慶長5年（1600年）、父の元忠が伏見城攻防戦で討死し、長兄の康忠は早世していたので家督を継ぎ、下総矢作藩主となる。
庆长5年（1600年），忠政的父亲元忠在伏见城之战中战死，加上忠政之兄鸟居康忠早死，忠政便继任家督，就任下总矢作藩主。