馬來民族統一機構

独立前期

1945年，第二次世界大战日本投降后，英国政府再次回到马来亚（现在的马来西亚半岛）继续统治其殖民地。之后，英国政府为整合英属马来亚而在1946年4月1日宣布成立马来亚联邦。由于马来亚联邦计划的提出，使一向视英国人为“保护者”的马来人感到遭受背弃，视之为对马来亚的并吞。尤其是计划里宽松的移民政策、欲开放公民权给当时的人口庞大的外来移民（如华人和印度人）的建议，使其对马来亚原居民的地位备感焦虑。
在这种情况下，由柔佛的“半岛马来人运动”（Peninsular Malay Movement）与雪兰莪的“马来人协会”（Persatuan Melayu Selangor）主导的“泛马马来民族大会”，1946年3月1日在吉隆坡举行。5月10日位于新山的第三次会议上正式成立了“马来民族统一机构”（United Malays National Organization, UMNO），又译“巫来由人统一组织”，简称“巫统”（PEKEMBAR；UMNO），积极反对马来亚联邦计划。当时创办人之一拿督翁惹化被推选为首任主席。起初巫统并未争取政治权力，除了扮演支持英殖民政府的角色以外别无选择。英殖民政府跟巫统领袖合作，帮助打击共产党人制造的暴乱。
1949年，马来亚联邦被半自治的马来亚联合邦取代后，巫统开始转至注重政治及施政。马来人开始寻求出生权，因为马来亚政府没有公开宣布马来人的出生权，而造成了混乱的局面。不过重要的是巫统的斗争并非族群为根基，当她一掌权后也会为其他种族斗争。
1951年翁嘉化提议开放巫统党籍，让非马来人参加，遭党内拒绝，于是离开了巫统，由东姑阿都拉曼接任。翁嘉化离开巫统后，创设马来亚独立党（Independence of Malaya Party, IMP）。同年，巫统在乔治市市议会选举赢得了九席中的六席。接下来，巫统吉隆坡分部跟马华公会雪兰莪分部组成了临时特别竞选联盟，以避免在同个席位竞争地参与吉隆坡市议会选举。巫统和马华在十二席中取下九席，给予独立党一大打击。随着在其他地方议会选举取得了胜利，这临时竞选联盟在1954年正式化为“联盟。”
1954年开始的州级选举，“联盟”在全联合邦268州席中夺下了226席。同年联邦立法议会成立，设立100席，其中52席由选举选出议员，其余48席由英国最高专员署委任。“ 联盟”要求60席由选举选出，东姑甚至远赴伦敦谈判但无果。1955年联邦议会开始进行选举，这时“联盟”迎来新成员——马来亚印度人国民大会党(MIC)的加入，并发布了选举宣言。宣言设立了一些目标：1959年之前独立，并为所有儿童提供至少小学的义务教育，拥护马来统治者作为君主立宪制的象征性元首，结束共产党引发的紧急状态及公共领域招聘更多马来亚人，减少外国人以改革公务员体制。
选举成绩一出，“联盟”在52席中取下51席，剩下的一席由泛马来亚伊斯兰党获得。东姑成为马来亚第一任首席部长。
在这期间，马来亚的紧急状态进行中。有马来亚共产党支持的马来亚人民解放军制造恐怖破坏行为如摧毁农场，切断交通及通讯网络，攻击警察局等，目的是要终结马来亚的殖民。英殖民政府在1948年宣布马共及其他一些左翼党派为非法组织。1955年，“联盟”政府和英国最高专员署宣布任何参与马共叛乱的人如果投降就可赦免罪行。“联盟”政府的代表也履行选举承诺，与马共领袖们见面谈判尝试和平解决骚乱，是为华玲会谈。马共总书记陈平要求宣布马共为合法政党及准许参与大选，作为放弃武装斗争的条件，但东姑拒绝导致陷入僵局。
1956年，东姑率领以“联盟”政治人物和马来统治者代表的谈判团飞抵伦敦，向英国争取及商讨独立事宜。独立日确定为1957年8月31日，并且要设立独立委员会起草国家宪法。“联盟”政府也被要求避免没收英国及外国在马来亚的资产，也会签订防卫条约。
起草宪法由威廉·莱德成立及领导的莱德委员会负责。虽然载入了联邦制和君主立宪制的概念，草拟的宪法还有规定保护马来人的特别权利，如高等教育和公务员入学配额（固打制），以及伊斯兰教成为联邦的官方宗教。宪法也把马来语列为国家官方语言，及有权保护母语教育如华语和淡米尔语。 尽管东姑和马来统治者要求莱德委员会保证“在独立的马来亚全国民拥有平等的权利，特权和机会，不得以种族和信仰为由歧视”，但巫统人支持的马来特权，被列为是必要积极推行的直至最后淘汰。这些措施被列入宪法第3，152和153条文。
如预计般，东姑于1957年8月31日在默迪卡体育场宣布独立，标志着迈入马来亚和马来西亚政治的新时代。

独立后的东姑时代

马来亚独立后的第一个选举落在1959年，由巫统领导的“联盟”赢下51.8%的选票，104席中攻下74席，在国会中取得足够的绝对优势，这不仅能再次组织政府而且可以随意修宪。不过这次选举“联盟”因内部纷争而受到挫折，马华总会长林苍佑要求该党允许参选104席中的40席。而东姑拒绝后，许多林苍佑的支持者辞职以独立人士的身份参选，让“联盟”折损一些议席。
1961年，东姑发起了成立“马来西亚”的构想，即把前英国殖民地的新加坡，沙巴，砂拉越和文莱并入马来亚的想法。此构想的推测是可以允许中央政府控制及打击共产党的活动，特别是新加坡。这也担忧如果新加坡获得独立，将会变成大中华主义者的基地来威胁马来亚主权地位。为了平衡新国家的种族结构，其他马来人及原住民人口为主的州将会加入以平衡新加坡华人人口的多数优势。
经过多番谈判，新修改的宪法已敲定并做出了一些小修改：例如马来人特权对所有“土著”——即包括马来人及其他马来西亚原著民开放。然而，新的州属将会给予马来亚原九个州属没有的一些自治权。经过1963年7月的谈判，马来西亚将会在8月31日成立，包括新加坡，沙巴和砂拉越。文莱因文莱人民党的武装叛乱而不加入，以避免新国家成立后有不稳定的情况。
菲律宾和印尼强烈反对这次的发展，印尼指马来西亚代表着新殖民主义的出现，及菲律宾称沙巴为其领土。联合国向该地区派出委员会调查及批准合并，导致成立日被迫推迟。尽管印尼总统苏卡诺进一步抗议，马来西亚最终在1963年9月16日成立。印尼之后宣布与马来西亚“对抗”，派遣指挥官在东马（沙巴和砂拉越）进行游击战。此对抗直到苏哈多发动军事政变推翻了苏卡诺而结束。而菲律宾之后与马来西亚建立外交关系，同时承认马来西亚主权。
随着马来西亚国名的变更，巫统的政治联盟伙伴也即时更名至马来西亚华人公会和马来西亚印度人国民大会。东马的一些政党特别是砂拉越也加入了“联盟”以参与选举。

马来西亚与新加坡

1963年新加坡州选举，“联盟”决定以新加坡联盟党的名义挑战李光耀领导执政的人民行动党。巫统党人为了新加坡联盟党在新加坡活跃参与州选，指控新加坡马来人在华人主宰的人民行动党政府之中，被当成二等公民。但是最后巫统支持的马来候选人全都输给了人民行动党候选人。巫统总秘书赛嘉法阿尔巴去到新加坡向马来人传达信息，在一场集会里，他攻击人民行动党的马来籍政治人物是叛徒，而且不符伊斯兰教义，导致人民行动党和巫统关系紧张。人民行动党人看到“联盟”违反了早期的协议，即星马双方不得参选对方的选举，决定参选半岛的1964年大选。尽管人民行动党竞选了9个国会议席及在集会吸引了大量群众，但只赢得一个席位。政治纷争引致了族群关系的紧张，最后爆发了1964年新加坡种族骚乱。
“联盟”领袖对李光耀的行为感到震惊，认为身为一个州的首席部长的他，行为举止不应该如此不体面。他们认为李光耀把自己当成是个主权国家的宰相，而非一个州的方伯。来自马华的财政部长陈修信则称李光耀是“马来西亚及马来亚历史上最大的破坏力量”。李光耀似乎决心要在政治方面继续发展，继续在全国竞选，成立马来西亚团结大会——一个口号为“马来西亚人的马来西亚”政党联盟，复制了翁嘉化早期的努力。
1965年8月7日，首相东姑为了避免进一步的冲突别无他法，建议马来西亚国会对新加坡驱逐出马来西亚进行了投票。尽管人民行动党领袖们，包括李光耀尝试挽留新加坡在联邦之中，国会最终在8月9日以126票比0票，一致支持将新加坡逐出联邦。
东姑在国会演说时表示：“在我领导这下议院的十年之中，我未曾如此痛苦地履行职务。我在此宣布新加坡正式脱离联邦。”  当天，流泪的李光耀宣布新加坡是个主权独立的国家，以及自己成为这新国家的总理。他的演说摘录：“对我来说，这是一个痛苦的时刻。我的一生，我整个成年的生活中，我都坚信于两地的合并及团结。” 因此，新加坡成为现代历史上唯一一个因违抗本地意愿，被迫独立的国家。随着新加坡的脱离及独立，巫统新加坡分部改名为新加坡马来民族机构(Pertubuhan Kebangsaan Melayu Singapura)。

东姑的落日

新加坡脱离联邦后，“联盟”领袖开始专注执行政策。其中一项政策是提升马来语作为马来西亚的官方语言地位，降低英语在政府事务的使用。这得到伊斯兰党的支持，即捍卫土著特权及提升伊斯兰教在公共事务的地位。另一方面，人民行动党在马来西亚的支部变成了民主行动党，继续强烈反对此政策，并继承了被驱逐的人民行动党“马来西亚人的马来西亚”理念。1968年，由林苍佑领导新成立的马来西亚民政运动党或称民政党，与民主行动党合作。
1969年大选出了大事，5月10日当西马（半岛）投票结束后，“联盟”赢得不到一半的总选票，尽管在国会104席中取得66席。马华在此大选中损失惨重，从而使双方关系紧张。同时“联盟”还在州层次的选举受到更大的打击，失去吉兰丹，霹雳和槟城的执政权。这次的选举最后触发了族群冲突——五一三事件。巫统雪兰莪州州务大臣拿督哈仑（Datuk Harun）宣布巫统将于1969年5月13日晚上7点30分，展开庆祝巫统选举胜利游行。一群马来青年由鹅唛（Gombak）出发，前往拿督哈仑住处集合参加游行，在文良港（Setapak）地区与华、印族人发生冲突。
最高元首经过中央政府的劝告后宣布国家进入紧急状态。国会暂停运作，由巫统的副首相敦拉萨克领导的国家行动委员会来接管政府，作为大选后续的东马投票也被迫无限期推迟。尽管内阁首相还是东姑，但职位却是象征性的，其职务却由敦拉萨克执行。
巫统后座议员马哈迪·莫哈末在此选举失去国会议席，并向东姑致函批评他的领导。马哈迪与马来亚大学讲师拉惹慕达鲁丁·达因主办一场活动，向本地大学学生团体派发他的信函。最后爆发了大规模示威，并高喊“马来主权”和要求东姑下台。随着6月爆发的骚乱，内政部长依斯迈·阿都拉曼和敦拉萨克同意以违反党纪为由，开除马哈迪及巫统前执行秘书慕沙希淡的党籍。尽管如此，东姑受到马来民族主义者的压力下开始了退位计划。
被推迟的选举最后于1970年进行，让“联盟”再次牢牢掌握国会三分之二绝对优势。8月31日，东姑宣布国家的意识形态——国家原则（Rukunegara），以及退位，计划让首相职位由敦拉萨克继承，还有国会接下来即将复会。

新经济政策

1970年敦拉萨克接任首相后，他开始着手加强巫统在“联盟”里的领导。东姑领导联盟的时候，一直会咨询“联盟”里对政策的意见。当“联盟”领袖提出反对时，政策就不会通过。在敦拉萨克的领导下，巫统就是“联盟”和政府的主干。他领导国家行动委员会包涵7位马来人，1位华人和1位印度人直至国会复会。
在敦拉萨克的内阁，另外两位跟他有同等权力的人就是依斯迈·阿都拉曼和嘉萨里·沙菲宜。嘉萨里曾经表示马来西亚不适合西敏寺国会制度。敦拉萨克也让被开除了的“急先锋”马哈迪和慕沙希淡重新入党。马哈迪在被巫统开除党籍期间因出版《马来人的困境》一书（而政府把此书列为禁书）而声名大噪，内容阐释马来人是马来西亚最重要的民族，理所当然地可以享受特权及成为为主权国家领袖。他也有争议的认为，马来人需要采取积极行动以克服遗传的缺陷。
翁查化之子胡先翁成为了巫统党内崛起之星。随着依斯迈突发心脏疾病与1973年去世，胡先翁继任了副首相。在内阁重组中受到胡先翁提拔的马哈迪，受委重要部门的教育部长。
敦拉萨克政府在1971年宣布新经济政策，目标是以“经济快速增长”来提升马来人在国家经济方面的地位以达到跟其他族群有合理的份额，并“最终消除贫穷…不分种族” 。新经济政策的目标是让马来人掌控30%的经济领域，政府认为这将会实现“公平的社会” （Masyarakat Adil），一个促进政策受到认可的口号。新经济政策的制度扩大了宪法所制定的教育以及公务员固打，政府也对私人界做出干预。例如首次公开募股中的30%股份必须由政府选择的土著单位持有； 旧有的公务员招聘机制，即每聘一位非马来人就要聘四位马来人的制度即刻废除，在1969年至1973年间，98%的新公务员是马来人。五所新大学在新经济政策之下建成，其中两所主要为贫穷马来人和穆斯林公民服务。
敦拉萨克为了强化政府优势而开始拉拢一些在野党加入“联盟”阵营。民政党，人民进步党，伊斯兰党和东马一些在野党在这时期加入了联盟，并改名为“国民阵线”。国阵在1974年正式注册成为组织，同年也进行了大选。
国阵内部在选举期间出现了一些矛盾。1973年，林敬益和一些亲华支持者从马华跳槽至民政党，这导致马华不再是国阵里唯一代表华人权益的政党。
马来西亚大学学生组织开始对巫统领导的政府有所不满，学生运动受到海外方面的无政府主义者影响而发起。不过，身为教育部长的马哈迪对大学生和学院发出严厉警告禁止参与政治。还有，农村的农民指控由于政府的政策导致他们挨饿， 促使1974年12月爆发大学生示威。不过这些指控是错误的，因为没有证据证明农民的家属因饥饿而死。大部分示威者是马来人，包括马来西亚伊斯兰青年运动创始人（ABIM）——安华·依布拉欣在内安法令（一个允许政府可以无限期未审先扣任何被视为威胁国家安全的人士的法令）下被逮捕扣留。1975年，国会通过了大学及大专生法令，禁止学生在未经过大学副校长的书面同意下对任何政党或工会表态支持及担任任何职位。该法令也禁止在大学校园内进行政治集会。1976年尽管玛拉工艺学院内有抗议大专法令的大集会，马哈迪威胁要撤回学生受到政府资助升学的奖学金。
国阵也在1974年大选后也在砂拉越参选。由黄金明领导的砂拉越国民党跟民主行动党成为国会里最重要的在野党，两党各掌九席。砂国民党挑战国阵委任的砂拉越首席部长阿都拉曼耶谷的亲马来人政策，指他们边缘化砂拉越的郊区原住民，特别是依班人。砂国民党曾经在1965年被逐出“联盟”，原因是主张增加砂拉越的自主权，即提升那些砂拉越加入马来西亚联邦时所签订的协议中所指定的权利，但这是不可能达到的。当选举结果公布后，阿都拉曼下令以煽动法令逮捕黄金明。砂国民党随后选出新领袖——廖·莫吉，他保释了黄金明以及1976年让砂国民党再次加入国阵。
在沙巴州，“联盟”及之后的国阵由注重亲马来人和亲伊斯兰政策的沙巴民族统一机构（USNO，简称沙统）掌控州政府。1973年，伊斯兰教被列为沙巴州的官方宗教，原官方宗教为基督教，在合并协议前已签署认同此条款。还有原住民语言如卡达山人的语言使用被马来语取代。沙统的首席部长慕斯塔法哈伦生活奢侈，奉行恩庇政治来批准珍贵木材合约，使用沙巴公帑供飞机运送自己飞至价值一百万澳元，位于昆士兰的住家。
1974年大选，社会正义党参选获得了近40%的选票，但无法赢取任何国会议席及州议席，沙统持续执政沙巴州。
敦拉萨克在1976年1月14日病逝于英国伦敦，由其副手胡先翁接任，1981年由马哈迪接替。

马哈迪时代

马哈迪任首相之后，慕沙希淡接任副首相兼巫统署理主席。安华在马哈迪的招揽下加入巫统，震惊了其自由派支持者。此后安华在巫统内开始施展影响力，党职步步高升。

新巫统

1987年4月24日，巫统召开代表大会及三年一次的党选。兼任党魁与阁揆的马哈迪自1975年党选以来首次受到挑战，即12年以来其党职生涯皆不战而胜。
马来人的政治特别是巫统政治在马哈迪领导下出现了变化，党主席自41年来第二次受到重大挑战。有点沉闷的第一次挑战就是胡先翁击败一个名叫苏莱曼·巴勒斯丁的小党派角色。事实上在1950年代，东姑的主席职位曾经受到C.M.尤索夫的挑战，后者之后成为下议院议长。但东姑却被认为不是时任的主席，只是挂名的主席。
1987年的竞争是完全不同的事情，马哈迪受到前财政部长东姑拉沙里的挑战。媒体把支持马哈迪的阵营称为A队，东姑拉沙里为B队。B队包括了副首相慕沙希淡，也就是要捍卫原职的现任巫统署理主席，还有前巫青团长兼青年组织“青年4B”主席苏海米·卡玛鲁丁。
B队批评马哈迪的政策，指新经济政策无法为贫穷马来人受益，同时批评马哈迪的领导方式，指他没有咨询国阵和巫统领袖擅自决策，还有B队指自己比马哈迪派系不这么伊斯兰主义。
马哈迪表示任何对他的指控是毫无根据的，并指其对手破坏马来人团结及他们只为私欲而行动。
最终，马哈迪以43票（761对718）的微差成功连任，很多B队支持者怀疑这微差的票数似乎有作弊嫌疑。B队的署理主席候选人慕沙希淡被A队的嘉法巴巴打败，三位副主席中有两位是A队，最高理事会有16位A队及9位B队成员。
主要指控是其中一些投票的代表所属的巫统支部没有合法注册。还有未证实的指控是投票流程没有摆上台面。
虽然事后姑里支持马哈迪，但“猎巫”行动还没开始。随后马哈迪在内阁革除所有B队成员，同时也在州政府及地方政府层次进行职位洗牌。
1987年6月25日，12位巫统中央代表对这次党选做出上诉但被驳回了。其中一位代表胡先马纳撤回上诉，剩下的11位坚持上诉的代表们被称为“巫统11人”。虽然姑里和慕沙希淡未参与其中，但广泛相信姑里资助这个上诉。
经过超过七个月的一系列非正审聆讯及搜查资料，1988年2月4日法官哈伦哈欣位于吉隆坡高庭对此事做出了宣判。法庭宣判巫统为非法组织，原因是有一些未注册的支部参与党选，违反1966年社团法令，因此技术上大会本身也是非法。
“宣布巫统非法，这是个艰难的判决。”法官哈伦哈欣宣读判词时表示。”但国会通过这法令，巫统当然知道（社团法令）因为他们（在国会里）是大多数。1966年的法令已近年来被修改了五次，特别是在马哈迪政府时期，每个社团支部却跟社团注册局另外登记…”
东姑和前巫统主席胡先翁创党，名叫“马来西亚巫统”（UMNO Malaysia），以继承旧有的巫统。马来西亚巫统虽然主要受到巫统B队的支持，但也招揽马哈迪加入领导层。可是该新党随着社团注册局以缺乏解释为由拒绝注册而瓦解。
马哈迪对复活巫统没有兴趣，他比较想启动机制来组织新的政党，在“马来西亚巫统”注册被拒绝后一星期，注册名为“马来民族统一机构（新）” （Pertubuhan Kebangsaan Melayu Bersatu (Baru) ）或简称“巫统（新）” 。 “新”字随后去除，旧巫统的所有资产就被新巫统所继承 ，大部分领袖都是旧巫统A队成员，忽略了B队。因此东姑拉沙里创立四六精神党，在1990年及1995年大选与巫统对抗。最后46精神党在1996年解散，东姑拉沙里回归巫统。
1993年党选，安华在署理主席职位击败嘉法巴巴当选，并接任副首相职。

安华事件

1997年因亚洲金融风暴的影响，马哈迪跟安华开始出现意见分歧，最后马哈迪革除安华的副首相职位，并由巫统破门，以渎职和肛交罪控告安华，最后安华被判罪成入狱。
1999年大选，因前署理主席安华的逮捕及审讯，安华的烈火莫熄运动及替代阵线成立的影响，巫统的支持率滑落至54%，144议席中夺下102席。

阿都拉时代

在马哈迪领导下马来西亚进入经济繁荣的时代，担任了长达22年的党主席及首相后，于2003年退休，由其指定的接班人阿都拉巴达威继任，敦拉萨克长子纳吉接任署理主席。
2004年的第11届大选，国阵在阿都拉的领导下取得压倒性胜利。不过2008年的第12届大选，该联盟首次失去三分之二国会议席优势，巫统的大臣在雪兰莪，霹雳和吉打失去职位。之后阿都拉宣布来届党选不蝉联主席职及首相职位，在2009年4月3日党选后由纳吉继承。

纳吉时代

在第13届大选中，尽管国阵总体失去7席，但巫统增加了9席。
第14届大选，国阵惨败，巫统首次失去执政党的地位。2018年5月12日，纳吉宣布辞去巫统以及国阵主席职位，即时生效，并让前副首相阿末扎希暂代位置。

后马哈迪时代

第14届大选后，国阵阵营多个政党引发成员脱离政党危机，巫统也是其中之一。巫统成为反对党，和伊斯兰党的关系也越加密切，两党多次参与国内各个关系到穆斯林的课题，例如反对《消除一切形式种族歧视国际公约》（ICERD）、反对《罗马规约》等活动。马哈迪和所属的阵党多次批评巫统所走的路线越加极端。
2019年9月14日，巫统和伊斯兰党在吉隆坡世界贸易中心举行“穆斯林团结集会”正式签暑合作宪章，以维持及争取更多选票和抗衡希望联盟。这是双方自1980年代终止合作后再次联盟。

思想

巫统公开代表在马来西亚的马来人，也开放任何土著（马来西亚原住民，即非马来人或非穆斯林如东马的卡达山人，依班人，达雅人等）入党。该党宣扬马来人主权，一种马来人身为国土早期的居民应当享受特别地位的概念，如今受到马来西亚宪法153条文所保护。