Ayasofya

Birinci Ayasofya

İlk Ayasofya inşaatı Hristiyanlığı imparatorluğun resmî dini ilan eden Roma imparatoru Büyük Konstantin (Bizans’ın ilk imparatoru I. Constantinus) tarafından başlattırılmıştır. 337 ile 361 yılları arasında tahtta olan Büyük Konstantin'in oğlu II. Constantius tarafından tamamlanmış ve Ayasofya kilisesinin açılışı 15 Şubat 360’ta Constantius II tarafından gerçekleştirilmiştir. Socrates Scholasticus’un kayıtlarından gümüş kaplı perdelerle süslü ilk Ayasofya’nın Artemis Tapınağı üzerine inşa edilmiş olduğu öğrenilmektedir.
Adı “Büyük Kilise” anlamına gelen ilk Ayasofya Kilisesi’nin adı Latince’de Magna Ecclesia  ve Yunanca’da  Megálē Ekklēsíā (Μεγάλη Ἐκκλησία) idi. Eski bir tapınak üzerine inşa edildiği belirtilen  bu yapıdan günümüze ulaşan bir kalıntı bulunmamaktadır.
Bu Birinci Ayasofya, binanın inşası tamamlanana dek bir katedral niteliğinde işlev gören Aya İrini Kilisesi’nin vaktiyle yakınında yer alan imparatorluk sarayının yakınına (bugünkü müze alanının kuzey kısmındaki, yeni tuvaletlere yakın olan, ziyarete kapalı kısım) inşa edilmişti. Her iki kilise de Bizans İmparatorluğu’nun iki ana kilisesi olarak faaliyet göstermişlerdir.
Birinci Ayasofya geleneksel Latin mimarisi stilindeki bir sütunlu bazilika olup, çatısı ahşaptı ve önünde bir atrium yer almaktaydı. Bu ilk Ayasofya bile olağanüstü bir yapıydı. 20 Haziran 404’te Konstantinopolis Patriği Aziz İoannis Hrisostomos'un, İmparator Arcadius'un eşi İmparatoriçe Aelia Eudoksia ile çatışmasından dolayı sürgüne gönderilmesinin ardından çıkan isyanlar sırasında bu ilk kilise yakılarak büyük ölçüde tahrip olmuştur.

İkinci Ayasofya

İlk kilisenin isyanlar sırasında yakılıp yıkılmasından sonra, imparator II. Theodosius bugünkü Ayasofya’nın bulunduğu yere ikinci bir kilisenin inşa edilmesi emrini vermiş ve İkinci Ayasofya’nın açılışı onun zamanında, 10 Ekim 415’te gerçekleşmiştir. Mimar Rufinos tarafından inşa edilen bu İkinci Ayasofya da yine bazilika planlı, ahşap çatılı ve beş nefliydi. İkinci Ayasofya'nın 381'de İkinci Ekümenik Konsil olan Birinci İstanbul Konsili'ne Aya İrini ile birlikte ev sahipliği yaptığı sanılmaktadır. Bu yapı 13-14 Ocak 532’de Nika ayaklanması sırasında yakılıp yıkılmıştır.
1935’te binanın batı avlusunda (bugünkü giriş kısmında) Alman Arkeoloji Enstitüsü’nden A.M. Schneider tarafından yürütülen kazılarda bu İkinci Ayasofya’ya ait birçok buluntu ele geçirilmiştir. Günümüzde Ayasofyanın ana girişinin yanında ve bahçede görülebilen bu buluntular, portik kalıntıları, sütunlar, başlıklar, bazıları kabartmalarla işlenmiş mermer bloklardır. Bunların vaktiyle binanın cephe kısmını süsleyen üçgen alınlığın parçaları olduğu saptanmıştır. Binanın cephesini süsleyen bir bloktaki kuzu kabartmaları 12 havariyi temsilen yapılmıştır. Ayrıca kazılar, İkinci Ayasofya’nın zemininin Üçüncü Ayasofya’nın zemininden iki metre daha aşağı bir düzeyde bulunduğunu ortaya koymuştur. İkinci Ayasofya’nın uzunluğu bilinmemekteyse de genişliğinin 60 m olduğu sanılmaktadır.(Günümüzde, Üçüncü Ayasofya’nın ana girişinin yanında yer alan, İkinci Ayasofya’ya ait cephe merdiveni basamaklarının yaslandığı zemin, kazılar sayesinde görülebilir durumdadır. Kazılara şimdiki binada çökmelere neden olabileceği nedeniyle devam edilmemiştir.)

Yapımı

İkinci Ayasofya’nın 23 Şubat 532’de yıkımından birkaç gün sonra imparator I. Justinianus öncekinden tümüyle farklı, daha büyük ve kendisinden önce gelen imparatorların yaptırdıkları kiliselerden çok daha görkemli bir kilise inşa ettirmeye karar verdi. Justinianus bu işi yapacak mimarlar olarak fizikçi Miletli İsidoros ile matematikçi Trallesli Anthemius’u görevlendirdi. Bir efsaneye göre, Justinianus inşa ettireceği kiliseye ilişkin hazırlanan taslakların hiçbirini beğenmez. Bir gece İsidoros taslak hazırlamaya çalışırken uyuyakalır. Sabah uyandığında Ayasofya'nın hazırlanmış bir planını önünde bulur. Justinianus bu planı mükemmel bulur ve Ayasofya'nın buna göre inşa edilmesini emreder. Bir başka efsaneye göre de İsodoros bu planı rüyasında görmüş ve planı rüyasında gördüğü şekilde çizmiştir.(Anthemius daha inşaatın ilk yılında öldüğünden işi İsidoros sürdürmüştür). İnşa, Bizanslı tarihçi Prokopius'un Justinian'ın binaları (Modern Yunanca: Περί Κτισμάτων, Latince: De Aedificiis, "Binalar Üzerine"), adlı eserinde betimlenmektedir.
İnşada kullanılacak malzemeleri üretmek yerine, imparatorluk topraklarında yer alan yapı ve tapınaklardaki yontulmuş hazır malzemelerden yararlanmak yoluna gidilmiştir. Bu yöntem, Ayasofya’nın inşa süresinin çok kısa olmasını sağlayan etkenlerden biri olarak kabul edilebilir. Böylece binanın yapımında Efes’teki Artemis Tapınağı’ndan, Mısır’daki Güneş Tapınağı’ndan (Heliopolis), Lübnan’daki Baalbek Tapınağı’ndan ve daha birçok tapınaktan getirtilen sütunlar kullanılmıştır. Bu sütunların altıncı yüzyıl olanaklarıyla nasıl taşınabildiği ilginç bir konu oluşturmaktadır. Kaplama ve sütunlarda kullanılan renkli taşlardan kırmızı porfir Mısır, yeşil porfir Yunanistan, beyaz mermer Marmara Adası, sarı taş Suriye ve kara taş İstanbul kökenlidir. Ayrıca Anadolu’nun çeşitli yörelerinden gelen taşlar kullanılmıştır. İnşaatte on binden fazla kişinin çalıştığı belirtilir. İnşaat sonunda Ayasofya Kilisesi günümüzdeki halini almıştır.
Mimaride yaratıcı bir anlayışı gösteren bu yeni kilise yapılır yapılmaz, derhal mimarinin başyapıtlarından biri olarak kabul edildi. Mimarın böylesine büyük bir açık mekânı sağlayabilecek devasa bir kubbeyi inşa edebilmede İskenderiye'li Heron’un teorilerinden yararlanmış olması mümkündür.
23 Aralık 532'de başlanan yapım çalışması 27 Aralık[537'de tamamlandı. Kilisenin açılışını imparator Justinianus ve patrik Eutychius büyük bir törenle birlikte yaptılar. Ayasofya o zamana kadar en büyük yapı olarak kabul edilen Süleyman'ın Tapınağı’ndan daha büyük olduğundan İmparator I. Justinianus (Jüstinyen) halka yaptığı açılış konuşmasında "Ey Süleyman! Seni yendim" demiştir. Kilisenin ilk mozaiklerinin yapımı 565 ile 578 yılları arasında tahtta olan II. Justin döneminde tamamlanabilmiştir. Kubbe pencerelerinden sızan ışıkların duvarlardaki mozaiklerde oluşturdukları ışık oyunları dahiyane mimariyle birleşerek izleyicilere büyüleyici bir atmosfer yaratmaktaydı. Ayasofya İstanbul’a gelen yabancılar üzerinde öylesine büyüleyici, derin bir etki bırakmıştır ki, Bizans döneminde yaşayanlar Ayasofya’yı "dünyada tek" ("singulariter in mundo") olarak nitelemişlerdir.

Yapım sonrası

Fakat yapılışından kısa bir süre sonra, 553 Gölcük ve 557 İstanbul depremlerinde ana kubbe ile doğu yarım kubbesinde çatlaklar belirdi. 7 Mayıs 558 depreminde ise ana kubbe tümüyle çöktü ve ilk ambon, siboryum ve sunak da ezilerek yok oldu. İmparator derhal restorasyon çalışmasını başlattı ve bu çalışmanın başına Milet'li İsidoros’un yeğeni genç İsidorus’u getirdi. Depremden ders alınarak bu kez yeniden çökmemesi için kubbenin yapımında hafif malzeme kullanıldı ve kubbe eskisine kıyasla 6,25 m daha yükseğe yapıldı. Restorasyon çalışması 562 yılında tamamlandı.
Yüzyıllarca Konstantinopolis Ortodoksluk patriğinin merkezi olan Ayasofya aynı zamanda Bizans’ın taç giyme törenleri gibi imparatorluk törenlerine evsahipliği yapmıştır. İmparator VII. Konstantinos “Törenler Kitabı” (De caerimoniis aulae Byzantinae) adlı kitabında Ayasofya’da yapılan imparator ve patrik tarafından düzenlenen törenleri tüm ayrıntılarıyla anlatmaktadır. Ayasofya, ayrıca günahkarlar için de bir sığınma yeri olmuştur.
Ayasofya’nın daha sonra uğradığı tahribatlar arasında 859 yangını, bir yarımkubbesinin düşmesine neden olan 869 depremi ve ana kubbesinde hasara yol açan 989 depremi sayılabilir. 989 depreminden sonra imparator II. Basil, kubbeyi Agine ve Ani’deki büyük kiliseleri inşa eden Ermeni mimar Trdat’a tamir ettirmiştir. Trdat kubbenin bir kısmını ve batı kemerini onarmış ve kilise 6 yıl süren onarım çalışmasından sonra 994’te yeniden halka açılmıştır.

Latin istilası dönemi

Dördüncü Haçlı Seferi sırasında, Venedik Cumhuriyeti'nin âmâ Doçu Enrico Dandolo komutasındaki Haçlılar İstanbul’u ele geçirip Ayasofya’yı yağmalamışlardır. Bu olay Bizanslı tarihçi Nikitas Honiatis'in kaleminden ayrıntılı olarak öğrenilmektedir. Kiliseden aralarında İsa'nın mezar taşından bir parça, İsa'nın sarıldığı bez olan torino kefeni, Meryem'in sütü ve azizlerin kemikleri gibi birçok kutsal emanet ile altın ve gümüşten yapılma değerli eşyalar çalındı, kapılardaki altınlar bile sökülerek batı kiliselerine götürüldü şeklinde anlatılmaktadır. Latin İstilası (1204–1261) olarak anılan bu dönemde Ayasofya, Roma Katolik Kilisesi’ne bağlı bir katedrale dönüştürülmüştür. 16 Mayıs 1204 tarihinde Latin imparatoru I. Baudouin imparatorluk tacını Ayasofya'da giymiştir.
Enrico Dandolo adına konan mezar taşı Ayasofya’nın üst galerisindedir. Gaspare ve Giuseppe Fossati tarafından gerçekleştirilen 1847-1849 restorasyonu sırasında mezarın gerçek bir mezar olmadığı Enrico Dandolo anısına bir sembolik plaket olarak konulduğu ortaya çıkmıştır.

Son Bizans dönemi

Ayasofya 1261'de tekrar Bizanslılar’ın kontrolüne geçtiğinde harap, virane ve yıkılmaya yüz tutmuş bir durumdaydı. 1317'de imparator II. Andronikos finansmanını ölen eşi İrini'nin mirasından karşılayarak binanın kuzey ve doğu kısımlarına 4 adet istinat duvarı (Πυραμὶδας, Yunanca:"Piramídas") ekletti. 1344 depreminde kubbede yeni çatlaklar belirdi ve 19 Mayıs 1346'da binanın çeşitli kısımları çöktü. Bu olaydan sonra kilise, 1354'te Astras ve Peralta adlı mimarların restorasyon çalışmasının başlamasına kadar kapalı kaldı.

Osmanlı-cami dönemi

İstanbul'un 1453'te Osmanlı Türkleri tarafından fethinden sonra, fethin sembolü olarak, derhal Ayasofya Kilisesi camiye dönüştürülmüştür. O sıralarda Ayasofya harap bir haldeydi. Bu durumu Kordoba soylusu Pero Tafur  ve Florentine Cristoforo Buondelmonti  gibi Batılı ziyaretçilerce betimlenmektedir. Ayasofya’ya özel bir önem veren Fatih Sultan Mehmet kilisenin derhal temizlenip camiye çevrilmesini emretti, fakat adını değiştirmedi. İlk minaresi onun döneminde inşa edilmiştir. Osmanlılar bu tür yapılarda taş kullanmayı tercih etmekle birlikte minarenin hızla inşa edilebilmesi amacıyla bu minare tuğladan yapılmıştır. Minarelerden biri de sultan II. Bayezid tarafından eklenmiştir. 16. yüzyılda Kanuni Sultan Süleyman fethettiği Macaristan’daki bir kiliseden Ayasofya’ya iki dev kandil getirtmiştir ki, günümüzde bu kandiller mihrabın iki yanında yer alırlar.
II. Selim döneminde (1566–1574) yorgunluk ya da dayanıksızlık belirtileri gösterdiğinde, bina, dünyanın ilk deprem mühendislerinden biri sayılan Osmanlı baş mimarı Mimar Sinan tarafından eklenen dış istinat yapılarıyla (payanda) takviye edilerek, son derece sağlamlaştırılmıştır. Günümüzde binanın dört tarafındaki toplam 24 payandanın bir kısmı Osmanlı dönemine, bir kısmı Bizans dönemine aittir. Bu istinat yapılarıyla birlikte, Sinan ayrıca, kubbeyi taşıyan payeler ile yan duvarlar arasındaki boşlukları kemerler ile besleyerek kubbeyi iyice sağlamlaştırmış  ve binaya iki geniş minare (batı kısmına), hünkar mahfili ve II. Selim’in türbesini (güneydoğu kısmına) eklemiştir (1577). III. Murat’ın ve III. Mehmed’in türbeleri ise 1600’lerde eklenmiştir. 
Ayasofya binasının içine Osmanlı döneminde eklenen diğer yapılar arasında mermerden minber, hünkar mahfiline açılan galeri, müezzin mahfili (mevlit balkonu), vaaz kürsüsü ve sayılabilir. III. Murad Bergama’da bulunmuş, helenistik dönemden kalma (MÖ IV. yüzyıl), "bektaşi taşı"ndan (İng. alabaster )  yapılma iki küpü Ayasofya'nın ana nefine (ana salon) yerleştirmiştir. I. Mahmud 1739'da binanın restore edilmesini emretti ve bir kütüphane ile binanın yanına (bahçesine) bir medrese, bir imarethane ve bir şadırvan ekletti. Böylece Ayasofya binası, civarındaki yapılarla birlikte bir külliyeye dönüştü. Bu dönemde ayrıca yeni bir sultan galerisi ve yeni bir mihrap yapıldı.
Ayasofya’nın Osmanlı dönemindeki en ünlü restorasyonlarından biri sultan Abdülmecit’in emriyle İsviçre İtalyanı olan Gaspare Fossati ve kardeşi Giuseppe Fossati’nin nezaretinde 1847 ile 1849 yılları arasında yapılmıştır. Fossati kardeşler, kubbe, tonoz ve sütunları sağlamlaştırdı ve binanın iç ve dış dekorasyonunu yeniden elden geçirdi. Üst kattaki galeri mozaiklerinin bir kısmı temizlendi, çok tahrip olanları ise sıvayla kaplandı ve altta kalan mozaik motifleri bu sıva üzerine resmedildi.  Işıklandırma sistemini sağlayan yağ lambası avizeleri yenilendi. Kazasker Mustafa İzzed Efendi'nin (1801–1877) eseri olan, önemli isimlerin  hat sanatıyla yazılı olduğu yuvarlak dev tablolar yenilenip sütunlara asıldı. Ayasofya’nın dışına yeni bir medrese ve muvakkithane inşa edildi. Minareler aynı boya getirildi. Bu restorasyon çalışması bittiğinde Ayasofya Camii 13 Temmuz 1849'da gerçekleştirilen bir törenle yeniden halka açıldı. Ayasofya külliyesinin Osmanlı dönemindeki diğer yapıları arasında sıbyan mektebi, şehzadeler türbesi, sebil, sultan Mustafa ve sultan İbrahim türbesi (önceden vaftizhane ) ve hazine dairesi sayılabilir.

Müze dönemi

1930 ile 1935 yılları arasında restorasyon çalışmaları nedeniyle halka kapatılan Ayasofya’da Mustafa Kemal Atatürk’ün emriyle bir dizi çalışmalar yapıldı. Bu çalışmalar arasında çeşitli restorasyonlar, kubbenin demir kuşak ile çevrilmesi ve mozaiklerin ortaya çıkarılıp temizlenmesi sayılabilir. Restorasyon sırasında Ayasofya'nın, yeni Türkiye Cumhuriyeti'nin laiklik ilkesi doğrultusunda, yapılış amacı olan kiliseye tekrar çevrilmesi konusunda fikirler ortaya atılmışsa da; bölgede yaşayan Hristiyan sayısının çok az olmasından dolayı oluşan talep yetersizliği, bölgede bu denli görkemli bir kiliseye karşı yapılabilecek muhtemel provakasyonlar ve mimarinin tarihi önemi gözönüne alınarak Bakanlar Kurulu’nun 24 Kasım 1934 tarih ve 7/1589 sayılı kararıyla müzeye çevrilmiştir. 1 Şubat 1935’te ziyarete açılan müzeyi Atatürk 6 Şubat 1935 tarihinde ziyaret etmiştir. Yüzyıllar sonra mermer zemindeki halıların kaldırılmasıyla zemin döşemesi ve insan figürlü mozaikleri örten sıvanın kaldırılmasıyla da muhteşem mozaikler tekrar gün ışığına çıkarılmıştır.
  
Ayasofya’nın sistemli olarak incelenmesi, restorasyonu ve temizlenmesi ABD’deki Bizans Enstitüsü (the Byzantine Institute of America) adlı kurumun 1931'deki ve Dumbarton Oaks Alan Komitesi’nin 1940'lı yıllardaki girişimiyle sağlanmıştır. Bu kapsamda yapılan arkeolojik çalışmalar K. J. Conant, W. Emerson, R. L. Van Nice, P.A. Underwood, T. Whittemore, E. Hawkins, R. J. Mainstone and C. Mango tarafından sürdürülmüş ve Ayasofya’nın tarihine, yapısını ve dekorasyonuna ilişkin başarılı sonuçlar elde edilmiştir. Ayasofya’da çalışmalarda bulunmuş diğer isimlerden bazıları A. M. Schneider, F. Dirimtekin ve Prof. A. Çakmak’tır. Bizans Enstitüsü ekibi mozaik arama ve temizleme işleriyle uğraşırken, R. Van Nice yönetimindeki bir ekip de, binanın, taş taş ölçülerek rölövelerini  çıkarma çalışmasına girişmiştir. Çalışmalar halen çeşitli uluslardan bilim insanlarınca sürdürülmektedir.
Temmuz 2016'da Ayasofya Müzesi'nde düzenlenen Kadir Gecesi programında, 85 yıl aradan sonra sabah namazı ezanı okundu. TRT Diyanet TV'nin Ramazan ayı boyunca Ayasofya'dan "Bereket Vakti Ayasofya" adlı sahur programını ekranlara getirmesine Yunanistan'dan tepki geldi. Ekim 2016'da Müze'nin ibadete açık olan bölümü Hünkar Kasrı'na, Diyanet İşleri Başkanlığı tarafından uzun yıllardan sonra ilk kez asaleten imam atandı.

Mimari

Ayasofya, mimari bakımdan, bazilika planı ile merkezî planı birleştiren, kubbeli bazilika tipinde bir yapı olup kubbe geçişi ve taşıyıcı sistem özellikleriyle mimarlık tarihinde önemli bir dönüm noktası olarak ele alınır.
Ayasofya, her şeyden önce boyutu ve mimari yapısıyla önem taşır. Yapıldığı dönemin dünyasında hiçbir bazilika planlı yapı Ayasofya'nın kubbesinin boyutundaki bir kubbe ile örtülebilmiş ve böylesine büyük bir iç mekâna sahip değildi. Ayasofya’nın kubbesi Roma’daki Panteon'un kubbesinden küçük olmakla birlikte Ayasofya’da uygulanan yarım kubbe, kemer ve tonozlardan oluşan karmaşık ve sofistike sistem, kubbenin çok daha geniş bir mekânı örtebilmesini sağlayarak kubbeyi daha etkileyici kılmaktadır. Taşıyıcı olarak beden duvarlarına oturtulmuş önceki yapıların kubbeleriyle kıyaslandığında, sadece dört payeye oturtulmuş bu denli büyük bir kubbe mimarlık tarihinde gerek teknik, gerekse estetik bakımdan bir devrim sayılmaktadır.
Orta nefin yarısını örten ana (merkezî) kubbe, doğu ve batısına eklenen yarım kubbelerle çok geniş bir dikdörtgen biçimli iç mekân yaratacak şekilde öylesine genişletilmiştir ki, zeminden bakıldığında, gökyüzüne asılı gibi duran, tüm iç mekâna hakim bir kubbe olarak algılanır.
Doğu ve batı açıklıklarını kapatan yarım kubbelerden de daha küçük yarım kubbeli eksedralara geçiş yapılarak sistem tamamlanmıştır. Küçük kubbelerden başlayarak ana kubbe tacıyla tamamlanan bu kubbeler hiyerarşisi antik zamanlarda örneği görülmemiş bir mimari sistemdir. Yapının bazilika planı dahice tümüyle “gizlenmiş” durumdadır.
İnşa sırasında duvarlarda tuğladan ziyade harç kullanılmış ve kubbe yapı üzerine kondurulduğunda kubbenin ağırlığı alt kısmı nemli kalmış harçla oluşturulan duvarların dışa doğru bükülmesine yol açmıştı. 558 depremi sonrasında yapılan ana kubbenin yeniden yapımı sırasında genç İsidorus kubbeyi taşıyabilmeleri için önce duvarları yeniden dikleştirmiştir. Bütün bu hassas çalışmalara rağmen kubbenin ağırlığı yüzyıllarca bir problem olmaya devam etti, kubbenin ağırlık baskısı binayı bir çiçeğin açılması gibi dört yanından dışa doğru açılmaya zorluyordu. Bu problem de binaya dışarıdan istinat unsurlarının eklenmesiyle çözüldü.
Osmanlı döneminde mimarlar bir binada kayma olup olmadığını anlamak için ya yapımı sırasında elle döndürülebilecek küçük bir dikey sütun eklerlerdi ya da duvardaki 20-30 santimetrlik iki sabit nokta arasına cam yerleştirirlerdi. Sütun artık döndürülemediğinde veya söz konusu cam çatladığında binada kaymanın belli bir dereceye geldiği anlaşılmış olurdu. Ayasofya’nın üst kat duvarlarında ikinci yöntemin izleri halen görülebilir. Döndürülen sütun ise Topkapı Sarayı’nın harem bölümünde mevcuttur.
İç yüzeyler tuğla üzerine çokrenkli mermer, kırmızı ya da mor porfirler ve yapımında altın kullanılmış mozaiklerle kaplıdır. Bu, geniş payelerin daha ışıklı ve kamufle olmasını da sağlayan bir yöntemdir. 19. yüzyılda restorasyon çalışmaları sırasında bina dıştan Fossati tarafından sarı ve kırmızı renklere boyanmıştır. Ayasofya, Bizans mimarisinin başyapıtı olmakla birlikte, pagan, Ortodoks, Katolik, İslam etkilerinin sentez olduğu bir yapıdır.

Mozaikler

Tonlarca altının kullanıldığı Ayasofya mozaiklerinin yapımında altının yanı sıra, gümüş, renkli cam, pişmiş toprak ve renkli mermer gibi taş parçaları kullanılmıştır. 726’da III. Leo’nun tüm ikonaların yok edilmesi emriyle, tüm ikona ve heykeller Ayasofya’dan kaldırılmıştır. Dolayısıyla Ayasofya’da günümüzde görülen, surat tasvirleri içeren mozaiklerin hepsi ikonoklazm dönemi sonrasında yapılan mozaiklerdir. Bununla birlikte Ayasofya’da surat tasviri içermeyen mozaiklerden az bir kısmı 6. yüzyılda yapılan ilk mozaiklerdir.
1453’te kilise camiye dönüştürüldükten sonra insan figürleri içerenlerin bir kısmı ile ince bir sıvayla kaplanmış ve yüzyıllarca sıva altında kalan mozaikler bu sayede doğal ve yapay tahribattan kurtulabilmiştir. İstanbul’u ziyaret eden 17. yüzyıl gezginlerinin raporlarından Ayasofya’nın camiye çevrilmesini izleyen ilk yüzyıllarda insan figürü içermeyenler ile içerenlerden bir kısmının sıvayla kaplanmadan bırakılmış oldukları anlaşılmaktadır. Ayasofya mozaiklerinin tamamen kapatılması 842’de ya da 18. yüzyılın sonlarına doğru gerçekleşmiştir. 1755’te İstanbul’a gelen Baron De Tott artık tüm mozaiklerin badana altında kalmış olduğunu belirtmiştir.
Sultan Abdülmecid’in isteği üzerine 1847 ile 1849 yılları arasında Ayasofya’da çeşitli restorasyon çalışmaları yapan ve sultandan restorasyon sırasında keşfedilebilecek mozaikleri belgeleme iznini alan Fossati kardeşler, mozaiklerin sıvalarını kaldırıp desenlerini belgelerine kopyaladıktan sonra mozaikleri tekrar kapatmışlardır. Bu belgeler günümüzde kayıptır. Buna karşılık, o yıllarda Alman hükümetince onarım için gönderilen mimar W. Salzenberg bazı mozaiklerin desenlerini de çizmiş ve yayımlamıştır.
Sıvayla kaplı mozaiklerin büyük bir kısmı 1930’larda Byzantine Institute of America adlı kurumun bir ekibi tarafından açılmış ve temizlenmiştir. Ayasofya’nın mozaiklerinin açılması ilk kez 1932’de Byzantine Institute of America kurumunun başındaki Thomas Whittemore tarafından gerçekleştirilmiş olup, ilk gün ışığına çıkarılan mozaik "imparator kapısı" üzerindeki mozaik olmuştur.
Doğudaki yarım kubbe üzerindeki sıvanın bir kısmının bir süre önce düşmesi sayesinde bu yarım kubbeyi örten sıvanın altında mozaiklerin bulunduğu anlaşılmıştır.

Binanın kısımları

Ayasofya mimari yönden incelendiğinde orta nef denilen büyük bir orta mekân, kuzey ve güneyde yer alan iki yan nef, doğu ucunda yer alan absid ve batı kısmında kapıların yer aldığı iç ve dış nartekslerden meydana gelmiştir. 7.500 'lik bir yüzölçümüne sahip Ayasofya iki katlı bir yapıdır.

Narteksler

Binaya batı kısmındaki, Bizans döneminde atrium denilen avlunun bulunduğu kapılardan girilir. Buradaki, dış nartekse açılan ana kapıdan girmeden önce, solda görülen kalıntılar A.M. Schneider tarafından sürdürülen kazılarda ortaya çıkarılmış İkinci Ayasofya’ya ait kalıntılardır.
Ana kapıdan girilen ilk galeri "dış narteks" olarak adlandırılır, "çapraz tonoz" örtülü dokuz birimli bir galeridir. Buradan da iç narteks denilen ikinci galeriye 5 kapı açılır.
İç nartekste tavan mozaiklerle kaplıdır. Mozaiklerden sarı renkte parlayanların yapımında altın kullanılmıştır. Duvarlar çeşitli ülkelerden ve Anadolu'nun çeşitli kentlerinden getirilme dalgalı mermer levhalarla kaplıdır. Bu dalgalı mermer levhalar duvarlara sabitlenmeden önce ikiye kesilmiş ve duvarlara yan yan öyle sabitlenmiştir ki, katlanıp mürekkeplenen bir kağıdın açıldığında gösterdiği gibi, ilginç bir simetri gösterirler. Günümüzde içinde elektrik ampulları olan yağ lambası avizeleri cami dönemine aittir.
İç narteksten ana nefe (ana salona) 9 kapı açılır. Ana salona açılan ortadaki ana kapıya, yalnızca imparatora mahsus olduğundan (yalnızca imparator tarafından kullanıldığından) "imparator kapısı" adı verilir. Bu kapının üst kısmındaki duvarda (tympanum) 9. yüzyıldan kalma bir mozaik bulunur. Bu mozaikte ortada İsa, sağ madalyonda Cebrail, sol madalyonda Meryem görülür. Sol alt kısımda görülen sakallı kişi Bizans imparatorlarından VI. Leon’dur. Ortodoksluk geleneğinde en fazla üç kez evlenilebilmesine karşın erkek çocuğunun olabilmesi için dört kez evlenmiştir. Bu yüzden İsa’dan özür diler vaziyette, secde eder şekilde tasvir edilmiştir. İsa’nın elindeki Kitab-ı Mukaddes’te İsa’nın Yuhanna İncili’ndeki bir sözü yazılıdır: “Size selamet olsun! Ben evrenin nuruyum.” İlk kez W. Salzenberg tarafından yayımlanmış olan bu mozaik 18. yüzyıla dek kapatılmamıştır.

Güney nef

Ayasofyanın ana mekânı paye ve sütunlarla üç nefe ayrılmış durumdadır: Orta nef (naos, ana salon) güney nef (ana nefin sağında) ve kuzey nef (ana nefin solunda). Sağdaki güney nefinde de tavan mozaiklerle kaplıdır. Bu mozaiklerde ikonaklazma dönemine özgü semboller göze çarpar. Bunlardan ikisi dört balık ve küçük karelerde yer alan svastika sembolleridir.
Bu güney nefinde I. Mahmut Kütüphanesi bulunur. Kütüphanenin görülebilen odası Osmanlı sultanının namaz kılmadan önce Kur’an okuduğu odadır. Odadaki rahleler sedef işlemeli olup duvarlar İznik fayanslarıyla kaplıdır. Odanın tavan ve zemini orijinal değildir. Odada ayrıca Kur'an'ın saklandığı tahta mahfaza bulunur.
Nefin doğu ucuna doğru soldaki duvarda üzerinde iki yunusu ve Poseidon’un trident olarak bilinen yabasını içeren bir taş işlemesi görülür. Bu, Bizans rahiplerinin, Hristiyan olmalarına rağmen, bir pagan ilaha ait unsuru kiliseye sokabilecek derecede eski Yunan kültürü etkisi altında kalmış olmalarını gösteren bir örnek olarak değerlendirilebilir.
Nefin doğu ucunda üç çeşit sütun görülür. Bunlardan kırmızı porfir taşından yapılma olanları Mısır’dan getirilmiştir. Yeşil olanları ise Yunanistan’dan getirilmiştir. Binada kullanılan beyaz mermerlerin kökeni genellikle Marmara Adası’ndaki mermer ocaklarıdır. Batı dillerindeki mermer sözcüğünün kökeni "Marmara"dır. Ayasofya’da toplam 107 sütun bulunmaktadır, bunlardan 40’ı alt katta, 67’si üst kattadır. Bu sütunların hemen hemen hepsi yekpare (monolit) olup, Ayasofya’dan da eskidirler, çünkü imparatorluk topraklarındaki eski tapınaklardan getirilmişlerdir. Ayasofya’nın en büyük sütunlarının uzunlukları 20 m civarında, kalınlıklarının yarıçapı ise 1,5 m’dir. En ağırları 70 ton ağırlığındadır. Sütun başlıkları Bizans stili gösterirler; sütun başlıklarından bazılarında küçük bir daire ve harflerden oluşan I. Justinianus'un arması görülür. Bu nefin doğu ucundaki yeşil sütunun yanındaki duvarda bir el izi bulunur, kime ait olduğu bilinmeyen bu el izi hakkında çeşitli rivayetler bulunmaktadır.

Omphalion ve müezzin mahfili

Güney neften mihraba geçilirken, zeminden yaklaşık 3 m kadar yükselen, balkonu andıran mermerden yapılma bir yapı göze çarpar. Bu, Osmanlı döneminde yapılmış, Ayasofya cami iken her yıl İslam peygamberi Muhammed’in doğum gününde (mevlit kandilinde) mevlit okunan müezzin mahfilidir.
Mahfilin hemen yanında zeminde, girilmemesi için kenarları çitle çevrilmiş kare biçimli bir alan göze çarpar. Burası bilinmeyen bir nedenle Bizanslılar’ca dünyanın merkezi olarak kabul edilirdi. Yunanca’da “Yer’in Göbeği ” anlamında, omphalion (Delf'te omphalos)olarak adlandırılan ve Bizanslılar’ca kutsal sayılan bu yerde kimilerine göre Ayasofya’nın inşa edilmesinden önce bir tapınak bulunmaktaydı. Kimilerine göre bu yer "ley hatları"nın  bir kavşak noktasıydı.
Kutsallığından ötürü Bizans imparatorlarının taç giyme törenleri de burada yapılmaktaydı. Tören sırasında siyasi ve dinî otoriteleri temsil eden kişilerin her birinin durması gereken konumlar bu kare biçimli alan içine daireler oluşturacak biçimde döşenmiş renkli taşlarla belirlenmiştir. Daireleri oluşturan taşlarda kırmızı, sarı, yeşil, turuncu ve gri renkler göze çarpmaktadır. Toplam sayıları 16 olan bu dairelerden en büyüğü ortadaki olup, muhtemelen imparatorun duracağı yeri gösteren dairedir.

Apsit ve mihrap

Binanın doğu kısmının ucu dışarı taşkın durumda olup, üstü yarım kubbeyle örtülü bir apsitle  son bulur. Üçüncü Ayasofya, diğer eski Ortodoks kiliseleri gibi, geleneksel olarak Kudüs’e yönelik olarak inşa edilmiştir ve diğer eski Ortodoks kiliselerinde olduğu gibi absidinin ekseni inşa edildiğinde tam olarak Kudüs yönünü göstermekteydi. 
İstanbul’a nazaran Kudüs yönü ile Mekke yönü arasında pek büyük olmayan (birkaç derecelik) bir fark bulunmaktadır. Bu yüzden İstanbul’da camiye çevrilen kiliselerde kıble yönünü göstermek üzere kilisenin absidi içine yapılan mihrap absidin iyice sağına inşa edilirdi. Fakat Ayasofya’da mihrap apsitin çok sağına değil, hafifçe sağına inşa edilmiştir. Çünkü Ayasofya binası tam olarak olması gereken yönde değildir, yani hafifçe Mekke yönüne doğru bir kayma göstermektedir. Bu bir yapım hatası olamayacağına göre, binanın zaman içerisinde, tektonik hareketlerden dolayı hafifçe bir kayma geçirmiş olması düşünülebilir. Cebrail'in parmağıyla Ayasofya’yı çevirdiğine ilişkin olarak çıkarılmış söylentiler bu husustan kaynaklanmıştır.
Apsitin en üst kısmında, 9. yüzyıla tarihlenen, kucağında çocuğu İsa'yı taşıyan, taht üzerinde tasvir edilmiş bir Meryem mozaiği yer alır. Bunun sağında aynı yüzyılda yapılmış, Cebrail'i tasvir eden bir mozaik bulunur. Meryem mozaiğinin solunda ise, bir deprem sırasında düşmüş bir başka melek mozaiği, muhtemelen Mikâil'i tasvir eden bulunmaktaydı.
Mihrabın her iki yanında 16. yy.’da Kanuni Sultan Süleyman fethettiği Macaristan’daki bir kiliseden getirttiği iki dev kandil bulunmaktadır. Apsitte Bizans döneminde yıkılan pencerelerin yerini Osmanlı döneminde renkli camdan yapılma (vitray), ayetlerle süslü pencereler almıştır. Apsit çevresinde Osmanlı döneminde eklenen yapılar yoğunluk kazanmaktadır. Örneğin apsitin sağında mermerden yapılma minber, solunda Osmanlı sultanının namaz kıldığı hünkar mahfili yer alır. Osmanlı sultanı mahfile özel olarak yapılmış bir galeriden ulaşmaktaydı.
Apsit duvarlarında Kur'an ayetlerini içeren çerçeveler ve içine Allah, Muhammed, Dört Halife ve Halife Ali’nin oğulları Hasan ve Hüseyin’in isimleri yazılı olan sekiz yeşil daire bulunur. Bu dairelerin tahtadan yapılma çok daha büyükleri de ana nefin (ana salonun) iç mekânını kuşatacak şekilde asılmışlardır. İsimler her biri 7,5 m yarıçapında olan bu 8 dev panoya hat sanatı tarzında yazılmıştır. Bunlar Kazasker Mustafa İzzet Efendi’nin (1801–1877) eserleridir. 1930'lu yıllarda restorasyon çalışmaları sırasında yerlerinden indirilen bu panolar 1951’de A. Menderes tarafından yeniden yerlerine koydurulmuştur.

Orta nef

Orta nef ya da iç mekân karmaşık bir yapıya sahiptir. 100 x 70 m ölçüsündeki binanın  74.67 x 69.80 m ölçüsündeki  orta nefinin (ana salonun) ortasında ağırlığı dört paye (ayak) üzerine oturtulmuş, payelere geçişin pandantiflerle sağlandığı bir ana kubbe yer alır. Ayasofya’nın devrim niteliği taşıyan kubbesi birçok sanat tarihçisinin, mimarın mühendisin özel ilgisini çekmiştir. Daireden dikdörtgene geçiş içbükey üçgen pandantiflerle sağlanır. Bu tür yapılarda daha önce kullanılmamış bu pandantifler estetik bakımdan şık bir şekilde, daireden, yani kubbeden payelerce oluşturulan kare biçimine, hatta yarım kubbeler de sisteme dahil sayılırsa, dikdörtgen biçimine geçişi sağlarlar. Böylece, kubbe pandantifler vasıtasıyla dört büyük kemer üzerine oturur. Bu kemerler de Osmanlı döneminde Mimar Sinan’ın talimatlarıyla istinat duvarlarıyla desteklenmiştir.
Tarih boyunca tamirat gördüğünden kubbe dairesel düzgünlüğünü kaybetmiş ve elips biçimine yaklaşmıştır. Bu yüzden farklı uzunlukta iki yarıçapı vardır. 55.60 m yüksekliğinde ve içten 30.80 - 32.6 m çaplarındaki ana kubbenin ağırlığı doğu ve batısındaki iki yarım kubbeyle hafifletilmiştir. Ana kubbenin güney ve kuzeyde yarattığı baskı ise payandalarla karşılanmıştır. Bir şemsiyenin telleri gibi, kubbenin tepesinden başlayıp kubbe pencereleri arasından geçerek pandantiflere inen 40 kaburga, kubbenin ağırlığının payelere aktarılmasında önemli bir rol oynar. Binanın ağırlığını 40'ı aşağıda, 67'si üst katta olan 107 sütun taşımaktadır. Bu sütunların bir kısmı orta nefin her iki yanında, iki katlı bir dizi oluştururlar. Orta nefin kuzey kenarını oluşturan çift katlı sütun dizisinin üzerindeki duvarda (tympanon) Ortodoks Kilisesi patriklerinin mozaikleri bulunur. Bunlar çok yüksekte olduklarından dürbünsüz pek iyi görülemezler. Ana mekân, duvarlardaki ve kubbedeki pencerelerden ışık alır.
Mozaiklerle kaplı ana kubbenin ortasında Bizans döneminde İsa’yı tasvir eden bir mozayiğin  yer aldığı bilinmektedir. Kilise camiye çevrildiğinde diğer insan figürlü mozaiklerin sıvayla kaplanmasına karşın bu mozaik 17. yüzyıl ortalarına açık bırakılmış, 17. yüzyıl ortalarında Kazasker Mustafa İzzet Efendi tarafından üzerine “Allahü Nurüssemavat...” diye başlayan ayetin işlendiği bir sıvayla kapatılmıştır. Bununla birlikte mozayiğin 1894 depreminde düşmüş olduğu da iddia edilmektedir.
Ana kubbede hem kubbenin ağırlığını azaltmak, hem de ana mekânın aydınlanmasını sağlamak üzere 40 pencere açılmıştır. Kubbenin mozaiklerini onarmak üzere kurulan 60 ton ağırlığındaki metalik iskele onarım çalışmalarının sürmesi nedeniyle henüz kaldırılamamış olup, kubbenin tümüyle görülmesini engellemektedir. 
Kubbenin zemine izdüşümü olan çember araştırıldığında, zeminde taşa 40 adet haçın bir çember oluşturacak şekilde kazınmış olduğu görülür. Bu haçların hiçbir sembolik değeri yoktur, mimari bir yöntemin uygulanması için bazı noktaların kesişen iki çizgiyle işaretlenmesinden ibarettir. Bir yapıya kubbe inşa edilmeden önce zemine, inşa edilecek kubbenin çemberi işaretlenir ve daha sonra bu noktalara çekül tutularak kubbe inşa edilir. Bu mimari yöntem günümüzde de uygulanmaktadır; tek fark artık çekül yerine lazerin kullanılmasıdır.
Kubbeden payelere geçişi sağlayan dört pandantif üzerinde Hristiyan melekler hiyerarşisindeki bir melek sınıfını tasvir eden freskler bulunmaktadır. Bunların Kerubi melekleri mi, yoksa Seraphim melekleri mi oldukları konusu kesinlik kazanmamıştır. Bizans’ın erken devirlerinde bunların mozaik olduğu belirtilir, tahrip olduklarında freske çevrilmiş oldukları düşünülmektedir. Üzerleri Osmanlı döneminde hiç kapatılmamış, yalnızca yüzlerine altın yaldızla kaplı oval bir yıldız yerleştirilmiştir. Bu 6 kanata sahip melek fresklerinden ikisinin birkaç yıl önce restore edilmiş olmasına karşın, yağmurun sızması nedeniyle yeniden tahrip oldukları görülmektedir. Bu tahribatın nedeni Bizanslılar’ın yapıda dere kumu yerine deniz kumu kullanmış olmalarıdır. Zira deniz kumu inşaatte kullanılmadan önce suyla yıkansa da, bir miktar tuzu bünyesinde tutmakta ve kumun yapıda kullanılmasından sonra bu tuz, yağmur sularını çekici ve emici bir işlev görmektedir. (Bu tahribat özellikle üst kattaki tavan mozaiklerinde etkili olmuştur.)
Orta nefin iç nartekse yakın kısmında helenistik dönemden kalma (MÖ 4. yy.), bektaşi taşından (İng. alabaster) yapılma iki büyük küp bulunmaktadır. Bunlar III. Murad döneminde Bergama’da bulunmuş, Ayasofya’ya getirilerek su içme gereksinimlerini karşılamak üzere kullanılmıştır. Küplerden büyük olanı 1200 litrelik bir kapasiteye sahiptir.
Duvarlardaki boş taş çerçevelerde Bizans döneminde ikonalar bulunmaktaydı. Orta nefte iç nartekse paralel olarak uzanan iki küçük tünelde Ayasofya’nın en eski mozaikleri bulunur. Bunlardan birinde ilk Hristiyanların kullandıkları, Yunan alfabesinin beş harfini içeren sekiz dilimli daire sembolü bulunur.

Kuzey nefi

Kuzey nefinde ziyaretçilerin ilgisini çeken tek şey, nefin batı ucunda bulunan, beyaz mermerden yapılma kare biçimli sütundur. “Terleyen sütun” olarak adladırılan ve hakkında kaynaksız sayısız rivayet bulunan bu sütun, günümüzde dilek dileme yeri durumuna gelmiştir. Dilek dilemek isteyenler elinin başparmağını sütundaki deliğe sokup elleriyle bir daire çizerler. Delik günümüzde sütuna geçirilmiş bronz bir plakanın ortasında yer almaktadır.

Çıkış

Üst kata çıkılmayıp binadan dışarı çıkılmak istendiğinde iç narteksin güney ucundaki kapıdan çıkılır. Bu çıkış kapısının üzerine yerleştirilmiş bir ayna oraya, çıkış yönünde ilerleyen ziyaretçileri, arkalarında kaldığından göremedikleri bir mozayiğin daha bulunduğu konusunda uyarmak üzere yerleştirilmiştir. 10. yüzyıldan kalma bu mozaik, Fossati tarafından 1849'da keşfedilip tekrar kapatılmış, 1933-1934 yıllarında Byzantine Institute of America kurumundan Thomas Whittemore tarafından temizlenmiştir. Mozaikte ortada çocuğuyla birlikte Meryem yer alır. Meryem değerli taşlarla süslü bir tahttadır. Koyu lacivert bir kaphoriun giyen Meryem'in başörtüsünün kenarlarında altın yaldızlı bir şerit, alnında ve omuzlarında da altın yaldızlı haç bulunmaktadır. Olgun bir insanın yüz hatlarıyla tasvir edilen "çocuk İsa" sağ eliyle vaftiz işareti yapmakta ve sol elinde "malik olma"yı simgeleyen bir rulo tutmaktadır. Solda Üçüncü Ayasofya’yı inşa ettiren I. Justinianus Meryem'e Ayasofya'nın bir maketini sunar halde tasvir edilmiştir. Bu Ayasofya maketinde kubbenin üzerinde bir haç bulunduğu görülmektedir. Sağda ise Konstantinopolis’in kurususu sayılan Roma imparatoru Büyük Konstantin Meryem'e surlarla çevrili Konstantinopolis’in bir maketini sunar halde tasvir edilmiştir. Adı Bizans alfabesiyle yukarıdan aşağı doğru yazılmıştır. Meryem'in tahtının zeminini oluşturan mozaik taşlarının yapımında gümüş kullanılmıştır.
Çıkışta yer alan, artık kapatılamayan bronz kapı, dünyanın en eski kapılarından biri sayılmaktadır. MÖ II. yüzyıla ait bu kapı Ayasofya’ya Tarsus’taki bir tapınaktan getirilmiştir. Ayasofya’nın zemini Bizans dönemindeki bir depremden sonra bir miktar (30–35 cm) yükseltilmek zorunda kalınmıştır. Bu yüzden bu kapı iptal edilerek yerine yenisi yapılmış, fakat eski kapı başka yere götürülmeyerek orada bırakılmıştır. Bu sayede kapının alt kısmında Ayasofya’nın 6. yüzyıla ait zemini görülebilmektedir.

Üst kat

Üst kata alt kattaki iç narteksin batı ucunda yer alan bir kapıdan geçilerek, irili ufaklı taşlarla “arnavut kaldırımı” tarzında döşenmiş bir rampadan çıkılır. Sarmal bir biçimdeki rampa 7 halka yaparak üst kata ulaşır. Bu rampa imparatoriçenin tahtıyla sarsılmadan taşınmasına merdiven basamaklarına kıyasla büyük bir kolaylık sağlamaktaydı. Rampa duvarlarında yer yer eski tuğla kemerler görülür. Bizans döneminde de Osmanlı döneminde de üst kat daima kadınlara ayrılmıştı. Üst katta da alt katta olduğu gibi,|250px güney (sağda) ve kuzey nefleri bulunur. Bu iki nef birlikte bir "at nalı" biçimini oluştururlar. Güney üst nefine sağda yer alan (alt kattaki narteksin üzerinde bulunan) bir galeriden geçilerek ulaşılır.

Güney üst nefi (tribünü)

Törenleri izlemek üzere Ayasofya’ya gelen imparatoriçe, üst kata çıkarılır, törenleri maiyetindekilerle birlikte, üst katın güney nefindeki "imparatoriçe locası"ndan izlerdi. İmparatoriçe locasından günümüze ulaşan kısımlar mermer başlıklı iki küçük yeşil porfirden yapılma sütun ve zemindeki, imparatoriçenin tahtının konacağı yeri göstermek üzere yerleştirilmiş dairesel yeşil porfir taşından oluşur. Bu yeşil daire, omphalion’daki daireler gibi yapılmıştır. Buradan binanın alt katı ve iç mekânına hakim bir bakış açısı elde edilebilmektedir.
Üst katın neflerinde tavanı kaplayan, insan figürü içermeyen mozaikler Osmanlı döneminde yağmur suyundan tahrip olduğundan, 19. yüzyılda Osmanlı sultanı Abdülmecit bunları onarılmasını emretmişti. Fakat mozaik sanatı 19. yüzyılda unutulmuş bir sanat durumuna geldiğinden İtalyan Fossati kardeşler sultana bunları onaramayacaklarını belirtip, başka bir çözüm önerisinde bulundular: Çok tahrip olan mozaikler sıvayla kaplandı ve altta kalan mozaik motifleri bu sıva üzerine resmedildi. Bazı sütunların üst kısımlarındaki kemerlerde sıvayla kaplanmamış mozaikler halen görülebilir durumdadır. Fakat yer yer nemden dolayı orijinal renklerini kaybetmişlerdir. Ayrıca yer yer dökülen veya altta mozaik olup olmadığı anlaşılmak üzere kasten açılmış sıvalar altından da eski mozaikler görülebilmektedir. Fossati kardeşlerin üst kattaki tavan mozaiklerini kaplamadan önce tüm mozaiklerin kopyalarını kâğıtlara çıkardıkları bilinmekteyse de, yanlarında götürdükleri bu kâğıtların günümüzde nerede oldukları bilinmemektedir.
İmparatoriçe locasının az ilerisinde, üzerlerindeki anahtar kabartmalarından dolayı “cennet ve cehennem kapısı” olarak adlandırılan, vaktiyle bir kapı içerdiği sanılan, duvarlara sabitlenmiş iki mermer blok görülür. Bu bloklar üzerinde yaşam ağacı, balık gibi semboller içeren küçük kabartmalar bulunur. Kilise temsilcileri synod  adı verilen toplantıların yapılacağı odaya gitmek üzere bu kapıdan geçerlerdi. 
Buradan geçildikten sonra sağ tarafta yer alan duvarda, 12. yüzyıldan kalma (1261'de yapıldığı sanılan), “deisis” ('Δέησις')olarak adlandırılan, İsa'nın Kıyamet Günü insanlık için Tanrı'dan niyaz dilemesini simgeleyen bir mozaik bulunur. Alt kısmı yok olmuş bu büyük mozaikte ortada İsa, sağda Vaftizci Yahya, solda ise Meryem görülür. İsa’nın sağ eli, alt kattaki iç nartekste yer alan mozaikte de görüldüğü gibi, “vaftiz işareti” denilen bir halde tasvir edilmiştir (baş parmağın ucu “kalbe giden yol”la ilişkilendirilen yüzük parmağına temas eder haldedir). Bu mozayiğin muhtemelen diğer çeşitli Ortodoks kiliselerinde taklit edilmeye çalışılan bir özelliği, İsa’nın yüzünün sağ ve sol yarılarının birbirlerinden farklı olarak tasvir edilmiş olmasıdır. Bu fark, sağ ve sol gözlerde de görülür. Bir yapım hatası olmayan bu özellik, Leonardo da Vinci’nin ünlü eserinde de görülmekle birlikte, Ayasofya’daki bu mozaik 12. yüzyılda yapılmış olduğundan Vinci’nin eserinden daha eskidir. Mozayiği yapan sanatçı İsa’nın yüz kısmına öyle bir özellik kazandırmıştır ki, mozaikten Kudüs yönüne doğru 10-15 metre kadar yürünerek geri dönüp bakıldığında hem İsa’nın yüzünün iki yarısı simetrik hale gelir, hem de İsa’nın gözleri o konumdaki kişiye bakar bir vaziyet alır. Bu mozaik Bizans resim sanatında rönesansın başlangıcı olarak ele alınır. Üst katın bu kısmında sağda, zeminde Venedik Cumhuriyeti'nin kör hükümdarı Dandolos’un mezarı yer alır.
Güney üst nefinin doğu ucunda, sağda binanın eğrilmeye maruz kalışının açık bir göstergesi olan, Piza kulesi gibi eğrilmiş bir sütun bulunur. Solda ise yine alt kısımları tahrip edilmiş iki mozaik yer alır. 1122'de yapılmış olan ilk mozaikte ortada çocuğuyla Meryam Ana, solda, elinde bir para kesesi tutan Bizans imparatoru II. Ioannes (Johannes) Komnenos, sağda eşi İren görülür. Mozayiğin 90 derece açı yaparak yan duvarda (payede) devam eden kısmında imparatorun veremden ölen oğlu Aleksios tasvir edilmektedir. İmparator ve eşi oğulllarının genç yaşta ölmesinden sonra çocuklar için ücretsiz bir hastanenin açılmasını finanse etmişlerdir.
11. yüzyıldan kalma diğer mozaikte ortada İsa yer alır. Bizans mozaik sanatında genellikle, İsa baştaki haleye bir haç iliştirilerek tasvir edilir ve ayrıca mozaiklere kimlikleri açıklayıcı yazılar eklenir. Bu bakımdan Bizans mozaiklerinde kimliklerin teşhis edilmesinde zorluk çekilmez. Mozaikte sağda imparatoriçe Zoi yer alır. Zoi, kocalarının ölümünden dolayı üç kez evlenmiş ve üç imparatora eşlik etmiştir. Her evlendiğinde mozaikteki imparatoru ve adını değiştirmek gerektiğinden, sanatçı mozaikteki imparatorun vücudunu tümüyle değiştirmek yerine yerine yalnızca kafayı ve kim olduğunu açıklayan yazıyı değiştirmek yoluna gitmiştir. Bu yüzden mozaikte imparatorun kafasının ve adının çevresinde kazınma izleri görülmektedir. Mozaikteki son kocası imparator IX. Konstantinos'tur. O da elinde bir para kesesi tutar halde tasvir edilmiştir.
Bu mozayiğin solundaki girintide yer alan, süslemeli tarzda boşluklar açılarak oyulmuş mermer blokun üzerinden bakıldığında, tam karşıda, absidin üst kısmı ile yarım kubbe arasındaki kemerde görülen, bir kanadın alt ucunu ve ayak kısmını gösteren mozaik parçaları vaktiyle burada bir melek mozayiğinin bulunduğu izlenimini vermektedir. Muhtemelen bir deprem sırasında düşmüş olmalıdır. Mermer bloktan hafifçe sağa doğru bakıldığında ise absidin üst kısmında yer alan, kucağında çocuğunu taşıyan Meryem mozayiği alt kattan görülme derecesine kıyasla daha iyi ve daha yakından görülebilmektedir. 9. yüzyıla tarihlenen, Meryem'i taht üzerinde tasvir eden bu mozaikte, tahtın üzerindeki minderlerde pik (maça) sembolleri bulunur. İsa’nın giysisinin sarı renkte parlayan mozaik taşlarının yapımında altın, beyaz renkte parlayan kısımlarının yapımında gümüş kullanılmıştır.

Kuzey üst nefi

Kuzey üst nefinde günümüzde Ayasofya’nın mozaiklerinin ve çeşitli kısımlarının büyük boy fotoğrafları sergilenmektedir. Bu nefin sağ tarafında kuytuda kalan bir duvarda imparator Aleksandros’un (912-913) mozayiği bulunur. Mozaik Ernest J. W. Underwood gözetiminde Bizans Enstitüsü tarafından temizlenmiştir. İmparator Aleksandros’un eşcinsel olduğu ve özel yaşamına önem verebilmesi için imparatorluğun yönetimini kardeşi VI. Leon’a bıraktığı belirtilir.
Nefin doğu ucundaki bitiminde, solda aşağı kata iniş rampası bulunur, sağda ise, güney nefinin ucundaki girintinin simetriği tarzında bir girinti yer alır. Buradan bakıldığında tam karşıda, absidin üst kısmı ile yarım kubbe arasındaki kemerde Cebrail’i tasvir eden mozaik görülür. Mozaik buradan, alt kattan görülme derecesine kıyasla daha iyi ve daha yakından görülebilmektedir. 9. yüzyıla tarihlenen bu mozaikte kanatlarıyla tasvir edilmiş başmeleklerden Cebrail, sol elinde bir küre tutar halde tasvir edilmiştir. Bu kürenin dünyayı temsil ettiği sanılmaktadır. Fakat mozaiğin dünyanın yuvarlak olduğunun bilinmediği 9. yüzyılda yapılmış olduğu gözönüne alınırsa, sanatçının hangi bilgiye dayanarak dünyayı yuvarlak temsil etmiş olması düşündürücü, ilginç bir konu oluşturmaktadır.
Absiddeki Meryem mozaiği buradan da görülmektedir. Bu mozaiğin öteki nefin bitimindeki girintiden görülmesine kıyasla buradan görülmesinin tek farkı, buradan Meryem ve İsa'nın bakışlarının düşmüş olduğu sanılan melek mozaiğine yönelmiş olduklarının fark edilebilmesidir.

Avlu

Alt kattaki çıkış kapısından avluya çıkıldığında görünen, erkeklerin abdest gereksinimini karşılamak üzere inşa edilmiş şadırvan, I. Mahmut döneminde eklenmiştir. Sol taraftaki kapı türbelere açılır. Ayasofya Müzesi’ne ait türbeler, II. Selim’in, III. Murat’ın , III. Mehmed’in, sultan Mustafa’nın, sultan İbrahim’in ve şehzadelerin türbeleridir. Türbeler artık ziyarete açılmıştır. Bu türbelerden birinde yürütülen restorasyon çalışmaları sonucu bilinen en büyük boyutlu, Bizans döneminin 6. yüzyıl öncesi erken Hristiyanlık dönemine ait vaftiz havuzu ortaya çıkarılmıştır. Ayrıca, genellikle konserlerde açılan Aya İrini Müzesi de Ayasofya Müdürlüğü’ne bağlıdır. Avlu’daki hem taş hem tuğla kullanılarak inşa edilmiş yapı ise Osmanlı döneminde eklenmiş, çocukların Kuran eğitimi için kullanılmış Sıbyan Mektebi’dir. Avluyu çevreleyen diğer binalar müze müdürlüğünün personelince çalışma amaçlı kullanılmaktadır.