中華民國與日本關係

代表机构

1972年12月1日，中华民国成立亚东关系协会与日本以民间团体名义设立的财团法人交流协会共同签署《互设驻外办事处协议书》。根据此协议，中华民国于日本东京设立具大使馆性质的台北驻日经济文化代表处（日文：台北駐日経済文化代表処。原亚东关系协会驻日本代表处，于1992年5月20日更名），并于大阪、横滨、札幌、福冈、那霸设立具领事馆性质的办事处；日本则于台北、高雄设立同等性质的事务所。此协议承诺相互保护各自的权益，发给签证、推动经贸、学术、科技、文化及体育交流等业务。为发展观光，台湾观光协会也在东京与大阪设立事务所。
2012年4月1日，财团法人交流协会更名为公益财团法人交流协会。
2017年1月1日，再更名为公益财团法人日本台湾交流协会（日文：公益財団法人日本台湾交流協会）。1月3日，举行揭牌仪式，由日本驻台代表沼田干夫、亚东关系协会会长邱义仁、中华民国外交部常务次长李澄然共同主持。沼田指出这是台日关系新的出航日，盼日后与亚东关系协会一起为日台目前最佳关系“再上一层楼”。沼田也介绍协会名称上出现的两朵花标志，在“日”字样上出现的是中华民国国花“梅花”，在“台”字样上出现则是日本国花“樱花”。
2017年3月，中华民国行政院核定亚东关系协会改名为台湾日本关系协会（日文：台湾日本関係協会）。5月17日，举行揭牌仪式，由立法院副院长蔡其昌、外交部长李大维、台湾日本关系协会会长邱义仁、日本驻台代表沼田干夫共同主持。邱义仁表示，有些人不清楚“亚东关系协会”的职掌范围，例如“夏威夷的事情能否帮忙？”今日改名后，让“台湾日本关系协会”的工作性质更清楚；沼田干夫则强调，希望此次更名作为契机，日台团结一心，共同建立起世界少见的友情。

事件

2018年3月7日，中华统一促进党因不满台湾渔船3日在台日重叠专属经济海域遭到日本海上保安厅船舰以水柱驱赶，党部主委陈清峰率众从彰化县北上前往台北市的日本台湾交流协会抗议，并在大楼前的石碑上泼红漆，随即遭警方依违反《社会秩序维护法》逮捕裁罚。
2018年9月6日，日本“慰安妇之真相国民运动”等16个民间团体要求撤除位于台南市的台湾首座慰安妇铜像，团体代表藤井实彦疑似偷踹铜像，并于8日离境，中国国民党台南市党部主委谢龙介与中华统一促进党10日分别前往日本台湾交流协会表达谴责并要求道歉。统促党成员李承龙等人在日本台湾交流协会大门前泼漆，警方依数项罪名将其侦办。
2018年9月14日，于该年7月上任的台北驻大阪经济文化办事处长苏启诚在住处上吊轻生，遗书里表示，燕子台风侵袭日本造成关西国际机场关闭时，对于台湾旅客滞留机场的处理遭受批评一事让他感到痛苦。

国会组织

1973年1月，日本自由民主党国会议员成立“日华关系议员恳谈会”。1997年2月5日，与新进党在1995年成立的“日华议员连盟”合并，扩大成立“日华议员恳谈会”，简称“日华恳”。2006年4月26日，自民党青壮派国会议员成立“促进日本台湾经济文化交流年轻议员之会”（日文：日台経済文化交流を促進する若手議員の会），简称“日台年轻议连”。
1997年5月28日，日本民主党成立“民主党日华友好议员连盟”，后于2000年5月4日改组为“日台友好议员恳谈会”，简称“日台恳”；2004年5月，民主党另成立“日本台湾安保经济研究会”。
2008年5月15日，中华民国立法院成立“台日交流联谊会”。2012年4月20日，另成立“台湾与日本国会议员友好协会”。

钓鱼台领土争议

1972年，美国宣布将包含钓鱼台列屿（日本称尖阁诸岛）在内的琉球群岛还给日本，中华民国政府发表声明表示对钓鱼台拥有主权，不承认此举。“钓鱼台归属问题”由是产生。
虽然中华民国与日本关系基本友好，但在钓鱼台归属问题上有着相当大的歧见。该岛现由日本实际管辖，但台湾渔民认为当地海域属台湾传统渔场，导致台湾渔民、海巡署与日本海上保安厅时有冲突事件传出，最近的一次是发生于2008年6月的联合号海钓船事件，台北方面召回当时的驻日代表许世楷以示严正抗议，最后日本政府同意道歉并赔偿相关损失。
2012年9月25日，为抗议日本将钓鱼台国有化和争取渔业权，宜兰苏澳50多艘渔船前往钓鱼台附近海域陈情抗议，并在海巡署舰艇护卫下和日本海上保安厅船只对峙。事后在外相玄叶光一郎呼吁下，同年11月双方重启中断三年的渔业权问题谈判。
2013年4月10日，台日双方在台北宾馆正式签署《台日渔业协议》，就双方重叠专属经济海域的渔权与渔船作业安排达成共识，共享钓鱼台列屿12海里外海域的渔业资源。日本首相安倍晋三于12日表示：台湾是重要伙伴，台日签署渔业协议对双方都很好。
2015年7月23日，前中华民国总统李登辉到东京的日本外国记者协会演讲，被记者问到钓鱼台主权问题，答道：“我讲过好几次了，尖阁诸岛是日本的，不是台湾的。”值得注意的是，记者当时提问是用日本的名称“尖阁诸岛”和中国的名称“钓鱼岛”并用，李登辉回答从头到尾都是用“尖阁诸岛”，一次也没提到“钓鱼岛”。

冲之鸟渔权争议

日本认定冲之鸟为岛屿，并以此划定专属经济区，但此主张并未完全获得联合国的认可。日本2008年起向联合国大陆架界限委员会（Commission on the Limits of the Continental Shelf，CLCS）提出“认可日本拥有冲之鸟岛海域等周边7个海域的74万平方公里的外大陆架”之申请，但是委员会将冲之鸟视为岩礁而不是岛屿，根据国际海洋法，岩礁不能算做大陆架的定点，因此联合国大陆架委员会最终（2012年）只认可了日本不含冲之鸟岛的太平洋4个海域、总面积约31万平方公里的外大陆架。
2016年4月25日上午，日本公务船在冲之鸟附近公海海域扣押台湾渔船“东圣吉16号”，日本保安厅限26日中午以前收到保证金170万元台币，才放船及船上10人。否则将以直升机将船长带往附近小岛，再转机至日本，渔船也将同时拖往日本。一旦人船扣进日本，将判决渔船侵入日本领海，到时就必须付更高额的罚金。行政院长张善政痛批，日本这种作风非常不好，不只是外交部抗议，不管他是院长或卸任后民众的角度，“一个9平方米，3个榻榻米大的一块地，怎么可以叫做岛？”他说，用9平方米就去延伸两百海里的经济海域，“各位你们用膝盖想有这种事情吗？日本一个国际上堂堂大国可以干这种事吗？非常不合理！”张善政并呼吁，日本不应再强辩冲之鸟是岛，不然“他们请那设籍的100多名议员上去，过一个礼拜看看。”

疑受辐射污染食品输台争议

2015年4至5月间，中华民国政府为加强食安把关，禁止福岛、栃木、茨城、千叶及群马受核灾影响的五县之所有食品输入。另要求其余都府道县的食品须附产地证明，部分地区生产的茶叶、婴儿食品、乳制品、水产品等则要附辐射检测证明。引起安倍内阁关切，认为规范太严格，希望撤除。并先后派出农林水产省官员及岸信夫、萩生田光一等国会议员抵台沟通。
2016年11月29日，在台北举行的第41届台日经贸会议开幕，日本交流协会会长大桥光夫致辞时说，关于核灾食品，台湾部分“无依据发言”造成日本人民“大大伤害”，盼尽速解禁，让此议题成为瞩目焦点。亚东关系协会副秘书长蔡伟淦则以“外交部长李大维曾在立法院表示，不会在经贸会议中讨论本议题”回应，并强调食安在台湾备受关注、仍有歧见，盼日方了解，“这个话题就此打住”。经济部长李世光也说，食品未列入此次讨论议题。而日方农医组代表在小组会议上表示关切，盼台方早日放宽进口管制。
2017年3月25日，日本总务副大臣赤间二郎来台宣传日本观光活动，于受访时表示目前福岛灾区已经重建完备，灾区生产的产品也通过周全检查，并在日本销售，希望台湾民众有一天也可以吃到，不过重要的还是台湾民意。
2018年11月24日，由中国国民党副主席郝龙斌领衔提出的“维持禁止进口日本核灾地区食物”公民投票，以779万票赞成、223万票反对，顺利过关。25日，日本台湾交流协会台北事务所代表沼田干夫发表声明深感遗憾，并表示为了避免此问题被当作工具伤害日台友好，将继续努力让台湾朋友理解日本食品的安全性。29日，日本外务大臣河野太郎在参议院外交国防委员会答询时亦表示极为遗憾，不排除透过世界贸易组织（WTO）提告。12月7日，河野太郎再表示台湾可能因此无法加入《全面与进步跨太平洋伙伴关系协定》（CPTPP）。

签证

持有中华民国护照的中华民国公民（且在台湾有户籍）可以免签证的方式入境日本，停留最多90天。以免签证方式入境天数过长者，于下次再入境时，容易引起机场境管人员注意，一旦被认定有非法工作嫌疑时，将遭到拒绝入境。因此停留较长时日或从事观光以外目的，宜先向日本台湾交流协会台北事务所询问申办符合该目的之签证。
持有日本护照的日本公民也可免签证入境中华民国，停留最多90天。
此外，台湾提供日本每年5,000名额给18－30岁青年为期1年的度假打工签证；日本则提供台湾每年10,000名额给18－30岁青年为期1年的度假打工签证，两者皆必须未曾取得此种签证。
中华民国外交部的国外旅游警示分级表将日本福岛县第一核电厂半径30公里内区域及计划避难区域归类为红色警示：不宜前往，宜尽速离境（2017年4月18日）；卫生福利部的国际旅游疫情建议等级表将日本归类为第一级注意：提醒遵守当地的一般预防措施（2019年3月7日）。

统计

根据中华民国交通部观光局资料，2017年日本赴台有1,898,854人次；台湾赴日则有4,615,873人次。

贸易

中华民国对外贸易发展协会（外贸协会）于日本首都东京，以及大阪与福冈设立“台湾贸易中心”。经济部国际贸易局也在东京设立“驻日本代表处经济组”，以及在大阪设立“驻大阪办事处经济组”。
2014年，根据日本农林水产省的统计，中华民国是日本农林水产食品第3大出口市场，与往年相同，仅次于香港、美国，高于中华人民共和国、韩国、泰国、越南、新加坡、澳大利亚、加拿大。日本外销的香烟有5分之2皆销往台湾，且有逐年增加的趋势，显示台湾消费者对于日本烟的喜好。另根据行政院农业委员会的统计，日本是台湾农林水产食品第2大出口市场，仅次于中华人民共和国，高于香港。
2018年，日本是中华民国第3大贸易伙伴、第2大进口伙伴、第4大出口伙伴，在亚洲经济体排名第2、2、3。出口至日本的金额为230亿8,286万7,384美元，年增11.072%；自日本进口的金额为441亿3,887万0,762美元，年增5.237%。贸易呈现入超（赤字）210亿5,600万3,378美元，年减0.494%。2017年，日本是中华民国第3大贸易伙伴、第2大进口伙伴、第4大出口伙伴，在亚洲经济体排名第2、2、3。

投资

在1999年、2000年、2006年时曾出现对日本的投资高潮，在半导体、液晶面板等电子机械领域有超过1亿美元的大规模投资案件。2012年为止，中华民国对日本的直接投资累积金额为25亿1,400万美元，占外国对日本的直接投资累积金额的1.2%。在亚洲地区次于新加坡、香港与韩国，居第4位，主要投资项目为电器机械器具、批发、零售业与服务业。
与消费者直接相关的连锁品牌零售业者也至日本设立销售据点，拓展市场，例如：法蓝瓷（瓷器）、夏姿（服装）、日出茶太（珍珠奶茶）、春水堂（珍珠奶茶）、微热山丘（凤梨酥）、芒果恰恰（芒果冰）等，将台湾的饮食、生活文化推广至日本，期待透过重视产品品质的日本消费者认同，塑造高品质的形象，以利未来进一步打入其他亚洲市场与欧美市场。

鸿海投资日本企业

2012年3月，鸿海精密与夏普（SHARP）达成资本合作协议，由鸿海出资670亿日圆（约占总资本的9.9%）入股夏普，后因夏普股价大跌及双方经营阶层意见之差异，媒体戏称的“鸿夏恋”最终导致破局。但双方各出资46.5%投资的面板厂“堺显示产品公司”（通称堺工厂），已于2012年7月顺利完成出资。此外，中国信托商业银行并购东京之星银行案，于2014年4月通过，成为外资银行并购日本银行之首例。
原本进展停滞的鸿海投资夏普案，最终于2016年4月2日，鸿海以3,888亿日圆投资夏普，是鸿海成立42年的最大海外投资，也是台湾企业首次收购日本面板大厂，签约地就在大阪堺市。由鸿海集团董事长郭台銘、副总裁戴正吴、与夏普社长高桥兴三共同签署。
另一起鸿海竞标东芝内存案，外电在2017年6月中披露恐将出局，但郭台銘在6月22日的鸿海股东会上撕毁当日的《工商时报》并批评日本官方，强调他还有5成机会，会让报纸总编辑后悔。东芝在9月13日发布声明时仍保留但书与弹性，不排除与其他阵营议约。外传东芝发布声明后，东京当地就谣传郭台銘将大阵仗在当地召开记者会。日本媒体盛传，郭台銘因不满竞标过程，将炮火再次直指日本官方，批评日本官僚涉足竞标。尽管鸿海否认相关谣言，但仍挑起日本官方对鸿海竞标的负面印象，促使官方出重手，让东芝在7日内作成优先与贝恩资本（Bain Capital）为主的“美日韩联盟”议约的决议，售价为2万亿日圆，预定2018年3月31日完成交易。

台商组织／台资银行

2001年9月11日，由170家赴日本投资的台湾企业组成“在日台商联谊会”。目前运作的有：日本台湾商会联合总会、东京台湾商会、日本关西台商协会、千叶台湾商会、福冈台湾商工会议所、琉球台湾商工协会等，以及留日台湾同乡会。
目前已在日本设立的台资银行有：台湾银行东京支店、万亿丰国际商业银行东京支店、彰化商业银行东京支店、第一商业银行东京支店、中国信托商业银行东京支店等。

犯罪事件

2016年5月，日本海上保安厅在冲绳查获并逮捕6名台湾人涉嫌走私600公斤安非他命。黑市价约420亿日圆，约121亿新台币（当时汇率）。创下日本缉毒史上最高纪录，相当于日本2年的平均查获量。
2017年1月，日本媒体披露福冈县警方破获台湾电信诈骗集团，逮捕超过30名持观光签证入境的台湾人。4日，中华民国外交部表示，经查相关人士已遭强制遣送出境返台。

航空

台湾日治时期，台湾和日本内地间就有航空路线。战后一度中断，直到1959年，日本航空开辟东京（羽田）↔台北（松山）的航线。中华民国与日本断交后，因中华航空飞机上的中华民国国旗，以至于1974年5月至1975年8月间，两国断航。复航后中华航空与新成立的长荣航空飞东京的班机被安排降落于羽田机场，以回避中国大陆的航空公司，成为该机场仅有的两家外国籍航空公司，直到2002年4月18日起才改至成田机场起降，并大幅增加班次。1998年4月1日，复航台北（桃园）↔大阪（关西）航线。2010年10月31日，复航台北松山↔东京羽田航线。
目前双边有定期航班来往的城市如下（截至2019年5月26日）：

驾车

持有中华民国汽车驾驶执照可以免路考及笔试申请换发日本驾驶执照，反之亦同。

事件

2019年5月，日本琉球朝日放送电视台报导，在冲绳岛有1名穿越人行道的8岁男童被1名台湾男子驾驶的租车撞上重伤，有目击者表示，事发时人行道的灯号是绿灯。《日本经济新闻》也公布图表，其中针对台湾、韩国、香港旅客在日本的驾车事故与日本人做比较，统计发现台湾旅客在酒后驾驶、无照驾驶都排名第1，韩国旅客则是超速最多。