清朝

名稱來源

1616年努爾哈赤建立後金政權，1636年皇太極改國號為「大清」，入關後成爲元朝以來中國歷史上第三個（也是最後一個）把「大」字加入正式國號之中的大一統皇朝。皇太極改國號的原因，未有史料明確記載，有說法認為是為了掩蓋女真曾臣服於明的歷史以鼓舞士氣；「清」之國號，或云是金的諧音，而且滿人尚青，加水字邊以符合五德終始說，用水免去朱明（朱是指明朝皇帝的姓氏，明是明朝國號）之「火」；另有一種觀點認為「大清」這一國號並非來自漢語，而是滿語中的一個蒙古借詞「ᠳᠠᠢᠼᠢᠨ」（Daičin），原意為「善戰者，戰士」，故「大清國」的意思是「上國」或「善戰之國」；但此論述遭到了從語言與相關文獻資料考證等方面的多方反駁，清代滿蒙語中也無此用法。

對「中國」一詞的重塑

清朝以前「中國」的詞義基本上為地理、民族、政治區域和文化意義，而現代國體意義上的「中國」，直至1689年9月7日《中俄尼布楚條約》簽訂後才首次正式出現於外交文件上。
自入主中原之後，清朝皇帝正式以「中國」（滿語：ᡩᡠᠯᡳᠮᠪᠠᡳ
ᡤᡠᡵᡠᠨ，穆麟德：dulimbai gurun，太清：dulimbai gurun）稱呼全境。1689年，清朝康熙帝在與俄國簽訂的具有現代國際法水準的邊界條約——《尼布楚條約》中，首次將「中國」作為正式國家名稱使用，與「俄羅斯」相對，該「中國」指包括蒙古以及中國東北等地在內的整個清帝國。
中西史學家如黃興濤博士及新清史學派學者、東亞史學家歐立德（Mark C. Elliott）認為，康雍乾之後的中國，是被清朝皇帝、滿人、漢人等其他族群共同認同並加以再造過的中國。現代「中國」的概念，正是來自於清朝所塑造的中國觀。

後金立國

15世紀初期，位於東北亞的女真族大致分成三部分，其中以建州女真最為強大。建州女真原為遼金時代生女真完顏部的附屬五國部，居於牡丹江與松花江匯流地方，在元代組成為五個女真萬戶府，元末因受野人女真滋擾不斷，以及明朝的招撫等因素，其部族選擇歸附明朝。明朝將其部遷至原渤海地（今綏芬河流域）設置為他們新的聚居地。
1403年明朝依據原渤海建州的地名稱呼為建州女真，並設置了衛所這一地方軍事行政機構，冊封阿哈出（賜名李承善）為建州衛指揮使，猛哥帖木兒為建州衛左都督。其後1416年又建立建州左衛，以猛哥帖木兒為指揮使，並賜姓童。建州衛早期歸屬奴兒干都司，奴兒干都司廢除後改屬遼東都司。
猛哥帖木兒在被野人女真所殺後，其弟凡察與子董山被迫南移，最後定居赫圖阿拉（今遼寧新賓），併入建州衛內。1442年，明朝又從建州左衛分立出右衛，以凡察領導右衛、董山領導左衛，形成建州三衛，三衛首領也是世襲制，但須經明朝政府認可後方生效。
由於建州三衛對明朝過度干預女真產生不滿，因而逐漸不遵守朝廷命令。而此時女真各部也因嫌隙已四分五裂。1467年明朝聯合朝鮮削弱建州三衛（即成化犁庭），並且於遼東邊界興建長城。明朝萬曆初年，董山的後代覺昌安與其子塔克世偕同明朝遼東總兵李成梁，以建州右衛王杲叛亂為由攻滅王杲與其子阿台，然而覺昌安同其子塔克世在入城勸降叛明的阿台時發生混戰，覺昌安父子也在混戰中被明軍誤殺死亡。1586年明廷襲封塔克世之子努爾哈赤為指揮使，世襲建州衛作為補償。
努爾哈赤深覺被明朝背叛，以祖、父遺留的十三副遺甲崛起，統一建州女真後陸續併吞女真各部，並與漠南蒙古友好。
建州女真勢力日盛，1595年明朝授予努爾哈赤龍虎將軍的稱號，其勢力更加強大。1603年努爾哈赤在赫圖阿拉築城，兩年後致遼撫趙楫、總兵李成梁的呈文中說：「我奴兒哈赤收管我建州國之人，看守朝廷九百五十餘里邊疆」，以守疆名義索要更高權利，地位仍與過去相同，聲勢則已不同以往。一直到1616年，努爾哈赤在建立八旗制度後於赫圖阿拉（後稱興京）稱汗立國，即後金汗國。兩年後他以「七大恨」為由起兵反明。檄文中儼然以「北朝」自居。努爾哈赤在1619年的薩爾滸之戰中，擊敗楊鎬指揮的明軍、朝鮮與葉赫聯軍；接連佔領瀋陽、遼陽、撫順等遼東城市，戰無不勝的他更堅定了入主中原之志，隨後戰事集中於遼西地區。1626年，在與明袁崇煥交戰的寧遠戰役中受挫，數月後逝世。第八子皇太極歷經權力鬥爭後繼位。
皇太極即位之後，針對努爾哈赤時期的社會矛盾進行一系列改革，史稱「天聰新政」。皇太極改文館為內國史院、內秘書院、內弘文院，這是清朝內閣的雛形。還繼續完善和擴大蒙古八旗、漢軍八旗，設立理藩院管轄蒙古等地事務。1634年，將都城瀋陽易名「盛京」，更改「女真」族名為「滿洲」。1635年，多爾袞於征伐漠南蒙古時，聲稱得到元順帝離開中原時帶走的傳國玉璽，皇太極親率其子與諸官出城迎接，拜天行禮。1636年，皇太極在盛京稱帝，改年號為崇德，改國號為大清。當時明朝在關外的勢力尚有袁崇煥守備的錦州、寧遠與松山等三城。皇太極為繞道避開此防線，首先穩定根據地。他先脅迫明朝求和未果，隨後成功降伏西邊蒙古察哈爾部和東邊朝鮮。接著，皇太極經察哈爾繞道入侵明朝首都北京。最後崇禎帝（有人他認為中了反間計），處決援救北京的袁崇煥，史稱己巳之變。這種藉由繞道入侵的作法後來又執行五次，與明朝內部的流寇一同消耗明朝的經濟力。1642年，清軍於松錦之戰擊潰明軍並收降洪承疇等人，奪取明朝在關外的所有堡壘，明朝防線移至山海關及長城沿線。1643年皇太極病死，第九子福臨繼位，是為順治帝，由其叔多爾袞攝政。

入關一統

明朝崇禎末年，民變勢力（史稱「流寇」）如李自成於陝西西安建國大順，張獻忠於四川成都建國大西。1644年李自成經河南、山西順利的攻入北京，明思宗在煤山上吊自殺，明亡。同年山海關守將吳三桂不願投降大順。面對李自成的順軍，吳三桂引清兵入關，於一片石戰役擊敗順軍，史稱甲申之變。李自成放棄北京，率軍退回陝西。清朝攝政王多爾袞成功迎順治帝入關，順治在北京天壇圓丘行祭天之禮，祝文宣布受天命、建王朝，名稱仍用大清國號，並將首都遷到北京。同一時間，明朝馬士英擁護福王在明朝陪都南京應天府稱帝，即弘光帝，南明成立。然而弘光朝因為黨爭與宦官之亂而混亂分裂。
多爾袞先派阿濟格、吳三桂與多鐸、孔有德分陝北、河南二路攻打陝西李自成，李自成最後於湖北滅亡；派豪格攻滅四川張獻忠，其餘部投降南明以抗清。多爾袞接著對付位於江南、內鬥分裂的南明諸勢力。1645年，多鐸率清軍攻破史可法駐守的揚州，弘光帝逃至蕪湖被逮，送到北京殺害。明朝魯王朱以海與唐王隆武帝分別在浙江與福建建立勢力，然而雙方不和，不久被清軍各個擊破，擁護隆武帝的鄭芝龍也宣布投降。之後桂王於廣東的肇慶即位為永曆帝，期間瞿式耜、李定國、鄭成功及其他明將先後收復華南各省，最後因為距離互相難以照應，內部又發生叛變而節節敗退。1661年，清軍攻入雲南，逃亡緬甸的永曆帝最後被吳三桂殺死，南明亡。此時只剩下臺灣的明鄭（鄭成功勢力）和緬甸果敢的明軍，清朝基本佔領明朝全部領地。由於華南反清勢力較大，清帝冊封吳三桂、耿仲明與尚可喜為王以鎮守雲南、廣東與福建等地，史稱三藩。
多爾袞在清軍攻入關內後推行剃髮易服政策，導致關內漢人對清廷態度驟變，甚至極力反抗，如「入關之初，嚴禁殺掠，故中原人士無不悅服，及有剃頭之舉，民皆憤怒，或見我人泣而言曰，我以何罪獨為此剃頭乎？」，而明朝官員左懋第亦言「我頭可斷、髮不可斷，我早辦一死矣。」。清軍對反抗者進行鎮壓，重要事件如揚州十日、嘉定三屠與庚寅之劫等。清廷制定的圈地和投充政策使人民放棄土地，增加更多流民。為此又制定嚴禁奴僕逃亡的逃人法，激化京畿地區的民族與階層矛盾。
但後續清廷下令停止這些政策，並實行獎勵墾荒、減免捐稅的政策。並且正式開科取士，追尊崇禎帝與明朝忠臣。
1661年，順治帝英年早逝，其子8歲的玄燁即位，即康熙帝，由索尼、遏必隆、蘇克薩哈與鰲拜四大臣輔政。康熙帝於繼位之初即運用計謀消滅跋扈的權臣鰲拜以穩固皇權。三藩勢力如吳三桂、耿精忠與尚之信等涵蓋全國之半，他們先後請求撤藩以試探清廷。當時部分大臣擔憂三藩叛變而反對。最後，孝莊太皇太后與康熙帝無懼三藩而同意撤除。這使得三藩與陝西王輔臣、廣西孫延齡與台灣明鄭的鄭經聯合發動三藩之亂。在這九年期間，反清勢力遍及華中、華南，吳三桂更於後期稱帝建國周。然而清軍採取積極防禦，進軍陝西、江西以切割叛軍。加上吳三桂沒有積極北伐，反清聯軍因佔領地與吳三桂過度干涉而發生糾紛，最後王輔臣、耿繼忠與尚之信先後投降，佔領福建沿岸的鄭經被擊敗。1681年清軍攻入雲南，繼承吳三桂之位的吳世璠在昆明自殺，三藩之亂最終在1681年被完全撲滅，國家遭受較大的損失，在四川、雲南以及江西等地有不少人被殺害，從許多記載來看，在三藩之亂時，清軍，叛軍，土匪等曾造成屠殺平民事件，不僅僅在川滇，其他相關地區也遭受類似的厄運，比如江西百姓遭受屠戮的數量就不少，「剿洗，玉石難分，老幼死於鋒鏑，婦子悉為俘囚，白骨遍野，民無噍類」。同年，鄭經之子鄭克塽繼位，明鄭因內亂不斷導致不少將領降清。清朝派明鄭降將施琅率領水師攻打臺灣。施琅佔領澎湖，逼近東寧（今台灣台南），鄭克塽率領大臣降清，至此明鄭亡。

擴張與改制

康熙帝平定三藩後，清朝進入康雍乾時期，這段時期是清朝發展的高峰時期，史學界通常稱為「康雍乾盛世」。康熙帝為政寬仁，留心民間疾苦，在他親政不久後，便宣布停止圈地，放寬墾荒地的免稅年限。他還著手整頓吏治，恢復京察、大計等考核制度。受康熙帝的「滋生人丁，永不加賦」（攤丁入畝）政策以及外來農作物的引進等影響，清朝人口大大提升。他先後任用靳輔和于成龍治理黃河與大運河，得到很大的成績。在他六次南巡期間，考察民情習俗之外，更是親自監督河工。康熙中期以後，因戰亂而遭到嚴重破壞的手工業逐步得到恢復和發展。為安定社會秩序，他頒行十六條聖諭，要地方人士循循告誡鄉民。他又派心腹包衣（即家奴）如曹寅、李熙等人打探地方物價、人民收入與官紳不軌之事，並以密褶奏報。此即密摺制度的萌芽，到雍正時期趨於完善。康熙帝重視對漢族士大夫的優遇，他多次舉辦博學鴻儒科，創建南書房制度，並且向來華傳教士學習西方科學與文化。
清初蒙古分為四大部。其中準噶爾汗國與俄羅斯沙皇國友好，其可汗噶爾丹先滅領葉爾羌汗國與青海和碩特，又佔領喀爾喀蒙古，喀爾喀三部南下投靠清朝。康熙帝首先派薩布素於雅克薩戰役驅除入侵黑龍江的沙俄軍隊，與沙俄所簽訂的《尼布楚條約》以確立東北疆界並獲得沙俄的中立。接著於1690年至1697年間烏蘭布通之戰與三征噶爾丹使噶爾丹戰死，進行多倫會盟以將喀爾喀蒙古納入直接統治。青藏地區的和碩特汗國協助黃教達賴五世擊敗紅教統一全藏，之後分裂成青海與西藏和碩特。達賴六世時，藏區政事交由第巴（理事大臣）桑結嘉錯管理，他聯合準噶爾對抗西藏和碩特的拉藏汗，拉藏汗先下手殺桑結嘉錯並廢除達賴六世。1717年噶爾丹的侄子策妄阿拉布坦入侵西藏，攻殺拉藏汗，並且佔領拉薩。清軍多次被準軍擊敗，最後於1720年由胤禵率軍驅除成功，協助達賴七世入藏，以拉藏汗舊臣管理藏區。
康熙晚期，由於官員薪資過低以及法律過寬，導致官吏貪污，吏治敗壞，並發生南山案文字獄事件，到雍正與乾隆時期這種情況加重。康熙帝本來按照中國立嫡立長的傳統封胤礽為太子，由於太子本身的素質問題及其在朝中結黨而廢太子，使得諸皇子為皇位互相結黨傾軋。故太子一度復立，但康熙帝仍無法容忍其結黨而廢除。最終在1722年臨終時傳位於胤禛，即雍正帝。
雍正帝獲得隆科多的協助繼位，賴年羹堯平定青海亂事以穩固政局，然而後來因故賜死年羹堯、幽禁隆科多。雍正帝在位時期，針對康熙時期的弊端採取補救措施，以延續康雍乾盛世。他設置軍機處加強皇權，廢殺與他對立的王公並削弱親王勢力。注重皇子教育，採取秘密立儲制度以防止康熙晚年諸皇子爭位的局面再度發生。將丁銀併入地賦，減輕無地貧民的負擔。廢止賤民政策，令世代受到奴役且地位低賤的賤戶被解放。為解決地方貪腐問題使火耗歸公，耗羨費用改由中央政府計算；設置養廉銀以提高地方官員的薪水。
對外方面，雍正初年青海親王羅卜藏丹津意圖復興和碩特汗國而亂，隔年年羹堯與岳鍾琪等人平定。為此雍正帝佔領部分西康地區，又在西寧與拉薩分置辦事大臣與駐藏大臣以管理青藏地區。聽從鄂爾泰建議推行改土歸流，廢除具自治性質的土司，以地方官管理少數民族。將喀爾喀蒙古併入清朝；於1727年與俄羅斯帝國簽訂恰克圖條約，確立塞北疆界。1729年聽從張廷玉建議，以傅爾丹與岳鍾琪兵分二路於科布多對抗準噶爾汗噶爾丹策零，最後於和通泊之戰戰敗。1732年噶爾丹策零東征喀爾喀蒙古，兵至杭愛山，被喀爾喀親王策棱擊敗。1734年清準和談，以阿爾泰山為界，西北大致和平。
雍正帝勤於政事，自詡「以勤先天下」、「朝乾夕惕」。他在位期間的奏摺大多由他親自批改，軍機處的諭旨也由他再三修改。他所親信的內外臣僚如張廷玉、鄂爾泰、田文鏡與李衛等人也都以幹練、刻覆著稱。他所派遣的特務遍即天下以監控地方事務，密摺制度至此完善，然而屢興文字獄打壓異己。1735年雍正帝於工作時去世，其子弘曆繼位，即乾隆帝。

盛極趨衰

乾隆帝繼位之初，獲得張廷玉與鄂爾泰的協助，穩定政局。他以「寬猛相濟」理念施政，介於康熙帝的仁厚與雍正帝的嚴苛之間。人口不斷增加使乾隆末年突破三億大關，約佔當時世界人口的三分之一。江南與廣東等地的絲織業與棉織業都很發達，景德鎮的瓷器都達到歷史高峰。與此同時，銀號亦開始在山西出現。中國的國庫庫存亦從雍正十三年（1735年）的34,530,485銀兩上升至乾隆三十九年（1774年）的73,905,610銀兩。然而乾隆晚期多從寬厚，寵信貪官和珅，官員腐化使政治大壞；六次下江南以蠲賦恩賞、巡視河工、觀民察吏、加恩士紳、培植士族、閱兵祭陵，有學者認為供張過盛，擾民有餘的批評。美國哈佛大學教授歐立德指出乾隆六次南巡誠然耗資巨大，但相對於當時國庫收入而言尚在可承受的範圍之內。
乾隆帝鴻講學術，然而由於限制過多，所得人才不如康熙詞科。此時期有許多書籍出版，例如《續三通》、《皇朝三通》與《大清會典》等史書；著名小說《紅樓夢》、《聊齋誌異》和《儒林外史》等；1773年更下令考據補遺，編纂《四庫全書》，與《古今圖書集成》成為全世界最龐大的類書，這些都成為盛世的文化標誌。然而為維護統治卻嚴厲控制思想，編書期間藉機對不符其思想的書籍進行禁毀與秘藏。此外大興文字獄使如戴名世等人被株連殺害或者流放。有學者認為這些都讓文人思想受到嚴厲阻礙，遲滯文化的發展，另有學者認為此舉扼殺中國人的思想活力。梁啟超則認為，清朝二百多年，對文化發展有相當程度的貢獻，是「中國之文藝復興時代」。清朝盛行的輯佚學亦救亡不少大量早已失傳的中國古籍。另外，史學家郭成康、林鐵鈞指出清代有些包括「反滿」內容的書籍多次在作者沒被追究的情況下合法出版，例如王夫之的《讀通鑑論》和顧炎武的詩文集。在清初年間的思想界、學術界，都相當活躍。康熙規定：「凡舊刻文卷，有國諱勿禁；其清、明、夷、虜等字，則在史館奉上諭，無避忌者」，表現出比歷代封建統治者都較為開明和寬容的態度，史學家喻大華指出不應該將清朝查禁「反清」言論與「文字獄」混為一談，因為號召推翻現政權的言論不屬於文字問題，而是政治問題。
西方傳教士將中國文化介紹給歐洲人，引發18世紀「中國風」熱潮。歐洲人追崇中國文化、思想與藝術，在1769年更有人寫道：「中國比歐洲本身的某些地區還要知名」。佩雷菲特筆下與乾隆帝不歡而散的英國特使馬戛爾尼認為清朝已經衰落，然而馬戛爾尼在其日記著作中寫道：「中國政府的行政機制和權力是如此的有組織和高效，有條件能夠迅即排除萬難，創造任何成就」，馬戛爾尼訪華團的成員之一愛尼斯·安德遜亦對當時期的清朝有相當的正面評價。
對外方面，乾隆十年（1745年）準噶爾汗噶爾丹策零去世，國內諸子爭位。乾隆十七年（1752年）冬，達瓦齊襲奪準噶爾汗國汗位，阿睦爾撒納在隨後的內鬥中被擊敗，不得不歸附清廷。乾隆帝乘機於乾隆二十年（1755年）派其為引導，以定北將軍班第率軍平定準噶爾，攻下伊犁。而後阿睦爾撒納想要成為新一代準噶爾之主，由於沒有獲得乾隆帝支持而叛變。乾隆帝派兆惠西征，阿睦爾撒納戰敗逃亡哈薩克汗國，後因為哈薩克汗歸降於乾隆，又逃亡帝俄，乾隆以《尼布楚條約》規定之中俄引渡逃人的條款要求俄方引渡，而阿睦爾撒納本人已於乾隆二十二年（1757年）出天花病死在托波爾斯克附近的庫杜斯克酒廠。隨著阿睦爾撒納的死去，天山北路遂告平定，準噶爾亡，其族在乾隆的屠殺令下慘遭滅絕。然而在天山南路，脫離準噶爾統治的回部領袖大小和卓兄弟起兵反清，史稱大小和卓之亂。其領袖布拉尼敦（大和卓）與霍集占（小和卓）佔據喀什噶爾與葉爾羌，意圖自立。乾隆二十三年（1758年）乾隆帝再命兆惠西征，兆惠率輕軍渡沙漠圍攻葉爾羌（今新疆莎車），反被包圍於黑水營。隔年清將富德率軍解圍，兆惠與富德最終攻滅大小和卓，並讓帕米爾高原以西的中亞各國成為藩屬國。乾隆末年，尼泊爾的廓爾喀王國兩次入侵西藏。1793年清廷派福康安與海蘭察領兵入藏，擊退廓爾喀入侵，不丹與哲孟雄（今錫金）亦為藩屬國，加強駐藏大臣的權力。
西南方面，乾隆初年派張廣泗平定貴州苗民之亂，隨後清軍前往平定大渡河上游的大小金川（今四川金川縣與小金縣）動亂，史稱大小金川之役。1747年到1749年期間發生大金川之戰，清軍於此吃盡苦頭。1771年第二次金川之戰爆發，大小金川的諾木與僧桑格均叛，清將溫福戰死，阿桂歷經多次作戰，直到1776年方平定。期間緬甸貢榜王朝與清朝爆發清緬戰爭，清軍四次進攻皆失敗。1769年乾隆帝派傅恆、阿桂入緬未果，雙方最後停戰。1784年暹羅卻克里王朝派使朝貢，1788年緬甸為應付暹羅威脅，也派使朝貢。1789年安南發生西山朝統一後黎朝、鄭主與廣南國的事件。清軍入安南擊敗西山朝，護送黎帝黎愍帝復位，但途中遭西山軍的伏擊而敗，史稱清越戰爭。西山朝阮惠遣使向清廷謝罪，清廷封為安南國王。
乾隆期間清朝疆域達1300萬餘平方公里，東方的朝鮮與琉球國也早就成為藩屬國之一。但只有德川幕府統治的日本處於鎖國時期，與清朝來往甚少。乾隆帝以「十全武功」自譽，他平定準噶爾與回疆大小和卓之亂，使四川、貴州等地繼續改土歸流，然而其餘戰事皆小題大作使國庫嚴重損耗，讓清朝國力衰退，全國範圍內開始爆發民變。乾隆時期的戶部存銀最高達8,000萬兩，常年保持在6,000-7,000萬兩左右，足以應付政府的各項日常開支、重大工程、戰爭，而雖然清朝的賦稅較為輕，且於康乾時期多次對外用兵、大興各項工程，但每年國家財政都會有餘，國庫儲備逐年上升。當時人口暴增與鄉村土地兼併嚴重，使得許多農民失去土地；加上貪官和珅等官員腐敗，於乾隆晚期到嘉慶時期陸續爆發民變。白蓮教於1770年代舉兵，後來又於1796年爆發川楚教亂，八年後被清軍鎮壓，領袖王三槐被處死。台灣天地會領袖林爽文於1787年發動林爽文事件，歷時一年多。在乾隆年間，平定大小金川之亂、消滅準噶爾汗國等各威脅，將新疆正式重新納入中國版圖，並且頒布被視為西藏屬於中國領土的最有力的證據《欽定藏內善後章程》二十九條，加強中央政府對西藏的管治，最終奠定現代中國的版圖。
1795年，乾隆帝照其誓言禪位於子顒琰，即嘉慶帝。乾隆雖為太上皇，但依然「訓政」至1799年去世，嘉慶帝方得以親政。然而嘉慶帝未能解決弊端，清朝繼續走向衰退。

近代開啟

嘉慶帝在當太子時痛恨貪官和珅，親政後將其賜死，並抄收其家產。然而嘉慶並沒有藉此全面整頓政風，加上地方出現賣官以平衡開支的現象，使得貪污腐敗的風氣更加擴大，加重地方人民的負擔。另外還有河道與漕運淤塞的難題。針對乾隆時期過度開銷的弊端，嘉慶帝提倡節儉，縮減朝廷與宗室的開支，把貧窮的旗民送到關外開墾。然而，最後因為朝野強烈的反彈聲浪而妥協。此時八旗兵與綠營軍紀腐敗不可堪用，只能靠地方地主勢力的團練平定亂事，而後期更由此形成湘軍與淮軍等地方軍。當時民亂不斷，有白蓮教的川楚教亂、東南有海盜侵襲，華北又有天理教之亂。道光之後又有太平天國之亂、捻亂以及甘陝回變與雲南回變，再加上鴉片戰爭等外患，一度使清廷搖搖欲墜。
1820年，嘉慶帝崩，旻寧繼位，即道光帝。此時，朝廷暮氣沉沉，滿朝文武只知迎合貪污謊報。道光帝提倡儉樸，所穿龍袍是宮內舊料所製，滿朝文武故意在朝服補丁，以示簡樸。大臣奏章大多報喜不報憂。曹振鏞是當時第一重臣，奉行「多磕頭，少說話」哲學。繼起的穆彰阿，人稱「在位二十年，亦愛才，亦不大貪，惟性巧佞，以欺罔矇蔽為務」。鴉片戰爭時，前方將帥不斷撒謊，敗將奕山竟被欽命交部優敘。道光時期稍可稱善的政績是陶澍改革鹽法，成功的防止商販壟斷。
19世紀上半葉，西方各國為使通商正常化，多次派使者前往中國協商。然而清政府以天朝上國自居，不願與西方各國平起平坐，屢次不了了之。當時不列顛帝國對中國茶葉與絲綢的需求龐大，對華貿易成逆差狀態。為此，英國將成癮劑鴉片大量輸入中國以改善本身經濟。1838年鴉片猛增到四萬零二百箱，人民健康被削弱，清朝經濟發生通貨膨脹，國力也持續衰退。道光帝為解決此弊端，派林則徐到外貿口岸廣州宣布禁菸，此即虎門銷煙。為此，1840年中英兩國爆發鴉片戰爭，清軍戰敗後和英國簽訂第一個不平等條約——《南京條約》，開啟中國近代史。當時道光帝與耆英不了解國際法，認為給予英人貿易之便以換取國家長存，所以割讓許多影響甚遠的權力。清朝後期被迫和各國簽訂不平等條約，除割地、開港、賠款之外，還讓外國派駐軍隊於首都，中國主權逐漸流失。
1850年，道光帝崩，子奕詝繼位，即咸豐帝。西方各國迫使清政府開港通商，加上地方官吏地主兼併土地，使得傳統農村經濟受到破壞。各地乘機紛紛起事，其中華北以捻亂為主，華中華南以洪秀全的太平天國與雲南杜文秀、馬如龍的雲南回變為主。洪秀全改造基督教教義，1851年於廣西金田起義，聯和天地會、三合會北伐。兩年後攻陷並定都江寧，並且發動兩次西征；不久又發動北伐，最遠達天津近郊。後來曾國藩、左宗棠與李鴻章為保護儒家文化，紛紛組織湘軍與淮軍抵抗太平天國。太平天國發生天京事變後國力衰退，部分勢力轉入捻軍。太平天國最後於1864年被湘軍、淮軍以及外國人組成的常勝軍、常捷軍圍攻之下而亡。此期間英國與法國因為和清廷修約不成，趁中國發生內亂之際，於1858年發動英法聯軍之役。清軍於八里橋之戰戰敗，聯軍攻陷北京，圓明園、清漪園等處被焚掠，簽訂《天津條約》及《北京條約》。同時帝俄以調停有功逼清廷簽訂《璦琿條約》，取走外東北領地。1864年帝俄強迫清廷訂立《勘分西北界約記》，割佔外西北。面對內外交迫的局面，清廷為使國力恢復而發起自強運動。

自強與維新

1861年，咸豐帝崩，其六歲之子載淳繼位，即同治帝。咸豐帝本任命肅順等八大臣贊襄政務，兩宮太后與恭親王奕訢發動辛酉政變，兩宮垂簾聽政，最後由兩宮之一的慈禧太后獲得實權。被稱為洋務派的奕訢與部分漢臣在消滅太平軍時認識到西方的船堅炮利，並且鑒於兩次鴉片戰爭的失敗，以「師夷長技以制夷」、中體西用為方針展開自強運動（又稱洋務運動）。當時總理各國事務衙門與隨後的北洋通商大臣負責對外關係與自強運動的策劃與推行，先後引入國外科學技術，建立現代銀行體系、現代郵政體系、鋪設鐵路、架設電報網。建立翻譯機構同文館、新式教育（新學），培訓技術人才並派遣留學生到歐美日等先進工業國家，培育出唐紹儀與詹天佑等人才。開設礦業、建立輪船招商局、江南製造總局與漢陽兵工廠等製造工廠與兵工廠，同時也建立新式陸軍與北洋艦隊等海軍。洋務運動使得中國社會出現較安定的局面，史稱「同治中興」。其間太平天國於1864年滅亡。1865年，僧格林沁的滿蒙騎兵（八旗兵）中捻軍埋伏後全殲，賴洋務派左宗棠與李鴻章分別滅西、東捻，捻亂到1868年為止。1862年至1878年間，左宗棠先後平定陝甘回變，平定新疆回亂，並收回伊犁。雲南回變也於1867年由馬如龍投降清朝岑毓英，以及1872年杜文秀自殺而止。西方各國的租借地也將西方思想帶入中國，推動中國革命與民主制度的發展。1875年，同治帝去世，慈禧太后立載湉為帝，即光緒帝。
對外方面，1884年，清朝和法國為越南（安南）主權爆發清法戰爭。清朝失去藩屬國越南，越南成為法國殖民地，台灣也宣布建省。1885年英國入侵緬甸，清朝駐英公使曾紀澤向英國抗議無效，隔年被迫簽訂《中英緬甸條約》，承認緬甸為英國所有。日本在明治維新後國力大增，1872年日本強迫清朝藩國琉球改屬日本，清朝拒不承認，中日交惡。1894年為朝鮮主權清朝和日本發生甲午戰爭，兩個推行西化運動的亞洲國家的戰爭最後以清軍落敗而告終。戰後簽《馬關條約》，清朝割讓台灣和澎湖，失去藩屬國朝鮮和租界。洋務派李鴻章建立的北洋艦隊全面瓦解，也宣告自強運動最終失敗。
甲午戰爭後，維新派康有為與梁啟超於1895年公車上書光緒帝，要求深入改革政府架構、教育、經濟體制與軍事制度等多個層面，期望清廷從制度面革新。1898年光緒帝在康有為的幫助下實施維新運動（戊戌變法），然而由於做法和態度過於激進而激起舊有保守派和原本的中立群體的反抗，康有為的弟弟康廣仁評道:「伯兄規模太廣，志氣太銳，包攬太多，同志太孤，舉行太大。當地排者，忌者、擠者、謗者盈衢塞巷，而上又無權，安能有成？」，導致原本支持變革的慈禧太后以「聽信逆臣蠱惑，改變祖宗成法」為由軟禁光緒帝，處決譚嗣同、康有溥等多人。由於維持103天就結束，被稱為「百日維新」。
1896年清廷為連俄制日，簽訂《中俄密約》。後來密約泄露，外國鑒於清朝已無力自衛，紛紛劃分在中國的勢力範圍以維護為各自利益，而美利堅合眾國提出門戶開放政策以平衡列強在華勢力。中國長期受列強欺辱，使地方產生義和團之類仇洋排外的民族主義團體。慈禧太后藉此排外而發生義和團事變，義和團屠殺洋人、姦淫婦女、搶奪店舖、破壞各國使館、燒毀與西洋有關的東西。慈禧太后不理會各國抗議，更曾半正式向十一國宣戰，引發八國聯軍報復。北京被聯軍佔領，劫殺擄掠。慈禧太后率光緒皇帝西逃西安。1901年簽訂《辛丑和約》，清廷賠償重款，列強派兵駐守北京一帶、劃定租借地和勢力範圍，加深中國的半殖民化。1904年日俄兩國更因在東北的利益衝突爆發日俄戰爭。義和團事變時，李鴻章、張之洞、劉坤一、袁世凱等東南各行省之總督巡撫為保護華中華南，自行宣布中立，不服從朝廷對外一律宣戰的敕命（即東南自保）；從此清廷權威低落，地方各省自主性提高。

清末改革

清朝於太平天國戰爭、甲午戰爭、庚子國變後國勢大墜，各界人士及知識分子莫不提出各種方法拯救中國，主要分成立憲派與革命派兩種主要改革路線。立憲派主張效仿英德等國實行君主立憲制，而革命派則堅決主張推翻帝制，實行共和制。
1901年，立憲派康有為、梁啟超等推動立憲運動，梁啟超發表《立憲法議》，希望讓光緒帝成為立憲君主。而慈禧太后為挽清朝衰落危局，有意效仿歐日的改革而推行清末新政。新政除了推行君主立憲外，還有諸如建立清朝新軍、廢除科舉、整頓財政等一系列改革。而革命派對清廷的改革失望，他們鼓勵推翻清朝，建立中華共和。1894年，孫文等於夏威夷檀香山建立興中會；1904年，黃興等於長沙成立的華興會；1904年，蔡元培等於上海成立光復會；此外，還有其他革命團體。1905年，孫文在日本聯合興中會、華興會、光復會，成立中國同盟會，並提出「驅除韃虜、恢復中華、創立民國、平均地權」綱領。革命派聯合舊有反清勢力如三合會、洪門等，在華南地區發起十次起事，並將勢力滲入華中、華南的清朝新軍。
當時立憲派與革命派為改革方式發生爭執，起初立憲派佔上風，清廷也承諾實行立憲。1907年清廷籌設資政院，預備立憲，並籌備在各省開辦諮議局。1908年7月頒布《各省諮議局章程及議員選舉章程》，命令各省在一年之內成立諮議局。同年頒布《欽定憲法大綱》，以確立君主立憲制政體，成立代議會。在立憲派成員的請願下，清廷宣布把預備立憲縮短三年，預定在1913年召開國會。同年光緒帝與慈禧太后皆去世，溥儀繼位，即宣統帝，其父載灃擔任監國攝政王。1911年5月清廷組成由慶親王奕劻領導的「責任內閣」，這是中國歷史上首次君主立憲。不過，該內閣中的很多成員為皇族身份，故被稱為「皇族內閣」，引發立憲派的不滿和失望，很多轉向於革命派合作。

走向滅亡

1911年5月，四川等地爆發保路運動，清廷急派新軍入川鎮壓，湖北空虛。10月，湖廣總督瑞澄斬殺彭楚藩、劉堯澄、楊洪聖等三個革命黨士兵，參加文學社與共進會等反清團體的士兵，人心惶惶，兩名革命分子金品臣、程定國夜間與排長陶啟聖齟齬，一怒之下，射殺排長，發起武昌起義，南方各省隨後紛紛宣布獨立，是為辛亥革命。
清廷任命北洋新軍統帥袁世凱為內閣總理大臣，成立內閣並統領清朝的北洋軍。袁世凱一方面於陽夏戰爭壓迫革命軍，另一方面卻暗中與革命黨人談判，形成南北議和，1912年1月1日中華民國政府於江寧成立，改稱南京，孫文在南京就任臨時大總統，1月26日清室優待條件達成，孫文也承諾只要袁世凱贊成清帝退位，自己即讓位於袁世凱，由袁世凱出任民國大總統，袁世凱與革命黨人的意見達成一致。
在袁世凱授意下，段祺瑞等五十位北洋軍將領，發布了《北洋五十將乞共和電》，要求宣統退位。段祺瑞不久又發《乞共和第二電》，以發動兵變要脅朝廷。2月12日，隆裕太后代表宣統帝溥儀，頒布退位詔書，將權力交給中華民國政府，清朝滅亡，標誌著中國兩千多年來的君主制度正式結束。隨後孫文讓位予袁世凱，南北統一。3月6日，南京參議院正式決議同意袁世凱在北京就職，袁世凱就任大總統，定都北京。
因正統觀使然，清亡時不少漢臣如鄭孝胥等依舊忠於大清，終身以滿清遺老自居，甚至有人捨身殉國。後來，1917年張勳組織辮子軍，於北京擁護宣統帝溥儀，復辟清朝（史稱張勳復辟），但只持續12天而終。1924年，馮玉祥驅逐溥儀，溥儀和他的隨從只好由紫禁城移往天津租界居住。

發源與擴張

清朝發源於東北地區，努爾哈赤在與明朝決裂前，已領有建州之地，自稱「收管我建州國之人，看守朝廷九百五十餘里邊疆」。經努爾哈赤與皇太極時期的發展後領有今東北地區、外東北地區與內蒙古地區。1644年多爾袞偕同順治帝率軍入關，隨後指揮清軍占領全明朝領地，統一中原，領有內地十八省。
1661年，南明亡。然而當時尚有以吳三桂為首，鎮守華南的三藩；以及奉明朝為正朔，領有台灣台南、澎湖的明鄭。三藩之亂與施琅攻臺後，康熙帝完全掌控華南地區與台灣西部及澎湖地區。此時準噶爾汗國的可汗噶爾丹與俄羅斯沙皇國（沙俄）友好，噶爾丹南征青海和碩特，東征喀爾喀蒙古。而沙俄為在遠東尋找出海口，向東移民侵略黑龍江上游。康熙帝先是於雅克薩戰役擊敗俄軍，與其劃定邊疆；之後率軍三征噶爾丹，協助喀爾喀蒙古收復其領土。喀爾喀蒙古其後在多倫會盟後併入清朝，外蒙古地區正式歸清朝所有。1727年雍正帝與帝俄簽訂恰克圖條約，確立塞北疆界。
1717年準噶爾汗國新可汗策妄阿拉布坦入侵青藏地區，滅和碩特汗國，並且佔領拉薩。清軍多次被準軍擊敗，最後於1720年由胤禵率軍驅除成功，協助第七世達賴喇嘛入藏，以拉藏汗舊臣管理藏區，這是清朝經營青海、西藏地區之始。雍正時期，平定青海親王羅卜藏丹津之亂後，雍正帝又在西寧與拉薩分置辦事大臣與駐藏大臣以控管青藏地區。
新疆地區方面，1755年乾隆帝乘準噶爾汗國噶爾丹策零去世的機會，派將領率軍西征，軍勢直達準國首都伊犁。在平定阿睦爾撒納之亂與大小和卓之亂後徹底掌控準噶爾地區與回疆，並且獲得帕米爾高原以西諸國的朝貢。

最大疆域

康熙前期的淸朝疆域曾達到最大範圍，面積超過元朝最大疆域，但由於《尼布楚條約》和準噶爾叛亂使此疆域面積受到爭議，但準噶爾叛亂是發生在《尼布楚條約》簽定之後，而且証實康熙基本能平定準噶爾叛亂。乾隆時期的清朝疆域最為穩定，因此一般將乾隆時期疆域定為淸朝的最大範圍：東北與俄羅斯帝國（帝俄）分界額爾古納河、格爾必齊河與外興安嶺，這條疆線直到鄂霍次克海與庫頁島。正北與帝俄分界薩彥嶺、沙畢納依嶺、恰克圖與額爾古納河。西北與哈薩克汗國等西北藩屬國分界薩彥嶺、齋桑泊、阿拉湖、伊塞克湖、巴爾喀什湖至帕米爾高原。西南與印度的蒙兀兒帝國、喜馬拉雅山諸國家分界喜馬拉雅山至野人山，正南大致上與現今中華人民共和國與東南亞國家的分界相同，但清朝尚獲得緬甸北部的南坎、江心坡等地。東與日本、琉球國分界日本海與東海，與朝鮮王朝沿圖們江、鴨綠江分界，清朝還領有台灣、澎湖、海南及南海的南海諸島（時稱千里石塘、萬里長沙、曾母暗沙）。

衰退

進入19世紀，由於清朝的衰落，列強於鴉片戰爭後以不平等條約掠奪許多領土與藩屬國。俄羅斯帝國藉由1858年璦琿條約與1860年北京條約獲得外東北，包括庫頁島等地。1900年趁八國聯軍的機會又強佔黑龍江以北的江東六十四屯。1864年藉由中俄勘分西北界約記與1881年的伊犁條約獲得外西北，並且陸續佔領中亞諸藩屬國。19世紀末大博弈時期英俄兩國簽訂英俄協定，私自劃分帕米爾地區。不列顛帝國藉由1842年的南京條約、1860年的北京條約與1898年的展拓香港界址專條獲得現今香港地區，並且侵占藩屬國緬甸與喜馬拉雅山諸國家。法蘭西第三共和國於中法戰爭占領藩屬國安南、南掌。葡萄牙帝國於中葡和好通商條約永居管理澳門。明末時薩摩藩已對藩屬國琉球國實施以軍事占領為後盾的遙控統治，而日本帝國明治時代更於1872年將其正式吞併，並於1895年的馬關條約獲得台灣與澎湖列島，並強迫清朝放棄藩屬國朝鮮，而原先亦被割讓的遼東半島則因三國干涉而重回清朝之手，朝鮮後來被日本吞併。甲午戰爭後，列強認為清朝無自衛能力，為自身利益劃分在中國勢力範圍，使得重要港口如旅順、大連被帝俄與後來的日本領有、威海衛被英國領有、膠澳被德國領有、廣州灣被法國領有等。部分清朝末期建立的租界到1945年二戰結束後中國才得以收回主權。

行政區劃

清朝版圖遼闊，民族眾多，在行政區劃上也「因時順地、變通斟酌」。在漢族地區沿用明朝舊制，實行「省—府—縣」三級制。在東北地區，為滿洲八旗制、漢人「省—府—縣」三級制與漁獵部落的「姓長制」並行。在藩部地區則因俗而治，並根據中央集權統治的需要加以改革：蒙古實行「旗盟制」、「札薩克制」；西藏實行「宗谿制」，新疆回部實行伯克制。全國分為內地十八省、五個駐防將軍轄區、兩個辦事大臣轄區共二十五個一級行政區域和內蒙古等旗、盟。 
清末，在列強蠶食鯨吞的形勢下，邊疆各地依靠舊有的行政體制已無法維持有效的統治。光緒年間，新疆、奉天、吉林、黑龍江相繼建省，實行與內地相同的行政體制。蒙古、西藏也有建省之議，但在清朝滅亡之前未能實行。光緒三十四年（1908年），清朝分為二十二省，以及西藏、外蒙古、內蒙古、青海等邊疆地方。

內地政區

清代山海關以內、長城以南的漢族地區被稱為「內地」、「關內」或「漢地」，又繼承明代「兩直十三省」的稱謂合稱「直省」。內地的行政區劃承襲明代「省—府（州）—縣」的層級體制。一級政區為省，又俗稱「行省」，本布政使司，但隨著承宣布政使逐漸淪為督撫的屬官，「布政使司」的名稱逐漸被「省」取代，至嘉慶朝《一統志》編纂時「省」已成為一級政區的正式稱呼。二級政區為府、直隸州。府管轄的州（散州、屬州）不再領縣，形成單式的三級制。清代初年，原為臨時差官的巡撫取代布政使，成為一省的長官。在一些民族雜居之處及戰略要地，設置新型政區「廳」，分為省直轄的直隸廳和府轄的散廳。少數直隸廳下轄縣。
明代承宣布政使司、提刑按察使司派出的差官「道員」，在清代也保留下來。道員的統轄區域是「道」，介於省與府之間，有分巡道、分守道、糧儲道、鹽法道、兵備道等名目。清初的道並不是行政區，道員亦無品級。乾隆以後，定道員秩品為正四品，分巡道、分守道的職權也漸趨一致。有的道下直接領縣。有人認為清末的道實際上已成為省、府之間的一級政區，之後北洋政府更有廢省置道之計畫，後因被國民政府取代而未實施。清朝行政區劃層級為：

土司

雲南、貴州、廣西、四川、湖南、湖北、甘肅等省設有土司，分為宣慰司、宣撫司、招討司、安撫司和長官司（長官為武職），與土府、土州、土縣（長官為文職）。土司的長官以當地各族頭人充任，可以世襲，由朝廷或地方官府頒給印信，歸所在地方之督撫、駐紮大臣管轄。宣慰等司的長官隸屬於兵部、土知府、土知州等官隸屬於吏部。雍正年間，雲南、貴州、廣西等省的土司開始改行流官制，史稱「改土歸流」。光緒、宣統之際，趙爾豐出任川滇邊務大臣，四川西部的藏人土司、西藏東部的宗也開始改土歸流。

南書房

南書房於康熙十六年（1677年）設立，起初是康熙帝為了與翰林院詞臣們研討學問，吟詩作畫而設。因在乾清宮西南角特辟房舍故名南書房。由於南書房「非崇班貴檁、上所親信者不得入」，所以它完全是由皇帝嚴密控制的一個核心機要機構，隨時承旨出詔行令，這使南書房「權勢日崇」。南書房地位的提高，是康熙帝削弱議政王大臣會議權力，同時將外朝內閣的某些職能移歸內廷，實施高度集權的重要步驟。

軍機處

軍機處原稱軍需處，歷來被視為清朝的最高決策部門。雍正八年（1730年），清軍在西北與準噶爾激戰，為及時處理軍報雍正皇帝始立，雍正十年改稱軍機處。軍機大臣以下設章京等官，從六部員司和內閣中書里選用。章京的任務是繕寫諭旨、記載檔案、查核奏議，作軍機大臣的輔助人員。章京也是滿、漢人員各兩班，每班八人，各設一領班。章京參與機要，草擬聖旨，俗稱「小軍機」。
乾隆皇帝即位後服孝，安排數位「總理事務王大臣」進入軍機處，故改名總理事務處。乾隆二年（1737年）乾隆服滿親政，總理事務王大臣等自請罷職，恢復軍機處名稱，自此遂成定製，軍機處成為直接對皇帝負責的核心權力機構，滿洲議政王大臣會議的地位更被削弱至幾乎可忽略不計，政治權力全部掌握在皇帝手中，成為清代中央集權制度的頂峰。
《清史稿》記載，乾隆時軍機處雖然只有兩名漢人，但漢人的地位都很高，張廷玉是太保、大學士、三等伯，徐本是太子太保、大學士，高於除了鄂爾泰之外的所有同僚。至於鄂爾泰的地位之所以穩居軍機大臣之首，則與他在「改土歸流」、「混一華夷」過程中曾立下的功業恰成正比。到了清季，軍機處仍不改諸族合作之傳統，吳郁生、榮慶和世續等軍機大臣，在國勢陵夷的光緒與宣統時期，依然在默契地合作。
宣統三年（1911年）四月初十清廷宣布成立「責任內閣」，軍機處廢止。

執行機關

與漢地地方行政制度一樣，清朝中央執行機關基本沿襲明朝體制，只有少量機構調整，大致上可以總結為七部院五寺察院兩府。
七部院包括六部（吏部、戶部、禮部、兵部、刑部、工部）與理藩院，為清朝最高執行機關，各部長官稱尚書，副長官稱侍郎，以前尚書均由滿人擔任，順治元年（1644年）規定尚書及侍郎滿、漢各一，只有新設的理藩院因為與漢地事務無關而多涉及旗務，始終不設漢缺。
清朝以前的政治，因為政治的公開性和六部尚書是全國行政首長的關係，由外部送到內部的公事，都是先送到六部；而皇帝拿出來的公事，六部也一定要得先看，例如有關教育的公事一定要經過禮部，而不能由皇帝私下決定，到了清朝卻非如此。清朝的六部雖然沿襲明朝，但是清朝的六部的權力不如前朝，六部尚書更不能直接對部下發命令，而六部尚書也不是行政首長。六部的權限權力集中到皇帝手裡，同時還有滿漢之分，有一個漢人尚書，就必須有一個滿洲尚書，並且始終以滿尚書為主。
五寺包括大理寺、太常寺、光祿寺、太僕寺、鴻臚寺。大理寺與刑部和都察院合為三法司，其職權與今日之最高法院相似。大理寺的首長稱為大理寺卿，也是九卿之一。其餘四個寺的卿職權較低。太常寺負責祭祀；太僕寺管理馬匹；光祿寺負責壽宴；鴻臚寺負責接待外賓。
都察院是最高監察機關，架構基本沿襲明制，以左院察京畿，右院刺外藩（故直省督撫均領右都御史或右副都御史銜），所不同者，隨著君主專制的高度加強，都察院的諫諍職能遭到空前削弱。因為同樣的原因，明朝具有批駁權和言官職能的六科也只餘下分察六部的監察職能，故於雍正年間被併入都察左院。為加強監督管理，凡天下文武官員，都要定期進行考察。規定三載考績，以定升降獎懲。京官叫「京察」，外官叫「大計」。對武官的考察，每五年一次，稱為「軍政」，由兵部主持。但是，不論「京察」、「大計」還是「軍政」，在實行中都是瞻徇情面，弊端叢生。後來更成為故事具文，走走過場而已。
內廷事務方面，鑑於明朝太監亂國，清朝皇帝獨創內務府以管理宮禁事務。其成員由內務府三旗（正黃旗、鑲黃旗、正白旗）的15個包衣佐領、18個旗鼓佐領、兩個朝鮮佐領、一個回子佐領和30個內管領的包衣及太監組成，其機構組織兼容清初內務府和十三衙門兩種制度的內容和特點，並最終形成以七司三院為主幹兼轄其他40餘衙門的龐大的宮廷服務機構。
宗室管理方面，清朝仍設宗人府管理宗室覺羅事務，但與明朝宗人府人浮於事只用於優待親王的狀況不同，由於八旗制度的存在，數量龐大的宗室覺羅成為清廷的核心軍事力量，管理他們的宗人府也成為重要的實權部門。
清末新政中，對此前的制度進行大量的改革，此前的七部院被改革為十一部，長官（國務大臣）均為責任內閣閣僚；大理寺改組為大理院，根據司法獨立原則不再是刑部的覆審機關，而是全國最高審判機關，與最高監察機關都察院同為全國最高司法機關；下四寺進行省革而歸入新官司，內務宗人兩府儘管保有舊時職權，但隨著軍制改革，權力也大為下降。

軍事

清朝武裝力量主要有八旗軍、綠營、地方義勇與團練、湘軍、淮軍與清末新軍。

八旗

八旗制度是清朝特有的一種組織形式和軍事制度，是清朝軍隊之核心。原先採取軍政合一、兵民合一的方式。入關後專門以兵為業，世代為兵。包括旗下士兵和戶籍被編制在八旗軍隊中的家庭成員，由各地八旗駐防將軍或都統管轄。1601年，努爾哈赤將建州女真分為四旗。1615年時擴建為八旗，八旗制度至此成形。皇太極在征服漠南蒙古察哈爾部，以及收降明朝降將後，又建立起蒙古八旗與漢軍八旗。儘管八旗有滿洲、蒙古、漢軍之分，但他們都是基於同一套制度之下，因此差異不大。旗人擁有一定的社會地位，絕大多數情況下終身不變，所屬旗籍亦基本世代固定。旗人因戰功而獲得的職位可以世代承襲，例如，每旗下屬的眾佐領通常都是世襲職位。旗人居住地大多是固定的。在各地的駐防軍（分布在如杭州、成都等大城市）更設立「八旗駐防城」（俗稱「滿城」）供旗人居住，與平民所居住之地相隔離。旗人不得務農或經營工商業，每月錢糧由朝廷供給，號稱「旱澇保收」的「鐵桿莊稼」。旗人不受當地總督、巡撫管轄，犯罪時由特定機關審理。

綠營

綠營是順治帝入關後招降明軍、招募漢人組織的軍隊，以協助少量的八旗兵鎮守廣大的疆土。當時由八旗軍守備京師、華北地區與各地要衝，綠營守備華中與華南地區。華南更交由三藩鎮守，以壓制當地反清勢力。綠營以綠旗為標誌，以營為單位，兵制繼承明朝，編有標、協、營及汛。綠營由漢人統帥，最上位的提督統領一省綠營，受文官總督、巡撫所節制，各省兵力大小不一，由萬餘到六七萬不等；提督之下為總兵，管轄一鎮兵力，約幾千人至一萬五千人。直屬兵力鎮標由參將統領，約千人至兩三千人不等。再下面的為副將，管理一協兵力，約數千人左右。副將以下就是參將、遊擊、都司與守備，統轄一營兵力，兵員數量各有不同。最下面的為千總與把總，負責統領一汛，也就是一個駐地。士兵為世兵制，父死則子繼。將兵由兵部直接統轄，將領無法直接統兵，有效地防止軍人擁兵自重。隨著八旗軍的腐化，綠營的重要性就日益加強，例如三藩之亂時即以綠營為主力。乾隆嘉慶兩朝，綠營總兵六十餘萬，成為軍事主力。然而由於太平已久，綠營本身隨著種種弊端而逐漸腐化。乾隆帝閱兵時，所見已是「射箭，箭虛發；馳馬，人墮地」。1796年川楚教亂時，綠營已無力對付擅長游擊戰的白蓮教徒，部分將領甚至屠殺平民以換戰功。到了鴉片戰爭和太平天國之亂時，綠營上陣一觸即潰，作戰主力也改交由湘軍、淮軍等地方團練負責。同治年間多次裁減綠營，綠營的重要性逐漸減弱，清末新軍成立後綠營同名存實亡。至民國初年，綠營被改編為警察性質的地方治安衛戍部隊，成為民國時期警察的濫觴。

義勇與團練

義勇與團練於川楚教亂後逐漸成為清朝武裝力量之一，由於清軍不善游擊戰，所以鼓勵地方建立義勇與團練協助清軍鎮壓，1799年清廷正式同意組建團練。太平天國之亂與捻亂時，由於清廷的正規軍腐敗無能，且不善游擊戰，地方官員曾國藩整合江忠源、胡林翼與羅澤南義勇，成立湘軍。湘軍作戰能力強，屢次擊敗太平軍。監視太平天國天京的江南大營被攻破後，湘軍成為清廷唯一抵禦太平軍的力量。1860年曾國藩的門生李鴻章於安徽一帶建立淮軍。平定捻亂時，僧格林沁率領的八旗軍中捻軍埋伏全滅，後來有賴淮軍才平定之。當時如豫軍、東軍、滇軍、川軍等義勇也陸續建立起來。這些地方軍成為清朝晚期平定內亂、抵禦外侮的主要力量。然而不管是湘軍或淮軍皆以「兵隨將轉，兵為將有」為方針，與後來的北洋軍形成聽命於個人的軍閥勢力，這個作風深刻影響著民國軍事。
當時湘軍與淮軍採用西方新式槍炮，火力強大。而由外國人協助建立的常勝軍、常捷軍更是讓曾李等將領印象深刻，使他們意識到西方軍事技術的重要性。例如李鴻章目睹常勝軍用4個小時即攻破太倉城，事後寫信給曾國藩，宣稱「若火器能與西洋相埒，平中國有餘，敵外國亦無不足」，這成為自強運動的起因之一。為建立現代化清軍，洋務派聘請外國教官來訓練八旗軍、綠營和守衛首都的神機營，一些兵工廠也建立起來。然而淮軍的地位仍然不可動搖，例如發生天津教案時，儘管守衛首都的神機營已有三萬之眾，清廷仍然調集淮軍來加強京師的防務。

清末新軍

自強運動隨中法戰爭與甲午戰爭而失敗，而清廷守舊派利用義和團抵禦西方列強的策略也隨八國聯軍而落幕。八國聯軍之後，清政府決定實施改革，即「清末新政」。為建立現代化清軍，早在維新運動時即建議成立一支現代化的陸海軍，組織團練並建立保甲制度。清末新政時，袁世凱在華北組建新建陸軍（即北洋軍），張之洞在南方組建自強軍。1904年清廷正式建立由36個鎮組成的常備軍的計劃，而綠營在1901年即開始裁減。同時取消武舉，在各省建立武備學堂，以培養新式軍官。負責軍事改革的中央機構是1903年成立的練兵處，它在1906年被併入新立的陸軍部，其尚書和左右侍郎都是滿人。清廷試圖削弱地方軍閥力量，1907年袁世凱和張之洞就在明升暗調中被剝奪軍權。1908年宣統帝的攝政王載灃決定進一步加強對軍隊的控制，在1909年的一道上諭中，他宣布自己（代表年幼的皇帝）對軍隊行使最高統帥權，他還把自己的兄弟任命為海軍處和軍咨府的管理大臣。到清帝國滅亡前夕，其陸軍可以號稱100萬，但大概只有60萬戰鬥人員，其中只有17.5萬人是現代化的正規軍。並非所有新軍均效忠清廷，部分是暗中支持革命軍的。參謀機制上，在1907年即仿照西製成立參謀部門軍咨處，隸屬陸軍部之下。為把軍事管理和軍事指揮分開，1911年決定把它升格為獨立於陸軍部外的軍咨府。

海軍

清朝視水師為陸軍之輔。加之滿洲以騎射為本，故不善水戰。入關初期，在對抗鄭成功等海上抗清勢力時，往往力不從心。1636年皇太極征滿洲瓦爾喀部，即開始造戰船。1651年順治帝令沿江沿海各省循明制，各設水師，此為清朝水師之始。內河防務以長江為主體，沿岸各設水師。海防上，清朝為封鎖明鄭的經濟力量，實施海禁。即使在平定明鄭後，仍受海禁影響，水師多以防禦為主，缺乏攻擊性戰艦。嘉慶時由於東南沿海海盜泛濫，就有學者開始注意海防，如湖南的嚴如煜寫有《海防輯要》。鴉片戰爭後在面對西方炮艦時，清朝水師一戰即潰的事實讓魏源、鄭復光等人意識到東西方的差距，紛紛提倡建立現代化海軍。太平天國興起時，英國協助清朝建立中英聯合指揮的阿思本艦隊，然而指揮權的問題使得艦隊解散。
直到自強運動時，清朝才有新建海軍的動作。為建立船艦自製能力，1866年清廷在福州馬尾成立總理船政事務衙門，以沈葆禎為船政大臣。同年，李鴻章要求其江南製造局建造炮艦。1868年8月，第一艘中國製造的蒸汽軍艦，「恬吉」號下水。然而自製船艦與外國艦隊相比較差也較貴，李鴻章等官員仍然從國外購艦為主。其中最有名的即是由德國建造定遠與鎮遠，這兩艘是北洋艦隊的主力艦。人事上，早在1867年即建立福州船政學堂以培養海軍軍官，1872年和1876年分別派使團前往海外學習。沈葆楨和丁日昌離開後，福州船政局開始衰落。1880年李鴻章在天津成立天津水師學堂，張之洞在廣州成立水陸師學堂（1887年），曾國荃在南京開辦南洋水師學堂（1890年）。1885年10月清政府宣布成立海軍衙門，以醇親王為總理大臣。
清朝先後建立四支艦隊：受北洋大臣節制的北洋艦隊，受南洋大臣節制的南洋艦隊，受福州船政局節制的福建水師，受兩廣總督節制的廣東水師。其中北洋艦隊在當時被評論為世界第八、亞洲第一的海軍艦隊。然而四隻艦隊資源獨立，互不統屬，也不互相合作。財政上，1891年慈禧太后挪用海軍預算於興建頤和園。到1890年後，守衛黃海、東海的北洋艦隊即已「停購船械」。李鴻章也稱「自光緒十四年（1888年）後，並未添購一船。操演雖勤，戰艦過少」。隨後的中法戰爭南洋水師、福建水師遭受重創，甲午戰爭中北洋水師全軍覆沒，這也標誌自強運動的失敗。隨後旅順、大連、威海衛、膠澳與廣州灣等海軍基地相繼喪失，八國聯軍後大沽等地沿海砲台又被列強下令摧毀，清朝已無海防可言。1909年，清廷決定成立海軍處，並將殘餘的戰艦重編成巡洋和長江兩艦隊。1910年改海軍處為海軍部，力圖重振海軍。

民族

清朝統治者根據實地情況的差異採取不同的政策。在中原地區基本沿襲明代的統治方式，包括開科舉等，以贏得漢族知識分子的支持，並根據清朝的實際情況實行旗民分治；在邊疆地區則採取加派駐防大臣與當地貴族共同治理。
清朝統治合法性建立的基礎與前朝有所不同，清朝統治在鞏固滿洲自我認同的同時，兼容其他族群的信仰和習俗，使之擁有遠超前代的疆域和領土。清朝皇帝本身擁有各種政治與宗教頭銜，具備不同文化象徵意義的多維品格，體現出對各類臣民復雜多樣之宗教信仰的認可。因為清朝對不同地域和族群的宗教信仰採取了更多的包容政策，使各種異質文化因素能夠共存。

西南土司

土司制度是在唐宋時期羈縻州縣制的基礎上發展而成的，其實質是「以土官治土民」，承認各少數民族的世襲首領地位，給予其官職頭銜，以進行間接統治，朝廷中央的敕詔實際上並沒有能夠得到真正的貫徹。有些土官以世襲故，恣肆虐殺百姓，為患邊境，「漢民被其摧殘，夷人受其荼毒。」。
康雍乾盛世時期，國力強盛，中央政府已經有足夠的力量加強對少數民族地區的統治。雍正四年（1726年），鄂爾泰大力推行改土歸流政策，即由中央政府選派有一定任期的流官直接管理少數民族地區的政務，「改流之法，計擒為上策，兵剿為下策，令其投獻為上策，敕令投獻為下策。」，「制苗之法，固應恩威並用」。
乾隆後期學者魏源通過《聖武記》的編寫，認同清朝所代表的正統地位。至於地方上的士大夫們，還透過他們編寫於乾隆、道光和光緒等不同時期的《鳳凰廳志》，逐步確證了民間對國家及其民族平等政策的認同。日本東亞史學家安部健夫指出，改土歸流是一個借苗族的漢化，證明「夷性華化」能夠實現的「活廣告」，中國史學家王柯指出，至遲到道光皇帝在位的十九世紀前半，在清朝的帝國構造中，西南部的非漢民族地區就已經被完全當作「內地」來對待。

首崇滿洲

清朝皇帝強調「滿漢一體」，在實行一些政策時會考慮到要平衡各族的心理，例如在康熙晚年的內閣大學士中經常在五至六人中保持一兩個南方人的名額，令南北地主共同參政。在康熙二十年（1681年）的內閣新加入的成員當中，有兩名滿人，四名漢人，而在四名漢人當中南人北人各半。此外，康熙亦重點選拔升遷較快的漢族士大夫，這些士大夫同時是內閣的候補成員，亦容許有「反清」思想的學者嚴繩孫擔任官職。有學者指出，「滿漢一體」實際上是以「首崇滿洲」為前提，清朝統治者的滿漢畛域觀念始終根深蒂固。作為統治族群和八旗軍隊中的主要組成部分，滿洲人尤其被清朝歷代君主視為國家根本、朝廷柱石。滿洲將士為清朝定鼎中原、以及之後平三藩、滅准部等戰役中立下汗馬功勞。故終清一代，「首崇滿洲」（又稱「滿洲根本」）是清朝的既定國策。雍正帝曾明言，「惟望爾等習為善人，如宗室內有一善人，滿洲內亦有一善人，朕必先用宗室；滿洲內有一善人，漢軍內亦有一善人，朕必用滿洲；推之漢軍、漢人皆然，苟宗室不及滿洲，則朕定用滿洲矣。」。
清朝時期，八旗子弟（以滿洲為主，也包含蒙漢八旗子弟）在政治或生活領域主要在教育、科考、補缺、律法、生活待遇等方面享有一定特權待遇。清廷特為宗室子弟特設宗學，覺羅子弟有覺羅學，普通八旗子弟有咸安宮官學等八旗官學，內務府子弟有景山官學等。在文武科舉之外，還提供筆帖式、翻譯士、皇帝侍衛等方式供旗人子弟進入仕途。高層官職也一向有旗缺與漢缺之分。旗人可酌任漢缺，反之除極個別情況外，理論上是不可能的。能力不足以登科做官的旗人可以從參與最基本的挑選八旗兵丁做起，旗人子弟中的未成年者還可以參與類似於預備役制度的「養育兵」選拔，按月可得一定薪資。清代旗漢亦不同刑，若正身旗人犯充軍、流刑罪者有免發遣以枷號代替的特權。滿洲人的司法權也獨立於漢人之外。例如，駐防旗人觸法不歸當地督撫管制，而由該地區駐防將軍、都統負責。京旗子弟則由步軍都統衙門負責處理、宗室則由宗人府全權裁決。清廷還分撥旗地和營房給八旗子弟居住生活，不必承擔任何賦稅。旗地和營房受國家保護，不得私自買賣。清廷在全國各處八旗駐防地實施旗民分治，駐防地俗稱「滿城」，專供兵丁居住，非旗人不得隨意出入滿城。
東北滿洲故地無滿城之分，清初設置柳條邊，防止漢人及外藩蒙古進入「龍興之地」。然而在康熙、乾隆、嘉慶年間有多次漢人移居中國東北地區的記載：「其吉林寧古塔、伯都訥、阿勒楚喀、拉林等地方，乾隆二十七年定例不准無籍流民居住。及三十四年，吉林將軍傅良奏：「阿勒楚喀、拉林地方流民二百四十二戶，請限一年盡行驅逐。」上曰：「流寓既在定例之前，應准入籍墾種，一例安插，俾無失所。」嘉慶中，郭爾羅斯復有內地新來流民二千三百三十戶，吉林有千四百五十九戶，長春有六千九百五十三戶，均經將軍奏令入冊安置。其山東民人徙居口外者，在康熙五十一年已有十萬餘人。聖祖諭：「嗣後山東民人有到口外及由口外回山東者，應查明年貌籍貫，造冊稽查，互相對覈。」其後直隸、山西民人亦多有出口者。」
諸多優待政策的初衷主要是為了保證兵源、加強八旗的軍事職能。同時，這也導致滿族受到束縛，居所不能遠離本佐領之所在；八旗兵役也使得許多人在各大戰爭中戰死疆場，一定程度上阻礙滿族人口的發展；經濟方面，滿族也過於依賴八旗制度，清廷除兵差外，僅允許旗人在所屬旗地務農，這使得以京旗為主、已經適應城居生活的滿族在清朝中期開始出現生計問題。幾代皇帝都曾嘗試解決八旗生計問題，但終因不肯放任旗人自行謀生而均告失敗。此外，東北滿族因保持八旗兵農合一的習俗，始終沒有產生嚴重的生計問題。自乾隆末年，清朝開始走向衰落，並且在之後一系列與外國侵略者的戰爭中接連失敗，陷入內憂外困。這期間，在與漢人的交流中，滿族逐漸接受漢文化，被視為立國根本的國語騎射遭到廢弛。清末民初時，僅有黑龍江齊齊哈爾和璦琿一帶還有滿語使用者。1911年，辛亥革命爆發，清帝遜位，民國建立，「首崇滿洲」之國策也隨之壽終正寢。
美國達特茅斯學院歷史學教授柯嬌燕認為，在清帝國統治者所構建的天下秩序觀中，皇權的表達具有「共主性」（Simultaneities），清帝國成功地將幾種不同的統治方式糅入皇權之中，並在不同的地域空間和價值體系中發揮不同的作用，在這樣的天下秩序觀之下，談論「滿族中心觀」並沒有意義，清朝皇帝在絕大多數時間裡僅僅把滿洲人看作是多民族帝國的一份子，認為一個真正的帝國不是隸屬於某一個文化的，而是超越文化的存在，帝國的皇權也是如此。她又說，乾隆皇帝作為清帝國的最高統治者，擁有征服者、家族首領、神權領袖、道德典範、律令制定者、軍事統帥、文化藝術贊助者等多重身份，這多種身份既相互聯繫又具有混雜性，但是又集中統一於乾隆帝一身，乾隆帝不僅僅是滿洲人的大汗，更是全天下的共主。
清朝統治者對滿洲民族意識的梳理和重塑有重要的政治層面的考慮，清代邊疆的少數民族主要是通過對「滿洲」的認同來體認中華「大一統」，故有「崇滿洲以安藩部」，從而有效聯繫「大一統」政治格局的切實需要。「崇滿」所針對的主要是日漸興起的蒙古和回疆勢力的挑戰，及其所觸發的「胡虜無百年之運」的思想異動，這種異動在清朝國內和屬國朝鮮有所反映，雍正時期出使清朝的朝鮮使臣回國後給朝鮮國王的上疏中說：「自古夷狄之主中國，非有仁義德禮, 服天下之心而臣之也。華夷雜處，禍變層生，苟無聖人之應期，則漠北諸種，必將因其衰而代之。蓋今胡運之窮，不十數年可決，而蒙古強盛，異時呑倂，必至之理也。」這種情況在朝隆時期進一步深化，並且從準噶爾蒙古和大小和卓之亂可見。在這種歷史背景下，清朝統治者通過對滿洲部眾的精神整合與「國語騎射」傳統的張揚，威服和結合邊疆地區。

蒙古政策

清朝在外藩蒙古地區建立盟旗制和札薩克制，對蒙古部落採取因俗而治、多封眾建的政策。旗是分解原來的部落而組成。每盟設盟長、副盟長各一人，掌管盟務。盟長先由各旗會盟時，從旗長即札薩克中推選。後來改為清朝理藩院開列盟內札薩克，由皇帝任命。其外每盟各設備兵札薩克一人，管理軍務。有的盟還設幫辦一二人，協理盟務。旗是軍政合一的地方政權機構，每旗設旗長一人，即札薩克，掌全旗要務，可以世襲。又設協理台吉襄贊旗務。其屬有管旗章京、副章京及參領、佐領、驍騎校等。旗盟官員多是原蒙古各部落的貴族，並被冊封為札薩克親王、郡王、貝勒、貝子、公、台吉等爵位。另外，清朝統治者在一些方面較為優待蒙古人，只有蒙古人可得到親王封號的待遇。
盟是由各部定期會盟而形成的機構，主要職能是監督各旗札薩克。若干相鄰的旗為一盟，盟有盟長，由朝廷直接任命，多選旗長中勢力大、威望高、與中樞關係親密者任之。盟為監察區，不屬行政單位。當時主要有哲裡木、昭烏達、錫林郭勒等盟。各盟旗直接對朝廷負責，受理藩院的管理。另外，在內蒙古地區設熱河都統、察哈爾都統和綏遠副將軍，率軍駐防要地，以加強軍事控制。但各都統、將軍不干涉行政事務。如科爾沁部一類可以自治，察哈爾與土默特則被取締。
清朝對外札薩克蒙古盟旗的管轄，中央有理藩院的典屬、柔遠清吏司等機構，地方上有駐紮大臣。定邊左副將軍即烏里雅蘇台將軍，為漠北蒙古地區的最高官員，下設烏里雅蘇台參贊大臣二人，與將軍共同管轄喀爾喀諸部盟旗。科布多參贊大臣及幫辦大臣管轄杜爾伯特、輝特、新土爾扈特等盟旗及札哈沁、阿明特、烏梁海等旗。庫倫辦事大臣掌中俄交涉事務，其屬恰克圖辦事司員等人，負責監督中俄貿易。
清王朝統一蒙古各部後，對蒙古的統治策略是，既要使其不再成為朔方邊患的勢力，又要籠絡當地領袖們統治當地人民，使蒙古成為清政府統治全國的一支重要軍事力量和清帝國北部疆域不設防的屏障。包括在蒙古大力扶植推廣藏傳佛教，有效的收服人心，維護蒙古地區安定局面。蒙古人一向信藏傳佛教中的黃教，滿人一直重視籠絡大喇嘛，如哲布尊丹巴與章嘉呼圖克圖；與此同時，蒙古八旗亦成為清朝軍隊的一支生力軍，在征討噶爾丹的過程中曾發揮過重要作用。外藩蒙古旗下的軍事力量（不屬八旗）也曾發揮重要作用，如清中期的喀爾喀的超勇親王策棱和晚清時的博多勒噶台親王僧格林沁的部隊。

藏族政策

清代西藏地方官府為噶廈。清朝將西藏納入版圖後為加強對西藏的治理曾採取一系列重大措施，建立政教分離的制度。當時清政府的治藏政策有設置駐藏大臣，訂立治藏章程；派駐官兵，整頓藏軍；設立台站，釐定疆域等。乾隆十六年（1751年），清政府平息頗羅鼐之子珠爾默特那木札勒叛亂後決定廢除札薩克郡王監政的權力，設立噶廈衙門，由駐藏大臣與達賴喇嘛共同領導。噶廈為總管藏務衙門，設三品官噶倫四人。下設商上，為分管財政的機構，除以噶倫一人管理外，設四品仔琫（孜本）三人，商卓特巴二人。還有專掌糧務的葉爾倉巴、管理拉薩城的朗仔轄、掌刑名的協爾幫、掌馬廠的達琫及第巴等四至七品的各種名目官員。後藏也設四品商卓特巴、葉爾倉巴，五品達琫等官員，掌管相應的政務。武官則有四至七品的戴琫（代本）、如琫、甲琫、定琫，從幾人至百多人。凡前後藏皆有營寨，按其地理險易和大中小，各設邊營官及營官，總計一百六十餘人。佛教在西藏盛行，喇嘛很多，有的喇嘛在噶廈、商上任職，而僧官又分國師、禪師、札薩克大喇嘛、札薩克喇嘛、大喇嘛、副喇嘛等，專掌教事。
乾隆五十八年（1793年）清政府出兵打敗入侵西藏的廓爾喀（尼泊爾）後頒行《藏內善後章程》二十九條，對西藏的宗教事務、外事、軍事、行政和司法等做出詳細的規定，並加強駐藏大臣的權力。駐藏大臣與達賴、班禪的地位是平等的，而達賴與班禪之間則互為師徒。駐藏大臣作為清政府的代表，可直接向皇帝上奏。達賴、班禪上奏事宜必須通過駐藏大臣轉奏。此外，達賴、班禪及以下呼圖克圖十八人、沙布隆十二人等活佛轉世，稱為「呼畢勒罕」，即奔巴金瓶掣簽，均由駐藏大臣監督。
清朝治藏期間，清政府振興西藏經濟的措施有改革烏拉、租賦、錢法、貿易制度；活躍民族貿易；創報、興學、發展農牧工礦業和加強交通、郵電事業的開發等。清末時為防止英國殖民者對西藏的滲透，川滇邊務大臣趙爾豐等決定在川邊藏區進行改土歸流、建置州縣等，以繼續加強中央政府對西藏地區的管理。宣統二年（1910年）川軍入藏後還曾計劃將改土歸流擴大到整個藏區並鞏固對藏南地區的控制，但因次年（1911年）武昌起義的爆發而作罷。

回部政策

天山山脈將新疆分成天山南北兩個區域。天山南路的大部分地區為當今維吾爾族的祖先所居，亦稱為回部。由於哈密、吐魯番率先歸服，被封為回部札薩克。乾隆平定大小和卓之亂之後，新歸附的地區不設札薩克，實行伯克制。伯克原來是回部的酋長，經清朝重新任命，按職責和品級稱「某某伯克」，共三十餘名目。最高的為阿奇木伯克，掌綜一城回務，三品至六品，其次為伊什罕伯克，掌贊理回務。四品至六品。其餘分掌地畝、田糧、稅務的，大抵四品至七品。在清朝所封的札薩克郡王和諸伯克之上，清朝還派駐伊犁將軍，掌天山南北最高軍政大權，下設參贊大臣一人輔之。又設塔爾巴哈台參贊大臣，喀什噶爾參贊大臣及幫辦大臣，葉爾羌辦事大臣及幫辦大臣，和闐、阿克蘇、烏什、庫車、喀喇沙爾辦事大臣等。乾隆末年以後，內地漢人和回民開始遷往新疆（以天山北路為主），把大片不用的牧場變為戶屯。到十九世紀初，這些定居北疆的移民已達數十萬人。在迪化（烏魯木齊），1808年時各縣的民戶農田數量已達到1775年的十倍。
從乾隆後期開始，以沈垚、張穆、龔自珍等為代表的學者，均紛紛關心邊疆事務，為國家獻計獻策。龔自珍大倡「回人皆內地人也」，無所謂「華夷之別」，並上疏安西北策，將新疆等同內地，主張「疆其土，子其民，以遂將千萬年而無尺寸可議棄之地，所由中外一家，與前史迥異也」。

刑律

順治四年（1647年），《大清律例》編修完成。《大清律》基本上承襲《明律》的內容。後經康熙、雍正兩朝屢次增刪，並於雍正五年公布。但清朝最經常起作用的是例，而不是律。胡林翼說：「《大清律》易遵，而例難盡悉。」，胥吏都諳熟例案，常可執例以壓制長官。清廷對各少數民族地區還有各種特訂的法律，如對蒙古族有「蒙古律」，對維吾爾族有「回律」，對藏族有「番律」等等。
清朝皇帝為打壓漢人反清復明運動與防止散播不利皇帝的消息，屢興文字獄以控制士大夫的思想。文字獄之案件常是無中生有，小人造謠所為。較大規模的文字獄甚至可以牽連多人受害。柳詒徵稱「前代文人受禍之烈，殆未有若清代者。故雍乾以來，志節之士，蕩然無存。……稍一不慎，禍且不測。」。順治四年（1647年），發生第一起文字獄「函可案」。一位法號函可的和尚因藏有「逆書」《變記》而被逮捕，後來流放到瀋陽。順治末年又發生莊廷鑨明史案，並驚動朝廷中的輔政大臣鰲拜等人。清朝諸例文字獄中，有名的有康熙時期的南山案、雍正時期的查嗣庭試題案和呂留良案等。
《劍橋中國史》評價：「清代文字獄中禁止的大多數作品一直被保存下來，而大多數遺失的作品不在被禁之列。這可能是直到今天在許多國家看到的現象的又一種說明。一本被列入禁書名單的書，被認為有特殊價值，從而被小心地保存下來。禁令實際上是最有效的廣告形式。」。

外交機關

清朝在近代以前並沒有正式的外交機構，因當時清廷一向以天朝上國自居，不願承認與四周國家的平等關係。清朝的外交按照對象的不同，分由禮部、理藩院、內務府與公行制度負擔外交事務。六部的禮部負責對日本、朝鮮、琉球與東南亞各國外交或朝貢事務，以維繫朝貢體制。理藩院負責交涉東亞內陸如內外蒙古、準噶爾、西藏、俄羅斯帝國等事務，主要防止邊患形成。其編制與六部基本相同，官員大多由滿族、蒙古族人擔任，漢人只能擔任堂主事、校正官等少數官職。內務府除管理本身內廷事務，也管理歐洲來華傳教士、宗教使節團的事務以及國外貿易的傳運徵收特別稅。公行制度負責西洋各國如葡萄牙、荷蘭、英國等貿易關係（在清朝來看仍為朝貢），限制於廣州一地，又稱廣州制度。
鴉片戰爭開啟中國近代史，清朝對外關係轉向被歧視。由於缺乏正式外交機構，為西方國家不滿，在《天津條約》就有要求外國公使進駐北京，這使得中國正式開始面對新的外交形勢。1861年，總理各國事務衙門成立，專門負責對外關係；然而，其地位逐漸被1870年成立的北洋通商大臣所取代。直到1901年的清末新政，將總理衙門改制為外務部後，才得以統一負責對外事務。

藩屬國

清朝的藩屬國方面，早在皇太極與康熙時期就有朝鮮與琉球國。到乾隆時期擴充到東南亞地區的安南（即越南）、南掌（琅勃拉邦王國，地屬今寮國）、暹羅（今泰國）、緬甸以及南洋群島的蘭芳共和國（柬埔寨被安南與暹羅瓜分，呂宋與蘇祿於西班牙統治菲律賓群島後相繼消失）；西南喜馬拉雅山有廓爾喀（尼泊爾）、哲孟雄（錫金）、不丹等國；中亞地區有哈薩克汗國、布魯特汗國、浩罕汗國、布哈拉汗國、愛烏罕（今阿富汗）、巴達克山、乾竺特與拉達克等國。

海禁與海外貿易

清朝建立伊始，清政府為禁止和截斷東南沿海的反清勢力與據守台灣的鄭成功部的聯繫，以鞏固新朝的統治，曾五次頒布禁海令，並三次頒布「遷海令」，禁止人民出海貿易。1683年清軍攻佔台灣後，康熙接受東南沿海的官員請求，停止清初的海禁政策，並在「粵東之澳門（一說廣州）、福建之漳州府、浙江之寧波府、江南之雲台山」分別設立粵海關、閩海關、浙海關、江海關作為管理對外貿易和徵收關稅的機構。江浙閩粵四大海關總領各自所在省的所有海關口岸，通常下轄十幾至幾十個海關口岸。但當時西方殖民者的殖民地已遍布中國周圍，其殖民步伐引起了清廷警惕，康熙甚至曾口諭大臣們：「海外如西洋等國，千百年後中國恐受其累，此朕逆料之言」。
乾隆二十二年（1757年），乾隆帝以海防重地規範外商活動為理由，諭令西洋商人只可以在廣東通商。乾隆諭令「本年來船雖已照上年則例辦理，而明歲赴浙之船，必當嚴行禁絕。……此地向非洋船聚集之所，將來只許在廣東收泊交易，不得再赴寧波。如或再來，必令原船返棹至廣，不准入浙江海口。豫令粵關，傳諭該商等知悉。……令行文該國番商，遍諭番商。嗣後口岸定於廣東，不得再赴浙省」這一上諭只是讓「外洋紅毛等國番船」、「番商」只在廣東通商，不得再赴浙江等地，而不是一些資料中所說的關閉江、浙、閩三海關，更不是「廣州一口通商」。 
鴉片戰爭前美國和英國兩個航海大國的船舶總噸位的總和一度遜於清朝，當時中國沿海商船總數約在9,000至將近10,000艘之間，約有150萬噸。加上其他種類的船舶，全國總有大小江海船舶20多萬艘，共計400多萬噸。而在1814年，英國全國有大小21,500多艘船，共240萬噸；美國在1809年全國有船舶135萬噸。

簽訂條約

清朝在近代以前與他國簽定的條約較少，主要有《尼布楚條約》與《恰克圖條約》，均為與俄國簽定。
自19世紀以來，經歷一系列失敗之後，清廷在列強的威迫下，前後被迫簽定許多不平等條約。據統計，中國近代簽定的不平等條約共有343個，其中四十多個條約影響較大。清朝在西方國家的威逼下通過開放租界口岸，允許外國人來華經商等割地手段來達到和解。致此中國開始向近代過渡，清廷在被迫打開國門的同時也喪失中國大量領土的管轄權。甲午戰爭後，列強鑒於清朝失去自衛能力，紛紛劃分在中國勢力範圍，中國變成半殖民地。由於受到西方乃至日本的侵略以致割地賠款，中國人的國際形象和地位也驟然下降。但與此同時也激發自強運動等改革措施使西方的科技、文化以及民主憲政思想傳入中國，並為隨後的辛亥革命提供發展契機。

國旗與國歌

清朝與中國歷史上的其它朝代一樣，本來並無法定的國旗與國歌。近代以後，隨著西方國家用武力打開清朝國門，清朝逐漸引入西方國家的一些概念，其中就包括國旗與國歌。晚清重臣李鴻章在同西方國家談判、簽約、通商、互派外交人員等外交活動中，看到西方列國莊嚴懸掛國旗，而中國卻無旗可掛，深感有失「天朝威儀」。於是上奏慈禧太后，提出在外交場合中需要有代表中國的旗幟，請求頒制國旗。1888年（光緒十四年），清政府認定「黃底藍龍戲紅珠圖」（即俗稱的「黃龍旗」）為大清國旗。這是中國歷史上正式確立的第一面國旗。19世紀後期至20世紀初，清朝曾先後使用《普天樂》、《李中堂樂》、《頌龍旗》作為其半官方國歌或代國歌。1911年，清政府將《鞏金甌》定為正式國歌。不過由於辛亥革命的爆發，《鞏金甌》後來沒有流行開來。

人口

明末清初，因為流寇擾亂、清兵入塞、入關戰爭與三藩之亂的關係造成人民生命與財產的損失。而飢饉、瘟疫使得中國人口又一次的急速下降。史學家葛劍雄認為明清之際人口的跌幅估計可達40%，從崇禎元年（1628年）以來平均每年下降19%，至順治末年達到谷底。另一種說法則認為，人口隱匿數量遠大於人口損失數量，而真正人口損失最大的時期就是入關戰爭的戰亂時期，以及各種的滅絕性屠殺如張獻忠屠川。康熙二十年（1681年）後，清廷平定三藩之亂並佔領臺灣，經過康雍乾盛世獲得長期的休養生息，人口得以迅速增加。清初人口數量未明確，史學家姜濤估算康熙十九年（1680年）前後，人口增長到1億；趙文林推估在康熙二十四年（1685年）超過1億。到乾隆時期，全國人口正式突破2億，到鴉片戰爭前夕的道光十三年（1833年）又猛增到4億。清朝人口的增長一反中國人口過去的波浪式增長型態，呈現斜線上升。19世紀時，清朝因為太平天國的起事、捻亂與回亂等戰亂損失不少人口；光緒年間又發生不少天災，光緒三年山西、陝西發生旱災，因飢荒與暴亂而死的人達一千萬以上。最後加上海外移民風氣日盛，因此到清朝滅亡時，中國人口維持在4億3千萬多人，與道光年間的人口數差不多。

人口流動

清朝的人口擴張和流動規模在長期性和常規化等方面在中國歷史上前所未有，而且清政府在大部分情況下都鼓勵內地人往外移民。
學者認為，清朝鼓勵內地人移民，讓漢文化推廣到非漢民族地區，是為了「移民實邊」，發展經濟，保衛疆土，是「為了中國本身的利益，也為了較為落後的邊疆地區人民的前途」。
在鴉片戰爭前後，中國內地各省約有七百至八百萬人遷移到邊疆向海島地區，形成了一股股由中原向東南、西南、西北、北、東北四面八方輻射狀的移民浪潮。

四川地區

由於明末清初長年的戰亂與屠殺，產生許多真空地區，而後又因為人口大量提升，使部份省份人口過剩，這些都帶動移民潮。例如明末領有四川的流寇張獻忠，他於1646年兵敗退出成都時，在四川進行空前的燒殺破壞：40萬人的成都只剩下20戶居民，人口從至少三百萬一度銳減到只有八萬人。後來清廷推動以湖廣、陝西等各省人口填補四川地區，史稱第二次湖廣填四川，移民四川的趨勢歷經一個世紀。

東北地區

清廷為保護其發祥地中國東北地區，於奉天（今遼寧省）設立柳條邊以限制漢人及外藩蒙古向盛京地區及長白山地區移民，但仍「封而不禁」，對越邊時而佯作不知，並通過流放犯人，招撫流民及移旗等方式進行移民實邊。而乾隆年間則開始嚴厲封禁東北地區，直到1792年，由於發生旱災，清政府公開放鬆禁令，允許並鼓勵災民前往長城及柳條邊外的東蒙及東北地區謀生，以分流難民潮。該措施隨即引發了規模空前的難民遷徙，東北三省、特別是柳條邊沿線地區從此開始大量接收關內移民。1792年旱災後的10餘年間，清廷即在東北柳條邊沿線地區新建四個行政單元以管理移民，包括長春、昌圖、伯都訥和新民，大凌河東岸、養息牧廠、拉林、雙城等官墾聚落也分布在附近。
據統計，1780年東北人口約95萬，至1820年猛增至247萬人，較1780年增長1.6倍，年均增長率24.2‰，增長人口中大部分來自移民（約100萬），其中吉林省接收移民30萬人，移民增加的趨勢極為迅猛。1873年，清廷考量俄國與日本有意染指東北，故撤除柳條邊，並且在日俄戰爭後完全開放移民。

蒙古地區

清朝初期，清朝統治者限制漢人與蒙古人混雜。但到了康熙年間攤丁入畝後，清廷放開封禁，引起大量民眾遷徙到長城口外漠南之地定居謀生的浪潮，史稱「走西口」。到了二十世紀初，清延開始以各類優惠政策大力鼓勵漢人移民內外蒙古，原因之一是為了反制當時俄國人在內蒙古東部的殖民計劃。由於意識到漢人大量移民最終可能會導致蒙古人自身被同化或全面漢化，加上漢商的詐欺手法以及清朝統治者的政策轉變，一些蒙古人因此懷恨在心並發起叛變。然而那些叛變基本上是地區性的叛變，而非組織嚴密的「全區性暴動」。

西南地區

自雍正朝大規模地實行改土歸流政策以後，內地與西南廣西和雲南邊疆地區之間的交流被加強，地域壁壘被打破，內地人迅速移往西南邊疆地區，自清初至道光中葉，約有200-350多萬人遷入了西南滇桂地區。

臺灣地區

康熙二十三年（1685）以後，清朝向前往台灣的大陸人民實行限額發給照票。雍正十年（1732）後規定渡台者有田產生業足以謀生，均可允許攜眷入籍，從此渡台人數急升。乾隆五十五年（1790），清政府為了減少私渡偷渡而決定多處官渡。自清初至道光中葉，共有150多萬人從中國大陸遷入了台灣。1895年臺灣割讓日本，住民根據《馬關條約》第5款，在同年5月8日住民去就決定日決定去留，最終99.75%臺灣人選擇成為日本國籍，而中國大陸渡臺亦隨之中斷。

新疆地區

鑑於新疆戰略地位的重要性，清朝在統一新疆前後，對治理新疆的方針開展過深入討論，並確定向新疆移徒中國內地人口以充實農業勞動人口的方針，又制定一系列組織移民出關的具體措施，因而出現內地人戶移民新疆的熱潮。自清初至道光中葉，新疆地區約遷入了五十萬人。

海外移民

福建與廣東各省因為山多人狹，又靠海，許多人口移民海外。台灣早在荷西統治時期、明鄭時期就獲得閩南、粵東的移民，約有十餘萬人。清初因為防止如朱一貴事件等動亂發生，曾嚴格限制移民台灣。同治末年發生牡丹社事件，日軍一度侵台，這使得清廷積極開放移民台灣。到台灣割日前夕，已經有三百數十萬的移民人口。早在十五、六世紀，閩粵人民就時常移民泰國、馬來西亞與印尼等東南亞地區，這些海外華人還建立蘭芳共和國。鴉片戰爭之後更多華人移民海外，主要以東南亞地區、美國西部、加勒比海群島為主。清朝滅亡時，海外已有七百萬的華僑。

永不加賦與攤丁入地

康熙後期，經過長時期的休養生息，社會已日趨安定，但人丁與地畝的載冊數增加遲緩。一方面由於土地與人口的清查不夠徹底，再者也由於地主以多報少之故，貧民迫於賦役的繁重而相率逃亡，人丁的統計並不確實。康熙帝為確實掌握人口數，於康熙五十一年（1712年），下詔「盛世滋生人丁永不加賦」，以康熙五十年（1711年）在冊人丁數作為全國徵收丁銀的固定總額，以後新增者為「盛世滋生人丁」，從中央到地方均不得隨著人口的增加而增稅。但除補不易，弊端又無法避免。所以採取攤丁入地政策，廢除人頭稅（丁稅），併入土地稅內。這使得無產者沒有納稅負擔，而地主的負擔增加，對於清朝人口的持續增加、減緩土地兼併、以及促進工商業的發展有一定的作用。
錢穆認為「地丁攤糧」只收田租，不收人丁稅的辦法是「清朝統治者自己夸許的『仁政』。但是實際上，這一規定，並不算的是仁政，從中國歷史講，兩稅制度，早把丁稅攤派到地租了」。中國科學院地理科學與資源研究所的學者說，地丁攤糧改革政策也給當時及其後的土地墾闢帶來了重大影響，雖然這是一次賦稅改革，似乎與墾荒並不相干，但它卻有效放鬆了對貧苦無地農民的約束，使人們可以自由流遷，為異地墾荒提供了豐富的勞力資源。歷史學者張硏評價，攤丁入畝在一定程度上改變了賦役不均的情況，增加了地主的賦役，減輕了無地少地農民的負擔，減少了戶口隱漏，穩定了社會秩序，促進了生產發展，以及改善了國家的財政狀況。

人口普查

乾隆六年（1741年），戶部有感於人口的增長，有必要對人口登記制度加以檢討，並徹底改變戶口統計與管理制度，以掌握人口真實情形。然而卻遭到廷臣蘇霖渤等人們的反對，他們認為實施人口普查對維護統治沒有實質意義，各省戶口殷繁，「若每歳清查，誠多紛擾」。到乾隆三十九年（1774年），湖北東部發生災害，由於賑濟的人數超過地方登載的戶口總數，經過清查發現，有些縣份在每年上報人口數都含混交代。乾隆帝大怒，要各省督撫全面展開人口清查。隔年，保甲嚴格執行人口普查制度，共增加43,534,131人，此後全國各省人口數較以往更接近實際人口數。人口查報也成為保甲的一項重要職責。無論在乾隆四十年（1776年）前後，人口統計都限於各省。而且京師順天府、八旗、黑龍江、新疆、蒙古、西藏、台灣、雲貴川廣地區居住的少數民族等並未列入戶口統計中，不管何時見於官方記載的人口均低於實際人口數。葛劍雄以為乾隆四十一年至道光三十年的戶口統計數基本上是較可靠的。

經濟

清朝人口呈現爆發式增長，乾隆時期已達三億，相對應的，需要更加以多種方式提升糧食作物的產量。清朝採取開墾荒地、移民邊區及推廣新作物，改進種植技術等方式以提高生產量。由於國內與國外的貿易提升，經濟農業也相對發達。手工業方面改工匠的徭役制為代稅役制。產業以紡織和瓷器業為重，棉織業超越絲織業，瓷器以琺瑯畫在瓷胎上，江西景德鎮為瓷器製造業中心。清朝商業發達，分成十大商幫。其中晉商、徽商支配中國的金融業，閩商、潮商掌握海外貿易。清朝曾實施海禁政策，直到消滅明鄭統治台灣後，才宣布展界開海，沿海對外貿易開始活躍，而貨幣方面則採銀銅雙本位制。康熙晚期曾為防止民變，一度推行禁礦政策，在一定程度上阻礙工商業的發展。
清朝人口在中國古代歷史上為最高，其國內生產毛額（GDP）總量所占的世界比例在中國近三千年歷史上也是最高的，據英國經濟學家安格斯·麥迪森的研究，按照1990年美元價格計算，1820年清朝GDP總量為2286億美元，占世界GDP總量的32.9%，中國人均GDP為600美元，當時經過第一次工業革命的英國人均GDP為1,706美元。據他研究，即便被認為是中國歷史上經濟最繁榮時代的宋朝，其GDP總量為265.5億美元，才占世界經濟總量的22.7%，宋代中國的人均GDP在450美元，略低於阿拉伯帝國阿拔斯王朝的人均GDP（621美元）；這兩個地區皆超過當時西歐人均GDP（427美元）。這裡僅表明購買力平價，與所謂財政收入是不同的概念，英國財政年收入在1830年代至1840年代在5000萬英鎊以下；不過，清朝GDP數值在1840年前凌駕於歐洲之上，這一說法基本得到普遍認同，但部分中國學者如劉逖仍認為麥迪森高估了中國歷史上的GDP總量和人均GDP。因此，劉逖對麥迪森1600至1840年數據做了調整，認為1820年中國人均GDP在325美元，而非麥迪森說的600美元。

貨幣制度

清朝貨幣大體上採白銀與銅錢並用的銀銅雙本位制，大數用銀，小數用錢，但銀的地位更見重要。因海外貿易發達，白銀大量從國外輸入，康雍乾盛世流通的外國銀元除西班牙銀元外，還有葡萄牙銀元、威尼斯銀元、荷蘭銀元、法國銀元等。鴉片戰爭前後，需要固定形式的銀幣出現，正式使用機器鑄造銀幣則是鴉片戰爭以後的事。鴉片戰爭前，由於英國將大量鴉片銷入中國，導致中國白銀大量外流，需要更多的銅錢才能換取白銀。由於白銀是百姓納稅的固定貨幣，這帶動通貨膨脹，嚴重惡化經濟。使得曾經於1651年順治帝發行紙幣，到1853年咸豐帝又發行大清寶鈔與戶部官票等紙幣，以穩定清朝經濟。

佛教

清朝自康熙至乾隆，雖然總體上對於佛教（藏傳佛教除外）較為冷淡，不過對於穩定社會仍有一定的幫助。乾隆：「彼為僧為道，亦不過營生之術耳。窮老孤獨，多賴以存活。其勸善戒惡，化導愚頑，亦不無小補。」清朝皇帝多與僧人來往，順治帝先後與名僧憨璞性聰、玉林通琇、茚溪行森和木陳道沁等互相交流，順治本人曾削髮打算出家，他所寵愛的董鄂妃在他的影響下也棲心禪學。再如康熙在外出巡，每往名山巨剎，為之題字撰碑。雍正喜讀《金剛經》，也多與佛教徒往來，選編語錄，儼然以禪門宗匠自居。
不過佛教無限制的發展，對統治者也有不利之處，如果太多人民出家，政府徵稅的對象就會減少，寺院上層兼併土地，發展寺院經濟，就會加強土地集中的程度，激化社會矛盾，一些犯法的人，往往藏身寺廟作為躲避懲罰的手段，某些「聚眾為『匪』之案」，甚至「多由『奸邪』僧道主謀，「平時『煽惑』愚民，日漸釀成大案。」，因此清朝一方面保護佛教，另一方面又對之加以限制。清朝限制佛教的辦法主要有三種，設置僧官、實行度牒制度與不許擅造寺廟。佛教在限制下仍有一定影響力。佛教各派，除了禪宗還算盛行之外，其精神日趨世俗化，宗風也隨之衰落。另外如淨土宗、律宗、也僅能保持典型。乾隆時，曾禁止各地建立新寺院，民間出家為僧者也受限制。士大夫雖喜談佛學，但只是談論佛理，沒有興隆佛教的意願。
清朝為籠絡內外蒙古、青海、西藏外族，優禮和尊崇藏傳佛教（亦稱喇嘛教），順治八年，特於北京建造一大喇嘛廟，度喇嘛一百餘人，皆內府諸旗王公屬下滿州人。雍正帝曾得喇嘛之助繼位，之後以其潛邸改建為雍和宮大喇嘛廟，成為北京也是當時中國最大之喇嘛廟。雍正五年，又為蒙古之哲布尊丹巴呼圖克圖，建大喇嘛廟，發帑銀十萬兩之多。並尊哲布尊丹巴為喀爾喀大喇嘛，其地位與西藏之達賴、班禪鼎立為三，後世稱為「活佛」。乾隆帝曾經把藏傳佛教作為解決現實社會矛盾的方法不過也以理藩院來控管其發展。藏傳佛教雖然表面上受到君王的禮遇，不過事實上不像元明前兩代如此興旺，乾隆末年發生川楚教亂，使藏傳佛教漸走衰落之途。

伊斯蘭教

從元朝開始，西域伊斯蘭教教徒大量來到中國各地，穆斯林居住於甘肅、陝西、四川、山西、直隸、廣東、雲南等省。清廷對伊斯蘭教採取放任的態度，尊重他們的信仰，用他們的法律來處理紛爭，但是比起元、明前兩代來說較為沒落，清朝防制回人的法律極嚴，內地各省，回人犯法，判罪較一般犯人為重，凡罪當流徒，一般人民可申請存留養親者，回民卻不得申請。在回疆，清朝每於重要所在分建漢、回二城，限制回民的自由，並禁止漢回通婚，在公文書中，則民、回別稱，表示將回民排斥於一般平民之外。
由於受到清朝及漢人的壓制，在清朝統治期間，清朝末年時，甘肅、陝西、雲南這三省曾發動叛亂。康熙順治年間，甘州回民丁國棟、米喇印起兵造反，乾隆年間的大小和卓之亂，嘉慶年間張格爾據浩罕叛，道光同治年間的陝甘回變與雲南回變一時俱起。

基督教

滿清入關後，湯若望、南懷仁等教士，先後被任命為欽天監主要官員，他們利用職務之便來傳教，雖然一度受到康熙曆獄的打擊，不過隨著康熙帝開始親政後，翻案成功重新執掌欽天監來繼續傳教，康熙帝對於天文曆算、火炮之學很有興趣，曾叫傳教士徐日昇、白晉等人輪流進講。並以他們擔任通譯及處理外交事務。如：徐日昇、張誠隨索額圖參加中俄尼布楚條約談判，充當翻譯和參謀。清朝對定居中原的西方傳教士採取禮遇態度。其中，順治帝特別倚重德國耶穌會士湯若望，並尊其為「瑪法」（滿語「爺爺」的意思）。在隨後的一百多年前，欽天監皆由耶穌會士掌管。
耶穌會傳教士對於中國原有的風俗習慣，抱持容忍態度。教徒祭天、祭祖、祭孔者盛行，雖然與教義互相衝突，但都以默忍。不過到了17世紀末至18世紀初，天主教內部發生「禮儀之爭」。依照道明會傳教士的指控，羅馬教宗下令禁止的傳教士使用耶穌會的中文詞彙「天」和「上帝」 來稱呼天主，也禁止中國信徒祭拜祖先與孔子。這與當初義大利傳教士利瑪竇以及其後的傳教士在中國傳教時所採取的本土化政策截然相反。清政府對此十分不滿，認為這樣做有違中國敬孔祭祖的傳統。康熙帝於1700年批示說：「敬孔敬祖為敬愛先人和先師的表示，並非宗教迷信」。
雙方爭持不下，最後清廷下令必須遵循「利瑪竇規矩」傳教，不然就不准傳教，逐出中國，是為「禁教令」。1722年，雍正帝徹底推行禁教令，使得清朝初年西方基督教在中國傳教被終止，到了道光帝時，連欽天監也不任用傳教士。不過清朝皇帝對於教禁並沒有徹底禁止，嘉慶年間（1807年），新教教士英國人馬禮遜，曾藉工作之便私下在廣州進行傳教的工作。
鴉片戰爭後，清廷雖並未正式撤銷禁令，但基督教的傳教自由已經由不平等條約獲得確認，於是歐美各地的基督教教士在西方列強的庇護下進行宗教活動，基督宗教傳播更為迅速。除了傳教之外，設立醫院和學校，對於中國文化和社會的演進，發生巨大的影響。不過有些西方傳教士擁有種族優越感，以爭議手法傳教，如不理會傳統社會階級之分、強占土地（強行索回雍正禁教時遭沒收的土地房產）、袒護教徒干涉司法審判、下令教徒不得分攤並參與地方集體祭祀活動、直接要求北京政府撤換省級官員，甚至一些犯罪之人也藉由信教取得司法保護，引起中國人的反感，因此民教衝突不斷；加上民間以訛傳訛的負面謠傳，最終導致許多民眾則憤而紛紛起來焚燒教堂，驅逐或甚至殺害傳教士，收回被侵占的土地財物。從1856年至1889年先後發生的教案多達三百多起，著名的有1870年的天津教案，1900年的義和團之亂期間，有數萬民中西方傳教士與基督教信徒慘遭殺害。

文化

清朝統治中原後，推行的漢化政策比其他征服王朝還要深，然而清室也盡可能保留本族文化，並且維持本身文化與漢文化的平衡 。清初以來，所有施政文書都以漢文、滿文兩種文字發布。自康熙起大力推行以儒學為代表的漢文化，漢傳統經典成為包括皇帝在內的滿族人必修課。到乾隆中期，滿人幾乎全部以漢語為母語，滿文漸漸成為僅用於官方歷史記載用的純書面文字。到19世紀，官方文件中的滿文已基本為漢文所取代。然而儒家的一些思想清朝皇帝沒有完全接受。
在18世紀康乾盛世期間，歐洲前往中國的傳教士們將當時中國圖景呈現給歐洲人，而後引發在17世紀末至18世紀末的100餘年間，甚至直到19世紀初，歐洲吹起中國風。無論是在物質、文化還是政治制度方面，歐洲都對中國極為追捧，以至於在1769年曾有歐洲人寫道：「中國比歐洲本身的某些地區還要知名。」對中國風的狂熱追逐曾經是當時歐洲社會的普遍時尚。這種時尚滲透到歐洲人生活的各個層面，如日用物品、家居裝飾、園林建築等。1735年，法國神父翻譯並發表法文版《趙氏孤兒》後，造成非常轟動的中國戲劇熱。西方對當時的中國也存在負面的聲音，認為中國朝廷過於獨裁與專權。乾隆末年英國派遣馬戛爾尼出使清朝，在佩雷菲特筆下的馬戛爾尼本人認為：「人民生活在最為卑鄙的暴政之下，生活在怕挨竹板的恐懼之中，所以人們膽怯、骯髒並且殘酷」，而馬戛爾尼本人的日記卻如此記載：「中國政府的行政機制和權力是如此的有組織和高效，有條件能夠迅即排除萬難，創造任何成就」。馬戛爾尼訪華團成員之一的愛尼斯·安德遜卻如此評價：「殺頭案在中國是非常少見的。關於這問題，我甚為注意而且好奇地去打聽，一有機會就向人探問，我不只問過一個人，有好幾個人，至少有70歲高齡的老人，他們從未見過或聽到過有殺頭處刑的事……比較輕的刑事案，在這人口非常多、商業又發達的國內也不常有」；「走過的鄉村（北京郊區）前後每1英里路上的人數足以充塞我們英國最大的市鎮」；「這城市（廣州城）的街道一般是15英尺到20英尺寬，用寬大的石板鋪砌，房屋超出一層的很少，用木材和磚建築。商店的正面大門之上有漂亮的陽台，因而門前形成一街檐，用各種油漆裝修得很美麗」；「……這個馬車隊伍停歇在一個大市鎮內，鎮名「吉陽府」。說它是人口稠密，則我又用了這冗繁的語詞，這語詞可以同樣應用於整個帝國，如每個村莊、市鎮、城市；不，每一條河流和河流的兩旁也充滿了人。在這國家裡，在我們所經過的地方，人口是極為眾多而且是到處是那麼多：我們走過的鄉村前後每1英里路上的人數足以充塞我們英國最大的市鎮，道路兩旁不少別墅田莊散布在田野之間，大為增色，也足以證明其富裕」；「……不能不對這位偉大、顯赫、聰明、慈善的中國皇帝致以崇高敬意。他治理中國60年之久，按他的百姓的普通呼聲，他對他們的康樂與興旺從未忘懷。在他管理司法方面的情況是：他保護他的百姓中最低微的人」。

科學與技術

整體而言，清朝的科學技術和同時代的西方國家相比較為落後，在晚期差距更為明顯。清初統治者和部分中國學者積極與西方傳教士進行中西文化技術交流，統治者亦會將習得的新知識實際地運用在治國方面，然而後來由於禁教的原因導致人們對西學日益模糊和隔閡。清代科學技術的落後是中國貧困積弱的重要原因之一，但在某些科學技術領域中比前也有明顯進展，尤其是在數學、天文、曆法等學科方面得到空前發展，而精於此道的學者也是英才輩出且人數眾多，從遠古到清朝這段期間，有關學者的數量在清代占約44%。清代學者亦對古代技術和文獻的復興和修復也作出貢獻。

天文學與地理學

清軍入關後，湯若望、南懷仁等教士來華傳教，帶來西方科學與技術。他們先後被任命為欽天監。康熙帝對於天文曆算，火炮之學很有興趣，曾令白晉、德瑪諾等人，測繪全國地圖，歷時十年而成，康熙帝命名為《皇輿全覽圖》，它是中國第一部用經緯度測繪的地圖。順治帝多次向湯若望學習天文、曆法、宗教等知識，以及治國之策。不久湯若望成為「欽天監」的負責人，掌管國家天文曆法事務。在隨後的一百多年前，「欽天監」皆由耶穌會士掌管。由於需要新的曆法，清政府遂下令根據湯若望所著的《西洋新法曆書》，制定新曆法並頒行全國，名為時憲曆。另一受西方影響較大的是地圖測繪學。康雍乾時期，國家統一，版圖鞏固，始繪製全國和各地的地圖，派人到各處實地測量。外國傳教士雷孝思、杜德美和清朝學者何國宗、明安圖等參加這項工作，採用西方經緯度定位和梯形投影法，所制地圖居當時世界水平的前列。在測繪全國地圖的過程中，康熙時期編成的數學巨著《數理精蘊》亦發揮實際作用。
從順治到乾隆期間，西方傳教士在皇帝的要求下製造以及添加不少天文儀器如赤道經緯、黃道經經緯、簡平儀等，同時有相關天文學術著作出現，亦改善和編製較為先進的曆法。西方的物理學知識也從明朝末年起一直在中國傳播，康熙年間的學者戴震就寫有關於阿基米德定律的作品，傳教士南懷仁著有《熙朝定案》等介紹各種工程技術的作品外，亦著有《驗氣圖說》和《形性理推》等對中國的物理學界產生一定影響的介紹西方光學知識的書籍，並在一定程度下讓一些學者啟迪進而研究光學，例如在康熙年間寫有《鏡史》一書的孫雲球以及在十九世紀前期寫有《鏡鏡詅痴》的鄭復光；在對待西洋器物方面，清代有不少學者、匠師和科學家如黃履莊、黃履、孫玄球等對西方「奇器」有一定的研究和高度仿製，西方「奇器」在一定程度上亦推動中國的物理實驗和機械製造的發展。
由於清政府對天文曆法的重視，民間的天文學研究也很活躍，主要代表人物有著有《曉庵新法》和《五星行度解》的王錫闡等。

火器

為平定三藩之亂，康熙特命比利時傳教士南懷仁製造適應南方地形特點和便於戰場上機動使用的火砲。南懷仁「依洋式鑄造新炮」，並進呈《神威圖說》一書，介紹西方的製炮理論和方法。在康熙十四年(1675)至康熙末年四十餘年間，僅中央政府就督造或改制神威無敵大將軍、金龍炮、制勝將軍、威遠將軍等各型火砲近千尊。不但數量多，而且種類也不少，乾隆二十一年（1756年）頒行的《欽定工部則例造火器式》載有各種火砲共85種，同年的《皇朝禮器圖式》中鳥槍，紅衣炮，子母炮這三樣火器成為製式武器。其他的著作分別有薛熙撰的《練閱火器陣紀》，沈善蒸撰的《火器真訣解證》，王達權、王韜同撰的《火器略說》，薛鳳祚撰的《中西火法》，陳暘撰的砲規圖說以及董祖修撰的《炮法撮要》等。清朝軍隊的火器裝備率也超過明朝，直到兩次鴉片戰爭期間和太平天國戰爭初期，清軍的主要火器是鳥槍和各種生鐵、青銅鑄造的火砲，在道光、咸豐年間又裝備了兩人抬用的抬炮和抬槍，清朝軍隊火器的裝備率達到50-60％。
清朝初期在政權穩固及穩定後容許漢族民眾持有冷兵器，但仍然警惕火器尤其是重型火器的流存。雖然清朝在法律上嚴禁民間私製火器，但在實行上卻沒有也難以嚴加管制，終清一代火器在民間幾乎隨處可見，製造和銷售火器在民間已有相當的規模，出於自衛、捕獵、遊戲等原因有不少平民都擁有了火器，甚至在京城也有鐵匠私造火器售賣。此外，清朝希望士紳掌管的民間武力協助國家維持基層社會的秩序和協助保衛國土，加上亦需顧及民間狩獵和自衛的需要，故清政府在一定條件下容許民間武器合法存在。中國歷史上的歷代王朝都不會樂見民間有大量武器，特別是不願看到有精利武器在民間流傳，但基於上述原因，清朝對民間火器的政策經常陷於「允許、鼓勵」與「禁止、控制」的兩難處境。

農業

農業方面，清代有《授時通考》、《廣群芳譜》、《補農書》等著作，詳細論述各種作物的栽種和農業生產技術。清代亦是中國傳統農學的高度發展時期，中國歷代所編著的農書共714部，其中清以前的二千一百多年間編著的農書為231部，清代267年，編著的農書為483部，為清代以前農書數量的2.09倍，清朝治理及研究蝗蟲的技術亦相對比較發達。

醫學

清初至鼎盛時期，醫藥學進步所表現在很多方面，基本上是明朝醫藥盛況的延續。如對經典著作的研究、本草學、方劑學、診斷治療學、醫案整理等，均較明朝更成熟。各家學派的紛爭也逐漸緩和，大多醫家能採各家之長折衷於臨床。但也不乏固守《內經》、《難經》、《傷寒論》，而批評金元以後一切新說的醫學，這與當時考據學盛行不無關係。清朝中醫藥學最重要的成就，就是關於急性傳染病的研究，它已形成一個新的系統，即溫病學說。這一學說的出現，雖然是基於歷代醫家的有關成就上，但清代溫病學派在中醫發展史上的貢獻，仍然是相當顯著的，它並不亞於東漢張仲景著《傷寒論》，金朝劉完素創河間學派。
康熙年間有不少精通醫術的傳教士如張誠和白晉等向中國傳授西方醫學，並且被容許在入職朝廷、建立試驗室以傳授解剖學知識，康熙對此深感興趣，甚至曾經在一次研探解剖學時得病。法國傳教士巴多明（Dominicus Parrenin）用滿文翻譯人體解剖學方面的著作並名之為《欽定格體全錄》，巴多明和白晉也在康熙的支持下翻譯出有關人體血液循環的著作，並且在北京傳播相關知識。西方傳入的醫學知識和理論亦引起了當時中國醫學界人士的注意，例如清初劉獻廷研究過人物圖說等西方醫學著作，乾隆年間著有《醫林改錯》的醫學家王清任亦十分重視解剖學：「著書不明臟腑，豈不是痴人說夢，治病不明臟腑，何異於盲子夜行」。
清朝中葉後，西學的影響不像清初僅侷限於個別傳教士，西方科技的刺激顯然變得十分具有影響力。尤其是西方國家有意識地把醫藥作為實現他們宗教目的、掠奪目的的手段，所以西方醫學對中國的滲透變得比清初那時更為明顯。那時中國人民也有吸收外來醫藥學的需求，於是中西醫匯的主張應運而生。這種新的思想既有解放中醫藥學家保守思想的一面，也有壓抑對傳統中醫藥學繼承和發展的一面。
到了清末民初，由於西方醫學的強勢輸入，以其診斷、手術器械的先進、服藥的便利、診間及病房的明亮乾淨，對當時的傳統中醫造成了前所未有的生存與競爭的壓力。然而由於中國人根深蒂固的醫療習慣、中醫的實際療效以及西醫人數尚少不能普及於全國等原因，當時的中醫並未如日本明治維新之後的漢醫般幾乎絕跡。

數學

中國古代的數學成就曾名列世界前茅，到明代衰落下來，古算幾成絕學。明末，西算傳入中國，從徐光啟翻譯《幾何原本》前六捲起，直到康熙時編成《數理精蘊》（《數理精蘊》是明末清初西算輸入時期一部帶有總結性的數學巨著，被稱之為當時中國最高水平的數學百科全書），這是中國歷史上第一次西算輸入時期，雍正以後到鴉片戰爭以前，又為「古算復興時期」。介紹西算和復興古算構成清前期數學發展的兩大內容。清初的曆法大辯論，新法以計算精確戰勝舊法，這件事使當時知識界對數學重視起來。康熙又聘請傳教士徐日昇、白晉、張誠、安多等入宮，講授幾何、代數、天文、物理等科學知識，這就推動數學的蓬勃發展，出現方中通、梅文鼎、梅轂成、明安圖、王元啟、董祐誠、項名達等著名數學家。
清朝學者亦重新發掘出在古代已長期失傳的大量數學著作，例如《四庫全書》的編纂工作者之一的戴震就從《永樂大典》中發現和整理出久已失傳的許多古典算書。如《海島算經》、《五經算術》、《周髀算經》、《九章算術》、《孫子算經》、《五曹算經》以及《夏侯陽算經》。他又從南宋刻本的毛扆影抄本中抄輯出《張丘建算經》和《輯古算經》兩種，連同明刻本的《數術記遺》共計十種。這十部算經於乾隆三十八年由孔繼涵刻入《微波榭叢書》，正式題名為《算經十書》。戴震還從《永樂大典》中抄輯出宋秦九韶的《數書九章》及楊輝的各種算書，令漢唐以來數學成就的結晶重現。
清朝的數學人才輩出且著作繁多，大約有五百人貢獻一千多種數學著作，超過以往任何一個朝代；但因受乾嘉漢學的影響，多集中在對古算的整理、註釋方面。在若干領域內，清代學者也作出創造性的貢獻。如陳世仁發展宋元以來垛積術的研究，即高階等差級數求和的方法；焦循註釋《九章算術》，提出加減乘除的交換律；還有汪萊和李銳繼承宋代天元術和四元術，發展方程論的研究，對方程根的性質以及根和係數的關係等進行探討。

建築學與基建

建築學方面取得很高的成就，宮殿、園林、寺廟、宅宇、城垣的建築，盛極一時。或雄偉莊嚴，或富麗典雅，彩繪藻飾，光彩照人，庭院草木，錯落有致。著名匠師梁九、雷發達均有高超的設計和施工技藝。外國傳教士蔣友仁、王致誠等帶來西方的建築技術，設計圓明園內西洋樓、大水法等建築群。
清朝末年，中國的交通事業有所發展，詹天佑是中國第一位傑出的鐵路工程師，他主持修建的京張鐵路工程之艱巨是當時世界鐵路史上罕見的。詹天佑克服一道道難關，創造性地設計出「人」字形軌道，減緩坡度，降低造價，比原計劃提前兩年完工。詹天佑修建京張鐵路期間，厘定各種鐵路工程標準，並上書政府要求全國採用。中國現在仍然使用的4尺8寸半標準軌、鄭氏自動掛鉤等等都是出自詹天佑的提議。此外詹天佑亦著重鐵路人才的培訓，制定工程師升轉章程，對工程人員的考核和要求作出明文規定，並且定明工程師薪酬與考核成績掛鉤。京張鐵路培訓不少中國的工程人員，詹天佑所製定的考核章程亦成為其他中國鐵路的模仿對象。