明治後期以降は1908年（明治41年）の青函連絡船の就航により本州と北海道を結ぶ港として位置付けられ、1988年（昭和63年）の青函連絡船運航終了まで鉄道輸送と船舶輸送の結節点として位置し続けた。
在翌年的1908年（明治41年），随着国铁开设了青函连络船，函馆港成为连接北海道和本州之间的港口，地位更加重要。