準噶爾之役

准噶尔部的兴起

准噶尔部是蒙古厄鲁特部的分支，明清之际兴起于巴尔喀什湖以东伊犁河一带。清代初年，准噶尔汗国首领巴图尔珲台吉及其子僧格向皇帝称臣入贡。僧格弟噶尔丹继位后，依旧向清廷称臣。康熙十八年（1679年），噶尔丹得到五世达赖喇嘛授予的“博硕克图汗”称号，于是上疏要求清廷确认其汗号，并颁给敕印。然而噶尔丹出自绰罗斯姓，并非成吉思汗黄金家族后裔，按照蒙古传统，没有资格使用“汗”的称号。理藩院以厄鲁特部称汗者不得入贡的先例为辞，指斥噶尔丹“擅称汗号”，但又准许其纳贡。此后数年间，噶尔丹出兵降服了天山南路的叶尔羌汗国，征服了吉利吉思（布鲁特）、塔什干等地，击破哈萨克部落，势力远及阿富汗等地，开始称霸中亚。

喀尔喀部的内乱

清初，游牧于漠北的喀尔喀蒙古分为三大部落：札萨克图汗部、土谢图汗部、车臣汗部，被称为“外喀尔喀”，即后来之外蒙古。三部实际上是清朝属国，首领为“汗”，臣属于皇帝，但不受内地官员的管理。康熙二十三年（1684年），札萨克图汗部发生内乱，部分属民逃往土谢图汗部。新继位的札萨克图汗成衮向土谢图汗察珲多尔济索要逃逸人口，察珲多尔济不与，二人反目成仇。不久成衮卒，其子沙喇继位。康熙二十六年（1687年），噶尔丹与沙喇结盟，共同对抗土谢图汗部。察珲多尔济侦知沙喇动向，于是联络阿拉善的罗卜藏衮布拉布坦，决定先发制人。同年秋，土谢图汗察珲多尔济领兵一万出击札萨克图汗沙喇，将其杀害，喀尔喀陷入内战。噶尔丹之弟多尔济扎布也被察珲多尔济、罗卜藏衮布拉布坦联军所杀。噶尔丹乘机挥师东进，意欲将喀尔喀三部置于准噶尔的统治之下。

噶尔丹入侵喀尔喀

康熙二十七年（1688年）五月，噶尔丹领兵三万出科布多，东征喀尔喀三部。喀尔喀举族震动，军民纷纷溃逃。准噶尔军轻松击溃了喀尔喀右翼的札萨克图汗部、和托辉特部，又战胜了前来迎击的察珲多尔济长子噶勒丹多尔济。察珲多尔济之弟哲布尊丹巴呼图克图先向东逃往车臣汗部，又南下逃至清朝所属的阿巴哈纳尔部（今内蒙古锡林浩特市一带）。沙喇之弟策旺扎布率札萨克图汗部、已故车臣汗之弟纳木扎尔率车臣汗部举族南迁，逃入清朝边界。八月，察珲多尔济与噶尔丹激战于土拉河，察珲多尔济大败，也率部逃往内蒙古苏尼特地界。
汹涌而来的喀尔喀诸汗、台吉及数十万民众突破清兵哨卡，逃入内蒙古苏尼特、乌珠穆沁、阿巴哈纳尔等部。噶尔丹致书清廷，声言“倘折卜尊丹巴（哲卜尊丹巴）往投皇上，或拒而不纳，或擒之畀我。”被康熙皇帝拒绝。九月，哲布尊丹巴呼图克图与喀尔喀三部众首领盟会，正式归附清朝。康熙皇帝准其内附，并派人为之安插牧地、发粮赈济。
康熙二十八年（1689年），噶尔丹之侄策妄阿拉布坦趁噶尔丹远征，率部反叛。噶尔丹回师追击不克，被阻于阿尔泰山以东的科布多。策妄阿拉布坦占据准噶尔本土后，切断了噶尔丹军队的兵源及粮饷。于是噶尔丹再次出征漠北，与俄国殖民者争夺残存的喀尔喀部落，并拒绝了清廷提出的与喀尔喀和解的建议。清廷也放弃了调停的努力，准备发兵征讨噶尔丹。

乌兰布通之战

康熙二十九年（1690年）六月，噶尔丹以追击土谢图汗为由，领兵南下，直抵内蒙古乌珠穆沁边界。噶尔丹在乌尔会河击败了一支轻举妄动的清军，乘胜进至克什克腾旗，近逼京师。七月，康熙皇帝御驾亲征，以裕亲王福全出古北口、恭亲王常宁出喜峰口。八月一日，清兵与准噶尔军在乌兰布通（今内蒙古克什克腾旗乌兰布统乡）交战，噶尔丹大败。但福全误信西藏喇嘛济咙呼图克图之言，使噶尔丹得以从容撤退。

康熙皇帝亲征漠北

康熙三十四年（1695年）五月，在科布多恢复元气的噶尔丹领兵三万，再次出征漠北，抵达克鲁伦河流域。次年（1696年）初，清兵分三路北上，出击噶尔丹。二月二十日前后，抚远大将军费扬古由归化城（今内蒙古呼和浩特）进发，扬威将军舒恕、安西将军傅霁、振武将军孙思克由昆都伦（在今内蒙古包头市）启程，是为西路军。三月，康熙皇帝亲率中路大军，出独石口。东路军由黑龙江将军萨布素，率盛京、宁古塔、黑龙江、科尔沁兵，沿克鲁伦河西进。
五月，康熙皇帝进抵克鲁伦河。噶尔丹闻讯后，放火烧掉草原，尽弃庐帐器械，率主力军避走。康熙皇帝以领侍卫内大臣马思哈为平北大将军，率军追击。噶尔丹逃至特勒尔口济，迎面遭遇费扬古所率西路清军。两军在昭莫多（今蒙古国乌兰巴托南）激战，准兵大败，噶尔丹仅率数骑逃走。
康熙三十六年（1697年）三月，康熙皇帝驻跸宁夏，命费扬古、马哈思出击噶尔丹残部，清兵进抵狼居胥山，擒获噶尔丹之子。噶尔丹势穷力蹙，潜至哈密劫掠粮草不成，不久服毒自尽（此说法目前尚有争议）。康熙帝三征噶尔丹，不仅完全控制了喀尔喀蒙古，而且彻底粉碎了噶尔丹的威胁。

平定西藏

策妄阿拉布坦继位后，起初与清军合力夹攻噶尔丹。噶尔丹死后，策妄阿拉布坦与清廷维持表面的和平，同时出兵南下回部，将吐鲁番、喀喇沙尔、叶尔羌、喀什噶尔等城置于直接统治之下，与清军控制下的哈密对峙。康熙五十五年（1716年），策妄阿拉布坦派大策零敦多布领兵六千，昼伏夜行，秘密潜入西藏。次年（1717年）十一月，大策零敦多布偷袭拉萨，杀死和硕特部首领拉藏汗，控制了藏内局势。康熙五十七年（1718年）十月，康熙帝发兵入藏。两年后（1720年），清军将准噶尔军逐出西藏，大策零敦多布逃回伊犁。清朝从此在西藏驻军，并于数年后设立驻藏大臣管理西藏。康熙皇帝撰写平定西藏记，立御制平定西藏碑于布达拉宫前。
康熙六十年（1721年）三月，允禵提议分三路大军进兵伊犁，剿灭策妄阿喇布坦，称：“各路马驼粮饷俱甚充足，器械俱已齐备，官兵各思奋力。值策妄阿喇布坦人心惶惑之时，可以直捣巢穴，扫荡无迹。”清廷随之制定了行军计划：阿喇衲、路振声由乌兰乌苏进兵吐鲁番，富宁安之兵调往乌兰乌苏驻扎；傅尔丹、祁里德在本处预备；祁里德再派兵二千，前往收取策妄阿拉布坦及乌梁海逃众。康熙皇帝应允。但此时俄罗斯帝国政府派出以温阔夫斯基为首的使团来到准噶尔，诱使策妄阿喇布坦归顺俄国。五月，康熙帝得到允禵的密奏，于是谕令大军暂停进剿伊犁。次年，清廷遣使持诏书安抚策妄阿喇布坦，正式停止对伊犁用兵。雍正三年（1725年），策妄阿喇布坦遣使入朝，清廷认为其态度“甚属恭顺”，双方关系缓和，于是清廷撤回巴里坤的驻军。

准军反攻及双方议和

雍正五年（1727年），策妄阿拉布坦病死，其子噶尔丹策零即位。八年（1730年），噶尔丹策零偷袭清军的阿尔泰山大营。九年（1731年）六月，噶尔丹策零在和通泊之战中大败傅尔丹所部清军。十年（1732年），噶尔丹策零、小策零敦多布东征喀尔喀，进兵至克鲁伦河。六月，清额驸策凌在光显寺之战中大败准噶尔军。噶尔丹策零、小策零敦多布率残部突围遁去。雍正十二年（1734年），噶尔丹策零遣使与朝廷议和。双方大致以阿尔泰山为界划定边界，同时皇帝准许准噶尔入藏煎茶。此后二十五年间，准噶尔与清朝相安无事。

平定伊犁

乾隆十年（1745年），准噶尔爆发瘟疫，噶尔丹策零病死，其长子喇嘛达尔扎与次子策妄多尔济那木扎尔争位，准噶尔陷入内乱。乾隆十七年（1752年），大策零敦多布之孙达瓦齐在辉特部台吉阿睦尔撒纳的支持下继承汗位。不久达瓦齐与阿睦尔撒纳反目相攻。因准噶尔内乱不已，原本附属于准噶尔的各部落纷纷投向清朝。乾隆十五年（1750年）九月，原属达什达瓦部下的宰桑萨喇尔首先率部投奔清朝。乾隆十八年（1753年），车凌、车凌乌巴什、车凌孟克率领杜尔伯特部内附。次年，辉特部台吉阿睦尔撒纳降清，被封为亲王。同时，清军招抚了唐努乌梁海和阿尔泰乌梁海。
阿睦尔撒纳入朝后，将准噶尔虚实悉数禀告清廷。乾隆皇帝认为攻灭准噶尔时机已到，谓之“天与人归，机不可失”，故力排众议，于乾隆二十年（1755年）春发兵出征准噶尔。北路军以班第为定北将军，阿睦尔撒纳为定边左副将军；西路军以永常为定西将军，鄂容安为参赞大臣，萨喇尔为定边右副将军。两路大军约于博尔塔拉会师。五月，清军进占伊犁。达瓦齐众叛亲离，率残部退至昭苏之格登山。准噶尔降臣阿玉锡带领清军二十五人夜袭达瓦齐大营，准军惊溃，数千人不战自降。达瓦齐仅带少数人仓皇南逃。六月，乌什伯克霍集斯将达瓦齐诱擒后缚送清军，准噶尔汗国灭亡。达瓦齐被送往热河朝觐乾隆皇帝，被封为“绰罗斯和硕亲王”，居于京师。

平定阿睦尔撒纳

清军平定伊犁后，西征大军陆续撤回内地，仅留少量兵力驻防伊犁、乌鲁木齐等地。阿睦尔撒纳野心逐渐显露，被班第等大臣察觉。班第密奏乾隆皇帝，称阿睦尔撒纳暗中将投降清军的准噶尔部落收为己有；且不用副将军印章，而钤盖噶尔丹策零所用的菊形小印，隐然以厄鲁特四部总汗自居。乾隆皇帝却认为阿睦尔撒纳“不过希图肥己，不必过于苛求”。不久，阿睦尔撒纳叛迹显著，乾隆皇帝命班第送其赴热河朝觐，令喀尔喀亲王额琳沁多尔济沿途护送。
八月，阿睦尔撒纳以暂归治装为借口，以副将军印信交予额琳沁多尔济，潜逃至塔尔巴哈台，与其旧部相约反叛。伊犁的准噶尔宰桑锡克锡尔格等起兵响应。班第率五百人东撤，被叛军围困。清兵突围不成，班第、鄂容安自刭。萨喇尔丢弃官服，换上旧时准噶尔衣冠逃出，被叛军擒获。乾隆皇帝闻讯大怒，将额琳沁多尔济赐死，以策楞为定西将军，发两路大军征讨阿睦尔撒纳。
乾隆二十一年（1756年）三月，策楞再次攻占伊犁。阿睦尔撒纳逃往哈萨克，受到右部哈萨克汗阿布赉庇护。不久，西征清军主力撤回内地。清军将领指挥失当，多次追击阿睦尔撒纳不得，使准噶尔各部落产生轻视之心。十二月，受乾隆皇帝册封的噶勒藏多尔济、巴雅尔举兵反叛，攻陷乌鲁木齐。驻扎伊犁的定边右副将军兆惠率少量清兵东撤，在库尔喀喇乌苏的鄂垒扎拉图被叛军达什策凌围困。兆惠夜间率军突围，苦战后退至乌鲁木齐，得知乌鲁木齐已经失陷，继续向东撤退。途中遇雅尔哈善派出的援军，于次年二月退回巴里坤。
乾隆二十二年（1757年），阿布赉与阿睦尔撒纳反目相攻，阿布赉归降清廷，称臣纳贡。六月，阿睦尔撒纳逃入俄国，年底染天花而死。乾隆二十三年（1758年）正月，俄国遣使告知阿睦尔撒纳已死。清廷派人前往边界验看尸首。乾隆皇帝以平定阿睦尔撒纳，宣谕中外。乾隆二十四年（1759年），清军剿除了叛军残部及逃亡的玛哈沁，天山北路底定。不久后又平定天山南路，将整个新疆纳入版图。