臺灣與日本關係史

1683年以前

日本從室町時代（1336年至1573年）開始，以高砂、高砂國、高山國稱呼臺灣。進入安土桃山時代（1568年至1603年）以後，開始尋求官方往來。日本後陽成天皇文祿2年（1593年），豐臣秀吉派遣使者原田孫七郎諭令高山國納貢，但是因使者找不到可以傳遞文書給高山國的人而無功而返。
日本進入江戶時代（1603年至1867年）以後，日臺開始有官方往來。日本慶長14年（1609年），德川家康任命有馬晴信曉諭臺灣原住民納貢，原住民不予理睬。元和2年（1616年），德川家康任命長崎代官村山等安征服臺灣，等安以次子村山秋安率領2、3千人征臺，但因遭遇風災無功而返。寬永5年（1628年），荷蘭駐臺灣的荷蘭東印度公司與日本商人因貿易糾紛而發生「濱田彌兵衛事件」。寬永15年（1638年），日本鎖國，荷蘭商館遷移到出島。寬文二年(1662年)，鄭成功代替荷蘭東印度公司統治臺灣，重建臺灣政權，結束荷蘭人在臺灣的統治。鄭成功死後，由於清朝對鄭氏（東寧）勢力進行封鎖，鄭經加強與日本的經貿往來。當時臺灣對日本主要輸出品為稻米、鹿皮、蔗糖及來自中國國內的絲織品，從日本進口銀、銅、鉛、盔甲、棉布、瓷器等。為了加強雙邊的貿易關係，鄭經允許日本商人住在基隆，臺日雙方的貿易量在1665年到1672年達到高峰。鄭氏三世之貨幣，以制錢永曆通寶是委託日本鑄造，也因為通商頻繁，東寧亦流通當時日本的貨幣——寬永通寶。

清朝統治時期

1683年，清廷派遣施琅率軍攻臺，結束明鄭時期統治，大清將臺灣納入版圖。之後再度行渡臺禁令限制漢人抵臺，渡臺者須向官府申報等；而同時期日本幕府亦厲行鎖國政策，雙方的往來遂中斷長達近兩百年。1871年，琉球國船隊在臺灣東南部遇害，是為「八瑤灣事件」。1874年，大日本帝國因八瑤灣事件出兵攻打臺灣南部原住民部落的軍事行動，是為「牡丹社事件」。日本方面則稱為「臺灣出兵」或是「征臺之役」。

日本統治時期

1895年4月17日，清日甲午戰爭結束，李鴻章和伊藤博文在日本馬關（今下關市）簽署《馬關條約》，臺灣及澎湖被割讓給日本。1895年5月23日，唐景崧發表《臺灣民主國獨立宣言》以拒日本。1895年5月26日，臺灣民主國國會議長林維源棄職逃亡福建廈門。1895年5月29日，日軍登陸澳底。1895年6月4日，臺灣民主國總統唐景崧未戰陣前棄職逃亡中國廈門。1895年6月14日，日軍轉進臺北，雖有辜顯榮協助指引進城，但遭到人民頑抗，戰事之發展對於具有武力優勢及擁有正規軍之日軍而言則出乎意料之外。

1940年代

1945年10月，蔣中正接見美國記者，告以日本天皇命運應由日本人民決定。
第二次世界大戰後，中華民國代表同盟國接管臺灣並派駐行政長官管轄。
1946年7月19日，在日本的臺灣人與日本警方和暴力團在東京澀谷發生衝突，史稱「澀谷事件」。
1947年2月27日至5月16日，在臺灣爆發「二二八事件」。
1949年中華民國政府遷臺後，冷戰態勢的形成促成同為資本主義陣營的中華民國與日本國開始謀求建立同盟關係。

1950年代

1950年3月31日，中華民國政府通過「臺日貿易計畫」。6月1日，臺灣、日本定期航線開航。6月11日，蔣中正在《革命實踐研究院軍官訓練團成立之意義》講話中指出「中日兩國必須親睦合作，才能達到共存共榮的目的」。
1951年5月，蔣中正接見日本記者發表談話，聲明合作始能安定東亞，有助世界和平。6月，蔣中正就參加對日和約問題發表鄭重聲明，指出其抗日最早、犧牲最重、貢獻最大，對日和約如無法參加，不獨對其不公平，抑且使對日和約失其真實，並將加深遠東局勢混亂，不接受任何含歧視條件。6月30日，《中日貿易協定》期滿，雙方同意不定期延長。12月，日本首相吉田茂向美國保證不承認「中共」，並願依《舊金山和約》之原則與臺簽訂一項恢復正常關係之條約。
1952年4月28日，《中華民國與日本國間和平條約》在臺北簽字，條約共計十四條，中華民國不索賠償，條約第二條承認日本已在《舊金山和約》中放棄對於臺灣、澎湖以及南沙群島、西沙群島之一切權利與要求；蔣中正接見日本締結和平條約全權代表河田烈，寄語日本朝野，共建東亞和平。8月，蔣中正正式批准簽署該條約。裁撤駐日代表團，臺、日於臺北、東京互設大使館。10月，日本新任駐臺大使芳澤謙吉呈遞國書。
1955年3月5日，「中日空運臨時協定」在東京簽字。4月22日，中日貿易協定簽字換文。
1956年2月28日，在二二八事件九周年時，臺灣共和國臨時政府在東京成立。5月，臺日簽訂貿易協定。8月，蔣中正接見日本各界親善訪問團，團長石井光次郎親呈首相鳩山一郎手函，並謂日本人莫不感激蔣於日本戰敗後仍維護日本政體及對日以德報怨之寬大政策。12月，日本政府正式否認鳩山一郎首相調解「二個中國」。聯合國安理會通過日本加入聯合國。
1957年3月，蔣中正書面答覆日本記者，期望臺日對付蘇共侵略，永久精誠合作。4月，「中日合作策進委員會」在日本東京成立。6月，日本內閣總理大臣岸信介訪問臺灣，與蔣中正伉儷商談臺日有關問題。9月，蔣中正派特使張群飛日本報聘。
1958年5月，發生「長崎國旗事件」。10月，蔣中正答覆日本記者詢問時，指斥中共每藉貿易以達其政治目的，盼望日本堅定立場免遭顛覆滲透。
1959年7月，岸信介稱，「臺灣如在中國共產黨統治下，對日本的安全保障是重大威脅」。12月，日本前首相吉田茂訪臺，謁見蔣中正致敬，並就當時世局交換意見。

斷交後至蔣經國時期（－1988年1月13日）

1971年10月，日本在聯合國大會2758號決議表決時投反對票，反對中華人民共和國取代中華民國在聯合國的席次，但最終失敗。
1972年7月，立場親臺的日本首相佐藤榮作宣布退休。周恩來乃利用時機主動發表雙方儘速建交之聲明。7月6日，日本國會通過親中的田中角榮繼任首相，不顧日本民意，於9月25日訪問中華人民共和國，9月29日雙方發表《聯合公報》，建立外交關係。日本政府同時與中華民國政府斷絕邦交，當時日本政府之苦衷曾由大平正芳外相率直表示為「斷腸之痛」，不僅是政府而已，甚至多數日本國民也有同樣感慨。同日，中華民國外交部發表聲明，宣布對日絕交。12月28日，關閉大使館。惟與日本民間及其反共人士仍維持友好之關係，雙方貿易及文化交流繼續發展。1973年日本國會議員成立日華議員懇談會，以維持雙方交流。
1975年4月5日，蔣中正逝世。日本內閣官房長官井出一太郎代表日本政府發表一個「非官方」談話稱讚蔣：「在激動歷史的轉變中的日本國民之間所熟知而且親密的人士，他是現代中國歷史上的人物……確信必將留住人們的記憶裏……蔣總統是再造日本的大恩人，蔣中正以德報怨的對日政策，加速了日本戰後重建與復興。蔣總統的逝世對日本國民有如晴天霹靂，有良知的日本國民莫不悲痛萬分」，「……蔣總統在本世紀初曾留學日本，並有很多日本友人，為深受日本國民欽佩、敬愛之人物。渠（他）一生與現代中國歷史息息相關，亦為一部中國現代史，深信其豐功偉績將永遠留存人類之記憶中。……」同日，前首相佐藤榮作談話稱：「日本將永遠難忘蔣總統於第二次世界大戰後給予日本的大恩大德。最令日本人難忘的一件事就是，蔣總統於第二次世界大戰後對日本以德報怨的恩惠。」《日本經濟新聞》說：「蔣氏之死是反攻象徵的消失和國共對立抗爭解決的好機會」。4月7日，自民黨幹事會決定派遣前日本首相佐藤榮作為「自民黨總裁代理」名義前往臺灣弔喪。消息發表後，立刻引起中國大陸方面強烈譴責。中國大陸對日本政府兩面討好作風反應極大，認為「在此《中日和平友好條約》正在交涉締約的階段，日本政府此舉，實是給日後的中日友好關係予以惡劣的影響」。三木聽到中國聲明後，「為了不加深對中國方面的刺激」，改變主張，認為最好以私人名義前往弔唁。結果，在自民黨會議上，佐藤榮作以自民黨「友人代表」出席蔣中正喪禮。其餘出席者尚有其兄岸信介、眾議員石原慎太郎等人。
1978年6月12日，《中華週報》刊出蔣經國答記者問，表示不能接受採取日本模式，中止美國外交關係，但要廣泛地維持貿易關係；美臺關係和日臺關係完全不同。
1984年1月3日，新聞局宣布專案准許四部日本影片進口，為自1973年以來的首次解禁。
1985年3月16日，蔣經國總統接見前首相岸信介與佐藤榮作遺孀佐藤寬子。8月，日本民間在千葉縣岬町建立「以德報怨」碑，以表示對蔣中正的感謝。10月20日，宋美齡函電蔣經國：
「……據告日本自民黨書記長等議員數人擬發起組織一感謝團於父親生日紀念日來華感謝父親戰後對日本寬恕處理有所銘感表示嗚謝此事岸信介之婿今外長安倍晉太郎表示反對乃憚『匪』共對中曾根參拜神社攻訐重演安倍熱中逐鹿下屆總理大臣不願開罪共『匪』經反對自民黨發起人熱忱較前淡漠岸至今為止其公開態度尚稱正確經斡旋主張敦請岸出面領銜由在野宿耆組織之中曾根擬此二年期滿後再續一年之請安倍反對甚烈再證諸岸氏支撐其婿為下屆總理甚為積極亦可見安倍本人羽毛已豐希飭我在日負責人應特別注意將來及目前應施祝心緒快樂母十月二十日」
1986年9月，為紀念蔣中正百歲冥誕，日本一批政治元老和工商巨頭，由前首相岸信介牽頭，在日本東京發起成立「蔣公遺德顯彰會」。初創成員高達6,000餘人，包括岸信介、灘尾弘吉等人。10月下旬，遺德彰顯會在日本名古屋舉行首屆紀念大會，名人政要雲集，場面壯觀。岸信介本人更在蔣中正畫像前，高舉酒杯祝「中日兩國友誼永固」。

李登輝時期（1988年1月13日－2000年5月20日）

1988年1月13日，李登輝任中華民國總統後積極推動臺日雙邊往來。
1988年11月6日，日本人增田寮將蔣中正手書「橫掃千軍」捐贈給臺北中正紀念堂。此書法是蔣中正於1927年赴日本神戶時，應旅館主人增田宇三之助邀請所書。
1990年11月12日，中華民國駐日代表蔣孝武出席日本明仁天皇的「即位禮正殿之儀」。
1990年代，中華民國官方對日本流行文化解禁後，日本的電視劇、電子遊戲、動畫及漫畫大量進入臺灣，對臺灣社會產生了巨大的影響力。
1994年2月25日，中華民國總統府秘書長蔣彥士、亞東關係協會會長馬紀壯及中國國民黨秘書長許水德等人，前往日本參加自民黨日華關係議員懇談會前會長與名譽會長、蔣公遺德顯彰會發起人之一灘尾弘吉的公祭儀式。
1994年4月26日，中華航空一架由臺灣中正國際機場飛往日本名古屋機場的客機，在降落時墜毀，造成264名機組員與乘客死亡，包括153名日本籍乘客，僅有7人生還。日本前首相福田赳夫、法務大臣永野茂門、日本亞細亞航空會長、社長以及多位參議員均向臺灣駐日本代表處表示慰問。
1995年11月，亞太經濟合作會議領導人非正式會議在日本大阪舉行，海峽交流基金會董事長、中華民國工商協進會榮譽理事長辜振甫以行政院經濟建設委員會委員名義代表總統李登輝出席會議。
1996年臺灣海峽飛彈危機時，日本政府明確對中方提出「直接對話且和平的解決問題」之立場。
1997年8月17日，官房長官梶山靜六對日美防衛合作指南中所謂的「周邊事態」明確表示「周邊事態包含兩岸紛爭」。
1998年5月，日本國會通過《出入國管理修正法》，恢復承認中華民國護照、取消斷交後對赴日中華民國國民發行「渡航證明書」浮貼於護照內頁取代一般簽證做法，並恢復對中華民國國民的72小時過境免簽證。1999年9月，日本政府並進一步放寬對臺灣遊客赴日多次簽證之規定。九二一大地震後，日本政府和民眾積極援助臺灣救災。

陳水扁時期（2000年5月20日－2008年5月20日）

2002年起，日本外務省修改內規，把可與臺灣官員接觸的日本官員級別由副課長級以下提升至課長級以下。
2002年5月14日，日本內閣官房長官福田康夫在記者會中表示，日本支持臺灣列席世界衛生大會擔任觀察員。這是日本政府首次公開支持中華民國參與世界衛生大會。15日，日本駐日內瓦代表團公使渡邊優表示，日本十分關注在地理上極為接近的臺灣醫療情況，也瞭解臺灣參與世界衛生組織（WHO）的渴望，基於WHO為普遍化的國際組織，日本樂見在會員國的共識下，尋求解決臺灣參與WHO的適當方式，包括以「觀察員身分」參與。
2003年1月18日，總統陳水扁在「國際國會議員亞太地區安全會議」上嚴斥日本知名經濟學家大前研一所謂「中華聯邦」的論述，認為「一國兩制」臺灣人民都無法接受了，何況比一國兩制「更糟糕」的聯邦。12月，日本前首相森喜朗來臺灣訪問與總統陳水扁會見。
2004年3月19日，陳水扁在總統選舉前一日遭槍擊受傷，首相小泉純一郎曾致電慰問。
2004年5月，日本在世界衛生大會全會中，對於「邀請臺灣以觀察員身分參與世界衛生大會」的提案表決，首次投下贊成票。
2005年，日本政府恢復贈勳給予對增進臺日經濟文化交流有重大貢獻之中華民國籍人士。2月，美日兩國就安保協議達成「共通戰略目標」時，首度明確提及臺灣海峽問題。外務大臣町村信孝也明言美日安保的對象包含臺灣。3月，日本政府公開反對中華人民共和國制定《反分裂國家法》及反對歐洲聯盟解除對其武器禁運措施。同年舉行的愛知世界博覽會期間，日方給予持中華民國護照旅客免簽證優惠。9月26日，給予永久性免簽證待遇。
2006年11月，森喜朗再度訪臺，由總統陳水扁及行政院長謝長廷接見，並頒授特種大綬景星勳章。
2007年3月，中華民國外交部針對日本首相安倍晉三的談話表示，沒有證據顯示前日軍曾強徵婦女到前線當慰安婦及不再為慰安婦案道歉，中華民國政府深感遺憾並表達嚴正抗議。外交部指出，慰安婦案是過去日本發動侵略戰爭所遺留尚未處理的問題，日本政府基於人道及人權立場，自應負起責任認真處理此一問題。
2007年7月12日，總統陳水扁接受日本共同社專訪，稱2008年北京奧運聖火的傳遞路線應比照1964年東京奧運聖火傳遞的路線，從馬尼拉到當時的英屬香港，到臺北，然後再到日本那霸。最終中華民國政府拒絕從越南到臺灣，接下來進到香港、澳門的聖火路線計劃。

馬英九時期（2008年5月20日－2016年5月20日）

2009年5月，對於臺灣獲邀成為第62屆世界衛生大會（WHA）觀察員，日本外務省報導官兒玉和夫表示，日本正值全球對抗H1N1新型流感之際，臺灣成為WHA觀察員別具意義，並表示日方將持續密切關注本案，盼臺灣能順利及持續地參與WHA。
2010年11月，日本前首相安倍晉三在臺北市長郝龍斌的陪同下，參觀國際花卉博覽會。安倍晉三表示，非常感謝受邀來臺北參觀花博，回去日本後，也會要日本人多來花博參觀遊玩。安倍晉三此行也與民主進步黨人士會面，因為是私人行程，中華民國外交部人員並未陪同，是由日本交流協會人員陪同搭乘中型巴士前往，並同車返回旅館。
2011年東日本大地震後，中華民國政府及臺灣民間組織迅速做出反應，派出救難團隊赴日搶救、踴躍響應捐輸物資及金錢，捐助總金額居全球之冠，超過新臺幣70億元。不過，震災捐款第一的臺灣，卻遭到日本首相菅直人冷漠以對。對此一名日本設計師發起「謝謝臺灣計劃」，讓日本人重視臺灣人的貢獻。
2011年9月和11月，臺日雙方先後簽署《投資協定》及《開放天空協定》。
2012年7月9日起，日本政府廢除向來的外國人登錄證，實施對旅居日本外籍人士的管理新制，旅日臺灣人的居留卡國籍欄記載為「臺灣」，而非「中國」。日本「李登輝之友會」事務局長柚原正敬表示，這是長年以來日本友臺人士與臺僑不斷為「臺灣正名運動」打拚，而引起日本國會議員重視並修法的結果，日本政府釐清「臺灣是臺灣，中國是中國」，對在日臺灣人的權益非常重要。他說，2003年臺灣在護照上加註「TAIWAN」字眼，是日本將臺灣人的國籍正名為「臺灣」的最大原動力。倡議價值觀外交與自由與繁榮之弧的安倍晉三與麻生太郎兩位首相卸任後訪問臺灣時都表示日本與臺灣是有自由民主、基本人權以及法治社會等共同價值的友好夥伴，形成現在密切的臺日關係。
2013年1月，日本外務大臣岸田文雄在日本交流協會成立40周年紀念慶典上表示：70%的日本人或臺灣人皆對對方抱有親切感。
2013年4月10日，臺日雙方簽署《臺日漁業協議》，共享釣魚臺列嶼周邊海域的漁權。
2013年5月13日，臺北101大樓與東京晴空塔合作，正式簽署共同友好宣傳計畫，由旅臺日籍藝人佐藤麻衣與臺灣藝人李毓芬分別擔任日本與臺灣雙方友好交流大使，在觀光局長謝謂君及日本交流協會臺北事務所副代表佐味祐介的見證下，由臺北101董事長宋文琪及東武晴空塔社長鈴木道明代表簽署，共同完成「2013臺日觀光地標友好年」之簽約儀式。
2013年9月12日，日本前首相菅直人抵臺訪問，強調此次臺灣行以擔任首相期間，面臨福島核災的過程，忠實向外界報告。在其後的演說中表示「我們可以確定的說，就是沒有一個技術可以完全避免核災發生，以福島最遭的狀況要250公里避難，臺灣一號、二號、四號核電廠，相當於臺灣有三分之二必須要疏散與避難，如果想到這一個危機，應該就不會做這個選擇。」菅直人此行還參訪核一廠、翡翠水庫，並拜會臺北市長郝龍斌與新北市長朱立倫。
2014年6月，日本東京的東京國立博物館與福岡的九州國立博物館舉行名為《臺北 國立故宮博物院－神品至寶》的特展，展出包括翠玉白菜及肉形石在內的國立故宮博物院所收藏之大批文物。開展前發生東博的宣傳海報上遺漏「國立」兩字的事件。8月15日，前副總理岡田克也抵臺訪問，與總統馬英九會晤。
2015年4月30日，前首相野田佳彥率團抵臺訪問。赴宜蘭及新北市參訪。
2015年6月13日，文化部在日本的臺灣文化中心脫離「臺北駐日經濟文化代表處」，在東京港區虎之門獨立設置，日本超黨派國會議員組織「日華議員懇談會」會長平沼赳夫等政經文化各界人士大約兩百人應邀出席觀禮。
2015年6月27日，臺灣發生塵爆事件，兩天後日本的富士系統株式會社表示願意提供費用高昂的「不沾黏矽膠紗布」做為援助，消息一出，大批的臺灣網友湧入公司的Facebook表達謝意，更有許多人將之視為「臺日友好」的象徵。同年7月2日，日本醫界表態願意派遣醫師及護理師抵臺幫忙，也願意提供人工皮膚等醫療器材幫助傷患。7月31日，日本與臺灣的醫師協會在位外交部簽署發生大規模災害時互派醫生的支援協定。允許日本醫生開展最低限度的醫療活動。據日本醫師會介紹，這是該組織首次與其他國家或地區締結類似協定。
2015年9月19日，日本通過《安保法案》，中華民國外交部發言人王珮玲表示，此舉是將新修訂的「美日合作防衛指針」的內容法制化，鞏固深化美日同盟，予以正面看待，希望日本政府以前瞻性思維和正面積極的態度，為國際社會的和平、安定和繁榮做出貢獻。
2016年4月25日，臺灣漁船東聖吉16號在國際水域作業時遭到日本公務船扣押。日本限26日中午以前收到保證金170萬元新臺幣，否則連人帶船拖往日本，一旦人船扣進日本，將判決漁船侵入日本領海，到時就必須付更高額的罰金，引發中華民國政府不滿。

蔡英文時期（2016年5月20日－）

2017年1月1日，日本駐臺機構－公益財團法人交流協會更名為公益財團法人日本臺灣交流協會。
2017年2月24日，日本防衛省防衛研究所發表《2017年中國安全戰略報告─不斷變化的中臺關係》，文中稱「中華民國」，並以「兩個政治實體」形容海峽兩岸關係。據媒體報導，中華人民共和國外交部長王毅在會見日本外務大臣岸田文雄時，要求日方不得發表該報告。
2017年3月25日，日本總務副大臣赤間二郎來臺宣傳日本觀光活動，這也是中華民國與日本在1972年斷交後最高層級的日方官員訪問。在開幕式上表示，311東日本大地震到今年已經6年，熊本地震也快滿1年，當中獲得不少臺灣的支持，深感日臺強烈連結，也表達深深感謝。
2017年6月26日，日本官房長官菅義偉對於臺灣有意加入《跨太平洋夥伴關係協定》（TPP）表示：「TPP是自由公正的經濟圈，對包括臺灣在內的國家和地區表現出加入TPP的興趣表示歡迎。」
2017年11月12日，出席亞太經濟合作會議領導人非正式會議的中華臺北領袖代表、親民黨主席宋楚瑜和日本首相安倍晉三會談半小時，會中希望臺灣與日本經貿關係更密切發展；根據日本外務省新聞稿，兩人也談及兩岸關係，安倍晉三希望兩岸當事者可以直接對話、解決問題，共享區域的和平與穩定。
2018年2月6日，臺灣花蓮發生強震，日本外務大臣河野太郎致電中華民國「李大維外交部長閣下」表達關懷之意。河野表示，日本已做好萬全準備，提供臺灣必要的支援。8日，日本首相安倍晉三也致信中華民國「蔡英文總統閣下」，並在其網路平臺上傳一張親自用毛筆寫的「台湾加油」慰問花蓮災民。日本政府也已派出7名專業人士，攜帶兩臺「深層生命探測器」來臺協助救援。
2018年5月，日本臺灣交流協會在Facebook發文表示，日本一貫支持臺灣參與世界衛生大會（WHA），為避免防疫產生空白，將繼續支持臺灣參與。其後，日本在WHA為臺灣參與的議題執言。
2018年8月14日，由中國國民黨於臺南市黨部旁設立的臺灣首座慰安婦銅像在國際慰安婦紀念日揭幕，前總統馬英九出席揭幕儀式時，呼籲日本政府應向慰安婦正式道歉，蔡英文政府也應為慰安婦發聲。對此，日本內閣官房長官菅義偉於15日透過日本臺灣交流協會表示，這與日本政府的立場和至今為止的努力不相容，讓人極為遺憾。9月6日，日本「慰安婦之真相國民運動」等多個團體要求撤除，團體代表藤井實彥疑似偷踹慰安婦銅像，並於8日離境，國民黨臺南市黨部主委謝龍介等人10日前往日本臺灣交流協會表達譴責並要求道歉。中華民國駐日代表謝長廷11日召開記者會，表示嚴正譴責並反對任何破壞臺日友好的行為。「慰安婦之真相國民運動」主席加瀨英明12日發表道歉聲明，表示藤井實彥已經辭職，但他仍堅持慰安婦的指控有損日本名譽，希望國民黨回應相關質問。
2019年3月2日，日本《產經新聞》以頭版刊登總統蔡英文的專訪內容，蔡英文希望日本政府能克服法律上的障礙，與臺灣直接進行安保對話。報導分析，主因在於不像臺美之間，美國有《臺灣關係法》，而日本沒有這樣國內法的法律，雖然臺日對於中國威脅有一定共識，相互交換安保情報，對日本也有好處，但恐引發中國敏感神經，需有高度的政治判斷。4日，中華人民共和國官媒《環球時報》詢問日本外務省，其國際報導科回應，日本政府不考慮與臺灣就安保問題進行對話。
2019年3月11日，中華民國總統蔡英文在Twitter發文表示，為日本311地震發生後8年來的受害者祈禱並表達衷心的同情；隔日，日本首相安倍晉三在Twitter轉貼了蔡英文的文章，並且特地以繁體中文發文表示「臺灣的支援帶給我們無比的勇氣。震災已經過去8年了，災區的復興工作正在切實地進行。謹藉此機會再次向臺灣許多老朋友表達誠摯的謝意。」
2019年4月1日，日本政府公布即將登基的德仁天皇新年號「令和」。先前日本媒體報導，日本政府在新年號公布後將主動通知「受日本承認的195個國家」，也一併通知聯合國及歐洲聯盟等國際組織。曾有媒體表示不包括臺灣在內，但被中華民國外交部長吳釗燮駁斥並表示，日本同步通知外交部與駐日代表處，「是非常正式的管道」。
2019年5月8日，日本外務大臣河野太郎在Twitter發文表示，日本支持臺灣以觀察員身分參與世界衛生大會（WHA）。這是1972年兩國斷交後，日本外相首次表態支持。21日，日本厚生勞動大臣政務官新谷正義在WHA以間接方式表達，為了對抗伊波拉疫情，提供高品質基層醫療和地方社群發展互信實屬必要。日本認為，不該讓特定地區連以觀察員身分都無法參與WHA，這將產生地域空白。
2019年7月18日，日本動畫製作公司「京都動畫」的工作室遭人縱火，造成慘重的人員傷亡。正在出訪邦交國的總統蔡英文在Twitter以日文表示「我在國外得知了京都動畫縱火殺人事件的消息，並且感到震驚且心碎。京都動畫是許多臺灣人，青春時的回憶。為逝者祈福，也願傷者早日康復。」
2019年9月5日，日本海上保安廳的9艘船艦為了避開玲玲颱風，在臺灣海峽、與那國島北方巡航並開啟自動識別系統。
2019年9月17日，日本臺灣交流協會罕見針對中華民國與邦交國斷交發表聲明，臺北事務所代表沼田幹夫指出，日本臺灣交流協會由兩岸關係及地區的和平與穩定的觀點，繼續高度關注這次事件，期盼透過兩岸當事者之間的直接對話得到和平解決。
2019年9月20日，對於吉里巴斯與中華民國斷交，日本臺灣交流協會臺北事務所代表沼田幹夫在Facebook表示，臺灣對日本而言是共有自由、民主主義、基本人權、法治等基本價值觀，並有著緊密經濟關係與人員往來的重要夥伴、及重要的友人，就短期內索羅門群島及吉里巴斯兩個國家與臺灣終止外交關係一事，由兩岸關係及地區的和平與穩定的觀點，包括今後的影響在內，保持進一步高度關心。
2019年9月27日，日本公布2019年版（令和元年）《防衛白皮書》，其中指出中國的國防費用持續增加，但這20年來臺灣的國防支出幾乎持平，2018年中國公布的國防費用大約是臺灣的16倍，總統蔡英文已下令增加國防預算。兩岸軍事平衡整體而言朝著對中國有利的方向變化，軍事差距有年年擴大的趨勢。今後兩岸軍力的強化、美國出售武器給臺灣、臺灣的主力國防裝備國造等動向，值得關注。
2019年9月27日，日本臺灣交流協會臺北事務所代表沼田幹夫即將離任，外交部長吳釗燮頒贈特種外交獎章與紀念獎牌，表彰在促進臺日關係的卓著貢獻。但紀念獎牌上稱呼沼田幹夫為「我最敬愛的大哥哥」，遭外界批評媚日。外交部30日澄清指出，吳釗燮與沼田幹夫私下有很好友誼、情如手足，而且沼田較年長，因此私下均以「哥哥」相稱。外交部也強調，媒體所引述的相關文字是用於贈予的紀念獎牌上，純屬紀念性質，在外交儀節上並無不當之處，請各界區分外交獎章與紀念獎牌的差異性。
2019年10月4日，在臺北駐大阪經濟文化辦事處福岡分處的國慶酒會上，日本首相安倍晉三與副首相麻生太郎雙雙致電文道賀，罕見都以「中華民國」稱呼臺灣，安倍祝賀詞提到「祝國運昌隆」，麻生太郎的賀詞更是談到「祈祝兩國友好更深化」。但日本內閣官房副長官岡田直樹7日表示，安倍晉三沒有發出賀電。對於臺灣，日本政府的立場就如1972年《日中共同聲明》所載。福岡分處事後發現該賀電並非出自日方的署名單位，日方也未列入官方紀錄，因此該賀電未計入福岡分處國慶活動新聞稿的統計資料。8日，臺北駐日經濟文化代表處在東京舉行國慶酒會，安倍晉三的母親安倍洋子連續3年親臨會場。
2019年10月22日，中華民國駐日代表謝長廷出席日本德仁天皇的「即位禮正殿之儀」。