廣深港高速鐵路香港段

概要

香港特别行政区政府在工务计划下拨款兴建高铁香港段，并最终经九铁公司拥有该段铁路，造价为853亿港元（约合110亿美元，至2015年5月超资约32%；当中铁路系统的建造工程占逾600亿港元，非铁路系统的工程（包括，但是不限于西九龙交通改善工程）占逾118亿港元，及对横台山菜园村的特别优惠赔偿金额占了8,600万港元，备用资金占21亿元。）。广深港高速铁路香港段于2009年10月20日由行政长官会同行政会议落实兴建，于2010年1月16日获得立法会财务委员会通过拨款，于同年4月动工。
政府委托香港铁路有限公司进行高铁香港段的设计、建造、测试和试行运作，由路政署监察项目的落实。行政长官会同行政会议决定应以象征式价格把营运高铁香港段所需的土地或就该等土地所享有的权益或其他权利归属九广铁路公司，以及把高铁香港段的动产转让予九铁公司。九铁公司将随后按《服务经营权补充协议》，把营运高铁香港段的服务经营权授予港铁公司。政府作为九铁公司的唯一股东，日后九铁公司派发股息时，政府可因九铁公司从港铁公司收取服务经营费而间接得益。
截至2018年3月，广深港高速铁路香港段整体工程已完成超过99%。2018年3月23日下午，高铁香港段项目主要工程竣工典礼在香港举行，列车命名为港铁“动感号”，并于2018年4月1日开始试运行，但是在2018年4月3日起因出轨事故暂停试运行，经过十天的调查工作后，在2018年4月13日恢复试运行。
全线最终于2018年9月23日正式通车。

曾经考虑走线方案

1994年的《铁路发展策略》，提议西部走廊铁路的计划。根据《铁路发展策略》的建议，西部走廊铁路分为三部分：港口铁路线、长途客运线及近郊客运线（大致为现时西铁线）。整个项目被建议优先兴建，预计耗资231亿港元，于2001启用。其中长途客运线曾分为与近郊客运线同时兴建的独立路轨方案，及与近郊客运线共轨的方案。
在《铁路发展策略2000》，区域快线的走线建议由红磡站出发，先经石硖尾站，再经锦上路站或新建的粉岭南站直往边境。
2005年，当局启动对广深港高速铁路香港段计划的研究后，曾经考虑采用多个方案的可能，香港段的总站可以选择兴建位于新界北部的洲头或者西九龙，其中西九龙在交通接驳、对环境影响及对香港岛及九龙等香港市区的吸引力等方面比较上佳，而兴建于洲头则有比较低的成本的优势，而且对荃湾和新界的乘客有比较大的吸引力。当局认为，西九龙的选择地址在运输效益方面比较洲头为佳。
2007年，与西铁线共轨的方案被否决，改为独立兴建全新的路轨。

共用或者专用通道方案

由香港边境禁区前往西九龙的路线，亦曾经有两个方案：亦即“共用通道方案”及“专用通道方案”，两者均计划在现落马洲站附近接驳广深段（落马洲站连接福田口岸）。
2008年4月，当局决定以西九龙总站（现称：香港西九龙站）作为终点站，路线采用全隧道的“专用通道方案”中线方案。

共用通道方案

共用通道方案分别和现有港铁西铁线（西九龙附近至锦上路一段）和将会兴建的北环线（锦上路至洲头附近一段）共用路轨，再以转驳一条3公里长的隧道进入中国大陆；广深段及香港段的总行车时间为60分钟。

专用通道方案

专用通道方案为兴建一条全新的铁路轨道，直接由西九龙总区接驳至广深段；广深段及香港段的总行车时间为48分钟，兴建成本比较“共用通道方案”多出47%。
专用通道亦有两个方案：一为“连续隧道方案”，直接由香港边境禁区接驳至西九龙总站（现称：香港西九龙站），预计全段会位于隧道内；二为“断续隧道方案”，位于“共用通道方案”以东，走线和行车时间比较长，但是会让一段2公里长的路段露出于大埔附近的地面上。

研究

2006年2月6日，行政会议指示九广铁路公司以共用通道方案作进一步规划，即兴建北环线连接落马洲，及使用现有西铁线及九龙南线的部分路轨，终点站设立于西九龙，全长30公里；预计每小时列车数目为3至5班。
2007年1月，深圳市决定增加一座铁路站──福田站。中华人民共和国铁道部表示来往香港的高速列车将会比较预期为多，预计于2020年，将会有10个城市开办每日共15对（即往来每方向15班）长途直通列车；至2030年，长途直通列车更会增加至每日共23对（即往来每方向23班）。因此选择“专用通道方案”或是“共用通道方案”未有定案。

采用专用通道方案

同年5月19日，九广铁路公司完成对广深港高速铁路香港段的研究报告，倾向于以全隧道方式，亦就是专用通道方案的一种，接驳西九龙与香港边境禁区。该方案造价约300亿港元（约合39亿美元），预计于2014年通车。8月2日，香港政府在粤港联席会议第10次会议上提出决定以“专用通道方案”兴建广深港高速铁路香港段，总站设立于拟议中的西九龙。届时由西九龙至深圳福田，往来只需要13分钟；由西九龙至广州南站，亦只需要约48分钟。同年10月，广深港高速铁路香港段成为行政长官曾荫权所发表的《2007至2008年度香港行政长官施政报告》的《十大建设计划》之一。同年12月2日，九广铁路与香港地铁两铁合并成为港铁公司，广深港高速铁路香港段的统筹事务亦转交由港铁负责。
2008年1月2日，港铁展开首两项招标，包括一条26公里长的路轨隧道及西九龙总站的初步设计，并且研究于西九龙总站上盖发展地标式摩天大楼的可行性。
同年4月22日，行政会议批准港铁对广深港高速铁路香港段进行进一步的规划及设计。路线走向采取“专用通道方案”的中线方案，而西九龙总站亦计划延伸至西九文化区的地底，方便乘客可以直到达该处。如果以上述的方式兴建，西九龙总站将会可以容纳14座月台（10座为长月台，4座为短月台）。行政会议同时批准港铁根据服务经营权的模式，给予港铁营运上述项目50年。由于融资方式的改变，香港政府没有批准将西九龙总站上盖交予港铁发展。10月1日，港铁公布新的走线方案。11月28日，香港政府按照《铁路条例》将广深港高速铁路香港段的方案刊宪。
2009年2月24日，铁道部副部长陆东福和香港运输及房屋局局长郑汝桦在香港签署有关于广深港客运专线香港段与广深段的衔接技术安排备忘录。根据备忘录安排，铁道部与香港政府将会继续加强沟通，争取实现广深港高速铁路香港段在2009年年内启动工程及其他相关的一切安排，将香港纳入中国高速铁路网络中。同年10月20日，香港政府落实兴建广深港高速铁路香港段，石岗横台山菜园村将会全面清拆。因此香港政府动用了20亿港元作为收回土地，至该时，150户村民中有80多户接受了补偿。另一方面，仍然有部分村民拒绝搬迁。

拨款通过，工程启动

2009年12月18日，香港立法会财务委员会推迟香港政府对兴建广深港高速铁路香港段涉及669亿港元的拨款申请，延期至2010年1月8日再度审批申请。在立法会门外有人众聚集示威。结果会议到晚上10时45分的规定最后时间限制到达，仍然未能够进行有关的表决。财务委员会于是延期至1月15日至16日连续两日审议。1月16日下午6时半许，经过长达15轮、近170多次提问，财务委员会正式通过拨款申请。1月27日，广深港高速铁路香港段动工。同年，走线所途经的油尖旺、深水埗、葵青、荃湾及元朗的各项相关建造工程地盘，工程亦都已经陆续展开。

隧道钻挖工程

香港段隧道由香港西九龙站开始，经过油麻地、大角咀、深水埗、长沙湾、葵涌、石岗、牛潭尾及米埔，最后经过皇岗进入广东省深圳市福田区，除石岗车厂外全线走线地底。2011年8月10日，隧道钻挖工程开始。由于工程因为种种原因而出现延误之情况，港铁透过各种方法赶工，至2015年3月初，全长2.6公里、穿越新界鸡公岭地层的牛潭尾至大江埔隧道路段工程完成钻爆，并且成功贯通，意味着全长12.9公里、以钻爆形式建造的广深港高速铁路香港段隧道工程全部完成。赶接而来的是在隧道护壁衬砌墙、路轨铺设及建造行人通道等相关工程。

试车

2016年9月26日：首列用于该线路的港铁CRH380A型电力动车组（编号CRH380A-0251）从青岛中车四方经海路运抵香港。因车卡较多且车身较为宽大，港铁方面于9月26日至29日将列车分为四次从码头运抵石岗，每次运送两节车卡。为配合运送，香港运输署决定9月26日至29日期间，每日由凌晨1时至凌晨4时，将视情况对介乎锦田绕道与七星岗之间的一段锦田公路由双程行车改为单程东行。之后列车将在广深港高铁香港段进行静态测试及低速动态测试，之后又会在16公里的试行段隧道，即石岗紧急救援处至旺角西通风楼之间的下行隧道，进行动态测试。
2017年6月底7月初第三列列车CRH380A-0253在青岛四方出厂后之后经2500公里陆路至广深港高速铁路广深段进行动力测试，实验完成后由港铁派出的高铁司机驶入港铁石岗车厂，标志着广深港高铁香港段和中国大陆段成功连接。
2018年4月起，广深港高铁香港段踏入试运营阶段，多列列车将安排往返广州南、深圳北、福田站及香港西九龙站之间。

就一地两检达成协议

2017年7月25日，香港政府公布香港西九龙站的一地两检安排。同年11月18日香港行政长官林郑月娥与中共广东省委副书记兼省长马兴瑞在礼宾府签署《内地与香港特别行政区关于在广深港高铁西九龙站设立口岸实施“一地两检”的合作安排》，并象征广深港高铁“一地两检”的“三步走”程序展开。《合作安排》决定在西九龙站划分香港口岸区和内地口岸区，其中内地口岸区将依中国大陆法律设立和管辖，并实行口岸管理制度，港粤双方分别按照各自法律对往来的人员、物品和行李进行边防检查与检验检疫。中国大陆关员只于内地口岸区履行职责，不进入内地口岸区以外区域执法，在该等区域也没有执法权。而内地口岸区、特区境内营运中的列车车厢（包括行驶中、停留中和上下乘客期间）亦视作在内地口岸区范围之内，即视为处于中国大陆。港粤双方并同意建立口岸协商联络和应急处理机制，确保口岸区高效运行、有效监管，及协助处理口岸区运行中可能出现的突发与紧急事件。同年12月22日，国务院总理李克强就高铁西九龙站的一地两检合作安排，书面提呈全国人大常委会审议。

就服务经营权达成协议

2018年8月23日，政府、纳税人全资持有的九铁公司及港铁公司签署4份与高铁营运相关的法律文件，在九铁与港铁签订《服务经营权补充协议》下，港铁获授予10年高铁香港段的服务经营权，九铁会按机制收取项目折现现金流量的九成，港铁10年间需向九铁支付107亿元经营费（即每年2.7亿元予政府）。补充协议亦提及若实际客量较预期相差15%以上，九铁与港铁将以七三比分摊盈或亏，15%以下则由港铁自行承担盈或亏。
不过根据运输及房屋局在2017年9月向立法会提交文件，政府原计划将经营高铁所需土地的权益或及相关权益拨归九铁公司为期50年，再把服务经营权授予港铁。惟服务经营权其后缩短至不多于15年，最后改为10年期限。
时事评论员和立法会议员认为此举动予人高铁或会出现亏损，让港铁不用承担过多的风险。

开通仪式

开通仪式在2018年9月22日早上在西九龙站B1层举行，嘉宾之后于B4层月台乘坐动感号首发列车出发往广州南站。特区政府在2018年9月中陆续向嘉宾发出邀请函，包括行政会议成员、36名港区全国人大代表、全国政协常委和部分建制派议员，惟多位民主派议员仍未收到邀请。有获邀的建制派议员指，并非所有议员都会获邀开通仪式。

铁路站

香港西九龙站位于西九文化区北面，经由行人天桥及隧道连接至港铁柯士甸站及九龙站。邻近设大型巴士总站。

一地两检问题

香港政府声称实施一地两检是广深港高铁乘客在中国大陆与香港之间过境的必然选择。然而香港政府在最初时并未就此安排有确定方案，而且深圳福田站原本预留过境的空间，在2015年底却提出在西九龙设立一地两检过境设施的方案。对此方案泛民主派议员普遍予以反对，因此举将使中国大陆执法人员在香港市区心脏位置执行中国大陆法律，破坏一国两制和香港基本法。根据基本法第十八条，“全国性法律除列于本法附件三者外，不在香港特别行政区实施”，因此技术上需解决在香港境内实施内地法律的法律问题。最后，香港政府决定在西九龙站内划出“内地口岸区”，将该处实际改隶深圳市福田区，以实行封闭式管理及实施全套中国大陆法律。
“一地两检关注组”成员批评香港政府在没有交代一地两检细节及在法律基础未确定前就与广东省签署《合作安排》协议，做法比深圳湾口岸一地两检安排更倒退，他们游行抗议并焚烧基本法。林郑月娥则表示把实施一地两检形容为“接中央指令”说法“非常不正确”和“完全错误”，又形容中国大陆关员来港工作是“不见天日，不可能上来地面呼吸一下，或者看一看香港的情况怎么样”。
其他国家“一地两检”例子:
巴塞尔(Basel)机场位于法国境内，由法国和瑞士两个国家以及德国的两名顾问共同运营，一个机场有三个不同国家的海关。虽然整个机场位于法国管辖范围内，但瑞士当局有权使用瑞士的法律于海关，医疗服务和警务工作上，法国警察也可以在瑞士部分执行随机检查。

经营方式

有传媒报道指，根据港铁内部就高铁设计及规划的文件，由于高铁为连接香港与中国大陆的跨境铁路，涉及两地不同的铁路操作守则及法规，因此各设车务控制中心，各自管辖其经营范围内的高铁列车调度及营运。同时提出不同的形式经营，其中一种是港铁与中国大陆以合资企业（joint venture）营运高铁，使香港的车务控制系统必须与国铁广州局集团的控制系统“整合”（integration of the line control functions），届时广州车务控制中心将统一调度两地的高铁列车。
有立法会议员认为两地铁路操作守则并不一致，若果由中国大陆统一调度高铁列车，可能会出现与香港法规不相符的漏洞或问题，万一发生意外亦难以厘清谁负上责任。

车次

2018年8月23日，香港特区政府公布，高铁通车初期每日将有83至127对列车，来往内地44个站点。平日的周一至周四有70对车来往广东省6个短途站（福田、深圳北、虎门、广州南、光明城及庆盛），假日高峰期可增至114对车，约10至30分钟一班车。而往北京、上海等城市长途站点每天只开1班。
高铁通车后由于来往西九龙至福田站的客量太低，港铁在2018年10月26日起，将周末特别班次由12班减至9班。另外，港铁将调整班次及停站，由2019年1月5日起生效。
2019年7月10日，因应全国铁路调整运行图，增开肇港高速动车组列车、邕港高速动车组列车、津港高速动车组列车以及渝港高速动车组列车。至此香港西九龙站来往内地增加至58个站点，同时中国大陆四个直辖市均有高铁来往香港。

小童票

适用于未满18岁及身高1.2-1.5米的旅客，票价为成人票的一半（不足一元亦作一元计算）。

学生票

适用于在中国大陆大专院校就读，没有工资收入的香港学生，持有贴上《火车票学生优惠卡》的有效学生证，每年可购买四次来往居住地和学校所在地（或实习地点）的二等座单程学生票（新生凭录取通知书，毕业生凭学校书面证明只可购票一次），乘车期限为每年暑假6月1日至9月30日、寒假12月1日至翌年3月31日。学生票执行票价约为成人票公布票价的七五折。

残疾军人票

持有有效的《中华人民共和国残疾军人证》或《中华人民共和国伤残人民警察证》的旅客，可购买残疾军人票，不限车厢等级。残疾军人票执行票价约为成人票公布票价的一半。

经济效益

广深港高速铁路香港段与总长度达38,000公里的中国高速铁路系统网络，估计从香港西九龙总站出发的4小时车程范围，能够覆盖最少6,000万人口；方便了香港与中国大陆之间的交通。 广深港高速铁路香港段，可以直接连接香港与16座中国大陆城市，能够大幅度地缩短香港与珠三角地区以至中国大陆其他主要城市之间的交通时间。例如，往来香港至北京的行车时间可缩短至9小时。
政府方面在2011年声称，高铁香港段能够对两地的社会文化交流、旅游及商业活动效率，对香港及中国大陆带来极大效益。广深港高速铁路香港段的使用，让居民外出的成本大为降低，实现了珠三角一小时生活圈概念。 预计广深港高速铁路香港段的使用，每年可以为香港市民节省4,200万小时的乘车时间。政府方面亦强调，广深港高速铁路香港段于施展工程期间，最高峰可以创造约11,000个就业机会。于营业运作期间，广深港高速铁路香港段将会带动香港与中国大陆各行业的合作及发展，特别包括香港旅游业、饮食业、零售业及专业服务业等等，预计可以另外直接创造约10,000个就业机会。此外，在广深港高速铁路香港段通车后50年，营业运作所带来的经济效益可以高达870亿港元。

被指严重高估高铁的乘客量和回报率

到2015年，运输及房屋局预测显示，因珠三角经济增长减慢，高铁的经济内部回报率由2009年6%下调至4%，长远客量及回报率亦下跌。到2017年的预测更显示，高铁通车首年的商务乘客人次较2009年的预测少逾三成。非港人乘客比例由2009年预测的30%上调至41.6%，相反港人乘客每年减少200万人次。
到2018年，运输及房屋局预测高铁的经济内部回报率由4%降至2%。高铁客量预测大幅下调近27%，每日均乘客量8.01万人，较2015年预测平均每日有10.9万人乘搭高铁少。政府及港铁的协议订明，一旦实际客量低过预计乘客量逾15%，纳税人需要补贴损失。
另外高铁香港段的营运费用每年约9.6亿元，相等于每月约8000万元，较2015年的评估高达逾15%，远超于两年内的通胀率。
2018年8月23日，政府公布高铁营运安排，每日将有83至127对列车，来往中国大陆44个车站，票价由78元至逾千元不等。票价将会按人民币计算。平日的周一至周四有70对车来往广东省6个短途站（福田、深圳北、虎门、广州南、光明城及庆盛），假日高峰期可增至114对车，约10至30分钟一班车。而往北京、上海等城市长途站点每天只开1班。
根据入境处数据，通车首三日人次只及预期客量近6成左右。较港府估算8万人次少。港铁董事局主席马时亨表示，高铁需要时间磨合，不能够以首一两日的客流量做判断。

高铁资讯中心

高铁资讯中心位于深水埗南昌公园（近君汇港）内之高铁地盘办事处，已经于2016年2月5日起正式关闭。
香港西九龙站内亦设有高铁资讯中心，唯只于2018年9月23日高铁通车首日开放予传媒。

楼宇结构受影响

高铁香港段隧道在地下通过的大角咀，早于2009年，有当区居民发起向立法会递交一人一信反对书行动，声称高铁香港段的政策过程令居民感失望，因为新刊宪的走线决定高铁隧道在大角咀14座当时楼龄超过35年的住宅大厦地下穿过，认为会威胁楼宇结构安全。他们还指出，高铁隧道太过接近楼宇桩柱，部分旧楼甚至无桩，致使楼宇出现沉降或者塌楼的危机。有居民指出，钻挖机于2012年10月月底至11月初经过楼宇地底时，楼宇被震荡至大厦内的门框及墙身不断发出声响，使到他们夜里无法入睡。他们曾经多番致电港铁投诉，港铁人员于上门视察后解释乃电流的声响。2012年，200名大角咀居民游行反对高铁在当区地下挖掘隧道。于2002年入伙的西九龙纪律部队宿舍是高铁隧道在地底钻过的建筑物地盘之一，居民约于9月底至10月初发现建筑物的外墙整幅下坠，大片瓦仔移位剥落。港铁表示情况轻微，认为凡此种种现象未必与广深港高速铁路香港段工程有关系，并且承诺监察工程对周边建筑物的影响。至2012年年底，港铁表示接收逾80宗裂楼个案，多个广深港高速铁路香港段工程关注组织于过去两年多次与港铁交涉。
有牛潭尾村住户指出，于2012年年底，其家中地板稍微倾斜，门外出现一条两米长的裂缝，而且越裂越阔，就像经历过地震般。而屋外墙身连接石级和地台的位置，亦不时崩裂，下雨漏水问题严重，屋顶滴水、沿墙身渗水难以解决。至2013年年初，有居民屋内的裂缝更扩散至屋顶，妻儿惊恐家居倒塌，现时搬迁至亲友家中暂住。住户于2012年要求过港铁派遣人员视察屋内情况，惟两次只有公证行人员到场，并无提及赔偿问题。
相距工程地盘约400米的四季雅苑亦受到影响，业主立案法团主席谢先生表示，于2012年已经接收两宗主户投诉，屋所墙身出现裂痕，其后一直与港铁开会，但是未有解决方案，港铁亦无派遣公证行人员前来摄影司证。
高铁试车时，有元朗区居民指试车产生的震动及噪音怀疑使房屋里外地面和墙身出现裂痕，但未能确定是由高铁引起。由开始试运起的首3个月，港铁一共收到55宗关于感到行车震动的投诉及9宗关于构筑物出现裂痕的投诉。港铁将个案转交第三方公证行独立调查。

涉嫌压抑传媒及公众对工程的负面言论

有街坊表示受到港铁警告或者施展压力，要求别再就事件发声，也不愿意上镜接受访问，因此愿意站出来争取的居民不多。此外，港铁透过广告公司向各大香港报章发出信件表示，向广告部直言一旦报章刊登了港铁的负面新闻，港铁将会保留抽起广告的权利，及要求广告部与记者沟通。

环境污染

2012年5月，元朗攸潭美村（前称牛潭尾村）受到广深港高速铁路香港段工程影响，先后发生了水井枯干、溪水受到污染、鱼类死亡及农作物枯萎，影响到村民的生活及养鱼业。由于水井干涸，菜农曾表示改用水喉水一季需要交千多元水费，未能维生，要转行当清洁工。经过香港大学专家研究后，确认愈接近竖井的水井，水位下降得愈明显。有村民批评，水井已经流失了大量地下水，回灌“水喉水”根本无补于事，港铁必须与受到影响的村民商讨解决及补偿办法。

米埔段涌泥浆水

2015年8月，米埔担竿洲段钻挖期间在地底进行人工加压，却令泥浆沿地底气孔溢出鱼塘塘壆，大量污水流入具高度生态价值的鱼塘。港铁承认事件，称泥浆涌出不常见，工程团队即跟进，填补及清理路面。有工程师分析，港铁在钻挖期间过度加压，会令地下水沿地层裂缝溢出，又称过去几年米埔段沿线鱼塘出现气泡从塘底升起现象，怀疑事件影响程度远较想像中大，认为应暂停工程，评估余下路段风险。有生态专家担心钻挖方法出问题，影响米埔湿地地层结构，引致连锁反应，降低米埔生态价值。

争议

在推动广深港高速铁路香港段计划时，在财政支出、回收土地、走线、车站选址及设计等问题上，引起了香港社会人士的关注与彼此之间的冲突，并且发生了撑高铁运动、反高铁运动、反高铁苦行和香港反高铁拨款警民冲突等事件。

行车时间争议

香港特区政府一直宣称“从西九龙总站出发至广州南站全程只需时48分钟，比现时的100分钟快一半”来宣传兴建高铁的计划。2009年中铁第四勘察设计院集团有限公司（中四院）拟定的广深港高铁班次假设西九龙站每天将开出190班列车，但当中约96%均需中途停站。时任运输及房屋局局长张炳良则稍后澄清，高铁班次安排将会在通车后再作评估，每天仍会有11对列车由西九龙站直达广州南站。同时，也有市民和议员质疑高铁的广州南站并非广州市区，在广州南站下车后仍须转乘其他交通才能到达广州市区。政府新闻处曾于Facebook专页上载插图，声称坐高铁到广州只需48分钟，被不少网民质疑指政府违反香港法例第362章《商品说明条例》中的“误导性遗漏”。政府后来在Facebook专页中插图上分别补上“不停中途站计算”和“广州（南）站”字句。
2017年12月22日，通讯事务管理局回复一地两检关注组，指就上述个案共接获323宗投诉，经调查和考虑相关资料后裁定上述投诉理据不足，毋须向播放广告的电视台采取行动。

工程延误

早于2013年已经有消息指出广深港高速铁路香港段工程延误，惟港铁一直否认，强调可以按照原定目标，即于2015年竣工及通车。2014年4月15日，港铁公布耗广深港高速铁路香港段工程因为于同年3月30日发生的一场黑色暴雨，致使位于元朗七星岗附近斜坡的泥土松脱，引致明渠堵塞、隧道水浸、浸坏巨型钻挖机，严重祸及广深港高速铁路香港段工程，故此工程需要延迟9个月才能够竣工。运输及房屋局局长张炳良表示，对于港铁的回应感到非常惊讶及失望。他指出，直至2013年年底，在港铁定期提交的工程进展报告中，均评估广深港高速铁路香港段工程可以于2015年竣工，故此对于有关消息感到意外，他又表示，已经要求港铁就广深港高速铁路香港段工程延误提交全面评估报告，并且责成路政署署长作独立审视。
路政署前副署长刘正光表示，港铁主导整项广深港高速铁路香港段工程，所有工程合约均是由港铁与承建商签署，路政署难以监管，只能够倚靠港铁提供信息。他表示，1990年代香港政府兴建赤鱲角机场时，特别成立新机场工程统筹署，由香港政府主导统筹及协调所有工程事宜。有前广深港高速铁路香港段工程建筑工人在电台节目中披露，于2013年已经知悉工程不可能如期完成，建筑工人所接收的图则及工序不时出错，令到进度胶着，曾经一度每日只能够进行两至三小时工程。《明报》报道，取得港铁机密文件揭示，港铁知悉西九龙总站工程需要至2016年6月才竣工，比较与香港政府签订合约时规定通车日期为2015年5月迟逾一年。为了赶工，港铁不断追加开支，文件清楚列出超支细项，包括因为图则变动及地盘状况而出现的工程变更等而需要额外耗资118亿1千万港元，包括因为追回延误而赶工而耗资要30亿港元等。2014年1月，港铁评估预算将会进一步增加至684亿元，比较半年前评估急升30亿港元。
2015年5月，最新的报告显示，截至3月底，高铁香港段的整体完成进度较预期滞后约5%，恶化及已经到了十分严峻的阶段，路政署表示，对港铁公司在2017年年底通车目标相当存疑，可能进一步延误。
此外，在西九龙总站地盘地底发现花岗岩亦为工程延误的其中一个主要原因。

工程超支

港铁独立调查委员会就工程延误于2014年10月28日公布第二份调查报告，两名独立海外专家与港铁就工程落成时间表及造价估算出现分歧。专家评估，已经超支至715.2亿港元的工程有67%机会进一步上升，亦有31%机会延迟至2017年后才竣工及通车，与港铁评估有90%机会如期通车及不超支有重大出入。专家建议先增拨40亿港元作为备用资金以应付可能的进一步超支。连同早前港铁的超支预告，最后纳税人可能需要多付约百亿港元。时任港铁董事局主席钱果丰明言迟早需要向立法会申请追加拨款作为备用资金，承认港铁当初对工程进度“偏向乐观”。
2015年5月，立法会交通事务委员会主席田北辰表示，港铁内部估算高铁超支逾200多亿元，港铁高层已要求工程人员尽量与承建商争取压低造价，预计高铁最终成本会接近900亿元。
2015年9月，高铁香港段工程一再超支延误，造价飚升至853亿元。正当港铁及政府讨论由谁找数之际，高铁账目已呈现警号。运房局最新数字显示，高铁工程累计开支首次超出已批出合约总值16亿元；而承建商提出的未解决申索，半年内大增五成至174亿元，意味港铁及政府只是不断“拖”。田北辰引述承建商消息称，若政府及港铁对额外拨款数目仍未有共识，不排除集体离场。
2015年11月30日，港铁公司与香港政府达成协议，高铁香港段延至2018年第三季通车，政府将承担和支付最多达844.2亿元的项目造价，港铁负责超支(如有)的部分。港府从港铁派息可获取约195亿港币的收益，而超支预算约为194亿，两者相若。
此外根据计算广深港高速铁路香港段平均每公里的造价为台湾高铁的7.3倍左右，此一明显偏高极不合理的造价，令人高度质疑其中可能有人谋不臧的不法行径。（台湾高铁的每公里平均造价为每公里17.39亿新台币，而广深港高铁香港段每公里的平均造价经换算约为127亿新台币）

检讨报告

检讨报告胪列问题，由于广深港高铁香港段被揭发工程进度屡屡延误及严重超支，香港行政长官梁振英于2014年委任夏正民法官联同两名工程专家组成独立专家小组，就上述的种种问题作出检讨，并且提交报告。2015年1月30日，香港政府公布由独立专家小组所提交的检讨报告，内容揭示工程中的三大不足，包括港铁与香港政府于签订的委托协议条文上有所缺失，项目开展初期并无述明双方责任；条款亦无订明机制，让香港政府可以在港铁表现欠佳之时介入；批评港铁在项目工程管理上有欠稳妥周全，在明知道存在技工短缺、施工计划紧迫而且应急费用不足等等因素，以在在没有施工计划风险评估下仍然预计于2015年8月为通车时间是过于乐观、港铁工程团队的汇报过于聚焦于个别工程合约的进度，而忽视了项目整体的进度监管，以致港铁管理层和香港政府均接收了混乱和误导性的资料，加上并无工程总纲计划辅助监督，连政府部门亦都被蒙在鼓里。此外，港铁内部文化亦是累事原因，职员之间不鼓励在未找到解决办法前就将坏消息上报的想法，令到管理层无办法即时察觉危机。另外，沟通失效令到问题雪上加霜，港铁工程团队每月向港铁执行委员会或者路政署汇报进度时，未能够清楚地阐述项目的延误状况，单单依赖工程总监个人判断；报告同时指出，如此大型及复杂之项目，各持份者只利用简单的口头汇报或者书面报告沟通，是重大的失误，汇报方式流于叙事、书面报告亦欠焦点。此外，报告抨击路政署铁路拓展处监管不力，未有做好监察及核证者角色，即使顾问多次警示项目可能延误，却仍然无实际行动；纵然曾经质询港铁，不过轻易相信对方保证，并无作出独立判断以至后续确认，甚至在工程延误初期尚未向运输及房屋局汇报，认为署方可以参与的部分有更多。
运输及房屋局局长张炳良表示，将会联同路政署跟进独立专家小组的建议，详细地研究日后推展铁路项目时的协议模式、监察制度及架构安排上应该如何改进。港铁表示，将会详细地了解检讨报告之调查结果及建议，并且将会邀请独立专家小组属下两位工程专家提供意见。

意外频密

截至2016年3月为止，高铁由2010年1月动工至今，涉近600宗工业意外，4名工人死亡。死者分别是被硬物击中、触电或被车撞倒致命。有挖泥车司机因长时间工作患上坐骨神经痛，无法上班，但不获赔偿最终受伤患困扰而自杀。有关注工伤个案的团体批评高铁工程的安全措施不理想，漠视工人职安问题。

米埔段渗水

高铁在2018年5月18日测试营运期间，米埔段隧道出现地下水渗漏，影响信号系统。港铁承认事件，表示隧道不能做到百分百防水。运输及房屋局局长陈帆表示港铁事后已第一时间通知有关政府部门，同时敦促港铁开诚布公，尽早让社会知道事件。

试车问题

2018年5月24日，有媒体报道高铁列车试车后出现不正常的严重磨损，有铁路工程人士估计列车可能在试车时经过部分弯位会紧急刹车，导致出现不正常磨损。港铁证实高铁列车车轮损耗程度较预计略多，强调车轮符合技术要求。港铁董事局主席马时亨在5月26日回应指“唔觉得系好特别嘅情况”，反斥记者“需要咁多资料都无乜意思”，称团队有39年经验，希望大家相信港铁的管理层，他们说没问题就是没问题。

超出可容纳班次

首航当日不少列车进入香港段后都出现停驶停电情况，怀疑因同一时间及路段有多于供电统承受上限的列车进入，触发安全装置。

列车延误

由于上述问题及其他问题，不少列车晚点误点。

售票安排混乱

现时高铁的购票方式包括电话购票、站内人手处理、购票机和到中国官网12306，不过有旅客批评处理12306取票的柜位太少，导致大排长龙，更有旅客未能取票，最终由职员带领下经特别通道过关。现时，旅客如经中国大陆高铁网站12306购票，需到西九站大堂的5个指定柜位取票。港铁表示会与中国铁路总公司商讨改善网上购票后的取票安排，如增加中国大陆订购网的取票柜位。
通车首几日，港铁临时安排大量赶上车的旅客先无票入闸，再在内地口岸区内候车大堂的票务处取票。但在候车大堂却有职员举牌指乘客可直接前往闸口出示手机证明登车，有乘客指对此感到混乱。而在深圳北站，在入站口有设置告示，强调前往香港的旅客必须持有纸质车票。
2018年9月29日，港铁已于西九龙站B1层的票务大堂加装8台12306自助取票机并投入服务，可让以回乡证或中国大陆身份证在12306网站订票旅客自助取票，旅客使用取票机毋须支付手续费，并将再增加3个中铁（香港）柜位至合共10个柜位。

行李尺寸限制争议

有游客批评港铁对行李规限执法过严，比中国大陆铁路站和香港国际机场要求更高，深感不满，惟中国大陆的动车车票背后的乘车需知，印上动车组的行李限制为长阔高总和130厘米（非动车160厘米），估计可能是中国大陆和香港的执法尺度不一。

乘车人次不如预期

在2018年8月，香港政府预计高铁香港段在2018年平日的乘客量为72,500人次，周五至周日为78,100人次，高峰期为90,100人次，平均每日的乘客量为80,100人次。惟根据入境事务处公布的西九龙站出入境人次数据，通车初期的中秋节假期及十一黄金周乘客量均没有达标，乘客量最高的一日仅为80,020人次。2018年10月7日，港铁公司宣布通车首15日广深港高铁香港段已接载约88万人次乘客往来香港西九龙站，平均每日5.87万人次。
 高铁西九龙管制站首15日的出入境旅客人次
数据来源：香港入境处－出入境人次统计数字、港铁