六四清场

军队部署

原中共中央总书记胡耀邦在1989年4月15日去世后，学生开展悼念活动，后来进一步发展为游行示威运动。四月二十一日晚，近10万名学生聚集在天安门广场外举行自办的追悼会来悼念胡耀邦。在四月二十二日举行胡耀邦的葬礼期间，由北京卫戍区和第三十八集团军组成的近9000名士兵被部署在人民大会堂及其附近。四二六社论发表后，第三十八军被第二次召集到北京，加入北京卫戍区的部队，抵御在天安门广场抗议的学生。四二七游行时，几十万学生从校园中走出，加入游行队伍，并聚集在北京的中心地带，但没有进入广场，约有5100人的部队参与了这次的军事部署。五月中上旬，在北京驻扎的军队被要求保卫人民大会堂，保障在当年5月4日召开的亚洲开发银行理事会会议以及五月十三日至十七日苏共中央总书记米哈伊尔·戈尔巴乔夫对北京的国事访问。

颁布戒严令

在北京实行戒严的决定最终是由中共元老之首邓小平与总理李鹏为首的强硬派作出的，目的是以军事行为来结束由学生发起的示威活动。而中共党内的改革派则反对使用武力，主张通过政治谈判手段解决危机，而他们在之后亦随即被逐出高层；该决定也使得军内一些反对派抵制戒严命令，但最后也被逐出军队高层。
5月11日，中国国家主席杨尚昆私下会见中共中央军委主席邓小平，并讨论了对学生运动的处理方法，认为这次运动不采取强硬措施无法解决。邓小平认为，虽然学生提出的打击官员腐败、清理官倒是可以接受的，但某些人却“利用”这些口号为借口来推翻共产党。他补充说，党应该用和平的方式解决学生的运动，但中共中央政治局也必须准备采取果断行动。在五月十三日，当学生们开始在天安门广场绝食时，国家主席杨尚昆和时任中共中央总书记赵紫阳都给邓小平做了报告之后，邓小平和部分党内元老对政府无力结束活跃了近一个月的学生运动表现出了明显的无法容忍的态度。此后，邓小平再次重申有必要采取果断行动。

动员

自五月十九日开始，中共中央军委开始依据戒严令在全国各地调动部队。除了北京和天津的驻军，至少从5个大军区中动员了至少30个师。根据比较可靠的数据，估计在地方动员军队的数量范围在18万到25万左右。此次军事动员的规模超过了中国与越南、印度和苏联边境战争的总和。

徐勤先抗命

中国人民解放军第38集团军是当时北京军区里装备最精良的部队，而军长当时的领导人为徐勤先少将。戒严令颁布后，徐勤先公开拒绝执行调度命令。徐称他不会遵守一个口头命令，要求查看和阅读书面文件。当北京军区的军区司令官告诉他，在“战时”因情况紧急，书面报告将在稍后提供时，徐当场反驳学运不是战争，再次重申他拒绝执行命令。中央军委副主席杨尚昆后来试图派周衣冰到保定去说服徐执行命令。徐问周中央军事委员会是否已经批准了戒严令。周回答说，邓小平和杨尚昆已经批准，赵紫阳则没有批准。徐则称没有赵的批准，无法执行命令。后来徐勤先为抵制戒严令还专门请了病假。
由于徐勤先的抗命，邓小平被迫从南京调出第十二军，空运到北京；而第十二军也成为南京军区唯一一个动员的部队。

士兵

大部分进城兵员是选择来自农民家庭的文盲，从来没有来过北京，亦被禁止接触10天内的任何新闻，不清楚他们即将面对的局面，他们被告知此次调集是要进行军演，唯一的情报是当时刻意为士兵们准备的一份录影片段。而由于来自其他地区的部队和北京市民使用不同的北方方言，增加了进城的混乱和后来清场时因语言不通而造成的伤亡。

清场前冲突

在五月十九日晚上，第二十七军、第三十八军和第六十三军在宣布戒严令前已经先行到达北京。但由于先前的新闻刊发使得戒严令的内容被释出，所以学生和市民们也在北京远郊组织抵挡军队进城。五月二十日，第二十四军、第二十七军、第二十八军、第三十八军、第六十三军、第六十五军、第三十九军、第四十军、第五十四军、第六十七军以及北京卫戍区的部队开始向北京挺进，并被告知实施戒严。郊区数万人架设路障，导致大量军队滞留丰台、六里桥、沙子口、呼家楼、古城、清河、五棵松、复兴路和外三环。空降兵第15军降落在南苑机场，空运无间断地持续了三天；五架军用直升机出现在天安门广场上空，空降大量传单，呼吁示威者离开广场。第六十五军多次努力前进到天安门广场，但在学生反制下，被迫撤退到石景山和海淀区。炮兵第14师从沙河乘火车抵达北京，但在火车站遭到市民堵截；而即使在这种环境下，部队和学生之间的关系基本上还是保持和平的。在北京部分地区，军队和抗议者一起唱红歌，有些市民还给士兵送来食物和水。

大井事件

而在丰台区大井路段，示威者与军队之间爆发了最早的冲突。当第38集团军指挥部、步兵第112师、步兵第113师的步兵第339团和高射炮兵团、集团军炮兵旅大部、通信团一部，共有6700多名官兵前进到北京市西郊的五棵松至西长安街上的中国人民军事博物馆地域时，开道的防暴警察打伤若干学生、市民。在学生和其他民众的强力阻击下，其中一个军团被困于北京市海淀区沙窝村。此后，军队接到命令，暂停进城，防暴队离开，而军队则在当地被困三天三夜。5月22日，军队首脑在和学生进行谈判后达成协议，向丰台西仓库转移。但在转移过程中，第113师部队遭到包围群众的抗议和袭击，引发第二次的冲突事件。根据当时的双方口供比对，有百余名军人、11名学生、12─13名群众在暴力袭击中受伤。有几个学生因保护士兵也被流弹击中，本来官方镇压的理由为在军团撤退中示威者袭击军警，但该段记录士兵受辱的纪实文章，在后来出版的纪录中因故被删去了。而两个星期后，受到暴力袭击的第113师部队则被用来在北京西郊对示威者开火。

后撤

五月二十四日，中国人民解放军的部队从北京撤出。而当局为了控制行动失败而不断高涨的抗议形势，被迫调动更多部队进入北京市周边警戒。而被调动的解放军士兵也被进行一段时间的隔离并被强制灌输“保卫社会主义祖国免遭资本主义势力颠覆”的思想。

木樨地冲突

6月3日傍晚，北京传出部队进城的消息后，天安门以西五公里外的木樨地的街头开始聚集了示威学生、市民。有学生指这是军队进城的必经之路，示威民众前来协助阻截部队。
晚上9时许，三辆无轨电车被人推到木樨地桥上横着；有人将行道上的水泥砖砸成碎块，在街道两旁堆起水泥墙，还有人开卡车和三轮车运来砖石，此次木樨地突发的阻拦行动由民众临时凑合，无人指挥。
不久后，先头的戒严部队到达并发射催泪弹，试图进城。根据当时的英国搜集的外交电报纪录：军队为了突破，总共发动了4波攻势，清场一开始以徒手和徒步方式进行，第一波几十名戒严部队队员手持木棒，而市民和学生则以碎砖作反击。遇到强硬抵抗后暂时停军，先头部队开始装备枪支展示做震撼之用，市民和学生得知后立即排成一线，冲向大桥，喊著：“人不犯我，我不犯人；人若犯我，我必犯人”；而后来发放弹药后，士兵对空鸣枪，但依旧未能成功突破人墙。在僵持不下中，最后一波部队从后方抵达，这第二批部队是负责监战的27军，配备装甲车准备进行强行突破。约十分钟后，戒严部队已经穿过木樨地桥，来到二十二号部长楼和二十七号楼之间的北京地铁木樨地站一带。
示威者此时撤退到大街两侧的街心花园和楼房之间，以树丛、建筑物作掩护，继续喊口号狠斥部队，并投掷石头；戒严部队士兵推开电车、清除路障，并且开枪还击。有相关人员事后称，“哪里有人喊“法西斯”，哪里有人扔石头，部队会马上用冲锋枪向那里扫射。约百名民众倒在血泊中，由其余民众将他们送入复兴医院。”
晚上11时许，手握冲锋枪的士兵、装甲车、军用卡车列队向天安门方向驶去，期间还有市民焚烧了3辆电车，以阻截后续部队。
在复兴门外大街两旁大楼的部分居民探头出来痛骂，也有人扔东西攻击，戒严部队陆续开火还击，从木樨地到全国总工会约五百米路段，两旁建筑物布满大量弹痕。二十二号楼、二十四号楼两幢部长楼，共有三人被枪杀，其中包括住在22号楼8层的全国人民代表大会常务委员会法制工作委员会副主任委员宋汝棼女婿尹敬，当他进厨房开灯时，被戒严部队的子弹击中头部死亡，葬于八宝山人民公墓2区17排12号 。
根据香港电台《神州五十年》 综合所得，木樨地的行动最少逾30人死亡，200多人受伤。事件平息后，官方调查并没有对此披露实际开枪时间和死伤人数，陈希同只说部队采取了“极其克制”的态度。 
此时，深夜的长安街被路灯照得一片通明，而四周的街道除了焚烧的物品，则沉浸在一片黑压压的黑夜之中。新华门前，站着近百名士兵，有市民怒斥，有的还扔小石，士兵们一言不发。期间有学生想将一名受伤的军人送入新华门内，士兵立即子弹上膛，大声喝止。与此同时，第一辆装甲车以高速冲入天安门广场，有人向装甲车投掷汽油弹。装甲车冲入后掉头，再向西单方向离去。
6月4日凌晨以后，军队已经进城管制，城市骚动逐渐结束，有纪录发生的严重冲突中，包括一辆装甲车在建国门高速撞向一辆军车的事故。车上载满正在与军人谈话的群众，装甲车当场压死4人，其中3名是军人，而事故发生后装甲车并没有停下，不少人显得悲愤，一些军人甚至流泪。英国电报纪录也有记载装甲车冲撞人群的状况--“以65英哩的时速冲撞人群...该名驾驶后来被送往医院之后，谈到镇压过程时情绪十分激动，并扬言自杀”。

进驻天安门广场

凌晨1时许，戒严部队先后进入天安门广场，一名装甲车司机被学生带上一架巴士并关上门。据共青团北京市委《70天大事记》所记，天安门广场尚有学生、市民数万人。
1时30分，北京市政府和戒严部队再次发出内容完全相同的《紧急通告》：“首都今晚发生了严重的反革命暴乱。……一切后果完全由自己负责。”上万名的市民和极少部分学生，在听到《通告》后，开始离开广场。
凌晨2时许，几十万人的广场，只剩下坚持不走的几千名学生和市民了，广场实施包围而人群被分开。 同一时间，大批士兵驻守中国历史博物馆、前门箭楼以北及毛泽东纪念堂以南的广场上。人民大会堂之内亦有一批士兵候命。几十名学生和市民提着汽油桶，试图点燃停靠在金水桥的军用卡车，当场被戒严部队抓获。
不久，建国门、东单方向传来密集枪声，许多示威者从广场东北角往人民英雄纪念碑跑。广场西北角的“工自联”指挥部也开始撤离。与此同时，在历史博物馆北门外站列待命的士兵，则手持棍棒和冲锋枪，冲向长安街，封锁了长安街以东的路段。
当时身在广场的侯德健忆述，起初以为士兵只用橡胶子弹和木棒，有学生还给他套著棉大衣和塑胶头盔自卫；但到凌晨2时，两位医生和两位学生赶来告诉他们军队是开真子弹。陈清华表示，他与李兰菊留在广场东面，目击一名死者，死者的弟弟是一名中学生，知道哥哥过世后冲出广场，说要跟军人拼命。
凌晨2时20分，军队开进广场，施放催泪弹，部队从广场南面的前门向中央推进，沿途向高空发射照明弹，群众向天安门广场北面后退。
凌晨2时30分，军队包围了天安门广场，将留守的学生围在中间，部队停下待命。 
凌晨2时45分左右，上述的中学生被抬回广场急救，大腿动脉中枪，最后在广场上流血不止而死。其后李兰菊晕倒，北京学生将她和陈清华强行送到医院，发现医院到处都是死伤者。
然而对于当日天安门广场的清场行动中的流血事件，即使是学生内部，各方也有不同说法。柴玲和吾尔开希声称广场上有坦克直接碾压学生。然而当时身处广场的侯德健、刘晓波和周舵表示没有看到有坦克辗压学生或撒退的人群。支联会和王丹（当时他并不在广场，正在离开北京郊区）则表示清场行动中广场上发生了较小规模的流血事件，流血冲突主要发生在广场之外的木樨地、复兴门、六部口至建国门一带的长安街。
3时左右，封从德表示，约3000至5000名学生围坐在人民英雄纪念碑周围，此时正绝食的侯德健、刘晓波、周舵、高新决定劝学生离开，并在广播中说北京已在流血，足以唤醒人民，赞扬学生不畏死的精神。刘晓波等人发现有学生之前从军队抢来的枪支，要求立即砸毁枪械，并命令学生必须坚持非暴力原则，否则解放军就可以向学生开枪。
根据戒严部队指挥部记录，3时45分左右，侯德健、刘晓波等人坐着救护车从纪念碑那边开过来，举著双手，要求谈判，部队派出一名团政委与他们接触。侯德健等人说，愿意带领广场上的学生撤出，要求解放军不要开枪，并让他们组织队伍撤离，团政委随即回来向领导汇报。
4时正，清场时间到。广场上全部关灯。戒严部队发出广播，内容说：“我们呼吁，全体市民和全体同学，不要再烧垃圾，不要再烧垃圾，不要再加强广场的混乱。”
等候在马路边的侯德健等人拼命大叫：“我们是侯德健！”“我们是来谈判的！”“千万不要开枪！”不到3分钟，团政委回来告诉侯德健等人，政委说，“总部同意你们的请求。请你们立即带领学生撤离广场，往广场南口撤。时间很有限。我们不会开枪。”听完答复后，侯等四人立即赶回去。

示威者撤离

在4时关灯时，广场上亦陷入恐慌。根据封从德、侯德健忆述，当时学生正以“声音方式”投票，想撤的人喊撤退，想留的人喊留，两边声音旗鼓相当，但考虑到喊撤退的人可能不敢高声呼叫，学生领袖认为想撤退的人更多，封从德宣布离开。同学和市民、工人、市民纠察队、北京的同学撤到海淀区去，往中关村走。戒严部队指挥部同时播放“清场通知”：“现在开始清场，同意同学们撤离广场的呼吁。”这时，纪念碑上的学生用被子、木棍、帆布等物点火。
当时离开的状况陷入极度混乱，大批戒严军手持冲锋枪指向纪念碑。根据示威学生忆述，当时一批手持木棍、电棒的武警和军人冲上纪念碑的第二层、第三层，驱离示威学生。学生于是向下层逃离。同时，坦克车和装甲车由天安门驶向纪念碑，开始清理广场上数百个帐篷营幕，民主女神像也在此时被移除。 
4时20分，广场再次开灯，戒严部队再次发出广播说：“同学们，戒严部队指挥部决定，现在清场。我们同意同学们的呼吁，请同学们立即撤离天安门广场。戒严部队指挥部，六月四日。”的重复广播。
4时45分，示威学生已经开始撤退。在学生纠察队手拉手的维护下，大批示威学生举着校旗唱着“国际歌”撤离，期间不时喊“血腥镇压！”“打倒法西斯！”“土匪！土匪！”“畜生！”。
5时20分，天色已明，广场仍有约200名示威者不肯离去，坦克阵堵住了广场的通道。这批人不断高喊：“法西斯、法西斯！”“打倒法西斯！”的口号，戒严部队反喊：“人不犯我，我不犯人”，并向天开枪镇慑。
约5时40分，清场过程基本结束。 
清晨时份，从广场撤退的学生沿途受到示威市民的欢呼，示威者又在木樨地的要道重新设置路障，阻挡军车，有人怒骂士兵，有人向军车扔砖头。木樨地、北蜂窝、公主坟一带，很多示威市民都出来了，不少人围着军车诉说。军人木然地坐在卡车里头，毫无反应。
约6时15分，一队学生从天安门转入长安街，到达六部口时，离党政中枢机关只有50米的地方，三辆坦克冲来，发射催泪弹，许多学生被碾，马路边有十一人死亡，多人受伤。 其中一名受害人方政，双腿被坦克辗压，后被送到北京积水潭医院抢救。2009年他在美国安装上智能假肢，呼吁寻找六四真相。
10时半左右，有人点燃衣服，扔向一辆指挥车，随后更多示威市民加入，数十辆军车被燃，不过此时情况已经差不多结束，军官命令部队开始全部撤离。复兴医院门外聚集著一群人焦急询问亲人下落，医院外贴著一张死亡者的名单，列出42人；附近的铁路医院公布的死者名单有23人，邮电医院则有16名死者。直到下午四时，复兴医院停尸房向公众开放，约数百人去领尸，尸体满在停尸房内外，有的用白布盖着，有人在医院门外烧衣纸。

传闻

6月4日以后的日子里，在示威者中传言，犯下了“最残酷的暴行”是第27军，而38军“相对友好”。因为普遍认为第27军是由杨尚昆的侄子领导，狂热地忠诚于强硬一系。27军的士兵被示威市民形容为“文盲”和“只懂杀人”。有报道称“第27军的士兵在事先没有警告下枪杀手无寸铁的平民，并胁迫其他部队杀死学生和示威群众”。有报导认为：“第27军在北京被大多数的民众强烈地厌恶”。

邓小平讲话

6月9日，中国共产党中央军事委员会主席邓小平在其他党政高层的陪同下前往中南海怀仁堂接见戒严部队高级干部，而这也是自从学生发起示威活动以来邓小平首次于公开场合出现。邓小平在之后演讲中称呼因为六四事件而丧生的解放军士兵为“烈士”，并且指出示威活动的目的是为了推翻党和国家，希望能进一步“建立一个完全西方附庸化的资产阶级共和国”。邓小平认为示威者之所以不断强调包括官员贪污等等有关的投诉，便是为了掩盖其底下试图将当前社会主义制度加以取而代之的真正动机。他之后还以此观点表示：“这整个都是仍坚持帝国主义之西方世界的计划，他们企图让所有社会主义国家逐一放弃社会主义道路，然后将它们带往另一条充斥着国际资本以及垄断资本主义的道路。”

大学生军训

学潮被镇压后，中国国家教委对北京大学、复旦大学的新生在军校实施长达一年的军训，当年及之后数年入学学生的学制延长为五年。纽约时报认为这次特别的军训的目的在于灌输思想。

军队人事调整

在6月3日-4日的镇压中估计有3500名解放军军官不服从命令。西方媒体报导，在6月4日之后，这些军官面临了军事法庭的审判。虽然没有得到证实，但从1990年开始，军方领导层进行大面积改组，指挥官的职阶被下降到师级。这样的情况持续了数年。第38军的前军长徐勤先将军因拒绝执行戒严，在事后被开除党籍、开除军籍，并判处五年以下有期徒刑。
在清场中执行任务最积极的部队和将领受到了奖励、表彰与升职。在其中，戒严部队指挥部的总指挥刘华清日后升任中共中央军事委员会副主席；副总指挥迟浩田进入中共中央军事委员会成为要员并于1993年成为国防部长，1995年更晋升为中共中央军委副主席。镇压时身为20军军长的梁光烈在2002年成为解放军总参谋长，最终在2008年登上国防部长一职。艾虎生在清场中率领中国人民解放军第39军116师347团率先进入到天安门广场，日后节节晋升，在2002年成为第39军军长，并在2007年成为了成都军区的参谋长。