国土交通省の内部組織は一般的に、法律の国土交通省設置法、政令の国土交通省組織令および省令の国土交通省組織規則が階層的に規定している。
国土地理院的内部组织由国土交通省设置法、国土交通省组织令与国土地理院组织规则所规定。