摩尼教

摩尼教，又稱作牟尼教、明教，為西元三世紀中葉波斯先知摩尼所創立。這是一種將瑣羅亞斯德教（祆教）與基督教、佛教混合而成的哲學體系，屬於典型的波斯體系諾斯底二元論。摩尼教吸收了瑣羅亞斯德教的善惡二元論思想、基督教的耶穌崇拜、佛教的輪迴觀念、馬吉安主義對於舊約的否定、猶太教的天使概念，以及諾斯底主義的「靈知」思想，創造了二宗三際論體系。摩尼教徒將自己的宗教比喻為博大無垠的「世界之海」，而此前的各大宗教教派只是一條條的合流，最後它們都將匯入海中。
摩尼教認為，在太初時，存在著兩種互相對立的世界，即光明世界與黑暗世界。初際時，光明與黑暗對峙，互不侵犯。中際時，黑暗侵入光明，二者發生大戰，人類世界因此產生。後際時，恢復到初際時相互對立的狀態，但黑暗已被永遠囚禁。物質是黑暗的產物，精神則是光明的產物，因此摩尼教否定物質世界，希望利用虔誠的信仰和嚴格的戒律獲得靈知，回歸光明世界。有學者認為摩尼教是第一個現代意義上的真正宗教，更被譽為真正世界性完美宗教的唯一代表。
摩尼教在波斯本土受到瑣羅亞斯德教的迫害，教主摩尼被處決，聲勢下降。其後，駐錫於巴比倫的宗教中心又受到穆斯林的強力打擊，今日在波斯已經完全消失。歐洲的摩尼教因與基督教對耶穌基督的不同理解和對《舊約》的態度而被認定為異端，受到基督徒的猛攻，在10世紀後漸趨沒落。中亞地區的摩尼教勢力一度較為興盛，在唐代傳入中國，與景教、祆教並稱為「三夷教」，並藉助回鶻勢力進行傳播，後來在會昌毀佛時遭到禁斷。宋代以後，成為體系的摩尼教組織基本消失，或者混入佛教，甚至連教主摩尼的塑像都被視為釋迦牟尼佛。唯一尚存的是本土化的摩尼教「明教」。

歷史

摩尼最初受家庭影響，是猶太化的基督教異端厄勒克塞派（淨洗派）信徒。在他十二歲時，自稱受到了天使的第一次啟示，其思想開始與厄勒克塞派產生分歧。二十四歲時，受到了天使的第二次啟示，開始奉神的旨意傳播福音，脫離教團，自行創立摩尼教。摩尼一開始就確定了自己創立世界性宗教的主張。「我已選擇的宗教要比以往的任何宗教勝過十倍。其一，以往的宗教局限於一個國家和一種語言，而我的宗教則不同，它將流行於每個國家，採用所有的語言，傳播至天涯海角。其二，以往的宗教只有當其有純潔的領袖時才得以存在，一旦領袖去世，他們的宗教就將陷入混亂，戒律和經典都遭到忽視。但我的宗教卻由於有活的經典，有主教、傳教士、選民和聽者，有智慧和著作，將會存在到永遠……」「在西方建立教會的，就到不了東方；在東方建立教會的，就沒有到西方。而我則希望既到西方，又到東方。東西方都將聽到我的使者用各種語言發出的聲音，我的使者將在所有的城市中宣明自己的教義……我的教會將遍布所有的城市，我的福音將傳遍每個國家。」

中亞和西亞

摩尼在與淨洗派決裂後，與他的兩個追隨者以及他的父親前往泰西封，之後又轉向東北方向到達岡薩克，在那裡他施行神跡治病，得到了當地人的追隨，當地國王也接受了摩尼的學說。此後他又來到兩河流域的法拉特港，在那裡與淨洗派辯論、傳教，並從此出發前往印度。摩尼到達了杜蘭（今巴基斯坦的俾路支斯坦）,拜訪了當地國王。摩尼顯現神跡，使一位義人升上空中，並給予了國王洞察力和智慧，向他闡釋教義。國王和貴族都接受了摩尼教，並把摩尼視為佛陀。在印度時，他可能吸收了佛教關於輪迴的思想，以及佛教對信徒的組織形式。當摩尼回到波斯後，又派跋帝和弟子約翰到印度河三角洲繼續傳教，摩尼教教團在印度得到建立。另一方面，摩尼又派弟子末阿莫向東方傳教。末阿莫精通帕提亞語，並與帕提亞貴族熟悉。以末阿莫為首、包含帕提亞王子等人的傳教使團到達了貴霜（Kushan）邊境、以及木鹿（Merv）地區，使得當地的許多國王和貴族皈依了摩尼教，並在當地留下了規模龐大的中亞教團。
薩珊王朝的國王沙普爾一世的兄弟卑路斯將摩尼引薦給了他。沙普爾一世對摩尼的宗教思想很有興趣，對其主張大為讚賞，給予摩尼教徒充分的傳教、活動的自由。沙普爾一世曾經多次請摩尼伴隨他參與同羅馬帝國的戰役。沙普爾一世極為看重摩尼的思想，以至於使徒們曾經開玩笑說：「請給我們兩個摩尼，一個和使徒們在一起，另一個和沙普爾王在一起。」為了使沙普爾一世方便理解摩尼教思想，摩尼特地用中古波斯文寫成概括教義的《沙卜拉干》一書進獻給他。
沙普爾一世去世後，摩尼同樣得到了繼承者奧爾密茲德的庇護。然而奧爾密茲德的統治只持續了一年，繼任者巴赫拉姆一世是虔誠的瑣羅亞斯德教信徒。他在瑣羅亞斯德教大祭司科提爾的影響下，不再實行宗教寬容政策。273年，摩尼打算前往貴霜地區，但受到阻攔，頗為沮喪地回到米希尼，登船前往泰西封。路上，摩尼對信徒作出了自己將會不久於人世的預言。次年，摩尼受到巴赫拉姆一世的傳喚，命令他前往貝拉斐的朝廷。1月21日，摩尼來到貝拉斐，在城門口引起了瑣羅亞斯德教祭司們的騷動。他們向大祭司科提爾控訴摩尼，科提爾又轉告給國王。巴赫拉姆一世對摩尼的思想極為反感，雖然摩尼向他作出自我辯護，但巴赫拉姆一世將其完全無視，並將摩尼投入獄中。
摩尼在獄中口授了「最後的書信」，通過末阿莫之手向教會做了指示，並作出最後的告別。274年，摩尼因其對於瑣羅亞斯德教的異端思想而被下令處死。又因他自稱是耶穌的使徒，巴赫拉姆一世決定將他釘死在十字架上。其屍身被剝皮、塞以乾草，懸掛在貢德沙普爾城的城門口，用以警示摩尼教徒。摩尼死後，其信徒們也遭到殘酷迫害。摩尼教由於在波斯帝國內被禁斷，其力量逐漸匯聚到烏滸水流域。薩秣建和赭時成為摩尼教東傳的重要基地。摩尼被處死後，其信徒有五年時間沒有領袖，其後末思信繼任成為摩尼教駐美索不達米亞的法主，直到十年後在巴赫拉姆二世的迫害下殉道。
雖然摩尼教教廷聖座在薩珊王朝時期一直駐泰西封，但摩尼教的主要力量則在阿姆河以北的中亞地區。6世紀，由使徒末阿莫創建的中亞教團奉撒特-奧爾密茲德（Sād Ōhrmizd）為首領，與巴比倫教廷分庭抗禮，以電那勿派的名稱獨立，這種分裂要到7世紀末法主米爾（Mihr）統治時期才結束。7世紀中葉，阿拉伯人征服波斯之後，伍麥葉王朝給予了摩尼教一定的活動自由，有些摩尼教徒甚至從呼羅珊回到了美索不達米亞。阿拔斯王朝時期，大量的摩尼教文獻從中古波斯語被翻譯成阿拉伯語。然而，摩尼的學說對穆斯林似乎有一種獨特的魅力，引起了阿拔斯王朝統治者的警覺。大量具有波斯血統的作家和翻譯家被指責為同情摩尼教者「精低格」而被迫害，伍麥葉王朝最後的哈里發的老師就以二神教之罪名而被處死。783年，在哈里發麥海迪的命令下，巴格達成立了針對二神教的宗教裁判所，利用極為殘酷的手段消滅摩尼教徒。這一做法在哈里發穆格台迪爾統治時期得到延續，大量摩尼教徒逃亡呼羅珊。呼羅珊薩曼王朝的君主納速爾二世想要殺掉他們，但在高昌回鶻的壓力下不得不停止。11世紀之後，中亞地區摩尼教的活動漸趨減少，而為伊斯蘭教所替代。

歐洲和北非

摩尼在世時，摩尼教已經傳入約旦，摩尼也曾派弟子向巴勒斯坦、敘利亞和埃及等地傳教。摩尼死後，有大量信徒逃亡到羅馬帝國境內，摩尼教思想得到進一步傳播。3世紀，埃及亞歷山大里亞的基督教主教曾經寫信告誡基督徒不要被摩尼教所迷惑。4-5世紀，埃及成為了摩尼教西傳的重要中心。以此為基礎，摩尼教迅速沿地中海沿岸傳至羅馬帝國在北非和西班牙領土，從敘利亞傳至小亞細亞，再傳至希臘、亞得里亞海、義大利和高盧。此時摩尼教不但被基督教視為競爭對手而加以打壓，更受到羅馬帝國打擊。羅馬皇帝戴克里先對這種從敵國波斯傳來的宗教產生警覺，懷疑摩尼教的滲入可能有波斯的推動。因此，戴克里先下詔命令非洲總督鎮壓摩尼教，焚燒書籍，抄家，信徒被火刑或是處以強制苦役。
因摩尼教教義也突顯耶穌的地位，羅馬帝國官員不能清楚地區分摩尼教和基督教。君士坦丁於313年頒布米蘭敕令
，承認基督教為合法宗教，摩尼教在這一時期也得到寬容而有所發展。基督教教父聖奧古斯丁早年是摩尼教信徒，曾經信仰摩尼教達九年之久。這段期間他一面過著污穢的世俗生活，一面希望摩尼教選民能為自己淨化這些罪惡。摩尼教對於善惡的解釋吸引了他，同時中具凝聚力的教會、親密的氛圍也為他喜愛。然而，漸漸他對摩尼教教義有所懷疑，因為摩尼教教義中大量關於宇宙論的神話並不符合當時的科學知識。奧古斯丁企圖與摩尼教主教福斯圖斯深入探討教義，但並未得到滿意答案。383年，奧古斯丁前往羅馬教書，在那裡他對摩尼教教義產生疑惑。他不相信摩尼教的宇宙起源論，認為上帝不可能創造惡，因此無法解決惡的起源問題，同時也無力反駁摩尼教徒對聖經提出的批評。次年，奧古斯丁聆聽了米蘭主教安波羅修的講道後對天主教產生好感。386年，奧古斯丁改宗基督教並於次年領受洗禮，395年升任希波主教。從此他猛烈攻擊教內其他宗派以及摩尼教，成為基督教學術界核心人物。他將摩尼教視為基督教極為危險的大敵，大事抨擊，先後寫出數篇文章攻擊摩尼教信仰，甚至根據傳言污衊摩尼教用精液製作聖餐。
因羅馬的摩尼教徒頗為活躍，歷代天主教教皇都以打擊摩尼教為己任。天主教教皇利奧一世繼位不久後就宣稱自己得到報告，摩尼教徒在羅馬舉行淫亂儀式，需要進行全面調查。443年，天主教教會領袖和羅馬元老院組織了一個委員會，傳喚摩尼教徒。在嚴刑逼問下，摩尼教徒被迫承認一個摩尼教主教曾經安排一名男青年和幼女進行性交儀式。在此情況下，羅馬皇帝於445年發布詔書，對這次調查進行讚揚。詔書命令逮捕摩尼教徒，懲處褻瀆神聖者，與及追隨摩尼教被認為是一種社會罪行。利奧一世敦促信徒揭發檢舉身邊的摩尼教徒，因為告發這些上帝之敵不僅是一種虔誠的行為，而且是最後審判時的功德。要注意那些在領聖餐時不飲酒的人，因為摩尼教徒嚴守戒律。利奧一世找出了許多隱藏的摩尼教徒，燒毀書籍，沒收財產，強迫其懺悔，並逼他們互相檢舉。羅馬帝國東部的基督教教士根據這些情報迫害摩尼教徒，與利奧一世相呼應。
527年，查士丁尼一世繼位標誌著嚴厲迫害異端與異教的開始。他下詔禁止摩尼教徒出現在任何地方，因為這樣會玷污所有與他們接觸的東西。如果他們與他人在一起時被抓住，則會被當場處死。為了確立宗教迫害的為合理，在帝國官員主持下一場摩尼教徒與基督教神學家的辯論在這一年舉行。摩尼教領袖帶著鐐銬參加了辯論。這場辯論舉行了三次，雙方都展示了極高的哲學思想，互相之間不能說服。然而帝國無視了摩尼教的抗爭，大量摩尼教徒被查士丁尼一世處以死刑。
此後，摩尼教徒的活動在帝國內部漸趨消失，摩尼教在西方不復存在。摩尼教一詞漸漸演變為基督教內部攻擊異己的代名詞，基督教神學家只要指責對手有摩尼教思想，便足以致其於死地。5世紀產生的亞美尼亞保羅派持二元論觀點，盛行於西亞，9世紀末遭到東羅馬帝國女皇狄奧多拉的鎮壓，10世紀在保加利亞得到發展。10-15世紀間，鮑格米勒派受保羅派影響，同樣持二元論觀點，反對教會剝削。這一教派繼續受到教會迫害，思想為法國的阿爾比派所延續。阿爾比派認為宇宙間有善惡二神，善神創造靈魂，惡神創造肉身，生存目的在於解脫靈魂。他們否認耶穌是上帝，否認三位一體，並認為教皇是魔鬼的代言人。1209年，教皇英諾森三世組織十字軍鎮壓阿爾比派。法國北部的騎士為掠奪南部財富亦相應教皇號召。這場戰爭持續四年，阿爾比派被鎮壓，法國南部遭到很大破壞。1245年蒙茨格爾城堡的陷落標誌著阿爾比派的終結，信徒全部殉教身亡。這些教派的二元論觀點有類似摩尼教之處，均被天主教方面指責為摩尼教異端。

二宗三際論

摩尼教主張「二宗三際論」，即空間上對立的光明、黑暗二宗，和時間上延續的過去、現在、未來（初際、中際、後際）三際。

初際

初際時期，光明與黑暗分居兩界，分別由明界之主明尊察宛和暗界之主貪魔統治。明界充滿光明、善良和潔淨，是一切光明的源泉所在。明尊具有相、心、念、思、意等五種國土，與光明、力量、智慧四位一體。暗界則充滿黑暗、罪惡和混亂，是以魔王為首的五類魔的居所。

中際

初際後期，暗界之王率其眾魔來到明界附近，垂涎於明界之美妙，遂帶領其眷屬對明界進行攻擊。這段明暗相互鬥爭、融合的時期，即為中際。明尊因其「至善」的屬性所限制，不能直接反擊魔王。「神沒有任何的惡可以用於懲戒物質。在神的居所沒有任何罪惡的存在。他沒有燃燒的火焰可以發出閃電雷鳴，沒有令人窒息的水可以造成洪水泛濫，沒有鋒利的鐵製成的任何武器。他所擁有的一切，都是光明而榮耀的本質，即使是邪惡者他也無法對其傷害。」於是明尊從自身進行三次召喚，喚出眾神用以抵禦魔王入侵。明尊第一次喚出「善母」，即生命之母，是一切正直者和生命的母親。善母又召喚出「先意」，即最初之人，戰爭化身。先意又召喚出其五個兒子「五明子」，光明的五大元素：妙風、明力、清凈氣、妙水、妙火。五明子化身為先意的武器與甲冑，同先意進入黑暗世界，與眾魔作戰。先意奮勇作戰，然勢單力薄，五明子被眾魔吞噬，自己失去知覺，昏睡戰場。暗魔吞噬五明子後，其欲望暫時得到滿足，暫停入侵。被吞噬的五明子遭到囚禁與折磨，被強行與暗界五元素相混合；氣與毒，風與西蒙，光與暗，火與煙，水與雲。混合之中，五明子忘記了自己的神性。先意在地獄蘇醒後，向其母善母求救，善母則向明尊求助。明尊作了第二次召喚：明尊召喚出明友（光明之友，樂明佛），明友召喚出大般（建築者，造相佛），大般召喚出凈風（生命之靈），凈風召喚出其五個兒子（五妙身）。他從理性造出光輝衛士（持世明使），從才思造出榮耀之王（催光明使），從智慧造出光明的阿達姆斯（降魔勝使），從思想造出尊貴之王（十天大王），從理解造出持地者（地藏明使）。凈風及其五子在地獄邊際呼喚，先意則在地獄深處應答；呼喚與應答便成為兩位神明（說應、喚聽），分別為凈風和先意的第六子。凈風和善母深入地獄，凈風伸出右手將先意拉出黑暗深淵，三者回歸明界。凈風隨後擊敗了剩餘邪靈，以其靈魂造出十天八地，以最純凈的光明力量造出日月。然而，五明子仍然被邪靈所束縛，不得解脫。為了解救剩餘的光明力量，明尊進行了第三次召喚。他召喚出了第三使（日光佛），第三使又召喚出光明童女（電光佛）。二位使者在惡魔面前顯示出端嚴法相，使暗魔將被吞噬的光明力量排出。暗魔排出的污穢墜落世界，變成了各類生命。見此情景，黑暗之王命令一對暗魔吞噬被排出的污穢，再進行交配，以求重新俘虜光明力量。兩只暗魔交配的產物，即是亞當和夏娃，形貌類似第三使和光明童女。在亞當和夏娃的人類後代中，由黑暗物質組成的肉體，禁錮著由光明力量形成的靈魂。明尊再召喚出其子光明耶穌，光明耶穌讓亞當吃了生命樹的果子，給予亞當智慧的啟示（諾斯底）。亞當雖然得到了啟示，但仍然被夏娃誘惑生下了子嗣，光明繼續被囚禁。凈風明使創造了日月明船和光耀柱（盧舍那）作為接引靈魂的工具。慧明聖使承擔了拯救人類的工作，他先化身為人類中的歷代傑出人物，如塞特、挪亞、亞伯拉罕、閃、以諾等人，然後是宗教的創立者瑣羅亞斯德、佛陀和耶穌。其最後的、最完美的化身就是摩尼。摩尼將會統一歷代使者的教義，傳播最終的真理，即摩尼教。摩尼本人也被稱為「封印先知」。

後際

在摩尼教得到廣泛信仰後，後際也隨之到來。大地上充滿罪惡和墮落，因為大部分的光明已經被明界接引走了。這時，光明耶穌將再次降臨世界，成為最終的審判者，將正義與罪惡，光明與黑暗完全的分開。支撐世界的光耀柱和凈風之子將會離開，天地崩潰，爆發出一場持續1468年的大火。凈風收集所有遺落的光明，以最後的相貌（本相貌）回歸新天地。新樂園被明界所融合，明界取得完全的勝利。所有人將在明界獲得永遠的解脫，黑暗世界被巨石封死，將惡魔永遠束縛在其中。

摩尼教與基督教的關係

摩尼的思想很大程度上受到了2世紀基督教異端馬克安派的影響。馬克安認為舊約的上帝以嚴酷的律法統治世界，他是「公義」的，但沒有仁慈和善良。他的創造物也是如此。在他之上，是一位至善的、不為人所知的神。這位彼岸的神出自於仁慈的愛，派遣他的兒子耶穌來到這個世界拯救人類。馬克安支持幻影說，耶穌的身體是神進入人類世界而製造出的幻影，但也確實承受了十字架上的死亡。因此，馬克安反對舊約，只挑選了10封保羅書信和路加福音作為聖經。他認為耶穌的思想被猶太使徒敗壞，基督教思想被猶太教所滲入，只有保羅才是繼承耶穌基督精神的唯一使徒。在他的思想刺激下，教廷被迫組織人手編撰新約「正典」。馬克安自己的教會並未流傳很久，但其思想在基督教異端史上影響重大。
摩尼接受了馬克安的思想，並且將其深化和擴展。摩尼教持絕對二元論思想，對立程度比基督教二元論異端更為激進。摩尼教認為耶穌是其最高神明尊察宛的兒子，而非舊約上帝耶和華之子。「自是明尊憐愍子，復是明性能救父」，因此，摩尼教對於三位一體的理解也與基督教不同。摩尼教認為明尊察宛、光明耶穌和大諾斯三位一體，耶穌自身又有三個位格，即光明耶穌、彌賽亞耶穌和受難耶穌。光明耶穌居於明界，他最先給予人類啟示，同時也是最後的審判者。光明耶穌和大諾斯（慧明）共同發出彌賽亞耶穌，也就是世人所見的拿撒勒人耶穌。耶穌的降臨並非道成肉身，而是一個幻影。因此，摩尼教認為耶穌只有神性而無人性（基督一性論）。在耶穌被釘上十字架時，天地震動，受難耶穌的位格顯現出來。受難耶穌將救贖賦予萬物。耶穌的力量位於太陽，智慧位於月亮，本質位於光耀柱（光明十字架）。慧明聖使大諾斯，即摩尼，是聖靈化身、智慧之源泉，是最後和最完美的使者。
雖然摩尼教徒把瑣羅亞斯德教的思想納入自己的宗教，也不斷吸收佛教的概念，但他們認為自己才是眞正的基督教徒。他們借用《舊約·詩篇》和《新約》的某些內容，尤其是保羅書信。此外，他們還閱讀、傳抄基督教的外典文獻。

摩尼教與祆教的關係

摩尼教的教義基礎二宗三際論受到了祆教善惡二元論的深刻影響。摩尼教最高神明尊察宛（Zurvan），波斯語意為「時間」，引申為「永恆時間之神」。祆教察察宛派為了解決善惡二神為兄弟的問題，提出察宛神作為二神之上的至高神，這一神名被摩尼教所借用。摩尼教認為祆教的至高神阿胡拉·瑪茲達就是明尊第一次召喚出的戰爭之神先意。

摩尼教與佛教的關係

摩尼教的輪迴觀念可能是受了佛教的影響。但與佛教的六道輪迴不同的是，摩尼教認為輪迴的概念只包括人類。摩尼教認為佛陀也是慧明聖使的化身之一。在中亞、印度傳播時，信徒把摩尼當做彌勒佛化身。唐代文獻《摩尼光佛教法儀略》更是宣揚摩尼、老子、佛陀的三聖同一論：「則老君托孕，太陽流其晶；釋迦受胎，日輪葉其象。資靈本本，三聖亦何殊？成性存存，一貫皆悟道。」摩尼教在中國傳播時也曾借用佛教名詞，稱教主為「摩尼光佛」，把眾神都翻譯為「佛」，又把光耀柱翻譯成「盧舍那法身」，取其光明遍照、任持世界之意，因而被佛教判定為附佛外道加以攻擊。

唐朝

唐高宗和武則天時期，摩尼教逐漸在安西都護府傳播。武周時期，摩尼教初步傳入中國。《佛祖統紀》載「延載元年……敕波斯國人拂多誕（西海大秦國人）持二宗經偽教來朝。」這是中國歷史上關於摩尼教傳入的最早的明確記錄。摩尼教初傳中國，即與佛教產生衝突。何喬遠《閩書》載「慕闍當高宗朝行教中國。至武則天時，慕闍高弟密烏沒斯拂多誕復入見，群僧妒譖，互相擊難。則天悅其說，留使課經。」摩尼教中的女性地位甚高，武則天可能因此對摩尼教思想產生興趣，並利用摩尼教為自身稱帝提供理論依據。唐玄宗開元七年（719年），吐火羅國王將一位摩尼教慕闍引薦給唐朝。《冊府元龜》載「吐火羅支那汗王帝賒上表獻解天文大慕闍。其人智慧幽深，問無不知。伏乞天恩喚取慕闍，親問臣等事意及諸教法，知其人有如此之藝能，望請令其供奉，並置一法堂，依本教供養。」
開元十九年（731年），朝野對武后優待摩尼教的政策產生異議，玄宗為此下詔命摩尼教闡釋自己的宗教主張。拂多誕奉詔譯成《摩尼光佛教法儀略》一書，希望藉此使玄宗對摩尼教產生好感，獲得在唐朝順利傳教的權利。
然而，摩尼教為了減小傳播阻力，在翻譯經典時借用佛教術語，稱自己的教主摩尼為「摩尼光佛」，又在文中引用佛經證實老子、佛陀和摩尼分化三身的「三聖同一論」，因而次年被玄宗判定為「本是邪見，妄稱佛教，誑惑黎元」而嚴加禁斷。開元二十八年，玄宗下詔驅逐胡僧，進一步對摩尼教在華傳教工作進行打擊。
安史之亂後，摩尼教藉助回鶻對唐朝的勢力重新進入中原，得到了再度發展。回鶻牟羽可汗引兵進入中原，協助唐軍進攻史朝義，史朝義放棄洛陽，逃亡河北，兵敗被殺，安史之亂基本結束。牟羽可汗因對唐平亂有功，因而唐朝允許被回鶻支持的摩尼教徒在唐傳教。九姓回鶻可汗碑記載，牟羽可汗在東都洛陽時接受了摩尼教，將四位摩尼教僧侶帶回回鶻，傳播二宗三際思想，不再信奉原有的薩滿教，轉而奉摩尼教為國教。摩尼教藉助回鶻的政治實力，開始在中原地區廣泛傳播。唐代宗大曆三年，敕准回鶻摩尼教徒建立摩尼教寺院「大雲光明寺」。大曆六年，摩尼教進一步在荊、揚、洪、越等地設置大雲光明寺。唐憲宗元和二年（807年），再於河南、太原建摩尼寺二所，並派專員保護，自此以後，摩尼教寺滿布中國境內。
根據《舊唐書》記載，長慶元年，回紇宰相下令摩尼教五百七十三人入朝一同迎接公主，可見其藉回紇與唐關係，勢力已延伸到政治層面。另外據《舊唐書》記，在元和八年（813年）宴歸國的回紇摩尼人，受令至中書見宰相，由此可見，摩尼教徒經常由回紇至唐，並得唐皇室禮待。除此之外，部份摩尼教徒也從事商業，據《舊唐書·回鶻傳》：「摩尼至高師，歲往來西市，商賈頗與囊橐為奸」。唐武宗會昌元年（841年），回紇被黠戛斯擊敗，國勢衰落，唐廷對回紇和摩尼教的態度立即改變，下令沒收摩尼教資產與書像等物。據《會昌一品集》載，武宗會昌三年（843年），回紇國勢衰落，從唐朝撤兵，要求唐室「安存摩尼」，但唐突改前態，下令禁江淮諸鎮的摩尼寺。會昌滅法時，摩尼教亦難逃其劫，《入唐求法巡禮行記》說：「會昌三年四月中旬，敕天下殺摩尼師，剃髮令著袈裟，作沙門形而殺之。」將摩尼教徒打扮成沙門的樣子可能是為之後的滅佛運動製造聲勢。《僧史略》載：「會昌三年，敕天下摩尼寺並廢入官。京城女摩尼七十二人死。及在此國回紇諸摩尼等，流配諸道，死者大半。」會昌五年，下詔進一步打擊在華的景教、祆教以及摩尼教，強迫教徒還俗並遞歸本貫，外國人則驅逐出境。
摩尼教勢力雖不如佛教強大，但藉助回鶻力量傳教，得以居三夷教之首。正因如此，回鶻破滅之時，摩尼教亦首當其衝遭受打擊，先於祆教、景教被禁。當時，摩尼教流行的地區以西北、華北地區為主，在閩浙沿海地區，因與波斯等國有海路交往，摩尼教也有一定勢力。會昌法難時，大量摩尼教徒從帝國中心逃亡東南沿海。經會昌一劫，摩尼教再不能在社會公開傳教，轉而在民間秘密流傳，並漸與其他宗教結合，歷五代兩宋仍不衰。自此與下層的鬥爭結合起來，成為農民起義的號召旗幟之一。

五代

五代後梁貞明六年（920年），毋乙、董乙，在陳州（今河南淮陽）依託佛教造反。這次叛亂在歷史上長期被誤認為是摩尼教發動。《舊五代史》記載：「陳州里俗之人，喜習左道，依浮圖氏之教，自立一宗，號曰『上乘』。不食葷茹，誘化庸民，揉雜淫穢，宵聚晝散。」宋代佛書《佛祖統紀》則載：「梁貞明六年，陳州末尼反，立毋乙為天子，朝廷發兵擒斬之。其徒以不茹葷飲酒，夜聚淫穢，畫魔王踞坐，佛為洗足，雲佛止大乘，我乃上上乘。」歐陽修《新五代史》采舊五代史說法，亦稱毋乙之亂為佛教。「而陳俗好淫祠左道，其學佛者，自立一法,號曰『上乘』，晝夜伏聚，男女雜亂。」釋贊寧《僧史略》則延續《佛祖統紀》說法，不僅誣毋乙之亂為摩尼教，而且將三夷教混為一談，後世多受其誤導。
在11世紀五十年代的大可汗王朝皈依伊斯蘭教之後，高昌回鶻的摩尼教也逐漸消亡。13世紀後不再流行於天山南北的西域地區。

宋

宋代的摩尼教呈現分化趨勢。一部分摩尼教依託道教進一步發展。早在唐代的《摩尼光佛教法儀略》中就曾引用《老子化胡經》論證老子、佛陀和摩尼為一身：「《老子化胡經》云：『我乘自然光明道氣，飛入西挪王界蘇鄰國中，示為太子。舍家入道，號曰摩尼。轉大法輪，說經戒律定慧等法，乃至三際及二宗門。上從明界，下及幽途，所有眾生，皆由此度。摩尼之後，年垂五九，我法當盛者。』」在道教勢力興盛的宋代，摩尼教依託道教的行為進一步深化。至道年間（995-997），懷安士人李廷裕於京城得摩尼像，摩尼教開始在福建傳播。真宗朝，福建士人林世長取摩尼經進獻，授守福州文學。摩尼教《二宗三際經》被編入道藏，置於亳州明道宮。大中祥符五年（1012），張君房以太清宮所藏唐代道藏為基礎，又取蘇州、越州、台州等地舊藏道藏，修成《大宋天宮寶藏》，其中包含了摩尼教《明使摩尼經》。近年來發現的霞浦文書顯示霞浦明教先祖林瞪以道教「興福真人」形象出現。浙江四明崇壽宮本為摩尼教寺院，後改為道教道觀，其道士也認為摩尼是老子化身。
另一支摩尼教則流入民間，漸漸與民間秘密宗教相融合，成為宋代農民起義的指導思想。《宋會要輯稿》載：「宣和二年十一月四日臣僚言：溫州等處狂悖之人，自稱明教，號為行者。今來明教行者，各於所居鄉村，建立屋宇，號為齋堂……聚集侍者、聽者、姑婆、齋姊等人，建設道場，鼓扇愚民男女，夜聚曉散。明教之人，所念經文及繪畫佛像，號曰《訖思經》、……《先意佛幀》、《夷數佛幀》……已上等經佛號，即於道釋經藏並無明文。該載皆是妄誕妖怪之言，多引爾時明尊之事，與道釋經文不同……」方勺在《泊宅編》中則將民間宗教異端統稱為「食菜事魔、夜聚曉散」，宣和元年（1119年）的方臘之亂也是這些異端中的一支。此後南宋建炎四年（1130年）鍾相起義，元至正十年（1351年）「明王出世」的韓山童、劉福通起義，其思想中可能混有摩尼教成分。陸游《條對狀》載：時「妖幻之人」，名目繁多，「淮南謂之二襘子，兩浙謂之牟尼教，江東謂之四果，江西謂之金剛禪，福建謂之明教、揭諦齋之類。名號不一，明教尤盛。至有秀才、吏人、軍兵亦相傳習。其神號曰明使，又有肉佛、骨佛、血佛等號。白衣烏帽，所在成社。偽經妖像，至於刻版流布。」

元

元代對於明教的態度較為寬容。馬可·波羅在其遊記中記述，他在福州城遇見了一群信仰不明的教徒，不拜偶像、不拜火、不信穆罕默德，看起來也不是基督徒。他們將這種信仰保持了八百年之久。在馬可·波羅的推動下，經過一場激烈的辯論，大汗忽必烈承認了他們基督徒的身份。在整個福州，有七十多萬戶人家保持這種信仰。伯希和認為，他們的信仰與蒙古朝廷上的景教徒有著巨大差別，因此才需要辯論證實信仰。而且唐代景教主要為外國人所信奉，信徒不可能在元代還有七十萬戶之多，而且這些信徒不像基督徒、佛教徒那樣有自己的管理機構，因此伯希和認為他們是摩尼教徒。20世紀50年代在泉州發現的一塊也里可溫主教碑記載：「管領江南諸路明教、秦教等，也里可溫，馬里失里門，阿必思古八，馬里哈昔牙。皇慶二年，歲在癸丑八月十五日，帖迷答掃馬等泣血謹志。」由此可見，在元代明教是合法存在的，由一位也里可溫（基督教）主教兼管江南諸路明教和秦教（景教）。福建晉江草庵摩尼光佛雕像雕刻於至元五年，草庵石室本身也建於元代。建於南宋的選真寺、潛光院等寺廟在元代得到修繕，碑銘記載有眾多平民在此時皈依了明教。
在元朝之前的摩尼教寺廟並不具有基督教或佛教寺院那種修道生活的意義，因為其僧侶除非生病，不得居住在裡面。元朝之後，摩尼教徒不再建立單個的教團，而是建起自己的寺院以居住僧侶和置放經書典籍。這樣一來便減弱了教士和俗民之間的聯繫，使摩尼教由一種外侵力變成一種吸引力。有了僧侶聚居隱修的寺院，摩尼教又成為一個坐而論道的宗教了，這使該教開始贏得好名聲。就在這個時期，有名儒家學者為了成為隱士而改宗了摩尼教。
流傳入民間下層的摩尼教則進一步發展，最終與白蓮教、彌勒教等秘密宗教相結合，產生了元末的農民起義。

明

在元末的農民起義中，宗教異端發揮了極其重要的作用。韓山童等人以紅巾裹頭，以白蓮教、彌勒教為旗幟，自稱紅巾軍。朱元璋曾經加入「小明王」韓林兒的宋國為左副元帥，1364年封吳王，1368年稱帝，國號大明，年號洪武。朱元璋以宗教造反起家，深知民間異端的影響。洪武元年，他接受李善長的建議，下詔禁絕民間宗教異端，明教也在禁絕之列。「高帝幸汴，善長復留守，得顓殺生封拜焉。帝還，詔定封建諸王官屬國邑及大賞平中原將士功有差。請置司農卿，於河南課耕墾。又請禁淫祀白蓮社、明尊教、白雲、巫覡、扶鸞、禱聖、書符呪水邪術。詔可。」洪武六年，朱元璋命刑部尚書劉惟謙等修訂《大明律》。「凡師巫假降邪神，書符、咒水、扶鸞、禱聖，自號端公、太保、師婆，及妄稱彌勒佛、白蓮社、明尊教、白雲眾等會，一應左道異端之術、或隱藏圖像，燒香集眾，夜聚曉散，佯修善事，煽惑人民，為首者絞。為從者各杖一百，流三千里。」從此，作為民間地下宗教的明教漸趨消失，而作為地方宗教、不參與政治鬥爭的明教分支則得以傳承。
吳晗認為明朝國號來源是承自明教。

現代

2008年，學者在福建霞浦縣發現了數量可觀的科儀文書。這批數量巨大的文書長期保存在當地法師手中，作為民間宗教儀式之用。文書內容體現了摩尼教從唐代至明清的發展歷程，及明教在福建當地的傳播情況，內容駁雜，數量可觀，受到各界人士的重視並予以研究。

遺蹟

當今世界摩尼教遺跡幾乎無存，福建泉州晉江市的草庵是僅存的摩尼教廟宇。19世紀以來在敦煌莫高窟、新疆吐魯番發現大批摩尼教文書，證明摩尼教在中國西北各地曾廣泛傳播。
中國社會科學院世界宗教研究所專家陳進國透過香港文匯報披露，在福建省寧德霞浦縣發現摩尼教遺跡及文物，福建省考古部門將此列入2009年福建省10項重大考古發現之一。陳進國表示2009年他和宋代「明教門」關鍵性人物林瞪29代孫林鋆，共同發現霞浦縣上萬村「入明教門」的摩尼教遺跡及文物。遺蹟包括摩尼教寺院樂山堂遺址及大量摩尼教法器遺物、明代三佛塔、鹽田鄉飛路塔明教楹聯石刻、木刻摩尼光佛等文物，其中最為引人注目的是大量關於林瞪歷史生平的文獻記載。據報導，類似的文獻是首次在中國境內發現。
中國社科院考古所、世界宗教研究所等專家確認位於福建省福州市的福壽宮是明教寺廟遺址，廟裡所藏的「明教文佛」也是全國迄今發現的唯一一尊明教佛像。

摩尼教與其他宗教的區分

摩尼教在創立的時候借鑑了基督教、瑣羅亞斯德教、佛教等宗教的諸多成分。在其信徒傳教過程中，又常常將其偽裝成其他宗教的一支以減小傳播阻力，因此歷史上很多時候難以將摩尼教與其他宗教區分開來。在西方，摩尼教有時被認為是基督教異端，在東方則被當做附佛外道。
20世紀以來，摩尼教與瑣羅亞斯德教常常被混淆。敦煌出土的摩尼教經典《摩尼教殘經一》在發現之初，以「波斯教」名之，因時人無法確定究竟是二者中哪一個的經典，而二者又同出波斯。摩尼教與瑣羅亞斯德教的混淆由此開始。「波斯教」、「拜火教」之名，常用於不加區分地稱呼這兩種宗教。在金庸寫作《倚天屠龍記》後，這種混淆更為嚴重。《倚天屠龍記》中的明教主要取材於以歷史上的摩尼教-明教，又摻雜了瑣羅亞斯德教拜火的特色，因此這種混淆藉助小說的巨大影響力得以傳播。