ยุคมูโรมาจิ

สมัยราชวงศ์เหนือใต้

พระจักรพรรดิโกะ-ไดโงะ หลังจากที่ทรงล้มล้างรัฐบาลโชกุนคะมะกุระแล้ว ได้ทรงรื้อฟื้นระบอบการปกครองอันมีองค์พระจักรพรรดิเป็นศูนย์กลางขึ้นมาใหม่ เรียกว่า การฟื้นฟูปีเค็มมุ (Kemmu Restoration) สร้างความไม่พอใจให้แก่ชนชั้นซะมุไรซึ่งยังคงต้องการให้มีการปกครองของระบอบโชกุน ค.ศ. 1336 อะชิกะงะ ทะกะอุจิ (ญี่ปุ่น: 足利 尊氏 โรมาจิ: Ashikaga Takauji ) มีชัยชนะเหนือทัพของพระจักรพรรดิโกะ-ไดโงะ ซึ่งนำโดย คุซุโนะกิ มะซะชิเงะ (ญี่ปุ่น: 楠木正成 โรมาจิ: Kusunoki Masashige) ในยุทธการที่มินะโตะกะวะ (ญี่ปุ่น: 湊川の戦い โรมาจิ: Minatogawa-no-tatakai) อะชิกะงะ ทะกะอุจิ เข้ายึดนครเคียวโตะได้สำเร็จ ตั้งพระจักรพรรดิโคเมียวขึ้นเป็นพระจักรพรรดิองค์ใหม่ ส่วนพระจักรพรรดิโกะ-ไดโงะเสด็จหลบหนีไปยังเมืองโยะชิโนะ (ญี่ปุ่น: 吉野 โรมาจิ: Yoshino จังหวัดนะระในปัจจุบัน) และทรงจัดตั้งราชสำนักใหม่ขึ้น ณ ที่แห่งนั้น ประเทศญี่ปุ่นจึงมีพระจักรพรรดิสองพระองค์ในเวลาเดียวกัน องค์ซึ่งประทับอยู่ที่เมืองเกียวโต เรียกว่า พระราชวงศ์ฝ่ายเหนือ และองค์ที่ประทับอยู่ที่เมืองโยะชิโนะ เรียกว่า พระราชวงศ์ฝ่ายใต้ เป็นจุดเริ่มต้นของ สมัยราชวงศ์เหนือใต้ หรือ "นัมโบะกุโช" (ญี่ปุ่น: 南北朝 โรมาจิ: Nanboku-chō) อะชิกะงะ ทะกะอุจิ ซึ่งสืบเชื้อสายมาจากตระกูลเซวะเง็งจิ (ญี่ปุ่น: 清和源氏 โรมาจิ: Seiwa Genji ) หรือ ตระกูลมินะโมะโตะ ได้รับการแต่งตั้งให้เป็น เซอิไทโชงุง (ญี่ปุ่น: 征夷大将軍 โรมาจิ: Seii Taishōgun ) เป็นจุดเริ่มต้นของรัฐบาลโชกุนอะชิกะงะและสมัยมุโระมะชิ ซึ่งรัฐบาลโชกุนถวายการสนับสนุนแด่พระราชวงศ์ฝ่ายเหนือ
โชกุนอะชิกะงะ ทะกะอุจิ และน้องชายคือ อะชิกะงะ ทะดะโยะชิ อะชิกะงะ ทะดะโยะชิ (ญี่ปุ่น: 足利 直義 โรมาจิ: Ashikaga Tadayoshi) ปกครองประเทศญี่ปุ่นร่วมกัน จนกระทั่งเกิดความขัดแย้งระหว่างสองพี่น้อง เนื่องจากโชกุนทะกะอุจิ ให้การสนับสนุนแก่ โค โนะ โมะโระนะโอะ (ญี่ปุ่น: 高師直 โรมาจิ: Kō no Moronao) ซึ่งเป็นคู่แข่งทางการเมืองของทะดะโยะชิ ในค.ศ. 1349 ทะดะโยะชิถูกอัปเปหิออกจากรัฐบาลโชกุน และแปรพักตร์ไปเข้ากับพระราชวงศ์ฝ่ายใต้ เกิดเป็น สงครามปีคันโน (ญี่ปุ่น: 観応の擾乱 โรมาจิ: Kannō no shōran) ทะดะโยะชิยกทัพของพระราชวงศ์ฝ่ายใต้เข้าโจมตีเมืองเกียวโต สองพี่น้องเจรจาทำสัญญาสงบศึก ทะดะโยะชิเดินทางไปจัดตั้งรัฐบาลของตนเองที่เมืองคะมะกุระ แต่กลับถูกทะดะอุจิพี่ชายวางยาพิษสังหารในที่สุด 
พระราชวงศ์ฝ่ายใต้ ซึ่งมีผู้นำทางทหารคือ คุซุโนะกิ มะซะโนะริ (ญี่ปุ่น: 楠木正儀 โรมาจิ: Kusunoki Masanori) ยกทัพเข้าบุกยึดเมืองเกียวโตได้สำเร็จในค.ศ. 1353 ค.ศ. 1355 และ ค.ศ. 1362 แต่ฝ่ายรัฐบาลโชกุนสามารถยึดนครเกียวโตกลับมาได้ทุกครั้ง ในค.ศ. 1358 โชกุนทะกะอุจิถึงแก่อสัญกรรม อะชิกะงะ โชะชิอะกิระ (ญี่ปุ่น: 足利 義詮 โรมาจิ: Ashikaga Yoshiakira) บุตรชายขึ้นดำรงตำแหน่งโชกุนสืบต่อแทน ในค.ศ. 1362 โชกุนโยะชิอะกิระจัดตั้งตำแหน่งคังเร (ญี่ปุ่น: 管領 โรมาจิ: Kanrei) หรือผู้สำเร็จราชการแทนโชกุน โดยผู้ดำรงตำแหน่งคังเรมาจากสามตระกูลได้แต่ โฮะโซะกะวะ (ญี่ปุ่น: 細川 โรมาจิ: Hosokawa) ฮะตะเกะยะมะ (ญี่ปุ่น: 畠山 โรมาจิ: Hatakeyama) และชิบะ (ญี่ปุ่น: 志波 โรมาจิ: Shiba) ค.ศ. 1365 เจ้าชายคะเนะโยะชิ (ญี่ปุ่น: 懐良親王 โรมาจิ: Kaneyoshi shinnō) ซ็่งเป็นพระโอรสของพระจักรพรรดิโกะ-ไดโงะ สร้างกองกำลังต่อต้านรัฐบาลโชกุนและเข้ายึดครองเกาะคีวชู ในค.ศ. 1368 โชกุนโยะชิอะกิระล้มป่วยและถึงแก่อสัญกรรมอย่างกระทันหัน ทำให้อะชิกะงะ โยะชิมิสึ (ญี่ปุ่น: 足利 義満 โรมาจิ: Ashikaga Yoshimitsu) บุตรชายของโยะชิอะกิระซึ่งมีอายุเพียงเก้าปี ต้องขึ้นดำรงตำแหน่งเป็นโชกุนคนต่อมา 
เนื่องจากโชกุนโยะชิมิสึยังอายุน้อย อำนาจปกครองจึงอยู่คังเรโฮะโซะกะวะ โยะริยุกิ (ญี่ปุ่น: 細川 頼之 โรมาจิ: Hosokawa Yoriyuki) ค.ศ. 1370 คังเรโยะริยุกิส่งอิมะกะวะ ซะโดะโยะ (ญี่ปุ่น: 今川 貞世 โรมาจิ: Imagawa Sadayo) นำทัพของรัฐบาลโชกุนฯไปปราบเจ้าชายคะเนะโยะชิที่เกาะคีวชูได้สำเร็จ ในค.ศ. 1378 คฤหาสน์แห่งใหม่ของโชกุนโยะชิมิสึสร้างขึ้นแล้วเสร็จ เรียกว่า ฮะนะ โนะ โงะโชะ (ญี่ปุ่น: 花の御所 โรมาจิ: Hana no Gosho) หรือ มุโระมะชิ โดะโนะ (ญี่ปุ่น: 室町殿 โรมาจิ: Muromachi dono) ซึ่งจะกลายเป็นที่พำนักของโชกุนตระกูลอะชิกะงะไปจนตลอดสมัยมุโระมะชิ ในค.ศ. 1379 คังเรโยะริยุกิถูกกดดันให้ลาออกจากตำแหน่ง ทำให้โชกุนโยะชิมิสึมีโอกาสขึ้นมามีอำนาจในการบริหารประเทศอย่างเต็มที่ ในค.ศ. 1392 โชกุนโยะชิมิสึจัดให้มีการเจรจาข้อตกลงระหว่างราชวงศ์ฝ่ายเหนือและฝ่ายใต้ โดยพระราชวงศ์ฝ่ายใต้ยินยอมมอบเครื่องราชกกุฎภัณฑ์สามอย่าง (Three Sacred Treasures) อันเป็นสัญลักษณ์ของราชสมบัติญี่ปุ่น ให้แก่พระราชวงศ์ฝ่ายเหนือ เท่ากับเป็นการยอมรับว่าพระจักรพรรดิที่เมืองเกียวโตนั้นเป็นพระจักรพรรดิแห่งญี่ปุ่นแต่เพียงพระองค์เดียว เป็นการยุติสมัยราชวงศ์เหนือใต้

สมัยแห่งความรุ่งเรืองทางวัฒนธรรมและการติดต่อกับต่างชาติ

ในค.ศ. 1394 โชกุนโยะชิมิสึสละตำแหน่งโชกุนให้แก่อะชิกะงะ โยะชิโมะชิ ผู้เป็นบุตรชาย โยะชิมิสึดำรงตำแหน่งเป็น โอโงะโชะ (ญี่ปุ่น: 大御所 โรมาจิ: Ōgosho) หรืออดีตโชกุนแทน พร้อมทั้งบรรพชาเป็นพระภิกษุในพุทธศาสนานิกายเซน แม้ว่าจะสละตำแหน่งโชกุนให้แก่บุตรชายแล้ว แต่อำนาจการปกครองยังคงอยู่ที่โอโงะโชะโยะชิมิสึ ในค.ศ. 1401 โอโงะโชะโยะชิมิสึแต่งคณะทูตเดินทางไปยังนครปักกิ่งเพื่อเจริญสัมพันธไมตรีกับจีนราชวงศ์หมิง ปีต่อมาค.ศ. 1402 จักรพรรดิเจี้ยนเหวินทรงแต่งตั้งให้โยะชิมิสึดำรงตำแหน่งเป็น "กษัตริย์แห่งญี่ปุ่น" (ญี่ปุ่น: 日本国王 โรมาจิ: Nihon-koku-ō ) ในการติดต่อสัมพันธ์กับราชสำนักจีน เป็นการเริ่มต้นนำประเทศญี่ปุ่นเข้าสู่ระบอบบรรณาการจิ้มก้อง สมัยของโชกุนโยะชิมิสึเป็นสมัยแห่งความรุ่งเรืองทางด้านศิลปะวัฒนธรรมของญี่ปุ่นในสมัยมุโระมะชิ เรียกว่า สมัยวัฒนธรรมคิตะยะมะ (ญี่ปุ่น: 北山文化 โรมาจิ: Kitayama-bunka) ตามชื่อเขาคิตะยะมะ อันเป็นที่ตั้งของ คฤหาสน์คิงกะกุ (ญี่ปุ่น: 金閣 โรมาจิ: Kinkaku) หรือ คฤหาสน์ศาลาทอง หรือปัจจุบันคือวัดคิงกะกุ อันเป็นที่พำนักในช่วงบั้นปลายชีวิตของโอโงะโชะโยะชิมิสึ การติดต่อทางการทูตกับจีนทำให้รัฐบาลโชกุนฯเปิดรับวัฒนธรรมจีน อันได้แก่ พุทธศาสนานิกายเซน พิธีชงชา ศิลปะการจัดสวน เป็นต้น โยะชิมิสึอุปถัมภ์พุทธศาสนานิกายเซ็น โอโงะโชะโยะชิมิสึถึงแก่อสัญกรรมเมื่อค.ศ. 1408 โชกุนโยะชิโมะชิได้รับการอำนาจเต็มในการปกครอง โชกุนโยะชิโมะชิดำเนินนโยบายตรงข้ามกับบิดาในความสัมพันธ์กับประเทศจีน โดยการตัดสัมพันธไมตรีกับราชวงศ์หมิงในค.ศ. 1411 
ในสมัยมุโระมะชิชาวญี่ปุ่นล่องเรือออกทะเลเข้าปล้นสะดมเมืองท่าต่างๆของจีนและเกาหลีสร้างความเสียหายอย่างมาก เรียกว่า โจรสลัดญี่ปุ่น (ญี่ปุ่น: 倭寇 โรมาจิ: Wakō) ในค.ศ. 1398 พระเจ้าแทโจแห่งโชซ็อนทรงส่งราชทูตพัคทงชี (Pak Tong-chi) เข้ามาเจริญสัมพันธไมตรีกับญี่ปุ่น เพื่อประสานความร่วมมือในการปราบปรามโจรสลัดญี่ปุ่น แต่ไม่ประสบผล ในค.ศ. 1419 พระเจ้าแทจงทรงส่งทัพเรืองเกาหลีนำโดยแม่ทัพ ลีจงมู (Yi Jong-mu) เข้ารุกรานเกาะสึชิมะ เรียกว่า การรุกรานปีโอเอ (ญี่ปุ่น: 応永の外寇 โรมาจิ: Ōei no gaikō) แม่ทัพลีจงมูนำทัพเรือเกาหลีเข้ารุกรานและปล้มสะดมเกาะสึชิมะ จากนั้นรัฐบาลโชกุนฯและราชสำนักโชซ็อนจึงเจรจาสงบศึก โดยผ่านทาง โซ ซะดะโมะริ (ญี่ปุ่น: 宗貞盛 โรมาจิ: Sō Sadamori) เจ้าครองเกาะสึชิมะ ในค.ศ. 1443 สนธิสัญญาคะกิซึ (ญี่ปุ่น: 嘉吉条約 โรมาจิ: Kakitsu-jōyaku เกาหลีเรียก สนธิสัญญาปีคเยแฮ Gyehae Treaty) ราชสำนักโชซ็อนมอบอำนาจให้ตระกูลโซ เจ้าครองเกาะสึชิมะ เป็นผู้ประสานงานในการติดต่อสัมพันธ์ระหว่างเกาหลีและญี่ปุ่น โดยที่ฝ่ายญี่ปุ่นมีหน้าที่ปราบปรามโจรสลัดญี่ปุ่น 
ค.ศ. 1423 โชกุนโยะชิโมะชิ สละตำแหน่งให้แก่บุตรชายของตนคือ อะชิกะงะ โยะชิกะซุ (ญี่ปุ่น: 足利 義量 โรมาจิ: Ashikaga Yoshikazu) ขึ้นเป็นโชกุนคนต่อมา ส่วนอดีตโชกุนโยะชิโมะชิดำรงตำแหน่งเป็นโอโงะโชะเฉกเช่นเดียวกับบิดา แต่ทว่าโชกุนโยะชิกะซุดำรงตำแหน่งโชกุนได้เพียงสองปีก็ถึงแก่อสัญกรรมในค.ศ. 1425 และโอโงะโชะโยะชิโมะชิถึงแก่อสัญกรรมในค.ศ. 1428 น้องชายของโอโงะโชะโยะชิโมะชิคือ อะชิกะงะ โยะชิโนะริ (ญี่ปุ่น: 足利 義教 โรมาจิ: Ashikaga Yoshinori) จึงขึ้นดำรงตำแหน่งเป็นโชกุนคนต่อมาในค.ศ. 1429 โชกุนโยะชิโนะริฟื้นฟูความสัมพันธ์กับจีนราชวงศ์หมิงในปีค.ศ. 1433 และจัดตั้งโทเซ็ง-บุเงียว (ญี่ปุ่น: 唐船奉行 โรมาจิ: Tōsen-bugyō) ขึ้นในค.ศ. 1434เพื่อดูแลเรื่องงานการทูตกับจีน  
นับตั้งแต่ค.ศ. 1349 ปฐมโชกุนอะชิกะงะ ทะกะอุจิ ได้แต่งตั้งให้บุตรชายของตนคือ อะชิกะงะ โมะโตะอุจิ (ญี่ปุ่น: 足利基氏 โรมาจิ: Ashikaga Motouji) ดำรงตำแหน่งเป็น คันโตคังเร (ญี่ปุ่น: 関東管領 โรมาจิ: Kantō kanrei) ซึ่งเป็นผู้สำเร็จราชการแทนโชกุนในภูมิภาคตะวันออกของญี่ปุ่น คันโตคังเรพำนักอยู่ที่เมืองคะมะกุระและมีอำนาจเหนือซะมุไรในภูมิภาคคันโตและภาคตะวันออกทั้งมวล ด้วยอำนาจอันมหาศาลของคันโตคังเร ทำให้คันโตคังเรกลายเป็นคู่แข่งทางการเมืองของรัฐบาลโชกุนที่เมืองเกียวโต ในเวลาต่อมาตำแหน่งคันโตคังเรได้รับการขนานนามว่า คันโตคุโบ (ญี่ปุ่น: 関東公方 โรมาจิ: Kantō kubō) แปลว่า โชกุนแห่งภูมิภาคคันโต ซึ่งคันโตคุโบมีผู้ช่วยเป็นผู้สำเร็จราชการอีกทอดหนึ่ง เรียกว่า ชิซึจิ ซึ่งเป็นตำแหน่งของตระกูลอุเอะซุงิ (ญี่ปุ่น: 上杉 โรมาจิ: Uesugi) ในค.ศ. 1416 คันโตคุโบอะชิกะงะ โมะชิอุจิ (ญี่ปุ่น: 足利持氏 โรมาจิ: Ashikaga Mochiuji) เกิดความขัดแย้งกับชิซึจิอุเอะซุงิ เซ็งชู (ญี่ปุ่น: 上杉 禅秀 โรมาจิ: Uesugi Zenshū) อุเอะซุงิ เซ็งชู จึงก่อการกบฎยกทัพเข้ายึดเมืองคะมะกุระ ทำให้คันโตคุโบโมะชิอุจิต้องหลบหนีออกจากเมืองคะมะกุระ ในค.ศ. 1417 โชกุนโยะชิโมะชิส่งทัพของรัฐบาลโชกุนฯเข้ายึดเมืองคะมะกุระคืนจากอุเอะซุงิเซ็งชูได้สำเร็จ และช่วยเหลือให้คันโตคุโบโมะชิอุจิกลับเข้าเมืองตามเดิม แต่ทว่าในค.ศ. 1438 คันโตคุโบโมะชิอุจิต้องการตำแหน่งโชกุนที่เมืองเกียวโต จึงก่อการกบฎต่อโชกุนโยะชิโนะริ เรียกว่า สงครามปีเอเกียว (ญี่ปุ่น: 永享の乱 โรมาจิ: Eikyō no ran) โชกุนโยชิโนะริส่งทัพเข้ายึดเมืองคะมะกุระได้สำเร็จ โมะชิอุจิทำการเซ็ปปุกุเสียชีวิต ทำให้ตำแหน่งคันโตคุโบว่างลงและภูมิภาคตะวันออกของญี่ปุ่นตกอยู่ภายใต้อิทธิพลของตระกูลอุเอะซุงิ  
ในค.ศ. 1441 โชกุนโยะชิโนะริถูกลอบสังหารโดยเจ้าครองแคว้นชื่อว่า อะกะมะซึ มิซึซุเกะ (ญี่ปุ่น: 赤松 満祐 โรมาจิ: Akamatsu Mitsusuke) อะชิกะงะ โยะชิกะซึ (ญี่ปุ่น: 足利 義勝 โรมาจิ: Ashikaga Yoshikatsu) ผู้เป็นบุตรชายขึ้นดำรงตำแหน่งโชกุนต่อมาได้เพียงสองปีก็ถึงแก่อสัญกรรมในปีค.ศ. 1443 อะชิกะงะ โยะชิมะซะ (ญี่ปุ่น: 足利 義政 โรมาจิ: Ashikaga Yoshimasa) บุตรชายอีกคนของโชกุนโยะชิโนะริจึงขึ้นเป็นโชกุน หลังจากที่โชกุนโยะชิมะซะสละตำแหน่งโชกุน กลายเป็นโอโงะโชะในปีค.ศ. 1473 โอโงะโชะโยะชิมะซะสร้างคฤหาสน์ศาลาเงิน (ญี่ปุ่น: 銀閣 โรมาจิ: Ginkaku) ขึ้นในค.ศ. 1482 บนเขาฮิงะชิยะมะทางตะวันออกของนครเกียวโต เพื่อเป็นที่พำนึกในบั้นปลายชีวิตให้แก่ตนเองเฉกเช่นเดียวกับโอโงะโชะโยะชิมิสึซึ่งได้สร้างคฤหาสน์ศาลาทอง สมัยของโชกุนโยะชิมะซะเป็นสมัยแห่งความรุ่งเรืองทางศิลปวัฒนธรรมอีกสมัยหนึ่ง เรียกว่า สมัยวัฒนธรรมฮิงะชิยะมะ  (ญี่ปุ่น: 東山文化 โรมาจิ: Higashiyama-bunka) ชนชั้นซะมุไรยังคงรับวัฒนธรรมจากจีนราชวงศ์หมิงอย่างต่อเนื่อง นำไปสู่การพัฒนาศิลปะด้านการจัดสวน การจัดดอกไม้ ละครโนะ และจิตรกรรมหมึก

สงครามปีโอนิงและยุคเซ็งโงะกุ

เนื่องจากโชกุนโยะชิมะซะไม่มีบุตรชาย จึงมอบหมายให้น้องชายของตนคืออะชิกะงะ โยะชิมิ (ญี่ปุ่น: 足利 義視 โรมาจิ: Ashikaga Yoshimi) เป็นผู้สืบทอดตำแหน่งโชกุนในค.ศ. 1464 โดยที่อะชิกะงะ โยะชิมิ ได้รับการสนับสนุนจากคังเรโฮะโซะกะวะ คะซึโมะโตะ (ญี่ปุ่น: 細川 勝元 โรมาจิ: Hosokawa Katsumoto) แต่ทว่า มิไดโดะโกะโระฮิโนะ โทะมิโกะ (ญี่ปุ่น: 日野 富子 โรมาจิ: Hino Tomiko) ได้ให้กำเนิดบุตรชายแก่โชกุนโยะชิมะซะอย่างไม่คาดฝันในค.ศ. 1465 ชื่อว่า อะชิกะงะ โยะชิฮิซะ (ญี่ปุ่น: 足利 義尚 โรมาจิ: Ashikaga Yoshihisa) ทำให้เกิดประเด็นปัญหาการสืบทอดตำแหน่งโชกุน โดยที่ยะมะนะ โซเซ็ง (ญี่ปุ่น: 山名 宗全 โรมาจิ: Yamana Sōzen) พ่อตาและคู่แข่งทางการเมืองของคังเรคะซึโมะโตะได้ใช้โอกาสนี้ให้การสนับสนุนแก่โยะชิฮิซะที่ยังเยาว์วัย จากประเด็นปัญหาการสืบทอดตำแหน่งโชกุนกลายเป็นความขัดแย้งระหว่างซะมุไร ทั้งคังเรคะซึโมะโตะและยะมะนะโซเซ็งต่างซ่องสุมกำลังของตน โดยที่โฮะโวะกะวะตั้งมั่นอยู๋ทางตะวันออกของนครเกียวโต ในขณะที่ยะมะนะตั้งอยู่ทางตะวันตก เรียกว่า สงครามปีโอนิง (ญี่ปุ่น: 応仁の乱 โรมาจิ: Ōnin no Ran) ซึ่งปะทุขึ้นในค.ศ. 1467 เมื่อทัพของทั้งสองฝ่ายเข้าห้ำหั่นกันกลางเมืองเกียวโต สร้างความเสียหายให้แก่วัดวาอารามและศาลเจ้าทั้งหลายในเมืองเกียวโต ในค.ศ. 1473 ทั้งโฮะโซะกะวะ คะซึโมะโตะ และยะมะนะ โซเซ็ง ต่างล้มป่วยเสียชีวิต แม้กระนั้นสงครามยังไม่สิ้นสุดลง เนื่องจากโออุชิ มะซะฮิโระ (ญี่ปุ่น: 大内 政弘 โรมาจิ: Ōuchi Masahiro) ยังคงให้การสนับสนุนแก่โยะชิมิ ในปีเดียวกันโชกุนโยะชิมะซะได้ยกตำแหน่งโชกุนให้แก่บุตรชายของตนคือ อะชิกะงะ โยะชิฮิซะ หลังจากสู้รบยาวนานสิบปี ทำให้ทั้งสองฝ่ายเหนื่อยล้า และโออุชิ มะซะฮิโระเดินทางออกจากเมืองเกียวโตไปในที่สุดเมื่อค.ศ. 1477 ผลของสงครามปีโอนิง ซึ่งเป็นสงครามที่ยืดเยื้อยาวนานสิบปี ทำให้เมืองเกียวโตถูกทำลายลงไปมาก ท่ามกลางสงครามโชกุนโยะชิมะซะกลับอาศัยอยู่แต่ในความหรูหราของคฤหาสน์ศาลาเงิน และเนื่องจากรัฐบาลโชกุนฯไม่มีอำนาจที่การยุติข้อพิพาธระหว่างซะมุไรในเหตุการณ์นี้ทำให้ในทางปฏิบัติรัฐบาลโชกุนฯสูญสิ้นอำนาจในการปกครองประเทศ และอำนาจถูกกระจายไปยังส่วนภูมิภาคแว่นแคว้นต่างๆ เจ้าครองแคว้นทั้งหลายต่างตั้งตนขึ้นเป็นอิสระ มีอำนาจเต็มในการปกครองแคว้นของตนแม้ว่าจะขึ้นกับรัฐบาลโชกุนแต่เพียงในนาม เรียกว่า ยุคเซ็งโงะกุ (ญี่ปุ่น: 戦国時代 โรมาจิ: Sengoku-jidai)
แม้ว่าจะสูญสิ้นอำนาจในการปกครองประเทศ แต่ภายในรัฐบาลโชกุนฯยังคงมีการแก่งแย่งอำนาจอย่างต่อเนื่อง หลังจากสงครามปีโอนิง รัฐบาลโชกุนฯตกอยู่ภายใต้อิทธิพลของคังเรและตระกูลโฮะโซะกะวะ หลังจากที่โฮะโซะกะวะ คะซึโมะโตะ เสียชีวิต โฮะโซะกะวะ มะซะโมะโตะ (ญี่ปุ่น: 細川 政元 โรมาจิ: Hosokawa Masamoto) บุตรชายของคะซึโมะโตะ ขึ้นดำรงตำแหน่งเป็นคังเรและสืบทอดอำนาจต่อจากบิดา โชกุนโยะชิฮิซะถึงแก่อสัญกรรมในค.ศ. 1487 โดยปราศจากทายาท โอโงะโชะโยะชิมะซะจึงฟื้นฟูความสัมพันธ์กับโยะชิมิผู้เป็นน้องชาย และให้บุตรชายของโยะชิมิคือ อะชิกะงะ โยะชิตะเนะ (ญี่ปุ่น: 足利 義稙 โรมาจิ: Ashikaga Yoshitane) เป็นทายาทสืบทอดตำแหน่งโชกุน โอโงะโชะโยะชิมะซะถึงแก่อสัญกรรมเมื่อค.ศ. 1490 โยะชิตะเนะจึงขึ้นดำรงตำแหน่งโชกุนต่อมา แต่ทว่าโชกุนโยะชิตะเนะเกิดความขัดแย้งกับคังเรโฮะโซะกะวะ มะซะโมะโตะ จนนำไปสู่การที่โชกุนโยะชิตะเนะถูกคังเรบีบบังคับให้ออกจากตำแหน่งและหลบหนีไปยังแคว้นซุโอ (จังหวัดยะมะงุชิในปัจจุบัน) ในค.ศ. 1501 คังเรมะซะโมะโตะจึงยกให้อะชิกะงะ โยะชิซุมิ (ญี่ปุ่น: 足利 義澄 โรมาจิ: Ashikaga Yoshizumi) ขึ้นดำรงตำแหน่งโชกุนแทนเป็นหุ่นเชิดของตน เนื่องจากคังเรมะซะโมะโตะมีศัตรูทางการเมืองจำนวนมาก ทำให้คังเรมะซะโมะโตะถูกลอบสังหารในค.ศ. 1508 อดีตโชกุนโยะชิตะเนะจึงเดินทางเข้าเมืองเกียวโตดำรงตำแหน่งเป็นโชกุนอีกครั้ง ภายใต้ความคุ้มครองของโออุชิ โยะชิโอะกิ (ญี่ปุ่น: 大内 義興 โรมาจิ: Ōuchi Yoshioki) เจ้าครองแคว้นซุโอ และโฮะโซะกะวะ ทะกะกุนิ (ญี่ปุ่น: 細川 高国 โรมาจิ: Hosokawa Takakuni) เมื่อกลับมาดำรงตำแหน่งโชกุนอีกครั้ง โยะชิตะเนะพบว่าตนเองตกอยู่ภายใต้อิทธิพลของคังเรคนใหม่คือ โฮะโซะกะวะ ทะกะกุนิ โชกุนโยะชิตะเนะจึงหลบหนีออกจากเมืองเกียวโตอีกครั้งในค.ศ. 1521 คังเรทะกะกุนิยกให้อะชิกะงะ โยะชิฮะรุ (ญี่ปุ่น: 足利 義晴 โรมาจิ: Ashikaga Yoshiharu) ขึ้นเป็นโชกุนแทน ในค.ศ. 1527 โฮะโซะกะวะ ฮะรุโมะโตะ (ญี่ปุ่น: 細川 晴元 โรมาจิ: Hosokawa Harumoto) ยกทัพเข้ายึดรัฐบาลโชกุนฯ ทำให้ทะกะกุนิต้องหลบหนีออกจากเกียวโต คังเรฮะรุโมะโตะส่งกองทัพไปสังหารอดีตคังเรทะกะกุนิในค.ศ. 1531 และปลดโชกุนโยะชิฮะรุออกจากตำแหน่ง ตั้งอะชิกะงะ โยะชิเตะรุ (ญี่ปุ่น: 足利 義輝 โรมาจิ: Ashikaga Yoshiteru) ขึ้นเป็นโชกุนแทน 
ท่ามกลางความสับสนทางการเมืองของญี่ปุ่นในยุคเซ็งโงะกุ ชาวโปรตุเกสได้เดินเรือมาถึงยังประเทศญี่ปุ่นเป็นครั้งแรกในค.ศ. 1543 โดยขึ้นฝั่งที่เกาะทะเนะงะชิมะ (ญี่ปุ่น: 種子島 โรมาจิ: Tanegashima จังหวัดคะโงะชิมะในปัจจุบัน) ซึ่งชาวโปรตุเกสได้เข้ามาติดต่อค้าขายกับไดเมียวต่างๆบนเกาะคีวชู และเผยแผ่ศาสนาคริสต์นิกายโรมันคาทอลิก ชาวญี่ปุ่นเรียกชาวตะวันตกผู้มาใหม่ว่า "นัมบัน" (ญี่ปุ่น: 南蛮 โรมาจิ: Nanban) แปลว่า อนารยชนจากทิศใต้ ชาวโปรตุเกสได้นำวิทยาการสงครามปืนไฟมาให้แก่ชาวญี่ปุ่นได้รู้จัก ซึ่งส่งผลต่อการทำสงครามของญี่ปุ่นในอนาคต

จุดจบของรัฐบาลโชกุน

ในค.ศ. 1549 มิโยะชิ โชเก (ญี่ปุ่น: 三好 長慶 โรมาจิ: Miyoshi Chōkei) และมะซึนะกะ ฮิซะฮิเดะ (ญี่ปุ่น: 松永 久秀 โรมาจิ: Matsunaga Hisahide) ยกทัพเข้ายึดนครเกียวโตจากคังเรฮะรุโมะโตะ เป็นการสิ้นสุดอำนาจของตระกูลโฮะโซะกะวะเหนือรัฐบาลโชกุนที่เป็นมากว่าเจ็ดสิบปี ทั้งมิโยะชิ โชเก และมะซึนะกะ ฮิซะฮิเดะ ขึ้นมามีอำนาจเหนือรัฐบาลโชกุนจนนำไปสู่ความขัดแย้งกับโชกุนโยะชิเตะรุ ในค.ศ. 1565 มะซึนะกะ ฮิซะฮิเดะ ส่งกำลังคนไปทำการลอบสังหารโชกุนโยะชิเตะรุถึงแก่อสัญกรรม อะชิกะงะ โยะชิอะกิ (ญี่ปุ่น: 足利 義昭 โรมาจิ: Ashikaga Yoshiaki) ผู้เป็นน้องชายของโชกุนโยะชิเตะรุ จึงเดินทางหลบหนีเพื่อไปขอความช่วยเหลือจาก โอะดะ โนะบุนะงะ (ญี่ปุ่น: 織田 信長 โรมาจิ: Oda Nobunaga) เพื่อทำการแก้แค้นให้แก่พี่ชาย โอะดะ โนะบุนะกะ ยกทัพเข้ายึดเมืองเกียวโตในค.ศ. 1568 และตั้งอะชิกะงะ โยะชิอะกิ ขึ้นเป็นโชกุนหุ่นเชิด แต่ทว่าต่อมาโชกุนโยะชิอะกิเกิดความขัดแย้งกับโอะดะ โนะบุนะงะ ในเรื่องการแบ่งสรรอำนาจ โอะดะ โนะบุนะงะ จึงทำการปลดโชกุนโยะชิอะกิออกจากตำแหน่งในค.ศ. 1573 โดยที่ไม่ได้ตั้งโชกุนคนใหม่ขึ้นมาอีก เป็นการสิ้นสุดรัฐบาลโชกุนของตระกูลอะชิกะงะซึ่งดำรงอยู่มาเป็นเวลาประมาณ 250 ปี และเข้าสู่ยุคอะซุชิโมะโมะยะมะ

ศาสนาคริสต์

นักบุญฟรานซิส ซาเวียร์ ได้พบกับชายชาวญี่ปุ่นชื่อว่า อังจิโร่ (Anjirō) ที่เมืองมะละกาของโปรตุเกสในค.ศ. 1547 สองปีต่อมาค.ศ. 1549 นักบุญฟรานซิสซาเวียร์ได้นำคณะมิชชันนารีเยซูอิตมาถึงประเทศญี่ปุ่นเพื่อทำการเผยแผ่ศาสนาคริสต์เป็นครั้งแรกพร้อมกับอังจิโร่ คณะมิชชันนารีเยซูอิตประสบปัญหาทางด้านภาษาซึ่งเป็นอุปสรรคสำคัญ ในระยะแรกคณะมิชชั้นนารีใช้คำว่า "ไดนิชิ" (ญี่ปุ่น: 大日 โรมาจิ: Dainichi) เป็นคำที่ใช้แทนพระเจ้าเพื่อให้ง่ายต่อความเข้าใจของคนญี่ปุ่น ซึ่งไปพ้องความหมายกับพระไวโรจนพุทธะในพุทธศาสนานิกายมหายาน ทำให้คณะสงฆ์ในญี่ปุ่นเข้าใจว่าคณะเยซูอิตนับถือพระพุทธศาสนา ในเวลาต่อมาคณะเยซูอิตเข้าใจถึงความหมายของคำว่า ไดนิชิ จึงเปลี่ยนไปใช้คำว่า "เดอุส" (Deus) แทนพระเจ้า ทำให้คณะสงฆ์ญี่ปุ่นตระหนักว่าคณะเยซูอิตกำลังเผยแพร่ศาสนาที่แตกต่าง นักบุญฟรานซิสซาเวียร์พำนักที่เมืองคะโงะชิมะและยะมะงุชิ หลังจากอาศัยอยู่ในญี่ปุ่นได้หนึ่งปีนักบุญฟรานซิสซาเวียร์จึงเดินทางกลับอินเดีย จากนั้นคณะเยซูอิตยังคงปฏิบัติงานต่อในญี่ปุ่น โดยมีชาวญี่ปุ่นจำนวนหนึ่งหันมานับถือศาสนาคริสต์โดยเฉพาะในเกาะคีวชูและภาคตะวันตกของญี่ปุ่น ประกอบไปด้วยชาวญี่ปุ่นทุกระดับตั้งแต่ชาวบ้านไปจนถึงไดเมียวเจ้าครองแคว้น รัฐบาลโชกุนฯอนุญาตให้มีการเผยแพร่ศาสนาคริสต์ในค.ศ. 1559 แต่ทว่าราชสำนักเกียวโตจักรพรรดิโองิมะชิมีพระราชโองการห้ามการเผยแพร่ศาสนาคริสต์ในค.ศ. 1565 อย่างไรก็ตามคำสั่งเหล่านี้ไม่สามารถส่งเสริมหรือห้ามปรามกิจกรรมของมิชชันนารีได้เนื่องจากทั้งสองสถาบันไม่มีอำนาจในทางการเมืองในทางพฤตินัย