しかし、この頃から15代将軍・足利義昭と信長の対立がはじまり、家臣団の中でもどちらに付くか意見が対立しだしたため、疑心暗鬼に陥ったのか、叔父で後見役であった和田惟増を殺害し（『耶蘇通信』）、自身は信長に対する忠節の意を申し入れている（『細川家文書』）。
不过从这段时期开始，义昭与信长的对立，因为家臣团中亦因去向而对立，在陷入怀疑的情况下，杀害叔父兼后见役和田惟增（‘耶苏通信’），自身则对信长表示忠节（‘细川家文书’）。