能島村上氏は、天正16年（1588年）にも海賊停止令に違反したと詰問され、息子の村上元吉が弁明のために大坂城まで赴いている。
天正16年（1588年），丰臣秀吉执行海贼禁止令，村上的背景受到怀疑，因此派遣儿子元吉上洛解释。