美國公民自由聯盟

領導

ACLU由一名執行董事（Anthony D. Romero，2011起）和總裁（Susan N. Herman，2011起）領導。總統作為ACLU的董事會主席，負責籌款和促進政策制定。執行董事管理機構的日常業務。聯盟董事會有80人，其中包括來自各州分支機構的代表，以及全州代表。
美國公民自由聯盟的領導在政策制定上並不總是能達成一致：ACLU領導層內部的意見分歧，有時會演變為大規模的辯論。 1937年就爆發了一場爭論是否應保護亨利·福特分發反工會文學的權利的內部辯論。在1939年，一場激烈的爭論就是否應禁止共產黨人在ACLU的領導而起。在麥卡錫主義的影響下，20世紀50年代早期董事會則因是否保護共產黨員而分成了兩派。在1968年，是否為斯波克博士反戰的激進主義代理又導致了分裂。在1973年，就是否應彈劾尼克森總統有過內部衝突。2005年，就是否應將言論限制法則強加於ACLU雇員以避免ACLU內部爭論的公開又有過爭論。

經費

ACLU由兩個獨立的非營利組織——美國公民自由聯盟和美國公民自由聯盟基金會構成。這兩個組織從事民事權利的訴訟，宣傳，教育。 在2011年，美國公民自由聯盟和美國公民自由聯盟基金會合併收入1.09億美元，來源於補助金（60％），會員捐款（23％），和遺贈（17％）。會員會費25萬美元。ACLU為其慈善基金會募捐。美國公民自由聯盟獲商業改進局認可，慈善導航排名ACLU為四星級。當地的分支機構也募集他們自己的資金，也有接收從國家ACLU的資金。

各州分支機構

該組織的大部分工作由其53個地方分支機構承擔。除加州有三個分支機構外，ACLU在其他每個州和波多黎各有一個分支機構。分支機構自主運作，有自己的員工，執行董事，董事會和預算。
美國公民自由聯盟的分支機構是ACLU的基本組成單位，從事訴訟，遊說，及公眾教育。例如，在2004年1月開始的20個月期間，美國公民自由聯盟的紐澤西分會參與了51宗案件，根據其年度報告，州法院35宗，聯邦法院16宗。其中33宗案件中ACLU提供法律代表服務，而在其餘18宗案件中擔任法院臨時顧問。他們列出了44名志願律師曾在這些案件中協助他們。

支持與反對

美國公民自由聯盟的支持者有不同的個人和組織。在2011年ACLU有超過500,000名成員，每年從數以百計的慈善基金會接收成千上萬的補助金。ACLU在法律行動的上的盟友包括：全國有色人種促進協會，美國猶太人大會，電子前沿基金會和全國婦女組織。
美國公民自由聯盟被自由主義者批評，尤其是當它將共產黨人逐出領導行列，當它為新納粹分子辯護或者當它反對通過國家勞動關係法。另一方面，它也被保守主義者批評，尤其是當它反對在學校祈禱，或當它反對「愛國者法案」。ACLU支持的保守派人物包括拉什·林博，亨利·福特，喬治·華萊士和奧利弗·諾思，它支持的自由派人物則包括迪克·格雷戈里，孟肯，羅克韋爾肯特和班傑明·斯波克博士
批評的主要來源於美國公民自由聯盟代表的個人或組織宣揚冒犯或不受歡迎的觀點的法律案件，如三K黨，新納粹分子，伊斯蘭教國家，北美人男孩愛協會，或韋斯特博羅浸會教會。美國公民自由聯盟對這些批評作出回應說：「當要保護的言論自由傳遞的是許多人覺得至少是合理的信息的時候，保護言論自由是很容易的。但是當言論傳遞的信息令大多數人反感的時候，捍衛言論自由才最重要。

CLB（公民自由局）時代

美國公民自由聯盟的前身是美國國家公民自由局(CLB)。而國家公民自由局是由 Crystal Eastman 和 Roger Baldwin於1917年創立.國家公民自由局的支持者普遍為以下三種之一：社會改革者、新教神職人員和保守律師。在1918年，由於Eastman的身體狀況不適， Baldwin成為了國家公民自由局的第一屆領導人。
國家公民自由局重點關注的是：言論自由，主要包括支持反戰演講的自由和因拒絕參加第一次世界大戰而拒絕服兵役的人。  1919年，三個最高法院的判決認定某些反戰的言論是有罪的，需要被禁止。那時，社會黨的領袖 Charles Schenck f因出版反戰文學而被最高法院定罪。 隨後，在 Debs v. United States, 法院維持了Eugene Debs的判罰。但是五個月後，Oliver Wendell Holmes 在 Abrams v. United States寫了一封很重要的訴訟，他認為法院的判決侵犯了公民的言論自由權，反戰的言論幾乎是不應該受到懲罰的。
Baldwin在成為了公民自由聯盟的領袖之後，堅持認定該組織應該進行重組，並將其中心從直接訴訟轉變為公眾教育。而該建議在1920年1月19日得到公民自由聯盟董事會的採納，於是美國自由聯盟就此成立了。雖然在當時，美國已經存在極少數的其他的致力於公民權利的組織，例如NAACP和Anti-Defamation League，但是美國自由聯盟的第一個不局限於一個特定的一群人，或一個單一的主題的組織。
在其成立的第一個十年，Baldwin 繼續領導著美國自由聯盟。他的魅力和能量吸引了很多美國自由聯盟的支持者成為了該組織的領導者。  Baldwin 是一個非常簡樸的人，穿著別人的舊衣服，省吃儉用，而且以很低的薪水為生。事實上，美國自由聯盟的管理者是一個並沒有太多民主和平等的執行委員會：因為美國自由聯盟的總部設在紐約，所以該執行委員會的委員以紐約人為主。大多數美國公民自由聯盟的資金來自慈善機構，如 Garland Fund。

言論自由時代

在1920年代，政府的審查是司空見慣的。 一些雜誌經常會因為觸犯了反淫穢的 Comstock laws而被沒收；勞動匯集的許可往往會被沒收；所有的反政府和反戰文學會被取締。 當時，右翼分子行使著大量的權利，倡導工會組織、社會主義或者政府改革的積極分子經常會被揭發當成是反美國或者是不愛國的人。 1923年，有一個典型的例子：作家Upton Sinclair 因涉嫌閱讀一個Industrial Workers of the World rally的第一修正案而被捕。
美國自由聯盟的領導階層按照如何應對公民權利的被侵犯而劃分。第一組，包括 Baldwin, Arthur Garfield Hays 和Norman Thomas,，認為最好的途徑是直接的、強硬的回擊。海斯是美國公民自由聯盟中第一個放棄自己的私人診所工作的律師。另一組， 包括Walter Nelles和Walter Pollak，他們認為，實現變革的最好方式是向最高法院提起訴訟。 然而這兩個群體並肩作戰，並且同樣遵守權利法案和美國憲法。
1920年代，美國公民自由聯盟主要關注的各方面的言論自由，特別是有關於工人運動的言論。由於美國公民自由聯盟大多努力致力於工人運動，其本身會受到保守派的巨大攻擊，如美國退伍軍人協會、全國公民聯合會、工業防禦協會和盟軍的愛國社團。
除了勞動，美國公民自由聯盟也在非勞動領域中付出努力，例如在公立學校推動言論自由。1921年，在紐約的公立學校中，美國公民自由聯盟本身是不允許被談論的。美國公民自由聯盟與全國有色人種協進會合作，一起幫助解決種族歧視的案件。美國公民自由聯盟無論是否得到支持，都會保護言論自由。例如包括反動分子、天主教堂、反三K黨都是美國公民自由聯盟經常要瞄準的對象，但是美國公民自由聯盟在1923維護了三K黨組織會議的權利。然而，在1920年代，也有一些美國公民自由聯盟並沒有去致力維護的公民權利，這其中包括藝術作品的審查制度、政府的審查和扣押制度、隱私權和竊聽問題等。
美國共產黨是經常受政府機構騷擾和壓迫的對象，因此它也成為了美國公民自由聯盟的最重要客戶之一。共產黨經常會採取很有侵略性的策略，會經常做出不合法或不道德的行為，這導致了共產黨和美國公民自由聯盟間的頻繁衝突。共產黨的領導者經常會攻擊美國公民自由聯盟，特別是當後者在維護保守黨的言論自由權的時候。事實上，他們兩者之間這種複雜的關係一直持續了數十年。

斯科普斯審判案

1925年之前，也就是美國公民自由聯盟成立後的第五年，其自身的努力並沒有什麼明顯的成就。但是在1925年，改變發生了，美國公民自由聯盟說服了John T. Scopes John T. Scopes 在法院上公然反抗田納西州的反進化論法規。美國公民自由聯盟全國委員會的成員Clarence Darrow領導了斯科普斯的法律團隊。William Jennings Bryan起訴認為聖經應該在教授神創論是被逐字解讀。然而美國公民自由聯盟敗訴了，並且斯科普斯也被罰款$100。 但後來，田納西州的最高法院支持了法律但推翻了之前的一個關於技術性的定罪。
斯科普斯審判案標誌著美國公民自由聯盟在公共關係處理上的成功。從此，美國公民自由聯盟在美洲家喻戶曉，並且得到了一個美國主流報紙的支持和認可。 美國公民自由聯盟一直持續爭取在學習里將教會和國家分離，包括1982年的McLean v. Arkansas 案和2005年的Kitzmiller v. Dover Area School District案。
Baldwin自己在20世紀20年代，也就是在他因涉嫌在紐澤西的一個磨工工會上發表演講之後，參與了一個關於爭取言論自由的成功案例。雖然該成果僅被限制在紐澤西州內，但在1928年的上述表明憲法保證的言論自由必須要給予自由和全面的建設，它標誌著民權運動中的一個重要的轉折點，顯示出了司法時將更關注公民權利的這一轉變。
美國公民自由聯盟中最重要的一個案子是在20世紀20年代，Gitlow v. New York,。案子是關於Benjamin Gitlow 涉嫌違反國家法律煽動無政府狀態，並傳發傳單宣傳共產主義。雖然最高法院並沒有推翻Gitlow的定罪，但卻接受了美國公民自由聯盟關於第一修正案自由應用到國家法律，以及聯邦法律的言論的立場（後來被稱為納入學說）。

首勝

美國公民自由聯盟在促進公民自由權時對戰術產生了分歧。Felix Frankfurter 認為立法是最好的長期解決方案，因為最高法院不能（在他看來，也不應該）強制建立自由主義的人權法案。但 Walter Pollack, Morris Ernst, and other leaders 認為最高法院的判決是保障公民自由的最佳路徑。在1920年代，一系列最高法院的判決預言了國家氣氛的轉變：抗擊激進分子的情緒越來越暗淡，人們越來越願意通過法院判決，以保護自由言論和集會。

言論自由

在20世紀早期的審查制度是司空見慣。國家法律和城市法令經常將非法言論視為淫穢或進攻,禁止促進了工會或工會組織的會議或文學。從1926年開始，美國公民自由聯盟開始擴大其自由演講活動的範圍，包括藝術和文學的審查。在這一年，, H. L. Mencken故意違反了波士頓法律，派發他被禁止的美國水星雜誌；美國公民自由聯盟為他辯護，並贏得無罪釋放。 美國公民自由聯盟還繼續贏得了很多勝利，包括1933年的具有里程碑意義的 United States v. One Book Called Ulysses 案件，該案件撤消了海關總署對James Joyce的一本書《Ulysses》的禁止。早些年，美國公民自由聯盟只取得了一些混亂的成功，但到了1966年最高法院終于澄清在Roth v. United States 和 Memoirs v. Massachusetts案中的淫穢法律。
康斯托克法禁止散布性教育信息，認為這是淫褻及導致濫交的行為。1928年Mary Ware Dennett 因分發了一本包含性教育材料的小冊子而被罰款$300 。美國公民自由聯盟在莫里斯·恩斯特領導下，呼籲她的信念，並贏得了逆轉，其中Learned Hand法官裁定，這本小冊子的主要目的是「增進了解」。
這些成功促使美國公民自由聯盟擴大他們為自由言論的努力範圍，超出勞動和政治言論，還增加了電影，報刊，廣播和文獻的方面。 1931年，美國公民自由聯盟成了免予審查的國家委員會來協調這方面的工作。20世紀30年代初，在美國的審查變得越來越少。
20世紀30年代，美國公民自由聯盟的兩個主要的勝利鞏固了其推動自由言論的進程。1931年，在 Stromberg v. California, 最高法院支持美國公民自由聯盟，肯定共產黨員的權利。這個結果是最高法院第一次在國家憲法第一修正案的要求下使用第14修正案的正當程序條款。也是在1931年，在Near v. Minnesota, 最高法院裁定，各州不應該僅僅因為涉嫌破壞聲譽而禁止報紙的出版。

1930年代

1930年代後期美國的政策變得更加寬容。國家領導人也對其稱讚，特別是因為它保護了少數民族人權法案，即民主的本質。1939年最高法院決定在 Hague v. Committee for Industrial Organization 肯定共產黨員的權利，以促進他們的事業。即便是保守的分子，如美國律師協會，雖然被長期認為是左傾組織，也開始為公民自由征戰。到1940年，美國公民自由聯盟已經取得了很多設立於1920年的目標，且其許多政策也成為當地法律。

擴張

在1929年，在斯科普斯和丹尼特的勝利後，In 1929, after the Scopes and Dennett victories, Baldwin 感覺到在美國存在著巨大的但尚未開發的對於公民自由的支持。Baldwin提出了一個為美國公民自由聯盟的擴張的計劃，主要關注警察的暴行、美國原住民權利、非洲裔美國人的權利、對藝術的審查以及國際公民的自由。 董事會支持了Baldwin的擴張計劃，但不包括國際層面的內容。
1932年，美國公民自由聯盟在通過「諾里斯-拉瓜迪亞法案」時發揮了重大的作用，該法案禁止僱主阻止員工加入工會，並停止對受法律保護的罷工，工會和勞動組織活動的禁令。在赫伯特·胡佛的威克沙姆委員會的主持下，美國公民自由聯盟也在一個全國性的減少警察部門不當行為（如虛假逼供）的案件中扮演了關鍵性的角色，其在1931年發布了報告「無法無天執法」。1934年，美國公民自由聯盟遊說印第安人的重組法案，恢復了一些美洲土著部落的自主權，並建立了美國本土兒童綁架處罰的消失。
儘管美國公民自由聯盟延遲了對促進非裔美國人公民自由的訴訟，其確實完成了具有教育意義的工作，並且在1931年出版了一份關於司法系統中，在南方種族主義下，黑人法官缺乏表決權、被隔離並受到歧視的報告。在加蘭基金的資助下，美國公民自由聯盟也會參與發表具有影響力的 Margold Report, 後者概述了爭取黑人民權的策略。美國公民自由聯盟的計劃是證明南方的「隔離但平等」的歧視政策是非法的，因為事實上黑人從來沒有被一視同仁。

大蕭條時代和新政

1932年，也就是美國公民自由聯盟成立的12年後，它已經取得了顯著成效：最高法院已經接受了由美國公民自由聯盟擁護的言論自由原則，廣大公眾也越來越支持公民權利。但是，大蕭條給公民自由帶來了新的攻擊：1930年關於自由自由的起訴數量大量增加，私刑的數量增也加了一倍，並且在費城所有失業人員的集會都遭到禁止。
然而，富蘭克林·羅斯福政府提出新政。美國公民自由聯盟領導人關於新政的意見不一，因為許多人認為，它代表政府增加干預個人事務，並且國家復興管理局暫停了反壟斷法規。羅斯福本人並不對民事權利感興趣，但任命了許多關於公民自由的關鍵職位，包括內政部長哈羅德·伊克斯，他是美國公民自由聯盟的成員。
新政的領導人與美國公民自由聯盟關於經濟政策的目標往往一致，但卻不同於社會的目標。特別的，電影是受當地法令禁止的，它被視為不道德或淫穢的。即使是描繪懷孕和生育健康的電影也是被禁止的；就像在1938年的4月11日，《Life》雜誌因包含生育過程的圖片而被起訴。美國公民自由聯盟也反抗了這些禁令，但沒有獲勝。
在20世紀30年代，天主教會取得越來越大的政治影響力，並利用其影響力，推動電影的審查，並勸阻出版節育信息。美國公民自由聯盟和天主教會之間的這種衝突導致在1934年最後的天主教神父從美國公民自由聯盟的領導層中辭職；直到20世紀70年代，那裡不會再有一位天主教神父被代表。
美國公民自由聯盟並沒有在總統富蘭克林·德拉諾·羅斯福1937年的法院包裝計劃中採取任何官方立場，該計劃是要增加最高法院法官的數目，除非最高法院扭轉其立場，並開始批准新政立法。最高法院最終做出了重大的政策轉變，不再用嚴格的憲法限制政府計劃，並開始更加積極地保護公民的自由。
第一個標誌著法院新方向的決策是De Jonge v. Oregon, 在那裡共產主義勞動組織者會因組織討論工會的會議而被逮捕。美國公民自由聯盟的律師 Osmond Fraenkel, 與國際勞動節保護協會合作，在1937年保護了De Jonge，並使最高法院裁定，「和平的集會和合法的討論可以不被認為是一種犯罪。」  " 德容的案件，標誌著一個持續了十幾年的時代的開始，在這期間，羅斯福任命的人（雨果·布萊克，威廉·道格拉斯和弗蘭克·墨菲領導）設立一個公民自由的法律。 1938年， Harlan F. Stone 大法官在 United States v. Carolene Products Co.中寫下了著名的「腳註四」，他建議從今以後，妨礙公民自由的國家的法律需要更明顯的證據。
1935年，參議員Robert F. Wagner提出了國家勞資關係法案，允許工人組織工會。具有諷刺意味的是，美國公民自由聯盟，經過15年的爭取工人的權利，最初反對這樣的行為（它後來沒有採取任何立場的立法），因為一些美國公民自由聯盟領導人擔心該法案會給政府增加權利。新成立的國家勞工關係委員會（NLRB）使美國公民自由聯盟陷入了一個兩難境地，因為在1937年，該委員會對亨利·福特發出了一項指令，禁止福特傳播反工會文字。部分美國公民自由聯盟的領導站在了勞動者那一邊，而這一部分支持了國家勞工關係委員會的行動。但是，另一部分美國公民自由聯盟的成員支持福特的自由言論權利。美國公民自由聯盟領導人阿瑟·加菲爾德海斯提出一個妥協（支持汽車工人工會，但也贊同福特發表個人意見的權利），但繼續分裂會產生更深的鴻溝，在今後的歲月里將更加突出。
美國公民自由聯盟對國家勞工關係委員會的支持是其的一個重大進展，因為它標誌著它首次接受了一個可能是負責維護公民自由的政府機構。直到1937年，美國公民自由聯盟覺得，公民權利最好由公民和私營機構所堅持。
在美國公民自由聯盟出現了一些新的派別。在1930年代後期，一些地方分支機構提出了他們的重點轉移，從保證公民自由的上訴轉變為建設法律援助社會，並集中在低收入街區的店面辦事處。美國公民自由聯盟董事拒絕了這一提議。其他美國公民自由聯盟的成員希望美國公民自由聯盟的焦點轉移到政治舞台上，他們更願意為了與政客達成交易而妥協自己的理想。這一舉措也被美國公民自由聯盟的領導拒絕了。

耶和華見證人

美國公民自由聯盟對於被告的不受歡迎、有時也有些極端的觀點已產生許多里程碑意義的法院案件，並建立了新的公民自由。其中一個被告是耶和華見證會的人，他參與了大量的最高法院的案件。美國公民自由聯盟支持的案件包括Lovell v. Griffin (推翻了一個規定在發布任何形式的「文學」之前需要獲得許可證的城市條例。)； Martin v. Struthers (推翻了禁止逐戶上門拉票的規定) ；還有 Cantwell v. Connecticut (扭轉了關於在街角朗誦攻擊性的演講的信念) 。
最重要的案件涉及到向國旗致敬的法令。耶和華見證人認為，行國旗禮是違背其宗教信仰的。在1938年，有兩個兒童因沒有向國旗敬禮而被判罪。美國公民自由聯盟支持他們，並向最高法院提出上訴，但在1940年，法院堅持了判罰。然而三年後，在 West Virginia State Board of Education v. Barnette，最高法院推翻了自己，並寫道：「如果在我們的憲法星座中有任何固定的明星，那就是沒有官方的，高貴或低賤的，可以規定什麼是正統的政治，民族，宗教或其他事項的意見或武力市民承認言語或行動當中他們的信仰。」 為了強調其決定，最高法院在國旗日宣布了這個決定。

共產主義和極權主義

在二戰期間，極權主義在德國、俄羅斯和義大利的崛起對公民自由運動有巨大影響。一方面，壓迫的極權主義國家在美國掀起了爭取言論與結社自由的運動；另一方面，他們在美國促使了一個反共和運動，侵蝕了許多公民的自由。
美國公民自由聯盟在是否保護親納粹在美國演講上發生了分歧：美國公民自由聯盟中的職業勞動者仇視納粹主義和法西斯主義，反對美國公民自由聯盟保護納粹。幾個州通過了禁止針對民族仇恨言論的法律。第一個因反對言論法律在1935年紐澤西被捕的人是一個耶和華見證會的人，他被指控反天主教文學傳播。美國公民自由聯盟為他辯護並成功撤銷了指控，捍衛了納粹徒們言論自由和結社自由的權利。
在20世紀30年代後期，美國公民自由聯盟與一個由美國共產黨發起的協調自由組織-Popular Front結成了聯盟。美國公民自由聯盟因此受益，因為與Popular Front的聯盟使得他們能比紐約的美國公民自由聯盟更有效地經常打擊當地的民權鬥爭。與共產黨的聯合使美國公民自由聯盟成為了一個「共產主義陣線」；特別地，Harry F.Ward還同時兼任美國公民自由聯盟的主席和美國反戰和反法西斯聯盟的主席。
眾議院非美活動調查委員會創立於1938年，目的是揭露在美國煽動叛亂和叛國罪。目擊證人在作證時提到，美國公民自由聯盟被提到幾次，這導致在眾議院非美活動調查委員會1939年的報告中多次提到了美國公民自由聯盟。這件事嚴重地影響了美國公民自由聯盟的聲譽，即使在報告中聲明「並沒有明確地證據證明美國公民自由聯盟是一個共產主義組織」。
當美國公民自由聯盟迅速保護自己，聲明反對自己是共產黨的指控，它同樣致力於保護目擊證人被眾議院非美活動調查委員會騷擾。 1940年，美國公民自由聯盟是為數不多的組織反對（未成功地）通過史密斯法案，該方案將使許多支持共產主義的人入獄。1940年，美國公民自由聯盟是為數不多的組織反對（未成功地）通過史密斯法案，該方案將使許多支持共產主義的人入獄。美國公民自由聯盟保護了許多因史密斯法案而被起訴的人，包括工人領袖Harry Bridges。
美國公民自由聯盟的領導是分歧在於是否清除其領導的共產黨人。諾曼·湯瑪斯，約翰·海恩斯·福爾摩斯和莫里斯·恩斯特是美國公民中的反共產主義者；反對他們的有Harry Ward, Corliss Lamont and 伊莉莎白·弗林，他們拒絕任何對美國公民自由聯盟領導層的政治測試。1939年，開始一場艱苦的鬥爭，隨後在1940年2月反共主義盛行，當董事會投票決定禁止任何人支持從美國公民自由聯盟的領導角色的極權主義。這時，主席Harry Ward 立即辭職了，而在長達6小時的激烈辯論後，一個傳奇人物伊莉莎白·弗林也被踢出了美國公民自由聯盟1940年的事件對於美國公民自由聯盟來說是一個災難，很多事情都違背了其當初的原則。這場災難在1968年才結束，而弗林也在死後1970年恢復了美國公民自由聯盟的成員身份。

第二次世界大戰

當二戰席捲而來之時，美國人權法案被奉為神聖的文件，許多組織保護公民的自由。芝加哥和紐約宣布「公民權利」周，富蘭克林·德拉諾·羅斯福總統宣布了一個國家的人權法案日。埃莉諾·羅斯福在1939年的美國公民自由聯盟公約做了主旨發言。儘管這個新發現十分尊重公民的權利，美國人仍變得堅決反共，並認為，從美國社會排除共產黨人是一個維護民主必不可少的步驟。
相比於第一次世界大戰，在第二次世界大戰期間，公民自由很少被侵犯。羅斯福總統是公民自由的堅定支持者，但更重要的是，很少有反對戰爭的活動家。在二戰期間最重要的公民權利問題是拘禁日裔美國人。日本偷襲珍珠港後二個月，羅斯福授權將所有日裔美國人拘留在拘留營內。不僅包括日本公民，也席捲了日本血統的美國公民。 ACLU立即對羅斯福提出抗議，並將之比作納粹集中營。當然，不是所有的美國公民自由聯盟領導人都想捍衛日裔美國人。羅斯福的忠臣如莫里斯·恩斯特想支持羅斯福為戰爭做的努力，但如鮑德溫和諾曼·湯瑪斯的和平主義者認為，日裔美國人在被囚禁前，需要有正當程序的個人聽證會。美國公民自由聯盟是唯一反對拘禁計劃的組織，他們的立場是非常不受歡迎的。 ACL的律師AL Wirin失去了私人客戶，因為他站在了保護日裔美國人的立場。
ACLU想把一個案例告上法庭，但他們很難發現一位違反該拘留命令的日裔美國人：12萬日裔美國人受該命令影響，但最終只有12人違抗；這其中的四個案件最終被上訴到最高法院審理。ACLU成功申訴了其中兩個。在1943年初，在平林的最高法院，ACLU支持美國政府的決策，拘留日裔美國人。在1944年年底，ACLU也支持政府的決策讓日裔美國人重遷，後來在20世紀80年代他們不再支持。
儘管ACLU保護日裔美國人，但是他們不願保護反戰抗議者。在1942年，董事會的多數通過一項決議，宣布ACLU不願意保護任何干擾到美國為戰爭做出的努力的人。
當1945年戰爭結束時，美國公民自由聯盟已經25歲了，已經積累了很多合法的勝利經驗。杜魯門總統在其25周年之際發來賀電。自第一次世界大戰以來，美國人對此的態度已經改變，少數民族逐漸受到尊重，少數人的權利也得到了普遍的擁護。在其1945年年度會議期間，美國公民自由聯盟領導人討論出了一個集中了重要民事權利問題的列表，列表中包含了種族歧視以及教會與國家的分離。
ACLU支持非洲裔美國人被告雪萊狀告克雷默，起因是當他們試圖使用他們購買的房子時，發現在附近有種族限制房屋契約導致他們不能使用，在1945年他們最終贏得了這場官司。

冷戰時期

在冷戰期間，反共產主義情緒籠罩著美國。於1946年開始。聯邦的調查導致很多與共產主義或左傾的有關係的人失去了他們的工作，或是被列入黑名單，或是入獄。在冷戰期間，美國雖然忽略了共產黨人的公民權利，但其他公民自由，如在法律上和政教分離上的進步，繼續得到加強甚至擴大。
ACLU在1940年清除領導層的共產黨人是分裂，並一直在1940年代末猶豫是否保護被指控的的共產黨人。一些ACLU領導人是反共分子，認為ACLU不該保護任何這些被指控的共產黨人。另外一些ACLU領導人認為，共產黨人享有言論自由權，ACLU應該保護他們。ACLU的其他領導人不確定共產黨人所構成的威脅，並試圖建立一個在兩個極端之間的妥協。這種矛盾的狀況將持續到1954年，倡導公民自由的一派占上風時，大部分的反共產主義的領導人辭職。
1947年，杜魯門總統頒布行政命令9835，創建了聯邦的忠誠度計劃。這個計劃授權總檢察長創建一份列舉危害政權的組織的名單。與這些組織有關係的所有人都被禁止僱傭。上述組織均不知道自己在名單上，也就無從申辯，政府也沒有公開任何將它們列入名單的事實根據。雖然ACLU的領導在是否挑戰聯邦忠誠度計劃產生分歧，一些挑戰還是成功了。
此外，在1947年，眾議院非美活動調查委員會（HUAC）傳喚十位好萊塢的導演和編劇，人稱「the Hollywood ten」，打算讓他們識別共產黨人，但證人拒絕作證。所有這些人都被以蔑視國會的罪名囚禁。ACLU呼籲支持一些藝術家的呼籲，但沒有什麼號召力。好萊塢在HUAC聽證會後感到慌張，建立了一個黑名單，禁止任何與左派有關係的人工作。 ACLU的支持從法律上挑戰這份黑名單，但這些挑戰均失敗了。ACLU在的教育上的努力更為成功：1952年的報告《法官與被審判者》是為ACLU為一位被列入黑名單的女演員Jean Muir準備，它描述這份黑名單背後的不公平和不道德行為，幫助逐漸引導公眾輿論反對麥卡錫主義。
但ACLU沒有支持Eugene Dennis和其他美國共產黨領導人，他們和他們的律師最後都入獄了。
聯邦政府在1948年直接指向美國共產黨，在Foley Square Trial 中起訴其12個領袖。這件案子將是否是一個極權主義政黨的成員作為得出他們提倡推翻美國政府這一結論的根據。 ACLU選擇不代表任何被告，最終他們都被認定有罪並且處以三到五年有期徒刑。他們的辯護律師均被認為蔑視法庭，被投入監獄並取消律師資格。當政府起訴其他的黨員時，被告人們甚至找不到辯護律師。共產黨人在法庭外抗議，並在國會提出一項禁止非法糾察的提案，ACLU支持反糾察法律。
ACLU，由於內在的變化，在他們的上訴過程中支持黨的領導人。最高法院通過將對言論自由的要求從「清晰且危險的」軟化為「沉重且可能存在的」堅持「丹尼斯訴美國」案中的有罪判定。ACLU發表了一份公開譴責丹尼斯案的聲明，並準備與之鬥爭。最高法院支持冷戰立法的原因之一是1949年最高法院法官弗蘭克·墨菲和威利·拉特利奇的死亡，留下雨果·布萊克和威廉·道格拉斯作為法庭上唯一剩下的公民自由派人士。
丹尼斯案為起訴數以百計的共產黨員鋪平了道路。 ACLU在許多共產黨人的上訴中支持他們（雖然大部分的倡議起源於地方的ACLU分支機構，而不是全國總部），但大多數定罪被堅持。兩個加州的分支機構，尤其覺得國家ACLU總部沒有足夠強烈支持民間自由，他們比全國總部發起了更多的冷戰案件。
ACLU也挑戰了許多全國各地的宣誓效忠要求，但法院堅持最宣誓效忠法律。加州ACLU支部成功地挑戰了加利福尼亞州宣誓效忠。直到1957年，最高法院仍堅持幾乎所有的限制共產黨人自由的法律。
ACLU的，即使它在冷戰期間在保護共產黨人方面退縮了，仍作為共產主義的「前線」受到嚴厲批評。批評者包括美國退伍軍人協會，參議員約瑟夫·麥卡錫，HUAC和聯邦調查局。一些ACLU領導人向聯邦調查局表示同情，因此，ACLU很少在冷戰期間調查針對許多聯邦調查局的濫用權力的投訴。

組織變革

在1950年，美國公民自由聯盟董事會要求執行主任鮑德溫辭職，感覺他缺乏組織能力來帶領9,000人（並且不斷增長）的成員組織。鮑德溫反對，但大多數董事會選舉罷免他的位置，接替他的是派屈克·墨菲馬林。在馬林的帶領下，1955年時會員人數已經翻三番至30,000人，創造了一個長達24年之久的會員人數持續增長，導致在1974年時已有275,000名成員。馬林還主持了當地的美國公民自由聯盟的擴張分支機構。
被幾十名紐約精英管理的ACLU，在20世紀50年代變得更加民主。 1951年，美國公民自由聯盟修改其章程，允許當地的分支機構直接參與投票ACLU決策。對全體會員開放的會議，也在同年開始一年進行兩次，並在以後的幾十年中，它成為了一個為那些活動家們開設的講壇，他們開展了美國公民自由聯盟的新方向，包括墮胎權，死刑，和窮人的權利。

麥卡錫主義時代

1950年代初，美國公民自由聯盟繼續引導一個中等當然通過冷戰。當左派歌手保羅·羅伯遜在1950年的護照被剝奪了，儘管他不是共產主義，也不是被指控有任何非法行為，美國公民自由聯盟還是選擇不捍衛他。 ACLU後來改變了自己的立場，在威廉·沃西和羅克韋爾肯特的護照被沒收的情況下支持了他們，這導致在20世紀50年代中後期的法律勝利。
為了應對共產主義的政治迫害，許多證人和員工選擇使用第五修正案的保護，反對自證其罪，以避免泄露關於他們政治信仰的信息。作為回應，政府機構和私人組織建立政策推測捲入第五修正案的人誰是共產黨黨員。 ACLU被劃分為是否捍衛只是因為第五修正案而被解僱的員工，但在紐約的聯盟成功地協助老師哈利在他的最高法院扭轉了他的困境。
在1954年，第五項修訂問題成為一個分水嶺事件，最終通過將ACLU的反共領導層取代導致了ACLU內部矛盾的激化。 1953年，由諾曼·湯瑪斯和詹姆斯飛領導的反共人士，提出了一套新的關於推斷和第五修正案有關的人是否有罪的決議。這是第一個屬於美國公民自由聯盟的新的組織規則的，允許本地的分支機構參加表決的決議；分支機構以多數票否決了全國機構，並拒絕反共決議。反共領袖們拒絕承認投票結果，並且將此議題在1954年雙年度會議再次討論。北卡羅來納大學的校長，美國公民自由聯盟的成員，弗蘭克·格雷厄姆用一反對反共提議的提議攻擊反共人士，其中指出，美國公民自由聯盟「站在反對協會犯下的罪過，因譴責做出的判決，對個人意見和信念隱私的侵犯，和持不同政見者的異議的立場。」反共人士繼續反駁格雷厄姆的建議，但對於顯得分支機構寡不敵眾。反共人士終於放棄了，並在1954年末和1955年離開董事會，結束了ACLU領導行列內長達8年的矛盾。此後，ACLU以更堅定的信心繼續進行著對反共立法的抗議。從1940年的決議（清除伊莉莎白·弗林），到1954年很多反共領袖辭職這一期間被許多人認為是ACLU放棄其核心原則的一個時代。
電視記者愛德華·默羅和其他公開嚴厲譴責麥卡錫之後，麥卡錫在1954年年底離任。在冷戰時期所產生的權利法案帶來的爭論迎來了一個新時代的美國公民自由。 1954年，最高法院在「布朗訴教育委員會案」一致推翻了國家認可的學校隔離，此後如潮的民權運動的勝利主宰了法律環境。
最高法院在1957年為ACLU的獲得了兩個關鍵勝利，在Watkins訴美國和耶茨訴美國兩案中，這兩種都破壞了「史密斯法案」，標誌著結束共產黨員查詢的結束。最高法院在1965年，出台了一些決定，包括「拉蒙特訴郵政大臣案」（原告科利斯·拉蒙特，前美國公民自由聯盟的董事會成員），支持了第五修正案的保護並對政治活動的限制帶來了終結。

1960年代

ACLU最為成功的時期是在1954年至1964年。會員從30,000人上漲至80,000人，在1965年於17個州有分部。1964年，ACLU在科羅拉多州的雙年會上，最高法院發布了八例ACLU參與案件的裁定，ACLU在其中的7個案件中獲得勝訴。ACLU促使最高法院決定減少對文學和藝術的審查，保護結社自由，禁止種族隔離，將宗教從公立學校中分離，並為犯罪嫌疑人提供正當程序的保護。ACLU成功改變公眾的態度，使美國民眾變得更有教養和寬容，以及更有意願接受非正統行為。

政教分離

有關政教分離的法律之爭可追溯至1938年出台的學校需進行宗教教育，或國家資助宗教學校的法律。天主教教會是該法律的主要支持者和ACLU、AUSCS（美國政教分離聯合會）和美國猶太人議會的主要對手。ACLU領導挑戰1947年的「埃弗森訴教育委員會案」，雨果·布萊克大法官寫道「第一修正案在教會與國家之間築起了一道牆....，那堵牆必須保持固若金湯。」 權利法案是否禁止州政府支持宗教教育目前尚不清楚，但宗教支持者進行了強有力的法律論證，認為最高法院不應該作為「全國學校董事會」，憲法不治理社會問題。然而ACLU和其他政教分離的提倡者說服法院宣布該行為違憲。歷史學家塞繆爾·沃克寫道，ACLU對美國人生活影響最大的是其說服最高法院將某事「憲法化」，讓不少公民爭議。
1948年，ACLU在「麥科勒姆訴教育委員會」案中勝訴了，該案件挑戰由私人資金資助神職人員任教公立學校的宗教課行為。ACLU也贏得了挑戰在新墨西哥州的由神職人員任教的並在教室里懸掛十字架的學校。1960年代，ACLU響應其成員的呼聲，將注意力轉向班級內的宗教宣傳。1960年，42％的美國學校有《聖經》閱讀內容。在1962年，ACLU公布聲明譴責校內禱告，觀察宗教節日以及閱讀《聖經》。最高法院同意了ACLU的意見，在1962年「恩格爾訴維塔勒」案中決定禁止紐約公立學校的校內禱告。全國各地的宗教派系強烈反對反禱告決議，並支持將校內禱告立法的《校內禱告憲法修正案》。ACLU努力參與遊說反對該修正案，最終1966年國會表決中該修正案未能獲得所需的三分之二多數票。
然而，並不是所有的情況下ACLU都勝利。ACLU在1949年和1961年挑戰國家要求商業企業在星期日和基督教的安息日關閉的法律失敗了。最高法院從來沒有推翻這樣的法律，雖然一些州在商業利益的壓力下撤消了該法律。

言論自由

在1940年代和50年代期間，ACLU繼續對藝術和文學審查的鬥爭。1948年，在紐約的ACLU支部從最高法院接受了勝敗參半的結果，贏得了被定罪為沒有警察允許就發言的卡爾·雅各庫斯的辯護，但輸掉了以破壞和平為名的被逮捕的歐文費納的辯護，費納在宣言中譴責杜魯門總統和美國退伍軍人協會，ACLU敗訴，包括因散發非裔美國人性格的文學作品而被捕的Joseph Beahharnais案。
美國各地的城市經常禁止電影，因為它們被認為是「有害的」，「進攻性的」，或「不道德」的 - 1915年Mutual訴俄亥俄案中最高法院認定電影僅僅是商品，不配第一修正案的保護，在此基礎上電影審查制度被建立。電影《奇蹟》於1951年在紐約被天主教會禁止，但ACLU支持這部電影的發行商對禁令提出上訴，並在1952年約瑟夫伯斯泰公司訴威爾遜案中贏得了重大勝利。1950年代，天主教會努力試圖說服當地檢察官禁止各種書籍和電影，導致與ACLU衝突，ACLU發表聲明譴責教會的手段。ACLU進一步採取法律行動保護電影，如電影《M》和《拉龍德》站在了廢除電影審查的前線。好萊塢繼續按照《生產守則》進行自我審查，但在1956年，ACLU呼籲好萊塢取消守則。
ACLU辯護「垮掉的一代」的藝術家，包括因長詩「嚎叫」被起訴的艾倫·金斯伯格。在非正統情況下，ACLU幫助恢復食肆牌照被吊銷的咖啡館，該咖啡館因為其客戶涉嫌擾亂居民區治安。
1957年，ACLU輸掉了了一個重要的出版審查案件，最高法院維持了對出版商塞繆爾·羅斯散播淫穢出版物的裁定。1953年末，像Tropic of Cancer和From Here to Eternity這樣的書依然被禁。但在20世紀60年代，公共標準很快變得更為寬鬆，由於「淫穢」實在難以界定，1971年之前對「淫穢」等的指控已經停止。

種族歧視

第二次世界大戰後公民自由進步的一個主要方面是聯邦，州和地方政府取消延續數世紀的種族主義 – 這項努力一般被稱為民權運動。包括國家促進有色人種（NAACP），ACLU和美國猶太議會，全國有色人種協進會的一些公民自由組織進行了合作。全國有色人種協進會主要負責最高法院案件（往往由全國有色人種協進會的律師瑟古德·馬歇爾領導），ACLU專注於警察不當行為，並以「法庭之友」陳述支持全國有色人種協進會。全國有色人種協進會於1950年取得了一場關鍵的勝利，它在「亨德森訴美國案」中結束了州際公共汽車和鐵路運輸的分隔狀態。
1954年，ACLU在「布朗訴教育委員會案」中起草了法庭之友摘要，使得美國公立學校中的種族隔離狀況被禁止。南方各州制定了麥卡錫主義風格的針對全國有色人種協進會的獵巫活動，試圖誘使其公開成員名單。 ACLU的反對種族主義的鬥爭不僅限於種族隔離;在1964年，ACLU在「雷諾茲訴西姆斯」案中對原告，主要是低收入的城鎮居民，提供了關鍵支持，要求國家設立「一人一票」的原則的投票區。

警察的不當行為

從1932年的「鮑威爾訴阿拉巴馬州」案（關於律師權利）開始，ACLU的定期處理警察的不當行為問題，ACLU的案子還包括1942的「貝茨訴布雷迪」案（關於律師權利），和1951年的 「Rochin訴加州」案（非自願洗胃）。在20世紀40年代末，幾個的ACLU當地分支機構成立常設委員會，以解決治安問題。在20世紀50年代和60年代期間，ACLU負責推進針對警察的不當行為的法律保障。費城支部在1958年創建了全國第一個民用警方評價板。在1959年，伊利諾州支部出版全國第一個記錄警方非法拘禁情況的報告——《芝加哥警察的秘密拘禁》。
在1960年代，ACLU在限制警察收集證據的權力的一連串案件中勝訴，帶給了ACLU一些它最知名的成就。在1961年的馬普訴俄亥俄州最高法院要求各州在搜查一個人的家時必須出示搜查令。 1963年的「吉迪恩訴溫賴特」案中法庭決定為窮人提供法律代表。在1964年的「埃斯科韋多訴伊利諾州」案中，ACLU說服法院允許犯罪嫌疑人在質疑過程中有律師在場。在1966年的「米蘭達訴亞利桑那州」案決定要求警方通知犯罪嫌疑人他們的憲法權利。雖然許多執法官員批評ACLU擴大犯罪嫌疑人的權利，警察本身也能從中受益。例如，ACLU代表紐約警察訴訟反對搜索他們在單位的儲物櫃。在1960年代後期，在ACLU的反對下，紐約和費城的民間審查委員會被廢除。

1960年代的公民自由革命

在美國，1960年代是一個動盪的時代，公民自由和公共利益經歷了爆炸性的增長。在1960年代的公民自由行動，經常被年輕人所領導，並且往往會採用如列席和遊行的戰術。抗議活動往往是和平的，但有時採用激進的策略。美國公民自由聯盟在1960年代所有重要的公民自由辯論，包括同性戀權利，囚犯權利，流產，窮人的權利和死刑等新領域中發揮了核心作用。十年中在美國公民自由聯盟的成員從52,000增長到1970年的104,000人。在1960年有七個州的分支機構，至1974年有46個州的分支機構。在1960年代，美國公民自由聯盟進行了戰術的重大轉變，將重點從法律上訴（一般涉及向最高法院提交的法庭之友陳述）轉移為直接代表最初被捕的被告。與此同時，美國公民自由聯盟改變它的風格從「脫離和精英」到「伴有感情」。美國公民自由聯盟於1963年發表了突破性的文件，標題為「美國人如何抗議，在對抗種族主義中無奈於緩慢的進展，並支持咄咄逼人，甚至激進的抗議方法。
非裔美國人在南方的抗議在20世紀60年代初加速，並且美國公民自由聯盟在每一步都給予協助。經過四個非洲裔大學生靜坐在一個獨立的北卡羅萊納州的百貨店後，靜坐運動在整個美國迅速蔓延起來。在1960至61年期間，美國公民自由聯盟為北卡羅萊納州，佛羅里達州和路易斯安那州的示威被捕的黑人學生提供保護。美國公民自由聯盟也為1961年的自由騎，密西西比大學的整合，，1963年在阿拉巴馬州的伯明罕的抗議活動，和1964年的自由夏季提供法律幫助。
全國有色人種協進會負責管理大多數呈向最高法院與靜坐相關的案子，贏得了近乎每一個決定。但輸在了美國公民自由聯盟和其他合法志願者的努力下，他們為數百名在南方抗議的無論黑人和還是白人的示威者提供法律代表。美國公民自由聯盟聯合其他公民自由團體，形成了律師憲法保衛委員會（LCDC），隨後為許多抗議者提供了法律代表。 美國公民自由聯盟提供了LCDC的大部分資金。
在1964年，美國公民自由聯盟開闢了在喬治亞州亞特蘭大的主要辦公室，致力於服務南部的問題。大部分在南部美國公民自由聯盟的進展是由於小查爾斯·摩根——亞特蘭大辦事處很有魅力的領袖。他負責廢除種族隔離陪審團（Whitus訴喬治亞州），廢除種族隔離監獄（李訴華盛頓），改革選舉法。 美國公民自由聯盟的南部辦公室也辯護了非洲裔國會議員朱利安·邦德在邦德訴弗洛伊德一案，當喬治亞國會拒絕進入正式讓邦德進入立法機關。另一個被廣泛宣傳的案例是，由摩根辯護的陸軍醫生霍華德·利維，因拒絕培養綠色貝雷帽而被判罪。儘管提高了辯護，綠色貝雷帽在越南犯有戰爭罪，利維失去了帕克訴利維美國733，417（1974）的上訴。
在1969年，在它為迪克·格雷戈里因和平抗議芝加哥市長被逮捕辯護後，美國公民自由聯盟贏得了言論自由的重大勝利。法院裁定在格雷戈里訴芝加哥案中，演講者不能因觀眾中有人發起敵意，就被視為構成「質疑者的否決」擾亂治安被捕。

越南戰爭

美國公民自由聯盟在越南戰爭的幾個合法方面的中心：保護草案抵抗者，挑戰的戰爭合憲，潛在彈劾尼克森，並利用國家安全的關注先發制人審查報紙。
戴維·米勒是第一個因燒他的徵兵證而被起訴的人。美國公民自由聯盟的紐約分部呼籲他的1965年的定罪（367卷，72：美國合眾國訴戴維·J·米勒，1966年），但最高法院拒絕聆訊上訴。兩年後，馬薩諸塞州的分支機構將大衛·奧布萊恩燒徵兵證的案子上訴到最高法院，認為燃燒的行為是象徵性言論的一種形式，但最高法院維持原判，在美國訴O'奧布萊恩美國367，391（1968）。在1965年十三歲的初中學生瑪麗·廷克因佩帶著黑紗到學校以反對戰爭而被停學。 美國公民自由聯盟就她的案件提出上訴，並在廷克訴狄蒙案中贏得了勝利。這個關鍵的案件建立了政府可能無法建立「飛地」，如沒收所有權利的學校或監獄。
 
美國公民自由聯盟為雪梨·思追特辯護，他因焚燒美國國旗抗議被暗殺的民權運動領袖詹姆斯·梅雷迪思而被逮捕。在思追特訴紐約案的決定中，法院同意美國公民自由聯盟認為鼓勵美國放棄其國家的象徵之一就是從憲法意義上保護表達的形式的觀點。美國公民自由聯盟的為保羅·科恩提供辯護，他因穿了一件後面寫著「他媽的草案」的夾克走過洛杉磯法院而被逮捕。科恩訴加利福尼亞州最高法院案中，認為粗俗的措辭是對於傳達消息的強度是必不可少的。
與戰爭無關的言論自由權在越戰時期獲得了進步。在1969年，ACLU為一個倡導的長期暴力對抗政府的三K黨成員辯護，最高法院在具有里程碑意義的決定布蘭登堡訴俄亥俄州案中同意ACLU的說法，主張只有號召立刻執行的暴力的講話被認為是違法。
1968年，ACLU爆發了一場大的危機，成員們在是否捍衛被聯邦指控號召被徵召的士兵逃避軍役的班傑明·斯波克和「波士頓五人」上激烈辯論。ACLU委員會在是否為他們辯護的問題上產生了巨大分歧。委員會一般成員具有反戰情緒，並認為，ACLU應該為「波士頓五人」提供資源。另一半認為公民自由不是危在旦夕， ACLU應採取政治立場。辯論的背後是ACLU 長期的政治中立的傳統，這是政治中立，並在不考慮到被告的政治觀點的情況下為其提供法律意見。董事會最終同意了一個妥協的解決方案，允許ACLU為反戰活動家辯護，而不贊同他們激進的政治觀點。 一些批評認為在斯波克案之後ACLU正在成為一個有黨派傾向的政治組織。在1970年肯特州立槍擊案後， ACLU向政治更邁出了一步，通過了譴責越南戰爭的決議。該決議在各種法律論據的基礎上包括認為越戰侵犯公民自由和主張戰爭是非法行為的觀點。
此外，在1968年，ACLU舉行了一次內部研討會來討論其雙重角色：提供「直接」的法律支持（只惠及個別被告的、在首次審判中進行的辯護）和上訴支持（在上訴過程中提供「法庭之友」陳述以建立廣泛的法律先例）。從歷史上看，ACLU最為知名的是其經常促使最高法院作出具有標誌性意義決定的上訴支持，但到了1968年，90％ACLU的法律活動涉及的直接代表（支持）。本次研討會認定這兩個角色都是ACLU的合法職能。

水門時期

1971年，美國公民自由聯盟支持了紐約時代雜誌對政府的訴訟，要求政府允許發表國防部對1945-1967年間的越美關係研究報告。在這場劃時代的「紐約時代雜誌對抗美國政府」的訴訟中，法院判決美國公民自由聯盟與紐約時代雜誌勝訴，這也意味著美國政府不能事先阻止報社或雜誌社發表機密文件，他們必須要等文件發表之後才能採取行動。
隨著這場傳奇一樣的「水門」訴訟細節的披露，美國公民自由聯盟成為了第一個呼籲彈劾尼克森政府的國家性組織。這是在堅決反對越戰之後，美國公民自由聯盟的第二個招致批評家指責的重大決定，他們聲稱美國公民自由聯盟已經演變成了一個自由主義的政治組織。

飛地以及新的公民自由

公民自由在1965年至1975年這十年間得到了廣闊的發展。在行政方面，美國公民自由聯盟於1970年任命Aryeh Neier取代Pemberton擔任其執行總監。上任之後，Neier開始進行一項抱負遠大的項目以求擴張美國公民自由聯盟。他設立了美國公民自由聯盟基金會來募集資金，並成立了幾個重點關注協會法律事務的新項目。截至1974年，協會已經擁有了275000名成員。
在那些年間，美國自由公民協會在三個方向帶頭擴展法律上的權利：政府控制的「飛地」內公民的新權利；弱勢群體的新權利；主流公民的隱私權。同時，協會的規模也在大幅度增長。協會幫助建立管理「飛地居民」（在政府控制下有條件居住的一群人）的憲法。這些人包括精神病人，軍隊成員，犯人，以及在校學生。「飛地」這個詞源自最高法院法官Abe Fortas在Tinker v. Des Moines決議中的一句話：「學校不該成為被被極權主義包圍的領土（飛地）」。
早在1945年，美國自由公民協會就已經開始為保護精神病人的權利而努力。協會起草了一份樣例法令用來管理將精神疾病患者關進精神病院的措施。在20世紀60年代，協會反對違背患者的意願而將之關入精神病院的行為，除非確定該患者可能給他自己或者社區帶來危害。1975年，在具有里程碑意義的O'Connor v. Donaldson案例中，美國自由公民協會代表了一位不具有暴力行為但卻被強迫關押了15年的精神病患者。他們力勸最高法庭把這樣強迫關押的行為定為不合法。
在1960年之前，犯人們基本上沒有法律系統里的求助對象，因為法庭認為犯人們不具有公民權利。但是當50年代後期，美國自由公民協會開始代表那些受殘忍政策壓迫甚至被剝奪了閱讀宗教材料權利的犯人們的時候，這一切都改變了。1968年，協會成功地通過訴訟廢除了阿拉巴馬州監獄系統的種族隔離；1969年，紐約分會實行了一個為紐約監獄中的犯人提供代理的項目。私人律師Phil Hirschkop在維吉尼亞州監獄大罷工行動中發現了州監獄有侮辱犯人人格的行為，並於1971年的Landman v. Royster訴訟中贏得重要勝利，從而禁止了維吉尼亞州監獄用不人道方式對待犯人的行為。1972年，美國公民自由聯盟在全國範圍內進一步加強了幾項為犯人爭取權利的運動，並成立了「國家監獄項目」。協會的努力導致了幾項具有重大意義的案例的誕生，包括Ruiz v. Estelle訴訟（要求德克薩斯州監獄系統改革）等。1996年，美國國會頒布了《監獄訴訟法案》，將維護犯人權利寫進了法律條款。

保護弱勢群體

在1960年代和70年代，美國公民自由聯盟將其業務範圍擴展至弱勢群體，包括女人，窮人以及同性戀者。協會特別留心了其女性成員的呼籲，並於1970年和1971年分別批准了「權利平等修正案」與「女權運動項目」。「女權運動項目」在該時期維護婦女權利的活動中做出了重大貢獻，幾乎在婦女權利這一法律領域中達到了統治地位。經協會之手處理的該類案例數目甚至超過了「國家婦女聯合會」的兩倍，其中就包括Reed v. Reed, Frontiero v. Richardson，和 Taylor v. Louisiana等具有重大意義的案件。
美國公民自由聯盟的領導人Harriet Pilpel在1964年提出了保護同性戀者的權利，兩年之後協會正式將之納入其業務範圍。1973年協會成立「性隱私項目」，致力於抵制對於同性戀者的歧視。
維護窮人權利是協會擴展的另一領域。1966年和1968年，協會內部的積極分子兩次提議徹底審視現有的福利系統，並保證低收入人群擁有最低工資線。但是董事會並沒有批准這項提案。但在1968年的King v. Smith案例中協會作出了重大貢獻，最高法院規定各州不可以因為母親與未婚者同居而否定其子女的福利。

公民隱私

在以前的美國憲法中，隱私權並沒有被明確提及，但是美國公民自由聯盟在1961年的致力於廢除州政府禁止避孕的Poe v. Ullman案件中帶頭敦促成立關於隱私權的法律。這個話題在1965年的Griswold v. Connecticut案件中再次被提及，這一次最高法院站在了協會的立場上，並正式批准了隱私權。1964年，美國公民自由聯盟紐約分會極力敦促廢除禁止人工流產的相關法律。1967年協會正式將維護人工流產權利作為其一項政策。同時協會還在United States v. Vuitch案件中將內科醫生的權利擴展至決定何時人工流產是必要的。協會的這些努力在最高法院有史以來最具爭議的Roe v. Wade案件中達到了頂峰。在這次案件的決議中，最高法院將「懷孕前三個月進行人工流產」合法化。在同一年，協會還在Loving v. Virginia案件中反對州政府的種族間婚姻的禁令。
在隱私權方面，美國公民自由聯盟還在幾次法律鬥爭中致力於確保州政府的公民個人信息不被泄露，並給予公民查閱其個人記錄的權利。協會支持幾項法令，包括1970年的要求信用機構對公民公布信用信息的《公平信用報告法》，1973年的給予學生查詢他們個人記錄權利的《家庭教育權與隱私法》，1974年的禁止聯邦政府惡意公開個人信息的《隱私法》。

因偏見被指控

在1970年代早期，保守者和自由主義者開始批評美國公民自由聯盟過於政治化和自由化。法律學者Joseph W. Bishop認為美國公民自由聯盟的黨派性質傾向始於其對於Spock博士的反戰抗議的辯護。批評家還指責協會刺激最高法院趨於司法激進化。他們聲稱協會對於一些爭議決議，如Roe v. Wade 和Griswold v. Connecticut的支持違反了《權利法案》中關於作者初衷的規定。在1988年的總統競選中，美國公民自由聯盟成為了被雙方候選人提及的話題。當時共和黨候選人George H.W. Bush指責民主黨候選人Michael Dukakis（美國公民自由聯盟成員）是「美國公民自由聯盟的正式成員（card-carrying member of the ACLU）」。

斯科基案例：自由還是納粹？

美國公民自由聯盟支持被告人的公民自由而不管他們的思想立場。協會以給那些持有偏執而不受歡迎的思想的被告人辯護為榮。這些人包括George Wallace，George Lincoln Rockwell以及三K黨成員。協會同樣為美國納粹黨成員辯護了許多次。他們這樣的行為招致了眾多的抗議，特別是來自於美國猶太人。
1977年，一小部分美國納粹黨人在Frank Collin的帶領下，申請到伊利諾州斯科基鎮鎮公園舉行示威遊行。在那時，斯科基鎮70000居民中有40000人都是猶太人，其中有一些還是納粹集中營中的倖存者。斯科基鎮拒絕了納粹黨人的遊行申請，而伊利諾州法官支持斯科基鎮的決定並禁止了這次遊行。斯科基鎮立刻通過了三項條例旨在阻止納粹黨人在鎮裡的集會。美國公民自由聯盟協助Collins在聯邦法庭中提起訴訟。這場訴訟持續了一年，最後法院判決美國公民自由聯盟勝訴。
「斯科基」案件在全美範圍內得到了廣泛報導，一方面是因為猶太人組織，例如「猶太人保護聯盟」和「反誹謗聯盟」強烈反對納粹黨人的遊行，致使許多美國公民自由聯盟成員退出了協會。伊利諾州分會為此失去了25%的協會成員以及近三分之一的資金預算。資金的嚴重受限甚至導致了分會的短期停工。在這次人員危機過後，協會發出了一項募集資金的呼籲，同時解釋說明了他們對於斯科基案的辯護理由。這次活動募集了超過50萬美元（約合現在的1894289美元）。

雷根時期

1981年裡根當選總統，標誌著美國政府長達12年的保守派領導的開始。在他的領導下，政府出台了一項具有保守色彩的社會議程，包括禁止人工流產（墮胎），在學校中加入祈禱文朗誦，禁止色情文學的發表，反對同性戀者的基本權利。
在Scopes審判的五十年後，美國公民自由聯盟又為了另一個教育類案件而努力。1981年阿肯色州出台的神創論法令要求學校將聖經中記載的人類進化過程當作關於人類進化的科學解釋傳授給學生。美國公民自由聯盟在這場McLean v. Arkansas訴訟中最終獲勝。
1982年，美國公民自由聯盟又被捲入了一場有關兒童色情讀物出版的官司中。在法院意見書中，協會認為任何違反「米勒標準」的兒童色情讀物都應該被禁止出版。但是這項被質疑的法律卻具有過分的限制性，因為它同樣禁止了一些藝術作品以及非淫穢文章的出版。不過法院並沒有採納協會的觀點。
在1988年總統選舉中，副總統老布希指出他的競爭對手——馬薩諸塞州州長杜卡基斯把自己描述為「美國公民自由聯盟的正式成員」，並以其為證認為杜卡基斯是一個「強硬，激進的自由主義者」，而且是「不受主流思想所接受的」。這一說法隨後被布希競選團隊用於競選宣傳。

1990年至2000年

在1997年， 雷諾訴美國公民自由聯盟換算一致的情況下， 最高法院否決了「反猥褻的通信規範法」（CDA）的規定，因為發現他們違反了言論自由的憲法第一修正案規定。在他們的決定，最高法院裁定，CDA的「使用未定義的術語」非禮「和」公然冒犯「就會招來發言者在兩個標準之間相互關係中的不確定性。
 
ACLU的一個加利福尼亞本公司起訴，主張將把Soledad Cross山從聖地亞哥的公共地域除掉。
ACLU在垃圾郵件問題上的立場因它具有廣闊橫截面的政治觀點而被認為是有爭議的。2000年， ACLU的律師馬文·詹森把被提出的反垃圾郵件立法由否認匿名性和迫使垃圾郵件的方式侵犯言論自由的現象評價為：「標準化是被迫的演講」。他還表示，「點擊並刪除相對簡單」。在辯論的過程中人們發現ACLU在2000年與直復營銷協會和民主與技術中心批評兩黨在眾議院的法案。早在1997年，美國公民自由聯盟已經強烈主張幾乎所有的垃圾郵件立法是不恰當的，儘管它在某些案子上支持「退出」的要求。美國公民自由聯盟反對2003年CAN-SPAM（反垃圾郵件法）法案，表明它可能在網絡空間上的講話產生寒蟬效應。
2000年11月，15名非洲裔美國人在在一系列的「毒品掃蕩」行動中被逮捕後，在赫恩，德克薩斯州因毒品罪名被起訴。美國公民自由聯盟代表他們提起集體訴訟，聲稱逮捕是非法的。ACLU辯稱赫恩州18歲至34歲非洲裔男性人口的15％，是根據「一個被警察被迫的秘密線人未經證實的消息」而被捕的。2005年5月11日，美國公民自由聯盟和羅伯遜郡宣布了一個「雙方都表示，他們都很滿意」的結果。區檢察長駁回了原告的訴訟。2009年的電影《美國紫羅蘭》描述了這種情況。
在2000年，美國公民自由聯盟的馬薩諸塞州子公司代表北美男人男孩戀協會（NAMBLA）。根據憲法第一修正案，柯利（Curley）訴NAMBLA過失致人死亡的民事起訴案，完全是基於強姦並謀殺了一個孩子的男人參觀了在NAMBLA網站的事實。另外，在2000年，美國公民自由聯盟在合眾國童子軍訴戴爾（Dale）的案子輸掉。因為它要求最高法院命令美國童子軍放棄他們禁止同性戀者成為童子軍領袖的政策。

21世紀

在2004年3月，美國公民自由聯盟以及拉姆達法律和全國女同同性戀權益中心，起訴加利福尼亞州否認6對同性伴侶的結婚證的效力。這個吳訴洛克耶的案子最終併入加州最高法院案件的重婚姻案件。從而導致加州從2008年6月16日到8號提案通過2008年11月4日允許同性婚姻。

 
在2004年的藥物濫用審判期間，美國公民自由聯盟辯稱他的隱私不應該因允許法執機關檢查他的醫療記錄而暴露。在2004年6月，美國賓夕法尼亞州多佛的學校區要求其高中生物學的學生聽的一份聲明宣稱，進化論是不是事實，並提智能化設計作為一種替代理論。幾位家長打電話要求ACLU替他們抱怨，因為他們認為學校在課堂上促進一種宗教思想並且違反憲法第一修正案創立條目。 ACLU代表家長向學區提起訴訟。經過漫長的審判後，法官約翰·瓊斯三世（John E. Jones III）在基茨米勒訴多弗學區決定的案子（Kitzmiller v. Dover Area School District decision）判決家長勝訴因智能化設計非科學並永久禁止多佛教學系統在科學課中教智能設計。
在2006年，華盛頓州的美國公民自由聯盟與親持槍權的組織和第二次修訂基金會起訴在華盛頓的北中部地區圖書館區（NCRL），原因是該圖書館政策拒絕一個成年贊助人提出的解除網絡進入限制的要求。圖書館贊助人嘗試訪問親槍的網站而發現該網站被封鎖，並且圖書館拒絕解開封鎖。在2012年，美國公民自由聯盟起訴相同的圖書館系統拒絕成年贊助人暫時的請求並禁用網際網路過濾器，屏蔽了谷歌圖片。
在2006年，美國公民自由聯盟挑戰密蘇里州法律禁止的退伍軍人葬禮舉行示威活動。該訴訟由韋斯特博羅（Westboro）浸信會教堂和雪莉.菲爾普斯 - 羅珀(Shirley Phelps-Roper)支持。他受到了被逮捕的威脅。韋斯特博羅浸信會教堂因如「上帝恨FAGS」， 「為死去的士兵感謝上帝」和「為9/11感謝上帝」等糾察臭名昭著。美國公民自由聯盟發出一個聲明，呼籲立一個「侵犯雪莉菲爾普斯 - 羅珀的宗教的自由和言論自由權利的法律」。ACLU在訴訟獲勝。2008年，美國公民自由聯盟是一個法律倡導者財團的一部分，包括拉姆達法律（Lambda Legal）和挑戰宣布同性婚姻是非法的加州8號提案的全國女同性戀權益中心 。美國公民自由聯盟和它的盟友占了上風。
鑑於最高法院的海勒決定承認「保護個人擁有武器的權利」的憲法，內華達州ACLU支持了「個人擁有武器的權利受憲法允許的規定」承擔武器的位置，並承諾以「捍衛這一權利，因為它辯護其他憲法權利「。2008年以來，美國公民自由聯盟協助槍業主收回越多被執法機關查封的非法槍枝。
在2013年1月7日，美國公民自由聯盟從2004年10月起由柯林斯（Collins）訴美合眾國案件與聯邦政府達成和解，分著提供充分支付因「不要問，不要說」而授予只有一半的現役軍人。181人本該收到約每人13,000美元。

反恐問題

2001年9月11日襲擊之後，美國聯邦政府制定了一系列新措施，以打擊恐怖主義。包括「美國愛國者法案」的通過。ACLU挑戰很多措施，聲稱他們侵犯了有關正當程序，隱私，非法搜查，殘忍和不尋常的懲罰方面的權利。一個ACLU政策聲明中指出：

我們前進的方向在於果斷地違反我們最大力量的政策和做法：我們的憲法和法治的承諾。自由和安全不在競爭在一個零和遊戲競爭；我們的自由是我們力量和安全性的非常基礎。 ACLU的國家安全項目倡導國家安全政策，符合憲法，法律規則和基本人權。該項目訴訟有關拘留，酷刑，歧視，監視，審查和保密的案件。
在隨後的關於公民的自由和安全的適當平衡辯論中，美國公民自由聯盟的成員增加了20％，使該集團的總招生33萬。增長持續，在2008年8月由美國公民自由聯盟成員數大於50萬人。到2011年，它保持在這一水平。
ACLU一直直言不諱地反對「2001年美國愛國者法案」，「2003年愛國者法案2」和應對國內恐怖主義威脅的相關立法。作為對「美國愛國者法案」的要求的回應，美國公民自由聯盟退出聯邦競選慈善活動。活動的實施要求美國公民自由聯盟的員工必須收到聯邦反恐監視名單的檢查。美國公民自由聯盟表示，它會「寧願拋棄個人捐款50萬美元，也不要服從政府的「黑名單」政策。」
在2004年，美國公民自由聯盟代表尼古拉斯·美林在美國公民自由聯合訴阿什克羅夫特案件（2004）起訴聯邦政府。根據「愛國者法」的規定，政府已發出國家安全信函迫使美林從他的一些客戶提供私人網絡連接信息。此外，政府向美林安置了禁言令，禁止他與任何人討論此事。
在2006年1月，美國公民自由聯盟在密西根州的聯邦地區法院向國家安全局（NSA）提起了訴訟。挑戰政府通過NSA從事不正當監視間諜活動。2006年8月17日，該法院裁定竊聽裝置方案違憲，並下令立即結束。然而，該命令判未決並被保留。在上訴期間，布希政府的確暫停此項目。2008年2月，美國最高法院拒絕美國公民自由聯盟對監視項目的上訴，其因為此項目9月11日恐怖攻擊發生不久開始實施。
美國公民自由聯盟和其他組織在全國各地對電信公司提起單獨訴訟。美國公民自由聯盟在伊利諾州提出了訴訟（特克爾訴AT＆T），但被駁回。因為國家機密特權申請對AT＆Ť和Verizon下禁令。在2006年8月10日，該訴訟被轉移到在舊金山的一位聯邦法官。
美國公民自由聯盟在阿基德v阿什克羅夫特（Al-Kidd v Ashcroft）案件代表一個從來沒有被指控犯罪但被拘留的美國穆斯林，起訴前司法部長阿什克羅夫特（John Ashcroft）。2010年1月，美國軍方公布在阿富汗巴格拉姆劇院拘禁設施被關押的645人的名字，美軍之前長期反對公布此種資料。此名單是在2009年9月由美國公民自由聯盟的律師進行訴訟時公布的。這個律師還要求公布關於條件、法規和規章的詳細信息。