日本与朝鲜半岛关系

史前时期至三世纪

日本与朝鲜的最早的接触被认为可以追溯到公元前3世纪，据记载当时有人从朝鲜半岛的高句丽、百济、新罗、伽耶、渤海国等移民到日本的九州地区。

四世纪至十二世纪

著名的有来自高句丽王室的高丽氏和百济王室后裔的鬼室氏、百济王氏。同时，佛教是从朝鲜半岛东南部的新罗传入日本的。日本奈良时代光仁天皇的夫人、桓武天皇的生母高野新笠是百济武宁王后裔，桓武天皇的后宫中也有几位出身百济王氏。

十三世纪至十四世纪

1260年（文应元年、中统元年），负责漠南汉地事务的忽必烈在中原即位称帝，对高丽方针由武力征服变更为怀柔政策。同年，高丽元宗向其称臣，高丽成为其东藩。朝鲜半岛上的高丽国成为后来元朝侵略日本的协力者。后来蒙古在高丽设征东行省，实际控制高丽。朝鲜半岛处于蒙古统治下，高丽王娶蒙古公主为妃，成为蒙古驸马。
1273年，忽必烈要求高丽派使者奔赴日本，希望与日本“通好”。后世陈舜臣认为，该国书傲慢无礼。

十四世纪至十九世纪

近代以前，中、日、韩三国之间已经存在国家间之交往，同时，民间领域之交流也在频繁展开。中国和周边国家之间之外交关系通常被称为朝贡关系；如果周边国家向中国派遣使节并进献贡品，中国就承认该国国王之权位，并回赠礼品；之后，中国对其他国家之内政和外交不再特别干涉。
蒙古退出朝鲜半岛后，李成桂建立李氏朝鲜。16世纪后期以后，中国与日本已经不存在朝贡外交关系，两国关系主要以商品贸易为中心展开；在这种大框架下，中、日、韩三国一直保持着密切关系。16世纪末，丰臣秀吉结束日本长期之战乱，掌握政权；当时中国正处于明朝时期，朝鲜半岛处于“朝鲜王朝”时期。丰臣秀吉有想征服中国大陆之野心，在此之前，他曾经两次侵略朝鲜王朝；但是，在朝鲜王朝民众抵抗和水军反击下，日本侵略并没有得逞；明朝曾派援军帮助朝鲜王朝击退日军；丰臣秀吉死后，日、朝两国又重新缔结外交关系。两国互相派遣使节，朝鲜王朝派遣到日本之使节称为通信使；通信使提高江户幕府之政治权位，并且增进日朝两国文化交流和相互了解。通讯使为朝鲜王朝向日本幕府派遣之使节团；从1607年到1811年期间，共派遣12次，路线一般是汉阳——釜山——对马岛——江户，通常耗时5至8个月；使节团在日本期间之费用由日方负担。在中国东北地区，满族之前身女真族逐渐强大起来，并建立“后金”；“后金”军队在与明朝作战同时也进攻朝鲜，伤害朝鲜民众；后来清朝继承后金并取代明朝，统治全中国；但是，朝鲜王朝十分重视同明朝之关系，曾经还提出要征讨清朝之北伐论。
从17世纪中叶开始，朝鲜王朝在清朝首都北京和边境附近同清朝开展贸易活动，并且在清朝和日本之间进行中介贸易；起初，清朝为防止国内势力同国外势力勾结，禁止对外贸易；但是，随着政治逐渐稳定，政府开始解除贸易禁令，并频繁同周边国家开展交流。朝鲜王朝在釜山设立倭馆，继续同日本开展贸易活动；对马藩官吏和商人们在这里聚集。
18世纪后期，欧洲列强开始施加压力，中、日、韩三国奋起抵抗，拒绝通商。
1868年日本明治维新以后，新政府向朝鲜国派遣使节告之新政府成立；然而在日本送来之外交文书中却包含“皇”和“敕”等文字，采取皇帝下诏形式；文书内容和传达途径都与以往之外交惯例相悖，因此朝鲜王朝政府没有接受；日本政府内产生以此为借口攻打朝鲜国之“征韩论”。1873年，日本政府内“征韩论”呼声高涨，然而由于主张先解决国内问题之人掌握主导权，“征韩论”没有付诸行动。1873年，朝鲜王朝实际掌握政局之兴宣大院君退位，由国王高宗掌握朝政；日本趁此机会，向江华岛派遣云掦号军舰，故意挑起冲突；这完全是模仿美国要求日本开放时所使用之武力示威；当时，西方列强都急盼望日本使朝鲜王朝开放，中国政府也劝告朝鲜王朝政府尽量避免与日本发生武力冲突。当时，朝鲜舆论分为两派，一派主张强硬对抗日本开港要求，另一派主张接受开港要求；门户开放反对论者们批判说，如果开放，天主教就会肆意传播，加上日本经济侵略，国家就会灭亡；与此相反，赞成论者主张避免和日本发生战争，应当将门户开放。1875年江华岛事件，1876年日本和朝鲜缔结《日朝修好条约》，承认日本之领事裁判权，朝鲜开国，否定清国对朝鲜之宗主权。最终，朝鲜王朝政府决定开放，1876年同日本签订修好条约（《江华岛条约》）；但是，由于事前没有准备，在草签条约过程中，并没有充分意识到其内容具有之问题和危险。
《江华岛条约》证明朝鲜王朝政府没能抵御住日本等多个国家之侵略和干涉；根据条约，朝鲜增加对外开放港口，但是却不能处罚在开放港口犯罪之日本人；所以，江华岛条约及其附属条约等于允许日本人在朝鲜可以毫无限制地随意经济侵略。但是，在条约第一条中却称“朝鲜国乃自主之邦”，因为日本要排除当时与朝鲜关系密切之清朝之影响，强调自己和朝鲜国亲密之关系。1876年，《江华岛条约》签订以后，围绕着朝鲜国问题，在日本和清朝之间产生之纠葛就已经开始滋生蔓延。
朝鲜因为贫穷没有力量改变，于是演变为“事大主义（“事大”语出《孟子》“以小事大”，是一种儒家外交理念，基于强弱力量对比情况之下小国侍奉大国以保存自身之策略，特指李氏朝鲜对中国明朝和清朝称臣纳贡之政策）”。1880年，日本在朝鲜首都汉城开设公使馆。
1882年，朝鲜和美国缔结通商条约，同时也与英国和德国缔结通商条约。1882年，朝鲜国发生旧式军队士兵和下层民众反对近代化政策之军队动乱；过程中日本公使馆被焚烧。兴宣大院君发动兵变，闵妃化妆成宫女外逃。清朝应朝鲜王朝政府邀请派遣军队镇压动乱。清国派朝鲜事务大臣吴长庆、帮办大臣袁世凯出兵平定兵变，将大院君监禁于中国直隶保定，闵妃重新执政。之后，清军没有撤军，继续在朝鲜国驻扎，力图影响朝鲜内政；日本也以保护本国外交官为名在汉城驻扎军队。日本也出兵朝鲜，与朝鲜政府交涉，要求派遣谢罪使到日本，并且承认护卫日本公使馆之驻兵权。大院君时而为亲清派，时而为反清派，偏爱自己宗族女儿，使闵妃成为儿子朝鲜高宗之妻子，闵妃最初也试图以日本为后盾掌握权力，但后来厌恶并排斥日本。日本历史学家宫胁淳子认为双方立场转换毫无道理可言，只是拼命维持自己权力，只要能成为自己靠山，便可不顾立场，可以与任何人联手。闵妃派转为反日亲清。
此后，清朝对朝鲜王朝内政之影响力日趋加大，改革也迟迟不见进展，金玉均、朴泳孝等朝鲜改革派官僚逐渐感受到危机；他们认为哪怕动用武力，也要掌握政权，进行改革；1884年，在日本公使馆和日本军队帮助下，这些人终于夺取政权，事件被称为“甲申政变”。1884年12月4日，朝鲜内部开化派派趁著清法战争无暇他故，发动政变，宣布脱离清朝；三天之内即被袁世凯镇压，政权回到闵妃派系手上。亲日派金玉均发动甲申事变。日本公使馆遭焚毁，数十名日本人遭杀害。但是，由于清军之介入，政变在三天后以失败告终。因此事件牵涉中日，韩国一度视甲申事变为民族主义运动，但在民主化后负面评价增多：北朝鲜和中国则看法较为接近。日本和清朝都认为当时在朝鲜还不是展开全面冲突之时机，签订条约后，双方都撤回军队。俄国驻朝鲜公使夫人与闵妃关系良好，所以后来闵妃改为依附俄国。政变流亡后，开化党领袖金玉均曾拜日本思想家福泽谕吉为师，流亡日本，后被刺客刺杀于上海。但是，清朝继续加强对朝鲜王朝内政之干涉，并扩大经济影响力；日本为守住自己利益并强占朝鲜，也在不断加强自身军事实力，为与清朝交战做准备。朝鲜对日本原本只有厌恶意识，而明治维新之后来到朝鲜之日本人大多是下级武士，朝鲜两班阶级认为自己被最下层人指手画脚，发布命令，所以产生很强烈反弹。1885年至1887年，英国皇家海军攻打并占领朝鲜王朝巨文岛（英国称为汉密尔顿港Port Hamilton），牵制俄国；清国也害怕俄国介入朝鲜半岛，最终俄国允诺不侵占朝鲜领土，英军撤出巨文岛。1888年，朝鲜于东京开设公使馆。
1894年春，由于官吏腐败和对农民之重税，朝鲜爆发东学党农民起义，起义农民迅速向全国蔓延。1894年，在朝鲜半岛西南部之全罗道爆发大规模农民起义，全奉准、金开南、孙化中等农民军领导人起初利用“东学”这一宗教组织扩大势力；东学提出“万众皆贵如天”之平等新思想，吸引众多信徒；1894年4月，全奉准领导农民揭竿起义；朝鲜政府派遣中央军队镇压；然而，农民军席卷全罗道各地，并占领中心城市全州。1894年东学党之乱，官吏不正当地征收大量税金，一批汉文老师向地方官吏陈情，遭到逮捕、棍棒敲打或驱逐，约一千人左右袭击郡衙，夺取米粮后解散；地方官吏将抗议之农民贴上东学标签，开始镇压。当时，韩国由于遭受日本之侵略正陷入危机之中；总队长全奉准呼吁所有势力联合起来对抗日本。李朝政府紧急请求清政府派兵镇压。清朝应朝鲜国王之请出兵朝鲜半岛，蓄谋已久之日本也向朝鲜半岛派遣军队。清朝决定镇压东学党时，在朝鲜并无足够军队，因此向朝廷请求援助，清朝依照先前天津条约规定，通告日本，所以日本也运军队至朝鲜，朝鲜政府缔结全州和议：一、道人与朝廷合力维持庶政；二、严加惩处贪官污吏；三、严惩贪暴的富豪；四、惩罚不良的儒林学者和两班；五、烧毁奴婢文书；六、改善七班贱人（当时朝鲜政府规定：卖艺人、屠户、编筐人、巫师、妓女、鞋匠、皮匠等七种人为“贱民”）的待遇；七、允许年轻寡妇改嫁；八、废除一切无名杂税；九、打破门第之见，登用人才；十、严惩私通倭人者；十一、取消一切债务；十二、平分土地。同年2月15日，东学党人、全罗道古负郡首领全琫准起兵，大破官军，并占领全州；朝鲜高宗除派官军攻击，并请清朝援军外，也派人与其和议，全琫准担心继续抵抗，会招来外国势力干涉，同意和政府“相议官民相和之策”，6月10日，双方达成和解。3月，朝鲜独立运动志士金玉均遭到暗杀。考虑到外国干涉，政府和农民军达成共识：停止内战，整治政治弊端；农民军在全罗道和忠清道一带设立执纲所（农民建立之各地方自治机关）；农民在这里处罚腐败之官吏和两班，解放贱民身份，纠正不公平之租税。
早有准备之日本也决定乘此时机向朝鲜派兵，制造与中国之冲突，以便驱逐清朝之势力而控制朝鲜；所以在朝鲜局势平稳后日本军队仍然拒不撤出，相反却在7月包围朝鲜王宫，拘禁国王高宗和闵妃，并威逼掌握实权之高宗父亲大院君宣布朝鲜脱离中国“独立自主”和废除中朝以往签订之条约。进入汉城之日本军于7月占领朝鲜王宫；接着，开始进攻清军；政府内之开化派官僚借此机会掌握权力；他们接受农民部分要求，废除身份制度和科举制度，改革租税制度，推进多项近代改革；但是，随着日本干涉之深化，改革也不能正常进行。与此同时，日本海军首先突袭航行在黄海上之中国舰队和运兵船，引起中日甲午战争海战之爆发；接着，日本陆军进攻守卫平壤之清朝军队，陆战开始；战火很快燃烧到中国辽东半岛；由于准备不足，加上清王朝政府内部主和派之掣肘干扰，海上和陆上之清军均一败涂地。于是，农民军为打退日本侵略再次起义；在庆尚、江原和黄海道等全国各地都爆发起义，加强东学教团势力；11月，向汉城进军之农民军与日本军和政府军交战数次；但是，由于难以抵挡用近代武器之日本军而最终失败；估计此次牺牲数万名以上农民军。然而，起义之农民军在战斗中失败，农民军领袖最后没有实现自己之意志，死于战争中；全奉准个子矮小，被亲切称为“绿豆将军”；民众为他们没有实现梦想而感到惋惜，创作歌曲《鸟啊，鸟啊，青鸟啊》，表达民众因农民战争失败而感到之悲伤和对日军之愤慨，并在全国各地传唱，一直延续到今天：“鸟啊，鸟啊，青鸟啊，别落到绿豆地里。绿豆花落，卖绿豆凉粉的人就要哭泣离去。”。
1895年日清战争爆发后，英国立即向日本和清国表明：期望战事勿扩及上海，同时发表严正中立宣言；但是英国皇家海军于1865至1941年间驻守中国舰队总司令（Commander-in-Chief, China），通称为中国舰队（China Station，前身是1831年设立之东印度及中国舰队），向清国海军通报日本动态；而且英国违反中立条约，由英国商船运送清国陆军至朝鲜，但禁止日本商船土佐丸（英国格拉斯哥民营公司所购）出港，以中立法规为由防止用于军事目的，英国政府与舆论态度都“反日亲清”。日清战争清国战败，下关条约规定：清国承认朝鲜独立、割让辽东半岛、台湾与澎湖群岛给日本，支付赔款2亿两。为支付给日2亿两，中国向外国谈妥大笔借款，为向法国银行借款，故商请俄国周旋，俄国因此趁机拿走辽东半岛南部；宫胁淳子认为“三国干涉”为中国半殖民地化、屈辱近代化之开端，所以中国近代并非始自第一次鸦片战争，而是始自日清战争。由于俄国率先提出三国干涉，邀约法国和德国支持，日本将辽东半岛返还清国。
中日甲午战争后，日本一跃成为亚洲强国，开始跻身列强行列；但由于加快对外侵略扩张，引起西方列强不安。日本势力开始向朝鲜半岛急剧扩张，闵妃意识到东北亚势力格局变化后，与沙俄正式建立外交关系以对付日本1895年三浦梧栖甫至汉城赴任，他称：“我们如此帮助朝鲜，朝鲜宫廷却依附俄国，真是岂有此理！”；于是杀害闵妃，朝鲜人立刻转为厌恶日本人。1895年10月，日本驻朝鲜公使策划杀害闵妃（明成皇后）之事件，朝鲜国王躲避到俄国公使馆。1896年，朝鲜高宗带着儿子朝鲜纯宗逃往俄国公使馆。三国干涉还辽事件中，日本对俄国、德国和法国唯命是从，所以朝鲜闵妃开始看轻日本转为依附俄国，日本人遂杀害她，朝鲜高宗更加讨厌日本，到俄国公使馆避难，最终发展为日俄战争。俄国对朝鲜之影响开始增强。朝鲜高宗从俄国公使馆返回王宫，于1897年称韩国皇帝，宣称要切断与日本关系，所以日本人对此非常愤怒。朝鲜民众接连发动反日起义，给日本侵略者以严重打击；但起义后来被朝鲜政府之怀柔政策而瓦解，有些被调来之官军和日军所镇压。
朝鲜王朝政府于1897年将国号更名为“大韩帝国”，并推进自主改革；政府设立很多学校，并加强军队，振兴工商业，以及在全国确认土地所有权并颁发证书。在民间，要求社会改革之呼声高涨；1896年，改革派政府官僚和知识分子创建独立协会，并建立独立门，发行《独立新闻》。1898年，独立协会和汉城市民召开多次集会，谴责外来势力之侵略，要求政府推行财政改革，维护人民之基本权利；他们希望成立议会，并参与政治。但是，大韩帝国没有接受他们之要求，解散独立协会；以后，大韩帝国政府只停留在以皇室为中心之改革上，政府再也得不到大多数国民之支持。

二十世纪

1904年，日俄战争爆发，大韩帝国宣布局外中立；但是，战争爆发后不到15天，日本政府便迫使朝鲜政府允许日军在朝鲜使用需要之地区。大日本帝国与“大韩帝国”签订第一个保护国条约。战争形势对日本有利后，日本便强迫朝鲜政府签订第一次朝日协约，要求朝鲜政府在财政和外交部门聘用自己推荐之人选作为顾问；日本推荐之顾问，不单咨询行政事务，实际上是由他们掌握实权，并干涉内政。9月，在征用修建京釜铁路（汉城至釜山）和京义铁路（汉城至新义州）之民工时，各有数千朝鲜人同日本方面冲突；另外，割断电话线，阻挠铁路建设之现象也在各地频繁发生；对此，日军强化管理，镇压抵抗运动。
1905年，日本在日俄战争中取得胜利以后，便强迫朝鲜政府签订第二次朝日协约（《乙巳条约》），侵夺朝鲜外交权，并设立统监府；统监不仅掌握条约上规定之外交权，实际上更控制朝鲜内政。
1907年，统监掌握行政权并开始处理朝鲜内政；各部门副部长也由日本人担任；接着又解散朝鲜军队，掌握司法权和警察权；又开始封杀舆论，剥夺集会和结社之自由。
随着亡国之危机感日益加深，朝鲜人开始采取各种方法对抗日本之侵略，并进行英勇斗争。前任和现任高官通过上奏国王或自杀等方式主张取消1905年日本强制签订之《乙巳条约》；朝鲜国王于1907年派遣特使参加在海牙举行之万国和平会议，阐述条约不当之处；数千汉城市民在王宫前集会要求废除条约；商人关闭店门表示抗议。认为要保卫国家首先要增强实力之人越来越多；他们在全国各地建立学校，并致力于朝鲜语研究，发起振兴工业之运动。
而最让日本感到威胁是义兵在全国各地高呼“讨倭”；从1908年春天开始，在全国范围内，义兵力量迅速扩大。参加义兵运动来自各阶层；日本解散朝鲜军队后，就有大批军人加入义兵。
日本首先讨伐朝鲜半岛中部和东南部地方之义兵，接着于1909年9月开始封锁朝鲜半岛西南地区海岸，然后开始“南朝鲜大讨伐作战”。通过惨绝人寰之军事作战镇压义兵运动后，日本于1910年8月22日将朝鲜强制合并。
日本强行剥夺韩国主权，在汉城（日本将汉城更名为京城）设立朝鲜总督府进行统治。
在第一次世界大战即将结束时，国际社会对“民族自决”之关注空𠛯高涨；朝鲜独立运动家们也在国内外加紧组织独立运动。从1919年1月开始，主要以天道教为代表之宗教界和学生开始准备独立运动；起初他们只是单独推进运动准备工作。3月1日，朝鲜人高呼“独立万岁”口号奔上街头，但瞬间便遭到日本镇压；独立运动家们在中国上海成立大韩民国临时政府；朝鲜独立军在中国东北和俄罗斯滨海边区活动，回到国内同日本军展开战斗。中国、印度等遭受殖民统治之国家对“三一运动”表现出巨大关心；特别是中国知识分子和学生奔走相告关于在朝鲜爆发之“三一运动”之消息，同时呼吁中国人发起反日斗争。
第一次世界大战后，在日、韩、中三国之工厂、矿山、铁路、海港劳动之工人数量都急剧增加；但工人们都处于低工资、长时间之苛刻之劳动条件下；工人们为改善劳动条件和确保自己之权利，以职业或地域为单位建立工会，并联合成全国性组织；此时五一国际劳动节成为三国工人之共同节日。
1932年4月29日，尹奉吉与韩人爱国团长金九共进早餐后宣读誓文：“身为韩人爱国团之一员，为恢复祖国之独立自由，誓将侵略中国之敌国将领杀死。”当日下午1点左右，上海虹口公园内传来爆炸声，坐在日本军阅兵台上之上海派遣军司令官白川义则等许多高官都被炸死或炸伤；尹奉吉在庆典现场上高喊“大韩独立万岁”！尹奉吉当场被捕，在军法会议上被判死刑，并于当年12月1日执行；在临刑前他为两个儿子写下遗书：“你们若有血有肉 一定要为朝鲜作一名勇敢的斗士 高举太极旗 来到我的空坟前斟一杯酒 不要悲伤，你们虽然没有了爸爸 但你们有亲爱的妈妈”。消息震撼人心，使中国民众和国民政府大为感动，并开始积极支持和援助韩国独立运动；全世界人民也再次感受到朝鲜人对日本之愤慨之情。
日本为长期侵略中国之战争，把殖民地朝鲜也动员到战时体制中，更加深朝鲜人民之痛苦。
1945年8月15日，日本无条件投降，日本对朝鲜半岛35年的殖民统治结束。
1945年8月21日，苏联红军占领平壤并建立了苏联军事政府，8月25日，美军登陆仁川。美国拒绝承认流亡在中国的大韩民国临时政府，9月8日美国远东军司令部在朝鲜半岛南部成立驻朝鲜美国陆军司令部军政厅（USAMGIK），朝鲜半岛陷入分裂的状态。
日本投降后，韩国政府认为《乙丑条约》无效，而以此为基础之1910年《合并韩国条约》当然也无效；但是日本政府认为上述两个条约都有效；两国政府间解释之差异直到1965年邦交正常化时也未能消除。
1948年8月15日，大韩民国成立。1948年9月9日，朝鲜民主主义人民共和国成立。战后的日本政府则只承认大韩民国政府为朝鲜半岛唯一合法政府。

与北朝鲜关系

1952年，朝鲜内阁首相、朝鲜劳动党总书记金日成呼吁信仰社会主义的在日朝鲜人建立一个联系朝鲜与日本并谋求南北统一的组织。随后在日本朝鲜人总联合会在1955年5月25日宣告成立。
1977年到1988年间，朝鲜的特工多次在日本以及欧洲绑架日本人，2002年9月17日，在朝鲜平壤举行的日朝首脑会谈中，朝鲜首次承认了过往一直予以否定的绑架日本人事件，并且为此道歉，同时保证防止再次出现此类事件。日本政府已经正式认定了与此绑架事件相关的17名受害者。2002年9月19日傍晚，小泉纯一郎政府正式向被害者家属宣布了8个死亡者名单。日朝会议时，朝鲜政府解释，这8个人的死因为“病死”、“灾害死”。此外，还有一些虽然没有被证实是因此事件而失踪，但是十分有可能同样遭到绑架的个案。
从2000年至今，北朝鲜先后进行了多次导弹试射及核试，引起日本强烈不满。同时，日本也多次因为对第二次世界大战不负责任的言论以及靖国神社参拜问题引起朝鲜强烈不满。日本与北朝鲜至今没有建交。

与大韩民国关系

美国为防止社会主义势力在东亚扩大，希望韩国和日本恢复友好关系，以起到“防波堤”之作用；受美国政策之影响，两国在朝鲜战争过程中，即1951年9月就开始为建交举行会谈；但是，由于在清算过去问题上存在意见差异，会谈没有取得进展。
1961年，通过“五一六政变”掌握政权之朴正熙政府匆忙与日本建交；因为他想从日本获得资金，推动经济开发；日本也图谋向韩国经济渗透，扩大影响。经过几次会谈，韩国和日本就建交缔结基本条约；两国宣布1910年之“合并条约”和在此以前缔结之条约“已经无效”。在请求权会谈中，日本答应无偿为韩国提供3亿美元；并长期以低利息借给韩国2亿美元。通过基本条约和同时缔结之协定，决定用这5亿美元“最终完全”解决请求权（要求日本对其侵略和殖民统治造成之损害进行补偿和赔贘之权利）问题；此外，在协定之执行过程中，日本还要追加借给韩国民间资金3亿美元。但是，围绕着对条约内容之解释，日本和韩国之间产生如下表所示之意见差异：①合并条约，韩方主张从根源上就是无效的、殖民地统治是非法的，日方则主张1948年韩国政府成立以后无效；②提供3亿美元，韩方主张是赔偿金性质，日方则主张是经济合作资金、独立祝贺金。
1965年，佐藤荣作领导的日本政府与朴正熙领导的大韩民国政府建立外交关系，虽然两国当时仍是敌对关系，及因历史问题而对立，但因为冷战关系，两国意识形态同为反共，且同为美国的盟友，因此两国建立外交关系具有重要性。
1972年，韩国民主运动、反对派领袖金大中在日本被绑架并回韩国长期拘禁，一度使日韩关系十分紧张。
1978年，靖国神社将东条英机等14名甲级战犯合祀进来；1985年，日本首相中曾根康弘正式参拜靖国神社，遭到中国、韩国等亚洲各国强烈反对，也引起日本舆论批评；2001年，日本首相小泉纯一郎又进行正式参拜，受到中国政府与韩国政府严厉批判。
2002年，日本与韩国共同举行世界杯。
目前，日本与韩国之间因为独岛归属问题、日本政要对二战中对的韩国的战争罪行拒绝道歉和不负责任等言论问题、慰安妇问题、日本政要参拜靖国神社问题存在着巨大的争议。2012年韩国总统李明博登上独岛后，两国关系十分紧张。日本首相安倍晋三上任后对慰安妇问题的态度，也造成日韩关系至今维持不睦。