高空性能・航続性能も向上しているほか、装備も無線機を九六式飛二号無線機から九九式飛二号無線機に、写真装置（偵察カメラ）も九六式小航空写真機1台から一〇〇式大航空写真機1台・九六式小航空写真機1台に変更された。
百式司侦二型的通信设备为九六式飞二号无线电、九九式飞二号无线电，测绘设备为一〇〇式大型航空相机1台、九六式小型航空相机1台。