对百度的争议

域名劫持

2002年9月，百度出現無法使用的情況，該公司隨即緊急處理了「有害」資訊（即「敏感」資訊）之後，百度恢復正常。隨後，中國大陸網友發現突然無法存取Google.com網站，此狀況持續了近2周，此事使大量網友被迫放棄Google而去使用百度。
期間Google.com域名被指向了包括百度在內的多家搜尋網站，後來雖然恢復，但從此Google.com在中國大陸變得十分不穩定，其中「Web快取」曾長時間無法使用。
百度總裁李彥宏在北京大學的一次演說中被學生問及此問題時，否認百度曾有上述舉動。 
2007年10月18日，Google.com、Windows Live Search和雅虎搜尋再次遭到域名劫持到百度，引起海內外媒體廣泛報導。
2008年11月7日，中國大陸P2P資源分享網站VeryCD.com的母公司VeryCD公司發布公告稱，部分北京網通（聯通）用戶在存取VeryCD.com、Emule.org.cn、射手網、btchina以及中國國外的isohunt.com、mininova.org網站的時候，會直接跳轉到百度。隨後網通客服人員稱與此事無關。

軟體強制捆綁安裝

由百度開發的瀏覽器工具列軟體百度超級搜霸強制用戶安裝，而且無法完全解除安裝。在2005年7月11日被中國網路行業協會點名公布為10款流氓軟體名單之一並被勒令整改。百度對此回應說，更名後的百度超級搜霸即百度工具列可以完全解除安裝。
部分百度旗下產品進行捆綁安裝，使得用戶電腦或智慧型裝置不知不覺安裝了一系列百度產品，這被稱作百度全家桶。這一情況在2015年中，由於知乎上的討論而達到爆發，「百度全家桶」概念也深入人心。
百度旗下的hao123使用非法的「首頁綁架」手段，強制首頁設定為hao123，濫開視窗，在未經允許或用戶不知情的情況下利用後台監視用戶的網路活動，偷竊個人隱私，都沒有經過使用者同意，並且根本沒有移除手段。"hao123 綁架"等關鍵字始終列在搜尋排行榜上。此項服務被各大網路論壇列為黑名單或視同後門攻擊，也被大多數第三方防毒軟體列為病毒。

旗下軟體站植入惡意程式碼

2016年2月28日，經火絨安全實驗室截獲、分析、追蹤並驗證，當用戶從百度旗下的兩個軟體下載站下載任何軟體時，都會被植入惡意程式碼。該惡意程式碼進入電腦後，會通過載入驅動等各種手段防止被解除安裝，進而長期潛伏，並隨時可以被「雲端」遠端操控，用來劫持導航站、電商網站、廣告聯盟等各種流量。

手機應用超範圍申請權限

2018年1月5日，江蘇省消保委認為百度公司旗下兩款手機軟體涉嫌侵犯消費者個人權益，經過兩次約談無效，向百度公司提起民事公益訴訟。1月11日，工信部資訊通訊管理局約談百度企業負責人，要求企業嚴格遵守相關法律法規，遵循合法、正當、必要的原則收集使用個人資訊。和百度產生糾紛的今日頭條則表示在百度搜索「江蘇省消協」，其官網搜尋結果被百度用紅色標註：「提醒：該頁面因服務不穩定可能無法正常存取」。而同一時間，其他搜尋引擎結果都顯示，江蘇省消費者保護協會官網無異常，用戶可以正常存取。

百度推廣相關爭議

由於百度推廣將付費搜尋結果與自然搜尋結果混淆展示，且使用「推廣」一詞，故是否為廣告內容等各方面均存在爭議。

央視曝光百度競價排名事件

2008年11月15日和16日，中國中央電視台午間新聞欄目《新聞30分》連續兩天播出曝光百度競價排名黑幕，各大入口網站紛紛對此作出報導或者評論。據《新聞30分》報導，該台記者用腫瘤作為關鍵詞在百度搜索時，結果排名第一的為「中國抗癌網」，但其首頁介紹的中國中醫科學院腫瘤學首席專家、資深教授，中華醫學會腫瘤專業委員會特邀教授等多個頭銜的白希和教授經過中國中醫科學院院長秘書田毅和中華醫學會組織管理部崔新生核實，其組織中並無白希和一人。據百度線上網路技術北京有限公司客戶發展C5部銷售代表韓亮的說法，在百度搜索結果排名上，「花的錢越多效果肯定越明顯。」同時，還曝出多宗因網站管理者拒絕交錢參加競價排名而被百度封鎖網址的醜聞，有網友甚至稱百度的競價排名是「網路公害」。
隨後百度召開全國各區緊急會議，應對此次事件，並下撤了小部分遭央視曝光的「治療性病」、「癌症」等關鍵詞的競價排名業務。但稍後又被網友發現相關報導新聞標題在百度新聞搜尋中變成了《Google公正性遭質疑 央視曝光競價排名》。對於百度的競價排名和封殺網站行為，中國互聯網協會和Google表示，搜尋結果不應該被人為干預，應以公正和客觀作為整個行業的標準。百度表示也認同「公正客觀的行業標準」，但不同意完全不干預搜尋結果。百度指公司每天處理的作弊及垃圾網站數量大約在3萬，「維護公正性的關鍵應該是清掃垃圾資訊」。但有曾參與百度競價的舊客戶指出，百度自己定義「垃圾資訊」、自己定義「作弊」，然後自行封殺網站，「這完全是濫用霸權和壟斷」。
2008年11月18日晚，百度CEO李彥宏在事件曝光後首度進行「內部道歉」，他在向所有「同事及合作夥伴」發出的公開信中，稱央視對競價排名的連續曝光對百度品牌形象造成了傷害，他為此感到「痛心疾首」，並將承擔全部責任。但對媒體所報導的不給錢就封站的事予以否認，稱百度從來沒有幹過，今後也不會。對於李彥宏的這封「公開信」，有媒體指責他的道歉毫無誠意，並且是在推卸責任。第二天，李彥宏在就央視有關百度搜索競價排名的報導召開的分析師電話會議上表示，競價排名結果如果和用戶搜尋結果相關性最高時則可能不會傷害用戶體驗。同日，《新京報》記者發現，在百度上搜尋關鍵詞「老虎機」時，前7條檢索結果均為競價排名所生成的內容而非自然搜尋結果，顯示其他關鍵詞的競價排名仍然在持續運作。幾天後，有幾位百度前南方某代理商負責人向網易揭發某網站如果能夠在自然排名中靠前，那麼該網站的管理人就很快能接到百度的電話並要求網站做競價排名，如果不做，就會遭到封殺。稱百度100%做過不交錢就封站的事情。網易報導，早在央視曝光前，百度封鎖不友善或不付錢的網站已經成為業界共識的一條潛規則。
2011年8月，央視的報導中，百度提供的推廣連結再次爆出有假冒，封鎖等問題。

魏則西事件

2014年，西安電子科技大學電腦系大二學生魏則西被發現患有晚期滑膜肉瘤。在採取各種化療、放療的方法後，魏則西家庭通過百度推薦的武警北京市總隊第二醫院腫瘤生物中心嘗試所謂的「腫瘤生物免疫療法」（DC-CIK療法），在付出大量醫藥費（超過人民幣20萬）和時間後，仍然沒有效果，2016年4月12日，因病身亡。事件隨後在五一假期開始升溫，導致百度股票暴跌。包括官方媒體在內的中國輿論對此也進行了批判，除了百度公司列為相關嫌犯而被整肅之外，事件延燒到醫院將旗下科室外包給莆田系一事也被披露，武警二院在此事件中即遭到摘牌並起訴有關負責人。

推廣賭博網站事件

2016年7月17日，新京報記者發現，百度每到晚上10點鐘左右開始推廣賭博等違法內容，第二天早上9點就會悄悄撤下。7月18日，新浪新聞對此事進行了報導，指出百度管理層面的嚴重過失以及能力的嚴重不足。報導指出「大部分百度非企管道用戶認證資訊都是盜用的，被盜用資訊公司根本不知情，即使知道投訴了，代理商或非企管道業務員會馬上將「舉報帳戶」下線，第二天換家公司註冊繼續推廣。」
2016年7月18日下午，百度回應稱所涉網站中的賭博資訊均為企業深夜私自違規更改，百度已向公安機關報案。
2016年7月20日，百度關閉所有的商業推廣頁面。2016年7月末，百度又繼續恢復商業推廣頁面。

百度搜索洋酒回收遭遇詐騙

2016年12月，深圳市民易女士近日向央廣新聞熱線反映，她家中有一瓶洋酒路易十三，市場價兩萬多。因為要搬家，易女士想把這瓶酒賣了。她通過手機百度，以「洋酒回收 深圳」為關鍵詞，搜到一家名為「深圳儒雅禮品回收公司」在百度上的推廣廣告。易女士選擇這家公司上門收酒。禮品回收公司的人上門後由於出價低於易女士心理價位，易女士拒絕交易。但是禮品回收公司的人趁易女士不備以假換真，用假洋酒把易女士的真洋酒掉包。第二天易女士發現洋酒被掉包後立刻報警，並且向百度客服打電話要求賠償並關閉這家公司在百度的推廣，客服回覆她，百度有一個保障計劃，但易女士當時使用百度搜索時沒有登入百度帳號，因此不符合賠付條件。對於詐騙公司在百度的推廣，客服表示相關人員也會跟進，但需要當地公安提供材料。

假冒NARS中國大陸官網事件

2017年7月，有網友向北京青年報反映自己通過百度搜索NARS牌化妝品時遇到了假中國大陸官網，登入假冒官網後通過支付寶購買產品支付的錢卻流入個人帳戶。北京青年報記者在百度以「NARS中國官網」為關鍵詞進行搜尋，發現排在第一位的就是「NARS品牌中文網站」。記者對於該網站的真實性問題，電話諮詢了NARS所屬的資生堂集團，客服表示因相關商品尚未進入中國大陸市場，所以網站確認為仿冒，同時所售產品品質也無法保證。就假冒網站涉及到的法律問題，北京青年報記者諮詢了北京康達律師事務所韓驍律師，韓驍認為，根據《中華人民共和國消費者權益保護法》第四十四條中「網路交易平台提供者明知或者應知銷售者或者服務者利用其平台侵害消費者合法權益，未採取必要措施的，依法與該銷售者或者服務者承擔連帶責任。」所以，消費者可要求網路平台與銷售者承擔連帶責任。

假冒蘋果官方售後維修店事件

2018年1月21日，新浪微博用戶「衣錦夜行的燕公子」發微博稱，用百度搜索「蘋果手機維修」的第一個電話是「4006368800」，但打過去，該網友覺得蹊蹺，就又去蘋果網站上找了一下，發現正規號碼是4006668800，就差一個數字。蘋果官方客服也表示，4006368800不是他們的號碼，跟他們沒有關係。有其他網友表示曾被這家假冒官方蘋果手機維修店騙過。

新華社曝光百度競價排名事件

2018年5月9日，據新華社報導，有記者使用百度等搜尋南京皮研所，搜尋結果連結卻是其他民營醫院；搜尋同一個疾病關鍵字，PC端和行動端結果不同；另外，搜尋結果中還存在，將廣告包裝成軟文，通過所謂「就診經歷」進行導流的現象。據記者調查發現，搜尋引擎有的公然將正規醫院名稱售賣給他人，為「高仿」冒牌醫院「攬客」；有的表面在PC端下架了醫療廣告，轉眼卻在行動端中將廣告置頂，以精準演算法推播。另外，在百度中，醫院還可以花錢購買疾病名稱作為關鍵詞。此前搜尋「胃疼」、「小兒咳嗽」、「肩膀疼痛」等都出現了多條民營醫院、生物科技公司的廣告。這是2016年魏則西事件發生，百度承諾對非法醫療廣告下線兩年後，再次有非法醫療廣告上線。據百度一位大客戶代理商表示，負責中小業務的百度推廣基本分包給各區域分公司，南京和北京的關鍵字廣告由不同代理商負責。搜尋北京的醫院沒有廣告，是因為一線城市百度管理更嚴。該代理商還介紹，魏則西事件後，百度對廣告監察都格外謹慎，處罰非常嚴厲，亂象很多是部分代理商和廣告主的隱秘操作導致的。而關於搜尋引擎在PC端和行動端推播廣告的情況不同，該代理商稱可能並不是平台雙標準，而是因為用戶習慣的改變，廣告主都願意只買行動端的競價廣告。此外，百度搜索到的醫院還存在「手術中途加價」等不規範問題。事發後的5月22日，百度進階副總裁、百度搜索公司總裁向海龍答覆稱，百度擁有嚴格的醫療廣告資質審查制度，並配備「機器+人工+人工」三關稽核機制。而百度對行動端展現廣告條數限制比PC端更嚴格。向海龍還表示，百度不允許醫院以「三甲醫院」的名義及名稱投放廣告，搜尋癌症、愛滋病等重大疾病類關鍵詞，也不會出現醫療服務廣告。此外，百度還針對3萬餘個醫療行業搜尋詞添加了搜尋風險提示語。同時，百度已對1000家三甲醫院進行廣告封鎖保護，計劃於2018年7月底完成對16000家公立醫院、權威醫療研究機構進行首位展現官網保護。

「復大醫院」廣告事件

2018年9月，據媒體報導，來自浙江寧波的周姓女子想去上海復旦大學附屬眼耳鼻喉科醫院治療鼻炎，通過百度搜索「復旦大學附屬醫院」的位址及聯絡方式，但搜尋到的結果均是民營的「復大醫院」。最終周小姐選擇「復大醫院」就醫，並在醫生建議下繳費近萬元做切除鼻甲手術，但病情並未好轉。之後周小姐進行轉院治療，發現自己的病情僅需配藥即可治療。另外還有一名安徽的陳姓女子的孩子的後腦勺鼓起了一個小包，於是當地醫院建議前往上海的復旦大學附屬醫院就醫。陳女士通過百度搜索後，跳出來的結果第一條也是「復大醫院」，後陳女士帶著孩子去「復大醫院」就診，醫生診斷為「右枕後海綿狀血管瘤」。翌日陳女士帶著孩子去復旦大學附屬兒科醫院檢查，檢查結果為長出了淋巴結，長大後會自然消失。對此百度表示，已經下線所有關於上海「復大醫院」的推廣內容，並對該醫院的誤導資訊進行全面排查。另外工商及衛監部門也對此展開調查，要求醫院立即停止違法行為，而該院也被處以醫療機構不良執業行為記分8分的處罰。9月9日，百度官方微博發布聲明，決定將持續推進公立醫院品牌保護專案，同時對復旦大學相關附屬醫院進行了搜尋結果保護，搜尋相關關鍵詞將不會出現商業廣告。

「上海美國領事」廣告泛濫

2018年9月6日，作家六六發布微博稱她在百度上搜尋上海美國領事館官網的位址，充斥大量廣告，而官方網站則非常靠後。隨後百度回應稱，向六六及廣大用戶表示誠摯歉意並下線與「上海美國領事」相關的代辦簽證等廣告，並對上海美國領事館官網及相關品牌詞進行品牌保護。

高仿簽證網站廣告事件

2018年11月29日，復旦大學中文系教授嚴峰發微博稱自己在辦理土耳其的電子簽證時，通過百度搜索到一個名為「土耳其簽證中心」的網站，通過這家機構花費了129美元辦理了土耳其電子簽證。嚴峰事後發現，百度的搜尋結果中位列前兩位的「土耳其簽證中心」都是第三方中介機構，讓他多花了近一倍的費用辦理簽證。

用戶搜尋「QQ電子信箱」出現盜號網站推廣

2018年11月29日，有網友反映在百度搜索「QQ電子信箱」時出現盜號網站。這名網友的配圖顯示，在百度輸入「QQ電子信箱」進行搜尋後，第一條標註有廣告字樣的搜尋結果為「登入QQ電子信箱」，該條搜尋結果顯示的網站位址為qq.qcxhc.top。百度認證資訊顯示，該網站屬於宿遷咚童電子商務有限公司所有。當日下午，百度方面回應稱，已將涉事網站封號並向公安機關報案。新京報記者聯絡涉事網站所屬公司時，對方稱已於2017年將公司賣掉，並否認在百度投放盜號網站廣告。

港澳游冒牌旅行社

2019年2月4日至10日春節期間，深圳市消費者委員會共收到 「港澳游」投訴26宗，其中一半是通過百度搜索，在百度加V認證的網站中選擇了自稱深圳國際旅行社進行港澳游，在行程中遊客被強制購買了珠寶、黃金、巧克力、手錶等物品。除了強制購物之外，酒店、餐食也都與宣傳不符。而自稱深圳國際旅行社的網站，其實與正規的國旅（深圳）國際旅行社有限公司無關。
深圳市消費者委員會向央視財經記者類比消費者使用場景，在百度搜索中進行了專項測試調查。在工作人員輸入「港澳游 國旅」等關鍵詞進行搜尋後，首頁第一條資訊是一家名為「深圳國際旅行社」的廣告資訊，並聲稱為「國家旅遊總局指定出境游旅行社」，但經深圳市消費者委員會工作人員核實，商事主體登記資訊中並沒有這家企業。
專項測試調查結束後，深圳市消費者委員會依據《消費者權益保護法》向百度公司傳送監督函。深圳市消費者委員會傳送監督函之後，百度方面給予了回應，決定暫停廣東地區旅行社百度信譽V認證廣告發布；清理百度自然搜尋結果；承諾啟動百度網友權益保障計劃，對受害消費者先行賠付。
深圳市消費者保護委員會副秘書長於喜峰認為，百度V認證發布的很多推廣的資訊涉嫌虛假，已經違反了《廣告法》，而《廣告法》第56條也規定，如果廣告發布者，明知或應知發布的內容為虛假，那麼應當同廣告主一（並）承擔連帶責任。

場外配資相關廣告

2019年4月24日，21世紀經濟報導記者通過百度搜索「場外配資」，首屏10條結果中有5條為配資平台的廣告，前5條中甚至接連3條都是配資網站廣告。然而根據中國證監會的規定，場外配資平台均不具備經營證券業務資質，有的涉嫌從事非法證券業務活動，有的甚至採用「虛擬盤」等方式涉嫌從事詐騙等違法犯罪活動。證監會還提醒廣大投資者遠離場外配資，避免造成損失。

搜尋引擎填報志願事件

2019年6月25日，山西省招生考試管理中心發布提醒，考生在網上填報志願時，不要使用搜尋引擎來搜尋網上填報志願系統網頁，否則可能誤入其他網站，使自己填報的志願資訊無效，並造成考生密碼等個人資訊泄露的不良後果。百度就此事回應稱，百度自2013年開始就對考試招生院官網進行保護，將各地招生院官網在搜尋結果進行顯著位置展示，並為官網免費提供「官網」標識認證，此外，百度會針對省市級別的高考志願相關檢索需求，增加在結果頁面進行風險提示。

搜尋結果出現假殯儀館事件

2019年7月，上海周姓男子家中老人去世，周先生通過百度第一條顯示「上海龍華殯儀館」撥打電話，工作人員上門後與周先生簽訂了合同。這份合同中，一個小廳8500元，其他火化等各種費用加起來要一萬多近兩萬，工作人員堅稱費用是國家規定的。第二天，周先生到龍華殯儀館上門詢問，才發現有貓膩，網上電話並非「上海市龍華殯儀館」電話，收費也比正規殯儀館翻個倍還不止，周先生遇上了「李鬼」網站。

是否為廣告內容的爭議

早在2011年底，26歲的網友田軍偉通過百度的推廣連結，購買了一台微型攝錄影機和微型錄音機，結果收到的產品無法使用。田軍偉聯絡銷售網站未果，遂要求百度提供廣告主名稱、位址及聯絡方式，但百度拒絕提供。隨後田軍偉向海淀法院起訴百度涉嫌發布虛假廣告。北京海淀區工商局表示，百度推廣不是廣告。2013年3月，百度向美國證監會提交的材料中描述，百度推廣（P4P服務）不受中國廣告法律法規監管。而在同年，上海市工商局浦東新區分局對10家在百度發布關鍵詞競價排名推廣廣告的民營醫院進行處罰，並稱「搜尋引擎競價排名符合《中華人民共和國廣告法》的定義，屬於商業廣告」。而全國政協委員、南京中醫藥大學教授王旭東表示，百度推廣就是廣告，應受相關法規的嚴格管理，在2016年兩會期間，她還建議嚴禁以「推廣」代替「廣告」。但這些說法一直存在爭議，也成為了公眾關注的焦點之一。
2008年12月及2013年11月，海淀區工商局、北京市工商局分別就百度推廣是否屬於《廣告法》調整範圍，並向國家工商行政管理總局請示，但在答覆時遭到拒絕。魏則西事件後的2016年4月26日上午10點半，8名公益機構的代表來到國家工商總局申請政府資訊公開，內容為「百度推廣是否屬於廣告」。同日，國家工商總局已經受理該申請，但未予答覆。5月4日，北京市海澱區工商分局表示，「百度推廣是否屬於廣告」已立案調查，但因為案情複雜已經延長期限。5月13日，國家工商總局表示，公益人員所要求公開的事項不屬於《中華人民共和國政府資訊公開條例》所規定的政府資訊。在國家工商總局發給公益人員的告知書中表示，搜尋競價排名是否屬於廣告仍存爭議。此外工商總局還起草了《網際網路廣告管理暫行辦法》（徵集意見稿），通過多種方式向社會公開徵求意見，待完成相關程式後將正式公布。
根據2016年7月4日頒布，9月1日起施行的《網際網路廣告管理暫行辦法》規定，「推銷商品或者服務的付費搜尋廣告」屬於網際網路廣告，因此百度推廣屬於廣告。此外醫療、藥品、特殊醫學用途配方食品、醫療器械、農藥、獸藥、保健食品廣告等，未經審查不得發布。為此，百度表示堅決擁護，將切實遵照執行。從8月31日起，所有在百度搜索顯示的付費搜尋結果中，均以「廣告」標識出，取代了之前的「推廣」和「商業推廣」，此外基於用戶搜尋結果所提供的關鍵詞廣告也由「推廣」修改為「廣告」字樣。
然而，在《網際網路廣告管理暫行辦法》實施後，海淀區工商分局稽查大隊執法人員使用百度搜索對200餘家醫療單位進行了巡查，發現「廣告」標識已經取代原來的「商業推廣」，大部分醫療機構能夠嚴格按照《暫行辦法》的規定發布廣告。但也有一些醫療機構仍然存在違規行為，例如付費搜尋結果（廣告）出現絕對化用語（如「台灣『頂級』團隊」、「90%的肝病患者前來醫院就診」、「北京海淀最好的婦科醫院」，上述用語均為絕對化用語，違反《廣告法》規定）和未取得醫療廣告審查證明發布廣告，執法人員表示未盡審查義務，並表示，在調查清楚後，將按照新的規定對涉案企業進行處罰。
在搜尋windows10時，前幾條都是盜版windows10的廣告，微軟官網的搜尋結果靠後顯示。

行動端、網頁端推廣「雙標準」問題

2018年4月，微信文章《我為什麼不敢用百度搜索？》在朋友圈流傳，稱網友在手機上百度搜索「德邦物流」，排名第一的是所謂的「德邦物流官網」。他撥打網站上顯示的電話並下單，結果收到物流時發現發貨的並不是德邦物流，而是一家假冒德邦名義開設的山寨物流公司。在推廣廣告的網頁上，無論名稱、標誌，還是熱線電話，甚至網站域名，都與正規的德邦物流極其相似。根據中央人民廣播電台中國之聲記者調查，山寨德邦的收寄標準也與正牌有很大差別，山寨德邦只收超過30公斤以上的大件，最低起運費500元以上；而正牌德邦的最低起運費為60元。在兩名工作人員上門取件時，他們出示的快遞單與正牌德邦的快遞單有一點微小差別。在左上角「德邦」的LOGO字樣旁，還有一個極小的「付」字，因此「付德邦」即為該山寨德邦公司的名字。而接單的快遞人員並非在北京市西城區就近指派，而是從30多公里外的通州區趕來。另外。兩名上門取件的工作人員均沒有穿著「德邦」的快遞工作服。記者隨後在行動端搜尋「天天物流」，顯示排名第一的是「菜鳥裹裹」，排名第二的是「安能物流」。之後記者嘗試在百度搜索包括醫院、酒店住宿在內的一些熱門詞條時，搜尋榜排名靠前的經常也存在「干擾廣告」，並且搜尋的顯示情況常常不同。由於手機端的螢幕大小限制，競價排名靠前的廣告很容易擠占位置，用戶如果不往下劃，可能很難找到真正要搜尋的內容。事件發生後，百度公司通過百度推廣官方微博發表聲明，稱由於百度在資質稽核和授權關係方面的誤判，導致了此次違規推廣行為，向有關方面致歉，對非德邦物流使用「德邦物流」關鍵詞推廣的商戶全部下線，對此次事件中受到損失的百度用戶進行賠償保障，並對媒體的監督報導表示感謝。在聲明中寫到，此前百度行動平台搜尋「德邦物流」，出現了兩個推廣商戶。報導中所述「付德邦」品牌，實際是一家名叫「德邦物流服務（深圳）有限公司」的企業。而另一個推廣商戶，名為深圳卡航德邦物流有限公司，還擁有德邦物流股份有限公司的官方商標授權書，後經德邦物流股份有限公司查實，德邦物流與上述兩家公司沒有任何關係，也並未對深圳卡航德邦物流有限公司進行過任何授權，其提交給百度稽核的授權書系偽造。
另外，《南方都市報》記者也就該現象進行調查。據報導稱，記者分別以「腎虛」、「胃炎」、「減肥」、「肌肉萎縮」為關鍵詞，在百度網頁端上進行搜尋，發現在第一頁搜尋結果中，沒有出現任何廣告內容，只有一些網頁資訊和百科知識。而在行動端上，則給用戶呈現的是另外的搜尋結果，排名靠前的都是廣告。

侵犯著作權

美國特別301報告批評百度提供MP3音樂下載，稱其為中國規模最大的侵犯音樂著作權的網站。
環球唱片、百代公司、新索音樂娛樂股份有限公司、華納音樂及幾家中國本地公司在2008年6月3日這天，針對其音樂盜版問題，發表聯合聲明稱，百度是中國最大、最頑固的盜版音樂提供商，堅決抵制百度已成為各方的共同目標。並且向各大廣告公司發出信函，呼籲他們審慎考慮是否應繼續在存在盜版行為的媒體上投放廣告。韓寒曾分別於2011年及2012年因著作權問題向百度發出訴訟，兩場官司均以百度敗訴告終。
維基媒體基金會和互動百科此前均指責百度百科使用內容不注出處的行為侵犯著作權，但卻一直得不到百度的任何回覆。2008年4月，百度首席科學家張以緯稱，中國人應該用百度百科，而沒有理由用國外的服務維基百科。
2013年11月27日晚，中央電視台經濟頻道經濟半小時播出專題節目《網路著作權再起糾紛》，揭露了百度、快播等影片網站的盜版黑色鏈條。節目報導，11月13日，搜狐視頻、騰訊視頻、光線傳媒等公司的張朝陽、優酷土豆視頻古永鏘、樂視網劉弘、光線傳媒王長田等人共同啟動了「中國網路影片反盜版聯合行動」。節目稱，百度等作為播放器提供技術，網際網路上的站長則為其提供片源，百度的行為是將風險轉嫁給了這些上傳影片內容的個體。
2018年12月，今日頭條狀告百度，稱其未經授權許可，百度旗下「百家號」網站及「手機百度」APP傳播今日頭條旗下悟空問答《天津菜是由魯菜改良衍生出來的嗎？》問題中作者回答一文。海淀法院一審認定百度敗訴，需賠償今日頭條160元經濟損失。

涉嫌侵犯隱私

2013年某日，江蘇南京的朱女士在百度上使用「減肥」、「隆胸」等關鍵詞進行搜尋，在她隨後登入的其他網站裡，出現了與這些關鍵詞相關的廣告。朱女士把這些網站關閉後重新開啟，發現相關內容還是會出現。朱女士認為百度在未經允許的情況下記錄她搜尋的關鍵詞，將她的興趣愛好、生活學習工作特點等顯露在其他網站上，還推播相關廣告，屬於侵犯隱私的行為，為此她將百度公司訴至南京市鼓樓區人民法院，請求判令對方停止侵權、立即道歉並賠償她精神損害撫慰金1萬元。經歷兩次審判，百度公司一審敗訴，二審勝訴。
2016年5月1日，百度為迎合「吧主強制實名制」規定，在吧主申請程式中加入了繫結信用卡或儲蓄卡的驗證步驟，招致部分用戶對隱私等問題的擔憂及反對。
2017年10月10日知乎用戶「tgyfjyj」曝光百度和莆田系醫院合作使用「百度黃金眼」收集患者隱私，引發巨大爭議。

內容審查

百度中文搜尋引擎有一個龐大的過濾詞彙表，對搜尋及其他服務進行內容過濾。在搜尋一些中國官方不允許公布的詞彙或圖片時會顯示「根據相關法律法規和政策，部分搜尋結果未予顯示。」李彥宏指，百度是一家總部在中國的公司，顯然需要遵守中國的法律。某類資訊或內容被視為是非法的，他們必須從搜尋結果中將其刪除。還有，中國搜尋用戶主要對娛樂和商業等領域感興趣，對被中國政府視為非法的內容並不感興趣。2011年8月，在中國中央電視台連續曝光百度允許付費虛假廣告輕易出現在搜尋結果中，以及競價排名的弊端後，百度封鎖了關鍵詞「CCTV 百度」的結果。搜尋這個詞，也會出現「搜尋結果可能不符合相關法律法規和政策，未予顯示。 」 
2011年5月18日，八名美國紐約居民向曼哈頓地方法院提出訴訟，控告百度和中國政府封鎖和審查網頁。起訴書中稱，百度是中國政府政策的代理人和執行者，在網上封鎖提及六四事件的資訊，使原告的有關文章和影片無法作為搜尋結果顯示。原告認為，審查制度侵犯了美國憲法、紐約州憲法和法律賦予他們的權利，因為在美國使用百度搜索也受到了影響。原告提出了1600萬美元的賠償要求。百度發言人拒絕置評。中華人民共和國外交部聲稱，中華人民共和國政府依法管理網際網路「符合國際通行做法，屬於主權行為。根據國際法，外國法院沒有管轄權。」
從2007年4月14日起，百度日文無法在中國大陸正常存取，對此，《人民日報》下屬的人民網轉載刊登了DoNews對此進行的報導，報導的標題是「百度日本站被GFW封鎖，疑與色情內容有關」。不過，有前百度員工指，百度日文在中國大陸不能存取的原因其實是他們禁止了大陸IP瀏覽所致。

2009年被網際網路整風行動譴責與曝光

2009年1月5日，百度的百度貼吧、百度空間被中國違法和不良資訊舉報中心在全國整治網際網路低俗之風第一批曝光網站名單曝光，並且排名第二位，僅位列Google之後。並且在1月8日的《關於全國整治網際網路低俗之風專項行動第一批曝光網站整治情況》的通報中百度被歸為「清理整治工作不力的網站」。
曝光內容為：
「百度網」的「百度貼吧」以及「百度空間」中存在大量的低俗圖片，部分版塊存在淫穢色情的內容；「百度搜索」的「網頁搜尋」結果中存在大量淫穢色情網站連結。該網站接到舉報中心的通知後，未採取有效措施。
整治情況通報為：
「百度網」對「百度貼吧」、「百度空間」以及「網頁搜尋」進行了清理，但仍存在大量低俗內容；

2009年高校貼吧禁言事件

2009年是六四事件的20周年，百度貼吧為了封​禁言論，從5月23日開始對中國高校貼吧禁言，用戶只能瀏覽貼文、但不能發帖或回覆帖子，用戶嘗試回覆時則會顯示「抱歉，本吧目前只能瀏覽，不能發帖」。
2011年12月，部分高校貼吧已經解除封禁，例如南昌工程學院吧。2012年2月，百度突然宣布將已經解禁的高校貼吧和其高校的替代貼吧合併，其大吧主要求實名註冊申請。
2013年1月起，絕大多數高校貼吧開始陸續解禁，並開始招募吧主；一些國內著名大學的貼吧也逐漸解禁，比如北京大學吧、清華大學吧、南京大學吧等。並且重新制定了吧主制度。然而2016年3月1日，清華大學吧的吧務團隊被百度官方全部撤換，這引發了一輪爆吧行動。

2012年百度員工收受賄賂付費刪帖

根據媒體報導，百度員工許某負責百度貼吧內吧主投訴和吧主稽核工作。他與原來的同事呂某商議，由呂某負責聯絡外部人員，許某利用職權來刪帖、任命或者復原吧主，以此賺錢。他們合夥刪除數百條貼文後，許某從呂某處獲得好處費8萬多元。2012年7月，百度公司報案，許某和呂某因此被抓。

被淨網2014行動譴責與曝光

2014年6月5日，百度貼吧被國家新聞出版廣電總局相關部門予以調查，理由是該網站與網易博客、土豆網、道客巴巴等52家網站涉嫌登載傳播《令人戰慄的格林童話》系列、《黑暗童話》系列、《邪惡童話》系列等涉黑、涉暴、涉淫穢色情違法違規網路出版物行為。廣電總局聲稱一經查實，將依法做出處罰，追究其民事與刑事責任。事後百度宣布展開「打擊敏感不實資訊專項行動」，並開設專欄公示被刪除的資訊總數和已封禁的帳號，還要求網友配合舉報刪除含有「敏感不實資訊」的貼文，一些知名貼吧和「貼吧倡議聯盟」參與者紛紛發帖聲明配合。

盜版網路原創文學問題

據《南方都市報》2016年4月25日報導，百度貼吧利用盜版手法，向網友提供大量侵權的原創網路文學作品。對此，網路文學作家已經通過多種方式舉報並維權。2016年5月23日，百度貼吧發起打擊盜版行動，包括《鬼吹燈》、《盜墓筆記》等小說類貼吧大多數被封禁，用戶在進入上述貼吧時會有「根據相關法律法規和政策，本吧暫不開放」的提示。後百度貼吧稱此舉為加大正版保護力度，維護原創作者權益。

「賣吧」事件

「賣吧」即是百度把某一個吧的吧主撤下（原吧主並無違規現象），然後把吧主的職位轉移給另一個已經支付給百度一定金錢的使用者，而該新吧主多是教育培訓機構、醫療機構、遊戲機構等。這個過程也稱為「空降吧主」。

2015年艦隊collection吧吧主被調換事件

2015年1月14日，艦隊collection吧的3位原吧主在無事先警告的情況下被百度貼吧管理組以「接到用戶舉報」「不積極配合官方活動」等理由撤下，並解散吧務團隊；隨後14日晚間至15日，該吧先後「空降」了數名新吧務，其中包括艦娘國服吧原吧務「athlon18」（1月15日，「athlon18」在艦娘國服吧的吧務被撤下）。貼吧內傳出艦隊Collection私服相關人士強行控制艦隊collection吧和該吧吧務被盜號（已由百度單方面證實）的傳言。傳言稱，百度官方在收受了艦隊Collection私服人員70萬元人民幣之後，將原吧主撤掉，並變更為私服有關宣傳者管理，並且將私服遊戲的宣傳內容置頂。此事件引起吧友和其他愛好者強烈不滿，艦隊collection吧被以同人本等方式爆吧，其私服網站也受到大量DDOS攻擊。艦隊collection吧大量精品貼被撤下，大量關注用戶和會員流失，該吧一度陷入癱瘓；艦隊collection吧開啟臨時保護措施，僅限吧務團隊發帖，後解除。1月15日及隨後，新吧主「athlon18」、「阿秀林」以及百度官方分別否認相關傳言，發帖禁止私服話題並做出解釋，呼籲冷靜對待事件。1月27日，百度復原其認為違規上任的2名新吧主，但保留了原艦娘國服吧吧務「athlon18」的吧主權限。2月6日上午11時，百度撤下了「athlon18」的吧主以及其它吧務的權限，批准了「南風之受」的吧主申請。
由於相關傳言引起公憤，一些貼吧的吧主也將「出售吧主」的貼文進行直播或置頂，以此進行抗議和調侃。一時之間，「70萬」成為各大ACG網站流行語。

2015年Minecraft吧空降吧主事件

2015年9月21日，有網友爆料稱Minecraft吧被百度以930萬的價格賣給了一款叫《我們的世界》的手遊，吧主也被更換為「我們的世界Gm」。同時，Minecraft吧置頂帖被更換為「我們的世界Gm」發出的「沙盒網路手遊《我們的世界》安卓首測」，以及三個包含《我們的世界》遊戲下載連結的貼文，原來的置頂帖被取消置頂。以上行為據稱都是百度方面和新吧主利用權限發布的。
Minecraft吧原吧務回憶說，早在2015年8月25日，一家遊戲公司就希望他們幫忙宣傳《我的世界網路版》。但由於各種原因，Minecraft吧吧務們拒絕了他們的要求。
有網友試玩遊戲發現，該遊戲的內容（包括畫風、玩法等）與Minecraft基本一致，唯一不同的是，《我們的世界》裡面的所有材料都需要充值購買。這引起了Minecraft玩家和吧友的抗議。部分吧友開始對「我們的世界手遊吧」和Minecraft吧開始爆吧，隨後疑似遭到百度官方與新吧主對該貼吧進行特殊處理，如貼子被刪除與發貼的帳號被封禁一天等。
9月22日早晨，原Minecraft吧吧務宣布奪回了貼吧控制權，並宣布全吧進入緊急狀態；吧務已通過管道聯絡到相關部門，侵權內容將使《我們的世界》手遊付出代價。目前，該貼文已被刪除。

2016年血友病吧事件

2016年1月7日，開始有網友陸續爆料稱血友病吧以及其他疾病類貼吧被百度售賣，事件過程同艦娘吧和Minecraft吧被眾多網友斥責為草菅人命的行為。1月13日，百度貼吧宣布，所有病種類吧全面停止商業合作，只對權威公益組織開放，其中血友病吧大吧主已變更為「北京血友之家」。不久後，百度「方城吧」和「鄭州吧」也捲入賣吧事件，其中「鄭州吧」一年管理權的售價為200萬人民幣。
2016年1月16日，中國國家衛計委召開例行發布會，就該事件已向百度了解情況。同日，國家互聯網信息辦公室針對該事件所突出問題，約談了百度主要負責人。百度負責人表示，將認真反省公司管理失責問題，並將就「血友病吧」一事再次向網友作出說明，作出全面整改。2月20日，百度通報了該事件的處理結果：百度副總裁、CBG主管兼貼吧事業部總經理王湛，百度總裁、EBG及大市場體系主管張亞勤等，被公開通報處罰。
2016年5月1日，華商韜略發表報導稱向百度購買病種類吧的最大金主來自莆田系。關於此事件，新浪、搜狐等主流新聞媒體都有專題報導。

學科類貼吧被賣事件

2015年8月，高中數學吧被賣給「精華教育」，並空降了百度ID為「高中数学吧吧主」的新吧主，這期間經過協商，精華教育答應保留吧友的自治權利，即保留部分原吧主，但時隔不久，原吧主也被撤下，高中數學吧完全被賣。不過，後來由於某些原因，精華教育不再擔任吧主，高中數學吧被奪回。2016年1月13日到22日之間，精華線上網再次背棄承諾，累計發表了58個廣告主題貼。此舉又引發了一次爆吧熱潮，並且引起了幾個兄弟貼吧——數學吧、化學吧、物理吧、生物吧等吧吧友的不滿。此時的空降吧主為「高中数学领路人」和「高中数学专家」。此次事件還引發了吧友註冊了一些類似的ID，具有嘲諷意味，如：“高中超理专家”、“高中哲学专家”、“高中民科专家”、“高中数学专家”等。經歷了爆吧風波後，精華線上網離開該貼吧。隨後接手的簡單學習網，暫時無採取大量宣傳活動。
2016年4月26日，化學吧吧主兼高中化學吧吧主「虹Rreflect_F」在化學吧發貼，宣稱高中化學吧吧務全體被撤。次日，晶體化學吧的吧務也全體被撤。

守望先鋒吧被封禁事件

2017年4月29日，百度在沒有說明任何原因的情況下，將守望先鋒吧的全部內容清空，並且禁止建立這一貼吧。百度官方給出的答覆是吧內存在大量違規資訊。可多數吧友指出，是因為有小吧主多次刪除百度的推廣貼才導致被封。而此吧如今被守望先鋒遊戲吧所替代。

2010年X來自未來事件

2010年6月13日中午12時04分 ，在百度貼吧有一位自稱為「X來自未來」的用戶發布一個《來自不遠的將來，願意了解的請進》的貼文，稱來自於未來地球，為證實自身的真實性，提供了2010年南非世界盃預測結果。預測冠亞軍爭奪賽由球隊荷蘭對西班牙，並且荷蘭將會以2：1的比分勝西班牙，還表示願意通過電子郵件傳送荷蘭奪冠影片及相片。
結果x來自未來稱自己是一個普通人，發帖是由於其夢中一個靈感而來。而預測結果也錯了：最終，荷蘭與西班牙在90分鐘的法定時間中賽和0-0，需要進行加時賽。在加時賽下半場116分鐘，西班牙中場球員安德烈斯·伊涅斯塔在禁區內攻入致勝的一球，協助西班牙首次奪得世界盃冠軍。

2011年齙牙哥事件

2011年3月，百度貼吧用戶「楚州塗塗」在PS吧發帖，題為「尋PS帝美化，把我的嘴弄小點，太大了嚇人」，將一男孩咧嘴笑的相片傳送到網上，但並未引起關注；之後此用戶在回覆時將該相片的完整版本發表，其中左邊一男生伸直脖子並眯眼的姿勢使相片引起其他用戶強烈關注，進而競相惡搞，這些相片隨即經新浪微博傳播，造成網路快速傳播現象，相片中的這兩位男生也被網友分別稱作「齙牙哥」、「茫然弟」。
一些網友通過對原相片中人物進行查證，得知了真實身分。「齙牙哥」本名張勇，當時在中國美術學院藝術設計學院學習首飾設計；「茫然弟」本名余朕哲，當時在杭州師範大學錢江學院學習動畫專業。事件發生後，二人的人人網首頁瀏覽量急劇增長，同時其學習和生活一度受到影響。

色情內容

2009年12月13日，中國中央電視台《朝聞天下》欄目播出了「百度少兒搜尋」存在「黃色內容」的訊息。報導稱，在百度測試了三年的少兒搜尋引擎中，輸入「聊天」、「激情」等詞語後，搜尋結果是大量「黃色網站」的連結。被曝光後，百度很快關閉了「百度少兒搜尋」，但在「百度老年搜尋」仍然存在黃色內容。
2017年8月，「百度地圖」被曝成為上海地區地下色情業的招嫖平台，百度地圖回應已下線涉黃虛假資訊，並展開全面核查。
2018年8月，有網友在百度圖片上搜尋「雪白」、「嫩滑」、「胸膜」、「波濤洶湧」、「鮮嫩多汁」、「三點透視」等詞，出現一些毫不相關的色情圖片，並和Google圖片搜尋的結果形成對比。例如「嫩滑」一詞，Google上的搜尋結果是美食圖片，而百度上的搜尋結果是穿著暴露的美女相片。
2019年2月28日，自媒體「新聞實驗室」稱，百度百科內許多廣州小學和幼兒園詞條不少參考文獻的連結指向色情網站。作者認為，本身詞條在撰寫的時候連結內容確實是學校相關，後來域名被色情網站買下，但是百度沒有檢查百度百科中的失效連結和可疑跳轉。對此百度回應稱已經緊急刪除了文章內提及的詞條中被色情網站利用的參考資料網頁，百度即刻全面排查以該色情網站域名為參考資料的所有詞條，並進行相應處理。後續百度將加大對百度百科詞條參考連結的巡查力度。

開放性爭議

百度百科自稱為內容開放、人人可編輯的網路百科全書，並提倡用戶間平等、共同作業的精神，一般中國大陸的網站在比較百度百科及維基百科時，也都會強調「百度百科」與「維基百科」一樣是一個「讓所有網友參與編撰的網路百科」。百度百科對用戶的編輯權限進行了部分限制，一些權限需要用戶在達到一定的貢獻量和活躍程度後單獨申請，少量名稱被長期白紙保護、內容被長期鎖定的條目則無法被官方以外的用戶所建立或編輯。百度百科的管理人員由百度僱傭和任命的方式產生，與其相比普通用戶所能爭取到的管理權限也較為有限，仍處在輔助的地位。與百度百科的發展所相關的政策決定並非通過公開的討論、評議和投票的方式產生，普通用戶對此缺乏影響力和話語權。此外，百度百科上線本人編輯服務，實質為商家的品牌推廣百科，中立性遭質疑。
因著作權問題，百度百科的內容並不符合各種公認的有關開放或自由的定義。其系統所使用的共筆寫作軟體並非開放原始碼軟體，條目內容所使用的檔案格式也不是開放格式，導致用戶無法存取內容的原始碼，也無法自由匯出條目資料（包括使用API輸出）。

著作權爭議

在「百科協定及百度百科的權利說明」中，「百度百科規定用戶所發表的內容著作權歸原作者所有，若為轉載其著作權歸屬則以原作者或原網站著作權聲明為準，一旦發表後，用戶同意百度百科對其享有免費的、永久性的、不可復原的、非獨家的和完全再許可的權利和許可」，並進而在條目最底處均標示了著作權所有的「©2019 Baidu」。有聲音批評，百度百科用戶從受著作權保護的網站或正式出版物上轉載內容時普遍沒有列明來源和標示原作者或原網站的著作權聲明，或完全忽視其授權條款，造成對他人著作權的侵犯，如維基百科的條目使用版左（Copyleft）的自由內容授權條款，而百度百科所使用的著作權許可並不自由，百度百科使用維基百科的條目內容屬於侵犯著作權，違反中國大陸的著作權法。

破壞惡搞

百度百科長期受到破壞和惡搞問題的影響，通常情況下出現在有爭議或大眾性的條目中（如公眾人物），用戶或刪除、清空不符合其價值觀的文字，或插入虛假資訊，或進行調侃以至詆毀。也有一些地方主義者或持有排外觀點的用戶對城市和行政區劃類條目進行破壞惡搞，或鼓吹各自地方，篡改客觀真實內容，或惡意醜化其他地方。
由於百度百科中的條目內容很多是經複製貼上而來，故頻繁被網友上傳網路流行的惡搞文章，如惡搞革命烈士的條目「史習焜」，「城管」曾被解釋為「形容殘酷、血腥、恐怖」、「等同於打、砸、搶」，「專家」曾被解釋為「吃飽了沒事幹或正事一件都沒幹過」。由於這些惡搞已是網路上流傳已久的段子，所以大多數編輯者對這種錯誤的解釋視而不見，表示預設，多數條目在通過一段時間後才被投訴處理。
一些出現在百度百科中的惡搞行為進而對其他媒體產生了誤導，如條目「布拉格之春」曾被用戶將《紅色警戒2：尤里的復仇》中「尤里的復仇」一詞惡搞為正式的軍事活動代號，並在上海電視台紀實頻道《中蘇外交檔案解密》節目中被當做史實引述，條目「航母殺手」中用戶將輝達Geforce系列顯示卡GTX690惡搞為「690戰術核顯示卡」，同樣被甘肅衛視《解密真相》節目原文參照，引發議題。
2009年1月初，一篇名為「百度十大神獸」的文章在網上發布並形成網路快速傳播現象，網友將一些涉性內容、不雅用語按照諧音惡搞為事實上不存在的動物，並在百度百科中發布，如草泥馬、達菲雞、法克魷、尾申鯨等，被刪除後又相繼出現「十大神秘美食」、「十大神器」等後續作品，使百度百科受到廣泛質疑，但現狀條目已全部被刪除並白紙保護。
部分用戶也常針對系統過濾式稽核的缺陷，創作一些內容看似學術嚴謹但實為偽科學的條目，或以明顯違反科學常識、誇誇其談的語調來對專業條目進行諷刺惡搞，例如化學條目超鹽酸、聚甲烷和卡元素。2014年4月「對二甲苯」條目由於「低毒」屬性被篡改為「劇毒」而爆發編輯戰，引發媒體廣泛關注。

涉嫌抄襲學霸君介面

2016年5月，謙問萬答吧公司起訴百度，稱百度作業幫抄襲了學霸君的介面設計，侵犯著作權，索賠50萬元。

陷害小猿搜題事件

2017年8月9日下午3點半到4點半，多個用戶帳號短時間內在小猿搜題評論區發布多條涉黃資訊，隨後有公關公司在微博大肆傳播「小猿搜題涉黃」。8月10日晚6點半，某電視台播出報導《學習APP驚現「黃段子」 熊孩子父親投訴無果將其曝光》。聲稱自家孩子在小猿搜題上偷看涉黃內容，向小猿搜題客服投訴無果。
2017年8月14日，小猿搜題召開媒體溝通會，指控百度作業幫員工在小猿搜題應用上惡意發布涉黃資訊，並蓄意進行傳播詆毀。小猿搜題拿出證據表明，在評論區發布涉黃資訊的用戶IP來源於百度作業幫辦公所在地使用的IP位址。而電視報導中的所謂「家長李先生」其實是百度作業幫員工王某，其採訪客服的錄音內容也經過了精心剪接拼接。8月14日晚，百度作業幫對此事作出回應，稱「某同行的陳述與事實相悖，是同行的詆毀和誹謗。」

與今日頭條的糾紛

2018年1月有網友在社交平台脈脈透露百度內部架構調整，成立內容生態市場部，由百度公關總監熊贇直接負責，並稱該部門的主要工作，是整合內部公共關係、政府關係資源，打擊百度在資訊流領域最大的競爭對手今日頭條，內部代號：「打頭辦（打擊今日頭條辦公室）」。而後又有媒體人指出：原供職於北京日報旗下的京報傳媒的資深媒體人任強已經加入了「百度內容生態市場部」，佐證了「內容生態市場部」（打頭辦）的存在。1月29日晚間，今日頭條在聲明中表示，其接到用戶舉報，在百度搜索「今日頭條」相關內容，排序第一的搜尋結果，是由百度旗下的自媒體平台「百家號」於2017年12月中旬發布的一條有關今日頭條被要求整改的文章。排序第二的搜尋結果，是「今日頭條官網」，卻用紅字標出警告：「提醒：該頁面因服務不穩定可能無法正常存取」。對此今日頭條表示將向法院提起訴訟。百度方面表示今日頭條一系列的行為是自身發展困境的焦慮。1月30日，北京市海淀區人民法院正式受理了今日頭條起訴百度不正當競爭一案。

偽造民意 建黨節虛假「獻花」

2011年正值中國共產黨成立90周年，2011年六月中下旬開始當用戶在百度搜索「建黨」二字時，會在搜尋頁面中得到一個獻花網站，用戶可以選擇在網路上給中國共產黨「獻花」。不過有網友指出所有的「獻花」都是不存在的，並且獻花數字版只是一個Flash，數字只是會隨著時間增長而自行增長，而與網友的「獻花數」無關。在這個「騙局」被網友揭穿後，百度自行撤下了獻花功能。

ImageNet圖像辨識挑戰賽作弊

2015年5月中旬，百度稱其在ImageNets大型圖像辨識挑戰賽（ILSVRC）的圖像辨識測試中將錯誤率降低至創紀錄的4.58%。但是在2015年6月2日，ImageNet挑戰賽組織者發表聲明指出，在2014年11月28日至2015年5月13日期間，百度的參賽團隊使用了至少30個帳號向測試伺服器進行了至少200次提交，大大超過了比賽規定的每周提交兩次的上限，屬違規行為。百度被ImageNet挑戰賽禁止在2016年提交ImageNet測試成績。

用戶體驗總監因演講內容不當被撤職

2016年7月1日，國際體驗設計大會在北京國家會議中心舉行，百度用戶體驗部總監劉超作為嘉賓對設計從業者發表演講。其演講在多方面引起現場聽眾不滿，在最後部分給百度設計部門打廣告，以致有聽眾在此時大喊「你太low了，下去吧」，現場直播也被迫中斷數分鐘。劉超的演講很快便於知乎引發熱議，繼而蔓延至新浪微博、網媒等多個平台。對演講的批評主要包括：主線內容簡陋且偏題、簡報設計水平差、拿低俗段子說笑、重覆行業常識、強行打廣告、言論歧視女性，以及攻擊與其有過節的錘子科技。有指劉超當日使用的是百度校園招聘的簡報。
不久，劉超在朋友圈發帖，稱「費盡口舌，每週直播2次，累得咽炎都犯了也沒推紅的ip，今天終於火了。百度熊孩子與我們的美女主播。唯一遺憾是二維條碼那頁沒人轉」。在演說簡報出現過的一名百度女員工，在微博上亦發表了爭議言論。事件因而再度發酵。7月4日，劉超就演講事件在百度內網發道歉信，但有跟帖的百度員工質疑其專業能力和態度，且有不少人認為他該辭職謝罪。百度人事的內部帳號當晚跟帖回覆，表示百度對此事件高度關注。經人事部和職業道德建設部及公關部的聯合調查，劉超未事先向公司報備參會資訊，而且他的行為及演講內容給公司品牌及聲譽造成嚴重影響，對百度員工亦造成嚴重傷害。百度方面認定劉超不再合資格出任總監職位，將他從百度管理團隊除名。
這次事件被認為是百度不可信的證明，也有評論質疑為何劉超以其能力能擔任高層職位，認為是反映了百度的人事管理出現問題。「這很百度」（衍生自「這很清真」）亦因此成為網路熱詞。

與王志安的糾紛

2019年1月11日，新聞評論員王志安在其微信官方帳號上發表文章《權健該死，但不是只有它該死》評論權健事件，提到魏則西事件的過往史，不料被百度以文章惡意詆毀品牌形象為由提告侵權。17日，王志安發表文章歷數百度罪狀，表示不屈服，接受百度的提告。

百家號的自家內容過多

2019年1月，自媒體新聞實驗室編輯方可成（曾為《南方周末》記者）在微信官方帳號撰文稱，百度在首頁的搜尋結果，基本上有一半以上會指向百度自家產品，尤其頻繁出現的是百家號。作者認為百家號文章品質低劣，並推導出百度的動機是只想做一個行銷號平台，把用戶變為自家的流量變現。文章傳出後，百度公司的股價也出現下跌。源於百度的名聲再度下跌，此事被官方媒體人民網連發三文點名批判，直指不再開放與公眾漸行漸遠，不符合企業長久經營與貢獻最大利益的社會原則，往小圈子去必將逐漸被人遺棄。
對此，百度回應稱，「百度搜索結果中，百家號內容全站占比小於10%。並且還表示，190萬百家號創作者，覆蓋了全部的權威媒體和諮詢機構，也包含了大量優質的自媒體，內容深度、權威。」對於百度的回應，方可成認為，用戶使用百度基本只看前2頁，如果百度能給出第一頁的結果占比會更有說服力。然而文章作者方可成在採訪中回應聲稱：「搜尋結果更重要的是首頁內容占比，「全站占比沒有什麼說服力」。」他還聲稱：「百度股價下跌與自己的文章沒有太大關係。」而搜狗公司CEO王小川則在事後表示「歡迎使用搜狗」，另外也有中國用戶轉用微軟旗下的Bing進行搜尋，導致百度流量沖向Bing，暫時無法在中國大陸使用。
百度稍後對搜尋引擎進行了一些微調，資訊的搜尋結果中不再包含網頁位址，而是採用媒體的名稱代替，更難判斷來源。

百度涉及周永康薄熙來事件傳聞

據大紀元網站報導，李彥宏的百度深度參與了十八大前夕的高層權力鬥爭。李彥宏在2010年3月曾和薄熙來、周永康秘密會面。周永康薄熙來承諾幫助百度將其主要競爭對手Google公司趕出中國大陸市場。百度則配合暗中解禁敏感詞條，對胡錦濤、溫家寶和習近平進行負面宣傳。雖然直接輸入這幾位領導人姓名時，無法顯示政治敏感內容。但當輸入hujintao、wenjiabao、xijinping時，會出現大量負面報導。

百度新聞假冒章子欣父親發文

2019年7月13日下午，章子欣遇害案中受害女童遺體被發現後，在百度新聞有一名為「章子欣父親」的帳號發文稱「希望下輩子她還是我的女兒，讓我能夠繼續照顧她」，引發媒體質疑該帳號在假冒受害者父親發文。事後百度新聞官方微博發文稱「章子欣父親」帳號為經本人授權後開設，百度代為運營，每條資訊都是經過本人確認後百度團隊再發布。但該帳號的最後一條資訊為未經章子欣父親同意下發布，百度已刪除此訊息並開除負責該帳號的編輯。