香港西九龍站

位置

香港西九龙站位于香港市区西九龙，港铁九龙站以东、港铁柯士甸站以西。选址的方案原来有两处：在基本设计中，铁路站位于西九龙文娱艺术区（今西九文化区）以北，占地6公顷。原址前身为城市高尔夫球会、佐敦（汇翔道）巴士总站及临时用地。填海前是油麻地避风塘；在替代设计中，铁路站位置向南延伸至西九龙文娱艺术区地底，额外占用西九龙文娱艺术区达3.3公顷的地底用地。

服务经营权

香港特别行政区政府在工务计划下拨款兴建高铁香港段，并最终拥有该段铁路。而香港铁路有限公司获政府委托进行高铁香港段的设计、建造、测试和试行运作，由路政署监察项目的落实。
政府已经在2017年12月以1000元将运营高铁香港段所需的土地或就该等土地所享有的权益或其他权利归属九广铁路公司，并每年收取相当于应课差饷租值3%的地租，年期50年。九铁公司将随后按《服务经营权补充协议》，把运营高铁香港段的服务经营权授予港铁公司。政府作为九铁公司的唯一股东，日后九铁公司派发股息时，政府可因九铁公司从港铁公司收取服务经营费而间接得益。另外，香港政府凭借租出西九龙站内地口岸区，获得每年1000港元象征性收益。

奖项

2010年，香港西九龙站的设计获得Cityscape Awards for Architecture in the Emerging Markets的Tourism, Travel & Transport Future奖项。同年11月4日，香港西九龙站的设计获得世界建筑节的“年度最佳未来工程─基建”奖项。

车站设计

香港西九龙站的兴建工程代号为XRL810A（北面部分）和XRL810B（南面部分）（XRL为eXpress Rail Link的缩写），北面部分由礼顿金门联合运营负责承建，南面部分由联欧沃新昌保华联合营负责承建，占地11公顷，主要设施设于地下，总建筑面积达40万平方米。
香港西九龙站建筑由凯达环球的建筑师安德鲁·布朗伯格设计。车站外型采用仿香港会议展览中心的弧形设计，内部分为5层，由高至低分别为地面层、售票大厅、入境层、离境层及站台层，抵港及离港人流会分开处理。入口钢结构的建造工程比香港国际机场更复杂，需要建造9组不规则巨型支撑柱（Mega Column），最高达45米，面钢材需使用逾1.2万吨、大型玻璃组件约3700块、铝板组件约1.9万块；连接巨型支撑柱则需用上12组V型横梁。
此外，作为跨境铁路的铁路站，香港西九龙站亦会设立出入境口岸，并设西九龙站内地口岸区为乘客办理出入境手续。

大厅

香港西九龙站的G层为设有多个出入口的大厅，B1层为票务大厅，B2层为抵港大厅，B3层为离港大厅。
其中，位于B1层大厅的票务区共设有28个人工售票柜台和39部自动售票机可供旅客购票。其中18个人工售票柜台由港铁运营，用作出售往返内地与香港的高铁车票；另外10个由中国铁路（香港）控股有限公司运营，提供作专门办理非以香港为起点或终点的内地段车票，以及在12306网站订票的乘客取票服务。B1层大厅的进站乘车通道设有实名验证和安全检查。乘客入闸后将车票连同身份证明文件交给安检人员核实身份并接受安检后方可过关。入闸处在车站运营初期将设8部入闸机和15部X光机，日后会将视乎客流情况作出进一步调整。
此外，香港西九龙站在B2层的抵港大厅设有多个艺术品：其中位于B2层东北侧与B1层之间中空处，设有王无邪创作的“江山无尽图”，在联络西九文化区的通道处设有“墙上的景像-香港”艺术墙等。此外，在A出入口联络抵港大厅的通道处设有“边界上的海平线”及A出入口联络票务大厅设有“边界上的沉思”2个艺术墙。
车站大厅设有行李手推车供乘客使用。同时站内的L1层至B3层内多个地方设有洗手间。

商店

香港西九龙站的餐饮商店区分布于车站B1层及B2层，B1层近中庭位置对上的B1M层设有5000平方英尺的添好运点心专门店，B1层的南侧设多间外卖式食肆，包括台湾珍珠奶茶店春水堂、美心MX、星巴克、鱼尚以及轻。快翠by Tsui Wah等。另外在B2层还设有占地18000平方英尺的“堂前食坊”美食广场，设有350座位，提供日韩、港、川以及东南亚等各地的美食。
另外本站亦设4间银行，包括中国银行（香港）、渣打银行（香港）、中国工商银行（亚洲）及招商永隆银行。同时本站还设有外币找换店、顺丰速运、香港中国旅行社、旅客服务中心及多间便利店等，还设有行李寄存设施。

内地口岸区

内地口岸区的总楼面面积约10万平方米，范围为西九龙站B2、B3层划定区域、B4层站台区域及有关连接通道，包括内地监管查验区、办公备勤区、离港乘客候车区、车站站台和连接通道及电梯。在香港特区境内的广深港高铁营运中的列车车厢（包括行驶中、停留中和上下乘客期间）亦视作在内地口岸区范围之内。
内地口岸区的设立及具体范围由中华人民共和国国务院批准。范围根据《广深港高铁（一地两检）条例》（香港法例第632章）附表2中的平面图编号1及平面图编号1附件1上所划定并填上橙色的范围，具体范围以界线点座标列出。港府提交给立法会审核的内地口岸区平面图只用颜色显示范围，并非标准建筑图则，未有显示各设施之位置。立法会法案委员会部分委员曾要求政府当局提供建筑图则，但被政府拒绝。值得一提的是，西九龙站B5层由香港司法管辖，但出入均须经过内地口岸区，苹果日报及陈淑庄形容俨于“僭建”“孤岛”。
《条例》于2018年8月31日刊宪，并于当地时间2018年9月4日零时起实施，年租1000港元。政府称在通车前开始实施《条例》可让内地人员有足够时间熟习运作流程。内地口岸区设有中国大陆唯一设在其境外的口岸：“西九龙站口岸”。而过关标志及出入境记录凭证则标识为“深圳西九龙”，深圳出入境边防检查总站表示这并非口岸的真正名称，且不代表地理含义。实际上，“深圳西九龙”代表的含义为“中华人民共和国深圳出入境边防检查总站西九龙出入境边防检查站”。
内地口岸区自启用之日起，由中国大陆依照内地法律和《合作安排》实施管辖。内地口岸区派驻单位使用面积是2.43万平方米，共派驻约700名中国内地清关部门人员，包括西九龙出入境边防检查站（隶属深圳出入境边防检查总站）、西九龙站海关（隶属深圳海关）、西九龙站出入境检验检疫机关、口岸综合管理机构和广州铁路公安局深圳公安处西九龙站派出所。上述机构及其人员不在内地口岸区以外区域执法。但根据现行安排，若有内地人在属内地司法管辖区的西九龙站内地口岸区被捕，毋须向香港通报。而保安局未有正面回应内地需否将相关事件向香港通报。
出入境大厅各设有30条自助和30条人工查验通道，日设计通关流量20万人次。在内地口岸区连接车站WiFi需实名登记电话号码或微信账号才可免费上网。但是，如果旅客在内地口岸区使用移动通讯服务（包括使用数据访问网络），则仍接收香港的网络信号，不收取漫游费，且不实行网络内容审查。
香港政府认为，西九龙站设立口岸实施一地两检可达致香港与中国大陆高速铁路交通设施互联互通，促进两地人员交流和经贸往来和推动共同发展。但香港泛民主派则认为，该区被视为香港特区范围以外，《基本法》将不再适用，与深圳无异，变相“割地卖港”。《合作安排》订明如有发生突发和紧急事件，要须经内地机关请求并授权，香港人员才可进入内地口岸区协助。若违反内地法律，由内地机构采取法律措施，而香港法院无管辖权，此举有违反基本法18及19条的嫌疑。有人亦因此提出司法复核，但高等法院原讼法庭于2018年12月13日裁定《广深港高铁（一地两检）条例》符合《基本法》，驳回司法复核的实质申请。
一地两检关注组召集人陈淑庄表示，当年兴建深圳湾口岸，香港要支付合共47亿元口岸设施建造费和土地开发费，且港方每年支付约810万人民币租金（930万港元）已11年，现时内地机构租用香港黄金地段西九总站的内地口岸区，只收1000元象征式费用，认为有关安排是占香港人便宜。作为对等安排，深圳市人民政府亦同意2019年7月起下调深圳湾的香港口岸区每年810.5万人民币租金至1000元人民币，与西九龙站内地口岸区租金“看齐”。
由于候车区以及站台层的大部分区域为内地口岸区范围，因此位处上述工作区域的车站职员均需要出示港铁公司发出的过境限制区许可证以外，亦需要同时办理两地的通关手续。

候车区

香港西九龙站的候车区域位于B3层内地口岸区内，以及由B3层前往B2层独立空间的商务候车室。
位于B3层的候车区西面为天井式设计，可吸收天花板超过4000块玻璃幕墙采集的自然光。候车区除了设有饮水机、充电设施、吸烟室等设施外，还设有多个集广播、照明、消防于一体的灯柱；同时，候车区内设有2个票务处，供误车旅客使用。因应目前启用站台的数量以及车站设计，目前候车区开放4-9及11、14、15、18号检票闸口通往B4站台层，不设12、13、16、17进站闸口。
另外，B3层的候车区内设有名为《香港文化地图》的艺术墙，为艺术家、中央美术学院实验艺术学院院长邱志杰“世界地图计划”中的其中一幅作品。艺术墙和候车区的绿化墙合为一体，展现了许多具有香港本土特色的景象。
除此之外，候车区内设有西九龙站派出所，由广州铁路公安局深圳公安处派驻民警，负责安保工作。

绿化地带

香港西九龙站设立有大型的地面文化及娱乐集合式的广场，可以方便乘客接通至地面楼层、九龙站、柯士甸站及西九文化区，并且为到香港市民及游客提供充裕的公共休憩空间及舒适的绿化步行环境。上述广场共分三部分，分别为天空走廊观景台、巴士总站天台花园和香港西九龙站公共休憩空间，面积约为8,900平方米。绿化地带种植了大量的植物，并且将人流与车流分隔，连接至绿化步行区、绿化平台及树林公园，及与西九文化区互相融合。绿化空间设有喷泉，亦会有楼梯连接L2层天空走廊和观景台。其中，巴士总站天台花园和西九龙站公共休憩空间是香港少数允许宠物进入的公园。
此外，香港西九龙站的入口大厅一带设有绿化休闲通道地带，配合入口大厅的建筑顶部的绿化部分。同时在H出入口旁设升旗广场，每天定时有警察进行升、降旗仪式。

停车场

香港西九龙站的停车场位于B2层西南侧，分为A、B、C及D四个泊车区，总共提供约500个车位。泊车标准收费每小时32元，亦设日泊收费，但车主需证明自己购买高铁车票才能泊车，以确保曾使用高铁出入内地。

运营状况

根据2008年的资料，预计于2030年从西九龙站来往各地的列车服务班次将会相当频密。
2013年的资料显示最频密之设计行车班次为3分钟一班，据2013年时预计通车后首年每日约有109,200人次乘坐高铁往返香港及中国内地，包括90,600人次短途客（即只来往西九龙及福田至广州南之间各站）和18,600人次长途客。
2018年8月，政府估算平均每日的预计客量降为80,100人次，较2015年预测的接近11万人次有所下降。高铁客流的估算于2018年9月通车前期修改为平日72,500人次、周五至周日为78,100人次、高峰期90,100人次。另外，港铁与港府就高铁盈亏摊分达成的“乘客量上下调节机制”亦对客流有估算，但其因涉及“商业估算”而未被政府公开。
截止2019年2月，西九龙站单日最高查验出入境旅客10.4万人次，于2019年2月7日（农历大年初三）达成。香港运输及房屋局于2018年12月向香港立法会提交的文件显示：截至11月29日，高铁的总乘客量3,402,013人次，平均每日客流量为50,030人，数字仍低于林郑月娥声称的8万人次“最佳估算”。在高铁乘客国籍方面，运房局的文件指出香港居民和非香港居民（包括内地及其他国家）比例大约是3：7。其中抵港乘客中，香港居民和非香港居民的占比分别为28%和72%；而离港乘客的占比则为32%和68%。
2018年8月16日，港铁召开传媒简介会，车务运营总管李圣基称内地口岸区的通关时间会受节日和旅客量等不同因素影响，乘客应提早45分钟到车站进行清关等手续，希望日后可缩短通关时间。

票务

除现场购票外，乘客可以于港铁的高速铁路网站，指定代理的旅行社以及热线电话等方式购买由本站启程或到达本站的车票。购票时须提供指定的有效身份证明文件，并需要进行身份验证。可使用的证件包括中华人民共和国居民身份证、中华人民共和国港澳台居民居住证、港澳居民来往内地通行证（回乡证）、往来港澳通行证（双程证）、台湾居民来往大陆通行证（台胞证）以及符合中华人民共和国规定可使用的有效护照。
值得留意的是，如果在港铁的网站以及热线电话购买由本站启程或到达本站的车票时，需要前往本站取票，内地车站不能领取由港铁的网站、应用程式以及热线电话售出的车票。另外，移动电话付款（包括：Apple pay、支付宝、微信支付等）只限于人手售票柜台购票，自动售票/取票机的电子付款交易上限为每次港币1,000元，使用网上购票以及热线电话购票只可使用信用卡付款。购买特别票种（例如学生票）需要前往由中国铁路（香港）控股有限公司运营的人工售票柜台购买车票。
2018年9月3日，中国铁路客户服务中心（12306）已经将“香港西九龙站”纳入车站列表。如在12306网站或APP购买至本站的车票，可在内地指定地点或及车站领取蓝色磁质车票，但在香港取票需要前往12306自助取票机（免手续费）或由中国铁路（香港）控股有限公司运营的人工售票柜台取票（需要支付手续费）。根据《广深港高速铁路跨境旅客运输组织规则》，内地居民不能刷身份证进站乘车，需要在乘车前换取蓝色磁质车票。
2018年9月10日8时，由本站始发或终到本站的车票正式发售。在预售开通后的首10天内，旅客仅可购买到9月23日至10月2日出发车次的车票；在广深港高铁香港段正式投入服务后，旅客可提前28天在西九龙站购买车票，而电话及网络购票的预售时间为30天。

车票改签、退票、误乘等的处理

由于西九龙站始发终到的列车为跨境运行的列车，因此有关车次的车票的退改签补政策与内地现行政策（《铁路旅客运输规程》）有所不同，为此中国铁路总公司与港铁公司共同制定《广深港高速铁路跨境旅客运输组织规则》。在车票改签方面，旅客仅可办理一次变更乘车日期、车次、席别的改签手续，且改签后的车票不得退票；另外《规则》对退票规则作出了明确规定。
另外，所有终到西九龙站的列车不办理至西九龙站的越站；如旅客发现误乘或坐过站时，应向站车工作人员提出，由站车工作人员指定最近列车免费送回，且仅可乘坐二等座车厢，不得中途下车。旅客如越站乘车前往西九龙站，或到站后超过10分钟声称误乘或坐过站，均按无票处理，并根据《香港铁路附例》收取附加费。在广深港高铁香港段开通当日（9月23日），深圳一朱姓男子（职业为媒体记者）搭乘由深圳北始发至西九龙的G5711次首发列车，但男子所持的车票为“深圳北～福田”，同时G5711次列车不停靠福田站，因此男子在深圳北站未能及时在列车驶出前下车而越站前往香港，最终被车站工作人员要求缴纳1500港元的附加费。这是西九龙站开通后的首张罚单。

车站日常管理服务

港铁将不少车站日常管理服务工作外判，目前保安、安检、顾客服务等工作由国际永胜负责，而车站清洁服务（第一部分）则由惠康环境工程有限公司投得，停车场则外判予昇捷管理服务有限公司。
不过有员工向媒体揭发，外判商的合约条款较其他港铁外判商苛刻，如雇用安排不设试用期，若员工离职须提供1个月通知期，否则要缴付代通知金。而且合约内更列明，员工未做满3个月就离职，公司将收回支付课程之行政费1,000元。有同事上班一天因事离职，亦被追讨培训费，结果以当天的工资作为抵偿。直到2019年3月，约200名外判员工被承办商解雇，有员工称被解雇前全无先兆，没有合理解释。在3月28日更发生两名车站助理因不满“被解雇”，于站内危站及跳轨自杀事件。到3月30日，约60名被解雇的员工到车站静坐抗议，不满承办商大规模裁员，批评港铁“用完即弃”。（详见下面“事件”一段）

工程超支滞后

早于2013年，已经有消息指出广深港高速铁路香港段工程延误，惟港铁一直否认，强调可以按照原定目标，于2015年竣工及通车。截至2015年3月底，高铁香港段的整体完成进度较预期滞后约5%，恶化及已经到了十分严峻的阶段，路政署表示，对港铁公司在2017年年底通车目标相当存疑，可能进一步延误。
2015年11月30日，港铁跟政府订立封顶协议，在协议之下，为844亿元高铁工程造价封顶，日后再有超支由港铁自行承担。港铁公司将在2016下半财年及2017下半年派发每股2.2港元特别股息，大股东香港政府将获195亿元，尚余的62.5亿元支付予港铁小股东。 
到2015年12月，运房局向立法会提交的文件显示，若全面放弃高铁项目，仍要花106亿元去完成余下工程，包括一小段铁路隧道、西九龙站余下的土木和结构工程，及永久道路网，加上高铁最初予港铁公司的委托费（相等于造价）的650亿元，即总费用756亿元，还未计每年保养费1亿元，保养已建的设施直至有新用途为止。运房局认为，高铁已完成75%，涉多个合约，终止就致失业，大量工程白费，亦失去高铁原会带来的效益。因此，务必积极尽力按修订时间表完成余下工程。
2016年2月1日，港铁举行特别股东大会，发言的股东虽大多反对协议，批评港铁“烂赌仔心态”，但大会终以99.83%赞成、0.16%反对，大比数通过高铁封顶协议。 
2016年2月2日，工务小组开6次会审议高铁追加拨款仍未表决，运输及房屋局局长张炳良表示，追加拨款逼在眉睫，决定绕过工务小组，直接交由财委会审理追加拨款申请。到3月11日，高铁196亿港元拨款申请在财务委员会主席陈鉴林“剪布”，在无记名投票下通过。负责建造高铁的港铁主席马时亨，得知拨款获通过后表示，原本港铁计划3月14日提交停工计划，现在他很高兴看到高铁196亿拨款通过。港铁首席执行官梁国权对立法会批出拨款感到高兴，多谢立法会议员支持。
有学者认为中国经济增长在未来会向下调，高铁未来50年都无法收回844亿元的建筑成本，一定蚀本，须由公帑补贴。
车站最终于2018年上半年竣工。

屋顶玻璃强光反射

2017年7月，私人屋苑漾日居有住户投诉西九龙站的玻璃天幕反射太阳光至单位内，在正午12时至下午1时半反光最为强烈。屋苑业主立案法团曾去信环境保护署及港铁反映，但对方未有正视问题。区议员批评政府相关部门监管不力，并提出动议，强烈谴责港铁忽视问题，亦未有采取任何补救措施。动议最终获23票赞成，两票弃权，在没有反对票下获通过。港铁表示考虑在天幕屋顶种植5至7米高的植物，希望以此减低“反光问题”。

渗水

2018年4月15日晚上6点，西九龙站地下一层售票大厅附近假天花有水渗出。事件到5月末才曝光，港铁经调查后发现因地面仍进行电线安装工程，雨水经电线穿墙孔连接的电线槽流入车站下层，事后已将电线穿墙孔封好，对车站设施并无影响。
2018年8月13日，《香港01》公开的照片显示西九龙站连接隧道（南）段，在今年5月至6月时地面有多处水迹，旁边的墙壁亦见渗水情况，惟港铁一直未有向公众交代事件。港铁回应查询时指工程技术上难以达致百份百防水，无否认有渗水。

涉未交代后勤楼层

2018年9月3日，《香港01》取得2011年西九龙站的设计图则，发现B4层的站台层下方有B5层，作支援车站维修及作为消防紧急通道使用，为港铁管辖，不属于内地口岸区域，不过政府过往的文件从未交代。立法会议员批评港铁和政府应该开诚布公交代。
运输及房屋局在9月6日深夜发表新闻稿回应，除近日被媒体揭发的“B5”层外，还有“B1M”、“B2H”、“B3M/B3H”及“B4M”四层。当局称除获港铁公司授权进入后勤用地作业的相关人员外，或发生紧急事故外，任何人士均不准进入后勤用地。后勤用地设有闭路电视及警报系统等保安设施，并有明显标示警告，防止未获授权人士进入。

沉降

2018年9月9日，传真社报道，港铁圆方商场和漾日居怀疑受高铁西九龙站工程影响，出现局部沉降，其中漾日居基座的公共运输交汇处外墙有十多块云石断裂，其中一处下陷深度逾200毫米。巴士总站连翔道出口墙脚亦有多块云石断裂，墙身亦见裂纹。有商铺职员称，店内工作人员休息室的地面及墙身早在2015年开始出现裂纹，有店铺受裂纹影响不能落闸。港铁及路政署称沉降数值未达停工标准，未有提供沉降确实数据。

无线上网服务信息收集

2018年9月11日，香港媒体报道车站内及港铁担当列车车厢内虽提供免费无线上网服务，但内地网络服务供应商京信通信在验证页面的“个人信息收集声明”中表示，收集到的个人资料，包括收集用户的姓名、电话、电邮、到访的网站等数据会受到中华人民共和国政府有关部门及其认可机构的监管，以防止或侦破罪案。有市民表示不会使用有关服务，涂谨申认为安排不合理。港铁次日回应指收集声明写得不清晰，乘客在车站香港口岸区和在香港范围的高铁列车上使用WiFi服务时会受到香港法律管辖，称相关资料不会转交给内地。陈帆指在香港范围内使用WiFi服务时收集到的资料不会转交他人，认为港铁的“声明”表达不清晰。到9月13日服务条款已被更改，删除了用户资料被转让的条文，但加入了用户资料可被转让予“港铁公司以作统计、分析及研究用途”。

首日运作混乱

2018年9月23日车站首日运作，大量在内地12306网上购票的乘客，到车站1-5号窗排队取票，人潮高峰时挤满离境大厅，有乘客表示排队1.5小时仍未成功取票。为免影响乘客乘搭高铁列车，港铁临时安排人手，检查列车乘客订票资料后容许他们无票即可入闸，但由于轮候人士太多，港铁一度只容许当班列车乘客进入，令不少下班列车乘客聚集，阻塞通道。亦有乘客无法以回乡证在自助售票机购票，最后需到售票处轮候，费时失事。
游客批评港铁对行李规限执法过严，比内地铁路站和香港国际机场要求更高，深感不满。其他批评包括港铁临时更改上客闸口、站台层候车指示不清晰以及闸机未能读取车票等。特首林郑月娥呼吁市民包容。港铁车务总监刘天成称首日车务运作整体畅顺，但需时磨合，公司会检视及改善。
首发日有多班列车因不同原因出现延误。在早上11点广州南站附近线路电力装置不稳定，一度有列车停驶10分钟，导致车内冷气熄灭、部分灯亦关上。

大厅滴水和水浸

2018年9月24日适逢下雨天，车站天幕下多处地方出现滴水情况，港铁安排水桶盛载。由于天幕下面部分空间为西九龙站内地口岸区，维修工程或会涉及不少问题，包括发生意外时产生的救援、法律及索偿问题。
2018年11月1日下午2时半左右，停车场内一辆货车撞毁消防花洒，引致地下、B1、B2层受到影响，其中B2层的美食广场需暂停开放，工人忙于清理积水。

站台与列车空隙过窄

2018年9月27日晚上，公民党立法会议员谭文豪在其个人facebook引述高铁内部消息指，一列复兴号CR400BF-A型动车组于9月26日上午10时45分驶进8号站台时，因站台跟列车的空隙太窄，导致车门无法正常开启，最终更要转去其他站台，港铁回应指已规定复兴号CR400BF型电力动车组须改用6号站台。

车站启用前

2018年4月1日，港铁为高铁试行运营，但未有安排传媒拍摄或采访高铁试行运营情况。无线新闻在早上8时许在站台逗留大约一小时，并拍到站台层情况。港铁表示正在调查早上有人擅闯高铁西九龙站工地事件，未来会加强工地保安。
2018年6月23日下午，港铁安排600名员工扮演乘客在西九龙站进行压力测试及人流控制的处理乘车演练，模拟入闸至站台到上高铁的过程，整个演练约3小时。不过除港铁批准人士外，其余参加者均禁止拍摄。
2018年9月1至2日，西九龙站首次举行开放日，8月25日港铁在6个地点派出2万张入场券，2个半小时内已派发完毕。有炒家将免费的门票放上网站出售。入场的市民经安检后可参观B1层、地面层和1楼部分空间，惟站台、列车，以及香港和内地口岸区就没有开放参观。港铁在站内设置摊位游戏、展板及摄影区等，不过由于参观人数众多，故每等候多时。“旺角鸠呜团”以及受高铁工程影响的元朗围仔村村民到场抗议。
2018年9月20日，内地传媒获邀参观和拍摄采访西九龙站内地口岸区，指各机构及人员都做好准备。
2018年9月22日，广深港高铁香港段开通仪式在香港西九龙站举行，有逾400名嘉宾出席，行政长官林郑月娥、广东省省长马兴瑞、港铁主席马时亨及中国铁路总公司总经理陆东福致词，并进行揭牌仪式，港铁于仪式过后以“动感号高速动车组”列车接载嘉宾前往广州南站。与此同时，多个团体在西九龙站外示威，就高铁项目的超支、效益和一地两检争议表达不满。

车站启用后

2018年9月23日启用当日，首班列车为开往深圳北站的G5736次，车型为“动感号高速动车组”，早上7:00分开出，19分钟后抵达深圳北站；而第一班长途列车为开往北京西站的G80次，使用16节编组的复兴号CR400AF型电力动车组，车程9小时，上午8:00发车，下午5时到达北京西站。同时，港铁及香港旅游发展局在启用当日向乘车的旅客发放礼品。
2018年10月12日，4名内地人士在站内的美食广场持虚假身份证明文件申请工作。警方以涉嫌“行使虚假身份证明文件”及“违反逗留条件”拘捕，年龄介乎23至55岁。
2018年10月27日，一名龙姓香港永久性居民乘坐广深港高铁到香港，在西九龙站内地口岸区办理出境手续时被拦截，边检人员通知深圳南山法院人员到站内把他带到深圳的法院。该香港人涉及在内地的房产买卖合同争拗并且未有履行法院判令。
2018年10月31日早上约9时，车站票务系统发生故障，一度以人手售票和发车票给乘客，有市民因而放弃购票和改坐巴士到深圳取票。直至10时15分回复正常。
2018年12月13日，《南方都市报》报道一名邹姓男子乘坐广深港高铁到香港，在西九龙站内地口岸区办理出境手续时被拦截，边检人员通知深圳龙岗法院人员到站内把他带走。该男子涉嫌不履行法院判决，但未有交代案件细节，案件现已达成和解。公民党立法会议员杨岳桥认为，香港人只能从内地传媒报道才得知事件，反映《一地两检》条例不透明。
2019年1月7日，多个媒体报道一名23岁站台女助理于1月4日报案，指在2018年12月至1月分别在香港和内地口岸区遭一名中年男子非礼。香港警方于同日在站内香港口岸区拘捕涉嫌非礼男子。而事主报称在内地口岸区被非礼一案则列作境外罪案，香港警方建议她向内地执法部门报案。立法会议员谭文豪批评事件突显一地两检漏洞，并质疑两地执法部门协作机制失效，担心日后港人在内地口岸区会失去保障，遇事会求助无门。

车站外判管理服务承办商裁员事件

2019年3月末，车站日常管理服务承办商国际永胜以“计划重整人手为由”合并多个职位。除非员工重新签约，否则将会于同年4月被解雇。有职员透露估计至今已解雇超过100名员工，而裁员涉及多个部门（保安和车站助理为主），但裁员原因并无准则，并没有任何合理解释，而承办商指的合并职位只是假象。有员工感到怒不敢言，同事之间士气低落。港铁回应媒体时指“一直与服务承办商保持紧密联系，过程中亦必须遵守雇佣条例的要求”。工联会香港铁路工会联合会已去信港铁首席执行官梁国权表达不满，要求承办商立即停止解雇行动，同时撤回已发出的解雇通知。不排除会发起工业行动。事件起因疑港铁公司在车站启用初期要求承办商聘用较多人手以确保车站运作畅顺及应付突发事件，在车站运作畅顺后认为不需要继续聘用这么多的人手，以减省开支。2019年3月28日，站内发生两宗员工企图自杀事件，以表达被车站日常管理服务承办商解雇的不满。早上9时许，一名40岁女车站助理，因拒绝转职而被解雇感到不开心，企图由站内高处企图自杀，警方到场游说后，女子被送院治理。至晚上7时许，46岁女站台助理在内地口岸区的站台值勤期间跌落路轨，其他站台职员随即拍下紧急按钮以阻止列车进入车站，并报警求助，同时通报香港及内地相关部门。该名女子手脚擦伤需送院治理。事后港铁已收走被解雇员工的禁区证，避免再有人拍摄到有人自杀的情况。

反修例游行活动的特别安排

因应香港在2019年发生多场反对逃犯条例修订草案运动，如若游行当日经过车站附近时，车站会只限持有当日高铁车票或购票凭证，并持有有效旅行证件之乘客才能进入西九龙站，同时要求旅客于指定出入口进站或离站。最坏情况或将会封闭整个车站。

7月7日

为应对2019年7月7日反对逃犯条例修订草案游行所致的安全风险。7月6日，港铁宣布当日只限持有当日高铁车票或购票凭证，并持有有效旅行证件之乘客才能进入西九龙站，同时要求离境旅客于D入口进站，入境旅客则须以K出口离站。
而车站内之即场售票服务、餐饮服务、部分商店、停车场、车辆下客区及出租车站亦暂停服务、而站内之手推车亦被移离。而港铁及大陆铁路部门亦限制出售当日往来香港西九龙站之高铁车票，又呼吁乘客改乘东铁线或红磡站之城际直通车往来中国大陆。车站运作于翌日复常。
警方表示派出2000个警力应对，大批警员凌晨4时许在西九龙站一带进行严密布防，包括设置大型水马包围西九龙站入口和广场，并封闭附近行人天桥。大厅内有数十名警员驻守，并手持警棍和胡椒喷雾戒备。现场亦有多名特别战术小队成员。站内保安指上司有命令为由，要求游客和记者不可拍照。而下客区和车站停车场入口亦停泊多部警车。有媒体在站内采访后亦被港铁职员驱逐离开。其后有多名记者在港铁传媒WhatsApp群组追问港铁，但未获回复。香港记者协会批评港铁做法严重削弱公众知情权。港铁其后澄清，指“是和相关政府部门商讨后的结果，拒绝承认或否认安排是否由警方提出。”。警方表示“绝对没有要求或建议港铁拒绝记者进入西九龙站采访，对记协指控表示极度失望及遗憾。”
下午约3时，一名自称在车站B2层工作的男职员，以戴口罩、连帽和黑色外套的服饰进入车站后，展示“香港撑住”的海报。大批港铁职员及警员大为紧张，警员把他带到B2层洗手间门口进行搜身。下午约4时，一名戴口罩、穿黑衣的示威者以乘客身份成功进入车站后，除展示“香港撑住”海报外，亦高呼“反送中”、“我要真普选”、“撤回6.12暴动定义”等口号，警员一直跟随拍摄，并同港铁人员一度包围该名示威者，他最后决定不乘坐高铁，由港铁职员及警方陪同下离开车站。

10月20日

民间人权阵线发起10月20日在九龙区游行，线路由尖沙咀梳士巴利花园至高铁西九龙站，民阵于10月14日向警方“入纸”申请游行，惟警方于游行前两日（10月18日）发反对通知书，随后民阵提出上诉后被驳回。为避免突发状况，车站游行前保安布防明显加强，包括封闭三个地面出入口、围封绿化空间防止出入、外围有大型水马重重包围、加强保安巡视等，游行当日更派出水炮车戒备。同时港铁宣布当日实施客流管理措施，乘客只可使用D入口进站；出站则使用K出口。其他车站出入口、停车场、下客区及出租车站亦会由车站开始运作起全日关闭。同时车站不设现场售票，网上系统、热线电话及指定代理将于中午12时起暂停售卖当天往返香港的车票。
同时在游行当日，由于信号故障，港铁取消部分往来香港西九龙站的列车车次。

任职英国驻港总领事馆的港人被行政拘留15日

2019年8月8日，任职英国驻港总领事馆贸易投资相关工作的香港人郑文杰，晚上10时许从深圳乘坐高铁回港期间与家人和女友失去联络，在西九龙站内地口岸区被捕。郑文杰失去联络超过10日后，事件才被《香港01》独家报道。英国外交部表示极度关注员工被拘留事件，会尽力协助其家属。香港入境处回复媒体时表示已透过特区政府驻粤经济贸易办事处跟进事件，并按当事人家属的意愿提供适切的协助及意见但未有证实事件。到8月21日，中国外交部证实郑文杰因违反《中华人民共和国治安管理处罚法》第六十六条规定，即卖淫嫖娼，被深圳警方行政拘留15日。家人表示未能够得知他被关押何处及因何事而被关押。同时称律师连续数天曾赴内地多间拘留所，但一直未有下闻，质疑当局有意阻碍律师见他。