臺灣鐵道史

清治時期

臺灣目前可知最早興建的鐵道是建於光緒二年（1876年）的基隆八斗子，為了運送所產的煤礦而興建的輕便鐵道，這條輕便鐵道的設計者摩利臣（Gabriel James Morrison）於光緒二年（1876年3月）來到基隆，規劃從礦場通到港口的路線。光緒二年年底正在臺駐守的福建巡撫丁日昌於十一月十八日（1877年1月2日）從臺灣府（今臺南）北上基隆視察煤礦，其中亦有包含這條輕便鐵道，但這條輕便鐵道剛開始使用的動力是獸力而非蒸汽機車，不過光緒三年二月初一（1877年3月15日）的《申報·福州瑣聞》報導仍提到這條鐵路運煤「車行甚速，似可不假人力；觀者每日總有數百人」。後來在劉銘傳興建臺灣鐵路後（1888年），這條鐵路也引進了蒸汽機車（德國霍恩索倫機車廠製造，出廠序號447）。
而除了這條鐵路外，福建巡撫丁日昌亦在光緒三年（1877年）上〈籌辦臺灣輪路奏〉，計畫鋪設從臺灣府城安平（今臺南市安平區）到打狗旗後一帶（今高雄市南鼓山、旗津區一帶）的鐵路以利於運送兵餉，為此並將被拆除的吳淞鐵路鐵軌等材料自上海搬來臺灣，並向板橋林家的林維源、林維讓勸捐了50萬銀元（36萬兩），但這項計畫最後仍因經費不足、吳淞鐵路鐵軌長度不夠用又無法補足等問題而停擺，而板橋林家的捐款後來被挪去河南賑災，吳淞鐵路的鐵軌則擺在安平港因露天堆置而表面生出鏽色，直到光緒九年九月（1883年10月）才由招商局日新輪搬回上海，後由普濟輪載到天津，之後可能送到旅順作為建港工程列車所用的鐵道。

臺灣鐵路

在丁日昌之後，臺灣首任巡撫劉銘傳於光緒十三年三月廿日（1887年4月13日）上呈〈擬修鐵路創辦商務摺〉，再次提出在臺興建鐵路的請求，而在清朝政府於該年四月廿八日（1887年5月20日）允許後，劉銘傳遂在臺設立「商務局」興築鐵路。而對於丁日昌時期的經費不足問題，劉銘傳則試著仿照開平鐵路採用「官督商辦」的模式來解決，而在劉銘傳的〈臺灣鐵路商務奏〉之前，上海《申報》在光緒十二年四月十六日（1886年5月19日）便已報導臺灣有興建鐵路的打算，而前駐臺英國領事施本思則表示願代中國辦理此事，而美國旗昌洋行亦有意爭取此一工程，最後基隆到臺北路段是由上海德商泰來洋行與山打士兩家承辦。但實際上由於經費募集問題，除了火車客車向英德二國訂購，並由商務局興建鐵橋外，土地是由政府徵收取得，工程則由兵工負責修造，車站與車庫等設備也是由政府興建，後來因「商辦」已不可行，最終還是回歸到「官督官辦」。
據當時的美國記者禮密臣（James W. Davidson）報導，鐵路工程在1887年3月動工，為平息議論，劉銘傳親自陪德籍工程師貝克（Becker）進行路基測量，並將機器局設於大稻埕（今臺北市大同區），築路工程亦由此開始。光緒十三年五月廿一日（1887年7月11日）《申報》報導負責鐵路工程的兵工來自銘字右軍左營、中營與昌字營等每日各出一半的兵力從基隆開工（獅球嶺隧道工程），由於預定路線經過墳場，且有許多墳墓在官府告示後未有人前來遷葬，而兵工挖出的骨骸就棄置路旁。而在北基段鐵路施工的同時，也開始進行往新竹方向的鐵路路基調查，而光緒十四年（1888年）年初的路基探勘已經南至葫蘆墩一帶（今臺中市豐原區），其探勘路線大約是從鳳山崎（今新竹縣新豐鄉）至新竹縣城（今新竹市），再南至苗栗縣城（今苗栗縣苗栗市），經三叉河（今苗栗縣三義鄉）、大甲（今臺中市大甲區）、葫蘆墩，然後計畫讓鐵路通過原規劃的臺灣省城。另外光緒十三年年底到十四年，有不少鐵條等工程材料自英國運到基隆與淡水。
光緒十四年七月十八日（1888年8月25日），騰雲號與御風號開始在已完工的大稻埕到錫口（今臺北市松山區）路段試運轉，吸引民眾圍觀，為維持秩序官府還派出了兵勇。而在十一月十六日（12月18日）時，公布了〈臺灣鐵路章程〉，此日也是臺北到錫口路段正式營運的日子。後來路線逐漸延伸，途經南港、水返腳（今新北市汐止區），光緒十五年（1889年）已到五堵、六堵一帶，而四月初一（1889年4月30日）時，營業路段也延伸到了水返腳。而在此同時北基段最為艱鉅的獅球嶺隧道工程仍在進行，自光緒十三年動工後兵工的因中暑與疾病致死的死亡率高達六、七成，連帶兵的記名提督劉朝幹也在光緒十四年病逝，由竇雨村接手。而為了確實監工，據《申報》（1889年5月24日）報導竇雨村在獅球嶺上搭草屋居住，除每日實地查看外，也會獎賞酒食給勤勞者，此外當時三營1500人的兵力，一半用於開鑿隧道，另一半則是在興築獅球嶺砲臺。到了光緒十五年（1890年），獅球嶺隧道終於鑿通，據上海《申報》的〈山洞已開〉報導（1890年5月20日），該隧道計「長可百餘丈，高三丈，闊兩丈有奇」。而關於獅球嶺隧道，由於南口與北口的高度有落差，導致在近北口處形成「洞中有洞」的現象，而據禮密臣的報導，他認為這是指揮官不肯聽從工程師的意見所致，且令鐵路的品質降低，不過該報導中將落差寫成14呎（約4.27公尺），但實際上只有1公尺半多。北基段工程之後繼續進行，光緒十七年十月（1891年11月）時完工，而後第二任臺灣巡撫邵友濂於該年上任時即是在基隆上岸，於十月廿一日（1891年11月22日）黎明時搭頭等火車前往臺北，九點三刻時到。
另一方面，自臺北往南的鐵路路段也在進行，光緒十五年八月（1889年7月）橫跨淡水河東西岸的淡水河橋完工，全長約465公尺，是全線中最長的鐵道橋，而該路段中較為艱難的自海山口（今新北市新莊區）經塔寮坑（今迴龍）、龜崙嶺到桃仔園（今桃園市桃園區）路段大致沿著官道修築，由定海右營負責施工，約在光緒十七年十月底（1891年11月底）完工，之後先行通車。光緒十八年六月（1892年7月），鐵路已從桃仔園延伸到今天的中壢與楊梅，並隨即通車使用。而在鳳山溪鐵橋完工（1893年6月），鐵路延伸到新竹縣城外（1893年7月）後，臺灣鐵路的營業路段在光緒十九年十一月（1893年10月）延伸到新竹。但是由於經費問題，邵友濂在光緒二十年正月（1894年3月）上奏，鐵路只鋪設至新竹為止，而早在邵友濂上任之前，上海《申報》（1891年9月4日）便已報導因為經費問題，臺灣鐵路的中路及南路路段都暫緩辦理。不過在鐵路停工時，新竹到香山的鐵路路基已經建成，日治時期才鋪上鐵軌使用。
而對於這條臺灣最早的客、貨運鐵路，當時的清朝文人如抵臺協助修志的蔣師轍與彰化仕紳吳德功皆有不錯的評價，認為相當地快速，但美籍記者禮密臣則撰文抱怨有些人只買了二等票卻跑到他搭乘的頭等車廂，而且車內環境十分混雜，還有人帶一堆小雞、小豬以及許多蔬菜豬肉與各種包裹上車，而且車子在走了幾哩後就搖搖晃晃的，車速加快後更為誇張，另外車上的管理員要求驗票時有不少人沒有票，不是想在車上補票便是根本不想付，對於那些不付錢的人，管理員便拿走他們的物品抵押，此外禮密臣並寫說在貨運方面各車站報價不一，商人便會挑選附近幾個車站之中報價最低的車站託運貨物，並認為臺灣鐵路的問題，若不要外國人的幫助絕不會有太大的改善。而在日人接收臺灣鐵路之後，對於臺灣鐵路多所詬病且有戲謔之詞，但是擔任過臺灣總督府鐵道部長的新元鹿之助則認為臺灣鐵路是在可能範圍內盡可能地避免開挖隧道，並在獅球嶺與龜崙嶺等險要處沿著天然地形巧妙迂迴鋪設，雖然一般人乘坐時會被路線傾斜、彎曲的程度嚇到，但以技師的角度來看該條路線是在運用地質學知識後避開有崩壞之虞者，於地質堅硬處勇往直前而成，至於列車搖晃顛簸與出軌問題則是鐵路完工後未能給予適當保養和臺灣北部多雨的氣候造成的損傷所致。

日治時期

1895年4月17日馬關條約簽訂後臺灣被大清帝國割讓給大日本帝國，而臺灣本島上則是成立了臺灣民主國來抵抗日方的接收，雙方爆發乙未戰爭。在乙未戰爭初期，臺灣鐵路被用來運送兵員至基隆與日軍交戰，據禮密臣的報導6月初時基隆火車碼頭裡擠滿許多逃難的民眾，士兵一下車民眾便擠上車逃到臺北去，而當時基隆內外約有一萬兩千人的士兵，而在獅球嶺砲臺於6月4日失守後，基隆的鐵道設施也隨之由日軍接掌，然而當時基隆只剩下三輛客車與幾輛貨車，沒有機車可用。臺灣首任總督樺山資紀在基隆上岸後，命令技師小山保政調查臺灣鐵路的狀況，6月7日日軍進入臺北府城後，小山技師在臺北火車碼頭裡找到三臺機車，但僅一臺能修復使用，於在6月9日試運轉後，隔天正式恢復臺北與基隆間的鐵路交通。此外也成立初期掌管鐵路事務的臺灣鐵道線區司令部（隸屬總督府陸軍局工兵部）與鐵道課（隸屬總督府民政局遞信部）。而臺北基隆之間的鐵路雖然恢復通車，但是由於軌道與列車的狀況不佳，最初每天只能開一班往返列車，無法負擔日軍的需求，在一次超載貨物的事件中，機車無法負荷還得要工人協助推車才能繼續前進，日人遂稱臺灣鐵路是「後押火車」與「肺病火車」。當樺山資紀在6月14日下午搭車前往臺北時，列車還曾出軌兩次，耗了七個小時才抵達目的地。
臺北到新竹的鐵路路段在日後也逐漸為日軍所控制，而相對於電報線的破壞程度，鐵路設施尚屬完整，日軍於6月22日佔領新竹縣城後，先修復新竹到大湖口的路段，於6月28日重新運轉用來搬運糧食。另外小山保政技師在6月29日時曾坐火車從臺北前往新竹，此行除為了修繕路線外（該列車上載運修繕材料），也順便測試鐵路的運作狀況，而後臺灣鐵路在7月10日全線恢復運作，但在7月期間仍有抗日民軍襲擊鐵路設施，為此日軍在水返腳、海山口、桃仔園、中壢、大湖口等停車場設司令部並駐兵。8月時樺山資紀向日軍大本營要求編制臨時臺灣鐵道隊管轄臺灣的鐵路，該隊由日本留守第四師團編成，內部分成本部、鐵道班、輕便鐵道班。鐵道隊隊長山根武亮於9月17日抵臺後，臺灣鐵道線區司令部於24日廢除，而臺灣鐵路此後直到明治三十年（1897年）3月交給「臺灣總督府民政局通信部臨時鐵道掛」前處於鐵道隊的管理下，性質上屬於軍事鐵道，原先僅專供軍事運輸，1896年7月7日起才在不妨礙軍事用途的前提下有限度的允許民間利用。
而鐵道隊除了管理清朝留下的鐵路外，也開始往南鋪設臺車軌道（軌道來自甲午戰爭後日軍已用不到的軍事鐵道），首先完成的是新竹到彰化段，之後逐漸往南部延伸，而1895年年底時已經完成臺南到打狗的路段，1898年2月時新竹到打狗的臺車軌道已經完成。這條臺車軌道（臺灣陸軍補給廠輕便鐵道）大致上是沿著日本陸軍整修過的清朝官道修建，而因為這條清朝官道由日本陸軍經手過，又稱「陸軍路」，隨著戰事逐漸減少及民間的需求，也在軍事用途之外開放民眾搭乘及接受託運貨物，直到臺灣總督府決定修築新的縱貫線鐵道。後來這條「陸軍路」變回道路，即後來的縱貫路、省道台一線前身。

鐵道創始時期（1895年－1899年）

早在清朝的臺灣鐵路脫離軍事管理之前，首任臺灣總督樺山資紀便直陳為了鎮壓抗日勢力、奠定統治臺灣的基礎，必須盡快興建一條正式連接臺灣南北的縱貫線鐵路，並將此列為治臺兩大要務之一，而後在明治廿九年（1896年）2月，日本政府同意以軍費支出7萬7千3百多圓進行鐵路路線調查。調查之初先決定縱貫線要走「山線」還是「海線」，由於「海線」會經過許多河川出海口，工程難度較高，且遠離物產產出的山區，而總督府參謀又基於軍事考量認為若走海線敵軍一上岸便可迅速控制鐵路交通，遂決定採用「山線」。而調查隊在該年4月12日從臺北出發後，分組調查新竹苗栗段、苗栗臺中段、臺中嘉義段與嘉義打狗段，於6月30日提出報告，初步據估需要1千8百多萬圓，而為了縮減經費，總督府試圖用無償手段取得土地、鐵道橋使用臨時性橋樑、車站等設施也是用臨時性建築，車輛也是視日後狀況再行補足，勉強將預估經費壓縮到1千5百多萬圓，但仍相當龐大，故總督府開始傾向鐵路民營化，由民間來興建經營鐵路。
而在明治廿八年（1895年）12月14日時，臺灣工業會成員真中忠直、小野金六等人便計畫提出鋪設臺灣西部鐵道的申請，但後來疑作罷，後來的史料中未見該申請案的詳細說明。隔年（1896年）4月時，便有渡邊甚吉等人計畫成立臺灣鐵道會社，預估將耗資8百萬圓興建新竹香山到打狗的鐵道，並希望總督府能將清朝臺灣鐵路無償撥給營運，但因為總督府認為該會社之計畫書過於草率，可能並未經過妥善評估，有投機性，遂不通過其申請案。後來又有一個規模更大的臺灣鐵道會社開始組成，參與的日本政商人士高達266人，預定發行30萬股，資本額1500萬圓，而臺灣總督府則在該年10月27日通過其申請，並提供一連串的優惠措施，除無償轉讓清朝的臺灣鐵路外，還無償轉讓或借用將來路線可能通過的官有地。而該會社實際開始募資時，得到的股份還高達70多萬股，遠超出原先預想，而後該會社得到總督府技師的支援，開始更為精密地探勘路線，然而到了明治卅一年（1898年）1月開始要向股東收取繳納保證金時，日本發生經濟蕭條，只有收到7萬股的部分，而後勉強增加到15萬股，但最後仍由於資金不足無法開工，於是在後藤新平等人主導下，總督府決定還是由官方興建縱貫線。
而在此一時期，日方開始針對北基段鐵路進行改良，而由於日方認為清朝的獅球嶺隧道一帶坡度太大，遂更改路線，並於明治廿九年（1896年）5月開挖竹仔藔隧道。該工程由陸軍臨時臺灣鐵道隊隊長山根武亮擔任監督，實際工程則交由有馬組與大倉組分別從南北兩端開挖，於明治卅一年（1898年）2月完工，3月28日於隧道北口舉行開通儀式，另外雖然當時只鋪了單線鐵道，但該隧道預留了鋪設另一路線的空間。而除了竹仔藔隧道工程外，北基段改良工程還包括路線的截彎取直、樟樹灣隧道（今南港隧道）工程、五堵－百福路段改線（該路段的改線工程一度中斷，1899年才重新動工並完成）等工程。而由於鐵道隊的改良工程，明治廿九年（1896年）12月時臺北基隆段可每日往返兩班，竹仔藔隧道完工後在明治卅二年（1899）已可每日往返四班。
而除了縱貫線的興建外，由於日方還希望能建立全臺鐵路網，鐵道隊遂在明治卅年（1897年）計畫進行五條路線的探勘，第一條南部線（恆春－鳳山－卑南）在1月10日從臺北出發探勘，從基隆搭船到屏東車城後照計畫完成後成員北上到花蓮搭船，再從蘇澳走陸路訪查宜蘭，之後再從基隆回臺北，順道完成第五條北部線（宜蘭－蘇澳－花蓮港）的部分探勘任務。第二條中央線（林圯埔－臺東東拔仔莊）也順利完成探勘，但這條穿過中央山脈的路線很顯然在技術上不可行，之後第三條路線（埔里－花蓮港）在1月29日自埔里開始探勘，但不久14名探勘隊成員便遭到原住民攻擊全數罹難，導致第四（新店－花蓮港）、五條路線的探勘計畫因需要經過原住民居住地區，且太魯閣一帶動盪不安而宣告放棄進行。

縱貫線建設時期（1899年－1908年）

臺灣總督府計畫運用民間資金興建縱貫線的計畫宣告失敗後，後藤新平在明治卅二年（1899年）3月向日本帝國議會提出〈臺灣事業公債法〉，預計在二十年內募資6千萬元的公債來作為臺灣總督府在臺建設的資金，其中3千萬圓為鐵路修築費用，之後該預算被帝國議會砍為以十年募集3千5百萬圓，鐵路費用則被刪減了120萬圓。在此同時，臺灣總督府也在該年3月30日成立「臨時臺灣鐵道敷設部」來負責興建縱貫線，臺灣鐵道會社見此，遂建議總督府收購該會社之股份與設備，之後在同年10月25日宣告解散。而臨時臺灣鐵道敷設部在該年11月與民政局的臨時鐵道掛合併，正式成立鐵道部。
縱貫線的路線大致上是依照早期探勘的「山線」鋪設，但有部分路段因時空背景因素而有所更動，工程則從北部與南部分頭進行。而由於當時臺灣各港口的狀況無法符合日方的需求，導致材料的輸入相當困難，大船只能停在外海，由小船接運，海象惡劣時除了小船無法出航外，大船也無法停泊只能開回出發地。而即使材料運上岸了，也因為當時臺灣的道路狀況相當原始，所以只要情況允許鐵道部便會盡可能修建鐵路（輕便鐵道）來搬運材料，而淡水線（北淡線）即是當年的材料搬運線之一。淡水線在明治卅四年（1901年）8月25日完工開業，但到了該年10月25日才與臺北－桃園段的改良線一同舉辦「開通式」。臺北新竹段由於淡水溪橋在1897年、1898年8月都被沖斷過，與龜崙嶺一帶的高坡度，而使得鐵路路線改為經過艋舺、枋橋街（今新北市板橋區）的現行路線到桃仔園，而由於鳳山溪一帶的鐵、木橋在明治卅一年（1898年）8月也被沖斷，所以直到明治卅五年（1902年）2月1日將鐵道橋修好前，南下的火車只到鳳山崎新設的「新車」車站，之後再坐船過河前往新竹，而在這段時間新車到新竹的鐵路曾鋪設輕便鐵道應急，鐵道橋修好之後，鐵路營運路段在該年8月從新竹延伸到中港溪附近，於8月10日新設香山、中港（今竹南車站）二站。而後縱貫線繼續向南延伸，明治卅六年（1903年）5月25日完成中港苗栗段，隔年（1904年）推進至三叉河（今苗栗縣三義鄉）。
至於縱貫線南段則從明治卅二年（1899年）11月自打狗（今高雄鼓山區南部）往北鋪設，隔年（1900年）11月29日打狗臺南段開始營運，再隔年（1901年）5月15日營業路段沿伸至今善化車站。而到了明治卅七年（1904年）時南段路線已經延伸到了彰化，同時北段也到了三叉河，只剩下最後難度最高的中部路段，該路段之所以困難主要是因為三叉河到葫蘆墩之間需要渡過大安溪與大甲溪，且需開鑿許多隧道穿越山區。
而在縱貫線最後的中部路段施工時，適逢日俄戰爭爆發（1904年2月8日），由於俄羅斯太平洋艦隊遭到重創，沙皇尼古拉二世遂命波羅的海艦隊到東亞支援，因其航線會經過臺灣的關係，日本方面遂在基於國防需求下動用臨時軍事費興築伯公坑到葫蘆墩的輕便鐵道（又在此之前已有伯公坑到三叉河的輕便鐵道），該路線於明治卅九年（1906年）完工後，除了軍事用途外，也用來搬運建材與兼營客運，此外該路線為了在大安溪南岸爬上后里臺地，還設計了圓弧型引道，為其特色。而在明治四十一年（1908年）3月，九號隧道完工後，縱貫線全線在該年4月20日完工通車。
縱貫線的工程原本預定要耗費十年，但結果提早一年完工，耗用經費也比預估的少，遂將經費投入基隆車站的改建與臺灣鐵道飯店的興建，此外由於縱貫線未經過南部要地鳳山廳行政中心鳳山街，遂興建打狗（今高雄港車站）到九曲堂的「鳳山支線」（工程期間為1907年4月到9月），該支線後來延伸成屏東線。而縱貫線的興建，基本上是奉行「速成延長主義」，盡可能地要讓鐵道早日通車，故施工上要求越快越好，經費也是能省便省，故忽略了不少實際營運上可能會面臨的小問題，車站等設施也都因陋就簡。而也就由於「速成延長主義」的因陋就簡，使得臺灣總督府鐵道在一開始便埋下日後變得體質不良、品質低下的遠因。

私營鐵道（含軌道）

日治時期的臺灣除了由總督府經營的鐵道之外，還有其他民間經營的鐵道運輸體系。而如果以車輛的動力來區分，使用機械動力（蒸氣、內燃、電力）的是「私設鐵道」，使用人力與獸力的是「私設軌道」。而在私營鐵道之中最為主要的是糖業鐵路，此外還有各個民營林場與鹽場裡的鐵路，糖、林、鹽可稱作是臺灣的三大產業鐵道。而除了產業鐵道之外，私鐵亦有一般的客貨運路線，如少見地使用1067mm軌距的新店線（臺北鐵道株式會社，1921年3月25日全線通車），以及像基隆輕鐵、海山輕鐵、臺中輕鐵等會社經營的臺車鐵道等等。而當時臺車鐵道採用的軌距大多是485mm軌距，少數使用545mm軌距，極少使用610mm軌距與762mm軌距，使用的軌條也很細，每公尺重5到6公斤。
私營鐵道的濫觴可自明治廿九年（1896年）的縱貫線民營計畫算起，但當時因為資金募集問題而失敗。而後在明治卅九年（1906年），臺灣製糖株式會社在今高雄橋頭糖廠開始鋪設軌距762mm的鐵道，唯當時是使用人力或獸力的臺車線，隔年經臺灣總督府同意後，橋頭糖廠引進蒸汽機車並廣設專用線（原料線），是為另一波的私鐵申請風潮的開始。而在明治四十二年（1909年）5月20日時，鹽水港製糖開始經營「新營到鹽水」（今糖鐵布袋線的部分路段）的營業線，是為糖鐵開始經營客運的開始。之後以製糖業為開始，經營私鐵的業者逐漸增加，但大多是像糖業、礦業、林業等會社，經營的路線也大多是各會社的專用線，用來運送其產品，但後來也有像臺中輕鐵、臺北鐵道等經營一般客貨運的會社出現。
在公路運輸興起開始後，私設鐵道與軌道都受到了影響。在私設鐵道方面，營業里程（不含專用線）在昭和四年（1929年）達到最高峰的554公里，之後逐年下滑，到了昭和十年（1935年）長度剩下505公里；營運收入方面（含兼營公路運輸的收入）則是在昭和三年（1928年）達到巔峰的334萬0225圓，昭和八年（1933年）時一度下跌到199萬8246圓，昭和十年（1935年）回升到254萬0608圓。私設軌道的營業里程則是在昭和六年（1931年）達到最高峰的1356公里，在昭和十一年（1936年）下跌到1182公里；營運收入在昭和二年（1927年）達到最高峰的262萬7020圓，到昭和十一年（1936年）時已下跌到136萬9793圓。在這波衰退期，有許多業者以與總督府鐵道聯運、兼營公路運輸等方式來與之對抗，而在昭和九年（1934年）時，9家私鐵業者有2家兼營公路運輸，55家私軌業者則有10家兼營公路運輸。

第二次世界大戰的影響

昭和十二年（1937年），中日之間的戰事正式全面爆發，兩年後第二次世界大戰也在德國入侵波蘭後爆發，在世界逐漸走向戰爭局面時，臺灣的鐵路體系也逐漸受到影響，除了客貨運業務受到衝擊外，總督府也開始官鐵、私鐵、公路運輸一元化的統制政策。在戰爭之下，車票開始附徵「通行稅」，且由於汽油實施統制，自動車也有一部分停駛。
不過到昭和十五年（1940年）前，在備戰政策之下一些基於軍事考量而建的鐵路也陸續建成，同時也建設了一些直通工廠的專用支線，如嘉義的「臺拓化學會社線」（後來的中油嘉義溶劑廠支線）。而原有的枋寮線計畫也在昭和十六年（1941年）完成溪州到枋寮的路段，但日後因戰事惡化，又被拆除供軍方另作他用，而在戰爭期間遭到拆除的還有新北投支線等鐵軌。此外一些計畫興建的路線也被迫停工，如昭和十九年（1944年）動工的內灣線即因此停工。昭和十九年（1944年）由於煤炭生產短少，許多列車因燃料缺乏而停開。
二次大戰期間，美軍開始轟炸臺灣後，交通運輸系統也受到相當程度的破壞，美軍第五航空隊曾動員了540架次的兵力攻擊臺灣的鐵公路系統（含橋梁、車站、調車場、修理廠、鐵軌、鐵路列車與汽車等目標），而雖然大型轟炸機很少會針對這些橋梁、鐵軌等目標攻擊，但在其他飛機因氣候惡劣無法攻擊主目標時，常會改攻擊鐵公路系統，此外替轟炸機護航的戰鬥機在返航時也常沿著鐵公路攻擊，連行駛中搭載乘客的客車也不放過。昭和二十年（1945年），美軍對臺灣陸運的攻擊包括2月15日有12架B-25轟炸機摧毀了曾文溪北端的鐵公路橋樑、3月2日攻擊嘉義鐵公路橋樑及列車等設施、3月30日攻擊臺中車站一帶、4月30日轟炸嘉義車站一帶（因擊中剛進站裝滿彈藥的列車而引發大火），而在5月中旬之後攻擊進入高峰期，攻擊橋樑、車站與調車場的B-25轟炸機就有240架次。橫跨濁水溪、大肚溪與曾文溪的鐵橋及鋼筋混擬土橋全遭炸毀，鐵路機車與車廂有1392輛遭炸毀（48%的機車與20%的車廂）。而由於美軍的空襲，列車僅敢維持夜間行駛以免遭到美軍攻擊，該年列車誤點、臨時變更甚至取消列車的狀況更是時有所聞，而縱貫線經山線的旅客列車每天只能往返五班，海線與宜蘭線每天往返三班，一般支線只剩上下午各一班。