記念館は長らく東京国立文化財研究所（のち東京文化財研究所）の所管であったが、2007年に「国立博物館」と「文化財研究所」の2つの独立行政法人が統合して独立行政法人国立文化財機構が発足したことに伴い、記念館は東京国立博物館の所管となった。
该馆长期以来归东京国立文化财研究所（后为东京文化财研究所）管辖，2007年“国立博物馆”与“文化财研究所”合并为独立行政法人国立文化财机构，黑田纪念馆也随之改由东京国立博物馆管理。