高句丽争议

高句麗爭議指的是中國與韓國、朝鮮有關高句麗歷史歸屬問題的爭議。2001年12月，中國社會科學院組織立項「東北邊疆歷史與現狀系列研究工程」（簡稱「東北工程」），研究中國東北邊疆歷史，並於2003年6月24日在《光明日報》發表署名邊眾的文章《試論高句麗歷史研究的幾個問題》。之後，東北工程的研究引起韓國國內學術界、政府和民間的強烈爭議。為避免事態的升級影響到兩國關係，2004年8月22日，中韓兩國就高句麗歷史問題舉行了9個半小時的緊急磋商，並達成《五項諒解事項》。此後，兩國領導人都在不同場合表示遵守《五項諒解事項》，學術與政治分開，現實與歷史分開，正確對待，妥善處理，不讓爭議影響兩國關係。

東北工程和學術爭議

「東北邊疆歷史與現狀系列研究工程」（簡稱「東北工程」）由中國社會科學院於2001年12月組織立項，2002年3月正式啟動。該工程的宗旨是「研究中國東北邊疆歷史上的疑點問題以及理論上的難點問題」，其主要研究課題包括古代中國疆域理論、東北地方史、東北民族史、中韓關係、中國東北邊疆與俄國遠東地區政治、經濟關係史、以及古朝鮮、高句麗史、渤海史等。
2003年6月24日，《光明日報》發表署名邊眾的文章《試論高句麗歷史研究的幾個問題》。該文章根據高句麗「先人的活動範圍在周秦之際就在我國東北地區之內」；高句麗建國「早期都城，當時屬漢玄菟郡管轄範圍」；漢唐「歷代王朝，包括分裂時期的各王朝都認為高句麗是邊疆民族政權」；高句麗「也沒有『自絕』於中國之外」，自我定位是「中央王朝的邊疆地方政權」；高句麗滅亡後「大部分都融入了漢族人中」等觀點，認為「高句麗民族是我國東北歷史上的一個民族，高句麗政權是我國東北歷史上的邊疆民族政權」，「王氏高麗並不是高句麗的繼承者」等。此篇論文是東北工程的研究成果之一。
中國東北工程的啟動和《試論高句麗歷史研究的幾個問題》在《光明日報》的發表成為中韓兩國高句麗歷史歸屬爭議的導火線。2003年7月15日和8月16日，韓國《中央日報》分別載文介紹、議論中國的「東北工程」。同年9月，韓國《新東亞》雜誌載文質疑「中國為何要吞併高句麗史」？同年10月12日，韓國放送公社（KBS）在「周日特別節目」中，以「韓中歷史戰爭-高句麗是中國史嗎？」為題進行報導。中韓學術界對高句麗歸屬之爭由此展開。

學術界

韓國學術界的絕大多數學者認為高句麗是韓國古代國家，只有個別學者認為高句麗歷史和中國歷史一樣同屬中華文化圈，是中國歷史的一部分，也是韓國歷史的一部分。2003年12月9日，韓國古代史學會、韓國考古學會、韓國近代史學會等17個學會在首爾成立「中國歪曲高句麗史共同對策委員會」，並發表聯合聲明要求「中國應立即停止把高句麗史編入中國歷史的歪曲歷史行為」。聲明認為中國通過「東北工程」國策計劃，將高句麗編入中國史，主張高句麗族親系統是漢族的一個支脈等是歪曲歷史，並聲稱如果中國堅持這種「霸權主義歷史觀」，像最近日本歷史教科書歪曲歷史事件中所暴露出的情況一樣，有可能使周邊國家的關係惡化。
2003年下半年起，韓國學術團體多次舉行以高句麗為主題的研討會。高句麗研究會曾以「高句麗史=中國史，中國的邏輯是什麼？」為題舉辦專題研討會。2003年12月30日，白山學會在其學術刊物《白山學報》出版了「高句麗、渤海特輯號」。該學會還出版了《高句麗是中國的嗎？》一書。
韓國漢陽大學慎鏞夏教授2003年12月8日在《朝鮮日報》撰文稱中國東北工程的觀點毫無疑問是錯誤的，應立即停止這種「侵略歷史」的「歷史帝國主義」。

政界

2003年12月12日，韓國民主黨議員沈載權、大國家黨議員權五乙等25名各黨派議員向韓國國會提交了「敦促中國停止歪曲歷史的決議案」。議案提出「中國從去年起5年內投入200億人民幣推進東北工程，其目的在於將高句麗史編入中國史。如果這一計劃順利完成，高句麗史、渤海史乃至古朝鮮史都將會編入中國史，動搖韓國史的根基」，並敦促「我國政府應提出強烈抗議，同時政府相關部門應共同出台對策方案，並對中國歪曲歷史的行為推進南北韓共同應對的方案」。
2003年12月13日，時任韓國總理高建針對高句麗問題成立了由國史編纂委員會、韓國精神文化研究院等參加的高句麗史研究中心，並向中方表示「中國學術界歪曲高句麗史，有可能對兩國關係產生負面影響」的憂慮。2004年3月1日，韓國政府主管的高句麗研究財團成立。高句麗研究財團設立高句麗歷史、高句麗文化、古代朝鮮史、渤海史、東北亞關係史、民族問題等6個研究小組，招聘了17位具有博士學位的研究人員進行研究。2006年5月，韓國國會通過立法撥款成立東北亞歷史財團，在韓國掀起研究歷史的風潮。

民間

2004年，韓國放送公社（KBS）和韓國教育放送公社（EBS）播放了18集高句麗歷史系列片，並聘請韓國學者做主持。
韓國「守護高句麗史全民族市民聯大」等一些民間團體舉行了千萬市民簽名運動，給外國有關機構和史學家發電子郵件，闡述高句麗史為韓國史的觀點。一些團體還打著「中國應立即停止把高句麗史編入中國歷史的歪曲歷史行為」的標語在中國駐韓國大使館外舉行集會示威。還有人扮成高句麗名將乙支文德宣讀所謂的「決議書」。一些韓國民間團體在集會中，指責中國「東北工程」不僅是「歷史霸權主義」，還有著鮮明的政治意圖，是一種否定韓民族根基的重大歷史「侵略」。

兩國政府共識

2004年2月時任中國外交部副部長王毅訪韓期間，提議從學術角度而不是政治角度解決高句麗問題，得到韓方外交部的贊同。同年4月20日，中國外交部在其官網上介紹韓國歷史時將7世紀之前的三國歷史表述為「朝鮮半島一帶出現新羅、百濟等割據政權」，高句麗的名字消失。韓國輿論對此表示了強烈的不滿。8月2日，韓國政府要求中國外交部官網恢復有關「高句麗」部分的記述。8月5日，中國外交部對網站內容再次做了修改，將韓國歷史表述為「1948年8月15日，大韓民國成立，李承晚當選首任總統」。但韓國輿論認為此行為將韓國5千年歷史縮短成了半個來世紀的歷史。當天，韓國外交通商部亞太局長專程來北京向中國外交部表示抗議，要求中國外交部恢復對高句麗歷史部分的表述並通報韓國政府。不過中國外交部並沒有接受他的建議，但希望通過協商解決爭議。
2004年8月22日，中國派新任外交部副部長武大偉就高句麗問題訪韓，在與韓國外交通商部次官崔英鎮等韓國官員舉行了9個半小時的緊急磋商後，雙方達成了《五項諒解事項》：高句麗歷史問題成為兩國共同關心的重大問題，中方對此予以重視；為了防止因歷史問題影響兩國友好關係，雙方要努力發展全面合作夥伴關係；未來將在中韓合作關係的框架下，尋求公正解決高句麗歷史問題的方案，採取必要舉措，為防止高句麗歷史演變成政治問題做出努力；中方就韓方從中央到地方政府角度關心高句麗史相關記述表示理解，並採取必要的舉措防止問題複雜化；中韓雙方將為儘快舉辦學術交流而努力，並使之有助於增進兩國間的學術交流和兩國國民的理解。此外，中方承諾2005年秋季中小學歷史教科書的修訂不涉及高句麗內容，並再次指出韓國政界、學術界一些人士和政府有關刊物對中國提出領土要求的問題。但韓方表示，提出高句麗歸屬問題是中國政府行為，而領土主張不是韓國政府的主張。
8月26日-30日，中國全國政協主席賈慶林應邀訪問韓國。在與時任韓國總統盧武鉉會見時，賈慶林表示中國非常關心高句麗問題對兩國關係造成的影響，並將慎重和認真、負責地解決這一問題，維護來之不易的兩國關係，不要因為兩千年前的歷史問題而受到損害。如果雙方從長期戰略的高度相互尊重、以誠相待，就會有充分的智慧圓滿地解決雙方關心的問題。希望以此作為戰勝考驗、發展兩國更加密切關係的契機、推動兩國關係繼續朝著正確的方向健康穩定地發展。盧武鉉對高句麗成為兩國爭議點表示遺憾，希望中方充分認識韓國國民和政府的想法，根據雙方達成的諒解迅速採取可令人接受的措施。並強調，高句麗問題不能損害迅速發展的兩國關係。
2006年9月，時任中國國務院總理溫家寶在芬蘭赫爾辛基參加亞歐會議期間與盧武鉉會面時，表示「中國政府遵守中韓五項諒解事宜」，「希望我們共同努力，不使這一問題影響到兩國關係」。同年10月，盧武鉉訪華期間，時任中國國家主席胡錦濤與其會談時談及高句麗問題時說「歷史問題不應該影響到兩國實質性關係的發展，要履行中韓兩國達成的五項諒解解事宜」。2007年4月5日，溫家寶在訪韓前夕接受了韓國聯合通信社等19家韓國媒體駐京記者的聯合採訪。在談及歷史問題是，溫家寶指出「中韓有著數千年的友好交往史，這是兩國關係發展的有利條件。中韓之間不存在領土問題，這是兩國關係發展的重要政治基礎。對於民族、疆域變遷史的研究，應該本著學術與政治分開，現實與歷史分開的原則，正確對待，妥善處理，不要影響兩國關係」。