Nguyên Huệ Tông

Tranh giành quyền lực thời kỳ đầu

Vị hoàng đế mới đã bổ nhiệm anh em họ thái tử El Tegüs của mình khi ông được bảo hộ bởi Dowager Budashiri, nhưng Huệ Tông lại bị kiểm soát bởi các lãnh chúa ngay cả sau cái chết của Yên Thiếp Mộc Nhi. Trong số đó, Bá Nhan trở nên mạnh mẽ như Yên Thiếp Mộc Nhi. Ông ta nắm nhiều quyền hành lớn trong triều và đã ra tay đàn áp một cuộc nổi loạn của con trai Yên Thiếp Mộc Nhi là Tang Ki-se. Trong thời kỳ cai trị của ông, ông đã thực hiện một số thanh trừng và cũng đình chỉ hệ thống kiểm tra hoàng gia. Khi Huệ Tông cố gắng phong Ki hoàng hậu trở thành vợ thứ hai, trái ngược với việc thực hành tiêu chuẩn chỉ lấy vợ thứ hai từ hoàng tộc Mông Cổ, nó tạo ra sự phản đối trong vụ xét xử khi hoàng đế sắc phong cho một phụ nữ người Triều Tiên.  Năm 1339, khi Ki sinh ra một đứa con trai, người mà Huệ Tông xác định sẽ là người kế vị mình, ông mới có thể phong bà ta trở thành hoàng hậu thứ cấp vào năm 1340.
Khi Huệ Tông trưởng thành và hiểu được tình hình chính sự, ông đã nhiều lần phản đối sự cai trị của Bá Nhan. Năm 1340, ông liên minh với cháu trai của Bá Nhan là Thoát Thoát, người đang mâu thuẫn với Bá Nhan, và trục xuất Bá Nhan khỏi triều trong một cuộc đảo chính. Ông cũng loại bỏ El Tegüs và Hoàng hậu Budashiri ra khỏi triều đình. Với sự giúp đỡ của Thoát Thoát, ông cũng mạnh tay thanh trừng các quan chức đã thống trị chính quyền.

Thời kì tự chấp chính

Tháng 3 năm 1340, Nguyên Huệ Tông chính thức nắm quyền hành. Công việc đầu tiên của ông đó là trả thù cho vua cha Minh Tông. Cuối năm 1340, Huệ Tông đã hạ chiếu đập bỏ miếu thờ của Nguyên Văn Tông đi. Con trai của Văn Tông là Yên Thiếp Cổ Tư bị Huệ Tông truy lùng đã trốn ra Cao Ly, cuối cùng ông ta bị Huệ Tông sai người đuổi theo và giết chết ngay ở đó.
Trả thù đã xong, Nguyên Huệ Tông bắt đầu xây dựng lại một đất nước đang trên con đường suy tàn và đã trải qua hơn 12 năm mâu thuẫn triều đình (1320 - 1333). Trong 25 năm từ lúc Nguyên Thành Tông qua đời cho đến lúc Nguyên Huệ Tông tại vị, triều Nguyên đã trải qua tới 8 đời hoàng đế. Ngay từ đầu ông cũng có chút nỗ lực để cải cách chính trị. Năm 1341, Nguyên Huệ Tông khôi phục lại chế độ thi cử bị gián đoạn trong thời gian dài để tuyển người hiền tài giúp triều đình. Ông còn sai Thoát Thoát hoàn thành tất cả ba cuốn Liêu sử, Tống sử và Kim sử vào năm 1343.
Với việc loại trừ Bá Nhan, Thoát Thoát đã chiếm đoạt quyền lực lớn trong triều. Chính quyền đầu tiên của ông thể hiện tinh thần tươi mới. Người lãnh đạo trẻ nhanh chóng phân biệt chế độ của mình như một thứ hoàn toàn khác với Bá Nhan. Một niên hiệu mới của vua Nguyên, Chí Chính (Trung Quốc: 至正), đã cho thấy điều này. Nhiều người trong số những người Trung Quốc đã trở về thủ đô từ hưu trí tự nguyện hoặc từ lưu vong hành chính và hệ thống kiểm tra của hoàng gia đã được phục hồi.
Thoát Thoát bất ngờ từ quan với sự chấp thuận của Huệ Tông vào tháng 6 năm 1344, đánh dấu sự kết thúc của chính quyền đầu tiên của ông. Một giai đoạn ngắn ngủi tiếp theo từ 1344 đến 1349 sẽ phát triển một chương trình nghị sự rất khác với Thoát Thoát. Năm 1347, hoàng đế buộc Thoát Thoát sang Cam Túc với sự giúp đỡ của những cựu sĩ quan của Nguyên Minh Tông và Nguyên Thái Định Đế.
Năm 1349, Huệ Tông gọi lại Thoát Thoát về kinh, bắt đầu chính quyền thứ hai và rất khác của Thoát Thoát.

Với Tòa thánh Công giáo

Giáo hoàng Gioan XXII và Giáo hoàng Bênêđictô XII đã cho thiết lập nhiều nhà thờ Công giáo khắp Đế quốc Mông Cổ, từ bán đảo Krym cho tới Trung Hoa giữa 1317 và 1343. Tổng giám mục Đại đô Hãn Bát Lý, Giovanni da Montecorvino qua đời năm 1328. Với sự đồng ý của Nguyên Huệ Tông, đội vệ binh Asud có nguồn gốc Alan đã gửi thư thỉnh cầu Giáo hoàng Bênêđictô XII một vị giám mục đô thành mới. Năm 1338, giáo hoàng đã điều tới một phái đoàn, dẫn đầu bởi Giovanni de' Marignolli. Phái đoàn dâng tặng Huệ Tông các vật phẩm, trong đó có ngựa châu Âu loại tốt.

Với Vương quốc Hồi giáo Delhi

Vào khoảng năm 1338, Sultan Muhammad bin Tughluq của Vương quốc Hồi giáo Delhi bổ nhiệm đại sứ Maroc Ibn Battuta đến ngoại giao với Huệ Tông. Món quà mà đại sứ đã dâng lên Huệ Tông bao gồm 200 nô lệ người Hindu. Trên đồng bằng Doab, người Delhi bị tấn công bởi quân nổi dậy Hindu; kỵ binh hoàng gia đã giết chết tất cả 4000 quân nổi loạn trong khi hoàng gia mất 78 người lính, theo Ibn Battuta, những người đã tách ra, bị bắt hoặc trốn thoát nhưng bị giết bởi bọn cướp. Battuta cũng may mắn trốn thoát sang Trung Quốc. Tuy nhiên, ông cho biết khi ông đến Trung Quốc, Kaghan đã chết, nhưng đi xa hơn về phía bắc, thông qua Đại Vận Hà đến Bắc Kinh, và cùng với người đồng hương của ông là Al-Bushri, Ibn Battuta được mời đến Nguyên triều của Huệ Tông trong vai trò là một đại sứ của Vương quốc Hồi giáo Delhi.

Với Nhật Bản

Khi dân Cao Ly bắt được một chiếc tàu đánh cá Nhật Bản mà họ nghĩ là gián điệp, chính quyền Cao Ly đã gửi nó đến Huệ Tông. Ông sau đó đã chủ động trả tự do các ngư dân trở về Nhật Bản. Đáp lại, Mạc phủ Ashikaga đã gửi một đoàn sứ giả do một nhà sư dẫn đầu sang Đại Đô để bày tỏ lòng biết ơn của mình.

Xung đột trong triều

Càng về cuối những năm làm vua, Nguyên Huệ Tông dần dần mất hứng thú với chính trị và không còn can thiệp vào những cuộc đấu tranh chính trị nữa, chỉ ham mê tửu sắc và chìm đắm trong hậu cung. Con trai của ông là Ái Du Thức Lý Đạt Lạp, người đã trở thành Thái tử năm 1353, đã cố gắng nắm bắt quyền lực và dẫn đến xung đột với các quần thần của vua cha, những người điều hành chính trị thay Huệ Tông. Trong thời gian này quyền lực ngày càng được thực hiện bởi hoàng hậu Ki. Bà có một khu vực đặc biệt dành toàn bộ tiền thuế cho việc sử dụng cá nhân của riêng mình, và bà trở nên nổi tiếng với sự tham nhũng và chi tiêu xa hoa của mình trên các cung điện và hàng xa xỉ, khiến bà trở thành một nhân vật đáng ghét. Bản thân ở Cao Ly, gia đình của hoàng hậu Ki, tất cả đều được hưởng các vị trí có ảnh hưởng nhờ sức mạnh của mình, đều bị ghét vì tham nhũng của họ. Ki Hậu và thừa tướng đã thuyết phục Ái Du Thức Lý Đạt Lạp lật đổ người sau này. Huệ Tông không thể hòa giải tranh chấp nhưng vẫn làm chủ được tình thế. Năm 1364, lãnh chúa có trụ sở tại Shangxi là Bolad Temür chiếm đóng Đại Đô Khanbaliq và trục xuất Hoàng Thái tử khỏi cung điện mùa đông. Trong liên minh với lãnh chúa Khoách Khuếch Thiếp Mộc Nhi, thái tử đã đánh bại Bolad Temür trong năm tới. Cuộc đấu tranh nội bộ này đã dẫn đến sự suy yếu hơn nữa của quyền lực chính trị và quân sự của chính quyền trung ương. Năm 1365, Huệ Tông cuối cùng đã phong tước cho Ki hoàng hậu của mình lên thành Đệ Nhất hoàng hậu và thông báo rằng con trai của mình sẽ là người đầu tiên trong dòng được kế vị.

Khởi nghĩa loạn lạc

Từ cuối những năm 1340, người dân ở nông thôn bị thiên tai thường xuyên, hạn hán, lũ lụt và nạn đói liên tục xảy ra. Việc triều đình đưa ra những chính sách thiếu hiệu quả đã dẫn đến mất đi sự ủng hộ từ người dân. Những người buôn bán muối bất hợp pháp bị ảnh hưởng bởi sự độc quyền về muối của triều đình đã cùng nhau nổi dậy vào năm 1348, gây ra nhiều cuộc nổi dậy khắp đất nước. Nổi bật nhất là cuộc nổi loạn của quân Khăn Đỏ (còn gọi là quân Hồng Cân), bùng nổ vào năm 1351 và trở thành một cuộc khủng hoảng chính trị toàn quốc.
Khởi nghĩa Khăn Đỏ do Hàn Sơn Đồng và Lưu Phúc Thông lãnh đạo nổ ra, số lượng nghĩa quân lên tới hàng vạn người. Khởi nghĩa còn chưa bắt đầu thì huyện lệnh phái binh đến tiễu, Sơn Đồng bị bắt giết, vợ con trốn đến Vũ An. Lưu Phúc Thông huy động nghĩa quân đột vây, vào ngày 3 tháng 5 năm đó đánh chiếm Dĩnh châu, cuộc khởi nghĩa Khăn Đỏ từ đó chính thức bùng nổ. Lưu Phúc Thông đánh bại quan quân đến trấn áp, nhanh chóng chiếm cứ nhiều thành, trấn nay thuộc An Huy, Hà Nam. 
Nhân dịp Lưu Phúc Thông nổi dậy, nhiều thế lực khởi loạn khác như Lý Nhị ở Từ Châu, Từ Thọ Huy ở Kỳ Châu, Quách Tử Hưng ở Hào Châu cũng nổi dậy hưởng ứng theo. Trương Sĩ Thành người đất Thái Châu cũng đứng lên khởi nghĩa, tự xưng là Thành Vương, đặt quốc hiệu là Đại Chu, sau đó chiếm lấy vùng Giang Nam rộng lớn. Về sau, cuộc khởi nghĩa được phân tán ra hai chiến trường phía Bắc và phía Nam sông Trường Giang. Tuy nhiên, lực lượng phía Bắc chỉ trụ được đến năm 1362 thì bị triều đình trấn áp thành công.
So với lực lượng phía Bắc, nghĩa quân phía Nam có lực lượng mạnh hơn bởi không phải chịu quá nhiều áp lực từ quân triều đình, thế lực của bọn địa chủ vũ trang cũng không thể vươn đến. Tuy nhiên, các thủ lĩnh trong nghĩa quân như Quách Tử Hưng và Từ Thọ Huy lại mâu thuẫn đánh giết lẫn nhau, dẫn đến một cuộc chiến tranh quân phiệt với quy mô lớn hơn.  
Năm 1352, Sát Hãn Thiếp Mộc Nhi là người đầu tiên đứng ra tổ chức địa chủ vũ trang, tập hợp mấy trăm người địa phương, gọi là "nghĩa binh". Ông kết hợp với "nghĩa binh" của La Sơn điển lại Lý Tư Tề, vạch mưu giành lại được huyện La Sơn đã rơi vào tay quân Khăn Đỏ. Triều đình nhà Nguyên thụ phong Sát Hãn làm Trung Thuận đại phu, Nhữ Ninh phủ Đạt Lỗ Hoa Xích, Tư Tề làm Nhữ Ninh tri phủ. Lực lượng của Sát Hãn phát triển lên đến vạn người, đóng ở Trầm Khâu, liên tiếp đánh bại nghĩa quân Khăn Đỏ của Lưu Phúc Thông.
Cũng trong năm 1352, Thoát Thoát được Nguyên Huệ Tông cử đi đánh dẹp quân Khăn Đỏ ở Từ Châu. Đánh thắng được quân khởi loạn, ông ta được triều đình phong lên tước Thái sư. Tuy nhiên, đến năm 1354, khi Thoát Thoát lại dẫn đầu một đội quân lớn để trấn áp lực lượng phản loạn của Trương Sĩ Thành ở Cao Bưu, Huệ Tông đột nhiên nghe theo lời gièm pha và cách chức Thoát Thoát vì sợ ông lập nhiều công lớn sẽ trở nên kiêu ngạo và lộng quyền. Thoát Thoát bị lưu đày đến Vân Nam và sang năm sau thì bị hạ độc mà chết. Điều này dẫn đến việc khôi phục quyền lực của hoàng đế nhưng cũng là nguyên nhân dẫn đến sự suy yếu nhanh chóng của chính quyền trung ương. Vì vậy, Huệ Tông không có lựa chọn nào khác ngoài việc dựa vào lực lượng của các lãnh chúa địa phương.
Tháng 2 năm thứ 15 (1355), bọn Lưu Phúc Thông đón con trai Hàn Sơn Đồng là Hàn Lâm Nhi ở trại Giáp Hà, núi Nãng; tôn lên làm vua, đặt quốc hiệu là Tống, khí thế nhất thời lên cao. Sát Hãn Thiếp Mộc Nhi đóng giữ Hổ Lao nhằm khống chế nghĩa quân. Tháng 11, Lưu Phúc Thông đưa quân vượt bến đò Mạnh Tân lên phía bắc, phá Hoài Khánh. Sát Hãn soái quân tiến đánh, nghĩa quân thua chạy. Nhờ công, thăng chức Trung thư Hình bộ thị lang, ban giai Trung nghị đại phu. Khi ấy quân Miêu đóng tại Huỳnh Dương làm phản, Sát Hãn nhân đêm tối tập kích, bắt hết bọn họ, rồi kết trại ở Trung Mưu. 30 vạn quân Khăn Đỏ đến đánh Trung Mưu, Sát Hãn soái quân ra sức chống trả, nghĩa quân bỏ cờ trống mà chạy, ông đuổi theo hơn 10 dặm, giết chết nghĩa quân vô số. Cũng trong năm 1355, thủ lĩnh nghĩa quân phương nam là Quách Tử Hưng mất, con rể là Chu Nguyên Chương thay Quách Tử Hưng nắm binh quyền, tiếp tục giao tranh với thủ lĩnh nghĩa quân đối địch là Từ Thọ Huy.
Năm 1356, Sát Hãn được Nguyên Huệ Tông thăng chức Trung thư Binh bộ thượng thư, ban giai Gia nghị đại phu. Tháng 9, Lưu Phúc Thông sai bọn Lý Vũ, Thôi Đức phá Đồng Quan, tiến chiếm Thiểm Châu, Quắc Châu, chẹn ngang Hào, Hàm. Hà Nam hành tỉnh Bình chương chánh sự Đáp Thất Bát Đô Lỗ mệnh cho bọn Sát Hãn, Tư Tề đi dẹp. Sát Hãn tiến quân về phía tây, nhân đêm tối chiếm Hào Lăng. Ông tiếp tục tấn công Thiểm Châu, thành kiên cố không hạ được; chuyển sang đánh thành Linh Bảo (thuộc Quắc Châu), hạ được. Lý Vũ, Thôi Đức vượt Hoàng Hà chạy vào Sơn Tây, chiếm Bình Lục, cướp bóc An Ấp, Sát Hãn đuổi quét không tha. Lý Vũ, Thôi Đức lui quân xuống Dương Tân, cùng quân Nguyên chống chọi vài tháng, cuối cùng không địch nổi phải bỏ chạy. Sát Hãn Thiếp Mộc Nhi nhờ công lao này được gia phong chức Trung phụng đại phu, thêm Hà Bắc hành xu mật viện sự.
Năm 1357, Lý Vũ, Thôi Đức công phá nhiều nơi thuộc Thiểm Tây, triều đình nhà Nguyên phái bọn Sát Hãn, Tư Tề, Lưu Cáp Lạt Bất Hoa từ Thiểm Châu, Đồng Quan cứu viện. Bọn họ đánh cho nghĩa quân Khăn Đỏ tan tác, Sát Hãn được gia chức Tư thiện đại phu, Thiểm Tây hành tỉnh tả thừa. Lưu Phúc Thông phái thêm nghĩa quân lên phía bắc Tứ Xuyên, nhắm đến Phượng Tường. Ông tiến vào Phượng Tường, dụ nghĩa quân đến vây thành. Nghĩa quân phát trọng binh đến đánh, Sát Hãn tự soái thiết kỵ, mai phục cách thành 200 dặm. Quân Nguyên trong ngoài hợp kích, nghĩa quân tan rã, người chết đến vài vạn, thây phơi hàng trăm dặm.
Tháng 2 năm 1358, thủ lĩnh quân Khăn Đỏ ở Sơn Đông là Mao Quý tiến hành bắc phạt, bức đến kinh sư Đại Đô của nhà Nguyên. Triều đình nhà Nguyên vội triệu binh mã 4 phương cứu viện, mệnh cho Sát Hãn đóng quân ở Trác Châu. Sát Hãn chia quân đồn thú ở Thanh Tưu , Nghĩa Cốc, đóng quân Đồng Quan, chắn Nam Sơn khẩu, đề phòng nghĩa quân Thiểm Tây lại nổi dậy. Ông tự mình soái tinh kỵ gấp đến Hà Bắc. Khi ấy một cánh nghĩa quân vượt núi Thái Hành, đánh phá nhiều nơi thuộc Sơn Tây, tiến xuống phía nam. Sát Hãn phái bọn Quan Bảo, Hổ Lâm Xích giữ Thượng Đảng, Hổ Lâm Xích đẩy lui tất cả các cuộc tấn công của nghĩa quân nhắm vào Liêu Châu. Nhằm ngăn trở nghĩa quân tiến xuống phía nam, ông phái quân mai phục ở cửa ải Nam Sơn thuộc núi Thái Hành, tự nắm đại quân đóng tại Văn Hỷ, Giáng Dương. Nghĩa quân quả nhiên đi qua Nam Sơn, gặp phục kích, tổn thất nặng nề.
Sát Hãn chia quân đóng ở Trạch Châu, chặn thành Lưu Tử; đóng ở Thượng Đảng, chặn hang Ngô Nhân; đóng ở Ký Ninh, chặn cửa Tỉnh Hình, nhằm lấp kín con đường đi qua núi Thái Hành. Việc nay khiến cho nghĩa quân Khăn Đỏ ở Sơn Tây hết cách hoạt động, chuyển sang tấn công Hà Bắc. Sát Hãn tiến chức làm Thiểm Tây hành tỉnh hữu thừa kiêm Thiểm Tây hành đài thị ngự sử, Đồng tri Hà Nam hành xu mật viện sự. Nguyên Huệ Tông hạ chiếu lệnh cho Sát Hãn được thay quyền nhà vua ở Quan Thiểm, Tấn, Ký, coi sóc Hán, Miện, Kinh, Tương, tùy nghi làm việc bên ngoài.
Sau đó Lưu Phúc Thông của quân Khăn Đỏ cất quân đánh Biện Lương. Tháng 5 năm thứ 18 (1358), Lưu Phúc Thông hạ được Biện Lương, đưa Hàn Lâm Nhi về đây (dời kinh đô về đây).
Tháng 5 năm 1359, Sát Hãn Thiếp Mộc Nhi nhắm vào kinh đô Biện Lương của chính quyền Tống do nghĩa quân Khăn Đỏ lập nên, tự soái đại quân đến Hổ Lao, sai quân theo đường phía nam ra Biện Nam, lấy các châu Quy, Bạc, Trần, Thái; theo đường phía bắc ra Biện Đông, lên chiến thuyền men Hoàng Hà, thủy lục cùng tiến, dẹp Tào Châu  về phía nam, giữ bến Hoàng Lăng. Lại còn điều quân Thiểm Tây, ra cửa Hàm, vượt Hổ Lao; quân Sơn Tây ra Thái Hành, xuôi Hoàng Hà, hội sư dưới thành Biện Lương, chiếm lấy thành ngoài của nghĩa quân.
Ông tự đóng quân ở doanh Hạnh Hoa (phía tây thành). Thủ lĩnh nghĩa quân Lưu Phúc Thông nhiều lần ra đánh đều thất bại. Tháng 8, thành vỡ, Lưu Phúc Thông đưa Tống đế Hàn Lâm Nhi và mấy trăm kỵ binh bỏ trốn. Quân Nguyên bắt được Hoàng hậu, hơn 5000 quan viên và mấy vạn gia thuộc của nghĩa quân. Sát Hãn nhờ công được bái làm Hà Nam hành tỉnh bình chương chánh sự, kiêm Tri Hà Nam hành xu mật viện sự, Thiểm Tây hành đài ngự sử trung thừa. Vì thế, Sát Hãn chia quân trấn giữ Quan Thiểm, Kinh Tương, Hà Lạc, Giang Hoài, rồi đặt đại quân ở Thái Hành, cờ quạt kéo dài mấy ngàn dặm. Sát Hãn hằng ngày sửa chữa xe, thuyền, đúc khí giới, làm ruộng chứa lúa, huấn luyện sĩ tốt, muốn giành lại Sơn Đông.
Đến đầu năm 1360, thủ hạ Trần Hữu Lượng làm phản giết Từ Thọ Huy (một chủ tướng của nghĩa quân lực lượng phía nam) rồi xưng đế, đặt quốc hiệu là Hán. Sau nhiều cuộc giao chiến ác liệt giữa các quân phiệt, hai quân phiệt mạnh nhất là Chu Nguyên Chương và Trần Hữu Lượng cùng đối đầu với nhau để tranh giành quyền kiểm soát toàn bộ lãnh thổ của quân Hồng Cân cũ. Thuộc hạ cũ của Từ Thọ Huy là Minh Ngọc Trân tách ra khỏi Trần Hữu Lượng, tự xưng là Lũng Thục Vương tại đất Thục (năm 1360).
Vì Sát Hãn tỏ ra bất mãn Bột La Thiếp Mộc Nhi, thuộc gia tộc San Trúc Đái, trẻ tuổi hơn, ít chiến công hơn mà địa vị lại ở trên, nên triều đình mệnh cho Bột La giữ vùng đất từ cửa ải Thạch Lĩnh về phía bắc, Sát Hãn giữ từ cửa ải Thạch Lĩnh về phía nam, tránh cho 2 người xảy ra xung đột.
Tháng 9 năm 1360, Bột La phái quân tấn công Ký Ninh dưới quyền Sát Hãn, rồi lui về Giao Thành. Tháng 10, triều đình mệnh cho Bột La giữ Ký Ninh, tướng giữ Ký Ninh của Sát Hãn không chịu nộp thành. Sát Hãn phái thêm quân đến giữ, bị bộ tướng của Bột La là Thoát Liệt Bá đánh bại. Tháng giêng năm 1361, triều đình phái Bình chương Đáp Thất Thiếp Mộc Nhi, Tham chánh Thất Thập đến khuyên dụ, Bột La mới lui quân về đất cũ.
Tháng 6 năm 1361, Sát Hãn ở Lạc Dương triệu tập các lộ tướng lĩnh, bàn bạc việc ra quân tấn công Sơn Đông như sau: quân Tịnh Châu ra Tỉnh Hình; quân Liêu, Thấm ra Hàm Đan; quân Trạch, Lộ ra Từ Châu; quân Hoài, Vệ ra Bạch Mã, cùng quân Biện, Lạc chia đường thủy lục cùng tiến. Rồi tự soái thiết kị tinh nhuệ, dựng cờ trống đại tướng, vượt Mạnh Tân, qua Hoài Khánh, nổi trống đông tiến. Tháng 7, Sát Hãn đưa quân Nguyên chiếm Đông Xương, Quan Châu. Tháng 8, Sát Hãn đến Diêm Hà, sai con là Khoách Khuếch Thiếp Mộc Nhi cùng bọn Diêm Tử Hiếu, hội họp với bọn Quan Bảo, Hổ Lâm Xích soái 5 vạn tinh binh tấn công Đông Bình. Quân Nguyên từ bờ đông làm cầu nổi sang sông, "Hoa mã vương" Điền Phong phái 2 vạn quân cướp cầu, Quan Bảo, Hổ Lâm Xích vừa đánh vừa sang sông, chiếm Trường Thanh, đóng quân dưới thành Đông Bình. Điền Phong sai bộ hạ là bọn Thôi Thế Anh ra đánh, không thắng.
Sát Hãn cho rằng Điền Phong ở Sơn Đông đã lâu, quân dân phục tùng ông ta, bèn gởi thư đem lẽ "nghịch thuận" ra dụ, Phong nhận lời đầu hàng, nhưng khéo léo từ chối gặp gỡ. Sát Hãn cả mừng, mệnh cho hắn ta làm Tiền phong, theo quân đông tiến. Sau đó "Tảo địa vương" Vương Sĩ Thành ở Đông Bình, Du Định ở Lệ Châu, Dương Thành ở Đông Xương đều hàng. Sát Hãn bèn thụ chức cho Điền Phong làm Sơn Đông hành tỉnh bình chương.
Bấy giờ, nghĩa quân Khăn Đỏ hội sư ở Tế Nam, Sát Hãn chia quân 3 đường: Bắc lộ đánh Tế Dương, Chương Khâu, Trung lộ do Sát Hãn tự soái chủ lực đánh Tế Nam, Nam lộ đánh Thái An, Ích Dương. Quân Trung lộ vượt Thanh Hà, đánh bại nghĩa quân ở Phân Tề, áp sát thành Tế Nam. Khi ấy quân Bắc lộ giành được Tế Hà, Vũ Thành, quân Nam lộ cũng báo tiệp. Nghĩa quân ở Ích Đô đến cứu Tế Nam, bị Sát Hãn đánh bại ở Thạch Kiều. Ông thừa thắng vây đánh Tế Nam, chia quân chiếm lấy các châu quận đang nằm trong tay quân Khăn Đỏ. 3 tháng sau, chiếm được Tế Nam, triều đình bái Sát Hãn làm Trung thư bình chương chánh sự, Tri Hà Nam, Sơn Đông hành xu mật viện sự, Thiểm Tây hành đài trung thừa như cũ.
Sát Hãn từ Tế Nam tiến quân vây đánh Ích Đô, hòng quét sạch sào huyệt cuối cùng của nghĩa quân Khăn Đỏ ở Sơn Đông, gặp Điền Phong ở phía tây thành. Sát Hãn lệnh cho quân Nguyên đặt doanh trại ở vài mươi chỗ, sửa chữa công cụ, trăm đường cùng tiến. Nghĩa quân ra sức cố thủ, quân Nguyên đào hào sâu, xây lũy dài, dẫn nước sông Nam Dương rót vào thành. Thành bị vây được vài tháng, Sát Hãn rất hay đến trại của Điền Phong ở cửa nam để bàn bạc. Ngày 15 tháng 6 năm thứ 22 (tức ngày 6 tháng 7 năm 1362 dương lịch), ông chỉ đưa 2 tùy tùng đến trại của Điền Phong, bị bọn Điền Phong, Vương Sĩ Thành bắt giữ, chạy vào trong thành, rồi bị hại.
Tin tức truyền về, trong triều ngoài cõi chấn động. Triều đình ban chiếu tặng Thôi Thành Định Viễn Tuyên Trung Lượng Tiết công thần, Khai phủ nghi đồng tam tư, Thượng trụ quốc, Hà Nam hành tỉnh tả thừa tướng, truy phong Trung Tương vương, thụy là Hiến Vũ. Sau đó đổi tặng Tuyên Trung Hưng Vận Hoằng Nhân Hiệu Tiết công thần, truy phong Toánh Xuyên vương, đổi thụy Trung Tương, thực ấp là huyện Trầm Khâu. Mệnh cho con trai Khoách Khuếch Thiếp Mộc Nhi tổng lĩnh quân đội của cha.
"Quốc triều điển cố" chép: Chu Nguyên Chương nghe tin Sát Hãn bị hại, chỉ nói: "Thiên hạ hết người rồi!".
Khoách Khuếch Thiếp Mộc Nhi gấp gáp tấn công Ích Đô, đào địa đạo đánh thành. Hạ được thành, moi tim bọn Điền Phong, Vương Sĩ Thành để tế Sát Hãn, ngoài ra còn giải bọn Trần Nhu Đầu hơn 200 người về kinh sư. Đồng thời ông phái đại tướng Quan Bảo chiếm Lữ Châu ở phía đông, Sơn Đông lại yên. Khi ấy đông từ Lâm Nghi, tây đến Quan Thiểm, đều không còn nghĩa quân. Khoách Khuếch Thiếp Mộc Nhi đóng quân ở Hà Nam, rất được triều đình Nguyên xem trọng.
Trong lúc các lực lượng nổi dậy của Chu Nguyên Chương, Trần Hữu Lượng xung đột ở Giang Nam, Khoách Khuếch Thiếp Mộc Nhi lại bất đồng với đồng liêu của Sát Hãn là Bột La Thiếp Mộc Nhi, mấy lần giao chiến ở khoảng giữa Thái Nguyên – Đại Đồng. 
Ở đất Thục, Lũng Thục Vương là Minh Ngọc Trân tự xưng đế (năm 1362), quốc hiệu Đại Hạ, niên hiệu Thiên Thống, đóng đô tại Trùng Khánh. Minh Ngọc Trân nhiều lần đánh quân Mông Cổ ở Vân Nam (trong năm 1363) nhưng không chiếm nổi Vân Nam. 
Lúc này nghĩa quân của Chu Nguyên Chương cùng nghĩa quân của Trần Hữu Lượng, Trương Sĩ Thành tranh giành nhau ở bờ nam, bờ bắc sông Trường Giang. Trong đó Chu Nguyên Chương cùng Trần Hữu Lượng đánh nhau ác liệt nhất. Hai bên quyết chiến ở trận hồ Bà Dương năm 1363. Trận đánh kéo dài 3 ngày, kết thúc với việc hạm đội hơn trăm chiến thuyền của Trần Hữu Lượng bị đốt sạch, lực lượng 60 vạn quân của Trần Hữu Lượng bị đánh tan tác, bản thân ông cũng bị trúng tên mà chết.
Nhờ trận thắng quyết định trước đối thủ nguy hiểm nhất là Trần Hữu Lượng, thế lực của Chu Nguyên Chương ngày một lớn mạnh. 
Năm 1364, Bột La mượn danh nghĩa "thanh quân trắc" vào triều, thái tử Ái Du Thức Lý Đạt Tịch (Ayu Sridara) chạy đến chỗ Khoách Khuếch Thiếp Mộc Nhi. Ông phái quân giúp Thái tử, nhưng không thành công. Năm sau (năm 1365), Khoách Khuếch lại cất quân thảo phạt Bột La, Nguyên Huệ tông lừa giết được Bột La. Khoách Khuếch phò tá Thái tử trở về, được phong Thái phó, Tả thừa tướng.
Khoách Khuếch tuy công cao, nhưng chịu nhiều sự nghi kỵ trong triều. Ông sống nơi quân ngũ đã lâu, cũng không muốn ở lại, nên xin ra ngoài. 2 tháng sau, Khoách Khuếch xin đi bình định Giang, Hoài. Có chiếu cho phép, phong Hà Nam vương, tổng lĩnh binh mã cả nước, thay Hoàng thái tử xuất chinh, được đem theo một nửa số quan viên trong triều.
Bấy giờ Chu Nguyên Chương vừa diệt Trần Hữu Lượng, thế lực của Trương Sĩ Thành cũng không nhỏ, Khoách Khuếch không dám khinh suất, truyền hịch gọi 4 tướng quân ở Hoài Nam là bọn Lý Tư Tề, Trương Tư Đạo, Khổng Hưng, Thoát Liệt Bá. Bọn Lý Tư Tề năm xưa cùng khởi binh với Sát Hãn Thiếp Mộc Nhi, cậy mình ở vai cha chú, không phục. Khoách Khuếch Thiếp Mộc Nhi cũng dựa vào quyền tổng lĩnh binh mã cả nước của mình, phái em trai Thoát Nhân Thiếp Mộc Nhi đem 1 cánh quân đến Tế Nam, đề phòng nghĩa quân ở phía nam, tự mình soái quân đánh dẹp bọn Tư Tề. Đôi bên giằng co mấy năm vẫn không có kết quả. Triều đình giảng hòa, Khoách Khuếch tuy đưa quân về phía đông, lại ngầm phái Mạch Cao xâm nhập Hà Trung, hòng lật đổ sào huyệt Phượng Tường của Tư Tề. Nhưng bộ hạ của Mạch Cao phần lớn là người cũ của Bột La, bèn ép Mạch Cao phản lại Khoách Khuếch, tập kích Vệ Huy, Chương Đức rồi vào triều đổ tội cho ông.
Khi xưa Thái tử ở chỗ Khoách Khuếch Thiếp Mộc Nhi, từng muốn bắt chước Đường Túc tông lên ngôi tại Linh Vũ, nhưng ông từ chối. Từ đó, Thái tử ngậm hờn, mà Nguyên Huệ tông cũng nghi ngờ ông. Đến nay, triều thần lại đàn hặc ông có tội cứng đầu, Nguyên Huệ tông thì miễn chức thái phó, trung thư tả thừa tướng của ông, lệnh cho ông quay về thực ấp Nhữ Nam, phân chia quân đội của ông cho các tướng; Thái tử thì tự nắm lấy binh quyền, ra mặt đề phòng Khoách Khuếch.
Khoách Khuếch nhận chiếu, lui quân về Trạch Châu, bộ tướng Quan Bảo của ông cũng về với triều đình. Triều đình ban chiếu cho bọn Lý Tư Tề ra khỏi cửa quan, cùng Mạch Cao hợp công Khoách Khuếch, lại phái Quan Bảo đồn thú ở Thái Nguyên. Khoách Khuếch Thiếp Mộc Nhi căm giận, đưa quân chiếm Thái Nguyên, giết sạch quan lại mà triều đình Nguyên cắt đặt. Triều đình bèn cắt hết quan tước của Khoách Khuếch, lệnh cho binh mã các nơi thảo phạt.
Mùa hè năm 1366 Thiên Thống hoàng đế Minh Ngọc Trân ở Trùng Khánh qua đời, con là Minh Thăng kế vị, lấy niên hiệu Khai Hy, tiếp tục chống Mông Cổ ở vùng Tứ Xuyên.
Năm 1367, Chu Nguyên Chương đánh bại lực lượng còn lại ở Giang Nam là Trương Sĩ Thành, kẻ vốn chiếm giữ kinh đô cũ của nhà Tống ở Hàng Châu. Chiến thắng này giúp chính quyền của ông giành quyền kiểm soát toàn bộ các vùng đất bắc và nam sông Dương Tử. Việc này khiến các thủ lĩnh nghĩa quân nhỏ nhanh chóng đầu hàng. Tháng 12 năm 1367, khúc ca khải hoàn nổ ra tại Tô Châu, Chu Nguyên Chương tuyên bố sẽ xưng đế sau khi thống nhất được Giang Nam, từ đó Chu Nguyên Chương được nhân dân hưởng ứng và ủng hộ hết mình, họ đã quyết tâm lật đổ bằng được triều đình ngoại tộc thối nát, vô dụng và tầm thường của Nguyên triều tại Trung Nguyên. Sự nghiệp vĩ đại của Nhà Nguyên mà Hốt Tất Liệt xây dựng đang có nguy cơ bị sụp đổ hoàn toàn.

Rút chạy về Mông Cổ

Năm 1368, Chu Nguyên Chương chính thức lên ngôi Hoàng đế ở Nam Kinh, đổi quốc hiệu là Đại Minh rồi sai Từ Đạt kéo 25 vạn quân Bắc tiến tấn công vào kinh đô nhà Nguyên. 
Lúc này quân Minh đã hạ được Sơn Đông, thu lấy Đại Lương. Lương vương A Lỗ Ôn, cha của Sát Hãn, dâng Hà Nam đầu hàng. Thoát Nhân Thiếp Mộc Nhi thua chạy, còn các cánh quân khác đều tan rã, không ai chống cự. Quân Minh bức đến Đồng Quan, bọn Tư Tề hoảng sợ chạy về phía tây, còn bọn Mạch Cao, Quan Bảo bị Khoách Khuếch bắt giết. 
Nguyên Huệ Tông nghe tin, vội hạ chiếu quy tội cho Thái tử, bãi bỏ binh quyền của ông ta, khôi phục quan tước của Khoách Khuếch Thiếp Mộc Nhi , lệnh cho ông này cùng bọn Tư Tề thảo phạt quân Minh. 
1 tháng sau, quân Minh bức đến Đại Đô. Biết đại thế đã mất, Nguyên Huệ Tông và đám quần thần vội vã kéo gia quyến bỏ chạy khỏi Đại Đô. Nguyên Huệ tông chạy lên phía bắc (từ đây sử gọi là nhà Bắc Nguyên). Khoách Khuếch cứu viện không kịp, tháng 8 năm Chí Chánh thứ 28 (1368), quân Minh chiếm được Đại Đô.
Nhưng lúc đó Nguyên Huệ Tông đã về được đến Mông Cổ, lập ra nhà Bắc Nguyên và xưng đế ở Thượng Đô. Chính quyền Đại Nguyên ở Trung Quốc tồn tại được 97 năm cuối cùng đã bị diệt vong kể từ đây.
Khoách Khuếch sai tướng đánh bại tướng nhà Minh là bọn Thang Hòa ở Hàn Điếm. Nguyên Huệ tông ở Khai Bình lệnh cho ông thu phục Đại Đô. Khoách Khuếch từ phía bắc ra khỏi Nhạn Môn, muốn từ Bảo An đi qua Cư Dung mà tấn công Bắc Bình. Tướng nhà Minh là bọn Từ Đạt, Thường Ngộ Xuân nhân đó tập kích Thái Nguyên, ông quay về cứu, không ngờ bộ tướng Khoát Tị Mã ngầm hàng Minh. Quân Minh cướp trại trong đêm, Khoách Khuếch hoảng hốt đưa 18 kỵ binh chạy về phía bắc. Sau khi quân Minh vào Quan, bọn Tư Tề kẻ đầu hàng người bỏ trốn, nhà Nguyên chỉ còn dựa vào Nạp Cát Xuất ở phía đông bắc và Khoách Khuếch ở phía tây bắc mà chống giữ.
Năm 1369, Từ Đạt lại kéo quân vào thảo nguyên Mông Cổ. Huệ Tông phải cầu viện đại tướng nước Cao Ly là Lý Thành Quế kéo quân chặn Từ Đạt. Tuy nhiên, Lý Thành Quế do muốn quy thuận theo nhà Minh nên đã liên minh với quân của Từ Đạt. Thượng Đô cũng rơi vào sự chiếm đóng của Đại Minh, Huệ Tông phải chạy xa về phía bắc đến Ứng Xương, nằm ở Nội Mông Cổ ngày nay. Từ Đạt thừa cơ truy kích, tiêu diệt các lực lượng cứu viện của Mông Cổ, đánh vào thủ đô Mông Cổ là Karakorum, bắt sống hàng ngàn quý tộc Mông Cổ vào năm 1370. Quân của Từ Đạt đã tiến vào Transbaikalia (Ngoại Baikal) và thậm chí tiến xa hơn về phía bắc mà chưa có đội quân nào của Trung Quốc trước đó từng làm được.
Năm 1370, Nguyên Huệ Tông lâm bệnh rồi qua đời ở Ứng Xương, thọ 50 tuổi. Kế nhiệm ông là thái tử Ái Du Thức Lý Đáp Lạp (Ayusiridara, hay Nguyên Chiêu Tông) - con trai của Nguyên Huệ Tông và Ki hoàng hậu. Ông là vị hoàng đế nhà Nguyên sống thọ nhất kể từ sau vua Nguyên Thế Tổ.
Vào thời điểm ông qua đời, dù đã để mất lãnh thổ Trung Quốc đại lục nhưng đế chế Mông Cổ vẫn còn duy trì ảnh hưởng của nó, kéo dài sự thống trị từ Biển Nhật Bản đến dãy núi Altay. Vẫn còn những thế lực ủng hộ nhà Nguyên là lực lượng chống nhà Minh tại Vân Nam và Quý Châu và mãi đến năm 1381 mới bị đánh dẹp. Mặc dù sự kiểm soát của triều đình đối với toàn lãnh thổ Trung Quốc vẫn chưa được ổn định, nhà Minh cho rằng nhà Nguyên đã mất thiên mệnh khi triều đại này bỏ kinh đô Khanbaliq, và cuối cùng bị lật đổ năm 1368. Nhà Minh không xem Huệ Tông sau năm 1368 và người kế nhiệm Nguyên Chiêu Tông như những hoàng đế hợp pháp của Trung Hoa nữa.
Nhà Minh đã gán cho Huệ Tông đế hiệu là Thuận Đế (順帝) sau này, ngụ ý rằng ông đã đi theo thiên mệnh để nhượng quyền đế chế của mình cho nhà Minh. Nhưng triều đại Bắc Nguyên đã gọi ông là Tuyên Nhân Phổ Hiếu Hoàng đế (宣仁 普 孝 皇帝) và đặt miếu hiệu Huệ Tông (惠 宗).

Di sản

Trong các biên niên Mông Cổ như Erdeni-yin tobchi gồm có một bài thơ tên là Lời ca oán của Thỏa Hoan Thiết Mộc Nhĩ thể hiện sự đau buồn của ông sau khi mất kinh đô.