当初は本作でシリーズを終了させる話もあったが、ユーザーからの要望で次回作『第4次スーパーロボット大戦』（1995年、以後『第4次』）の製作が決定し、さらにオリジナルキャラクター『魔装機神サイバスター』の設定をユーザーに説明するため『スーパーロボット大戦EX』（1994年、以後『EX』）が制作された。
当初有传本作是系列最终作，但因为玩家的强烈希望而令下一作《第4次超级机器人大战》（下称“第4次”）被批准制作，更因此特别制作《超级机器人大战EX》（下称“EX”）以向玩家介绍原创作品《魔装机神赛巴斯塔》的设定。