兩岸定期航線

歷史背景

兩岸包機是海峽兩岸自1949年中國共產黨在中國大陸地區建立政權、中華民國政府退守台灣，兩岸的政府斷絕任何形式的官方交流50多年後，再度重現的兩岸交流的其中一個重要的體現。
在三不政策的影響下，兩岸在意識形態不同而斷絕任何方式的來往，包括航運。兩岸之間沒有民航客貨機往來。期間只有因為政見不同或尋求對方政治庇護的劫機者非法地將飛機駕駛到對岸。
自1980年代起，中華人民共和國政府實施改革開放政策，吸引外資到中國大陸投資，和中華民國政府放寬以探親方式容許居民到大陸，兩岸民間的航運需求大增。不過，由於台灣和中國大陸沒有直接空運，旅客和台商均須乘搭兩程飛機，在第三地（通常是香港及澳門，也有少數經韓國濟州島、日本琉球）轉機再乘第二程飛機，方可到達對岸城市。動輒需時半天，尤其是當接近時令節日，大批台商需要由中國大陸返回台灣渡節，多時間航程對他們帶來不便。
為解決問題，台灣的中國台商發展促進協會理事長、時任立法委員章孝嚴首先於2002年10月27日提出「大陸台商春節返鄉專案」，獲得台灣各界呼應，工商航運界的關注和支持。

領導層面

中國大陸方面以國台辦主任陳雲林為首，帶領中國大陸民用航空總局的人員和台灣政府代表協商。不過，北京政府對於所有兩岸間領導層的協商，必定要建基於「九二共識」，這仍然是與陳水扁政府有很大的分歧。北京政府堅持既然雙方政府未有共識，不准許兩岸半官方機構海基會和海協會進行協商，這是增加台商春節包機進展的難度。為了促成協商，在2003年和2005年春節包機時，兩岸只可以低一層次以民間航空業界層面進行。
另外，中國大陸對台灣政治氣候非常敏感，每當陳水扁政府做出令北京政府感到不安的事件時，中國大陸對台灣更具戒心。最具體的例子是2004年台商春節包機的胎死腹中。當時台灣的民主進步黨陳水扁連任總統，並繼續被中國共產黨認為有台獨傾向，再加上兩岸沒有特別多的共同利益，很難談攏，雙方所謂的意識型態攻防，其實是利益角力。
中國大陸私底下對大原則極度堅持，表面上則表現出極大的善意。在談2005年春節包機時，國台辦主任陳雲林曾說：「只要是有利於台灣同胞的事情，我們都願意努力去做。」並表示「大陸在積極推進兩岸「三通」的政策主張是一貫的，並為此進行長期的努力，表達很大的善意和誠意。」又譬如在2003年台商春節包機，台灣方面設下限制，令中國大陸的航空公司雖然不能參與，但中國共產黨亦根據雙方協商後的共識提供協助。
但在實際上，無論大陸或是台灣，對直航的態度還是相當務實的追求自方利益。
中國大陸方面，對於台灣航空公司的幫助也限於對中國大陸有利的方向，例如中國大陸對貨運直航的態度非常不正面、而積極推動客運直航，原因是貨運包機得益的大部分在台灣一方。
台灣方面，民進黨對直航的態度也是著眼台灣利益，而民進黨認為台商包機對台灣經濟上助益很小、沒有必要在政治上犧牲，因此台商春節包機的協商表現相當冷淡。再者民進黨認為中國大陸不值得信任（也是民進黨主張台獨的重要原因），必須避免台灣單方面依靠中國大陸，擔心損害台灣主權、人權、經濟與國家安全。
台商包機確實可以方便台商回台過節，但對台灣來說，最有利的直航模式有二：一是貨運直航，這樣對台灣的上游產業有相當正面的幫助、也可以降低廠商西進的誘因、也可以增加華航、長榮兩家航空公司在貨運上的競爭力；第二是能獲得轉機客的直航模式，可以讓桃園機場成為進入中國大陸的一個門戶。台商包機與這兩點無關，也就是說台商包機對台灣幫助不大。

航空業界

對於兩岸航空業界來說，儘管2003年和2005年的兩次台商包機都並非為航空公司帶來收入，但能夠執行春節台商包機總是一個美夢，亦是為未來航空業界帶來萬限商機。
營運2003年的春節台商包機對航空公司來說是絕對賠本的，因為這次指定包機只可單向載客，即是航機來回程兩程中，其中一程是不能載客的，無形中這程空機的成本要由載客的另一程去回本；另外，航線指定無論往台北還是往上海，都不能直航而需要經停香港或澳門，變相航程加長了，更耗燃油。即使飛機載滿台商也未必抵消成本。另外，由於飛機要在港澳額外起降，因此還是一樣麻煩。
不過當台灣各航空公司獲准參予2003年台商春節包機行動，在短短10多天間，6家台灣航空公司迅速地向所屬民航總局申請往來海峽的航班，並與大陸落地處（上海）有關的航空公司和旅行社等商簽了地面代理協議和票務合作安排。2003年的成功令台灣的航空公司初次和大陸航空界正式交流。
到2005年的台商春節包機任務，兩岸的航空公司獲准以「雙向曲航、不停第三地」的方式進行。對此大陸的航空公司特別雀躍，因為這是其首次執行有關任務，富歷史意義。事實上，2005年的台商包機由於時間過於倉促，有很多台商已經訂好了較轉折的普通航班，令到各承辦包機的航空公司要各出其謀，除了抓著僅餘未買機票的乘客外，還為先前已訂了普通機票的乘客轉乘包機。有些航空公司如南航和廈航均提出，為乘坐各自航班春節包機的台商提供任何一地到廣州的免費機票服務。
儘管兩岸直航能否成事變數重重，但兩岸航空業界對直航抱著很大的憧憬，因為隨著兩岸的經濟交流頻繁，兩岸直航的需求量極大。航空公司熱衷於執行春節包機，每間航空業者都藉著春節包機與對岸的航空業者，是為著累積有關運作經驗，以便日後兩岸直航成事實時，便能佔盡先機。

兩岸民間

在台灣，以國民黨立法委員蔣孝嚴為首的訪問團能夠促成台商春節包機，使國民黨與泛藍陣營得到民眾支持，特別在馬英九政府上台後，國民黨把握這個能夠與北京政府進行商談，希望以「大陸牌」來重新打動台灣民眾，尤其是幾十萬受惠於包機的在大陸台商。國民黨民意代表，將「台灣民生、兩岸關係、國際事務」三個兩岸焦點塞進「春節包機」中，成功幫助台灣民眾對包機的期望和需要，緩和兩岸嚴峻氣氛，和使國際關注兩岸春節包機案。這次成功更促進在野的國民黨和大陸的互動，為兩方日後的交往奠下良好的經驗。
台商和能夠乘搭春節包機趕新歲的人士自然是台商春節包機的實際得益者，從沒有包機時需要一整天由台海的一岸返抵對岸，到2003年乘春節包機「一機到底」約5小時，到2005年乘包機「一機到底、不經停」約4小時，台商免卻了不少奔波之餘，亦享受到難得的優質航機服務。他們對能夠促成春節包機的兩岸有關單位非常欣賞。
至於大陸民眾雖然未能坐春節包機，不能享受箇中的便捷，但是也嚮往著兩岸未來「三通」的實施，加強交流和融合。在實際表現上，熱情的民眾也有表達支持春節包機的行動，例如在2005年春節包機首航當天，上海大眾計程車公司將全滬僅有的50輛高檔賓士計程車，在前窗玻璃上貼上紅色而又喜氣的字幅「回台灣，過年嘍！」，免費為乘搭包機的台商們接至上海浦東國際機場。

2008年兩岸特定人道包機

2008年5月12日四川發生汶川大地震，地震發生後台灣陳水扁政府為順利讓在四川的台灣旅客盡速返台，而積極向大陸方面協商。最終達成協議，由長榮航空、中華航空、復興航空、華信航空於5月16日以包機的模式由台灣方面派出四個架次的飛機分別自成都（華信航空）和重慶（其餘三者）的機場搭載旅客返台。

2008年兩岸週末包機

2008年6月13日，兩岸經過協商後，決定開始兩岸週末包機，每週五到週一將有18個航次飛行。與先前的直航包機不同的是，兩岸所有合法旅客皆可乘機往返，且不再繞飛香港、澳門領空。大陸將開放北京首都國際機場、上海浦東國際機場、上海虹橋國際機場、廣州白雲國際機場、廈門高崎國際機場和南京祿口國際機場與台灣的台灣桃園國際機場、台北松山機場、台中清泉崗機場、高雄國際機場、馬公機場、金門機場和台東機場對飛。
2008年7月4日，中國南方航空載著230名首批旅客順利飛抵台灣桃園國際機場。
2008年8月起，兩岸航空公司的台灣航點只剩下松山、桃園、台中、高雄。

問題點

除了支持週末包機的聲音外，亦有對兩岸週末包機表示疑慮的意見。世界日報曾分析馬英九政府的談判能力不足，另也有許多人士對直航的內容提出質疑，包括航線的規劃如軍方禁航區的影響、開放並花錢升級沒航空公司飛的航點、開放台北松山機場弊大於利（松山機場增加的方便性不多，卻會分散台灣桃園國際機場的客源及發展資源；廢除松山機場也是台北都會區都市規劃的許多難題的最好解答）、尚未獲得對台有利的延遠權問題以及貨運直航（大陸方面也承認貨運包機對台有利） 等議題。

兩岸平日包機

2008年12月15日，兩岸實現真正直航，同時實現常態包機。復興航空松山－上海航班及深圳航空深圳－松山航班分別為兩岸的首發航班。 此次大陸方面開放16個機場包括原有的北京、上海浦東、廣州、廈門、南京外，還有杭州等新進航點，台灣方面則開放桃園、高雄、臺中、臺北、澎湖、花蓮、金門、臺東8個航點，同時，上海浦東、廣州、高雄和桃園開放貨運包機。 在隨後的幾個星期內，隨後加入的大陸航點包括武漢、成都、大連、重慶、青島、天津、西安、昆明、海口、福州和長沙。2009年4月18日，又開通了瀋陽－台北航線，這是東北省會城市唯一直飛台灣的直航包機，也是大陸現有航點中最北端的城市直飛台灣及航線最長的兩岸包機。
關於兩岸平日包機的後續效應，多方反應不一。由於兩岸航線定位不明，延遠權的問題仍難能解決。對於業者及民眾所期待的第五航權開放，民航局表示並不樂觀。外籍業者也可能無法加入兩岸航線的經營。 此外，大陸籍業者太鍾情位於台北市區的松山機場，開通了多條往來於大陸基地與松山間的航班，導致松山始發的架次出現了兩岸數量不平均的現象。 成為最熱門的航點後，過去定位為應該廢除的國內機場的台北松山機場當然面臨服務不足的問題，有別於現在一、二期航廈混用的情況，未來松山機場計畫將原服務國內航線的第一航廈做為國際航廈，而原為軍用的第二航廈將改做國內航廈以因應逐漸萎縮的國內線市場。 隨著兩岸航線的開起，及更多國際航線邊境檢查設施的啟用，松山機場可望於2010年日本東京羽田機場跑道增建後開起飛往東京羽田的航班。 民航局目前更規劃在民國100年時將松山機場轉型定位為商務機場，提供包機服務。 但松山直航的負面影響也開始出現：在松山直航後，中正航空站前主任周文軍指出桃園機場面臨「松山瓜分旅客 大陸機場競爭」這個問題；而另一個不良影響就是而由於松山機場開闢兩岸等國際航線，因此居民受噪音危害情況大幅提高，而相關單位卻以這些數據是合格的官腔回應。如前述，松山機場有相當的負面影響，目前的擴充，必然在未來廢除松山機場時造成浪費。
而大陸最搶手的航點上海，受到目前浦東國際機場及上海空域逐漸壅塞的影響，2010年前逐步分流航班至擴建完成的虹橋國際機場。

轉為定期航班

第三次江陳會談提議將包機轉為定期航班，除此之外有以下進展：使用較佳航路、允許定期客機機腹載貨（可以節省成本，亦吸引航空公司將航班由松山機場轉移至桃園機場）。
兩岸定期航班已經於2009年8月31日啟航，但相較於包機，定期航班的法律及技術談判，更難迴避統獨問題。