陳水扁

中小学时期

1963年，考入曾文中学初中部，初二时（1965年11月）代表台南县参加台湾省全省作文比赛，获得初中组第二名。1966年，国中毕业后，免试直升曾文中学高中部，但一年后即因“省办高中、县办国中”政策，曾文中学高中部停办，于1967年9月转学至省立台南第一高级中学（今国立台南第一高级中学）。

大学时期

1969年自省立台南一中毕业后，同年的大学联考，陈水扁考入国立台湾大学商学系工商管理组，随后到成功岭营区接受8个星期的大专生军训教育，1969年9月到台湾大学就学，新生注册的同时加入国民党。
在年底举行的第一届中央民意代表增额选举中，陈水扁在松山区麦帅桥下听到著名党外运动份子，人称信介仙之名的黄信介正计划参选立法委员的政见演讲，深深为之着迷，遂自觉所学与志趣不符，不久休学，弃商从法。
1970年重考大学联考时，考入台湾大学法律系司法组。大学时代陆续申请到水泥公司、农会、中国佛教协会、狮子会台湾分会、中国国民党等各种奖助学金。
1973年，大三时，陈水扁考中律师高考（该年1459人报考，录取10名），1974年6月毕业，因在大学时已参加两个月的成功岭大专生集训，但后来在体位正式检查前发现陈水扁天生的右手手肘外弯过大，免服兵役。

从政初期

1979年底的美丽岛事件是陈水扁踏入台湾政坛的源起。为美丽岛事件被告延揽律师的张德铭找上陈水扁，希望陈水扁能挺身出面辩护。由于当时台湾仍处于中国国民党政府一党专政和威权戒严统治之下，政治气氛十分紧张，所以陈水扁虽有意愿但不敢冒然应允。陈水扁成为美丽岛事件被告辩护律师团的一员，负责为主犯之一的黄信介辩护。美丽岛事件被告的辩护律师团共有15位律师，因本案而声名鹊起，其中多人后来都成为党外运动的要角，甚至是民进党的重要公职，例如张俊雄、江鹏坚、尤清、谢长廷、苏贞昌等等，陈水扁其后也开始积极参与党外运动。
1981年，陈水扁参选台北市议员，初试啼声即以高票当选。同年12月14日，陈水扁正式就任生平的第一个公职--台北市议会议员。
1984年，陈水扁担任由黄信介等人创办的蓬莱岛杂志社社长，杂志社的宗旨是“争取百分之百的言论自由”。
1985年，陈水扁辞去台北市议员职务，回故乡台南代表党外人士竞选台南县县长。激烈的竞选期间因腹痛而宣称被当权的国民党下毒，并吊着点滴躺在担架上于政见发表会场发表演说，最终以约1万票的差距败于国民党籍参选人李雅樵。败选翌日，妻子吴淑珍在陪同谢票的行程中遭张荣财所驾驶的拼装车撞伤，导致下半身永久瘫痪，胸部以下丧失知觉。
1986年，因中国国民党籍的冯沪祥论文抄袭他人著作，当时蓬莱岛杂志用“以翻译代替著作”等七字形容此事，陈水扁等三人被法院判刑一年，“北美洲台湾人教授协会”七名教授花了四个月时间写出了一份两百多页的“评鉴报告”证明确有事实根据，但上诉后只改判8个月徒刑。同年立法委员选举，吴淑珍当选中华民国立法委员，陈水扁次年出狱后继续律师工作，并担任吴淑珍的国会助理。
1988年1月，加入民主进步党并当选为中常委。

立法委员时期

1989年中华民国立法委员选举，陈水扁正式当选中华民国增额立法委员，并成为民主进步党党团干事长。1990年2月1日正式上任。
陈水扁在担任立法委员期间，受民众和各党派国会助理肯定为增额立委问政绩效第一名。
1990年到1991年，在参加立法院国防委员会期间，主持编撰《国防组织法》草案，期间结识李天羽等国军高阶将领，并揭露多起军购弊案，其中包括备受关注的拉法叶军购案。期间更与行政院长郝柏村口角，场面十分经典。
1991年，担任立委期间并以国防委员会委员身份，有意与中国人民解放军举办座谈会。于7月21日到7月26日参访北京，并在北京的中国人民革命军事博物馆及天安门广场留影。
1992年3月，成为立法院中第一位在野党籍的国防委员会召集委员。
1992年中华民国立法委员选举，陈水扁连任立委成功。
1993年7月，获美国《新闻周刊》（Newsweek）评选为“台湾国会风云人物”。

政绩

作为台北市长，陈水扁在四年市长任内的政绩包括：持续改善市容街景、台北捷运完工通车（宣示“一年通一条”）；铁腕实施“首都扫黄、大扫黑”等，落实市内治安（加强电子游乐场所稽查）、公务员制度革新、拆除违章建筑等。

意外

1997年10月25日，陈水扁市长任内拔河断臂事件，时由台北市政府新闻处策划的大型拔河活动发生绳索绷断的意外，数十名参加者受伤，其中2位民众被断开的绳索打断左手臂(因缠绕悬绑) ，透过媒体转播，震惊台湾社会。

第一次任期

1998年台北市长选举落败之后，同年底入总统府晋见总统李登辉（时为中国国民党主席），李登辉公开推荐一篇《从摩西到约书亚》的文章给陈水扁，引发舆论对“谁是李登辉的约书亚”的广泛讨论。
1999年陈水扁出访外国进行“学习之旅”，并出版《台湾之子》自传书为其参选2000年总统大选铺路。但当时民进党有所谓“四年条款”的内规，即规定党内同志不得在四年内参选不同公职，此乃民进党为维持有限政治资源的公平分配及避免“骑驴找马”的投机心态所设，陈水扁由于先前已选择参选台北市长，所以理论上已无法参加总统选举的党内初选，不过因为陈水扁具有高度民意，且已无身任公职，所以部分民进党人士有意为陈水扁修改四年条款。陈水扁本人则公开吁请民进党同志勿为其一人量身订做规定，也口头表态支持许信良出马，但最终在大老黄信介等有力人士的大力支持下，民进党通过修改四年条款使陈水扁得以解套参选。同年7月，陈水扁在民进党党内初选胜过许信良，获民主进步党提名为总统候选人，许信良稍后愤而脱党参选。陈的副手搭档为时任桃园县长吕秀莲，选战并以“年轻台湾，活力政府”为政见主轴；“全民政府，清流共治”则是改革基调。竞选主题曲是“少年台湾”。
2000年总统大选，国民党又一次分裂，该党提名时任副总统连战参选，而前台湾省长宋楚瑜则脱党参选（属无党籍的“新台湾人服务团队”）。选举过程中，宋楚瑜的选情原本被外界看好，但在国民党揭发兴票案，以及公布了具争议性的民调后，声势急转直下；最终选举结果陈水扁以39.3%的得票率当选总统，胜过第二名宋楚瑜的36.8%得票率，至于国民党的连战仅拿下23.1%、少于四分之一的选票，远远落后、屈居第三。选后，由于国民党的崩盘（连战远低于陈宋二人），导致该党支持者不满，进而再分裂出宋楚瑜领导的亲民党，并在选后多次于国民党党部门口宣泄不满，导致台北市容瘫痪，附近校园学生停止上课。
陈水扁于5月20日就任第10任总统，实现中华民国首次政党轮替及政权和平转移。
陈水扁曾经反对党政合一，然而就任后数度兼任民主进步党主席。该提案由谢长廷提出。。谢长廷完成两年党主席任期不久，民进党修改党章，陈水扁正式以总统身份兼任党主席。在2004年5月连任总统后，2004年12月立委选举，陈水扁未能使泛绿取得过半，辞去党主席职务，2007年10月回任，2008年1月再度因立委选举败选辞职。

唐飞内阁

原本希望由在大选中助陈水扁一臂之力的中央研究院院长也是诺贝尔奖得主李远哲担任，但李远哲拒绝。为安定政局，安抚在立法院中占有多数席次的在野国民党籍立法委员、以及安抚军方派系，所以任用有中华民国空军四星上将（一级上将）背景的国民党员唐飞。然而唐飞主张续建核四电厂的主张与民进党政府废核四的主张完全不同，最终唐飞于2000年10月6日被迫辞职，也结束了中华民国政治史上短暂的“共治”时期。以陈水扁演说中提到过“搬开路上的大石头”暗喻唐飞的去职。

张俊雄内阁（第一次）

唐飞辞职后，由副阁揆张俊雄于2000年10月接任行政院长，民进党在国会席次占少数，在联合内阁解组后开启了随后长达七年半少数政府执政的局面。
其后，在停止兴建核四问题中，陈水扁总统坚持停建核四。当时的国民党主席连战正与总统陈水扁会谈（媒体称“扁连会”），会中连战试图说服陈水扁续建核四；但扁连会结束一小时后，行政院马上宣布停建，导致国民党籍与亲民党籍立法委员提案罢免总统。2001年1月15日，司法院大法官作出释字第520号解释文，要求行政院若欲变更国家重要政策，停止预算执行，则须向立法院报告，并获立法院决议后始得停止执行。后，陈水扁让步，宣布续建核四。
2001年5月，陈水扁依中华民国宪法获得采玉大勋章。马英九政府的总统府发言人王郁琦证实确有其事，同时表示马英九若有需要也会比照办理。由于该勋章在台湾象征最高荣誉，依照勋章条例第3条，“总统佩带采玉大勋章。采玉大勋章得特赠外国元首，并得派专使赍送。”第10条，“因犯罪褫夺公权者，应缴还勋章及证书。”。
2001年12月的立委选举，国民党的席次因亲民党的挑战而大幅滑落，民进党成为立法院第一大党，但连同台联未能取得过半，完成党内所托任务的张俊雄遂于2002年1月末，以新国会组成为由率领内阁总辞，后总统再任命时任总统府秘书长的游锡堃接任。

游锡堃内阁

2002年，游锡堃初任阁揆时，自许全体阁员应向蒋经国内阁看齐，并积极完成已经动工数年的建设（如台湾高铁（1990年行政院核定，自1999年开始兴建）、北宜雪山隧道（自1991年开始动工）、西部各县横向的快速公路），自诩为“战斗内阁”。
同年年底，发生农渔会信用部风波，曾向陈水扁三次请辞，结果被慰留。
2004年，陈水扁成功连任总统，游锡堃获续任行政院长，并期待年底国会选举胜利得以续任。然而由于年底国会选举，民进党高额提名，泛蓝票源大部整合，因此泛绿阵营未能过半，游锡堃辞职以示负责。

竞选连任

2004年3月20日举行的中华民国第11任总统、副总统选举，民主进步党陈吕配竞选连任，并以“相信台湾，坚持改革”（主题曲：相信台湾）为国家政见主轴；而泛蓝国亲联盟则于2003年2月14日确定由连宋搭配。
2004年3月19日，陈水扁与其竞选搭档吕秀莲于台南市车队造势游行扫街途中，发生枪击案，陈总统受到肚皮擦伤，而吕副总统则是膝盖受到枪击。三一九枪击案曾请国际知名鉴识专家李昌钰博士自美来台进行鉴识，推论为一人一枪所犯，随后的侦查依此脉络进行。
3月20日，选举开票结果出炉，陈吕配以0.228%之差险胜连宋，蓝营人士认为枪击案影响该阵营选情，使陈水扁连任成功。蓝营群众发动游行展开抗议。期间，以亲民党籍立法委员邱毅为首的多位立委以宣传车冲撞地检署，造成多名员警遭到撞伤；国民党主席连战并在落选的群众讲话上疾呼，提出选举无效及当选无效之诉。最终，司法体系的台湾高等法院于2004年11月4日下午4时2分正式宣判，驳回“陈水扁当选无效之诉”，连战败诉定谳。
对于枪击事件的真相认定，蓝绿双方存有极大歧见，并由此埋下了往后中华民国政治界的高度对立。对于此次枪击案的侦查，美国鉴识专家李昌钰博士抵台协助调查证据。其鉴识报告指出，陈总统的伤口确是土制枪支所造成，并建议相关单位以子弹追枪、以枪追人的调查方向。中华民国刑事警察局专案小组依此方向追查，但最后找不到直接证据指出“陈义雄”涉案。陈在知名蓝营政论节目2100全民开讲于台南出外景时，公开批评陈水扁的执政，因而使专案小组合理推测“对政府不满”是其犯案动机之一。并认为凶嫌畏罪自杀。

宪政与内政方面

陈水扁任内仅进行一次修宪，废除国民大会，使立法院成为唯一的国会，席次减半，并改为单一选区两票制。他制定公布《公民投票法》，使全国性公投与地方性公投获得法源依据，并纳入公投复决宪法修正案。他进一步推动军队国家化。后于2006年2月28日终止国统会与国统纲领，实质上放弃国家统一目标。

人权保障与族群正义

设立“总统府人权咨询委员会”，着重“人权入宪”与“人权修法”。制定通过《法律扶助法》、《两性工作平等法》与《原住民族工作权保障法》等法律。成立原住民电视台与客家电视台、客家文化园区、客家学院等。促进母语教学，教科书增加本土史地篇幅。

新闻自由

陈水扁政府就任后持续松绑媒体。2005年，美国“自由之家”(Freedom House) 公布〈世界各国新闻自由度调查报告〉，台湾名列全球第35名，与日本同居亚洲第一，陈水扁表示“台湾是个由威权走向民主的新兴民主国家，二十年前，他曾为追求言论自由，被关进黑牢，服刑八个月。接任总统后，矢志捍卫百分之百新闻、言论自由，戒慎恐惧、谨慎小心，唯恐有任何差池。”2008年，台湾在同报告中名列全球第32名，居亚洲第一，报告认为“台湾坚守司法独立及经济自由，媒体市场高度竞争，因而拥有东亚最自由的媒体环境；台湾宪法明确保障言论及新闻自由，政府尊重且保障民众知的权利。”

外交及两岸政策

陈水扁总统于2000年5月20日总统就职演说中提出了“四不一没有”的承诺，暂时在一定程度上缓和了中国大陆对他的疑虑，当时中华人民共和国国务院总理朱镕基回应“四不一没有”，大陆将对陈水扁“听其言、观其行”。
2002年1月1日，陈水扁同意以没有主权意涵的台澎金马个别关税领域之名称加入世界贸易组织（WTO）。WTO的成员，除了香港、澳门就是“台澎金马关税区”，不是以“国家法人主权身份”或“台湾”加入WTO的。
2002年陈水扁提出“一边一国”论，强调台湾人民民主选举所产生的政治实体为一主权独立的国家，中国大陆对陈水扁提出的宣示强烈抗议，经过一系列统独议题的操作，终止了“国统纲领”。
2003年以“方便与中华人民共和国护照区分”为由，于中华民国护照封面加注“TAIWAN”。
2007年3月4日，陈水扁在出席台湾人公共事务会晚宴时，发表“四要一没有”，即“台湾要独立、台湾要正名、台湾要新宪、台湾要发展；没有所谓的左右路线问题、只有独统问题”。
当无法承受国际压力时，也明白表示，“要改国号，要把目前国号中华民国改为台湾共和国，必须经过四分之三国会议员同意，以目前来讲，支持民进党政府的席次不到国会半数，遑论要达到四分之三，这是不可能的事情。纵使有这些想法，但是客观的环境是做不到的。我不能够骗自己，也不能够骗别人，我做不到就是做不到”。
陈水扁在外交政策方面，积极与中国大陆打邦交国争夺战，台湾的邦交国的数量从陈水扁上台时的31个，减少为卸任时的25个。陈水扁执政末期，以金援外交维持邦交国，这种以国安为名机密预算的运用产生诸多弊端，在中美洲因引发多名友邦总统收受台湾非法献金的调查案。也爆发了有关金援友邦的“巴纽案”，导致外交部长黄志芳下台，及副阁揆邱义仁接受司法调查，并遭到检方收押。任内台湾和马其顿、瑙鲁、利比里亚、多米尼克、格林纳达、塞内加尔、乍得、哥斯达黎加、马拉维九国终止外交关系，不过，任内亦恢复和基里巴斯、瑙鲁、圣卢西亚三国的外交关系。
陈水扁常以“过境外交”的方式，以过境美国地点的不同，美国接待规格的高低，来作为台美关系的展示，但由于陈水扁在任时期，两岸关系的紧张及美国小布希政府不支持台独的立场，加上中国大陆方面的压力，造成台美关系的恶化，陈水扁的过境地点从2001年5月过境“最高级别”的地点纽约以及高规格接待，到2006年，因美国只允许过境“级别很低的”地点阿拉斯加，且没有接待，导致陈水扁临时决定放弃过境美国，专机绕过西半球，半途还发生了飞机找不到降落地点，无法加油的混乱，最终到达南美洲，被称为“迷航外交”。陈水扁最后一次出访中南美洲，则根本没有过境美国的规划。
陈水扁推动“以台湾名义加入联合国”的公投案。国民党为了杯葛这个公投案，又发动了“以中华民国名义重返联合国”的公投案，此外国民党也对关于“加入联合国”的公投案本身提出质疑，认为这是陈水扁“公投绑大选”的技俩，进而呼吁选民“不要领取公投票”（而非国民党自己之提案），最终结果，民进党的“入联公投”，国民党的“返联公投”都没有跨越50%的生效门槛，双双不获通过。

投资建设

两项在陈水扁担任总统前便已经规划并动工的建设分别为1999年动工的台湾高速铁路和动工于1991年的雪山隧道在其任内开通，此两者被其支持者认为是陈水扁的重要政绩，但亦有不少人认为此两项建设在陈水扁未上任前就已规划并且动工数年，而认为陈水扁只是割稻尾，因此不认同这两项建设为陈水扁政绩，故此两项建设存在政绩归属争议。另筹建国立故宫博物院嘉义院区以平衡南北资源，以及发展台湾各地的特色文化，如屏东县东港的鲔鱼祭、垦丁的风铃祭、台南白河的莲花节等。

经贸政策

在经济议题上，虽然一些台湾民间企业界提出希望台湾与中国大陆“三通”，促进两岸经贸交流，但他也顾虑到由于中华民国的国防安全，必须降低对中国大陆的经济依赖度，因此认为政府不该短期内积极推动。为取代“西进政策”，陈水扁亦提出“南向”政策，并鼓励台商到东南亚投资。在2006年的元旦演讲中，陈水扁提出用“积极管理，有效开放”的中国大陆经贸政策来取代以前的“积极开放，有效管理”，国亲抨击这是“锁国政策”让台湾的经济快速衰退。
同年春节所发表之演讲，表示要考虑废除已束之高阁六年的国统纲领和国统会，并在推动以中华民国名义加入联合国多年仍然失败后，改以台湾的名义加入。但在国际上，废除国统纲领和国统会违背了他“四不一没有”承诺中的“一没有”条项，遭到泛蓝人士的猛烈抨击。
美国国务院则于1月30日在简报中，主动针对陈水扁的新春谈话发表声明，重申了美国对台政策“一个中国，台湾关系法和三项公报”，反对任何片面改变现状的举动，并表示“废除国统纲领和国统会”如同北京的反分裂国家法也是单方面地改变现状。2006年2月27日，在对用语进行修订后，陈水扁总统宣布国统会终止运作，国统纲领停止适用，中华人民共和国官方为此大力抨击，但美国方面希望北京当局“别轻举妄动”，同时美国方面也要求中华民国政府说清楚其国统会是否真的终止并取消其运作，之后更再三提出不希望两岸任何一方改变其现状而损及美国的利益。。

退党及再入党

2008年1月12日，2008年立法委员选举前，民进党喊出稳定泛绿基本盘，放眼国会五十席的口号，但选举结果民进党遭受创党以来最大的惨败，在不分区与区域立委所获得的总席次仅27席，身兼民进党主席的陈水扁宣布辞去民进党主席职务，为败选下台。
陈水扁在2008年卸任后，受多项司法起诉，8月15日，因涉及将选举款项汇至国外及洗钱等罪，自行声明退出民进党。
2013年5月，民进党召开全国党代表大会，陈唐山在会中提案，认为陈水扁遭受司法迫害，希望民进党主动恢复陈水扁党籍，得到200位全国党代表连署支持党代表连署支持。因陈水扁为主动退出民进党，五年不得重新申请入党的期限已到，5月29日民主进步党立法院党团总召柯建铭，代替党主席苏贞昌，为人在狱中的陈水扁，提出再入党申请，交由民进党入党复审小组审查。8月14日，由组长管碧玲宣布，依多数决原则，同意陈水扁再度加入民进党。

争议案件发展

2006年8月12日起，由已退出民主进步党的前主席施明德于台湾发起百万人民反贪倒扁运动诉求 ：要求总统陈水扁应为国务机要费案、其亲信及家人相关的诸多弊案负责，并主动下台。
2006年11月9日晚，李远哲发表公开信建议陈水扁“慎重考虑去留问题”。
随着越来越多证据的揭露及2008年8月14日国民党籍立法委员洪秀柱举行记者会，出示驻瑞士代表刘宽平转寄的瑞士检方存证信函，揭发了陈水扁家庭密帐案。，陈水扁迫于压力，在2008年8月14日召开记者招待会承认:“我做了法律不允许的事。”
2008年陈水扁在卸任前多次表示，卸任后将成为终身的台湾志工；并且在卸任当天依约排定许多的志工行程。不过他在卸任总统职务一小时后（当天上午10点），就因国务机要费案遭到检调机关侦办。此后陈水扁官司缠身，先后因“柔性政变”诽谤案、雷学明案而出庭应询。
参见：特别侦查组*重大侦结起诉案件
2008年8月13日，《壹周刊》刊载陈水扁借由媳妇黄睿靓将钜款汇到美国，但陈水扁随即透过律师出面否认，并声称陈家财产早已经信托，不可能汇出国外。
2008年8月14日，国民党立法委员洪秀柱举行记者会，揭露黄睿靓在瑞士以其个人与公司名义所成立的4个账户因有洗钱嫌疑而遭瑞士联邦检察署冻结，并主动致函台湾请求司法协助。同日下午陈水扁召开记者会道歉并坦承我做了法律不允许的事，辩称他于2008年年初才首次得知其历来的选举剩余款并未诚实申报，而且其妻吴淑珍暗中将他自1996年起共4次的选举结余款汇往海外账户。
2008年11月11日，特侦组以国务机要费贪污被告身份传讯陈水扁，在五小时侦讯后，向台北地院声请羁押陈水扁。
2008年11月12日清晨7点，特侦组收押陈水扁，陈水扁从声押到收押的事件，在检方的调查下，陆续追出有贪渎嫌疑的数案，其资金来源与官商授受关系也一一曝光，但陈水扁一家坚称所有资金皆是政治献金，并非贪污，迄今仍在法院审理中。收押至今曾三度绝食抗议。阿扁被羁押期间，其委任律师必须在检察官监视下会面，蔡守训法官亦无给其委任律师阅卷时间，其委任郑文龙律师亦曾对此提出抗议。
2009年9月11日，国务机要费案一审宣判，陈水扁被蔡守训法官判无期徒刑，并科新台币二亿元罚金，同时褫夺公权终身。其中国务机要费的部分被分作四案宣判，无期徒刑即为其一之判决结果。
2010年7月15日，美国政府以特侦组检察官所送国务机要费判决书向美国法院提起诉讼，寻求没收陈水扁夫妇涉嫌以贿款购买的2栋房产。2013年4月26日自由时报载，前总统陈水扁儿子陈致中在纽约曼哈顿的公寓，去年十月因不法洗钱被美国政府没收，美国政府依洗钱法拍卖，最后由来自长岛的华裔曾曼玲夫妇以一百五十万美元（约四千四百六十万台币）拍下成交。
2011年8月26日，台湾高等法院更一审改判处陈水扁有期徒刑2年8月，并科300万元罚金，国务费贪污部分改判无罪。
2014年8月6日，对于《壹周刊》所称的透过空军一号运送到帕劳洗钱新台币约14亿元再汇至美国，侦办5年多后，特侦组宣布查无不法实据，全案签结。

狱中生活与保外就医

自2008年11月12日首度被羁押开始，以及到后来第一个有罪判决，陈水扁都一直被关在土城看守所，直到2013年4月19日移到台中监狱附设培德医院。

“美国军政府代理人”之诉

2009年10月11日美国军事上诉法院提供给媒体的一分诉状，显示陈水扁曾“请求”美国承认他是“美国军政府代理人”，并飭令“现任台湾民政首长”撤销他的无期徒刑。美国军事上诉法院，用“缺乏管辖权”为由，拒绝审理陈水扁案。

健康问题

2012年9月11日在陈水扁五度戒护就医于桃园署立医院医治后送回监狱，却在隔天紧急送往署立桃园医院就医。陈水扁与其家属希望转到马偕医院，由此发生了法务部与马偕医院对于陈水扁医疗问题意见相左的风波。最后，陈水扁于台北荣总医治，终于得到详尽的检查和治疗。
陈水扁家属与支持群众坚称其有阻塞性脑中风、口齿不清等问题，2012年9月12日再次送往署立桃园医院检查，结果无异常情况，也看不出口吃问题。

膀胱问题疑遭灌水与就医

立法委员赖士葆在TVBS政论节目“新闻夜总会”称“前总统陈水扁无法排尿时，法务部长曾勇夫下令为陈水扁灌水，再监视陈水扁排尿，等发现陈水扁的确无法排尿，再将陈水扁送医”。法务部后否认有此说法，并对委员发言表示遗憾。
2012年9月15日，卫生署桃园医院检查后，专科医师诊断其因摄护腺肥大导致膀胱尿道出口狭窄，且膀胱神经控制较差。经治疗后陈水扁已拔除导尿管并能自行排尿，解尿困难症状已改善。

马偕医院驳斥法务部

陈水扁与其家人有人希望转送其他医院检查，不信任无法正确判断定病情的署立桃园医院，希望转送其他医院。其中，马偕医院是陈水扁希望转送的医院之一，但是法务部宣称马偕医院有高阶医疗人员向北监表示，基于场所较为拥挤及其他病人权益，希望不以该院为考量”，且该院的功能性核磁共振检查“仅供研究使用，临床经验尚有不足”，所以法务部表示陈水扁无法转送马偕医院。最后法务部于9月21日将陈水扁由署立桃园医院转送台北荣总诊治。
2012年9月21日马偕医院发新闻稿驳斥。马偕表示并无接获北监咨询有关陈水扁就医的相关问题，并且不会、且不能拒绝任何病人的转诊。

台北荣总检查医治

2012年10月3日，台北荣总院长林芳郁在立法院表示，陈水扁患有“睡眠呼吸中止症”与“被迫害妄想症”。
2012年10月4日，台北荣总发布新闻稿表示，陈水扁有“重度忧郁症合并焦虑及多重身体化症状”，且已呈现慢性化。建议宜尽速转介至精神专科，或设置有精神科之医院。北荣发现陈水扁患有摄护腺肥大、摄护腺发炎及泌尿道感染，导致的解尿困难及尿滞留，经治疗后，泌尿道感染已获控制，但仍有暂时的急迫性尿失禁现象。陈水扁另有“重度阻塞性睡眠呼吸中止症”，每1小时停止呼吸50多次，每次超过10秒。
2012年10月5日，台北荣总表示，经脑部磁振造影检查，发现数个非特异性皮质下白质高讯号点，经各院专家会诊，认为不像中风之病灶，与此相关之可能诊断依次为高血压并微小血管病变、重度忧郁症、睡眠呼吸中止症、老化，以及老人痴呆等。陈水扁有结巴性语言障碍合并命名障碍，疑似精神性疾患或是退化性脑病变所导致。建议持续目前用药与配合精神科治疗并长期追踪评估。
2012年10月，开刀治疗呼吸中止症。经过鼻中膈手术后，呼吸中止的次数已从每小时50次降为20多次。2013年12月，呼吸中止次数退化到30多次。
2013年2月23日，台北荣总医师周元华说：经磁振造影检查发现，陈水扁的脑部萎缩不可逆转。写字、画图时会手抖。

荣总建议返家治疗忧郁症

2013年2月23日，台北荣总医师周元华表示，荣总于2012年底已提出报告给北监，认为陈水扁回到北监有困难，建议陈水扁回家，家庭支持对重度忧郁症的治疗是重要的元素。
2013年2月24日，法务部次长陈明堂表示，北荣从未正式向任何单位建议或呼吁让阿扁回家。

移到台中监狱附设培德医院

2013年4月19日，法务部将陈水扁移送到台中监狱附设培德医院继续监禁并治疗。

法务部公开陈水扁散步影带

2013年4月22日，法务部长曾勇夫表示，陈水扁先生健康不如外界所传严重，应立委之请播放陈水扁先生在台北荣总就医时的散步运动影片，单纯为证明其个人健康不如外传。
然而就在前一天(21日)，阳明大学医学研究所长郭正典医师前往培德探视陈水扁，经初步检查，发现陈水扁的病情比在台北荣总时更糟糕，口吃愈来愈严重，手部抖动及双脚无力情形亦更为糟糕，建议成立医疗团队改善其病情。

两位美国众议员探视

2013年5月2日，美国联邦众议院外交委员会亚太小组主席暨共和党籍议员夏波(Steve Chabot)、美国联邦众议院外交委员会亚太小组民主党首席议员法雷欧马维加(Eni Faleomavaega)两人到培德医院探视陈水扁。隔日他们与当时的民进党主席苏贞昌会晤时表示：
亲眼见到陈前总统的健康状况大不如前，会谈过程中常有手颤抖和口吃的情形，对此表达关心。[..] 陈前总统的事件，或许不同党派意见分歧，但陈前总统在台湾民主自由上有一定的贡献。另也提到访台前曾拜会多位关心陈前总统的美国参、众议员，他们均支持探视陈前总统且希望陈前总统在服刑期间获得人道的照顾。
曾任陈水扁辩护律师的郑文龙多次在演讲时提到，他推测正是因为这两位美国议员要探视陈水扁，法务部自觉土城的环境太不人道不能被美国人知道，才赶在4月他们来台之前换监。

两次自杀事件

2013年4月19日，法务部将陈水扁转送到台中培德病监。北荣郭正典医师声称，移监前一晚，陈水扁听闻将移监消息，企图上吊自杀，被看护发现，救回一命。高雄长庚医院荣誉副院长陈顺胜说他于22日当天下午探视阿扁时，确实发现扁右侧脖子有一道呈红色的痕迹，矫正署否认陈水扁曾有自杀举动。
2013年6月2日，陈水扁于台中监狱，因不满立法院通过会计法修正案，使颜清标除罪，据转述“喝花酒可以除罪，为何用国务机要费拼外交不能除罪？”在狱中浴室企图自杀获救。2日晚间九时许，陈水扁到舍房浴室洗澡，避开浴室监视器，以三条毛巾绑在一起，一头悬挂在高度约六十四公分的水龙头。他则坐在地上、斜躺双手交叉扯毛巾勒颈企图寻短，但因他发出干呕的声响，引起看护注意，立刻入内将他救下。“总统，你为什么想不开？”看护问他，扁虚弱无力的回答，“喝花酒都可以除罪，为什么当总统以国务机要费拼外交不能除罪？”才会想以毛巾自杀，表达心中的强烈不满。看护立刻通报中监培德医院医护人员量测血压、体温、心跳等生命征象，经检视扁除血压升高，身体无重大异状。为安抚他的情绪，中监立即联系台中荣总精神科医师林本堂在晚间十一时多前往看诊，直到昨天凌晨零时多，扁情绪渐趋缓和后才离去。昨天则安排心理师、教诲师加强协谈与辅导。
2013年6月3日，法务部矫正署发出新闻稿证实，但强调经检视陈水扁身体无重大异状。

在台中培德情况恶化

疑似患有精神疾病的陈水扁，原本在北荣，每天有精神科医生定期探视，号称环境更好的台中培德，却禁止精神科医生探视陈水扁。
2013年2月24日，北荣医师周元华研判陈水扁有“巴金森氏症”。
2013年7月13日，自4月移监台中培德以来，漏尿情况日趋严重，1天漏尿5、6次，已连续1、2个月，吃药无效，因狱中无医疗设备，也找不到病因。
2013年12月14日，每小时停止呼吸的次数退化到30多次，进台中荣总医院，第二次开刀治疗呼吸中止症。 
2014年5月3日，台大医院医师柯文哲表示：“陈水扁已经在包尿布了，把扁关在监狱对台湾社会的和谐也没有帮助，中华民国政府应该思考让扁回家。”