馬其頓

邊界與定義

歷史上，對馬其頓的定義幾經變化。
在腓力二世對外擴張之前，古老的馬其頓王國（該地區即得名於此）位於今日希臘的馬其頓省的中西部。在公元二世紀，馬其頓的所在大約就是現今意義上的馬其頓，但當今馬其頓共和國的北部地區在當時並不在「馬其頓地區」之內。雖然原因尚不明確，在之後的11個世紀中，馬其頓的位置發生了顯著變化。羅馬帝國的馬其頓行省包括了現在希臘的北部和中部、馬其頓共和國的大部分和阿爾巴尼亞東南部。簡單地說，羅馬人設立的同名行政區比馬其頓王國要大上許多。在羅馬時代晚期，行省邊界重新劃分，形成了馬其頓主教區，包括當今的希臘本土及隔愛琴海相望的克里特島、阿爾巴尼亞南部、保加利亞部分地區和馬其頓共和國。在拜占庭帝國，馬其頓軍區最初是位於斯特魯馬河東側的色雷斯軍區的一部分。這個軍區包括了色雷斯的多個部分，而馬其頓王朝亦得名於此軍區。因此，這一時期的拜占庭文檔中所提到的「馬其頓」是很可能指的是馬其頓軍區。在另一方面，馬其頓地區在公元9到10世紀間受保加利亞第一帝國統治，後於1018年被併入拜占庭帝國的保加利亞軍區。
14世紀末，隨著鄂圖曼帝國逐步征服東南歐，「馬其頓」在政區名稱中消失了數個世紀，而且極少標示在地圖上。這個詞作為一個地理區域的名字而再度復興。在19世紀後期，它已經有了與今日大致相同的邊界。

宗教

目前，大多數當地居民信奉東正教，主要有希臘東正教、保加利亞正教會、塞爾維亞東正教和馬其頓東正教。作為少數族裔的穆斯林也不容忽視，包括阿爾巴尼亞人、保加利亞人（波馬克人）、馬其頓裔穆斯林（托爾貝什人）、波士尼亞人和土耳其人。

新石器時代

雖然有證據顯示早在舊石器時代此地即有人類居住（例如發現歐洲最古老人種的佩特拉羅納山洞），已知最早的定居點——如希臘伊馬夏州新尼科門迪亞——可以追溯到9000年前。整個新石器時代，包括新尼科門迪亞的希臘北部最常見的建築方式是木製框架和抹灰籬笆牆。發掘品包括造型簡單但製作精良的陶器（有的紅底上會有白色裝飾），頭部呈柱狀的陶土女俑（分布範圍從色薩利到多瑙河谷），石斧，石錛，燧石刀片和石制裝飾品（如無法確定用途的奇怪「鼻塞」）。發掘品的組成家家不同，表明在這個定居點自始就有一定程度的分工。農業經濟以種植穀類作物（如小麥、大麥和豆類）以及放牧（綿羊、山羊，以及少量牛和豬）為主。狩獵在經濟中居於次要地位。從公元前7000年到公元前5500年，這個新石器時代早期的定居點存在了一千多年。
目前看來，位於馬其頓地區西部、阿利阿克蒙河流域的塞爾維亞是新石器時代中期（約公元前5500年至公元前4500年）最具代表性的遺址。典型的塞斯克羅風格（白底紅紋）的陶器分布在定居點的南側。這一時期的陶器在馬其頓地區中、西部的許多遺址均有發現，但至今沒有一個遺址被廣泛發掘。
新石器時代晚期（約公元前4500年至公元前3500年）的風格在整個區域的遺址中都有很好的體現（應指出的是：根據巴爾幹地區的情況，此時期的馬其頓地區東部仍被稱為新石器時代中期）。快速變化的陶器樣式，表明已與相當遙遠地區有貿易往來的陶器碎片，說明社會、經濟和技術都在迅速改變。其中最重要的一個變化是銅製品的出現，倫弗魯很好地證明了這類物品受到了北邊保加利亞和羅馬尼亞文化的影響。這一時期的主要出土定居點包括塞爾邁灣西側的馬克里基亞羅斯（Makryialos）和帕利亞姆貝拉（Paliambela）， 塞薩洛尼基南部的塞爾米（Thermi），茲拉瑪（Drama）平原上的西塔格里（Sitagroi）和迪基里塔斯（Dikili Tas）。一些遺址分布地過於密集，形成了土丘，當地居民稱之為』』’toumbas』』』。另一些則稀疏一些，彼此相距約一公里（馬克里基亞羅斯）。這兩種類型在同一地區同時存在，可以推測，這種定居點結構的差異反映了社會組織的差異。一些群落顯然為應對外敵做好了防禦措施，如馬克里基亞羅斯的壕溝或帕利亞姆貝拉的同心環牆。保存最完好的建築發現於迪基里塔斯，長的木製框架成排擺放，固定在牆壁的外面並用粘土塗抹，有些上面還飾以公牛頭骨。
祭祀活動的顯著證據發現於普羅瑪霍納斯 –托波爾尼卡（Topolnica），遺蹟橫跨了塞雷北部的希臘-保加利亞邊境線。其中一個深坑似乎原來是個地下室，坑裡有著殘骸的連續層，包括大量雕像，公牛頭骨，陶器（其中一些有著罕見、不尋常的外觀）。
儘管綿羊和山羊在牲畜中的地位有所下降，這一時期的農耕經濟延續了在在新石器時代初期的做法，釀酒葡萄的種植也被充分證明。
在希臘北部，發現的新石器時代時期的墓穴很少，無法對樣式做出明晰的推斷。但是隨葬品似乎非常有限。

古馬其頓

馬其頓的古典時期從前500年到前146年，地理上包括馬其頓、伊利里亞和色雷斯三部分。這片土地上，有培奧尼亞、達爾達尼亞、馬其頓和培拉貢尼亞四個王國，一些部落（如阿格里安人），以及希臘城邦的殖民地。在馬其頓興起之前，當地南部的部分地區生活著布利吉人的部落，而西部（即上馬其頓）則有馬其頓人和伊利里亞人聚居。伊利里亞人和馬其頓人之間發生戰爭的時候，布利吉人很可能與馬其頓人和平共處。在古典希臘時期，培奧尼亞王國最初占據了整個阿克西厄斯河流域及周邊地區，包括現在希臘馬其頓地區的北部，馬其頓共和國的大部分，以及保加利亞西部的一小部分。到公元前500年，馬其頓王國的統治中心應位於下奧林波斯山南麓與阿利阿克蒙河最淺河段之間的某處。波希戰爭期間，馬其頓王國臣服于波斯人，但在普拉提亞戰役獨立。在腓力二世和亞歷山大大帝統治時期，馬其頓王國迅速擴張，將整個馬其頓地區納入版圖。亞歷山大的征服使得希臘文化和思想傳播到了當時的近東，但他的帝國在他死後四分五裂。他的將軍們將帝國瓜分，建立了各自的基業。馬其頓王國被卡山德奪取，直到他在公元前297死亡。雖然馬其頓王國依然強大，但它對色雷斯-伊利里安地區的控制力在緩慢衰退。這一時期，高盧入侵巴爾幹，但先後被卡山德和安提柯二世擊退，整體影響不大。

羅馬時期

公元前2世紀，馬其頓對該地區的掌控被崛起的羅馬所終結。腓力五世在位期間（前221年－前179年）與羅馬人發生兩次戰爭。馬其頓在第一次馬其頓戰爭（前215年－前205年）中獲勝，但在第二次馬其頓戰爭（前200－前197年）中大敗。雖然腓力五世倖免於難，但他的繼任者珀爾修斯（前179年－前168年在位）在第三次馬其頓戰爭（前171－前168年）中戰敗被俘，最終失去了整個王國。馬其頓被分成四個羅馬附屬的共和國，最終在公元前146年被吞併，成為羅馬帝國行省。這一時期，通俗拉丁語通過殖民者和軍事人員傳入巴爾幹地區。
隨著羅馬帝國於公元298年分裂，馬其頓的統治者變為拜占庭帝國。約在3世紀到5世紀間，哥特人和匈人的破壞性入侵使得整個地區的人口幾近枯竭。儘管如此，拜占庭帝國的其他地區依然蓬勃發展，特別是如塞薩洛尼基這樣的沿海城市成為重要的貿易和文化中心。從6世紀初，儘管帝國有著強大的武力，早期斯拉夫人仍然頻繁入侵。持續了數個世紀的入侵最終導致了巴爾幹地區的人口和文化發生劇烈變化。雖然傳統的學術觀點認為這是斯拉夫人大量殖民所致，並提出羅馬身份認同的廣泛消退可能在3世紀就已開始，特別是在那些被徵稅和饑荒折磨的鄉下人中更是如此。在此背景下，人數相對較少的斯拉夫戰士和他們的家庭不斷滲透，能夠同化較多的當地居民——斯拉夫的文化模式有時更具吸引力。通過這種方式，隨著時間的推移，大部分馬其頓地區被納入斯拉夫部族的控制。塞薩洛尼基擋下了一次又一次攻勢，拜占庭帝國依舊鼎盛，但斯拉夫文化的影響力在穩步上升。
斯拉夫人的定居點沿著部落和領土的界線分布，拜占庭的希臘史學家稱之為「Sklaviniai」。這些定居點間歇性地進攻拜占庭帝國，或是獨自進攻，或是有保加爾人或阿瓦爾人協助。大約在公元680年，一群「保加爾人」（很可能是之前阿瓦爾人俘虜的羅馬基督徒的後裔）在庫柏（Kuber）汗（理論上已經和保加利亞的阿斯巴魯赫汗同屬咄陸部）的帶領下，入駐培拉貢尼亞平原，試圖奪取塞薩洛尼基地區。當帝國能抽出軍隊的時候，巴爾幹地區的控制權已經易手。君士坦斯二世在位時，俘獲了大批馬其頓的斯拉夫人，他們被轉移到小亞細亞中部，在那裡，他們被迫承認拜占庭皇帝的權威，並在帝國的軍隊中服役。在7世紀後期，查士丁尼二世再次對馬其頓的斯拉夫人和保加爾人組織了大規模的遠征。他率軍自君士坦丁堡出發，征服了眾多斯拉夫部落，並在塞薩洛尼基的郊區建立「色雷斯軍區」，並攻克了這座偉大的城市。然而在回師途中，他被庫柏的斯拉夫－保加爾人伏擊，失去了大部分軍隊和戰利品。之後，他失去了王位。對斯拉夫人的鎮壓並不徹底，因此儘管取得了一時的成功，該地區的統治仍不穩定，時常有叛亂發生。直至8世紀後期，皇帝都更願意將防線收縮到南部的愛琴海沿岸。隨後從色雷斯和希臘兩個軍區各分出一部分轄區，合併為新的「馬其頓軍區」，它與如今馬其頓地區的地理位置並不相符，而在更遠的東方（以阿德里安堡為中心）。

中世紀

約在公元836或837年後，斯拉夫人便從拜占庭的記錄中消失了，因為他們已被擴張中的保加利亞第一帝國吸收。公元837年，保加利亞第一帝國吞併了部分馬其頓地區，斯拉夫人在馬其頓的影響力隨著這個國家的興起而增強。在860年代前期，兩個來自塞薩洛尼基的拜占庭希臘人——西里爾與美多德兄弟，創造了斯拉夫人的第一套文字格拉哥里字母（最初用於轉錄古教會斯拉夫語）因而通常稱他們為斯拉夫世界的使徒。他們的文化遺產被中世紀的保加利亞繼承並發展，公元885年後，「第一個說保加利亞語的大主教」、聖徒奧赫里德的克萊門特居住在奧赫里德地區（在今馬其頓共和國），此地因而成為一個著名的宗教中心。克萊門特與聖徒瑙姆（聖徒西里爾與美多德的另一個弟子）在奧赫里德附近創建了一個蓬勃發展的斯拉夫文化中心（即現在的奧赫里德文學院），在那裡，學生們用古教會斯拉夫語、格拉哥里和西里爾字母學習神學。根據納拉什（今希臘新菲拉澤爾費亞）的銘文，在10世紀初，保加利亞、拜占庭之間的邊界大約在塞薩洛尼基以北20公里處。據拜占庭作家約翰·卡米尼亞泰斯的記錄，當時 塞薩洛尼基周圍的居民除了希臘人以外，還有「斯基泰人」（保加利亞人）和斯拉夫人（茲魯古比泰和薩古扎泰兩個部落）。
10世紀末，拜占庭皇帝約翰一世·齊米斯基斯在970－971年間的羅斯－拜占庭戰爭中征服了保加利亞東部後，保加利亞第一帝國的政治文化中心轉移至現在的馬其頓共和國境內。之後，因首都普雷斯拉夫和沙皇鮑里斯二世落入敵手，王權也被在聖索菲亞大教堂廢黜，保加利亞被拜占庭正式吞併。沙皇薩穆伊爾_(保加利亞沙皇)建立了新的王朝——科米托普盧特王朝，首都設在奧赫里德，同時也是全保加利亞牧首的所在地。薩穆伊爾其繼任者繼續抵抗拜占庭長達數十年，最終在1018年屈服。包括馬其頓在內的西保加利亞被併入拜占庭帝國的保加利亞軍區，而保加利亞牧首也被降級為奧赫里德大主教。
斯拉夫人起義不斷發生，往往受到北邊塞爾維亞公國的支持。每次短暫的獨立都會被拜占庭迅速鎮壓。諾曼人和拜占庭此時也處於戰爭時期，諾曼人從義大利南部發起攻勢，一度占領了西北海岸的部分區域。
從12世紀起，部分馬其頓地區被拉什卡的塞爾維亞王國征服。在13世紀，繼第四次十字軍東征後，拜占庭希臘人、薩洛尼卡王國（拉丁十字軍建立的短命王國）和保加利亞第二帝國在馬其頓的歸屬上有爭議。馬其頓南部的大部分處於伊庇魯斯專制國保護下，後由尼西亞帝國接手；而北部則由保加利亞統治。但1261年後整個馬其頓都劃歸拜占庭統治。直到1341年至1347年間，拜占庭發生內戰，塞爾維亞的統治者斯特凡·杜尚趁機擴擴張，並建立塞爾維亞帝國，領土包括全部馬其頓地區，以及除了薩洛尼卡、雅典和伯羅奔尼撒以外的希臘的中、北部。杜尚於1355年去世，不久之後帝國分裂，統治馬其頓的是武卡欣·姆爾尼亞夫切維奇和他的兒子馬爾科·姆爾尼亞夫切維奇。
這時，鄂圖曼帝國打敗了眾多基督教國家（如塞爾維亞、保加利亞和希臘），逐漸威脅著巴爾幹地區。1371年，鄂圖曼贏得馬利查戰役後，馬其頓地區大部分成為其附庸，在14世紀末被完全吞併。此後近500年間，馬其頓都在鄂圖曼帝國控制下，在此期間，突厥人的遷入形成了少數族裔。塞薩洛尼基後來成為那些在1492年被西班牙驅逐的塞法迪猶太人的聚居地。

復興

19世紀，希臘、塞爾維亞和保加利亞三國的復國運動興起後，對鄂圖曼帝國在歐洲的的領土（被認定為「馬其頓」）存在爭議，這導致在了19世紀末和20世紀初形成兩個陣營，它們需要在突厥人和競爭對手之間分配兵力。
其中最重要的是保加利亞馬其頓－阿德里安革命委員會（BMARC，1902年後改為SMARO；另一種版本說，它包括馬其頓革命組織（MRO，1902年後改稱TMORO））。在戈采·德爾切夫領導下，該組織於1903年發動了伊林登－先知以利亞日起義，目的是取得自治或獨立的權利（1902年之前只有保加利亞人可以加入，但後來它邀請「每個馬其頓人或奧德林人，不論國籍，團結起來」），希臘人也在1904年至1908年間進行抗爭。後因歐洲列強的外交干預，馬其頓獲得自治權一事被提上議程。
有人聲稱雜樣水果凍（水果或蔬菜沙拉）因當地複雜的人口構成而得名。

巴爾幹戰爭

巴爾幹諸國對於鄂圖曼帝國即將崩潰歡欣不已，這令它們得以收復在歐洲的領土。1908年的青年土耳其革命是一次令民眾對帝國現代化期望落空的民族主義運動，它加快了鄂圖曼帝國對巴爾幹占領的終結。為此，巴爾幹諸國在1913年春季結為同盟。第一次巴爾幹戰爭於在1912年八月爆發，歷時6周，由蒙特內哥羅向鄂圖曼帝國宣戰，後者最終面對在色雷斯、馬其頓、阿爾巴尼亞北部和南部以及科索沃四線作戰的境況。馬其頓的作戰條件很惡劣。由於事先沒有任何約定，希臘和保加利亞孤注一擲地向「第一次巴爾幹戰爭的唯一大獎」——塞薩洛尼基進軍，兵臨城下的處境使得鄂圖曼帝國從馬其頓撤軍。希臘軍捷足先登，占據了塞薩洛尼基，他們是唯一的受益者。格蘭尼說：「這是場有利於希臘人的戰爭」。
第一次巴爾幹戰爭從土耳其人手中解放了巴爾幹半島，並解決了除馬其頓以外的重大爭議。1913年春，在新得的領土上，塞爾維亞和希臘開始「塞爾維亞化」和「希臘化」，而保加利亞則要面對猶太人和土耳其人帶來的一些困難。保加利亞做夢都想占據塞薩洛尼基，他們正在為此備戰。1913年6月，保加利亞軍隊接受密令，突襲塞爾維亞人。希臘和塞爾維亞曾於同年5月簽署雙邊防禦協議，因此兩國決定在保加利亞最虛弱的時刻回擊——保加利亞在上個冬天損失慘重。此外，羅馬尼亞也因覬覦保加利亞的土地而與之開戰。
1913年8月簽訂的布加勒斯特條約令保加利亞失去了之前的大部分戰果。大半馬其頓被劃入南塞爾維亞，如今的馬其頓共和國一帶和愛琴馬其頓則成為北希臘。希臘的領土和人口幾近翻倍，其北部邊界自巴爾幹戰爭後至今少有變動。塞爾維亞得到瓦爾達爾省（現在的馬其頓共和國）後，便將視線轉向愛琴海，以塞薩洛尼基為最高目標。然而從保加利亞獲得大量人口的希臘在巴爾幹戰爭勝利後不久，就計劃將愛琴海地區的斯拉夫人同化。
許多馬其頓的志願者加入保加利亞軍，他們以保加利亞–亞德里安堡志願軍等部隊的名義與敵軍戰鬥。

一戰

在馬其頓戰役後，馬其頓地區的現狀保持不變。1918年，塞爾維亞–克羅埃西亞–斯洛維尼亞王國（1923年更名為南斯拉夫王國）的成立預示著史高比耶既沒有特別的管理制度，也不會承認任何形式的馬其頓民族認同。實際上，由於北馬其頓最終被塞爾維亞征服，對馬其頓身份認同的聲明一直停留在口頭上。
1917年俄國革命後，塞爾維亞馬其頓的局勢發生變化。據斯費塔斯所述，共產國際處理馬其頓問題的方式取決於政治環境。20世紀20年代初，共產國際的立場是支持馬其頓成為一個唯一獨立的巴爾幹蘇維埃民主政權。實際上，蘇聯希望的是保加利亞的共產主義者和保加利亞–馬其頓各社團組成同一戰線，攪亂巴爾幹半島的局勢。在共產國際的保護下，馬其頓內部革命組織（IMRO）將「一個獨立的馬其頓」理念升級成「一個巴爾幹諸國的聯邦」，將全體馬其頓人統一起來。但數年後保加利亞在第二次世界大戰中加入軸心國一方，蘇聯便停止了支持。

二戰

1941年，德軍準備從羅馬尼亞入侵希臘，在到達保加利亞邊境後，向保加利亞提出軍事通行權。在武力威脅下，沙皇鮑里斯三世別無選擇，在1941年3月1日正式加入法西斯陣營。由於《蘇德互不侵犯條約》的存在，民眾沒什麼反對意見。
1941年4月6日，儘管加入了軸心國，在入侵南斯拉夫之戰和希臘戰役的初期，保加利亞政府仍然消極怠工。在德、意、匈三國軍隊擊潰南斯拉夫和希臘之際，保加利亞仍然袖手旁觀。南斯拉夫政府於4月17日投降，希臘政府則堅持到了4月30日。4月20日，保加利亞不再觀望，派軍進入愛琴海地區，試圖奪取色雷斯以獲得愛琴海出海口，以及東馬其頓和大部分東塞爾維亞。所謂的瓦爾達爾省被保加利亞和義大利瓜分，義大利占據了西部，而保加利亞對馬其頓的占領被當地居民視為壓迫，原本關係良好的兩國逐漸疏遠。
德占希臘時期（1941–1944），抵抗組織以希臘共產黨（KKE）及其軍事部門民族解放陣線（EAM）、希臘人民解放軍（ELAS）為主。儘管民族解放陣線的許多成員都是斯拉夫人，卻分為兩派：保加利亞-希臘派和馬其頓派。為了揚長避短，希臘共產黨找上了南斯拉夫共產黨領導人約瑟普·布羅茲·狄托，雙方合作建立了馬其頓的民族解放陣線。雄心勃勃的狄托亦為希臘馬其頓制定了計劃，成立了馬其頓民族解放陣線反法西斯會議（ASNOM），使擺脫壓迫的意願在全馬其頓傳播開來。此外，希臘共產黨在「大馬其頓」一事上頗為積極，直到它意識到「在內戰中取得勝利」如同鏡花水月一般。此後，兩個民族解放陣線因政見不合而分道揚鑣，馬其頓民族解放陣線於1944年被驅逐出希臘。

戰後

戰爭的結束並未給希臘帶來和平。政府軍和民族解放陣線之間爆發了激烈的內戰，雙方傷亡約50,000人。希臘共產黨在1949年的戰敗迫使他們的斯拉夫成員要麼離開希臘，要麼接受並使用希臘的語言和姓氏。斯拉夫人受到歧視，政府甚至不承認他們是少數族裔。1923年以來，希臘唯一獲得國際承認的少數民族是西色雷斯的穆斯林。
由於南斯拉夫馬其頓大部分被保加利亞占領，該地區成為狄托唯一沒有發展游擊隊的地區。為了改善這種狀況，同時也為了反抗軸心國，1943年「馬其頓共產黨」在泰托沃成立。同時，保加利亞人的暴力鎮壓使得他們在平民眼中的形象一落千丈。到戰爭結束時，「馬其頓民族意識幾乎不存在，直到民眾從痛苦的經歷中認識到：無論索菲亞或是貝爾格勒的統治，都令人難以下咽。然而即使沒有屬於馬其頓人的國家，仍有馬其頓共產黨存在，以共產黨為核心，馬其頓人民共和國得以建立」。
因此，狄托在戰後將南斯拉夫馬其頓從塞爾維亞中獨立出來。1946年，馬其頓社會主義共和國加入新成立的南斯拉夫社會主義聯邦共和國，首都為史高比耶。作為切斷馬其頓人與保加利亞之間關係的一種手段，狄托宣揚「一個獨立的馬其頓民族」概念。雖然馬其頓語非常接近保加利亞語，但其不同之處卻被刻意強調；馬其頓地區的歷史人物也被烙上了馬其頓人（而非塞爾維亞人或保加利亞人）的印記。馬其頓東正教從塞爾維亞正教會中分裂出去，但並未獲得以君士坦丁堡普世牧首區為首的其他東正教會的承認。共產黨試圖用嚴厲的懲罰來阻止親保加利亞的傾向，這一作法直到1991年才停止。
狄托的行為有很多理由。首先，作為一個克羅埃西亞人，他希望削弱塞爾維亞在聯邦內的影響，而在曾屬於塞爾維亞的土地上建立一個與塞爾維亞地位相當的國家達到了這個目的。其次，他想斷絕馬其頓斯拉夫人與保加利亞的關係，因為民眾對保加利亞的認同將破壞維護聯邦統一的根基。最後，狄托試圖以「解放」馬其頓的名義，為南斯拉夫日後向他國提出領土要求——包括皮林馬其頓（即保加利亞的布拉格耶夫格勒州）和愛琴馬其頓——找到正當理由。設想中的「馬其頓國」將是南斯拉夫聯邦中的一員，南斯拉夫由此可以進入愛琴海。
早在1944年8月，狄托就顯露過這一想法，他在一份公告中聲稱他的目標是重新統一「1912至1913年間被巴爾幹帝國主義者瓜分的馬其頓」。為此，他與保加利亞談判，意圖成立一個可能包括阿爾巴尼亞的新聯邦，以及在希臘內戰中支持希臘共產黨一方。1949年希臘共產黨戰敗，狄托亦與蘇聯和親蘇的保加利亞發生齟齬，重建共產主義的馬其頓這一想法遂被摒棄。
希臘和蘇聯均將希臘斯拉夫人視為希臘內的「第五縱隊」，官方不承認他們是少數族裔。經歷了第二次世界大戰和內戰的希臘經濟困窘，許多安置在當地的希臘人和說希臘語的當地人移居國外，特別是澳洲。希臘的軍事獨裁在1959至1967年略有放鬆，此後又施以嚴格限制。這種情況在希臘恢復民主後逐漸緩解，然而直到20世紀90年代希臘還因「騷擾」馬其頓斯拉夫政治家（儘管如此，他們還是成立了彩虹黨）一直受到國際人權活動人士批評。在別處在希臘馬其頓的其他地方，戰後的經濟發展活躍，該地區迅速成為希臘最繁榮的地方。沿海的旅遊業相當發現，特別是在哈爾基季基半島。
在忠於蘇聯的第三國際書記——格奧爾基·季米特洛夫的領導下，保加利亞最初承認了馬其頓的存在，它甚至同意皮林馬其頓加入南斯拉夫馬其頓，基於這個原因，當地人在1946年的人口普查中宣稱自己是「馬其頓人」。這引發了不滿，許多人被監禁或被軟禁在馬其頓以外的農村地區。在狄托與東方集團決裂後，這個主張即被廢除，同時馬其頓國和馬其頓語的地位也不被承認。
20世紀40年代後，馬其頓的歷史學家試圖將一大批在19世紀保加利亞復興及武裝抵抗運動中的傑出人物宣稱為馬其頓人，這引發了索菲亞的極大不滿。保加利亞多次指責馬其頓共和國挪用保加利亞民族英雄和符號、篡改文學作品和歷史文獻，以便證明馬其頓斯拉夫人的民族意識在1940年之前便已存在。保加利亞引述的例子包括：米拉迪諾夫兄弟的民歌集《保加利亞民歌》，塞爾維亞考古學家韋爾科維奇Verkovic以「政治正確」的名義所作的《馬其頓的保加利亞人之歌》「作品集」的和「馬其頓民歌」。此後幾十年間，這個問題給馬其頓共和國與保加利亞、前南斯拉夫之間的關係造成了惡劣影響。

獨立

20世紀90年代初，南斯拉夫馬其頓總統基羅·格利戈羅夫試圖使自己的共和國不受南斯拉夫內戰波及。馬其頓的生存依賴南斯拉夫及南斯拉夫共產黨的積極支持。在二者都開始崩潰之際，馬其頓當局允許並鼓勵比之前更強的馬其頓斯拉夫民族認同感，例如默許民族主義者「重新統一馬其頓」的主張。在馬其頓共和國內的阿族人不滿於本民族的權利因逐漸興盛的馬其頓斯拉夫民族主義而受到損害。雖然一些塞爾維亞民族主義者倡議讓馬其頓重新併入塞爾維亞，但鑑於塞爾維亞正忙於與波士尼亞與赫塞哥維納和克羅埃西亞之間的戰爭，而且與波士尼亞與赫塞哥維納及克羅埃西亞相比，馬其頓境內的塞爾維亞人更少，因而這個倡議沒有實現的可能。
20世紀後期，東歐劇變，馬其頓與其諸多盟國一道於1991年底宣布從南斯拉夫獨立。1991年，社會主義的馬其頓共和國舉行關於獨立的全民公投，贊成獨立占據了壓倒性的優勢。阿爾巴尼亞族人抵制次此公投——儘管他們確實建立了自己的政黨，並積極參與政府、議會的工作。馬其頓社會主義共和國宣布從南斯拉夫聯邦獨立，此事並未引發新的衝突。保加利亞隨即於1992年2月率先正式承認馬其頓共和國的獨立。新的馬其頓憲法於1991年11月20日生效，並據此組建了基於議會民主制度的政府。基羅·格利戈羅夫成為馬其頓獨立後的首任總統，繼任者為鮑里斯·特拉伊科夫斯基。2001年1月初，阿族民族解放軍（UÇK）與馬其頓共和國的治安部門發生武裝衝突。2001年8月13日，馬其頓共和國和阿爾巴尼亞人代表簽署奧赫里德和平框架協議，通過給予馬其頓的阿爾巴尼亞人更多權利的方式，解決了一部分衝突。2002年1月，對阿爾巴尼亞游擊隊和叛軍的大赦結束了這場衝突，而零星的叛亂持續到年底。

與希臘的爭議

目前馬其頓共和國的所在，只是古馬其頓王國的一小部分，關於古王國的其他部分是否應當併入如今的馬其頓共和國，一直存在爭議。而對於分布在此區域內一小半土地上的斯拉夫人，也存在爭議。這些斯拉夫人的先祖於公元6世紀晚期到7世紀早期遷入，使得希臘人在馬其頓地區的優勢蕩然無存。可以想見，對於「馬其頓共和國」擅用被希臘視為「希臘符號」的「馬其頓」一詞，在希臘境內會掀起何等波瀾。內戰時期的遺留問題本就助長了民族主義者們的憤怒，而對親南斯拉夫的北部邊境少數民族的擔憂更是火上澆油。起初，希臘政府正式反對以任何方式使用「馬其頓」及其衍生名稱為名字，以及使用諸如維吉納太陽一類符號。1992年，關於馬其頓共和國的爭論愈演愈烈，以至在雅典引發了一場示威遊行；與此同時，一百萬馬其頓希臘人打著「馬其頓屬於希臘」的旗號，走上塞薩洛尼基的街頭，但示威者只針對「馬其頓」這個名字和該地區的歷史，並沒有對北方的鄰居提出領土要求。同年，在馬其頓共和國的國名未能獲取承認並將其寫入憲法後，超過十萬的斯拉夫馬其頓人在首都史高比耶遊行示威。
這場爭議不僅發生在民族主義者中間，同時也波及了希臘政壇。希臘的兩大政黨：康斯坦丁·米佐塔基斯領導的保守派新民主黨和安德烈亞斯·喬治烏·帕潘德里歐領導的泛希臘社會主義運動，雙方都試圖超過對方，他們煽動民族主義情緒，鼓吹史高比耶公布的民族統一主義政策造成的長期威脅。而新民主黨的分裂又使得情況變得愈加複雜：時任總理米佐塔基斯傾向於在馬其頓問題上採取溫和的解決辦法，而外交部長安東尼斯·薩馬拉斯卻意圖採取強硬手段。兩人間的矛盾終至不可調和，薩馬拉斯被解職，而米佐塔基斯則兼任外交部長一職。儘管有聯合國居中調解，米佐塔基斯仍未能就馬其頓問題達成協議。1993年9月，的一名議員加入薩馬拉斯創立的政黨，新民主黨失去執政地位，米佐塔基斯於同年10月下台。
1993年10月的大選之後，帕潘德里歐上台，在馬其頓問題上態度強硬。馬其頓共和國已將「馬其頓共和國」作為國名寫入其憲法，聯合國建議其以「前南斯拉夫馬其頓共和國」這一臨時名稱獲取國際承認，美國和歐盟同意此建議，並正式承認馬其頓共和國。這在希臘引發了新一輪的小型遊行示威，以反對那些被希臘的盟友稱之為「背叛」的行為。帕潘德里歐支持並鼓勵遊行示威，對馬其頓共和國採取「強硬路線」使他甚孚民望。1994年2月，他對馬其頓共和國實行貿易禁運，僅允許食品、藥品和人道主義援助。這對馬其頓共和國的經濟而言可謂疥癬之疾，而使其傷筋動骨的是南斯拉夫的解體和因戰爭失去的中歐市場。此外許多希臘人以借道保加利亞的方式打破了貿易禁運。然而，由於聯合國已對馬其頓共和國北部的南斯拉夫實行貿易禁運，而南方希臘的貿易禁運切斷了馬其頓共和國與塞薩洛尼基港的聯繫，從而困守內陸，對經濟造成了不利影響。不久之後，希臘和馬其頓共和國之間簽訂了臨時協議，意味著兩國之間加強了合作。經濟封鎖也令希臘付出了政治上的代價，希臘的處境幾乎無人理解或同情，它的行為也因被視為蓄意阻撓而惹惱了一些歐盟成員國。儘管一般認為南斯拉夫內戰的起因來自於過急承認其解體產生的各個共和國，仍有一些人士批評雅典的行為使巴爾幹地區的局勢更加緊張，希臘從一開始就不應該走這步棋。此後，希臘只得同意南斯拉夫解體，以換取歐盟在馬其頓問題上的支持。1994年，歐洲聯盟委員會在歐洲法院起訴希臘，要求解除貿易禁令，雖然臨時判決對希臘有利，但在最終判決下達之前，希臘在1995年自行解除了貿易禁令。這是為了「馬其頓共和國」和希臘達成「臨時協議」，馬其頓共和國同意從憲法中刪除關於「大馬其頓」的任何形式的領土要求，並從國旗上去掉了維吉納太陽。作為回報，希臘解除了封鎖。
大多數國家都承認了馬其頓共和國的憲法國名，特別是美國、中國和俄羅斯，以及其鄰國保加利亞、塞爾維亞，雖然在聯合國使用「前南斯拉夫馬其頓共和國」作為臨時國名，憲法國名一般只用於雙邊關係，或是與不承認憲法國名但非爭議方的國家之間的關係。
關於國名的爭議的討論從未中斷，但到目前為止沒有任何決議。希臘政府已將此問題與馬其頓共和國加入歐洲聯盟和北大西洋公約組織的進程掛鈎（更多信息參見馬其頓加入歐盟）。
馬其頓共和國、克羅埃西亞和阿爾巴尼亞已具備加入北約的資格，而對這三國的邀請定於在2008年4月於布加勒斯特（羅馬尼亞）舉辦的北約峰會上討論。峰會開始前，美國總統布希說，北約將做出一項歷史性決定，關於三個巴爾幹國家——克羅埃西亞，阿爾巴尼亞和馬其頓——的准入權，而美國也會大力支持邀請這些國家加入北約。然而希臘因國名爭議提出反對，北約領導者於是決定不邀請馬其頓加入。馬其頓的與會代表，同時也是就國名問題與希臘談判的人員抱怨說，馬其頓共和國受到懲罰的原因，不是因為它未能達到加入北約的標準，而是因為它一直試圖捍衛其國家身份。雖然北約領導人同意一旦爭議解決便會邀請馬其頓，但至今為止並沒有任何進展。
2008年11月，馬其頓共和國在海牙國際法院提起訴訟，指控希臘阻止其加入北約違反了兩國之間的臨時協議。1995年，兩國簽署了臨時協議，馬其頓同意在國際組織中的使用臨時國名，而希臘承諾不會阻止馬其頓加入歐盟和北約。
2009年3月，歐洲議會表示支持馬其頓共和國獲得加入歐盟的候選資格，並要求歐盟於當年年底前開啟入盟談判，遺憾的是馬其頓在獲得候選國地位後已經等了三年，這令他們相當泄氣，同時給整個地區帶來動亂風險。議會還建議該國應迅速解除公民簽證的限制。
於2018年6月，希臘與馬其頓就這一爭端進行過多次協商並達成一致意見，在普雷斯帕湖簽署馬其頓共和國將更名為北馬其頓共和國的協議，但要視乎馬其頓全民公投的結果。
2018年10月2日，馬其頓全民公投中有91%選民支持更改國名，惟投票率僅37%，未達50%的有效要求。此後馬其頓仍繼續推動更改國名。2018年10月19日，馬其頓共和國國會以80票贊成和39票反對通過了更改國名的修憲議案；12月3日，國會以67票贊成和23票反對通過了更改國名的修憲草案；2019年1月11日，國會以81票贊成和29票棄權通過了更改國名的修憲法案，實現之前簽署的普雷斯帕協議，但尚須要希臘國會批准協議才能生效。
2019年1月25日，希臘國會以153票對146票通過更改國名協議，歐盟和北約歡迎表決結果。
2019年2月12日，「馬其頓共和國」國號正式改為「北馬其頓共和國」。

與保加利亞的爭議

關於保加利亞的馬其頓人的數量頗有爭議，保加利亞的數個人口普查結果相互矛盾。由於保加利亞當局沒有公布1946年人口普查中馬其頓人數，而來自南斯拉夫的消息稱，此次人口普查中約有252,000人宣稱自己是馬其頓人。1991年，駐倫敦的保加利亞大使館在指出，那次人口普查中約有169,000人被記錄為馬其頓人。1956年的人口普查顯示保加利亞有187,789名馬其頓人。在此期間，馬其頓語是皮林馬其頓的官方語言。到了1992年，馬其頓人的人數變為10,803人，而在2001年只有5,071公民自稱為馬其頓人。保加利亞政府和輿論在整個期間貫徹了「不承認馬其頓人是一個民族」的政策。最近，保加利亞關於這一問題的觀點是：第二次世界大戰後，保加利亞共產黨當局出於壓力和報復，無視當地居民對合作的不情願，針對皮林馬其頓地區的保加利亞人制訂了對保加利亞馬其頓人的政策。從1958年後，來自莫斯科的壓力減少，索菲亞轉而認為馬其頓語並不存在，而布拉戈耶夫格勒州（即皮林馬其頓）的馬其頓人實際上是保加利亞人。
保加利亞有數個馬其頓民族組織：「伊林登傳統馬其頓組織」，1992年在索菲亞市法院註冊，後更名為「伊林登馬其頓內部革命組織獨立派」。1998年，該組織註冊成為非政府組織。另一個組織是「伊林登聯合馬其頓組織（UMO）」，1990年，布拉戈耶夫格勒地區法院拒絕了該組織的註冊，因為他們的某些章程違憲。1994年10月，該組織一分為三，之後，其中的兩個派系合併成「伊林登–皮林聯合馬其頓組織」。1998年，皮林馬其頓的馬其頓人的投訴有五分之二被歐洲人權委員會受理。之後，保加利亞選舉委員會於2001年批准了伊林登聯合馬其頓組織一個派系的登記，因為它已經從其憲章中去除了獨立訴求，母組織基本停止活動。至於伊林登–皮林聯合馬其頓組織，儘管歐洲法院在2005年10月裁定對該組織的禁令侵犯了結社和集會自由的權利，2007年，索菲亞市法院仍拒絕為其登記。11月，歐洲議會駐保加利亞報告員和歐洲理事會擴大事務專員敦促保加利亞政府為該組織登記。
20世紀90年代，馬其頓激進主義者的騷擾行為被多次投訴。整個90年代，伊林登聯合馬其頓組織多次試圖紀念革命家揚埃·桑丹斯基的逝世，但多被保加利亞警方制止。另據報導，馬其頓內部革命組織的激進主義者數次滋擾伊林登聯合馬其頓組織的成員。
保加利亞的一個馬其頓組織發布的名為Narodna Volja（「人民的意志」）的報紙，一共印了2500份。
關於馬其頓共和國的激進分子及保加利亞人組織的騷擾事件也有報導。2000年，保加利亞人的團體拉德科協會在史高比耶召開會議之際，一些青少年向會場投擲煙霧彈，引發了與會代表的恐慌和混亂。馬其頓憲法法院取締了該組織，因為它的綱領文件質疑馬其頓的憲法法典，並煽動民族對立和宗教仇恨。此後，拉德科協會便鮮少有公開活動。
2001年，拉德科協會在史高比耶發行米拉迪諾夫兄弟的的民歌集——《保加利亞民歌》第一版（在馬其頓共和國並未使用此名發行，且被視作斯拉夫馬其頓人的歌詞集）。這本書引發了一波出版潮，其中希臘卡斯托里亞主教的回憶錄中記載了希臘和保加利亞在20世紀初的教會紛爭，以及卡內基國際和平基金會關於1913年巴爾幹戰爭起因的報告。這些出版物無一例外地將馬其頓人視為保加利亞人。在官方宣傳中，將馬其頓人作為獨立民族存在的時間上溯至亞歷山大大帝，這批質疑此說法的出版物在國內輿論中引發了劇烈反應和質疑。《保加利亞民歌》出版後，這一醜聞導致馬其頓文化部長季米塔爾·季米特洛夫被解職。
自2000年起，對於包括馬其頓共和國在內的一系列國家中的保加利亞裔少數民族，保加利亞開始授予其保加利亞國籍。絕大多數申請來自馬其頓。截至2004年5月，已有約14,000名馬其頓人以保加利亞裔的身份提出申請，其中有4,000人已經拿到了護照。保加利亞的官方人士透露，2000至2006年間，約30,000名馬其頓公民申請了保加利亞國籍，保加利亞良好的發展勢頭以及在未來有機會獲得歐盟護照提供了絕佳的吸引力。2006年，前馬其頓總理、馬其頓內部革命組織－馬其頓民族統一民主黨主席柳普喬·格奧爾基耶夫斯基加入保加利亞國籍。
保加利亞和馬其頓共和國之間就「睦鄰友好」達成一致意見，於1999年2月22日發表聯合聲明，並於2008年1月以簽署聯合備忘錄的方式在索菲亞重申此聲明。兩國開展官方層面的定期交流，以保證雙邊關係良好。
保加利亞已提議在1999年聯合聲明的基礎上簽署新的條約，以保證兩國之間的睦鄰友好關係，作為回報，保加利亞將支持馬其頓共和國加入歐盟。