第一代纳尔逊子爵霍雷肖·纳尔逊

早年生涯

纳尔逊在1758年9月29日生于英格兰诺福克郡伯纳姆村（Burnham Thorpe）的堂区牧师寓所，父亲埃德蒙·纳尔逊牧师（Reverend Edmund Nelson，1722年－1802年）为当地的堂区牧师，母亲为凯瑟琳·索克令（Catherine Suckling，1725年－1767年），是西敏荣誉领俸牧师莫里斯·索克令博士（Reverend Dr Maurice Suckling）之女。凯瑟琳·索克令本身为已故英国首相罗伯特·沃波尔爵士（即第一代奥福德伯爵）的其中一位侄外孙女，也是辉格党政治家第二代奥福德勋爵（2nd Lord Walpole，1723年－1809年，后晋为第一代奥福德伯爵）的表妹。第二代奥福德勋爵同时是纳尔逊的教父，因此父母为纳尔逊起名时，取用其教父的教名“霍雷肖”（Horatio）。
纳尔逊的父母在1749年5月11日结婚，共生有11位孩子，纳尔逊排行第六，但十一名孩子中仅有八位存活下来，当中纳尔逊是家中第三位没有夭折的孩子。纳尔逊9岁丧母，故家中大小皆要由父亲一力承担。纳尔逊幼年时入读位于诺维奇的英皇爱德华六世文法学校，后来再转到北沃尔沙姆（North Walsham）的约翰·帕斯顿爵士学校（Sir John Paston's School）继续学业，可是他在12岁那年中途辍学。

投身海军

在1770年秋天，福克兰危机爆发，皇家海军受命动员防范与西班牙爆发海战，纳尔逊任职海军的舅父，海军上校莫里斯·索克令（Captain Maurice Suckling，1726年－1778年）遂获奉命指挥停泊于查塔姆港，拥有64门炮的三等战舰HMS合理号（HMS Raisonnable），以准备随时奉召出征。自少便希望出海的纳尔逊于是趁此机会加入皇家海军，在1771年1月1日，年仅12岁的他正式以普通海员及艇长身份到舅父麾下的合理号服役，登舰后不久又获委为海军候补少尉，接受正式训练。
但不久以后，福克兰危机不战而解，索克令遂内调回泰晤士河指挥HMS喜悦号（HMS Triumph）。有鉴于在内河工作无助海员训练，索克令安排纳尔逊到一艘由其旧部担任船长的商船工作，并出发到西印度群岛一带。纳尔逊出海14个月后返回英格兰，但这次的出海没有带来特别愉快的经历，相反，他还一度对继续投身海军的选择有所保留。在1773年，纳尔逊成功争取到海军上校史格芬顿·路特维奇（Captain Skeffington Lutwidge）指挥的HMS卡尔卡斯号（HMS Carcass）任职，参与北极探险，以试图找寻通往印度的不冻航道。纳尔逊所属的船队虽然避过斯匹次卑尔根岛一带的冰雪，但始终也无功而还，而纳尔逊在一次未经批准的探险行动中，更差点为北极熊所伤。
在1773年10月返抵英格兰后，纳尔逊在舅父安插下转到属于巡防舰的HMS海马号（HMS Seahorse）服役，随舰前往印度。在舰上服役两年期间，他先后到过马德拉斯（今清奈）、加尔各答、锡兰（今斯里兰卡）、孟买及伊拉克的巴士拉等地，但到1775年秋天因疟疾危殆而启程返国，1776年9月乘巡防舰HMS海豚号（HMS Dolphin）到达英格兰。这时的纳尔逊虽然一度显得憔悴和落寞，但当他得知舅父获擢升为海军管制官（Controller of the Navy）后，病情旋即大大改善，且获委任为HMS伍斯特号（HMS Worcester）的署理海军上尉。
纳尔逊于1777年4月在海军办公室参加海军上尉试，在任职海军管制官的舅父担任主考官之情况下，他顺利通过考试，随即在考试翌日获委任为海军上尉，发到海军上校威廉·洛克尔（Captain William Locker）麾下的巡防舰HMS洛斯托夫特号（HMS Lowestoffe），前往牙买加。洛克尔早年曾师从于爱德华·霍克爵士（Sir Edward Hawke），并素仰霍克以大胆及进取著称的海军战术。纳尔逊本身也相当钦佩洛克尔的军事才能，两人在日后成为好友之余，纳尔逊更在后来的回忆中称赞洛克尔是他的启蒙老师。

美国独立战争

纳尔逊最初随洛斯托夫特号出发前往西印度群岛的牙买加，当时时值美国独立战争，故该舰的主要任务是从海路堵截革命份子，但在1778年2月法国加入对英国宣战后，新任牙买加总司令彼得·帕克爵士（Sir Peter Parker）将他收归旗下，在旗舰上供职，至于他原本在洛斯托夫特号的职务则由海军上尉库斯伯特·柯灵乌（Lieutenant Cuthbert Collingwood，后为柯灵乌勋爵）接替。在1778年10月，纳尔逊获悉舅父的死讯，虽然这位舅父生前对他提携有加，但这时的纳尔逊已可凭借自身的才华，引来上司的赏识。在同年12月，他获派往双桅横帆船HMS獾号（HMS Badger）任职中校，巡弋蚊子海岸一带，及至1779年6月获擢升为海军上校，同时获委任巡防舰HMS欣钦布鲁克号（HMS Hinchinbrook）的船长，当时时年仅21岁。
尚在等待欣钦布鲁克号抵达牙买加时，纳尔逊有份参与当地皇家港的防卫建设，以防法国海军攻击。在9月1日，他正式接管欣钦布鲁克号，再度出发前往蚊子海岸。由于其时西班牙也已经对英国宣战，时任牙买加总督约翰·达林少将（Major-General John Dalling，后为爵士）遂计划对中美洲用兵，企图经蚊子海岸取道圣胡安河，再到达尼加拉瓜湖。熟悉当地的纳尔逊被指派参与这次行动，协助军队探路登岸。在1780年3月24日，军队登陆圣胡安河口一带的沙滩，但士兵多不谙河道航行，故纳尔逊连同50名水手及海员自告奋勇，结伴同行，溯河而上。其时属于旱季，河床水位低浅，使航行甚为困难，不过军队仍成功在4月10日抵达圣胡安唯一一座的防御雕堡。纳尔逊当初建议立即进行攻城，但受将士反对，结果军队围城18日后才攻陷碉堡，堡内西班牙人出城投降。然而在城陷不久以后，当地开始暴雨连连，军中大批士兵染上热带病，死伤忱籍，连纳尔逊也不例外，他被人用独木舟送返岸边以后，再乘船回牙买加接受治疗，但病情却愈益恶化，同年9月遂乘坐由友人威廉·康沃利斯上校（Captain William Cornwallis，后为爵士）指挥的HMS狮子号（HMS Lion），动身返国。
返国后，纳尔逊在巴斯休养了一段日子，病愈后回家乡伯纳姆村小住，探望家人后，再于1781年秋天出任巡防舰HMS阿尔伯马尔号（HMS Albemarle）的舰长，参与在北海海域护送船队的任务。至1782年4月，他再受命出发护卫一支船队横越大西洋，前往纽芬兰的圣罗伦斯，然后再到波士顿，途中险遇一支由四艘法国战列舰组成的分遣舰队。纳尔逊在9月抵达魁北克，11月转抵纽约，他在当地结识英皇乔治三世之子威廉·亨利王子（后为威廉四世），两人后来成为毕生好友。随后，纳尔逊再乘阿尔伯马尔号转到西印度一带，联同另外三艘小型战舰，企图袭击特克斯岛上的法国驻军，但不成功。行动失败后不久，英、法、美媾和的消息传至，纳尔逊唯有在1783年6月返国。
战后的纳尔逊一度赋闲在家，于是打算学习法文。在1783年10月，他与一位军中友人前往法国圣奥默尔，但在当地却未有认真学习，未几就在1784年1月回到英格兰。纳尔逊一度有意参选下议院和表态支持小威廉·皮特，可是未能觅得合适选区出选。两个月后，他获军方委任指挥HMS北风神号（HMS Boreas），前往背风群岛。虽然当时英国已经承认美国独立，但基于国会方面未就《航海法案》作出相应修订，结果理论上如果这一带的英国殖民地臣民如向外国（包括美国）通商，即属违法。由于背风群岛一带主要生产经济作物，本身十分依赖来自美国的食物及原料入口，故此法案一旦严格执行，将迫使他们不得不负担高昂的运费，向英国本土、爱尔兰及加拿大等地入口粮食和原料，可导致平时的生活开支暴涨三倍，假如发生饥荒，情况则更见严重。有见及此，当地殖民地政府未有认真执行《航海法案》，对于居民与美国商船通商不加追究。然而，纳尔逊抵达背风群岛后，却雷厉风行，严格执行《航海法案》，联同海军上校库斯伯特·柯灵乌等人扣查多艘企图与殖民地通商的美国船只。纳尔逊的扫荡行动招来其上司，即西印度群岛英军总司令理查·休斯爵士（Sir Richard Hughes）及安提瓜总督托马斯·谢莱爵士（Sir Thomas Shirley）的相当不快，而当地居民也对其行动甚表反感。不久以后，更有遭扣押的美国商人入禀法院，状告纳尔逊非法扣查船只，要求对他处以监禁刑罚。诉讼期间，纳尔逊还被禁止上岸，结果只好一直待在北风神号上等待判决。
尽管如此，纳尔逊仍然在诉讼期间到访尼维斯岛，并在1785年春天于该岛邂逅守寡少妇法兰西斯·“芬尼”·尼斯贝（Frances "Fanny" Nisbet），两人相识一段时间后决定订婚。及至1786年11月，纳尔逊的好友威廉·亨利王子到访背风群岛，这时已成为巡防舰海军上校的威廉·亨利坚持指定要纳尔逊带他在群岛一带游历，同时法院裁定他罪名不成立，这才打破他在群岛的孤立地位。在1787年3月11日，纳尔逊及法兰西斯在威廉·亨利王子的见证下，于尼维斯岛结婚，未几，纳尔逊在西印度群岛任满离开，遂于同年6月乘北风神号回国，至于法兰西斯则在稍后时间乘一艘商船跟随。在此后大约五年的时间中，纳尔逊与妻子主要在英格兰定居，靠领半薪过活，主要时间都待在诺福克郡和父亲一起，由于他在诉讼其间的讼费要由政府承担，令海军部对他有所保留，加上承平时期较少舰只服役，使他一直也找不到服役的机会。

地中海生涯

在1789年法国大革命爆发后，欧洲局势日益不稳，才使得纳尔逊获重新起用。1793年1月，海军部委派纳尔逊指挥停泊于查塔姆港、拥有64门炮的HMS阿伽门农号（HMS Agamemnon）。到2月1日，法国正式向英国宣战，英国加入第一次反法同盟，战幔旋即拉开。在同年5月，他的阿伽门农号加入由塞缪尔·胡德爵士（Sir Samuel Hood，后为胡德勋爵）统领的地中海舰队，开赴土伦拦截法国海军。在8月，土伦人民因反对雅各宾党的恐怖统治，于是开城迎接英军，要求英军守城防卫土伦。由于胡德军员有限，纳尔逊被委派前往那不勒斯，向国王费迪南四世求援。纳尔逊在10月返回土伦后，获调到由海军准将罗伯特·林茨（Commodore Robert Linzee）任指挥的分遣舰队，至10月22日驶至萨丁尼亚对开海域时，遇上一支由法国巡防舰组成的分遣舰队。纳尔逊的阿伽门农号一度与拥有40门炮的法舰墨尔波墨涅号（Melpomene）互相开火，但纳尔逊一方寡不敌众，最后在其他英舰协助下逃出。此后，纳尔逊与林茨转到突尼斯，试图拉拢当地统治者的支持，但却发现法国已早到一步，无功而返。步入12月，英方主将胡德因不敌法军而决定撤离土伦，标志着英军在土伦战役中败退，而当年圣诞节身在来亨（今利佛诺）的纳尔逊，则负责收容由土伦逃来的大批难民。
在1794年1月，胡德委托纳尔逊出兵封锁受法国管治的科西嘉岛，与科西嘉反法领袖巴斯夸·帕欧里及其支持者合作。可是，这次行动却未能得到陆军配合，其中陆军将领大卫·邓达斯（David Dundas，后为爵士）更拒绝予以支援。尽管如此，胡德依旧计划派兵向科西嘉岛的巴斯蒂亚发动围城，而且只派出分遣舰队辖下的海军陆战队，没有陆军协助。在4月4日，纳尔逊带领这支军队登陆科西嘉，5月23日成功使巴斯蒂亚的守军投降。同年6月，纳尔逊又转到卡尔维进行另一次攻城，这次的行动得到陆军的协助。在7月12日，纳尔逊在战事中被敌军投掷的乱石击中脸部，造成右眼永久失明，而卡尔维的法军一直坚守至8月10日，方才投降。此后，纳尔逊的阿伽门农号在冬天主要游走于来亨、热那亚及科西嘉等地，期间曾参与行动封锁普罗旺斯一带的海岸，以及在来亨修补舰只。
在1795年3月，驻扎于土伦的17艘法国战列舰组成舰队，试图突破英方防线，及重夺科西嘉岛。当时署理地中海舰队总司令一职的海军中将威廉·霍特汉姆（Vice-Admiral William Hotham，后为霍特汉姆勋爵）闻讯后，立即派出手下15艘战列舰出击拦截，而其中一艘更是从法军手上俘获的。后在3月13日及3月14日的战事中，英方再从败逃的法军中夺多两艘战舰。在连场战事中，纳尔逊指挥的阿伽门农号多番乘胜追击，直击法军，成为英方致胜原因之一。不过，纳尔逊却对霍特汉姆相当不满，他批评霍特汉姆过分守成，太早将他召回，以致错失再下一成，全歼敌舰的大好机会。随后在7月14日的战事入面，英军再从法军手上俘获多一艘战舰，但纳尔逊带头追击敌舰至敌方沿岸一带时，再次被霍特汉姆召回，使他对霍特汉姆愈益反感。法军重夺科西嘉的计划失败后，纳尔逊被改派指挥一支小分遣舰队，负责支援奥地利陆军，另外还决定封锁虽然表面保持中立，但却日渐亲法的热那亚港口。纳尔逊封锁热那亚全凭个人决定，事前未有通知上级，行动随时不获英政府承认，甚至要负法律责任，但最后行动未有招来话柄。在1795年夏天，纳尔逊的舰队主要在来亨海岸一带支援奥地利陆军，数度与法舰展开零星战斗，而奥地利军的消极表现令纳尔逊感到失望。同年11月尾，奥军复被法军大败，撤回内陆，纳尔逊惟有无功而退。
在1796年1月，约翰·查维斯爵士（Sir John Jervis，后为圣文生伯爵）接任地中海舰队总司令，纳尔逊旋即获得查维斯的信任及重用。在同年4月，查维斯擢升纳尔逊为海军准将，6月他再获任命指挥拥有74门炮的HMS上校号（HMS Captain），而原先指挥的阿伽门农号则返回英国维修。到8月，查维斯更破格任命纳尔逊为署理海军少将。与此同时，地中海的局势却不断恶化，一方面，法军在拿破仑·波拿巴将军的带领下进军意大利北部，另一方面，西班牙因为时局而被迫加入法国一方作战，使到地中海舰队处于恶劣形势。是年秋天，英政府内部决议放弃科西嘉，下令将舰队撤离地中海。不过，由于通讯落后，政府一时未能将消息立即传至地中海，结果很多重大决策要由查维斯及科西嘉副王吉尔伯特·艾略特爵士（后为明托伯爵）决定。在纳尔逊的坚持下，艾略特在10月撤离科西嘉岛所有英军，并运走巴斯蒂亚的物资，移师至英军在地中海的最后根据地厄尔巴岛；至于地中海舰队则撤退到直布罗陀。正因为纳尔逊等人及时撤走科西嘉岛上的军员物资，才避过法国海军的来袭。
为营救孤守厄尔巴岛的艾略特等人，纳尔逊在12月15日带领两艘巡防舰出发拯救，在途中遇上两艘西班牙巡防舰，经过激战后，纳尔逊指挥的HMS米内娃号（HMS Minerve）俘获对方的圣撒比纳号（Santa Sabina）及该船船长唐·雅各布·斯图尔特（Don Jacobo Stuart，詹姆斯二世的一名曾孙）。战后翌日，纳尔逊复遇上一支西班牙舰队，于是只好放弃所有俘获品逃遁。至12月25日圣诞节，纳尔逊终于抵达厄尔巴岛的费拉约港，接走艾略特及其他海军物资，但陆军主将却以未有命令为理由坚持留守。纳尔逊在1797年1月29日驶回至直布罗陀一带海域，因接报英、西舰队驶过直布罗陀海峡而决定加速追赶，但未有发现，最后在2月13日回直布罗陀与查维斯会合，回到上校号指挥。
查维斯一直有留意西班牙海军的动向，而就在纳尔逊与之会合的翌日，即1797年2月14日早上，英方在大雾中侦测得西班牙舰队出没于圣文生角以西约25英里海域，一直守候的英方舰队随即出击，史称圣文生战役。当日查维斯并不清楚西班牙海军的确实阵容，只见对方舰队共战列舰队大约27艘，分两队迎来，规模较少的一队属护卫舰队，敌方另有22艘较小型的战舰，其中17艘属于主力。查维斯最初估算西班牙会派出29艘战列舰对付他手下的15艘战列舰，但眼见敌方舰只数量比想像中少，加上敌方舰只设备落后，他立即下命令率舰切入两队西班牙舰队之中，然后乘风向“包抄”（rolling up）敌方主舰队后部进行攻击。查维斯的计划最初进展顺利，但这时负责统领西班牙护卫舰队的海军中将唐·胡安·祖亚昆·莫雷诺（Vice-Admiral Don Juan Joaquín Moreno）却冒死反击，试图留难查维斯及他附近的英舰，至于西班牙总司令唐·何塞·德·科尔多瓦（Don José de Córdoba y Ramos）的主力舰群虽然因此一时失去支援，但却趁机会反攻英方舰队后方，试图翻身扭转局势。
有见局势逆转，查维斯随即命令海军少将查尔斯·汤普森（Rear-Admiral Charles Thompson，后为爵士）及其后军抢风转向以应对敌方变阵，可是汤普森却迟迟未有听命，只有纳尔逊的上校号当机立断，见势转向脱离舰队，再与英方前军会合，向西班牙主力舰群的背风面驶去，以期制约敌军活动。继纳尔逊及部分英舰开向敌军主力舰群的背风面后，其余英舰则驶往敌方主力之迎风面，两者形成夹击之势，双方随即陷入激烈战斗。当中纳尔逊麾下的上校号与敌方的圣尼古拉斯号（San Nicolas）及圣约瑟夫号（San Josef）展开近距离恶斗，而库斯伯特·柯灵乌上校指挥的HMS卓越号（HMS Excellent）则驶到另一边向敌军发炮，一时漫天炮火，更有敌方战舰应接不暇而相撞。眼见自己的上校号损毁不堪，纳尔逊遂趁机会率一队人马跳上敌方的圣尼古拉斯号，与敌军埋身肉搏，拼死进行血腥决斗；而紧邻在旁、体积更大的圣约瑟夫号眼见圣尼古拉斯号被纳尔逊等人登上，也不顾英舰炮火攻击，全力向上校号及圣尼古拉斯号发炮，以企图驱散英军。然而，在没多久后，纳尔逊再率部下成功闯上圣约瑟夫号甲板，进行新一轮的血腥搏斗，最后纳尔逊重创圣约瑟夫号舰长，两舰唯有投降。圣文生战役持续至日落时份方告结束，最终以西班牙彻底战败告终，而英方更从西班牙手上俘获四艘舰只，不过，西班牙的首要主力、拥有四层的圣三一号（Santissima Trinidad），却在战事中侥幸逃逸。
尽管英军在圣文生战役胜出，应归功于整体团队合作无间，但纳尔逊在战事中当机立断，配合总司令的谋略，离队往敌军直冲、以及身先士卒，先后登上两艘未投降的敌舰进行埋身肉搏，实属英国史无前例。纳尔逊在战事的贡献对英军胜出发挥一定影响，其表现更令众人留下深刻印象，当中，艾略特爵士全程在另一艘巡防舰上目睹了纳尔逊整个作战过程，而其部将陆军上校约翰·德林沃特（Colonel John Drinkwater）事后更被派往访问纳尔逊，对战事过程作详细纪录；另一方面，纳尔逊自己也对圣文生战役的作战过程加以笔录，并寄给身在英国的故友洛克尔上校。这些著述很快就在英国相继出版，以及经传媒大肆报导后，引起社会极大回响，一时之间，纳尔逊成为了全国上下热烈追捧的英雄人物，深受国民爱戴。查维斯一行人凯旋返国后，随即获得英廷封赏，其中总司令查维斯获封世袭伯爵，成为圣文生伯爵，不少将领也因军功获封世袭从男爵。纳尔逊曾经公开表示希望获勋从男爵，但由于他膝下犹虚，加上从男爵爵位并不附带星章和绶带，结果他在5月27日获勋KB勋衔，另外，他早前在2月20日再获正式擢升为海军少将。

失去右臂

自圣文生战役后，西班牙舰队撤退到加的斯，圣文生伯爵（即之前的查尔斯爵士）遂拟定计划封锁加的斯，以及迫使西班牙舰队出海。为加大封锁力度，他又特命驻防近岸的纳尔逊率舰在加的斯口岸处驻扎。可是在1797年5月及6月，皇家海军位于英国斯皮特黑德（Spithead）及诺尔（Nore）的舰队发生叛变，一度使本土海域的海军陷于瘫痪。事变平息后，由于圣文生的地中海舰队军纪严明，士气高昂，因此不少未受影响的舰只随即被调往其麾下服役。其中一艘叫HMS忒修斯号（HMS Theseus）的战舰加入时，军纪尤其弛废，该舰舰长即被撤换，改由纳尔逊任该舰指挥。纳尔逊就任时，只带同他的旗舰舰长拉尔夫·维莱特·米勒（Ralph Willett Miller）及数名随员，但不出两星期后，纳尔逊等即赢得舰上军心，士气大振，使军纪恢复。虽然如此，不少新近调来的舰只，军心仍然不稳，对整支舰队构成不稳定因素。在7月3日至7月4日间的晚黑时份，圣文生派出一艘炮舰，由几艘小船护卫下炮轰加的斯，但在数天以前的一次同类型军事行动中，就发生过小舰拒绝服从命令驶近西班牙的炮艇，所以在今次行动中，纳尔逊亲自乘坐一艘驳船带领炮舰前进，而且再与敌军进行埋身血斗，期间他两度险遭敌军以短弯刀劈头，但都被一位名叫约翰·西克斯（John Sykes）的艇长营救，伸出手臂为他挡了两刀，才得以逃过大难。事后纳尔逊传令褒扬西克斯的英勇行为，而且将他擢升，一时使军心为之一振。
此后，英军再对加的斯作出两次轰炸，但战况未有多大进展，圣文生及纳尔逊遂转移视线到其他军事行动。当时英军接报，指一艘载满财宝的西班牙商船正停靠于加那利群岛的圣克鲁斯-德特内里费，于是立即拟定计划，试图俘虏船上财宝及船员，以大挫西班牙的士气，而任务则落入纳尔逊手中。在7月22日，纳尔逊两度率兵试图登陆圣克鲁斯，可是行动不单止失败，而且还使敌方有所警觉，加强防范。未几，有变节者向纳尔逊提供线报，表示时机已经成熟，纳尔逊遂第三度出击。这次纳尔逊计划直接在黑夜中进攻圣克鲁斯，以求以捷雷不及掩耳的形势拖垮敌军布防。虽然加那利群岛总督安东尼奥·古铁雷斯将军（General Antonio Gutiérrez）手下只有大约800名士兵，而市内民兵也不持械，不过英军却低估了敌方的实力。纳尔逊当晚派1,000人登陆圣克鲁斯的防波堤，但出乎意料之外，防波堤上的100名守军训练有素，再加上水流急湍，使英军难以登岸，最后只有纳尔逊等小部分人成功登陆。纳尔逊甫上岸，即被敌人伤及右臂，结果由养子约书亚·尼斯贝上尉（Lieutenant Josiah Nisbet）救上一艘小艇，然后再送返忒修斯号救治，最后他在舰上接受手术，切除右臂。虽然纳尔逊被救返忒修斯号，但他的部下海军上校托马斯·特罗布里奇（Captain Thomas Troubridge，后为爵士）及其他留在防波堤的英军却全数被俘，他们经谈判投降后，获准返回所属英舰。而落败的纳尔逊与古铁雷斯书信往来一番后，终在7月27日启程返回大本营。
身心俱疲的纳尔逊在战事后回到英格兰休养，不过失去右臂的他仍然是民众心目中的英雄，他在圣克鲁斯的军事失误则被认为是其他人的过失。纳尔逊所到之处，无不受普通百姓和其他战友热烈欢迎，使他很快就重新振作起来，但他失去右臂后余下的痛楚，却一直至同年11月拆去结扎线后才舒缓下来。纳尔逊当年在伦敦过冬及游览，继续受到热情款待，与此同时，他非常渴望重返前线服役，于是在1798年4月10日获准出发往加的斯海域与圣文生会合。

尼罗河战役

这时地中海舰队的局势比之前严峻不少，英军收到情报指法军正在土伦准备大规模远征，而且目的地不明；同时间，奥地利又在1797年10月签署《坎波福尔米奥条约》，退出第一次反法同盟，使英国形势进一步受孤立。而要令奥地利重新加入战场，则有必要在地中海海域部署英国舰队，以确保其南部领土及保护国双西西里王国的安全。有鉴于此，圣文生接到上级指示，要派出一小队舰队往地中海进行侦察，而刚刚在1798年4月底重返其旗舰的纳尔逊遂立即受命出发，带领三艘战列舰及四艘巡防舰开赴土伦。另一方面，英政府内部又决定要重新在地中海派驻一定规模的海军，于是将本土剩余的战舰都发往地中海，使本土海域再无多余战舰应付未来可能发生的入侵行动。在5月24日，圣文生从本土接收八艘战列舰后，同日即派十艘去加入纳尔逊一行。
不过，纳尔逊一行的进展却不太顺利。他的船队在5月21日于萨丁尼亚对开海域遇上风暴，碰巧旗舰HMS先锋号（HMS Vanguard）舰长爱德华·贝里上校（Captain Edward Berry，后为爵士）不善航行，导致旗舰桅杆被强风完全吹断。后在HMS亚历山大号（HMS Alexander）舰长亚历山大·波尔上校（Captain Alexander Ball，后为爵士）协助下，先锋号唯有被拖到萨丁尼亚一带海岸抢修。而就在船队出现事故前一天，拿破仑·波拿巴将军率领大规模舰队由土伦出发，该舰队阵容庞大，拥有13艘战列舰，以及400艘载满军队的运输船。这支庞大的舰队虽然曾驶经萨丁尼亚海域，但纳尔逊的先锋号正在岸边修理，所以未有发现法军行踪。纳尔逊维修旗舰时，下令所有巡防舰驶走，约定十日后在另一地点会合，但是旗舰维修的时间比想像中长，结果纳尔逊和他的战列舰群要到第十一日，即6月9日才驶至约定地点，这时他的巡防舰群已经驶回直布罗陀，不知踪影，纳尔逊的船队顿失巡防舰群的支援。而庆幸的是，在早两天前的6月7日，由部将托马斯·特罗布里奇奉圣文生之命带来的十艘战列舰终于与纳尔逊会合，及时让纳尔逊组成了一支战列舰队，可是他对法国海军身在何方，茫无头绪。
为追寻法军去向，纳尔逊最初在意大利海域巡察，其后获悉情报指法军在西西里对开，于是下令舰队向南驶去。在6月17日，纳尔逊又派特罗布里奇往那不勒斯进行会谈，获当地表态支持，但态度颇为含糊，同时特罗布里奇在当地取得确实情报，指法军正前往马耳他。未几，在6月22日，纳尔逊在西西里以南，从一艘中立的商船获得另一线报，指法舰从圣约翰骑士团手上夺得马耳他后，已在6月16日启程出发往不明目的地。有鉴于法舰并没有如想像般前往西西里，再加上当时西风极盛，纳尔逊遂认定法舰正前往埃及，于是他下令所有正追击零星法国巡防舰只的战列舰返回大队，以便集结力量，全速向亚历山大港进发。但纳尔逊下这个命令时，却不知道他的情报有一个错误，就是法舰并非在6月16日，而是在三日后的6月19日才启程出发。因此，事实上纳尔逊部下所追击的零星法国舰只，已差不多是法国主舰队的外沿，两军旗舰相距，仅仅只有60英里。在6月28日，纳尔逊麾下一支分遣舰队率先观测到亚历山大港，但却发觉港内没有法舰，也没有法舰的消息。纳尔逊以为自己估计错误，遂在6月30日驶离亚历山大港，毫无头绪地在海上打探法军消息。但碰巧在纳尔逊离开后翌日，法国大军却缓缓驶至亚历山大港对出，准备让军队登陆。原来，当纳尔逊正以全速赶往亚历山大港的时候，法舰却以缓慢的速度前进，而且偏北航行，变相令航程延长，这样导致纳尔逊比法军先到，结果找不到法军踪影。在7月20日，纳尔逊回到西西里的锡拉库萨补给，却仍然没有任何新消息。在7月24日，纳尔逊再度启程出发，这时他仍认定法军必在地中海东部某处，并计划往爱琴海搜索。终于在7月28日，他获得确实情报指法军正在埃及，纳尔逊这才再次前往亚历山大港，在8月1日正午时份驶至亚历山大港对出，观察得港内泊满法国运输船，但却没有法舰踪迹。这次纳尔逊肯定如果法舰没有泊在亚历山大港，就应该停靠在亚历山大港以北10英里的阿布吉尔湾。到下午时份，英舰在阿布吉尔湾发现一直追寻的法国舰队，当时正以一字排开下锚，靠着湾岸停泊。
眼见风势正吹向阿布吉尔湾，有利英舰顺风出击，纳尔逊遂不顾港内可能水浅及天色渐黑的风险，下令立即展开攻击。英舰随即排成一条不太齐整的直线，自阿布吉尔湾南口驶进，与法方舰队的前头相对望。这时为英方带头上阵的HMS歌利亚号（HMS Goliath）舰长托马斯·佛利上校（Captain Thomas Foley，后为爵士）观察得法舰只以单锚停泊，从而推算港内水深足以让英舰驶进和自由转向，于是他毅然在法舰面前越过，驶进法舰群靠岸的一边，歌利亚号后面的三艘战列舰加以跟随，而纳尔逊及其他英舰则驶往法舰群靠地中海的一边，形成夹击之势。这时法舰群竟未及备战，任由英舰驶至，而原先法国海军中将弗朗索瓦·保罗·德·布律依（Vice-Admiral François Paul de Brueys d'Aigalliers）将战斗力最弱的战舰都放到前方，以为前方受袭机会最低，可到现在法舰队的前方受尽英舰主力猛攻，法舰队中军和后军却未能上前施援。纳尔逊一方的战列舰群按部就班，慢慢迫近位于敌舰群正中间的旗舰东方号（L'Orient）。东方号拥有120门炮，堪称为当时世上最大的战船。她在战事中重创驶近的HMS柏勒洛丰号（HMS Bellerophon），使之被迫撤退，但不久以后，自己却抵受不住英舰炮火，继而起火焚毁。当时已经是入夜时份，天色已黑，但东方号火光红红，传出猛烈爆炸声，吸引得英、法两军驻足观看，使战事一度中断。战事恢复后，由海军少将皮埃尔-夏尔·维尔纳夫统领的法舰后军整晚也没有向中军及前军施以协助。到8月2日上午，因英方舰只多已严重受损，难以展开追击，维尔纳夫立即带同两艘战列舰及两艘巡防舰败逃，留下11艘战船及两艘战列舰，尽遭英方的13艘战列舰及一艘四等舰俘获或击沉。事后，纳尔逊在写给妻子的家书中难掩兴奋心情，并谓“胜利一词肯定不足以形容此等场面”（Victory is certainly not a name strong enough for such a scene）。
战事在晚间进行时，纳尔逊曾遭流弹击中头部，一度情况严重，幸好到第二日清早，他的伤势明显好转，能够在战胜法军后主持感恩礼拜。战后，纳尔逊又下令立即修补舰队和发报战事消息，他派出一名军官前往印度，转告东印度公司防范拿破仑率军东进；此外，他还派出拥有50门炮的HMS里安德号（HMS Leander）回英国传达捷报。虽然纳尔逊发往印度的军官安全抵达，但里安德号却在航行途中遭法舰宽宏号（Généreux）俘获，使纳尔逊的捷报未能即时传回欧洲。最初英国本土有舆论批评纳尔逊年纪尚浅，欠缺经验，以致久久未能找出法国舰队的下落，不过当延误多时的捷报正式传到英国后，立即引起坊间热烈哄动，英政府内部也为此放下心头大石，其中第一海军大臣史宾塞勋爵（Lord Spencer）听到捷报后，更是大喜过望，当场昏倒。除英国外，纳尔逊在尼罗河战役报捷的消息也令其他欧洲国家受到相当鼓舞，为1799年第二次反法同盟的组成酝酿有利条件。

那不勒斯生涯

自尼罗河战役后，法国海军对那不勒斯及西西里的严峻威胁得以缓解。在1798年9月22日，纳尔逊乘坐破损不堪的先锋号安全返回那不勒斯，受到当地民众及皇室的热烈欢迎，其中英国驻双西西里使臣威廉·汉弥尔顿爵士（Sir William Hamilton）及其夫人艾玛（Emma, Lady Hamilton）更是为此欢喜若狂。在汉弥尔顿爵士伉俪的悉心照料下，纳尔逊得以专心休养，慢慢治理身上伤口。不过，纳尔逊对那不勒斯的喧闹环境始终感到不胜其烦，于是在10月15日出海，视察英军对法占马耳他岛上法军军营之封锁行动，在此以前，马耳他岛民因不满法军强行统治而起来反抗，将岛上法军迫退至一处碉堡。视察一番后，纳尔逊于11月5日返到那不勒斯。
在11月6日，英廷向纳尔逊授予世袭男爵爵位，是为尼罗河的纳尔逊男爵（Baron Nelson of the Nile），以酬谢他在尼罗河战役所作的重大贡献。对于纳尔逊只获得在一众贵族爵位入面属于最初等的男爵爵位，很大程度是因为纳尔逊始终军衔不高，加上他的上级圣文生是世袭伯爵，因此英廷认为排资论辈，纳尔逊获男爵爵位较为妥当。可是在另一方面，纳尔逊及他的不少部将就认为，圣文生的贡献本身不值得获授伯爵爵位，而纳尔逊劳苦功高，却只有男爵爵位，为此感到不值。虽然如此，奥斯曼苏丹塞利姆三世却对纳尔逊的表现相当钦佩，由于当时所有的奥斯曼勋位只能授予回教徒，塞利姆于是特地创立新月勋章，纳尔逊遂成为首位获勋的人士。此外，塞利姆还将其苏丹缠头巾上，用钻石镶嵌的专用帽饰（chelengk）送赠给纳尔逊，此后纳尔逊但凡戴上海军将官帽，均会套上这份帽饰。
与此同时，身在那不勒斯的纳尔逊也在不知不觉间涉足当地的宫廷政治。当时那不勒斯及西西里虽是由费迪南四世统治，但实际上大权则落在玛丽亚·卡罗来纳王后（Queen Maria Carolina）及她身边来自奥地利的几位宠臣手上。玛丽亚·卡罗来纳本身也是来自奥地利，是玛丽亚·特蕾西亚女帝之女，而1793年遭法国革命政府处死的法国王后玛丽·安托瓦内特是她的胞妹。在这种背景推使下，玛丽亚·卡罗来纳主倡急进的外交政策，企图透过操控丈夫的王国，煽动法国出兵，从而迫使奥地利参战，推翻法革政府，以为其遭逢不测的胞妹报仇雪恨。尽管玛丽亚·卡罗来纳及其外交政策不得民心，不过汉弥尔顿爵士在那不勒斯供职多年，早就成为玛丽亚·卡罗来纳的心腹。在汉弥尔顿的影响下，再加上英廷多番下令要支持该国抵抗法国，纳尔逊也渐渐成为玛丽亚·卡罗来纳的支持者，对她的外交政策予以鼓励。在得到纳尔逊的海军支援下，那不勒斯的军队克服本身欠缺训练的问题，试图对法军展开攻击。在11月28日，来亨屈服于纳尔逊的船坚炮利而开城投降，翌日，费迪南四世以凯旋姿态率军进入罗马；可是仅在一星期后，法军大举反攻罗马，费迪南的军队瞬即溃败，一时间那不勒斯处于险境之中。
随着法军逐步进迫那不勒斯，可是那不勒斯人民却坚持皇室应该留守，纳尔逊唯有设法安排秘密送走那不勒斯皇室成员、皇室财产及随从。在12月23日，他与皇室成员乘船出发往西西里岛的巴勒莫，船队在航行途中遇上风暴，年纪最少的小王子更在途中丧命。几经惊险，纳尔逊一行人在12月26日抵达巴勒莫；这时纳尔逊在巴勒莫与汉弥尔顿爵士夫妇同住，身心俱疲和心灵空虚的纳尔逊从汉弥尔顿爵士夫人艾玛的交往中得到慰藉，两人更渐生情愫，到1799年2月，双方感情甚至超乎了普通朋友的关系。
纳尔逊与皇室出走后，法国在那不勒斯建立一个共和傀儡政府，由当地的一些贵族及上流人士组成。不过一般百姓及乡郊地区却对那不勒斯的波旁皇室仍表忠心。到1799年2月，来自卡拉布里亚的天主教枢机主教法布里奇奥·鲁弗（Cardinal Fabrizio Ruffo）在那不勒斯郊区率众反抗共和政府，声言要推翻“雅各宾党”统治，及至4月，在起义份子奋起反抗下，法军及其盟友被迫退到那不勒斯内的几处碉堡，同时间，纳尔逊也趁机派出战舰，封锁那不勒斯，成功收复那不勒斯对出的几个岛屿。虽然如此，费迪南四世与玛丽亚·卡罗来纳王后俩却坚持要纳尔逊留在身边保护，使得纳尔逊未能随便离开巴勒莫。可是，未几在5月，地中海局势却发生突变。首先是原本驻守布雷斯特的法国舰队成功从进入地中海，然后是地中海舰队总司令圣文生因病在岸上休养，一时间副司令凯斯勋爵（Lord Keith）手上只有15艘战列舰在加的斯驻防，未能阻挡由法国海军中将厄斯塔什·布鲁斯（Vice-Admiral Eustache Bruix）所率领的24艘战列舰群。除凯斯勋爵以外，英国及其盟友在地中海其他地方也有战列舰驻守，当中包括海军少将约翰·托马斯·达克沃斯（Rear-Admiral John Thomas Duckworth，后为爵士）驻守于梅诺卡岛的四艘；纳尔逊在那不勒斯的四艘、马耳他的三艘、巴勒莫的一艘及累范特的两艘；以及俄罗斯海军上将费奥多·费奥多洛维奇·乌沙科夫（Admiral Fyodor Fyodorovich Ushakov）在科孚岛驻守的15艘。这些舰队相当分散，势力单薄，以致他们一时间难以应对法国海军压境。可是，有鉴于这支法国舰队可能会强行驶往埃及，为当地法国陆军解围，这使到英方大为紧张。在5月12日，纳尔逊闻讯指布鲁斯的舰群正在驶近，他于是统合手上舰只，出发往西西里岛东角一带海域巡弋，但巡弋一星期后均无任何发现。纳尔逊在5月29日返回巴勒莫后，于6月13日带同那不勒斯陆军，启程往那不勒斯，准备发动反击。但是在出发后翌日，他却从已接任地中海舰队总司令一职的凯斯勋爵，收到法国舰队情报，他惟有无奈地再到西西里岛东角巡防。纳尔逊在6月25日回到巴勒莫后，立即再着手准备出征那不勒斯，并于7月13日抵达当地。然而，这时凯斯勋爵却再向他发令，指梅诺卡岛可能会受法、西舰队联合攻击，要求他立即前往梅诺卡岛，即使不可，也应派遣手上所有待命舰只前往。纳尔逊以那不勒斯比梅诺卡岛更重要为理由，没有遵从凯斯的命令，此后凯斯再连发两度命令要求调兵，纳尔逊始终也未有理会。纳尔逊违抗军令一事，事后受到海军部严辞谴责，有舆论也认为他不应无视军令，而他并非总司令，也没有资格判断整体军事策略，他的行为随时置整体英军有战败之虞。
纳尔逊抵达那不勒斯后，发现鲁弗枢机已经和遭受围城的敌军签署停火协定，承诺让他们安全返回法国。双方签约时，在场的英方巡防舰HMS海马号舰长爱德华·富特上校（Captain Edward Foote）也有签字，但就对协定有保留。纳尔逊得悉此事后，立即下令取消有关协定，表示对协定不予承认。鲁弗枢机虽然不是玛丽亚·卡罗来纳王后的支持者，但对波旁皇室的忠诚却无庸置疑，他之所以提出宽大的停火协定，本是希望将陷于分裂的王国重新团结起来；但纳尔逊却怀疑鲁弗的好意，再加上他痛恨法国人及“雅各宾党人”，所以坚持要敌军无条件投降。虽然如此，敌方却仍以为停战协定依然生效，于是照旧弃械投降，结果他们随即被捉拿问罪，当中不少人更遭处决。在这件事入面，纳尔逊一度被指责背信弃义，但有意见则认为，纳尔逊不懂外语，实际上与各方沟通存在困难，因此他以为敌方已接受无条件投降也不足为奇；相反，为他当翻译的汉弥尔顿爵士夫妇却很有可能在传译上故意蒙骗，原因是他们都属于王后的心腹，故此尤其痛恨背叛他们的敌军，再加上他们长期浸淫于那不勒斯的宫廷政治，比起对政治权术一窍不通的纳尔逊，他们更有可能在事件中使出宫廷权术。在事件中被处决的共和国叛乱份子之中，还包括海军准将弗朗切斯科·卡拉乔洛（Commodore Francesco Caracciolo）。卡拉乔洛本是那不勒斯王国的高级海军军官，共和国成立后当上海军司令，当共和国投降时，他一度匿藏起来，但最终被发现和拘捕。在纳尔逊的命令下，卡拉乔洛在英舰上接受那不勒斯军事法庭的审判，被裁定叛国罪成立，处以死刑。有说由于玛丽亚·卡罗来纳王后授意要处死卡拉乔洛，纳尔逊于是为取悦王后而尽快执行死刑，结果卡拉乔洛在第二天清早即被缳首问吊，尸体被抛入海中，而在他死前，纳尔逊甚至拒绝让神父探望和代祷，事后他被指为不近人情。

被召回国

在1799年8月8日，纳尔逊返回巴勒莫，在岸上待了大约十个月，其中自8月至12月，他又一度署任地中海舰队总司令一职。纳尔逊在那不勒斯的行动获得英政府认同，费迪南四世更是对他信任有加，而且还册封他为勃朗特公爵（Duke of Bronte）。然而，坊间却开始有传闻指纳尔逊在巴勒莫沉迷于艾玛的美色，置军务于不顾。最初地中海未有法国海军的踪影，意大利的法军又被击退，因此这些传闻未有引起多大反响，但是到1799年8月，拿破仑成功从埃及突围逃出，而纳尔逊却没有出海拦截，这才使伦敦的政府高官对传闻加以留神，但碍于纳尔逊在本土甚受欢迎，故政府未有作出任何行动回应。在1800年1月，凯斯勋爵重掌地中海舰队，并命令纳尔逊一同前往马耳他巡视英舰的封锁工作。到2月18日，纳尔逊的旗舰在西西里以南俘获曾在尼罗河战役中逃逸的法舰宽宏号，凯斯原本对此颇为赞赏，岂料他竟在行动后未经许可，就以健康理由立即返回巴勒莫，令凯斯感到失望。纳尔逊在4月也曾再度前往马耳他巡视，但他这次却带同汉弥尔顿爵士夫妇出海，身在伦敦的第一海军大臣史宾塞勋爵终于忍无可忍，召唤纳尔逊返回英国。但在致纳尔逊的书信中，史宾塞的态度仍然较为婉转，信中有谓召他返回英格兰，是相信这样能更有效调理健康云云。
虽然凯斯拒绝派战舰送纳尔逊返国，但纳尔逊却未经许可，私自乘坐一艘于马耳他布防的英舰离去，并在7月14日登陆莱亨。除他以外，同行的还有同遭召回的汉弥尔顿、艾玛和计划到奥地利探亲的玛丽亚·卡罗来纳王后。他们在越过意大利途中险被法军截获，及后他们经过安科纳，转乘一艘俄国巡防舰横渡亚得里亚海至第里雅斯特，再先后到访维也纳、布拉格、德累斯顿、马格德堡、以及经易北河往汉堡。纳尔逊与汉弥尔顿夫妇所到之处，皆成为当地舆论焦点。在1800年11月6日，纳尔逊等人终返抵英格兰大雅茅斯港口，他们在前往伦敦途中不断获得群众欢迎。在伦敦逗留约两个月后，纳尔逊在1801年1月获军方擢升为海军中将，同时出任海峡舰队副总司令一职，而总司令正是其旧上司圣文生勋爵，至于当初纳尔逊从西班牙手上俘获的HMS圣约瑟夫号，就在1月13日成为了他的旗舰。可是到1月29日，消息传出英揆小威廉·皮特可能辞职，正在酝酿组阁的下院议长亨利·阿丁顿（后为西德默斯子爵）有意邀请圣文生入阁出任第一海军大臣，于是圣文生辞任海峡舰队总司令，改由海军中将海德·帕克爵士（Vice-Admiral Sir Hyde Parker）接替。不久以后，纳尔逊在2月12日奉命改以HMS圣乔治号（HMS St George）为旗舰。

追踪敌舰

《亚眠条约》的签署只为纳尔逊带来19个月的休息生活，和平始终并不持久，英、法两国关系很快就日益紧张。在1803年5月14日，纳尔逊获委任为地中海舰队总司令，两日后英国即向法国宣战。纳尔逊在5月18日登上位于朴茨茅斯军港的总司令旗舰HMS胜利号，翌日正式启航出发，至7月他在土伦对开海域与部分先到的舰队会合。
纳尔逊的任务主要是负责保卫直布罗陀及已经于1800年收归英国管辖的马耳他，此外他还要制止法国地中海分遣舰队的活动，防止他们离开地中海，以免与拿破仑计划入侵英伦的主力集结。而这时拿破仑的大军正云集布洛涅港口，所以一旦法国在土伦的地中海分遣舰队驶入英伦海峡会合大陆军，将置英伦于危险之中。虽然如此，但由于土伦在冬天离岸强风盛行，故此难以进行封锁；而如果转到土伦港山头后的海域，行踪也会很容易被敌军从山头观察，同样不利封锁。纳尔逊从来没有打算封锁土伦港，但却时常派舰到土伦对开，以引诱敌舰出港，再进行攻击。为达到行动目的，纳尔逊将萨丁尼亚以北对开的马达莱纳岛作为舰队停泊及补给基地。在此后的18个月的时间入面，他的主要工作只是不时对土伦作远距离视察，舰队未有任何重大的军事行动。
直到1804年年尾拿破仑加冕称帝、西班牙重新加入成为法国盟友后，地中海局势急剧恶化。在1805年1月19日，身处马达莱纳岛的纳尔逊接报，法国舰队已由他在尼罗河战役的对手皮埃尔·查尔斯·维伦纽夫带领下，从土伦出发，并已巧妙地避过他在当地布置的巡防舰群。纳尔逊唯有再一次率军追踪法舰群的下落。根据情报，维伦纽夫率舰往东南方进发，纳尔逊于是也向东搜索，抵至亚历山大港，可是没有发现。纳尔逊一行在2月19日回到马耳他，得悉法国舰队已经因为强风关系而退回港口。到4月4日，身在马略卡对开的纳尔逊接报，指法舰再度从土伦出海。不过这次维伦纽夫却从一艘中立商上取得情报，掌握纳尔逊的所在地，结果法舰在未有受到拦截的情况下，成功驶出地中海。纳尔逊获知法舰已出地中海后，恰巧遇上对头强风，使到英舰行程受阻，到5月初，纳尔逊的舰队才驶出地中海展开追截。可是，纳尔逊只知维伦纽夫在加的斯将西班牙的舰只收归旗下，却没有头绪维伦纽夫的目的地在哪。根据推测，维伦纽夫可能会率舰往北会合其他分遣舰群，然后再以压倒之势进入英伦海峡，以掩护集结于法国的大陆军攻入英伦。有见英伦可能陷于重大危机之中，身在加的斯对开的另一支分遣舰队司令约翰·奥德爵士（Sir John Orde）遂下令撤退回防，会合海峡舰队。纳尔逊原本也准备仿效奥德回防，但当舰队驶至圣文生角对开时，他却从葡萄牙舰只获得情报，指维伦纽夫的舰队一直往西向大西洋驶去。
纳尔逊并不知到其他英方将领是否接到同样线报，因此他只好假定只有他知道这个情报。纳尔逊考虑到，如果他无视情报不往西追踪法舰，将有机会导致英国在大西洋西岸、以至印度的殖民地及利益受法舰破坏；但他又注意到这可能（事实上也是）是法军设下的陷阱，用意在于尽可能将大量的英舰引离欧洲海域，然后再趁英伦海域守备空虚时发动攻击。加上法舰往大西洋进发的情报可能也已传到海军部，从而使更多的分遣舰队被派离英伦，随时引致海峡舰队在紧急关头无人解救。几经权衡后，纳尔逊决定横跨大西洋追寻维伦纽夫的舰队下落。作出短暂补给及休息后，纳尔逊随即率领11艘战列舰往大西洋方向出发，追踪维伦纽夫规模更大的18艘战列舰。与此同时，纳尔逊的老朋友库斯伯特·柯灵乌也接获命令往大西洋找寻法舰，但当他得知纳尔逊已先行出发后，便折往加的斯，填补奥德原来负责驻守的海域。
纳尔逊在5月11日才正式驶离葡萄牙，可是维伦纽夫却已在三日后的5月14日抵达加勒比海的马提尼克。维伦纽夫在那里计划等待由布雷斯特逃出来的另一法舰群加入，再以势如破竹之势剿除在英伦海峡剩下的英舰。在6月4日，纳尔逊终于到达巴巴多斯，并接获一个似乎确实的情报，指法舰正向特立尼达发动袭击。此一错误情报虽然令纳尔逊浪费不少时间往南追踪，但维伦纽夫其实也离纳尔逊不远。在6月10日，纳尔逊在蒙塞拉特对开，同时维伦纽夫就在离纳尔逊以北150英里的安圭拉对开，出发驶回欧洲。维伦纽夫之所以未等布雷斯特的援军前来就先行返回欧洲，是因为他获悉纳尔逊已来到加勒比海后，就决定及早逃遁。三天后，纳尔逊也启程追截维伦纽夫，但由于不知道维伦纽夫的目的地，他惟有前往加的斯和返回自己原本的根据地。此外，纳尔逊又派双桅横帆船HMS好奇号（HMS Curieux）返回英国，以通知海军部敌舰的最新通向。好奇号不单止以很快的速度返回英国，且在途中侦察得维伦纽夫的舰队，得以向海军部报告敌舰正向西班牙费罗尔一带进发。根据这个情报，海军部及时通知在费罗尔对开海域巡弋的罗伯特·考尔德爵士（Sir Robert Calder）增兵准备。终于到7月22日，考尔德在雾中见到维伦纽夫由法、西两国20艘战列舰组成的联合舰队，对之展开拦截。在战斗中，西班牙对英舰进行较多的攻击，但也失去了两艘战舰。在随后两日天色渐转晴朗后，考尔德再度发动攻击，但却以保护自身舰队免受损伤为大前题，未能重创敌方。考尔德选择放弃尽全力攻击联合舰队的做法，事后遭受舆论，包括纳尔逊的批评。
无论如何，考尔德的行动毕竟带来一个重要的策略影响，就是维伦纽夫一再逃逸的做法使到他的舰队士气日益低落，迫使他放弃前往布雷斯特的念头，改往维戈躲避，随后于8月2日转到拉科鲁尼亚。在8月13日，维伦纽夫再率舰队前往费罗尔，但之后没有向北往英伦海峡，而是往南走，在8月20日抵达加的斯。守在加的斯海域的柯灵乌舰队在事前闻讯后退，与维伦纽夫的舰队保持安全距离，双方没有发生战斗。另一方面，纳尔逊则在7月20日登陆直布罗陀，着手重新调配地中海的舰队布防。到7月25日，纳尔逊闻讯指好奇号侦察到维伦纽夫的舰队正向比斯开湾进发，他随即率舰往北出发，希望与海峡舰队会合，但碍于强烈对头风的关系，舰队只能前往大西洋。如果纳尔逊能够往北驶去，就有可能遇上维伦纽夫，不过希望落空后，纳尔逊唯有在布雷斯特对开海域与海峡舰队总司令威廉·康沃利斯会合，他在那里交出自己的舰队后，便动身返回朴茨茅斯。
对于没有成功追踪到维伦纽夫的舰队，纳尔逊感到相当失望，更一度因此身心困扰。但大出他的意料之外，纳尔逊追截法舰一事不单止在英伦广为流传，舆论还认为他在此事上立下大功，又一次为英国带来胜利。所到之处，纳尔逊都受到群众热烈欢迎，其中有一次在8月他与明托勋爵（即之前的艾略特爵士）在伦敦皮卡迪利时，纳尔逊甚至被热情和爱戴他的民众成群围住，大家一起叫嚷起哄。在人民的爱戴下，纳尔逊很快就重新振作起来，与他的海军朋友们详细讨论今后的作战策略。而自小威廉·皮特在1804年5月重新组阁后，新政府的内阁阁揆也视纳尔逊为资深军事家，邀请他一起商讨军事策略。

归葬英国

桅杆破损的胜利号在战事后于10月28日被拖回直布罗陀，而船上则安放着纳尔逊的遗体。由于舰上没有棺材，加上防腐需要，纳尔逊的遗体最初要安放在一个烈酒酒箱内，由专人看守。抵达直布罗陀后，他的遗体改放入一个边线镶上铅的棺木，棺内注入兰姆酒(故此兰姆酒也被称为纳尔逊之血)。胜利号修复以后，纳尔逊的灵柩随舰运回英国，于诺尔托运上岸。他的遗体在英国被放到另一个木做的棺木，木材则来自当年于尼罗河战役中焚毁的法军旗舰东方号。随后，他的灵柩被安放到皇家海军辖下的格林威治医院大画厅，停灵三日，期间大批民众到场悼念，场面几乎失控。到1806年1月8日，在胡德勋爵（即之前的胡德爵士）、彼得·帕克爵士及威尔士亲王的看守下，纳尔逊的灵柩经泰晤士河运往伦敦白厅，晚上运抵海军部安放一晚，当晚由纳尔逊的随舰牧师斯科特守夜。
翌日1月9日上午，纳尔逊正式出殡，遗体停放于一个相当精巧的灵柩台上，在仪仗队护送下由海军部出发，徐徐运送至圣保罗大教堂。仪仗队中除了包括32名海军将领、超过100名海军上校外，还有10,000名军人结队游行，沿途大批民众夹道伫立旁观。纳尔逊的灵柩到达圣保罗大教堂后，教堂内举行长达四小时的葬礼，纳尔逊的灵柩最后长眠于教堂内一个地下石棺，位置正好在教堂圆穹的正下方。纳尔逊落葬时，原本会连同胜利号的数面船旗一同陪葬，不过胜利号的船员最后保留了这些船旗，并将它们一一撕成细块，由每人收藏，以作为对纳尔逊的纪念。
纳尔逊死时没有留下子嗣，因此他的子爵爵位及在1798年册封的男爵爵位在他死后即告断绝，不过他在1801年另一个获封的男爵爵位、以及两西西里的勃朗特公爵爵位，则由他的胞兄威廉·纳尔逊牧师（Rev. William Nelson，1757年－1835年）继承，是为第二代纳尔逊勋爵及第二代勃朗特公爵。在纳尔逊身后不久，英廷为答谢其生前贡献，再于1805年11月25日向其胞兄奖授子爵及伯爵爵位，使他进而成为第一代纳尔逊伯爵（1st Earl Nelson）。