開業後は、1917年の「大正大洪水」・1934年9月の室戸台風・その翌年の6月と8月の「鴨川水害」・1953年9月の台風13号・1959年8月13日の豪雨・1961年9月の第2室戸台風・1965年9月の台風24号などでは宇治川・山科川の横を走る中書島駅-木幡駅間が浸水して不通になる水害多発地帯であったが、1960年代から始まった天ヶ瀬ダムの建設と宇治川・山科川の堤防強化、排水ポンプ場の設置などようやく水害対策が完了した。
开业后之后，因1917年“大正大洪水”、1934年9月室户台风、翌年6月及8月的“鸭川水害”、1953年9月台风13号、1959年8月13日豪雨、1961年9月第2室户台风、1965年9月台风24号等洪水影响，位于宇治川和山科川之间的中书岛车站-木幡车站间被水淹没，成为水害多发地帯。