屠蜀

屠蜀是指中國明末清初之際農民軍領袖張獻忠、清軍和南明軍在四川連年征戰造成的四川人口驟減的現象，明末清初四川人口大規模減少，是由於多方勢力混戰所導致，南明兵部職方司郎中歐陽直在其著作《歐陽氏遺書》中說：「天下未亂蜀先亂，天下已定蜀未定」，清初四川人張烺撰寫的《燼餘錄》記載：「今統以十分而論之，其死於獻賊（張獻忠）之屠戮者三，其死於搖黃之擄掠者二，因亂而相殘殺者又二，飢而死者及二，其一則死於病也」。
上海交通大學歷史系主任曹樹基博士指出，據統計，從明崇禎初年起，四川全省陷入無休止的戰亂當中，在整個過程中大約有685萬人死亡，50萬人殘存。後來清朝以「湖廣填四川」來解決四川人口的缺口。

屠蜀記載

崇禎十七年（1644年），張獻忠西進四川，建立大西政權，年號大順。在大西政權初期他獲得了相當的支持，據傳教士利類思（Lodovico Buglio）以及安文思 （Gabriel de Magalhães）記述，在張效忠統治初期，他表現出的慷慨和公正收買了不少人心，一度吸引了不少人包括官吏跟隨他，然而由於四川各地效忠明朝的勢力反抗強烈，張獻忠決定以殺戮報復。順治二年（1645年）7月，大西宰相汪兆齡對張獻忠說「蜀民剽悍，屢撫屢叛，是蜀人負皇上，非皇上負蜀人也」，次日，張獻忠下令在成都屠城，先殺男子，後逼婦女投江，被屠戮者不計其數，《紀事略》記載死者「不下四五百萬」，然而實際數字不可考，當時兩名傳教士也已經知道了張獻忠的殘暴性。不久，張獻忠又以「特科」的名義，騙四川的鄉紳、士子、醫卜僧道雜流到成都，後全部屠殺，被殺者萬餘人。

張獻忠屠蜀記載

明遺民顧山貞所著《蜀記》記載張獻忠本無屠蜀之意，後經汪兆齡建議才決定採取焦土政策，將成都平原地區居民屠殺殆盡：
兆齡曰：『皇上此言差矣。四川山水最險，人性刁惡；皇上入川未滿二年，恩信未結。今舍之而去，彼必嘯聚為亂，北拒劍閣、東扼瞿塘，川兵素稱慓悍，那時恢復必費手矣。依臣愚見，莫若將城內百姓，無分良賤老幼，盡行剿殺。過此殘臘，命內四路、外四路將軍都督各統兵馬分東西南北，凡府州縣城百姓俱殺絕，房屋燒了；復發兵各山各鄉，不分日夜，分頭剿殺。立定賞格：凡剁男子手二百餘雙者，兵加把總，官進一級。剁女子手四百餘雙者，亦照前列升賞；幼小子女不算功。不如數者，以背叛、懷二心之罪加之。如房屋、榖米燒毀不盡者，其罰如前。如此，將全川成一赤地，土著不能嘯聚。即別有覬覦此地者，目擊荒煙蔓草，不能久駐。皇上舍之而去，臣等各將兵俱無留戀矣』。獻忠大喜曰：『卿真忠臣也。此計甚善』。即傳令內外八路將領各領兵進城，搜縛在城百姓，俱押出南門，斬入江中，命先縛男子，婦女俱留在後。是時正值九月十五日，月明如晝，眾賊申時進城，搜縛百姓。凡男人，兩人縛一人，齊出南門外江邊，隨到隨殺。從十五日申時殺起，至十七日申時殺完。江水盡紅，屍積如山，水淹至城腳丈余，涌塞不流；獻忠命水手撐大船十餘只，至下流推屍順流，方得流通。血腥之氣，聞數十里。男人殺盡後，將老幼婦女盡趕出城外，每賊一人，引婦女數百，至江邊驅令自跳。號哭之聲，聞數十里。其城內財寶金帛，堆積無數；各賊不敢私分毫，盡繳獻忠，令王尚禮收庫。獻忠又慮州之東西南北府州縣，若驟然發兵去剿，未必無漏網之人；且恐其中有嘯聚結夥者，反致勞師。」
順治三年（1646年）年正月，張獻忠屠殺大西軍中的川籍士兵，除14歲以下的全部盡殺。同年，張獻忠派兵分剿成都府屬32州縣，定例每殺一人，剁兩手掌、割兩耳及一鼻解驗，准一功，婦女四雙手准一功，小孩六雙准一功，直至五月，各地剿殺部隊全部回到成都，剿殺部隊為了賞賜，往往在上功疏時誇大數字，甚至宣稱屠殺了數千萬人：
至次年丙戌（順治三年）正月初十日，獻忠傳令將川中各衛所軍余並收川營兵，除年十四以上者留營，其餘成丁老弱，不拘男婦，盡命殺之。自初十日起、至十五日止，各路呈報殺過川兵冊開：衛軍七十五萬有奇，家口不計；川兵二十三萬有奇，家口三十二萬餘。成都北門外威鳳山起、至南門桐子園止，綿亘七十餘里，屍骨堆積，臭聞百里外。十六日，命平東將軍張可望、撫南將軍張文秀、安西將軍張定國、定北將軍張能奇各領賊兵，分頭四出；獻忠統領偽指揮千百戶、偽禁丁羽林之眾二十餘萬，督陣分發成都府三十六州縣地方。剿殺百姓，限三月盡復命。可望等星夜前往，每日屠戮四、五城，或七、八城；不過旬日，三十六州縣俱己屠完，每一城戶口多者千百萬、少者亦數百萬。城既屠畢，乃發各賊往諸山箐、各鄉村，處處搜殺；所到之處，草木種絕，江河斷流。其幼男幼女至三、四歲以外者，俱要過刀斷命。若半歲、一二歲者，或投之井中、或投之火內、或棄道旁、或襯馬足；或擲之半空，下用鎗頭迎穿其腹，以此為樂。每日寅時發兵出門，搜殺至酉時回營驗功。所剁手掌，每賊二百雙；比兆齡所定賞格，竟有踰百十倍者，可望等獎為好漢，匯名報獻忠，躐等升賞。有一卒能殺百姓千餘，即至左右都督。所以後來賊營公侯伯將軍，不可勝計，皆斬馘川蜀百姓首級之功也。後剿至五月回成都，各上功疏：平東一路，殺百姓男人五千九百八十八萬零，女人九千五百萬零，幼子女及屠城之數不計。撫南一路，殺百姓男人九千九百六十餘萬，婦女八千六百六十餘萬零，幼子女及屠城之數不計。安西一路，殺男人七千九百餘萬，女人八千八百餘萬，幼子女及屠城之數不計。定北一路，殺男人七千六百餘萬，女人九千四百餘萬，幼子女及屠城之數不計。獻忠自領者，名御府老營，其數獻忠自記，在外不得而知。尚有王尚禮在成都搜殺近城四面百姓，填之江中者不計。猶有振武、南廠、七星、虎賁、治平、虎威，中廠、八卦、三奇、隆興、金戈、天討、神策、三才、太平、志義、正兵、龍韜、豹韜、虎略、決勝、宣威等營分剿川北、川南兩道斬殺之數，不得悉數，大約如可望等所報數。剿洗已畢，復命各將軍分頭四出，燒房屋、糧草；前發放火兵丁，後隨遣心腹賊尾跡密查。如某一路某處房屋燒毀，尚有尺寸之木、未成灰燼，領兵與放火兵俱剝皮。某一路燒糧草兵丁，某處遺有米銀一撮、草數束者，亦如前法。而營兵慘死，又不下二萬餘。」
缺名所著《紀事略》記載：「正月十六日剿殺起，至五月盡回成都，查驗功數，男婦不下千餘萬。」此後不久，張獻忠在彭山江口大敗於明軍楊展，敗退成都。五月，明總兵曾英進軍成都，張獻忠遂棄成都，向川北轉移。
當代目擊者沈荀蔚在《蜀難敘略》記載，由於受到進剿追擊，張獻忠乃毀成都：「王府數殿不能焚，灌以脂膏，乃就燼。盤龍石柱二，孟蜀時物也，裹紗數十層，浸油三日，一火而柱折。」
明朝遺民顧山貞所著的《灩澦囊》記載：「曉諭遠近居民，有不更者誅及一方，語言稱謂避獻忠二字。誤犯者連坐。」
明末清初史學家計六奇於《明季南略》記載：「獻忠遂屠重慶，砍手三十餘萬人，流血有聲。」
《蜀龜鑑》：「凡碑碣坊梁有大明、大順等語，連坐十家，犯者不自知為何罪。」
《客滇述》：「獻忠既陷成都，盡伐梨樹，做宮室馳道，練兵於此。賊兵之樵採者，盡入城中，拆毀房屋以為薪。又發兵四齣，搜各州縣山野，不論男女老幼，逢人便殺；如是半載。八月，獻忠毀成都城，焚蜀王宮殿，並焚未盡之民房。凡石柱亭欄，皆毀之；大不能毀者，更聚薪燒裂之。成都有大城小城，本張儀所築，漢昭烈帝修之。甃以大石，貫以鐵絙，壯麗甲天下。宮殿之盛，亦不減京師。至是，盡為瓦礫矣。獻忠又令其大家遍收川兵殺之，及其妻子男異性，惟十時以下者僅留一、二。四川之禍，屠城、屠堡、屠山、屠野、屠全省，甚至千里無人，空如沙漠；自亘古以來，未嘗有也！」
明朝遺民四川人張烺所撰《燼餘錄》記載：「今統以十分而論之，其死於獻賊（張獻忠）之屠戮者三，其死於搖黃之擄掠者二，因亂而相殘殺者又二，飢而死者及二，其一則死於病也。」指出四川人口被大規模滅絕是流賊軍、清軍、和張獻忠等外來勢力混戰的最終惡果。
明末建昌衛掌印都司俞忠良在其所著《流賊張獻忠禍蜀記》中記載：「蜀中自獻忠屠戮後，白骨成聚如丘隴，田地荒蕪，千里絕煙，人跡罕見，虎豹豺狼行。昔之城郭宮室，今為荊棘銅駝。昔之天府之國，今為羅剎異域。更有野狗，牙挾風毒，人中其毒者必發狂而死，百十成群，一犬吠聲，眾犬皆起，過路行人，須臾斃命。間或有遺黎一二，又皆鳥面鵠形，五官殘廢，割耳截鼻，刖足剁手，喘延余息。內地無糧，唯遠詣嘉定、建南糴運，計斗米需值六十兩。芰實荇花，所在皆罄，草根木葉，為之凋殘，雖有遺黎假命須臾，亦終死山澤。人相食，有夫妻父子互食者，雖斬之不可止。大學士綿竹劉季龍公少子避西山白崖溝，亦為人所食。世家女子衣羅綺望門而投，亦無納者。時中原多故，諸將無暇西望，蜀中被禍之慘曠古未有也。」
明末學者顧祖禹在《讀史方輿紀要.雲南方輿紀要序》中記載：「兩川數千裡間，盪為丘墟。得其地，誰為之耕？得其城，誰為之守？蜀所以不足問也……亂寇之剪屠，大抵成都最甚。」

清軍屠蜀記載

順治四年（1647年）春，清軍和殘存的農民軍在蜀中相互攻殺，出現了「成都空，殘民無主，強者為盜，聚眾掠男女屠為脯。繼以大疫，人又死，是後虎出為害，渡水登樓，州縣皆虎，凡五、六年乃定。」的局面。清兵在敗退至簡州時「不分晝夜搜尋要糧，將人吊燒，有糧即放，無糧燒死……韃子將彭玉峰燒得叫喚，竟燒死。」
清軍為了解決糧食問題還大量地以人為糧，順治四年（1647年）十二月，清軍總兵馬化豹在《塘報》中說「戰守敘府（宜賓）已八個月，敘屬府縣止傕（催）稻穀四十八石、粗米九石，何以聊生？嗷嗷待哺。所部官兵俱將騾馬宰吃，日逐稟泣，難堪度日。凡捉獲賊徒，未奉職令正法，三軍即爭剮相食。本職若敢妄言，難泯官兵之口。」
順治六年（1649年），刑科給事中陳調元揭匯報入川清軍將領亂殺無辜的情況：「不得已而動大兵剿之，民賊相混，玉石難分，或全城俱殲，或殺男留婦。」
順治七年（1650年），清軍在川北進攻民寨時「上寨斬殺逆賊百十餘人，跳崖跌死者無數，……所獲婦女，小子，牛隻，器械，分賞有功。」
順治十六年（1659年）八月，高民瞻攻占成都，農民軍南撤，清軍「追至新津河，陣斬及溺死無算」。
吳三桂率軍進駐川南後「驕橫日甚，而部下尤淫殺不法」。至此清軍才占領四川大部分地區。
在平定三藩時，清軍也曾在四川、雲南和江西屠殺平民：「剿洗，玉石難分，老幼死於鋒鏑，婦子悉為俘囚，白骨遍野，民無噍類」」。

西方記載

西方傳教士著作《聖教入川記》中記載張獻忠「性情暴虐，每日均殺人。大西的官員本有900人，張獻忠離開成都時還有700人，到他臨死時只有25人」，並且「殘暴，令人駭聞」，當中亦有一些張獻忠屠殺當地人的記載：
「計是日所殺婦女之數，按瑪爾定歷史家記載，已有四十萬人之多！」；「殘殺之後，成都為之一空。除少數官員外，別無居民。荒涼慘象，不忍矚目。獻忠剿滅成都後，命令各鄉鎮村民移居成都。」「獻賊之心，禽獸不如，聞如是哀求之言，不獨無哀憐之意，反而厲聲痛罵百姓私通敵人。隨即縱馬躍入人中，任馬亂跳亂蹄〔踢〕，並高聲狂吼：『該殺該死之反叛。』隨令軍士急速動刑。冤乎痛哉！無罪百姓齊遭慘殺，息靜無聲。真是屍積如山，血流成河，逐處皆屍，河為之塞，不能行船。錦繡蓉城頓成曠野，無人居住。一片荒涼慘象，非筆舌所能形容。」
《聖教入川記》亦記載了在張獻忠死後，傳教士在逃跑途中被不通漢語的滿族清軍搶劫、攻擊以及差點被殺死之事：
「……不幸已落入滿兵之手。滿兵見二位司鐸雖著中國衣冠，然見其面目長髯，確係泰西之人，遂將二司鐸之護髮帽揭去，欲引往營棚。正行間，突來滿兵二人，抽刀欲殺司鐸。幸後又來一滿兵操滿洲語阻之，惟不知所言。 ……欲害司鐸之二兵甫去，又來別一滿兵，身著破服，一見司鐸，即上前奪取司鐸之服以為己有。二位司鐸被逼，遂用華語向之曰：「我們不是中國人，是西國人，來此傳教。未帶軍器，爾不必加害」云云。此滿兵不通華語，以為司鐸之言是辱罵之語，遂用箭刺利司鐸之頭，傷安司鐸之臂，……二位司鐸受傷後，幸被一兵引去見馬隊之軍官。」

「七殺碑」傳說

史學家、明朝遺民、南明史籍以及外國傳教士都指出張獻忠是屠川元兇。近年來有中國大陸學者如南開大學教授南炳文以及四川大學教授胡昭曦等認為相關說法的可信度值得懷疑，如「七殺碑」傳說，有說法認為清政府說張獻忠不僅殺人如麻，還在他殺人的地方立了個碑，碑上寫有：「天生萬物以養人，人無一善以報天， 殺、殺、殺、殺、殺、殺、殺」。
然而清朝翰林歷史學家彭遵泗所著《蜀碧》記載張獻忠的「聖諭碑」卻有出入，碑文上是：「天生萬物與人，人無一物與天；鬼神明明，自思自量」 。《續編綏寇紀略》和《明史》記載張獻忠在四川殺了六萬萬人，然而當時中國的總人口不到一億，也有歷史學家推測中國的人口在明萬曆年間達到了一億二千萬至兩億。
明朝遺民吳偉業在其著作《綏寇紀略》中同樣沒有承認「七殺碑」的存在：「諭曰：天生萬物與人，人無一物與天，鬼神明明，自思自量。」，而《蜀碧》和《綏寇紀略》都一致認定張獻忠是屠川的罪魁禍首。
胡昭曦說「六萬萬有奇」的說法有很多漏洞，而張獻忠的確是被「七殺碑」傳說中傷，而污衊嫁禍張獻忠的是明末四川地主和南明將領，證據就是新繁縣地主費密家祖墳立的《一通歌碑》和南明將領楊展在《張獻忠聖諭碑》後所刻《萬人墳碑記》，圖謀將南明軍隊的屠殺行為歸結於農民軍身上。胡昭曦認為這些「自相矛盾」的記載證明屠蜀的真正元兇是南明地主階級組織的還鄉團武裝對四川勞動人民的反攻倒算，而非在公元1647年已死的農民革命領袖張獻忠。

對張獻忠死後13年清朝才平定四川的質疑

有說法認為，1646年清軍入關後第三年，張獻忠在西充縣鳳凰山多寶寺前中箭身亡後，餘部繼續轉戰四川各地。直到1659年，清軍攻陷南明渝城（現重慶）後正式佔領四川全境，清軍即宣布四川平定，即是張獻忠死後13年清軍才攻陷重慶，有說法認為在這13年期間「張獻忠餘部以及四川人民和清軍展開了殊死戰鬥」，質疑如果張獻忠已將四川人幾乎殺光，那為何清軍需要花費十多年時間去平定四川，又質疑為何千里已無人煙的四川能夠抵抗清軍十多年，甚至有人認為是清軍將屠川責任栽贓給張獻忠。
對此有學者作出解釋，指出張獻忠死後四川一帶形成了清軍跟明軍對峙的局面，清軍的勢力於四川北部保寧一帶，而南明軍隊保有著四川境內大部分州縣。四川的廣大地區尤其是人口集中的川西平原，已如千里荒漠無人區，以致川南的南明軍隊和川北的清軍兩軍相互對戰時需要至少準備半個月的糧食，糧食問題難以解決，導致明清兩方都難以推進，這就是清軍花了13年才佔領整個四川的最主要的原因。另外，清軍因鎮壓陝西、山西起義，無暇全力顧及四川，而張獻忠餘部孫可望、李定國等撤向雲貴，於是四川本地各南明將領割據。各將領名義上效忠南明永曆政權，互相之間卻征戰不休，連年征戰更加加劇了四川的慘況。後來孫可望又出兵攻打四川，征討南明各將領，使清廷派吳三桂乘機第二次揮師進入四川，吳三桂平定四川忠於明朝各軍閥，擊敗南明蜀藩劉文秀，重新取得四川，使四川人口再次大規模流失。

梓潼人民崇拜張獻忠說

近代有說法認為，明朝崇禎年間，張獻忠領兵到達梓潼後殺貪官、開米倉，解決了百姓長期的缺糧之苦，因此雖然朝廷大舉圍殺張獻忠，四川百姓對於張獻忠卻有擁戴之心。張獻忠死後，當地人為寄託懷念之情，於七曲山風洞樓上為他塑像。乾隆初年，此廟曾經遭地方官砸毀，其後又有人重塑，但又被官方搗毀，幾經反覆。質疑如果張獻忠真的屠蜀，當地百姓為何對他如此崇拜，又認為是清朝污衊和栽贓張獻忠，是「反動派進行反動宣傳，誣衊張獻忠農民軍」。
有四川學者指出，張獻忠領導的大西軍在成都「入城樵採，凡先聖賢祠廟，民居屋宇，悉毀為薪，於是自東漢以來古跡，明太祖所頒圖書彝器，至是皆盡」。明末的成都有寺廟94所，包括武侯祠在內，無一存者。川中各州縣的情況「園亭寺廟無不焚毀」，唯一得以保存的是後來成為了張獻忠一人一姓的家廟的梓潼文昌帝君廟。當地倖存的賈、裴二姓的司香人士為向張獻忠諂媚保命而為其塑像立碑，恰好文昌帝君是晉朝的將軍張育，也姓張，張獻忠便被魚目混珠地成為了「文昌菩薩」。
1742年，綿竹縣令安洪德路過梓潼發現這件事後命人將之搗毀，梓州知州毛彥成曾專門為此事刻碑為記。廟裏司香的人為了哄騙各地香客來廟上香獻供，不久又重新為張獻忠塑像。後來由於梓潼縣衙門強化了對廟產的管理，斷了廟產擁有者賈裴兩家人的財源，賈裴二姓心懷不滿，故誣告大廟管賬員白映璧受賄和貪污，又帶頭滋擾鬧事。1807年，帶頭滋擾鬧事者最終被杖八十、枷號一月，同時這兩姓人被勒令永遠不得入廟。這些事件被一些中國大陸史學家評為「勞動人民為捍衛張獻忠塑像而遭到清政府鎮壓」。此外，嘓嚕（於雍正晚期至乾隆初年進入四川的外省移民和本省遊民結成的武裝搶劫集團）也專門到當處假借神會求張獻忠冥佑，相謀而為惡，這些歷史事件也被一些中國大陸史學家評為「各地勞動人民利用節日來這裏燒香，表達對張獻忠的敬仰」。

對張獻忠亂殺行為的質疑

魯迅在《晨涼漫筆》中說：「他（張獻忠）開初並不很殺人，他何嘗不想做皇帝，後來知道李自成進了北京，接著是清兵入關，自己只剩沒落這一條路，於是就開手殺，殺......他分明感到天下已沒有自己的東西，現在是在毀壞別人的東西了，這和有些末代的風雅皇帝，在死前燒掉了祖宗或自己所搜集的書籍古董寶貝之類的心情，完全一樣。他還有兵，而沒有古董之類，所以就殺，殺，殺人，殺......李自成已經入北京做皇帝了，做皇帝是要有百姓的，他要殺之他的百姓，使他無皇帝可做。」對此四川大學歷史系教授及博士生導師胡昭曦認為：「張獻忠起義軍的打擊對象是明朝封建反動勢力，是地主、官僚以及從屬於他們的反動武裝，這有什麼不應該？當然，也要看到，農民義軍在這一過程中，不僅殺了地主本人，也往往殺了他的全部家口，打擊面很大，殺的人相當多。這是可以從農民樸素的階級仇恨和當時的歷史條件來說明的。絕不能因此而否定農民起義的革命性。」
有學者認為儘管歷史上農民起義有亂殺的現象，但張獻忠屠殺四川是不可想像的，他這樣做無疑是自毀長城。對此，《中國斷代史系列·明史》有以下論述：「僅將《續編綏寇紀略》中的有確切數字的幾件加起來，殺人總數即達到六億七千八百萬。如所周知，明代全國人口的最高數字為明神宗萬曆六年（1578年），也僅有六千零九十萬。這與上述數字相比尚不到十分之一！無可置疑，《編綏寇紀略》所記的張獻忠起義軍在川殺人數，絕不可靠。由此推想，舊史書上述幾起張獻忠起義軍殺戮事件的記載，誇大渲染之處肯定存在。但是，關於上述殺戮事件，有多種史書加以記載，而且除了細節的差異外，基本情況大體相同，這說明這些事件應是確有其事。...... 狹隘的地域觀念，使他對四川人產生偏見，從而不僅殺了明朝殘餘勢力，也殺了許多一般紳士，更殺了不少勞苦群眾，這便使這類事件在一定程度上帶有了反人民性。...... 由於張獻忠之在四川大殺戮，具有反人民性的一面，這便使之嚴重脫離群眾。脫離群眾的人是不可能成功的，張獻忠之大殺四川人，成為其後來遭到喪命慘敗的一個重要原因。」

對《聖教入川記》提出的疑問

四川學者任乃強認為二司鐸對張獻忠事蹟的許多親歷聞見的記載可以取信，但認為存在一些問題，例如張獻忠只叫他們治吏曆和鑄造，未讓他們參與大西朝軍民諸政務；所記獻忠的情況，只一部分是親見的，另一部份是從教徒大臣那裏聽來的，應當分別看待。對於以上兩點陳學霖認為很中肯，另外他和任乃強也認為司鐸對張獻忠人品的評價前後不同的矛盾值得探討，例如司鐸用「智識宏謀，決斷過人」和「天姿英敏，足智多謀，其才足以治國」讚揚張獻忠，卻跟著批評：「然有神經病，殘害生靈，不足以為人主」。然而陳學霖亦指出，某次張獻忠聞司鐸解說天主教誡之後「大為奇異，稱讚其法律如此精詳，管理人良心，誠為不二法門，認為歐洲各國風俗純美，實由此聖律而來」，續言「然此等法律為川人無益，伊等固執於惡，不從此聖教聖令，寧願從我刀劍之下，不服聖律。故吾奉天地大主之命，殄滅此種僧黨及世上惡人。凡仇爾等者，吾亦仇之」云云，顯然是故意將司鐸之解說扭曲，作為殄滅僧黨及世間定性為「惡人」的藉口及理據。
任乃強指出《聖教入川記》是從外文譯來，譯筆文字難免有所歪曲，表達不同的見解，需要特別注意。陳學霖認為這是很負責的評論，但同時指正現四川本〈出版說明〉說該書是以漢文撰寫，所以不存在翻譯的問題，而是用漢語範文理念演述外來宗教文化觀點所產生的問題。
任乃強亦指出兩名傳教士是脫離社會下層人民生活的高級傳教士，因此關於下層人民生活的記述，可信的資料不多。陳學霖認為任乃強的觀點接近事實，不過他卻採取傾向意識形態的方式表達。另外，陳學霖指出在「鋪天蓋地的農民起義革命的歷史研究浪潮」裏，學者對於作為首號代表的張獻忠的研究，只能作正面的評價。因此部分學者在摘用《聖教入川記》時只引用有利於對張獻忠的的評價，對教士對獻忠的瘋狂性格，濫殺無辜的負面報道則盡量迴避或淡化，反映政治正確性對歷史的研究的嚴重影響。

西方學者的研究

美國漢學家和歷史學家費正清教授說：「從1644年夏天起，西南三省四川、貴州和雲南發生了一系列次要的戲劇性事件，影響到永曆朝廷最後10年的進程。主要起義領袖之一的張獻忠，在崇禎時期沒有被李自成消滅或吞併，1643年在湖廣中部第一個稱王。1644年，他率部入川，建立大西國，定都成都。他從這裡控制了四川廣大地區中最發達的部分 ，繼續進行了兩年的恐怖統治，使人口和資源銳減。 儘管四川與外界相對來說是隔絕的，但張獻忠並不安全。他未能完全消滅明朝的將領，他們倖存下來，並在西部和南部重整旗鼓。在北面，他起初受到他的老對手李自成的威脅，然後是清軍的威脅。1646年底，在四川作為一個基地已被消耗殆盡後，張獻忠開始向陝西進發，企圖與清爭奪西安。但當他在四川北部一個地點紮營時，於1647年1月2日被一支清軍所殺」。

後記

《明會要》卷五十載：萬曆六年（1578年）四川省有「戶二十六萬二千六百九十四，口三百一十萬二千七十三」。到了康熙二十四年（1685年）減至「一萬八千零九十丁」（嘉慶《四川道志》卷十七）
康熙七年（1668年）四川巡撫張德地在奏摺說：「查川省現在孑遺，祖籍多系湖廣人氏。訪問鄉老，俱言川中自昔每遭劫難，亦必至有土無人，無奈移外省人民填實地方。」
康熙二十年（1681年） 七月九日，四川巡撫杭愛疏言：「蜀省久為賊踞，百姓逃亡，所存惟兵」。時方家瑛有詩《哀川北》：「七日發閬州，五日達潼川。中江近千里，四顧無人煙，蓬蒿 無道路，老樹長原田。豺狼白晝嗥，猿穴啼樹間……兩川萬百眾，光後膏戈鋌。鋒鏑苦未歇，飢疫頻顛連。青磷照梓益，白骨橫巴綿。遺老哭吞聲，至今五十年」。
康熙二十四年（1685年），官方統計川中人口只有「一萬八千零九十丁」。
康熙二十九年（1690年）頒布《入籍四川例》和《墾荒令》；「凡流寓情願墾荒居住者，將地畝永給為業」，「移民墾荒三、五年內免交賦稅」。清光緒《大邑鄉土志．戶口》載；清初「全資兩湖、江西、兩廣、山陝之人來邑墾荒生聚，麻城人較多，江西、山陝次之，兩廣又次之」。
三藩之亂時，清軍和吳三桂軍隊在四川相互廝殺，導致四川「勒索居民，十室九空，或涉深山窮穀人跡罕到之地，尚不得免，生靈塗炭，怨聲滿路。」「徵調煩苛，怨愁之氣，釀成瘟疫，上南之人，死亡甚眾。」多年的戰亂使得四川「農苦於徭役，商苦於暴稅，兵苦於戰陣」。已是「民不堪命」的局面。
雍正在談到四川人口大量死亡的時候表示：「其不法之將弁兵丁等，又借征剿之名，肆行擾害，殺戮良民請功，以充獲賊之數，中國人民死亡過半。即如四川之人，竟致靡有孑遺之嘆。其偶有存者。則肢體不全。耳鼻殘缺。此天下人所共知。」。

天災

清同治十年《儀隴縣志》載：「儀邑自明季之亂，幾至靡有孑遺，其逃在山谷者，又值飢饉頻仍，人相食，繼以虎災，道無行人，晝常扃戶。」

瘟疫

《蜀碧》載「其時，瘟疫流行，有大頭瘟，頭髮腫赤，大幾如斗；有馬眼睛，雙眸黃大，森然挺露；有馬蹄瘟，自膝至脛，青腫如一，狀似馬蹄。三病，中者不救。」，「死者朽臥床榻，無人掩葬」。順治五年（1648年），內江「瘟疫大作，人皆徙散，數百里無人煙」。同年，川北又遭大旱，餓死者日無計。《銅梁縣志》載1868年，該地「瘟疫四起，染者嘔吐交作，腰疼如斷，兩腳麻木愈二三時之斃」。

虎患

歐陽直《蜀亂》記載：「蜀中昇平時從無虎患，自獻賊起營後三四年間，遍地皆虎，或一二十成群，或七八隻同路，踰牆上屋，浮水登船爬樓，此皆古所未聞，人所不信者。」
彭遵泗《蜀碧》載：順治初年四川「遭亂既久，城中雜樹蓊鬱成林……多虎豹，形如魑魅饕餮。然穿屋頂逾城樓而下，搜其人必重傷，斃即棄去，不盡食也。白晝入城市，遺民數十家，日報為虎所害，有經數日，而一縣之人俱盡殘者」。
順治七年四川地方官員向朝廷奏稱，「順慶府查報戶口，業已百無二、三矣！方圖培養生聚漸望安康。奈頻年以來，城市鞠為茂草，村疃盡變叢林，虎種滋生，日肆吞 噬。……據順慶府附廓南充縣知縣黃夢卜申稱：原報招徠戶口人丁506名，虎噬228名，病死55名，現存223名。新招人丁74名，虎噬42名，現存32 名。」
沈荀蔚《蜀難敘略》載：順治八年春「川南虎豹大為民害，殆無虛日。乃聞川東下南尤甚。自戊子（順治五年）已然，民數十家聚於高樓，外列大木柵，極其堅厚。而 虎亦入之；或自屋頂穿重樓而下，齧人以盡為度，亦不食。若取水，則悉眾持兵杖多火鼓而出，然亦終有死者。如某州縣民已食盡之報，往往見之。遺民之得免於刀 兵飢謹疫癘者，又盡於虎矣。雖營陣中亦不能免其一、二。」
乾隆《富順縣誌》卷5記載，清初「數年斷絕人煙，虎豹生殖轉盛，晝夜群游城郭村圩之內，不見一人馳逐之。其膽亦張，遇人即攖，甚至突牆排戶，人不能御焉。殘黎之多死於虎」。
道光《綦江縣誌》卷10載綦江「群虎白日出沒，下城樓窺破殘人戶。……行者雖五、七同群，執器械，前後中間必有一失。」