2006年6月6日、スルプスカ共和国軍とボスニア・ヘルツェゴビナ連邦軍はボスニア・ヘルツェゴビナ軍に統合され、ボスニア・ヘルツェゴビナ中央政府国防省の指揮下に置かれることとなった。
2006年6月6日，该军队完全与波斯尼亚和黑塞哥维那武装力量合并，并受波斯尼亚与黑塞哥维那国防部统一指挥。