レソトサウルスの分類の歴史は複雑で、長い間、同じ地域から発見された別の鳥盤類であるファブロサウルスとしばしば混同されてきた。
莱索托龙的分类历史相当复杂，长期以来与法布尔龙混淆，法布尔龙是相同地区发现的另一种小型鸟臀目动物。