南碼頭／白廳街車站

IRT百老匯-第七大道線月台

IRT百老匯-第七大道線設有兩個分開的車站，各自命名為「南碼頭」並與曼哈頓的南碼頭連接。「南碼頭迴圈」（South Ferry loops）用於舊南碼頭車站月台，新月台稱為「新南碼頭」（New South Ferry）新的島式月台車站於2009－2012年間由百老匯-第七大道線上的1號線使用，直至2012年毀於颶風桑迪為止。2013年4月4日至2017年6月27期間外圈月台重開以提供臨時替代服務。

外側月台

1905年7月10日，南碼頭車站外側月台成為IRT原初幹線延伸線的首兩個開放的月台。車站興建時內側軌道已經存在，但只作為儲車之用。當IRT的H系統於1918年7月1日開放時，百老匯-第七大道線列車使用外側月台，而內側月台亦開放作為IRT萊辛頓大道線列車使用。當時該線在曼哈頓下城使用原初幹線。
百老匯-第七大道線的列車，包括1號線和9號線（後者在1989－2005年採用尖峰時段隔站停靠）使用外側月台為終點站，除了兩段較短的時間以外。第一段為2001年9月至2002年9月，在九一一襲擊事件後主線錢伯斯街車站以南無法通行，其次為2009年3月16日起新南碼頭車站啟用作為1號線列車的終點站，直至2013年4月4日外側月台再度開放，並提供前往BMT的免費轉乘。新的車站位於此舊站下方，容許免費轉乘前往BMT車站，舊站的月台原先並沒有類似計劃。

取代和重開

南碼頭迴圈造成服務的瓶頸。營運上，迴圈車站實際上類似一個中途站而不是真正的終點站，列車直接開往雷克托街車站，列車長不需要走到列車另一端。另外與大多數終點站不同，此站不設側線或額外軌道以儲存終點站列車，而且直至34街-賓州車站以前都沒有額外的軌道。這意味著列車不能在此站停留超過90秒（包括月台伸縮踏版的伸和縮的5至10秒）。任何此站停止載客的列車可以造成路線其餘部分嚴重延誤。最後，由於列車只能以慢速通過車站，與雙軌和標準長度的終點站相比再增加了30至60秒的行車時間。以上加起來導致1號線列車在北面三個站的錢伯斯街車站來回方向都要延誤達兩分鐘。
為了消除這個特殊營運方式帶來的影響，2008年開始決定興建新車站，設有雙軌、10節長的島式月台，位於一個更筆直的路軌上，以容許列車以典型的終點站來營運。MTA指新車站可節省4至6分鐘車程，並將1號線列車的最高容量提升至每小時24班（或每2分鐘30秒一班），比使用迴圈車站時的每小時16至17班（或每4分鐘一班）大大提高。新車站可無障礙通行（但不可無障礙轉乘BMT百老匯線），而主入口位於史泰登島渡輪碼頭大廈入口的對面。
然而，2012年10月末颶風桑迪吹襲紐約，新站受到嚴重水浸破壞並需要關閉進行維修，外側迴圈軌道再次開放以便以雷克托街車站為終點站的列車調頭。新站預計需要到2017年夏天才再度開放。幾個月後，MTA決定暫時重開迴圈車站作為臨時終點站，以恢復1號線列車與史泰登島渡輪的連接。舊站於2013年4月4日重開，並加入了與白廳街車站的連結。2017年6月27日取代它的車站重新開放後，外圈車站再次關閉。

內側月台

IRT萊辛頓大道線的內側月台於1918年7月1日向乘客開放，該日由外側月台搬到內側月台。內側月台比外側月台更彎，只開放位於中央的車門，月台和軌道在車門的位置設有特殊的拱形門洞。
1950年代末，IRT分部大部分開始使用R型列車，但無法限制只開啟中央車門，因此5號線（僅黃昏和週末停靠南碼頭）和6號線（僅深夜停靠南碼頭）再搬到外迴圈。布林格陵－南碼頭接駁線，在平日以及初期也在深夜運行，則繼續使用內迴圈，前往布林格陵車站西月台直至1977年內迴圈月台關閉，萊辛頓大道列車也停止使用外迴圈。1960年代末使用經過特別改造的R12型列車營運直至服務結束。這些列車設有兩套不同的車門控制系統，第一套可開啟兩截車門，第二套只可開啟中央一截的車門。內側和外側月台都不可免費轉乘。
現時內側軌道仍在使用中，平日黃昏和週末5號線以布林格陵車站為終點站時會有5號線列車在此調頭。

興建

2001年9月11日，恐怖分子破壞了世界貿易中心，該大廈位於南碼頭和砲台公園以北附近。整個世貿大廈區域在襲擊中完全毀損，因而通過該大廈的IRT百老匯-第七大道線，包括科特蘭街車站亦遭到嚴重破壞。當時只能將1、2和3號線的路線改道，並減少了曼哈頓和布魯克林的列車服務，直至通過世界貿易中心的路段於2002年9月重啟。該路段的重建的同時，MTA官方亦同意在襲擊以後長期來說，該線負荷極大，需要在南碼頭興建一個更為有效的終點站以讓1號線和9號線停靠。同時還與砲台公園翻新重疊。
2003年，新車站的興建獲分配了資金並於2005年開工。車站原先預計花費4億美元，大部分的金錢作為聯邦交通管理局（FTA）作為世界貿易中心重建的專項。起初，興建車站因價格過高和節省時間太少而受到反對。然而FTA於2004年8月30日發布了無明顯影響的研究結果，因此南碼頭終點站計劃允許繼續進行。在計劃期間，FTA評估了許多替代，包括北延現時的迴圈月台、興建一個額外的軌道和月台的終點站、在迴圈下方興建雙軌終點站、在東面水街興建雙軌終點站、在東南面海邊南街興建雙軌終點站、在BMT百老匯線白廳街車站下方興建三軌終點站以及在彼得·米紐伊特廣場對角線興建終點站。在以上七個選項中，最終採用了最後一個，其他替代方法以費用太高或物流上不可行而放棄。
計劃分為三部分：興建鐘口、通風口以及原線的軌道交匯處；前往車站的隧道以及車站本身。鐘口的興建需要重建270英英尺的隧道以容許新的交匯處。通風口位於原先以東，將促進新的深層車站的通風，該車站位於三條現存的地鐵路線（迴圈月台、IRT萊辛頓大道線的傑拉雷曼街隧道以及BMT百老匯線的蒙塔格街隧道下方）。兩條新的隧道將會是單線隧道，連接到一個洞穴，該處將安裝剪式橫渡線。新的76,820平方英英尺車站，位於地下50英英尺，設有600乘25英英尺的月台、一個新夾層、電動扶梯和一部電梯。
2005年12月8日，紐約市當局宣布在興建新車站的過程中發現了200年歷史的石牆遺蹟。經考古分析，被廣泛報導為曼哈頓最古老的人造結構。挖掘地鐵站時發現了四堵牆以及超過250,000件工件。其中一堵牆放置於柯林頓城堡的臨時展示上。
2008年12月11日，有消息指新站已經基本完成。然而在2009年1月時受軌道里程月台邊緣過遠、月台空隙不符合ADA標準影響啟用延誤。其他的延誤均屬車站漏水影響，乃因車站地下水位過高所致。問題解決後，車站於2009年3月16日啟用，比預計啟用日期遲一年。最後總造價達到5.3億美元，超支1.3億美元。此站是自1989年IND 63街線車站啟用後首次有新的地鐵站完工。2009年4月16日，MTA資金建設獎勵了塔利建設1920美元的合約以重建位於車站上方的彼得·米紐伊特廣場。
車站啟用後，一段出土的較長的歷史城牆永久嵌入新站入口的牆壁。紐約市地標保護委員會主席羅伯特·提爾尼指，「此牆很有可能是在17世紀末和18世紀一度保護城市的炮台，並給予現時公園的名稱。紐約市計劃和紐約市公共運輸局合作保護遺蹟，並形容為「紐約市歷史的一個重要殘餘部分」。
車站的夾層和電梯槽設有紀念藝術，名為《See it split, see it change》，由熔融玻璃幕牆、紙皮石馬賽克以及不銹鋼欄杆組成。該藝術由Doug和Mike Starn創作，描繪了曼哈頓地形，並安裝在夾層超過3年。安裝時成為MTA運輸藝術安裝的藝術品中最昂貴的，價格達到100萬美元。

颶風桑迪吹襲及封站

2012年10月29日，新南碼頭車站受到颶風桑迪嚴重破壞。車站被超過80英英尺的鹽水淹沒，並由軌道一直漫延至夾層。根據時任MTA主席祖爾·羅塔的形容，車站成為一個「大魚缸」（large fish tank）。因此，這部分的車站關閉至另行通知為止。MTA估計維修費會花費6億美元，並要持續至2016年。以此站為終點站的路線只能暫時以雷克托街車站為終點站，直至舊站重新營運。舊站於2013年4月4日作為新站重新營運前的臨時替代。舊站與車站其餘部分的連接一度需要短暫移除約20英英尺的《See it split, see it change》藝術品。
此站進行了裝修、重置信號室和加設大量防水設施工程，但信號室本身可能延誤至2019年。2014年12月8日批出了1.94億美元合約，現時車站正在進行大規模重建，包括在出入口、通風口、沙井、管道加設防水閘門，並清潔車站。維修本身花費了3.45億美元。這些改善工程導致車站複合群的主入口自2015年10月起關閉了幾乎一年。
翻新工程花費了3.45億美元，在2017年6月完工。車站在2017年6月27日重啟，同時容納因應克拉克街隧道長期週末關閉而改變的新路線走線近1年。