澎湖縣歷史

史前時期

根據台灣大學考古學系黃士強教授在1970年代期間在澎湖所做的調查，至1981年為止，一共發現了新石器時代遺址十一處，從出土的遺物分析，這些遺址屬於同一系統的文化。之後再根據考古學家的考證，澎湖在5000年前就有人類活動，出土的文物以粗繩紋陶為代表的新石器文化，據推測當時的先住民可能是來自台灣西南部的暫時性居民，活動地點散布在吉貝嶼、白沙島、澎湖本島、西嶼及望安島等地，因此有學者認為今日的澎湖白沙鄉的吉貝與赤崁，其地名的由來與台灣西南部的原住民有關。
1983年由中央研究院歷史語言研究所臧振華發現白沙島蒔板頭山車邊海岸的蒔板頭山文化遺址。1984年挖掘後發現該遺址有粗繩紋陶（4800年）素麵紅陶、灰黑陶（4000年）、下部歷史層（唐宋）及上部歷史層（南宋）等四層文化層。另外，白沙島有赤崁頭素麵紅灰陶文化遺址位於通梁虎頭山東岸的海崖附近，有年代約4000～4200年前的素麵紅灰陶文化代表遺址，又稱赤崁頭期文化。而七美的南港、西北灣與東湖一帶也有石器製造工廠遺址，其年代大約在4000年前，應屬於素麵紅陶文化。

元朝

澎湖群島在元朝統治時曾設置澎湖寨巡檢司，或稱澎湖巡檢司，設治時間以1281年（元世祖至元十八年）的考證最為早，也就是根據一般史書及元史、新元史，考定：「蒙元世祖遠征日本因風失敗，迂迴台灣，道經澎湖設治澎湖，企圖進取台灣，作為征日本之準備。該地方區劃隸屬於元帝國福建泉州府，主官為澎湖寨巡檢。而澎湖寨巡檢是元朝於澎湖群島設置的官職，也是澎湖首度設立正式的地方統治官署（之前澎湖列島歸屬於晉江縣）。駐於澎湖馬公的巡檢官職，是元朝最基層的官員，隸屬於福建泉州府。而1366年尚在任的澎湖寨巡檢陳信惠是元朝首位駐澎官員。
《元史·琉求》記載：「在南海之東。漳泉興福四界內彭湖諸島，與琉求相對」。《元史·琉求》中記載元世祖在位時曾遣使自澎湖巡檢司出發宣撫流求，渡海遇到一個「山長而低者」的地方，使臣認定到達琉求，但跟當地人語言不通，登陸的兩百餘人中有三人遭到殺害，無功而返，元成宗元貞三年，福建省平章政事高興言：「今立省泉州，距琉求為近，可伺其消息，或宜招宜伐，不必它調兵力，興請就近試之。」九月，高興遣省都鎮撫張浩、福州新軍萬戶張進赴琉求國，生擒一百三十餘人而返。第二年正月，又將所俘留求人放回，要他們歸順元朝，此後不了了之。

明朝

1370年代，明朝統治中國後，仍循例於該地設置巡檢官職，也繼續設置澎湖巡檢司這個行政官署，直至1384年實施封海政策予以廢除。1563年，考量沿海治安等因素，明朝復設澎湖寨巡檢。此官職直至1622年，荷蘭佔領澎湖為止，才免予實授。
1368年（元至正二十八年；明洪武元年），泉州路改為泉州府，隸屬福建行省，轄晉江、惠安、南安、同安、安溪、永春、德化七縣。泉州府轄下包含澎湖寨巡檢司。
1371年（明洪武四年；北元宣光元年），福建行省改為福建布政使司，泉州府隸之。
1387年（明洪武二十年），撤澎湖寨巡檢司。
1392年（明洪武二十五年九月），置漳泉道。
1563年（明嘉靖四十二年），復置澎湖寨巡檢司。
1604年8月7日（明萬曆三十二年），荷蘭東印度公司司令官韋麻郎打算進攻澳門，以作為與明朝貿易的基地。因被葡萄牙人擊退，韋麻郎轉而趁明軍無汛兵防守時，率兩艘船佔領澎湖。
1604年12月15日（明萬曆三十二年），明軍將領沈有容率兵到澎湖，要求韋麻郎離開。韋麻郎迫於此壓力下，且無法順利與中國貿易，因而離開。此事件留有《沈有容諭退紅毛番韋麻郎等》碑，今仍豎立在澎湖天后宮中。
1622年（明天啟二年），柯恩總督獲知西班牙人意圖佔領台灣，遂派雷爾生（荷蘭語：Cornelis Reijersen）率領600人進攻澳門，若失敗則轉往澎湖或台灣設立貿易據點。只是荷軍遭西班牙、葡萄牙聯軍頑強抵抗，損失慘重，雷約生遂轉佔澎湖，並在風櫃尾築城。
1624年（明天啟四年），南居益上任福建巡撫後，打算硬逼荷蘭人退出澎湖，派兵包圍了風櫃尾城。經過八個月激戰以後，荷蘭人和明朝達成協議，同意摧毀風櫃尾的要塞和砲台，同時拆除澎湖城堡的建材，轉進至不屬於大明國版圖的台灣島（福爾摩沙），明朝亦不干涉荷蘭對台灣的佔領。

葡萄牙人與荷蘭人到來

16世紀時葡萄牙人來到東方，發現澎湖海域魚產豐富，島上住著許多漁民，因此稱呼澎湖為「Pescadores」，「Pescado」意為「漁夫」，故將「Pescadores」譯為「漁翁島」或「漁夫群島」。
1604年（萬曆三十二年）時，荷蘭東印度公司司令官韋麻郎（Wijbrant Van Waerwijck）率兩艘船抵達澎湖，並派員往福建請求貿易。福建當局立即嚴禁人民出海接濟，並派都司沈有容率兵船五十艘前往澎湖，要求荷蘭人撤退。韋麻郎見求通商無望，又缺乏補給，於是在當年底離開澎湖。明朝政府於島上立有沈有容諭退紅毛番碑。

荷蘭佔領與澎湖海戰(1624)

1622年時，由於與葡萄牙人爭奪澳門的軍事攻擊行動失敗，荷蘭艦隊最後抵達了澎湖，並且在馬公風櫃尾蛇頭山頂設立了基地，即馬公風櫃尾荷蘭城堡。荷蘭軍隊強迫當地的居民建設碉堡，受奴役工作的1500個工人其中1300人死亡。1623年11月，福建巡撫南居益設計邀澎湖島上荷蘭人到廈門談判，在宴會上囚禁荷蘭代表團，並乘機襲擊燒毀了入侵明朝沿海的荷蘭戰艦。之後荷蘭人於澎湖海戰（1624）被明軍擊退，轉往台灣。

明鄭時期

自荷蘭人撤退後，澎湖名義上一直處於明朝的控制下，但由於未設官署，所以實際上成為海盜們的根據地。1661年（永曆十五年），鄭成功出兵攻台灣時，從金門料羅灣出發後，首先抵達澎湖，自此澎湖歸於鄭氏王朝（明鄭）統治。
1664年（永曆十八年），鄭經設澎湖安撫司。這是自明朝1622起不再設置澎湖巡檢司之後，時隔40年澎湖再次有了官署。1665年，清荷聯軍繼續進攻澎湖，遭遇颱風、無功而返，清朝於是放棄了攻佔台灣的企圖，轉而與鄭經談判。
1680年10月，施琅抵達廈門即將攻打明鄭，明鄭大將劉國軒前往澎湖強化守備，築城與砲台，同時在海邊建造矮牆並配置火銃，阻止清軍登陸。1681年（康熙20年，永曆35年）一月，鄭經病逝台灣，台灣的鄭氏政權開始爆發激烈的政治鬥爭。時任閩浙總督的姚啟聖與福建水陸各官聯名上疏清廷，希望康熙皇帝儘速作出征台決定。康熙皇帝於同年6月間與大學士商議，並決定對台灣用兵，其間因大學士李光地推薦以及姚啟聖的保薦，康熙決定採用『以鄭制鄭』的策略重用施琅，並命令兵部恢復施琅的水師提督官位，並加宮保官銜，前往福建。1682年（康熙21年，永曆36年）10月28日，施琅收到康熙交付專征之責的諭旨。1683年（康熙22年，永曆37年）6月14日，施琅與水師在銅山誓師，統領3萬多人，戰船300多艘，直駛澎湖，為澎湖海戰的起始。

清代

1727年（雍正5年）時，應閩浙總督高其倬之請，將原隸屬於台灣縣之澎湖設立澎湖廳，轉為隸屬於福建省台灣府管轄。1887年（光緒13年）時，台灣建省，於台灣中部新設台灣府（中路），原台灣府（南路）改稱台南府，澎湖廳仍隸屬於台灣府。
澎湖納入清朝後，進駐的軍隊使澎湖各地消費性需求增加，天后宮附近也開始逐漸出現店家，和原在天后宮前方的「魚市」形成了馬公的「街市」。雍正與乾隆年間，台灣與廈門之間往來貿易的商人，在馬公市區販售當地無法生產的民生商品，而組成了「台廈郊」，其成員通稱為「街內」郊戶。由於有這些郊舖和販賣本地生菜、魚肉等土產的一些「街外」舖面，中央街一帶的所謂「七街一市」，處理台閩來往商務的「台廈郊」商會也在此成立，並於清光緒元年設會館於水仙宮，更強化了中央街地區宗教、商業及社會組織的中心地位。
1885年中法戰爭（清法戰爭）時，澎湖一度被法軍攻占，同年6月中法在天津簽訂《中法新約》後法軍撤離，澎湖重新納入清朝。1886年籌建清政府媽宮城，為清朝在台灣最後建造的一座城牆式防禦型古城。

日治時期

1894年日清戰爭和談期間，日軍發動澎湖之役，於1895年3月23日派軍登陸澎湖本島，3月25日攻下澎湖。並設置「澎湖列島行政廳」。澎湖遂成為日本在台灣最早統治的地區。
1895年4月，《馬關條約》簽訂，依第二條之三「澎湖群島，即英國格林尼次東經百十九度起至百二十度止、北緯二十三度起至二十四度之間諸島嶼」，確定澎湖列島與台灣共同割讓給日本。台灣總督府變更清領時期之府為縣，府轄之縣為支廳，但澎湖廳仍維持建制直屬總督府管轄。
1920年（大正9年）時與阿猴廳（今屏東縣及旗山地區）及台南廳一部份（今高雄市及岡山鳳山地區）合併為高雄州並設立澎湖郡。1926年（大正15年）時再次獨立復設置澎湖廳，1945年二戰結束前共管轄二支廳。

中華民國

1945年第二次世界大戰日本戰敗後，澎湖列島由中華民國政府接收，設立臺灣省澎湖縣。1949年，發生澎湖七一三事件。
1995年，成立澎湖國家風景區，範圍為澎湖群島。2009年澎湖縣博弈公民投票中，多數反對澎湖發展博弈產業，澎湖將朝能源低碳島方向前進。2009年12月，臺江國家公園成立。2014年6月，澎湖南方四島國家公園公告實施。