國民政府軍事委員會調查統計局

前期

軍統局前身乃為1928年成立之「國民革命軍總司令部密查組」與1932年成立的「國民政府軍事委員會特務處」。1937年，特務處整併中國國民黨中央組織委員會黨務調查處，改組為「國民政府軍事委員會調查統計局」，下轄二處：第一處負責黨務，第二處則負責情報並直接向委員長蔣中正負責。

刺殺楊杏佛與史量才

1933年6月18日，戴笠親自指揮華東區行動組組長趙理君、副組長王克全（安徽人，抗戰時任過重慶衛戍總司令部稽查處副處長，以後自殺）等6人在上海租界刺殺了中央研究院副院長兼總幹事楊杏佛。刺殺楊杏佛的主要原因乃1933年初宋慶齡發起的人權保障同盟成立，楊杏佛擔任同盟的執行委員兼秘書長，他們即為蔣所厭惡。
1934年11月14日，戴笠親自安排布置，華東區行動組組長趙理君、副組長王克全、組員李阿大（上海蘇北幫慣匪，為這個組最主要的兇手）、施芸之、許建業等六人，在滬杭公路刺殺了上海市參議會會長史量才。戴笠對內指稱史量才擔任上海市參議會會長後，曾陰謀搞上海市獨立運動，要使上海脫離國民黨的統治。所以要刺殺他。但據沈醉回憶，主要是由於蔣介石得到情報說史當時很同情中共、曾經接濟過上海中共地下黨組織的經費，所以決心要殺害他，並以此警告其他同情中共的人士。
全面抗戰之初的1938年8月，該局重組，第一處另成為「中國國民黨中央執行委員會調查統計局（即「中統」），而軍統局仍交由戴笠負責。除負責刺探情報、進行反諜工作外，軍統局亦以刺殺等手段執行情報任務，對付日本人和中國共產黨。

收集日偽情報

抗戰前特務處把全部力量都用在對付共產黨和反蔣各派系方面，因此，獲得的日本在華活動情報很少。故開戰以後，軍統面臨的一個重大任務就是加緊對日情報收集。戴笠曾指示部下：「吾人之情報布置，必須做到任何情況下，均能使情報不間斷，是為至要。」 
軍統搜集情報的方法很多，但主要途徑有兩條。一是進行電訊偵測、破譯，從中獲得情報。1937年8月，中國空軍取得了開戰之初的「八一四空戰大捷」，就是由於特務處事先提供了準確的情報。二是派員打入日偽內部搜集情報。
1940年4月，蔣中正為集中對日本軍隊電訊密碼的破譯力量，下令「特種技術研究應用處」（簡稱BIS，共6處）（有另一說為「軍事委員會技術研究室」，而非BIS）加強對日情報工步洲破譯偷襲珍珠港密電及其它|date=2010年5月17日|work=北京日報|publisher=新華網}}</ref>
軍統局還於中日戰爭期間與美國情報體系建立合作關係，於1943年成立了中美特種技術合作所。
1944年12月，美國海軍根據軍統打入日軍內部的女特工的情報，出動飛機一舉炸沉了隱蔽在琉球、澎湖列島附近的日艦隊「大小船隻83艘，擊毀飛機210架」。「由於情報準確，美國羅斯福總統曾專函致謝。」中美合作所成立後，其提供的情報「成為美海軍對日作戰之主要情報來源。」從1944年至抗戰勝利，中美所「供給美軍的重要情報達四千一百四十九件」之多「供給美國潛艇司令部之150餘件情報，即曾使他們順利擊沉敵人大型軍艦25艘，共約20萬噸。所擊沉小型軍艦及貨運船隻，又數倍於此。」

刺殺日偽要人

抗戰期間軍統局曾多次刺殺投日的軍政人員，如暗殺張嘯林、唐紹儀，暗殺未成的有殷汝耕、汪精衛、周佛海。而隸屬BIS的各個「游擊司令部」則深入日本占領區開展廣泛的游擊戰，對打擊日軍和與日協作者，起了不小的作用。

部分軍統人員投敵

抗戰期間，軍統局的正式在冊人員和學員在抗日戰爭中犧牲者就達18000人以上，而抗戰結束時全部註冊人員為4萬5千餘。其他附屬人員犧牲者更眾。此處有不同說法，軍統所說的犧牲人員，部分很可能沒有犧牲，而叛變投靠汪精衛政權，汪偽曾經招收軍統游擊隊，編為兩個步兵旅，大約1萬五千人。
抗戰進入相持階段以後，日寇對中華民國重慶國民黨政府採取了「以軍事打擊為輔，政治誘降為主」的新方針，引誘蔣介石和談。因此，從1939年秋開始，在扶植汪偽政權的同時，日方極力開闢與重慶國民黨政府的聯繫，並把這項活動稱之為「桐工作」。
1939年11月，日方鈴木卓爾中佐，以日駐香港武官的名義赴香港物色與重慶和談的聯繫人。他首先看準了宋子文之弟宋子良(時任西南運輸公司主任，常駐香港)，便請香港大學教授張治平出面代為聯繫。鑑於宋子良缺乏政治、外交才幹，戴笠便挑選一位與宋子良長像相似的軍統人員前往。經過協商，雙方於1940年3月7日至10日在香港東肥洋行秘密舉行了預備會議，草擬了一《備忘錄》。具體條款有：中國承認偽滿洲國，放棄抗日容共政策；中日締結防共協定；中日經濟提攜；日本在內蒙、華北若干地區駐軍等內容。蔣介石得到會談結果報告後，對「中國放棄抗日容共政策，締結防共協定」等表示「同意」或「原則上同意」。但對「承認偽滿洲國」問題，因擔心「即使不顧收復失地口號在國內的政治影響，以及共產黨的反對，也會由於國民黨內部東北系、西北系的堅決反對，將引起黨的分裂，很可能造成國內大亂」，而改為「原則上同意考慮」。6月4日至6日，中日雙方代表在澳門市郊舉行第二次秘密預備會議，雙方再次討論了「承認偽滿」及「日本在華駐兵」問題，結果沒有取得一致意見，雙方準備下一步舉行「高級會談」來商討此事。9月底，各方情況起了很大變化：日本與德、意締結了「三國同盟條約」，日方新任陸相和參謀總長反對和談；英美不支持中日和談，加上蔣介石「實則爭取對日抗戰時間，假意對日妥協活動」被披露，錯成國人反對，遂使策劃中的所謂「高級會談」被取消。
為早日結束戰爭，共同反共，蔣介石除指使軍統派員在香港與日方秘密和談外，還直接派員往上海、南京與汪偽掛鈎。1940年3月，唐生明假投汪偽，就是軍統一手策化的。臨行前，戴笠曾給唐生明三項任務之一，就是密切注視共產黨和江南新四軍的情況，假借聯合日偽共同阻止共產黨力量在江南的發展。對此，周佛海日記中有明確的記載：「渝方盼余對於共產黨在此間情形時予通知」。抗戰勝利前夕，戴笠則命令各地偽軍與軍統特務武裝「通力合作，嚴防『奸匪』之竄擾」」。

反共

反共和清除異己是軍統前身成立時蔣介石交給的兩大任務，前者是其工作的核心。鑑於抗戰初期，國共已再度合作，故軍統的反共策略較十年內戰時期有所隱蔽。戴笠就曾指使特務處上海區「對不公開的地下黨員可以藉口逮捕漢奸名義，公開拘捕、囚禁、殺害，對公開了的中共人員則可以偵察、監視、利誘、威逼」。此時軍統制定的反共原則是：在戰區，儘可能地防止中共滲透到軍事機構，分化軍隊，並注意「共黨之活動與其武器來源，並共黨對敵偽友軍情況之偵查」；在敵後，「監視共黨組織與活動，尤其須注意居該黨領導地位者之言行」；對中共抗日根據地，則相機滲透，以求得更多的了解；在大後方，則盡一切方法，遏制中共組織的發展。戴笠時常告誡部下：「工作中最應特別注意的是對『奸匪』的緝捕」，「對『奸黨』之部隊，絕無聯絡運用之餘地，始終應站在敵對地位」，「如『奸匪』問題不能解決，則吾人責任，尚異常艱巨」」
軍統同時對日本和共產黨份子進行情報蒐集和暗殺，如：1940年8月13日，中共少將陳昭禮（全國戰地動員委員會委員）在崇安吳公嶺被事先埋伏的軍統特勤人員處決。

第二次國共內戰期間

1946年8月，軍事委員會改組成國防部，軍統局的正式名稱亦改為國防部保密局。其公開特務武裝部分與軍委會軍令部二廳合併為國防部第二廳，由鄭介民任廳長；秘密核心部分組成國防部保密局，毛人鳳為局長。
軍統主要對付日本和共產黨，如：1949年11月14日，中共黨員江竹筠在重慶渣滓洞監獄被保密局特務處決。

1949年後大陸

1949年國民政府撤退到臺灣後，一部分軍統留在大陸進行復國行動。克什米爾公主號就是保密局所為。中華人民共和國政府對軍統嚴厲鎮壓。鎮壓反革命運動中，軍統在大陸人員，除了與中華人民共和國政府合作者，一律槍決或重刑。到1950年代中，軍統在大陸地區大致肅清。
以後的政治運動中，如肅清反革命分子運動、四清運動、清理階級隊伍運動（文化大革命運動的一段插曲），一次又一次追查殘餘軍統人員以及和懷疑曾和軍統有關的人物，「活人要落實到人頭，死人要落實到墳頭」。到1976年後，不再提及軍統。

台灣地區時期

1949年，國府遷臺。1950年6月，保密局恢復正式編組，於臺北士林芝山岩設立局本部，持續執行情報蒐集，並參與臺灣省工作委員會案及臺北市工作委員會案等案件。1955年，情報機構改制，保密局改組為國防部情報局，保防偵查等業務撥歸「司法行政部調查局」（今法務部調查局）接管。一般說來，該階段先後實際執行者為毛人鳳與蔣經國。 
1984年發生江南案，當時之情報局長汪希苓亦被捕入獄，情報局再次大改組。1985年7月1日，情報局與國防部特種情報室併編成立國防部軍事情報局，隸屬國防部參謀本部，受參謀總長直接指揮。

內設機構

一、軍事處（第一處），主管軍事情報及國際情報，下設軍事科，負責對汪偽武裝進行軍事策反工作；國際科，負責國際情報，布置搜集有關中國抗戰的國際情報兼及國統區外事活動；考核科，負責核派軍事人員；檔案科；收發科。 
二、情報處（第二處），主營項目是黨政情報和中共情報，先是摘報研究，而後進行處理分類，逐項分析，並提出處理意見，分別報送甲乙丙丁等，報甲是送給蔣介石，報乙是送給何應欽，報丙是送戴笠，報丁是交秘書處存檔備核；軍統局最為重視的部門。情報處下設中共科、經濟科、警務科、考核股、檔案股、收發股。中共科負責搜集共產黨抗日情報，以及共產黨在國統區的活動，並策劃對中共組織進行破壞活動；經濟科為戰時經濟制定政策，搜集有關經濟動態的資料，進行研究和報送。 
三、行動處（第三處）負責軍統特務行動板塊，每逢有任務執行，都由行動處事先進行策劃和部署指揮。行動處下設行動科、航檢科，其中行動科是軍統局內部最重要部門，各地行動隊、爆破隊的成立都要經該科研究決定，各地外勤組織布置暗殺、縱火等行動，也要由該科具體計劃安排。航檢科則負責航空檢查和發放搭乘飛機通行證，控制航空乘客。 
四、電訊處（第四處），負責電訊傳遞、監聽、偵察、破譯，下設業務科、工務科、電檢科、材料科、考核股、文書股、檔案股、事務室、譯電室、特技室、重慶總台、息烽總台、蘭州總台、監察台、偵察台等等。其機構頗為龐大，電台分布相當密集，遍布全國，並跨洋過海建到國外，總數在三百處以上。 
五、總務科（第五處），負責購買分配辦公用品，修建房屋，保管各種器材，對外交際、職工伙食等等，下設庶務股、保管股、文書股、交際股、汽車隊、電話隊等等；後擴大為總務處，後勤部門。 
六、人事科，後擴大為人事處，主管局內外全部人事，包括吸收、任免、調派以及組建等等。人事科原設秘密人事股、公開人事股、註冊福利股、檔案股、收發股、文書股；改為人事處後只設行政科、考銓科，科下設股。
凡是想進入軍統者，首先要經過人事處的核定批准。通過後，還要由人事科主持，舉行一次秘密宣誓，其儀式過程為：宣誓者進入宣誓室中，由司儀宣布儀式開始，監視人就位，宣誓人就位，對著蔣介石像行三鞠躬禮，監視人講話，宣誓人讀誓言：「余誓以至誠奉行三民主義，服從領袖命令，保衛安全，絕對遵守團體紀律，盡忠職守，並以終身貢獻團體，雖赴湯蹈火在所不辭。如有泄露秘密及違反紀律之處，願受最嚴厲制裁。」誓言讀完後，監視人講話，禮畢，監視人握宣誓人之手，口稱「同志」，表示從此以後就是自己人了。然後誓詞由人事科存檔。而考銓科則負責局內人員銓敘、考核，也就是說掌握著軍統特務的升遷和晉級、加薪諸事。
軍統局不僅是個鐵飯碗，而且升遷也快，軍統局屬軍事部門，軍統特工中凡有軍校學歷的，則可額定軍階，無軍校學歷或軍隊經歷者，則以軍用文官來界定級別。比如凡參加軍統組織已有七年者，一律從少尉開始，以後每過兩年晉升一次；在軍統組織中工作的年限確定為軍階晉升的軍齡；凡軍事院校畢業者，概按進入軍統時原軍階起敘；凡軍統局各訓練班畢業者，大學生從少校起敘，高中生從中尉起敘，初中生從少尉起敘。軍統特訓班畢業生的特訓學歷，作為正式學歷看待；參加軍統組織後，凡立有「特殊功績」者，根據學歷從優起敘。抗戰中期，軍統特務人數大約有三四萬之多，基本上都是尉官以上，處長、副處長多掛少將銜，科長多掛上校銜，股長多掛少校銜。 
七、經理處（第七處），設綜計、審計、預算、財務等科和現金出納股。 
八、訓練處，負責軍統幾十個訓練班的訓練工作，並負責編輯軍統局出版的局機關刊物《家風》月刊，領導各大專院校內的職業特務學生和一個從華北撤退到四川的，旨在高等院校中從事特務活動的所謂「抗日殺奸團（抗H除奸團）」。 
九、警務處，設警務科和稽查科，主管公開控制的警察機構和稽查處等方面的工作。 
十、布置處，專司對淪陷區的各項工作的布置和安排之事，1945年添設。 
局機關本部除上述各職能部門外，屬於內勤編制的還有設計委員會、策反委員會、懲戒委員會、考核委員會，以及1946年初成立的財產清理委員會、設在重慶磁器口繅絲廠的辦事處和特種政治問題研究室、特種技術研究室、督察室等等。特種政治問題研究室是特別為中共脫黨份子張國燾設置的科室，由張國燾領導，根據戴笠建議，針對中共組織，研究如何打進拉出的策反活動。特種技術研究室是從事研究如何提高殺人、放火、綁架等具有直接破壞性作業技術水平的科研單位，如研製毒刀、縱火器、定時炸彈、地雷等。督察室是掌管內部人員和公開單位特務人員的業績考核工作的專職配置。軍統的督察考核制度極其嚴格，並且分公開督察和秘密督察兩種方式，輪流擔任的「週督察」時刻監督考察每個特務的一言一行。自跨進軍統大門之日起，每個人都慎言謹為，小心行事，稍不注意，就有被檢舉、受處分的可能，輕則挨罵，重則關禁閉。為了嚴密監視投靠軍統的中共假叛徒，並防範中共派人打入軍統內部活動，該室還特設了一個直屬股「防奸股」。一旦發現嫌疑，立即先行扣押，然後再審訊調查。據傳訓練班有個女學生，其男朋友在中共方面的機關工作。
在軍統局本部的這些龐大的基本建制外，還陸續設置和恢復了包括各省站在內的外勤單位。如渝特區、川康區、北方區、西北區、陝晉區、華南區、粵桂區和沿海區，以及滇緬辦事處、桂林辦事處、東南辦事處、華北辦事處、五原辦事處、青海辦事處、衡陽辦事處、貴陽辦事處；抗戰勝利後增設上海辦事處、武漢辦事處和北平辦事處等。國外地區的組織有印度站和德里、孟買兩個分站、緬甸仰光站、臘戍站、曼谷站、新加坡站、菲律賓站、海防站、西貢站、美國站、倫敦站和巴黎站等。 
總而言之，軍統內勤和外勤最多時人員達5萬之眾，從事內勤工作的特務就有一千四百多人，大部分都集中在重慶羅家灣局本部和磁器口鄉下辦事處。不僅如此，軍統局及戴笠本人還掌握或控制著若干單位（？）。

組織形式

軍統局的組織形式是局-區-站-組-隊，有的地方設有相當區、站的辦事處。組是軍統局特工組織的基本單位。由於任務不同，組又分普通組、潛伏組、行動組、策反組、隨軍組、防諜組等。每組通常由十人左右組成。
軍統局內勤組織共有八處、六室、一所。軍統的特工人員分布到國民黨的軍隊、警察、行政機關以及交通運輸等各個部門。
此外，軍統局還設有電訊組織、武裝組織、訓練機構以及在軍、政、警、憲等機關中的控制運用組織和「特種」組織。如中共一大代表張國燾主持的特種政治問題研究所。

錄用方式

軍統局的特務稱為組員或通訊員，多係受過專門訓練的特工人員；當地錄用者需經組長引薦，局方批准，並經試用合格。試用期間，稱為試用員或試用通訊員。尚未經局方批核的，稱為運用員或運用通訊員。