馬英九政府

马英九政府，通称马政府，是指马英九担任中华民国第12、13任总统期间的中华民国政府。马英九自2008年5月20日起就任中华民国第12任总统，其任期在2012年5月20日结束。在2012年1月14日的第十三任中华民国总统副总统选举中，马英九以689万票连任成功，于同年5月20日就任第13任总统，两次任期于2016年5月20日结束，共历时8年。
中华民国总统领导中华民国中央政府各机关，除掌握行政院院长的任命权之外，并监督行政院各部会首长官员（内阁）的组成。马英九政府首任内阁为刘兆玄内阁，第二任内阁为吴敦义内阁，第三任内阁为陈冲内阁，第四任内阁为江宜桦内阁，第五任内阁为毛治国内阁。第六任内阁为张善政内阁。内阁主要成员之中，除少数官员外，均为中国国民党从政党员。

633政见

马英九在2008年2月24日总统大选辩论会上公开答复“若达不到目标（使劳工收入提高至GDP一定占比）是否愿捐出未来四年总统任期一半的薪水”之提问时表示，“捐款没有问题，我这几年来已经捐了六千多万了！”。他在2011年坦承633没达成，有媒体和网友却抨击这样是不守承诺。
2018年，媒体报导，633计划乃效仿韩国前总统李明博提出747政策，然而最后与747政策皆以跳票收场。

第一次任期

马英九政府的政策，初期以振兴国内经济、改善两岸关系为方针。内政方面，推行“爱台十二建设”，实施扩大内需方案，并积极推动行政区重划与合并。两岸关系方面，以举行江陈会谈、签订ECFA等方式以加强两岸合作；对于两岸的政治地位，不同于李登辉时代以来的“特殊国与国关系”，改为主张“一个中国各自表述”，并且认同所谓的九二共识。
外交政策上，不同于陈水扁政府时期的“烽火外交”，国民党政府宣称改推行所谓外交休兵的“活路外交”措施，以参加联合国所属的功能组织、与各国维系实质关系为优先考虑，并大力推动与其他国家的落地签证，中华民国护照于2008年有58国免签或可落地签，2016年则有161国免签或落地签。
而由于两岸外交休兵，2013年11月14日，冈比亚总统贾梅，宣布与中华民国断交。冈比亚与中华人民共和国已于1995年7月25日断交。中华人民共和国外交部表示事先不知情，且基于两岸和平原则，不会与该国建交。中国大陆直至2016年3月17日，蔡英文总统当选后，才与冈比亚复交，中华民国政府表示“遗憾”。
两岸关系方面，著名争议事件包括张铭清访台争议与冲突、陈云林访台争议与冲突，及后续引发的野草莓运动等。
内政方面，2009年8月6日至8月10日间发生的莫拉克风灾，由于马政府救灾不力，中央官员假期怠惰，引发广大民怨。此次事件被认为是马政府民望下滑的开始。风灾最终导致681人死亡、18人失踪。（详见八八水灾）
另外，925白玫瑰运动集会是马政府第一任期内的重大集会抗议事件之一，民间强力要求马政府进行司法改革。
2009年 大专毕业生就业22K方案争议。
2009年 苗栗发生大埔事件。
2009年9月，教育部完成“二二八国家纪念馆”的修复工程后，点交予内政部，并随即移交给财团法人二二八事件纪念基金会。
2011年2月28日，“二二八国家纪念馆”全馆开馆营运。
2012年 正式开放美国瘦肉精牛肉进口。
2012年 年中行政院秘书长林益世爆发贪污索贿案。
2013年 总统与立法院长的马王政争事件。
2013年 国民党籍台北市议员兼马英九办公室主任赖素如涉台北双子星弊案。

大林电厂更新改建计划

2009年6月5日，行政院环保署召开审查台电大林电厂更新4座燃煤机组的环评专案会议，计划将当时的1至5号旧燃煤发电机组更新为新一代的4座燃煤机组，目的是为了增加南电北送的发电量。
新新闻批评环保署：“在政党轮替后，马英九上台二十天就推翻专案小组结论”、“做出让高市空气更肮脏的结论”、“在没有地球暖化问题时，北部的电厂就规划使用天然气，却要南部人忍受煤炭污染；国民党的北部菁英将南部当作是厕所厨房，才会准备增加大林的污染。”及“支持台电的两位专案小组委员，完全不理会高雄市府‘祇希望不增加污染量’的卑微要求”。
环保署随后发布新闻稿澄清：“台电请大会维持四座，是承诺依据空气污染防制法第九条，洗扫街道得供抵换污染物的规定，比照九十六年十月前政府时环评大会通过台中龙风电厂的作法，以洗扫街去除粒状物三百四十五公吨/年，抵换超出的三百四十一公吨/年。上述过程，是各方严肃认真地寻求兼顾环保与国家电力需求的双赢方案。 ”、“地方政府就其辖境内电厂改建，不适合以增加的CO2排放，做为抗争与责难中央的议题。 ”环保团体批评：“马政府的节能减碳是一场骗局”。

第二次任期

大体上延续第一次任期任的施政方针。执行了电价调涨案与调升台湾基本工资。
经济政策方面，ECFA及两岸经贸交流被部分民众认为缺乏国民党政府声称的效益，怀疑将使台湾主权陷入危机，因此引发全国性抗争运动，以太阳花学运为代表。（详见海峡两岸服务贸易协议）。(需要索引参考资料)
内政方面，洪仲丘事件引发白衫军运动，数万人抗议政府罔顾军中人权。本案也促成军事审判法的修正，在承平（非经总统宣战）时期，将军人审判从军法体系全面移至民间司法单位。
民生方面，马政府任内台湾爆发一连串食品安全争议事件，有关单位被民众认为执法不力、消极作为，怀疑政府无法提供有效因应对策对抗黑心食品，因此民怨四起。（详见：2011年台湾塑化剂事件、2013年台湾食品安全问题事件、2013年台湾毒淀粉事件、2013年台湾食用油油品事件、2014年台湾劣质油品事件、2014年台湾黑心油品列表、毒豆干事件等等）
2012年4月，马英九政府因宣布油电双涨导致物价飞涨。
2012年10月，民间保钓行动，海巡署为维护渔民安全、保障渔民权益，共出动和星舰、连江舰、南投舰、花莲舰、金门舰、三艘巡护船、四艘巡防艇，共12艘舰艇全程护航；巡护舰队并配置必要医护及16名武装特勤队精英特战人力，全力保护渔船航行与渔民安全。
2012年，台北文林苑都市更新争议。
2014年，内政部营建署署长、桃园县副县长叶世文，爆发合宜住宅弊案。
2015年8月31日，南投县长李朝卿因涉及南投莫拉克风灾重建索贿弊案。
2016年1月，台湾海巡署证实月初确有海巡艇射水柱驱离两艘越南渔船，原因是“已侵入台湾领海内”。今次是台湾巡防艇，首次对越界渔船发射水炮。
郭台铭受前总统马英九于2008年中华民国总统选举后要求而在高雄软件园区兴建的“鸿海高雄软件研发大楼”。该大楼当前主要用于放置云端机房与机柜和办公室出租。，引起高雄市政府置疑。

高雄自由贸易及生态港跳票

高雄自由贸易及生态港，也有人称之为高雄港市再造，为马英九2008年在参选中华民国第十二届总统时，爱台十二建设政见之子项目，预定投资金额为新台币577亿元。
此计划中的许多子计划后来又被马英九政府纳入高雄海空经贸城及“黄金十年”计划中，作为2012年中华民国总统选举的政见。
2017年高雄市立委刘世芳说，前总统马英九提出的“爱台12项建设”中预计对于高雄的建设，都没有实践，沦为空话。然而马英九政府在2011年马英九就职三周年记者会上宣布“其政见就职3周年落实率到达90%”，也在2015年表示，爱台12建设的达成率已经到98.6%。高雄立委李昆泽批评爱台12建设用在高雄的实际预算从马英九2008年执政到2015年累计只有原先2008年承诺577亿元的三分之一不到（仅编列高雄港洲际货柜中心预算），明显重北轻南。

计划成果

2017年高雄市立委刘世芳说，前总统马英九提出的“爱台12项建设”中预计对于高雄的建设，都没有实践，沦为空话。然而马英九政府在2011年马英九就职三周年记者会上宣布“其政见就职3周年落实率到达90%”，也在2015年表示，爱台12建设的达成率已经到98.6%。高雄立委李昆泽批评爱台12建设用在高雄的实际预算从马英九2008年执政到2015年累计只有原先2008年承诺577亿元的三分之一不到（仅编列高雄港洲际货柜中心预算），明显重北轻南。
2011年年终之际，李昆泽与许智杰及高雄市政府曾反映，当高雄市政府依据马英九的政见向中央政府机关争取相关预算补助时，却只见各部会互踢皮球不认账。
然而当时正在竞选总统连任的马英九竞选总部发言人回应：“部分未及于本届任内实现的政见，马吴会继续努力。”
截至马英九政府卸任时，曾在2009年行政院新闻局编印的【中华民国年鉴-中华民国97年】一书中被列为扩大内需方案，包括“高雄自由贸易及生态港”在内的四项优先基础公共建设，仅桃园国际航空城稍有进度。

高雄港洲际货柜中心

2011年马英九政府表示已经核定洲际货柜中心计划。然而该计划仅是延续陈水扁政府的政策。

高雄圣淘沙

2011年12月，高雄在地立委李昆泽、邱志伟与许智杰批评马英九政府上任前提出“改造旗津成为高雄圣淘沙海洋游乐园区”，数年过去，却毫无规划也没编任何预算。反倒是当高雄市政府为了防止旗津海岸线持续推缩百米而向马英九政府争取经费要作“旗津海岸线保护工程”进行国土复育时，中央的营建署与水利署却不给任何补助，导致高雄市政府只好在增加自身财政负担的情况下编列7亿元进行国土复育。
后来民进党立法院党团披露，高雄自由贸易及生态港中“改造旗津地区成为高雄国际海洋游乐区”的计划已被取消。

海洋科技文化中心、港区生态园区

民进党立法院党团披露，高雄自由贸易及生态港里“设立海洋科技文化中心”、“港区生态园区”等计划已被取消。

高雄国际机场扩建仓储物流设施，并改造周边交通

由于未见马英九政府后续的政策规划落实，高雄市政府已经于2015年自行对外洽商开发小港机场的特仓区。

改造哈玛星、鼓山、苓雅等旧港区

马英九政府上任后到卸任前，行政院曾编列300万元的规划费用于规划旧港区周边地区与旗津地区的再开发计划。