1866年、グラントの推薦でハンコックは少将に昇進し、その年遅くにミズーリ州、カンザス州、コロラド州およびニューメキシコ州を包含するミズーリ方面軍の指揮官に転籍した。
1866年，汉考克因格兰特的推荐晋升少将，并于同年调任密苏里战争部指挥官，管辖范围包括密苏里州、堪萨斯州、科罗拉多州和新墨西哥州。