東西線との直通仕様となっているため、車体は千代田線直通用の209系1000番台のものを基本としているが、台車間距離は13,800mmである（209系1000番台は13,300mm）。
由于上一代209系的1000番台也是为直通东京地下铁路线（千代田线）而设计的，因此800番台列车的设计也和209系1000番台有不少共通之处。