妹妹們

通性

妹妹們普通個體從00001號到20000號共有20000名，00001號至10031號都因為一方通行的進化實驗而死亡。所有妹妹的腦波彼此連線，構成「御坂網路」，並且共享一份記憶，性格上為「美琴的人格加上電波系大小姐的氣質」。因為記憶共享的關係，全員對當麻都十分在意，貌似喜歡他，甚至為此內部大打出手。
妹妹們的能力是等級二至三的電擊能力「缺陷電力（Radio Noise，日語：欠陥電気（レディオノイズ））」，她們以「御坂」為第一人稱，表情變化少，將情感隨著發言一同說出口（必加「御坂╳╳╳地說道」）。她們與美琴一樣缺乏耐性，會用平穩的口氣講出粗暴內容的話。她們也跟美琴一樣非常喜歡貓，卻因為身體會釋放微弱電力而被小動物懼怕。
妹妹們的外表與美琴一模一樣，能力卻遠不如本尊（能力名稱「缺陷電力」的由來），即便是兩萬個妹妹加起來也比不上。她們的肉眼無法觀測到電磁波的存在，因此常配戴著特製的軍用目視鏡，平常的穿著跟美琴一樣是常盤台中學的制服，加上外貌體型也一樣（也有部分妹妹們特意去減肥）。所以，一旦拿下目視鏡的話，尚無口頭互動在先的時候，幾乎就只能通過「檢查裙底下是否穿四角安全褲」來分辨對方是不是美琴。
根據小說中的描述，妹妹們會把目光均勻發散到自己能夠看到的每個物體上，這就是為什么妹妹們的瞳孔看起來與美琴有些許的差別。此差別在《魔法禁書目錄》第一、二部中是以放大的瞳孔具體化，但在《科學超電磁砲》第二部中（重新詮釋《魔法禁書目錄》第一部的「妹妹篇」的劇情）則改為瞳孔有咖啡色反光。
由於現在實驗已經終止了，所有妹妹們也開始過安穩和平的生活，但因入世未深而對很多事缺乏常識。

已出現的「妹妹們」

以下為「妹妹們」已知的各個個體的解說，1~10031個體全數都在實驗下死亡，10032~20000總計9969個體存活（此指「絕對能力（Level 6）進化（Shift）計劃」所投入的數量）。

1號

1號（聲：佐佐木望）是第一個進行實驗的妹妹，「超電磁炮」動畫原創於一方通行的回憶中出場。當時一方通行尚不知曉實驗需要殺死妹妹，而只將她打倒於地；1號隨後以槍射擊一方通行，遭反射而被子彈擊斃。

9982號

9982號（聲：佐佐木望），是御坂美琴遇到的第一個「妹妹」，並與美琴一同度過有如真正姊妹般的下午，並讓美琴非常驚訝於妹妹表現出來的「人性」與「大腦短路程度」。其後於當晚的實驗中握著美琴送的蛙太徽章被一方通行以火車廂壓斃，並讓親眼目睹慘狀的美琴失控攻擊一方通行。

10031號

10031號（聲：佐佐木望）。是上條遇見的第一個「妹妹」。8月21日，在趕赴實驗的過程中因自認為「對姐姐來說御坂是個想予以否定掉的存在」而感到自卑。在傍晚進行的第10031次實驗中先後使用F2000R的槍械和電擊攻擊無效後首次意識到一方通行的能力是「反射」，旋即被一方通行使其血液倒流而被殺死。而當時美琴在侵入的某實驗設施中也親眼目睹了該實驗的影片直播。在新約9中得知上條對於不能拯救到10031號感到非常後悔。

10032號

10032號，又稱「御坂妹」（日語：御坂妹（みさかいもうと），聲：佐佐木望）
本作科學側女主角之一。
在「實驗」中因10031的大發現而試使用分解氧氣變成臭氧使一方通行陷入窒息的戰術，但很快被一方通行破解。。因得上條當麻解救，成為第一名從實驗中存活下來的御坂妹，同時是最常接觸到上条當麻和御坂美琴的妹妹。曾將撿到的黑貓命名為「狗」（隨便想到的名字）及德川家康（經思考後的莊重名字）和薛丁格（開玩笑的名字）經當麻駁回後暫時命名為「保留」。在小說第八集中得知，黑貓現在是和御坂妹妹一起住在醫院裡，不過就被放在寵物專用籠中（籠子經過特別設計，動物毛屑及細菌絕不外漏）。
感性上與美琴一樣喜歡呱呱太和可愛的小東西，看到呱呱太的吊飾時目光就會被吸引過去。因為沒有灌輸羞恥觀念，內褲被看光光、當街被脫裙子、甚至全裸被看到也毫不在乎。能夠面不改色地連番逼問、說出或做出和當前表情非常不搭的暴力行徑，據說是受到御坂美琴的身教。
在實驗過程中被上条當麻所救，視當麻為救命恩人而喜歡著他，並因她牽線讓御坂網路內的所有妹妹們了解當麻所說的「妳們每一個都是世界上獨一無二的存在」，因此疑似導致所有的妹妹們都對當麻抱有好感。小說第十二集中被最後之作惡作劇奪走軍用目視鏡，為了方便辨認，當麻送她一條愛心形狀的銀項鍊，後面她遇到姊姊美琴不肯坦率承認對當麻的關係時，主動摟住當麻的手並宣示「要和姊姊走不一樣的路」，甚至拿起剛得到的項鍊示威。
小說SS篇的十月、第二個星期五，與另外八名妹妹被侵入學園都市的魔法師歐雷爾斯擊倒。
在漫畫版中，在大霸星祭期間取代本尊參加競賽並取得不錯的成績，但因過程中遭暗部注入病毒時分神而落敗；後更被木原幻生作為橋樑，以外裝代腦操縱御坂網路並強制美琴進入失控狀態，藉此進行Level 6覺醒實驗。
「夏季限定企劃」的作品大總投票角色排名第三位。

10046號

《科學一方通行》中登場。

10777號

10777號是駐紮於俄羅斯的妹妹。於小說二十一集與搭超音速飛機趕到俄羅斯的美琴相遇。
她自己很羨慕都市學院組的妹妹們和姊姊（妹妹們共同對美琴稱呼），因為接觸上条當麻的機會較多。尤其是從10032號收到當麻送的項鍊後，羨慕意味更深。

19090號

19090號是駐紮於學園都市的妹妹，在小說第十二集中，和10032號及13577以及10039一起出院。被布束砥信注入感情程序，由於最後之作在御坂網絡內對該程序實行攔截，故該程序僅對其一人起效。由於受到感情程序影響，面部表情比其他妹妹豐富，也會為吸引異性（特指上条當麻）而偷偷減肥。

原石回收篇的妹妹

17000號是駐紮於英國加拉希爾斯的妹妹，在小說第SS2集中，參於了拯救原石及收集原石到學園都市的任務。
18022號是駐紮於瑞士洛桑的妹妹，在小說第SS2集中，參於了拯救原石及收集原石到學園都市的任務。
14333號是駐紮於墨西哥的瓜達拉哈拉的妹妹，在小說第SS2集中，參於了拯救原石及收集原石到學園都市的任務。
15110號是駐紮於阿根廷德賽阿多的妹妹，在小說第SS2集中，參於了拯救原石及收集原石到學園都市的任務。
12053號是駐紮於印度艾哈邁德納格爾的妹妹，在小說第SS2集中，參於了拯救原石及收集原石到學園都市的任務。
11899號是駐紮於委內瑞拉的拉·巴拉瓜爾的妹妹，在小說第SS2集中，參於了拯救原石及收集原石到學園都市的任務。
16836號是駐紮於加拿大穆索尼的妹妹，在小說第SS2集中，參於了拯救原石及收集原石到學園都市的任務。
19900號是駐紮於南極的妹妹，在小說第SS2集中，參於了拯救原石及收集原石到學園都市的任務。
12083號是駐紮於泰國清邁的妹妹，在小說第SS2集中，參於了拯救原石及收集原石到學園都市的任務。
10855號是駐紮於波蘭什切青的妹妹，在小說第SS2集中，參於了拯救原石及收集原石到學園都市的任務。
17203號是駐紮於義大利法恩莎的妹妹，在小說第SS2集中，參於了拯救原石及收集原石到學園都市的任務。
19488號是駐紮於西班牙洛格羅諾的妹妹，在小說第SS2集中，參於了拯救原石及收集原石到學園都市的任務。
15327號是駐紮於韓國群山的妹妹，在小說第SS2集中，參於了拯救原石及收集原石到學園都市的任務。
13072號是駐紮於法國安格雷姆的妹妹，在小說第SS2集中，參於了拯救原石及收集原石到學園都市的任務。
17403號是駐紮於巴西庫達加斯的妹妹，在小說第SS2集中，參於了拯救原石及收集原石到學園都市的任務。
12481號是駐紮於斯洛維尼亞采列的妹妹，在小說第SS2集中，參於了拯救原石及收集原石到學園都市的任務。
18072號是駐紮於挪威伯根的妹妹，在小說第SS2集中，參於了拯救原石及收集原石到學園都市的任務。
19348號是駐紮於芬蘭羅凡尼米的妹妹，在小說第SS2集中，參於了拯救原石及收集原石到學園都市的任務。
17009號是駐紮於澳大利亞雪梨的妹妹，在小說第SS2集中，參於了拯救原石及收集原石到學園都市的任務。
15113號是駐紮於葡萄牙布拉干薩的妹妹，在小說第SS2集中，參於了拯救原石及收集原石到學園都市的任務。
14014號在小說第SS2集中，參於了拯救原石及收集原石到學園都市的任務，並疑問為何10032號會發出緊急報告。
18829號在小說第SS2集中，參於了拯救原石及收集原石到學園都市的任務，並提問10032號為何發出緊急報告及要求說明。