藤氏長者の職掌を大きく分けると、政治的な藤原氏の存立基盤整備、氏領としての荘園や動産の管理、氏寺興福寺や氏社春日社・大原野社などの管理があげられる。
家族中，藤氏长者统领包含庄园在内管理权；宗教上，其亦有兴福寺、春日大社、大原野社等神社的管理大权。