Khủng hoảng tên lửa Cuba

Hành động trước đó của Hoa Kỳ

Người Mỹ lo sợ trước sự bành trướng của Liên Xô theo chủ nghĩa Stalin nhưng đối với một quốc gia châu Mỹ Latin công khai liên minh với Liên Xô được xem là không thể chấp nhận được đối với Mỹ khi Liên Xô và Mỹ trở thành kẻ thù từ khi kết thúc Chiến tranh thế giới thứ hai vào năm 1945. Một sự liên hệ như thế cũng sẽ thách thức trực tiếp đến Học thuyết Monroe, một chính sách của Hoa Kỳ với lập trường cho rằng các cường quốc châu Âu không được can thiệp vào các quốc gia nằm trong Tây Bán cầu.
Hoa Kỳ bị mất mặt công khai sau vụ người Cuba lưu vong tiến hành xâm nhập Cuba thất bại vào tháng 4 năm 1961. Vụ xâm nhập của những người Cuba lưu vong này đã được Cục Tình báo Trung ương Hoa Kỳ dưới quyền của Tổng thống John F. Kennedy hỗ trợ. Sau vụ đó, cựu Tổng thống Eisenhower có bảo với Kennedy rằng "Sự thất bại của Sự kiện Vịnh Con Lợn sẽ khuyến khích người Xô Viết làm thêm cái gì đó mà chắc chắn họ sẽ không làm nếu như vụ đó không xảy ra." Cuộc xâm nhập Cuba chỉ được Hoa Kỳ hỗ trợ nữa chừng nên đã để cho nhà lãnh đạo Xô Viết, Nikita Khrushchev và các cố vấn của ông tin tưởng rằng Kennedy là người hay lưỡng lự như một cố vấn Xô Viết có viết rằng "quá trẻ, thông minh, chưa chuẩn bị tốt để tạo quyết định trong các tình huống khủng hoảng... quá thông minh và quá yếu đuối." Các hoạt động bí mật của Hoa Kỳ tiếp tục năm 1961 với Chiến dịch Mongoose không thành công. Tháng 2 năm 1962, Hoa Kỳ công khai mở cấm vận kinh tế chống Cuba.
Hoa Kỳ lại xem xét đến hành động bí mật và bắt đầu cài các sĩ quan bán quân sự của CIA từ Phân bộ Hoạt động Đặc biệt vào Cuba. Tướng không quân Curtis LeMay đệ trình một kế hoạch ném bom trước khi xâm nhập lên cho Tổng thống Kennedy vào tháng 9 trong khi đó các chuyến bay gián điệp và sự gây hấn quân sự nhỏ của các lực lượng Hoa Kỳ trên Căn cứ Hải quân Vịnh Guantanamo là đề tài phản đối ngoại giao liên tục của Cuba chống chính phủ Hoa Kỳ.
Đầu tháng 8 năm 1962, Hoa Kỳ nghi ngờ người Xô Viết đang xây dựng các cơ sở tên lửa tại Cuba. Trong suốt tháng đó, các cơ quan tình báo của họ thu thập thông tin về việc các nhân viên quan sát mặt đất phát hiện ra các chiến đấu cơ MiG-21 và các oanh tạc cơ hạng nhẹ Il-28 do Nga chế tạo. Các phi cơ do thám U-2 tìm thấy các nơi đặt tên lửa đất đối không S-75 Dvina (NATO đặt tên là SA-2) tại 8 vị trí khác nhau. Ngày 31 tháng 8, Thượng nghị sĩ Kenneth B. Keating, có lẽ nhận được thông tin từ những người Cuba lưu vong ở Florida, cảnh báo trong phòng họp Thượng viện Hoa Kỳ rằng Liên Xô có thể đang xây dựng một căn cứ tên lửa tại Cuba. Giám đốc CIA John A. McCone trở nên nghi ngờ hơn vì có nhiều báo cáo như thế. Ngày 10 tháng 8, ông viết một bản ghi nhớ gởi đến Tổng thống Kennedy trong đó ông đoán rằng người Xô Viết đang chuẩn bị đưa tên lửa đạn đạo vào Cuba.

Cán cân quyền lực

Khi John F. Kennedy tranh cử tổng thống vào năm 1960, một trong những vấn đề then chốt tranh cử của ông là khoảng cách về số lượng tên lửa được cho là thiên lệch theo hướng người Nga dẫn đầu. Trong thực tế thì Hoa Kỳ dẫn đầu Liên Xô. Năm 1961, Xô Viết chỉ có bốn tên lửa đạn đạo liên lục địa (ICBM). Đến tháng 10 năm 1962, họ có thể có chừng vài chục tên lửa như vậy mặc dù một số ước tính của giới tình báo cho rằng con số đó có thể lên đến 75. Về phía Hoa Kỳ, họ có đến 170 tên lửa đạn đạo liên lục địa và nhanh chóng chế tạo thêm. Hoa Kỳ cũng có 8 tàu ngầm tên lửa đạn đạo lớp George Washington và lớp Ethan Allen, mỗi chiếc có khả năng phóng 16 tên lửa Polaris có tầm xa 2.000 cây số (1.400 dặm Anh). Khrushchev vô tình làm gia tăng thêm nhận thức về sự cách biệt số tên lửa khi ông lớn tiếng khoe khoang rằng Liên Xô đang chế tạo tên lửa "giống như làm xúc xích" nhưng số lượng và khả năng của chúng thì còn xa mới là sự thật. Tuy nhiên, Liên Xô có một số lượng lớn tên lửa đạn đạo tầm trung, khoảng 700. Trong hồi ký của ông, xuất bản vào năm 1970, Khrushchev viết, "Ngoài việc bảo vệ Cuba, các tên lửa của chúng ta sẽ cân bằng cái mà phương Tây thích gọi là "cán cân quyền lực""

Chiến lược của Khối phía Đông

Nhà lãnh đạo Xô Viết Nikita Khrushchev vào năm 1962 đã đưa ra ý tưởng đối phó lại sự dẫn đầu ngày càng gia tăng của Hoa Kỳ trong việc phát triển và triển khai các tên lửa chiến lược bằng cách đặt các tên lửa hạt nhân tầm trung của chính mình tại Cuba. Phản ứng của Khrushchev một phần là do việc Hoa Kỳ đặt các tên lửa đạn đạo tầm trung PGM-19 Jupiter trên lãnh thổ Thổ Nhĩ Kỳ vào tháng 4 năm 1962.
Từ lúc mới bắt đầu, hoạt động của Xô Viết bao gồm hành động đánh lừa và chối cãi tinh vi, được biết tại Nga là Maskirovka. Tất cả các kế hoạch và chuẩn bị để chuyên chở và khai triển các tên lửa được tiến hành một cách tối mật, chỉ có một số rất ít người được thông báo về tính chất thật sự của sứ mệnh này. Thậm chí các binh sĩ được giao nhiệm vụ cũng bị đánh lạc hướng. Họ được cho biết rằng họ sẽ phải đi đến một vùng lạnh giá và được trang bị với các giày trượt tuyết, và các thứ trang bị mùa đông khác. Mật danh mà Xô Viết đặt, Chiến dịch Anadyr, cũng là tên của một con sông chảy vào trong Biển Bering và tên của thủ phủ vùng Chukotsky, một căn cứ oanh tạc cơ ở vùng viễn đông Nga. Tất cả những chi tiết này nhằm một mục đích là che giấu kế hoạch, không cho cả người trong và ngoài Xô Viết biết.
Đầu năm 1962, một nhóm chuyên gia xây dựng hệ thống tên lửa và quân sự của Liên Xô tháp tùng một phái đoàn nông nghiệp đến thủ đô La Habana. Họ có cuộc họp với nhà lãnh đạo Cuba, Fidel Castro. Giới lãnh đạo Cuba tin tưởng mạnh mẽ rằng Hoa Kỳ sẽ xâm chiếm Cuba lần nữa nên họ hăng hái chấp thuận ý tưởng lắp đặt các tên lửa hạt nhân tại Cuba. Các chuyên gia xây dựng hệ thống tên lửa núp dưới bóng là "những người điều khiển máy móc cơ giới", "các chuyên gia thủy lợi" và "các chuyên gia nông nghiệp" bắt đầu đến Cuba vào tháng 7. Nguyên soái Sergei Biryuzov, tư lệnh các lực lượng tên lửa Xô Viết, dẫn một nhóm chuyên gia thị sát đến Cuba. Ông nói với Khrushchev rằng các tên lửa này sẽ được che đậy và ngụy trang bên những cây cọ.
Giới lãnh đạo Cuba càng thêm tức giận khi Quốc hội Hoa Kỳ chấp thuận Giải pháp Quốc hội Hoa Kỳ số 230 vào tháng 9, cho phép sử dụng lực lượng quân sự tại Cuba nếu như lợi ích của Hoa Kỳ bị đe dọa. Cùng ngày hôm đó, Hoa Kỳ thông báo một cuộc tập trận quân sự trong vùng biển Caribe mang tên PHIBRIGLEX-62. Cuba lên án cuộc tập trận này như một sự cố ý khiêu khích và là bằng chứng cho thấy Hoa Kỳ có kế hoạch xâm chiếm Cuba.
Khrushchev và Castro đồng ý đặt các tên lửa hạt nhân chiến lược bí mật trên lãnh thổ Cuba. Giống như Castro, Khrushchev cảm thấy rằng việc Hoa Kỳ xâm chiếm Cuba là hiển nhiên, và rằng việc mất Cuba sẽ rất tai hại đối với phe cộng sản, đặc biệt là tại châu Mỹ Latin. Ông nói rằng ông muốn đối đầu với người Mỹ "hơn là lời nói...sự đáp trả hợp lý là tên lửa." Người Xô Viết tiếp tục duy trì kế hoạch một cách bí mật, viết tay chi tiết kế hoạch của họ. Kế hoạch được Rodion Malinovsky chấp thuận ngày 4 tháng 7 và được Khrushchev chấp thuận ngày 7 tháng 7.
Dựa vào nhận định của họ cho rằng Tổng thống Hoa Kỳ Kennedy là một người thiếu tự tin trong suốt Sự kiện Vịnh Con Lợn nên giới lãnh đạo Xô Viết tin rằng Kennedy sẽ tránh đối đầu với Liên Xô và chấp nhận các tên lửa này như là một "sự việc đã rồi". Ngày 11 tháng 9, Liên Xô công khai đưa ra cảnh cáo rằng một cuộc tấn công của Hoa Kỳ vào Cuba hay vào bất cứ tàu Xô Viết nào mang hàng tiếp tế đến hòn đảo này sẽ đồng nghĩa với chiến tranh. Người Xô Viết tiếp tục kế hoạch bí mật của mình và ngụy tạo hành động của họ tại Cuba. Họ liên tiếp chối cãi rằng vũ khí đang được đưa vào Cuba là loại vũ khí có bản chất tấn công. Ngày 7 tháng 9, Đại xứ Xô Viết Anatoly Dobrynin bảo đảm với Đại xứ Hoa Kỳ tại Liên Hiệp Quốc, Adlai Stevenson rằng Liên Xô chỉ đang cung cấp các loại vũ khí phòng thủ cho Cuba. Ngày 11 tháng 9, Hãng thông tấn Liên Xô TASS thông báo rằng Liên Xô không cần thiết hay có ý định đưa tên lửa hạt nhân tấn công vào Cuba. Ngày 13 tháng 10, Dobrynin bị cựu Thứ trưởng Ngoại giao Hoa Kỳ Chester Bowles chất vấn rằng có phải Liên Xô đang đưa vũ khí tấn công vào Cuba. Dobrynin chối cãi là không có bất cứ kế hoạch nào như thế. Và rồi ngày 17 tháng 10, một lần nữa nhân viên sứ quán Liên Xô Georgy Bolshakov mang một thông điệp cá nhân từ Khrushchev đến cho Tổng thống Kennedy. Bức thông điệp này bảo đảm với tổng thống Hoa Kỳ rằng "dưới bất cứ tình hình nào đi nữa thì cũng không có chuyện các tên lửa địa đối địa sẽ được đưa vào Cuba.
Chuyến hàng đầu tiên có các tên lửa R-12 đến vào đêm 8 tháng 9, theo sau là chuyến hàng thứ hai vào ngày 16 tháng 9. Tên lửa R-12 là loại tên lửa đạn đạo tầm trung đầu tiên của Liên Xô có thể sử dụng được, loại đầu tiên được sản xuất hàng loạt, và là loại đầu tiên có trang bị 1 đầu đạn nhiệt hạch tâm do Liên Xô sản xuất. Đây là loại tên lửa nhiên liệu đẩy có thể cất giữ được trong kho, có thể di chuyển trên đường, được phóng đi từ mặt đất, có một tầng duy nhất và có khả năng mang vũ khí hạt nhân Liên Xô đang xây 9 vị trí - 6 cho các tên lửa tần trung R-12 (NATO đặt tên là SS-4 Sandal) có tầm hoạt động hữu hiệu là 2.000 km và 3 vị trí cho tên lửa đạn đạo R-14 (NATO đặt tên là SS-5 Skean) có tầm tối đa 4.500 km.

Lập trường của Cuba

Vào ngày thứ hai, 7 tháng 10, Chủ tịch Cuba, Osvaldo Dorticós nói trước Đại hội đồng Liên Hiệp Quốc như sau: "Nếu... chúng tôi bị tấn công, chúng tôi sẽ tự vệ. Tôi xin lặp lại, chúng tôi có đủ các phương tiện để tự vệ; chúng tôi thật sự có loại vũ khí thường thấy của chúng tôi, các loại vũ khí mà chúng tôi đã không muốn có và cũng như không muốn triển khai."

Tên lửa bị phát hiện

Các tên lửa này cho phép Liên Xô đặt gần như toàn bộ Hoa Kỳ lục địa vào trong tầm mục tiêu hữu hiệu của mình. Kho vũ khí được hoạt định gồm có 40 giàn phóng tên lửa. Dân chúng Cuba dễ dàng nhìn thấy các tên lửa này được đưa đến và khai triển. Có hàng trăm tin đồn lan truyền đến thành phố Miami của Hoa Kỳ. Giới tình báo Hoa Kỳ nhận được vô số báo cáo về các tên lửa này. Nhiều trong số đó rất là mù mờ và thậm chí là buồn cười. Đa số các báo cáo này bị bỏ qua vì được cho rằng đó chỉ là những tên lửa phòng thủ. Duy nhất có 5 báo cáo là làm phiền các nhà phân tích. Các báo cáo này diễn tả các xe tải to lớn chạy ngang qua các thị trấn của Cuba vào ban đêm mang theo các vật thể hình trụ rất dài và được che phủ với vải lều. Các xe tải này không thể rẽ trái phải dễ dàng trong thị trấn. Chúng phải lùi sang trái sang phải, chạy tới...mỗi khi phải rẽ trái hay phải. Các tên lửa phòng thủ có thể rẽ trái phải dễ dàng. Các báo cáo này không dễ dàng gì bị bỏ qua.

Các chuyến bay của phi cơ U-2 tìm thấy tên lửa

Mặc dù ngày càng có bằng chứng về một sự gia tăng hoạt động quân sự tại Cuba nhưng không có chuyến bay nào do thám U-2 nào được tiến hành trên bầu trời Cuba từ ngày 5 tháng 9 đến ngày 14 tháng 10. Vấn đề đầu tiên mà khiến cho Hoa Kỳ ngưng các chuyến bay do thám là sự việc xảy ra vào ngày 30 tháng 8 - một chuyến bay do thám U-2 thuộc Bộ tư lệnh Không quân Chiến lược Hoa Kỳ bay lạc vào trong không phận đảo Sakhalin trong vùng Viễn Đông Nga. Người Xô Viết đưa ra phản đối về sự kiện này và Hoa Kỳ buộc phải đưa ra lời xin lỗi. Chín ngày sau, một phi cơ U-2 của Đài Loan làm chủ bị mất tích trên không phận phía tây của Trung Quốc, có lẽ là bị trúng một tên lửa SAM. Giới chức Hoa Kỳ lo ngại rằng một trong các tên lửa SAM của Cuba hay Liên Xô có thể sẽ bắn hạ một phi cơ U-2 của CIA và sẽ tạo ra một sự kiện quốc tế khác. Cuối tháng 9, phi cơ thám thính của Hải quân Hoa Kỳ chụp được hình ảnh tàu Kasimov của Liên Xô và hai kiện hàng lớn trên sàn tàu có kích cỡ và hình thù của các oanh tạc cơ hạng nhẹ Il-28.
Ngày 12 tháng 10, chính phủ Hoa Kỳ quyết định thuyên chuyển các sứ mệnh do thám bằng phi cơ U-2 sang cho Không quân Hoa Kỳ. Trong trường hợp, một phi cơ U-2 bị bắn rơi thì chính phủ nghĩ rằng chuyện chuyến bay của Không quân Hoa Kỳ sẽ dễ dàng giải thích hơn là các chuyến bay do CIA thực hiện. Cũng có thêm bằng chứng cho thấy Bộ Quốc phòng Hoa Kỳ và Không quân Hoa Kỳ vận động hành lang để được lãnh trách nhiệm thực hiện các chuyến bay do thám trên Cuba. Khi các sứ mệnh do thám được tái cho phép vào ngày 8 tháng 10 thì thời tiết đã không cho phép các chuyến bay thực hiện. Lần đầu tiên Hoa Kỳ có được bằng chứng hình ảnh về các tên lửa là vào ngày 14 tháng 10 khi phi cơ U-2, do thiếu tá Richard Heyser lái, chụp được 928 tấm hình. Những tấm hình này cho thấy hình ảnh của một vị trí xây dựng hệ thống tên lửa SS-4 ở San Cristóbal, tỉnh Pinar del Río, nằm ở phía tây Cuba.

Tổng thống Hoa Kỳ được thông báo

Thứ tư ngày 17 tháng 10, Trung tâm Tình báo Hình ảnh Quốc gia của CIA duyệt xem các tấm hình của U-2 và nhận dạng ra các vật thể mà họ cho rằng là những tên lửa đạn đạo tầm trung. Chiều hôm đó, CIA thông báo đến Bộ Ngoại giao Hoa Kỳ và lúc 8:30pm giờ miền Đông Hoa Kỳ thì báo cáo đến Cố vấn An ninh Quốc gia Hoa Kỳ, McGeorge Bundy. Cố vấn An ninh Hoa Kỳ chọn giải pháp chờ đợi đến sáng mới thông báo cho tổng thống biết. Bộ trưởng Quốc phòng Hoa Kỳ Robert S. McNamara được báo cáo vắn tắc lúc nữa đêm. Lúc 8:30 a.m. giờ miền Đông Hoa Kỳ sáng thứ năm, Cố vấn An ninh Bundy họp với Tổng thống Kennedy và cho tổng thống xem các tấm hình và báo cáo ngắn ngủi với tổng thống về các phân tích hình ảnh của CIA. Lúc 6:30 p.m. giờ miền Đông Hoa Kỳ, Tổng thống Kennedy triệu tập một cuộc họp gồm 9 thành viên trong Hội đồng An ninh Quốc gia Hoa Kỳ cùng với 5 cố vấn then chốt khác trong một nhóm mà tổng thống chính thức đặt tên là Ủy ban Hành pháp Hội đồng An ninh Quốc gia sau ngày 22 tháng 10 bằng một "Bản ghi nhớ Hành động An ninh Quốc gia số 196".

Các kế hoạch hành quân

Hai kế hoạch hành quân đã được xem xét. Kế hoạch Hành quân số 316 có bối cảnh là một cuộc xâm chiếm Cuba toàn diện do các đơn vị Lục quân và Thủy quân lục chiến Hoa Kỳ thực hiện với sự hỗ trợ của Hải quân sau các vụ không kích của Không quân và Hải quân Hoa Kỳ. Tuy nhiên, các đơn vị lục quân tại Hoa Kỳ gặp phải vấn đề thiếu phương tiện tiếp vận và cơ giới trong khi đó Hải quân Hoa Kỳ không thể cung cấp đủ phương tiện tấn công đổ bộ để đưa một lực lượng tầm cỡ trung bình của Lục quân vào lãnh thổ Cuba. Kế hoạch Hành quân 312, chủ yếu là hoạt động của Không quân Hoa Kỳ và lực lượng hàng không mẫu hạm của Hải quân, được lập kế hoạch với đầy đủ tính năng linh hoạt để vô hiệu hóa từng giàn phóng tên lửa để cung cấp không yểm cho các lực lượng trên mặt đất của Kế hoạch Hành quân 316.

Khủng hoảng sâu

Ngày thứ ba 23 tháng 10 lúc 11:24 a.m. giờ miền Đông Hoa Kỳ, một bức điện tín được George Ball thảo, được gởi đến Đại sứ Hoa Kỳ tại Thổ Nhĩ Kỳ và Đại sứ Hoa Kỳ tại NATO thông báo với họ rằng chính phủ đang xem xét một lời đề nghị tháo bỏ cái mà Hoa Kỳ biết rõ là những tên lửa gần như phế thải khỏi Ý và Thổ Nhĩ Kỳ để đổi lại việc Liên Xô rút khỏi Cuba. Các giới chức Thổ Nhĩ Kỳ đáp rằng họ sẽ "bực bội sâu sắc" về bất cứ sự trao đổi nào đối với các tên lửa của Hoa Kỳ hiện diện trên lãnh thổ của họ. Hai ngày sau, vào buổi sáng thứ năm ngày 25 tháng 10, nhà báo Walter Lippman đề nghị tương tự trên trang xã luận của mình. Castro tái xác nhận quyền tự vệ của Cuba và nói rằng tất cả các vũ khí này là vũ khí tự vệ và sẽ không cho phép bất cứ một cuộc thanh tra nào.

Phản ứng của quốc tế

Bài diễn văn của Tổng thống Kennedy không mấy được người ta ưa thích tại Vương quốc Anh. Ngày hôm sau, báo chí Anh nhắc lại những hành động sai trái của CIA trước đây và ngờ vực rằng có sự hiện hữu các căn cứ của Liên Xô tại Cuba. Họ cho rằng hành động của Tổng thống Kennedy có thể là liên quan đến việc tái tranh cử của ông.
Hai ngày sau khi Kennedy đọc bài diễn văn, tờ Nhân dân Nhật báo của Trung Quốc thông báo rằng "650.000.000 người Trung Hoa, nam và nữ sát cánh cùng nhân dân Cuba".
Tại Tây Đức, báo chí ủng hộ phản ứng của Hoa Kỳ. Đây là phản ứng trái ngược của báo chí Tây Đức đối với những hành động quỳ gối yếu đuối của Mỹ trong vùng suốt những tháng trước đó. Họ cũng tỏ rõ một nỗi lo sợ rằng Liên Xô có thể sẽ trả đũa tại Berlin. Tại Pháp vào ngày 23 tháng 10, cuộc khủng hoảng đã chiếm trọn trang đầu của tất cả các nhật báo. Ngày hôm sau, một bài xã luật đăng trên tờ Le Monde tỏ vẻ nghi ngờ về sự xác thực của những bằng chứng ảnh của CIA. Hai ngày sau đó, sau một chuyến viếng thăm của một viên chức cao cấp của CIA, họ mới chấp nhận tính xác thực của những tấm hình. Cũng tại Pháp, số báo ra ngày 29 tháng 10 của tờ Le Figaro, Raymond Aron viết bài ủng hộ phản ứng của Hoa Kỳ.

Truyền thông Xô Viết

Vào lúc cuộc khủng hoảng tiếp diễn không ngừng, và vào đêm thứ tư ngày 24 tháng 10, thông tấn xã Liên Xô (TASS) phát đi bức điện tín của nhà lãnh đạo Liên Xô Khrushchev gởi Tổng thống Hoa Kỳ Kennedy, trong đó ông Khrushchev cảnh báo rằng "hành động ăn cướp" của Hoa Kỳ sẽ dẫn đến chiến tranh. Tuy nhiên vào lúc 9:24 p.m., theo sau bức điện tín vừa kể là một bức điện tín khác cũng từ ông Khrushchev gởi đến ông Kennedy mà được nhận vào lúc 10:52 p.m. giờ miền Đông Hoa Kỳ trong đó Khrushchev nói rằng "Nếu ông bình tĩnh định lượng tình hình đang tiến triển và không phó thác cho cảm xúc thì ông sẽ hiểu rằng Liên Xô sẽ không thể không bác bỏ những yêu sách độc đoán của Hoa Kỳ." và rằng Liên Xô xem cuộc phong tỏa như là một hành động gây hấn và tàu thuyền sẽ được chỉ thị làm ngơ cuộc phong tỏa này.

Hoa Kỳ nâng mức báo động

Liên Hiệp Quốc kêu cầu một cuộc họp khẩn cấp Hội đồng Bảo an Liên Hiệp Quốc vào ngày thứ năm 25 tháng 10. Bằng giọng nói lớn tiếng đòi hỏi, Đại sứ Hoa Kỳ tại Liên Hiệp Quốc, Adlai Stevenson, chất vấn Đại sứ Liên Xô Valerian Zorin trong cuộc họp khẩn và yêu cầu ông thừa nhận về sự tồn tại của những tên lửa tại Cuba. Đại xứ Liên Xô Zorin từ chối trả lời. Ngày hôm sau lúc 10:00 p.m. giờ miền Đông Hoa Kỳ, Hoa Kỳ nâng mức báo động sẵn sàng chiến đấu của các lực lượng thuộc Bộ tư lệnh Không quân Chiến lược Hoa Kỳ lên cấp 2 trên 5. Đây là lần duy nhất được xác nhận trong Lịch sử Hoa Kỳ, các oanh tạc cơ B-52 được phân tán đến nhiều vị trí khác nhau và sẵn sàng cất cánh với đầy đủ trang bị trong vòng 15 phút khi được lệnh. Một phần tám trong số 1.436 oanh tạc cơ của Bộ tư lệnh Không quân Chiến lược Hoa Kỳ được cảnh báo trên không trung. Khoảng 145 tên lửa đạn đạo liên lục địa được cảnh báo sẵn sàng trong khi đó Bộ tư lệnh Phòng không Hoa Kỳ (ADC) tái triển khai 161 phi cơ đánh chặn mang vũ khí hạt nhân đến 16 phi trường khắp nơi trong vòng 9 giờ. Một phần ba trong số phi cơ đánh chặn được đặt trong tình trạng sẵn sàng chiến đấu trong vòng 15 phút.
"Đến ngày 22 tháng 10, Bộ tư lệnh Không quân Chiến thuật (TAC) có 511 khu trục cơ cộng các phi cơ tiếp liệu và phi cơ thám thính hỗ trợ được khai triển để đối phó với Cuba, được đặt trong tình trạng báo động trong vòng 1 giờ đồng hồ. Tuy nhiên, Bộ tư lệnh Không quân Chiến thuật và Cục Vận tải Không quân Hoa Kỳ gặp nhiều vấn đề. Việc tập trung các phi cơ quân sự tại Florida đã làm căng giản các đơn vị hỗ trợ và bộ tư lệnh; chúng ta đối mặt với sự thiếu nhân sự về thông tin liên lạc, trang bị vũ khí và an ninh; sự thiếu ủy quyền ban đầu cho phép tích trữ đạn dược thông thường dành cho chiến tranh đã buộc Bộ tư lệnh Không quân Chiến thuật phải cầu khẩn van xin; và việc thiếu các phương tiện không vận để hỗ trợ một cuộc thả trang bị lớn từ trên không xuống mà rất cần thiết để tổng động viên 24 phi đoàn trừ bị." 
Sáng thứ năm ngày 25 tháng 10 lúc 1:45 a.m. giờ miền Đông Hoa Kỳ, Tổng thống Kennedy trả lời điện tín của nhà lãnh đạo Liên Xô Khrushchev rằng Hoa Kỳ buộc phải hành động sau khi nhận liên tiếp những lời bảo đảm rằng không có tên lửa tấn công đang được khai triển tại Cuba, và rằng khi những lời bảo đảm này được chứng minh là sai sự thật thì việc khai triển "cần phải có những sự đáp trả mà tôi đã thông báo trước đây... Tôi hy vọng chính phủ của ông sẽ có hành động cần thiết để làm cho tình hình trở về trạng thái ban đầu."

Cách ly bị thách thức

Sáng thứ năm lúc 7:15 a.m. giờ miền Đông Hoa Kỳ, hàng không mẫu hạm chống tàu ngầm USS Essex và khu trục hạm USS Gearing tìm cách đón đầu chiếc Bucharest nhưng thất bại. Đơn giản là vì chiếc tàu không có chứa bất cứ vật liệu quân sự nào nên nó được cho qua khu vực bị phong tỏa. Chiều hôm đó lúc 5:43 p.m., tư lệnh đặc trách nỗ lực phong tỏa ra lệnh cho khu trục hạm USS Kennedy đón chặn và đưa người lên tàu hàng Marucla của Li Băng. Sự việc xảy ra vào ngày hôm sau, và chiếc Marucla được cho phép đi qua khu vực phong tỏa sau khi hàng hóa được kiểm tra.
Lúc 5:00 p.m. giờ miền Đông Hoa Kỳ tối thứ năm, William Clements thông báo rằng các tên lửa tại Cuba vẫn còn đang được tiến hành triển khai. Báo cáo này sau đó được CIA kiểm chứng cho thấy không có dấu hiệu chậm tiến độ khai triển nào cả. Để đáp lại, Tổng thống Kennedy ra Bản ghi nhớ Hành động An ninh số 199, cho phép gắn các vũ khí hạt nhân vào các phi cơ theo sự chỉ đạo của SACEUR (đây là bộ phận có nhiệm vụ tiến hành các cuộc không kích trước tiên vào Liên Xô). Suốt ngày hôm đó, Liên Xô đáp ứng lại việc phong tỏa bằng cách ra lệnh quay đầu 14 tàu của họ được tin là có chở các vũ khí tấn công.

Khủng hoảng rơi vào bế tắc

Sáng thứ sáu hôm sau ngày 26 tháng 10, Tổng thống Kennedy thông báo với Ủy ban Hành pháp Hội đồng An ninh Quốc gia Hoa Kỳ rằng ông tin rằng chỉ có một cuộc xâm chiếm mới có thể tháo bỏ các tên lửa khỏi Cuba. Tuy nhiên, ông được thuyết phục chờ đợi thêm thời gian và tiếp tục bằng cả áp lực ngoại giao và quân sự. Ông đồng ý và ra lệnh thực hiện các chuyến bay ở độ thấp trên Cuba tăng từ 2 chuyến mỗi ngày lên đến một chuyến trong mỗi hai tiếng đồng hồ. Ông cũng ra lệnh một chương trình khởi sự để xây dựng một chính phủ dân sự mới tại Cuba nếu như một cuộc xâm chiếm được xúc tiến.
Vào thời điểm này, bề ngoài có vẻ cuộc khủng hoảng đang bị bế tắc. Liên Xô không có dấu hiệu gì cho thấy rằng họ sẽ lùi bước mà còn phát biểu nhiều lần theo hướng đối ngược. Hoa Kỳ không có lý do gì tin tưởng có sự nhường bước của Liên Xô và chuẩn bị trong giai đoạn đầu cho một cuộc xâm chiếm song song với một cuộc tấn công bằng hạt nhân vào Liên Xô trong trường hợp Liên Xô phản ứng bằng quân sự mà được tin là sẽ xảy ra.

Các cuộc thảo luận bí mật

Lúc 13:00., giờ miền Đông Hoa Kỳ, thứ sáu ngày 26 tháng 10, thông tín viên tin tức John A. Scali của đài truyền hình ABC dùng cơm trưa với Aleksandr Fomin (là bí danh của Alexander Feklisov, một trưởng toán KGB tại Washington D.C.) theo lời mời của Fomin. Fomin nhận định "Chiến tranh dường như sắp bùng nổ" và yêu cầu thông tín viên Scali dùng mối liên hệ quen biết để nói chuyện với "những người bạn cao cấp" của ông ở Bộ Ngoại giao Hoa Kỳ để xem Hoa Kỳ có thích thú đến giải pháp ngoại giao hay không. Formin đề nghị ngôn từ giao dịch sẽ gồm có một sự bảo đảm của Liên Xô về việc tháo bỏ các vũ khí dưới sự giám sát của Liên Hiệp Quốc và rằng Fidel Castro sẽ công bố rằng ông sẽ không chấp thuận những loại vũ khí như thế trong tương lai, tất cả để đánh đổi lời tuyên bố công khai của Hoa Kỳ rằng Hoa Kỳ sẽ không bao giờ xâm chiếm Cuba. Hoa Kỳ phản ứng bằng cách yêu cầu chính phủ Brasil chuyển thông điệp đến Castro rằng Hoa Kỳ sẽ "không thể nào xâm chiếm" Cuba nếu các tên lửa được dẹp bỏ.
Chiều thứ sáu ngày 26 tháng 10 lúc 6:00 p.m. giờ miền Đông Hoa Kỳ, Bộ Ngoại giao Hoa Kỳ bắt đầu nhận được một thông điệp có lẽ là được chính nhà lãnh đạo Liên Xô Khrushchev viết. Lúc đó là 2:00 a.m. ngày thứ bảy ở Moscow. Lá thư dài này phải mất vài phút mới đến được và phải mất thêm một khoản thời gian để phiên dịch và ghi chép lại.
Robert Kennedy diễn tả bức thư này là "rất dài và đầy cảm xúc". Nhà lãnh đạo Liên Xô Khrushchev nhắc lại các ý cơ bản mà đã được đề cập với thông tín viên John Scali trước đó trong ngày là "Tôi đề nghị: Về phần chúng tôi, chúng tôi sẽ tuyên bố các tàu của chúng tôi đang hướng về Cuba không có mang bất cứ loại vũ khí nào. Ngài sẽ tuyên bố rằng Hoa Kỳ sẽ không xâm chiếm Cuba bằng lực lượng của mình và sẽ không hỗ trợ bất cứ lực lượng nào khác mà có ý định xâm nhập Cuba. Khi đó sự hiện diện cần thiết của các chuyên viên quân sự của chúng tôi tại Cuba sẽ biến mất". Lúc 6:45 p.m. giờ miền Đông Hoa Kỳ, tin tức về lời đề nghị của Fomin với thông tín viên Scali cuối cùng được loan báo và được người ta diễn giải đó như là một sự chuẩn bị để lá thư của nhà lãnh đạo Liên Xô Khrushchev gởi đến. Lúc đó lá thư được xem là chính thức và xác thực mặc dù sau này người ta biết được rằng Fomin dường như đưa ra lời đề nghị riêng của mình mà không có sự hậu thuẫn chính thức nào. Lệnh nghiên cứu thêm về lá thư được đưa ra và sự việc này tiếp tục cho đến tối.

Thảo thư trả lời

Các phái viên của cả Tổng thống Kennedy và nhà lãnh đạo Nikita Khrushchev đồng ý họp tại nhà hàng Trung Hoa Yenching Palace nằm trong khu cư dân Công viên Cleveland thuộc thủ đô Washington D.C. vào buổi chiều thứ bảy ngày 27 tháng 10. Tổng thống Kennedy đề nghị rằng họ nên lấy lời đề nghị của nhà lãnh đạo Khrushchev để trao đổi loại bỏ các tên lửa. Đa số các thành viên của Ủy ban Hành pháp Hội đồng An ninh Quốc gia Hoa Kỳ không biết gì về việc Bộ trưởng Tư pháp Robert Kennedy đã có cuộc họp với Đại xứ Liên Xô tại thủ đô Washington nhằm mục đích khám phá xem có phải những chủ ý thương lượng của Liên Xô là xác thực hay không. Về tổng thể, Ủy ban Hành pháp chống đối lời đề nghị vì nó sẽ làm suy giảm quyền lực của NATO và chính phủ Thổ Nhĩ Kỳ liên tục nói rằng họ chống đối bất cứ một vụ trao đổi nào như thế.
Khi cuộc họp tiếp diễn, một kế hoạch mới lộ diện và Tổng thống Kennedy từ từ bị thuyết phục. Kế hoạch mới yêu gọi tổng thống làm ngơ thông điệp mới nhất và thay vào đó xem xét lại lời đề nghị trước đó của nhà lãnh đạo Khrushchev. Ban đầu Tổng thống Kennedy do dự vì cảm thấy rằng nhà lãnh đạo Khrushchev sẽ không chấp nhận cuộc mặc cả đó nữa vì lời đề nghị mới đã được đưa ra nhưng Đại sứ Hoa Kỳ tại Liên Xô, Llewellyn Thompson cho rằng dù thế nào đi nữa thì ông có lẽ sẽ chấp nhận kế hoạch mới này. Cố vấn kiêm luật sư đặc biệt Nhà Trắng Ted Sorensen và Robert Kennedy rời phòng họp và quay trở lại 45 phút sau đó với 1 lá thư thảo theo quyết định mới này. Tổng thống Hoa Kỳ sửa đổi chút ít, nhờ người đánh máy và gởi nó đi.
Sau cuộc họp của Ủy ban Hành pháp, một cuộc họp nhỏ hơn tiếp tục tại Văn phòng Bầu dục. Nhóm thành viên cuộc họp cho rằng lá thư nên được nhấn mạnh bằng một thông điệp miệng gởi đến Đại xứ Liên Xô Dobrynin, nói rằng nếu các tên lửa không bị tháo bỏ thì hành động quân sự sẽ được dùng đến để loại bỏ chúng. Bộ trưởng Ngoại giao Dean Rusk thêm vào một điều nữa là không có ngôn từ nào trong cuộc mặc cả sẽ nhắc đến Thổ Nhĩ Kỳ mà chỉ nên hiểu rằng các tên lửa sẽ được tháo bỏ "một cách tự nguyện" ngay khi kết cục. Tổng thống Hoa Kỳ đồng ý, và thông điệp được gởi đi.
Theo yêu cầu của Juan Brito, Fomin và Scali lại gặp nhau. Scali hỏi tại sao có đến hai lá thư của nhà lãnh đạo Khrushchev gởi đến có nội dung rất khác nhau và Fomin tuyên bố rằng vì có "sự trục trặc về thông tin liên lạc". Scali đáp lại rằng lời tuyên bố này không đáng tin tưởng và lớn tiếng nói rằng ông nghĩ đây là một "vụ dối trá hai mang xấu xa". Ông tiếp tục bằng một tuyên bố rằng cuộc xâm chiến Cuba chỉ còn cách xa vài tiếng đồng hồ. Vào thời điểm này Fomin phát biểu rằng thư phúc đáp đối với thông điệp của Hoa Kỳ từ nhà lãnh đạo Liên Xô, Khrushchev sẽ sớm được gởi đến, và ông hối thúc Scali báo cho Bộ Ngoại giao Hoa Kỳ rằng Liên Xô không có cố tình dối trá. Scali nói rằng ông không nghĩ là có người còn muốn tin tưởng Fomin nữa nhưng ông đồng ý chuyển đạt thông điệp này. Ngay lập tức Scali đánh máy một bản ghi nhớ gởi cho Ủy ban Hành pháp Hội đồng An ninh Quốc gia Hoa Kỳ.
Bên trong nội bộ chính phủ Hoa Kỳ, họ hiểu rõ rằng việc làm ngơ lời đề nghị thứ hai và quay trở lại bàn về lời đề nghị thứ nhất đã khiến cho nhà lãnh đạo Liên Xô gặp vấn đề rắc rối. Những sự chuẩn bị về mặc quân sự tiếp diễn, và tất cả các nhân sự Không quân hiện dịch của Hoa Kỳ được lệnh có mặt tại căn cứ của họ để chờ đợi lệnh hành động. Bộ trưởng Tư pháp Hoa Kỳ Robert Kennedy sau đó có nhắc lại tâm trạng vào lúc đó "Chúng tôi đã không bỏ qua tất cả hy vọng nhưng những gì hy vọng lại tùy thuộc vào sự thay đổi lập trường của Khrushchev trong khoảng thời gian vài tiếng đồng hồ kế tiếp. Đấy là một hy vọng, chớ không phải là một sự mong đợi. Sự mong đợi là một cuộc đối đầu quân sự vào ngày thứ ba, và có thể là vào ngày mai..."
Lúc 8:05 p.m. giờ miền Đông Hoa Kỳ, lá thư được thảo hồi sáng sớm được gởi đi. Thông điệp viết như sau "Khi ngài đọc lá thư gởi cho ngài, các điều then chốt trong lời đề nghị của ngài—mà dường như về tổng quan có thể chấp nhận được theo như tôi hiểu — là như sau: 1) Ngài sẽ đồng ý tháo bỏ những hệ thống vũ khí này khỏi Cuba dưới sự giám sát thích hợp của Liên Hiệp Quốc; và đảm trách với mức an toàn thích đáng trong việc ngừng đưa thêm những hệ thống vũ khí như thế vào Cuba. 2) Về phần chúng tôi, chúng tôi sẽ - ngay sau khi có dàn xếp đầy đủ qua Liên Hiệp Quốc, đồng ý bảo đảm tiến hành và tiếp tục những điều ràng buộc như sau (a) lập tức bãi bỏ các biện pháp cách ly mà hiện nay đang được áp dụng (b) đưa ra lời bảo đảm không xâm chiếm Cuba". Lá thư cũng được công bố trực tiếp đến báo chí để bảo đảm rằng nó không bị "trì hoãn".
Với việc bức này được gởi đi, một sự mặc cả đang nằm trên bàn thương thuyết. Tuy nhiên, như Robert Kennedy ghi nhận, có rất ít trông mong là nó sẽ được chấp nhận. Lúc 9:00 p.m. giờ miền Đông Hoa Kỳ, Ủy ban Hành pháp lại họp bàn để xem xét các hành động cho ngày hôm sau. Các kế hoạch đã được phác thảo cho các cuộc không kích nhắm vào các địa điểm có tên lửa cũng như các mục tiêu kinh tế khác, đặc biệt là kho chứa dầu lửa. Bộ trưởng Quốc phòng McNamara cho biết rằng họ phải "chuẩn bị hai chuyện: một chính phủ mới cho Cuba vì chúng tôi sẽ cần có một chính phủ; và thứ hai là những kế hoạch đáp trả lại Liên Xô tại châu Âu vì chắc chắn rằng Liên Xô sẽ làm cái gì đó ở đó".
Lúc 12:12 a.m. giờ miền Đông Hoa Kỳ, thứ bảy ngày 27 tháng 10, Hoa Kỳ thông báo với các đồng minh NATO của mình rằng "tình hình càng trở nên ngắn ngủi hơn... Hoa Kỳ có thể thấy cần thiết trong một khoảng thời gian ngắn vì lợi ích của mình và lợi ích của các quốc gia bạn trong Tây Bán cầu để tiến hành bất cứ hành động quân sự nào có thể được xem là cần thiết". Mối quan tâm thêm gia tăng khi vào lúc 6 a.m., CIA báo cáo rằng tất cả các tên lửa tại Cuba đã sẵn sàng hoạt động.
Sau đó trong ngày, cái mà Nhà Trắng sau này gọi tên "Ngày thứ bảy đen", Hải quân Hoa Kỳ thả một loạt nhiều "bom chống tàu ngầm loại diễn tập" (khổ nhỏ cỡ bằng lựu đạn) trên một chiếc tàu ngầm Liên Xô (B-59) ở khu vực phong tỏa mà không biết rằng chiếc tàu ngầm này có trang bị thủy lôi mang đầu đạn hạt nhân và được lệnh sử dụng vũ khí này nếu chiếc tàu ngầm bị "đánh thủng" vì bom chống tàu ngầm hay đạn pháo trên mặt nước. Cùng ngày, một chiếc phi cơ do thám U-2 bay lạc vào lãnh thổ duyên hải viễn đông của Liên Xô trong vòng 90 phút.
Liên Xô đưa ngay các chiến đấu cơ MIG từ Đảo Wrangel lên đón chặn và để đối phó, Hoa Kỳ ra lệnh cho các chiến đấu cơ F-102 có trang bị tên lửa hạt nhân không đối không cất cánh trên Biển Bering.

Khủng hoảng kết thúc

Sau nhiều bàn cãi giữa Liên Xô và Nội các của Tổng thống Kennedy, Tổng thống Kennedy bí mật đồng ý loại bỏ tất cả các tên lửa đặt tại Ý và Thổ Nhĩ Kỳ (các tên lửa tại Thổ Nhĩ Kỳ nằm trên biên giới với Liên Xô) để đổi lại việc nhà lãnh đạo Liên Xô, Khrushchev, tháo bỏ tất cả các tên lửa tại Cuba.
Lúc 9:00 a.m. giờ miền Đông Hoa Kỳ, thứ hai ngày 29 tháng 10, một thông điệp mới của nhà lãnh đạo Khrushchev được phát trên Đài phát thanh Moscow. Nhà lãnh đạo Khrushchev phát biểu rằng "chính phủ Liên Xô, ngoài những chỉ thị được đưa ra trước đây về việc ngưng tiến hành xây dựng các vị trí dành cho vũ khi, đã đưa ra một lệnh mới là tháo bỏ các vũ khí mà ngài cho là "vũ khí tấn công" cùng với thùng chứa chúng và đưa chúng trở về Liên Xô."
Ngay lập tức Tổng thống Kennedy đáp lại bằng một lời tuyên bố, gọi lá thư của nhà lãnh đạo Liên Xô là "một sự đóng góp có tính xây dựng và quan trọng đối với hòa bình". Ông tiếp tục bằng một lá thư chính thức: "Tôi xem lá thư của tôi gởi cho ngài vào ngày 27 tháng 10 và việc ngài phúc đáp hôm nay như là những cam kết chắc chắn từ cả hai phía chính phủ của chúng ta mà hiện đang được tiến hành một cách nhanh chóng... Hoa Kỳ sẽ đưa ra một tuyên bố trong khuôn khổ của Hội đồng Bảo an liên quan đến vấn đề Cuba như sau: nó sẽ tuyên bố rằng Hoa Kỳ sẽ tôn trọng sự vẹn toàn lãnh thổ, chủ quyền của Cuba, rằng Hoa Kỳ sẽ cam kết không can thiệp vào công việc nội bộ, không xâm nhập và không cho phép sử dụng lãnh thổ của mình làm nơi xuất phát tiến hành xâm chiếm Cuba, và sẽ ngăn chặn những ai có kế hoạch tiến hành một cuộc xâm chiếm chống Cuba, cả từ lãnh thổ Hoa Kỳ hay từ lãnh thổ của các quốc gia lân bang khác của Cuba."
Hoa Kỳ tiếp vẫn tục công việc cách ly phong tỏa Cuba. Trong những ngày tiếp theo sau đó, các chuyến bay do thám đã cho thấy rằng Liên Xô đang dần có tiến triển trong việc tháo bỏ các hệ thống tên lửa. 42 tên lửa và trang bị hỗ trợ của chúng được đưa lên 8 chiếc tàu Liên Xô. Những chiếc tàu này rời Cuba từ 5-9 tháng 11. Hoa Kỳ tiến hành quan sát kiểm chứng lần cuối cùng khi mỗi chiếc tàu đi qua vùng cách ly. Có thêm nhiều nỗ lực ngoại giao khác được thực hiện để yêu cầu Liên Xô đưa các oanh tạc cơ Liên Xô IL-28 về nước. Sau cùng các phi cơ này cũng được đưa lên 3 tàu Liên Xô vào ngày 5 và 6 tháng 12. Cuộc cách ly chính thức kết thúc trước đó vào lúc 6:45 p.m. giờ miền Đông Hoa Kỳ ngày 20 tháng 11 năm 1962.
Trong các cuộc thảo luận với Đại xứ Liên Xô, Anatoly Dobrynin, Bộ trưởng Tư pháp Hoa Kỳ, Robert Kennedy, đã đề nghị không chính thức rằng các tên lửa Jupiter tại Thổ Nhĩ Kỳ sẽ được tháo bỏ "trong một khoảng thời gian ngắn sau khi cuộc khủng hoảng chấm dứt". Các tên lửa cuối cùng của Hoa Kỳ được tháo dở vào ngày 24 tháng 4 năm 1963 và được đưa ra khỏi Thổ Nhĩ Kỳ ngay sau đó.
Kết quả thực tế của Hiệp ước Kennedy-Khrushchev là nó đã hữu hiệu làm vững mạnh vị thế của Fidel Castro tại Cuba, bảo đảm rằng Hoa Kỳ sẽ không xâm chiếm Cuba. Rất có thể là nhà lãnh đạo Liên Xô, Khrushchev, chỉ đặt tên lửa tại Cuba để bắt buộc Tổng thống Kennedy tháo bỏ các tên lửa khỏi Ý và Thổ Nhĩ Kỳ. Tuy nhiên, sự kiện các tên lửa Jupiter bị tháo bỏ khỏi các căn cứ NATO ở miền nam nước Ý và Thổ Nhĩ Kỳ không được công bố chính thức vào lúc đó nên có vẻ là nhà lãnh đạo Liên Xô, Khrushchev, đã thua trong cuộc xung đột này và trở nên yếu thế. Bề ngoài thì Tổng thống Kennedy đã thắng cuộc tranh đua giữa hai siêu cường và nhà lãnh đạo Liên Xô, Khrushchev, bị mất mặt. Tuy nhiên, đây không phải là toàn bộ tình thế vì cả Tổng thống Kennedy và nhà lãnh đạo Liên Xô, Khrushchev, đã tiến hành từng bước một để tránh một cuộc xung đột toàn diện mặc dù cả hai đều bị áp lực từ chính phủ của họ. Nhà lãnh đạo Liên Xô, Khrushchev, nắm quyền lãnh đạo Liên Xô thêm hai năm nữa.

Kết cục

Thỏa hiệp đạt được là một sự sượng sùng rất lớn đối với nhà lãnh đạo Liên Xô, Khrushchev, và Liên Xô vì sự kiện Hoa Kỳ tháo bỏ các tên lửa khỏi Ý và Thổ Nhĩ Kỳ đã không được công bố chính thức vào lúc đó - đây là một cuộc mặc cả bí mật giữa Tổng thống Hoa Kỳ và nhà lãnh đạo Liên Xô. Liên Xô được xem là kẻ tháo lui tránh những cảnh ngộ mà tự họ đã khởi sự — mặc dù nếu họ diễn hay thì rất có thể họ đạt được một kết quả ngược lại. Nhà lãnh đạo Liên Xô bị mất quyền lực hai năm sau đó, rất có thể một phần có liên quan đến sự sượng sùng của Bộ chính trị Liên Xô đối với những nhân nhượng sau cùng mà Khrushchev dành cho Hoa Kỳ cũng như việc tính toán sai của ông khi hấp tấp tạo ra cuộc khủng hoảng. Tuy nhiên, Khủng hoảng tên lửa Cuba không phải là lý do duy nhất khiến ông bị mất quyền lực.
Cuba một phần cảm thấy bị Liên Xô phản bội vì các quyết định giải quyết cuộc khủng hoảng đều do Tổng thống Kennedy và nhà lãnh đạo Khrushchev tiến hành. Đặc biệt Fidel Castro rất tức giận khi những vấn đề lợi ích của Cuba, thí dụ như tình trạng vịnh Guantanamo (Hoa Kỳ vẫn duy trì một căn cứ quân sự tại đó cho đến ngày nay) đã không được nói đến. Điều này dẫn đến mối quan hệ giữa Cuba và Liên Xô xuống thấp trong những năm sau đó. Tuy nhiên, theo thỏa hiệp Cuba được bảo đảm không bị xâm chiếm.
Một vị tư lệnh quân sự của Hoa Kỳ không hài lòng với kết quả này. Tướng LeMay nói với Tổng thống rằng đây là "thất bại to lớn nhất trong lịch sử của chúng ta" và rằng đáng lẽ ra Hoa Kỳ nên xâm chiếm Cuba ngay lập tức.
Khủng hoảng tên lửa Cuba đã khiến hai siêu cường ký thỏa hiệp đường dây nóng. Qua thỏa hiệp này, đường dây nóng Moscow-Washington được thiết lập, nối thông tin liên lạc trực tiếp giữa Moskva và Washington, D.C. Mục đích của nó là có một cách để hai nhà lãnh đạo hai quốc gia đối nghịch nhau trong Chiến tranh lạnh có thể liên lạc trực tiếp với nhau để giải quyết một cuộc khủng hoảng như thế. Xác của thiếu tá Anderson, phi công U-2 bị bắn rơi, được hồi hương về Hoa Kỳ. Ông được chôn cất với đầy đủ nghi thức vinh dự quân đội tại Nam Carolina. Ông là người đầu tiên nhận huân chương mới được lập, đó là Huân chương "Air Force Cross" sau khi mất.
Mặc dù thiếu tá Rudolf Anderson là người duy nhất tử trận trong cuộc khủng hoảng này nhưng có đến 11 thành viên của 3 chiếc phi cơ thám thính Boeing RB-47 Stratojet thuộc Phi đoàn Thám thính Chiến lược số 55 bị thiệt mạng trong những vụ rớt phi cơ trong thời gian từ 27 tháng 9 đến 11 tháng 11 năm 1962.
Những người chỉ trích Hoa Kỳ trong đó có Seymour Melman và Seymour Hersh cho rằng Khủng hoảng tên lửa Cuba đã khuyến khích Hoa Kỳ sử dụng các phương tiện quân sự, thí dụ như trong Chiến tranh Việt Nam. Cuộc đối đầu Nga-Mỹ đồng bộ cùng lúc với Chiến tranh Trung-Ấn, kể từ lúc Quân đội Hoa Kỳ tách ly quân sự chống Cuba; nhiều sử gia cho rằng việc Trung Quốc tấn công đánh Ấn Độ vì những vùng đất tranh chấp xảy ra vào cùng lúc với khủng hoảng tên lửa Cuba.
Tổn thất của Liên Xô được Bộ Quốc phòng Nga công bố lần đầu tiên vào tháng 9/2017, nhân kỷ niệm 55 năm sự kiện. Dữ liệu của Bộ QP LB Nga cho thấy từ ngày 01/08/1962 đến ngày 16/08/1964 có 64 công dân Xô-viết đã thiệt mạng ở Cuba .

Lịch sử hậu-khủng hoảng

Arthur Schlesinger, một sử gia kiêm cố vấn cho Tổng thống John F. Kennedy, nói với đài phát thanh National Public Radio trong một cuộc phỏng vấn ngày 16 tháng 10 năm 2002 rằng Fidel Castro trước đó đã không muốn các tên lửa đó nhưng chính nhà lãnh đạo Khrushchev đã gây áp lực với Fidel Castro chấp nhận chúng. Chủ tịch Castro không hoàn toàn hài lòng với ý tưởng này nhưng Ban lãnh đạo Cách mạng Quốc gia Cuba đã nhận chúng để bảo vệ Cuba chống cuộc tấn công của Hoa Kỳ và cũng để giúp đồng minh Liên Xô của họ. Schlesinger tin rằng khi các tên lửa này bị tháo bỏ thì Fidel Castro tức giận với Khrushchev hơn là tức giận với Kennedy vì Khrushchev đã không hội kiến với Castro trước khi quyết định tháo bỏ chúng.
Đầu năm 1992, theo xác nhận thì vào lúc cuộc khủng hoảng bùng phát, các lực lượng Liên Xô tại Cuba có nhận các đầu đạn hạt nhân chiến thuật cho các tên lửa và các oanh tạc cơ Il-28 của họ. Fidel Castro nói rằng ông sẽ đề nghị sử dụng chúng vào lúc đó nếu như Hoa Kỳ xâm chiếm Cuba mặt dù ông biết rằng Cuba sẽ bị san bằng.
Có thể nói rằng khoảnh khắc nguy hiểm nhất của cuộc khủng hoảng này chỉ được biết đến trong "Hội thảo Havana về Khủng hoảng tên lửa Cuba" vào tháng 10 năm 2002. Tham dự hội thảo này có các cựu giới chức của cuộc khủng hoảng. Tất cả những người này đều được cho biết rằng vào ngày 26 tháng 10 năm 1962 Chiến hạm USS Beale phát giác và thả những quả bom loại diễn tập chống tàu ngầm (khổ cỡ bằng lựu đạn) trên chiếc tàu ngầm B-59, một tàu ngầm thuộc Dự án 641 của Liên Xô (NATO đặt tên nó là Foxtrot), có trang bị một thủy lôi hạt nhân 15 kiloton nhưng Hoa Kỳ không hề hay biết. Vì cạn không khí và bị bao vây bởi các chiến hạm Mỹ nên nó buộc phải nổi lên mặt nước. Một cuộc tranh cãi xảy ra giữa ba vị sĩ quan trên chiếc tàu ngầm B-59 trong đó có thuyền trưởng tàu ngầm Valentin Savitsky, sĩ quan chính trị Ivan Semonovich Maslennikov, và phó thuyền trưởng Vasili Arkhipov. Vì mệt nhọc, thuyền trưởng Savitsky trở nên giận dữ và ra lệnh cho quả thủy lôi hạt nhân trên tàu được triển khai sẵn sàng khai hỏa. Có nhiều lời kể khác nhau về việc liệu có phải do phó thuyền trưởng Arkhipov đã thuyết phục được thuyền trưởng Savitsky không tấn công bằng quả thủy lôi hạt nhân hay liệu có phải chính Savitsky sau cùng đã đi đến quyết định rằng chỉ có cách chọn lựa duy nhất mở ngỏ cho ông là cho chiếc tàu ngầm nổi lên mặt nước. Trong buổi hội thảo, cựu Bộ trưởng Quốc phòng Robert McNamara nói rằng chiến tranh hạt nhân đã đến gần hơn là mọi người nghĩ. Thomas Blanton, giám đốc Cục lưu trữ Tài liệu An ninh Quốc gia nói, "Một gã tên là Vasili Arkhipov đã cứu thế giới."
Cuộc khủng hoảng là đề tài chính yếu trong bộ phim tài liệu năm 2003 có tựa đề The Fog of War, nhận được một giải Oscar dành cho phim tài liệu.