广州地铁

艱難起步

1958年，時任廣東省省長陳郁最早提出了籌建廣州地鐵的設想。在當時「戰備為主，兼顧交通」的規劃思想指導下，廣州市擬建一個地下工程，早期按人防考慮，遠期發展成地鐵。
1964年夏，廣州政府開始設計該戰備工程。1965年越南戰爭不斷擴大，東南亞形勢日趨緊張，市人民防空委員會因而決定興建九號工程和黃婆洞坑道兩項人民防空工程。
1965年6月19日，廣州地下電車指揮部成立（後易名為廣州市防空九號工程指揮部），負責修建地下坑道工程的工作。與此同時，坑道工程秘密開工。「九號工程」一名，源於「地下」二字的九個筆劃，出於保密需要而被用作該地下工程的代號。工程總長8.51公里，全線埋深35-45米，有出入口12個，其中斜井7個，立井5個。1968年底，工程完成土建環節；1970年5月全部完工。然而，由於當時國內政治形勢和國際環境惡劣、戰備緊迫，且前期準備和技術論證不足，同時受限於當時的技術條件，工程所建成的隧道斷面太小，只能實現人防功能而無法通行地鐵。「九號工程」不是廣州地鐵的雛形，但卻是籌建廣州地鐵設想的產物。
隨後，在1970-1980年間，政府又數度籌建地鐵，但由於資金短缺、技術困難，同時原有工程擴建難度過大，再加上1974年陳郁省長病逝，工程六度上馬、五度中止，廣州的地鐵夢經歷了几上幾下的挫折。

步入正軌

80年代初，國內外環境持續向好，廣州建設城市軌道交通的需求日益突出。1984年，廣州地鐵籌建處吸取香港地鐵的經驗，在全國首度提出「交通為主，兼顧人防」、將地鐵路線建設於主要交通走廊上的思想，並獲得了有關部門的首肯。這種設計思想的改變，令廣州地鐵建設進入了快車道。隨後，廣州開始編撰地鐵的線網規劃與工程計劃。
1984年，在國務院批覆的廣州市總體規劃中，首次提出了「十」字形軌道交通網絡，將路線設於主要客運走廊中。1987年，廣州市準備引入法國資本及設備來修建地鐵，並與法國S.M.S集團合作制訂了四個線網方案；經民意諮詢，政府最終確定了「十字線網」地鐵規劃方案。後受法國幻影戰機售台等事件影響，廣州地鐵建設改為引入德國資本與設備。同期，1號線芳村站至黃沙站區間的沉管隧道，與廣州首條過江隧道——珠江隧道一同興建。
1989年6月，廣州市政府正式向國家計委申請地鐵1號線立項。1992年12月28日，廣州市地下鐵道總公司成立。1993年3月，中央正式批准了廣州地鐵可行性研究報告。1993年12月28日，1號線動工。
在1號線建設過程中，廣州市政府欲一併實施舊城改造，按TOD模式進行沿線物業開發。因此政府進行了廣州有史以來規模最大的城市改造，全線總拆遷面積逾100萬㎡。其中中山四、五路騎樓街更遭受大規模清拆，艷芳照相館、慧如樓、大學鞋店、新陶芳大酒家、滄洲腊味店、妙奇香、一樂也理髮店等老字號從此消失，只有中山六路一帶的騎樓得到保存。同時，沿線眾多拆遷戶被遷至同德圍地區。該舉措至今仍有爭議，但其更新沿線建築、擴寬道路、提高沿線商業價值及現代化水平的效果也值得肯定。
1997年4月9日，廣州地鐵首列列車（編號0102）由嘉興號貨輪運抵廣州黃埔港。該款列車由德國西門子-安達聯合體製造，所有設備零件均為進口。
歷經5年建設，1997年6月28日，1號線首通段——西朗站（現西塱站）至黃沙站五站四區間投入營運。自此，廣州成為中國內地繼北京、天津、上海後第四個建成地鐵的城市。隨後在7月2日，1號線正式對公眾開放。1999年大年初一（2月16日），1號線後通段（黃沙至廣州東站）正式開通營運，至此1號線全線通車。
完成1號線的修建後，政府繼續著手推進南北線——地鐵2號線的修建工作。1998年7月28日，舊2號線（三元里至琶洲）工程的首個工點——海珠廣場站動工。這也代表著2號線正式開工。
2000年8月，廣州地鐵與龐巴迪公司簽訂首批Movia 456列車的採購合同。2002年11月29日，2號線首列車（編號2X4344，現改為01X059060配屬1號線）的兩節車廂從德國空運抵廣州舊白雲機場。除首兩列車為全進口外，後續的列車安排在中車長客生產，以期提高設備國產化率。
2001年，全長23.32公里的2號線全線隧道貫通。
2002年12月29日，2號線首通段（三元里至曉港）開通試營運，自此廣州地鐵「十」字軌道線網初步形成。公園前站成為了廣州地鐵系統中的首個轉乘車站。隨後，2003年6月28日，2號線後通段（曉港至琶洲）開通。
值得一提的是，2號線的設備國產化率達到70%，與1號線相比是極大的飛躍；而且在建成時，2號線是內地首條安裝月台門的地鐵路線，也是首條使用集中供冷系統的地鐵路線。另外，同期為配合羊城通的啟用，原有的磁卡式單程票被硬幣式單程票取代。

高速發展

進入21世紀第一個十年，因應廣州市域的擴張發展與2010年亞運會的成功申辦，廣州地鐵的建設逐漸進入高潮期。

二期修編（2015-）

為順應廣佛同城的發展需要，2015年，國家發改委批覆同意興建7號線一期調整段（廣州南站至美的大道，又稱7號線首期西延段）。該路線連接順德北滘與廣州，全長約13.45km。
2016年6月23日，首個工點——陳村站動工。全線計劃於2021年建成通車。

強心之路

一、二期路線陸續建投用後，廣州已初步形成了覆蓋全域的軌道交通網絡。然而，隨著市區客流自發增長、郊區路線不斷接入，市區線網運能短缺的問題日益突出，乘客體驗水平日益下滑，調度和營運壓力變得空前巨大。在此情況下，建設更多市區路線、分擔現有幹線壓力成為了廣州地鐵建設的當務之急。
同時，因應廣州建設南沙自貿區、融入粵港澳大灣區的需要，快速聯繫南沙與市中心及大型交通樞紐變得十分緊迫。另外，廣州亦在謀劃建設更多快速跨城地鐵，縮小大灣區各市到達廣州市區的時空距離，以強化自身的中心城市地位。

車站

廣州地鐵目前有224座車站（轉乘站不重複計算，包括佛山境內車站）。除2、3、7、8、9、13、廣佛線、APM線為全地下路線均設地底車站外，其餘各條路線均設有地面及高架車站。其中1號線的西塱、坑口為地面車站；4號線的石碁至金洲沿途各站，5號線的滘口、坦尾，6號線的潯峰崗、橫沙、沙貝，14號線的竹料至赤草沿途各站，以及21號線的朱村、山田為高架車站。
同時，廣州地鐵與大多數軌道交通系統一樣，月台形式多數採用島式月台或側式月台。但由於客流需要及受車站地理環境影響，部分車站的月台形式會採用諸如一島一側式月台、二島一側式月台、疊式月台此類的特殊月台形式。部分地下車站的大廳也會設在地面。

廣播

一般情況下，廣州地鐵報站語言依次為普通話、粵語和英語，女聲由廣東廣播電視台主持人周詠擔當，男聲由獨立音樂人李喆擔當。
車廂內報站語言以普粵英的順序依次報站完畢後，之後會使用普通話介紹站點附近的道路、地方、機構、建築物（部分由商家贊助）。5號線開通後於報站最後加入由普通話廣播的「列車即將到達XX站」並且於其後在其他路線的廣播中加入，後來在其後加入普通話廣播的「請小心列車與月台之間的空隙」，以及在部分大客流的車站前加入「請需要下車的乘客提前到達車門處，其他乘客主動禮讓，往車廂中間靠攏。」等乘車指引信息。
而在車站廣播方面，除部分乘車指引只有普通話，或者普通話和粵語外，均會普粵英三語提供乘車指引的信息。例如在抵站時的歡迎詞和大廳、月台之間播出的乘車指引，也均會提供普通話、粵語和英語廣播。而在部分三號線車站，由於三號線現時有三條行車路線，為避免乘客「上錯車」，車站廣播會先用普通話廣播兩次到站列車信息，再各用粵語和英語廣播一次。現時各路線的車站均會在列車抵達前播報到站列車信息。

客運量

廣州地鐵自1997年1號線開通起，客運量穩步增長。而隨著新路線的逐步開通，客運量呈現較大幅度的增長；其中在2010年元旦節假期首日（1月1日），當日客流突破369萬人次。
2010年11月1日，「亞運大禮包」中的公共運輸免費措施開始實行當天，全日客流達到781萬，破全國軌道交通系統單日客流記錄，全線站點超過90%需要客流管制；11月3日廣佛地鐵首通段開通試營運，當日廣州地鐵全日客流達到784萬。翌日，由於單雙號、廣交會客流、上下班的白領以及純粹「逛街」的客流衝突造成地鐵擁擠，全市取消免費乘搭地鐵、公共汽車和過江渡輪的優惠措施，按每個戶籍家庭（含在廣州居住半年以上流動人員）發放150元現金，集體戶口人員按照每人50元標準發放現金，作為交通補貼。
隨著廣州地鐵線網的不斷延伸，地鐵客流在逐漸增長。廣州地鐵目前當日最高客流紀錄為2019年9月30日國慶節假期前夕，客流量達1,113.4萬人次，打破了同年9月12日日中秋節假期前夕的1,113.13萬人次的客流記錄，同時也是同年第五次打破紀錄（第一次為3月1日，客流量達1,024萬人次，第二次為6月6日，客流量達1,062萬人次）。目前單日最高客流的前五甲均在2019年發生。

安全檢查

與中國大陸大部分城市地鐵系統一樣，為配合《中華人民共和國反恐怖主義法》等要求，目前廣州地鐵在所有車站進站時實行逢包必檢、人物同檢的安全檢查方式。
廣州地鐵曾於2008年奧運會以及2010年亞運會時啟動了安全檢查。乘客的行李必須接受X光機的檢查，同時設有液體檢測儀，還有警犬參與檢查。在奧運會以及亞運會結束之後，亦取消了安檢的措施。在未恢復安檢之前，部分車站會有地鐵站務或者地鐵志願者手持金屬探測器來抽查部分乘客的行李物品，如果遇到例如2014年昆明火車站暴恐襲擊事件時，部分客流較大的車站會在進站口設置X光機檢查乘客的隨身物品，過一段時間之後取消。
2015年9月25日起，廣州地鐵再次恢復安檢措施，在每個車站配置一台爆炸物探測設備，入口位置安排安保人員手持金屬探測器和液體探測器，對攜帶行李的旅客進行檢查。部分日常客流較大的車站（例如體育西路站、公園前站），會設有X光機進行進站逢包必檢的工作。而在2017年10月10日之後，開始陸續分批在各站點設置X光機閘口，兼且增加人過金屬探測門的檢查措施，同時設有液體檢測儀檢查進站乘客的液體，但惹來極大爭議，詳見本條目下方爭議一欄的安檢監控強化部分。

東莞

在東莞市於2018年發布的《東莞市軌道交通網絡規劃》中，遠期廣州與東莞線網將相互連接，包括3號線(由海傍延長至沙田，銜接東莞13號線)、22號線(由番禺廣場延長至濱海灣，銜接東莞2號線、9號線，深圳20號線)、25號線(在黃埔客運港與東莞1號線相接)以及27號線(由江南延伸至中堂，銜接東莞8號線)。
另外根據廣州方面設想，28號線在新塘站以東將分出支線，連接東莞寮步站。

中山

自2017年以來，中山有關方面一直呼籲將廣州地鐵18號線延伸至中山，廣州方面也在規劃、建設上予以了充分考慮。在番禺廣場的車站結構中，已留出了18號線中山支線的施工空間；18號線自萬頃沙南延中山的事宜也已提上兩市日程。
2018年12月11日，廣州和中山簽署戰略合作框架協議，其中包括推進廣州18號線延伸至中山項目。

珠海

2018年5月15日，珠海市交通運輸局發布《關於落實思想大解放、作風大轉變、效率大提升行動實施方案的通知》，首次提出將「深化研究廣州地鐵18號線延伸至珠海的可行性」。
2019年初，在廣東省十三屆人大二次會議第二場記者會上，珠海市市長姚奕生表示，接下來珠海將在交通基礎設施方面下功夫，他呼籲廣州地鐵18號線延長至拱北、橫琴。
同年8月20日，珠海市掛出《廣州地鐵18號線從中山延伸至珠海段工程方案前期研究》招標公告。

惠州

惠州市於2016年底發布的《惠州市城市軌道交通線網規劃》中，曾提及「根據惠州市軌道交通線網方案，結合與廣州市初步的溝通，以及沿線用地和道路情況，建議將廣州16號線延伸到惠州龍門縣城，實現惠州與廣州的融合」。
2018年1月15日，惠州市舉行兩會期間，中共惠州市委副書記、惠州市市長麥教猛於回應政協委員提問中，透露惠州市正在研究於龍門縣永漢鎮對接廣州地鐵16號線，而博羅縣羅浮山則對接廣州地鐵21號線。
目前，根據廣州方面設想，28號線在新塘站以東將分出支線前往惠州博羅。

清遠

在2019年9月清遠市公布的《廣清軌道交通銜接概念規劃》中，清遠方提出將廣州地鐵18、24號線分別北延清城與廣清合作園區。此方案暫未得到廣州方面正式回應，但規劃上18號線並未斷絕從天貴路繼續北延的可能性。

三號線北延段質量問題

2010年10月11日，廣州地鐵三號線北延段，被爆出聯絡通道（位於兩條地鐵隧道間用於工程維修、緊急避險以及排水的通道）存在混凝土強度不合格，存在坍塌的可能性。但施工方卻通過偽造檢測報告，使相關部門在不明真相的情況下通過了驗收。而地鐵公司獲知此事之後，稱會了解，並拿出整改補救方案，並且不會影響三號線北延段於11月前開通。

車站翻新事件

2011年5月5日，《南方都市報》率先報導市16中高一學生陳逸華，身穿印有五羊石像和廣州傳統英文名「Canton」字樣的T恤，在東山口、烈士陵園等一號線多個地鐵站外舉著橫幅，派發傳單並收集市民簽名。他指稱1號線會在三年內完成全線16個車站的翻新工程，鏟去原有牆面、改為統一灰色石板。這樣既抹殺1號線「一站一景」的特色，又勞民傷財。當時已開工的車站有長壽路站、楊箕站、體育西路站、廣州東站。此事引起媒體和社會廣泛熱議，網上有人稱他為「舉牌哥」。
5月6日地鐵公司第一次回應稱，一號線已開通14年，翻新改造皆因路線老化、裝飾材料殘舊破損。由於當初的裝修材料已被淘汰，無法再買到，所以進行全面翻新。針對破壞「一站一景」的風格，地鐵公司說：「原裝修未成景觀化風格，談不上抹煞」，「翻修前後風格沒有太大改變。」不過此說法馬上被媒體駁斥，記者在建材市場調查時發現，其實可以輕易尋獲類似顏色和材質的飾材。另外有人也發現，除了更換牆面材料外，多個月台的吊頂也被更換，新吊頂增加了不少裝飾材料，也新裝了一些燈具。
5月8日，地鐵公司派工程維修部經理約見陳逸華，稱一號線的瓷片大部分採用粘貼方式安裝，長時間使用後粘貼層鬆脫，瓷片容易掉落，存在嚴重的安全隱患，幾個站點也發生過瓷片脫落的問題。而石板有固定件，可以「一勞永逸」，且石材容易清理，不容易出現劃痕和污損。一號線的吊頂方式傳統，導致天花板經常掉落，近5年已出現了多次的天花板鬆脫故障，而且還影響月台的照明度，加上燈具老化，使得大廳的照度滿足不了設計要求。有人質疑地鐵公司用專業數據和術語駁斥，明顯利用信息不對稱。
此時地鐵公司原副總工程師曾寶賢通過媒體公開表明：一號線總體翻新「完全沒有必要」。他指完好的牆面，應該是「保養」才對；維修保養是經常性的，出現問題才對應修補，不能拆除。有市民質疑：一號線的裝修質量是否存在問題？當年的裝修公司是否有義務對一號線的裝修進行保修？而一號線此次的月台牆壁翻新是採用外掛花崗岩的形式，也被質疑：花崗岩含有微量放射性物質，近幾年已被家居裝修所淘汰，地鐵裝修使用是否環保？有媒體也查出廣州地鐵2010年9月的中標公示，其中明確顯示，此次地鐵整體裝修的中標報價為廣州市房屋開發建設有限公司的6726萬元人民幣。對此，有建築業高級工程師提出質疑：中標報價下浮率達到了近三成，相差兩千多萬元，這樣的招標過程是否合理？6700多萬元的最終中標價，又還有多少的水分存在？縮減了兩千多萬元的費用後，此次的翻新裝修質量能否有保障，又能使用多少年？稍後，公眾又開始質疑地鐵公司的翻修決策過程，其中立項、評審、預算全部是地鐵公司內部消化，公眾無從知曉，更無從監督。
5月10日地鐵新聞發言人再次約見媒體，依然聲明裝修是必須進行的，但堅持原方案的態度有了緩和，表示改造工程將不再對全部材料和設施都翻修，僅對存在安全隱患的部分進行改造。對仍未開始改造的車站，未來動工時會諮詢公眾。有省政協委員指，地鐵公司此舉是緩兵之計。另外陳逸華曾多次通過電話、在意見箱裡投卡片等方式，將一些問題和建議反饋到地鐵公司，但每次得到的答案幾乎相同：會跟進，但短時間內不會改變。

轉乘通道問題

早期落成的路線由於規劃時未預料到將來會與眾多線路交匯，故部分車站無作任何換乘預留。
部分車站如楊箕站、廣州火車站、東山口站和黃沙站備受批評，均為5、6號線與1、2號線的轉乘站，而1、2號線均沒有預留轉乘條件。1號線與5號線交會的楊箕站只能改造原有A出口作為換乘通道，但出入口通道一般設計得比較狹窄，而且為了不影響既有車站的結構，新建5號線車站離1號線車站有一段里程。換乘路程較遠而且轉彎較多，中間還要上落樓梯，因此成為現時最不便的轉乘站之一，早傍晚尖峰均須實行客流管制。在東山口站，有記者專門測試過轉乘用了3分36秒29-4分31秒63才到達另一路線的月台。黃沙站的轉乘亦不便，需要先坐扶手電梯上平台，然後再步行經過一段距離非常遠的蜿蜒走廊，到達6號線大廳，再搭兩層扶手電梯才能到達月台。而2、5號線的轉乘站廣州火車站雖然比上述車站的大廳、月台較寬，轉乘距離較短和扶梯樓梯數目較多，但因兩線需要通過大廳通道步行轉乘，加上客流較多而擁擠，仍為人詬病。
曾寶賢曾就轉乘問題給地鐵公司寫過一封信，指廣州火車站、楊箕站轉乘站，轉乘路線過遠，乘客辛苦，建議修建類似機場裡的輸送梯，但地鐵沒有向其作出任何回應。不過上述兩站的換乘通道不夠平直，通道狹窄還有數個轉彎位，因此每段的長度也難以安裝水平輸送梯。也有乘客要求楊箕站換乘通道裝扶梯，地鐵公司則回應：「國標規定高差六米以上要建扶梯，該處只有一兩米，所以沒有安裝。」
目前部分新建路線其車站會跟隨線網的規劃交匯，而在落實建設時同時預留與其它路線轉乘的條件，使之在遠期成為較為方便乘客的轉乘站。但由於規劃到落實建設仍會有調整計劃，因此轉乘問題仍會難免。

康王路地陷事件

2013年1月28日16時37分，康王南路與杉木欄路交會處因地鐵6號線文化公園站工地爆破不當導致地陷，有商舖和榕樹陷入坑內，所幸無人傷亡。塌陷後，廣州地鐵官方微博於當晚9:45表示「現場情況穩定」，但10點左右，現場又連續塌方兩次，一間房屋倒塌。廣州地鐵官方因此被指「將息事寧人、掩飾過錯放在第一位」、「與7·23動車事故的處理方式異曲同工」。

小編組問題

地鐵的眾多路線中，1、2、8號線是使用較寬敞的6節A型列車，而13號線使用8節A型列車，其餘各線因客流預測、速度技術、路線走向和地質限制等因素，只能採用B型列車（3、7、9、14、21號線及廣佛線）及直線電機技術的L型列車（4、5、6號線），其中除3、5、7、9、14、21號線為6節編組列車外，4、6及廣佛線均只以4節編組營運。部分路線地鐵列車編組短，車廂窄和運力不足問題一直為人詬病。
早在三號線開通之初，地鐵公司就宣傳「小編組，高密度」的營運方式，當時解釋為「以適應不同時間的客流。」但因客流預測錯誤，3號線規劃之初沿線樓盤的興建速度快於軌道交通建設，同時3號線能夠直接前往珠江新城及天河CBD，使客流量增長速度遠比預期快。日客運量從剛開通時的15.5萬人次上升到2008年5月底的21萬人次（相當於一號線2002年的水平），5月1日甚至達到了32.52萬人次。縱然地鐵公司不斷縮短行車間隔，但效果甚微甚至沒有效果。導致在早傍晚尖峰，節假日車廂和車站內十分擁擠而實施車站客流控制，擠迫度超過100%，加上信號系統未完全調試完好，經常出現臨時停車甚至飛站。使網民稱之為「史上最短、最慢的地鐵」。地鐵公司原計劃3號線在遠期才實行3節編組列車兩兩重聯，由於客流猛增，使在3號線開通僅僅5年後，即2010年4月20日，地鐵公司即提前把所有3節編組列車兩兩重聯，變為6節編組營運。2010年4月28日，兩兩重聯列車正式於天河客運站至番禺廣場段投入服務。後來亦逐漸投入6節編組新車，但3號線運能和客流的矛盾依然比較尖銳，直至2014年，3號線最高滿載率依然高達136%，而根據中國城市軌道交通協會出版的《城市軌道交通2017年度度統計和分析報告》，廣州地鐵客運強度為每日1.93萬人次/公里，為全國之冠，其中在2017年12月31日體育西路站客運量達八十四萬四千人，亦為2017年全國之首。
而6號線在規劃定位時，並非定位為骨幹線路，而是定位作1號線的「輔助線」。作為一條加密線加密市區的地鐵覆蓋，同時以緩解1號線將來的壓力為目的，因此得出的客流預測數據比較小。所以建造時只採用4節的小編組，此時1號線運力尚未飽和。但是由於工期被拖延多年，加上後來金沙洲的發展，以及低估了傳統商區人流等因素；同時眾多市民依然留有當年3節編組的3號線極為擁擠的印象，因此6號線開通前後，有市民因害怕沿線客流巨大，但4節車廂運力有限害怕擁擠而不敢乘坐。地鐵公司亦預測6號線的客流會超過設計運力，而4節編組營運已難以改變，因此在開通時尖峰時間已為3分45秒一班車，為開通時發車間隔最密的一條新線，而且為了新列車能多載乘客，每節車廂有一半座位被拆卸，以增加運力。除此之外，今後或將通過公交接駁和未來開通的11號線（環線）等來緩解客流壓力。目前6號線每日客流約100萬人次，擁擠程度嚴重。早上尖峰期間，植物園站往市區方向的乘客甚至需等候幾班列車。

羊城通事件

2004年，地鐵的8名工作人員在車站大廳客服中心，通過在充值羊城通過程中強行斷電的方式，累計往百多張羊城通卡內反覆非法充值25萬餘元，然後到各大超市瘋狂消費，有人甚至勾結他人銷贓，將非法充值的羊城通打折出售。2006年11月1日起，人工充值服務轉移到地鐵站內的「天天洗衣店」及7-Eleven，客服中心只提供售卡服務。

車站命名爭議

對於車站命名，有許多不同的意見。 例如有人質疑芳村站的命名，儘管實際上芳村站是取名自緊鄰車站旁的芳村村落，而並非指當時的芳村區，但芳村站、花地灣站、坑口站、滘口站和西朗站均屬於地理意義上的芳村，使用「芳村」命名站點有以偏概全之嫌。而在地鐵2號線北延段中，白雲公園、飛翔公園站雖然有規劃公園設施，但在開通初期公園尚未建設，導致被質疑車站站名誤導乘客。另外一些站點名稱曾經在規劃時有過改動。例如中山八站，曾命名為中山八路站；潭村站曾命名為賽馬場站；漢溪長隆站也多次更名，曾命名為漢溪站和長隆站等。2011年12月30日，廣州市民政局發布公告批准將6號線興建中的越秀南站更名「團一大廣場站」，此舉在網絡上引起了廣泛爭議，並有網民懷疑地鐵公司更改車站名稱是受外來壓力影響。

英文翻譯爭議

廣州地鐵車站的英文譯名從開通至2006年11月都是直接使用漢語拼音，例如廣州火車站譯為「Guang Zhou Huo Che Zhan」，中大站譯為「Zhong Da」。此譯法備受詬病，而當時上海、香港等城市都是地名以拼音與固有設施以英語詞彙混合使用。2006年11月，地鐵公司作出決定，將1-5號線所有車站中文名稱按照市地名辦的規定執行，而英文譯名則按照廣州市人民政府外事辦公室的規定執行，地鐵車站的完全漢語拼音英文譯名被全部更換。廣州火車站譯為「Guangzhou Railway Station」，中大站譯為「Sun Yat-sen University」等。
然而按照地鐵目前執行的標準，站名翻譯仍存在許多爭議，例如中山八站因中山八路而命名，英文也應該使用「Zhongshan Balu Station」，而非「Zhongshanba」，現時體育西路站、白雲大道北站等依然使用全漢語拼音，並沒有按照亞運前廣州市交管部門下發的《全市道路交通標誌及路牌設計指引》中使用「Road」、「Avenue」的規定。另外部分方位詞也存在爭議，例如車陂南應譯為「Chebei South」而不是「Chebeinan」。地鐵公司稱，車站站名均按照地名辦等管理部門要求設置，同時兼顧乘客問詢的便利，上述問題將會提請相關部門研究更改的必要性。
另外，除14號線和21號線為配合快慢車營運的需要而採用了重新設計的倒計時顯示系統外，廣州地鐵各站月台的顯示屏上，終點站的中文站名和中文的倒計時時間「1分鐘」、「即將到站」等內容，並沒有顯示對應的英文翻譯。

站名用字爭議

廣州地鐵1號線與廣佛地鐵的換乘站西塱站，位於荔灣區芳村西塱，鑑於當時電腦字庫中沒有「塱」字，因此採用了同音字「朗」（兩字拼音均為lǎng，粵語拼音均為long⁵）。現在字庫已增補此字，但為了方便民眾，「西朗」沿用多年。後來廣州市民政局已經允許其改為西塱，但地鐵公司表示因修改路線圖、站牌等成本巨大，可能耗費上千萬元，會在下次線網調整時再作更改，以節約成本。但自後來6號線開通後，地鐵公司再稱因為地鐵現有車站售票機等大多還使用舊電腦系統，難以在短時間更改系統，因此並沒有確實更名時間表。至於6號線的「柯木塱」則將使用「塱」字。
2018年4月，有市民信訪廣州地鐵，地鐵公司回應稱，現一號線設備系統已開始進行升級改造，因此西朗站更名條件已成熟，正在向上級主管部門申請更名。2018年8月，廣州市地名委員會辦公室正式批准廣州地鐵一號線西朗站更名為西塱站。2018年9月，廣州地鐵包括車廂和吊牌等所有指示系統中，「西朗」已正名為「西塱」。
對於𧒽崗站，「𧒽」字屬於CJK漢字擴充B區字，編碼274BD。在大多車站售票機以「虫雷岗站」顯示。

廣播

與港鐵、深圳地鐵相比，廣州地鐵車廂報站冗長且累贅。首先港鐵在任何情況下都不會使用單一語種廣播，無論安全警示又抑或普通報站，都有三語廣播（依次為粵普英），車廂廣播也不會介紹附近商家的贊助服務。而廣州地鐵的普粵英比例不平等情況嚴重，雖所有車站月台在列車到站後都有以普通話、粵語及英語的歡迎廣播提示提醒到站乘客，但車廂內的安全提示、部分轉乘指引，都只有普通話。以普通話為主的廣播，有一些廣州長者根本就聽不明白。因為對鄰近贊助商家的廣播占用太多時間，行車方向、安全提示、文明提示等廣播就因此只能使用普通話，地鐵公司此商業舉措並沒有尊重700萬本地市民的母語需要，甚至被質疑有打壓粵語之嫌。地鐵聲稱，商業廣播所有收入全部用於彌補、支持地鐵營運，最終讓市民得益；關於粵語占比，地鐵會根據客流組成的變化定期研究，如有必要會進行調整。
2008年5月，二號線粵語報站被完全取消，網絡上的廣州網友頓時群起抗議，一位自稱是地鐵職員的網民在論壇上指：「6月28日四號線因某些原因要從5月8日至6月27日停運，於是停運信息要加到列車廣播裡，但是二號線廣播系統存儲文件的空間有限，因此只能暫時清理原來的粵語內容以騰出空間。」此事經媒體報導後，5月15日二號線各站粵語報站被恢復。2011年5月31日，有人在微博上稱「廣州地鐵一號線粵語報站被取消」，再次引起社會廣泛關注。地鐵對此解釋稱，公司在列車啟動時增加了「請上車的乘客，往車廂中部走」的語音播報引導（只有普通話），但沒有改變報站語言，只是報站時間延後，報站仍然採用三種語言，所以引起乘客「誤解」。2011年8月，有網民在微博上指亞運公園所在地的APM線海心沙站是唯一一個沒有粵語報站的地鐵站。該站值班站長向媒體聲稱，APM線因為使用進口列車，與其他路線不一樣，所以沒有專門的粵語錄音，之前地鐵部門方面也沒有註意到這個問題，所以海心沙站才會出現這個現象，公司將會重新錄音修正。同年12月底，地鐵官方微博發文稱「廣州地鐵一直保持三語報站：過去，沒有取消過粵語；現在，沒有取消粵語；將來，也沒有計劃取消粵語——謠言止於智者，且聽便知真假。」實際上，APM線的林和西和赤崗塔站月台廣播同樣長時間沒有廣州話，後者直至2013年12月底易名「廣州塔站」時才獲增加，前者亦於同期加入。

車站衛生間

一項調查顯示，廣州地鐵的衛生間普及率全國最低，僅16%左右。在2010年前開通的路線中，2號線的情況最差（廣州南站，石壁站，南洲站，海珠廣場站，白雲公園站，嘉禾望崗站除外），且周邊的公共衛生間離車站較遠，市民往往要出站步行很遠才能找到，極不方便，出現有少部分內急的乘客直接在站內垃圾桶甚至列車上解決。地鐵公司則表示由於早期路線規劃中並沒有要求需要建設廁所，而現有舊站點加裝廁所則較為困難。之後地鐵公司也推出廁所指南告知路線內或站點附近可用的廁所位置。
隨著國家新的地鐵設計規範標準明確必須在車站內加設公共洗手間，在2013年之後開通的路線或啟用的車站中，除6號線區莊站外，其餘新建車站以及經過新線成為換乘站的車站均會配備洗手間。
2019年起，廣州地鐵開始分批改造車站內的衛生間。但關閉的衛生間數目過多，如六號線幾乎全線所有站點的衛生間均被關閉，為想要如廁的乘客造成了不便。

檢出超級細菌事件

2015年10月29日，廣東藥學院（今廣東藥科大學）公共衛生學院副教授姚振江的研究團隊發表在學術期刊《科學報告》上一項研究顯示，廣州地鐵系統檢出被稱為超級細菌的耐甲氧西林的金黃色葡萄球菌。姚振江表示，2013年11月，他們團隊在廣州地鐵1、2、3、4、5、8號線和APM線共7條路線上採集了320個樣本，取樣點涉及32個地鐵車站，包括地鐵中經常被乘客觸碰的位置，例如扶手、座椅、售票機、自動扶梯等。報告稱，有193個取樣點含有耐藥的葡萄球菌，比例超過60%；其中8個含有超級細菌，檢出率2.5%。這種細菌對抗生素有較強抗藥性，一旦感染可致死亡。而專家稱，耐藥細菌雖然有感染危險，但正常人感染率極低，無需恐慌，不會因接觸這種細菌而生病。

安檢監控強化

2017年8月9日，廣州地鐵在官網掛出安檢服務項目（2017-2020年）招標，投入涉及近26.7億元，包括採購855台安檢設備與1.2萬新安檢崗位的設置，而未向公眾正式交待具體內容。但標書公布不足8小時即暫停招標。有記者查詢地鐵方面回應表示，具體情況明朗後會由相關部門對外發布信息消息。當時意見指廣州地鐵客流強度高居全國第一，必須有足夠預估一旦安檢升級，會對通過效率有幾大影響。
而到2017年10月10日開始至11月30日，廣州地鐵分階段在所有車站升級進站安檢措施，預計造成部分地鐵站入站耗費30分鐘或以上，導致體育西路、滘口、東山口等車站通行困難，部分車站最長入站輪候達一個小時，惹來民眾嚴重質疑有關安排存在擾民。而據報花露水、噴霧劑等無法攜帶入閘，安檢實施出現化妝日用品被大量收繳而財物損失未有賠償。
2017年12月28日廣州地鐵9號線、13號線、4號線南延和14線知識城支線四條線路同步開通運營，其中14號線知識城支線配置全球首次全車30個高清視頻即時監控，地鐵列車每個車廂裝有4台高清攝像槍，6節車廂共安裝24台高清攝像槍，另外兩端司機室還各安裝了3台高清攝像槍。2018年計畫開通的廣州地鐵14號線和21號線也預計配置監控設備，車廂高清監控探頭遂能連續不斷地向地面傳輸。預料該項技術未來將推廣至廣州所有地鐵線路。
2018年5月13日，廣州地鐵設計研究院有限公司發出公告，宣布即日起至5月30日將向指定單位與本院內徵集廣州地鐵站外安檢房造型設計方案，計劃涉及在營運的既有站場出入口改造、加設站外安檢房和新建路線出入口與安檢一體化站房安檢房，惹來輿論譁然質疑繼續浪費公帑。8月29日，廣州市設計院的方案獲得通過。
2018年10月26日起廣州地鐵在萬勝圍站A口、珠江新城站B1口、嘉禾望崗站B口及體育西路站E口等四個車站入口，試點人面識別功能、乘客實名認證通行。實名認證安檢要求乘客提前下載地鐵客戶端，做實名認證和人面數據採集。
2019年4月開始，未有預告下廣州地鐵安檢再次升級為「大包小包都要查」，令不少站點入站出現「人逼人」大場面，有乘客表示即使僅攜帶一瓶水，也被要求接受安檢。有關升級，再度引起公眾輿論關注廣州作為人口密度高、交通壓力極大的大城市，地鐵實施安檢極大阻礙其本身的公共運輸能力。

濫用機制阻礙乘客自由進站

2018年7月18日，有穿著洛麗塔裙子的大學生入大石站時，被地鐵安檢員以「奇裝異服」為由阻攔搭乘地鐵。7月20日下午，廣州地鐵就此事致歉，解釋當班安檢員對「奇裝異服」理解不到位，要求安檢公司加強培訓。事件發生的兩個月後，有網友揭發在燕塘站再次被安檢人員以同樣的理由阻攔進入，後安檢人員將其放行，之後在2018年11月，再有網友揭發其穿著哥特裝在體育西路站進站，被車站保安以「嚇人」、「奇裝異服」為由阻攔其搭乘地鐵。
到2019年3月10日，一位化哥特妝的女性乘客在蕭崗站進站，再被安檢人員阻攔進站搭乘地鐵，當場要求該乘客「請原地卸妝」，引發輿論廣泛關注，哥特同好群體亦發起聲援行動表達不滿。事後的3月11日下午5點，廣州地鐵作出回應稱「如給您造成不便很抱歉，小編已提醒業務部門注意。」3月16日，廣州地鐵就此事再次發表聲明，稱此次事件確實存在當事安檢人員處置不當的問題，對此深刻檢討反思，推動工作改進，同時約談安檢單位，對當事安檢人員進行處理，對當班班長停崗培訓，督促安檢單位提升服務質量和服務效率，並對受影響的當事人致歉。