Ergenekon soruşturması kronolojisi

17 Mayıs 2006 - Danıştay 2. dairesine Alparslan Arslan silahlı saldırı düzenledi. Saldırı sonucunda, Danıştay İkinci Daire üyesi Mustafa Yücel Özbilgin öldü, aralarında daire başkanı Mustafa Birden'in de yer aldığı dört üye daha yaralandı.
20 Mayıs 2006 - Muzaffer Tekin Danıştay saldırısı ile ilgili olarak tutuklandı.
12 Haziran 2007 - 12 Haziran 2007'de bir ihbar üzerine Ümraniye'de bir gecekonduda operasyon yapıldı. 27 adet el bombası, TNT kalıpları ele geçirildi. Gecekondu sahibi ve yeğeninin ifadeleri üzerine soruşturma başlatıldı.
20 Haziran 2007 - İş adamı Kuddusi Okkır gözaltına alındı.
27 Temmuz 2007 -  Araştırmacı yazar Ergün Poyraz, Oktay Yıldırım,  Ümit Oğuztan,  Bekir Öztürk,  Zekeriya Öztürk, Sedat Peker, Taner Ünal, Fuat Turgut, Hüseyin Görüm, Fikret Emek gözaltına alındı.
6 Eylül 2007 - ADD Üsküdar şubesi başkan yardımcısı Asuman Özdemir gözaltına alındı.
22 Ocak 2008 - Sabaha karşı 6 ayrı ilde 24 farklı adrese eş zamanlı baskın yapıldı. emekli Tuğgeneral Veli Küçük, 301. maddeden açtığı davalarla gündeme gelen avukat Kemal Kerinçsiz, Hrant Dink suikastının azmettiricisi olduğu iddiasıyla yargılanan Yasin Hayal'in avukatı Fuat Turgut, gazeteci Güler Kömürcü, Türk Ortodoks Patrikhanesi yöneticisi Sevgi Erenerol, emekli Albay Fikri Karadağ ile Susurluk davası hükümlüsü Sami Hoştan, Drej Ali olarak tanınan Ali Yasak'ın da aralarında bulunduğu 33 kişi gözaltına alındı.
21 Mart 2008 -   Sabaha karşı İstanbul ve Ankara'daki 20 ayrı adrese baskın düzenleyen emniyet güçleri, İşçi Partisi , Aydınlık ve Ulusal Kanal merkezlerine baskınların yapıldığı bu operasyonda Cumhuriyet gazetesi imtiyaz sahibi İlhan Selçuk, İşçi Partisi genel başkanı Doğu Perinçek ve İstanbul Üniversitesi eski rektörü Kemal Alemdaroğlu, Ulusal Kanal Genel Yayın Yönetmeni Ferid İlsever, İşçi Partisi Genel Başkan Yardımcısı Nusret Senem, Aydınlık Dergisi Genel Yayın Yönetmeni Serhan Bolluk'un aralarında bulunduğu 13 kişi evlerinden gözaltına aldı. İşçi Partisi, Aydınlık Dergisi ve Ulusal Kanal'ın bilgisayarları ve arşivine el konulurken Aydınlık Dergisi bürolarında dört ruhsatsız silah ele geçirildi. Gözaltı haberinin duyulmasının ardından Cumhuriyet gazetesi ve İşçi Partisi binalarının önünde bazı sivil toplum örgütleri gözaltılar ve hükümeti protesto eden gösteriler düzenlendi.
Emekli Jandarma Genel Komutanı, Org. Şener Eruygur, Emekli 1. Ordu Komutanı Org. Hurşit Tolon, emekli albayHasan Atilla Uğur Cumhuriyet Gazetesi Ankara Temsilcisi Mustafa Balbay, Ankara Ticaret Odası Başkanı Sinan Aygün, gazeteci ve akademisyen Erol Mütercimler'in de bulunduğu 21 kişi gözaltına alındı. Bu operasyonda gözaltına alınan Şener Eruygur, Hurşit Tolon, Hasan Atilla Uğur ve Sinan Aygün tutuklanmış, Mustafa Balbay'ın da aralarında bulunduğu bazı kişiler serbest bırakılmıştır. Sinan Aygün bir süre sonra tutuksuz yargılanmak üzere serbest bırakılırken, Tolon ve Eruygur birkaç sonra sağlık sorunları nedeniyle tahliye edildi. 
 Hakkında yakalama emri çıkarılan AK Parti eski Milletvekili Turhan Çömez ve Emekli Tuğgeneral Levent Ersöz operasyondan önce yurtdışına çıktığı anlaşıldı.
4 Temmuz 2008 - Mustafa Balbay serbest bırakıldı.
6 Temmuz 2008 - Davanın sanıklarından Kuddusi Okkır vefat etti.
7 Temmuz 2008 - 1 Temmuz'da gözaltına alınan Hasan Atilla Uğur, İbrahim Özcan , Birol Başaran , Barbaros Altıntaş, Osman Gürbüz, Kemal Aydın, Durmuş Ali Özoğlu , Emekli Orgeneral Hurşit Tolon ve Emekli Orgeneral Şener Eruygur  tutuklandı.
14 Temmuz 2008 - İstanbul Cumhuriyet Başsavcısı Aykut Cengiz Engin yaptığı basın toplantısında Ergenkon davası hakkındaki savcılık iddianamesinin İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesine iletildiğini söyledi. Başsavcı ayrıca Danıştay saldırısı, Cumhuriyet gazetesi'ne atılan bombaların iddianamede yer verildiğini darbe günlüklerinin ise iddianamede yer almadığını bildirdi.
14 Temmuz 2008 - Sinan Aygün tahliye edildi.
14 Temmuz 2008 - Ankara’da gözaltına alınan ve faili meçhul bir cinayetle öldürülen Binbaşı Cem Ersever’in yakın arkadaşı olan emekli albay Arif Doğan’ın depo olarak kullandığı İstanbul Beykoz’daki bir evde yapılan aramalarda ise çok sayıda gizli olduğu ileri sürülen belgeler, 2 kalaşnikof marka tüfek, bin adet mermi ve bin boş kovan ile 280 adet el bombası bulundu. Doğan; depoda bulunan mühimmatın Cem Ersever'e ait olduğunu söyledi.23 Temmuz 2008 - Ergenekon soruşturmasında 7.dalga: İstanbul Üniversitesi Orman Fakültesi Öğretim Üyesi, İP Merkez Karar Kurulu Üyesi Uçkun Geray, Gemi Mühendisleri Odası Silifke temsilcisi, Ulusal Kanal Çalışanı Yusuf Buldu, İşçi Partisi Üyesi Ulusal Kanal Çalışanı Nuran Gökdemir, Milli Çözüm Dergisi Yayın Müdürü Ahmet Akgül ve Mevlüt Sungur gözaltına alındı.
25 Temmuz 2008 - Ergenekon iddianamesi kabul edildi ve dava süreci resmen başladı.
15 Ağustos 2008 - Emekli Jandarma Albay Arif Doğan tutuklandı.
16 Ağustos 2008 - Muzaffer Öztürk tutuklandı.
28 Ağustos 2008 - Anayasa Mahkemesi Başkanvekili Osman Paksüt'ün eşi Ferda Paksüt zanlı olarak ifade verdi.
3 Eylül 2008 - Kocaeli Muharebe Hizmet Destek Eğitim ve Garnizon Komutanı Korgeneral Galip Mendi, Kandıra Cezaevinde tutuklu bulunan emekli Orgeneral Şener Eruygur ile Orgeneral Hurşit Tolon'u TSK adına ziyaret etti.
18 Eylül 2008 - Gözaltına alınanlara arasında televizyoncu Tuncay Özkan, JİTEM'in kurucusu olduğu iddia edilen albay Arif Doğan, eski İstanbul Organize Suçlarla Mücadele Şube Müdürü Adil Serdar Saçan, Ülkü Ocakları eski Başkanı Levent Temiz, beş teğmen ve bir askerî öğrenci ve bazı İşçi Partisi ve Biz kaç kişiyiz hareketi yetkilileri de bulunuyor. Bu operasyonlardan 18 Eylül'dekinde soruşturmada ilk defa muvazzaf subayların tutuklanmış oldu. Bu subaylardan biri de Ankara’daki bir birlikte görev yapan karacı Teğmen Mehmet Ali Çelebiidi. Mehmet Ali Çelebi 2006-2007 eğitim döneminde dördüncülükle mezun olmuş, diplomasını dönemin Genelkurmay başkanı olan Yaşar Büyükanıt’tan almıştı.
21 Eylül 2008 - Soruşturma kapsamında tutuklu bulunduğu cezaevinde merdivenden düşen emekli Orgeneral Şener Eruygur tutuklanışından 78 gün sonra sağlık sorunları nedeniyle tahliye edildi. Alınan bu kararın ardından Şener Eruygur'a yurtdışına çıkış yasağı konuldu.
23 Eylül 2008 - Ergenekon operasyonunda 9.dalga: İstanbul, Ankara ve İzmir’de eşzamanlı yürütülen operasyonlarda aralarında Kanaltürk’ün eski sahibi, gazeteci Tuncay Özkan ve eski Esenyurt Belediye Başkanı Gürbüz Çapan , KanalTürk eski Haber Müdürü Adnan Bulut, Biz kaç kişiyiz? hareketi'nden Evrim Baykara ve eski manken Duygu Dikmenoğlu'nun da bulunduğu 16 kişi gözaltına alındı. 
26 Eylül 2008 - 21 Eylül 2008 tarihinde tutuklanan askeri personelden 1 teğmen ve 1 askeri öğrenci serbest bırakıldı. 3 teğmenin ise tahliye talebi reddedildi.
27 Eylül 2008 - Ergenekon operasyonunun 9.dalgasında gözaltına alınan gazeteci Tuncay Özkan, eski İstanbul Organize Suçlarla Mücadele Şube Müdürü Adil Serdar Saçan, eski Esenyurt Belediye Başkanı Gürbüz Çapan, emekli Hakim Albay Tanju Güvendiren, Aydınlık dergisi yazarı Emcet Olcaytu ve tıp  doktoru Hüseyin Nazlıkul tutuklandı.
5 Ekim 2008 - Ergenekon davası sebebiyle Kandıra F Tipi Cezaevi ile Tekirdağ F Tipi cezaevindeki tutuklu bulunan 36 sanık Silivri Cezaevine nakledildi.
10 Ekim 2008 - Ergenekon soruşturması kapsamında tutuklanan emekli hakim albay Tanju Güvendiren ile tıp doktoru Hüseyin Nazlıkulu serbest bırakıldı.
20 Ekim 2008 - Ergenekon davasının ilk duruşması Silivri'de yapıldı.
21 Ekim 2008 - Ergenekon operasyonunun 10. dalgasında, davanın sanıklarından emekli binbaşı Zekeriya Öztürk’ün avukatı eski Sarıyer Cumhuriyet Savcısı Ertaç Giray ve koruması gözaltına alındı.
23 Ekim 2008 - Yaklaşık olarak 1000 sayfalık savunma hazırladığı bildirilen avukat Kemal Kerinçsiz, duruşma sayılıp sayılmayacağı 3. oturumda incelenecek olan 1. oturumda Hakim Haşıloğlu hakkında reddi hakim talebinde bulunmuş ancak bu 2. oturumda reddedilmiştir.
27 Ekim 2008 - 2455 sayfalık iddianamenin okunması kararına varıldı ve iddianame okunmaya başlandı.
10 Kasım 2008 - 2455 sayfalık iddianamenin okunması bitirilmiştir.
11 Kasım 2008 - Ergenekon davasının 12. duruşmasında sanıkların sorgularına geçildi. İlk olarak Oktay  Yıldırım sorgulandı.
18 Kasım 2008 Ergenekon davası sanıklarından emekli astsubay Mahmut Öztürk tahliye edildi.
5 Aralık 2008 - Ergenekon davası sanıklarından Gazi Güder, davanın 25 duruşmasında tahliye edildi.
7 Ocak 2009 - Ergenekon soruşturması kapsamında 6 ilde eşzamanlı olarak düzenlenen operasyonlarda 40'a yakın kişi gözaltına alındı. Gözaltına alınanların arasında yazar Yalçın Küçük, Yüksek Öğretim Kurulu eski başkanı Kemal Gürüz, Milli Güvenlik Kurulu eski Genel Sekreteri Org. Tuncer Kılınç, eski Özel Harekat Daire başkanvekili İbrahim Şahin Genelkurmay eski Hukuk Müşaviri emekli Tümgeneral Erdal Şenel, emekli Orgeneral Kemal Yavuz, Bağımsız Cumhuriyet Partisi Genel Başkan Yardımcısı ve gazeteci Engin Aydın ve Bedrettin Dalan’ın oğlu Barış Dalan da bulunuyor. Ayrıca eski Yargıtay Cumhuriyet Başsavcısı Sabih Kanadoğlu'nun evinde ve Bedrettin Dalan'a ait Yeditepe Üniversitesi ile İstek Vakfı'nda arama yapıldı.
Yarbay Mustafa Dönmez'in Sakarya'nın Sapanca ilçesindeki yazlığında yapılan aramada 22 adet el bombası, 6 adet tabanca, 2100 adet kalaşnikof mermisi, 8 adet kalaşnikof şarjörü, 2 adet av tüfegi, 1 adet Mısır yapımı makineli tüfek, 3 adet el dürbünü (1’i Kanas dürbünü olabilir, 1’i sahra dürbünü), Bol miktarda çeşitli çaplarda mermi,1 adet Somtel marka elektronik kalaylı taşıt tesisat kablosuna (bomba imalatında kullanılabilen yaklaşık 15 metre civarında) rastlandı.
Sorgusu yapılan 4 muvazzaf subay terör örgütüne üye olmak suçlaması ile tutuklandı.
Gözaltına alınanlardan Kemal Yavuz, Tuncer Kılınç Kemal Gürüz ve Barış Dalan serbest bırakılırken Yalçın Küçük tutuklandıktan iki hafta sonra serbest bırakıldı. İbrahim Şahin ise tutklanarak cezaevine konuldu.
22 Ocak 2009 Ankara, İstanbul ve Bursa başta olmak üzere çok sayıda ilde yapılan operasyonlarda muvazzaf subaylar ve polislerinde aralarında bulunduğu birçok kişi gözaltına alındı,sendika ve kanallarında aralarında bulunduğu birçok yerde de aramalar yapıldı. Kahramanmaraş'ta üç özel harekat polisi, Şırnak'ta bir üsteğmen, Tokat'ta bir özel harekat polisi, Antalya'da bir emniyet amiri bir polis memuru gözaltına alındı.Isparta'da ifade vermesi için çeğırılan bir subaydan ise haber alınamadı. Gözaltına alınan 20’yi aşkın muvazzaf polis ve subayın Susurluk davası sanığı İbrahim Şahin’le bağlantısı olduğu belirtiliyor. Operasyon Ankara, İstanbul, Antalya, Elazığ, Iğdır, Şanlıurfa, Şırnak, Maraş, Hakkari, Tokat, Hatay, Siirt, Bursa illerinde sürdürüldü.
Terörle mücadele ekipleri sabah 07:30'da Avrasya TV binasında arama çalışmalarına başladı.Bazı kişiler gözaltına alındı.Tüm dökümanlar ve bilgisayarlar incelendi.Bilgisayarların sabit disklerinin kopyaları ekiplerce alındı.
Türk-Metal Sendikası'ndaki de aramalar 07:30'da başladı.Burada da bazı dökümanlara el kondu.Türk Metal Sendikası Genel Başkanı Mustafa Özbek ile Erhan Göksel'in de aralarında bulunduğu 6 kişi gözaltına alındı.Türk Metal Sendikası Başkanı Mustafa Özbek'le yakın ilişkisi olduğu belirtilen bir kişinin Bursa'daki evinde arama başlatıldı. Türk Metal Sendikası Genel Başkanı Mustafa Özbek'in de evinde arama yapıldı. Bu operasyonda gözaltına alınan Erhan Göksel tutuklandı, Mustafa Özbek tutuklanarak cezaevine konuldu.
26 Ocak 2009 22 Ocakta başlatılan operasyon sonucunda gözaltına alınan 26 kişiden Türk Metal Sendikası Genel Başkanı Mustafa Özbek 7 asker ve 10 polis olmak üzere toplam 18 kişi tutuklandı. Böylece Ergenekon operasyonları kapsamında tutuklu bulunanların  sayısı 100'e çıktı.
2 Şubat 2009 - Susurluk davası hükümlüsü Sami Hoştan Abdullah Çatlı'nın kayıp çantasının kendinde olduğunu söyledi.
4 Şubat 2009 - Mahkeme heyeti kişisel hak ve özgürlüklerin korunması hususu göz önünde bulundurularak, MİT tarafından hazırlanmış "Ergenekon Şeması" olarak bilinen şemada yer alan üzerleri kapatılmış isimlerin açıklanmamasına karar verdi.
7 Şubat 2009 - Hurşit Tolon tahliye edildi.
6 Mart 2009 - Cumhuriyet gazetesi Ankara temsilcisi  Mustafa Balbay ve Toplumsal Haber isimli internet sitesi yazarlarından Neriman Aydın tutuklandı.
10 Mart 2009 Ergenekon davasında 2. iddianame İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi'ne gönderildi.
25 Mart 2009 Ergenekon davasının 2. iddianamesi mahkeme tarafından kabul edildi.
13 Nisan 2009 Ergenekon soruşturması kapsamında 18 ilde 50 kişiye ait 83 adreste arama yapıldı. Aralarında Başkent Üniversitesi Rektörü Prof. Dr. Mehmet Haberal, İnönü Üniversitesi eski Rektörü Prof. Dr. Fatih Hilmioğlu, 19 Mayıs Üniversitesi eski Rektörü Prof. Dr. Ferit Bernay, Atatürkçü Düşünce Derneği (ADD) Genel Başkanvekili ve eski Uludağ Üniversitesi (UÜ) Rektörü Prof. Dr. Mustafa Yurtkuran ve Prof. Dr. Erol Manisalı'nın da bulunduğu 39 kişi gözaltına alındı.
17 Nisan 2009 Ergenekon soruşturması kapsamında gözaltına alınan 39 kişiden 8'i tutuklandı. Böylece dava kapsamında tutuklu bulunanların sayısı 111'e yükseldi.  Başkent Üniversitesi Rektörü Prof. Dr. Mehmet Haberal, İnönü Üniversitesi eski Rektörü Prof. Dr. Fatih Hilmioğlu, Uludağ Üniversitesi eski Rektörü Prof. Dr. Mustafa Yurtkuran, 19 Mayıs Üniversitesi eski Rektörü Prof. Dr. Ferit Bernay, Cumhuriyet Gazetesi Yazarı Prof. Dr. Erol Manisalı, ÇYDD Yönetim Kurulu üyeleri Prof. Dr. Ayşe Yüksel, Gökhan Ecevit ve Ömer Sadun Akyaltırık tutuklandıktan sonra Metris cezaevine gönderildi. Zanlılar Terör örgütünü kurmak, yönetmek, Yasa dışı terör örgütü üyesi olmak ve Türkiye Cumhuriyeti hükümetini ortadan kaldırmaya ve görevini yapmasını engellemeye teşebbüs ile suçlanıyor.
1 Temmuz 2009 AK Parti ve Gülen'i bitirme planı ile ismi gündeme gelen Deniz Kurmay Albay Dursun Çiçek Örgüt üyeliği ve Türkiye Cumhuriyeti hükümetinin görevini kısmen veya tamamen yapmasını engellemeye teşebbüs suçlamasıyla tutuklandı.  Albay Dursun Çiçek avukatı tutuklama kararına itiraz etti. Bu sırada konu ile ilgili bir dizi gelişme yaşandı. Tutuklama kararını veren 14. Ağır Ceza Mahkemesinin izinde bulunan bir hakimin yerine 
13. Ağır Ceza Mahkemesi'nde görevli hakim Faik Saban, 14. Ağır Ceza Mahkemesi'ne geçici görevle atandı. 14. Ağır Ceza Mahkemesi geçici görevle getirilen Faik Saban'ın katılımıyla Çiçek'in avukatlarının yaptığı itirazı görüşmeye başladı. Ergenekon savcılarından itiraz  ile ilgili mütalaa istendi. Ergenekon savcıları Zekeriya Öz, Murat Yönder ve Ercan Şafak,  mütaalalarında Albay Çiçek’in tahliye edilmesine karşı çıktı.
Savcıların mütaalasından sonra 14. Ağır Ceza mahkemesi yeni görevlendirlen hakim Faik Saban'ın da katılımıyla  6 saat süren bir değerlendirme toplantısı yaptı. Bu oturumun sonunda 18 saat önce 2'ye 1 tutuklama kararı veren 14. Ağır Ceza Mahkemesi bu defa  2’ye 1 oy çokluğuyla Albay Çiçek’in ‘İkametgahına göre kaçma şüphesi yok’ gerekçesiyle tahliyesine karar verdi. Böylece Deniz Kurmay Albay Dursun Çiçek'in 18 saat süren tutukluluk hali sona erdi.
3 Ağustos 2009 Danıştay Saldırısı davası ile Ergenekon davası resmen birleştirildi.