検疫所（法律第16条）国立ハンセン病療養所国立医薬品食品衛生研究所（政令第135条）国立保健医療科学院国立社会保障・人口問題研究所国立感染症研究所国立児童自立支援施設国立障害者リハビリテーションセンター管理部（省令第625条）自立支援局病院研究所学院自立支援局国立光明寮国立保養所国立知的障害児施設国立光明寮函館視力障害センター（省令第651条）塩原視力障害センター神戸視力障害センター福岡視力障害センター国立保養所伊東重度障害者センター（省令第658条）別府重度障害者センター国立知的障害児施設秩父学園（省令第665条）厚生労働省検疫所は以下の13検疫所の下に14支所と80出張所が置かれている。
检疫所（日语：検疫所）（法律第16条）国立麻风病疗养所（日语：国立ハンセン病疗养所）国立医药品食品卫生研究所（日语：国立医薬品食品卫生研究所）（政令第135条）国立保健医疗科学院（日语：国立保健医疗科学院）国立社会保障・人口问题研究所（日语：国立社会保障・人口问题研究所）国立感染症研究所（日语：国立感染症研究所）国立儿童自立支援设施（日语：国立児童自立支援施设）国立障害者康复中心（日语：国立障害者リハビリテーションセンター）管理部（省令第625条）自立支援局医院研究所学院自立支援局国立光明寮（日语：国立光明寮）国立保养所（日语：国立保养所）国立知的障害儿设施（日语：国立知的障害児施设）国立光明寮函馆视力障碍中心（省令第651条）盐原视力障碍中心神户视力障碍中心福冈视力障碍中心国立保养所伊东重度障害者中心（省令第658条）别府重度障害者中心国立知的障害儿施设秩父学园（省令第665条）以下13个检疫所下设14支所和80出张所。