日本の寺院においても、仏教が伝わり、神仏習合が進む中で、寺院守護のための神祇が祀られるようになり、のちに寺院以外の建造物や一定の区域の土地にも鎮守神を祀るようになった。
日本的寺院在平安时代以降，神佛习合的过程中，开始祭祀守护寺院的神祇，日后除了寺院以外，住宅、庄园、城郭、村落等也祭祀镇守神。