太平天国

國號

太平天國辛酉11年正月二十六日至二月十七日之間（清咸豐十一年，公元1861年3月7日－3月27日），洪秀全曾實行「改政」。正月二十六日（1861年3月7日）把「太平天國」國號改為「上帝天國」，規定在璽印文字和各種文書內統要把「太平天國」改為「上帝天國」，但此事還沒有來得及推廣實行，洪秀全改變主意。二月十七日（1861年3月27日）再度實行「改政」，把「上帝天國」改稱「天父天兄天王太平天國」，規定文書、印文都要在原來的「太平天國」四字之上加「天父天兄天王」六字。

拜上帝會

廣東人洪秀全與馮雲山之所以選擇在廣西舉事，源遠流長，「廣西地方遼闊，群盜如毛，散則為民，聚則為寇，形跡既無可辨，黨類幾不勝窮」，特別是廣西紫荊山地區，「游匪外滋，土匪內迫」。從宏觀上看，「中國在1840年（道光二十年）第一次鴉片戰爭失敗後被迫付給英國的賠款，大量的非生產性的鴉片消費，鴉片貿易所引起的白銀外流，外國競爭對本國生產的破壞，國家行政機關的腐化，這一切就造成了兩個後果：舊稅捐更重更難負擔，此外又加上了新稅捐。」「一般的貧窮到達了極點，人們正在鬻妻賣子，許多人靠樹皮為生。」屢次科舉失敗並在廣州目睹第一次鴉片戰爭的洪秀全說：「以五萬萬華人受制於數百萬之韃妖，誠足為恥為辱之甚者，一年如是，年年如是，至今二百年，中國之民富者安得不貧？」終於道光二十三年（1843年）6月洪秀全在廣東花縣蓮花塘吸收了第一個拜上帝會員李敬芳，隨後少年時代的同學馮雲山與族弟洪仁玕參加。洪秀全打造了一把斬妖劍，並作詩稱「天父天兄太平時，保汝處處有飯喫。耕田首先在根苗，殺盡韃子閻羅妖。」又作 「手握乾坤殺伐權，斬邪留正解民懸。手持三尺定山河，太平一統樂如何（又作「何如」）。」
道光二十四年（1844年），他與表親馮雲山、族弟洪仁玕從梁發《勸世良言》中吸取某些基督教教義，後來自行洗禮。是年，洪秀全和馮雲山到廣西貴縣一帶傳教，洪不久便返回廣東，馮留在廣西發展，在當地的信徒日增。道光二十七年（1847年），洪秀全和洪仁玕到廣州跟隨美國美南浸信會傳教士羅孝全學習《聖經》，曾要求受洗，但羅孝全不同意洪秀全對以前大病時所見「異象」的見解，並認為洪秀全對教義的認識不足夠，洪秀全又要求羅孝全按月付工資給他，被羅孝全拒絕，從而羅孝全拒絕為洪秀全洗禮。洪秀全失望之餘離開廣州，前往廣西桂平與馮雲山會合。
洪秀全與馮雲山到達廣西後以私塾教師為職業傳教。洪秀全負責理論，「亂極則治，暗極則光，斬邪留正」，「邀小的（恤王洪仁政）前往同打江山，並說拜上帝好」；馮雲山負責傳教，「在紫荊山一帶，熱心傳教，成績頗大，至多人信教，甚至有全家全族來領受禮拜者，未幾，遠近馳名，而成為拜上帝會。
拜上帝會將基督教聖經的《舊約》、《新約》分別修改為《舊遺詔聖書》、《新遺詔聖書》作為教條。拜上帝教會實行政教合一。拜上帝教的宗教規範還有《原道救世歌》、《原道覺世訓》、《原道醒世訓》、《天父詩》等，號召人們信仰「皇上帝」（上帝耶和華），擊滅「閻羅妖」（滿族皇帝），為實現「天下一家，共享太平」的理想而奮鬥。
事實上清朝軍機處穆彰阿甚至道光帝本人清楚地知道拜上帝會的存在，但聽之任之，道光二十一年（1841年）的全國狀元龍啟瑞在其《上梅曾亮先生書》中這樣記載：「宰相（穆彰阿）風示旨意，謂水旱盜賊不當以時入告。督撫受戒，莫敢復言，金田會匪萌芽於道光十四五年，某作秀才時已微知之，彼時不肯辦盜，則所謂窺時相（穆彰阿）旨意是也。」

金田起義與定都天京

道光二十八年（1848年）初，馮雲山被紫荊山蒙沖鄉石人村地方士紳王作新以「聚眾謀反」罪名逮捕，送往廣西桂平知縣衙門囚禁。洪秀全逃亡外地，自稱「找兩廣總督徐廣縉營救」，後馮雲山信徒集資賄賂某個來歷不明但有實權的清朝官員，因而馮雲山得到釋放。
道光三十年（1850年）夏，洪秀全發布團營令，要求會眾到廣西桂平縣金田村團營編伍，同年年底，太平軍先後在思旺和蔡村江與清軍展開戰鬥，由此開始了與清廷的武裝對立，初以「太平」為號，後建國號「太平天國」，並實行公有財產制。
道光三十年十二月十日（1851年1月11日），洪秀全生日，拜上帝會眾萬人在金田村「恭祝萬壽」，後世人將這一天定為金田起義紀念日。3月23日，洪秀全在廣西武宣登基稱太平王，後改稱天王。參加金田起義者「有患難之村民，而且被官兵擊散之賊匪，均視拜上帝會為逋逃藪，老幼男女攜眷挾財產大隊加入」，「從者具（俱）是農夫之家，寒苦之家」，還有在械鬥中失敗的客家人。4月3日爆發了三里圩之戰，馮雲山「視死如歸，赤身赴敵，立刻殺死黔兵二十四人，黔兵始大奔。」
咸豐元年（1851年）秋，太平軍佔廣西永安州（今蒙山縣）。12月在永安城分封諸王，封原中軍主將楊秀清為「左輔正軍師」東王，稱九千歲，原前軍主將蕭朝貴為「右弼又正軍師」西王，稱八千歲，原後軍主將馮雲山為「前導副軍師」南王，稱七千歲，原右軍主將韋昌輝為「後護又副軍師」北王，稱六千歲，原左軍主將石達開為翼王，並詔令諸王皆受東王節制。太平天國在南王馮雲山的構想基礎上建立了初期的官制、禮制、軍制，推行自創的曆法——「太平天曆」。
咸豐二年（1852年）4月5日，太平軍自永安突圍，北上圍攻省城桂林，不克，繼續北上，在全州蓑衣渡遭遇清軍楚勇江忠源部攔截，南王馮雲山被清軍炮火擊中，後傷重不治。5月19日離開廣西進入湖南省，克道州、郴州。6月楊秀清與蕭朝貴發布《奉天誅妖救世安民諭》、《奉天討胡檄布四方諭》、《救一切天生天養中國人民諭》。結果「湖南南部加入的洪門人數有五萬多人」。與此同時楊秀清制定了「專意金陵，據為根本，然後遣將四出，紛擾南北」的作戰方針。
咸豐二年七月（1852年8月），西王蕭朝貴聞長沙兵力空虛，率偏師進攻，9月12日「辰刻進兵，殺死大小妖官數十員，妖兵死者兩千有餘，屍堆如山，不料妖兵炮打著西王胸膛乳上穿身」，陣亡。洪秀全、楊秀清聞訊後急率主力來到長沙城下，但此時清方已重兵雲集，太平軍攻長沙近三個月仍未能成功，撤圍北上攻克岳州。傳聞太平軍在當地獲得吳三桂秘密埋藏的大量兵器，所謂「祭起吳王炮藥」正說此事。
咸豐二年十月（1852年11月），湖北巡撫常大淳鎮守武昌城，貼出告示：「兵法以清野為先，且廣西湖南等省，皆因民房毀除未盡，致賊藏身，潛掘地道，前車可鑑。」下令燒毀附近市鎮，拆除城外民房，採用焦土政策。咸豐二年十一月十三日（1852年12月23日），太平軍攻下漢陽，知府董振鐸被殺；六天後，太平軍攻下漢口，俘獲1萬首江船，裝備其水師。咸豐二年十二月初九（1853年1月17日），石達開率領太平軍攻克武昌，湖北巡撫常大淳舉家自盡。太平軍在武漢嘗試建立「太平一統」的平等社會，吸引了一些貧苦大眾，血腥鎮壓清兵、士人和一切反對者，破壞衙門、寺廟、學校和藏書樓，沒收一切財產，存入設於武昌原絲綢貨棧的「聖庫」，並把居民編入25人為一組的軍營，男女分營，又強迫當地人作搬運或勞動。有流氓假冒太平軍劫掠，許多當地人反對男女隔離分居，也反對大型的公開布道。太平軍先後將漢陽和武昌立為首都，但只短暫停留，大部份太平軍沿江而下。清提督向榮於2月下旬奪回武漢三鎮。
咸豐三年正月初八（1853年2月25日）爆發了巢湖之戰，太平軍「偽為差弁，約期速進，陸建瀛信為實，急飭所部，溯流上，陸建瀛與翼長安徽壽春鎮總兵恩長遂越道士洑，恩長戰歿，屍順流下，全軍大駭，反棹急奔。」太平軍「革除了對鴉片煙的耽溺」，「恨賊者虛，資賊者實，尤為可慮，或謂鄉民處處助賊打仗。」3月19日（咸豐三年二月十日）太平軍攻克江寧（今南京），兩江總督陸建瀛及副都統霍隆武陣亡。
《李秀成自述》說：「有一老年湖南水手，大聲揚言親稟東王:不可往河南雲，河南河水小而無糧，敵困不能救解，南京乃帝王之家。此水手是駕東王座舟之人，被該水手說白，故而改叢，後即未往。」「洪秀全陷金陵，欲長驅北犯，斯時黃河以北未設防，賴一老舟子倡言，北路乏水缺糧，不如建偽都於南京，楊秀清等以為然，乃止。或雲即蘇州擊斃之偽航王唐正才所言。」「始洪秀全破金陵，楊秀清建議北都洛陽，以為洛陽天下之中，獨一老舟子橈其說，乃遂宅偽都於此。」太平軍將江寧改名「天京」並定都在此。英國人Brine Lindesay在1862年《中國太平叛黨志》中這樣評論建都南京：「南京的占領在太平軍的戰術上引起了一個全面的變化，清軍藉助這個不進不退的變化而贏得了大好時機，他們不再無望地尾隨一支前進的和劫掠的大軍之後，如今已經能夠在一個或兩個據點上集結他們的軍隊，因此，太平軍也隨即發現他們自己在南京和鎮江被一支軍隊所水路圍攻，而他們要在戰場上擊敗這支軍隊希望也不大。」這就是清朝集結全國綠營精銳組建的江南大營與江北大營。英國人F. A. Lindley在1866年英文版《太平天國》第一卷中指出：「南京的占領完全改變了天王的戰術，他不再繼續進行由前進的恐怖來制衡滿洲的、迅速和凱旋的進軍，卻把他的黨徒集合在南京及郊區周圍，在同一時期從事組織有朝廷和法院的正規政府。」

北伐與西征

1853年3月太平軍攻克江寧（今江蘇南京），易名為天京。此後由東王楊秀清策劃，在5月派兵北伐及西征，北伐軍目標為北京，西征軍目標為長江中游地區。

北伐

咸豐三年（1853年）3月底清欽差大臣向榮在金陵城外孝陵衛建江南大營；4月16日，清欽差大臣琦善在揚州城外建江北大營。
咸豐六年三月一日（1856年4月5日），太平軍再克揚州，攻破江北大營，「次早黎明，親領人馬同陳玉成、塗鎮興、陳仕章、吳如孝力攻土橋，破入土橋清軍馬營。那時清軍大敗，紅橋以及卜著（樸樹）灣、三岔（汊）河清營盡破，大小清營一百二十餘座，清營那時聞風而逃。」
咸豐三年四月一日（1853年5月8日），林鳳祥、李開芳等奉楊秀清命令率兩萬餘人從揚州出發北伐。清朝採取了正確的防禦措施，銷毀了全部黃河渡船，「黃河四十里之遙，並無船隻，有韃妖在對江把守，難以過江，離黃河二十里，亦無船隻，糧料甚難」，「二十八日尚未渡盡，未及渡河者尚有千餘」。
咸豐三年九月十一日（1853年10月13日）太平軍進駐保定，咸豐帝集結華北清軍主力與太平軍決戰，包括嘉慶帝五子惠端親王「奉命大將軍」綿愉部、嘉慶帝嗣外孫科爾沁部僧格林沁部、八旗察哈爾部、欽差大臣勝保部，並徵召朝陽、阜新、赤峰、通遼四地大軍，賜努爾哈赤御用大刀。北伐軍雖然一度進至天津附近，但因孤軍深入，被清軍包圍。咸豐五年二月（1855年3月），林鳳祥在直隸滄州東光縣連鎮受傷被俘，不久被押到北京處死。李開芳在山東聊城茌平縣馮官屯被俘，6月在北京被處死。

西征

在湖南被曾國藩打敗後，咸豐四年六月二日（1854年6月26日）太平軍第二次攻下武昌，十八歲的陳玉成在武昌「舍死苦戰，攻城陷陣，趫捷先登，縋城而上，以致官兵潰散，遂陷鄂省。」
咸豐四年七月一日（1854年7月25日）曾天養率西征太平軍與曾國藩湘軍在湖南岳陽城陵磯進行第一次決戰，太平軍虎頭軍統帥曾天養、清軍登州鎮總兵陳輝龍、湘軍水路各營總統褚汝航全部陣亡。1854年10月14日湘軍在曾國藩本人的統帥下第二次收復武昌。1854年11月23日秦日綱率西征太平軍與羅澤南、李續賓、楊載福、彭玉麟湘軍在湖北十堰田家鎮進行第二次決戰失敗。
咸豐四年十二月十二日（1855年1月29日），石達開、羅大綱率西征太平軍與湘軍在江西九江湖口縣進行第三次決戰，大敗湘軍。
咸豐五年（1855年）初，太平軍反攻漢陽和漢口，4月3日，擊破湖北巡撫陶恩培的軍隊，第三次攻下武昌。
咸豐六年五月（1856年6月），太平軍攻破江南大營，解天京三年之圍，「步戰漢兵，馬戰滿兵，兩交並戰，自辰至午，得翼王帶曾錦兼（謙）、張瑞（遂）謀等引軍到步助戰。清軍滿兵馬軍先敗，次即向、張[所]領漢軍亦敗也。」
咸豐六年（1856年）十二月天京之變後湖北巡撫胡林翼第三次也是最後一次收復武漢三鎮，此役湘軍羅澤南陣亡，武漢三鎮都已成廢墟，遍地瓦礫

天京之變

咸豐三年三月十九日（1853年4月26日）香港總督文咸訪問太平天國，他的翻譯密迪樂就從兩個太平軍船員的口中得知：「東王楊秀清是首要的軍事權威和政治權威，他們說天王只是一個被承認的君主，他把他的時間用在編書上面，人們從來看不到他。」咸豐三年十一月二十四日（1853年12月24日），東王楊秀清自稱天父下凡（降乩），指責洪秀全杖責天王府女官，兩天後即二十六日，楊秀清召集韋昌輝及秦日綱「到天王面前請寬心安福。」洪秀全本人「深藏不出，秀清則盛陳儀衛巡行閭市，凡有軍務，議定上奏（洪秀全）無不准者，每批旨准二字。屬下偽官，惟奏謝恩賞，徑達洪秀全，其餘軍務，悉秉奏秀清，聽其裁處轉奏。（楊秀清）自恃功高，一切專擅，洪秀全徒存其名；秀清叵測奸心，實欲虛尊洪秀全為首，而自攬大權，獨得其實。」「因此也許有人以為洪秀全早已死了，但一經詢問，一致的證言咸謂其仍然健在，現深居城內。」
至於北王韋昌輝，洪秀全認為他「愛兄（洪秀全）之心誠」。但韋昌輝對楊秀清「陽下之而陰欲奪其權」；北王韋昌輝對東王楊秀清「甚諂，輿至則扶以迎，論事不三四語，必跪謝曰：非四兄（楊秀清）教導，小弟肚腸嫩，幾不知此。肚腸嫩潯州鄉語，猶言學問淺也。」而韋昌輝暗地裡「請洪秀全誅楊秀清」」，但洪秀全說：「暫且容他（楊），他服便罷。」楊秀清曾去北王府，「杖昌輝數百，至不能興。」以至於兩人「相互猜忌，似不久必有併吞之事。」
至於燕王秦日綱，咸豐四年三月（1854年5月），秦日綱的下人與楊秀清的下人發生矛盾，判官是石達開的岳父黃玉昆，黃玉昆採取息事寧人的做法，「可勿杖，轉相勸慰」，但楊秀清不同意該判決，命令石達開逮捕自己的岳父黃玉昆，「玉昆聞而辭職，燕王秦日綱聞之亦相率辭職。」結果楊秀清「杖日綱一百，玉昆三百，玉昆杖後，夜投水救起」。李秀成認為「東王威逼太過，此三人（北、燕、翼）積怨於心，北翼二人，同心一怒於東。」
「及破南省，（楊）眾權獨攬，雖洪賊亦拱手受成，北、翼賊無論矣，（楊）有去洪賊而自稱天王意。」洪秀全為以示慶祝，定於楊秀清生日（公曆當年9月23日）時正式封萬歲。洪秀全一面「所築土城上密布槍炮，恐楊來暗算，一面遣腹賊至江西調北賊韋昌輝回金陵」。與楊秀清有宿怨的韋昌輝在咸豐六年八月三日（1856年9月1日）深夜回到天京，與秦日綱在夜間入城，2日凌晨「率三千餘人遽入南門，趨圍東賊宅，自攜數賊入，殺東賊及其妻小」，史稱「天京之變」。咸豐六年八月四日（1856年9月2日），韋昌輝將楊秀清首級交給洪秀全。
翼王石達開抵天京後，責備韋昌輝濫殺，二人不歡而散，韋昌輝又欲殺石達開，石達開見勢不妙，當夜逃出金陵城外。在韋昌輝進攻洪秀全天王府的最後關頭，天王府內的大量宮女參加了保衛洪秀全的戰鬥，「韋昌輝陳兵三千人於洪居前火攻（天王府），洪秀全乘墉與韋昌輝對壘，槍炮互施，逾時無勝負，洪居服役少女，悉使裹髮、效男裝，各持械啟門，大呼出沖陣，北賊不意其速出，大驚，眾遂潰，縛北奸送洪秀全，令肢解之。」

石達開遠征

咸豐六年十月（1856年11月），石達開奉詔回京，被軍民尊為「義王」，合朝同舉「提理政務」，洪秀全礙於眾議，被迫詔准。他不計私怨，追究屠殺責任時只懲首惡，不咎部屬，北王親族也得到保護和信用，人心迅速安定下來。儘管武昌在石達開回京後不久即因糧盡援絕而陷落，但在石達開的部署下，太平軍穩守要隘，伺機反攻，陳玉成、李秀成、楊輔清、石鎮吉等後起之秀開始走上一線，獨當一面，內訌造成的被動局面逐漸得到扭轉。咸豐七年（1857年）春天，李秀成與陳玉成擊敗清軍秦定三部，北上六安、霍丘，與捻軍會合，兵鋒直指湖北。
天京之變後，太平天國合朝推薦石達開主持朝政，但洪秀全卻忌憚石達開的聲望才能，不肯授予他「軍師」的地位，只封他為「聖神電通軍主將義王」，局勢稍見好轉後，又對他產生謀害之意。為免再次爆發內訌，石達開被迫率數千人逃出天京，前往安慶。
咸豐七年八月（1857年9月），洪秀全迫於形勢的惡化，遣使請石達開回京，石達開上奏表示不會回京，但會調陳玉成、李秀成、韋俊等將領回援，並以「通軍主將」身份繼續為太平天國作戰。洪秀全詔准了這一方案，天京官方遂承認石達開此後的作戰是太平天國的遠征活動。
此後，石達開先後轉戰於天京外圍的閩、浙、贛等省，牽制大量清軍，緩解了天京、安徽兩地的軍事壓力。
咸豐八年（1858年），清軍乘太平天國內訌之後，重建江北、江南大營。4月，洪仁玕捻轉到達天京，被封為干王。
咸豐九年（1859年）春，石達開入湖南，發動「寶慶會戰」，欲取上游之勢，再下趨湖北，配合安徽太平軍作戰，並伺機分兵入川。彼時湘勇正計劃分兵三路進攻安慶，聞石達開長驅直入湖南腹地，軍心全線動搖，只得將因勢利導，全力援湘。面對湘軍的重兵馳援，石達開孤軍作戰，未能攻克寶慶，被迫退入廣西休整。
咸豐十一年八月（1861年9月），石達開自桂南北上，為北渡長江，奪取成都，建立四川根據地，轉戰蜀、黔、滇三省，先後四進四川，並於同治二年三月（1863年4月）渡過金沙江，突破長江防線。但為大渡河百年不遇的提前漲水所阻，在紫打地陷入絕境。時任四川總督的駱秉章遣使入太平軍中談判。經協議，太平軍自行遣散四千人，剩餘兩千武士保留武器隨行，在石達開被押往成都後，清軍背信棄義，兩千太平軍被屠戮。同治二年五月十二日（1863年6月27日），石達開在四川成都被凌遲。

安徽江北戰場

咸豐八年四月七日（1858年5月19日），九江被湘軍李續賓攻克。「林啟容踞九江六載，號堅忍能軍，塔齊布、羅澤南為名將，拼命力攻，亦卒不拔，食罄則嬰城種麥以自給，其守愈暇，凡圍城十有六月。」日本人宮崎滔天曾說：「睢陽而後有斯人。」湘軍彭玉麟參與克復九江後曾作詩：「屍涌長江水不流」。
咸豐八年八月（1858年9月），陳玉成李秀成太平軍攻占浦口和揚州，殲滅清軍江北大營，「陳玉成攻德帥（清軍德興阿部）之前，我攻德帥之後，德軍大亂，死於甫〈浦〉口一萬餘人。」安徽江北的湘軍乘太平軍東下，攻安徽、據太湖、撲安慶，李續賓湘軍沿黃梅、宿松、太湖、潛山、石牌、桐城、舒城向三河鎮進攻（即今天G50-G35-G4212-G3高速公路一線），進逼廬州（合肥）。陳玉成率兵救援，李秀成援軍繼進。1858年11月15日，陳玉成李秀成太平軍與湘軍在安徽合肥三河鎮第一次決戰，「我聽聞金牛鎮炮聲不絕，是知開仗，我親引本部人馬向三河邊區而來，斯時正逢陳、李兩軍迎戰，離李將營前七八里交鋒。我軍即至，陳玉成見我軍生力一壯，破李續賓陣門，陣腳一動，大敗而逃」，擊斃李續賓（一說自縊）、曾國華。湘軍從安慶外圍撤走，安慶之圍遂解。

第二次西征

咸豐十年（1860年）冬，太平天國決策層部署第二次西征，計劃以陳玉成、李秀成兩支主力分別從長江南北西上進攻武昌，以解安慶之圍。
陳玉成解圍心切，立即從安徽桐城出發，十一天內行軍六百里，連取霍山、英山、黃州，兵鋒直指武漢。此時，清軍主力盡在安慶，武漢城防空虛。關鍵時刻，英國艦隊司令何伯派參贊巴夏禮前往黃州覲見陳玉成，請求他不要攻打武漢，以維護大英帝國在武漢的商業利益。由於李秀成部進軍遲緩，太平軍並無把握在短期內攻下武昌，及湘勇加緊對安慶的圍攻，陳玉成決定命部下賴文光率部隊軍隊留在武昌附近，繼續等候李秀成部，本人率主力返回安慶。
李秀成轉進至湖北東南部，在附近地方招兵30萬人，得知東線太平軍作戰不利，又聽說陳玉成已經返回安慶，遂放棄進攻武漢三鎮，改向東進軍，與李世賢部共同攻下浙江大片土地。陳玉成與李秀成兩人不和導致第二次西征無果而終，會攻武漢的計劃就此功虧一簣。「偽天王弟洪軍師到蘇，即調停忠英二酋之誤會也，賊中相互猜忌如此。」
所謂「第二次西征」實際上是一個敗招，因為湘軍的補給基地是九江與南昌，曾國藩也說：「力求破安慶一門，此外皆不遽之爭得失。」

安慶二次決戰

咸豐十一年（1861年）春，第二次西征後，太平軍與湘軍和多隆阿部清軍在安徽安慶進行第二次決戰。湘軍的部署是湘軍曾國藩、左宗棠、鮑超在安徽南部，湘軍李續宜、胡林翼、清軍多隆阿在安徽北部，兩個方向向安慶進攻，陳玉成回救安慶，洪仁玕、林紹璋、吳如孝、黃文金等也來配合作戰，失敗，6月集賢關、赤崗嶺失守，8月陳玉成與楊輔清等奪回集賢關，再救安慶，為清副都統多隆阿部所拒。9月，曾國荃攻克安慶，太平軍守將葉芸來、吳定彩及全軍1.6萬餘人全部陣亡。同治元年四月（1862年5月），陳玉成在安徽壽州被叛徒苗沛霖逮捕，押送清軍兵部侍郎勝保，同年6月陳玉成被處死。

上海戰場

江南大營是清朝為鎮壓太平天國集結起的最後兩支直接聽命於咸豐帝的野戰軍之一（另一支為科爾沁部僧格林沁野戰騎兵）。全國各地素質較好的綠營官兵駐紮天京孝陵衛屏蔽蘇杭財賦區成為江南大營。咸豐十年三月十二日（1860年5月2日），太平軍與江南大營最後的決戰打響，太平軍「乘勢撲至，內外夾攻，頃刻之間，得勝門至江邊一帶官軍營壘五十餘座全行失陷，陝西延綏鎮總兵黃靖等均歿於陣，官兵死者數萬人。」「兩日交鋒，頭一日勝富〈負〉未分，次日一戰，自辰至未，（江南大營）張（國梁）軍大敗，死者萬人。」
江南大營的被殲宣告在華東地區、中南地區再無直接聽命於清朝皇室的野戰大軍，清朝皇室不得不起用漢族地主私人武裝湘軍與淮軍而尾大不掉。咸豐十年四月十九日（1860年6月8日）咸豐帝與曾國藩達成協議，咸豐帝授予曾國藩欽差大臣兵部尚書兩江總督督辦江南軍務，華東地區所有軍隊均歸節制，曾國藩經咸豐帝許可罷免咸豐帝此前任命的官員，包括皖南督辦軍務大臣張芾、閩浙總督慶端、浙江巡撫王有齡、江蘇巡撫薛煥、江南團練大臣龐鍾路、江北團練大臣晏瑞書，轉而把湘軍系統的軍官扶上位。
其後李秀成太平軍占領江蘇，「克（無）錫次日，行營而下蘇郡，初到閶門，將分困各門，看閶門街方等村百（姓）多有來迎，街上鋪店民房門首具（俱）貼字樣云：「同心殺盡張（國梁）、和（春）兩帥官兵」。民殺此官兵者，因將丹陽之下到蘇〈州〉，水陸民財，概被其兵搶擄，故恨而殺也。」
咸豐十年六月二十三日（1860年8月9日），李秀成太平軍與華飛烈（Frederick Ward）和上海買辦楊坊聯合組建的洋槍隊在上海決戰。
在星期六，即8月18日，攻擊開始了。叛軍緊緊地逼近城下，他們已經預先驅逐了駐在城外的清軍。可是在這裡，他們卻遭遇到我們山炮的散彈和手榴彈的劇烈射擊；我們的水兵用他們的1853式恩菲爾德步槍，錫克人用他們舊式的褐筒也使他們蒙受了重大損害。叛軍在發現他們的努力無望以後，便於夜間退卻到射程以外的地區去了。在星期一，叛軍又來攻城，全作單線行動，每人都拿著一面旗子，我們炮火的有效殺害使他們改變了進軍路線，他們在英國居留地的郊區附近繼續前進。就在這個地點，從我們海軍炮兵所發射的火箭和榴彈有效地保證了他們的退卻。夜間，快炮船『先鋒號』溯江前進，向他們的營地發射了一些13英寸口徑大的炮彈。這個最後的軍事行動達到了完全阻止太平軍任何進一步攻擊上海的結果，於是他們毀棄了營地，並且在射程以外的地區逐漸退卻。 
（8月18日）叛軍開進了空無一人的徐家匯，忠王就在這裡設了司令部。午後，忠王的先頭部隊已迫近上海南門，同時，滿載叛軍的兵船也駛進了黃浦江。縣城沿黃浦江的東段和南段是法國軍隊分防的地區，當叛軍一出現，法軍只要對準他們掃射一陣，足可阻止他們前進。 翌日，8月19日，叛軍部隊沿黃浦江入侵到城牆和上海法租界之間的城廂區（上海老城廂），防守主教大堂的12名法國兵，很有辦法護衛聖堂。海軍中尉勒伯勒東命令『強力』號艦的海軍登陸，向城廂區開炮，許多中國房屋著了火，搶劫者也逃得無影無蹤。同時，『強力』號由泰爾海軍上尉率領。溯黃浦江而上，靠近董家渡後便向該地區的街道逐條掃射，一艘英國炮艦向上挺進得更遠，這種示威很有成效，董家渡的混亂平靜了。20日，忠王從徐家匯出發，企圖進攻上海西門（今復興中路西藏中路）及上海租界，這地區是由英國兵防守的；同法國兵昨天的炮火一樣，英國人的炮火很快地迫使太平軍後撤，並當場擊斃了數百太平軍。
 
由於太平天國禁止鴉片貿易（洪秀全曾作《戒鴉片詩》：「煙槍即炮槍，自打自受傷。多少英雄漢，彈死在高床。」）加上清政府與英、法、俄簽署《北京條約》後，太平天國威脅到各國條約利益，西方各國對太平天國運動轉向反對。1862年1月-6月，李秀成太平軍與英法聯軍在上海決戰。譚紹光太平軍從吳淞包抄浦東，英法聯軍在高橋鎮與太平軍激戰，原石達開部將吉慶元陣亡，太平軍包抄計劃失敗。法國海軍駐華司令卜羅德少將被太平軍流彈擊斃後，法軍為了報復，占領上海柘林鎮後，殺死村中三千多名男女老幼。
我（英法聯軍中一名英國軍官）跟一大群人去看淮軍屠殺俘虜的太平軍，這批俘虜是英、法兩國軍事當局交給清朝方面處死的。英法聯軍既然幫助清朝俘虜太平軍，自然他們也贊同清方這樣殘暴地屠殺俘虜。這批俘虜，有男有女，有老有少，從剛出世的嬰孩，到80歲蹣跚而行的老翁，從懷孕的婦人，到10至18歲的姑娘，無所不有。淮軍把這些婦女和姑娘，交給一批流氓強姦，再拖回來把他們處死，有些少女，劊子手將她們翻轉來面朝天，撕去衣服，然後用刀直剖到胸口。這批劊子手做剖腹工作，能不傷五臟，並且伸手進胸膛，把一顆冒熱氣的心掏出來，被害的人，直瞪著眼，看他們幹這樣慘無人道的事。還有很多吃奶的嬰兒，也從母親懷裡奪去剖腹。很多少壯的男俘虜，不但被剖腹，而且還受凌遲非刑，劊子手們割下他們一塊一塊的肉，有時塞到他們的嘴裡，有時則拋向喧譁的觀眾之中。
上帝縱使寬恕英國參加鎮壓太平天國的戰爭，但如何能饒恕它參預對無防禦力的婦女和柔弱無知的孩子們的瘋狂屠殺呢？我們從貧苦的英國人群壓榨來的金錢，拿來幫助兩手染著鮮血的惡徒們在中國作戰，這是為了什麼！難道是為從中國得到黃金的買賣嗎？

陝西戰場

咸豐十一年（1861年）八月，太平軍安慶失守，陳玉成為召集人馬、牽制清軍兵力，派陳得才、賴文光、藍成春等太平軍將領，率兩萬餘人遠征陝西，進奪西安。

第三次西征

同治元年（1862年）三月，陳得才率軍經河南內鄉進入陝西商洛地區。
同治元年（1862年）四月，太平軍北上秦嶺子午谷，直逼西安城南三十里的引駕回（亦稱尹家衛，今陝西西安長安區引鎮），在三兆、杜曲大勝清軍。清副都統烏蘭都潰逃入西安城內，並令清軍緊閉西安城門，坐困孤城待援，不再出戰。太平軍進攻西安城數次無果，未能攻破。不日，多隆阿、張得勝率清軍包圍廬州（今安徽合肥），陳玉成調陳得才等部回援東返解圍。陳得才奉調東返，放棄奪取西安的計劃，進駐藍田厚子鎮。四月二十四日張得才攻克渭南縣城，擊斃知縣曹士鶴等人。四月二十五日擊敗尾追而來的清軍，殺臨潼軍功安定邦。隨後陳得才率部一路沿渭河東進，攻克華州、華陰等地，擊斃團練首領陳茂經，擊潰潼關守將哈連升的阻擊。
同治元年（1862年）五月三日，太平軍陳得才部東出潼關，進入河南，東去解廬州之圍。

江南戰場

同治元年五月（1862年6月），洪秀全命令各地太平軍回援天京，太平軍集結二十萬人兵力，10月起大戰湘軍四十多天，未能取勝。天京無糧，據李秀成說原因是「在京時，當與合朝文武在我府會集，聲言：眾位王兄王弟，凡有金銀，概行要買多米糧，切勿存留銀兩，買糧為首切等敘云云。合城文武遵我之言，果買米糧。那時洪姓出令，『某欲買糧者非我洪之票不能。』要票出京者亦要銀買方得票行，無錢不能發票也，得票買糧回者重稅，是以各不肯買糧入京。固〈故〉積今日之患，國破實洪姓之自害此也。」12月，李秀成奉命北渡長江，由於無糧，太平軍損失很大，「此舉前後失去戰士數萬餘人，因我一人之失銳，而國之危也。」
「攻克蘇州等縣，非算李鴻章本事，實得洋鬼之能。其將尚〈上〉海正稅招用其力，該鬼見銀亡命。」同治二年十月二十四日（1863年12月4日），蘇州守將譚紹光被部下郜永寬等八人殺死，蘇州被克復。淮軍奪回蘇州後，郜永寬等八人在常勝軍首領查爾斯·戈登的協調下，已經是清兵的臥底，李鴻章曾答應保住他們的性命，但而後李鴻章違反不殺降的諾言，命程學啟將郜永寬等八人斬首，還射殺千餘名投降的太平軍。不得不指出的是，蘇州屠殺事件直接當事人李鴻章與清朝政府、淮軍與清軍，不能互為代表，江南大營被太平軍殲滅後，華東地區已經沒有直接聽命於清朝皇室的大軍，淮軍為李鴻章個人的募兵，清朝政府也不得不起用，李鴻章也只能代表他自己而成為實力派，遊走於清朝政府與英國之間。「清將用銀惹動洋鬼心，而攻我寧城，然後鬼子攻破寧郡，得賞銀之後，又領賞銀來打紹興。所攻此兩處，鬼子得銀四十餘萬。寧波稅重銀多，是清瞞餉銀，而請洋鬼，作為己功，打紹興亦是如是，不然，亦不能攻我城池也。」
同治二年十一月二日（1863年12月12日）李鴻章淮軍克復無錫，無錫太平軍守將黃子隆是「廣西藤縣人，軀幹矮小，狡勇非常，目光炯炯若電，詐稱不識字，不多言，亦無供狀，臨刑時顏色自若。」

同治三年三月二十二日（1864年4月27日），陳坤書太平軍與戈登常勝軍及劉銘傳淮軍在常州激戰。
太平軍奮不顧死地抵擋，戈登的大炮隊用榴彈炮和鐵桶炮掃射都沒有用處，城牆缺口處的第一批太平軍被炮火掃光了，第二批太平軍又立刻補上。
殘存的太平軍奮勇力戰，壯烈地犧牲了許多人，活著的仍死戰到底，他們雖被迫退下城牆，穿過街道，但始終作著頑強的抵抗，寸土必爭，最後只剩少數兵士，一直抵抗到統帥王府。護王在全部戰役中，身先士卒，激勵將士，奮勇力戰，直到此刻他尚未受傷，他率領著幾個軍官和三四十個兵士，在自己的王府前面作最後的死戰，護王這些部下雖無法戰勝，可是他們堅決面對著敵人，為效忠於自己的高貴事業而死，這些人一個接著一個地在護王周圍倒下去了。這時，他單獨一個人和大批敵人鏖戰，排山倒海的敵人把他擊倒在地，可是在他倒下去之前，許多敵人已死在他那柄大刀之下。我曾經與這位英勇堅強的首領相識，是我一生之中的光榮，我現在來哀悼他，雖然覺得無限悲傷，但同時也感到了驕傲。

同治三年四月六日（1864年5月1日）常州被克復，陳坤書「昂然直立，拒絕投降，並憤然（對李鴻章）說道，要不是戈登及其軍隊協助你作戰，我定叫你毫無辦法從我手中奪取這城池。」1864年7月南京最後的戰鬥打響，事前李秀成違反洪秀全命令，將南京城內部分分不到糧食的人口遣散到城外，「闔城男女飢餓，日日哭求我救，不得已，即已強行密令，城中寒家男婦，准出城外逃生，各門分〈放〉出足有十三四萬之敷〈數〉。」而李秀成妻舅宋永祺勸降李秀成被補王莫仕暌當眾揭發。
肉薄相逼，損傷精銳不可勝數。總兵陳萬勝、王紹羲、郭鵬程等素稱驍將，數日之內，次第陣亡，尤堪憫惻。而左路城頭之賊，以火藥傾盆，燒我士卒，死者甚眾，大隊因之稍卻。其偽宮殿少女縊於前苑內者不下數百人，死於城河者不下二千餘人。經過曾國荃親訊，李萬材供稱，城破後偽忠王之兄巨王、幼西王、幼南王、定王、崇王、璋王乘夜衝出，被官軍馬隊追至湖熟橋邊，將各頭目全行殺斃，更無餘孽。秦淮長河，屍首如麻。凡偽王、偽主將、天將及大小酋目約有三千餘名，死於亂軍之中者居其半，死於城河溝渠者居其半，三日夜火光不息。至十九日尚有賊踞高屋之巔，以洋槍狙擊官軍者。
我朝武功之盛，超越前古，屢次削平大難，焜耀史編，然如嘉慶川楚教亂，蹂躪僅及四省，淪陷不過十餘城。三藩之亂，蹂躪尚止十二省，淪陷亦第三百餘城。今粵匪之變，蹂躪竟及十六省，淪陷至六百餘城之多。而其中凶酋悍黨如李開芳守馮官屯、林啟榮守九江、葉芸來守安慶，皆堅忍不屈。此次金陵城破，十餘萬賊無一降者，實為古今罕見之劇寇。然卒能次第蕩平，剗除元惡，臣等深維其故，蓋由我文宗顯皇帝（咸豐帝）盛德宏謨。
　
　

後期鬥爭

同治元年五月三日（1862年5月30日）天京被曾國荃包圍，後洪秀全命洪仁玕外出催救兵，「各守疆土，招兵固寵，不肯將國庫以固根本。於去歲十一月奉旨催兵解圍，身歷丹陽、常州、湖州。殊各路天兵憚於無糧，多不應命。」其時黃文金鎮守湖州，「因道路不通，不能頒兵往援」，洪仁政也「就在湖州住下」，所謂因「道路不能」而不能往援，如確是實情，則是對援救南京不負責任的表現了。
同治三年四月二十七日（1864年6月1日），洪秀全在多日以野草充飢後病逝，幼天王洪天貴福繼位。同治三年六月十六日（1864年7月19日）天京失守，隨後清軍屠城，許多當地平民被殺，（之前在太平軍入南京時亦有不少滿族平民遭到屠殺）。譚嗣同《北游訪學記》：「頃來金陵,見滿地荒寒現象。本地人言：髮匪據城時，並未焚殺，百姓安堵如故。終以為彼叛匪也，故日盼官軍之至，不料官軍一破城，見人即殺，見屋即燒，子女玉帛，掃數悉入於湘軍，而金陵永窮矣。至今父老言之，猶深憤恨。」譚嗣同《仁學》：「一經湘軍之所謂克復，借搜緝捕盜為名，無良莠皆膏之於鋒刃，乘勢淫虜焚掠，無所不止，卷東南數省之精髓，悉數入於湘軍，或至逾三四十年，無能恢復其元氣，如金陵其尤凋慘者也。」中央研究院院士、中央研究院近代史研究所創所所長郭廷以在其所著《近代中國史綱》亦引趙烈文《能靜居日記》記載曾國荃率湘軍攻入南京城後的情景：「湘軍『貪掠奪，頗亂伍。中軍各勇留營者皆去搜括』，……『沿街死屍十之九皆老者。其幼孩未滿二、三歲者亦被戳以為戲，匍匐道上。婦女四十歲以下者一人俱無（均被虜），老者負傷或十餘刀，數十刀，哀號之聲達於四方。』凡此均為曾國荃幕友趙烈文目睹所記，總計死者約二、三十萬人。」
洪仁玕、黃文金護送幼天王突圍。當幼天王、洪仁玕等被俘、失散的前一天，康王汪海洋的大軍從瑞金北上正進攻寧都州城，與幼天王一行相距只數十里。但事實是，近在咫尺，而幼天王一行竟孤立無援而敗亡被俘，原因不大可能是汪海洋不知道幼天王之所在——敗散的殘軍尚能得知與汪相距只六七十里，只要願意，汪豈能探聽不到數十里外蒙難的幼天王之所在？豈能做不到親身或派出精兵去主動迎護？其所以沒有，主要是對幼天王一行不重視，心目中沒有幼天王一行的地位。洪天貴福等與汪相距不遠，洪盡力想趕上汪，而汪則是「要往福建去」，其無意於幼天王可知
李世賢是汪的主帥，其力量、威望遠高於汪海洋，而李世賢早已對洪秀全、對洪族不滿，對洪秀全的戰略及某些政策不滿。李世賢在幼天王一行進入江西之際卻到了廣東。英國駐廈門領事曾往訪長談，對李的才幹和在軍中的威信，極為推重。據稱：李極不滿洪秀全，認為昏庸無道，只是因不願意造成分裂他才沒有公開反對，今則可以自行其志云云。處於這樣的思想狀態下，李世賢擺脫洪秀全還來不及，又怎會去迎接洪天貴福一行？李世賢、汪海洋對「迎駕」、「護駕」至少是不積極的。這應是當時為什麼洪仁玕、幼天王等總「趕不上」他們的一個重要原因。
同治三年九月九日（1864年10月9日），洪仁玕在江西石城（今江西石城縣木蘭鄉新河村古嶺組）兵敗被俘，十月二十五日（陽曆11月23日）在南昌被殺。九月二十五日（陽曆10月25日），幼天王洪天貴福在逃脫清兵追殺後四處亂走導致被盤出拿獲，十月二十日（陽曆11月18日）在南昌被凌遲處死。「偕王譚體元因埋銀二萬兩，後變了百姓，想挖銀子。」
江北的太平軍賴文光部與捻軍合併，於1865年在山東菏澤高樓寨摧毀了中原最後一支直接聽命於清朝皇室的野戰軍科爾沁部僧格林沁野戰騎兵（另一支直接聽命於清朝皇室的野戰軍為江南大營），這導致了長城以南廣大中國本土已經沒有直接聽命於清朝皇室的大軍，清朝皇室不得不重用湘軍與淮軍而尾大不掉。東捻軍於同治六年十二月十一日（1868年1月5日）在揚州東北瓦窯舖覆滅，西捻軍於同治七年六月二十八日（1868年8月16日）在山東茌平徒駭河被李鴻章淮軍消滅。最後一支留下太平天國年號的殘餘捻軍袁大魁部，於同治八年（1869年）在陝北保安被左宗棠消滅。
同治十一年三月（1872年4月），石達開餘部李文彩部在貴州大塘覆滅，這是最後一支可以查證的使用太平天國旗號的反清武裝，理論上是最後一支太平軍。不少學者認為，應以李文彩部的覆滅作為太平天國運動的結束標誌。

意識形態

1856年以前太平天國全部圖書被命名為《旨准頒行詔書》包括24本：《天父上帝言題皇詔》、《天父下凡詔書》、《天命詔旨書》、《舊遺詔聖書》、《新遺詔聖書》、《天條書》、《太平詔書》、《太平禮制》、《太平軍目》、《太平條規》、《頒行詔書》、《頒行曆書》、《太平癸好三年新曆》、《三字經》、《幼學詩》、《太平救世誥》、《建天京於金陵論》、《貶妖穴為罪隸論》、《詔書蓋璽頒行論》、《天朝田畝制度》、《天理要論》、《天情道理書》、《御製千字詔》、《行軍總要》。太平天國科舉考試考綱為《旨准頒行詔書》，就是上述24本書。「但世間有書不奏旨、不蓋璽而傳讀者，定然問罪也。」特別是「凡一切孔孟諸子百家妖書邪說者盡行焚除，皆不准買賣藏讀也，否則問罪也，讀者斬，收者斬，買者賣者一同斬。」「梵宮寶剎，必毀拆殆盡。」
1859年洪仁玕被洪秀全任命為（文化方面）總裁，總攬文衡，聿修試典，陳玉成為副總裁，蒙得恩為又副總裁，考綱改為《舊遺詔聖書》、《新遺詔聖書》、《天命詔旨書》、《天條書》、《三字經》、《真聖主御筆改正四書五經》，武舉加試《欽定武略》、《兵要四則》、射箭、刀法、大炮。

軍事

太平天國的軍隊號稱太平軍，1850年7月為洪秀全建立。「太平軍行伍中以湖南湖北的人為最多，少數是來自廣西的。」太平軍按《太平軍目》規定，在正副軍師的統率下，有王、丞相、檢點、指揮、將軍；軍中官品級次序是總制、監軍、軍帥、師帥、旅帥、卒長、兩司馬。五人為伍、五伍為兩、四兩為卒、五卒為旅、五旅為師、五師為軍，其中伍長統轄4人、軍帥管13156人。
太平軍表定紀律甚嚴，按《定營條例》及《行營規矩》規定，必須遵守命令、愛護武器、保護人民利益、禁止私自藏匿金銀物資等；作戰號令按《行軍總要》部署。前期執行甚嚴，後期日漸鬆弛，在有將軍管理的地方軍紀較好，外圍軍隊軍紀不佳。太平天國在從廣西轉戰到南京期間曾在軍中推行男女隔離的制度，並將這一制度在首都天京推行了兩年，其後全面廢止。但在南京以外的太平天國占領區，僅於1852年初一克武昌期間在武漢短暫推行過，其他地區並未將此制度推行民間。

土地制度

在1853年頒布的《天朝田畝制度》中，洪秀全規定平均分配土地，全國土地按年產的高低，分為上中下3級9等，上上田畝產1200斤，以下各等以100斤遞減，第九等以下田畝產400斤。好田和次田搭配，按照每家人口、年齡分配，16歲以上男女每人分數量相同的土地，15歲以下者減半。土地所有權歸天國所有。「凡天下田，豐荒相通，此處荒則移彼豐處，以賑此荒處，彼處荒則移此豐處，以賑彼荒處。」社會理想為「務使天下共享天父上主皇上帝大福，有田同耕，有飯同食，有衣同穿，有錢同使，無處不均勻，無人不飽暖也。」

聖庫

聖庫制度是太平天國創立的第一個經濟制度。這個制度是伴隨著太平軍金田團營而同時產生的，直到太平天國運動失敗，聖庫制度也隨之泯滅。太平軍第一次攻陷武漢後，沒收一切財產，存入設於武昌原絲綢貨棧的「聖庫」。太平軍中每軍都設有聖庫，定都南京後，在它的中央機構中設立「總聖庫」、「總聖糧」，俱各正副、又正副官四員，「職同檢點」。其下分設備典官任其事。
太平天國聖庫的物資來源，約有以下五方面；一是造反初期持上帝全會眾交給聖庫的銀糧衣物；二是打敗清軍或攻克城鎮所獲的戰利品；三是各處城鄉的員獻及對富戶派大捐、打先鋒所得的財物；四是「科派」、田賦與工商稅的收入；五是百工衙的生產品(如同今日的國營事業所得)等。天京城中設立的百式衙與諸匠營，是聖庫物資的重要來源之一。
英國傳教士麥都思於1853年採訪太平軍記載聖庫制度：
關於全軍不發餉事，我復問：「各軍人自有私產者否？」則答：「一概全無，如果查出某人藏有多過五兩的款，即罪他不以此款歸公而把他鞭笞了。所有財物一得到手即須繳入公庫，而凡有私匿不報的都有背叛行為的嫌疑。」「那麼，公庫裡面一定有許多財物啦？」「啊，十分富足，無數量的銀子，都留為實行這大事業應用的。」又問：「如果人人不許有私財，他們自己想買點好東西吃時又怎辦呢？」他說：「那是無需的，每一個伍卒的卒長都預備全體所需，放在桌上的時候，大家平等分享，即使最高級的軍官的盤碗也跟最卑低級小兵一般。」

學者評價

梁啟超：「吾見世之論者以革命熱之太盛，乃至神聖洪秀全，而英雄張獻忠者，有焉矣。吾亦知其為有為而發之言也，然此等孽因可多造乎？……即如洪秀全，或以其所標旗幟有合於民族主義也，而相與頌揚之，究竟洪秀全果為民族主義而動否，雖論者亦不敢為作保證人也。」
馬克思： 1862年夏（當時太平天國還沒有滅亡），馬克思在他的《中國紀事》一文中指出：「（太平天國）除了改朝換代以外，他們沒有給自己提出任何任務。他們沒有任何口號，他們給予民眾的驚惶比給予舊統治者們的驚惶還要厲害。他們的全部使命，好像僅僅是用醜惡萬狀的破壞來與停滯腐朽對立，這種破壞沒有一點建設工作的苗頭……太平軍就是中國人的幻想所描繪的那個魔鬼的化身。但是，只有在中國才有這類魔鬼。這類魔鬼是停滯的社會生活的產物！」
錢穆：「洪楊起事，尊耶穌為天兄，洪秀全自居為天弟，創建政府稱為太平天國，又所至焚毀孔子廟，此斷與民族革命不同。」

爭議

然而近年來隨著中國大陸改革開放的深化，學術界也出現了一些不同的聲音。例如北京中學教師袁騰飛指斥太平天國和義和團的性質類似，是披著宗教外衣的封建腐朽政權。洪秀全等人攻陷天京之後迅速墮落，使得太平天國前期取得的一系列成果就此付之東流。再加上太平軍在各地推行拜上帝教，打擊和破壞古代建築和古書的現象也非常普遍，根據洪秀全之子洪天貴福的供詞，洪秀全曾向其弟洪仁玕索要所有杭州珍藏的唐宋元明古籍，讀完後全部由洪秀全本人舉火燒毀，或者讀一本燒一本。太平天國此舉被認為是要摧毀傳統觀念和文化，以推行他們崇尚的「拜上帝教」思想。
人民教育出版社2004年初審通過的高中《歷史》必修一教材認為，太平天國運動歷史意義和局限性並存，並鼓勵學生設身處地地思考太平天國興起的背景和覆滅的原因。同時，教材採用「絕對的平均主義思想」和「嚴重脫離實際，根本無法實現」來描述太平天國的《天朝田畝制度》，對《資政新篇》卻給予很高評價，認為其「首次提出在中國發展資本主義」。
近年來也有評論認為太平天國在各地推行拜上帝教，以及「凡一切孔孟諸子百家妖書邪說者盡行焚除，皆不准買賣藏讀也，否則問罪也，讀者斬，收者斬，買者賣者一同斬。」「洪秀全為首的太平軍，是頭領們利用迷信發動和發展起來的一支造反隊伍。他的一套教義、教規、戒律，不但從精神到物質嚴厲地控制著參加造反者，而且斷絕了一切可能的退路。它們的指歸，在於由洪秀全個人占有天下，建立他個人的'地上天國'。這種洪氏宗教，披著基督教外衣，拿著天父上帝的幌子，以中國奴隸主和封建帝王的腐朽思想、條規，對他控制下的軍民實行極其殘酷的剝奪與統治，實際上是一種極端利己主義的政治性邪教。洪秀全造反獲得局部成功，是以中國社會的大動亂、大破壞、大倒退為代價的，是以數以百萬計軍民的生命、鮮血為代價的，是以中國喪失近代的最後機遇而長期淪為帝國主義刀俎下的魚肉為代價的。尤其可怕的是，這一切還被作為一首英雄史詩，向人們指點通向人間天堂的金光大道。」是毀棄固有文化與「去中國化」運動的濫觴。

國民黨

北京大學歷史學系教授劉浦江認為，「除去革命黨人偽造的太平天國文獻以及出自文學作品中的某些詩文之外，真正靠得住的其實只有起事之初以楊秀清、蕭朝貴二人名義發布的《奉天討胡檄》。後人往往將這篇檄文與朱元璋《諭中原檄》相提並論，視為太平天國民族革命的一個重要像徵。如蕭公權謂此文「以較朱元璋之諭中原，詞氣激揚，殆無遜色，吾人如謂朱檄為中華民族革命之第一聲，此足為其鏗谹之嗣響」。蕭一山亦稱此檄文「重在排滿，未多倡教，用語頗類明太祖之討元檄文，可見太平起義，仍以民族主義為號召，與天地會之反清革命如出一轍也」。但無論對此文有多麼高的估價，它畢竟只是「揭舉出種族革命的旗號」（錢穆語）而已，其像徵意義遠大於實際意義，能夠說明的問題十分有限，單憑這篇檄文去斷定太平天國的民族革命性質，結論未免太過牽強。」
劉浦江亦認為：「無論是太平天國革命還是元明革命，都沒有太多的民族革命內涵，它們濃厚的民族革命色彩主要是由後人塗抹上去的……至於太平天國的民族革命標籤，則可以說是清末革命黨人一手打造的。孫中山領導的國民革命揭櫫民族主義的大旗，並將其思想淵源追溯到太平天國及元明革命。但元明革命過於遙遠，且除了一篇朱元璋的《諭中原檄》之外，也實在沒有什麼文章好做，而剛剛過去的太平天國運動則耳目相接，並且所針對的革命對象又同是滿清政權，故太平天國便理所當然地成為可堪利用的最佳歷史資源。太平天國的「民族革命」想像由此而產生，一種新的太平天國史觀被成功地塑造出來，並伴隨著三民主義的廣泛傳播而逐漸融入社會主流意識形態。」

遺址及紀念館

江蘇省現存太平天國遺蹟有太平天國天王府遺址（僅餘石舫）（南京）、太平天國忠王府（蘇州）、堂子街太平天國壁畫（南京）、太平天國護王府遺址（常州）等。
1951年開始籌建並於1956年10月1日在南京堂子街太平天國某王府建立太平天國紀念館，1958年5月遷至瞻園路128號（館址曾為東王楊秀清住處、幼西王蕭有和王府），1961年1月正式更名為太平天國歷史博物館，現館藏歷史文物2140件，一級藏品33件套與大量原始檔案資料、圖書。
洪秀全在廣東以前居住的房屋在金田起事後被清軍焚毀。1961年，當時的廣州市文物考古隊在發掘房屋牆基後重建。建築結構為泥磚瓦木，屋內有一廳五房，六間相連。房屋坐北向南，東西寬16.5米、南北深5.5米，每間房約13平方米。靠西邊的第一間設置為洪秀全夫婦住房，室內僅有床、桌子和凳子。第二間房子正面掛有洪秀全太祖洪英綸夫婦畫像，畫像有洪秀全的親筆題詩。此建築1988年1月被中國國務院公布為全國重點文物保護單位。
1991年11月對外開放的洪秀全紀念館，位於花都市新華鎮新華路52號。該紀念館占地面積1.33萬平方米，建築面積1715平方米。內有文物70餘件，圖片238張。
另全國各地留存太平天國壁畫一百多幅，浙江金華侍王府八十餘幅，江蘇南京二十多幅，蘇州忠王府九幅，安徽安慶、績溪等有少數幾幅。隨著時間流逝，太平天國壁畫作品處於不斷減少直至消失，南京堂子街壁畫由發現時的二十多幅減至十八幅，羅廊巷由十幅減至兩幅，如意里由五幅減至兩幅，黃泥崗三幅壁畫徹底消失。