幾つかの絶滅危惧種が主にナパ・ソノマ湿地に生息しており、カリフォルニア・オニクイナ(Ralluslongirostris)、カリフォルニア・クロコクイナ(Laterallusjamaicensis)、カリフォルニア・カッショクペリカン(Pelicanusoccudentalis)、カリフォルニア清水エビ(Syncarispacifica)、塩水潟カヤネズミ(Reithrodontomysraviventris)、サスーン・トガリネズミ(Sorexornatussinuosus)、サクラメント・スプリットテイル(Pogonichtysmacrolepidotus)などである。
另有数种濒危动物，包括加州秧鸡（英语：Ridgway'srail）（Rallusobsoletus）、加州黑秧鸡（英语：Blackrail）（Laterallusjamaicensis）、加州褐鹈鹕（Pelicanusoccudentalis）、加州青虾（英语：Syncarispacifica）（Syncarispacifica）、盐沼巢鼠（英语：saltmarshharvestmouse）（Reithrodontomysraviventris）、多皱鼩鼱（英语：Sorexornatussinuosus）（Sorexornatussinuosus）以及大鳞裂尾鱼(Pogonichtysmacrolepidotus)。