國立故宮博物院南部院區

提案選址（2001–2003年）

國立故宮博物院位於臺北的院區，1990年代後逐漸面臨展覽空間不足的窘境，計畫進行擴建，政府也希望藉由大型建設以解決臺灣南北發展不平衡的問題；加上2000年民主進步黨陳水扁政府上台後的「南北平衡」」和「本土化」等政策方興未艾，因而逐漸產生了在臺北以外地區另建分館的政策，進而確定了故宮分院的計畫。
2001年7月，故宮提出中、南部分院建設計畫，選址時共收到14個政府機關共20件申請。2002年10月，13人組成的委員會選出苗栗縣後龍鎮、臺中市西屯區、雲林縣斗南鎮、嘉義縣太保市、臺南縣玉井鄉、高雄縣橋頭鄉、高雄市鼓山區及左營區等8個地點，該年底向行政院提報3個優選及2個次優地點，其中3個優選為高雄左營、嘉義太保及臺中西屯。2003年1月3日，行政院正式選定以嘉義縣太保市為故宮分院院址，並配合鄰近的高鐵嘉義站特定區開發計畫共同進行，期待達到「平衡南北，文化均富」，順道帶動中南部的文化、教育、社會、與經濟發展。 故宮院長杜正勝當時表示，故宮南院將定位為亞洲博物館，絕對不會是臺北故宮的翻版或影子。
故宮南院院址確定後，嘉義縣政府便先墊支新臺幣2億元向臺灣糖業公司徵收200,000平方公尺用地。2003年10月，嘉義縣政府在無預算、工程未發包的情況下，便在故宮南院預定地旁舉行故宮南院願景館動土典禮，嘉義縣政府於隔月才獲得行政院同意，由交通部觀光局補助新臺幣1,500萬元興建願景館。2004年總統選舉前夕，故宮南院的選址成為當時朝野政黨的選舉議題。
對此，參與選址的教育部長杜正勝及選址評估小組召集人國立成功大學建築所教授徐明福表示，嘉義縣太保腹地高達五十七公頃，現為台糖蔗田用地，並無建物，用地取得容易，除此之外，該腹地鄰近嘉義水上機場、臺灣高鐵車站太保車站、國道中山高速公路、西濱快速道路等聯外道路，交通便利；周邊又可結合國立中正大學、國立嘉義大學等文化教育設施，若加上阿里山觀光資源，故宮南院可望和嘉義的發展產生經濟效益的加乘效果。台北藝術大學校長邱坤良表示，嘉義太保聯絡台中或高雄都相當方便，以文化建設的南北資源分配平衡來說，嘉義更為迫切。
時任立法委員洪秀柱曾表示：「設立故宮南院都是政治性的考量，選址時嘉義不是候選名單的第一名，但是嘉義縣長陳明文是民進黨內的重要政治人物，嘉義又是民進黨選票集中的重點區域，因此選了這個偏僻又有問題的地點。」而2004年國民黨總統候選人連戰並且提出將故宮本院遷至台中的主張，言下之意是廢止故宮南院的建設。
嘉義縣長張花冠則在專訪中表示，嘉義縣勝出的關鍵在於「陳水扁政府考量區域均衡發展」。張花冠說，因為中央從未在嘉義投資任何建設，七0年後也無任何工業在嘉義，嘉義縣工商用地被束縛儘剰27％，嘉義縣土地大抵只能作農牧用地，所以嘉義縣幾無稅收，嘉義市又升格省轄市，嘉義的金融、政治、及商業重心都在嘉義市，所以經濟較好無負債，相較之下負債卻都在嘉義縣。嘉義縣只有農業，工業都是中小企業。張花冠說，為此她下定決心，拼了老命都要搶到故宮南院！

第一次修正計畫（2007–2009年）

2007年3月，動土典禮已逾一年，故宮南院再次舉辦整地工程開工典禮。由於規劃設計招商簽約等進度受阻以及基地週邊新增公共工程需求，行政院於2007年6月通過第一次修正計畫，增列款項新臺幣11億元，包括台電電纜地下化4.5億元及縣政府聯外道路6.5億元，並將開館日期延至2011年6月。待至2007年底，根據承包的中興顧問團隊表示，受天雨及變更設計未定等影響，工程進度已落後逾6%。故宮則在此期間審查通過建築師普里塔克率領之APA公司團隊完成的方案設計，博物館總樓地板面積由32,971平方公尺增至47,159平方公尺。
2008年1月，故宮通知APA公司繼續進行下一階段的設計工作。副院長黃永泰對外表示，南院工程進度落後約9%，但博物館區工程的細部設計可在當年完成，於2009年1月動工。同年7月，造價估算結果指出工程經費需新臺幣58.49億餘元，但分配的博物館工程預算為30億元，兩者差距達28.49億餘元。故宮通知APA公司修正設計讓工程造價在30億元以內，但APA並未應允。APA最終於11月宣布退出設計案，並向士林地方法院遞狀控告故宮，要求支付工程設計費4,000萬元，南院計畫再次延宕。
2009年1月，行政院同意將故宮南院的軟體建置計畫併入籌建計畫內，增編經費新臺幣8.3億餘元，全案經費達到79.3億元。故宮南院的設計及監造作業也在3月確定由臺灣的宗邁建築師事務所接手。此時故宮院長周功鑫宣布，故宮南院確定以花卉為主題，定位為花卉文化博物館，可於2011年底完工，並於隔年啟用。此次發言引起嘉義縣長陳明文等人不滿，在民進黨和南部民眾的抗議聲下，南院最後又重回亞洲藝術文化博物館的定位。同年8月，莫拉克颱風夾帶豪大雨使朴子溪水位暴漲，造成南院預定地部分區域淹水及設施受損，使故宮南院必須再次檢討防洪措施，並再經環境影響評估相關程序，此時南院的開館日期傳出將延至2015年。同一期間，於2005年完工的故宮南院願景館，土地租約到期必須搬遷，時任嘉義縣長陳明文指責故宮拒絕和嘉義縣政府共同分擔新臺幣900多萬元費用，時任故宮院長周功鑫回應須先找第三方評估安全且遷移經費被凍結無法使用。嘉義縣府最後另行租用臺糖土地，耗費逾700萬元才完成搬遷。故宮南院無法如期開館，行政院於2009年12月召開會議後，仍決議籌建工程繼續辦理。

第二次修正計畫（2010年–2015年）

2010年10月，南院的第二次修正計畫經行政院核定通過，總預算維持不變，開館日期延至2015年底。籌建計畫分博物館館區和景觀園區兩部分進行。博物館區主體建築及相關工程，轉由內政部營建署代辦，原建築設計圖因無法完成細部設計或大幅修改，決定重新招標。
2011年3月，故宮公布新的建築與景觀團隊，博物館主體建築由姚仁喜率領的大元聯合建築師事務所執行。主體建築工程在2012年歷經三次流標後，於12月底以近新臺幣28億元由麗明營造得標。2013年2月6日，博物館主體建築工程正式動土，景觀工程則於隔年3月19日動工設計師為體現「國際級亞洲藝術文化博物館」定位，建築運用「龍」、「象」、「馬」等元素交織，象徵亞洲三股主流文明——中國、印度、波斯的互動交流，同時透過書法概念帶出中庭景致與十二生肖獸首藝術形象。2014年6月5日，博物館主體建築舉行上樑典禮，最後於2015年12月28日啟用試營運。
至於非博物館區中，採BOT模式開發，占地約100,000平方公尺的文化體驗休憩區及住宿服務區因廠商審核未通過，需重啟招商程序，至2015年8月與樺福建設完成簽約，預計分期興建旅館、商場及文創空間。

院區試營運

院區於2015年12月28日啟用試營運。採預約入場，其中雲林縣、嘉義縣、嘉義市、臺南市居民憑證可免費入館至2016年8月31日，嘉義縣太保市、朴子市及六腳鄉居民則可憑證永久免費入館。

後續計畫

2018年1月5日，行政院政務委員陳美伶表示，行政院已於2017年12月6日核定「新故宮─故宮公共化帶動觀光產業發展中程計畫（2018-2023年）」，編列達37.1億元預算進行硬體建制及初期展覽。未來部分國寶及人員均需南移進駐，以符合地方的需求。

院區位置

南院院址位於嘉義縣太保市西側，北與六腳鄉相鄰，西與朴子市為界，占地面積703,334平方公尺。院區三面臨路，北迎嘉58線，東臨嘉45線，南側寬50公尺的故宮大道為主要聯外道路。主要入口設於南側故宮大道上，北側故宮北路（嘉58線）另有一處輔助入口。
故宮南院園區鄰近嘉義縣政府、高鐵嘉義站及長庚醫院嘉義院區，附近地區並以高鐵嘉義站為中心，規劃為大規模的特定計畫區。

博物館

博物館位於院區西側，主體建築由姚仁喜設計，建築高度29.3公尺，造型以三個流線型量體交會組成(主體鳥瞰圖)，運用龍、象、馬為設計元素，分別象徵中華、印度與波斯三者間的文化交流。三個量體分別融入濃墨、飛白及渲染等三種書法筆法，位於主體建築西側的「實量體—墨韻樓」包含典藏與展示空間，外皮以三角形石材與鋁板覆蓋。東側的「虛量體—飛白館」包括公共服務與辦公空間，以深遮陽的結構式窗框提供戶外景觀。兩者間的「中間量體」則始於南端的跨湖景觀橋頭，穿越虛、實量體，終於北側湖岸。
博物館主體建築內部共分四層及一閣樓層，地板面積為38,333平方公尺。其中包括展廳面積約8,800平方公尺（常設展廳5,200平方公尺、特別展廳3,600平方公尺）及庫房5,085平方公尺，還設有國內博物館第一間穆斯林祈禱室。。館內規劃設有五個常設展廳、一個多媒體展廳、一個專題展廳、一個借展廳及兒童創意中心。常設展包括「奔流不息—嘉義發展史」、「佛陀形影—院藏亞洲佛教藝術之美」、「芳茗遠播—亞洲茶文化展」、「錦繡繽紛—院藏亞洲織品展」、「認識亞洲—新媒體藝術展」五大主題。截至2015年，故宮累計徵集亞洲藝術文物總數計1,675件。該院並和吉美博物館、東京國立博物館、九州國立博物館及大阪市立東洋陶瓷美術館等館簽約，陸續於2015至2016年間在南院舉辦特展。隨著開館推出的首批展覽除了五個常設展外，還包括特展「絢麗多姿—院藏南亞服飾特展」和國際借展「揚帆萬里—日本伊萬里瓷器特展」、「尚青—高麗青瓷特展」。

人工湖

人工湖位於院區中央，分為南側的至善湖與北側的至德湖，兩湖以跌落瀑布相連，面積合計133,200平方公尺。南側水位較高的至善湖為景觀湖，水面高度維持穩定，常水位約10.3公尺，蓄水量約270,000立方公尺。至德湖作為生態滯洪池，水位約在5.65至7.85公尺之間，最高可達9.81公尺，以常水位7.85公尺計，蓄水量約210,000餘立方公尺。院區沿人工湖規劃綠廊與園道，園道預定作為人行步道、自行車道及遊園車道使用。
至善湖區設置跨湖景觀橋，名為至美橋，作為院區南側入口至博物館主體建築的進出動線。橋長141.74公尺，橋拱最高處17.5公尺，約為主體建築高度之一半。橋面微向南傾斜，南北端高程差一公尺。遊客可由南端入口處之圓形廣場，沿步道向北橫跨湖區，進入博物館二樓大廳；另外博物館主體東側有另一座至真橋做為連接。

私有運具

故宮南院位於嘉義縣太保市東勢里故宮大道888號，民眾可行駛國道1號經縣道168號，或循台82線快速道路經嘉45線抵院參觀。園區內規劃有南側、北側2座客用停車場，合計有停車位大客車33輛、小客車415輛(無障礙停車位10格)、機車218輛(無障礙停機車位5格)，以及自行車70輛；鄰近停車位置(1.5公里內，步行約15-20分鐘) 則有蒜頭糖廠停車場 (嘉58線與嘉45線交叉口)：大客車18輛、小客車150輛；信義一路與二路停車格：小客車120輛；朴子三路停車格：小客車60輛；日出停車場(高鐵站旁，可搭乘接駁車) ：大客車82輛、小客車400輛。