Phạm Ngọc Thảo

Thân thế gia đình

Ông sinh ngày 14 tháng 2 năm 1922 tại Sài Gòn, nguyên quán Vĩnh Long, (có tài liệu là Bến Tre) trong một gia đình Công giáo toàn tòng. Cha ông là Adrian Phạm Ngọc Thuần một địa chủ lớn có quốc tịch Pháp. Ông Adrian Phạm Ngọc Thuần có tới hơn 4000 mẫu đất và gần 1000 căn nhà rải rác ở khắp các tỉnh Cần Thơ, Châu Đốc, Long Xuyên, Rạch Giá, Sa Đéc, Vĩnh Long. Ông Thuần có quốc tịch Pháp nên các con đều được sang Pháp học.
Phạm Ngọc Thảo còn có tên là Albert Phạm Ngọc Thảo, còn gọi là Albert Thảo. Mọi người thường gọi là Chín Thảo vì ông được sinh thứ 8 trong gia đình.
Lúc nhỏ ông học một trường tư thục Công giáo nổi tiếng ở Sài gòn đó là trường Lasan Taberd (Có tài liệu nói học trường Chasseloup Laubat- ngày nay là trường THPT Lê Quý Đôn). Khi học xong tú tài, khác với các anh em khác, ông không sang Pháp du học (do Chiến tranh thế giới thứ hai xảy ra) mà ra Hà Nội theo học trường Kỹ sư Công chính Hà Nội.

Tham gia Việt Minh

Khi Cách mạng tháng Tám bùng nổ, anh cả của ông là Gaston Phạm Ngọc Thuần tham gia Việt Minh ở Vĩnh Long và được cử giữ chức Phó Chủ tịch Ủy ban Hành chính Kháng chiến Nam Bộ. Khi Luật sư Phạm Văn Bạch ra miền Bắc, ông Thuần làm Chủ tịch Ủy ban Hành chính Kháng chiến Nam Bộ kiêm Chính ủy Bộ Tư lệnh Nam Bộ (trong những năm 60 làm đại sứ Việt Nam Dân chủ Cộng hòa tại Cộng hòa Dân chủ Đức). Anh trai thứ bảy Phạm Ngọc Hùng học ở Pháp, lấy vợ Pháp rồi về Việt Nam ra chiến khu chiến đấu, làm Uỷ viên Hội đồng Chính phủ cách mạng lâm thời miền Nam. Tốt nghiệp trường Kỹ sư công chánh ở Hà Nội, khi Pháp bội ước quay lại xâm chiếm Việt Nam, ông Phạm Ngọc Thảo tuyên bố huỷ bỏ quốc tịch Pháp và quyết định trở về Vĩnh Long theo anh tham gia kháng chiến, làm việc ở Văn phòng Uỷ ban kháng chiến hành chính Nam Bộ. Trên đường về, ông bị dân quân Việt Minh bắt hai lần và suýt bị xử bắn do hiểu lầm.
Năm 1946, trường Võ bị Trần Quốc Tuấn khai giảng. Ông cùng 12 chiến sĩ Nam Bộ khác được cử ra Sơn Tây học tập. Tốt nghiệp khoá I, ông được điều về Phú Yên nhận nhiệm vụ làm giao liên. Một lần, ông được giao nhiệm vụ đưa một cán bộ về Nam Bộ. Đó chính là Lê Duẩn, người có ảnh hưởng rất lớn đến hoạt động tình báo của ông sau này.
Sau khi trở về Nam Bộ, ông được giao nhiệm vụ Trưởng phòng mật vụ Ban quân sự Nam Bộ – tổ chức tình báo đầu tiên của cách mạng ở Nam Bộ, rồi được bổ nhiệm làm Tiểu đoàn trưởng Tiểu đoàn 410, Quân khu 9 (có tài liệu nói là tiểu đoàn 404 hoặc tiểu đoàn 307). Trong thời gian này ông hướng dẫn về chiến tranh du kích cho các học viên Trần Văn Đôn, Nguyễn Khánh, Lê Văn Kim... những người sau này trở thành các tướng lĩnh trong Quân lực Việt Nam Cộng hòa.
Năm 1949, Phạm Ngọc Thảo kết hôn với bà Phạm Thị Nhiệm, cũng là một trí thức tham gia kháng chiến (bà Nhiệm là em ruột giáo sư Phạm Thiều)
Những năm 1952-1953, ông là sĩ quan tham mưu trong một số đơn vị chủ lực của Việt Minh tại miền Tây Nam Bộ.

Giai đoạn bắt đầu hoạt động

Sau Hiệp định Genève, các cán bộ của Việt Minh (cả dân sự lẫn quân sự) đều được tập kết ra Bắc. Cũng có nhiều cán bộ Việt Minh đã bí mật ở lại. Riêng trường hợp của Phạm Ngọc Thảo, chính Tổng Bí thư Lê Duẩn đã chỉ thị cho ông không tập kết ra Bắc mà ở lại miền Nam để hình thành "lực lượng thứ ba" trong trường hợp Hiệp định Geneve không được đối phương thi hành. Về việc này, nguyên Thủ tướng Võ Văn Kiệt nói: "anh Ba Duẩn rất tin cậy Phạm Ngọc Thảo và đã giao cho đồng chí Thảo một nhiệm vụ đặc biệt".
Lê Duẩn giới thiệu Phạm Ngọc Thảo với Mai Chí Thọ, lúc ấy là người phụ trách Ban Đặc tình Xứ ủy và Hai người khác trong Ban Đặc tình Xứ ủy là Mười Hương và Cao Đăng Chiếm.
Tuy ở lại hoạt động ở miền Nam nhưng Đảng không cho phép Mai Chí Thọ và Cao Đăng Chiếm vào sống ở Sài Gòn, chỉ có Mười Hương là có thể vào Sài Gòn sống hợp pháp vì ông là cán bộ từ ngoài Bắc vào, không ai biết. Do đó, Mười Hương đã bàn bạc cụ thể với Phạm Ngọc Thảo về phương thức hoạt động và trực tiếp liên lạc với Phạm Ngọc Thảo ngay tại Sài Gòn. Ông Mười Hương trở thành “người chỉ huy” Phạm Ngọc Thảo trong thời kỳ đầu, tuy nhiên thời gian này rất ngắn, vì sau đó Mười Hương bị chính quyền Ngô Đình Diệm bắt giam ở Huế.
Phạm Ngọc Thảo trở lại Sài Gòn giữa lúc tình hình rất khó khăn: lực lượng Bình Xuyên gây rối khắp nơi. Vì không chịu ký tên vào giấy "hồi chánh" theo quy định của chế độ Việt Nam Cộng hòa đối với những người đã đi theo Việt Minh không tập kết ra Bắc, ông bị đại tá Mai Hữu Xuân, Giám đốc An ninh Quân đội lùng bắt nhiều lần nhưng đều trốn thoát. Vì vậy, ông không vội tiếp cận với gia đình họ Ngô mà đi dạy học. Vợ ông cũng vậy
Sau cùng, ông về Vĩnh Long dạy học. Vùng này thuộc giáo phận của Giám mục Phêrô Ngô Đình Thục, vốn quen biết gia đình ông từ lâu. Gia đình anh theo Thiên chúa giáo lâu đời, rất thân thiết với Giám mục Ngô Đình Thục. Giám mục Ngô Đình Thục rất quý mến Thảo vì đã từng làm lễ rửa tội cho anh và coi anh như con nuôi. Trong kháng chiến chống Pháp, Phạm Ngọc Thảo từng mời Giám mục Phêrô Ngô Đình Thục vào chiến khu để tranh thủ đồng bào Công giáo ủng hộ kháng chiến. Vì vậy, Giám mục Thục đã bảo lãnh cho ông vào dạy học ở trường Nguyễn Trường Tộ. Sau này, cũng chính Giám mục Thục đã giới thiệu ông với Ngô Đình Nhu và ông được sắp xếp vào làm việc ở Sở Tài chánh Nam Việt.
Nhờ chính sách "đả thực bài phong", khuyến khích những người theo kháng chiến cũ về với "chính nghĩa quốc gia" của Ngô Đình Diệm, ông khôn khéo công khai hết nguồn gốc của mình, kể cả chức tiểu đoàn trưởng cũ, chỉ trừ một điều: mình là Đảng viên Đảng Cộng sản Việt Nam. Năm 1956, ông được phép đưa vợ con ra Sài Gòn sinh sống, làm việc tại ngân hàng quốc gia; rồi được chuyển ngạch quân sự, mang hàm Đại úy "đồng hóa".
Tháng 5 năm 1956 được sự giới thiệu của ông Huỳnh Văn Lang, Tổng giám đốc Viện Hối đoái và Bí thư Liên kỳ bộ Nam Bắc Việt của đảng Cần Lao, Phạm Ngọc Thảo được cử đi học khóa huấn luyện tại trung tâm Nhân vị tại Vĩnh Long. Và sau đó (tháng 10 năm 1956) ông gia nhập đảng Cần Lao.
Sau khi gia nhập đảng Cần Lao, ông phụ trách tổ quân sự, giữ nhiệm vụ nghiên cứu về chiến lược và chiến thuật quân sự và huấn luyện quân sự cho các đảng viên đảng Cần Lao. Tháng 1 năm 1957 Phạm Ngọc Thảo tham gia biên tập bán nguyệt san Bách Khoa - tạp chí của một nhóm trí thức đảng Cần Lao. Tờ Bách Khoa qua nhiều thăng trầm nhưng vẫn tồn tại cho đến năm 1975.

Hoạt động tình báo trong Quân lực Việt Nam Cộng hòa

Đại tá Thảo còn biết "khai thác" vốn binh pháp Tôn Tử mà Hoàng Đạo Thúy từng dạy để viết báo. Thời gian này, ông cộng tác với tạp chí Bách khoa. Chỉ trong hơn một năm, ông đã viết 20 bài báo nói về các vấn đề chiến lược, chiến thuật, nghệ thuật chỉ huy, huấn luyện quân sự, phân tích binh pháp Tôn Tử, Trần Hưng Đạo.... Những bài báo đó đã được giới quân sự chú ý và anh em Ngô Đình Diệm đề cao "tầm" của ông. Năm 1957, ông được điều về làm việc tại Phòng Nghiên cứu chính trị của Phủ tổng thống với hàm thiếu tá. Từ đó, ông lần lượt giữ các chức vụ Tỉnh đoàn trưởng Bảo an tỉnh Vĩnh Long, rồi Tỉnh đoàn trưởng Bảo an tỉnh Bình Dương.
Năm 1960, sau khi học một khóa chỉ huy và tham mưu ở Trường Võ bị Quốc gia Đà Lạt, Phạm Ngọc Thảo được cử làm Thanh tra Khu Trù Mật
Biết Phạm Ngọc Thảo từng là chỉ huy quân sự Việt Minh, đầu năm 1961 Ngô Đình Diệm đã quyết định thăng ông lên trung tá và cử làm tỉnh trưởng tỉnh Kiến Hòa (tức Bến Tre) để trắc nghiệm Chương trình Bình định. Trước khi nhận nhiệm vụ mới, ông đề nghị trực tiếp với Ngô Đình Diệm 3 yêu cầu:
- Một là ổn định tình hình Bến Tre không phải bằng bạo lực mà là chính trị, vì ông không thể hành động như những quân nhân võ biền khác.
- Hai, nếu bắt được Việt Cộng, có đủ bằng chứng, cho lập phiên tòa xét xử.
- Ba, Tỉnh trưởng Bến Tre được đặc cách chỉ báo cáo với Tổng thống, không qua một ban, bộ nào.
Ngô Đình Diệm đã chấp thuận cả ba yêu cầu đó. Về làm Tỉnh trưởng Bến Tre một thời gian, ông đã ký quyết định thả 2.000 tù nhân chính trị đang bị giam giữ, (trong đó có ông Võ Viết Thanh, sau này là Chủ tịch UBND TPHCM), liên lạc với bà Nguyễn Thị Định, tạo điều kiện cho khởi nghĩa Bến Tre bùng nổ và lập tòa án trừng trị bọn phản bội, đầu hàng. Chính sách không sử dụng bạo lực của Phạm Ngọc Thảo đã "bật đèn xanh" cho phong trào "đồng khởi" sau này.
Nhiều phản ứng của phía chính quyền và quân đội Sài Gòn đều được Phạm Ngọc Thảo bác bỏ với lý do Ngô Đình Diệm thí nghiệm một luận thuyết mới nên phải có thì giờ để kiểm nghiệm. Do có nhiều tố cáo nghi ngờ ông là cán bộ cộng sản nằm vùng, anh em Ngô Đình Diệm - Ngô Đình Nhu đã ngưng chức tỉnh trưởng Kiến Hòa và cho ông sang Hoa Kỳ học một khóa về chỉ huy và tham mưu. Năm 1962, Phạm Ngọc Thảo được bổ nhiệm làm Thanh tra Ấp chiến lược, trực thuộc Phủ Tổng thống.

Làm tỉnh trưởng, bị ám sát nhầm

Ngày Quốc khánh Việt Nam cộng hòa 26 tháng 10 năm 1961, một cuộc mít-tinh lớn biểu dương lực lượng được tổ chức tại Quảng trường An Hội (khu Vườn Hoa ba con chim câu bây giờ). Đặng Quốc Tuấn (sau này là Tỉnh ủy viên, Bí thư Tỉnh đoàn, Giám đốc Đài phát thanh - truyền hình tỉnh Bến Tre), lúc đó 17 tuổi, đang học đệ tam (lớp 10) cùng với đồng đội tên Thiều có nhiệm vụ phá hoại buổi mít-tinh này. Mỗi ông cầm 1 trái lựu đạn MK2, còn lại 3 lựu đạn để ở nhà ông Thiều. Theo bàn bạc, ông Thiều ném lựu đạn trước, ông Tư Tuấn ném tiếp theo, xong chạy về tập kết tại nhà ông Thiều ở thị xã. Tuy nhiên, không có quả lựu đạn nào phát nổ. Hai ông định quay về nhà lấy thêm 3 trái lựu đạn còn lại thì bị bắt.
Một tuần sau khi hai ông bị bắt, ông Thảo có đến gặp ông Tuấn và ông Thiều. Lần đó, một cố vấn Mỹ thẩm vấn, ông Thảo làm phiên dịch. Hỏi: “Tại sao là học sinh mà đi ám sát Tỉnh trưởng ngay tại ngày Quốc khánh? Có phải Cộng sản giao việc không? Ai là người giao việc?”. Trả lời: “Do chính quyền độc ác, đàn áp ức hiếp giết hại dân. Chúng tôi học tập gương của Phạm Hồng Thái, Nguyễn Thái Học đứng lên đấu tranh, không liên quan gì tới Cộng sản, không có ai giao việc cả”. Ông Thảo dịch như thế nào ông Tư Tuấn không biết, ông Thảo chỉ nói với hai ông: “Các em còn nhỏ, phải lo chuyện học hành, chính trị là chuyện của người lớn, sau này lớn lên muốn làm gì thì làm”. Lần thứ hai, ông Thảo đến hỏi thăm trước khi cả hai bị đưa về Chí Hòa. Hai ông bị kết án mỗi người 20 năm tù, sau đó đưa ra Côn Đảo. Ông Thiều được trao trả năm 1973, thoát ly lên chiến khu, sau giải phóng làm cán bộ Ban Tổ chức Thành ủy TPHCM, qua đời năm 1984 vì bệnh. Còn ông Tư Tuấn đến ngày giải phóng mới về.
Những năm 1988 - 1989, bà Phạm Thị Nhiệm - phu nhân ông Thảo định cư ở Mỹ có về thăm tỉnh Bến Tre và An Giang. Bà đã gặp lại Đặng Quốc Tuấn trong chuyến thăm lại Dinh Tỉnh trưởng. Bà Phạm Thị Nhiệm thăm hỏi ông Tuấn rồi bảo gửi cho bà tấm ảnh khi còn là học sinh Kiến Hòa, để về treo bên cạnh ảnh ông Phạm Ngọc Thảo làm kỷ niệm. Bà kể: “Hồi đó, ông Thảo vẫn thường nhắc chúng mầy. Lúc bị ném lựu đạn ông Thảo chụp trái lựu đạn đang xì khói, lúng túng không biết xử lý làm sao. Nếu liệng ra bên ngoài thì chết dân, liệng bên phải bên trái thì chết dàn thiếu nhi nhà thờ. Đang không biết làm sao thì thấy khói dần dần mỏng ra, ổng biết lựu đạn lép, nên nắm chặt luôn”.

Tham gia các cuộc đảo chính

Trong những năm 1962 - 1963, phong trào Đồng khởi lan rộng. Biết trước sau gì tổng thống Ngô Đình Diệm cũng bị người Mỹ lật đổ để dựng lên một chính quyền nguy hiểm hơn, Phạm Ngọc Thảo cùng với Trần Kim Tuyến và giáo sư Huỳnh Văn Lang lên một kế hoạch đảo chính với mục tiêu đổi chế độ nhằm vô hiệu hóa ý đồ của người Mỹ.

Lần thứ nhất

Tháng 09 năm 1963, Trần Kim Tuyến nguyên Giám đốc Sở Nghiên cứu chính trị (thực chất là trùm mật vụ) và Phạm Ngọc Thảo âm mưu một cuộc đảo chính. Theo kế hoạch này, lực lượng đảo chính sẽ vẫn giữ Ngô Đình Diệm làm tổng thống, chỉ buộc Ngô Đình Nhu ra nước ngoài. Tuy nhiên, kế hoạch bị lộ. Để chấm dứt âm mưu đảo chính này, ngày 06/09/1963, Tổng thống Diệm đã cử Trần Kim Tuyến đi làm Tổng lãnh sự tại Ai Cập. Ngô Đình Nhu không tin Phạm Ngọc Thảo tham gia kế hoạch này, thứ nhất là ông Nhu không tin Thảo phản bội, thứ hai là Thảo “không có quân”. Thực ra lúc đó Phạm Ngọc Thảo đã kêu gọi được một số đơn vị như Quân đoàn 3, Quân đoàn 4, Biệt động quân, Bảo an,... hậu thuẫn. Cuộc đảo chính không thành chủ yếu do thành phần đảo chính không phải là những người mà người Mỹ có thể nắm được.
Ngày 01 tháng 11 năm 1963, chính quyền Ngô Đình Diệm bị lật đổ bởi một nhóm tướng lĩnh do Mỹ bật đèn xanh. Hội đồng Quân nhân Cách mạng do tướng Dương Văn Minh đứng đầu lên cầm quyền. Phạm Ngọc Thảo dù không chủ động tham gia cuộc đảo chính này nhưng vẫn được lên chức đại tá, làm tùy viên báo chí trong Hội đồng Quân nhân Cách mạng sau đó được cử sang Mỹ tu nghiệp. Một thời gian sau, ông được cử làm tùy viên văn hóa của Tòa đại sứ Việt Nam tại Mỹ. Sau đó ông được tướng Nguyễn Khánh mời làm phát ngôn viên báo chí trong “Hội đồng quân nhân Cách mạng”.
Tháng 10 năm 1964, khi Trần Thiện Khiêm được bổ nhiệm làm Đại sứ Việt Nam Cộng Hòa tại Mỹ, ông được cử làm tùy viên báo chí và quân sự của Sứ quán Việt Nam Cộng Hòa. Ông đưa luôn vợ con sang (họ định cư ở Mỹ cho đến ngày nay).

Lần thứ hai

Đầu năm 1965, Phạm Ngọc Thảo bị gọi về nước vì chính quyền Sài Gòn đã nghi ngờ, muốn bắt ông. Nguyễn Khánh ra lệnh triệu hồi Phạm Ngọc Thảo về nước, với ý đồ sẽ bắt ông tại sân bay Tân Sơn Nhất. Phạm Ngọc Thảo đã khôn khéo không về đúng giờ bay dự định nên thoát.
Vì vậy, ông đã đào nhiệm và bí mật liên lạc với các lực lượng đối lập khác để tổ chức đảo chính ở Sài Gòn vì một lý do vô cùng quan trọng. Theo một tài liệu mà ông nắm được, Mỹ và Nguyễn Khánh đã thỏa thuận sẽ ném bom xuống miền Bắc vào 20/2/1965, vì vậy cuộc đảo chính sẽ tiến hành đúng ngày 19 tháng 2 với tên gọi Chiến dịch Nguyễn Huệ
Ngày 19 tháng 2 năm 1965, Phạm Ngọc Thảo cùng thiếu tướng Lâm Văn Phát, đại tá Bùi Dzinh và trung tá Lê Hoàng Thao đem quân (gồm các đơn vị thiết giáp với 45 xe tăng và thiết giáp, các đơn vị địa phương quân, lực lượng của Trường bộ binh Thủ Đức và chủ lực là trung đoàn 46 thuộc Sư đoàn 25 bộ binh) và xe tăng vào chiếm trại Lê Văn Duyệt, đài phát thanh Sài Gòn, bến Bạch Đằng và sân bay Tân Sơn Nhất. Tướng Nguyễn Khánh được Nguyễn Cao Kỳ cứu thoát bằng máy bay ra Vũng Tàu. Mục tiêu quan trọng hàng đầu là bắt sống Nguyễn Khánh đã không thực hiện được. Trong tờ Việt Tiến (in ronéo, phát bí mật) với bút hiệu Lê Minh, đại tá Phạm Ngọc Thảo đã viết: “Chúng tôi vì không muốn đổ máu mà hơn nữa ngay từ phút đầu đã thấy có sự chia rẽ và tranh giành nhau, nên tôi đã cho lệnh chấm dứt cuộc chính biến vào lúc 20 giờ ngày 19 tháng 2 và coi như 20 giờ làm chủ thủ đô đã chấm dứt”.
Ngày 20 tháng 2 năm 1965, Nguyễn Văn Thiệu, Nguyễn Cao Kỳ và một số tướng lãnh được sự hậu thuẫn của người Mỹ đã tổ chức hội đồng các tướng lĩnh họp ở Biên Hòa. Các tướng cử Nguyễn Chánh Thi làm chỉ huy chống đảo chính và ra lệnh cho Phạm Ngọc Thảo, Lâm Văn Phát và 13 sĩ quan khác phải ra trình diện trong 24 giờ. Phạm Ngọc Thảo, Lâm Văn Phát, Lê Hoàng Thao (Trung đoàn trưởng Trung đoàn 46) bỏ trốn.
Ngày 21 tháng 2 năm 1965, các tướng tiếp tục họp tại Biên Hòa, quyết định giải nhiệm Nguyễn Khánh cử tướng Trần Văn Minh làm Tổng Tư lệnh Quân lực Việt Nam Cộng Hòa.
Ngày 22 tháng 2 năm 1965, Quốc trưởng Phan Khắc Sửu ký sắc lệnh bổ nhiệm tướng Nguyễn Khánh làm Đại sứ lưu động (một hình thức trục xuất khỏi nước cho đi lưu vong).
Ngày 25 tháng 2 năm 1965, Nguyễn Khánh rời khỏi Việt Nam.

Bị bắt và qua đời

Ngày 11 tháng 6 năm 1965, Quốc trưởng Phan Khắc Sửu và Thủ tướng Phan Huy Quát tuyên bố trả lại quyền lãnh đạo quốc gia cho quân đội.
Ngày 14 tháng 6 năm 1965, Ủy ban Lãnh đạo Quốc gia đã được thành lập do tướng Nguyễn Văn Thiệu làm Chủ tịch (tương đương quốc trưởng), tướng Nguyễn Cao Kỳ làm Chủ tịch Ủy ban hành pháp trung ương (tương đương thủ tướng)
Sau đó, Phạm Ngọc Thảo phải rút vào hoạt động bí mật, lẩn tránh sự truy bắt của chính quyền, nhưng vẫn còn nắm được 1 tiểu đoàn. Ông tiếp tục chuẩn bị tư tưởng cho các hoạt động cách mạng bằng cách xuất bản tờ báo "Việt Tiến", mỗi ngày phát hành trên 50.000 tờ, tuyên truyền tinh thần yêu nước. Ông có cả một hàng rào bảo vệ rộng lớn từ các xứ đạo Biên Hòa tới Hố Nai, Thủ Đức; có nhiều linh mục giúp đỡ in ấn, phát hành tờ Việt Tiến. Lúc này, ông bị chính quyền Thiệu-Kỳ kết án tử hình và treo giải 3 triệu đồng cho ai bắt được nhưng vẫn liên lạc với cơ sở cách mạng trực tiếp là Sáu Dân (bí danh của Võ Văn Kiệt) để hoạt động tiếp.
Ông Võ Văn Kiệt kể lại: "tôi thấy Phạm Ngọc Thảo quá khó khăn nên đi tìm anh để đưa về chiến khu. Nhưng anh bảo vẫn còn khả năng đảo chính thành công quyết tâm ngăn chặn bàn tay đế quốc Mỹ định đưa quân viễn chinh vào miền Nam, cản trở kế hoạch ồ ạt đổ quân vào Đà Nẵng cuối tháng 5/1965...".
Đại sứ quán Mỹ cũng đề nghị đưa ông ra nước ngoài an toàn nhưng ông từ chối.
Sau khi nhậm chức, Nguyễn Văn Thiệu quyết định tìm bắt và giết Phạm Ngọc Thảo để trừ hậu họa. Tướng Lâm Văn Phát đã ra trình diện và chỉ bị cách chức, nhưng đại tá Phạm Ngọc Thảo phải trốn nhiều nơi, cuối cùng đến trốn trong Đan viện Phước Lý ở xã Vĩnh Thanh, Nhơn Trạch, Biên Hòa. Lúc 3 giờ sáng ngày 16 tháng 7 năm 1965, khi ông vừa ra khỏi Đan viện Phước Lý thì bị an ninh quân đội mai phục sẵn bắt rồi đưa về một suối nhỏ gần Tam Hiệp, Biên Hòa, định thủ tiêu.
Tuy nhiên Phạm Ngọc Thảo không chết mà chỉ bị ngất vì viên đạn chỉ trúng cằm. Tỉnh dậy, ông cố lết về một nhà thờ. Ông được linh mục Cường, cha tuyên úy của Dòng Nữ tu Đa Minh, Tam Hiệp cứu chữa. Sau đó ông chủ động xin chuyển tới chỗ khác phòng khi An ninh quân đội tới truy tìm, nhưng bị phát giác và ông lại bị an ninh quân đội bắt về Cục an ninh quân đội, đường Nguyễn Bỉnh Khiêm, Sài Gòn. Ông bị Sáu Lèo và thuộc hạ tra tấn dã man và bóp hạ bộ ông cho đến chết vào đêm 17 tháng 7 năm 1965. Khi đó ông mới 43 tuổi.
Nguyễn Ngọc Loan được cho là đã sát hại ông lúc đó. Linh mục Nguyễn Quang Lãm (chủ bút Báo Xây dựng), người có tình cảm đặc biệt đối với Phạm Ngọc Thảo, đã che chở, giữ liên lạc và làm tất cả những gì có thể làm được để giúp Phạm Ngọc Thảo). Sau khi Phạm Ngọc Thảo bị giết hại, Báo Xây dựng của cha Lãm đã đăng loạt bài điều tra 40 kỳ về cái chết của ông. Chưa hết, gần 10 năm sau, vào năm 1974, cha Lãm còn viết một loạt bài nhiều kỳ đăng trên Báo Hòa Bình, lại đề cập đến việc ai đã giết Phạm Ngọc Thảo, ai đã bán đứng Phạm Ngọc Thảo. Chính cha Lãm đã trực tiếp gặp Nguyễn Ngọc Loan để hỏi cho ra nhẽ. Tướng Loan chối, bảo rằng không có chuyện đó, rằng ông Thảo chết là do bị thương quá nặng, mình không liên quan đến chuyện bắt bớ ông Thảo. Linh mục Nguyễn Quang Lãm đem lời tướng Loan kể lại cho đàn em và bạn bè Phạm Ngọc Thảo, nhưng không ai tin, “người ta sẵn sàng tin là tướng Loan nói thật, nhưng đó là sự thật ghi trên các phúc trình, báo cáo, biên bản của bác sĩ”. Vị linh mục còn viết tiếp: “Tôi biết chắc những người có dụng ý loại trừ Thảo không muốn chuyện bắt bớ kéo dài kéo theo nhiều chuyện lôi thôi. Bởi họ không thể không biết đại tá Phạm Ngọc Thảo rất được cảm tình và sự che chở của nhiều chức sắc cao cấp Công giáo. Nếu Phạm Ngọc Thảo bị giải về Sài Gòn, chờ ngày ra tòa lãnh án thì tất nhiên sẽ có nhiều tiếng nói can thiệp, nhiều áp lực ngay cả do phía tòa đại sứ Mỹ. Vì vậy biện pháp áp dụng là thủ tiêu ngay”. Năm 2012, trong một bài báo của báo báo Thanh Niên linh mục Nguyễn Quang Lãm kể lại đã từng hỏi Nguyễn Cao Kỳ: "Hồi đó mọi người đều nói tướng Nguyễn Ngọc Loan tự tay giết chết Phạm Ngọc Thảo. Mà tướng Loan từng là người thân cận của ông?”. Nguyễn Cao Kỳ đã trả lời: “Tôi không biết ông Loan có giết ông Thảo hay không, nhưng mọi quyết định đều do ông Thiệu”.
Có ý kiến nói rằng Phạm Ngọc Thảo bị Nguyễn Văn Thiệu ra lệnh giết hại là bởi ông ta không tin Phạm Ngọc Thảo là Đảng viên cộng sản, nếu tin Phạm Ngọc Thảo là Đảng viên cộng sản thì Nguyễn Văn Thiệu sẽ không giết Phạm Ngọc Thảo. Bởi kinh nghiệm từ cuộc đảo chính lật đổ Ngô Đình Diệm, Nguyễn Văn Thiệu không cảm thấy lo sợ những người cộng sản bằng một người không cộng sản được Mỹ và Giáo hội Công giáo hậu thuẫn để làm đảo chính lật đổ ông ta.

Vinh danh

Tên ông được đặt cho các con đường ở Quận 8, Tân Phú (Thành phố Hồ Chí Minh), Đồng Xoài (tỉnh Bình Phước), Thành phố Bến tre (tỉnh Bến Tre), Tân Biên (tỉnh Tây Ninh).