对凤凰卫视的争议

拒絕透露SARS疫情

2003年，北京解放軍301醫院的退休醫生蔣彥永認為SARS疫情與張文康所宣布相差甚遠，其拒絕透露實情，從而給中國媒體和鳳凰衛視寫電子郵件反映情況但都沒有結果。

馬立誠離職事件

2004年，鳳凰衛視評論員，曾供職於中國共產黨黨報《人民日報》評論部的記者馬立誠突然離職。被指因為馬立誠是因為高調批評中國的對日政策和北韓政策，引起了北京方面的不滿而離開鳳凰衛視的。法新社報道說，馬立誠離去原因，鳳凰衛視未加說明。

涉嫌竊取機密

2005年，鳳凰衛視美洲台工程部主管麥大泓被控涉嫌竊取美國海軍機密文件，充當中國政府間諜，意圖販售給中國政府，遭到美國聯邦調查局（FBI）逮捕。但中華人民共和國外交部發言人姜瑜已經否認麥氏家人為中國竊取美國的國防機密。

採訪水災被網民指責

2005年夏天，鳳凰衛視記者採訪水災中被困的學校時，因成功渡水而在鏡頭前興奮已極，以喜悅的表情說道，他非常幸運，終於在滔天洪水中來到這裡，可以進行採訪。這一事件被網民指責後，新聞停止播放。

涉嫌侵犯網絡著作權

2007年4月2日，中國江西省律師易勝華起訴鳳凰衛視侵犯其網路著作權。2006年7月15日，易勝華在個人部落格和網路上發表「法律帝國·小丫拍案之 二奶無罪」一文。鳳凰衛視官方網站「鳳凰網」於2007年3月份發表一篇名為「二奶無罪 她用一生最美好的時光做代價」。易律師發現，該文章內容來自其原文；不僅如此，「鳳凰網」另進行不適當刪改，將其原文該律師的立場由客觀轉變成為主人公辯護。最後，易勝華與鳳凰衛視調解。

誤報黃菊逝世

2007年5月9日，鳳凰衛視資訊台在晚上7點檔的《華聞大直播》節目中援引了當天早些時候來自英國《泰晤士報》的消息，報導「中共中央政治局常委、國務院副總理黃菊逝世」。不過在發布此消息後不久便以跑馬燈方式發表聲明，更正先前有關不實報導，並表示歉意。鳳凰衛視的聲明說：「本台十九點新聞有關中共中央政治局常委黃菊逝世的消息，純系謠言，毫無根據。本台對因此產生的不良影響，表示誠摯歉意，並特此更正。」

員工被指非禮事件

2007年6月1日，鳳凰衛視常務副行政總裁梁濃剛被指非禮一名女下屬，梁濃剛更被指以不加薪作為威脅，迫女秘書答應其性要求。梁濃剛年約五十多歲，已婚，主要負責市場拓展事務，並非負責製作及編采工作。

廈門PX項目報導被禁

2007年6月1日，中國福建省廈門市爆發反對PX化工項目遊行。而在此之前《鳳凰周刊》二五六期報道了該項目，文章標題為《廈門，一座島城的化工陰影》。事後證明廈門市政府有不明部門禁止銷售並收繳了該批雜誌。 而鳳凰衛視《有報天天讀》欄目主持，原籍廈門的楊錦麟亦在此之前的5月28日在節目中談到此項目，並發表評論。這亦是鳳凰衛視對於PX化工項目的唯一解讀。

鳳凰衛視遭中國廣電總局停播事件

2007年7月底，中國「天涯論壇」等討論區上有則關於鳳凰衛視等節目停播的帖子稱：「接廣電部門的通知，為了迎接黨的「十七大」勝利召開，保障廣播電視節目的安全播出，廣電部門將按國家廣電總局的要求，於2007年7月30日零時停止有線電視網絡中鳳凰衛視等節目的傳送。」隨之，在中國百度貼吧中的鳳凰衛視吧等中國各大BBS論壇上，都有眾多網民反應從2007年7月底開始，已經無法收看到鳳凰衛視資訊台和電影台的節目。

汶川地震哀悼日期間繼續播出

2008年5月19日至21日期間，廣東電視網內的境外電視台因汶川大地震全國哀悼日被全面切換為中央1台，但中文台有一段新聞因為采訪了溫家寶，此段新聞也使得中文台可以繼續在哀悼日期間播放。

三元合格奶報導

2008年9月21日，鳳凰衛視《華聞大直播》播出所屬知名記者陳琳、魏永林特別報導《三元公司：奶源安全保證合格奶》。報導指出：北京三元牛奶的負責人稱三元的質量好且穩定，由於原奧運會指定的供應品牌伊利質量不滿足要求，北京三元公司實際上向2008年北京奧運會和北京帕運會提供了相關乳製品。新聞播出後，以《鳳凰網》為原視頻源的新聞連接成了死連結。但是一些鳳凰愛好者將錄播的新聞傳到了相關視頻網站，相關信息依然被傳了出去。

馬尼拉人質事件

2010年8月24日，就菲律賓馬尼拉劫持香港旅行團人質事件，對這次慘劇；鳳凰衛視節目女主持以輕鬆語調問說：「今天有什好玩的小故事跟我們分享？」，阮次山回應指出： 「香港行政長官曾蔭權沒資格打電話給菲律賓總統」。阮指「巴士綁架很特別、罕見，因此警察經驗不足是情有可原。香港地區的特首不是國家元首，要打也是胡錦濤打，何況胡錦濤也不可能打，這小題大做」，並謂「要菲律賓提出責任報告，誰有責任，關你香港什麼事？這個報告出來，保險公司可以賠多一點嗎？」對於他的言論，有批評指在危在旦夕之時，拘泥什麼僭越、身份不對等，只有患上泛政治病的人，才會有此反應。迫於輿論壓力，鳳凰衛視暫停了阮次山的節目。

鳳凰衛視美洲台性攻擊事件

2013年7月，鳳凰衛視北美台的5名在職與前員工在美國華盛頓聯邦法院對鳳凰衛視提起集體訴訟，他們在控訴中指出鳳凰衛視明知其美洲台總編輯劉正鑄性攻擊女職員，鳳凰衛視仍持續僱傭劉正鑄十多年。控訴指出，由於這些受害者害怕將遭遇說出，導致她們精神出現嚴重焦慮與憂鬱症狀。2014年4月，鳳凰衛視兩名員工和一名應聘者聲稱遭前分社主管性騷擾，在紐約向該公司提出起訴。在本次案件中，劉正鑄被控強行撫摸三名原告，還在辦公室發表下流言論。曾利用工作藉口誘騙女性員工和實習生去他所在的酒店房間，並聲稱若和他發生關係，將可以換取升職機會。

《社會能見度》報導涉假

2014年3月13日，鳳凰衛視《社會能見度》節目報導了「東莞丐幫調查」，報導了犯罪團伙用各種非常手段使人致殘，逼人乞討的惡劣行徑。同年6月，東莞市政府新聞辦公室對外通報稱，東莞市公安部門對該報導披露的33張視頻行乞圖片進行深入調查後發現，29張來源於網際網路，拍攝地點均不在東莞；1張圖片內容查實為2006年3月22日東莞塘廈警方接投訴後到現場調查處理行乞行為；其餘3張仍在進一步核查中。而鳳凰視頻所發布的一期已經被刪除。

中國人疑似在日碰瓷事件

2015年10月5日，鳳凰衛視記者李淼對中國人疑似在日碰瓷事件進行了調查，並在10月5日發布了《獨家：日方稱「中國老人在日碰瓷索賠10萬」屬實》消息。之後《環球時報》也在10月6日於新浪微博上發表文章反駁之前鳳凰新聞的「碰瓷」說法，且非常針鋒相對地，模仿之前鳳凰新聞標題句式，使用標題《獨家調查：京都中國老人「碰瓷」？假的！》，而日方也就不實信息道歉。

配合播放銅鑼灣書店人員電視認罪片段

在銅鑼灣書店股東及員工失蹤事件一案中，鳳凰衛視多次能夠在大陸採訪被拘人士，披露「獨家」消息。2016年2月29日晚間，鳳凰衛視播出李波的訪談，李波表示「是自己偷渡回內地協助調查，是自願的，不涉及綁架」，並指「由於外界炒作其居英權問題，所以決定放棄英國國籍」。2016年2月29日，鳳凰衛視播放林榮基、呂波、張志平的「訪問」片段，片段中3人皆「認罪」，表示認識到自己的錯誤，又一同指証桂民海。
唯林榮基返港後，林榮基在記會上說鳳凰衛視所播放的的訪問片段是「有導演，有台詞」，內容按對方意願增刪，被要求背誦台詞，他説在當時的情況下他不得不按要求承認「錯誤」。因此鳳凰衛視在其中的角色極受到質疑，被指配合中共當局造假，對此鳳凰衛視回應只稱，對林榮基提及的過程並不了解。

落地與收視風波

早在2012年前，各大電腦網路電視軟體均有提供鳳凰衛視的直播，甚至PPTV（聚力）在2010年開始對網絡電視在線直播的鳳凰衛視台標蓋上PPTV水印，但從2012年新規開始，各網絡電視均下架境外頻道。自從智能端普及開始，觀眾又可以通過智能設備（例如網絡機頂盒等）額外安裝軟體來收看鳳凰衛視的直播和點播節目，但實際上，這些直播源並沒有經過廣電總局的批准。2015年10月14日，有網友曝光中央網信辦、廣電總局正在全國範圍內開展境外電視網絡接收設備專項整治行動。其中有18個軟體存在此行為。
鳳凰衛視目前已在中國大陸大多數地方有線電視運營（多數以「測試頻道」名義播出，部分地區設為收費頻道），很多地區為了降低成本而選擇了原版（非亞太6號版）鳳凰衛視。而上海出於地域文化保護因素以及維護上海本地電視台節目收視率，而回絕了鳳凰衛視訊號落地。另外，福建廣電網絡、湖南有線、河南有線、吉視傳媒等同時運營了鳳凰衛視的高清頻道。福建廣電網絡甚至還提供鳳凰中文台、資訊台兩頻道7天節目回看，而福建廣電網絡的鳳凰衛視節目目前僅省會福州地區的高標清是全免費開放（高清頻道在高清基本包當中不額外收費），其他市基本收費（廈門、莆田只提供其高清頻道並且收費），但在特殊敏感時期，也會臨時替換其他頻道節目。
由於鳳凰衛視等境外頻道在中國的有線網是實行「有線網倒貼錢式」的傳輸運營，故一些地方有線網收費亦可以賺取回本。故跟央視3568和數字付費頻道一樣是不允許在IPTV平台播出的。廣東IPTV就在2016年7月15日下架了鳳凰衛視中文台、澳亞衛視等境外頻道（由於澳亞衛視含有廣州電視台節目宣傳的插播，故為廣州珠江數碼信號盜播所為，之後被廣州有線方告發後而實行），中國廣電總局也規定未經允許禁止在IPTV平台播出境外頻道。同日，湖南IPTV也下架了鳳凰衛視的兩個頻道（在傳送期間則是台標蓋上貼膏藥「測試」兩字）。福建電信IPTV於2017年5月27日上線鳳凰衛視兩套高清頻道（且不提供回看功能），但沒多久於7月21日下線，後於2018年3月恢復，但又於2019年4月再次下線（因應廣電總局嚴查IPTV）。
2017年4月，為迎接十九大，廣電總局嚴查整頓有線網違規傳輸頻道，多個省市有線網下架DOX、天華等未備案頻道，而未經允許傳送的境外頻道也在多個地方陸續下架，其中包括鳳凰衛視，但極少部分省市因特殊要求，在過了安全大檢查之後又恢復傳送鳳凰衛視等節目，或者放到互動輪播專區播出（需要開通互動點播業務）。同年9月，因迎接金磚會議，福建省政府和廈門市政府同樣對廣電方面進行安全大檢查，福建廣電網絡廈門分公司於9月2日凌晨單方面暫停播出鳳凰衛視節目，並用藍色畫面覆蓋一直到9月7日恢復播出（而福州市以及福建全省的鳳凰衛視信號亦未受影響）。
2017年6月22日，由於廣電總局已於近日發函，要求鳳凰網在不具備《信息網絡傳播視聽節目許可證》的情況下開展視聽節目服務予以關停整頓，故鳳凰衛視在鳳凰網的直播源、點播節目暫時下架予以整頓，待整頓完成後恢復上架。7月31日，鳳凰衛視部分節目在鳳凰網恢復上架，不過恢復上架的僅有5檔，分別是《中國新移民》、《全媒體大開講》、《魯豫有約》、《問答神州》和《金石財經》。目前鳳凰衛視部分點播節目以迎接十九大為由，現已再次全部下架。中國大陸觀眾現時如需線上收看鳳凰衛視直播及點播節目，可用手機、平板電腦下載「鳳凰秀」客戶端即可收看。
鳳凰衛視於2017年設立面向全國廣電網絡有線電視互動業務的「鳳凰專區」，目前已對接多半地區，通過該互動專區亦可以收看鳳凰衛視電視直播，以及新聞資訊和節目的點播。