เมซ วินดู

รูล

หลายเดือนหลังจากเหตุการณ์บนจีโอโนซิส เมซ วินดูได้ติดต่อกับสหายเก่าของเขาโซร่า บัลก์ ผู้ที่นำกลุ่มของเจไดที่ประท้วงการมีส่วมร่วมในสงครามโคลนแยกตัวออกมาจากนิกาย เพื่อตอบสนองข้อความของบัลก์ เมซจึงออกเดินทางไปยังรูลเพื่อพบกับพวกเขา โชคร้ายที่ไม่นานหลังจากที่เขาไปถึงบัลก์ก็ถูกโจมตีโดยมือบลอบสังหารที่ฝึกโดยเคาท์ดูกู อซาจจ์ เวนเทรสส์ ทำให้พาดาวันของตาย เมื่อเจไดคนที่เหลือรวมทั้งเมซ เกี่ยวข้องกับพวกเขา เวนเทรสส์อ้างว่าเธอถูกส่งมาโดยเมซเอง ทำให้พวกเจไดที่เหลือสับสน
ในขณะที่เจไดที่เหลือกำลังยุ่งอยู่ เมซก็เริ่มสืบสวนการมาของเวนเทรสส์ โดยไม่รู้ว่าถูกตามโดยเจไดราด ทาร์น ในขณะทำการสืบสวนเขาไปพบกับยานของเวนเทสส์เข้า และนั่นแปลว่าบัลก์ต้องเป็นคนปล่อยให้เธอลงจอดบนดาว เพราะไม่มีใครสามารถลงจอดบนรูลได้โดยที่บัลก์ไม่รู้ เมซรีบไปเผชิญหน้ากับบัลก์แต่ก็พบว่าเขากำลังเสียใจกับร่างพาดาวันของเขา เมื่อเมซกล่าวหาบัลก์ว่าเขาเข้าสู่ด้านมืดและเข้าร่วมกับฝ่ายสมาพันธ์ บัลก์ไม่ได้ปฏิเสธสิ่งนั้น บัลก์เผยว่าเหตุผลเดียวที่ให้เมซมาที่นี่ก็เพราะต้องการทำให้เขาเสียชื่อเสียง โดยการใช้เจไดคนอื่นเป็นพยานโดยที่พวกเขาไม่รู้ 
จากนั้นบัลก์ชักกระบี่แสงและโชโตของเขาและต้องการที่จะสังหารเมซ และกลับไปบอกคนอื่นๆ ว่าเมซคือคนทรยศ วินดูชักกระบี่แสงของเขาออกมาและเริ่มการต่อสู้ อย่างไรก็ตามเมื่อทั้งสองคนต่อสู้กันอย่างดุเดือด เมซรับรู้ถึงเจไดคนอื่นกำลังตกอยู่ในอันตรายและรีบจบการต่อสู้ด้วยการโค่นเสาลงมาใส่บัลก์ เขารีบไปที่ยานของเวนเทรสส์เขาพบว่าราด ทาร์นตายแล้วและเจไดคนอื่นๆ ที่ตามทาร์นไปก็กำลังต่อสู้กับเจไดมืด หลังจากที่เข้าร่วมต่อสู้เขาก็ไล่เวนเทรสส์ไปได้  
หลังจากที่เวนเทรสส์หนีไปและบัลก์เผยตัวว่าเป็นฝ่ายแบ่งแยกดินแดน เมซและเจไดที่รอดจึงกลับไปที่คอรัสซัง

นายพลเจไดขั้นสูง

ในสงครามโคลนเมซได้บัญชาการกองทัพระบบอัลฟ่า ในฐานะนายพลขั้นสูงในหลายๆ เหตุการณ์และได้รับชัยชนะที่มีชื่อเสียงในยุทธการแดนทูอีน มีตำนานที่เล่าว่าเมซได้เอาชนะกองทัพบี2 ซูเปอร์แบทเทิลดรอยด์และรถถังสร้างแผ่นดินไหวโดยการใช้มือเปล่า เรื่องนี้มาจากเด็กชายผู้เห็นเหตุการณ์ซึ่งต่อมาได้ใช้เป็นการโฆษณาต่อต้านจักรวรรดิในสงครามกลางเมืองกาแลกติก

ยุทธการไรลอธ

หลังจากที่ตอบสนองการร้องของจากวุฒิสภา ทางสภาได้ส่งอนาคิน สกายวอล์คเกอร์และพาดาวันของเขาอโซก้า ทาโน่ไปเปิดการปิดกันของฝ่ายแบ่งแยกดินแดนรอบๆ ดาวไรลอธเพื่อนำกองกำลังภาคพื้นดินเข้าปลดปล่อยชาวทวิเลคจากฝ่ายแบ่งแยกดินแดน
เมื่อการปะทะเริ่มแรกต่อการปิดกั้นไม่ประสบความสำเร็จ มันส่งผลให้สาธารณรัฐสูญเสียไปมาก อาจารย์วินดูได้เตือนสกายวอล์คเกอร์ว่าเขาได้จัดสรรกองกำลังโจมตีไปที่การหมุนจุดเดียวของไรลอธเพื่อผ่านฝ่ายแบ่งแยกดินแดนไปให้ได้ เพราะการรุกต้องการที่จะเคลื่อนที่ไปข้างหน้าโดยไม่สนว่าจะต้องทำลายการป้องกันของฝ่ายแบ่งแยกดินแดนหรือไม่ เช่นนั้นสกายวอล์คเกอร์และอโซก้าจึงใช้น้อยกว่ายุทธวิธีเพื่อเอาชนะยานรบของฝ่ายแบ่งแยกดินแดน เพื่อเปิดทางให้กับกองกำลังที่นำโดยอาจารย์วินดูและอาจารย์เคโฯบีเพื่อเริ่มการโจมตีภาคพื้นดินของพวกเขา 
เคโนบีและกองร้อนโกสท์ตั้งที่มั่นบนนาแบท ซึ่งเจไดได้วางแผนที่จะใช้เป็นจุดส่งพลลงจอด อย่างไรก็ตามปืนใหญ่โปรตอนจากเบื้องล่างได้ยิงเข้าใส่ยานจู่โจมแอคคลาเมเตอร์ของพวกเขา และหลังจากที่ผู้บัญชาการปอนด์สได้รายงานว่าปืนดังกล่าวได้ทะลุเกราะของพวกเขาแล้ว วินดูได้สั่งการให้เคโนบีไปทำลายปืนนั่นเสียและทำให้การขนส่งสำเร็จ เคโนบีทำสำเร็จในที่สุดและหลังจากที่มีการลงจอด เจไดและโคลนทรูปเปอร์ก็ตั้งที่มั่นในเมืองหลวงแห่งเลสซูเพื่อยึดมันคืนและปลดปล่อยดาว
เพื่อทำให้มันสำเร็จเมซถูกบังคับให้ต้องใช้ทักษะในการเจรจาของเขา เพราะเขารู้ว่าเขาจะต้องการช่วยเหลือจากแชม ซินดุลล่า ผู้นำของนักสู้อิสระชาวทวิเลค อย่างไรก็ตามซินดุลล่าไม่อยากที่จะเจรจากับสาธารณรัฐเพราะเขาไม่เชื่อใจในตัววุฒิสมาชิกประจำไรลอธ ออร์น ฟรี ทา ซึ่งทาเองก็กลัวว่าวินดุลล่าจะวางแผนที่เพื่อยึดอำนาจ อย่างไรก็ตามหลังจากที่ได้รู้ว่าฝ่ายแบ่งแยกดินแดนได้เริ่มทิ้งระเบิดใส่หมู่บ้านของชาวทวิเลค ซินดุลล่าก็ตกลงที่จะคุยกับวุฒิสมาชิกทา
เมซทำหน้าที่เป็นผู้ช่วยไกล่เลี่ยในการสนทนา และได้สร้างพันธมิตรระหว่างทั้งสองขึ้นมาโดยที่พวกต้องการจะให้คนของพวกเขาเป็นอิสระ จากนั้นซิลดุลล่าเพิ่มกองกำลังของเขาให้กับเมซและทั้งสองก็ยึดเมืองเลสซูคืนมาได้ นอกจากนั้นเมซยังสามารถจับกุมผู้นำของฝ่ายแบ่งแยกดินแดนได้อีกด้วย

แพลเน็ทคิลเลอร์

ช่วงหนึ่งเมซได้ทำภารกิจเข้าหยุดอาวุธของฝ่ายปบ่งแยกดินแดนที่เรียกว่า"แพลเน็ทคิลเลอร์"หรือ"นักฆ่าดาว" อุปกรณ์ทรงกลมนี้ถูกออกแบบให้ทำลายดาวเคราะห์ที่มันติดตั้งอยู่ อย่างไรก็ตามวินดูได้ปิดการทำงานของมันก่อนที่มันจะจุดชนวนที่ทดสอบโดยนักวิทยาศาสตร์ที่หวังว่าจะขายมันให้กับเคาท์ดูกู โชคร้ายที่แม้ว่าเมซจะทำวำเร็จ แต่เหตุการณ์ดังกล่าวก็นำดูกูไปสู่การสร้างสุดยอดอาวุธของเขาเอง

นุล

เมื่อสงครามดำเนินไปหลายเดือน นุลกลายมาเป็นพื้นที่การรบระหว่างสาธารณรัฐและฝ่ายแบ่งแยกดินแดน เจไดผู้รักษาทำหน้าที่อยู่ที่แนวหลังของสาธารณรัฐ แม้ว่าในจุดนี้เอง มันก็ยังอันตรายที่อาจถูกฝ่ายศัตรูเข้ามาเอาชนะได้  
ในขณะที่พยายามรักษาโคลนทรูปเปอร์และเจไดที่บาดเจ็บ ทรา ซาอดีตอาจารย์ของเมซและแบร์ริส ออฟฟีถูกจับโดยนักล่าเงินรางวัลที่ทำงานให้กับกลุ่มคริมสันโนว่าจากสมาคมนักล่าเงินรางวัล นักล่าใช้สปีดเดอร์ไบค์เปิดฉากยิงใส่เจได สังหารไปบางส่วน และเผาไฟป่ารอบ ในขณะต่อสู้กระบี่แสงของทรา ซาหลุดออกจากมืดเธอและนักล่าเงินรางวัลเก็บมันไป โดยที่ไม่มีเครื่องป้องกันตัวทรา ซาใช้พลังดึงต้นไม่ให้ล้มลงเหนือผู้รอดชีวิต เป็นการช่วยพวกเขาให้รอดจากไฟ 
ไม่นานพายุฝนก็ดับไฟลงและเมซมาถึงเพื่อช่วยผู้รอดชีวิต เขาพบออฟฟี โคลน และซาที่หมดสติ ผู้ที่บาดเจ็บจากการกระทำที่กล้าหาฐของเธอเพื่อช่วยพวกพ้องเอาไว้ เมซบอกให้เธอรอยานปืนอยู่กับออฟฟี แม้ว่าฝ่ายแบ่งแยกดินแดนจะรู้ตำแหน่งของพวกเขาแล้ว เจไดผู้รักษารายงานต่อเมซถึงรายละเอียดของการรบที่คาดไม่ถึง และเขาก็แก้ไขด้วยการยุติการกระทำของกลุ่มคริมสันโนว่าด้วยการไปที่เดอะ ริก ฐานที่มั่นของกลุ่ม

เดอะ ริก

หลังจากสิ้นสุดยุทธการนุล สภาเจไดได้เรียนรู้ว่านักล่าเงินรางวัลได้วางค่าหัวต่อเจไดและสมาชิกของกลุ่มคริมสันโนว่าพยายามที่จะเก็บค่าหัวเหล่านั้น อาจารย์วินดูไม่อยากให้เจไดตกเป็นเป้าในสนามรบเขาจึงรวบรวมเจไดที่ทรงพลังที่สุดเท่ที่มี—อาจารย์เจไดคิท ฟิสโต เซซี ทิอิน และอเจน โคลาร์ เป็นเจไดกลุ่มเดียวกันกับที่เมซนำไปจับกุมพัลพาทีน—และจากนั้นพวกเขาก็บุกไปที่เดอะ ริก ฐานที่มั่นของคริมสันโนว่า 
ทีมของเมซได้ทะลุการป้องกันของเดอะ ริกเข้าไปได้ เมซเองยังคงเป็นตัวหันเหความสนใจของนักล่าเงินรางวัลจากเจไดคนอื่นๆ โคลาร์ใช้ชื่อว่าอาร์เจน โคล ปลอมเป็นนักล่าเงินรางวัลที่มองหาเงินจากการที่จับคิท ฟิสโตได้ ในขณะที่ฟิสโตไปกระตุ้นให้เกิดการก่อจลาจลในหมู่นักโทษ ทิอินที่ปลอมตัวเป็นคนขนของเถื่อนก็ติดตั้งระเบิดในโรงเก็บยาน
เมื่อเกิดความอลหม่านบนเดอะ ริก เจไดก็เปิดเผยตนต่อกลุ่มเพื่อสังหารหัวหน้า ค่าหัวถูกยกเลิกและผู้ที่ตั้งค่าหัว คาริส เฟนน์ ก็ถูกสังหารโดยควินลัน วอสในเวลาต่อมา

แวมไพร์พลังงาน

ต่อมาเมซได้ทำภารกิจกู้ภัยเพื่อตามหาทหารที่หายไปของหน่วยอัลฟ่า-2 โดยได้เผชิญหน้ากับเคาท์เตสราจินที่เป็นแวมไพร์พลังงาน ราจินใช้ผีดิบของหลายเผ่าพันธุ์รวมทั้งสมาชิกของหน่วยอัลฟ่า-2 ที่ตายแล้วเพื่อจับเมซ ด้วยการช่วยเหลือจากดรอยด์ซี-18 เขาก็สามารถปราบราจินด้วยการใช้โฮโลครอนของเจไดซามูโรที่ล่วงลับ ผู้ที่ได้กักขังราจินไว้บนดาวเมื่อหลายร้อยปีก่อน

บอซพิตี้

หลังจากที่โอบีวัน เคโนบีพบการปรากฏตัวของฝ่ายแบ่งแยกดินแดนบนดาวบอซพิตี้ กองกำลังของสาธารณรัฐก็เข้าปะทะกับฝ่ายแบ่งแยกดินแดนบนพื้นดาวโดยมีอาจารย์วินดูเป็นหนึ่งในผู้นำ พวกเขาตั้งเป้าไปที่ศูนย์การแพทย์ของฝ่ายแบ่งแยกดินแดน อาจารย์เอดิ กัลเลียและซูน เบย์ทสเป็นระลอกแรกที่เข้าปะทะ และทั้งสองก็ถูสังหารโดยนายพลกรีวัส แม้ว่าอัลฟ่า-17 จะรอดมาได้ด้วยอาการบาดเจ็บสาหัส จากนั้นเมซทิ้งเอสทีเอพีใส่นายพลขณะทำการรบ 
ในขณะนั้นเองโอบีวันได้ลักลอบเข้าไปในศูน์การแพทย์ของฝ่ายแบ่งแยก เขาได้พบว่าอซาจจ์ เวนเทรสส์อยู่ในถังรักษาตัวและเคาท์ดูกูกำลังรอเธออยู่ หลังจากที่สนทนากับดูกูสักพัก อซาจจ์ก็ทำลายถังออกมาและต่อสู้กับโอบีวัน การต่อสู้นำพวกเขากลับไปยังสมรภูมิที่ซึ่งอนาคิน สกายวอล์คเกอร์เข้าร่วม โอบีวันได้ขัดขวางอนาคินที่พยายามจะฆ่าอซาจจ์ โดยเชื่อว่าเธอยังสามารถไถ่บาปได้ 
ดูกูก็หลบหนีออกจากศูนย์การแพทบ์เช่นกัน แต่ถูกโจมตีโดยเมซ วินดู ดูกูต้องยอมจำนนต่อเมซแต่แมกน่าการ์ดของเขาก็เข้ามาจับตัวเจไดเอาไว้ ปลดอาวุธของเขาและลากเขาไปที่หลุมในขณะที่ดูกูไปที่จุดอพยพ เพื่อช่วยนายพลกรีวัสที่ได้รับบาดเจ็บ 
อซาจจ์หนีจากโอบีวันและอนาคิน และมุ่งหน้าไปที่กระสวยของฝ่ายแบ่งแยกดินแดน อย่างไรก็ตามดูกูไม่อยากให้เธอมาถ่วงเวลาของเขาจึงสั่งให้ยิงเธอและทิ้งเธอไว้เพื่อหันเหความสนใจ อซาจจ์พยายามที่จะฆ่าโอบีวันแต่ก็ถูกขัดขวางโดยอนาคิน จากนั้นเธอก็สาหัสจนกำลังจะตาย โอบีวันนำร่างของเธอไปยังคอรัสซัง การปิดกั้นดูเหมือนว่าจะล่าถอยไปหรือถูกทำลาย

การเปิดเผย

สงครามโคลนไม่ได้แบ่งแยกสาธารณรัฐแค่เพียงเขตแดนรอบนอกเท่านั้น แต่มันยังได้แบ่งอำนาจสูงสุดอีกด้วย เมื่อใกล้จบสงครามอาจารย์จากสภาสูงเจไดได้ตระหนักถึงการเปลี่ยนแปลงอันบ่อยครั้งของสมุหนายกที่เข้ามาเป็นผู้เผด็จการ เมื่อวุฒิสภายอมมอบอำนาจบริหารมากมายให้กับสมุหนายก อาจารย์วินดูก็เริ่มสงสัยในการเคลื่อนไหวของพัลพาทีน แม้ว่าสงครามจะสิ้นสุดแต่พัลพาทีนก็ยังต้องการเครื่องรับรองทางการเมืองและสังคมเพื่อยึดครองสาธารณรัฐทั้งหมด แม้กระทั่งวุฒิสภาเองก็ไม่ได้เป็นอะไรมากไปกว่าที่ปรึกษาและตรายางเพื่อผ่านกฎหมายของพัลพาทีน เมื่อสิ้นสุดยุทธการคอรัสซังเจไดมองหาวิธีที่ปลอดภัยที่สุดที่จะนำพัลพาทีนออกจากตำแหน่ง โดยอย่างแรกคือกล่าวว่าสงครามจะสิ้นสุดด้วยการตายของเคาท์ดูกู และจากนั้นก็ทำลายนายพลกรีวัสเพื่อที่ว่าสมุหนายกจะต้องหมดวาระในการใช้อำนาจฉุกเฉิน สถานการณ์ระหว่างสภากับสมุหนายกเริ่มตึงเครียดในตอนจบของสงครามโคลน คิ อดิ มันดิได้ประกาศว่าถ้าหากสมุหนายกไม่ออกจากตำแหน่งหลังจากโอบีวันสังหารนายพลกรีวัสแล้วล่ะก็ เจไดจะไม่มีทางเลือกนอกจากบังคับให้สมุหนายกออก เมซสรุปว่าสภาเจไดจะต้องเข้ายึดวุฒิสภาเพื่อรักษาความสงบเมื่อต้องย้ายอำนาจจากห้องทำงานของสมุหนายกมาเป็นสภาสูงเจได อาจารย์โยดากลัวว่าวิธีนี้จะนำนิกายเจไดไปสู่สิ่งที่แย่กว่า แต่โยดาเองก็เริ่มเบื่อหน่ายกับสมุหนายกและดูเหมือนจะตกลงกับวิธีนี้
เมื่อข่าวชัยชนะของโอบีวันมาถึงคอรัสซัง เมซเตรียมพร้อมสำหรับการกำจัดพัลพาทีนออกจากอำนาจฉุกเฉินของเขา เมื่อเมซพร้อมที่จะไปที่วุฒิสภาเพื่อแจ้งข่าวการตายของนายพลกรีวัส อนาคินที่สับสนก็มาถึงและยืนยันถึงสิ่งที่สภาเจไดกลัวที่สุด คือผู้นำของสาธารณรัฐกาแลกติกคือซิธลอร์ดดาร์ธ ซีเดียส อาจารย์วินดูได้สั่งให้อนาคินรออยู่ที่ห้องประชุมสภาและขึ้นยานไปพร้อมกับอาจารย์เจไดคิท ฟิสโต เซซี ทิอิน อเจน โคลาร์ พวกเขาได้เตรียมพร้อมสำหรับการเผชิญหน้ากับสมุหนายก