สโมสรฟุตบอลอยุธยา ยูไนเต็ด

เทศบาลเมืองเสนา

สโมสรฟุตบอลเทศบาลเมืองเสนา ก่อตั้งขึ้นในปี พ.ศ. 2550 เพื่อเป็นสโมสรฟุตบอลระดับท้องถิ่นของอำเภอเสนา จังหวัดพระนครศรีอยุธยา และส่งทีมเข้าร่วมการแข่งขันฟุตบอลระดับสมัครเล่นที่จัดขึ้นโดยสมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทยเป็นครั้งแรกในฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทานประเภท ค.

ฟุตบอลถ้วยพระราชทาน ค

สโมสรเริ่มส่งทีมเข้าร่วมการแข่งขันในฟุตบอลถ้วยพระราชทาน ค 2550/51 และเข้าถึงรอบ 16 ทีมสุดท้ายก่อนจะแพ้ให้กับ โรงเรียนอัสสัมชัญ ศรีราชา  3–2  ต่อมาในฟุตบอลถ้วยพระราชทาน ค 2551/52 สโมสรผ่านเข้าถึงรอบ 16 ทีมสุดท้ายอีกเช่นเคย และแพ้ให้กับ สโมสรฟุตบอลเทศบาลเมืองหัวหิน 0–1 ตกรอบไปในที่สุด
การแข่งขันฟุตบอลถ้วยพระราชทาน ค. ประจำปี 2556 สโมสรฟุตบอลเทศบาลเมืองเสนา สามารถผ่านเข้าไปถึงรอบรองชนะเลิศได้สำเร็จ โดยต้องพบกับ สโมสรฟุตบอลโรงเรียนกีฬาเทศบาลนครนครราชสีมา  ซึ่งถึงแม้ว่าเทศบาลเมืองเสนาจะเป็นฝ่ายแพ้ไป 4–2 แต่ก็เพียงพอที่จะได้สิทธิเลื่อนชั้นขึ้นไปเล่นในถ้วย ข. ในปีถัดไป

ฟุตบอลถ้วยพระราชทาน ข

ปี พ.ศ. 2557 เทศบาลเมืองเสนา ลงแข่งขันในรายการฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทานประเภท ข. เป็นปีแรก และสามารถผ่านเข้าไปถึงรอบ 16 ทีมสุดท้ายก่อนจะแพ้ให้กับ สถาบันการพลศึกษา วิทยาเขตกรุงเทพ 2–1 ตกรอบไปในที่สุด
ต่อมาในการแข่งขันฟุตบอลถ้วยพระราชทาน ข. ประจำปี 2558 สโมสรฟุตบอลเทศบาลเมืองเสนา สามารถผ่านเข้าถึงรอบรองชนะเลิศไปพบกับสถาบันการพลศึกษา วิทยาเขตสมุทรสาคร โดยผู้ชนะจะเข้าสู่รอบชิงชนะเลิศและได้สิทธิเลื่อนชั้นสู่ลีกภูมิภาค ดิวิชัน 2
ในการแข่งขันรอบรองชนะเลิศ สโมสรเป็นฝ่ายแพ้ต่อสถาบันการพลศึกษา วิทยาเขตสมุทรสาคร ไป 2–0 แต่ยังได้รับสิทธิเลื่อนชั้นขึ้นไปเล่นในลีกภูมิภาค ดิวิชัน 2 เนื่องจากการแข่งขันในรอบรองชนะเลิศอีกคู่ระหว่าง โรงเรียนจ่าอากาศ และสมาคมศิษย์เก่าโรงเรียนปากช่อง ถูกคณะกรรมการจัดการแข่งขันปรับตกรอบทั้งสองทีม เนื่องจากใช้ผู้เล่นผิดคุณสมบัติลงแข่งขัน ทำให้สถาบันการพลศึกษา วิทยาเขตสมุทรสาครคว้าแชมป์ไปโดยไม่ต้องแข่งนัดชิงชนะเลิศ และสโมสรฟุตบอลเทศบาลเมืองเสนา ที่แพ้ในรอบรองชนะเลิศ ได้สิทธิเลื่อนชั้นอีกหนึ่งทีม

ลีกภูมิภาค ดิวิชั่น 2

หลังจากสโมสรฟุตบอลเทศบาลเมืองเสนา ได้เลื่อนชั้นขึ้นมาแข่งขันในลีกภูมิภาค ดิวิชัน 2 ได้จดทะเบียนเป็นนิติบุคคลในรูปแบบบริษัทจำกัด เพื่อดำเนินกิจการทางฟุตบอลภายใต้ชื่อ บริษัท อยุธยา ยูไนเต็ด (2015) จำกัด และเปลี่ยนชื่อสโมสรเป็น อยุธยา ยูไนเต็ด
สโมสรลงแข่งขันภายใต้ชื่อใหม่อย่างเป็นทางการเป็นนัดแรกเมื่อวันที่ 19 มีนาคม พ.ศ. 2559 ในลีกภูมิภาค ดิวิชัน 2นัดที่บุกไปชนะนครสวรรค์ เอฟซี 1–0 ที่สนามกีฬากลางจังหวัดนครสวรรค์ จากลูกโหม่งของ รุ่งโรจน์ สว่างศรี อดีตกองหลังทีมชาติไทย ทำให้เขาถูกบันทึกว่าเป็นผู้เล่นที่ยิงประตูแรกในลีกให้กับสโมสร โดยเมื่อจบฤดูกาลสโมสรสามารถคว้าอันดับที่ 4 ในลีกภูมิภาค ดิวิชั่น 2 โซนภาคกลางได้สำเร็จ และได้เลื่อนชั้นสู่ไทยลีก 3

รวมกับ อยุธยา วอริเออร์

หลังจบฤดูกาล 2559 แม้สโมสรจะได้เลื่อนชั้นขึ้นไปแข่งขันในไทยลีก 3 แต่ก็ต้องประสบปัญหาในการยื่นขอใบอนุญาตสโมสรฟุตบอล (Club Licensing) อันเป็นเงื่อนไขสำคัญในการที่ลงแข่งขัน ประกอบกับทาง สโมสรฟุตบอลอยุธยา วอริเออร์ ที่ได้เลื่อนชั้นขึ้นมาเล่นในไทยลีก 3 เช่นเดียวกัน ต้องส่งคืนสิทธิในการลงแข่งขันคืนให้กับ สโมสรฟุตบอลจังหวัดพิจิตร ทั้งสองสโมสรจึงร่วมมือกัน โดยใช้สิทธิของ อยุธยา ยูไนเต็ด 
การร่วมมือกันของทั้งสองสโมสร ทำให้มีประธานสโมสร 2 คน โดยมี นิรันดร์ วนิชวรพงษ์ ประธานสโมสรคนเดิมเจ้าของสิทธิ และ อดิศักดิ์ พันธ์เจริญวรกุล ประธานคนใหม่ ซึ่งเป็นอดีตประธานสโมสรของ อยุธยา วอริเออร์ โดยมีการเปลี่ยนโลโก้สโมสรรวมถึงสนามเหย้าแห่งใหม่ โดยย้ายสนามเหย้าจากเดิมที่ใช้สนามกีฬาเสนาบดี อำเภอเสนา มาเป็นสนามกีฬาจังหวัดพระนครศรีอยุธยา อำเภอพระนครศรีอยุธยา