類似性に基づくバーチャルスクリーニング（リガンドに基づくバーチャルスクリーニングの一種）では、クエリーの化合物と類似するデータベース中の全ての化合物は、互いに類似する生物学的活性を持つと仮定している。
以相似性为基础的虚拟筛选（英语：virtualscreening）是一种ligand-based的虚拟筛选，假设一数据库中查到和某一化合物类似的所有化合物都有类似的生物活性。