克隆战争

起源

在西斯大君杜库伯爵公告银河共和国极度腐败，决定背叛共和国，并游说各星球脱离共和国，成立独立联邦对抗共和国。2年后，因独立联邦的分离活动威胁到共和国统治，共和国议会召开紧急会议，并授予帕尔帕庭临时最高决策权力，帕尔帕庭宣称自己将使用克隆人大军保卫共和国。
独立联邦的刺客不断潜入共和国首都─科洛桑试图暗杀帕德梅·艾米达拉，绝地师徒欧比旺·克诺比和安纳金·天行者救了帕咪。欧比旺在调查中发现克隆人大军，并追踪独立联邦的重要成员之一——赏金猎人强格·费特到独立联邦的基地吉诺西斯星，到达后被杜库伯爵逮捕。安纳金在帕咪陪同下前去吉诺西斯拯救欧比旺，但被强格·费特逮捕。杜库伯爵将三人送上竞技场，希望他们被放出的怪兽蹂躏至死，但绝地大师梅斯·温杜带领绝地武士阻止杜库伯爵，基欧诺西斯战役爆发。杜库伯爵放出的机器人军团攻击绝地武士，混战中虽然温杜大师杀死强格·费特，但机器人军团数量太过于庞大所剩下来的绝地武士场面也快控制不住，也遭大量的机器人军团包围。突然，尤达大师指挥下的克隆人军团到达吉诺西斯支援绝地武士，存活下来的绝地武士追杀杜库伯爵。欧比王师徒在一个停机坪里找到杜库伯爵并发生光剑格斗，杜库伯爵刺伤了欧比王的手臂及大腿并砍下安纳金的右手。此时，尤达大师来到停机坪并与杜库伯爵发生光剑格斗，实力不分上下。最后杜库伯爵用原力破坏停机坪支柱来攻击失去战斗力的欧比王师徒二人，尤达大师赶紧转移目标用原力吊走支柱来保卫欧比旺与安纳金，杜库伯爵便利用尤达分心空档之际逃离吉诺西斯。吉诺西斯战役最后由共和国取得首胜，但也揭开了长达三年的克隆人大战序幕。

经过

吉诺西斯战役完结后，由帕尔帕庭为首的共和国和由分离主义份子组成的独立联邦互相交战，共和国用克隆人军团、独立联邦用机器人军团。双方同时与中立国或种族结盟。如赫族，独立联邦为取得赫族的支持，决定与赫族的基洛合作，绑架赫族首领赫特人贾霸的儿子罗塔，将绑架的罪名推到共和国身上，令贾霸与共和国交恶，令共和国用克隆人军团严清，令基洛成为赫族首领，同时与基洛结盟。可是被共和国参议员帕咪知道，虽然帕咪被基洛的刺客机器人活捉，但成功通知C-3PO并由他带领一队留守在科洛桑的克隆人巡逻兵拘捕已加入独立联邦的基洛和救走帕咪。
1、克里斯托夫西斯战役
随着克隆人战争如火如荼的展开，共和国与绝地疲于应付分离主义势力的攻势。此时分离势力舰队封锁了资源丰富的克里斯托弗西斯行星，使得贝尔·奥加纳议员和他的救济工作陷入绝境。为了紧急救援威望素著的议员，绝地阿纳金·天行者和欧比-万·克诺比指挥一支共和国特遣队，去解放这颗星球。然而，共和国舰队却遭到分离势力舰队指挥官特伦奇上将的迎头痛击，损失惨重，所幸克诺比将军带来的新型隐形飞船扭转了战局，一举摧毁了封锁舰队的旗舰，瓦解了分离势力的封锁。
然而解决了封锁并不代表整个战役已经结束，共和国的部队在地面进攻屡屡受挫陷入苦战，每一次绝地的精妙计划都被对方巧妙瓦解，为了找出隐藏在军队中的叛徒，阿纳金和欧比-万两位将军孤身闯入敌军阵营，引诱叛徒主动现身，最终，雷克斯上尉和科迪指挥官虽然抓住了叛徒，却没能阻止其对军队器械的破坏，情况愈加恶化。
在得知共和国部队的军械被毁，分离势力迅速发起进攻，却被共和国仅剩的几门重炮击退，而此时为了迅速召回失去联系的阿纳金和欧比-万，绝地委员会派出一位神秘的信使前去支援，满心期盼迎来增援的阿纳金所见到的却是委派给他的一名名叫阿索卡·塔诺的学徒。就在此时仍不死心的分离势力打开护盾展开推进，为了解决危机阿纳金带领阿索卡前去炸毁护盾发生器，而欧比-万则拖住敌军，在众人齐心协力的努力下，终于结束了克里斯托弗西斯战役。

2、宝贝计划
就在绝地疲于本命忙于应付战争的时候，银河系的秩序却无人维持。黑帮头目赫特人贾巴之子遭到一伙海盗仇人的绑架，救子心切的贾巴，发出了求救信号。共和国为了争取到贾巴在外环的支持立即派出阿纳金一行前去执行解救任务，然而这次任务的背后却不像表面看上去的那样简单。
在攻占了绑架者所在的修道院之后，阿纳金和阿索卡与杜库伯爵的刺客阿萨吉·文崔斯所率领的部队遭遇了，阿纳金的行动影像也被杜库掌握成为证明绝地绑架贾巴的有力证据。情况已经明了，一切都是杜库伯爵在背后指使。杜库希望挑拨共和国和贾巴直接的关系好让分离势力因此获利。就在阿纳金和阿索卡走投无路的时候，欧比-万及时赶到，牵制住了文崔斯的部队，而阿纳金与阿索卡则带着贾巴之子安全撤离了修道院。
到达塔图因的阿纳金一行人遭到杜库伯爵的伏击，飞船坠毁，阿纳金决定分头行动，由自己详装保护贾巴之子牵制住杜库伯爵，实则由阿索卡暗度陈仓保护其安全。与此同时，帕德梅·阿米达拉议员在科洛桑的为了解除贾巴对于绝地的误会，而试图找出绑架贾巴之子的真凶。就在她发现一切都是贾巴的叔叔齐罗与杜库伯爵勾结的结果，却不幸被齐罗抓住。
而在塔图因的阿纳金与杜库展开激战，两人的决斗却因为阿索卡陷入危险而不了了之。阿纳金师徒虽然摆平了杜库伯爵的伏兵却因为贾巴仍然误会绝地，准备逮捕他们，就在双方僵持不下的时候，在科洛桑被解救出来的帕德梅紧急联络贾巴，将齐罗与杜库伯爵勾结的事实告诉了他。解除误会后的贾巴答应了支持共和国的协议，然而这次胜利仍然无法阻止战争引擎的运转。
3、毒牙魅影
克隆人星际舰队四面受敌。数十艘共和国军舰皆被摧毁在敌人凶猛的奇袭之中，无人幸免于难。各地传闻分离军拥有了恐怖的新式武器，面对不断蔓延的恐惧，绝地委员会派遣普洛·孔大师，去剿灭此威胁，不让它有再度祸害的机会。
然而面对分离军的新式武器，毫无准备的共和国被打得措手不及，军舰也被击毁。失去与普洛·孔大师的联络，阿索卡十分担心其安危并且不惜顶撞帕尔帕廷议长，最后阿纳金还是带着她偷偷前去展开搜救行动。另一方面，军舰被击毁的普洛·孔大师和几名克隆人正在逃生舱等待救援，却发现分离军正在猎杀幸存者，经过一番斗智斗勇，普洛·孔大师击败了猎杀小队，成功等到了阿纳金的搜救船，最终阿纳金一行成功逃脱分离军的追捕，而新式武器的神秘面纱也终于被揭开。
此刻，箭已离弦！分离军战列舰“毒牙号”闯入共和国疆域，如入无人之境，拦截军舰无一幸免。阿纳金·天行者从营救行动中虎口脱险之后，准备向敌舰发动反攻。以此回击残暴的机器人指挥官——格里弗斯将军。
就在阿纳金等人还未出发的时候，这位狡猾的分离军统帅接到杜库伯爵袭击共和国克隆人秘密医疗站的任务。医疗站事关重大，阿纳金等人不得不从危险的“巴尔莫拉航线”围堵格里弗斯，结果特攻部队尚未交战就已经损失惨重。
惨重的损失，和迫在眉睫的医疗站之危迫使阿纳金放弃直取毒牙号舰桥的计划，转而破坏其主炮，失去了主炮的“毒牙号”损伤严重，只能灰溜溜的夹着尾巴逃跑。
由于“毒牙号”战列舰企图摧毁外环星域克隆人医疗站的阴谋被粉碎，同时它也损失了重要的离子炮。所以绝地对逃窜的“毒牙号”紧追不舍，以期能将其彻底击沉。然而为了拯救危急的“毒牙号”，杜库伯爵再施一计，将前往与银行业集团首席执行官会面的帕德梅·阿米达拉议员骗到双方交战战场，并且命令格里弗斯将其挟为人质。
为此，共和国不得不停止追击，转而展开人质营救计划。阿纳金和欧比-万乘“黄昏号”秘密潜入“毒牙号”，经过一系列冒险，阿纳金成功救出帕德梅，并偷偷将“毒牙号”的超空间目标定位旁边的星球。于是乎，分离势力引以为傲的秘密武器就这样撞毁在临近的卫星上，化作了宇宙的尘埃……

4、赖洛思解放
分离势力大举进攻赖洛思星球，致命的军舰组成了封锁线，致使共和国防御力量断绝了一切支援，军力日益削弱。尽管他们英勇作战，并与提列克自由战士查姆·辛杜拉联手抗敌，绝地大师殆及其部队仍然寡不敌众，难以抵挡潮水般涌来的机器人大军。共和国急需重新建立一条帮助赖洛思地面部队的补给线，于是他们派遣德高望重的奥加纳议员前往中立星球托伊达里亚，以求其能藉道给共和国为运输舰提供补给。而与此同时收到消息的分离势力则派出贸易联盟的洛特·多德议员前去阻挠共和国的计划。
虽然表面上托伊达里亚人同意了贸易联盟的请求，回绝共和国支援赖洛思的要求，但托伊达里亚人的国王暗中答应奥加纳拖住贸易联盟，秘密允许共和国运输补给，于是加·加·宾克斯议员通过宴会杂耍成功分散了洛特·多德议员的注意力，而共和国的补给也成功运输到了赖洛思。
而为了给补给运达争取时间，殆大师带领弹尽粮绝的共和国部队在狭窄的山谷与分离势力决一死战，由于孤立无援，这支部队虽然英勇奋战，最终却全数阵亡，不过值得欣慰的是，他们的牺牲成功拖延了分离势力的攻势，拯救了撤离的提列克人，为解放赖洛思打下了基础。
在机器人野蛮的占领下，被分离势力舰队封锁的赖洛思人民忍饥挨饿。邪恶的分离势力头目沃特·坦伯实行着铁腕统治。应议会要求，共和国军为解放赖洛思星系发动了一次大胆的攻势。阿纳金·天行者与学徒阿索卡·塔诺的任务是为欧比-万的地面进攻扫清道路。
此次行动是学徒阿索卡的初阵指挥，然而因为经验不足共和国的战斗机中队落入狡诈的分离舰队指挥马尔·图克的陷阱，损失惨重，就连负责舰队指挥的尤拉伦上将也陷入昏迷。值此危难关头，阿纳金果断驾驶受损严重的“卫士号”对分离舰队实行神风特攻，成功捣毁了敌军的指挥舰，而阿索卡则使用一种奇特的战术击溃了对方部队的残余舰只，解除了分离军对于赖洛思的封锁。
共和国大胆袭击，绝地阿纳金·天行者和学徒阿索卡·塔诺击败了封锁行星的敌舰队。绝地将军梅斯·温杜和欧比-万·克诺比发动大规模攻势，以解救忍饥挨饿的人民。分离势力为了阻止共和国部队建立着陆点，设置了几门重型防空火炮，同时为了避免共和国炸毁防空火炮，它们将赖洛思的村民作为肉盾，希望凭此阻碍共和国的进攻。
面对分离军在地面的重重阻拦，欧比-万派遣手下最好的两名士兵蜡将和沸腾前去寻找突围的路线。两人在巡逻的途中发现了一名饥饿的提列克幼女努玛。这两名富有同情心的克隆人很快就和这名小女孩建立了非同寻常的友谊。借着努玛的指引，欧比-万绕过了敌军的防线，不但拯救了人质，也摧毁了敌军的防空火力。
伴随着努玛亲切的呼喊，共和国军迈著坚定的步伐向着下一个战场继续迈进。
共和国胜利在望！在绝地的带领之下，克隆人士兵成功攻入被分离势力占领的赖洛思星球，阿纳金·天行者在空中与敌人一决雌雄，欧比-万·克诺比将军则将各个村庄从卑鄙的分离势力领导人沃特·坦伯手中解放出来。而现在，绝地将军梅斯·温杜对敌军防线发起总攻，以解放首都莱苏。
受限于莱甦的地形，温杜大师决定与当地的自由战士查姆·辛杜拉联手，意图攻破敌军的防守，一举解决掉这场战役。另一方面，杜库伯爵得知是温杜大师指挥进攻后，命令坦伯迅速撤离，毁掉所有带不走的物件，并将此宣传为共和国的惨败。然而坦伯过于贪心，为了接收最后一批宝藏的他，最终落得个城破被俘的命运。赖洛思的人民终于迎来解放，赖洛思解放战也告一段落。

5、圣殿失窃
邪恶的雇佣兵凯德·贝恩受雇于达斯·西迪厄斯从绝地圣殿的存储库中盗窃了一个全息记录仪。逃离犯罪现场后，贝恩追踪并俘虏了绝地大师博拉·罗帕尔。后者拥有一块记录着绝地武士团机密的水晶。一支分离势力舰队赶来支援赏金猎人，阿纳金·天行者火速去拦截敌人退路，最终却还是让对方逃脱……
在得知贝恩正按照水晶中所藏有的原力敏感儿童的名单诱拐婴儿之后，绝地武士团果断出击，虽然最终没能抓住凯德和幕后黑手，却成功阻止了他们的邪恶计划，被绑的婴儿们也被成功救回，圣殿终于又回归平静……

6、重返吉奥诺西斯
克隆人军队在各处殊死抵抗格里弗斯将军的星际舰队，原以为已经平定的分离派星球却趁机再度与共和国为敌。在吉奥诺西斯，分离势力头目下等人波格尔龟缩在射线护盾保护下的新工厂里制造出千千万万威力恐怖的新武器，滚滚钢铁洪流从生产线开赴战场，要淹没兵力稀少的克隆人军队。但绝地恢复共和国秩序的决心坚不可摧，当即决定大举进攻，再取吉奥诺西斯，以彻底关闭波格尔那制造恐怖的工厂。
阿纳金·天行者、欧比-万·克诺比以及基-阿迪-芒迪大师兵分三路进攻，却都遭到对方的顽强抵抗，欧比-万所乘的运输机被击坠，险些丧命，幸好三支部队克服艰难险阻成功会师，共和国终于在这个敌方军区建立起了自己的根据地。
在得悉军阀下等波格尔在吉奥诺西斯重建分离势力机器人铸造厂的阴谋后，绝地武士阿纳金·天行者和其学徒阿索卡·塔诺准备进攻这座有重兵把守的设施。而他们的任务就是不惜一切代价摧毁工厂。在预计到敌人会负隅顽抗，共和国指挥部派遣绝地大师卢米娜拉·昂杜利和其学徒巴丽斯·奥菲前往增援。但时间对于无畏的英雄们来说十分紧迫，为了降低强攻的风险，卢米娜拉大师决定派遣两位学徒从密道进入工厂内部，而她与天行者则进行佯攻吸引敌方的注意，如若顺利则阿索卡与巴丽斯就能从工厂内部将其炸毁。
事不宜迟，众人展开行动。面对分离势力超级坦克机械大军的强攻，共和国军渐渐不支。而潜入工厂的阿索卡与巴丽斯也被波格尔逮个正著，就在共和国的计划全线崩溃之际，阿索卡与巴丽斯抢夺了一辆超级坦克并不顾自己安危摧毁了工厂的反应堆，庞大的建筑轰然崩塌，两人也被瓦砾所掩埋。
两人生死未卜，阿纳金急不可耐，最终依靠师徒间的感应成功将两名学徒救出，作战计划总算是圆满完成了。
经过数次大捷之后，第二次吉奥诺西斯战役成绩喜人，在大战之后共和国终于再次夺取这颗分离势力星球，并摧毁了制造死亡的机器人工厂。卢米娜拉·昂杜利大师在侦查时发现了卡里娜女王，她的虫巢意识能让吉奥诺西斯士兵死而复苏，在摧毁女王圣殿的过程中，绝地也终于逮​​捕了她的大臣下等人波格尔。
捉住了波格尔的绝地立即准备将其押送至科洛桑接受法律的制裁，并派遣阿索卡与巴丽斯两位学徒负责押运，谁知吉奥诺西斯的噬脑魔虫混入押运船只并将船上克隆人全数感染。面对连巴丽斯也被感染控制的绝望，阿纳金通过折磨波格尔的方法终于让他透露如何解决这些可怕的寄生虫，最终阿索卡通过低温化解了这场生化灾难。

7、卡米诺保卫战
随着外环星域战事升级，绝地分散到银河系的各个角落，疲于应付。众多克隆人新兵匆忙投入战场，支援绝地将军。战争无情，兵员紧缺，很多年轻的克隆人尚未完成训练就要赶赴前线，这些克隆人负责一系列极重要的监测站，他们是共和国防备入侵的唯一屏障……
雷克斯和科迪接受上层的命令去视察最重要的监测站——里希哨站，然而当他们抵达时，这个为了保护卡米诺而设立哨站已经被分离势力的秘密部队攻陷，雷克斯与科迪依靠哨站幸存的几名克隆人逃出升天，最终依靠士兵重担“牺牲”自己摧毁了分离势力的阴谋，让共和国舰队及时发现了格里弗斯打算秘密入侵卡米诺的计划，然而这次由于敌众我寡，里希哨站最终只余两名克隆人士兵“回声”和“五号”得以幸存，虽然悲痛，但分离军的攻势还远未结束，众人只得强打精神继续奋战……
秘密突袭卡米诺失败的格里弗斯并不死心，他与阿萨吉·文崔斯再次策划了一次针对克隆工厂所在地卡米诺星球的袭击。而这条消息则被绝地截获，为此阿纳金·天行者、欧比-万·克诺比与留守卡米诺的绝地大师莎克·蒂会合，以期抵挡住格里弗斯的攻势。
面对严阵以待的共和国军，格里弗斯以太空舰队为诱饵吸引绝地的注意力，实则让先行潜入的文崔斯为主力部队，进攻位于卡米诺蒂波卡城的克隆人DNA储存室。察觉了格里弗斯计划的阿纳金与欧比-万迅速回防，虽然最终夺回了克隆人DNA模板，但却还是让格里弗斯和文崔斯逃脱。不过成功保卫住自己母星的克隆人却没有为这个失败而颓废，他们将继续为解放银河系而奋战……

8、越狱
在外环星域完成一项危险任务后的归途中，绝地大师埃文·皮尔的巡洋舰被攻占。为了得到他携带的一份重要情报——超空间密道内克萨斯航线，分离军将其生擒。为此，绝地准备了一项秘密任务，深入分离势力空间的心脏地带，力图营救皮尔大师，助其逃离以“堡垒”著称的森严监狱
为了骗过敌军的生命探测器，阿纳金想出将营救队人员碳凝的点子，即使如此，小心翼翼潜入要塞的众人仍旧被狡猾的分离军指挥官奥西·索贝克发觉，突破重围的阿纳金等人救出了被困的皮尔大师，还拯救了一位意想不到的人……
为了防止同时被捕，绝地决定兵分两路，然而原定计划却被对方识破，被逼无奈，两队被迫在停机坪会合，结果正中敌人下怀，为了突破重围，ARC士兵回声准备强行登上救援船，却壮烈牺牲，面对如此绝境，众人只得暂避锋芒等待共和国大军的救援……
被杜库伯爵逼迫取得战果的索贝克狗急跳墙，放出凶恶的阿努巴追击绝地众人。战况十分混乱，皮尔大师不幸身负重伤，在弥留之际皮尔大师将自己所知的一半信标告诉了阿索卡并嘱托她一定要将之交予绝地委员会……
赶到汇合点的众人与负责追击的索贝克遭遇了，双方展开了生死决斗。最终这位丧心病狂的分离势力指挥官死在了阿索卡的剑下，而普洛·孔大师也在共和国舰队的掩护下，突破了包围将众人成功救离。回到科洛桑的众人却无法卸去重担，因为议长与绝地委员会似乎开始了一场政治角力……

9、蒙卡拉马里会战
蒙卡拉马里人的水世界局势高度紧张，两个不同的种族——好战的夸润人和崇尚和平的邻居蒙卡拉马里人——奋力维持着脆弱的共存关系。然而雪上加霜的是，蒙卡拉马里人的国王被神秘谋杀，留下他年轻的儿子利查尔王子独自领导他的人民，但夸润人不愿接受这位新统治者为王。阿米达拉议员及其绝地保镖前往帮助解决争端……
由于分离势力的观察员不断挑拨，共和国期望的谈判破裂了。蒙卡拉马里人并不是夸润人与分离势力的对手，所幸菲斯托大师带领共和国水军及时支援。为了应对共和国的增援，凶残的分离势力指挥官塔姆森从自己家乡调遣来了秘密武器——“机械强化水母”。面对这种凶残的武器，众人只好暂时后撤另寻它途……
由于猝不及防外加寡不敌众，蒙卡拉马里王子被迫与绝地一起藏在首都地下深处的洞穴里等待共和国的进一步支援。为此绝地委员会特地找到水下的战斗种族冈根人前来支援并与分离势力展开大战，为了呼应援军，阿纳金捣毁了敌军的雷达站，让冈根人能顺利突袭。与此同时，王子陛下则去解放被俘的蒙卡拉马里民众。就在共和国一路高歌猛进的时候，分离势力的预备队突然抵达，共和国被打了个措手不及，负责断后的菲斯托大师被塔姆森打败，众人也都被抓住，只有王子与阿索卡逃出生天……
现在只剩最后一线希望……在父王遇刺身亡后，其王国亦于星球内战中沦陷。蒙卡拉王子利查尔被迫躲藏起来，他唯一的保护者就是绝地学徒阿索卡·塔诺，军队被俘、朋友遭囚。这种情况下王子似乎已经濒临绝望，而杜库伯爵命令其凶残的代理人里夫·塔姆森不择手段找出躲藏的利查尔王子，因为他知道只要王子一息尚存，希望就不会消逝…… .
为了找出王子的下，落塔姆森不停的折磨众人，无法对危难的朋友视而不见的利查尔王子挺身而出，直面塔姆森并且说得夸润人议员诺瑟·赖倒戈。蒙卡拉马里人与夸润人携手将入侵他们家园的分离势力驱赶了出去。最终在利查尔王的带领下，蒙卡拉马里星将迎来新的繁荣。

10、昂巴拉战役
由于其议员米·迪奇死于议会谋杀案，作为共和国重要补给线的昂巴拉星球倒向分离势力。为了解决外环战局的危机，共和国深入偏僻的幽灵星云意图打破分离势力的封锁。正当阿纳金·天行者协助欧比-万·克诺比的212攻击营攻克昂巴拉人首都的时候，他却突然被召回科洛桑，而其麾下的501军团则被移交至绝地将军庞·克雷尔——一位精干又暴躁的领导者。克雷尔的鲁莽策略致使雷克斯上尉及其部队遭受惨败，被迫撤退……
为了切断敌军机场对于首都的补给线，克雷尔将军发动了一次近乎自杀式的突击。雷克斯上尉率领众人被迫面对由对方火力交织而成的绞肉机，克隆人损失惨重。面对敌方的重型坦克，雷克斯上尉不顾克雷尔制定的危险战术，派遣“悍将”和“五号”对敌军机场发动了一次偷袭，夺取了对方的战斗机并摧毁了对方的坦克，最终瓦解了敌方的防守，攻占了敌方的空军基地。而这更加激化了众人对于克雷尔领导能力的怀疑，军心开始涣散……
由于敌人建立了新的补给线，所以501军团如果继续推进必将进入敌军的轰炸区。厌倦了继续这样执行自杀般的进攻任务，“五号”纠集了“悍将”和“杰西”一同秘密乘坐缴获的昂巴拉战机前去炸毁敌军的补给舰。然而事情进展的并不像想像中的顺利，最终为了摧毁敌军的反应堆，“悍将”献出了自己的生命。等待“五号”和“杰西”的却不是英雄般的欢呼，而是残酷的处刑……
所幸，没有克隆人愿意将这两位战争英雄处刑。就在克雷尔与雷克斯僵持不下时，他们得知昂巴拉人化装成克隆人即将展开进攻，克雷尔决定先发制人，他命令雷克斯立即进攻并且杀无赦。 501的士兵与所谓的伪装成克隆人的昂巴拉士兵交火了，然而雷克斯发现了其中的蹊跷，那些“敌人”根本就是自己人，但是一起都已经太晚了，组织进攻的212营排长蜡匠不幸在这场交火中牺牲，在弥留之际他告知了雷克斯一切都是克雷尔的阴谋……
知晓了真相的雷克斯当机立断决定逮捕克雷尔将军，并且将事实弄个水落石出，给牺牲的士兵们一个交代。
面对雷克斯的质问克雷尔大方的承认了自己的变节，并且从围困中杀出一条血路，最终依靠“锤头”机智的策略才将这个堕落的绝地抓捕归案。众人本打算将克雷尔待战后移交给军事法庭，然而与克雷尔串通一气的昂巴拉人此时却发动进攻伺机劫狱，迫于战略考量雷克斯决定就地处决克雷尔，不过生而善良的他却无法扣动扳机，就在克雷尔得意洋洋之际，一直被他利用的“教条”猛然扣动扳机，结束了这个堕落叛徒罪恶的一生……

11、行动目标帕尔帕廷
恐怖主义！分离势力策划绑架议长帕尔帕廷的阴谋计划者莫拉洛·伊瓦尔被共和国抓获，但是银河黑道盛传，这位诡计多端的恐怖分子的计划才刚刚开始。为了探清莫拉洛的计划，绝地欧比-万·克诺比伪装成杀掉自己的赏金猎人雷科·哈丁潜入监狱接近莫拉洛，以求探清他的计划。
在狱中莫拉洛与凯德·贝恩联手发动暴乱趁机越狱，欧比-万被迫与之一起亡命天涯……
三名亡命之徒从科洛桑逃到了纳尔赫塔。经过一番斗智斗勇，欧比-万摆脱了为复仇而来的阿纳金的纠缠并且获得了凯德·贝恩和犯罪主脑莫拉洛·伊瓦尔的信任。这让他有机会进入分离势力的大本营——美丽的星球塞伦诺，在这里有一场残酷的竞技等待着他…….
为了选拔参与绑架帕尔帕廷议长的行动人员，莫拉洛·伊瓦尔建立了一个名为“魔方”的设施，这个设施里包含了一切他们在任务中会遇到的情况，而他们只有一个任务那就是——活下去。
最终凭借实力和运气，欧比-万带领众人通过了考验，然而最终杜库伯爵还是选择凯德·贝恩来担当任务的领队，而这支特别小队的目标就是即将于纳布“光明节”发表演讲的帕尔帕廷议长……
为了保护议长，执行卧底的欧比-万将行动计划完全透露给了绝地委员会。然而还是被凯德·贝恩差点得手。所幸本应到场接应的杜库伯爵并没有如约前来，让整个绑架计划功亏一篑。不过仍感事有蹊跷的欧比-万决定留下了寻求事情的真相。结果他发现原来杜库伯爵早已识破他的伪装。这次绑架计划背后一定另有乾坤……
果不其然，议长在晚上收到参加宴会的邀请，然而这实际上是杜库伯爵的阴谋。阿纳金拼死保护议长还是不敌杜库伯爵。眼看着议长就要被抓走，欧比-万及时赶到师徒联手将议长救下。事后议长留下了一句耐人寻味的话：“一个令人不寒而栗的想法，如果银河系没有了绝地会怎样？”

12、摩尔崛起
随着战争的推进，杜库伯爵手下最狡诈的刺客阿萨吉·文崔斯变得越来越强大，以至于西斯尊主达斯·西迪厄斯也不能忽视她的存在。为了防止杜库利用她反叛，西迪厄斯命令杜库将这个威胁扼杀在摇篮中，为了证明自己的忠诚，杜库背叛了文崔斯，几近将其置于死地。不过文崔斯命不该绝。大难不死的她逃回自己原本的故乡达索米尔，寻求自己同族暗夜姐妹的保护。
暗夜姐妹的塔尔津欣然接受了文崔斯，并且答应帮她复仇。她派出部落中最强的两名的战士协助文崔斯去刺杀杜库伯爵。由于双方实力太过悬殊，即使被巫术剥夺了视力的杜库伯爵依旧将三人击败。心有不甘的文崔斯逃回达索米尔，然而塔尔津主母表示这只是计划的一环罢了……
由于文崔斯的刺杀让杜库伯爵误认为是绝地针对本人的暗杀行动，深感自己防御力量不足的杜库伯爵正在苦恼，塔尔津主母主动请缨献上了西斯尊主达斯·摩尔的同族——萨瓦奇·奥普雷斯——作为他的护卫，实际上萨瓦奇受到她的巫术操控并不是真心为杜库服务。
在测试过萨瓦奇的能力后，伯爵十分满意，并且有意将其培养为新的徒弟。另一方面绝地为了弄清萨瓦奇的真实身份追查到了达索米尔，被绝地逼迫的塔尔津主母不得已将萨瓦奇为杜库伯爵服务的事实透露了出来。如今事情败露，塔尔津催促文崔斯赶紧行动。仓促行动的文崔斯与萨瓦奇联手仍不是杜库的对手。就在双方纠缠不休的时候，萨瓦奇突然暴走打退了伯爵、文崔斯以及追踪而来的欧比-万师徒。负伤的他逃回了达索米尔，寻求主母的帮助。为了让萨瓦奇更加强大，塔尔津指引萨瓦奇前去寻找自己失落的兄弟——达斯·摩尔。靠着主母给予的感应项链，这头受伤的野兽踏上了寻亲的旅途……
多次暗杀的失败让文崔斯陷入反思，最终她决定放弃西斯之道，回归暗夜姐妹的大家庭。另一方面。被多次暗算的杜库伯爵恼羞成怒，派遣格里弗斯将军扫荡达索米尔，意图彻底消灭这伙邪恶的女巫。
被逼无奈的塔尔津启动了护族的亡灵大军并且通过巫术诅咒杜库伯爵，希望以此迫使他退兵。狗急跳墙的杜库伯爵命令格里弗斯赶紧杀光暗夜姐妹一个不留，解除诅咒。结果暗夜姐妹不敌分离势力的大军，整个部族被彻底剿灭，塔尔津主母也化为云烟，留给文崔斯的是一个孤独但又自由的道路……
就在暗夜姐妹为分离势力所摧毁的时候，仍在星系间搜寻兄弟下落的萨瓦奇毫不知情。最终他在小洛索星上找到了本应死去的西斯尊主达斯·摩尔。原来当年在纳布之役中被欧比-万腰斩的摩尔依靠其黑暗面强大力量保住性命，并且逃到了这颗偏远的行星以求能东山再起。然而摩尔所遭受的折磨太过可怕，他的意识早已支离破碎。为了将他治好，萨瓦奇将其带回达索米尔，寻求塔尔津主母的治疗。
回到达索米尔的萨瓦奇被星球上仅剩的断壁残垣震惊了。不过塔尔津主母表示一切都无所谓，并且治好了摩尔的精神，利用机械修复了他的下肢。干完这些的主母随风而去，留下摩尔与萨瓦奇这对兄弟自己去寻求他们所期望的正义……
与此同时，在得知摩尔仍然幸存的欧比-万为了完成自己当年未竟的事业而展开行动。不过由于被萨瓦奇伏击，欧比-万不幸被俘。而感知到萨瓦奇而寻求复仇的文崔斯也赶到此处，及时拯救了欧比-万这个老相好。两人夫妻齐心（大误）击退了摩尔兄弟，成功逃离了两人的圈套。虽然自己的复仇并没有完成，不过摩尔表示一切才刚刚开始……
伏击失败的摩尔认识到个人的力量太过渺小，只有组建一支强大的势力才能阻挡绝地源源不断的追杀。为此两人收买了杭多手下的太空海盗以求侵占他们的地盘组建自己的势力。就在摩尔的计划即将得逞之际，欧比-万及时赶到并且协助杭多击破了摩尔的计划，致使两兄弟不得不继续他们的流亡之旅……
勉强保住性命的摩尔兄弟被流窜的死神卫发现。由于寻求着相同的目标双方暂时联手，利用死神卫的兵力，摩尔联合银河黑道，并且瓦解了新曼达洛人莎廷女公爵的统治。然而此时死神卫的领袖维兹拉突然翻脸将摩尔兄弟打入大牢，不过这样让摩尔认识了因为腐败而被关押的曼达洛前首相阿尔梅克。在认定可以让阿尔梅克担当傀儡领导人之后，摩尔越狱了。他以惊人之势击败了维兹拉，获得了曼达洛的统治权。终于摩尔以曼达洛为掩护，开始准备着手建立不输于共和国和分离势力的黑道帝国……
由于老相好莎廷被抓，欧比-万再次担当护花使者，只身前往摩尔控制的曼达洛星系，不过这一切恰恰是摩尔给他安排的圈套。捉住了欧比-万之后，摩尔以胜利者的姿态在欧比-万面前残忍地杀害了莎廷。心灰意冷的欧比-万被投入大牢，却被莎廷之妹博卡坦所救。临行前，博卡坦让欧比-万回到共和国并请求他们支援，因为她只有一个目的，那就是让摩尔的统治覆灭！
另一方面，一直按兵不动，静待事情发展的西迪厄斯突然亲自出马，清理师门，以绝对的优势击败了摩尔兄弟，萨瓦奇不幸被杀，而摩尔则被西迪厄斯抓住，等待他的将会是何种命运呢？ 

13、圣殿爆炸案
圣殿发生恐怖袭击！绝地圣殿在遭遇恶性恐怖袭击后陷入混乱，阿纳金·天行者和阿索卡·塔诺着手探查，以查明谁是这场可怕灾难的幕后真凶。经过调查他们发现了真正的破坏者——莱塔·特蒙德，经过一番努力两人终于将她绳之以法。
本以为将莱塔移交给军方之后一切都已经结束，阿索卡却接到在狱中的莱塔要求单独见面的请求。阿索卡为了弄清莱塔的动机于是同意赴约。在狱中莱塔透露了一个惊天的秘密——那就是她是受人驱使才犯下此等罪行的，幕后黑手竟是一名绝地！
就在莱塔准备进一步透露真相的时候，突然被隔空锁喉杀死，而与其独处一室的阿索卡却被栽赃成了杀人凶手。为了查清真相洗脱罪名，阿索卡逃离重重追捕，以罪犯只身进入科洛桑的地下世界寻求真相……
逃入科洛桑下层的阿索卡不得不躲避保安力量的抓捕。与此同时她也不忘与好友巴丽斯偷偷联络，后者承诺帮助她调查隐藏在爆炸案之后的阴谋。就在阿索卡以为躲开了所有追兵的时候，却又被成为赏金猎人的文崔斯盯上。
阿索卡说服了文崔斯协助自己，两人开始一起逃亡，期间阿索卡再次与巴丽斯通信。经过巴丽斯调查，一间仓库似乎和爆炸案有关，于是阿索卡动身前去调查。而由于协议已经完成，文崔斯与阿索卡分手，却在路上被一名神秘人偷袭。神秘人穿上文崔斯的行头与阿索卡交战，将阿索卡逼到存有纳米机器人的仓库后，神秘人突然消失。而随后赶到就是负责抓捕阿索卡的阿纳金等人。面对种种不利证据还未申辩的阿索卡就被沃尔夫指挥官击晕。等待她的又会是何种命运呢……
面对种种不利的证据，阿索卡被判定为圣殿爆炸案的幕后真凶。绝地委员会迫于政治压力将阿索卡逐出了绝地武士团，并将其移交给共和国的司法机关。为此，阿纳金决定找到文崔斯，查出幕后的真相。
文崔斯将自己被袭击的事情告诉了阿纳金，同时也告诉了他阿索卡与巴丽斯联络过这件事。另一方面共和国对于阿索卡的审判也已经开始。面对塔金咄咄逼人的态度，形势对于阿索卡来说越发的不利…..
拼图的最后一片也已经找到，毫无疑问巴丽斯就是幕后真凶。为了证明阿索卡的清白，阿纳金找上了巴丽斯，抓住了她的马脚。狗急跳墙的巴丽斯拼死反扑最终仍然不敌阿纳金，被逮捕归案。就在阿索卡即将被宣判有罪的时候，阿纳金及时将巴丽斯押解至现场。
被捕的巴丽斯则在法庭上控诉，控诉绝地由于战争过于堕落。她认为绝地才是应该为战争负责的人，而她所策划的一切都是为了批判绝地现在的做法。无论她的观点是否正确，其行事作风已经偏离了绝地之道。最终巴丽斯被关押，而阿索卡则无罪释放。
面对之前一系列的无解，绝地委员会的委员们向阿索卡致以最真诚的歉意，并且恳求阿索卡回归绝地这个大家庭。而阿纳金也希望阿索卡留下了继续做他的学徒。这些歉意都无法磨平之前的创伤，悲痛欲绝的阿索卡拒绝了武士资格的升迁以及阿纳金的挽留。
在科洛桑落日的余晖之中，一个人，缓缓地离开了这个她曾经称之为“家”的圣殿……

14、66号协议之谜
共和国与分离势力在林戈温达展开死战，双方为了争夺环绕行星的巨大空间站派遣了大量部队。就在阿纳金·天行者将军与绝地大师孪生姐妹蒂普利和蒂普拉即将获得胜利的时候，克隆人“锤头”突然射杀了蒂普拉大师。由于这意外的兵变，共和国的攻势被打乱，被迫撤退。他似乎不知道自己究竟做了什么，而且其健康迅速恶化。担心这种疾病可能是分离势力的阴谋有关，阿纳金·天行者派遣雷克斯上尉以及ARC士兵“五号”将锤头押解至卡米诺的克隆人培养中心，进行细致的诊断……
由于正常检测无法查明真相，莎克·蒂大师与负责检测的娜拉·塞对于“锤头”接下来的诊断方式各执一词，卡米诺人为了保护当初跟神秘的泰拉纳斯尊主所定下的秘密条款66号协议，执意要杀死“锤头”。而绝望的“五号”在医疗机器人AZi-3的帮助下试图拯救他朋友的生命时，在“锤头”的大脑中找到并提取出了一颗肿瘤。在这之后“锤头”却死亡了，而五号也被逮捕了。那颗肿瘤切片成了揭开这个谜题的唯一途径……
在好友“锤头”神秘死去之后，ARC士兵“五号”进行了调查，并发现了一枚隐藏的生物芯片被放置在克隆人体内——自他们还处于幼年就已如此。而卡米诺医疗专家娜拉·塞声称芯片完全无害，只是为了制约克隆人防止他们不可预料的暴力行为。五号对此有不同意见，他说服了绝地大师莎克·蒂，允许他向最高议长帕尔帕廷直陈意见，为自己辩护……
本应于议长独处并且陈述事实的“五号”却试图刺杀议长！刺杀未遂的“五号”四处逃窜，最终他在克隆人酒吧遇见了501军团的同僚“杰西”。 “五号”告诉“杰西”自己是被诬陷的，并通过他，将阿纳金与雷克斯单独约了出来。就在“五号”试图告诉他们真相的时候，科洛桑卫队突然赶到。惊慌失措的“五号”拿起了放在一旁的爆能枪，却被神狐指挥官一枪毙命。在弥留之际，“五号”表示自己只想将一个士兵的职责进行到底……真相就这样被掩盖了，而“五号”与锤头也就这样白白的牺牲了，似乎谁都没法阻止西斯胜利的脚步……
就在士兵暴走事件沉寂下去之后，绝地委员会突然收到一个求救信号。经过查实这个信号正是来自订购了克隆人大军的已故绝地大师赛福-迪亚斯。为了弄清事件的谜团，普洛·孔大师前去调查，却只找到迪亚斯大师的光剑……
尤达大师从前议长瓦洛伦那里得知赛福-迪亚斯大师死前正好在进行对派克海盗的调停工作，与之同行的还有瓦洛伦议长的助手以及一位神秘的不知名绝地。于是绝地委员会派遣阿纳金与欧比-万前去费卢西亚的派克海盗处寻找事件的真相……
在得知绝地正在调查赛福-迪亚斯的事情之后，达斯·西迪厄斯为了确保阴谋继续执行，命令杜库伯爵，即西斯尊主达斯·泰拉纳斯，前去派克海盗弥补自己的过失。原来当初虽然赛福-迪亚斯大师身亡，然而瓦洛伦议长的助手却侥幸存活。派克海盗将他秘密的收押起来，以防命令他们暗算赛福-迪亚斯的泰拉纳斯中途变卦。就在瓦洛伦议长的助手西尔曼即将向阿纳金和欧比-万透露出幕后黑手的时候，西尔曼被前来清理线索的杜库伯爵击杀……
三人再次交手，派克海盗赶来帮助两人，欧比-万从派克海盗口中得知原来杜库就是神秘的泰拉纳斯尊主，然而在交手中两人非但没有抓住杜库，而且连重要的证人派克海盗的领袖也被杜库所杀。不过事情的迷雾已经开始散去，绝地已经得知原来克隆人大军是西斯计划的关键一环，不过现在局势所迫，绝地也只能按照西斯谱写的剧本继续走下去……

15、不朽之道
为了解决西斯所布下的迷局，尤达大师陷入冥想以其从原力中得到答案。结果却听到了一个意想不到的声音——那就是本应该已经死去归于原力的奎-冈·金！绝地委员会的其他成员对此表示怀疑，芒迪大师坚持认为这是西斯的阴谋，为了安全起见尤达被限制了自由。
为了寻求追随奎-冈的指引，尤达悄悄地溜出了圣殿。他跟随奎-冈的指引来到了达戈巴，在这里他见到了未来的影像以及那个神秘西斯尊主达斯·西迪厄斯。奎-冈告诉他只有学会了不朽之道才能挽救绝地，于是尤达根据原力的指引再次踏上旅程……
尤达来到了生命的发源地，在这里他遇见了五位圣灵。他们并不完全认定尤达有资格学习这门伟大的技艺，为此尤达必须通过他们的考验。尤达先后击败了自己的黑暗面，面对了自己的绝望以及抵抗了内心的诱惑。为了最后一项考验他必须前往西斯的发源地莫里班直面自己的恐惧……
到达莫里班的尤达，虽然击败了赫赫有名的西斯尊主达斯·贝恩的幻象，但其他古老的西斯阴魂将尤达在莫里班的事情告知了西斯尊主达斯·西迪厄斯。为了借此时机击垮尤达大师，西迪厄斯招来杜库伯爵，通过他与尤达大师之间的联系入侵到了尤达大师所见的幻象之中。最终，西斯的邪恶计划还是失败了，不过战争仍在继续而距离光与暗最终对决的那一天也越来越近了……
后来独立联邦机器人统帅格里弗斯将军进攻共和国的首都所在科洛桑星，并绑架共和国议长帕尔帕庭。克隆人军团与绝地武士努力营救下，也是失败，帕尔帕庭被捉上一艘属于独立联邦的巡洋舰。最后由欧比王与安纳金上船救走。

结束

欧比王与安纳金在科洛桑上空一艘属于独立联邦的巡洋舰上营救共和国议长帕尔帕庭的途中，遇上独立联邦的头号人物杜酷伯爵。双方以光剑进行格斗，欧比王在激战过程中被击晕后，安纳金最后切下了杜酷伯爵的双手。帕尔帕庭命令安纳金杀死已经没有抵抗能力的杜酷伯爵。其后，独立联邦二号人物格里弗斯将军在科洛桑战役失败后撤退到独立联邦的基地犹它堡，随后欧比王便率领一批克隆人军团向犹它堡发动攻击，格里弗斯将军与欧比王进行光剑格斗后败走，欧比旺追杀他至一个停机坪，双方再次发生大战。当格里弗斯将军将欧比王推到崖边，准备用刺客机器人的长矛杀欧比王时；欧比王用原力拿到一支手枪向其射击。结果点燃机油导致格里弗斯将军全身起火烧死。最后达斯·西迪厄斯派成为西斯大君的安纳金到穆斯塔法星，以协助独立联邦的名义，进攻穆斯塔法星并杀光包括独立联邦三号人物纽特·冈雷在内的独立联邦的成员，并关闭了独立邦联散布在各个星系的机器军团，克隆人战争正式完结。

后果

克隆人战争以银河共和国全面胜利和独立联邦全面覆灭为结束。这时，表面上为共和国议长实为西斯的帕尔帕庭诬陷绝地议会，以绝地武士有颠覆共和国的企图为由发动了一场血腥的绝地大屠杀。一方面向克隆人军团下达第66号密令杀害在银河系各个角落的绝地武士，另一方面则改国号为银河帝国，并自行加冕为帝国皇帝。在大屠杀之后，绝地武士最后只留下尤达大师、欧比王等少数幸存者。身为西斯大帝的帕尔帕庭成功地消灭了西斯千年以来的世敌——绝地武士，并以独裁暴政方式掌控整个银河系。但是悍卫民主共和的义军同盟从开始便不顺从银河帝国，进而引发长达23年的银河内战。

概念和创造

“克隆人战争”这个名字在原版的《星球大战》电影三部曲中被简要的提及了两次。

分析

电台主持人克莱德·路易斯（Clyde Lewis）认为帕尔帕庭和现实中纳粹德国阿道夫·希特勒的作法相似，两人都利用战争和替罪羊来操纵社会的情绪。