约翰·塞巴斯蒂安·巴赫

童年

1685年3月31日（儒略曆3月21日），巴哈出生在神聖羅馬帝國艾森納赫。他的父親約翰·安布羅休斯·巴哈是鎮上的音樂家，也是家族的第四代音樂家，教導巴哈演奏小提琴和大鍵琴，母親瑪利亞·伊莉莎白·萊姆希特是馬車伕之女；兩人育有八名子女，巴哈排行最小。巴哈的伯父約翰·克里斯多福·巴哈，也是其父親的雙胞胎兄弟，教導了巴哈關於管風琴的演奏藝術。
巴哈8歲進入艾森納赫拉丁語學校，開始學習聖經、詩篇及路德宗教義，特別是德語和拉丁語的福音書和使徒書，這裡恰好也是兩世紀前馬丁·路德的母校。巴哈在校成績不錯，顯然他歌喉很好，由只能唱讚美詩的詩班，升到週日在聖喬治教堂演唱經文歌和清唱劇的詩班。

奧德洛夫

巴哈的母親死於1694年，他的父親也在八個月之後隨其母親而去。10歲的巴哈成了孤兒，並住進了位於奧德洛夫的長兄約翰·克里斯多福·巴哈（與叔叔同名）家裡，由長兄扶養。克里斯多福是一個職業教堂管風琴師，曾師從帕海貝爾，他繼續給予巴哈在艾森納赫便開始的音樂教育；他教導巴哈彈奏大鍵琴，以及其他樂器的基本演奏技巧，還曾帶他參觀鎮上教堂裝設新管風琴的過程，這種種奠定了巴哈未來器樂造詣的基礎。
巴哈也幫忙分擔家計，他的歌喉嘹亮細緻、音域很廣，表演所得的收入相當不錯，但他沒有放棄學習，繼續在奧德洛夫拉丁語學校上課。他還蒐羅一批為數可觀的神學著作，供閒暇時閱讀消遣。
克里斯多福讓巴哈接觸的作品有來自當時南、北德的大作曲家，也有法國人，例如盧利、路易·馬爾尚、馬蘭·馬雷，以及義大利人吉羅拉莫·弗雷斯科巴爾第。年輕的巴哈也許觀摩學習了這些作曲家的作品。巴哈的手稿表明了他曾經為他哥哥抄總譜，但他的哥哥不鼓勵他這樣做，也許是因為覺得這樣浪費了他的時間。
後來由於兄嫂又生了一個兒子，克里斯多福的家庭很快便無法繼續扶養巴哈，家族也沒有人能提供他經濟上的援助，巴哈便在15歲時離開奧德洛夫的學校。不過，他由原學校的新任音樂教師埃利亞斯·赫爾達（Elias Herda）那裡聽說，約200哩外的呂訥堡，當地的聖馬可教堂有個專收窮人子弟的少年合唱團，這個團體共同領有一筆津貼，提供團員食宿。而由於赫爾達在介紹信中對巴哈歌喉的讚美，巴哈順利得到教堂許可。

呂訥堡

1700年3月，巴哈與他的好友埃德曼（Georg Erdmann）同行前往呂訥堡。他在聖馬可教堂設立的拉丁語學校繼續學業，並參與教堂的音樂生活。學校裡同樣教授拉丁語、希臘語、邏輯、修辭學和神學。雖然唱詩班成員分到的零用金微薄，但巴哈靠著在婚喪典禮上獻唱及街頭表演的收入，還能勉強維持生活。
除了擁有華麗的建築外，聖馬可教堂的音樂圖書館裡還典藏了自16世紀中期以來豐富的手抄樂譜及印刷版本，曲目超過千首，包含上百位作曲者；擁有如此可觀的樂作收藏，又有優秀的唱詩班，聖馬可發展出精緻的音樂傳統。巴哈在此既聽也唱，朝夕受教會音樂的薰陶；馬丁·路德創作的許多聖詠（Choral）後來給予巴哈創作的啟發並磨練了他和聲的技巧，而這種古老的音樂形式在巴哈未來無數的聲樂作品中得到改良與推廣。
沒多久巴哈也變聲了，但他仍保有教堂的獎學金，且擔任三位器樂師傅的助手，並繼續磨練他畢生最熟練的樂器：小提琴、管風琴、大鍵琴。在這段日子巴哈對樂器結構與特性的知識以及樂器的演奏技巧有了飛躍性的成長。巴哈此時認識了聖約翰教堂的管風琴師格奧爾格·伯姆，伯姆早年即與巴哈家族結識，巴哈早期作品深受其影響。1701年的暑假，巴哈步行30哩到漢堡，聆聽聖凱薩琳教堂的琴師萊茵肯（伯姆的老師）彈奏管風琴，還聽到北日耳曼的著名琴師文森·盧貝克的演奏，這給年輕巴哈帶來強烈震撼，此後他多次舊地重遊。
回到呂訥堡後，巴哈也受到法國文化的洗禮。在聖馬可教堂一所專為貴族子弟附設的學校（Ritterakademie）裡充斥法國傳來的新奇想法：學校裡的學生流行以法語交談、排演法國戲劇並以法國音樂伴奏，還聘請曾受教於盧利，呂訥堡伯爵的樂師薩勒（Thomas de la Salle）擔任舞蹈老師。在旁聽後，巴哈下了不少功夫接近法國文化，尤其是在音樂上。薩勒對巴哈留下深刻的印象，甚至帶他到策勒欣賞管弦樂團和管風琴的演奏，並接觸了如庫普蘭等法國作曲大師的相關作品，這是巴哈音樂兼容並蓄的開端。

初到威瑪，阿恩施塔特與慕豪森（1703～1708年）

1703年1月，巴哈從聖馬可畢業，並在應聘一個位於桑格豪森的管風琴師的職位被拒絕後不久，他被薩克森-威瑪的約翰·恩斯特公爵（酗酒者，與其兄威廉共治，但無實權）聘為宮廷音樂家，除了在公爵的禮拜堂演奏小提琴與管風琴，也處理一些與音樂無關的僕役工作。巴哈在威瑪工作了七個月，建立了自己作為管風琴家的名聲。
後來巴哈被邀請到阿恩施塔特的新教堂，為其新完工的管風琴作檢查，並舉辦了啟用音樂會。在這個位於威瑪西南約40公里的古老小鎮，巴哈家族與當地居民建立著良好往來。1703年8月，他接受了在該教堂的管風琴師的職位，這個工作體面但並不繁重，而且能得到一份不錯的薪水；然而雖然未在合約中載明，巴哈仍需兼任拉丁學校唱詩班的領唱者。但良好的環境和熱愛音樂的僱主並沒有緩解巴哈和當局之間的緊張關係。巴哈顯然是對唱詩班的水平不滿，並缺乏成熟度解決相關的爭端，他甚至還與一個名叫蓋耶斯巴哈（Geyersbach）的巴松管手爆發肢體衝突，被寫在1705年8月的法庭記錄裡。
更嚴重的是，1705年至1706年，他在未經允許的情況下拜訪了著名的風琴師和作曲家布克斯特胡德，並參與他在北德盧貝克聖瑪利亞教堂的音樂會。此次拜訪布克斯特胡德的旅行，來回需要各徒步約400公里，他請了30天的假，卻離職四個月，且未通知僱主，這成為他在1706年1月宗教法庭上被指控的「罪狀」之一。這趟超過預期計劃時間的旅程，強化了布克斯特胡德對對巴哈早期風格的影響，也顯示了在巴哈心目中布克斯特胡德的重要性。從盧貝克返回的巴哈還帶來了許多新奇的演奏想法，例如自由花俏的和弦與裝飾音、不定性的轉調與變奏等等，導致教友難以辨清聖詠旋律。這些時人看來「怪異」的做法引發了投訴，教會當局在1706年2月及11月給予巴哈警告，但巴哈不是很在意。
1706年末巴哈嘗試角逐慕豪森布拉修斯教堂的風琴師職位，並在1707年的復活節試奏後得到該份工作。在那裡有更好的薪酬、更高的地位，而且最重要的是有更好的唱詩班。同年10月，和他的第二代堂姐瑪利亞·芭芭拉·巴哈結婚。巴哈此時已是經驗豐富的管風琴師，負責監督教堂受損樂器的修復工作。在巴哈檢查過布拉修斯教堂的管風琴後，他提議將之翻新，雖然費用昂貴，但教堂和慕豪森市政府都予以核准。巴哈也為1708年的新議會就職典禮創作了《清唱劇, BWV 71》「上帝是我的國王」，此作於同年付梓，除了是巴哈最早付梓的作品，也是他傳世的清唱劇中唯一在其生前印刷出版者。
儘管巴哈音樂造詣出眾，他在慕豪森仍遇到一些問題——神學思想的爭議。教堂的牧師弗羅內（J. A. Frohne）是虔信派信徒，擔憂在儀式中過度使用音樂藝術的話，會增加世俗的誘惑。教堂的前任管風琴師又是保守音樂風格的捍衛者，巴哈創新的音樂風格自然不太受歡迎，當地人將巴哈的革新樂風冠上「世俗化」、「野蠻」等字眼。

威瑪（1708～1717年）

巴哈在這樣的背景下沒有發揮才華的空間，而這時他又接到來自威瑪的邀請。威廉·恩斯特公爵想聘巴哈擔任宮廷樂師及管風琴師，取代年老體衰的約翰·埃弗勒（Johann Effler），並為他寫作大量的禮拜音樂。1708年6月，巴哈前往威瑪通過試奏後便寫信辭職。縱然如此，巴哈還是與慕豪森維持不錯的關係，仍繼續監督聖布拉修斯教堂的管風琴修復工程。
到了威瑪，巴哈薪資一夜倍增，在慕豪森的問題不復存在，因為公爵是虔誠的路德派信徒，同時熱愛音樂，但其處理政事卻是相當獨裁，所幸公爵未將他的意願強加在巴哈的創作上。巴哈在威瑪的地位不但崇高，且有充分空間發展他對「完善規範的教堂音樂」的想法，因為公爵不容許如慕豪森的宗教理念衝突上演。
巴哈乍到威瑪其妻芭芭拉便生下長女卡特莉娜·多羅特婭（Catherina Dorothea Bach）；兩年後，1710年11月，長男威廉·弗里德曼·巴哈（W.F. 巴哈）出生；三年後，芭芭拉生下一對雙胞胎，早夭；1714年3月，卡爾·菲利浦·艾曼紐·巴哈（C.P.E. 巴哈，其教父為泰雷曼）出生。W.F. 巴哈與C.P.E. 巴哈後來成為著名音樂家。
威瑪宮廷禮拜堂裝置的管風琴，儘管才剛剛更新過，但巴哈仍說服公爵裝置一套鐘組，後來乾脆要求重新裝修。巴哈的名聲因著他對樂器的瞭解與精湛的演奏技巧而逐漸遠播，鄰近城市經常聘請他檢查損壞的樂器或演奏管風琴。1713年，當哈雷的管風琴師出缺時，巴哈再度想要換個環境；而哈雷教堂當局馬上對這個提議感興趣，他們草擬了一份要求頗多的合約，但薪水始終令巴哈不滿意。當巴哈在考慮哈雷的職缺時，公爵再度給他加薪，加強了巴哈續留威瑪的決心；這令哈雷當局很惱火，指責巴哈以哈雷的機會為籌碼，迫使老東家加薪挽留，但巴哈回信否認。如同在慕豪森一般，巴哈依舊與哈雷保持好的關係，後來哈雷的新管風琴於1716年完成時，巴哈也受邀前往試奏，並得到皇家級的禮遇。
1714年，巴哈升為副樂長，也就是樂團首席（Konzertmeister），有責每個月提供一齣清唱劇，到1716年為止，他創作了約一個禮儀年的清唱劇；而時任樂長的兒子約翰·威廉·德雷西（Johann Wilhelm Drese）負責宮廷裡的一切世俗音樂。另外，此階段巴哈的管風琴曲創作量居各階段之冠，作品也臻至成熟，他成為歐洲最具代表性的管風琴演奏家兼作曲家。他的演奏之高妙，很快便染上傳奇色彩，與巴哈同時代的某人在聆聽完他在卡塞爾為皇太子（未來的腓特烈·威廉一世）的演奏後寫道：
「他的雙腳彷彿長了翅膀般在腳踏板上飛馳，有力的音符如雷般響遍整個教堂，太子對巴哈的神技讚嘆不已，一曲既畢，餘音尚繞樑之際，便脫下指上所戴著的寶石戒指，送給巴哈。」
在威瑪的時日，巴哈還領導一批訓練有素的歌者和樂手，這是一個小型的巴洛克式樂團，而他自己則演奏小提琴帶領整個樂團，因此在作曲之餘還能培養指揮經驗。同時地，巴哈仍對其他音樂家的作品非常感興趣並苦心鑽研之，音樂先進國義大利作曲家（柯賴里、托雷里、韋瓦第等人）的作品尤其得到他的青睞並對他產生深刻的影響。巴哈吸收了義大利的交奏曲式（ritornello form）與返始（da capo）的手法，並輔以本土的對位法特質，使他在創作時更注重主題和樂曲的簡化，屬於他自己的音樂正在形成。
在有名的音樂收藏家與業餘作曲家約翰·恩斯特王子（酗酒者約翰之子）的影響下（可能透過他收藏的作品），巴哈改編了許多作曲家（韋瓦第、泰雷曼、馬切羅兄弟、恩斯特王子本人）的作品為鍵盤獨奏曲（收錄於BWV 592-596, 972-987），而此時對他最有影響的是威尼斯樂派的韋瓦第。不斷的學習使巴哈的作品愈趨成熟，擺脫了他過去曾讓聽眾困惑的複雜風格，同時往他門下求教的學生也日益增多。在威瑪的九年當中，巴哈寫出許多傑出的管風琴作品。
後來巴哈又陷入與他毫不相關的爭論中。公爵的繼承人，也就是他的姪子恩斯特·奧古斯都，亦是性格獨斷之人，與公爵行事作風大不相同，兩人經常發生爭執。他們的部屬處境為難，尤其是巴哈，他一直負責教導奧古斯都彈琴。當公爵耗盡耐性後，他宣布禁止所有樂師為他姪子演奏，而巴哈卻無視了命令。公爵疑似藉機報復，1716年12月，當樂長老德雷西逝世時，他忽略巴哈而聘任才華遜色許多的小德雷西。巴哈可能是為表達對此事的不滿，從此停止寫作清唱劇。
可這回他對奧古斯都的友誼卻有了實質的回報。奧古斯都在1716年與安哈特-柯騰的領主利奧波德王子的妹妹聯姻，當柯騰的宮廷指揮辭職後，利奧波德自然而然想到雇用巴哈。而巴哈也對新的工作機會滿懷憧憬，於1717年8月接受王子的邀請，支領薪水後不久便決定舉家遷至柯騰。清楚巴哈才華的威瑪公爵知道他與奧古斯都及利奧波德的交往，拒絕接受他的辭呈，但巴哈死纏爛打，公爵便軟禁了巴哈將近一個月才釋放他。12月，巴哈終獲自由，便啟程前往柯騰，追尋事業的另一個起點。

柯騰（1717～1723年）

利奧波德王子年紀比巴哈輕，頗有音樂素養，能奏多種樂器。但他是加爾文教派的信徒，禮拜儀式中僅使用簡單的聖詠，這意味著宮廷樂師主要負責世俗音樂，著重器樂，而非教會音樂或管風琴曲。這對巴哈的創作而言是個大轉向，不過這樣的挑戰在未來也同時是巴哈進化的動力。
巴哈在柯騰擔任宮廷樂長，即樂團指揮（Kapellmeister），這個職位備受尊敬，且薪水高達400塔勒（日耳曼各邦的貨幣購買力不盡相同，巴哈薪水在此相當於朝廷高官）。王子21歲接掌宮廷後，致力恢復宮廷裡的音樂風氣，雇用的樂師從三名增至十七名，因此巴哈上任時接管的便是一個訓練有素的樂隊。王子懂音樂且待巴哈親切有禮。巴哈遇上一群優異的音樂家和識才的東主，激盪出大量出色的樂曲，尤其是器樂。此時期是巴哈一生中較未受干擾的時期，而從創作內容來看，巴哈已邁入他自己的成熟階段。
就在巴哈到了柯騰沒多久，他再一次錯失與韓德爾見面的機會。韓德爾原先已在英國定居，但在1719年他回到日耳曼尋找優秀的歌手，並回到哈雷探視母親，而哈雷離柯騰僅有20哩路程。巴哈一聽說韓德爾返鄉的消息，便立即兼程趕路去哈雷，希望能與之見上一面，遺憾的是韓德爾已返回英國。
巴哈在這段時間發覺他的長子威廉有優異的音樂稟賦，於是決定盡力栽培他。巴哈寫作《給W.F. 巴哈的鍵盤小冊》即是獻給他的長子，內容井然有序的教導年幼的孩子彈奏鍵盤樂器，從說明音譜記號開始，帶領初學者由基本曲目一路登堂入室，直到領略較高深的作品。而這本書其實也包含了部分的《平均律鍵盤曲集》和全套的《二聲部與三聲部創意曲》；全書不僅是訓練技巧，曲目的結構與聆賞性也有高度水準。
然而，1720年5月，巴哈和王子一同前往卡爾斯巴德（今捷克卡羅維發利）溫泉療養地，7月回到柯騰時，妻子芭芭拉不幸離世，留下四個小孩。同年漢堡的聖雅各教堂邀請巴哈角逐管風琴師的職位，巴哈不禁心動並登程赴會，雖然他因為柯騰的事務沒能在指定日期試奏，但他精湛的琴藝漢堡市民有目共睹，並博得大師萊茵肯的讚美。但後人不太清楚為何巴哈沒有得到漢堡的職位，當局似乎很有意要聘請他，但漢堡有個不成文的陋規，即某些特定職位的合格人選必須付一筆錢才能取得職位，巴哈顯然無法忍受。
1721年3月，他將精心創作的六首管弦樂協奏曲獻給布蘭登堡總督克里斯蒂安·路德維希，推測應該是巴哈在卡爾斯巴德遇到總督時，接受其委託而獻上的，雖然公爵未曾演出過它，但事實上這套作品已先在柯騰宮廷演奏過了，此即著名的《布蘭登堡協奏曲》。巴哈在柯騰時期之前沒有機會與足夠資源（完善的管弦樂團）創作協奏曲，此時正能全心發揮。在此期間巴哈也創作了著名的《無伴奏小提琴奏鳴曲與組曲》、《無伴奏大提琴組曲》、《平均律鍵盤曲集》的第一部分（24首）。
芭芭拉去世17個月後，1721年12月，巴哈再婚，娶年僅20歲的安娜·瑪格達萊娜·巴哈（原姓Wilcken）為妻，她的父親是位宮廷小號手，母親也具音樂背景，她本人則是歌手，薪水有巴哈的一半。安娜與巴哈的孩子中包含後來也成為知名音樂家的約翰·克里斯多福·弗里德里希·巴哈（J.C.F. 巴哈）及約翰·克里斯蒂安·巴哈（J.C. 巴哈）。巴哈夫妻倆感情深厚，同為專業音樂家的身分也使他們更為親近，兩人的好感情可由他們共同完成的兩本《給安娜的筆記本》看出，此筆記本包含了《法國組曲》的前五首與《鍵盤組曲》的第三、六首。
然而巴哈再婚後一星期，利奧波德王子與他的堂妹弗里德里卡·亨麗埃塔（Friederica Henrietta）成婚。除了是公主對音樂不感興趣，也可能是因為柯騰軍費吃緊，導致王子裁減了樂團，音樂漸不復為柯騰宮廷的基調，巴哈愈發覺得在這裡難以容身。後來他也許再度發覺自己的志趣是做個教堂樂師，也許是為了兒子的教育規劃，巴哈開始為下一步打算。

J.H. 厄內斯提校長時期（1723～1729年）

1722年6月，萊比錫聖多瑪斯教堂音樂指揮庫瑙在擔任了該職務21年後逝世。市議會討論繼任人選時首先想到泰雷曼，他剛受聘為漢堡的樂長，由於他曾於萊比錫擔任管風琴師，市民相當推崇此決議。但泰雷曼卻以與萊比錫的合同要挾漢堡當局為他加薪，市議會撲了空。此前巴哈並未申請這個職位，因為他和泰雷曼是舊識。稍後巴哈應徵時，與其競爭者有四人，包括聖多瑪斯學校的校友，現任達姆城宮廷樂師的格勞普納。中選者是格勞普納，但他因為東主不肯放人且予以加薪挽留，於1723年5月放棄萊比錫的職務後舉薦巴哈。
當局願意聘用巴哈，但態度較消極。他們並不看重巴哈的管風琴技藝，因為指揮不需要這項技能；而巴哈的作品大多未出版，當局不清楚他在作曲上的才華；知名度方面，巴哈在當時當地仍差了泰雷曼與格勞普納一截；且巴哈沒有正式學歷，當局對此相當看重。儘管巴哈已是音樂全才，卻難獲得學院肯定。當局擔心舊事重演，要求巴哈先得到公爵的免職書。得到許可後，巴哈便申請該職務並獲選。而當選後巴哈還得簽署許多文件和通過神學測驗，確認其思想沒有問題才能上任，但耗時之長、手續繁瑣以及數名議員曾反對聘用巴哈，種種跡象都顯示巴哈過去的經歷仍被當局所質疑。
聖多瑪斯教堂唱詩班指揮（也身兼聖多瑪斯合唱學校的音樂教職，因為學校為教堂提供儀式的歌者）相當於萊比錫全城大小教堂的音樂總監，在新教德國的地位甚為重要；當地路德教派興盛，長久以來擔任此職務者莫不是備受景仰的音樂家。但這個職務也不好勝任，雖直屬於薩克森選侯，仍須服從學校、市議會和教堂當局等上級官僚；市議會科層嚴密，教堂則有權管理一切宗教儀式，神學和音樂都在管轄之列。而新職位的起薪還不到巴哈在柯騰的四分之一，這些得另外仰仗婚喪、教學的酬勞才補得過來。巴哈的選擇主要基於兩個因素：萊比錫有聖多瑪斯學校與名聲顯赫的萊比錫大學，可以提供他的兒子良好教育；而巴哈自己似乎也有心在教堂音樂上繼續深造。6月巴哈正式就職，他讓他的三個兒子進入聖多瑪斯學校就學，並都加入唱詩班。但是巴哈發現學校狀況不甚理想，學生人數多到不堪負荷，年邁的校長J.H. 厄內斯提對學生與老師難以管束，且學校硬體設施貧乏，加上作息刻板，學生生活品質惡劣。此時巴哈的家庭暫居於校舍中。
遺憾的是，在巴哈舉家遷往萊比錫之前，利奧波德王子年輕的妻子卻去世了，但巴哈沒有回心轉意。儘管王子沒有慰留巴哈，他和王子的情誼並未因此改變，巴哈經常回到柯騰演奏音樂，並保有其宮廷樂長的榮譽頭銜；王子兩年後再娶，巴哈曾為其新婚夫人獻上一首祝賀生辰的清唱劇。然而王子卻於1728年11月英年早逝，柯騰的宮廷音樂盛景不再。1729年3月，巴哈最後一次探訪柯騰，指揮《馬太受難曲》的片段作為王子喪禮上的音樂。
作為萊比錫的音樂總監，巴哈負責監督城內四座主要教堂的音樂事務，特別是聖多瑪斯教堂和聖尼古拉教堂周日冗長繁複的禮拜儀式。巴哈初到萊比錫的幾年，積極創作樂曲供教堂使用，至少為整個教會禮儀年提供五套的清唱劇，總數約有295首，但部份已佚失；也因此在這段期間巴哈的創作量達到生涯巔峰。巴哈在萊比錫創作的清唱劇涵蓋相當豐富的主題，由正統路德教義到新的虔信教義都有，巴哈以不同的曲風及形式搭配不同的主題。清唱劇的文本大多由巴哈的合作人，身兼詩人與編劇的皮坎德寫成。巴哈還以他早期的清唱劇為基礎，創作了一些經文歌供城市的隆重典禮使用。
在柯騰游移不決的日子裡，巴哈已著手寫作《約翰受難曲》，1724年4月間，此作首度公演，巴哈認為在聖多瑪斯教堂首演較理想，但市議會堅持受難曲輪流演出的慣例，要求於聖尼古拉教堂演出，巴哈只好從命。稍後巴哈又向當局提出擴增樓廂與增添技工的請求，但當局卻認為這些舉措沒有必要。而在萊比錫這個相對自治的商業城市沒有專業的宮廷樂師，所謂市樂師其實是由一群業餘人士組成的教堂樂手，他們在教堂和市府的典禮場合出席表演，巴哈只得忍著對樂手配置及其素質的不滿。
上任沒有多久，當局的多頭馬車就對巴哈的工作造成困擾。聖保羅大學教堂在1710年後，在宗教禮拜儀式上，除了少數特別慶節才舉行的「舊儀式」（由聖多瑪斯指揮負責）外，又新增了「新儀式」於每週日舉行，當初庫瑙費盡心力才取得該儀式的音樂指導權，後來聖保羅的琴師歌爾納（J. G. Görner）自薦免費提供新儀式的服務，所以巴哈就職後便管不到這份差事。這對巴哈來說頗有損失，因為他需要這份酬勞，也需要藉此職務與大學建立關係。巴哈試著在舊儀式上表現他的技藝，但當局不怎麼感動，給他的酬勞遠比庫瑙少了14塔勒，於是巴哈在1725年間接連寫了三封信，向最高當局，也就是選侯奧古斯特二世陳情。巴哈的請求起了作用，也因此得到和庫瑙同等的待遇，但大學始終不願將兩種儀式都交給他負責。行動失敗後，巴哈灰心的把舊儀式的業務交給一位學生處理；此舉激怒了當局，他們本來就輕視巴哈的教育背景，巴哈如今的行為則令當局清楚表明不讓他兼這份差。
類似的狀況也在之後發生。1727年，一名貴族出身的大學生基希巴哈（Hans Carl von Kirchbach）自願在大學教堂獻一台彌撒，紀念薩克森選侯的亡妻。基希巴哈獲得批准後，便編了一首喪禮頌詩，交給巴哈作曲。大學當局卻認為歌爾納才是適當人選，當基希巴哈以曲子已完成為由拒絕歌爾納作曲後，當局又告訴他曲子將由歌爾納演出，沒巴哈的份。在基希巴哈力爭之下，當局用12塔勒安撫歌爾納，卻要求巴哈簽署一份文件，保證今後若未得到當局同意，不得為聖保羅教堂提供任何音樂服務，而巴哈拒絕簽署。雖然當局打壓巴哈，但萊比錫的學生卻日漸與巴哈往來密切，刺激他創作出數首世俗清唱劇，還吸引不少大學生參與他的音樂，巴哈也不吝向其他音樂機構舉薦他所青睞的學生。後來巴哈在選擇晚禱聖詩的職權受到聖尼古拉教堂一位助理執事的挑戰，教會當局卻偏袒執事；巴哈向市議會申訴後才得到平反。
這段期間，巴哈也為世俗場合寫作音樂。1727年，他為奧古斯特二世的誕辰創作一齣特別的世俗清唱劇，於5月由基金會獎助學生在聖多瑪斯教堂首演，排場盛大。當年4月的聖週五，巴哈著名的《馬太受難曲》首度公演，集結了當時萊比錫許多音樂人才作為演奏人員。
1729年1月，薩克森-魏森費爾斯公爵克里斯蒂安到訪萊比錫，為了表示敬意，巴哈創作並演出了《世俗清唱劇, BWV 210a》（即後來的《婚禮清唱劇》）。其實巴哈在此前已曾與公爵接觸，包含1713年的《狩獵清唱劇》和1725年的《世俗清唱劇, BWV 249a》（即後來的《復活節神劇》），都是巴哈受委託而為公爵生辰譜寫的作品。同年，巴哈獲得了「薩克森-魏森費爾斯皇家宮廷樂長」的榮譽頭銜，直到公爵1736年去世為止。
巴哈與當局的抗爭仍持續進行。1730年5月，當局要求他補足基金會獎學金學生的空缺，於是巴哈面試數位應徵者並謹慎寫下他的評估報告，但後來當局公布的通過名單與巴哈的評估出入甚大，顯然當局忽視巴哈的意見。一年後，市議會開會討論巴哈的私德，指出巴哈忽略其教師責任、不假外出或未按規定申請出城賺取外快；種種因素使得當局限制其上述的舉動。巴哈雖然理虧但也同樣對工作環境極為不滿；同年8月，巴哈投書議會，長篇大論地指出萊比錫教堂音樂各方面的問題。這封信提供了讀者當時音樂界的風貌，但它無助於化解衝突，當局也似乎沒有直接回答巴哈的信。

蓋斯納校長時期（1730～1734年）

在萊比錫的不愉快與此地的高物價水準，令巴哈再度萌生去意。而就在老校長厄內斯提去世的隔年，也就是1730年6月，新任校長蓋斯納就職。蓋斯納本身是古典哲學的學者，曾任威瑪大學預科學校（Weimarer Gymnasium）的校長，他非常欣賞巴哈的音樂才華，一上任便大幅改善不少校務。他改善硬體設備並調整學校的組織架構，也加強了音樂在課程的比重，以及整頓學生紀律等等。蓋斯納令巴哈的工作環境舒適許多，他也向巴哈保證其賺外快的權利。在蓋斯納擔任校長的這段期間，巴哈和當局至少能維持起碼的和平共存。
在這段期間，巴哈發掘了一批優異的歌手，最有名的當屬克雷布斯與謝梅利（Christian Friedrich Schemelli）。前者是巴哈在威瑪的學生老克雷布斯（Johann Tobias Krebs）的兒子，也向巴哈學習管風琴，被認為是八首小前奏與賦格曲（BWV 553-560）的作者。後者是謝梅利歌本（Musikalisches Gesangbuch，內含BWV 439-507）的出版者老謝梅利（Georg Christian Schemelli）之子。
1729年，巴哈便開始領導大學音樂社，此前庫瑙（1688年）與泰雷曼（1702年）亦曾領導該組織。大學音樂社，顧名思義，成員多為大學生，這群演奏者每週定期在齊默曼咖啡廳演出音樂，此咖啡廳當初為名流聚集之所。音樂社領導人歷來無不是名譽卓著的音樂家，這也能看出巴哈在當時萊比錫的音樂權威。巴哈為大學音樂社改編或創作許多作品供其演奏，像是他的《小提琴協奏曲》和以早先作品改編的《大鍵琴協奏曲》，以及部分的鍵盤練習系列（Clavier-Übung），皆為佳作；大學音樂社也激發巴哈創作數首世俗清唱劇，其中最知名的便是《咖啡清唱劇》，此作是巴哈最接近歌劇風格的一部作品。
1733年2月，奧古斯特二世去世，他的兒子繼位後，隔年加冕為波蘭國王，改宗天主教，是為奧古斯特三世。巴哈利用這個機會譜寫〈垂憐經〉與〈光榮頌〉，前者是為先王致哀，後者則是歡慶新王登基，不過作為天主教徒的國王自然沒能聽到作品在聖尼古拉教堂的首演。而後來在巴哈去世的前一年，也就是1749年，巴哈才將這兩首作品結合過去所創作的教會清唱劇片段，並加以發展，成為著名的《b小調彌撒曲》，此作和《馬太受難曲》共同被視為巴哈畢生宗教與聲樂作品的精粹。7月底，巴哈將〈垂憐經〉與〈光榮頌〉獻給奧古斯特三世，並附上一封要求承認的信。信中巴哈表達了在萊比錫職務上的不順遂，且向國王要求了賜與自己「宮廷作曲家」稱號一事，好以抗衡當局對其的施壓。雖然沒有立即得到應允，巴哈仍如願於1736年11月獲頒此頭銜，正式名稱為「波蘭皇家及薩克森選侯宮廷作曲家」。
這段時期巴哈和薩克森首都德勒斯登也有了進一步的接觸。在1730年代早期，他曾彈奏過當地聖索菲亞教堂（Sophienkirche）的管風琴。1733年6月，該堂的管風琴師出缺，巴哈推薦自己的長子W.F. 巴哈應徵。當時威廉23歲，他試演的曲目是其父的《前奏曲與賦格》（BWV 541），技驚四座，順利獲得這份工作，巴哈於是更有理由時常拜訪德勒斯登。
1734～1735年間，巴哈譜寫了三部著名的神劇：《復活節神劇》（僅修訂，早先作於1725年）、《聖誕神劇》、《升天節神劇》。此時期的另一名作是《聖母讚主曲》，此作最早寫於1723年，是為當時的聖誕節而寫，巴哈在1730～1733年間調整了這首作品並演出。

J.A. 厄內斯提校長時期（1734～1742年）

蓋斯納擔任校長僅四年，便於1734年離開萊比錫，擔任哥廷根大學的教職。空缺由副校長J. A. 厄內斯提接任。厄內斯提雖然年輕但學識淵博，他決心提高學校的學科素質，加重當代學科，並減少古典及神學課程的比重。厄內斯提亦認為音樂課程已經落伍，巴哈的作風更是不符合時代潮流。
1736年，厄內斯提和巴哈無可避免的發生了一場衝突，令兩人對峙長達兩年之久。衝突的成因源於厄內斯提侵犯巴哈的人事權，且巴哈認為厄內斯提擅自指派的學監無助於教堂音樂，於是提出異議，但被厄內斯提駁回。8月，兩人相互向市議會指控彼此，後來巴哈向萊比錫教會會議申訴未果，便以其職銜向國王告狀，但衝突的結果沒有被官方所記錄。總之，兩人從此成為死敵。厄內斯提仍繼續降低學校音樂課程的比重，巴哈則越來越疏於教學。1740年，學校聘用一名新老師教授樂理，顯然巴哈未善盡職責；他的教會音樂創作也大幅萎縮，唱詩班演唱舊作品的時候越來越多。
事實上，巴哈的音樂傾向正在改變，他的研究和創作重心慢慢回到器樂，且開始重視出版自己的作品。巴哈可能受到啟蒙運動的影響，或對教會當局的幻滅，導致其宗教熱忱在晚年逐漸消退。巴哈領導大學音樂社的演出仍持續著，直到1737年暫時中斷，1739～1741年才又繼續領導。這段期間以後巴哈也到各地檢修管風琴，並拜訪他的音樂家朋友。隨著巴哈的年老與時代的變遷，有些樂壇後輩開始批評巴哈的風格，或質疑巴哈適應新式作品的能力，例如沙伊伯，他的父親是著名的管風琴製造者；但也有人為巴哈撰文辯護，例如比恩鮑姆（Johann Abraham Birnbaum）和大學音樂社成員米茲勒。
巴哈的堂弟約翰·埃利亞斯·巴哈（Johann Elias Bach）於1737年借住在巴哈家中，為了在萊比錫研習神學。這段時間埃利亞斯擔任巴哈三個兒子的家庭教師，並幫巴哈草擬文書信件。埃利亞斯作客期間的書信往來，令後世得以一窺巴哈的家居生活。1742年，埃利亞斯離開巴哈的寓所，成為什文福的唱詩班指揮。

晚年及逝世（1740年～）

巴哈在世的最後十年仍有新作品推出，並且其音樂更趨於邏輯化和深邃（但這不代表旋律及情感會被忽視），他將這種基調發揮在他最後的器樂傑作上。1739～1742年間，巴哈出版了《平均律鍵盤曲集》的第二部；1741～1742年間出版《鍵盤練習》的第四部，又名《郭德堡變奏曲》。但他花費更多時間在修訂及完成先前的創作上，例如清唱劇、彌撒、受難曲。有趣的是，巴哈仍在學習，他開始複製、改編、擴增前人的作品，這些人包括帕萊斯特里納和一些巴洛克早、中期的作曲家，巴哈試圖將從古至今所有可能的複調手法統合為一。他也採納了一些當代作曲家的音樂元素，例如韓德爾、許特策爾；甚至編制並改寫了年輕一代作曲家的作品，包括裴高雷西、郭德堡，後者是巴哈的學生。
1740年，就在普魯士腓特烈大帝即位的同年，C. P. E. 巴哈獲選為其宮廷的大鍵琴手，並負責為國王吹奏長笛時伴奏。在腓特烈的推動下，首都柏林逐漸成為當時的音樂重鎮。巴哈在1741年初赴柏林探望C.P.E. 巴哈，但稍後由於政治局勢的問題，使得巴哈幾年後才再訪。1747年，巴哈應邀前往柏林近郊的波茨坦無憂宮聆賞皇家音樂，也試奏了國王向他展示的新樂器——古鋼琴。而巴哈素以即興演奏聞名，國王便給了他一段長而複雜的主題（Thema Regium），令他當場即興一首三聲部賦格；巴哈做到了，但國王又以六聲部賦格考驗他，巴哈告訴國王自己需要足夠的時間準備。有了這個動機，在巴哈回到萊比錫兩個月後，便出版了以國王的主題發展的一套器樂作品，就是著名的《音樂的奉獻》。同年6月，他加入了由學生米茲勒創辦的「音樂科學學會」（Correspondierende Societät der musicalischen Wissenschaften），為此他提交了《卡農變奏曲：我自天上來》作為入會證明，後來便出版了它。
巴哈最後的傳世之作是《賦格的藝術》，是在其生命的最後十年所作，但沒有完成，直到巴哈逝世後才出版；事實上巴哈在1740年代早期就已寫出這套作品的大部分，後來才加上兩首賦格與兩首卡農。
巴哈晚年疑似患有糖尿病，且可能在1749年中之前已一度中風。而大概也是從此時起，萊比錫市議會便開始討論一旦巴哈去世，該選誰為繼任人選。德勒斯登宮廷的一名官員布呂爾伯爵（Graf von Brühl）推薦戈特洛布·哈雷爾（Gottlob Harrer）為下任聖多瑪斯教堂唱詩班指揮，於1749年6月8日舉行試演會。儘管巴哈的身體並沒有差到隨時會去世的地步，然而在生命的最後幾年，白內障使巴哈的視力逐漸喪失，1749年時幾乎已經全盲。1750年，英國著名的眼科庸醫約翰·泰勒（"Chevalier" John Taylor，他在1758年也替韓德爾治療）剛好途經萊比錫，替巴哈的眼睛動了兩次手術，但都沒有成功。後來巴哈的視力一度奇蹟似的恢復，但十天後，也就是該年的7月28日，仍過世於嚴重高燒導致的二次中風，隨後在萊比錫舉行葬禮。
市議會至此對巴哈的死無動於衷，給予巴哈生前的評價極為普通。而巴哈卻意外地沒有留下遺囑，他死後房屋由九個在世的子女與遺孀安娜均分。市議會當局似乎有意苛扣給付遺孀的救濟金，而似乎也只有C.P.E. 巴哈在這段時間給予繼母安娜實質的幫助，提供J.C. 巴哈所需的教育。安娜從此在貧民救濟院度過餘生，直到1760年2月也隨巴哈而去。

聲譽與影響

在整個18世紀，欣賞巴哈音樂的對象多只侷限在音樂造詣較高的行家之中。到了19世紀，隨著巴哈第一本個人傳記的出版，以及孟德爾頌與其前輩引發後續的「復興巴哈」運動，終至19世紀後半舊巴哈協會對巴哈全作品的出版，這些作為都大大提升了巴哈在當時代的聲譽。20世紀後，巴哈的音樂被更廣泛的演出或錄音，以及應用在各種傳播媒體上；新巴哈協會將對作曲家的深入研究作成刊物並出版；這樣的風潮帶動巴洛克式配器的研究與其演出上的實現。而在21世紀，巴哈的音樂資源及研究成果透過網路，使普羅大眾得以更容易的接近。

18世紀

巴哈在世時，其聲譽與韓德爾、泰雷曼此等大家相當，相對於巴哈在萊比錫工作上的窒礙，他在歐陸其他地區有著相當的知名度，這體現在他與奧古斯特三世、腓特烈大帝和凱澤林伯爵（《郭德堡變奏曲》出資者）等人的往來上。在巴哈的晚年則開始有了針對其複雜風格的論戰。
巴哈死後其聲譽便很快的下降，他的作品相較於新興的嘉蘭特風格被視為是過時的。在當時巴哈為人所知的音樂多限於其在世時出版的作品，因此他身為作曲家的重要性是建立在那些鍵盤樂曲及其教育價值上，而巴哈作為管風琴家與音樂教育者的名聲卻更甚於作曲家這個身分。
巴哈的兒子們，繼承了他大量的手稿，但不全然是保存它們。C.P.E. 巴哈就致力於維護其父親的音樂遺產，包括編撰老巴哈的訃聞、出版其聖詠作品及保存其先前未出版的作品。W.F. 巴哈曾在哈雷上演過幾齣老巴哈的清唱劇，但在其失業後卻變賣了其父的部份作品。巴哈的學生們則宣傳了其音樂遺產。早期的巴哈愛好者不全然是音樂家，像是普魯士官員伊齊格，但他的女兒莎拉（Sara Itzig Levy）是W.F. 巴哈的學生，也是巴哈作品的熱心收藏者，並且是C.P.E. 巴哈的贊助人。
在萊比錫，巴哈教會音樂的演出被侷限於他的經文歌及部份受難曲。此時產生了一群新生代的巴哈愛好者，他們努力的收集、複製巴哈的音樂，其中包含一些大規模作品，他們甚至私下演出了《b小調彌撒》。這個團體的貢獻在於將巴哈的音樂遺產傳承給維也納三傑：海頓就擁有《平均律鍵盤曲集》與《b小調彌撒》的手稿副本，並受其影響。莫札特初至維也納時便已逐步研究巴洛克時期的音樂作品，甚至改編了巴哈許多的賦格曲（K. 404a, 405），啟發他後來寫作複調音樂的興趣；1789年莫札特途經萊比錫時欣賞了巴哈的《經文歌, BWV 225》，更是讚歎不已。貝多芬在11歲時便登台演奏了《平均律鍵盤曲集》，後來還讚其為「和聲的先驅」。
1791年，法舒（Carl Friedrich Christian Fasch）在柏林創辦了「柏林聲樂學院」，該團體致力於巴哈及其他巴洛克作曲家作品的研究和推廣。1800年後學院由澤爾特領導。

19世紀

1802年，福克爾出版了《巴哈：其生平、藝術與作品》，也就是巴哈的第一本個人傳記，有助於提升大眾對巴哈的瞭解。1805年，孟德爾頌的父親亞伯拉罕（Abraham Mendelssohn）購買了大量的巴哈作品手稿（間接來自C.P.E. 巴哈），並將其捐贈給柏林聲樂學院，此舉有效的保存了巴哈的音樂。
1800年代，巴哈的音樂得到了第一波顯著的出版：包括聖詠前奏曲、夾帶《平均律鍵盤曲集》的許多大鍵琴作品（1801年）、經文歌（1802～1803年），之後伴隨著《聖母讚主曲》的早期版本和《A大調短彌撒》，以及《清唱劇, BWV 80》。
巴哈的音樂開始影響下一代的早期浪漫主義作曲家。1822年，13歲的孟德爾頌配置了他的第一部聖母讚主曲，明顯是受到巴哈的啟發；他還在1829年上演了巴哈的《馬太受難曲》，此舉引發了世人對巴哈音樂的興趣，同時被視為「復興巴哈」最重要的里程碑。1833年，《約翰受難曲》得到了19世紀以來的首度公演，《b小調彌撒》則在1844年。上述作品及一些清唱劇在1830至40年代被首次出版，1833年還出版了一系列巴哈的管風琴曲，巴哈與其音樂在印刷媒體上也被更多的報導。蕭邦在1835年創作的《24首前奏曲》就是受到《平均律鍵盤曲集》的啟發；舒曼則在1845年出版了《為B-A-C-H動機的六首賦格》。巴哈的音樂被一些作曲家轉用或改編為符合當代的風格，這些人包含澤爾特、李斯特等等，或像古諾的《聖母頌》那樣與新作的音樂結合。而布拉姆斯、布魯克納及華格納等人亦推崇巴哈的音樂。
1850年，舊巴哈協會成立，其宗旨是促進巴哈音樂的廣揚，在整個19世紀後期，舊巴哈協會對巴哈作品作了全面性的出版——「舊巴哈全集」。1873年，音樂史家斯皮塔出版了《約翰·塞巴斯蒂安·巴哈》，此作是當時有關巴哈生平及音樂的權威論述。而在1860年代時，巴哈已與貝多芬、布拉姆斯並稱為「德國3B」，也就是德國音樂史上作為三大時期之中堅的三位作曲家。整個19世紀出版了約200本有關巴哈的著作。到了世紀末，許多城市都創立了自己的巴哈研究協會，巴哈的作品也常在許多主要的音樂中心被演出。
經過這個世紀，巴哈被視為德國的民族象徵之一，並被看作是宗教音樂與巴洛克音樂復興的標竿。此時，巴哈已被認為是最偉大的作曲家之一，其器樂和聲樂作品皆受到重視。

20世紀以後

對巴哈作品之音樂及教育價值的發掘，在20世紀仍持續進行，並且因著錄音與通訊技術逐漸進步，其音樂更加普及於各種傳媒，諸如唱片、電影裡。1930年代，大提琴家卡薩爾斯錄製了巴哈的《無伴奏大提琴組曲》並推廣之，此前這套作品較不為人所知；鋼琴家蘭朵夫斯卡在1933年錄製了《郭德堡變奏曲》，這是此作的首度錄製。繼起的音樂家們也跟隨這股風潮，例如卡爾·李希特、顧爾德與席夫等人皆是詮釋巴哈音樂的好手。
不只如此，巴哈的音樂也影響了其他風格或種類的音樂。浪漫後期作曲家布梭尼將巴哈許多的鍵盤作品改編成鋼琴曲；一些爵士歌手和團體採用了巴哈的音樂，或者以爵士風格重新詮釋之；巴哈的作品也被電子音樂以及迪士尼公司的《幻想曲》應用。20世紀的古典樂作曲家也參考巴哈作品的形式來創作，例如伊薩伊的《六首無伴奏小提琴奏鳴曲》；蕭士塔高維奇的《24首前奏曲與賦格》。
論述巴哈的出版品在20世紀變得更加豐富。新巴哈協會自1904年開始出版《巴哈年刊》；更多關於作曲家的研究及傳記相繼出現，這些研究權威包括史懷哲、沃夫（Christoph Wolff）等等。1950年，史密德首版了「巴哈作品目錄」（BWV）；隨後巴哈檔案館與巴哈學會合作出版了「新巴哈全集」，以因應舊版本的缺失。普立茲獎得主侯世達所寫的《哥德爾、埃舍爾、巴哈》則將巴哈的音樂與其他學問的連結作了精闢的分析。
在20世紀後期，「復古風格演奏」的想法有了發展動力，指揮家哈農庫特就是實踐這種演奏方式的先行者，他與古斯塔夫·雷昂哈特合作並錄製了巴哈清唱劇全集。他不僅將樂團縮編成傳統的巴洛克式樂團，所用樂器（例如大鍵琴）和演奏風格都盡量仿古，其意在於忠實呈現作曲家想要的效果。其後復古演奏的名家還有加德納與庫普曼。
巴哈的音樂在「航海家金唱片」裡出現的次數比任何一位作曲家都多，一共三次，包含了《第二號布蘭登堡協奏曲》的第一樂章、《第三號無伴奏小提琴組曲》的嘉禾舞曲、《平均律鍵盤曲集》第二本的第一號前奏曲與賦格等，足見巴哈在音樂領域的代表性。為了向作曲家致敬，許多地方樹立了巴哈的雕像、建立屬於他的博物館；樂團、甚至街道都不乏以「巴哈」命名者。「巴哈音樂節」在各大洲皆有舉辦；而一些音樂比賽與獎項也是為紀念作曲家而產生，例如「國際巴哈大賽」、「皇家音樂學院巴哈獎」等等。
本世紀，隨著網路的應用，巴哈的樂譜、作品資料從專家的領域中解放出來，例如國際樂譜典藏計畫與「巴哈數位」（Bach Digital）這樣的網路資料庫。2019年3月21日-22日，Google更改了首頁的Google doodle，以紀念巴哈的冥誕，並加入人工智慧，令系統學習巴哈四聲部聖詠的和聲配置方法；使用者自行創作旋律後，系統即自動為其配上和聲。

新教教會

為了紀念巴哈對教會音樂作出的巨大貢獻，聖公會與路德宗皆在聖人曆中追奉巴哈，以其忌辰7月28日為瞻禮日。