常備艦隊の勤務を終え、明治32年（1899年）1月19日海軍大学校長就任、明治33年（1900年）5月20日、呉鎮守府司令長官に任命され、柴山の現役生活は静かに大団円を迎えようとしていた。
常备舰队职务卸任后，明治32年（1899年）1月19日就任日本海军大学校长，明治33年（1900年）5月20日，担任吴镇守府司令长。