特に第四五二海軍航空隊と第八〇二海軍航空隊の二式水戦は、アリューシャン諸島攻略で米軍基地攻撃に活躍し、前者はアッツ島に、後者は転進してマーシャル諸島（ヤルート環礁イミエジ・マキン環礁）に展開して、船団護衛や基地防空に活躍した。
量产的二式水战主要配备给第五海军航空队及第十四海军航空队（1942年改编号为八〇二海军航空队），北至阿留申群岛战役，南边在马绍尔群岛等地，从事各种空中行动，包括攻击敌军基地、海上巡逻等。