IOS应用程序审核

根據蘋果公司規定，所有適用於iOS的行動應用程式需要通過蘋果的稽核，同時根據iOS軟體開發套件協定中所述，進行基本的可靠性測試和其他分析後，才能在App Store上架。如果應用程式被蘋果拒絕上架，應用程式仍可通過Ad Hoc發布的方式進行小部分分發，這需要由軟體開發者手動向蘋果提交請求，以將應用程式許可給個人iPhone。
蘋果公司的不披露協定一直禁止開發商發布其拒絕通知的內容，且蘋果公司已經開始在拒絕信件中加入明確的不公開警告。開發者可以要求應用程式不在指定國家或地區的App Store上架。
此外，蘋果在接報VLC多媒體播放器的開發者投訴之後，從App Store中刪除了根據GNU通用公共許可協定（GPL）許可使用的應用程式，其聲稱該協定與App Store的服務條款不相容。

稽核指南

蘋果公司於2010年發布了應用程式稽核指南。該指南屬於可隨時更新的檔案，一般來說，應用程式不得包含具有攻擊性，敏感，令人不悅，侮辱或者品味低下的內容。蘋果公司會根據該指南對每個應用程式進行稽核，然後批准在App Store上供應。

稽核過程及時長

根據蘋果公司要求，軟體開發商如果想在App Store發布應用程式，開發者需要向蘋果提交應用程式進行稽核，並等待蘋果方面批准或拒絕。如果應用程式被蘋果拒絕，通常會提供拒絕原因，因此軟體開發商可以根據拒絕原因進行修改並重新提交。
蘋果的稽核過程會隨著時間的推移，對開發者的回饋和應用被批准的延遲而改變。在2009年7月，一個應用程式的提交稽核的時間可能需要幾周；2009年底，蘋果公司精簡了稽核過程，一些應用程式的稽核時限縮短至幾天時間。
2010年，iPad應用程式審批流程相對較長，與早期iPhone應用程式稽核時限幾乎一樣，需要幾周的時間。2010年6月，史蒂夫·賈伯斯在2010年蘋果全球開發者大會表示，95％的應用程式可以在7個工作日內稽核完畢。截至2016年5月，大部分的應用程式可以在24小時之內完成稽核。

安全性

所有在App Store上架的應用程式必須支援沙盒機制，並列出正確功能所需的所有權限。在稽核過程中，每個應用程式都要接受測試，並在其二進位程式碼上進行靜態分析應用程式。
2015年9月，有網友曝光中國大陸地區App Store中的部分iOS應用程式被稱為「XCodeGhost」的第三方惡意程式碼注入，而產生了一系列的問題，包括可能的隱私泄漏、廣告點擊等。受到事件影響的程式眾多，截至9月20日下午的通報，受感染app數量為1078款。蘋果方面雖然事前缺乏對程式的安全稽核，但是事件發生後火速對感染惡意程式碼的app進行了下架。事後，蘋果公司對此事進行了公開聲明，並對於部分感染app進行了下架處理。
2015年10月，由於隱私問題，蘋果公司已確認對App Store的涉事應用程式進行下架。蘋果負責人評論稱，這些應用程式可能用於危及SSL/TLS安全解決方案。

功能限制

如果軟體開發商提交完全抄襲蘋果應用程式介面的應用程式（例如提供沒有附加功能的電子郵件應用程式、或即時通訊軟體具有與內建資訊應用程式相同的元素），那麼這些應用程式將會被蘋果方面拒絕。另外，如果應用程式與iTunes功能重複，一樣也會遭到蘋果的拒絕。此外，如果應用程式只是「有限效用」，則可能會被拒絕。某些新聞報導指出，應用程式的工具列必須放置在螢幕的底部，振動功能只能在發出警報的情況下使用。

應用內購買（IAP）

根據蘋果公司規定，如果軟體開發商要在應用程式內解鎖特性或功能（如訂閱、遊戲內貨幣、遊戲關卡、優質內容的存取權限或解鎖完整版等），則必須使用應用內購買（In-App Purchase，IAP）機制。2016年6月13日，蘋果公司對條款進行了修訂，嚴格要求應用程式不得包含指參照戶使用非IAP機制進行購買的按鈕、外部鏈接或其他行動號召用語。
2017年6月10日，蘋果公司對條款進行再次修訂，新增「iOS應用程式可以使用應用內購買，讓消費者面向數字內容的提供者支付「小費」（又稱打賞或讚賞）」的條款，這也意味著iOS應用程式內的打賞或讚賞功能為應用內購買專案。為此，一些提供打賞或讚賞功能的應用程式，對支付方式進行了調整，改為「應用內購買」作為唯一付款方式；而微信則直接關閉官方帳號文章讚賞功能（具體詳見下文）。此外，蘋果還會將用戶的「打賞」費用收取30%作為收入。這一規定在2017上半年為蘋果帶來了49億美元的收入。由於此做法存在爭議，在同年9月17日，蘋果對稽核規則再次修訂，取消第三方應用中個人對個人的打賞抽成，但同時也規定應用開發商不得從打賞中抽成。

更新限制

2017年3月，蘋果公司曾向軟體開發商發布警告，要求軟體開發商刪除熱更新相關程式碼，並重新提交一個新的App版本以供稽核。如果開發商未在6月12日前移除熱更新的相關程式碼，則應用程式將被下架。蘋果公司表示，使用熱更新會對用戶的資訊安全造成了極大隱患，且容易被駭客利用，同時違反了蘋果開發者協定的3.3.2條款與App Store稽核指南的2.5.2條款。
2017年6月21日，在蘋果發布熱更新禁令「死線」一周之後，中國區App Store中已有超4萬應用下架；而下架風波不僅針對中國地區，據ASO100統計，僅6月15日美國區App Store就有超過1.8萬個應用遭下架。之後蘋果公司回應稱，此次清理行動是為了確保提供最優秀的應用程式和遊戲，同時也為了保障用戶的安全。App Store會評估並移除不能在App Store上發揮作用、年代久遠，或是不符合稽核規定的應用程式。這項持續性舉措於2016年下半年推出，截至2017年6月，蘋果已在全球範圍內移除了超過10萬個應用程式，具體被下架的原因不只是熱更新問題，還包括較長時間未被使用、涉嫌山寨或其他安全問題。

含有新聞和雜誌的內容

2009年5月，蘋果公司拒絕《報紙》應用程式第一版的發布請求。這款應用程式允許用戶閱讀全球50多家主流報紙的文章，其中包括《紐約時報》、法國《世界報》和英國《太陽報》。而被拒絕的原因是《太陽報》的每日刊登內容三版女郎被描述為「淫穢內容」。隨後開發商對應用程式進行了內容調整，刪除了《太陽報》的內容，並修改為付費應用，價格為0.59英鎊，最終被蘋果批准上架。該應用程式在iOS 3.0發布後的夏季開始供應。另一個與《報紙》類似的《Eucalyptus》的應用程式，則允許用戶將電子書下載到iPhone中。儘管該應用程式被蘋果公司因「可能會下載《欲經》電子書」而拒絕，但禁令後來已經宣布解除。
我們確實相信，針對iPhone上的色情內容，我們始終有道德責任。想要看色情內容的人，可以買一個Android手機。
 — 史蒂夫·賈伯斯
我們不能讓歐洲雜誌適應猶他州的標準。
 — 馬蒂亞斯·繆勒·馮·Blumencron（《明鏡周刊》編輯，曾警告新聞雜誌不會改變App Store的內容）
App Store仍擁有尚未被下架，且被評級為成人級的《Playboy》和《體育畫報》應用程式，而其他因使用成人內容導致偽善指責的應用程式被刪除。儘管如此，成人網站應用程式繼續在App Store上架。2009年11月，德國主流周刊《亮點》雜誌的iOS應用版，在沒有發出警告的情況下被下架了數周時間。2010年1月，應蘋果公司的要求，歐洲發行量最大的報紙《圖片報》，從iPhone版中移除了印刷版的內容。德國雜誌出版商協會警告說，通過這種措施，蘋果可能會進行審查。

普立茲獎獲獎漫畫

2009年12月，蘋果公司禁止由漫畫家馬克·菲奧雷設計的NewsToons應用程式上架，理由是「對公眾人物的嘲笑」。2010年4月，菲奧雷贏得普立茲獎的政治諷刺漫畫獎，成為第一個獲得知名新聞獎的網際網路漫畫家。事件發生後，蘋果公司要求菲奧雷重新提交應用程式，隨後被接受。

《搖晃嬰兒》（Baby Shaker）

2009年4月，一款名為《搖晃嬰兒》（Baby Shaker）的遊戲在App Store獲准上架，後來接用戶投訴而被下架。該遊戲允許用戶通過搖動手機，將哭泣的卡通寶寶保持安靜。該應用程式因「搖晃嬰兒綜合症」被批，當嬰兒在搖晃時，可以導致嚴重的腦損傷。

九寸釘樂團

2009年5月，九寸釘樂團成員特倫特·雷澤諾通過他的Twitter帳號表示，由於「內容令人反感」，蘋果已拒絕對《九寸釘》應用的更新。但蘋果後來批准該應用發布更新。

iPhone電子書

2009年12月，電子書應用程式《控制iPhone OS 3》（Take Control of iPhone OS 3）被蘋果方面拒絕。該應用程式需要移除所有與越獄有關的內容後才能重新上架。

無人機警報應用程式

2012年8月，喬什·貝格利設計了一個與無人機有關的iPhone應用程式。該應用程式的原理是，只要美軍無人機抵達目標，就會發出推播通知。隨後該應用被蘋果拒絕，原因是「令人反感和粗暴」。

具備打賞功能的應用程式

2016年6月13日，蘋果公司對應用程式稽核指南中的條款進行了修訂，嚴格要求應用程式不得包含指參照戶使用非IAP機制進行購買的按鈕、外部連結或其他行動號召用語。由於這一原因，騰訊公司旗下的微信，於2017年4月19日宣布即日起關閉iOS版的官方帳號文章打賞功能。此後，官方帳號運營者只能在文章展示個人轉帳二維條碼，通過轉帳方式取得資金支援。微信作出此舉的原因，據信是原有的打賞功能採用「指引客戶使用非IAP機制進行購買的按鈕」，違反App Store現行的條款，騰訊就此事和蘋果展開「長期溝通協調」未果。4月20日凌晨，微信又發布官方通知，宣布對4月19日下午上線的iOS版微信公眾平台文章個人轉帳功能進行關閉，但其他客戶端版本仍可繼續使用官方帳號打賞功能。
2017年6月10日，蘋果公司對條款進行再次修訂，新增「iOS應用程式可以使用應用內購買，讓消費者面向數字內容的提供者支付「小費」（又稱打賞或讚賞）」的條款，這也意味著iOS應用程式內的打賞或讚賞功能為應用內購買專案。為此，一些其他提供打賞或讚賞功能的應用程式，對支付方式進行了調整。例如iOS版知乎，如果要對文章內容讚賞，則需要通過應用內購買充值「知乎幣」，不像此前可以使用「微信支付」等支付方式。此外，蘋果還會將用戶的「打賞」費用收取30%作為收入。例如，某用戶如果花100元購買虛擬貨幣打賞主播，通過Android裝置打賞的，主播可以獲得100個虛擬幣；而蘋果系統則只有70個虛擬幣。

配合中國網路審查下架應用

2016年12月23日，蘋果從中國區商店下架了《紐約時報》和該報中文網兩個iOS應用，依據可能是當年6月發布的《行動網際網路應用程式資訊服務管理規定》。下架前，未翻牆的中國用戶也可以通過下載中文網應用來直接閱讀紐約時報中文網內容。蘋果發言人聲稱是因為應用違反中國法規而下架，但拒絕透露具體細節；中國網信辦則未予置評。《紐約時報》批評此舉，並要求蘋果公司重新考慮這一決定。
2017年7月，蘋果從中國區商店下架大批VPN應用，這些VPN應用大多可幫助中國用戶繞過防火長城，從而突破中華人民共和國網路審查，俗稱「翻牆」。多家VPN提供商對此舉感到不安與失望，批評蘋果公司為利益罔顧人權。蘋果在聲明中稱被要求下架中國一些不符合新規定的VPN應用，被下架的應用未獲得中國政府許可。此舉被認為是中國加大VPN封鎖力度的表現。

丁香醫生

2019年5月8日，中國醫療諮詢平台丁香醫生更新後的iOS版由於存在避開應用程式內購機制（IAP）的應用內購買功能、內容或者服務，違反了相關要求，被蘋果公司拒絕，其後丁香醫生兩度通過郵件形式進行申訴，表示圖文問診中使用的支付模式屬於平台醫生針對患者的個性化需求而提供的線上醫療服務。而丁香醫生負責人認為，蘋果公司的做法侵犯了平台醫生的合法權益，因此計劃起訴蘋果公司。

HKmap.live

2019年9月21日，一位匿名的開發者向蘋果App Store提出可實時顯示香港警員及警車身處位置等的應用程式的上架申請，後於26日被拒絕，理由與付款選項等問題有關。在解決問題後，該應用又被重新提交，然而在10月2日再次被蘋果公司拒絕，理由是「其會幫助用戶逃避執法，鼓勵進行違法活動」。而開發者隨後於Twitter上表示該程式「只提供資訊，並沒鼓勵市民進行違法活動」 其後，該程式正式被蘋果批准上架，但蘋果公司又將再其下架。

相關訴訟

2017年8月10日，北京一家律師事務所代表28家應用開發商，向國家發改委和國家工商總局控告蘋果公司強制下架部分應用程式以及對應用程式打賞功能抽取30%的提成等行為，違反《中華人民共和國反壟斷法》。律師事務所稱蘋果公司涉嫌「濫用市場支配地位」的行為，包括拒絕交易、差別待遇、附條件交易即搭售、定價過高等內容。對此，蘋果公司回應稱，大部分從中國提交的應用程式都可以在48小時或更短的時間內得到稽核和通過。如果某個應用程式因為違反了App Store的相關指南而被拒絕或被移除，開發者可以使用申訴流程，向App Store就其具體情況提出再次稽核並可以取得支援，從而幫助其儘快恢復上線。