臺灣荷蘭統治時期

史前台湾

1543年，葡萄牙船只在经过台湾海峡时，有个船员偶然遥望，发现一个青葱翠绿的海岛，禁不住喊出“Ilha Formosa（葡萄牙语：美丽岛）”，就这样，这个“福尔摩沙”（Formosa），就成了西方世界对台湾这个岛屿的称呼。然而，葡萄牙人虽是最早抵达东亚的欧洲探险者，但是与台湾之间仅止于用鸦片与银元交换台湾原住民的物品，并不打算进一步殖民。
在当时，台湾除了少数汉族移民之外，早已有南岛民族系原住民的存在，这些使用南岛语系的台湾原住民族群分布于台湾全岛。南岛语族主要分布范围北到台湾，南至新西兰，东到复活节岛，西至马达加斯加。他们虽然同属南岛马来民系，但是并非同一种族。这些原住民族各有不同的语言与风俗习惯，构成独立而不相隶属的部落社会。由于不同的语言、风俗习惯、居住区，这些原住民族可能是在不同时间，从不同地方搬迁而来。因为分成许多族群，原住民族在台湾始终未能建立统一全台的政权，仅有些地方政权（荷兰当局曾将台湾各地划分为十一个政治实体），如台中附近的大肚王国，屏东到台南一带的玛家王国和恒春半岛上的大龟文王国。
由于适当的地理位置，台湾成为倭寇或海盗的整补地及避风港。倭寇或海盗在明帝国沿海劫掠，遇到官兵追击，就逃至澎湖群岛，然后再到台湾。官兵虽会追至澎湖，但甚少穷追到台湾（明将只有沈有容曾跨海追至安平，并“尽歼群倭”）。关于当时台湾的情景，学者多参考《东番记》，为最早对于台湾的相关记载。

前来东亚

荷兰独立战争爆发后，荷兰人成立了荷兰东印度公司，发动一连串战争，以夺取西班牙、葡萄牙于东亚的殖民地。后来荷兰人在雅加达、安汶、平户等地陆续开设商馆，惟与中国贸易进展不顺。1604年，韦麻郎打算进攻澳门，以作为与明朝贸易的基地。因被葡萄牙人击退，韦麻郎转而趁明军无汛兵防守时，占领澎湖。但明军将领沈有容率兵到澎湖，要求韦麻郎离开。韦麻郎迫于此压力下，且无法顺利与中国贸易，因而离开。此事件留有《沈有容谕退红毛番韦麻郎等》碑，今仍竖立在澎湖天后宫中。
1622年，柯恩总督获知西班牙人意图占领台湾，遂派雷约生（荷兰语：Cornelis Reijersen, c.1590 - 1632）率领600人进攻澳门，若失败则转往澎湖或台湾设立贸易据点。只是葡荷澳门战役荷军遭西班牙、葡萄牙联军顽强抵抗，损失惨重，雷约生遂转占澎湖，并在风柜尾筑城。雷约生到福州见福建巡抚商周祚，希望与中国贸易。商周祚私下答应雷约生，只要撤出澎湖，就允许他们在台湾贸易，但双方一直无法取得共识。
1624年南居益上任福建巡抚后，打算硬逼荷兰人退出澎湖，派兵包围了风柜尾城。经过八个月激战、雷约生多次请辞，荷兰东印度公司派马丁努斯·宋克来接应，而明朝从四千人增兵到一万人。经李旦介入协调以后，荷兰人和明朝达成协议，同意摧毁风柜尾的要塞和炮台，转进至不属于中国版图的台湾岛，明朝亦不干涉荷兰对台湾的占领。李旦之所以积极介入，原因之一是为了解除荷兰人占据澎湖后，不准中国商船到马尼拉贸易的困境。
1624年8月26日，荷军撤出澎湖转往台湾。荷兰东印度公司乃于不受明朝政府管辖的福尔摩沙（今台湾）大员（今台南市安平区），建立台湾史上第一个统治政权。
根据中央研究院院士杜正胜与曹永和的研究：“明朝虽实施海禁，但台湾不只明朝不管，甚至也不属任何国家管辖，所以走私船早在当时就在基隆、安平与淡水会合明朝、日本与西班牙、葡萄牙与荷兰的商船。...根据荷兰史料，当时东印度公司指挥官莱尔森于1622年到福州谈判，明朝官员为了劝诱他们撤出澎湖，建议他们到澎湖以东，一座不属于明朝的岛屿，也就是台湾，间接同意明朝船只到大员（今安平）与之通商。...当时明朝官员向莱尔森说：“你不知道大员怎么去，我们派船带你去”。这段史料，显见明朝福建官员知道台湾，但不以台湾当作属地。而同样年代，明代的史料记载的是，官员软硬兼施，并请海商李旦居中协调，荷兰的新任长官宋克，才在1624年拆除澎湖城堡的建材，搭乘热兰遮城号商船，来到大员上岸，宋克也成为荷兰建立台湾政权的首任长官，他也在大员建立热兰遮城。。
新任长官宋克首先在北汕尾（今台南四草）建立简易的商馆，并于1625年，在大员一鲲鯓（今台南安平区）筑热兰遮城，以此作为统治台湾的中心。这是台湾跃上国际舞台的开始，也为外来政权占领的开始。

稳固地位

在台江内海附近的平原上，有四个主要的西拉雅村庄，分别为新港社、萧垅社、麻豆社、目加溜湾社。荷兰人与新港社结盟，但是新港社系其中最弱小的村庄，经常会被最强大的村庄——麻豆社所攻击。虽然荷兰人数次支援新港社对抗麻豆社，1629年却爆发了麻豆溪事件，彻底打击荷兰人的威望。当时大员当局的士兵还不到400人，无法战胜麻豆，加上受到滨田弥兵卫事件波及，对外贸易受挫，让巴达维亚当局不愿增援。1630年，大员当局只得先进攻麻豆社的同盟村——目加溜湾社，并和麻豆社暂时休兵。
到了1635年9月，巴达维亚当局同意增援台湾；同时麻豆社、萧垅社爆发了瘟疫，村内不少勇士都染病而死。大员当局认为这是好时机，联合新港社于11月23日攻入麻豆社，并签订麻豆协约，又于圣诞节之役击败塔加拉扬社（Taccariang，约在今高雄一带）。荷军乘战胜的余威，击败了其他敌对村庄，如萧垄社、小琉球社等等，其他南台湾的部落也陆续臣服。这一连串的胜利确立了荷兰人的威势，到1636年底，共有57座原住民村庄服从荷兰人。

荷兰盛世

1636年起，因赤崁附近的鹿群大量减少，大员当局遂开放汉人前往北边捕鹿。此时虎尾垅社系有名的梅花鹿栖息地，不少汉人走私团体居住于此，并和原住民从事鹿皮交易。虎尾垅汉人为了排除新来汉人的竞争，便联合虎尾垅原住民反抗荷兰人，并杀害前来捕鹿的汉人。大员当局分别于1637年及1638年进攻虎尾垅，不过虎尾垅社依然敌视大员当局，甚至杀死了3位荷兰人。1642年，荷军进攻虎尾垅社，杀死了之前袭击荷兰人的30人，自此之后虎尾垅社不再反抗。此后，大员当局有鉴于虎尾垅社的敌意出自汉人煽动，遂禁止汉人定居于原住民部落，并要求原住民搜补非法居住的汉人。
荷兰占领南台湾后，西班牙人亦占领北台湾，开启其统治。然而1637年起，西班牙人开始削减在台军力，并从淡水撤出。时任总督的安东尼·范·迪门探悉此消息以后，乃于1642年派舰攻占鸡笼，赶走了西班牙人。荷兰人征服北台湾后，目标转为完全征服西部平原的原住民，以连通台湾南北的道路。1644年，荷军征服北台湾其余不肯服从的部落，并南下打通陆路。荷军在路上为隶属大肚王国的水里社及半线社所攻击，不过仍顺利抵达大员。1645年1月，荷军进攻大肚王国内的反荷部落，大肚王国只得于4月正式降服，至此全西部平原皆服从荷兰人的统治。

统治结束

自1650年起，郑成功于福建沿海崛起，为了筹措和清朝抗衡的军费，他派遣大量商船前往日本及东南亚贸易，与荷兰人竞争。1652年爆发郭怀一事件，因为起事规模过大，就有传言郑成功在暗中操纵。虽然荷兰人判断只是谣言，仍然很担心郑成功的威胁。荷兰人为了打击郑成功，开始在海上扣押郑氏商船，郑成功则禁止双边贸易作为报复。
1657年，揆一派何斌和郑成功交涉，虽然郑成功答应恢复通商，何斌却暗中替郑成功在台湾征税，直到1659年大员当局发现此事，何斌便投奔郑成功。何斌逃亡让台湾西南部陷入动荡，到处都谣传郑成功即将进攻，一些汉人开始收拾财产，打算携带家眷返回中国大陆。1661年，郑成功进攻台湾，很快就拿下普罗民遮城，并包围热兰遮城。1662年，郑军夺下大员的制高点—乌特勒支碉堡，荷兰的大员当局自知已无力再战，只得退出台湾。

重占鸡笼

荷兰人为郑成功所击败后，遂打算和清朝合作对付郑氏王朝。1663年清荷联军进攻金门、厦门，郑成功的继承者郑经寡不敌众，退守铜山。荷军虽然得胜，但清军却未协助进攻台湾，让荷兰人的期望落空。
1664年，荷兰人出兵占领鸡笼，并于此地发展贸易，郑军随后也于1665年进驻淡水，与荷军对峙。然而鸡笼不但补给困难，贸易也始终无进展，1667年东印度议会以损失荷兰盾八万元为由，裁决撤出鸡笼，翌年7月将所有公司职员接回巴达维亚，自此荷兰人彻底放弃占领台湾。

荷兰人

一般上皆称当时的殖民者为荷兰人，不过荷兰东印度公司招募职员时，其实包含许多欧洲民族，外国人以受雇为士兵的德意志人为最多。驻台湾的职员需签署三、五或十年的工作契约，期满后通常在加薪、升迁的条件下续约。签约职员必须遵守公司规定，譬如不能私自经商，公司商务员才允许从商。职员私下贸易被查获，将受惩处并没收货物。除了职员之外，还有少数未续约而成为自由市民的人，但公司也有权管制，甚至限定他们的贸易范围。在荷兰社群中，亦有身份等级的差别，公司的高阶职位只保留给荷兰共和国的高阶市民，低阶职位例如士兵、水手、工人多由外国人担任。高阶荷兰市民普遍鄙视低阶群体，并透过体罚控制其纪律。

汉人

1623年在荷兰人还未统治台湾时，大约有1500名汉人于台湾嘉南平原生活或侨居，大部分都是来捕乌鱼，或向原住民收购鹿制品，因此这些人都是短期居留，并未建立适合开垦的殖民地。荷兰人设立商馆后，发现台湾土地肥沃，打算招募汉人于赤崁建立垦殖区，然而汉人农民经常遭受原住民的攻击，因此在台湾定居的汉人仍然不多。直到1635年到1636年间普特曼斯战胜原住民，签订麻豆协约，特别要求原住民不得伤害汉人，并实施许多鼓励发展农业的政策，才确立了汉人在台湾的垦殖区。原本移民台湾的汉人只有男性，直到1646年加隆长官提供免什一税优惠，鼓励汉人带家眷前来，才有女性移民。又因中国大陆处于明、清朝代交替的动荡时期，有很多汉人为了躲避战乱，移民潮掀起高峰，1659年以后，汉人人口成长至25000到30000人。
1640年代起后，汉人社群中开始产生一群叫做头家（荷兰语：cabessa）的阶层，成为大员当局咨询政策的对象，并负责调解、仲裁汉人彼此的纠纷。这些头家与福建的大商人有很密切的关系，又会参与公司在台湾的经营事业，因此荷兰人在财政或行政上都很仰赖这群人。

日本人

在荷兰人还未统治台湾时，已有日本商人与渔民常住于大员等地。1626年，西班牙人绘制的“台湾的荷兰人港口图”上标示，日本人有106人居住在热兰遮城旁边的街市上。普罗民遮城附近也有日人聚居。台湾的鹿皮贸易在德川幕府的锁国政策实行前亦由日本商人所独占。1625年后，荷兰当局颁令禁止侨居日本之中国商人来大员经商，且对日本人自福尔摩沙输出货品课征什一税。此举引发日荷关系紧张，终至演变为滨田弥兵卫事件，造成1628年日方终止与荷方贸易。经双方多次交涉，1632年才恢复贸易。除贸易冲突外，荷日双方亦曾在台湾争夺司法管辖权。日方侨领曾宣称拥有日本天皇授予对日本人之司法管辖权，因而与荷兰当局发生冲突。荷方认为此举侵犯其对福尔摩沙的主权，然常因避免荷日关系恶化最后予以部分退让。

原住民

当时原住民部落，除了大肚王国及琅峤、玛家等排湾族部落以外，社内少有绝对的统治者。原住民系以个别村社为政治实体，而有一群约定成俗的长老，或是精于作战、狩猎的人物，作为村社对外交涉的代表。
荷兰人统治台湾后，借由地方会议来挑选受其征服的各社首长，候选人来自社内长老，首长职权除执行当局政令之外，亦需协助宣教士推动教育事业。首长人数依村社规模而有所不同，如大社3位、中社2位、小社1位，首长若是年纪过大，荷兰人也会多选1位首长以辅助。首长原则上一年一任，大多数人都能连任，荷兰人亦会考量首长之品行、能力、健康、个人意愿而更换人选。
但是，事实上，大部分的原住民部落都未被征服，因此大多数原住民部落仍保有自身的自治权。

政府组织

台湾虽然是荷兰东印度公司之殖民地，但在法律上却是荷兰共和国以公司为代表之荷兰属邦，并由台湾长官与台湾议会（荷兰语：Raad van Formosa）所组成之台湾领邦政府（荷兰语：Formosanse Landtregeringe）治理。政府以台湾议会为最高统治机构，由台湾长官，长官副手、最高阶军官、2位上级商务员担任议员。议会的职责有颁布告令、统率军队、制定政策与贸易方针、指派下级单位的官员。议会所有决策皆由讨论取得共识，再交付台湾长官办理，并将通过的法条记载在《台湾告令集》（荷兰语：Plakaatboek Formosa），以荷文、中文公告。
台湾议会下辖台湾公司法庭，作为最高司法机构，以审理公司职员的民事、刑事案件。公司法庭下设市政法庭，审理自由市民与汉人之刑事及重大民事案件。另外还设有头家公堂，负责审理汉人轻微的民事案件，依大员议会1656年的决议，诉讼标的价值低于10里尔的案件，只能由头家公堂受理。

封建制度

荷兰人引入欧洲封建制度，以确立荷兰人为领主、原住民为封臣的关系，再由地方会议及年贡加以维系。服从荷兰人的村社，须交出一株附有本地土壤的树苗，象征转移主权。在此种关系上，荷兰人认可原住民的土地为封建领土，荷兰人或汉人在其领土从事伐木、开垦、捕鱼等经济活动，都要支付补偿金给原住民。原住民身为封臣，司法上不受《台湾告令集》约束，而是依各自部落的习惯审理案件，并由派驻在当地的政务员辅导与监督。然而涉及死刑或流放台湾岛外的案件，需交由台湾议会审理。

地方会议

大员当局把台湾画分成北部地方会议区、南部地方会议区、淡水地方会议区、卑南地方会议区四大区域，原住民依其所属区域推举代表与会。会议系分区召开，开会日期亦有不同，南部、北部皆由长官主持，并于赤崁开会；淡水及卑南分别由驻于安东尼堡、卑南社的代表主持。原则上每年开会一次，也有因故停会，1657年就因南台湾爆发天花，仅于淡水地方开会。
地方会议主要系确认原住民对长官的从属关系，以维系所属村社与公司所签的协约，亦有仲裁纠纷、训示原住民须尽职责等涵义。若有新长官上任，原住民须宣誓效忠新长官，会议同时也改选村社首长，并授予其象征权威的藤杖，而卸任者必须缴回受颁的藤杖，表示不再拥有权力。
荷兰人更会借由会议排场，展现己方的优越地位。每次长官及议员前往会场时，荷军皆会鸣放礼炮及礼枪，并由士兵簇拥就座。开会时，长官及议员皆坐在较高的亭子，原住民则坐在较矮的桌椅上，显示双方地位有差距。荷兰人为表示汉人的地位不如己方，通常不让汉人出席会议，就算有人出席，也仅于宴会上端送茶、点心，明白表示汉人为公司属下。

年贡

年贡起源于1642年，大员当局向南路各社征收10捆稻谷，作为服从荷兰人的象征，此后并推行至其他地区。只是原住民对于一捆该有多少米，各有不同的认知，后来大员当局遂制定缴纳标准，规定每户交20斤稻米或4张鹿皮作为年贡。然而非每户人家皆需缴交，荷兰人所任命之村社首长即可免缴，大肚王及琅峤王也有同样待遇，新加入联合村者，第一年也免缴。
年贡征收情形亦有地域差异，南、北二路缴交情况皆良好。距离大员较远或未被征服村社则不需缴，如兰阳平原、东部皆有原住民拒绝缴纳，而玛家王国则不需缴，甚至是由荷兰缴纳农作物以求和平，淡水原住民是在荷兰人以武力威胁后才缴交。
虽然年贡并非大员当局重大的收入，然而原住民的生计自1640年代即开始下跌，有些村社甚至无力缴纳。为此，大员当局于1648年停止征收年贡，然而有学校的村社仍需付薪水给本地原住民教师。到了1650年，巴达维亚当局认为这是变相的年贡，下令废止，教师薪水一律由公司出钱。

军政

大员当局最主要的武力为公司雇用的士兵，负责前线作战，而后勤任务另外雇用汉人担任。然而大员当局非只依赖佣兵，由原住民组成的联合村也为重要武力。联合村起源于1635年时，大员当局与麻豆社的协约，条文明定原住民须协助荷兰人对抗敌对村社，此后臣服荷兰人的各村社皆比照办理。往后联合村也参与了多次重要战役，如探金行动、郭怀一事件等。
当大员当局发动战争时，会另行考量征讨对象的地理位置，以决定征召哪些村社组成联军。例如西部平原为西拉雅族；南台湾为琅峤、放索社、下淡水社；东台湾为卑南社。尤其是离大员遥远的地区，荷兰人更加依赖联合村，像是1640年代以后，荷兰人仅留20余人驻守东台湾，皆须靠卑南社才能抗衡阿美族及布农族。

火器

荷军士兵如同欧洲各国的军队，普遍以鸟铳作战，在战术上率先欧洲，采用排放战术来弥补装填弹药的空档时间，让火铳队可发挥强大的火力。排放战术在荷军镇压郭怀一事件便发挥极大的作用，当时郭怀一部众在人数上占有优势，然而当荷军展开排放射击后，郭军畏惧密集的火力而开始溃逃，荷军甚至无人受伤就镇压了起事。在大炮的使用上，荷军炮弹已采用发射后可爆炸的榴弹，并透过瞄准工具，提高炮击精准度。荷军大炮在郑成功攻台之役造成郑军极大的损伤，让郑军相当畏惧，甚至有人认为荷军炮手能够把炸弹投在任何想要的地方。

船舰

荷兰船舰在中文文献上被统称为夹板船，荷军的船坚炮利，就连明朝官员也相当畏惧。荷军船舰两侧各架设一排大炮，可以架设30~36门大炮，船身又相当高大坚固，几乎无法强行登船。荷军船舰也有强大的逆风行驶能力，料罗湾之战时，普特曼斯的舰队战败后便逆风撤退，让郑芝龙的舰队无法追上；在郑成功攻台之役时，一艘荷军船舰逆着西南季风从大员航行到巴达维亚求援，几乎扭转战局。在清荷联军之役，荷军船舰展现出强大的战力，当时荷军15艘军舰，便足以匹敌郑军100艘军舰。

农业

居于台湾西南平原的西拉雅族已有从事原始耕作，只是型态仍不脱离自给自足，产量有限。荷兰人为了提升农产量，开始鼓励汉人前来台湾开垦，并制定了许多奖励措施。汉人只要种植指定数量的农作物，就可无偿获颁土地，也保证以预定价格收购翌年生产的农作物。甘蔗和米是最主要种植的作物，也有棉花、靛青、麻、小麦、姜、烟草、土茯苓等，只是种植都不如甘蔗和米热络。当时土地开垦集中于赤崁一带，以及西拉雅四大社交界之处，而1656年后二仁溪以南的土地也迅速开发。
甘蔗系荷兰人农业发展之重点，用于提炼外销用的白糖、红糖，主要销地为日本和波斯，其余则运回巴达维亚。1640年代后期每年大约可提炼出9000担的白糖，到了1657年后产量更是达到17000担。大员当局也多以信贷政策刺激甘蔗种植，像是以生长中的蔗苗作担保品贷款给汉人，不过荷兰人独占所有砂糖的出口，直到1656年才开放他人经营。
稻米除了供台湾本地消费之外，也有农民把米卖至中国。虽然1634年起汉人就开始种米，但稻米比甘蔗较易受气候、病虫害的影响，起初耕种并不热络。到了1640年代，因中国米价持续高涨，许多农民放弃种甘蔗而改种稻米。因为稻米的经济价值较低，大员当局担心排挤种植甘蔗，于1643年取消了稻米收成免税，开始征收稻米什一税。

猎鹿

17世纪早期，台湾西部平原充满了大量的台湾梅花鹿，此时已有原住民从事猎鹿，鹿只除了作食用以外，也会制成各种鹿制品以供交易。鹿皮主要销往日本，以制成甲胄及各种服饰；而销往中国的有鹿肉，以及药用的鹿茸、鹿鞭。由于出口鹿制品的获利颇多，引来不少华人前来走私，而大员当局往往苦于查缉走私商。1636年，大员当局为了管制鹿制品贸易，开办狩猎执照，汉人需购买执照才可猎鹿，同时也对出口鹿制品课税。但是大员当局的措施，引起了走私汉商及原住民共同反抗，最激烈的首推虎尾垅社。反抗事件平息之后，大员当局废除了执照制度，改采贌社制。在新制度下，大员当局禁止汉人捕鹿，只有得标的商人才能和原住民交易鹿制品。
原住民系以枪矛、弓箭、网、套索等传统方式来狩猎，所耗劳力较多，鹿皮产量有限。汉人介入捕鹿事业之后，引进效率较高的陷阱，大幅提升了鹿皮产量。1634年台湾只有出口鹿皮10万张，引进陷阱后，1637年的出口量就上升至15万张。但是汉人滥捕也让鹿只大量减少，大员当局遂禁用陷阱捕鹿，并于1640年到1641年间完全禁止猎鹿。到了1650年代，鹿只数量略有回升，但鹿皮产量也只剩5万张，已不如往年兴盛。

捕鱼

渔民最常捕的系乌鱼，每逢冬季就有大量乌鱼回游到台湾海峡产卵，当时的打狗港、尧港（Jockan，在今梓官区）皆系著名的渔港。除了已定居台湾的渔民之外，每年12月到次年2月也会有福建渔民前来捕鱼。捕乌鱼须缴纳10%的渔获作什一税，其他鱼类则是按船征税。因乌鱼无法长期保存，渔民会先腌渍乌鱼再卖出，或是加工制成乌鱼子，每年约有数十万尾乌鱼卖到中国。
1645年以后，大员当局引进贌港制度，把台湾沿海以及内陆湖泊划成许多渔场，唯有得标者才可进入捕鱼。另一方面，大员当局也开始标售征收乌鱼税的权利，得标者即可免税出口所征收的乌鱼及乌鱼子。

海外贸易

荷兰人建立大员商馆后，便以其为据点发展转口贸易。贸易目标系获取中国的金和日本的银，1636到1667年间，从日本赚来的白银有71.9%都被运来台湾，除了购买中国货物之外，再把其余分给其他商馆作资金。黄金则是运往荷兰人在科罗曼德尔海岸的商馆。
荷兰人从中国大量收购生丝、丝绸、瓷器、棉布等商品。生丝及丝织品转卖日本、瓷器转卖欧洲、棉布转卖东南亚或供应台湾本地。此外荷兰人也从东南亚购入胡椒、丁香、苏木等香料，卖至中国获利。1635到1640年是转口贸易的鼎盛期，丝货的贸易额，占荷兰人卖到日本商品总值80%以上，而这些丝货有87%系从台湾运来。
然而1640年以后，中国开始蔓延战乱，丝货与瓷器的生产锐减，加上郑芝龙为独占日本市场，抵制华商运丝货到台湾，转口贸易开始衰败。贸易型态也由转口中国商品，改为出口台湾本地生产的鹿皮及砂糖。中国市场也受战乱波及，对香料的需求减少，荷兰人卖到中国的商品则改为铅与硫磺，其中铅从暹罗购入，而硫磺为台湾出产。

文化改造

将原住民改宗成基督徒，也是荷兰统治时代的施政重点，而西拉雅族的部落最接近热兰遮城，因此宣教士便从西拉雅部落，开始推动基督教信仰。当时西拉雅人的某些社会风俗，并不相容基督教义，例如不到36、37岁的妇女怀孕必须堕胎、夫妻分居。西拉雅人为多神信仰，并由称为尪姨的祭司负责祭祀，尪姨也会借由占卜、预言等方式影响西拉雅社会风俗，尪姨也负责对妇女堕胎，宣教士因此将尪姨视为最大的传教阻力。为了减少尪姨的影响力，1641年荷兰人便把250名尪姨，流放到西拉雅部落北方的诸罗山，并进行基督思想改造。直到1652年，才准许她们返回原部落，并要求不得从事原有的宗教活动，然而存活下来的尪姨只剩48人。
虽然宣教士试图让原住民接受基督教，然而原住民仍然透过原有的文化风俗，加以理解基督教。例如有不少改信基督教的原住民，为了避免狩猎、耕作失利，才虔诚地对上帝祈祷。对于基督教的价值观，也是选择性接受，原住民可以接受夫妻共居、共育子女的精神，然而夫妻须白头偕老，则未必能接受。因此到了1658年，以揆一为首的大员议会，便抱怨改宗基督徒的原住民，仍然有崇拜偶像、通奸、乱伦等行为。

基督教教育

早在荷兰人统治初期，就已有宣教士深入原住民部落布教，为了使原住民能更了解基督信仰，宣教士开始把宗教教育制度化。1636年5月26日，台湾史上第一所学校于新港社成立，课程除基督教教义外，并传授以拉丁字母读写原住民语言。新港办学成功后，很快也推行至西拉雅语区（约今新市区到嘉义市）及虎尾垅语区（约今虎尾镇至二林镇）等地的部落。
学校依招收对象可分成儿童、成年男子、及女子三种，惟荷兰人为提升男性社会地位，只让男性接受识字教育。学校的教材有教义问答、祈祷文、讲道文等等，为求原住民容易理解，教师多以本地语言教学。然而1648年后，大员当局改推行荷兰化教育，学校开始教授荷兰语，也依荷兰本土的作息来上课，并要求原住民改成荷式姓名、改穿荷式服饰。
在师资方面，除了派来的牧师、探访传道以外，教师亦有士兵转任或由原住民担任。然而士兵素质参差不齐，时有违法乱纪，原住民教师的地位则日益加重。1659年，大员当局遂于萧垄社创办神学院萧垅神学院(Collegium te Soelang，1659-1661)，以培育原住民师资。学院采寄宿制，招生名额为30人，入学年龄为10到14岁，须通过考试才能入学。由第8任长官法兰索斯·卡隆（François Caron）的儿子丹尼珥（Daniël）担任神学院的副院长。

麻豆社

早在1623年荷兰人来台湾探勘时，麻豆社曾与目加溜湾社联手进攻荷军，往后两社开始结盟对抗荷兰人。1626年麻豆社、目加溜湾社与新港社爆发冲突，荷兰人前往支援。麻豆人眼见荷兰人与新港社拉近关系，决定彻底逐出荷兰人，便于1629年策动麻豆溪事件，击杀63位荷军士兵。事件爆发后，目加溜湾社、萧垅社也开始攻击荷兰人，然而目加溜湾社随后被荷军击溃，麻豆社只得与荷兰人暂时停战。不过麻豆社实力依在，遂率军至魍港攻击受荷兰统治的汉人，甚至鼓动部分新港人举办被荷兰宣教士禁止的传统祭典，挑战荷兰人权威。只是麻豆社却与萧垅社爆发冲突，萧垅社转而与新港社结盟，局势逐渐对麻豆社不利。后来麻豆社与萧垅社和解，并再次结盟对抗荷兰人，然而荷兰人借着巴达维亚的援军，终究压制了麻豆社与萧垅社。

新港社

早先新港社为了抗衡麻豆社，与荷兰人结盟，然而新港人一再受到麻豆人骚扰，眼见荷兰人无力保护自己，便打算与日本人结盟。1627年16名新港人随滨田弥兵卫前往江户晋见德川家光，一行人返回台湾后，引爆了滨田弥兵卫事件。1629年长官奴易兹率兵突袭新港社，破坏前往日本的新港人房屋，此事件令新港社与荷兰人的友好关系降至谷底。随后荷兰人又重挫于麻豆溪事件，一些新港人不再理会宣教士的教导，并反抗宣教士干涉西拉雅传统。1635年9月，有新港人密谋驱逐荷兰人，然而消息走漏后，参与密谋的人皆被逮捕，计划遂宣告失败。

汉人

1640年代起大员当局陆续对汉人开征新税，其中又以人头税最具争议，荷军士兵常会借着检查人头税，加以勒索、抢夺汉人的财物。汉人曾多次抗议人头税实为苛政，有些汉人领袖借着这些不满，聚众反抗荷兰人。1643年一位海盗金官（Kinghwangh），就占据马芝麟社（Bethgierim，今鹿港），并深入内陆臣服二林、大武郡（Tavocul，今社头乡）等十个村社。金官宣称自己系统治北方的长官，而荷兰人为统治南方的长官，虽然金官于羿年被捕并遭处死，荷兰人却未改善汉人的困境。1650年以后甘蔗业开始衰退，不少人因此失业或被迫降低工资，再次掀起汉人极大的不满。1652年郭怀一遂起事反抗荷兰人，答应事成后众人可平分财物，并免缴人头税做为号召，大举进攻赤崁。