中華民國與日本關係

代表機構

1972年12月1日，中華民國成立亞東關係協會與日本以民間團體名義設立的財團法人交流協會共同簽署《互設駐外辦事處協議書》。根據此協議，中華民國於日本東京設立具大使館性質的臺北駐日經濟文化代表處（日文：台北駐日経済文化代表処。原亞東關係協會駐日本代表處，於1992年5月20日更名），並於大阪、橫濱、札幌、福岡、那霸設立具領事館性質的辦事處；日本則於臺北、高雄設立同等性質的事務所。此協議承諾相互保護各自的權益，發給簽證、推動經貿、學術、科技、文化及體育交流等業務。為發展觀光，臺灣觀光協會也在東京與大阪設立事務所。
2012年4月1日，財團法人交流協會更名為公益財團法人交流協會。
2017年1月1日，再更名為公益財團法人日本臺灣交流協會（日文：公益財団法人日本台湾交流協会）。1月3日，舉行揭牌儀式，由日本駐臺代表沼田幹夫、亞東關係協會會長邱義仁、中華民國外交部常務次長李澄然共同主持。沼田指出這是臺日關係新的出航日，盼日後與亞東關係協會一起為日臺目前最佳關係「再上一層樓」。沼田也介紹協會名稱上出現的兩朵花標誌，在「日」字樣上出現的是中華民國國花「梅花」，在「臺」字樣上出現則是日本國花「櫻花」。
2017年3月，中華民國行政院核定亞東關係協會改名為臺灣日本關係協會（日文：台湾日本関係協会）。5月17日，舉行揭牌儀式，由立法院副院長蔡其昌、外交部長李大維、臺灣日本關係協會會長邱義仁、日本駐臺代表沼田幹夫共同主持。邱義仁表示，有些人不清楚「亞東關係協會」的職掌範圍，例如「夏威夷的事情能否幫忙？」今日改名後，讓「臺灣日本關係協會」的工作性質更清楚；沼田幹夫則強調，希望此次更名作為契機，日臺團結一心，共同建立起世界少見的友情。

事件

2018年3月7日，中華統一促進黨因不滿臺灣漁船3日在臺日重疊專屬經濟海域遭到日本海上保安廳船艦以水柱驅趕，黨部主委陳清峰率眾從彰化縣北上前往臺北市的日本臺灣交流協會抗議，並在大樓前的石碑上潑紅漆，隨即遭警方依違反《社會秩序維護法》逮捕裁罰。
2018年9月6日，日本「慰安婦之真相國民運動」等16個民間團體要求撤除位於臺南市的臺灣首座慰安婦銅像，團體代表藤井實彥疑似偷踹銅像，並於8日離境，中國國民黨臺南市黨部主委謝龍介與中華統一促進黨10日分別前往日本臺灣交流協會表達譴責並要求道歉。統促黨成員李承龍等人在日本臺灣交流協會大門前潑漆，警方依數項罪名將其偵辦。
2018年9月14日，於該年7月上任的臺北駐大阪經濟文化辦事處長蘇啟誠在住處上吊輕生，遺書裡表示，燕子颱風侵襲日本造成關西國際機場關閉時，對於臺灣旅客滯留機場的處理遭受批評一事讓他感到痛苦。

國會組織

1973年1月，日本自由民主黨國會議員成立「日華關係議員懇談會」。1997年2月5日，與新進黨在1995年成立的「日華議員連盟」合併，擴大成立「日華議員懇談會」，簡稱「日華懇」。2006年4月26日，自民黨青壯派國會議員成立「促進日本臺灣經濟文化交流年輕議員之會」（日文：日台経済文化交流を促進する若手議員の会），簡稱「日臺年輕議連」。
1997年5月28日，日本民主黨成立「民主黨日華友好議員連盟」，後於2000年5月4日改組為「日臺友好議員懇談會」，簡稱「日臺懇」；2004年5月，民主黨另成立「日本臺灣安保經濟研究會」。
2008年5月15日，中華民國立法院成立「臺日交流聯誼會」。2012年4月20日，另成立「臺灣與日本國會議員友好協會」。

釣魚臺領土爭議

1972年，美國宣布將包含釣魚臺列嶼（日本稱尖閣諸島）在內的琉球群島還給日本，中華民國政府發表聲明表示對釣魚臺擁有主權，不承認此舉。「釣魚臺歸屬問題」由是產生。
雖然中華民國與日本關係基本友好，但在釣魚臺歸屬問題上有著相當大的歧見。該島現由日本實際管轄，但臺灣漁民認為當地海域屬臺灣傳統漁場，導致臺灣漁民、海巡署與日本海上保安廳時有衝突事件傳出，最近的一次是發生於2008年6月的聯合號海釣船事件，臺北方面召回當時的駐日代表許世楷以示嚴正抗議，最後日本政府同意道歉並賠償相關損失。
2012年9月25日，為抗議日本將釣魚臺國有化和爭取漁業權，宜蘭蘇澳50多艘漁船前往釣魚臺附近海域陳情抗議，並在海巡署艦艇護衛下和日本海上保安廳船隻對峙。事後在外相玄葉光一郎呼籲下，同年11月雙方重啟中斷三年的漁業權問題談判。
2013年4月10日，臺日雙方在臺北賓館正式簽署《臺日漁業協議》，就雙方重疊專屬經濟海域的漁權與漁船作業安排達成共識，共享釣魚臺列嶼12海浬外海域的漁業資源。日本首相安倍晉三於12日表示：臺灣是重要夥伴，臺日簽署漁業協議對雙方都很好。
2015年7月23日，前中華民國總統李登輝到東京的日本外國記者協會演講，被記者問到釣魚臺主權問題，答道：「我講過好幾次了，尖閣諸島是日本的，不是臺灣的。」值得注意的是，記者當時提問是用日本的名稱「尖閣諸島」和中國的名稱「釣魚島」並用，李登輝回答從頭到尾都是用「尖閣諸島」，一次也沒提到「釣魚島」。

沖之鳥漁權爭議

日本認定沖之鳥為島嶼，並以此劃定專屬經濟區，但此主張並未完全獲得聯合國的認可。日本2008年起向聯合國大陸架界限委員會（Commission on the Limits of the Continental Shelf，CLCS）提出「認可日本擁有沖之鳥島海域等周邊7個海域的74萬平方公里的外大陸架」之申請，但是委員會將沖之鳥視為岩礁而不是島嶼，根據國際海洋法，岩礁不能算做大陸架的定點，因此聯合國大陸架委員會最終（2012年）只認可了日本不含沖之鳥島的太平洋4個海域、總面積約31萬平方公里的外大陸架。
2016年4月25日上午，日本公務船在沖之鳥附近公海海域扣押臺灣漁船「東聖吉16號」，日本保安廳限26日中午以前收到保證金170萬元臺幣，才放船及船上10人。否則將以直升機將船長帶往附近小島，再轉機至日本，漁船也將同時拖往日本。一旦人船扣進日本，將判決漁船侵入日本領海，到時就必須付更高額的罰金。行政院長張善政痛批，日本這種作風非常不好，不只是外交部抗議，不管他是院長或卸任後民眾的角度，「一個9平方公尺，3個榻榻米大的一塊地，怎麼可以叫做島？」他說，用9平方公尺就去延伸兩百海浬的經濟海域，「各位你們用膝蓋想有這種事情嗎？日本一個國際上堂堂大國可以幹這種事嗎？非常不合理！」張善政並呼籲，日本不應再強辯沖之鳥是島，不然「他們請那設籍的100多名議員上去，過一個禮拜看看。」

疑受輻射汙染食品輸臺爭議

2015年4至5月間，中華民國政府為加強食安把關，禁止福島、栃木、茨城、千葉及群馬受核災影響的五縣之所有食品輸入。另要求其餘都府道縣的食品須附產地證明，部分地區生產的茶葉、嬰兒食品、乳製品、水產品等則要附輻射檢測證明。引起安倍內閣關切，認為規範太嚴格，希望撤除。並先後派出農林水產省官員及岸信夫、萩生田光一等國會議員抵臺溝通。
2016年11月29日，在臺北舉行的第41屆臺日經貿會議開幕，日本交流協會會長大橋光夫致辭時說，關於核災食品，臺灣部分「無依據發言」造成日本人民「大大傷害」，盼盡速解禁，讓此議題成為矚目焦點。亞東關係協會副秘書長蔡偉淦則以「外交部長李大維曾在立法院表示，不會在經貿會議中討論本議題」回應，並強調食安在臺灣備受關注、仍有歧見，盼日方了解，「這個話題就此打住」。經濟部長李世光也說，食品未列入此次討論議題。而日方農醫組代表在小組會議上表示關切，盼臺方早日放寬進口管制。
2017年3月25日，日本總務副大臣赤間二郎來臺宣傳日本觀光活動，於受訪時表示目前福島災區已經重建完備，災區生產的產品也通過周全檢查，並在日本銷售，希望臺灣民眾有一天也可以吃到，不過重要的還是臺灣民意。
2018年11月24日，由中國國民黨副主席郝龍斌領銜提出的「維持禁止進口日本核災地區食物」公民投票，以779萬票贊成、223萬票反對，順利過關。25日，日本臺灣交流協會臺北事務所代表沼田幹夫發表聲明深感遺憾，並表示為了避免此問題被當作工具傷害日臺友好，將繼續努力讓臺灣朋友理解日本食品的安全性。29日，日本外務大臣河野太郎在參議院外交國防委員會答詢時亦表示極為遺憾，不排除透過世界貿易組織（WTO）提告。12月7日，河野太郎再表示臺灣可能因此無法加入《跨太平洋夥伴全面進步協定》（CPTPP）。

簽證

持有中華民國護照的中華民國公民（且在臺灣有戶籍）可以免簽證的方式入境日本，停留最多90天。以免簽證方式入境天數過長者，於下次再入境時，容易引起機場境管人員注意，一旦被認定有非法工作嫌疑時，將遭到拒絕入境。因此停留較長時日或從事觀光以外目的，宜先向日本臺灣交流協會臺北事務所詢問申辦符合該目的之簽證。
持有日本護照的日本公民也可免簽證入境中華民國，停留最多90天。
此外，臺灣提供日本每年5,000名額給18－30歲青年為期1年的度假打工簽證；日本則提供臺灣每年10,000名額給18－30歲青年為期1年的度假打工簽證，兩者皆必須未曾取得此種簽證。
中華民國外交部的國外旅遊警示分級表將日本福島縣第一核電廠半徑30公里內區域及計畫避難區域歸類為紅色警示：不宜前往，宜儘速離境（2017年4月18日）；衛生福利部的國際旅遊疫情建議等級表將日本歸類為第一級注意：提醒遵守當地的一般預防措施（2019年3月7日）。

統計

根據中華民國交通部觀光局資料，2017年日本赴臺有1,898,854人次；臺灣赴日則有4,615,873人次。

貿易

中華民國對外貿易發展協會（外貿協會）於日本首都東京，以及大阪與福岡設立「臺灣貿易中心」。經濟部國際貿易局也在東京設立「駐日本代表處經濟組」，以及在大阪設立「駐大阪辦事處經濟組」。
2014年，根據日本農林水產省的統計，中華民國是日本農林水產食品第3大出口市場，與往年相同，僅次於香港、美國，高於中華人民共和國、韓國、泰國、越南、新加坡、澳大利亞、加拿大。日本外銷的香菸有5分之2皆銷往臺灣，且有逐年增加的趨勢，顯示臺灣消費者對於日本菸的喜好。另根據行政院農業委員會的統計，日本是臺灣農林水產食品第2大出口市場，僅次於中華人民共和國，高於香港。
2018年，日本是中華民國第3大貿易夥伴、第2大進口夥伴、第4大出口夥伴，在亞洲經濟體排名第2、2、3。出口至日本的金額為230億8,286萬7,384美元，年增11.072%；自日本進口的金額為441億3,887萬0,762美元，年增5.237%。貿易呈現入超（赤字）210億5,600萬3,378美元，年減0.494%。2017年，日本是中華民國第3大貿易夥伴、第2大進口夥伴、第4大出口夥伴，在亞洲經濟體排名第2、2、3。

投資

在1999年、2000年、2006年時曾出現對日本的投資高潮，在半導體、液晶面板等電子機械領域有超過1億美元的大規模投資案件。2012年為止，中華民國對日本的直接投資累積金額為25億1,400萬美元，佔外國對日本的直接投資累積金額的1.2%。在亞洲地區次於新加坡、香港與韓國，居第4位，主要投資項目為電器機械器具、批發、零售業與服務業。
與消費者直接相關的連鎖品牌零售業者也至日本設立銷售據點，拓展市場，例如：法藍瓷（瓷器）、夏姿（服裝）、日出茶太（珍珠奶茶）、春水堂（珍珠奶茶）、微熱山丘（鳳梨酥）、芒果恰恰（芒果冰）等，將臺灣的飲食、生活文化推廣至日本，期待透過重視產品品質的日本消費者認同，塑造高品質的形象，以利未來進一步打入其他亞洲市場與歐美市場。

鴻海投資日本企業

2012年3月，鴻海精密與夏普（SHARP）達成資本合作協議，由鴻海出資670億日圓（約佔總資本的9.9%）入股夏普，後因夏普股價大跌及雙方經營階層意見之差異，媒體戲稱的「鴻夏戀」最終導致破局。但雙方各出資46.5%投資的面板廠「堺顯示產品公司」（通稱堺工廠），已於2012年7月順利完成出資。此外，中國信託商業銀行併購東京之星銀行案，於2014年4月通過，成為外資銀行併購日本銀行之首例。
原本進展停滯的鴻海投資夏普案，最終於2016年4月2日，鴻海以3,888億日圓投資夏普，是鴻海成立42年的最大海外投資，也是臺灣企業首次收購日本面板大廠，簽約地就在大阪堺市。由鴻海集團董事長郭台銘、副總裁戴正吳、與夏普社長高橋興三共同簽署。
另一起鴻海競標東芝記憶體案，外電在2017年6月中披露恐將出局，但郭台銘在6月22日的鴻海股東會上撕毀當日的《工商時報》並批評日本官方，強調他還有5成機會，會讓報紙總編輯後悔。東芝在9月13日發布聲明時仍保留但書與彈性，不排除與其他陣營議約。外傳東芝發布聲明後，東京當地就謠傳郭台銘將大陣仗在當地召開記者會。日本媒體盛傳，郭台銘因不滿競標過程，將砲火再次直指日本官方，批評日本官僚涉足競標。儘管鴻海否認相關謠言，但仍挑起日本官方對鴻海競標的負面印象，促使官方出重手，讓東芝在7日內作成優先與貝恩資本（Bain Capital）為主的「美日韓聯盟」議約的決議，售價為2兆日圓，預定2018年3月31日完成交易。

臺商組織／臺資銀行

2001年9月11日，由170家赴日本投資的臺灣企業組成「在日臺商聯誼會」。目前運作的有：日本臺灣商會聯合總會、東京臺灣商會、日本關西臺商協會、千葉臺灣商會、福岡臺灣商工會議所、琉球臺灣商工協會等，以及留日臺灣同鄉會。
目前已在日本設立的臺資銀行有：臺灣銀行東京支店、兆豐國際商業銀行東京支店、彰化商業銀行東京支店、第一商業銀行東京支店、中國信託商業銀行東京支店等。

犯罪事件

2016年5月，日本海上保安廳在沖繩查獲並逮捕6名臺灣人涉嫌走私600公斤安非他命。黑市價約420億日圓，約121億新臺幣（當時匯率）。創下日本緝毒史上最高紀錄，相當於日本2年的平均查獲量。
2017年1月，日本媒體披露福岡縣警方破獲臺灣電信詐騙集團，逮捕超過30名持觀光簽證入境的臺灣人。4日，中華民國外交部表示，經查相關人士已遭強制遣送出境返臺。

航空

臺灣日治時期，臺灣和日本內地間就有航空路線。戰後一度中斷，直到1959年，日本航空開闢東京（羽田）↔臺北（松山）的航線。中華民國與日本斷交後，因中華航空飛機上的中華民國國旗，以至於1974年5月至1975年8月間，兩國斷航。復航後中華航空與新成立的長榮航空飛東京的班機被安排降落於羽田機場，以迴避中國大陸的航空公司，成為該機場僅有的兩家外國籍航空公司，直到2002年4月18日起才改至成田機場起降，並大幅增加班次。1998年4月1日，復航臺北（桃園）↔大阪（關西）航線。2010年10月31日，復航臺北松山↔東京羽田航線。
目前雙邊有定期航班來往的城市如下（截至2019年5月26日）：

駕車

持有中華民國汽車駕駛執照可以免路考及筆試申請換發日本駕駛執照，反之亦同。

事件

2019年5月，日本琉球朝日放送電視臺報導，在沖繩島有1名穿越人行道的8歲男童被1名臺灣男子駕駛的租車撞上重傷，有目擊者表示，事發時人行道的燈號是綠燈。《日本經濟新聞》也公布圖表，其中針對臺灣、韓國、香港旅客在日本的駕車事故與日本人做比較，統計發現臺灣旅客在酒後駕駛、無照駕駛都排名第1，韓國旅客則是超速最多。