市場縮小や後継者難から2003年に中国企業の傘下に入り、2007年に株式会社三九製薬と合併し、株式会社三九製薬（さんきゅうせいやく）に社名変更。
其后，南开制药被并入为三九医药的子公司，并于2012年改名为“华润三九（郴州）制药有限公司”。