乙未戰爭

甲午战争余波：澎湖之役

1894年7月25日～1895年4月17日，清廷与日本因朝鲜宗主权之争爆发甲午战争，短短几个月内，日本帝国击败了清朝的北洋舰队，清朝露出败象乃与日本积极谋和，日本首相伊藤博文与其辖下日本内阁早已研议，不论是战还是和，都要以拿取辽东半岛与台湾作为此战争的成果。
1895年1月，以鹿儿岛县（旧萨摩藩）为主的日本军队，约4,000名陆军正规军所组成的5,500名远征军，从长崎佐世保港秘密出港，1895年3月23日清晨，日军在未遭到任何抵抗的情况下登陆澎湖本岛，3月24日，日军以不到两天的时间占领澎湖本岛的首府妈宫城（今马公市）。澎湖一役，日军死伤虽少，士兵约1,700名罹患霍乱，死亡达1,000名。
另一方面，驻澎湖清兵人数有步兵12营，炮兵2营，海军1营，因为装备老旧与甲午战争失利带来的士气低迷，并没有多少抵抗。期间驻澎湖厅最高主管，台南府粮捕海防通判陈步梯于战役发起不久后，也逃往大陆。
3月26日，已经拿到台湾海峡战略位置，确定可轻易拿取台湾的日本，在日本马关接受清朝的和议条件。

战争过程

1895年4月17日，清廷代表李鸿章在日本马关与日本签订马关条约议和，其一条件为割让台湾与澎湖。清廷虽然知悉台湾反应强烈，但已决心割台，不再议约。5月19日清廷声明将履行割台条约，派李经方赴台办理“交割”事宜，隔日（5月20日）并下诏要唐景崧立即进京陛见，所有文武官员内渡。
5月10日，鹿儿岛出身的日本海军中将桦山资纪被擢昇为大将，并受命为首任台湾总督，5月24日，桦山资纪自广岛宇品港启程，乘横滨丸前往台湾。6月2日与清廷李经方处理“交接台湾”事宜。从伊藤博文亲拟的《该岛接收事宜》训令信件显示，日本的原本接收台湾态度为：令清廷兵员尽速离台并于撤离之前全数缴械，并要求清廷官员和平移交公务文件。不过于启程前的5月21日，桦山得知部分台湾官民积极备战后，心知和平接收台湾已不可能，于是随即派常备舰队赴冲绳监视台湾敌情。另一方面，他更指派驻于奉天旅大预备攻击北京的近卫师团，转进台湾。
在此之前，得知澎湖被占领消息的台湾士绅已人心惶惶，在得知被“勒占领土”消息之后，部分台湾官员与一些台湾士绅共同合作，于5月25日成立“台湾民主国”，年号“永清”，原清廷派驻台湾的巡抚唐景崧被推为台湾民主国的总统。唐景崧就任后，下令原本官吏三日内决定内渡与否，顾肇熙、杨岐珍等官员纷纷求去。之后唐任命刘永福为台湾民主国大将军，改布政使司为“台湾承宣布政总理内务衙门”，以俞明震为“台湾承宣布政总理内务衙门”督办，李秉瑞为“台湾军务衙门”督办，陈季同为“台湾总理各国事务衙门”督办。又任命姚文栋为游说使，赴北京，丘逢甲为义勇统领。
战争初始，5月29日日军登陆澳底，6月7日进入台北，日军从登陆至占领首府台北城仅花十日，之后却遭到台民顽抗，战事之发展对于具有武力优势及拥有正规军之日军而言则出乎意料之外。有些台湾人如台北城辜显荣选择和日军合作，或帮日军开路（例如：台北李春生因所居台北城动荡混乱引日军入城。头份镇林建庸守备向日军献出新竹城，帮日军开路攻打彰化市。）清除台湾反抗力量。另一方面不少地方仕绅如客家烈士吴汤兴，选择和日军作战。
10月21日，日军攻入台南，10月23日日军控制全台湾，战事持续总时间约5个月。惟直至同年11月18日，台湾总督桦山资纪向京都大本营报告：“全岛悉予平定”之后，台湾各地方的武装小冲突仍此起彼落，与日后长达21年的武装抗日起义运动。

基隆外围攻占

近卫师团是日本天皇亲卫军，团长是北白川宫能久亲王。近卫军团其中的7000余名兵力在5月27日与桦山总督于冲绳会合。
5月29日，登陆澳底（今新北市贡寮区境内），澳底守军约1000人（守将曾喜熙）尚未见到日军就自行溃散。5月30日，日军攻三貂岭，守军约300至500人（守将徐邦德）也一样尚未见到日军就溃散。日军迅速攻占三貂岭。隔日十五时，日军攻抵小粗坑，义军吴国华出兵拒战。
6月1日逼近九份，义军苦战数小时后失守。6月1日17时，义军与日军交战于瑞芳，激战3天后义军不敌，喜燕退往庚子寮，其余义军往龙潭堵方向撤退，瑞芳为日军所占。
6月3日，日军分三路向基隆推进，常备舰队炮击基隆，8时攻庚子寮，日军前卫兵越龙潭堵，十时义军及撤往基隆，13时，日军攻下八尺门，义军往沙元庄撤退。14时，沙元庄、白米瓮、港东炮台、港西炮台皆沦陷，义军撤往狮球岭。15时，日军进攻狮球岭。粤勇、民兵双方内讧，18时，已攻取基隆制高点狮球岭炮台，台北门户大开。

李文魁之乱

5月31日，台北城内发生李文魁之乱，李文魁（魁或作奎）原是直隶游匪，跟随淮军来台。文魁杀害副将方良元，入库索取军饷，唐景崧见势凶猛，挥令恣意取之。6月4日，台北城内粤勇焚毁抚署叛变。

辜显荣开城门迎日军

6月3日，日军已占领狮球岭，守护台北城的主力军，新募的二十营李文魁部，训练仓促不足，装备亦差，在基隆防卫战中不战自溃，退入台北城。台北士绅白其祥、李春生、李秉钧、吴文秀、吴联元等在6月6日共推鹿港泉州籍商人辜显荣及各洋行英商多莫孙（Thomson）、德商澳利（Ohly）及美国新闻记者大卫森（Davidson）赴水返脚引领日军，以恢复秩序之名，进入台北城。
6月7日，日军和平进入台北城。

唐景崧逃亡

6月2日，清廷全权代表李经方与台湾总督桦山资纪在日舰横滨号在海上完成台湾交接。6月3日，基隆同知方祖荫请唐景崧驻八堵，唐不从并使黄瑞德率护卫营协防。
6月6日，台湾民主国总统唐景崧逃至沪尾（淡水）的德商得忌利士洋行（Douglas Lapraik & Co），并乔装成老妇，与陈季同乘德国籍运煤轮船鸭打号（Arthur）弃职逃亡至厦门；其母亲也在后来的慌乱中据闻遭抢并下落不明。

第一阶段尾声

5月29日至6月18日止，此战争的两方正规军交战告一段落。此阶段，清兵及台湾民主国辖下兵勇等，共约3,000名余名正规军参与战役，战死者不下200人。日军因为装备新颖，实际伤亡并不多，其中，实际参加战役的4,000余名近卫军团中，死亡大约只有7名，受伤者25名。不过这段时间，因为日军水土不服，罹患霍乱疟疾死亡者，远比这阵亡的这数字还要多。

战争第二阶段

6月14日，台湾总督桦山资纪自基隆乘火车入台北大稻埕（但事实上铁路因战乱已近不堪使用，行驶数里后即遣夫在后推行）。6月17日，桦山总督于台北城内原“台湾布政使司衙门”（钦差行台）的总督府举行台湾“始政式”。
6月19日近卫师团派出拥有数千名的“混成支队”南下进攻桃园、新竹，本以为会如之前平稳顺利，但是在6月22日前锋部队因守备林建庸突然倒戈开城门投降顺利占领新竹城后，却意外遭到北台湾客家人的游击式的反抗。
6月24日至26日，李秉瑞、吴汤兴、胡嘉猷、姜绍祖、徐骧、傅德生、邱国霖、谢天德、黄南球为首的客籍义军及民勇，首先在今平镇、湖口、龙潭间伏击日军，获得进展。随后于7月9日，并在新竹城外的制高点南十八尖山（今属苗栗县竹南镇）与近卫师团展开激战。因为兵力装备悬殊，在姜绍祖被俘后（第一次北埔事件），义军于7月23日退入苗栗整补。此时总兵李惟义及副将杨载云已于苗栗竹南尖笔山部署新楚军，掩护义军撤退。
6月26日，刘永福继任台湾民主国总统，为台湾民主国第二任总统，仅自称“帮办”。全台防务仍由李秉瑞主办。
这阶段，台湾民主国除了台籍客家人为最主要反击力量之外，亦有以苏力、苏俊、林久远、陈小埤为主的三角涌闽南族群民勇，他们主要战场，乃是在台北附近对日军的后勤与军伕部队展开一连串袭击。
7月13日清晨五时许，日军近卫师团特务曹长樱井茂夫率领之运粮船队共35名，在三角涌隆恩埔附近遭到三角涌闽南族群“义勇军”的奇袭，经数小时激战后，日军几乎全军覆没，仅4人幸免脱逃，史称隆恩埔战役。
同日清晨七时许，日军坊城后章少佐率军894名士兵沿土地公坑溪谷欲前往大嵙崁（大溪）支援时，在分水仑附近遭到来自另一波伏击。经两昼夜血战后，有四名日军士兵化装成乞丐逃出求援。7月16日，支队本队山根信成少将率援军赶到解围。此役日军死伤数百人，而义勇军仅伤亡数十人，史称分水仑战役。同时，部分义军士兵假意降日，甘愿为其运粮。造成日军痢疾病情不断、死伤惨重，日军军医以其专业判断称之为霍乱。
受到这些反抗及兵民难辨的影响，日军于7月下旬在降将林建庸带领下开始在桃园，中坜，甚至大汉溪流域，自台北至新竹间实施所谓无差别扫荡式的焚村与杀害闽南及客家平民事件。导致40万平民流离失所，或死亡。
8月6日晨，日军向树杞东街(竹东)推进至水尾庄，同时，伊崎少佐率队攻广付坑，遇傅德星领军对抗，傅部败遂散。隔日，陈澄波据水仙岭抵御，陈部仍败。八时日军分左右两翼指向枕头山与鸡卵面。
8月8日，常备舰队自尖笔山近海炮击尖笔山及头份街，日军左右翼分别入鸡卵面、枕头山，枕头山由徐骧率队抵抗，但不支遂溃败。鸡卵面由吴汤兴防守，义军不敌向笔尖山撤退。隔日，日军攻入头份街，总兵李惟义及副将杨载云出兵抗敌，日军炮火猛烈，李惟义撤出，杨载云中弹战死，是时，日军向尖笔山出兵，徐骧寡不敌众，退往苗栗，日军攻占尖笔山。
8月13日，近卫师团由北白川宫能久亲王亲自领军分三路，进攻苗栗，吴彭年率屯兵营、旱雷营、七星队防守苗栗并据西山庄高地。十时，日军进入后垄(今后龙)。该师团于8月14日进占苗栗，知县李烇于大安港内渡。吴彭年、徐骧、吴汤兴退守牛骂头(清水)。

平埔族新港社迎接日军

8月9日日军抵达中港（今竹南镇）时，道卡斯族后垅社群新港东社(今后龙镇新港)以及新港西社(今后龙镇西社)因连日遭受"山贼"、"义民"、"土匪"围攻欺侮，由头目刘承恩等4人代表前往邀请日军。10日日军抵达新港，隔日由族人引导击退新港附近及南方二张犁庄的"贼兵"，"贼兵"死伤四人，败走苗栗。13日，再度引导日军大队数千人经新港前往后垅(今后龙镇)，与"贼兵"对峙，至下午三点，"贼兵"大败逃走。14日，日军大队与新港社100余人进入苗栗以及铜锣湾。当日下午，近卫师团数千人驻扎在新港社。之后八天族人陪同军队搜索附近各村落武器，并动员13庄500余人帮忙搬运白米。

台中战事

日军攻陷苗栗后即继续南下，台中地方防务原应由候补道杨汝冀、林朝栋负责，唯二人已内渡，遂由台湾知府黎景嵩节制，以新楚军与当地民勇为主要作战单位。七月初二(8月21日)，渡过大甲溪，日军攻陷大甲，24日日军左纵队攻抵葫芦墩(今丰原)，25日右纵队经牛骂头(清水)抵达大肚溪河岸，遭到徐骧与李邦华伏击，吴汤兴亦相助，日军退败。是日，新楚军副将陈尚志与东堡庄的族长庄豪、林大春、赖宽豫以国姓会为名义，集合林家赖家子弟1000多人，编成义军，在沟倍庄跟日军左纵队战斗。
有位年轻子弟林传，从小就喜欢玩枪，枪法出神入化，林传藏在树上，在日军攻庄时担任狙击以侧面牵制，共计打倒20多名日军；吴彭年调彰化知县罗树勋增援，日军撤退。但隔日东堡的国姓会终于抵挡不住日军，包括林传在内的干部都被杀死而处于战地的两庄都被日军放火焚烧，同日于李家庄义军击退右纵队。27日日军左纵队占领台中，当日午后日军进入乌日。

他里雾及附近地区之役

由于日军中疾病猖獗，导致近卫师团在攻陷彰化后，南进暂时停止，但仍派涩谷中佐与千田少佐率步兵与骑兵向员林街以南搜索并于9月1日攻抵斗六与他里雾(今斗南)，隔日日军抵大蒲林街，于十四时遭到义军副将杨洪泗与管带朱乃昌率镇海中军与炮队约4、500余人伏击，日军向斗六方向撤退，于他里雾再次遭到义军林义成、简成功、简精华约五百名义军袭击，日军派部属炮兵的援救部队支援，并退回北斗。
9月4日（农历7月16日）黑旗军都司萧三发率领后守备王德镖、知县孙育万与简精华收复云林并图反攻彰化，但火力悬殊遂无疾而终。
9月23日至25日黑旗军与义军再度反攻彰化城，但因缺乏重武器而无战果，伤亡惨重。

日军增援

因为瘴疠造成的死伤，加上台湾民主国新任总统刘永福坐镇台南及凤山，日军攻势受阻，向大本营请求增援。8月20日，日本任命高岛鞆之助中将为台湾副总督，成立“南进军司令部”。日军增派伏见宫贞爱亲王的混成第四旅团及陆军中将乃木希典的第二师团分别计划于府城以北三十公里的布袋嘴（今布袋），与府城以南三十公里的枋寮登陆，与原本的近卫师团配合，预定兵分三路进占台湾南部各城。

其中近卫师团从在浊水溪遭到简义率领的民兵攻击，混成第四旅团在布袋、盐水遭到义勇军的袭击，攻占盐水后贞爱亲王驻扎于盐水八角楼。另外，乃木希典统率的第二师团于进攻南部据点打狗、凤山、及佳冬巷战中，遇到魏开、陈鱼、郑吉生等人所率领之民勇抗拒且造成百名兵士伤亡。

云林地区战事

9月，日军占领彰化全境，义军撤往西螺溪以南并严加布防，云林布防则由守备王得标率福字七星军七营，守西螺溪南岸饶平厝庄一带，都司萧三发率翊安军福字镇海军及台南防军扼守斗六及土库，蔡庆元率庆守营守北港，简成功、简精华、黄荣邦、廖三聘率民团协防大蒲林以北地区。
9月29日“南进军司令部”发令南下进军。9月30日，近卫师团能久亲王下达“南征令”，目标嘉义。同日，日军分三路分别自永靖、北斗、社头向刺桐、西螺、饶平厝发动攻势。
10月5日，日军攻陷莿桐巷（今莿桐）。10月6日，日军于西螺跟义军廖三聘七崁廖琛交战，屡攻不下，最后火攻西螺街，义军撤退。
10月7日日军继续南进，进攻他里雾街（今斗南），击败黑旗军王德标。右侧支队进攻土库，受黑旗军福字营吴玉山及义军抵抗，屡攻不下，最后放火烧毁土库庄。左侧支队进攻斗六街，黑旗军萧三发、义军领袖徐骧、简成功、简精华等抵抗，但因火力悬殊不敌。当日云林县县治斗六失陷，各部队退往大莆林（今大林）。同日，义军与日军在施瓜寮与牛尫湾庄发生战斗。
隔日，日军进攻大蒲林、兴化庄与双溪口，黄荣邦、黑旗军萧三发阵亡。同日，日军攻占湖底庄与观音亭。义军向嘉义后撤，日军再占打猫(今民雄)，兴化庄及林仔头庄遭焚毁。

嘉义城战役

10月上旬，日军一路进逼目标嘉义。嘉义城内外，除了有刘永福的黑旗军及新募士兵驻守外，城内外几乎全部都是抗日分子。
10月8日，日军进攻双溪口庄与内林庄。同日，日军三路攻大莆林和甘蔗仑(今大林)，黑旗军杨泗洪、义军林义成、简成功、简精华等率各分队抵抗，但不支退败，杨泗洪中弹战死。
10月9日晨日军进逼嘉义城，十一时日军分三路包围嘉义城，抵抗至中午，西门首先被攻破，义军由南门退出嘉义城，并遭日军沿路追击，其中刘步高战死。
此役参战民军约有3000人，其中600人为黑旗军，民军死伤超过200名。而日本军投入各类部队合计约四千二百人。

台南大会战

刘永福据守在台南府城，并未派兵出击，但日军攻下云林嘉义后已经到达台南周边。这时候台南周边十八个村庄共推武秀才林崑岗出来领导，成立了十八堡义军，兵力5,000余人。
10月12日，当日军发现这边兵多粮足不敢正面对抗，于是出奇兵攻打萧垄社（今台南佳里）附近渡仔头庄时，结果林崑岗得到消息立刻亲率欧汪堡1200人，和另三路十八堡部队（分别为1200人、1600人、900人）共4900人渡八掌溪和日军大战。义军对日军的突袭，因为出其不意死伤甚重（台湾民间传说北白川宫能久亲王在此死亡，有说被砍头，有说被炮击致死，但官方纪录能久亲王在此染病而已，回日本才死亡。另有纪录十月十七日夜发烧，同月二十八日于台南病逝，但未发丧，二十九日早上仍将称病重的白川宫能久亲王送回东京，同日十时从安平港转乘上西京丸。十一月一日赐菊花章颈饰，授予叙功三级勋章，四日升陆军大将并抵横须贺即夜进京，此时才发布死讯，同月十一日国葬。）但日军增援部队赶到，炮火猛烈，此战也失利，义军撤退。
日军把十八堡军逼退后，渡过八掌溪，义军进行逆袭，把日军逼退到急水溪对岸（今八掌溪），双方隔江对峙，林昆冈的主力部队在竹嵩山（今台南学甲）。
10月13日，日军自茄苳脚庄跨越急水溪。义民林德谦、曾光明，自火烧店庄出战。
第四日早晨林昆冈爬上山顶誓师。誓师后（10月18日晨）义军进行总攻击，日军侦测到此一行动，抢先以大炮火力准备并渡过急水溪背水布阵。因林昆冈欠缺现代军事素养，亲自站在山峰顶明显处举刀指挥，被日军轻易侦察到位置而以炮火瞄准，双方第一轮驳火时。膝盖就被炮击重伤，和其中头门铳的誓愿恰巧符合。林在重伤之余，又因日军炮火射程长威力大且精准，在死亡200余人之后，下令撤下竹嵩山，日军夺得山头阵地。隔日，日军由贞爱亲王带领分两路进攻萧垅及曾文溪，攻至麻豆庄，刘光明溃退。对抗至10月20日，日军攻占东势尾庄、曾文溪庄，徐骧、柏正材阵亡，同时义军死伤过重弹械均缺乏，林昆冈遂拔刀切腹未死再次刎颈英勇捐躯。他的长子林朝阳也在此役战死。此役义军有千余人战殁，伤者应数倍于此。而刘永福也在此日就已经弃军逃回唐山。
日军战后对萧垄社进行烧杀（把村庄焚烧夷平并杀死村民2000余人）。今日台南于设有林崑岗纪念馆（台南市将军区忠兴里196号，沤汪文衡殿二楼厢房），记念林崑岗的勇烈。
而后日军混成师团及近卫师团持续逼近台南城，翌(二十一)日，日军陆续进占丧失抵抗力的台南府城。

步月楼战役

除八卦山之役之外，台湾抗日活动以南部六堆地区的客家义勇军最具规模（因为六堆七十七庄本来就是军事组织，常备兵力有1.2万人，分成六队屯垦）。这些战事，可细分为步月楼战役及火烧庄战役。。 
10月11日，由日本乃木希典大将率领的台湾远征军第二师团约7,930人，从枋寮街北方番仔仑庄登陆往东港行进，上午九时行至茄苳脚（今屏东县佳冬乡）遇到来自六堆的左堆军的抵抗，此冲突也是该军团首遇激烈战役。于茄苳脚巷战中，左堆军因不敌日军的武力优势，以茄苳脚的萧家祖屋步月楼为最后防线。但在各堆客家军支援之前，战至翌日丑时，日军即攻陷茄苳脚，步月楼战役终告结束。
在于步月楼战役结束之后，日军第二师团为免六堆客家军及其他各堆军的侵扰而耽误日军包抄台南城之日程计划，故留下少数兵力牵制，其余大部分主力军力继续按照原定攻击行进路线。如先前计划；日军于10月12日占领东港、10月14日攻陷凤山城（今高雄市左营旧城）之后，继而继续北上包抄台南城。

刘永福阵前潜逃

8月26日刘永福向日本方面送《拟将台湾让渡贵国》书信，日方坚持要求投降。
刘永福先在十月十日透过台南英国领事欧思纳致函桦山资纪，提出投降二条件。桦山（台湾首任总督）将信交与高岛鞆之助（台湾首任副总督，时任南进军司令官）处理。高岛回信表示“汝若发自内心悔悟，有诚意投降，必须赴军门哀求，否则日后再送来这种书信，本司令官绝不接阅”拒绝了他的投降要求。 
10月12日，刘永福与日本舰队将领吉野约定于安平港外海商讨投降事宜，惟未成功。
10月18日，本近卫师团、第二师团与混成第四旅团皆抵达台南城近郊，形成三方包抄形势，台湾民主国第二任总统刘永福在得知台南城被三面夹攻后，知大势已去。
10月20日，当日军准备以两师团之兵力围攻台南城之际，刘永福弃台南城军民内渡中国厦门，刘永福弃职逃亡后，台南当地士绅便循台北模式推举英国牧师巴克礼及宋忠坚请求日本军队和平进城，协助维持秩序。而同一天刘永福搭乘的英国轮船塞里斯号被日本截获，但因不符合国际公法（在厦门近海属于中国领海），经过英国外交施压后，日本被迫放走刘永福，史称“台海登船临检事件”。
10月21日日军顺利进入台南城，日方认定台湾民主国已经灭亡。
10月23日，历经千辛万苦的日军总算得以武力控制台湾。
28日，北白川宫能久亲王病殁，30日棺木从安平运回日本。

第四阶段尾声

桦山总督接获南进军司令高岛中将的报告后，于10月26日经海路进入台南。当时日军认为除蕃地之外，仅有恒春及台东地方尚未归属，而浊水溪以南虽仍有残余义军，但已无大型反抗力量，未来的勘剿行动以第二师团及后备兵即以足够，遂由总督下令近卫师团凯旋归国。11月13日至22日间，近卫师团分批由打狗港出发返回日本。在此期间，日本首任台湾总督桦山资纪于11月18日向京都大本营报告：“全岛悉予平定”。
11月，日军在恒春设立台南民政支部恒春出张所，委任琅峤十八番社（斯卡罗）总头目潘文杰（Jagarushi Guri Bunkiet）“事务嘱托”，调解南部各族归附日本政府。
12月17日，卑南社第22代头目大头目，卑南王姑拉老（Kuralaw）率人至恒春支厅表示服从，并与马兰社阿美族人对抗台东地区的清军残部。
兰屿地区则是在1895年设立为研究区，维持当地居民传统的生活状态，禁止外人移垦开发。

六堆火烧庄战役

虽然桦山总督宣布已平定台湾，但台湾各地方的日军与台民的武装小冲突仍此起彼落。先前第二师团主力由枋寮往台南前进时，虽然曾在茄苳脚、头沟水庄的左堆义军有过步月楼战役，但当时急于进攻台南，并未特别注意到下淡水溪左岸平原的六堆（此时实际只剩五堆）客家抗日势力。
台南陷落后，六堆客家军分别在十月底及十一月初于潮洲寮庄（今屏东县潮州镇潮州）、顶子林庄（今屏东县万丹乡顶子林）袭击日军侦察队。其后凤山地方守备队侦察得知抗日军动向，第二师团长遂下令以凤凰山守备队（东北抽调来接替精锐部队禁卫师团防务的普通部队）为主干，编成一支队以追剿六堆抗日军，由山口素臣少将担任队长。
11月26日正午，山口少将下令全力攻击位于火烧庄（今屏东县长治乡长兴村）的六堆客家军大本营。日军以较为优势的武器及火力击退六堆客家军，并放火烧毁邻近各聚落，至傍晚返回阿猴街，至此火烧庄战役结束，此既为乙未战争最后一场战役火烧庄战役。经该役后，日军完全摧毁六堆地区抗日力量。
根据《攻台战纪》，此战日军出动步兵两大队（1020人）骑兵一小队（70人）炮兵两中队（222人）工兵两小队（140人）共1432人，而六堆去掉左堆两千人还有一万人的兵力，但是毕竟未受过军事训练且缺乏重武器最后仍战败。

北台湾武装冲突

在台湾南部发生火烧庄战役之时，台湾北部亦同时发生抗日武装冲突，11月25日台北附近民勇便分别在三角涌（三峡）、宜兰、瑞芳、景尾（景美）、八芝兰（士林）及桃仔园（桃园）等地起义。特别是早期抵抗日军最激烈的大嵙崁（今桃园市大溪区）风云再起，由江国辉、吕建邦及李家充领所率之抗日义军最令日军疲于奔命。
而1896年元旦当天胡阿锦、陈秋菊、简大狮等人集众合攻台北城，但仍以失败告终。

雷公火之役

日军攻占台南后，部分清军残兵前往东部投靠袁锡中、刘德杓，规模接近千人，逃兵四处抢夺邻近平埔族村落，造成恐慌。1896年正月间，刘德杓为强征税金，率领逃兵攻击璞石阁的平埔族，焚毁平埔族村落。2月间，刘德杓指挥新开园的驻军三百余人，计划袭击卑南各社，以获取补给。获知消息后，日本恒春支厅派遣通译官中村雄助，与琅峤十八番社总头目潘文杰一同劝说卑南族卑南大社与阿美族马兰大社出兵保护大埔社和雷公火社。5月24日上午清军向雷公火社（今关山电光）开炮，但前一晚卑南社族人已预先翻山埋伏在侧翼，与防守在雷公火社内的马兰社族人在清军接近时反击，清军大败溃退。

各地残留义军持续抗争

简义叛离后，手下军队并未气馁，共推柯铁虎为首领继续抗战，继承铁国山的军号跟日本长期周旋。另外林少猫虽然组织民兵两千人（含七百布农族兵）准备抗日，但在1895并未出动。形成一股割据势力，并在日后发动了大规模的屏东反攻战。，

原住民仍不受管辖

台湾原住民自明郑以来一直遭遇汉人移民的垦殖入侵，或明郑政权及大清帝国的势力扩张。平埔族及其土地，几乎被汉人同化或占领，但是山地的原住民，被视为“生番”，仍坚守他们自己的生活方式及生存领域，抵抗汉人入侵。尽管大清帝国，在统治台湾末期，发现台湾重要的战略地位及山地经济资源，进行“开山抚番”，屠灭不少原住民部落。但未完成，台湾割让日本。

对原住民而言，日本人的到来，就如同荷兰人、西班牙人、汉人或大清帝国一样，又是新的外来势力，抱持着观望的态度。但这次跟以往不同，日本人比其其他政权，更有制度、效率及决心，要将他们纳入现代国家体制管理。

至1901年，台湾总督府大规模推进隘勇线入侵原住民传统领域，始与各族爆发战争。北部在1902年与赛德克族发生人止关战役，1908年对太鲁阁族发动太鲁阁战役，1910年对泰雅族卡奥湾群发动卡奥湾战役，1910年对泰雅族司加耶武群发动司加耶武战役，1913年对泰雅族霞喀罗群发动霞喀罗战役。1914年对太鲁阁族发动太鲁阁战争。南部则发动了长达十九年针对的布农族的武装冲突。
许多原本归顺的部族，在之后几年也相继起事：
1908年，原本日方特别拉拢扶植的阿美族七脚川社与巴托兰社（Patulan）及木瓜群等部落联合起事，为七脚川事件。1910年，泰雅族大嵙崁群串联周围各部族起事，为大嵙崁群抗日战役。1914年，鲁凯族西鲁凯群雾台、神山两部落爆发雾台抗日事件。1915年，布农族大分社发起大分事件。1915年，西拉雅族在甲仙埔地区发起礁吧哖事件。1920年，泰雅族霞喀罗群爆发第二次霞喀罗战役，至1926年9月30日始同意和解。1930年，“一等模范蕃地”赛德克族雾社群十二社中的六社发起雾社事件。最后，“本岛最后未归顺蕃”布农族大分社在1933年4月22日与日本政府和解。

战争统计

在台湾民主国正规军方面（实际仅有清军受过正规训练，而清军又可分两部分：即在台北未战自溃的二十营“广勇”与驻守台南的黑旗军，黑旗军约八千人；两正规军合计约两万八千人，但仅黑旗军真正出动抗日），前后出动约3万3千人。根据调查官井出季和太根据总督府档案写成记载，战场遗留台方兵士尸体达七、八千具，除此之外，另有14,000台湾军士战死的学术估算（其中以黑旗军死亡约一千五百余名的记载，推估台湾义军共牺牲了至少一万两千五百以上）。
除了兵士之外，于乙未战争期间死伤的台湾各地平民人数也相当多。其原因在于攻台日军于战情胶着时，对于有敌意或妨碍战事进行者，采取不分男女老幼无差别歼灭。经估计，在乙未战事进行期间，台湾受害平民最少在十万人以上。
在日军伤亡方面，不算1895年3月底登陆澎湖的混成支队，光是进攻台湾本土，从登陆澳底开始到火烧庄战役之后止，日本军就共出动了近卫师团与第二师团两大师团合计3万7千余人，马匹7千头，其中还不包括军伕与后勤预备部队。据各项数据显示，1895年5月26日至12月15日；为期六个多月的“征台役”中，攻台日军515人负伤，战死约有164人。惟阵亡日军将士中包含领军的陆军中将北白川宫能久亲王及第二旅团长山根信成少将。相对来看，非作战死伤则相当庞大，罹病住院者计有26,094人，而因病而过世者更高达4,642人。军夫更有7,000人死亡的损失。然而，根据1911年出版的《靖国神社志》，日军在甲午战争与乙未战争共战死(不包含病死与意外身亡)2,400多人，假使扣除甲午战争中战死的日军人数，在乙未战争中战死(在台湾战场上被抗日军民击毙，不包含病死或意外身亡)的日军人数可能有1,436人，有这样大落差的原因是日军在伤亡名单的处理上采取单位互换、战死变成病死、战死隐瞒不报和窜改战死地点的匿报手法。
已过世的前台湾省文献委员会主委林衡道曾翻阅一位曾参加乙未战役的日军士兵日记，里面提到北白川宫曾告诉日军士兵征台战役可在三个月内结束，但当他看见倒下的义军尸体很多是妇女时，才知道他讲的是神话；另外一位日本驻台战地记者也记录下当时台湾人民不分男女老幼参与战斗的景象：“我们从潜伏处暗中窥视敌人的动静。只见每二十人或三十人成群聚集在那里，其中还有妇女执枪的，粮秣多由妇女在搬运。”
1965年，在彰化坑子内发现乙未烈士骸骨共679具。1983年元月，彰化县政府在八卦山战役遗址设立“八卦山抗日烈士纪念碑公园”，并将遗骸移奉此地。2008年2月，公园改名为“乙未保台和平纪念公园”。