1957年：剛体球の分子動力学法（AlderandWainwright←最初のMD）1964年：質点系への拡張(Rahman)1971年：剛体系への拡張(RahmanandStillinger)1977年：拘束系への拡張（Rychaert等）1980年：定圧条件の導入（Andersenの方法、Parrinello-Rahman法）1983年：非平衡系への拡張(GillanandDixon)1984年：定温条件の導入（能勢＝フーバーの方法）1985年：第一原理分子動力学法（→カー・パリネロ法）1991年：大正準集団（集合）系への拡張(CaginandPettit)理論物理学分野で始まったMD法は材料科学において人気を得て、1970年代からは生化学および生物物理学での人気を得ている。
1957年：基于刚球势的分子动力学法（AlderandWainwright）1964年：利用Lennard-Jones势函数法对液态氩性质的模拟（Rahman）1971年：模拟具有分子团簇行为的水的性质（RahmanandStillinger）1977年：约束动力学方法（Rychaert,Ciccotti&Berendsen;vanGunsteren）1980年：恒压条件下的动力学方法（Andersen法、Parrinello-Rahman法）1983年：非平衡态动力学方法（GillanandDixon）1984年:恒温条件下的动力学方法(Berendsenetal.)1984年：恒温条件下的动力学方法（Nosé-Hoover法）1985年：第一原理分子动力学法（→Car-Parrinello法）1991年：巨正则系综的分子动力学方法（CaginandPettit）1993年：路径积分分子动力学确定起始构型进行分子动力学模拟的第一步是确定起始构型，一个能量较低的起始构型是进行分子模拟的基础，一般分子的起始构型主要来自实验数据或量子化学计算。