Linyang Metro Commuter ng PNR

Kasaysayan

Nagsimula ang komyuter ng PNR bilang isang programa na ipinatupad noong panahon ni Pangulong Ferdinand Marcos. Ang unang serbisyo ng komyuter sa pagitan ng Tutuban at San Fernando P sa linyang pahilga noong Enero 21, 1967, at ito ay pinalawak patungo sa estasyon ng Angeles sa Pampanga. 
At sa pangunahing linya ng patimog noong April 6, 1970 na nagsisimula sa Manila North Harbour, na may mga pagtigil sa Tutuban, Blumentritt, Santa Mesa, Paco, Pasay Road (Culi-Culi), Gelmart (Philippine-American Embroidery), Sucat, Alabang at nagtatapos sa Biñan, Laguna. 
Noong Nobyembre 30, 1972, pinamunuan ni Pangulong Ferdinand Marcos at First Lady Imelda Marcos ang inagurasyon ng serbisyo komyuter sa pagitan ng Tutuban at San Pedro, Laguna.
Ang linya ng sangay ng Carmona ay binuksan noong 1973 bilang bahagi ng pagpapalawak ng serbisyo ng komyuter, ang linya ng sangay ng Guadalupe noong 1974, at College (UP Los Baños).
Ang double tracking ay humantong sa pagtatayo ng mga bagong istasyon tulad ng Vito Cruz at Buendia noong 1975, España, FTI at Bicutan noong 1977 at Laon-Laan noong 1978.
Ang linya sa Guadalupe ay tumigil noong 1983, dahil sa pagbagsak ng Tulay sa Ilog San Juan.
Noong Disyembre 14, 1989, ipinalitan ito sa pangalang Metrotren (na dati bilang Metrotrak) bilang bahagi ng programa ng Metroplex ng DOTC, na naglalayong mapabuti ang transportasyon mula sa Kalakhang Maynila sa mga nakapaligid na lugar, kinabibilangan ito ng pag-overhauling ng mga tren at mga pasahero at rehabilitasyon ng mga istasyon mula Caloocan hanggang Calamba.
Noong dekada ng 1991, sa pagkasabog ng Bulkang Pinatubo, ang mga serbisyo ng komyuter sa Linyang Pahilga (Northrail), ay pinaikli hanggang sa Meycauayan, Bulacan ang natapos lamang upang tuluyan na tumigil sa operasyon.
Ang Metrotren ay planong upang maabot patungo sa San Fernando, La Union, kung hindi sumabog ng Bulkang Pinatubo.
Sa panahon ng termino ni General Manager Pete Nicomedes Prado, bilang bahagi ng serbisyo ng Metro Tren commuter, nabalak ipanumbalik ang serbisyong komyuter sa Pasig noong 1990, sa kasamaang palad ang proyektong ito ay hindi ipinatupad.
Sa panahon ni Gloria Macapagal Arroyo muling na-reconstruct ang seksyon ng Tutuban-Caloocan ang linya ay nakumpleto ngunit ito ay di sinimulan sa operasyon.
Ang seksyon ng Mamatid-College kasama ang Carmona ay tuluyan tumigil sa operasyon.
Ang Shuttle Service ay ipinakilala noong Enero 27, 2014, ang serbisyong tren na ito ay inalis noong Mayo 23, 2014 upang magbigay daan sa maintenance servicing ng rolling stock. Ang isa pang dahilan ay ang 3 magkakasunod na linggo ng mga pagkaantala at pagkansela ng ilang mga biyahe sa tren.
Noong 2016, ito ay pinaabot sa Calamba, Laguna.
Ang mga plano para sa isang ikatlong ruta ng Shuttle Service ay naglalayag sa Alabang - Calamba ay ipakilala sa lalong madaling panahon sa 2017.
Matapos ang halos 20 taon, muling binuksan ng PNR ang linya ng Caloocan-Dela Rosa, noong Agosto 1, 2018.

Metro South Commuter

Ang Metro South Commuter (kilala rin bilang MSC) ang pangunahing at tanging serbisyo sa tren na kasalukuyang inaalok ng PNR na tumatakbo sa Linyang Patimog. Ang mga tren na kasalukuyang ginagamit para sa serbisyong ito ay ang 900 Series Locomotives, PNR 2500 Series Locomotives, 203 series na ex-Joban Line Local EMUs na inihatid ng JR East, at ang South Korean Hyundai Rotem DMUs. Ang mga biyahe ay nabawasan sa mga anunsyo. Noong Disyembre 2, 2014, ang bagong Calamba Station ay pinasinayaan. Mamaya sa gabing iyon, ang MSC1907 ay pinalawig hanggang sa nasabing istasyon. Ang MSC1937 ay pinalawig din, ngunit hanggang sa Sta. Rosa Station. Simula ng Hulyo 2015, tumatakbo ang mga serbisyo ng MSC sa pagitan ng Tutuban at Alabang.  Ngunit sa Oktubre 2016, ang mga biyahe (umaga at gabi) ay umaabot sa Mamatid.

Northern Extension

Ang serbisyo ng komyuter sa linyang pahilaga ay ang kauna-unang komyuter na tumatakbo sa pagitan ng Tutuban at San Fernando P o Angeles
Sa panahon ng Metrotren, ang serbisyo ng komyuter ay ipinaikli sa Meycauayan, Bulacan noong Mayo 10, 1990, kasama ang Caloocan sa Linyang Pahilaga ng mga serbisyo, ito ay inabandona noong 1997 dahil sa mga gastos sa pagpapanatili at hindi sapat na serbisyo.
Ang isang bahagi ng linyang ito ay tinangka na muling mabuhay, lalo na ang mga istasyon hanggang sa Caloocan noong huling kalahati ng dekada 2000, kasama ang iba pa na muling binuhay bilang bahagi ng hinaharap na Northrail. Ang DOTr ay naghahanda ng mga inayos na mga istasyon sa Solis, 5th Avenue, 10th Avenue at Caloocan, na nabalisa dahil sa pagtatayo ng NLEX Segment 10.1 para sa muling pag-activate.

Premiere Train

Ang Premiere Train ay isang espesyal na serbisyong MSC na nagpapatakbo mula Lunes hanggang Biyernes, maliban sa mga piyesta opisyal. Ang tren na ginagamit sa espesyal na serbisyo ay ang KiHa 59 "Kogane" train set, na kung saan ay mula rin sa Japan. Ang tren na ginamit upang ihinto sa mga piling istasyon lamang, lalo Tutuban, Blumentritt, España, Sta. Mesa, Buendia, Pasay Road, EDSA (flagstop), Sucat, Alabang, San Pedro, Biñan, Santa Rosa, at Mamatid. Ang serbisyo ay may 4 biyahe: MSC501, MSC702, MSC1555, at MSC1802.
Ang serbisyo ay kasalukuyang nasuspinde, dahil sa inagurasyon ng gusali ng istasyon ng Calamba (Disyembre 2014) at dahil sa pag-aayos ng tren na ginagamit para sa serbisyong ito.

Plano

Bilang bahagi ng programa ng imprastraktura ng DuterteNomics (Build-Build-Build) na programa ni Rodrigo Duterte, ang Linyang Pangkalakhang ng Komyuter ay muling isasagawa bilang isang full-standard na gauge na double-track na standard na gauge, at maglilingkod sa Los Baños. Noong Setyembre 12, 2017, inaprobahan ng National Economic and Development Authority ang pagtatayo ng mas bagong linya, bilang bahagi ng mas mahabang Long-haul Railway na makakonekta sa Legazpi at Matnog, at Batangas City.  Ang pagpopondo para sa proyekto, na nagkakahalaga ng ₱ 131 bilyon, ay ibinibigay ng Japan International Cooperation Agency, at inaasahang magsisilbi ng 300,000 pasahero sa isang araw sa unang taon ng operasyon nito.