公館五穀宮

早期历史

此神农庙在嘉庆十五年（1810年）原是一座土地祠，到嘉庆廿五年（1820年）时吴汝宗携带称为“五谷神农皇帝”的神牌共祀行旅膜拜。道光卅年（1850年），乡绅张进生募款重修庙宇，三年后落成。此后定名为“公馆五谷宫”，并增祀天上圣母与三山国王神祇。
1925年，决定宫址北移至现址。翌年3月开工，1928年10月完工。1935年新竹－台中地震，拜亭部分倒塌。

争取古迹评定

1996年1月23日，因庙方拟改建新庙一事引起地方关切，苗栗县政府民政局长古镇清来此庙勘查，说希望列入古迹保存，由政府负责管理。庙方主委张森鸿表示该庙确年久失修而出现漏水等问题，至于是否应予拆除重建或维持原貌整修，也希望能有多一些时间进行规划及凝聚共识，以兼顾保护古迹及地方发展需求。与会各方达成如下三点协议：一、先行抢修有安全之虞的庙内老旧线路部分；二、民政局将依程序协调各单位，并报请内政部派员勘查，将五谷宫纳入古迹管理；三、日后不论是以拆除重建或以整建方式为之，都须先对乡内每家户进行民意调查。
当日，护庙组织成员彭定松表示此建筑极具民俗及文化上的保存价值外，并指出公馆乡民小时候几乎都是在庙庭大殿中嬉闹、在五谷爷的庇荫下成长，与此庙都有着浓厚的感情连系，因此他们无法同意管理委员会决定将庙拆除重建的做法。
5月3日，古镇清再访张森鸿，表示公馆五谷宫为单进两厢带拜殿的合院式庙宇建筑，有比其他五谷宫更具古意，也鲜少有庙宇能让其他不同的八种神明齐聚一宫，苗栗过去已失去苗栗县城隍庙、苗栗市天后宫等重要古建筑，望公馆人全力保留这此原乡文化资产。张森鸿回说，十九位管理委员中，有三分之二赞同改建，理由是要修建漏水屋顶、辟建现代化停车场和活动中心，他强调个人没有预设立场，改建或整修，将以5月10日召开的信徒大会多数意见为原则。乡长谢桂麟表示，希望管理委员会能再多听听地方不同的意见，在取得共识之后再定夺。
5月10日的信徒大会，两派人士达成由奉祀辖区内十个村相关人员组成筹建委员会，并于7月16日晚上召开会议。该日会中，决定以掷筊请示五谷先帝意见，结果是修建，而非拆除。管理委员会初步决定8月份召开修建委员会，依照规划将只做局部修建。

列为古迹问题

过去《文化资产保存法》廿七条规定古迹审查指定是属政府机关行政职权，且该法并未对如何指定古迹予以规定，更未规定应组成古迹评鉴委员会，所以该会并非体制内组织仅为征询性质之任务编组，因此其在法律上并无确切效力，而且只是“评定”、并非“指定”，评鉴会议仍须签报部长核定始生效。
1997年4月17日，内政部召开古迹评鉴会议，将此庙评定为三级古迹。同月29日，庙方信徒代表大会上，张森鸿动用表决要求政府注销列入古迹案，扬言内政部不重视庙宇基层信徒声音，不惜北上抗议。5月14日，新修正的文资法公布，未具国定和省定古迹价值，县府亦依法律赋予的自治权利。6月5日，中央政府行文县府转立院决议文，要地方政府径行公告古迹资格。因需县府重新勘查鉴定并召开审查会议加以评定，此后改建派与保存派即针锋相对，并互有动作。7月22日，民政司长纪俊臣来率同历史教授王启宗、建筑教授李干朗，来此庙听取主张保存与拆除两方人员意见。9月25日，立委陈文辉等十四位立委，于立法院提出临时提案，要主管机关废除此庙三级古迹资格。
1998年4月27日，新隆国小校长张秋台、教师徐进荣、手工艺家彭定松及后龙溪生态保育协会成员所组成的护庙联盟护庙团体递送千人连署书向县府陈情，由古镇清代表接下。5月9日，强调没有预设立场的公馆社教站以庆祝母亲节，邀儿童为母亲、此庙作画。8月3日，民政局在公馆国小举办首场公听会，邀请内政部视察吕清源及相关官员列席，分别由极力主张改建的刘日燕、争取列为古迹的徐进荣、祖父与五谷宫有深厚渊源并中立派的彭钰明三人，各用十分钟时间说明重点诉求，然后由与会民众个别发言，5日再举行第二场。9月22日，作家李乔等多位护庙联盟再次向县议会及县府陈情，本预定在议会临时会期，县议员赖源顺与杜文卿等人陪同，惟会期提前结束，护庙联盟在议会门口拉布条后，将陈情资料递交主任秘书黄兰昌。10月13日，公馆国小活动中心举行第三场公听会，会中邀请建筑师杨仁江与内政部视察吕清源等人列席解答问题。同月23日，县立文化中心出版《公馆五谷宫专辑》，分为沿革、祀神、建筑、装饰艺术、信仰与祭祀等五单元，在资料收集过程中，曾遭受拆庙人士阻挠，其中张秋台为维护古迹，为专辑拍摄、资料收集奔走，使此书顺利出版。

改建派占优势

1999年管理委员会改选，改建派掌握多数委员席次，主任委员朱安钦亦支持改建。5月18日，议员赖源顺在民政局工作报告后二度质询指出，公馆乡五谷宫存废问题，造成地方困扰多时，破坏地方和谐，望民政局重视解决，恢复公馆乡团结和谐面貌。6月下旬，朱安钦旋即成立五谷宫改建委员会，率同三百多名委员着手推动。
对两方争议，公馆乡的大爱工作室成员彭钰明与杨家淼等人以蓝田书院整修成功为例，建议将其中正殿与部分设施列为古迹，另一部分则拆除改建作多用途目标。8月12日，朱安钦以管理委员会主任委身份邀集地方人士召开说明会，反驳近来护庙联盟质疑将有拆庙改建的行动，且涉及利益输送的传闻。同月30日，护庙联盟面见县长傅学鹏时，呈送一百零二张五谷宫各角度的照片，强调建筑并无安全疑虑，建议主管单位径行公告为古迹予以保存，傅县长与民政局长周世明都表示会依法处理。9月，护庙联盟作了十支指引游客到此庙参观的路标，希望让过往台6线的游客，也能顺路参观此文化资产，在9月13日发现有七支已经被以黑漆涂黑。11月8日，王启宗、张胜彦、周宗贤、林会承、李干朗及薛琴等六位教授，会同苗栗县政府民政局长周世明、礼俗文献课长黄龙富及公馆乡公所、五谷宫管理委员会等单位进行现场会勘。 
2000年1月3日清晨，坚持改建的公馆乡五谷宫管理委员会，将供奉的神像等迁移至附近宫前路民宅三楼，遭护庙联盟前往阻止，一度发生冲突。民政局长周世明表示1月5日内政部将召开古迹评鉴会议，决定是否列入古迹，在尚未评鉴之前该庙并非古迹，所以他在处理双方冲突推挤风波时，县府依现行法令规定，不能使用公权力禁止迁移神像。
该年1月23日，公馆五谷宫第九届第二次临时信徒大会上，由主任委员朱安钦主持，县府民政局长周世明与礼俗文献课长黄龙富也列席。庙方则在门口张贴“非信徒勿进入”的告示，避免护庙人士进入会场。 大多数信徒仍坚持原地改建，准备农历正月十二日展开拆除行动。周世明说明1月5日古迹审查会未提出结论，但有所谓上策与中策两方案。基本上将五谷宫列为古迹，庙方另在附近兴建用途多元化的行政大楼，可带动信众并方便民众活动，也有助于推动观光与促销农特产品的多重效益。此一方案并未获得信徒代表支持后，周世明继而提出中策，以林安泰古厝和钦差行台等案例，说明移筑也是不错的构想，即先行将庙身拆卸保留一砖一瓦，俟经费充足后在客属文化园区重建。 不过，信徒质疑如此一来相当耗时，将再度使改建工作拖延。朱安钦在要求周世明提出明确时间表，并保证不会被列为古迹，未获正面答复后，即主导将改建的提案通过。周世明多方协调，并说明审查阶段不得拆除寺庙的法令，部分信徒也担心朱安钦涉刑责，有意接受民政局的建议，不过信徒强烈要求局长要尽速作成决定。经三小时讨论，信徒大会同意将改建与保存文物的相关事宜授权给管理委员会与改建委员会处理，而周世明同意在紧急连络专家学者召开第二次审查会，表达多数信徒的意愿，以中策方式处理化解多年的争议。

遭到拆除

2000年1月28日，苗栗县政府举办的古迹评鉴会议上，以一票之差，评定该宫暂不列入古迹，但因该宫具有客家寺庙和传统农村社会特色，学者建议仿效林安泰古厝方式移筑。同月31日，县长傅学鹏指示民政局长周世明，应尽速办妥公馆五谷宫移筑工作。当天，周世明拜访朱安钦，要求筑移前不可拆除，否则不会发新庙执照。
2月14日，庙方开始拆除庙旁周围出租摊位。同日，立委朱惠良以及范巽绿等人，陪同护庙联盟召开记者会，认为公馆五谷宫应径行公告为古迹。5月1日，县务会务时，周世明报告县府处理该纷争案经过时，引述营建署都计组长谢伟松的传真文件指出，只要该寺庙非属依法公告指定之古迹，寺庙权利关系人自得依法申请建筑。 
5月8日上午7时40分许，庙方在未经申请核准的情况下雇请怪手动工进行拆除旧庙，赶往阻止的护庙联盟徐进荣、金建国、江鑫义等人因喷杀虫剂制止施工，当场遭到围殴，事后双方互控涉嫌伤害等。地方传出由于5月20日陈水扁即将上任总统，政权易主，庙方恐将对护庙联盟有利，因而先下手为强。9日，周世明在记者会表示县府处理此争议案过程，绝对没有违法。12日，徐进荣至地检署，按铃控告公馆分驻所所长谢海利故意废弛职务图利拆庙人士。李乔又向法院自诉周世明涉嫌诽谤。18日，护庙联盟成员召开记者会批评县府失职。
因公馆乡五榖宫擅自拆除案，公务员惩戒委员在6月16日对傅学鹏提出弹劾。8月3日，周世明因县长被弹劾，提出辞民政局长职，唯未获准。最后，县府在8月5日对庙方罚款新台币六万元。
公馆乡五谷宫拆除后，其旧庙照片掀起搜集、抢购热潮，于公馆农会旁经营照相馆的刘瑞鹏在拆除前拍摄不少照片，一些公馆旅外乡亲，纷纷向他订购、留念，以慰思乡情怀。对此，三义乡亚太古美术负责人杜邦就惋惜说此庙的宝贝何其多，却一夕全毁，实在可惜。
年末，苗栗县新闻记者采访协会将此拆庙事件列为该年苗栗县十大新闻之一。

新庙建立

2001年1月，管理委员会正式向县府提出申请改建的建照执照，并附改建为三楼建物的设计书图。3月29日，原捐献人江学仁等人在护庙人士徐进荣、金建国等陪同下，指控县府怠忽职守致被拆除，求县府负责回复原状，按原有材料、工法，原地原貌重建。
10月7日，庙方举办第一场新庙募款及说明会，由朱安钦说明新庙为地上三层、地下一层的建筑，五谷先帝供奉在二楼，三楼还特别规划有文化馆及地方需求的馆中活动中心，估计约需一亿六千万元，捐款可以采三年分期支付，工程分五包招标。11月13日改建工程开标，16日完成各项发包工程。
2004年3月17日，举行祭圣大典暨落成启用。
2018年7月30日，一家名为“小太禓关怀协会”的爱心团体在此庙成立爱心便当站，每周一到周五由志工提供独居老人、身障或行动不便的长者送餐服务。县长徐耀昌、立委徐志荣、县议员李文斌、谢文禓、公馆乡长曾美露、公馆乡代会主席刘冠霆等人共同揭牌成立。