その後、神功皇后陵の所在に関する所伝は再び失われており、元禄10年（1967年）の元禄探陵の際には佐紀陵山古墳（現在の日葉酢媛命陵）が神功皇后陵にあてられ、五社神古墳は称徳天皇陵にあてられていた。
其后，有关神功皇后陵的所在变得不明関，元禄10年（1697年）调查时将佐纪陵山古坟（现日叶酢媛命陵）当为神功皇后陵，五社神古坟则当成是称德天皇陵。