里斯本条约

歐洲議會（監督機構）

歐洲議會（European Parliament）是歐盟唯一的一個直選議會機構。但是與一般意義上的議會相比，歐洲議會擁有的職能卻少了很多。它主要是考察歐盟成員國的人權狀況、監獄虐待與酷刑事件等。歐洲議會的主要任務是討論人權問題和派遣人權觀察委員會，如對被揭露的警署或監獄虐待和酷刑事件進行調查，或者提醒一個國家和公眾輿論對種族主義或排外思潮提高警惕。雖然歐盟的兩個行政機關歐盟委員會和歐洲理事會都設在比利時布魯塞爾，《阿姆斯特丹條約》卻規定歐洲議會每月必須在法國斯特拉斯堡召開一次會議。但實際上，幾乎所有的立法準備工作和議會委員會會議都在布魯塞爾舉行。議會每月只在斯特拉斯堡開4日會，舉行常規會議和最終的投票工作，其他所有會議都在布魯塞爾舉行。
在《里斯本條約》之下，基於歐洲議會要和歐盟理事會，以「共同決定」程序（codecision）的方法，擴大到新領域等政策的問題上，歐洲議會將會增加其一般立法權（ordinary legislative procedure）的權力。「特殊立法程序」（special legislative procedures）即是；歐盟理事會以及歐洲議會雙方都要「互相同意」之下，才可以通過其整個立法。
不過，在少數情況之下，舊的「協商程序」（consultation procedure）還是適用；即是歐盟理事會可以隨便諮詢一下歐洲議會的意見，就可以對歐盟委員會所提出的立法建議以及其他各種提議，馬上進行表決。這個做法，歐盟理事會的確是不受歐洲議會的約束，其諮詢議會的動作，只不過是例行公事，不是必要的。不過，如果歐盟理事會要表決一些法案，但這些提案卻是偏離歐盟委員會的初步建議得太過離譜的話，歐洲議會還是可以要求例行檢查一下。
歐盟委員會提出每一個「歐盟預算案」（Budget of the European Union），都要必須直接提交至歐洲議會進行表決。
《里斯本條約》將會改變對各成員國在議會議席的分配。該《條約》賦予歐盟理事會權力，就議會的初步建議及其同意之下，採取一致行動，來確定議會當中各成員國的議席數目。此外，該《條約》亦有規定，歐洲議會議員的人數比例跟各成員國的公民人數進行「表面相關性」的比例（digressive proportion）分配。就決定怎樣分配議會議席有關的草案，其實已經附於《條約》之內，《里斯本條約》是沿用了當時2009年歐洲議會選舉的分配形式。
除議會主席之外，歐洲議會將會限制其議席數目，為750席。該《條約》將減少最多的歐洲議會議員代表數目；即是從99個減少至96個議席（影響到大國，例如德國）。另外，又提高最低議員代表數目；從5個增加至6個議席（影響到一些小國例如：愛沙尼亞，賽普勒斯，盧森堡和馬耳他）。

歐盟理事會（部長會議）（決策機構）

歐盟理事會（Council of the European Union）俗稱「歐盟部長理事會」，在歐盟官方內部也簡稱「理事會」。歐盟理事會在沒有特殊情況下，通常在比利時首都布魯塞爾召開。《里斯本條約》讓歐盟理事會部長會議（Council of Ministers）內的每一個政策範疇，擴大其使用「資格多數表決制」（qualified majority voting QMV），以代替其「一致表決制」（unanimity）程序。達成多數表決的要求，是要有至少百份之五十五的成員國；而當中有代表百份之六十的歐盟公民，才可以投贊成票提案。當部長會議不能就有關的委員會提案採取行動的時候，則會員國須要增加到至少有百份之七十二才能滿足多數表決程序要求，不過人口的規定卻可以保持不變。若要阻止立法，至少要有4個國家（佔35％以上的歐盟人口）反對該提案。衡量每一個國家的投票權是基於人口，而不是基於選票。（例如好像以往根據《尼斯條約》的一般做法）「見右表」
目前《尼斯條約》的投票規則；即包括大多數國家（50％/ 67％），投票權比例（74％）和人口（62％），將繼續有效至2014年。2014年至2017年的過渡階段將採取新的做法，即是採用新的多數表決規則。成員國中若果仍然願意的話，則可以繼續使用原來的《尼斯條約》的投票權比例方法。此外，從2014年起，1994年「約阿尼納妥協法」（Ioannina Compromise）新版本，將會生效。這使一些歐盟國家內部分的少數人士，得以要求重新審查他們不滿意的歐盟決定。
該《條約》指令，部長理事會的立法會議程序；包括辯論和表決在內，將或透過電視，公開舉行。
理事會部長會議內，將有3個會員國，擔任34個月的輪值主席。其宗旨是提供更多的連續性。3個逐次形式擔任的主席位置，形成了「三主席」格局，他們之間將會用超過1年半時間共同工作。唯一的例外，就是理事會的外交事務配置上，將會由新設立的職位：歐盟外交和安全政策高級代表所擔任。2009年《里斯本條約》生效之後，理事會主席由每半年一任，改為經由選舉產生的職位，任期二年半，可連任一次。

歐盟委員會（執行機構）

歐洲共同體委員會（Commission of the European Communities）易名為「歐洲聯盟委員會」（European Commission）。
歐盟委員會是歐盟政治體系的執行機構，負責貫徹執行歐盟理事會和歐洲議會的決策。此外，歐盟委員會可以通過行使其主動權就法律規定、政策措施和項目提出建議。歐盟委員會是一個獨立於成員國的超國家機構，其委員效力於整個歐盟而不是各自的成員國。
根據《里斯本條約》規定，從2014年起，歐盟委員會的規模，從原先的一個專員代表一個成員國（例如，假設歐盟有27個成員國，那麼歐盟執委會由27個人組成），變成為由三分之二成員國數目的人數組成（例如，假設歐盟有27個成員國，那麼歐盟執委會由18個人組成）。這將結束了自1957年以來，任何時候起碼一個專員代表一個成員國的安排。不過，該《條約》是有規定，歐洲理事會可以利用全體會議成員一致決定方式，來改變這種安排。愛爾蘭第一次全民公決之後，歐洲理事會於2008年12月決定，從《條約》生效起，恢復原來的一個專員代表一個會員國的形式。擔任歐盟外交和安全政策高級代表者一般為當時的歐盟委員會的副主席（Vice-President of the Commission）。

歐洲中央銀行（財政機構）

歐洲央行作為歐盟機構，得到官方地位。歐元成為歐盟的法定貨幣，同時不會影響非歐元區以及退出該《條約》的國家。
歐盟還設有審計院、經濟和社會委員會、歐洲投資銀行等機構。

歐洲聯盟法院（仲裁機構）

《里斯本條約》改組了歐盟的法院體系，設置負責初審的「普通法院」（General Court），與負責終審的「歐洲法院」（European Court of Justice，即《里斯本條約》之前的「歐洲共同體法院」（Court of Justice of the European Communities）；此外也允許設立專門法庭，不過目前只有歐盟公務員法庭。這些法院體系總稱為「歐洲聯盟法院」。
如案件涉及羈押某一個人，新的「緊急」程序將會提交至預先的參考系統，以便盡可能以「最低限度的延期」就可以送該名人士到法院過堂聆訊。
雖然歐洲法院將會有權對一些有關制裁措施的外交政策，採取司法覆核，但基本上，外交政策問題將會繼續在歐洲法院的管轄範圍之外。不過，歐洲法院還是具有對自由，安全和司法範圍（Area of Freedom, Security and Justice ASFJ）內但又不涉及到治安與刑事合作（Policing and Criminal Co-operation）的一切事項，擁有管轄權。

歐洲聯盟基本權利憲章

共有55條條款的《基本權利憲章》，羅列出作為歐盟公民所具有的政治，社會以及經濟等權利。其目的是為了確保歐洲聯盟的條例和指示，不會違反經原有歐盟成員國批准過的歐洲人權公約（而歐盟作為一個整體，也簽署了《歐洲人權公約》）。該《歐洲聯盟基本權利憲章》（原先為被法荷兩國否決的歐盟憲法）被併入了《里斯本條約》，並且具有法律約束力。
作為一個在歐盟使用「普通法」制度（Common Law legal system）以及「不成文憲法」（uncodified Constitution）的國家 -- 英國；反對該《憲章》高於「國內法」（domestic law），或該《憲章》對英國國內法律具有任何法律約束力而選擇退出（opt-out）該《憲章》。波蘭，捷克（部分）亦都加入其附加協議（attached protocol）退出該《憲章》。
《歐洲聯盟條約》第6條已提升了該《憲章》之法律地位，以便跟《歐洲聯盟條約》和《歐洲聯盟運作條約》擁有有同等的法律效力。

歐盟外交及安全政策高級代表

為了確保歐盟外交政策具有更大的協調和一致性，《里斯本條約》創立了歐盟外交和安全政策高級代表，以取代共同外交及安全政策高級代表及對外關係和歐洲鄰國政策歐盟委員會專員兩個職位。該高級代表兼任「歐盟委員會副主席」及「歐洲防務機構管理人」，但不會擔任「歐盟理事會總秘書長」。
歐盟外交和安全政策高級代表有權主導國防和安全任務。《里斯本條約》也稱呼此職為歐盟外交首席官。歐盟外交和安全政策高級代表根據《里斯本條約》13a-III條款規定，負責歐盟對外行動服務（European External Action Service）；實際即歐盟外交部或外交使團（Foreign Office or Diplomatic Corps for the Union）。

相互協助

根據《里斯本條約》，如果任何會員國受到恐怖襲擊，或受到自然或者人為等災害，會員國應予以協助。此外，一些《條約》之內的條款已被修訂：包括在歐盟範圍內的能源供應問題和修訂能源政策等事務。

共同防禦展望

《條約》預見到，歐洲理事會能夠強制形成共同防禦協議。

法人和鞏固支柱

根據以往的條約，歐盟擁有一個八大法律系統支柱；而其中只有歐洲共同體支柱才有自己的法人地位。《里斯本條約》生效之後，該三大法律系統將會被取消，取而代之只有歐盟才具有法人資格。《里斯本條約》生效後，歐盟會根據《條約》規定，取代和繼承「歐洲共同體」。因此，現有的歐盟機構，將移除共同體的名稱。