孤島のためにハワイミツスイ類など固有種が多いが、米領土後の人による固有種の絶滅や、移入種の増加も多い。
南大东岛原有许多大东群岛特有亚种生物，但经人类开发后已有数种绝种或濒危，并有外来种入侵。