美菲战争

命名

這場戰爭在菲律賓語被稱為「Digmaang Pilipino-Amerikano」，意即「菲律賓－美國戰爭」。在美國，則已知有了各種各樣的名稱，包括「菲律賓叛亂」、「菲律賓－美國戰爭」、「菲律賓戰爭」及「菲律賓革命」。1999年，美國國會圖書館使用「菲律賓－美國戰爭」作為參考資料的分類用語。
有關美軍於20世紀初期在民答那峨島的作戰行動，有時被單獨稱為「摩洛戰爭」或「摩洛－美國戰爭」。

菲律賓革命

1892年7月7日，來自馬尼拉的倉庫保管員和業務員安德烈·滂尼發秀成立了「卡蒂普南」，一個致力於通過武裝抗爭從西班牙殖民統治中獲得獨立的革命組織。卡蒂普南在全國範圍內蔓延開來，其成員被稱為卡蒂普聶洛斯（Katipuneros），他們於1896年領導了菲律賓革命。在甲米地省的戰鬥者們贏得了早期的勝利。埃米利奧·阿奎納多是甲米地省最有影響力和最受歡迎的領導人之一，他是舊甲米地的市長並控制著甲米地省東部的大部分地區。最終，阿奎納多和他的派系取得了這一運動的領導權。1897年，阿奎納多當選為反叛者政府的總統，而落選的滂尼發秀被指控犯叛國罪而被處決。阿奎納多在現代被官方視為菲律賓第一位總統。

阿奎納多的流亡和返回

1897年12月，鬥爭進入僵局。1897年8月，阿奎納多和當時的西班牙總督費南多·普里莫·德里維拉進行了停戰談判。到12月中旬雙方達成一項協議：如果阿奎納多答應去流亡國外，總督將分三期支付協議中所寫的「800,000（墨西哥）元」給阿奎納多。阿奎納多隨後在香港為自己找到了立足之地。阿奎納多臨走時譴責了革命，力勸菲律賓的戰鬥人員解除武裝，並宣布那些繼續進行敵對行動的人為土匪。然而，一些菲律賓革命者仍舊繼續進行反對西班牙殖民政府的武裝鬥爭。
阿奎納多在1899年回顧性地寫道，在1898年4月22日到25日之間，他在新加坡會見了美國領事E·史賓塞·普拉特（E. Spencer Pratt）和朗塞維爾·維爾德曼（Rounceville Wildman），他們勸說他再次成為領導革命的核心。普拉特通過電報和喬治·杜威上將（美國海軍亞洲中隊的指揮官）進行了溝通，杜威向阿奎納多保證美國將至少承認菲律賓在美國海軍的保護下的獨立，並補充說沒有必要制定一份正式的書面協議，因為海軍上將和美國領事的話實際上相當於最莊嚴的承諾，他們的口頭承諾和保證會被不折不扣地履行，並不可歸與西班牙人的承諾或西班牙人觀念中的諾言。阿奎納多回電同意返回菲律賓，他從新加坡搭乘馬六甲號汽船到達香港，再從香港乘坐美國派遣的麥庫洛克（McCulloch）號於5月19日到達甲米地。1899年8月6日，《紐約時報》寫道，普拉特取得一項法院命令，禁止公布一些「或許可以被視為顯示了他和阿奎納多之間的積極的關係」的陳述。《紐約時報》報導說，法庭判決維護了普拉特先生的立場，也就是他沒有和阿奎納多進行所謂的「與政治人物的交易」，而出版商撤回了出版與之相反的陳述。
在卡米金，阿奎納多報告了與杜威上將會面，並回憶說：「我問他是否真的給那位在新加坡的領事普拉特先生發了所有那些普拉特告訴我他收到了的電報。海軍上將回答是肯定的，並補充說美國已經到菲律賓來保護當地人並把他們從西班牙的枷鎖中解放出來。此外，他說，美國在領土、稅收、資源方面非常富裕，因而不需要殖民地，最終使我確信我沒有任何理由懷疑美國對於菲律賓的獨立性的承認。」杜威在5月下旬被美國海軍部下令疏遠阿奎納多，以免他向菲律賓軍隊做出什麼不利的承諾。
在阿奎納多回歸的數月之後，菲律賓革命軍攻克了菲律賓境內幾乎所有西班牙占有地區。馬尼拉也被12,000人的菲律賓軍隊完全包圍，菲律賓人現在控制了菲律賓。阿奎納多向美國人移交了15,000個西班牙俘虜，向美國人提供了有價值的情報。6月12日阿奎納多在他在舊甲米地的家中宣布獨立。
8月12日，西班牙和美國簽署了和平協議，可是美軍指揮官未知悉這事，13日美國軍隊從西班牙手中攻佔馬尼拉。總督費爾明·豪德內斯與杜威和威斯理·梅利特將軍達成了一個秘密協定。豪德內斯特別要求只向美國人投降，而不是向菲律賓叛軍。為了挽回面子，他提出在西班牙投降之前與美國人進行一個模擬戰；而菲律賓人將不會被允許進入城市。杜威和梅利特同意這一點，而兩個陣營中沒有其他人知道這個協定。在模擬戰前夕，湯瑪斯·M·安德森將軍電告阿奎納多，「在沒有得到美國指揮官的允許前，不要讓你的部隊進入馬尼拉。在帕西格河的這一邊你會受到攻擊」。
在西班牙和美國之間的戰爭開始時，美國人和菲律賓人已經成為對抗西班牙的盟友；現在西班牙和美國人建立了夥伴關係，共同驅逐菲律賓叛亂分子。美國和菲律賓軍隊之間的戰鬥險些爆發，因為前者在攻擊前夕的重要關頭將後者驅逐出了馬尼拉周圍的戰略位置。美國人坦率地告訴阿奎納多他的軍隊不能參與戰鬥，而且如果他們進入城裡會被攻擊。叛亂分子由於被拒絕勝利進入自己的首都而被激怒，但是阿奎納多在等待他的時機。雙方關係持續惡化，然而，對於菲律賓人來說，美國人將占領他們的國家已經變得清晰了起來。
6月12日的菲律賓獨立宣言並沒有得到美國或西班牙的承認，而西班牙政府在1898年12月10日簽署的《巴黎條約》中把菲律賓割讓給了美國。
在1899年1月1日，阿奎納多被宣布為菲律賓總統——就是後來被稱作「菲律賓第一共和國」的唯一的一位總統。後來他在布拉干省的馬洛洛斯市組建了國會以起草憲法。
杜威上將後來辯稱，關於未來他沒有承諾過任何事：
「從我對阿奎納多和他的顧問的觀察中我認定以一種官方的方式與他或他的追隨者合作是不明智的……總之，我的政策是避免任何與叛亂分子糾纏不清的聯盟，然而我很欣賞的是，在我們的部隊到來之前，他們可能有幫助。」

西德科宅院（菲律賓第一共和國埃米利奧·阿奎納多的席位）

這棟房子是埃米利奧·阿奎納多將軍擔任菲律賓第一共和國總統時「席位」所在地。在他於美國軍隊中歷經長途飄泊的最後階段，將該地作為他自己在聖伊西德羅的總部。 
1899年3月29日，埃米利奧·阿奎納多總統／將軍抵達新怡詩夏省的聖伊西德羅，並宣布該鎮是菲律賓第一共和國的首都。他停留在這棟房子裡，將它當作「事實上」的菲律賓臨時總統府。當美軍佔領聖伊西德羅後，西德科宅院被弗列德里克·馮斯頓上校當作總部，他後來在伊莎貝拉省的帕拉南捕獲阿奎納多總統／將軍。據說對阿奎納多的捕捉計畫，就是在這棟房子完成。依據2006年的報導，該宅院已被一個基督教組織所佔據。

衝突的起源

菲律賓歷史學家提奧多羅·亞岡西利歐在寫到「美國背叛」時說，是美國首次接觸在香港和新加坡的阿奎納多並說服他與杜威合作，從西班牙手中奪取權力的。在承認杜威可能並未允諾阿奎納多美國承認菲律賓獨立（杜威無權作出這樣的承諾）的前提下，他寫道，杜威和阿奎納多有一個與共同敵人鬥爭的非正式聯盟，杜威秘密安排西班牙向美國軍隊投降，從而破壞了聯盟，並且在獲得投降後惡劣地對待阿奎納多。亞岡西利歐總結美國對阿奎納多的態度「……表明他們並非作為朋友來到菲律賓，而是一個裝作是朋友的敵人。」
1898年12月21日，麥金萊總統簽發了一份《親善同化宣言》。奧蒂斯將軍將其出版推遲到1899年1月4日，並刪除了原來版本中術語「主權」、「保護」、「中止的權利」的含義。然而，當時在伊洛伊洛市的馬可斯·米勒（Marcus Miller）將軍並不只知道奧蒂斯已經公布了修訂版，將未刪減版的宣言副本交給了一個在那兒的菲律賓官員。未刪減版本繼而流轉到了阿奎納多的手上。1月5日，阿奎納多發表了一份反宣言：「我的政府無法對這樣一個暴力並侵略性地攫取領土並妄稱自己是受壓迫國的捍衛者的國家視而不見。所以如果美國軍隊試圖暴力將維薩亞斯群島據為己有，我的政府願意採取公開的敵對行動。我在世人面前譴責這些行為，為了人類的良知可能會對誰是真正的壓迫者和人類的折磨者宣布它的永無過失的判決。」在修訂後的宣言發布的同一天，阿奎納多「最鄭重地」抗議「美國政府對這些島嶼的入侵。」
奧蒂斯視這兩個宣言等同於戰爭，提醒他的部隊堤防並加強觀察哨。另一方面，阿奎納多的宣言有力地激發了群眾與由盟友變成的敵人鬥爭的決心。2月4日晚上，兩個美國哨兵在馬尼拉的聖胡安蒙特橋值班，其中一個是羅伯特·威廉·格雷松士兵，打響了開始1899年馬尼拉戰役的槍聲。次日，亞瑟·麥克阿瑟（Arthur MacArthur）將軍在沒有調查開火原因的情況下，命令他的部隊向菲律賓軍隊發起進攻，從而開始了全面大規模的武裝衝突。

第一菲律賓委員會

在1899年1月20日，麥金萊總統任命雅各布·古爾德·舒爾曼博士主持一個包括迪安·C·伍斯特、查理斯·H·丹比、杜威海軍上將和奧蒂斯將軍為成員的委員會，調查海島狀況並提出建議。二月，戰爭在美國與菲律賓武裝之間爆發。當非軍事委員會成員與三月抵達時，他們發現奧蒂斯將軍將委員會視為對其權威的侵犯。
在次年他們向總統發出的報告中，委員們承認了菲律賓的獨立訴求；但是，他們說菲律賓還沒有為此做好準備。具體的建議還包括對馬尼拉建立文官控制（奧蒂斯將享有超過城市政府的否決權），儘快創立平民政府，特別是在已經宣布「平定」的地區（美國行政首長當時是海島的軍事總督），其中包括建立兩院制的立法機關、省級和市級的自治政府、和免費的公立小學系統。
1900年11月2日，舒爾曼博士簽署以下聲明：
「如果我們的權力被任何惡性事故撤回，我們的委員會相信菲律賓將迅速陷入無政府狀態，這很可能導致其他權力的干預和海島的最終分離。所以，只有通過美國的占領，是獲得自由、自治和統一的菲律賓聯邦的理想方式。並且從菲律賓必不可少的需求出發，保持美國對群島的統治權被所有聰明的菲律賓人，甚至是渴望受美國保護的起義軍所認可。事實上，後者將受益而把責任留給我們。然而，他們意識到菲律賓不能獨自存活是不容置疑的事實。所以菲律賓人的福利與禁止我們拋棄群島的民族尊嚴的指令相一致。從任何角度來看，我們無法逃避我們的主權賦予政府的責任；並且委員會充分相信我們國家責任的履行將會給菲律賓島嶼的人民帶來最大的福祉。」

第二菲律賓委員會

由麥金萊於1890年3月16日任命的並由威廉·霍華德·塔夫脫領導的第二菲律賓委員會（塔夫脫委員會）被授予立法的和有限的行政權力。在1900年9月和1902年8月之間，它頒布了499部法律。建立了一個包括最高法院的司法系統，起草了一部取代過時的西班牙條例的法典。組織了一套行政部門。1901年市政法對民選總統、副總統和市政委員會的議員做出了規定。市政委員會成員對徵稅、維護市政財產和進行必要的建設項目負責；他們還選舉省級的首腦。

美國戰術

美國在菲律賓的軍事策略從常規的對抗西班牙改為對起義的鎮壓。戰略隨對關鍵領域的控制和對平民游擊隊伍的隔離而改變。集中營或「保護區」的使用，而非美軍全面投入戰爭，理論上防止了平民生命的不必要損失。然而，由於惡劣的衛生條件，許多的被拘禁者死於痢疾。
美國政府和媒體通過道德演說的使用來支持美國在菲律賓行動的正當性。史都華特·克雷頓·米勒（Stuart Creighton Miller）寫道：「美國人利他地捲入與西班牙的戰爭，去把古巴人、波多黎各人和菲律賓人從殘暴的枷鎖中解放出來。如果他們在菲律賓逗留了太長時間，那是為了保護菲律賓不受等待美國撤軍的歐洲大鱷的侵擾，和指導他們學習美國式的民主。」

奧蒂斯將軍的行動

美國軍官奧蒂斯將軍因他在菲律賓的行動而聲名狼藉。儘管華盛頓方面給予了奧蒂斯許多避免軍事衝突的命令，他並沒有為防止戰爭爆發採取什麼舉措。值得注意的是，戰鬥開始後不久，他拒絕了埃米利奧·阿奎納多結束戰鬥的建議，並宣傳「戰鬥，已經開始，必須持續到嚴峻的結束」。奧蒂斯拒絕接受除菲律賓軍隊無條件投降之外的任何提案。他常常在沒有第一時間與華盛頓領導層商議的情況下自己做出重大的軍事決定。他在菲律賓人的反抗會很快瓦解的感覺下挑釁地處理菲律賓問題；即使在這被證明是錯誤之後，他繼續堅持認為起義已經被擊敗，其餘的人員傷亡是由「個別不法分子團伙」造成的。
奧蒂斯在從媒體隱瞞美國軍事戰術的消息中也扮演了重大的角色。當描述美國暴行的信件到達美國媒體，陸軍部參與了並要求奧蒂斯將軍調查它們的真實性。每一則剪報被發送到原作者的指揮官處，然後說服或迫使該士兵寫撤回原作的聲明。
同時，奧蒂斯聲稱菲律賓叛軍對美國戰俘用「嚴刑」逼供。在1899年的年底，埃米利奧·阿奎納多試圖通過提議由中立方——外國記者和國際紅十字會的代表——來檢查他的軍事行動以反駁奧蒂斯將軍的說法。奧蒂斯拒絕了，但埃米利奧·阿奎納多設法在暗中把四位記者——兩位英國的，一位加拿大的，和一位日本的——帶入菲律賓。這些通訊員返回馬尼拉報導，美國戰俘「受到的待遇與其說像俘虜，不如說更像客人」，「享用這個國家所能給予的最好膳食，並受到無微不至的照料」。報導接著說美國戰俘在菲律賓軍隊被給予佣金，並且有三人已經接受。四位記者的報導一被出版，他們就被驅逐出菲律賓了。
被釋放的海軍中尉J·C·吉爾摩爾（J.C. Gilmore）堅持說他受到了「相當的待遇」，並且他並未比他的逮捕者更多挨餓。奧蒂斯對這兩篇文章的反應是下令「逮捕」並「調查」兩名作者，從而質疑他們的忠心。
當國際紅十字會的F·A·布雷克（F.A. Blake）應埃米利奧·阿奎納多的要求達到時，奧蒂斯將他限制在馬尼拉，在那兒奧蒂斯的隨從向其說明所有菲律賓人對文明戰爭的違反。Blake設法逃離看護，冒險進入戰場。布雷克並未越過美國的界限，但即使在美國的領域裡，他看見被燒毀的村莊和「恐怖地殘缺不全的身體，腹部被割開及間或被斬首的」。布雷克等回到聖弗朗西斯科以後，告訴一個記者「美國士兵決心殺死所能看到的每個菲律賓人。」

菲律賓的戰爭策略

菲律賓的武裝力量估計在80,000到100,000人之間，以及成千上萬的附屬人員。武器和彈藥的缺乏對菲律賓人來說是一個重大的阻礙。
菲律賓第一共和國追求的目標，或者說終極狀態，是一個具有主權的、獨立的、社會穩定的，由ilustrado（知識分子）寡頭政治領導的菲律賓。當地的首領、地主和商人是控制當地政治的principales。當 illustrados、principales和農民聯合對抗併吞時戰爭最猛烈。為游擊隊提供人力的農民，與他們的illustrado領袖、他們村莊的principales有不同的利益。與種族和地理的分裂相結合，聯合是一項使人畏縮的任務。阿奎納多和他的將軍們的挑戰是維持統一的菲律賓公眾的反對派；這是革命者們戰略上的重心。
菲律賓運作的重心是在戰場維持100,000非正規軍的能力。菲律賓的弗朗西斯科·馬卡布洛斯將軍把菲律賓的戰爭目標描述為「並非擊敗美國軍隊，而是造成他們持續的損失。」他們尋求首先使用傳統戰術和增加美國的人員傷亡來促使麥金萊在1900年總統選舉中的失敗。他們的希望是公開承認自己是反帝國主義者的威廉·詹寧斯·布萊恩作為總統將會從菲律賓撤軍。他們以更好適應拖延鬥爭的游擊戰術來追求這個短期目標。儘管這一目標在短期內鼓舞了革命者，麥金萊的勝利使他們士氣低落並且使許多決心不穩的菲律賓人確信美國將不會很快離開。

游擊戰爭階段

在1899年的大部分時間裡，革命領導人在戰略上已經把游擊戰視為苟延殘喘的最後法寶，而不是當作扭轉不利戰況的有效方法。1900年11月13日，埃米利奧·阿貴依奧爾多發出命令，之後游擊戰成為了主要戰略。這使得菲律賓群島上的所有美占區的統治在接下來幾年中變得更加艱難。事實上，僅僅在游擊戰發動的前四個月中，美軍已接近500傷亡。菲律賓軍方展開了血腥的偷襲突擊，如在佩耶、卡圖比、馬卡罕布斯山、普朗盧帕、巴朗吉戛及馬比塔克等游擊勝利。起初，甚至看起來菲律賓人將使擊敗美軍迫使他們撤退。就連麥金利總統在開始階段也曾一度這麼認為。
游擊戰的轉變促生了美軍的「整體戰」學說。平民得到身份認證後被強迫在官方規定日期前進入集中營，在那之後，所有沒有身份證明於集中營之外被看見的人將被立即射殺。成百上千的平民由於很差的環境死於集中營內。但是這也加快了戰爭的結束。

菲律賓第一共和國的衰敗

常規作戰期間菲軍在美軍面前繼續遭受失敗，迫使阿貴依奧爾多不斷更換作戰基地，他所做的幾乎在整個戰爭期間持續。
1901年3月23日，在支持美國一方的一個名叫馬卡貝貝（Macabebe）的菲律賓偵察兵幫助下，弗列德瑞克·馮斯頓將軍和他的軍隊占領了伊莎貝拉省的帕拉南，偵察兵身著菲軍的制服，美軍佯裝作他的俘虜。當馮斯頓一行一進入阿吉納爾多的軍營，他們馬上進攻守衛，很快地壓制了疲憊的對手。
1901年4月1日，在馬尼拉的馬拉坎南宮，阿吉納爾多發誓接受美國當局並保證效忠美國政府。4月19日，他向美國簽署了正式投降宣言，讓他的追隨者們放下武器放棄抵抗。「讓血河的流動停止，讓淚水和憂傷終結，」阿吉納爾多說道，「戰爭持續的教訓和我最近才意識到的重要性，使我確信戰爭的完結與和平的維持不僅是人們所渴望的更是菲律賓人民的本質需求。」
阿吉納爾多的被俘給予了菲律賓人強烈打擊，但程度未及美軍所希望的那樣。米蓋爾·馬爾瓦爾將軍接管了菲政府的領導權，或者說是剩下部分的權力。起初他採取防禦立場對抗美軍，但是之後在八打雁地區對美軍占領城鎮發動了全面攻勢。薩馬島的文森特·路克班（Vincente Lukban）將軍，以及其他軍官，都在各自地區繼續戰鬥。
作為回擊，富蘭克林·貝爾將軍也採取戰術反擊馬爾瓦爾的游擊戰術。強迫平民住進集中營，對他們使用水刑來審訊，協同他的焦土戰略，一併對菲律賓革命分子予以重創。
貝爾也無情地追蹤者馬爾瓦爾和他的部下，擊潰對手，打壓鬥志，逼迫菲律賓士兵投降。最終，在1902年4月13日，馬爾瓦爾和他的手下官員以及家人一起投降了。在4月末，接近3,000個馬爾瓦爾的部下也隨之投降。隨著馬爾瓦爾的投降，菲軍戰力開始更進一步地被削弱。

戰爭的正式結束

1902年7月1日，菲律賓組織法案批准了麥金利先前建立菲律賓委員會的行政命令，規定立法機構將由選舉出的下議院（菲律賓國會）以及上議院組成建立。這個法令也為美國人權法案的延伸提供了基礎。
7月2日，由於抵抗美國的暴動的結束和地方政府的建立，美國戰爭部長發電說明結束軍事主管辦事處。7月4日，西奧多·羅斯福（於1901年9月5日麥金利總統遇刺當上總統）對曾在菲律賓群島上參與衝突的所有人宣布赦免罪責。

難以調解的糾紛

歷史學家康斯坦丁諾聲明由於卡蒂普南和其他不可調解反抗勢力的殘餘，繼續同美國軍隊和菲律賓警察作戰負隅頑抗，非官方層面的戰爭仍將持續接近十年。但是在戰爭的末期，總督塔夫脫更願意依靠菲律賓警察而不是美軍的軍事介入。事實上，他也因此被譴責。
1903年9月25日，在比科爾島——馬爾瓦爾投降的地方，來自阿爾拜省奎諾巴坦的塞梅翁·歐拉投降了，他是記載下的最後一個投降的菲軍將軍。1902年一個卡蒂普南的老兵馬卡里奧·薩凱在呂宋島南部創立了另一個塔加拉共和國，名字叫卡塔加盧岡（Katagalugan）。1906年隨著薩凱和他的追隨者被美國當局當作盜賊捕獲並在接受赦免之後，這個共和國便終結了。

普拉漢信徒

准宗教武裝團體在各省抗擊著美軍。這些團體包括普拉漢信徒，因為他們的紅色服裝而被這樣稱呼；以及柯羅盧姆（colorum）和上帝上帝（Dios-Dios）。他們大部分由農民和其他窮苦人民組成，被救世主似的領導者如迪歐尼西歐·昔桂拉（Dionisio Seguela，即伊西歐教宗）率領，揉合了羅馬天主教和民間信仰。舉個例子，他們相信被稱為阿吉梅特（agimat）或安汀-安汀（anting-anting）的護身符，可使他們刀槍不入。這些運動被美國政府當作盜賊、狂熱分子之類去鎮壓。最後的這類團體也在1913年之前被擊敗或者投降了。

摩洛族叛亂

在和阿吉納爾多爆發戰爭時，美國政府與蘇祿蘇丹國簽下了在摩洛人領土避免戰爭的和平條約。然而，在北部的抵抗大為減弱後，美國開始在摩洛族領土開闢殖民地，這激起了摩洛叛亂。1904年4月4日，從塔拉卡戰役開始，美軍對達圖安普安那古斯（Datu Ampuanagus）開戰，他在損失了200名部下後投降。在那之後許多戰役被打響，這一直持續到1913年6月15日。在這場衝突中，達約山和巴格薩克山戰役是最著名的，因為造成婦女和兒童死傷。

美國人的反對

一些美國人，尤其是威廉·詹寧斯·布萊恩、馬克·吐溫、安德魯·卡耐基、歐內斯特·克羅斯比，和其他的美國反帝國主義聯盟的成員，強烈反對吞併菲律賓。反帝國主義者宣稱美國已經變成一個新的殖民勢力，取代西班牙成為在菲律賓的殖民勢力。其他反帝國主義人士出於種族原因反對兼併。這些人中，南卡羅來納州的班傑明·提爾曼參議員害怕兼併菲律賓將導致大量非白種人湧入美國本土。隨著鎮壓菲律賓人民的暴行傳入美國，人們也開始不再支持戰爭了。
馬克·吐溫通過自己在傳媒界的影響力極好地反對了戰爭。他說因為不讓菲律賓人民選擇自己的命運，戰爭違背了美國民主的理念。
「這是菲律賓的情況。我已經盡力了，然而我一生都無法理解我們怎麼陷入那個麻煩之中。也許我們不能迴避——可能我們同當地島民戰鬥是不可避免的——但是我不能理解，也從未能找到我們與他們敵對的根源。我認為我們應該充當他們的保護人，而不是把他們踩在腳下。我們本打算將他們從西班牙暴政中解救出來使其建立自己的政府，我們本打算支持他們使其獲得公平審判。那不是一個我們按照我們的意志行動的政府，而是一個代表大多數菲律賓人民的政府，一個遵從菲律賓人民意志的政府。對於美國來說那本將是個有價值的使命。可是現在——為什麼，我們陷入了麻煩，陷入了每走一步都將更加難以抽身而出的沼澤。我確信自己希望的是看到我們正在擺脫它，作為國家民族層面這對我們很重要。」
在一段被吐溫的首位傳記編輯托馬斯·本傑羅·潘恩刪去的文章里，吐溫稱美國軍隊為「穿著制服的殺手」，並把他們在菲律賓群島殺戮 「600個無助且沒有武器的野蠻人」描述為「僅僅是舒適地坐著，在人群中燒毀黃金法則，想像著自己寄給家人們的信，不斷積累自己的榮譽的漫長而快樂的野餐」。

菲律賓人通敵

阿吉納爾多的一些同僚甚至在戰爭前就支持美國。阿吉納爾多的總理，1897與西班牙休戰協議的擬定者佩德羅·帕特諾，1898年時主張菲律賓併入美國。其他親美的是重要國會成員崔尼戴德·帕多·迪·塔維拉（Trinidad Pardo de Tavera）和本尼多·列加達（Benito Legarda）；阿吉納爾多的司法大臣葛列哥里歐·阿拉聶塔（Gregorio Araneta），外事大臣菲利浦·布恩卡密諾（Felipe Buencamino）。1902年布恩卡密諾的發言被記錄道：「我是美國人，菲律賓一切的財產、空氣、光和太陽，我認為都屬於美國。」許多這樣的人隨後在殖民政府中占據要職。
美國陸軍上尉馬休·阿靈頓·貝特森組織了馬卡貝貝偵察軍作為本地的武裝游擊力量來抗擊叛亂。

美軍暴行

美國方面對鄉村的攻擊通常包括使整個村莊都被燒毀的焦土策略、水刑的折磨和把村民押送進「保護區」。1901年11月，費城公眾記事報的馬尼拉通訊員報導：「這次戰爭並非不流血，而是一場諷刺的交戰；我們的人變得殘酷無情，殺害男人、女人、兒童、囚犯、俘虜、叛亂分子以及10歲以上有嫌疑的少年，菲律賓人只比狗好一點點的觀念盛行一時……」
菲律賓人的死亡人數始終是個爭論議題。1908年，曼紐爾·阿瑞蘭諾·雷蒙多（Manuel Arellano Remondo）在《菲律賓群島普通地理》寫道：「在1895年到1900年的五年之間，由於戰爭因素導致人口銳減。在第一次暴亂開始時，人口估計為9,000,000人，而現在（1908年），群島上的居民人數不超過8,000,000人。約翰·M·蓋茲（John M. Gates）估計至少34,000名菲律賓軍人被殺，另外有將近200,000個平民死亡，大部分肇因於霍亂疫情。菲律賓歷史學家小聖胡安則主張有140萬菲律賓人在戰爭中死亡，構成了美國方面的種族滅絕行為。

集中營

菲律賓村民被迫遷入稱為「再集中區」的集中營，周圍環繞自由射擊區，有如「死亡地帶」。此外，這些營地過於擁擠，到處都是疾病，導致死亡率極高。在這些再集中區裡條件是非人道的。1902年1月到4月，總共298,000名囚犯中有8,350名死亡。一些營地發生的死亡率高達20％。一個營地範圍是兩英里乘一英里（3.2公里乘1.6公里），大約是8,000位菲律賓人的家。他們被圍捕，然後審問、拷打或處決。
在八打雁省，富蘭克林·貝爾將軍負責設立集中營，有記者以「狠」形容其運作情形。1901年12月25日，貝爾將軍下令八打雁省和內湖省的整個人口聚集到各自的城鎮中心的小區域。這些家庭攜帶他們可以攜帶的一切，因為遺留下的東西都會被美軍燒毀，包括房屋、花園、牛車、家禽和動物。集中營以外的任何人士會被槍殺。貝爾將軍堅持說，他修建了這些營地「保護友好的當地人使他們不受叛軍的傷害，向他們保證充足的糧食供應」，而且讓他們知道什麼是「適當的衛生標準」。然而營地的指揮官稱他們處在「地獄的郊區」。

菲律賓的暴行

美國陸軍將軍奧的斯說，菲律賓叛亂分子以惡魔般的方式折磨美國戰俘。據奧的斯，許多被活埋或把他們的脖子放置在蟻丘上。他說，其他人的生殖器被割，並塞入自己的嘴巴，然後窒息或流血過多而死亡。另據報導，西班牙神父在他們的會眾前被可怕的肢解，當地人誰拒絕支持阿吉納爾多·埃米利奧將被屠宰成一千塊。 美國報紙的頭條指出「惡魔般的菲律賓人謀殺和搶掠」。「戰鬪喬」·惠勒將軍堅持，這是菲律賓人謀殺自己人、謀殺婦女和兒童、燒毀村莊，純粹為了抹黑美國大兵。
1899年1月，《紐約世界報》發表一篇關於一名美國士兵威廉·拉皮爾（William Lapeer）據稱被故意感染麻風病（leprosy）的故事。然而，這個故事的真實性已受到質疑，並表示名字拉皮爾本身可能是一個雙關語。
被稱為暴行的其他事件還有那些美國人認為是文森特·盧克班（Vicente Lukban）將軍干的事，他據稱是菲律賓的指揮官，在薩馬省策划過巴朗吉加大屠殺，菲律賓的一個突襲殺害了近50個美國士兵。媒體報導說，許多屍體被肢解。這次襲擊引發了美國在薩馬島的報復，由賈可布·赫德·史密斯下令攻擊。據報導，他下令他的部下殺死十歲以上的每個人。為了自己的榮譽，利特爾頓·沃勒少校撤回了他自己的人。史密斯因為他的命令而受到軍法審判，於1902年確定罪行，結束自己在美國軍隊中的職業生涯。沃勒因為僅僅殺死了11個菲律賓嚮導而被無罪釋放。
哈洛克（Hallock）警長在參議院菲律賓委員會（小屋委員會）作證時表示，當地人被灌水，「……為了弄到第1連士兵歐赫聶（O'Herne）被謀殺的情報，他不僅被殺，在臨死之前還被用火烤以及其他方法進行拷問。」
在菲律賓人方面，有關暴行的信息來自目擊者和參與者本身。趙多洛·阿銀絲溜在他的《菲律賓人民史》寫道，菲律賓軍隊可以達到甚至超過美軍對一些戰俘的暴行。用腳踢、打耳光，並在臉上吐痰是普遍的。在某些情況下，耳朵和鼻子被切掉，把鹽塗在傷口。在其他情況下，俘虜被活埋。這些暴行無視阿吉納爾多的命令，並告知他囚犯受到良好的待遇。
伍斯特敘述如下兩個具體的菲律賓軍人暴行：
「一支隊伍行軍穿過雷伊泰島，發現稍早失蹤的美國人被釘在十字架上，垂著頭，他的腹壁被仔細切開，使他的腸子能掛在他的臉上。」
「另一位美國囚犯在同一行程中被發現，身體埋在地下，只有他的頭部凸出地面。他的嘴已被一根棍子撐開，糖的軌跡進入樹林，且留一把塞在他的嘴裡。引來了無數的螞蟻。」

文化影響

羅馬天主教會被解散，相當數量的教會土地被購買和重新分配。土地面積達170,917公頃（422,350英畝），對此教會1903年3月要價$ 12,086,438.11。本次收購是完成於1903年12月22日降價$ 7,239,784.66。土地再分配計劃被規定符合至少三部法律：《菲律賓組織法》、《公共土地法》、《弗萊爾土地法》。《公共土地有限採購法》第10條規定：個人購買土地最多16公頃，一個公司或類似協會購買土地最多1,024公頃。土地給可被無地農民租賃，每公頃每年價格範圍從50分到一比索50分。《公共土地法》第28條規定的租賃合同可能的最長期限為25年，而且可續租25年。
美國總統麥金利，在他於1898年給菲律賓第一委員會的指示中，下令允許菲律賓語言的使用，與英語一樣，以達到教育目的。 美國的管理員，發現當地語言過於龐雜，對於學習和編寫教材來說太困難了，最終只用英語的單語系統，而不再考慮其它的菲律賓語言，除了在必須使用它們的象徵性陳述中。
1901年，至少五百名教師（365名男性和165女性）從美國乘美國軍艦「托馬斯」抵達。 名稱Thomasite被這些教師採納，他們堅定地樹立教育，以作為美國對菲律賓的主要貢獻之一。 給定的任務是阿爾拜，卡坦端內斯，索索貢，北甘馬粦，甘馬蘇爾和馬斯巴特。 在首個20個月的居住中這些教師中二十七個死於熱帶疾病或菲律賓叛軍殺害。 儘管艱辛，這些教師堅持教學和建設學習機構，讓學生為自己選擇的專業或行業作準備。 他們在1901年建立了菲律賓師範學院（現在的菲律賓師範大學）和（PSAT）菲律賓的藝術及貿易學院，重開了菲律賓航海學校，它於1839年在西班牙統治下由馬尼拉商務董事會首次成立。 到1904年年底，小學課程大多是美國的管理下，由菲律賓人教的。
流行文化
維克赫爾利的摩洛人歷史，「克里斯的斯威什摩洛人的故事」講述了亞歷山大·羅傑斯上校在菲律賓用豬制服摩洛人的故事。赫爾利寫道，羅傑斯上校被摩洛斯人稱為「豬」，另一本赫爾利書《叢林巡邏隊，菲律賓警察的故事》也講述了豬被用來對付他們的故事。
赫利在1937年為好萊塢電影《真正的榮耀》寫了劇本；這部電影於1939年上映。這部小說改編自1937年查爾斯·L·克利福德（Charles L.Clifford）的同名小說，是赫爾利的筆名。電影中有一個場景，加里·庫珀（Gary Cooper）飾演比爾·卡納萬（Bill Canavan）博士，將一名被俘虜的穆斯林裹在豬皮上。他宣布，所有被殺害的穆斯林叛軍將被埋在豬皮里，以防止他們進入天堂。這部好萊塢電影對美國人起到了宣傳的作用，把美國軍隊描繪成勇敢的當地民眾的捍衛者，他們正受到摩洛人的恐嚇。

菲律賓獨立

1899年1月20日， 麥金利總統任命菲律賓第一委員會（舒爾曼委員會），一個五人小組，由雅各布舒爾曼博士、康乃爾大學校長領導，來調查海島條件，並提出建議。次年，他們向總統發出的報告，委員們承認菲律賓獨立的要求；然而他們宣稱菲律賓還沒有準備好。 具體建議包括儘快建立文職政府（當時美國在群島行政長官都督），其中包括建立一個兩院制立法機關，省級、市級自治政府和免費公立小學的新系統。
1900年3月16日，菲律賓第二委員會（ 塔夫脫委員會 ）由麥金利任命，由威廉霍華德塔夫脫領導，被授予立法權力和有限行政權力。它在1900年9月和1902年8月，發布了499條法律。司法系統被成立，包括最高法院，並擬定了一個合法的法典，以取代西班牙條例。行政事務被組織起來了。1901年市政法典提供了民選總統，副總統和議員，擔任市政議會。市政委員會成員，負責收稅，維護市政利益，並進行必要的建設項目；他們還選舉省長。1901年七月菲律賓警察組織為一個群島範圍內的警察部隊，控制和處理叛亂運動的殘餘土匪。1901年7月4日軍事統治終止後，菲律賓警察逐步從美國部隊手裡接起鎮壓游擊隊和土匪活動的責任。
從一開始，美國總統和他們在海島的代表把他們的殖民行為解釋為指導行為：為菲律賓最終獨立做準備。除小組「retentionists」，問題不是菲律賓是否將被授予自治，而是何時以及在什麼條件下。因此，在島嶼的政治發展是迅速的，而且在完全沒有西班牙代表機構的影響下，尤其顯著。 菲律賓1902年7月的《組織法》規定，為了實現和平安定，立法機關應該成立，且包含民選的議會構成的下議院和美國總統任命的上議院。
美國國會於1916年通過《瓊斯法令》，作為在菲律賓新的組織法，承諾最終獨立，並建立了民選的菲律賓參議院。1934年3月24日通過的《Tydings-McDuffie法》（正式菲律賓獨立法案；國際公法73-127），為菲律賓自治政府和菲律賓獨立提供，使其擺脫了被美國統治的十年期間。二戰爆發後，使其在1941年至1945年之間被日本占領。1946年，美國政府和菲律賓共和國之間的《馬尼拉條約》（1946年）承認菲律賓共和國獨立，並放棄美國在菲律賓群島的主權。