北東山麓の開田高原で飼育されている木曽馬（長野県指定天然記念物）山麓のニホンザル国指定特別天然物のライチョウ（夏羽のメス）高山植物のミヤマアキノキリンソウを吸蜜するクジャクチョウ江戸時代末期に御嶽山の高山植物は「御神草」として珍重され、山頂部の高山帯に自生するコマクサは薬草として採集され多くの自生のものが消滅した。
东北山麓的开田高原所饲育的木曾马（日语：木曽马）（长野县指定天然纪念物）山麓的日本猕猴国家指定特别天然物的岩雷鸟在吸取高山植物深山秋麒麟草的孔雀蛱蝶江户时代末期，御岳山的高山植物被称为珍贵的“御神草”，生长于山顶的驹草（日语：コマクサ）因此大量消失。