収蔵する歴史資料の代表的なものとしては長崎奉行所キリシタン関係資料、江戸幕府が作成した絵地図（道中図）である「五海道其外分間延絵図並見取絵図」（ごかいどうそのほかぶんけんのべえずならびにみとりえず）全80巻、伊能忠敬の測量図、日本初の文化財調査である壬申検査の関係資料、旧江戸城写真帖などがある。
其中有代表性的有：长崎奉行所基督教徒相关资料、江户幕府制作地图（道中图）《五海道其外分间延绘图并见取绘图”全80卷、伊能忠敬的测量图、日本最早的文物调查—壬申检查的相关资料、旧江户城照片等。