港鐵

九廣鐵路的誕生（1910年-1930年）

註：九廣鐵路（英段）是指現今的東鐵線，九廣鐵路（華段）是指現今的廣深鐵路。
19世紀末，因香港及廣州貿易頻繁，當時的香港政府與滿清政府商議興建連接香港與廣州的鐵路，並在1898年達成協議，興建一條連接九龍與廣州的鐵路，專營權歸英方所有。而鐵路按地域分成中英兩段，並分別由兩國政府興建。1905年9月，立法局通過興建九廣鐵路。1910年10月1日，耗資130萬英鎊的九廣鐵路（英段）落成啟用，總站設於尖沙咀。其後在1911年10月5日，來往香港與廣州的港穗直通車也隨華段建造完成而正式投入服務。沙頭角支線則在1912年4月1日正式落成通車，後來因沿線興建了公路而客量大跌，在1928年廢止。
早期列車由蒸汽機車推動，直至1962年被柴油機車取代。

戰前發展（1930年-1941年）

1930年，中國的內戰導致九廣直通車中斷運作。1935年，大圍車公廟增設停車點，但於翌年停用。1937年8月，九廣鐵路增加九龍至汕頭的直通車服務。直到抗日戰爭開始，九廣鐵路（華段）因經常受到日軍空襲，九廣鐵路只能維持有限度服務。

二戰時期（1941年-1945年）

1941年12月，因香港淪陷，使九廣鐵路（華段）停止運作。在日佔時期裡，日方於1943年完成修理整段九廣鐵路，重新復辦來往香港至廣州的直通車。

戰後發展（1945年-1955年）

1949年10月14日，由於中國人民解放軍進駐廣州，來往九龍和廣州的直通車便在政治原因下停駛。華段改以深圳火車站為終點站，成為其後的廣深鐵路。而英段則改以羅湖站為終點站。另一方面，香港政府興建了粉嶺至和合石墳場的和合石支線，並於每年的清明節和重陽節提供客運服務，平時則用作運送屍體的用途。1955年9月5日，2輛柴油機車開始投入九廣鐵路（英段）的服務，蒸汽機車終於在1961年8月全部被取代。

經濟急速發展（1955年-1994年）

1960年代，香港經濟急速發展，人口不斷增加，公共運輸的需求越來越大。因此，香港政府於1964年邀請了英國方面為香港交通未來發展進行研究，並在1967年發表《香港乘客運輸研究》。研究指出1986年香港人口將達至6,868,000人，有必要改善現有的交通網絡，以解決人口增長所出現的交通問題。

九廣鐵路現代化及電氣化（1955年-1979年）

顧問公司於1967年建議將九廣鐵路（英段）南面終點站由尖沙咀縮短至紅磡，以及九廣鐵路（英段）展開全線現代化、電氣化及雙線化計劃，以便改善市區與新界近郊的聯繫。1975年11月30日，位於紅磡的九龍車站正式啟用，更於1979年成為剛恢復通車的港穗直通車的新終點站。至於耗資35億港元的九廣鐵路（英段）全線現代化及電氣化工程於的電氣化計劃於1978年開展，1983年中完工，並於7月15日通車。
1981年，香港政府打算將營運九廣鐵路（英段）的九廣鐵路局由政府部門改為公共法團，以讓新公司可以商業原則運作。1982年12月24日，九廣鐵路公司根據《九廣鐵路公司條例》正式成立。

地鐵的誕生（1975年-1982年）

由於顧問公司於1967年指出香港有必要興建集體運輸系統，因此分別於1967年及1970年分別提出兩套集體運輸系統，而香港政府於1972年成立集體運輸臨時管理局，原則上同意先行興建興建的首4期共長20公里路線的早期系統。
1975年初，負責興建的日本財團因第一次石油危機問題而決定退出，引致香港政府將早期系統略予縮減至15.6公里，為修正早期系統，連接觀塘站至中環站，於1975年11月動工興建，總工程費用為60億港元，所有修正早期系統中的鐵路在1979年10月1日至1980年2月12日期間分段通車，成為香港第一條過海鐵路。利氏家族於1975年9月拆資5億港元興建，香港政府亦同時撥出共11.5億港元，成立全資擁有的地下鐵路公司，取代臨時管理局監督工程，在通車後以審慎商業原則負責經營鐵路。

香港整體交通研究（1982年-1988年）

1976年，《香港整體交通研究》指出，連接荃灣站至太子站的一段荃灣線在需求量、必要性、技術上的要求進行的，因此全長約10.5公里的荃灣支線於1979年3月動工。荃灣站至荔景站及太子站（月台）於1982年5月10日率先開放。5月17日，荃灣線餘下的荔灣站（1985年改稱美孚站）至深水埗站及太子站（大廳及出口）沿途各站亦開放使用。荃灣線通車後，並取代修正早期系統，經尖沙咀站直達中環站，修正早期系統餘下路段改名為觀塘線及縮短至油麻地站。《香港整體交通研究》曾建議的港島線於1980年12月被香港政府正式批准，並在1982年及1983年3月分期動工，由上環站至柴灣站，將地下鐵路之路線長度增至37公里。港島線金鐘至柴灣段在1985年5月31日通車，並於1986年5月23日延長至上環站。
1984年初，熊谷組為首財團提出以民間興建營運後轉移模式（BOT，建造-營運-移交）形式興建鐵陸兩用的東區海底隧道連藍田站，有關隧道於1986年6月開始動工興建，並在1989年8月6日竣工，觀塘線由觀塘站經東區海底隧道延長至香港島的鰂魚涌站，中途站藍田站亦在同年10月1日啟用。而在2008年，鐵路BOT專營權結束後，本段隧道正式移交港鐵公司。

輕便鐵路系統（1988年-1994年）

註：九廣輕軌/輕便鐵路系統是指輕軌
1984年10月17日，九廣鐵路公司接受政府邀請，在新界西北屯門區和元朗區建造和營運九廣輕軌（當時為85年7月14日），並於1988年9月18日通車。

鐵路發展策略（1994年-2005年）

《鐵路發展策略》（英語：Railway Development Strategy）是香港為未來鐵路發展的一份文件，由當時的運輸科（與現時決策局的職能對應的是運輸及房屋局）在1994年提出的。在這份文件提出前，與香港鐵路運輸相關的文件分別有：1976年及1989年提出的《香港整體運輸研究》與《香港第二次整體運輸研究》；1993年提出的《香港鐵路發展研究》以及2000年5月提出的《鐵路發展策略2000》。

機場鐵路（1998年-2001年）

機場鐵路包括東涌線及機場快線，於1994年11月動工，是香港機場核心計劃的重要部份。機場快線是連接香港國際機場至九龍及香港島中環的快速鐵路，設有香港站、九龍站、青衣站、機場站和博覽館站。東涌線則連接香港站和東涌站。其中東涌線於1998年6月22日通車，成為第一條延伸到大嶼山的鐵路。1998年7月6日，機場快線於香港國際機場啟用當日通車，成為香港第一條來回機場至市區的鐵路，並於2005年12月20日延伸至機場東北部的亞洲國際博覽館，設置博覽館站。而機場快線列車由原先的7卡增至現時的8卡。

將軍澳支線及鰂魚涌站轉線通道紓緩工程（2001年-2003年）

1998年，政府落實將將軍澳線交由地鐵興建，同時間，地鐵在1998年7月進行「鰂魚涌站轉線通道紓緩工程」，以解決鰂魚涌站的擠塞情況，暫時將觀塘線總站由鰂魚涌站延伸到北角站，並於2001年9月27日啟用。翌年將軍澳線落成，將軍澳線油塘站和油塘至寶琳段分別在8月4日和8月18日啟用，取代觀塘線過海路段，觀塘線的總站則從北角站改為調景嶺站。

九廣西鐵（2003年-2004年）

註：九廣西鐵是指現今的西鐵線
在鐵路發展策略中，稱為西部走廊鐵路的九廣西鐵是一條包含本地客運、跨境客運及貨運的三個角色的鐵路線，來往新界西北至九龍西部。1998年特區政府批准九廣鐵路公司興建西鐵由屯門站至南昌站的第一期工程，於1998年10月開始施工，2003年12月20日通車。同時積極擴展輕軌網絡，將之轉型為九廣西鐵的主要接駁交通工具。九廣鐵路公司為配合香港興建西部鐵路走廊第一期，把九廣鐵路（英段）改名為九廣東鐵，輕便鐵路則改名為九廣輕軌。
同時，東涌線於南昌站加設車站，方便乘客轉車。

尖沙咀支線及馬鞍山鐵路（2004年-2005年）

註：尖沙咀支線是指東鐵線延線（紅磡－尖東），馬鞍山鐵路是指馬鞍山線
馬鞍山鐵路為鐵路發展策略另一條優先發展的鐵路線，連接大圍、城門河東岸至馬鞍山。馬鞍山鐵路於2001年2月12日動工，並於2004年12月21日通車。為紓緩東鐵和地鐵唯一的轉線站九龍塘站的擠迫情況，東鐵尖沙咀支線在2004年10月24日開通，東鐵的總站由紅磡站伸延至尖東站，經歷29年後東鐵又重回到尖沙咀。尖東站設有連接尖沙咀站的行人隧道以便轉乘。

合併前發展（2005年-2007年）

為配合香港迪士尼樂園度假區的發展，地鐵興建了迪士尼線，並在東涌線上加設欣澳站方便市民和遊客前往。欣澳站及來往欣澳站和迪士尼站的迪士尼線分別於2005年6月1日及8月1日啟用。機場快線博覽館站則於同年12月20日開始投入服務，以配合亞洲國際博覽館落成啟用。
2006年9月18日，往返東涌至昂坪之觀光纜車昂坪360投入服務。2007年6月11日，一輛沒有載客的昂坪360纜車在赤鱲角的轉向站附近墜毀，昂坪360即時停駛。停止運作半年後，昂坪360獲機電工程署取消禁載令，於同年12月22日至12月29日舉行試搭及模擬多種延誤，並在12月31日上午十時重開。
2007年8月15日，歷時3年多建成的東鐵落馬洲支線正式通車，當中落馬洲站為香港第二個連接中國大陸的鐵路口岸。落馬洲支線曾計劃以高架橋的型式穿越塱原濕地，但這個計劃遭到各環保團體強烈反對，指興建高架橋時將會嚴重破壞塱原濕地的生境及地貌。在得不到環境許可證及上訴失敗後，九鐵改以隧道形式興建塱原濕地一段。

兩鐵合併（2007年）

2006年4月11日，香港政府和地鐵有限公司達成有關地鐵和九廣鐵路合併的共識，其後行政長官會同行政會議通過兩鐵合併方案，政府和地鐵亦簽署了兩鐵合併諒解備忘錄。備忘錄內容包括地鐵租用九鐵網絡50年的服務經營權、購入九鐵公司的物業資產發展權，並會對車務結構進行調整、提供更方便的轉線安排等。兩鐵合併曾引起廣泛爭議，有人認為合併後產生的協同效應可節省成本及營運開支，並能取消轉乘車費。反對者則認為會失去競爭造成壟斷，並擔心合併後會以上市公司名義遠離監管。
2007年6月8日，《兩鐵合併條例草案》獲香港立法會三讀通過，為兩鐵合併提供了法律基礎。10月9日，地鐵公司股東在特別股東大會以八成支持率，投票通過兩鐵合併方案。政府當局在2007年10月18日公布兩鐵合併日期為12月2日。
2007年12月2日，九廣鐵路系統正式結束其長達97年的服務，並與有28年歷史的地鐵系統合併成「港鐵」。原屬九鐵的東鐵、西鐵、馬鐵分別易名為東鐵線、西鐵線、馬鞍山線，而東鐵的旺角站改稱旺角東站。由當日起整體票價獲得調低，轉乘車費亦同時取消，但由於票務系統整合需時，至2008年9月28日方統一單程車票的使用。合併後的港鐵同時改善兩鐵原有轉乘站的設施，並拆除九龍塘站、美孚站和南昌站原來的轉線用閘機以方便乘客轉乘。

合併後發展（2007年-至今）

2008年4月9日，港鐵在丹麥哥本哈根舉行的2008年度鐵路大獎中，獲得全球知名的獨立軌道及交通專家評選為亞太區最佳鐵路。同年，鐵路網絡繼續擴展，將軍澳線二期康城站於2009年7月26日啟用，九龍南線亦於8月16日投入服務。
2010年6月13日，港鐵首次按「可加可減機制」調整票價，平均加幅百分之2.05。2011年6月19日，港鐵第二度按「可加可減機制」調整票價，平均加幅百分之2.2，但仍較合併前收費稍低。2012年6月17日，港鐵第三度按「可加可減機制」調整票價，平均加幅百分之5.4，部份車程的車費較合併前為高。2013年6月29日，港鐵第四度按「可加可減機制」調整票價，平均加幅百分之2.7。同年7月8日起，港鐵將免費熱點服務擴展到全線車站。
2012年12月21日起，負責牽引城際直通車於東鐵線及廣深鐵路行走的東風11型柴油機車正式由韶山8型電力機車全面取代，自此所有在港鐵系統內的載客列車（包括直通車）均以電力推動，實施完全電氣化；在完全電氣化前一天晚上10時許開出往廣州東的T819次廣九直通車，成為港鐵最後一班載客柴油火車。
2014年6月29日，港鐵第五度按「可加可減機制」調整票價，平均加幅百分之3.6。同年12月28日，堅尼地城站及香港大學站正式啟用。
2015年3月29日，西營盤站正式啟用。同年6月21日，港鐵第六度按「可加可減機制」調整票價。根據機制計算結果為+4.3%，即代表是次調整票價的平均加幅為4.3%。港鐵按票價調整機制方程式，可以連續第六年加價。套入機制方程式計算後，再減去0.6的生產力因素，得出港鐵今年可以加價百分之4.3，加幅高過去年的百分之3.6。

邁進新紀元（2007年-2009年）

2007年中，港鐵公司已經開始運作並開始在車站內更改車站內的路線圖、指示牌。在指示牌方面，安裝在幕門上的指示已經於2007年7月12日起陸續更換。以觀塘線往調景嶺的方向為例，指示牌原本寫上「觀塘線往調景嶺」的字樣，但已經被換上為「往調景嶺」，以配合現時港鐵的格式，但亦有部分非轉線站至2010年5月仍使用舊格式。另外，所有西鐵線車站的幕門指示亦已經被轉換成港鐵的格式。2007年11月，部分地鐵站的垃圾桶上已經換上「請保持港鐵清潔」的字樣，且在上方「嚴禁吐痰 免生細菌」的告示已換上「違反港鐵附例罰款港幣5,000元」字樣，上面貼有小小的港鐵貼紙，遮掩著地鐵的標誌；出入口旁標有出入口英文字母的膠牌亦已更換成港鐵的模樣，全部路線都嚴禁飲食。
為加快兩鐵標誌換置，很多需要改動的九廣鐵路焗漆指示版在合併前先給換成港鐵樣式（例如兩鐵交匯的轉乘站），再在新告示版上貼上紙板。好讓職員可以在12月1日收車後快速換走。這些的臨時紙板所有全部都是以地鐵字體仿照九鐵樣式製造。直到2008年5月，大部分在車站出口的「一路帶動生活 The ride to great living」標語後面仍是蓋住九鐵的「多謝乘搭九廣鐵路 Thank you for traveling by KCR 」標語。同樣地，九鐵也提早為合併作出準備。例如九龍塘站、美孚站和南昌站，由於會在港鐵成立（2007年12月2日）後合併車站，因此部分指示牌已經於該日前改用港鐵的格式，並貼上臨時貼紙。九龍塘站北面大廳亦已經於2008年9月28日完成工程，遷移商店及拆除閘機；而南昌站亦已經完成工程，在分隔一號及四號月台間的牆壁開設轉車通道，方便乘客轉乘；美孚站亦有進行工程，於轉乘通道拆除共2條電扶梯，改為電梯，並將C2出口的電梯改入已付費區，獨立為E出口，方便殘疾人士轉乘兩線；而在該站轉線通道將有八成劃為收費區，方便乘客轉乘，而有關工程亦已於2008年9月28日完成。

將軍澳南支線（康城站）及九龍南線（2009年-2014年）

隨著位於將軍澳南，鄰近將軍澳車廠的全新大型物業發展區日出康城入伙，港鐵於2009年7月26日正式開放康城站，而之前單純用來讓空車往返將軍澳車廠和將軍澳站、長達3.5公里的路軌亦開始負責康城站至沿線各站的客運服務。康城站啟用後，將軍澳線於離峰時間以「3+1」形式行走兩條路線：北角站至寶琳站，及北角站至康城站，即每3班往寶琳站的列車就有一班往康城站的列車提供服務。繁忙時間則設有來往調景嶺站及康城站的穿梭列車，每12分鐘一班，並不會有列車直接來往北角站和康城站，由北角站至油塘站、坑口站、寶琳站以及其他路線沿途各站前往康城站的乘客須在調景嶺站或將軍澳站轉乘穿梭列車前往康城站，而來往北角站至寶琳站的列車服務不受影響。
九龍南線是港鐵西鐵線的延伸路線，從南昌站開始，向南延伸，經過西九龍的柯士甸站，連接現有的東鐵線尖東站，全長3.8公里，共3個車站，耗資83億港元建造。現在，港鐵西鐵線由屯門站直接連到紅磡站。九龍南線工程於2005年開始，於2009年8月16日通車，紅磡站成為現時東鐵線和西鐵線的終點站，尖東站由東鐵線終點站改為西鐵線中途站。工程由當時的九廣鐵路公司規劃、批出合約及出資，但因兩鐵合併關係，該線由香港鐵路有限公司（前身為地鐵有限公司）負責監督建造及營運。香港政府在《鐵路發展策略2000》中建議興建「九龍南環線」。2002年9月24日，香港政府邀請當時的九廣鐵路公司就九龍南環線著手進行詳細規劃和設計工作。2003年12月20日，九廣西鐵（今西鐵線）正式通車，以深水埗區的南昌站作為終點站 。雖然打著方便新界西北居民直達市區的旗號，但始終南昌站並非市區中心，以市區邊緣作為終點站的做法為人詬病，這被認為是西鐵通車後乘客量比預期中要低得多的主因。當時有人認為，九龍南線的興建對西鐵的日後發展尤為重要。九龍南線接駁東鐵線尖東站和西鐵線南昌站，策略性地把東、西鐵線的南面兩端連接起來，乘客可透過鐵路由新界東直達新界西。香港特區政府於2005年6月24日將已審批的九龍南線方案刊登憲報，8月開始批出合約，而土木工程則於2006年開始。

港島線西延、觀塘線延線及南港島線（2014年-2018年）

港島線西延是港鐵港島線第三期的發展項目，將原有港島線向西伸延，共設3個車站：西營盤站、香港大學站及堅尼地城站，為香港島西區提供鐵路服務，並且接駁香港島其他地區。西港島線於2009年8月10日動工，堅尼地城站及香港大學站如期在2014年12月28日通車，西營盤站則於2015年3月29日啟用。
觀塘線延線將原有觀塘線向東南延伸，共設2個車站：何文田站及黃埔站。而何文田站會與未來的屯馬線交匯。項目於2011年7月25日動工，何文田站及黃埔站於2016年10月23日啟用。其中黃埔站由於月台限制，部分觀塘線列車以何文田站為總站。
南港島線為《2007至2008年度香港行政長官施政報告》中的十大基建之一，它由金鐘站起連接南區，除擴建金鐘站外，共興建4個新車站：海洋公園站、黃竹坑站、利東站和海怡半島站，解決南區的交通擠塞問題。鐵路為中型鐵路系統，每列列車有三節車廂，並採用全自動化列車服務，為香港第二條以全自動列車營運的市區通勤鐵路。項目於2011年動工，耗資152億港元，2016年12月28日投入服務。南港島線通車後，香港十八區皆有鐵路到達。

廣深港高速鐵路及沙田至中環線（2018年-2021年）

廣深港高速鐵路（香港段）總站設於西九龍，實施一地兩檢的安排，並於2018年9月23日通車，與中國內地高鐵接軌。由西九龍站前往廣州南站最快需時48分鐘。
沙田至中環線分為兩段，即大圍至紅磡段和紅磡至金鐘段（過海段），分別與西鐵線及東鐵線連接，隨著九廣鐵路於2002年獲得沙田至中環線的發展權，便於2004年重提以九廣東鐵（今東鐵線）延伸過海的計劃，即沙中線過海段。根據2008年沙中線的最新建議，香港政府將會興建第四條過海鐵路，並租予港鐵營運，從現時的紅磡站往南延伸至香港島，屆時東鐵線南行列車會在駛經紅磡站後，再經計劃建於灣仔北部地底的會展站以及和現有的金鐘站交匯，形成策略性鐵路走廊南北走廊。行政長官會同行政會議於2012年3月27日批准進行沙田至中環線鐵路項目，項目於同年6月22日啟動工程。大圍至紅磡段預期在2019年完成，而紅磡至金鐘段（即整條南北走廊）則預期在2021年竣工。
沙中線項目把西鐵線向東伸延，西鐵線在經過紅磡後，可以再途經何文田、土瓜灣、宋皇臺、啟德、鑽石山及顯徑站到達大圍站，再連接整條馬鞍山線（大圍至烏溪沙），形成策略性鐵路走廊東西走廊，後來改稱屯馬線。屆時，乘客毋須轉車便可以往返屯門至烏溪沙沿途各站。

服務項目

兩鐵合併後，港鐵公司將原有的地鐵系統及九鐵系統合併為綜合港鐵系統，使港鐵現時共有10條重型及中型鐵路系統路線（包括10條市區線及1條機場聯絡軌道系統路線）、12條輕軌系統路線及往返中國大陸的城際客運服務，以及多條港鐵巴士、港鐵接駁巴士和機場快線穿梭巴士路線等巴士服務。
現時港鐵所經營的鐵路路線全長230.9公里，當中的輕軌系統則長36.2公里。整個網絡共有161個車站，包括93個港鐵車站和68個輕軌車站。位於市區的車站大多設於地底，建於里程地面12至37米之下。而位於新界的車站，很多都以地面或高架形式建造，但坑口站、將軍澳站、調景嶺站、大窩口站、荃灣西站及東涌站等新界車站的月台則因為路段及車站設計問題而須建於地底。
除了以上鐵路及巴士路線外，港鐵公司亦經營來往東涌至昂坪的旅遊纜車系統──昂坪360。
所有列車服務由港鐵公司車務部負責，而列車維修則由港鐵公司車輛維修部負責。

接駁巴士服務

港鐵接駁巴士是由港鐵委託九巴營運，往返各主要屋苑與東鐵線車站，方便里程東鐵線車站較遠的乘客前往港鐵車站轉車。前身為東鐵接駁巴士，由九廣鐵路公司於1985年起開始提供服務。
港鐵巴士是由港鐵直接營運，提供新界西北區內交通服務及協助乘客前往西鐵線和輕軌車站。前身為九鐵巴士，開辦原因是因為興建輕軌時，政府在新界西北劃定輕軌專區，不容許其他公司經營區內巴士路線，九鐵遂開始在該區經營巴士路線。
機場快線接駁巴士則來往各主要酒店與機場快線車站之間，方便旅客轉乘前往機場，凡持有乘搭機場快線的證明即可免費上車。

城際客運服務

城際客運服務曾經是九廣鐵路公司最重要的服務之一，而且是當年興建九廣鐵路的主要原因。可是東鐵線的本地客運大幅擴張，使直通車不論增加班次或縮短行車時間上都遇上困難，可能要等待廣深港高速鐵路通車方有改善。目前共有三條直通車路線，在香港境內都沿東鐵線的路線行走，分別是每日9班的粵港直通車（廣東線），和每兩日一班的京九直通車（北京線）及滬九直通車（上海線）。

貨運服務（已結束）

鐵路貨運也是港鐵繼承合併前九廣鐵路公司的重要服務，也是一個對向中國大陸的服務，主要業務有貨櫃運輸、一般貨運（平板拖卡）及牲口運輸，來往香港與中國大陸，最遠至烏魯木齊。在上水屠房運作以前，載著牲畜的列車（俗稱「豬車」，因運載的牲畜以豬隻為主）經過車站時留下的氣味是不少人的童年回憶。紅磡貨場更設有國際郵件中心，處理來往中國大陸的平郵郵件。
2009年10月29日，港鐵公司宣布，因跨境貨運需求急劇下降，經仔細研究後，決定於數個月後停辦中港跨境貨運市場佔有率僅為0.08%的鐵路貨運業務。
2010年6月15日，隨著最後一班北上郵政貨運列車由國際郵件中心開出，港鐵跨境貨運服務正式終止。

車資

港鐵鐵路線、機場快線、輕軌、昂坪360、城際客運均設有各自的車票，港鐵巴士（新界西北）及港鐵接駁巴士上車時以現金繳費，而八達通也是乘客常用的車票。機場快線穿梭巴士則在乘客持有承認乘搭機場快線的有效憑證下免費乘車。
另港鐵亦設有多款推廣及旅遊車票，包括屯門－南昌全日通、遊客全日通等。

車費結構

有別於一些單一票價的鐵路系統，港鐵收費並非劃一，票價收費亦不是根據路程長短而定，票價的高低亦同時取決於乘車等級以及是否涉及合併前的不同網絡。一般而言，乘客不能以所乘搭的里程越長，收費就會越高的常理推斷車資，在一些情況下，更有短程較長程貴的現象出現。
此外，一些同地區但合併前屬不同網絡之車站（如奧運站與旺角站與旺角東站、荃灣站與荃灣西站、九龍站與柯士甸站與佐敦站與紅磡站等），其收費存在明顯不合理差異，最高可相差超過5元。這是因為在計費時沒有考慮同區因素所致。一般來說涉及不同網絡的車程，票價會較高。
雖然單程票經營成本比電子收費更高，但港鐵利用大多市民已經習慣使用八達通電子收費模式，現時輕軌有548個車程組合更出現使用單程票，收費比八達通更低情況。
由於車費結構的複雜性，整個系統的車資有逾百個不同的價目，沒有簡單的法則推算車費，故只能透過港鐵公司製作的「港鐵車費及優惠」查閱特定車程的車費。
乘客如於旅途中乘搭東鐵線享用頭等服務，需另繳交相等於該程東鐵線車程普通等車費的「頭等額外車費」（學生則須支付成人頭等額外費）。

收費系統

市區線、機場快線、城際客運、港鐵巴士、輕軌及昂坪360的收費為各自獨立的系統，當中輕軌及港鐵巴士屬開放式系統，不設閘機；乘客在不同的系統之間來往，必須在每個系統分別購買車票，車費獨立計算，但使用八達通於市區線、機場快線、輕軌及港鐵巴士之間轉乘，可享有轉乘優惠。

於尖沙咀及尖東站轉乘之特別事項

尖沙咀站及尖東站為兩個獨立車站，一張單程車票不可在尖沙咀站及尖東站轉車。由於兩站只由行人隧道連接以及沿途設有多個出入口，不能像香港站–中環站般設立封閉式收費區通道，故兩站間不實施免閘機轉乘，因此無法接受單程車票乘客在此於西鐵線和荃灣線之間轉乘；如單程車票乘客有需要在此轉乘，則必需分別購買車票。而使用八達通的乘客，於30分鐘內在該兩站轉線（中途沒有使用八達通進行其他交易超過9次，或是乘搭過其他交通工具），則可連續計算旅程。

八達通

八達通是香港第一種輕觸式電子收費系統，普通卡片的大小和信用卡相若，內置晶片，使用時把卡片放在接收器上即能完成付款過程。港鐵的前身，地鐵和九鐵，均為八達通始創者；本身即是最常使用八達通收費系統的業者。使用八達通乘搭港鐵可享受優惠，大部份車費比使用單程票便宜，例如來往金鐘和尖沙咀，成人八達通收費為HK$10.3，但單程票收費則需HK$11.5。
八達通亦提供了各類優惠的可行性（包括轉乘優惠、月票、第二程折扣優惠等），可替複雜的轉車組合準確計算單一車資，取代其未通用前派發及出示轉車券的做法；現時上水／烏溪沙－尖東全月通加強版、屯門－南昌全月通加強版、東涌－香港全月通加強版和東涌－南昌全月通加強版及由2009年12月起之屯門－紅磡全月通加強版的優惠都透過八達通使用，儲存記錄在八達通的晶片內。

單程票

港鐵市區線的單程票是一種智能車票，只須在讀卡器上啪一下至聽到嘟聲便可入閘，而附有磁帶的車票亦已經在2014年3月19日停用。
車票可在入閘前購買，並只限即日有效。各車站大廳設有自動售票機售賣各種單程票，另頭等單程票或前往過境車站的車票可於客務中心購買。機場快線則使用塑膠及紙製智能車票，亦是港鐵唯一設有來回車票的系統。輕軌是使用紙製車票，於車站月台購買。由於單程票是港鐵公司資產，除紀念車票外，出閘機會回收使用。如在車站內或街道上拾獲，一律歸還客務中心。
港鐵建議乘客如需前往較繁忙的車站，如中環、尖沙咀、尖東、旺角及旺角東等車站時，或前往馬場站前（因該站不設售票機，如需購票即需在客務中心排隊購買），可預先多購一張車票作即日回程之用。

其他

港鐵設有不同的推廣月票，包括屯門－南昌全日通、上水／烏溪沙－尖東全月通加強版、屯門－南昌全月通加強版、屯門－紅磡全月通加強版、東涌－香港全月通加強版及東涌－南昌全月通加強版。除上水／烏溪沙－尖東全月通加強版可與屯門－南昌全月通加強版或屯門－紅磡全月通加強版編錄於同一張八達通內之外，其餘全月通均不能編錄於同一張八達通內。
此外，港鐵亦有多項旅遊車票，專供留港少於14天的遊客購買，在購買時要出示身分證明。旅遊車票包括遊客全日通、遊客過境旅遊票及機場快線旅遊票。
港鐵亦不時推出優惠，如搭十送一，乘客只需乘十程港鐵，即送免費單程票一張123。
當查票員使用機器查驗乘客車票/八達通時，乘客可向該查票員索取「車票/八達通資料讀查報告」而毋須提供個人資料，此舉可確保他們聲稱的讀卡器使用時卡內金額不會被扣減或被更改乘車資料，同時，另要求在報告中清楚記錄低當時查票的人的全名及職員編號，以及他的上司的全名及職員編號。(詳情可向港鐵查詢)

設施

每個港鐵車站的設計各有不同，不少車站採用較為簡單的箱形結構，以2至3層的結構容納大廳及月台，亦有部份車站則採用較為複雜的布局結構，月台設於鑽挖隧道內，而大廳則位於路面以下，更有多層的地庫結構，以提供更多空間給容納車站大廳售票設施、商店、控制室及機房等設施。
所有車站運作由港鐵公司車務部負責。
2010年尾，港鐵推出MTR Mobile，令乘客可以搜尋路線資料及港鐵站設施。

大廳及月台設施

由於每日有大量乘客使用港鐵，因此月台均設有大量電扶梯，雖然早期有意見認為傷殘人士不適合乘搭鐵路而未設旅客用電梯，但因應機場快線及東涌線的開通，所有車站均最少有一部電梯；此外，另有個別車站亦已陸續安裝自助式輪椅升降台，以便解決部份車站未能加裝電梯的問題。
與此同時，為配合無障礙運輸，合併前的地鐵在1998年起作出多項改善措拖，以方便傷健人士使用地鐵。包括在車廂內加設輪椅專用位置、失明人士引導徑、闊閘機及電梯等。
車站大廳同時設有客務中心處理乘客票務問題。此外，每個港鐵車站亦設有收費電話、自動售賣機及自動照相機等自助服務。此外，有14個車站設有網際網路服務──iCentre，供予乘客瀏覽網頁，車站包括香港、中環、灣仔、銅鑼灣、鰂魚涌、金鐘、太古、九龍塘、九龍灣、旺角、太子、深水埗、葵芳及荃灣。2013年7月8日起，全線港鐵車站均設置最少一個免費WiFi熱點，讓乘客每日可以享用最多5節，每節15分鐘的免費WiFi服務。

洗手間

有別於世界各大地鐵系統，當時的地鐵基於衛生及安全理由，除了機場快線及迪士尼線之外，大部份車站均不設洗手間設施，對乘客不便。現時乘客如有需要，可向職員提出，由港鐵職員帶領下使用職員洗手間。相反地，九鐵的各個車站在興建時已包括洗手間設施，所以在2007年討論兩鐵合併時，有立法會議員建議港鐵在其原來路線的車站加建洗手間。相隔9年，港鐵才表示在7個轉線車站陸續添置洗手間，爭取在2020年前完成。
為協助身體不適的乘客，自2015年每逢冬季，港鐵於星期一至五的繁忙時間（早上7:30至9:30及下午5:30至7:30）在九龍灣、彩虹、黃大仙、九龍塘、金鐘和北角站設立「乘客不適支援點」。到達後會有站員提供協助。

車站設計

在1979年通車時，由於前地鐵公司當時認為香港部份市民是文盲，因而透過車站顏色方便乘客知道自己身處的位置。車站顏色主要有4個原則作決定，包括車站名本身與顏色字有關（如黃大仙站採用黃色）、是否具意境（鑽石山站採用黑色，再加上少量白色，便展示鑽石在黑洞中閃爍）、根據周圍環境（如堅尼地城站靠近海邊，故採用湖水藍色）和隨機決定（如西營盤站的紫色與上環站的泥黃色形成對比）。而大型車站或終點站則採用紅色，希望吸引乘客的注意力（如荃灣站、旺角站、中環站及紅磡站）。
港鐵其車站顏色的特色更被旅遊指南Lonely Planet介紹。

指示設計

指示設計由前地鐵公司建築部門底下設計小組的工作，其中一部份為設計站牌的字體。當年採用「地鐵宋」是明體，曾令許多設計師費解，因為這是華人世界第一個城市大眾運輸系統所使用的字牌。設計者之一柯熾堅表示，地鐵是城市精神的表徵，而明體本身為帶有濃厚楷書基因的字體，用於站牌可彰顯中華文化的氣氛。對於香港這樣的國際都會來說，或許有宣示在地主體性的意味在。而且該字體雖然橫筆細，但關鍵的豎筆卻很粗，所以當作指示，並不會有看不清楚的問題，只要再把橫線加粗，就更好了。而英文字型為Helvetica。其後地鐵公司在1982年3月製成「指標規範手冊」，作為日後指示設計的準則。

車上設施

港鐵列車上均貼有包括所有港鐵路線的路線圖，方便乘客。當中南港島線、港島線、荃灣線、觀塘線、將軍澳線、東涌線及機場快線列車均安裝了閃燈路線圖，供乘客留意列車的行駛方向、停靠車站及轉乘資訊。
此外，港島線、荃灣線、觀塘線及將軍澳線列車都裝有「港鐵資趣台」，除顯示列車訊息及報站提示之外，更提供由商業電台提供的文字新聞及其他廣告資訊。
東鐵線、馬鞍山線、西鐵線、港鐵中國製列車、港鐵東西線中國製列車及港鐵南港島線中國製列車列車則安裝了新聞直線（全稱「港鐵新聞直線列車資訊娛樂系統」），在車廂內播放包括由有線電視提供的新聞及娛樂節目、鐵路安全訊息及廣告的連續片段，讓乘客在旅程中得知最新資訊，同時帶來廣告收益。將來因應新列車的陸續引入，新聞直線亦會引入全市區線。
雖然新聞直線系統在列車經過某些路段時會出現間歇信號中斷情況；但這系統在「2007香港資訊及通訊科技獎」中獲得「最佳無間斷網絡（流動資訊娛樂）銀獎」，也肯定了其系統的穩定性。

流動通訊

港鐵各個車站及行車隧道內鋪設了行動電話網絡，使乘客不論在地面或地下均可無間斷地使用行動電話。港鐵也是全球首個引入第三代流動通訊（3G）及Wi-Fi無線上網的鐵路系統，乘客可於車站及列車上使用行動電話、電子手帳等瀏覽網際網路或高速傳輸數據。

安全

港鐵系統的治安以及保安由香港警務處鐵路警區以及港鐵轄下的保安公司 (當中包括附例特檢隊) 負責。港鐵系統一向被譽為全世界最安全的鐵路網絡之一，在港鐵發生的罪案，僅佔全港罪案的1.5%，相對港鐵每天近400萬人次的搭乘。
港鐵一直都舉行不少活動，確保乘客注意使用港鐵時的安全。例如在各個車站內有不少海報，月台及車廂亦有廣播提醒乘客。宣導標語常以粵語口語表示，如「緊握扶手，企定定，照顧同行長者同小朋友。」（使用電扶梯時，緊握扶手，不要亂行走」）或「聽到嘟嘟聲，停低你至精」（聽見嘟嘟聲（列車門在關閉時發出的警號）時，停下來是最聰明）、「搭港鐵，咪衝門，要小心」（乘搭港鐵時，不應衝門，要小心）等。此外，港鐵引入附例來防止乘客進行不當或危險的行為，例如禁止攜帶易燃物品，違規者可被罰款甚至入獄。港鐵禁止攜帶金屬氣球進入車廂範圍，以免影響高架電纜運作。

半高式月台門和幕門

機場快線、東涌線、將軍澳線、西鐵線和尖東站興建時的新建車站均在通車時已裝設了月台門。由2002年8月起，當時的地鐵開始引入月台門到港島線、荃灣線和觀塘線各個地底月台，是全世界首條鐵路在營運中鐵路系統加建月台門，所有安裝工程於2005年10月全部完成。月台門能夠防止乘客墮軌，及防止月台的冷氣流失。迪士尼線的欣澳站及迪士尼站車站設計以開放式為主，無安裝空氣調節，故此引入半高式月台門。半高式月台門高1.5米（約月台門的一半）。半高式月台門能夠防止乘客墮軌，成本亦較便宜。
全線93座車站中，當中有74座已經完成安裝幕門或閘門，至2012年1月，尚餘東鐵線共11座車站未加裝閘門。港鐵表示，是因為需要配合沙中線工程，加上涉及更換訊號系統，故此預料分別於2017年及2020年才會進行安裝。
根據港鐵資料顯示，自月台安裝幕門後，發生的事故的數字明顯減少。
每個月台兩端均有壓力感應器，一旦有人經月台兩端的樓梯步行到路軌，感應器便會傳送信號到站長室，通知職員。此外，每個月台都設有緊急停車掣，防止有人墮到路軌而被列車輾過。東鐵線因部份車站月台彎度過大及空隙較大，乘客可能會誤墮縫隙或被困於閘門與月台邊緣之間的空間，港鐵曾試驗安裝月台伸縮踏板。有關羅湖站伸縮板的工程已經完成安裝，分別於2009年4月14至5月25日以及同年8月21至10月15日內試用，期間列車抵達車站時需要額外時間15-20秒。因月台伸縮踏板令列車延遲而影響乘客及班次。2014年9月。港鐵就沙中線二期安裝月台門及東鐵線加裝半高式月台門工程進行招標前的資格預審，工程範圍同時包括了為部份東鐵線車站加建月台伸縮板，羅湖、大學及至旺角東站會合共加建約140個伸縮板。2015年7月26日，大圍站，馬鞍山線4號月台，已安裝的半高式月台門啟用。2015年9月中，大圍站，馬鞍山線4號月台已完成安裝所有半高式月台門。

自動體外心臟去顫器

於2010年10月29日，港鐵宣布於10個繁忙車站（紅磡站、羅湖站、中環站、金鐘站、旺角站、太子站、九龍塘站、銅鑼灣站、荃灣站及香港站）的站長室、客戶服務中心及月台監察亭設置共39部自動體外心臟去顫器，由香港消防處救護總區訓練港鐵前線職員，有需要時，由前者及鐵路警區警務人員優先負責處理操作。至此，有300名前線職員接受過訓練學習使用除顫器，港鐵會試驗1年，然後檢討成效，考慮是否推廣至全香港所有車站。
在試驗期間，在3次情況底下，站內有人成功利用自動體外心臟去顫器救回兩名心臟病發者。於2011年11月1日，港鐵落實將自動體外心臟去顫器裝置至全香港93座車站，包括2部置於城際客運的九廣通列車上，耗資350萬港元購置200多部相關的裝置，分布於站長室及月台監察亭，總數為237部，每站裝置兩部。配備自動體外心臟除顫器的客務中心和月台監察亭的玻璃窗上，都會被貼上特別標誌，方便識別。至2011年11月1日，有750名前線職員接受過訓練學習使用除顫器。屆時，救護總區亦會向所有督導級的員工教授急救知識。自2012年開始，全線84個車站及城際客運的九廣列車上，已設有237部自動體外心臟去顫器。

事故

公眾認為兩鐵合併後會為乘客帶來更高效率的服務，但不少調查均指自合併以來，港鐵服務延誤個案有上升之勢。《文匯報》的調查指港鐵的延誤由2008年的240宗，逐步增至2010年278宗，上升近一成六，2011年錄得300宗延誤事故。其中逾半起因是機件故障，達169宗。其中2011年夏季，21日內更發生至少6宗事故。服務延誤逾一小時的嚴重事故亦持續發生，2008年累計至2011年9月底已有17宗。
有港鐵工會人士透露，港鐵近年削減維修資源，單是2010年保養及相關工程開支卻較2009年減少300萬元至9.12億元，引致前線維修保養人手不足，並大量聘請外判公司負責維修保養工序，做成近年事故頻密。立法會議員亦批評賺大錢的港鐵只會加價，卻減少資源改善服務質素，將乘客安全置之不理。
而港鐵的事故通報機制亦受不少公眾批評，有媒體向港鐵查詢2011年第二季事故數字，發言人以資料未有公開為由拒絕提供。一群80後港鐵員工因而決定在twitter及facebook開設MTR Service Update，即時公布事故信息，至今吸引了逾3萬名網民關注。

1993年荃灣線載客列車脫鉤事件

1993年4月27日，當時未與九廣鐵路合併前的地鐵公司，曾發生全球首宗脫卡意外。事發時，一列荃灣線載客列車由荃灣站駛往大窩口站途中，一個車卡的連接器鬆脫，導致最後3卡車廂與前面車卡分離，失去動力後停在隧道內。但車長未察覺列車脫卡繼續行駛，駛至大窩口站時，經月台職員通知才揭發事故。幸好當時沒有乘客站在車卡與車卡中間，所以沒有人命傷亡。

1994年觀塘線載客列車出軌事件

1994年1月28日晚上，一列觀塘線載列車由牛頭角站駛進九龍灣站2號月台時，其中兩節車卡出軌，服務嚴重受阻，為地鐵自啟用以來首宗載客列車出軌事件。

2004年荃灣線列車縱火事件

2004年1月5日，有精神病患者在荃灣線列車上縱火，事件造成14人受輕傷，是地鐵自啟用以來首宗縱火案。事件使地鐵公司嚴厲執行禁止攜帶危險物品的禁令，以進一步保障乘客的安全。另一方面，地鐵當局亦定期進行意外演習，使員工保持危機意識。

2012年西鐵線電力故障事件

2012年5月3日早上8時上班時間，西鐵線美孚站高架電纜發生電力故障，900名乘客被困車廂近兩小時，港鐵要疏散尾隨一部列車，由管道步行約100米返回車站月台。事件中有一名孕婦感不適，需戴上氧氣罩送院。屯門來往荃灣西維持5至10分鐘一班車，而紅磡來回南昌站亦維持5至10分鐘一班車。而荃灣西來回南昌站，港鐵則提供接駁巴士服務。服務受延誤約2小時，直至上午9時，工程人員確認高壓電纜運作正常，立即將肇事列車拖回車廠，所有列車服務於9時40分回復正常。
在荃灣西站及南昌站外一度有過百人排隊等候，部份乘客找不到港鐵的接駁巴士，職員亦是一問三不知。有市民不滿列車在尖東站和柯士甸站停車超過10分鐘。住在屯門的工聯會立法會議員王國興因為遇上西鐵線故障，趕不及到立法會開會，他批評港鐵的處理手法，說一定會在立法會跟進，認為要設立懲罰制度。
港鐵董事局主席錢果豐出席股東週年大會後，對西鐵線早上故障造成的不便，向公眾致歉，認為港鐵現時有200公里長的列車服務，無可避免會出現事故，最重要是找出事發原因，減少意外發生的機會，他認為港鐵員工今早處理事故的表現算是不錯。

2012年東鐵線電力故障事件

2012年7月23日晚上11時，因強颱風韋森特襲港，大埔墟站附近有大樹倒塌，導致電力故障，再加上其他路段亦出現跳電情況，引致東鐵線全線暫停服務，共有8列東鐵線列車受影響。其中4班列車停留在大圍站、大學站、大埔墟站及火炭站達8小時，亦有乘客半夜被迫滯留在沙田、大圍等車站大廳。逾千名乘客受事件影響，被迫在該處過夜。
有乘客不滿港鐵沒安排接駁巴士，亦有人鼓譟跟車站站長理論，不滿港鐵的廣播，無交待服務何時恢復。港鐵派職員，向乘客講解情況。沙田站部份乘客不滿行程受阻，與職員理論，要求港鐵提供穿梭巴士或協助他們截計程車。港鐵其後向這批乘客，每人派發200元。
直至2012年7月24日早上7時半，經搶修後，東鐵線全線恢復通車。但在早上10點過後，8號風球除下，大批市民出門上班，港鐵觀塘線九龍塘站往油麻地方向的月台上，非常擠迫，一般要等3班車才上到車。港鐵要實施人流管制措施，乘客鼓譟。
港鐵車務營運總管劉天成表示，解釋因天氣惡劣影響，東鐵線列車服務在凌晨2時44分回復正常，但由於凌晨列車服務已停止，加上要進行維修工程，不能再發車接載滯留的乘客。港鐵亦強調，有廣播通知乘客，並已開放車站給乘客休息，並提供水和洗手間設備。
對於記者不斷質詢為何出現「大細超」派錢情況，即不同車站乘客有不同待遇，劉迴避不答，但承認有職員協助乘客乘計程車，他又讚揚惡劣環境下仍在港鐵沿線加班當值的職員，重申希望受影響乘客諒解港鐵，拒絕向受影響的乘客道歉。
時任立法會議員鄭家富批評港鐵應變手法差劣，過去立法會曾多次討論港鐵在緊急事故提供接駁巴士的安排，但今次事件反映港鐵仍然準備不足。他敦促港鐵檢討事件，並加快在東鐵線沿線加裝屏障，防止因塌樹損毀電力系統。

2013年將軍澳線電纜鬆脫事件

2013年12月16日中午12時40分，觀塘線一列由調景嶺往油塘站方行駛的港鐵北車長客電聯車，駛至兩站之間的五桂山隧道時，一段30米長高架電纜鬆脫，列車車頂碰撞電纜後冒煙搶火，數名乘客稱聽到幾響爆炸聲，並見車身外有火花，車廂燈光一度半熄，遂報警求助。消防到場後，發現列車停在離油塘站約50米外的管道內，疏散車上150名乘客，由車頭的緊急出口離開車廂，徒步走到油塘站月台，事件中無人受傷。油塘站亦要全面封閉，油塘站至寶琳站及康城站服務完全癱瘓。2時許，港鐵抽調觀塘線列車，有限度提供將軍澳線過海服務。港鐵維持每8分鐘的列車在藍田站接載乘客後，使用藍田站後備行車隧道直接駛入將軍澳線過海段，途經鰂魚涌站，以北角站作終點站（即等同2002年前將軍澳線尚未通車時的觀塘線列車行走路線）。此安排一直維持至當天下午5時35分，直至高架電纜維修完成，癱瘓5小時，是港鐵22年來最長時間的故障。
由於將軍澳近年巴士重組大削跨區和過海線，地鐵成為區內最重要交通工具。發生事故時估計約10萬居民出入嚴重受阻，大批受影響乘客在車站內外等候，只可等港鐵安排接駁旅遊巴。其中觀塘站、寶琳站和坑口站的港鐵免費接駁巴士站外有數百人排隊，大批乘客冒寒風冷雨排隊兩小時才能搭到巴士。唯港鐵職員沒提供清晰指示，有夫婦排隊到上車一刻才發現上錯車，要重新排隊；將軍澳站職員更發出錯誤資料，派發的「乘車應變錦囊」小冊子列有2013年11月底已取消的692巴士線。與此同時，將軍澳隧道在半小時內發生兩宗交通意外，共10人受輕傷送院治理無大礙。連環車禍令區內交通「雪上加霜」，嚴重擠塞。
根據服務表現安排，若出現港鐵可控制範圍內的事故而導致服務中斷超過31分鐘，港鐵須繳交「罰款」，透過回程九折優惠安排回贈市民。今次事故令服務中斷4小時55分鐘，故港鐵或被罰款750萬元，估計提供5.7日的回程優惠。

2015年東鐵線混凝土漿湧入事件

2015年3月21日，港鐵東鐵線紅磡站附近的沙中線地盤發生混凝土漿灌入行車路軌事件。當天下午三時半，工人正為隔音屏障工程灌漿，疑其間部份圍板破裂，大量混凝土漿由地盤溢出，一直湧入東鐵線路軌範圍內，部份混凝土漿蓋著路軌，約80名工人接報到場清理。工人先用鐵鏟將路軌上的混凝土漿鏟走，並開水喉沖走混凝土漿，然後由其他工人用布袋盛載石屎，再一袋袋運走。北行線往旺角東方向的路軌旁邊有圍板傾斜並明顯破損，相信該處是肇事圍板缺口，外邊堆積大量混凝土。
受事件影響，東鐵線來往紅磡至旺角東站的列車，需採取單軌雙程行車，服務延誤。紅磡、九龍塘及沙田等多個車站的月台擠滿候車乘客，到站的列車亦極為擁擠，不少乘客需要等候兩、三班車才能上車。列車服務受阻約三小時，至晚上6:34才逐步回復正常。港鐵為事故向乘客致歉，肇事沙中線地盤事後已暫時停工，以待作進一步調查。

2017年荃灣線列車縱火事件

2017年2月10日晚上約7時15分，一列由金鐘開往荃灣的荃灣線列車在開往尖沙咀站期間，有乘客在車廂內縱火，車上亦有濃煙冒出。列車開往尖沙咀站後停駛，所有乘客即時離開車廂及車站，而尖沙咀站的職員亦疏散乘客，車站其後封閉。事故發生期間所有荃灣線列車不停尖沙咀站。而事件最後令19人受傷，包括1名台灣旅客。其後，縱火的乘客死亡。

2017年觀塘線電纜折斷事件

2017年4月10日傍晚約6時，觀塘線彩虹站至九龍灣車廠的軌道電纜裝置在下班繁忙時間出現故障，起初暫停觀塘站至彩虹站之間服務，其後工程人員需要擴大檢查範圍，佔用更多路軌，導致服務中止範圍由彩虹站延長至九龍塘站。有列車於九龍灣站至彩虹站之間的隧道故障停下，用了近2小時才可將所有乘客經路軌疏散至月台；部份列車照明系統局部暫停，空調亦暫停，多人不適甚至暈倒，要用氧氣罩協助呼吸，共有8人送往聯合醫院。由九龍塘至黃埔站班次減至10分鐘一班，來往觀塘至調景嶺站更需12分鐘一班。港鐵安排接駁巴士接載乘客來往九龍塘至觀塘站，共5,000多人乘搭。觀塘線列車服務癱瘓近2個半小時至8時25分才恢復。

2017年東鐵線電纜折斷事件

2017年5月18日下午約3時，東鐵線紅磡站至旺角東站的一座高架電纜力裝置斷裂，起初暫停紅磡站至沙田站之間服務。最終於晚上7時30分，服務全面恢復正常。

2017年觀塘線信號故障10.5小時事件

2017年8月5日早上11時，觀塘線牛頭角站與藍田站之間路段發生罕見的「聯鎖系統」故障，故障初期彩虹站至調景嶺站每15分鐘一班，到下午2時30分，觀塘線列車維持5分鐘一班，車程較正常延誤約5至10分鐘。港鐵同時安排免費接駁巴士，接載受影響乘客往來彩虹站至油塘站。根據服務延誤罰款機制的計算方程式，港鐵料罰2000萬元罰款，打破過往紀錄。惟運輸及房屋局以「影響鐵路安全」為由，港鐵只需罰款200萬，因為罰款機制僅以83分鐘計算罰款。立法會議員林卓廷不滿政府的說法等同「港鐵發言人」。

2018年東鐵線伺服器故障事件

2018年1月11日上午9時25分，負責控制東鐵線信號系統的伺服器運作不暢順，工程人員轉換使用後備系統及改由人手操作，同時嘗試重新啟動伺服器，但仍不成功。為進行跟進修復，控制中心宣布暫停東鐵線全線列車服務，包括城際直通車也停駛。服務癱瘓兩小時至11時半列車服務才陸續恢復運作。故障期間港鐵加派接駁巴士疏導受影響乘客，惟指示不清晰引起混亂。在粉嶺站及火炭站曾有乘客被困車廂良久但得不到任何救援下打開車門沿路軌離開。後來港鐵調查發現故障源於訊號系統發出有問題指令，估計屬軟體運作有問題。同年3月12日，港鐵向政府提交事故調查報告，事件起因乃列車控制系統軟體存在編碼誤差，導致系統發出了「無效訊息」，使控制系統伺服器及所有工作站停止運作。

2018年四線大故障事件

2018年10月16日，發生自1979年啟用以來最嚴重故障，引致上班繁忙時間全港交通大混亂。荃灣線信號系統在深夜更新後，由於兩個信號系統不配合，引致荃灣、觀塘及港島線發生信號故障，控制中心不能傳送列車車速指令。為確保行車安全，列車改由人手操作，並需要慢駛。港鐵在清晨5時56分通知傳媒，同時稱維持12至15分鐘一班車，車程額外多40分鐘。但有乘客表示月台迫滿乘客，等了一小時都未有列車，職員在站內實施人流管制。大批趕上班市民轉乘其他交通工具，但巴士站、小巴站和計程車站亦出現大批人龍。有乘客由上水來到九龍塘後轉搭計程車，但結果也要等一個多小時才能上車。故障亦引致港九多條主要道路出現大塞車。
港島線列車於9時20分回復正常，但到早上10時20分，將軍澳線亦出現信號系統故障到下午1時才完成緊急維修。
港鐵常務總監金澤培連同車務總監劉天成表示今次故障是自90年代後期營運以來從未發生過，會成立調查委員會調查事件，同時會選擇一天為乘客提供半價乘車優惠。 10月29日，港鐵在11月3和4日（周六和周日）推出優惠，以感謝乘客故障期間的體諒。使用成人八達通的乘客可以享有小童票價優惠、長者小童及學生則可一元搭車。港鐵車務總監劉天成形容為「一點心意」。但多位議員批評和不滿港鐵的安排，應在平日推出優惠。而乘客認為優惠只在周末推出，不覺得開心。

2019年荃灣線列車相撞事件

2019年3月18日凌晨3時，在測試新訊號系統時，一列由中環站開往荃灣的列車在駛出車站不久，與另一列開往中環站的列車擦撞，幸當時列車沒載客，只有一名列車上司機受傷。事後，暫停荃灣線來住中環站和金鐘站的服務。列車服務維持3.5分鐘一班。港鐵表示已暫停測試新訊號糸統，直至事故查到水落石出。

2019年東鐵線載客列車出軌事件

2019年9月17日早上8時半，東鐵線一列港鐵中期翻新列車（E21/E81編組）從旺角東站駛入紅磡站一號月台期間突然脫軌，導致第4、第5及第6卡車廂偏離路軌，以及第4至第5卡車廂之間接駁位斷開，部分車廂的車門因列車脫軌衝力而飛脫，繼1994年後第二宗港鐵載客列車出軌嚴重事故。事故造成8人受傷。受事故影響，東鐵線紅磡站至旺角東站服務全日暫停，旺角東站至羅湖站服務維持6分鐘一班，旺角東站至落馬洲站服務維持18分鐘一班，另安排免費接駁巴士往來大圍站至鑽石山站，而19班城際直通車班次取消。經過一輪復修工作，紅磡站於9月18日可使用1個月台服務。免費接駁巴士於上午6時半取消，而6班城際直通車班次取消。

2019年全線暫停服務事件

2019年10月4日晚上10點33分，港鐵表示，由於大量車站遭到反修例示威者以鐵鎚破壞、蓄意縱火灌水及侮辱字眼塗鴉等，並有列車懷疑被反修例示威者縱火，更有車站職員被反修例示威者襲擊受傷，為顧及所有乘客和員工安全，港鐵宣布全線暫停服務，港鐵巴士亦暫停。
2019年10月5日，港鐵宣布全線全日繼續暫停服務，該日下午2點半起僅維持機場快線香港站及機場站兩站服務。
2019年10月6日，港鐵關閉48個車站，其中馬鞍山線全線暫停，重開45個車站。晚上8點22分，港鐵表示，由於大量車站遭到反修例示威者暴力破壞，港鐵宣布全線暫停服務，僅維持機場快線香港站及機場站兩站服務。
2019年10月7日，港鐵關閉54個車站，其中荃灣線及馬鞍山線全線暫停，重開39個車站，並預告晚上6點後全線提早暫停服務以便搶修。
2019年10月8日，港鐵關閉13個車站，開放其餘車站，並預告晚上8點後全線提早暫停服務以便搶修。
2019年10月9日，港鐵關閉7個車站，包括觀塘站、旺角站、將軍澳站、坑口站、車公廟站、沙田圍站、石門站，開放其餘車站，並預告晚上8點後全線提早暫停服務以便搶修。
2019年10月10日，港鐵只關閉將軍澳站，並預告晚上9點後全線提早暫停服務以便搶修。
2019年10月11日或以後日子，港鐵所有重鐵車站正常開放，並預告晚上10點後全線提早暫停服務以便搶修。

城際直通車輾斃狗隻事件

2014年8月20日早上約9時50分，一隻啡黃色的中型唐狗突然闖入上水站南行線路軌，當時有乘客發現後即通知車站職員。有目擊者指出，車站職員曾暫停列車行駛，走入路軌嘗試驅趕唐狗，擾攘約6至7分鐘後，卻未能成功將唐狗帶離路軌，但車站職員卻重啟列車服務。最後該唐狗跑到粉嶺站路軌，遭一列當時駛入月台的城際直通車直接輾斃。
多名目擊意外的乘客在網上發放事發圖片，質疑港鐵在利潤優先前提下，避免列車延誤延遲引致通報政府及巨額罰款，所以於明確知悉有狗隻在路軌範圍仍決定繼續讓列車行駛。
有媒體就事件向港鐵查詢，港鐵回覆時指事發時有月台乘客發現唐狗，通知月台上車務人員，但職員經搜索後一直未有發現唐狗，直至20分鐘後屍體出現於粉嶺站路軌上，狗屍交漁護署處理。
港鐵發言人無正面交代唐狗被輾斃的原因，以及為何唐狗未離開路軌便重啟列車服務。港鐵當時更表示無法證實狗隻死亡和來自中方的跨境直通列車有關。
有網民發起聯署，要求港鐵交代列車輾斃唐狗意外真相，至8月21日中午已有逾4萬人參加聯署，及後有近9萬市民網上簽名要求港鐵解釋事件。港鐵回應市民要求，於事件約35小時後，再發出另一份聲明，內容提到：昨日早上約9時50分，港鐵職員於上水站發現有狗隻進入了路軌範圍。車務控制中心即時停止列車駛入該路段，而車站職員則嘗試引領該狗隻到安全地點，然而他們並不成功，狗隻匿藏在月台底部，職員隨即進入路軌範圍，嘗試將狗隻抱起帶走，但過程中因狗隻掙扎，一位港鐵職員受傷。《蘋果日報》更向食環署及漁護署求證，兩個部門均聲稱沒有處理過有關動物屍體。港鐵最後承認狗屍已棄垃圾站。
港鐵發表詳盡版解釋後，有市民上載當時錄影片段，證實港鐵補充聲明內多處不盡不實，包括：兩名職員進入上水站的路軌範圍欲將狗隻驅離路軌範圍，但無直接與狗隻接觸，職員並無將唐狗抱起；唐狗沒有掙扎過；兩名職員並沒有受傷；職員離開路軌時狗隻仍在路軌上，並非匿藏在月台底。片段更証實職員曾警告，阻止月台乘客協助狗隻返回月台。
港鐵車務總監金澤培於8月22日記者會上為未能救狗道歉，並應要求向狗隻遺照獻花，但仍然未有承認狗隻被列車撞死，亦沒有解釋為何控制中心施壓上水站於一分鐘內解決事件。車務總監金澤培於會上亦承諾徹查事件，並於一周內公開調查報告。直至翌年3月，港鐵方公開調查報告，但仍拒絕就此事而道歉。
九鐵車務員協會則發表聲明譴責公司高層未完成調查就向公眾道歉，堅持事件並非鐵路員工處理失當，認為此舉影響鐵路員工的專業形象和使前線員工受到壓力。對此事件，中國內地官方媒體《環球時報》批評港人「小題大做」，但《南方都市報》發表文章指出事件源於香港這個高度發達社會對於生命的重視及對動物權益保護有著悠久的傳統，文章並分析了小狗死亡引發軒然大波的深層次原因。
「香港十八區動物保護專員」召集人麥志豪及「爭取成立動物警察大聯盟」向香港警察舉報港鐵在事件上觸犯第169章《防止殘酷對待動物條例》刑事罪行，但香港警察只將事件列為求警協助案，案件最後獲警方不了了之方式處理。

攜桌球棍上車遭警告事件

前亞運金牌選手、現任香港桌球總會教練陳國明，於2015年7月14日由上水乘港鐵前往火炭香港體院教波時，在上水站被港鐵職員截停，並指他的桌球棍盒為160厘米，違反「攜帶行李不可超過130厘米」的規例，不僅被禁止乘車，更當場收到警告信，如有再犯將罰款2千元，甚至入獄。陳國明坦言雖明白港鐵職員只是執行職務，但亦理應視乎實際情況才採取行動：「其實有好多桌球員、甚至世界女子冠軍吳安儀，都試過好多次搭火車因桌球棍盒長度問題被逐，不過有部分被檢查過知道盒內是桌球棍就獲放行，但我今次講得清清楚楚都不得要令。」他將事件放上Facebook，引起極大迴響。有網友反應激烈，直指港鐵職員矯枉過正，更有人說「捉水貨客又唔見你哋咁落力」，另有網民希望港鐵方面可以聽取各方意見，妥善處理同類情況。

乘客站內飲水遭警告事件

2015年8月13日，有網民在facebook群組「香港機場實況討論區」上載照片，指其同事的朋友昨在荔枝角站內飲水，被港鐵發警告通知書，呼籲其他乘客小心。該通知書照片顯示涉事乘客前日下午約四時，在荔枝角站一號月台，違反港鐵附例第27b條「飲食」，聲明港鐵會紀綠該次違例事件，並指若乘客再犯可被檢控及處以罰款2,000元的最高刑罰。不少網民指天氣炎熱，乘客須飲水相當正常，否則若中暑，後果可大可小，諷刺港鐵「嚴過班房（即是嚴過課室）」。港鐵回應指，由於涉及個人隱私，未能提供上述個案資料，但指已透過告示及廣播提醒乘客入閘後切勿飲食，職員會不時巡查，若發現乘客違例飲食會勸喻、警告或有需要時作出檢控，呼籲乘客為他人著想，入閘後切勿飲食，保持港鐵清潔。

女學生攜古箏遭攔截事件

2015年9月16日，facebook「大圍聯盟」群組於15日晚上載一張照片，一名身高約1.6米、身穿校服的女學生，背著一個與她身高相約的古箏，站在港鐵大圍站。當時，她正被3名港鐵職員包圍，疑因攜帶體積大的深啡色古箏盒，而遭截停查問。有網友指，事件發生於傍晚6時許，該名女生被指古箏太大，不獲進入月台。該相片在網上瘋傳，網民紛紛「洗版式」抨擊港鐵處理乘客攜帶大型物件的條例時，「雙重標準」及「執法不公」。他們以水貨客事件作比較，指港鐵對水貨客寬容，卻嚴禁乘客攜帶大型樂器上車。當中更有不少音樂愛好者坦言「身同感受」，促港鐵檢討現行條例。有網民亦隨即在Facebook上載多張攝於港鐵車廂的相片，相中可見乘客帶著關刀、長槍及洗衣機等上車，但未見有職員阻止，有網民質疑港鐵雙重標準，欺善怕惡。
其後不准學生乘客攜帶樂器乘搭列車的風波愈演愈烈，一名香港浸會大學音樂系學生，攜帶大提琴在大圍站上車後，被「追蹤」到九龍塘站轉車時，遭兩名港鐵職員截停。男生被帶到房內量度大提琴高度，發現大提琴高134厘米，超出港鐵行李規定的標準4厘米，向他發出警告信，並警告他若再犯，港鐵法律部再發警告信就會正式控告他，由法庭決定罰款額。事件再惹網民不滿。
到9月25日，香港管弦樂團和教聯會發出聲明，對港鐵的限制表達關注，前者認為措施影響音樂愛好者，要求探討解決方案，後者深表不滿，認為措施對學生學習樂器構成嚴重不便，妨礙體藝發展。9月25日晚於香港站中環行人隧道表演的「香港眾樂團」，有樂手於演奏時在譜架及樂器上展示「請尊重音樂人攜帶樂器的權利」、「樂器不是貨物」等標語，向港鐵抗議。有市民在網上號召全港中西樂學生、老師、樂手，於10月3日（周六）晚上6時，攜帶大型樂器到大圍站抗議，期望爭取港鐵酌情容許攜帶大型樂器的市民使用港鐵。最後，港鐵態度軟化，承諾會檢討行李規定。
2015年10月3日傍晚6時許，逾百市民於大圍站大廳示威，抗議港鐵禁止攜帶大型樂器及縱容水貨客，當中數十名為音樂人，分別㩦帶大型樂器如大提琴、吉他、手風琴等到場，成功入閘乘車。抗議亦吸引大批市民到場，對港鐵執法不一表示不滿，認為港鐵「放生」水貨客。港鐵事務總監蘇家碧表示有關人士利用該場合，於車站範圍內作出不恰當及破壞行為，滋擾其他乘客，又對港鐵職員無理指控，影響車站整體運作，對此非常遺憾。

觀塘站天橋唱歌被阻事件

《中國好聲音》香港區冠軍、音樂人劉卓軒於2015年9月26日晚在港鐵觀塘站，近APM商場出口的行人天橋唱歌，被港鐵職員阻止，港鐵職員其後報警。音樂人自稱是測量師，質疑該地屬公共空間，指職員無權干涉。翻查地政署資料，創紀之城第五期連接港鐵站出口、橫跨觀塘道的行人天橋「位於政府土地」。立法會議員田北辰表示，政府土地也可以由港鐵管理，若政府批准該處為《港鐵附例》管轄地方，港鐵便有權要求停止表演。若政府只是委託港鐵清潔該地點，港鐵行動前要先聯絡政府相關部門。

田北辰站內競選謝票事件

2016年9月10日，《明報》取得一封由港鐵車務營運總管李聖基於2016年9月5日傳送予其他管理層的內部電郵，內容提及名為Michael Tien的人表明打算在港鐵車站內感謝支持者，要求港鐵站主管行使「合理彈性」（exercise reasonable flexibility），並在電郵末段稱，若發現任何「傳媒敏感的事情」（media sensitive issue），需通知客戶服務部。
《明報》記者於9月8日傍晚發現田北辰與助理在輕軌兆康站轉乘西鐵站的範圍內謝票，其間未有港鐵職員干預。不過根據港鐵車站平面圖，該處為港鐵附例適用的鐵路處所。任何候選人都不可在港鐵的鐵路處所及管理範圍內進行任何競選活動，派發單張或任何印刷品，否則有可能違反相關附屬法例。

北角站招牌涉嫌僭建事件

2016年12月5日，屋宇署在港鐵北角站B4出口張貼告示，指港鐵在該出口的上蓋大廈之簷篷底一個懸掛式港鐵標誌招牌及支架屬於僭建，事前並無根據《建築物條例》事先向屋宇署申請及獲得批准，署方按照《建築物條例》命令港鐵在30日內展開拆除工程，事件是由署方委聘的顧問公司在北角七姊妹道進行「大規模違例招牌清拆行動」時揭發。署方續指任何人若在指定日期內仍未遵從命令，又無合理辯解，即屬違法，當局將提出檢控。一經定罪，可處罰款20萬港元及監禁1年，更可就罪行每持續一天另外罰款2萬元。

調景嶺站入閘機故障事件

2016年12月18日早上時分，港鐵調景嶺站入閘機曾一度出錯，四百多名乘客的八達通卡被多扣八角車資，港鐵表示正跟進相關事件。

宣傳廣告針對背包客事件

2017年3月初，港鐵為針對車廂擠迫問題，製作短片及海報宣傳呼籲乘客上車時放下背囊，以免阻礙其他乘客。不過短片上載到facebook專頁後，引起大量網民激烈批評，認為是醜化及變相帶頭公審、針對帶背囊的乘客，卻忽視了行李篋違規的嚴重，認為要解決車廂過於擠逼的問題，應從分流入手，以及阻截超過許可尺寸的行李篋。梁金成計劃發動「戒背囊、齊拖篋」行動抗議。港鐵董事局主席馬時亨回應指，有關呼籲只是「希望方便乘客」，「大家將就下」，希望市民明白其出發點。

車務安排爭議

2019年香港爆發反對逃犯條例修訂草案運動，各區不斷出現示威活動。6月12日金鐘被示威群眾佔領道路，港鐵於晚上因應警方要求封閉金鐘站，港島線及荃灣線列車不停金鐘站，轉車乘客需改到中環站轉車，而南港島線服務更被縮短至海洋公園站，無法往返港島北，只提供海洋公園站至堅尼地城站的接駁巴士，有關安排至翌日下午才回復正常，影響大批南區市民上班，多名南區區議員對此向警方表達不滿。
7月14日沙田區遊行的警民衝突後，港鐵因應警方要求，宣布東鐵線沙田站列車服務暫停，惟此舉引起示威者恐慌，擔心未能離開現場，於是有不少示威者在沙田站月台阻礙當時最後一班停站的列車，希望容許更多示威者趕及上車，直至港鐵宣布列車服務回復正常為止。經過當日事件後，港鐵一度改善有關安排，當因應警方要求暫停某一車站常規班次列車服務的時候，會同時安排特別班次由該車站開出，接載乘客離開車站。
直到8月21日元朗靜坐活動的和平示威者遭武裝警察驅散後，港鐵一如以往於元朗站安排特別班次，然而，此舉引來了中華人民共和國政府官方傳媒《人民日報》點名批評港鐵，斥責有關安排是「護送黑衣暴徒離開」。及後，受壓的港鐵再更改安排，表示可隨時暫停列車服務及關閉車站。
8月23日晚上8時，逾21萬牽手築起香港之路，港鐵於9時關閉葵芳站。10時，人鏈解散後，大批市民於葵芳站抗議。
8月24日下午1時，有市民發起在觀塘區舉行「燃點香港·全民覺醒」大遊行，惟港鐵在早上10時許突然宣布因應公眾活動，中午12時起觀塘線彩虹站至調景嶺站之間的列車服務暫停；而九龍灣站至藍田站之間各車站則暫時關閉。同時亦未有提供接駁巴士。這是反修例事件6月爆發以來港鐵首次在獲發不反對通知書遊行開始前便關站及停駛。不少市民批評港鐵停運決定嚴重影響市民生活。立法會議員批評做法妨擾市民參與合法的公眾活動。到近下午1時許，觀塘站A出口閘下有4人靜坐抗議封站，要求港鐵高層交代。到1時55分警員強行清場後，市民在站外踢閘抗議。
到晚上8時38分，港鐵車務總監劉天成向乘客發出公開信，指社會上的政治爭議所引發了一些在鐵路發生的事件和衝突是公司運作40年來最大的挑戰，希望乘客諒解當日觀塘線的特別車務安排。他說關閉個別車站是「經過審慎考慮、不得已的決定」，以「確保車站內所有人安全」。列車服務於晚上11時45分回復正常。運輸及房屋局表示港鐵關閉車站非人為錯誤、由港鐵公司自行提出並經政府同意，港鐵公司不需根據服務表現安排作出罰款。
8月25日荃葵青遊行，港鐵實施同樣做法，將荃灣線荃灣站至大窩口站之間的列車服務暫停；而荃灣站、葵芳站及西鐵線荃灣西站則暫時關閉。
8月31日民陣原定舉辦的遊行及集會因警方反對而宣告取消，但港鐵仍安排當日下午關閉港島線西營盤站。到晚上11時更配合警方濫捕乘客，同時將市區主要五條線提早關閉服務，包括荃灣線、觀塘線、港島線、南港島線、將軍澳線，導致旺角站、太子站發生嚴重衝突，
9月12日，港鐵宣布不在13日中秋節提供提供通宵列車服務，為港鐵（及其前身地鐵）自1994年開始提供有關服務25年以來首次不提供。

與示威者關係決裂

反對逃犯條例修訂草案運動初期，示威者對港鐵關係友善，即使有激進示威者堵塞路面交通，也沒有出現任何干擾港鐵運作的行為，以便透過港鐵動員人手及安全撤退。此外，不少示威者為免使用八達通留下乘車紀錄，刻意購買較昂貴的單程票，有些人更在購票機頂部留下現金讓其他有需要人士購買車票。
然而，8月11日警方闖入葵芳站及太古站鎮壓示威者及施放催淚彈，部份示威者指責港鐵未有譴責警方濫暴行為及未有徹底清潔車站，開始對港鐵有不滿情緒。8月22日港鐵遭《人民日報》批評「護送黑衣暴徒離開」後，對示威者的態度轉趨強硬，開始在示威地區預早關閉車站及暫停服務，引起示威者強烈反感，並冠以「黨鐵」的貶稱。此後，激進示威者開始進行針對港鐵的報復行為，包括以「跳閘」方式不付車資乘搭港鐵、在車站塗鴉，以及對閉路電視、閘機及售票機等對車站設備大肆破壞。8月31日太子站襲擊事件後，因港鐵不願公開站內閉路電視片段（及後港鐵願意讓步，公開一些閉路電視片段的截圖），令港鐵繼續成為激進示威者的破壞目標。
9月20日港鐵主席歐陽伯權接受訪問時表示，港鐵在運動初期的處理手法是「效果欠佳」及「難睇」，又稱提供特別班次接載滯留示威者離開的影像是「好肉酸」，民主黨立法會議員尹兆堅批評有關言論無助改善港鐵形象。

1980年代的工業行動

地下鐵路車務部職工會前身為「列車司機職工會」，現屬香港鐵路公司員工協會。當年地鐵服務初期，曾發生多次工業行動及罷工。
列車司機職工會於1980年5月成立，當時有會員110餘人，有90%列車司機參加。由於當年地鐵設高度規範的作業制度，及管理層的傲慢作風。在一次試車時，列車司機拒絶服從英國行政總裁的命令，為來賓奉上飲料，認為這不是工作範圍，行政總裁不滿地說：「由現在起，所有列車司機不獲升遷」，激發了本地基層員工感覺有成立工會的需要。

1981年

1981年7月14日，工會召開會員大會，一致通過採取漸進式工業行動，首先在車站和列車張貼標語，接著是按章工作及罷工。但公司得到消息後，立即向法庭申請禁制令，禁止工會在車站和列車張貼標語。工會於是轉向勞工處投訴，在勞工處的調停下，管理層接納了工會的建議，答應改善升級制度，及設立考績增薪制度，風波得以平息。

1983年

1983年1月，公司為了削減人手減低經營成本，首先在車站方面施行長短更，即每更的工作時間以6至10小時不等輪值。工會方面認為此舉不單止影響員工的生活規律，而且日夜顛倒及連續一星期的十小時工作，會令員工十分疲勞，及容易出錯，再加上大量削減人手，不單止增加員工的工作量，更令員工對乘客的服務水平下降。而短縮人手，亦不足以應付突發的意外，故此極力反對長短更的施行，工會先後去信董事局及勞工處，並在行政大樓及兩局議員辦事處請願，但管理層以試驗6個月為藉口，不理會員工的反對便在車站實施長短更制。

1984年大罷工

1984年1月，地鐵宣布在車站試行長短更製成績令人滿意，並將在2月初在列車司機部試行長短更制。1月21日，工會召開會員大會，列車司機認為在車站方面前車可鑑，即使與管理層談判亦是白費心機的，會議通過採取工業行動，即時生效。由於事出突然，令管理層措手不及，再加上勞工處及多個勞工團體領袖如：基督敎工業委員會主任劉千石、香港敎育專業人員協會會長司徒華、政府土地測量員協會主席黃偉雄等排解下，雙方終於在勞工處代表見證下簽訂協議。
唯到了3月22日，地鐵經過一連串的部署後，單方面宣布於4月9日起，在列車部施行長短更，推翻1月份的協議，工會向管理層提出強烈抗議，並立即知會勞工處，由勞工處出面調停。3月29日至4月6日期間，先後舉行4次會議。工會代表原則上答應接受長短更，但有20點關於工作安排的細則要管理層改善，地鐵代表在勞工處的代表見證下，亦答應改善部份工作細則。
4月7日上午，地鐵代表致電工會，表示由於管理層不答應，要求取消其中1條，有關給予車站員工10分鐘進膳步行時間的承諾。
4月8日，工會召開特別大會，各會員認為公司根本無誠意談判，而且屢次破壞協議，是不負責的行為，於是進行投票表決，以95%的絶大多數通過罷工。4月9日凌晨，罷工開始，當時有百多人發起地鐵罷工，部份員工在九龍灣地鐵總部靜坐。罷工期間，工會主席及副主席兩人同時絶食，表示對罷工的決心。唯事件內有300多個員工被解僱，後來公司容許部份員工復職，但最終有13人沒有再被聘用，當中包括當年地鐵工會副主席。

車站和車廂廣播

早期前地鐵的廣播語言依次為粵語和英語，並由車長人手負責廣播。到了1992年起，由當時香港電台青少年英語節目《Teen Time》主持，24歲的陳如茵（Cheri Chan） 負責錄音至今。後來原九鐵的廣播語言加入普通話，將普通話放在最後；之後原地鐵的廣播語言於2004年也加入普通話，放在粵語之後。最後，前九鐵和前地鐵的廣播語言都統一為粵語、普通話和英語。而機場快線卻將普通話放在最後，即粵語、英語和普通話，但現時已經更改為市區線的廣播模式，即以粵語、普通話和英語的順序廣播。
2014年12月10日，因應配合港島線西延即將通車，港鐵開始更新廣播。開門時，月台及車廂同步播放開門提示聲。從前的「請勿靠近車門」及關門提示聲只在車廂內播放，現在在月台會跟車廂內「請勿靠近車門」同步播放三語（粵語、普通話和英語）「請勿靠近車門（沒有月台門的月台）」/「請勿靠近閘門（設置半高式月台門的月台）」/「請勿靠近幕門（設置月台門的月台）」的提示語音，之後一起響18下「嘟」聲。至2015年3月14日，所有路線更新完成。

客運列車和其他車輛

港鐵市區線使用的是重型鐵路系統，能有效應付眾多的乘客需求量。觀塘線、荃灣線、港島線、東涌線、機場快線、將軍澳線、西鐵線及馬鞍山線以每列8卡列車營運；而東鐵線為12卡列車，南港島線為3卡列車，迪士尼線則是4卡列車。
於早上尖峰時間，港島線及荃灣線的班次最頻密可達120秒一班；載客量最多的東鐵線列車，每小時載客量可高達120,000人次。港鐵列車車廂數目由地鐵通車時的210節，增加至2,106節。

港鐵巴士車輛

港鐵現時向九廣鐵路公司租借了154輛空調低底盤公車，營運接駁東鐵線的港鐵接駁巴士，及於新界西北提供接駁和輔助輕軌及西鐵線的巴士服務。車隊包括亞歷山大丹尼士Enviro 500、富豪B9TL、亞歷山大丹尼士Enviro 500 MMC、亞歷山大丹尼士Enviro 200 Dart及亞歷山大丹尼士Enviro 400型巴士。
兩鐵合併前，九鐵曾於2002至04年間向城巴及新巴租借巴士提供服務，現已把巴士全數退還兩間巴士公司。九鐵亦分別於2004及05年底向新巴購入二手丹尼士三叉戟巴士和於2007年向亞歷山大丹尼士購買符合歐盟4型廢氣排放標準的環保巴士，並悉數投入服務。

維修車廠

港鐵觀塘線、荃灣線、港島線、將軍澳線及南港島線的1,500伏直流電電動車組維修保養工作由5個維修車廠負責，分別為九龍灣車廠、荃灣車廠、柴灣車廠、百勝角車廠及黃竹坑車廠；東鐵線、馬鞍山線及西鐵線的25千伏交流電電動車組維修保養由另外3個維修車廠及中心負責，分別設於何東樓車廠、大圍車廠及八鄉車廠。輕軌車輛的維修在屯門車廠進行，機場快線、東涌線及迪士尼線的電動車組則由小濠灣車廠負責維修保養。
每個維修車廠除了負責為相應行車線的電動車組提供電力外，亦設有停車設施、洗車設施與預防及糾正性維修設施，例如更換重型設備時用的起重及頂升設備。

新路線

港鐵現時有多條新鐵路的發展計劃，當中包括自兩鐵合併前由九廣鐵路公司興建及籌備中的路線，以便擴展服務範圍及提供更完善的服務。興建中的路線有沙田至中環線。這些新路線日後將交予港鐵興建及營運。然而，各項發展計劃遇到不同程度的延誤，使原定的通車時間一再延遲。

設施改善工程

當中包括：加建新的車站出口、電梯、行人通道、座椅、翻新陳舊車站、加建車站洗手間、加設隔音屏障以降低噪音及加建半高式月台門。

數碼資訊平台

為了方便乘客掌握車務和站務資訊，港鐵將會推出兩個全新數碼資訊平台，包括於旺角站設置一塊42寸的大型輕觸式屏幕，以供乘客搜尋車務資料和車站附近地標的位置及路線，乘客可以QR碼將路線儲存至手提電話，方便前往目的地。此項措施將會試行3個月，視乎反應，會考慮推擴至全香港的鐵路站。另外，港鐵將於2012年6月推出全新手提電話應用程式「Next Train」向乘客提供部份路線實時列車到站時間，方便乘客計劃行程，最新版包含東涌線、機場快線、西鐵線和將軍澳線。
此外，港鐵現時有7個車站將街道圖和出口指示牌集中展示於車站站內的當眼處，方便乘客搜尋道路資訊，而車站街道圖上的每個地標旁邊都印刷有QR碼，乘客對其進行"掃描"後，便可以將前往地標的路線"儲存"至手提電話，措施於2012年年內將會擴展至多6個車站，至2013年將會擴展至合共20個車站。

環境保護

2015年12月，港鐵斥資3億6千萬港元在5條新路線採用環境保護、節約能源設計。其中南港島線、沙田至中環線及觀塘線延線都採用山谷形走勢行走，即是列車在駛離鐵路站時會稍為下坡，於到站時稍為上斜，以物理學原理幫助驅動列車及煞車，此舉可以較平常節約2至3%電力。此外，5條均會採用變頻技術，吸收乘客上下車時由身體重量所產生的能源用在電梯上，及將電梯及電扶梯下行時的墜力循環再用，將所收集得來的電力供予照明、月台門及液晶顯示器等，預計最高可以節省20%電力；又會利用高效能照明設備和水冷式空調，分別可以節省1至3%電力。推行上述設計，預計每年可以總共節省1,980萬度電力，相等於55,000個家庭每年的總用電量，佔港鐵整體耗電1.4%；預計每年減少14,000噸二氧化碳排放。

社區服務

港鐵作為社會的一部分，對香港社會及環境的持續發展有重要的影響，因此港鐵推動了不少社區活動。

港鐵車站藝術

1998年起，港鐵的「車站藝術」計劃隨著「機場快線藝術品計劃」正式展開。除了在港鐵車站及機場快線車站裝置不同藝術品外，在興建新站或翻新現有車站時，港鐵公司會把藝術元素融入車站建築之中。由於港鐵站為社區重要的一部分，車站內的藝術品有助推廣香港的社區藝術，增加了各區居民對他們區內的歸屬感。

港鐵競步賽

2005年起，港鐵與香港業餘田徑總會攜手舉辦全港最大型的競步比賽「港鐵競步賽」，鼓勵市民多做運動。除本地的參賽者之外，比賽更吸引來自世界各地的運動員參加。

「多行樓梯、多點健康」活動

港鐵與香港衞生署攜手合作舉辦「多行樓梯、多點健康」活動，推廣行樓梯為健康帶來的好處。乘客途經車站時，會看見健康標貼張貼於站內樓梯旁。標貼上會顯示站內樓梯的級數，並列有行樓梯的好處，以鼓勵乘客利用樓梯代替電扶梯或電梯上落。

義工服務

1993年起，港鐵的員工會利用公餘時間貢獻社會，自發舉辦及參與義工活動。多年來，義工定期為不同社群提供服務。於2005年，港鐵公司更成立了義工計劃，為員工提供支援。計劃的服務對象包括長者、低收入家庭、身體殘障人士、智障人士及其他有需要人士。

「"Train"出光輝每一程」訓練計劃

自2009年開始，「"Train"出光輝每一程」訓練計劃每年為高中生提供獨特的學習旅程，讓他們更了解自己的興趣、提升軟技能和增強自信。透過這個計劃我們希望鼓勵年輕人，釋放他們的潛能，為自己和社區創造光明的未來。

這個與循道衛理中心合辦的十天訓練計劃活動包括工作坊、學習體驗營和港鐵實習，為學生提供拓闊視野的機會；生涯規劃和港鐵師友元素，同時讓學生提升人際溝通的技巧和創意思維。

批評

港鐵雖聲稱提供多項優質服務，惟近年無論在服務質素及多項業務方面備受乘客、員工、公眾人士以至港鐵業主批評。鐵路方面包括年年加價、經常故障、使用劣質零件以至低估擠迫情況等。

稱呼

儘管地鐵和九廣鐵路已經合併，但是大部份香港市民仍然習慣沿用兩鐵合併前的名稱，將港鐵的不同部份分別稱呼為地鐵（原屬地鐵公司的路線，觀塘線、荃灣線、港島線、將軍澳線、東涌線、迪士尼線）、機鐵（機場快線）、西鐵（西鐵線）、馬鐵（馬鞍山線）與東鐵／火車（東鐵線），亦有泛稱「地鐵」（相當於外地的捷運）所有傳媒和香港政府則已改稱「港鐵」。另外，有網民認為有鑑於2019年8月起港鐵將協助警方的行動置於其職務之首，不顧市民的出行方便與否，甚至將市民的安全置諸不理，而將港鐵稱為「黨鐵」。

商標由來

現時的商標，在地鐵和九廣鐵路合併前沿用至今。其商標其實是「木」字的小篆，相傳是由於地鐵系統屬金、但是放在土裡面，因此香港地鐵公司當時設計商標時選擇了會五行中剋土的「木」來作為商標，於是金剋木、木剋土，只要火不來，屬金的地鐵自可平安運轉。而從商標圖案的寓意上，它上、下兩個半圓形分別象徵著九龍與港島，中間貫穿的一豎，表示當時地下鐵路貫通了一水之隔的兩岸。