安徽省軍区、江蘇省軍区、上海直轄市（上海警備区）、浙江省軍区、江西省軍区、福建省軍区を管轄する。
南京军区下辖上海警备区、江苏省军区、浙江省军区、福建省军区、安徽省军区、江西省军区。