特殊的國與國關係

產生及歷史因素

從1949年開始，在臺灣地區的中國國民黨領導的中華民國政府與中國大陸的中國共產黨領導的中華人民共和國政府處於敵對隔絕狀態。1987年臺灣解除戒嚴後，當時總統蔣經國因人道考慮和已在臺灣38年的中華民國國軍家屬要求，開放臺灣民眾赴中國大陸回鄉探親，兩岸重開接觸。
1990年，李登輝當選總統後，陸續成立國家統一委員會（國統會）、行政院大陸委員會（陸委會）與海峽交流基金會（海基會），兩岸互動益形密切，但彼此的關係一直未有明確定位。1993年4月，海基會與海峽兩岸關係協會（海協會）舉行第一次辜汪會談。但1995年李登輝實際上以中華民國總統身份訪問美國後，中國大陸方面對「一個中國」的定義不斷緊縮，兩岸關係陷入低潮，且引發台灣海峽飛彈危機。1996年3月在臺灣首次舉行總統直選，李登輝當選連任。
1997年7月1日，香港主權移交給中華人民共和國，澳門也將於1999年12月20日主權移交給中華人民共和國。中華人民共和國一國兩制的宣傳主張對臺灣的壓力益增，美國又不斷有人主張兩岸應簽訂中程協議，故李登輝指示成立「強化中華民國主權國家地位專案小組」研究對策。1999年5月，該小組研議以「特殊的國與國關係」為兩岸關係定位。
台灣時間1999年7月9日下午，德國之聲總裁Dieter Weirich、德國之聲亞洲部主任Gunter Knabe與德國之聲記者Simone de Manso由行政院新聞局局長程建人陪同，到總統府錄影專訪李登輝。他們問到在並非實際可行的「宣布台灣獨立」與不被大多數台灣人民接受的「一國兩制」之間，是否有折衷的方案？李登輝答：「中華民國從1912年建立以來，一直都是主權獨立的國家，又在1991年的修憲後，兩岸關係定位在特殊的國與國關係，所以並沒有再宣布台灣獨立的必要。」德國時間1999年7月25日21時整，德國之聲的英語衛星頻道向全世界播放專訪內容，而文字內容則刊登在德國的《周日世界報》。
2011年9月，已卸任多年的前總統李登輝，在回憶兩國論產生背景時，明確指出是為了阻止當時的中共中央總書記江澤民想要片面對國際宣告兩岸將展開政治談判的企圖。由於時值辜振甫訪陸，後續並安排汪道涵訪台的兩岸交流熱絡階段，期間李登輝發現江澤民打算在10月1日中華人民共和國建國五十周年國慶當日，當著多位外國領袖的面宣布汪道涵訪台時，兩岸將展開政治談判。李登輝為阻止江澤民的計畫，因而於當年七月在接受德國電視台訪問時，提出兩國論中止兩岸談判。
兩國論起草人包含了各界學者名家，包括後來出任行政院大陸委員會主任委員、行政院副院長、民進黨主席及中華民國總統的蔡英文。

台灣政界和民間的反應

在台灣方面，民進黨與國民黨部分人士基於各自的立場對此政策作了肯定的詮釋。
民進黨支持「兩國論」，部分獨派更讚揚李登輝不只為「民主之父」，更是「台灣國父」。同年民進黨發表台灣前途決議文以承認中華民國的兩國論為基調，作為日後的執政基礎。
國民黨在李登輝執政時期，多半支持「兩國論」，例如連戰曾表示：「我們提出『特殊國與國關係論』的主張是基於維護國家尊嚴、保障人民權益的考量。也是表達台灣兩千三百萬人民的心聲。這是攸關國家發展大是大非的課題。…因此李總統提出『特殊國與國關係論』的明確主張，就是要突破兩岸間現存不合理的框架。」。而在新黨方面，雖然他們在7月23日舉行一場反對「兩國論」的大遊行，但其主題卻是「和平反戰」，也就是「向中共武力說不」。也就是說，如果北京因為兩國論而對台灣採取武力恫嚇或動武的話，台灣所有政黨都會齊聲反對（童振源 1999）。2000年，國民黨候選人連戰落選，失去政權，李登輝被迫辭去黨主席職務，連戰接任國民黨主席後，國民黨徹底拋棄李登輝的兩國論，重新回到一中各表立場。在2012年3月，連戰夫人連方瑀投書媒體，講述在「兩國論」後提出後連戰與李登輝的分歧。連方瑀說，「李登輝拋出『兩國論』，屬下連戰無法反駁，連戰原本決定出版的『連戰風雲』，內容講兩岸要『雙贏』，李登輝竟要求『停止出版』」；「2人會分道揚鑣，完全無關『個人恩怨』，是『李先生』公開揚棄過去理念，連戰始終堅守立場」。
至於坊間的反應，在李登輝的該段訪問見報以後，新黨立法院黨團召集人鄭龍水委託民意調查基金會所作的民意調查顯示，55.2%的受訪者贊成李登輝提出兩岸關係是「特殊國與國關係」，反對的人則有23.4%（韓德強 2002，2）。此外，環球電視台與《新新聞》也公布一份有關「特殊國與國關係」的民意調查，結果顯示有43%的受訪民眾支持兩國論，只有10%的民眾不贊成（施鈺文 1999）。向來頗強調其菁英品味的《商業周刊》，也對台灣587位企業經理人做了一份問卷調查，結果同意兩國論者為78.4％，不同意為15.3％，無意見為6.3％（楊開煌 1999）。就此而論，台灣民意基本上覺得李登輝只是點出兩岸關係長久以來存在的一個事實，並不認為這是一個政策上重大的轉折。
李登輝在事後，也做過相當類似的澄清。7月14日，李登輝接見前美國在台協會台北辦事處長張戴佑，在談到各方對兩國論之解讀的時候，李登輝表示：「我們的大陸政策沒變，兩岸交流、對話的立場與態度也仍然不變」（引自何振忠 1999）。7月23日，李登輝接見從美國來訪的美國在台協會主席卜睿哲（Richard Bush）也發表類似的看法，說明中華民國推動建設性對話與良性交流的大陸政策並沒有任何改變，先前談話是以國家元首身分表達並反映台灣大多數人民的心聲，此為民主社會尊重民意的展現（何振忠 1999）。
2008年6月12日，馬英九再次提起兩德概念。范凌嘉認為兩德模式，恐是一日話題，因為李登輝德國之音的特殊國與國關係，就是以兩德模式處理核心問題。台大政治系教授張亞中認為兩德議題「一個德國，兩個國家」是以「整個德國」來涵括兩國，東西德都是整個德國的內部憲政主體。西德總理布朗德稱其為「特殊關係」，差別在李登輝從未公開承認一個中國。

中國大陸反應

李登輝將兩岸關係定位為「特殊國與國關係」的說法，引起了中華人民共和國政府的強烈反應。在該談話結束後兩天，中國共產黨中央台辦、國台辦發言人發表談話，直接點名批評李登輝「公然把兩岸關係歪曲為國與國關係，暴露其一貫蓄意分裂中國領土和主權的政治本質」，措詞嚴厲地批評李登輝與台獨分裂勢力主張沆瀣一氣（大陸新聞中心 1999），認為李登輝的路線以從「獨台」轉向「台獨」。之後，經過十多天對兩國論的觀察及開會研判，中共中央總書記江澤民決定取消海協會會長汪道涵的訪台計劃，同時到2000年3月台灣總統大選前，不但停止海協、海基兩會交流對話機制，也決定台辦官員暫停赴台（王玉燕 1999）。也就是說，對中華人民共和國政府而言，在兩國論甫推出之際，官方的立場是希望台灣能將兩國論定位在李登輝個人的言論範圍內。但是，面對接下來台灣方面有關兩國論的說法以及李登輝的解釋，中共高層認為台灣政府兩國論的基調沒有改變，其他說法都是託辭，認定台灣就是要「放棄一個中國」，以兩國論走向台灣獨立，並試圖形成政策（王玉燕 1999）。簡單來講，中華人民共和國官方認為台灣當局的自主意識已經從過去的「暗獨」走向「明獨」（引自虞義輝 2001，337）的獨立意識道路。
隨後執政的民進黨政府以兩國論作為基調。2005年3月14日舉行的中華人民共和國第十屆全國人民代表大會第三次會議通過一部針對台灣海峽兩岸關係的中華人民共和國基本法律《反分裂國家法》，當天經中華人民共和國主席胡錦濤簽署並立即予以實施。該法律的主要內容是鼓勵兩岸繼續交流合作，但同時也首次明確提出了在三種情況下中國大陸可使用「非和平方式達到國家統一」，外界將焦點集中在三大條件中的最後一項，即「和平統一的可能性完全喪失」，這被認為是一項可以被非常靈活解釋的條件。另外第八條也允許國務院在必要時先採取行動，隨後再向全國最高權力機關人民代表大會通報，等於授權中國人民解放軍可以先斬後奏。

美國反應

在兩國論成為世界主流議題以後，世界主要國家都已表態支持一個中國；但也都同時強調，兩岸爭議必須透過持續對話，以和平的方式解決（童振源 1999）。以美國為例，在李登輝向張戴佑表明台灣的中國政策不變以後，柯林頓領導的美國政府開始試圖為兩國論激起的台海緊張情勢降溫。
7月14日，白宮發言人洛克哈特主持例行簡報時，不但拒絕評論北京是否可能對台動武及美國可能的反應，並對詢問北京是否可能採取武嚇的記者說，別把北京的嚴厲措辭看得太重了（劉其筠 1999）。
9月11日，美國總統柯林頓在與中國國家主席江澤民會談時，首度對兩國論明確表達較負面的意見。他表示，兩國論已經帶給中國大陸和美國雙方「更多困難」；但柯林頓也明告江澤民，如果中國大陸要（對台灣）訴諸武力的話，將在美國「造成嚴重後果」。柯林頓並在高峰會中重申，「我們將繼續維持尼克森總統以來採行的政策，這個政策有三大支柱，即一個中國、和平解決台灣問題、和兩岸對話。」（本報系採訪團 1999）。也就是說，美國既不支持兩國論，但也反對北京對台動武或中斷對話（童振源 1999）。

其他

2001年5月10日，前國民大會議長蘇南成接受中天新聞台專訪時說，李登輝提出兩國論前，他就已經知道兩國論，只是不知道李登輝會告訴德國之聲記者。蘇南成說，兩國論的重點就是透過《中華民國憲法增修條文》的全面大翻修，讓其條文更為完備，包括國土、國會定位、政治制度、人民權利和義務、中央政府與地方政府等；但因為茲事體大，且容易被認為是在追求台灣獨立，才會引發爭議。蘇南成又說，李登輝提出兩國論後，遭美國政府施壓，美國政府認為兩國論是為李登輝總統延任案護航；而在美國政府施壓之下，台灣時間1999年8月20日上午，李登輝向他明確表示，總統延任案不可行。
有趣的是，反而是屬於傳統獨派陣營的部分政治勢力，對於李登輝的「兩國論」仍然有相當程度的不滿，見施正鋒(1999)及鄭邦鎮(1999)。這是因為兩國論仍然承認中華民國在台灣的統治合法性。
根據童振源(1999)的資料，從1999年7月9日一直到8月6日，台灣民間共有7項相關民調，同意兩國論者為43%至74%，反對者只有18%至30%。