義昭は当初、本圀寺を仮御所としていたが、永禄12年（1569年）1月5日、信長の兵が領国の美濃・尾張に帰還すると三好三人衆の巻き返しに晒され、本圀寺を襲われた（本圀寺の変）。
永禄12年（1569年）正月，当信长率军返回美浓、尾张时，三好三人众趁机反扑，突袭本圀寺（本圀寺之变）。