新竹車站

清代

光緒十三年（1887年）福建臺灣巡撫劉銘傳由於商務與軍事考量，且為建造台灣省城時便於運輸建材，上《擬興修臺灣鐵路摺》，奏請清朝政府興建基隆至台南的鐵路，同年7月10日（農曆5月20日）成立全臺鐵路商務總局，並立即動工台北~基隆段鐵路，是繼唐胥鐵路後清朝第二條官辦鐵路，同時發行鐵路股票至南洋招募基金。十四年（1888年）由台北經桃園至新竹段鐵路開工。十九年（1893年）福建臺灣巡撫邵友濂因經費不足與工程艱鉅，中止鐵路鋪設至台南的計畫。1月23日台北至新竹段鐵路通車。基隆~新竹段鐵路總長106.1km，每日僅往返兩班列車。10月30日設立第一代站房，當時稱「新竹火車票房」，位在枕頭山（今十八尖山）腳下，為土造閩南式建築(今玻璃工藝博物館)，舊址約在今新竹憲兵隊一帶。

日治時期

明治二十八年（1895年）乙未戰爭時清兵為阻擋日軍前進而破壞鐵路，後日軍南下時陸續進行搶修。同時第一代站房被抗日軍焚毀。7月7日臺北至新竹的鐵路恢復運轉，以供近衛師團運輸兵員物資之用。9月臨時臺灣鐵道隊抵達基隆。

第二代站房

明治二十九年（1896年）臨時臺灣鐵道隊鑑於清朝所建的鐵路蜿蜒迂迴，將劉銘傳鐵路大幅改線。7月公布民眾乘車許可。於基隆~新竹段每日往返兩班列車，後增加為往返四班。7月5日設立第二代站房，遷移至今東大路與鐵路交會處北側，新竹貨站附近，位於原淡水廳城外。站房面積僅44坪，屋頂以杉木皮建成，十分簡陋卻仍是日治時期台灣鐵路的大站。
明治三十年（1897年）8月大湖口（今湖口）～新竹間橫跨鳳山溪的橋梁被洪水沖斷，8日起由新竹發的列車停留於鳳山溪左岸，由臺北發的列車停留於右岸，客、貨運過河互相換乘，列車折返。9月10日設立紅毛田臨時車站（今竹北車站），12月鳳山溪橋修復，紅毛田臨時車站關閉。。三十一年（1898年）9月16日在受損橋梁以北加設新車臨時車站。三十二年（1899年）1月改新車車站為正式車站。新車~新竹間暫時以每天往返一班台車來營運，後改為每日往返三班。

第三代站房

明治三十五年（1902年）總督府實施市區改正，開始拓寬道路並拆除淡水廳城的城牆與城樓。新開闢的驛前大道（今中正路）成為往後新竹市區的中心。2月1日縱貫鐵路大湖口（今湖口）~新竹段改良完成後恢復通車，同時廢除新車車站。6月14日建造木造的第三代站房於現址，屋頂以文化瓦鋪成。

日治時期

明治四十一年（1908年）開始建造第四代站房，站址與迎曦門連為一氣，成為新竹市放射型道路的中心點。大正二年（1913年）3月31日第四代站房(新竹驛)完工，由臺灣總督府鐵道部囑託松崎萬長設計，工程費22,500円。建築樣式屬於巴洛克風格，與台中車站等二層英式磚造建築不同，融合德式哥德式建築的元素，在《臺灣建築會誌》描述本站能夠呈現純粹的德國風格。當時候車室區隔為頭等與三等2種等級，右側為頭等候車室，最左側則是三等候車室。三年（1914年）3月25日附屬的事務室完工，工程費12,000円。昭和三年（1928年）3月31日站房增建右側辦公室。五年（1930年）新竹~香山間雙軌化完工。九年（1934年）紅毛（今竹北）~新竹間雙軌化完工。十四年（1939年）興建「北台海軍航空隊本部線」（新竹飛機場線）。二十年（1945年）5月15日站房屋頂遭同盟國軍轟炸而部分毀損，民國38年整建完成。

戰後

1947年臺灣省政府撥款修復站房。1948年年初站房整建完成。1951年9月11日內灣線全線通車。1969年6月25日新竹貨站啟用，設於新竹車站北0.2公里處。1973年增建右翼鐵路警察辦公室。1989年開始拆除扇形車庫，但保留轉車盤。1994年屋頂換成鋼瓦。1995年5月站內舉辦「內灣線的故事」文藝季。CT152被送來參展，此後長期放在站內，後被移至苗栗鐵道公園。1998年6月23日省政府審定第四代站房為省定古蹟，是台灣現存最古老的火車站房。1999年7月1日改為國定古蹟。2000年鑒於站房老舊和年久失修，經內政部編列預算，由新竹市政府整修。11月拆除新竹飛機場線。2007年2月11日松崎萬長之孫、日本育櫻會副理事長松前孝廣帶團至新竹公園訪視，贈送新竹市政府河津櫻樹苗，並探訪車站。3月1日因應內灣線列車隨著新竹~竹東段整修，暫不行駛至內灣的列車，改以客運接駁。2008年跨站天橋裝設升降電梯。2010年3月26日新竹車站開放使用臺灣通搭乘新竹~瑞芳間的車站（不含暖暖），並接受臺灣通加值服務。2011年1月1日因多卡通驗票閘門啟用，本站開放使用悠遊卡，搭乘區間與臺灣通相同，並接受悠遊卡加值服務。11月11日為慶祝改建完工後內灣線全線復駛，以DT668牽引列車進行始航，自新竹車站發車。11月30日第四代站房整修竣工。2013年3月31日站內舉辦第四代站房竣工100周年慶祝活動，CK124被派出參展。車站締結聯盟引薦人北白川宮能久親王的後代竹田恆泰到場致詞4月12日推出與東京車站締結姊妹車站限量500張的一卡通（第一版）。8月3日鐵路局與JR東日本合辦活動「橫跨臺日！鐵路紀念章拉力賽」，在台灣鐵路局臺北車站、新竹車站，日本JR東日本東京車站等10個車站蒐集5個紀念章，可兌換限量手提包。

車站構造

新竹車站是台灣現存最古老的車站，並被列入國定古蹟。現役站房起建於明治四十一年（1908年），至大正二年（1913年）竣工，由臺灣總督府鐵道部囑託松崎萬長設計，工程費22,500円。松崎曾留學德國，於明治四十年（1907年）任職於總督府土木局，後也擔任設計基隆車站（已拆除）與台灣鐵道飯店（臺北大空襲時炸毀）的建築師。松崎的設計採用德國哥德式建築的造型元素（例如鋸齒狀山牆），融合盛行於大正、昭和初期的巴洛克式樣，為德國式樣建築於臺灣的代表作，除做為城市的玄關外，亦有誇耀帝國統治的意味，屬於樣式建築（Mannerism）。其建築風格迥異於同時期總督府所建造的其他官廳建築，包括臺灣總督府（今總統府），後者主要是採英國古典式建築風格。此外，新竹車站原為紅磚壁體，正值台灣興起紅磚建築潮流的時候1910年代（如西門紅樓與三井倉庫），後改採仿石壁洗石子牆面。
站房具二段、四片急斜式馬薩式屋頂，上覆銅瓦，並以細短石柱收邊，以多立克式柱頭收尾，造型雄偉。屋頂前段下方開有兩個牛眼窗。中央盔甲式四面鐘塔取自羅馬式穹頂，在當時具有引進標準時間的報時意義。牆壁在戰後曾改為白牆黃柱式的粉刷，直至2000年新竹市政府復原其洗石子牆面，並將屋頂換為綠瓦，鐘塔的時鐘也同時恢復運行。玄關設計為突出且比例修長的拱圈門廊，上方有三角形的山牆，曾一度被電子鐘遮擋。玄關兩側各置一個瓶狀圓柱，石柱的臺基刻意墊高，故柱子不長，屬於托斯卡納柱式，柱頭具豎條紋裝飾。大門與剪票口內側分別具有水平與三角形山牆，與托斯卡納壁柱的浮雕裝飾。站房前廊的鑄鐵柱以半球型的乳丁裝飾。站房屋簷下方對稱排列兩種拱窗，拱窗上有超尺度之拱心石，並以幾何線條裝飾。站房柱體、牆壁轉角與開口部四周，都加強仿石造收邊。整體建築雖繁複卻不失莊重，嚴肅卻不失親和，建築語彙屬於文藝復興時代後期的巴洛克式樣。裝飾較同時期的台中車站與基隆車站更為簡潔。昭和三年（1928年）3月25日於東側增建辦公室，耗資12000銀圓。二十年（1945年）5月15日遭同盟國軍轟炸，辦公室部份被炸毀，1947年經臺灣省政府撥款整修，1948年初完工，包括東側延伸之辦公室、會議室，也增建西側列車車班站房等空間。在1968年建築增添西翼辦公室時，並沒有以與東翼取得相同工法進行協調，造成視覺上的違和感。1966年為因應縱貫線與內灣線（1951年通車）增加的貨運量與調車業務，更因臺灣肥料公司新竹廠擴建後之運輸需要，擴建貨運站，即今最東側之行李房。1969年6月完成啟用，客貨業務正式分開。1973年增建東翼鐵路警察辦公室。1998年由內政部指定為省定古蹟（現為國定古蹟）。

扇形車庫

新竹車站扇形車庫位於今站內車庫位置，當時有15股車道，是鐵路局最後一個仍在整檢蒸汽機車的扇形車庫。當時蒸汽機車全數廢除後，因國防需要而保留部分機車用於牽引內灣線的貨列。該車庫後於改建時於1989至1992年間陸續拆除，僅留有轉車盤。

月台

新竹車站站區內設有一座岸式月台與兩座島式月台。月台遮雨篷的骨架為鋼製，骨架與鑄鐵柱接頭處有浮雕圖案，鑄鐵柱下方也有乳丁裝飾。昔日在第二月台北端14車以後的位置，曾有一段縮減式的月台，用以停靠內灣線的列車，但在內灣線整修完工復駛後，該月台內的路軌被拆除，發車也改至第三月台。2016年1月1日起，於上午6點半至晚間9點50分開放地下道可連接到各個月台。

客運

目前為一等站。
本站曾是北部通勤電聯車維修基地新竹機務段所在地（目前已遷移至富岡車輛基地，原址降等為南新竹機務分駐所），高峰期站區內曾配置有17股路線，機務段遷移前有9股檢查站軌道，機務段遷移後，編號4～9股檢查站軌道停用拆除(皆為室內空間，拆除軌道與電車線，僅留下車庫建築物)，只留下編號1～3股檢查站軌道(皆為戶外且無遮蔽)，也是西部幹線區間車的主要始發站之一，北上至基隆、南下至嘉義。在2013年的統計中新竹車站是臺鐵所有車站中營收排名第6名（僅次於臺北、花蓮、台中、臺南和高雄等站）。
本站為內灣線的起點站。為接駁高鐵新竹站，台灣鐵路管理局將內灣線新竹－竹中區間改建為雙線電氣化高架路線，並增設北新竹、千甲、新莊等站，於2011年11月11日通車。此外由竹中分岐至六家車站的路線，命名為六家線。六家線興建與內灣線改善工程施工期間，內灣線新竹－竹東路段於2007年至2011年暫時停駛，改以新竹客運接駁。於2011年11月11日復駛，內灣線改於北新竹車站以北與縱貫線分歧。另外2016年6月29日臺灣鐵路管理局也於新竹車站與香山車站之間增設三姓橋車站。
本站開放使用悠遊卡、一卡通、icash 2.0及HappyCash付費。

貨運

新竹車站北側有通往新竹麵粉廠的側線（現位於北新竹站內）。並曾經有通往台灣肥料公司新竹廠與新竹機場的側線。

新竹機場線

新竹機場線建於昭和十四年（1939年），當時稱為「北台海軍航空隊本部線」，戰後改稱「新竹特種支線」。路線自東光陸橋向北與縱貫鐵路分岔，通過經國路與武陵路後，沿成功路進入新竹空軍基地。2000年11月路線拆除後，因鐵路長期阻礙交通，當地居民莫不贊成。原路線改鋪設公路，經評選後命名為鐵道路。

中油新竹廠線

中油新竹廠線約建於日治時期末期，原計劃通往臺灣有機合成株式會社新竹廠，但由於運送資材來臺灣的貨船於太平洋戰爭中被炸沉，故廠房始終未完工。戰後臺肥新竹廠開始興建，約1955年重鋪鐵軌。油庫線自新竹貨站北側與縱貫線分岐，向山側延伸。幹線在進入廠區前，先分支出通往液氨儲槽的側線（更早期另有通往硫磺堆積廠與硫酸工廠的側線）。進入廠區後於幹線0.677公里處分出硫酸錏倉庫線，長200公尺；0.907公里處有300公尺長的新竹化工線，但後因關廠而拆除。廠區路線於東勢街平交道終止，過平交道後幹線分出400公尺長的尿素倉庫線，幹線則向前延伸出中油新竹廠線，全線總長1.6公里。
路線營運後期新竹化工線已拆除，而中油新竹廠線也極少使用，但臺灣鐵路管理局的正式名稱仍為「中油新竹廠線」。早期臺肥尚無自用的鐵路機車時，曾調用DT580型蒸汽機車行駛路線，1960年代開始使用兩輛日立HG-35BB內燃機車。

內灣線

為運輸竹東郡蕃地山區的煤礦，臺灣總督府交通局鐵道部於昭和十九年（1944年）動工興建內灣線，但因太平洋戰爭吃緊而作罷。戰後，鐵路局為開發竹東工業區，於1946年鋪設由新竹~竹東的「竹東支線」，用以運送肥料、水泥與玻璃的原料和製成品。1950年因石灰石的開採延伸至合興。1951年又為運輸煤礦延長至內灣。1956年開始開採內灣地區的煤礦，加上此地為油羅山木材的集散地，使此地經濟快速發展，直到1970年代林業與礦業的活動相繼停止為止。
內灣線的貨運以水泥為大宗。故臺灣水泥於竹東分岔出1.2km的專用線，九讚頭則具有亞州水泥專用線。後水泥產業東移，西部水泥廠產量大幅減少，合興與九讚頭等站的業務迅速下滑，分別被降為招呼站與丙種簡易站。

臺灣木材防腐公司線

臺灣木材防腐公司成立於1953年，由美援贊助設立，廠址約在今光復路地下道旁。當時臺灣各地鐵路經過太平洋戰爭的破壞，路況多極差，亟需更換軌道與枕木，而枕木在鋪設前需經過防腐的步驟，才能加以使用，故木材防腐在當時是非常重要的工業項目。
臺灣木材防腐公司線自新竹車站與新竹貨站間，靠山側分出，全長0.8公里，並使用兩輛加藤DL內燃機車牽引。

美國大中央車站

2013年8月16日締結。

東京車站

2014年4月12日時任新竹市長許明財拜訪日本東京都，由東京都副知事秋山俊行代表接待，對車站締結聯盟一事表達歡迎。5月12日JR東日本會長清野智於台日觀光論壇中，東京車站與新竹車站簽約締結聯盟。2015年2月12日與東京車站正式締結為姐妹車站。
東京車站與新竹車站締結姐妹車站的簽署儀式於2015年2月12日舉行，儀式進行前新竹交響管樂團演奏鄧麗君演唱的名曲——〈我只在乎你〉。儀式中新竹車站站長黃榮華與JR東日本東京車站站長共同簽屬締約書。後JR東日本副社長深澤祐二代表該公司致詞，致詞中對新竹市長林智堅與中華民國工商協進會會長黃茂雄的蒞臨表示感謝。深澤祐二說東京車站與新竹車站建築共同啟用百周年，不僅是兩城市的地標，也深受兩國民眾的喜愛，背負著地區經濟動脈的重要責任，締約儀式除促進東京與新竹兩地間鐵路的友好之外，也促進台灣與日本兩地間的交流。東日本大震災的災區是JR東日本的營業地區，儀式中深澤祐二也對台灣對該地區與災民的協助致謝。