Văn phòng Trung ương Cục miền Nam

Khối Nghiên cứu, Thống kê - Tổng hợp

Khối Nghiên cứu,Thống kê-tổng hợp - C16: Khối này lúc đầu là tổ, bộ phận, do chánh văn phòng quản lý, sau lập thành Ban Nghiên cứu do TWCMN trực tiếp chỉ đạo. Trưởng ban: Vũ Đức (Tám Nhân), tháng 3 năm 1973 ra Bắc, ông Lê Thái Hiệp lên thay. Các Phó ban gồm: Nguyên Văn Tuấn (Ba Tuấn); Trần Quang Chiêu (Ba Văn). Các thành viên: Phạm Dân (Ba Hương), Nguyễn Bá Thọ (Mười Trận), Nguyễn Văn Tốt (Hai Bình), Lê Văn Thâm (Chín Sanh), Đào Phúc Lộc (Năm Đời, Năm Thu), Nguyễn Tấn Khế (Mười Sương), Tăng Anh Dũng (Sáu Thơ), Bùi Thị Nga (Bà Tám Chí-vợ của Kiến trúc sư Huỳnh Tấn Phát), Nguyễn Thanh Cương (Tư Cương), Nguyễn Văn khá (Sáu Việt), Vũ Ngọc Lân (Tám Lân), Nguyễn Văn Tiên (Sáu Chí), Nguyễn Văn Tấn (Sáu Lực), Năm Thạnh, Hai Nhẫn, Nguyễn Như Ý (Năm Chữ), Nguyễn Ngọc Sơn (Chín Cầm), Lê Trí Dũng, Huỳnh Thanh Xuân, Hữu Chí... Đây là cơ quan tham mưu, có nhiều đóng góp đắc lực cho sự chỉ đạo của TWCMN.
Phụ trách quản trị C16: Tư Hội,Tư Sơn, Sáu Phát. Cấp dưỡng Hai Điệp, Hường.

Khối hành chánh - Tổ chức

Khối Hành chánh-Tổ chức-C11, C13: Khối này chia ra các tổ đánh máy-in ấn, văn thư-lưu trữ, tiếp tân, giao liên nội bộ trong căn cứ, tuyển chọn và quản lý cán bộ chiến sĩ, bảo vệ nội bộ... Lãnh đạo gồm: Phan Phát Phước (Tám Đen), Sáu Hiền, Phạm Minh Tâm (Tư Hòa), Bảy Bảy. Các Phó gồm: Trần Hoành (Năm Hoành), Võ Thanh Duy (Tám Duy), Tám Hiệp...

Khối Cơ yếu

Khối Cơ yếu-C21, C62: Ban Cơ yếu Trung ương Cục miền Nam trực thuộc TWCMN, có nhiệm vụ vừa quản lý ngành, vừa phục vụ sự lãnh đạo của TWCMN, nên gắn bó chặt chẽ với Văn phòng TWCMN. Do đó Ban Cơ yếu chia làm 2 bộ phận, bộ phận quản lý ngành (C62) và bộ phận phục vụ TWCMN, nằm trong biên chế Văn phòng TWCMN (C21).
Ban lãnh đạo gồm: Nguyễn Văn Hằng (Chính, Chín Ròm)-Trưởng ban, các Phó ban: Trần Tấn Liên (Tư Liên), Nguyễn Hoàng, ủy viên ban: Sáu Thảo,  Bảy An. Các trưởng phòng có Nguyễn Văn Dầy phụ trách Phòng Mã dịch, Phạm Minh Đức (Năm Nhỏ) phụ trách nghiên cứu kỹ thuật mật mã. Trần Tấn Liên phụ trách trực tiếp bộ phận phục vụ nằm trong biên chế Văn phòng TWCMN.

Khối Thông tin

Khối thông tin-C25, B19, C31: Ban Thông tin liên lạc Trung ương Cục miền Nam trực thuộc TWCMN, có nhiệm vụ tổ chức cụm đài, mạng lưới thông tin liên lạc toàn miền Nam, phục vụ thông suốt việc chỉ đạo của TWCMN đến các chiến trường và giữ liên lạc thường xuyên với Trung ương ở miền Bắc.
Ban thông tin R có các bộ phận: khai thác, kỹ thuật, điện báo, điện thoại, xưởng cơ công và trường vô tuyến điện; có hai bộ phận gắn liền với Văn phòng TWCMN, đó là C25 (Bộ phận thông tin vô tuyến, do Tám Mai phụ trách), bộ phận này thường ở rất xa Văn phòng TWCMN, bộ phận thứ hai là B19 (Bộ phận thông tin hữu tuyến, do Năm Tập phụ trách), bộ phận này bảo đảm thông tin liên lạc nội bộ giữa các lãnh đạo TWCMN, giữa các bộ phận trọng yếu trong toàn bộ Văn phòng TWCMN. Sang năm 1973 đến trước 30 tháng 4 năm 1975, hệ thống thông tin trong Văn phòng TWCMN còn có bộ phận thông tin hữu tuyến của Bộ tư lệnh Quân giải phóng miền Nam, giúp bảo đảm liên lạc của TWCMN bằng hữu tuyến đến Bộ chỉ huy Miền, các Quân khu, Quân đoàn và với Trung ương ở miền Bắc.
Trưởng ban Thông tin R: Nguyễn Thành Danh (Sáu Đại), Phó Ban: Đỗ Bông, các ủy viên là Bùi Văn Nê, Vũ Đức Bang.

Khối quản trị hậu cần

Khối quản trị và hậu cần gồm C17 - C18 - B9...: Khối này gồm nhiều bộ phận nghiệp vụ như tài vụ, chăn nuôi, may mặc, thu mua, vận chuyển, kho hàng, y tế (bệnh viện), quân số thường trực khoảng 300 người. Trong điều kiện chiến tranh ác liệt, cơ quan thường xuyên di chuyển (Trong 15 năm, VP.TWCMN di chuyển trên 30 căn cứ khác nhau, hàng trăm căn cứ dự bị được xây dựng), việc bảo đảm hậu cần là tối cần thiết, thậm chí là một kỳ công. Riêng C18 (bệnh viện), lúc nào cũng đầy bệnh nhân, nhiều nhất là sốt rét, rắn cắn, cùng nhiều tai nạn rủi ro khác. Nhân sự tại BV đông nhất là 50 người gồm 5 bác sĩ, 8 y sĩ, 10 y tá, 1 nha sĩ, có khoa dược do Bà 2 già đảm trách, khoa X Quang bác sĩ Bôn chịu trách nhiệm. Hội đồng BS có gần 20 người, khi cần thiết thì Ban Dân y, Quân y tiếp sức, các BS Trương Công Trung, Nguyễn Thiện Thành thường qua chăm sóc cho lãnh đạo TWCMN.
Phụ trách khối này là Phó văn phòng Nguyễn Văn Sáu (Sáu Bằng), Trưởng phòng Nguyễn Hữu Tân (Năm Mộc), các Phó phòng Ba Quế, Tư Quý, Ba Dần, Mười Trường.

Khối Giao-Bưu-Vận

Khối Giao - Bưu - Vận, A7 Đoàn 45 và A-53: Ngày 2 tháng 6 năm 1962 Ban Giao-Bưu-Vận Trung ương Cục được thành lập (gọi tắt là Ban Giao bưu R). Nhiệm vụ của Ban Giao bưu R là bảo đảm đường dây thông suốt từ Bắc vào Nam, từ TWCMN đi đến các chiến trường, đây là hệ thống mạch máu quan trọng của sự nghiệp Cách mạng giải phóng miền Nam. Từ VP.TWCMN mạch máu được nối liền với cơ thể thống nhất đó bởi Đoàn 45 của Ban Giao bưu R, đầu mối trực tiếp đồng thời cũng là Trung tâm chỉ huy của đoàn là trạm A7, đầu mối này luôn gắng chặt với VP.TWCMN. Lãnh đạo của đoàn lúc đầu là Trịnh Văn Thành (Sáu Thành)), về sau là Sáu Đờn (Nguyễn Văn Chí) và Năm Châu.
Ban lãnh đạo của khối lúc mới hình thành gồm: Trưởng ban Nguyễn Chí Quyết (Dụng), các Phó ban Trần Văn Thâm (Ba Cao), Nguyễn Văn hóa (Sáu Tiến), ủy viên Trần Nam Thống (Đức). Về sau có thay đổi: Trưởng ban Trần Thắng Minh (Hai Quang, hai Móc), các Phó ban Nguyễn Ba (Ba Cao), Trần Nam Thống, Trịnh Văn Thành (Sáu Thành).
Quân giải miền Nam có hệ thống quân bưu riêng, nòng cốt là các Binh trạm Trường Sơn của Đoàn 559, đầu mối tại Bộ chỉ huy Quân giải phóng miền Nam là Phòng 3 (Ô 3).
Riêng VP.TWCMN còn có đường dây A-53 do Dương Quang Đông (Dung Văn Phúc)-Phụ trách. Đường dây này bảo đảm cho TWCMN cử cán bộ đến các chiến trường, về Hà Nội hoặc đến các nước bằng lối đi công khai.

Khối Bảo vệ

Khối bảo vệ - D1 An ninh vũ trang: Là cơ quan đầu não của Cách mạng miền Nam, nên việc bảo vệ VP.TWCMN cũng là nhiệm vụ chính của các lực lượng vũ trang Cách mạng miền Nam. Trước nhất thuộc về lực lượng vũ trang Quân giải phóng miền Nam. Kế đến là lực lượng An Toàn Khu (ATK) do Ban căn cứ TWCMN phụ trách, về sau lực lượng bảo vệ căn cứ phát triển thành Đoàn 180 An ninh vũ trang, do Ban An ninh TWCMN quản lý (Trực tiếp là Tiểu ban an ninh vũ trang do Tám Lê Thanh chỉ huy).
VP.TWCMN cần tính bảo mật cao, nên cơ động nhiều, ít khi ở chung với khối Dân sự, luôn gần gũi với Bộ tư lệnh Quân giải phóng miền Nam. Lực lượng bảo vệ tiếp cận của VP.TWCMN do Ban An ninh TWCMN phụ trách từng bước trưởng thành, lúc đầu cấp đại đội, đến năm 1968 hình thành tiểu đoàn độc lập với trang bị mạnh về vũ khí, lấy tên là Tiểu đoàn 1 An ninh vũ trang (D1 - An ninh vũ trang). Dù bất cứ VP.TWCMN đóng quân trong đội hình nào, thì D1 - an ninh vũ trang, cũng là đơn vị bảo vệ trực tiếp và tuyệt đối. Để bảo đảm bí mật, nội quy của đơn vị rất khắt khe về nơi ăn chốn ở, việc ra vào đơn vị phải đủ giấy tờ, các chốt gác và các tốp tuần tra cảnh giới luôn theo dõi chặt chẽ mọi diễn biến xung quanh khu vực trú đóng và các lối mòn nội bộ (Những lúc ở chung với Bộ chỉ huy Miền, phải qua nhiều chốt kiểm tra của Cục chính trị Quân giải phóng miền Nam, trước khi đến khu vực tiểu đoàn 1 quản lý).
Nhà ở các lãnh đạo TWCMN, ngoài các cận vệ trực tiếp còn có các chốt chặn bên ngoài, dù cùng khối văn phòng nhưng không có trách nhiệm không được đến khu vực các lãnh đạo TWCMN. Giữa các khối, rất hạn chế việc qua lại với nhau, đặc biệt không được vào khối văn phòng. Các lính cận vệ của cán bộ cao cấp về đến VP.TWCMN làm việc thì không được trở ra nữa, được sung vào lực lượng "Ngự Lâm", lính "Ngự Lâm" thì không được ra khỏi căn cứ đi chiến trường. Trong nội bộ  nhiệm vụ ai nấy biết, công việc đơn vị nào biết đơn vị đó, không được tìm hiểu, lỡ biết không được nói. Đối với bên ngoài tuyệt đối không để lộ danh tánh đơn vị mình.
Từ lúc qua  Campuchia (tháng 6 năm 1970), là đơn vị độc lập tác chiến trong việc bảo vệ VP.TWCMN, Tiểu đoàn 1 được trang bị xe Jeep và Honda 90cc dùng để đưa rước cán bộ lãnh đạo đi công tác, về sau trang bị thành Đội xe, nên tiểu đoàn bảo vệ có thêm nhiệm vụ đưa đón khách vào ra VP.TWCMN.
Tiểu đoàn trưởng qua các thời kỳ gồm có: Đào Tiên Thưởng (Năm Ngọc Minh), Phan Văn Khi (Tư Châu lớn); các tiểu đoàn phó:Dương Văn Giáo (Năm Giáo), Phạm Thành Thái (Mười Thái); các chính trị viên: Nguyễn Văn Hiền (Năm Hiền), Nguyễn Văn Sơn (Năm Sơn), Nguyễn Hồng Châu (Tư Châu nhỏ). Tiểu đoàn một An ninh vũ trang được Nhà nước tặng danh hiệu đơn vị Anh hùng lực lượng vũ trang nhân dân ngày 24 tháng 1 năm 1976.