しかし、省設置後に始まった満州事変以降に獲得した占領地は軍部が統治していて拓務省が関与できなかったこと、朝鮮総督府には直接の監督権がないなど、当初から問題点が指摘されていた。
不过，在拓务省设置之后便开始有指责该省无法监督为军部所统治之从九一八事变以来所获得的占领地、对朝鲜总督府欠缺直接监督权等等问题的批评。