鰂魚涌站

車站設計

由於車站設計時，尚未考慮到轉車的需要，故此需要在興建東區海底隧道時，額外在下層加建2個月台及3條長短不一的通道連接本身的港島線月台及大堂。
轉車客流路徑則比較迂迴，對乘客不便，到1997年才加建升降機，情況稍有改善。
由於設計令往來大堂及將軍澳綫月台需時5分鐘，本站會於末班車開出7分鐘前通知乘客請勿入閘，這是7分鐘前請勿入閘的其中一個車站（另一個為博覽館站），與其他車站的5分鐘不同。

大堂

在港島綫初建成之時，鰂魚涌站地面已經有2個不相連的大堂，在寶馬山腳，分別位於英皇道近太古坊的東大堂及位於模範邨旁的西大堂。車站主要設施設在東大堂，包括車站控制室、休息室及3個員工洗手間等；而連接西大堂的C出入口建於模範里的盡頭，由於能挖掘的空間有限，該大堂僅能容納幾部售票機及出入閘機，恒生銀行小型辦事處、1個員工洗手間及一間清潔辦公室。入閘後，乘客需要經過一條長達百餘公尺的狹窄通道，再轉升降機或扶手梯才能前往月台層。該大堂在欣澳站未啟用前，曾是全香港面積最小的港鐵車站售票大堂。兩個大堂均設有客務中心。
現時，鰂魚涌站內提供不同類型的商店供乘客購物或進食，例如有便利店、餅店及銀行等。由於港鐵的收費區是不能進食，因此大部份售賣食物均不會設在收費區內。此外，鰂魚涌站也有不少自助服務設施，包括自動櫃員機、自動售賣機、自動照相機等。往來東大堂的通道層設有「iCentre」免費上網服務設施供乘客瀏覽網際網路的內容。
由於鰂魚涌站周邊200米範圍內並無設置公眾洗手間，故港鐵公司於2008年1月決定在該站近A出入口興建洗手間。洗手間已於2011年3月19日完成工程並隨即開放予乘客使用。

月台

車站有2層共四4個分離側式月台，上層為港島綫月台，下層為將軍澳綫月台，所有月台均裝設月台幕門。下層月台深達42米，為港鐵車站距離地面第四深的月台，亦使鰂魚涌站成為香港鐵路中海拔第四低的一個車站。下層月台祇有3條通道接駁港島綫，並在3號月台旁設升降機往返上層，此站是將軍澳綫往北角方向唯一一個月台是彎曲的車站。
另外，該站至太古站之間設有一條渡綫。每當港島綫的中段綫出現故障時，往堅尼地城方向的下行綫列車將會以該站作為臨時的終點站，屆時所有過海的乘客需在該站轉車，前往堅尼地城至炮台山站的乘客將需乘搭其他交通工具。
由於鰂魚涌站是前觀塘綫終點站之一，所以在3號月台尾端牆門後（近觀塘綫掉頭隧道一方）設有一個員工專用的化學廁所。
與其他港島線車站一樣，月台焗漆板上印有書法字，往後興建的將軍澳綫月台亦延續了此一特色；其中書法字中的「魚」字採用了異體字。
月台都用上孔雀綠色，可能與以前在此常見的食用鰂魚（鯽魚）的顏色有關，但此由來未有官方說法。

觀塘綫掉頭隧道（已封閉）

鰂魚涌站下層月台以西原有一段掉頭隧道供觀塘綫列車使用，觀塘綫列車在鰂魚涌站落客後，便會駛進該隧道掉頭。「紓緩鰂魚涌轉車站擠塞工程」竣工後，觀塘綫在2001年9月27日起改以北角站為總站，掉頭隧道在同年11月封閉。

利用狀況

鰂魚涌站在1989年8月，東區海底隧道落成後，將觀塘綫伸延至該站為終點站，亦變為港島綫及觀塘綫的轉車站。往返九龍東及香港島東的乘客改用鰂魚涌站轉車。加上當時大部份工業大廈經已改建為太古坊商業區，同時亦加設模範里出入口，因此使用鰂魚涌站的乘客不斷增加。在「紓緩鰂魚涌轉車站擠塞工程」落成前，其轉車通道甚至出現飽和現象。2001年9月「紓緩鰂魚涌轉車站擠塞工程」落成後，不少前往港島綫北角站至上環站的乘客改用北角站轉車，以避開較長的轉車通道（乘客利用模範里出口的轉車通道可節省時間，位於下層月台中間及2號月台車頭位置），轉車通道人流已大為減少。至於前往港島綫太古站至柴灣站的乘客，則應使用本站轉車通道轉車。
2002年8月，將軍澳綫全綫通車，此站變為港島綫及將軍澳綫的轉車站。所有乘客往返港島綫太古站至柴灣站及觀塘綫，需要在此站及油塘站轉車。此不便促使部份觀塘綫乘客重投旺角站及金鐘站或中環站前往港島綫沿途各站，使該站轉車人流稍為回落。不過因為早上繁忙時間北角站轉線通道相當擠迫，有部份將軍澳綫往堅尼地城方向乘客，選擇在本站轉乘港島綫往炮台山站至堅尼地城站，以避開北角站擠迫的人潮，乘車時間可能與在北角站轉車相若，甚至稍快捷。轉車的人流除了原有往返港島綫及觀塘綫的乘客外，亦有使用將軍澳綫往返將軍澳的新乘客。因此，本站現時有很高的轉車人流。
車站鄰近有多棟商業大廈，例如太古坊、嘉里中心、柯達大廈、樂基中心等，但車站位處寶馬山山邊，鄰近住宅發展不多，更欠缺大型購物商場及康樂設施，所以出入閘人流只有平日繁忙時間頗多，假日卻偏低。

選址及命名

原本在1970年代港島綫定線的初稿中，並沒有鰂魚涌站。只有一個名為芬尼站的地下車站設於現時鰂魚涌街附近。1980年，由於政府修改地下鐵路發展藍圖，於康山地底加設康山站（即現時太古站）。因此芬尼站附近進行填海工程，以使發展為工業區，故此芬尼站列入後期興建車站。
1983年，由於政府再次修改鰂魚涌發展藍圖為商業區，以配合太古地產在太古船塢發展太古城大型住宅項目，所以芬尼站與七姊妹站合併，並改稱鰂魚涌站，與港島綫第一期同時興建。1985年5月31日港島綫通車，車站啟用。

擴建為轉車站

1984年，日本財團提出以民間興建營運後轉移模式（BOT，建造-營運-移交）形式建東區海底隧道，地鐵當時答允。1984年初，政府有意發展東區海底隧道，作為行車和鐵路兩用隧道，其中鐵路部份以地鐵觀塘綫延伸至香港島。原計劃觀塘綫在太古站和港島綫交匯，但因為要遷就行車隧道的走綫，地鐵 當局只能大幅度改建鰂魚涌車站成為一個「十」字型轉車站，乘客需要步行數分鐘才能轉車。有關工程於1986年6月開始動工興建，而由1989年8月6日起，觀塘綫延伸至鰂魚涌站，鰂魚涌站成為觀塘綫的終點站，並且成為觀塘綫當時唯一一個位於香港島的車站。

「彈性上下班」計劃

觀塘綫伸延至鰂魚涌站後，地鐵公司為紓緩荃灣綫過海人流，推出「彈性上下班」計劃，吸引乘客使用鰂魚涌站轉車。地鐵公司在三條轉綫隧道的旁邊安裝特別的核票機，乘客在這些時段使用該站轉車往中區途中，將通用儲值車票插入這些核票機，便可享有車資折扣。後來計劃完結，這些核票機亦隨之拆除。

紓緩鰂魚涌轉車站擠塞工程

受東區海底隧道走線的限制，當時觀塘綫伸延至本站的走綫不能跟港島綫平行，限制了本站不能規劃成跨月台轉綫站。而利用本站轉綫必須上落樓層以及經過迂迴通道，對乘客而言固然不便，但作為當時港島東唯一的轉綫站，要處理來自觀塘綫和港島綫共三個方向的轉車客，因此本站的轉綫通道擠塞情況非常嚴重。
1998年，地鐵在計劃興建將軍澳綫時，同時推行「紓緩鰂魚涌轉車站擠塞工程」，決定將觀塘綫由鰂魚涌站延伸到北角站，而北角站的設計亦改以同層轉綫的方式設計，以方便乘客轉乘，同時以減輕鰂魚涌站負荷，2001年9月27日，把觀塘綫延伸至北角站，鰂魚涌站成為觀塘綫的中途站。同日起，觀塘綫越位隧道停用。同年11月，該隧道被回填封閉；但是，由於當時未有拆卸隧道的技術及需要，因此舊隧道結構仍然保留，而北角城市規劃大綱圖中仍有顯示該隧道。

將軍澳綫一期通車

2002年8月4日，將軍澳綫局部通車，取代觀塘綫過海地位，原屬觀塘綫的北角站及鰂魚涌站改屬新的將軍澳綫。當時為了使乘客熟習轉車安排，故只開放油塘站；該站成為觀塘綫和將軍澳綫的臨時總站。此安排一直維持至同月18日，調景嶺站至寶琳站一段通車為止。為統一地鐵系統的上下行月台編號，由2001年9月27日起，將3號月台（上行月台）及4號月台（下行月台）編號互換，以符合未來將軍澳綫之上下行編排。

將軍澳綫二期通車

2009年7月26日，康城站通車。由於在繁忙時間的將軍澳綫北行的不同列車可能會有不同的終點站，港鐵在3號月台安裝了數部液晶顯示器，清楚顯示下4班列車的終點站以及抵站時間，使乘客能夠登上前往正確目的地的列車。