天正10年（1582年）6月、本能寺の変で織田信長が討たれると、家康の伊賀越えに随行し、小荷駄奉行として殿軍を務めたが、この時に追撃する賊に襲われて鉄砲疵を受けている。
天正10年（1582年）6月，织田信长在本能寺之变中死去，在家康越过伊贺（日语：伊贺越え）期间，清长以小荷駄奉行身份担任殿军之职，却不幸被盗贼以铁炮击伤。