新华日报

主版（重慶版）

1937年2月，以周恩來為首的中國共產黨代表團抵達南京，在與中華民國國民政府談判時就提出要在首都公開出版機關刊物的問題。《新華日報》便開始在南京籌備。但後來由於局勢緊迫，中國共產黨先於1937年12月11日在漢口出版《群眾》周刊，接著於1938年1月11日正式出版《新華日報》。
《新華日報》在武漢時期，報社起先位於漢口府西路149號，後有兩次搬遷。至1938年10月24日撤離為止，共在武漢出版258期，每日對開一張，發行1萬餘份。隸屬於中共中央長江局，受王明的領導，言論上「一切經過統一戰線」，後來被中共認為犯了右傾投降主義。由董必武主管。社長潘梓年，總編輯華崗，總經理熊謹玎，華崗任總編不久，被調往東南戰場做戰地記者。
《新華日報》在發刊辭中說：「本報願在爭取民族生存獨立的偉大鬥爭中做一個鼓勵前進的號角」；「將盡其所能為鞏固與擴大抗日民族統一戰線而效力」；「將力求成為全國民眾的共同的呼聲」；「將無情地抨擊一切有害抗日與企圖分裂國內團結之敵探漢奸及托派匪徒之陰謀」。
1938年10月的中共中央六屆六中全會批判了王明路線，《新華日報》和《群眾》周刊劃歸周恩來為首的南方局領導，10月25日隨八路軍辦事處遷至重慶出版。後來周兼任《新華日報》董事長。由南方局副書記董必武等直接領導。編輯部主任為章漢夫。
1946年5月以後，重慶《新華日報》改為中共四川省委機關報。負責人為傅鍾、張友漁、熊復等。1947年2月28日被國民政府勒令停刊。共出版了3231期。
1949年12月10日，重慶《新華日報》復刊，作為中共中央西南局機關報﹐出至1954年8月31日因大行政區撤銷停刊。

華北版

1939年1月1日，《新華日報》（華北版）創刊，為中共中央北方局機關報。1942年9月1日，經中共中央批准，中共北方局太行分局成立。9月下旬，北方局決定將《新華日報》（華北版）劃歸中共北方局下屬的太行分局領導，報名繼續沿用《新華日報》（華北版）。至此，中共北方局沒有了自己直接領導的機關報。1943年8月14日，經中共中央批准，中共北方局太行分局撤銷。1943年9月30日終刊。共刊行了3年9個月，出版了846期。

太行版

《新華日報》（太行版）於1943年10月1日創刊，為中共中央太行區黨委機關報。史紀言任社長兼總編輯，安崗、蔣慕岳、周永生任副社長兼副總編輯。1949年8月19日停刊。

太岳版

《新華日報》（太岳版）是中共北方局太岳區黨委機關報，1944年4月1日由《太岳日報》改名而來。1949年4月1日，報名又改回為《太岳日報》並於1949年8月23日停刊。

華中版

1945年10月25日，中共華中分局成立。12月9日，《新華日報》（華中版）在蘇北淮陰創刊，為中共華中分局機關報。1946年12月23日，中共華中分局併入中共華東局。12月26日，《新華日報》（華中版）停刊。停刊號為379號。1947年11月10日，中共華中工作委員會成立。1948年1月1日，《新華日報》（華中版）復刊，復刊號為380號，為中共華中工委機關報。1949年4月30日停刊。

創刊初期

1949年4月23日，中國人民解放軍攻占南京，周恩來宣布將在南京恢復出版《新華日報》，4月30日，《新華日報》在南京復刊。1949年9月，毛澤東為《新華日報》題寫報頭，後來又在1953年2月和1964年7月兩度為這張黨報重寫報頭。
1952年10月31日南京《新華日報》終刊。11月1日起與《蘇北日報》、《蘇南日報》合併出版中共江蘇省委機關報，報名仍為《新華日報》，實行社長負責制。三報合併之初，《新華日報》編輯部設在鼓樓北側的馥記大樓，印刷出版則在中山路55號（《中央日報》原址）。1956年春，編輯部遷到中山路55號，與印刷廠合為一處。
1957年4月到5月，《新華日報》發表大量言論和報導，宣傳整風運動，於6月1日發表了標題為《把整風運動繼續深入開展下去》的社論。自該報6月9日轉載《人民日報》社論《這是為什麼？》以後，開始報導「反右派鬥爭」的有關內容，之後在報社內部開展反右派鬥爭。當年《新華日報》社有19名員工被「錯劃為右派分子」，直至中共十一屆三中全會後的1979年才得以平反。
1958年上半年，《新華日報》提出了「社論掛帥，典型為主」的口號，報紙上的評論和典型報導增多。

文革時期

文化大革命爆發後的1967年1月9日，《新華日報》被南京地區和報社內部的「造反派」奪權，翌日在頭版刊登造反派接管《新華日報》的消息，而中共江蘇省委也失去了《新華日報》的領導權。同年3月5日，報社被實施軍事管制，建立軍管組，負責對報紙的審稿和簽印。同年11月12日，《新華日報》停刊，報社的群眾組織於11月18日在鎮江繼續出版《新華日報》。而另一派群眾組織在無錫出版《新華日報》電訊版。
1968年1月，新華日報社第二次實施軍管，新派了軍管組，而報社群眾組織在鎮江、無錫出版的《新華日報》於2月5日停刊。2月11日，《新華日報》復刊，刊期也重編為聯字1號。同年3月23日，江蘇省革命委員會成立，《新華日報》成為江蘇省革委的機關報，刊期再次重編為1號。1971年9月，報社革委會建立「黨的核心小組」。
1970年12月29日，新一屆中國共產黨江蘇省委員會選舉產生，《新華日報》由此重新成為中共江蘇省委機關報。1978年1月1日，該報的刊期號重新改編（當日刊期號為10409號，為幾次編號之和）。

改革開放後

中共十一屆三中全會後，《新華日報》重新取得了發展，同時兩次報導了真理標準的問題。1978年5月12日，該報刊載了新華社播發的《光明日報》特約評論員文章《實踐是檢驗真理的唯一標準》，隨後對江蘇開展真理標準問題的學習和討論作了報導，之後於1979年8月至1O月再次報導了真理標準問題討論。
1978年10月9日，報社恢復總編輯建制，建黨組，不設編委會。同年11月21日經中共江蘇省委組織部下文，《新華日報》社設九處一室，即總編辦公室、群工處、工商處、理論處、黨群處、評論處、科教處、農村處、政治處（管理人事工作、機關思想政治工作）、行政出版處，並一次任命25名正、副處級幹部。由此結束了新華日報社內設機構以「組」定名的歷史。
1979年4月23日，《新華日報》在頭版開設《今日快訊》，是全國省級報紙第一個短新聞專欄。
1980年代後，《新華日報》實施市場化經營，先後創辦了《致富報》（後改為《新華日報》農村版、《服務導報》，已停刊）、《新華青年報》、《江蘇市場報》、《新聞通訊》雜誌、《揚子晚報》（同時停辦《新華青年報》和《江蘇市場報》）等。此外報社還將業務延伸到其他領域，先後創辦了勞動服務公司、經營部、招待所、餐廳、新華貿易公司、新華房地產公司、新貝珠寶商店和華柏彩色印刷公司等。1993年11月，新華日報社與廣東惠州成龍房地產集團公司、香港惠得國際有限公司合資成立了「南京萊茵特房地產開發公司」，共建52層新華大廈。此外，新華貿易公司還在俄羅斯開辦貿易商行。
1988年1月15日，《新華日報》社領導機構實行「編委會領導下」的社長、總編輯分設制。1989年3月9日，再次恢復「編委會領導下」的總編輯負責制，不再設社長。
1988年底，《新華日報》引進3台德國生產的高速輪轉膠印機，且均安裝於在報社新建成的1.5萬平方米印刷（綜合）大樓。1989年元旦，《新華日報》首次實現彩色印刷，至1998年1月起新華日報實現全面彩色印刷。
1989年，《新華日報》遷入位於新街口管家橋65號的11層的辦公大廈（該樓俗稱「小白樓」）。
1993年1月1日，該報由對開四版擴為對開八版，其中前四版為新聞版，五至八版為各種專版、副刊。1994年4月1日再次改版，新聞版由4個版增加到5個版，加大報紙信息量。此後該報在1995年、1999年、2002年、2007年進行了擴版和改版。
1999年，為慶祝《新華日報》在南京復刊50周年，時任黨和國家領導人江澤民、李鵬、李瑞環等為報慶題字，其中江澤民的題詞為「緊跟時代步伐，傳播黨的聲音，服務人民群眾」。
2001年9月28日，經中宣部、國家新聞出版署批准，中共江蘇省委、江蘇省人民政府同意，新華日報報業集團（事業單位）正式掛牌成立，並於2002年7月11日成立企業性質的江蘇新華日報報業集團有限公司（隸屬江蘇省人民政府）。
2004年，原中山路55號的《中央日報》大樓拆除，改建為高187米、共設52層的新華大廈。當年《新華日報》正式遷入該地辦公。
2007年，《新華日報》改版，提出了「高度、貼近、開放」的辦報理念，這一理念一直延續至今。
2014年12月，《新華日報》隨新華報業傳媒集團旗下報紙再次遷入位於河西新城的新華報業傳媒廣場。
2018年，《新華日報》被評為第三屆全國「百強報刊」。同年1月11日，為慶祝新華日報創刊80周年，該報正式啟動建設全媒體指揮中心。

著名報導

2018年8月14日，《新華日報》在第13版《思想周刊·智庫》欄目刊發了南京大學學者劉志彪、張曄聯合撰寫的題為《提高生育率：新時代中國人口發展的新任務》的署名文章。文章指出，隨著中國第三次人口高峰期的育齡婦女逐漸退出育齡期，加上全面二孩政策實施導致的生育堆積效應釋放結束，中國的人口出生率會出現斷崖式下跌。為此，作者提出「我國鼓勵生育的措施可分為短期、中期和長期的應對政策」，同時指出「應全面放開生育，優先發展幼教產業和公共托幼服務，加強國家義務教育體系」，還建議「40歲以下公民每年應以工資一定比率繳納『生育基金』，家庭生育第二胎及以上時，才可從基金領取生育補貼」。該文章發布後，隨即引發民眾討論，大部分網民均對此做法表示批評。中國中央電視台等國家級媒體也批評該做法有違常識，有如「從老百姓身上薅羊毛」。