馬來民族統一機構

獨立前期

1945年，第二次世界大戰日本投降後，英國政府再次回到馬來亞（現在的馬來西亞半島）繼續統治其殖民地。之後，英國政府為整合英屬馬來亞而在1946年4月1日宣布成立馬來亞聯邦。由於馬來亞聯邦計劃的提出，使一向視英國人為「保護者」的馬來人感到遭受背棄，視之為對馬來亞的併吞。尤其是計劃裡寬鬆的移民政策、欲開放公民權給當時的人口龐大的外來移民（如華人和印度人）的建議，使其對馬來亞原居民的地位備感焦慮。
在這種情況下，由柔佛的「半島馬來人運動」（Peninsular Malay Movement）與雪蘭莪的「馬來人協會」（Persatuan Melayu Selangor）主導的「泛馬馬來民族大會」，1946年3月1日在吉隆坡舉行。5月10日位於新山的第三次會議上正式成立了「馬來民族統一機構」（United Malays National Organization, UMNO），又譯「巫來由人統一組織」，簡稱「巫統」（PEKEMBAR；UMNO），積極反對馬來亞聯邦計劃。當時創辦人之一拿督翁惹化被推選為首任主席。起初巫統並未爭取政治權力，除了扮演支持英殖民政府的角色以外別無選擇。英殖民政府跟巫統領袖合作，幫助打擊共產黨人製造的暴亂。
1949年，馬來亞聯邦被半自治的馬來亞聯合邦取代後，巫統開始轉至注重政治及施政。馬來人開始尋求出生權，因為馬來亞政府沒有公開宣布馬來人的出生權，而造成了混亂的局面。不過重要的是巫統的鬥爭並非族群為根基，當她一掌權後也會為其他種族鬥爭。
1951年翁嘉化提議開放巫統黨籍，讓非馬來人參加，遭黨內拒絕，於是離開了巫統，由東姑阿都拉曼接任。翁嘉化離開巫統後，創設馬來亞獨立黨（Independence of Malaya Party, IMP）。同年，巫統在喬治市市議會選舉贏得了九席中的六席。接下來，巫統吉隆坡分部跟馬華公會雪蘭莪分部組成了臨時特別競選聯盟，以避免在同個席位競爭地參與吉隆坡市議會選舉。巫統和馬華在十二席中取下九席，給予獨立黨一大打擊。隨著在其他地方議會選舉取得了勝利，這臨時競選聯盟在1954年正式化為「聯盟。」
1954年開始的州級選舉，「聯盟」在全聯合邦268州席中奪下了226席。同年聯邦立法議會成立，設立100席，其中52席由選舉選出議員，其餘48席由英國最高專員署委任。「 聯盟」要求60席由選舉選出，東姑甚至遠赴倫敦談判但無果。1955年聯邦議會開始進行選舉，這時「聯盟」迎來新成員——馬來亞印度人國民大會黨(MIC)的加入，並發布了選舉宣言。宣言設立了一些目標：1959年之前獨立，並為所有兒童提供至少小學的義務教育，擁護馬來統治者作為君主立憲制的象徵性元首，結束共產黨引發的緊急狀態及公共領域招聘更多馬來亞人，減少外國人以改革公務員體制。
選舉成績一出，「聯盟」在52席中取下51席，剩下的一席由泛馬來亞伊斯蘭黨獲得。東姑成為馬來亞第一任首席部長。
在這期間，馬來亞的緊急狀態進行中。有馬來亞共產黨支持的馬來亞人民解放軍製造恐怖破壞行為如摧毀農場，切斷交通及通訊網絡，攻擊警察局等，目的是要終結馬來亞的殖民。英殖民政府在1948年宣布馬共及其他一些左翼黨派為非法組織。1955年，「聯盟」政府和英國最高專員署宣布任何參與馬共叛亂的人如果投降就可赦免罪行。「聯盟」政府的代表也履行選舉承諾，與馬共領袖們見面談判嘗試和平解決騷亂，是為華玲會談。馬共總書記陳平要求宣布馬共為合法政黨及准許參與大選，作為放棄武裝鬥爭的條件，但東姑拒絕導致陷入僵局。
1956年，東姑率領以「聯盟」政治人物和馬來統治者代表的談判團飛抵倫敦，向英國爭取及商討獨立事宜。獨立日確定為1957年8月31日，並且要設立獨立委員會起草國家憲法。「聯盟」政府也被要求避免沒收英國及外國在馬來亞的資產，也會簽訂防衛條約。
起草憲法由威廉·萊德成立及領導的萊德委員會負責。雖然載入了聯邦制和君主立憲制的概念，草擬的憲法還有規定保護馬來人的特別權利，如高等教育和公務員入學配額（固打制），以及伊斯蘭教成為聯邦的官方宗教。憲法也把馬來語列為國家官方語言，及有權保護母語教育如華語和淡米爾語。 儘管東姑和馬來統治者要求萊德委員會保證「在獨立的馬來亞全國民擁有平等的權利，特權和機會，不得以種族和信仰為由歧視」，但巫統人支持的馬來特權，被列為是必要積極推行的直至最後淘汰。這些措施被列入憲法第3，152和153條文。
如預計般，東姑於1957年8月31日在默迪卡體育場宣布獨立，標誌著邁入馬來亞和馬來西亞政治的新時代。

獨立後的東姑時代

馬來亞獨立後的第一個選舉落在1959年，由巫統領導的「聯盟」贏下51.8%的選票，104席中攻下74席，在國會中取得足夠的絕對優勢，這不僅能再次組織政府而且可以隨意修憲。不過這次選舉「聯盟」因內部紛爭而受到挫折，馬華總會長林蒼佑要求該黨允許參選104席中的40席。而東姑拒絕後，許多林蒼佑的支持者辭職以獨立人士的身份參選，讓「聯盟」折損一些議席。
1961年，東姑發起了成立「馬來西亞」的構想，即把前英國殖民地的新加坡，沙巴，砂拉越和汶萊併入馬來亞的想法。此構想的推測是可以允許中央政府控制及打擊共產黨的活動，特別是新加坡。這也擔憂如果新加坡獲得獨立，將會變成大中華主義者的基地來威脅馬來亞主權地位。為了平衡新國家的種族結構，其他馬來人及原住民人口為主的州將會加入以平衡新加坡華人人口的多數優勢。
經過多番談判，新修改的憲法已敲定並做出了一些小修改：例如馬來人特權對所有「土著」——即包括馬來人及其他馬來西亞原著民開放。然而，新的州屬將會給予馬來亞原九個州屬沒有的一些自治權。經過1963年7月的談判，馬來西亞將會在8月31日成立，包括新加坡，沙巴和砂拉越。汶萊因汶萊人民黨的武裝叛亂而不加入，以避免新國家成立後有不穩定的情況。
菲律賓和印尼強烈反對這次的發展，印尼指馬來西亞代表著新殖民主義的出現，及菲律賓稱沙巴為其領土。聯合國向該地區派出委員會調查及批准合併，導致成立日被迫推遲。儘管印尼總統蘇卡諾進一步抗議，馬來西亞最終在1963年9月16日成立。印尼之後宣布與馬來西亞「對抗」，派遣指揮官在東馬（沙巴和砂拉越）進行游擊戰。此對抗直到蘇哈多發動軍事政變推翻了蘇卡諾而結束。而菲律賓之後與馬來西亞建立外交關係，同時承認馬來西亞主權。
隨著馬來西亞國名的變更，巫統的政治聯盟夥伴也即時更名至馬來西亞華人公會和馬來西亞印度人國民大會。東馬的一些政黨特別是砂拉越也加入了「聯盟」以參與選舉。

馬來西亞與新加坡

1963年新加坡州選舉，「聯盟」決定以新加坡聯盟黨的名義挑戰李光耀領導執政的人民行動黨。巫統黨人為了新加坡聯盟黨在新加坡活躍參與州選，指控新加坡馬來人在華人主宰的人民行動黨政府之中，被當成二等公民。但是最後巫統支持的馬來候選人全都輸給了人民行動黨候選人。巫統總秘書賽嘉法阿爾巴去到新加坡向馬來人傳達信息，在一場集會裏，他攻擊人民行動黨的馬來籍政治人物是叛徒，而且不符伊斯蘭教義，導致人民行動黨和巫統關係緊張。人民行動黨人看到「聯盟」違反了早期的協議，即星馬雙方不得參選對方的選舉，決定參選半島的1964年大選。儘管人民行動黨競選了9個國會議席及在集會吸引了大量群眾，但只贏得一個席位。政治紛爭引致了族群關係的緊張，最後爆發了1964年新加坡種族騷亂。
「聯盟」領袖對李光耀的行為感到震驚，認為身為一個州的首席部長的他，行為舉止不應該如此不體面。他們認為李光耀把自己當成是個主權國家的宰相，而非一個州的方伯。來自馬華的財政部長陳修信則稱李光耀是「馬來西亞及馬來亞歷史上最大的破壞力量」。李光耀似乎決心要在政治方面繼續發展，繼續在全國競選，成立馬來西亞團結大會——一個口號為「馬來西亞人的馬來西亞」政黨聯盟，複製了翁嘉化早期的努力。
1965年8月7日，首相東姑為了避免進一步的衝突別無他法，建議馬來西亞國會對新加坡驅逐出馬來西亞進行了投票。儘管人民行動黨領袖們，包括李光耀嘗試挽留新加坡在聯邦之中，國會最終在8月9日以126票比0票，一致支持將新加坡逐出聯邦。
東姑在國會演說時表示：「在我領導這下議院的十年之中，我未曾如此痛苦地履行職務。我在此宣布新加坡正式脫離聯邦。」  當天，流淚的李光耀宣布新加坡是個主權獨立的國家，以及自己成為這新國家的總理。他的演說摘錄：「對我來說，這是一個痛苦的時刻。我的一生，我整個成年的生活中，我都堅信於兩地的合併及團結。」 因此，新加坡成為現代歷史上唯一一個因違抗本地意願，被迫獨立的國家。隨著新加坡的脫離及獨立，巫統新加坡分部改名為新加坡馬來民族機構 (Pertubuhan Kebangsaan Melayu Singapura)。

東姑的落日

新加坡脫離聯邦後，「聯盟」領袖開始專注執行政策。其中一項政策是提升馬來語作為馬來西亞的官方語言地位，降低英語在政府事務的使用。這得到伊斯蘭黨的支持，即捍衛土著特權及提升伊斯蘭教在公共事務的地位。另一方面，人民行動黨在馬來西亞的支部變成了民主行動黨，繼續強烈反對此政策，並繼承了被驅逐的人民行動黨「馬來西亞人的馬來西亞」理念。1968年，由林蒼佑領導新成立的馬來西亞民政運動黨或稱民政黨，與民主行動黨合作。
1969年大選出了大事，5月10日當西馬（半島）投票結束後，「聯盟」贏得不到一半的總選票，儘管在國會104席中取得66席。馬華在此大選中損失慘重，從而使雙方關係緊張。同時「聯盟」還在州層次的選舉受到更大的打擊，失去吉蘭丹，霹靂和檳城的執政權。這次的選舉最後觸發了族群衝突——五一三事件。巫統雪蘭莪州州務大臣拿督哈侖（Datuk Harun）宣布巫統將於1969年5月13日晚上7點30分，展開慶祝巫統選舉勝利遊行。一群馬來青年由鵝嘜（Gombak）出發，前往拿督哈侖住處集合參加遊行，在文良港（Setapak）地區與華、印族人發生衝突。
最高元首經過中央政府的勸告後宣布國家進入緊急狀態。國會暫停運作，由巫統的副首相敦拉薩克領導的國家行動委員會來接管政府，作為大選後續的東馬投票也被迫無限期推遲。儘管內閣首相還是東姑，但職位卻是象徵性的，其職務卻由敦拉薩克執行。
巫統後座議員馬哈迪·莫哈末在此選舉失去國會議席，並向東姑致函批評他的領導。馬哈迪與馬來亞大學講師拉惹慕達魯丁·達因主辦一場活動，向本地大學學生團體派發他的信函。最後爆發了大規模示威，並高喊「馬來主權」和要求東姑下台。隨著6月爆發的騷亂，內政部長依斯邁·阿都拉曼和敦拉薩克同意以違反黨紀為由，開除馬哈迪及巫統前執行秘書慕沙希淡的黨籍。儘管如此，東姑受到馬來民族主義者的壓力下開始了退位計劃。
被推遲的選舉最後於1970年進行，讓「聯盟」再次牢牢掌握國會三分之二絕對優勢。8月31日，東姑宣布國家的意識形態——國家原則（Rukunegara），以及退位，計劃讓首相職位由敦拉薩克繼承，還有國會接下來即將復會。

新經濟政策

1970年敦拉薩克接任首相後，他開始著手加強巫統在「聯盟」里的領導。東姑領導聯盟的時候，一直會諮詢「聯盟」里對政策的意見。當「聯盟」領袖提出反對時，政策就不會通過。在敦拉薩克的領導下，巫統就是「聯盟」和政府的主幹。他領導國家行動委員會包涵7位馬來人，1位華人和1位印度人直至國會復會。
在敦拉薩克的內閣，另外兩位跟他有同等權力的人就是依斯邁·阿都拉曼和嘉薩里·沙菲宜。嘉薩里曾經表示馬來西亞不適合西敏寺國會制度。敦拉薩克也讓被開除了的「急先鋒」馬哈迪和慕沙希淡重新入黨。馬哈迪在被巫統開除黨籍期間因出版《馬來人的困境》一書（而政府把此書列為禁書）而聲名大噪，內容闡釋馬來人是馬來西亞最重要的民族，理所當然地可以享受特權及成為為主權國家領袖。他也有爭議的認為，馬來人需要採取積極行動以克服遺傳的缺陷。
翁查化之子胡先翁成為了巫統黨內崛起之星。隨著依斯邁突發心臟疾病與1973年去世，胡先翁繼任了副首相。在內閣重組中受到胡先翁提拔的馬哈迪，受委重要部門的教育部長。
敦拉薩克政府在1971年宣布新經濟政策，目標是以「經濟快速增長」來提升馬來人在國家經濟方面的地位以達到跟其他族群有合理的份額，並「最終消除貧窮…不分種族」 。新經濟政策的目標是讓馬來人掌控30%的經濟領域，政府認為這將會實現「公平的社會」 （Masyarakat Adil），一個促進政策受到認可的口號。新經濟政策的制度擴大了憲法所制定的教育以及公務員固打，政府也對私人界做出干預。例如首次公開募股中的30%股份必須由政府選擇的土著單位持有； 舊有的公務員招聘機制，即每聘一位非馬來人就要聘四位馬來人的制度即刻廢除，在1969年至1973年間，98%的新公務員是馬來人。五所新大學在新經濟政策之下建成，其中兩所主要為貧窮馬來人和穆斯林公民服務。
敦拉薩克為了強化政府優勢而開始拉攏一些在野黨加入「聯盟」陣營。民政黨，人民進步黨，伊斯蘭黨和東馬一些在野黨在這時期加入了聯盟，並改名為「國民陣線」。國陣在1974年正式註冊成為組織，同年也進行了大選。
國陣內部在選舉期間出現了一些矛盾。1973年，林敬益和一些親華支持者從馬華跳槽至民政黨，這導致馬華不再是國陣里唯一代表華人權益的政黨。
馬來西亞大學學生組織開始對巫統領導的政府有所不滿，學生運動受到海外方面的無政府主義者影響而發起。不過，身為教育部長的馬哈迪對大學生和學院發出嚴厲警告禁止參與政治。還有，農村的農民指控由於政府的政策導致他們挨餓， 促使1974年12月爆發大學生示威。不過這些指控是錯誤的，因為沒有證據證明農民的家屬因飢餓而死。大部分示威者是馬來人，包括馬來西亞伊斯蘭青年運動創始人（ABIM）——安華·依布拉欣在內安法令（一個允許政府可以無限期未審先扣任何被視為威脅國家安全的人士的法令）下被逮捕扣留。1975年，國會通過了大學及大專生法令，禁止學生在未經過大學副校長的書面同意下對任何政黨或工會表態支持及擔任任何職位。該法令也禁止在大學校園內進行政治集會。1976年儘管瑪拉工藝學院內有抗議大專法令的大集會，馬哈迪威脅要撤回學生受到政府資助升學的獎學金。
國陣也在1974年大選後也在砂拉越參選。由黃金明領導的砂拉越國民黨跟民主行動黨成為國會裡最重要的在野黨，兩黨各掌九席。砂國民黨挑戰國陣委任的砂拉越首席部長阿都拉曼耶谷的親馬來人政策，指他們邊緣化砂拉越的郊區原住民，特別是依班人。砂國民黨曾經在1965年被逐出「聯盟」，原因是主張增加砂拉越的自主權，即提升那些砂拉越加入馬來西亞聯邦時所簽訂的協議中所指定的權利，但這是不可能達到的。當選舉結果公布後，阿都拉曼下令以煽動法令逮捕黃金明。砂國民黨隨後選出新領袖——廖·莫吉，他保釋了黃金明以及1976年讓砂國民黨再次加入國陣。
在沙巴州，「聯盟」及之後的國陣由注重親馬來人和親伊斯蘭政策的沙巴民族統一機構（USNO，簡稱沙統）掌控州政府。1973年，伊斯蘭教被列為沙巴州的官方宗教，原官方宗教為基督教，在合併協議前已簽署認同此條款。還有原住民語言如卡達山人的語言使用被馬來語取代。沙統的首席部長慕斯塔法哈倫生活奢侈，奉行恩庇政治來批准珍貴木材合約，使用沙巴公帑供飛機運送自己飛至價值一百萬澳元，位於昆士蘭的住家。
1974年大選，社會正義黨參選獲得了近40%的選票，但無法贏取任何國會議席及州議席，沙統持續執政沙巴州。
敦拉薩克在1976年1月14日病逝於英國倫敦，由其副手胡先翁接任，1981年由馬哈迪接替。

馬哈迪時代

馬哈迪任首相之後，慕沙希淡接任副首相兼巫統署理主席。安華在馬哈迪的招攬下加入巫統，震驚了其自由派支持者。此後安華在巫統內開始施展影響力，黨職步步高升。

新巫統

1987年4月24日，巫統召開代表大會及三年一次的黨選。兼任黨魁與閣揆的馬哈迪自1975年黨選以來首次受到挑戰，即12年以來其黨職生涯皆不戰而勝。
馬來人的政治特別是巫統政治在馬哈迪領導下出現了變化，黨主席自41年來第二次受到重大挑戰。有點沉悶的第一次挑戰就是胡先翁擊敗一個名叫蘇萊曼·巴勒斯丁的小黨派角色。事實上在1950年代，東姑的主席職位曾經受到C.M.尤索夫的挑戰，後者之後成為下議院議長。但東姑卻被認為不是時任的主席，只是掛名的主席。
1987年的競爭是完全不同的事情，馬哈迪受到前財政部長東姑拉沙里的挑戰。媒體把支持馬哈迪的陣營稱為A隊，東姑拉沙里為B隊。B隊包括了副首相慕沙希淡，也就是要捍衛原職的現任巫統署理主席，還有前巫青團長兼青年組織「青年4B」主席蘇海米·卡瑪魯丁。
B隊批評馬哈迪的政策，指新經濟政策無法為貧窮馬來人受益，同時批評馬哈迪的領導方式，指他沒有諮詢國陣和巫統領袖擅自決策，還有B隊指自己比馬哈迪派系不這麼伊斯蘭主義。
馬哈迪表示任何對他的指控是毫無根據的，並指其對手破壞馬來人團結及他們只為私慾而行動。
最終，馬哈迪以43票（761對718）的微差成功連任，很多B隊支持者懷疑這微差的票數似乎有作弊嫌疑。B隊的署理主席候選人慕沙希淡被A隊的嘉法巴巴打敗，三位副主席中有兩位是A隊，最高理事會有16位A隊及9位B隊成員。
主要指控是其中一些投票的代表所屬的巫統支部沒有合法註冊。還有未證實的指控是投票流程沒有擺上檯面。
雖然事後姑里支持馬哈迪，但「獵巫」行動還沒開始。隨後馬哈迪在內閣革除所有B隊成員，同時也在州政府及地方政府層次進行職位洗牌。
1987年6月25日，12位巫統中央代表對這次黨選做出上訴但被駁回了。其中一位代表胡先馬納撤回上訴，剩下的11位堅持上訴的代表們被稱為「巫統11人」。雖然姑里和慕沙希淡未參與其中，但廣泛相信姑里資助這個上訴。
經過超過七個月的一系列非正審聆訊及搜查資料，1988年2月4日法官哈倫哈欣位于吉隆坡高庭對此事做出了宣判。法庭宣判巫統為非法組織，原因是有一些未註冊的支部參與黨選，違反1966年社團法令，因此技術上大會本身也是非法。
「宣布巫統非法，這是個艱難的判決。」法官哈倫哈欣宣讀判詞時表示。」但國會通過這法令，巫統當然知道（社團法令）因為他們（在國會裡）是大多數。1966年的法令已近年來被修改了五次，特別是在馬哈迪政府時期，每個社團支部卻跟社團註冊局另外登記…」
東姑和前巫統主席胡先翁創黨，名叫「馬來西亞巫統」（UMNO Malaysia），以繼承舊有的巫統。馬來西亞巫統雖然主要受到巫統B隊的支持，但也招攬馬哈迪加入領導層。可是該新黨隨著社團註冊局以缺乏解釋為由拒絕註冊而瓦解。
馬哈迪對復活巫統沒有興趣，他比較想啟動機制來組織新的政黨，在「馬來西亞巫統」註冊被拒絕後一星期，註冊名為「馬來民族統一機構（新）」 （Pertubuhan Kebangsaan Melayu Bersatu (Baru) ）或簡稱「巫統（新）」 。 「新」字隨後去除，舊巫統的所有資產就被新巫統所繼承  ，大部分領袖都是舊巫統A隊成員，忽略了B隊。因此東姑拉沙里創立四六精神黨，在1990年及1995年大選與巫統對抗。最後46精神黨在1996年解散，東姑拉沙里回歸巫統。
1993年黨選，安華在署理主席職位擊敗嘉法巴巴當選，並接任副首相職。

安華事件

1997年因亞洲金融風暴的影響，馬哈迪跟安華開始出現意見分歧，最後馬哈迪革除安華的副首相職位，並由巫統破門，以瀆職和肛交罪控告安華，最後安華被判罪成入獄。
1999年大選，因前署理主席安華的逮捕及審訊，安華的烈火莫熄運動及替代陣線成立的影響，巫統的支持率滑落至54%，144議席中奪下102席。

阿都拉時代

在馬哈迪領導下馬來西亞進入經濟繁榮的時代，擔任了長達22年的黨主席及首相後，於2003年退休，由其指定的接班人阿都拉巴達威繼任，敦拉薩克長子納吉接任署理主席。
2004年的第11屆大選，國陣在阿都拉的領導下取得壓倒性勝利。不過2008年的第12屆大選，該聯盟首次失去三分之二國會議席優勢，巫統的大臣在雪蘭莪，霹靂和吉打失去職位。之後阿都拉宣布來屆黨選不蟬聯主席職及首相職位，在2009年4月3日黨選後由納吉繼承。

納吉時代

在第13屆大選中，儘管國陣總體失去7席，但巫統增加了9席。
第14屆大選，國陣慘敗，巫統首次失去執政黨的地位。2018年5月12日，納吉宣布辭去巫統以及國陣主席職位，即時生效，並讓前副首相阿末扎希暫代位置。

後馬哈迪時代

第14屆大選後，國陣陣營多個政黨引發成員脫離政黨危機，巫統也是其中之一。巫統成為反對黨，和伊斯蘭黨的關係也越加密切，兩黨多次參與國內各個關係到穆斯林的課題，例如反對《消除一切形式種族歧視國際公約》（ICERD）、反對《羅馬規約》等活動。馬哈迪和所屬的陣黨多次批評巫統所走的路線越加極端。
2019年9月14日，巫統和伊斯蘭黨在吉隆坡世界貿易中心舉行「穆斯林團結集會」正式簽暑合作憲章，以維持及爭取更多選票和抗衡希望聯盟。這是雙方自1980年代終止合作後再次聯盟。

思想

巫統公開代表在馬來西亞的馬來人，也開放任何土著（馬來西亞原住民，即非馬來人或非穆斯林如東馬的卡達山人，依班人，達雅人等）入黨。該黨宣揚馬來人主權，一種馬來人身為國土早期的居民應當享受特別地位的概念，如今受到馬來西亞憲法153條文所保護。