东京国立博物馆

草创之初

1872年（明治5年）3月，日本文部省博物局在当时的汤岛圣堂大成殿（现在东京都文京区汤岛）举办了国内首次博览会。当时的宣传广告及入场券等均保存于文部省博物馆内，这也是日本“博物馆”的发端。东京国立博物馆也以这一年作为其创设年份。当时博览会主要以将在次年的1873年维也纳万国博览会出展的展品为主。会场内主要陈列有书画、古董、动植物标本等，其中以名古屋城的金𩾇最引人注目。最初博览会会期预定为3月10日起的20天，但由于人气旺盛，会期一再延长，最后到4月末才结束。据估计，总入场人数达15万人次。
1873年（明治6年），文部省博物馆被并入太政官正院的“博览会事务局”（1872年设置），并迁址至内山下町（现今的东京都千代田区内幸町）。同年4月15日起也举办了为期3个半月的博览会，主要展示物品为动植物、矿物等。
1875年（明治8年），“博览会事务局”再度改称“博物馆”，归内务省管辖。起初也曾改称“内务省第六局”，后于1876年又改叫“博物馆”。同年，町田久成（1838-1897）任博物馆馆长。出身于萨摩藩的町田馆长对明治时期日本的博物馆建设和文物保护做出了很大的贡献，他也被视为东京国立博物馆的首任馆长。博物馆内也立有表彰町田馆长的石碑。另外，博物馆的主管机构也于1881年改为农商务省，此后又于1886年变为宫内省。
1877年，在上野的宽永寺本坊旧址（后为东京国立博物馆所在地）举办了首届内国劝业博览会。这是基于当时日本“富国强兵、产业兴国”的国策而举行的，其中的“美术馆”是日本最早被称为美术馆的建筑物。当时的首任馆长町田久成以内山下町的博物馆过于狭小、易发生火灾等原因，申请迁移至上野公园，并于当年得到了太政官的批准。
1881年，在上野公园宽永寺旧址建成2层红砖造的本馆。设计者为英国建筑师Josiah Conder。该馆当年即作为第2届内国劝业博览会的展馆使用，次年3月起称为博物馆的总馆。4年前建造的美术馆则作为2号馆使用。此后，由于关东大地震的破坏，上述两馆均已不存。

从皇室博物馆到国立博物馆

1889年（明治22年），博物馆改称“帝国博物馆”，馆长为九鬼隆一。当时，在京都和奈良都设有帝国博物馆（京都馆设于1897年，奈良馆设于1895年）。当时馆内的美术部长是明治时期日本美术界的核心人物冈仓天心，此外从美国来的哲学家・美术史学家Ernest Francisco Fenollosa也被聘为美术部理事。因此博物馆在美术方面的力量得到了加强。
1900年，位于东京・京都・奈良三地的“帝国博物馆”同时改称“帝室博物馆”。这个名称一直使用至1947年（昭和22年）。同年，为了庆祝皇太子（后来的大正天皇）大婚，在上野的博物馆内开始新建美术馆，该工程于1901年开工，于7年后的1908年竣工，1909年启用。由御用宫廷建筑师片山东熊设计的美术馆成为“表庆馆”，直到21世纪仍是博物馆的主要建筑物之一。
1923年，日本发生关东大地震，当时的总馆和2号馆、3号馆均遭到严重损坏，无法使用。此后的十余年间，博物馆的展出只在表庆馆一处进行。新建总馆于1932年开工，1938年落成使用。这就是现存的东京国立博物馆总馆（重要文化财）。新建总馆落成后不久的1940年，便举办了纪念“皇纪2600年”的“正仓院御物特别展览”。这是首次将正仓院宝物（当时称“正仓院御物”）向大众公开，盛况空前，短短20天内参观人数达到40万之多。。

二战之后

1947年5月，在新宪法公布之日，帝室博物馆改称“国立博物馆”，改由文部省主管。此后于1952年改称东京国立博物馆。改称国立博物馆后的首任馆长是安倍能成。
1947年9月，博物馆发行馆刊《博物馆新闻》。其创刊号头版刊登了《国民与博物馆 必须重新审视古代美术品》的文章，明确了将战前的皇家博物馆转变为国民博物馆的方针。战后博物馆新建了东洋馆、法隆寺宝物馆等，并大力收藏各类文物藏品，经常举办特别展出等活动。其中最有影响的是1965年的图坦卡蒙展、1974年的蒙娜丽莎展、纪念创立100周年的1972年“东京国立博物馆收藏名品展”、创立120周年的1992年“日本与东洋的美”特别展等。
管理组织方面，随着1950年文化财保护委员会的设立，东京国立博物馆成为该委员会的附属机构。1968年，该委员会废止，改由文化厅管理博物馆。2001年，随着重组中央省厅的独立行政法人制度的实施，博物馆先后归独立行政法人国立博物馆和独立行政法人国立文化财机构（2007年起）管理。

新展馆建设

二战后，博物馆进行了大规模的扩建。1962年（昭和37年），馆内西南侧建成“法隆寺宝物馆”，2年后面向大众开放。该馆主要收藏了1878年遭遇废佛毁释的法隆寺上贡给皇室的300余件宝物。该展馆使用30多年后被拆除，1999年由带有餐厅和资料室的新法隆寺宝物馆取代。1968年，馆内东侧建成东洋馆，收藏日本以外的亚洲地区美术品。1984年，馆内西侧的表庆馆后建成资料馆，研究人员可以在此公开使用阅览馆藏图书、史料和照片资料等。
博物馆除常年展出外，也经常举办各类主题特别展。但是举办大规模特别展览的时候就需要临时撤走常年的展品，因此博物馆决定建设一个专用于特别展览的大型新展馆。因此，总馆西侧的别馆（曾设有大讲堂）和北部仓库被拆除，改建为新展馆。1999年，新展馆平成馆投入使用，主要用于主题特别展、考古资料展示室和大礼堂。

表庆馆

1909年，为庆祝皇太子嘉仁亲王（后为大正天皇）成婚而建造。设计师为宫廷建筑师片山东熊。该建筑物为日本重要文化财。展示室共有2层9室。二战后长期展出考古资料，也用于教育科普。现在该处为特别展会场。

法隆寺宝物馆

1878年，为了陈列展示法隆寺进贡皇室的300余件宝物而建造，于1964年对外开放。现在的建筑物为新建，于1999年开馆。设计师为谷口吉生（东洋馆设计者谷口吉郎之子）。

平成馆

为纪念皇太子德仁亲王（浩宫）的成婚，于1999年（平成11年）启用。1层为考古资料展示室、特别企划展示室和大讲堂，2层为特别展会场。

其他

博物馆区内还有资料馆（收藏图书、照片等资料）、旧因州池田家表门（重文）、旧十轮院宝蔵（重文）、筑前福冈藩黒田家的江户屋敷的鬼瓦、茶室等。此外，资料馆1层有小型音乐厅。

宗旨

《独立行政法人国立文化财机构法》第3条规定，该法人的设立宗旨是“设立博物馆，收集保管有形文化财（略），并供公众参观。通过对文化财（略）相关的调查研究，用以对珍贵的文物进行保存及利用”。这里明确说明国立博物馆的主要职责包括收集展示文物，并开展相关调查研究活动。
东京国立博物馆在馆长、副馆长下设营业开发部（渉外、财务等）、事业部（信息管理、教育普及、出版、特别展策划）、文化财部（展示、文化财的修复保存等）等3个部门。

特别展

特别展可由博物馆单独策划主办，也可以与其他机构合办。例如“柏林珍宝展”等介绍国外美术馆藏品的展览，“国宝兴福寺展”等展出。此外，博物馆为了广泛介绍其藏品，也经常在日本国内外举行各种巡回展出。此外，够不上特别展规模的小型主题陈列也时常举行。

教育普及活动

在平成馆内的大讲堂内，会举行一些定期或不定期的讲座。此外，“藏品解说”在各个展示室内进行，基本上为每周一次。馆内也有志愿者对参观者进行指引说明。此外，也有针对儿童、大学生、教师等对象而开展的特别展示活动。博物馆也会时常举行一些音乐会、茶会、社区教育活动等。2007年4月，作为教育普及基地的“绿色的狮子”开放，设在总馆1层的第20室。

出版事业

机关刊物《东京国立博物馆新闻》（原《国立博物馆新闻》）创刊于1947年，为对开型大小，现为隔月发行，主要介绍博物馆的展示和活动等。
研究杂志《MUSEUM》，于1951年创刊，为月刊，每期刊载馆内外的研究者的论文。
《东京国立博物馆图版目录》是根据类别收录博物馆藏品照片的目录书籍，从1960年发行《浮世绘版画编 上》以来，一直在持续刊印。
此外，博物馆也发行名品图录、纪要、藏品调查研究报告书等出版物。