清华大学校史

清華大學擁有百年歷史，所在地清華園原為清康熙帝皇三子胤祉園林（熙春園）。1909年，清政府用美國退還的部分庚子賠款建立留美預備學校「遊美學務處」及附設「肄業館」。1911年，改肄業館為「清華學堂」，不久易名「清華學校」。1925年始設大學部。1928年，南京國民政府接管並建立「國立清華大學」。1937年抗日戰爭爆發後，清華與北大、南開三校南遷組建國立長沙臨時大學，1938年遷至昆明，易名國立西南聯合大學。1946年，遷回清華園復校。
1952年，中華人民共和國全國高校院系調整中，清華由全科性綜合大學轉為多科性工業大學，被譽為「工程師的搖籃」。文革期間，紅衛兵運動從清華附中萌生，清華「井岡山」兵團聯合各高校掀起文革群眾運動浪潮，並因內部分歧引發北京最嚴重武鬥。改革開放後，清華大學逐步恢復理科、人文社科、經濟管理類學科，先後制定實施「211工程」、「九五」、「985工程」和「十五」規劃，確定了「建設世界一流大學」的目標。百年校慶之後，制定「雙一流」建設方案。

清朝

清華歷史源於1901年清政府與八國聯軍所簽訂辛丑條約中約定的庚子賠款。到1904年，各國談判要求以金折算賠款，同時銀價下跌，清廷需支付更多銀兩，財政極為困難。外務部於11月30日指示大清駐美公使梁誠與美國交涉用銀賠款問題。繼12月1日的第一次會晤後，12月5日上午，梁誠再次就用銀賠款問題會晤美國國務卿海約翰，期間海約翰提出「美國所收庚子賠款原屬過多」，兩方協商並確定核減賠款。之後經過梁誠的努力溝通，中間雖因粵漢鐵路廢約產生阻礙，但最終將商定減免賠款並將退還款項用於培養人才與赴美留學。美國國會同意將賠款處置權授予總統西奧多·羅斯福，當時對美國賠款折合24,440,778.81美元，年息4厘，羅斯福總統決定限定賠款基數為13,655,492.69美元，其餘部分從1909年1月起逐年退還清朝 。後為紀念羅斯福總統對清華立校的貢獻，新建立的西體育館被命名為「羅斯福紀念體育館」，並在面牆上鑄其雕像。
1908年（光緒三十四年）7月11日，美國關於核減賠款的公文由駐華公使柔克義送達清朝，外務大臣慶親王答覆為：「體會新近貴國總統希望鼓勵我國學生赴美入學校及求高深學問之誠意，並有鑒於以往貴國教育對於我國之成效，大清帝國政府謹誠懇表示此後當按年派送學生到貴國承受教育。」同日，清朝外務部致函美國公使館，派遣唐紹儀作為特使赴美。函中稱：「從賠款退還之年起，前四年清朝將次第派送100學生；迨4年終局，我國將有400學生在美，從第5年起，直至賠款完畢之年，每年至少派送50名學生」。
1909年（清宣統元年），美國開始退還賠款。5月，美國公使館照會外務部，派漢務參贊丁家立為代表負責留美事務。因美國大學9月即將開學，丁家立督促清政府：「急速選派，尚可及時。如再稍事稽延，則入學勢必逾期」。5月29日，清政府外務部特派左參議周自齊處理留美事務。6月2日，外務部將《收還美國賠款遣派學生赴美辦法大綱》奏摺稿遞交學部，並未獲同意與上奏。兩部來往咨函意見不同：外務部尚書梁敦彥等人主張招收幼年生（15歲以下）留美，便於英文學習；學部聲稱幼年生「國學既乏根基，出洋實為耗費」，主張招收中年人（30歲以上）留美。最終取折中方案後，學部才最後同意與外務部會同上奏。
7月10日（農曆五月二十三日），外務部與學部共同上奏《外務部為擬定收還庚子賠款遣派學生赴美辦法大綱事奏摺》並於當日硃批獲准，奏章中主張設立「遊美學務處」並附設「肄業館」。7月17日（農曆六月初一），遊美學務處正式建立。8月25日，外務部、學部正式札派了外務部署左丞、左參議兼學部丞參上行走周自齊 擔任總辦，由學部員外郎范源濂和外務部候補主事唐國安擔任會辦。同時，由駐美公使館參贊容揆擔任駐美學生監督。最初在北京東城侯位胡同內辦公，後遷入史家胡同。9月，將西直門外「清華園」移交遊美學務處建設肄業館。外務部中堂那桐選定清華園作為肄業館場地，經批准後，開始修理建築，原計劃1910年秋即可使用，不料工人罷工數月。期間建校門（現二校門）、修繕工字廳、建造一院（清華學堂西半部）、二院、三院、同方部、北院，以及校醫院，先後於1911年前後竣工，建校時校園面積450畝（27公頃）。
1911年2月，肄業館改稱「清華學堂」（全稱為「帝國清華學堂」），由軍機大臣那桐題寫校名。3月，在宣武門內學部舉行入學複試，錄用全部468名學生。1911年3月30日（農曆三月初一）舉行暫行開學儀式（中等科），4月1日高等科開學，4月3日（星期一）開始上課，教師由基督教青年會從美國聘請，遊美學務處同時也遷入工字廳辦公。學堂招收高小畢業生，學制八年，「四四」學制（中等科四年，高等科四年），同年改為「三五」學制。清華學堂的正副監督由遊美學務處總辦周自齊，會辦唐國安和范源濂分別兼任。10月，武昌起義爆發，舉國震動，清政府挪用本年退還賠款彌補軍費，導致清華學堂經費斷絕，原定正式開學儀式取消，校方將僅餘三千存款分發學生使之回家，11月9日起，學堂停課。

清華學校時期

辛亥革命後，清宣統帝退位，中華民國正式建立。1912年5月1日，清華學堂重新開課，返校學生僅360人，10月改名為「清華學校」。不久，遊美學務處被裁撤，清華轉為隸屬外交部。10月，唐國安呈文外交部，將清華學堂改名「清華學校」。監督唐國安自然成為清華學校第一任校長，原教務長周詒春任副校長。此時期，在校生約為500人，教員最初為30餘人（其中美籍教師約占其半），改辦大學後教師增至50餘人（美籍教師19人）。學校以「培植全材，增進國力」為宗旨培養「領袖人才」。學校為擴大規模，於1913年春請求將學校西邊的「近春園」（俗稱「四爺園」，道光帝賜第四子咸豐帝奕詝的皇家園林）併入，西隅長春園、水磨村等亦一同併入。1914年10月，美國建築師墨菲與小丹納為清華學校制定第一個校園規劃，布置兩個學校：八年制的留美預備學校和四年制的綜合大學。1916年，一院（清華學堂）大樓向東擴建。同時期建成清華「四大建築」：1916-1919年建圖書館、體育館、科學館，1917至1920年建成大禮堂，內外均採用西方古典形式，石板瓦坡屋頂、紅磚牆身、園拱窗、花崗岩勒腳台階，均有墨菲主持設計，建築原料從國外進口，耗費百萬餘元。1911年到1928年，除工字廳外，建築面積達45500平米，校園占地約為1200餘畝。
此期間，清華經費充足、園林優美，學習環境十分理想。學校對學生的要求高，在1911至1921年間淘汰率高達32%。清華強調體育鍛鍊，讓學生擁有強健體魄，自清華學堂初建即設立體操課，平時積極督促學生鍛鍊，午後有一小時「強迫運動」，關閉宿舍、教室、圖書館，由專門人員督促學生參與體育運動。在中等科開辦必修童子軍訓練；在高等科開辦必修軍事訓練（兵操），由西點軍校畢業軍官擔任教官。要求學生畢業前必須通過五項運動最低標準（游泳、百碼、跳高、跳遠、擲鐵球），如有一項不及格則扣發畢業文憑，取消出洋資格。1912年10月，北京學界運動會舉行，清華、協和、匯文三校得分最高，故清華發起三校「三角運動會」，成為北京最早校際大賽。 1913年2月，清華派選手參加在菲律賓馬尼拉舉行的「第一屆遠東運動會」，開中國學校參加國際競技之先河，其中潘文炳更獲得個人總分第一。
學校不乏各界名人學者前來演講，1914年11月5日，梁啓超先生來校演講，以「君子」為題勉勵學子應當樹立遠大理想、培養完全人格。其引述《易經》中「天行健，君子以自強不息」及「地勢坤，君子以厚德載物」勉勵學子（之後自強不息、厚德載物被定為校訓），還對清華學子以及厚望：「清華學子，薈中西之鴻儒，集四方之俊秀，為師為友，相蹉相磨，他年遨遊海外，吸收新文明，改良我社會，促進我政治，所謂君子人者，非清華學子，行將焉屬？」
1913年3月初，唐國安校長病逝校內。外交部令周詒春繼任，任內財政寬裕，能夠設法擴充留美人數，增加在校生數，添置設備建築等。學制重設為「四四」學制。而自1914年起，更間年選派專科女生10名（有時不足額）留美，由公開考試決定。1918年1月4日周校長以力微任重，勞頓成疾，懇請辭職，外交部批准。周詒春辭職後，清華校長更迭頻繁。最初北京政府教育部任命范源濂為校長，但於1月6日被美國駐華公使反對，7日趙國材副校長請辭，被挽留並命其任代理校長。4月15日，外交部任張煜全（外交部參事秘書）為校長，7月1日到任。1919年12月23日，學生會舉行成立大會，張煜全校長命巡警干涉，引起公憤，宣布罷課。1920年1月張煜全辭職，30日，外交部批准，並派羅忠詒繼任，由於學生拒絕未上任。2月16日起，董事會主席嚴鶴齡代理校長。8月，外交部派金邦正（外交部參事）任清華校長。1922年4月18日，金邦正校長辭職，外交部派曹雲祥（外交部秘書）代理校長。1924年5月12日，曹雲祥被任命為正式校長。
曹校長在任約6年中，清華學術規模有了巨大突破，從中等留美預備學校過渡為綜合性大學，辦學目的也從從派遣留學逐步轉為培養本國人才。1925年春成立清華學校研究院國學門（通稱國學研究院），聘請梁啟超、王國維、陳寅恪、趙元任、李濟等為導師。1925年5月，成立大學部，分文、理、法三院，並附設研究所。大學部招收的學生稱為新制生，而留美預備部學生為舊制生，至此，清華學校由留美預備部、大學部、國學研究院三個部分組成。至1926年，大學部共成立17個學系，包含中國文學系、西洋文學系、歷史學系、經濟學系、教育心理學系、物理學系、工程學系、體育學系、音樂系等。至此，清華改辦大學的初步框架形成。然而此階段的清華發生了很大的變化。1927年6月，國學大師王國維憂憤國事，於北京昆明湖自殺，震驚全國。梁啟超亦因病離校就醫。同月教務長張彭春遭反對勢力攻擊而辭職，校園爆發「挽張去惡」風潮，學生遊行要求改造清華，曹雲祥校長被迫接受「教授治校」的治校原則。
清華學校的課程、教材等均仿照「美國學堂」，許多教師來自美國。1911年2月，共有17名美籍教師在清華執教，是清華第一批外籍教師，並承擔大部分教學工作。外籍教師在清華主導教學工作，一直到大學部創立，許多清華留美生返校服務，中國教師才逐步取代了外籍教師的優勢地位，成為教師隊伍的主角。清華學校的體育、兵操、課外活動等大多模仿美國學校；學校的行政組織形式，比如董事會、評議會、教授會等，也是仿照美國。英語是校內通用語言文字。英國哲學家羅素訪問清華時表示：「清華學校恰像一個由美國移植到中國來的大學校」。
1919年5月4日，五四運動爆發，北京城內十多所學校數千人示威遊行。當日晚，高等科二年級學生聞一多寫岳飛《滿江紅》貼至飯廳門口以示決心。5日，清華學生召開會議，一致通過三件事：（1）與北京學生採取一致行動，宣布從即日起罷課；（2）組織成立「清華學生代表團」；（3）派代表與北京各校聯絡，互通聲氣。7日，清華學生代表團成立，開始進行有組織演講、聯絡、會見各國公使、致電巴黎和會等。9日，清華校內掛半旗，張貼標語，全體同學在體育館舉行「國恥紀念會」，會後在大操場焚燒校內日貨。會上共同宣誓：「口血未乾，丹誠難泯，言猶在耳，忠豈忘心。中華民國八年五月九日，清華學校學生，從今以後，願犧牲生命，以保護中華民國人民、土地、主權，此誓。」6月3日、4日，清華組織「救國十人團」和18個宣傳隊進城開展演講，3日，百餘人演講，40餘人被捕；4日，160餘人演講，近百人被捕。學生運動獲得北京、上海工人支持，開始罷市罷工。4日下午，北京政府迫於壓力釋放學生。「五四」運動後，更多新思潮湧入清華，促進了清華學生的覺醒。
1926年3月13日，清華舉行紀念孫中山先生逝世周年大會，邀請李大釗、陳毅來校演講，鼓舞了同學的革命志氣。3月18日，北京民眾為反日本入侵而遊行請願，遭到段祺瑞政府打壓，清華學生韋傑三犧牲，20餘人受傷，是為三·一八慘案。

長沙臨大、西南聯大時期

1935年，北平的局勢日益危急。為了防止突發的不利情況，清華大學秘密預備將學校轉移至湖南長沙。當年學校撥巨款在長沙嶽麓山山下的左家壠（今址為中南大學）動工修建一整套的校舍，預計在1938年即可全部完工交付使用。1935年冬，清華大學又從清華園火車站，連夜秘密南運幾列車圖書、儀器等教學研究必需品到湖北漢口暫時保存，隨時可以運往新校址。
1937年7月7日，盧溝橋事變，抗日戰爭全面爆發，至28日北平淪陷。8月，清華大學奉令與北京大學、南開大學在長沙合組「國立長沙臨時大學」，任命蔣夢麟、梅貽琦、張伯苓三校長為臨大校務委員會常務委員，共同治理校務。10月25日，臨大開學，11月1日上課，設4個學院17個學系。至11月20日，在校生共1452人，其中清華631人，教職員共148人，其中清華73人。
1938年1月，南京被日軍佔領，中華民國政府遷都重慶，武漢危急，學校不得不遠遷雲南昆明。2月，第一學期結束後，器材書籍已陸續分批運往昆明，全校師生分海陸三途進入雲南：一、海路：女同學和體弱男同學，自長沙乘粵漢鐵路至廣州，以廣州珠江對岸之嶺南大學為招待站，然後分批自廣州乘船經香港、安南（今越南）海防，再由滇越鐵路，分3日抵達昆明。二、陸路（桑東旅行團）：沿湘桂公路到桂林，經柳州、南寧、安南入滇。三、陸路（湘黔滇旅行團）：派陸軍中將黃師嶽擔任團長，率領284名男生、11名教師、幾名教官與醫生，於2月19日自長沙出發。由長沙至湖南益陽搭船，再由益陽步行經過湘西常德抵達沅陵，由沅陵經芷江到晃縣乘卡車快速通過，再穿越雲貴高原（貴陽、平彝、曲靖），直達昆明。長途跋涉3000餘里，於4月28日抵達，歷時68日，實際步行40天。
1938年4月2日，教育部轉知：奉行政院命令，並經國防最高會議通過，更名為「國立西南聯合大學」。西南聯大領導行政體系沿襲長沙臨大，並依據照國民政府1938年頒發《大學組織法》施行。設置常務委員會為最高權力機構，由清華校長梅貽琦任主席。由於北大校長蔣夢麟和南開校長張伯苓同時在重慶任職，而梅貽琦常駐昆明，則成為實際管理者。1938年5月4日，國立西南聯合大學在昆明、蒙自兩地開課，其中文、法兩學院在蒙自上課。8月23日，文、法學院遷回昆明，不久新設師範學院。9月28日，日軍飛機轟炸聯大教職員宿舍。1939年10月4日，各學院集中至新校舍後開學。。
1940年日軍攻入越南，西南聯大準備前往四川，在四川敘永暫設分校。一年級新生及先修生在分校上課。次年夏，局勢穩定後，敘永分校結束。1941年，30餘學生應徵翻譯，為飛虎隊服務；1941至1943年有12名聯大學生被錄取為空軍飛行員；1942年，部分學生參與中國遠征軍入緬作戰；1943年至1944年，400多學生應徵對日作戰翻譯；1944年，日軍直逼貴陽、重慶、昆明，國民政府發動青年從軍運動。12月8日，聯大200多名從軍學生參加印度遠征軍，大部分在印度阿薩姆邦密支那的蘭伽（Ramgarl）學習汽車駕駛，隸屬輜重兵14團。
西南聯大期間，三校師生以「剛毅卓絕」的校訓為指導，在條件極其艱苦的情況下開展教學、科研工作。由於清華擁有庚款，戰前搶運了不少圖書、儀器設備，因此對聯大貢獻較多。由於北大並無工學院，南開僅有化學工程系，因此聯大工學院基本上為清華工學院的延續。聯大規章制度也基本沿襲清華制度，時任聯大經濟系主任陳岱孫曾總結：「西南聯合大學校內領導體制和清華大學有相似之處。清華大學的領導體制，在西南聯大期間，仍然發揮作用，制度的延續性並沒有中斷。」
西南聯大期間，清華還單獨設立清華大學昆明辦事處、清華大學研究院、清華特種研究所。研究院自1939年起逐漸恢復，設有文科、理科、法科3個研究所共12個學部，招收研究生。特種研究所為利用庚款基金利息單獨舉辦，包括農業、航空、無線電、金屬、國情普查五個研究所。1934年成立農業研究所，1936年於南昌成立航空研究所，1937年於長沙成立無線電、金屬研究所。之後均前往雲南昆明並成立國情普查研究所。其中航天、無線電、金屬研究所均直接服務軍事研究，研製軍用飛機、軍事通信，研製出中國第一個電子管。抗戰勝利後，各研究所併入相關各系。
日本占領期間，清華園遭到嚴重破壞，建築物40%以上損壞，各類設備全部損壞，未南遷圖書八成被損。1937年7月29日，北平失陷，清華園陷落，少量滯留教職工成立清華大學保管委員會保護學校。1938年9月開始，日軍開始強行搜查、搶奪清華物資。10月13日，日軍牟田口部隊強占校園。1939年春，日軍野戰醫院152病院進駐清華園。占領期間，以各系館為傷病住房，以圖書館為治療室、手術室，以體育館為馬廄，以新南院為妓館，殘酷屠殺留守教職工。
1945年11月25日，聯大、雲大等4校學生自治會組織6000多人，在聯大校舍草坪舉行反內戰時事晚會，錢端升等教授演講。國軍第5軍士兵在牆外鳴槍威脅，並有人員切斷電源擾亂會場。後引起昆明學校聯合罷課，學生呼籲停止內戰、組件聯合政府。12月1日,在國民黨黨務主任李宗黃、雲南警備總司令關麟征、第五十五軍軍長邱清泉帶領下，軍政部第二軍官總隊百餘人襲擊聯大、雲大等校，炸死4人，重傷25人，即為「一二·一」慘案。之後，罷聯舉行更大規模抗議活動，各校罷課、罷教、罷工。

國立清華大學復員時期

1945年8月，日本投降，三校開始準備復員。10月27日，陳岱孫前往接收清華園校舍並開始組織修繕。1946年5月4日，聯大結束，三校復員。10月10日，清華恢復上課。清華在戰爭傷痕下努力恢復發展，到1948年，校園面積擴大到1600多畝。相比戰前擴充了農學、人類學、氣象學、法學、航空工程、化工、建築等院系。但由於戰爭動盪、經濟崩潰，學校教學和學術研究只能勉強維持，眾多研究所未能招生。
1948年3月28日，華北學聯舉行平津同學萬人營火晚會，成立華北院校自治會保衛自治權利聯合會，後被當局查禁。之後各校開始罷課、罷工。4月11日，由特務組成的「北平市民反罷課清共委員會」暴力攻擊北大、師院，宣稱「下鄉清共」、「搗毀清華、燕大」。清華教授會宣布罷教，900餘名學生組織糾察隊保衛清華校園。5月30日，華北12院校學生在北大民主廣場舉行「反對美國扶植日本，紀念『五卅』大會」。6月4日，美國駐華大使司徒雷登聲明：「此舉對中美間的傳統睦誼有嚴重的損害，倘若繼續進行，可能致不幸之結果」，美國駐上海總領事卡寶德說中國學生是受美國「恩惠」得到教育，連日常所需糧食也是依賴美國的慷慨施捨。6月17日，清華大學包括吳晗、朱自清等110名教師發表聲明拒絕美援平價麵粉。
1948年11月24日，在中國人民解放軍的進攻壓力下，國民政府教育部督學來北平與清華、北大校長商談「遷校」事宜。並於12月14日、15日派專機接走清華5位老師。12月13日，解放軍從南面進軍至北京西郊，繞開圓明園古蹟和清華、北大，從萬壽山以西繞行，並於次日占領豐臺。時任中共中央主席毛澤東於15日凌晨2時加急電令指示：「請你們通知部隊注意保護清華、燕京等學校及名勝古蹟等」。解放軍與國軍肉搏戰於學校牆外，不久國軍退守城內。15日，解放軍進駐海淀鎮，清華園成為最早被解放軍占領並宣告解放的國立大學。12月18日，解放軍第13兵團政治部在清華大學西校門及體育館前張貼布告，稱：
為布告事：查清華大學為中國北方高級學府之一，凡我軍政民機關一切人員，均應本我黨我軍既定愛護與重視文化教育之方針，嚴加保護，不准滋擾，尚望學校當局及全體同學，照常進行教育，安心求學，維持學校秩序。特此布告，俾眾週知！
梅貽琦校長於12月14日因公入城，由於北京城內外交通中斷，留在城內。21日，國民政府派飛機運載梅貽琦等人前往南京。12月17日，第95次校務會議推舉馮友蘭為校務會議臨時主席，代理主持校務。19日，國民政府飛機空襲清華園，落炸彈4枚。1949年1月10日，清華大學被北平市軍管會接管。1949年後，包括校長梅貽琦在內的部分人員隨國民政府遷往台灣。清華園及大部分員工、學生歸屬中央人民政府教育部，更名為「清華大學」。台灣新竹的國立清華大學於1955年由梅貽琦校長主持建立，由中華民國政府批准「在台復校」，沿用原校名。從1980年代開始，兩校各項交往日漸頻繁，2001年兩岸兩校共慶90周年校慶，並於2011年百年校慶前後逐步開展各類教學科研合作與文化交流，「一筆寫不出兩個清華」。

1949至1951年

1949年1月10日，清華大學正式被北平市軍管會接管，次日撤銷訓導處。清華同學組織上千人參加的「迎接解放人民服務委員會」開展宣傳工作。1月31日，眾多清華學生迎接華北野戰軍進入北平，2月12日，參與天安門廣場十萬人參加的「慶祝北平解放群眾大會」。3月1日，在清華大禮堂舉行了新民主主義青年聯盟全體盟員大會，3月15日成立清華新民主主義青年聯盟代表大會和新民主主義青年團籌委會，成為全國第一個新民主主義青年團基層組織。5月4日，成立清華大學校務委員會，任命物理學家葉企孫為校委會主席，主持校務。
1949年7月，新政協籌委會在《人民日報》等各大報紙上刊登《徵求國旗、國徽圖案及國歌詞譜的啟事》，清華大學營建系主任梁思成教授被聘為國旗國徽初選委員會顧問之一。營建系林徽因等於10月23日提交了以璧或瑗為主體，以國名、五星、齒輪、嘉禾為題材的紅綬穿璧國徽設計方案。1950年6月10日，全國政協常委會原則通過使用天安門圖形。6月12日，應周恩來總理邀請，梁思成召集營建系教授組成清華大學國徽設計小組，實測天安門城樓繪製形狀。6月20日，國徽審查小組最終選定清華大學國徽方案。6月23日，政協會議通過國徽方案，9月20日發布中央人民政府命令公布國徽圖案。此外，根據1949年9月30日中國人民政治協商會議第一屆全體會議關於在天安門前豎立紀念碑的決議，清華的梁思成、林徽因等人關於以碑文為主、浮雕為輔的主張被採納，並參與設計紀念碑。
1949年9月27日，清華師生在大禮堂集會迎接新中國誕生，從政協會議回來的吳晗傳達了當天決議。10月1日晨，清華師生到清華園火車站乘車進城，從西直門下車後，由馬約翰等領隊，軍樂隊、各院系隊伍前往東單廣場集合。下午三時，開國大典開始，清華方陣位於群眾遊行最後經過天安門。10月3日，陳毅前來清華視察，號召師生適應潮流、改造思想、加強業務修養。1950年，毛澤東手書6幅清華大學校名並擇其一作為清華大學新標識。
1950年6月，韓戰爆發。清華師生1500多人自願報名去前線參戰，最終50名學生投筆從戎，被批准參加軍事幹部學校。

建設多科性工業大學時期

1952年前後，中國高等教育體系仿照蘇聯社會主義模式進行大規模的院系調整，清華的法學院、文學院、理學院、農學院、航空等院系被劃歸北京大學、北京農業大學（現中國農業大學），北京航空學院（現北京航空航天大學）等校，北京大學等校部分工學專業劃歸清華大學，清華大學從一所全科目綜合類大學變成僅擁有建築、土木、水利、機械、動力、電機、無線電、石油八個工程系的工程技術大學。這一強制改革把人文教育趕出校園對清華發展造成不可逆轉的傷害，同一時候的三反五反開始控制教授們思想和學術自由
1953年起，隨著中國開始從新民主主義向社會主義過渡，清華和其他院校共同開始以「學習蘇聯先進教育經驗」為主的教學改革，主要措施是：明確各院校具體培養目的，改變系科，重新設置專業，指定新的教學計劃和教學大綱，採用蘇聯教材，學習蘇聯教學法，加強基礎課，開展實踐教學，聘請蘇聯專家講學等等。
清華各院系原本不設置專業，實行「通才教育」，大四才著重專業學習，「教育改革」中按照蘇聯工科大學模式設立專業，按計劃培養技術人才，到1959年共有32個專業。清華原本實行學分制，兼有必修、選修課，「教育改革」後實行學年制，要求必須完成教學大綱要求，不能自由選課，一般不能轉專業。清華學制原本四年，1953年5月，校長蔣南翔接連請示改革，最終經過批准，本科學制改為五年（建築學專業為六年，1955年始建的新技術專業為五年半）。「教育改革」中，各系逐步建立統一教學大綱，建立眾多教學研究機構，翻譯大量蘇聯教材，1954年全校388門課中，使用中譯蘇聯教材及參考書155種，俄文原版教材及參考書162種，只有一門課是中國自編教材。到1960年8月，先後聘請蘇聯專家62位。
20世紀五十年代，世界科技，特別是原子能工業快速發展。1955年9月，高教部派以清華校長蔣南翔為團長，清華錢偉長、邢家鯉，北大周培源、胡濟民等人組成的代表團出國考察蘇聯高校原子能專業情況。11月5日，蔣南翔完成《高等教育考察團訪蘇報告》，提出並逐步落實了設立新專業的計劃，在北大設立核子物理、電子學、無線電物理、放射化學專業，在清華設立實驗核物理、同位素物理、放射性稀有元素工藝學、電子學、無線電物理、半導體及電介質、空氣動力學、固體物理、熱物理、自動控制等10個新技術專業。同時調整招生人數，使1956年新設的工程物理系共招生540-600人，占全校新生1/4以上。之後幾年，迅速獲得了核廢料處理的「721任務」、標誌工業製造能力的數控銑床、自行設計建設的屏蔽式實驗核反應爐、全國第一套電視發射轉播設備、第一台六階非線性小型模擬計算機、第一台三自由度飛行模擬實驗台、電子管計算機911機、電晶體小型通用數字計算機112機等成果。
1957年至1958年春的反右鬥爭中，清華大學共有571人被劃右派，其中教職員222人，學生349人，約占學生總數的5%。1958年後，隨著大躍進的開展，9月，中共中央、國務院發布《關於教育工作的指示》，提出教育事業「大躍進」，提出「15年內普及高等教育」的「左」傾激進目標。陸定一、劉少奇等也激勵每個省、每個專區、每個縣、每個鄉，都要辦起高等學校。與此同時，開展了更為深刻的「教育革命」，其中包括「教育與生產勞動相結合」、「勤工儉學」和「教育支援農業」等工作，在此契機下，清華大學師生承擔了解決首都用水問題的密雲水庫、中國革命歷史博物館等實踐工作。1958年，機械製造、鑄工、焊接、水工等專業上百名學生開展半工半讀試點。9月，237名師生前往河南、河北參與採礦、化驗工作。10月24日，召開全校師生煉鋼動員大會，各單位開始大煉鋼鐵。1962年，近百名職工前往北大荒創辦克山農場，運回大豆80萬斤和十幾噸副食品。1963年10月14日，1300多名四、五年級學生、200多名研究生和部分教師赴西郊上莊公社參加農業勞動3周。1965年9月1日，四、五、六年級學生和部分教職工共4000餘人分別到延慶、懷柔、平谷三縣和海淀區參加農村社會主義教育運動一年。還有水利、土建、動力、電機等系師生200人組成水利工作隊分赴延慶、懷柔等縣幫助農村進行水利建設。機械製造系四年級學生在畢業實習中，為瀋陽第一工具機廠、上海柴油機廠等單位完成200餘項中等複雜程度的技術設計工作。
從五十年代到文革爆發前，在蔣南翔校長的領導下，清華逐漸形成了「又紅又專」和「德智體全面發展」的特色。1955年，蔣南翔在《人民日報》發布《共產黨員是先進科學家的光榮歸宿》一文，並推動知名學者、老教師劉仙洲、梁思成、張子高、張維、張光斗等30多人入黨。1961年，蔣南翔提出「兩個擁護和一個服從」（擁護共產黨領導、擁護社會主義，服從國家分配），4年後勉勵學生在政治思想上永不止步地「上三層樓」。1953年，清華率先實行「政治輔導員」制度，讓優秀學生黨員「雙肩挑」（一邊專業學習，一邊政治工作），延續至今。那時的清華被稱為「紅色工程師的搖籃」。
在馬約翰等優秀體育教師的率領下，清華延續建校以來傳統普及體育鍛鍊，1957年，蔣南翔提出「爭取健康地為祖國工作五十年」口號，激勵清華人至今。同時，從1954年起成立近40個不同項目體育代表隊，運動員超過450人，到1965年共培養國家級運動健將11人、以及運動員20餘人，在北京市高校運動會上連奪6次男子團體第一名和5次女子團體第一名。清華各類學生文藝社團迅速發展，學生藝術團擁有軍樂、民樂、弦樂、合唱、舞蹈、話劇、鋼琴、口琴、手風琴、京劇、曲藝、地方戲、舞台美術等13支隊伍，近1400人。
1958年至1966年，學校校園不斷擴大，根據《1960年校園總體規劃圖》，學校將擁有2.5萬學生和8500教職工，並將校園向南向東擴展。原貫穿校園的京張鐵路（地基位於今「學堂路」）東移800米至今五道口處。新建中央主樓、西主樓、東主樓、工程物理系館、精密儀器系館（9003大樓）、各類實驗室和校辦工廠。在昌平新建原子能研究基地（今清華大學核能與新能源技術研究院）。

文革前期

清華大學附屬中學是文革紅衛兵運動萌發和誕生的搖籃，從20世紀六十年代初以來，附中的幹部子女以帶著「血統論」氣息的「培養革命事業接班人」的姿態，與學校共同提倡「階級鬥爭論」，強調家庭出身的優越感。1966年5月初，清華附中「預科65級一班」部分學生與校方產生嚴重對立。在五·一六通知的鼓舞下，他們貼出了大字報《最積極、最自覺地參加這場尖銳的階級鬥爭》，受到校方的阻止。5月29日晚，七八位高年級學生在圓明園遺址聚集討論，決定使用「紅衛兵」署名，意為「毛澤東的紅色衛兵」。6月2日，貼出「紅衛兵」大字報《誓死捍衛毛澤東思想、誓死捍衛無產階級專政》響應北大聶元梓大字報，引來各中學觀看和署名支持。
 
6月24日至7月27日，清華附中先後貼出「論無產階級的革命造反精神萬歲！」的三篇大字報。前兩篇被轉交毛澤東，毛澤東於8月1日親筆回復，對清華附中紅衛兵運動表示堅決的支持。三篇大字報被《人民日報》和《紅旗》全文刊出。 毛澤東先後8次接見紅衛兵，將紅衛兵運動推向高潮並迅速轉移至大學生和社會人員中，紅衛兵開始進行「破四舊」、「大串聯」，1966年8月24日下午，清華老校門——「二校門」被紅衛兵以「象徵封資修」為由拉倒，原址於1967年5月4日建立全國第一座大型毛主席塑像，5月5日的《人民日報》報導這一「盛況」，並掀起了全國瘋狂建立毛主席塑像的浪潮。
1966年6月8日，以葉林為首的工作組（劉少奇過問，夫人王光美參與）進駐清華大學，將從校長兼黨委書記蔣南翔到各班主任、政治輔導員打為「走資派」、「反動學術權威」、「牛鬼蛇神」，接管清華黨委，對造反學生進行批評打擊。工程化學系902班蒯大富等激進造反學生受到衝擊，開始反抗。6月21日，蒯大富提出「炮轟工作組」，宣稱工作組不代表革命，要求奪權，史稱「6·21事件」。工作組對其進行批評、開除團籍並關押18天，將50多人打成「蒯氏人物」，打擊近500人，發生數起自殺事件，兩人死亡。 7月，毛澤東回京，斥責工作組，支持造反派，並暗示與劉少奇的分歧。8月下旬，清華園中貼出批評劉少奇的大字報，10月，貼出「打倒劉少奇」的大字報。
1966年12月19日，經「無產階級司令部」授意，以打倒劉少奇等為出發點的清華最大紅衛兵組織、一統清華「文革」的「清華大學井岡山兵團」成立，蒯大富任第一把手，被稱為「蒯司令」。
12月25日，在中央文革小組授意下，清華大學井岡山兵團的5000多師生開展「反劉少奇、鄧小平」遊行，將浪潮推向全北京，被稱為「一二·二五大行動」。 1967年1月6日，蒯大富等人實施了所謂「智擒王光美」計劃，以劉少奇女兒劉平平受傷為誘餌，將王光美引出並扣押。 4月10日，經「無產階級司令部」 同意，清華「井岡山」在清華主樓前召開了數十萬人參加、旨在揭露劉少奇的「批鬥王光美萬人大會」。300多個造反派組織參加，彭真、薄一波、陸定一等300多名老幹部陪斗。
1967年4月14日，因為內部對文革一系列重大問題存在分歧和論戰，井岡山兵團分裂為「兵團總部」（或稱「團派總部」，簡稱「團派」）和「四一四串聯隊」（或稱「四一四革命串聯隊」，簡稱「414派」或「四派」）。雙方對於成立「革委會」的革命群眾組織代表和革命領導幹部代表爭執頗大。
4月30日，「團派」召開擴大會議，宣布成立清華大學革命委員會籌備小組，由蒯大富等11人組成。5月29日晚22時，「414派」成立「清華大學井岡山四一四總部」，與「團派」正式對立，其宣言指出「兵團總部已不是無產階級的代言人了。」「團派」屬於造反派，「414派」屬於造反派中的保守派，兩派之間矛盾集中於三個問題：如何理解「文化大革命」？如何評價「文化大革命」前十年？如何對待幹部隊伍？
1967年冬，中共中央為避免混亂，要求所有大、中學校學生一律返回學校，進行「複課鬧革命」。1968年3月，「楊、余、傅事件」後，中央文革小組鼓動再次開展「反右傾」鬥爭，提出「對派性要進行階級分析」，清華兩派矛盾開始膨脹，小型武鬥不斷。
1968年4月23日至7月27日，清華紅衛兵兩派之間爆發了百日大武鬥，是北京最為嚴重的武鬥事件，動用各種棍棒、石塊、土槍、土炮、化學劇毒弓箭、地雷、手榴彈、半自動步槍、燃燒瓶、土坦克等裝備，針對大禮堂、 東區浴室樓、科學館等建築進行搶占與爭奪。武鬥期間，共致使18人死亡，1100多人受傷，30多人終身殘疾，直接經濟損失1000餘萬元。其中最為慘烈 的是，針對東區浴室的5月30日大戰，以及7月初，「團派」將「414派」部分人員長期圍困於科學館，武裝堵截出口，使用地震儀尋找並炸塌「414派」地道，放火燃燒科學館頂層，最終迫使「414派投降」。
7月27日，中共中央對教育部實行軍事管制，意圖停止高校武鬥。同日，一支三萬多人組成的工人、解放軍毛澤東思想宣傳隊進駐清華，由中共中央警衛部隊（8341部隊）副團長張榮溫率領。團派拒絕停止武鬥和交出武器，並且公然與工宣隊對抗，用長矛、手榴彈、步槍等襲擊工宣隊工人，導致5名工人被殺害，731位工人受傷，震動北京城，史稱「七·二七事件」。「七·二七事件」直接導致了毛澤東最終終止全國群眾武鬥，次日凌晨3點半，毛澤東和林彪緊急召見包括蒯大富在內的「北京紅衛兵五大領袖」，針對清華「七·二七事件」要求迅速停止武鬥，歡迎工宣隊進入。

文革中後期

1968年8月，工宣隊開始著手以學習班、學軍、學農、學工等方式來「再教育」和「改造」當時在校的60屆到65屆大學生，事實上是逼迫他們進行「交代罪行」、「寫檢查」、「站隊」。同時，大批紅衛兵學生響應毛澤東「上山下鄉」號召，奔赴農村，接受貧下中農「再教育」。1968年底到1969年初，根據上級指示，工宣隊使在校的60屆至63屆四屆學生集體「畢業」、分配工作（數百名因政治表現暫緩分配），留校的64屆、65屆進農場、部隊、工廠進行「鍛鍊」，並於1970年夏「畢業」。
1968年底開始，在全國「清理階級隊伍」運動下，工宣隊對清華全體教職工、學生進行「人人排隊、層層摸底」的政治高壓運動，造成了多起自殺或自殺未遂事件，產生「非正常死亡」案例約16人。工宣隊撰寫《清華大學貫徹執行對知識分子「再教育」、「給出路」的政策報告》一文，被「無產階級司令部」作為北京「六廠二校」經驗推廣全國，作為文革「斗、批、改」典型，其中「再教育」指迫使校內的文革中被打倒高級領導幹部子女與父母「劃清」界線、「皈依」文革，「給出路」指對梁思成、劉仙洲、錢偉長等教授為代表的所謂「資產階級反動學術權威」進行批判和「養起來」政策，使其感到壓力的同時感到「出路」。
1969年5月-10月，學校在江西省南昌市南昌縣鯉魚洲建立「清華大學試驗農場」，先後5批2821名清華教職工下放勞動，當年確診血吸蟲病患者747人，懷疑患者1111人，次年確診患者總數突破千人，直到1997年清華醫療部門還在對血吸蟲病患者進行複查和治療 。有人回憶：「在江西鯉魚洲清華大學試驗農場，勞動被當成對知識分子的懲罰，只有對工宣隊表現得俯首帖耳才算改造好了，完全是一種奴化式的改造。」
1969年1月25日，以清華工宣隊為主成立清華大學革命委員會，1970年1月成立黨委會。1970年7月21日，清華工宣隊在《紅旗》雜誌署名發表《為創辦社會主義理工科大學而奮鬥》一文，提出「要始終以階級鬥爭為主課」等六條基本經驗，被推廣至全國高校，造成了嚴重影響。始於1970年的清華「教育革命」體制一直沿襲到文革結束，完全依照毛澤東教育思想，包含以下方面：一、工人階級領導一切工作（長期內清華由工宣隊、校黨委、校革委會並行掌權）；二、原有教師邊改造、邊使用；三、開門辦學，校辦工廠，師生全面投入生產（事實上阻礙了教學科研）；四、招收工農兵學員；五、廢除舊教材，參照蘇聯教材，編寫無產階級新教材；六、堅持群眾路線，堅持新教學方法（事實上是文革批判形式）。
1970年到1975年，清華進行了大規模的系科專業變動。1970年8月制定計劃準備設置三廠、七系、一連、一基礎課、兩分校，即試驗化工廠、汽車廠、精密儀器及工具機廠；電力工程系、工業自動化系、化學工程系、土木建築工程系、水利工程系、工程物理系、工程力學數學系；機修連；基礎課；四川綿陽分校、江西分校（江西鯉魚洲試驗農場）。到1972年，共設立10個系和四川綿陽分校。之後又建立大興農村分校和水利系三門峽辦學基地。學校開展各類老工人進修班（「上大學、管大學，用毛澤東思想改造大學」）、專業進修班、短期培訓班、「給工農兵送學上門」的辦學點，以及業餘大學。
1970年6月27日，中央批准《北京大學、清華大學關於招生（試點）的請示報告》，在四年正常招生停滯後，開始招收「工農兵學員」，根據毛澤東七·二一指示「學制要縮短，教育要革命」，學制3年，招生採用群眾推薦、領導批准、學校覆審，畢業後回原單位工作。10月15日後，全國各高校仿照實行。從1970年至1976年共招收6屆工農兵學員，最後一屆於1981年畢業。
70年代初直到文革結束，工宣隊採用「兩個估計」政策對待廣大知識分子，即：一、文革前十七年教育界是「資產階級專了無產階級的政」；二、教師隊伍包括中共建政後培養的大批學生，「世界觀基本上是資產階級的」，是「資產階級知識分子」（出自1971年8月《全國教育工作會議紀要》）。工宣隊始終以主宰者身份歧視、仇視、恐懼廣大教師，直至1976年10月，在每一場全國政治運動中，工宣隊都要開展對知識分子的「改造」，學校教師也一直在與之進行鬥爭 。當時一名工宣隊頭目的會議講話發表為：「廣大知識分子……什麼時候思想平靜了，感到舒舒服服了，就要檢查自己是不是走上了回頭路了。」
1975年，鄧小平開始主持國家工作，8月和10月，清華黨委副書記劉冰、柳一安、惠憲鈞和政治部主任呂方正寫信並通過鄧小平轉交給毛澤東，表示厭惡當時飛揚跋扈的清華第一把手「通天人物」遲群和第二把手謝靜宜（來自於工宣隊）。毛澤東將其看做對「文革」的翻案，開始批評劉冰等人及其「後台」鄧小平。11月中旬，演變為「教育革命大辯論」。 12月，演變為全國性「批鄧、反擊右傾翻案風」運動。在這場「文革」最後的運動中，由遲群把持的清華大學處於風口浪尖，全國數十萬人和中央黨政軍機關上千領導幹部前來清華「學習」、「參觀」，清華幾乎停止正常教學工作，專門從事「批鄧」鬥爭。十個月中，貼出十數萬份大字報，劉冰被批鬥214次。
1976年3月31日，在紀念周恩來總理逝世的背景下，遲群要求「清華不能有一個花圈送到天安門」。4月3日，無三班學員以「清華大學部分工農兵學員」名義向人民英雄紀念碑獻白花，成為四五運動一部分。6日晚，遲群稱之為「有組織、有目的、有計劃、有步驟的反革命進攻」。在中央的定性下，校內開展清查「反革命政治謠言」和逮捕「反革命分子」運動，到6月10日，審查100多人，校級隔離38人，報公安拘捕1人。
1976年10月，「四人幫」倒台，「文化大革命」結束。10月6日，遲群、謝靜宜被隔離審查（遲群於1983年底被判刑，謝靜宜後因揭發有功被免予起訴）。10月16日，中共北京市委派聯絡組恢復整頓學校。1977年4月29日，劉達任清華大學黨委書記兼革委會主任。次年6月，取消革委會，實行「黨委領導下的校長負責制」。開展了整頓領導班子、糾正冤假錯案、改善教職工隊伍結構等工作。

改革開放初期

1978年2月，恢復高考之後招收的800多名新生到校。6月23日，鄧小平聽取清華大學情況匯報，並指示辦重點學校、擴大學校規模。1979年，制定五年制教學計劃，更重視基礎訓練，增加選修課。1981年9月，正式實施計劃培養與按學分累計成績的方法。學校迅速恢復教學、科研能力，1978年恢復招收碩士研究生，1980年開始招收博士研究生，到1982年，在校學生數量超過8800人。1978年-1982年，學校獲得各級科技獎、專利獎250項，一批科研項目獲得成功，如：新型焊接電弧控制法、紫外曝光精縮機、大規模集成電路、數字式電可控頻率捷變系統、20萬千瓦大型發電機組電子計算機模擬系統。
1979年5月，化72班團支部綜合意見提出「從我做起，從現在做起，為社會主義現代化建設多做貢獻」的口號。1980年4月17日的《人民日報》轉載化72班口號相關文章；1981年3月20日的《中國青年報》第三次發表社論《為社會主義祖國前途而奮鬥是當代青年最崇高的使命和榮譽——從我做起，從現在做起》，介紹化72班事跡。這句口號迅速被傳遍全國。
1981年10月，校長工作會議決定清華英文譯名為「Tsinghua University」。1982年7月，第六次黨代會明確辦學指導方針為「一個根本、兩個中心、三方面結合」。即：學校的根本任務是培養人；學校即是教育中心，又是科學研究中心；教學、科研、生產開發及社會實踐相結合。學校的重心逐步從「階級鬥爭」轉移到教學、科研中。1985年8月，第七次黨代會，第一次明確提出建設世界一流大學目標：「從現在起的十年，是把清華大學逐步建設成為世界第一流的、具有中國特色的社會主義大學的重要發展階段。」學校陸續撤銷綿陽分校、水利系三門峽基地、團河農場、西山林場。
改革開放初期，清華確定了「理工結合，文理滲透」的發展策略，逐步增設眾多理科、文科、管理學科等類院系。理科方面，1979年成立應用數學系、1982年6月恢復物理系、1984年6月成立生物科學與技術系、1985年10月恢復化學系、1985年12月恢復理學院建制，周光召兼任院長；人文社科方面，1983年7月恢復外語系、1984年4月建立社會科學系、1985年3月恢復中國語言文學系；管理學科方面：1979年成立經濟管理工程系；1984年擴建為經濟管理學院，朱鎔基任院長。其他方面，1984年建立研究生院、1985年成立中國第一個繼續教育學院。
文革結束後十多年，原二校門所在地的毛澤東塑像受到一些校友的批評，校方決定拆除毛澤東像，但同時決定在主樓大廳北牆上建立永久性的毛澤東青銅浮雕像，以緬懷毛澤東同志。1987年8月26日，毛澤東浮雕像揭幕，8月29日，拆除在文革中砸毀二校門豎立的毛主席塑像。1990年3月底，校友會決定校友集資重建二校門，並於1991年80周年校慶前重建完成。由於並沒有準確的原建築圖，復建的二校門是根據照片復原而成的。
1986年12月23日晚6時30分，部分學生因民主主張在大禮堂前聚會，兩三千人圍觀，8時20分左右，近千人出西門進入北大、人大遊行。次日，學校廣播指出學生行為「是一件嚴重的錯誤事件」。26日，北京市出台《北京市關於遊行示威的暫行規定》，限定遊行流程、秩序。29日，北師大部分學生遊行進入人大、清華、北大鼓動遊行。
 
1989年4月15日，胡耀邦逝世，清華大學校內出現輓聯、標語及大字報。17日上午，人民英雄紀念碑前出現署名「清華大學化學系」花圈。18日，從北大出發的遊行學生經過清華時，有近千名清華學生加入。20日，清華兩千多名學生前往北大圖書館回合，準備商討聯合行動問題。21日，約兩千清華學生與其他九所高校上萬學生一同由學院路向天安門行進，前往天安門靜坐，並於22日上午參加人民大會堂胡耀邦追悼會，22日下午由學校派車接回。23日，3000餘人於主樓前集會成立「清華大學和平請願組織委員會」，24日起，多數同學組織罷課。24日上午，和平請願組織委員會兩名成員找到校領導提出與國務院負責人對話，國務院李鐵映同意並約定25日下午二時對話，「委員會」中途又提出外校代表參加、記者參加、協商對話方式等要求被校領導駁回，國務院領導如約到場，但最終和平請願委員會因內部分歧等原因未能到場，26日《人民日報》就該事報導又引起學生不滿。26日，《人民日報》發布社論《必須旗幟鮮明地反對動亂》，學校當日發表《清華大學校務會議重要通告》，申明「學校不贊成罷課」，要求「同學們不要和校外非法組織以及某些面目不清、背景複雜的人發生聯繫，不要參加他們組織的遊行示威活動。」，同時，清華和其他高校幹部也認為四二六社論定性過高，不利問題解決。27日，大量學生出校參與四二七大遊行，上午9時，與北大、農大、國際關係學院等校遊行隊伍匯合，此次遊行得到北京市民、各校教職工以及首都各大報紙的客觀認可。5月4日，約1000人前往天安門參加高自聯五四大遊行，主要以傳單方式宣傳反對腐敗、支持新聞自由，並宣布5日北京各高校複課。13日，廣場發生學生絕食後，部分清華學生在主樓前集會，發表《清華民主宣言》號召支援，集會結束後1000多名學生前往天安門遊行，92人簽名參加絕食。15日起，學生再次罷課。清華校務委員會主任張孝文發起北京10所高校校長的《十位大學校長的公開信》，呼籲學生停止絕食，希望官方領導人與同學們直接對話。18日，黨委書記方惠堅參加人民大會堂李鵬總理與學生對話會。
5月20日，國務院宣布北京地區戒嚴，22日，2000名學生和少量教職工進城參加「高自聯」遊行，至26日，最後一批靜坐學生撤回。28日，500多學生參加「高自聯」的「全球華人大遊行」。6月3日，學生「籌委會」廣播台呼籲學生前往二環路堵截軍車。4日凌晨，戒嚴部隊開始清場後，清華在天安門廣場聚集的學生開始撤離，凌晨3時起，由校長、書記帶隊，學校派40車次前往各醫院查找清華死傷學生，傷者接回校醫院，死者回校收殮，最終查明清華學生在復興門等處共死亡4人，受傷19人。當日，工字廳發生多起學生圍攻校領導事件。5日，清華與其他各高校下半旗，部分老教授自發參加悼念活動，眾多市民湧入高校悼念。5日下午，學生「籌委會」 在西階召開各班代表會，號召繼續對抗。6日，校方發布《清華大學校務會議重要通告》，要求遵守戒嚴令。7日，安排複課。10日，根據戒嚴部隊指揮部第12號通告，校方清理校內大字報、傳單。13日起，傳達學習鄧小平講話。21日，校方發出通告，要求「高自聯」、「工自聯」、「籌委會」、「清華人之聲」廣播台等骨幹主動向公安部門交代情況。
7月10日，校黨委召開全校清查清理工作會議。8月1日起，學校在清華核研院召開黨政幹部會議，學習中共十三屆四中全會精神，對此次風波進行反思，之後組織全校師生進行學習。9月22日，清華大禮堂舉行平息風波戒嚴部隊英模事跡報告會。1990年開展了黨員重新登記試點。

建設世界一流大學初期

1993年2月，中共中央、國務院頒布《中國教育改革和發展綱要》，8月23日，暑期黨政幹部會上，學校提出：「到2011年，清華大學建校100周年，爭取把清華大學建成世界第一流的、具有中國特色的社會主義大學」。1994年，學校制定《清華大學「211工程」整體規劃》，1996年9月開始實施，總投資4.6億元（其中1.1億自籌），到1999年基本完成加強理科文科經管學科建設、發展研究生教育、承接國家重大科研任務、建設清華科技園區、建設高水平師資隊伍等10項具體規劃。1995年3月，學校開始制定「九五」事業發展規劃，建設目標確定為：「到2000年，清華大學將在人才培養、學科建設、科學研究、管理方面成為國際著名的、處於亞洲前列的大學，部分學科接近或達到世界一流大學的水平，為實現學校總的奮鬥目標奠定全面而堅實的基礎。」2006年4月，清華通過「十五」、「211工程」驗收。
1998年，江澤民總書記提出建設若干所具有世界先進水平的一流大學目標，國家開始實施「985工程」。8月，清華最終制定《清華大學創建世界一流大學規劃（1999-2001）》，即「985」計劃，並於2003年通過一期驗收。2003年初，清華明確「三個九年，分三步走」總體戰略，即1994年至2002年，調整結構，初步向綜合性研究型大學過渡；2003年至2011年，重點突破，躋身世界一流大學行列；2012年至2020年，整體推進，在總體上達到世界一流大學水平。最終到2050年中國基本實現現代化，爭取達到或接近世界著名一流大學的水平。
1999年9月18日，中共中央、國務院、中央軍委召開表彰為研製「兩彈一星」作出突出貢獻的科技專家大會，授予為「兩彈一星」事業作出突出貢獻的23名科技專家「兩彈一星功勳獎章」，其中14位專家曾在清華學習或工作過。
為了邁向世界一流大學，清華進行部分院系調整。1993年12月恢復人文社會科學學院建制，下設歷史系、哲學與社會學系、中國語言文學系等三個系，思想文化研究所、經濟學研究所、教育研究所、科學技術與社會研究所等4個研究所以及一個藝術教育中心，聘請滕藤兼任院長；1994年整合建立信息學院；1996年整合建立機械工程學院；1999年恢復法學院；1999年併入原中央工藝美術學院為美術學院；2000年整合建立土木水利學院建制，同年建立公共管理學院；2001年6月8日，清華大學深圳研究生院掛牌成立。清華大學與新成立的深圳大學城開展合作，建設綜合性、研究性的人才培養、科技創新基地，主要研究生物技術、現代物流、網絡系統、環境科學、製造技術等，成為清華唯一的異地辦學實體；2001年建立醫學院，同年工業工程專業從精密儀器系分離出來建立工業工程系；2002年建立新聞與傳播學院；2004年在工程力學系、宇航技術研究中心等基礎上建立航天航空學院；2006年，與中國協和醫科大學緊密合作辦學，成立北京協和醫學院-清華大學醫學部聯合培養八年制臨床醫學專業的學生；2008年恢復心理學系，同年成立馬克思主義學院，邢賁思任院長；2009年成立教育研究院和生命科學學院，同年復建清華國學研究院，由著名哲學家陳來任院長
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科研方面，清華在各領域的研究有所突破。2000年6月28日18時37分，清華與中國航天科工集團公司、薩里大學聯合研製的50公斤「航天清華一號」微小衛星在俄羅斯發射場順利發射升空，並準確進入700公里太陽同步軌道。2004年4月18日23時59分，由清華大學和航天清華衛星技術有限公司研發的中國自主研製第一顆納型衛星「納星一號」在西昌衛星發射中心成功發射，用於高新技術探索試驗。2001年前後，工程物理系與清華同方股份有限公司核技術公司研製「同方威視」大型固定式貨櫃檢查系統和移動式貨櫃檢查系統，批量裝備中國各地海關、浦東國際機場等處，並遠銷澳大利亞、土耳其、韓國、立陶宛等眾多國家。清華核研院於2000年12月建成世界首座模塊式高溫氣冷實驗堆，運行功率為10兆瓦，並於2003年1月29日成功實現72小時滿功率運行和併網發電，為中國安全民用核能與新一代核潛艇事業奠定了基礎。物理系與應用超導研究中心著手研究高溫超導技術，於2001年研製出340米鉍系高溫超導導線，並建成產業化公里量級生產線。2005年，與中國聯通合作在北京設立多處高溫超導濾波系統示範CDMA移動通信基站並長期穩定運行。2003年的非典期間，清華實行封校措施，取消校慶活動，嚴密控制出校、返校人員，保證師生教學科研安全。同時全校科研機構開展緊急非典科研攻關，生物系饒子和教授領導實驗室研究「非典」冠狀病毒全基因組蛋白質及相關多肽的大規模表達，環境系、清華同方、深圳清華大學研究院等開展醫院垃圾無害化處理和紅外線快速體溫檢測儀器研製生產，並大規模投入使用。清華同方還為附中、附小建設網絡教育平台，並對外免費開放遠程教育。2008年，校友向清華大學捐贈2388枚竹簡。清華大學成立出土文獻研究與保護中心對其進行研究，經測定為戰國中期偏晚（公元前305±30年）竹簡，大多為歷史類書籍，包括焚書坑儒後失傳的《尚書》，具備極高的歷史價值，稱之為「清華簡」。2013年1月，清華大學交叉信息研究院姚期智教授宣布研製出世界上第一個量子路由器並在實驗室成功演示。3月，薛其坤院士發現量子反常霍爾效應，被楊振寧認為是第一次從中國實驗室里發表的諾貝爾獎級的物理學論文。
2001年4月29日是清華大學90周年校慶日，海峽兩岸的北京清華和新竹清華首次合辦校慶。4月22日，北京清華校長王大中率團訪問台灣，26日，新竹清華校長劉炯朗率團訪問北京。此外，兩校之間還舉行學生排球友誼賽等諸多慶祝活動。清華的九十周年建校大會在新建成的綜合體育館舉行，中共中央總書記、國家主席江澤民、國務院總理朱鎔基、中央書記處書記胡錦濤等黨和國家領導人出席，海內外及兄弟院校領導、有緊密聯繫的國內外企業代表、輸送優秀生源的中學校長，以及最早為1931年畢業的各級校友出席。江澤民發表講話，激勵青年學子創造時代業績，建設世界一流大學是中國綜合國力的重要體現。
然而清華在建設一流大學的同時，也遇到一些困境。學科建設方面，人文學科規模不大，醫學部分一直無法與協和合併；青年教師住房問題長期無法妥善解決，部分教師甚至要求時任校長顧秉林不尋求連任。學生也發生一些突發狀況與事件，2002年2月23日，清華電機系學生劉海洋在北京動物園用硫酸潑灑黑熊，引起社會高度關注。校方組織宣傳募捐和教育心理方面座談討論，並表示尊重司法機關處理結果。2005年初，教育部下達規定，要求全國高校BBS改為實名制校內平台。3月16日，擁有眾多校內外用戶的技術性兼交流性論壇——水木清華BBS被學校網絡中心強行物理屏蔽校外訪問，進站畫面聲明改為校內型。3月17日凌晨，站務委員會發布公告，聲明水木BBS進入特殊時期，迫於校方壓力，「改變現狀的可能性基本為零」。學生紛紛創作文章、詩詞、進站畫面表達傷感之情。3月18日中午，數百名學生自發地在大禮堂前日晷處集會，共同祭奠水木清華。4月14日，網絡中心陳茂科等人強行進入水木BBS伺服器機房並替換核心程序。下午，站務委員會發布公告，宣布已失去最高管理權限，「水木清華站務委員會成員一直團結在一起，但是我們無法與暴力和強權抗衡」，並於19日下午宣布集體辭職。該事件被眾多國內外媒體普遍關注。4月末，水木BBS原站務組於校外創辦水木社區BBS（後稱為「新水」，與校方掌控「舊水」相對應），由於眾多用戶發表個人版權聲明授權原版務人員任意使用其原創內容，水木社區擁有了眾多原有資料和老用戶。至今，新水擁有超過三萬的最高同時在線人數，而舊水最多僅有數千人在線。

百年校慶之後

2010年4月的校慶日上，清華啟動「百年校慶年」，由美術學院的百年校慶視覺形象系統設計小組發布校慶標識，宣布校內道路命名方案，開始在校內外舉辦各類學術活動、社會服務、校友互動等。作為百年校慶和兩岸交流的一部分，2010年7月，北京清華大學和新竹清華大學組成「兩岸聯合登山隊」向唐古拉山脈中段海拔6621米的各拉丹東雪山出發，其中11名來自北京清華，6名來自新竹清華。18日14時43分，在兩名教練帶領下，6名隊員率先登頂。
2011年4月底，清華大學迎來百年校慶。4月24日上午，「慶祝清華大學建校100周年大會」於北京人民大會堂召開，中共中央總書記胡錦濤（1965屆水利系校友）、全國人大常委會委員長吳邦國（1967屆無線電電子學系校友）、國務院總理溫家寶、全國政協主席賈慶林、中央書記處書記兼國家副主席習近平（1979屆工程化學系校友）、國務院副總理李克強等黨和國家領導人，北京大學校長周其鳳等國內大學代表，耶魯大學校長萊文等國外大學代表，國內外知名學者代表，台灣新竹清華大學代表團，清華校友代表和師生代表，共8000多人出席大會。校慶前後，胡錦濤總書記（1965屆水利系校友）、朱鎔基前總理（1951屆校友、經管學院首任院長）先後回校考察訪談，深圳大運會聖火採集儀式在清華舉行，全球130餘所大學校長齊聚清華參加「2011大學校長全球峰會暨環太平洋大學聯盟第15屆校長年會」，世界知名經濟學者齊聚清華參加「國際經濟學會第16屆全球大會」，清華校友、社會人士成立清華新百年發展基金支持清華發展。
百年校慶上，胡錦濤提出新的建設一流大學計畫，稱為2011計劃，與985工程、211工程不同，此計畫取消終身制。2015年，習近平推出雙一流建設。2016年，985工程、211工程相繼取消。2017年9月21日，教育部公布雙一流建設名單，清華入選為一流大學建設A類高校，入選的一流學科分別是法學、政治學、馬克思主義理論、數學、物理學、化學、生物學、力學、機械工程、儀器科學與技術、材料科學與工程、動力工程及工程熱物理、電氣工程、信息與通信工程、控制科學與工程、計算機科學與技術、建築學、土木工程、水利工程、化學工程與技術、核科學與技術、環境科學與工程、生物醫學工程、城鄉規劃學、風景園林學、軟體工程、管理科學與工程、工商管理、公共管理、設計學、會計與金融、經濟學和計量經濟學、統計學與運籌學、現代語言學等34個學科。2017年12月28日，清華正式發布《「雙一流」建設方案》。
百年校慶之後，清華成立一些新的院系。2012年，撤銷人文社會科學學院，分別成立人文學院和社會科學學院，同年中國人民銀行研究生部併入，改稱清華大學五道口金融學院。2013年成成立材料學院。2015年12月，成立藥學院。2016年12月30日，成立地球系統科學系。2017年3月4日，成立臨床醫學院，同年6月30日，成立科學史系。2019年3月28日，清華大學官方微博宣布，正式成立天文系。同年4月2日，清華大學宣布成立車輛與運載學院，簡稱車輛學院，並撤銷汽車工程系建制。
百年校慶之後，清華在辦學上有所突破。2013年4月，美國黑石集團董事長蘇世民宣布向清華大學個人捐贈1億美元，並籌集2億美元創建「清華大學蘇世民學者項目」，用於鼓勵清華立足中國，面向世界，為世界各國優秀大學生提供高水平教育。這是迄今為止全球教育領域最大單筆捐贈之一，也是中國獲得的最大單筆捐贈，此項目在2016年正式招生第一屆學生，目的是專門培養未來的世界領導者。2015年6月18日，清華大學與美國華盛頓大學和微軟公司合作創建的全球創新學院（Global Innovation eXchange institute，簡稱GIX）在美國華盛頓州西雅圖正式啟動。這是中國大學第一次到美國辦學，建立了第一個實體校區和教育科研平台。2017年2月22日，在習近平和義大利總統馬塔雷拉的共同見證下，清華與米蘭理工大學校長費盧奇奧·內斯塔在人民大會堂簽署協議，將在米蘭共同建設「中意設計創新基地」，這是清華首次在歐洲設立教育科研基地。 
百年校慶之後，清華在教學上進行一些改革。2015年，進行學分績改革，此年入學的本科生和研究生新生開始，學期成績從百分制改為等級制，在選課制度上，執行「候選隊列」方案，取消退課費，並延長退課時間，讓選課更有彈性，降低學生壓力。2017年開始，清華實施大類招生與大類培養，將原本的本科專業分為16個大類，分別為建築類、土木類、環境化工與新材料類、機械航空與動力類、能源類、電子信息類、計算機類、自動化與工業工程類、數理類、化生類、經濟金融與管理類、人文與社會類、法學類、藝術類、文理通識類和臨床醫學類，大類招生可以減少學生選填志願的盲目性，給學生更大的選擇自由權，大類培養打破了學科界限，有利於培養交叉復合型人才。2018年起，本科生中開設「寫作與溝通」必修課程，以提升學生的寫作能力、溝通能力、邏輯思維和批判性思維能力。成立語言教學中心，以提升學生用非母語交流的能力，並從2019年開始，第二外語成為本科生的必修課。