Niconico動畫

系統

直至現在，Niconico動畫並不容許用戶直接上傳至本網站，而是透過屬同一公司的上傳網站SMILEVIDEO取得影片片源，Niconico動畫的機能本身只是為片源加上留言。
直至β時期為止，Niconico動畫是能對應YouTube的影片的，而事實上當時網站大部分的影片都是來自YouTube的。但是自從YouTube阻擋Niconico動畫的連線後，β就結束服務，當以γ的名稱重新開放時，Niconico動畫則完全切斷自己與YouTube的連線。然後作為代替，開設了SMILEVIDEO。另外，對於YouTube把從Niconico動畫的連線阻擋的事件，YouTube至此亦沒有任何公開解釋，因此網路上出現很多不同的揣測，一些推測指出其原因是YouTube的伺服器難以負荷大量的流量。
其後在RC時期曾經對應另一網站AmebaVision的影片，但在2007年10月1日進行系統維護後，以運用上的原因終止了對此網站的對應。那是因為有在SMILEVIDEO上傳多套違犯條約而被停止帳號的使用者，移到AmebaVision申請帳號並上傳影片。而且來自其他上傳網站（如YouTube、SMILEVIDEO）比來自AmebaVision的多很多亦是原因之一。
Nico鼓勵用戶上傳時已先準備好預先編碼的影片格式，截至2008年7月5日為止，免費和付費會員皆是支援H.264數位視訊編解碼器和AAC音訊編碼器。而Nico所上傳的影片，並沒有嚴格限制影片的長度，簡單區分為普通會員一次可上傳2GB，而白金會員則無限制，這也是在YouTube龐大的市占率下，仍能持續發展的原因之一。

使用

Niconico動畫用戶可以上傳、觀看和共用影片。但是，與其他影片分享網站不同的是，評論是直接且同步出現在視訊螢幕上。這彈幕形式的留言功能是Niconico最大的特徵，使用者可自由指定彈幕出現的時間、於影片上的位置、字體的大小、文字的顏色等。留言亦可以選擇是從影片的右方移動到左方，或者是在一段時間內固定在特定位置。這功能使觀看者能直接對影片發表評論，且產生與其他人建立一個共用的觀看經驗。Niwango公司的董事西村博之指出，Nico的氛圍和文化背景較接近2channel或雙葉頻道，許多熱門影片通常帶有御宅族的味道，如日本動畫、電腦遊戲和Pop。Nico影片亦有提供相關的類別標記，其中標籤可由任何用戶自由編輯，而不只是侷限於上傳者本人。每個影片可以擁有十幾種標記類別，其中最多可以選擇五個是鎖定不更動，其他則可由任何用戶自由編輯。通常這些標籤不僅作為分類，也可用來評論文章、諷刺、幽默或其他與影片相關的內容。該網站亦有提供藉由混合曲製成的MAD片，如組曲《NICONICO動畫》。某些動畫也會發布在在網站上，像是《Candy☆Boy》、《天體戰士桑雷德》和《企鵝美眉》等。

彈幕

彈幕是一種「評論功能（日語：コメント機能）」，這也是Niconico動畫最大的特色之一。評論在影片播放中按下按鈕便會發送，成功的話3秒後就會顯示在影片上。結果就做出了與一般評論不同，「超越實際時間，虛擬的時間共用」（管理層稱之為「非同期Live」）的感覺。評論功能匯入了時間的觀念，使Niconico動畫使用者獲得其他影片網站都沒有的「觀眾一起參與」的感覺，並取得空前的成功。彈幕除了拿來發表意見外，也常拿來作為字幕、歌詞或者解釋，亦被拿來作「繪畫」文字畫，亦有稱為「職人」的人在「試唱區（日語：歌ってみた）」中加上字幕。至γ時代為止，輸入留言是會顯示使用者的名稱的，但因為大部分人認為像匿名討論區般才能自由發表評論，導致極少人在個人資料中加上自己的顯示名稱。因為這樣，在RC服務開始的同時停止了彈幕中顯示帳號的功能。
正常的留言都是由右流向左（曾經在2008年4月1日愚人節全面改為由左流向右），文字的顏色為白色。而指令功能就能更改留言的顏色、大小。使用方法是在留言欄的左邊輸入指令（如「ue」、「big」等），不同屬性的指令亦能夠共用。應用方面，此功能能夠為影片造出字幕，當此功能加上特殊文字（Unicode）並且組合，更能造出巨大的形文字。
一套影片的彈幕儲存數目，1分00秒以內的話為100個，1分01秒至5分00秒以內為250個，5分01秒至9分59秒以內為500個，10分00秒以上的則統一為1000個。超出此數字的話就會以發送時間為優先，顯示最新的留言。留言的顯示數目在營運當初是沒限制全部顯示的，後來在2006年12月19日訂立統一250個的限制，在2007年1月5日又改變為上述的三級制，直至現在。然而，Niconico動畫間中亦會出現大量惡意使用者利用標籤、留言等方式，對其他人施誹謗或中傷的事件。對此，情形嚴重者營運商會施以刪除手段，但總體收效甚微。
另外針對不喜歡影片有文字流過的人，Niconico動畫亦設有不顯示彈幕的功能；默認為顯示彈幕，且不顯示彈幕的設定並不會記憶儲存。

備忘錄

Niconico動畫設有「我的備忘錄」功能，它的功能類似於書籤的列表，能讓使用者能儲存特定時點的評論。所有用戶都擁有能記錄25部的影片，一個基本帳戶則可以擁有100個影片記錄，而付費帳號則能存檔500部影片。我的備忘錄可以有選擇地是否公開和聯結，如此一來就能做一個使用者上傳作品的列表；而觀看「我的備忘錄」時亦可以任意更改指定留言是否顯示。

搜尋功能

Niconico動畫的搜尋功能可以影片的標題及説明作關鍵字搜尋，亦可以標籤作搜尋的根據。搜尋結果根據上傳日期、點擊率及最新留言這些項目作升序或降序。

簡介

2006年12月12日，Niconico動畫開始提供實驗性質的服務，稱為「ニコニコ動画（仮）」。此時的Niconico動畫只是將儲存於YouTube上的影片，加上即時留言字幕的功能，本身並沒有提供影片上傳的服務，與YouTube也沒有正式的關係。隨著網站越來越流行，自2007年2月23日後，YouTube禁止Niconico動畫存取其影片，於是Nico被迫關閉服務，但兩個星期後Niwango公司推出自己的動畫分享服務SMILEVIDEO。目前Niconico動畫可以存取儲存於SMILEVIDEO與Photozou等網站上的動畫。2007年8月9日，Nico宣布可藉由「行動電話來上傳影片」，並和NTT DOCOMO與au簽約。
截至2010年3月31日，有上傳過影片的Nico註冊用戶超過1670.0萬名，此外還有約506.00萬名的使用用戶和77.2萬名的付費用戶。由於伺服器的寬頻有限，Niwango在高峰時段（約晚上7點至凌晨2時）會限制免費用戶的存取量。由於該網站是於日本發布，Niconico動畫的使用者絕大部分是日本人，但據管理者統計，每日影片觀看次數約有1%來自於台灣、0.5%來自於香港。這使得Niconico動畫於2007年10月18日開始提供台灣版的服務，提供正體中文使用介面、專用留言系統與Niconico市場。2008年7月，該網站亦出現了德語和西班牙語版本；也因此台灣的功能在這時有顯著改善。2012年10月7日，開設英語版服務並以Nicovideo.jp取代原為英文版的Niconico.com，配備了新的播放器和翻譯工具可以讓用戶把影片說明翻譯成英語或中文。
2012年4月27日，Niconico動畫宣布即將改名為Niconico，以及引入「Zero」這一個版本以提高影片解析度及進行改進
。

收入來源

Nico的主要收入分為三個部分：高級會員（付費會員）、廣告和Niconico市場。付費會員和Niconico市場在過去僅提供給日本用戶，而非日本用戶可以在申請高級會員時，儘管可能有語言障礙，仍可藉由日本網站與國際JCB卡或WebMoney進行交易。此外截至2010年7月時，niconico市場服務也延伸到台灣版。

白金會員

Niconico動畫觀看影片和上傳影片皆需註冊，其中又可分為免費會員和白金會員。付費的白金會員的會員費費是一個月525日圓（約合5美元），並接受信用卡和網路匯款及PayPal這三種付款方式，付費使用者會有較快的連線速度和其他的額外功能。截至2015年7月28日為止，Nico總計有超過250萬名高級會員。
現台灣版亦推出可以用繳600元的方式購買3個月的白金會員資格，期限一過若不再續約會自動回復成免費會員身分。

廣告

Nico早期是使用Google AdSense，來提供話題廣告和其他網路廣告。2008年5月8日，Niwango宣布與雅虎日本產生合作關係，並計劃改為搜尋與雅虎相關的廣告和其他服務，這也讓Nico可以登上明顯的搜尋關鍵字，但目前Nico的行動版本上並沒有廣告進駐。

問題

雖然Niconico動畫發展迅速，但自2008年1月，用戶增加和總觀看時間開始飽和，甚至有倒退的趨勢。

著作權問題

跟YouTube一樣，Niconico動畫也常被上傳些被認為侵權或者是盜版的影片，且也有人在深夜時段上傳色情影片。被指為侵權的短片在著作權持有人要求下，Niconico經過審查後亦會刪除。
2007年10月30日，日本音樂著作權協會（JASRAC）和Niwango宣布開始有夥伴關係，其中Niwango將支付其兩成的收益給JASRAC作為著作權使用費。2008年7月2日，日本映畫製作者聯盟、日本動畫協會、以及日本映像軟體協會三團體，去信Niconico動畫管理層Niwango，指出他們將加強管控其動畫和相關內容，包括影片動畫和MAD片等、並要求他們把包括MAD等侵權的動畫盡快刪除。這使得一些MAD製作者把MAD發布地點轉移到另一影片共用網站Zoome，然而該網站亦已關閉。

系統不穩定問題

相較於YouTube的穩定性與速度，Niconico動畫普遍被認為系統負荷力非常不足，觀看動畫時卡頓與無法正常使用相關服務是經常發生的事，Niconico動畫在這之後宣布會加強系統負荷力的訊息，甚至在2018年進行大改版。直至目前為止，Niconico動畫發生系統不穩定的狀況才有所改善。

台灣版問題

台灣版介面開放之後，因為粗劣的翻譯（仍然充斥著許多日文，翻譯成中文的部份也大多文法不正確）等問題而得到許多負面的批評；許多台灣用戶仍寧願使用日本版服務；另外也有台灣人認為「彈幕式留言很煩人」。

中國大陸地區的封鎖

2010年12月9日，Niconico動畫在諾貝爾和平獎頒獎典禮前夕，被中國大陸防火長城封鎖，方式是伺服器IP位址封鎖和域名關鍵詞過濾。
2013年2月7日，Niconico動畫在中國大陸地區逐漸解封。當天即有大量中文視訊、彈幕和留言出現在網站上，24小時熱門榜一度被中文刷屏，隨後站方開始考慮對此進行限制。
2013年9月18日起，Niconico動畫的視訊播放頁在中國再被封鎖。隨後又解封，之後只有視訊播放頁面無法存取，其他則可以正常存取。
2016年3月31日，Niconico動畫在中國大陸除一些視訊外基本可以正常存取。
2018年10月，Niconico動畫更換https域名，中國大陸地區除直播外的所有網頁均可正常瀏覽。
2019年3月27日，因網站內容違反中國相關法律，恢復全站封鎖。

與中國大陸彈幕網站的關係

中國大陸最早仿照Nico建立的彈幕影片網站AcFun曾經在2008年，在Niconico上引起過不小的風波，很多日本人認為AcFun屬於Niconico的不當複製；當年5月末甚至發生了被中國大陸網友稱為「Niconico入侵事件」的，日本網友大量湧入AcFun並發表政治等不愉快彈幕的衝突，此事件導致AcFun開始使用會員登入方式。
有部分日本網友認爲，中國大陸的bilibili動畫（日語：ビリビリ動画）是Niconico動畫的模仿品。因此，兩國網友常拿這兩個網站來作比較。

Niconico市場

Niconico市場是一個獨特的廣告系統，是Niconico動畫日本版自2007年7月起開始，「以網路通販與廣告回覆為基礎的使用者交流服務」。用戶可以在每個影片頁面下方會看到一廣告處，會有與動畫相關的商品圖示，包括CD、DVD、書籍、人偶等；使用戶除了瀏覽這些商品之外，還可以自由的進行編輯這些商品，也可以購買想買的的物品，用戶亦由此知道商品有多少點擊數和多少購買量。排名的購買數字是由透過Nico市場提供，商品的提供則有自Amazon.com、雅虎購物和Dwango手機情報區的服務。