國立清華大學和國立新竹教育大學整併案

国立清华大学和国立新竹教育大学整并案是指自2006年来，中华民国国立新竹教育大学在改制为教育大学后，开始和国立清华大学共同推动的国立大学整并案。受到少子化冲击，台湾许多大学招生出现问题，中华民国教育部因而开始积极推动大专院校整并工作，但过程遭遇许多困难。
2006年，清大和竹教大开始洽谈合并事宜，但经长期讨论后，清大在2009年发函至教育部报告暂缓。2011年，清华大学和新竹教育大学再度恢复讨论，并积极推动整并案。2015年，两校同时具函至教育部并提送合校意向书。2016年10月14日，两校合并案获得教育部核定。11月1日，两校正式合并为“国立清华大学”。

少子化影响

随着中华民国少子化问题日趋严重，导致入学学生逐渐减少，中华民国教育部因而提出整并大专院校构想。在105学年度时，因为适逢虎年学生进入大专院校，就学人数便减少6万人，新生人数也是首次低于25万人。根据教育部统计，大专校院和专科学生在102学年度虽然有113.5万人，但预估112学年度仅剩82万人，10年内将减少31.5万名学生，大学亦会短缺300亿元学费收入。由于少子化困境、国内大学过多、招生困难和高等教育资源有限，教育部决定将高等教育政策朝向法人化与大学整并方向进行，包括积极推动各地区国立大学、私立大学整并案，并希望私立大学设置退场机制。
虽然原本规划在大学数量减少后，得以优化研究教学和学生学习，且透过整并、提供资源来提升高等教育和区域大学竞争力。但国立大学整并案的推动过程，常因不同行政体系整合、科系整并、教师员额增减、财务整并等问题而面临困难。2010年，为提早因应少子化影响、及处理国立大学整并案多年推动未果，立法院提议修正《大学法》内容，让教育部具有实权，得以在评估高等教育资源后，主动推动国立大学整并，亦能主动介入合并案纷争。2012年，教育部部务会报经审查后，也通过《国立大学合并推动办法》，有权不需校务会议同意，便要求国立大学整并。教育部还为此组成合并推动审议会，公布整并蓝图，开始进行大学整并工作。
2015年，教育部宣布新学年度起将针对少子化做出因应，计划159所公私立大专院校，在未来8年间减少50所，而51所公立大学将在2023年整并成8所至12所。教育部计划在部会主导、学校自发的双轨方式下，整合位置接近的学术领域资源，每个县市仅留下1所公立大学，108所私立学校则减少20所至40所，并计划增加北部学校数量、减少南部学校数量。教育部还将系所招生名额，从原来3年注册率达70%的减招标准，缩短至2年注册率未达70%就停招；同时要求各间大学重新检讨博士班招生名额，要求尽速减招，以避免多年培养的高阶人力浪费，而计划减少2,000多个名额。

教育大学变迁

过去在师范体系中，师范学校先后改制为师范专科学校和师范学院。但随着《师资培育法》通过，反而造成国内师资过剩，且产生流浪教师过多等问题。过去师范学院的毕业生主要从事教师工作，在《师资培育法》和少子化影响下，教育部规划师范学院必须转型为教育大学。其中教育大学的定位为一般综合型大学，不再以培养国小教师为教育目的。但由于师资人力过剩，教育体系大学普遍感到招生困难；这也让教育部不鼓励师范学校、教育大学持续扩张，且希望师范学校和教育大学系所能合并以共享资源。
2005年，行政院核准国立台北师范学院、国立新竹师范学院、国立台中师范学院、国立屏东师范学院、国立花莲师范学院及台北市立师范学院各自成立“教育大学改名筹备处”，每间学校必须提出转型发展方案及与邻近学校整并方案，计划在8月前改名。3月23日，教育部召集6所师范学院的学校人员讨论执行方针，且计划成立教育大学策略联盟，增加学校资源共享、合组大型研究团队。而在3年后，6所教育大学的师资培育学生招生人数，减至各校招生总人数的31%至45%；总招生名额因而从93学年度的5,246人，逐年减少至96学年度的1,964人。
除了要求减少师资培育学生人数、并在2007年完成招生减半的目标外，教育部在改制案中也要求6所师范学院升格成教育大学后，应与邻近大学研商整合方案，在3年至5年内积极整合，计划在2010年全数整并。当中改制后的国立台北教育大学、国立新竹教育大学、国立台中教育大学、国立花莲教育大学、国立屏东教育大学，分别和国立台湾大学、国立清华大学、国立中兴大学、国立东华大学、国立屏东商业技术学院等洽谈合并。

学校发展

过去新竹师范学院由于校地过小，使其长期发展受限；但迁往香山区并改制为新竹大学的计划，则因教育部补助经费未落实和新竹市政府未支持，在讨论10年后破局，原本预定校地被安排其他用途。2005年8月1日，新竹师范学院正式改制为国立新竹教育大学，颁发新聘书给全校行政人员和各系所老师。在这之后，新竹教育大学是同步改制的6所教育大学中，最受教育部肯定者，主要推动教育事业经营、早期疗育、运动指导员、地方研究整合、应用艺术及资讯多样化等学程。随着改制后的学生毕业目标转型，新竹师范学院大幅调整系所、师资、课程计划，将须修习教育学程的师资培育名额，从94学年度的85%、95学年度的60%减至96学年度的50%，3年后更降至31%。
与此同时，修习教育学程的学生则需先经校内筛选或考试，公费生人数也计划减少。而除了幼儿教育学系、特殊教育学系外，其他科系名称取消“教育”两字，并新设教育心理与咨商学系和研究所、数位学习科技研究所。同时还减少教育课程，并强化专业课程深度与广度，大量删除仅具2学分与性质相似的课程，改为规划3学分的核心课程。借由这些措施，除了增加学生专业能力，亦减少教师授课负担。
对于清大而言，新竹教育大学拥有清大没有的教育与艺术领域，使得清华学术领域更加多元，提升清大学术声望与研究能量。

开启协商

新竹师范学院过去曾经与国立交通大学积极洽谈合并事项，但后者并未有意愿。新竹教育大学在转制成教育大学体系后，除了持续重视地区中教、小教、幼教和特教领域的发展；且自2005年开始，也将重视高等教育的国立清华大学、交通大学列为可能整合对象，寄望能在未来5年内促成合并案。2005年，新竹教育大学校务会议通过与清华大学的合并议案。隔年2月，清华大学校务会议上也开始讨论此事，双方展开协商。
2006年11月27日，新竹教育大学和清华大学在教育部展开两校三方会谈，清华大学代表为副校长张石麟、教务长周怀朴、曾任行政院国家科学委员会副主任委员的资深教授廖俊臣；新竹教育大学代表为副校长王文秀及2名资深教授；教育部由政务次长吕木琳、前国立成功大学校长翁政义、负责嘉义师范学院与嘉义技术学院合并的校长杨国赐为代表。在教育部表态愿意协助下，两校决定1年至2年内制定出计划书，并在呈交教育部后、展开合并作业。
其中根据计划，清华大学与新竹教育大学合并后，新竹教育大学改名为“清华大学新竹师院”。与此同时，新竹市市长林政则则计划凭借著清华大学的完备教育资源，将邻近清华大学的新竹市立建功高级中学改制为清华大学附属中学，以成为新竹市最具竞争优势的中学。同时也规划在清华大学与新竹教育大学两校合并后，加上国立新竹教育大学附设实验国民小学，串连成从小学、中学、大学、研究所的一贯教育系统。

学校调整

清华大学与新竹教育大学的合并案采由下而上的协商方式，计划互补所需以成为大型综合性大学。其中清华大学以理工科系所为主，缺乏艺术与设计学系、音乐学系和体育学系，两校类似的系所则包括新竹教育大学的区域人文社会学系、应用科学系、数学系及清华大学的教育学程。虽然两校对于合并案完成持保留意见，但仍分别设立组织合并推动委员会，将协商重点放在计划书内容上。合并案也在学生BBS上热烈讨论，两校都有学生表态赞成，但多数持反对意见。
在校长曾宪政主导下，新竹教育大学开始就相关系所展开初步讨论，计划在2007年年底或2008年年初提出两校共同愿景，并提报给教育部；尔后继续与学校教授、学生、职员协商，针对工作权和学习权等进行细部修正。为了能够保障行政职员的工作权，两校很快便同意全数保留新竹教育大学职员的工作职务。但尽管两校有合并意愿，也仅是让双方推动委员会持续召开会议讨论，并未设定时间表。随后新竹教育大学积极争取每班学生人数从40人提高至50人，且增加具有竞争力的系所，更获得“卓越师资培育奖学金”计划补助。
2007年3月29日，新竹教育大学在内的9所师范大学、教育大学在联合校务会议上，因不满教育部预算决策，共同要求教育部放宽总量管制、及兴建校舍的经费申请，不应同意一般综合大学与私立大学扩张，而让师范大学、教育大学处于竞争劣势。教育部则表示对于有特殊需求的学校，能够以专案申请并送至教育部评估，且不会额外为有公共安全疑虑的校舍补助修缮经费，需由各校自行筹措。另一方面，教育部也在完成《大学设立师资培育中心办法》修正案，要求台湾大学、清华大学等未设有教育系所的大学师培中心，必须在5年内停招。对此清华大学则表示，师资培育中心教师多半具有博士学位，因此将逐步转型为高等教育研究所，并透过与新竹教育大学的合作继续培育教师。

宣布中止

在经多次合并协商后，清华大学与新竹教育大学双方达成共识，但双方对于整并方式、校园名称、人事员额迟迟未有结果。2009年7月至10月，清华大学校长陈文村与新竹教育大学校长曾宪政4次拜会教育部，教育部承诺除了原先两校经费加总外，配合并校增聘师资的需求，以8年为期限逐年增加补助款，第8年时约达1.6亿元。然而清华大学不满需承诺在8年内能够进入世界学术排名前百名，该主观因素也是第9年后的经费补助及整并成效标准，可能导致往后未有持续的经费补助。与此同时，尽管教育部同意补助28亿元以修筑必要校舍建筑，但各栋建筑工程规模仍需经过审议。
对此，清华大学认为教育部的补助内容未依自身标准编列，认为往后资源可能因为学校合并而稀释。由于不可抗拒的变数过多，清华大学认为在校务会议上获得通过的机会极小。与此同时，新竹教育大学校长曾宪政的任期也将在2010年1月届满，学校也已经为推动合并案，而一再延缓新任校长的遴聘作业。考量教育部相关规定与学校预期不符，两校共同决定暂缓推动合并案。2009年11月4日，清华大学决议暂缓执行，并向教育部发函报告暂缓，双方校长也分别致信给师生说明原委。不过两校承诺若时机成熟、或教育部重新斟酌补助内容，便可重新启动合并学校的议题。

大学法修正

过去国立大学合并提案，需经学校召开校务会议讨论通过，才能送交合并计划书至教育部，教育部则尊重学校需求和做法；但由于难以提出两校都能接受的条件，过程亦容易受到反弹和阻力，甚至有学校借此要求大额经费补助，最后仅有国立嘉义大学、国立东华大学、国立台中科技大学等少数成功案例。为此，立法院教育及文化委员会在2010年初审通过《大学法》修正案，使教育部在国立大学的合并案中，具有行使大学整并的公权力，亦能够掌握主导权。其中教育部能够依照学校招生状况、整并学校特色互补和教育资源整合等指标，推动大学所提出的整并计划，并且也计划在半年后便拟定相关配套办法。
另一方面，教育部也能依法检讨高等教育整体发展、教育资源分布、学校地缘位置等条件，搭配经费补助和行政协助，自行拟订国立大学合并计划；在呈报给行政院核定后，国立大学必须依法配合执行，而不得拒绝。对此教育部计划在法案三读通过后，于3年内推动过去曾进行的台湾大学和台北教育大学、清华大学和新竹教育大学、台湾师范大学和台湾科技大学、中兴大学和台中教育大学、屏东教育大学和屏东科技大学等大学合并计划。不过多数大学则表态，希望教育部多尊重学校意愿，而不应强迫合并，且认为教育部先前主导的东华大学案例并不算真正成功。
在这当中，清华大学教务长陈信文也曾表示，当前因新竹教育大学遴选校长而暂停合并案，与新竹教育大学间的合并案可能在3年内谈成，但认为教育部不应限定时间合并、且最好多尊重学校意愿。另一方面，为了提升中小学师资水准，教育部召开师资培育合作体系运作方式研讨会议，会议中提出“培育未来K-6顶尖教师之中心大学计划”，规划将5所教育大学整合成联合教育大学系统，并规划区域师资培育中心大学。但由于部分国立教育大学的品质、竞争力不如过往，部分科系录取分数也已落后私立学校，因此发展联合系统将和与其他学校合并同时进行。

整并条件

2012年6月，教育部部务会报为了加速整并工作，经审查后制定《国立大学合并推动办法》。其中教育部有权邀集学者组成审议委员会，由审议委员会提出整并规划，在不需学校校务会议同意下，直接要求国立大学整并。教育部并组成合并推动审议会，公布整并蓝图，开始展开大学整并工作。对于合并案，教育部分成“由下而上”和“由上而下”两种模式。前者由学校间自发性讨论、并提出整并规划，再由教育部相关专业委员会审查；后者则由教育部主导，透过整并推动小组汇整，选定值得推动的案例。推动整并的学校基本设定是同个县市里存在2所以上大学，且其中一校规模极小者优先。
同年11月，教育部部长蒋伟宁在立法院审议教育部预算时，表示整并小组已对少子化造成财政困窘、大学过多、招生问题、资源分配不均通盘检讨，初步计划以“总人数低于1万人、同县市有2所以上国立大学”为优先考量，至少有6所适合大学，而将整并成3所，借由合并通识课程、行政工作等有效运用资源。教育部并计划在103学年度完成合并，但蒋伟宁不愿意点名学校名称。不过在53所国立一般大学与技职校院中，许多学校学生人数已经低于1万人，且有19间学校同时符合各县市超过2所公立大学、且学生人数低于1万人标准。当中大部分教育大学学生人数都不足1万人，而新竹教育大学、屏东教育大学和台北教育大学也符合蒋伟宁提出的整并条件。
这使得新闻媒体推测教育部的考虑目标，包括清华大学与新竹教育大学、屏东教育大学与屏东商业技术学院、台湾大学与台北教育大学等，已经进行讨论、并曾向教育部沟通的学校。不过虽然成功大学和台南艺术大学多次传出合并意见，但台湾大学与台北教育大学更早之前便宣告合作破局。不过蒋伟宁还表示希望隔年2月至3月，主动召集符合条件的国立大学协商讨论，以让整并案在103学年度有机会成功。但尽管教育部根据《大学法》能自行推动合并案，但基于尊重大学自主立场，仍希望合并案由大学主动提出，并借由学校合并达到资源分享互补。

重启与暂缓

早在2011年8月1日，新竹教育大学新任校长陈惠邦上任，清华大学校长陈力俊就率领一级主管出席就职茶会。之后新竹教育大学计划凭借自身传统与师资，一方面积极与清华大学交流合作，并加入台湾教育大学系统；另一方面强化师培教育，并与新竹县政府签署在竹北市丰田国民小学、麻园国民小学、六家国中创新学程的发展合约。同年，清华大学与新竹教育大学重新启动整并案讨论，双方在协商中逐渐获得共识；然而教育部此时不抱持乐观态度，认为光靠两校自主讨论将不断推迟合并案，学校师生同时出现赞成和反对整并的意见。
2012年6月，已经谈及合并细节的两校，向教育部提出整并经费需求，但教育部认为要求金额与补助经费落差过大。并校讨论会议基于并校所需经费和未来员额未获教育部承诺提供，在无法提出方案的情况下，决议暂缓协商。讨论会议亦计划在确定经费来源后，才重新启动并校计划、且送至校务会议讨论，两校则先持续维持密切合作关系。2013年5月，教育部部长蒋伟宁至立法院报告高等教育评鉴制度时，表示经专案小组仔细分析各校状况后，已经锁定将3所小型公立大学与附近3所公立大学整并成3间学校，计划在2014年8月前完成公立大学整并，但不愿公布校名以避免引起争议。
新闻媒体则认为有意愿合并者，分别为成功大学与台南艺术大学、清华大学与新竹教育大学、屏东教育大学与屏东商业技术学院等6所公立学校，屏东教育大学与屏东商业技术学院更已签署合校议定书。对此教育部积极协调，计划3所公立大学整并、及6所私立学校转型后，大学院校数量能从162所降至153所。但尽管新竹教育大学校务会议同意合并案，清华大学也有此意愿，但后者要求教育部增加资源，在不接受整并案以提供资源为先决条件下，教育部将合并案暂不列入整并名单中。
对此清华大学行政副校长叶铭泉认为，教育部应当提供经费支持、且获学校多数师生共识，否则不能保证如期整并。直到2015年，教育部规划高等教育创新转型方案，提出补助经费和名额跨县市等诱因，借此加速大学整并，同时发文鼓励国内大专院校合并。教育部在后顶大计划预算编列中，也计划提拨总经费一成、约80亿元的预算，鼓励合并、联盟、退场与转型。

重启谈判

2015年3月，清华大学和新竹教育大学重新启动谈判，双方每个月召开会议讨论，清华大学也拟定出意向书。清华大学计划在与新竹教育大学整合后，两校共同核心理念订为提升学生教育，一方面在学术方向部分，能够发展成培养科技和人文兼备长才的大学单位；另一方面在学校规模部分，则能建构规模适中、更完整的综合性学术大学，提升教学及研究能量。其中除了能提高国际能见度，甚至进入全球大学排名前百名，同时也能发展成北台湾中小学师资的重要力量。
清华大学也认为并校后，将能提供学生更大范围的教学平台，同时强化与社会连结，并在此基础上提出成立医学系等可能提案。清华大学校长贺陈弘更提出“清华3.0”概念，计划与新竹教育大学合并后，未来增设艺术学院与教育学院，提供学生更丰富的跨领域学习环境。同时陈惠邦则表示新竹教育大学愿意放弃独善自身的权益，以更远大的学术目标作为共同愿景。同时他表示两校原本关注的领域有所不同，新竹教育大学在教育学院和艺术学院上长期具有特色，清华大学则以理工科系为主，未来两校结合将能成为含括所有学院的大学。
当中以理工科系为主的清华大学教师员额约有680人，主要以教育、艺术学院为重心的新竹教育大学教师员额约有230人。而合并后的清华大学学生人数，将从12,000人增加至16,000人。由于两校合并后不会裁减教师员额，师生比将从1比18降至1比16，学生拥有更完善的教学环境，且丰富通识课程的内容。两校重复的中文、外语，数学、学习科学等班级，合并后将会调整人数，并且减成1班招生；但将新增“艺术设计科系”，加强理工人文化创新与设计力。
根据原本计划，合并后的新竹教育大学将更名为“新竹教育学院”，保留教育学院、原来重点科系艺术学院则列为中长期计划。不过之后计划改为，在清华大学新建校区尚未完成前，教育学院、艺术学院会留在新竹教育大学，直到清华大学南校区西侧校区设施完成后，便全面搬迁。原本新竹教育大学位处新竹市市区的校区，则发展成清华大学创新发展基地，在此规划发展新兴产业、国际化等相关项目。清华大学则规划在南校区西侧的6.4公顷土地，新建教育学院、艺术学院、学生宿舍、餐厅及增设学生读书区。

合并担忧

为了保障学生权益，合并后的新竹教育大学学生全数能在原科系就读至毕业；同时规划毕业证书自合并生效日后，毕业大学将能够标示成清华大学，且尊重学生选择而能加注原入学校系。不过对于合并案，新竹教育大学校方在态度上尽管表态支持，但校园内部仍有教授担忧因部分系所消失，而存在安顿问题；同时清华大学提出的意向书愿景模糊，部分新竹教育大学教师认为在合并后，将因无发言权而丧失权益。
与此同时，清华大学统计学研究所教授黄荣臣、赵莲菊与荣誉退休教授周若珍等人发起反对连署，认为清华大学的意向书愿景与自身长期发展特色不符，亦未分析并校利弊得失、预测愿景各阶段进程，也不曾评估合并初期，水准必然下降的可能影响与因应办法。当中由于清华大学较重视国际排名，国际学术评比主要看重学术论文；但过往新竹教育大学则重视教学，部分教授担心拉低学校论文的引用比例，进而影响排名。而清华大学学生会会长徐光成则忧心，由于学校规定大学一年级新生需要住宿，未来新竹教育大学学生入住后，高年级学生抽签几率将会减少。
对此新竹教育大学校长陈惠邦则表示，在现实上清华大学属于大型学校，因此清华大学愿意接纳规模较小的新竹教育大学，为两校合并案的成功关键。同时他认为两校发展方向不同，自己也担心合并会拖累清华大学的学术排名；不过之后他表示合并学校后，将能使学校院系将更加完整，能够有利于清华大学提升世界排名。而教育部则表示将会进一步了解，但尊重两校校务机制推行的合并案，教育部对此则暂时不会介入。
到了2015年11月，清华大学和新竹教育大学分别通过校务会议，并在1周内将合并意愿书发文至教育部，为7件公立大学合并案中进度最快者。而合并计划经过教育部备查通过后，最快隔年便能共同以“清华大学”名义招生。

教育部规划

2016年1月，教育部高教司长李彦仪表示当前大专院校规模普遍较小，不含军警校和国立空中大学在内，50所公立大专院校中，只有18所学校学生数超过10,000人，占36%，且仅有5校学生超过15,000人。在108所私立大专院校中，只有38所学校学生超过10,000人，占35%。考虑英国、法国、德国、日本、中华人民共和国等国家近年积极推动大学整并，借此降低成本并提高办学绩效，教育部在《大学法》修正后亦能主导公立大学整并，因而计划持续积极鼓励公立大学合并，教育政策将延续且维持大方向。
除了清华大学和新竹教育大学的合并案外，教育部亦将阳明大学和交通大学、成功大学和台南艺术大学、台东大学和台东专科学校的合并视为政策目标，希望提升整体高等教育竞争力。不过教育部将自身定位在促成合并案的角色，并承诺并校后经费、教师员额及招生量不会减少，且能在合理情况下额外提供补助，以规划在未来7年内推动8所至12所公立大学合并。而在交通大学与阳明医学大学合并的争论中，曾提出关闭50所至60所大学的教育部部长吴思华，也表示清华大学和新竹教育大学合并后的领域将能互补，进而加强教育功能。
与此同时，清华大学校长贺陈弘也曾表示希望两校合并后，新竹教育大学的部分能扮演美国加州大学柏克莱分校的教育学院角色，对加利福尼亚州的翻转教育和创业带来庞大影响。除了扩大清华大学实力外，新竹教育大学部分亦能获得支持，发展科学教育、实验教育及创新教育。教育部还拟订退场专法《高等教育创新转型条例》，再度鼓励大学组成联盟、合并减招、推动转型，计划5年内完成50所大学合并或转型，并在7年内推动8所至12所公立大学合并。
当中法案授权教育部未来能够公布辅导学校名单、各大学注册率、财务状况，也能主动向法院申请解散经营不当的学校。同时鼓励优质大学有具体阶段性目标地组成联盟和系统，朝向国际化合作招生发展。另外将借由公立大学的合并，以提高国际能见度、整合区域资源，也鼓励有意愿的私立学校合并。该草案在经行政院审查、并向行政院院长张善政专案报告后，计划在2月送至立法院审核；教育部并希望同年6月通过，以适用在7月新生志愿选填。

清大通过

2016年3月，由于台南艺术大学学生至立法院抗议教育部整并推动小组主导的与成功大学间的合并案，教育部决定依立法院决议，在5月20日前暂缓推动所有公立大学合并案。对此教育部部长吴思华表示，大学整并将持续且稳定推动，并重视沟通协调以达“一加一大于二”效果。为此，清华大学对学校师生、职员做出意见调查，当中大部分赞成，并最快在4月中旬的校务会议讨论，且担心因这次暂缓而拖延。清华大学副校长周怀朴表示，清华大学与新竹教育大学已长期推动合并案，认为教育不应牵涉政治、而应由两校规划和师生看法为主。
在教育部表示暂缓公立大学合并案后，新竹教育大学随后也举办全校教职员投票，有70%支持合并案，这让陈惠邦对于校务会议结果正面看待。4月13日，清华大学召开长达6个小时的校务会议，讨论与新竹教育大学的合并案。95名会议代表中，有93人出席会议，包括教职员和10名学生代表。清华大学校务会议经意见讨论和投票表决后，以51票赞成、26票反对、1票废票，通过与新竹教育大学的合并案。不过清华大学教授黄荣臣则认为，教授升等会议都采三分之二出席者同意的规范惯例决议，但合并案采取过半同意，实际上结果应是“否决”。
然而这次合并案仍引起教育界振奋，教育部部长吴思华表示教育部非常支持两校合并，认为合并将在在国际上更具竞争力，且为国内学术发展带来助力；他也希望透过清华大学的学术实力，支援教育领域的发展，并祝福新竹教育大学在4月25日的校务会议上得以通过合并案。贺陈宏则表示虽然合并学校仍有不同看法，但所有人都同意顶尖大学能为社会做出更多贡献，除了肯定这一价值外，并认为合并后将使清华大学成为顶尖大学的新典范。
另一方面，陈惠邦则表示在老师安置与学系重叠问题上，许多老师对于未来安置有疑虑，但经多次座谈后仍会尊重老师意愿；若老师不愿意至合并后的相对应系所，学校会协调至其他系所或职务工作，这让反对声浪逐渐减少。而依照规定，在新竹教育大学校务会议通过合并案后，将会呈报给教育部审查，两校则最快能在106学年度合并招生。

遭到质疑

清华大学校务会议宣布通过合并案后，许多清华大学教师和学生质疑合并效果；并认为合并过程具有争议，包括引用错误的议事规则通过。前清华大学材料工程学系主任周卓煇认为，清华大学采行商业性质的世界排名体系，而与新竹教育大学合并的效果不彰；且有关往后行政人员缩减、及同性质系所重叠等问题，教育部应该说明合并效益。清华大学数学系教授陈国璋也发文给全校老师，表达对于合并案的忧心，并认为清华大学尚未准备完成。
4月19日，清华大学学生会表态要求暂缓合并，批评校务会议过程、资讯对学生不透明，且会议漠视学生、理学院数学系、统计所、及人文社会学院等受影响系所的意见。清华大学学生会也认为在学习资源饱和的情况下，校方未提供交通、生活机能等评估，因而提出重视学生意见、增加代表席次；重启会议讨论、先有共识再决议、确保学生参与；提出学习资源、生活资源冲击评估；反对校方“先合并、再讨论”态度等诉求。
而在同日，民主进步党籍立法委员黄国书也与清华大学师生举行记者会，要求教育部协助厘清争议，并履行立法院要求暂缓大学整并计划的决议。不过对此，清华大学校方则表示参与校际会议的学生代表共10人，符合《大学法》要求学生代表经选举产生、人数不得少于校际会议人数10分之一的规定；且承诺学校将组成专案小组，协调处理相应系所在学术、教育、生活等各项并校时的问题。清华大学学生会和新竹教育大学学生议会部分学生，共同组成竹清并校监督小组，认为并校资讯不够透明、合并过程过于急促而希望暂缓，并计划递交请愿书。
不过清华大学教授赵莲菊等人仍质疑校方曾以公文游说教职员，将教育部合并就能取得26亿元作为诱因；黄荣臣更表示如果教育部将合并案核报给行政院，将会向监察院陈情，清华大学学生会会长徐光成也表态支持教授。对此教育部高教司大学经营及发展科科长曾新元表示，合并案仍须等待新竹教育大学通过，且因审查合并计划书的过程，将无法在5月20日前决定。同时教育部提供的26亿元，仅用于新竹教育大学迁校后的教学大楼兴建，最终金额核定尚须讨论。

反对行动

清华大学和新竹教育大学合并的议题，很快也在互联网上出现热烈讨论，以匿名留言为主的Facebook专页“靠北清大”更出现性别、学校和阶级上的歧视文字，此举更引起许多学生反感。4月21日，竹清并校监督小组成员朱智宇与10多名新竹教育大学学生，将互联网匿名的歧视留言制成牌子抗议。学生批评两校未积极处理歧视言论，而在合并后可能遭遇到相同处境；同时认为双方都未将合并资讯透明提供给学生，导致学生慌张、将累积的情绪具体化在互联网上进行人身攻击，要求学校在尚未与学生进行清楚、完善的沟通前，反对学校合并。对此新竹教育大学表示Facebook匿名留言内容难以控管，在不能禁止发言下，只能呼吁学生自制；清华大学则表示已不断沟通协调，并举办多场说明会聆听师生意见。
4月24日，反对并校的学生在清华大学60周年校庆会场拉起白布条抗议，要求暂缓并重启讨论。同时竹清并校监督小组成员朱智宇则指出校方资讯不透明，导致新竹教育大学学生遭到清华大学学生批评，希望暂缓并校程序、并厘清学生忧虑，提供让两校学生分辨并校优缺点的机会。到了晚上，清华大学校长贺陈弘发出公开信，呼吁学生理性交换意见。他表示已注意到学生们的愤怒，但认为许多愤怒来源源于互联网上传播的不实谣言，甚至把师长和行政人员妖魔化，呼吁学生不应跟随网络谣言的内容。他并提到清华大学为了合并学校的议题，已举办5场以上专属学生的座谈会，但学生除了第一场外都鲜少参加。
对此贺陈弘认为现在抗争学生认定学校不沟通、亦不听取解释说明，因此邀请学生共同平等、诚意、理性地沟通讨论。清华大学学生会会长徐光成表示愿意沟通，但仍要和校方讨论时间与地点等细节。同时他批评清华大学在通过并校案的校务会议上，忽视学生和合并后受冲击系所的意见，对此清华大学学生会反对校方“先合并、再讨论”态度；同时提出两点诉求，包括希望清华大学在5月10日召开临时校务会议，重新针对4月12日的并校案提出覆议，并希望暂缓新竹教育大学临时校务会议等并校程序。不过清华大学表示校务会议决议的效力，无法由校长个人宣布无效；且新竹教育大学长期是独立自主大学，清华大学不应在合校前便向对方校内会议提出意见，此举动反而不尊重前者。

竹大通过

4月25日，新竹教育大学临时校务会议以过半票数，通过两校合并意向案；计划在完成校内程序和相关业务后，将把合并计划书将送至教育部审查，通过后再提报行政院核定，最快106学年度合并，可能成为公立学校整并第六起案例。当中也确定往后以清华大学为保存校名，并以清华大学校名对外招生。对此，陈惠邦表示两校合并，长期以来都是透过“由下而上”的协商，新竹教育大学也多次召开协调会议，针对教师和学生各式疑虑逐一解答。
清华大学教务长戴念华则表示正面看待新竹教育大学通过合并案，其中认为并校后受影响最大者，由于清华大学自身已经存在类似学系，主要为新竹教育大学中文学系、应用科学系和应用数学系，而新竹教育大学这3个科系将在并校后停止招生，但仍然会持续开课至学生毕业。教育部高教司司长李彦仪则表示，两校合并采行“由下而上”，教育部表示尊重和支持，且承诺会向行政院争取26亿元经费补助。
原先的竹清并校监督小组确认新竹教育大学同意并校后，仍质疑并校后的毕业证书注记方式，担心原本新竹教育大学学生将取得清华大学毕业证书，反而影响清华大学声誉。新竹教育大学学生成员则认为，未来两个校区的学习资源、宿舍、生活圈等资讯并不透明，受影响系所的未来选修课亦不够清楚。对于相关代表提出的数点疑虑，陈惠邦表示将持续协商教师未来安置系所、或在新系所内部的定位，以让学校教师放心，且职员和约用人员则会全部纳编。
另外透过并校工作小组协调，也将处理学生在意的学习资源、生活资源、两校区的交通接驳等问题。清华大学和新竹教育大学则依照并校案计划，在两校分别完成校内程序后的1个月内，成立各项工作圈，针对教务、学务、总务、图书馆、共同教育等相关议题，邀请两校学生深入讨论，并逐一修订“合并计划书”相关细节，而清华大学校长贺陈弘也邀集学生展开对谈。同时学校方面承诺直到消除教师和学生所有疑虑，才会送交教育部审议。

提出诉讼

6月6日，清华大学材料学系教授周卓煇与几名教授代表，带着其他23名清华大学教授连署书，向台湾新竹地方法院民事法庭提出告诉，控告清华大学校务会议在处理合并案时，破坏民主并违反程序正义，希望藉司法程序撤销已经通过的并校决议。周卓煇表示清华大学校务会议同意与新竹教育大学合并的决议，是校长贺陈弘违反程序正义后的结果，并批评后者违法引用错误条文，误导与会人士和会议后续进行，造成投票过程混乱、并全程丧失程序正义。同时他认为这次提案对于清华大学为重大议题，应加强限制并严格管理，法院应考量当中种种弊端而撤销此案。
另一方面，告诉方委任律师刘继蔚表示提告是依照《民法》第56条第一项，希望透过司法程序撤销校务会议上的合并学校决议，近期也会再向行政法院提起行政诉讼。不过对此，清华大学教务长戴念华则回应校务会议通过并校提案的过程并无问题，对教授不同意见与司法调查表示尊重。但他也表示在《国立清华大学组织规程》中已经提到“校务会议成员总额的2/3以上出席、出席人数1/2以上通过”，且讨论过程亦有教授提出另设通过门槛的要求，但多数决议决定过程沿用原本规程，同时会议全程录音并公布在网页上。
而在6月8日，台湾大学、清华大学、台湾师范大学等学校学生代表串连成立“大学法改革阵线”，共有16所大专院校参与，并提出《大学法》修正草案。其中大学法改革阵线召集人、台湾大学学生会副会长郑婷尹表示，上半年先后发生政治大学教官强撕传单、清华大学与新竹教育大学合并案、各校抗议调涨学费等争议，凸显学生绝大部分时间仍只能被动接受校方决策。清华大学学生会会长徐光成则表示，校务会议的学生代表仅有10%，学生仅是成为替校方政策背书的橡皮图章。

中央核定

8月1日，教育部部长潘文忠在国立大学校长联合交接典礼上，表示清华大学和新竹教育大学合并案已经进入行政程序，将送至行政院核定，最快106学年度能正式完成；而教育部也承诺会向行政院争取26亿元的补助费用，最后由行政院决定补助金额。他表示大学整并的目标应是能量更大和特色兼具，而非仅用来解决学生来源减少的问题；在未来十年学生来源减少下，除了透过创新突破困境，大学应该重新思考定位。同时2017年开始，教育部将每年编列50亿元预算，以因应大学院校转型退场。
潘文忠并提到，清华大学和新竹教育大学两校合并是考量高等教育往后十年的少子化冲击，“由下而上”推行的公立大学合并案，但花费10年长期谈判后才得以有此结果。他还表示大学整并应该“由下而上”，能够互补不足并建立特色，也希望学校事前讨论并朝一致目标努力。清华大学主任秘书李敏则表示两校已经针对具体细节有初步沟通，例如部分系所合并等事宜。
在教育部积极推动公立大学合并下，国立清华大学与新竹教育大学的合并案最终获得行政院和教育部审核同意。10月14日，教育部核定两校合并案。10月15日，清大校长贺陈弘与竹教大副校长林纪慧共同宣布并校。其中贺陈弘强调两校合并初衷是教育，并将学生视为关键。他并表示合并是为台湾创新社会奠定基础工程，将发挥跨领域创新，且提升学术和教育竞争力、十二年国民基本教育师资与成效、资源整合及社会贡献的效益。林纪慧说则表示两校合并，能让科技、人文艺术与师培教育资源充分结合，产生相辅相成的最大效益。

正式合并

11月1日，国立清华大学和国立新竹教育大学正式合并为“国立清华大学”，并于106学年度开始合并招生。合校后原国立新竹教育大学改称“国立清华大学南大校区”，教育与学习科技学系、特殊教育学系、体育学系、幼儿教育学系、教育心理与咨商学系、英语教学系、环境与文化资源学系、台湾语言研究与教学研究所、数理教育研究所等，成立“国立清华大学竹师教育学院”；原国立清华大学学习科学研究所与原国立新竹教育大学之人力资源及数位学习科技研究所则各自于106学年度停招，并于2017年新设学习科学与科技研究所，隶属竹师教育学院；音乐学系和艺术与设计学系共同组成“国立清华大学艺术学院”；中国语文学系、应用数学系、应用科学系、人力资源及数位学习科技研究所等4系所自106学年度起停招，并于合校过渡期成立“国立清华大学南大校区系所调整院务中心”。其中，应用数学系之师资于2016年整合成立“计算与建模科学研究所”；中国语文学系之师资于2017年整合成立“华文文学研究所”并分设华文文学组、华语教学组；应用科学系之师资则分散、融入清大理学院相关系所之中。
合校后研究与教学将有多面向合作，营造多元学术环境、并提供学生完整学习空间。合校初期原国立新竹教育大学系所教师、学生与行政单位仍于南大校区教学、办公，在教育学院和艺术学院馆舍新建完成将迁至校本部，整合软硬件资源，共同发展教学研究与跨领域合作。原先清大和竹教大的师生比率偏高，清大为19比1、竹教大为22比1，两校合并后将使问题可以获得改善，达到少于16比1的师生比目标。
合校后，两校重叠系所的教师员额都不会减少，将直接由两校相加，不过系所主管未来只会由1名教授兼任。清大还规划30学分的第二专长学程，包括“教育与学习科技”、“幼儿教育”、“教育心理与咨商”、“体育”、“环境与文化资源”、“音乐、科技与健康”及“艺术与设计”等，配合既有的学士班跨领域学习方案，提供学士班学生能多元选择修习这些双专长学程。同时配合十二年国民基本教育的推动，清大也将善用理工优势，培育数理强项师资，以成为全国师资培育与未来前瞻教育研究的重要学校。
原为竹教大的清大南大校区在中长程发展规划中，将转型为“清华创意与大学脐带园区”，作为创新产学的互联基地。其中计划运用整合后的10所学院优势，先是修缮现有建筑，之后推动教学推广、研发生产、青创育成，进而建立学术界与产业界的连结，例如开创智慧城市、无人驾驶车、数位创作和多媒材艺术、科学教育、线上传播互动和移动式虚拟现实、音乐与健康科技、建立国内外高科技医疗院所等。