สาธารณรัฐมาลูกูใต้

ชาวยุโรปรุกรานหมู่เกาะโมลุกกะใต้

หมู่เกาะโมลุกกะเป็นที่รู้จักในฐานะแหล่งผลิตกานพลูและจันทน์เทศ จึงเป็นจุดสนใจของพ่อค้าชาวยุโรปในยุคแห่งการสำรวจ ในช่วงหนึ่ง กานพลูมีค่าเทียบเท่าทองคำ โปรตุเกส สเปน อังกฤษ และเนเธอร์แลนด์ต่างแย่งกันเข้าครอบครองเส้นทางการค้าเครื่องเทศ พ่อค้าจากบริษัทอินเดียตะวันออกของเนเธอร์แลนด์เป็นกลุ่มพ่อค้าที่มีอำนาจครอบครองโมลุกกะ และจากการใช้การทหารและการเมืองที่มีประสิทธิภาพ บริษัทอินเดียตะวันออกของเนเธอร์แลนด์ได้ปกครองโมลุกกะเหนือโดยอ้อมและได้ปกครองโมลุกกะใต้โดยตรง
ในยุคการปกครองของบริษัทอินเดียตะวันออกของเนเธอร์แลนด์ โมลุกกะใต้เป็นบริเวณที่มีชาวดัตช์อยู่มาก หมู่เกาะบันดาเป็นที่เดียวที่ถูกทำให้อ่อนแอลงหลังจากโครงสร้างอำนาจของชนพื้นเมืองและองค์กรทางการค้าและการเมืองถูกทำลายเมื่อมีการสังหารและบังคับอพยพชาวบันดาใน พ.ศ. 2164 ในการกดดันพ่อค้าท้องถิ่นในเซรัมตะวันออก โครงสร้างองค์กรของบริษัทอินเดียตะวันออกของเนเธอร์แลนด์ได้ขยายออกไป เนเธอร์แลนด์ได้สร้างแนวกั้นขวางดินแดนโมลุกกะใต้ บ้านและที่อยู่อาศัยถูกเผา ต้นไม้ถูกขุดออก ผู้รอดชีวิตต้องหลบหนีไป และตลอดระยะเวลา 200 ปี การต่อต้านของชาวเซรัมตะวันออกทำให้พวกเขายากจนลง แต่การเรียกร้องเอกราชก็ไม่สิ้นสุด
ในราวพุทธศตวรรษที่ 24 ประชาชนในเซรัมร่วมมือกับพันธมิตรในโมลุกกะเหนือ ปาปัว และอังกฤษ ก่อกบฏซึ่งใช้เวลานานถึง 20 ปี ( พ.ศ. 2323 – 2345) ผู้นำกบฏคือเจ้าชายนูกู (สุลต่านพลัดถิ่นของตีโดร์) ซึ่งตั้งตัวเป็นใหย่ในเซรัมและอ้างสิทธิ์การปกครองเหนือดินแดนโมลุกกะเหนือและโมลุกกะใต้ โดยเป้าหมายหลักคือหมู่เกาะโมลุกกะใต้ที่อยู่ภายใต้อิทธิพลของเนเธอร์แลนด์ เมื่ออังกฤษถอนตัวออกไปใน พ.ศ. 2345 แผนการของเจ้าชายนูกูล้มเหลว และเนเธอร์แลนด์เข้ามาครองอำนาจอีกครั้ง เนเธอร์แลนด์ได้เข้ามาปกครองหมู่เกาะทั้งหมดเป็นอาณานิคม หลังจากที่บริษัทอินเดียตะวันออกของเนเธอร์แลนด์ล่มสลายลง เกิดกบฏขึ้นอีก กบฏที่เป็นที่รู้จักดีเกิดขึ้นที่เกาะซาปารัวในหมู่เกาะโมลุกกะใต้ ผู้นำกบฏคือปัตตีมูรา ซึ่งเคยเป็นนายทหารชั้นประทวนในกองทัพอาณานิคมอังกฤษ กบฏถูกปราบปรามได้และปัตตีมูราถูกประหารชีวิตเมื่อ พ.ศ. 2360
โมลุกกะกลายเป็นส่วนหนึ่งของอินเดียตะวันออก อาณานิคมของเนเธอร์แลนด์ กลุ่มกบฏในอินโดนีเซียได้รวมโมลุกกะเป็นส่วนหนึ่งของอินโดนีเซียในการประกาศเอกราชเมื่อ พ.ศ. 2488 การต่อสู้เพื่อเอกราชอินโดนีเซียเกิดขึ้นระหว่าง พ.ศ. 2488 – 2492 หลังจากแรงกดดันจากนานาชาติ เนเธอร์แลนด์ได้ยอมรับสหพันธ์อินโดนีเซียเมื่อ 27 ธันวาคม พ.ศ. 2492 ในช่วงแรก เนเธอร์แลนด์ได้ยอมรับเอกราชของอินโดนีเซียในฐานะสหพันธรัฐปกครองตนเอง หนึ่งในนั้นคือโมลุกกะใต้
ในวันที่ 25 เมษายน พ.ศ. 2493 ทหารจากกองทัพหลวงอินเดียตะวันออกของเนเธอร์แลนด์และชาวโมลุกกะใต้ที่จงรักภักดีต่อเนเธอร์แลนด์ได้ปฏิวัติและประกาศเอกราชของสาธารณรัฐโมลุกกะใต้ (Republik Maluku Selatan) ต่อมาในวันที่ 17 สิงหาคม พ.ศ. 2493 ประธานาธิบดีซูการ์โนประกาศจัดตั้งรัฐเดี่ยวคือสาธารณรัฐอินโดนีเซียซึ่งทำให้เกิดความไม่มั่นคงทางการเมืองขึ้นในอินโดนีเซียจนกระทั่งเปลี่ยนถ่ายสู่ยุคระเบียบใหม่

ทหารอาชีพชาวโมลุกกะใต้ในกองทัพอาณานิคม

ทหารจำนวนหนึ่งในกองทัพอินเดียตะวันออกของเนเธอร์แลนด์ได้มาจากชาวอัมบนและหมู่เกาะโมลุกกะใต้โดยรอบ หมู่เกาะโมลุกกะใต้เป็นบริเวณแรก ๆ ที่ได้รับอิทธิพลจากชาวยุโรปในพุทธศตวรรษที่ 21 มิชชันนารีโปรแตสแตนต์ประสบความสำเร็จมากกว่าที่อื่นในอินเดียตะวันออก ชาวอัมบนครึ่งหนึ่งนับถือศาสนาคริสต์โปรแตสแตนต์ลัทธิคาลวิน ในราว พ.ศ. 2418 กองทัพพ่อค้าติดอาวุธของบริษัทอินเดียตะวันออกของเนเธอร์แลนด์เข้ายึดครองพื้นที่ของโปรตุเกสในเมืองอัมบน เกาะอัมบน ในหมู่เกาะโมลุกกะใต้ บริเวณนี้เป็นพื้นที่ที่ได้รับอิทธิพลจากโปรตุเกส โดยพบการนับถือศาสนา ภาษา และการใช้นามสกุลแบบโปรตุเกสโดยทั่วไป ทำให้เนเธอร์แลนด์สามารถพัฒนาฐานที่ตั้งของบริษัทอินเดียตะวันออกของเนเธอร์แลนด์ได้
ตลอดยุคของบริษัทอินเดียตะวันออกของเนเธอร์แลนด์ ชาวโมลุกกะไม่ได้ถูกบังคับให้ค้าขายกับบริษัทอินเดียตะวันออกของเนเธอร์แลนด์เท่านั้น แต่ถูกบังคับให้ผลิตกานพลูอย่างเดียว หลังจากบริษัทอินเดียตะวันออกของเนเธอร์แลนด์ล่มสลาย และการค้ากานพลูล่มสลาย ดินแดนนี้ขึ้นกับโครงสร้างอาณานิคมอย่างเดียว และถูกยึดครองโดยกองทัพอาณานิคม ชาวอัมบนกลายเป็นทหารที่จงรักภักดีต่อเนเธอร์แลนด์ ทำให้พวกเขาไม่เป็นที่นิยมของชาวอินโดนีเซียกลุ่มอื่น ที่เรียกคนกลุ่มนี้ในภาษามลายูว่า เบอลันดาฮีตัม (Belanda Hitam) แปลตรงตัวว่า "ดัตช์ดำ" ทำให้พวกเขาอยู่อย่างยากลำบากเมื่อกองทัพญี่ปุ่นเข้ายึดครองและกองทัพแห่งชาติอินโดนีเซียก่อการปฏิวัติ เมื่อญี่ปุ่นเข้ามายึดครองระหว่างสงครามโลกครั้งที่สอง ทหารชาวโมลุกกะกลายเป็นนักโทษสงคราม เพราะเมื่อปล่อยตัวกลับบ้าน พวกนี้จะไปเข้าร่วมกับกลุ่มต่อต้าน ภายในอินเดียตะวันออกของเนเธอร์แลนด์ที่ถูกยึดครอง ทหารชาวโมลุกกะได้จัดตั้งกองกำลังใต้ดินขึ้นช่วยเหลือฝ่ายสัมพันธมิตร และมีกลุ่มที่ซุกซ่อนอาวุธรอการลุกฮือขึ้นเมื่อกองทัพสัมพันธมิตรยกขึ้นฝั่ง ตำรวจลับญี่ปุ่นตอบสนองโดยการจับผู้ต้องสงสัยประหารชีวิต 
หลังจากทหารญี่ปุ่นยอมแพ้ฝ่ายสัมพันธมิตร ทหารชาวโมลุกกะได้แสดงตนอย่างเท่าเทียมและท้าทายกับกองทัพปฏิวัติอินโดนีเซียที่พยายามเข้ามาเติมเต็มสุญญากาศทางอำนาจหลังการออกไปของญี่ปุ่น ทำให้เกิดความขัดแย้งระหว่างนักรบโมลุกกะและกลุ่มเปอร์มูดาที่ออกจากกองทัพโมลุกกะ กองทัพสาธารณรัฐอินโดนีเซียที่จัดตั้งขึ้นใหม่ได้เกิดสู้รบกับกองทัพโมลุกกะ

การสลายกองทัพอาณานิคม

ระหว่างการปฏิวัติอินโดนีเซีย ดัตช์ได้สลายกองทัพอาณานิคม ทหารชาวพื้นเมืองมีตัวเลือกระหว่างหยุดการเคลื่อนไหวหรือเข้าร่วมกับกองทัพอินโดนีเซีย แต่เนื่องจากผู้นำสาธารณรัฐที่เป็นมุสลิมชาวชวาไม่ไว้วางใจ จึงเป็นตัวเลือกที่ยากสำหรับชาวอัมบนที่นับถือคริสต์โปรแตสแตนท์และมีส่วนน้อยที่เลือกเข้าร่วมกับกองทัพอินโดนีเซีย การสลายตัวเป็นกระบวนการที่ซับซ้อน และใน พ.ศ. 2494 สองปีหลังการถ่ายโอนอธิปไตย ทหารทั้งหมดไม่ได้สลายตัว ดัตช์ที่ได้รับแรงกดดันจากนานาชาติให้สลายกองทัพอาณานิคมและทำให้ทหารเหล่านี้เป็นส่วนหนึ่งของกองทัพปกติของดัตช์ชั่วคราว ในขณะที่มีความพยายามจากชวาให้ยุบกลุ่มนี้ไป สถานการณ์ทางการเมืองในสาธารณรัฐใหม่ในอินโดนีเซียไม่มั่นคง ความขัดแย้งที่เกิดขึ้นมีทหารชาวอัมบนมีส่วนร่วมด้วย ใน พ.ศ. 2494 มีการประกาศจัดตั้งสาธารณรัฐโมลุกกะใต้ที่อัมบน และได้รับการสนับสนุนจากทหารชาวอัมบนที่มาจากกองทัพอาณานิคม ทหารชาวโมลุกกะที่อยู่นอกโมลุกกะใต้แสดงความต้องการเข้าร่วมกับอัมบน แต่อินโดนีเซียปฏิเสธไม่ให้ดัตช์ขนส่งทหารเหล่านั้นไปยังอัมบน หลังจากเกิดการต่อสู้อย่างรุนแรงที่อัมบน ทหารที่พ่ายแพ้หนีไปเซรัม การต่อต้านอินโดนีเซียยังคงอยู่ และถูกปิดกั้นโดยอินโดนีเซีย

การเคลื่อนย้ายทหารชาวโมลุกกะไปยังเนเธอร์แลนด์

ในที่สุด รัฐบาลดัตช์ตัดสินใจเคลื่อนย้ายทหารที่เหลืออยู่และครอบครัวไปยังเนเธอร์แลนด์ พวกเขาอยู่ในบ้านชั่วคราวในค่ายจนกว่าจะสามารถกลับสู่หมู่เกาะโมลุกกะได้  ในกรณีนี้ มีราว 12,500 มาตั้งถิ่นฐานในเนเธอร์แลนด์ และเกิดการต่อต้านแผนการของรัฐบาลเนเธอร์แลนด์ขึ้น ปฏิกิริยาของรัฐบาลดัตช์ต่อการตั้งถิ่นฐานของทหารโมลุกกะต่างจากผู้อพยพชาวอินโดนีเซีย กลุ่มหลังได้รับการยอมรับและหลอมรวมเป็นพลเมืองอย่างรวดเร็ว ส่วนทหารโมลุกกะถือเป็นผู้ยู่อาศัยแบบชั่วคราวและจะอพยพกลับอินโดนีเซีย บ้านชั่วคราวในค่ายส่วนใหญ่อยู่ในเขตชนบทใกล้กับเมืองเล็กๆ มีการจัดตั้งตัวแทนพิเศษเพื่อจัดการปัญหาเกี่ยวกับผู้อพยพชั่วคราว เรียกว่า Commissariaat Ambonezenzorg' (CAZ) ในการจัดการกับปัญหาประจำวันในค่าย CAZ ได้สร้างตัวแทนขึ้นในค่าย เพื่อควบคุมผู้อยู่อาศัยให้อยู่ในกฎ ทำให้ชาวโมลุกกะแยกตัวออกมาจากสังคมของชาวดัตช์ ผู้ที่อยู่ในค่ายจะเข้าเรียนในโรงเรียนสอนด้วยภาษาดัตช์
สถานการณ์ดำเนินต่อไปจนถึง พ.ศ. 2513 CAZ ได้สลายตัวไป รัฐมนตรีและตัวแทนอื่นๆเข้ามารับผิดชอบ รัฐบาลเนเธอร์แลนด์มองว่าชาวโมลุกกะไม่ใช่ผู้อยู่อาศัยแบบชั่วคราวแต่จะอยู่ต่อไปในอนาคตในเนเธอร์แลนด์ ใน พ.ศ. 2511 ชาวโมลุกกะมากกว่าร้อยละ 80 ยังไม่มีสัญชาต อดีตทหารในกองทัพอาณานิคมรู้สึกไม่สบายใจกับการที่กองทัพถูกยุบไป เพราะกองทัพอาณานิคมให้รายได้และการดำรงชีวิตทั้งหมดแก่พวกเขา พวกเขาจงรักภักดีต่อดัตช์แต่กังวลกับความไม่แน่นอน พวกเขาตั้งความหวังไว้กับเอกราชของสาธารณรัฐโมลุกกะใต้และหวังว่าดัตช์จะช่วยเหลือ ความรู้สึกนี้ยังคงต่อเนื่องแม้เมื่อมาอยู่ในค่ายโดดเดี่ยวในเนเธอร์แลนด์ แต่ในความเป็นจริงไม่สามารถทำได้

การก่อการร้ายของโมลุกกะใต้ในเนเธอร์แลนด์

สภาพการณ์นี้นำมาซึ่งความตึงเครียดและแตกแยกในขบวนการสาธารณรัฐโมลุกกะใต้ ผู้นำรุ่นเก่ามองว่าสิทธิของพวกเขาเปลี่ยนแปลงไป ในที่สุด เกิดวิกฤตในชุมชนชาวอัมบน และใช้ความรุนแรงต่อต้านสังคมดัตช์ เกิดการก่อการร้ายใน พ.ศ. 2513 ที่สถานทูตอินโดนีเซีย การโจมตีเกิดขึ้นอีกครั้งใน พ.ศ. 2518 และ พ.ศ. 2520 เป้าหมายของการโจมตีไม่ชัดเจน ห่างไกลจากการฟื้นฟูความเป็นหนึ่งเดียวกันของขบวนการสาธารณรัฐโมลุกกะใต้ การโจมตีรถไฟและโรงเรียนใน พ.ศ. 2520 ทำให้รัฐบาลดัตช์ตัดสินใจใช้กำลังทหารเข้าระงับเหตุ ความรุนแรงที่เกิดขึ้นทำให้ชาวโมลุกกะแปลกแยกจากสังคมดัตช์มากขึ้น

ชาวโมลุกกะรุ่นที่ 2 และ 3 ในเนเธอร์แลนด์

เมื่อสิ้นสุดความรุนแรงจากการก่อการร้าย รัฐบาลดัตช์ได้ยกเลิกแนวคิดที่จะให้ชาวโมลุกกะเป็นผู้อยู่อาศัยชั่วคราว แต่ไม่สามารถสร้างช่องทางการสื่อสารผ่านการอภิปรายและการนำนโยบายไปปฏิบัติเพื่อเปิดทางสู่อนาคต ต้องพิจารณาเกี่ยวกับสถานะทางสังคมมาก การเข้าโรงเรียนต่ำ และการว่างงานสูง ความพยายามในการพัฒนาการสื่อสารระหว่างตัวแทนรัฐบาลและชาวโมลุกกะไม่ประสบความสำเร็จ เพราะมีการต่อต้านภายในชุมชนโมลุกกะ และไม่สามารถสนองตอบต่อความต้องการทางการเมืองของชาวโมลุกกะได้ ใน พ.ศ. 2519 มีการอภิปรายร่างกับตัวแทนชุมชนดัตช์ ใน พ.ศ. 2521 ได้เสนอสมุดปกขาวจากรัฐบาลสู่รัฐสภาโดยมีจุดประสงค์เพื่อเพิ่มการมีส่วนร่วมของชาวโมลุกกะในสังคมดัตช์ โดยเฉพาะในด้านการศึกษาและตลาดแรงงาน ในปัจจุบัน สถานะของชาวโมลุกกะถือเป็นพลเมืองของเนเธอร์แลนด์ ซึ่งต่างจากเมื่อ พ.ศ. 2513

สาธารณรัฐโมลุกกะใต้พลัดถิ่น

กองกำลังหลักของกองทัพโมลุกกะใต้ที่อัมบนพ่ายแพ้ต่ออินโดนีเซียเมื่อเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2493 มีการต่อสู้แบบกองโจรอีกเล็กน้อยที่เจรัมจนถึง พ.ศ. 2505 การพ่ายแพ้ที่อัมบนทำให้รัฐบาลสาธารณรัฐหลบหนีออกไปจากเกาะและจัดตั้งรัฐบาลพลัดถิ่นในเนเธอร์แลนด์ ทหาร 12,000 และครอบครัวย้ายถิ่นไปเนเธอร์แลนด์ ในระหว่างที่เป็นรัฐบาลพลัดถิ่น สาธารณรัฐได้โจมตีเนเธอร์แลนด์ด้วยการก่อการร้าย เริ่มครั้งแรกใน พ.ศ. 2513 ที่สถานทูตอินโดนีเซีย มีตำรวจชาวดัตช์ถูกยิงเสียชีวิต มีการโจมตีขบวนรถไฟใน พ.ศ. 2518 และ 2520 การโจมตีครั้งสุดท้าย เกิดขึ้นใน พ.ศ. 2521

ประธานาธิบดี

ดร. คริส ซูโมกิล เป็นประธานาธิบดีเมื่อ พ.ศ. 2497  ซึ่งเป็นผู้นำกองโจรต่อสู้กับอินโดนีเซียที่เจรัม เขาถูกทหารอินโดนีเซียจับกุมเมื่อ 2 ธันวาคม พ.ศ. 2505 และถูกประหารชีวิตในสมัยที่ซูฮาร์โตเป็นประธานาธิบดีเมื่อ 12 เมษายน พ.ศ. 2509
รัฐบาลพลัดถิ่นยังคงอยู่โดย ประธานาธิบดีพลัดถิ่นคนแรกคือ โจฮัน มานูซามา (พ.ศ. 2509 – 2536) ฟรานส์ ตาตูฮานูเนวา ดำรงตำแหน่งประมุขรัฐต่อมา (พ.ศ. 2536 – 2553) โดยไม่มีการก่อความรุนแรงในเนเธอร์แลนด์และอินโดนีเซีย ประธานาธิบดีพลัดถิ่นกล่าวว่าคนรุ่นใหม่ควรมองไปที่การศึกษาและให้โอกาสพัฒนาในเนเธอร์แลนด์ถ้าพวกเขาต้องการ และให้สนับสนุนและพัฒนาโมลุกกะใต้ตามศักยภาพ ทูตอินโดนีเซียในเนเธอร์แลนด์ จูนุส เอฟเฟนดี ฮาบิบี กล่าวว่ายินดีต้อนรับชาวโมลุกกะกลับสู่บ้านเกิดหากพวกเขาหยุดเรียกร้องเอกราช
จอห์น วัตตีเลเต เป็นประธานาธิบดีตั้งแต่เดือนเมษายน พ.ศ. 2553 เขาเป็นคนแรกที่มาจากชาวโมลุกกะรุ่นที่ 2 ในเนเธอร์แลนด์และมีท่าทีอ่อนกว่า อย่างไรก็ตาม เมื่อประธานาธิบดีอินโดนีเซีย ยุดโดโยโน มีแผนจะเดินทางไปเยือนเนเธอร์แลนด์ ได้ขอให้เนเธอร์แลนด์จับกุมวัตตีเลเตทันทีที่ไปถึง เมื่อเนเธอร์แลนด์ปฏิเสธจึงงดการไปเยือน

ธง

ธงเป็นสีน้ำเงิน ขาว เขียว แดงในอัตราส่วน 1:1:1:6 ขนาดเป็น 2:3 ใช้ครั้งแรกเมื่อ 2 พฤษภาคม พ.ศ. 2493 สองวันต่อมา ได้อธิบายความหมายของธง สีน้ำเงินหมายถึงทะเลและความจงรักภักดี สีขาวหมายถึงความบริสุทธิ์ สันติภาพ และหาดทรายสีขาว สีเขียว หมายถึง ต้นไม้ สีแดงหมายถึงเลือดและบรรพบุรุษ

ตราแผ่นดิน

ประกอบด้วยนกพิราบสีขาวเรียกปมโบ (Pombo) ซึ่งหมายถึงสิ่งที่เป็นประโยชน์และลางดี ปอมโบอยู่ในท่ากำลังเริ่มบิน ปีกเปิดครึ่งหนึ่ง ปากคาบกิ่งสันติภาพ หน้าอกมีโล่
ในตราแผ่นดินมีคำว่า 'Mena - Moeria' ซึ่งมาจากภาษาโมลุกกะดั้งเดิมที่เป็นภาษากลุ่มเมลานีเซียน หมายถึงคนคัดท้ายและฝีพายในเรือยาวของโมลุกกะที่เรียกโกราโกรา คำนี้แปลตรงตัวว่าหน้า-หลัง แต่สามารถแปลได้ว่า ฉันไป เราตามมา หรือ หนึ่งเพื่อทั้งหมด ทั้งหมดเพื่อหนึ่ง

เพลงชาติ

เพลงชาติของโมลุกกะใต้คือ 'Maluku tanah airku' เป็นภาษามาเลย์ซึ่งแปลได้ว่ามาลูกู บ้านเกิดของเรา เขียนโดย คริส ซูโมกิลและโอ ซาฮาเลสซี

พัฒนาการทางการเมืองปัจจุบันในเนเธอร์แลนด์

ทูตอินโดนีเซียประจำเนเธอร์แลนด์ ยูนุส เอฟเฟนดี ฮาบีบี ได้แจ้งแก่สถานีวิทยุเนเธอร์แลนด์ว่าอินโดนีเซียขอให้รัฐบาลโมลุกกะใต้ยกเลิกการเป็นรัฐบาลพลัดถิ่นและยุติการเรียกร้องเอกราช โดยโมลุกกะจะได้ปกครองตนเอง แต่เป้าหมายของโมลุกกะยังคงต้องการเอกราช

พัฒนาการทางเมืองในอินโดนีเซียปัจจุบัน

ชาวโมลุกกะใต้ส่วนใหญ่เป็นชาวคริสต์ซึ่งต่างจากประชาชนส่วนใหญ่ของอินโดนีเซียที่เป็นมุสลิม สาธารณรัฐโมลุกกะใต้ยังได้รับการสนับสนุนจากชาวโมลุกกะมุสลิมในบริเวณเดียวกัน ความทรงจำเกี่ยวกับสาธารณรัฐและจุดประสงค์ในการแยกตัวยังคงอยู่ในอินโดนีเซีย 
ในโมลุกกะ ได้มีการลงนามในข้อตกลงมาลีโนที่ 2 เพื่อยุติความขัดแย้งและสร้างสันติภาพในโมลุกกะ โดยชาวโมลุกกะปฏิเสธที่จะสนับสนุนขบวนการแบ่งแยกดินแดนสาธารณรัฐโมลุกกะใต้และรวมตัวเป็นหนึ่งเดียวกับอินโดนีเซีย อย่างไรก็ตาม ในระหว่างการเยือนอัมบนของประธานาธิบดีอินโดนีเซียใน พ.ศ. 2550 ยังพบการแขวนธงโมลุกกะใต้
ตั้งแต่ พ.ศ. 2542 ได้มีการจัดตั้งขบวนการใหม่ในชื่อแนวร่วมอธิปไตยมาลูกูในอัมบน มีการสะสมอาวุธและแขวนธงโมลุกกะใต้ในที่สาธารณะ หัวหน้ากลุ่มคือ อเล็กซ์ มานูปุตตี ได้ลี้ภัยไปสหรัฐ แต่ยังสนับสนุนการเรียกร้องเอกราช