松井石根

早年与从军：1878年至1906年

松井石根于1878年7月27日出生在名古屋，是原尾张藩武士松井武国的第六个儿子，家境贫困。在完成小学毕业后，父母要求松井继续升学，但他不愿使家里经济负担更为沉重，因此尽管他身形矮小瘦弱，依旧选择从军。因为在当时的日本，军校收取的学费最低（一说免费）。1893年，松井入学陆军幼年学校，1896年毕业后又就读陆军士官学校。松井是优秀的学生，在1897年11月毕业时为班上排名第二名，与他同期的还有未来的陆军大将真崎甚三郎、阿部信行、本庄繁和荒木贞夫等人。
1901年，松井被陆军大学录取，这是一所精英机构，每年只招收约10％的申请者入学。1904年2月，松井因日俄战争爆发而中断学业，被派往海外的满洲战场（中国东北）担任步兵第6联队中队长。在辽阳会战（首山堡战役）中，松井的大腿被射穿，联队队员也几乎被全歼。战后，松井继续完成陆军大学的学业，于1906年11月毕业。

“中国通”：1906年至1931年

松井对中华文化有着终生兴趣。他的父亲也是一名研究中国古籍的汉学家，他自己也在军校学习了汉语，对于汉诗、书法也颇有根底。松井还是同乡的大陆浪人、亚洲主义军官——荒尾精的狂热崇拜者。荒尾主张中国和日本是亚洲最强大的两个国家，应在日本的霸权领导下建立紧密的贸易和商业伙伴关系、共同对抗西方国家的帝国主义，此一思想融入了松井的世界观中。陆军大学校毕业后，松井立即申请执行驻外任务，当时驻华职务并不受欢迎，除了松井外也仅一名军官提出申请，但他宣称自己将成为“第二个荒尾精”。
起初，参谋本部派遣松井驻于法国，到了1907年他才如愿被派往中国，担任驻外武官的副官，进行情报任务。松井于1907年至1911年间在中国工作，1915年至1919年则转驻上海。1921年，日本出兵西伯利亚时再任驻海参崴参谋军官。1922年至1924年，松井再度回到中国，担任奉系军阀首领张作霖的顾问，同时兼任“哈尔滨特务机关”机关长，为关东军做了大量情报工作。由于在中国服役的丰富经历，松井被公认是日本陆军最重要的“中国通”之一，他对中国事物与诗歌的热爱也在军中广为人知。因职务所需，松井时常往返中国各地，这使他结交许多中国军政界的朋友，例如他和孙中山结下了深厚的情谊，也在1907年为当时留学于日本的蒋中正当了租屋的担保人。
松井在军中晋升迅速，1923年时便获得了少将军衔。1925年至1928年间，任陆军参谋本部第2部（情报部门）部长，他是第一位被担任该职位的“中国通”，并对往后日本对华外交政策产生重大影响。身为情报部门的负责人，松井一直是蒋中正的坚定支持者，后者试图结束中国的内战状态，并在他的领导下统一国家，因此发起“北伐”，而松井则希望能透过蒋中正，使中国与日本建立强大的伙伴关系，共同抵制共产主义和西方国家对亚洲的影响力。然而，松井的期望被一系列的危机阻碍，日本政府根据其建议，在1928年蒋中正“北伐”时向中国济南市派兵保护日本侨民的生命与财产安全，但日军最终仍与中国军队发生冲突，引发“济南惨案”。松井前往济南尝试调解，但事情还尚未落幕，日本关东军军官河本大作大尉又用炸弹刺杀了张作霖，是为“皇姑屯事件”。曾为张作霖支持者的松井又立即奔赴满洲，主张应严惩河本，但最后不了了之。
1928年12月，松井离开了情报部门主管的职务，开始为期一年的欧洲考察之旅。松井对法国和中国都很感兴趣，也能说一口流利的法语，在法国本土和法属印度支那都为日军做了大量工作。

亚洲主义运动：1931年至1937年

1931年9月，关东军入侵中国东北，是为“九一八事变”，中日关系迅速恶化。当时松井已回国受命指挥第11师团，但年底他又以陆军全权代表的身份被外派至瑞士日内瓦参加世界裁军会议。起初松井的态度是谴责发此本次入侵行动的军官，但他也同样被向“国际联盟”告发、谴责日本的中国代表所刺激，在松井来看，西方列强和国际联盟试图故意挑起中日冲突，认为日军的侵略反使3000万的满洲人得以获得“解脱”（他称此为“帝国的同情和诚意”），而亚洲其他地区则应成立所谓的“亚洲同盟”，“应向有着中国的4亿人民提供我们在满洲给予的相同帮助和同情”。
1932年末，松井返回日本，前往东京拜访一个名为“泛亚研究小组办公室”的智库组织，提出将其扩展为国际群众运动的构想，获得了认可后，松井便于隔年3月将此研究小组重新命名为“大亚细亚协会”（大亜細亜協會），主张将促进“亚洲人民的统一、解放和独立”，历史学家托尔斯登·韦伯评价其为“在1933年至1945年最具影响力的亚洲主义宣传组织”。松井以此在日本国内外积极宣传“亚洲同盟”理念，协会出版的著作也广受日本军政界精英人士阅读。
1933年8月，松井被派往台湾受命指挥“台湾军”，同年10月20日，松井晋升陆军最高军衔——大将。在台湾期间，松井也在当地建立了“大亚细亚协会”的支部，担任荣誉顾问。1934年8月，松井返回日本，成为军事参议院成员。与此同时，中日关系继续恶化，松井也逐渐与自己担任情报部门主管时努力扶持的蒋中正国民政府疏远。在1933年发布的“大亚细亚协会”第一期官方公报中，松井抨击中国领袖的亲西方态度“出卖了中国本身、背叛了亚洲”，后来他还被由永田铁山少将所领导、以参谋本部的数名军官组成、主张以武力推翻蒋中正的“统制派”所吸引。1935年8月，松井的军旅生涯于突然结束，永田被对立的“皇道派”成员刺杀，是为“相泽事件”。松井对日本陆军的派系斗争感到厌倦，因而决定对此事负责（亦有称其卷入而不得不引咎辞职），退出现役、编入预备役。
预备役的身份使松井有更多的时间可去推行他的亚洲主义计划。1935年10月至12月期间，他游历了中国的各大都市和日本于中国东北建立的傀儡政权——满洲国，向中国的政商名流讲述亚洲主义，并在天津设立了新的“大亚细亚协会”支部。1935年12月，松井返日，当上“大亚细亚协会”主席。1936年2月至3月，在中日关系已呈紧张之势的背景下，松井二度前往中国，这次则是在政府赞助下、旨在开展中日友好关系的行访。松井先是在2月底经由台湾前往广州，与国民党右派的胡汉民、桂系军阀领导人李宗仁、陈济棠、白崇禧等见面，但会谈并未实质解决任何问题。3月12日，松井抵达南京，先与中国外交部长张群会谈，之后于24日与蒋中正会面，先是提出日本可协助南京中央与桂系矛盾的“西南问题”，蒋未置可否，之后松井又提出要中国承认满洲国，但蒋断然拒绝。两人虽在诸多议题上找不到共通点，但在反共的意识形态方面有着合作的空间，松井离去时也坚信这将成为未来中日合作的基础。然而1936年12月的“西安事变”后，蒋中正同意与中国共产党组成联合抗日阵线，这使松井感到自己被蒋中正所背叛。

上海战役

1937年7月7日“卢沟桥事变”后，中日爆发全面战争。起初战事仅限于华北地区，然而在8月扩展到上海一带。日本政府决定增援两个师团登陆上海，与原有单位编制为“上海派遣军”。由于现役官兵人数不足，参谋本部征召了预备役，松井便于8月15日正式被任命为“上海派遣军”司令官。关于参谋本部选择松井的原因尚不明朗，但他作为“中国通”的声誉可能是其主因。日本历史学者秦郁彦认为，一旦日军控制了上海，参谋本部便将与中方谈和，而松井有着与中国领导人的密切关系和友谊，因此被认为是理想的谈判人选。松井也自称其使命是“使中国人民认识到日本军队是中国的真正朋友”，并说道：“我是带着安抚自家兄弟的心态来到前线，而不是来跟敌人战斗的”。
在乘船前往上海战区期间，松井采纳了海军制定的计划，预计将“上海派遣军”分别派至上海北部的两个登陆点——吴淞和川沙口，前者直接进攻上海，后者则用于包围中国军队。8月23日，松井在旗舰“由良号”轻巡洋舰上监督登陆作业。起初的登陆进展顺利，但随着陆上战斗逐渐白热化，伤亡人数也相应增加。松井不认为自军有足够的兵力可达成目标，因此不断向大本营寻求更多的增援。9月10日，松井本人也抵达上海，当天陆军参谋本部告知他将获得另外三个师团的增援。然而尽管日军如此增援，仍不足以击退国军。10月初，松井误判国军将撤出上海，下令日军步兵对后者阵地进行集中突击，期望在11月之前结束战事。然而“上海派遣军”未能突破南翔和吴淞江一线的国军防线。直到11月5日，由柳川平助中将率领的第10军于上海以南登陆，战场局势逆转，才迫使国军匆忙撤退。11月26日，日军占领上海。
上海战役对中国百姓造成了伤害，而松井本人对中国难民的困境颇为关心，于10月下令改善中国难民营的生活条件，还捐赠了1万美元给法国神父饶家驹，以协助后者建立保护上海平民的“安全区”（即南市难民区）。

南京大屠杀

11月7日，松井被任命为由“上海派遣军”和第10军合并而成的“华中方面军”司令官，并继续兼任指挥“上海派遣军”至12月2日由朝香宫鸠彦王接任。至此，参谋本部仍希望对局势有所控制，因此在创建“华中方面军”的同时，还制定了一条“制令线”限制行动，命令部队禁止离开上海一带。然而，实际上松井早有进攻至上海以西300公里的中国首都——南京的想法。早在7月“芦沟桥事变”发生后，松井就便在一次演讲中表示“迅速拿下南京……将说服中国公众摒弃蒋介石，将他们的命运托付给日本的领导人”；8月17日受裕仁天皇召见时，松井同样说：“别无他途，只有拿下南京，打垮蒋介石政权，这就是我必须完成的使命”；8月19日，在准备离开日本、开往上海前线前，松井同样向前来送行的陆军大臣杉山元告知：“本次无论如何都要打到南京去，使国民政府屈服，这是膺惩支那的特殊使命决定的”。松井还认为自己将能在中国组建新政府发挥重要的作用，在他的构想里，这将是一个更能维护日本和中国人民利益的民主政府。日本历史学家笠原十九司则指出，松井此时的年龄已经偏高（59岁）、军历又默默无闻，因此迫切地希望能在这最后一次的战斗中建立显赫的战功，如攻占中国首都。
11月19日，柳川的第10军越过了“制令线”，开始朝南京挺进。有资料称松井曾为抑制柳川而采取一些措施，但他还是向大本营力陈进攻南京。12月1日，陆军参谋本部批准攻取南京的命令，但当时日军大多部队都已越界。尽管松井已达到争取到攻击南京的目的，但因为知道麾下部队因为上海的战斗已十分疲倦，因此他决定采取谨慎的作法，估计用两个月的时间来缓慢攻取南京。然而松井的部下拒绝共同行动，反而相互竞逐谁能第一个攻抵南京。松井发现自己的部队已远远超过表定的作战目标后，只得修改计划。12月7日，松井将指挥所从上海转移到更接近前线的苏州，并于12月9日命令用飞机飞至南京上空洒下了“劝降书”。由于此时国军已决定保卫南京，并未回应松井。次日，松井批准对南京的全面攻击。在南京北面山区，由于松井试图保护当地的历史遗迹——中山陵和明孝陵，“华中方面军”被禁止使用火炮攻击，在当地遭受了重大伤亡。南京的国军守备部队在日军猛攻下不久便崩溃，但并无成建制地向日军投降，而是抛下军服和武器混入南京市民中。12月12日凌晨，日军占领了南京，开始杀害战俘，并在市内大规模随机杀人、抢劫和强奸民女，这些暴行后来被统称为“南京大屠杀”。
关于松井在“南京大屠杀”中扮演何种角色极具争议性，在日本有关他生平的文献也大多集中在本事件，有些观点主张松井不应为南京大屠杀所负责，包括：一、他无法完全控制部属——对其大多数年轻且性急的部下而言，松井只是个从预备役调回的老将、没过多久就会再度退出现役，其发出的军令也几乎没有受到什么尊重；二、生病无法完全指挥行动——12月5日至12月12日期间，松井曾因疟疾发作（11月4日即首度出现症状）、时常卧床不起，只能从病床上发出命令；三、松井与他的方面军幕僚曾特别注意确保他国家民众生命与财产不会受到伤害，以免造成国际纷争，而也因为其麾下部队有许多是纪律很差的预备役人员，松井认为自军在进入南京城内时很可能会发生违纪事件，因此在12月7日向所有单位颁布的作战命令中加入《攻克南京城纲要》，指示每个师只准一个联队进入城内，以尽可能减少日军与中国平民的接触，还曾警告下属，若犯有掠夺或纵火等行为将受到严惩。
然而，松井并未在《南京城攻略要领》中规范应如何处置中国战俘，加之其于12月14日决定在17日为南京战役的胜利举行盛大的入城式，更进一步促使日军屠杀中国军民。当时他在南京的部队还在四处搜罗躲在城内的国军士兵，且没有设施能容纳这些战俘，在松井已敲定入城式日期的情况下，他的部下选择将所有抓获的俘虏全部处决。此外，根据日本方面的说词，由于南京城外大多建筑物和民宅都被中国军队焚毁，使日军无处可住，因此松井的部下决定让全军官兵都开进城内。因此，松井的命令不但没有被确切执行，日军在南京城内展开的屠杀也大多发生在入城式前几天，而“松井不应为屠杀负责”的说法也受到一些史学家的分析与驳斥（见下节）。
12月17日，松井在大型的胜利游行式上骑马进入南京城。12月22日，他离开南京前往上海，但有关日本士兵在南京犯下的暴行报告仍在接下来的一个月时间继续流入他的司令部。1938年2月7日，松井返回南京，进行为期两天的视察工作，他召集了包括亲王和柳川在内的部属，指责他们未能防止“过去50天内发生的一系列恶性事件”。

离华

日军攻下南京后，国民政府并未如松井所预测求和，中日依旧维持战争状态。松井在回到上海后不久开始策划在徐州和浙江等地展开新的军事行动。1938年1至2月，松井还另外在华中地区组织新的中国政府，希望以此取代蒋中正的国民政府，尽管他后来还未完成这项工作便离华，该政权仍于1938年3月成立，名为“中华民国维新政府”。与松井设想的相反，日军参谋本部此时对于在中国扶持新政府的计划产生了兴趣，因此拒绝批准任何新作战。时至2月初，松井甚至考虑以自杀的手段来抗议参谋本部“缺乏进取心”。
事实上，参谋本部早就想撤除松井的职务。有关南京大屠杀的报导传到了日本政府，参谋本部的一些人指责松井的危机处理失当，使日本在国际上处于尴尬的局面，还有人希望松井因此被送上军事法庭，但日本政府并未仅因南京大屠杀而解除松井的职务。外相对松井在成为“华中方面军”司令官后发表的反西方言论感到不满，如后者不承认上海租界的中立性，参谋本部也担忧松井是否会与下属指挥官发生严重的性格冲突。2月10日，参谋本部的代表对松井表达懊恼与失望之意，并通知其即将被解职，由畑俊六大将接任，杉山元后来告诉畑俊六，松井与下属无法相互协调和合作是他被解职的主因。
参谋本部后来没有惩罚松井，但也确实重整了中国战场的日军指挥体系，松井只是被解职的八十名高级将领之一，这些人里也包括了朝香宫和柳川，他们两人同时被召回日本。

退役生活：1938年至1946年

1938年2月21日，松井从上海出发，于2月23日返回日本。尽管他返日的时间地点一直被军方保密，但还是被记者得知，松井一回国就受到日本民众夹道欢迎。之后几年，松井在静冈县热海买了新房子，从那时至1946年一直过着冬季住热海、夏季住山中湖老屋的生活。
尽管已从军中退役，松井仍希望中国与日本政府能合作。1938年6月，松井成为内阁参议委员之一，这是一个供内阁要员咨询的职位。松井一直担任此职到1940年1月，抗议内阁总理大臣米内光政反对日本与纳粹德国结为轴心国同盟而辞职为止，而也就在这一年，松井委托制作的观音菩萨雕像完成，这是一座高约3.3米的合十观音立像，由从南京大厂镇带回的红土烧制而成，树立于伊豆山山腹，松井将其命名为“兴亚观音”，用于为所有在中日战争期间丧生的两国士兵祈福。松井还在不远处建造了一处观音堂，设有观音立像与坐像各一，堂内祠堂还放有松井部下战死者的名册，两侧还有“支那事变日本战死者灵位”以及“支那事变中国战死者灵位”，之后松井每天都在清晨和晚上于“兴亚观音”前祈祷。当时《纽约时报》曾赞扬了松井的行为，并指出“很少有西方国家的将领在自己失意时，把时间用来纪念那些在战斗中牺牲的人们。”中国《日本新华侨报》总编辑、北京大学历史系客座教授蒋丰则称松井“企图以救苦救难的菩萨美化自己，更显示出松井自己早有心里准备，试图以某种方式遮掩大屠杀的罪行。”
战争期间，松井一直活跃于亚洲主义运动。虽然“大亚细亚协会”在1942年至1945年间多次重组，但松井一直担任该组织的会长或副会长。随着日本在1941年12月挑起太平洋战争、加入第二次世界大战后，松井强烈主张日本应在新占领的土地上推广独立运动、组成亚洲各个新国家的联盟来对抗同盟国。1943年6月至8月，松井展开亚洲巡回之旅，出访中国、中南半岛、新加坡、泰国、缅甸、马来西亚、印度尼西亚和菲律宾等地，到处推广他的构想，在中国与新加坡分别会见了汪精卫与印度国民军总司令苏巴斯·钱德拉·鲍斯。他还在中南半岛引发了一次外交事件，当时该地依旧名义上隶属法国的殖民统治，但松井却在当地发表演讲，主张中南半岛应获得完全的独立。松井的这些活动对后来成立与巩固“大东亚共荣圈”发挥了重要的作用，后者也是他一生都在追求、旨在对抗西方的“亚洲联盟”理想的顶点。
除了“大亚细亚协会”外，松井还在整个战争期间担任成立于1942年2月的极端反西方、反犹太组织——“思想国防协会”（思想国防協会）会长，支持日本继续遂行战争。1945年，盟军展开收复菲律宾的行动时，松井在广播中宣称日本“即使东京化为灰烬”也“永远不会从菲律宾撤出”。不久之后，他还计划在8月20日发表演讲，反对任何形式的投降。尽管如此，1945年8月15日，松井还是在热海的家中听到裕仁天皇宣布日本无条件投降。
不久之后，盟军占领了日本。11月19日，驻日盟军总司部以涉嫌战争罪为由向松井发出逮捕令。松井当时患有肺炎，直到3月才康复。收监前，松井设宴款待亲友，在会上称：“我肯定是活不成了。即使死，我也希望自己是振兴亚洲而死，成为人中豪杰。真不想让世人认为我是因为虐杀中国人而死。”，之后他要求妻子收养长期服侍他们的女佣久江为养女，并和他一样从神道教改信佛教。1946年3月6日，松井被收入东京的巢鸭监狱。

受审与处决：1946年至1948年

同盟国为审理日本战争罪犯而设置了“远东国际军事法庭”，是为“东京审判”。1946年4月29日，法庭起诉包括松井在内的28名嫌疑人，检方指控松井犯有A级战争罪行“破坏和平罪”（通称“甲级战犯”），认为其参与了对其他国家进行侵略战争的阴谋，以及还犯有B级（通称“乙级战犯”）与C级战争罪（通称“丙级战犯”），主张其应对1937年至1938年的南京大屠杀负责，共起诉第1、第27、第29、第31、第32、第35、第36、第54和第55项罪状。在收监前，松井曾告诉朋友，他不但要为自己，还要为日军的全部战时行为辩护。松井在法庭上坚称日本只是在抵御外国势力的侵略，之所以发动战争也是为了将亚洲从西方帝国主义解放，松井还将侵华战争其称之为“亚洲家庭内的兄弟之争”，并表示这场战争是“日本透过武力保护在中国的日本人，维护其陷入危机的权益，这不过是迫不得已的防卫手段。这就像是兄长在长时间的忍耐后，痛打其年轻而又不听话的弟弟一样，这绝不是出于仇恨，而是为了促使其反省的爱之深的手段。”
在南京大屠杀问题上，松井承认他知道有个别士兵犯下强奸、抢劫和谋杀等罪行，但他坚决否认南京曾发生过任何大规模屠杀事件。尽管如此，松井向远东国际军事法庭主张自己对其部属的犯罪行为负有“道德责任”，但拒绝自己需承担“法律责任”，声称个人的犯罪行为应由各师团的宪兵队负责，而非方面军司令。然而，松井又表示自己曾敦促任何违法者将受到严厉惩罚，检方很快便指出此项声明即表示已承认自己负有一定程度的法律责任。最终法庭除了第55项罪状，其余者皆判处无罪，包括与A级战争罪行有关的所有指控，也否决了以松井在“大亚细亚协会”的会员资格作为他参与侵略战争“证据”之指控。
尽管如此，松井因南京大屠杀事件中的作为而于第55号罪状中被判为有罪，因此判处死刑，检方指控被告“对其应执行适当措施以确保军队遵守、防止违反战争法的法定义务采取刻意而毫不在乎的无视态度”，即指在大屠杀中消极的“不作为责任”，对于公诉人提出的“非法命令、授权、许可”等指控皆否认。1948年11月12日，法庭作出以下判决：
本法庭认为有充分证据证明松井知道发生的事情。对于这些暴力行为他置若罔闻，或没有采取任何有效办法来缓和它。占领南京市前，他确曾对他的军队下令要他们严肃行动，后来又曾发出同样的命令。正如现在所知，这些命令并未生效，并且他是理所应知的。他的辨方主张，这是由于他生病的缘故。他的疾病既没有阻碍他指挥在他指导下的作战行动，又没有阻碍他在发生这类暴行时访问该市达数日之久。而对于这类暴行具有责任的军队又属他指挥。他是知道这类暴行的。他既有义务也有全力统制他自己的军队和保护不幸的南京市民。由于他怠忽这些义务的履行，不能不认为他负有犯罪罪责。
松井与广田是唯两位仅因第55罪状而被判处死刑者，其判决理由为在日军占领南京的六周内造成20万中国平民与俘虏的死亡。后来同样被判处死刑的武藤章在大屠杀期间担任松井的副参谋长，则因为是属于松井的“下属”，对于事件“不具备阻止的手段”，因此在南京大屠杀的部分被判处无罪。松井为东京审判中为南京大屠杀“不作为责任者”的野战指挥官代表，广田则代表日本政府。日本历史学家户谷由麻评论，松井的判决是“国际法史上最早的一个指挥责任的案例”。12月19日，松井向监狱的教诲师花山信胜表达对南京大屠杀与下属的不满，并将这些暴行归咎于日军在日俄战争后道德衰落，松井说道：
南京事件真让人感到耻辱至极。南京入城后，在举行祭奠仪式的时候，我说：“支那的死者也一起祭奠吧！”可是参谋长以下的人什么都不懂，说什么这样会挫伤日本军的士气。以师团长为首，都干了那种事情。我在日俄战争的时候，作为一名大尉从军，南京事件中的师团长和那时的师团长根本没法相比。对支那人不待言，对俄国人在俘虏处理等方面，都处理得很好，这次却不是这样。政府当局可能也会这样考虑，但是无论从武士道还是从人道的立场出发，和当时（日俄战争）完全不一样了。祭奠仪式之后，我把大家召集在一起，我非常生气、我哭了，当时朝香宫和柳川中将也在，我说：“本来是显赫皇威的盛事，因为那些兵的暴行，一下子使名誉扫地。”可是在那儿以后，大家都笑了，更有甚者，有一个师团长还说：“那种事情是理所当然的。”如果因为我一个人落到这种结果能促使当时的军人们深刻地反省、哪怕是多有一个人反省，我也非常高兴，正是如此，我希望就这样往生。
1948年12月22日晚，远东国际军事法庭开始执行死刑，松井作为最年长者，被死刑犯们要求带头向皇居方向行礼、大喊三声“万岁”，接着众人便前往绞刑架，松井与东条英机、武藤章和土肥原贤二为第一批受刑人。1948年12月23日清晨0时1分30秒，执行官开动了绞刑架下的踏台，松井受绞11分30秒后断气。松井死后，遗体被送往横滨久保山的火葬场火化，美军将其骨灰装箱扔入东京湾内，以防有人以此立碑纪念。然而，现场还留有少量骨灰，美军将其收集至一水泥制件坑内，火葬场场长飞田美善将此告诉小矶国昭辩护律师三文字正平，后者于1948年12月16日穿越美军的封锁，将剩余骨灰收集取走，送入松井建造的观音堂内存放。1978年，靖国神社宫司松平永芳将由“远东国际军事法庭”所处决、包括松井在内的七名甲级战犯秘密合祀，而此事在1979年4月19日被《朝日新闻》 报导，引起了日本和国际上的巨大争议。

松井与南京大屠杀关系之分析

松井石根于“南京大屠杀”所扮演的角色一直是历史学者的争议焦点，日本有些人士对其表示同情，将其称作受到不公正的审判、被求处过于严厉的死刑、或法庭并未认真审理所有大屠杀的参与者，而选择松井作为唯一的责任承担者。不仅大屠杀“否定派”论者主张“松井大将无罪论”，肯定南京大屠杀为客观事实的“大屠杀派”学者也对松井抱有一定的同情态度，如洞富雄就认为“松井司令官不是下令屠杀俘虏、残兵败卒和普通百姓施加暴行的人。他力图阻止这种行为，那也是事实”，“松井大将在远东国际军事审判时，被追究其为最高司令官应对部下的这种行为负责，判处了绞刑。我认为，这虽实属不幸，却也出于无奈”。美国《生活》杂志记者戴维·伯格米尼在著作《日本天皇的阴谋》中则表示松井石根承担罪责“这真是对浩劫的莫大嘲讽”。
然而也有学者分析有关资料，认为松井确实并无“可诉之冤”，在南京大屠杀期间也确实对军纪方面的管控渎职。一桥大学荣誉教授吉田裕认为松井犯了六个主要错误，进而导致了“南京大屠杀”：一、坚持在没有足够后勤支援的情况下进攻南京，使其部队主要只能靠掠夺维持。二、并未制定保障中国战俘安全的政策。三、允许过多的士兵进入南京市内。四、没有与“南京安全区国际委员会”充分合作。五、坚持尽快举行胜利入城式，这使其下属指挥军事行动时趋于迅速而残忍。六、把太多时间用在政治谋略上，忽视了军事指挥官的职责。

《战中日记》的虚实

松井石根在中日战争留下了大篇日记，成了日后研究南京大屠杀时常被引用的文献。松井“大亚细亚协会”原职员田中正明将其汇编，于1985年5月由日本芙蓉书房出版，书名为《松井大将战中日记》（松井石根大将の阵中日志），通称《战中日记》，将其称作研究南京大屠杀的“一级史料”，然而《战中日记》被学者揭露遭田中大量篡改，意图使松井在南京大屠杀的责任、南京大屠杀的规模等相当程度地减小。
首都师范大学研究员李松林专门撰文指出田中修改之事实，并举三点：一、《战中日记》12月14日的原记载为：“进入南京城之两军所属师团扫荡城内牌回于各处的散兵游勇达数万之众”，但田中将“数万”改为“数千”，将死亡人数下修，企图以此作为突破口否定整个南京大屠杀。二、将原本11月30日松井在上海接受两位通讯员感谢其保护外国权益的内容改为12月23日的日记上，营造出松井在南京治安处置得当、并未有发生大屠杀的场景。三、为扭曲南京大屠杀的事实，将《战中日记》原著内容与自己撰写的否定说著作《“南京大屠杀”之虚构》（南京虐殺の虚構）相互矛盾处删去，如删去原文的“军纪风纪之松懈”一句、删去陆军人事局长阿南惟几少将调查南京大屠杀后对松井的批评等等。
田中所编的战中日记出版后受到日本国内外多人的批评，《中央公论》社的《历史与人物》杂志总编辑横山惠一经过与原文的对比，指出田中对原文做了900多处的修改。对此，田中声明自己在编撰《战中日记》时因为生病而在医院进行校对工作，而为了赶上5月份缅怀松井的会议时出版，因此“在匆忙中出了差错”，并自称不知道外交部的外交史料馆还存有战中日记原文。

松井的生病与权力问题

东京审判期间，松井的病情曾被作为其屠杀责任归属的依据而被提出，印度代表的审判法官拉达宾诺德·帕尔对此相当重视，认为这使松井的行为能力受到限制，其刑事责任也因此有限，但其意见被其他多数法官否决。田中正明也以这生病问题为由，在其著作《“南京大屠杀”之虚构》中主张松井在苏州病倒，但还坚持为南京的安定而操劳。中国南京大屠杀遇难同胞纪念馆研究员刘燕军对此指出，就在田中声称松井发高烧的12月8日当天，后者还下令向南京空投劝降书，而这份劝降书还有冈田尚作证，曾经由“最高指挥官”审阅中文译稿。这位审阅者即是松井，病情若如此严重岂能进行审阅工作？且连田中自己都承认松井在病情最严重的12月11日与12日，都能在病床上批示文件、发布命令，因此基于上述，松井并未因为病情而中断了对部队的控制。此外，据松井战时日记之叙述，他12月14日就退烧，身体也恢复得很快——15日得以见苏州自治委员会会长、16日去泡汤、17日骑马出席入城式、19日还带领几位参谋拜访了诸如清凉山和北极阁等景点，且就算松井的病情真的有对指挥造成影响，他在病愈的17日后也并未做出任何措施来阻止暴行继续发展——当天日军便在煤炭港对3000名中国军民集体屠杀。
另外一个观点是如田中指出，松井并未有完全控制部下的权力，依照其说法，“华中方面军”为“上海派遣军”和第10军的合并机构，但其幕僚组织有限，松井并无直接监督和管理两个主要的下属单位的能力。刘燕军对此同样予以驳斥，认为松井在日本陆军中有相当久的资历，既是当时军界首屈一指的“中国通”，也深受天皇器重，即便当时他已经退役，还是被任命为“上海派遣军”司令官，而也正因为具备威望才能又出任“华中方面军”司令官的职务。在入城式隔日，松井主持慰灵祭，在祭典即将结束时他突然流泪，对部下训斥：“你们奋力苦战，使皇威增辉，然某些士兵之暴行，又使皇威一举扫地”，洞富雄对此场景写道：“松井大将之悲痛万分的训诫，一般官兵将它当作耳边风”，“师团长哈哈大笑，嘲笑松井的训诫”，但松井依旧在入城式上因第16师团最早进入南京而表扬了师长谷寿夫，1938年1月又与其共进晚餐“以示慰劳”。除此之外，刘燕军也指出一个明显表现出与“松井无权说”矛盾的例子——1937年12月下旬，日军官兵抢劫了美国驻华大使馆的汽车，当时松井人在上海，但一听闻此事即做了迅速有效的处理。刘燕军表示，究其原因也就是因为美国是强国，松井石根为避免引起外交纠纷而对此很重视，但中国是一个贫弱的国家，松井对部下屠杀中国人的暴行除了理解外根本不可能采取措施加以制止。

是否得知暴行？

南京师范大学历史系教授张连红认为，自淞沪战役结束后，日军在进攻南京时已面临到后勤不足的窘境，日本参谋本部于11月20日发出命令，指示第10军“部队为求得补给，应尽量利用现地物资”，在当时环境相当于指使日军进行公开抢劫，但松井对此予以默认，而后这类行为蔓延到了整支部队。在12月7日发布的《南京城攻略要领》中，松井规范：“一、若南京守城司令或市政当局留守城中，则劝其开城以和平占领，尔后，各师团分别由经过挑选的一个步兵大队（12月9日改为三个大队）为基干，率先进城，分区对城内进行扫荡；二、若敌之残兵仍凭借城墙负隅抵抗，则以抵达战场之所有炮兵实施炮击，以夺占城墙。尔后，各师团以一个步兵联队为基干进城扫荡……”这项军令被认为使日军的一切行为有了以“扫荡”的名义将抵抗的中国人“铲除净尽”的根据。“慰灵祭”上的斥责也表明松井完全知道南京城内发生的日军暴行。
“上海派遣军”前参谋长在“东京审判”中作证时，称松井在进入城市后不久就被告知“发生了一些掠夺和暴行的情况”，后者在自己的野战日记中也提及了自己被告知日军犯下的强奸与掠夺等暴行，并在上面注记：“事实上，有些此类行为是不可避免的”。后来日本外相派人调查屠杀情事，松井也承认发生了一些罪行，并指责他的下属违反他的命令，允许太多士兵进入市内。战后松井的副官角良晴则声称，就在松井占领南京后不久，其部属下令处决中国战俘，而松井一听到这消息就立刻试图阻止。然而，经历史学家考证，角的证词有着大量错误之处。