昭和天皇の死後の1989年（平成元年）6月に昭和天皇の遺族から寄贈され国庫に帰属した美術品を保存、研究、公開するための施設として、1992年（平成4年）9月に皇居東御苑内に建設され、1993年（平成5年）11月3日に開館した。
昭和天皇驾崩后的1989年（平成元年）6月起，三之丸尚藏馆即作为皇室捐赠国库历代珍藏艺术品的保存、管理、调查研究及展览的机构场所，1993年（平成5年）11月3日正式开放参观。