波兰立陶宛联邦历史 (1569年－1648年)

第一個自由選舉和獲選國王

在第一次王位空缺期期間，貴族民族制的系統更加深入地紮根于波蘭。這次王位空缺期自齊格蒙特二世·奧古斯特去世時開始，而齊格蒙特二世在盧布林聯合之後便想要重新主張自己的權力，而不是僅僅成為什拉赫塔意志的執行者。這種情況使聯邦內部並沒有對王位繼承者的選舉方法和選舉時機達成共識，而這場衝突也加大了上議院-權貴陣營的力量。1572年君主去世後，為維護本階層的共同利益，什拉赫塔開始建立地方聯盟（kapturs）作為地方政府，維持公共秩序，提供基本的法院系統。權貴可以被選舉為攝政，在新國王宣誓登基前一直占據這一職位，具體而言這一時期的攝政為大主教亞庫布·烏漢斯基。上議院負責選舉的準備工作。當權者的主張，即由全體什拉赫塔公選國王（而不是由瑟姆選舉）的想法，在那個時候得到了大多數什拉赫塔派系的支持，事實上，在第一次，也包括隨後的幾次選舉中，權貴一直在控制選舉和選民，特別是什拉赫塔中較為貧窮者。
王位空缺期時，什拉赫塔準備了一系列規定和限制以要求未來的君主遵守，以確保國王（將會是外國人）能夠遵從聯邦政治體制的特性，尊重貴族的特權。因為瓦盧瓦的亨利是第一個在這些規定上簽字的人，這些規章得名亨利契約。契約特別指出，自由選舉（wolna elekcja）是任何王位繼承者獲取王位所能依靠的唯一方式，因此排除了任何在波蘭推行世襲君主制的可能。亨利契約總結了波蘭貴族因歷史原因而日漸享有的權利，包括宗教自由的保障，而且對獲選的國王施加更多限制；但就好像波蘭貴族認為這些限制還不足夠一般，亨利只得再簽字同意所謂的協議契約，接受其中所列明的額外義務。新近加冕的亨利隨後展開一系列行動，以擺脫施加給他的所有限制，但是這場權力鬥爭的結果從未有定論。選舉後翌年，1574年6月，在得知其兄查理九世去世後，亨利秘密地重返法國。

斯特凡·巴托里

1575年，貴族開始新的選舉。權貴試圖強行將神聖羅馬帝國皇帝馬克西米利安二世推上王位，烏漢斯基大主教甚至在12月12日宣布他的當選。這一行動遭到由米科瓦伊·謝尼茨基和揚·扎莫伊斯基所領導的什拉赫塔黨派執行運動的阻撓；他們的選擇是特蘭西瓦尼亞親王斯特凡·巴托里。謝尼茨基很快安排在12月15日宣布齊格蒙特二世·奧古斯特之妹，安娜·雅蓋隆當選為女王，而斯特凡·巴托里也依靠其妻子登上王位，成為國王。什拉赫塔的大軍動員用武力支持這一選擇。巴托利攻占了克拉科夫，而夫妻二人的加冕禮便於1576年5月1日在這裡舉行。
斯特凡·巴托里的統治標誌著什拉赫塔的改革運動的結束。這位外國國王對波蘭的議會體制表示懷疑，同時也不欣賞執行運動活動家所試圖達成的目的。巴托利與謝尼茨基的關係很快惡化，而其他什拉赫塔領袖的地位獲得提升，要不然加入了上議院，要不然便忙於自己的事業。改革者先後在1578年于波蘭，1581年於立陶宛，使原先過時的上訴法院系統脫離君主的掌控，轉而由貴族運作的波蘭法庭和立陶宛法庭負責。臃腫的瑟姆和瑟米克系統，臨時的聯盟，使法律得到貫徹的有效機制的缺乏，未能得到改革者的注意，其中的弊病因此被保留下來。很多人認為光榮的貴族統治已經達到完美。
這一時期最為傑出的人物之一揚·扎莫伊斯基成為了國王的首席顧問和管家。作為一個教養良好文質彬彬的人，傑出的軍事首領和卓有成就的政治家，他經常自詡為什拉赫塔同儕的領袖。事實上，扎莫伊斯基以典型的權貴方式，不斷獲取要職與王室賜予的土地，使自己與早先主張的改革運動理想背道而馳。
國王本身也是偉大的軍事領袖和眼光長遠的政治家。在巴托利與貴族的對抗時，有著名案例牽扯到茲波羅夫斯基兄弟：塞繆爾·茲波羅夫斯基被扎莫伊斯基下令處決，克雷什托夫·茲波羅夫斯基被瑟姆法院判處流放，其財產被沒收。作為一個匈牙利人，像波蘭的其他外國統治者一樣，巴托利也心系其母國的事務。巴托利未能推行卡爾恩科夫斯基法，因此不能控制經由但澤（格但斯克）的對外貿易，此事為聯邦帶來極其惡劣的經濟和政治後果。他與他的總理大臣和蓋特曼揚·扎莫伊斯基合作，在利沃尼亞戰爭中取得重大勝利。那時聯邦能夠加大其軍事力量：聯邦可為一場戰役從各個可用兵源聚集兵力多達60000人的軍隊。 巴托利國王提出建立徵召步軍（piechota wybraniecka），這是重要的農民步兵軍隊。
1577年，巴托利同意布蘭登堡的喬治·弗雷德里克成為患有精神疾病的普魯士公爵阿爾布雷希特·弗雷德里克的看護人，這讓兩個德意志政體更加接近，對聯邦的長遠利益不利。

利沃尼亞的波俄爭端

齊格蒙特二世·奧古斯特的「波羅的海自治領」計劃旨在維護波蘭對其在波羅的海沿岸有切實利益要保護的地區與港灣的通行權和控制權，而這一計劃讓聯邦參與到利沃尼亞的衝突之中，而利沃尼亞也因此成為波蘭立陶宛與沙俄之間的一系列爭端的另一個發生地。1563年，伊凡四世攻占波洛茨克。1570年的斯德丁和約（包括瑞典、丹麥等幾個勢力）後，聯邦仍然保留對利沃尼亞主要地區的控制權，包括里加和派爾努。1577年，伊凡發起遠征，為自己或其封臣霍爾斯泰因公爵馬格努斯奪取利沃尼亞大部，除了里加和雷瓦爾的沿海地區。不過，隨著巴托利從貴族獲得了必要的資金，聯邦的反擊有可能成功。
波軍收復了迪納堡和中利沃尼亞大部。隨後，國王和扎莫伊斯基選擇直接攻打沙俄內地要地，以切斷俄國到利沃尼亞的通信線路。波洛茨克在1579年被收復，而韋利基耶烏基要塞在1580年被攻克。1581年波軍試圖攻占普斯科夫，但伊凡·彼得洛維奇·舒伊斯基卻在聯邦長達數月的圍攻中成功保衛此城。1582年，在教廷特使安東尼奧·波塞維諾的安排下，雙方的休戰在亞姆扎波爾斯基進行。俄軍從他們所占領的所有利沃尼亞城堡中撤離，放棄波洛茨克地區，將韋利日移交給立陶宛。而攻占納爾瓦和愛沙尼亞大部的瑞典軍則宣布勝利。而聯邦則獲得了從普茨克一直到派爾努這一段連續的波羅的海海岸，結束了戰爭。

哥薩克

16世紀中葉，波蘭和立陶宛東南邊界處還沒有很多哥薩克，但那時波軍內已有第一批哥薩克輕騎兵連。齊格蒙特三世·瓦薩在位期間，哥薩克問題開始成為17世紀聯邦內部的首要問題。
哥薩克一開始是半遊牧性質的，但也包括定居在第聶伯河沿岸的斯拉夫人，他們以劫掠為生，以驍勇善戰聞名，開始時是一個軍事組織。他們中很多都是或來自於由聯邦其他地方（主要是東部）和沙俄流亡過來的農民；而居於本地或遷入烏克蘭的市民乃至貴族也是哥薩克的主要組成部分。哥薩克生性自由，自認為不受任何拘束，追隨自己選舉出來的領袖，而這些領袖來自於哥薩克社會中更加富裕的階層。17世紀初，哥薩克已有數萬之多。他們頻繁地與鄰近的突厥人和韃靼人發生衝突，並劫掠他們在黑海沿岸的定居點。
很多哥薩克被僱傭參與由聯邦發起的戰爭。這一狀況讓哥薩克內部分人享有特權，也經常形成社會的向上流動性；哥薩克人對於聯邦周期性減少登記哥薩克人數表示憤怒。哥薩克叛亂或起義通常以大規模平民社會運動的形式爆發。
鄂圖曼帝國要求全面肅清哥薩克勢力。然而聯邦在東南部需要哥薩克，在那裡他們能夠提供抵擋克里米亞韃靼人進犯的有效屏障。另一種平息哥薩克叛亂的方法是將貴族地位授予給他們當中的有力人士，將他們納入到聯邦的統治階層當中。當還有時間去改革時，這一解決措施遭權貴和什拉赫塔以政治、經濟和文化理由拒絕，不久災難便發生。聯邦當局則在下述兩種政策之間搖擺不定：第一種是與哥薩克妥協，讓有限的部分人，即所謂的登記哥薩克（1582年為500人，1630年代為8000人）在聯邦軍隊內服役（而剩餘的則淪為農奴，幫助權貴殖民第聶伯河），第二種為動用武力鎮壓。
聯邦對扎波羅熱地區的哥薩克及其領地在武力上壓制，在經濟上剝削，使哥薩克先後發動一系列起義，其中早期的幾次可以作為對什拉赫塔立法者的警告。
1591年，克雷什托夫·科辛斯基發動科辛斯基起義，遭血腥鎮壓。1594年，哥薩克再次舉起反旗，納利瓦伊科起義席捲烏克蘭和白俄羅斯大部。蓋特曼斯坦尼斯瓦夫·若烏凱夫斯基在1596年戰勝哥薩克軍，謝韋林·納利瓦伊科被處決。17世紀初，聯邦與哥薩克關係相對緩和，這時聯邦參加的多起戰爭需要登記哥薩克的更大程度參與。然而布列斯特聯合使兩者關係更加緊張，因為哥薩克已成為東正教最虔誠的信徒和守衛者。
1620年的馬爾科·日麥洛起義受到斯坦尼斯瓦夫·科涅茨波爾斯基壓制，以米哈伊洛·多羅申科簽署庫魯科維條約一事結束。隨後哥薩克再次揭竿而起，其與聯邦的衝突在1630年的「塔拉斯之夜」中達到頂峰，這時塔拉斯·費多羅維奇領導的哥薩克叛軍轉而攻打聯邦軍隊和貴族莊園。費多羅維奇起義被蓋特曼科涅茨波爾斯基平息。這些衝突之後，登記哥薩克人數有所增加，但隨後聯邦拒絕哥薩克領袖在1632年召集瑟姆中提出的請求，這些首領希望以聯邦成員的身份參與自由選舉，享有非東儀天主教派東正教徒（在布列斯特聯合之後又重新恢復）的宗教權利。1635年的大瑟姆反而透過對哥薩克的進一步限制，並授權修建第聶伯河柯達克要塞，以便對哥薩克領地施加更有效控制。隨後哥薩克發動另一輪叛亂，帕夫盧克起義在1637年爆發。這次起義在1638年被平息，其領導人帕維爾·米哈諾維奇遭處決。在聯邦對哥薩克施加更多限制，瑟姆透過讓大多數哥薩克淪為農奴的法令後，哥薩克在亞基夫·奧斯特拉寧和迪米特羅·胡尼亞領導下於1638年再次起義。這次起義遭到血腥鎮壓，當時哥薩克擁有的領地都被權貴接管。嚴苛的措施讓哥薩克問題在短期之內相對平靜，然而哥薩克問題被視為聯邦的軟肋，逐漸成為國際問題。

東歐爭霸

16世紀與17世紀之交的一些變故使得聯邦的幾個強鄰（俄羅斯沙皇國、奧地利哈布斯堡王朝和鄂圖曼帝國）在這一時期國力有所衰弱。聯邦能否利用這一時機以提升其地位，則主要取決於其解決內部矛盾的能力，其中包括在什拉赫塔統治階層中流行的孤立主義和和平主義趨勢，或是貴族領袖與候選君主之間的敵意，其中後者經常試圖消除亨利國王條款等對君權的限制。
新世紀頭三十年近乎持續不斷的戰爭促成了聯邦軍隊的現代化，即使因為國庫限制，其兵力未有增長。可動用的兵力在基爾霍姆戰役時的幾千人與1621年的霍滕戰役時的一萬五千人（外加上透過大軍動員所徵召的兵力）之間變化。17世紀上半葉時炮兵的發展引人注目，也使卡齊米日·謝梅諾維奇在阿姆斯特丹出版《大炮兵藝術第一部》，而謝梅諾維奇也是火箭學先驅。雖然聯邦已有精良的重（波蘭驃騎兵）輕騎兵（哥薩克），其軍隊內步兵（農民、僱傭兵和哥薩克編制）和外國軍隊的比例不斷增加，這些部隊在聯邦軍隊中都有代表性。瓦薩家族的前兩位國王在位時，聯邦組建了一支艦隊，並在海戰中取得勝利（1609年對瑞典）。和往常一樣，財政困難削弱了軍隊的實力，以及國庫發放軍餉的能力。

莫耳達維亞

1595年，揚·扎莫伊斯基干預莫耳達維亞事務，他的這一步是對先前因斯特凡·巴托里去世而未能落實的反奧斯曼攻勢的延續。在聯邦軍隊的支持下，耶雷米亞·莫維勒獲得莫耳達維亞大公之位，附庸於聯邦。扎莫伊斯基的軍隊隨後在楚措拉擊退了鄂圖曼帝國的襲擊。這一地區的下一次衝突發生在1600年，此時扎莫伊斯基和斯坦尼斯瓦夫·若烏凱夫斯基迎戰瓦拉幾亞和特蘭西瓦尼亞大公勇敢者米哈伊。首先，當時被米哈烏罷黜的耶雷米亞·莫維勒重獲大公之位，隨後米哈烏在瓦拉幾亞的布科夫戰敗。耶雷米亞的兄弟西蒙·莫維勒成為瓦拉幾亞大公，在一個不長的時間內，直到多瑙河的整個地區都成為了聯邦的附庸。鄂圖曼帝國隨後先後在1601年和1606年對瓦拉幾亞和特蘭西瓦尼亞重新提出領土主張。扎莫伊斯基的政策和行動構成了莫耳達維亞權貴戰爭的早期部分，只是加大了波蘭對莫耳達維亞的影響力，有效阻撓了同一時期哈布斯堡王朝對這一地區的計劃和野心。但因為聯邦北方戰事更加危急，進一步出兵南部邊疆不再可能。

對瑞戰爭

在因宗教衝突產生的緊張與動盪局勢中，西吉斯蒙德三世·瓦薩在瑞典登基。西吉斯蒙德回到瑞典之時，他的叔父，攝政卡爾九世成為瑞典反西吉斯蒙德勢力首領。1598年，西吉斯蒙德試圖武力解決此問題，但對其祖國的遠征卻以林雪平戰役的失敗收場；西吉斯蒙德被俘，不得不同意叛軍施加的嚴苛條件。西吉斯蒙德回到波蘭後，1599年瑞典四級會議罷黜其瑞典王位，同時卡爾率瑞軍進入愛沙尼亞。齊格蒙特在1600年宣稱將愛沙尼亞併入聯邦，這相當於對瑞宣戰，這時聯邦對莫耳達維亞地區的干預正處關鍵階段。
于爾根·馮·法倫斯巴赫被授予聯邦軍隊的指揮權，此時他遭到被卡爾率領的大得多的瑞軍壓制，後者的快攻使得瑞典在1600年奪取了直到道加瓦河一帶的利沃尼亞大部，除了里加。當地人那時對波蘭-立陶宛的統治越發不滿，因此他們很多都歡迎瑞軍。但在揚·扎莫伊斯基帶來更加堅實的軍隊後，瑞軍便不斷退縮至（不包括）雷瓦爾，其中，1601年，克雷什托夫·拉齊維烏在科肯豪森戰役中取得決定性勝利。這支軍隊的大部未獲軍餉，不久回到波蘭。清理行動由揚·卡羅爾·霍德凱維奇接替，他用剩餘的一小支部隊，在1604年擊敗瑞典對派德（比亞韋-卡緬）的入侵。
1605年，卡爾，即當時瑞典國王卡爾九世重開戰端，但霍德凱維奇在基爾霍姆等地取勝，波蘭海軍也擊敗瑞典海軍，使這一次攻勢也以失敗告終，但此時雙方沒有決定性的決議產生，戰爭仍在繼續。在1611年的休戰協議中，聯邦能夠保持雙方爭議地區的大部，但聯邦此時因正遭一系列內憂外患，包括不能支付僱傭兵佣金以及新近對俄開戰的因素，未能取得全面勝利。

附庸俄國的嘗試

隨著留里克王朝的末代沙皇伊凡四世和其子費奧多爾·伊萬諾維奇分別於1584年和1596年相繼去世後，俄國陷入了一場嚴重的皇室、經濟與社會危機，局勢動盪不安。隨著鮑里斯·戈東諾夫遭到農民群眾以及波雅爾反對派的雙重抵制，聯邦內部產生了一種將俄國收為附庸的思想，不論是透過共主邦聯還是透過扶植一個波蘭的傀儡，這種想法隨後很快轉化為了對俄國的實際行動。
1600年，萊夫·薩皮耶哈率領聯邦使節團趕赴莫斯科，試圖以波蘭-立陶宛聯合的方式，與俄國君合，而當地波雅爾都能獲得與聯邦貴族相當的權力。讓兩國形成共主邦聯的決定將推遲到聯邦國王或俄國沙皇去世後推行。鮑里斯·戈東諾夫在那時也參與了與瑞典國王卡爾九世的協商，他當時並不中意於與聯邦形成那樣緊密的關係，兩國僅僅達成了一份為期20年的和約。
為了繼續推行他們的計劃，權貴們利用了皇子德米特里死因未明，而自稱為德米特里本尊的篡位者偽德米特里一世又在此時興起的形勢。偽德米特里能夠獲得聯邦的合作和維希尼奧維茨基家族與桑多梅日省督耶日·姆尼謝赫的幫助，偽德米特里向後者許諾給予其大片俄國土地，並迎娶其女瑪麗娜。德米特里皈依天主教，並在聯邦收集一支由冒險家組成的軍隊，在與齊格蒙特三世之間的默契下，於1604年進入俄國。鮑里斯·戈東諾夫去世，其子費奧多爾·戈東諾夫遭殺害後，偽德米特里一世成為沙皇，直到1606年在一場人民起義中被殺。
隨後，瓦西里·舒伊斯基上台。一個新的偽德米特里突然出現，皇后瑪麗娜甚至已經承認他為她自認為已經去世的丈夫。得到聯邦權貴的大量兵力支持後，偽德米特里二世逼近莫斯科，並試圖攻占城市，可是無果而終。沙皇瓦西里四世向瑞典國王卡爾九世尋求幫助，同意割讓土地以迎合瑞典，1609年，俄瑞反德米特里反聯邦聯盟的力量已足以消除來自莫斯科內部和兵力得到加強的瓦西里的威脅。這一聯盟和瑞典對俄國事務的干涉促使波蘭立陶宛聯邦在國王齊格蒙特三世的推動和領導下，展開直接軍事干涉。
波軍開始包圍斯摩棱斯克，瑞俄的解圍軍隊在1610年於克武申戰役被蓋特曼若烏凱夫斯基擊敗。這次勝利加強了妥協派波雅爾的勢力，這一派系已經有意將莫斯科皇位交給齊格蒙特三世之子瓦迪斯瓦夫四世。在若烏凱夫斯基的協商之下，波俄雙方達成協議，波雅爾罷黜瓦西里，並接受瓦迪斯瓦夫登基，同時雙方休戰，聯邦不吞併俄國土地，瓦迪斯瓦夫四世皈依東正教，波雅爾獲得特權，其中包括沙俄的高級職位只能由俄國貴族擔當。雙方簽署協議後，聯邦軍退進入克里姆林宮。
齊格蒙特三世隨後毀約，宣稱皇位為己所有，這將意味著對俄國的全面征服，此舉將會被俄國社會的大多數所反對。齊格蒙特的毀約與索要皇位僅是加劇了動盪，此時瑞典也提出了自己的皇位擁有者，並攻占大諾夫哥羅德。在此形勢下，俄國民眾在1611年舉行反波起義，包圍占據克里姆林宮的波蘭駐軍。
同時，聯邦軍隊在長時間大舉包圍斯摩棱斯克後，於1611年攻占此處。但克里姆林宮內的波軍形勢不斷惡化，儘管時有援軍到達，大規模民族與宗教起義蔓延全俄。蓋特曼霍德凱維奇的新救援行動以失敗告終，駐克里姆林宮的聯邦軍隊的投降成為必須。波蘭囚徒主教費拉萊特之子，米哈伊爾·費奧多羅維奇·羅曼諾夫在1613年成為新沙皇。
在未獲軍餉的軍隊發動叛亂後，波蘭軍力減弱，但戰爭仍在繼續。鄂圖曼帝國在受到波蘭領土擴張的威脅後，在邊界地區參與戰事，1617年，俄國與瑞典達成和約。聯邦懼於新聯盟，再次發動遠征，遠征軍攻占了維亞濟馬，抵達莫斯科城下，試圖再次讓瓦迪斯瓦夫四世統治此地。但是莫斯科不會再打開城門，聯邦也無足夠兵力強攻此城。
儘管對戰果失望，聯邦仍能利用俄羅斯衰弱時期，透過領土擴張，恢復先前幾十年裡在東部遭受的損失。1619年杜里諾和約中，聯邦獲得斯摩棱斯克、切爾尼戈夫、和諾夫哥羅德-謝韋爾斯基。 
波蘭立陶宛聯邦達到其最大領土，但未能與俄羅斯形成預定的共主邦聯。事實證明，兩大帝國之間體制上、文化上以及宗教上的不相容不可逾越。國土淪喪與殘酷戰爭的結果並不公平，讓俄國統治階級與民眾產生復仇心態。大規模戰事耗費聯邦國力，瓦薩王室與其權貴盟友的冒進政策的後果將會非常慘重。

三十年戰爭時期的聯邦和西里西亞

1613年，齊格蒙特三世與神聖羅馬帝國皇帝馬蒂亞斯達成諒解，雙邊藉此同意進行合作，並在鎮壓國內叛亂方面相互給予支援。這份條約使哈布斯堡王朝在聯邦對俄國的戰爭中保持中立，但在1618年，波希米亞叛亂引發三十年戰爭後，這份條約給聯邦帶來了更為嚴重的後果。
捷克事件削弱了哈布斯堡王室在西里西亞的地位，而西里西亞當地有很多波蘭族人的聚居地，他們因自身在當地的關係和利益而站在了新教陣營。眾多波蘭信義宗教區，包括教會學校與文化活動中心等，都在東西里西亞以奧波萊和切申為中心的波蘭人聚居區建立起來，在這一地區乃至地區之外的眾多城市與市鎮（如布列斯勞和格倫堡等地）也有這種新教設施分布。有復興潛力的哈布斯堡王室對西里西亞波蘭人的威脅非常明顯，而齊格蒙特三世親信內部也有人，如斯坦尼斯瓦夫·武賓斯基和耶日·茲巴拉斯基等，向國王強調波蘭在此地的歷史權利和選擇權。在很多人建議不要讓聯邦站在天主教-哈布斯堡王室一邊捲入此事後，國王齊格蒙特三世，這個熱忱的天主教徒，最終決定支持天主教陣營，但這種支持並非正式。
兵力達10000人的僱傭軍利索夫斯基軍是一支高效的作戰部隊，他們剛剛從莫斯科戰役中歸來，已經為什拉赫塔所深惡痛絕；在三十年戰爭中，這支部隊是聯邦能夠調配的可用兵力；齊格蒙特三世將他們派往南方以支援神聖羅馬帝國皇帝斐迪南二世。齊格蒙特三世宮廷的干預在戰爭的第一階段起到了重要作用，幫助哈布斯堡王朝在其危急時刻維護其地位。
利索夫斯基軍進軍匈牙利北部（現斯洛伐克），1619年在胡門內戰役中擊敗特蘭西瓦尼亞軍。此時正與捷克人一同圍攻維也納的特蘭西瓦尼亞公爵拜特倫·加博爾，不得不儘快歸國與斐迪南二世議和，使捷克起義軍的形勢更加不利，捷克人最終在白山之戰及其後被擊潰。隨後，利索夫斯基軍又奔赴格拉茨（克沃茲科）及西里西亞、波西米亞和德意志地區的其他地方，無情鎮壓當地的反皇帝勢力。
波西米亞起義失敗後，西里西亞居民，包括上西里西亞的波蘭鄉紳，都遭到了嚴厲鎮壓與反宗教改革活動對其的打壓，其中包括對數千西里西亞人的流放，這數千人中很多最終定居在波蘭。在三十年戰爭的後續階段，因西里西亞多次成為軍事戰役的主戰場，這一地區遭到反覆蹂躪，其間，一位新教領導人，屬於皮雅斯特家族的布列格公爵約翰·克里斯蒂安籲請瓦迪斯瓦夫四世獲取對西里西亞的主權。瓦迪斯瓦夫四世雖然在宗教事務中持寬容立場，但和他的父王一樣，不願讓聯邦捲入三十年戰爭。他最終在1646年從神聖羅馬皇帝斐迪南三世那裡取得奧波萊公國和拉齊布日公國作為采邑。威斯特伐利亞合約允許哈布斯堡王朝在當時因戰爭已滿目瘡痍的西里西亞便宜行事，包括下西里西亞的波蘭人在內的當地新教徒因此受到哈布斯堡家族的強烈迫害，不是被迫流亡國外，便是被德意志化。

與鄂圖曼帝國和克里米亞汗國的衝突

儘管並未正式而直接地參與三十年戰爭，聯邦還是因其與哈布斯堡王朝的聯盟關係而陷入與鄂圖曼帝國、瑞典和沙俄的新戰爭當中，並因此讓波蘭對三十年戰爭的進程起重要影響。不過，波蘭立陶宛聯邦繼續與上述勢力作戰也有內因。
自16世紀起，聯邦遭到韃靼人的數次侵襲。16世紀，哥薩克開始襲擊黑海地區的土耳其聚落和韃靼人土地。作為報復，鄂圖曼帝國命令其附庸韃靼人，以克里米亞或南比薩拉比亞地區為基地，展開對聯邦波多利亞和紅魯塞尼亞地區的襲擊。聯邦東南邊疆直到18世紀仍處於一種半持久戰階段。一些學者估計，在克里米亞汗國時期，超過300萬人被俘並被販賣為奴。
哥薩克的劫掠活動在1613年至1620年間達到最高潮，最遠波及至安納托利亞半島的錫諾普。烏克蘭權貴則甚則繼續他們對莫耳達維亞地區的干預，在那裡他們繼續試圖將他們的親戚（莫維萊什蒂家族）推上大公之位（斯特凡·波托茨基於1607年和1602年，薩穆埃爾·科萊茨基和米哈烏·維希尼奧維茨基於1615年）。奧斯曼首領伊斯坎德爾·帕沙在莫耳達維亞擊潰權貴軍隊，並在1617年迫使斯坦尼斯瓦夫·若烏凱夫斯基在波蘭邊界同意簽署布沙條約，此條約規定聯邦不得再干預瓦拉幾亞和特蘭西瓦尼亞事務。
土耳其人對波蘭在俄國的影響力的不安，利索夫斯基軍1619年於奧斯曼屬國特蘭西瓦尼亞的遠征，和1619年哥薩克人對瓦爾納城的焚毀，使鄂圖曼帝國的年輕蘇丹奧斯曼二世宣布對聯邦宣戰，意圖摧毀並征服聯邦。
但初啟戰端的，卻是波蘭老蓋特曼斯坦尼斯瓦夫·若烏凱夫斯基，而若烏凱夫斯基也因此戰死。若烏凱夫斯基與科涅茨波爾斯基率領一支小軍隊進入莫耳達維亞，試圖得到莫耳達維亞大公加斯帕爾·格拉齊亞尼與哥薩克的兵力支援。然而，援軍並未到來，蓋特曼卻遭遇了由伊斯坎德爾·帕沙所率領的奧斯曼韃靼聯軍，聯邦軍居於劣勢。楚措拉戰役中，波軍大敗，若烏凱夫斯基戰死，科涅茨波爾斯基被俘，聯邦門戶四開，但奧斯曼和韃靼雙方指揮官之間的分歧讓奧斯曼軍隊未能發起有效的追擊。
大瑟姆在華沙召開，王室因使國家陷於危難而被譴責，但瑟姆最終同意開徵維持一支六萬人軍隊的高額賦稅，並將登記哥薩克的人數增至四萬人。聯邦軍隊由揚·卡羅爾·霍德凱維奇率領，並得到佩特羅·科納舍維奇-薩海達奇尼及其麾下的哥薩克支持，哥薩克與奧斯曼和韃靼軍隊作戰，並參與了接下來的戰役。實際上，大約30000人的正規軍和25000人的哥薩克在霍騰遭遇了由奧斯曼二世率領的奧斯曼軍隊，後者兵力占優。1621年9月，奧斯曼軍隊向聯邦的防禦據點發起多次猛烈進攻，最終被擊退。最終，鄂圖曼帝國因其兵力空虛，簽署霍騰條約，保持齊格蒙特二世時期的舊有邊界不變（聯邦和奧斯曼軍隊之間的德涅斯特河邊界），此結果對波方有利。奧斯曼二世兵變被殺後，其繼任者穆斯塔法一世承認這一條約。
為回應哥薩克接下來的進犯，韃靼人的侵襲也仍在繼續，在1623年至1624年間受襲地區向西可延伸至維斯瓦河附近，這些地方財物遭劫，人員被俘。獲釋的科涅茨波爾斯基與斯特凡·赫梅萊茨基在1624年至1633年利用聯邦常備軍（「四分之一軍」，波蘭語：wojsko kwarciane），在哥薩克和當地人的支援下，多次擊敗韃靼人，形成對聯邦西南方的有效防禦。1633年至1634年，波蘭與鄂圖曼帝國再起戰端，此次戰爭以雙方議和告終。1644年，科涅茨波爾斯基在奧赫馬蒂夫擊敗圖蓋貝伊，死前計劃入侵克里米亞汗國。瓦迪斯瓦夫四世發起對鄂圖曼帝國的大規模國際戰爭，亦即十字軍的想法被1646年的審問瑟姆擊退。聯邦對控制權貴和哥薩克活動的無能為力導致聯邦東南邊疆的半不穩定狀態，並為這一地區帶來危險。

波羅的地區領土和海上通行權的喪失

對波蘭立陶宛聯邦更大的威脅來自瑞典。精於戰事而又野心勃勃的軍事領袖古斯塔夫二世·阿道夫登上了瑞典王位，極大地提高了瑞典軍隊的作戰能力，並利用新教徒的狂熱，使聯邦北方的權力平衡向瑞典一方傾斜。聯邦已疲於與沙皇俄國和鄂圖曼帝國的戰事，在外交上陷於孤立，此時面對這新的挑戰也措手不及。齊格蒙特三世的一連串外交手段讓什拉赫塔將整個局勢看做國王的瑞典王室事務的另一階段；但事實上瑞典試圖奪取整個波控波羅的海岸，並因此控制聯邦的海上中間貿易而獲益，對聯邦的獨立存在形成威脅。
1621年8月末，古斯塔夫二世·阿道夫決定攻打立陶宛大公國最重要的貿易中心裡加，此時奧斯曼軍隊正逼近霍騰，牽制了當地的波蘭軍隊。里加遭到多次猛攻，一個月後不得不宣布投降。瑞軍向南進軍，進入庫爾蘭。里加淪陷，聯邦也失去了其在這一地區最為重要的波羅的海港與通往北利沃尼亞的通道，道加瓦河渡口。1622年的米塔瓦和約使庫爾蘭和利沃尼亞東部的主權歸波蘭所有，但瑞軍占據了道加瓦河以北的利沃尼亞大部。立陶宛軍隊保住了迪內堡，但在瓦爾霍夫戰役中遭到慘敗。
戰爭帶來的損失嚴重影響了立陶宛大公國的貿易和關稅收入。隨著1626年7月瑞典攻占皮勞，攻打普魯士公國使普魯士公爵，布蘭登堡選帝侯，聯邦附庸格奧爾格·威廉保持中立後，波蘭王國的土地也受到了影響。瑞軍不斷進軍，最後攻占了至普茨克為止的波羅的海沿岸。但澤（格但斯克）此時仍忠於聯邦，但也遭到了海上封鎖。
波蘭人完全被瑞典的入侵所震驚，九月時試圖發起反擊，但在格涅夫戰役中被古斯塔夫二世·阿道夫擊敗。波軍急需現代化。瑟姆透過為國防徵收重稅的提案，但正式的徵稅一直被耽擱。此時的但澤正匆忙著力於近代防禦工事的建設，而蓋特曼斯坦尼斯瓦夫·科涅茨波爾斯基也被調到波羅的沿岸，此二者一定程度上緩解了聯邦的局勢。科涅茨波爾斯基，這個一直在東部邊界征戰的卓越指揮官很快習得了海事知識和當時的歐洲戰法。科涅茨波爾斯基推動了海軍艦隊的必要擴大和陸軍的現代化，其軍事能力也足與古斯塔夫二世·阿道夫相匹敵。
科涅茨波爾斯基發起1627年春季戰役，試圖避免駐在普魯士公國的瑞軍逼近但澤，也試圖阻止其援軍從神聖羅馬帝國抵此。科涅茨波爾斯基行軍迅速，先收復普茨克，隨後在恰爾內（漢莫爾斯泰因）擊潰試圖為古斯塔夫二世增援的瑞軍。科涅茨波爾斯基的軍隊始終在特切夫附近活動，保衛通往但澤的通道，並避免古斯塔夫二世·阿道夫抵達其主要目標。奧利瓦戰役中，波蘭艦隊擊敗了一支瑞軍分艦隊。
但澤被守住了，但第二年在普魯士公國兵力得到加強的瑞軍攻占了布羅德尼察，在1629年初於古爾茲諾擊敗了波軍。古斯塔夫二世·阿道夫從其所攻占的波羅的海沿岸地區對聯邦施行經濟封鎖，並對其所征服的地方大肆劫掠。此時，阿爾布雷赫特·馮·華倫斯坦所率領的神羅盟軍抵達戰場，阻止瑞軍繼續前進。在波奧聯合行動的逼迫下，古斯塔夫不得不從克維曾撤至馬爾堡，在此過程中於奇恰納戰役被科涅茨波爾斯基擊敗，幾乎被俘。
但此時聯邦不僅疲於戰事，也被歐洲多國施加壓力，不得不停止進一步的軍事行動，允許古斯塔夫二世·阿道夫干預神聖羅馬帝國事務。阿爾特馬克和約中，聯邦將道加瓦河以北的利沃尼亞地區，和普魯士與利沃尼亞海岸的所有海港（除但澤、普茨克、柯尼斯堡和利鮑外）都讓與瑞典，而瑞典還被准許對經由但澤的貿易活動徵稅。

國家的退讓

瓦迪斯瓦夫四世登上聯邦王位之時，一直致力於建立由瑞典、俄國、特蘭西瓦尼亞和鄂圖曼帝國組成的反波同盟的古斯塔夫二世·阿道夫逝世了。俄軍隨後採取單方面行動，試圖收復在杜里諾和約中失去的領土。
1632年秋，準備充分的俄軍攻占了俄立邊界上的諸多要塞，並發起對斯摩棱斯克的圍攻。米哈伊爾·申因所率領的俄軍兵力占壓倒優勢，但斯摩棱斯克城固若金湯，經受俄軍總攻後仍未被攻陷。此時，瓦迪斯瓦夫親率兵力與俄軍相當的解圍軍隊抵達戰場，其指揮頗為高效。數月激戰後，申因投降。雙方簽署的波利亞諾夫卡和約大體上維持了杜里諾和約中的領土劃分，但在一些細節上做出了對沙俄有利的改變。瓦迪斯瓦夫四世放棄了他對沙皇之位的宣稱，其條件是俄方需交納一定賠款。
確保東部疆域安全後，瓦迪斯瓦夫四世將注意力放在收復由其他父王讓與瑞典的波羅的沿岸地區。瓦迪斯瓦夫四世希望利用瑞典在內爾德林根戰役的戰敗，為聯邦收復失地，也為自己得到瑞典王位。波蘭人對他的計劃和戰爭準備表示懷疑，國王只能繼續談判，但他不願放棄對瑞典王位的宣稱，使聯邦在談判中更趨弱勢。根據1635年的斯圖赫姆斯多爾夫條約，瑞典從王室普魯士的城市和港口中撤出兵力，這意味著瑞典會歸還波蘭王國其維斯瓦河下游領地，此外瑞典還將停止在上述地方徵收關稅。瑞典保留利沃尼亞大部，而聯邦保留庫爾蘭。這一條約讓立陶宛的波羅的海貿易進入繁榮時期。
隨著布蘭登堡選帝侯獲得普魯士公國的爵位，聯邦對公國的控制力不斷減弱。在選帝侯的統治下，公國與布蘭登堡的關係更加緊密，這侵犯了聯邦的利益。齊格蒙特三世先後將公國交由約阿希姆·腓特烈和約翰·西吉斯蒙德統治，後者於1611年在國王和瑟姆的批准下獲得了霍亨索倫家族對公國的繼承權。約翰·西吉斯蒙德實際上在1618年阿爾布雷希特·腓特烈去世後才成為普魯士公爵，其繼位者格奧爾格·威廉。隨後爵位傳於腓特烈·威廉一世，他在1641年向瓦迪斯瓦夫四世宣誓效忠，他也是最後一個向波蘭國王宣誓效忠的普魯士公爵。繼位的布蘭登堡公爵會在名義上做出讓步，以滿足聯邦的權益，並使其享有的權力合法化，但兩國之間的關係正在發生不可逆的變化。
1637年．斯拉夫人的格里芬斯家族的最後一位波美拉尼亞公爵，博吉斯拉夫十四世去世。瑞典取得對波美拉尼亞的統治權，而聯邦只能得到其采邑比圖夫地區和倫博爾克地區。瓦迪斯瓦夫四世在威斯特伐利亞和會中尋求得到斯武普斯克，但這個地區最終屬於布蘭登堡，布蘭登堡在和會後控制了波美拉尼亞全部，向東與聯邦邊界毗鄰，向南與哈布斯堡王朝接壤。斯拉夫人卡舒比人和斯洛溫齊亞人定居在波美拉尼亞的部分地區。
三十年戰爭時期，聯邦有損有得，但損大於得，此時波蘭立陶宛聯邦仍是中東歐地區的幾個強權之一。自1635年起，聯邦度過了一段和平時期，此時內部的矛盾和立法機構的越發癱瘓阻止了一切實質性改革的產生。聯邦並未對將在此世紀中葉出現的重大挑戰做好準備。

選舉君主制和貴族共和國

波蘭立陶宛聯邦自其在16世紀下半葉建立起，便一直推行選舉君主制，國王由世襲貴族選舉產生。國王任期終身，老國王去世後，國家會選舉出新的國王。
1572年，雅蓋隆王朝末代國王齊格蒙特二世無嗣而終。當時波蘭-立陶宛的政治體制沒有推選新國王的方法，因此對此事毫無準備。在激烈的爭論後，人們決定由波蘭立陶宛的全體貴族決定未來國王的人選。貴族會在華沙附近的沃拉參與王室選舉的投票。
波蘭國王選舉一直持續至瓜分波蘭之時。當選的國王依當選時間依次為：瓦盧瓦的亨利、安娜·雅蓋隆、斯特凡·巴托里、齊格蒙特三世·瓦薩、瓦迪斯瓦夫四世、揚二世·卡齊米日、米哈烏·克雷布特·維希尼奧維茨基、揚三世·索別斯基、奧古斯特二世、斯坦尼斯瓦夫·萊什琴斯基、奧古斯特三世和斯坦尼斯瓦夫·奧古斯特·波尼亞托夫斯基。
第一次波蘭王室選舉在1573年舉行。參選的四人分別為法國國王查理九世之弟瓦盧瓦的亨利、俄國沙皇伊凡四世、奧地利大公恩斯特、和瑞典國王約翰三世。瓦盧瓦的亨利最終當選國王。但在成為波蘭國王四個月不久，他得悉其兄長法國國王駕崩。瓦盧瓦的亨利隨後放棄其波蘭王位並返回法國，即位為法國國王亨利三世。
當選的國王中有幾位對聯邦有長遠影響。斯特凡·巴托里決心以惡化與權貴的關係為代價，恢復日益衰微的王權。齊格蒙特三世、瓦迪斯瓦夫四世和約翰·卡齊米日皆來自瑞典瓦薩王朝；然而他們對外國事務與王室仇怨的過分關注使他們未能對聯邦的穩定產生重大貢獻。揚三世·索別斯基指揮波軍在1683年維也納戰役中增援奧軍，而這場戰役也成為聯邦最後一場重大勝利。末代波蘭國王斯坦尼斯瓦夫·奧古斯特·波尼亞托夫斯基是一個爭議人物。一方面，他是一些對聯邦而言姍姍來遲的重大且具有建設性的改革的幕後推手。另一方面，因為個性軟弱且缺少決斷力，對俄羅斯帝國更是百依百順，他親自葬送了他所推動的改革，以及急需這些改革的聯邦。
自盧布林聯合以來，波蘭立陶宛聯邦一反全歐君主專制的潮流，推行具有準民主性質的貴族民主制政體，儘管民主權力僅由貴族掌握，在大多數情況下，這種政體在歐洲歷史上仍然可稱為是史無前例的。貴族民主制對後世歐洲君主立憲制的發展而言也是重要典範。
但是下層貴族（什拉赫塔）、上層貴族（權貴）和當選國王之間的一系列權力鬥爭侵蝕了公民權價值，並逐漸削弱了政府的權威，及其正常運作與提供國防的能力。17世紀下半葉，臭名昭著的自由否決權制度開始施行，使議會的正常運作遭到癱瘓。自17世紀中期以來的一系列毀滅性戰爭（最著名者為赫梅利尼茨基起義和大洪水時代）以後，波蘭-立陶宛不再是一個具有影響力的政治勢力。在戰爭中聯邦大約失去三分之一的人口（比在第二次世界大戰的損失大）。聯邦的經濟與發展因貴族對農業和農奴制的依賴而進一步遭到損害，而上述兩點再加上城市中產階級的軟弱使聯邦的工業化進度落後於他國。
到18世紀初時，波蘭立陶宛聯邦，這個全歐面積最大人口最多的國家之一，變成了任由其強鄰操縱的傀儡（俄羅斯帝國、普魯士和奧地利），這三個國家幾乎隨心所欲地干涉聯邦的內政。18世紀下半葉，聯邦被強鄰多次瓜分，最終滅亡。

瑟姆和瑟米克

盧布林聯合後，立陶宛高級官員加入了聯邦大瑟姆的上議院；上議院中世俗議員與神職議員皆終身任職，其地位也得到加強，而高級官員內中級什拉赫塔的人數本來較少，所以其在上議院的席位按照比例也相應較少。國王可以不經瑟姆的正式決議，另外召集上議院，使其發揮樞密院的傳統職責，而什拉赫塔限制上議院權力的嘗試從未成功。在1569年，大公國和王室普魯士更進一步與波蘭王國聯合併融合，其議員加入大瑟姆後，下議院（被稱為瑟姆）共有170名地方議員，而上議院共有140位議員。
行使立法權的瑟姆議員大體上不能按照他們自身的意願行事。地方什拉赫塔議會（瑟米克）在大瑟姆之前召開；在瑟米克中當地貴族向其代表下達大量指令，以爭取並維護自己在相關領域的利益。大瑟姆結束後，另一次瑟米克將會召開。這一次議員會向自己的選民報告大瑟姆的成果。 
瑟米克在聯邦的議會機制中起到重要作用，與大瑟姆互為補充。瑟米克有時為瑟姆總宣言的推行提出詳細的方案，或者在瑟姆休會期間做出立法決定，其中有時候甚至會直接與君主聯繫。
市民階級的重要議會席位寥寥無幾，而農民更是一席皆無。猶太社區則將代表送入自己的四地理事會（Va'ad ）。聯邦議會狹隘的社會基礎對波蘭立陶宛國家的未來及其未來發展不利。
自1573年起，常規大瑟姆每兩年召開一次，為期6周。如果情況需要，國王可以召開為期2周的「特別」瑟姆；在議員同意的情況下，特別瑟姆的會期可以延長。盧布林聯合後，聯邦瑟姆更加集中在華沙召開，但克拉科夫仍作為加冕瑟姆的召開地。16至17世紀之交時，王室從克拉科夫永久遷至華沙。
瑟姆的流程順序在17世紀形成。下議院會做大部分的法案準備工作。而最後幾天則是由上議院和國王一起工作，這時最後版本將被贊成透過，而決議也會形成；最終的立法成果將需要得到大瑟姆三個立法主體——瑟姆、上議院和君主——的一致贊成。17世紀上半葉，下議院一致同意的規則尚未被嚴格執行。
大瑟姆是國家最高權力機關，以共識為基礎，國家權力由瑟姆作為集體共同享有。瑟姆的最高法院由國王主持，負責審理最嚴重的案件。在17世紀下半葉，因為種種原因，包括對一致同意規則的濫用（「自由否決權」），大瑟姆的有效性下降，而其因此無法實行的職能逐漸由瑟米克執行，而當時實際上政府的大部分工作都是在瑟米克完成的。

經濟與社會

1580年代，食品價格停止增長，東歐繁榮的農業貿易開始顯示出危機越發臨近的跡象。隨後，從西歐開始，農產品價格逐漸降低，物價蕭條的狀況由此形成。這一過程對東歐的莊園經濟的不良影響在17世紀後半葉達到最大。隨著西半球的白銀大量湧入歐洲，1620年左右時，全歐洲開始出現貨幣貶值狀況，經濟情況因此進一步惡化。但是，這時波蘭的大量穀物仍然經由但澤出口。聯邦貴族採取各種手段應對危機，並維持較高的糧食產量，特別是進一步加重農奴的負擔。貴族還強行購買或侵吞到這時較為富有的農民的土地，這種現象自17世紀中期開始尤為明顯。
城市工商業資產階級的資本和力量影響著聯邦初期採礦業和冶金業的發展。16至17世紀之交時，聯邦共有幾百家鐵匠鋪。大型鐵爐都在17世紀初時建立。對銀、銅和鉛的開採與冶煉產業也已有所發展。鹽業在維利奇卡和博赫尼亞等地蓬勃發展。在大約在1700年之後，部分工業企業逐漸被轉交給使用農奴勞動力的地主，使這些產業在17世紀後半葉遭到冷落並衰敗。
但澤實際上仍然享有自治權利，並且仍然在堅持捍衛其地位和對外貿的壟斷。1570年卡爾恩科夫斯基法給予波蘭國王控制海上貿易的權力，但是即便是曾經對但澤付諸軍事干預的斯特凡·巴托里，也無法將這部法律推行。波蘭的其他城市在17世紀上半頁狀況穩定，發展繁榮。然而，此世紀中葉的戰禍將城市階級徹底摧毀。
為阻止任何形式的階級流動，聯邦法律確立了一套嚴格的社會分離系統，此系統大約在17世紀上半葉成型。但是，貴族們並沒有達到使自己的階級完全與其他階級隔絕，無法讓外人進入的目的，實際上，有時甚至就連農民都能獲得貴族身份。因此，後來的很多波蘭貴族家族其血統都並不純正。貴族們接受他們所特有的一系列行為方式「薩爾馬提亞主義」，並利用這種行為方式使他們所自我認定的統治地位正當化。
盧布林聯合加快了對立陶宛和東部邊疆的所有貴族，以及很多立陶宛人與羅斯人的波蘭化進程，而這種進程滯礙了當地人自身的民族意識的發展。到了1563年齊格蒙特二世才允許信奉東正教的立陶宛貴族躋身大公國的最高級職位，但是在那時這個法案實際影響頗為有限，因為當時不論地位高低，信奉東正教的貴族已經屈指可數，且天主教的反宗教改革將很快來臨，將之前的一切成就全都化為烏有。聯邦東部的很多權貴都源於魯塞尼亞血統；波蘭王領向東延伸，使他們也被納入其中，這也進一步提高了權貴階級的政治和經濟地位。普通貴族日漸受大地主的支配，但他們缺乏與烏克蘭哥薩克移民聯合制衡權貴的意願，而哥薩克們融入波蘭主流社會並享有權利的意願也只能訴諸於姍姍來遲而低效的折中方案。農民的負擔更重，受到的剝削也更深。因為上述原因，波蘭立陶宛聯邦擴張與發展的方式也導致了社會與民族矛盾的加重，使其體制陷入癱瘓，最終導致「貴族共和國」將會面臨的危機。

東西方基督教：反宗教改革，布列斯特聯合

17世紀，聯邦日益趨同而波蘭化（針對少數族裔而言）的什拉赫塔大多已回歸羅馬天主教信仰，而天主教徒則維持自己信仰不變。
早期新教和解主義的體現，1570年的桑多梅日協議已有自衛的成分，因為當時反宗教改革對新教的壓力已日益增強，而這份協議會後在波蘭乃至全歐都非常著名。協議加強了新教的地位，使得1573年華沙聯盟對宗教自由的保證變得可能。
16世紀末是新教在聯邦最為盛行的時期，當時聯邦共有新教地方教會1000個多個，其中近半數都屬於加爾文主義。半個世紀後，這1000多個教會中只有50%倖存下來，其中大多為市民所信奉的信義宗受損較輕，而以什拉赫塔為主導的加爾文主義和非三位一體教派（波蘭兄弟會）則損失最大。1638年，隸屬於兄弟會的拉克維亞學院和拉庫夫的一家印刷社因褻神被迫關閉，這預示著更多困難將要來臨。
反宗教改革的攻勢在聯邦如此如火如荼總讓人覺得不可思議，因為聯邦既沒有宗教戰爭，也沒有與天主教會攜手打擊或限制競爭教派。可能的因素包括：新教沒有深入到下層民眾，尤其是農民當中、國王採取親天主教立場、宗教限制解除時貴族較少投身新教、新教內部派系林立、以及天主教會的宣傳日益猛烈等。
新教與天主教陣營之間的理念鬥爭最開始使聯邦的思想界大放異彩。天主教會根據特倫托會議所確定的方向，著手進行內部改革以應對外部挑戰。特倫托會議的決議早在1577年便已被波蘭教會正式接受，但直到1589年才開始被施行，17世紀末時改革才完成。早期時下層教士曾試圖推行改革，而1551年的瓦爾米亞主教斯坦尼斯瓦夫·霍茲尤什對改革作出一定的貢獻，赫茲尤什當時雖然是教會階層的異類，但卻是熱心的改革家。16世紀與17世紀之交時，很多在羅馬接受教育的主教掌管了教區一級的教會機構，並推行教士紀律，而反宗教改革運動也愈演愈烈。
霍茲尤什將耶穌會士引入波蘭，並在1564年於布拉涅沃為他們建立了一所學院。耶穌會的很多教育機構和宅邸在接下來的幾個十年相繼建立，而且大多建立在新教活動中心的附近。耶穌會教士都經過精心挑選，受過良好教育，有的出身於貴族豪門，也有的來自於市井之中。他們隨後便在宮廷中獲得高度影響力，並深入社會各個階層盡心奉獻於自身事業。耶穌會的教育規劃和反宗教改革的宣傳機構都使用了很多先進的傳媒技術，且大多因地制宜，他們也運用了歷經時間考驗的人文主義教學方法。布道家皮奧特爾·斯卡加和聖經翻譯家亞庫布·武耶克都屬於耶穌會當中的佼佼者之列。
為爭取人民支持，與新教成立國教會的想法相抗衡，聯邦的天主教會盡力將自己波蘭化，引入諸多本土元素以使教會自身更易為群眾所接受，也更易吸引他們。教會上層將理念付諸行動。這些在17世紀所發生的變化將會在接下來的幾個世紀中確定波蘭天主教的特性。
反宗教改革運動在16世紀與17世紀之交達到極盛，這時正處在齊格蒙特三世在位早期，齊格蒙特三世當時正在與耶穌會和其他的一些教會團體合作，以圖加強王權。國王試圖限制取得天主教高階教職的途徑。一些城市發生反新教暴亂。1606年的桑多梅日起義中，大批新教徒支持反對國王的起義軍。但是這並沒有阻止大批什拉赫塔回歸天主教。
儘管新教與東正教曾先後在1595年與1599年分別於托倫和維爾紐斯召開聯合會議，新教未能與聯邦東部的居民東正教徒聯合，而這也一定程度上促成了新教的衰落。波蘭天主教會自然不會丟失良機，他們試圖與東正教結盟，儘管其目的是為了讓那些東正教徒屈服於教皇（教皇請求使東西教會大分裂壓制在可控範圍之內）和聯邦的天主教權力中心。因為當時正處在聯邦和鄂圖曼帝國間衝突加劇，而東正教主教仍遵從君士坦丁堡牧區的指示，也因為近年來的發展，莫斯科牧區在1589年成立，東正教會當時被認為是會危害到國家安全的威脅。莫斯科牧區當時宣稱對波蘭立陶宛聯邦的東正教徒享有宗教裁判權，此事態使聯邦的很多東正教徒人心不安，誘使他們接受另一個選擇，即與西方合作。聯盟的主意得到國王齊格蒙特三世·瓦薩與東邊的波蘭貴族的支持；但東正教會與信徒中的世俗領導人卻因此產生分歧。
1595年至1596年間，天主教徒與東正教徒磋商並正式締結布列斯特聯合法案。此次聯合併沒有將羅馬天主教會和東正教會合二為一，但促成了斯拉夫語儀式東儀天主教會（「聯合教會」）的建立，這個新教會將成為一個東方天主教會，屬於希臘天主教會（現烏克蘭希臘天主教會和白俄羅斯希臘天主教會）。東儀天主教會承認教皇的最高權威，但使用拜占庭儀式，並在大多數方面保留其東方儀式的特點。這個聯盟是妥協的產物，它有著天生的缺陷，儘管有最初的協議在先，希臘天主教主教不能像他們的羅馬天主教同儕那樣進入上院，而且，令他們失望的是，東儀天主教徒總體上並未享有平等的權利。
布列斯特聯合使聯邦的白俄羅斯人與烏克蘭人的敵意增加，在這兩個民族中東正教徒仍然占大多數。它激化了原本便已十分明顯的民族和階級矛盾，並成為導致聯邦國力由盛轉衰的內亂爆發的另一個原因。在康斯坦蒂·奧斯特羅格斯基的領導下，被指責為「非聯合派」並被剝奪法律地位的東正教貴族為保衛自身權利而開戰。奧斯特羅格斯基是波屬烏克蘭的東正教文化復興運動的領導者。1576年，他建立了一所集中學與高校於一身的文科精英學校奧斯特羅赫學院，這座學院使用三種語言授課；1581年，他和他的學院為奧斯特洛聖經的出版做出貢獻，這部聖經在學術意義上是第一部東正教教會斯拉夫語聖經譯本。在多人的不懈努力下，1607年、1609年及1635年的議會法案重新承認東正教，將其視為兩個平等的東方教會之一。東正教會領導層與管理機制的重建困難重重（大多數主教皈依東儀天主教會，而在1620年與1621年，用來接替他們的東正教主教未獲聯邦承認），這個階段最終在瓦迪斯瓦夫四世在位時結束。那時很多東正教貴族都已皈依天主教，而東正教會由組織宗教兄弟會的市民和下層貴族，以及東部的新勢力哥薩克階級控制。基輔都主教彼得·莫吉拉在當地建立了一所有影響力的學院，他也為東正教會的重建和改革做出巨大貢獻。 
東儀天主教會原本為聯邦的魯塞尼亞人建立，但在其管理方面逐漸轉為使用波蘭語。自1650年左右起，教會的大多數檔案文獻都是以波蘭語而非魯塞尼亞語寫就。

早期巴洛克文化

自1580年起，巴洛克風格開始主導波蘭文化，這種藝術建基於文藝復興藝術的成就之上，兩者曾共存一段時間。起初，巴洛克藝術家和知識分子雖然因其所持的世界觀不同而分成兩派，但都享有廣泛的行動自由和言論自由。但是不久，反宗教改革開始鉗制人們思想，恢復中世紀傳統，在教育等領域推行審查制度（自1617年起的波蘭禁書目錄），而且將藝術風格由原來的蜿蜒波動變為橫平豎直。到17世紀中葉，文化風格已被重新定型，薩爾馬提亞主義和宗教狂熱成為主流。這個時期的藝術品位常常需要日益增加的東方元素。與先前時期的保持一致相反，這個時候普通市民和貴族的藝術品味開始彼此分離。文藝復興時期的政論家斯坦尼斯瓦夫·奧熱霍夫斯基已經為巴洛克時期的貴族政治思想提供理論基礎。
那時，聯邦各地共分布約四十座耶穌會學院（中學）。這些學院主要為什拉赫塔提供教育，市民子弟僅次之。王室總理大臣揚·扎莫伊斯基建立扎莫希奇鎮，他1594年還在那裡建立一所學院；扎莫伊斯基去世後，這所學院才作為一所文理中學。瓦薩王朝的前兩位國王都因對藝術和科學的支持而知名。在此之後，市民階級因戰亂而蕭條，與此同時聯邦的科學水平也經歷了全面衰退。
波蘭大學克拉科夫學院在16世紀中葉陷入危機，到17世紀初時，整個學院不斷倒退，充滿著反宗教改革式的盲從僵化的氣氛。耶穌會利用克拉科夫學院的內訌，在1579年在維爾紐斯建立大學，但他們控制克拉科夫學院的企圖最終並未成功。在這種條件下，很多學生選擇出國完成學業。克拉科夫學院院長揚·布羅熱克是個在多個領域都有所建樹的學者，主要研究數論，並且支持哥白尼的著作。他的著作在1616年被教會列為禁書，他的反耶穌會宣傳冊被當眾焚毀。 布羅熱克的同事斯坦尼斯瓦夫·普德沃夫斯基主要研究基於物理現象制定的度量衡。
米哈烏·森齊武伊（Sendivogius Polonus）是一位在歐洲享有盛名的鍊金術士，從《新光化學》（Novum Lumen Chymicum，1604年著，在17及18世紀有50多種版本和譯本），他以多種語言寫下很多著作。作為魯道夫二世門下的學術圈成員，他被一些專家認為是化學界先驅及氧的發現者，比拉瓦錫提前了一個半多世紀。（森齊武伊的作品被頂尖科學家所研究，其中包括艾薩克·牛頓）。
早期巴洛克時期湧現很多著名詩人。塞巴斯蒂安·格拉博維茨基寫了很多形上學而神秘主義的宗教詩，代表寂靜主義的消極趨向。另一位什拉赫塔詩人薩穆埃爾·特瓦爾多夫斯基參與多起軍事衝突及其他歷史事件，主要創作史詩。到17世紀中葉，城市詩歌也非常盛行，平民詩作批評當時的社會秩序，仍然充滿文藝復興風格。基亞尼的約翰系列詩作內含非常深的社會激進主義思想。道德家塞巴斯蒂安·克洛諾維茨創作象徵詩《弗利斯》（Flis），該詩的背景為在維斯瓦河上漂浮作業的排水船。西蒙·西蒙諾維茨在他的《田園詩集》中直敘農奴生活的艱辛。耶穌會士馬切伊·薩爾別夫斯基因其所寫的拉丁文詩在全歐受到高度讚譽。
這一時期的傑出華章由布道演講家皮奧特爾·斯卡爾加寫就。在他的「瑟姆布道」中，斯卡爾加嚴厲地批評了貴族和政府，同時表達出他對建基於強而有力的君主制之上的政府體制的支持。回憶錄在17世紀已發展得非常成熟。其中，最為知名的是米科瓦伊·拉齊維烏的《聖地旅途》和斯坦尼斯瓦夫·若烏凱夫斯基的《莫斯科戰爭的開始與發展》，其中，後者是波蘭最偉大的指揮官之一。
戲劇是特別適合巴洛克風格的一種藝術形式。各種各樣的劇場演出時常會作為宗教活動和道德說教的一部分而登上舞台，而且通常會使用民俗風格。校園劇場也在新教和天主教中學之中普及開來。1637年，瓦迪斯瓦夫四世在華沙王室城堡建立一個設有管弦樂隊的永久性宮廷劇院；以義大利人為主的演出團體主要表演義大利歌劇和芭蕾。
音樂，不論是宗教音樂還是世俗音樂，在巴洛克時期都保持著發展的態勢。自17世紀起，做工精良的管風琴相繼陳設在各個教堂之中；其中一座典範之作就保留在萊扎伊斯克城內。齊格蒙特三世曾支持一個由60名音樂家組成的國際知名樂團。樂團的成員包括亞當·亞爾任布斯基和他的同代人馬爾欽·梅爾切夫斯基，兩者皆為齊格蒙特三世與瓦迪斯瓦夫四世宮廷的首席作曲家。王室秘書揚·亞歷山大·戈爾琴在1647年發表了一部頗受歡迎的新手音樂教程。
弗羅茨瓦夫的宮廷畫家馬丁·科貝爾先後受僱於斯特凡·巴托里和齊格蒙特三世；他創作了很多知名的王室肖像畫。
1580年至1600年間，揚·扎莫伊斯基任命威尼斯建築師貝爾納多·莫蘭多建設扎莫希奇城。這個城鎮及其防禦工事都是根據文藝復興藝術和風格主義的美學理念設計的。
有時，在藝術史上文藝復興晚期藝術和早期巴洛克風格並存的時期被稱為風格主義時期，在波蘭，風格主義時期從16世紀末的最後25年持續至17世紀初的最初25年。波蘭藝術仍然受到義大利文化中心的影響，其中羅馬以及西歐的尼德蘭的影響日益加強。外國元素與本地元素相互融合，形成了波蘭本土的巴洛克藝術。
巴洛克藝術的發展在很大程度上仰賴天主教會的支持。教會利用巴洛克藝術擴大其宗教影響力，並因此在這一領域揮斥重金。在這種場合下，最為重要的藝術形式便是建築。此時的建築最開始較為樸素，但隨著時間的發展，其內外裝飾越來越繁複也越來越奢侈。
自1580年代起，聯邦各地紛紛矗立起很多按羅馬耶穌教堂的樣式所修建的教堂。哥特教堂及其他更加古老的教堂也逐漸添加上巴洛克風格的建築外飾、雕刻、壁畫及其它裝飾，這種情況在現在的很多波蘭教堂中都很明顯。華沙王室城堡自1596年起成為君主的主要居所，其在1611年左右被擴大並重建。波蘭國王的另一處居所烏亞茲杜夫城堡在建築上更具影響力，其設計被很多巴洛克風格的權貴宅邸所效仿。
巴洛克雕刻的作用通常較次要，它主要作為建築內外的裝飾元素，同時也用在墓碑之上。其著名例外是華沙王室城堡前紀念齊格蒙特三世而設的西吉斯蒙德圓柱（1644年）。
寫實的宗教畫作，有時是由相關作品所組成的一個系列，為其宗教目的而存在。裸體畫和神話主題畫作遭到禁止，但是除這種奇幻題材以外的西方繪畫則正在流行。齊格蒙特三世將托馬索·多拉貝拉從威尼斯帶到波蘭。作為多產畫家，他在克拉科夫終老，並影響了很多波蘭畫家，這些畫家形成了一個流派。但澤（格但斯克）也是繪畫藝術的中心，畫家赫爾曼·漢恩和巴托洛莫伊斯·斯特羅貝爾都在那裡工作，而同在那裡的還包括雕刻家維萊姆·亨德特和耶雷米亞斯·法爾克。
17世紀上半葉，波蘭在文化領域上還是中歐地區的重要勢力。與上一個世紀相比，更多的社會階層參與到了文化活動當中，但天主教反宗教改革的壓力使文化的多樣性減少。而17世紀中期的災難性戰爭極大地削弱了聯邦的文化發展及其在地區上的影響力。

腳註

a.當時的記錄記載了波蘭立陶宛聯邦的軍隊在俄國境內所進行的大規模殺戮、殘忍行為和虐待行徑。雙方都曾施加暴行，但波蘭是戰爭的進攻方，是他們以暴行對待當地平民。1610年克里姆林宮波蘭駐軍的第一指揮官亞歷山大·戈謝夫斯基試圖以嚴刑抑制其屬下的暴行，但成效甚微。蓋特曼斯坦尼斯瓦夫·若烏凱夫斯基將莫斯科的大屠殺記載為「最後的審判」，對將一度廣闊繁榮富饒的俄羅斯首都在大屠殺中被付之一炬而產生的不可估量的損失和慘狀表露出明顯的憐惜之情。
戈謝夫斯基下令用火驅散俄國的反對者；大火使莫斯科有60000多人葬身其中。戈謝夫斯基下令將被罷黜的瓦西里四世和他的兄弟放逐到波蘭，並在莫斯科牧首赫爾墨吉尼斯發動對波蘭人和其支持者的起義後，將牧首投入獄中。