Giuse Maria Trịnh Như Khuê

Thân thế và những năm đầu tu nghiệp

Trịnh Như Khuê sinh ngày 11 tháng 12 năm 1898 tại làng Tràng Duệ, xã Tràng An, huyện Bình Lục, tỉnh Hà Nam, là con trai trưởng trong một gia đình Công giáo có 10 anh chị em. Thân phụ ông, Trịnh Như Thành là một nho sinh, từng dự định tham gia thi cử tại trường thi Nam Định nhưng bị triều đình cấm thi. Vì vậy, Trịnh Như Thành về mở trường dạy chữ Hán, đồng thời làm chánh trương giáo xứ kiêm chức vụ lý trưởng. Thân mẫu ông dâng tiến cậu bé Khuê cho Bà Maria từ thuở mới sinh.
Lên 6 tuổi, cậu bé Khuê học khai tâm chữ Hán và tỏ ra rất nhanh lẹ, ít lâu sau đã đọc được sách truyện Tử đạo bằng chữ Nôm. Thân phụ cậu phản đối ý tưởng tu trì nhưng bà nội cậu can thiệp và thân phụ đồng ý cho cậu đi theo con đường tu nghiệp. Thấy cậu bé Khuê có chí hướng đi tu, linh mục chính xứ tên Thông quyết định nhận cậu làm con nuôi và giới thiệu cho vào tu tập tại Tiểu chủng viện Hoàng Nguyên. Sau khi mãn khóa, Trịnh Như Khuê trở thành một thầy giảng, được phân công về Nhà thờ Hàm Long. Linh mục chính xứ giáo xứ Hàm Long là Dépaulis giới thiệu cho thầy giảng Khuê vào học tiếp tại trường Puginier, một trường tư thục Công giáo do các tu sĩ Dòng La San điều hành. Sau khi kết thúc khóa học, thầy Khuê tiếp tục con đường tu học bằng việc vào Đại chủng viện Kẻ Sở học triết học. Trịnh Như Khuê được nhận xét là thông minh và chăm học. Cuối năm học thứ hai, chủng sinh Khuê do mắc chứng bệnh nhức đầu nên quyết định về dưỡng bệnh tại nhà xứ của linh mục Thông. Nhận được tin, linh mục Dépaulis lại gọi chủng sinh Trịnh Như Khuê đến Hà Nội để săn sóc.
Ngày 20 tháng 5 năm 1925, Giáo hoàng Piô XI thiết lập Khâm sứ Tòa Thánh tại Việt Nam và cử Giám mục Constantino Ayuti làm Khâm sứ đại diện Tòa Thánh. Thầy giảng Giuse Trịnh Như Khuê được Giám mục Tông Toà Hà Nội Pierre Gendreau Đông đề cử làm thông ngôn cho Khâm sứ Toà Thánh Ayuti, tháp tùng vị Giám mục này này đi kinh lược. Trịnh Như Khuê tháp tùng Khâm sứ Tòa Thánh nhiều chuyến đi mục vụ và rất thông thạo tiếng Pháp, nên hỗ trợ Khâm sứ Ayuti một cách đắc lực. Khâm sứ Tòa Thánh ngỏ ý gửi thầy giảng Khuê du học Pháp, tuy vậy, ông không nhận. Trong thời kỳ này, vào mỗi buổi chiều, Khâm sứ Tòa Thánh cùng Trịnh Như Khuê tản bộ tại phố phường Hà Nội.
Sau khi Khâm sứ Ayuti qua đời tại Sài Gòn ngày 29 tháng 7 năm 1928, thầy giảng Trịnh Như Khuê trở về Hà Nội và đi giúp xứ Kẻ Noi. Linh mục chánh xứ vốn khó tính, có rất nhiều lượt thầy giảng để hỗ trợ nhưng đều không hài lòng. Tuy vậy, linh mục này lại hài lòng với thầy giảng Khuê nên chỉ một năm sau, Trịnh Như Khuê được gọi về Đại chủng viện Kẻ Sở học thần học.

Thời kỳ linh mục (1933–1950)

Ngày 1 tháng 4 năm 1933, tại Kẻ Sở, Đại diện Tông Tòa Hạt Đại diện Tông Tòa Hà Nội (quen gọi là Địa phận Hà Nội) Pierre Gendreau Đông phong chức linh mục cho thầy giảng Giuse Trịnh Như Khuê và bổ nhiệm vị tân linh mục làm linh mục phó giáo xứ Khoan Vĩ. Trong thời gian đảm trách vai trò này, linh mục Khuê tổ chức nhiều hoạt động tôn giáo nổi bật như lập đoàn Nghĩa binh của thiếu nhi, tổ chức các lễ trọng, rước kiệu Bà Maria, thăm viếng an ủi giáo dân, đặc biệt quan tâm đến những người khó khăn. Sau một năm ở Khoan Vĩ, linh mục Khuê được thuyên chuyển về làm Giáo sư Tiểu chủng viện Hoàng Nguyên và ông đã dạy học tại chủng viện này trong vòng 7 năm. Nhiều chủng sinh ấn tượng về trình độ và lòng yêu mến bà Maria của linh mục Trịnh Như Khuê. Trong thời kỳ này, linh mục Khuê từng có ý định gia nhập dòng Phước Sơn, tuy vậy ý định không thành. Năm 1941, ông gia nhập dòng ba Phanxicô và được Giám mục Đại diện Tông Tòa Hà Nội bổ nhiệm về nhận chức vụ linh mục phó giáo xứ Hàm Long, trợ giúp cho linh mục chính xứ là linh mục Dépaulis (Hương). Thời kỳ này, nạn đói nặng nề đã xảy ra ở miền Bắc Việt Nam vào năm 1945, linh mục Như Khuê đã cùng nhiều người tích cực tham gia các hoạt động cứu đói. Trong thời gian này, ông còn cử hành nghi thức Rửa tội cho 3.000 người.
Năm 1947, linh mục Dépaulis về Pháp, linh mục Giuse Trịnh Như Khuê được chọn làm linh mục chính xứ giáo xứ Hàm Long, một giáo xứ lớn của Hà Nội. Với cương vị chính xứ, ông đã cho thành lập một tổ chức đoàn thể lấy tên "Đạo binh Đức Mẹ", còn gọi là "Đạo Binh Xanh". Trong thời kỳ này, Trịnh Như Khuê đề cao tính kỷ luật trong binh đoàn ông đã thiết lập và luôn hỗ trợ những người muốn tìm hiểu giáo lý. Ngày 12 tháng 8 năm 1948, linh mục Khuê công bố thành lập Legio Mariae Việt Nam, với chỉ 6 hội viên ban đầu. Tháng 2 năm 1950, một linh mục người Việt mới được thụ phong đã được Giám mục địa phận thuyên chuyển về phụ giúp linh mục Khuê, đó là linh mục Giuse Maria Trịnh Văn Căn. Về sau này, cả hai vị linh mục chính và phó xứ đều trở thành những vị Hồng y của Giáo hội Công giáo Việt Nam.

Bổ nhiệm và tấn phong

Ngày 18 tháng 4 năm 1950, Tòa Thánh loan báo thông tin bổ nhiệm linh mục Giuse Maria Trịnh Như Khuê, hiện đang là linh mục chính xứ giáo xứ Hàm Long, làm Giám mục hiệu tòa Synaus, Đại diện Tông Tòa Hạt Đại diện Tông Tòa Hà Nội. Giám mục Khuê là vị Giám mục người Việt thứ 7 của Giáo hội Công giáo Việt Nam. Với chức vụ Đại diện Tông Tòa Địa phận Hà Nội, Giám mục Khuê cũng trở thành Giám mục người Việt đầu tiên lãnh nhận chức vụ này ở Địa phận. Linh mục phó xứ Giuse Maria Trịnh Văn Căn được Tân Giám mục chọn làm thư ký Toà Giám mục. 
Nhận định về vai trò Giám mục Địa phận Hà Nội, Trịnh Như Khuê cho rằng, việc đón nhận trách nhiệm quản lý địa phận khi thời thế đang hiểm nguy và đen tối là một trách nhiệm nặng nề. Ông cho rằng khắp nơi điêu tàn về cả tinh thần và vật chất, nhất là về tinh thần. Nói về tương lai, Giám mục tân cử Hà Nội đánh giá đó là những ngày bấp bênh và đầy tính đe dọa, không tươi sáng, nhiều dấu hiệu báo trước viễn cảnh u ám đáng lo ngại.  
Trong Thư chung đầu tiên gửi giáo dân Địa phận Hà Nội vào ngày 22 tháng 7 năm 1950, Trịnh Như Khuê viết về những đau khổ trong thời điểm thực tại, sự giúp đỡ tín hữu của bà Maria, cũng như hướng dẫn chi tiết các linh mục địa phận về việc dâng địa phận cũng như giáo xứ cho Trái tim vô nhiễm Nguyên Tội bà Maria. Ngoài ra, ông cũng thông báo về việc lễ tấn phong chức Giám mục cho mình dự kiến tổ chức tại Rôma, nhưng sau đó, vì một số bất tiện, ông không thể đến Rôma cử hành nghi thức tấn phong. Trước đó, tân Giám mục dự tính được tấn phong vào ngày 1 tháng 10, lễ kính Têrêsa thành Lisieux, một vị Thánh của Giáo hội Công giáo.
Lễ tấn phong Giám mục cho Tân Giám mục Đại diện Tông Tòa Hà Nội đã diễn ra vào ngày 15 tháng 8 năm 1950 tại Nhà thờ Lớn Hà Nội do Đại diện Tông Tòa Hạt Đại diện Tông Tòa Phát Diệm Tađêô Lê Hữu Từ chủ phong với hai Giám mục phụ phong là Giám mục Phêrô Maria Phạm Ngọc Chi, Đại diện Tông Toà Hạt Đại diện Tông Tòa Bùi Chu và Giám mục Franciscô Gomez de Santiago, OP – Đại diện Tông Toà Hạt Đại diện Tông Tòa Hải Phòng. Giám mục Tân cử Trịnh Như Khuê xem việc được tấn phong vào lễ Đức Mẹ Hồn xác lên trời là một ơn ông được lãnh nhận. Do có lòng sùng kính đặc biệt bà Maria, ông ghép thêm tên thánh của mình trở thành Giuse Maria.

Mục vụ trước di cư năm 1954

Sau lễ tấn phong, tân Giám mục Trịnh Như Khuê gửi thư chung thứ 2 đến giáo dân địa phận vào ngày 8 tháng 9 năm 1950. Trong thư, ông đề cập đến việc tạo một nhà nguyện nhỏ hỗ trợ các linh mục "Cấm phòng"–suy niệm riêng tư với Thiên Chúa. Ông cũng cho biết các linh mục nên siêng năng thực hiện việc này. Giám mục Khuê cũng đề cập: tuy công việc còn nhiều, nhưng nhận tin báo Giáo hoàng sẽ công bố tín điều Đức Mẹ Hồn xác lên trời làm cho ông vui mừng, phấn khởi, nên quyết định đi đến Rôma cuối tháng 9 và cho biết nhằm mục đích tham dự buổi lễ quan trọng, cảm tạ Mẹ Maria cũng như tiếp kiến Giáo hoàng. Trước đó, vì không thể hoàn thành ý định sang Rôma để truyền chức, Trịnh Như Khuê dự định sẽ đến viếng thăm nơi này nhân dịp Giáo hoàng công bố sắc lệnh công nhận một số tín hữu tử đạo vào hàng ngũ Chân phước vào năm 1951. Trong thư chung số 2, Giám mục Hà Nội cũng loan báo ông đến Lộ Đức và Fatima nhằm kêu gọi sự phù trợ của bà Maria cho địa phận, đồng thời mang một tượng Đức Mẹ Fátima đã làm phép về địa phận. Đính kèm thư chung này là thư thành lập Hội Trinh nữ Đức Mẹ Chúa Trời với mục đích lập một hội cung cấp tiền bảo trợ cho các chủng sinh đang tạm dừng việc học theo mô hình châu Âu. Điều lệ quy định, bề trên địa phận chính là giám đốc chung của hội trong địa phận. Trong thư đính kèm cũng có nhiều quy định và chi tiết khác nhau. 
Một tháng sau ngày tấn phong, Trịnh Như Khuê viếng thăm Roma với mục đích cảm tạ Tòa Thánh. Đồng thời, trong chuyến đi này, Giám mục Khuê cũng tham gia và thực hiện các công việc mục vụ khác như tham dự lễ tuyên tín Đức Mẹ Hồn xác lên trời vào ngày 1 tháng 11, thăm viếng các thánh địa nổi tiếng về bà Maria là Đức Mẹ Lộ Đức, Đức Mẹ Fatima để cầu nguyện cũng như ghé thăm Dublin ở Ireland, nơi sáng lập phong trào Legio Mariae để học tập, áp dụng ở Việt Nam. Trong thời gian viếng thăm này, Giám mục địa phận Hà Nội viết Thư chung số 3 gửi cho toàn thể hàng giáo sĩ cũng như giáo dân Hà Nội, trong thư, Giám mục Khuê đề cập đến việc lý do quyết định đến Rôma của mình, nhận xét về lòng thành kính của giáo dân đối với Mẹ Maria. Ngoài ra, nội dung thư này, Trịnh Như Khuê loan báo thành lập Hội Đức Bà Lên Lời cho toàn thể Địa phận từ quy mô trước đó ở Nhà thờ Hàm Long, với mục đích cầu nguyện, xin lễ cho Việt Nam, xin các ơn ích khác, quan trọng là ơn chết lành. Cuối thư, ông loan báo đến các giáo dân rằng bà Maria có thể giúp đỡ họ trong hoàn cảnh đầy lo lắng và đau thương hiện tại. 
Ngày 10 tháng 3 năm 1951, Trịnh Như Khuê cho gửi thư chung số 4 đến giáo dân, nội dung thư chính yếu khai mở Năm Thánh, ban ơn Toàn xá cho tín hữu trong năm 1951 tại Địa phận Hà Nội, theo quyết định chung của giáo hội Hoàn vũ. Trong thư, ông nhận định thời điểm hiện tại tràn lan sự vô đạo và ngập tràn tội lỗi, chính vì thế khuyên nhủ giáo dân hãy ăn năn sám hối. Hơn một tuần sau đó, ngày 19 tháng 3, Giám mục Khuê tiếp tục gửi Thư Chung thứ 5 cho toàn thể tín hữu Địa phận Hà Nội. Nội dung chính trong thư, ông loan báo về việc tôn kính Thánh Giuse làm quan thầy địa phận và dâng địa phận cho ông thánh này. Nói về lý do hình thành ý định về việc này, Trịnh Như Khuê cho biết ý định đã đến từ vị tiền nhiệm là Giám mục Phaolô Phanxicô Phước và nay ông hoàn thành. Nhân dịp tôn kính Giuse, ông nhắc nhở giáo dân thực hiện các nghi thức quen làm theo truyền thống: đọc kinh cầu Giuse mỗi tuần vào ngày thứ tư, làm việc tháng Giuse một cách sốt sắng, mừng các lễ về Giuse một cách long trọng. Ngoài ra, Giám mục Khuê cũng loan báo, tuân theo chỉ thị từ Tòa Thánh về việc tổ chức mỗi năm một ngày trẻ em với quy định giáo dân sẽ cầu nguyện và hỗ trợ tiền của trợ giúp hội Thánh Nhi (hội Tiểu nhi) cũng như nhật ký truyền giáo để hỗ trợ việc truyền giáo. Sau khi họp với các linh mục có liên quan, cho rằng mỗi ngày một năm là ít, Giám mục Khuê công bố ngày này tổ chức vào ngày 15 hàng tháng làm ngày hỗ trợ truyền giáo, còn ngày trẻ em tổ chức mỗi tháng vào ngày thứ tư đầu tiên. Trong thư, ông cũng công bố nghi thức dâng địa phận cho Thánh Giuse vào ngày 3 tháng 4 năm 1951, đồng thời nhắc nhở các linh mục khai mở nhiều nghi thức khác nhau cho giáo dân tham dự trước ngày cử hành nghi thức này. Trong thư chung số 6 được viết ngày 8 tháng 5, Giám mục Trịnh Như Khuê quyết định quy định hóa việc quản lý tài sản của giáo xứ, cũng như cách thức khai báo riêng về tài sản của cá nhân linh mục. Trong thư này, ông cũng quy định về bổn phận các linh mục cử hành lễ giúp Nhà chung. Các điều lệ này được ấn định và có hiệu lực chính thức vào ngày 1 tháng 6 năm 1951.
Với Thư chung số 7 gửi giáo dân Địa phận Hà Nội đề ngày 13 tháng 6 năm 1951, Trịnh Như Khuê loan báo và hệ thống hóa lại các trường đào tạo tu sĩ của địa phận. Cụ thể, ông trao lại quyền quản lý Đại chủng viện cho Hội Linh mục Xuân Bích, tiểu chủng viện về Hà Nội, đặt tên là Tiểu chủng viện Piô XII, Tràng Tập tạm quyết mở ở Hoàng Nguyên, muốn học tại đây cần bằng bổ túc hoặc các bằng tương đương, còn dưới bậc này sẽ học tại các trường tư thụ thuộc các giáo xứ. Trong thư, vị Giám mục địa phận Hà Nội cũng bày tỏ sự trăn trở của mình về vấn đề làm sao có đủ linh mục như lòng mong ước của các linh mục và giáo dân. Chính vì thế, Trịnh Như Khuê kêu gọi các tầng lớp giáo hữu hãy cầu nguyện, hỗ trợ để ngày càng có nhiều người theo con đường tu trì. Nhằm mục đích loan báo tin mong muốn các tầng lớp giáo dân thành lập Đạo binh Đức Bà Maria (Legio Mariae), Trịnh Như Khuê viết thư chung số 8 ngày 19 tháng 6. Hội đoàn này nhằm mục đích cùng Giáo hội Công giáo chống lại ma quỷ và sự thế tục hóa. Trong phần phụ lục thư chung này, Trịnh Như Chung viết chi tiết về hội đoàn: giảng giải nguồn gốc hội đoàn, cơ cấu tổ chức, các hoạt động, cờ hiệu,...
Tháng 7 năm 1951, Trịnh Như Khuê quyết định phân chia Địa phận Hà Nội ra thành 29 giáo hạt để tiện quản lí. Tỉnh Hà Đông có 12 địa hạt, Hà Nam 9 địa hạt, Nam Định 5 địa hạt, Hòa Bình 3 địa hạt. Nói về việc phân chia địa phận, Trịnh Như Khuê cho biết ông chia theo ranh giới hành chính, mỗi điạ hạt tránh nằm ở các tỉnh khác nhau, các phủ huyện cũng được xem xét để tránh phải liên kết các giáo xứ khác phủ huyện. Trụ sở mỗi địa hạt, ông quy định rằng nơi đây phải dễ tụ họp, có lịch sử lâu đời. Bản dự định phân chia này, ông mong được các linh mục đóng góp ý kiến. 
Trong khuôn khổ thư chung số 10 gửi tín hữu địa phận Hà Nội đề ngày 20 tháng 9 năm 1951, Trịnh Như Khuê cho thành lập lập Ban cứu tế và Quỹ cứu tế địa phận vào tháng 9 cùng năm với mục đích hỗ trợ các hoàn cảnh khó khăn trong thời kỳ chiến tranh đầy gian khổ. Ông quyết định chọn ngày 10 hàng tháng làm Ngày cứu tế Địa phận Hà Nội, nhằm mục đích quyên tiền cho các quỹ cứu tế của từng giáo xứ cũng như địa phận. Để quỹ được nhiều đóng góp, Giám mục Khuê kêu gọi mọi tầng lớp tín hữu cùng chung tay đóng góp, hỗ trợ các hoàn cảnh khó khăn bằng cách trích dẫn các câu chuyện Kinh Thánh. Trong thư, Trịnh Như Khuê cũng nhắn nhủ lời an ủi đến các hoàn cảnh đang khó khăn, động viên họ trông đợi, tin cậy Thiên Chúa để từng bước vượt qua khó khăn. Trong thời kỳ này, ông cũng cho củng cố nhiều hội đoàn Công giáo như Hội Đức Trinh nữ Mẹ Chúa Trời, Hội trợ cấp cho chủng viện, Hội Đức Bà lên trời, Đạo binh Đức Bà Maria,... Từ ngày 5 đến ngày 10 tháng 11 năm 1951 tại Hà Nội, các Giám mục Đông Dương nhóm họp, đồng thời ký thư chung mang nội dung phân tích sự xung khắc giữa giáo hội và cộng sản. Giám mục Trịnh Như Khuê cũng ký thư này.
Những ngày làn sóng di cư bùng nổ, Trịnh Như Khuê ra hình phạt "treo chén" các linh mục di cư, bỏ lại giáo dân. Nhờ biện pháp này, địa phận Hà Nội dù có địa điểm ra Hải Phòng để di cư rất thuận lợi cũng chỉ có khoảng 6 trên 20 vạn giáo dân và 100 trên tổng số 168 linh mục vào Nam, tỷ lệ thấp hơn nhiều so với các địa phận khác. Ông cũng là một trong số ít Giám mục còn lại ở miền Bắc sau năm 1955.

Sau thời điểm giáo dân di cư 1954

Linh mục Giuse Maria Nguyễn Tùng Cương được Giám mục Trịnh Như Khuê chọn làm Quản lý Nhà Chung Địa phận Hà Nội. Khi nêu lên cảm nghĩ với linh mục Phanxicô Xaviê Nguyễn Văn Sang, Giám mục Khuê bày tỏ ông không hài lòng linh mục Sang luôn luôn xin lỗi và hài lòng về linh mục Cương, vốn "cứng đầu", phù hợp khi tranh luận với chính quyền mang lại lợi ích cho Địa phận. Về sau, chính Giám mục Khuê đề nghị Tòa Thánh chọn linh mục Nguyễn Tùng Cương làm Giám mục chính tòa Giáo phận Hải Phòng.
Năm 1954, giáo dân miền Bắc Việt Nam di cư ồ ạt vào Nam, chỉ riêng Địa phận Hà Nội tương đối "ổn định" vì vị Giám mục địa phận quyết định ở lại miền Bắc, nên giáo dân cùng giáo sĩ quyết định ở lại cùng. Giám mục Khuê cũng đưa các linh mục giáo sư, các linh mục giỏi ở lại quanh mình hoặc ở các địa bàn quan trọng, như các linh mục Giuse Maria Trịnh Văn Căn, Phaolô Giuse Phạm Đình Tụng, Phaolô Lê Đắc Trọng. Sau ngày tiếp quản thủ đô, Giám mục Trịnh Như Khuê tiếp kiến Thủ tướng Việt Nam Phạm Văn Đồng, trong cuộc gặp ông nêu rõ mong muốn sẽ chứng minh cho thế giới thấy rằng, chính thể Cộng sản và Công giáo đều có thể chung sống. Thủ tướng Phạm Văn Đồng hoan nghênh thái độ này. Ý kiến chung sống có lẽ ảnh hưởng từ linh mục Phạm Hân Quynh, vốn du học châu Âu, từng đi thăm mô hình "chung sống" tại Syracuse, Italia. Ngày 3 tháng 12 năm 1954, Giám mục Trịnh Như Khuê có cuộc gặp với chủ tịch nước Việt Nam Dân chủ Cộng hòa Hồ Chí Minh ở biệt điện. Từ sau ngày Hà Nội được chính quyền mới tiếp quản, nhận thấy việc học hỏi giáo lý Công giáo bị đình trệ, Giám mục Khuê cho khai mở lớp học giáo lý cho các giáo dân với mục đích củng cố niềm tin. Lớp học ban đầu tổ chức tại trường Dũng Lạc, sau đó dạy tại trường Thánh Mẫu đến năm 1971.
Trong hoàn cảnh Địa phận Hải Phòng và Bắc Ninh thiếu Giám mục quản lý, tháng 2 năm 1955, Khâm sứ Tòa Thánh John Dooley cho mời linh mục Phêrô Maria Khuất Văn Tạo và đề nghị ông này làm Giám mục Giám quản. Linh mục Tạo từ chối lời mời. Giám mục Trịnh Như Khuê khi biết tin có ý kiến về việc này: Nhận đi thôi may ra “còn kéo được ít linh mục ở lại. Kẻo chậm về họ đi hết mất mà khó khăn đấy”. Tháng 3 cùng năm, vì có thái độ tiêu cực với Đại hội Những người Công giáo Yêu Tổ Quốc, Yêu Hòa Bình, Giám mục Khuê bị ủy ban nhân dân thành phố Hà Nội mời ra làm việc. Cũng trong năm này, Phạm Văn Đồng có cuộc gặp với Giám mục Trịnh Như Khuê và đề nghị ông viết một lá thư ngăn chặn việc di cư. Giám mục Khuê sau đó không thực hiện việc viết lá thư theo đề nghị trên. 
Linh mục Phêrô Phạm Bá Trực tham gia tích cực vào các phong trào Công giáo yêu nước. Khi ông qua đời ngày 5 tháng 10 năm 1954, các tin đồn về việc ông bị đình chỉ tác vụ linh mục lan rộng. Trong bức thư gửi đến Khâm sứ Tòa Thánh Dooley ngày 5 tháng 9 năm 1955, Giám mục Trịnh Như Khuê xác nhận rằng linh mục Phạm Bá Trực tham gia phong trào yêu nước với phép của Giám mục tiền nhiệm Chaize Thịnh còn linh mục Vũ Xuân Kỷ có thể tự ý ra đi. Trong thư, vị Giám mục Hà Nội xác nhận rằng ông và vị tiền nhiệm chưa bao giờ đình chỉ tác vụ linh mục của linh mục Phạm Bá Trực cũng như Vũ Xuân Kỷ. Chiều ngày 4 tháng 11 năm 1955, nhóm Công giáo cấp tiến tổ chức dạ hội tại Nhà hát Lớn Hà Nội. Trong chương trình này, linh mục Hồ Thành Biên ca ngợi sự phát triển của Giáo hội Công giáo tại Tiệp Khắc. Phái đoàn Công giáo Tiệp Khắc thăm Việt Nam gồm có 5 người: ông Rostielav Petta–Uỷ viên Chủ tịch đoàn của Đảng Công giáo Bình dân, 3 linh mục, trong số đó 1 linh mục đã bị đình chỉ thi hành mục vụ và một người khác. Giám mục Trịnh Như Khuê chỉ cho phép phái đoàn cử hành lễ tại Nhà thờ Cửa Bắc với tư cách lễ riêng. Việc không được hành lễ tại Nhà thờ Lớn Hà Nội khiến chính quyền Bắc Việt Nam không hài lòng, họ cho tổ chức các buổi họp để phản đối Giám mục Khuê và các linh mục họ cho là phản động. 
Sau 5 năm không viết Thư Chung gửi tín hữu Địa phận Hà Nội, Trịnh Như Khuê viết thư chung số 11 đề ngày 18 tháng 7 năm 1956 nói về lòng yêu thương. Trong thư, ông phân tích cặn kẽ bằng những trích dẫn Kinh Thánh và các câu chuyện Công giáo nói về những luận điểm chính như: đức tính yêu người, giới răn Yêu người, dây thân ái trong Hội Thánh, Hy sinh - của nuôi Tình yêu và ảnh chịu nạn. Nhìn chung, qua Thư Chung này, Giám mục Khuê tha thiết kêu gọi giáo dân hãy tuân theo lời Thiên Chúa dạy: Hãy yêu thương nhau. Đây cũng là thư chung cuối cùng của Giám mục Trịnh Như Khuê, vì lý do hoàn cảnh nên về sau này Tòa Giám mục Hà Nội chỉ còn có thể ra thông cáo vắn tắt. Lá thư này ảnh hưởng vượt ngoài biên giới Địa phận Hà Nội, lan đến toàn Giáo hội Công giáo miền Bắc. Để làm theo bức thư này, nhiều nơi các linh mục tổ chức các buổi sám hối công khai với mục đích có địa điểm để giáo dân xin lỗi nhau nếu đã từng đấu tố nhau trong thời cải cách ruộng đất và trả lại tài sản từng bị lấy từ các gia đình địa chủ. Trong thời gian sửa sai chính sách cải cách ruộng đất, với không khí cởi mở, Giám mục Khuê dành thời gian đi kinh lý khắp các xứ họ của địa phận Hà Nội kể cả các xứ giáo dân người Mường. Những chuyến thăm mục vụ trong thời kỳ chiến tranh gặp nhiều khó khăn: Nhiều chuyến đi xe tiền trạm xe Giám mục gặp mìn, những chuyến thăm mục vụ đã lên lịch phải hủy bỏ. Nhật kí mục vụ Trịnh Như Khuê ghi chép lại tỉ mỉ: Ngày 10 tháng 11 năm 1956 định đi Mạc Thượng, không vào được; Ngày 29 tháng 11 năm 1956, không đi thăm Khoan Vỹ, Công Xá, Phú Đa như đã định trước". Những dòng cuối cùng trong quyển nhật ký mục vụ của Giám mục Khuê kể về ngày 16 tháng 4 năm 1957: hồi 14 giờ trở về Hà Nội, qua Phủ Lý; đến Ngô Tư Vọng bị khám giấy và bị tước giấy. Kể từ lúc này, Trịnh Như Khuê chỉ được ở trong Toà Giám mục và không được phép rời khỏi đó. Chia sẻ về những khó khăn của Giám mục Khuê, Giám mục Phanxicô Xaviê Nguyễn Văn Sang sau này cho biết rằng cả hai vị Hồng y họ Trịnh đều lấy sân thượng Toà Giám mục là nơi đi dạo để rèn luyện thân thể và suy tư đến nỗi có hẳn một vòng bầu dục vết chân trên sân thượng và gọi đó là vòng chân Đức Hồng y. Tháng 7 năm 1957, chính quyền triệu tập Giám mục Hà Nội và một số linh mục Hà Nội đến Tòa Thị chính để thảo luận về sắc lệnh tôn giáo mới. Nhiều tiểu ban được lập ra, thành phần gồm có hai linh mục và một vài cán bộ. Lãnh đạo Công giáo cấp tiến Ngô Tử Hạ được phân vào cùng nhóm với Giám mục Khuê. 
Trong một lần tiếp kiến thủ tướng Việt Nam Phạm Văn Đồng, thủ tướng đề nghị lập một ủy ban làm sợi dây liên lạc giữa Nhà Nước và Giáo hội Công giáo. Nhận được lời đề nghị này, Giám mục Trịnh Như Khuê đề cử linh mục Thư ký Phạm Hân Quynh làm đại diện phía Giáo hội và Thủ tướng chỉ định luật sư Nguyễn Thành Vĩnh, một giáo dân Công giáo miền Nam tập kết ra Bắc đóng vai trò đại diện phía Nhà nước. Tuy vậy, Giám mục Khuê không đồng tình với việc chọn ông Vĩnh, và đề nghị thủ tướng bổ nhiệm nhân vật không phải là tín hữu Công giáo, do đó sự việc vì thế mà bất thành. Có ý kiến cho rằng thái độ của Giám mục Trịnh Như Khuê gây khó khăn và làm lỡ cơ hội bắc được nhịp cầu cảm thông giữa hai phía. Sau cùng thì Uỷ ban Liên lạc những người Công giáo yêu Tổ quốc Hòa bình được thiết lập. Đứng đầu tổ chức là linh mục Vũ Xuân Kỷ, thuộc địa phận Hà Nội, cùng tham gia còn có linh mục khác thuộc địa phận là Nguyễn Tất Niên. Cả hai linh mục này bị Giám mục Khuê đình chỉ thi hành tác vụ linh mục.
Ngày 25 tháng 3 năm 1957, tại nhà nguyện Fatima thuộc khuôn viên Tòa Tổng Giám mục, Trịnh Như Khuê cho mở lớp đào tạo giáo dân làm công tác truyền giáo với tên gọi "Giảng bổn viên". Lễ khai mở lớp học còn có sự tham gia của linh mục Tổng đại diện Gioan Lasan Nguyễn Văn Vinh, các linh mục Phêrô Nguyễn Văn Thông, Giuse Nguyễn Ngọc Oánh và chủng sinh Phanxicô Xaviê Nguyễn Văn Sang cùng đông đảo giáo dân. Lớp này được giao cho linh mục Nguyễn Ngọc Oánh quản lý. Tuy vậy, gần hai năm sau, ngày 31 tháng 1 năm 1959, linh mục Vinh đi tù còn linh mục Thông và một số giáo dân bị đưa đi cải tạo. Riêng linh mục Nguyễn Ngọc Oánh bị quản thúc. Từ đó, việc dạy học giáo lý chỉ còn bó hẹp trong các giáo xứ, qua việc quản lý của các ông trùm, bà quản hoặc các giáo lý viên với các việc đơn giản là dạy kinh, bổn thuộc lòng.
Trong thời kỳ khó khăn, Giám mục Trịnh Như Khuê cũng gọi các nữ tu Dòng Mến Thánh Giá Hà Nội đến Tòa Giám mục chép kinh để phục vụ cho công tác giảng dạy giáo lý thầm lặng của các cộng tác viên tại giáo xứ. Ông cũng tham gia soạn thảo kinh, bổn nhằm cung cấp tài liệu giảng dạy. Các bản thảo của Giám mục Khuê được các nữ tu chép lại, đóng cuốn, phân phát cho các công tác viên. Việc giấu kín các tài liệu này sau khi nhận từ Tòa Giám mục cũng gặp khó khăn, đôi lúc tài liệu bị tịch thu.
Ngày 24 tháng 1 năm 1959, Giám mục Trịnh Như Khuê ra thông cáo nhận tượng Đức Mẹ ở Quảng trường Nhà thờ Lớn là tượng Đức Mẹ Hà Nội và dâng nhà thờ Cửa Bắc là nhà thờ Đức Mẹ Hà Nội. Ông soạn kinh Đức Mẹ Hà Nội, mời gọi giáo dân làm đơn xin nhận Đức Mẹ là quan thầy thành phố và ông ký đơn thỉnh cầu Toà Thánh. Ngày 18 tháng 2 cùng năm, ông khai mạc Năm thánh Đức Mẹ Hà Nội. Bốn tháng sau đó, ngày 13 tháng 6 năm 1959, Bí thư của Giám mục Khuê là linh mục Nguyễn Ngọc Oánh thừa lệnh Giám mục Trịnh Như Khuê viết trong thông cáo ngày 13 tháng 6, thông báo đến giáo dân rằng Tòa Thánh chấp nhận thỉnh nguyện xin đặt bà Maria làm quan thầy Thành phố Hà Nội. Thông cáo này cũng thông báo đến giáo dân địa phận nội dung chi tiết các sinh hoạt tôn giáo do Giám mục Khuê quyết định cũng như cử hành nhân dịp xảy ra sự kiện này. Nửa tháng sau đó, ngày 30 tháng 6, Trịnh Như Khuê khai mở tuần tam nhật mừng lễ Đức Mẹ Hà Nội. Ngày 18 tháng 4 khi kiệu đến tượng Đức Mẹ Hà Nội, đọc kinh Đức Mẹ Hà Nội, ông cử hành nghi thức "xin phép" Mẹ Maria gọi thành phố Hà Nội là thành phố Đức Mẹ. Sau Đại hội Thánh Mẫu tổ chức tại Sài Gòn, Khâm sứ Tòa Thánh và Giám mục Trịnh Như Khuê và một số linh mục được triệu tập đến Sở cảnh sát để làm việc. 
Với lòng mong ước giáo dân Địa phận Hà Nội tôn sùng và hiến mình cho Mẫu Tâm và Vô Nhiễm Nguyên Tội của giám mục Trịnh Như Khuê, linh mục Giuse Nguyễn Ngọc Oánh đã ký thông cáo Địa phận Hà Nội ngày 15 tháng 8 năm 1959. Trong thư, ngoài kêu gọi giáo dân tích cực tham gia các hoạt động tôn giáo như đọc kinh cầu nguyện, hãm mình đền tội, xưng tội chịu lễ, cấm phòng và cải thiện đời sống, giám mục địa phận còn mong muốn nhanh chóng tiến hành thánh hiến giáo xứ và cả địa phận. Thông cáo này còn đính kèm kinh kính Mẫu Tâm đầy khổ não và Vô Nhiễm Nguyên Tội và lời đề nghị các linh mục khuyến khích giáo dân siêng năng đọc kinh này. Ngày 21 tháng 2 năm 1959, sau khi Tòa Thánh Vatican công bố nhiều huấn lệnh về cách dự Thánh lễ, về việc hát trong nhà thờ, về đàn, về chuông nhà thờ,... Tòa giám mục Hà Nội công bố một số quy định về cách tham dự thánh lễ Công giáo và hát lễ trong nhà thờ. Thời kỳ này, thánh nhạc sử dụng trong lễ nghi Công giáo còn bằng tiếng Latinh. Thông cáo này từ Tòa giám mục hỗ trợ, hướng dẫn giá dân tham gia lễ nghi cách hữu ích hơn.
Giám mục Trịnh Như Khuê cũng nổi tiếng với những buổi lễ phong chức "chui". Lễ tấn phong Giám mục cho Giám mục tân cử Đa Minh Đinh Đức Trụ (Hạt Đại diện Tông Tòa Thái Bình) do ông chủ sự ngày 25 tháng 3 năm 1960 cũng là ngoại lệ. Tân Giám mục Đa Minh Trụ giả làm ông đạp xích lô từ Thái Bình lên Hà Nội gặp Giám mục Chủ phong Trịnh Như Khuê trong buồng áo. Nghi lễ diễn ra chỉ có hai người. Sau đó Giám mục Đinh Đức Trụ lại đạp xe sang Bùi Chu tấn phong Giám mục "chui" cho tân Giám mục Giuse Maria Phạm Năng Tĩnh trong một chiếc thuyền chài.
Đến ngày 24 tháng 11 năm 1960, Toà Thánh thiết lập hàng giáo phẩm Việt Nam. Giám mục Tông tòa Giuse Maria Trịnh Như Khuê được thăng làm Tổng Giám mục đô thành Tiên khởi của Tổng giáo phận Hà Nội.

Thăng tước Hồng y (1976–1978) và qua đời

Đánh giá cao những nỗ lực của vị Tổng Giám mục Hà Nội, sau khi Việt Nam thống nhất, ngày 28 tháng 4 năm 1976, Giáo hoàng Phaolô VI chọn Tổng Giám mục Trịnh Như Khuê làm Hồng y in pectore và công bố vào ngày 24 tháng 5 cùng năm. Việc hoãn công bố chính thức Tân Hồng y Việt Nam là nhằm mục đích chờ vị Hồng y có thể được cấp phép rời Việt Nam đến Rôma và công bố chính thức tại buổi lễ. Thực tế, ông được chính quyền chấp thuận cho xuất cảnh vào những thời hạn gần chót. Hồng y Trịnh Như Khuê là Hồng y đầu tiên của Việt Nam, với tước vị Hồng y linh mục nhà thờ San Francesco di Paola ai Monti. Sau khi trở về Việt Nam, Hồng y Khuê tiếp kiến thủ tướng Phạm Văn Đồng vào ngày 31 tháng 8 cùng năm. Ngày 10 tháng 9 năm 1977, ông cùng Tổng Giám mục Phaolô Nguyễn Văn Bình tham gia Thượng Hội đồng Giám mục Thế giới.
Ngày 6 tháng 8 năm 1978, Giáo hoàng Phaolô VI qua đời. Sau khi Giáo hoàng qua đời, Hồng y Khuê sang Rôma dự tang lễ và với tư cách thành viên trong Hồng y đoàn, ông dự mật nghị Hồng y bầu Giáo hoàng mới là Giáo hoàng Gioan Phaolô I. Nhưng chưa kịp về lại Việt Nam, tân Giáo hoàng qua đời và Hồng y Khuê ở lại Vatican để tiếp tục tham gia mật viện bầu Giáo hoàng – và lần này là Giáo hoàng Gioan Phaolô II vào ngày 16 tháng 10. Như vậy, Hồng y Trịnh Như Khuê là người đầu tiên của Việt Nam đã tham dự hai lần bầu Giáo hoàng. 
Ngày 25 tháng 11 năm 1978, Hồng y Khuê về đến Hà Nội. Tối ngày 26 tháng 11, ông cử hành thánh lễ và chủ sự chầu Thánh thể ở Nhà thờ Lớn Hà Nội. Tối ngày 27, ông đột ngột qua đời, thọ 80 tuổi, sau 28 năm trên cuơng vị Giám mục và hơn 2 năm với tước vị Hồng y. Câu nói cuối cùng của ông trước khi từ giã cõi đời là: Chịu lễ. Cái chết bất ngờ của vị Hồng y làm rộ lên những nghi vấn, nhưng pháp y khẳng định ông bị nhồi máu cơ tim. Trong những cuốn sách phát hành của tác giả Lucien Gregoire, ông này trích dẫn Hồng y Trịnh Như Khuê qua đời vì ung thư tế bào tuyến vùng dạ dày, trùng hợp với căn bệnh ghi trên giấy chứng tử của Hồng y Valerian Gracias, cũng qua đời sau Mật nghị Hồng y tháng 8 năm 1978. Một Hồng y khác là Hồng y người Trung Quốc Phaolô Vu Bân cũng qua đời, với lý do bệnh tim sau mật nghị, dù rằng người thân cận của Hồng y này cho biết ông chưa từng có tiền sử bệnh tim và yêu cầu khám nghiệm tử thi. Tác giả Lucien Gregoire viết trong hai quyển sách của mình là Murder in the Vatican: The CIA and the Bolshevik Pontiff và Murder by the Grace of God: The CIA and Pope John Paul I đều trích dẫn những việc này và riêng trong quyển sách thứ hai kể trên, ông này cho rằng những Hồng y này dường như là nạn nhân trong Mật nghị Hồng y năm 1978.
Lễ tang của Hồng y Trịnh Như Khuê được tổ chức vào ngày 30 tháng 11 do Tổng Giám mục kế vị Giuse Maria Trịnh Văn Căn chủ sự cùng đồng tế với 11 Giám mục, 50 linh mục. Hai vạn giáo dân đã đến quảng trường Đức Mẹ Hà Nội tiễn đưa. Mộ phần cố Hồng y đặt tại gian chính nhà thờ chính tòa Hà Nội, ngay dưới bậc tam cấp giữa nhà thờ dẫn lên cung thánh, đó cũng là ước nguyện của ông, nhắc nhở khi giáo dân lên rước lễ, đặt chân lên phần mộ của ông thì hãy nhớ đến ông và cầu nguyện.
Sau khi Trịnh Như Khuê qua đời hơn 20 năm, năm 2000, tên ông được đặt làm tên đường ở Huyện Bình Chánh, Thành phố Hồ Chí Minh. Con đường này dài 2,6 km, vốn là một đường xe lửa cũ thuộc tuyến đường sắt Sài Gòn - Mỹ Tho ngày xưa.