สโมสรฟุตบอลปราจีนบุรี

ยุคถ้วยพระราชทาน-ดิวิชั่น 2

สโมสรฟุตบอลจังหวัดปราจีนบุรี ก่อตั้งขึ้นในปี พ.ศ. 2542 โดยส่งแข่งขันในนาม สมาคมศิษย์เก่าโรงเรียนปราจิณราษฎรอำรุง โดยลงทำการแข่งขัน ฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทานประเภท ง. ในปี พ.ศ. 2543 ต่อมาในปี พ.ศ. 2544 สโมสรสามารถเลื่อนชั้นลงทำการแข่งขันใน ฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทานประเภท ค. และเลื่อนชั้นมาลงแข่งขันใน ฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทานประเภท ข. ในปี 2547 ต่อมาได้เปลื่ยนชื่อสโมสรเป็น สโมสรฟุตบอลศิษย์เก่าฯ-เทศบาลเมืองปราจิณ โดยทางสมาคมฯ ได้มอบสิทธิ์การบริหารสโมสรให้กับ บุญเกื้อ พากเพียรศิลป์ และได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน ดิวิชั่น 2 2549 โดยในปีแรกที่เข้าแข่งขัน สโมสรทำผลงานได้ไม่ดีนัก โดยจบอันดับที่ 10 มี 19 คะแนนจาก 20 นัด ห่างจาก สโมสรธนาคารอาคารสงเคราะห์ ทีมอันดับที่ตกชั้นเพียงคะแนนเดียว 
ต่อมา ในฤดูกาล 2550 สโมสรทำผลงานได้อย่างที่สื่อคาดไม่ถึง โดยจบอันดับ 3 มีคะแนนห่างกับสโมสรที่มีสิทธิ์เลื่อนชั้นในปีนั้นอย่าง สโมสรปตท. เพียง 3 คะแนน
ต่อมาใน ดิวิชั่น 2 2551 สโมสรสามารถคว้าตำแหน่งชนะเลิศการแข่งขัน พร้อมได้สิทธิ์เลื่อนชั้นแข่งขัน ดิวิชั่น 1 2552 โดยในปีนั้น ประภาร นาคพงษ์ ได้รับรางวัล ผู้ฝึกสอนยอดเยี่ยมของลีกอีกด้วย

ยุคดิวิชั่น 1

หลังจากที่สโมสรเลื่อนชั้น สโมสรในฐานะทีมที่พึ่งเลื่อนชั้น ทำผลงานได้อย่างน่าชื่นชม โดยจบฤดูกาลด้วยอันดับ 5 มี 44 คะแนนจาก 30 นัด โดยมีนักฟุตบอลในตอนนั้น อย่าง ธนะศักดิ์ ศรีใส, เอกลักษณ์ ทองกริต, วิโรจน์ เพ็ชรดอน, ปองเทพ มุลาลี, เจษฎา แก้วประสงค์, ไตรรงค์ แก่นจันทร์,  สรศักดิ์ แก้วอินตา, อัสมิง แม เป็นต้น
และจากนั้นได้เปลี่ยนชื่ออีกครั้งเป็น สโมสรฟุตบอลจังหวัดปราจีนบุรี โดยใช้สัญลักษณ์ นกเงือก เป็นตราสโมสร แต่ผลงานของทีมในปีนี้กลับผิดกันอย่างน่าใจหาย โดยทีมต้องหนีตกชั้น และจบฤดูกาลด้วยอันดับ 13 จาก 16 ทีม ซึ่งเป็นจังหวะเดียวกับที่ลีก เพิ่มทีมจาก 16 เป็น 18 ทีม และจัดให้มีการเพลย์ออฟระหว่างทีมที่เลื่อนชั้นมาจาก ลีกภูมิภาค ดิวิชัน 2 ฤดูกาล 2553 กับ ทีมที่ตกชั้น โดยทีมจับฉลากเพลย์ออฟมาแข่งขัน สโมสรมหาวิทยาลัยรังสิต เจดับบริว โดยนัดแรกในบ้าน ทีมแพ้ 0-1 และนัดที่ 2 ทำได้แค่เสมอ 0-0 รวมผลสองนัดทีมแพ้สกอร์ร่วม 0-1 ต้องตกชั้นไปเล่นใน ลีกภูมิภาค ดิวิชัน 2 อีกครั้งในรอบ 2 ปี
แต่ว่า ภายหลังจากเกิด เหตุการณ์ทำร้ายผู้ตัดสิน ในปี 2553 ทำให้ฝ่ายจัดการแข่งขันตัดสินใจจัดการเพลย์ออฟ อีกหนึ่งรอบ เพื่อหาทีมเล่นแทน สโมสรฟุตบอลนครปฐม ซึ่งสโมสรได้ออกมาแสดงความไม่เห็นด้วยที่จะจัดซ้ำอีกครั้ง เนื่องจากการจัดการแข่งขันที่กระชั้นชิดเกินไป แต่สโมสรก็ตัดสินใจลงแข่งขันเพื่อรักษาสิทธิ์ แต่ว่าเนื่องด้วยสโมสรได้ปล่อยนักฟุตบอลพักปิดฤดุกาลแล้ว ทำให้ทีมขาดความพร้อมต่างๆ  โดยทีมจับฉลากแข่งขันกับ สโมสรฟุตบอลจังหวัดระยอง ซึ่งในเวลาปกติ เสมอกัน 1-1 แต่ทีมแพ้จุดโทษ 5-3 ตกชั้นอย่างเป็นทางการ

กลับมาแข่งขันดิวิชั่น 2 และ ขายทีม

หลังจากที่ทีมตกชั้น ทางฝ่ายจัดการแข่งขัน ได้จับฉลากให้ทีมได้ลงเล่นในโซนกรุงเทพมหานครและปริมณฑล โดยในขณะนั้น จังหวัดปราจีนบุรี มีสโมสรฟุตบอล ถึง 3 ทีมในเวลาเดียวกัน ได้แก่ สโมสรปราจีนบุรี ยูไนเต็ด ซึ่งมีเจ้าของทีมเดียวกับของทีม และ สโมสรกบินทร์บุรี เอฟซี โดยในปีแรกที่ลงทำการแข่งขัน สโมสรได้เปลื่ยนสนามเหย้ามาใช้ สนามกีฬาตำบลเกาะลอย อำเภอประจันตคาม แทน ด้านผลงานของทีมในปีนั้น มีลุ้นได้เลื่อนชั้นอีกครั้ง โดยจบอันดับที่ 4 ของตาราง มี 49 คะแนน จาก 30 นัด
ต่อมาเนื่องจากการบริหารสโมสรสองทีม ทำให้ฝ่ายบริหารตัดสินใจยกสิทธิ์ให้ทาง กลุ่มของ สโมสรระยอง ยูไนเต็ด เข้ามาทำทีมแทน โดยในช่วงแรกยังใช้ชื่อเดิม และทีมงานเดิมที่มี ประภาร นาคพงษ์ เป็นผู้จัดการทีมจนกระทั่ง วันที่ 18 พฤษภาคม พ.ศ. 2555 ทาง สมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ ได้อนุญาตให้เปลื่ยนชื่อสโมสรเป็น สโมสรฟุตบอลระยอง ยูไนเต็ด ทำให้ทีม ปราจีนบุรี เอฟซีปิดตัวลงตั้งแต่วันนั้น