丙子戰爭

背景

1619年的薩爾滸之戰後，明朝對原來遼東地區以及朝鮮的影響力大為下降，女真族的後金政權開始強大起來。1627年，後金君主皇太極遣兵入侵朝鮮，朝鮮被迫與後金議和，與後金結盟。但當時朝鮮由親明的西人派執掌政權，依然保持與明朝的關係，收留明朝戰敗逃至朝鮮的將領，對後金持敵對態度。
1628年，朝鮮依據與後金的協議，開市於中江。同年，因毛文龍被袁崇煥處決導致明軍陷入混亂，皇太極計畫趁機進攻明朝，向朝鮮徵調兵船。朝鮮仁祖故意拖延三日後才接見後金的使臣，並對他說：「明國猶吾父也。助人攻吾父之國，可乎？船殆不可藉也。」
1632年，皇太極派巴都禮、察哈喇等人前往朝鮮頒定貢額。仁祖僅同意貢獻貢額的十分之一，推託說金銀、牛角不是朝鮮的特產，拒絕獻出。皇太極大為光火，於次年致書仁祖，責其減歲幣額，並竊葠畜、匿逃人之罪，欲罷遣使，專互市。朝鮮索性拒絕同後金在會寧城的互市，此後又多次拒絕互市，並在京畿、黃海、平安三道加築白馬等十二城，以加強對後金的防備。
1635年，皇太極攻察哈爾，林丹汗之子額哲獻傳國玉璽投降。各貝勒與蒙古王公皆建議皇太極稱帝，皇太極遣英俄爾岱通報朝鮮，朝鮮群臣皆言不可。朝鮮仁祖將英俄爾岱囚禁在議政府，英俄爾岱等人奪民間之馬，破門北逃。仁祖派人追上，宣布不承認1627年的城下之盟。英俄爾岱逃回後金並報告皇太極，皇太極大為光火。

攻入朝鮮

1636年四月，皇太極稱帝，改國號為大清。當時朝鮮的春信使羅德憲、回答使李廓正在盛京，參加了登基大典。羅德憲、李廓二人堅決認為明朝是朝鮮的宗主國，拒絕向皇太極行三跪九叩之禮，而當其是朝鮮一國上下也是群情洶湧，掌令洪翼漢就上斥和疏言「臣墮地之初，只聞有大明天子耳...今乃服事胡虜，偸安僅存，縱延晷刻，其於祖宗何，其於天下何，其於後世何？...臣愚以爲，戮其使而取其書、函其首，奏聞於皇朝。」另外還有一百三十八名太學生聯名以及諸多官員上疏，請斬使焚書，這使皇太極非常憤怒。
同年十一月，皇太極以朝鮮違背盟約為由，準備入侵朝鮮，先遣回朝鮮使臣李廓，通報仁祖。臘月初二日，派濟爾哈朗守盛京（今瀋陽），阿濟格、阿巴泰守遼河入海口以遏明軍，皇太極親自率領清軍十二萬入侵朝鮮。皇太極令多爾袞、豪格分統左翼滿洲、蒙古兵，從寬甸入長山口；戶部承政馬福塔、英俄爾岱等率兵三百人，裝扮成商人，突襲朝鮮王都漢陽城；多鐸、岳託等人率數千兵馬接應。皇太極與代善率其他各路軍馬進攻朝鮮。
臘月初六日，朝鮮邊境望見清軍，舉二把烽火示警，朝鮮都元帥金自點不予理會。臘月初十日，清軍主力迅速渡鎮江。十二日，兵至郭山城，定州、安州投降。不過在另一路，義州府尹林慶業死守白馬山城抗擊清軍，清軍始終無法攻陷義州。林慶業向都元帥金自點、副元帥申景瑗請求增援，但金自點等人希望獨吞戰功，未派兵往增援。又因金自點漠視烽火、太晚遞送狀啟，導致朝鮮朝廷直到十二日才得知清軍急襲。
臘月十三日，朝鮮仁祖得到清軍入侵的消息；都元帥金自點派人向仁祖告急，奏稱清軍攻至安州。仁祖大驚，令沈器遠負責京城漢陽的防衛，同時還命令老弱之臣可以前往江華島避難。翌日，仁祖得知清軍已過松都（今開城）的消息，派人將宮眷、神主、王族遷往江華島，自己則退往南漢山城。仁祖車駕過崇禮門時，馬福塔所率的突襲部隊突然出現在城外。仁祖一面令申景禛率兵出城防禦，一面派崔鳴吉前去勞軍，希望拖延時間。馬福塔給出的答覆是，要求仁祖派一名王弟、一名大臣為人質前來。乘和談之機，仁祖自己向南漢山城逃去，當夜初更逃到該城。翌日，仁祖聽從金瑬的建議，準備逃到江華島去，但由於暴雪大降、路途難行，只得固守南漢山城。又派遣綾峰守李偁號稱王弟，以刑曹判書沈諿加大臣銜出使清軍求和。皇太極斥責朝鮮在丁卯年派出假王子為人質，又詰問沈諿，李偁是否是假王弟，沈諿不能答，並自己承認「我既不是大臣，綾峯君也不是王子。」皇太極詰問投靠清人的朴蘭英，朴蘭英卻堅稱李偁是真王弟、沈諿為真大臣。皇太極大怒，殺朴蘭英，驅逐朝鮮使者，並堅持要求朝鮮送王世子李溰為人質。
為了籠絡人心，仁祖親自登上南漢山城城樓鼓舞士氣，又赦免都元帥金自點、副元帥申景瑗、平安兵使柳琳、義州府尹林慶業互相傾軋之罪，諭以急速進兵抗敵。又發檄各道，要求入兵增援。雖然如此，仁祖和群臣都對時勢持悲觀態度。他召集群臣，問是否因答應清方要求。群臣或主戰或主和，莫衷一是。十九日，清軍前驅部隊到達南漢山城下。仁祖親自登城，朝鮮軍用火炮擊退了清軍的進攻。崔鳴吉等主和派大臣建議與清講和，清朝要求送出世子方可議和，震驚朝鮮上下。

勸降未成

二十日，皇太極率清軍主力至松都，又遣使勸降。仁祖拒絕，並召都元帥金自點、副元帥申景瑗率軍回援，令各地軍隊前來勤王，又令金慶徵前去南部三道召集水師，準備與清軍決戰。留都大將沈器遠派人送狀啓，在狀啓中，他故意誇大了自己的戰功，群臣無不激憤。
二十四日，南漢山城內開始出現糧草不足的情況。朝鮮各處守軍見國王被圍，紛紛前來支援。公清兵使李義培畏懼清軍，駐紮竹山不進兵。江原道營將權井吉領兵到儉丹山，遭清兵擊敗。公清監司鄭世規領兵在險川，依山布陣，遭清兵擊敗，全軍覆沒，鄭世規本人僅以身免。
二十七日，皇太極率清軍主力至臨津江北岸。此時南漢山城幾乎斷絕了外界的音信，二十八日，留都大將沈器遠送來擊退清軍進攻的消息後，體察使金瑬派兵出北門而戰，遭到清兵的偷襲，大敗。都元帥金自點、副元帥申景瑗在黃海道的洞仙擊敗清兵，慶尚兵使閔栐亦率兵至忠州水橋。

攻破漢陽

崇德二年（1637年）正月初一，皇太極趁江面結冰之際渡江攻漢陽，沈器遠棄城退駐光陵。此時多鐸部也已攻破平壤，與皇太極會師。皇太極率兵駐紮炭川，俯瞰南漢山城中。仁祖聽從吏曹判書崔鳴吉的建議，派洪瑞鳳、金藎國、李景稷等前去求和。四日，清大軍渡漢江。駐紮漢陽東二十里江岸。此時朝鮮各道的勤王之軍陸續趕來。七日，清兵擊敗全羅監司李時昉部。南兵使徐佑申、咸鏡監司閔聖徽合兵，屯兵楊根、薇原，號稱二萬三千；平安道別將領八百餘騎至安峽；慶尚左兵使許完領兵到雙嶺，未及交鋒，軍敗而死；右兵使閔栐力戰良久，亦敗死；忠淸監司鄭世規進兵龍仁、險川，亦戰敗；平安道觀察使洪命耉，與清兵大戰於金化，兵敗陣亡。另一路的清軍多爾袞、豪格左翼軍由長山口克昌州城，敗安州、黃州兵五百，寧邊城兵千，截殺援兵一萬五千，七日與皇太極會師。貝勒杜度率兵送來大炮，清兵合力圍攻南漢山城。
十三日，仁祖遣遣洪瑞鳳、崔鳴吉、尹暉等出城議和，遭到拒絕。十九日，再遣李弘冑、崔鳴吉、尹暉求和。二十日，仁祖正式決定向清朝稱臣；翌日，遣李弘冑出使清營，獻書投降。皇太極要求仁祖下城親自投降，仁祖懷疑是奸計，因此不接受。二十二日，皇太極遣多爾袞襲破江華島，俘虜朝鮮王妃、王子、宗室、群臣家屬等眾。前右議政金尚容、前右承旨洪命亨、司僕寺主簿宋時榮、前司憲府掌令李時稷等人不願成為清兵的俘虜，自殺身亡。
皇太極再次要求朝鮮仁祖親自出城投降，並威脅若是不從，城破之後便要屠城。世子主動要求出城做人質，表示：「泰山既垂於鳥卵之上，國步誰措於盤石之堅，事已急矣！予既有弟二人，又有一子，亦可奉宗社。予雖死於賊，尚何憾焉？」二十三日，仁祖決定送世子李溰代他出城投降，稱：「予為宗社、生靈，出不得已之計矣……渠為父出去，不害於義理，而人子之至情也」。但英俄爾岱傳諭，一定要仁祖親自出城，並威脅說皇太極準備回到盛京去，若不答應就不要再求和了。在此期間，清兵又發動了幾次攻城，希望迫使朝鮮投降。仁祖只得在二十七日答應了這個要求。次日，皇太極同意了仁祖的求和，並要求他親自出城。清朝提出「三田渡盟約」，要求朝鮮以「長子及再一子為質」。

戰後

清朝將「六十萬」（數字也許有誇張）朝鮮人押回瀋陽市場販賣，其中還不包括被清軍中的蒙古人掠往蒙古的朝鮮人。還掠走朝鮮大量物資，後來朝鮮政府向清朝支付贖金贖回了一些人。根據協議，朝鮮被迫與明朝斷交，接受清朝的冊封，成為清朝的藩屬國。根據規定，朝鮮使用的年號由明朝年號改為清朝年號。朝鮮朝廷要求斥和者自首，洪翼漢、尹集、吳達濟三人自首，被清軍抓往盛京殺害，號稱「三學士」。
雖然朝鮮屈服於清朝的統治，但朝鮮人對清朝非常反感，稱呼清朝為「胡虜」。這種敵對的稱呼和態度，在《朝鮮王朝實錄》中比比皆是。朝鮮方面僅僅在外交上使用清朝年號，在國內則不使用，稱為「某某王某某年」，例如「仁祖大王十二年」等等。不少士人反滿崇明，甚至使用「崇禎」、「後崇禎」等年號，致使「崇禎」這個年號被朝鮮兩班士大夫沿用數百年。朝鮮孝宗可能因為在滿洲擔任過人質，餘怒未消，其在位期間，朝鮮甚至密謀起兵，聯合日本江戶幕府、南明勢力反對滿清，後來又計劃響應三藩之亂和東寧王國。但北伐計劃最終因財政困難而計劃擱淺。
將昭顯世子扣為人質，既是清朝鉗制朝鮮的手段，也是清朝要挾朝鮮攻打明朝等行動的籌碼，同時又含有清朝扶植朝鮮親清勢力的意圖。
在外交方面，朝鮮建立迎恩門以迎接清朝勅使，在1637年至1881年之間，朝鮮先後161次接待清朝勅使。朝鮮每年四次向清朝進貢（1644年後改為每年一次），直到甲午戰爭清朝戰敗為止。而在甲午戰爭清朝戰敗之後，迎恩門被拆毀，改建獨立門。