2006年に新宿線の信号装置が更新され、VVVFインバータ制御車の乗入が可能となったことから、9000系に新宿線乗入対応編成が登場、6000系の廃車が加速した。
2006年新宿线在更新信号设备，VVVF变频控制车的直通运行可行后，9000系的新宿线直通运行对应编组的登场，加速了6000系的废车处理。