里斯本条约

欧洲议会（监督机构）

欧洲议会（European Parliament）是欧盟唯一的一个直选议会机构。但是与一般意义上的议会相比，欧洲议会拥有的职能却少了很多。它主要是考察欧盟成员国的人权状况、监狱虐待与酷刑事件等。欧洲议会的主要任务是讨论人权问题和派遣人权观察委员会，如对被揭露的警署或监狱虐待和酷刑事件进行调查，或者提醒一个国家和公众舆论对种族主义或排外思潮提高警惕。虽然欧盟的两个行政机关欧盟委员会和欧洲理事会都设在比利时布鲁塞尔，《阿姆斯特丹条约》却规定欧洲议会每月必须在法国斯特拉斯堡召开一次会议。但实际上，几乎所有的立法准备工作和议会委员会会议都在布鲁塞尔举行。议会每月只在斯特拉斯堡开4日会，举行常规会议和最终的投票工作，其他所有会议都在布鲁塞尔举行。
在《里斯本条约》之下，基于欧洲议会要和欧盟理事会，以“共同决定”程序（codecision）的方法，扩大到新领域等政策的问题上，欧洲议会将会增加其一般立法权（ordinary legislative procedure）的权力。“特殊立法程序”（special legislative procedures）即是；欧盟理事会以及欧洲议会双方都要“互相同意”之下，才可以通过其整个立法。
不过，在少数情况之下，旧的“协商程序”（consultation procedure）还是适用；即是欧盟理事会可以随便咨询一下欧洲议会的意见，就可以对欧盟委员会所提出的立法建议以及其他各种提议，马上进行表决。这个做法，欧盟理事会的确是不受欧洲议会的约束，其咨询议会的动作，只不过是例行公事，不是必要的。不过，如果欧盟理事会要表决一些法案，但这些提案却是偏离欧盟委员会的初步建议得太过离谱的话，欧洲议会还是可以要求例行检查一下。
欧盟委员会提出每一个“欧盟预算案”（Budget of the European Union），都要必须直接提交至欧洲议会进行表决。
《里斯本条约》将会改变对各成员国在议会议席的分配。该《条约》赋予欧盟理事会权力，就议会的初步建议及其同意之下，采取一致行动，来确定议会当中各成员国的议席数目。此外，该《条约》亦有规定，欧洲议会议员的人数比例跟各成员国的公民人数进行“表面相关性”的比例（digressive proportion）分配。就决定怎样分配议会议席有关的草案，其实已经附于《条约》之内，《里斯本条约》是沿用了当时2009年欧洲议会选举的分配形式。
除议会主席之外，欧洲议会将会限制其议席数目，为750席。该《条约》将减少最多的欧洲议会议员代表数目；即是从99个减少至96个议席（影响到大国，例如德国）。另外，又提高最低议员代表数目；从5个增加至6个议席（影响到一些小国例如：爱沙尼亚，塞浦路斯，卢森堡和马耳他）。

欧盟理事会（部长会议）（决策机构）

欧盟理事会（Council of the European Union）俗称“欧盟部长理事会”，在欧盟官方内部也简称“理事会”。欧盟理事会在没有特殊情况下，通常在比利时首都布鲁塞尔召开。《里斯本条约》让欧盟理事会部长会议（Council of Ministers）内的每一个政策范畴，扩大其使用“资格多数表决制”（qualified majority voting QMV），以代替其“一致表决制”（unanimity）程序。达成多数表决的要求，是要有至少百份之五十五的成员国；而当中有代表百份之六十的欧盟公民，才可以投赞成票提案。当部长会议不能就有关的委员会提案采取行动的时候，则会员国须要增加到至少有百份之七十二才能满足多数表决程序要求，不过人口的规定却可以保持不变。若要阻止立法，至少要有4个国家（占35％以上的欧盟人口）反对该提案。衡量每一个国家的投票权是基于人口，而不是基于选票。（例如好像以往根据《尼斯条约》的一般做法）“见右表”
目前《尼斯条约》的投票规则；即包括大多数国家（50％/ 67％），投票权比例（74％）和人口（62％），将继续有效至2014年。2014年至2017年的过渡阶段将采取新的做法，即是采用新的多数表决规则。成员国中若果仍然愿意的话，则可以继续使用原来的《尼斯条约》的投票权比例方法。此外，从2014年起，1994年“约阿尼纳妥协法”（Ioannina Compromise）新版本，将会生效。这使一些欧盟国家内部分的少数人士，得以要求重新审查他们不满意的欧盟决定。
该《条约》指令，部长理事会的立法会议程序；包括辩论和表决在内，将或透过电视，公开举行。
理事会部长会议内，将有3个会员国，担任34个月的轮值主席。其宗旨是提供更多的连续性。3个逐次形式担任的主席位置，形成了“三主席”格局，他们之间将会用超过1年半时间共同工作。唯一的例外，就是理事会的外交事务配置上，将会由新设立的职位：欧盟外交和安全政策高级代表所担任。2009年《里斯本条约》生效之后，理事会主席由每半年一任，改为经由选举产生的职位，任期二年半，可连任一次。

欧盟委员会（执行机构）

欧洲共同体委员会（Commission of the European Communities）易名为“欧洲联盟委员会”（European Commission）。
欧盟委员会是欧盟政治体系的执行机构，负责贯彻执行欧盟理事会和欧洲议会的决策。此外，欧盟委员会可以通过行使其主动权就法律规定、政策措施和项目提出建议。欧盟委员会是一个独立于成员国的超国家机构，其委员效力于整个欧盟而不是各自的成员国。
根据《里斯本条约》规定，从2014年起，欧盟委员会的规模，从原先的一个专员代表一个成员国（例如，假设欧盟有27个成员国，那么欧盟委员会由27个人组成），变成为由三分之二成员国数目的人数组成（例如，假设欧盟有27个成员国，那么欧盟委员会由18个人组成）。这将结束了自1957年以来，任何时候起码一个专员代表一个成员国的安排。不过，该《条约》是有规定，欧洲理事会可以利用全体会议成员一致决定方式，来改变这种安排。爱尔兰第一次全民公决之后，欧洲理事会于2008年12月决定，从《条约》生效起，恢复原来的一个专员代表一个会员国的形式。担任欧盟外交和安全政策高级代表者一般为当时的欧盟委员会的副主席（Vice-President of the Commission）。

欧洲中央银行（财政机构）

欧洲央行作为欧盟机构，得到官方地位。欧元成为欧盟的法定货币，同时不会影响非欧元区以及退出该《条约》的国家。
欧盟还设有审计院、经济和社会委员会、欧洲投资银行等机构。

欧洲联盟法院（仲裁机构）

《里斯本条约》改组了欧盟的法院体系，设置负责初审的“普通法院”（General Court），与负责终审的“欧洲法院”（European Court of Justice，即《里斯本条约》之前的“欧洲共同体法院”（Court of Justice of the European Communities）；此外也允许设立专门法庭，不过目前只有欧盟公务员法庭。这些法院体系总称为“欧洲联盟法院”。
如案件涉及羁押某一个人，新的“紧急”程序将会提交至预先的参考系统，以便尽可能以“最低限度的延期”就可以送该名人士到法院过堂聆讯。
虽然欧洲法院将会有权对一些有关制裁措施的外交政策，采取司法复核，但基本上，外交政策问题将会继续在欧洲法院的管辖范围之外。不过，欧洲法院还是具有对自由，安全和司法范围（Area of Freedom, Security and Justice ASFJ）内但又不涉及到治安与刑事合作（Policing and Criminal Co-operation）的一切事项，拥有管辖权。

欧洲联盟基本权利宪章

共有55条条款的《基本权利宪章》，罗列出作为欧盟公民所具有的政治，社会以及经济等权利。其目的是为了确保欧洲联盟的条例和指示，不会违反经原有欧盟成员国批准过的欧洲人权公约（而欧盟作为一个整体，也签署了《欧洲人权公约》）。该《欧洲联盟基本权利宪章》（原先为被法荷两国否决的欧盟宪法）被并入了《里斯本条约》，并且具有法律约束力。
作为一个在欧盟使用“普通法”制度（Common Law legal system）以及“不成文宪法”（uncodified Constitution）的国家-- 英国；反对该《宪章》高于“国内法”（domestic law），或该《宪章》对英国国内法律具有任何法律约束力而选择退出（opt-out）该《宪章》。波兰，捷克（部分）亦都加入其附加协议（attached protocol）退出该《宪章》。
《欧洲联盟条约》第6条已提升了该《宪章》之法律地位，以便跟《欧洲联盟条约》和《欧洲联盟运作条约》拥有有同等的法律效力。

欧盟外交及安全政策高级代表

为了确保欧盟外交政策具有更大的协调和一致性，《里斯本条约》创立了欧盟外交和安全政策高级代表，以取代共同外交及安全政策高级代表及对外关系和欧洲邻国政策欧盟委员会专员两个职位。该高级代表兼任“欧盟委员会副主席”及“欧洲防务机构管理人”，但不会担任“欧盟理事会总秘书长”。
欧盟外交和安全政策高级代表有权主导国防和安全任务。《里斯本条约》也称呼此职为欧盟外交首席官。欧盟外交和安全政策高级代表根据《里斯本条约》13a-III条款规定，负责欧盟对外行动服务（European External Action Service）；实际即欧盟外交部或外交使团（Foreign Office or Diplomatic Corps for the Union）。

相互协助

根据《里斯本条约》，如果任何会员国受到恐怖袭击，或受到自然或者人为等灾害，会员国应予以协助。此外，一些《条约》之内的条款已被修订：包括在欧盟范围内的能源供应问题和修订能源政策等事务。

共同防御展望

《条约》预见到，欧洲理事会能够强制形成共同防御协议。

法人和巩固支柱

根据以往的条约，欧盟拥有一个八大法律系统支柱；而其中只有欧洲共同体支柱才有自己的法人地位。《里斯本条约》生效之后，该三大法律系统将会被取消，取而代之只有欧盟才具有法人资格。《里斯本条约》生效后，欧盟会根据《条约》规定，取代和继承“欧洲共同体”。因此，现有的欧盟机构，将移除共同体的名称。