3月に第1次山本内閣が退陣し、第2次大隈内閣が発足すると、海軍大臣には八代六郎が任命され、秋山は軍務局長として八代を補佐し、軍艦建造のための臨時会議召集をはたらきかけ、予算成立に尽力する。
3月山本权兵卫内阁总辞职，大隈重信当选新总理，任命八代六郎为新的海军大臣，秋山任军务局长辅佐八代六郎。