阿克萨群众起义

前事

奧斯陸協議規定巴勒斯坦解放組織停止武裝鬥爭，而以色列則逐步從加薩走廊和約旦河西岸地區撤軍。通過建立巴勒斯坦自治政府，巴勒斯坦人逐步自主管理以色列撤軍後的地區。但是巴以雙方對對方執行奧斯陸協議的效果都非常失望。在奧斯陸協議簽署後的五年中，雙方因為衝突而死亡的人數比此前甚至還有增加。
1995年伊扎克·拉賓被刺殺後，希蒙·佩雷斯接任以色列總理，1996年總理大選中，右派的利庫德集團候選人本雅明·內塔尼亞胡宣稱以色列要複合巴勒斯坦自治政府履行每個按照奧斯陸協議規定的防止武力的措施為條件來繼續進行和平過程來重建以色列的安全為口號而獲得大選勝利。內塔尼亞胡繼續在以色列占領的加薩走廊和西岸地區擴建以色列殖民區的政策。雖然在奧斯陸協議中沒有明文規定禁止在居民點內進行建築工程，但是許多巴勒斯坦人認為這個行動有違奧斯陸協議的精神。
有人宣稱阿拉法特和巴勒斯坦自治政府預先計劃了這次起義。一般這裡引用當時巴勒斯坦通訊部長的話說阿拉法特從2000年戴維營首腦會議回到巴勒斯坦後就開始計劃這次起義了。他說這次起義「是在亞西爾·阿拉法特在戴維營談判上拒絕美國條件回來後精心策劃的。」大衛·薩繆爾引用原巴勒斯坦民主解放陣線軍事指揮官說阿拉法特「對我們說，我們要戰鬥，我們必須準備好。」。尤素夫·波丹斯基寫道：
柯林頓的建議……包括明文規定保障猶太人訪問聖殿山上及其周圍和在那裡祈禱的權利……，假如沙龍相信猶太人可以自由到聖殿山的話，那麼以色列的宗教和民族右派就沒有阻止和平過程的理由了。沙龍表示要擺放聖殿山後，巴拉克命令其安全總局局長與賈布里勒·拉米會晤來達成一個安靜的、友好的訪問……拉米表示只要沙龍不進入清真寺或者公開祈禱的話這次訪問會是安靜的……出于謹慎起見巴拉克又親自與阿拉法特接觸，他又一次獲得保障說只要沙龍不企圖進入聖清真寺其訪問會是安靜的……一群巴勒斯坦代表和三名以色列國會成員來抗議沙龍的訪問。這些代表在安全的距離上觀看，一群年輕人開始扔石頭，並試圖越過以色列安全人員衝到沙龍及其隨行人員身邊……雖然如此沙龍的行動是安靜的和體面的。他沒有祈禱，沒有講話，也沒有做任何可能被看作是侵犯穆斯林敏感的事情。直到他在石雨下回到哭牆附近時他依然保持冷靜。「我作為一個相信猶太人和阿拉伯人可以共存的人來，」沙龍對等待的記者說。「我相信我們可以一起建設和發展。這是一個和平訪問。一名以色列猶太人來到一個對猶太人來說神聖的地方是挑釁嗎？」
2000年5月以色列從黎巴嫩撤兵後一巴勒斯坦解放組織官員對記者說：「我們很樂觀，真主黨的反抗可以成為其他決定重獲他們的權利的阿拉伯人的榜樣。
2000年9月13日開始阿拉法特的法塔赫組織開始對以色列軍隊和平民進行了一系列攻擊，違反了奧斯陸協議。同時以色列巴勒斯坦媒體觀察機構指責巴勒斯坦官方電視台的廣播從2000年夏戴維營會晤失敗後越來越極端。
據米歇爾委員會的報告說以色列政府保障
暴力的直接催化劑是2000年7月25日戴維營協商的破裂以及「國際社群廣泛認為的巴勒斯坦對這次挫敗的責任」。從此而看巴勒斯坦暴力是由巴勒斯坦自治政府領導人策劃的，其目的在於「通過由此導致和挑釁形成的巴勒斯坦傷亡來重新獲得其外交主動權。」
同報告說巴勒斯坦解放組織否認起義是策劃的，說「戴維營顯示出了以色列試圖通過談判擴張其力量。」報告說：
從巴勒斯坦解放組織的角度出發以色列對騷擾的反應過激，他們使用致命力量對付抗議者。從巴勒斯坦解放組織的觀點出發這個行為反映了以色列對巴勒斯坦人生命安全的估價。在巴勒斯坦人眼中9月30日在加沙躲在他父親身後被槍殺的穆罕默德·阿爾-杜拉加深了這個觀點
米歇爾報告基於一個仔細的調查，其結論是沙龍的訪問不是阿克薩群眾起義的導致原因，但這次訪問的時間非常不恰當，它肯定有挑釁的效果。報告結論道：
因此我們沒有理由結論說巴勒斯坦自治政府蓄意策劃抓緊任何機會來發動暴力運動，我們也無法結論說以色列政府計劃使用致命武力作為反應。

2000年

9月27日大衛·比里（David Biri）中士被殺，一些以色列文獻將此事件看作是起義的開始。其它資料則將9月28日沙龍對聖殿山的訪問看作是啟動事件。也有人認為阿克薩群眾起義是在沙龍訪問一天後穆斯林的祈禱日裡巴拉克下令強大的和威脅性的警察和軍隊布崗開始的。

沙龍訪問聖殿山

9月28日以色列反對黨黨魁艾里爾·夏隆帶領一個利庫德集團代表團，在數百以色列防暴警察的保護下訪問了耶路撒冷老城的聖殿山。聖殿山是猶太教最神聖的地方，同時對於大多數穆斯林來說也是伊斯蘭教第三神聖的聖地。沙龍訪問聖殿山的理由是以色列考古學家抱怨穆斯林宗教權力機構破壞了當地的考古遺蹟，將一個估計是索羅門的馬圈改造為一座清真寺。
沙龍的訪問被官方公布，此前獲得了多名（包括阿拉法特）巴勒斯坦官員的批准。不過在訪問前就已經在雙方均有人抗議了，原因是沙龍本人受爭論的政治觀點。巴勒斯坦人指責他的訪問以及他的武裝的保鏢是一個挑釁和侮辱。批評者說沙龍知道他的訪問會導致暴力，認為他的訪問是政治性的。
2001年2月沙龍在提前舉行的總理選舉中獲得巨大勝利，出任以色列總理。

「十月暴亂」

以色列將2000年10月的暴亂稱為「2000年10月暴亂」，而一些猶太人則稱之為「猶太新年阿拉伯人襲擊」，原因是這次暴亂正好是在猶太歷5761年的新年前爆發的。他們稱阿拉伯人「使用這次訪問來做為這場計劃的暴亂的理由，來逃避他們在2000年7月的戴維營首腦會議上的責任」。一些巴勒斯坦官員承認這個指責。阿拉伯人則認為沙龍的訪問是對聖殿山上阿克薩清真寺的攻擊，因此這次起義被阿拉伯人稱為阿克薩群眾起義。
9月29日周五祈禱後在耶路撒冷老城爆發了巨大的暴亂，在這場暴亂中一些巴勒斯坦人喪生。同日在西岸地區也爆發了抗議和暴亂。在跨奇亞一名巴勒斯坦警察開槍殺死了與他一起巡查的以色列警察。此後幾天裡在西岸和加沙到處爆發抗議。
10月以色列的阿拉伯人堵塞了主要交通道路，在銀行和商店裡放火，襲擊猶太人。一名猶太人開車時有人對他投石導致其車禍喪生。
以色列警察出動防暴部隊試圖控制暴亂，他們對暴亂者使用橡皮子彈、後來在一些情況下使用真槍實彈，並布置阻擊部隊。這導致12名以色列阿拉伯人和一名巴勒斯坦人喪生。此後群集的人散開，秩序被重建。
作為對以色列阿拉伯人暴亂的反應數千以色列猶太人在拿撒勒和特拉維夫也進行暴亂，一些向阿拉伯人扔石頭，破壞阿拉伯人財產，呼「打死阿拉伯人」的口號。兩名阿拉伯人被殺。《國土報》的社論說當年的「贖罪節將以暴力、以色列內部猶太人對阿拉伯人的種族暴力而留在記憶中。」
10月12日兩名以色列預備隊人員進入拉姆安拉後被巴勒斯坦警察拘留。憤怒的巴勒斯坦人沖入警察局，將以色列士兵打死，將他們殘破的屍體扔到街上。一個義大利電視攝像組將整個經過錄影播放。整個過程之殘暴震驚以色列，同時受到巴勒斯坦領導人的譴責。馬爾萬·巴爾古提說「這是無法理解的一舉，人人必須譴責它。」看到這場事件的一名英國記者說「我知道他們不全這樣，我本人是一個非常寬容的人，但是我永遠不會原諒這件事。這是最野蠻的謀殺。我只要想到它我就會看到那個人完全殘破的頭。我知道我一生都會做惡夢。」。英國廣播公司稱「這些人的慘死—被完整地記錄在電視上—會對以色列和世界人民留下長久的影響。」
作為對這個事件的反應以色列發動了一系列針對巴勒斯坦權力機構的報復性空襲。在起義爆發的六天內暴力迅速升級。以色列軍隊和警察共殺害61名巴勒斯坦人，並有2,657人受傷。
隨著暴力的爆發，在以色列內部猶太人公民與阿拉伯人公民之間的關係極其緊張，阿拉伯人公民與警察之間的不信任也非常大。以色列最高法院領導的一個研究委員會在回顧這場暴動時發現警察對對付這類暴力事件的準備非常差，高級警官的指揮有誤。委員會譴責了埃胡德·巴拉克總理並建議當時的內務部長本·阿米辭職。委員會也譴責阿拉伯領導人和議會成員興風作浪，加劇了暴亂的程度。

2001年

在2001年2月提前舉行的的以色列總理大選中，利庫德集團的艾里爾·夏隆戰勝了以色列工黨的埃胡德·巴拉克。
2001年5月7日以色列海軍特攻隊在公海上截獲了去往巴勒斯坦權力機構控制的加薩走廊的聖托里尼號貨船發現船上載有武器。以色列調查指控這批武器是艾哈邁德·賈比爾的巴勒斯坦組織解放巴勒斯坦人民陣線總指揮部購買的。該船連同其貨物的總價值估計為1000萬美元。據稱船員打算將武器密封在木桶中卸在加薩走廊的海岸上，讓巴勒斯坦權力機構自己來取。
6月1日一名哈馬斯自殺攻擊者在特拉維夫海濱的一舞廳里引爆了一枚炸彈，導致21名以色列人（大多數是高中生）被殺。這次攻擊大大阻擾了美國進行停火談判的企圖。

2002年

2002年1月以色列海軍突攻隊截獲了可能打算從伊朗向巴勒斯坦武裝力量提供武器的一艘船隻。研究證明巴勒斯坦自治政府的高級官員參加這次偷運。以色列稱阿拉法特也參與了此事。美國喬治·沃克·布希政府同意次觀點。
一股針對以色列的自殺攻擊引發了以色列的軍事反擊。在這些自殺攻擊中最嚴重的是在那塔尼亞一飯店發生的導致30名平民喪身，使得2002年4月成為這次大起義中流血最高的月份（130多名以色列人，大多數平民，被殺）。以色列發動了防禦盾牌行動。這次行動捕獲了多名巴勒斯坦武裝組織成員，並繳獲了他們的武器和裝備。
聯合國估計從3月1日至5月7日以色列重占巴勒斯坦地區期間497名巴勒斯坦人被殺，1447人受傷。在示劍估計有70至80名巴勒斯坦人喪身，其中包括約50名平民，四名以色列軍人在那裡被殺。
在傑寧的戰鬥尤為激烈：32名巴勒斯坦武裝人員、22名巴勒斯坦平民和23名以色列士兵在戰鬥中喪生。對雙方來說這場戰鬥依然是一個焦點。當時有人指責以色列軍隊在難民營內行動時屠殺了數千巴勒斯坦人。後來國際組織的調查證明這個指責是錯誤的。難民營內的死亡人數在55名以下。
從4月2日至5月10日法塔赫組織的武裝人員與以色列國防軍在伯利恆的聖誕大教堂發生拉鋸戰。雖然雙方均同意對聖地進行保護，但是這場拉鋸戰無法短期結束。最後以色列狙擊手槍殺教堂內七人，打傷40多人。最後在38天後，13名被以色列辨認為恐怖分子的巴勒斯坦武裝人員被遣送歐洲，這樣才結束了這場拉鋸戰。

2003年

以色列情報機構關於阿拉法特向阿克薩烈士旅支付兩萬美元的報告發表後美國要求巴勒斯坦自治政府進行民主改革，以及指明與阿拉法特無關的人為總理。2003年3月13日在美國壓力下阿拉法特任命比較緩和的馬赫姆得·阿巴斯為巴勒斯坦總理。
阿巴斯受命後美國政府強烈推動中東四重奏（Quartet on the Middle East）提出的解決以巴衝突的和平進展圖（Road map for peace）的計劃。這個計劃的步驟包括解散武裝組織、停止居民點建設和建立一個民主和平的巴勒斯坦國家。這個計劃的第一期要求巴勒斯坦權力機構鎮壓游擊戰和恐怖襲擊，沒收非法武器。由於阿巴斯不願或者無力對抗武裝組織，不願導致內戰的危險，他試圖與武裝組織達成一個暫時的停火協議，請求他們停止對以色列平民的襲擊。
5月20日以色列海軍特攻隊又截獲了一艘從黎巴嫩駛往加薩走廊的船隻，船上裝有火箭、武器和彈藥。八名船員被捕，其中包括一名高級真主黨成員。
6月哈馬斯和巴勒斯坦伊斯蘭聖戰組織宣布單方面在此後45天內停火。雖然此後這段時間裡暴力減少，但是還是發生了數起針對以色列平民的自殺襲擊和以色列針對巴勒斯坦武裝人員的行動。
一次比較挑釁性的行動是以色列坦克和裝甲車入侵示劍外的一個難民營，殺死四人（兩人為武裝分子）。附近的巴勒斯坦人稱一支扮裝為巴勒斯坦工人的以色列檢查部隊在一名哈馬斯領導人離開清真寺時對他開火。以色列反恐怖警察部隊雅馬姆稱警察在要逮捕他時他對警察開火。
8月19日哈馬斯在耶路撒冷的一輛擁擠的汽車裡進行了一次自殺襲擊，23名以色列人喪身，其中七名是兒童。哈馬斯稱這是為一周前被殺的五名巴勒斯坦人的報復。美國和以色列媒體均將這次炸彈襲擊事件看作是停火的結束。
這次襲擊後以色列國防軍被授命殺死或逮捕所有希伯倫和加薩走廊的哈馬斯領導人。這次襲擊的所有策劃人全部被殺或被捕，希伯倫的哈馬斯領導被重創。在示劍、傑寧和圖勒凱姆施行嚴格宵禁。在示劍的宵禁長達100多天。以色列民政府的推土機在西岸地區摧毀了60多個店鋪，因為它們沒有獲得營業執照。巴勒斯坦人則認為以色列施行宵禁和破壞民產是對無辜的巴勒斯坦人進行集體懲罰。
由於他覺得無法在阿拉法特手下有效工作，2003年9月阿巴斯辭職。阿赫麥德·庫賴被任命為巴勒斯坦總理。以色列政府放棄了通過協商達成和平的希望，開始單方面執行分隔以色列和巴勒斯坦地區的政策。他們開始建造以色列西岸障礙。以色列稱這個障礙是必須的，來防止巴勒斯坦襲擊者進入以色列城市。巴勒斯坦人稱這個障礙分割了巴勒斯坦村落，而且是為以色列占據巴勒斯坦地區造成事實。
10月4日在海法一飯館發生的一起自殺襲擊導致21名以色列人喪身後以色列指責敘利亞和伊朗資助巴勒斯坦伊斯蘭聖戰組織和真主黨，它們也對恐怖襲擊負責。這次自殺襲擊爆發一天後以色列空軍飛機襲擊了一個敘利亞境內被看作是前恐怖分子的訓練基地（1980年代初已被放棄）。

2004年

由於以色列城鎮重複遭到從加薩走廊發射的卡桑火箭和榴彈的襲擊以色列國防軍主要在拉法赫活動，尋找和摧毀武裝組織從埃及獲得武器、彈藥、人員、香菸、汽車部件、電子設備、外幣、金子、毒品和衣物的偷運地道。從2000年9月到2004年5月他們共發現和摧毀了90條連接埃及和加薩走廊的地道。對拉法赫的襲擊也導致了許多人流離失所。以色列官方稱這些人的家被武裝人員占據，因此在戰鬥中被毀。許多這些房屋是因為以色列的行動被放棄，後來被摧毀的。據人權觀察1500座房屋被拆除來在市內設立一個巨大的緩衝區。這些拆除許多「缺乏軍事需要」，使得約六萬人流離失所。
2004年2月2日以色列總理沙龍宣布將撤出所有加薩走廊的猶太人居民點。工黨稱讚成這個決定，沙龍聯合政府中的右翼黨派全國宗教黨和全國聯盟黨反對這個計劃，它們決定假如這個計劃實行的話他們將退出政府。令人吃驚的是奧斯陸協議和日內瓦協議的建築師和和平倡議者尤西·貝林反對這個計劃，他認為沒有和平協議就從加沙撤出是對恐怖進行酬報。
沙龍宣布了以色列單邊脫離計劃後在以色列西岸障礙的一關口和阿什杜德又發生了兩起自殺襲擊事件（10人死亡）。以色列國防軍對加沙進行了一系列襲擊（主要是拉法赫和加沙的難民營），殺死約70名哈馬斯武裝人員。3月22日以色列直升飛機殺死了哈馬斯領導人謝赫·艾哈邁德·亞辛。4月17日哈馬斯數次試圖進行自殺攻擊未遂後以色列武裝直升飛機又殺死了亞辛的繼承人阿卜杜勒·阿齊茲·蘭提西。
5月里一系列針對以色列關卡的襲擊失敗後在加薩走廊的戰鬥嚴重升級。5月11日和5月12日巴勒斯坦武裝人員摧毀了兩輛以色列裝甲運兵車，殺死13名士兵並對他們毀屍。以色列對加沙進行了兩次襲擊來截回屍體，在這兩次襲擊中約20至40名巴勒斯坦人喪身，一個村落的房屋遭到巨大破壞。
5月18日以色列國防軍開始了虹行動，其目的在於摧毀拉法赫的恐怖結構、偷運隧道，以及阻止對巴勒斯坦人運送9K32（SA-7）防空飛彈和反坦克武器。行動結束時40名巴勒斯坦武裝人員和12名平民被殺，45至56座房屋被毀。行動造成的巨大破壞以及10名抗議者喪身使得這次行動在全世界受到譴責。
9月29日巴勒斯坦一卡桑火箭擊中以色列城市斯德洛特，殺害兩名兒童後以色列在加薩走廊北部發動了又一次行動。這次行動的目的在於解除對斯德洛特的火箭襲擊威脅以及殺死發射火箭的哈馬斯人員。行動於10月16日結束，造成了巨大的破壞和100多名巴勒斯坦人喪身，其中至少20名小於16歲。一名13歲的小女孩被殺，有人說一名軍官蓄意對她的屍體開槍，但是後來這名軍官被宣布無罪。據巴勒斯坦醫務人員報導以色列軍隊至少殺死62名武裝人員和42名其他巴勒斯坦人，估計是平民。據《國土報》的統計87名武裝人員和42名非武裝人員被殺。巴勒斯坦難民營遭受的破壞尤其嚴重。以色列國防軍稱至少12架卡桑火箭發射機構被摧毀，許多恐怖分子被殺。以色列方面有三人喪身，包括一名平民。
10月21日以色列空軍殺死了哈馬斯的主要炸彈製造人和卡桑火箭的發明人。
11月11日阿拉法特死於巴黎。
救災阿巴斯赴敘利亞試圖說法巴勒斯坦各派以及哈馬斯領導人停止攻擊以色列時加薩走廊的狀態再次惡化。哈馬斯表決繼續武裝鬥爭，許多卡桑火箭誤擊在荒野里，一枚反坦克火箭擊中古什卡蒂夫的一個幼兒園。
12月9日在埃及和拉法赫邊境上五名武器偷運者被殺，兩名被捕。同日阿布·薩姆哈達那在從拉法赫去往加薩走廊南部汗尤尼斯的路上遭到以色列一無人駕駛飛機發射的飛彈的襲擊。薩姆哈達那和他的保鏢受傷。薩姆哈達那是人民抵抗委員會的兩名領導人之一，他是偷運隧道的主要組織人。他據信也是對一前往加沙的美國外交車隊進行炸彈攻擊的後幕人，這次攻擊導致三名美國人喪身。這是以色列第四次試圖刺殺薩姆哈達那。
12月10日作為對哈馬斯發射榴彈擊傷四名以色列人（包括一名八歲的男孩）以色列士兵向汗尤尼斯難民營（榴彈的發射處）開火打死一名七歲的女孩。以色列國防軍承認向難民營開火，但說他們對準榴彈發射場。以色列國防軍強調他們盡力避免平民傷亡。
12月12日巴勒斯坦人在拉法赫附近埃及邊境上的一個以色列哨卡下面點爆了1.5噸炸藥，導致數個建築被毀，其它被損壞。爆炸摧毀了哨卡的一部分，殺死三名以色列士兵。兩名武裝巴勒斯坦人隨後創入哨卡，又槍殺了另外兩名以色列士兵。此外總共還有十名以色列士兵受傷。這是阿拉法特死後對以色列軍隊進行的第一次大規模有組織的進攻。法塔赫的一個新的自稱為法塔赫鷹派的組織發言聲稱為此次襲擊負責，並稱這是對以色列「毒殺」阿拉法特的報復。

2005年

在2005年1月9日進行的巴勒斯坦總統選舉中阿巴斯當選為巴勒斯坦自治政府總統。他的政策是通過與以色列和平協商來無暴力地達到巴勒斯坦人的目的。他一方面呼籲武裝組織停止進攻以色列，另一方面答應保護武裝組織人員受到以色列攻擊，拒沒收他們的武器。
加薩走廊的暴力繼續。沙龍宣布凍結與巴勒斯坦自治政府的任何外交和安全接觸。以色列發言人宣稱「以色列今天照會國際領導人在阿巴斯採取真正措施停止恐怖行動前與他不進行任何會晤。」這個凍結接觸是在阿巴斯當選一周後、就職一天前宣布的。巴勒斯坦發言人薩耶布·埃雷卡特說：「阿巴斯在就職前無法對任何事物負責。」
在國際壓力和以色列對加薩走廊進行大規模軍事行動的威脅下阿巴斯對駐紮在加沙北部的巴勒斯坦警察下令讓他們防止對以色列居民點的卡桑火箭和榴彈攻擊。雖然對以色列的攻擊沒有完全停止，但其數量驟減。2月8日在沙姆沙伊赫首腦會議上沙龍和阿巴斯宣布以色列與巴勒斯坦自治政府之間停火。在這次在沙姆沙伊赫舉行的會議上還有約旦和埃及參加。兩人握手。但是哈馬斯和巴勒斯坦伊斯蘭聖戰組織說這個停火對他們的成員無效。以色列繼續要求在執行和平進展圖的下一步之前恐怖基礎必須被破壞。
許多人警告這個停火非常不可靠，進展必須緩慢獲得，要觀察停火是否能夠保持。2月9日至2月10日的晚上25至50枚卡桑火箭和榴彈擊中古什卡蒂夫居民點，中午對該居民點又放射了一批進攻。哈馬斯說這是為此前在附近地方被以色列殺死的一名巴勒斯坦人的報復。阿巴斯下令巴勒斯坦警察今後停止這樣的攻擊。他撤銷了一名高級警察官員的職務。2月10日以色列安全部隊在逮捕了一名來自示劍的、企圖在耶路撒冷的公共汽車裡進行自殺攻擊的巴勒斯坦人。
2月13日阿巴斯與哈馬斯和巴勒斯坦伊斯蘭聖戰組織的領導人談話要求他們支持他和同意停火。哈馬斯的一名高級領導人說「我們對保持安靜的態度不變。以色列必須對任何新的破壞和挑釁負責。」
6月中巴勒斯坦各派加劇對斯德洛特的卡桑火箭攻擊，導致兩名以色列人、兩名巴勒斯坦人和一名中國人喪生。這波攻擊降低了以色列公眾對單方面脫離計劃的支持。7月里巴勒斯坦伊斯蘭聖戰組織和阿克薩烈士旅對以色列的攻擊加強。7月12日在那塔尼亞發生的一次自殺攻擊導致五人死亡。7月14日哈馬斯又開始對加薩走廊內外的以色列居民點進行卡桑火箭攻擊，殺死一名以色列婦女。7月15日以色列恢復其「定點清除」政策，殺死七名哈馬斯成員，轟炸了四個哈馬斯設施。繼續不斷的對以色列居民點的火箭攻擊和哈馬斯武裝成員與巴勒斯坦警察之間的巷戰威脅到沙姆沙伊赫首腦會議達成的停火的失敗。作為對火箭進攻的反應以色列國防軍還開始在加薩走廊周圍建立武裝力量。

2006年

2006年1月25日巴勒斯坦舉行立法委員會選舉。在132個議席中，哈馬斯組織出乎意料地獲得了74席多數，法塔赫只獲得45席，其它黨派以及獨立人士獲得13席。哈馬斯已經正式被美國和歐洲同盟列入恐怖組織。按照其法律恐怖組織不能獲得資助。因此哈馬斯獲得對巴勒斯坦權力機構的控制（即組織政府）威脅到國際對這個機構的資助。
2月4日卡桑火箭擊中阿希科倫南部和基布茲，重傷一名七個月的嬰兒後以色列空軍對巴勒斯坦伊斯蘭聖戰組織和阿克薩烈士旅的卡桑火箭發射組進行一系列定點清除。
4月17日在特拉維夫一次自殺攻擊導致11人死亡，60人受傷。
6月8日阿布·薩姆哈達那和其他三名人民抵抗委員會成員被以色列空襲殺死。
6月9日一個巴勒斯坦家庭的七名成員在加沙的沙灘上被爆炸殺死。爆炸的原因不明。雖然如此哈馬斯決定終止它2005年開始的停火，重新開始進攻以色列。巴勒斯坦人指責以色列炮火轟炸加薩走廊北部附近地方時造成了這場悲劇，以色列軍事調查自己則否認是以色列炮火誤殺。
6月25日巴勒斯坦武裝人員進攻了一個以色列據點，兩名以色列士兵和三名巴勒斯坦武裝人員喪命。以色列士兵吉拉德·沙利特(Gilad Shalit)被綁架。以色列警告假如該士兵不被完好歸還將立刻實行軍事行動。6月28日早以色列空軍飛機摧毀了加薩走廊的兩座重要橋樑和唯一的一座發電廠，實際上摧毀了該地區的整個供電和供水。
由於真主黨綁架了兩名以色列士兵，殺死其他三名，7月12日以色列內閣下令對黎巴嫩進行「嚴酷」的報復。

戰術

衝突雙方主要按照其資源和目標來制定自己的戰術。雖然雙方互不相容，但是民意調查始終表示大多數巴勒斯坦人和以色列人在基本目標上是一致的：一個兩個獨立國家的解決方法，巴勒斯坦難民有權回到新的巴勒斯坦國（但不能回到以色列）。

巴勒斯坦

在巴勒斯坦方面有不同組織介入暴力，比如哈馬斯、巴勒斯坦伊斯蘭聖戰組織和阿克薩烈士旅。它們對以色列進行了一個高強度的游擊戰和恐怖襲擊。它們的主要武器裝備是進口的輕武器和自造武器如手榴彈、爆炸式腰帶、突擊步槍和卡桑火箭。它們還越來越多地使用遙控地雷，尤其裝備不良的組織越來越喜歡使用地雷。汽車炸彈常被用來對付「輕裝甲」目標如以色列武裝吉普車和關卡。
巴勒斯坦人最常使用的戰術是自殺攻擊，一般為單人或者連環爆炸。一般自殺爆炸對付的是「軟」目標（平民）和「輕硬」目標（比如關卡）來提高以色列的戰爭代價和打擊以色列社會的志氣。大多數自殺爆炸（但不是全部）是針對平民的，它們往往在以色列城市中最擁擠的地方（比如公共運輸、飯店、市場）發生。不像一般人所想像的那樣大多數自殺攻擊者不是無教育的，他們也不是窮人，一般來說他們比較富裕，而且教育良好。
最近的發展是使用兒童來攜帶自殺炸彈。不像其它自殺攻擊，使用兒童作為自殺攻擊武器的做法不但受到美國和人權組織如國際特赦組織的譴責，而且也受到許多巴勒斯坦人和許多中東媒體批評。最年輕的巴勒斯坦自殺攻擊者是一名16歲的高中生。最年輕的試圖進行自殺攻擊的男孩只有14歲，他在一個關卡被發現和被捕，未能造成任何危害。
2002年3月27日以色列在一輛紅新月會的急救車裡發現了一條爆炸式腰帶。一台炸彈拆除機器人當著電視攝影機的面引爆了這枚炸彈。
2004年5月以色列國防部長沙烏爾·穆法茲稱聯合國近東巴勒斯坦難民救濟和工程處的救護車被用來運送以色列士兵的屍體來防止以色列國防軍截回其死者。聯合國近東巴勒斯坦難民救濟和工程處一開始否認其救護車被用來運送武裝人員，後來則說其司機受到武裝人員威脅，但是否認其救護車裝載以色列士兵遺體。
2004年8月以色列稱一個高級的爆炸物檢查裝置在示劍附近的關卡發現巴勒斯坦救護車運輸爆炸物。

以色列

以色列擁有一支訓練良好、裝備良好的武裝力量，其指揮中心強大，而且它建立了一套良好的在城市地區戰鬥的戰術。以色列國防軍非常重視其部隊的安全，使用裝甲非常強的裝備如梅卡瓦主戰坦克、不同的軍用飛機包括F-16戰隼戰鬥機、無人機和武裝直升飛機。在城市地區使用這些裝備往往會導致平民受損。以色列從加沙撤出前他們使用很多阻擊手高塔，在西岸地區這個方式越來越多使用。重裝甲的推土機常被用來引爆詭雷和簡易爆炸裝置，以及用來破壞埃及邊境上用來對以色列軍隊開火的房屋。到2005年2月以色列施行拆除自殺爆炸者的家庭房屋的政策。但由於許多巴勒斯坦人單身居住，加上被拆除的房屋的巨大數量和拆除房屋時造成的其它破壞對這個戰術越來越有爭議。一些家庭及時向以色列軍隊提供自殺攻擊的消息來防止其房屋被拆除，但是這樣的家庭面臨被巴勒斯坦自治政府或者巴勒斯坦武裝組織看作叛徒而受懲罰的危險。以色列國防軍委員會在研究了這個戰術後建議結束這個方式，因為這個政策所獲得的成果不足以抵消它在國際造成的以色列的壞形象以及它在巴勒斯坦人造成的反感。
依靠其地面和空中的優勢以色列大規模拘捕巴勒斯坦人。在以色列監獄中在任何時候一直始終有約6000名巴勒斯坦人被關押，其中約半數沒有經過法庭判決。以色列的關卡分割大多數巴勒斯坦城市以及它們之間的道路。以色列的觀點是這些關卡防止武裝人員的流動以及限制武器的傳播。而巴勒斯坦、以色列和國際觀察家和組織則認為這些關卡過分、帶有侮辱性，是被占領地區嚴重惡劣狀況的主要原因。根據以色列對其安全狀況的估計要通過一個關卡可能需要數小時。巴勒斯坦金屬商店和其它被以色列懷疑生產武器的店鋪工廠常常被空襲摧毀。軍事宵禁的戰術常被使用。示劍的宵禁長達100多天，每天居民只有兩小時時間可以獲取食物或從事其它活動。
雖然這些戰術也受到國際譴責，但是以色列堅持它們對於防止恐怖襲擊是必須的。《國土報》等發表的報導證明這些措施的有效性。以色列情報組織沙巴克通過及時提供警告和可靠的間諜報告來幫助以色列安全機構防止自殺攻擊。
以色列還使用「定點清除」的政策來刺殺武裝人員，尤其是其著名領導人。這樣的刺殺主要針對對以色列進行進攻計劃的人來警告其他人不要步其後塵。國際人權組織和聯合國譴責這個政策為非法的處決。其它國家（比如美國）則將它看作對付恐怖主義自衛的合法行為。許多人批評這個政策不顧平民可能受牽連，其支持者則認為這個政策降低平民的傷亡數。以色列因為在市區使用武裝直升飛機發射飛彈經常導致平民傷亡而被批評。以色列則批評武裝組織領導人躲在居民密集的地方，使用無辜平民作為他們的人肉盾牌。

國際參與

國際社群始終參與在以巴衝突中，在阿克薩群眾起義時期這個參與還有增加。以色列每年從美國獲得12億美元經濟資助和18億美元軍事資助，這裡還不包括貸款。埃及每年從美國獲得20億美元外助，主要是軍事資助，這主要是1978年戴維營協議和埃及與以色列簽署的和平條約的結果。巴勒斯坦權力機構每年從美國獲得一億美元經濟資助。巴勒斯坦地區是一個主要人道主義援助的接收者。
此外私人組織也越來越多地介入這場衝突，比如支持巴勒斯坦方面的國際團結運動（International Solidarity Movement）和支持以色列方面的美國-以色列公共事務委員會。

對奧斯陸協議的影響

從阿克薩群眾起義開始，由於巴勒斯坦持續對於使用公共運輸的平民進行自殺攻擊，使得奧斯陸協議在以色列獲得的公眾支持越來越小。
2000年5月特拉維夫大學進行的一次民意調查顯示：39%的以色列人支持奧斯陸協議，32%的人相信該協議在此後數年中會帶來和平。2004年5月的調查顯示只有26%的人支持奧斯陸協議，只有18%的人相信奧斯陸協議在此後數年中會帶來和平，支持奧斯陸協議的人和相信和平的人響應減少了13%和16%。後來的調查甚至證明80%的以色列人相信以色列國防軍在對付阿克薩群眾起義中獲勝。