西黃寺

興建

清朝順治八年（1651年），清朝順治帝派大臣赴西藏敦請藏傳佛教格魯派（俗稱「黃教」）首領五世達賴赴北京會晤。隨後，順治帝下令在東黃寺旁邊興建西黃寺。光緒朝《順天府志》載，「順治九年，以逹賴喇嘛綜理黃教肇建茲寺。」所以該寺又稱「逹賴喇嘛廟」、「逹賴廟」。該寺是在遼金時期創建的佛教寺院「彚宗梵宇」的原有基址上修建起來，為「詔仿西藏布達拉式建此」，寺內還建有「達賴樓」。也有史料稱，該寺原是清朝為迎請四世班禪而建，但四世班禪因年事已高而無法赴北京，清朝遂請五世達賴赴北京，該寺也就用於接待五世達賴了。
順治九年三月初七日（1652年），五世達賴啟程進京。途中，順治帝多次派親王及內務府大臣前往迎接五世達賴，並親賜「金頂黃轎，黃傘幡幢」。順治九年十二月十六日，五世達賴抵達北京，順治帝「以畋獵名義，出南苑與達賴為路遇」，迎請五世達賴居東黃寺。一天之後，順治九年十二月十七日，五世達賴移居西黃寺。五世達賴在北京居住了五個月，後經內蒙古代噶（今涼城縣岱海）返回西藏。此後，歷世達賴經常遣使到北京朝貢，使者照例均居住在西黃寺內。
雍正元年（1723年），喀爾喀哲布尊丹巴呼圖克圖及蒙古王公造佛像、寶塔、藏經，送寺供奉，西黃寺修葺一新。乾隆三十六年（1771年），經章嘉呼圖克圖牒理藩院大臣，西黃寺獲得朝廷重修。乾隆四十五年（1780年），乾隆帝御題山門額曰：「彚宗梵宇」。
《欽定日下舊聞考·卷一百七·郊垧北一》載：
増：東黃寺西為西黃寺。（《五城寺院冊》）臣等謹按：西黃寺與東黃寺接連，雍正元年建，乾隆三十六年重修。殿前恭懸御書額曰：「覺海慈雲」。四十五年御題山門額曰：「彚宗梵宇」。大殿柱聯曰：「馥郁香台輝慧日，莊嚴寶界擁祥雲」。都綱殿額曰：「妙緣具足」，聯曰：「三乗普滿仁慈願，十地常凝福德雲」，樓上額曰：「法雲普遍」，聯曰：「金界擁祥輝齊瞻七寶，香林滋法雨溥潤萬方」，樓後層額曰：「慧燈朗照」，聯曰：「福地涌華嚴妙參功德，浄因開舍衛境現清涼」。寺內碑亭二，東亭恭勒世宗憲皇帝御製碑文，西亭恭勒皇上御製碑文。
増：世宗憲皇帝御製碑文：雍正元年正月，喀爾喀哲卜尊丹巴瑚土克圖四十九旗、札薩克七旗、喀爾喀厄魯特眾札薩克汗、王、貝勒、貝子、公、額駙、札薩克、台吉、塔布囊等合詞奏言：「臣等荷聖祖仁皇帝教誨，養育如天，覆燾之恩，歷六十二年，殊域窮荒，溥徧周浹，以子以孫，世世蒙賴，無所申其報効，區區之忱不能自己。臣等同心一力，合貲凡四萬三千兩，造三世諸佛像、八座塔畨藏經。京城北郭外有原為逹賴喇嘛修蓋之黃寺，請以贏財葺而理之，丹青黝堊煥然以新，供佛像寶塔藏經於茲寺，臣等感激攀慕之情，庶盡涓埃。」朕惟皇考聖祖仁皇帝以天下為一家，以萬國為一體，深仁厚澤，所以嘉恵藩服者，淪入於肌膚骨髓而不可忘也。諸藩王等詞語懇切，具見誠悃，遂允所請，命親王大臣往董厥役，工既告竣，勒文豐碑以揚皇考功德之隆，以表藩服忠愛之篤，用昭垂於久遠，自今以始，爾諸藩王等其益修乃政事，撫乃臣庶，睦乃鄰封，俾民物蕃滋，疆宇寧泰，恭順述職，永享我朝太平之福，斯則皇考陟降之靈，日鑒在茲，爾諸藩王等其敬念之無斁焉，是為記。
増：《御製重修黃寺碑文》：象教由西竺入東土，中間流衍侵尋，論其書則譯不如梵，論其人則緇不如黃，此在能仁普燾有平等施無分別相，而揆諸國家善世開化之大經，則必有數典不忘其朔者，然後可以柔遠人而惇本俗。洪惟世祖章皇帝定鼎自燕，荒徼景附，逹賴喇嘛在國初導諸藩傾心歸命，其功最巨，至順治九年來朝京師，特頒冊印，綜理黃教，並肇建斯寺，俾為駐錫之所。嗣是逹賴喇嘛、班禪額爾德尼間歲奉貢，遣使咸館寺中，而蒙古喀爾喀各部之以畨覲至者，靡不識所向方和南皈仰，夫既文厘政典，而事著藩條矣。皇祖聖祖仁皇帝久道綏懷，時加繕治。皇考世宗憲皇帝雍正元年，哲卜尊丹巴瑚土克圖暨札薩克王公台吉等合辭懇鑄佛像寶塔，送寺供奉，寺宇亦輪奐一新，距今垂五十載。乃乾隆己丑冬，章嘉國師牒理藩院大臣上言：「黃寺東西二區，同垣異構，土人號曰雙黃寺，蔚為北垧名剎。茲東寺已經增葺，而西寺尚以歲渝寖就，陊剝觀瞻，曷副矧比，歲庚寅辛邜迭逢國慶駢臻，中外延喜，純純常常，越在蕃封，方樹領翹趾思得聆潮唄，效嵩呼，胥於是焉在。願前期諏吉庀材，用答輿望。」爰俞其請，下所司支內帑金往董厥役，物備工良，所在閎塏完致，以今年仲夏庚戌日北至用告蕆成。朕因蹕旋道近，蒞而落之，紀事詩所云敬識當時具深意聯情因撫遠方人者是也。即日恭奉懿旨，飭尚方肅瓣香，陳伊蒲供，以展誠敬，都人皆舉首加額衢頌交屬曰：聖母皇太后以大慈仁廣大庇佑，以大福德成大勝因，聖心與佛心無二無別，即聖壽與佛壽亦無二無別。或進而推明夫所以，又稱曰：崇祖制也，綿慈禧也，安列服也，闡宗乘也，而修寺之緣起詎復有逾乎此哉，遂摭其實以掲於碑。

增建清淨化城塔院

乾隆四十五年八月十三日（1780年），是乾隆帝七十壽辰。在此之前，乾隆帝邀請六世班禪赴北京。六世班禪於乾隆四十四年六月自後藏日喀則扎什倫布寺啟程。途中，乾隆帝特派皇太子以及章嘉呼圖克圖、散秩大臣攜乾隆帝御用朝珠、鞍馬沿途宴勞及賞賚六世班禪。乾隆四十五年七月十二日，六世班禪抵達熱河避暑山莊，參加乾隆帝慶壽活動。乾隆帝在熱河隆重接待了六世班禪，並在熱河興建了須彌福壽之廟，供六世班禪居住以及其弟子羅布藏敦朱布宣闡正教。乾隆四十五年九月，乾隆帝慶壽活動結束後，乾隆帝邀請六世班禪一同赴北京。六世班禪到北京後，起先駐錫西黃寺，西黃寺為迎接六世班禪到來而特意新建了一座牌坊。六世班禪在北京，共有三處駐地，除了西黃寺之外，還有南苑德壽寺及香山宗鏡大昭之廟，其中西黃寺用於六世班禪冬季居住，德壽寺及宗鏡大昭之廟用於夏秋季節居住。乾隆帝自熱河回到北京之後，先後在德壽寺及宗鏡大昭之廟會見六世班禪，後來又在紫禁城保和殿宴請並賞賜六世班禪。六世班禪在北京期間，平時居住在西黃寺的達賴樓，在寺內講經說法。
乾隆四十五年十月二十九日，六世班禪因患天花而發高燒。乾隆帝聞知，隨即派御醫進行診治，並親自赴西黃寺探視六世班禪。乾隆四十五年十一月初二日，六世班禪在西黃寺圓寂（清淨化城塔塔記，藏文寫作「陰鐵鼠年孟冬月」，終年49歲）。乾隆帝聞訊後，「為之輟朝一日，敕命親王致祭，並令近畿各寺喇嘛，唪經四十九天。」乾隆帝在敕諭中稱，「班禪篤誠遠來，並未能平安回藏，朕心實為悼惜。」六世班禪圓寂之後，在西黃寺為其祭祀百日，唪經超度。乾隆帝還向六世班禪的兩個兄弟分別賜以諾門汗、札薩克等封號及職銜。乾隆四十六年二月十三日，班禪舍利金龕柩從北京啟運回西藏，當天乾隆帝親自赴西黃寺拈香祭送，並命理藩院尚書博清額等人陪送靈櫬至扎什倫布寺。
乾隆四十七年（1782年），「詔命於寺之西偏建清淨化城塔院」，「藏經咒衣履」以資紀念。這就是說，乾隆帝下詔在原來的西黃寺建築群（即「逹賴廟」）以西，新建清淨化城塔院，其中的清淨化城塔（俗稱「班禪塔」）是班禪額爾德尼六世的衣冠塔。乾隆四十七年，乾隆帝還寫下了《清淨化城塔記》。自此，西黃寺形成了「逹賴廟」、「清淨化城塔院」東西並峙的格局。

清末風雲

咸豐十年（1860年），英法聯軍侵占北京，東黃寺、西黃寺遭到破壞，建築受損嚴重。光緒二十六年（1900年），八國聯軍攻占北京，東黃寺遭劫。
光緒二十一年（1895年），十三世達賴親政。光緒二十九年（1903年），英國派兵占領後藏崗巴宗，隨後以榮赫鵬（Francis E.Younghusband）為正帥，率軍侵入亞東、帕里一線，占領西藏領土，屠殺當地藏民。第二次英藏戰爭由此爆發。當時，以十三世達賴為首的西藏噶廈同清朝駐藏大臣有泰間關係緊張。達賴力主抗擊英軍，並請清廷調集中國內地軍隊，資助軍餉。而新到任的駐藏大臣有泰反對西藏軍民抗英，拒絕達賴所提的援助要求，斥達賴「執拗無理，膽大妄為」，並在藏軍與英軍作戰時釜底抽薪，導致藏軍大敗，以迫使藏人同英軍媾和。1904年7月，英軍渡曲水到達拉薩城下，十三世達賴未通知駐藏大臣有泰便被迫出逃，同年11月到達外蒙古庫倫，受到清朝庫倫辦事大臣德麟、外蒙古哲布尊丹巴呼圖克圖以及當地僧俗歡迎。其間，清廷聽信駐藏大臣有泰參奏，革去十三世達賴的名號。但清廷仍密切關注達賴的動向，防止其投靠俄國，並派西寧辦事大臣延祉前往迎護並帶去光緒帝和慈禧太后賞賜的眾多禮品。
抵達庫倫後，十三世達賴隨即通過西寧辦事大臣延祉向清朝皇帝呈遞奏摺，並派哲蚌寺巴登活佛以及庫倫索本、庫倫洛桑旦增等隨延祉赴北京直接呈報西藏形勢。光緒三十二年五月下旬，達賴依清廷安排，自庫倫啟程，經甘州，以講經拜寺之名義，於同年秋抵青海塔爾寺。達賴自庫倫啟程後，清廷恢復了其名號。
本來按清廷安排，十三世達賴應自青海回西藏。但因中英兩國正在就修改《拉薩條約》談判，英國反對並阻止十三世達賴回西藏。清廷派赴印度談判的張蔭棠也認為達賴此時回西藏不利於在西藏「整頓藏務籌施新政」。清廷於是有召達賴入覲之議。此時，九世班禪向張蔭棠提出「赴京陛見」之請，西藏噶廈及三大寺僧眾遂要求達賴先於班禪入京陛見。張蔭棠為西藏噶廈代奏時，建議清廷同意達賴、班禪入京陛見。清廷於光緒三十三年冬降旨，先邀十三世達賴赴五台山朝佛，並暫住五台山休養，隨後再由五台山經直隸入京覲見。對九世班禪，清廷另外降旨：「俟藏務大定後，再來陛見。」
光緒三十三年十一月二十七日，十三世達賴自青海塔爾寺啟程赴五台山，光緒三十四年二月中旬抵達五台山。清廷原準備讓十三世達賴到北京後駐錫東黃寺，後慮及西黃寺曾接待五世達賴、六世班禪，故又改為西黃寺，由內務府會同理藩部勘測西黃寺房屋，兩次施工，共修葺、添蓋住房238間，還對北京其他佛寺開展修繕。
光緒三十四年六月二十一日傳旨內閣，召十三世達賴入京陛見。光緒三十四年七月，欽奉電旨：「達賴來京，准其由龍泉關抵定州，改乘火車北上。著該撫會商直隸總督妥為照料。」光緒三十四年八月二十七日，達賴自五台山啟程，九月初四日（1908年9月24日）抵達北京，軍機大臣那桐率理藩部堂官、內務府大臣、步軍統領、順天府府尹、青海東科爾呼圖克圖暨在京佛寺的扎薩克喇嘛等人在火車站迎接十三世達賴，民政部還派出巡警隊和樂隊迎接。十三世達賴下火車後，乘轎赴西黃寺敏珠勒呼圖克圖佛倉下榻，沿途有巡警隊護送。十三世達賴抵達西黃寺時，黃寺大門口聚集近千名僧人和百姓列隊歡迎，陸軍部指派營隊駐寺內守護。
達賴到北京當天，光緒帝即厚賞達賴。光緒帝欽派理藩部侍郎達壽、外務部右丞張蔭棠負責料理達賴在京一切事宜。達賴在京期間，經常前往黃寺照料或住班的還有甘肅候補知府裕端，理藩部掌印員外郎文哲琿、幫印員外郎吉章、扎拉芬、特蘇慎等人。《內廳偵察達賴報告》載，達賴此次進京帶的隨員堪布、兵役共260人，其中近身扎薩克喇嘛、大小堪布共16員，包括大堪布（含扎薩克喇嘛）4員、小堪布12員，其名字依次為：扎薩克喇嘛：羅桑謝珠；堪布：羅桑講臣、桑皆挪布、羅桑吾色、羅桑南珠、見贊錯臣、堆瓦羅丹、羅桑旦增、見巴該列、羅桑加措、貝巴圖旺、羅桑扎喜、旦增披皆、羅桑開交、羅桑烏珠、阿旺卻扎。俄國籍蒙古人德爾智也隨達賴進京。
光緒三十四年九月二十日，達賴自黃寺抵達頤和園仁壽殿，光緒帝及慈禧太后陛見。這是達賴首次覲見。此前，九月十四日，達賴在黃寺與隨行堪布喇嘛先期演禮，參加演禮者還有「欽派王大臣、那王、棍貝子等，理藩部、內務府、外務部等衙門各堂官皆帶同司員，來黃寺照料」。
十月初三日至初五日，達賴曾在雍和宮駐錫。其間，十月初四日，達賴「由雍和宮起行，前往白塔寺、嵩祝寺、福佑寺、瑪哈嘎拉廟等廟拈香」。
光緒三十四年十月初六日，光緒帝在中南海紫光閣宴請逹賴喇嘛一行。這是達賴第二次覲見。應邀參加者包括青海東科爾呼圖克圖、扎薩克喇嘛、堪布喇嘛、達賴近身的大小堪布16員，另有駐京的蒙古王、貝勒、貝子、公、台吉、塔布囊等等。此前，十月初三日，達賴「遣堪布等十四員帶兵役十二名，前往紫光閣恭代演習筵宴禮節」。
席間十三世達賴向光緒帝面陳藏事稱，「為了西藏的政教和臣民，應幫助西藏進行抵抗外道國家的侵犯，保全西藏。顯密二宗教律，為滿、漢、蒙、藏四族人民所信奉，保教即安民護國，此為歷代大皇帝所奉行不移之大政。請皇帝和皇太后仍舊貫徹前輩皇帝之仁政。」達賴還向光緒帝提出，西藏凡事通過駐藏大臣每每誤事，今後西藏凡遇大事，可否由達賴直接自行具奏，也可由駐藏大臣和西藏噶廈會銜具奏。但光緒帝未當面回應。
達賴在北京期間，恰逢慈禧太后生日。達賴請求親自呈進壽禮，以表對慈禧太后的祝福。九月三十日軍機大臣面奉諭旨：「逹賴喇嘛著准於十月初九日在勤政殿呈進貢物。」十月初九日，十三世達賴在中南海勤政殿向慈禧太后呈遞萬壽貢物。十月初十日是慈禧太后萬壽正日，達賴親自率領徒眾為慈禧太后祝壽，在中南海景福門外另班行禮。當天，慈禧太后諭內閣：「逹賴喇嘛上月來京陛見，本日率徒祝嘏，備抒悃忱，殊堪嘉尚，允宜特加封號，以昭優異。逹賴喇嘛業經循照從前舊制封為『西天大善自在佛』，茲特加封為『誠順贊化西天大善自在佛』。其敕封儀節著禮部、理藩部會同速議具奏。並按年賞給廩餼銀一萬兩，由四川藩庫分季支發。」但對達賴多次提出的直接上奏的要求，懿旨重申今後「所有事務，依例報明駐藏大臣，隨時轉奏，恭候定奪」，「並著理藩部傳知逹賴喇嘛祗領」。達賴雖獲封賞，但對清廷的決定並不滿意。
祝壽活動後不久，光緒三十四年十月，光緒帝和慈禧太后先後駕崩。十三世達賴率堪布喇嘛等入內廷叩謁光緒帝和慈禧太后梓宮，並唪經超度，還在雍和宮供設5種供養，對北京28座寺院的僧眾發放布施，在西黃寺舉行回向法會致祭。十一月初九日，宣統帝即位，十三世達賴呈請朝賀，率徒眾行祈禱、讚頌之禮。達賴呈遞了「吁懇天恩，敕准奏事」的奏摺，但仍無結果，達賴對此深感失望。 
十三世達賴在北京期間，除覲見之外，還在駐錫地西黃寺接待來訪的各國使節及政要，並舉辦各種佛事活動，大批各族佛教徒到西黃寺朝拜。達賴除在黃寺舉辦「放頭」等活動外，還派堪布喇嘛赴北京十多座佛寺放經、放布施。據記載，堪布喇癖去過的寺廟有：護國寺、普勝寺、柏林寺、嵩祝寺、福佑寺、瑪哈嘎拉廟（普度寺）、慈度寺、黑寺、隆福寺、新寺、三佛寺等等。此外，還有賢良寺、龍泉寺、觀音院、慶華寺、法源寺、廣化寺、法華寺、拈花寺等寺廟的僧眾，赴黃寺受領達賴布施的銀兩及僧餉基金。
十一月初十日，十三世達賴奏請離京，獲清廷允許。十一月二十八日，十三世達賴自西黃寺啟程前往車站，坐火車離開北京，同日抵達保定府的大行轅。次日，十三世達賴又接受清廷致送的慰問品，並接見了自拉薩專程前來迎接他的倫欽強巴·阿旺貝桑一行。
後來，1933年12月17日，十三世達賴在格桑頗章圓寂，西黃寺的僧眾還為其集體誦經49日，以昭紀念。

民國時期

1923年11月，九世班禪率少數隨從自扎什倫布寺出走，北上尋求中華民國政府支持。1925年2月20日，班禪一行抵達北京，受到中華民國政府代表以及西黃寺、東黃寺、雍和宮僧眾歡迎。1927年，九世班禪在福佑寺設立「班禪額爾德尼駐平辦事處」，九世班禪還組織修葺西黃寺清淨化城塔院，工程於1928年竣工。此後，清淨化城塔院一直由班禪額爾德尼駐平辦事處派人管理。
中華民國時期，東黃寺和西黃寺因年久失修，損毀嚴重。抗日戰爭期間，西黃寺遭侵華日軍破壞。中華民國時期，西黃寺曾經成為國民黨軍隊的軍營及倉庫，其間，西黃寺清淨化城塔院的慧香閣毀於一次彈藥庫爆炸。
中華民國時期，西黃寺的逹賴喇嘛廟、清淨化城塔院分為兩寺，分別運作。其中清淨化城塔院當時被稱作「西黃寺」。
釋妙舟《蒙藏佛教史》載，「逹賴喇嘛廟。即匯宗梵宇，在安定門外。初為遼蕭太后宮殿，工程浩繁。雍正元年正月，喀爾喀哲布尊丹巴呼圖克圖四十九旗、札薩克七旗、喀爾喀厄魯特眾札薩克汗、王、貝勒、貝子、公、札薩克、台吉、他布囊等合辭奏請，合資凡四千三百兩，造三世諸佛像，八座塔、番藏經。京城北郭外，有原為逹賴喇嘛備蓋之黃寺，請以贏財葺而新之，旨允所請。旋以年久失修，殿宇多圮。現額定喇嘛十八名，常駐寺內。」1940年代，該寺仍為喇嘛廟，開展佛事活動。
釋妙舟《蒙藏佛教史》又載，「黃寺。有二：曰東黃寺、曰西黃寺，二寺毗連，均在安定門外鑲黃旗教場北，同垣異構，土人稱雙黃寺。……西黃寺即清淨化城，清順治九年，為綜理黃教之第五世逹賴喇嘛建。雍正元年，喀爾喀哲布尊丹巴呼圖克圖暨札薩克王公台吉等，集資助佛像寶塔，送寺供奉，並請以余資葺而新之。其塔甚高，自遠即見。塔頂有護風磨銅，作汾陽盔形，晴日金彩四射。塔身以石築之，鐫班禪額爾德尼事跡始末，極工細。四角各有小塔，鐫梵字、蒙古字，下有玉石重欄。乾隆三十六年重修，有世宗、高宗御製碑文，碑立殿前。東西有二碑亭，西碑亭上鐫鐵樹開花，畢現奇觀。廢歷每年正月十三、十五等日，有喇嘛四百名唪誦雨露經道場，跳舞布札送祟之典，俗所謂打鬼者是也。民國十五年之後，因困經費停止。」1940年代，該寺仍為喇嘛廟，開展佛事活動。

人民共和國時期

1949年中華人民共和國成立後，西黃寺歸北京市人民政府管轄。1952年，北京市人民政府對清淨化城塔及清淨化城塔院進行了大規模修繕。1954年，十世班禪出席第一屆全國人民代表大會期間，親赴西黃寺朝拜清淨化城塔。1958年，東黃寺、西黃寺的逹賴喇嘛廟因破敗而被拆除。自此西黃寺建築僅剩下清淨化城塔及清淨化城塔院。
1979年，西黃寺被列為北京市文物保護單位。1980年，北京市人民政府對清淨化城塔及清淨化城塔院進行了全面修繕。1983年，西黃寺被國務院列為漢族地區佛教全國重點寺院。2001年，清淨化城塔被定為全國重點文物保護單位。
1987年9月1日，中國藏語系高級佛學院在西黃寺的清淨化城塔院正式成立，十世班禪親自擔任第一任院長。每年都有來自西藏、青海、內蒙古等地的活佛及高僧在該院接受高等佛教教育。中國藏語系高級佛學院在塔院的後身還新建了藏式風格的辦公教學樓，稱「陽光樓」。2004年起，西黃寺每年舉辦盛大的辯經法會，且在辯經法會結束後授予11位藏傳佛教高僧「拓然巴」高級學銜，此為新型的藏傳佛教最高學銜。
西黃寺為中共中央統戰部管理，一直不接納遊客參觀。

清淨化城塔院的修復

2006年9月22日至2008年8月31日，中國藏語系高級佛學院對西黃寺（即清淨化城塔院）進行了21世紀的第一次部分復建和全面修繕工程。其中，復建工程包括復建慧香閣、東西禪房，修繕工程包括修繕天王殿、垂花門、大殿、東西配房、東西配殿、東西碑亭、塔台、御路、庭院、外管線等等。新建及修繕房屋總計110間（其中修繕36間，新建74間）、構築物3座，總建築面積3484平方米。
在此次復建修繕工程中，中國藏語系高級佛學院的領導班子堅持「保護重於修繕」的理念。比如，中國藏語系高級佛學院有關負責人發現慧香閣的老台基為清朝乾隆年間的原物，便同文物部門聯繫，最後使老台基獲得保留，西黃寺工程項目組為此在慧香閣前立下一塊石碑，碑文稱慧香閣是21世紀建築，但慧香閣的台基為乾隆年間的原物。又如，在大殿的修繕過程中，出土了乾隆四十五年（1780年）西黃寺大殿的原有地基基礎以及土襯石，說明現存大殿並非乾隆年間原物，故中國藏語系高級佛學院就地對原有地基基礎和土襯石進行了遺址保護。
修繕論證期間，專業人員多次提出恢復慧香閣的歷史原貌，但因慧香閣為全木結構，修繕資金落實困難，慧香閣復建計劃暫遭擱置。2006年11月，全國政協副主席、中共中央統戰部部長劉延東到西黃寺施工現場視察時表示：「既然叫慧香閣，閣就應該是兩層。況且歷史上就是兩層，我們應該恢復慧香閣的歷史原貌。」由此，慧香閣復建並恢復了歷史原貌。
此次修繕由國家撥款，此外香港新鴻基地產郭氏基金會還為此進行了捐款。

建築

西黃寺的主體建築包括兩個部分，分別為東側的「逹賴喇嘛廟」、西側的「清淨化城塔院」。