パナマックスサイズの船舶は、閘門をぎりぎりで通過するために、船舶の操作にも細心の注意が必要であり、通過できるのは日中に限られるほか、閘門の閉鎖時間も長くなる傾向がある。
巴拿马级船只，由于其非常精确地适合巴拿马运河，留出的余量很小，船只必须受到非常精确的控制，过闸时间也可能因此得以延长，并且过闸时间限定在白天。