Chiến tranh Nguyên Mông–Đại Việt lần 3

Nguyên nhân

Sau thất bại trong việc chinh phạt Đại Việt năm 1285, hoàng đế nhà Nguyên là Hốt Tất Liệt vẫn không từ bỏ kế hoạch chiếm Đại Việt. Gần như ngay lập tức, kế hoạch tái chinh phạt được hoạch định. Ngày 21 tháng 8 năm 1285, Khu mật viện nhà Nguyên trình đề nghị tái chiến với Đại Việt.
Giữa tháng 2 năm 1286, Hốt Tất Liệt lệnh cho Ariq Qaya bàn kế hoạch đánh Đại Việt. Đầu tháng 3, danh sách các chỉ huy quân Nguyên tham gia được phê duyệt. Giữa tháng 3, việc điều động binh lính bắt đầu và đồng thời một dự án đóng 300 tàu chiến được khởi công.
Tuy nhiên, do những cuộc khởi nghĩa của nhân dân Trung Quốc nổ ra khắp nơi ở miền Nam Trung Quốc, nên vào tháng 6 năm 1286 vua Nguyên ra lệnh hoãn việc chinh phạt Đại Việt. Đến cuối năm 1286, việc chuẩn bị chinh phạt Đại Việt được tái khởi động.

Quân Nguyên

Theo kế hoạch mà Hốt Tất Liệt đề ra vào tháng 3 năm 1286, đội quân Nguyên chinh phạt Đại Việt vẫn sẽ do Toghan (Thoát Hoan) làm tổng tư lệnh. Ariq Qaya làm phó tổng tư lệnh. Các chỉ huy cao cấp khác gồm Ayuruychi (Áo Lỗ Xích), Omar (Ô Mã Nhi), Phàn Tiếp (tướng người Hán của nhà Nguyên), Yiymis (Diệc Hắc Mê Thất), Ariq Qusun (A Lý Quỹ Thuận), v.v... Sau đó, tháng 11 năm 1286, Abaci (A Bát Xích), Ali (A Lý), Trình Bằng Phi (tướng người Hán của nhà Nguyên), Aruq (Ái Lỗ), Trương Ngọc, Lưu Khuê, Siktur (Tích Đô Nhi), Trương Văn Hổ, Phí Củng Thìn, Đào Đại Minh (những tên cướp biển người Hán làm tướng nhà Nguyên), Trần Trọng Đạt, Tạ Hữu Khuê, Bồ Tý Thành cũng được điều động. Phần lớn các tướng lĩnh này đều đã từng tham gia chinh phát Đại Việt năm 1285. Ariq Qaya qua đời ngày 18 tháng 6 năm 1286, và Ayuruchi được cử làm phó cho Thoát Hoan.
Theo Nguyên sử, ngoài việc huy động lại những quân lính trong lần chinh phạt thứ 2 thoát được về Trung Quốc, nhà Nguyên còn huy động thêm 7 vạn quân Mông Cổ và Hán của ba tỉnh Giang Hoài, Giang Tây, Hồ Quảng, 1.000 quân nhà Nam Tống cũ đầu hàng theo Nguyên, 6.000 quân của Vân Nam, 15.000 quân người Lê ở Hải Nam, ngoài ra còn quân người dân tộc ở Quảng Tây. Số quân huy động thêm mà Nguyên sử ghi là 92.000, chưa tính số quân người Choang không được ghi rõ. An Nam chí lược ghi tổng số quân là 10 vạn, nhưng khi vào đến Đại Việt hội binh thì lại ghi có 50 vạn. Đại Việt sử ký Toàn thư ghi số quân Nguyên là 50 vạn. Về thủy quân, quân Nguyên có 700 thuyền chiến mới đóng cùng 120 thuyền chiến của Hải Nam đều đặt dưới sự chỉ huy của Ô Mã Nhi. 100 thuyền vận tải chở 17 vạn thạch lương do Trương Văn Hổ chỉ huy đi cùng Ô Mã Nhi.
Trần Trọng Kim trong Việt Nam sử lược cho rằng số quân Nguyên khoảng 30 vạn và Trần Xuân Sinh trong Thuyết Trần cho rằng con số này giống như An Nam chí lược ghi khi quân Nguyên hội binh, là gần với sự thực, vì ngoài số quân mới huy động còn số quân trở về từ thất bại năm 1285 được điều động quay trở lại Đại Việt.

Quân Trần

Phía Đại Việt đã tiến hành tổng động viên. Lần này lãnh đạo là Trần Nhân Tông. Tướng chỉ huy toàn bộ quân đội là Hưng Đạo Vương Trần Quốc Tuấn. Tổng số quân nhà Trần khoảng 32 vạn (con số này có lẽ tính gộp cả quân chủ lực lẫn quân địa phương và dân binh)
Trần Nhân Tông đại xá thiên hạ, chỉ trừ những người từng hàng quân Nguyên đều không được đại xá. Nhiều tù nhân được ra tình nguyện tòng quân ra mặt trận để báo ơn.
Trần Quốc Tuấn với những kinh nghiệm tác chiến thu được sau khi đánh bại quân Nguyên 2 năm trước, sau khi phân tích tình hình quân Nguyên, đã tự tin tâu với vua Trần: "Thế giặc năm nay dễ phá"

Đụng độ ở biên giới quốc gia

Cánh quân Nguyên chủ lực do Thoát Hoan và Ayuruyci chỉ huy tập kết tại Tư Minh vào ngày 18 tháng 12 năm 1287 và bắt đầu vào lãnh thổ Việt Nam ngày 25 tháng 12 năm 1287. Tiến tới Lộc Châu (Lộc Bình, Lạng Sơn) ngày 29 tháng 12 thì Thoát Hoan chia quân làm 2 mũi, một mũi do Trình Bằng Phi và Bolqadar chỉ huy có 1 vạn quân người Hán đi từ Vĩnh Bình tới Chi Lăng và một mũi nữa gồm số quân còn lại đi từ Lộc Bình tới Sơn Động; lưu 2500 quân ở lại vận lương, vũ khí và binh phục.
Ngả quân bộ do Aruq, Atai và Mangqudai chỉ huy từ Vân Nam tiến vào lãnh thổ Đại Việt còn sớm hơn cả ngả chính; ngày 11 tháng 12 đã đến Bạch Hạc.
Thủy quân của Ô Mã Nhi và Phàn Tiếp chỉ huy xuất phát từ Khâm Châu tiến về vùng bờ biển Đông Bắc của Đại Việt. Ngày 17 tháng 12 năm 1287, lực lượng chiến đấu chính do Ô Mã Nhi chỉ huy tách khỏi lực lượng vận tải lương thực, vài ngày sau thì tiến vào cửa biển Vạn Ninh (Móng Cái) từ đó đi ven bờ tiến tới cửa sông Bạch Đằng và theo sông này tiến vào Vạn Kiếp.
Gần như ngay khi đặt chân vào đất Đại Việt, quân Nguyên và quân Đại Việt đã giao chiến với nhau. Quân từ Vân Nam của Aruq giao chiến với 4 vạn quân của Trần Nhật Duật tại Bạch Hạc và giành thắng lợi, thu được một số thuyền và giết được Lê Thạch và Hà Anh của Đại Việt.
Các mũi quân của Thoát Hoan vừa qua sông biên giới, Trình Bằng Phi mang quân Hán tiến vào phía Lạng Châu và Lão Thử (Chi Lăng). Nguyên sử chép rằng cánh quân này thắng liền 17 trận, đánh chiếm các đồn Hãm Sa, Tư Trúc. Mũi nhánh thứ hai của Thoát Hoan có Thoát Hoan đi cùng vượt qua ải Khả Lý. Đến đầu năm 1288 thì đóng ở kênh Mao La.
Lực lượng thủy quân Nguyên không tiến vào Thanh - Nghệ rồi đánh ngược ra giống lần trước như nhà Trần dự định vì đã biết quân Trần đề phòng, trái lại tiến thẳng vào miền bắc để hợp binh với Thoát Hoan. Khi Ô Mã Nhi tiến tiến đến Quảng Yên thì giao chiến với quân của tướng Đại Việt là Trần Gia tại vụng Đa Mỗ (mũi Ngọc, Móng Cái). Trần Gia nỗ lực chống lại, chiếm được một số thuyền và đánh đắm vài thuyền lương đầu tiên. Phía Trần Gia cũng bị chết vài trăm người và thế yếu hơn, cuối cùng phải rút lui.
Thoát Hoan nghe tin báo lương thực bị hãm, liền lệnh cho các tướng đi cướp được một số lương thực của Đại Việt để dùng.
Đầu tháng chạp âm lịch, quân Trần tại khắp các đồn ải ở biên giới Lạng Sơn chống đỡ không nổi phải rút lui; một số nơi khác nghe tin thanh thế quân Nguyên quá lớn phải bỏ đồn rút trước khi quân Nguyên đến nơi.
Quân Trần yếu thế, lại bị quân Nguyên cướp lương, nên lui về Vạn Kiếp để bảo toàn lực lượng. Trần Gia tuy thắng được tiền quân thuỷ một trận nhỏ nhưng tiền quân thuỷ của Phàn Tiếp vẫn tiến được qua sông Bạch Đằng vào Bắc Giang. Trần Quốc Tuấn bố trí quân ra chặn ở sông nhưng không cản nổi. Phàn Tiếp gặp được quân bộ của Thoát Hoan.

Trận Vạn Kiếp và phía tây bắc nước ta

Thoát Hoan chia quân đánh chiếm núi Phả Lại và núi Chí Linh (Hải Dương), lập trại vững chắc để bố phòng.
Trình Bằng Phi tiến đánh trại Phù Sơn, quân Trần dùng tên độc giết nhiều quân Nguyên nhưng sau đó Bằng Phi được tiếp viện, lại quay trở lại đánh. Quân Trần rút lui.
Đầu tháng 1 năm 1288, hai cánh quân của Thoát Hoan và Trình Bằng Phi hợp lại tại Vạn Kiếp. Dọc đường từ Lộc Châu đến Vạn Kiếp, cánh Trình Bằng Phi đã giao chiến với quân Đại Việt 17 trận, còn cánh của Thoát Hoan chỉ gặp sự kháng cự yếu ớt. Lực lượng Đại Việt tại Vạn Kiếp rất ít và đã rút lui về Thăng Long.
Thoát Hoan chiếm lấy Vạn Kiếp làm căn cứ đầu não, để ở đây 2 vạn quân, dựng thành gỗ trên núi ở Chí Linh và Phả Lại. Từ đây, quân Nguyên đánh rộng ra xung quanh và tiến về Thăng Long.
Tại mặt trận tây bắc, đạo quân của Aruq từ Vân Nam theo dòng sông Thao và sông Lô đánh xuống. Quân của các chủ trại Tuyên Quang ra đánh chặn không nổi. Trần Nhật Duật vốn giữ mặt trận Lạng Sơn, sợ địch vào sâu bèn ra đóng ở Bạch Hạc để ngăn quân Aruq. Hai bên giao chiến tất cả 18 trận và cùng bị thiệt hại. Hai tướng nhà Trần là Hà Anh và Lê Thạch bị quân Nguyên bắt giết.
Cuối cùng Trần Nhật Duật thua chạy. Aruq tiến vào Thăng Long.

Trận Thăng Long

Cuối tháng 1, quân Nguyên bắt đầu tiến đánh Thăng Long. Cánh quân Vân Nam của Aruq gặp đại quân Thoát Hoan ở bên bờ sông Hồng gần Thăng Long.
Thoát Hoan sai Ô Mã Nhi truy đuổi các vua Trần. Ô Mã Nhi sai bắn tin với vua Trần rằng: "Ngươi chạy lên trời ta theo lên trời, ngươi chạy xuống đất ta theo xuống đất, ngươi trốn lên núi ta theo lên núi, ngươi lặn xuống nước ta theo xuống nước".
Trần Quốc Tuấn rút về kinh thành, sai tướng rước vua Trần lui xuống hạ lưu sông Hồng rồi theo cửa Giao Thủy đi ra biển vòng lên Tháp Sơn (Đồ Sơn). Sau đó bị cánh quân Nguyên của Ô Mã Nhi đuổi quá gấp, thượng hoàng Thánh Tông và Nhân Tông phải xuống thuyền vào Thanh Hóa. Ô Mã Nhi mang vài chục thuyền và ít lương đuổi gấp theo, nhưng nghe tin có Lê Phụ Trần cầm một đạo thuỷ quân lớn đã phòng ở Thanh Hoá, liệu thế không đánh nổi đành quay trở lại. Qua Long Hưng, Ô Mã Nhi bực tức sai phá lăng Trần Thái Tông.
Ngày 2 tháng 2 năm 1288, quân Nguyên bắt đầu đánh thành. Trần Quốc Tuấn dàn quân cố thủ. Quân Trần nấp trong thành bắn tên đạn ra. Quân Nguyên bao vây tấn công vài lần không có kết quả. Trần Quốc Tuấn sai Trần Cao vài lần đến trại Thoát Hoan xin giảng hoà, nhưng ban đêm thường kéo ra từng toán nhỏ đánh lén vào trại quân Nguyên, đốt phá lương thực rồi rút lui. Thoát Hoan điều quân ra ngoài truy kích, nhưng quân Trần thường ẩn nấp khó phát hiện ra.
Trong các cuộc xung đột quanh kinh thành, tướng Trần Ngạc (tông thất nhà Trần) bị trúng tên tử trận.
Các tài liệu dẫn về trận Thăng Long chưa hoàn toàn thống nhất. Khâm định Việt Sử Thông giám Cương mục, Việt Sử tiêu án và Việt Nam sử lược chỉ nêu Thoát Hoan vây đánh nhưng không hạ được thành; Đại Việt Sử ký Toàn thư không chép trận Thăng Long. Một số sách sử Việt Nam hiện đại cho rằng quân Trần bỏ thành rút lui. Quân Nguyên lọt được vào kinh thành, nhưng sau đó đụng độ kịch liệt với quân Trần. Sau vài lần giao chiến, cuối cùng quân Nguyên phải rút lui, trước khi rút đã đốt phá cung điện và phố xá.

Trận Vân Đồn

Ô Mã Nhi và Phàn Tiếp vốn được giao cầm quân thuỷ mở đường cho đoàn thuyền lương của Trương Văn Hổ, Phí Củng Thìn theo sau. Sau khi đánh lui được quân Trần Gia, Ô Mã Nhi cho rằng thế quân Trần yếu không đáng lo, bèn tiến sâu vào nội địa để hội binh với Thoát Hoan và truy đuổi vua Trần.
Nhân Huệ vương Trần Khánh Dư được giao trấn giữ đường biển nhưng để quân Nguyên đi qua, bị thượng hoàng Thánh Tông sai sứ hỏi tội. Khánh Dư xin khất vài ngày để chuộc tội.
Đầu năm 1288, đoàn thuyền lương của Trương Văn Hổ kéo đến Vân Đồn, bị quân Trần Khánh Dư tập kích. Không có quân chủ lực bảo vệ, quân của Trương Văn Hổ mau chóng bị tiêu diệt. Văn Hổ cố gắng kéo vào đất liền nhưng đến Lục Thuỷ thì thuyền quân Trần đổ ra đánh càng đông. Hổ đại bại, đổ cả thóc xuống biển vì không muốn lọt vào tay quân Trần, rồi bỏ chạy về Quỳnh châu.
Thuyền lương của Phí Củng Thìn kéo theo sau, mới đến Huệ châu đã gặp bão, trôi giạt tới Quỳnh châu. Đoàn thuyền lương do Từ Khánh chỉ huy thì đi lạc tới Chiêm Thành rồi quay trở lại Quảng Đông. Như vậy, các thuyền lương của quân Nguyên mất hoàn toàn.
Theo Nguyên sử, quân Nguyên trong trận này chết 220 tên, thuyền mất 11 chiếc, lương mất hơn 14.300 thạch. Con số đó chắc chắn là thấp hơn nhiều so với sự thực, vì Trương Văn Hổ chỉ chạy thoát trên một chiếc thuyền. Chiến thắng Vân Đồn có một ý nghĩa rất lớn đối với toàn bộ cuộc kháng chiến lần thứ ba của nhà Trần, vì vấn để lương thực đã trở lên vô cùng khó khăn đối với kẻ thù.

Thoát Hoan rút về Vạn Kiếp

Trong khi Thoát Hoan vây đánh Thăng Long thì các tướng Nguyên ở Vạn Kiếp vẫn tiếp tục củng cố căn cứ này làm bản doanh; lập hành lang thông sang Trung Quốc để báo tin về nước, nhưng nhiều đồn trại qua các vùng núi thường bị quân Trần đánh phá và cô lập.
Thoát Hoan vây đánh Thăng Long, chờ mãi không thấy thuyền lương của Trương Văn Hổ tới, bèn sai Ô Mã Nhi đi đón. Ô Mã Nhi khi đi tìm đoàn thuyền lương phải qua đây và đã bị tập kích ở cửa Văn Úc (ngày 10 tháng 2 năm 1288), và trên biển gần Tháp Sơn, bị thiệt hại nặng mà vẫn không thấy Trương Văn Hổ đâu, đành quay về Vạn Kiếp. Dọc đường về Vạn Kiếp, Ô Mã Nhi đã cướp được 4 vạn thạch gạo. Các đơn vị của Abaci cũng đã giao chiến với quân Trần tại Tháp Sơn và cũng cướp được một ít lương thực.
Ở Thăng Long mà không có lương thực, Thoát Hoan lúng túng. Đã vậy, quân Đại Việt đã phản công mạnh mẽ và kiểm soát vùng Hải Dương và Hải Phòng đẩy Thoát Hoan vào nguy cơ bị cắt đường về Vạn Kiếp. Trước tình hình như vậy, Thoát Hoan rút quân khỏi Thăng Long quay về Vạn Kiếp, sai Abaci đi tiên phong mở đường.
Nguyên sử chép rằng quân Nguyên bi dịch bệnh rất nhiều, không thể tiếp tục tiến binh nên phải lui trở lại.
Tại Vạn Kiếp, quân Nguyên cố thủ trong các thành gỗ nhưng thường xuyên bị quân Đại Việt tập kích vào ban đêm. Tình hình thiếu lương thực càng ngày càng trầm trọng. Thoát Hoan quyết định rút quân khỏi Đại Việt. Lúc đó là vào khoảng cuối tháng 3 năm 1288, tức là chỉ 3 tháng sau khi tiến quân vào Đại Việt. Quân Nguyên chia làm 2 ngả rút về, một ngả của thủy quân do Ô Mã Nhi và Phàn Tiếp chỉ huy. Một ngả của bộ binh do Thoát Hoan chỉ huy.

Giả thuyết khác

Có ý kiến cho rằng, ngay từ khi nhận chức Tiết chế ở Bình Than, Trần Quốc Tuấn đã theo kế của Ngô Quyền, muốn ngăn quân địch tiến vào bằng cọc nhọn ở sông Bạch Đằng. Số cọc nhọn làm năm 1288 chỉ là số bổ sung thêm.
Ngay từ năm 1284, Trần Quốc Tuấn đã giăng bẫy ở đây và muốn dồn địch vào trận địa cọc, nhưng quân Trần yếu thế không thực hiện được ý định. Kết quả quân Nguyên vượt qua an toàn.
Năm 1287, khi Ô Mã Nhi tiến vào cũng mang quân đông và mạnh khiến quân Trần không thể dồn quân Nguyên tới bãi cọc vào thời điểm triều rút, do đó việc bố trí cọc cũng vô hiệu.
Theo ý kiến của Trần Xuân Sinh, các tướng Nguyên không thể không biết về bài học trận Bạch Đằng, 938 của quân Nam Hán; nhưng do hai lần đã đi qua dễ dàng, quân Nguyên chủ quan không đề phòng cạm bẫy ở sông Bạch Đằng năm 1288. Chính vì vậy khi rút lui đã bị sa vào trận địa và bị diệt hoàn toàn.

Trận Lạng Sơn

Ngày 8 tháng 4 năm 1288, quân của Thoát Hoan từ Vạn Kiếp tiến lên Lạng Sơn. Abaci dẫn quân kỵ đi mở đường. Siktur được lệnh dẫn một cánh đi theo hướng Tây (qua Chi Lăng), nhưng đến Hãm Nê thì bị quân Đại Việt chặn đánh, đành trở lại nhập vào đoàn quân của Thoát Hoan. Ngày 11 tháng 4, đội quân Nguyên tiến tới cửa Nội Bàng (thị trấn Chũ và xã Bình Nội của Bắc Giang ngày nay) và lọt vào trận địa phục kích của quân Đại Việt. Quân Nguyên cố sức chống cự; Daraci và Lưu Thế Anh phải liều chết mở đường máu cho đại quân thoát khỏi cửa Nội Bàng. Qua được Nội Bàng, Thoát Hoan nhận được tin trinh sát rằng phía trước có 30 vạn quân Đại Việt trải dọc suốt 100 dặm mai phục, đành đổi hướng đi qua Đơn Kỷ về Lộc Châu. Tuy nhiên qua đường này, quân Nguyên vẫn bị quân Đại Việt tập kích.
Nguyên sử chép: "Lúc đó quân ta đã thiếu ăn lại mệt vì chiến đấu, tướng tá nhìn nhau thất sắc" nhưng vẫn phải "cố xông vào mà đánh" và "buộc vết thương lại mà đánh". Abaci trúng tên độc tử trận. Mãi đến ngày 19 tháng 4 năm 1288, quân Nguyên mới thoát khỏi biên giới về đến Tư Minh.

Kết quả

Kế hoạch xâm lược Đại Việt của nhà Nguyên một lần nữa thất bại. Một số tướng lĩnh xuất sắc của nhà Nguyên đã chết, như Abaci, Ô Mã Nhi, Phàn Tiếp. Phần lớn chiến thuyền của quân Nguyên bị tiêu diệt hoặc bắt giữ. Số lượng binh sĩ tử trận là không nhỏ, đặc biệt là lực lượng thủy quân bị tiêu diệt gần như toàn bộ.
Riêng cánh quân Vân Nam của Aruq, sử cũ không ghi rõ kết cục. Trần Xuân Sinh phỏng đoán rằng đạo quân này theo ngược sông Hồng trở về Vân Nam, sau khi Thoát Hoan rời Vạn Kiếp. Nguyên sử chỉ ghi ngắn gọn: "Thoát Hoan lệnh cho A Lỗ (Aruq) rút về Vân Nam".
Về phía Đại Việt, tuy đã làm phá sản kế hoạch xâm lược của quân Nguyên, nhưng nhiều tướng sỹ đã tử trận.

Định công phạt tội

Tháng 4 âm lịch năm 1289, Trần Nhân Tông xét công lao các tướng sĩ trong trận thắng quân Nguyên. Các tướng Trần Quốc Tuấn được phong đại vương, Trần Quốc Nghiễn phong Khai quốc công, Trần Quốc Tảng phong Tiết độ sứ; Đỗ Khắc Chung được ban họ vua; Nguyễn Khoái được phong Liệt hầu và 1 hương (xã) được mang tên ông, gọi là Khoái Lộ; Phạm Ngũ Lão được phong Dực Thánh quân. Các tù trưởng người Mường, Tày, Thái, Dao đều được phong chức phục hầu.
Ngoài ra, Trần Nhân Tông còn phong cho tông thất có công, như con cháu Hưng Đạo Vương Trần Quốc Tuấn trấn thủ các vùng thượng du.
Xét tới những người từng theo hàng quân Nguyên khi quân Nguyên đang mạnh, quan viên phạm tội thì xử tử hoặc bắt đi đày, còn quân dân thì đều miễn tội. Trần Ích Tắc theo nhà Nguyên, bị đổi gọi là Ả Trần (ý nói nhát như đàn bà). Trần Kiện và Trần Văn Lộng tuy đã chết nhưng vào năm 1289, vua Trần ra sắc lệnh bắt con cháu hai người cũng bị tịch thu gia sản và đổi sang họ Mai(枚).
Khi quân Nguyên thua chạy, bỏ lại một tráp công văn. Quân Trần bắt được, có nhiều giấy tờ của các quan lại tư thông với quân Nguyên. Đình thần muốn mang đối chiếu để trị tội, nhưng thượng hoàng Trần Thánh Tông làm theo gương Hán Quang Vũ Đế, cho rằng trị tội kẻ tiểu nhân cũng vô ích, rồi sai đốt hết đi.

Chiến thuật và ý nghĩa

Trong trận chiến lần thứ ba, giữa quân Trần và quân Nguyên đã đụng độ dàn trải trên nhiều địa bàn ở hầu hết miền bắc Đại Việt. Quân Trần đã chủ động nhằm vào những điểm yếu của quân Nguyên để đánh tiêu hao lực lượng địch.
Khi quân Nguyên tiến vào, quân Trần không rút lui co cụm hoàn toàn về phía sau mà vẫn chủ động bố trí lực lượng chặn đánh địch trên nhiều tuyến. Ngoài mặt trận chính ở Lạng Sơn, Vạn Kiếp và Thăng Long mà quân Nguyên chiếm ưu thế, quân Trần vẫn có được hai trận thắng ở phía sau lưng quân chủ lực Thoát Hoan: trận Cao Lạng đánh tan hậu đội của Lê Tắc và đặc biệt là trận Vân Đồn cắt đứt hoàn toàn lương thực của quân Nguyên khiến Thoát Hoan buộc phải điều quân tản rộng ra để cướp của người Việt. Chiến thắng Vân Đồn được các sử gia đánh giá có tầm quan trọng rất lớn, quyết định bước ngoặt chiến trường, vì đạo quân đông đảo của Thoát Hoan không có lương thực sẽ rất nhanh rơi vào tình trạng nguy khốn. Nếu số lương của Trương Văn Hổ tới được tay Thoát Hoan thì đã có thể giúp cho quân Nguyên kéo dài chiến sự và gây thêm nhiều khó khăn cho Đại Việt.
Nhà Trần một lần nữa lại lập võ công đẩy lui được một cuộc xâm lược quy mô của nhà Nguyên, giữ vững được bờ cõi. Trận Bạch Đằng, 1288 cũng được ghi nhận là một trong những trận đánh nổi tiếng nhất trong lịch sử Việt Nam. Tuy nhiên, thắng lợi lần thứ ba chưa thực sự chấm dứt được chiến tranh. Sau cuộc chiến, nhà Trần đã chủ động dùng biện pháp ngoại giao để lập lại hoà bình; Hốt Tất Liệt vẫn muốn tiếp tục động binh trong những năm sau nhưng chưa có cơ hội thuận lợi. Năm 1294, Hốt Tất Liệt qua đời, Thiết Mộc Nhĩ lên ngôi ngừng việc phát động chiến tranh với Đại Việt. Khi đó chiến tranh mới thực sự chấm dứt.
Thất bại của Mông Cổ trong trận chiến này mang sự tự tin cho các quốc gia châu Á nhỏ xung quanh về các cuộc chiến của họ chống lại quân Mông Cổ sau này, đồng thời cũng đè bẹp tham vọng chinh phục toàn bộ Đông Nam Á của nhà Nguyên.