中華民國與大規模殺傷性武器

美軍布署

奉美國總統艾森豪命令，在1952年至1961年間，美軍曾在臺南空軍基地部署12枚核子彈。為因應臺灣海峽緊張情勢，1957年，美國將鬥牛士飛彈運抵中華民國。1958年八二三砲戰發生後，美軍將鬥牛士飛彈裝上核子彈頭，並派駐EC─121空中預警機，加上基地旁的美國空軍契約維修中心亞洲航空公司，使得臺南成為國共對抗中的美國核子嚇阻基地，及越戰期間美軍重要的後勤支援基地。1960年至1974年間，美軍在中華民國又部署了可吊掛在戰機上的戰術型核彈。但堅持壟斷核武的一貫思想（然而美國和許多高度發展國家仍然在發展核武），強烈反對台灣發展核武器，因此雙方的核技術合作也只限於核電站研究等民用項目。

研究方面

核子武器研究計畫在中華民國的發展一直是個爭議問題，因為中華民國曾經向加拿大進口了一台4000萬瓦特的重水反應爐供中山科學研究院使用。為了提煉出高純度的濃縮鈾，中華民國首先以提供核電站使用為由，從國外進口作為發電原料的濃縮鈾。由於核電站使用的濃縮鈾純度一般是3％至5％之間，而生產原子彈至少要達到純度90％以上，必須設法進口原料以提煉出核彈需要的更高純度的濃縮鈾，為此中華民國於1971年12月宣布退出國際原子能委員會。
自70年代後，美國對中華民國的舉動有了警覺，對其核計劃的限制也日益加緊。1972年1月台灣核能研究所的重水反應爐首次達到臨界點，9月燃料原件廠完工，都引起美國注意，時任美國總統尼克森曾威脅要派人去臺拆除核處理設施。中華民國在美國的壓力下，被迫由時任中華民國行政院院長蔣經國出面，公開承諾不從事核武器研究發展。雖遭受挫折，但中華民國仍在加緊核武研製步伐。直到1976年，國際原子能機構按核計劃對中華民國的核設施進行檢查，發現500多克鈽不翼而飛。同時檢查人員還發現中華民國的鈽燃料化學試驗室竟然也能生產鈽金屬，並且用的是美國提供的鈾來運作。考慮到事態非常嚴重，美國國務院台灣事務科科長李文（Surlon Levin）以國務卿基辛格的名義訓令安克志大使向華駐美大使沈劍虹交涉抗議，安克志再度表示美方對中華民國信守承諾不從事核武器研究發展的懷疑。在美國和國際社會的強大壓力下，中華民國首次秘密發展核武器才迫不得已而告終。
70年代後期，在第六任中華民國總統蔣經國上任後啟動了第二次發展核武計劃。這一次中華民國汲取教訓，在高度保密的情況下開始研製核武器，核武研製計劃進展得頗為順利。中華民國在1979年至1980年短短兩年內，先後興建了磷酸提鈾先導工廠、壓水式反應器燃料束先導工廠、磷酸提鈾工廠、氧化鈾提純轉化實驗工廠、動力用反應器燃料先導廠、伽馬射線照射廠，並完成了600兆瓦肯都型重水壓水式反應器的概念設計。1985年成功製造了氧化鈾及燃料丸。1987年致力研發雷射鈾濃縮技術，到年底內部估計只差一兩年時間就可以製造出原子彈。
1988年1月9日，中山科學研究院核能研究所中華民國陸軍上校副所長張憲義叛逃美國，並向美國政府提供了台灣研製核武器的資料，美方立即向中華民國施壓，要求終止其核武器發展計劃。1月13日，總統蔣經國因心臟病逝世。即使這些發展早已在美國的掌握之中，但美方仍以違反過去的承諾為由質問台灣。原中華民國副總統李登輝繼任總統後再度承諾不發展核武器，然而1月18日美國會同國際原子能總署到中科院核研所突擊檢查，沒收了中科院核研究所的重要資料，對發展核武的鈽實驗室進行灌漿，把價值18.5億美元的重水反應爐改裝成只能用於試驗的輕水反應爐，同時搬回台灣核反應爐裡的重水，1988年到1991年清點核燃料棒數量並全部運回美國，當時有六九九根燃料棒以乾式貯存存放，處理過程中因部分燃料棒護套年久劣化，燃料棒中的金屬鈾跟水氣經過擦撞產生氫氣，在抽出燃料棒時前後共發生六次氫爆、一次大火，歷經三年左右的時間才順利取出空運至美國，但氫爆後放射性物質已流到核研所下方國有地。此後美國每年都會到核研所來檢查三次，美方聲稱強制執行是要讓中華民國遵守《核不擴散條約》，避免加劇臺灣海峽的緊張局勢。

現況

目前無直接證據顯示中華民國擁有任何核武器，但部分學者認為中華民國在核武研究中斷後仍秘密藏有核武計劃藍圖及數據，並在衝突發生時具有一定的生產能力。

遷台後

1949年，中華民國政府撤入台灣後，美國海軍在1955年借用國立臺灣大學醫學院附設醫院部分院區設立了美國海軍第二醫學研究所（U. S. Naval Medical Research Unit No.2），內設核生化實驗室，該單位對外任務是研究防治亞熱帶疾病與臨床醫學，但與軍事相關的任務則包括協助中華民國進行核生化作戰防禦研究。1978年12月，中美斷交，駐臺美軍則在中美共同防禦條約期滿後奉令撤離。NAMRU-2也遣散了中華民國籍研究人員，遷往菲律賓。1979年3月底，NAMRU-2在中華民國總部正式關閉。
1958年，中華民國國防部在桃園成立了陸軍化學兵學校，隨後其化學兵的建設逐步走向正規。中華民國在臺灣有幾個主要單位負責生化武器研發：中山科學研究院化學研究所、中正理工學院應用化學組和國防醫學院生化研究室。
1962年，中科院成立。中科院第四所即化學所，負責化學技術的研究開發，除推進科技的研究，同時也研製調配化學戰劑。1968年，隸屬於國防部參謀本部的中正理工學院成立，中正理工下所屬應用化學組主要從事化學武器技術和防護裝備的研究。國防醫學院是中華民國培養陸海空三軍高、中、初級醫務人才的學院，位於臺北，前身是北洋軍醫學堂，隸屬於國防部參謀本部。1990年代曝光的「國防預醫所」雖隸屬於國防醫學院，但在該院的公開編制單位中卻從未出現，一直屬於高度機密的軍事科研單位。據了解，該所分為流行病學、細菌學、免疫學、生化學、產程學以及病毒學6個科研小組，同時擁有第四級（最高等級）生物安全實驗室，主要負責微生物生產以及疫苗的培養等生化防護工作。它的成立使中華民國國軍具備了對鼠疫、炭疽熱以及天花等生物武器的製造和偵測能力。
1970年代初，中華民國與西德、南非、以色列等國秘密往來，謀求獲取核生化武器技術，並在生物戰劑的研究方面有過合作。
中科院何時完成毒氣調製目前尚未有明確資料證實。1972年2月10日，時任國防部參謀總長賴名湯上將指示，中科院研發的芥子氣應轉由軍方儲存，並依現有生產設施和技術狀況進行105公釐或155公釐化學砲彈試製儲存備用，顯示在1970年代初中華民國已掌握部分傳統毒氣的製造技術。1972年3月10日，國防部聯合勤務總司令部提出「肅寇一號」（芥子氣彈）案研製工作計畫概要。化學砲彈的研製由聯勤61兵工廠負責，而聯勤44兵工廠則試行灌裝155公釐砲彈。「肅寇一號」案自奉令研究試裝芥子氣砲彈，至試爆完成，其間經過灌裝設備設計，模擬彈灌裝及試射，正式試爆場地勘選，前後歷時一年半。1973年4月24日，靜止試爆於屏東縣枋寮大橋西側士文溪河床進行。4月22日，按預定程序舉行模擬試爆3發砲彈，情形良好。4月24日上午9點正式試爆，共試爆3發M110式155公釐砲彈，各灌裝芥子氣戰劑9.7磅（4.4公斤），以電發火遙控引爆，同時引爆3發相距15公尺排成正三角形、彈頭以55度角朝下的芥子氣砲彈。
1970年代，在歷經退出聯合國、中美斷交等國際重要事件後，國軍化學兵編制擴大、訓練增加。1985年，於澎湖、金門等防衛部隊設立了核生化訓練中心，當時國軍內部可能已經有相當數量的化學兵器儲備。
1980年代末，中華民國政府宣稱考慮到台島自身地少人多，生物、化學戰劑又易於失控，因此宣布終止生化武器的發展研製。但實際狀況則與聲稱相反，隨著中科院等軍事研究單位科技發展有所建樹，國軍一級戰備部隊已可配備可用火箭發射器發射的化學彈藥，一些飛機和導彈也具有化學戰攻擊能力。1988年，被迫終止核武器研究計劃後加速了化學武器研究並開始從國外大量採購「非摧毀性核生化武器」。1989年，美國國會獲悉中華民國已經擁有了製造進攻性化學武器的能力。1991年11月，由國防部批准成立的國防醫學院生命科學研究所也是一所主要負責開發生物武器和相關疫苗的科研單位。該所公開設有分子生物、細胞生物、系統生物及社會生物4個學科小組。自成立之日起便委派國防醫學院歷屆院長兼任該所所長。

現況

在精實案前，陸軍化學兵按其機構與職能可分為專業機構化學兵和部隊化學兵。其化學兵建制體制十分複雜。專業化學兵機構隸屬於陸軍總司令部和各軍團及防衛司令部，主要是一些指導性機構，但也有一些部隊。化學兵部隊屬戰鬥支援部隊，採用化學兵群、化學兵營和化學兵分隊（連）級組織建制，共計兵力3000餘人。另外，預備役步兵部隊也設有化學分隊。
在2000年後，精進案、精粹案等裁軍計畫下，目前化學兵規模已不如解嚴初期；但是在生化研發上仍然處於高度機密狀態。