2011年O104:H4型大腸桿菌疫情

致病菌株

導致這次疫情的致病菌株為大腸桿菌O104:H4型，這種大腸桿菌雖屬腸出血性（enterohemorrhagic），但仍攜帶部分腸聚集性（enteroaggregative）大腸桿菌的基因，並攜帶許多抗藥基因，對至少八種主要抗生素有抗藥性。腸出血性大腸桿菌的主要毒素：志賀樣毒素（Shiga-like toxin）可損傷腸道黏膜，甚至進入血液中破壞紅血球，導致溶血性病變，這種症狀在腎中最為明顯，常導致急性腎功能衰竭，併發溶血性尿毒綜合症。大部分出血性腸炎均是由O104:H7型大腸桿菌引起，這次疫情則是肇因於較罕見的O104:H4型。
6月5日，中國深圳的華大基因研究院（BGI）首先完成大腸桿菌O104:H4型的基因定序，經過資料比對，研究人員判斷2001年德國從腹瀉病人分離的01-09591菌株應為這次O104:H4型大腸桿菌的直接祖先，其毒性基因與本次菌株大致吻合，但本次菌株經過十年演化後，攜帶了許多以前沒有的抗藥性基因。

 德國

德國是這波感染中受害最嚴重的國家，已有18名患者死亡，並有其他1700人感染，其中520人併發了溶血性尿毒綜合症並可能有腎臟病變的危險。5月26日德國衛生官員表示漢堡市一家商店的四個送檢的小黃瓜（三個來自西班牙，另一個來源不明）被檢出腸聚集型大腸桿菌（enterohemorrhagic E. coli），這種菌株是當時認為造成感染的病菌。從那天起德國專家開始將西班牙進口的小黃瓜從商店下架。
根據德國的「Stern」雜誌，6月1日，漢堡市衛生局長普魯佛　史托克斯（Cornelia Prüfer-Storcks）拒絕對其之前警告西班牙小黃瓜為疫情源頭的言論的批評，雖然最後這樣的言論沒有被證實，但他不認為自己太早發出警告。該雜誌也表示西班牙正要求賠償其農民上百萬歐元的損失。
5月30日，德國衛生官員針對這次疫情開了一次會議，歐盟衛生官員隨後表示這次疫情是德國有史以來爆發最大的一次感染。
這次疫情中，有12名死者是女性。這些案例中有11例都發生在德國北部，其中漢堡附近地區受害最嚴重。但位於德國北萊茵-西發利亞州的一名91歲婦女的死亡病例讓人擔心疫情已經開始擴散。現在醫生將希望寄託在一種稱為Eculizumab的藥物上，這種藥物可以有效治療感染併發的溶血性尿毒綜合症。
在德國，約有100名併發溶血性尿毒綜合症的患者的腎受到嚴重損害，可能需要進行器官移植。

 西班牙

西班牙唯一受感染的病例是一名40多歲的男子，並已被送至聖塞瓦斯蒂安的一家醫院。一名在德國的西班牙籍運動員Elena Espeso也受到了感染，她為了參加漢堡馬拉松而前往德國，在進行馬拉松途中即出現症狀，並在結束後馬上到漢堡的一家醫院就診。她聲稱在德國期間沒有食用小黃瓜，但有食用其他生菜、水果。

 瑞典

5月31日瑞典出現了第一宗死亡病例，一名50多歲的婦人在布羅斯的一處醫院死亡，她是在前往德國旅遊時遭到感染。在這波疫情中，到5月31日為止瑞典已有41起病例，其中有15例特別嚴重。

 奧地利

5月27日，衛生當局通報有兩名從德國北部騎腳踏車到奧地利的德國遊客遭到感染，並住進當地醫院中。

 捷克

唯一確認感染病例是一位美國女性遊客，她不久前剛從德國離開，隨後來到捷克。

 丹麥

丹麥官方表示截至5月30日為止已經確定14起病例，另有26宗疑似病例。其中已有14名患者出現腎衰竭的症狀。5月30日時，丹麥獸醫與食物總署（Denmark's Veterinary and Food Administration，DVFA）開始檢察丹麥境內的小黃瓜是否遭受汙染，並同時建議停止食用西班牙的小黃瓜與德國的生菜和番茄。

 芬蘭

芬蘭衛生與福利國家機構（THL）於6月4日記錄當地的首宗證實病例。

 法國

截至6月3日，法國衛生管制研究所（Institut de veille sanitaire）通報了10宗病例，這些患者遭到感染時，人正好都在德國境內。6月24日，該研究所通告亞奎丹有10宗病例，包括貝格爾市的7宗關聯病例，其中6宗是6月8日舉辦的慶典中吃了豆芽菜。有1位受感染的患者則出現與德國疫情類似的症狀。

 荷蘭

6月6日荷蘭國家公衛與環境中心（Netherlands National Institute for Public Health and the Environment，RIVM）表示已有六人確認遭到感染，其中有四人已經併發溶血性尿毒綜合症，另外兩人則沒有出現腎臟問題，這六宗病例在得病前不久都去過德國。其他病例現在正在調查中。

 波蘭

5月30日，一位女性從漢堡回來後，由於感染大腸桿菌導致病情嚴重而入院治療。截至當天為止，波蘭境內至少記錄了467宗腸道感染的病例。

 英國

5月28日，英國通報3人確診前曾去過德國，並遭到感染。5月29日，英國食品標準局表示，遭到大腸桿菌汙染的小黃瓜並沒有進口。在英國南格洛斯特，12名雷德費爾·埃奇小學（Redfield Edge Primary School）的學童於5月20日生病，學童雙親中有4人在6月2日之前的這段時間陸續生病。但遭到感染的是常見的大腸桿菌O157型，而非O104型。

 加拿大

截至6月8日，通報一宗確定病例，該名患者確診前曾去過德國。

 挪威

6月5日，在挪威發現了幾宗未公開的病例。

 瑞士

瑞士目前已確認三起病例，5月31日有一人感染，但沒有其他細節傳出，6月1日瑞士公共衛生局（Federal Office of Public Health）發布了第二起病例，第三起病例則出現在6月3日。

 美國

截至6月5日，通報四宗確定病例，這些患者確診前都曾去過德國漢堡市區。

 芬蘭

截至2011年6月1日，芬蘭衛生與福利國家機構（THL）開始檢測一位上周末進入赫爾辛基瑪麗亞醫院的人士是否為該疫情的患者，他疑似遭到腸道出血性大腸桿菌的菌株感染，並且承受折磨中。

 盧森堡

6月8日，盧森堡記錄了第一宗疑似病例。

 葡萄牙

6月2日，葡萄牙當局報告有三位葡萄牙公民，其中一位是馬德拉自治區人，他從德國漢堡回來後發生腸胃炎，因而被懷疑遭到細菌感染。另外兩位從德國回來後做了檢測，對大腸桿菌的菌株則是呈現陰性反應。

 斯洛伐克

6月8日，斯洛伐克出現第一宗疑似病例，受害者是一位25歲的男性，已在科希策路易·巴斯德醫院（Louis Pasteur Hospital）接受治療。

經濟影響

到6月1日，奧地利、義大利及法國的小黃瓜銷售量均大幅減少，但奧地利衛生部官員Pamela Rendi-Wagner表示奧地利的消費者仍是安全的。
6月3日，西班牙、葡萄牙和德國政府正式請求歐盟對受疫情影響的農民提供援助。當天俄羅斯亦開始計畫改由烏克蘭、土耳其、亞塞拜然與埃及進口小黃瓜。
6月7日，歐盟國家的農民已損失了高達上百萬美元的出口收入。西班牙蔬果生產及出口聯盟Fepex也表示其農民已經損失高達256,000,000美元。法國、瑞士、保加利亞、德國、荷蘭、比利時及葡萄牙的農民也受到了程度相當的衝擊。
當天，歐盟提出將提供受影響的農民135,000,000英鎊的補償金。歐盟農業長官表示其農民可獲得相當於其無法銷售產品三成的補償金。歐盟衛生長官約翰·達利並於同日正式批評德國對疫情來源太早下結論，造成民眾與農民的恐慌，並導致歐盟農業部門的龐大損失。約翰·達利並向位於史特拉斯堡的歐洲議會表示，如此重大的資訊應在有足夠科學根據確人後才公開。
6月8日，西班牙以太少為理由，拒絕了歐盟提供的135,000,000英鎊（相當於150,000,000歐元）賠償金。法國農業部長勒梅爾（Bruno Le Maire）則表示法國支持歐盟對受影響的農民提供賠償金。
同日，計算顯示這波大腸桿菌的疫情在人事上（例如病假）已造成高達2,840,000,000美元的損失（尚不包括物質上的損失，如丟棄的小黃瓜）。
自德國於6月8日呼籲民眾不要食用生鮮小黃瓜、番茄、生菜與豆芽菜後，歐洲許多民眾都避免食用蔬菜水果。歐盟國家農民聲稱他們每週損失611,000,000美元，成熟的蔬菜在田野或商店中腐爛而無人購買。同日，歐盟主管農業事務專門委員丘洛斯（Dacian Ciolos）宣布歐盟將提高補償金至306,000,000美元（相當於210,000,000歐元）。

後續

自俄羅斯宣布禁止從歐盟國家進口蔬菜後，即引發歐盟強力反彈，甚至暗示此舉可能使俄羅斯於年底加入世界貿易組織的計畫產生變數。因俄羅斯是歐盟蔬菜出口的第一大國，佔其出口量近四分之一，此禁令估計可能使歐盟每年損失十億歐元的收入。自六月下旬起，俄羅斯陸續恢復從荷蘭、波蘭、丹麥、比利時、西班牙、希臘及捷克進口蔬菜，據俄通社-塔斯社報導，至八月五日止仍有立陶宛、拉脫維亞、愛沙尼亞、斯洛維尼亞及德國五國被禁止向俄羅斯出口蔬菜，而因歐盟自7月26日起未再發現感染病例，若至8月8日都沒有新病例出現，俄羅斯即將解除對歐洲蔬菜的所有進口限制。
8月5日，俄羅斯動植物衛生監督局濱海邊疆區分局局長助理維塔利·薩連科透露，該局在海參崴截獲了25餘噸的德國豬肉，該批貨物被查獲後，已全部發回德國。
7月26日，德國羅伯特·科赫研究所宣布這波致命性大腸桿菌疫情已經結束。該研究所指出，過去三星期以來，沒有再傳出感染的新病例，總計這次疫情共造成52人死亡，其中50人來自德國，另外兩人則分別來自美國與瑞典。