新運河条約は、1999年12月31日までアメリカ合衆国が運河の運営・維持・防衛を行うことを規定し、アメリカ合衆国は返還まで通航料収入の一部をパナマに支払うことになった。
1995年，在巴拿马签订条约保证运河永久中立化后，美国如期于1999年12月31日中午将巴拿马运河正式移交巴拿马政府，并由巴拿马运河管理局接掌运河，如今运河仍是巴拿马最主要的税收来源之一。