水頭港は大陸との小三通出発地点に指定され、厦門の国際定期船中心埠頭(毎日12往復)と五通埠頭(毎日6往復)及び泉州石井港の間に定期航路が開かれており、金門と厦門、泉州の海運会社が運航している。
金门有料罗与水头两商港，水头商港同时为小三通指定港口，与厦门五通码头和泉州石井码头之间有定期航线外，也亦为烈屿乡（小金门）与金门本岛每天固定航线对开的地方。