しかし、2001年2月、統一エネルギーシステム社長時代の文書偽造・ロシア産天然ガスの密輸入の容疑で逮捕された。
2001年2月中旬，季莫申科被指控在1995年至1997年（当时为乌克兰联合能源系统总裁）伪造海关文件和走私天然气而遭到逮捕，数周后被释放。