立行政法人航空宇宙技術研究所(NAL)、特殊法人宇宙開発事業団(NASDA)の統合に際して、ロケットの打ち上げを一つの本部に集約するにあたって、種子島宇宙センターと鹿児島宇宙空間観測所（当時）を一つの組織にすることになった。
宇宙航空研究开发机构于2003年10月1日由3个与日本航太事业有关的政府机构：文部科学省宇宙科学研究所（日语：宇宙科学研究所）（ISAS）、独立行政法人航空宇宙技术研究所（日语：航空宇宙技术研究所）（NAL）、宇宙开发事业团（日语：宇宙开発事业団）（NASDA）合并而成。