臺灣與日本關係史

1683年以前

日本从室町时代（1336年至1573年）开始，以高砂、高砂国、高山国称呼台湾。进入安土桃山时代（1568年至1603年）以后，开始寻求官方往来。日本后阳成天皇文禄2年（1593年），丰臣秀吉派遣使者原田孙七郎谕令高山国纳贡，但是因使者找不到可以传递文书给高山国的人而无功而返。
日本进入江户时代（1603年至1867年）以后，日台开始有官方往来。日本庆长14年（1609年），德川家康任命有马晴信晓谕台湾原住民纳贡，原住民不予理睬。元和2年（1616年），德川家康任命长崎代官村山等安征服台湾，等安以次子村山秋安率领2、3千人征台，但因遭遇风灾无功而返。宽永5年（1628年），荷兰驻台湾的荷兰东印度公司与日本商人因贸易纠纷而发生“滨田弥兵卫事件”。宽永15年（1638年），日本锁国，荷兰商馆迁移到出岛。宽文二年(1662年)，郑成功代替荷兰东印度公司统治台湾，重建台湾政权，结束荷兰人在台湾的统治。郑成功死后，由于清朝对郑氏（东宁）势力进行封锁，郑经加强与日本的经贸往来。当时台湾对日本主要输出品为稻米、鹿皮、蔗糖及来自中国国内的丝织品，从日本进口银、铜、铅、盔甲、棉布、瓷器等。为了加强双边的贸易关系，郑经允许日本商人住在基隆，台日双方的贸易量在1665年到1672年达到高峰。郑氏三世之货币，以制钱永历通宝是委托日本铸造，也因为通商频繁，东宁亦流通当时日本的货币——宽永通宝。

清朝统治时期

1683年，清廷派遣施琅率军攻台，结束明郑时期统治，大清将台湾纳入版图。之后再度行渡台禁令限制汉人抵台，渡台者须向官府申报等；而同时期日本幕府亦厉行锁国政策，双方的往来遂中断长达近两百年。1871年，琉球国船队在台湾东南部遇害，是为“八瑶湾事件”。1874年，大日本帝国因八瑶湾事件出兵攻打台湾南部原住民部落的军事行动，是为“牡丹社事件”。日本方面则称为“台湾出兵”或是“征台之役”。

日本统治时期

1895年4月17日，清日甲午战争结束，李鸿章和伊藤博文在日本马关（今下关市）签署《马关条约》，台湾及澎湖被割让给日本。1895年5月23日，唐景崧发表《台湾民主国独立宣言》以拒日本。1895年5月26日，台湾民主国国会议长林维源弃职逃亡福建厦门。1895年5月29日，日军登陆澳底。1895年6月4日，台湾民主国总统唐景崧未战阵前弃职逃亡中国厦门。1895年6月14日，日军转进台北，虽有辜显荣协助指引进城，但遭到人民顽抗，战事之发展对于具有武力优势及拥有正规军之日军而言则出乎意料之外。

1940年代

1945年10月，蒋中正接见美国记者，告以日本天皇命运应由日本人民决定。
第二次世界大战后，中华民国代表同盟国接管台湾并派驻行政长官管辖。
1946年7月19日，在日本的台湾人与日本警方和暴力团在东京涩谷发生冲突，史称“涩谷事件”。
1947年2月27日至5月16日，在台湾爆发“二二八事件”。
1949年中华民国政府迁台后，冷战态势的形成促成同为资本主义阵营的中华民国与日本国开始谋求建立同盟关系。

1950年代

1950年3月31日，中华民国政府通过“台日贸易计划”。6月1日，台湾、日本定期航线开航。6月11日，蒋中正在《革命实践研究院军官训练团成立之意义》讲话中指出“中日两国必须亲睦合作，才能达到共存共荣的目的”。
1951年5月，蒋中正接见日本记者发表谈话，声明合作始能安定东亚，有助世界和平。6月，蒋中正就参加对日和约问题发表郑重声明，指出其抗日最早、牺牲最重、贡献最大，对日和约如无法参加，不独对其不公平，抑且使对日和约失其真实，并将加深远东局势混乱，不接受任何含歧视条件。6月30日，《中日贸易协定》期满，双方同意不定期延长。12月，日本首相吉田茂向美国保证不承认“中共”，并愿依《旧金山和约》之原则与台签订一项恢复正常关系之条约。
1952年4月28日，《中华民国与日本国间和平条约》在台北签字，条约共计十四条，中华民国不索赔偿，条约第二条承认日本已在《旧金山和约》中放弃对于台湾、澎湖以及南沙群岛、西沙群岛之一切权利与要求；蒋中正接见日本缔结和平条约全权代表河田烈，寄语日本朝野，共建东亚和平。8月，蒋中正正式批准签署该条约。裁撤驻日代表团，台、日于台北、东京互设大使馆。10月，日本新任驻台大使芳泽谦吉呈递国书。
1955年3月5日，“中日空运临时协定”在东京签字。4月22日，中日贸易协定签字换文。
1956年2月28日，在二二八事件九周年时，台湾共和国临时政府在东京成立。5月，台日签订贸易协定。8月，蒋中正接见日本各界亲善访问团，团长石井光次郎亲呈首相鸠山一郎手函，并谓日本人莫不感激蒋于日本战败后仍维护日本政体及对日以德报怨之宽大政策。12月，日本政府正式否认鸠山一郎首相调解“二个中国”。联合国安理会通过日本加入联合国。
1957年3月，蒋中正书面答复日本记者，期望台日对付苏共侵略，永久精诚合作。4月，“中日合作策进委员会”在日本东京成立。6月，日本内阁总理大臣岸信介访问台湾，与蒋中正伉俪商谈台日有关问题。9月，蒋中正派特使张群飞日本报聘。
1958年5月，发生“长崎国旗事件”。10月，蒋中正答复日本记者询问时，指斥中共每藉贸易以达其政治目的，盼望日本坚定立场免遭颠覆渗透。
1959年7月，岸信介称，“台湾如在中国共产党统治下，对日本的安全保障是重大威胁”。12月，日本前首相吉田茂访台，谒见蒋中正致敬，并就当时世局交换意见。

断交后至蒋经国时期（－1988年1月13日）

1971年10月，日本在联合国大会2758号决议表决时投反对票，反对中华人民共和国取代中华民国在联合国的席次，但最终失败。
1972年7月，立场亲台的日本首相佐藤荣作宣布退休。周恩来乃利用时机主动发表双方尽速建交之声明。7月6日，日本国会通过亲中的田中角荣继任首相，不顾日本民意，于9月25日访问中华人民共和国，9月29日双方发表《联合公报》，建立外交关系。日本政府同时与中华民国政府断绝邦交，当时日本政府之苦衷曾由大平正芳外相率直表示为“断肠之痛”，不仅是政府而已，甚至多数日本国民也有同样感慨。同日，中华民国外交部发表声明，宣布对日绝交。12月28日，关闭大使馆。惟与日本民间及其反共人士仍维持友好之关系，双方贸易及文化交流继续发展。1973年日本国会议员成立日华议员恳谈会，以维持双方交流。
1975年4月5日，蒋中正逝世。日本内阁官房长官井出一太郎代表日本政府发表一个“非官方”谈话称赞蒋：“在激动历史的转变中的日本国民之间所熟知而且亲密的人士，他是现代中国历史上的人物……确信必将留住人们的记忆里……蒋总统是再造日本的大恩人，蒋中正以德报怨的对日政策，加速了日本战后重建与复兴。蒋总统的逝世对日本国民有如晴天霹雳，有良知的日本国民莫不悲痛万分”，“……蒋总统在本世纪初曾留学日本，并有很多日本友人，为深受日本国民钦佩、敬爱之人物。渠（他）一生与现代中国历史息息相关，亦为一部中国现代史，深信其丰功伟绩将永远留存人类之记忆中。……”同日，前首相佐藤荣作谈话称：“日本将永远难忘蒋总统于第二次世界大战后给予日本的大恩大德。最令日本人难忘的一件事就是，蒋总统于第二次世界大战后对日本以德报怨的恩惠。”《日本经济新闻》说：“蒋氏之死是反攻象征的消失和国共对立抗争解决的好机会”。4月7日，自民党干事会决定派遣前日本首相佐藤荣作为“自民党总裁代理”名义前往台湾吊丧。消息发表后，立刻引起中国大陆方面强烈谴责。中国大陆对日本政府两面讨好作风反应极大，认为“在此《中日和平友好条约》正在交涉缔约的阶段，日本政府此举，实是给日后的中日友好关系予以恶劣的影响”。三木听到中国声明后，“为了不加深对中国方面的刺激”，改变主张，认为最好以私人名义前往吊唁。结果，在自民党会议上，佐藤荣作以自民党“友人代表”出席蒋中正丧礼。其余出席者尚有其兄岸信介、众议员石原慎太郎等人。
1978年6月12日，《中华周报》刊出蒋经国答记者问，表示不能接受采取日本模式，中止美国外交关系，但要广泛地维持贸易关系；美台关系和日台关系完全不同。
1984年1月3日，新闻局宣布专案准许四部日本影片进口，为自1973年以来的首次解禁。
1985年3月16日，蒋经国总统接见前首相岸信介与佐藤荣作遗孀佐藤宽子。8月，日本民间在千叶县岬町建立“以德报怨”碑，以表示对蒋中正的感谢。10月20日，宋美龄函电蒋经国：
“……据告日本自民党书记长等议员数人拟发起组织一感谢团于父亲生日纪念日来华感谢父亲战后对日本宽恕处理有所铭感表示呜谢此事岸信介之婿今外长安倍晋太郎表示反对乃惮‘匪’共对中曾根参拜神社攻讦重演安倍热中逐鹿下届总理大臣不愿开罪共‘匪’经反对自民党发起人热忱较前淡漠岸至今为止其公开态度尚称正确经斡旋主张敦请岸出面领衔由在野宿耆组织之中曾根拟此二年期满后再续一年之请安倍反对甚烈再证诸岸氏支撑其婿为下届总理甚为积极亦可见安倍本人羽毛已丰希饬我在日负责人应特别注意将来及目前应施祝心绪快乐母十月二十日”
1986年9月，为纪念蒋中正百岁冥诞，日本一批政治元老和工商巨头，由前首相岸信介牵头，在日本东京发起成立“蒋公遗德显彰会”。初创成员高达6,000余人，包括岸信介、滩尾弘吉等人。10月下旬，遗德彰显会在日本名古屋举行首届纪念大会，名人政要云集，场面壮观。岸信介本人更在蒋中正画像前，高举酒杯祝“中日两国友谊永固”。

李登辉时期（1988年1月13日－2000年5月20日）

1988年1月13日，李登辉任中华民国总统后积极推动台日双边往来。
1988年11月6日，日本人增田寮将蒋中正手书“横扫千军”捐赠给台北中正纪念堂。此书法是蒋中正于1927年赴日本神户时，应旅馆主人增田宇三之助邀请所书。
1990年11月12日，中华民国驻日代表蒋孝武出席日本明仁天皇的“即位礼正殿之仪”。
1990年代，中华民国官方对日本流行文化解禁后，日本的电视剧、电子游戏、动画及漫画大量进入台湾，对台湾社会产生了巨大的影响力。
1994年2月25日，中华民国总统府秘书长蒋彦士、亚东关系协会会长马纪壮及中国国民党秘书长许水德等人，前往日本参加自民党日华关系议员恳谈会前会长与名誉会长、蒋公遗德显彰会发起人之一滩尾弘吉的公祭仪式。
1994年4月26日，中华航空一架由台湾中正国际机场飞往日本名古屋机场的客机，在降落时坠毁，造成264名机组员与乘客死亡，包括153名日本籍乘客，仅有7人生还。日本前首相福田赳夫、法务大臣永野茂门、日本亚细亚航空会长、社长以及多位参议员均向台湾驻日本代表处表示慰问。
1995年11月，亚太经济合作组织领导人非正式会议在日本大阪举行，海峡交流基金会董事长、中华民国工商协进会荣誉理事长辜振甫以行政院经济建设委员会委员名义代表总统李登辉出席会议。
1996年台湾海峡导弹危机时，日本政府明确对中方提出“直接对话且和平的解决问题”之立场。
1997年8月17日，官房长官梶山静六对日美防卫合作指南中所谓的“周边事态”明确表示“周边事态包含两岸纷争”。
1998年5月，日本国会通过《出入国管理修正法》，恢复承认中华民国护照、取消断交后对赴日中华民国国民发行“渡航证明书”浮贴于护照内页取代一般签证做法，并恢复对中华民国国民的72小时过境免签证。1999年9月，日本政府并进一步放宽对台湾游客赴日多次签证之规定。九二一大地震后，日本政府和民众积极援助台湾救灾。

陈水扁时期（2000年5月20日－2008年5月20日）

2002年起，日本外务省修改内规，把可与台湾官员接触的日本官员级别由副课长级以下提升至课长级以下。
2002年5月14日，日本内阁官房长官福田康夫在记者会中表示，日本支持台湾列席世界卫生大会担任观察员。这是日本政府首次公开支持中华民国参与世界卫生大会。15日，日本驻日内瓦代表团公使渡边优表示，日本十分关注在地理上极为接近的台湾医疗情况，也了解台湾参与世界卫生组织（WHO）的渴望，基于WHO为普遍化的国际组织，日本乐见在会员国的共识下，寻求解决台湾参与WHO的适当方式，包括以“观察员身份”参与。
2003年1月18日，总统陈水扁在“国际国会议员亚太地区安全会议”上严斥日本知名经济学家大前研一所谓“中华联邦”的论述，认为“一国两制”台湾人民都无法接受了，何况比一国两制“更糟糕”的联邦。12月，日本前首相森喜朗来台湾访问与总统陈水扁会见。
2004年3月19日，陈水扁在总统选举前一日遭枪击受伤，首相小泉纯一郎曾致电慰问。
2004年5月，日本在世界卫生大会全会中，对于“邀请台湾以观察员身份参与世界卫生大会”的提案表决，首次投下赞成票。
2005年，日本政府恢复赠勋给予对增进台日经济文化交流有重大贡献之中华民国籍人士。2月，美日两国就安保协议达成“共通战略目标”时，首度明确提及台湾海峡问题。外务大臣町村信孝也明言美日安保的对象包含台湾。3月，日本政府公开反对中华人民共和国制定《反分裂国家法》及反对欧洲联盟解除对其武器禁运措施。同年举行的爱知世界博览会期间，日方给予持中华民国护照旅客免签证优惠。9月26日，给予永久性免签证待遇。
2006年11月，森喜朗再度访台，由总统陈水扁及行政院长谢长廷接见，并颁授特种大绶景星勋章。
2007年3月，中华民国外交部针对日本首相安倍晋三的谈话表示，没有证据显示前日军曾强征妇女到前线当慰安妇及不再为慰安妇案道歉，中华民国政府深感遗憾并表达严正抗议。外交部指出，慰安妇案是过去日本发动侵略战争所遗留尚未处理的问题，日本政府基于人道及人权立场，自应负起责任认真处理此一问题。
2007年7月12日，总统陈水扁接受日本共同社专访，称2008年北京奥运圣火的传递路线应比照1964年东京奥运圣火传递的路线，从马尼拉到当时的英属香港，到台北，然后再到日本那霸。最终中华民国政府拒绝从越南到台湾，接下来进到香港、澳门的圣火路线计划。

马英九时期（2008年5月20日－2016年5月20日）

2009年5月，对于台湾获邀成为第62届世界卫生大会（WHA）观察员，日本外务省报导官儿玉和夫表示，日本正值全球对抗H1N1新型流感之际，台湾成为WHA观察员别具意义，并表示日方将持续密切关注本案，盼台湾能顺利及持续地参与WHA。
2010年11月，日本前首相安倍晋三在台北市长郝龙斌的陪同下，参观国际花卉博览会。安倍晋三表示，非常感谢受邀来台北参观花博，回去日本后，也会要日本人多来花博参观游玩。安倍晋三此行也与民主进步党人士会面，因为是私人行程，中华民国外交部人员并未陪同，是由日本交流协会人员陪同搭乘中型巴士前往，并同车返回旅馆。
2011年东日本大地震后，中华民国政府及台湾民间组织迅速做出反应，派出救难团队赴日抢救、踊跃响应捐输物资及金钱，捐助总金额居全球之冠，超过新台币70亿元。不过，震灾捐款第一的台湾，却遭到日本首相菅直人冷漠以对。对此一名日本设计师发起“谢谢台湾计划”，让日本人重视台湾人的贡献。
2011年9月和11月，台日双方先后签署《投资协定》及《开放天空协定》。
2012年7月9日起，日本政府废除向来的外国人登录证，实施对旅居日本外籍人士的管理新制，旅日台湾人的居留卡国籍栏记载为“台湾”，而非“中国”。日本“李登辉之友会”事务局长柚原正敬表示，这是长年以来日本友台人士与台侨不断为“台湾正名运动”打拼，而引起日本国会议员重视并修法的结果，日本政府厘清“台湾是台湾，中国是中国”，对在日台湾人的权益非常重要。他说，2003年台湾在护照上加注“TAIWAN”字眼，是日本将台湾人的国籍正名为“台湾”的最大原动力。倡议价值观外交与自由与繁荣之弧的安倍晋三与麻生太郎两位首相卸任后访问台湾时都表示日本与台湾是有自由民主、基本人权以及法治社会等共同价值的友好伙伴，形成现在密切的台日关系。
2013年1月，日本外务大臣岸田文雄在日本交流协会成立40周年纪念庆典上表示：70%的日本人或台湾人皆对对方抱有亲切感。
2013年4月10日，台日双方签署《台日渔业协议》，共享钓鱼台列屿周边海域的渔权。
2013年5月13日，台北101大楼与东京晴空塔合作，正式签署共同友好宣传计划，由旅台日籍艺人佐藤麻衣与台湾艺人李毓芬分别担任日本与台湾双方友好交流大使，在观光局长谢谓君及日本交流协会台北事务所副代表佐味祐介的见证下，由台北101董事长宋文琪及东武晴空塔社长铃木道明代表签署，共同完成“2013台日观光地标友好年”之签约仪式。
2013年9月12日，日本前首相菅直人抵台访问，强调此次台湾行以担任首相期间，面临福岛核灾的过程，忠实向外界报告。在其后的演说中表示“我们可以确定的说，就是没有一个技术可以完全避免核灾发生，以福岛最遭的状况要250公里避难，台湾一号、二号、四号核电厂，相当于台湾有三分之二必须要疏散与避难，如果想到这一个危机，应该就不会做这个选择。”菅直人此行还参访核一厂、翡翠水库，并拜会台北市长郝龙斌与新北市长朱立伦。
2014年6月，日本东京的东京国立博物馆与福冈的九州国立博物馆举行名为《台北 国立故宫博物院－神品至宝》的特展，展出包括翠玉白菜及肉形石在内的国立故宫博物院所收藏之大批文物。开展前发生东博的宣传海报上遗漏“国立”两字的事件。8月15日，前副总理冈田克也抵台访问，与总统马英九会晤。
2015年4月30日，前首相野田佳彦率团抵台访问。赴宜兰及新北市参访。
2015年6月13日，文化部在日本的台湾文化中心脱离“台北驻日经济文化代表处”，在东京港区虎之门独立设置，日本超党派国会议员组织“日华议员恳谈会”会长平沼赳夫等政经文化各界人士大约两百人应邀出席观礼。
2015年6月27日，台湾发生尘爆事件，两天后日本的富士系统株式会社表示愿意提供费用高昂的“不沾黏硅胶纱布”做为援助，消息一出，大批的台湾网友涌入公司的Facebook表达谢意，更有许多人将之视为“台日友好”的象征。同年7月2日，日本医界表态愿意派遣医师及护理师抵台帮忙，也愿意提供人工皮肤等医疗器材帮助伤患。7月31日，日本与台湾的医师协会在位外交部签署发生大规模灾害时互派医生的支援协定。允许日本医生开展最低限度的医疗活动。据日本医师会介绍，这是该组织首次与其他国家或地区缔结类似协定。
2015年9月19日，日本通过《安保法案》，中华民国外交部发言人王珮玲表示，此举是将新修订的“美日合作防卫指针”的内容法制化，巩固深化美日同盟，予以正面看待，希望日本政府以前瞻性思维和正面积极的态度，为国际社会的和平、安定和繁荣做出贡献。
2016年4月25日，台湾渔船东圣吉16号在国际水域作业时遭到日本公务船扣押。日本限26日中午以前收到保证金170万元新台币，否则连人带船拖往日本，一旦人船扣进日本，将判决渔船侵入日本领海，到时就必须付更高额的罚金，引发中华民国政府不满。

蔡英文时期（2016年5月20日－）

2017年1月1日，日本驻台机构－公益财团法人交流协会更名为公益财团法人日本台湾交流协会。
2017年2月24日，日本防卫省防卫研究所发表《2017年中国安全战略报告─不断变化的中台关系》，文中称“中华民国”，并以“两个政治实体”形容海峡两岸关系。据媒体报导，中华人民共和国外交部长王毅在会见日本外务大臣岸田文雄时，要求日方不得发表该报告。
2017年3月25日，日本总务副大臣赤间二郎来台宣传日本观光活动，这也是中华民国与日本在1972年断交后最高层级的日方官员访问。在开幕式上表示，311东日本大地震到今年已经6年，熊本地震也快满1年，当中获得不少台湾的支持，深感日台强烈连结，也表达深深感谢。
2017年6月26日，日本官房长官菅义伟对于台湾有意加入《跨太平洋伙伴关系协定》（TPP）表示：“TPP是自由公正的经济圈，对包括台湾在内的国家和地区表现出加入TPP的兴趣表示欢迎。”
2017年11月12日，出席亚太经济合作组织领导人非正式会议的中华台北领袖代表、亲民党主席宋楚瑜和日本首相安倍晋三会谈半小时，会中希望台湾与日本经贸关系更密切发展；根据日本外务省新闻稿，两人也谈及两岸关系，安倍晋三希望两岸当事者可以直接对话、解决问题，共享区域的和平与稳定。
2018年2月6日，台湾花莲发生强震，日本外务大臣河野太郎致电中华民国“李大维外交部长阁下”表达关怀之意。河野表示，日本已做好万全准备，提供台湾必要的支援。8日，日本首相安倍晋三也致信中华民国“蔡英文总统阁下”，并在其网络平台上传一张亲自用毛笔写的“台湾加油”慰问花莲灾民。日本政府也已派出7名专业人士，携带两台“深层生命探测器”来台协助救援。
2018年5月，日本台湾交流协会在Facebook发文表示，日本一贯支持台湾参与世界卫生大会（WHA），为避免防疫产生空白，将继续支持台湾参与。其后，日本在WHA为台湾参与的议题执言。
2018年8月14日，由中国国民党于台南市党部旁设立的台湾首座慰安妇铜像在国际慰安妇纪念日揭幕，前总统马英九出席揭幕仪式时，呼吁日本政府应向慰安妇正式道歉，蔡英文政府也应为慰安妇发声。对此，日本内阁官房长官菅义伟于15日透过日本台湾交流协会表示，这与日本政府的立场和至今为止的努力不相容，让人极为遗憾。9月6日，日本“慰安妇之真相国民运动”等多个团体要求撤除，团体代表藤井实彦疑似偷踹慰安妇铜像，并于8日离境，国民党台南市党部主委谢龙介等人10日前往日本台湾交流协会表达谴责并要求道歉。中华民国驻日代表谢长廷11日召开记者会，表示严正谴责并反对任何破坏台日友好的行为。“慰安妇之真相国民运动”主席加濑英明12日发表道歉声明，表示藤井实彦已经辞职，但他仍坚持慰安妇的指控有损日本名誉，希望国民党回应相关质问。
2019年3月2日，日本《产经新闻》以头版刊登总统蔡英文的专访内容，蔡英文希望日本政府能克服法律上的障碍，与台湾直接进行安保对话。报导分析，主因在于不像台美之间，美国有《台湾关系法》，而日本没有这样国内法的法律，虽然台日对于中国威胁有一定共识，相互交换安保情报，对日本也有好处，但恐引发中国敏感神经，需有高度的政治判断。4日，中华人民共和国官媒《环球时报》询问日本外务省，其国际报导科回应，日本政府不考虑与台湾就安保问题进行对话。
2019年3月11日，中华民国总统蔡英文在Twitter发文表示，为日本311地震发生后8年来的受害者祈祷并表达衷心的同情；隔日，日本首相安倍晋三在Twitter转贴了蔡英文的文章，并且特地以繁体中文发文表示“台湾的支援带给我们无比的勇气。震灾已经过去8年了，灾区的复兴工作正在切实地进行。谨借此机会再次向台湾许多老朋友表达诚挚的谢意。”
2019年4月1日，日本政府公布即将登基的德仁天皇新年号“令和”。先前日本媒体报导，日本政府在新年号公布后将主动通知“受日本承认的195个国家”，也一并通知联合国及欧洲联盟等国际组织。曾有媒体表示不包括台湾在内，但被中华民国外交部长吴钊燮驳斥并表示，日本同步通知外交部与驻日代表处，“是非常正式的管道”。
2019年5月8日，日本外务大臣河野太郎在Twitter发文表示，日本支持台湾以观察员身份参与世界卫生大会（WHA）。这是1972年两国断交后，日本外相首次表态支持。21日，日本厚生劳动大臣政务官新谷正义在WHA以间接方式表达，为了对抗埃博拉疫情，提供高品质基层医疗和地方社群发展互信实属必要。日本认为，不该让特定地区连以观察员身份都无法参与WHA，这将产生地域空白。
2019年7月18日，日本动画制作公司“京都动画”的工作室遭人纵火，造成惨重的人员伤亡。正在出访邦交国的总统蔡英文在Twitter以日文表示“我在国外得知了京都动画纵火杀人事件的消息，并且感到震惊且心碎。京都动画是许多台湾人，青春时的回忆。为逝者祈福，也愿伤者早日康复。”
2019年9月5日，日本海上保安厅的9艘船舰为了避开玲玲台风，在台湾海峡、与那国岛北方巡航并开启自动识别系统。
2019年9月17日，日本台湾交流协会罕见针对中华民国与邦交国断交发表声明，台北事务所代表沼田干夫指出，日本台湾交流协会由两岸关系及地区的和平与稳定的观点，继续高度关注这次事件，期盼透过两岸当事者之间的直接对话得到和平解决。
2019年9月20日，对于基里巴斯与中华民国断交，日本台湾交流协会台北事务所代表沼田干夫在Facebook表示，台湾对日本而言是共有自由、民主主义、基本人权、法治等基本价值观，并有着紧密经济关系与人员往来的重要伙伴、及重要的友人，就短期内所罗门群岛及基里巴斯两个国家与台湾终止外交关系一事，由两岸关系及地区的和平与稳定的观点，包括今后的影响在内，保持进一步高度关心。
2019年9月27日，日本公布2019年版（令和元年）《防卫白皮书》，其中指出中国的国防费用持续增加，但这20年来台湾的国防支出几乎持平，2018年中国公布的国防费用大约是台湾的16倍，总统蔡英文已下令增加国防预算。两岸军事平衡整体而言朝着对中国有利的方向变化，军事差距有年年扩大的趋势。今后两岸军力的强化、美国出售武器给台湾、台湾的主力国防装备国造等动向，值得关注。
2019年9月27日，日本台湾交流协会台北事务所代表沼田干夫即将离任，外交部长吴钊燮颁赠特种外交奖章与纪念奖牌，表彰在促进台日关系的卓著贡献。但纪念奖牌上称呼沼田干夫为“我最敬爱的大哥哥”，遭外界批评媚日。外交部30日澄清指出，吴钊燮与沼田干夫私下有很好友谊、情如手足，而且沼田较年长，因此私下均以“哥哥”相称。外交部也强调，媒体所引述的相关文字是用于赠予的纪念奖牌上，纯属纪念性质，在外交仪节上并无不当之处，请各界区分外交奖章与纪念奖牌的差异性。
2019年10月4日，在台北驻大阪经济文化办事处福冈分处的国庆酒会上，日本首相安倍晋三与副首相麻生太郎双双致电文道贺，罕见都以“中华民国”称呼台湾，安倍祝贺词提到“祝国运昌隆”，麻生太郎的贺词更是谈到“祈祝两国友好更深化”。但日本内阁官房副长官冈田直树7日表示，安倍晋三没有发出贺电。对于台湾，日本政府的立场就如1972年《日中共同声明》所载。福冈分处事后发现该贺电并非出自日方的署名单位，日方也未列入官方纪录，因此该贺电未计入福冈分处国庆活动新闻稿的统计资料。8日，台北驻日经济文化代表处在东京举行国庆酒会，安倍晋三的母亲安倍洋子连续3年亲临会场。
2019年10月22日，中华民国驻日代表谢长廷出席日本德仁天皇的“即位礼正殿之仪”。