愛台十二建設

桃園航空城

國際機場園區發展條例經立法院通過，並在2009年1月23日由總統公布實施，使航空城計劃有法源依據，桃園航空城股份有限公司也在2010年由桃園縣政府成立，同年公告航空城區域計畫，交通部於2010年4月核定「台灣桃園國際機場園區綱要計畫」。
桃園航空城包括為改善機場效能，增加物流園區與桃園都市發展為藍圖涵蓋，桃園國際機場園區（機場專用及自由貿易港區）及附近地區，面積合計4,560公頃。分為中央與地方兩部分，中央主要負責機場第三航廈興建與機場捷運之推動。
第三航廈的先期工程「WC滑行道遷建及雙向化工程」於2016年7月1日啟動。
第三航廈主體工程於2017年5月26日陸續動工，並預計於2021年完工啟用，但由於確定工期要延長，預估要50至52個月期間持續施工，目前預估完工期延到2022年完工。機場捷運部分則透過成立桃園捷運公司執行，2017年2月2日已開放民眾搭乘，3月2日正式營運。

設計變更

桃園市府負責產業專業用區、機場捷運車站沿線等部分，新任市長上任後對該計畫進行部分變更，現階段推動航空城交通規劃，航空城捷運(綠)線於2016年4月20日奉准核定，於2017年9月7日上網公告，預計2017年底完成發包作業後動工，以期113年底(本計畫核定後8年)陸續完工通車。聯外道路系統也陸續推動計畫中，機場周圍之國小遷校，區段徵收及都市計畫皆陸續執行中。

發展中部高科技產業新聚落

2008年政府宣示中興新村發展為文化創意及高等研究園區之政策方向，並由中部科學工業園區管理局主政辦理，其籌設計畫並於2009年11月19日奉行政院正式核定。然而，2016年行政院工程會資料統計，全台閒置設施中面積最大的是中興新村高等研究園區，目前僅工研院、資策會等法人機構與2、3家業者進駐。至9月底止中央和地方共109件閒置設施，其中中央37件占34％，地方72件占66％。投資金額高達253.73億元。園區9成被南投縣政府設為文化景觀保護區，只剩約25公頃可招商成為全台最大的蚊子館。

都市及工業區更新

推動都市更新計畫，選定14處都市更新示範地區做為優先推動招商重點地區。政府為主都市更新案均以都市再發展為主軸，以提升城市競爭力為目標進行規劃與設計。本署將持續針對各都市更新地區推動都市更新。
北中南老舊工業區之更新與開發計畫，由經濟部工業局積極推動「北中南老舊工業區更新策略計畫」(5年計畫)，至2011年3月，投入54處老舊工業區基盤設施改善及產業輔導合計約120億元，執行期間對於改善廠商經營環境、促進投資及增加就業機會成效顯著，帶動了620家廠商新增設廠，擴大投資家數達162家，增加約1,343億元產值及約1,534億元新增投資，同時增加23,706個就業人數。
高鐵桃園、新竹、台中、嘉義及台南五站車站特定區開發，由交通部編列預算125.55億元執行。五個車站特定區都市計畫規劃面積共1,507公頃，辦理區段徵收面積為1,386公頃，由內政部、交通部(鐵道局)及桃園、新竹、台中、嘉義及台南等五個縣市政府三方共同合作開發。內政部為區段徵收開發主體，負責五個車站特定區都市計畫之規劃、擬定及審議、公共工程規劃設計、發包施工及督導縣市政府辦理區段徵收作業等；縣市政府負責地上物查估拆遷、補償費發放、抵價地與優先買回土地分配作業及地籍整理等業務；交通部(鐵道局)負責擬定區段徵收計畫書、開發經費籌措及土地處分作業。

農村再生

政府推動農村再生致力扭轉臺灣農業的刻板印象，為了讓農村創造更多的商機和價值，推動農村再生結合產業化、增加在地工作機會，並極力改善生活環境，吸引年輕人回鄉從農，改變農村新氣象，於2010年8月4日制定公布農村再生條例。
農村再生條例施行至2013年，參加培根計畫已有2058個農村社區，為加強照顧弱勢地區，其中原住民地區累計培訓399社區、漁村地區260社區、離島41社區。完成四階段培訓且向直轄市或縣（市）政府審核提出農村再生計畫者已經有263社區，205個社區通過農再審查，並有171個社區農村再生計畫核定。遍布東、西部及離島地區，包括閩南、客家及原住民族區域，47個原住民區域、25個休閒農業社區及16個漁村社區。
水保局積極成立跨域平台，邀請農委會所屬單位針對農村社區目前發展課題及對策進行討論，共同規劃可合作、加值的推動事項並研擬成計畫，跨域合作平台成功媒合 15 個社區，苗栗縣後龍鎮秀水社區是第一個跨域示範成功的社區，該社區以甜瓜產業為主，透過水保局跨域合作平台，邀請專家及相關單位現地輔導、提升甜瓜生產技術品質、辦理甜瓜相關推廣活動，改變產業生產模式進而引領 8 位青年農民共同參與甜瓜產業。
臺中新社協成社區以「花海添妝 菇動協成」發展，主要產業為香菇，邀集農糧署、林務局、農業試驗所、農會、市政府、公所等單位，提供種植香菇所需相關技術、資材，如林務局提供相思林樹栽種、農試所提供菌種的栽培及技術改良、農會輔導行銷活動的推廣、水保局及市政府協助閒置空間的規劃與整修等，各單位共同合作輔導協成社區解決發展香菇產業所面臨的問題及需求。透過各單位跨域之合作，營造良好的種植環境，提供新技術，讓年輕人及學子願意投入新興農業，打造農村再生新契機。
為了鼓勵青年人回鄉服務及從事農村再生及農事工作，特別推出農村再生青年回鄉築夢計畫，於寒暑假提供大專青年打工機會，體驗農事、參與在地社區營造，由水保局推廣青年洄游農村，並舉辦競賽，使老齡化農村注入新血與活力，到2017年止舉辦七屆，參與洄游駐村的大學生已經超過700人。

防洪治水

為了落實愛台12建設總體計畫中的防洪治水，2013年馬政府編列了6年600億治水預算，2017年6月，台南市長賴清德表示感謝前總統馬英九提出6年600億計畫：「台南尋求和中央合作，透過水利署和台南水利局合作推動治水計畫，完成10年防洪保護標準，外水已經沒有淹進來。」。
中華民國法規中並無「高屏溪整治特別條例」。
馬英九政府改採一般政府型之延續性計畫推動《高屏溪整治專案》。高屏溪整治專案由經濟部次長主導，相關治水由各部會跨部會合作組成委員會編列預算並執行，涵蓋經濟部水利署、行政院環保署、內政部警政署、農委會水保局 、環保署廢管處、高雄市政府等部會，自2004年經濟部水利署即推動此整治專案，並成立高屏溪流域管理委員會。馬英九執政期間曾於98年8月17日、98年9月13日莫拉克風災期間二度視察第七河川局，並於2015年12月26日第三度視察該區，並核列6年六百億治水計畫，2015年提出高屏溪流域整體治理計畫，計畫內訂定分近程(2015年-2018年)、中程(2019年-2024年)及遠程(2025年-2031年)三階段實施，2016年在各項河川治理及環境改善，集水區及保育區劃設等，2015年度核列37.31億元可動支38.73億，2015年底累計執行數為38.06億元，達成率98.48%，相關專案計畫並持續執行中。
2014年8年八百億治水預算用罄後，馬英九政府2015年也推出6年六百億治水計畫，其中包括「高屏溪流域整體治理計畫」，計畫內訂定分近程(2015年-2018年)、中程(2019年-2024年)及遠程(2025年-2031年)三階段實施。

下水道工程

2008年之前，除台北及高雄有都市衛生下水道建設外，台灣其餘城市汙水及雨水下水道納管率極低，苗栗、雲林甚至沒有公共汙水下水道，為提升都市居民生活品質，馬政府逐年編列了預算給各縣市執行下水道工程，截至2016年7月為止，各縣市下水道納管皆明顯提升，並持續進行納管計畫。其中新北市汙水處理率提升至100%，基隆市從17%提升到98%，宜蘭縣從18%提升至62%，新竹縣從44%提升到88%，台南從10%提升到50%，花蓮從8%提升到52% 進步最為明顯。