慶長12年（1607年）正月に疱瘡を患い、将軍秀忠より名医を遣わされるがその甲斐なく、江戸屋敷で死去。
秀康在庆长12年（1607年）5月，以三十四岁的年龄病死，于万十分伤心，而大御所家康，二代将军秀忠也不曾关心过秀康的事情。