財務省・外務省・経済産業省と1989年に改築された特許庁および本省中枢が市ヶ谷に所在する防衛省が現在も合同庁舎に入居せず、単独庁舎（特許庁は特許庁総合庁舎）となっている。
目前仍有财务省、外务省、经济产业省、以及1989年改建的特许厅（日语：特许庁）尚未进驻合同厅舍，而是在各自的单独厅舍（特许厅位于特许厅总合厅舍（日语：特许庁総合庁舎））。