立窝尼亚十字军入侵

對立窩尼亞人和拉脫維亞人的征服（1198年-1209年）

教皇塞萊斯廷三世在1193年徵召十字軍向北歐的異教徒進攻。13世紀初，來自神聖羅馬帝國北部的德意志十字軍建造里加（現在拉脫維亞首都）城堡，並成立寶劍騎士團。在居住於位於道加瓦河和高加河上建立的商道兩邊的信奉異教的立窩尼亞人皈依時，主教里加的阿爾伯特建立騎士團以支援里加主教區。從它的建立，這個自以為公義的騎士團趨向於不理它假定的主教的封地。
送貢金給東斯拉夫波洛茨克公國而且經常進攻南部鄰居瑟米利亞人的土著立窩尼亞人當時認為低地德意志人（薩克森人）是很有用的盟友。第一位接受洗禮的有名的立窩尼亞人是他們的首領卡波。因為德意志人的控制收緊，立窩尼亞人反抗十字軍和洗禮過的首領，但是起義被鎮壓下來。卡波留在了十字軍同盟，直到1217年聖馬太日之戰戰死。
在1209年重要的道加瓦河商站薩拉斯皮爾斯，科克尼斯，賽皮爾斯，傑爾西卡被騎士團接管。里加的阿爾伯特命令在道加瓦河和皮爾斯河匯合處建造哥德式石製城堡以取代拉特加利亞人的木城堡；波托茨克的主權最終於1215年撤銷。

對愛沙尼亞人的征服（1208年-1227年）

與此同時，十字軍應經足夠強大去征服在那時，被分為由長老統治，並彼此之間有有限的合作的8個較大的和7個較小的國家的愛沙尼亞人了。在1208年新昄依的本地民族立窩尼亞人和拉特加尼亞人的幫助下，十字軍開始突襲位於愛沙尼亞南部的薩卡拉和烏高尼亞。愛沙尼亞人激烈地抵抗來自里加的進攻，有時甚至劫掠十字軍控制的地區。從1208年到1827年，來自不同陣營的主戰派在立窩尼亞，拉特加利亞和愛沙尼亞的各個國家作戰，而立窩尼亞人，拉特加尼亞人和來自諾夫哥羅德共和國的俄國人也不斷改變自己的所屬陣營。愛沙尼亞國家的中心希爾堡被多次包圍與占領。一個三年期限（1213年-1215年）的休戰條約在反戰派之間簽訂。事實證明，這對強硬派的德意志人更有利，雖然愛沙尼亞人已經不可能與集權國家推行他們寬鬆的外交政策。他們由撒卡利亞長老倫姆比圖領導，而列霍拉已經收到了德意志編年史作者的注意，作為愛沙尼亞著名長老和1211年愛沙尼亞抵抗派的中心人物。立窩尼亞首領卡波在1217年9月21日於維爾揚迪（菲林）附近發動的聖馬太日之戰戰死，但是這場戰爭也給的愛沙尼亞毀滅性的打擊，愛沙尼亞首領倫姆比圖也戰死了。
基督教王國丹麥和瑞典也渴望在波羅的海東岸擴大勢力範圍。在1218年阿爾伯特請求瓦爾德馬二世支援，但是瓦爾德馬以安排與騎士團的交易代替。國王在1219年於熱夫利亞的林達尼斯戰役中獲勝，而獲勝的原因被認為是丹尼布洛。他後來建立達諾倫城堡，在1220年和1223年愛沙尼亞人圍攻這座城堡，但失敗了。國王約翰一世嘗試在維克省體現瑞典的存在，但是瑞典軍隊在1220年利胡拉戰役被奧瑟利亞人擊敗。熱夫里亞，哈連和維羅尼亞，整個愛沙尼亞北部被丹麥征服。 
在1223年，諾沃格洛德共和國授予薩爾巴塔給弗亞遲科，自1030年雅羅斯拉夫的征服起規定此作為俄羅斯村鎮（Yuryev）。他猜想要塞和船在愛沙尼亞會遭到幾次突襲。早在1224年皇帝腓特烈二世在卡塔尼亞宣布立窩尼亞，普魯士和薩姆比亞和一些臨近省份被帝國直轄，這是指這些地區的地位僅次於羅馬天主教會和神聖羅馬帝國， 以與地方統治者的裁判權相對。作為回應，里加的阿爾伯特在1224年用大批人馬進攻薩爾巴塔，並主動提出和解。弗亞遲科拒絕投降，不管怎樣，他在立窩尼亞騎士團進攻要塞時與他的擁護者決定去死。在1224年末教皇洪諾留三世向基督教世界宣布，任命摩德納的威廉為立窩尼亞，普魯士和其他國家的教皇特使。 
在1224年，寶劍騎士團將他們的總部放在撒卡利亞的菲林 (維爾揚迪)，在那裡團長城堡的城牆依然在屹立著。其他要塞包括文登（采西斯），西格沃德（錫古爾達），阿施拉登（埃茲卡烏克）。
中世紀最好的編年史之一，《立窩尼亞的亨利的編年史》，也許是寫給摩德納的威廉的報告，以準時將立窩尼亞教會的歷史提供給他。它講述了為什麼在1226年，摩德納的威廉成功地促成德意志人、丹麥人和維羅尼亞人之間的和平。

對薩列馬的征服

最後一個被侵略者征服的愛沙尼亞國家是島國薩列馬（奧瑟），而其戰船在與德意志十字軍作戰時遭到了丹麥和瑞典的突襲。
在1206年，由國王瓦爾德馬二世和安德斯·蘇尼森領導的軍隊登陸薩列馬，並嘗試建立一個要塞，但並沒實現。在1216年寶劍騎士團和主教西奧多里希加入戰鬥，並在冰封的海面上侵入薩列馬。作為報復，奧瑟利亞人在翌春突襲德意志統治下的拉脫維亞。在1220年，由國王約翰一世和主教林科平的卡爾征服系愛沙尼亞的利胡拉和羅塔利亞。在同年，奧瑟尼亞人進攻瑞典城堡，征服了它，並將全部瑞典守衛統統殺掉，包括林科平主教。 
在1222年，丹麥國王瓦爾德馬二世準備第二次征服薩列馬，在這個時候建立容納強大衛戍部隊的石制要塞。在完工不超過五天時，丹麥要塞被圍攻，丹麥軍隊投降，丹麥衛戍部隊撤至熱夫里亞，與里加的阿爾伯特的兄弟西奧多里希和其他在後邊為了和平的人質。城堡被奧瑟利亞人踏成平地。
在1227年，立窩尼亞騎士團，里加居民和里加主教有組織地結合起來，進攻薩列馬。在兩個奧瑟利亞城堡姆胡和瓦里亞拉宣布投降後，奧瑟利亞人正式接受基督教。
在1236年，立窩尼亞人在蘇勒戰役被擊敗後，薩列馬再次有軍事行動發生。 
在1241年與立窩尼亞騎士團團長安德里亞·德·維夫文和奧瑟維克主教區簽署條約後，奧瑟利亞人再次接受基督教。下一項條約在1255年由騎士團團長安諾·桑格豪森和奧瑟里亞的代表伊勒，庫勒，埃努，門特勒勒，塔普特，亞爾德，門勒特和卡克簽訂。條約答應給予奧瑟利亞人幾個額外的權力。1255年條約包括關於土地的所有權和遺產，社會制度和宗教的規定。 
在1261年，戰爭繼續，奧瑟利亞人再次放棄基督教並殺死島上所有的德意志人。在立窩尼亞騎士團，奧瑟-維克主教區，丹屬愛沙尼亞軍隊包括大陸愛沙尼亞人和拉脫維亞人在攻陷卡爾馬要塞，擊敗了奧瑟尼亞人後再次簽署和平協議。然後，立窩尼亞騎士團在珀埃德建立一座石質城堡。 
在1343年6月24日，奧瑟利亞人再次殺死島上所有德意志人，溺死所有牧師並開始圍攻立窩尼亞騎士團在珀埃德的城堡。在城堡方面投降後，奧瑟利亞人踏平城堡並殺死所有守衛。在1344年2月，布爾查德·馮·德累利本發起一場在通往薩列馬的冰封海面上的戰役。奧瑟利亞人的城堡被攻陷，而且他們的首領被絞死。在1345年的早春，立窩尼亞騎士團的下場戰役被發動，並以在赫爾曼·馮·華特伯格的編年史與諾沃格洛德第一編年史提到的條約的簽署結束。薩列馬成為立窩尼亞騎士團團長的封地，並直到1559年之前，屬於奧瑟-維克主教區。

對庫爾蘭人和瑟米利亞人的征服（1219年-1290年）

在擊敗愛沙尼亞人後，十字軍轉為征服居住在道加瓦河西南，並與薩莫吉希亞人為緊密盟友的波羅的海民族庫爾蘭人（1242年-1267年）和瑟米利亞人（1219年-1290年）。
在蘇勒戰役被薩莫吉希亞人和瑟米利亞人擊敗後，寶劍騎士團成員的剩餘部分在1237年被改編為條頓騎士團的一支，並且改稱立窩尼亞騎士團。在1267年，薩莫吉希亞人和盟友庫爾蘭人取得了多爾比戰役的勝利，而另一陣營是立窩尼亞和條頓騎士團的聯合軍隊。十字軍最終於1267年擊敗庫爾蘭人，而且在1287年的加羅扎戰役取得了艱難的勝利，隨後於1290年征服了瑟米利亞人。他們沒被征服的南部地區（西德拉比，拉克特，切克里斯，梅加瓦等等）被併入立陶宛大公國。

後續

在十字軍後，所有殘留的本地異教徒在表面上被基督化，雖然直到16世紀宗教改革前沒有可以看到的用本地語言的基督教文獻或禮拜。

土地被教廷使節摩德納的威廉分為6個封建公國：里加總主教區，庫爾蘭主教區，多爾帕特主教區，奧瑟-維克主教區，寶劍騎士團和丹麥國王管理區，愛沙尼亞公國 

在1227年，寶劍騎士團征服愛沙尼亞北部所有丹麥領土。在蘇勒戰役後，寶劍騎士團剩餘的成員在1237年併入普魯士的條頓騎士團，改稱立窩尼亞騎士團。在1238年6月7日，條頓騎士團簽署斯騰斯比條約，並將愛沙尼亞公國歸還給瓦爾德馬二世，直到1346年土地被賣給騎士團，並變為條頓騎士團國的一部分。