Yaser Arafat

Doğumu ve çocukluğu

Arafat, Kahire'de Filistinli bir anne ve babanın çocuğu olarak doğdu. Babası, Abdurrauf el-Kudva el-Hüseyni, Gazzeliydi; babasının annesi Mısırlıydı. Arafat'ın babası Kahire'nin kültürel olarak kozmopolit Sakanini mahallesinde tekstil tüccarıydı. Arafat yedi kardeşin en genç ikincisiydi ve yalnızca küçük kardeşi Fethi ile kendisi Kahire'de doğmuştu. Annesi Zehva Ebulsuut 1933'te, Arafat dört yaşındayken böbrek rahatsızlığından öldü.
Arafat'ın Kudüs ile ilk bağlantısı, tek başına yedi çocuğu yetiştiremeyen babasının kardeşi Fethi ile kendisini, Eski Kudüs'ün Fas mahallesinde yaşayan annesinin ailesine göndermesiyle oluştu. Orada amcaları Selim Ebulsuut ile birlikte dört yıl yaşadılar. 1937'de babaları, ablaları İnam tarafından bakılmak üzere onları yanına geri aldı. Arafat'ın babası ile olan ilişkileri giderek kötüleşmiş ve 1952'de babası öldüğünde cenazesine katılmamıştır. Gazze'ye dönüşünden sonra bile babasının mezarını ziyaret etmemiştir.

Eğitimi ve 1948 Arap-İsrail Savaşı

1947'de  Arafat Kral I. Fuat Üniversitesi'ne kaydoldu ve 1950'de mezun oldu. Daha sonraları bu dönemde Yahudilerle giriştiği tartışmalarla ve Theodor Herzl ile diğer önde gelen siyonistlerin yayımladıkları eserleri okuyarak Yahudilik ve Siyonizm hakkında daha iyi bilgilendiğini belirtmiştir. Ancak yaşamının bu evresinde bir Arap milliyetçisi oldu ve gizli yollardan ele geçirdiği silahları Arap Yüksek Komitesi'nin ve Cihat Ordusunun üyeleri tarafından kullanılmak üzere o zaman İngiliz mandası altında olan Filistin'e kaçak yollardan soktu. 1948 Arap-İsrail Savaşı sırasında, Arafat üniversiteden ayrıldı ve diğer Araplarla birlikte Filistin'e girerek İsrail birliklerine karşı savaşan Arap kuvvetlerine katılmaya çalıştı. Ancak Filistin fedailerinin yanında savaşmak yerine, resmî olarak örgüte hiç girmemiş olsa da Müslüman Kardeşlerin yanında savaştı. Çatışmada Mısır kuvvetlerinin ana savaş alanı olan Gazze'de savaşa katıldı. 1949 yılının başlarında savaş İsrail'in lehine doğru ilerlemekteydi ve Arafat bu esnada lojistik destek eksikliğinden ötürü Kahire'ye geri döndü.
Üniversiteye döndükten sonra Arafat inşaat mühendisliği okudu ve 1952'den 1956'ya kadar Filistinli Öğrenciler Birliği'nin başkanlığını yaptı. Başkanlık yaptığı ilk sene, Özgür Subaylar Hareketi'nin Kral I. Faruk'u devirmesinden sonra üniversitenin adı Kahire Üniversitesi oldu. Bu sıralarda Arafat inşaat mühendisliğinden mezun oldu ve Süveyş Krizi'nde savaşmak için Mısır Ordusu'na çağrıldı ancak bizzat savaş alanında çarpışmadı. O yılın sonunda, Prag'da bir konferansta düz beyaz bir kefiye taktı. Bu kefiye daha sonra Kuveyt'te takmaya başladığı kendisiyle özdeşleşen siyah-beyaz damalı kefiyeden farklıydı.

Adı

Arafat'ın asıl tam adı Muhammed Abdurrahman Abdurrauf Arafat el Kudva el Hüseyni'dir. Muhammed Abdurrahman ilk adlarıdır; Abdurrauf babasının adı, Arafat da büyükbabasının adıdır. El Kudva aile adı, el Hüseyni de el Kudva ailesinin bağlı olduğu aşiretin adıdır. Ancak Arafat'ın aşireti olan el Hüseyni Gazze'de yerleşmiştir ve Kudüs'ün tanınmış el Hüseyni aşiretiyle bir ilgisi yoktur.
Arafat Kahire'de yetiştiğinden beri adın Muhammed ya da Ahmed bölümünü bırakmak gelenek hâline gelmişti. Örneğin tanınmış Mısırlılardan Enver Sedat ve Hüsnü Mübarek de aynı şekilde davranmıştır. Ancak Arafat adının Abdurrahman ve Abdurrauf kısımlarını da bıraktı. 1950'lerin başına Arafat, Yaser adını kullanmaya başladı. Gerilla kariyerinin başlarında da kod adı olarak Ebu Ammar'ı seçti. Her iki isim de Muhammet'in ilk takipçilerinden Ammar bin Yaser'den gelir. Adlarının çoğunu bırakmasına rağmen İslam'daki önemine istinaden Arafat adını bırakmadı.

El-Fetih'in kuruluşu

1956 yılında Süveyş Krizi'nin sonucunda Özgür Subaylar Hareketi'nin lideri Mısır Cumhurbaşkanı Cemal Abdünnasır, Birleşmiş Milletler Acil Müdahale Gücü'nün Sina Yarımadası ve Gazze Şeridi'ne yerleşmesini kabul etti ve bu da aralarında Arafat'ın da bulunduğu tüm gerilla ya da fedailerin bölgeden uzaklaştırılmasına neden oldu. Arafat önce Kanada'ya sonra da Suudi Arabistan'a vize alabilmek için başvuruda bulundu ama ikisinde de başarılı olamadı. 1957 yılında, o dönemde Büyük Britanya mandası altında olan Kuveyt'e vize için başvurdu ve inşaat mühendisliğindeki işi nedeniyle başvurusu kabul edildi. Kuveyt'te Mısır'daki Müslüman Kardeşler örgütünün üyesi iki Filistinli arkadaşı Salah Halef (Ebu İyad) ve Halil el Vezir (Ebu Cihad) ile karşılaştı. Her ikisi de sonraki dönemlerde Arafat'ın sağ kolu oldular. Ebu İyad, Arafat gibi 1957'nin sonunda Kuveyt'e gelmişti, Ebu Cihad öğretmenlik yaparak Kuveyt'te yaşıyordu. 1960'ta Ebu İyad Arafat'ın geçici bir öğretmenlik işi bulmasına yardımcı olmuştu.
Arafat Gazze'den gelen diğer Filistinli mültecilerle arkadaşlığını geliştirdikçe el-Fetih diye bilinen grup oluşmaya başladı. El-Fetih'in kuruluşunun tam bir tarihi yoktur ancak 1958-1960 tarihleri arasında grup örgütün kurucuları tarafından kaleme alınan milliyetçi Filistin dergisi Filistinuna Nida el Hayat (Filistinimiz, Yaşam Çağrısı) etrafında toplandı. Grubun ismi olan el-Fetih, Arapça Harekat el Tahrir el Vatani el-Filistini yani "Filistin Ulusal Kurtuluş Hareketi" 'nin başharflerinin tersten yazılışıdır. Öte yandan kelimenin fethetme anlamı bu örgüt için kullanılmamıştır.
El-Fetih kendini Filistinliler tarafından yürütülen bir silahlı mücadeleyle Filistin'in kurtarılmasına adadı. Bu yönüyle, çoğunluğu birleşik bir Arap tepkisine inanan diğer siyasi ve gerilla örgütlerinden farklıydı. Arafat'ın örgütü zamanının önde gelen Arap ulusal hükümetlerinin ideolojilerine hiçbir zaman başeğmedi, o dönemde diğer Filistinli fraksiyonlar Mısır, Irak, Suudi Arabistan ve Suriye gibi devletlerin uyduluğunu yapıyordu.
İdeolojisine bağlı kalan Arafat genel olarak bağımsız hareket edebilmek için büyük Arap hükümetlerinin örgütüne bağışlarını kabul etmedi. Ancak bu devletlerden uzaklaşmak istemediği ve hepsinin tam desteğini almak istediği için de diğer ideolojilere bağlı olan gruplarla ittifaka da girmedi. Ancak Kuveyt'te ve Katar gibi diğer körfez ülkelerinde bulunan zengin Filistinlilerin yardımını alarak el-Fetih'in gelecekteki finansal kaynaklarını oluşturmak için çok çaba sarf etti. 1961 yılında Katar'da Mahmud Abbas (el Mazen) ile tanıştı. Arafat'ın temas ettiği işadamları ve petrol işçileri cömertçe el-Fetih örgütüne yardım etti. Arafat aynı süreci Libya ve Suriye gibi diğer Arap ülkelerinde de devam ettirdi.
1962-1966 yılında, Arafat ve en yakın arkadaşları Nasır'ın Arap Birliği'nden yeni ayrılan ve İsrail ile komşu olan Suriye'ye göç etti. Burada daha yüksek gelirli üyeler toplayabildi ve sonunda İsrail'e karşı olan silahlı mücadelesine başlayabildi. Bundan önce el-Fetih'in yaklaşık üç yüz üyesi vardı ama hiç savaşçısı yoktu. Arafat'ın 1964 yılında Arap Birliği tarafından kurulan Filistin Kurtuluş Örgütü'nün düzenli askerî kuvveti olan Filistin Kurtuluş Ordusu'nun üyelerine daha fazla maaş verilmesi kararını vermesinin ardından yavaş yavaş el-Fetih'in insan gücü arttı. 31 Aralık 1964'te de el-Fetih'in askerî kolu olan el Assifa (Fırtına) İsrail'e sızmaya çalıştı ancak Lübnan güvenlik güçleri tarafından durduruldu. El-Fetih'in kötü eğitimli, kötü donanımlı savaşçılarıyla yaşanan bu olaydan sonra, çoğu Arafat tarafında doğrudan yönetilen birçok başarılı baskın ya da başarısız baskın girişimi oldu.

Filistinlilerin Lideri

13 Kasım 1966'da, İsrail Yeşil Hat'tın güneyinde el-Fetih'in bombalı saldırısı sonucu üç İsrailli askerin ölmesine misilleme olarak Ürdün tarafından idare edilen Batı Şeria'nın el-Samu şehrine büyük bir saldırı başlattı. Çatışmanın sonunda birçok Ürdün askeri öldü ve 125 ev yerle bir edildi. Bu baskın 1967'de yapılan Altı Gün Savaşı'na yol açan faktörlerden biridir.
İsrail'in 5 Haziran 1967'de Mısır Hava Kuvvetleri'ne karşı yaptığı hava saldırısı Altı Gün Savaşı'nın başlangıcı oldu. Savaş Arapların yenilgisi ve İsrail'in aralarında Batı Şeria ile Gazze Şeridi'nin de bulunduğu birçok Arap bölgesini işgaliyle sonuçlandı. Her ne kadar Nasır ve Arap müttefikleri yenilmişse de Arafat ve el-Fetih bir anlamda muzaffer olmuşlardı çünkü artık o güne kadar Arap hükümetlerinin yanında yer alan Filistinlilerin çoğu sorunlarının çözümünün "Filistinliler"den geçtiğini anlamaya başlamıştı. Aralarında George Habbaş'ın (el Hekim) Arap Milliyetçi Hareketi, Hacı Emin el Hüseyni'nin Arap Yüksek Şurası, İslami Kurtuluş Cephesi ile Suriye destekli birçok Filistinli siyasi parti ve örgüt sponsorlarının yenilgisinden sonra büyük bir çöküş yaşadı. Yalnızca bir hafta sonra Arafat kılık değiştirerek Şeria Nehri'ni geçti ve Batı Şeria'ya girdi. El Halil, Kudüs ve Nablus'da hareketine yandaş aramak için merkezler kurdu.
Nasır danışmanlarından Muhammed Heykal aracılığıyla Arafat ile temas kurdu ve Arafat Nasır tarafından "Filistinlilerin lideri" ilan edildi. Aralık ayında Ahmet Şukeyri Filistin Kurtuluş Örgütü liderliğinden istifa etti. Yerine Yahya Hammuda geçer ve Arafat'ı örgüte katılması için çağrıda bulunur. El-Fetih'e Filistin Kurtuluş Örgütü Meclisi'nin 105 sandalyesinin 33'ü ayrılır. Diğer 57 sandalye çeşitli gerilla grup ve faksiyonlarına ayrılmıştır.

El-Karameh Çarpışması

1968 boyunca el-Fetih örgütünün merkezinin bulunduğu, Filistin mülteci kamplarının yer aldığı el-Karameh kasabası İsrail Ordusu tarafından birçok kez hedef alındı. Şehrin Arapça adının anlamı "haysiyet"tir ve 1967 Arap yenilgisinden sonra sembolik önemini artırmaktadır. Buraya düzenlene operasyon, el-Fetih ve diğer militan örgütler tarafından işgal altında bulunan Batı Şeria'da roketli saldırılara karşı misilleme amaçlıdır. Said Aburiş'e göre Ürdün hükümeti ve birkaç el-Fetih komandosu Arafat'ı geniş çaplı bir İsrail saldırısının hazırlıklarını karşı uyarmış, George Habbaş'ın yeni kurulmuş Filistin Halk Kurtuluş Cephesi (FHKC) ile Nayef Hayatme'nin fraksiyoner Filistin Demokratik Halk Kurtuluş Cephesi (FDHKC) örgütleri şehri terketmiştir. Her ne kadar el-Fetih sempatizanı Ürdünlü bir general tarafından kasabayı terkedip tepelere saklanması önerildiyse de Arafat buna karşı çıkmış, ve "Arap dünyasında çekilmeyecek ya da kaçmayacakların da olduğuna tüm Dünya'yı inandırmak istiyoruz" demiştir. Aburiş, el-Fetih'in Arafat'ın emriyle kasabada kaldığını, Ürdün Ordusu'nun eğer ağır çarpışmalar olursa devreye girme kararı verdiğini yazar.
21 Mart gecesi İsrail Ordusu ağır silahlarla, zırhlı araçlarla ve savaş uçaklarıyla el Karameh'e saldırdı. El-Fetih'in kaçmaması İsrail askerlerini şaşırttı. İsrail kuvvetleri harekâtı genişletince Ürdün Ordusu da müdahil oldu ve İsrailliler büyük bir savaş çıkmasını önlemek için geri çekilmek zorunda kaldı. Çarpışmanın sonunda yaklaşık 150 el-Fetih militanı, yirmi Ürdün askeri ve yirmi sekiz İsrail askeri ölmüştür. Arapların ölü sayısının daha çok olmasına rağmen, İsrail'in hızlı geri çekilmesi nedeniyle el-Fetih kendisini muzaffer saymıştır. Arafat savaş alanında bulunmuştur ama katılımının detayları belirli değildir. Ancak hem müttefikleri hem de İsrail haberalma örgütü çarpışma sırasında sürekli olarak adamlarını yerlerinden ayrılmama ve çarpışmaya devam etme konusunda cesaretlendirdiğini belirtmiştir.
Çarpışma Time tarafından detaylı olarak izlenmiş ve Arafat'ın portresi 13 Aralık 1963 sayısının kapağında çıkarak Dünya Arafat'ın resmiyle ilk defa tanışmıştır. Savaş sonrası ortamda bu önemli dönüm noktasında Arafat ve el-Fetih ortaya çıkmış ve İsrail'e karşı çıkmaya cesaret eden ulusal kahraman olarak görülmeye başlamıştır. Arap dünyasından gelen toplu takdirler sonucu finansal bağışlar önemli ölçüde artmış ve el-Fetih silah ve mühimmatı gelişmiştir. İçlerinde binlerce Filistinli olmayan Arabın da bulunduğu birçok gencin katılımıyla örgütün üye sayısı artmıştır.
3 Şubat 1969'da toplanan Filistin Ulusal Konseyi'nde Yahya Hammuda Filistin Kurtuluş Örgütü liderliğinden çekildi. Yerine geçen Arafat, iki yıl sonra Filistin Devrimci Kuvvetlerinin başkomutanı oldu ve daha sonra 1973'te FKÖ'nün siyasal kolunun da başına geçti.

Ürdün

1960'ların sonunda Filistinlilerle Ürdün hükümeti arasındaki gerginlikler giderek arttı, ağır silahlarla donanmış Arap direnişçileri Ürdün'de sanki "devlet içinde devlet" yaratmıştı ve ülkenin stratejik bazı noktalarını ellerinde tutuyorlardı. El Karameh Çarpışmasından zaferle çıktıktan sonra el-Fetih ve diğer Filistinli gruplar Ürdün'de sivil hayatın kontrolünü ellerine geçirmeye başlamıştı. Yollarda barikatlar kuruyor, açıkça Ürdün Polisini aşağılıyor, kadınların ırzına geçiyor ve yasadışı vergiler koyuyordu. Bunlardan Arafat'ın ya haberi yoktu ya da göz yumuyordu. Krallığının egemenliğine ve güvenliğine karşı bunları bir tehdit olarak gören Ürdün Kralı Hüseyin milis kuvvetlerini silahsızlandırma girişiminde bulundu. Ancak muhalif kuvvetlerle askerî çatışmanın önüne geçmek için Hüseyin kabinesinde bulunan aralarında kendi ailesinden kişilerin de bulunduğu FKÖ karşıtlarını çıkardı ve Arafat'ı Ürdün'ün başbakanı olması için davet etti. Arafat, Filistinlilerin liderliğinde bir Filistin devleti inancı nedeniyle bunu reddetti.
Hüseyin'in girişimine rağmen Ürdün'de militanların eylemleri devam etti. 15 Eylül 1970'te Filistin Halk Kurtuluş Cephesi beş uçak kaçırdı ve bunların üçünü Amman'ın 48 km. doğusunda bulunan Dawson hava üssüne indirdi. Yolcular başka yere nakledildikten sonra bu üç uçak patlatıldı. Bu eylemler, FKÖ'nü oluşturan örgütlerin kontrolünden sorumlu tutulan Arafat'ın aralarında ABD'ninde bulunduğu birçok batılı ülkenin gözünde itibar kaybetmesine neden oldu. Arap hükümetlerinden gelen baskılar sonucu Arafat uçak kaçırma olaylarını açık olarak kınadı ve FHKC'sini birkaç haftalığına silahlı eylemlere katılmasını askıya aldı. FHKC Atina Havaalanı'na saldırdıktan sonra da aynı tedbirleri yineledi. Toprakları üzerinde kontrolü tekrar sağlamak isteyen Ürdün hükümeti harekete geçti ve ertesi gün Kral Hüseyin sıkıyönetim ilan etti. Aynı gün Arafat, Filistin Kurtuluş Ordusu'nun başkomutanı oldu.
Anlaşmazlık arttıkça diğer Arap hükümetleri barışçıl bir çözüm için arabuluculuğa girişti. Bu çabanın sonucunda Cemal Abdünnasır 21 Eylül'de Kahire'de ilk Arap Birliği acil zirvesini topladı. Arafat'ın konuşması katılan Arap liderlerin sempatisini kazandı; diğer devlet başkanları Kral Hüseyin ve babası Kral Tallal ile alay ederek karşısında yer aldı. İki taraf arasında bir barış anlaşmasına varılamadı. Nasır, zirveden saatler sonra ağır bir kalp krizi sonucu öldü.
25 Eylül'de Ürdün Ordusu üstünlüğü ele geçirdi ve iki gün sonra Arafat ile Hüseyin bir dizi ateşkes konusunda anlaştı. Ürdün Ordusu Filistinlilere siviller de dahil olmak üzere ağır kayıplar verdirdi. Yaklaşık 3.500 kişinin öldüğü sanılmaktadır. Arafat ve aralarında iki komutanı Ebu İyad ile Ebu Cihad'ın da bulunduğu el-Fetih kuvvetleri Ürdün'ün kuzey köşesine doğru itildi. Suriye ile İsrail sınırında bulunan Jerash şehri yakınlarına yerleştiler. Filistin yanlısı Ürdün kabine üyesi Münib Mesri'nin ve Suudi Arabistan'ın Ürdün büyükelçisi Fahd el-Humeymi'nin yardımlarıyla Arafat iki bin savaşçısıyla Suriye'ye girmeyi becerdi. Buradan Lübnan sınırını geçerek buradaki el-Fetih kuvvetleriyle bir araya gelerek yeni merkezlerini kurdular.

1970'lerde terörist saldırılar ve resmî olarak tanınma

Lübnan'ın zayıf merkezî hükümeti sayesinde FKÖ hemen hemen bağımsız bir devlet gibi hareket edebiliyordu. Bu dönemde, 1970'lerde ortaya çıkan birçok sol görüşlü FKÖ grubu İsrail içinde ve dışında askerî ve sivil hedeflere karşı saldırılarda bulundu.
1972'de iki önemli olay oldu. El-Fetih içindeki gruplardan Kara Eylül Viyana'ya giden bir Sabena uçağını kaçırdı ve zorla İsrail'in Lod şehrinde Ben Gurion Havalanı'na indirdi. FHKC ve Japon Kızıl Ordusu aynı havaalanında yirmi dört sivili öldürdü. İsrail daha sonra FHKC sözcüsü Ghassan Kanafani'nin öldürülmesinin bu saldırıda FHKC'sinin rolüne karşı misilleme olduğunu açıklamıştır. İki gün sonra çeşitli FKÖ faksiyonları bir otobüs terminalini bombalayıp on bir sivili öldürerek karşılık verdi.
Münih 1972 Olimpiyat Oyunları'nda Kara Eylül grubu 11 İsrailli sporcuyu kaçırdı ve öldürdü. Aralarında Münih Olimpiyatları baskınının planlayıcılarından Muhammed Ude'nin (Ebu Davud) ve İsrailli tarihçi Benny Morris'in de bulunduğu bazı kaynaklar Kara Eylül'ün el-Fetih'in askerî operasyonlarda kullandığı silahlı bir kolu olduğunu belirtmiştir. Ebu Davud'un 1999 tarihli kitabına göre "Arafat'ın Münih'te rehine alma planlarından haberi vardı." Cinayetler uluslararası olarak kınandı. 1973ve 1974'te Arafat Kara Eylül'ü kapatarak FKÖ'nün İsrail, Batı Şeria ve Gazze Şeridi dışında şiddet eylemlerinden uzaklaşmasını emretti.
1974 yılında Filistin Ulusal Konseyi Arafat ve danışmanları tarafından hazırlanan On Nokta Programını kabul etti ve İsraillilere bir uzlaşma önerdi. Bu uzlaşmaya göre 1948 Arap-İsrail Savaşı'nda İsrail'in ele geçirdiği Batı Şeria ve Gazze Şeridi gibi "kurtarılmış Filistin toprakları" üzerinde bir Filistin Ulusal Yönetimi isteniyordu. Bu FKÖ'nün bazı fraksiyonları tarafından iyi karşılanmadı ve örgütten ayrılan FHKC, FDHKC gibi bazı örgütler Ret Cephesini kurdu.
İsrail ve ABD, Arafat'ın beş diplomat ve beş diğer kişinin öldürüldüğü 1973 Hartum diplomatik cinayetlerine de karıştığını ileri sürdü. 2006 yılında gizliliği kaldırılan 1973 tarihli bir ABD Dışişleri Bakanlığı belgesinde "Hartum operasyonu Yaser Arafat'ın bilgisi ve kişisel onayıyla planlandı ve gerçekleştirildi" diye yazar. Arafat operasyon ile ilgili tüm katılım iddialarını reddetti ve bu eylemin bağımsız olarak Kara Eylül grubu tarafından işlendiğini ısrarla belirtti. İsrail Arafat'ın bu örgütler üzerinde kontrolü elinde tuttuğunu dolayısıyla da terörizmden vazgeçmediğini iddia etti.
Aynı yıl Arap Birliği'nin Rabat'ta yapılan zirvesinde Filistin Kurtuluş Örgütü "Filistin halkının yasal tek temsilcisi" olarak ilan edildi ve birliğe tam üyeliğe kabul edildi. Arafat, Birleşmiş Milletler Genel Kurulu'na hükümet dışı bir örgütün üyesi olarak hitap eden ilk kişi olmuştur. Arafat konuşmasında Siyonizmi kınadı ve "Bugün bir zeytin dalı ile özgürlük savaşçısının silahını taşıyarak geldim. Elimden zeytin dalının düşmesine müsaade etmeyin" dedi. Konuşması Filistin davasına uluslararası alanda sempati kazandırdı.

Tunus

1993'e kadar Arafat ve el-Fetih'in harekât merkezi Tunus'un başkentine yerleşti. 1985'te İsrail Hava Kuvvetleri'nin Tahta Bacak Harekâtı'nın bir parçası olarak örgüt merkezini F-15 savaş uçaklarıyla bombalamasından şans eseri kurtuldu. 73 kişinin öldüğün sabah dışarıya koşmaya çıkmıştı.

Birinci İntifada

Arafat 1980'lerde Libya, Irak ve Suudi Arabistan'dan aldığı parasal destekle oldukça yıpranmış olan FKÖ'nü tekrar yapılandırdı. Batı Şeria ve Gazze Şeridi'nde İsrail işgaline karşı Filistin gençliğinin başkaldırısyla Aralık 1987'de başlayan Birinci İntifada sırasında bu yeniden yapılandırma çok yararlı oldu. İntifada kelimesi Arapça'da "başından savma" anlamına gelir ama genel olarak bir başkaldırıyı, isyanı tanımlamak için kullanılır.
İntifada'nın ilk aşaması Erez kontrol noktasında yaşanan bir olaya karşı cevap olarak başladı. Burada bir İsrail askerî aracı bir grup Filistinli sivile çarparak dördünü öldürmüştü. Ancak birkaç hafta içinde Arafat, 1992-93'e kadar sürecek olan bu başkaldırıyı yönlendirmeye çalışıyordu. 16 Nisan 1988'de İntifada tüm hızıyla sürerken Ebu Cihad Tunus'taki eveinde bir İsrail vurucu timi tarafından öldürüldü. Arafat, yerel Filistin liderliğinde bir denge unsuru olarak gördüğü Ebu Cihad için Şam'da bir cenaze merasimi düzenledi.
İntifada sırasında Filistinlilerin kullandığı en yaygın taktik, daha sonra ayaklanmanın sembolü hâline dönüşen, İsrail Ordusu tanklarına taş atılmasıydı. Bazı Batı Şeria şehirlerinde yerel liderler, vergi boykotu ve diğer boykotlar gibi pasif protesto eylemlerine başladı. İsrail buna ev baskınlarıyla yüksek miktarda paraya el koyarak karşılık verdi. İntifada sona ererken yeni silahlı Filistinli örgütler, özellikle Hamas ve Filistin İslami Cihad Örgütü, intihar bombalama eylemleriyle İsrailli sivilleri hedef almaya başladılar ve Filistinliler arasında iç çekişme de giderek arttı.

Yön değişikliği

15 Kasım 1988'de Filistin Kurtuluş Örgütü bağımsız Filistin Devleti'ni ilan etti. Arafat 13 Aralık ve 14 Aralık tarihindeki konuşmalarıyla, İsrail'e "barış ve güvenlik içinde varolma" hakkını veren Birleşmiş Milletler Güvenlik Konseyi'nin 242 sayılı kararını kabul etti ve "devlet terörizmi de dahil olmak üzere her türlü terörizmi" reddetti. Uzun yıllar boyunca ABD ile FKÖ arasında resmî görüşmelerin başlaması için şart koştukları bu koşulların Arafat tarafından kabul edilmesi ABD hükümeti tarafından kabul gördü. Arafat'ın bu sözleri Filistin Kurtuluş Örgütü'nün ana amaçlarından biri olan İsrail'in yok edilmesinden vazgeçildiğini gösteriyordu. Yeni görüş 1949 ateşkes sınırları içinde bir İsrail Devleti ile Batı Şeria ve Gazze Şeridi'nde bir Arap devleti olarak iki ayrı oluşumun kurulmasıydı. 2 Nisan 1989'da Arafat Filistin Ulusal Konseyi'nin Merkez Konseyi tarafından ilan edilen Filistin Devleti'nin başkanı seçildi.
1990-91'de Körfez Savaşı'ndan önce, İntifada'nın yoğunluğu azalmaya başladığında Arafat Saddam Hüseyin'in Kuveyt'i işgalini destekledi ve Irak'a yapılan ABD liderliğindeki koalisyan saldırısına karşı çıktı. Bu kararı el-Fetih'in ve FKÖ'nün diğer önde gelen üyelerinin onayını almadan vermiştir. Arafat'ın sağ kolu Ebu İyad tarafsız kalmayıönerdi ve Saddam ile bir ittifaka karşı çıktı. Ebu İyad, 17 Ocak 1991'de Irak yanlısı Ebu Nidal örgütü tarafından öldürüldü. Arafat'ın kararı aynı zamanda Mısır ve petrol üreten ve ABD koalisyon kuvvetlerini destekleyen birçok Arap devleti ile olan bağları kopardı. ABD'de birçok kişi Arafat'ın bu kararını barış yanlısı bir kişi olduğunu iddialarını yalanlamak için kullandı. Düşmanlıkların sonunda birçok Arap devleti FKÖ'ne yaptıkları parasal desteği keserek örgütün rakibi olan Hamas ve diğer İslamcı grupları desteklemeye başladı.
1990 yılında Filistinli bir Hristiyan olan Süha Tavil ile evlendi. Evlendiğinde kendisi 61, eşi 27 yaşındaydı. Süha evlenmeden önce müslüman oldu. Evlenmeden önce, Arafat ile Fransa'da tanıştıktan sonra Tunus'ta FKÖ için çalışıyordu. Arafat evlenmeden önce elli Filistinli savaş yetimini evlat edindi.
Arafat, 7 Nisan 1992'de bir kum fırtınası sırasında uçağı Libya Çölü'ne çakıldığında bir kere daha ölümden kıl payı kurtuldu. İki pilot ve bir mühendis ölmüş, Arafat ise yalnızca hafif yara bere ile atlatmıştı.

1993 Oslo İlkeler Anlaşması

1990'ların başında Arafat ve önde gelen el-Fetih yetkilileri 1993 Oslo İlkeler Anlaşması'na yol açacak olan bir dizi gizli görüşme için İsrail hükümeti ile temas kurdu. Anlaşma beş yıllık bir dönemde Batı Şeria ve Gazze Şeridi'nin bazı bölümlerinde Filistinlilerin kendini yönetmesi ve bu bölgelerde İsrail yerleşiminin durdurulup, varolanların taşınması yönündeydi. Anlaşmaya göre yerel halktan ya da yurtdışında yaşayan Filistinlilerden oluşacak bir Filistin polis gücü Filistin yönetimi olan yerlerde devriye görevini sağlayacaktı. Eğitim, kültür, sosyal refah, doğrudan vergilendirme ve turizm gibi çeşitli alanlarda yetki ve idare Filistin geçici yönetimine verilecekti. Her iki taraf da altyapı, sanayi, ticaret ve iletişim gibi özel ekonomik sektörlerde kooperasyon ve koordinasyonu sağlayacak bir komitenin kurulmasında anlaştılar.
Anlaşmaları imzalamadan önce Arafat Filistin Kurtuluş Örgütü'nün başkanı ve resmî yetkilisi olarak şiddeti reddeden ve resmî olarak İsrail'in varlığını tanıyan iki yazıyı imzaladı. Buna karşılık olarak İsrail adına başbakan İzak Rabin resmî olarak Filistin Kurtuluş Örgütü'nü tanıdı.
Anlaşmayı takip eden yıl, Arafat ve Rabin'e Şimon Perez ile birlikte Nobel Barış Ödülü verildi. Filistinlilerin tepkisi karışık oldu. Retçi Cephe anlaşmalara karşı ortak olarak muhalif oldukları islamcıların yanında yer aldı. Ayrıca Lübnan, Suriye ve Ürdün'de bulunan Filistinli mülteciler, birçok Filistinli entelektüel ve yerel Filistinli liderler tarafından da bu anlaşmalar reddedildi ancak sözü geçen bölgelerde yaşayanların çoğunluğu anlaşmayı ve Arafat'ın barış ve ekonomik refah sözlerini kabul etti.

Bölgede yönetimin kurulması

Oslo Anlaşmasının koşullarına uygun olarak Arafat'ın Batı Şeria ve Gazze Şeridi'nde FKÖ'nün yönetimini kurması gerekiyordu. Bu yönetimi kurmak için finansal desteğin gerekli olduğu konusunda ısrar etti, bu desteğe bölgede yaşayan Filistinlilerin yönetimi kabul etmesi için gereksinimi vardı ancak Arafat'ın her zaman arkasında finansal detek olmuş olan Körfez Arap ülkeleri 1991 yılında Körfez Savaşı sırasında Arafat'ın Irak'a duyduğu sempati nedeniyle FKÖ'ne önemli bir bağış yapmaktan kaçınıyordu. Oslo'da el-Fetih uzlaşmacılarının önemli isimlerinden Ahmed Kurey FKÖ'nün iflas ettiğini açıkladı.
1994 yılında Arafat, Filistin Ulusal Yönetimi'nin kontrolü altında bulunan şehirlerden Gazze'ye taşındı. Arafat Filistin Ulusal Yönetimi'nin başkanı, başbakanı, Filistin Kurtuluş Ordusu'nun başkomutanı ve Filistin Yasama Konseyi'nin başkanı oldu. Temmuz ayında Filistin Ulusal Yönetimi Filistinlilerin resmî hükümeti olarak ilan edildi ve temel yasaları üç ayrı versiyon olarak yayımlandı. Arafat Filistin Ulusal Yönetimi'ni yapılandırmaya başladı. Yirmi üyeden oluşan bir kabine kurdu. Arafat ayrıca Gazze ve Nablus gibi önemli şehirlerin belediye başkanlarını da değiştirdi ve yenilerini atadı. Eğitim, sağlık ve sosyal işlerle uğraşan sivil toplum örgütlerinin başına seçimle gelenleri Filistin Ulusal Yönetimi'nin yetkilileriyle değiştirerek kendine bağladı. Daha sonra da Dünya Bankası tarafından yeni Filistin varlığına yardımcı olmak için gelen yardım parasını kontrol eden finans örgütünün başına kendisini atadı.
Arafat 13 Mayıs'ta etkin olan bir Filistin polis kuvveti kurdu. Asıl olarak Filistin Kurtuluş Ordusu askerlerinden oluşan bu kuvvete Önleyici Güvenlik Servisi adı verildi. Arafat bu örgütün başına Muhammed Dahlan ve Cibril Racub'u atadı. Amnesty International, bu polis gücünün siyasi muhalifleri işkenceden geçirip öldürmesi, ve insan hakları eylemcilerini tutuklaması gibi istismarlarının yeterince incelenmemesi nedeniyle Arafat ve Filistin Ulusal Yönetimi liderliğini suçlamıştır. 24 Temmuz 1995'te Arafat'ın eşi Süha Fransa, Sorbonne'da bir kız çocuk dünyaya getirdi. Arafat'ın ölmüş annesi Zehva'nın adı çocuğa verildi.
20 Ocak 1996'da Arafat %88,2'lik önemli çoğunlukla Filistin Ulusal Yönetimi'nin başkanlığına seçildi. Diğer tek aday yardım düzenleyicisi Semiha Halil'di. Hamas ve diğer muhalif hareketler başkanlık seçimlerine katılmama kararı aldığından başka aday yoktu. Arafat'ın bu seçim zaferi Filistin Yasama Konseyi'nin 88 koltuğunun 51'inin el-Fetih'e geçmesini garantiledi. Her ne kadar kendinden "general" olarak söz etse de, başkanlığa seçildikten sonra Arafat'tan artık Reis olarak söz edilmeye başlandı.
1997 yılında Filistin Yasama Konseyi'nin, Filistin Ulusal Yönetimi'nin yürütme kurulunu finansal kötü idare ile suçlaması sonucu Arafat'ın kabinesinin dört üyesi istifa etmek zorunda kaldı. Arafat görevinden istifa etmeyi reddetti.

Diğer barış anlaşmaları

1996'ın ortasında Benjamin Netanyahu %1'lik bir farkla İsrail'in başbakanı olarak seçildi. Süregelen anlaşmazlıklarla Filistin-İsrail ilişkileri daha da düşmanca bir tavır aldı. İsrail-FKÖ anlaşmasına rağmen Netanyahu Filistin Devleti fikrine karşı çıktı. 1998'de ABD Başkanı Bill Clinton iki lideri buluşmaya ikna etti. Bu buluşmanın sonucunda ortaya çıkan Wye Nehri Memorandumu'u barış sürecini tamamlamak için İsrail hükümeti ve Filistin Ulusal Yönetimi'nin atması gereken adımları detaylandırıyordu.
Arafat görüşmelere Netanyahu'nun halefi Ehud Barak ile Temmuz 2000'de Camp David Zirvesi'nde devam etti. Hem kendi politik görüşü hem de Başkan Clinton tarafından uzlaşma için ısrar edilmesi nedeniyle Barak Arafat'a Batı Şeria'nın %73'ünde ve Gazze Şeridi'nin tamamında bir Filistin Devleti önerdi. On ile yirmi beş yıllık bir süre içinde Filistin'in iktidar alanı %90'a genişleyecekti. Ayrıca anlaşmada az sayıda mültecinin dönmesine izin veriliyor ve dönemeyenlere de tazmin sözü veriliyordu. Arafat Barak'ın önerisini reddetti ve hemen bir karşı öneri yapmadı. Başkan Clinton'a "Kudüs'ü teslim edecek Arap liderinin henüz doğmadığını" söyledi. Bu hareket kendi kabinesinde bulunan Nebil Amr gibi kişiler tarafından bile eleştirilmiştir.
Görüşmeler Ocak 2001'de yapılan Taba Zirvesi'nde devam etti. Bu sefer Ehud Barak İsrail'de seçim kampanyasını sürdürmek için görüşmelerden çekildi. Ekim ve Aralık 2001'de Filistinli militan grupların yaptığı intihar bombalama eylemleri artarken İsrail karşı saldırıları da yoğunlaştı, sonucunda da İkinci İntifada başladı. Ariel Şaron'un şubat ayında seçilmesinin ardından barış süreci geriye gitti. 2002 yılında yapılması öngörülen Filistin seçimleri ertelendi. Sebep olarak İntifada nedeniyle konulan acil durum önlemleri nedeniyle kampanya yapılamaması ve Filistin toprakları üzerinde İsrail Ordusu'nun hareket serbestliğini kısıtlaması gösterildi. Aynı ay içinde Şaron, İsrail'in el Hüdeyra şehrindeki intihar bombalaması eyleminin ardından Arafat'ın Ramallah'ta bulunan Mukata'a merkezinde kapalı tutulmasını emretti. ABD Başkanı George W. Bush Arafat'ın "barışın önünde bir engel" olduğunu söyleyerek Şaron'un hareketini destekledi.

Hamas ve diğer militan gruplarla ilişkileri

Orta Doğu'nun siyasi arenasının oldukça tehlikeli olmasına ve suikastların sıklığına rağmen Arafat'ın uzun süre hayatta ve siyasette kalabilme becerisi birçok batılı yorumcu tarafından asimetrik savaş konusunda ustalığının ve taktisyen olarak yeteneklerinin bir işareti olarak görülmektedir. Bazı yorumcular ise hayatta kalmasını, İsrail'in, kendisinin öldürülmesi hatta tutuklanması hâlinde bile, Filistin davası için bir şehit olarak görüleceğinden korkmasına bağlamaktadır. Başkaları ise İsrail'in Arafat'tan el-Fetih üzerinde kontrolü ele geçiren diğer islami hareketler ve Hamas'tan daha az korkması nedeniyle harekete geçmediğine inanmaktadır. ABD, İsrail, Suudi Arabistan ve diğer Arap ülkeleri arasındaki ilişkilerin karmaşık ve narin yapısı da Arafat'ın Filistinlilerin lideri olarak bu kadar uzun süre hayatta kalmasına yardımcı olmuştur.
Arafat'ın yeni taktik ve politik durumlara uyum yeteneği Hamas ve Filistin İslami Cihad  örgütlerinin ortaya çıkışıyla bir anlamda sınavdan geçti. Bu islamcı gruplar İsrail'e karşı retçi muhalefeti benimseyerek, psikolojik zararı artırmak ve sivillere zarar vermek için özellikle sinema salonları ya da alışveriş merkezleri gibi askerî olmayan hedeflere karşı intihar bombacılarıyla saldırarak yeni taktikler uyguluyordu. 1990'larda bu gruplar, Arafat'ın bir devlet olma amacı taşıyan birleşmiş, laik, milliyetçi bir örgütü bir arada tutabilme kapasitesini zorlar gibi göründü. Bu gruplar Arafat'ın nüfuz alanı dışında hareket ediyor ve el-Fetih ile çekişme içine giriyordu. Bazıları ise bu hareketlere, İsrail üzerinde baskı yaratması nedeniyle Arafat tarafından göz yumulduğunu iddia etmekteydi.
2002 yılında Arap Birliği, İsrail'in Altı Gün Savaşı'nda işgal ettiği tüm bölgelerden çekilmesi ve Arafat'ın Filistin Ulusal Yönetimi'nin yönettiği Filistinlilere bir devlet kurulmasına karşılık İsrail'i tanıma önerisi yaptı. Kısa bir süre sonra Hamas militanlarının saldırısı sonucu hamursuz bayramını kutlayan yirmi sekiz İsrailli sivil öldürüldü. Buna karşılık İsrail, Batı Şeria'nın ana şehirlerine karşı Koruma Kalkanı Harekâtı verilen geniş çaplı bir askeri müdahale başlattı.
2002 yılında bazı İsrailli hükümet yetkilileri el-Fetih örgütünün silahlı gruplarından El-Aksa Şehitleri Tugayları'nın Hamas ile mücadele edebilmek için İsrail'e karşı saldırılara başladığını bildirmiştir. 6 Mayıs'ta İsrail hükümeti, Arafat'ın Ramallah'ta bulunan merkezinin işgali sırasında ele geçirilen belgelerle bir rapor yayımladı. Bu rapora göre El-Aksa Şehitleri Tugayları'nın eylemleri için para verilmesine izin veren Arafat imzalı dokümanların kopyaları bulunmaktaydı.

Marjinalize edilme çabaları

İsrail hükümetinin sürekli olarak Filistinlileri temsil edecek başka bir lider arama çabaları sonuçsuz kaldı. İkinci İntifada sırasında ortaya çıkan El-Aksa Şehitleri Tugayları'nın liderlerinden Marvan Barguti olası bir aday gibi gözükmüştü ancak İsrail tarafından 26 kişinin ölümünden sorumlu tutularak tutuklandı ve beş kere ömür boyu hapse çarptırıldı.
Arafat'ın sonunda 3 Mayıs'ta bulunduğu yerden ayrılmasına izin verildi. Uzun görüşmeler sonucu varılan anlaşmaya göre Arafat ile birlikte saklanan altı militan İsrail'e tesim edilmeyecekti ama Filistin Ulusal Yönetimi'nin gözetiminde de kalmayacaklardı. Bunun yerine Eriha'da İngiliz ve ABD güvenlik personeli tarafından hapiste tutulacaklardı. Bununla birlikte Filistinlilere Arapça seslenerek İsrail'e karşı saldırılarını durdurma çağrısı yapma şartıyla Arafat serbest bırakıldı. 8 Mayıs'ta böyle bir çağrı yaptı ama daha önceki denemeler gibi dikkate alınmadı. 2003 yılında Arafat başbakanlık görevini Mahmud Abbas'a bıraktı.
2004 yılında ABD Başkanı Bush Arafat'ın görüşmelere katılmasını reddetti. Arafat, diğer Arap devletlerinin liderleriyle çok da iyi ilişkilere sahip değildi. Ne zaman İsrail tarafında baskı altına girse Arap liderlerin desteği artıyordu,örneğin 2003 yılında İsrail Arafat'ı İsrail kontrolü altında bulunan Batı Şeria'dan çıkaracağı kararını verdiğini açıkladığında olduğu gibi. Arap haber kanalı El Cezire ile olan bir röportajda, Ariel Şaron'un Arafat'ın Filistin topraklarından kesin olarak sürgün edilmesi önerisine karşı Arafat şöyle cevap vermiştir: "Burası onun mu [Şaron] vatanı, bizim mi? İbrahim Peygamber buraya gelmeden çok önce biz buraya yerleşmiştik, ama görünen o ki onlar [İsrailliler] ne tarihten ne de coğrafyadan anlıyor."

Finansal bağlantılar

Ağustos 2002'de İsrail Askerî Haberalma Şefi Arafat'ın kişisel servetinin 1,3 milyar ABD doları olduğunu söyledi, ama bu iddiasını kanıtlayacak kanıt ortaya sunmadı. 2003 yılında Uluslararası Para Fonu (IMF) tarafından Filistin Ulusal Yönetimi'nin denetlenmesi sonucunda Arafat'ın kamu hesaplarından 900 milyon doları kendisi ve Filistin Ulusal Yönetimi Baş Ekonomik Danışmanı tarafından kontrol edilen özel bir hesaba geçirdiği açıklandı. Ancak IMF herhangi bir uygunsuzluk olduğunu iddia etmedi, özel olarak tüm fonların yurtiçinde ve dışında Filistin varlıklarına yatırıldığını belirtti.
2003 yılında Arafat'ın finans bakanı tarafından kirlanan Amerikalı muhasebecilerden oluşan bir takım Arafat'ın finans hesaplarını incelemeye başladı. Bu takım Filistinli liderin kişisel servetinin bir kısmının içinde Coca-Cola'nın Ramallah'ta şişeleme tesisi, bir Tunus cep telefonu şirketi ve ABD ve Cayman Adaları'nda risk sermaye hesaplarından oluşan 1 milyar dolarlık gizli bir portföyde olduğunu açıkladı. İnceleme takımının lideri "her ne kadar portföydeki para Filistin vergileri gibi kamu fonlarından gelmiş ama hemen hemen hiçbir miktarı Filistin halkı için harcanmamış; tamamı Arafat tarafından kontrol edilmekteydi. Bu bağlantıların hiçbiri daha önce kamuya açıklanmamıştı." diye belirtmiştir.
Her ne kadar Arafat mütevazı bir yaşam sürdüyse de, ABD Başkanları Bush ve Clinton için müzakerecilik yapan Dennis Ross, Arafat'ın parasının kendisine sadakatı sağlamak için kurulmuş çok geniş bir sistemi beslemek için kullanıldığını iddia etmiştir. Eski bir Dünya Bankası yetkilisi olan ve Arafat tarafından Finans Bakanlığına atanan Selim Feyyad'a göre Arafat'ın emtia tekeli kendi halkını kazıklıyordu, "özellikle de daha da fakir olan Gazzelileri, bu kabul edilemeyecek ahlakdışı bir olaydır." Feyyad, Arafat'ın kamu fonlarından Önleyici Güvenlik Servisi liderlerine ödemek için 20 milyon ABD doları kullandığını iddia etmektedir.
Avrupa Birliği tarafından Filistin Ulusal Yönetimi'nin kötü yollarda kullandığı fonlarda yapılan incelemeler terörist eylemler için kullanıldığını ortaya çıkarmamıştır. Arafat'ın eski finansal yaveri Fuad Şubaki, İsrail güvenlik servisi Shin Bet'e Arafat'ın yardım paralarından birkaç milyon dolarla silah aldığını ve militan grupları desteklediğini söyledi.

Hastalığı ve ölümü

Arafat'ın doktorları tarafından "grip" nedeniyle tedavi edildiği açıklaması ilk olarak sözcüsü tarafından, bir toplantıda kusması üzerine 25 Ekim 2004'te yapılmıştır. Bunu takip eden günlerde durumu giderek kötüleşti. Tunusi Ürdün ve Mısır dahil olmak üzere farklı doktorların ziyaretinden ve İsrail ile geri dönmesinin engellenmeyeceği anlaşmasının üzerine Arafat Fransız hükümetine ait bir jet ile Paris banliyölerinden Clamart'da bulunan Percy Askerî Hastanesine götürüldü. Doktorlarından birine göre Arafat, bağışıklık sistemi kaynaklı kanda dolanan plateletlerin aşırı derecede azaldığı trombosit yıkımına neden olan idiyopatik trombositopenik purpura hastalığından muzdaripti. 3 Kasım'da giderek kötüleşecek olan komaya girdi. Komayı izleyen günlerde Arafat'ın sağlık durumu zehirlendiği ya da AIDS'e yakalandığı spekülasyonlarına konu oldu. Birçok kaynak Arafat'ın bitkisel hayata girdiğini ya da öldüğünü iddia etti. Ancak Filistinli yetkililer ve Arafat'ın Ürdünlü doktoru beyin ölümü olduğu raporlarını reddetti ve Arafat'ı yaşam desteğinde tutmaya devam etti.
Filistin Ulusal Yönetimi yetkilileri Fransa'ya Yaser Arafat'ı görmeye geldiklerinde Süha Arafat ile aralarında bir anlaşmazlık yaşandı. Süha "Ebu Ammar'ı canlı canlı gömmeye çalışıyorlar" dedi. Fransız yasaları doktorların hastalarının durumu hakkında başkalarıyla konuşmalarını yasaklar, ancak ölümcül teşhislerde yakın akrabalar ile konuşulabilir. Dolayısıyla Arafat'ın sağlığı hakkında verilen tüm bilgiler eşi tarafından onaylanmaktaydı. Filistinli yetkililer Yaser Araft'ın sağlığı hakkındaki bilgilerin eşi tarafından "süzgeçten geçirilmesi" konusundaki üzüntülerini belirtti.
Ertesi gün, Percy hastanesi başhekimi Christian Estripeau Arafat'ın sağlık durumunun kötüleştiğini ve derin bir komaya daldığını bildirdi. Arafat'ın başucunda bekleyen Filistin yönetiminin islami mahkemelerinin başı Şeyh Taissir Tamimi, Arafat'ı yaşam desteğinden çekmenin söz konusu olmadığını çünkü böyle bir hareketin ona göre İslam dinince yasaklanması gerektiğini söyledi.
Arafat'ın, 11 Kasım sabahı 3:30 'da UTC 75 yaşında öldüğü ilan edildi. Hastalığının tam nedeni bilinmemektedir. Tamimi durumunu "çok acı verici bir sahneydi" diye tarif etmiştir. Arafat'ın ölümü açıklandığında Filistin'de herkes yas tutmaya başladı. Camilerden se'lalar okundu ve caddelerde lastikler yakıldı. Ölümü hakkında Socialist World'de : "Birçok Filistinli Yaser Arafat'ın ölümünü üzüntüyle karşılayacak ve keşke idaresi altında bulunan Filistin Ulusal Yönetiminin hayatlarını karartan yoksulluğu ve baskıyı durdurmak için daha fazla çalışmış olmasını düşünerek karşılayacaktır" denmiştir.
Le Canard enchaîné gazetesi Arafat'a ve tıbbi kayıtlarına ulaşabilen bazı kaynakların sızdırdığını iddia ettikleri bilgileri yayımlamıştır. Gazeteye göre, Percy'deki doktorlar Arafat'ın gelişinde kanın içeriğini değiştiren ağır karaciğer lezyonları nedeniyle Arafat'ı hematoloji servisine yatırmış. Lösemi olmadığına kanaat getirilmiş. Aynı kaynağa göre bu siroz teşhisinin açıklanmamasının sebebinin, kamuoyunda genel olarak bu durumun aşırı derecede alkol kullanımıyla bağdaştırılmasıydı. Her ne kadar teşhis alkolik siroz olmasa da, ve Arafat'ın herhangi bir alkol kullanmadığı bilinse de , yine de dedikodu ihtimalleri bulunmaktaydı. Aynı kaynak, Arafat'ın yaşam koşullarının durumu hiç de kolaylaştırmadığını açıkladı. Dolayısıyla hastalığının muhtemel nedenleri çok sayıdaydı, Arafat'ın komaya girmesinin nedeni de sirozun kötüye gitmesiydi. Fransız Le Monde gazetesi doktorların Araft'ın "olağandışı bir kan hastalığı ve karaciğer problemi" olduğunu söylediklerini yazdı.
Arafat'ın ölümünden sonra Fransız Savunma Bakanı, Arafat'ın tıbbi dosyasının yalnızca en yakın akrabasına teslim edileceğini açıkladı. Bu kişinin Arafat'ın yeğeni ve Filistin Ulusal Yönetimi'nin BM temsilcisi Nasır el Kudva olduğuna karar verildi, böylece Süha Arafat'ın kocasının hastalığı hakkında sessiz kalması sorunu aşılmaya çalışıldı. Nasır el Kudva'ya Fransız Savunma Bakanı tarafından Arafat'ın 558 sayfalık tıbbi dosyasının bir kopyası verildi.

Zehir ve AIDS tartışması

Eylül 2005'te İsrail gazetesi Haaretz Fransız uzmanların Arafat'ın hastalığının ne olduğunu teşhis edemediğini yazdı. Gazete İsrailli bir AIDS uzmanının Arafat'ın AIDS'in tüm semptomlarını taşıdığı iddiasını yayımladı. Bu varsayım daha sonra The New York Times tarafından reddedilmiştir.
Arafat'ın yirmi yıldır özel doktorluğunu yapan ve aynı zamanda Ürdün krallarına da hizmet etmiş olan Eşref el Kürdi, Arafat'ın tibbi dosyasında böyle bir enfeksiyonun varlığından sözedilmediğini açıkladı. Bir başka "önemli İsrailli doktor" Haaretz 'de yayımlanan makalede bunun bakteriyel bir zehirlenme yerine hasta olmadan dört saat önce içinde ricin adlı bir toksin bulunan yemeği yemesi nedeniyle oluşan "klasik bir gıda zehirlenmesi" olduğunu iddia etti. Ancak, Haaretz 'in raporu yayımladığı aynı hafta, The New York Times Arafat'ın tıbbi kayıtlarına dayandığını iddia ettiği ve Arafat'ın ne AIDS ne de gıda zehirlenmesinden öldüğünü söyleyen ayrı bir rapor yayımladı. Her iki gazete de ölüm nedeninin bilinmeyen bir enfeksiyon ya da başka bir kaynaktan olabileceği üzerine spekülasyonlarda da bulundu. Ancak, özellikle Araplar arasında olmak üzere Arafat'ın zehirlendiği fikri dünyada yaygınlık kazandı. El Kürdi, Arafat'ın eşi Süha'nın ölüm sebebi hakkındaki birçok soruyu cevaplayabilecek otopsiyi reddetmesini üzüntüyle karşıladığını belirtti. 2005'te el Kürdi Arafat'ın şüpheli ölümü hakkında araştırma yapacak bağımsız bir komisyon kurulması için çağrıda bulundu ve "bunların bir zehirlenmenin semptompları olduğunu herhangi bir doktor söyleyebilir" dedi. Daha önce de Associated Press 'e Arafat'ta HIV virüsü bulunduğunu, bunun da zehirlenmeyi örtbas etmek için verildiğini söylemişti.
Dedikoduları söndürmek amacıyla Fransız milletvekili Claude Goasguen bir parlamento araştırma komisyonu kurulmasını istedi. Fransız hükümeti Arafat'ın zehirlendiğine dair hiçbir kanıt bulunmadığını, aksi hâlde zaten adli bir soruşturma açılmış olacağını söyledi.
2012'de ise diş fırçası, kıyafet gibi eşyalarının üzerinde anormal düzeyde Polonyum bulunduğu açıklandı.

Cenaze töreni

11 Kasım'da, Paris yakınlarına bir askerî havaalanında Fransız Ordusu Onur Kıtası Arafat için bir cenaze merasimi yaptı. Fransa Cumhurbaşkanı Jacques Chirac "cesaret adamı" olarak tanımladığı bir lidere saygısını göstermek için Arafat'ın cenazesi başında on dakika tek başına saygı duruşunda bulundu. Arafat'ın cenazesi ertesi gün Ramallah'ta gömülmeden önce, kısa bir askerî cenaze töreni için Mısır'ın başkenti Kahire'ye getirildi. Cenaze törenine birçok devlet başkanı, başbakan, ve dışişleri bakanı katıldı. Cenaze namazını Mısırlı el Ezher Şeyhi Muhammed Seyid Tantavi kıldırdı.
İsrail güvenlik sorunlarını öne sürerek Arafat'ın El-Aksa Camii yakınına ya da Kudüs'te herhangi bir yere gömülmesine karşı çıktı. Kahire'de yapılan törenden sonra Arafat Ramallah'taki karagâhına getirildi, merasim binlerce Filistinli tarafından izlendi. Şeyh Taissir Tamimi Arafat'ın islami kurallara uygun olmayacak şekilde tabutuyla gömüldüğünü fark ettikten sonra 13 Kasım sabahı tekrar gömüldü. 10 Kasım 2007'de Arafat'ın üçüncü ölüm yıldönümünden hemen önce Mahmud Abbas, Arafat'ın anısına geçici mezarının yakınında yapılan bir anıtmezarın açılışını yaptı.

Halefi

Arafat'ın ölümünden sonra Filistin Yasama Meclisi sözcüsü Revhi Fattuh Filistin Ulusal Yönetimi'nin geçici başkanlığı görevini üstlendi. FKÖ Genel Sekreteri Mahmud Abbas FKÖ'nün başına seçildi ve Faruk Kaddumi el-Fetih'in başına geçti. Filistin Ulusal Yönetimi ve Lübnan'daki mülteci kampları liderleri Arafat için kırk gün yas ilan etti. Abbas önemli bir oy farkıyla 2005 yılında yapılan başkanlık seçimlerini kazandı ve Arafat'ın halefi olarak Filistinlilerin lideri konumunu sağlamlaştırdı.