演化論

自然选择

达尔文的进化论以天择说和地择说为进化理论基石。达尔文晚年将进化论加入性选择，有别于天择，以强调交配竞争对于进化的重要性。由于各种基因的变异，同一个种群中，不同个体的生存方式和繁殖方式有所不同，当环境发生改变，便会产生天择作用。天择并非如基因漂变或基因突变一样随机，当环境改变发生时，将只有某些带有特定特征的群体能够通过环境的考验。若这种特征性状具有优势或劣势，劣势者不利于生存而被环境淘汰，优势者得以繁殖而将优势性状遗传后代。地择说则说明了同一物种受到地形障碍分隔，比如地壳大陆移动或海洋隔开的岛屿，在够长时间之后，物种产生了性状特征的差异，比如亚洲象和非洲象。
以天择的定义来说，一般中文大众都将演化等同于进化，但非达尔文进化论者认为这并不完备：因为性状特征的优势或劣势取决于地球当时期的客观环境，比如冰河时期的生物的厚毛皮和脂肪可能利于生存，但一旦到了冰期气候转温的时候，这些性状可能不利于调节体温。因此漫长时间演化，决定哪种性状特征是环境的“适者”。
他们的演化观乃“代代相传，略有差异”之意，他们认为进化没有特别的目的；没有方向，不一定朝着更高等的事物进化；生物只为了要更能适应生存环境，其中并无所谓的进步或退步的观念。
对生物的现在和过去存在状况的研究结果表明，生命的发展脉络是有一定的方向性的，正是这个脉络的存在才使得进化论成为一门条理清晰的科学而非无方向无结论的散乱的统计数据陈列，这个进化脉络的方向就是：扩大适应范围，增加生存余地，就是产生更有利于生存、发展的资源与效率的利用组合。
由于这些特殊的选择机制，导致对于生物适应环境有益的特征，并非在进化过程中一定会出现或是被保留。例如拥有更多的手指对人类的生活可能会更加方便，但是这种方便需要消耗更多资源，不利于增加生存余地。
更广泛的例子：动物体形越大占有资源越多，但利用效率是体形越小越高。资源量更受环境制约，所以灾变期小型化物种更容易延续生存，稳定期大型化物种更容易拓展资源。

近代进化论学说

达尔文的自然选择理论和魏斯曼的种质学说相结合的一种生物进化理论。新达尔文主义产生于19世纪末，创立者是德国生物学家魏斯曼。美国遗传学家T.H.摩尔根，英国遗传学家J.A.汤姆逊也是有影响的新达尔文主义者。1896年，G.J.罗马尼斯首次将这种理论称为“新达尔文主义”。

演化的证据

演化的证据可以在系统分类学、生物地理学、比较解剖学、比较胚胎学、古生物学、分子生物学等领域找到。另外演化也可以用来解释抗药性、反祖现象、癌症、马岛长喙天蛾等等。

生物相似性和多元性

生物的多样性和一致性是可以用进化论解释，而智慧创造或直接神创则难以解释这些现象。生物之间的同源特征是演化的证据。因为所有的生物都有共同祖先，所以即使是外观差异非常大的生物，仍然可以在分子生物学、比较胚胎学和比较解剖学上找到相似性。演化也可以解释为什么地球上会有这么多种生物：适应不同栖位。在生物地理学上，相近区域的生物往往在分类学上非常相近，显示出单一物种的辐射演化，而不同地点的生物也可能在类似的环境带有类似的构造，显示出趋同演化。

演化历史的证据

虽然演化有很大部分发生在久远的过去，但是经由痕迹器官、过渡化石、反祖现象和系统发生学重建一个种系或生物器官的演化历史，可以证明过去的生物和现在的生物都经历渐变的演化。

进化论的预测和应用

进化论是可以用来预测或实际应用的，例如细菌的抗药性演化、马岛长喙天蛾的发现都是进化论预测到的；癌症治疗和基于流行病学的公共卫生政策也常用上进化论。这些预测和应用显示进化论是正确的。

骤变说

生物学上的骤变（saltation）是指生物相邻的两个世代之间，具有显著差异。骤变说（saltationism）则认为生物的变异，是“非偶然”且“非渐进”的，甚至只需要一个步骤便能形成新物种。这种观念与后来的新达尔文主义相违背，在目前是属于非主流的演化思想。
史蒂芬·古尔德与艾崔奇提出的疾变平衡，经常受人误解为一种骤变理论。虽然这个理论认为，物种形成的速度可能比原来所设想的更不平均，可能在某些时期相对更快，但是这是以地质时间而言，也就是仍然需要数十万年（而不是动辄百万年以上）。因此并不属于骤变说。

中性理论

中性理论全称为分子演化的中性理论。是日本遗传学家木村资生所提出。这个理论认为在分子遗传学的层次上，基因的变化大多数是中性突变。由于中性突变对生物个体既没有好处也没有坏处，因此并不受自然选择影响。现今的演化生物学家认为，自然选择理论与中性理论是能够并立且互补。

西方神权统治的背景

科学和宗教冲突自西方启蒙时代开始已经争闹不休。西方中世纪教会拥有极大的权力，政教是合一的。教会和皇权操控社会一切活动和个人生活细节。学术研究更加不能够逾越教会正统信仰的教导。基督教教会，包括天主教和宗教改革产生的宗派，相信人是神按神形象创造，人在一切创造物是至为尊贵的。因此，当时的人都是按照圣经的教导解释所有对自然现象的理解，教会传统教导是无误的，天文学﹑地理学﹑生物学、哲学等学科，都是教会权威，不可以挑战。学术的责任是发展知识服务教会﹑去支持教会和圣经无误的教导。

思想冲击

进化论给人文领域带来了一场颠覆性的革命。在达尔文之前，人们普遍认为人是万物之灵，并非自然界的一部分，而是超越了自然。例如犹太教及基督教神学把人看成上帝根据自己的形像创造出来的特殊作品，在世界万物中只有人才被赋予了灵魂，世界万物都是被创造出来为人服务的，人与其他动物存在不可逾越的鸿沟。
达尔文指出，人类是生物进化过程中的偶然产物，是大自然的产物。今天的一切生物都是人类的亲属，人类与其他生物特别是与类人猿并无本质的区别，我们认为人类特有的属性——例如智力、道德等精神因素——都可在其他动物中找到雏形，也必定有其自然的起源。进化论推翻了人类自以为与众不同的地位。人类和猿猴分享同一个祖先，这是难以令人接受的。对于信奉基督教的人士而言，这一点更与圣经的创世故事有冲突。

审慎教育带来的影响

西方国家一些宗教团体认为演化论与创世理论有冲突，一些地区的学校甚至不开设演化论的课程。一些地区开设演化论课程是与宗教团体妥协的结果。美国佛州规定必须在公立学校教授演化论，作为一种“理论”。天主教对于进化论持较为开明的态度。

神导演化论

有些有宗教信仰的科学家认为“演化论只是阐明了神是如何创造生物的，并非否定创造论。”现代多数教会（包括天主教会）认同此观点。

“牧师公开信”

2005年，在美国一封由1万多名基督教牧师签名的牧师公开信说：
“……我们相信进化论是科学的基本事实，它经受住了严格的检验，人类许多丰富的知识和成就都建筑在这个理论之上。拒绝这个事实，或者认为它只不过是‘许多假说中的一种’，是对科学无知的蓄意容忍，而且将把这种无知传递给我们的后代。我们相信，能够进行批判性思维的大脑就是上帝给予我们的珍贵礼物之一，拒绝充分使用这个礼物就是拒绝造物主的意愿……我们敦促学校董事会成员肯定进化论教学是人类知识的重要部分，并因此维护科学课程的完整性。我们要求，把科学作为科学来对待，把宗教作为宗教来对待，这是两种不同形式的相互补充的真理。”

智能设计

它相信任何世界上的生物都来自一个智能设计者（改自上帝），在一瞬间全被创造，且这些生物除了为同一创造者造出之外毫无共通之处，即使之间具有差异也不可能改变物种。其理论的基础是圣经的创世纪（参考奇兹米勒诉多佛学区案）。
某些基督教团体认为智能设计是同等重要的科学理论（虽属伪科学），甚至比现有进化论对生命起源问题的解释更加合理。
2005年奇兹米勒诉多佛学区案一案。在这案例中原告方提出了证据证明当初智能设计的原稿只是份讲解圣经创世纪用的文章，于1987年由作者在Edwards v. Aguillard一案后，将"创造者"改为"智能因子"的手法旧瓶换新药的神创论。
在《猫熊与人》一书（智能设计的主要文献之一）中曾出现过一个“Cdesign proponensist（“创”设计者，错字）”，实为将“Creationist（创造者）”改为“design proponensist（设计者）”时编辑失误造成。