陳水扁

中小學時期

1963年，考入曾文中學初中部，初二時（1965年11月）代表臺南縣參加臺灣省全省作文比賽，獲得初中組第二名。1966年，國中畢業後，免試直升曾文中學高中部，但一年後即因「省辦高中、縣辦國中」政策，曾文中學高中部停辦，於1967年9月轉學至省立臺南第一高級中學（今國立臺南第一高級中學）。

大學時期

1969年自省立臺南一中畢業後，同年的大學聯考，陳水扁考入國立臺灣大學商學系工商管理組，隨後到成功嶺營區接受8個星期的大專生軍訓教育，1969年9月到臺灣大學就學，新生註冊的同時加入國民黨。
在年底舉行的第一屆中央民意代表增額選舉中，陳水扁在松山區麥帥橋下聽到著名黨外運動份子，人稱信介仙之名的黃信介正計劃參選立法委員的政見演講，深深為之著迷，遂自覺所學與志趣不符，不久休學，棄商從法。
1970年重考大學聯考時，考入臺灣大學法律系司法組。大學時代陸續申請到水泥公司、農會、中國佛教協會、獅子會臺灣分會、中國國民黨等各種獎助學金。
1973年，大三時，陳水扁考中律師高考（該年1459人報考，錄取10名），1974年6月畢業，因在大學時已參加兩個月的成功嶺大專生集訓，但後來在體位正式檢查前發現陳水扁天生的右手手肘外彎過大，免服兵役。

從政初期

1979年底的美麗島事件是陳水扁踏入臺灣政壇的源起。為美麗島事件被告延攬律師的張德銘找上陳水扁，希望陳水扁能挺身出面辯護。由於當時臺灣仍處於中國國民黨政府一黨專政和威權戒嚴統治之下，政治氣氛十分緊張，所以陳水扁雖有意願但不敢冒然應允。陳水扁成為美麗島事件被告辯護律師團的一員，負責為主犯之一的黃信介辯護。美麗島事件被告的辯護律師團共有15位律師，因本案而聲名鵲起，其中多人後來都成為黨外運動的要角，甚至是民進黨的重要公職，例如張俊雄、江鵬堅、尤清、謝長廷、蘇貞昌等等，陳水扁其後也開始積極參與黨外運動。
1981年，陳水扁參選臺北市議員，初試啼聲即以高票當選。同年12月14日，陳水扁正式就任生平的第一個公職--臺北市議會議員。
1984年，陳水扁擔任由黃信介等人創辦的蓬萊島雜誌社社長，雜誌社的宗旨是「爭取百分之百的言論自由」。
1985年，陳水扁辭去臺北市議員職務，回故鄉臺南代表黨外人士競選臺南縣縣長。激烈的競選期間因腹痛而宣稱被當權的國民黨下毒，並吊著點滴躺在擔架上於政見發表會場發表演說，最終以約1萬票的差距敗於國民黨籍參選人李雅樵。敗選翌日，妻子吳淑珍在陪同謝票的行程中遭張榮財所駕駛的拼裝車撞傷，導致下半身永久癱瘓，胸部以下喪失知覺。
1986年，因中國國民黨籍的馮滬祥論文抄襲他人著作，當時蓬萊島雜誌用「以翻譯代替著作」等七字形容此事，陳水扁等三人被法院判刑一年，「北美洲臺灣人教授協會」七名教授花了四個月時間寫出了一份兩百多頁的「評鑑報告」證明確有事實根據，但上訴後只改判8個月徒刑。同年立法委員選舉，吳淑珍當選中華民國立法委員，陳水扁次年出獄後繼續律師工作，並擔任吳淑珍的國會助理。
1988年1月，加入民主進步黨並當選為中常委。

立法委員時期

1989年中華民國立法委員選舉，陳水扁正式當選中華民國增額立法委員，並成為民主進步黨黨團幹事長。1990年2月1日正式上任。
陳水扁在擔任立法委員期間，受民眾和各黨派國會助理肯定為增額立委問政績效第一名。
1990年到1991年，在參加立法院國防委員會期間，主持編撰《國防組織法》草案，期間結識李天羽等國軍高階將領，並揭露多起軍購弊案，其中包括備受關注的拉法葉軍購案。期間更與行政院長郝柏村口角，場面十分經典。
1991年，擔任立委期間並以國防委員會委員身份，有意與中國人民解放軍舉辦座談會。於7月21日到7月26日參訪北京，並在北京的中國人民革命軍事博物館及天安門廣場留影。
1992年3月，成為立法院中第一位在野黨籍的國防委員會召集委員。
1992年中華民國立法委員選舉，陳水扁連任立委成功。
1993年7月，獲美國《新聞週刊》（Newsweek）評選為「臺灣國會風雲人物」。

政績

作為臺北市長，陳水扁在四年市長任內的政績包括：持續改善市容街景、臺北捷運完工通車（宣示「一年通一條」）；鐵腕實施「首都掃黃、大掃黑」等，落實市內治安（加強電子遊樂場所稽查）、公務員制度革新、拆除違章建築等。

意外

1997年10月25日，陳水扁市長任內拔河斷臂事件，時由臺北市政府新聞處策劃的大型拔河活動發生繩索繃斷的意外，數十名參加者受傷，其中2位民眾被斷開的繩索打斷左手臂 (因纏繞懸綁) ，透過媒體轉播，震驚臺灣社會。

第一次任期

1998年臺北市長選舉落敗之後，同年底入總統府晉見總統李登輝（時為中國國民黨主席），李登輝公開推薦一篇《從摩西到約書亞》的文章給陳水扁，引發輿論對「誰是李登輝的約書亞」的廣泛討論。
1999年陳水扁出訪外國進行「學習之旅」，並出版《臺灣之子》自傳書為其參選2000年總統大選鋪路。但當時民進黨有所謂「四年條款」的內規，即規定黨內同志不得在四年內參選不同公職，此乃民進黨為維持有限政治資源的公平分配及避免「騎驢找馬」的投機心態所設，陳水扁由於先前已選擇參選臺北市長，所以理論上已無法參加總統選舉的黨內初選，不過因為陳水扁具有高度民意，且已無身任公職，所以部份民進黨人士有意為陳水扁修改四年條款。陳水扁本人則公開籲請民進黨同志勿為其一人量身訂做規定，也口頭表態支持許信良出馬，但最終在大老黃信介等有力人士的大力支持下，民進黨通過修改四年條款使陳水扁得以解套參選。同年7月，陳水扁在民進黨黨內初選勝過許信良，獲民主進步黨提名為總統候選人，許信良稍後憤而脫黨參選。陳的副手搭檔為時任桃園縣長呂秀蓮，選戰並以「年輕臺灣，活力政府」為政見主軸；「全民政府，清流共治」則是改革基調。競選主題曲是「少年臺灣」。
2000年總統大選，國民黨又一次分裂，該黨提名時任副總統連戰參選，而前臺灣省長宋楚瑜則脫黨參選（屬無黨籍的「新臺灣人服務團隊」）。選舉過程中，宋楚瑜的選情原本被外界看好，但在國民黨揭發興票案，以及公布了具爭議性的民調後，聲勢急轉直下；最終選舉結果陳水扁以39.3%的得票率當選總統，勝過第二名宋楚瑜的36.8%得票率，至於國民黨的連戰僅拿下23.1%、少於四分之一的選票，遠遠落後、屈居第三。選後，由於國民黨的崩盤（連戰遠低於陳宋二人），導致該黨支持者不滿，進而再分裂出宋楚瑜領導的親民黨，並在選後多次於國民黨黨部門口宣洩不滿，導致臺北市容癱瘓，附近校園學生停止上課。
陳水扁於5月20日就任第10任總統，實現中華民國首次政黨輪替及政權和平轉移。
陳水扁曾經反對黨政合一，然而就任後數度兼任民主進步黨主席。該提案由謝長廷提出。。謝長廷完成兩年黨主席任期不久，民進黨修改黨章，陳水扁正式以總統身份兼任黨主席。在2004年5月連任總統後，2004年12月立委選舉，陳水扁未能使泛綠取得過半，辭去黨主席職務，2007年10月回任，2008年1月再度因立委選舉敗選辭職。

唐飛內閣

原本希望由在大選中助陳水扁一臂之力的中央研究院院長也是諾貝爾獎得主李遠哲擔任，但李遠哲拒絕。為安定政局，安撫在立法院中佔有多數席次的在野國民黨籍立法委員、以及安撫軍方派系，所以任用有中華民國空軍四星上將（一級上將）背景的國民黨員唐飛。然而唐飛主張續建核四電廠的主張與民進黨政府廢核四的主張完全不同，最終唐飛於2000年10月6日被迫辭職，也結束了中華民國政治史上短暫的「共治」時期。以陳水扁演說中提到過「搬開路上的大石頭」暗喻唐飛的去職。

張俊雄內閣（第一次）

唐飛辭職後，由副閣揆張俊雄於2000年10月接任行政院長，民進黨在國會席次佔少數，在聯合內閣解組後開啟了隨後長達七年半少數政府執政的局面。
其後，在停止興建核四問題中，陳水扁總統堅持停建核四。當時的國民黨主席連戰正與總統陳水扁會談（媒體稱「扁連會」），會中連戰試圖說服陳水扁續建核四；但扁連會結束一小時後，行政院馬上宣布停建，導致國民黨籍與親民黨籍立法委員提案罷免總統。2001年1月15日，司法院大法官作出釋字第520號解釋文，要求行政院若欲變更國家重要政策，停止預算執行，則須向立法院報告，並獲立法院決議後始得停止執行。後，陳水扁讓步，宣布續建核四。
2001年5月，陳水扁依中華民國憲法獲得采玉大勳章。馬英九政府的總統府發言人王郁琦證實確有其事，同時表示馬英九若有需要也會比照辦理。由於該勳章在臺灣象徵最高榮譽，依照勳章條例第3條，「總統佩帶采玉大勳章。采玉大勳章得特贈外國元首，並得派專使齎送。」第10條，「因犯罪褫奪公權者，應繳還勳章及證書。」。
2001年12月的立委選舉，國民黨的席次因親民黨的挑戰而大幅滑落，民進黨成為立法院第一大黨，但連同臺聯未能取得過半，完成黨內所託任務的張俊雄遂於2002年1月末，以新國會組成為由率領內閣總辭，後總統再任命時任總統府秘書長的游錫堃接任。

游錫堃內閣

2002年，游錫堃初任閣揆時，自許全體閣員應向蔣經國內閣看齊，並積極完成已經動工數年的建設（如臺灣高鐵（1990年行政院核定，自1999年開始興建）、北宜雪山隧道（自1991年開始動工）、西部各縣橫向的快速公路），自詡為「戰鬥內閣」。
同年年底，發生農漁會信用部風波，曾向陳水扁三次請辭，結果被慰留。
2004年，陳水扁成功連任總統，游錫堃獲續任行政院長，並期待年底國會選舉勝利得以續任。然而由於年底國會選舉，民進黨高額提名，泛藍票源大部整合，因此泛綠陣營未能過半，游錫堃辭職以示負責。

競選連任

2004年3月20日舉行的中華民國第11任總統、副總統選舉，民主進步黨陳呂配競選連任，並以「相信臺灣，堅持改革」（主題曲：相信臺灣）為國家政見主軸；而泛藍國親聯盟則於2003年2月14日確定由連宋搭配。
2004年3月19日，陳水扁與其競選搭檔呂秀蓮於臺南市車隊造勢遊行掃街途中，發生槍擊案，陳總統受到肚皮擦傷，而呂副總統則是膝蓋受到槍擊。三一九槍擊案曾請國際知名鑑識專家李昌鈺博士自美來臺進行鑑識，推論為一人一槍所犯，隨後的偵查依此脈絡進行。
3月20日，選舉開票結果出爐，陳呂配以0.228%之差險勝連宋，藍營人士認為槍擊案影響該陣營選情，使陳水扁連任成功。藍營群眾發動遊行展開抗議。期間，以親民黨籍立法委員邱毅為首的多位立委以宣傳車衝撞地檢署，造成多名員警遭到撞傷；國民黨主席連戰並在落選的群眾講話上疾呼，提出選舉無效及當選無效之訴。最終，司法體系的臺灣高等法院於2004年11月4日下午4時2分正式宣判，駁回「陳水扁當選無效之訴」，連戰敗訴定讞。
對於槍擊事件的真相認定，藍綠雙方存有極大歧見，並由此埋下了往後中華民國政治界的高度對立。對於此次槍擊案的偵查，美國鑑識專家李昌鈺博士抵臺協助調查證據。其鑑識報告指出，陳總統的傷口確是土製槍枝所造成，並建議相關單位以子彈追槍、以槍追人的調查方向。中華民國刑事警察局專案小組依此方向追查，但最後找不到直接證據指出「陳義雄」涉案。陳在知名藍營政論節目2100全民開講於臺南出外景時，公開批評陳水扁的執政，因而使專案小組合理推測「對政府不滿」是其犯案動機之一。並認為兇嫌畏罪自殺。

憲政與內政方面

陳水扁任內僅進行一次修憲，廢除國民大會，使立法院成為唯一的國會，席次減半，並改為單一選區兩票制。他制定公布《公民投票法》，使全國性公投與地方性公投獲得法源依據，並納入公投複決憲法修正案。他進一步推動軍隊國家化。後於2006年2月28日終止國統會與國統綱領，實質上放棄國家統一目標。

人權保障與族群正義

設立「總統府人權諮詢委員會」，著重「人權入憲」與「人權修法」。制定通過《法律扶助法》、《兩性工作平等法》與《原住民族工作權保障法》等法律。成立原住民電視臺與客家電視臺、客家文化園區、客家學院等。促進母語教學，教科書增加本土史地篇幅。

新聞自由

陳水扁政府就任後持續鬆綁媒體。2005年，美國「自由之家」(Freedom House) 公布〈世界各國新聞自由度調查報告〉，臺灣名列全球第35名，與日本同居亞洲第一，陳水扁表示「臺灣是個由威權走向民主的新興民主國家，二十年前，他曾為追求言論自由，被關進黑牢，服刑八個月。接任總統後，矢志捍衛百分之百新聞、言論自由，戒慎恐懼、謹慎小心，唯恐有任何差池。」2008年，臺灣在同報告中名列全球第32名，居亞洲第一，報告認為「臺灣堅守司法獨立及經濟自由，媒體市場高度競爭，因而擁有東亞最自由的媒體環境；臺灣憲法明確保障言論及新聞自由，政府尊重且保障民眾知的權利。」

外交及兩岸政策

陳水扁總統於2000年5月20日總統就職演說中提出了「四不一沒有」的承諾，暫時在一定程度上緩和了中國大陸對他的疑慮，當時中華人民共和國國務院總理朱鎔基回應「四不一沒有」，大陸將對陳水扁「聽其言、觀其行」。
2002年1月1日，陳水扁同意以沒有主權意涵的臺澎金馬個別關稅領域之名稱加入世界貿易組織（WTO）。WTO的成員，除了香港、澳門就是「臺澎金馬關稅區」，不是以「國家法人主權身份」或「臺灣」加入WTO的。
2002年陳水扁提出「一邊一國」論，強調臺灣人民民主選舉所產生的政治實體為一主權獨立的國家，中國大陸對陳水扁提出的宣示強烈抗議，經過一系列統獨議題的操作，終止了「國統綱領」。
2003年以「方便與中華人民共和國護照區分」為由，於中華民國護照封面加註「TAIWAN」。
2007年3月4日，陳水扁在出席臺灣人公共事務會晚宴時，發表「四要一沒有」，即「臺灣要獨立、臺灣要正名、臺灣要新憲、臺灣要發展；沒有所謂的左右路線問題、只有獨統問題」。
當無法承受國際壓力時，也明白表示，「要改國號，要把目前國號中華民國改為臺灣共和國，必須經過四分之三國會議員同意，以目前來講，支持民進黨政府的席次不到國會半數，遑論要達到四分之三，這是不可能的事情。縱使有這些想法，但是客觀的環境是做不到的。我不能夠騙自己，也不能夠騙別人，我做不到就是做不到」。
陳水扁在外交政策方面，積極與中國大陸打邦交國爭奪戰，臺灣的邦交國的數量從陳水扁上臺時的31個，減少為卸任時的25個。陳水扁執政末期，以金援外交維持邦交國，這種以國安為名機密預算的運用產生諸多弊端，在中美洲因引發多名友邦總統收受臺灣非法獻金的調查案。也爆發了有關金援友邦的「巴紐案」，導致外交部長黃志芳下臺，及副閣揆邱義仁接受司法調查，並遭到檢方收押。任內臺灣和馬其頓、諾魯、賴比瑞亞、多米尼克、格瑞那達、塞內加爾、查德、哥斯大黎加、馬拉威九國終止外交關係，不過，任內亦恢復和吉里巴斯、諾魯、聖露西亞三國的外交關係。
陳水扁常以「過境外交」的方式，以過境美國地點的不同，美國接待規格的高低，來作為臺美關係的展示，但由於陳水扁在任時期，兩岸關係的緊張及美國小布希政府不支持臺獨的立場，加上中國大陸方面的壓力，造成臺美關係的惡化，陳水扁的過境地點從2001年5月過境「最高級別」的地點紐約以及高規格接待，到2006年，因美國只允許過境「級別很低的」地點阿拉斯加，且沒有接待，導致陳水扁臨時決定放棄過境美國，專機繞過西半球，半途還發生了飛機找不到降落地點，無法加油的混亂，最終到達南美洲，被稱為「迷航外交」。陳水扁最後一次出訪中南美洲，則根本沒有過境美國的規劃。
陳水扁推動「以臺灣名義加入聯合國」的公投案。國民黨為了杯葛這個公投案，又發動了「以中華民國名義重返聯合國」的公投案，此外國民黨也對關於「加入聯合國」的公投案本身提出質疑，認為這是陳水扁「公投綁大選」的技倆，進而呼籲選民「不要領取公投票」（而非國民黨自己之提案），最終結果，民進黨的「入聯公投」，國民黨的「返聯公投」都沒有跨越50%的生效門檻，雙雙不獲通過。

投資建設

兩項在陳水扁擔任總統前便已經規劃並動工的建設分別為1999年動工的臺灣高速鐵路和動工於1991年的雪山隧道在其任內開通，此兩者被其支持者認為是陳水扁的重要政績，但亦有不少人認為此兩項建設在陳水扁未上任前就已規劃並且動工數年，而認為陳水扁只是割稻尾，因此不認同這兩項建設為陳水扁政績，故此兩項建設存在政績歸屬爭議。另籌建國立故宮博物院嘉義院區以平衡南北資源，以及發展臺灣各地的特色文化，如屏東縣東港的鮪魚祭、墾丁的風鈴祭、臺南白河的蓮花節等。

經貿政策

在經濟議題上，雖然一些臺灣民間企業界提出希望臺灣與中國大陸「三通」，促進兩岸經貿交流，但他也顧慮到由於中華民國的國防安全，必須降低對中國大陸的經濟依賴度，因此認為政府不該短期內積極推動。為取代「西進政策」，陳水扁亦提出「南向」政策，並鼓勵臺商到東南亞投資。在2006年的元旦演講中，陳水扁提出用「積極管理，有效開放」的中國大陸經貿政策來取代以前的「積極開放，有效管理」，國親抨擊這是「鎖國政策」讓臺灣的經濟快速衰退。
同年春節所發表之演講，表示要考慮廢除已束之高閣六年的國統綱領和國統會，並在推動以中華民國名義加入聯合國多年仍然失敗後，改以臺灣的名義加入。但在國際上，廢除國統綱領和國統會違背了他「四不一沒有」承諾中的「一沒有」條項，遭到泛藍人士的猛烈抨擊。
美國國務院則於1月30日在簡報中，主動針對陳水扁的新春談話發表聲明，重申了美國對臺政策「一個中國，臺灣關係法和三項公報」，反對任何片面改變現狀的舉動，並表示「廢除國統綱領和國統會」如同北京的反分裂國家法也是單方面地改變現狀。2006年2月27日，在對用語進行修訂後，陳水扁總統宣布國統會終止運作，國統綱領停止適用，中華人民共和國官方為此大力抨擊，但美國方面希望北京當局「別輕舉妄動」，同時美國方面也要求中華民國政府說清楚其國統會是否真的終止並取消其運作，之後更再三提出不希望兩岸任何一方改變其現狀而損及美國的利益。。

退黨及再入黨

2008年1月12日，2008年立法委員選舉前，民進黨喊出穩定泛綠基本盤，放眼國會五十席的口號，但選舉結果民進黨遭受創黨以來最大的慘敗，在不分區與區域立委所獲得的總席次僅27席，身兼民進黨主席的陳水扁宣布辭去民進黨主席職務，為敗選下臺。
陳水扁在2008年卸任後，受多項司法起訴，8月15日，因涉及將選舉款項匯至國外及洗錢等罪，自行聲明退出民進黨。
2013年5月，民進黨召開全國黨代表大會，陳唐山在會中提案，認為陳水扁遭受司法迫害，希望民進黨主動恢復陳水扁黨籍，得到200位全國黨代表連署支持黨代表連署支持。因陳水扁為主動退出民進黨，五年不得重新申請入黨的期限已到，5月29日民主進步黨立法院黨團總召柯建銘，代替黨主席蘇貞昌，為人在獄中的陳水扁，提出再入黨申請，交由民進黨入黨複審小組審查。8月14日，由組長管碧玲宣布，依多數決原則，同意陳水扁再度加入民進黨。

爭議案件發展

2006年8月12日起，由已退出民主進步黨的前主席施明德於臺灣發起百萬人民反貪倒扁運動訴求 ：要求總統陳水扁應為國務機要費案、其親信及家人相關的諸多弊案負責，並主動下臺。
2006年11月9日晚，李遠哲發表公開信建議陳水扁「慎重考慮去留問題」。
隨著越來越多證據的揭露及2008年8月14日國民黨籍立法委員洪秀柱舉行記者會，出示駐瑞士代表劉寬平轉寄的瑞士檢方存證信函，揭發了陳水扁家庭密帳案。，陳水扁迫於壓力，在2008年8月14日召開記者招待會承認:「我做了法律不允許的事。」
2008年陳水扁在卸任前多次表示，卸任後將成為終身的臺灣志工；並且在卸任當天依約排定許多的志工行程。不過他在卸任總統職務一小時後（當天上午10點），就因國務機要費案遭到檢調機關偵辦。此後陳水扁官司纏身，先後因「柔性政變」誹謗案、雷學明案而出庭應詢。
參見：特別偵查組*重大偵結起訴案件
2008年8月13日，《壹週刊》刊載陳水扁藉由媳婦黃睿靚將鉅款匯到美國，但陳水扁隨即透過律師出面否認，並聲稱陳家財產早已經信託，不可能匯出國外。
2008年8月14日，國民黨立法委員洪秀柱舉行記者會，揭露黃睿靚在瑞士以其個人與公司名義所成立的4個帳戶因有洗錢嫌疑而遭瑞士聯邦檢察署凍結，並主動致函臺灣請求司法協助。同日下午陳水扁召開記者會道歉並坦承我做了法律不允許的事，辯稱他於2008年年初才首次得知其歷來的選舉剩餘款並未誠實申報，而且其妻吳淑珍暗中將他自1996年起共4次的選舉結餘款匯往海外帳戶。
2008年11月11日，特偵組以國務機要費貪汙被告身份傳訊陳水扁，在五小時偵訊後，向臺北地院聲請羈押陳水扁。
2008年11月12日清晨7點，特偵組收押陳水扁，陳水扁從聲押到收押的事件，在檢方的調查下，陸續追出有貪瀆嫌疑的數案，其資金來源與官商授受關係也一一曝光，但陳水扁一家堅稱所有資金皆是政治獻金，並非貪污，迄今仍在法院審理中。收押至今曾三度絕食抗議。阿扁被羈押期間，其委任律師必須在檢察官監視下會面，蔡守訓法官亦無給其委任律師閱卷時間，其委任鄭文龍律師亦曾對此提出抗議。
2009年9月11日，國務機要費案一審宣判，陳水扁被蔡守訓法官判無期徒刑，併科新臺幣二億元罰金，同時褫奪公權終身。其中國務機要費的部分被分作四案宣判，無期徒刑即為其一之判決結果。
2010年7月15日，美國政府以特偵組檢察官所送國務機要費判決書向美國法院提起訴訟，尋求沒收陳水扁夫婦涉嫌以賄款購買的2棟房產。2013年4月26日自由時報載，前總統陳水扁兒子陳致中在紐約曼哈頓的公寓，去年十月因不法洗錢被美國政府沒收，美國政府依洗錢法拍賣，最後由來自長島的華裔曾曼玲夫婦以一百五十萬美元（約四千四百六十萬臺幣）拍下成交。
2011年8月26日，臺灣高等法院更一審改判處陳水扁有期徒刑2年8月，併科300萬元罰金，國務費貪污部份改判無罪。
2014年8月6日，對於《壹週刊》所稱的透過空軍一號運送到帛琉洗錢新臺幣約14億元再匯至美國，偵辦5年多後，特偵組宣布查無不法實據，全案簽結。

獄中生活與保外就醫

自2008年11月12日首度被羈押開始，以及到後來第一個有罪判決，陳水扁都一直被關在土城看守所，直到2013年4月19日移到臺中監獄附設培德醫院。

｢美國軍政府代理人｣之訴

2009年10月11日美國軍事上訴法院提供給媒體的一分訴狀，顯示陳水扁曾「請求」美國承認他是「美國軍政府代理人」，並飭令「現任臺灣民政首長」撤銷他的無期徒刑。美國軍事上訴法院，用「缺乏管轄權」為由，拒絕審理陳水扁案。

健康問題

2012年9月11日在陳水扁五度戒護就醫於桃園署立醫院醫治後送回監獄，卻在隔天緊急送往署立桃園醫院就醫。陳水扁與其家屬希望轉到馬偕醫院，由此發生了法務部與馬偕醫院對於陳水扁醫療問題意見相左的風波。最後，陳水扁於臺北榮總醫治，終於得到詳盡的檢查和治療。
陳水扁家屬與支持群眾堅稱其有阻塞性腦中風、口齒不清等問題，2012年9月12日再次送往署立桃園醫院檢查，結果無異常情況，也看不出口吃問題。

膀胱問題疑遭灌水與就醫

立法委員賴士葆在TVBS政論節目「新聞夜總會」稱「前總統陳水扁無法排尿時，法務部長曾勇夫下令為陳水扁灌水，再監視陳水扁排尿，等發現陳水扁的確無法排尿，再將陳水扁送醫」。法務部後否認有此說法，並對委員發言表示遺憾。
2012年9月15日，衛生署桃園醫院檢查後，專科醫師診斷其因攝護腺肥大導致膀胱尿道出口狹窄，且膀胱神經控制較差。經治療後陳水扁已拔除導尿管並能自行排尿，解尿困難症狀已改善。

馬偕醫院駁斥法務部

陳水扁與其家人有人希望轉送其他醫院檢查，不信任無法正確判斷定病情的署立桃園醫院，希望轉送其他醫院。其中，馬偕醫院是陳水扁希望轉送的醫院之一，但是法務部宣稱馬偕醫院有高階醫療人員向北監表示，基於場所較為擁擠及其他病人權益，希望不以該院為考量」，且該院的功能性核磁共振檢查「僅供研究使用，臨床經驗尚有不足」，所以法務部表示陳水扁無法轉送馬偕醫院。最後法務部於9月21日將陳水扁由署立桃園醫院轉送臺北榮總診治。
2012年9月21日馬偕醫院發新聞稿駁斥。馬偕表示並無接獲北監諮詢有關陳水扁就醫的相關問題，並且不會、且不能拒絕任何病人的轉診。

臺北榮總檢查醫治

2012年10月3日，臺北榮總院長林芳郁在立法院表示，陳水扁患有「睡眠呼吸中止症」與「被迫害妄想症」。
2012年10月4日，臺北榮總發布新聞稿表示，陳水扁有「重度憂鬱症合併焦慮及多重身體化症狀」，且已呈現慢性化。建議宜儘速轉介至精神專科，或設置有精神科之醫院。北榮發現陳水扁患有攝護腺肥大、攝護腺發炎及泌尿道感染，導致的解尿困難及尿滯留，經治療後，泌尿道感染已獲控制，但仍有暫時的急迫性尿失禁現象。陳水扁另有「重度阻塞性睡眠呼吸中止症」，每1小時停止呼吸50多次，每次超過10秒。
2012年10月5日，臺北榮總表示，經腦部磁振造影檢查，發現數個非特異性皮質下白質高訊號點，經各院專家會診，認為不像中風之病灶，與此相關之可能診斷依次為高血壓併微小血管病變、重度憂鬱症、睡眠呼吸中止症、老化，以及老人痴呆等。陳水扁有結巴性語言障礙合併命名障礙，疑似精神性疾患或是退化性腦病變所導致。建議持續目前用藥與配合精神科治療並長期追蹤評估。
2012年10月，開刀治療呼吸中止症。經過鼻中膈手術後，呼吸中止的次數已從每小時50次降為20多次。2013年12月，呼吸中止次數退化到30多次。
2013年2月23日，臺北榮總醫師周元華說：經磁振造影檢查發現，陳水扁的腦部萎縮不可逆轉。寫字、畫圖時會手抖。

榮總建議返家治療憂鬱症

2013年2月23日，臺北榮總醫師周元華表示，榮總於2012年底已提出報告給北監，認為陳水扁回到北監有困難，建議陳水扁回家，家庭支持對重度憂鬱症的治療是重要的元素。
2013年2月24日，法務部次長陳明堂表示，北榮從未正式向任何單位建議或呼籲讓阿扁回家。

移到臺中監獄附設培德醫院

2013年4月19日，法務部將陳水扁移送到臺中監獄附設培德醫院繼續監禁並治療。

法務部公開陳水扁散步影帶

2013年4月22日，法務部長曾勇夫表示，陳水扁先生健康不如外界所傳嚴重，應立委之請播放陳水扁先生在臺北榮總就醫時的散步運動影片，單純為證明其個人健康不如外傳。
然而就在前一天 (21日)，陽明大學醫學研究所長郭正典醫師前往培德探視陳水扁，經初步檢查，發現陳水扁的病情比在臺北榮總時更糟糕，口吃愈來愈嚴重，手部抖動及雙腳無力情形亦更為糟糕，建議成立醫療團隊改善其病情。

兩位美國眾議員探視

2013年5月2日，美國聯邦眾議院外交委員會亞太小組主席暨共和黨籍議員夏波 (Steve Chabot)、美國聯邦眾議院外交委員會亞太小組民主黨首席議員法雷歐馬維加 (Eni Faleomavaega)兩人到培德醫院探視陳水扁。隔日他們與當時的民進黨主席蘇貞昌會晤時表示：
親眼見到陳前總統的健康狀況大不如前，會談過程中常有手顫抖和口吃的情形，對此表達關心。[..] 陳前總統的事件，或許不同黨派意見分歧，但陳前總統在臺灣民主自由上有一定的貢獻。另也提到訪臺前曾拜會多位關心陳前總統的美國參、眾議員，他們均支持探視陳前總統且希望陳前總統在服刑期間獲得人道的照顧。
曾任陳水扁辯護律師的鄭文龍多次在演講時提到，他推測正是因為這兩位美國議員要探視陳水扁，法務部自覺土城的環境太不人道不能被美國人知道，才趕在4月他們來臺之前換監。

兩次自殺事件

2013年4月19日，法務部將陳水扁轉送到臺中培德病監。北榮郭正典醫師聲稱，移監前一晚，陳水扁聽聞將移監消息，企圖上吊自殺，被看護發現，救回一命。高雄長庚醫院榮譽副院長陳順勝說他於22日當天下午探視阿扁時，確實發現扁右側脖子有一道呈紅色的痕跡，矯正署否認陳水扁曾有自殺舉動。
2013年6月2日，陳水扁於臺中監獄，因不滿立法院通過會計法修正案，使顏清標除罪，據轉述「喝花酒可以除罪，為何用國務機要費拚外交不能除罪？」在獄中浴室企圖自殺獲救。2日晚間九時許，陳水扁到舍房浴室洗澡，避開浴室監視器，以三條毛巾綁在一起，一頭懸掛在高度約六十四公分的水龍頭。他則坐在地上、斜躺雙手交叉扯毛巾勒頸企圖尋短，但因他發出乾嘔的聲響，引起看護注意，立刻入內將他救下。「總統，你為什麼想不開？」看護問他，扁虛弱無力的回答，「喝花酒都可以除罪，為什麼當總統以國務機要費拚外交不能除罪？」才會想以毛巾自殺，表達心中的強烈不滿。看護立刻通報中監培德醫院醫護人員量測血壓、體溫、心跳等生命徵象，經檢視扁除血壓升高，身體無重大異狀。為安撫他的情緒，中監立即聯繫臺中榮總精神科醫師林本堂在晚間十一時多前往看診，直到昨天凌晨零時多，扁情緒漸趨緩和後才離去。昨天則安排心理師、教誨師加強協談與輔導。
2013年6月3日，法務部矯正署發出新聞稿證實，但強調經檢視陳水扁身體無重大異狀。

在臺中培德情況惡化

疑似患有精神疾病的陳水扁，原本在北榮，每天有精神科醫生定期探視，號稱環境更好的臺中培德，卻禁止精神科醫生探視陳水扁。
2013年2月24日，北榮醫師周元華研判陳水扁有「巴金森氏症」。
2013年7月13日，自4月移監臺中培德以來，漏尿情況日趨嚴重，1天漏尿5、6次，已連續1、2個月，吃藥無效，因獄中無醫療設備，也找不到病因。
2013年12月14日，每小時停止呼吸的次數退化到30多次，進臺中榮總醫院，第二次開刀治療呼吸中止症。 
2014年5月3日，臺大醫院醫師柯文哲表示：「陳水扁已經在包尿布了，把扁關在監獄對臺灣社會的和諧也沒有幫助，中華民國政府應該思考讓扁回家。」