潛龍諜影3 食蛇者

遊戲系統

本作並加入了「生存視窗」系統。玩家可以看到受傷的部分，吃剛捕獲的食物（食物會隨著PS2主機的系統時間推移而腐化），但也有部分玩家批評此項功能「非常麻煩」。不過在另一方面也有稱讚的聲浪，認為遊戲真實的表現出近身距離作戰（CQC）技巧，就像是真正的潛入作戰，同時並將「野外求生」此一主題有力地體現出來。

貞潔任務

1964年8月24日，正式組成的特種部隊「FOX」（Force Operation X)首次被賦予的實戰任務，援救蘇聯的武器開發者蘇可洛夫，協助他脫逃蘇聯前往美國。蘇可洛夫開發的新型武器在演習中的間隙，「FOX」的特務Naked Snake（因為Snake沒帶任何真正的武器而取名）以歷史上首次的HALO（High Altitude Low Open,高跳低開跳傘）方式降落，空投於蘇可洛夫的研究所附近。「貞潔任務」就在這種情況下開始。
Snake成功與蘇可洛夫接觸，但蘇可洛夫表示蘇聯方面反對赫魯雪夫的上校Volgin將會很快來尋找他，他們必須儘快撤離。兩人在撤離的途中與蘇聯GRU特別行動隊指揮官山貓遭遇。山貓由於年少氣盛被Snake輕易打敗，但Snake並沒有殺死他反而讓其逃走。
打敗山貓之後，兩人又遇到Snake的老師——The Boss，以及跟隨The Boss前來的眼鏡蛇部隊其他成員，最後還有上校Volgin本人。The Boss向Snake表示她已經叛變到蘇聯一方。在隨後的戰鬥中，蘇可洛夫被眼鏡蛇部隊輕易擄走，Snake也被The Boss打敗，並被扔到懸崖下的激流中，身受重傷。「貞潔任務」失敗。
Volgin上校隨後用The Boss帶來的由美國製造的戴維·克羅克特發射核彈摧毀了蘇可洛夫所屬的研究設施，意圖挑起美蘇爭端，削弱赫魯雪夫的勢力。

食蛇者作戰

貞潔任務失敗的一週後。在美國總統詹森與蘇聯共產黨總書記赫魯雪夫的熱線協商下而產生的任務，為了救出被敵人擄走的蘇可洛夫，破壞他所開發的新型武器Shagohod，並且暗殺叛變到蘇聯的The Boss。Snake再次潛入敵人的陣營。以消滅The Boss麾下的特種部隊「眼鏡蛇部隊」（Cobra Unit）為由命名，這就是「食蛇者作戰」。
但Snake剛進入蘇聯領地，即與The Boss遭遇，並立即被她打敗。The Boss警告Snake離開蘇聯領土後離開了。但Snake並沒有聽從她的建議，繼續執行任務。Zero少校告訴Snake，1960年有兩個叛逃到蘇聯的NSA的密碼譯解員，現在其中之一代號叫ADAM的願意作為內線與Snake接應，現在Snake應該去與他接頭。Snake按照少校的指示到達了約定的地點，但沒有發現ADAM的蹤影。隨後，一個自稱是EVA的金髮女人出現，聲稱她是與ADAM一同叛逃到蘇聯的另一個NSA密碼編譯員。EVA告訴Snake蘇可洛夫在Volgin的要塞中進行Shagohod的最後測試。兩人交換情報後，山貓再次出現（因為山貓就是ADAM，此處可當做ADAM來與Snake接頭），但仍然被Snake輕易打敗，山貓感到羞辱後再次逃走。
與EVA分手後，Snake與眼鏡蛇部隊成員The Pain，The Fear，The End，The Fury先後遭遇，並一一將他們打敗。Snake最後來到Volgin的要塞，並按EVA的提示偽裝成伊旺・萊登諾維奇・萊柯夫少校成功潛入要塞並與蘇可洛夫接觸。但這次蘇可洛夫拒絕與Snake一同逃走，但願意指示Snake如何摧毀Shagohod。但兩人的談話被Volgin的到來打斷。隨後，The Boss也出現，並立即識破Snake的偽裝。Snake被俘虜，在隨後的審訊以及一系列混亂中，Snake失去了他的右眼。但在EVA的幫助下，Snake從監獄逃脫。在途中與The Sorrow的鬼魂遭遇。
Snake與EVA再次碰頭，制定計劃後，Snake再次潛入要塞，試圖摧毀Shagohod，但再次被The Boss等人發現。在山貓的慫恿下，Volgin與Snake進行一對一決鬥，但被後者所打敗。Volgin進入Shagohod，並駕駛它繼續追殺Snake。Snake最後將Shagohod和Volgin一同擊敗。在摧毀了Shagohod之後，Snake仍沒忘記自己的最後一項任務——殺死The Boss。在由百合花組成海洋中，Snake與The Boss進行了最終決鬥，這次，Snake打敗了The Boss，並殺死了她。The Boss在死去之前，將賢者的遺產交給了Snake。隨後，Snake與EVA試圖駕駛地效飛行器逃出蘇聯，但受到山貓的追擊，Snake再次與其進行了決鬥，並打敗了他，但仍然讓其逃跑。最後，Snake與EVA成功逃離蘇聯。「食蛇者作戰」結束。

尾聲

Snake在與EVA的一夜纏綿後醒來，發現了EVA留下一卷表明她的真實身份和The Boss叛國真相的錄音——其實EVA來自中國，任務是奪取賢者的遺產並殺死其他瞭解EVA真實身份的人。Snake被總統授予「傑出服役十字勳章」並獲得了Big Boss的稱號。劇情的最後，Snake在The Boss的無名墓前獻上了百合花和The Boss的配槍。

登場人物

配音員資料部分，以「日語版／英語版」方式標記。

Shagohod

是由蘇聯科學家蘇可洛夫設計的核武器發射平台，被格朗寧稱為劣化版的Metal Gear。 整個機器的形態其實就是個加大型的坦克，但是分為前後兩個部分，前半部分由螺紋推進器推進，可以破壞路徑上的障礙物，後半部分由履帶推動。同時，背部以及兩側裝備了數個渦輪推進器，能夠將Shagohod加速到480km/h的高速。這使得從Shagohod上發射的中程彈道飛彈獲得如洲際彈道飛彈般的射程（6000英里/9600公里），同時因為發射角度可以因此變得很小，使得Shagohod發射的飛彈更加難以被偵測到。因此，使用Shagohod作為核武器發射平台將很有可能打破冷戰核威懾的平衡。

Metal Gear

設計者為格朗寧與宅代的祖父，在現代軍隊中，行動靈活但防禦力低下的步兵與防禦穩固但行動受限的裝甲部隊中間缺失了一環，而這個環節將要由能夠雙足行走的Metal Gear來填補。Metal Gear將具有能進行全地形跨越的雙足，以及能夠保護乘員的堅固裝甲。 因為沒有推進器而遭高層廢棄，轉而開發Shagohod。

潛龍諜影3 生存戰

《潛龍諜影3 生存》（日語：メタルギアソリッド3 サブシスタンス，英語：Metal Gear Solid 3: Subsistence，中國大陸譯作「合金裝備3 生存」）是《潛龍諜影3 食蛇者》的加強版。相對於《食蛇者》增加了European Extreme難度、第3人稱視角以及新的遊戲模式。
附加要素：猿蛇合戰 、秘密小劇場

HD合集

2011年11月23日，推出了本作與前作「潛龍諜影2」的Playstation 3與Xbox 360HD移植版本合輯《潛龍諜影 HD合集》（但歐美版中則另含Playstation Portable《和平先驅》的HD版），並預定於2012年6月發售Playstation Vita版。Playstation 3版（日本版）中並附有Playstation版「潛龍諜影」的免費下載密碼。HD重製由Bluepoint Games擔任。解析度為720p（60fps）。對應獎杯、實績機能。Playstation 3版可與Playstation Vita版共通使用遊戲存檔。

3DS版

《潛龍諜影 食蛇者3D》於2012年2月11日（美國）、2012年3月8日（日本）推出。本作對應任天堂3DS獨有的裸視3D顯示技術，還利用主機所附的攝影鏡頭，以擷取現實中的圖片到遊戲中成為新的迷彩，並對應主機的重力感應器。遊戲介面上，3DS版將遊戲訊息置於下方螢幕中，使遊戲畫面更清晰。
中國大陸《遊戲機實用技術》雜誌為遊戲打出21分。