林義雄

早年

1941年8月24日，林义雄于台湾日治时期台北州罗东郡五结庄（今宜兰县五结乡）出生。父亲林同在太平山林场担任伐木工班工头，过去曾经在公学校就读、并且在当时宜兰被视为知识分子；母亲林游阿妹则是从小作为童养媳送至林家，是传统操持家务的台湾妇女且本身没有接受过教育。林义雄是家中的长子，其后还分别有林洋子、林秀静和林丽贞3个妹妹。林义雄的父亲林同重喜欢结交朋友、并且做事秉持原则，但是在1951年时因为意外逝世，之后母亲林游阿妹便带着10岁的林义雄与3个女儿投靠其叔父林阿万。不过由于林同过去善待员工、易于相处等优秀纪录，使得林场上司在他逝世后同意将职缺转给其弟弟，这也让林义雄家中经济并无太大影响。
1953年时，林义雄自宜兰县五结乡学进国民小学毕业，之后就读台湾省立宜兰中学初中部和高中部。其中林义雄的母亲林游阿妹极度重视子女的教育，此时林义雄由于其认真读书、而在就学阶段始终保持着第一名的成绩，并且在大学联考是以高分考上第一志愿国立台湾大学法律学系。1964年林义雄自国立台湾大学法律学系毕业，在服完1年兵役后于隔年在五结国中担任文史教师。1966年时，25岁的林义雄以第一名的成绩通过律师科高等考试而取得律师资格，随即在台北市、宜兰县两地的律师工作。这时亲友也由于到了适婚年龄而开始帮林义雄寻觅结婚对象，但是林义雄对于相亲的回应并不大，甚至在朋友介绍后来的妻子方素敏时双方互动也不多。
半年后两人巧遇彼此才开始交往，并在一年后，也就是1971年3月23日林义雄与同样在宜兰县出生的方素敏结婚，并且在年底长女林奂均出生。其中方素敏过去曾经在宜兰国中和礁溪国中担任教职员3年，之后则是前往美商公司惠洛公司从事会计工作。1973年时林义雄担任宜兰县律师公会理事，并与好友姚嘉文、张德铭、陈继盛等人共同创办台北平民法律服务中心，免费为贫困民众解决法律疑问，对此他乐观地相信可以用法律为台湾人民伸张公义。1974年时方素敏又生下双胞胎林亮均和林亭均，而林义雄一家五口便和母亲林游阿妹住在台北市信义路。而同一年林义雄和姚嘉文、陈继盛、张德铭等人又创设希望能促成司法改革、推动法治的比较法学会，并且由其担任比较法学会秘书长。同年7月，林义雄接受美国国务院及亚洲文化协会的邀请而资助前往美国柏克莱加州大学参加亚洲贫民法律扶助工作讲习班，并且借机旅游美洲大陆和观察各地民俗。

初入政治

1950年到1970年代期间，担任台湾省议会议员的郭雨新和郭国基、吴三连、李源栈、李万居等人在台湾省议会有“五虎将”之称，同时也是当时少数能与中国国民党抗衡的党外运动重要人士。在许多人呼吁已经卸下台湾省议会议员的郭雨新参与1975年中华民国立法委员选举，在和吴三连先生等人商量之后、获得许多宜兰县民众推崇的郭雨新决定竞选首届增额立法委员。之后郭雨新委托黄信介担任发行人、康宁祥担任社长、张俊宏担任总编辑的《台湾政论》杂志负责竞选文宣，并且提出包括“国会全面改选”、“废除戒严令”、“解除报禁”、“总统及台北市长直接民选”、“释放政治犯”、“确保言论、出版、集会结社的真正自由”等政见，而在当时林义雄便获得聘请担任郭雨新竞选团队的法律顾问。
然而在选举期间中国国民党随即在台北县、宜兰县和基隆市组成的第一选区不断设法打击选情，最后当选者为获得台北县县长邵恩新介绍的林荣三；而在选举当天除了许多投票站随即传出有买票、做票等舞弊行为的报告，而作为郭雨新重要选区的宜兰县竟然出现8万张“废票”。这次选举以及后续一连串事件引起宜兰市2万人上街前往宜兰县选举委员会抗议，甚至差点扩大发展成为暴动。之后落选的郭雨新便聘请有律师专业、同样认为有明显贿选情形的林义雄和姚嘉文向对手林荣三提出贿选与当选无效诉讼，这也是台湾选举运动史上第一次对选举不公平提出法律诉讼。尽管自1976年开始持有中国国民党贿选、造谣证据的林义雄在法庭上积极辩论选举无效的官司，然而最后法庭结果仍然败诉。
不过这也成为林义雄投入政治活动、参与政治反对运动的开始，其中看见执政当局利用司法打压民主选举的林义雄便向姚嘉文提议共同著书，借此描述中国国民党的选举作为与这件事情。两人先是在1976年时合著《虎落平阳？：选战、官司、郭雨新》一书，记录当时林荣三如何透过贿选、买票、作票等手段使郭雨新落选，也记录选举结束后的选举官司、诉讼经过与掩饰作票等行为。其中《虎落平阳？：选战、官司、郭雨新》是台湾第一次出版有关反对运动的书，不过这本书后来因为严厉批判时政而遭到查禁。1978年时林义雄与姚嘉文再度合著《古坑夜谈：雨伞下的选举》一书，同样记录林荣三如何使郭雨新落选，但是此书于同年11月同样遭到查禁。

台湾省议员

1977年4月不满政局的郭雨新决定前往美国，同年11月当时36岁、因为书本遭禁而有一定知名度的林义雄决定继承郭雨新在宜兰县的民意基础，投入台湾省议会议员竞选。不过当时在宜兰县长期布局的游锡堃同样有参选准备，甚至已经准备好这次选举的竞选文宣。对此党外运动重要人物黄信介赶紧前往宜兰县出面协调，以避免党外运动的支持力量因而分散。后来黄信介告诉小林义雄7岁的游锡堃说先让林义雄参与这次选举，并且安排他担任竞选团队的总干事以促进团结，而游锡堃最后接受黄信介等人的意见仅担任总干事一职。在党外运动人士团结以及许多宜兰县民众对于郭雨新的支持，林义雄在宜兰县获得了73,000多票的第一高票成绩、远远超过中国国民党提名的2位候选人而当选第六届台湾省议会议员，这次选举也创下当时党外运动在宜兰县省议会议员的最高票纪录。
1977年12月20日正式上任后，林义雄便放弃在台北律师事务所的业务，而前往台中县雾峰乡成为全职的台湾省议会议员，并且主张信赖人民和以民为主。在台湾省议会中林义雄多次犀利质询政府官员，其中林义雄除了要求当时官派的台湾省政府主席林洋港应以“将人民当主人来服侍”的民主政治态度服务外，同时要求政府应该平等对待闽南语的使用。另外林义雄和同时期当选的张俊宏、余陈月瑛、张贵木等党外议员组成“党外十三人组”，透过联合质询的方式逼问台湾省政府官员并且多次打破言论禁忌。同时林义雄也强调政府应当公开且公平的举办选举活动，并且率先婉谢官员、厂商和民众赠送的礼物或者提出的会面等。
种种作为很快让林义雄成为台湾政坛的著名人士，激励了许多党外运动新生代加入成为台湾省议会助理。同时林义雄也和姚嘉文、张俊宏、许信良和施明德等被视为台湾中生代党外运动的主导人物，但这也使得被视为反对派重要人物之一的林义雄受到执政当局特别关注。其中许信良、林义雄、苏洪月娇便曾分别透过各自的亲信在桃园县、宜兰县、云林县等地，承办当时猛烈批判《联合报》与《中国时报》的《台湾日报》业务。1978年举办中央民意代表增额选举时，当时非中国国民党籍候选人的康宁祥、张春男、黄天福、姚嘉文以及吕秀莲等人在选举期间便以林义雄、黄信介和施明德为中心，成立全国党外助选团作为共同的选举后援组织。全国党外助选团不但举办各种座谈会和记者招待会，也正式发表共同政见内容。

美丽岛事件

不过1978年因为中华人民共和国与美国建交后，中华民国政府决定临时中止国民大会代表和立法委员选举。1979年1月21日，著名党外运动人士余登发和儿子余瑞言因为涉嫌参与吴泰安叛乱罪之名义遭到逮捕，随即引发党外运动和社会反弹。林义雄、施明德、许信良、张俊宏、陈菊、黄顺兴、邱连辉、张春男、陈婉真、贺端蕃等党外运动人士很快前往桥头乡，并且发动示威抗议以声援余登发父子、而立法委员康宁祥等人也公开表示认为这次起诉与判决不当。但是余登发仍然在同年4月因为“知匪不报”和“为匪宣传”被判处有期徒刑8年、褫夺公权5年，一直到1980年才获准保外就医，而时任桃园县县长的许信良则由于参与示威游行活动而被台湾省政府停职。1979年9月时，林义雄应美国在台协会邀请前往美国考察国会制度、消费者保护措施、公害防治情形、非裔美国人民权运动以及美洲原住民生活情形。
之后林义雄则成为美丽岛杂志社五人小组的核心成员，其中林义雄住家上方便是美丽岛杂志社办公室，而该杂志社所出版反对政府的《美丽岛杂志》则获得社会广泛欢迎。美丽岛杂志社和党外民主运动人士后来更进一步决定在1979年12月10日国际人权日当天，在高雄市举办民主纪念活动。对此中国国民党高层便通知康宁祥控制局势，而林义雄则由于被视为较为冷静的人物也被康宁祥邀请共同南下处理。和康宁祥赶至高雄市的林义雄在现场仅向群众致意，然而游行运动很快发展成为与军警之间的暴力冲突，当时执政的中国国民党便利用美丽岛事件开始大规模逮捕党外运动领导人物。
12月13日清晨开始，被视为反对执政党人士的林义雄、林弘宣、吕秀莲、施明德、黄信介、姚嘉文、陈菊、张俊宏、苏秋镇、纪万生、魏廷朝等人很快便遭到逮捕，其中林义雄是和陈菊等人在美丽岛杂志社遭到逮捕。林义雄在拘留期间遭到警方暴力对待，不过未实际参与行动的林义雄在面对秘密侦讯由于反对认罪而遭到许多打压，而他也被告知不能透漏有关刑求等事情。林义雄的家属也是透过许多管管道才得知被送至景美军事看守所，为了隐瞒女儿使得方素敏告诉她们的父亲前往当兵。隔年2月20日，台湾警备总司令部军法处依照叛乱罪向林义雄、黄信介、施明德、张俊宏、姚嘉文、陈菊、吕秀莲、林弘宣等8位党外运动人士提出公诉，其他30多人则在一般法庭上遭到起诉。此时遭到逮捕的林义雄等人因为涉嫌参与叛乱，因此依照《台湾省戒严令》最高可以判处死刑。不过张德铭、陈继盛等人的协助下被告方开始聘请辩护律师，林义雄也因而获得江鹏坚和张政雄协助其辩护工作。而在国际与论施压的情况下，中华民国政府也首次公开有关美丽岛事件的军事审判过程。

林宅血案

1980年2月27日，林义雄妻子方素敏前往军事情报局看守所并且代替国际特赦组织大阪市办事处传达讯息。而隔天军事法庭召开第一次调查庭，包括方素敏等待审党外运动人士的家属纷纷前往看守所探视和旁听。不过方素敏则对于家中小孩感到不放心，担任林义雄议员秘书的田秋堇则搭乘公车先行前往林义雄在台北市信义住家。发现林义雄9岁的长女林奂均身中6刀重伤后田秋堇赶紧向外求助，之后林浊水和康文雄等党外运动人士在接到消息赶来帮忙后，在住处地下室分别发现其中身中14刀的林义雄母亲林游阿­妹，以及各自因为从后背贯穿前胸的1刀丧命的双胞胎女儿林亮均与林亭均。田秋堇后来陪同大量失血的林奂均送往仁爱医院急救，救治期间田朝明的妻子田孟淑一度在医院必须代签术前病危通知书，在成功抢救后林奂均成为这起犯罪的唯一幸存者。
这次谋杀事件引起台湾社会以及国际人士的哗然，甚至由于其日期让人联想到二二八事件或者是中国国民党警告党外运动作为。当时所有政治犯以及异议分子住家事实上都遭到内政部警政署和情治人员严密监控，因此对于凶手能够在此情况下进入住宅犯案使得不少人认为此案为中国国民党政府主导的谋杀案，希望借此动摇各地党外运动人士的意志。中华民国政府则表示对于此事并不知悉，案发后办案单位曾分析研判案件是国际阴谋份子为打击政府所为，不过到了今日仍尚未破案。而林宅血案也促使得许多过去不关心政治海内外人士开始关注民主、人权和社会公义等议题，甚至纷纷积极投入后来的党外民主运动中。
其中时任中华民国总统的蒋经国考虑到国内和国际观感等问题，在当天便同意让林义雄交保出狱以料理丧事。之后党外运动的友人先以健康理由送至长庚医疗财团法人，之后仅有重要人物康宁祥敢先向林义雄说明其母亲遭人杀害，一直到第二天其他人才敢把2个女儿也遇害的消息告诉林义雄。在林奂均手术成功后、收拾悲伤情绪的林义雄开始为母亲和女儿寻找墓地，但是在监视人员阻挠下始终无法寻找理想的墓地。之后警方更在5月1日于泰山收费站将林义雄拘捕，之后台湾警备总司令部军事法庭以他未认真办理丧事、违反《违背限制住居规定》为由送至景美军事看守所。之后林义雄与其他7名遭到逮捕的党外运动人士继续接受军事审判，最终在同年4月被判刑12年有期徒刑。对于人生感到绝望的林义雄在入狱后连续21天没有饮食，一直到在亲友苦劝下才重新进食。林义雄服刑期间，其母亲与女儿的遗体一直摆在台北市立殡仪馆而无法安葬。因为冰柜租金与林奂均医药费而面临生活困境的林义雄妻子方素敏，原本打算将原本信义路住宅出租或出售，但是一时间无法卖掉房屋。之后台湾基督长老教会向全球基督徒发表声明号召筹款买下房屋，之后不到1年的时间便募得新台币780万元的足够资金来买下住处，并于1982年4月11日建立今台湾基督长老教会义光教会。

前往海外

因为众人帮助下使得家庭生计得以舒缓的方素敏，在林义雄坚持下于1981年8月带着幸存下来的女儿林奂均前往美国居住以治疗身心创伤，并让女儿在华盛顿州、德萨斯州及加利福尼亚州尔湾等地接受教育。而陷入哀伤的林义雄也停止和妻女的书信往来长达2年，对此他则向亲友表示不知道要写什么给妻儿。1983年10月，因为没有林义雄音讯的方素敏独自返回台湾，并且在同年12月以无党籍身份和其他遭到逮捕的党外运动领导人妻子参加立法委员选举，并且以12万多票的第一高票当选成为台湾省第一选区第四届增额立法委员，不过短暂担任1届立法委员后便退出政坛。
1984年8月15日林义雄获得减刑而假释出狱，隔年1月1日终于将母亲和双胞胎女儿的遗体安葬在座落于宜兰县和台北县间的山中。仍然有3年4个月的刑期与6年褫夺公权限制的林义雄在出狱后，很快在党外运动阵营里成为重要人物，但是其对于执政党保持沉默并且没有就过去林宅血案做出表态。在处理完家人葬礼后林义雄计划先出国与家人团聚并且在海外进修，无意在国内或国外从事竞选等政治活动。然而当时中华民国政府仍然要求写下切结书，而基于原则而拒绝立下切结书的林义雄使得出国计划一度因而可能生变，后来政府收回要求而同意在没有签下切结书的情况下允许出国。相对一些党外运动人士也有人反对在推进民主运动的时刻离去，对此林义雄向一些不愿见他离开台湾的朋友提到：“不要看我一时，要看我一生。”
1985年4月林义雄抵达美国洛杉矶和长女林奂均团聚，在修养身体之余也进入加利福尼亚大学进修。此时林义雄非常低调且从未在公开场合出现，只与极少数的好友或者乡亲在住家会面应酬、而不与政治人物有所接触，并把绝大部分时间花在家庭上和阅读文学、哲学与宗教有关的书籍。不过林义雄仍逐渐把精力放在返回台湾的准备上，在1986年时在台湾人教授协会的帮助下前往哈佛大学约翰·F·肯尼迪政府学院进修，并且在同年9月28日时加入民主进步党。隔年林义雄取得哈佛大学公共行政学硕士学位后，而妻子方素敏也在其立法委员的任期结束后后前往美国会合。之后两人前往英国剑桥大学和日本筑波大学游学各1年，以进一步研习政府组织和政治运作。这期间他也分别创作了阐述台湾政治前途愿景的《台湾共和国基本法草案》、以及讨论促使社会真正改变的《心的锤炼：浅谈非武力抗争》两本著作，并且对于这段经历提到：“知识见闻增长了些，心胸气识想来也大概有些进步，不过也渐渐有了发苍苍、视茫茫的感慨。”

社会运动

1989年林义雄从美国返回台湾后，发表了《台湾共和国基本法草案》和《心的锤炼：浅谈非武力抗争》两本著作。之后他与民主进步党人士发起300个小时的绝食活动，以支持当时在中华人民共和国发生的学生民主运动、并为民主进步党在当年度选举造势。1990年5月20日第八任中华民国总统李登辉与中华民国副总统李元簇于台北市国立国父纪念馆大会堂宣誓就职，同一天李登辉发布特赦令宣告林义雄、林弘宣、吕秀莲、陈菊、姚嘉文、黄信介、张俊宏、施明德、许信良等9人罪刑无效。在1991年3月31日，林义雄和方素敏捐出大部分家产共同创办慈林教育基金会，主张“拓展国民的心灵视野，活化思辩体验的空间，培养实践崇高理想的能力”，并让有志社会和政治改革运动的成员得以互相学习和思考。同时林义雄还在1994年于宜兰县故居兴建文化教育机构总部慈林文教中心，在此开办社会发展研习班、人间智慧研习班、政治家研修班、慈林青年营、慈林青年领导营等活动，期望能够借此培育出对社会发展有贡献的运动人才。
在1992年3月时，林义雄、施明德与许信良带领民主进进步党开始推动中华民国总统直接民主选举运动，其中民主进步党和无党籍国民大会代表合组总统直选联盟。1992年4月19日，黄信介、许信良、施明德与林义雄等民主进步党成员率领群众游行与静坐以要求中华民国总统直接选举，游行队伍在绕行台北市市区后在夜间便占领忠孝西路与台北车站站前广场，估计参加行动的群众高达10万多人。最后政府派遣镇暴警察与中华民国宪兵部队准备强制驱离，不过到4月24日在中华民国总统府资政陈重光协调下民主进步党宣布群众解散。之后警方逮捕当时担任总指挥的黄信介和林义雄等发起人，其中黄信介随后被台湾台北地方法院检察署以违反《集会游行法》起诉，而施明德则因这次游行同样以违反《集会游行法》判处拘役50日。然而这次运动成功逼迫中国国民党将中华民国总统直接选举安排至政治改革过程中，而民主进步党则在同年5月10日成立新台湾重建委员会以继续推动新宪法、新国家和总统直选工作。
1994年7月立法院通过龙门核能发电厂兴建为期8年、共计1,125亿元的预算，不过这一举动被认为违反《预算法》。为此林义雄在7月12日发起绝食行动，呼吁反核团体推动“核四公投、十万签名”的行动以及民众应该争取决定龙门核能发电厂兴建与否的权利，在绝食6天获得12万人签名支持龙门核能发电厂借由公民投票处理，而达成目标后林义雄宣布停止绝食。之后在9月时，林义雄与退休公务人员张国龙等人结合宗教、环保以及社会运动团体共同创立核四公投促进会，并且由林义雄担任召集人。其中核四公投促进会主张“用公民投票决定应否兴建核四，来唤醒台湾人民的主人意识、培养台湾人民行使主人权利的能力”，并且透过苦行、静坐、绝食、散步传单等非武力抗争方式向社会大众、政府机关和政党表达诉求。随后核四公投促进会即刻展开核四公投千里苦行行动以宣扬公民投票理念，并且在35天内由林义雄亲自率领500多名反核志工徒步环绕台湾一圈。

参与党务

1994年时林义雄开始积极参与民主进步党党内事务，1995年4月20日更参与民主进步党为1996年中华民国总统选举所进行的党内初选，而该届中华民国总统选举也是首次开放公民直接选举。当时林义雄发表了参选声明《执政，是民进党的责任》和著作《希望有一天──充满喜乐的台湾》，认为当前中华民国民众最大的问题在于国家认同。而除了林义雄外还包括有国立台湾大学教授彭明敏、前桃园县县长许信良、台北县县长尤清等担任候选人，不过在第一轮干部评鉴与党员初选中，曾离开台湾一阵子的林义雄仅排行第三位。之后由获得高票的彭明敏和许信良而进入第二轮投票，最后透过开放各县市民众投票的方式推举彭明敏代表民主进步党参选中华民国总统。
之后林义雄则积极参与民主进步党党内决策工作，并在同年12月举办的中华民国立法委员选举中担任了民主进步党选战指挥中心的总指挥，除了到处站台外还首创联合竞选策略。隔年林义雄则受聘成为民主进步党首席顾问，并且在1997年5月4日、5月18日和5月24日时结合社会运动团体共同发起“总统认错，撤换内阁”之万人大游行。其中尽管民主进步党主席许信良接受中国国民党所提出的半总统制修宪方向，但是除了许多舆论以及学者纷纷批评外，主张总统制的林义雄则极力反对这一做法，并且积极参与反对《中华民国宪法》第四次增修条文之行动。之后担任民主进步党首席顾问的林义雄公开批评许信良违反立党时民主精神，认为许信良不愿意在中央常务委员会接受其他修宪意见，进一步提出“热爱民进党、罢免许主席”行动。
1997年6月时他从宜兰县展开罢免民主进步党主席许信良的一系列巡回座谈，并且与民主进步党党内的正义连线与福利国连线等派系串联。对此林义雄则表示巡回座谈不管促成有多少人连署结果都将是成功结果，因为这已经凸显政治人物受人民监督的重要性，最后罢免许信良一案没有获得成功。另外林义雄也率领多位民间团体领导人前往中山楼，呼吁国民大会应该优先让公民投票条文编入《中华民国宪法》内。而在同年10月，林义雄则展开第二次“核四公投，千里苦行”行动。不过在1997年中华民国县市长选举中，民主进步党在县市长当选席次和得票总数方面远远超越其他政党、而取得空前的胜利，这使得民主进步党在赢得中央执政权的可能性上获得许多关注。

当选主席

面对1998年时民主进步党将面对两次重大选举、而且选举时间仅相隔4天，为了防止在这一过程中有什么过错使得民主进步党决定小心应付。此外当时台北市市长陈水扁、即将卸任的民主进步党主席许信良和民主进步党重要人物彭明敏三者之间出现恶性竞争情况，这使得当时民主进步党党内需要德高望重的中立人士担任下一任民主进步党主席。其中林义雄明确表态参选后获得陈水扁的支持后，其他候选人参与民主进步党主席竞争者还包括有张俊宏、吕秀莲、陈文茜、颜锦福和黄富。1998年4月18日，在党内获得许多人士尊崇的林义雄在1998年民主进步党主席选举获得62%的选票当选第八任民主进步党主席，并且于7月18日正式上任。而在同年7月25日时，林义雄的长女林奂均则在美国纽约市与美国基督徒印主烈（Joel Linton）结婚，两人在2000年3月时生下了林义雄的孙女印惇惠。
其中林义雄认为在该任期应该为民主进步党的执政有所准备，因此上任后积极与妇女、青年和弱势团体交流，借此扩大民主进步党在社会上的基础。在林义雄的领导下，民主进步党在当年年底举办的中华民国立法委员选举中，共有70名党员当选成为第四届立法委员，然而总体席次并没有如预期结果获得3分之1的席次。而紧接着举行的第二届直辖市市长暨市议员直接选举中，尽管民主进步党提名的谢长廷成功拿下高雄市，而实现南台湾县市全部由民主进步党成员统治的目标；但是除了台北市和高雄市市议会议员仅拿下28八席，同时陈水扁在寻求求连任台北市市长的过程中遭遇失败。
对于这促选举结果使得林义雄重话评论说：“这是民主进步党推动本土改革的一次挫败。”之后一度要请辞民主进步党主席以示负责，但是在内部积极慰留、以及对于民主进步党往后发展等考虑才打消辞职念头。而在选举结束后林义雄则成立党务发展委员会，检讨选举结果并且针对选举政策重新调整。1999年3月18日行政院原子能委员会核发龙门核能发电厂建照后，民主进步党中央党部发表《谴责原能会核发核四建照》声明，并且动员全党成员参与328反核大游行。
而在选举挫败的情况下，民主进步党党内开始检讨修改台独党纲以因应中华民国总统选举。1999年5月9日召开的第八届第二次全国党员代表大会上，通过了《台湾前途决议文》而有条件地承认中华民国宪政体制。但是之后民主进步党党内对于中华民国总统提名爆发陈水扁与许信良之争，其中林义雄在陈水扁竞选台北市市长后后鼓励其继续准备参选中华民国总统，而前民主进步党主席许信良则已经积极投入往后的总统大选。对此民主进步党重要人物黄信介两度介入协调后仍然没有共识。之后许信良开始计划退出民主进步党参选，然而由于许信良是否有拿取竞选敌人连战提供的资金的争论而使得民主进步党陷入了分裂危机，甚至对此林义雄还透过媒体向许信良呼吁不能收取连战提供的资金。

总统选举

不过认为当时具有人气的政治明星陈水扁其选举机会比许信良还要高的林义雄，则强势结合各派系共识而采纳时任立法委员的张俊雄所提出的《公元两千年民进党总统副总统提名条例草案》，冻结原先4年内仅能择一职位参选、废除民意调查以及推荐代替征召等设计，为陈水扁参选中华民国总统取得正当性。1999年7月10日，在民主进步党第八届第一次临时党员全国代表大会上，民主进步党代表全数通过推举陈水扁参选2000年中华民国总统选举。但是对于林义雄在参考民意后选择全力帮助陈水扁的做法，造成许信良在民主进步党全国代表大会召开前选择退出民主进步党，之后以无党籍身份投入参与2000年中华民国总统选举。虽然民主进步党提名陈水扁后其民意调查仅排名第三位、而遭遇打击党内信心，不过林义雄仍完全授权使得中央党部与竞选总部得以统一。
1999年12月6日，民主进步党趁著美丽岛事件20周年而于高雄市举办“历史终究是美丽的，我们还是会欢喜的走下去”大型纪念晚会。在台湾社会寻求改革的氛围下，同年3月18日民主进步党提名的总统候选人陈水扁和副总统候选人吕秀莲以497万票、39.3%的得票率击败分裂的中国国民党阵营，之后陈水扁发表了当选感言《人民的胜利，责任的开始》。这使得民主进步党自成立13年后成功夺取中央执政权而成为执政党，并且实现中华民国历史上首次和平的政党轮替。考虑到当天蓝营支持者落败的情绪，林义雄在当天确认可以胜选的傍晚立刻召集辅选干部要求党内不得有不礼貌、对立或者责备的行为出现，之后更公开呼吁所有党员高度自制且不能介入冲突。不过在当天晚上民主进步党重要人物施明德致电祝贺林义雄的同时，表示从少年时期推翻中国国民党政权的梦想已经实现、因此将离开民主进步党，对此林义雄则全力慰留之。
之后民主进步党籍立法委员陈昭南提案废除台独党纲，但是在民主进步党党内反对声音过大的情况下，刚就任中华民国总统的陈水扁和民主进步党主席林义雄便介入协调而使得最后提案撤销。而在陈水扁组建政府团队时，尽管因为胜选而有极高声望的林义雄婉拒了中华民国总统府资政职位，并且宣布不再寻求民主进步党主席获得连任。在民主进步党首度取得执政权后1月后表示自认任务已经完成，因此决定提前请辞民主进步党主席，只愿意继续担任民主进步党首席顾问一职，并且引用美国诗人罗伯特·佛洛斯特的诗作《未走过的路》表明志向。而在之后举办的2000年民主进步党主席选举中，仅由当时高雄市市长谢长廷一人同额参选，最后由其当选下一任民主进步党主席并且于7月22日就任。

停建争议

而过去执政前始终主张非核家园理念的民主进步党在组成政府后，随即面对过去长期支持民主进步党的反核团体与前民主进步党主席林义雄、施明德等人要求兑现政治承诺的庞大压力，而实际上在当选前陈水扁便已经签署了《立即终止核四厂兴建》承诺书。陈水扁同意让与停建龙门核能发电厂主张相左的行政院院长唐飞辞职，之后陈水扁曾经邀请林义雄组织内阁。在与林义雄等民主进步党领导人会商后，决定由当时行政院副院长张俊雄接任行政院院长。之后刚就任中华民国总统的陈水扁在中华民国总统府和中国国民党主席连战会面，但是同一天张俊雄则宣布停建正在建设中的龙门核能发电厂，进而引发民主进步党与在野党间的政治风波。
对此在野的中国国民党与连战感到受到羞辱，中国国民党籍立法委员甚至干涉总预算、倒阁和发动连署罢免陈水扁等行动，开启往后民主进步党执政期间朝野恶斗的情况。对此时任首席顾问的林义雄向陈水扁提议不需要妥协，并且提到：“即使人民不支持，上帝也知道你做对了的事情，没有必要妥协、没有必要出卖灵魂。”不过司法院大法官作出司法院释字第520号解释，认为行政院并无径行停止经立法院通过预算的重大政策执行之权限。面临高度压力的陈水扁在和林义雄、张俊雄、谢长廷、施明德和民主进步党各派系讨论后，陈水扁政府最终妥协并且在2001年2月14日由宣布回复兴建建龙门核能发电厂、甚至获得追加预算。而对此林义雄无法接受妥协的想法，行政院院长张俊宏则提出在没有公民投票法源的情况下，由行政院成立核四公投评估小组、之后在2001年年底前举办咨询性的核四公投。
同年2月21日，林义雄于民主进步党总部召开记者会并且表示“核四争议中，虽然自认为问心无愧，但是认为还是需要负起连带责任”，最终辞去民主进步党首席顾问的职位。10天过后，认为新政府努力不够的林义雄则结合反核团体发起游行活动。2001年9月21日，林义雄率领核四公投促进会于台北市艋舺龙山寺进行第三度“核四公投，千里苦行”行动，在为期1年的巡回全国各县市途中呼吁“诚信立国”以及推动国会减半改革、核四公投以及公民投票立法运动等，并且希望能够成为2004年中华民国总统选举的重要政治议题。然而由于感到经行政院对非核家园共识的推动消极，民主进步党党团也一直未将《公民投票法》排入优先法案，这使得核四公投促进会成员累积许多不满。2002年2月，林义雄透过慈林教育基金会成立了台湾民主运动馆，希望能够以照片、书画、文字等方式展示台湾近百年争取民主的历史。

公民投票

尽管林义雄拒绝了有关参与2004年中华民国总统选举的建议，但是同意应该要对陈水扁政府施加更多压力，以避免民主进步党政府不断向在野的泛蓝阵营妥协、甚至因为无法实践重大政见而失去既有支持者的选票。2003年3月17日，林义雄等核四公投促进会成员在行政院发动静坐守夜行动，要求陈水扁政府应非核家园理想的承诺、在举办2004年中华民国总统选举前先行展开核四公投。对此时任行政院院长的游锡堃以私人身份前往关心，但是核四公投促进会认为游锡堃与行政院对于诉求并没有处理诚意。而中华民国总统府也曾透过管道与核四公投促进会成员沟通，希望能够取消行政院和总统府的静坐活动，但对此核四公投促进会则要求达成其诉求。
而林义雄一系列“核四公投，千里苦行”行动以及后来发起的“诚信立国”运动，引起台湾社会开始对公民投票权利有所重视。在社会压力不断施压下，使得向来反对公民投票的中国国民党和亲民党也开始推动《公民投票法》。立法院最后在2003年11月通过《公民投票法》，但是由于其门槛过高使得法案实际运作并不可行，甚至由泛蓝阵营推出的《公民投票法》又被称作“鸟笼公投法”。但是有鉴于在第三次“核四公投，千里苦行”苦行结束后法案仍然获得通过，而当时泛绿阵营在立法院内人数也尚未过半，林义雄决定将其重点放在逐渐朝向“诚信立国”的理念。
不过林义雄仍然批评公民投票的连署人数远比中华民国总统候选人连署人数还要多出许多，并且表示：“国民党主导通过对人民不公不义的《公投法》，应该尽力补正；行政院也应该有一个正确的态度，任何在立法过程未尽全力的政党，都应该对人民有所交代。” 同时他计划在12月12日时，带领核四公投促进会志工前往中国国民党中央党部要求修正。而在2004年3月中华民国总统选举开票后，支持连战和宋楚瑜的泛蓝阵营票数和支持陈水扁与吕秀莲的泛绿阵营票数过于接近、而在台湾社会引发争议，对此林义雄出面公开呼吁中国国民党和民主进步党等政治人物不要继续激化族群冲突；同时他也针对三一九枪击事件发表了祈祷文：“每当我们有纠纷冲突的时候，祈求您赐给我们智慧，激情过后，能以无比的爱和宽容的心，抛弃心中的不安、不满与怨恨，再一次温暖地拥抱不同理想的同胞”

“诚信立国”

早在2001年中华民国立法委员选举时，朝野政党便在选举时先后把立法院席次减半作为政见；对此核四公投促进会早在2003年3月发起“诚信立国”行动，要求修正《公民投票法》以及立法委员席次减半落实诺言。而林义雄先是前往多次拜会各政党主席，而为了推动立法院席次减半的政治改革而前往立法院发起长达19天的绝食静坐，借此也让社会大众开始关注立法院席次减半的议题。然而在这之前民主进步党籍立法委员林浊水便直言立法院席次减半之改革行动纯属讨好民粹、并不符合宪政学理也会扭曲民意，同时他也提到将立法院席次减半后将会造成民主进步党往后难以掌握权力。2004年8月17日时，林浊水更呼吁林义雄“自我反省错误，不要反智、硬要推动这个伤害民主的制度”。
不过林义雄仍然召集核四公投促进会志工们在立法院外围绕行、静坐，期望自8月23日开始审议修宪的立法院能够有所作为。8月25日立法院以200比1的得票数通过立法院席次减半修宪案，而林义雄在当天发表给民主进步党全体党员的公开信《克服挑战，开创新局—敬致民主进步党党员同志》中则批评林浊水反对席次减半改革的言论，已经丢弃自己3年前竞选立法委员时的承诺并且伤害民主进步党一向拥有的改革进步形象。同时他也提到如果民主进步党持续保持民主和样貌的形象，即便是金马地区人民和台湾原住民都迟早会选择民主进步党提名的候选人。2005年5月中华民国举办国民大会代表选举后，任务型国民大会代表复决通过《中华民国宪法》修正案，正式将立法院席次减半成为113席。
但是也由于多次对于民主进步党施政提出意见，这使得其与时任中华民国总统的陈水扁关系极为谨慎，也由于改革理念使得其与民主进步党高层逐渐远离。2005年5月27日，林义雄接受《中国时报》记者何荣幸专访时表示中华人民共和国是一个大国，台湾是小国家且正在中国大陆旁边，也因此中国大陆的各项政治、军事、经济运作都会影响到台湾。对此他认为小国与大国互动最重要的是必须让大国相信“你的存在不会妨碍它的利益”，让大国能够相信小国政治领导人和它的对应是真诚、这是互动良好的最基本前提。同时他也提到：“如果我们的政治领袖自作聪明，想要用一般国际政治经常有的尔虞我诈外交手段，我相信，最后逃不出大国的掌心，等于是自寻死路。”

主席选举

2005年，民主进步党主席苏贞昌因为民主进步党在2005年中华民国县市长暨县市议员选举大败后宣布请辞。在民主进步党党内气氛低迷的情况下，许多人开始希望林义雄能够重新担任民主进步党主席以重振士气，陈水扁亦表示若其有意愿的话也愿意公开表态支持。但同年12月15日，林义雄罕见地召开2场记者会并且发表《致民进党员同志公开信》与《致陈水扁总统公开信》。前者提到民主进步党针对三合一选举失利应当如何检讨，并且明确向全体党员表态中华民国总统府或者民主进步党高层不宜参选民主进步党主席；后者则向中华民国总统陈水扁针对政府改组问题提出建议，并且呼吁曾经担任中华民国总统、中华民国副总统、行政院院长、甚至有意参加2008年中华民国总统选举者都不适合担任新任民主进步党主席，其中他表示：“本党堪当重任之人才都已经担任过行政院长，如果再就党内同志挑选，似乎不能一新形象，对本党发展前途并无助益。”
然而林义雄的声明被视为针对当时担任中华民国副总统的吕秀莲和刚辞去中华民国总统府秘书长职位的游锡堃，并且随即引起党内部分人士的不满。其中林浊水批评林义雄“既没有讨论，也没有说明理由，也不必共识，大家听我的”，而立法委员陈景峻则表示“条件说是林前主席的期待，但是我们党章有党章的规定”。另外对于林义雄批评参选将会对民主进步党与台湾未来无益、仍准备参选民主进步党主席的游锡堃则回应：“他（林义雄）在担任主席任内，我印象最深刻就是他的无私与承担。要参选主席，该走就走；对于忠于职务，勇于承担；未来我会秉持这样的原则，继续走下去。”
不过林义雄在发表声明的同时也提到：“自从2000年党主席任满后，我就计划适时退出本党，致力于文教事业。可是一方面由于难以割舍同志之情，另一方面本党主持新政府也未见顺利，所以迟疑至今。”而林义雄在过去也多次因为政府推动核四公投不力而思考过退党问题，此外许多民主进步党高层由于担忧林义雄退党后引起的政治风暴而积极与其沟通。而在林义雄试图要求陈水扁介入劝退游锡堃参与2006年民主进步党主席补选无效后，民主进步党党内便担忧如果公开信未获具体回应、而劝进人选都不愿意投入民主进步党主席选举时，林义雄可能在第一时间以退党明志。之后林义雄则表态支持退出新潮流系的前彰化县县长翁金珠与蔡同荣、游锡堃等3人竞选，但是翁金珠在民主进步党主席补选中只拿下不到10%的选票，最后仍然败给陈水扁支持的主流派候选人游锡堃。

退出民进党

由于和执政主流派疏远的林义雄其所支持的翁金珠未能够当选民主进步党主席，这加速不满民主进步党执政表现、其意见又未获得民主进步党高层采纳的林义雄选择离开民主进步党。实际上林义雄在劝进翁金珠时便表示如果不成功的话将会选择退党，而当时民主进步党党内也有许多人担忧认为结果不理想的林义雄会有后续行动。之后林义雄先发表一封公开信，说明中华民国总统与行政院院长间的互动关系。而在苏贞昌与游锡堃即将分别上任行政院院长和民主进步党主席前夕，林义雄在2006年1月24日发表公开信《永为民主国家主人－为退出民主进步党告同志书》正式退出民主进步党，并且表示希望成为“超然的民主国家主人”而不再附属于任何政党。其中林义雄在公开信中还批评选举造成台湾族群更的对立，而他已经无意从事政党事务引此对于其来说是否为民主进步党党员已经没有任何意义，这也让林义雄成为继施明德、许信良后第三位退出民主进步党的前民主进步党主席。
在这之后林义雄恢复了民间人士的身份，并且与民主进步党断绝了绝大部分关系。同年9月28日陈水扁参加民主进步党创党20周年党庆致词时，便表示民主进步党是台湾第一个自由多元的民主政党，由于不同意见和主张能够被提出讨论使得民主进步党能够不断进步，而此举也被认为是要和林义雄修复关系。实际上林义雄退离民主进步党后随即引起党内担忧发生退党潮的情况，而之后民主进步党也不断与过去成员接洽以强化自身实力。而在前民主进步党主席施明德发动百万人民倒扁运动后，林义雄在和时任行政院院长的苏贞昌会面时便表示不会参与行动，同时也拒绝了施明德阵营希望拉拢其参加行动。不过在民主进步党内虽然有许多声音希望林义雄能够重新领导民主进步党，以继续为深化台湾民主而努力；但是也有一部分认为与其让林义雄成为政党恶斗的牺牲者，反而让其回归民间更能够发挥许多作用。
在2006年9月29日，林义雄接受日本《产经新闻》访问时表示2000年被人民高度期待的民主进步党已经令人民失望，但是“今后走正确的方向仍然有机会挽回劣势”；同时林义雄表示中国国民党独裁统治下的台湾出现民主化和人权这两股潮流权，而民主进步党为此提供相当的贡献并且受到社会支持，但是在转而成为执政党后并没有因而让民众感到实现理想。不过有鉴于对中国国民党掌握立法院多数的忧虑，使得林义雄对于2006年12月举办的2006年中华民国直辖市市长暨市议员选举上仍表态支持民主进步党提名的台北市市长候选人谢长廷、高雄市市长候选人陈菊等友人，并且认为民主进步党相对来说仍然是具有进步价值的政党。2008年时林义雄则决定出面劝进蔡英文参选民主进步党主席，并且亦呼吁民众支持2008年台湾入联公民投票和2008年台湾返联公民投票。

政治议题

在《公民投票法》于2003年制定后，林义雄认为门槛过高反而限制人民权利，因此开始要求修正《公民投票法》。其中曾经担任核四公投促进会执行委员的陈丽贵便表示：“他觉得说应该是人民要有足够的力量、足够的意识去监督政府。”2013年2月28日，台湾基督长老教会义光教会举办林宅血案33周年追思礼拜，而林义雄在礼拜后接受采访时提到立法院制定的《公民投票法》采取非常不合理的严苛规定，这让公投“很难举行，举行了也通不过、也不可能通过”。同时他提到《公民投票法》在立法10年来除了中华民国总统、中国国民党与民主进步党外并没有民间团体有能力提出公民投票议案，而由中华民国总统、中国国民党与民主进步党的公民投票提案也未曾通过。
同年7月4日时，林义雄则成立了人民作主教育基金会并且由其担任董事一职，而林义雄的幕僚之一、纪录片导演陈丽贵则担任了首任董事长，其中人民作主教育基金会主张修改《中华民国宪法》、补正《公民投票法》以及修正《公职人员选举罢免法》等目标。而到了8月2日，核四公投促进会执行长叶博文则转述林义雄的谈话，表示如果《公民投票法》不合理修正的话将会使得公民投票没有任何意义。同时再度提到依照目前《公民投票法》办理公民投票的话，“若不是政治人物的政治游戏，就是在开人民玩笑”，并且认为马英九政府应该马上停止继续兴建核电厂的计划。
另外不满民主进步党在民主深化、社会进步追求上没有重大表现而感到失望的林义雄，仍然继续与学术界、公民团体保持互动。在2014年年初时，他和中央研究院副研究员黄国昌、前民间司法改革基金会执行长林峯正密集讨论筹组政团。其中新政党计划发展成为台湾第三大政党、并且在2016年时推举不分区立法委员候选人，然而民主进步党籍立法委员则担心这将导致在野本土力量分散。之后黄国昌先是在Facebook上成立公民组合，在同年3月9日由平路、林世煜、林峯正、范云、黄国昌、杨宗澧、蔡培慧等人共同发表《快乐参政》宣言。之后虽然两度遭到中华民国内政部退回申请，最后仍于7月9日获得同意其社团法人之办理。其中公民组合计划与全国公民和团体建立关系与进行互动，并且希望能够邀请更多公民一起积极参与政治行动。

核四议题

2014年4月15日，林义雄宣布将以无限期绝食的方式呼吁马英九政府停止兴建位于新北市贡寮区的龙门核能发电厂，其中他提到：“核四争议不单是要不要电的问题，更是要不要命的选择。”随后这引起政界讨论以及反核团体声援，其中民主进步党为支持林义雄行动而提出《核四公投特别条例》，期望能够借此处理核四公投问题。而行政院院长江宜桦则表示林义雄是受人敬重的政治前辈，期待林义雄的家人和朋友能劝告他不要用自我伤害的方式来促使别人采取特定诉求，不过他也拒绝了民主进步党提出的《核四公投特别条例》。公投护台湾联盟总召集人蔡丁贵则号召群众在4月22日趁著立法院召开院会期间包围立法院声援林义雄的绝食行动，而反核团体共同组成的全国废核行动平台也于4月21日召开记者会、宣布将会展开一系列声援行动。
4月22日，林义雄开始在台北市的台湾基督教会义光教会展开无限期绝食。当天行政院院长江宜桦前往台湾基督教会义光教会探视绝食中的林义雄、并在留言本上留言，民主进步党籍立法委员陈欧珀也在立法院议场内同步绝食声援。而在立法院青岛东路侧声援林义雄无限期绝食行动的群众则在晚间与警方发生冲突，蔡丁贵、王奕凯、黄燕茹、黄国扬等9人因为试图翻越和移除拒马而遭到逮捕。3月13日时，时任中华民国总统的马英九前往探视但双方并未见面，马英九留下问候信请求台湾基督教会义光教会代为转交后离开，在卡片上表示：“恳请您保重身体，我愿代表政府对您承诺，核四经国内外专家严格安检完成后，交由全民公投来决定它的未来。”而对此前中华民国总统李登辉则表示林义雄应该与马英九会见，如此才能够了解并且解决问题。
为了呼应林义雄反对龙门核能发电厂展开的绝食行动，主张停止兴建龙门核能发电厂、并且由民众掌握政治权力的废核团体与公民社团接连占领忠孝西路和凯达格兰大道。时任民主进步党主席的苏贞昌开始到处会面以寻求停建方案共识，而部分中国国民党成员也接连发表声援意见。在社会广泛发起抗议行动以及各方舆论压力之下，执政的马英九政府与中国国民党在4月27日做成“核四一号机不施工、只安检，安检后封存；核四二号机全部停工”、“行政院承诺尽速承诺召开全国能源会议，以确保未来供电无虞”两点共识。到了4月30日时林义雄发表公开信，表示由于“核四既已决定停工，只要不再复工，那么‘停建核四’已不是议题”而宣布停止绝食行动。

其他行动

2008年9月21日，林义雄在与民主进步党宜兰县党部党员对谈时提到台湾的问题在于文化基础不够。2009年年底举办县市长暨县市议员选举，林义雄和谢长廷、吕秀莲以及当时已经担任民主进步党主席的蔡英文等人一起全力为民主进步党候选人助选。而根据民主进步党任务分配，游锡堃与林义雄主要负责宜兰县长候选人林聪贤的助选活动，最终帮助林聪贤击败吕国华成功当选。另外在2008年中华民国总统选举和2012年中华民国总统选举期间，也都有传出支持林义雄参选中华民国总统的意见，但是之后都没有实际行动。而在2014年3月18日在发生由大学学生与社会运动团体主导的太阳花学运后，3月29日时林义雄也前往立法院议场外静坐并且表示将会持续至学生运动结束为止。
另外在2013年2月林义雄发表的著作《只有香如故：林义雄家书》中提到2位同性恋伴侣要共同生活、收养子女都无须加以阻止，不过同性恋要共同生活最好另外订定新名称、制定新法律来规范新型态结合，不必与传统男女婚姻混淆。同时他也提到：“我们虽然无法了解同性何以会相恋到需要肉体的互慰，但却应该把它当成是两人之间的私事而加以尊重。”不过这番言论却使得同志人权法案游说联盟在3月5日召开记者会回应林义雄看法，其中施明德文化基金会执行董事陈嘉君提到很遗憾林义雄像他过去提倡“国会席次减半”一样误判问题本质，希望林义雄别再误导改革方向。而台湾伴侣权益推动联盟执行长许秀雯则说林义雄以“传统”为由认为婚姻是专属异性恋的制度，并且主张以新名称、新法律来规范同性恋伴侣的生活，认为这完全忽略制度没有看见多元性别而造成的排除和歧视。另外睿波国际创办人沈盈君则呼吁林义雄应该不断进化其思想，而不是继续宣称“把人分为两类”的假民主。

作为评论

林义雄是民主进步党自1986年创党以来首位由党员直选的民主进步党主席，但是他和施明德是唯一两名曾任民主进步党主席、后来退出民主进步党而没有重新加入者。在《新台湾新闻周刊》评论中提到尽管民主进步党在1999年5月9日进行的第八届第二次全国党员代表大会通过《台湾前途决议文》，已经变相承认了中华民国体制；但是由于当时民主进步党主席林义雄过去曾撰写《台湾共和国宪法》，因此没有人怀疑林义雄的台湾独立运动立场有所改变。而林义雄用心推动《台湾前途决议文》的主要目的便是为了能够促进陈水扁参选中华民国总统的选情，也为解决“体制内改革”与“体制外革命”的矛盾并且争取中间选票，因为这一大战略成功使得陈水扁在选战赢得胜利，进而促成中华民国首次政党轮替。
其中林义雄主张“事人如天”的态度来推动民间运动，认为随时要对人民保持尊敬、感恩、想要报答的心情。其中林义雄在1979年担任台湾省议会议员时期，便在总质询时表示“民众总是比一般政客所想的更接近真理”；而在立法院依照民意通过立法院席次减半的修宪案后，林义雄则表示“人民的声音终于让政治人物感受到一点点的压力”，并且不为此居功。而核四公投促进会执行委员施信民表示林义雄的诉求一方面希望民众面对公共议题可以更积极，另外一方面希望政府能够落实民主体制与精神、用合理的公投让人民的声音被体现。另外在1994年林义雄参选民主进步党党内中华民国总统初选时，在其日记上则提到：“政治可以很粗俗，很肮脏；政治也可以很高尚，很洁净。政治人物可以做秀、浮夸、争权夺利；政治人物也可以诚恳、踏实、牺牲奉献。”
不过林义雄一些主张和作为也引来批评，这包括有国会席次减半造成的窘境和绝食要求龙门核能发电厂停止兴建等问题。其中民主进步党重要人物辜宽敏也指称，2000年民主进步党刚执政时政权仍不稳定，林义雄却提出废除龙门核能发电厂议题导致政局完全乱掉，之后推动立法院席次减半更造成中国国民党获得立法院4分之3席次的情况；对此他认为，林义雄是“人格者”、但缺乏神经且没有“政治sense（判断）”。而政治学学者施正锋则讽刺，2004年，有“林圣人”之称的林义雄推动国会席次减半，结果衍生很多问题。不过，政治评论家陈茂雄则说：“有关目前立委选举制度问题，有少数民进党人士将这个责任推给林义雄，这才真正卑鄙无耻。林义雄只要求国会议员减半，从未提过立委选举制度。”
另外一方面，林义雄以绝食作为反对方式，也引来许多批评意见。不过实际上在众多主张反核的政治人物中，林义雄由于不重视选票而成为突出人物，并且曾表示透过绝食和苦行能够让人理解反核人士的决心。而政治评论家曾柏文则认为，林义雄的绝食成为反核运动的前锋并且提出最理想的诉求，而在以生命作为代价的同时促使许多反核团体共同发展成为网络并且发动一系列有影响力的抗争，并且把对林义雄的心疼转化成社会对核能发电安全的注目、催促执政当局正视面对。