2006年初頭にアフガニスタン国軍により拘束されたターリバーンのムハマド・ハニーフ報道官の供述に拠れば、オマルは当時パキスタン軍統合情報局（ISI）の保護下にあり、クエッタの安全な場所に滞在していたという。
2007年，阿富汗当局表示一名被扣押的塔利班发言人哈尼在审讯过程中承认穆罕默德·奥马尔正在受到巴基斯坦三军情报局的保护，住在巴基斯坦的奎达市。