臺灣清治時期

弃留廷议

康熙22年（1683年）农历六月，福建水师提督施琅在澎湖海战中击溃东宁王国刘国轩舰队，未久，位于承天府（今台南市）的延平郡王郑克塽于七月十五日（新历9月5日）向施琅请降，康熙皇帝经过议政大臣会议讨论后，七月份决定接受郑克塽投降，并下令郑克塽家族及其部属悉数搬离台湾、迁至北京或山东；八月十八日（西历10月8日），郑克塽率众剃发易服，东宁王国为期21年的统治正式结束。
明朝宗室朱术桂等因不愿投降而自杀，若干郑氏宗室（如郑成功第六子郑宽）因担心遭到迫害而从此隐姓埋名。后人郑守让称祖先因此举才得以侥幸躲过满门抄斩，因此告诫后世子孙不得对外泄露家族为郑成功后代的秘密。
台湾自十六世纪（明代嘉靖朝后），便是福建、广东、日本等海盗倭寇的窝藏之地，由于贸易昌盛，陆续吸引西方国家如葡萄牙、西班牙进犯明朝东南沿海海域荷兰与西班牙更一度占领台湾作为对明朝、日本贸易的据点，继而统之的东宁政权，即是来自以郑芝龙、郑成功父子为首海商武装集团势力的延续。
故1683年攻下台湾，康熙皇帝进攻台湾原只存“迁其民而弃其地”之念头，对于是否纳台湾入清帝国版图犹豫了十个月之久；一方面康熙除了台湾问题之外，还需分神处理俄罗斯对黑龙江边境侵扰（雅克萨战役），境内平定三藩之乱也有不少内政问题有待解决，于清廷而言正值多事之秋，若要再将台湾收入版图，势必又要大量开销来设置官署、招募驻防兵源，对于财政上无异一大负担。
眼见康熙皇帝犹疑未决，平台有功的姚启圣、施琅陆续上书康熙，尽皆主张纳台湾为版图才能根除陈年已久的海寇骚乱，施琅更上书〈恭陈台湾弃留疏〉，力陈台湾对于巩固东南海防战略地位的重要性，且表达外国势力诸如荷兰等屡屡对台湾之觊觎野心。康熙皇帝则唯恐受封靖海侯的施琅有自恃功臣、不遵朝廷号令之虞，遂另行咨询闽籍老臣李光地之意见。李光地大致赞同施琅的保台疏议，另外顾及康熙皇帝疑虑，未免施琅在台湾拥兵自重，遂提出三年轮调一次“班兵制度”的理台方案，终于获得康熙皇帝首肯，确定于康熙23年4月（西历1684年5月底）将台湾和澎湖群岛编入清帝国版图。

康熙时期

康熙皇帝领有台湾，因恐台湾孤悬海外、军民据岛作乱，乃设置班兵制度，凡军官、兵丁等一律从中国内地轮派，不得由台湾当地征召，且凡武职人员三年一换，并不准官员携眷来台。在行政单位的设置上，将台湾、澎湖并入福建省，最高长官设福建分巡台湾厦门道，任命周昌为首任道员；废除原东宁王国的天兴州、万年州，另置“一府三县”：府治称台湾府，属台湾县（约今台南市），台湾县以南设凤山县（约今高雄市、屏东县），以北设诸罗县（约今嘉义县以北，不含今宜兰县、花莲县、台东县），县级以下坊里庄社等行政名称、划分多沿用东宁王国旧制。
清廷取消海禁政策，另外颁布渡台禁令：其一，欲渡台者需经官府稽查审核，偷渡者必处严惩、其二，凡渡台者，皆不许携家带眷、其三，不准广东省民渡台。渡台条例虽有此明文，禁令条文亦偶有增减，但其实沿海管制并不严格，禁令形同具文，偷渡移民在所多有。
迁台人数长期以来并无控管盘查，不少移民因无法治生产沦为游民，且男女比例失衡，社会不安、治安日坏，闽浙总督觉罗满保早在康熙57年（1718年）提出警告，惟可惜官兵怠于治理的态度放任过久，积习难改，地方十分吏治败坏，民怨四起，最终仍导致康熙60年（1721年）杜君英、朱一贵等叛乱起事的发生。
这一时期台湾虽归属清廷，但对台湾治理有实质影响力的是施琅及其家族，施琅家族不仅接手并垄断前东宁王国之贸易市场，更挟有军功威望支配鹿港（今彰化县鹿港镇）地区，引渡不少泉州移民来台发展。

雍正时期

雍正皇帝在1723年即位之后，励精图治，大力整饬康熙朝后期怠政的弊病，连带影响对台湾治理的态度，其中以蓝鼎元的献策对雍正皇帝的治台方略颇具影响。蓝鼎元为漳州人士，朱一贵事件爆发时，随族兄蓝廷珍平定乱事一同来到台湾，随后便提出治理台湾的多方建言，不少获得雍正皇帝采纳。
在朱一贵事件平定后，朝廷鉴于诸罗县幅员过广，不易管理，经蓝鼎元倡议，朝廷在雍正元年（1723年）于大甲溪以北设“淡水厅”，大甲溪以南、虎尾溪以北设置“彰化县”，彰化县县城设于半线庄（今彰化市），并将原在诸罗县（今嘉义市）之北路协镇移驻到彰化县，便于北控淡水、南驭诸罗。雍正九年（1727年），澎湖群岛从台湾县分割出来，设“澎湖厅”。雍正朝“一府四县二厅”之行政规制沿用近九十年，直到嘉庆17年（1812年）朝廷增设“噶玛兰厅”（约今宜兰县）才有所改变。
雍正二年（1724年），福建水师提督蓝廷珍在大肚溪北岸设立蓝张兴庄（约今台中盆地南缘），报垦立户陞科，申办垦照“蓝张兴”，引渡漳州移民偷渡来台开垦农田、辟建水圳；同年取消广东省移民来台的禁令，客家移民也在雍正年间起有规模地移入台湾。蓝鼎元上书雍正皇帝，建议批准移民携眷渡台，以期降低台湾械斗动骚乱，获得雍正皇帝同意，并在雍正十年（1733年）颁布实施，福建、广东移民渐趋容易，数量也日益增多。
根据台湾学者曹永和《近世台湾鹿皮贸易考》一书中考证，台湾在康熙末年因应鹿皮数量减少，已无法再靠外销鹿皮获得商业利益，台湾社会结构在雍正年间开始产业转往农业发展。
综观雍正时期的台湾产业结构，清廷大肆招募移民开办“水田化运动”，稻米取代鹿皮成为产业主力，朝廷又推行“台产稻米资闽省内地”等政策，台湾脱离了原本自十六世纪荷治、明郑时期附属亚洲贸易网络的体系，转为大清帝国内需经济供应的一环，故雍正一朝可谓台湾地区产业结构转型的关键时期。
不过，随着汉籍移民陆续增多，农作拓垦范围相应扩张，侵犯台湾原住民既有生活领域渐多，双方矛盾日益严重，引起原民不满、愤而反抗，以雍正年间爆发的邵族骨宗事件、道卡斯族大甲西社事件为代表，后续嘉庆年间尚有郭百年侵垦事件之发生，造成西部平埔族迁徙大至山区、丘陵地区。

乾隆至同治时期

康熙皇帝收台湾之初，多择良吏派往台湾，如台湾知府蒋毓英、诸罗知县季麒光与台厦道陈瑸任内皆颇有建树，但康熙皇帝晚年怠政，对于贪官污吏皆从轻发落，造成各地吏治败坏，也包括台湾在内。康熙60年（1721年）爆发的朱一贵事件便显现出当时台湾官员无能腐败问题。雍正皇帝即位之后大力整顿，吏治风气一度好转，但雍正皇帝在位13年后人亡政息，1735年即位的乾隆皇帝对台湾并无心思经营，大多采取放任政策，台湾长年皆处于吏治败坏的状态，才导致当地械斗四起、民乱不断，尤以乾隆51年（1787年）的林爽文事件、同治元年（1862年）的戴潮春事件为帜。
乾隆51年（1786年）的林爽文事件弭平之后，乾隆皇帝肯定诸罗县军民在这场乱事中同心戮力、抗敌有功的表现，乾隆52年（1787年）“诸罗县”更名为“嘉义县”，乃取“嘉勉其义”之意，但台湾行政设置仍维持“一府四县二厅”，并未变动。
直到嘉庆初年，漳籍的吴沙率领漳州、泉州、粤籍人士向今宜兰地区开垦，侵占噶玛兰族土地，造成当地原汉纠纷甚多，实有新设行政官厅的必要，朝廷遂在嘉庆16年（1811年）增设“噶玛兰厅”，正式将宜兰地区纳入清朝行政版图；尔后行政机关延续六十多年间不变，直到同治13年（1874年）才有所变动。
道光年间，曾任台湾道、福建巡抚的徐宗干便曾对台湾吏治之败坏提出四大原因：其一，地理位置孤悬海外，官员若自行其是，上级监督不易、其二，因朝廷采行“本籍回避政策”，派驻台湾的官员和下层民众言语不通，下情无法上达，双方易有误会、其三，官员俸禄极其微薄，以致贪污受贿，乃至于官商豪族勾结情事层出不穷、其四，官衙办公经费匮乏，凡招募人事、公共建设经办等，多令主事者往往有心无力，又或因循苟且，得过且过，故徐宗干才有台湾“三年一大反，五年一大乱”之喻。
台湾可考民变纪录根据许文雄〈十八及十九世纪台湾民变和社会结构〉一文统计，总计为107次，兹举乾隆朝60年计29次、嘉庆朝25年计20次、道光朝30年计34次等等，尚不包括乡里之间难以计次的族群械斗（闽客械斗、泉漳械斗以及原汉冲突），足见18世纪中叶之后台湾社会的动荡不安。但也有一群平民借由协助朝廷平乱促成阶级流动，因功受封官衔、官职，或获取土地、特权，进而跃昇为土豪世族之事例，诸如雾峰林家（林朝栋）、鹿港杨家（杨振文）、新竹郑家（郑崇和）和云林张家（张士箱）等。
除此之外，台湾在18世纪中叶后，西部汉人人口数业已逼近200万，清朝政府虽采“原汉隔离”的政策，明文禁止汉人侵犯原住民土地，交界处设有土牛、石牌、红线等，但保护地权整体效果不彰，大部分的土地仍落入汉籍业户手中。西部平埔族群（道卡斯、巴宰、巴布拉、巴布萨以及洪雅族）面临汉人的垦伐，猎场渐失，只得选择远离故土，集体迁徙至丘陵、内山等区域居住，而未随同胞迁移的平埔族人，只得依附汉人，或与其通婚，于是文化及语言也渐趋汉化。
19世纪中叶以后（约莫道光皇帝末期、咸丰皇帝在位时期），清帝国内地接连面对鸦片战争、英法联军、太平天国之乱等问题，朝廷应付内忧外患业已自顾不暇，难以付诸心力经营东南一隅的台湾，直到同治十年（1871年），日本帝国进犯台湾爆发牡丹社事件之后，朝廷重臣因恭亲王奕䜣、李鸿章、左宗棠带起一场“海防与塞防之争”的朝廷议论，嗣后才有沈葆桢主导南洋海防，并远赴台湾经办政务、大兴变革之事。
同治13年（1874年）5月份，沈葆桢受命为钦差大臣处理牡丹社事件后续，被派往台湾前线和日军谈判〈北京专约〉事宜，直到该年年底日军全部撤退期间，沈氏皆留守台湾当地，足以令沈氏对台湾事务颇有涉猎。日军撤兵后，沈葆桢提出多项治台方略，获得朝廷批准，自翌年光绪元年（1875年）之后，清廷兼采“巩固海防（沿海、台湾）”与“塞防（蒙古、新疆）”之国策，对台湾治理转入积极。

学者邵式柏关于“消极说”论点的批判

台湾史学界多认为清廷初期对台的方针是“消极治理”，然而美国学者邵式柏（John Robert Shepherd）对“消极说”成功发起批判，使其专书成为台湾史研究者经常引用的书籍。邵式柏直指消极说是来自于多种不同立场的政治正确议题而非事实，并以系统性比较台湾与其他边疆地区，如在台湾派遣许多县丞，比例高于大陆其余各地，甚至也在本岛派遣重兵。另外清廷也派遣经验丰富的官员制订政策并试图落实，务求尽量扩充台湾税收潜力，及减低控制成本。总总显示清廷在台湾投下大量成本心力，而非忽视台湾。邵式柏更指出台湾的“械斗”问题并没有比其他大陆沿海各省更猖獗，罗汉脚也是中国许多边疆地区所共有的。中研院学者康豹（Paul R. Katz）认为邵式柏提出令人信服的主张，来说明清帝国其实是积极治理台湾等边疆地区。台湾史学者翁佳音认为此论点修正清朝视台湾为边疆、无足轻重，以及统治官僚颟顸无能的通说。

来自日本的压力（1871年－1873年）

日本于明治维新后，于1871年，发生琉球宫古岛的居民六十六名漂流至南台湾恒春半岛、其中五十四名因误闯斯卡罗王国领土，被高士佛社的排湾族杀害、剩下十二名脱险返国的“宫古岛民台湾遇害事件”。琉球同时受到日本及清朝的保护，日本以“惩办凶手”为借口，出兵台湾，1874年攻打排湾族斯卡罗王国，即“牡丹社事件”。虽斯卡罗王国打赢，但却由清、日双方仍签订条约，清朝须负赔偿费，日本撤兵。日本政府利用此事件，以及小田县民于卑南族领地之事件，使清朝承认牡丹社事件，日本出兵台湾为“保民义举”，令日本领有琉球的承认，并将势力扩及台湾。翌年1872年，日本政府设领事进驻福州探窥台湾情形，并暗地里派遣陆军少校桦山资纪（后为首任台湾总督。）与在中国留学的水野遵到台，做实地调查。与此同时，以破例年薪一万二千银元将美国前驻厦门领事、精通台湾事务的李仙得  (C.W. LeGendre) 聘为外务省顾问，进行向台湾出兵的准备。对李仙得甚至答应将来任命他为台湾总督。
李仙得1867年于厦门领事任内，与南台湾的斯卡罗王国头目卓杞笃之间缔结有关救助海难的条约。当时在台湾南部海上，美国船之外有多数外国船遇难，遭难者擅闯原住民领土，而被部落处决的事件频频发生，而清廷表明原住民与其所居住区域为“化外之民、化外之地”非清朝领土，而是属原住民的领土范围，所以李仙得经过美国政府认可，直接与卓杞笃缔结条约。
日本外交大臣副岛种臣于1873年3月赴北京交换“日清修好条规”批准书时，为牡丹社事件向清廷提出交涉。清廷以台湾居民系“化外之民”，该地区属于“教化未及之地”，划清牡丹社事件之责任。受此回应，日本政府即于1874年4月，任命陆军中将西乡从道为台湾蕃地事务都督、大隈重信为台湾蕃地事务局长、李仙得为事务局二等官，做为出兵台湾的首脑阵容。由西乡率领日军，同年五月十七日由长崎出发，二十二日在台湾南部的恒春附近登陆。虽然受到瘟疫与台湾原住民游击式反击，仍于6月成功地占领大龟文王国南方领土。
西乡等占领台湾南部期间，日本政府派遣大久保利通为全权大使，由李仙得陪伴前往中国，重复交涉的结果，于同年十月三十一日缔结“北京专约”，清廷以购买日军所建房舍道路名义付日本五十万两银钱，而日本则答应由台湾撤兵。清廷在条约中称日本出兵台湾是“保民义举”，并且同意支付受害者遗族慰问金十万两白银。其中保民所指为“日本国小田县民”，但日本片面解释为清廷对琉球属日的承认。
日本出兵台湾，成为清廷的一种警讯。清廷在日军到达台湾后的1874年五月二十七日，迅速任命沈葆桢为“钦差兼办理台湾海防事务大臣”并派遣来台。沈葆桢由船舰兵员随伴，于同年六月十七日到达台湾，显著地强化台湾的防卫力量。不过，沈葆桢的任务非要与日本一战，而是要积极使台湾发展。

中法战争与台湾建省

在中法战争中，清廷于1884年六月授与前直隶陆路提督刘铭传巡抚头衔，使其负责台湾的行政与军务。同年七月，刘铭传到达台湾，因鉴于北部遭受法军攻击的情势，亲自驻守台北。刘铭传就任管辖台湾及福建的福建巡抚时，向朝廷建议台湾与福建分离被采纳，1885年十月台湾成为独立的“福建台湾省”，刘铭传被委任为第一任台湾巡抚。福建台湾省成立后，立即修改行政区划：台湾省之下，设台东直隶州与管辖淡水县、新竹县、宜兰县、基隆厅的台北府，管辖台湾县、彰化县、云林县、苗栗县及埔里社厅的台湾府，管辖安平县、嘉义县、凤山县、恒春县及澎湖厅的台南府等三府十一县三厅一直隶州。将台湾省省会定于台湾县（今台中市）。此时重编之行政区域，成为后来日本殖民政府以及中华民国政府划分行政区的基础。刘铭传创设直属台湾省的三十几个机构，又把原来的机构加以改组。其中比较重要的有征收税租的税厘总局、负责樟脑专卖的脑务总局、征收茶税的茶厘总局、负责食盐生产与征税的盐务总局、推行煤炭采掘的煤务局、促进海上运输与管理的轮船局、推行开拓与开垦的抚垦局、负责公众卫生与疾病治疗的官医局等等。几乎所有这些机构，虽然名称有所改变，都被日治时代的台湾总督府继承下来。

清治时期最后的十年建设（1886年－1895年）

刘铭传的改革，系以居民自己负担为原则，可说是一种“就地取材主义”，并非来自中央投资。当时台湾的财政主要依靠地租，刘铭传采取清赋措施，向朝廷上奏“三至五年之后，将以台湾之财收自给自足”云。刘铭传于光绪十二年（1886年）四月，设清赋总局于台北，三个月内完成居民的人口调查，并进行兼具治安目的的“保甲”编制。保甲制度即是，以“甲”为单位，将居民置于连坐制之下加以管理，以十户为一甲、十甲为一保，甲有甲长、保即设保正。人口调查完成后，随即着手土地的调查，确定土地及田的所有者，摘发漏税的“隐田”，并确定其所有权人。这样一来，地租收入一举由不到五十万两增至六七‧五万两，但清赋事业做得不彻底。但所做的台湾人口调查与土地调查，成为日治时代的人口调查及土地调查的基础。
铁路事业方面，当初虽然计划从基隆至台南敷设纵贯铁路，但因为资金不足及刘铭传离职，故仅敷设基隆到台北约三十二公里，光绪十九年（1893年）二月又完成到新竹约六十七公里。
刘铭传于光绪十七年（1891年）六月，告病辞官回乡。继任的福建台湾巡抚邵友濂，基于地方财政问题，因而未能承继刘铭传之改革事业，其改革事业遂中途而废。而后，于二十年（1894年）十二月邵友濂离职，代之由唐景崧就任福建台湾巡抚。　
台湾建省还不到十年，中日甲午战争（1894年－1895年）后中日签订马关条约，将台湾和澎湖之主权割让给了勃兴中的日本，在经过台民与台湾民主国短暂抵抗后，进入台湾日治时期。
据《清史稿》记载：“光绪...二十一年，弃台湾，省巡抚。”“日索交台湾益亟，朝旨命台湾巡抚唐景崧交台，台民汹汹欲变，并引公法力争。”

台湾道时期

清朝康熙年间将台湾纳入版图后设立了台厦道，与厦门共署，并同时隶属于当时的福建省。道为清朝行政区划之一，其地位在省与府之间，而总管厦门与台湾的台厦道道署设于厦门。1684年（康熙23年），台厦道辖下设一府三县：新港溪（今盐水溪）以北为诸罗县，新港溪至二仁溪之间为台湾县，二仁溪以南为凤山县
1723年（雍正元年），台厦道更名为台湾道，下辖一府四县一厅：将诸罗县之虎尾溪以北增设彰化县，另设淡水同知兼巡北路。
1727年（雍正5年）台湾道正式与厦门分离，并将道署移署于台南。台湾道设一府四县二厅，包括新成立的澎湖厅。
1731年（雍正9年），彰化县之大甲溪以北正式划归淡水厅。
1787年（乾隆52年）平定林爽文起义后，将诸罗县改名为嘉义县。
1811年（嘉庆16年）增设噶玛兰厅。
1875年（光绪元年），台湾增设为二府八县四厅。新设立的台北府下辖三县一厅，即宜兰县、淡水县、新竹县及基隆厅。台湾府下辖五县三厅，即彰化县、嘉义县、台湾县、凤山县、恒春县、卑南厅、澎湖厅及埔里社厅。

在台政策

实施剃发易服政策直到日治时期废除。而台湾方面所称呼的唐山人包含清朝派到台湾的文武官员。

义民

清朝中叶，原有的八旗、绿营等世袭的职业正规军队已不堪作战。因此地方官府遇事警，往往改以就地临时征募乡民，组成“乡兵”来弥平事变。再加上清代台湾垦民之间分类意识强烈，每当乱起，和变民不同原籍的垦民往往必须自组乡勇以对抗变民。此皆“义民”形成的背景。

而也有如曾任彰化县令的王玺在其所著的《彰化县志》中所表达的：“负贩食力之辈，一旦地方有变，无他营生，其相率而为贼者此民，其向义而从军者亦此民。故欲散贼党以杀其势者，惟招募义民，最为上策。我军多一义民，即贼人少一伙党”。其完整的意思是：那些以劳力谋生的人，当地方有事变的时候，会因乱起而失去生计，最后有可能因无法谋生而跟着附众起事，也有可能因希冀恢复生计，而成为义民来稳定秩序。所以招募义民，可以避免那些因变乱而无从谋生的人，最后也跟着成为变民。
乾隆一朝，漳、泉、客、原四籍垦民都有获乾隆或颁匾额或赐名。客家籍义民获颁“褒忠”匾额、泉州府籍义民获颁“旌义”匾额、漳州府籍义民获赐名为“思义村”，而原住民也有获颁“效顺”匾额。然而对于为乡土而牺牲的祖先们，只有客籍垦民将他们对这些祖先的尊崇和感谢转化成为义民爷的信仰。
1786年，福建省台湾府发生林爽文事件，数万与林爽文同为漳州籍的群众加入民变，后因军纪不良，百姓以乡勇的形式组织义民军保卫家乡。在陈资云领导下，转战新竹、苗栗、台中、彰化等地。事件平定后，新竹士绅王廷昌出资雇工捡集死难骨骸共二百多具，合葬于枋寮。其后王廷昌、林先坤、黄宗旺、吴立贵等，在戴元玖家族的捐地下，集资建冢立庙以祭祀（即今新竹县新埔义民庙）。
1894年，中日“甲午战争”爆发，清廷战败，签订“马关条约”，将台湾、澎湖割让日本。在乙未战争中因抗日保台而牺牲的忠灵亦受到新竹县新埔镇“褒忠亭义民庙”的祭祀。

开山抚番

清朝经牡丹社事件的刺激，日本大举入侵台湾，是以“番地”并非隶属清朝版图为借口。自此，清廷治台政策改弦更张，转而积极经营，历任来台的大员沈葆桢、丁日昌及刘铭传，相继推行“开山抚番”等各种措施，希望能使台湾山区与东部也纳入清朝版图，以杜绝外国入侵的口实。但最终直至马关条约之前，清朝都仍未成功控制台湾大部分山区。
沈葆祯上奏朝廷开禁后山，废除清朝人渡台各种禁令，鼓励移民至后山开垦；开辟北路、中路、南路三条由前山到后山的道路，并任命干员先行抚番。其开山步骤为：屯兵卫，利林木，焚草莱，通水道，定壤则，招垦户，给牛种，立村堡，设隘碉，致工商，建城郭，设邮驿，置廨署；抚番计划为：选土目，查番户，定番业，通语言，禁仇杀，教耕稼，修道途，给茶盐，剃发令，设番学，变风俗。
光绪二年（1876年）福建巡抚丁日昌至台主持台湾事务，三年（1877年）三月釐定“抚番开山善后章程二十一款”。
但在“抚番”期间，清廷对于不服统治的原住民，采用武力征讨，以军队侵略原住民部落，或是欺诈诱杀不断，许多原住民部落，不是被灭族，就是逃离原本的活动领域，往深山迁徙，然后将汉人移往原住民区域开垦，剥夺原住民生存空间，也导致原汉关系的紧张不断，因此此政策之实施也可视为是清政权与原住民政权的一系列战争，

赋税

台湾位处海外，钱粮转运成本高；白银流通量少，银钱比价高；且处于开拓阶段，多屯垦庄园、原住民番社，稻米产量不足；为因应与中国本土之差异，各项税赋有所调整。“台湾田赋与中土异者，中土止有田，台湾兼有园，中土俱纳米，而台湾止纳谷，中土改折（折银），台湾止纳本色（谷物）。”康熙二十二年（1683年）平定台湾之后定汉人田地田赋每年“田每甲征榖谷八石八斗，园四石”，丁银则维持明郑税率“循郑氏之旧，每丁岁征银四钱八分六厘”。
然而实施之后却发生佃农以多报少而造成实际田赋比内陆省份还重，雍正五年（1727年）巡台御史尹秦奏陈五项原因：“开台之后。地方有司照租征粮，而业户以租交粮，致无余粒，势不得不将成熟之田园，以多报少。欺隐之田，倍于报垦之数。臣等细访，向来任其欺隐不行清查之故，则其说有五：现征科则，计亩分算，数倍于内地之粮额。若非以多报少，不能完纳正供，一也。台湾沙地，每岁夏秋大雨，山水奔泻，冲为涧壑，流沙壅积，熟田亦为荒壤。若非以多报少，将何以补苴亏缺，二也。台地依山临海，田园并无堤岸保障，海风稍大，咸水涌入，田园卤浸，必俟数年，咸味尽去之后，方可耕种。若非以多报少，何以抵纳官粮，三也。台地土脉炎热，不宜施肥，二三年后，力薄寡收，便须荒弃两岁，然后耕耘。若非以多报少，焉能输将公课，四也。台湾佃丁皆系漳、泉、惠、潮之客民，因贪地宽，可以私垦，故冒险渡来。设使按亩清查，以租作粮，则力不能支，势必各回原籍，以致田园荒废，额赋虚悬，五也。”
乾隆九年（1744年）下诏：“台湾田园已照同安则例，后经部议以同安科则过轻，应将台地新垦之田园，按照台湾旧额输纳。朕念台民远隔海洋，应加薄赋，以昭优恤。除从前开垦田园，照依旧额，毋庸减则外，其雍正七年以后报垦之地，仍遵雍正九年奉旨之案办理，其已照同安下则征收者，亦不必再议加减。至嗣后垦辟田园，令地方官确勘肥瘠，酌量实在科则，照同安则例，分别上中下，定额征收，俾台民输纳宽舒，以昭加惠边方之至意。”大幅减轻税率。
光绪十一年（1885年）建省后福建台湾巡抚刘铭传在其奏折中陈述台湾税轻：“乾隆元年（1736年），钦奉恩谕，台湾丁粮著照内地分中减则，每丁征银二钱，以舒民力，岁征银三千七百六十余两。及十二年（1747年），乃议匀入田园征收，其番众所耕田地，概免完赋，照旧就丁纳粮。至道光间，通计全台垦熟田园凡有三万八千一百余甲，又三千二十一顷五十余亩，谷种折地一千四百三十亩，年征粟二十万五千六百余石，租番银一万八千七百余圆。至今已数十年，垦熟田园较前多至数倍，统计全台之额，仅征额银一万五千七百四十六两，洋银一万八千六百六十九圆，又榖十九万八千五十七石，久无报丈升科。伏维我朝轻徭薄赋，亘古所无，而于台湾一岛尤为宽厚。雍正、乾隆间，屡奉恩谕，台湾赋税，不准议加。”
另外也说明国家税收少但佃农负担田赋甚重，是因受地主士绅剥削：“臣渡台以来，详查民间赋税，较之内地毫不轻减。而询其底蕴，全系绅士包揽。若某处有田可垦，先由垦首递禀，承揽包垦，然后分给垦户。垦首不费一钱，仅递一禀，垦熟之后，每年抽租一成，名曰大租，又有屯租、隘租各项名目，而粮课正供毫无续报升科。如台北淡水田园三百余里，仅征粮一万三千余石，私升隐匿，不可胜计。”随即奏请清理田赋。
另外许多经济作物也是课征钱粮的替代品，如道光二十五年（1845年）闽浙总督刘韵珂上奏：“台湾号称殷富，开辟则地利较溥，他如木料、茶叶、樟脑、药材等物，为数更属不少，通商惠工足以兴利。”
对原住民则课征“番课”；已归化的原住民番社所有的田地，不征收田赋，只征收人头税“丁口饷”，征收的税额以谷折算，以番地收成的米粮代替缴纳，又称“番饷”；已归化但尚未汉化的番社，则沿用荷兰、明郑时期制度，准用鹿皮缴纳，称“输饷”。光绪十三年（1887年），巡抚刘铭传奏准废止课征番饷。
因清朝统治区之原住民地不征收田赋，汉人往往极尽所能取得原住民地权利。按规定，垦户开垦无主之地必须向官府申请、注册税籍，若要取得原住民土地使用权，则须自行与原住民协商订立契约方得耕种。雍正三年（1725年）定番地开垦，准照普通佃农大租规定缴纳定额比率的租金与田赋，此种汉人租用番地的租金称为“番租”或“番大租”。这类土地契约名目繁多，有“招垦”、“佃租”、“永耕”（永佃权）等，由于原住民没有文字，契约通常用汉字写成，汉人欺诈不懂汉字的原住民侵夺土地，诉讼时原住民因契约明订而败诉。清朝政府为减少原住民和汉人衡突而多次重申汉人入山之禁令、强化契约证人制度等措施，但平埔族人民土地所有权仍然大量流失。

移民政策

清朝统治台湾之初，先是将十几万在荷、郑时期就已居住在台湾的居民强制遣返闽、粤等原籍，又厉行渡台禁令，对大陆人民移民台湾严格限制，禁止携带家眷，因为粤东人在中国大陆屡次帮助郑军对抗清军，更是禁止渡台，于是台湾客家人人口数因此大幅落后同时移民台湾的泉州人及漳州人，而在日后分类械斗中失利并退出平原。渡台者多半为单身男子，或是已有家眷，但受限制无法携带妻子来台的已婚男子。“饥来饱去”，“人众不下数十万，皆无妻孥”，“春季赴台耕种，秋收回籍”。并且清朝本身即有多次下令“原汉禁婚”，以求解决汉人利用原住民招赘与继承习俗侵夺原住民部落所有土地的问题。从推测作于嘉庆、道光年间的渡台悲歌中，一面描述渡海经验的轻松“顺风相送都容易，三日两夜过台湾”，一面描述在台湾开垦生活的艰辛。总计清领时期，台湾共有六大移垦势力：三邑人、同安人、安溪人、漳州人、四县客、海陆客。其他较小势力，往往依附在其底下。

原住民政策

清朝时期对台湾的开发局限于西部平原和宜兰平原，而不及于山岳地带。汉化较深的原住民被称为“熟番”，汉化较浅的原住民被称为“生番”。汉人在拓垦过程中侵占原住民土地，或因文化隔阂彼此冒犯，乃至从事不诚实的交易，因此常有原汉冲突产生。清廷对于原住民问题采“画界封山”政策，划定“番界”，并设石碑于界线，将汉人以及原住民隔离，同时也设“理番同知”一官调节其纷争。但因政策未彻底落实，原住民吃亏。所以原住民土地时常被明争暗夺，汉人仍越过“番界”来农耕、经商，冲突仍十分频繁。

无防备之敌境孤岛[来源请求]

由于清廷据有台湾纯系因据有台湾可为中国东南沿海四省的屏障，以及预防汉族渡海割据，成为反清力量的根据地。因此在澎湖驻屯重兵达一万多人，而台湾本岛则有班兵制度与台湾不筑城，也禁止台湾人服兵役，更严禁私制武器、组织会党。
当时清廷在台驻军皆由大陆调派，每三年调动一次，即为班兵制度。

反抗事件

在清朝治台的212年中间，发生多次反抗事件，伊能嘉矩在其著作《台湾文化志》中表示，清朝两百余年的统治，实际上就是“对移民叛乱的镇压和漫无计划的绥抚工作的历史”。在这段期间，百姓暴动频起，总计发生了百余次反抗事件，其中大规模者达三、四十起，俗谚称台湾“三年一小反，五年一大乱”。在这些武装起义或骚扰事件当中，1721年的朱一贵事件（国号永和）、1786年的林爽文事件、以及1862年的戴潮春事件，被称为清朝统治下台湾的三大“叛乱案”。
一般学者都同意，发生这些叛乱的主因，不外乎清廷从大陆派来的官吏素质粗劣、官民间语言的隔阂、以及清廷对台湾住民的高压政策等；另外，还有台湾男女比例悬殊之说。然而，如果我们论及这些动乱和台湾意识之发展的关系的话，虽然史明（1980，200）宣称这些动乱“在实质上，已经非常合乎近代殖民地解放的革命理念”，且有史料证明，清治台湾三大叛乱案主角或多或少都与洪门天地会有关，且辛亥革命领导人之一谭人凤在《社团改进会意见书》中写道：“革命（辛亥革命）之成，实种于二百年于前之洪门会党”，而台湾就是洪门天地会发源地之一”。但是，多数学者似乎并不尽同意这样的看法。比如说，黄昭堂（氏著，1996，86）就这样认为：在十七、八世纪时，台湾住民之间已经有了作为‘台湾人’的共同意识。清国统治下的台湾汉族系住民称大陆为‘唐山’，称大陆人为‘唐山人’；但是，和这个称呼相对应且通用于一般住民间的台湾住民之总称却付之阙如。
清治时期民变的领导人物有：蔡机功、吴球、刘却、朱一贵、吴福生、林爽文、陈周全、杨良斌、张丙、洪协、洪纪、林恭、戴潮春、施九缎、朱蔚

朱一贵事件

于1721年，台湾爆发朱一贵事件，朱一贵起兵反抗清廷统治，攻下台湾府城（今台南市），复国号“大明”，年号“永和”，且废除满服、长辫剪断，恢复明朝时的服装及传统汉人的发式。朱一贵登基时头戴通天冠，身穿黄龙袍，以玉带围之。但官员爵位封得太多，衣服一时准备不及，只好向戏班索取戏服代替，而仍然不足，出现头戴明朝帽，身穿清朝衣的景象。后于林爽文事件和戴潮春事件中，起事者和附从者亦有“留发”去辫现象。。朱一贵事件最后因整个起事集团分裂为使用闽南语泉漳片的闽籍垦民和使用闽南语潮汕片的粤籍垦民二股势力而败亡。

原住民反抗事件

1731年（雍正九年）年末暴发大甲西社抗清事件 ，巴布拉族消失，大肚王国灭亡，这场反抗事件过后，参与的男性原住民几乎被屠杀殆尽，造成“番童少雁行，番妇半寡居”的情景。1878年，噶玛兰族联合撒奇莱雅族与清兵对抗，发生加礼宛事件（亦称达固湖湾事件），撒奇莱雅族开始流离失所或隐居他族，从此消失在历史纪录中而被认为是在清末消失灭绝的原住民族。噶玛兰族群则主要的精锐尽失，余众或向南依附阿美族或投降清军。

清朝与在地政权之冲突

原住民的抗清事件，以清廷的“开山抚番”政策开始之后最频繁，大多为清朝与原住民政权之冲突，较重大的有1875年大龟文王国与清朝间的“狮头社事件”（内外狮头社事件）、1876年太鲁阁与清朝间的“太鲁阁事件”、1877年“大港口事件”（奇密社事件）、1878年“加礼宛事件”、1886年“大嵙崁社事件”、1887年“中路开山事件”、1888年“大庄事件”（卑南吕家望事件）、1895年“观音山事件”等。“开山抚番”完全无视原住民的传统生活领域与固有政权，原住民若有不服从者，下场就是遭到清军“破庄灭族”、“丧身灭社”，因此造成许多部落丧失家园、流离失所，例如，加礼宛事件之后的撒奇莱雅族和噶玛兰族，但也有如大龟文王国般无畏清军，仍屹立不摇的原住民政权。

分类械斗事件

清治时期的分类械斗，主要以不同祖籍间的“闽粤斗”及“漳泉拼”为主，也有不同姓氏间或职业间的械斗。起因为：一、经济因素，争夺田地或水源。二、社会因素，罗汉脚人数众多，因细故酿成大祸。三、政治因素，官府无力管辖，加上贪赃枉法，民间遂以私斗了断。

会党起事

洪门天地会以民族解放革命为宗旨，创始者为郑成功，修整者为陈永华，分布极广。洪门中存有许多反满规矩，如入会时必披发，因大长辫非汉族之物，另见祖宗衣着亦复明时衣冠。郑成功辞世以后，洪门会章依旧传承下去，满清台湾三大叛乱案主谋，朱一贵、林爽文、戴潮春皆曾借洪门天地会的力量发起革命。孙中山革命事业的起点，便由洪门传播出的支系三合会首领介绍入会，并开山立堂，改组致公堂，创立兴中会，山名大陆山。但此种会党，在清治时期是严重违法。大清律例明定：“异姓歃血订盟结拜兄弟，均照谋叛未行律，为首绞监候，为从减一等。若聚众20人以上，为首绞决，为从发往烟瘴地带从军”。现代在鹿港就建有福灵宫，专为洪门天地会林爽文反清起事事件所设立，其主神位是林爽文的平海大将军王勋。另外在台中市沙鹿蔴园福兴宫，也是崇拜在林爽文事件中，以标榜“反清独台”天地会九龙山的王勋，并尊为主神来祭祀。

礼制

据《清史稿》中“礼”的分为；跪：用于民众面见官员，下级面见上级，以及祭拜神灵时的迎、送、读听祭文、听取诏令、听审和判决等等，分别称为“跪迎、跪送、跪读、跪听、跪受”等等。叩：叩头，就是先跪下，然后双手伸向头前头前按地，头部的前额碰在地上。又分为“一跪一叩”（又称“一跪一拜”下同），一跪三叩，二跪六叩，三跪九叩等等，而以三跪九叩最为隆重。以上通称为“跪拜礼”，直到日治时期才彻底废除，使台湾民众见到官员不需再行跪拜礼。

法律

大清律例全部皆适用当时台湾。包括各项刑罚，举凡凌迟，戮尸，族诛等等。譬如朱一贵事件首领朱一贵，林爽文事件首领林爽文，因为是谋大逆为首叛之罪，押解至北京审判、凌迟处死。民事上契约与纠纷诉讼也一体适用清律。清律在台湾施行至日治时期结束。

宗教

1683年后，1859年以前，台湾宗教除了道教、佛教与融合前二者（斋教）的台湾民间信仰为多数，几无其他宗教。荷兰统治时代，虽然在南台湾有基督新教、北部也有西班牙引进来的天主教传教活动，但在明郑时期交替时几乎断绝。鸦片战争后，直到1859年英法联军，菲律宾的道明会派遣神父来台，两年后，重始天主教的传教活动。开港后的1865年英国长老会以南部为中心，又1872年加拿大长老会以北台湾为中心，开始传布新教。十九世纪后半重新开始的天主教及基督新教传教活动，经过一个世纪到今天仍然继续著，信徒人数虽不能与来自唐山的佛教或道教相比，但为台湾社会带来多元性的文化，并给予很大影响。

服色

1683年七月十九日，清朝水师提督施琅派遣吴启爵等人到东宁，公告张贴薙发令。七月二十日，郑克塽率东宁臣民全部剃发，开启了台湾人民剃发留辫历史。台湾的剃发令于进入日治时期后被才被取消终止。在剃发易服的制度下，台湾的郑氏东宁国遗民由原本所沿袭的的明朝服饰，如王室的翼善冠、衮龙袍等，贵族官吏的乌纱帽、补服与公服等，在进入清治后，全部皆被清廷禁止，并规定改著清朝官服。台湾进入日治后，总督府取消200多年的剃发令和清朝服制。
布农族人在清初至日治期间与汉族人有经济上的来往，部分部落的布农族人在与汉族人彼此交易中，获得了汉族人的衣饰，也穿起了汉服。自从接触了汉族文化之后，逐渐形成男穿长衫女穿裙，日本人铃木作太郎在1932年的著作里指出，布农族人的穿着和泰雅族人同样是麻织布上衣，只是妇女后来仿汉人穿着绵衣衫裤。可见在日治时代，部分部落的布农族已经大量穿着汉服，与传统族服正为穿用。