陳雲林訪臺爭議與衝突

陈云林访台争议与冲突是指中国大陆海峡两岸关系协会会长陈云林在2008年11月访问台湾参与第二次陈江会谈期间，所发生及引起的一连串争议与冲突事件。

访台前

在陈云林访台前不久，10月21日刚发生张铭清访台遇袭事件。中华民国总统府第一时间表示，该事件将不影响陈的访台计划，行政院长刘兆玄也表示将以国安系统介入陈访台期间的维安工作；中华人民共和国国务院台湾事务办公室则强调，极少数人的破坏行径，阻挡不了两岸关系和平发展趋势，及加强交流合作的步伐。因为此事件，也使中华民国官方将陈云林访台行程局限在台湾北部地区，取消前往中、南部参访的计划。
而在10月25日，民主进步党、台湾团结联盟及若干本土社团，举办了1025反黑心顾台湾大游行，提出反对马政府快速向中国大陆倾斜、抗议三鹿奶粉污染事件等诉求，在游行中也预告会于陈云林抵台时，将会再次集结，向他呛声，而前总统陈水扁也说出“陈云林若要来，我们要采取更激烈的抗争”。10月27日，海协会致函海基会，就毒奶粉事件，对台湾消费者与厂商造成损失表达歉意。10月30日，陈云林就中国大陆毒奶粉输出台湾事件公开道歉，他表示大陆方面对于毒奶粉事件深表自责，“我在此再次向台湾同胞表示歉意”。10月31日，台联支持者在圆山饭店前表演行动剧，对陈云林的巨幅照片砸派。
因为先前张铭清访台遇袭，马政府于陈云林访台期间动员大批检警做好戒备，光是桃园机场就布署了近三千名警力，并在机场联外道路货运站及高速公路入口设置拒马关卡检查站，而在主要会场及住宿的圆山饭店也布署了上千名警力，对所有上山道路进行管制。对此，民进党批评维安规模过高，浪费公帑。国民党却回应是被民进党逼出来的。

总统发言遭泛绿称自我矮化争议

2008年6月，马英九总统被问到他与陈云林见面时如何称呼，马英九说，“我称呼他就称‘陈先生’，他称呼我就称‘马先生’，我觉得这是最好的方法”。此话一出，引来泛绿挞伐，认为马英九不顾国格，面对对岸时就去主权化及自我矮化，国家不见了，连台湾民选总统的尊严也不见了。
2008年10月10日，被问及马英九是否会表明自己“国家元首”身份，总统府高层答：“这是双方心知肚明的事，有些事不必点得太明。”针对总统府未明白表示马英九以总统身份会见陈云林，民进党文宣部主任郑文灿痛批：“国家变地区，总统变先生，国家不见了，总统不见了，这根本是主权被掏空。”民进党团总召柯建铭也说，不顾国格会自食恶果，“民进党到时一定会有态度的表示”。

国旗事件

陈云林访台前及访台期间发生多起民众因持国旗被警察驱逐的冲突事件，引起全国哗然。11月2日 ，有民众拿有国旗图案的雨伞到圆山饭店门口，遭警强制驱离。台北市警察局中山分局局长谢文杰面对记者问“如果有民众挥舞国旗欢迎陈云林会不会被排除？”谢回答“会依法处理”，记者再追问“分局长为什么你对在中华民国的领土上带国旗这件事情，你都不敢正面说可以带国旗？”谢局长答“依中华民国法律处理”记者再追问“中华民国法律有禁止民众带国旗吗？”谢局长答“依现场情况处理”。11月3日 ，民众在连络机场的高速公路上的路桥持国旗抗议陈云林，被警察暴力驱逐，国旗被员警当场折毁，还有女警阻止民众拿国旗，理由是“因为这里是公共场所”。但是在中山北路上，ㄧ群“中华统一促进党”的民众却可以举著中国大陆五星旗，迎接陈云林车队通过。11月3日，陈云林拜会辜严倬云时，有3位网友自发前往台泥大楼表达诉求，被警方粗暴对­待，抢夺手中的国旗，一名女子因此折断手指头。 国民党议员赖素如批警方毁国旗已经公然触法。民进党主席蔡英文痛批警方干预民众人身安全与言论自由，台湾为此付出惨痛代价，马英九应负责。前副总统吕秀莲炮轰，台湾长期努力的人权成为陈云林来台的祭品，要求马总统道歉，警政署长王卓钧下台。。又其后总统府发言人王郁琦发表讲话，声称未要求接待单位撤国旗。

访台首日

11月3日，陈云林与代表团抵达桃园国际机场，中午在台北圆山饭店发表简短谈话。抗议人士也在桃园机场到圆山饭店之间发动数起抗议活动。
西藏独立运动人士从陈云林座车自桃园机场驶上国道开始，就紧跟飞驰的陈云林车队，藏独人士高举“雪山狮子旗”，在车队旁沿路挥舞高喊“西藏独立”，一路跟随到圆山饭店。
法轮功支持者则在陈云林行经路线附近拉起“法轮大法好”的黄色布条，要求中国政府“停止迫害法轮功”。4日，上千名台湾法轮大法学会成员齐聚台北市自由广场练功，以和平方式表达“中共停止迫害法轮功学员”、“呼吁陈云林及来台大陆官员退出共产党”两项诉求。
民进党台中市议员赖佳微、邱素贞、纪丽玉及陈淑华等四人前ㄧ晚入住圆山饭店六楼，上午约11时40分，在住宿房间阳台外，垂挂两幅写着“陈匪云林滚蛋”、“Taiwan is Taiwan”的抗议布条。警方随即闯入客房阳台，发生拉扯场面，布条被警方没收。
民进党台北市议员庄瑞雄等人，在圆山饭店山脚下，打算施放一万颗印有“黑心”的气球。但警方以位处飞航管制区内为由，没收了气球与氦气瓶，经推挤冲突后，警方同意归还氦气瓶。而四名民进党籍台中市议员，则在前一天先行入住圆山饭店，并在饭店阳台垂挂大幅写着“陈匪云林滚蛋”、“Taiwan is Taiwan”的抗议布条，但随即遭到警方没收。
呛陈云林民众花样百出，一位民众带着一只狗到圆山饭店，想参观台湾的戒严，警方拦阻不给进入，结果双方僵持在出入口，碰巧陈云林车队离开，警方赶紧围成人墙阻隔，最后找拖吊车把这位民众连人带车一起拖走。
11月3日至6日，民进党在台北市济南路举办“为台湾守护、向中国呛声”活动，第一天凌晨约有三百人守夜，民进党主席蔡英文凌晨陪同静坐约十五分钟后离去，留下来的支持者以演讲、唱歌度过长夜。11月3日晚间，陈云林回应这些抗议行动：“我听到了，我也看到了。”并表示反对的民众，最终会认同两会的谈判目的，是为两岸同胞提供方便、创造福祉。

国宾饭店冲突

11月4日，晚间国民党荣誉主席连战在国宾饭店设宴招待陈云林一行，600多名抗争群众在场外抗议，警方因而出动千名镇暴警察强制驱离，而爆发严重肢体冲突。
邻近抗议现场的上扬唱片行大声播放《台湾之歌》专辑的第11首曲目《恋恋北回线》，遭到台北市警察局北投分局长李汉卿率领的警方强力制止，并强行使店家停止营业。事后李汉卿声明是接获音量过大的投诉，并欢迎店家提告。。

晶华酒店围困事件

11月5日晚间，国民党主席吴伯雄在晶华酒店设宴款待陈云林等一行。民进党主席蔡英文以及大批的民意代表率群众包围晶华酒店。蔡英文抗议警方维安规格太高，几近滥权。抗议群众数次尝试闯入晶华酒店，与警方爆发多起冲突。中国中央电视台记者柴璐与凤凰卫视记者陈琳，也遭到抗议群众围堵、辱骂，台中市长胡志强则是遭到民众吐口水。
群众持续围困到6日凌晨，吴伯雄、陈云林等人皆无法离开，被困在酒店三楼宴会厅八个小时。警方表示虽然有能力动用优势警力排除群众滋扰，但为避免发生激烈流血冲突，以较温和方式控制场面。内政部长廖了以和警政署长王卓钧凌晨进入台北市警察局中山分局坐镇指挥，镇暴警察在凌晨一时三十七分展开强制行动，驱离占据晶华酒店前中山北路的群众。两点零五分，陈云林等人由侧门离开晶华酒店，在准备驶离时，遭遇一名男子泼洒白色液体后扑向座车并高喊“台湾独立”口号，随后这名男子即被维安人员带离。
海基会深夜发出新闻稿，认为这不是台湾善良民众待客之道，对台湾观光与国际形象的伤害，民主进步党需负全部责任。隔日立委叶宜津出面表示该名男子系其助理，泼液体是要把中国大陆三聚氰氨毒奶还给陈云林，她并质疑“台湾是否变成警察、极权国家”。。
11月6日早上10点，马英九总统在接见海基会、海协会代表之前召开记者会，重申中华民国是主权独立国家，台湾前途是由台湾人民决定。两岸两会是对等协商，没有任何矮化，而自己对国旗的热爱超过任何一个民进党员，不会因为大陆访客抵台，而不准国旗亮相；对于昨上晚上晶华饭店前的流血冲突感到忧心与失望，强调集会游行是人民的权利，但是应该要和平与合法，不管哪一种言论主张，都应该要理性和平，每一个政党必须要考虑他的责任。也再三重申自己是以中华民国总统身份接见陈云林，会面过程全程公开。

围城游行

11月6日，中华民国总统马英九预定在下午4点30分于台北宾馆接见海协会长陈云林等一行。
民主进步党于马陈会面当日发动大规模围城抗议活动。
由于前一天晚上的晶华酒店围困事件，总统府为避免爆发激烈冲突，会见时间提前为上午11点举行，时间也缩短为7分钟，此举遭致民进党主席蔡英文批评马英九规避人民抗议的声音。民进党随即自上午11点发动围城抗议，宣称号召十万人，从其他县市乘游览车动员而来的数万名群众陆续向台北宾馆附近的中山南路集中。上午10时许，抗议群众已达千人，10点50分起，群众企图冲破封锁线，和警方发生三波冲撞事件。群众以砖块、保特瓶向警察丢掷，警方则以棍棒和盾牌还击。下午2点30分，面对活动发生肢体冲突的情况，蔡英文上台演说呼吁群众和平，但场面随即失控，群众朝警察丢石块、水瓶和鞭炮，推倒多道铁拒马。民进党指挥中心经信义路转往济南路将游行队伍带开企图冷却现场，但仍有数千民众不受民进党中央指挥，逗留在景福门与警方激烈对抗。5点30分，蔡英文在济南路宣布围城结束，但群众未完全散去，部分转往圆山饭店继续抗议。
当围城活动到了尾声时，下午4点，前立委王淑慧鼓动群众包围圆山，数百名群众离开游行队伍往北移动，在中山桥被警方封锁线拦下，双方数度冲突。晚间群众在缺少民进党游行人员的控制下，向维安警力投掷石块、汽油弹、排泄物。蔡英文在晚间召开记者会，强调民进党围城行动已结束，圆山饭店发生的重大滋扰案是自发性的非民进党所动员，并怀疑其中数十名以上著黑衣的滋事者为混入群众的黑道份子在长达数小时的冲突后，11月7日凌晨1时10分警方以强力水柱实施驱离抗议群众。
总计围城行动共造成超过200人受伤，其中包含149名警察。

野草莓学运

11月6日起，以台大学生为主的三百名大学生、教授，在行政院前静坐，表达对陈云林抵台期间警方执法和集会游行法限制的不满。抗议活动遍地开花，历经两个多月，数千名民众在全台各地静坐抗议、示威游行，要求马英九总统公开道歉、警政署长王卓钧下台。

其他事件

11月11日，一名自称前国民党工的八十岁男子刘柏烟，在中正纪念堂园区自由广场自焚，以抗议马政府接待陈云林的规格，尤其是“陈云林抵台，民众拿国旗，竟然被警方殴打，事后打人的警察却没事”及马英九不愿意在陈云林面前维护其总统尊严。。12月14日凌晨二时，刘柏烟伤重不治去世。