明故宫

初創

元至正二十六年八月庚戌（1366年9月5日），當時自稱「吳王」、尚未稱帝的朱元璋命劉基等人在應天（南京）為其新宮占卜宮址。同年十二月甲子（1367年1月17日），朱元璋親祀山川之神，告曰「予自乙未（1355年）渡江，丙申（1356年）駐師金陵，撫安黎庶，於今十有二年……茲欲立郊社，建宮宇於舊城之東、鐘山之陽。國祚綿長，惟山川氣運是從。」同時集諸地工匠、軍卒數萬人，開始為自己營建宮室，即「吳王新宮」。
吳王新宮選址在元集慶城（即南宋建康府城）東門之外、鐘山以南，原燕雀湖位置。吳元年九月癸卯（1367年10月23日）建成。吳王新宮東西寬790米，南北長750米，有奉天殿、華蓋殿，謹身殿、文樓、武樓、乾清宮、坤寧宮、東西六宮等宮殿和奉天門等門闕，在四周設門四座，南為午門、東為東華門、西為西華門、北為玄武門。午門之前為雲集橋，過橋入午門為奉天門，左右為東西耳房，奉天門東西兩側偏門稱為左紅門、右紅門。宮殿四周圍以城牆，高二丈五尺（9.6米），頂寬二丈一尺五分（6.8米）。宮城由於處於原燕雀湖湖底泥土鬆軟地段，因此在地基中密設木樁，主要為杉木直徑16到36厘米，長度3到6米，最長者15米。木樁之間的間距一般是8到12厘米，最密處僅為2到4厘米。此外有些地段還以黃土、碎磚層層填實夯平。
奉天門內為正殿奉天殿，殿前左右為文樓，武樓。奉天殿後為華蓋殿，謹身殿。內廷之門為皇宮門，內為乾清宮、坤寧門、坤寧宮、宮左門、宮右門。中路兩側有「以次序列」的春和殿（東宮）、柔儀殿（西宮）及東西六宮。。
皇城之外東北側為太廟，供奉德祖、懿祖、熙祖、仁祖神位，四祖各為一廟，外為都宮，稱作「四親廟」。宮城外西南側為社稷壇。
洪武元年（1368年），朱元璋即位稱帝，建立明朝，以應天府為南京，開封為北京，並於次年在鳳陽興建中都城，與應天皇宮不同的是，中都宮殿將太廟與社稷壇設在宮城正門午門之前的左右兩側，並在宮城以外增築了一道「外禁垣」，即中都皇城。由於當時全國的人力物力全被集中於中都城池和宮殿的興建，因此應天宮殿的擴建工作終止。此後數年間只對已有宮殿進行了必要的維修，並將「吳王新宮」改名為「皇城」（其範圍即後來的明南京宮城）。
洪武六年（1373年）四月，朱元璋開始增築應天「京師城」（南京城）與「內城」（即後來的南京皇城），並在皇城內開設文華堂、武英堂，以宋濂為教官，擇取年少聰明的國子監監生，與年幼諸王一同讀書。在左順門內建大本堂，「聚古今圖書」、「太子、諸王就讀其間，間作東宮視事之所」；奉天門前廣場西側為右順門，門內為當時尚未就藩的秦、晉、燕、周、楚諸王的宮室。

明朝沿革及荒廢

朱元璋在建設應天宮殿的時候注意了風水的問題，以紫金山的富貴山為靠山。但是由於選址的局限，內廷部分是在被填平的燕雀湖上建造的。雖然在施工時採用了打入木樁、巨石鋪底，以及用石灰三合土、碎磚、黃土打夯等方法加固地基，但日久之後仍然出現北部地基下沉的問題，宮殿地勢前高后低，風水不吉。此外內宮在下雨時容易形成內澇，排水不易，比如正德年間後宮興寧宮「前除積水幾尺」。同時宮城位於南京城東偏，距離城外過近，尤其是紫金山居高臨下，俯瞰宮城，因此在戰時不易防衛。
建文二年（1400年）九月，京師皇城承天門失火，建文帝採納翰林院文學博士方孝孺的建議，改謹身殿為正心殿，午門改名為端門，端門改名為應門，承天門改名為皋門，正陽門改名為輅門。建文四年（1402年）六月十三日，燕王朱棣率軍攻破應天，建文帝在宮中舉火，燒毀奉先殿，皇后馬氏自焚死，建文帝本人及其太子朱文奎則不知所終。明朝馬生龍所著《鳳凰台記事》稱「宮中陰溝直通土城之外，高丈二，闊八尺，足行一人一馬，以備臨禍潛出。」朱棣登基稱帝後，下令在宮城西北隅重建奉先殿。
永樂元年二月辛未，朱棣下令修皇城蕭牆。永樂三年六月丁亥，傳旨拓展皇城西垣，將原西安門至楊吳城壕之間的地方納入皇城內，並改築皇城城牆、重建西安門。此後十餘年間，朱棣雖仍居於應天皇宮中，但同時下令升北平為北京，並改為行在所，準備遷都。永樂十八年（1420年），北京宮殿建成，次年朱棣遷都北京，此後南京宮殿不再使用，但仍作為留都宮殿，委派皇族和內臣管理。明宣宗時期，曾派人修葺南京宮殿。此後在英宗、景泰帝年間亦曾對其進行維修，例如正統十一年（1446年）十月「發民夫、工匠疏南京承天門金水河，修千步廊、午門外值宿板房」；景泰二年七月「命修南京皇城各門」等等。
明英宗正統十四年六月丙辰夜，南京皇宮謹身殿因雷擊發生火災，延燒至奉天殿和華蓋殿，將前三殿及文淵閣全部焚毀。成化十六年下令「南京皇城內宮殿不許重修」，任其圮廢。萬曆《大明會典》亦稱「凡南京皇城宮殿傾圯，累朝以來止行護守，不許修飭」。但是此後在成化、正德年間均有修南京皇城的記錄，例如成化二十二年十二月「命修南京玄武門城樓」。正德年間，南京兵部尚書喬宇入宮遊歷，此時南京皇城尚存有太廟、午門五鳳樓、文華殿、太孫宮、東宮、興慶宮、大善殿、九五飛龍殿、望江樓、內花園、西宮、武英殿、棕殿、大庖廚、八寶庫、古今經籍庫、東華門、西華門等建築嘉靖十四年四月壬寅，南京端門、奉天門傾圮，明世宗命欽天監擇日興工修復，遭都察院左都御史王廷相反對，禮部尚書夏言也稱「南京皇城宮殿傾圯者多，累朝以來不許修飾。近日請臣往往奏欲葺理，此不知祖宗深意，非所以守成法而定民志也。」明世宗稱「乃已之命，以後勿得整修。著為令。」此後百餘年間，明廷放棄了對南京宮殿的修理。
由於長年荒廢，因此南京皇宮的殿宇宮門幾乎全部坍塌毀損，到萬曆初年，只有供奉列祖列宗神位的奉先殿，供奉太祖、成祖帝後御容的武英殿，為兩殿準備享祀供膳的大庖廚，積貯錢糧的承運庫，及事關觀瞻的東華門、東安門等曾在萬曆三年重建。萬曆三年致仕的張瀚在其《松窗夢語》中記述南京宮殿荒蕪之貌，稱「……迨今唯覩城郭崔嵬，而宮闕荒蕪，殿閣止存武英、奉先，猶舊物也。」天啟初年，太僕寺少卿徐卿伯括南京廢銅四十七萬餘斤輸北京，二十九萬八千餘斤留鑄錢，皆南京大內各宮的銅灶、銅溝等物。

清初至民國荒廢

明弘光元年（1645年）五月初九，清軍由多鐸率領渡過長江，翌日弘光帝出逃，五月十五日，南京守備官員開正陽門投降。五月十九日，宣布從通濟門起至大中橋北河為界，此線以東通濟、正陽、朝陽、太平、神策、金川等六門之內為清軍兵營，居民被驅趕至城西城南居住。明皇城亦在此線以東。五月二十三日，多鐸從正陽門入城，居於南京內守備府中。
清朝滅南明後，改南京為江寧，將明皇城改為八旗駐防城，是為江寧滿城，設置將軍及都統二衙門於明故宮中。此後明故宮內殘存的宮殿被陸續拆毀，康熙年間，曾取明故宮石料雕件修建普陀山廟宇。由於明故宮已經成為廢墟，康熙及乾隆二帝南巡駐蹕江寧時，均以江寧織造署為行宮。太平天國攻陷南京後，沒有使用靠近紫金山的明故宮作為宮殿選址，而是在城中另擇新址營建新宮，此間曾從明故宮拆去大量石料和磚瓦。至太平天國滅亡時，明故宮的宮殿和宮牆已基本無存。 
中華民國時期，曾計劃以明故宮地區為中央行政區，但由於財力和戰爭的原因，該計劃沒有全部實現。1929年修建的中山東路從明故宮遺址中穿過，將其劃為南北兩部。1930年代，在明故宮北半部遺址範圍內修建了中國國民黨中央監察委員會、中國國民黨中央黨史資料陳列館、中央博物院（現南京博物院）和勵志社總部（今鐘山賓館）等幾處建築，明故宮遺址南部成為一處小型機場。明故宮機場亦是中國首座軍用機場。

東西宮

明初在宮城東路建有八寶庫、古今經籍庫、文華殿、奉先殿、春和宮（東宮）、太孫宮。文華殿規制甚小，奉先殿規制則仿照太廟寢宮，設靈床、懸燈、木椅等。東宮、太孫宮各有寶座、龍床，床皆五彩雕鏤，宮前多植梅樹。宮城西路有興慶宮，內藏衣物、扇子千餘箱。又有大善殿，在小城之上，城下為宮城內河石樑。大善殿設六門，為明太祖覽讀之所，殿後有石假山，下假山為望江樓，樓後為九五飛龍殿，面闊九間，殿基座有天宮壁，內藏佛龕。九五飛龍殿後為內花園，園內有梅竹松柏及各色花卉，中央有亭，四面各有五色琉璃石台一座。內花園旁為西宮，為明太祖燕居之所，並駕崩於此。西宮前殿面闊五間，設寶座龍床，後殿亦面闊五間，中為沉香木寶座，兩旁內間有龍床，各含小床，可以周回。西宮左右廂房十四間，宮後為御用廚，爐灶以銅磚砌成。西宮左右又有十二院，每院宮殿三間，左右廂房八間，廚房三間。出西宮為鬃殿，鴟吻檐脊皆鬃所成，四周為格，凡四十壁。南為武英殿，旁為大庖，為祭祀時準備祭品之所。

太廟、太社稷

太廟在承天門內之東，廟前有石橋，門內有東西井亭。太廟丹陛三重，殿宇九間，中設靈位，面南一位，面東三位，面西三位。殿後為寢宮，各有靈床，床左右懸懸燈，床前素壁，壁前各設方木椅，椅上籍黃褥，褥上各設裳衣，椅麓設履。

現狀

明故宮現存午門、東華門、西安門門闕，以及金水河、內外金水橋（五龍橋）、柱礎、碑刻等建築遺蹟。午門兩闕已於民國時期拆除，城台上的木殿宇結構已毀，僅存柱礎。明故宮中路前三殿的位置被開闢為明故宮遺址公園，午門、金水橋、奉天門遺址周圍地區被開闢為午朝門公園。原明故宮的其他區域現為南京航空航天大學、南京軍區檔案館、中國第二歷史檔案館等單位占據。