タンガニーカ湖とキブ湖はコンゴ川に注ぎ、マラウイ湖はシーレ川を経てザンベジ川に注ぐ。
坦噶尼喀湖和基伍湖属于刚果河流域，而马拉维湖的湖水则通过夏尔河注入赞比西河。