无神论的历史

印度教

儘管印度教是有神宗教，但它卻包含無神論宗派。出現在大約公元前6世紀，堅持唯物主義和反神哲學的順世派可能是印度哲學中最接近無神論的一派。這一哲學分支被定義成非正統派，被排除在古印度六大哲學派別之外，但因其是印度教中唯物主義運動的證據而值得注意。
其他含有無神論思想的印度哲學流派包括數論派和行業派。對人格創造主概念有所排斥的還有印度的耆那教與佛教。

前蘇格拉底哲學

西方的無神論源於前蘇格拉底時期的古希臘哲學，但直到啟蒙時代後期才發展成明確的世界觀。公元前五世紀的希臘哲學家狄雅戈拉斯（Diagoras）被稱為「第一個無神論者」，西塞羅在他的著作《論神性》中也提到過狄雅戈拉斯。克里底亞（Critias）把宗教看成是人類的發明，其目的是恐嚇其他人，好讓他們接受道德規範。原子論者如德謨克利特試圖用純粹的，不藉助精神與神秘事物的唯物主義方式來解釋世界。其他具有無神論思想的前蘇格拉底時期哲學家還包括普羅狄克斯（Prodicus）和普羅泰戈拉。公元前三世紀的希臘哲學家提奧多魯斯（Theodorus）與斯特拉圖（Strato）同樣不相信神的存在。

智者學派

蘇格拉底（約公元前471年–399年）曾因對國家神明（參見尤西弗羅困境）提出質疑而被指控為「不敬」。儘管他以自己相信鬼神為由否認自己是一個「純粹的無神論者」，他最終仍被判處死刑。蘇格拉底在與柏拉圖的對話錄《斐德羅》中曾向多位不同的神祈禱，還在《理想國》一書中說過「宙斯在上」。
猶希邁羅斯（約公元前330年–260年）認為神不過是受人崇拜的古代征服者，而他們的宗教信仰在本質上其實是對那些早已消失的王國與政體的延續。儘管他並不是一個嚴格意義上的無神論者，猶希邁羅斯仍被批評為「通過在有人居的土地上詆毀神祇以傳播無神論」。

伊壁鳩魯主義

原子論唯物主義者伊壁鳩魯（約公元前341年–270年）反對許多的宗教概念，包括來世及位格神的存在；他認為靈魂是純粹物質的與不朽的。雖然伊壁鳩魯主義並沒有明確否認神的存在，但伊壁鳩魯認為，如果神確實存在的話，那祂們對人類是毫不關心的。
古羅馬詩人盧克萊修（約公元前99年–55年）持有與伊壁鳩魯相近的觀點，即若果神存在的話，祂們不會關心人類，也不會影響自然世界。基於這個理由，他認為人類不應懼怕超自然的事物。他在著作《物性論》（De rerum natura）中闡明了自己對宇宙，自然，靈魂，宗教，道德等等事物的伊壁鳩魯式觀點， 這本書在古羅馬起到了推行伊壁鳩魯哲學的作用。
古羅馬哲學家塞克斯都·恩披里柯提出了一種源於皮浪主義的懷疑觀點，他認為人們不應該對任何一種信仰做出自己的判斷，因為沒有任何事物天性邪惡，而持有這種保留態度的人則能獲得內心的寧靜（Ataraxia）。他遺留的相對大量的著作對後世哲學家帶來了持續的影響。
在古典時期，「無神論者」一詞的意思逐漸的發生著改變，早期的基督徒因為拒絕信奉異教神而被打上無神論者的標籤。到了羅馬帝國時期，大批基督徒因為抵制對羅馬皇帝以及羅馬神祇的崇拜而被處死。等到狄奧多西一世在381年將基督教定為國教，基督教的異教又成為了懲罰的對象。

中世紀

在中世紀前期和中世紀（參見中世紀審判）的歐洲，對無神論思想的擁護是非常少見的；形上學，宗教和神學是當時的主流。但在當時仍然有一些運動在推行與基督教上帝不同的非正統觀念，包括對自然的相異看法，超然存在和上帝的可知性等。一些個人和團體如約翰內斯·司各特·愛留根納（Johannes Scotus Eriugena），迪南的大衛（David of Dinant），貝納的亞馬里克（Amalric of Bena）以及自由靈兄弟會（Brethren of the Free Spirit）都持有一種接近泛神論的基督教思想。屈斯的尼古拉（Nicholas of Cusa）則持有一種他稱之為「有學問的無知」（Docta Ignorantia）的信仰主義觀點，認為上帝超出了人類的理解範疇，我們對上帝的認識都只能依靠推測。奧卡姆的威廉則產生了一種反形上學的傾向，認為人類知識對抽象實體的認識有唯名論的限制，因此神的本質無法被人類理智所直觀和理性的領會。奧卡姆的追隨者，例如米爾庫爾的約翰（John of Mirecourt ）和奧特庫爾的尼古拉（Nicholas of Autrecourt）繼續擴展了這種觀點。這些信仰與概念上的分歧影響了此後的一些神學家，包括約翰·威克里夫，揚·胡斯以及馬丁·路德。

文藝復興與宗教改革

文藝復興運動則擴大了自由思想以及懷疑質詢的範疇。一些個人如李奧納多·達文西把實驗看作解釋的手段，反對宗教權威的論據。這一時期的其他宗教與教會批評家有尼可羅·馬基亞維利，博納旺蒂爾·德佩里埃（Bonaventure des Périers）和弗朗索瓦·拉伯雷。

啟蒙時代

文藝復興和宗教改革時期見證了宗教狂熱的再度興起，例如新興教團的擴增，大眾對天主教的忠誠，還有加爾文宗等新教教派的出現。這一時期的宗教間衝突也擴展了當時神學與哲學的討論範圍，為其後出現的懷疑宗教的世界觀奠定了基礎。
對基督教的批評在17與18世紀變得更加頻繁，特別是在英國與法國，根據當時的資料，兩地出現了所謂的「難以名狀的宗教問題」。一些新教思想家，例如托馬斯·霍布斯，支持唯物主義哲學，同時對超自然事物持懷疑態度。荷蘭裔猶太哲學家巴魯赫·斯賓諾莎反對攝理（Divine Providence）概念而支持泛神論自然主義。到了17世紀晚期，自然神論更廣為知識分子如約翰·托蘭德所接受。儘管自然神論者嘲笑基督教，他們對無神論也持蔑視態度。已知的第一個拋開自然神論衣缽轉而強硬否認神祇存在的無神論者是一個十八世紀早期的法國神甫，讓·梅葉（Jean Meslier）。他的追隨者包括其他更為公開的無神論思想家，例如霍爾巴赫和雅克-安德烈·奈容（Jacques-André Naigeon）。哲學家大衛·休謨基於經驗主義開發了一套持懷疑態度的認識論，破壞了自然神學的形上學基礎。
法國大革命把無神論從沙龍中帶到了公眾面前。強制執行神職人員民事組織法案（Civil Constitution of the Clergy）的嘗試導致了對大量神職人員的驅逐和暴力壓制。革命時期巴黎各種混亂的政治事件最終讓極端的雅各賓派在1793年獲得權力，開始了恐怖統治。在恐怖高潮，一些激進的無神論者試圖用武力強制的將法國去基督教化，把宗教替換為理性崇拜（Cult of Reason）。這些迫害隨著熱月政變而結束, 但這一時期的部分世俗化措施對法國政治造成了長久的影響。

19世紀

拿破崙時期將法國社會的世俗化活動制度化，同時將革命帶到了義大利北部，試圖籍此打造容易受擺布的共和國。19世紀，許多的無神論者和反宗教思想家都投身到政治與社會活動中，促成了1848年革命，義大利統一（Risorgimento）以及國際社會主義活動的增長。
在19世紀的後半期，無神論在理性主義與自由思想哲學家的影響下變得日益顯著。這一時期的許多傑出哲學家都否認神的存在，對宗教持批評態度，他們之中有路德維希·費爾巴哈，亞瑟·叔本華，卡爾·馬克思和弗里德里希·尼采。

20世紀

20世紀的無神論，特別是實用無神論，出現在了許多的社會群體中。無神論思想也為更加廣域的哲學派別所認可，包括存在主義，客觀主義，世俗人文主義，虛無主義，邏輯實證主義，馬克思主義，女權主義以及普通科學和理性主義。
邏輯實證主義與科學主義為隨後的新實證主義，分析哲學，結構主義以及自然主義鋪平了道路。新實證主義和分析哲學拋棄了古典理性主義與形上學，轉向嚴格的經驗主義與認識論的唯名論。支持者諸如伯特蘭·羅素等斷然地拒絕信仰神。路德維希·維根斯坦在他的早期工作中曾試圖將形上學與超自然的語言從理性論述中分離開來。A.J. 艾耶爾斷言宗教陳述具有不可證性與無意義興，援引了自己對經驗科學的鑑定信仰。列維-史特勞斯的應用結構主義否定了宗教語言的玄奧意味，認為它們都源自於人類的潛意識。J. N. 芬德利和J. J. C. 斯馬特論證稱神的存在在邏輯上是非必然的。自然主義者與唯物主義一元論者如約翰·杜威認為自然世界是萬物的基礎，否認了神與不朽的存在。
20世紀同時也見證了無神論在政治上的崛起，尤其是在馬克思與恩格斯理論的推動下。在1917年俄國十月革命之後，宗教自由的增加僅持續了數年，其後的史達林主義轉而壓制宗教。蘇聯和其他社會主義國家在推動國家無神論形成的同時使用暴力手段抵制宗教。
柏林圍牆倒塌之後，反宗教政體的數目大為減少。2006年，皮尤研究中心的蒂莫西·沙（Timothy Shah）博士指出「一股世界性的潮流已經覆蓋各主要宗教團體，那就是相對於世俗運動與意識形態，基於神與信仰的運動的信心和影響力要更為明顯地增長。」但是格利高里·斯科特·保羅和菲爾·查克曼（Phil Zuckerman）認為這不盡真實，實際情況較此要複雜與微妙的多。近年來（2000年後）於英美等地興起，攻擊宗教信仰的無神論運動（新無神論）說明了這點，有媒體將丹尼特、理察·道金斯、山姆·哈里斯及克里斯多福·希欽斯稱作新無神論的四騎士。