徐階

早年

弘治十四年，徐黼就任宣平縣丞。三年後的弘治十六年九月三十日，他和第三位妻子顧氏的孩子，徐階，在浙江宣平縣出生。徐階一周歲時便意外墜井，被救出來後昏迷了三天才醒。正德二年，年方五歲的徐階因父親在宣平任上的功績回程，一同路過括蒼嶺時再次發生意外，不小心墜下懸崖，大家都覺得沒有生還的機會，其生母顧夫人更是因此慟哭很久。卻不想徐階因為衣服被樹枝勾住，並沒有墜崖而死，當時人們都感覺非常驚異。
不久後徐階在一座古剎讀書，本來有傳聞鬧鬼的古剎在徐階讀書時什麼事都沒有，徐黼便感覺徐階很特殊。於是徐黼找了師傅教授徐階《小學》，一直學到《四書》，徐階也只花了很短時間就可以通誦全文。正德六年，因徐黼改任寧都縣丞，徐階跟隨他搬家去了江西。有一天徐黼從另一城回寧都，徐階去迎接時徐黼笑話說：「父遠回子遠迎，父子之恩天性也」，而徐階則回答說：「君居上臣居下，君臣之義人倫哉」，徐黼因此開始訓練徐階屬文。而回到華亭的徐階便在城西湖北側的少湖讀書學習，也因此自號少湖。後來徐階更是寫了一篇《雨觀樓記》來抒發自己雨中看湖時和自然所共鳴的情感，以一首七言律詩《題西湖小景》描述了西湖周邊讓人想要結盧終老的景色。
正德十二年，十五歲的徐階被選入府縣學成為生員，時任廣西按察僉事的潘奎為其座師，年少的徐階卻不太喜愛過多和他接觸。在兩年後徐階以優等的成績參與應天鄉試，卻不幸被淘汰。而就在一年後，聶豹被命為華亭知縣，和諸生論學時發現徐階的奇特，認為他是「國器」，並傳授了徐階王守仁的心學理念，成為徐階新的座師。而不久後徐階便成功在嘉靖元年壬午科鄉試中舉，因主考官董圯賞識，在卷上提名為第一，最後位列第七。徐階也在董圯死後為其作墓志銘，在其中寫道他之所以有今天，都是因為董圯的功勞。

入仕

嘉靖二年，徐階前往京師，參加癸未科會試。當時時任刑部尚書的林俊看了徐階的策論後覺得他應為第一，但是諸位閣老一致覺得第三名更妥當，於是在殿試後，徐階被賜進士及第，列一甲第三名，被授翰林院編修。後來由於楊慎而沒有參與的楊廷和見到了徐階，當場問次輔費宏說徐階的潛力不在他們之下，為什麼不以徐階為第一名。
聽說了徐階及第的消息後，徐階的叔父被問若是徐階落榜是否依舊可以安睡，他回答說侄子（徐階）已經及第，還需要什麼嗎？於是再回床安睡。而後徐階父母也因此被贈封，徐階再三乞求下被特許回鄉並娶妻，他母親顧夫人特地叮囑徐階說不要忘記最初她用簪子換飯菜招待其師友，不能因為進士及第就變得華侈而忘記勤儉謙和。嘉靖三年，聶豹以御史巡按福建，徐階在華亭諸生所征《祀記》裡說自己當時作為聶豹的門生，聶豹對他的影響很深。那時候的徐階雖然身材矮小，但是他皮膚白哲，非常注重儀貌。而且他喜好讀書，心有謀略，經常跟隨王守仁的門人四處遊學，因此在當時士大夫群體內也有一定名聲。
不久之後徐階便遇見了因為大禮議事件被貶官的楊慎、安磐和王元正，他為三人準備了槖裝，心想著也要做出一番貢獻，但是由於父母俱在而顧忌許多，非常不樂。繼續北上的徐階在路過清源時，夢見父親不停叫他的名字，就轉而回去，在彭城聽說了父親的死，一路號哭，回到華亭縣為父親置辦葬禮。而在之後的三年裡，徐階便丁憂在家，直到嘉靖六年才官復原位，十二月時被命於內書堂教授文字。以前在內書堂教書的人大多鄙視宦官，儘量晚到，走的時候也很早。如果有人有任何疑問，教書者也都拒絕為他們解釋，甚至在發下文章後對於他們不能誦讀全文也只是責罵幾句，不管他們最後是否真的可以熟讀文章。徐階反之，他早在寅時就到內書堂開始教書，最後在申時才離開，在此間對每一位學習的宦官都嚴加管束，如果一個人沒法誦讀全文，就要到他桌前讀，要是再不能讀，就在門外跪著繼續讀，再不能讀，轉到庭院中央繼續讀，就這樣一直到可以通篇誦讀為止。除此之外，徐階在教書時不但教授識文斷字，也一直告誡他們不要違背祖制干政。當時由於嘉靖新上位，宦官的權勢比正德年間被貶很多，很多人非常不滿，徐階就說：「在洪武時宦官止於四品，不干涉政事，宣德以後才開始被權寵，身穿蟒服，腰戴玉帶，間接把持著朝政，在正德時達到頂峰，這樣的事情不可為訓。比如劉瑾、張雄等人，生時越發驕縱，但是後果也越發悲慘，要這樣的權勢對自己有害無利，哪裡又值得羨慕呢？皇上（嘉靖）對待你們和正德時相比更差，但是相比祖宗時已經更加優厚，因此諸位不應該有所怨恨。」，聽了這番言論後大家都很感動。歷經三年的教授後大家也都稱讚徐階非常擅長教導，甚至在徐階被貶出京城時有十餘人在左門抱著柱子大哭，因徐階無法再教他們而非常悲傷。另一方面，除了在內書堂任教，徐階身為翰林院編修，也結識了後來的好友、同為王氏心學門人的羅洪先，他們在後來的禮儀之爭中都因仗義執言被謫官。

禮議之爭

嘉靖九年十月十五日，嘉靖下敕以張璁為總裁編纂專門為郊祀所準備的《祀儀成典》，徐階也被征為纂修官。張璁那時候便建議皇帝廢除孔子文宣王的王爵爵位，改稱「至聖先師」，同時把孔子像也換成用木為主體，降低了他的祭祀規格。於是嘉靖讓禮部會同翰林院一同討論可行性，徐階在十月二十八日毅然上《論孔子祀典》，在奏疏中提出孔子三個不必要去掉和五個不能去掉的稱號，請求將封號和文廟一應按照祖制，恢復原狀。不久之後，在十一月一日的朝會上，張璁斥責徐階並指責徐階背叛了他，而徐階則以不曾依附於他何談背叛回應。徐階此舉獲得了天下士子的稱讚，當是時，御史黎貫等人跟隨徐階，上疏請求恢復祖制，於是惱怒的張孚敬安排御史汪鋐等人彈劾徐階，以他為首倡者為由要求重處。嘉靖也因此把徐階打成佞臣，在宮內刻柱寫「徐階小人永不敘用」。而在聞淵、唐龍等人的幫助下，本會除名的徐階被添為延平府推官，流離於中央以外。徐階在辭別顧夫人時她也沒有怪罪徐階，而是告訴徐階：他因直言上諫被謫是她的榮耀，以此安慰徐階。同時徐旒也寄信給徐階，認為這是好事，不要因此動搖自己的信念。
嘉靖十年四月，徐階抵達了延平，做了一首《抵郡作》詩感嘆自己無法為國家做貢獻。在延平任內徐階遇見鄭慶雲和黃焯二人，是他當時的患難之交，徐階描述說和兩人一起可以歡笑度日。在其墓志銘上更是寫鄭公慷慨有節黃公攸然有度，雖然性格都不一樣，但是都是好友。徐階多年以後本想要提拔兩人出言獻策，但是兩人先後在嘉靖十七年和嘉靖二十六年去世，徐階十分惋惜。在延平任內，徐階虛心掌理民訟，清查府庫，毀滅淫祠的同時建立良好的教育系統，請了當地教授鄧析教授諸生韻語等小學基礎。後來尤溪匪盜四出，分巡道難以捉捕歸案，徐階自告奮勇，以三老之位懸賞，不久便逮捕了連同頭領在內的一百二十人，受到了當地百姓的一致擁護。而在當地民俗的感染下，徐階曾也想要直接遷家到延平，但是最後未能成為現實。三年後的嘉靖十三年三月，徐階便因在延平三年政績突出，升任湖廣黃州府同知，走的時候延平百姓夾道送別，延平府學諸生甚至送徐階一直到了建寧，徐階寄言他們說要學習文靖、文質兩位先生，不能因為小得而自滿。

督學地方

徐階在前去黃州府的路上，途徑嚴陵時被升為浙江按察僉事督理學政於是徐階趕回華亭，在逗留的一個星期中娶了第二任正妻張氏，後奉顧夫人之命前往浙江赴任。隨後徐階便主持了在嘉興的秋試，其間有一位來自湖州的考生落選。他向徐階詢問原因，徐階告訴他說他文字奇怪怎麼可能不落選，考生抱怨說上次主考喜愛奇怪文字，而這次（徐階）又喜歡平易的，他又能怎麼辦。徐階聽了後批評他說：「如果你的文字奇怪，哪怕提學喜好平易也不能跟從；如果你的文字平易，哪怕提學喜好奇怪也不能跟從。今生沒有主見為了投他人之好而數次改變自己的習慣，那麼是不是在和平的時候是君子，而一到亂世就是小人了？」於是考生悚然而退。另有一名學生，在文中寫「顏苦孔之卓」，徐階想不到這句話有何出處，便給那位學生批了四等，直接在卷上評價「杜撰」。等到結束後生員領責的時候，那位學生解釋說是出自《法言》，徐階站起來向這位學生道歉，說自己僥倖先入仕，沒有去學、問，今天多承教了。他又立刻將這張卷子改為一等，時人都稱讚了他的雅量。在浙江歷經三年督學，徐階再次牽動遷家之念，在《送大參三峰侯公入蜀序》中提出想要搬家到台州「與諸賢相追逐」，不過依舊未能成行。
嘉靖十五年十月，徐階改任江西按察副使、提督學政，他在江西正文體、端士習，開始傳揚王守仁的心學理念，並興建了王文成公祠，這為徐階帶來了一致好評，很多士人都很嚮往去那裡求學。後來自徐階手下所出來的這些江西學生，多數都參預朝政內外，活躍於台省之間，出名的比比皆是。而徐階自己則對嚴嵩之名非常仰慕，寫了一首詩《寄題嚴學士鈐山堂》讚頌其節；另一方面，夏言有親戚在江西想要幸進，被徐階所拒絕，這使得夏言十分不悅。當時被時人稱為「四鐵御史」的馮恩因謫戍雷州經過南昌，徐階聽說後立刻率領諸生相迎，甚至還寫《贈馮侍御南江戍雷州》詩一首稱讚了馮恩在嘉靖十一年毅然反對張璁、方獻夫等人後下獄絕不屈服的忠臣貞節。

重回京師

嘉靖十八年五月，皇太子入閣，經由馮恩向夏言的推薦，雖然夏言和徐階關係不佳，依舊同意召升徐階為司經局洗馬兼翰林侍講，以四品服色俸供職。在他回京述職前顧夫人囑咐說聖天子（嘉靖）在張孚敬一事後還錄用他，需要盡心盡力，不要因為思念她耽誤公事。而徐階也在辭別聶豹時受到聶豹贈詩告誡說為善比強識才藝更加重要。於是徐階趕往京城，並和鄒守益、唐荊川、羅洪先等前輩一同探討心學。不久後的嘉靖十九年春，顧夫人送徐階的弟弟徐陟前往京城求學，本托話說若是有空，在徐陟及第後可以和徐階一同回鄉為她慶祝七十大壽。徐階這時候卻和另外二十二位同僚一同上疏請求嘉靖祭祀庶子，但是被嘉靖以祖制駁回，還罰了在文中言語不敬的官員的兩個月俸祿。僅僅半年，顧夫人便與世長辭，徐階因此在嘉靖二十年特意寫詩《五月五日懷太恭人》一首，抒發他對顧夫人的懷念之情。由於母親的去世，再次進入政治中心的徐階不得不丁憂回家，所有官職被除。
嘉靖二十一年十二月，徐階丁憂期滿，被調回朝升任為國子監祭酒，在任內徐階整頓了國子監的撥歷。原本國子監有派監生在各部歷事，由吏部文選司所開，徐階上任後將各個監生的具體歷事日期每月公開榜示，杜絕了以前存在的「偷撥」等弊端，而他自己也拒絕那些希望走後門的權貴，諸生對徐階眾心悅服。後來徐階又關注監生的膳銀問題，以前的祭酒對於發放膳銀不聞不問，全權授理的典薄大多把膳銀占為己有，用各種理由搪塞監生。因此徐階讓人記錄人數，每天選一名堂官，在旁監督，一同為監生發放膳銀。後來還每個月派堂官隨典薄出饌米，防止官吏冒支。而後來多位以直言著稱的言官也是徐階擔任祭酒時的門生，例如楊繼盛，還被徐階稱為一名奇才，只是缺少指引。

碾轉六部

嘉靖二十三年十一月，徐階就因為政績突出晉升禮部右侍郎，在短短一個多月後又轉為吏部左侍郎。當時徐階即刻在牆上寫說他二十一歲及第四十三歲就輔佐天官，是國家厚恩所致。在任期間，徐階沒有選擇守循默輒，而是鼓勵做官廉潔，並一改吏部以前的風氣，折節下之，向下官詢問邊備、吏治，受到了很多官員的愛戴，也因此深得時任吏部尚書的熊浹的信任。在嘉靖二十四年三月，徐階和熊浹以及都察院左都御史周用等一同考察下級官員，他們按例先自辭然後嘉靖下旨告訴說要悉心考察。後來熊浹因為直言上諫被罷官，嘉靖二十四年十二月，徐階由右侍郎晉為左侍郎，原來在刑部的韓邦奇成為他的副手。而後繼任本部尚書的唐龍、費采、周用依舊非常器重徐階，但因為年老多病，徐階多次奉旨掌管吏部。期間有很多人賄賂徐階，都被他所拒絕，而後來徐階推薦的宋景、張岳等人都是天下信服可以承擔重任的大臣。
嘉靖二十五年七月，由於吏選存在的問題，唐龍被以年老體弱的理由奪吏部尚書一職，徐階作為屬官也被治罪，他雖然官職不變，但是俸祿被降了兩級。八月時徐階按照禮制陪祭帝社稷，而後徐階便負責確定大選具體方法，先廢除以前用品階、資歷的複雜排行，後又為所有人分了等級，上、中、下各填己卷，這樣一來省去了很多力氣，受到了大家的稱讚。嘉靖二十六年，周用去世，聞淵頂替成為吏部尚書，六月份和徐階一同配祭帝社稷，後來聞淵以前輩的身份非常獨斷，徐階因此十分不樂，上奏請避。隨後徐階成功從吏部抽身，被召兼任翰林院學士，教導包括張居正在內的諸位庶吉士。八月時，徐階因三品滿三年，他的兒子徐璠被進為國子生。
緊接著在嘉靖二十七年二月，徐階被命掌管翰林院，八月份，徐階和歐陽德、聞淵等祭歷代帝王廟。嘉靖二十八年正月時因嚴嵩請簡大臣協輔，於是吏部於二月份廷推聞淵、張治、韓邦齊、歐陽德、李本以及徐階，嘉靖以「治本」為由，直接選取張治、李本二人入閣，而徐階則在數日後就接替孫承恩成為禮部尚書。當時徐階和諸位同僚為嚴嵩少師大學士像寫讚詞，他著重稱讚了嚴嵩的德行，認為無人可比。

執掌禮部

三月時，莊敬太子朱載壑行冠禮，徐階身為禮部尚書負責宣讀敕戒。但是太子僅僅過了兩天以後就死了，徐階先是要捧以太子諡為莊敬之冊並令禮部頒示天下，隨後又要負責率領禮部草擬葬禮儀注。徐階以杜預所撰《通典》，向嘉靖說明太子雖然還是殤年，但是他已經冊立許久並且有監國過，因此百官需要服期儀。嚴嵩卻以嘉靖所下旨意所說「百官服制可無」為由，令百官穿青衣角帶，被徐階強烈反對。徐階認為以素衣去哭喪，以前從未有過記載，現在又沒有明確旨意，誰敢擅自做這樣的事；他自己寧可遵守禮制而被懲罰也不敢為了避免罪責而破壞禮制。於是在哭臨之時，有宦官回報嘉靖，嘉靖遂下令所有人改為衰服。
很快，徐階就奉命成為《大明會典》副總裁，早在嘉靖八年，還是翰林院編修的徐階就被徵用為以楊一清為總裁的《大明會典》的纂修官，這一次他用楊一清自嘉靖八年寫到嘉靖二十三年的初稿和諸司新事例共易四稿，直到嘉靖二十九年五月時完成一百二十卷的會典並被徐階親手奉予嘉靖過目，不過嘉靖重修大明會典最後並未刊行，直到萬曆十五年以申時行為總裁的萬曆重修會典共二百二十八卷最終刊行。王世貞後來如是說徐階所修會典：「創義例，摯綱領，井然一代程書。」，給予了非常高的評價。

入直

嘉靖二十八年六月，由於徐階擅長寫青詞，受到了嘉靖的寵信，被嘉靖召直無逸殿，賜飛魚服給他和大學士張治、李本，徐階入直後除了寫青詞外整頓了供奉在內殿的太醫選拔制度-他上奏報告了御醫吳夢龍尸位素餐，私自回鄉，提出在宮內的醫士大部分都是恩例進來，不遵守禮部三年考選的規定。他又請求對禮部和太醫院對選拔和考察過程進行改動，把所有醫士分為三等，只有最上等的才能留在內殿，其餘的送入供奉，並讓太醫院派遣堂官監督讓他們不輕易逃職，如果有病而無法一直供職的需要報備。嘉靖下旨同意，於是在奏疏中提到的吳夢龍等人都被革職，經過徐階進一步調查，沒有考試的醫士侯時泰等二十四人也被去職並問罪。八月下旬，隰川王朱俊柏隱匿應該一百三十餘沒有受名封婚祿的宗室子女，徐階上疏參奏，讓山西撫按嚴督查對。九月下旬，徐階被會推頂替因聞淵下位而空出來的禮部尚書，但是由於嘉靖認為徐階小心恭謹，非常親近他，以不能外遷為由轉而任命夏邦謨。
十月時應天鄉試，徐璠請人替他考試被萬文彩、楊順、張鑒引以為由上疏請求罷免徐階，徐階便上疏自請去職，但是被嘉靖以徐階供於左右不知道千里以外兒子犯法，所以讓徐階繼續安心做事。次年四月，禮部上疏說長久不下雨，請皇帝去郊祭，徐階被派遣於西郊身著青衣角帶行禮。而徐階這時候也為聶豹伸冤，認為起初因夏言而被除職的聶豹「才大可用」，聶豹得以重新進入朝廷，成為右僉都御史、巡撫順天，隨後在庚戌之變爆發的時候聶豹改職為兵部右侍郎，在庚戌之變時功績突出，為徐階帶來很多幫助，徐階在事變後也上疏推薦了聶豹，認為可以用他替換那些不任事的內外臣工。

庚戌之變

嘉靖二十九年八月初四，逢萬壽節，嘉靖加恩諸臣，嚴嵩為上柱國、徐階也被晉為太子少保。徐階隨後提出京城軍隊久不操練，對其稍有了解的敵人都能迅速擊敗京營部隊，因此需要釋放有威望的將領並儘快集結勤王部隊反擊。八月十七日，俺答主力已經入寇通州，徐階連上《御虜條宜》、《請還大內並召見大臣計議邊事》、《答邊事諭》疏，被嘉靖所採納；更於三天後的二十日，徐階又上《請巡視九門》疏，認為儘管已經有大臣被派去巡城，城守的器械依舊沒有充分準備，軍士非常散漫，因此以禮部尚書的身份自請巡城。於是嘉靖下旨要求徐階傳諭九門守將說雖然敵軍還未臨城，但是要注意城防，按時開關城門，不要玩忽職守。不過就在次日，俺答就已經攻到北京城下並要求大明朝貢，於是嘉靖詔嚴嵩、徐階和李本三人於西苑商議對策。嚴嵩試圖安穩帝心，解釋說俺答只是來搶食的，被徐階舉出敵軍殺人放火的事情頂了回去；而後嘉靖又問貢書的事情，嚴嵩推脫說是禮部的事，徐階因此直言說局勢危急，城內守軍沒有實力主動反擊，不適宜在這個時候激怒敵軍，最好拖延時間並靜等援軍到來，提出用貢書沒有用漢文書寫為由達成這個目的，此計被嘉靖所採納；嚴嵩也順勢請嘉靖臨朝，安穩民心。
第二天，徐階召集諸臣商議對策，還沒取得共識國子司業趙貞吉就直接上言說現在最重要的是沈束、周尚文之案，監視這次議會的人回報嘉靖後嘉靖非常滿意，命趙貞吉和錦衣衛一同去激勵軍心。數日後，徐階以禮部名義和諸臣正式上奏，貫徹執行拖延時間的計策，同時嘉靖下旨要求邊軍快速回援。徐階後來在和友人書信時認為由於當時當路者無遠見，所以無人體會他行為背後的意義，而在進策的時候因對當事者有所刺譏，間接的和嚴嵩以前的言論所針鋒，使得嚴嵩對徐階多加忌恨並因以前夏言簡拔、嘉靖對徐階的重視而決定壓制徐階。徐階在庚戌之變中的表現被眾多史家所稱讚，稱在京城的經略多賴於徐階，認為很多事上可以效法徐階之策。在庚戌之變結束後，徐階試圖增強京軍戰鬥力的同時減少軍費開支，他提出撤回一些不必要的京操班軍，這樣一來就可省去大量人力、物力。

孝烈祔廟

不久後的十月二十日，禮部集議孝烈皇后方氏祔廟事，經過會議，禮部上疏認為還是最好安放在慈孝獻皇后之側，遵崇禮制。徐階堅持嚴嵩一年前所提「陰不可當陽位」的奏議，除給事中楊思忠外無人敢附言徐階。當時嘉靖派去旁聽的人回去將事情經過報告給嘉靖後，嘉靖看到了徐階的密疏一封，繼續請求將方皇后祔於獻後之側，於是嘉靖在密疏上直接批寫：「你每懷二心牢至於今」，令禮部再議。徐階在次日的集議上再次上疏，用詞更加委婉，提出太廟九室已滿，先在太廟及奉先殿各贈二室，然後再升祔孝烈。嘉靖大怒，下旨責問說徐階要履行臣子之義，就應該請祔於仁宗。徐階和楊思忠在這樣的情況下無法再堅持之前言論，但是天下人都知道他們說的才是正禮。不過徐階依舊因為奉迎嘉靖，同時避免和嚴嵩有所衝突，在嘉靖怒火消後被進為少保，兼領文淵閣大學士，參預機務。

入閣

嘉靖三十一年三月，時年五十歲的徐階終於入閣，本官晉為東閣大學士，依舊掌管禮部諸事並參預機務，於是徐階在初十便上《謝入閣疏》以一句自謙「伏願因愚臣之不足任，益舉群策而用厥中，念人才之難求全，姑取所長而衿其短」感謝世宗的提拔。八月，徐階在仇鸞病死後密疏說仇鸞通虜誤國，嘉靖非常憤怒，令人劈開他的棺材把他的頭割下來巡視九邊。而因仇鸞被逐出西苑的嚴嵩也得以重新入直西苑，後來他一次半夜扶床嘆息，自認比徐階大兩紀但是智慧遠遠不及，和徐階的關係更加緩和。月余，歐陽德取代徐階成為禮部尚書，徐階也得以專注閣事。

建儲

徐階在太子去世僅僅四個月後的嘉靖二十八年七月九日就上《請冊立東宮》疏請嘉靖冊立新的太子，他認為只有太子之位定下來後，國本才會安穩，天下臣民也就可以安心。但是嘉靖並沒有做出任何反應，徐階連接在嘉靖二十九年正月二十一日上《再請冊立東宮》疏、嘉靖三十年二月初一上《三請冊立東宮》疏，再次請求冊立太子，在三道奏疏中都提出了朝廷只有在太子之位穩定下來後才有一個可以共同發展的方向，而根據歷朝的慣例，本部理應以百官勛貴題名共同陳情請立太子，並又說現在天下最重要的問題就是建儲，如果這件事解決了是天下臣民之幸。然而嘉靖依舊沒有反應，將前兩道奏疏都留中不發，只在第三疏後題說「知道了。」；他又聽了陶仲文所說二龍不能相見的理論後，並以此為由拒絕冊立太子。徐階等到嘉靖三十一年又上《四請冊立東宮》疏請求建儲，時任首輔的嚴嵩也罕見的附和了徐階的奏議，都希望嘉靖儘早建儲。卻不想在裕王、景王分別要進行婚禮，在禮制區分上爭議時嘉靖下旨要求「二王同體」，反對徐階所說東宮及諸王有別的禮制。歐陽德接替徐階為禮部尚書時，二王依舊在京城內居住，沒有建儲，徐階卻因為楊繼盛之案不得不暫時放棄勸說嘉靖建儲。

救諸言臣

嘉靖三十二年，由於針對庚戌之變及倭寇的嚴重失策，嚴嵩被外廷大量彈劾，嚴嵩利用嘉靖對外廷報復時，時任次輔的徐階多次上言求情。但是原先身為其門生的楊繼盛沒有了解到具體情況，他對徐階的不作為越發失望，認為雖然徐階有嘉靖知遇之情，但是屈服於嚴嵩的積威，不敢正面對抗。嚴嵩在注意徐階的動作後開始猜疑徐階，把矛頭也指向徐階。同時擔任禮部尚書的孫承恩因不願意迎合嘉靖佩戴黃冠，上疏請致仕被准，徐階在送他回鄉的時候為他作序，在其中表示對於臣子而言，侍奉英主非常困難，並感嘆說孫承恩生逢其時，官做的非常通顯，致仕後可以在山水間遊玩，這樣的事情不容易達成，徐階當時透露出他羨慕孫承恩可以早早擺脫政壇，而他還要繼續事嘉靖這位英主。
嘉靖三十三年八月，徐階以一品考滿三年，被進為柱國、太子太傅、武英殿大學士、兼領吏部尚書；與此同時嚴世蕃也以工部右侍郎掌部事，雙方的矛盾越發嚴重。嘉靖三十四年，楊繼盛上疏直言頂撞嚴嵩，將他斥為小人，而嚴嵩就開始懷疑是徐階的指使；徐階另一方面在看到奏疏後認為，當時並不是沒有人才，而是由於賄賂盛行導致功罪不明，賢否倒置，沒人想要為朝廷效力，問題的根本是在廟堂之上，而不是各個機構。接著趙錦、王宗茂也連接上疏彈劾，徐階依舊尚書請求減輕對他們的處罰。嚴嵩以楊繼盛奏疏中提到二王為引，想讓陸炳興大獄深究，徐階卻以這樣下去會遭致不忍處置二王的嘉靖把怒火發在左右近臣為由威脅嚴嵩。但是嚴嵩並不動搖，發動刑部治楊繼盛「詐傳親王令旨」罪，最後徐階也無能為力，刑部唯一提出反對意見的史朝賓最後也被謫官。嘉靖三十四年十月，楊繼盛最終被害，徐階在楊繼盛的墓志銘中提到自他以後"君子小人者可以鑒矣"。
嘉靖三十五年六月，徐階以一品考滿六年，被賜予寶鈔和羊酒。吏部按照慣例上疏為徐階請加少傅，但是徐階堅持不要，轉而恩蔭徐琨為中書舍人、徐琳為官生。但是就在兩年後，時稱戊午三子的吳時來、張翀、董傳策一同上疏彈劾嚴嵩，其中吳時來、張翀都是徐階所主禮癸丑科進士，吳時來更是在嘉靖三十三年身為松江府推官和倭寇作戰被徐階予以極高的評價。而嚴嵩便也以他們背後有主使者的理由將三人下獄拷問，有很多後代的學者也認為這次事件有徐階在幕後的操縱，如蘇均煒先生所說：「他的門生吳時來、張翀、鄉人董傳策，同日分別上疏劾嵩，不能不讓人懷疑是他爭取主動的一個要著」。後來三人在牢里均沒有開口，沒有辦法之下只能流放他們去邊境戍守。徐階那時候卻也自身危難，被外廷寄予厚望的他儘管也想救眾多被害的大臣，但是又怕觸犯嘉靖忌諱從而導致嚴嵩得逞。因此他不但無法幫助三人，在這一事件爆發後甚至不得不更加謹慎，至於稱病謝客。徐階當時和好幾位好友的書信中都提到了在越中四諫、戊午三子相繼上疏後，他和嚴嵩的關係已經無法調和，更是觸怒聖上，內憂外患，連續數月「臥不貼席」。直到嘉靖三十八年五月初三，因一品考滿九年，徐階本官被改為吏部尚書，重新執掌吏部。
嘉靖三十九年，世宗加恩於諸臣，徐階兼為太子太師。兩個月後，春坊中允郭希顏所上《安儲之疏》被嘉靖採納，但是國本之爭越發嚴重。冬天的時候，因為灤河事變而被抓住把柄的王忬被嚴嵩稍加挑撥便被害死，後徐階以秦檜殺岳飛來比喻這一事件。隨後在復書王輿齡時提到現在大家都老了但是問題依舊沒有解決，不根除在政府內部的禍患，僅僅一直在那裡修剪枝葉，問題一直會出現，聶豹等人離開朝廷後我黨（心學）也越發孤獨，不去除嚴嵩就沒法擺脫。嘉靖四十年五月，由於旱災，御史唐繼祿上疏彈劾部院諸官，得到了嘉靖的關注後，嚴嵩和徐階都不得不上疏請退，而徐階也不得不等此事過去，尋求更好的時機對付嚴嵩。

重建永壽宮

嘉靖四十年十一月，西苑永壽宮火災，因此嘉靖不得不搬離到玉熙殿，但是空間非常狹小，嘉靖想要新的居所。當時便有人主張可以住在大內，不但節省工費，環境也更好。於是嘉靖詔嚴嵩討論計策，嚴嵩提議要嘉靖住在南宮，而由於南宮是土木堡之變後英宗被囚困之所，嘉靖十分不悅；他轉而問徐階，徐階堅持嘉靖最好住在新的宮殿中，並提議用三殿留下的木石，並請工部尚書雷禮監督，防止中官侵冒。這樣一來工程雖然規模浩大，但是「未嘗加派天下一錢」，嘉靖心動之下指派徐階和他的兒子徐璠負責這次復建工程，並再次搬遷居所至玄都殿。沈德符認為嚴嵩一生逢迎嘉靖旨意，而這一次事件里的反應不合嘉靖之意，所以嚴嵩失去了聖眷，徐階相應受到的關注更多。而嚴嵩也因此在和雷禮評價徐階的時候遷怒於雷禮，進一步和外廷交惡。但是嚴嵩非常驚懼，率全家人跪拜徐階，並對徐階說：「嵩旦夕且死，此曹惟公哺之。」，徐階回應說不敢。經過三個月的工程，嘉靖住進了新完成的萬壽宮，順勢晉徐階為少師，他的兒子徐璠更是直接升為太常少卿，一時間嚴嵩的勢力越發屈服。如此以後，徐階的很多同僚都來為他慶賀，其中胡松在給徐階的書信中提到說徐階胸襟開闊，對人大度，令他十分敬佩。但是不想徐階回信的時候說他不值得如此誇獎，在之前十年內他只是在嚴嵩的勢力下忍恥含詬，不如同胡所說是在淺用神化。在重建永壽宮的同時，徐階和雷禮都被命為嘉靖四十一年三月的廷試讀卷，但是雷禮因為督工而沒有參加。嚴嵩在看見徐階此間非常有權謀手段，越發受到嘉靖器重後，希望通過結親減少雙方的摩擦，於是他以自己的孫子配以徐階的孫女。

嚴嵩下台

嚴嵩的兒子嚴世蕃行為在嚴嵩掌權後越發淫縱不忌，後來因道士藍道行進宮為嘉靖做法事，假裝上帝托話說嚴嵩父子弄權，於是嘉靖越來越疏遠嚴嵩。到後來有問題的時候如果是國家政事基本都詔徐階提問，只有在關於道術方面才會找嚴嵩。嘉靖四十一年四月，徐階一品十二年考滿，禮部本因預誥賜宴，但是被徐階辭掉。隨著徐階開始接觸更多事物，外廷大臣知道了後漸漸決定有所舉動，嚴嵩看議論紛紛，也試圖以顯擺御賜之物讓別人投鼠忌器。不過外廷並沒有動搖，隨後不久便以鄒應龍上疏開始，彈劾嚴世蕃及嚴嵩。嚴世蕃在鄒應龍上疏後也做出了相應的對策，他花了七萬兩銀賄賂宦官內侍，讓他們在宮內傳言說：鄒應龍之所以敢上疏彈劾嚴世蕃，都是因為藍道行暗中把箕仙的結果告訴了言官。因此藍道行被嘉靖下令逮捕到刑部進行審訊，嚴黨中人鄢懋卿和萬宷便在嚴世蕃的授意下，試圖以十二萬兩銀子讓藍道行攀扯徐階。而後來在暗中囑咐藍道行具體言辭時，藍道行大聲說御史彈劾貪官是其本職，他們要教他妄扯徐階毫無天理。門外的圍觀群眾都認為嚴黨所為很不公平。最終嚴嵩被勒令致仕，嚴世蕃被貶去守邊。儘管嚴嵩已經下台，但是由於內廷有傳言說嚴嵩會被召回，很多嚴黨官員經常手指一些言官說：「某當黜，某當下獄」，這導致了很多人十分驚懼，甚至還有人有時會嘩鬧說嚴嵩到了。而鄒應龍也因此在被遷官時不敢赴任，前去找徐階後徐階告訴他不需要擔心，鄒應龍這才安心上路。

爭議

根據《明史》、《名山藏》、《皇明輔世編》、《憲章外史續編》所記載，徐階因為知道世宗厭惡嚴世蕃，於是趁機指使鄒應龍上疏彈劾；在《國榷》、《明通鑑》、《明史紀事本末》、《嘉靖以來首輔傳》、《皇明永陵編年信史》中記載為鄒應龍因為其他原因所發起的。《明實錄》中僅僅記載鄒應龍彈劾而沒有寫其背後的動機，而很多學者遵循《明史》的記載，相信徐階是幕後的指使者；同時也有學者提出反對意見，如姜德成先生所說：「夜半邀遣鄒應龍馳疏搶攻，均屬險招，顯然不符合徐階的作風。」

重修承天大志

嘉靖十九年十一月，時任承天府知府的吳惺上疏請求修撰《承天府志》一書，嘉靖當時為獻宗造勢，同意撰寫此書，並由上疏請求的工部尚書顧璘總理，以顏木、王廷陳等人撰寫，於嘉靖二十一年完成，但是嘉靖覺得寫得不好，很不高興，以體裁不合要求為由轉而讓給禮部編修。直到嘉靖四十一年時，給事中邱岳上疏請求重修《承天府志》，於是徐階被任命為總裁。當時朝廷中傳言說此書寫好後參與者會有超常的擢升，導致了很多大臣都想參與進來，這也使得徐階和袁煒之間發生了很多矛盾。等到《承天府志》寫完呈上後，儘管嘉靖非常高興，然而除了邱岳升為禮部右侍郎，其他人都沒有任何封賞；而《承天府志》則被嘉靖親自命名為《承天大志》。

晉首輔

在嚴嵩下台後，徐階和袁煒上疏請求增加閣臣，嘉靖不太愉快，下諭讓他們自己推薦想要輔政的臣子；不久再諭說因起用嚴嵩導致他家中無主，兒子犯事牽累到他，讓徐階等人三思，隱晦指出他不想讓徐階入西苑直廬。徐階很快進言解釋說雖然嚴世蕃在外無惡不作是嚴嵩入直所導致，但是嚴嵩非常寵愛嚴世蕃，甚至連政務都對他言聽計從，這樣縱使他在家也無法減弱其子的驕縱。嘉靖聽後「大悟」，賜原來嚴嵩住的直廬給他，徐階正式成為內閣首輔，他這才稍稍心安。徐階又上疏請求嘉靖欽定閣臣，但是嘉靖用嚴嵩為例子託詞說自己不了解百官，理應廷推。徐階奏對回答說並非嚴嵩沒有才能，只是由於權勢才恃寵而驕，他又進一步勸說嘉靖要廣納言，再次用嚴嵩為例，說這樣行事窮凶極惡、深情隱匿自會有人告發，在宮中也可以了解天下大事。
嘉靖儘管暫時認同了徐階的言論，但是他依舊不放心徐階是否如同嚴嵩一般樂意侍奉玄道，於是在表面上下諭說想要傳位給裕王，說自己想要退居西苑，觀測諸臣的反應。徐階會意後上疏先說不可退位，又附和嘉靖意志表示可以輔佐君上一同闡玄修仙，嘉靖這才作罷並在最後的諭旨中提出了再有敢如同鄒應龍一般上奏說嚴嵩事的一律俱斬。

整頓吏治

徐階在這不久後題寫了三句話：「以威福還主上，以政務還諸司，以用舍刑賞還公論。」，他把這三句話掛在直廬牆壁上，成為他後來行政的主旨，希望阻絕首輔專制，皇帝無法得到更多信息的舊態。早在嚴嵩剛剛下台的時候，徐階為不使得首輔繼續保持嘉靖口中「雖無相名，實有相職」的專制權力，他於嘉靖四十一年五月二十七日上疏請求和袁煒一同票擬所有事宜，這樣一來，「每事必公擬，庶臣宿心克副，而亦可永杜弊源也」。與此同時，一方面因為張璁、嚴嵩的事情，嘉靖對言官非常不喜，認為他們總是抨擊過當，於是徐階委婉開導，想讓嘉靖廣開言路，對外廷的敵意儘量減少，並以「大奸似忠，大詐似信，惟廣聽納，則窮凶極惡，人為我攖之，深情隱慝，人為我發之。故聖帝明王，有言必察，即不實，小者置之，大則薄責而容之，以鼓來者」勸服了嘉靖多加採納言官的奏報；另一方面，徐階覺得身為臣子，為政要有信於天下，用了伊尹的無私無利為例子，解釋說當如君子一樣心存道義，因此哪怕伊尹放逐過君主又還政給他，大家依舊信任他；徐階還認為為政要「盡心」，盡心對待人民，不因為虛名才展現仁義。在徐階的心中，朝廷貪官橫行導致了吏治敗壞，而個中最根本的原因還是由於士習不端，他說當時的士大夫好的在談論玄理，而差的就為自身利益奔走貪瀆。所以徐階在嚴嵩走後，獲取嘉靖的信任之後，一邊肅清殘留的嚴黨，同時又開始整治吏治。王世貞後來也描述說徐階上台後使得本來權勢滔天的緹騎十去其九，使得直言者不用擔心因為一語不當就鋃鐺入獄。八月，由於三殿受災，嘉靖想要重錄《永樂大典》，下內閣討論，最後徐階上疏說可以在秋後進行校理、分錄，並在他的推薦下由時任禮部左侍郎的高拱為總校官、右中允張居正為修撰。
嘉靖四十二年十一月十七日，徐階上疏請求改變吏部舊弊，惟才是用。徐階為存在的問題提出兩個結論，一是尊主權，每次下旨後很多人陽奉陰違，最後功罪難定，還有人貪饋肆行，都是由於皇帝主權不尊的後果；二是定國是，很多人利用文章掩蓋自己的能力不足，這樣使得有才的人無法被擢升，因此需要改進國家制度讓可以體恤人民的官員上任。嘉靖當天就立刻答回覺得徐階說的很對，同意說現在由於王言不重，很多官員就非常恣放，徐階順勢又上奏說重中之重是杜絕貪髒。於是在七月時，嘉靖下諭給徐階，覺得欺謗、貪肆的官員太多，不把祖宗法度放在眼裡，並覺得冢宰應該為此負責，於是徐階告訴了時任吏部尚書的嚴訥，嚴訥趕緊上疏，提出讓各地撫按官員加緊巡查，上報所有不法事。後來嚴訥將那些政績優異的州縣官員破格提升，使得朝廷效率高了很多，嚴訥也將他可以如此成功歸功於徐階，認為在徐階執掌朝政的這段時間，不為他做事設置阻礙，任命的大臣也很有才賢。在這樣的背景下，時任刑科給事中的陳瓚上疏請求恢復那些因為直言而被廢斥的官員，平反各種冤獄。儘管徐階因陳瓚為他出了很多計畫，非常重視陳瓚，可惜嘉靖在看到奏疏後大怒，將陳瓚除名。

嚴世蕃授首

嘉靖四十三年八月，在萬壽節時徐階晉為建極殿大學士，連帶徐琨為尚寶司少卿。十一月，林潤彈劾嚴世蕃和羅文龍，說他們有不臣之志，已經擁有四千部眾，連路上行人都在討論這兩人要伙通倭寇，嘉靖下旨要求林潤押解兩人入京審問。次年徐階因一品考滿十五年，賜勛上柱國並恩蔭一子為尚寶司丞，祖上三代更是被封誥命，但是徐階堅持不要上柱國，被禮部以部宴和金幣為補償，後來循例請退被嘉靖留下，賜以蟒衣。隨後刑部尚書黃光升、左都御史張永明、大理寺卿張守直等大臣因林潤害怕被報復，挺身彈劾嚴世蕃。奏疏一上，嘉靖如他們所料非常憤怒，下令把嚴世蕃打入牢獄審判。嚴世蕃在得知奏疏內容後反而大喜，和嚴黨諸臣說：「任他燎原火，自有倒海水」。不久後黃光升拿著已經寫好的判詞請徐階評閱，徐階看完後問他們，他們覺得嚴世蕃到底應當生還是死，大臣都回應說必須要他死，嚴世蕃死不足贖！徐階這才說要將嚴世蕃害死楊繼盛、沈煉的罪名隱去，他解釋說楊繼盛、沈煉的案子是由嘉靖親自下旨判決，嚴嵩奉旨執行的，嘉靖肯定不想把這罪名引到自己身上，一看到這條必然會懷疑三法司想要藉助嚴氏把罪名推給他，定然會非常憤怒，這樣一來涉事的大臣沒有一個可以逃脫，嚴世蕃反而可以以此脫身而去。而後諸臣認為如果時間拖晚了就容易泄漏這段秘談，請徐階幫忙修改狀詞，在徐階謝讓的時候一起再請，於是徐階將他早已擬好的一篇拿出來，在大家都看過一遍後令書吏正式抄寫下來並直接封印。這一切做完後嚴世蕃毫不知情，大家便將徐階所改的奏疏呈上，列舉嚴世蕃和羅文龍私通倭寇、外投日本、欲與蒙古內外相應之罪。嘉靖便下令說這樣的事要都察院、大理寺和錦衣衛一同查明，有實證後再上報。徐階接令出宮後向聚在門外的法司官員稍微問了兩句情況就立刻回到了他家中再寫一疏，說所有事情都已經勘實，嚴世蕃依舊被隱瞞過去。直到奏疏上去後嚴世蕃才得知，驚詫的感嘆說：「必死矣」，果然嘉靖下旨斬嚴世蕃、羅文龍。三月時林潤攜嚴世蕃羅文龍抵達京城，立刻以謀叛罪判他們在西市處斬，同時借沒嚴家家產。

奏止方士

嘉靖四十三年，御史姜儆、王大任巡視諸道，於十月為嘉靖帶回劉文彬等方士，但是嘉靖並未服食兩個方士進獻的丹藥，他在十月十六日密諭徐階，說所進獻藥貼上寫著「先天水銀」，問他們是什麼東西、如何做成，均未回答，想要徐階幫忙詢問解釋。徐階後回奏先說在《道德經》、《悟真篇》等經疏都沒有提及所謂「義理工夫」；又說他沒聽說過這些進獻者修性命，更加不通藥理；他希望嘉靖不要輕易服食這些藥物，這是天下之幸。緊接著在嘉靖四十四年五月，原先以奸欺之罪回籍的胡大順偽造《萬壽金書》，令何廷玉托藍田玉的門路進獻《萬壽金書》和他詐稱「大順三神丸」的丹藥。藍田玉看嘉靖正在考慮是否召胡大順入京，直接騙說有聖旨並直接接胡大順入京，讓他在宮內供奉。但是嘉靖依舊無法決定是否留下胡大順，密諭徐階詢問對策，在諭中說儘管胡大順改名後再次回京，卻是因為他垂問因而藍田玉、羅萬象將他喚來，不知是否任用。徐階回奏說此類方士都是敗類，藍田玉、胡大順等人不畏懼法度，從這次擅自喚人入京就可以類推；又說皇宮紛亂的原由不是因為之前嘉靖所說的藍道行下獄，只要用法治治理就可以了。嘉靖看到回奏後恍然大悟，再次密諭徐階，表示了自己又看到的幾處疑點，說這些人不懲治就無法戒告後來者，並詢問徐階說具體如何處置。經過多次討論，在徐階對這些人所造成的危害一一刨析後，嘉靖終於下定決心，將胡大順打入大獄，不久就將藍田玉、羅萬象、胡大順還有一同供奉的太監趙楹一體斬決。

填補內閣

嘉靖晚年時，內閣成員稀少，等到嚴嵩罷相下台後，僅存二三人。而徐階則在成為首輔後致力於增補內閣成員，早在嘉靖四十二年正月，徐階就上疏請求要增補內閣人員，並認為廷推選人不合適；嘉靖卻認為廷推職同丞相的內閣成員是必須要的，但是在徐階的勸說下放棄了廷推之事。而由於在嘉靖四十四年三月十四日袁煒因病不得不退出內閣，徐階上疏請求嘉靖增補閣臣，他更是解釋說在前幾位皇帝時就有三四位閣臣，所有事情都可以商榷，不至於被一人所專斷，增補幾位廉靜平實的閣臣可以有效防止如同夏言、嚴嵩一般獨斷專權。嘉靖在經過徐階連接多次的奏對後才在四月份選擇嚴訥、李春芳入閣，依舊以徐階為首輔。
而後千步廓就因失火，各類奏疏底本毀於一旦，嘉靖當時很憤怒、惋惜，問時侍於西苑的徐階說：「（這樣一來）以後要編撰史書，用什麼來作為憑證呢？」。徐階為安撫嘉靖，奏對說那些緊要的奏疏共十三萬兩千本都在六科廓內，儲存在千步廓的都是無用故紙，正好付之一炬。據沈德符的言論，就算是這些奏疏也經常被外借而不歸還，是下一個文淵閣存書而已。而

勸阻南幸

嘉靖四十五年二月八日，徐階呈上《承天大志》成稿，請嘉靖批示，但是就在十二日，嘉靖突然密諭徐階，說他覺得一病十四個月，藉此次《承天大志》修成親幸承天取藥可以減輕病痛，期間免朝。徐階接到諭旨後立即回復想要勸阻嘉靖的這個想法，他說路途遙遠，已經十四個月都未痊癒更加應該靜養，而取藥只需要排遣當地官員取來就好。嘉靖並不理會徐階的奏對，反而命已經升任工部尚書的張守直以及太監袁亨於承天督工建造宮殿等建築，錦衣衛緹騎都被派了出去。等到十六日，嘉靖下諭表明了自己堅持要南幸，認為自己不會有問題。徐階聽說後第二次上疏反對南幸，在其中以嘉靖十八年時的南幸為例，表示這樣一路會勞民傷財；更是說現在京城兵力不足，戰力不強，認為嘉靖不應該離開京師；最後還舉出湖廣等地依舊有多兵荒，以前日湖廣巡按陳省所呈《告災傷疏》告誡嘉靖。最後嘉靖終於以防止有狡逆之徒趁機起事為由放棄南幸，明人吳伯與描述此事「禍患不可測」，在徐階成功勸阻嘉靖南幸後，大家都稱讚了嘉靖免除南幸會勞民傷財的仁明之舉。徐階也順勢在三月份再請增閣臣，選得郭朴、高拱入閣；而後嘉靖就說內閣政本只需要一人輪值，而徐階認為不能離開，高拱卻直言說徐階已老，他和李春芳、郭朴可以互相輪值，導致他和徐階的關係開始惡化。
半年後，承天府守備官員上疏請修宮殿，嘉靖順勢同意，徐階卻再次反對，連同李春芳上奏說湖廣遭受水災，無法擔負工料錢糧，需要先下工部詳查。於是嘉靖在九月二十二日詢問徐階戶部的統計結果，時任戶部尚書的高耀上疏說戶部的預算都有常數，這些民眾繳納的錢糧需要節愛。嘉靖非常不滿並又和徐階商議想要用工部所存錢糧來支付耗費，徐階即刻指出工部營繕司存銀只有八萬兩，認為就算工部出資也無法供應。直到十月十六日嘉靖才下諭停止承天的修繕，讓工匠都趕回京城。此事過後時任湖廣巡撫的楊豫孫向徐階恭賀，徐階也在回書中說他此次成功後「忻慰不可言」，在陳省和他的幫助下，減少了需要的一半力氣。明人黃景昉在《國史唯疑》中寫道其實嘉靖知道此二事非常難行，他久病不愈，故意想要測試諸臣忠心而已。

海瑞上疏

嘉靖四十五年十月，時任戶部主事的海瑞因嘉靖久不上朝、沉迷齋醮，獨自上《治安疏》，在疏中指出嘉靖把自己的才能都用在了沒有用的修道上面，對於國民困苦不聞不問；他又用賈誼和漢文帝的例子說儘管內外的臣子都知道皇帝的錯誤，但是都沒有盡到自己身為臣子提醒嘉靖的職責，這些人就是為了獻媚討好皇帝而已；海瑞更是用了「嘉靖者言家家皆淨而無財用也」這樣的一句話說明天下臣民對皇帝的失望。徐階在此疏中也被牽涉到並被指責說他掌權後政事相比之嚴嵩時候沒有區別，海瑞認為徐階沒有以天下為重，在社稷臣民需要依賴的時候沒有盡職。嘉靖看到《治安疏》以後非常憤怒，甚至把奏本摔到地上並想讓人直接逮捕、殺死海瑞，在聽說海瑞已經備好棺材後就只能先作罷，將奏疏留中數月。這段時間嘉靖還特意下諭於徐階，讓他暫住在南都理別殿用以避開海瑞。後來嘉靖生病，召徐階議事時又提到海瑞，不想讓海瑞在他病好以後還要詬病自己，就將海瑞下詔獄，讓錦衣衛嚴查。後來又將海瑞轉移到刑部繼續審問，而徐階為了保全海瑞，在擬罪時告訴法司諸臣說如果擬他從輕發落，嘉靖肯定會重處海瑞，只有擬重罪才有可能讓這件事情沉沒下去。徐階又上疏說皇帝聖明的話那麼臣子也會直言，儘管海瑞比較魯莽，殺了他反而成全了他直諫的名聲，不殺了他則也可以看到皇帝的心胸之廣。嘉靖一開始將此疏扔到地上，又撿起來再讀了一遍，並又讀了海瑞的奏疏，最後免除了海瑞的死罪。而嘉靖的確如同徐階之前所說的，將海瑞的奏疏繼續留中，留海瑞在獄中。明人朱國禎在《皇明大事記》中評論說當時大多人都說徐階本來想要殺死海瑞，幸賴嘉靖聖明沒有聽信；姜得成先生在《徐階與嘉隆政治》一書中探討了海瑞上疏一事，認同了朱國禎的評論。
在海瑞奏疏的刺激下，嘉靖在《治安疏》上呈於他被激怒後就密諭徐階說現在傳繼是第一重要的事情，想要內閣諸臣擬票執行，更是在諭中稱海瑞為「此物」。而徐階為了不使得內廷與外廷進一步混亂並保護海瑞，回奏嘉靖解釋說海瑞沒有任何要他傳繼的意思，並說諭中讓他們擬票的原本已經被封進，希望嘉靖再次裁定。很快嘉靖又下諭認為徐階如此包庇海瑞，如果不依照他最初的處理，這樣生病期間豈不是要受到這個「畜物」的肆言，因此嘉靖讓徐階再行計議。於是徐階再次回奏，重新強調了說海瑞之所以有這樣的言論還是因為依仗「聖主在上」。而嘉靖第三次下諭堅持傳繼時，徐階堅持否決傳繼之事，說這是「必不可行之事」，這才打消嘉靖的傳繼之思。

穆宗登基

嘉靖四十五年十二月十八日起，根據徐階所擬《勸進儀注》，群臣於十八日、十九日及二十日遵照遺詔三上勸進箋，勸裕王上位。二十一日由禮部上呈《登極儀注》，直到二十六日裕王正式登基，頒布《登極詔》，是為隆慶皇帝。

繼任首輔

明穆宗登基後，徐階依舊為內閣首輔，此時徐階的權力相比於前朝更大，後被高拱形容其職權「無所不兼」。很快徐階在二月份的時候就上疏請增閣臣，讓張居正、陳以勤入閣。隨後胡應嘉、岑用賓、李復聘、李貞元帶頭彈劾高拱，被誤以為是徐階之意，使得高拱和徐階的關係惡化。沒隔幾天，隆慶冊立皇后，以朱希忠為正使、徐階為副使，昭告天下，並以徐階是當初藩邸舊臣為由加恩他的兒子徐瑛為尚寶司少卿。

止幸舊邸

隆慶元年三月初，隆慶想要回他為裕王時舊邸，令孫斌傳旨說他準備在十二號去一趟，但是旨意下達後徐階即刻上疏想要隆慶呆在宮內，他解釋說由於隆慶「身承宗廟社稷之重」，需要遵循典章不輕易外出，因此除郊祭等大典外最好「尊御法宮」。第二天，隆慶繞過徐階下中旨給禮部，但是禮部官員也將此旨駁回，徐階知曉後再次上《請允禮部止幸舊邸》疏請求隆慶可以收回成命；在三月十二日，隆慶預定要回舊邸的那一天，徐階上第三疏《請允科道止幸舊邸疏》，以同樣的理由想要隆慶不要輕易外出。然而，隆慶最後依舊選擇幸臨舊邸，徐階等閣臣無法阻攔。

開經筵

徐階很快又上疏請求隆慶開始經筵日講，隆慶同意後後讓徐階和朱希忠一同知經筵事，於隆慶元年四月二十二日正式開始經筵。但是在時隔一個月後的五月二十一日，隆慶突然下旨說由於天氣炎熱，經筵和日講全部暫停，等到八月份再行議論。儘管李春芳遵從了聖旨所說，多位科給事中上疏請求隆慶延續經筵日講，當時告病在家的徐階在知道此事後上《請允科道奏開講讀》疏，在疏內提出儘管經筵可以暫時停止，但是日講最好不要停止，他解釋說科道官員是因為想要隆慶學習更多「聖學」，這才上疏。然而奏疏被送進去後石沉大海，隆慶對此沒有任何反應。直到六月九日，徐階再次上疏，拿何其鳴、張滷的奏疏為例提出繼續日講可以讓隆慶更好的施行國策。然而經過這一個月的僵持，隆慶最後沒有聽從徐階的建議，依舊罷去經筵。

高拱退任

徐階由於過度操勞，當時勞累時走路都需要人攙扶，早在四月初六不得不上《患病乞休》疏，請求致仕，卻被穆宗留下。僅僅月後，時任廣東道巡察御史的齊康彈劾徐階，在疏中他認為高拱被屢次彈劾都是徐階所指使，抨擊徐階專權誤國，阻攔世宗傳繼之事，新皇登基後又和李春芳互相助長聲勢。雖然隆慶聽後直接下旨指責說齊康在妄言並安撫徐階、李春芳，但是徐階在五月十八日依舊上《被論自陳》疏，就所言事一一解釋，舉例說明他位禮部尚書期間多次上疏請求立儲，更是說明他所做事都有存檔，只消請廠衛一探究竟，最後他又請求罷免自己和兒子以表清白。隆慶閱覽此疏後，派李一元、侯瓘、郭瑀前往徐階府中，宣旨說要徐階繼續工作，不得延誤；徐階卻借臥病不出，在兩天後上《再乞休》疏，此間說他自己根據齊康的言論罪有餘辜，希望可以辭官。而外廷藉此開始攻殲高拱所黨，時任大理寺丞的海瑞為徐階辯駁說徐階執政的時候憂勤國事；而齊康身為鷹犬，罪大惡極。六科給事中多有上疏請求責罰高拱、齊康，隆慶在外廷的壓力下，在徐階上《再乞休》疏同日將齊康貶官到外地，僅僅三天後又將高拱送還鄉里。儘管高拱已經退任在鄉，但是徐階依舊以身體為由於五月二十四日及二十六日上兩本奏疏請求致仕，皆被隆慶駁回，外廷百官也順勢上疏請留，迫使徐階再次復出。
這一事件最後被多人所職責，認為高拱淺衷狹量，甚至導致了後期高拱擔任首輔時盡反徐階隆慶初年的政事。

維護言官

隆慶元年六月，隆慶對徐階說儘管他登基以來徐階等人都有輔弼，但是近來科道官員一直「欺言」，於是讓徐階對此做出解釋。徐階在閣中接到諭旨後有人提出說隆慶用「詳處」二字，恐怕不能不給台諫官員降罪，卻被徐階駁回，在回復的奏疏中解釋說由於不能揣測皇帝的意思，所以會多有言過其實、不諳世事之奏，而後隆慶果然沒有因此降罪於任何人。但是在七月二日，時任御史的李惟觀便上疏以北京暴雨、宣大地震以及江南的水災為例認為隆慶此時不應該限制言官上奏；緊接著時任工科給事中的馮成能也以相同理由勸告隆慶，說言官諫言是十分重要的，而後經由徐階擬票平息了隆慶和外廷繼續追究的意願。
次年四月，宦官許義在宮外手持利刃嚇人財物，碰到時任巡視中城御史的李學道後甚至謾罵對方，李學道非常惱怒，並沒有等上朝時參奏便就地處罰鞭笞許義。後許義所黨都十分憤怒，到司禮監哭訴希望可以抓住李學道報復，徐階告訴他們說儘管李學道不知事理，但是中官私自出宮也是重罪，眾人聽後也暫時放棄繼續追究此事。然而在次日早朝，李學道就上疏參奏許義，激怒了那些宦官，在午門外被百餘宦官毆打。以王廷為首的一眾言官見此決定上奏糾問中官，卻被徐階以以前皇帝袒護宦官的理由而拖延。徐階後又讓人去問文書官尚文道他們司禮監現在又該如何做，尚文提出說只要徐階不偏袒外廷一方就行，卻被徐階嚇唬說這樣繼續發展下去會被皇帝重責於司禮監，因此需要先行奏報，在王廷等人奏上前參奏參與進去的那些宦官。而後太監滕詳按照徐階所言參奏給隆慶，許義等十二人被錦衣衛捉拿並在東上門外受杖刑並充軍，外廷因此士氣大振。

抑制中官

隆慶在早年多次在軍隊、地方啟用宦官，徐階並不贊同對中官過於放權，所以多次上疏阻止。隆慶元年七月，太和山提督中官呂詳因貪墨之罪被時任湖廣巡按御史的陳省彈劾，兵部在覆奏時更是提出要將中官分守地方的職權永遠裁革，並停止當地的貢品。在此疏通過後隆慶卻又下旨說要司禮監劉進去替代呂詳，卻又因歐陽一敬諫言再換另一監丞柳朝，因此徐階上《論太和山提督內臣敕書》疏勸阻隆慶，在奏疏內解釋說這本來是憲宗時候就有的舊制而且這些中官在地方會為害一方，民心不穩，希望隆慶可以撤回中官之職。最終隆慶被說服，按照憲宗朝制擬敕，令柳朝只能提督太和山關防而不再分守地方。
九月癸丑，隆慶下旨令中官呂用、高相、陶金坐營團營，儘管兵部尚書郭乾試圖上疏阻止，被隆慶以《大明會典》所載條例駁回。後以時巡視京營的兵科都給事中歐陽一敬為首的多位言官都上疏請求隆慶撤回成命，卻被他把本章都送到了內閣令徐階過覽。徐階了解此事後上《進擬科道諫止內臣坐營票貼》疏，在其中贊同了郭乾的提議，說團營本就沒有，嘉靖後來也取消了這一制度，希望隆慶可以效法太祖、先帝，撤回成命。隆慶接到奏疏後十分不悅，下諭指責徐階和言官都不尊上意，使得徐階不得不再上第二疏《繳內臣坐營諭》解釋說現在恢復三大營後事態良好，中官坐鎮團營則需要再次變更先帝的種種法規，最終說服隆慶罷去此念。
隆慶三年二月，隆慶派遣中官李佑前往蘇杭等地負責織造事物，儘管受到了工部和都察院的阻擾，卻依舊被執行。徐階在擬定敕書前再三警告李佑，告誡他不要爭利，在得到李佑的保證說他會將成品送到隆慶御前而不是通過織染局後，徐階才寫定了敕書交由李佑。

起復諫臣

由於嘉靖已經去世，徐階先是按照遺詔所寫起復了前朝因言獲罪的諸臣，將為諸臣平反而被除名的陳瓚引為吏部給事中，直接上疏為楊繼盛、羅洪先、楊最等人請恤，此舉得到了天下士子的稱讚。隆慶二年初，徐階引新科進士、翰林院編修黃鳳翔在內書堂教導宦官，他在《田亭草》中感嘆他在教習很久後才發現徐階對於當時宦官教育的貢獻巨大，在書內黃鳳翔提到徐階早在嘉靖四十四年時就開始改革對於宦官的教育，他認為以前教習宦官的都是已經有過多年經歷的人，門生過多，因此開始錄用新晉翰林教習宦官。徐階執政時期，為民辦了許多事，減輕百姓負擔，並著力糾正嚴嵩擔任首輔期間的亂政、怠政現象，朝野稱之為「名相」。

祭典之議

隆慶元年八月二十六日，隆慶下旨準備親自於天壽山進行秋祭，徐階得旨後並沒有執行，而是先上《止駕詣天壽山》疏勸阻隆慶。徐階在奏疏中解釋儘管隆慶是因「聖孝」才想親自去天壽山，但是天子之孝以社稷為重，這也是為什麼禮制規定天子親自去的只有太廟，山陵等之需要排遣官員就行；他還說宣大薊遼四鎮經常有警報，不適合天子外出。隆慶緊接著下旨讓徐階遵照之前的旨意執行，徐階便於次日再上疏繼續勸阻，他奏說邊報緊急，而且沿路百姓由於天災非常愁苦，如果隆慶一路走過去，難保沒有什麼意外。隆慶對此回應說他（徐階）接到聖旨就應該執行，為何還要有這樣的「煩言」，徐階不得不繼續回奏，引用了李世忠的回報，說喜峰口、古北口都有敵軍要犯，繼續勸說隆慶，隆慶最終放棄了在此時親去，說等事態平穩後再議。
在隆慶二年二月，隆慶決定親自去天壽山進行春祭，就在十三日，時臥病在家的徐階被催促跟隨前去，他更是被以「公獨能高臥不一，扈蹕奉俎豆於永陵之下乎？」所威脅，不得不在二十七日跟隨隆慶一同春祭。二十八日到達天壽山後，隆慶本來想要出齋宮觀看歷代陵墓的形勢，徐階在旁以旅途勞累為由繼續阻攔隆慶外出的念頭，使得隆慶最後祭典完成後才得以一觀。
在春祭結束後不久的三月十二日，隆慶因宦官提及南苑興盛，下諭要去其南海上林苑視察。諭旨下達內閣後被徐階留下，回奏說上林苑沒有視學耕籍相關的事物，不值得他去視察；又說才從祭典回來不久，不宜再次出行。然而隆慶並未理睬，在二十五日下中旨通知了各衙門。以吏部尚書楊博、監察御史郝傑為首的一眾官員都上疏請隆慶不要游幸，徐階也根據他們的奏疏寫了一篇奏疏呈上。卻不想內閣傳出說游觀南海子是祖宗故事，行宮也還在，不需要多言什麼。這引起了反對者的動搖，最後在傍晚奏疏才得以呈進。次日，隆慶起駕前往上林苑，到達後卻發現那裡一片莽荒，行宮治理不佳，也後悔來了，遂回程。而跟隨隆慶的徐階在路中因多有憤怒、慚愧之情，食不能咽，在歸還後便生病了。因此他不得不請假在家調理，在奏中本還請求致仕，然而隆慶下旨派遣太醫幫忙調養，並賜下不少酒肉，並婉言拒絕了徐階的辭呈。

致仕

隆慶二年二月四日，徐階一品考滿十八年，他順勢上疏請求致仕，在疏內說他已經六十六歲，精力衰竭，體弱多病，希望可以致仕，並「不惟輔弼重任不玷於非人」。兩天後，隆慶下旨說他九年再滿十分高興，不准辭職，還讓吏部繼續草擬徐階的恩典。徐階接到聖旨後又上《乞休並收回恩命》疏，說他這次歷滿九年並還有恩典的確不勝感激，然而他依舊年老體衰，最好請辭，吏部所擬的賞賜一概不要。隆慶以為徐階前一次奏疏只是因為循例上疏請求恩典，所以在徐階上第二疏的時候下旨垂問說已經讓吏部重加恩賚，為什麼還要繼續請辭。隨後他又下旨特為徐階的俸祿加到伯爵一級，蔭恩徐階的一位兒子為錦衣衛正千戶。在一個星期後被隆慶點為欽命九推大臣，但是徐階在數日後上了第三疏致仕，又被隆慶拒絕，還遣人送他一套大紅麒麟服及很多賞賜，並請他繼續輔理朝政。事後徐階則藉由自己生病的機會，繼續連上多道奏疏，想要致仕。
同年七月十四日，時任戶科左給事中的張齊上《邊事重大元輔不堪懇乞聖明大奮乾斷亟賜議處以保安宗社事》疏彈劾徐階，在疏內他舉出徐階早期支持嘉靖修道，然而在遺詔裡面歷數信道的過錯，和嚴嵩結親但是後來反而攻殲嚴家，這樣的徐階「為人臣不忠，與人交不信」。儘管隆慶隨即就將張齊貶官出京，徐階在七月十五日便上《被論乞休》疏，他在疏內借張齊所疏為由堅決請求致仕，但也在內詳細解釋了他被張齊所彈劾理由背後具體的原因。隆慶在猶豫兩日後徐階又上一疏請求致仕，他的辭呈被准許。此事在當時多有爭議，多人記載徐階的辭呈被同意是因為李芳的緣故。時任內官監太監的李芳和徐階曾有結怨，他早初想要找徐階的門路來當上司禮監太監，卻被徐階所拒絕；在徐階上疏前又有吳時來彈劾劉秉仁勾結內侍，這導致李芳誤以為徐階想要斬殺他這個被劉秉仁所稱讚的太監，由此更加怨恨。而在徐階上奏後張居正向李芳透露了徐階不想繼續任職，因而李芳藉此機會傳旨同意了徐階的辭呈。
諭旨下發後，內閣大學士張居正、李春芳等人上書想要穆宗挽留徐階，穆宗解釋徐階已經多次遞辭呈了，現在還照仿楊廷和舊事給予徐階了很多賞賜。吏部尚書楊博、兵部尚書霍冀等人也都上書請求將徐階留下，被穆宗留中。這時，都察院左都御史王廷上奏說張齊如此彈劾徐階的原因是因為他所勾結的鹽商賄賂徐階不成，利益收到損傷所致。穆宗很快下諭令將張齊下獄，並讓錦衣衛去進一步定罪，徐階因張齊所上的辭呈並沒有因此被駁回。直到隆慶四年，張居正向徐階致書，他在內向他老師說明了三件對不起徐階的罪過，分別是在高拱被罷官時不幫助座師、徐階致仕時也沒有幫忙表明老師的誠節及在此後的三年中也沒有為此表明清白。

自我評價

徐階在萬曆四年轉告王錫爵的書信內對他的政績進行了一番自我評論，他起頭便解釋了他之所以拒絕張四維為修《明世宗實錄》的訪問，是因為在此期間有很多難言甚至於不忍言之事。後他說嘉靖曾以為內閣閣臣無相名而有相道，他在內閣十七年，執掌朝政超過六年，對嘉靖惱怒、疑惑基本都可以轉移解救；對朝廷士人，哪怕在被嚴嵩所黷貸之後，也能變貪為廉，通過誠、正使得官吏服氣，能讓他們大多不再放縱肆擾各個機構。對內的九卿及都察院，他以謙虛的態度對待他們，讓他們各司其職；對外將帥他施以恩禮，使他們可以盡心守御。徐階說這些事情通過他的擬票、所寫詔敕還有奏對都可以看得出來，但是又有很多事情只是臨時謀劃，無法一一記住，也沒辦法寫下來。徐階認為他做的關係社稷的事情中最重要的是阻止了嘉靖南幸及保護穆宗，他覺得嘉靖父子之間的事情是不忍言之事，身為臣子需要仰護主上的盛美。

晚年

隆慶二年七月二十一日，徐階正式從京城出發回家，九月初四抵達華亭。後來隆慶下褒美之敕，徐階誦讀後感激涕下，謁祖塋後刻辭於石。十二月十四日為世宗祭日，徐階以素食竟日，這也成為他每年的習慣。徐階在回到華亭後主要以享受生活為主，很少再閱讀經籍，轉而和好友共同釣魚、詠詩。不久後由於長時間沒有居住於南方，水土不服而患腳疾，不得不稱病謝客，臥床在家聽晚輩誦讀詩文。在此期間，徐階的思想觀念多有轉變，他以孔孟程朱為例，認為將自己的著述流於後世比之官爵更加有價值。

退田案

隆慶三年六月，時任僉都御史的海瑞巡撫應天，在其任期內頒布了《督撫條約》，清查當地政務。徐家由於擁田眾多，海瑞清理土地的訴訟案件、勒令豪門大家清退田土時他們也受到了極大的影響。徐階在了解到海瑞的施政意圖後，他先是致書時為松江知府的衷貞吉，指出海瑞儘管為人民著想非常懇切，根據新法這樣下來奸民就會坑害富戶，並又向衷貞吉提議了一種新的借貸辦法，認為這個方法可以一舉兩得使得「庶恤貧安富」。徐階同時也支持海瑞當時的政策，即刻退還家族名下部分田地，是當地最早退田的人家之一。海瑞後再次復書徐階，認為徐家還需要清退更多土地。時任內閣首輔的李春芳也致書海瑞，卻不想海瑞堅持要徐階繼續清退土地，他在回復的書信內例舉了徐階以前在當地針對水災等事的功勞，說為了徐階「百年後得安靜」，最好清退一半的土地，以免「群小」的騷擾。徐府此時也因大量訴訟者而被煩擾不堪。後來給事中戴鳳祥等人也上疏彈劾海瑞，戴鳳翔在疏內認為海瑞「魚肉縉紳」，儘管有為國為民之心，但是做事太過急躁。最後海瑞被罷免。

爭議

徐家在海瑞就任時所擁有的土地數目有多種記載，少則二、三萬畝，多則四、五十萬畝。

高拱上台

僅僅半年後，高拱再次入閣併兼領吏部尚書一職。據記載，當時他曾說其做事要「正大磊落」，明言擺脫他與徐階之恩怨。然而於九月初六，高拱就上《正綱常定是以仰裨聖政》疏，以唐樞、王俊民的事情為例，試圖抨擊徐階恩恤嘉靖朝因直言獲罪之臣一事。高拱在疏內指出徐階這樣大量為那些被世宗所貶官的人平反是「悖君臣之義，傷父子之恩」。不久於九月十六日，高拱又上《辨大冤明大義以正國法》疏，以嘉靖享年六十歲、聰明睿智等為由，以希推翻王金案，盡反徐階之政，認為徐階「誣先帝以不得正終」。在閱覽其奏疏後，穆宗下旨令刑部、錦衣衛再次會審，最後推翻了原判。儘管有多人上疏反對此判決，這依舊使徐階不得不致書曹貞庵為他解除困境。
隆慶五年，王元賓以孫克弘之案牽連至徐階，在疏中極言詆毀徐階，而兩個月後蘇松兵備副使蔡國熙也以此治罪徐階諸子。徐璠、徐琨都被罷官充軍、徐瑛更是被削籍為民；時值徐陟也去世，徐階被迫向高拱書請寬釋。不過就在次年四月，蔡國熙便被調職，高拱在神宗登基一月後被罷，徐階為此朝天拜謝天子（萬曆），說：「天子聖明，念老臣無罪，何以報塞大恩」。而後有人問他以前的這些事情，都被他以「老而好忘，忘之久矣」回答。

逝世

萬曆三年，徐階大病，在致書李見羅時說道自己已經七十三歲，夏天這次大病雖然沒死，但是也已經是廢人了。秋天時海潮倒灌淹沒了很多田野，徐階請託巡按御史上疏請減免漕糧和常賦。萬曆十一年二月，徐階以八十一高壽因劇病在月末與世長辭，李廷機後為徐階請上文貞諡號：
萬曆批准後又追贈徐階為太師，他的孫子徐元春也升官為光祿少卿。

為政理念

正德十五年，心學傳人聶豹在華亭縣擔任知縣，因徐階學識奇異便傳授給他王守仁所完善的心學。徐階當時在座師聶豹的影響下，將心學「知行合一」以及「仁愛」等思想代入他對朝廷的理想，提出仁民愛物是天理自然、將萬物總結為仁愛二字；他認為古人問學的目的是為了追求德性，而後來者則把學、德分離，失去了問學的本意，因此為政不德，將道德、勳業、文章分為三途。在徐階的認知中，為政的官員需要將仁愛之良知先在自己身上施行，再施行與天下，這樣一來就可以達到知行合一、政學不二的目的。徐階後來在孫承恩致仕時也作序提到朝廷內有大臣用巧言花語順從上意以獲得榮寵，他們在得勢時都認為他們的計策成功，卻不知道技窮後逃不脫隨之而來之戮，國家大事也會因為他們而變壞。徐階不但自己提出各類觀點，他後來重新回到京師做官時和羅洪先等王氏心學的傳人一同遊玩探討，更是在靈濟宮講學，後來每次都有上千學徒在那裡聽講，影響了朝廷內許多官員的為政理念。
徐階掌權時行政的主旨用「以威福還主上，以政務還諸司，以用舍刑賞還公論。」概括，通過南炳文先生的研究，徐階這三句話總結起來最終的作用是推動內閣回歸其本職，讓六部發揮其應該有的作用而不是成為內閣的附庸。徐階認為之前的夏言、嚴嵩等人專制政事，自他開始不能延續這樣的事情，需要將內閣的權力劃分給六部分擔，他想要重新調整內閣與部院的關係。姜德成先生認為徐階此舉在於學習前朝三楊內閣的運作模式，內閣和部院同寅協恭，這樣一來可以達到充分發揮內閣綜理庶政的職能，間接削弱嘉靖對於外廷的控制力。譚天星先生認為嘉靖時期就是內閣和部院關係的轉折點，徐階也是其中一位-在嘉靖三十一年徐階進入內閣成為「決策層」的一員後依舊兼掌作為「執行層」的禮部的大小事宜，這樣一來就使得內閣名正言順的插手部院事務，以內閣成員的身份處理事務而非六部尚書的身份，徐階在接掌首輔之位後「以政務還諸司」的理念就是在這樣的背景下所產生的。
在徐階退位後，他在政治上主要選擇退讓、不再在意的態度。在海瑞退田一案爆發後，張全山曾前去拜訪徐階，他因此案贈予「忍」字給徐階，期望徐階可以忍就海瑞之政。徐階反而向張全山贈予另一字「忘」，表明其當時的心態。

人物評價

談遷：「華亭雖任術，庸何傷」
《明史》：「徐階以恭勤結主知，器量深沉。雖任智數，要為不失其正。」
          「階立朝有相度，保全善類。嘉、隆之政，多所匡救。間有委蛇，亦不失大節。」
李詡：「階赤舄几几，羔羊素絲，嘉隆之際，亦何下廷和哉。惟其小用權術，收采物情，識者不無遺憾焉。」
黃宗羲：「先生之去分宜，誠有功於天下，然純以機巧用事。敬齋曰：處事不用智計，只循天理，便是儒者氣象；故無論先生田連阡陌、鄉論雌黃，即其立朝，大節觀之，絕無儒者氣象，陷於霸術而不自知者也。」

家庭

徐階共有兩任正妻，原配為沈氏。沈氏是沈錫的女兒，正德十五年，時任華亭縣令的聶豹向沈錫推薦說徐階最適合當他的女婿，而同樣中意的沈錫便納聘徐階。至嘉靖二年，進士及第的徐階在父母之命下迎娶年方十九的沈氏。沈氏入徐家後明義理、識大體，對待公婆、弟妹都非常友善孝恭，更是以家中勤儉為樂，曾說過：「夫儉者廉之操，而奢者賂之端，勞者善之基，而逸者縱之始也。今仕宦而敗者，何嘗不由於奢與縱，吾夫方厲志節，吾敢以是為累乎？吾樂此不知為苦也。」。嘉靖九年，時年二十六的沈氏不幸病故，而徐階卻由於張孚敬一事無法脫身，只在她病逝前被囑託要照顧好子嗣，無法立刻將她下葬便前往延平。經過十年奔波後才得以回鄉，在嘉靖二十年七月葬下沈氏，同時為她寫了一篇祭文。
徐階第二位正妻是張氏，她是成化時期大臣張鎣的後人，她父親張岦時任大名府別駕。嘉靖十三年徐階升遷為浙江提學僉事，回鄉看望顧夫人時迎娶張氏。由於在徐階入閣期間操勞家務井井有條一直累封到一品誥命夫人。後來祭祀孝烈後時便下旨令張氏主祭，而張氏此時雖然貴盛至極，依舊雅尚儉樸，甚至親自監督女工織造。張氏晚年信奉佛教，向周圍鄰里施捨很多，被大家口口傳頌。萬曆十一年徐階去世，張氏也因此悲哀過度而病倒。萬曆十一年九月二十日，張氏與世長辭，享年六十八。她臨死前囑咐兒女要好好就學，不能侈靡，她死了以後葬禮不要掛帛、擺祭牲，更不要作佛事，一切尊崇徐階所定家法。