命令与征服：泰伯利亚之日

本傳梗概

本作的故事發生在距離前作《終極動員令》的35年後，也就是2030年，整個世界已經嚴重的遭受了泰伯倫的污染，而且嚴重的污染也導致了一種新的氣候：離子風暴的誕生，以及進一步變異的泰伯倫生物。而在高污染環境下，仍然有部分人類生存了下來，他們的身體發生了獨特的變異使其能夠適應泰伯倫，外人稱呼他們為「變異人」或者「發光者」，而他們則自稱「被遺忘者」，意為被世界遺忘的人類。GDI與Nod兄弟會的戰爭即使經過了35年，但依然在繼續。然而這次，他們所爭奪的目標，卻並非世界的主導權，而是一個名為「塔西圖斯」的資料矩陣。據說塔西圖斯擁有著足以從泰伯倫的手中拯救地球的關鍵秘密……

GDI故事線

2030年，GDI最高指揮中心「費城」太空站，詹姆斯·所羅門將軍意外的收到了本應該在35年前被離子炮殺死的肯恩的通訊，意識到情況危急，他馬上召回正在西南訓練中心進行訓練任務的麥可·麥克尼爾前往增援鳳凰城基地，清除由NOD將軍維迦所指揮的Nod部隊並摧毀防空飛彈讓運輸機能夠護送平民撤離。
隨後麥克尼爾收到小隊回報，在附近發現了一座墜毀的外星飛船，麥克尼爾決定兵分兩路，占領火車站阻止Nod朝飛船位置增援，隨後派兵占領飛船。然而在控制飛船的途中遭遇了離子風暴，並且麥克尼爾也在飛船內遭遇了前來調查的女性變異人：烏瑪貢。在短暫的交流後麥克尼爾選擇暫時與烏瑪貢聯手，以救援變異人的領袖：特拉托斯。而作為交換，烏瑪貢可以告訴麥克尼爾關於維迦的情報。
在救出特拉托斯後，特拉托斯表示肯恩已經獲得了塔西圖斯。麥克尼爾揮師對維迦的基地進行了強攻。維迦急忙向肯恩求助卻被拋棄。麥克尼爾抓住維迦想對其審問之時卻發現維迦已經注射了過量毒品而自殺了，而維迦死前引爆了藏在基地內的核彈，但麥克尼爾及時逃出倖免於難。
所羅門表示Nod已經攻陷了歐洲以及占領了哈默菲斯特。然而麥克尼爾發現他的弟弟正是駐守於哈默菲斯特。再重新占領了哈默菲斯特後，麥克尼爾收到了來自於肯恩的消息，他的弟弟已經被Nod殘忍的殺害了，並且肯恩已經奪取了GDI的音波水晶。所羅門要求在Nod運送音波水晶的火車到達之前把水晶奪回來。
費城已經分析得出了肯恩的意圖，他企圖通過發射催化飛彈使地球泰伯倫化。烏瑪貢表示肯恩已經破譯了塔西圖斯，所羅門要求麥克尼爾先摧毀飛彈工廠，而烏瑪貢則希望麥克尼爾救出她的同胞。麥克尼爾救出了變異人平民，隨後與變異人一同切斷了Nod的電力供應。在摧毀Nod飛彈工廠的時候，麥克尼爾發現了Nod已經投放了新型的戰機，不過依然順利的摧毀了工廠。
特拉托斯表示是他幫肯恩破譯塔西圖斯的，他背叛了人類，希望麥克尼爾阻止肯恩。所羅門要求麥克尼爾破壞Nod的戰機生產工廠。烏瑪貢自告奮勇帶領小隊前往破壞，然而不幸被俘並且被肯恩注射「神化」藥物。而此時科迪亞克號則遭遇了離子風暴以及Nod的伏擊。在恢復通訊後麥克尼爾發現了烏瑪貢被肯恩俘虜，隨之決定全軍進發對開羅進行總攻。最終在開羅的神殿中，肯恩被麥克尼爾用鋼筋插死，烏瑪貢被救出，經過特拉托斯研發的反神化藥物，阻止了烏瑪貢的轉化。

Nod故事線

在一個戰死士兵的移動終端上，一場Nod的處決大戲正在上演。安東·斯拉維克將軍將要被處刑，他被現任Nod領導者哈桑指控為GDI間諜。在斯拉維克將要被處刑之際，表面上為親哈桑電視台的記者，實際為斯拉維克的心腹的歐克桑娜·克里斯特突然發動攻擊，解決了處決現場的所有士兵並且救出了斯拉維克。在回到總部之後斯拉維克親手解決了那個背叛的士兵。然而此時哈桑卻在和「費城」太空站內的所羅門將軍通話，原來他才是真正的GDI間諜。
電視台播出了歐克桑娜的「死訊」，在總部中，歐克桑娜表示只要占領電視台就能使得Nod中反哈桑的派系投誠。歐克桑娜以死而復生的姿態高調出現於電視台、宣告了哈桑的反叛罪證並且鼓動眾人加入斯拉維克，而斯拉維克則救出了眾多反叛的將軍。在準備萬全之後斯拉維克對哈桑所在的開羅進行總攻並且抓住了哈桑。隨後哈桑被公開處決，並且在處決現場，肯恩通過遠程通訊高調宣布回歸併領導Nod。
肯恩要求斯拉維克奪回位於塞拉耶佛的Nod普萊姆神殿，維迦將軍將會配合。在奪回塞拉耶佛之後，肯恩要求斯拉維克將埋藏在普萊姆神殿地下的外星飛船開回開羅。然而在斯拉維克到達飛船機庫時卻發現空無一物，隨後眾人收到維迦的通訊，他偷走了飛船，然而卻控制不了，飛船墜毀於大安的列斯群島。當斯拉維克趕到的時候，飛船還在但塔西圖斯不見了。肯恩表示塔西圖斯才是最重要的。然而就在Nod士兵回報狀況的時候卻被一名變異人殺死，隨後發現是烏瑪貢。斯拉維克當機立斷把烏瑪貢抓了回來。
斯拉維克試圖審問烏瑪貢，但是被烏瑪貢略施小計逃脫。然而Nod早就在烏瑪貢身上植入了追蹤器。斯拉維克的部隊偽裝成GDI的軍隊進攻變異人村落，然而肯恩收到消息稱GDI擁有能逆轉泰伯倫「神化」的血清，隨後肯恩指示斯拉維克去銷毀這些血清。然而斯拉維克和歐克桑娜不幸被俘，面對麥克尼爾和烏瑪貢，斯拉維克寧死不屈。通過在GDI內部的內鬼幫助，斯拉維克與歐克桑娜成功越獄。
肯恩很生氣，他只給了斯拉維克一些測試新武器的小工作，然而斯拉維克依然出色地完成了，重新贏得了肯恩的器重。隨後肯恩要求斯拉維克攻占哈默菲斯特，斯拉維克出色地完成了任務並且抓住了麥克尼爾的弟弟：傑克·麥克尼爾。在歐克桑娜的美人計之下，傑克很快屈服，將最重要的情報透露給了Nod。
Nod最終抓住了麥克尼爾並且部署了洲際飛彈，麥克尼爾在斯拉維克的拷問之下，眼睜睜的看著費城太空站被洲際飛彈毀滅。而肯恩則對全球發射了泰伯倫催化飛彈，地球最終被全面泰化，而肯恩，則隨著泰化慢慢「升天」……

火線風暴

故事接續本篇GDI故事線結局。Nod兄弟會由於肯恩的死而陷入的派系傾軋的亂局，而GDI則因為特拉托斯被Nod暗殺而遲遲無法破譯塔西圖斯，且與費城太空站連線中斷而煩惱。此時，Nod的AI電腦CABAL，成為了兩個派系的共同目標。但是，CABAL卻有著自己的打算……而GDI與Nod，則為了自身的生存，不得不聯手對敵……

GDI故事線

肯恩死後，特拉托斯通知蓋布埃拉·布卓博士，表示反神化藥物失效，需要布卓博士前往開羅回收塔西圖斯。然而在歸程之時科迪亞克號卻遭遇了離子風暴而墜毀。在無法與其他基地以及費城太空站取得聯繫後，南十字星基地的指揮官：保羅·柯特茲中將接過了GDI的臨時總指揮權限，隨即命令指揮官前往開羅回收塔西圖斯。然而在回收塔西圖斯後卻發現與一處居民區被泰伯倫生物攻擊，指揮官派出部隊救出平民。
特拉托斯被暗殺，變異人極為憤怒，發動了暴亂，但是被指揮官雷厲風行的平息了。在特拉托斯死亡，塔西圖斯破譯工作一籌莫展的時候，布卓博士提議搶奪Nod的戰術AI：CABAL來破譯塔西圖斯。在取得CABAL後，CABAL表示還有另外一部分的塔西圖斯在一群以塔西圖斯和泰伯倫生物為信仰的邪教徒手上，柯特茲將軍指示指揮官去取得那另外一部分的塔西圖斯。然而當取回塔西圖斯碎片之後，CABAL卻背叛了，搶奪了塔西圖斯並且開始屠殺人類。布卓博士僥倖逃脫，柯特茲將軍下令殲滅CABAL核心，但卻發現是贗品。
柯特茲將軍發現了CABAL正在抓走成年男子將他們改造成生化人並且屠殺老弱病殘婦孺，下令要指揮官通知倖存村落的村民讓他們進行防範。

Nod故事線

肯恩死後，Nod內部派系四分五裂。安東·斯拉維克提議自己出面擔任Nod的新領導。但是以馬扎克將軍為首的其他Nod高層卻不同意。不過斯拉維克卻展示了自己的鐵腕手段，使其他將軍不得不服氣。在通訊結束後，斯拉維克要求指揮官返回開羅，回收CABAL的核心碎片並重新激活CABAL。在CABAL的提議下，斯拉維克要求指揮官利用神經毒素去「勸服」某個GDI居民區的居民，讓他們將附近的一個泰伯倫生物聚居區的泰伯倫生物引到GDI基地以毀滅該地區的GDI。
CABAL引誘指揮官去暗殺特拉托斯，這一舉動不僅引起了變異人的暴動，更引起了Nod高層內部的反彈。而斯拉維克也發現了CABAL的不妥之處，以停機為威脅。但是CABAL卻發動了叛亂，除了斯拉維克外的所有Nod高層都被暗殺，而斯拉維克唯一能聯繫上的只有指揮官，他要求指揮官將所有Nod有生力量全部撤離。
在失去了CABAL之後，Nod缺少戰術AI。斯拉維克希望指揮官前往一個GDI雷達站竊取一個GDI的戰術AI：EVA，來為自己所用。隨後Nod發動了一次對CABAL核心的突襲，然而突襲失敗了，Nod鎖定的是假核心。

雙方結盟（兩者故事相同）

走投無路的GDI與同樣走投無路的Nod聯繫，達成了停火協定，GDI負責破壞生化人工廠截斷兵力來源，Nod負責破壞CABAL的礦場截斷經濟來源。
最後GDI和Nod的部隊會師CABAL真正的核心，意圖一舉殲滅CABAL，卻遭到了CABAL軍隊的抵抗。而且，CABAL還製造出了一個恐怖的機器怪物：核心守衛者，來防禦聯軍的攻擊。最終，在彈盡糧絕之時，核心守衛者終於倒下，CABAL也被毀滅。

GDI故事結局

在CABAL毀滅之後，GDI終於與費城連上了線。而布卓博士驚奇地發現，完整的塔西圖斯居然開始自行破譯部分資料。柯特茲進行了祝賀但是布卓卻遺憾的表示如果他們的婚姻也像這樣子就好了。最後，柯特茲向費城通報了好消息。

Nod故事結局

在CABAL毀滅之後，斯拉維克宣布「Nod最大的叛徒，人類最大的威脅」CABAL已經被剷除，Nod將會成為人類新的指路明燈。然而，在某個秘密的地下設施內，CABAL的備用核心仍在工作，而且培養皿內浸泡著的肯恩的身體，以及肯恩意識與CABAL的融合，預示著肯恩的回歸……