II. Friedrich (Kutsal Roma imparatoru)

İlk yılları

II. Friedrich Ancona yakınındaki Jesi kasabasında doğdu. Friedrich, VI. Heinrich'in oğlu idi. O, puer Apuliae (son of Apulia) (Apulia'nın oğlu) olarak da bilinir. Bazı tarihçiler kırk yaşındaki annesi Konstanza'nın oğlunun orijini hakkında doğabilecek şüpheleri ortadan kaldırmak için halk arasında kasabanın ana meydanında doğum yaptığını söylerler. Friedrich, Assisi'de vaftiz edildi.
Çocuk Friedrich, 1196 yılında Frankfurt'ta Alman Kralı olarak seçildi. Onun Almanya'daki hakları amcası olan Philip (Swabia) ve IV. Otto (Kutsal Roma İmparatoru) tarafından kabul edilmedi. Babasının VI. Heinrich'in 1197 yılında ölümünde iki yaşında olan Friedrich, resmen velisi olan Conrad Spoletolu yanında Almanya'ya doğru İtalya'da seyahat etmekteydi. Freidrich'in babasının ölüm haberi velisi Conrad Spoletolu'yla yolda iken erişti. O da hemen geri dönerek genç Friedrich'i ivedi bir şekilde Sicilya Palermo'ya annesine geri getirdi. 17 Mayıs 1198'de daha Friedrich'e iki yaşında bir çocuk iken Palermo'da yapılan bir törenle Sicilya Krallığı kralı I. Friedrich adıni alarak tac giydirildi.
Annesi Konstanza, kendi kalıtsal hakkı olarak Sicilya Kraliçesi olarak Palermo'da bulunup orada hüküm sürmekte idi. Küçük çocuk yaşta  oğlu Friedrich'in Sicilya Kralı ilan edilmesi ile onun yetişkinliğe ermesine kadar Krallığın efektif idaresini kendi üzerine almak için kendini kral taht naibi olarak tesis etti. Friedrich'in kral olması ile Sicilya'nın İmparatorluk ile doğrudan bağlarını çözüldü. O zaman kadar Sicilya'nın yönetiminde önemli rol oynayan ama Kutsal Roma İmparatorluk memurları olan iki Alman danışman (Markward von Annweiler ve Gualtiero da Pagliara) ülkelerine geri gönderildiler.
Konstanza'nın 1198'de ölümü üzerine, Papa III. Innocentius Friedrich'in velisi ve naibi olma görevini kendisi yüklendi ve  Freiedrch'in reşit olmasına kadar Sicilya'yı efektif olarak idare  etti. Friedrich, 17 Mayıs 1198 yılında Sicilya Kralı olarak taç giydi.

İmparator olması

IV. Otto Almanyalı veya Otto Brunswickli 1209'de Papa II. İnnocentius tarafından Kutsal Roma-Germen İmparatoru olarak taç giydirildi. İmparator Otto Güney İtalya'da  Sicilya Kralı olan Friedrich'in soylu asilleri sıkı kontrol alma politikasından korkan soylu asillerin tarafını tutmaya başladı. Yeni İmparator Alman orduları ile İtalya'yı istilaya başladı ve fazla direniş görmeden Calabria'ya kadar indi. Buna karşılık Papalık Devleti arazilerini kaybedeceğinden korkan Papa II. İnnocentius  Otto'nun aleyhtarı oldu. Eylül 1211'de toplanan "Nürnberg Diyeti"'nde Papa'nın da desteği ile İmparator Otto aleyhtarı olan Alman prensleri Almanya Kralı olarak II. Friedrich'i seçtiler. Papa II. İnnocentius aynı zamanda İmparator Otto'yu aforoz ettiğini ilan etti. Otto İtalya seferini bırakarak Almanya'ya çekilmek zorunda kaldı.
Friedrich küçük refakat ordusu ile gemi ile Gatea'ya gitti. Orada Papa ile Sicilya ve İmparatorluk unvanlarının nasıl birbirlerinden ayrılacağı hakkında anlaşmaya vardı. Birinci karası olan Konstanza'yı naip seçti. Sonra Almanya'ya gitmek üzere Lombardiya ve Engadin bölgelerinden geçerek Eylül 1212'de Almanya güneyindeki Konstanz şehrine vasıl oldu. İmparator Otto ondan birkaç saat sonra aynı mevkiye varabildi.
9 Aralık 1212'de Mainz'da II. Friedrich'e Almanya Kralı olarak taç giydirildi. Almanya Kralı olarak II. Friedrich'in hüküm ettiği bölgelerin sınırları belirsizdi. Sadece güney Almanya'da kati olarak sınırlar kabul edilmekte idi ve burada II. Friedrich tutulmakta idi. İmparator Otto ise Almanya imparator taraftarı olan Gelflerin çok olarak bulunduğu Kuzey Almanya bölgesinde güçlü idi. Papa tarafından imparator Otto aforoz edilmekle beraber bu bölgede devlet idaresini elinde tutmaktaydı. Fakat İmparator  Otto Bouvine Muharebesi'de çok kesin bir yenilgiye uğradı ve kendisine miras yolu ile ailesinden geçmiş olan arazilere çekilmek zorunda kaldı. 1218'de hiçbir politik destekçisi kalmamış bir durumda iken imparator Otto öldü.
1218'de Papa'nın desteğini sağlamış olan II. Friedrich Alman prensleri tarafından yine Almanya Kralı seçildi ve 23 Temmuz 1215'te Almanya'nın üç kardinalinden birinin eli ile Aachen Katedralinde Almanya Krallık taçı giydirildi. Bu tarihten 5 yıl sonra Freidrich ile (II. İnnocentius'tan 1216'da ölümünden sonra Papa seçilmiş olan) Papa III. Honorius arasında yapılan çok önemli ikili müzakerelerden sonra II. Friedrich Kutsal Roma Germen İmparatoru seçildi. 22 Kasım 1220'de Roma'da Papa III. Honorius tarafından törenle imparatorluk taçı giydirildi. Aynı zamanda II. Friedrich'in büyük oğlu olan VII. Heindrich "Romalılar Kralı" unvanını aldı.
Diğer Kutsal Roma İmparatorlarının tersine II. Friedrich Almanya'da ancak birkaç yıl kaldı. 1218'de II. Friedrich, Fransa Kralı II. Filip ile Burgundiya Dükü III. Eudes arasında yapılmakta Fransa Champagne bölgesi için "Champagne Veraset Savaşı"'ni sona erdirmek için çabalara girişti. Bu nedenle Lorraine bölgesini istila etti; Nancy şehrini ele geçirip yaktı ve Lorraine Dükü olan I. Theobald yakalayıp onun Erard Brienneli'ye verdiği destekten vazgeçmeye zorladı. 1220'de Roma'da tac giyme töreninden sonra II. Friedrich ya Sicilya Krallığı'nda yaşadı ya da 1236'ya kadar Filistin'de Altıncı Haçlı Seferi yapmaya vaktini hasretti. 1236'da Almanya'ya son gidişi oldu. 1237'de İtalya'ya döndü. Sonra hayatının sona erene kadar on üç yıl hayatini İtalya'da geçirdi. II. Friedrich imparatoru olduğu Almanya'dan uzak kaldığı dönemlerde Almanya'da hükümet eden resman "Romalılar Kralı" unvanlı ve Almanya Kralı olarak oğlu IV. Konrad oldu.
II. Friedrich Sicilya Kralı olarak büyük babası II. Rugerro'nin 1140'ta başlattığı "Ariano Assis" adı verilen bir seri hukuk reformu kanunun çıkartılması sürecini devam ettirip Sicilya devleti hukuk sistemini güçlü temellere oturttu. II. Friedrich'in pekiştirdiği bu hukuk reformunun ilk kısmı 1220'de imparatorluk tacını giymesinden hemen sonra hazırlanan "Capua Assisleri" adli kanunlar ile başladı ve en gelişmiş meyvesini 1231'de kanunlaştırılan "Malfi Esas Kanunu" veya diğer adı ile Liber Augustalıs kanunu ile verildi. Bu hüküm ettiği ülkenin kanunlarının hep birlikte yazılıp toplanması ile ortaya çıkan hukuk sistemi Orta Çağlar için çok ileri hukuk anlayısi getirmiştir. Bundan sonra uzun yıllar hatta yüzyıllar bu hukuk sistemin oraya çıkaran kanunlar Avrupa hukuku ve kanunları için bir ideal teşkil etmiştir. Bu kanunlarla Sicilya Krallığı bir mutlak monarşi olmaya devam etmekteydi ama devletin kanunları ve hukuku açıkça yazılı olmaktaydı. Bu yazılı hukuk diğer kaidelerin üstünde bulunmaktaydı. Bundan sonra bazı nispeten küçük değişikliklerle "Malfi Esas Kanunu" veya "Liber Augustalıs" 1819'da kadar Sicilya hukukunun temel taşı olmaya devam etti.

Sultan Kamil bin Adil ile ilişkileri

Misir Sultani Kamil bin Adil Selahaddin Eyyubi'nin kardeşi Sultan I. Adil'in oğlu olup zamanın Eyyubiler devletine bağlı Mısır, Suriye, Filistin doğusu ve Kudüs hakimidir. Friedrich'in hala Arap kültürünün yaşadığı Sicilya'da büyümesiyle Arapça, doğu ve İslam dini üzerinde fikir sahibi olmuştur. Etrafındaki danışmanları Arap olup, namaz vakitlerinde namazlarını dahi kılabiliyorlardı. Hatta ezan okunmasına dahi izin veriyordu. Bu sebeplerle Kamil bin Adil arkadaş olmuş, mektuplaşmalarıyla dostlukları pekişmiştir. Bu mektuplarda felsefeden, içinde bulundukları savaş haline kadar geniş bir yelpazede konuları tartışıyorlardı. İyi bir gözlemci ve hayvansever olması sebebiyle Sultan Kamil bin Adil  kendisine maymun, fil gibi hayvanlar dahi göndermiştir.

Haçlı Seferine gitmeye söz vermesi, gecikmesi ve Papa III. Honorious

Beşinci Haçlı Seferi sırasında Dimyat'ı kuşatan Haçlı orduları komuta heyeti Imparator II. Friedrich'ten yeni bir takviye beklemekteydi. Kutsal Roma-Germen İmparatoru ve Sicilya Kralı olan II. Friedrich'in yeni bir Haçlı seferi organize etmesi beklenmekte idi. Haçlıları içinde bulundukları sor durumdan kurtarmak için Papa III. Honorius Almanya Kralı ve Sicilya Kralı olan II. Friedrich'in şahsen Haçlı seferine katılması için uğraşıya geçti. Fakat II. Friedrich bu sefere katılmaya söz vermekle beraber sefere gitmekte gecikti. 1220'da Papa III. Honorius Roma'da II. Friedrich'i Kutsal Roma-Germen İmparatorluğu imparatoru olarak taç giydirdi. Bu törenden önce II. Friedrich  Haçlı Seferine şahsen katılmak için Papa'ya söz verdi ise de sonradan II. Friedrich Mısır'a gitmekte yine gecikti. Diğer taraftan Dimyat'taki Papalık temsilcisi olan Kardinal Pelagius zorlamaları Haçlı ordusunu büyük bir kısmı Dimyat'tan çıkarak Kahire yönünde yürüyüşe başladı. Ama bu ordu Mansure'ye geldiğinde  Nil Nehri sularının yükselmesi ve nehir duvarlarının Eyyubiler öncüleri tarafından yıkılması ile Haçlı ordusu Mansure yakınlarında yüksek bir arazide mahsur kaldı ve teslim olmak zorunda kaldı. Yapılan bir antlaşma ile Temmuz 1221'de Dimyat'ı terk ettiler ve bundan soionra serbest bırakılan Haçlı ordusu önce gemilerle Filistin'e sonra Avrupa'ya geri döndü.
Fakat Papa III. Honorious yine de II. Friedrich'in bir haçlı seferi yapmasına ısrar etmekte idi. Papa III. Honourius aracılığı ile II. Friedrich'in Kudüs Krallığı varisi ve Maria  Montferrat'lı dolayısıyla efektif olarak Kutsal Kudüs Kralı olan Jean de Brienne'in kızı olan (çok kere Yolanda ismiyle anılan) II. İsabella Kudüslu ile  evlenmesini sağladı. Böylece İmparatoru bir Haçlı Seferi yapmak için bir bağlayıcı vesile de sağladı. II. Friedrich yeni karısının hanedan haklarını kendi üzerine alarak Kutsal Kudüs Krallığı krallığına hak kazanmış oldu. Papa III. Honorius'un istediği gibi, bu hakkını gerçekleştirip krallığın başkenti olarak kabul ettiği Eyyubiler elinde bulunan Kudüs'ü geri almak, II. Friedrich'in ana hedefi oldu. Fakat Temmuz 1225'te Papa ile II. Friedrich ile yapılan "San Germano Antlaşması" ile II. Friedrich'in sefere çıkması 2 yıl daha, 1227'ye kadar, geciktirildi. Bu tarihe uyabilmek için II. Friedrich çok ciddi sefer hazırlıklarına girişti. Papa III. Honorius Roma'da 18 Mart 1227 tarihinde öldü.

IX. Gregorius ile anlaşmazlık

Ama yerine papa seçilen IX. Gregorius yine II. Friedrich'in bir Haçlı Seferi organize etmesinde ısrar etmekte idi. Yeni Papa IX. Gregorius, böylece  imparatorun gayet büyük olan iktidar gücünü kırmak; Katolik kilisesini İtalya ve Almanya'da tekrar en büyük moral iktidar güçlü kurum olmasını sağlamak; hatta güney İtalya ve Sicilya'yı kısmen, hatta tümüyle, Papalık Devleti'ne ilhak etmek istemekteydi. Papa özellikle II. Friedrich'in İtalya'da güçlenmesini papalığın dünyevı iktidar gücüne karşı bir politik hareket olarak görmekteydi ve bu imparatorluk gücünü zayıflatmak istemekteydi. Bu nedenle II. Friedrich ile politik sürtüşme haline geçti. 1227'de Papa IX. Gregorius papalığa yeni geçtiği dönemde, II. Friedrich bir büyük deniz filosuna bindirilmiş olan bir Haçlı ordusu ile Brindisi limanından Filistin'de bulunan Akka'ya gitmek üzere hareket etti. Fakat bu filoda ve askerleri arasında çıkan bir hastalık salgınını neden göstererek yolun yarısına bile varmadan II. Friedrich filonun İtalya'ya geri dönmesine emir verdi. Brindisi'ye dönen Haçlı askerler ve filo "geçici" olarak serbest bırakıldı.
Papa IX. Gregorius, II. Friedrich'in iktidar gücünü kırmak için imparatorun haçlı seferi yolundan geri dönmesini bir fırsat olarak gördü. II. Friedrich'i, papaya verilen yemini bozmakla suçlayıp aforoz etti. II. Friedrich önce papa ile anlaşmaya yanaştı ise sonunda onun bu aforozu papanın İtalya'da nüfuz kazanmak için yaptığını anlayıp imparatorluğun İtalya'da iktidarının güçlü olduğu takdirde bu Papa aforozunun önemi olmadığını anladı.
Aforoz edilmiş olmakla beraber II. Freidrich ordusu ile Altıncı Haçlı Seferi'ne başlayıp 1228'e denizden Suriye'ye yöneldi. Ama imparator Filistin'de Akka'ya doğrudan doğruya gitmedi. Aslanyürekli Rişar Üçüncü Haçlı Seferi başında Akka'ya gitmekte iken ele geçirdiği Kıbrıs adasını Guy de Lusignan'a devretmiş ve onun çocuksuz ölümü sonucu varisi I. Amalrik ve genç olan diğer varislerden Kutsal Roma İmparatorluğu'na geçmişti. Bu genç varisler ve imparetorluk nominal idaresi döneminde, Kıbrıs Krallığı "vekilharç" olarak Beyrut Prensi de olan John İbelinli tarafından efektif olarak idare edilmişti. İmparator II. Freidrich uluslararası hukuka göre kendine bağlı olan Kıbrıs'a gelmesi bu adada hükümdarlığı efektif olarak şahsen eline almak hedefliydi. Önceleri yerli idareciler ile imparatorun araları iyi idi. Fakat çok geçmeden imparator ile yaşlı vekilharç John İbelinli'nin arası açıldı. İmparator John İbelinli'nin Kıbrıs adasını idare etmesinin hukuksuz olduğunu ve adanın idaresinin kendine verilmesini talep etti. Fakat bununla da kalmayıp bu adayı idare ederken John İbelinli'nin edindiği kazanç ve servetin hukuken bir yolsuzluk olduğunu ve bu yolsuzluğa ceza olarak Beyrut'un idaresinin de imparatora geçmesi gerektiğini iddia etti. Beyrut'un da kendi idaresine verilmesini talep etti.
Fakat John İbelinli imparatora bunda hatalı olduğunu bildirdi. Kıbrıs Krallığı ve Beyrut'un vasal olarak bağlı olduğu Kutsal Kudüs Krallığı'nın uluslararası hukuk kurallarına göre hukukları, kanunları ve hukuk kurumları birbirinden ayrı ve farklı iki değişik ülke olduklarını Kıbrıs'ta naip olarak yapılan idarede bir suistimal varsa bunun Beyrut'taki idareye hiçbir şekilde uluslararası hukuken ilişkili olamayacağını imparatora açıkladı . Bunun için imparatorun Kıbrıs ülkesi idaresinde suistimal olduğu için Beyrut ülkesi idaresini cezalandırmaya hakkı olmadığını anlattı. Bu hukuki çatışma bu yeni Haçlı Seferi'nin gelişmesinde aksi ve fena bir rol oynadı. O zamana kadar Kutsal Kudüs Krallığı tarihinde güçlü roller oynayan ve çok itibarlı olan John İbelinli ve ailesi İmparator'un bu aksi ve hatalı tutumu ve hareketi yüzünden ona düşman olup İmparatorun tedbir ve politikalarına devamlı olarak karşıt oldular.

İmparator'un Kudüs Krallığı merkezi Akka'ya gitmesi

Kıbrıs'tan ayrılan II. Freidrich 7 Eylül 1228'de Akka'ya çıktı. Eyyubiler Mısır Sultanı, imparatorun 1228'de Akka'ya gelmesinden hiç hoşnut olmamıştı. Beşinci Haçlı Seferi ordusuna ve imparatorla yazışması sırasında Suriye'de kardeşi Muazzam sultandı ve jeopolitik olarak Kudüs ve bir Kudüs koridorunun Haçlılara verilmesi uygun görülmekte idi. Fakat 1227'de, imparator Friedrich Filistin'e yeni vardığında, Eyyubiler Suriye Sultanı Muazzam ölmüştü. Yerine Eyyubiler Suriye Sultanı olarak 20 yaşında olan oğlu Nasır Davud geçmişti. Nasır Davud, Suriye ileri gelenlerinin telkin ve tavsiyeleri altında kaldı ve Nablus ile Kudüs'ü elinde bulunduran amcası Mısır Sultanı Kamil bin Adil ile ihtilaflı duruma girdi. Sultan Kamil bin Adil yeğenini zayıf ve tecrübesiz bir hükümdar olarak görmekte idi. Bu nedenle bir Kudüs koridoru ile Kudüs'ün Haçlılara terk edilmesinin jeopolitik nedeni ortadan kalkmış görünmekte idi.   .
Diğer taraftan İtalya'da imparatorun kayın pederi olan Jean Brienneli Papa'nın Sicilya Krallığı üzerinde gözü olduğunu öğrenmişti. 1227'de papa III. Honorius beklenmedik şekilde ölünce yerine Papa IX. Gregorius geçmişti. Yeni Papa Sicilya'yı eline geçirme amacıyla Jean Brienneli'i açıkça desteklemeye başladı. II. Friedrich Filistin'de Haçlı Seferi'ni geride bırakıp şahsi şeref ve itibarının büyük bir kısmını kaybetme bahasına Sicilya Krallığı'na dönmeyi düşündüğü bildirilir. Fakat  kış havasında Akdeniz'in geçilmezliği yüzünden bu imkan dahilinde değildi ve bu nedenle Filistin'de harekata devam etti.
İmparatorun yanında getirdiği askerlerin en önemli kısmı 500 ağır süvari şövalyeler idi. Fakat Papa tarafından aforoz edildiği için bunların kendine ne kadar itaatkar olacakları hakkında şüpheleri olduğu aşikardı. İmparator bu orduya ödeme yapmak için sahip olduğu hazır fonları bulunmamakta idi ve büyük borç altına girmesi gerekmişti.
Akka merkezli Kudüs Krallığı hükümet idaresi ve Katolik kilisesinin Kudüs Patrikliği de Friedrich'e verecekleri destek üzerinde ayrılığa düşmüşlerdi. Friedrich'in Papa tarafından aforoz edilmesi haberi Filistin'e eriştiği için Katolik Kilisesi bürokrasisi ve Kudüs Katolik Patriği "Gerald Lozanlı" Frederich aleyhindeydiler. Töton Şövalyeleri Freidrich'in lehindeydi. Tapınak Şövalyeleri ve Hospitalier Şövalyeleri'nin tutumları daha karışıktı. Papanın aforozu nedeni ile Freidrich'in ordusuna doğrudan doğruya katılamadılar; fakat Friedrich'in ordusu Müslümanlara karşı harekata geçtiği zaman, ordu komuta heyetinden gelen emirlerde Friedrich'in ismi bulunmazsa veya çıkartılmış ise, bu emirlere uymayı kabul etmişlerdi. Doğu Akdeniz'de yerleşmiş Frank asillerin tutumları da karışıktı. Önce imparatoru gayet sevinçle karşılamışlar ve onun emrinde askeri sefere amade olduklarını ona bildirmişlerdi. Fakat zaman geçtikçe İmparatorun askeri harekatı merkezileştirmesi ve harekatın tek elden imparatorluk düzenine ve planlarına göre uygulanması bu Frank asillerini imparatordan gocunurdu. Özellikle imparatorun Kıbrıs'ta John İbelinli'ye karşı tutum ve davranışı hakkında  ve bu asillerin uydukları ülke hukuk, kanun, kaide ve devlet idare şekillerine karşı imparatorun gayet antipatik olması hakkında haberler yayıldıkça bu kesimler imparatora karşı daha soğuk ve çekingen durmaya başladılar.
Freidrich emrinde bulunan kendi ordusu ve kendine gizliden uyan tarikat şövalyeleri ordusu ile birlikte Kudüs'ün tekrar alınması için Eyyubilere karşı yapmak istediği harekatın başarılı olması için yeter sayıda askeri bulunmadığını ve Eyyubiler devletine askeri savaşla Kudüs'ü geri alamayacağını bilmekteydi. İmparator tekrar Kudüs'ün Hristiyanlar idaresi alınması için  barışçıl diplomatik yolu kullanması gerektiğini ve Sultan'la yazışmalarından bunun imkan dahilinde olduğunu da bilmekteydi.
İmparator ile Sultan Kamil karşılıklı barış müzakerelerine girişebilmek için İmparatorun askeri gücünü göstermesi ve bunun Sultan Kamil ve Yakın Doğu Müslümanları için büyük tehlike doğuracağının herkese açıkça gösterilmesi gerekmekteydi. Her ne nedenle olursa olsun, Kasım 1228 ortalarında İmparator Haçlı ordusu ile Akka'dan sahilden güney'e Yafa mevkiine indi. Aralık'ta ise bu mevkideki daha önceden Haçlıların eline geçmesini önlemek için Eyyubiler tarafından yıkılmış bulunan Yafa kalesi mevkiini eline geçirip burada bulunan eski kaleyi tekrar korunaklı hale getirmeye uğraşmaya başladı. Haçlıların bu mütecaviz ilerlemesi ve Yafa kalesini yeniden kurmaları Sultan Kamil tarafından büyük bir endişe ile karşılandı ve Sultan Kamil Batı Avrupa'nın en güçlü hükümdarı olan İmparator ile çok uzun ve çok ciddi askeri çarpışmaların olasılığı hakkında kendine yardıma gelen ve gelebileceklere haberler gönderdi.

II. Friedrich'in İtalya'da Papalık ile ilk mücadeleleri

II. Friedrich'in Altıncı Haçlı Seferinde hiç kan dökülmeden Kudüs'ün Haçlılara eline geri verilmesini sağlaması Avrupa'nın çoğunluk zümrelerinde prestijini artırdı. Fakat II. Friedrich bu başarıyı Papa'nın kendisini hala aforoz etmiş iken yaptığı için Katolik Kilisesi papazları ve bürokrasisi imparatora nefretle bakmaktaydılar. Fakat birçok Hristiyan tarikat mensubu (bunlar arasında Gezici Joachimit keşiş vaizleri ve Fransikenlar) İmparator lehindeydiler ve Papaların onu aforoz etmesini uygun görmemekteydiler.
İmparator Friedrich Haçlı Seferinde iken Sicilya ve güney İtalya'daki arazileri için geride bıraktığı kral naibi olan "Rainald Spoletolu"  İtalya'da Marche bölgesine ve Spoleto Düklüğü'ne askeri hücumlarda bulundu. Papa IX. Gregarius yeni bir ordu toplamak için finansman sağladı ve bu ordunun başına II. Friedrich'in kayınpederi eski Kudüs Kralı olan Jean de Briennes'i geçirdi. 1229'da bu ordu güney İtalya'ya taarruza geçti. Bu Papalık ordusu Montecassino'da  Sicilya ve imparatorluk ordularının direnişini kırdı ve güney İtalya'da Apulia bölgesini işgal etti. Fakat Haziran 1229'da imparator Akka'dan apartopar gemiyle ayrılıp Brindisi limanına geldi. Ordusunun başına geçerek Papalık ordusunu işgal etmiş olduğu arazilerden geri püskürttü ve kendisine karşı isyan etmiş olan yörel asilleri tutuklayarak mahkemelerde cezalandırılmalarını  sağladı. Fakat Papalık Devleti'nin sınırları içine girmekten kaçındı.
Bu savaş, 1230 yazında Papa IX. Gregarious ile İmparator arasında imzalanan  yeri bir "San Germano Antlaşması" ile sona erdirildi. Papa imparatoru bu antlaşma ile aforozlu olmaktan affetti. Ek olarak  antlaşma ile Papalık Devleti ile olan eski sınırlar geri getirildi ve II. Friedrich Sicilya'daki Katolik Kilisesi hakkında Papa'ya bazı yeni imtiyazlar sağladı.  İmparator II. Freidrich ile Papa IX. Gregarious Anasagni'de karşıkarşıya şahsen buluştular. Ayrıca Ağustos 1231'de İtalya'daki arazilerinin yörel idari ve politik problemlerini çözümlemek için II. Friedrich "Melfi Esas Kanunları" adlı yerel bölge ve asillerin haklarını düzenleyen bir sıra kanun yayınladı.

Almanya'da problemler

Diğer taraftan II. Friedrich Almanya'da bulunan arazileri ve Alman yörel presleri  hakkında daha zor problemlerle karşılaştı. Almanya'ya naip ve Almanya Kralı olarak göndermiş olduğu, 1211'de Sicilya'da II. Friedrich'in birinci karısı olan Konstanza Aragonlu'nun oğlu olarak doğmuş olan VII. Heinrich Alman prensleri ilen onların imtiyazları konusu üzerinde çok agresif tutumu dolayısıyla anlaşmazlığa düşmüştü. Alman Prensleri direnişe geçince sonunda VII. Heinrich onların tüm isteklerini kabul eden "Statütüm in favorem principum (Prenslerin Lehine Kanunlsr)" adli bir antlaşma ile imparatorun Almanya'daki imtiyaz ve iktidar gücünü gayet kısıtlayan bir kanunu  Worms'te yapılan müzakerelerden sonra kabul etmek zorunda kalmıştı.  1232'de II. Friedrich Aquieia'da oğlu VII. Heinrich ile bir görüşme yapmayı talep etti. Bu görüşmede VII. Heinrich çaresislik ile bu kanunlara ve imparatorluk haklarının kısıtlanmasını zorla  kabul ettiğini babasına bildirdi. Sonunda II. Friedrich de "Statütüm in favorem principum" antlaşmasını kabul etti.
VII. Heinrich babasıyla bu görüşmesinden sonra Almanya'ya döndü. Ama babası II. Friedrich'in isteklerine tamamen zıt olarak Alman Prensleri aleyhine bir politika ve politik tedbirler uygulamaya koyuldu. II. Frieddirch kendine itaat etmeyen oğlunu durdurmak için önce Papa IX. Gregarius ile görüşerek Temmuz 1234'te oğlu VII. Heinrich'nin Papalık tarafından aforoz edilmesini sağladı. VII. Heinrich babasının Almanya'ya bir ordu ile gelmesini önlemek için bir sıra tedbir aldı. Önce Almanya'da kendine müttefik, babasına aleyhtar olacak, prens hükümdarlar bulmaya çalıştı. İtalya ve Almanya arasındaki Alp Dağları geçitlerini babasının ordusuna kapamak için Lombardiya şehirleri ile ilişkilere girişti. Fakat II. Friedrich Mayıs 1235 yanında bir ordu olmadan Almanya'ya geçmeyi başardı. Oğlu Heinrich ile Worms'ta görüşerek onun Almanya Krallığı tahtından feragat etmesini ve kendinin sahip olduğu bütün Almanya arazilerini elinden çıkarmasını zorla sağladı ve sonunda da onu tutuklattı.
Aynı yıl Almanya'da bulunan İmparator aleyhine olan Gelfler ile  imparatorun Hohenstaufen hanedanını tutanlar arasında bir barış sağlandı. 1160'de Baverya ve Saksonya Düklüğü görevinden hal edilmiş olan ve Aslan Henry'nin torunu olan Otto, Çocuk adlı hükümdar prens Friedrich'in arazilerini geri verdi ve Friedrich de Otto'dan gasp etmiş olduğu arazileri ona geri verdi. 1180'de itibaren Alman imparatorluk aleyhtarı olan ve asillik unvanları ile sınıfları belirsiz olan Gelflerin hukuki statüsü ve kendilerine ait olan, ama sahipliği hukuken belirsiz olan, araziler  yeni kurulan Brunswick-Lunnebrg Düklüğüne bağlandı.

Lombardiya'da Savaş

İmparator Friedrich için Lombariya'daki durum problemli idi. 1233'te İmparatorun Lombardiya üzerindeki imparatorluk otoritesinin (o zaman bir şehir ayaklanması ile Roma'dan kovulmuş olan) Papa IX. Gregorius yardımı ile tekrar yenilenmesi için yaptığı girişimlerin hepsi sonuçsuz kalmıştı. 
Friedrich Alplerin kuzeyinde barışı sağladığı için Lombardiya'da isyancı şehirlere karşı kullanıp onların isyanlarını bastırmak  üzere Alman prenslerinden bir büyük ordu toplayabildi. Bu büyük Alman ordusu ile Alplerden güneye Lombardiya'ya inmeye başladı. Papa Gregorius bu Alman ordusunun İtalya'ya girmesini önlemek için çeşitli diplomatik girişimlerde bulundu ise de bunlar başarısız kaldı. Bu güneye inişte Friedrich ordusunun bir kısmı ile Avusturya Dükü II. Friedrich'in çıkardığı isyanı bastırmak için geçici olarak hedefinden ayrılmak zorunda kaldı. Friedrich Şubat 1237'de Viyana'da 9 yaşında oğlu olan Conrad'ın Romalılar Kralı olarak taç giymesi törenine katıldı.
Lombardiya şehirleri, Papalık ve imparatorluk diplomatları bu İtalya'ya müdahalenin nedenlerini ortadan kaldırmak için diplomatik konuşmalar yapmaktaydılar. Fakat bu konuşmalar bir sonuç vermedi. Freidrich Verona[] üzerinden ordusu ile İtalya'ya girdi. Kasım 1237'de Lombard Birliği orduları ile imparatorluk ordusu arasında yapılan Cortenuevo Muharebesi imparatorluk ordusu tarafından kararlı olarak galibiyetle sonuçlandı. Freidrich'in bu galibiyetini kutlamak için Cremona'da organize edilen antik Roma İmparatorları için yapılan Zafer Alayına benzetilen bir gösteri yapıldı ve bu gösteride bir (sonradan Roma komününe gönderilen) dört tekerlekli savaş sunağı arabası (carroçio) ve bir fil'de gösteriye katıldı.
II. Friedrich bu galibiyetinden sonra Lombard Birliği şehirlerinden barış yapmak için müzakereler yapma teklifleri aldı. Hatta Milano şehri yöneticileri bu barış yapma müzakereleri için teklifleri yanında imparatora büyük miktarda para da göndermişlerdi. Fakat Friedrich bu isyancı şehirlerin kayıtsız şartsız teslim olmalarını isteyerek barış yapmak için müzakereler tekliflerinin hepsini geri çevirdi. Tarihçiler imparatorun bu tutumunu sahip olduğu gücü yanlış değerlendirmesinde bulurlar. II. Friedrich'in nefretinin muhakeme yeteneğini zehirlemesi ve olası tüm barış için müzakereler yapma tekliflerini  geri çevirmiş olması ciddi tarihi öneme sahip bir andır. İmparatorun  şehirlerden gelen bu gayet rasyonel teklifleri reddetmesi Milano, Brescia, Bologna ve Piacenza şehirlerinin  imparatora karşı daha da fazla azimle direniş yapmalarına neden oldu. İmparator bu sırada Brescia şehrini kuşatma altına almıştı. Fakat Brescia'nın gayet gayretle direnişte bulunması Ekim 1236'de Brascia kuşatmasını kaldırmasına neden oldu. Bu sıralarda çeşitli düşmanları Friedrich'i yakalayıp kaçırmak için çeşitli planlar yaptılar ama hiçbirisi icraya koyulamadı.     
1239'da II Friedrich ve saray maiyeti Padova'da iken Papa IX. Gregorius'un kendini aforoz ettiğinin haberini aldı. Buna imparatorun karşılığı  önemli Katolik keşiş tarikatları olan Fransiskanlar ve Domikanlar tarikatlarının Lombardiya'da bulunmalarını yasaklamak oldu. Oğlu olan Enzo Sardunyalı'yı da Kuzey İtalya için İmparatorluk Valisi olarak atadı. Çok geçmeden Enzo Sardunyalı ismen Papalık Devleti'ne bağlı olan bazı şehir ve bölgeleri işgal edip kendi arazilerine bağlamaya başladı. Bunların başında Romagna, Marcha ve Spoleto Düklüğü gelmekte idi.  Friedrich, Venedik Cumhuriyeti'nin imparatora karşı gelip Sicilya'ya bir gemi filosu gönderdiği bahanesi ile Venedik'i eline geçirip bu eski Cumhuriyeti ortadan kaldıracağını tehdit etti ama böyle bir tehdidi gerçekleştiremedi. 1239'un Aralık ayında imparator Roma üzerine bir askeri sefere koyuldu.  Önce Toskana'nin bir kenarında diğer kenarına geçti ve bir zafer kazanmış tutumla Folignio'ya girdi. Oradan Viterbo üzerine gitti ve bu kaleyi kuşatmaya aldı. Buradan Roma üzerine yürümek bu  şehri zaptedip üs yapmayı hedeflenmişti ve böylece antik Roma İmparatorluğu'nun eski ihtişamını tekrar restore etme hevesine kapılmıştı. Fakat Viterbo kuşatması pek etkin olmadı ve beklediği gibi kolay olmadı. Şehir direniş göstererek imparatora teslim olmadı. Freidrich Güney İtalya'ya döndü. Bu yolda iken bir Papalık Devleti şehri olan Benevento'yu eline geçirdi ve şehri talan etti. Papalık Devleti ile yapılan barış müzakereleri de sonuçsuz kaldı.
Bu sırada Ghibellinolar (imparatorluk taraftarı) şehir olan Ferrara'da imparatorun Alman ordusu tarafından ele geçirilmişti. Friedrich bu sefer hedefini kuzeydoğu İtalya'ya çevirdi. Ravenna şehrini eline geçirdi. Uzun bir kuşatmadan sonra Faenza'da imparatorluk tarafından zaptedildi. Faenza'ya yakın ve rakip olan Forli şehri Ghibellino yani  imparatorluk taraftarı, olmakta devam ettiği için kendilerine rakip olan Faenza şehrinin kuşatılıp İmparatorluk eline geçmesinde imparatora sadık olmaya devam ettiler. Bu nedenle  Forli'ye verilen imtiyazlar arasında  Forli şehrinin armasına bir Hohenstaufen kartal sembolünün konulması izni verildi. Bu gelişme İtalya'daki bağımsız şehir-devletlerinin daha yüksek bir siyasi seviyede olan İmparatorluk ile Papalık arasındaki rekabeti nasıl maksimum bir şekilde kendi yararlarına kullanmaya hazır olduklarına iyi bir örnek olmaktadır.
Papa IV. İnnocentius bu sefer İtalya'da bir Konsil toplama için girişimde bulundu. Fakat Ghibellinolar (imparatorluk taraftarı) olan Pisa Cumhuriyeti papanın bu girişimi sıfıra indirmeyi hedeflendi. Genova'dan Roma'ya deniz yoluyla yüksek kilise mensuplarının getirilmesi İmparatorluk tarafından  yasakladı. Pisa Cumhuriyeti gemileri bu güzergahta yakaladıkları yüksek kilise mensuplarını tutuklamaya başladı. Ceneviz Cumhuriyeti ise gemileriyle yüksek kilise mensuplarını Liuürya'da Roma'nın liman şehrine getirmekte ısrar eti. Bu nedenle 1241'de yapılan Pisa Cumhuriyeti ile Ceneviz Cumhuriyeti arasında Meloria Deniz Muharebesi (1241) (veya Giglio Deniz Savaşı) çıktı.
Pisa'dan kırk kadırga ve Sicilya'dan 20 kadırgadan oluşan ve Ugolino Buzaccherini tarafından komuta edilen Imparatorluk-Pisa filosu Montecristo ve Gıglio adaları arasında dinsel papazlar ve eşyaları ile dolu olan 27 kadirgalık Ceneviz filosunu pusuya düşürdü. Yapılan çok şiddetli deniz savaşında Cenevizliler yenik düştü. 21 Ceneviz kadırgası imparatorluk ve Pisa filosu eline geçti.  Bu Ceneviz filosunda Konsil toplantısına gitmek üzere seyahat eden kilise adamlarının çoğu da esir alındı. Bundan sonra Papa konsil toplama girişiminden vazgeçti.
İmparator Friedrich de Papalık taraftarlarının bu deniz savaşı yenilgisinden sonra Papalık Devleti içinde bulunan Umbria bölgesine bir akın tertip etti  ve bu bölgeyi yakıp yıkıp talan etti. Sonra Roma'ya hücum etmek için Grottaferrata'ya saldırıp bu şehri tamamıyla tahrip etti.
22 Ağustos 1241'de Papa Gregorius oldu. İmparator Freidrich'de hücumlarının Katolik Kilisesi'ne değil de onu kötü yöneten Papa'ya karşı olduğunu vurgulamak için askerlerini Roma yolundan geri çekti ve Capua zindanında tutuklama altında bulundurduğu iki Kardinalı de serbest bıraktı. Fakat bu jestler Roma'daki Papalık yönetimi ile İmparatorluk yönetimi arasındaki çatışma atmosferini değiştirmedi. Papalık Devleti ordusu Tivoli'de bulunan İmparatorluk askeri garnizonuna saldırıda bulundu. İmparator çok geçmeden Roma'ya girdi. 1242 ve 1243 yılları Papalık güçleri ile İmparatorluk güçleri arasında karşılıklı çatışmalarla geçti.

Papa IV. İnnocentius ile mūcadeleler ve ilişkiler

25 Haziran 1243'te IV. İnnocentius adını alan yeni bir papa seçildi. Yeni Papa İtalya'da bulunan geleneksel imparatorluk taraftarı ailelerden önemlilerinden birinin mensubu idi. İmparator Friedrich'in mahiyetine bulunan İtalyanlar arasında yeni Pap'nin yakın akrabaları bulunmakta idi. Bunun için önceleri imparator bu yeni papa seçimini sevinçle karşıladı. Fakat çok geçmeden anlaşıldı ki yeni Papa imparatorun gayet ciddi  ve çetin bir aleyhtarı hatta düşmanı idi. Papalık ile imparatorluk taraftarları arasında konuşmalar 1243 yazında yapılmaya başlandı. Fakat İtalya'da siyasi durum Viterbo'da entrika çevirmekten hoşlanan yerli kardinal Ranier Çapocci'nin tahrikleri ile imparatora karşı bir isyan başlayınca değişti. Freidrich Roma yakınlarında bulunan gayet stratejik ve gayet korunaklı bir mevki olan Viterbo'yu Papalık güçlerine bırakma imkanı bulunmamakta idi ve bunun için Viterbo hemen kuşatma altına alındı. Papa İnnocientius ayaklanmacıları bir baris anlaşması imzalamaya inandırdı; ve buna uyan Friedrich imparatorluk garnizonlarına şehirden çekilme emri verdi. Ama 13 Kasımda yerli kardinal Ranieri Çapocci halkı kışkırttıp çekilmekte olan imparatorluk birliklerine saldırmalarını sağladı ve imparatorluk birlikleri büyük zayiat verdiler. Bu İmparator Friedrich'i gayet çok kızdırdı. Yeni Papa iyi bir diplomattı ve imparatorun kızgınlığına rağmen onu barış anlaşması imzalamaya ikna etti.  Fakat bu barış anlaşması da hemen bozuldu.
Tam bu sırada yeni Papa kendinin gayet usta bir Guelfo siyasetçisi olduğunu açığa çıkarttı. Roma'da bulunan kardinallerin çoğunluğu ile birlikte Papa limanda bulunan Ceneviz gemilerine binip Ligurya'ya gitmek üzere Roma'dan kaçıp ayrıldılar ve Ligurya'da  7 Temmuz'da karaya çıktılar. Papanın hedefi Lyons'a gitmekti. Burada 24 Haziran 1245'ten beri bir Katolik Kilisesi Konsil'i toplantı halinde idi. Papa geldikten sonra bu Konsil'un uzlaştırıcı çareler ile Kilise-İmparatorluk ayrılığının çözebileceği kabul edilmekte idi. Fakat Kardinal Raineri yine duruma müdahale etti. Bir seri İmparator'a hakaret eden tez-broşür yazarak Konsil'e katılanları imparator aleyhine kışkırttı. Bu hakaret dolu  tez-broşürler içinde, imparatoru kilise doktrinlerine delalet eden bir İsa aleyhytarı kişi olarak nitelendirmekte idi. Bu müdahale sonunda Konsil'de de imparator Friedrich aleyhinde olan kararlar oybirliği ile verildi.
Bir ay sonra Papa İnnocentius bir papalık fermanı yayımlayarak Friedrich'in Katolik Kilisesi tarafından Kutsal Roma İmparatorluk tahtından indirildiğini ilan etti. Bu fermanda imparator hakaret dolu niteliklerle tasvir edilmekteydi. Bunlar arasında "Babıl Sultanı'nın dostu olduğu"; "Arap Sarazen geleneklerini sarayına uyguladığı"; tıpkı Katoliklerin nefret ettikleri saptırılmış  Ortodoks inançlı Bizans imparatorları gibi "siyahi hadim harem ağaları tarafından korunup savunulan genç cariyelerle dolu bir harem" idare ettiği ithamları bulunmakta ve İmparator Friedrich Hristiyan dininden çıkmış olan bir dinsiz olmakla nitelendirilmekte idi. Papa bundan sonra Thugania Kontu olan Heindrich Raspe'nin Kutsal Roma İmparatorluk tacına rakip olmasını kabul etti. Bununla da kalmayıp Friedrich'in yakın arkadaşı olan ve Papa'nın kayınbiraderi olan Orlando de Rossi'ye destek sağlayarak Friedrich ve oğlu olan Enzo'nun aleyhinde onları öldürmek hedefi bir komplo hazırlanmasına ortak oldu. 
.
Friedrich'e komplo hazırlayanların plan ve isimleri Caserta Kontu tarafından herkese açıkça ifşa edildi. Bu komplocuların sığınmış oldukları Altaviilla Silentia adlı şehir imparator taraftarları tarafından ele geçirildi ve tahrip edilip yerle bir edildi. Bunların eline geçen açıkça suçlu olan komplocular kör edildiler, elleri kolları kesildi veya asılıp idam edildiler ya da diri diri yakıldılar. Kardinal Ranieri komutasındaki bir Papalık ordusu Sicilya'ya hücum etmek için Roma'dan yürüyüşe çıktı. Ama bu Papalık ordusu Spello'da Spelotto İmparatorluk Valisi olan Marino Ebolili tarafından mağlup edilip dağıtıldı.
Papa İnnocentius Almanya'ya gayet büyük finansal fonlar yollayarak Almanya'dan Friedrich'e gelen mali kaynakları kesmeye girişti. Almanya'da Katolik kilisesinin önemli idarecileri  olan Köln Başpiskoposu ve Mainz Başpiskoposu da Friedrich'in imparatorluktan azledilidiğini ilan ettiler. Toplanabilen İmparatorluk Diyet mensupları Mayıs 1246'da Heindrich Raspe'yi Almanya Kralı ilan etti. 5 Ağustos 1246'da Heindrich Papa'nın sağladığı fonlarla kiralayıp donattığı ticari askerlerden oluşan bir ordu ile Frankfurt civarında Friedrich'in oğlu olan Conrad'ın ordusunu mağlubiyete uğratti. Buna karşılık Friedrich Güney Almanya'da pozisyonunu hiçbir varıs erkek çocuğu olmadan ölen Avusturya Düklüğü arazilerini de alarak güçlendirdi.  1247 yılında ise Papa'nın Almanya kralı olarak empoze ettiği Heindrich Raspe öldü. Yerine Papa Hollanda Kontu II. William'ı Almanya Kralı olarak empoze etmeye çalıştı.
Şubat ve Mart 1247'de İmparator Friedrich İtalya'da durumunu pekiştirmek amacı ile Terni'de bir diet toplattı. Bu diyette İmparator Friedrich'in yandaşları Kutsal Roma İmparatorluğu'na dahil olan devletlerin başlarına getirildiler. İmparator oğlu olan Manfredo'nun IV. Amadeus Savoyalı'nin kızı ile evlenmesini sağlayarak Montferrato Markizinin kendine biat etmesini sağladı. Buna karşılık Papa İnnocentius Fransa Kralı IX. Louis'den destek istedi. Fakat IX. Louis imparator Friedrich'in arkadaşı idi ve imparatorun Avrupa'da bir barış istediğine inanmıştı. Papa Ottaviano değli Ubaldını komutanlığı altında bir büyük Papalık ordusunu Lombardiya üzerine gönderdi ama bu ordu Lombardiya'ya yetişemedi. Buna karşılık İmparator gayet büyük bir ordu ile Lombardiya'ya girdi ve Torino'da bir diyet topladı.

Parma Muharebesi

Hiç beklenmedik bir olay durumu dramatik olarak değiştirdi. Haziran 1247'de önemli bir Lombard şehri olan Parma imparaorluk memurlarını şehirden atarak Papalık yanlısı Guelfo'lar tarafına geçtiğini ilan etti. Enzo bu şehirde bulunmamaktaydı ve alabileceği tek tedbir babasından asker destek istemek oldu. Babası II. Friedrich ordusu ve yakın dostu olan Verona tiranı olan III. Ezzelino de Romano ile şehir önüne geldi ve şehirdeki kendi aleyhinde olan ayaklanmacılara karşı şehri kuşatmaya aldı. İmparator şehir içinden kuşatma altında bulunanlarının açlıktan göçüp fikirlerini değiştirip İmparator'a teslim olana kadar şehri bloke etmeye hazırdı. Friedrich şehrin surlarını kapsayan ve "Vittoria" adını verdiği tahtadan duvarlar yaptırdı ve bu tahtadan duvarların bir kısmını kendinin ikamet etmesi için bir tahta konak halinde kurdurdu. Bu tahta konak içinde etrafındaki maiyeti, cariyeleri ve hazinesi ile bir sarayda yaşar gibi yaşamaya başladı. Bu konaktan çok sevdiği bir spor olan sürek avı seferine istediği zaman çıkabilmekte ve etrafta bulunan av hayvanlarını spor için öldürmekte idi.
18 Şubata 1248'de imparator boyle bir sürek avai peşinde iken ve surlara ilgilenmemekte iken şehir içinde bulunan ordu bir huruç hareketi başlattı. İmparatorun ordugahı bu huruç edenlerin eline geçti. Hemen ortaya çıkan Parma Muharebesi'inden şehir ordusu galip geldi ve imparatorun ordusu hemen hemen tahrip edildi. Friedrich ordugahta sakladığı hazinesinin isyancılara kaptırdı. Bu hezimetten sonra imparatorun kendine karşı İtalya'da ayaklanmış olan şehir komünleri ve papa'ya karşı harekatta bulunacak imkanları kalmadı. Papa Sicilya adasına karşı bir haçlılar seferi organize etmek için planlara yapmaya başladı. Friedreich kendine ait olan İtalya bolegesne çekildi; yeniden asker toplamaya başladı ve bu yeni ordu askerlere savaş eğitimi verdirmeye gayret etti ve böylece eski siyasi ve askeri gücüne erişmeyi başardı. Fakat Parma Muharebesi ve imparatorun mağlubiyeti birçok İtalyan şehrinin gözlerini açtı ve imparatorluk rejiminin vergi ve asker toplama gücünün yükümlülüklerin sırtlarında taşımak istemeyen birçok İtalyan şehri İmparator aleyhinde olmaya ve İmparator'a direnmeye hazırlıklar yapmaya başladılar.. Bunların başında olan Romagna, Marche ve Spoletto şehirleri imparator tarafından ayrılıp onun aleyhtarı oldular.

Ölümü

Şubat 1249'da II. Friedrich başnazırı ve baş danışmanı olan ve ünlü bir şair ve hukukçu olan Pier delle Vign'i kendi zimmetine para ve mülk geçirmek suçları ile itham edip onu görevinden attı. Bazı tarihçiler Pier'in İmparatora ihanet etme planları hazırlamakta olduğunu bildirmektedir. Matthew Parisli'nin anlatığına göre, İmparator  bu yakın danışmanından bu ihaneti beklemiyordu ve bu komplo hakkında bilgi alınca ağlamıştı. Pier'in gözleri kör edildi; zincirlere vuruldu ve zindana atıldı. Bu halde iken Pisa'da, muhtemelen kendi-kendini öldürerek, hayatını kaybetti. Friedrich'i  daha fazla şoke eden bir olay da aynı yılın Mayıs ayında gayrimeşru oğlu olan Enzio Sardunyalı'nın Bologna'lılar tarafından Fossalta Muharebesi'nde yakalanıp esir alınması idi. Yakalandığı zaman sadece 23 yaşında olan Enzo, Bologna'da bir konakta tutuklanmıştı ve 1271'de ölene kadar bu konakta tutuklu kaldı.
Friedrich sonra "Richard Chietili" adlı diğer bir gayrimeşru oğlunu da kaybetti. Fakat imparatorluk içinde askeri çatışmalar devam etmekteydi. İmparatorluk Como ve Modena kalelerini kaybetti ama Ravenna şehrini eline geçirdi. Bir imparatorluk ordusu Kardinal Pietro Capossi komutasında Sicilya Krallığı'nı fethetmek için gönderildi. Ama bu ordu yolda iken 1250'de Marche bölgesinde yapılan Cıngoli Muharebesi'ni kaybetti ve dağılıp imha edildi. 1250'nin ilk aylarında hiç yılmaz bir kişi olarak tanınan Ranieri Viterbolu hayatını kaybetti. Aynı zamanda imparatorluğa bağlı paralı askerle birlikleri komutanları (condottiri) birlikleriyle Romagna, Marche ve Spoleto bölgelrini tekrar fethettiler. Romalılar Kralı unvanlı Alman IV. Conrad Almanya'da Hollandalı William'a karşı yaptığı muharebelerde birkaç önemli galibiyet kazandı.
Fredriech bu askeri kampanyaların hiçbirine şahsen katılmadı. Hasta idi ve muhtemelen kendini devamlı olarak yorgun hissetmekteydi. İmparator hayatının son yıllarında kendine yapılanan ihanetler ve ortaya çıkan felaketlere rağmen 13 Arallık 1250'de  Apulia bölgesinde  (Torramaggiore arazilerinde bulunan) Castel Fiorentino şatosunda bir dizanteri hastalığı nöbetinden sonra Sisteriyen keşişi elbisesi giymiş bir şekilde yatarken gayet sakin olarak hayata gözlerini yumdu.
Öldüğü zaman daha önce  Avrupa'da çok üstün siyasi pozisyonu düşmanlarının karşı çabaları suretiyle uygunluğu soru götürebilir duruma gelmişti. Ama genel büyük siyasi şöhretinden daha hiçbir şey kaybetmemişti. Verasetine göre meşru olan oğlu Conrad'a İmparatorluk tacını ve Sicilya hükümdarlığını bıraktı. Diğer oğlu Manfred'e Taranto Prensliğini ve krallığının sivil hükumet bürokrasini miras olarak verdi. Almanyalı VII. Henry'nin oğluna ise miras olarak Avusturya Düklüğü'nü ve Styria Sınır Kontluğu arazilerini bıraktı. Friedrich hazırladığı veraset belgesinde kendinin hayata iken Katolik Kilisesi'nden gasp edip eline geçirdiği arazi ve mülklerin tümünün Katolik Kilisesi'ne geri verilmesini; devlet hapishanelerinde bulunan tüm mahpuslara bir genel af uygulanıp hepsinin serbest bırakılmasını ve imparatorluk vergilerinin de İmparatorluk prestijine hiç zarar gelmeyecek bir şekilde ve bir limite doğru kısıtlanmasını ve böylece halka çok az bir yüküm olmasını  miras etmişti.
Fakat II. Friedrich'in ölümünden sadece dört yıl sonra esas varisi olan Conrad'ın ölmesi ile Hohenstaufen Hanedanı Batı Avrupa'da  tüm siyasi iktidar gücünü kaybetti. Bundan sonra 1273 yılına kadar imparatorlukta tam bir fetret dönemi başladı. 1274'te de son direk Hohenstauffen Hanedanı mensubu olan Enzo Bologna'daki tutuklanmış olduğu şatoda hayatını kaybetti. Bu dönemde bir efsane gelişti. Bu efsaneye göre Friedrich (ölmüş değil) ama derin bir uykuda bulunmakta idi.  Kyffhuser Dağları altında bulunan yatakta idi ve bir gün bu derin uykusundan uyanarak tekrar ordusunu başına geçecek ve  imparatorluğu yeniden kuracaktı. Zaman geçtikçe bu efsanenin kahramanı genel olarak değişti. Efsane kahramanı Friedrich olmaktan çıktı ve onun yerine  bu efsanenin kahramanı büyükbabası olan Kutsal Roma İmparatoru olan I. Friedrich Barbarossa (Kızıl Sakal) oldu.
Palermo Katedrali içinde bulunan II. Friedrich'in kırmızı porferi taşından yapılmış lathi, babası VI. Henri ile ve annesi Constance'ın yine taştan yontulmuş birlikte lahinin ve büyükbabası olan Sicilya Norman Kralı olan II. Rugerro'nun lathinin yanında bulunmaktadır. Diğer taraftan çok sonradan Baverayalı II. Ludwig'in yaptırmış olduğu tarihsel Almanya hükümdarlarını anma anıtı olan Walhalla Tapınağı'nda II. Friedrich'in büstü ana sunakta bulunmaktadır.

Ailesi

Friedrich'in bir kadın düşkünü olarak adı çıkmıştı ve yasal ve gayri meşru çok sayıda çocuk bıraktı: