1997年（平成9年）10月12日、S3+S23編成による「スーパーあずさ」の大月駅通過中に、信号を無視して本線に進入した入換車両に衝突されて脱線転覆し、S3編成のうち損傷の酷かった5両が解体された（→大月駅列車衝突事故も参照）。
1997年10月21日，S3+S23编组运行“超级梓号13号”于大月站撞击调度中的201系（该列车ATS未使用），列车脱轨翻覆，S3编组中的5辆车厢由于受损严重而解体，事后日立制作所以新造名义修复此编组，期间部分班次以189系11辆编组替代行驶。