Altıncı Doktor

Rejenerasyon

Altıncı Doktor'u oynayan Colin Baker, aynı zamanda dizide daha önce Komutan Maxil karakterini de canlandırdı. Dönemin senaristleri bunu açıklamak için Beşinci Doktor ve Maxil'in kavga ettiği bir sırada DNA geçişmesi olduğunu ve bu yüzden Doktor'un bir sonraki yüzünün Maxil'e benzediğini söylediler. Beşinci Doktor, Androzani'de gezegeni ve Peri'yi kurtarmış ve ölümcül bir yara almıştır. TARDIS'e ulaşıp orada rejenerasyon geçirmiştir.
Altıncı Doktor, rejenerasyonunun oluşturduğu zihin karmaşası yüzünden ilk zamanlarda Peri'ye saldırmıştır.

21. sezon

Altıncı Doktor, sadece 21. sezon'un son bölümü olan The Twin Dilemma'da görünmüştür. Yeniden canlandıktan sonra Altıncı Doktor, ilk kez TARDIS ile yolculuğa çıkmış ve 1000 yıl orada kalmak için Titan 3 adında bir asteroide gitmiştir. Burada salyangozumsu bir canlı olan Mestor ile tanışmıştır.

22. sezon

Altıncı Doktor, Attack of the Cybermen hikâyesiyle başlayıp Revelation of the Daleks hikâyesiyle sona eren bu sezonun tamamında görünmüştür. 22. sezonda bir Doctor Who klasiği olarak dizinin yıl dönümü olmamasına rağmen Doktor eski bedenlerinden biri olan İkinci Doktor'la karşılaşmıştır. The Mark of the Rani hikâyesinde ise daha sonra Altıncı Doktor'un yeniden canlanmasına neden olacak Rani ilk defa görünmüştür. Ayrıca bu bölümde Usta da yer almıştır. Rani, Usta'ın yol arkadaşıdır. Sezonun son bölümü olan Revelation of the Daleks'te ise daha önce Dördüncü Doktor zamanında görünen Davros geri dönmüştür.

23. sezon

Altıncı Doktor'un televizyon yayınında göründüğü son sezondur. Sezonun tamamı Doktor'un TARDIS'inin zamandan Galliffrey'e zorla çekilerek Galiffrey Mahkemesi tarafından yargılanmasından oluşmuştur. Trial of a Time Lord adını taşıyan sezon, The Mysterious Planet ile başlayıp The Ultimate Foe ile sona ermiştir.
The Mysterious Planet hikâyesinde Doktor'un karanlık tarafı Valeyard, Galiffrey mahkemesinde davacı olarak görünmüştür. Sabalom Glitz ve Engizitör de bu bölümde ilk defa görünmüşlerdir.
Mindwarp'ta Peri son kez görünmüştür. Valeyard, Doktor'a mahkemede Peri'nin öldüğünü söylemiştir.
Terror of the Vervoids'te Melanie Bush karakteri ilk kez görünmüştür. Melanie'nin zaman çizgisi Doktor ile terstir. Bu yüzden Doktor, Mel'i tam tanımasa da Mel, Doktor'u tanıdığı için Galiffrey Mahkemesinde Doktor için tanıklık yapmıştır.
The Ultimate Foe, Altıncı Doktor'u canlandıran Colin Baker'ın oynadığı son hikâyedir. Usta bu bölümde olaylara dahil olarak Matris'in içine ne kadar kolay sızdığını göstermiş, böylelikle Valeyard'ın da Matris'e sızıp Doktor'un TARDIS'inin görüntü kayıtlarını değiştirdiğini belirtmiştir. Ayrıca Usta, Valeyard'ın Doktor'un 12. ve 13. bedeni arasında kalmış karanlık tarafı olduğunu açıklamıştır.

Rejenerasyon

Dizinin 24. sezonu başlamadan Colin Baker, BBC tarafından diziden kovulmuştur. Bu yüzden, Colin Baker da Altıncı Doktor'un rejenerasyon geçireceği Time of the Rani hikâyesinde oynamak istememiştir. Bir sonraki Doktor'u canlandıracak olan Slyvester Mccoy, Colin Baker'ın yerine geçip rejenerasyon sahnesinde Altıncı Doktor'u canlandırmıştır. Bu şekilde Doctor Who tarihinde ilk kez iki Doktoru canlandıran kişi Sylvester McCoy olmuştur.
Rani, Altıncı Doktor'u Zaman Girdabı'nda Mel ile yolculuk ederken yakalar. Onlara ateş ederek TARDIS'in girdaptan çıkıp düşmesine neden olur. TARDIS gelişigüzel bir gezegene düşer ve bu düşme sırasında Doktor ölümcül bir yara alıp rejenerasyon geçirir.

Kişilik

Altıncı Doktor'un diğer Doktorlar gibi iyilik yapma ve iyi biri olma duygusu değişmemiştir. Biraz kibirlidir. Rejenerasyonun ilk dakikalarında aynaya bakıp kendisi için Vay be. Ne kadar güzel demiştir. Genelde yol arkadaşlarına bağlı olan Doktor, Mindwarp hikâyesinde Valeyard'dan Peri'nin öldüğünü öğrenmesi üzerine üzülmüştür. Daha çok renkli kişiliği ile tanınır. Bunu da kendi giydiği adi ceket ve gökkuşağı şemsiye ile belli eder.