本作は鹿目まどか、暁美ほむら、巴マミ、美樹さやか、佐倉杏子の5人の魔法少女と、マスコット的な外見をした地球外生命体であるキュゥべえを中心にストーリーが展開される。
本作故事围绕着鹿目圆、晓美焰、美树沙耶香、巴麻美、佐仓杏子5名魔法少女以及外星生物丘比（QB）依次展开。