新大嶼山巴士

1990年代

嶼巴於1992年1月被冠忠巴士集團以4000萬港元全面收購，巴士亦開始更換為以日本五十鈴單層空調巴士為主力。
1997年東涌新市鎮首期落成及青馬大橋通車，以及1998年地鐵（2007年與九鐵合併為港鐵）東涌綫通車，大大縮短由香港市區往大嶼山的時間及路程。嶼巴遂大力拓展往來東涌新市鎮至大嶼山各區的路線，並在同年6月1日開辦N13通宵路線來往東涌和梅窩。
1998年7月6日，新香港國際機場開幕，嶼巴開辦來往梅窩和機場的A35路線，並於同年11月1日將N13路線延長至機場，更改編號為N35線。同年引入三輛丹尼士飛鏢SLF型巴士行走機場路線，是該公司首批低地台巴士。
1999年4月1日，配合油麻地小輪中環至梅窩渡輪新增通宵班次，來往梅窩和大澳的1號線提供通宵服務，路線名為N1。

21世紀至今的發展

2001年1月24日農曆新年，嶼巴開辦由紅磡碼頭往昂坪寶蓮寺的1R假日特別路線，成為嶼巴第一條在大嶼山以外作為起訖點的巴士路線。
2002年1月2日，因應香港迪士尼樂園動工興建，嶼巴開辦P1線來往青衣機鐵站與香港迪士尼樂園建築工地及36P線來往東涌地鐵站與香港迪士尼樂園建築工地。因應地鐵迪士尼綫啟用，此路線於2005年8月21日取消服務。
2007年初，因應深圳灣口岸即將落成啟用，運輸署公開招標兩條往來深圳灣口岸至屯門、元朗的巴士路線，並於2007年6月23日宣布，嶼巴投得往來深圳灣口岸至元朗的巴士路線，編號為B2，於2007年7月1日傍晚起隨深港西部通道通車而投入服務，成為嶼巴於1974年4月1日起成為專利巴士公司以來，首次開辦兩邊總站均在大嶼山以外的專利巴士路線，原有行走東涌逸東邨的37、38線的德國MAN NL263單層特低地台空調巴士，亦全數被調走，改為行走B2線，因此為填補車隊空缺，嶼巴向城巴購買富豪B6LE，行走37、38線。
2013年3月3日，根據長者及合資格殘疾人士公共運輸票價優惠計劃，年滿65歲長者使用長者或個人八達通及合資格殘疾人士使用「殘疾人士身分」個人八達通，每程收費只需HK$2；同日起原設長者平日折扣優惠的路線亦改為只限使用八達通方可繼續享用，使用現金付費回復只獲半價優惠（1及4號線的中途下車分段收費除外）。
2018年4月，運輸署批准新大嶼山巴士使用雙層巴士行走東涌道，以配合梅窩的新居屋銀蔚苑即將落成入伙所帶來的新增交通需求。
2018年10月，新大嶼山巴士公司投得來往港珠澳大橋香港口岸至香港國際機場及港珠澳大橋香港口岸至滿東邨的巴士路綫，編號為B4及B6，並於2018年10月24日起營運。

收費模式

所有巴士路線均有固定收費，大部分較長途路線亦有分段收費，並接受以港幣現金及八達通付款，車上不設找續。除了東涌新市鎮區內路線34、36、37、38、深圳灣口岸路線B2、B2P、B2X及港珠澳大橋香港口岸路線B4、B6外，所有路線都分為平日（星期一至六）及假日（星期日及公眾假期）收費，並以後者較高。此舉是希望利用節假日時提高遊客佔乘客多數的車費，來補貼平日以當地居民為主要乘客時客量不足的問題。
此外，部分路線（例如路線1、N1、3M、4）設有雙向分段收費，乘客可以依實際乘搭路程用現金繳付相應車資。
嶼巴是有提供日票的專利巴士公司。日票分為「大嶼通」及「360海陸空全日通」。「大嶼通」日票可以於當天無限次乘搭嶼巴所有路線，平日售價HK$35，假日售價HK$55。「360海陸空全日通」套票則除一張與「大嶼通」相同功能的日票外，還包括昂坪360吊車單程車票一張，成人售價HK$155（標準車廂）／$2050（水晶車廂），小童售價HK$105（標準車廂）／$1550（水晶車廂）；「360海陸空全日通」套票則除一張與「大嶼通」相同功能的日票外，還包括昂坪360吊車來回車票一張及大澳小艇遊，成人售價HK$225（標準車廂）／$3100（水晶車廂），小童售價HK$145（標準車廂）／$230（水晶車廂）因吊車公司配售關係，「360海陸空全日通」每日只限發售／換取合共約200張套票及只於09:30-15:00時段發售。

2000年代

2003年，新大嶼山巴士引入9輛德國猛獅NL263單層特低地台空調巴士，專門行走東涌逸東邨和東涌北的路線，如37線和38線（其中38線更是嶼巴中班次最密的巴士路線，最密2分鐘一班），是首間引入該款巴士的專利巴士公司。另外它亦向城巴購買了5輛猛獅NL262單層特低地台空調巴士。
2007年中，引入5輛德國猛獅歐盟4型單層雙門高地台巴士，全數已投入服務。同年末再引入10輛德國猛獅NL273歐盟4型單層特低地台空調巴士，全數用來行走深圳灣口岸B2系路線，該批巴士已於2008年投入服務。

2010年代

2010年下半年及2011年中，嶼巴分批引入9輛及5輛青年JNP6122GR型單層特低地台空調巴士（原為MAN NL323底盤配國產青年車身），以取代最後5輛1997年出牌的手動變速箱日本五十鈴巴士（ILS103、104、106、107、111），6輛1998年前城巴富豪B6LE巴士（VL1-VL6），以及3輛1998年手動變速箱的丹尼士飛鏢SLF（DN1-DN3）。
2013年12月，嶼巴向城巴購買了2輛丹尼士三叉戟12米雙層特低地台巴士，已於2014年投入服務。
2014年8月18日，宣布招標購置8輛低地台雙層巴士，以取代8輛購自城巴二手冠忠丹尼士三叉戟12米雙層巴士，該合約由猛獅港澳區總代理合德汽車有限公司奪得，冠忠購入8輛12米猛獅ND323F。首輛巴士已於2015年7月3日經新加坡運抵香港；目前已出牌的巴士全數分配予母公司冠忠巴士。這批巴士車內配置大致與九巴的猛獅A95 ND363F相同，惟首兩排座位則改設行李架而同時減去兩個企位，電子路線牌改用Amplus。首批7輛巴士於2015年8月出牌，部份車牌採用同集團旗下泰豐遊覽車已退役斯堪尼亞K113CRB單層客車，而客運營業證均取自已退役冠忠二手1998年丹尼士三叉戟12米。該批車主要作為屋邨巴士之用途，並會出租予商業機構接載僱員及提供合約租車。首批7部冠忠A95於2015年9月1日早上首航香港飛機工程（HAECO）員工接送巴士線，並於其後行走37線及37線早上特別車。其中一架猛獅A95（KU3998）於同年9月16日披上了慶祝冠忠巴士50週年的全車身廣告，車身上並首次出現冠忠巴士的吉祥物「冠忠仔」。 
冠忠巴士現時合共購置了14輛ND363F、5輛ND323F，其中頭9輛ND363F供非專利車隊使用，取代8輛向城巴購入的丹尼士12米以及1輛猛獅24.310 12米，而5輛ND363F及5輛ND323F則撥給新大嶼山巴士。 
2015年11月19日，嶼巴首架猛獅A95出牌，並獲編配車隊編號MD03。該批車輛除車身增加了「NLB」字樣外，其餘與冠忠巴士的猛獅A95相同。嶼巴母公司冠忠巴士集團於是增購了16輛猛獅A95，惟型號改為更大馬力的ND363F，車廂配置大致與首批猛獅A95 ND323F相同，但也有分別，此批次採用了Facelift車身及綠色配白色「N」字樣的新大嶼山巴士的新塗裝；電子路線牌轉用Hanover二極體（LED）橙色電子牌連「加長版」側牌及尾牌。裝有與利奧普蘭相似之軨蓋；全部巴士均採用荷蘭Ventura氣動門和採用美國鋁業（Alcoa）合金車輪；全部巴士都不設行李架，故下層右邊近下車門位置已重新安裝兩排座位，以及全部巴士座位均設有USB充電插座。
嶼巴母公司冠忠巴士集團於2017年增購了16輛猛獅A95 ND363F訂單後，該公司再動用購買權，透過冠忠增購27輛ND363F。除車身兩側不設樹擋外，其餘配置與MDR01-16完全相同。
2017至2018年，嶼巴訂購30輛歐盟5型雙層巴士，除16輛猛獅A95 ND363F（MDR01-16）外，還有14輛矮身版亞歷山大丹尼士Enviro 400 Euro V，作為日後梅窩至東涌市中心之3M線轉為全線雙層巴士行走時的車隊，車身長10.4米、高4.17米，闊2.53米，採用與新巴60輛同型號巴士類同的Facelift車身，其中一批車身編號獲編為H447。惟有關安排引起社會關注雙層巴士行走路窄多彎、陡峭的東涌道帶來的安全隱患。新巴士可接載88名乘客，上層設有47個座位，下層則可容納26人，企位為15名。預計2018年6月底至7月初抵港。首輛巴士於2018年8月1日出牌，車隊編號為AD01，重用了猛獅NL263（MN09）的車牌BM3218。
新大嶼山巴士於2018年引入全新的猛獅RR8單層巴士，新巴士配有馬來西亞Gemilang順豐客車廠的高地台車身，並首次在單層巴士上髹上新大嶼山巴士的新車隊塗裝。 
該巴士已於2018年11月18日抵港，估計新巴士將會取代配上亞洲Aero車身的猛獅A91單層巴士，接力為東涌道及嶼南路沿線居民服務。

為配合車隊需求增加，新大嶼山巴士於2018年5月30日在報章刊登招標通告，中標者須提供5部不超過12米的3軸空調低地台雙層巴士，並會因動用購買權而增購最多10輛巴士，而巴士亦必須符合歐盟六型排放標準。標書最終由合德汽車有限公司投得，其中一輛巴士已於2019年2月12日晚上抵達香港貨櫃碼頭，並於翌日駛離。

巴士車廠

現時嶼巴共有設有三間車廠，分別是梅窩車廠、小蠔灣車廠及天水圍車廠。其中位於恆安停車場的天水圍車廠設於私人停車場，以便管理車輛。
而於1991年梅窩車廠啟用前，嶼巴舊車廠則設於貝澳—一個位於嶼南道旁的小型車廠。