對港鐵的批評

年年加价

港铁自2010年起，一直按“可加可减机制”实施新的票价，原目的是藉以限制公营机构加价的幅度，并要求在通缩时下调收费。但此机制的缺陷就是容易受外围经济影响而引发通胀，而导致年年加价。另外港铁近年服务质素每况愈下，延误事故频频，加上港铁每年盈余过百亿仍要加价，令市民更加不满，但港铁表示不能冻结票价，因为必须保持财政稳健，才能改善服务及维持维修水平。
到2017年7月，港铁主席马时亨出席商台节目，被主持问到港铁票价问题时表示，“（港铁）票价相比全世界不高，但永远都有人不满意”。

故障频密

港铁开业至今多年，系统严重老化（以东铁线为甚），同时港铁公司为求利润最大化，将保养工序外判节省成本，维修检查质素每下愈况。无论列车，讯号系统及路轨结构等，都经常出现严重问题，最终列车班次出现严重延误，甚至发生持续数个小时的局部瘫痪。
港铁故障频繁，时至2014年8月最少每两天就会出现讯号故障列车延误，港铁亦承认问题严重，更预告未来延误将会更严重，甚至有增无减。

故障安排拙劣

虽然港铁事故处理能力多年来屡受各界批评，但至今仍没有改善态度。早于2010年，运输署已经严正要求港铁认真对待延迟20分钟通报故障，批评港铁在警报机制、接驳巴士安排、与公众的沟通，以及员工的应变准备，都明显不足。而港铁承诺按既定机制适时向运输署通报以及跟警方、运输署，全面检讨接驳巴士的上落点安排。 但时至2014年，港铁仍然依旧延迟二十分钟后通布政府。港铁出现事故时至今仍然不会向乘客公布确实原因，更由于没有确切延误通报罚则，港铁通报政府监管机构也严重延迟，更甚出现传媒追问下才公布事件。 乘客普遍不满港铁服务水平
例如2013年将军澳线高压电缆事故更突显港铁事故处理能力差劣，无论在交通安排，资讯发布上都不能令人满意。例如当时港铁职员派发的“乘车应变锦囊”小册子列出已取消的过海隧巴692线。又如2014年9月3日，钻石山站路轨出现裂缝事例亦说明港铁误导乘客，称服务只会延误五分钟。港铁指由钻石山去黄大仙站的行车时间增加5分钟，其后才公布观塘线由调景岭至油麻地行车时间增加15至20分钟，但实际乘客延误时间远超半小时。
虽然港铁已经拥有非常丰富故障处理经验，但当出现严重故障事件时，港铁在迫不得以情况下才会安排接驳巴士疏导，每次安排仍然相当混乱。大部分市民对港铁故障安排相当不满。不少市民要求港铁管理层薪酬花红需要与服务水平挂勾，但政府作为监管机构及港铁大股东并没有理会。

使用劣质零件

港铁于2014年初多次出现电缆绝缘体故障，被揭发使用中国制劣质零件，最终导致电缆爆炸 初时港铁拒绝向传媒公布供应商详情，仅称货源是“欧洲名牌”，直至传媒掌握近乎确实资料，才承认零件是中国制造。
港铁于同年5月再被揭发南港岛线及高铁使用中国制造劣质螺丝，螺丝比正常拉力大减七成，澳洲当局警告使用该批螺丝对乘客构成严重安全风险，可能造成严重受伤甚至死亡的风险，呼吁立即停用并退回产品，港铁承认部分工程用次货螺丝，称有关螺丝已进行检验及在安装过程中抽查作测试并确认品质符合标准。 
港铁购入中国制列车的质量亦被受广泛质疑。新西兰铁路公司揭发“中国北车集团”子公司生产的40辆列车含致癌石棉物料，需紧急停用。而港铁亦有向该集团另一子公司，购买22辆列车，首批2011年已投入服务。港铁事后委托独立顾问进行抽查长春轨道客车股份公司生产列车，最后于被抽查之样本上未有发现石棉物料。

低估挤迫情况

运输及房屋局呈交立法会的最新资料显示，港铁一直低估载客率。根据运输及房屋局2014年最新的标准计算，现时将军澳线，东铁线，西铁线，观塘线及荃湾线的载客率于繁忙时间早已全部达到100%，即完全没有任何剩余容量吸纳更多乘客；港岛线于繁忙时间亦达93%。而港铁过去公开的数据一直坚持，繁忙时段的载客率最高仅为七成左右。

广告覆盖面过大影响乘客

港铁尖沙咀站曾被媒体报道站内墙壁贴上大量蓝色的巨型广告画布，只露出原本深色底色的车站名，有人提出质疑港铁为了赚钱，未有考虑颜色与本来车站的主题颜色变化过大容易引致乘客下错车问题。实际上港铁首席建筑师文若德过去接受访问时就说过车站选色会尽量与相邻车站不同和有较大的对比，重要车站会采用鲜色使乘客易于辨别，不同车站会以不同颜色代表，帮助市民即使听不到广播也能凭颜色判断列车抵达哪一个车站，而尖沙咀站和同样采用蓝色为主色的金钟站为相邻车站。

无障碍设施不足

聋人及弱听人士指出，列车关门时没有视觉警示。车门开启时，月台幕门和月台闸门顶部有提示灯号，但当幕门即将关闭时，提示灯号却未有警示。他们建议在幕门顶部的灯号加装闪光提醒即将关门。聋人及弱听人士关注组织龙耳指香港约有9万2千多名聋人及弱听人士，曾接获不少聋人及弱听人士投诉港铁无障碍设施不足，已向港铁反映问题。港铁曾回复会研究于幕门顶部加装闪灯，惟有其他问题要解决，故仍在研究中。有机械工程学者指，港铁只要加装线路组件，就可以配合听觉与视觉的警示讯号。港铁无障碍设施已落后邻近地区。该聋人及弱听人士关注组织推出通识教材套给学生探讨月台幕门的安全问题。

高铁建设严重超支延误

港铁主导香港高铁建设，但在工作中出现了严重问题，造成了大量的超支和严重的延误，引发了香港社会的广泛不满，政府亦成立专门独立调查委员会调查该事件内情，委员会在调查报告中指出了港铁内部管理等方面存在的严重缺陷。

沙中线偷工减料丑闻

沙田至中环线建造期间，港铁被批评没有做好施工质量的监管，管理层涉嫌失职，以致造成包括剪短钢筋、邻近建筑物沉降超标和建造部分结构出错等严重问题。事件牵涉多个兴建中的车站，包括会展站、红磡站及土瓜湾站，其中红磡站情况最严重。多名港铁高层被政府要求辞职，政府同时建立调查委员会，调查红磡站月台施工的问题。

物业规划透明度不足

港铁沿线上盖物业项目招标，有别于政府勾地和推地形式。当港铁决定推出旗下项目，会公开邀请财团交意向书，及后港铁会向有意参加的发展商，发出招标文件，包括上盖物业建筑物位置、布局、规划资料、初步补地价和详细发展限制等条款。由于招标文件不公开，因此吸引不少发展商蜂拥提交意向书，是为取得文件了解内容。当发展商收到招标文件所提供入场费和补地价等资料，发展商提出的分红等条件，成为中标的关键，若没有标书合乎港铁心目中条件，则会流标。
港铁一直将公众可关注的城市规划视为智识产权及商业利益一部分。物业发展所公开的资料只有一堆数字。上盖物业建筑物位置、布局同规划资料等资料，公众无法得悉。以日出康城第4期发展为例，虽然市民可以由“总纲发展蓝图”查得其具体发展计划，唯港铁可随意更改发展规模及位置，与过去市场传言的位置并不相同，早前市场一直认为第4期邻近日出康城3期致蓝天，又或位于日后商场部分的上盖，但实际位置其实在日出康城第2期领都旁边，毗邻日后拟建的中小学，位置属临海地段。有媒体问到第4期的具体位置及发展详情，港铁发言人只表示要等待发展商在数年后项目推出时再交代。有居民批评港铁的规划改动重大，完全没有经过任何公众咨询，不符合公众的合理期望。

设计及休憩空间只限住客享用

不过近年亦有民间批评指港铁发展的物业设计完全以豪宅定位，并采用巨型平台及屏风楼设计。基座均设豪华大型会所、园艺平台及巨型入口大堂，使项目发水比例较一般住宅楼宇为高。地区人士批评港铁发展的物业形成屏风楼效应、只为物业住客缔造优质生活居所及环境，而且物业发展设计是“为钱而非为人”，大部分绿化、康乐设施及休憩空间只限住客享用，公众只可享用商场及面积细小的地面广场，比东京、新加坡及上海等地落后得多，公众并没有因新物业发展而得到改善。但政府最终没有理会区议会以至地区人士反对声音，如期让港铁为物业发展项目进行招标工作。而本地主流传媒亦对民间反对港铁发展的物业声音并不重视，难以让公众关注。
即使港铁在2012年6月表示新发展的住宅物业会依据“可持续建筑设计指引”实施项目，必须达到香港绿色建筑议会制定的绿色建筑指标，并且取得绿建环评金级认证（BEAM Plus Gold Certification）。不过由于宽免面积不纳入发水上限一成内，因此将来发展的住宅物业只需缩减露台、会所及大堂设施面积即可达标，对于高度及体积，影响不大。

上盖发展只建私人住宅 拒建公营房屋

有政党认为在公营房屋不能达标下，应收回港铁车站上盖的发展权，用作兴建公共房屋或其他公共设施。不过集团物业总监邓智辉早在2014年表明港铁一向不参与公营房屋。

外判管理及赚取佣金

本身管理多个大型屋苑的港铁，在项目入伙后，会将保安及会所服务外判管理，并压低做价从中抽取行政费用，不断增加开支以赚取佣金。又指名工程商揾钱，使业主白交管理费而得不到应有的服务，港铁便坐享其成。如有住客投诉，港铁压抑保安公司扣钱，并无正视问题，纵容无理租客生事及怒骂员工。有住客批评物业管理费昂贵以及管理不善的情况，被迫加管理费和动用屋苑储备。港铁将军澳站上盖天晋屋苑管理费每平方呎建筑面积为2.75元，较将军澳区其他屋苑昂贵。
近年有业主透露因来年开支增加，要增管理费9%至18%不等。葵芳新葵芳花园业主质疑，港铁管理楼宇时涉不必要开支，例如每年更换垃圾桶、更换防烟门。另外会聘请额外员工增加支出。由于经理人酬金与屋苑管理支出挂钩，结果港铁所享酬金亦水涨船高，屋苑储备至年底只剩84万。

停车场车位炒卖问题

2013年起，港铁亦为了维持高收益，以高价拆售港铁沿线车位，包括沙田溱岸8号、奥运站柏景湾及帝柏海湾的全数车位，其中溱岸8号车位最高造价更达188万元，创新界车位售价新高；7月中更有车位以月租4,500元租出，创新界最高车位租金，结果使区内停车场车位亦被炒卖，居民泊车成问题。

屋苑车站业权份数占51% 小业主难设法团

港铁车站上盖物业在未有图则未开始兴建前，地政总署已在地契规定车站占百分之五十一。屋苑小业主难以成立法团独立管理屋苑，结果决策由港铁决定，有足够票数否决小业主的决定。港铁在2011年时共有37个住宅项目，当中仅5个屋苑能成功成立法团。港铁表示不反对业主成立法团，只想确保公司运作畅顺和安全。

出售个人隐私

港铁作为八达通控股有限公司大股东，于2010年中被质疑出售八达通持卡人资料至第三方作商业用途。同年六月有市民发现八达通卡的“个人资料声明”中，列明该公司在卡主不反对下可把卡主个人资料用作推广及直销用途。八达通首席执行官前陈碧铧当时强调，八达通公司并没有向任何机构出售客户个人资料，但有参与日日赏计划的商户信诺环球前雇员指控陈碧铧说谎，指八达通早已将会员身份证等个人资料，转交信诺作电话推销保险用途。
最后私隐专员公署主动介入调查事件，陈碧铧被传召至个人资料私隐专员公署聆讯，承认旗下两间公司，用4年半时间出售197万客户资料作推销用途并获利4400万元，占期间总收入31%。

公关技巧和灾害善后

港铁处事方式如部分地产商一样，常利用超卓及灵活的公关手段去迫使传媒避免报道有关港铁的负面新闻及民间反对声音，常透过广告及传媒茶聚包装自己。
2011年4月，港铁透过其合作逾7年的媒体策划广告代理浩腾媒体（OMD）向15份报章发出信件，要求传媒不得报道任何涉及港铁列车、路轨、系统和网络事故的负面新闻，会保留抽起广告的权利，又要求广告部与记者及编辑沟通。港铁其后解释，是OMD错误阐释港铁公司立场，港铁从没有企图或意图干预新闻自由，又指“经一事，长一智”，就事件向公众及传媒机构致歉。
惟区诺轩曾与都市日报记者合作，报导港铁黄竹坑车厂上盖发展项目的消息，但因该报在港铁派发，有关对港铁的负面报导都一律被禁。这样媒体变相局限读者接收的资讯，不能做到为民监察的效果。
5名在2017年港铁纵火案中受伤的市民向港铁及保险公司索偿无果，有伤者需住院半年，手脚等身体多处造成残障，又失去工作能力，更指港铁“除送上水果篮外便再无下文”，更有指第三者责任保险不会为索偿的伤者赔偿一分一毫。港铁回复重申事件非港铁的责任，港铁亦是受害者，案发当天港铁迅速处理事件，而收到乘客提出书面索偿后已按既定程序即时转交保险公司处理。

其他

港铁甚至被部分人指恶意地制造“港铁霸权”，完全地欠缺社会道德以及严重地漠视历史责任。 
田北辰同样地弹劾港铁，公司已经忘记本业，俨如一间地产公司，又积极于海外发展业务，不能专注香港铁路营运。过去田反对回购港铁，但因愈见“不对劲”认为已是时候考虑回购港铁。