1900年（明治33年さ）6月、帝国京都博物館・帝国奈良博物館はそれぞれ京都帝室博物館・奈良帝室博物館と改称され、東京の帝国博物館総長の管轄下に置かれた。
帝国京都博物馆在1900年（明治33年）改名为京都帝室博物馆，当时奈良帝国博物馆与东京帝国博物馆也都变更名称。