国鉄から承継した車両はすべて吹田機関区に配置され、100番台は吹田機関区・岡山機関区・広島機関区に分散配置されていたが、1996年3月16日のダイヤ改正で73両すべてが吹田機関区配置となった。
1989年至1991年间，新造的33台EF66型100番台电力机车陆续配属吹田机关区、冈山机关区、广岛机关区，至1996年3月16日运行图调整后JR货物全数73台EF66型电力机车集中配属吹田机关区。