護法運動

北洋专政

1911年辛亥革命之后，1913年2月，中华民国根据《中华民国临时约法》规定，进行首次国会选举，并且在1913年4月8日首次召开国会。国民党得票最多，成为国会第一大党，预备由宋教仁组阁。之后，宋教仁遇刺身亡，引发二次革命。结果为袁世凯大总统以武力压服，孙中山等流亡日本。1914年6月23日，在东京开中华革命党成立大会，众推孙为总理。
袁世凯解散国会，并且废止《中华民国临时约法》，袁世凯于第一次世界大战期间被迫同意日本对华《二十一条》。1915年12月12日称帝，为洪宪帝政。1915年12月，蔡锷等人发动护国战争反对袁世凯称帝，取得成功。袁世凯被迫取消帝制，之后于1916年6月6日病逝。袁世凯大总统死后，坚持宪政治国，国会中仅次于国民党的第二大党进步党，研究系领袖黎元洪任大总统，在南京的北洋直系军阀元老冯国璋任中华民国副总统。
以北洋正统派首领自居，依附日本军阀，日本支持的皖系军阀首领段祺瑞在控制国家财经命脉支柱的交通系和安福俱乐部拥戴下出任国务院国务总理，旧国会亦恢复。不久，黎元洪与段祺瑞在国务院秘书长人选上发生争执，请出北洋军阀元老徐世昌出面协调。其后因中国是否因第一次世界大战向德国宣战，发生府院之争。
日本表示支持皖系、交通系的段祺瑞，英、美等支持研究系、直系的黎元洪、冯国璋。段祺瑞主张参战，而黎元洪及国会有所保留。段祺瑞下令手下十几个督军组成“督军团”开到北京施压，要黎元洪在对德宣战书盖印，为了平息风波黎元洪勉强同意盖印。段祺瑞仍不满足，又大肆干涉国会。后来段祺瑞私自向日本借款事件被揭露，1917年5月21日，黎元洪下令撤销了段祺瑞的国务总理职务，免去总理之职。任伍廷芳出任代理国务总理。
段祺瑞愤然离京去津，并指根据《临时约法》，总统无权撤销总理职务不承认免职令。令属下各省督军宣布独立。拥段的督军在各地宣布独立。
黎元洪急电召安请督军团团长张勋入京调解，段祺瑞欲利用张勋对付黎元洪而支持入京。却引致张勋在1917年7月1日为溥仪复辟，黎元洪迫于张勋的压力，要伍廷芳签署解散国会的命令，伍廷芳辞职拒绝，黎元洪任命江朝宗代理总理，签署解散国会，随后卸任。国会亦被解散，是为“张勋复辟”。
“张勋复辟”最后被段祺瑞的讨逆军所镇压，黎元洪引咎辞职，7月6日总统之职由英美支持扶植的直系军阀冯国璋取代，冯国璋代理大总统，段祺瑞任国务总理，重新掌握北京政府实权。段祺瑞称事件为“再造共和”，但段祺瑞一上台就把毁灭约法和武力统一作为施政重点，公开宣布“一不要约法，二不要国会，三不要旧总统”，是因为国会曾反对他。段祺瑞废止了1913年选出的国会，与进步党首领，研究系的梁启超等组织临时参议院。

南北对立

南方五省（粤、桂、滇、黔、川）军阀均反对段祺瑞的做法，仅由段祺瑞控制的十四个行省进行国会选举。其选举过程被段祺瑞的皖系“安福俱乐部”所控制，故称为“安福国会”，原有法统亦已不再存在。日本支持的皖系军阀段祺瑞后连合日本幕后扶植的奉系军阀张作霖、英美支持的直系军阀的冯国璋、成立英、美、日列强支持的北洋新政府，力求专制和武力统一。
返回中国隐居的孙中山跟黎元洪和旧国会的“院派”，同样反对中国参战的态度。当张勋复辟时孙中山首斥段祺瑞召祸致乱，斥段祺瑞为“以叛讨叛，以贼讨贼”亦不满日本大举介入干涉中国内政。于在上海支持声援“院派”反对北洋政府专政解散国会。德国公使辛策于3月25日返国前，特命德国驻上海总领事克里平竭力联络孙中山，表明德国愿支持中华革命党的运动并同盟对抗日本。为此克里平派其翻译西尔穆尔(Schirmer)与曹亚伯相偕秘密谒见孙中山。
过去的盟友日本在中国的活动已引起孙中山的担忧和反感，孙中山对与德国联手对抗段祺瑞，和北洋军背后的日本表示甚为赞同。为与北洋军作战所需的资金，孙中山向德国协商支援二百万银圆款项。由孙中山所信任的蒋中正负责经手交涉，一说蒋中正与张静江在旗下开设的上海证券交易所与金融界也募集大量资金，作为孙中山的军费后盾。
护卫《中华民国临时约法》的孙中山号召下，章太炎、李烈钧、谭人凤等人也纷纷再度加入旗下拥护《临时约法》恢复国会，遂展开护法运动。

孙中山南下广州

1917年7月17日，在章太炎陪同下，孙中山率领两艘军舰从上海抵达广州，正式揭起护法旗帜。此时张勋复辟已经于7月12日被段祺瑞再造共和的讨逆军粉碎，但是段祺瑞表示拒绝恢复旧国会，拟定要重新选举新国会。孙中山在到达广州的当日晚，就发表演说，明确提出护法的宗旨是打倒假共和，建设新共和，并呼吁各界奋起为护法而斗争。通电号召北京旧国会议员南下参加护法到广州另组新政府。海军总长程璧光反对段祺瑞蹂躏约法破坏民国，拥护孙中山的护法主张，宣布脱离北京政府。从上海率第一舰队永丰舰等九艘战舰支持孙中山，于7月22日抵达广州，壮大了护法的声势。徐绍桢应孙中山之邀由沪至粤共同护法。伍廷芳、王正廷、唐绍仪、孙洪伊等旧国会议员应孙中山的号召，南下广州。
护法运动当时也得到了在地方上实质独立，原护国军组成的西南军阀某种程度的支持。段祺瑞的武力统一政策除了对付革命派以外，也直接危及到西南军阀的地盘，因此他们想借助孙中山的声望，以对抗段祺瑞的武力统一和扩大自己的实力。广东、广西、云南、贵州与四川相继再次宣布脱离北洋政府加入护法运动，大西南连成一片，成为护法中心。
8月25日，南下旧国会议员已达150多人，由于不足法定人数不能召开正式会议，便根据孙中山的提议决定在广州召开“国会非常会议”。8月25日，非常国会开幕，决定组织护法军政府会议通过：为维护《临时约法》，在广州组成中华民国军政府，设中华民国军政大元帅一人、元帅三人，行使中华民国行政权。
9月1日，非常国会九十一人投票，以八十四票选出孙中山为中华民国军政府大元帅，之后选出云南督军滇系唐继尧、两广巡阅使桂系陆荣廷为元帅；另外，以伍廷芳为外交部总长，唐绍仪为财政部总长（但未上任），程璧光为海军总长，胡汉民为交通部总长。孙中山于9月10日宣督就职，任李烈钧为参谋总长，李福林为亲军总司令，许崇智为参军长，陈炯明为第一军总司令，护法军政府成立。宣布段祺瑞等为叛逆，誓师北伐。在孙中山的号召下，护法战争正式开始。更曾一度任代行非常总统。

护法战争

1917年9月孙中山出任大元帅时，留在上海的蒋中正即向孙中山提出一份“对北军作战计划书”，认为“北方政府所辖之军队，约在三十万以上，然实际上可为其动员者，即以冯、段二派势力合计，则其数亦不过六万。”“北军虽众，而为段氏冒死南犯者甚鲜”计划军政府从粤、桂、云、贵、川、湘等大西南地区动员多于敌的兵力三路挥军北进。
军政府成立后，形成南北对峙局面。段祺瑞废除《临时约法》，自立国会，提出“武力统一”的口号。段祺瑞为实现武力统一计划，积极派兵向南进攻。在护法军成立前，即派心腹傅良佐为湖南督军，将调北洋第八、第二十师大肆开入湖南引起各界强烈不满。9月18日，零陵镇守使刘建藩与驻衡阳的湘军旅长林修梅联衔通电，宣告湖南自主。10月1日，蒋中正向孙中山提出“滇粤两军对于闽浙单独作战之计划书”主张护法军应在湖南采守势，而把主力作战转集中于闽、浙沿海一带，尔后再伺机北伐。
10月6日，护法军组成护法军湘军指挥部，推举程潜为总司令。同日，湘军护法军与北洋军湘潭、西倪铺开战，拉开了南北战争（护法战争）的序幕，护法战争正式爆发。湖南、广东、广西护法联军与北洋军在衡山、宝山对抗近一月，战况十分激烈。﹔广西督军谭浩明任粤桂护法联军总司令﹐率四军入湘助战，云南督军唐继尧任滇黔靖国联军总司令﹐指挥四军进攻四川﹐海军总长程璧光等人指挥五十余营兵力攻入福建。段祺瑞闻讯﹐令湖南督军傅良佐指挥北洋军第8﹑第20师和湖南陆军第1﹑第2师﹐控制岳阳至衡阳铁路沿线要地﹐阻止粤桂联军北上。
长江上游总司令兼四川查办使吴光新率两个混成旅由湖南援助四川﹐牵制滇黔靖国联军北进﹔闽﹑赣两省军队和广东军阀龙济光﹑莫擎宇﹐分由闽﹑赣和海南岛﹑潮汕地区向广州方向进攻。傅良佐令第8﹑第20师等军反攻﹐刘建藩与林修梅不敌败逃﹐衡山﹑宝庆等地相继失守。
当时支持广州军政府的，以广西、云南的西南军人实力最强。湖南亦有谭延闿、赵恒惕、程潜支持护法。在桂系陆荣廷的支持下，11月，护法军开始取得优势，接连攻宝庆、永丰、湘乡、衡山、湘潭等地。傅良佐向北败退。护法联军乘胜追击﹐孙中山在于11月1日任命蒋中正为大元帅府参军，18日，湘南护法军占领长沙。
此时全国各省护法势力也纷纷起来响应。12月初，滇、黔、川护法联军赶走了段祺瑞派到四川的查办使吴光新攻占重庆，吴光新率残部逃入湖北宜昌。同月黎天才等人在襄阳通电宣告自主，组成“湖北靖国军”；郭坚等人在凤翔宣告独立，组成“陕西护法军”。河南、山东等省也有靖国军相继起义，护法军一度取得了胜利。援闽护法联军于12月中旬在潮汕地区击败莫擎宇和援莫闽军后﹐继续向福建进攻。
在湖南主要战场上护法军连战接捷，迫使北洋军多次易帅并攻占岳阳﹔四川、福建、湖北等战场也取得了一定的胜利。援闽护法联军在恩平﹑阳江等地击败龙济光后﹐乘胜向廉江﹑遂溪等地追击﹔护法军节节胜利﹐鄂﹑浙﹑鲁﹑豫等省地方势力相继呼应﹐三、四个月内的短暂时间，护法运动就遍及到十几个省份﹐之后随即让段祺瑞为此被迫辞职。

第一次南北议和

在北洋政府内部各派系皆从自己利益出发，段祺瑞主张“武力统一”，借此扩充皖系势力；直系冯国璋为了牵制实质掌权的皖系增强自己争权的实力，在对西南护法军问题上采取了不同的态度，高喊“和平统一”竭力要求保持西南各省的势力借此讨好西南军阀，保护直系的利益。护法军11月在湖南击败段祺瑞进攻后，护法运动延烧全国十几个省份，以冯国璋为首的直系暂占上风。
直系北洋军第八师师长王汝贤、第二十师师长范国璋发出通电主张停战议和。紧接着直系长江三督和直隶督军曹锟联名发表通电响应停战。段祺瑞因此于11月16日被迫辞去国务总理之职，梁启超亦随之辞职。由外交总长汪大燮暂时代理国务，1917年12月1日请出北洋军阀元老领袖王士珍任国务总理兼陆军总长。
冯国璋劝说西南军阀放弃武力“和平解决”。西南军阀本来就不是真心护法，现在地盘和实力得到了巩固，于是就与直系军阀勾结，反过来破坏护法运动。粤桂湘护法联军攻入岳阳后﹐陆荣廷等人在借由孙中山与护法运动的名义﹐大举接编收扩张自己的兵力与势力。各自把原本不到一省的势力，假藉孙中山的名号疾速扩张到横跨各省后，便篡夺原本是呼应加入运动的护法军兵权拥兵自重，企图以护法军不攻湖北﹑北洋军不攻岳阳为条件﹐与北洋集团媾和割据中国。
12月，陆荣廷、唐继尧在未经护法军大元帅孙中山同意下，违令自行在湖南、四川两条战线宣布单方面停战，南北暂时停战。桂系陆荣廷、滇系唐继尧在1917年底决定背弃孙中山的广州护法政府与冯国璋单独议和。提出恢复国会，停止湘粤进兵和作为交换拥护冯国璋继任总统，广西、广东取消独立的条件。冯国璋发出停战布告，责成南北停止敌对行动。

战端再开

1917年12月2日，段祺瑞策动督军团北方十督：曹锟、张怀芝、张作霖、倪嗣冲、阎锡山、陈树藩、赵倜、杨善德、卢永祥、张敬尧在天津举行督军团会议。12月6日联名电请冯国璋明令讨伐西南，12月31日，北方十督发表通电，坚决反对恢复旧国会，主张以皖系控制的临时参议会代行国会职权，选举正式大总统，企图“合法倒冯”。冯国璋只得表示让步。任命段祺瑞为参战督办，段芝贵为陆军总长，以消解皖系的不满。
1918年日本向段祺瑞提供了大量贷款，并协助组建和装备军队,其贷款还被用于安福国会庞大的贿选开支。
1918年1月主张“和平统一”的冯国璋受皖系、直系压迫，命曹锟向湖南开战。冯国璋令援湘军第1路总司令曹锟﹐率北洋军第3﹑第7师和5个混成旅﹐经鄂南攻湘北。第2路总司令张怀芝率山东暂编第1师﹑江苏第6混成旅和安武军﹐在赣军配合下经江西攻湘东。；在失去已掌握大多兵力的陆荣廷、唐继尧的广西、云南西南军人桂系、滇系支持下，孤立无援的护法军被迫单独与曹锟作战。
1918年2月曹锟军入湖北、湖南，压迫湖南谭延闿、赵恒惕、程潜的湘军。3月，冯国璋声称要亲自讨伐西南，率拱卫军乘专车南下想回到直系的自己大本营南京。在蚌埠被皖系安徽督军倪嗣冲拦截。同时张作霖率奉军入关“兵谏”。皖奉结成反冯联盟，冯国璋不得已只好请出段祺瑞复职。

第二次南北议和

段祺瑞重新上台出任中华民国国务总理，组织北洋军大举南侵，护法军在湖南的领地很快大量丢失。在4月，护法军湖南大败，北洋军连占岳阳﹑长沙﹑衡阳﹑醴陵等地，护法联军向湘粤桂撤退。但跟桂系、滇系密约的敌前指挥直系吴佩孚得到湖南后，不顾段祺瑞反对停止进攻，在7月与南方议和罢战北归。1918年8月，北京安福国会开幕，此时冯国璋与段祺瑞彼此不和相争，后来二人相约在1918年9月4日共同下野。
1917年8月14日，北洋政府向德国宣战，成为第一次世界大战战胜国。同年9月，段祺瑞与日本交换了关于山东问题和向日本借款的公文，驻日公使章宗祥向日本政府亲递换文。作为借款的条件之一，其主要内容为： 1、胶济铁路沿线日本军队，除济南外，全部调集青岛。2、胶济铁路由日本指挥的巡警队警备。3、胶济铁路由中日两国合办经营。 
段祺瑞对日本的提议"欣然同意"。但日本在山东的权益没有收回，这换文反而被日本扩大了，成为巴黎和会上日本强占山东的借口。1918年10月，段祺瑞操纵皖系经在安福国会选举徐世昌为总统，幕后控制政府，长期主张和平，标榜“偃武修文”担任调和元老的徐世昌就职总统后下令停战，于是战事终止。之后段祺瑞强迫徐世昌取消吴佩孚职务。此战护法军虽然大胜北洋军阀一时﹐但由于没有专属自己的武装力量﹐终因南北军阀妥协而告失败。

护法停止

1917年底，陆荣廷、唐继尧、莫荣新等联同唐绍仪召开“中华民国护法各省联合会”，1918年1月，西南军阀于军政府之外正式另组“中华民国护法各省联合会”另设立一权力中心，以岑春煊为议和总代表，主张承认冯国璋的北洋政府法统，组成联合政府。加紧谋求与北洋军阀妥协。
唐继尧将滇军改组为靖国军，利用"靖国军"之名在英国幕后支持下实行扩张，自任总司令。12月联合黔军和川军，唐继尧自任川滇黔靖国联军总司令，桂系也同样受英国大力赞助。
除了海军、元帅府亲军及二十营粤军外，孙中山在广州军政府内缺乏实质军事力量支持，甚至到了“令不能出士敏土厂（大元帅府）”的情形。
在战事终止后，陆荣廷、唐继尧等“回归”广州“护驾”孙中山，为了把坚决反对与北洋军阀妥协的孙中山排挤出护法运动，西南军阀又进一步收买非常国会。广州护法政府逐渐由旧桂系、滇系军人控制。
皖系段祺瑞由于长期跟直系冯国璋相争，决定派出密使在收买桂系交换利益下换取陆荣廷的承认安福国会和皖系徐世昌北洋政府的“法统”，成立皖桂同盟；孙中山亲自下令海军炮击广州督军府，发动兵变希望推翻桂系统治。

桂系夺权

1918年1月28日，支持孙中山对抗桂系的主力—海军，海军总长程璧光被暗杀。孙中山气愤的认为是桂系用以打击他所为，桂系和支持桂系、直系军阀执政，长期强烈反对声讨指责护法军北伐行动的英、美媒体，则纷纷大肆指称是孙派所杀，凶手为谁所指使有争议。失去程璧光海军对抗的非常国会从此受桂系操控。
1918年2月靖国军控制四川，陕西、湖南、福建部分军事首领，亦以"靖国"相号召，唐继尧以川、滇、黔、鄂、豫、陕、湘、闽八省联军总司令自命，滇系军阀的声威达到空前绝后的顶点。
1918年3月，徐绍桢被孙中山任命代军政府卫戍总司令、广州卫戍总司令兼陆军部练兵处督办。滇系、桂系勾结直系，破坏护法军的北伐计划，4月10日非常国会秉承西南军阀的意旨，通过《中华民国军政府组织大纲修正案》，决定改组军政府，将大元帅制改为总裁合议制。孙中山坚决反对这一决定。
次日他即向国会指出擅行改组军政府是非法的，并坚决表示：“即于改组后有欲以为总裁者，亦决不就之。”1918年5月4日，孙中山愤向非常国会提出辞职，通电揭露西南军阀破坏护法的真面目，向国民沉痛宣告：“吾国之大患，莫大于武人之争雄，南与北如一丘之貉。”
在广州缺乏制衡桂系军事力量的孙中山，调集手下广东省长朱庆澜的粤军警卫军20营，改编为军政府直辖护法军，陈炯明率领。并从上海招集蒋中正赴广州，任命蒋为粤军总司令部作战科主任，负责规划闽南战役。改靠沪、粤、闽、浙、赣各省的势力重整展开北伐作战。
1918年5月20日通过改组，非常国会不顾孙中山的警告，改组军政府，选举唐绍仪、唐继尧、孙中山、伍廷芳、林葆怿、陆荣廷和岑春煊等7人为总裁，废除大元帅制，以七总裁取代大元帅。孙中山在广州被架空，被迫辞去大元帅一职，桂、滇各系控制国会改组护法政府。
5月21日，孙中山在失望之余离开广州，前往由蒋中正主持的上海，之后广州军政府以岑春煊为主席总裁，护法运动失败，第一次护法告一段落。

援闽重整

1918年6月，孙中山命令蒋中正与陈炯明，以援闽粤军的名义向福建进军，联同海军部分舰队开赴潮梅一带。粤军陈炯明的第一军与蒋中正的第二军一路攻破嵩口、丘滨、永泰直逼福州，击败段祺瑞的闽浙援粤军，段祺瑞亲令总司令李厚基与孙中山划界停战。陈炯明曾以“粤军可百败而不可无兄一人” 挽留蒋中正留任粤军，但蒋中正仍婉拒，辞任第二军长把粤军交与许崇智和陈炯明后回到上海。
援闽粤军进军福建稳住阵脚以后，在驻福建两年期间，从原本人数不满五千的部队扩展至成2万多人六个旅的劲旅。由陈炯明与许崇智负责指挥，许崇智率军在闽浙扫荡北洋军的闽浙援粤军残部，以解除粤军的后顾之忧。
1919年，粤军以陈炯明为粤军总司令兼第一军军长，亲孙中山的许崇智为第二军军长。1919年10月10日，孙中山将中华革命党改组为中国国民党，1920年3月孙中山完成“地方自治开始实行法”。1920年中，仍驻广州的军政府出现内哄，英国支持的桂系与滇系争权。
1920年4月，直奉结成反段联盟。曹锟、吴佩孚、张作霖在1920年7月14日发动直皖战争，皖军大败。曹锟、吴佩孚击败皖系，逼退段祺瑞，解散安福国会共同控制北京政府。在张作霖支持下，原来就毫无实权，在各派系军阀居间调停的徐世昌继续任职傀儡总统。

直系北洋政权与广奉皖倒直三角同盟

1922年4月，皖系段祺瑞同奉系张作霖以及广东的孙中山建立了倒直的“三角同盟”，4月初吴佩孚暗地里派人去广东，与陈炯明联系，要陈炯明武力反对孙中山北伐。
1922年4月23日孙中山在越秀山总统府召开全体幕僚会议决定行止。大本营内，有两种意见，一是主张暂缓北伐，先清内患，解决“陈家军”。蒋中正等力主进攻消灭陈炯明。；二是立即转道北伐，避免与陈炯明直接冲突。
孙中山赞成第二种意见，蒋中正则答“先生，如果不彻底解决陈家军问题，将来后患无穷。”但孙中山认为“竞存叛迹未彰，在桂粤军数年奋斗，犹欲保存。”对蒋中正的意见未加接纳，因此，他决定亲自督师北伐“两广仍交竞存办理，给以殊恩，当能感奋”。蒋中正便离开广东时给陈炯明写一封信，劝曰：“吾公如能深信中正之言，采纳一二，勿听细人之谗，勿堕宵小之计，服从总理，共图北伐，则中正虽守制未终，尚思待罪疆场，执鞭以从，聊供指臂之助。”双方仍留转圜余地。
孙中山返抵广州，即委任陈炯明为北伐军第一军总司令，并向陈炯明表示：“不生异词，必当倚任如前。”他又派伍朝枢、古应芬、居正、廖仲恺、马君武、汪精卫、程潜敦促陈炯明回省城。许崇智、、魏邦平、梁鸿楷、李福林、黄大伟、李云复、徐军雁等粤军将领，致电劝陈炯明，但陈炯明拒绝出任称“自今后，息影田庐，躬耕养母。”孙中山以极其恳挚的言辞，给陈炯明发了电报：“革命既无半途而废之理，十年患难道义之交，一旦相弃，纵弟不求谅于人，兄则何忍为之。望兄速取消退隐之志，投袂而兴，终始国事，庶几执信、仲元得以瞑目。”。
1922年4月28日，张作霖、段祺瑞和孙中山联盟对抗直系曹锟、吴佩孚发动直奉战争，第一次直奉战争爆发。夏天，孙中山亲自督师在韶关建立北伐大本营，以粤、滇、赣、湘军组成联军进攻江西的直系。
1922年5月4日，奉系张作霖溃败，退出山海关，在秦皇岛遭到了直系海军的炮轰。北方战场上直系获胜，由日本扶持的奉系退出北京。直系曹锟、吴佩孚占领北京控制了北洋政府，受英美幕后操纵支持承认的直系成为在北京中央政府唯一的一个军事集团。
此时吴佩孚秘密与陈炯明密约，吴佩孚在北方驱逐徐世昌，陈炯明在南方推翻孙中山。步骤是：第一步藉昏懦的黎元洪复位，利用废督裁兵打倒曹锟和各省军阀，失败也是黎元洪受害，再用国会急选吴佩孚、陈炯明为正副总统，时机未熟举文人伍廷芳、蔡元培为正副总统，为暂时过渡人物。
直系北洋政府便以“恢复法统”之名指徐世昌总统为非法，迫其在6月2日去职。徐世昌宣布辞职下野，自此退出政界。吴佩孚发出恢复旧国会的通电，原来国会亦再次召开。直系军阀名噪一时，成为全国势力最大的一支军阀，在英美大力资助支持下企图控制全国。
为了以合法的名义达到大总统职位，曹锟用尽心计首先逼退徐世昌，迎原总统黎元洪复职，先让黎元洪上台完成其原来大总统任期。黎元洪本不愿再度复出，但吴佩孚策动了规模空前的“劝驾”攻势，让被遗忘以久的黎元洪家里每天车水马龙，门庭若市，黎元洪在自以为饱受全国各界热烈欢迎下，以重提“废督裁兵”为条件复出政界。曹锟、吴佩孚对于黎元洪的条件皆通通答应，黎元洪在曹锟、吴佩孚利用下出任短期过渡的傀儡大总统。
黎元洪在就职演说中大唱高调：
“余为中华民国国民一分子，既是各方面迫于救国之诚，促余复出任职，余岂能再事高蹈？亦只得牺牲个人前途。出京五载，国家元气所丧如是。此来因各方敦迫，不得已暂行大总统职权，藉以维持国际上之地位。其余众事，静待国人解决。”
黎元洪一上台，立即下令撤销对孙中山的通缉令，并电邀孙中山入京筹商国事；内阁组成后，黎元洪和一些内阁成员分别发电迎接伍廷芳北上组阁，并电邀唐绍仪、陈炯明、岑春煊、谭延闿等来京共商大计。南方人士认为这是虚伪的表示，加以拒绝，被邀人士无一北上。其中，谭延闿]]表示不就内务总长职，黄炎培表示不就教育总长职。伍廷芳发出通电，认为黎元洪复职没有法律根据。李烈钧态度更为强硬，联名发表通电斥骂黎元洪叛国，说他和旧国会都是直系军阀的傀儡。结果黎元洪拉拢的计划落空。
黎元洪重新上台后，之前废督裁兵和所有许诺被曹锟、吴佩孚抛诸脑后。曹锟和同乡嫡系心腹高凌霨同时在政治上百般刁难，让黎元洪任期内其政府无法工作。北京政府六度更换内阁总理一年之间换了六茬，黎元洪毫无实权可言。后来曹锟唆使手下在总统府前高呼反黎口号“驱黎拥曹”，所有电话、电报亦被截断。当初“劝驾者”现在全都不知所终。最后曹锟直接派人上门进行恐吓，手无任何兵力的黎元洪见已无法生存，被迫乘火车欲逃亡天津。
结果黎元洪任命的直隶省长王承斌率部队在中途等候，在天津将黎元洪困火车恐吓强逼他交出印信。悲愤的黎元洪无奈之下只能交出总统印信。直到次日清晨北京来电称已得印信，王承斌逼黎元洪在自动离职电稿上签字后才予释放。黎元洪去职后由直系曹锟亲信国务院内务总长高凌霨代理大总统。

讨直北伐战争

孙中山于5月6日从广州赴韶关督师，设大本营于韶关。他举行北伐誓师大会，并任命李烈钧和许崇智分别为北伐军总司令和总指挥。于1922年5月9日发布总进攻令，孙中山在韶关大誓三军，旌麾北指。“出师宗旨，在树立真正之共和，扫除积年政治上之黑暗与罪恶，俾国家统一，民治发达”孙中山深感这是联合奉、皖军阀，夹击直系统一中国的千载良机，必须立即出兵策应，他已无暇顾及解决陈炯明问题了。
1922年6月13日，北伐军击溃直系军阀陈光远攻占赣州，随后进据吉安直逼南昌。攻占江西严重威胁吴佩孚的后方，粤、湘、赣、滇、黔组成的护法军，大有跟浙江、安徽的皖系军阀、亲孙中山护法军的鄂、川、闽、陕部队会师联军北上之势。这使吴佩孚打消进攻东北彻底消灭张作霖的想法，转而与奉军在山海关对峙，并回头处理护法军北伐和皖系的问题。
第一次直奉战争获胜后吴佩孚虽想消灭奉系并吞东北，但孙中山已开始北伐，而后曹锟导演了贿选总统丑剧后，皖系浙江军阀卢永祥通电反对曹锟贿选后，反直系的政客和未参加贿选的议员麇集于杭州、上海，浙沪俨然成了反直的中心。终于使吴佩孚下决心先消灭卢永祥和孙中山。吴佩孚命孙传芳为闽粤边防督办，另周荫人代孙传芳为福建督理，但广东的地盘不易深入，吴佩孚便要孙传芳和陈炯明联合起来压制孙中山。

护法军败北

陈炯明要求吴佩孚派兵援助。吴佩孚派出沈鸿英、蔡成勋攻留赣的北伐军。李烈钧部被迫退回粤境。直到7月26日，北伐军开始追击全线向韶关退却的陈炯明。不料陈炯明援军于28日赶来与已疲备不堪的北伐军作战。
6月1日旧国会参众两院议员王家襄，吴景濂等在天津集会，宣布“非法总统”徐世昌无效，徐世昌于2日宣布辞职，之后黎元洪复职。北方各界以护法运动目的已达为由，纷纷希望孙中山下野以求打破两个总统的僵局。而粤军中的叶举等人也联名发电文要求孙中山下野。陈的部下，粤军将领邓铿遭暗杀，孙文一方坚称是陈炯明所为，但近年来一些学者根据史料认为此事有可能是孙文一方所为。
1922年6月16日，陈炯明部下叶举在通知孙文后，出兵围攻总统府，鸣炮警示孙文离开广东。孙文转移到到永丰舰（后改名中山舰）还击轰炸广州后离开广东，史称“六一六事变”。
8月3日，北伐军在南雄召开军事会议，决定分东西两路撤退。李烈钧、李明扬、赖世璜经湘南进广西继续讨逆。8月9日坚守在白鹅潭的孙中山得知北伐军回师失利，他已是孤军无援，决定离粤赴沪。下午3时他乘英舰“摩轩号”到香港，次日改坐“俄国皇后号”赴沪。
8月15日，陈炯明自任粤军总司令。
孙中山至8月初离粤退居到卢永祥势力范围的上海。第二次护法运动失败。

沪桂滇粤联合反攻广州

1922年8月15日，退往上海的孙中山发表讨伐陈炯明的宣言，随后命徐绍桢北上与关内外各派军事将领商讨国事。为了集中力量消灭陈炯明军队，孙中山决定与皖系合作，利用段祺瑞的势力驱逐投直的闽系军阀李厚基。
10月，孙中山将北伐军改为讨贼军，任命许崇智为东路讨贼军总司令，蒋中正为参谋长，从闽南方向讨伐占据广东的陈炯明。讨贼军跟皖军联合下，打败了李厚基及增援的直军，迅速占领了闽南进攻潮汕。
孙中山又派邹鲁负责策划与驻广西的滇、桂军及驻西江的粤军联系，组织滇、桂、粤军联合的西路讨贼军。林直勉、邓泽如、廖湘芸也奉命入桂，进行策反工作。
跟陈炯明不和的刘震寰想取得广西总司令的地位，最有势力的沈鸿英也不满于陈炯明的作法与掌握滇军的杨希闵同与邹鲁、岑春煊策画密谈表示加入讨贼军，孙中山便委任为桂军一路总司令、第二路总司和滇军总司令。
12月26日，受孙中山委任的杨希闵、沈鸿英、刘震寰及拥护孙中山的粤军等各派代表，在广西白马庙举行商讨战略和合作问题会议组成西路讨贼军。
白马会盟后，西路讨贼军迅速发起进攻。梧州早与西路讨贼军秘密联系里应外合，未费一枪一弹就收复了梧州。西路讨贼军长驱直入挺进粤境，陈炯明大败。1923年1月14日，粤军纷纷宣布脱离陈炯明，拥护孙中山回粤。陈炯明被拥护孙文的滇系、桂系与倒戈粤军联合组成的西路讨贼军击败，1923年1月15日通电下野，率残部逃亡惠州。
西路讨贼军进入广州。1923年2月15日，孙中山偕同谭延闿回到广州，3月1日孙中山第三次在广州组织政府—海陆军大元帅大本营，以伍朝枢外交部长、廖仲恺财政部长、谭延闿内务部长，蒋介石为大本营参谋长，朱培德为参军、徐绍桢任广东省长。孙中山回到广州，没有一时安稳的日子。4月，桂系军阀沈鸿英接受北京政府所任命的广东督理一职，发动了对广州的攻势。孙中山亲自督战很快击败沈鸿英。沈鸿英逃往香港。
此时占据东江的陈炯明，在英国的支持武装下又来攻击，孙中山知道陈炯明已为大患，便命各军围攻其陈炯明亦在国民革命军东征中被彻底打垮。

孙中山逝世

此时，孙中山认为自己跟段、张的主张已大致相同，且认为此时乃13年来最难得的一个谋取和平的机会，并建立一个统一政府，故很快发表《北上宣言》提出废除不平等条约，组成“国民会议”，整装离粤北上与段祺瑞筹开国民会议。孙中山赴北京后，把其在广州的军权交给蒋中正统领。1925年2月全权统率军队的蒋中正发起第一次东征，许崇智参加东征讨伐陈炯明。张作霖、冯玉祥召开天津会议，决议成立中华民国执政府与善后会议以取代国会，由于孙中山于此时尚在来京途中，推段祺瑞先为“中华民国临时执政”，兼任总统与总理之职。
孙中山1925年1月北上抵京后即开始病发，住进协和医院进行治疗，此时健康已急转直下，至1925年3月12日孙中山在北京去世。北上议和筹开国民会议因此没能成功。中央政治会议主席由胡汉民接任。统率军队东征陈炯明的蒋中正获悉孙中山逝世消息后，在军中发哀告全军将士书，其后回师广州祭奠。