馬其頓

边界与定义

历史上，对马其顿的定义几经变化。
在腓力二世对外扩张之前，古老的马其顿王国（该地区即得名于此）位于今日希腊的马其顿省的中西部。在公元二世纪，马其顿的所在大约就是现今意义上的马其顿，但当今马其顿共和国的北部地区在当时并不在“马其顿地区”之内。虽然原因尚不明确，在之后的11个世纪中，马其顿的位置发生了显著变化。罗马帝国的马其顿行省包括了现在希腊的北部和中部、马其顿共和国的大部分和阿尔巴尼亚东南部。简单地说，罗马人设立的同名行政区比马其顿王国要大上许多。在罗马时代晚期，行省边界重新划分，形成了马其顿主教区，包括当今的希腊本土及隔爱琴海相望的克里特岛、阿尔巴尼亚南部、保加利亚部分地区和马其顿共和国。在拜占庭帝国，马其顿军区最初是位于斯特鲁马河东侧的色雷斯军区的一部分。这个军区包括了色雷斯的多个部分，而马其顿王朝亦得名于此军区。因此，这一时期的拜占庭文档中所提到的“马其顿”是很可能指的是马其顿军区。在另一方面，马其顿地区在公元9到10世纪间受保加利亚第一帝国统治，后于1018年被并入拜占庭帝国的保加利亚军区。
14世纪末，随着奥斯曼帝国逐步征服东南欧，“马其顿”在政区名称中消失了数个世纪，而且极少标示在地图上。这个词作为一个地理区域的名字而再度复兴。在19世纪后期，它已经有了与今日大致相同的边界。

宗教

目前，大多数当地居民信奉东正教，主要有希腊东正教、保加利亚正教会、塞尔维亚东正教和马其顿东正教。作为少数族裔的穆斯林也不容忽视，包括阿尔巴尼亚人、保加利亚人（波马克人）、马其顿裔穆斯林（托尔贝什人）、波斯尼亚人和土耳其人。

新石器时代

虽然有证据显示早在旧石器时代此地即有人类居住（例如发现欧洲最古老人种的佩特拉罗纳山洞），已知最早的定居点——如希腊伊马夏州新尼科门迪亚——可以追溯到9000年前。整个新石器时代，包括新尼科门迪亚的希腊北部最常见的建筑方式是木制框架和抹灰篱笆墙。发掘品包括造型简单但制作精良的陶器（有的红底上会有白色装饰），头部呈柱状的陶土女俑（分布范围从色萨利到多瑙河谷），石斧，石锛，燧石刀片和石制装饰品（如无法确定用途的奇怪“鼻塞”）。发掘品的组成家家不同，表明在这个定居点自始就有一定程度的分工。农业经济以种植谷类作物（如小麦、大麦和豆类）以及放牧（绵羊、山羊，以及少量牛和猪）为主。狩猎在经济中居于次要地位。从公元前7000年到公元前5500年，这个新石器时代早期的定居点存在了一千多年。
目前看来，位于马其顿地区西部、阿利阿克蒙河流域的塞尔维亚是新石器时代中期（约公元前5500年至公元前4500年）最具代表性的遗址。典型的塞斯克罗风格（白底红纹）的陶器分布在定居点的南侧。这一时期的陶器在马其顿地区中、西部的许多遗址均有发现，但至今没有一个遗址被广泛发掘。
新石器时代晚期（约公元前4500年至公元前3500年）的风格在整个区域的遗址中都有很好的体现（应指出的是：根据巴尔干地区的情况，此时期的马其顿地区东部仍被称为新石器时代中期）。快速变化的陶器样式，表明已与相当遥远地区有贸易往来的陶器碎片，说明社会、经济和技术都在迅速改变。其中最重要的一个变化是铜制品的出现，伦弗鲁很好地证明了这类物品受到了北边保加利亚和罗马尼亚文化的影响。这一时期的主要出土定居点包括塞尔迈湾西侧的马克里基亚罗斯（Makryialos）和帕利亚姆贝拉（Paliambela）， 塞萨洛尼基南部的塞尔米（Thermi），兹拉玛（Drama）平原上的西塔格里（Sitagroi）和迪基里塔斯（Dikili Tas）。一些遗址分布地过于密集，形成了土丘，当地居民称之为’’’toumbas’’’。另一些则稀疏一些，彼此相距约一公里（马克里基亚罗斯）。这两种类型在同一地区同时存在，可以推测，这种定居点结构的差异反映了社会组织的差异。一些群落显然为应对外敌做好了防御措施，如马克里基亚罗斯的壕沟或帕利亚姆贝拉的同心环墙。保存最完好的建筑发现于迪基里塔斯，长的木制框架成排摆放，固定在墙壁的外面并用粘土涂抹，有些上面还饰以公牛头骨。
祭祀活动的显著证据发现于普罗玛霍纳斯 –托波尔尼卡（Topolnica），遗迹横跨了塞雷北部的希腊-保加利亚边境线。其中一个深坑似乎原来是个地下室，坑里有着残骸的连续层，包括大量雕像，公牛头骨，陶器（其中一些有着罕见、不寻常的外观）。
尽管绵羊和山羊在牲畜中的地位有所下降，这一时期的农耕经济延续了在在新石器时代初期的做法，酿酒葡萄的种植也被充分证明。
在希腊北部，发现的新石器时代时期的墓穴很少，无法对样式做出明晰的推断。但是随葬品似乎非常有限。

古马其顿

马其顿的古典时期从前500年到前146年，地理上包括马其顿、伊利里亚和色雷斯三部分。这片土地上，有培奥尼亚、达尔达尼亚、马其顿和培拉贡尼亚四个王国，一些部落（如阿格里安人），以及希腊城邦的殖民地。在马其顿兴起之前，当地南部的部分地区生活着布利吉人的部落，而西部（即上马其顿）则有马其顿人和伊利里亚人聚居。伊利里亚人和马其顿人之间发生战争的时候，布利吉人很可能与马其顿人和平共处。在古典希腊时期，培奥尼亚王国最初占据了整个阿克西厄斯河流域及周边地区，包括现在希腊马其顿地区的北部，马其顿共和国的大部分，以及保加利亚西部的一小部分。到公元前500年，马其顿王国的统治中心应位于下奥林波斯山南麓与阿利阿克蒙河最浅河段之间的某处。波希战争期间，马其顿王国臣服于波斯人，但在普拉提亚战役独立。在腓力二世和亚历山大大帝统治时期，马其顿王国迅速扩张，将整个马其顿地区纳入版图。亚历山大的征服使得希腊文化和思想传播到了当时的近东，但他的帝国在他死后四分五裂。他的将军们将帝国瓜分，建立了各自的基业。马其顿王国被卡山德夺取，直到他在公元前297死亡。虽然马其顿王国依然强大，但它对色雷斯-伊利里安地区的控制力在缓慢衰退。这一时期，凯尔特人几次入侵马其顿，但先后被卡山德和安提柯二世击退，整体影响不大。

罗马时期

公元前2世纪，马其顿对该地区的掌控被崛起的罗马所终结。腓力五世在位期间（前221年－前179年）与罗马人发生两次战争。马其顿在第一次马其顿战争（前215年－前205年）中获胜，但在第二次马其顿战争（前200－前197年）中大败。虽然腓力五世幸免于难，但他的继任者珀尔修斯（前179年－前168年在位）在第三次马其顿战争（前171－前168年）中战败被俘，最终失去了整个王国。马其顿被分成四个罗马附属的共和国，最终在公元前146年被吞并，成为罗马帝国行省。这一时期，通俗拉丁语通过殖民者和军事人员传入巴尔干地区。
随着罗马帝国于公元298年分裂，马其顿的统治者变为拜占庭帝国。约在3世纪到5世纪间，哥特人和匈人的破坏性入侵使得整个地区的人口几近枯竭。尽管如此，拜占庭帝国的其他地区依然蓬勃发展，特别是如塞萨洛尼基这样的沿海城市成为重要的贸易和文化中心。从6世纪初，尽管帝国有着强大的武力，早期斯拉夫人仍然频繁入侵。持续了数个世纪的入侵最终导致了巴尔干地区的人口和文化发生剧烈变化。虽然传统的学术观点认为这是斯拉夫人大量殖民所致，并提出罗马身份认同的广泛消退可能在3世纪就已开始，特别是在那些被征税和饥荒折磨的乡下人中更是如此。在此背景下，人数相对较少的斯拉夫战士和他们的家庭不断渗透，能够同化较多的当地居民——斯拉夫的文化模式有时更具吸引力。通过这种方式，随着时间的推移，大部分马其顿地区被纳入斯拉夫部族的控制。塞萨洛尼基挡下了一次又一次攻势，拜占庭帝国依旧鼎盛，但斯拉夫文化的影响力在稳步上升。
斯拉夫人的定居点沿着部落和领土的界线分布，拜占庭的希腊史学家称之为“Sklaviniai”。这些定居点间歇性地进攻拜占庭帝国，或是独自进攻，或是有保加尔人或阿瓦尔人协助。大约在公元680年，一群“保加尔人”（很可能是之前阿瓦尔人俘虏的罗马基督徒的后裔）在库柏（Kuber）汗（理论上已经和保加利亚的阿斯巴鲁赫汗同属咄陆部）的带领下，入驻培拉贡尼亚平原，试图夺取塞萨洛尼基地区。当帝国能抽出军队的时候，巴尔干地区的控制权已经易手。君士坦斯二世在位时，俘获了大批马其顿的斯拉夫人，他们被转移到小亚细亚中部，在那里，他们被迫承认拜占庭皇帝的权威，并在帝国的军队中服役。在7世纪后期，查士丁尼二世再次对马其顿的斯拉夫人和保加尔人组织了大规模的远征。他率军自君士坦丁堡出发，征服了众多斯拉夫部落，并在塞萨洛尼基的郊区建立“色雷斯军区”，并攻克了这座伟大的城市。然而在回师途中，他被库柏的斯拉夫－保加尔人伏击，失去了大部分军队和战利品。之后，他失去了王位。对斯拉夫人的镇压并不彻底，因此尽管取得了一时的成功，该地区的统治仍不稳定，时常有叛乱发生。直至8世纪后期，皇帝都更愿意将防线收缩到南部的爱琴海沿岸。随后从色雷斯和希腊两个军区各分出一部分辖区，合并为新的“马其顿军区”，它与如今马其顿地区的地理位置并不相符，而在更远的东方（以阿德里安堡为中心）。

中世纪

约在公元836或837年后，斯拉夫人便从拜占庭的记录中消失了，因为他们已被扩张中的保加利亚第一帝国吸收。公元837年，保加利亚第一帝国吞并了部分马其顿地区，斯拉夫人在马其顿的影响力随着这个国家的兴起而增强。在860年代前期，两个来自塞萨洛尼基的拜占庭希腊人——西里尔与美多德兄弟，创造了斯拉夫人的第一套文字格拉哥里字母（最初用于转录古教会斯拉夫语）因而通常称他们为斯拉夫世界的使徒。他们的文化遗产被中世纪的保加利亚继承并发展，公元885年后，“第一个说保加利亚语的大主教”、圣徒奥赫里德的克莱门特居住在奥赫里德地区（在今马其顿共和国），此地因而成为一个著名的宗教中心。克莱门特与圣徒瑙姆（圣徒西里尔与美多德的另一个弟子）在奥赫里德附近创建了一个蓬勃发展的斯拉夫文化中心（即现在的奥赫里德文学院），在那里，学生们用古教会斯拉夫语、格拉哥里和西里尔字母学习神学。根据纳拉什（今希腊新菲拉泽尔费亚）的铭文，在10世纪初，保加利亚、拜占庭之间的边界大约在塞萨洛尼基以北20公里处。据拜占庭作家约翰·卡米尼亚泰斯的记录，当时 塞萨洛尼基周围的居民除了希腊人以外，还有“斯基泰人”（保加利亚人）和斯拉夫人（兹鲁古比泰和萨古扎泰两个部落）。
10世纪末，拜占庭皇帝约翰一世·齐米斯基斯在970－971年间的罗斯－拜占庭战争中征服了保加利亚东部后，保加利亚第一帝国的政治文化中心转移至现在的马其顿共和国境内。之后，因首都普雷斯拉夫和沙皇鲍里斯二世落入敌手，王权也被在圣索非亚大教堂废黜，保加利亚被拜占庭正式吞并。沙皇萨穆伊尔_(保加利亚沙皇)建立了新的王朝——科米托普卢特王朝，首都设在奥赫里德，同时也是全保加利亚牧首的所在地。萨穆伊尔其继任者继续抵抗拜占庭长达数十年，最终在1018年屈服。包括马其顿在内的西保加利亚被并入拜占庭帝国的保加利亚军区，而保加利亚牧首也被降级为奥赫里德大主教。
斯拉夫人起义不断发生，往往受到北边塞尔维亚公国的支持。每次短暂的独立都会被拜占庭迅速镇压。诺曼人和拜占庭此时也处于战争时期，诺曼人从意大利南部发起攻势，一度占领了西北海岸的部分区域。
从12世纪起，部分马其顿地区被拉什卡的塞尔维亚王国征服。在13世纪，继第四次十字军东征后，拜占庭希腊人、萨洛尼卡王国（拉丁十字军建立的短命王国）和保加利亚第二帝国在马其顿的归属上有争议。马其顿南部的大部分处于伊庇鲁斯专制国保护下，后由尼西亚帝国接手；而北部则由保加利亚统治。但1261年后整个马其顿都划归拜占庭统治。直到1341年至1347年间，拜占庭发生内战，塞尔维亚的统治者斯特凡·杜尚趁机扩扩张，并建立塞尔维亚帝国，领土包括全部马其顿地区，以及除了萨洛尼卡、雅典和伯罗奔尼撒以外的希腊的中、北部。杜尚于1355年去世，不久之后帝国分裂，统治马其顿的是武卡欣·姆尔尼亚夫切维奇和他的儿子马尔科·姆尔尼亚夫切维奇。
这时，奥斯曼帝国打败了众多基督教国家（如塞尔维亚、保加利亚和希腊），逐渐威胁着巴尔干地区。1371年，奥斯曼赢得马里查战役后，马其顿地区大部分成为其附庸，在14世纪末被完全吞并。此后近500年间，马其顿都在奥斯曼帝国控制下，在此期间，突厥人的迁入形成了少数族裔。塞萨洛尼基后来成为那些在1492年被西班牙驱逐的塞法迪犹太人的聚居地。

复兴

19世纪，希腊、塞尔维亚和保加利亚三国的复国运动兴起后，对奥斯曼帝国在欧洲的的领土（被认定为“马其顿”）存在争议，这导致在了19世纪末和20世纪初形成两个阵营，它们需要在突厥人和竞争对手之间分配兵力。
其中最重要的是保加利亚马其顿－阿德里安革命委员会（BMARC，1902年后改为SMARO；另一种版本说，它包括马其顿革命组织（MRO，1902年后改称TMORO））。在戈采·德尔切夫领导下，该组织于1903年发动了伊林登－先知以利亚日起义，目的是取得自治或独立的权利（1902年之前只有保加利亚人可以加入，但后来它邀请“每个马其顿人或奥德林人，不论国籍，团结起来”），希腊人也在1904年至1908年间进行抗争。后因欧洲列强的外交干预，马其顿获得自治权一事被提上议程。
有人声称杂样水果冻（水果或蔬菜沙拉）因当地复杂的人口构成而得名。

巴尔干战争

巴尔干诸国对于奥斯曼帝国即将崩溃欢欣不已，这令它们得以收复在欧洲的领土。1908年的青年土耳其革命是一次令民众对帝国现代化期望落空的民族主义运动，它加快了奥斯曼帝国对巴尔干占领的终结。为此，巴尔干诸国在1913年春季结为同盟。第一次巴尔干战争于在1912年八月爆发，历时6周，由黑山向奥斯曼帝国宣战，后者最终面对在色雷斯、马其顿、阿尔巴尼亚北部和南部以及科索沃四线作战的境况。马其顿的作战条件很恶劣。由于事先没有任何约定，希腊和保加利亚孤注一掷地向“第一次巴尔干战争的唯一大奖”——塞萨洛尼基进军，兵临城下的处境使得奥斯曼帝国从马其顿撤军。希腊军捷足先登，占据了塞萨洛尼基，他们是唯一的受益者。格兰尼说：“这是场有利于希腊人的战争”。
第一次巴尔干战争从土耳其人手中解放了巴尔干半岛，并解决了除马其顿以外的重大争议。1913年春，在新得的领土上，塞尔维亚和希腊开始“塞尔维亚化”和“希腊化”，而保加利亚则要面对犹太人和土耳其人带来的一些困难。保加利亚做梦都想占据塞萨洛尼基，他们正在为此备战。1913年6月，保加利亚军队接受密令，突袭塞尔维亚人。希腊和塞尔维亚曾于同年5月签署双边防御协议，因此两国决定在保加利亚最虚弱的时刻回击——保加利亚在上个冬天损失惨重。此外，罗马尼亚也因觊觎保加利亚的土地而与之开战。
1913年8月签订的布加勒斯特条约令保加利亚失去了之前的大部分战果。大半马其顿被划入南塞尔维亚，如今的马其顿共和国一带和爱琴马其顿则成为北希腊。希腊的领土和人口几近翻倍，其北部边界自巴尔干战争后至今少有变动。塞尔维亚得到瓦尔达尔省（现在的马其顿共和国）后，便将视线转向爱琴海，以塞萨洛尼基为最高目标。然而从保加利亚获得大量人口的希腊在巴尔干战争胜利后不久，就计划将爱琴海地区的斯拉夫人同化。
许多马其顿的志愿者加入保加利亚军，他们以保加利亚–亚德里安堡志愿军等部队的名义与敌军战斗。

一战

在马其顿战役后，马其顿地区的现状保持不变。1918年，塞尔维亚–克罗地亚–斯洛文尼亚王国（1923年更名为南斯拉夫王国）的成立预示着斯科普里既没有特别的管理制度，也不会承认任何形式的马其顿民族认同。实际上，由于北马其顿最终被塞尔维亚征服，对马其顿身份认同的声明一直停留在口头上。
1917年俄国革命后，塞尔维亚马其顿的局势发生变化。据斯费塔斯所述，共产国际处理马其顿问题的方式取决于政治环境。20世纪20年代初，共产国际的立场是支持马其顿成为一个唯一独立的巴尔干苏维埃民主政权。实际上，苏联希望的是保加利亚的共产主义者和保加利亚–马其顿各社团组成同一战线，搅乱巴尔干半岛的局势。在共产国际的保护下，马其顿内部革命组织（IMRO）将“一个独立的马其顿”理念升级成“一个巴尔干诸国的联邦”，将全体马其顿人统一起来。但数年后保加利亚在第二次世界大战中加入轴心国一方，苏联便停止了支持。

二战

1941年，德军准备从罗马尼亚入侵希腊，在到达保加利亚边境后，向保加利亚提出军事通行权。在武力威胁下，沙皇鲍里斯三世别无选择，在1941年3月1日正式加入法西斯阵营。由于《苏德互不侵犯条约》的存在，民众没什么反对意见。
1941年4月6日，尽管加入了轴心国，在入侵南斯拉夫之战和希腊战役的初期，保加利亚政府仍然消极怠工。在德、意、匈三国军队击溃南斯拉夫和希腊之际，保加利亚仍然袖手旁观。南斯拉夫政府于4月17日投降，希腊政府则坚持到了4月30日。4月20日，保加利亚不再观望，派军进入爱琴海地区，试图夺取色雷斯以获得爱琴海出海口，以及东马其顿和大部分东塞尔维亚。所谓的瓦尔达尔省被保加利亚和意大利瓜分，意大利占据了西部，而保加利亚对马其顿的占领被当地居民视为压迫，原本关系良好的两国逐渐疏远。
德占希腊时期（1941–1944），抵抗组织以希腊共产党（KKE）及其军事部门民族解放阵线（EAM）、希腊人民解放军（ELAS）为主。尽管民族解放阵线的许多成员都是斯拉夫人，却分为两派：保加利亚-希腊派和马其顿派。为了扬长避短，希腊共产党找上了南斯拉夫共产党领导人约瑟普·布罗兹·铁托，双方合作建立了马其顿的民族解放阵线。雄心勃勃的铁托亦为希腊马其顿制定了计划，成立了马其顿民族解放阵线反法西斯会议（ASNOM），使摆脱压迫的意愿在全马其顿传播开来。此外，希腊共产党在“大马其顿”一事上颇为积极，直到它意识到“在内战中取得胜利”如同镜花水月一般。此后，两个民族解放阵线因政见不合而分道扬镳，马其顿民族解放阵线于1944年被驱逐出希腊。

战后

战争的结束并未给希腊带来和平。政府军和民族解放阵线之间爆发了激烈的内战，双方伤亡约50,000人。希腊共产党在1949年的战败迫使他们的斯拉夫成员要么离开希腊，要么接受并使用希腊的语言和姓氏。斯拉夫人受到歧视，政府甚至不承认他们是少数族裔。1923年以来，希腊唯一获得国际承认的少数民族是西色雷斯的穆斯林。
由于南斯拉夫马其顿大部分被保加利亚占领，该地区成为铁托唯一没有发展游击队的地区。为了改善这种状况，同时也为了反抗轴心国，1943年“马其顿共产党”在泰托沃成立。同时，保加利亚人的暴力镇压使得他们在平民眼中的形象一落千丈。到战争结束时，“马其顿民族意识几乎不存在，直到民众从痛苦的经历中认识到：无论索非亚或是贝尔格莱德的统治，都令人难以下咽。然而即使没有属于马其顿人的国家，仍有马其顿共产党存在，以共产党为核心，马其顿人民共和国得以建立”。
因此，铁托在战后将南斯拉夫马其顿从塞尔维亚中独立出来。1946年，马其顿社会主义共和国加入新成立的南斯拉夫社会主义联邦共和国，首都为斯科普里。作为切断马其顿人与保加利亚之间关系的一种手段，铁托宣扬“一个独立的马其顿民族”概念。虽然马其顿语非常接近保加利亚语，但其不同之处却被刻意强调；马其顿地区的历史人物也被烙上了马其顿人（而非塞尔维亚人或保加利亚人）的印记。马其顿东正教从塞尔维亚正教会中分裂出去，但并未获得以君士坦丁堡普世牧首区为首的其他东正教会的承认。共产党试图用严厉的惩罚来阻止亲保加利亚的倾向，这一作法直到1991年才停止。
铁托的行为有很多理由。首先，作为一个克罗地亚人，他希望削弱塞尔维亚在联邦内的影响，而在曾属于塞尔维亚的土地上建立一个与塞尔维亚地位相当的国家达到了这个目的。其次，他想断绝马其顿斯拉夫人与保加利亚的关系，因为民众对保加利亚的认同将破坏维护联邦统一的根基。最后，铁托试图以“解放”马其顿的名义，为南斯拉夫日后向他国提出领土要求——包括皮林马其顿（即保加利亚的布拉格耶夫格勒州）和爱琴马其顿——找到正当理由。设想中的“马其顿国”将是南斯拉夫联邦中的一员，南斯拉夫由此可以进入爱琴海。
早在1944年8月，铁托就显露过这一想法，他在一份公告中声称他的目标是重新统一“1912至1913年间被巴尔干帝国主义者瓜分的马其顿”。为此，他与保加利亚谈判，意图成立一个可能包括阿尔巴尼亚的新联邦，以及在希腊内战中支持希腊共产党一方。1949年希腊共产党战败，铁托亦与苏联和亲苏的保加利亚发生龃龉，重建共产主义的马其顿这一想法遂被摒弃。
希腊和苏联均将希腊斯拉夫人视为希腊内的“第五纵队”，官方不承认他们是少数族裔。经历了第二次世界大战和内战的希腊经济困窘，许多安置在当地的希腊人和说希腊语的当地人移居国外，特别是澳大利亚。希腊的军事独裁在1959至1967年略有放松，此后又施以严格限制。这种情况在希腊恢复民主后逐渐缓解，然而直到20世纪90年代希腊还因“骚扰”马其顿斯拉夫政治家（尽管如此，他们还是成立了彩虹党）一直受到国际人权活动人士批评。在别处在希腊马其顿的其他地方，战后的经济发展活跃，该地区迅速成为希腊最繁荣的地方。沿海的旅游业相当发现，特别是在哈尔基季基半岛。
在忠于苏联的第三国际书记——格奥尔基·季米特洛夫的领导下，保加利亚最初承认了马其顿的存在，它甚至同意皮林马其顿加入南斯拉夫马其顿，基于这个原因，当地人在1946年的人口普查中宣称自己是“马其顿人”。这引发了不满，许多人被监禁或被软禁在马其顿以外的农村地区。在铁托与东方集团决裂后，这个主张即被废除，同时马其顿国和马其顿语的地位也不被承认。
20世纪40年代后，马其顿的历史学家试图将一大批在19世纪保加利亚复兴及武装抵抗运动中的杰出人物宣称为马其顿人，这引发了索菲亚的极大不满。保加利亚多次指责马其顿共和国挪用保加利亚民族英雄和符号、篡改文学作品和历史文献，以便证明马其顿斯拉夫人的民族意识在1940年之前便已存在。保加利亚引述的例子包括：米拉迪诺夫兄弟的民歌集《保加利亚民歌》，塞尔维亚考古学家韦尔科维奇Verkovic以“政治正确”的名义所作的《马其顿的保加利亚人之歌》“作品集”的和“马其顿民歌”。此后几十年间，这个问题给马其顿共和国与保加利亚、前南斯拉夫之间的关系造成了恶劣影响。

独立

20世纪90年代初，南斯拉夫马其顿总统基罗·格利戈罗夫试图使自己的共和国不受南斯拉夫内战波及。马其顿的生存依赖南斯拉夫及南斯拉夫共产党的积极支持。在二者都开始崩溃之际，马其顿当局允许并鼓励比之前更强的马其顿斯拉夫民族认同感，例如默许民族主义者“重新统一马其顿”的主张。在马其顿共和国内的阿族人不满于本民族的权利因逐渐兴盛的马其顿斯拉夫民族主义而受到损害。虽然一些塞尔维亚民族主义者倡议让马其顿重新并入塞尔维亚，但鉴于塞尔维亚正忙于与波斯尼亚和黑塞哥维那和克罗地亚之间的战争，而且与波斯尼亚和黑塞哥维那及克罗地亚相比，马其顿境内的塞尔维亚人更少，因而这个倡议没有实现的可能。
20世纪后期，东欧剧变，马其顿与其诸多盟国一道于1991年底宣布从南斯拉夫独立。1991年，社会主义的马其顿共和国举行关于独立的全民公投，赞成独立占据了压倒性的优势。阿尔巴尼亚族人抵制次此公投——尽管他们确实建立了自己的政党，并积极参与政府、议会的工作。马其顿社会主义共和国宣布从南斯拉夫联邦独立，此事并未引发新的冲突。保加利亚随即于1992年2月率先正式承认马其顿共和国的独立。新的马其顿宪法于1991年11月20日生效，并据此组建了基于议会民主制度的政府。基罗·格利戈罗夫成为马其顿独立后的首任总统，继任者为鲍里斯·特拉伊科夫斯基。2001年1月初，阿族民族解放军（UÇK）与马其顿共和国的治安部门发生武装冲突。2001年8月13日，马其顿共和国和阿尔巴尼亚人代表签署奥赫里德和平框架协议，通过给予马其顿的阿尔巴尼亚人更多权利的方式，解决了一部分冲突。2002年1月，对阿尔巴尼亚游击队和叛军的大赦结束了这场冲突，而零星的叛乱持续到年底。

与希腊的争议

目前马其顿共和国的所在，只是古马其顿王国的一小部分，关于古王国的其他部分是否应当并入如今的马其顿共和国，一直存在争议。而对于分布在此区域内一小半土地上的斯拉夫人，也存在争议。这些斯拉夫人的先祖于公元6世纪晚期到7世纪早期迁入，使得希腊人在马其顿地区的优势荡然无存。可以想见，对于“马其顿共和国”擅用被希腊视为“希腊符号”的“马其顿”一词，在希腊境内会掀起何等波澜。内战时期的遗留问题本就助长了民族主义者们的愤怒，而对亲南斯拉夫的北部边境少数民族的担忧更是火上浇油。起初，希腊政府正式反对以任何方式使用“马其顿”及其衍生名称为名字，以及使用诸如维吉纳太阳一类符号。1992年，关于马其顿共和国的争论愈演愈烈，以至在雅典引发了一场示威游行；与此同时，一百万马其顿希腊人打着“马其顿属于希腊”的旗号，走上塞萨洛尼基的街头，但示威者只针对“马其顿”这个名字和该地区的历史，并没有对北方的邻居提出领土要求。同年，在马其顿共和国的国名未能获取承认并将其写入宪法后，超过十万的斯拉夫马其顿人在首都斯科普里游行示威。
这场争议不仅发生在民族主义者中间，同时也波及了希腊政坛。希腊的两大政党：康斯坦丁·米佐塔基斯领导的保守派新民主党和安德烈亚斯·乔治乌·帕潘德里欧领导的泛希腊社会主义运动，双方都试图超过对方，他们煽动民族主义情绪，鼓吹斯科普里公布的民族统一主义政策造成的长期威胁。而新民主党的分裂又使得情况变得愈加复杂：时任总理米佐塔基斯倾向于在马其顿问题上采取温和的解决办法，而外交部长安东尼斯·萨马拉斯却意图采取强硬手段。两人间的矛盾终至不可调和，萨马拉斯被解职，而米佐塔基斯则兼任外交部长一职。尽管有联合国居中调解，米佐塔基斯仍未能就马其顿问题达成协议。1993年9月，的一名议员加入萨马拉斯创立的政党，新民主党失去执政地位，米佐塔基斯于同年10月下台。
1993年10月的大选之后，帕潘德里欧上台，在马其顿问题上态度强硬。马其顿共和国已将“马其顿共和国”作为国名写入其宪法，联合国建议其以“前南斯拉夫马其顿共和国”这一临时名称获取国际承认，美国和欧盟同意此建议，并正式承认马其顿共和国。这在希腊引发了新一轮的小型游行示威，以反对那些被希腊的盟友称之为“背叛”的行为。帕潘德里欧支持并鼓励游行示威，对马其顿共和国采取“强硬路线”使他甚孚民望。1994年2月，他对马其顿共和国实行贸易禁运，仅允许食品、药品和人道主义援助。这对马其顿共和国的经济而言可谓疥癣之疾，而使其伤筋动骨的是南斯拉夫的解体和因战争失去的中欧市场。此外许多希腊人以借道保加利亚的方式打破了贸易禁运。然而，由于联合国已对马其顿共和国北部的南斯拉夫实行贸易禁运，而南方希腊的贸易禁运切断了马其顿共和国与塞萨洛尼基港的联系，从而困守内陆，对经济造成了不利影响。不久之后，希腊和马其顿共和国之间签订了临时协议，意味着两国之间加强了合作。经济封锁也令希腊付出了政治上的代价，希腊的处境几乎无人理解或同情，它的行为也因被视为蓄意阻挠而惹恼了一些欧盟成员国。尽管一般认为南斯拉夫内战的起因来自于过急承认其解体产生的各个共和国，仍有一些人士批评雅典的行为使巴尔干地区的局势更加紧张，希腊从一开始就不应该走这步棋。此后，希腊只得同意南斯拉夫解体，以换取欧盟在马其顿问题上的支持。1994年，欧洲联盟委员会在欧洲法院起诉希腊，要求解除贸易禁令，虽然临时判决对希腊有利，但在最终判决下达之前，希腊在1995年自行解除了贸易禁令。这是为了“马其顿共和国”和希腊达成“临时协议”，马其顿共和国同意从宪法中删除关于“大马其顿”的任何形式的领土要求，并从国旗上去掉了维吉纳太阳。作为回报，希腊解除了封锁。
大多数国家都承认了马其顿共和国的宪法国名，特别是美国、中国和俄罗斯，以及其邻国保加利亚、塞尔维亚，虽然在联合国使用“前南斯拉夫马其顿共和国”作为临时国名，宪法国名一般只用于双边关系，或是与不承认宪法国名但非争议方的国家之间的关系。
关于国名的争议的讨论从未中断，但到目前为止没有任何决议。希腊政府已将此问题与马其顿共和国加入欧洲联盟和北大西洋公约组织的进程挂钩（更多信息参见马其顿加入欧盟）。
马其顿共和国、克罗地亚和阿尔巴尼亚已具备加入北约的资格，而对这三国的邀请定于在2008年4月于布加勒斯特（罗马尼亚）举办的北约峰会上讨论。峰会开始前，美国总统布什说，北约将做出一项历史性决定，关于三个巴尔干国家——克罗地亚，阿尔巴尼亚和马其顿——的准入权，而美国也会大力支持邀请这些国家加入北约。然而希腊因国名争议提出反对，北约领导者于是决定不邀请马其顿加入。马其顿的与会代表，同时也是就国名问题与希腊谈判的人员抱怨说，马其顿共和国受到惩罚的原因，不是因为它未能达到加入北约的标准，而是因为它一直试图捍卫其国家身份。虽然北约领导人同意一旦争议解决便会邀请马其顿，但至今为止并没有任何进展。
2008年11月，马其顿共和国在海牙国际法院提起诉讼，指控希腊阻止其加入北约违反了两国之间的临时协议。1995年，两国签署了临时协议，马其顿同意在国际组织中的使用临时国名，而希腊承诺不会阻止马其顿加入欧盟和北约。
2009年3月，欧洲议会表示支持马其顿共和国获得加入欧盟的候选资格，并要求欧盟于当年年底前开启入盟谈判，遗憾的是马其顿在获得候选国地位后已经等了三年，这令他们相当泄气，同时给整个地区带来动乱风险。议会还建议该国应迅速解除公民签证的限制。
于2018年6月，希腊与马其顿就这一争端进行过多次协商并达成一致意见，在普雷斯帕湖签署马其顿共和国将更名为北马其顿共和国的协议，但要视乎马其顿全民公投的结果。
2018年10月2日，马其顿全民公投中有91%选民支持更改国名，惟投票率仅37%，未达50%的有效要求。此后马其顿仍继续推动更改国名。2018年10月19日，马其顿共和国国会以80票赞成和39票反对通过了更改国名的修宪议案；12月3日，国会以67票赞成和23票反对通过了更改国名的修宪草案；2019年1月11日，国会以81票赞成和29票弃权通过了更改国名的修宪法案，实现之前签署的普雷斯帕协议，但尚须要希腊国会批准协议才能生效。
2019年1月25日，希腊国会以153票对146票通过更改国名协议，欧盟和北约欢迎表决结果。
2019年2月12日，“马其顿共和国”国号正式改为“北马其顿共和国”。

与保加利亚的争议

关于保加利亚的马其顿人的数量颇有争议，保加利亚的数个人口普查结果相互矛盾。由于保加利亚当局没有公布1946年人口普查中马其顿人数，而来自南斯拉夫的消息称，此次人口普查中约有252,000人宣称自己是马其顿人。1991年，驻伦敦的保加利亚大使馆在指出，那次人口普查中约有169,000人被记录为马其顿人。1956年的人口普查显示保加利亚有187,789名马其顿人。在此期间，马其顿语是皮林马其顿的官方语言。到了1992年，马其顿人的人数变为10,803人，而在2001年只有5,071公民自称为马其顿人。保加利亚政府和舆论在整个期间贯彻了“不承认马其顿人是一个民族”的政策。最近，保加利亚关于这一问题的观点是：第二次世界大战后，保加利亚共产党当局出于压力和报复，无视当地居民对合作的不情愿，针对皮林马其顿地区的保加利亚人制订了对保加利亚马其顿人的政策。从1958年后，来自莫斯科的压力减少，索菲亚转而认为马其顿语并不存在，而布拉戈耶夫格勒州（即皮林马其顿）的马其顿人实际上是保加利亚人。
保加利亚有数个马其顿民族组织：“伊林登传统马其顿组织”，1992年在索非亚市法院注册，后更名为“伊林登马其顿内部革命组织独立派”。1998年，该组织注册成为非政府组织。另一个组织是“伊林登联合马其顿组织（UMO）”，1990年，布拉戈耶夫格勒地区法院拒绝了该组织的注册，因为他们的某些章程违宪。1994年10月，该组织一分为三，之后，其中的两个派系合并成“伊林登–皮林联合马其顿组织”。1998年，皮林马其顿的马其顿人的投诉有五分之二被欧洲人权委员会受理。之后，保加利亚选举委员会于2001年批准了伊林登联合马其顿组织一个派系的登记，因为它已经从其宪章中去除了独立诉求，母组织基本停止活动。至于伊林登–皮林联合马其顿组织，尽管欧洲法院在2005年10月裁定对该组织的禁令侵犯了结社和集会自由的权利，2007年，索非亚市法院仍拒绝为其登记。11月，欧洲议会驻保加利亚报告员和欧洲委员会扩大事务专员敦促保加利亚政府为该组织登记。
20世纪90年代，马其顿激进主义者的骚扰行为被多次投诉。整个90年代，伊林登联合马其顿组织多次试图纪念革命家扬埃·桑丹斯基的逝世，但多被保加利亚警方制止。另据报道，马其顿内部革命组织的激进主义者数次滋扰伊林登联合马其顿组织的成员。
保加利亚的一个马其顿组织发布的名为Narodna Volja（“人民的意志”）的报纸，一共印了2500份。
关于马其顿共和国的激进分子及保加利亚人组织的骚扰事件也有报道。2000年，保加利亚人的团体拉德科协会在斯科普里召开会议之际，一些青少年向会场投掷烟雾弹，引发了与会代表的恐慌和混乱。马其顿宪法法院取缔了该组织，因为它的纲领文件质疑马其顿的宪法法典，并煽动民族对立和宗教仇恨。此后，拉德科协会便鲜少有公开活动。
2001年，拉德科协会在斯科普里发行米拉迪诺夫兄弟的的民歌集——《保加利亚民歌》第一版（在马其顿共和国并未使用此名发行，且被视作斯拉夫马其顿人的歌词集）。这本书引发了一波出版潮，其中希腊卡斯托里亚主教的回忆录中记载了希腊和保加利亚在20世纪初的教会纷争，以及卡内基国际和平基金会关于1913年巴尔干战争起因的报告。这些出版物无一例外地将马其顿人视为保加利亚人。在官方宣传中，将马其顿人作为独立民族存在的时间上溯至亚历山大大帝，这批质疑此说法的出版物在国内舆论中引发了剧烈反应和质疑。《保加利亚民歌》出版后，这一丑闻导致马其顿文化部长季米塔尔·季米特洛夫被解职。
自2000年起，对于包括马其顿共和国在内的一系列国家中的保加利亚裔少数民族，保加利亚开始授予其保加利亚国籍。绝大多数申请来自马其顿。截至2004年5月，已有约14,000名马其顿人以保加利亚裔的身份提出申请，其中有4,000人已经拿到了护照。保加利亚的官方人士透露，2000至2006年间，约30,000名马其顿公民申请了保加利亚国籍，保加利亚良好的发展势头以及在未来有机会获得欧盟护照提供了绝佳的吸引力。2006年，前马其顿总理、马其顿内部革命组织－马其顿民族统一民主党主席柳普乔·格奥尔基耶夫斯基加入保加利亚国籍。
保加利亚和马其顿共和国之间就“睦邻友好”达成一致意见，于1999年2月22日发表联合声明，并于2008年1月以签署联合备忘录的方式在索菲亚重申此声明。两国开展官方层面的定期交流，以保证双边关系良好。
保加利亚已提议在1999年联合声明的基础上签署新的条约，以保证两国之间的睦邻友好关系，作为回报，保加利亚将支持马其顿共和国加入欧盟。