南碼頭／白廳街車站

IRT百老汇-第七大道线站台

IRT百老汇-第七大道线设有两个分开的车站，各自命名为“南码头”并与曼哈顿的南码头连接。“南码头循环”（South Ferry loops）用于旧南码头车站站台，新站台称为“新南码头”（New South Ferry）新的岛式站台车站于2009－2012年间由百老汇-第七大道线上的1号线使用，直至2012年毁于飓风桑迪为止。2013年4月4日至2017年6月27期间外圈站台重开以提供临时替代服务。

外侧站台

1905年7月10日，南码头车站外侧站台成为IRT原初干线延伸线的首两个开放的站台。车站兴建时内侧轨道已经存在，但只作为储车之用。当IRT的H系统于1918年7月1日开放时，百老汇-第七大道线列车使用外侧站台，而内侧站台亦开放作为IRT莱辛顿大道线列车使用。当时该线在曼哈顿下城使用原初干线。
百老汇-第七大道线的列车，包括1号线和9号线（后者在1989－2005年采用高峰时段隔站停靠）使用外侧站台为终点站，除了两段较短的时间以外。第一段为2001年9月至2002年9月，在九一一袭击事件后主线钱伯斯街车站以南无法通行，其次为2009年3月16日起新南码头车站启用作为1号线列车的终点站，直至2013年4月4日外侧站台再度开放，并提供前往BMT的免费换乘。新的车站位于此旧站下方，容许免费换乘前往BMT车站，旧站的站台原先并没有类似计划。

取代和重开

南码头循环造成服务的瓶颈。运营上，循环车站实际上类似一个中途站而不是真正的终点站，列车直接开往雷克托街车站，列车长不需要走到列车另一端。另外与大多数终点站不同，此站不设侧线或额外轨道以储存终点站列车，而且直至34街-宾州车站以前都没有额外的轨道。这意味着列车不能在此站停留超过90秒（包括站台伸缩踏版的伸和缩的5至10秒）。任何此站停止载客的列车可以造成线路其余部分严重延误。最后，由于列车只能以慢速通过车站，与双轨和标准长度的终点站相比再增加了30至60秒的行车时间。以上加起来导致1号线列车在北面三个站的钱伯斯街车站来回方向都要延误达两分钟。
为了消除这个特殊运营方式带来的影响，2008年开始决定兴建新车站，设有双轨、10节长的岛式站台，位于一个更笔直的路轨上，以容许列车以典型的终点站来运营。MTA指新车站可节省4至6分钟车程，并将1号线列车的最高容量提升至每小时24班（或每2分钟30秒一班），比使用循环车站时的每小时16至17班（或每4分钟一班）大大提高。新车站可无障碍通行（但不可无障碍换乘BMT百老汇线），而主入口位于史泰登岛渡轮码头大厦入口的对面。
然而，2012年10月末飓风桑迪吹袭纽约，新站受到严重水浸破坏并需要关闭进行维修，外侧循环轨道再次开放以便以雷克托街车站为终点站的列车调头。新站预计需要到2017年夏天才再度开放。几个月后，MTA决定暂时重开循环车站作为临时终点站，以恢复1号线列车与史泰登岛渡轮的连接。旧站于2013年4月4日重开，并加入了与白厅街车站的连结。2017年6月27日取代它的车站重新开放后，外圈车站再次关闭。

内侧站台

IRT莱辛顿大道线的内侧站台于1918年7月1日向乘客开放，该日由外侧站台搬到内侧站台。内侧站台比外侧站台更弯，只开放位于中央的车门，站台和轨道在车门的位置设有特殊的拱形门洞。
1950年代末，IRT分部大部分开始使用R型列车，但无法限制只开启中央车门，因此5号线（仅黄昏和周末停靠南码头）和6号线（仅深夜停靠南码头）再搬到外循环。布林格陵－南码头接驳线，在平日以及初期也在深夜运行，则继续使用内循环，前往布林格陵车站西站台直至1977年内循环站台关闭，莱辛顿大道列车也停止使用外循环。1960年代末使用经过特别改造的R12型列车运营直至服务结束。这些列车设有两套不同的车门控制系统，第一套可开启两截车门，第二套只可开启中央一截的车门。内侧和外侧站台都不可免费换乘。
现时内侧轨道仍在使用中，平日黄昏和周末5号线以布林格陵车站为终点站时会有5号线列车在此调头。

兴建

2001年9月11日，恐怖分子破坏了世界贸易中心，该大厦位于南码头和炮台公园以北附近。整个世贸大厦区域在袭击中完全毁损，因而通过该大厦的IRT百老汇-第七大道线，包括科特兰街车站亦遭到严重破坏。当时只能将1、2和3号线的线路改道，并减少了曼哈顿和布鲁克林的列车服务，直至通过世界贸易中心的路段于2002年9月重启。该路段的重建的同时，MTA官方亦同意在袭击以后长期来说，该线负荷极大，需要在南码头兴建一个更为有效的终点站以让1号线和9号线停靠。同时还与炮台公园翻新重叠。
2003年，新车站的兴建获分配了资金并于2005年开工。车站原先预计花费4亿美元，大部分的金钱作为联邦交通管理局（FTA）作为世界贸易中心重建的专项。起初，兴建车站因价格过高和节省时间太少而受到反对。然而FTA于2004年8月30日发布了无明显影响的研究结果，因此南码头终点站计划允许继续进行。在计划期间，FTA评估了许多替代，包括北延现时的循环站台、兴建一个额外的轨道和站台的终点站、在循环下方兴建双轨终点站、在东面水街兴建双轨终点站、在东南面海边南街兴建双轨终点站、在BMT百老汇线白厅街车站下方兴建三轨终点站以及在彼得·米纽伊特广场对角线兴建终点站。在以上七个选项中，最终采用了最后一个，其他替代方法以费用太高或物流上不可行而放弃。
计划分为三部分：兴建钟口、通风口以及原线的轨道交汇处；前往车站的隧道以及车站本身。钟口的兴建需要重建270英尺的隧道以容许新的交汇处。通风口位于原先以东，将促进新的深层车站的通风，该车站位于三条现存的地铁路线（循环站台、IRT莱辛顿大道线的杰拉雷曼街隧道以及BMT百老汇线的蒙塔格街隧道下方）。两条新的隧道将会是单线隧道，连接到一个洞穴，该处将安装剪式渡线。新的76,820平方英尺车站，位于地下50英尺，设有600乘25英尺的站台、一个新夹层、滚梯和一部电梯。
2005年12月8日，纽约市当局宣布在兴建新车站的过程中发现了200年历史的石墙遗迹。经考古分析，被广泛报导为曼哈顿最古老的人造结构。挖掘地铁站时发现了四堵墙以及超过250,000件工件。其中一堵墙放置于克林顿城堡的临时展示上。
2008年12月11日，有消息指新站已经基本完成。然而在2009年1月时受轨道里程站台边缘过远、站台空隙不符合ADA标准影响启用延误。其他的延误均属车站漏水影响，乃因车站地下水位过高所致。问题解决后，车站于2009年3月16日启用，比预计启用日期迟一年。最后总造价达到5.3亿美元，超支1.3亿美元。此站是自1989年IND 63街线车站启用后首次有新的地铁站完工。2009年4月16日，MTA资金建设奖励了塔利建设1920美元的合约以重建位于车站上方的彼得·米纽伊特广场。
车站启用后，一段出土的较长的历史城墙永久嵌入新站入口的墙壁。纽约市地标保护委员会主席罗伯特·提尔尼指，“此墙很有可能是在17世纪末和18世纪一度保护城市的炮台，并给予现时公园的名称。纽约市计划和纽约市公共运输局合作保护遗迹，并形容为“纽约市历史的一个重要残余部分”。
车站的夹层和电梯槽设有纪念艺术，名为《See it split, see it change》，由熔融玻璃幕墙、纸皮石马赛克以及不锈钢栏杆组成。该艺术由Doug和Mike Starn创作，描绘了曼哈顿地形，并安装在夹层超过3年。安装时成为MTA运输艺术安装的艺术品中最昂贵的，价格达到100万美元。

飓风桑迪吹袭及封站

2012年10月29日，新南码头车站受到飓风桑迪严重破坏。车站被超过80英尺的盐水淹没，并由轨道一直漫延至夹层。根据时任MTA主席祖尔·罗塔的形容，车站成为一个“大鱼缸”（large fish tank）。因此，这部分的车站关闭至另行通知为止。MTA估计维修费会花费6亿美元，并要持续至2016年。以此站为终点站的线路只能暂时以雷克托街车站为终点站，直至旧站重新运营。旧站于2013年4月4日作为新站重新运营前的临时替代。旧站与车站其余部分的连接一度需要短暂移除约20英尺的《See it split, see it change》艺术品。
此站进行了装修、重置信号室和加设大量防水设施工程，但信号室本身可能延误至2019年。2014年12月8日批出了1.94亿美元合约，现时车站正在进行大规模重建，包括在出入口、通风口、沙井、管道加设防水闸门，并清洁车站。维修本身花费了3.45亿美元。这些改善工程导致车站复合群的主入口自2015年10月起关闭了几乎一年。
翻新工程花费了3.45亿美元，在2017年6月完工。车站在2017年6月27日重启，同时容纳因应克拉克街隧道长期周末关闭而改变的新线路走线近1年。