軸心國佔領希臘時期

希臘陷落

1940年10月28日破曉，義大利大使Emmanuel Grazzi喚醒了希臘總理梅塔克薩斯，遞交義國的最後通牒。梅塔克薩斯拒絕接受此通牒，於是，不到三小時後，義大利軍從義大利佔領的阿爾巴尼亞進犯希臘領土。（希臘拒絕義大利最後通牒的週年自此成為希臘的參戰紀念日。）墨索里尼之所以要發動侵略，半為證明義大利可與德軍一樣取得驕人戰績，半因墨索里尼視南歐為義大利勢力範圍。
希臘軍隊證明了自己的實力，並且成功地利用了伊庇魯斯山區的地形。希軍反攻，迫使義大利軍撤退。到十二月中旬，希臘軍已經佔領了將近四分之一個阿爾巴尼亞，直到義大利援軍與嚴冬妨礙了希臘軍隊攻勢。在1941年3月，一次大規模的義大利軍反攻受挫，義軍只是重新佔領Himare和Grabova附近的小片區域而已。希臘對義大利入侵的挫敗被看作是盟軍在二戰中第一次陸戰勝利，雖說因為德軍干涉最終勝利屬於軸心國。
4月上旬，希臘的二十個師中十五個用來抵擋義大利軍，只有六個師沿梅塔克薩斯防線布防抵抗德軍（在希臘-南斯拉夫邊境與希臘-保加利亞邊境上）。丘吉爾也從埃及調來大英國協國家軍隊援助希臘。
1941年4月6日，德國發動南斯拉夫戰役及希臘戰役，開始從保加利亞與南斯拉夫方向進攻希臘。希臘與大英國協國家軍隊雖有反抗但終究不敵。
4月20日，隨著希臘軍隊在北面的抵抗的終止，保加利亞軍隊便進駐希臘色雷斯，企圖重新得到自己在西色雷斯與東馬其頓通向愛琴海的出海口。保加利亞佔領了西起斯特魯馬河，東至斯維倫格勒-亞里山德魯波利斯一線的希臘領土（該線以東馬里查河以西區域仍由德軍佔領）。
希臘首都雅典陷落於4月27日，到了6月1日克里特島陷落後，希臘全境為軸心國佔領。

三國佔領

希臘分為義大利、德國、保加利亞三國佔領區。德國軍隊佔領了戰略上最重要的地區，如雅典、塞薩洛尼基、中馬其頓和幾個愛琴海諸島島嶼，包括克里特島。東馬其頓和色雷斯由長期宣稱領有此地的保加利亞佔領並兼併。剩下的三分之二個希臘由義大利佔領，伊奧尼亞群島更是充作義大利領土直接統治。在1943年9月義大利投降之後，義大利佔領區由德軍接管，接管過程中德國軍隊不惜對義大利軍隊使用武力。英國試圖趁義大利投降重新進入愛琴海諸島但是失敗了，後果便是十二群島戰役。

經濟剝削和大饑荒

佔領給希臘人帶來了很大的痛苦。 該國經濟剛剛經受了半年鏖戰的摧殘，又被納粹毫不留情地剝削。原材料和糧食被徵用，合作者政府還被迫負擔佔領軍軍費，造成通貨膨脹。雪上加霜的是希臘還被迫給德國「戰爭貸款」，德國從未償還這筆貸款，造成德拉克馬嚴重貶值。德軍的軍事徵用，盟軍對希臘的封鎖，希臘基礎設施全毀的狀態，以及一個實力強大、又有背景的黑市，造就了1941年與1942年冬天的大饑荒（希臘語: Μεγάλος Λιμός），以至於單單在大雅典就有三十萬人殞命。 儘管有中立國如瑞典與土耳其援助糧食（參見 en:SS Kurtuluş），絕大部分的糧食都落入了與軸心國佔領當局有聯繫的政府官員和黑市交易人手裡頭。這些人會從佔領當局手中「買下」這些援糧，然後轉手以大大抬高的價格把援糧賣給絕望的饑民。如此深重的苦難迫使希臘流亡政府給英國人施壓，讓他們局部解除封鎖，從1942年夏起，國際紅十字會能夠開始發放足量的補給品。

納粹暴行

佔領晚期越來越多的遊擊隊襲擊導致許多針對平民的報複性處決和集體屠殺。德國總共處決21000名希臘人，保加利亞40000名，義大利9000名。
德國佔領區最聲名狼藉的例子包括：1943年8月16日，在Kommeno村，317名居民被國防軍第一山地師處決，村子被焚毀；1943年9月14至16日的Vianno大屠殺，克里特島Viannos地區和Ierapetra幾個村子的超過500名平民被國防軍第二十二空降步兵師處決；1943年12月13日Kalavryta大屠殺，國防軍第一百一十七獵兵師滅絕了全鎮所有男性鎮民並將該鎮徹底摧毀；1944年6月10日的Distimo大屠殺，第4警察裝甲擲彈兵師劫掠並燒毀了Distomo和Boeotia兩個村，導致全村218平民喪生；1944年8月22日克里特島的Kedros村大屠殺，164平民被處決，九個村子被劫掠並被硝化甘油炸毀。與此同時，在反遊擊戰爭進行的過程中，數以百計的村落被系統化地焚毀，導致將近一百萬希臘人無家可歸。
其他兩起值得注意的暴行是德軍在1943年9月接管義大利佔領區時對凱法利尼亞島和科斯島上對義大利駐軍的屠殺。1943年9月13號，凱法利尼亞島上12,000多人的義大利Acqui師被德軍第一山地師奇襲。抵不住陸上與空中斯圖卡雙重攻擊,該師在傷亡1300人之後，被迫於9月21日投降。翌日，德軍便開始屠殺戰俘，導致超過4500名義大利軍人死亡。約4000名倖存者被裝船運到希臘本土，其中3000名義大利俘虜因為船觸水雷而葬身愛奧尼亞海。凱法利尼亞島大屠殺是小說/電影Captain Corelli's Mandolin的背景。

保加利亞佔領區

1941年4月20日，保加利亞入侵希臘， 並且最終得以佔領整個希臘東北部的（馬其頓和西色雷斯，除了臨近土耳其的埃夫羅斯州被德國佔領之外）。與德意不同，保加利亞於1941年5月14日正式兼併了被佔領區，以實現其大保加利亞民族統一主義理想。
希臘人一向鄙夷保加利亞人，視其為野蠻人。結果佔領立即導致了反感情緒，特別是保加利亞並不是依靠軍事手段佔領這個地區的。
在整個保加利亞佔領區，保加利亞的政策是滅絕與驅逐希臘人，強制性地盡可能保加利亞化希臘人，將其餘趕走或殺害。從一開始當局就發起一場遣返所有希臘官員（市長、法官、律師、憲兵）的大規模運動。所有希臘學校都被關閉，教師被驅逐，希臘神職人員被換成保加利亞的，希臘語言文字被抑制，地名被從希臘語換成保加利亞語。 甚至刻有希臘語名字的墓碑都被損毀。
數量可觀的希臘人被驅逐，其他人則被沒執照不能行業的執照制度剝奪工作權利。當局實行強制勞動制度並沒收希臘人財產，給與保加利亞移民至1941年末,超過100,000希臘人被從佔領區驅逐。政府鼓勵用貸款與激勵機制保加利亞人移民到馬其頓，包括從當地人那裡沒收的土地和房產。
保加利亞宣傳企圖贏得當地說斯拉夫話的人的忠誠，有些人也的確把保加利亞人看作解放者。德國佔領的西馬其頓省這種政策並不成功。因為保加利亞人自己也能感受到損失。德軍最高統帥部批准保加利亞人在塞薩洛尼基設立一個保加利亞軍事會社。保加利亞組織給說斯拉夫語的馬其頓人提供食物給養，以贏得德意佔領區內斯拉夫裔人民的支持。保加利亞軍事會社也開始試圖贏得德意佔領區內斯拉夫裔人民的支持。1942年，保加利亞軍事會社向德軍最高統帥部求援，並派遣保加利亞軍官，開始把德意區內斯拉夫人編成民兵。

茲拉馬起義

在此種情況下，一場起義於1941年9月28日爆發。起義從茲拉馬城開始，並很快擴散至整個馬其頓。在茲拉馬、Daxato、Choristi、以及許多其他城鎮和村落當地人都與佔領軍發生衝突。9月29日，保加利亞軍隊開動至茲拉馬及其他地區鎮壓起義。他們逮捕了18到45歲之間的所有男性，單在茲拉馬就有300人被殺害。接下來的幾周內估計有15000希臘人被保加利亞佔領軍殺害，臨近鄉村的一些鄉村整村都被機槍掃射，劫掠一空。
大屠殺導致大量希臘人從保加利亞佔領區逃亡到德國佔領區。保加利亞軍的報複性措施在起義後仍然持續，加劇了難民潮。一個村莊會因為窩藏「遊擊隊員」而被摧毀，所謂「遊擊隊員」其實只是前一個被毀掉的村子逃出來的村民。恐怖和饑荒變得如此嚴重，傀儡政府考慮把所有保加利亞區人口全部疏散到德占區。1941年冬天遍布的饑荒導致數十萬人死亡，這個計畫被迫終止，保加利亞佔領區人口於是在恐怖統治下又生活了三年。1943年5月，保加利亞也開始把猶太人遣送到德國的集中營裏去了。同年，保加利亞陸軍把佔領區擴展到德國控制的中馬其頓，雖說保加利亞沒有正式兼併這一地區。

與佔領軍合作

與德軍在停戰協定上簽字的Georgios Tsolakoglou將軍在雅典被任命為納粹傀儡合作者政權的領袖。他的總理位置被兩個重要的希臘合作者繼承:先是康斯坦丁.卡拉曼利斯，然後是揚.拉利斯負責建立希臘的合作者部隊保安團。正如其他歐洲被佔領國家，有希臘人心甘情願地與佔領軍合作。有些人是被國家社會主義意識形態所吸引，有些是極端的反共分子，還有些只是單純的機會主義為了個人前途。德國人也想要支持者，於是他們建立法西斯組織如EEE(Ethniki Enosis Ellados希臘國民聯盟)，EKK(Ethnikon Kyriarchon Kratos民族主權保衛者)，由George S. Mercouris領導的EEK(Elliniko Ethnikososialistiko Komma希臘國社黨,EEK)和其他小親納粹、法西斯、或者反猶太團體如ESPO(希臘社會主義愛國者組織)以及Sidira Eirini("鐵和平")。
希臘人當中，許多塞斯普羅蒂亞州的阿爾巴尼亞少數民族積極與軸心國佔領軍合作。 因為這些行為，他們戰後逃離希臘。在馬其頓斯拉夫少數民族組建了各種准軍事部隊如Ohrana，並與保加利亞軍隊緊密合作，試圖對區內希臘人展開種族清洗。

抵抗運動

然而，只有少數希臘人選擇與納粹合作，多數不是被動接受佔領就是主動反抗。由於許多希臘人逃到了山上，主動的希臘抵抗運動在佔領後就立刻開始了，造就了遊擊隊運動。早期抵抗運動最動人的場景就發生於4月27日德軍抵達雅典衛城之後，德軍命令護旗隊員埃夫佐尼孔斯坦蒂諾斯·庫基季斯降下希臘國旗。Koukidis照做了，但是他降下國旗之後便將自己裹在國旗中，縱身跳下衛城高臺而死。數日後，德意志帝國戰旗在雅典衛城上空高高飄揚，兩個希臘愛國青年Manolis Glezos和Apostolos Santas趁著夜晚爬上衛城把旗子拉了下來。這支希臘抵抗運動最早的行動也是歐洲最早的抵抗行為，預示著不僅激勵了希臘人的抵抗意志，也激勵了在德國佔領下歐洲各國人民的鬥志。
武裝抵抗運動最早的徵兆開始於希臘北部，那裡反感保加利亞佔領的情緒很強烈。早在1941年秋，德軍就很快有了反應，焚毀若干村落，殺害448名村民。德國報復行為的殘暴真的摧毀了早期的遊擊隊運動，直規模更大的運動於1942年再起。 遊擊隊行動的最大來源是共產黨組織支持的遊擊隊「國家解放陣線」（EAM）, 以及它的軍事部門「希臘人民解放軍」（ELAS）。這些部隊針對德軍展開了破壞活動與遊擊隊攻擊活動並取得顯著成果。其他抵抗組織包括：前軍官兼共和派Napoleon Zervas上校領導右翼遊擊隊組織國家共和希臘聯盟（EDES）；由保皇黨Dimitrios Psarro上校領導的國家社會解放組織（EKKA）。 這些部隊由是希臘陸軍殘軍希臘社會中的保守派人士組成。從1943年開始，不止一次EDES（共和派）和ELAS（共產黨）互相攻擊，是為希臘內戰之前奏。1944年德軍撤退後，EAM（共產黨）宣稱EDES（共和派）是德國佔領軍和希臘傀儡政府支持的。形式導致了EAM（共產黨）、EDES（共和派）與德國軍隊之間的三角戰爭。與此同時，ELAS（共黨）襲擊並摧毀了保皇黨Psarro的軍事陣營"四二年五月護旗團"並殺害了Psarro。
當義大利於1943年秋向盟軍投降，德軍積極抓捕與槍決義大利軍人，包括在Acqui師大屠殺中殺掉的5000多人。德軍同時開始向EDES（共和派）大舉進攻。隨後有證據顯示共和派EDES的Zervas上校與德軍保持協議不互相攻擊。此項協議使德軍在一些地帶不受破壞活動干擾，在另外一些地區共和派EDES可以抽出精力對付共產黨ELAS。1944年，當德軍開始撤出希臘，英國特工在雅典市Plaka區安排了一個停火協議，休戰協議於是結束。共和派EDES指責共產黨ELAS在東馬其頓與保加利亞人合作(北伊庇魯斯解放陣線MAVI)以及對非共產黨的殘暴行為與屠殺。
至此希臘已經快要步入國家歷史的下一個階段，即希臘內戰。

解放及其後果

1944年末德軍開始從希臘大陸撤離。撤軍原因是蘇聯軍隊從烏克蘭開進東南歐，威脅將德軍與德國切斷。希臘是少數皆因為二戰得到領土的國家，因為十二群島在1947年從由義大利管轄變成由希臘管轄。

希臘的猶太人大屠殺

二戰之前，在希臘主要有兩股猶太人:散居全國的Romaniote人社群自古便在希臘居住；和住在塞薩洛尼基大約50000多人的塞法迪猶太人社群，為逃避西班牙宗教裁判所於中世紀逃到希臘。塞法迪猶太人五個世紀以來都在塞薩洛尼基城市生活中扮演了重要角色，但當該城在第一次巴爾幹戰爭後併入希臘時，該社群和主流社會並不能很成功的融合。
劃分佔領區時，塞薩洛尼基劃歸德國控制。色雷斯劃歸保加利亞控制。儘管德保兩國一開始保證不迫害猶太人，納粹和保加利亞政府還是逐漸實施了一系列反猶措施。猶太人報紙被關閉，當地的反猶份子被鼓動在城市裏四處張貼反猶告示，德國與保加利亞佔領區裏的猶太人強制佩戴大衛之星，如此就可以輕易將他們從其他希臘人中辨識出來，孤立他們。 猶太人家庭被從自家宅地中被驅逐出來逮捕納粹控制的媒體也鼓勵公眾仇視他們。到1942年，德國人開始搗毀塞薩洛尼基的老猶太公墓以將老墓碑石用來修建人行道與牆壁。此公募原址現在是塞薩洛尼基亞里士多德大學校區。
即使被遣送的危險迫在眉睫，大多數猶太人不願離開家園，雖然有幾百人可以逃離城市。1943年3月，德國人與保加利亞人開始大規模遣送猶太人，將塞薩洛尼基與色雷斯的猶太人裝在鐵皮車廂裡頭送到遙遠的奧斯維辛和Treblinka死亡營。截止1943年夏，德國和保加利亞佔領區的猶太人業已消失，只有義大利佔領區的猶太人還在。塞薩洛尼基的猶太人產業被分配給由一個特殊委員會「猶太財產分配機構」（YDIP）指定的希臘「託管者」。經常是委員會成員的親戚朋友或者對德合作者得到猶太人的房產和生意，而不是急需接濟的難民。
在1943年9月義大利崩潰後，德國把注意力轉向了住在雅典和前義大利佔領區的猶太人。他們的宣傳沒有在自己管區那麼有效，因為古老的Romaniote猶太人社群與希臘東正教社群之間的融合很徹底，不會被輕易從基督徒中孤立出來，這裡的基督徒更願意抵制德國當局的要求。雅典大主教Damaskinos命令手下司祭指示會眾幫助猶太人，並且修書一封指責德國與合作者當局，措辭強烈。許多東正教基督徒甘冒牢獄之災甚至生命危險將猶太人窩藏在自家中。甚至有希臘警察忽略將猶太人轉交給德國的命令。 當猶太社群向Rallis總理請願時，他告訴他們塞薩洛尼基的猶太人是犯了顛覆罪才被遣送的，試圖緩解他們的恐懼。與此同時雅典城大拉比Elias Barzilai被召到到猶太事務局，令他上交一份印有猶太人名字和地址的清單。他立即銷毀了社群記錄，並指示雅典的猶太人逃命，於是拯救了數以千計的雅典猶太人。幾日後，拉比自己也被共產黨EAM-ELAS部隊救出雅典。共產黨EAM-ELAS救助了數以千計的猶太人逃出來並存活了下來，許多留下來當抵抗戰武裝的兵或者譯員。
總共有至少81%的（約60,000）戰前猶太人口遇害，從塞薩洛尼基的91%到雅典的50%，到沃洛斯這樣的偏遠省份的的36%。在保加利亞佔領區，死亡率超過90%。值得注意的案例是愛奧尼亞群島的扎金索斯島，全部275個猶太人被藏到該島內部而生存了下來。

對戰後文化的影響

軸心國佔領希臘，特別是島嶼部分，在英語書籍和電影中能見度很高。真實的特種部隊襲擊如Ill Met by Moonlight以及虛構的特種部隊襲擊如The Guns of Navarone、Escape to Athena和They Who Dare (1954)虛構的佔領故事如Captain Corelli's Mandolin都是重要的例子。
佔領的歷史傷疤直到今天仍在隱隱作痛。歐洲主權債務危機中許多希臘人之所以不接受希臘政府「緊縮開支，換取歐盟援助」的方案，就是因為對德國主導的歐盟深深的戒心。他們把接受這一方案看作是德國對希臘的「第二次佔領」，更在2015年為此向德國索討2695億歐元。。