特殊的國與國關係

产生及历史因素

从1949年开始，在台湾地区的中国国民党领导的中华民国政府与中国大陆的中国共产党领导的中华人民共和国政府处于敌对隔绝状态。1987年台湾解除戒严后，当时总统蒋经国因人道考虑和已在台湾38年的中华民国国军家属要求，开放台湾民众赴中国大陆回乡探亲，两岸重开接触。
1990年，李登辉当选总统后，陆续成立国家统一委员会（国统会）、行政院大陆委员会（陆委会）与海峡交流基金会（海基会），两岸互动益形密切，但彼此的关系一直未有明确定位。1993年4月，海基会与海峡两岸关系协会（海协会）举行第一次辜汪会谈。但1995年李登辉实际上以中华民国总统身份访问美国后，中国大陆方面对“一个中国”的定义不断紧缩，两岸关系陷入低潮，且引发台湾海峡导弹危机。1996年3月在台湾首次举行总统直选，李登辉当选连任。
1997年7月1日，香港主权移交给中华人民共和国，澳门也将于1999年12月20日主权移交给中华人民共和国。中华人民共和国一国两制的宣传主张对台湾的压力益增，美国又不断有人主张两岸应签订中程协议，故李登辉指示成立“强化中华民国主权国家地位专案小组”研究对策。1999年5月，该小组研议以“特殊的国与国关系”为两岸关系定位。
台湾时间1999年7月9日下午，德国之声总裁Dieter Weirich、德国之声亚洲部主任Gunter Knabe与德国之声记者Simone de Manso由行政院新闻局局长程建人陪同，到总统府录影专访李登辉。他们问到在并非实际可行的“宣布台湾独立”与不被大多数台湾人民接受的“一国两制”之间，是否有折衷的方案？李登辉答：“中华民国从1912年建立以来，一直都是主权独立的国家，又在1991年的修宪后，两岸关系定位在特殊的国与国关系，所以并没有再宣布台湾独立的必要。”德国时间1999年7月25日21时整，德国之声的英语卫星频道向全世界播放专访内容，而文字内容则刊登在德国的《周日世界报》。
2011年9月，已卸任多年的前总统李登辉，在回忆两国论产生背景时，明确指出是为了阻止当时的中共中央总书记江泽民想要片面对国际宣告两岸将展开政治谈判的企图。由于时值辜振甫访陆，后续并安排汪道涵访台的两岸交流热络阶段，期间李登辉发现江泽民打算在10月1日中华人民共和国建国五十周年国庆当日，当着多位外国领袖的面宣布汪道涵访台时，两岸将展开政治谈判。李登辉为阻止江泽民的计划，因而于当年七月在接受德国电视台访问时，提出两国论中止两岸谈判。
两国论起草人包含了各界学者名家，包括后来出任行政院大陆委员会主任委员、行政院副院长、民进党主席及中华民国总统的蔡英文。

台湾政界和民间的反应

在台湾方面，民进党与国民党部分人士基于各自的立场对此政策作了肯定的诠释。
民进党支持“两国论”，部分独派更赞扬李登辉不只为“民主之父”，更是“台湾国父”。同年民进党发表台湾前途决议文以承认中华民国的两国论为基调，作为日后的执政基础。
国民党在李登辉执政时期，多半支持“两国论”，例如连战曾表示：“我们提出‘特殊国与国关系论’的主张是基于维护国家尊严、保障人民权益的考量。也是表达台湾两千三百万人民的心声。这是攸关国家发展大是大非的课题。…因此李总统提出‘特殊国与国关系论’的明确主张，就是要突破两岸间现存不合理的框架。”。而在新党方面，虽然他们在7月23日举行一场反对“两国论”的大游行，但其主题却是“和平反战”，也就是“向中共武力说不”。也就是说，如果北京因为两国论而对台湾采取武力恫吓或动武的话，台湾所有政党都会齐声反对（童振源 1999）。2000年，国民党候选人连战落选，失去政权，李登辉被迫辞去党主席职务，连战接任国民党主席后，国民党彻底抛弃李登辉的两国论，重新回到一中各表立场。在2012年3月，连战夫人连方瑀投书媒体，讲述在“两国论”后提出后连战与李登辉的分歧。连方瑀说，“李登辉抛出‘两国论’，属下连战无法反驳，连战原本决定出版的‘连战风云’，内容讲两岸要‘双赢’，李登辉竟要求‘停止出版’”；“2人会分道扬镳，完全无关‘个人恩怨’，是‘李先生’公开扬弃过去理念，连战始终坚守立场”。
至于坊间的反应，在李登辉的该段访问见报以后，新党立法院党团召集人郑龙水委托民意调查基金会所作的民意调查显示，55.2%的受访者赞成李登辉提出两岸关系是“特殊国与国关系”，反对的人则有23.4%（韩德强 2002，2）。此外，环球电视台与《新新闻》也公布一份有关“特殊国与国关系”的民意调查，结果显示有43%的受访民众支持两国论，只有10%的民众不赞成（施钰文 1999）。向来颇强调其菁英品味的《商业周刊》，也对台湾587位企业经理人做了一份问卷调查，结果同意两国论者为78.4％，不同意为15.3％，无意见为6.3％（杨开煌 1999）。就此而论，台湾民意基本上觉得李登辉只是点出两岸关系长久以来存在的一个事实，并不认为这是一个政策上重大的转折。
李登辉在事后，也做过相当类似的澄清。7月14日，李登辉接见前美国在台协会台北办事处长张戴佑，在谈到各方对两国论之解读的时候，李登辉表示：“我们的大陆政策没变，两岸交流、对话的立场与态度也仍然不变”（引自何振忠1999）。7月23日，李登辉接见从美国来访的美国在台协会主席卜睿哲（Richard Bush）也发表类似的看法，说明中华民国推动建设性对话与良性交流的大陆政策并没有任何改变，先前谈话是以国家元首身份表达并反映台湾大多数人民的心声，此为民主社会尊重民意的展现（何振忠 1999）。
2008年6月12日，马英九再次提起两德概念。范凌嘉认为两德模式，恐是一日话题，因为李登辉德国之音的特殊国与国关系，就是以两德模式处理核心问题。台大政治系教授张亚中认为两德议题“一个德国，两个国家”是以“整个德国”来涵括两国，东西德都是整个德国的内部宪政主体。西德总理布朗德称其为“特殊关系”，差别在李登辉从未公开承认一个中国。

中国大陆反应

李登辉将两岸关系定位为“特殊国与国关系”的说法，引起了中华人民共和国政府的强烈反应。在该谈话结束后两天，中国共产党中央台办、国台办发言人发表谈话，直接点名批评李登辉“公然把两岸关系歪曲为国与国关系，暴露其一贯蓄意分裂中国领土和主权的政治本质”，措词严厉地批评李登辉与台独分裂势力主张沆瀣一气（大陆新闻中心1999），认为李登辉的路线以从“独台”转向“台独”。之后，经过十多天对两国论的观察及开会研判，中共中央总书记江泽民决定取消海协会会长汪道涵的访台计划，同时到2000年3月台湾总统大选前，不但停止海协、海基两会交流对话机制，也决定台办官员暂停赴台（王玉燕 1999）。也就是说，对中华人民共和国政府而言，在两国论甫推出之际，官方的立场是希望台湾能将两国论定位在李登辉个人的言论范围内。但是，面对接下来台湾方面有关两国论的说法以及李登辉的解释，中共高层认为台湾政府两国论的基调没有改变，其他说法都是托辞，认定台湾就是要“放弃一个中国”，以两国论走向台湾独立，并试图形成政策（王玉燕 1999）。简单来讲，中华人民共和国官方认为台湾当局的自主意识已经从过去的“暗独”走向“明独”（引自虞义辉2001，337）的独立意识道路。
随后执政的民进党政府以两国论作为基调。2005年3月14日举行的中华人民共和国第十届全国人民代表大会第三次会议通过一部针对台湾海峡两岸关系的中华人民共和国基本法律《反分裂国家法》，当天经中华人民共和国主席胡锦涛签署并立即予以实施。该法律的主要内容是鼓励两岸继续交流合作，但同时也首次明确提出了在三种情况下中国大陆可使用“非和平方式达到国家统一”，外界将焦点集中在三大条件中的最后一项，即“和平统一的可能性完全丧失”，这被认为是一项可以被非常灵活解释的条件。另外第八条也允许国务院在必要时先采取行动，随后再向全国最高权力机关人民代表大会通报，等于授权中国人民解放军可以先斩后奏。

美国反应

在两国论成为世界主流议题以后，世界主要国家都已表态支持一个中国；但也都同时强调，两岸争议必须透过持续对话，以和平的方式解决（童振源 1999）。以美国为例，在李登辉向张戴佑表明台湾的中国政策不变以后，克林顿领导的美国政府开始试图为两国论激起的台海紧张情势降温。
7月14日，白宫发言人洛克哈特主持例行简报时，不但拒绝评论北京是否可能对台动武及美国可能的反应，并对询问北京是否可能采取武吓的记者说，别把北京的严厉措辞看得太重了（刘其筠 1999）。
9月11日，美国总统克林顿在与中国国家主席江泽民会谈时，首度对两国论明确表达较负面的意见。他表示，两国论已经带给中国大陆和美国双方“更多困难”；但克林顿也明告江泽民，如果中国大陆要（对台湾）诉诸武力的话，将在美国“造成严重后果”。克林顿并在高峰会中重申，“我们将继续维持尼克森总统以来采行的政策，这个政策有三大支柱，即一个中国、和平解决台湾问题、和两岸对话。”（本报系采访团1999）。也就是说，美国既不支持两国论，但也反对北京对台动武或中断对话（童振源 1999）。

其他

2001年5月10日，前国民大会议长苏南成接受中天新闻台专访时说，李登辉提出两国论前，他就已经知道两国论，只是不知道李登辉会告诉德国之声记者。苏南成说，两国论的重点就是透过《中华民国宪法增修条文》的全面大翻修，让其条文更为完备，包括国土、国会定位、政治制度、人民权利和义务、中央政府与地方政府等；但因为兹事体大，且容易被认为是在追求台湾独立，才会引发争议。苏南成又说，李登辉提出两国论后，遭美国政府施压，美国政府认为两国论是为李登辉总统延任案护航；而在美国政府施压之下，台湾时间1999年8月20日上午，李登辉向他明确表示，总统延任案不可行。
有趣的是，反而是属于传统独派阵营的部分政治势力，对于李登辉的“两国论”仍然有相当程度的不满，见施正锋(1999)及郑邦镇(1999)。这是因为两国论仍然承认中华民国在台湾的统治合法性。
根据童振源(1999)的资料，从1999年7月9日一直到8月6日，台湾民间共有7项相关民调，同意两国论者为43%至74%，反对者只有18%至30%。