六四清场

軍隊部署

原中共中央總書記胡耀邦在1989年4月15日去世後，學生開展悼念活動，後來進一步發展為遊行示威運動。四月二十一日晚，近10萬名學生聚集在天安門廣場外舉行自辦的追悼會來悼念胡耀邦。在四月二十二日舉行胡耀邦的葬禮期間，由北京衛戍區和第三十八集團軍組成的近9000名士兵被部署在人民大會堂及其附近。四二六社論發表後，第三十八軍被第二次召集到北京，加入北京衛戍區的部隊，抵禦在天安門廣場抗議的學生。四二七遊行時，幾十萬學生從校園中走出，加入遊行隊伍，並聚集在北京的中心地帶，但沒有進入廣場，約有5100人的部隊參與了這次的軍事部署。五月中上旬，在北京駐紮的軍隊被要求保衛人民大會堂，保障在當年5月4日召開的亞洲開發銀行理事會會議以及五月十三日至十七日蘇共中央總書記米哈伊爾·戈巴契夫對北京的國事訪問。

頒布戒嚴令

在北京實行戒嚴的決定最終是由中共元老之首鄧小平與總理李鵬為首的強硬派作出的，目的是以軍事行為來結束由學生發起的示威活動。而中共黨內的改革派則反對使用武力，主張通過政治談判手段解決危機，而他們在之後亦隨即被逐出高層；該決定也使得軍內一些反對派抵制戒嚴命令，但最後也被逐出軍隊高層。
5月11日，中國國家主席楊尚昆私下會見中共中央軍委主席鄧小平，並討論了對學生運動的處理方法，認為這次運動不採取強硬措施無法解決。鄧小平認為，雖然學生提出的打擊官員腐敗、清理官倒是可以接受的，但某些人卻「利用」這些口號為藉口來推翻共產黨。他補充說，黨應該用和平的方式解決學生的運動，但中共中央政治局也必須準備採取果斷行動。在五月十三日，當學生們開始在天安門廣場絕食時，國家主席楊尚昆和時任中共中央總書記趙紫陽都給鄧小平做了報告之後，鄧小平和部分黨內元老對政府無力結束活躍了近一個月的學生運動表現出了明顯的無法容忍的態度。此後，鄧小平再次重申有必要採取果斷行動。

動員

自五月十九日開始，中共中央軍委開始依據戒嚴令在全國各地調動部隊。除了北京和天津的駐軍，至少從5個大軍區中動員了至少30個師。根據比較可靠的數據，估計在地方動員軍隊的數量範圍在18萬到25萬左右。此次軍事動員的規模超過了中國與越南、印度和蘇聯邊境戰爭的總和。

徐勤先抗命

中國人民解放軍第38集團軍是當時北京軍區里裝備最精良的部隊，而軍長當時的領導人為徐勤先少將。戒嚴令頒布後，徐勤先公開拒絕執行調度命令。徐稱他不會遵守一個口頭命令，要求查看和閱讀書面文件。當北京軍區的軍區司令官告訴他，在「戰時」因情況緊急，書面報告將在稍後提供時，徐當場反駁學運不是戰爭，再次重申他拒絕執行命令。中央軍委副主席楊尚昆後來試圖派周衣冰到保定去說服徐執行命令。徐問周中央軍事委員會是否已經批准了戒嚴令。周回答說，鄧小平和楊尚昆已經批准，趙紫陽則沒有批准。徐則稱沒有趙的批准，無法執行命令。後來徐勤先為抵制戒嚴令還專門請了病假。
由於徐勤先的抗命，鄧小平被迫從南京調出第十二軍，空運到北京；而第十二軍也成為南京軍區唯一一個動員的部隊。

士兵

大部分進城兵員是選擇來自農民家庭的文盲，從來沒有來過北京，亦被禁止接觸10天內的任何新聞，不清楚他們即將面對的局面，他們被告知此次調集是要進行軍演，唯一的情報是當時刻意為士兵們準備的一份錄影片段。而由於來自其他地區的部隊和北京市民使用不同的北方方言，增加了進城的混亂和後來清場時因語言不通而造成的傷亡。

清場前衝突

在五月十九日晚上，第二十七軍、第三十八軍和第六十三軍在宣布戒嚴令前已經先行到達北京。但由於先前的新聞刊發使得戒嚴令的內容被釋出，所以學生和市民們也在北京遠郊組織抵擋軍隊進城。五月二十日，第二十四軍、第二十七軍、第二十八軍、第三十八軍、第六十三軍、第六十五軍、第三十九軍、第四十軍、第五十四軍、第六十七軍以及北京衛戍區的部隊開始向北京挺進，並被告知實施戒嚴。郊區數萬人架設路障，導致大量軍隊滯留豐臺、六里橋、沙子口、呼家樓、古城、清河、五棵松、復興路和外三環。空降兵第15軍降落在南苑機場，空運無間斷地持續了三天；五架軍用直升機出現在天安門廣場上空，空降大量傳單，呼籲示威者離開廣場。第六十五軍多次努力前進到天安門廣場，但在學生反制下，被迫撤退到石景山和海淀區。炮兵第14師從沙河乘火車抵達北京，但在火車站遭到市民堵截；而即使在這種環境下，部隊和學生之間的關係基本上還是保持和平的。在北京部分地區，軍隊和抗議者一起唱紅歌，有些市民還給士兵送來食物和水。

大井事件

而在豐臺區大井路段，示威者與軍隊之間爆發了最早的衝突。當第38集團軍指揮部、步兵第112師、步兵第113師的步兵第339團和高射炮兵團、集團軍炮兵旅大部、通信團一部，共有6700多名官兵前進到北京市西郊的五棵松至西長安街上的中國人民軍事博物館地域時，開道的防暴警察打傷若干學生、市民。在學生和其他民眾的強力阻擊下，其中一個軍團被困於北京市海淀區沙窩村。此後，軍隊接到命令，暫停進城，防暴隊離開，而軍隊則在當地被困三天三夜。5月22日，軍隊首腦在和學生進行談判後達成協議，向豐臺西倉庫轉移。但在轉移過程中，第113師部隊遭到包圍群眾的抗議和襲擊，引發第二次的衝突事件。根據當時的雙方口供比對，有百餘名軍人、11名學生、12─13名群眾在暴力襲擊中受傷。有幾個學生因保護士兵也被流彈擊中，本來官方鎮壓的理由為在軍團撤退中示威者襲擊軍警，但該段記錄士兵受辱的紀實文章，在後來出版的紀錄中因故被刪去了。而兩個星期後，受到暴力襲擊的第113師部隊則被用來在北京西郊對示威者開火。

後撤

五月二十四日，中國人民解放軍的部隊從北京撤出。而當局為了控制行動失敗而不斷高漲的抗議形勢，被迫調動更多部隊進入北京市周邊警戒。而被調動的解放軍士兵也被進行一段時間的隔離並被強制灌輸「保衛社會主義祖國免遭資本主義勢力顛覆」的思想。

木樨地衝突

6月3日傍晚，北京傳出部隊進城的消息後，天安門以西五公里外的木樨地的街頭開始聚集了示威學生、市民。有學生指這是軍隊進城的必經之路，示威民眾前來協助阻截部隊。
晚上9時許，三輛無軌電車被人推到木樨地橋上橫著；有人將行道上的水泥磚砸成碎塊，在街道兩旁堆起水泥牆，還有人開卡車和三輪車運來磚石，此次木樨地突發的阻攔行動由民眾臨時湊合，無人指揮。
不久後，先頭的戒嚴部隊到達並發射催淚彈，試圖進城。根據當時的英國搜集的外交電報紀錄：軍隊為了突破，總共發動了4波攻勢，清場一開始以徒手和徒步方式進行，第一波幾十名戒嚴部隊隊員手持木棒，而市民和學生則以碎磚作反擊。遇到強硬抵抗後暫時停軍，先頭部隊開始裝備槍枝展示做震撼之用，市民和學生得知後立即排成一線，衝向大橋，喊著：「人不犯我，我不犯人；人若犯我，我必犯人」；而後來發放彈藥後，士兵對空鳴槍，但依舊未能成功突破人牆。在僵持不下中，最後一波部隊從後方抵達，這第二批部隊是負責監戰的27軍，配備裝甲車準備進行強行突破。約十分鐘後，戒嚴部隊已經穿過木樨地橋，來到二十二號部長樓和二十七號樓之間的北京地鐵木樨地站一帶。
示威者此時撤退到大街兩側的街心花園和樓房之間，以樹叢、建築物作掩護，繼續喊口號狠斥部隊，並投擲石頭；戒嚴部隊士兵推開電車、清除路障，並且開槍還擊。有相關人員事後稱，「哪裡有人喊「法西斯」，哪裡有人扔石頭，部隊會馬上用衝鋒槍向那裡掃射。約百名民眾倒在血泊中，由其餘民眾將他們送入復興醫院。」
晚上11時許，手握衝鋒槍的士兵、裝甲車、軍用卡車列隊向天安門方向駛去，期間還有市民焚燒了3輛電車，以阻截後續部隊。
在復興門外大街兩旁大樓的部分居民探頭出來痛罵，也有人扔東西攻擊，戒嚴部隊陸續開火還擊，從木樨地到全國總工會約五百米路段，兩旁建築物布滿大量彈痕。二十二號樓、二十四號樓兩幢部長樓，共有三人被槍殺，其中包括住在22號樓8層的全國人民代表大會常務委員會法制工作委員會副主任委員宋汝棼女婿尹敬，當他進廚房開燈時，被戒嚴部隊的子彈擊中頭部死亡，葬於八寶山人民公墓2區17排12號 。
根據香港電台《神州五十年》 綜合所得，木樨地的行動最少逾30人死亡，200多人受傷。事件平息後，官方調查並沒有對此披露實際開槍時間和死傷人數，陳希同只說部隊採取了「極其克制」的態度。 
此時，深夜的長安街被路燈照得一片通明，而四周的街道除了焚燒的物品，則沉浸在一片黑壓壓的黑夜之中。新華門前，站著近百名士兵，有市民怒斥，有的還扔小石，士兵們一言不發。期間有學生想將一名受傷的軍人送入新華門內，士兵立即子彈上膛，大聲喝止。與此同時，第一輛裝甲車以高速衝入天安門廣場，有人向裝甲車投擲汽油彈。裝甲車衝入後掉頭，再向西單方向離去。
6月4日凌晨以後，軍隊已經進城管制，城市騷動逐漸結束，有紀錄發生的嚴重衝突中，包括一輛裝甲車在建國門高速撞向一輛軍車的事故。車上載滿正在與軍人談話的群眾，裝甲車當場壓死4人，其中3名是軍人，而事故發生後裝甲車並沒有停下，不少人顯得悲憤，一些軍人甚至流淚。英國電報紀錄也有記載裝甲車衝撞人群的狀況--「以65英哩的時速衝撞人群...該名駕駛後來被送往醫院之後，談到鎮壓過程時情緒十分激動，並揚言自殺」。

進駐天安門廣場

凌晨1時許，戒嚴部隊先後進入天安門廣場，一名裝甲車司機被學生帶上一架巴士並關上門。據共青團北京市委《70天大事記》所記，天安門廣場尚有學生、市民數萬人。
1時30分，北京市政府和戒嚴部隊再次發出內容完全相同的《緊急通告》：「首都今晚發生了嚴重的反革命暴亂。……一切後果完全由自己負責。」上萬名的市民和極少部份學生，在聽到《通告》後，開始離開廣場。
凌晨2時許，幾十萬人的廣場，只剩下堅持不走的幾千名學生和市民了，廣場實施包圍而人群被分開。 同一時間，大批士兵駐守中國歷史博物館、前門箭樓以北及毛澤東紀念堂以南的廣場上。人民大會堂之內亦有一批士兵候命。幾十名學生和市民提著汽油桶，試圖點燃停靠在金水橋的軍用卡車，當場被戒嚴部隊抓獲。
不久，建國門、東單方向傳來密集槍聲，許多示威者從廣場東北角往人民英雄紀念碑跑。廣場西北角的「工自聯」指揮部也開始撤離。與此同時，在歷史博物館北門外站列待命的士兵，則手持棍棒和沖鋒槍，衝向長安街，封鎖了長安街以東的路段。
當時身在廣場的侯德健憶述，起初以為士兵只用橡膠子彈和木棒，有學生還給他套著棉大衣和塑膠頭盔自衛；但到凌晨2時，兩位醫生和兩位學生趕來告訴他們軍隊是開真子彈。陳清華表示，他與李蘭菊留在廣場東面，目擊一名死者，死者的弟弟是一名中學生，知道哥哥過世後衝出廣場，說要跟軍人拼命。
凌晨2時20分，軍隊開進廣場，施放催淚彈，部隊從廣場南面的前門向中央推進，沿途向高空發射照明彈，群眾向天安門廣場北面後退。
凌晨2時30分，軍隊包圍了天安門廣場，將留守的學生圍在中間，部隊停下待命。 
凌晨2時45分左右，上述的中學生被抬回廣場急救，大腿動脈中槍，最後在廣場上流血不止而死。其後李蘭菊暈倒，北京學生將她和陳清華強行送到醫院，發現醫院到處都是死傷者。
然而對於當日天安門廣場的清場行動中的流血事件，即使是學生內部，各方也有不同說法。柴玲和吾爾開希聲稱廣場上有坦克直接碾壓學生。然而當時身處廣場的侯德健、劉曉波和周舵表示沒有看到有坦克輾壓學生或撒退的人群。支聯會和王丹（當時他並不在廣場，正在離開北京郊區）則表示清場行動中廣場上發生了較小規模的流血事件，流血衝突主要發生在廣場之外的木樨地、復興門、六部口至建國門一帶的長安街。
3時左右，封從德表示，約3000至5000名學生圍坐在人民英雄紀念碑周圍，此時正絕食的侯德健、劉曉波、周舵、高新決定勸學生離開，並在廣播中說北京已在流血，足以喚醒人民，讚揚學生不畏死的精神。劉曉波等人發現有學生之前從軍隊搶來的槍支，要求立即砸毀槍械，並命令學生必須堅持非暴力原則，否則解放軍就可以向學生開槍。
根據戒嚴部隊指揮部記錄，3時45分左右，侯德健、劉曉波等人坐著救護車從紀念碑那邊開過來，舉著雙手，要求談判，部隊派出一名團政委與他們接觸。侯德健等人說，願意帶領廣場上的學生撤出，要求解放軍不要開槍，並讓他們組織隊伍撤離，團政委隨即回來向領導匯報。
4時正，清場時間到。廣場上全部關燈。戒嚴部隊發出廣播，內容說：「我們呼籲，全體市民和全體同學，不要再燒垃圾，不要再燒垃圾，不要再加強廣場的混亂。」
等候在馬路邊的侯德健等人拚命大叫：「我們是侯德健！」「我們是來談判的！」「千萬不要開槍！」不到3分鐘，團政委回來告訴侯德健等人，政委說，「總部同意你們的請求。請你們立即帶領學生撤離廣場，往廣場南口撤。時間很有限。我們不會開槍。」聽完答覆後，侯等四人立即趕回去。

示威者撤離

在4時關燈時，廣場上亦陷入恐慌。根據封從德、侯德健憶述，當時學生正以「聲音方式」投票，想撤的人喊撤退，想留的人喊留，兩邊聲音旗鼓相當，但考慮到喊撤退的人可能不敢高聲呼叫，學生領袖認為想撤退的人更多，封從德宣布離開。同學和市民、工人、市民糾察隊、北京的同學撤到海淀區去，往中關村走。戒嚴部隊指揮部同時播放「清場通知」：「現在開始清場，同意同學們撤離廣場的呼籲。」這時，紀念碑上的學生用被子、木棍、帆布等物點火。
當時離開的狀況陷入極度混亂，大批戒嚴軍手持衝鋒鎗指向紀念碑。根據示威學生憶述，當時一批手持木棍、電棒的武警和軍人衝上紀念碑的第二層、第三層，驅離示威學生。學生於是向下層逃離。同時，坦克車和裝甲車由天安門駛向紀念碑，開始清理廣場上數百個帳篷營幕，民主女神像也在此時被移除。 
4時20分，廣場再次開燈，戒嚴部隊再次發出廣播說：「同學們，戒嚴部隊指揮部決定，現在清場。我們同意同學們的呼籲，請同學們立即撤離天安門廣場。戒嚴部隊指揮部，六月四日。」的重覆廣播。
4時45分，示威學生已經開始撤退。在學生糾察隊手拉手的維護下，大批示威學生舉著校旗唱著「國際歌」撤離，期間不時喊「血腥鎮壓！」「打倒法西斯！」「土匪！土匪！」「畜生！」。
5時20分，天色已明，廣場仍有約200名示威者不肯離去，坦克陣堵住了廣場的通道。這批人不斷高喊：「法西斯、法西斯！」「打倒法西斯！」的口號，戒嚴部隊反喊：「人不犯我，我不犯人」，並向天開槍鎮懾。
約5時40分，清場過程基本結束。 
清晨時份，從廣場撤退的學生沿途受到示威市民的歡呼，示威者又在木樨地的要道重新設置路障，阻擋軍車，有人怒罵士兵，有人向軍車扔磚頭。木樨地、北蜂窩、公主墳一帶，很多示威市民都出來了，不少人圍著軍車訴說。軍人木然地坐在卡車裡頭，毫無反應。
約6時15分，一隊學生從天安門轉入長安街，到達六部口時，離黨政中樞機關只有50米的地方，三輛坦克衝來，發射催淚彈，許多學生被碾，馬路邊有十一人死亡，多人受傷。 其中一名受害人方政，雙腿被坦克輾壓，後被送到北京積水潭醫院搶救。2009年他在美國安裝上智能假肢，呼籲尋找六四真相。
10時半左右，有人點燃衣服，扔向一輛指揮車，隨後更多示威市民加入，數十輛軍車被燃，不過此時情況已經差不多結束，軍官命令部隊開始全部撤離。復興醫院門外聚集著一群人焦急詢問親人下落，醫院外貼著一張死亡者的名單，列出42人；附近的鐵路醫院公布的死者名單有23人，郵電醫院則有16名死者。直到下午四時，復興醫院停屍房向公眾開放，約數百人去領屍，屍體滿在停屍房內外，有的用白布蓋著，有人在醫院門外燒衣紙 。

傳聞

6月4日以後的日子裡，在示威者中傳言，犯下了「最殘酷的暴行」是第27軍，而38軍「相對友好」。因為普遍認為第27軍是由楊尚昆的侄子領導，狂熱地忠誠於強硬一系。27軍的士兵被示威市民形容為「文盲」和「只懂殺人」。有報導稱「第27軍的士兵在事先沒有警告下槍殺手無寸鐵的平民，並脅迫其他部隊殺死學生和示威群眾」。有報導認為：「第27軍在北京被大多數的民眾強烈地厭惡」。

鄧小平講話

6月9日，中國共產黨中央軍事委員會主席鄧小平在其他黨政高層的陪同下前往中南海懷仁堂接見戒嚴部隊高級幹部，而這也是自從學生發起示威活動以來鄧小平首次於公開場合出現。鄧小平在之後演講中稱呼因為六四事件而喪生的解放軍士兵為「烈士」，並且指出示威活動的目的是為了推翻黨和國家，希望能進一步「建立一個完全西方附庸化的資產階級共和國」。鄧小平認為示威者之所以不斷強調包括官員貪污等等有關的投訴，便是為了掩蓋其底下試圖將當前社會主義制度加以取而代之的真正動機。他之後還以此觀點表示：「這整個都是仍堅持帝國主義之西方世界的計劃，他們企圖讓所有社會主義國家逐一放棄社會主義道路，然後將它們帶往另一條充斥著國際資本以及壟斷資本主義的道路。」

大學生軍訓

學潮被鎮壓後，中國國家教委對北京大學、復旦大學的新生在軍校實施長達一年的軍訓，當年及之後數年入學學生的學制延長為五年。紐約時報認為這次特別的軍訓的目的在於灌輸思想。

軍隊人事調整

在6月3日-4日的鎮壓中估計有3500名解放軍軍官不服從命令。西方媒體報導，在6月4日之後，這些軍官面臨了軍事法庭的審判。雖然沒有得到證實，但從1990年開始，軍方領導層進行大面積改組，指揮官的職階被下降到師級。這樣的情況持續了數年。第38軍的前軍長徐勤先將軍因拒絕執行戒嚴，在事後被開除黨籍、開除軍籍，並判處五年以下有期徒刑。
在清場中執行任務最積極的部隊和將領受到了獎勵、表彰與升職。在其中，戒嚴部隊指揮部的總指揮劉華清日後升任中共中央軍事委員會副主席；副總指揮遲浩田進入中共中央軍事委員會成為要員並於1993年成為國防部長，1995年更晉升為中共中央軍委副主席。鎮壓時身為20軍軍長的梁光烈在2002年成為解放軍總參謀長，最終在2008年登上國防部長一職。艾虎生在清場中率領中國人民解放軍第39軍116師347團率先進入到天安門廣場，日後節節晉升，在2002年成為第39軍軍長，並在2007年成為了成都軍區的參謀長。