愛台十二建設

桃园航空城

国际机场园区发展条例经立法院通过，并在2009年1月23日由总统公布实施，使航空城计划有法源依据，桃园航空城股份有限公司也在2010年由桃园县政府成立，同年公告航空城区域计划，交通部于2010年4月核定“台湾桃园国际机场园区纲要计划”。
桃园航空城包括为改善机场效能，增加物流园区与桃园都市发展为蓝图涵盖，桃园国际机场园区（机场专用及自由贸易港区）及附近地区，面积合计4,560公顷。分为中央与地方两部分，中央主要负责机场第三航厦兴建与机场捷运之推动。
第三航厦的先期工程“WC滑行道迁建及双向化工程”于2016年7月1日启动。
第三航厦主体工程于2017年5月26日陆续动工，并预计于2021年完工启用，但由于确定工期要延长，预估要50至52个月期间持续施工，目前预估完工期延到2022年完工。机场捷运部分则透过成立桃园捷运公司执行，2017年2月2日已开放民众搭乘，3月2日正式营运。

设计变更

桃园市府负责产业专业用区、机场捷运车站沿线等部分，新任市长上任后对该计划进行部分变更，现阶段推动航空城交通规划，航空城捷运(绿)线于2016年4月20日奉准核定，于2017年9月7日上网公告，预计2017年底完成发包作业后动工，以期113年底(本计划核定后8年)陆续完工通车。联外道路系统也陆续推动计划中，机场周围之国小迁校，区段征收及城市规划皆陆续执行中。

发展中部高科技产业新聚落

2008年政府宣示中兴新村发展为文化创意及高等研究园区之政策方向，并由中部科学工业园区管理局主政办理，其筹设计划并于2009年11月19日奉行政院正式核定。然而，2016年行政院工程会资料统计，全台闲置设施中面积最大的是中兴新村高等研究园区，目前仅工研院、资策会等法人机构与2、3家业者进驻。至9月底止中央和地方共109件闲置设施，其中中央37件占34％，地方72件占66％。投资金额高达253.73亿元。园区9成被南投县政府设为文化景观保护区，只剩约25公顷可招商成为全台最大的蚊子馆。

都市及工业区更新

推动都市更新计划，选定14处都市更新示范地区做为优先推动招商重点地区。政府为主都市更新案均以都市再发展为主轴，以提升城市竞争力为目标进行规划与设计。本署将持续针对各都市更新地区推动都市更新。
北中南老旧工业区之更新与开发计划，由经济部工业局积极推动“北中南老旧工业区更新策略计划”(5年计划)，至2011年3月，投入54处老旧工业区基盘设施改善及产业辅导合计约120亿元，执行期间对于改善厂商经营环境、促进投资及增加就业机会成效显著，带动了620家厂商新增设厂，扩大投资家数达162家，增加约1,343亿元产值及约1,534亿元新增投资，同时增加23,706个就业人数。
高铁桃园、新竹、台中、嘉义及台南五站车站特定区开发，由交通部编列预算125.55亿元执行。五个车站特定区城市规划规划面积共1,507公顷，办理区段征收面积为1,386公顷，由内政部、交通部(铁道局)及桃园、新竹、台中、嘉义及台南等五个县市政府三方共同合作开发。内政部为区段征收开发主体，负责五个车站特定区城市规划之规划、拟定及审议、公共工程规划设计、发包施工及督导县市政府办理区段征收作业等；县市政府负责地上物查估拆迁、补偿费发放、抵价地与优先买回土地分配作业及地籍整理等业务；交通部(铁道局)负责拟定区段征收计划书、开发经费筹措及土地处分作业。

农村再生

政府推动农村再生致力扭转台湾农业的刻板印象，为了让农村创造更多的商机和价值，推动农村再生结合产业化、增加在地工作机会，并极力改善生活环境，吸引年轻人回乡从农，改变农村新气象，于2010年8月4日制定公布农村再生条例。
农村再生条例施行至2013年，参加培根计划已有2058个农村社区，为加强照顾弱势地区，其中原住民地区累计培训399社区、渔村地区260社区、离岛41社区。完成四阶段培训且向直辖市或县（市）政府审核提出农村再生计划者已经有263社区，205个社区通过农再审查，并有171个社区农村再生计划核定。遍布东、西部及离岛地区，包括闽南、客家及原住民族区域，47个原住民区域、25个休闲农业社区及16个渔村社区。
水保局积极成立跨域平台，邀请农委会所属单位针对农村社区目前发展课题及对策进行讨论，共同规划可合作、加值的推动事项并研拟成计划，跨域合作平台成功媒合15 个社区，苗栗县后龙镇秀水社区是第一个跨域示范成功的社区，该社区以甜瓜产业为主，透过水保局跨域合作平台，邀请专家及相关单位现地辅导、提升甜瓜生产技术品质、办理甜瓜相关推广活动，改变产业生产模式进而引领8 位青年农民共同参与甜瓜产业。
台中新社协成社区以“花海添妆 菇动协成”发展，主要产业为香菇，邀集农粮署、林务局、农业试验所、农会、市政府、公所等单位，提供种植香菇所需相关技术、资材，如林务局提供相思林树栽种、农试所提供菌种的栽培及技术改良、农会辅导行销活动的推广、水保局及市政府协助闲置空间的规划与整修等，各单位共同合作辅导协成社区解决发展香菇产业所面临的问题及需求。透过各单位跨域之合作，营造良好的种植环境，提供新技术，让年轻人及学子愿意投入新兴农业，打造农村再生新契机。
为了鼓励青年人回乡服务及从事农村再生及农事工作，特别推出农村再生青年回乡筑梦计划，于寒暑假提供大专青年打工机会，体验农事、参与在地社区营造，由水保局推广青年洄游农村，并举办竞赛，使老龄化农村注入新血与活力，到2017年止举办七届，参与洄游驻村的大学生已经超过700人。

防洪治水

为了落实爱台12建设总体计划中的防洪治水，2013年马政府编列了6年600亿治水预算，2017年6月，台南市长赖清德表示感谢前总统马英九提出6年600亿计划：“台南寻求和中央合作，透过水利署和台南水利局合作推动治水计划，完成10年防洪保护标准，外水已经没有淹进来。”。
中华民国法规中并无“高屏溪整治特别条例”。
马英九政府改采一般政府型之延续性计划推动《高屏溪整治专案》。高屏溪整治专案由经济部次长主导，相关治水由各部会跨部会合作组成委员会编列预算并执行，涵盖经济部水利署、行政院环保署、内政部警政署、农委会水保局、环保署废管处、高雄市政府等部会，自2004年经济部水利署即推动此整治专案，并成立高屏溪流域管理委员会。马英九执政期间曾于98年8月17日、98年9月13日莫拉克风灾期间二度视察第七河川局，并于2015年12月26日第三度视察该区，并核列6年六百亿治水计划，2015年提出高屏溪流域整体治理计划，计划内订定分近程(2015年-2018年)、中程(2019年-2024年)及远程(2025年-2031年)三阶段实施，2016年在各项河川治理及环境改善，集水区及保育区划设等，2015年度核列37.31亿元可动支38.73亿，2015年底累计执行数为38.06亿元，达成率98.48%，相关专案计划并持续执行中。
2014年8年八百亿治水预算用罄后，马英九政府2015年也推出6年六百亿治水计划，其中包括“高屏溪流域整体治理计划”，计划内订定分近程(2015年-2018年)、中程(2019年-2024年)及远程(2025年-2031年)三阶段实施。

下水道工程

2008年之前，除台北及高雄有都市卫生下水道建设外，台湾其余城市污水及雨水下水道纳管率极低，苗栗、云林甚至没有公共污水下水道，为提升都市居民生活品质，马政府逐年编列了预算给各县市执行下水道工程，截至2016年7月为止，各县市下水道纳管皆明显提升，并持续进行纳管计划。其中新北市污水处理率提升至100%，基隆市从17%提升到98%，宜兰县从18%提升至62%，新竹县从44%提升到88%，台南从10%提升到50%，花莲从8%提升到52% 进步最为明显。