古い新エングラー体系ではイチヤクソウ科に、クロンキスト体系ではシャクジョウソウ科に分類されていたが、新しいAPG植物分類体系ではツツジ科に分類される。
旧分类系统克朗奎斯特分类法曾经将菖蒲科归类为天南星目下的一科，而新分类系统APGII分类法将菖蒲科分类为菖蒲目的一科。