2006年1月30日、呼吸困難に陥った孫運璿は病院に搬送され心筋梗塞、急性内臓疾患、急性肺水腫と診断、2月2日に一旦心停止したが、2月15日0時33分、台北市台北栄民総医院で93歳で逝去した。
孙运璇于2006年1月30日因呼吸困难送往台大医院转到台北荣总，确诊为急性心肌梗塞、并发急性心脏衰竭及急性肺水肿；2月2日，曾一度发生心跳停止，后经抢救恢复心跳；2月14日晚上，出现败血性休克现象；于2月15日0时33分，不幸病逝于台北荣民总医院，享寿92岁。