そのため、JR貨物が列車を運行する路線のほとんどは、鉄道施設を保有する旅客鉄道会社の路線や、JR路線を転換した第三セクター鉄道路線の第二種鉄道事業者となっており、それらの会社に線路使用料を払って貨物列車を運行している。
因此，JR货物公司列车运行的大部分线路都是铁路设施所有的客运铁道公司的路线，一部分的从JR路线路转为“第三部门铁道”路线的“第二种铁道事业者”所有。