翌月に長崎で宣教師や信徒など教会関係者55名が一斉に処刑された元和の大殉教では、平山常陳事件でキリシタンの疑いをかけられていた長谷川権六が、弾圧側の執行人として参加することで身の潔白を証明することを強いられた。
此一事件令幕府对于吉利支丹的不信任感造成决定性影响，隔月在长崎将传教士与信徒等教会相关人士共55人一齐处刑的元和大殉教中，于平山常陈事件并未对吉利支丹起疑心的长谷川权六此时被迫加入了镇压执行者一方以证明自身清白。