查尔斯·达尔文

家世和童年

1809年2月12日，查爾斯·羅伯特·達爾文誕生於英國什羅普郡舒茲伯利鎮的芒特莊園，其教名採用了伯父查爾斯的名字，中名來自父親，家人顯然希望他繼承家族的職業。生下他時，母親蘇珊娜已有44歲。父親羅伯特·達爾文是當地小有名氣的醫生，在達爾文出世時已育有四個孩子：女兒瑪麗安妮、卡羅琳、伊莉莎白，大兒子伊拉斯謨·阿爾維。羅伯特原本準備給蘇珊娜做流產手術放棄這個孩子，怕妻子經受不起這才作罷。祖父伊拉斯謨·達爾文是英國醫學界權威，曾寫有《生命學》、《植物學》等著作。伊拉斯謨認為有機體內有讓生物向高級階段發展的內在力量，並推測生命起源於海洋，對日後的達爾文產生了重要影響。外祖父喬賽亞·韋奇伍德是工業革命時代美術瓷器的創始者，與老伊拉斯謨是好朋友。
1809年11月17日，達爾文在聖嘉德聖公會教堂受了洗禮。當時英國與法國仍處於戰爭狀態，羅伯特私底下雖然是個自由思想者，但也不敢過於張揚。星期日的時候，蘇珊娜會按照家庭傳統帶孩子去一神教小教堂做禮拜，她還同鎮裡的宗教領袖請喬治·凱斯來此布道，凱斯在當地建立了一所私立學校。查爾斯最早在家中接受教育，由姐姐卡羅琳管教。他常常與小他15個月的妹妹凱薩琳爭寵，希望受到關注，而卡羅琳往往是嚴厲的。獨自一人時他常常流連於父親的圖書館，熱衷於觀察周圍的動植物，有時也去河邊垂釣。8歲生日後不久，蘇珊娜送他去凱斯所辦的學校上學，學校里的許多同學都比他大。他常常編故事，比如說自己能夠改變花朵的顏色。7月，蘇珊娜的腫瘤發展到無法收拾的地步，查爾斯卻不被獲准去看她，直到7月15日她離開人世。
蘇珊娜死後查爾斯的幾個姐妹接管了家中事務，而羅伯特出診歸來後更是對莊園實行嚴厲的統治。1818年9月，查爾斯和哥哥伊拉斯謨進入了舒茲伯利學校，那裡的校長塞繆爾·巴特勒在當地名望頗高。
古典文化是學校的主要教學內容，查爾斯厭惡拉丁語和古希臘語，但還是能夠應付那些死記硬背的學習，對喬叟、莎士比亞和彌爾頓的作品也很是欣賞。快畢業時，查爾斯受哥哥影響迷上了化學，閱讀了威廉·亨利的《化學問答》等化學書籍。他們在自家花園裡做化學實驗，同學們還給達爾文取了個「瓦斯」的綽號。15歲的達爾文愛上了狩獵，常常參與韋奇伍德家的射擊活動。羅伯特終於無法忍受，於1825年讓達爾文提前離開學校。他為兒子安排了未來——讓他成為一名醫生。

愛丁堡大學

1825年夏天開始，達爾文跟著父親做了學徒，記錄一些患者的狀況。哥哥伊拉斯謨已於3年前進了劍橋大學基督學院，查爾斯聽說他被安排了一些盜屍的工作，覺得無法適應。羅伯特安排他去愛丁堡大學，當時愛丁堡的醫學院無論設施、師資均是英國最強，超過牛津大學和劍橋大學，而且不排斥非國教信徒。伊拉斯謨從劍橋歸來後，準備赴愛丁堡校外醫院學習，兄弟二人便於當年10月末一起抵達愛丁堡，租用了一套有兩個臥室、一間起居室的房子。達爾文在這裡參加了大量社交活動，認識了不少輝格黨上層人物，包括教育家倫納德·霍納、作家沃爾特·司各特、博物學家約翰·詹姆斯·奧杜邦等人。入學以後，達爾文報了醫學、解剖學、化學、臨床課和外科學等課程，但並不喜歡大學課程。講授醫學的鄧肯（英語：Andrew Duncan secundus）、講授人體解剖學的亞歷山大·門羅三世尤其令他反感，霍普的化學課是他唯一有興趣的內容。
第一個暑假裡，他與朋友一起徒步遊覽了威爾斯山區，開始在日記里記錄下對當地鳥類的觀察。大二的時候他報了產科學、物理實驗和自然史。當時的自然史教授是羅伯特·詹姆森，他在地質學方面堅持水成論，達爾文當時曾下決心「不再讀一本地質方面的書」。1826年11月21日，達爾文申請加入普林尼學會，該會會長之一威廉·布朗是其介紹人，第二個星期與威廉·格里格一起正式入會。布朗和格里格等人不但抱激進的科學主義和反教權主義觀點，還認為低等動物與人類的大腦官能並無本質區別。12月5日，達爾文進入了學會的理事會。他經常光顧博物館，認識了兩位在那裡工作的博物學家，格蘭特和維利亞姆·馬克-吉利弗雷。吉利弗雷則堅定的支持達爾文對鳥類的興趣，這時期達爾文還向一位黑人學習過鳥類標本的製作。
格蘭特在福斯灣捕獲海綿、藻苔蟲、海筆和水手珊瑚，在愛丁堡的期刊上發表了不少研究它們的論文，並告訴達爾文如何搜尋它們。1827年3月和4月，達爾文的筆記中寫滿了關於這些海洋無脊椎動物的觀察，其首篇觀察記錄於維爾納自然史學會發表。3月27日，他在普林尼學會的會議上發表了演說，宣布自己發現藻苔蟲的幼蟲能夠遊動，牡蠣殼上的黑色物體是水蛭的卵。接下來布朗發表了激進的論文，聲稱心智和意識只是大腦活動的副產品，引起了很大爭議。格蘭特經常向達爾文表達對拉馬克的推崇，認為動物在結構都互相聯繫，動植物的起源應能追溯到藻類和水螅。
詹姆森一星期在博物館給學生上3次實踐課，講解包括礦物在內的各種展品，達爾文在課上學到了岩層排序的知識。他經常出入博物館，瀏覽和製作鳥類標本。鄧肯的醫學課介紹了瑞士植物學家奧古斯丁·彼拉姆斯·德堪多的「自然體系」，它強調物種之間的競爭。達爾文對醫學的厭惡不斷增長，他不斷給家裡寫信詢問情況，最終於1827年4月24日離開了學校，沒有獲得學位。5月他到了倫敦探望他的妹妹卡羅琳，之後又與喬賽亞舅舅一道去了法國巴黎，7月時回到了家鄉。

劍橋大學

9月1日，狩獵季節開始了，查爾斯開始和威廉·莫斯廷·歐文家的女兒范妮交往。在梅爾莊園，他還認識了國會議員詹姆斯·麥金托什爵士。他對於職業規劃仍然沒有什麼概念，父親已經為他選好了去處——英國國教會。因此，這期間他也研讀了皮爾森主教的《信仰說明》、約翰·伯德·薩姆納牧師的《基督教之證》和其他一些宗教著作。10月15日，他被錄取為基督學院的自費生。在接下來的時間裡他投身於對古典文化的溫習之中，1828年伊始才與哥哥結伴奔赴劍橋。
學期開始後，在基督學院已沒有住處，他只好寄宿在雪梨街一個菸草商的家中。他與一些刻苦攻讀的人為伍，一開始便以立下了誓言：「遵守所有的法令習俗，堅定地熱愛這所大學，在任何條件下都要保衛它」。那裡的高級學監亞當·賽奇威克是倫敦地質學學會副會長，從事沉積岩的研究。這個學期中，查爾斯和范妮仍時有書信往來，然而劍橋大學的社交活動十分頻繁，到了復活節，范妮在他心中的地位已沒那麼高了。他培養了聽音樂、逛博物館等業餘愛好，還參加了一個叫「貪吃者俱樂部」的團體。這個團體熱衷於將老鷹、鷺鷥、貓頭鷹等列入菜譜，還有大量遊樂活動，讓達爾文虛擲了不少光陰。搜尋甲蟲的浪潮席捲了全國，查爾斯與姑表兄威廉·達爾文·福克斯也加入其中。他每年都去伍德豪斯和梅爾獵捕小動物，並依據拉馬克和喬治·薩姆耶爾的著作鑑別了一些珍稀昆蟲。另外，他還能向一些知名的博物學家請教，比如約翰·史蒂文斯·亨斯洛和威廉·休厄爾。
達爾文回家過了暑假，並在6月末與范妮重逢。本來他打算隨私人導師念3個月數學，但他的代數在兩個學期後仍無起色。7月他把時間花在登山、划船、釣魚上。8月末離開了威爾斯，與福克斯一起去打獵，歐文老爺還送給他一隻鼻煙壺。到了萬聖節達爾文搬進了威廉·帕利牧師住過的房間，晚到了3周，還隨身帶了不少甲蟲標本。新年是在范妮的莊園裡渡過的，歐文的兒子做手術，讓害怕見血的達爾文受到驚嚇，他還因嘴唇發炎臥床了幾周。1829年2月，他去了倫敦，加入了一個昆蟲學俱樂部，還在伊拉斯謨引導下遊歷了好幾個學會所在地。2月19日拜訪了倫敦大學昆蟲學教授弗雷德里克·威廉·霍普，獲贈160個甲蟲標本，之後會見了昆蟲學家史蒂芬。回到劍橋後，他對聖靈和學業都失了興趣，和舒茲伯利的同學、劍橋的指導老師「老普萊斯」經常來往，普萊斯精準辨認植物的能力令達爾文很是欽佩。僱傭來搜集甲蟲的當地人經常把他惹火，和福克斯的聯繫也日益淡漠。達爾文參加了一些狂歡派對，酒醉之餘閱讀了愛德華·吉本的《羅馬帝國衰亡史》。4月9日，學校還發生了反對學監的暴亂，達爾文曾為暴亂的學生們歡呼。5月，亨斯洛教授帶領學生們在旅行中採集植物，達爾文也繼續忙於捕獵昆蟲。13日，激進分子理察·卡萊爾和羅伯特·泰勒發表了一封挑戰書，邀請劍橋的行政人員和牧師討論基督教的功過。據他們說，大約50名年輕大學生的信仰發生動搖。達爾文就在其中，但準備悔過，後來他將泰勒稱作「魔鬼的牧師」。
暑假的時候他在家鄉及附近搜集甲蟲，6月中旬的時候病了半個月。史蒂芬的《應該昆蟲血圖鑑》印好了，達爾文被列入捕獲者致謝名單。短暫拜訪了福克斯後，他投奔了哥哥伊拉斯謨。二人於10月慶祝後者定居倫敦的計劃，聽了伯明罕音樂節的幾場音樂會，之後返回了劍橋。到了學校以後，他大力補習古典文化，成了亨斯洛教授周五晚會的固定成員。聖誕節是和哥哥一起度過的，他抽空速讀了塞繆爾·理查森的小說《克拉麗莎》。詹姆斯·麥金托什告訴他，大腦的功能可以被教育改變。因而並非天生，不可能被腦袋形狀所反映。達爾文表示贊同，並放棄了對顱相學的信仰。元旦再次回到學校以後，他投入考前的準備。范妮寫給他一封抱怨的信，希望他能回去，可他不為所動。考試的內容來自古典著作、《新約》和威廉·帕利的《基督教的證據》。在帕利的論述中，存在「獎懲分明的未來國度」的這樣一種觀念，「把秩序賦予混亂，讓道德世界與自然世界融為一體」。1830年3月24日，他參加了考試，雖然考官很嚴格，但還是得到了通過。達爾文與亨斯洛教授結成深交，二人常常一起散步。5月中旬他與其他一些學生前往甘姆林蓋、博蒂舍姆等地採集動植物，亨斯洛很快發現他是個可造之材。夏天，他在芒特莊園與福克斯重逢，詢問他應該攻讀什麼才能通過聖職授予考試。9月10日他收到范妮的信件，原來她已與約翰·希爾牧師訂了婚。3周後他回到了學校。
從9月到12月，劍橋附近爆發了一系列工人騷亂。1831年1月末，他通過了考試，成績名列第十。西德尼學院的亨利·馬修、鄉村教區長之子因感情問題聲明狼藉，還有個私生子，達爾文給了他一筆錢幫他渡過難關。住宿期一直持續到當年6月，他有空就進行捉甲蟲的消遣，並經常與,亨斯洛交流。夏天的時候，他研讀了亞歷山大·馮·洪堡的《南美洲旅行記》和威廉·赫歇爾的《自然哲學研究入門》，立志「在對於建築高貴的自然科學之宮方面，盡力提供自己一份最微薄的貢獻」。他想像洪堡一樣探訪特內里費島，詢問了去加那利群島的船期和票價。8月4日，亞當·賽奇威克來到芒特莊園，帶達爾文去威爾斯北部山區探險。這次旅途中達爾文學到不少地質學知識，6月時買到的第一個測角儀也派上了用場。一行人在埃爾維河沿岸洞穴找到不少動物骨骼，然而之後前往海岸的路途中對化石的搜尋卻無結果。途中賽奇威克曾無根據的指控侍者盜竊，達爾文與其起了衝突，便開始了獨自一人的探索。回到家鄉後，他於8月29日接到了亨斯洛和皮科克寄來的信，裡面是一張環球旅行的船票。

小獵犬號之旅

原來，海軍正為羅伯特·菲茨羅伊船長尋求一個夥伴，來開展對南美洲海岸的考察。亨斯洛認為，達爾文就是他們要尋找的人，他不僅是個年輕紳士，而且也具備基本的博物學素養。8月30日，這件事傳到了羅伯特·達爾文醫生的耳中，他表示堅決拒絕，幾個姐妹也支持父親。31日，沮喪的達爾文投奔了喬賽亞舅舅，結果得到了他們全家的支持。次日早晨他們給達爾文醫生送去了回信，信里說博物學「非常適合牧師」，而且也是「見識世界」的機會。這一回，達爾文醫生被說服了。查爾斯匆忙奔赴劍橋，然而菲茨羅伊卻告知他那個位置已給了一個朋友，當他去不了時達爾文便是第一人選。失望的達爾文於9月5日去了倫敦，在海軍部大樓會見了菲茨羅伊，後者告訴他航行要持續近3年，和航行中可能遇到的困難。查爾斯就在海軍部附近住下，附近閒逛，9月11日在菲茨羅伊的帶領下去看了他們的船。菲茨羅伊指導達爾文置辦必須的物品，一方面勸他節約，另一方面又告訴他必須花60英鎊購買槍械。達爾文一開始不願意，但後來還是購買了背槍、手槍、望遠鏡和指南針。他回劍橋辭別了亨斯洛教授，亨斯洛送給他洪堡的《個人手札》，並推薦達爾文帶上查爾斯·萊爾的《地質學原理》。9月底的時候他回到舒茲伯利，得知希爾牧師毀約，拋棄了范妮。在芒特莊園短暫歇腳後，他於10月2日回到倫敦，和風景畫家奧古斯塔斯·厄爾呆在一塊兒，他將為此次航行提供繪畫記錄。
小獵犬號在第一次航行歸來後需要整修，上層甲板被抬高，船底也被加固，因而起航的日期一再延期。10月24日，他再次到達普利茅斯，等待最後的起航。他和菲茨羅伊、斯托克斯一起住在碼頭，並認識了船上的一些海軍軍官，以及小獵犬號的官方博物學家羅伯特·麥考密克。他學習了儀表知識，並做了一兩次短途地質考察。亨斯洛、惠斯利、范妮都給他寄去了信件。12月10日，小獵犬號正式起航。達爾文並不適應，暈船的反應十分強烈。傍晚又遇上風暴，菲茨羅伊被迫下令返航。達爾文回到海港準備他的航海日記，並學習了數學、西班牙語和德語，閱讀博物學書籍。12月21日再次出海，但在退潮時擱淺，半小時後才進入公海，次日由於風向改變而返航，行程又一次延期。12月27日，小獵犬號才再次起錨，駛向外海。出海次日，就有四名船員因為聖誕節犯的錯誤受到鞭刑。到達馬德拉群島後，達爾文嘔吐得很嚴重，沒有上岸。1月6日他們到達聖克魯斯，一名官員跑來告知他們需要接受12天檢疫。他們沒能登陸，只得繼續往南，兩天後離開了特內里費島。1月16日，小獵犬號抵達普拉亞，達爾文和菲茨羅伊一起見了維德角群島的葡萄牙總督和美國領事。菲茨羅伊開始他的測量，達爾文則和馬斯特斯、麥考密克一起去遠足。他發現了海平面上方約30英尺處的岩石中夾雜的由貝殼和珊瑚構成的帶狀物，這表明有些地方發生過沉陷過，是萊爾觀點的有力證明。他們在維德角一直待到2月7日，16日越過了赤道，達爾文受了刮臉禮——臉用油漆、柏油擦過後刮乾淨，再按在注滿海水的帆中，這是新船員必須接受的儀式。
一陣信風將小獵犬號送至巴西，停泊在巴伊亞，達爾文於2月28日在薩爾瓦多登陸。他漫步於森林之間，為這裡的美景所陶醉，印證了洪堡的描寫。他在3月1日的日記寫道：「沒有人能夠想得出像巴伊亞古鎮那樣美麗的景色，它完全被一片美麗樹木所構成的茂密森林擁抱著，它位在懸崖海岸上，俯瞰著寬闊的眾聖灣中的靜靜的海水……它是巴西最美麗的風景之一。但是，除了經歷過的人以外，別人不能領會在這樣的花和這樣的樹間散步時所感到的那種極度歡欣。」回到城裡時狂歡節正在舉行。所有苦工都是黑人完成，托利黨人菲茨羅伊認為這很合理，他說曾問過一個奴隸主，此人問他的奴隸們是否不滿於現狀，是否要求自由，結果奴隸們回答「不」。傾向輝格黨的達爾文卻看不慣，認為應該解放奴隸，那些奴隸們當著奴隸主所說的話毫無意義，船長被激怒了，拂袖而去。數小時後菲茨羅伊向達爾文道了歉，二人和解。達爾文與菲茨羅伊在艦長室吃了飯，得到了旅伴們的尊重，年輕人們開始稱其為「先生」，軍官們稱他為「親愛的老哲學家」、「我們的捕蠅人」。3月18日小獵犬號再次起航，沿岸南下，在阿布羅柳斯群島附近測量後，於4月5日抵達里約熱內盧。家人給他來信，他得知姐姐夏洛特嫁給了一位教區牧師，從前的女友范妮也於3月嫁給了一個有錢人。達爾文為范妮而感慨哀傷，投入了內陸之旅。其中一位旅伴是奴隸主，雖然他對達爾文很友好，但準備拆散30個奴隸家庭，將他們拍賣，這種行為讓達爾文又一次義憤填膺。4月25日，他來到博塔弗戈，上岸時發現由於海浪，自己的書籍、儀器和槍械全被泡在水裡，只好花了一天時間來處理。小獵犬號去巴伊亞核查經度去了，幾個星期沒有音信，達爾文滯留當地忙於捕捉獵物、製作標本，晚上則給亨斯洛、福克斯等人寫信。當小獵犬號再次歸航，船上裝起了新大炮，包括馬斯特斯在內的三名船員染病死去，麥考密克也辭職歸國。7月1日，他參加了惡戰號軍艦上的禮拜。
7月5日，小獵犬號離開熱帶地區繼續向南，7月25日駛進拉普拉塔海灣，次日達爾文在蒙得維的亞登陸。他將在遠郊搜集的一些甲蟲製成標本，一些寄回家中，最重要的一些寄給了亨斯洛。9天後，小獵犬號駛離拉普拉塔，以觀測海岸，結果遇到了風暴天氣，錨也曾兩次折斷。他們的船最後駛進了布蘭卡港，菲茨羅伊在那兒結識了不海報的帆船船主哈里森，後者將小獵犬號引到一個安全的停泊處。達爾文逆流而上，第一次遇見了加烏喬人。9月是在打獵中渡過的，他嘗到了美洲鴕、犰狳、刺豚鼠等新奇美味。9月22日起，在阿爾塔高原的搜索中，他找到了一些龐大的已滅絕哺乳動物的化石。10月8日又帶回一塊下顎骨，他認為這屬於前洪積世的地獺。10月19日小獵犬號再次回到蒙得維的亞，菲茨羅伊準備派3個火地島人和1個英國人上火地島傳教。
海軍勘探船小獵犬號（Beagle，又譯為「貝格爾號」）進行了為期五年（1831年－1836年）的勘探活動，這期間達爾文將三分之二的時間花在了陸地上。他仔細地記錄了大量地理現象、化石、和生物體，並且系統地收集了許多標本，它們中的許多是科學上的新物種。每隔一段時間，他將這些航行中收集的標本與記錄這些發現的信件寄予劍橋大學，很快他就成為了一個富有盛譽博物學家。達爾文的這些詳盡的勘探記錄顯現了一個理論開創者的驚人天賦，並成為了他後期作品的理論基礎。他最初為家庭所寫的遊記，後以《小獵犬號之旅》一書出版，詳盡地從社會學、政治學、和人類學的視角描述與總結了航行所及的土著與殖民地的風土人情。 
航行旅途之中，達爾文飽受疾病痛苦困擾。1833年10月，他在阿根廷患上重燒。1834年7月，從安第斯山脈返回瓦爾帕萊索的途中，他再次倒下，並在病榻上度過一個月。
在他們出發之前，羅伯特·菲茨羅伊送給了達爾文一卷查爾斯·賴爾所著《地質學原理》（在南美他得到第二卷）。該書將地形地貌解釋為漫長歷史時間漸進演變的的結果。當他旅程的第一站抵達聖地亞哥維德角的時候，達爾文注意到該地火山岩峭壁的高處有一條白色的沉積層內有許多裸露的珊瑚與貝殼碎片。這很好地解釋了賴爾的理論，並給予了達爾文思考島嶼地質史全新的視角，使他決定寫一本關於地質學的書。達爾文在接下來的旅程中有著更多的發現，它們中的許多是戲劇性的。在巴塔哥尼亞，他看見次級而上的分布著圓石與海貝平原，它們其實是被抬高的海灘。在經歷了智利的地震後，他發現貽貝的床基高高地擱淺在潮汐之上，這顯示陸地已經被抬高了。在安第斯山脈的高處，他發現化石樹矗立在一片沙灘上，周圍分布著海貝片。在小獵犬號勘探了科科斯（基林）群島後，他推論這些珊瑚環島，是形成在下沉的火山之上的。
在南美，達爾文發現並挖掘了一些已滅絕的巨型哺乳動物化石，其中相當一部分並不處於有劇烈天氣變化與災難發生跡象的地質層里。而一個動物的頭蓋骨在他看上去竟似乎是非洲犀牛的。此外，他判斷一些動物甲片來自於該地區一種常見犰狳體積兩至三倍大小的史前巨型犰狳身上，但受Bory de Saint-Vincent的Dictionnaire classique的誤導，他轉而相信是周圍發現的大地懶屬的遺骸的一部分。在賴爾的第二卷書中，萬物的創生被歸結為「centres of creation」，而此時思想已經走在時代前方的達爾文對此困惑不解。
上一次小獵犬號來火地群島的時候帶上的三個印第安人（美洲土著人）被送回到了故鄉，然後當上了傳教士。他們在英國的兩年裡，受到了英國傳統教育從而進入了使人所熟悉的「文明社會」，然而他們的親戚對達爾文來說是「沒有希望，且對人類是種侮辱的人渣」。一年以後，傳教的任務被他們所遺忘，只有傑米·巴頓對他們說他寧願過以前困難的生活也不願意重返英國。因為這件事，達爾文重新地考慮了人類，他得出的結論是雖然人類是高等動物，但動物的本性始終沒有像他的朋友所說的那樣喪失，而且明白了每個文明的演化都是不一樣的，而不是因種族所定。當他看到歐洲定居者在南美洲，紐西蘭和澳大利亞對土著人的暴行後，他便強烈反對奴隸制，也對這些野蠻行為感到悲哀。
菲茨羅伊船長一直都在寫小獵犬號行程的官方日誌，在旅行的盡頭，他讀了達爾文的日記，然後讓他重新修改一遍以便在《自然史上》充當第三卷。

宗教觀點

達爾文的家族比較傾向不遵從當時英國國教會，他的祖父、父親及兄弟均為自由思想家。在此背景下，小時候的達爾文依然信奉聖經，甚至之後在劍橋大學修讀神學成為牧師。此時他相信一套以自然界構成的奧妙而論證神必定存在的《目的論的證明》。後來，達爾文在小獵犬號之旅中認識到世界很多不同物種，這些物種的特徵與習性，是《目的論的證明》無法解釋的。例如有一種胡蜂麻痺毛蟲並在其體內產卵，卵變成寄生蟲並殺死宿主的行為，認為這抵觸了《目的論的證明》中「自然界是神善意的彰顯」的教義。雖然如此，達爾文仍然會引述聖經作為道德權威，卻批判一些舊約中的歷史陳述。
在達爾文研究物種演化時，物種行為的無情性引伸出的社會意義，經常被非國教論者及無神論者視作攻擊英國國教會的理論的手段。達爾文更認為宗教信仰其實是生物族群的生存策略，雖然此時他仍然相信神是最終的自然法則制定者。在1851年，他的女兒安尼逝世後，達爾文的信仰漸減，並傾向懷疑主義。這時雖然他仍繼續協助進行一些教會事務，但已經不會在星期日上教會。他傾向相信痛苦是自然法則，多於神的試練。當他被問及他的宗教取向時，他指出他從來不是無神論，但不可知論是對他的心思更準確的描述。達爾文在自傳裡亦曾表示，福音書的真確性存疑，他也沒有充足證據相信基督教是神的教義。
1915年在一份美國報章第一次發表的作者不詳的文章The Lady Hope Story，作者提出達爾文老年在病榻時再度信奉基督教，卻被達爾文的子孫及歷史學家否認。他的女兒表示，達爾文未再信奉基督教，他死前最後一句說話是對妻子說「記著，你一直是一位多麼好的太太。」 縱然如此，很多反演化論者今天仍然會用《The Lady Hope Story》裡「達爾文死前再信奉基督教」的陳述來指出達爾文自己否定了演化論，藉此宣傳反演化論。