元治元年（1864年）、長州藩は禁門の変、下関戦争、第一次征長と厄続きであったため、藩内の政権闘争で主戦派（主に正義派）が恭順派（主に俗論派）に敗れた結果、波多野も投獄されたものの、正義派でなかったために処刑を免れた。
元治元年(1864年)长州藩在经历了禁门之变、下关战争和第一次长州讨伐等厄运之后，藩内的政权斗争中主战派(主要是正义派)和恭顺派(主要是丛论派)打得十分激烈，结果波多也直忠败北被关进监狱，但正义派因此处刑没有幸免于难。