奥殿藩の藩庁は三河国の奥殿陣屋（現在の愛知県岡崎市奥殿町）にあったが、領地の大部分（1万6000石中の1万2000石）は信濃国佐久郡にあり、佐久に陣屋を置いて25か村を支配していた。
奥殿藩的藩厅原本在三河国的奥殿阵屋（日语：奥殿阵屋）（今爱知县冈崎市奥殿町），但其领地的大部分位于信浓国佐久郡，为统治领内的25个村，在佐久也设有阵屋。