しかし光緒20年（1894年）に日清戦争が勃発すると朝廷より再び黒旗軍を結成し台湾防衛を命じられた。
甲午战争爆发之后，刘永福于光绪二十年（1894年）被清廷调往台湾协防，并重新招募黑旗军。