しかし、1866年（慶応2年）の完成からわずか2年後に幕府が崩壊、短期間箱館府が使用した後、箱館戦争で旧幕府軍に占領され、その本拠となった。
然而，在庆应2年（1866年），江户幕府在城池建成后仅两年，随着江户开城而灭亡，五棱郭由箱馆府（日语：箱馆府）接管一段短时间后，在箱馆战争中遭到旧幕府军占领，并且成为其根据地。