2006年中華民國直轄市市長暨市議員選舉

中國國民黨

在最初有意參選市長的即有立委李慶安（3月21日棄選並支持葉金川）、立委蔣孝嚴、立委丁守中、立委蔡正元、葉金川等人。最後只餘下葉金川、郝龍斌以及丁守中三人角逐，而郝龍斌則在民調之中呼聲最高，葉金川次之，丁守中最低。
葉金川為當時台北市副市長，被外界視為馬團隊人士之一。而郝龍斌則曾為新黨立委、新黨主席，在2001年曾入閣成為環保署長，在2003年底因行政院院會中，堅持「民意不能凌駕專業」為由辭職，後任紅十字會秘書長，在新黨的支持下回到國民黨參與爭取台北市長提名。
葉金川在5月7日，向馬英九募得8,888元捐款，並作大張旗鼓宣傳。同時刊出了一幅質疑郝龍斌的文宣。以「與其等民進黨來攻擊，不如現在先檢驗自己」為題，暗諷對手郝龍斌。
葉金川的平面廣告中，以「想一想，哪個比較ㄏㄠˇ打」為主題，採自電玩《快打旋風》的集氣絕招畫面，上方為卡通版葉金川，以「市政專業」、「清廉奉獻」及「始終如一」一擊打敗民進黨參選人。下方則為民進黨參選人以「丁守中暗諷超級政治明星爸爸」、「民進黨指稱拉法葉弊案」及「李敖批評政治變色龍」等連環攻擊，發向面露驚訝表情的郝龍斌，承接辯論會上對郝龍斌政治忠誠度的質疑，不言而喻。葉幕僚李哲華表示，這篇由後援會設計的文宣，是為了反映基層對其他參選人的普遍疑慮；初選是民主機制，一切都可攤在陽光下供公眾檢驗，且以幽默漫畫方式呈現給市民參考，並不是負面文宣，因此堅持不攻擊的葉金川也願意接納。
馬英九對台北市泛藍選民的影響力極大，而馬深知自己的影響力，因此他會一再言明力守中立，不但是因為黨主席的敏感身分，也在於擔心會影響到選舉的公平性。他一再指示，黨中央應保持中立。儘管馬英九的胞姊馬以南力挺葉金川，但馬英九強調是家人支持，對於外界一再傳言馬英九支持葉金川一事，馬也一概否認並強調自己是維持中立。但8,888元的募款及葉金川的廣告使馬英九不得不作出處理，他不希望8,888元成為助選的工具，但葉陣營大張旗鼓地宣傳，再次宣傳了「葉金川是馬英九授意的接班人」之形象。
結果馬英九亦各捐8,888元給其他候選人，在輿論強大壓力下，馬英九從國外打電話給國民黨秘書長詹春柏，要求從嚴處理負面文宣。黨務系統亦於翌天立即對葉金川這一隻負面文宣發出書面告誡。在受了這一次事件的影響後不久，葉金川宣布退選。
因此國民黨真正的參與初選到底的人只有郝龍斌和丁守中兩人，丁守中曾任多屆立法委員，岳父是前聯勤總司令溫哈熊，而郝龍斌父親為前參謀總長郝柏村。郝丁二人在各方面條件與形象都接近，唯一不同的是丁守中一直都是國民黨黨員，丁守中也以此最為主打，得到許多國民黨基層支持。初選結果在黨員票部分，丁守中（10731票）大勝郝龍斌（6411票），台北市12區除中正區外全部領先，不過民調部分丁則輸郝龍斌不少，最後加權計算後，郝龍斌勝出獲得國民黨的提名參選。

民主進步黨

由於在去年的縣市長選舉大敗，而台北市傳統上又是泛藍佔優勢（民進黨在台北市的選舉從未獲得過半選票，1994年陳水扁當選是由於藍軍的趙少康分裂造成），所以民進黨內乏人問津。只有前立委沈富雄表態有意參選。反之，高層的布局則希望由前行政院長、前高雄市長、出身臺北市大同區大稻埕的謝長廷能夠披掛上陣，但謝長廷則無意參與初選，只願被黨中央徵召。
沈富雄有意參選台北市長是公開的秘密，不過沈素來在民進黨內人緣不佳，常被形容為「孤鳥」，形象與發言也一直不受泛綠死忠選民的認同。民進黨不少基層也表示不願意為沈輔選，也認為沈沒有辦法拉抬民進黨市議員的選情。因此民進黨對沈冷嘲熱諷，黨中央沒有像上屆支持李應元參選的聲勢；台北市黨部主委黃慶林甚至違反黨務中立，多次在媒體放話反對沈參選。在民進黨黨內初選提名的最後一天，沈富雄在高層壓力下宣布退選。
但在提名的最後期限前，民進黨台北縣立委、前台北縣長尤清突然宣選參與初選，但台北市黨部以證件不符規定退件，使尤清未能參與初選。雖初有雜音，但在高層勸阻之下，尤清也宣布退出選舉。
謝長廷本對參與台北市長選舉意興闌珊，但發生趙建銘事件後謝改變態度，結果民進黨徵召謝參選台北市長。

其他政黨及人選

在這次的台北市長選舉中，臺灣團結聯盟周玉蔻、親民黨主席宋楚瑜、名作家李敖也於2006年10月宣布參選，以及之後帶著3000多公斤硬幣、相當於200萬元當保證金的柯賜海，台北市長形成六人參選的場面。
台灣團結聯盟有鑑於日本小泉純一郎在國會改選中採用「刺客兵團」的方式取得不錯成績，而提名具高知名度的媒體人周玉蔻參選，由於台聯是小黨，取得台北市長的機會不大，提名市長候選人主要是考量有助市議員的選情。
親民黨主席宋楚瑜，自2005年縣市長選舉，親民黨在基隆、台中市失敗後，想藉著民進黨聲望日漸下降的情況下，參選台北市長，一來可以維持日漸減少的政治舞台，二來可以找到一個進退得當的據點。甚至傳向國民黨喊話，如禮讓親民黨，則親民黨於2008年支持馬英九選總統。宋楚瑜勤跑台北市拜訪基層，參選意願明確。10月，宋楚瑜正式宣布參選北市長，並宣稱自己將「超然於黨派」，不代表親民黨參選，且宣布主席一職請假，親民黨主席之職由副主席張昭雄暫代。宋還說道，此次「是他政治生命的最後一戰」、「封刀之作」、「只做一任」等。
至於李敖也於10月宣布參選，他說道，他不是在分裂泛藍，他是在打綠的行政院長與綠的環保署長。這兩人的參選，為泛藍的選情，增添了不少變數。
柯賜海素有「抗議天王」之稱，曾多次參與選舉，在2005年參選花蓮縣長時，更拿下超過兩萬張選票，出乎所有人的意料。

候選人與競選過程

中國國民黨提名的郝龍斌，以「城市競爭，台北看郝」為選戰主軸，並且希望泛藍選民將選票集中，實行棄保。而現任親民黨主席，卻以無黨籍身分參選的宋楚瑜，自認是「生命中的最後一役」，以「行動市長」為選戰主軸，並積極攻打郝龍斌，提出「宋進北市府，馬進總統府」的說法，但卻不討喜。
民主進步黨提名的謝長廷，以「2020奧運在台北」為選戰主軸，並於11月提出「若輸宋楚瑜一票，則退黨倒扁」的宣傳。至於台灣團結聯盟提名的周玉蔻，在11月因為其倒扁立場（支持第三次總統罷免案）以及指控謝長廷「搓圓仔湯」（以「三條件」交換周玉蔻退選）等行為而被台聯開除黨籍；獲知消息的第一時間，周玉蔻宣布「參選到底」。
民調則普遍看好郝龍斌，而謝長廷及宋楚瑜民調相對較低，其他參選人的支持度則不明顯。12月選前一週，謝長廷爆料「馬宋密會」，事後馬英九承認有這回事，但只談及選後國親如何合作而已，並沒有觸及是次選舉的事務，但宋楚瑜亦已提出告訴。而謝長廷及宋楚瑜兩陣營則不斷釋出國民黨棄郝保宋的訊息，但馬英九則以行動來表現力挺郝龍斌到底的決心。

政黨初選

本來高雄是綠營票倉，泛藍陣營參選的勝算不大，但自從高雄捷運外勞弊案爆發之後，民進黨支持度及聲望均受到打擊，中國國民黨表態有意參選市長的人愈來愈多，包括前立委陳學聖、立委邱毅、李全教、黃昭順、李復興及之前與謝長廷競選市長落敗的黃俊英等人。而邱毅則因為要揭爆台開弊案，退出高雄市長初選。
國民黨在第一次黨內初選中推出了票數較高的黃俊英、黃昭順進行第二次黨內初選，結果由黃俊英取得領先，獲得中國國民黨提名為高雄市長參選人。
而民主進步黨方面，原本高層屬意前代市長陳其邁出戰，但因高捷弊案爆發，陳其邁之父親陳哲男涉及在內，陳其邁辭去代市長一職，由葉菊蘭繼任。謝長廷則屬意葉菊蘭出選，不希望高雄市落在新潮流系的手中，但葉菊蘭不願出選，只傾向接受徵召。
另一可能人選前勞委會主委陳菊，任內經常走訪高雄市，並說高雄市是她的第二故鄉，屬新潮流系的她參與初選承受巨大壓力，因為高捷案涉及泰勞待遇被企業剝削，而勞委會其中職責是保障外勞權利，所以高捷案的爆發，陳菊可能要負上一定負任。但民調顯示是陳菊領先許多，謝系管碧玲放話原意重登記給葉菊蘭可以參選，但意見整合不成破局，結果管碧玲退選，陳菊得到民進黨的提名。
另外台灣團結聯盟則派出了立委羅志明參選。加上林志昇（保護台灣大聯盟）及林景元（無黨籍），形成五人競選高雄市長的場面。

候選人與競選過程

由於陳水扁總統的假發票核銷案，導致泛綠選情受到衝擊，黃俊英便以「實在清廉好市長」為選戰主軸與貪腐相對映。民進黨提名的陳菊則是發表文宣，宣稱「高雄好棒，陳菊接棒」，而台聯黨的羅志明以「公職起用35歲以下年輕人」為主要策略。
由於此時民進黨受到陳水扁家族陷入貪腐案而受到衝擊，使黃俊英選情在初期一度看好。然而在10月29日黃俊英競選總部成立大會上，出現主持人謝龍介口出「這個『冬瓜菊』出賣她的靈魂，出賣她的良心，出賣咱高雄市的勞工。」批評民進黨候選人陳菊的事件，給了民進黨反擊黃俊英陣營以歧視性的字眼取綽號、物化女性外表的機會。最後黃俊英本人於10月30日親赴陳菊總部送花「致意」，但已對黃俊英選情造成殺傷，使選戰出現攻防易位。
在12月3日選戰的「超級星期天」中，國民兩黨各自舉辦了「拼經濟大遊行」以及「愛在高雄、守護台灣」等活動衝選票。「拼經濟大遊行」兵分五路，並特別選在有特殊意義的下午3點19分出發，馬英九、連戰、王金平一起在台上為該黨候選人黃俊英加油；而「愛在高雄，手護台灣」則在愛河，下午5時20分開始牽手活動，陳水扁、呂秀蓮、游錫堃、蘇貞昌以及陳致中等人同台為陳菊加油。此時，高雄市選情呈現陳黃兩人機會均等的狀態，國民黨主席馬英九宣稱「三天將住在高雄市」，可見高雄選情緊繃的狀態。
12月8日晚間，陳菊陣營公布側錄影像，指控黃俊英發放走路工薪資，且已提出告訴；黃俊英則反控誣告，有誹謗之虞，這個動作引起爭議，導致黃俊英對於最終的開票結果表示不服。然而事後「走路工」古鋅酩坦承自掏腰包給每人500元「當零用錢、喝涼水」，2009年8月由最高法院依違反選罷法判處三年六個月之有期徒刑。

黃俊英「走路工」賄選案

陳菊競選總部在12月8日晚間舉發，黃俊英陣營有人發放「走路工」，涉嫌賄選，並公布側錄影像，此震撼彈衝擊了黃俊英的選情。
「走路工事件」最後法院判決此賄選案，被告綽號「古意」古鋅酩幫忙動員，與綽號「黑松」蔡能祥一同發放賄款，分別判處有期徒刑3年6個月、有期徒刑9個月定讞。在經歷兩次高雄市市長敗選之後，黃俊英表示尊重司法判決，將擔任政治志工，全力輔選黨內立委及總統候選人贏得勝選。
檢方也有查出幕後指使者為「黃俊英競選總部雲林縣後援會」執行長蘇萬基、「資源回收商」總經理楊慶德，隨即對兩人開出拘票，楊慶德得知事情曝光搭機逃往香港，蘇萬基則是在律師陪同投案訊後飭回，但限制其住居。後來經檢警透過家屬聯繫，楊慶德入境高雄時遭逮捕移送，並坦承兩度出資找「古意」動員，只是不察「菊營青年軍」發給千元，通聯紀錄也未查出與菊營有關，破除了藍營「陰謀論」的說法。

第四選區 黃紹庭雙重國籍案

2006年12月25日，具國民黨黨籍之黃紹庭就職第七屆高雄市議員。2008年6月13日，黃紹庭在美國在台協會台北辦事處辦理放棄美國國籍，以喪失之當日生效。
2009年4月1日，媒體報導黃紹庭仍具有美國國籍。9月25日，中選會撤銷黃紹庭第七屆高雄市議員當選人名單之公告，並註銷其當選證書。理由是黃紹庭違反修正前公職人員選舉罷免法第67條之一，當選人兼具外國國籍者，應於當選後就職前放棄外國國籍之規定。但是中選會並未依法同時公告由落選之第二高票者遞補其遺缺，遭致輿論批評。10月2日，中選會討論通過由趙天麟遞補高雄市議員遺缺。2010年1月13日，行政院撤銷中選會撤銷黃紹庭市議員資格之處分，理由是「原處分機關宜善盡調查義務」。6月11日，黃紹庭被高雄地檢署依詐欺罪嫌起訴。8月17日，中選會再度撤銷黃紹庭市議員當選人名單之公告，並註銷其當選證書。

第五選區 朱挺玗涉嫌賄選案

無黨籍之朱挺玗因涉嫌在選舉期間現金賄選，被市議員落選者蔡武宏提起當選無效之訴。2007年8月21日，一審宣判朱挺玗當選有效。2008年4月15日，二審改判當選無效定讞。4月29日，蔡武宏遞補第五選區議員。

媒體計票準確性

2006年12月9日晚上，民視被眼尖的觀眾投訴，宋楚瑜的得票數一度被「衝」到五萬四千票，比宋的實際得票多了一千多張，顯然灌票過了頭。觀眾投訴指出，開票當天約17時40分，各新聞台開出宋楚瑜得票數兩萬多張時，民視卻已衝到五萬四千餘票；一小時後，各台開出四萬九千張票，民視還是五萬四千餘票；19時50分，接近選舉結果公布，民視的宋楚瑜得票竟然回頭少了一千多張，只剩五萬三千餘票。對此，民視否認並指出：「是兩套開票系統（民視開票和中選會開票）的切換誤差所致。」
另外也有觀眾質疑：2006年12月9日18時許的高雄市長各候選人得票數，各台開出陳菊票數領先，中天卻「獨家」報導黃俊英領先陳菊；在約16時30分開票不久，各台報導陳菊和黃俊英僅開出約一萬多票，三立卻暴衝到四萬多票，不過最後的結果並沒有發生錯誤。公廣集團的開票作業則顯得保守：華視完全依照中選會公告計票，在開票作業開始後的前半小時數字毫無動靜、一直保持零，直到後來才慢慢跳升。

結果

高雄地方法院於2007年6月16日下午宣判：陳菊當選無效，惟本件的受命法官就此判決亦撰寫不同意見書。就此，黃俊英表示是台灣民主的勝利一日，而陳菊在晚上的記者招待會指出是為台灣最黑暗的一日。陳菊之後提出上訴。
臺灣高等法院高雄分院於2007年11月16日下午四點做出二審定讞的宣判，就選舉無效之訴部分，維持一審判決（選舉被判決有效）；至於當選無效之訴部分，法官強調因從嚴認定選票重驗之結果，因此廢棄一審判決，駁回黃俊英所提出的當選無效之訴，陳菊當選有效。