国連大学構内では不可侵権が認められている一方、土地および建物の日本国内法における管轄については、建物が文部科学省の管轄であり、土地が東京都の管轄である。
依据《国立学校设置法》，日本的国立学校由文部科学大臣管辖，国立学校的经费，则依法由国库负担。