鰂魚涌站

车站设计

由于车站设计时，尚未考虑到转车的需要，故此需要在兴建东区海底隧道时，额外在下层加建2个月台及3条长短不一的通道连接本身的港岛线月台及大堂。
转车客流路径则比较迂回，对乘客不便，到1997年才加建升降机，情况稍有改善。
由于设计令往来大堂及将军澳线月台需时5分钟，本站会于末班车开出7分钟前通知乘客请勿入闸，这是7分钟前请勿入闸的其中一个车站（另一个为博览馆站），与其他车站的5分钟不同。

大堂

在港岛线初建成之时，鲗鱼涌站地面已经有2个不相连的大堂，在宝马山脚，分别位于英皇道近太古坊的东大堂及位于模范邨旁的西大堂。车站主要设施设在东大堂，包括车站控制室、休息室及3个员工洗手间等；而连接西大堂的C出入口建于模範里的尽头，由于能挖掘的空间有限，该大堂仅能容纳几部售票机及出入闸机，恒生银行小型办事处、1个员工洗手间及一间清洁办公室。入闸后，乘客需要经过一条长达百余米的狭窄通道，再转升降机或扶手梯才能前往月台层。该大堂在欣澳站未启用前，曾是全香港面积最小的港铁车站售票大堂。两个大堂均设有客务中心。
现时，鲗鱼涌站内提供不同类型的商店供乘客购物或进食，例如有便利店、饼店及银行等。由于港铁的收费区是不能进食，因此大部分售卖食物均不会设在收费区内。此外，鲗鱼涌站也有不少自助服务设施，包括自动柜员机、自动售卖机、自动照相机等。往来东大堂的通道层设有“iCentre”免费上网服务设施供乘客浏览互联网的内容。
由于鲗鱼涌站周边200米范围内并无设置公众洗手间，故港铁公司于2008年1月决定在该站近A出入口兴建洗手间。洗手间已于2011年3月19日完成工程并随即开放予乘客使用。

月台

车站有2层共四4个分离侧式月台，上层为港岛线月台，下层为将军澳线月台，所有月台均装设月台幕门。下层月台深达42米，为港铁车站距离地面第四深的月台，亦使鲗鱼涌站成为香港铁路中海拔第四低的一个车站。下层月台祇有3条通道接驳港岛线，并在3号月台旁设升降机往返上层，此站是将军澳线往北角方向唯一一个月台是弯曲的车站。
另外，该站至太古站之间设有一条渡线。每当港岛线的中段线出现故障时，往坚尼地城方向的下行线列车将会以该站作为临时的终点站，届时所有过海的乘客需在该站转车，前往坚尼地城至炮台山站的乘客将需乘搭其他交通工具。
由于鲗鱼涌站是前观塘线终点站之一，所以在3号月台尾端墙门后（近观塘线掉头隧道一方）设有一个员工专用的化学厕所。
与其他港岛线车站一样，月台焗漆板上印有书法字，往后兴建的将军澳线月台亦延续了此一特色；其中书法字中的“鱼”字采用了异体字。
月台都用上孔雀绿色，可能与以前在此常见的食用鲗鱼（鲫鱼）的颜色有关，但此由来未有官方说法。

观塘线掉头隧道（已封闭）

鲗鱼涌站下层月台以西原有一段掉头隧道供观塘线列车使用，观塘线列车在鲗鱼涌站落客后，便会驶进该隧道掉头。“纾缓鲗鱼涌转车站挤塞工程”竣工后，观塘线在2001年9月27日起改以北角站为总站，掉头隧道在同年11月封闭。

利用状况

鲗鱼涌站在1989年8月，东区海底隧道落成后，将观塘线伸延至该站为终点站，亦变为港岛线及观塘线的转车站。往返九龙东及香港岛东的乘客改用鲗鱼涌站转车。加上当时大部分工业大厦经已改建为太古坊商业区，同时亦加设模範里出入口，因此使用鲗鱼涌站的乘客不断增加。在“纾缓鲗鱼涌转车站挤塞工程”落成前，其转车通道甚至出现饱和现象。2001年9月“纾缓鲗鱼涌转车站挤塞工程”落成后，不少前往港岛线北角站至上环站的乘客改用北角站转车，以避开较长的转车通道（乘客利用模範里出口的转车通道可节省时间，位于下层月台中间及2号月台车头位置），转车通道人流已大为减少。至于前往港岛线太古站至柴湾站的乘客，则应使用本站转车通道转车。
2002年8月，将军澳线全线通车，此站变为港岛线及将军澳线的转车站。所有乘客往返港岛线太古站至柴湾站及观塘线，需要在此站及油塘站转车。此不便促使部分观塘线乘客重投旺角站及金钟站或中环站前往港岛线沿途各站，使该站转车人流稍为回落。不过因为早上繁忙时间北角站转线通道相当挤迫，有部分将军澳线往坚尼地城方向乘客，选择在本站转乘港岛线往炮台山站至坚尼地城站，以避开北角站挤迫的人潮，乘车时间可能与在北角站转车相若，甚至稍快捷。转车的人流除了原有往返港岛线及观塘线的乘客外，亦有使用将军澳线往返将军澳的新乘客。因此，本站现时有很高的转车人流。
车站邻近有多栋商业大厦，例如太古坊、嘉里中心、柯达大厦、乐基中心等，但车站位处宝马山山边，邻近住宅发展不多，更欠缺大型购物商场及康乐设施，所以出入闸人流只有平日繁忙时间颇多，假日却偏低。

选址及命名

原本在1970年代港岛线定线的初稿中，并没有鲗鱼涌站。只有一个名为芬尼站的地下车站设于现时鲗鱼涌街附近。1980年，由于政府修改地下铁路发展蓝图，于康山地底加设康山站（即现时太古站）。因此芬尼站附近进行填海工程，以使发展为工业区，故此芬尼站列入后期兴建车站。
1983年，由于政府再次修改鲗鱼涌发展蓝图为商业区，以配合太古地产在太古船坞发展太古城大型住宅项目，所以芬尼站与七姊妹站合并，并改称鲗鱼涌站，与港岛线第一期同时兴建。1985年5月31日港岛线通车，车站启用。

扩建为转车站

1984年，日本财团提出以民间兴建营运后转移模式（BOT，建造-营运-移交）形式建东区海底隧道，地铁当时答允。1984年初，政府有意发展东区海底隧道，作为行车和铁路两用隧道，其中铁路部分以地铁观塘线延伸至香港岛。原计划观塘线在太古站和港岛线交汇，但因为要迁就行车隧道的走线，地铁 当局只能大幅度改建鲗鱼涌车站成为一个“十”字型转车站，乘客需要步行数分钟才能转车。有关工程于1986年6月开始动工兴建，而由1989年8月6日起，观塘线延伸至鲗鱼涌站，鲗鱼涌站成为观塘线的终点站，并且成为观塘线当时唯一一个位于香港岛的车站。

“弹性上下班”计划

观塘线伸延至鲗鱼涌站后，地铁公司为纾缓荃湾线过海人流，推出“弹性上下班”计划，吸引乘客使用鲗鱼涌站转车。地铁公司在三条转线隧道的旁边安装特别的核票机，乘客在这些时段使用该站转车往中区途中，将通用储值车票插入这些核票机，便可享有车资折扣。后来计划完结，这些核票机亦随之拆除。

纾缓鲗鱼涌转车站挤塞工程

受东区海底隧道走线的限制，当时观塘线伸延至本站的走线不能跟港岛线平行，限制了本站不能规划成跨月台转线站。而利用本站转线必须上落楼层以及经过迂回通道，对乘客而言固然不便，但作为当时港岛东唯一的转线站，要处理来自观塘线和港岛线共三个方向的转车客，因此本站的转线通道挤塞情况非常严重。
1998年，地铁在计划兴建将军澳线时，同时推行“纾缓鲗鱼涌转车站挤塞工程”，决定将观塘线由鲗鱼涌站延伸到北角站，而北角站的设计亦改以同层转线的方式设计，以方便乘客转乘，同时以减轻鲗鱼涌站负荷，2001年9月27日，把观塘线延伸至北角站，鲗鱼涌站成为观塘线的中途站。同日起，观塘线越位隧道停用。同年11月，该隧道被回填封闭；但是，由于当时未有拆卸隧道的技术及需要，因此旧隧道结构仍然保留，而北角城市规划大纲图中仍有显示该隧道。

将军澳线一期通车

2002年8月4日，将军澳线局部通车，取代观塘线过海地位，原属观塘线的北角站及鲗鱼涌站改属新的将军澳线。当时为了使乘客熟习转车安排，故只开放油塘站；该站成为观塘线和将军澳线的临时总站。此安排一直维持至同月18日，调景岭站至宝琳站一段通车为止。为统一地铁系统的上下行月台编号，由2001年9月27日起，将3号月台（上行月台）及4号月台（下行月台）编号互换，以符合未来将军澳线之上下行编排。

将军澳线二期通车

2009年7月26日，康城站通车。由于在繁忙时间的将军澳线北行的不同列车可能会有不同的终点站，港铁在3号月台安装了数部液晶显示器，清楚显示下4班列车的终点站以及抵站时间，使乘客能够登上前往正确目的地的列车。