独立した警察署として設立されたのは1925年（大正14年）で、当初の名称は「千駄ヶ谷警察署」であったが、1932年（昭和7年）に現在の「原宿警察署」に改められた。
早在东石郡成立之前，原名朴仔脚(今朴子)已有独立之警察署，1907年(明治三十年)起称为“嘉义县朴仔脚警察署”。