日本投降

盟軍進逼

早在1931年日本便與中國在中國北方地區有所衝突，1937年，雙方的中國抗日戰爭便快速擴展開來。日本藉助武力侵占了中國大片領土。1941年12月7日，已經佔領中國部分領土的大日本帝國軍隊偷襲珍珠港，並且迅速占領許多亞洲地區作為自身的殖民地，隨著之後美國的參戰太平洋戰爭進而爆發。起初日本於東亞地區的戰場上獲得一定程度上的成功，但是1942年6月4日中途島海戰爆發後整個戰爭的情勢則被扭轉過來。1943年10月，軸心國之一的法西斯義大利向盟軍投降，歐洲戰事被盟軍逆轉。1943年11月27日，美國總統富蘭克林·德拉諾·羅斯福、國民政府軍事委員會委員長蔣中正與英國首相溫斯頓·邱吉爾一同發表《開羅宣言》。內容則表示同盟國將會堅持與日本作戰直到日本願意無條件投降為止，且日本必須於戰後歸還所佔領的太平洋地區島嶼和中國之領土，另外也承諾在第二次世界大戰後讓朝鮮自由獨立。
自從1944年開始，日本持續在西南太平洋所爆發的馬利亞納群島及帛琉戰事與菲律賓戰役 (1944年-45年)遭遇失敗。在1944年7月日本失去塞班島後，曾聲稱菲律賓將是決戰地點的陸軍大將小磯國昭取代東條英機其日本內閣總理大臣的職位。1945年上半年在道格拉斯·麥克阿瑟主導下，盟軍開始計畫攻佔日本列島外圍的硫磺島和沖繩島等地，之後同盟國也隨即策劃沒落行動並將沖繩島視為入侵日本本土的中轉區（Staging area）。另一方面原本從1941年開始蘇聯僅將40個師的兵力駐紮於亞洲地區以和日本的關東軍抗衡，但是德國戰敗後蘇聯開始悄悄將原本於歐洲戰場上的部隊重新部署到遠東邊境。
在進逼日本本土的同時，盟軍潛艦在太平洋的巡邏行動以及於日本近海實施的飢餓行動成功摧毀日本的商船船隊。由於日本本身並沒有出產足夠的天然資源，使得工業生產必須依賴其所佔領的滿洲、東亞地區以及荷屬東印度來進口原料物資，特別是石油等重要原料主要是依賴海外運輸來供應部隊需求。同盟國部隊除了摧毀日本的運輸船隊外，同時自1944年11月開始美軍部隊也針對日本本州的工業地區展開大規模戰略轟炸，期望能夠藉此瓦解日本於戰爭時期的經濟發展，這些軍事行動也確實迫使日本對於煤、鐵、鋼、橡膠和其他重要物資的生產量只剩下戰爭爆發前的一部分。

蘇聯想法

早在1943年11月到12月召開的德黑蘭會議上，蘇聯便同意在擊敗納粹德國後便會參加對於日本的作戰行動。而於1945年2月的雅爾達會議上美國則表示願意作出種種讓步，以確保蘇聯能夠實現在德國投降後3個月內、另外向日本宣戰的承諾，這使得蘇聯政府對於日本的提案並沒有想過其必要性。就遠東政策來說，蘇聯更加重視其國土自身的安全議題，其中最主要的問題在於未來是否能夠不受限制地進出太平洋。蘇聯首要目標計畫從太平洋沿岸全年無冰區的海參崴等地分別從空中和海上封鎖庫頁島和千島群島，期望能夠藉由獲取當地領土從而確保能夠自由進出拉彼魯茲海峽。蘇聯的次要目標則是佔領租賃使用的東清鐵路、南滿鐵路、大連和旅順口區等地。
為此史達林和莫洛托夫一方面繼續與日本進行談判討論，讓日本片面地希望蘇聯能夠進而協助戰爭往和平發展。同時在與美國和英國的外交往來中蘇聯則堅持要嚴格遵守《開羅宣言》，並且重新肯定雅爾達會議中盟軍根本上不接受與日本單獨或有條件和平投降的承諾，這也意味著日本必須向所有同盟國宣布願意無條件投降。而為了能夠延長戰爭繼續進行，蘇聯多次反對同盟國嘗試取消這項要求的想法。這使得蘇聯能獲取更多時間將部隊從西線轉移到太平洋戰場上，並且準備向滿洲國、內蒙古、朝鮮、庫頁島、千島群島等地發起進攻，甚至期望能進一步從留萌市開始佔領北海道當地。而雖然在5月和6月期間，駐葡萄牙和瑞士的軍官便向日本警告說蘇聯正在準備對日本作戰的情報；同時如淺井勇中佐等海外武官助理也趕緊返回日本，向日本關東軍總司令部報告蘇聯開始透過西伯利亞鐵路將部隊運往遠東地區。然而由於軍方與外務省彼此之間並沒有分享情報的慣例，這使得外務省在談判時並沒有將這些報告結果列為考慮因素之一。

曼哈頓計畫

1939年，阿爾伯特·愛因斯坦和利奧·西拉德交給美國總統羅斯福信件，內容警告德國可能已經在研究並嘗試開發出核子武器，因此要求美國必須盡快資助相關研究並且發展核子武器。羅斯福同意這項要求並且發起被列為最高機密的曼哈頓計劃，由萊斯利·格羅夫斯（Leslie Groves）中將負責研究計劃的管理、由羅伯特·奧本海默負責提供相關技術的研究方向。最後在1945年7月16日時，世界上第一枚原子彈在三位一體核試成功爆炸。
當曼哈頓計劃即將結束之際美國軍方高層也開始考慮如何使用原子彈，為此格羅夫斯成立目標選定委員會並先後在1945年4月和5月間制定出炸彈的目標清單。為了能夠針對原子彈所造成的損害進行準確的評估，這些被規畫為可能的轟炸城鎮被要求過去不曾遭到美軍戰略轟炸。最後委員會選出18個日本城市作為原子彈的轟炸目標，其中依照順序由上到下分別有京都市、廣島市、橫濱市、小倉市和新潟市等地。但是由於美國戰爭部長亨利·劉易斯·史汀生過去渡蜜月時曾拜訪京都當地，並且知道此地對於日本文化和歷史上的意義，在其強烈堅持下京都從轟炸名單中遭到去除。
5月後繼任成為美國總統的哈瑞·S·杜魯門批准組建臨時委員會（Interim Committee），其任務便是作為一個諮詢小組向杜魯門報告有關原子彈的最新情況。臨時委員會成員包括有喬治·L·哈里森（George L. Harrison）、萬尼瓦爾·布希、詹姆斯·布萊恩特·科南特、卡爾·泰勒·康普頓、威廉·克萊頓和拉爾夫·奧斯汀·巴德（Ralph Austin Bard），另外還包括有奧本海默、恩里科·費米、歐內斯特·勞倫斯和阿瑟·康普頓等科學家擔任顧問一職。在6月1日的報告中臨時委員會得出結論認為應該在沒有事前警告或者演習的情況下，盡快使用原子彈攻擊被許多工廠工人居所包圍的兵工廠。然而臨時委員會其主要的任務並不包括規劃原子彈的使用，而是將重點放在原子彈轟炸後應該如何處理其後續效應。隨著許多科學家在參與該計畫並且提出自身看法後，臨時委員會根據弗蘭克報告書（Franck Report）的內容重新審視炸彈的使用問題。在6月21日的會議上，臨時委員會重申除了使用原子彈結束戰爭外，美國並沒有其它方案能夠選擇。

波茨坦會議

1945年7月16日至8月2日期間，同盟國主要國家的領導人召開波茨坦會議，與會者及各國代表分別有蘇聯人民委員會主席史達林、英國首相溫斯頓·邱吉爾（期間由於政黨輪替改為艾德禮）和美國總統哈瑞·S·杜魯門。雖然波茨坦會議主要是商討戰爭結束後歐洲事務的處理事宜，但同盟國也在會議上討論針對日本戰爭問題這一部分。在會議進行前杜魯門便已經獲悉原子彈於三位一體核試驗中獲得成功，並且將武器的開發訊息與英國代表團討論這項訊息。然而原子彈測試的成功也讓美國代表團重新考慮蘇聯參與對日本作戰的必要性，並且就德黑蘭會議與雅爾達會議中所給予的承諾是否明智引發討論。最後美國代表團認為首要考慮的事情是如何縮短戰爭並減少美軍傷亡，而這與蘇聯可能干涉地區的發展應該被歸類為2件事情看待。但美國代表也擔心蘇聯可能會推翻雅爾達會議中的協定而加以佔領他處領土，而之後可能付出的傷亡代價便可能難以估計，並且擔憂蘇聯可能會要求如同德國戰後處理一般在日本劃分勢力範圍。而在波茨坦會議中蘇聯代表團也提到近衛嘗試展開談判的事情，對此英國與美國代表仍要求蘇聯必須遵守對日本宣戰的協議，而蘇聯代表則表示會將日本所提的條件擱置並且繼續執行同盟國的協定。不過杜魯門在會議中也始終不向蘇聯領導人史達林透露美國已經獲得高殺傷力新武器的消息或者暗示，然而美國此時並不知道蘇聯情報部門早在曼哈頓計畫初期階段便已經滲透到其中。但雖然史達林很早就知道原子彈的存在，但是對於其研發與使用的可能性並沒有留下太深印象。

後續攻擊

在廣島遭到嚴重破壞2天後東京已經收到許多詳細報告，但同一時間日本政府也召開舉行會議重新審視國際局勢的變化。另一方面由於事前便得知美軍擁有原子彈的消息，使得史達林決定繼續按照原定計畫來準備對日本的作戰。8月8日晚間10時蘇聯突然向日本駐莫斯科大使佐藤提交宣戰書，2個小時後蘇聯紅軍隨即發動攻勢八月風暴行動入侵朝鮮、滿洲與其他中國東北地區，此外也針對千島群島發起登陸行動。然而為了報復過去旅順會戰日軍偷襲的行為，蘇聯故意不向佐藤提供電報設施來通知蘇聯的宣戰宣言，甚至還切斷大使館與東京的電話線路。一直到8月9日凌晨4時，日本政府才從從莫斯科的電台廣播中得知蘇聯已經廢止《日蘇中立條約》並且向日本宣戰的消息。
美國投下原子彈轟炸廣島以及蘇聯入侵滿洲的「雙重衝擊」對總理鈴木和外務大臣東鄉茂德產生極為深刻的影響，兩人一致同意日本政府必須立即結束這場戰爭。但是大日本帝國陸軍的高階將領則忽視相關情報內容並且嚴重低估蘇聯部隊所發起的攻擊規模，在主張展開決戰的陸軍大臣阿南惟幾大將支持下，陸軍決定準備於日本實施戒嚴並且停止任何爭取和平的嘗試作為。對此昭和天皇命令木戶幸一迅速控制社會局勢，並且提到：「蘇聯已經宣戰，今天開始對我們採取敵對行動」。
上午10時30分日本政府召開軍事參議官會議，其中在這之前與天皇討問過後的鈴木表示日本不可能繼續進行戰爭。東鄉茂德則說日本可以接受《波茨坦公告》的條文內容，但是同盟國必需保證天皇的地位。海軍大臣米內大將則表示必須盡早提出相關的內容請求，否則日本政府將不能獲得更好的待遇籌碼。上午11時後不久，會議中隨即傳來消息指出九州西海岸的長崎市也已經遭遇美軍博克斯卡投擲第二顆原子彈胖子。等到會議結束時，軍事參議官會議大致分裂為3人對3人的場面。鈴木、東鄉以及米內贊成東鄉所提出以《波茨坦公告》為基礎，另外向同盟國提出1個附加條件的作法；而阿南、梅津美治郎和豐田海軍大將則堅持同盟國必須進一步修改《波茨坦公告》的內容，並且要求由日本自行解除武裝、自行就戰爭罪行來進行懲處，而同盟國部隊也必須承諾不會佔領日本本土。

軍事政變

1945年8月12日晚上，陸軍少校畑中健二與同在軍事課工作的宮石秀丸上校、井田正孝中校、竹下正彥中校（阿南的妹夫）和稻葉正夫中校向陸軍大臣阿南惟幾表示希望支持陸軍部隊發起政變來組織新的內閣，並要求盡可能避免日本接受表《波茨坦公告》的條款內容。但阿南拒絕表示是否會幫助青年軍官發起軍事政變，這讓期望能夠獲得強力支援的政變成員只能夠獨自繼續規劃政變的相關內容。8月13日和8月14日上午畑中花了不少時間聚集同樣理念的人士，並且向陸軍省的上級幹部尋求更多支持以完善政變計畫的內容，但仍只成功吸引少部分高級軍官與部隊成員願意支持政變計畫。
在8月13日至8月14日晚上決定是否投降的會議結束過後，包括阿南在內的高級軍官另外聚集在旁邊的房間商討藉由政變的方式來避免日本接受投降的可能性，其中一部分支持本土決戰想法的軍官甚至以「神州不滅」為由認為必須立刻發起政變。河邊虎四郎中將則建議所有的高級官員依照「軍隊到最後仍按照帝國的決定進行」的想法，共同簽署協議來表示堅持執行天皇所下達的投降命令。之後包括阿南、杉山元、梅津美治郎、土肥原賢二、河邊虎四郎、河邊正三和若松唯一等在場出席的所有高級軍官都簽屬這項協議，這向書面協議也意味著除非作為陸軍領導者的阿南宣布發起軍事政變的特殊情況外，否則所有高級軍官都應該反對自己底下的部隊試圖在東京發起政變行動。
其中為了應對畑中可能發起的軍事政變，駐紮於皇居警備周圍的近衛師團的兵力增加1倍來提供額外的保護。然而畑中與椎崎二郎中校共同說服近衛第1師團步兵第2聯隊司令芳賀豐次郎上校同意他們的行動，並且欺騙後者表示包括阿南、梅津、東部軍指揮官和各近衛師團都決定參與這項計劃。畑中還前往東部軍司令官田中靜壹的辦公室試圖說服他也加入軍事政變，但田中拒絕這項提議並且下令畑中立即返回軍營內。8月14日晚上9時30分左右畑中決定實施政變計劃，本來畑中希望在佔領皇居後便能夠宣告軍事政變展開，之後其餘的部隊將會受到鼓動而起來反對投降。在願意共同合作的部隊陸續布署到指定位置之後，畑中和他的同謀決定在凌晨2時首先由近衛師團接管皇居事務。而大約在同一時間阿南則決定當天早晨切腹自殺，並且留下消息表示：「以一死來謝大罪。」但歷史學家對於其自殺的理由是由於引導日本於第二次世界大戰落敗，或者是因為參與軍事政變一事等理由仍然並不清楚。
凌晨1時後不久，畑中和其所領導的士兵便已經包圍皇居周遭。畑中、椎崎中校和上原繁太郎隊長隨機前往森赳中將的辦公室，並且要求正在與其妹夫白石通教討論的他一同參與軍事政變的行動。但是森赳隨即表示拒絕合作協助政變進行，為了避免作為近衛第1師團師團長的森赳命令停止政變行動，畑中與上原兩人隨即殺死森赳與白石。之後畑中便直接取用作為師團長的森赳公文印章，來授權近衛師團執行先前與其他政變領導者所擬定偽造的命令《近衛師團第584號戰略命令》，並以「保護天皇」為名義大幅增加佔領皇居和宮內廳部隊的兵力，而原本皇居警界的警備部隊則被迫解除武裝並且將所有出入口封鎖起來。當天晚上，以畑中為首的政變部隊俘虜並拘留了18人，其中包括宮內廳的工作人員以及日本放送協會派往為投降演講錄音的工作人員。
政變部隊在畑中領導下開始尋找宮內大臣石渡莊太郎、內大臣木戶幸一侯爵以及所保管的錄音內容，但由於面對盟軍炸彈轟炸實施的停電（Blackout）作法、皇居古老的房間布局以及成員本身並不熟悉環境，使得搜查數個小時後始終沒有獲得任何成果。此外雖然政變部隊成功找到負責保管《終戰詔書》的侍從長德川，而畑中也威脅用他的日本刀將其剖腹，但德川則撒謊告訴政變成員說他並不知道錄音唱片或者其他2名男子的下落。在搜索期間政變部隊也切斷大部分的的電話線線路，藉此斷絕皇居內部被困的人員與外面世界之間的通訊。大約在同一時間，另一組以佐佐木武雄（佐々木武雄）上尉為首的政變部隊則前往位於橫濱的總理辦公室，在這之前迫水久常則在暗殺部隊抵達前數分鐘逃離鈴木，之後政變部隊在發現辦公室並無人員後掃射辦公室的機器並且放火焚燒。之後部隊隨即前往平沼騏一郎的莊園嘗試暗殺本人，但平沼則經由側門成功逃脫出去後使得政變部隊只好燒毀他的房屋洩憤。這次事件也導致鈴木在之後8月的其餘時間都要求隨時有警方保護自身安全，同時每天晚上也不斷變換居所休息。
大約凌晨3時，畑中從井田正孝中校得知東部軍即將前往皇居以阻止軍事政變，並且建議應該要放棄政變展開。之後畑中試圖懇求東部軍參謀長高島辰彥允許政變部隊在日本放送協會電台上播放至少10分鐘，期望能夠藉此來向日本人民解釋軍事政變所要實現的目標以及緣由，但是這項提議仍然被高島辰彥所拒絕。近衛第一師團步兵第二聯隊司令芳賀豐上校在發現絕大多數部隊實際上並沒有支持軍事政變後，他下令畑中立刻離開皇居。然而一直到凌晨5時以後政變部隊才結束針對重要人物與《終戰詔書》的搜索作業，而畑中少校則組隊前往日本放送協會的工作室並以武力威脅工作人員提供廣播時間來讓他解釋整起政變行動。在數個多小時後，畑中才接到東部軍的電話並且放棄軍事政變的計畫，在召集所有參與計畫的軍官後便從日本放送協會的工作室離去。
黎明時分，田中在得知皇居已被政變部隊佔領後立即前往皇居和其他參與的成員會面。隨即訓斥參與軍事政變的行為違反日本軍隊自身的精神，並且說服部隊返回軍營重新安頓。早上8時整起軍事政變已經完全結束，雖然政變部隊在當天晚上絕大部分時間成功控制皇居，但是最終仍然沒有找到《終戰詔書》的錄音唱片。之後畑中和椎崎中校則是在街頭投擲傳單解釋軍事政變的動機和行動內容，到了8月15日早上大約11時畑中少校則以自己的手槍自殺，而椎崎在以匕首刺傷自己後也隨即舉槍自盡。而畑中在他的口袋中則收藏有自己寫的絕命詩：「聖世烏雲散，我心無所悔。」

投降之後

在確認戰爭已經終結的消息後，同盟國的平民和軍人對此都感到極為高興，許多盟國國家在8月14日和8月15日期間開始於各地舉辦許多慶祝對日戰爭勝利的活動。其中阿爾弗雷德·艾森士塔特便拍攝著名的照片《二戰對日勝利紀念日的熱吻》（V-J Day in Times Square），內容為一名美國水兵在時代廣場當眾親吻另一名女子；另外同樣在澳洲慶祝戰爭結束的同時，當地記者同樣拍攝人們歡樂慶祝的照片《跳舞的人》（Dancing Man）。但與此同時，蘇聯政府在與美國的談判中透露自己希望能夠佔領北海道當地。但不同於美國允許蘇聯佔領東德和北朝鮮並且掌握當地的發展，這項佔領日本內陸的計劃受到美國總統哈瑞·S·杜魯門的反對。1945年8月14日，朱德彭德懷電陳蔣，公開表示抗拒統帥部8月10日給予該軍駐防待命之命令，8月15日朱德又自稱「中國解放區抗日軍總司令」致電岡村寧次（日本支那派遣軍總司令）飭其命令所屬日軍向該軍投降。8月16日，蔣中正致電日本中國派遣軍總司令官岡村寧次；8月17日下午5時32分，接獲岡村寧次之覆電。
8月19日時，日本官員前往馬尼拉會見駐日盟軍總司令道格拉斯·麥克阿瑟，並簡要地聽取其佔領日本的計劃安排。8月28日150名美國軍事人員抵達神奈川縣的厚木市進行佔領準備，而美國海軍第三艦隊也進駐東京灣內，自此進入同盟國軍事佔領日本時期。而在同一天，蘇聯紅軍也宣布蘇聯政府已經佔領千島群島。隨後以密蘇里號戰艦為首、載著美國海軍陸戰隊第4團（4th Marine Regiment）的船隻也陸陸續續抵達神奈川南部海岸，其他同盟國工作人員也在之後陸續前往日本任職。8月30日麥克阿瑟也抵達東京都進行訪問，並且隨即發布數項法律來維持日本的社會上秩序，這包括有同盟國人員不得毆打日本人民以及不得爭奪日本本身稀少的食物原料等。另外同盟國最初也嚴格限制日本國旗和旭日旗的懸掛場合，要求個別人士和都道府縣必須在申請過後才能夠使用旗幟，這項限制一直到1948年才被部分取消。
另外在第二次世界大戰宣告結束後，各國社會對於第一次於廣島市和長崎市進行的原子彈任務其倫理道德問題進行爭辯。原子彈這項新型武器的投入隨即造成日本近20萬名人喪生，以及大量平民分別受到嚴重程度不同的傷害，而2處當地建築物與其他基礎設施也嚴重遭到破壞。另外在原子彈爆炸之後，被爆者以及之後繼續生活的人們則持續受到放射線的影響，這也讓社會大眾開始質疑原子彈爆炸來促成日本投降的決定，是否有其重要性與必要性。

戰後處理

一直到1947年為止，所有被英國與美國等西方盟軍囚禁的戰俘陸陸續續被遣返（Repatriation）回到日本。但一直到1949年4月為止，由於第二次國共內戰的關係使得超過60,000多名日本戰俘仍出於各種原因留在中國。其中有數千名日本軍成員以及滿蒙開拓移民在華北方面軍高層與山西國民革命軍軍閥閻錫山達成秘密協議後，為了復興大日本帝國並且再次佔領中國而編建成為閻錫山部隊中，另外中共軍隊也接受日本戰俘並使其加入八路軍以及中國人民解放軍，另外包括富永正三在內的日本戰俘則一直到1950年代末期才被遣返回國。但另一方面日本投降也意味著日本後勤需求更加龐大，其中在日本投降時有超過5,400,000名日本陸軍士兵及1,800,000名日本海軍士兵遭到盟軍俘虜。而如果同樣以投降當天做為計算標準的話本，於日本本土服役的軍職人員總人數為4,335,500人，另外布署於海外地區的軍人還有3,527,000人。龐大的軍事人員數量以及在第二次世界大戰期間遭到嚴重破壞的基礎設施，以及1946年時日本本土爆發的嚴重飢荒，這些都使得同盟國對於日本戰俘和一般平民的生存問題更為複雜化許多。
在戰爭結束之際，蔣介石反對分區佔領日本，放棄戰爭賠款，反對罷黜天皇，200多萬軍民即行遣歸日本。日本在中國戰區滯留了總數在200萬以上的軍隊和日僑。蔣介石政府除了將岡村寧次等200餘戰犯盡數無罪釋放外，還迅速遣返日本在華軍民。據統計，共有2711951人被遣返，其中軍人有1231251人，平民1480700人。在遣返過程中，允許日本官兵與僑民攜帶一件盥洗具、一件毛毯、三套冬季衣服、一件大衣、三雙皮靴、三條短褲、三件襯衫、一件手提包、一件手提袋，另外僑民可帶1000日元，軍官可帶500日元，士兵可帶200日元的現款。「與其他從南洋各國返日的人相較，從中國返日者的行李的確太多了」這是岡村寧次在回憶錄中所承認的。國民政府在糧食供應上也有安排。據估計，三個月內為日本俘僑提供的糧食多達128.2萬余大包，如果按當時每包8000元計算，共需款102.574億元。為了迅速遣返日本在華軍民，國民政府方面撥出了80％的船舶和70％—80％的列車，以致國內的緊急運輸活動都受到了影響。
不過雖然日本政府已經簽署了《降伏文書》並接受無條件投降的要求，實際上美國等47個國家與日本之間戰爭的正式結束則一直到1952年4月28日《舊金山和約》生效為止。其中受到中國代表權的爭議問題，已經遷往臺灣的中華民國則在《舊金山和約》生效同一天另外簽署了《中日和約》。蘇聯則由於南千島群島的領土歸屬問題而拒絕簽署《舊金山和約》，在經過多次談判後才於1956年與日本簽署了《日蘇共同宣言》，兩國才正式回復之間的和平關係。而中華人民共和國則受限於當時普遍不受到國際社會的承認，使得一直到1972年中國與日本已經恢復正常外交關係後才另外簽署《中日和平友好條約》。
另外一直到1946年以前，亞洲和太平洋偏遠地區仍然有日軍部隊堅持繼續作戰而不願意投降。而之後一些太平洋小島嶼上仍然有部分日軍部隊仍然堅持游擊抵抗並拒絕投降，其中部分人士認為投降消息是敵方的宣傳行為或者堅持繼續執行先前下達的任務內容，另外也有些人士則從來沒有聽聞過日軍投降的消息。例如1972年時於關島持續游擊抵抗的橫井莊一被人發現，以及在1974年分別於菲律賓和印度尼西亞繼續執行作戰命令的小野田寬郎與史尼育唔才被發現並分別送回日本和臺灣。由於在第二次大戰結束後多年仍然有部隊成員尚未遣返送回日本，這使得日本政府往往透過表揚戰鬥經歷並頒發勳章的方式來「挽回信譽」。另外有些日軍部隊成員則是在第二次世界大戰結束後還被捲入印度尼西亞獨立戰爭或法越戰爭等軍事衝突中，甚至有2名日本軍人之後選擇加入共產主義的游擊隊，一直在泰國南部戰鬥至1991年才被發現。

盟軍統治時期

在9月2日雙方於密蘇里號戰艦正式簽署《降伏文書》後，美國政府批准《美國對日本投降後初期政策》（US Initial Post-Surrender Policy for Japan）來作為同盟國軍事佔領日本時期的指導準則，然而美國總統杜魯門在這之前仍然表示：「戰爭尚未正式結束，我們也還沒宣布停止所有敵對行動。」實際上所謂同盟國軍事佔領日本也幾乎是由美國軍方所主導著，並且由道格拉斯·麥克阿瑟擔任駐日盟軍總司令一職。其中美國認為盟軍佔領時期的優先項目之一是另外起草一部新的憲法，並且藉此來解散過去日本自1868年1月3日明治維新所確立的天皇「統治」架構。1946年11月3日，以《波茨坦公告》為主要構架而成的《日本國憲法》正式公布；而在美國協助下依照此憲法也另外架構新的日本國政府，來取代過去持續統治77年的大日本帝國。但雖然先前昭和天皇為因應美國要求而發布《人間宣言》，聲明中否定天皇為現人神的身分而只是作為一個日本的國家象徵。然而為了不觸及日本自身的國家尊嚴議題，在新制定的《日本國憲法》仍賦予天皇在行政機構仍有其工作職責。
此外盟軍也開始隨即著手調查有關日軍戰爭罪行這一部分，其中包括有南京大屠殺、人體生物武器試驗、勞役或虐待戰俘以及慰安婦問題等。但許多日本民眾擔憂天皇可能會面臨針對戰爭罪刑的審判，甚至可能因而如美國政府所主張的取消日本天皇傳統所擁有的地位。不過在1945年9月底麥克阿瑟將軍在與日本天皇裕仁會面後，裕仁表示自己願意承擔導致第二次世界大戰爆發的罪行，但是這項懲處天皇的提議則被同盟國所拒絕。自1946年1月19日開始，遠東國際軍事法庭開始進行有關戰爭罪刑的起訴程序。之後於4月29日時宣布針對日本重要軍事指揮官與政府領導高層提出戰爭罪刑的控訴，在經過法官審判處理後於11月12日執行判決結果。其中包括前日本首相東條英機、中國派遣軍總參謀長板垣征四郎、駐緬甸方面軍司令官木村兵太郎、日本陸軍參謀本部參謀軍官土肥原賢二、前日本首相廣田弘毅、華中方面軍司令官松井石根與第14方面軍 (日本陸軍)參謀長武藤章等人被判處死刑，另外還有16人則被遠東國際軍事法庭判處終身監禁，不過後者絕大部份人在1955年日本重新獲得主權後得以假釋出獄。1978年時，有14名被遠東國際軍事法庭認定為甲級戰犯者被允許供奉在靖國神社內，這使得之後有關靖國神社的參拜行為往往導致激烈的政治爭議。