1570年にオスマン帝国がニコシアの施政権を取ると、大聖堂はモスクに転換され、建物西側に2本のミナレットが追加された。
随着奥斯曼帝国在1570年占领尼科西亚，阿基亚索非亚大教堂变成了一座清真寺，教堂西部加入两个清真寺标志性的塔尖。