二二六事件

帝國陸軍內的派系之爭

日本帝國陸軍高層有著歷史相當悠久的派系鬥爭，最早為源自於明治時期的出身藩閥之別，而到了1930年代，陸軍內形成了兩大派系——以荒木貞夫與真崎甚三郎將軍為中心的「皇道派」以及由永田鐵山將軍領導的「統制派」。
「皇道派」強調日本文化的重要性，主張精神面超越物質面，並認為對蘇聯展開進攻極具必要性，是「征俄派」；而「統制派」則受到德國總參謀部思想的強烈影響，看重由中央來計畫經濟與軍事的作法（即總體戰理論）、技術面的現代化與機械化，並主張朝中國擴張，是「征華派」。皇道派於荒木在1931至1934年間擔任陸軍大臣期間掌握了大部分重要職缺，然而在該人下野後，其成員位置又多由統制派軍人所替補。
日本陸軍軍官就其受到的教育可分成兩種團體，一為畢業於陸軍大學校者，二為畢業於陸軍士官學校者，前者由日本陸軍的精英份子所構成，後者受限於傳統，其晉升為高級軍官的仕途向來均遭遏止，從而形成了一股年輕、高度政治化的集團，有「少壯派軍官」（日語：青年将校）之稱。
這群少壯派軍官認為國家面臨的問題在於日本偏離了「國體」（指以天皇為中心所構成的國家秩序），「特權階級」剝削人民，導致農村普遍貧困、天皇受到欺瞞，權力由這些人篡奪、致使日本走向衰落，少壯派軍官認為其解決之道即以70年前的「明治維新」為藍本，來一場「昭和維新」，起義和消滅天皇身邊的「邪惡臣子」，將權力交還給天皇。天皇也會肅清西方思想與迫害人民者、恢復日本的國家繁榮。這些思想受到了強烈的民族主義之影響，原社會主義者北一輝的政治哲學（如日本改造法案大綱）也發揮了相當大的煽動作用。
這些集團大小有別、組織鬆散，但大約有100名正規成員，且多駐於東京。少壯派軍官的非正式領袖為前陸軍少尉、北一輝政治思想弟子的西田稅，該人於1920年代成為了民間民族主義者社團的重要成員，該人將陸軍稱作「國體原理派」（日語：国体原理派）。1931年，日本發生了當時某種程度上最主要的政治暴力運動——「三月事件」與「十月事件」，帝國陸軍與海軍走向分裂，並終結了他們原本與民間民族主義者的聯繫。
儘管規模相對較小，少壯派的活動仍頗具影響力，在日軍參謀本部和皇室中亦不乏同情者，如裕仁天皇之弟——秩父宮雍仁親王就與西田和其他國體原理派領袖交好，且儘管少壯派激進地反對資本主義，但同時也積極地從那些試圖自保的財閥領袖手中籌措非正規資金來活動。
國體原理派與皇道派之間的本質關係相當複雜，既可說是相同的，又可說是兩者構成一個更大的團體。現代著作的解釋將其歸為兩種截然不同的團體，並可視作一個互惠互利的政治聯盟，就相對關係來說，皇道派庇護著國體原理派，且給予了交換利益與情報的門路，可抑止過於激進的少壯軍官之行動。

政治暴力運動

二二六事件也可說是由少壯派軍官與其民族主義支持者所進行的一系列政治暴力運動的總爆發，尤其是1932年的「五一五事件」，海軍少壯派軍官刺殺了內閣總理大臣犬養毅。「五一五事件」為當時極具代表性的一個事件，很大程度上它促使更多少壯派軍官利用部隊來作為政變的工具，且此一事件同先前的三月和十月事件一樣，法庭對主謀者一律從寬量刑。
二二六事件最直接的徵兆為1934年時發生的「士官學校事件」，國體原理派重要成員的磯部淺一大尉和村中孝次大尉遭控企圖利用軍校謀反而被捕。村中與磯部承認有對此類政變進行過討論，但並未有任何將其付諸實施的計畫。軍事法庭對該事件展開調查，並未找到足夠的證據證明該政變確實存在，但村中與磯部兩人仍獲停職處分。兩人都相信此事件是由統制派主導對皇道派年輕軍官的一次攻擊，因而在停職期間製作了名為《關於肅軍之意見》（粛軍に関する意見書）的小冊子，並在軍中流傳著，還將統制派領袖的永田稱作「首席反派」，後來軍隊將村中與磯部兩人逐出。
就在這個時間點上，僅存最後一位身居要職的皇道派軍官——真崎甚三郎大將也被迫離開其職務，少壯派軍官對此事十分憤慨，在歷經荒木大將擔任陸軍大臣的失敗後，真崎成了皇道派的少壯軍官們僅存的希望，但該人又被迫去職，村中與磯部也發表了新的小冊子，刊載攻擊永田解職決定的文章。
1935年8月12日，爆發了「相澤事件」，國體原理派成員、真崎的好友陸軍中佐相澤三郎進入永田的辦公室持刀殺害了永田，以報復後者對皇道派和國體原理派成員的壓迫。相澤自1936年1月下旬開始的公開審判成了媒體關注的焦點，相澤本人以及國體原理派領導層也視其為發表政治訴求的機會，他們與法官相勾結，將審判轉化為一場對外輸送其意識形態的場合。相澤的支持者在媒體前讚揚相澤的「道德與愛國主義」，後者也因而塑造成一位只想透過民族原則來革新軍隊的普通軍人。

決定行動

國體原理派人士長期以來一直支持以政治暴力手段來對抗政府，而之所以選在1936年2月展開行動主要是出於兩個原因：一為1935年12月時宣布，陸軍第1師團將在隔年春季轉調到滿洲，而絕大多數的國體原理派軍官都隸屬於這個師團，這意謂著若不及早發難，任何可能的行動都將會推延數年。另一個因素是相澤事件，該人的審判工作仍持續進行中，同時他的刺殺作為也讓許多軍官印象深刻，若選在這個時段展開行動，可操控輿論、導向對己方有利之位置。
政變行動起初在傳到北一輝和西田耳裡時兩人皆一致的反對，在這個時間點的近幾年間，兩人與這些叛亂軍官的關係較為疏遠，且前者反對付諸直接性的行動。不過，一旦局勢明朗化、軍官們不計代價採取行動的話，他們倆將會轉向支持。政變行動的另一道障礙是安藤輝三，此人曾向其上級發誓將不會讓部下涉及任何叛變行動。安藤是否加入行動對計畫有決定性的影響，他手下控制著政變部隊中最大編制的步兵第3連隊第6中隊，故村中和野中多次嘗試說服他，最後成功將安藤拉攏過來。
叛軍決定選在2月26日發難是因為在這天成功安排了自己人站哨值班，可協助他們獲得彈藥和武器，且正好為真崎為相澤一案作證的2月25日隔天。

行動展開

2月25日晚，東京下起了大雪，這使叛軍成員想起了1860年的「櫻田門外之變」事件，當時同樣也是在大雪天裡，一群倒幕志士成功刺殺了幕府大老兼彥根藩藩主的井伊直弼，這也鼓舞了叛軍的士氣。
叛軍集結部隊兵分六支集團行動，在凌晨3點半至4點這段期間出營，並於5點幾乎同時襲擊了警視廳、陸軍省、岡田、鈴木、高橋和齋藤等人的私宅
。

行刺岡田、牧野和進攻陸軍省與朝日新聞

殺害岡田的任務由栗原安秀中尉指揮的步兵第1連隊280人負責。叛軍包圍了總理大臣官邸，強迫守衛開門。在進入宅第後，叛軍開始尋找總理岡田，後與四名警察交火，四名警察均由叛軍擊斃，但後者也有六人受傷，且槍聲大作和警鈴響起也警告了岡田局勢的危險。岡田在近5點時驚醒，與其妹夫松尾傳藏（一名退役大佐）一同在屋中尋找逃難的出口，在局勢緊張之際，一名警察將松尾與岡田推進一間當作儲藏室之用的洗澡間躲起來，之後松尾出去查看局勢，卻被叛軍所發現，後者誤認松尾為岡田本人，於院子開槍將其殺害。栗原於總理房間內找了一張岡田的照片與松尾的臉相比對，認為殺害的是岡田本人無誤，完成了任務。至於岡田本人則在松尾遇害後跑到走廊上一探究竟，差點讓叛軍士兵發現，兩名下女隨後將其藏匿在自己房間的壁櫥裡，並用衣服將其掩蓋起來。
岡田的秘書、同時也是他女婿的迫水久常在事發後得到叛軍的同意進入總理大臣官邸，無意間發現了壁櫥中的岡田，於是計畫將其送至他處避難。迫水與麴町憲兵分隊的憲兵曹長小坂慶助等人用計將岡田混進前來弔唁岡田的民眾中，後搭乘轎車逃脫，迫水再將松尾的屍體裝進運來裝運總理大臣的棺材中，在不啟棺的形式下弄出了官邸，而栗原則在誤認為岡田死亡的情況下布署部隊守衛總理大臣官邸，之後他再與中橋率領60名士兵（來自近衛步兵第3連隊的士兵，見下節）於上午10點乘坐三輛卡車，從總理大臣官邸出發至以自由主義風格聞名的朝日新聞社總部。叛軍衝進公司打砸破壞，命令職員離開，栗原還吆喝道：「國賊朝日新聞多年來標榜自由主義，擁護重臣集團，此次行動乃天誅。」接著他們破壞了印刷用的活字板（內有4,000個字元），以此暫時阻止了報紙的發行。攻擊後叛軍散發《蹶起趣意書》到附近的報社，一行人再回到了總理大臣官邸。
清晨5點45分，河野壽大尉指揮的一支7人行刺隊（其中包括6名民間人士）抵達了牧野所在的神奈川縣湯河原溫泉旅館，他們派駐兩人待在外面，然後持槍進入館內和駐守的警察交火，爆發了槍戰，河野胸部中了彈。一名警員前去通知牧野並把他領到後門逃走，叛軍找不到牧野，於是對旅館放火。河野後來聽到了單發的槍聲，認為牧野在旅館內開槍自殺，有另一種說法是，叛軍成員追擊牧野，牧野和他20歲的孫女往山坡逃走，在叛軍持續對其射擊，牧野的孫女突然雙手張開和服袖子護著牧野，也許受對其英勇行徑所感動，追擊的叛軍就向夥伴說了：「打中了」，就此離去。河野則因傷而由夥伴送到了就近的軍醫院治療，也就在當地被警員逮捕。
另一方面，香田清貞大尉在村中與磯部等人的陪同下領軍160人攻進了陸軍省，並進入陸軍大臣官邸要求會見陸軍大臣川島義之，清晨6點半，川島與叛軍見面，後者大聲宣讀著其要陸軍接受的條件，並給川島一份同樣的文件，要求後者「迅速上奏陛下，仰祈聖斷」，要求川島應引領該事件步入「昭和維新」之途徑、阻止對「義軍」動武之行為、逮捕宇垣一成（朝鮮總督）、南次郎（關東軍司令）、小磯國昭（駐朝鮮日軍司令）和建川美次等「摧毀軍事指揮之元兇」、儘速將武藤章中佐、根本博大佐和片倉忠少佐從軍隊中開除以「促進軍中派系之純正」和任命荒木大將為新任關東軍司令。宇垣在以前擔任陸軍大臣時（1924至1927年和1929至1931年間）曾力主裁軍和進行現代化工作，還曾發動未成的「三月事件」政變以奪取內閣總理大臣之位。而南、武藤、根本和片倉都是統制派的重要成員，特別是片倉還要為「士官學校事件」負責，後來隔天一早磯部在陸軍省外頭和片倉碰面，開槍射擊後者頭部（但片倉最終仍存活了下來）。
在叛軍進入陸軍省期間，後者內部有不少軍官對叛軍表以同情或認可其行動，如荒木大將、山下少將、齋藤瀏少將和陸軍次長古莊幹郎，齋藤讚揚青年軍官的精神，慫恿川島接受他們的要求。上午9點過後不久，川島表示要晉見天皇，動身前往皇居。

行刺高橋和佔領皇居未遂

近衛步兵第3連隊的中橋基明中尉率領120人前去刺殺高橋，中橋向上級謊稱是帶士兵們去參拜靖國神社（一說為明治神宮），一行人往高橋的寓所出發。叛軍迅速制服了警衛人員，然後分成了戶外警戒組和入屋組，高橋本人正在臥室睡覺，中橋用手槍對高橋射擊，一次把所有的子彈全部打完，另一位叛軍軍官則拔刀一刀砍去高橋的右臂，又往他的肚子猛刺，有一說是高橋在沒有醒來的情況下就這樣喪了命，另一說是高橋在叛軍踢開棉被時還不忘罵對方「白痴」。高橋死亡後，中橋將參與過行刺的人馬派到首相官邸和其他叛軍合流，然後他本人與其他人則往皇居移動。
中橋與手下75名當日排班的「赴援隊」士兵於早上6點從西側的半藏門進入皇居，他告訴皇居守衛長本間健太郎大尉自己是因為天亮前不久發生攻擊事件，而調來增援門口守備，本間也獲悉了叛軍的攻擊，故對中橋的言論不感懷疑。中橋奉派至皇居的主正門——「坂下門」留守，他計畫掌控該門後再用手電筒通知警視廳附近的叛軍展開行動，以後者「排除」所有障礙，再與天皇直接見面，侍從武官本庄繁大將以及其他人也都同情叛軍。不過，中橋難以聯繫到他的政治盟友們，而到了早上8點，本間終於知道中橋正進行著政變行動，於是舉槍命令中橋離開皇居，後者也如是照作，改前往栗原所在的總理大臣官邸。中橋的部屬們則就這樣一直留在大門口到下午1點，後來歸隊回營，也因為這樣，後來官方未將這75名士兵正式計入叛軍當中。

行刺齋藤、鈴木、渡邊和進攻警視廳

坂井直中尉領著120人前往齋藤實位在四谷的寓所，叛軍包圍了駐守的警察，使其投降。包括坂井在內的五個人進入了宅邸，在二樓寢室找到了齋藤和他妻子春子。叛軍向齋藤開火，後者當場死亡、倒在地上。春子衝到了齋藤身上護著他，要叛軍殺了她，但前者只把她推開，繼續對齋藤開槍，春子也因流彈所傷。齋藤死亡後，兩名軍官帶上人馬前去行刺渡邊大將。其餘的人則往陸軍省東北處移動。
安藤輝三大尉帶著第3步兵連隊200人從皇居前往鈴木貫太郎位在麴町的侍從長官邸。叛軍迅速將宅邸包圍以及制服守衛，然後直接進入建築內，在寢室中發現了鈴木，隨後叛軍向他開了三槍，鈴木身中兩槍倒地，但仍有意識。安藤拔刀準備向鈴木砍去，但鈴木之妻上前表示自己願意代替鈴木被殺，安藤相信鈴木性命垂危、不久於人世，於是將刀放下、向鈴木妻子道歉，表示他們不厭恨鈴木本人，是為了國家，才不得不這麼做，並要部下們一同向鈴木敬禮，隨即離去。在認為完成行刺鈴木的任務後，安藤下令調集部隊前往陸軍省北部的三宅坡交叉口。不過鈴木並未就這樣死去，經過搶救後得以康復，最終於在二次大戰末期，日本即將敗亡時出任總理，發揮了重要作用。
早上7點，高橋太郎少尉與安田優少尉領兵20人乘兩輛卡車抵達到教育總監渡邊錠太郎大將所在的東京荻窪寓所，儘管此時各地叛軍皆已行動，仍無任何消息通知到警告渡邊。當叛軍闖進宅邸時立刻與駐守的憲兵交火，安田與另一名叛軍士兵受了傷，但其他叛軍們仍強行從後門通過，並在二樓的寢室門外遭遇到渡邊之妻。叛軍將渡邊之妻一把拉開，發現渡邊用棉被把自己罩著，但隨後渡邊即掏出手槍開火，一名叛軍士兵見狀，馬上使用手上的輕機槍對渡邊掃射，高橋再拔刀猛力刺進渡邊體內，渡邊躲在現場桌子旁的9歲大女兒和子目睹了父親死亡的全般過程。叛軍們隨後登上卡車離去，送兩名傷兵去醫院診治，再前去佔領永田町。
野中四郎上尉手下控制著全部叛軍近三分之一的部隊——450人的步兵第3連隊士兵（之所以動員這麼多的部隊來進攻警視廳是為了接著轉進皇居），以其攻擊位在皇居南部的警視廳，野中計畫奪取通信設備，防止警方出動「特別警備隊」。可能是出於警察不願抵抗陸軍之故，叛軍幾乎沒遭遇到什麼阻礙就佔領了整棟警視廳大樓。佔領警視廳後，鈴木金次郎少尉率領一小隊的叛軍前去行刺內務大臣後藤文夫，鈴木金次郎此舉，為其個人決定，非叛軍原先計畫之內容，而剛好的是，後藤人外出不在家中，就這樣躲過了行刺。

天皇的態度

步兵第1連隊副官、同時也是叛軍支持者山口一太郎大尉於清晨5點告知其岳父——侍從武官長本庄繁大將（皇道派）關於政變的消息，皇居因而得知發生了叛變事件。本庄隨即聯絡屬下和警察總長，並動身前往皇居。裕仁天皇本人則是在5點40分才得知政變的發生，6點，他與本庄會面，雖然並未得出具體手段，但裕仁要求本庄立即終結這場叛亂。隨著內大臣齋藤死亡、鈴木侍從長重傷，天皇身邊的高級顧問只剩下內大臣秘書官長木戶幸一、宮內大臣湯淺倉平等人，在得知鈴木遇刺後，他們隨即會面商討對策，決定採取強硬手段，他們建議天皇必須迅速鎮壓叛軍，若內閣改組，叛軍將會輕易取得全面勝利，絕不能接受此條件。在收到如此建議後，裕仁便決心採取強硬立場處理此事。
上午9點30分，川島謁見裕仁，宣讀了叛軍的條件與請求，並建議天皇組織新內閣以「純淨國體、穩定民生、健全其國防」，但裕仁拒絕，還要川島鎮壓叛軍。在岡田生死不明的情況下，其剩餘內閣成員試圖請辭，但裕仁表示，除非鎮壓了叛亂，否則他絕不同意內閣改組一事。

統制派與海軍方面的行動

儘管局勢如上發展，叛軍的形勢仍逐漸惡化，最主要的原因是上述提到的，天皇與其大臣對於這場叛亂採強硬態度，叛軍還要對付軍方內部的敵人，特別是參謀本部和海軍。儘管不少陸軍成員對於那幾位政府要員遇刺一事感到滿意，卻無法接受叛軍過於激進的「昭和維新」想法，也無法接受一個由皇道派組織的新內閣。其他的還有如石原者，對於叛軍未經授權擅自使用軍隊一事感到憤慨。
參謀本部以下轄的參謀總長、參謀次長和教育總監三人為中心運作，由於教育總監渡邊遇刺身亡、參謀總長閑院宮載仁親王因病未能履行職務，身為參謀次長的杉山對事件處理有著完全的決策權。杉山本人是統制派成員，他打一開始就亟欲將叛軍從其佔領的首都驅逐，也不願意接受新內閣，他提出聯合軍事參議院和天皇的統一戰線來對付叛軍，最終導致後者的失敗。不過由於情勢尚不明朗，杉山起初也只召來東京以外的部隊增援。
海軍對叛軍也抱持著類似的看法，前者所刺殺的岡田、齊藤和鈴木三人皆為前海軍大將，令其極為憤愾。2月26日，海軍的第1艦隊駛入東京灣；27日，共40艘戰艦已於東京灣內待命，海軍陸戰隊也出動保護軍港。

談判與僵局

時至26日晚，「起義」行動陷入了僵持。天皇與杉山的反對成了叛軍謀求建立以真崎為中心的軍部內閣願望的最大障礙，儘管後者藉由行動取得了軍方與政府部份人士一定程度的認同，但他們也不能這樣無限期的一直佔領政府機關下去。叛軍擁有的最大籌碼即是宣告自己的存在，但即便是他們的支持者也感到事件該落幕，「起義」必須結束。
因此，荒木、真崎以及其他軍事參議院成員出面，於26日晚與栗原和村中會面，他們再次向叛軍表示恭喜，但也要求後者回到自己的單位上去，其餘的交給軍事參議院處置，然而叛軍軍官們深信其成功、再次提倡實施「昭和維新」來建設一個「堅強的軍事內閣」的必要性，雙方沒達成什麼共識。深夜，石原與滿井佐吉中校（皇道派、叛軍支持者）於帝國飯店談判，達成一個妥協方案出來：由海軍大將山本英輔任新任總理來組織一個新內閣，叛軍也將回到各自的單位去，但這些條件為杉山（出於天皇不接受新內閣之故）和叛軍軍官們所拒絕（他們只接受真崎組閣）。
事態至27日叛軍要求真崎前來時終於有了進展，當日下午4點，真崎在阿部信行與西義一兩位軍事參議院成員的大將陪同下赴抵陸軍省。除了駐守城外的安藤、栗原以及住院治療中的河野外，所有叛軍軍官都聚於該地，他們向真崎表示將會將一切交託給他。真崎對他們表示感謝，但解釋道，他在叛軍們回去各部前他不會有任何行動，同時也表示叛軍若違反天皇的意願行動，他將不惜與叛軍們交戰。叛軍則表示，倘若他們收到正式的撤回命令也當然會服從之。經過本次會面，真崎與叛軍兩方都鬆了口氣，真崎相信叛軍將在不流血衝突的情況下離開佔領區，而叛軍方則認為真崎的內閣在他們撤退後不久將會正式成立。不久，香椎下令叛軍（此時名義上為戒嚴部隊）繼續駐於陸軍省的大廈中，同時也回報給天皇：局勢將在一早獲得解決。

平定叛亂

然而香椎、真崎與叛軍軍官們有所不知，杉山早於早上8點20分晉見天皇，請求批准以武力解決叛軍，天皇很快便許可了，並授權其可自主行事。不久，大本營命令就傳到了香椎那裡，要他迅速將佔領著三宅坂的叛變軍官和人群驅離。
早在26日當天，天皇即已下令鎮壓叛軍，然而時至27日，軍方仍舊對採取強硬措施猶豫不決，天皇因此極不耐煩，他身邊的侍從武官長本庄同情叛軍，故上奏天皇：「彼等行動部隊軍官之行為，雖係任意驅使陛下之軍隊，嚴重干犯了統帥權，這當然不能容許，但其精神則是想到了君國，故未必需要責備。」然而天皇卻怒斥本庄：「似此殺戮朕之股肱老臣之兇暴軍官等，其精神又有何可寬恕者耶？將朕最為信賴的老臣悉數殺死，與以軟刀子對付朕有何異。」甚至表示要親率近衛師團將其鎮壓。據本庄的回憶26日當天，天皇幾乎是每十分鐘一次召集他本人，詢問是否平定叛亂，到了27日甚至一天要晉見13次之多。
參謀本部與戒嚴司令部於28日早上5點決定發布大本營命令，從此刻起，所有正式文件上皆統一將「起義」之名由「叛亂」所取代。早上8點，名義上為叛軍指揮者的小富士少校收到了大本營的命令，要叛軍回到各自的單位去，然而村中與野中已先聽到了中橋的命令，故認為小富士此時的命令應為錯誤，兩人便要去確認下。當他們遇到小富士後，後者也只告訴他們回到第1師團的師部去，回去後，他們又遇見了堀將軍，後者欺騙村中與野中，大本營根本沒發出歸營命令，故兩人鬆了口氣、又有點感到懷疑地離開了。
清晨，川島、香椎和杉山等幾位陸軍首腦舉行會議（荒木與真崎曾試圖參加，但獲知兩人不具實權而拒絕）。川島和香椎嘗試避免暴力衝突的發生，但10點過後，叛軍仍沒有要離開的意思，故他們批准動武。然而，崛與小富士於10點40分前來見香椎，他們三人一致同意大本營的鎮壓命令發出的太早，先按兵不動，另一種說法是政府軍仍需時間準備，無論如何，政府軍的鎮壓行動真的推遲了。
山下於中午12點前去陸軍省，他告訴叛軍軍官執行大本營的驅逐命令也只是時間問題，他們應當「負起責任」。12點半，堀與叛軍會面，證實了山下所言屬實。不久後，栗原代表叛軍發言，要求送去一篇書信到大本營去，他表示叛軍軍官們將會自殺，而士官們將會帶領部隊回到各自的營房去。同情叛軍的山下與川島因而前去皇居和本庄會面，提出此一「謝罪」方式轉奏給天皇，但後者相當不滿，他表示：「若要自殺，儘管恣意而為，無須如此派出使節」。
並未所有叛軍成員都準備要自殺，安藤對此想法特別憤愾，罵道：「那些將軍們把我們當作踏腳墊外，還要我們自殺！」安藤拒絕自殺以及天皇的鎮壓態度從根本上影響了叛軍內部。時至下午1點半，他們決定戰鬥，小富士於下午2點做出最後一次命令叛軍回營的嘗試，但同樣遭到拒絕，他也因此知道叛軍決心反抗的意圖。下午4點，戒嚴司令部宣布動武，晚上6點，叛軍不再隸屬於小富士的指揮下。晚上11點，大本營發出命令，要政府軍為29日早上5點發動總攻擊作準備。

審判

3月4日，天皇簽署法令，設置「特設軍法會議」來審判政變參與者。1,483名叛軍參與者皆受審問，但最終僅起訴124人，包括19名軍官、73名士官、19名士兵和10位民間人士，其中，所有的軍官和43名士官、3名士兵以及全數被起訴的民間人士都判決有罪，審判程序共歷時18個月。
對政變主謀者（19名軍官、磯部、村中和兩名民間人士）的主審於4月28日召開，這場審判是秘密進行的，被告不具法定辯護人、上訴、傳喚證人之權利。法官們也對於被告的動機與意圖不表興趣，僅強迫後者敘述事件的流程，與幾個月前的相澤審判大不相同。受起訴的軍官得到叛亂罪名，而他們則駁斥自己的行動已從陸軍省宣布的事項中得到了許可，也與戒嚴部隊有合作，也沒有從大本營那裡得到任何正式的通知。6月4日，陪審團正式裁定，7月5日，正式宣布判決，全數有罪，共17人判處死刑。
依照被告身份與行動區別，法庭開了四場以上的審判來處置涉案者叛軍，一為行刺齋藤、渡邊以及襲擊警視廳的士官，二為行刺岡田、高橋、鈴木以及襲擊陸軍省的士官，三為所有涉案的士兵們，四為行刺牧野的一名士官和六名民間人士的案子。另外還有37人雖未直接涉案，卻遭控支持叛亂，其中24人獲判有罪，刑責從終身監禁到罰款45日圓不等，較引人注目者為山口一太郎（終身監禁）、齋藤瀏（五年有期徒刑）和滿井佐吉（三年有期徒刑）三人的判處結果。
北以及西田兩人也遭指為叛亂領導人，法庭專開一庭來審理本案，但這兩人在事件中只有間接參與（主要是透過電話表示支持）的程度而已，軍事法庭首席法官吉田悳少將也對陸軍省的指控表示不認同，但當時陸軍省內部已為統制派所控制，後來吉田收到了另一位法官的信，後者寫道無論證據是否不足，這兩個人都非死不可。吉田後來寫道北與西田的作用為「幫助主謀者的利敵行為」，作為「略有利敵或對我軍稍有不利」，「其最高限度為三年與極刑的中等以下之懲罰」，但是因為有來自陸軍領導機關的指示，遂不得不枉法宣判死刑。1937年8月14日，北和西田遭處死刑。
唯一一位遭訴涉案的陸軍高級將領為真崎大將，他被控與叛軍勾結。儘管真崎的證詞顯示出該人的有罪立場，但他最終在1937年9月25日獲判無罪，此一結果主要是受到於6月接任接任總理職務的近衛文麿的影響所致。
1937年7月15日，15名叛軍軍官於澀谷軍事監獄內槍決。磯部與村中兩人的處決則向後推延，以使其可在北與西田的案子中作證。8月14日，磯部、村中、北、西田同樣於澀谷槍決身亡。

政府結構異動

儘管二二六事件的政變沒有成功，但依舊對整個日本政府和軍方產生了深遠的影響。3月9日，岡田內閣解體，後由岡田的外務大臣廣田弘毅任新總理，組織新內閣。不過因為受到新任的陸軍大臣寺內壽一的壓力，廣田不得不做出一些人事上的讓步，例如選擇有田八郎為外務大臣，而非自己看好的吉田茂。此一現象的主要原因在於，二二六事件發生後，日本政府恢復了「陸海軍大臣現役武官制」，原先內閣成員中的陸海軍大臣職務規定必須是由退役的大將所擔任，而此一制度的回復使得現役的陸軍大臣和軍方利益掛勾，只要與軍方的觀點相衝突，後者即可讓陸軍大臣請辭，迫使內閣進行重組，並拒絕派出該職位的繼任者。換句話說，內閣是否能維持全受到軍方所影響。事實上，後來廣田內閣組成不滿一年後，軍方即使寺內辭職，內閣也因此解散了。

陸軍內部的派系肅清

儘管高級將領裡只有真崎一人遭控與叛軍勾結，皇道派仍因該事件而受到極大的損害，從此便一蹶不振。在寺內的主導下，「革新幕僚」們（尤其是石原和武藤最為活躍）開始在軍隊中進行肅清。陸軍共12名大將中有9人於4月底退出現役，包括皇道派領袖荒木、真崎、川島和本庄。另外其他對皇道派和政變行動抱持同情態度的也同樣剝奪其現役身份，或調到離首都偏遠、無法發揮政治影響力的地區任職，如山下、香椎、小富士、堀、橋本虎之助和柳川平助等。其他的軍官，即便不是皇道派者的權力也受到限制，以消除皇道派在軍中的剩餘影響力，幾乎每一位曾對叛軍表達支持的高級將領都受到影響。

歷史意義

二二六事件為日本在1930年代的法西斯主義發展的重要事件，推動了日本法西斯主義，也使日本逐漸走向第二次世界大戰。日本戰後政治學家丸山真男認為二二六事件標誌著日本法西斯主義運動第二階段成熟期結束（自1931年九一八事變到1936年二二六事件），展開了第三階段的法西斯運動完成時期，日本軍方以支持由上至下的法西斯主義，創造了由官僚、壟斷資本家及政黨的統治聯盟，執行了和歐洲法西斯政權類似的政治主張，如對外擴張、讚頌擴軍、反個人自由主義、反國會政治、反馬克思主義，但不同於歐洲的日本法西斯特色：「家－國」、重農主義及從西方殖民主義手中解放亞洲人民的政治修辭。