香港西九龍站

位置

香港西九龍站位於香港市區西九龍，港鐵九龍站以東、港鐵柯士甸站以西。選址的方案原來有兩處：在基本設計中，鐵路站位於西九龍文娛藝術區（今西九文化區）以北，佔地6公頃。原址前身為城市高爾夫球會、佐敦（匯翔道）巴士總站及臨時用地。填海前是油麻地避風塘；在替代設計中，鐵路站位置向南延伸至西九龍文娛藝術區地底，額外佔用西九龍文娛藝術區達3.3公頃的地底用地。

服務經營權

香港特別行政區政府在工務計劃下撥款興建高鐵香港段，並最終擁有該段鐵路。而香港鐵路有限公司獲政府委託進行高鐵香港段的設計、建造、測試和試行運作，由路政署監察項目的落實。
政府已經在2017年12月以1000元將營運高鐵香港段所需的土地或就該等土地所享有的權益或其他權利歸屬九廣鐵路公司，並每年收取相當於應課差餉租值3%的地租，年期50年。九鐵公司將隨後按《服務經營權補充協議》，把營運高鐵香港段的服務經營權授予港鐵公司。政府作為九鐵公司的唯一股東，日後九鐵公司派發股息時，政府可因九鐵公司從港鐵公司收取服務經營費而間接得益。另外，香港政府憑藉租出西九龍站內地口岸區，獲得每年1000港元象徵性收益。

獎項

2010年，香港西九龍站的設計獲得Cityscape Awards for Architecture in the Emerging Markets的Tourism, Travel & Transport Future獎項。同年11月4日，香港西九龍站的設計獲得世界建築節的「年度最佳未來工程─基建」獎項。

車站設計

香港西九龍站的興建工程代號為XRL810A（北面部分）和XRL810B（南面部分）（XRL為eXpress Rail Link的縮寫），北面部分由禮頓金門聯合營運負責承建，南面部分由聯歐沃新昌保華聯合營負責承建，占地11公頃，主要設施設於地下，總建築面積達40萬平方米。
香港西九龍站建築由凱達環球的建築師安德魯·布朗伯格設計。車站外型採用仿香港會議展覽中心的弧形設計，內部分為5層，由高至低分別為地面層、售票大廳、入境層、離境層及月台層，抵港及離港人流會分開處理。入口鋼結構的建造工程比香港國際機場更複雜，需要建造9組不規則巨型支撐柱（Mega Column），最高達45米，面鋼材需使用逾1.2萬噸、大型玻璃組件約3700塊、鋁板組件約1.9萬塊；連接巨型支撐柱則需用上12組V型橫樑。
此外，作為跨境鐵路的鐵路站，香港西九龍站亦會設立出入境口岸，並設西九龍站內地口岸區為乘客辦理出入境手續。

大廳

香港西九龍站的G層為設有多個出入口的大廳，B1層為票務大廳，B2層為抵港大廳，B3層為離港大廳。
其中，位於B1層大廳的票務區共設有28個人工售票櫃檯和39部自動售票機可供旅客購票。其中18個人工售票櫃檯由港鐵營運，用作出售往返內地與香港的高鐵車票；另外10個由中國鐵路（香港）控股有限公司營運，提供作專門辦理非以香港為起點或終點的內地段車票，以及在12306網站訂票的乘客取票服務。B1層大廳的進站乘車通道設有實名驗證和安全檢查。乘客入閘後將車票連同身份證明文件交給安檢人員核實身份並接受安檢後方可過關。入閘處在車站營運初期將設8部入閘機和15部X光機，日後會將視乎客流情況作出進一步調整。
此外，香港西九龍站在B2層的抵港大廳設有多個藝術品：其中位於B2層東北側與B1層之間中空處，設有王無邪創作的「江山無盡圖」，在聯絡西九文化區的通道處設有「牆上的景像-香港」藝術牆等。此外，在A出入口聯絡抵港大廳的通道處設有「邊界上的海平線」及A出入口聯絡票務大廳設有「邊界上的沉思」2個藝術牆。
車站大廳設有行李手推車供乘客使用。同時站內的L1層至B3層內多個地方設有洗手間。

商店

香港西九龍站的餐飲商店區分布於車站B1層及B2層，B1層近中庭位置對上的B1M層設有5000平方英尺的添好運點心專門店，B1層的南側設多間外賣式食肆，包括台灣珍珠奶茶店春水堂、美心MX、星巴克、魚尚以及輕。快翠 by Tsui Wah等。另外在B2層還設有佔地18000平方英尺的「堂前食坊」美食廣場，設有350座位，提供日韓、港、川以及東南亞等各地的美食。
另外本站亦設4間銀行，包括中國銀行（香港）、渣打銀行（香港）、中國工商銀行（亞洲）及招商永隆銀行。同時本站還設有外幣找換店、順豐速運、香港中國旅行社、旅客服務中心及多間便利店等，還設有行李寄存設施。

內地口岸區

內地口岸區的總樓面面積約10萬平方米，範圍為西九龍站B2、B3層劃定區域、B4層月台區域及有關連接通道，包括內地監管查驗區、辦公備勤區、離港乘客候車區、車站月台和連接通道及電梯。在香港特區境內的廣深港高鐵營運中的列車車廂（包括行駛中、停留中和上下乘客期間）亦視作在內地口岸區範圍之內。
內地口岸區的設立及具體範圍由中華人民共和國國務院批准。範圍根據《廣深港高鐵（一地兩檢）條例》（香港法例第632章）附表2中的平面圖編號1及平面圖編號1附件1上所劃定並填上橘色的範圍，具體範圍以界線點座標列出。港府提交給立法會審核的內地口岸區平面圖只用顏色顯示範圍，並非標準建築圖則，未有顯示各設施之位置。立法會法案委員會部分委員曾要求政府當局提供建築圖則，但被政府拒絕。值得一提的是，西九龍站B5層由香港司法管轄，但出入均須經過內地口岸區，蘋果日報及陳淑莊形容儼於「僭建」「孤島」。
《條例》於2018年8月31日刊憲，並於當地時間2018年9月4日零時起實施，年租1000港元。政府稱在通車前開始實施《條例》可讓內地人員有足夠時間熟習運作流程。內地口岸區設有中國大陸唯一設在其境外的口岸：「西九龍站口岸」。而過關標誌及出入境記錄憑證則標識為「深圳西九龍」，深圳出入境邊防檢查總站表示這並非口岸的真正名稱，且不代表地理含義。實際上，「深圳西九龍」代表的含義為「中華人民共和國深圳出入境邊防檢查總站西九龍出入境邊防檢查站」。
內地口岸區自啟用之日起，由中國大陸依照內地法律和《合作安排》實施管轄。內地口岸區派駐單位使用面積是2.43萬平方米，共派駐約700名中國內地清關部門人員，包括西九龍出入境邊防檢查站（隸屬深圳出入境邊防檢查總站）、西九龍站海關（隸屬深圳海關）、西九龍站出入境檢驗檢疫機關、口岸綜合管理機構和廣州鐵路公安局深圳公安處西九龍站派出所。上述機構及其人員不在內地口岸區以外區域執法。但根據現行安排，若有內地人在屬內地司法管轄區的西九龍站內地口岸區被捕，毋須向香港通報。而保安局未有正面回應內地需否將相關事件向香港通報。
出入境大廳各設有30條自助和30條人工查驗通道，日設計通關流量20萬人次。在內地口岸區連接車站WiFi需實名登記電話號碼或微信帳號才可免費上網。但是，如果旅客在內地口岸區使用行動通訊服務（包括使用數據訪問網絡），則仍接收香港的網絡訊號，不收取漫遊費，且不實行網絡內容審查。
香港政府認為，西九龍站設立口岸實施一地兩檢可達致香港與中國大陸高速鐵路交通設施互聯互通，促進兩地人員交流和經貿往來和推動共同發展。但香港泛民主派則認為，該區被視為香港特區範圍以外，《基本法》將不再適用，與深圳無異，變相「割地賣港」。《合作安排》訂明如有發生突發和緊急事件，要須經內地機關請求並授權，香港人員才可進入內地口岸區協助。若違反內地法律，由內地機構採取法律措施，而香港法院無管轄權，此舉有違反基本法18及19條的嫌疑。有人亦因此提出司法覆核，但高等法院原訟法庭於2018年12月13日裁定《廣深港高鐵（一地兩檢）條例》符合《基本法》，駁回司法覆核的實質申請。
一地兩檢關注組召集人陳淑莊表示，當年興建深圳灣口岸，香港要支付合共47億元口岸設施建造費和土地開發費，且港方每年支付約810萬人民幣租金（930萬港元）已11年，現時內地機構租用香港黃金地段西九總站的內地口岸區，只收1000元象徵式費用，認為有關安排是佔香港人便宜。作為對等安排，深圳市人民政府亦同意2019年7月起下調深圳灣的香港口岸區每年810.5萬人民幣租金至1000元人民幣，與西九龍站內地口岸區租金「看齊」。
由於候車區以及月台層的大部分區域為內地口岸區範圍，因此位處上述工作區域的車站職員均需要出示港鐵公司發出的過境限制區許可證以外，亦需要同時辦理兩地的通關手續。

候車區

香港西九龍站的候車區域位於B3層內地口岸區內，以及由B3層前往B2層獨立空間的商務候車室。
位於B3層的候車區西面為天井式設計，可吸收天花板超過4000塊玻璃幕牆採集的自然光。候車區除了設有飲水機、充電設施、吸菸室等設施外，還設有多個集廣播、照明、消防於一體的燈柱；同時，候車區內設有2個票務處，供誤車旅客使用。因應目前啟用月台的數量以及車站設計，目前候車區開放4-9及11、14、15、18號檢票閘口通往B4月台層，不設12、13、16、17進站閘口。
另外，B3層的候車區內設有名為《香港文化地圖》的藝術牆，為藝術家、中央美術學院實驗藝術學院院長邱志傑「世界地圖計劃」中的其中一幅作品。藝術牆和候車區的綠化牆合為一體，展現了許多具有香港本土特色的景象。
除此之外，候車區內設有西九龍站派出所，由廣州鐵路公安局深圳公安處派駐民警，負責安保工作。

綠化地帶

香港西九龍站設立有大型的地面文化及娛樂集合式的廣場，可以方便乘客接通至地面樓層、九龍站、柯士甸站及西九文化區，並且為到香港市民及遊客提供充裕的公共休憩空間及舒適的綠化步行環境。上述廣場共分三部分，分別為天空走廊觀景台、巴士總站天台花園和香港西九龍站公共休憩空間，面積約為8,900平方米。綠化地帶種植了大量的植物，並且將人流與車流分隔，連接至綠化步行區、綠化平台及樹林公園，及與西九文化區互相融合。綠化空間設有噴泉，亦會有樓梯連接L2層天空走廊和觀景台。其中，巴士總站天台花園和西九龍站公共休憩空間是香港少數允許寵物進入的公園。
此外，香港西九龍站的入口大廳一帶設有綠化休閒通道地帶，配合入口大廳的建築頂部的綠化部分。同時在H出入口旁設升旗廣場，每天定時有警察進行升、降旗儀式。

停車場

香港西九龍站的停車場位於B2層西南側，分為A、B、C及D四個泊車區，總共提供約500個車位。泊車標準收費每小時32元，亦設日泊收費，但車主需證明自己購買高鐵車票才能泊車，以確保曾使用高鐵出入內地。

營運狀況

根據2008年的資料，預計於2030年從西九龍站來往各地的列車服務班次將會相當頻密。
2013年的資料顯示最頻密之設計行車班次為3分鐘一班，據2013年時預計通車後首年每日約有109,200人次乘坐高鐵往返香港及中國內地，包括90,600人次短途客（即只來往西九龍及福田至廣州南之間各站）和18,600人次長途客。
2018年8月，政府估算平均每日的預計客量降為80,100人次，較2015年預測的接近11萬人次有所下降。高鐵客流的估算於2018年9月通車前期修改為平日72,500人次、周五至周日為78,100人次、高峰期90,100人次。另外，港鐵與港府就高鐵盈虧攤分達成的「乘客量上下調節機制」亦對客流有估算，但其因涉及「商業估算」而未被政府公開。
截止2019年2月，西九龍站單日最高查驗出入境旅客10.4萬人次，於2019年2月7日（農曆大年初三）達成。香港運輸及房屋局於2018年12月向香港立法會提交的文件顯示：截至11月29日，高鐵的總乘客量3,402,013人次，平均每日客流量為50,030人，數字仍低於林鄭月娥聲稱的8萬人次「最佳估算」。在高鐵乘客國籍方面，運房局的文件指出香港居民和非香港居民（包括內地及其他國家）比例大約是3：7。其中抵港乘客中，香港居民和非香港居民的占比分別為28%和72%；而離港乘客的占比則為32%和68%。
2018年8月16日，港鐵召開傳媒簡介會，車務營運總管李聖基稱內地口岸區的通關時間會受節日和旅客量等不同因素影響，乘客應提早45分鐘到車站進行清關等手續，希望日後可縮短通關時間。

票務

除現場購票外，乘客可以於港鐵的高速鐵路網站，指定代理的旅行社以及熱線電話等方式購買由本站啟程或到達本站的車票。購票時須提供指定的有效身份證明文件，並需要進行身份驗證。可使用的證件包括中華人民共和國居民身份證、中華人民共和國港澳台居民居住證、港澳居民來往內地通行證（回鄉證）、往來港澳通行證（雙程證）、台灣居民來往大陸通行證（台胞證）以及符合中華人民共和國規定可使用的有效護照。
值得留意的是，如果在港鐵的網站以及熱線電話購買由本站啟程或到達本站的車票時，需要前往本站取票，內地車站不能領取由港鐵的網站、應用程式以及熱線電話售出的車票。另外，行動電話付款（包括：Apple pay、支付寶、微信支付等）只限於人手售票櫃台購票，自動售票/取票機的電子付款交易上限為每次港幣1,000元，使用網上購票以及熱線電話購票只可使用信用卡付款。購買特別票種（例如學生票）需要前往由中國鐵路（香港）控股有限公司營運的人工售票櫃檯購買車票。
2018年9月3日，中國鐵路客戶服務中心（12306）已經將「香港西九龍站」納入車站列表。如在12306網站或APP購買至本站的車票，可在內地指定地點或及車站領取藍色磁質車票，但在香港取票需要前往12306自助取票機（免手續費）或由中國鐵路（香港）控股有限公司營運的人工售票櫃檯取票（需要支付手續費）。根據《廣深港高速鐵路跨境旅客運輸組織規則》，內地居民不能刷身份證進站乘車，需要在乘車前換取藍色磁質車票。
2018年9月10日8時，由本站始發或終到本站的車票正式發售。在預售開通後的首10天內，旅客僅可購買到9月23日至10月2日出發車次的車票；在廣深港高鐵香港段正式投入服務後，旅客可提前28天在西九龍站購買車票，而電話及網絡購票的預售時間為30天。

車票改簽、退票、誤乘等的處理

由於西九龍站始發終到的列車為跨境運行的列車，因此有關車次的車票的退改簽補政策與內地現行政策（《鐵路旅客運輸規程》）有所不同，為此中國鐵路總公司與港鐵公司共同制定《廣深港高速鐵路跨境旅客運輸組織規則》。在車票改簽方面，旅客僅可辦理一次變更乘車日期、車次、席別的改簽手續，且改簽後的車票不得退票；另外《規則》對退票規則作出了明確規定。
另外，所有終到西九龍站的列車不辦理至西九龍站的越站；如旅客發現誤乘或坐過站時，應向站車工作人員提出，由站車工作人員指定最近列車免費送回，且僅可乘坐二等座車廂，不得中途下車。旅客如越站乘車前往西九龍站，或到站後超過10分鐘聲稱誤乘或坐過站，均按無票處理，並根據《香港鐵路附例》收取附加費。在廣深港高鐵香港段開通當日（9月23日），深圳一朱姓男子（職業為媒體記者）搭乘由深圳北始發至西九龍的G5711次首發列車，但男子所持的車票為「深圳北～福田」，同時G5711次列車不停靠福田站，因此男子在深圳北站未能及時在列車駛出前下車而越站前往香港，最終被車站工作人員要求繳納1500港元的附加費。這是西九龍站開通後的首張罰單。

車站日常管理服務

港鐵將不少車站日常管理服務工作外判，目前保安、安檢、顧客服務等工作由國際永勝負責，而車站清潔服務（第一部分）則由惠康環境工程有限公司投得，停車場則外判予昇捷管理服務有限公司。
不過有員工向媒體揭發，外判商的合約條款較其他港鐵外判商苛刻，如僱用安排不設試用期，若員工離職須提供1個月通知期，否則要繳付代通知金。而且合約內更列明，員工未做滿3個月就離職，公司將收回支付課程之行政費1,000元。有同事上班一天因事離職，亦被追討培訓費，結果以當天的工資作為抵償。直到2019年3月，約200名外判員工被承辦商解僱，有員工稱被解僱前全無先兆，沒有合理解釋。在3月28日更發生兩名車站助理因不滿「被解僱」，於站內危站及跳軌自殺事件。到3月30日，約60名被解僱的員工到車站靜坐抗議，不滿承辦商大規模裁員，批評港鐵「用完即棄」。（詳見下面「事件」一段）

工程超支滯後

早於2013年，已經有消息指出廣深港高速鐵路香港段工程延誤，惟港鐵一直否認，強調可以按照原定目標，於2015年竣工及通車。截至2015年3月底，高鐵香港段的整體完成進度較預期滯後約5%，惡化及已經到了十分嚴峻的階段，路政署表示，對港鐵公司在2017年年底通車目標相當存疑，可能進一步延誤。
2015年11月30日，港鐵跟政府訂立封頂協議，在協議之下，為844億元高鐵工程造價封頂，日後再有超支由港鐵自行承擔。港鐵公司將在2016下半財年及2017下半年派發每股2.2港元特別股息，大股東香港政府將獲195億元，尚餘的62.5億元支付予港鐵小股東。 
到2015年12月，運房局向立法會提交的文件顯示，若全面放棄高鐵項目，仍要花106億元去完成餘下工程，包括一小段鐵路隧道、西九龍站餘下的土木和結構工程，及永久道路網，加上高鐵最初予港鐵公司的委託費（相等於造價）的650億元，即總費用756億元，還未計每年保養費1億元，保養已建的設施直至有新用途為止。運房局認為，高鐵已完成75%，涉多個合約，終止就致失業，大量工程白費，亦失去高鐵原會帶來的效益。因此，務必積極盡力按修訂時間表完成餘下工程。
2016年2月1日，港鐵舉行特別股東大會，發言的股東雖大多反對協議，批評港鐵「爛賭仔心態」，但大會終以99.83%贊成、0.16%反對，大比數通過高鐵封頂協議。 
2016年2月2日，工務小組開6次會審議高鐵追加撥款仍未表決，運輸及房屋局局長張炳良表示，追加撥款逼在眉睫，決定繞過工務小組，直接交由財委會審理追加撥款申請。到3月11日，高鐵196億港元撥款申請在財務委員會主席陳鑑林「剪布」，在無記名投票下通過。負責建造高鐵的港鐵主席馬時亨，得知撥款獲通過後表示，原本港鐵計畫3月14日提交停工計劃，現在他很高興看到高鐵196億撥款通過。港鐵行政總裁梁國權對立法會批出撥款感到高興，多謝立法會議員支持。
有學者認為中國經濟增長在未來會向下調，高鐵未來50年都無法收回844億元的建築成本，一定蝕本，須由公帑補貼。
車站最終於2018年上半年竣工。

屋頂玻璃強光反射

2017年7月，私人屋苑漾日居有住戶投訴西九龍站的玻璃天幕反射太陽光至單位內，在正午12時至下午1時半反光最為強烈。屋苑業主立案法團曾去信環境保護署及港鐵反映，但對方未有正視問題。區議員批評政府相關部門監管不力，並提出動議，強烈譴責港鐵忽視問題，亦未有採取任何補救措施。動議最終獲23票贊成，兩票棄權，在沒有反對票下獲通過。港鐵表示考慮在天幕屋頂種植5至7米高的植物，希望以此減低「反光問題」。

滲水

2018年4月15日晚上6點，西九龍站地下一層售票大廳附近假天花有水滲出。事件到5月末才曝光，港鐵經調查後發現因地面仍進行電線安裝工程，雨水經電線穿牆孔連接的電線槽流入車站下層，事後已將電線穿牆孔封好，對車站設施並無影響。
2018年8月13日，《香港01》公開的照片顯示西九龍站連接隧道（南）段，在今年5月至6月時地面有多處水跡，旁邊的牆壁亦見滲水情況，惟港鐵一直未有向公眾交代事件。港鐵回應查詢時指工程技術上難以達致百份百防水，無否認有滲水。

涉未交代後勤樓層

2018年9月3日，《香港01》取得2011年西九龍站的設計圖則，發現B4層的月台層下方有B5層，作支援車站維修及作為消防緊急通道使用，為港鐵管轄，不屬於內地口岸區域，不過政府過往的文件從未交代。立法會議員批評港鐵和政府應該開誠布公交代。
運輸及房屋局在9月6日深夜發表新聞稿回應，除近日被媒體揭發的「B5」層外，還有「B1M」、「B2H」、「B3M/B3H」及「B4M」四層。當局稱除獲港鐵公司授權進入後勤用地作業的相關人員外，或發生緊急事故外，任何人士均不准進入後勤用地。後勤用地設有閉路電視及警報系統等保安設施，並有明顯標示警告，防止未獲授權人士進入。

沉降

2018年9月9日，傳真社報道，港鐵圓方商場和漾日居懷疑受高鐵西九龍站工程影響，出現局部沉降，其中漾日居基座的公共運輸交匯處外牆有十多塊雲石斷裂，其中一處下陷深度逾200毫米。巴士總站連翔道出口牆腳亦有多塊雲石斷裂，牆身亦見裂紋。有商舖職員稱，店內工作人員休息室的地面及牆身早在2015年開始出現裂紋，有店舖受裂紋影響不能落閘。港鐵及路政署稱沉降數值未達停工標準，未有提供沉降確實數據。

無線上網服務信息收集

2018年9月11日，香港媒體報道車站內及港鐵擔當列車車廂內雖提供免費無線上網服務，但內地網絡服務供應商京信通信在驗證頁面的「個人信息收集聲明」中表示，收集到的個人資料，包括收集用戶的姓名、電話、電郵、到訪的網站等數據會受到中華人民共和國政府有關部門及其認可機構的監管，以防止或偵破罪案。有市民表示不會使用有關服務，涂謹申認為安排不合理。港鐵次日回應指收集聲明寫得不清晰，乘客在車站香港口岸區和在香港範圍的高鐵列車上使用WiFi服務時會受到香港法律管轄，稱相關資料不會轉交給內地。陳帆指在香港範圍內使用WiFi服務時收集到的資料不會轉交他人，認為港鐵的「聲明」表達不清晰。到9月13日服務條款已被更改，刪除了用戶資料被轉讓的條文，但加入了用戶資料可被轉讓予「港鐵公司以作統計、分析及研究用途」。

首日運作混亂

2018年9月23日車站首日運作，大量在內地12306網上購票的乘客，到車站1-5號窗排隊取票，人潮高峰時擠滿離境大廳，有乘客表示排隊1.5小時仍未成功取票。為免影響乘客乘搭高鐵列車，港鐵臨時安排人手，檢查列車乘客訂票資料後容許他們無票即可入閘，但由於輪候人士太多，港鐵一度只容許當班列車乘客進入，令不少下班列車乘客聚集，阻塞通道。亦有乘客無法以回鄉證在自助售票機購票，最後需到售票處輪候，費時失事。
遊客批評港鐵對行李規限執法過嚴，比內地鐵路站和香港國際機場要求更高，深感不滿。其他批評包括港鐵臨時更改上車閘口、月台層候車指示不清晰以及閘機未能讀取車票等。特首林鄭月娥呼籲市民包容。港鐵車務總監劉天成稱首日車務運作整體暢順，但需時磨合，公司會檢視及改善。
首發日有多班列車因不同原因出現延誤。在早上11點廣州南站附近路線電力裝置不穩定，一度有列車停駛10分鐘，導致車內冷氣熄滅、部分燈亦關上。

大廳滴水和水浸

2018年9月24日適逢下雨天，車站天幕下多處地方出現滴水情況，港鐵安排水桶盛載。由於天幕下面部分空間為西九龍站內地口岸區，維修工程或會涉及不少問題，包括發生意外時產生的救援、法律及索償問題。
2018年11月1日下午2時半左右，停車場內一輛貨車撞毀消防花灑，引致地下、B1、B2層受到影響，其中B2層的美食廣場需暫停開放，工人忙於清理積水。

月台與列車空隙過窄

2018年9月27日晚上，公民黨立法會議員譚文豪在其個人facebook引述高鐵內部消息指，一列復興號CR400BF-A型動車組於9月26日上午10時45分駛進8號月台時，因月台跟列車的空隙太窄，導致車門無法正常開啟，最終更要轉去其他月台，港鐵回應指已規定復興號CR400BF型電聯車須改用6號月台。

車站啟用前

2018年4月1日，港鐵為高鐵試行營運，但未有安排傳媒拍攝或採訪高鐵試行營運情況。無線新聞在早上8時許在月台逗留大約一小時，並拍到月台層情況。港鐵表示正在調查早上有人擅闖高鐵西九龍站工地事件，未來會加強工地保安。
2018年6月23日下午，港鐵安排600名員工扮演乘客在西九龍站進行壓力測試及人流控制的處理乘車演練，模擬入閘至月台到上高鐵的過程，整個演練約3小時。不過除港鐵批准人士外，其餘參加者均禁止拍攝。
2018年9月1至2日，西九龍站首次舉行開放日，8月25日港鐵在6個地點派出2萬張入場券，2個半小時內已派發完畢。有炒家將免費的門票放上網站出售。入場的市民經安檢後可參觀B1層、地面層和1樓部分空間，惟月台、列車，以及香港和內地口岸區就沒有開放參觀。港鐵在站內設置攤位遊戲、展板及攝影區等，不過由於參觀人數眾多，故每等候多時。「旺角鳩嗚團」以及受高鐵工程影響的元朗圍仔村村民到場抗議。
2018年9月20日，內地傳媒獲邀參觀和拍攝採訪西九龍站內地口岸區，指各機構及人員都做好準備。
2018年9月22日，廣深港高鐵香港段開通儀式在香港西九龍站舉行，有逾400名嘉賓出席，行政長官林鄭月娥、廣東省省長馬興瑞、港鐵主席馬時亨及中國鐵路總公司總經理陸東福致詞，並進行揭牌儀式，港鐵於儀式過後以「動感號高速動車組」列車接載嘉賓前往廣州南站。與此同時，多個團體在西九龍站外示威，就高鐵項目的超支、效益和一地兩檢爭議表達不滿。

車站啟用後

2018年9月23日啟用當日，首班列車為開往深圳北站的G5736次，車型為「動感號高速動車組」，早上7:00分開出，19分鐘後抵達深圳北站；而第一班長途列車為開往北京西站的G80次，使用16卡編組的復興號CR400AF型電力動車組，車程9小時，上午8:00發車，下午5時到達北京西站。同時，港鐵及香港旅遊發展局在啟用當日向乘車的旅客發放禮品。
2018年10月12日，4名內地人士在站內的美食廣場持虛假身份證明文件申請工作。警方以涉嫌「行使虛假身份證明文件」及「違反逗留條件」拘捕，年齡介乎23至55歲。
2018年10月27日，一名龍姓香港永久性居民乘坐廣深港高鐵到香港，在西九龍站內地口岸區辦理出境手續時被攔截，邊檢人員通知深圳南山法院人員到站內把他帶到深圳的法院。該香港人涉及在內地的房產買賣合同爭拗並且未有履行法院判令。
2018年10月31日早上約9時，車站票務系統發生故障，一度以人手售票和發車票給乘客，有市民因而放棄購票和改坐巴士到深圳取票。直至10時15分回復正常。
2018年12月13日，《南方都市報》報道一名鄒姓男子乘坐廣深港高鐵到香港，在西九龍站內地口岸區辦理出境手續時被攔截，邊檢人員通知深圳龍崗法院人員到站內把他帶走。該男子涉嫌不履行法院判決，但未有交代案件細節，案件現已達成和解。公民黨立法會議員楊岳橋認為，香港人只能從內地傳媒報道才得知事件，反映《一地兩檢》條例不透明。
2019年1月7日，多個媒體報道一名23歲月台女助理於1月4日報案，指在2018年12月至1月分別在香港和內地口岸區遭一名中年男子非禮。香港警方於同日在站內香港口岸區拘捕涉嫌非禮男子。而事主報稱在內地口岸區被非禮一案則列作境外罪案，香港警方建議她向內地執法部門報案。立法會議員譚文豪批評事件突顯一地兩檢漏洞，並質疑兩地執法部門協作機制失效，擔心日後港人在內地口岸區會失去保障，遇事會求助無門。

車站外判管理服務承辦商裁員事件

2019年3月末，車站日常管理服務承辦商國際永勝以「計劃重整人手為由」合併多個職位。除非員工重新簽約，否則將會於同年4月被解僱。有職員透露估計至今已解僱超過100名員工，而裁員涉及多個部門（保安和車站助理為主），但裁員原因並無準則，並沒有任何合理解釋，而承辦商指的合併職位只是假象。有員工感到怒不敢言，同事之間士氣低落。港鐵回應媒體時指「一直與服務承辦商保持緊密聯繫，過程中亦必須遵守僱傭條例的要求」。工聯會香港鐵路工會聯合會已去信港鐵行政總裁梁國權表達不滿，要求承辦商立即停止解僱行動，同時撤回已發出的解僱通知。不排除會發起工業行動。事件起因疑港鐵公司在車站啟用初期要求承辦商聘用較多人手以確保車站運作暢順及應付突發事件，在車站運作暢順後認為不需要繼續聘用這麼多的人手，以減省開支。2019年3月28日，站內發生兩宗員工企圖自殺事件，以表達被車站日常管理服務承辦商解僱的不滿。早上9時許，一名40歲女車站助理，因拒絕轉職而被解僱感到不開心，企圖由站內高處企圖自殺，警方到場游說後，女子被送院治理。至晚上7時許，46歲女月台助理在內地口岸區的月台值勤期間跌落路軌，其他月台職員隨即拍下緊急按鈕以阻止列車進入車站，並報警求助，同時通報香港及內地相關部門。該名女子手腳擦傷需送院治理。事後港鐵已收走被解僱員工的禁區證，避免再有人拍攝到有人自殺的情況。

反修例遊行活動的特別安排

因應香港在2019年發生多場反對逃犯條例修訂草案運動，如若遊行當日經過車站附近時，車站會只限持有當日高鐵車票或購票憑證，並持有有效旅行證件之乘客才能進入西九龍站，同時要求旅客於指定出入口進站或離站。最壞情況或將會封閉整個車站。

7月7日

為應對2019年7月7日反對逃犯條例修訂草案遊行所致的安全風險。7月6日，港鐵宣布當日只限持有當日高鐵車票或購票憑證，並持有有效旅行證件之乘客才能進入西九龍站，同時要求離境旅客於D入口進站，入境旅客則須以K出口離站。
而車站內之即場售票服務、餐飲服務、部份商店、停車場、車輛下車區及計程車站亦暫停服務、而站內之手推車亦被移離。而港鐵及大陸鐵路部門亦限制出售當日往來香港西九龍站之高鐵車票，又呼籲乘客改乘東鐵線或紅磡站之城際直通車往來中國大陸。車站運作於翌日復常。
警方表示派出2000個警力應對，大批警員凌晨4時許在西九龍站一帶進行嚴密布防，包括設置大型水馬包圍西九龍站入口和廣場，並封閉附近行人天橋。大廳內有數十名警員駐守，並手持警棍和胡椒噴霧戒備。現場亦有多名特別戰術小隊成員。站內保安指上司有命令為由，要求遊客和記者不可拍照。而下車區和車站停車場入口亦停泊多部警車。有媒體在站內採訪後亦被港鐵職員驅逐離開。其後有多名記者在港鐵傳媒WhatsApp群組追問港鐵，但未獲回覆。香港記者協會批評港鐵做法嚴重削弱公眾知情權。港鐵其後澄清，指「是和相關政府部門商討後的結果，拒絕承認或否認安排是否由警方提出。」。警方表示「絕對沒有要求或建議港鐵拒絕記者進入西九龍站採訪，對記協指控表示極度失望及遺憾。」
下午約3時，一名自稱在車站B2層工作的男職員，以戴口罩、連帽和黑色外套的服飾進入車站後，展示「香港撐住」的海報。大批港鐵職員及警員大為緊張，警員把他帶到B2層洗手間門口進行搜身。下午約4時，一名戴口罩、穿黑衣的示威者以乘客身份成功進入車站後，除展示「香港撐住」海報外，亦高呼「反送中」、「我要真普選」、「撤回6.12暴動定義」等口號，警員一直跟隨拍攝，並同港鐵人員一度包圍該名示威者，他最後決定不乘坐高鐵，由港鐵職員及警方陪同下離開車站。

10月20日

民間人權陣線發起10月20日在九龍區遊行，路線由尖沙咀梳士巴利花園至高鐵西九龍站，民陣於10月14日向警方「入紙」申請遊行，惟警方於遊行前兩日（10月18日）發反對通知書，隨後民陣提出上訴後被駁回。為避免突發狀況，車站遊行前保安布防明顯加強，包括封閉三個地面出入口、圍封綠化空間防止出入、外圍有大型水馬重重包圍、加強保安巡視等，遊行當日更派出水炮車戒備。同時港鐵宣布當日實施客流管理措施，乘客只可使用D入口進站；出站則使用K出口。其他車站出入口、停車場、下車區及計程車站亦會由車站開始運作起全日關閉。同時車站不設現場售票，網上系統、熱線電話及指定代理將於中午12時起暫停售賣當天往返香港的車票。
同時在遊行當日，由於信號故障，港鐵取消部分往來香港西九龍站的列車車次。

任職英國駐港總領事館的港人被行政拘留15日

2019年8月8日，任職英國駐港總領事館貿易投資相關工作的香港人鄭文傑，晚上10時許從深圳乘坐高鐵回港期間與家人和女友失去聯絡，在西九龍站內地口岸區被捕。鄭文傑失去聯絡超過10日後，事件才被《香港01》獨家報道。英國外交部表示極度關注員工被拘留事件，會盡力協助其家屬。香港入境處回覆媒體時表示已透過特區政府駐粵經濟貿易辦事處跟進事件，並按當事人家屬的意願提供適切的協助及意見但未有證實事件。到8月21日，中國外交部證實鄭文傑因違反《中華人民共和國治安管理處罰法》第六十六條規定，即賣淫嫖娼，被深圳警方行政拘留15日。家人表示未能夠得知他被關押何處及因何事而被關押。同時稱律師連續數天曾赴內地多間拘留所，但一直未有下聞，質疑當局有意阻礙律師見他。