内容は『第4次』を踏襲しておりストーリーに大きな変更はないが、『第4次S』発売以前にDC戦争シリーズ第1作目『第2次スーパーロボット大戦』（以下『第2次』）のリメイク作『第2次スーパーロボット大戦G』（以下『第2次G』）が発売されているため、『第4次S』は『第2次』ではなく『第2次G』から続く物語とされた。
内容基本根据《第4次》，但因为在《第4次S》发售前，DC战争系列第1作《第2次超级机器人大战》（下称“第2次”）的重制作《第2次超级机器人大战G》（下称“第2次G”）刚发售，加上《机动武斗传G高达》参战的关系，《第4次S》的故事是承接《第2次G》，而非《第2次》。