李登輝

身世質疑

李敖曾在2007年前寫文章揭露「登輝和他父親的關係，李金龍矮矮的，李登輝高高的，兩個人除了都是一樣上男廁之外，其它沒有一點相像。」並提出李的生父為日本人「篠原笠次郎」，至於證據為何，李敖含糊其詞，不作說明，隨著李敖的死去，此事亦石沈大海。然而此事卻也似乎達成了民間爭議，可供參表。
2013年4月，監察院在網站公布一份關於二二八事件的報告，其中監察委員周陽山、李炳南對學者戚嘉林訪談時的逐字稿中，記錄世新大學教授戚嘉林在接受監察委員訪談時，談到謝雪紅、蔡孝乾等臺灣共產黨人士的事蹟後，突然話鋒一轉，提及李登輝也曾加入過中國共產黨，「事實上人生不斷在變化，他應該是日本人的私生子沒有錯」。這次是李登輝身世之疑，首度出現在臺灣官方報告中，但該報告引起臺灣各界痛批，後迅速被移除。許多民眾打電話到世新大學、監察院投訴，戚嘉林只好出面回應，表示自己並非憑空捏造，他只是懷疑而已，認為報告錯誤表達他的語氣，戚對媒體表示「我懷疑可能是，我沒有用肯定句啊，我整個都是用……用疑問句。」輿論質疑監察院所欲何為，根本是公然侮辱，監察委員李炳南則表示該報告有些部分稍微偏離了主題。監察委員錢林慧君直呼太離譜，說：「以前父輩時代不少臺灣人改成日本姓，不能因李登輝曾用日本姓名，就斷定其生父是日本人。」李登輝辦公室主任王燕軍暗指批判者是小丑，表示：「沒甚麼回應吧……馬戲團總要有些人出來翻翻跟斗、踩踩氣球……」李登輝本人則是回應：「會祈禱上帝赦免他們，讓他們有機會檢討自己。」

共產學會

2004年，《紫荊》、《軍事歷史》等雜誌的記者先後採訪了當年中國共產黨臺北市工作委員會的成員吳克泰和徐懋德。吳克泰稱，1946年9月李登輝曾由他引薦加入中國共產黨，1947年8月底吳克泰聽說李登輝申請退黨，前往勸說無效（李登輝的理由是「黨內不純」、「有人有野心」），之後時任中共臺灣省工委書記的蔡孝乾批准了李登輝退黨，雙方互相承諾保守秘密。除這次入黨經歷以外，李登輝還曾於1947年夏天與多位有志青年組織「新民主同志會」，並於同年年底隨該組織成員集體加入中共（可能由於保密協定未公開反對，從而第二次加入中共），此後於1948年夏天以黨員不自由為理由再次申請退黨，由上級徐懋德批准，並且再次承諾保守秘密。
2008年，李登輝在被其評價為「所有內容沒有加油添醋，都是事實」的《李登輝總統訪談錄》中承認自己曾經參與組織「新民主同志會」，並於1947年加入中國共產黨，後於1948年退出，僅否認「二進二出」。2013年，李登輝表示自己曾加入「新民主同志會」，但該組織被共產黨吸收之後，他本人宣布退出；當他被媒體繼續追問時表示並不是宣布自己「沒有加入過共產黨」。2014年，李登輝在接受BBC時訪問時再次講述了自己組織「新民主同志會」並被共產黨吸收的歷史，並且再次否認曾「二進二出」，隨即被負責採訪的BBC中文總監李文總結為「從未加入共產黨」，李登輝對此說法沒有表態。2015年，李登輝在與魏德聖的對談中，則表示自己不曾加入共產黨。

留學美國

李登輝在基礎教養階段深受日本教育的影響，學術上則以在美國所受的高等教育為最高成就。美國文化與基督教信仰，對於其思想和決策之形成亦有高度影響。1950年，長子李憲文出生。兩年後（1952年），李登輝獲得中美基金獎學金，首次赴美國進修，同期赴美的有水產部門的楊基銓、工程部門的高玉樹、公共衛生部門錄取的許子秋等三十六名臺灣籍青年。李登輝到愛荷華州立大學研究農業經濟。1953年取得碩士學位，同年自美返回臺灣，擔任臺灣省農林廳技士及經濟分析股股長，同時也在國立臺灣大學及國立政治大學擔任兼任講師的工作。
之後，他又陸續轉到合作金庫以及中國農業復興聯合委員會（簡稱「農復會」）就職，擔任研究性質的工作。由於農復會有美國財政支援，待遇相對優渥，李登輝因此在該機關服務了12年。在這期間，他曾經於1960年被調查局約談，未經判決就被拘留四個半月。當時農復會的負責人沈宗瀚委託蔣彥士向情治當局交涉，後來調查局以無罪釋放李登輝。
1964年，獲得美國洛克菲勒農業經濟協會以及康乃爾大學聯合獎學金，李登輝預備前往康乃爾大學攻讀農業經濟博士。過境日本東京時，因與王育德大哥王育霖認識，他前往王育德家拜會，也因此曾見到黃昭堂。當時，王育德、黃昭堂皆是臺灣青年社（日本獨盟前身）的成員。
1965年，李登輝到達康乃爾大學。在美國期間，1970年四二四刺蔣案的主角黃文雄，和李登輝交往甚密。1968年，李登輝取得農業經濟學的博士學位。他的論文《Intersectoral Capital Flows in the Economic Development of Taiwan, 1895-1960》獲美國農學會全美傑出論文獎，同時也在1971年由康大出版社（Cornell University Press）出版。李登輝在1968年提出論文以後，立刻返國，回國後被聘為國立臺灣大學教授兼農復會技正。

到農復會工作

李登輝1971年正式加入國民黨前曾到農復會工作，他形容是一段奇妙的旅程。

農復會長官沈宗瀚介紹給蔣經國

1970年，聯合國開發總署東亞支部邀請他到曼谷主講農業經濟問題時，政府因為他政治上「觀察中」的原因，沒有允許他出境。
因為這次事件的發生，時任農復會長官沈宗瀚在1971年8月將李登輝以農業問題專家的身分介紹給蔣經國。當時剛接掌國民黨權力的蔣經國正準備組閣，接掌最高行政權力，十分賞識他，復勸李登輝加入國民黨。同年10月，在經濟學者王作榮的介紹下，李登輝正式加入了國民黨。翌年，蔣經國擔任行政院院長一職，李登輝以政務委員入閣，成為當時中華民國最年輕的閣員，年方49歲。自此之後的六年之間，以農經專長擔任行政院政務委員。這時他把運作25年、對農村影響甚大的「肥料換穀」制度廢除掉。李登輝在蔣經國「百日追思感言」中，記述這樣幾句話：
民國六十三年，登輝時任行政院政務委員，有關農業經濟問題，經常要向院長經國先生報告，有次提及肥料換穀辦法取消後，仍有人建議恢復。經國先生當即堅決的說：「以前的辦法，實在對農民不方便，假如恢復，豈不是又要增加農民的不便。」他對農民發自內心的關切令人感動。

被任命為臺灣省政府主席

1981年，李登輝由臺北市長升任臺灣省政府主席。在省主席任內，他提倡「八萬農業大軍」，並培養「核心農家」，同時處理二重疏洪道的糾紛。他在省主席期間「引進區域發展觀念，促進農業改革及城鄉的平衡發展，同時運用他的農業專業知識，推進稻田轉作，改進農產品運銷」。
1984年2月16日，蔣經國函電宋美齡：
「李登輝同志各方反應亦深以為得人」

中華民國第七任副總統

1984年2月15日，蔣經國總統提名李登輝為副總統候選人，並經第一屆國民大會第七次會議選舉，當選中華民國第七任副總統。在提名書中，蔣經國寫到「少時即痛心邦國為日人侵凌，富有民族意識」。

繼任總統

1988年1月13日，時任國民黨主席及中華民國總統的蔣經國逝世，李登輝以副總統身份繼任總統。1月27日，李登輝成為代理黨主席，至7月正式出任黨主席，成為首位臺籍國民黨主席，也是中華民國史上第一次由臺灣本省人擔任總統，然而，這樣的發展令許多外省人不滿，導致國民黨「外省派系鬥本省派系」正式浮上檯面。
他在繼承總統職務之初曾受國民黨「外省派系」壓迫，但他以基督教信仰勉強支撐。李登輝曾在中山樓文化堂以聖經教導所有高官及高級將領和國大代表，並且在一九九四年四月接受日本小說家司馬遼太郎訪問時，自比為舊約聖經中帶猶太人逃離埃及高壓統治的領袖人物——有著耶和華神祝福的領袖摩西。
李登輝和蔣經國青年時代都曾是懷抱共產主義理想的共產黨員，都熟讀社會主義理論著作，經歷過共產黨的組織生活，背景相似。李的學歷高，而且能力強、為人聰明又謹慎，深得蔣經國賞識和歡心，將李安插身邊職位，多方提攜教導。
李登輝擔任國家元首之前的兩年，亦即蔣經國生命的最後兩年，面對民主進步黨的成立和澎湃之民情，政府開始逐步推動各項政治改革，包括解除戒嚴開放組織政黨與辦報。
1989年4月7日，李登輝總統任內，支持臺灣獨立的異議人士鄭南榕為抗議政府對言論自由的箝制而自焚。後來李登輝持續推動修法促進思想自由、言論自由、新聞自由和學術自由，也下令釋放在兩蔣時代遭政治軟禁的人，如張學良、孫立人。
1989年6月4日，中國大陸發生六四天安門事件，李於當晚發表聲明：「中共所採取毫無人性的做法，必將受到歷史的裁判，為抗議中共以武力鎮壓民主運動，登輝要以最沉痛的心情，代表中華民國政府和人民，呼籲全世界所有愛好自由，重視人權的國家與人士，對中共暴行給予最嚴厲的譴責。」
1990年2月，中華民國爆發二月政爭。7月，李登輝召集朝野各黨派，開「國是會議」，徵求各界意見作為憲政改革參考，配合是年野百合學運之學生運動的要求，解決第一屆資深中央民意代表，包括國民大會代表及立法委員退職之問題。

當選首任總統

1990年5月20日，李登輝獲第一屆國民大會選舉為中華民國第8屆總統，開始完整任期（此前是繼任蔣經國剩餘任期）。李登輝的參選搭檔為搭檔李元簇（祖籍湖南岳陽），李元簇出身司法界，早年於中國大陸擔任推事（法官），出任副總統前亦曾任政治大學校長、法務部長等職。李元簇於副總統任內全力輔佐李登輝總統推動憲政改革，包括「萬年國會改選」、「總統直選」等，被認為是中華民國民主化的重要推手之一。
1991年5月，李登輝宣布終止動員戡亂時期，廢止動員戡亂時期臨時條款，並開展第一次修憲，制定憲法增修條文，使各中央民意機關得以換屆改選。修憲後，中華民國的民主改革即快速進入深化階段。日本學者若林正丈認為，「如果以1992年『萬年國會』告終為第一階段；那麼，第二階段是1994年臺灣省、臺北市、高雄市長選舉的實現；第三階段則為1996年總統選舉的實現。」這三階段改革都是在李登輝總統任期內完成的。關於總統選舉的方式，國民黨一度有委任直選之草案（依憲法由直選產生的國民大會間選總統），李登輝後來主張全民直選，但由於國內意見不一，在1992年的國民大會修憲過程中，以上提議並未通過。
1993年，以李登輝為首的本土派系，取得了國民黨內的領導權，稱為「主流派」。而原先佔據領導地位的國民黨其他派系，主要即以外省人為主的派系，被普遍稱為「非主流派」（部分外省籍、非主流派人士，以新國民黨連線成員為主，日後退出國民黨，另立新黨）。在1994年7月召開的國民大會決定自下屆（第九任總統）開始，實施正副總統直接選舉。

務實外交與強化國防

李登輝在總統任內採取「務實外交」，默認中華人民共和國出席的場合，取代兩蔣時代過去「漢賊不兩立」，並與多個國家建立或恢復邦交，以總統身份成功出訪新加坡、菲律賓、泰國、印尼、約旦、阿拉伯聯合大公國、美國等無邦交國和南非、巴拿馬等許多邦交國，加強與日本關係，推動「南向政策」增進與東南亞鄰邦友誼，促進中華民國外交空間。
李登輝接任總統後不久便在1989年以中華民國總統的身份訪問新加坡，會見新加坡總理李光耀，被稱呼為「從臺灣來的總統」，他在接受記者訪問時表示對此稱謂「不滿意，但可接受」，這次訪問後要到2015年才由馬英九以總統身份兩度訪問新加坡，到新加坡弔唁李光耀及出席兩岸領導人會面。
中華民國政府也以「臺澎金馬關稅領域」名義申請加入「關稅暨貿易總協定」，以中華臺北之名加入亞太經濟合作會議。李總統於1995年重返母校康乃爾大學，在歐林講座發表題為「民之所欲，長在我心」的公開演說，首次提出「中華民國在臺灣」的國家定位。
李登輝執政時，經國號戰機剛好出爐，也向美國購買150架F-16戰鬥機與愛國者飛彈，向法國購買60架幻象2000戰鬥機與6艘拉法葉級巡防艦。
李登輝任內發生江國慶案，當時的嫌疑人陳肇敏後來還被李登輝親自提拔晉升上將出任空軍總司令也引發了不少爭議，使社會各界質疑李登輝晉升將官的用人標準。
這是在1996年9月14日時，中華民國總統李登輝在臺灣經營者大會上所提出的對臺灣企業界投資中國大陸的主張，強化1987年前行政院長孫運璿所提出的觀點。
行政院長蕭萬長亦於1998年強調檢討調整「戒急用忍」政策的前提是「中共消除對我敵意，結束敵對狀態並存，尊重兩岸對等分治，以平等互惠對待我，不再阻擋我方在國際上的活動空間，臺商投資權益經過協議獲得確切保障，而且不影響臺灣經濟穩定發展」。
1998年，馬英九首次競選臺北市市長時，李登輝曾高喊其為"新臺灣人"，並助其當選，讓國民黨奪回臺北市的執政權。但此後馬英九的歷次選舉，李登輝未有再公開支持他。

統獨立場

在統獨立場上，身為中華民國國家元首，執政黨中國國民黨主席，李登輝代表中華民國政府，1991年承認中華人民共和國為一個政治實體，且於公開場合多次表露要實現以三民主義統一中國的理想。
1988年2月，他在繼任後的首次記者會上說：「只有一個中國而沒有兩個中國的政策。只有一個中國，我們必須以三民主義統一中國。」1990年10月，李登輝又表示：「中國只有一個，應當統一，也必須以三民主義統一中國，任何一個中國人都不能自外於「以三民主義統一中國」的責任，也不應自外於以三民主義統一中國的努力」。
1990年代初期，在南懷瑾的安排下，李登輝派出蘇志誠與中國大陸國家主席楊尚昆派出的楊斯德秘密會談。楊斯德告訴蘇志誠，中共中央對李登輝先生是肯定的，也希望在他任內解決國家統一問題，這次中央對臺工作會議確定將以李先生為談判對手，他們從來沒說李登輝是「臺獨」，而他們也在幫李先生工作，凡是有臺灣朋友到北京，他們都會告知若一味對本省人排斥，是不會被接受的。蘇志誠之後並與汪道涵會談，促成了1992年的辜汪會談。嗣後，蘇志誠還多次與江澤民的密使曾慶紅會晤，直到1995年4月因新黨郁慕明的揭發而曝光終止。
1991年，李登輝主持下的國家統一委員會通過了《國家統一綱領》（2006年2月分別被時任總統陳水扁下令以「終止運作、終止適用」的名義撤銷和廢除），在《國統綱領》中，寫有「臺灣固爲中國一部分，大陸也是中國的一部分」這樣的說法。
1994年發生千島湖事件，李登輝於4月9日抨擊中共政權處理事件的行徑「像土匪一樣」，並指「任何政權都應深切體認『主權在民』的精義，否則必將被覺醒的人民唾棄」。
1995年的中華民國國慶，他這樣表示：「四十多年來我們之所以奮鬥不懈，就是要爲將來以三民主義統一中國立下可供遵循的典範」。此外，他也曾在接見美國聯邦眾議員湯姆·坎貝爾二世（Tom Campbell II）的時候，表示「『臺獨』只會斷送國家的大好前途，犧牲社會的安定繁榮，這是不可能，也不應該的，我們應該以三民主義統一中國」這樣的話語，因此儘管曾被中國共產黨批評是臺獨勢力，不過從其言行可以推斷，他也曾是中國統一的堅定支持者。
然而他在某些場合的發言，亦開始隱約表達了臺灣主體意識。1994年4月，他接受日本著名作家司馬遼太郎的訪問，當司馬講到「地方的痛楚」時，他說，出生在波士尼亞的人，實在是太不幸了。李登輝對司馬表示，他有不能為波士尼亞盡一份心力的痛楚，生為臺灣人，也有過不能為臺灣盡一份心力的悲哀。他進一步指出：
到目前為止，掌握臺灣權力的，全都是外來政權。最近我能心平氣和地說就算是國民黨也是外來政權。只是來統治臺灣人的一個黨，所以必須成為臺灣人的國民黨。以往像我們七十幾歲的人在晚上都不能好好的睡覺，我不想讓子孫們受到同樣的待遇。——引自《中國第一個民主體系》
李登輝談到他對臺灣人的感情時，則這樣表示：
我沒有槍，拳頭母也小粒，在國民黨中的我，能夠維持到今天的原因，是我心中的臺灣人之聲。臺灣人期待我，而我一定要做的這種想法。——引自《中國第一個民主體系》
1995年6月，李登輝訪問母校美國康乃爾大學，成為中華民國及臺灣第一位訪問美國的在任國家元首，美國國會議員和康大校方都稱呼他是臺灣總統。同月9日，李總統在歐林講座向師生發表題為《民之所欲，長在我心》的歷史性演說，當中以流利英語提及「中華民國」達四次，且指出臺灣其實已實現「主權在民」的政治體系。
1996年，國民黨提名李登輝以及臺灣本省人連戰搭檔競選正副總統，以54.0%的得票率，當選中華民國第九任總統，也是中華民國歷史上首位公民直選的國家元首，奠基東亞新興國家民主發展又一里程碑。若林正丈描述這次大選中「飛彈與選票對峙」的過程：
在總統大選的最後階段，「飛彈」（missiles）與「選票」（ballots）的對壘更形鮮明。配合總統選舉最後階段，中華人民共和國再次於臺灣海峽舉行一連串稱為「海峽九六一」的軍事演習以恐嚇中華民國。美國為防範有事，自日本和關島兩地派遣兩艘航空母艦巡防臺灣海峽。選舉就在這樣一觸即發，稱為「第三次臺灣海峽危機」的局勢下完成。——引自《蔣經國與李登輝》
在當選中華民國首位民選總統後，面對1997年香港主權移交中華人民共和國，加上中華人民共和國的持續軍事外交打壓威脅，同年底中華民國失去最後一個重要邦交國南非後，李登輝關於兩岸關係的言論逐漸表現出臺灣獨立的傾向。
1999年7月，他在接受德國之聲錄影專訪的時候，明確提到海峽兩岸的關係，是「特殊的國與國關係」，這也就是著名的「兩國論」。他在受訪時這樣表示：
有別於國統綱領以及以三民主義統一中國等一廂情願式的國民黨政策宣示，實際上的歷史的事實是，1949年中華人民共和國共產黨政權成立以後，從未統治過中華民國所轄的臺、澎、金、馬。我國並在1991年的修憲，增修條文第十條（現在為第十一條）將憲法的地域效力限縮在臺灣，並承認中華人民共和國在大陸統治權的合法性；增修條文第一、四條明定立法院與國民大會民意機關成員僅從臺灣人民中選出 ……使所建構出來的國家機關只代表臺灣人民，國家權力統治的正當性也只來自中華民國人民的授權，與中華人民共和國人民完全無關。1991年修憲以來，已將兩岸關係定位在國家與國家，至少是特殊的國與國的關係，而非一合法政府，一叛亂團體，或一中央政府，一地方政府的「一個中國」的內部關係。所以，戰爭既已結束，則中華人民共和國政府將中華民國視為「叛離的一省」，有昧於歷史與法律上的事實。
1999年，李登輝在卸任總統前一年出版《臺灣的主張》一書，之後再發行日文和英文版。該書討論臺美日關係頗多，對臺灣海峽兩岸關係有兩大述說：一、定義臺灣為中華民國在臺灣；二、分割中國為七部分（臺灣、西藏、新疆、蒙古、華南、華北、東北），各自競爭發展以維持安定。後者即引起軒然大波的「中國七塊論」。
李登輝曾表示：「臺灣是一個主權獨立的國家，他的國號叫做中華民國」或「中華民國是一個主權國家，他的領土範圍在臺澎金馬」。他在2000年選擇不競選連任並卸任後與日本學者中嶋嶺雄合著的《亞洲的智略》一書即表示「中華民國在臺灣大致上可分為兩個時期，蔣介石、蔣經國統治是第一時期，因為，憲法都是在中國內戰時訂下的。現在，臺灣的憲法不但經過大幅度修改，過去的立法院也已全面改選，老立委退職、國民大會虛級化、臺灣省已經『凍省』了、總統由人民直選，臺灣經歷了這些重大變革，憲法與政府結構也已經重組，這就是第二共和。」

政黨輪替

2000年3月18日，在野黨民主進步黨籍的陳水扁以相對多數（39.3%）依總統副總統選舉罷免法規定當選中華民國第十任總統。由於陳水扁的當選，李登輝實現「在任內和平轉移政權」的理想。國民黨成為在野黨，結束臺灣長達五十五年的統治。
李登輝排擠民意支持高企的宋楚瑜，強行推連戰為總統候選人，導致宋楚瑜不滿，宣布以無黨籍身份參選總統。李登輝自述，中央黨部在選前提報的民調結果都顯示連戰會贏，只是多少的問題。在選前一天，李登輝還告訴美國前駐華大使李潔明，「國民黨的連戰會贏六個百分點」。而有的估票系統提醒說那些樂觀的選情有假，李登輝還一度懷疑其忠誠。直到開票當晚，李登輝取消了前往國民黨中央黨部的行程，因為「口袋裡只準備了勝選謝詞，沒有落選感言」。
由於宋楚瑜分流大量選票，國民黨大選失利後，大批國民黨支持者抗議選舉結果。黨內長期不滿李登輝的人士要求其辭去黨主席一職。他們一度包圍位於博愛特區的國民黨中央黨部。在宋楚瑜宣布將在黨外組黨之後，李登輝即辭去國民黨主席一職，交予連戰代理。
2000年5月20日，正式離開總統府，與陳水扁進行權力交接，結束12年的統治。
卸任後，李登輝已完全離開國民黨的權力核心。2001年9月21日，由於為新成立的臺灣團結聯盟候選人站臺，正式被國民黨撤銷黨籍。

宣揚信念

1999年2月接受倫敦金融時報亞洲版專訪時，李登輝透露，卸任退休後，會積極從事幫助弱勢團體的工作，並且到山區傳教，將心力投注於建立一個公平正義的社會。。在卸任後李登輝於為實現其在山區傳道的理想於神學院就讀考取牧師，也成為臺聯的「精神領袖」。
2006年11月4日，臺灣團結聯盟提名臺北市長參選人周玉蔻發表一封公開信《挺腐化的民進黨，臺灣萬劫不復》，表明「李登輝不會和徹底腐化無能的民進黨站在一起」，也呼籲臺北市民不能再繼續支持民進黨提名的候選人。李登輝在這封信末尾親自簽名，日期是在國務機要費案和首長特別費案的起訴書雙雙出爐之前。
2007年1月29日，李登輝接受《壹週刊》專訪時表示，他不是「臺獨教父」，也從來沒有主張過臺獨；臺灣並不存在統獨的議題，只有左右的問題。而臺獨本身是假議題，因為臺灣已經是主權獨立的國家，只是現在的名字叫做中華民國。目前國家正常化才是接下來的目標，而正名、制憲、建立國家認同、加入聯合國則是國家正常化的要素；李登輝也主張在「維護國家尊嚴、照顧全民利益、彰顯臺灣主體性」的三大前提原則下開放中資，開放中國大陸觀光客來臺灣，賺中國大陸的錢避免磁吸效應。讓中國大陸觀光客進來，但40%的投資上限必須堅持。
2007年1月31日，李登輝接受TVBS專訪時，他說，他不必追求臺獨，因為臺灣事實上已經是一主權獨立的國家。他進一步說明，追求臺獨是退步，而且是危險的作法；因為這種作法不但把臺灣降格為未獨立的國家，傷害臺灣的主體性，也會引起美國、中共方面很多困擾。他強調，現在有些人喊臺獨，只是為了權力鬥爭。他也批評，「現在（民進黨政府）的黑金比較厲害。」李登輝『從未主張臺獨』言論經多方解讀為路線改變；然而細讀其脈絡，李登輝是確定臺灣已經是獨立的國家，故不存在是否獨立之議題，政黨惡鬥由統獨而起，也因此造成國家的割裂。臺獨與否乃政客操弄的假議題，國家正常化才是要努力的目標，在臺灣主權已經獨立的現狀基礎下，正名、制憲、加強國家認同。這樣的說法加上臺聯政綱向左派靠攏，被解讀為與立委選舉單一選區兩票制下小黨爭取更多選票的務實作法。
2007年5月30日，李登輝赴日本展開「學術交流及探訪『奧之細道』之旅」，並參訪靖國神社祭拜其亡故長兄李登欽（李登欽二次大戰時為臺籍日本兵，戰歿於南洋）。他曾提出：謝長廷或馬英九選上臺灣總統都無法解決臺灣目前的困境。9日，李登輝結束訪日行程，在成田機場準備搭機返回臺灣時，遭到中國籍男子薛義以裝有果汁的塑膠瓶攻擊，李登輝沒有受傷，李曾文惠則擦傷膝蓋，受到驚嚇，差一點身子站不穩。該男子旋即遭到日本警察逮捕。
2013年5月31日，李登輝在臺灣大學以「全球化虛擬現時下的臺灣」為題發表演說。他認為政府存在著五大問題：對中國過度依賴；對中國過度投資；自由化意識造成政府政策失焦；過度依賴進口能源、農糧；金融應刺激經濟。政府責任在確保安全，不要忽略經濟結構安全問題。
2013年9月28日，李登輝受邀到臺灣大學EMBA會計暨管理決策學會演講，對特偵組監聽立法院總機節費器，李登輝覺得特偵組的行為已經違法，跟水門事件毫無二異。
2014年，李登輝在日本以日文出版名為《餘生：我的生命之旅與臺灣民主之路》的書，稱中華民國是辛亥革命的結果，現在殘存臺灣，臺灣是中華民國領土，只要保全中華民國主權地位，修改憲法內容，讓中華民國成為新共和國，就沒有臺獨的必要。把中華民國「臺灣化」就好。中華人民共和國1949年從中華民國分裂出來，是分離出來的新國家，臺灣已發展出了「臺灣中華民國」意識，不是以往的中華民國，也就是「第二共和」。兩岸是「兩個國家」的想法才是正確的，我們應該更進一步，正式承認中華人民共和國。臺灣尚未對國內外明白宣告「臺灣是一個國家」，未來應明確主張「臺灣是主權國家！」。
2015年，李登輝在日本雜誌上表示：
本來直至七十年前為止，日本和臺灣原本就曾經「同為一國」。因為曾「同為一國」，故不存在有臺灣與日本打仗（抗日）這樣的事實。我志願進入陸軍，而我的兄長李登欽則志願進入了海軍。當時我們兄弟倆無疑地是以作為一個「日本人」，為了祖國而戰的…到底對臺灣而言，維持現狀究竟是甚麼意思呢？就是指維持臺灣（中華民國）是臺灣，中國是中華人民共和國的意思。換言之，對臺灣而言的「現狀維持」即是表示著臺灣與中國是個別的「存在」。那是因為高唱「獨立」而在國際社會引起摩擦是不必要的。我自己本身也從未主張過「臺灣獨立」。
同年9月15日出的新書上表示：「臺灣當日本的奴隸很悲哀」。

養牛事業

李登輝卸任後投身養牛事業，在2017年開設源興居生技公司培育臺灣和牛，以自己在三芝的故居「源興居」命名為「源興牛」，預計在2019年量產。

支持謝長廷

2008年3月20日，李登輝在總統選舉投票前夕，表態支持民進黨總統候選人謝長廷。李登輝說：「他推動民主化就是希望臺灣人民當家作主，他關心並非藍、綠的問題，而是臺灣要如何走出去，以及深化臺灣民主。他的一票將投給謝長廷，至於選舉結果如何，他尊重臺灣人民的選擇。」

支持蔡英文

2012年1月13日，中華民國總統選舉前一天晚上，於在野民進黨在新北市板橋區的造勢晚會上，李登輝表示：「我年事已高，身體也不太好，甚麼時候會離開我心愛的臺灣，不知道。能做的實在是有限，未來就要靠你們大家打拚了啊。選蔡英文，選我們的希望，選我們的幸福；相信我們自己，相信蔡英文；給自己一個機會，給臺灣一個機會。我李登輝這輩子，最後一次向大家拜託。」
在2016年中華民國總統選舉，李登輝因身體不適，沒有參加投票，但有表達對蔡英文的支持。

支持柯文哲

2018年2月28日，李登輝出席「喜樂島聯盟籌組記者會」，會後接受媒體報導，被詢問到2018年中華民國縣市長選舉是否支持柯文哲連任，李登輝表示：「民進黨沒人可以出來選嘛！柯文哲不錯，他確實有他的問題，例如，提到兩岸一家親這是不對的，但他的運動會（指2017臺北世大運），這辦得很好，應該要給他肯定。」

對釣魚臺列嶼之觀點

李登輝於總統任內的1996年曾表示釣魚臺屬於中華民國臺灣省，但在卸任後經常公開表達釣魚臺一直是日本的領土。
李登輝2002年9月16日在臺北接受日本《沖繩時報》專訪時說，有關釣魚臺領土問題，「中共主張是他們的領土，這是因為當地有石油蘊藏量問題，但中共在那些島上沒有駐軍，釣魚臺顯然是日本領土。」他更公開批評「保釣」人士。對香港保釣人士登島不以為然，認為煽動臺灣漁民「保釣」。
2008年9月24日，在沖繩縣知事仲井真弘多主辦的午宴上，李登輝重申「尖閣列島無可爭議是日本領土，不存在主權問題」。
2011年1月，在接受《文藝春秋》專訪時，重申了以上立場。對此，中華民國駐日本代表處發表聲明指出：「此項發言純屬李的個人看法，我國政府就釣魚臺列嶼屬於中華民國領土之一的立場從未改變。」中華民國外交部部長歐鴻鍊也表示，中華民國的主張沒有改變，不會對個人言論發表評論。
李登輝說，在很早以前，釣魚臺一帶有很好的漁場，琉球人捕魚之後，會在臺灣北部的基隆上岸，以臺北做為市場賣魚貨。當時的琉球縣政府就將釣魚臺委託臺北州（現在的臺北）管理，二次大戰結束之後，日本戰敗，琉球的行政權由美國掌管，之後才交還給日本，由日本的自衛隊負責這個海域；但臺灣的漁民習慣到當地捕魚，因此衍生出問題。
臺灣跟釣魚臺就是漁場問題，可以跟日本討論魚權，讓臺灣漁民也可以去抓魚。李登輝強調，臺灣的民眾與漁民，關切的是能否前往釣魚臺附近的漁場捕魚。現在重要的是漁場，釣魚臺附近的漁場裡，有臺灣很多家庭都需要吃的魩仔魚，日本應開放給我們才對，漁業問題應透過WTO及民間機制洽商漁業協定解決。
2015年7月23日於日本外國記者協會舉行的記者會上表示，釣魚島是日本領土，不屬於臺灣，引起臺灣內部極大反彈。。
2014年在日本出版的「李登輝送給日本的話」中說，「釣魚臺列嶼不歸屬臺灣，這是毋庸置疑的事實」。在臺灣最先提出這個問題的是馬英九。2000年民進黨當政，行政院長游錫堃把釣魚臺列嶼列入宜蘭縣頭城鎮，「再也沒有比這更愚蠢的事了，不只是中國，連臺灣的政府要員都在欺騙人民」。該書2016年在臺灣出版，引發總統府發言人馬瑋國、前行政院長游錫堃反駁，馬瑋國表示這是喪權辱國的言行，中華民國政府與國民都不能接受。游錫堃說他1981到1984年之間擔任臺灣省議員時首次聽臺灣省政府主席李登輝說釣魚臺列嶼歸屬臺灣。
2016年2月17日蔡英文接受記者訪問時回答「這件事情民進黨的立場一向很清楚，也就是釣魚臺是屬於臺灣的」。民進黨的立場一向很清楚，就是「釣魚臺是屬於臺灣的」（而非中國）。反對李登輝對於釣魚臺的看法。

對慰安婦和南京大屠殺的看法

2014年1月，李登輝在小學館發行的日本右翼雜誌《SAPIO》上撰文稱，「中國這個國家將南京大屠殺之類的胡説傳播到世界」，「韓國和中國將捏造的『歷史』作為本國宣傳活動的一環。『慰安婦』就是最好的例子」。2015年8月，李登輝在日本月刊雜誌《Voice》上撰文稱，「臺灣慰安婦的問題已經了結了，這是很清楚的，現在才又炒冷飯實在毫無意義」，並且評論時任中華民國總統馬英九建立慰安婦人權運動紀念館等「一連串的行動，可以說是在找日本的碴」，被總統府發言人陳以信痛批「不是無知，就是冷血」，「如果李登輝真的以為慰安婦問題已獲解決，就請他親自去電影院，看看《蘆葦之歌》這部電影」。

核四公投

2014年4月11日，李登輝曾在新竹表示「他不會去投核四公投」，並對蔡英文所提出的「2025年達到非核家園」表達不認同。
2014年4月23日，李登輝以「啟動第二次民主改革」為題於臺南演講，內容為他擔任總統的作為與感想，其中提及核四爭議。次日《聯合報》報導，稱李登輝提出「但究竟有多少人同意林義雄的意見？若沒核電，臺灣要怎麼辦？這些問題不能不考慮。」等質疑。 同日李登輝在其臉書回應，表示人民主要是擔憂核四的安全問題。領導者應該傾聽民意，到底人民的意見是什麼，是不是人民都與林義雄先生有相同的擔憂與主張，由全民直接作決定。如果民意最後決定要停建「核四」，政府就應該進一步思考，「沒有核電，要用什麼方法才有電？」、「沒有核電，我們的生活要靠什麼？」並且積極發展因應方案。對於核能議題，他則認為以「鈾」為原料的核能發電是高污染、高風險的，並加以反對，主張應該思考研究低汙染的「釷」為原料的方向。

兩岸關係

2014年8月1日，李登輝在接受英國廣播公司（BBC）專訪時表示，現在的兩岸關係已經是「大魚吃小魚」的關係。同時，他還認爲「馬習會」（馬英九和習近平以兩岸領導人身分進行雙邊會談）沒有必要。

興趣

李登輝最想去的三個地方分別是日本松尾芭蕉的俳句創作紀行「奧之細道」、孔子周遊列國的路線和摩西「出埃及記」離開埃及到西奈半島的路程。目前只有奧之細道成行。李登輝愛打高爾夫球 ，曾經在會見臺灣高爾夫球名將曾雅妮時，邀約共同切磋球技。

健康狀況

2011年李登輝確診罹患大腸癌二期，結腸有一個3.5公分的腺癌，11月2日住院手術切除約25公分的結腸。臺北榮民總醫院表示，李登輝手術後恢復得還不錯，預計最快一周可以出院，但隨後出現肺部術後積水、持續發燒，可能會延至11月中旬才出院。
2013年7月12日上午11時開始，進行椎動脈支架置放手術，12時30分完成，歷時1小時30分。創世界最高齡紀錄，全身血管支架已達12支。
2016年9月24日晚間，參加「李登輝基金會」年度募款餐會後，因身體不適送往臺北榮總檢查，所知沒有大礙。
2018年11月29日上午11時30分，李登輝不慎在臥室跌倒，頭部撞傷出血，經緊急包紮後送醫治療無大礙。前總統李登輝基金會秘書長王燕軍表示，李總統目前跌倒的地方是導致右側眉骨上方遭碰撞，鼻腔內側出血，需要留院觀察三天。2018年11月29日傍晚6時後，李登輝以電腦斷層掃描及血管出血性問題，並相關檢查。30日下午4時許，現時李登輝腦部微小出血（中風），外科要加強密切觀察。2019年2月3日，蔡英文辦公室透露，當日蔡英文前往李登輝住所拜年，李登輝已經出院。

訴訟

2011年6月30日，最高法院檢察署特別偵查組認定李登輝為協助臺灣綜合研究院儘速籌得創院資金，於1998年與前國安局長殷宗文、臺綜院創辦人劉泰英謀議，涉嫌侵占國安密帳「鞏案」歸墊的剩餘公款779萬7193美元，挪供劉泰英支付臺綜院購置院舍價金、裝置、人事等費用，涉有侵占公有財物及洗錢等嫌而予起訴，但念及年邁及對國家貢獻，並未具體求刑。全案由臺北地方法院金融專庭承審。
2013年11月15日，臺北地方法院一審宣判，李登輝無罪。劉泰英依侵占公有財物罪被判刑2年8月，並褫奪公權3年。12月2日，特偵組提起上訴。2014年8月20日，臺灣高等法院二審宣判，李登輝無罪定讞。劉泰英依侵占公有財物罪罪被判刑3年，並褫奪公權3年。2015年11月4日，最高法院三審宣判，劉泰英依侵占公有財物罪罪被判刑3年，並褫奪公權3年定讞。

各界評論

美國時代雜誌稱李登輝為「民主先生」。。
中國國民黨主席洪秀柱則批李登輝說釣魚臺是日本的言論為「喪權辱國」。
2015年7月，李登輝訪問日本後，國民黨政策會執行長賴士葆提出，臺灣民眾每年提供李登輝近1000萬元新臺幣的禮遇金，李登輝卻到日本發表「釣魚臺是日本的」的言論。國民黨立法院黨團將盡一切努力，推動修訂相關法規，讓李登輝不能享受任何禮遇。
前大法官楊仁壽公開稱前總統李登輝的終身俸沒有被改掉，李登輝非常不滿，2017年3月16日李登輝辦公室發出公開信，強調李登輝卸任時已放棄數十年公職年資累積的18％優惠存款，禮遇係依《卸任總統副總統禮遇條例》辦理，相關規定皆是公開資訊，並無領取終身俸。楊仁壽於隔日上午公開道歉。