深圳地铁

早期規劃

1983年底，時任深圳市委書記、市長梁湘率隊赴新加坡學習考察。回到深圳後，決定在深南大道兩側各留出30米的綠化帶，並在深南大道中間的綠化帶中預留16米以備今後修建城市輕軌。1984年編制的《深圳經濟特區總體規劃（1985-2000）》指出，隨著深圳交通的不斷增長，建設輕軌（地鐵）的必要性，並提出了遠景地鐵走向。1988年，建特區僅十年的深圳第一次大膽提出建設客運軌道交通的規劃，向中華人民共和國國家計劃委員會報送《深圳市輕軌客運交通工程項目建議書》，並於1992年7月得到批准。1993年，「深圳市城市鐵路客運系統（地鐵）建設領導小組辦公室」成立。
由於輕軌運量較小，不能適應深圳市快速發展的需要，1992年8月，深圳市政府決定將輕軌路線移至地下，改為運量更大的地鐵路線，並重新進行可行性研究和軌道網規劃。1994年，深圳市再次組織編制《深圳市客運軌道交通網絡總體規劃》，經評審納入了《深圳市城市總體規劃(1996-2010)》。全市遠景客運軌道交通網絡由9條路線組成，其中3條為既有的通勤鐵路線，6條為待建的地鐵和輕軌線，總里程約270km。3條鐵路為廣深鐵路、平南鐵路和平鹽鐵路，改造為可開行通勤列車。這一規劃確定了深圳地鐵網絡的基本框架。

工程暫停和重新啟動

1995年12月，國務院辦公廳發布了《關於暫停審批城市地下快速軌道交通項目的通知》，暫停審批除北京、上海、廣州外其他城市的軌道交通項目。深圳地鐵工程一度陷入停頓。1996年，以香港回歸為契機，地鐵工程更名為「羅湖、皇崗／落馬洲口岸旅客過境軌道接駁工程」，強調該專案是為了滿足深港過境客流日益增長的需要。中英關於香港和內地大型跨境基建協調委員會亦增設「增闢皇崗／落馬洲口岸旅客過境通道工作小組」，深圳地鐵項目被列為工作小組的一個重要內容。同時，深圳市政府通過研究，努力提高車輛和機電設備的國產化率，降低造價。政府就深港跨境旅客交通接駁方式、車輛和機電設備的國產化等問題進行了專題研究，形成了一系列研究報告，國家計委決定將深圳地鐵作為地鐵設備國產化的依託項目（最終建成時國產化率達70%，平均造價為每公里5.0億元人民幣 ）。
深圳市政府於1997年再次向國家計委提出申請，並於1998年5月獲得批覆。工程獲得立項，並更名為「深圳地鐵一期工程」。1998年7月，深圳市地鐵有限公司經註冊正式成立。1999年4月，地鐵一期工程可行性研究報告獲得國家批准。

一期工程（1998-2004）

1998年12月28日，深圳地鐵一期工程的實驗站點市民中心站的圍護結構工程與市中心區其他五大工程同時開工，市民中心站主體結構、購物公園站、會展中心站在1999年12月開始建造，而其他站點則到2001年3月方動工興建。2004年4月，首列車到達車輛段，並在進行調試及試營運。2004年12月28日17時，深圳地鐵一期工程開通試營運。實際開通的時間比當初預期的時間推遲了大約一年。
一期工程開通的線路包括1號線（世界之窗－羅湖）和4號線（福民－少年宮）概算總投資115億元，經竣工決算審計後的總造價106.53億元。由於涉及與香港接駁方面的問題，皇崗站在一期工程完成時並未啟用，直至2007年7月1日方啟用，但是當時福田口岸仍未開通，故地鐵乘客仍不能由此前往香港，需要過境前往香港的旅客仍需在此搭乘其他交通工具前往臨近的皇崗口岸。直到2007年8月15日福田口岸開通後，地鐵乘客便可通過口岸檢查，在香港境內的港鐵落馬洲站轉乘東鐵線或其它交通工具前往香港各區。2008年8月15日，皇崗站更名為福田口岸站。

二期工程（2007-2011）

2004年地鐵一期通車後，深圳地鐵網絡沒有立即繼續擴展。2003年深圳市規劃局即制定了《深圳市城市軌道交通建設規劃》（2005一2010年），提出二期工程包括1號線續建段（世界之窗 – 深圳機場），4號線北延段（少年宮 – 清湖），2號線初期工程（世界之窗 – 蛇口港）、3號線初期工程（紅嶺 – 雙龍）、5號線。該建設規劃於2005年3月獲得國家發改委批准。
但從2004到2007年，由於官員對地鐵建設重視不足，以及拆遷受阻、前期工作落等原因，深圳地鐵的建設工程幾乎停滯。在接近三年的時間裡，沒有任何路線建設或開通。地鐵建設速度被諷刺為「蚯蚓速度」。僅有1號線續建段試驗段（世界之窗站–深大站）緩慢進行。試驗段由一期工程的終點站世界之窗站至深大站，包括三座新建車站，於2009年9月28日開通。
2007年1月17日，深圳獲得2011年世界大學生夏季運動會的舉辦權。深圳市在申辦報告中承諾於2010年將建成155公里的地鐵幹線，其中包括作為「大運專線」的3號線。2007年1月底，「加快全市軌道交通建設暨交通綜合治理工作動員大會」召開，深圳市市長許宗衡對深圳地鐵建設速度緩慢提出嚴厲批評。隨後，深圳市政府與各有關部門簽訂責任狀，要求地鐵二期工程5條線必須在2011年6月30日前全部建成通車。
2008年，新的《深圳市軌道交通規劃》方案問世，軌道二期工程各條路線及交通樞紐的詳細規劃同時展開。在原規劃的基礎上，二期工程增加2號線東延段（世界之窗-新秀）和3號線西延段（紅嶺-益田）。2007年下半年至2008年初，深圳地鐵二期工程各條路線陸續開工，其中部分路線更是在獲得國家批准前開工。2008年10月，國家發改委批准了《深圳市城市快速軌道交通建設規劃(2005-2011)調整方案》，同意深圳地鐵二期工程的更改，並將建設期限延長至2011年。2010年12月28日，2號線首通段（世界之窗-蛇口港）和3號線地上部分（草埔-雙龍）建成營運。2011年6月，二期工程的五條路線相繼全線開通營運：1號線續建段6月15日開通；4號線二期工程6月16日開通；5號線6月22日開通；2號線東延段和3號線西延段6月28日開通。在兩周的時間內，深圳地鐵的營運里程從64公里增至177公里。
儘管二期工程因大運會擠壓工期而引起了一些爭議，但其為2011年8月舉行的世界第26屆大學生運動會提供了良好的運輸服務保障，提升了深圳整體交通運輸能力。軌道交通占公共運輸客流比重，已由開通前的6%上升到當年的29%，逐漸在公共運輸中發揮骨幹作用。

三期工程（2012-2020）

深圳市規劃與國土資源委員會於2010年編制了《深圳市城市軌道交通近期建設規劃（2011-2016年）》，提出2011年至2016年間的建設方案（三期工程），並於2011年4月通過國家發改委審批。。深圳地鐵三期工程包括6、7、8、9、11號線，共5條線路。
2013年，深圳市進行了地鐵三期建設規劃修編工作，增加了三期工程的路線。修編後的三期建設規劃新增10號線（原16號線），並將2、3、4、5、6、9號線延長，共新增里程83.6公里。
新建路線總長度為169.5公里，新增車站95座，總投資約1256億元。三期工程建成後，深圳市軌道交通路線將達到11條，通車里程約350公里。

四期工程（2018-2022）

深圳市城市軌道交通四期工程於2018年1月10日於14號線四聯站召開。四期工程開工路線共5條，包括12號線、13號線、14號線、16號線、6號線支線。按照規劃，四期工程將於2022年建成。屆時，深圳的軌道交通路線網將有15條路線，總長約586公里。地鐵四期工程的建設將對深圳中心城區以外區域帶來深遠影響，不僅連接了深圳中心城區與周邊區域，並規劃在將來與周邊東莞、惠州等城市的城市軌道交通系統互聯。

12號線

12號線南起於南山區左炮台站，北終至寶安區海上田園東站，路線全長約40.560公里，全線採用地下敷設方式，全線共設車站33座，換乘站18座，全部為地下站，其中新建赤灣停車場一處、機場東車輛段一處、主變電所兩座。12號線自南向北串聯蛇口自貿區、南山中心區、寶安中心區、福永片區、大空港及會展片區。路線起點預留延伸至赤灣二路條件，終點預留延伸條件。12號線沿線需穿越已營運的地鐵2號線、11號線，可與6條既有營運地鐵路線、7條規劃地鐵路線及穗莞深城際線實現轉乘。

13號線

13號線由南至北穿過南山、寶安，連接深圳灣口岸、後海中心、南山科技園、留仙洞總部基地、石岩片區等地。路線南起深圳灣口岸，終於上屋北站。13號線路線全長約22.45公里，全為地下線，路線兩端均預留延伸條件。沿途與2號線科苑站、9號線深大東站、1號線深大站接駁。13號線是連接深圳灣口岸與公明的市域快線，路線跨南山區、寶安區、光明區。路線連接後海、科技園、留仙洞總部基地、石岩、公明、光明等地，覆蓋中部偏西地區南北向交通需求走廊。

14號線

14號線串聯福田中心區、清水河、普吉、橫崗、龍崗大運新城、坪山中心區、坑梓、沙田等區域。路線起自福田中心區崗廈北樞紐，止於坪山區沙田站。起點預留延伸至會展中心條件，終點預留延伸至惠州條件。

16號線

16號線由西向東穿過龍崗、坪山，連接荷坳、大運新城、愛聯、龍城公園、龍崗中心城、寶龍東片區、坪山中心城區、坪山老城區、坪環等片區。路線西起大運新城，終于田心站（暫定）。路線起、終點均預留延伸條件。

6號線支線

6號線支線位於光明區內，起於翠湖站東側，終點為公常路深莞邊界（此界以北路段由東莞軌道交通1號線BOT財團建造，2019年初動工，2024年完工）。連接光明中心片區、光明北區、中山大學深圳校區，支持光僑路、公常路走廊兩側發展，是東莞軌道交通1號線在深圳的部分。深圳段將於2022年完工，並於兩年後與東莞段貫通營運。

換乘站

深圳地鐵現有換乘站29個（不計羅湖站、福田口岸站）。其中，車公廟站為四線交匯的換乘站，福田站、前海灣站為三線換乘站，其餘換乘站皆為兩線換乘站。一、二期任意兩條路線皆可相互轉乘，各換乘站皆可實現站內轉乘，而無需出站。但11號線屬於三期工程，不能與4號線在站內直接轉乘，乘客如果需要在這兩線之間轉乘，除了使用2，3號線接駁外，還可以出站通過在福田站通過16號出口接駁市民廣場下的地下停車場步行至市民中心站轉乘，步行約10至15分鐘才能到市民中心站轉乘4號線。9號線屬於三期工程，亦不能與5號線直接轉乘（2019年底5號線南延伸和9號線西延伸段開通後可在前灣站轉乘）。
深圳地鐵一期建設中，預先規劃了會展中心站作為1號線及4號線轉乘站，因此1號線月台安裝了兩對電扶梯，連接4號線的兩個側式月台，而十字型的會展中心站更是國內首個通車的一體式十字型換乘站。
二期建設中，由於各站條件不同，因此換乘方式亦有所不同，其中以老街站及黃貝嶺站轉乘方式最方便，為跨月台式轉乘，而世界之窗站、福田站、寶安中心站、深圳北站亦有電扶梯或垂直電梯連接兩線月台，轉乘亦算方便。購物公園站、市民中心站及少年宮站，轉乘時需從月台乘電扶梯到車站大廳，經兩線車站大廳間的轉乘通道到另一線的車站大廳（少年宮站的轉乘通道內設有自動人行道），再從車站大廳經電扶梯、升降機或樓梯到達另一路線的月台。其中購物公園站的轉乘通道長達200米，途中設有兩組樓梯，因此不適合攜帶大件行李的人士及傷健人士轉乘。
三期線路中，深圳地鐵首次在車公廟站引入轉乘層，位於7號線、9號線月台和站廳之間的樓層，讓兩線轉乘的乘客只需在轉乘層轉乘，不需要上兩層到車站大廳轉乘，節省時間。
此外，深圳地鐵與香港的港鐵東鐵線均連接到深圳市與香港邊界的兩個鐵路口岸——羅湖口岸和福田口岸，乘客乘坐深圳地鐵抵達這兩個口岸並完成通關手續後，可轉乘落馬洲站及羅湖站的港鐵東鐵線前往紅磡站（將來終點站為金鐘站）沿途各站。
深圳市的六大交通樞紐——深圳北站、前海灣、福田、機場、普吉（深圳東站）和深圳坪山，設計上都有地鐵連接，除深圳坪山站因地鐵16號線（當時名為地鐵12號線）仍未興建外，其餘樞紐均有地鐵通達。

命名

深圳地鐵車站，依次以老地名、片區名稱、公共設施、路線途經橫向道路命名。車站可採用大型公共設施的名稱命名，但不採用樓盤等商業性的地產項目名稱來命名。當車站使用街道命名時，通常不帶「路」字（一期線路中華強路站是惟一的例外）。
車站命名亦與路線的等級相適應。例如7號線、9號線均為局域線，考慮路線功能以及車站服務範圍等因素，車站名稱以街道、街坊等小區域名稱為主。11號線為西部組團快線，其功能為提供西部濱海地區地與核心城區的快速聯繫，因此車站名稱以區、鎮等大區域名稱為主。
與港鐵相仿，深圳地鐵的站名短小精闢，一般為2或3個字，少數為4個字（「站」字不計在內），5個字的站名只有一個（深圳灣公園站），尚無6個字以上的站名。可能出現的長站名經過了適當簡化，使其簡單易記。例如「深圳大學」簡稱為「深大」，「寶安體育中心」簡稱為「寶體」。一些車站為了方便乘客，會在站名後以括號的方式標註別名，例如塘朗站標註為「塘朗（南方科技大學）」，翠竹站標註為「翠竹（留醫部）」。

列車

深圳地鐵列車共計395列，其中深圳市地鐵集團擁有367列（含旗下三號線公司76列及未完全投入服務的增購車及7、9號線列車，港鐵（深圳）擁有28列。深圳地鐵是中國地鐵車輛國產化的依託項目，中國第一列國產A型地鐵列車、第一列自主研製的A型地鐵列車、首批採用國產牽引系統的地鐵列車，均在深圳地鐵營運。

3號線B型車

3號線原由深圳市地鐵三號線投資有限公司營運，使用6節編組的B型車。列車採用直流1500 V第三軌供電。列車設計最高速度100 km/h。該車採用輕型不鏽鋼塗裝車體，亦為深圳地鐵唯一的B型車和不鏽鋼車體列車。基於3號線高架運行的路線條件和深圳海洋性、多颱風的氣候條件，車輛設計充分採取了安全防範、防腐蝕等多種技術措施，並安裝了大功率空調機組。
三號線公司於2008年3月向北車長春軌道客車訂購24列，用於3號線初期工程。後增加19列用於3號線西延段，總計43列。

4號線A型車

4號線由港鐵軌道交通（深圳）有限公司營運。因4號線曾為地鐵一期工程的一部分，4號線的信號系統、供電制式與1號線相同，但初期車廂僅有4節。港鐵於2009年8月向南車南京浦鎮車輛訂購28列。至2012年3月，首批訂單的24列車全部交付完畢。
而因4節編組列車載客量少，4號線在尖峰時段擁擠嚴重，引起乘客不滿，港鐵（深圳）公司回應稱此舉是希望通過加密班次減少等候時間以提高乘客體驗，但收效不佳。2012年底，港鐵（深圳）決定提前對4號線進行車廂增編工程，將全部4節編組列車增編至6節。
2014年1月26日，4號線首兩列「4改6」列車正式上線營運，並分別命名為「深港相連號」和「龍華號」。4號線剩餘的4節編組列車也按照計劃陸續增編為6節，平均每月增編2列，2015年初已經完成全部列車增編，全部增編後，4號線運能增加50%。2015年1月30日13:00起，4號線所有正線行駛的列車均為6節車廂。

11號線8A型列車

11號線由深圳市地鐵集團有限公司營運，是目前深圳市的所有地鐵路線中唯一採用8節編組的A型列車。列車採用直流1500V接觸網供電，最高時速可達120km/h，列車最大載客量達2564人。同時，11號線採用「商務車廂（2節）+普通車廂（6節）」的混合編組。其中，普通車廂內部配置與深圳地鐵其他路線相同，商務車廂則採用與高鐵一等座相似的2+2式座椅布局，座椅採用紅色軟座。商務車廂內還設置有遮陽簾和大件行李存放架。普通車廂與商務車廂在列車內的分界處由槅門隔斷，無法在車內直接連通。普通車廂乘客若需乘坐商務車廂，必須經過月台繞行。
月台實行軟隔斷，即商務車廂候車區域由鐵馬圍住，在「商務車廂核准機」處由車站人員把守，月台不設閘機。由普通車廂轉乘商務車廂時，持有深圳通普通卡的乘客需要在商務車廂核准機處拍卡核准後，方可進入商務車廂候車區域並乘坐商務車廂，持有其他任何票種（包含深圳通學生卡）的乘客需要先出站，購買商務車廂（黃色）單程票後，重新進站方可搭乘商務車廂。若深圳通已經過核准又臨時不希望乘坐商務車廂的乘客，可以在核准後20分鐘內，前往客服中心撤銷核准後改乘普通車廂並按普通車廂收取票價及恢復相應乘車優惠。要注意核准和撤銷核准必須在同一車站進行。另外，乘坐商務車廂不是「花錢買座位」。乘坐商務車廂並不保證一定有座位，在尖峰時段，乘客進入商務車廂後仍可能需要站立乘車。

列車班次

除11號線的末班營運時間，所有路線的營運時間為6:30-23:00。各線的起點站、終點站於6:30對開首班車，23:00對開末班車。加上列車的行駛時間，部分車站的服務時間可達次日零時。自2016年12月25日起，深圳地鐵11號線從碧頭及福田的末班車發車時間分別為23:34及23:30，以確保機場站於凌晨0時仍有地鐵服務。每逢平安夜、除夕、元宵等節假日，地鐵營運時間均會適當延長，最長延長至次日1時。至於地鐵車站，則是在該站第一列車到達10分鐘前開站，最後一列車開出10分鐘後關站。
地鐵各線均具備開行小交路的條件。為一步壓縮客流密集區段的行車間隔，1號線、2號線、3號線、4號線、5號線、11號線均開行了大小交路列車，但不同公司的稱呼有所差異。

票價

深圳地鐵採用按里程分段計價的計費方式，現時的最高收費是14元。起步價為2元，可乘坐4公里。超過4公里但不足12公里的部分，每4公里加收1元，超過12公里但不足24公里的部分，每6公里加收1元；而超過24公里後，每8公里加收1元。若兩站間有多種路線或轉乘方案，則按最短里程的路線或轉乘方案計算票價。「深圳通」學生卡可享優惠價（半價）；部分人士可享受免費乘車優惠。乘坐商務車廂除了需要按上述原則購買車票之外，還需要繳納商務車廂使用附加費，附加費用數量相當於上述計費原則的兩倍並在購買商務車廂專用車票時一併支付，故乘坐商務車廂的旅客需要支付三倍票款。目前只有地鐵11號線設有商務車廂，乘坐商務車廂，最低費用為6元，最高費用為35元，如果多條路線轉乘時，最短轉乘路線（里程最少的轉乘方案）中如果不包含11號線，則乘坐商務車廂時一律加收商務車廂使用費4元。另外，乘坐商務車廂的乘客將不享受任何優惠（深圳通卡公交間轉乘優惠除外）。
車票有效期為3.5小時（210分鐘），乘客應在進站後3.5小時內出站。若發生超時，則出站時將會處以全線最高票價（14元）的罰款，若使用優惠票（如深圳通學生卡等）乘車，則會處以除了正常乘車區間應扣除的優惠票價之外，再附加優惠後的全線最高票價的罰款。若使用紀念票（計次票）乘車，則除了扣除一次當次乘車的次數之外，還會再附加扣除一次乘車次數作為罰款，若計次票的剩餘次數為零，則需要補交全程最高票價（14元）後，方可出站。另外，若使用交通卡、銀聯卡、刷手機、刷智能手錶、刷二維碼乘車，應遵守「一人一卡、一進一出」的使用規則，乘客須用同一車票載體進出閘機，否則閘機將顯示「無效票」。而金融IC卡和智慧型手機、智能手錶也不能混用。

車票

目前深圳地鐵共有9種票種可供乘客使用，分別是單程票、兒童票、深圳通、帶有交通聯合標誌的全國交通一卡通、銀聯閃付（金融IC卡和已綁定銀聯卡的手機）、一日票、紀念票、區段定期票和乘車碼。

單程票

單程票是綠色或黃色的圓形射頻識別（RFID）IC代幣。單程票平時主要採用售票機進行售票，遇到客流尖峰時段部分車站會開放人工售票點。機器對紙幣的平整程度有很高的要求；若機器不能識別，則可以找服務人員兌換紙幣。使用自動售票機購買單程票時，每次最多可購買8張，若需購買超過8張則需要重複操作。
開通初期可以使用100，50，20，10，5元紙幣及1元，5角硬幣購買單程票，但大量乘客使用大額紙幣購買導致購票時間過長且找零困難，機器經過調整後只接受10元、5元紙幣和1元、5角硬幣購票。若乘客沒有5元紙幣，可以前往車站客服中心兌換。部分車站能以10元紙幣購買車票，部分車站能以找零額在4元或以下的情況下使用更高面值的紙幣。另外，7號線、9號線、11號線沿線售票機首次支持紙幣找零及硬幣「一把投」，乘客購票時可將最多4枚硬幣同時投入售票機。2017年11月20日起，深圳地鐵在9號線各車站先期開通自動售票機二維碼掃碼購票和取票服務，至2018年2月2日完成路網全覆蓋（共508台，非全部）。乘客可通過「深圳地鐵客戶端」或「深圳地鐵e出行」微信小程序提前購票或現場取票，也可使用微信、支付寶掃碼方式購買。
在開通初期，黃色單程票原本是有計劃用作小童單程票，但一直未有實行，故深圳地鐵11號線開通之前，黃色單程票和綠色單程票在使用過程中沒有區別。但是在2016年當深圳地鐵11號線開通後，黃色單程票已經作為深圳地鐵11號線商務車廂的專用單程票。目前，只有11號線的沿線車站可發售商務車廂專用單程票，持有綠色單程票的乘客將不可直接乘坐商務車廂，需要出站後重新購買商務車廂專用車票後重新進站，方可乘坐商務車廂。持有商務車廂專用（黃色）單程票的乘客，可使用任意閘機進站，但必須選擇專用閘機出站。

深圳通

深圳通是在深圳用於公共運輸支付的一種智能儲值卡，可在地鐵和大部分公交巴士上完成非現金形式的車資支付，還可在部分超市及便利店用於小額購物支付。有普通卡和學生卡之分。深圳通可在僑城東站、寶安中心站、大劇院站（2號線一側）、市民中心站、灣廈站、黃貝嶺站、民治站、翻身站的服務中心購買，除此之外的車站亦可能會有深圳通流動販售點（如深圳北站等）或自動售卡機，進一步方便市民自助購卡。除了地鐵站之外，在一些便利店如萬店通、7-11、百里匯等也可購買深圳通卡。購買時要20元人民幣押金，退卡時返還押金，在地鐵車站及便利店中只能購買深圳通普通卡。深圳地鐵各站點設有「深圳通」增值機，機器只接受50元和100元的紙幣，故每次最低增值額為50元人民幣。此外，深圳地鐵所有車站的服務中心都可以為深圳通卡辦理充值業務，但每次充值的金額仍然限於50元人民幣的整數倍。
使用「深圳通」乘坐地鐵的乘客，可享受95折的優惠。若乘客在刷卡5分鐘後到90分鐘內，在不同的公交路線間、在公交路線與地鐵間、在地鐵與公交路線間、在地鐵與深圳有軌路面電車間轉乘，都可在刷卡優惠的基礎上，再享受0.4元/人次的轉乘優惠，但乘坐地鐵11號線的商務車廂將不享受上述與地鐵相關的所有優惠（是否乘坐商務車廂以深圳通卡是否經過商務車廂核准為準）。
惟需注意的是，和深圳市內公交車不同，深圳地鐵不支援微信深圳通+小程序。

掃碼支付

2018年5月8日，深圳地鐵推出掃碼支付服務，乘客需使用深圳地鐵app／港鐵深圳app／騰訊乘車碼／深圳地鐵e出行小程序／港鐵深圳live+小程序（支付方式限內地版微信支付，香港版不支持），在支援掃碼的閘機前使用掃碼進出車站。深圳地鐵暫不提供乘車優惠，票價相當於單程票程，初段計劃每站最少各有兩部閘機進入及離開付費區域，在部分較繁忙的車站如老街站、車公廟站有更多支援掃碼的閘機。11月5日，隨著深圳地鐵所有車站閘機完成升級改造，所有閘機均支持掃碼過閘進站乘車。
掃碼支付服務開通初期暫不支持乘坐11號線的商務車廂。2019年3月30日，11號線的商務車廂開始支持掃碼支付乘車，乘客在11號線車站月台核准機處刷碼核准後即可乘坐。

廣播

廣播聲帶先後是由普通話、粵語和英語廣播，與廣州地鐵和佛山地鐵相同。由於深圳地鐵的4號線由港鐵子公司管理，所以其廣播聲帶與港鐵和北京地鐵4號線的版本都幾近相同。只是與港鐵比較，粵普廣播的次序互相對調；相對北京地鐵4號線，卻多了粵語廣播聲帶。然而，深圳地鐵除4號線外，其他路線的廣播聲帶是深鐵當局特別模仿港鐵而另行錄音的，並採用書面語，而且有時也出現沒有粵語廣播的情況，只是情況沒有廣州地鐵般粵普比例嚴重失衡。例如在抵站時的歡迎詞，除少數轉乘車站外，只會有普通話和英語廣播（2號線各站原來只設普通話歡迎廣播，現已增加粵語及英語歡迎廣播）。
於2017年起，深圳地鐵在大劇院、科學館、華強路等車站的報站中增設冠名廣告，及後逐漸擴散至更多車站的報站。增設冠名廣告的車站的普通話報站聲帶多重新錄製，語速加快，但也有將冠名廣告聲帶直接插入於原有的報站語音中的情況（如1號線華僑城站）。

女士優先車廂

2017年6月26日起，深圳地鐵1、3、4、5號線首末兩節車廂改為女士優先車廂。2018年3月8日，有關安排擴展至2、7、9、11號線，除11號線設於第1節和第6節（第7、8節為商務車廂）外，其餘路線的女士優先車廂都設於首末兩節車廂。

票價問題

深圳地鐵的票價為全國最貴。名義上，深圳地鐵與廣州地鐵的收費標準相同，然而乘客使用羊城通搭乘廣州地鐵，每個自然月內，乘車次數超過15次，則從第16次起，每次乘車都可享受6折優惠，直到該自然月周期結束。深圳則只有深圳通95折優惠，因而深圳地鐵的實際票價高於廣州。
在2010年前，深圳地鐵一直是按站分段計價。二期工程開通後，車站站距相差較大，因此有必要按里程分段計價。2010年9月，深圳市舉辦城市軌道交通票價聽證會，當時提出了三套聽證方案。同年12月29日公布的最終方案則是其中的方案二，也是在聽證會上最貴、最冷門的一套方案，因此引發了較大爭議。政府及地鐵公司稱，未來幾年，深圳軌道交通投資將占地方財政收入平均15.8%，這也意味著深圳財政收入中每100元要有15.8元用於軌道交通投資。預計2012—2016年，深圳地鐵計折舊和利息虧損額將達220億元，需要通過票價來彌補地鐵營運虧損。該票價方案體現合理分擔原則，兼顧了乘客的經濟承受能力、營運企業的可持續發展需求、政府財政補貼能力，有利於城市軌道交通的可持續發展。
消費者代表則對新票價方案表示反對。聽證會現場辯論激烈，大部分消費者代表認為方案價格偏高。官方給出的三個方案幾乎沒有獲得消費者代表支持，且許多人自帶方案上陣，大運會前後深圳實施地鐵一票制的呼聲也非常高。有消費者代表認為，隨著地鐵網絡的完善，客流會急劇攀升，地鐵物業、廣告及其他收入都會有很大的增加，沒有必要在地鐵初期營運的時候就要求以票務收入彌補經營性收入。多位參加了地鐵票價聽證的消費者代表在談到地鐵票價聽證時，均表示很失望，該聽證會亦被稱為「史上最忽悠」的聽證會。雖然遭遇到諸多反對，新票價方案仍然於2010年12月28日起實施。

車站命名和翻譯

在一期工程建成初期，車站命名曾引起爭議，原因就是站名不夠大眾化，不通俗。科學館、大劇院知名度低，建築陳舊，卻作為繁華地區的地鐵站名，為公眾所詬病；深大站、高新園站、皇崗站的站名與實際位置不符，極易誤導乘客。曾有人大代表提出更名的提案，但由於改名成本高昂而未果。僅有皇崗站因實際位於福田口岸而改名。二期工程的車站在命名已避免以上現象，盡量使用站點附近的傳統地名和街道名。
在站名的英文翻譯方面，深圳地鐵營運初期，各站英文名皆以每字的拼音拼合而成。如「科學館站」站名翻譯為「Ke Xue Guan」而非「Science Museum」。於是列車廣播英文報站改用了漢語拼音加英語意譯的方式，即「Ke Xue Guan, 翻譯為 Science Museum」。然而，由於大運會的召開，深圳地鐵已於2010年起，將所有英文站名改為意譯，此舉反響不一。反對者認為鑑於中國人對英語的認知水平較低，使用漢語拼音會讓外國人問路更直接簡單。比如說，一個外國人說「Science Museum」，一個不懂英語的市民來說根本不知道這個外國人說什麼，但是如果這名外國人說「Ke Xue Guan」，即使發音不是那麼標準，在一定程度上可以讓別人知道這名外國人要去的地方，也在另一個方面簡化了交流的方式。

4號線早期的擁擠和故障頻發

4號線是深圳地鐵唯一在全線(蓮花北至清湖啟用後)開通初期採用四節編組列車（現已經全數擴編為六節）的路線，也是深圳目前唯一的南北向地鐵幹線，承載了大量進出關客流，包括5號線轉乘4號線的客流。4號線在高峰時期極其擁堵，乘客甚至要等待數十分鐘才能上車。港鐵（深圳）公司不得不在車站設置鐵馬，引導人流，但仍然無法改變在高峰期運力短缺、秩序混亂的局面。大量乘客在微博、論壇等表達對港鐵公司的不滿，要求加掛列車，改為六節車廂。
港鐵（深圳）公司稱，4號線現時採用4節車廂安排，是希望在同樣的車廂數量下，提供更頻密的列車班次以減少乘客平均候車時間，提高乘客體驗。同時，4節列車編組安排，也是根據政府核准的4號線工程可行性研究報告，依照與政府簽訂的《特許經營協議》而定。深圳市軌道辦亦承認，規劃設計之初，在上報至國家發改委的《工程可行性研究報告》中，報批的車廂數為初期（開通3年內）、近期（4至10年）四節，遠期（25年）六節。這個設計，無法預料到後來崗廈拆遷，大批流動人口外遷到龍華居住，以及龍華新區的成立和發展，因此目前來看未必最合理，周期設計上顯得稍長。港鐵公司在2013年開始改造4號線二期車站的月台門，為擴編列車做準備。2014年的1月26日，首兩列改造完成的6編組列車上線營運，後續增編速度為平均每月2列，預計2015年3月完成共計28列車的擴編。政府亦採取措施緩解4號線壓力，計劃將6號線向南延長至市中心區，提前建設16號線（現10號線），甚至研究在早7時前實行優惠票價，但其效果仍有待觀察。
4號線早期故障問題曾受到市民惡評。4號線開通早期，由於其發生故障之多，管理之混亂，服務之低劣，已成深圳市民口中最差的地鐵路線。自2011年6月至2012年9月，公開見報的事故有25次。2012年9月5日，4號線因故障停運長達6個小時，成為深圳地鐵有史以來最嚴重的行車事故。

野蠻施工事件

2018年7月初，深圳地鐵發生多起野蠻施工事件。7月5日，深圳地鐵6號線八卦嶺站附近的三條電纜被施工人員挖斷，導致八卦嶺平安大廈、盛世鵬程、城市主場、體育場充電站等5000戶居民斷電，深圳供電局官方微博更是發表微博予以譴責。7月7日，深圳地鐵10號線崗廈北站施工現場的四條電纜被挖斷，導致深業上城、中廣核大廈、東方新天地、廣電大廈、建設銀行大廈等用戶停電，深圳供電局官方微博再次發表微博予以譴責。7月8日凌晨，深圳地鐵官方微博稱將組織施工單位進行搶修修復，同時啟用備用電源供電，預計7月13日完成修復。深圳地鐵也同時就此事表示歉意，並稱將對全市地鐵施工涉及地下管線的施工現場進行排查核查。7月10日，深圳地鐵集團表示，已經對施工單位予以處罰，對相關責任人予以通報批評。
然而，在7月8日深圳地鐵發表致歉微博後不久，深圳地鐵再曝野蠻施工事件。7月10日，深圳地鐵10號線平吉大道李朗站施工期間，工作人員將一條供水主管道（水泥給水管）挖爆，致使南灣街道友信食品城、兆馳集團、上下李朗社區等沿線用戶停水。11日，普吉供水公司表示已派員搶修，預計當晚7點可恢復供水。
以上事件發生後，已有媒體評論指出「為深圳的燃氣管道捏把汗」。而7月13日晚，有網民曝出深圳地鐵12號線中山公園站的一處燃氣管道被地鐵施工單位挖爆，致使南頭片區停氣，現場有嚴重的燃氣味。深圳燃氣集團回應媒體諮詢時指，南頭片區與當晚9時30分許確有因地鐵施工單位挖斷燃氣管道導致停氣的情況，經搶修後，供氣服務已於次日凌晨1時許恢復。地鐵方面則表示，涉事施工單位將被頂格處罰，並將相關責任人員從地鐵建設隊伍中開除。

投融資

深圳地鐵一直探索、創新投融資模式，包括融資租賃、中期票據、中期債券、銀團貸款、短期借款等組合方式，並研究策劃上市融資。地鐵一期工程僅20餘公里，70%建設資金來自財政，其餘30%由銀行貸款。二期工程總長度為155公里，融資壓力巨大，政府出資比例減少至40%,剩餘60%由深圳地鐵有限公司自行融資 。三期工程起，深圳市政府不再給予直接資金投入。7號線、11號線總投資的50%來自資本金，主要來源為軌道交通上蓋及沿線土地的開發收益。資本金以外的資金來自國內銀行貸款。在土地收益不能滿足需求時，才由市財政資金投入。除了傳統的銀行貸款，深圳地鐵還陸續開展了多個融資項目，如2011年深圳地鐵集團發行了百億元的中期票據，2013年又發行了百億元的企業債券。但深圳地鐵的建設與發展仍面臨著很多難題。

BT與BOT

深圳市政府從二期工程開始，大規模使用建設－移交（Build-Transfer）模式用於地鐵建設，即由中標單位先行墊資建設，政府三年後進行回購。以緩解資金壓力，加快建設進度。總投資200.6億元的5號線是全球投資最大的BT模式城市軌道交通項目。三期工程中的7號線、9號線、11號線更是全部採用BT模式建設，BT範圍內的工程費達480億元。
4號線則是中國第一條採用建設－營運－移交（Build-Operate-Transfer）模式建設的城市軌道交通路線，亦是CEPA實施以來深港兩地的第一個大型基建工程。深圳市政府於2002年作出了引進境內外投資、加快深圳市軌道交通建設的決策，並於2003年決定引入港鐵投資4號線。隨後，深圳市政府與香港地鐵公司簽訂一系列特許經營協議，將龍華續建工程授予香港地鐵公司為特許權項目成立的港鐵（深圳）公司（原稱地鐵（深圳）），由港鐵（深圳）公司負責4號線的投融資、建設、營運和維護，特許期為30年。政府只負責征地和拆遷等工作，其他工作一律交由香港地鐵公司承擔。30年特許期滿,港鐵（深圳）公司將4號線的設施無償移交給深圳市政府。

土地開發

深圳地鐵目前最為倚重的「地鐵＋物業」模式，即在滿足站點綜合交通功能的前提下，將站點上蓋及周邊物業實施一體化的綜合開發，用物業收益反哺軌道交通建設投資和營運。該模式在香港地區得到持續多年的運用並取得良好的業績，但與內地現行法律存在衝突。《物權法》規定的「招拍掛」制度亦成為香港地鐵模式在內地推行的最大障礙，而地鐵上蓋物業土地的性質問題在法律中尚無明確規定。2005年，深圳市政府曾擬將4號線沿線290萬平方米的物業開發權交予港鐵公司，但這一計劃因未獲國家發改委批覆而被迫終止。
為此，深圳通過打擦邊球的方式，通過限定條件的「招拍掛」，出讓土地予地鐵集團及港鐵公司。地鐵集團所繳交的土地出讓金，由深圳政府直接作價入股，轉入資本金，重新回到地鐵集團的帳上。深圳地鐵二期和三期工程總共進行了14處較大規模的上蓋物業開發，用地面積300餘萬平方米，建築面積超過1100萬平方米。僅三期的物業開發投資即達1844億元。然而，在深圳地鐵集團已競得的總上蓋物業中，大量為政府配建保障性住房（除前海車輛段上蓋項目，其保障房樓面面積少於私樓）。保障房建設不僅占用資金，還進一步壓縮了上蓋物業的利潤空間。
由於2017年深圳地鐵集團已成為萬科集團的主要股東（佔已發行股份約29.38%），近期深圳地鐵集團的上蓋物業項目均伙拍萬科集團發展，如2號線、9號線、11號線的紅樹灣站-紅樹灣南站項目（瑧灣匯）。

遠期路線

在2007年的《深圳市軌道交通規劃》中，12、13、14、15、16號線為遠期路線，為至2030年的發展目標。2016年的《深圳市軌道交通規劃（修編）》，路線總數由原先的20條變成32條。
2018年新修訂的《深圳市軌道交通線網規劃（2016-2035）》，線路總數修訂為34條（包括1-33號線，及6號線支線），亦將部分現有路線延長。遠期路線沒有明確的建設時間表。