演化論

自然選擇

達爾文的演化論以天擇說和地擇說為進化理論基石。達爾文晚年將演化論加入性選擇，有別於天擇，以強調交配競爭對於進化的重要性。由於各種基因的變異，同一個族群中，不同個體的生存方式和繁殖方式有所不同，當環境發生改變，便會產生天擇作用。天擇並非如基因漂變或基因突變一樣隨機，當環境改變發生時，將只有某些帶有特定特徵的群體能夠通過環境的考驗。若這種特徵性狀具有優勢或劣勢，劣勢者不利於生存而被環境淘汰，優勢者得以繁殖而將優勢性狀遺傳後代。地擇說則說明了同一物種受到地形障礙分隔，比如地殼大陸移動或海洋隔開的島嶼，在夠長時間之後，物種產生了性狀特徵的差異，比如亞洲象和非洲象。
以天擇的定義來說，一般中文大眾都將演化等同於進化，但非達爾文演化論者認為這並不完備：因為性狀特徵的優勢或劣勢取決於地球當時期的客觀環境，比如冰河時期的生物的厚毛皮和脂肪可能利於生存，但一旦到了冰期氣候轉溫的時候，這些性狀可能不利於調節體溫。因此漫長時間演化，決定哪種性狀特徵是環境的「適者」。
他們的演化觀乃「代代相傳，略有差異」之意，他們認為進化沒有特別的目的；沒有方向，不一定朝著更高等的事物進化；生物只為了要更能適應生存環境，其中並無所謂的進步或退步的觀念。
對生物的現在和過去存在狀況的研究結果表明，生命的發展脈絡是有一定的方向性的，正是這個脈絡的存在才使得演化論成為一門條理清晰的科學而非無方向無結論的散亂的統計資料陳列，這個進化脈絡的方向就是：擴大適應範圍，增加生存餘地，就是產生更有利於生存、發展的資源與效率的利用組合。
由於這些特殊的選擇機制，導致對於生物適應環境有益的特徵，並非在進化過程中一定會出現或是被保留。例如擁有更多的手指對人類的生活可能會更加方便，但是這種方便需要消耗更多資源，不利於增加生存餘地。
更廣泛的例子：動物體形越大占有資源越多，但利用效率是體形越小越高。資源量更受環境制約，所以災變期小型化物種更容易延續生存，穩定期大型化物種更容易拓展資源。

近代演化論學說

達爾文的自然選擇理論和魏斯曼的種質學說相結合的一種生物進化理論。新達爾文主義產生於19世紀末，創立者是德國生物學家魏斯曼。美國遺傳學家T.H.莫耳根，英國遺傳學家J.A.湯姆遜也是有影響的新達爾文主義者。1896年，G.J.羅馬尼斯首次將這種理論稱為「新達爾文主義」。

演化的證據

演化的證據可以在系統分類學、生物地理學、比較解剖學、比較胚胎學、古生物學、分子生物學等領域找到。另外演化也可以用來解釋抗藥性、反祖現象、癌症、馬島長喙天蛾等等。

生物相似性和多元性

生物的多樣性和一致性是可以用演化論解釋，而智慧創造或直接神創則難以解釋這些現象。生物之間的同源特徵是演化的證據。因為所有的生物都有共同祖先，所以即使是外觀差異非常大的生物，仍然可以在分子生物學、比較胚胎學和比較解剖學上找到相似性。演化也可以解釋為什麼地球上會有這麼多種生物：適應不同棲位。在生物地理學上，相近區域的生物往往在分類學上非常相近，顯示出單一物種的輻射演化，而不同地點的生物也可能在類似的環境帶有類似的構造，顯示出趨同演化。

演化歷史的證據

雖然演化有很大部份發生在久遠的過去，但是經由痕跡器官、過渡化石、反祖現象和種系發生學重建一個種系或生物器官的演化歷史，可以證明過去的生物和現在的生物都經歷漸變的演化。

演化論的預測和應用

演化論是可以用來預測或實際應用的，例如細菌的抗藥性演化、馬島長喙天蛾的發現都是演化論預測到的；癌症治療和基於流行病學的公共衛生政策也常用上演化論。這些預測和應用顯示演化論是正確的。

驟變說

生物學上的驟變（saltation）是指生物相鄰的兩個世代之間，具有顯著差異。驟變說（saltationism）則認為生物的變異，是「非偶然」且「非漸進」的，甚至只需要一個步驟便能形成新物種。這種觀念與後來的新達爾文主義相違背，在目前是屬於非主流的演化思想。
史蒂芬·古爾德與艾崔奇提出的疾變平衡，經常受人誤解為一種驟變理論。雖然這個理論認為，物種形成的速度可能比原來所設想的更不平均，可能在某些時期相對更快，但是這是以地質時間而言，也就是仍然需要數十萬年（而不是動輒百萬年以上）。因此並不屬於驟變說。

中性理論

中性理論全稱為分子演化的中性理論。是日本遺傳學家木村資生所提出。這個理論認為在分子遺傳學的層次上，基因的變化大多數是中性突變。由於中性突變對生物個體既沒有好處也沒有壞處，因此並不受自然選擇影響。現今的演化生物學家認為，自然選擇理論與中性理論是能夠並立且互補。

西方神權統治的背景

科學和宗教衝突自西方啟蒙時代開始已經爭鬧不休。西方中世紀教會擁有極大的權力，政教是合一的。教會和皇權操控社會一切活動和個人生活細節。學術研究更加不能夠逾越教會正統信仰的教導。基督教教會，包括天主教和宗教改革產生的宗派，相信人是神按神形象創造，人在一切創造物是至為尊貴的。因此，當時的人都是按照聖經的教導解釋所有對自然現象的理解，教會傳統教導是無誤的，天文學﹑地理學﹑生物學、哲學等學科，都是教會權威，不可以挑戰。學術的責任是發展知識服務教會﹑去支持教會和聖經無誤的教導。

思想衝擊

演化論給人文領域帶來了一場顛覆性的革命。在達爾文之前，人們普遍認為人是萬物之靈，並非自然界的一部分，而是超越了自然。例如猶太教及基督教神學把人看成上帝根據自己的形像創造出來的特殊作品，在世界萬物中只有人才被賦予了靈魂，世界萬物都是被創造出來為人服務的，人與其他動物存在不可逾越的鴻溝。
達爾文指出，人類是生物進化過程中的偶然產物，是大自然的產物。今天的一切生物都是人類的親屬，人類與其他生物特別是與類人猿並無本質的區別，我們認為人類特有的屬性——例如智力、道德等精神因素——都可在其他動物中找到雛形，也必定有其自然的起源。演化論推翻了人類自以為與眾不同的地位。人類和猿猴分享同一個祖先，這是難以令人接受的。對於信奉基督教的人士而言，這一點更與聖經的創世故事有衝突。

審慎教育帶來的影響

西方國家一些宗教團體認為演化論與創世理論有衝突，一些地區的學校甚至不開設演化論的課程。一些地區開設演化論課程是與宗教團體妥協的結果。美國佛州規定必須在公立學校教授演化論，作為一種「理論」。天主教對於演化論持較為開明的態度。

神導演化論

有些有宗教信仰的科學家認為「演化論只是闡明了神是如何創造生物的，並非否定創造論。」現代多數教會（包括天主教會）認同此觀點。

「牧師公開信」

2005年，在美國一封由1萬多名基督教牧師簽名的牧師公開信說：
「……我們相信演化論是科學的基本事實，它經受住了嚴格的檢驗，人類許多豐富的知識和成就都建築在這個理論之上。拒絕這個事實，或者認為它只不過是『許多假說中的一種』，是對科學無知的蓄意容忍，而且將把這種無知傳遞給我們的後代。我們相信，能夠進行批判性思維的大腦就是上帝給予我們的珍貴禮物之一，拒絕充分使用這個禮物就是拒絕造物主的意願……我們敦促學校董事會成員肯定演化論教學是人類知識的重要部分，並因此維護科學課程的完整性。我們要求，把科學作為科學來對待，把宗教作為宗教來對待，這是兩種不同形式的相互補充的真理。」

智能設計

它相信任何世界上的生物都來自一個智能設計者（改自上帝），在一瞬間全被創造，且這些生物除了為同一創造者造出之外毫無共通之處，即使之間具有差異也不可能改變物種。其理論的基礎是聖經的創世紀（參考奇茲米勒訴多佛學區案）。
某些基督教團體認為智能設計是同等重要的科學理論（雖屬偽科學），甚至比現有演化論對生命起源問題的解釋更加合理。
2005年奇茲米勒訴多佛學區案一案。在這案例中原告方提出了證據證明當初智能設計的原稿只是份講解聖經創世紀用的文章，於1987年由作者在Edwards v. Aguillard一案後，將"創造者"改為"智能因子"的手法舊瓶換新藥的神創論。
在《貓熊與人》一書（智能設計的主要文獻之一）中曾出現過一個「Cdesign proponensist（「創」設計者，錯字）」，實為將「Creationist（創造者）」改為「design proponensist（設計者）」時編輯失誤造成。