医院骑士团治下的马耳他历史

初期

1522年羅德島大圍攻後，醫院騎士團就被鄂圖曼帝國的軍隊驅逐出羅得島。在歐洲流浪了7年後，西西里王國國王查理五世於1530年將馬爾他、戈佐島和北非的黎波里以永恆封地的形式賜予眾騎士。作為交換，騎士團每年將進貢一隻馬爾他獵鷹，這些獵鷹將在諸靈節進貢給西西里國王的代表——西西里總督。
騎士團在比爾古安頓下來，並將之定為首都。他們重建了原稱Castrum Maris的古堡，並將之命名為聖安吉洛堡，大幅提升了馬爾他島的防禦。除此之外，他們也建造了許多新的建築物。不久後，騎士團開始鑄幣。
醫院騎士團採取行動對付穆斯林，尤其是巴巴裏海盜。雖然騎士團的艦隊只有數艘船隻，但這迅速加劇了鄂圖曼帝國對於騎士團重新在島上定居的不滿。1551年7月，奧斯曼軍隊試圖攻占聖安吉洛堡和姆迪納，但由於守軍人數太多而在數天後改為入侵戈佐島。他們航行至的黎波里並於8月占領了該座城市。在遭受數次襲擊後，騎士團嘗試著恢復戈佐島的人口並強化大港的防禦。騎士團建造了含聖埃爾莫要塞和聖麥可堡在內的數個堡壘，並在聖麥可堡附近建立了名為森格萊阿的城鎮。
1551年到1556年之間，馬爾他遭龍捲風襲擊，騎士團至少有4個槳帆船被破壞，並且有約600人死亡。這是馬爾他歷史上最嚴重的自然災害，也是有史以來造成最多人死亡的龍捲風之一。
1553年，查理五世獻議賜予醫院騎士團現代突尼西亞的馬赫迪耶，將之作為騎士團的第三塊領地，但騎士團以維護成本太高為由拒絕了這項獻議。於是，查理五世命令西西里總督胡安·德·維加摧毀馬赫迪耶以防止穆斯林將之占據。胡安燒毀了馬赫迪耶，並禁止將小麥出口到馬爾他以作為騎士團拒絕國王獻議的報復。作為對策，森格爾大團長把工程師Vincenzo Vogo帶到馬爾他並讓他改良所有磨坊，成功避免了饑荒的發生。

圍城及後續

1565年，鄂圖曼帝國蘇丹蘇萊曼一世派遣4萬大軍進攻馬爾他，以將之作為再一次侵略歐洲的基地，而當時馬爾他的守軍只有700名騎士和8000個士兵。
戰鬥初期，戰況和當年羅得島大圍攻一樣慘烈。許多城市被毀，騎士團也有一半的成員遭到殺害。8月18日，騎士團的處境越來越絕望，不斷減少的成員讓他們無法再繼續維持那麼長的防線。即便如此，大團長讓·德·瓦萊特還是拒絕了當地委員會放棄比爾古、森格萊阿並撤退到聖安吉洛堡的提議。
西西里總督也未派遣援軍。這相信是因為腓力二世下的命令不夠明確而讓總督猶豫是否要犧牲自己的領地來幫助騎士團。要是戰敗的話，那不勒斯和西西里島將完全暴露在鄂圖曼帝國眼皮底下；而留在讓·德·瓦萊特那裡的獨子也讓他無法對這場戰爭坐視不管。無論如何，總督始終沒有派遣援軍。
6月16日，鄂圖曼帝國發動大型攻擊。守方用盡全力抵擋了土耳其軍隊的進攻，甚至連傷員也被派上戰場。即使土耳其軍隊成功攻下了聖埃爾莫堡，守方的防禦依然堅固。馬爾他守軍日以繼夜地修補了防禦缺口，攻下馬爾他更是變得難上加難。進入夏季後，許多駐紮在擁擠地區的奧斯曼士兵紛紛染病。糧彈開始緊缺，久攻不下的馬爾他也讓土耳其士兵的士氣不斷下降。6月23日，奧斯曼艦隊的海軍上將德拉古特戰死對奧斯曼軍隊而言更是個沉重的打擊。土耳其的另外兩個指揮官皮里帕夏和穆斯塔法·帕夏更是犯下多次失誤：只使用了一次龐大的土耳其艦隊、不與非洲海岸聯繫、沒有攔截西西里的增援部隊。
9月1日，土耳其軍隊發動最後一次進攻。士氣低落、進攻乏力的土耳其軍隊使得被圍困的守軍受到極大的鼓舞。與此同時，土耳其軍隊收到了來自西西里的援軍抵達梅利哈灣的消息。在沒注意到援軍人數其實很少的情況下，土耳其軍隊於9月8日開始撤退。馬爾他之圍可能是最後一次由騎士取得決定性勝利的戰役。
鄂圖曼帝國撤軍後，醫院騎士團只剩600名可用兵力。有明顯的證據表明，鄂圖曼帝國的軍力曾高達4萬人，只有1萬5千人最終回到了君士坦丁堡。瓦萊塔大團長宮的聖殿（Throne Room）聖米迦勒及聖喬治大廳掛著由Matteo Perez d'Aleccio所繪的圍城壁畫，其中4幅於1576年至1581年完成油畫現存於格林尼治的王后宮。
圍城結束後，一座新城市瓦萊塔建成了。這座城市的名字是為了紀念那位抵禦了大圍攻的大團長。1571年，它成為了騎士團的總部，並且作為馬爾他的首都至今。
1574年，羅馬宗教裁判所在馬爾他成立，取代馬爾他原本由天主教巴勒莫總教區管理的宗教裁判所。
1581年，騎士團的修道院和大團長Jean de la Cassière之間發生了一場危機，並隨即升級為叛亂，Jean de la Cassière被押入聖安吉洛堡的大牢而馬蘇林·羅姆加斯被選為新任大團長。額我略十三世派遣使者加斯帕雷·維斯孔蒂來調停這場糾紛，而Jean de la Cassière和羅姆加斯則被傳喚到羅馬以解釋這起事件的來龍去脈。抵達羅馬還不到一個星期，羅姆加斯便去世了，Jean de la Cassière也恢復了其大團長的身份。不過，他在不久後也去世了，從而為這起糾紛畫下句點。1582年1月，Hugues Loubenx de Verdalle獲選為新一任大團長。

主要項目

1615年，輸送丁利和拉巴特的水源至首都瓦萊塔的魏格奈克特高架渠完工。這個高架渠持續運作至20世紀初，其大部分至今依然保存完好。
17世紀發生的一系列事件也讓馬爾他提升了自身的防禦力量。戈佐島上的奇塔代拉大部分都是在1599年至1622年期間重新修建的。分別於約1630年和約1640年開始興建的弗羅瑞安娜防線和聖瑪格麗特防線也強化了大港的防禦力量。不久後，環繞聖瑪格麗特防線的瓦爾佩加防線開始動工。由於資金不足，聖瑪格麗特防線和瓦爾佩加防線曾經停工了好一段時間才完工。17世紀末，用作保護大港入口里卡索利堡開始動工。與此同時，聖埃爾莫堡和聖安吉洛堡也獲得了改良。
儘管港口地區的防禦力量獲得了顯著提升，不過其餘的海岸線多數都未設防。1605年，戈佐島上的Garzes塔開始動工。接下來的數年內， 阿羅夫·德·魏格奈克特建設了魏格奈克特塔來進一步提升海岸線的防禦。大團長喬凡尼·保羅·拉斯卡里斯在位之時，數座小塔開始動工。之後繼位的馬汀·德·雷丁同樣也興建了一系列類似的小塔。最後一個海岸樓塔是1667年尼克拉斯·科東納在位期間興建的Isopu塔。
1693年西西里地震摧毀了馬爾他不少建築物，馬爾他前首都姆迪納受災情況尤為嚴重。諾曼時期興建的聖保祿主教座堂嚴重受損，不久後便被拆除。1697年，建設在聖保祿主教座堂原址的巴洛克式大教堂開始動工。
17世紀至18世紀初，騎士團的海軍實力達到巔峰。騎士團參與了數次對抗鄂圖曼帝國的海戰，如1644年9月28日行動和1656年達達尼爾之戰。私掠成為了馬爾他經濟的重要組成部分之一，一直到18世紀初為止。

殖民

騎士團在美洲也曾擁有殖民地。1651年5月21日，騎士團從剛解散不久的法國美洲島嶼公司手中購得加勒比海上的四個島嶼：聖巴泰勒米、聖基茨島、聖克羅伊島和聖馬丁島。這些島嶼由費利佩·德·普昂西管理，一直到他去世為止。1665年，這4座島嶼被賣給法國西印度公司，象徵著地中海以外的騎士團勢力正式終結。

世紀初至平托統治時期

1714開始，馬爾他和戈佐島的海岸周圍建設了約52個炮台與堡壘以及數個壕溝。18世紀的大型防禦工事還包括於1749年動工、位於戈佐島上的錢伯瑞堡以及於1792年動工、位於馬薩姆克塞特的蒂涅堡。
在整個18世紀，巴洛克式建築風靡馬爾他。這與兩位來自葡萄牙的大團長安東尼奧·曼努埃爾·維列納和曼努埃爾·平托·豐塞卡有很大的關係。維列納統治時期，姆迪納的建築被重新改造為巴洛克風格。除此之外，蒙諾堡和蒙諾劇院也是維列納在位期間修建的巴洛克式建築。弗羅瑞安娜防線和瓦萊塔周圍的弗羅瑞安娜鎮也開始發展，並被大團長授予Borgo Vilhena的稱號。1741年至1773年的平托統治時期，巴洛克式建築繼續蓬勃發展，這個時代典型的建築物有卡斯蒂利亞騎士旅館和瓦萊塔海濱。
1749年發生了奴隸起義，土耳其奴隸計劃刺殺平托，但因計謀敗露而失敗。
1753年，平托宣示騎士團對馬爾他的主權，並與卡洛斯三世統治的西西里王國發生爭執。1754年11月26日，雙方關係才恢復正常。西西里王國不再擁有對馬爾他群島的控制權，醫院騎士團治下的馬爾他正式成為一個主權國家。

衰退

18世紀的最後三十年內，騎士團的勢力不斷衰退。這是由於許多因素造成的，其中一個因素便是平托隨意揮霍的行為耗盡了騎士團的財力，更導致騎士團破產。除此之外，騎士團也漸漸地變得不受馬爾他人歡迎。
1775年，Francisco Ximenes de Texada在位期間發生了司鐸起義。叛軍占領了聖埃爾莫堡和聖詹姆斯，但這場起義很快就被鎮壓下來，叛軍首領更是被處決、囚禁或是流放。
1792年，法國大革命導致騎士團在法國的財產被沒收，進一步加劇騎士團本已嚴峻的財政狀況。1798年6月，拿破崙登陸馬爾他，騎士團在幾乎未作任何抵抗的情況下就投降了。隨後，法屬馬爾他成立，一直到1800年被獲得英國幫助的馬爾他革命分子驅逐為止，而馬爾他則成為了英國的保護國。雖然根據亞眠和約，英國必須將馬爾他歸還給騎士團，但英國並沒有遵守這項約定。當新上任的大團長喬瓦尼·巴蒂斯塔·蒙蒂尼要求英國民事專員亞歷山大·波爾歸還大團長宮時，波爾在1803年3月2日的回信中表示英國有權繼續在該島駐軍，而大團長宮則因為已有英國公務員使用而無法歸還。
1813年，馬爾他成為英國殖民地，一直到1964年獨立為止。騎士團在歐洲變為一個鬆散的組織，並在19世紀除轉向從事人道和宗教事務。1834年，當時已被稱為馬爾他騎士團的醫院騎士團在羅馬的馬爾他宮設立總部，並保留至今。