ข้อโต้เถียงเรื่องอาหารดัดแปรพันธุกรรม

การประชาสัมพันธ์และการประท้วง

ในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2555 กลุ่มที่ชื่อว่า "Take the Flour Back (เอาแป้งคืนมา)" ประท้วงแผนงานของกลุ่ม Rothamsted Experimental Station (ปัจจุบันเรียกว่า Rothamsted Research) ที่อยู่ในประเทศอังกฤษ ที่จะทดลองข้าวสาลีดัดแปรพันธุกรรมที่สามารถขับเพลี้ยสกุล Aphididae ออกได้
นักวิจัยได้เขียนจดหมายไปหาชนในกลุ่มเมื่อต้นเดือนพฤษภาคม ขอให้ระงับการประท้วงที่กำหนดจะทำในวันที่ 27
แต่สมาชิกในกลุ่มกล่าวว่า กลุ่มเป็นห่วงเรื่องการหลุดออกไปสู่ธรรมชาติของพืชทดลอง โดยอ้างตัวอย่างเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นในสหรัฐและแคนาดา
ต่อมา Rothamsted Research และองค์กรกุศลที่โปรโหมตความรู้วิทยาศาสตร์ของประชาชน Sense About Science จึงได้จัดช่วงคำถาม-คำตอบ เพื่อตอบคำถามเกี่ยวกับโอกาสที่เหตุการณ์เช่นนั้นจะเกิดขึ้น
วันที่ 25 พฤษภาคม พ.ศ. 2556 กลุ่ม "March Against Monsanto (สวนสนามต่อต้านมอนแซนโต)" นัดชุมนุมกันเพื่อประท้วง
ในเมืองบัวโนสไอเรสและเมืองอื่น ๆ ทั่วโลก
ส่วนในเมืองพอร์ตแลนด์ รัฐออริกอน เจ้าหน้าที่ตำรวจรายงานว่า มีคนชุมนุมประท้วงกันถึง 6,000 คน
และก็มีคนหลายร้อยสวนสนามประท้วงในนครลอสแอนเจลิส
ตามทีวีช่องหนึ่ง มีคนเป็นร้อยชุมนุมประท้วงในเมืองคิตเชเนอร์ รัฐออนแทรีโอ
แม้ว่าจำนวนผู้ประท้วงรวมทั้งหมดทั่วโลกจะไม่ชัดเจน แต่ประเมินว่ามี "หลายแสน"
จนกระทั่งถึง "2 ล้าน"
และตามผู้จัดการประท้วง มีคนมาชุมนุมประท้วงในเมือง 436 เมือง ในประเทศ 52 ประเทศ
ต่อมา ในเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2556 บริษัทต่าง ๆ ในอุตสาหกรรมเทคโนโลยีชีวภาพการเกษตรจึงริเริ่มโครงการที่เรียกว่า GMO Answers (คำตอบ GMO) เพื่อตอบคำถามของผู้บริโภคเกี่ยวกับอาหารดัดแปรพันธุกรรมในประเทศสหรัฐอเมริกา
โครงการริเริ่มนี้มีผู้เชี่ยวชาญอาชีพต่าง ๆ ช่วยตอบคำถาม เริ่มตั้งแต่เกษตรกรธรรมดา เกษตรกรอินทรีย์ ไปจนถึงผู้เชี่ยวชาญจากอุตสาหกรรมเกษตรกรรม นักวิทยาศาสตร์ นักวิชาการ แพทย์ นักโภชนาหาร และผู้เชี่ยวชาญจากบริษัทที่เป็นผู้จัดตั้งองค์กรอุตสาหกรรม Council for Biotechnology Information ซึ่งเป็นองค์กรที่ให้เงินทุนกับโครงการริเริ่ม
บริษัทเทคโนโลยีชีวภาพผู้จัดตั้งรวมทั้ง BASF, ไบเออร์, Dow AgroSciences, DuPont Pioneer, มอนแซนโต และ Syngenta
ในเดือนตุลาคม 2556 กลุ่มที่เรียกว่า European Network of Scientists for Social and Environmental Responsibility (เครือข่ายนักวิทยาศาสตร์ยุโรปเพื่อความรับผิดชอบทางสังคมและสิ่งแวดล้อม ตัวย่อ ENSSER) ได้เผยแพร่คำแถลงการณ์ว่า ยังไม่มีมติส่วนใหญ่ของนักวิทยาศาสตร์เกี่ยวกับความปลอดภัยของอาหารดัดแปรพันธุกรรม
ซึ่งมีนักวิทยาศาสตร์ประมาณ 200 คนในสาขาต่าง ๆ ที่ลงลายเซ็นร่วมด้วยภายในอาทิตย์แรกที่เผยแพร่
และกลายเป็นคำแถลงการณ์ที่นิยมใช้โดยกลุ่มต่อต้าน GMO ต่าง ๆ
แต่นี่เป็นคำแถลงการณ์ที่ขัดแย้งกับมติส่วนใหญ่ของนักวิทยาศาสตร์ดังที่ AAAS และงานศึกษาต่าง ๆ ได้แจ้ง

การทำลายทรัพย์สินและการข่มขู่

มีองค์กรปฏิบัติการหัวรุนแรงต่าง ๆ เช่น Earth Liberation Front, กรีนพีซ, และอื่น ๆ ที่ทำลายทรัพย์สินของผู้ที่ทำงานวิจัยสิ่งมีชีวิตดัดแปรพันธุกรรม โดยทำกระจายไปทั่วโลก
ในประเทศสหราชอาณาจักรและประเทศยุโรปอื่น ๆ โดยปี พ.ศ. 2557 ผู้ประท้วงได้ทำลายงานทดลองพืชแล้ว 80 งานที่ทำโดยสถาบันวิชาการหรือรัฐ
ในบางกรณี ก็ยังมีคำข่มขู่และความรุนแรงกระทำต่อบุคคลและทรัพย์สินอีกด้วย
เช่นในปี พ.ศ. 2542 นักปฏิบัติการหัวรุนแรงวางเพลิงแล็บเทคโนโลยีชีวภาพที่มหาวิทยาลัยมิชิแกนสเตต ทำลายงานที่ทำมานานหลายปี และทรัพย์สินมูลค่า 400,000 ดอลลาร์สหรัฐ (ประมาณ 15 ล้านบาท)
ในปี พ.ศ. 2526 กลุ่มอนุรักษ์สิ่งแวดล้อมต่าง ๆ ได้ฟ้องศาล มีผลยังการทดสอบภาคสนามของแบคทีเรียลดการเกาะของน้ำแข็ง (Ice-minus bacteria) ให้ล่าช้า
แต่ในปี พ.ศ. 2530 แบคทีเรียที่ว่านี้ ก็กลายเป็นสิ่งมีชีวิตดัดแปรพันธุกรรม (GMO) ที่ปล่อยออกสู่สิ่งแวดล้อมเป็นอย่างแรก
หลังจากสเปรย์แบคทีเรียลงในสวนสตรอว์เบอร์รีทดสอบในรัฐแคลิฟอร์เนีย แล้วตามด้วยการสเปรย์ลงบนต้นอ่อนมันฝรั่ง
ผู้ประท้วงก็ได้ถอนพืชที่ปลูกในสนามทดสอบทั้งสองออก แต่ก็มีการปลูกทดแทนในวันต่อมา
ในปี พ.ศ. 2554 กรีนพีซต้องจ่ายค่าเสียหาย เมื่อสมาชิกได้บุกรุกเข้าไปในสถานที่ของ Australian scientific research organization (CSIRO) แล้วทำลายแปลงข้าวสาลีดัดแปรพันธุกรรมแปลงหนึ่ง
ผู้พิพากษากล่าวว่า กรีนพีซไม่มีความจริงใจโดยใช้สมาชิกอ่อนอาวุโสเพื่อทำการ มีจุดประสงค์เพื่อไม่ให้โทษมาถึงตน
แล้วให้คำพิพากษารอการลงโทษเป็นเวลา 9 เดือนแก่จำเลย
วันที่ 8 สิงหาคม 2556 ผู้ประท้วงได้ถอนพืชในแปลงทดลองข้าวทองในประเทศฟิลิปปินส์
แต่มีอดีตผู้ปฏิบัติการหัวรุนแรงที่มีชื่อเสียงท่านหนึ่งคือนายมาร์ค ไลนาส
ได้เขียนบทความให้สำนักข่าว Slate ว่า กลุ่มย่อยนำโดยองค์กรหัวรุนแรงคือ Kilusang Magbubukid ng Pilipinas (KMP) เป็นตัวการทำลายทรัพย์สิน ในขณะที่ผู้ประท้วงอื่น ๆ ได้แต่ดูอย่างตระหนกตกใจ
ส่วนองค์กรการกุศลเพื่อคนตาบอด Helen Keller International แจ้งว่า ข้าวทองออกแบบมีจุดประสงค์เพื่อป้องกันการขาดวิตามินเอที่ทำให้เด็กตายหรือตาบอดเป็นแสน ๆ คนต่อปีในประเทศกำลังพัฒนา

สิ่งตีพิมพ์ทางวิทยาศาสตร์

การตีพิมพ์ข้อมูลความปลอดภัยและผลของอาหารดัดแปรพันธุกรรมมักจะทำให้เกิดการขัดแย้ง
กรณีแรก ๆ กรณีหนึ่ง เกิดขึ้นในปี 2542 เมื่อวารสารวิชาการทางวิทยาศาสตร์ เนเจอร์ พิมพ์ผลงานที่แสดงพิษภัยที่อาจจะมีของข้าวโพดดัดแปลงพันธุกรรม (Bt maize) กับแมลงผีเสื้อ
ซึ่งมีผลเป็นความวุ่นวายในสาธารณชนและเป็นการประท้วง
แต่ว่า โดยปี 2544 ได้มีงานศึกษาที่ติดตามมาอีกหลายงานที่สรุปว่า "ละอองเรณูของ Bt maize ชนิดสามัญต่าง ๆ ไม่มีพิษต่อตัวอ่อนของผีเสื้อพันธุ์ Danaus plexippus (Monarch butterfly) ในระดับความเข้มข้นที่ผีเสื้อจะพบจริง ๆ ในสนาม" ซึ่งปิดประเด็นปัญหาในเรื่องนั้น
นักวิทยาศาสตร์ที่เป็นห่วง จึงเริ่มตรวจสอบวรรณกรรมทางวิทยาศาสตร์แล้วแสดงปฏิกิริยาที่ชัดเจน ทั้งโดยส่วนตัวทั้งในสาธารณชน เพื่อทำลายความน่าเชื่อถือของความเห็นที่ตนเห็นว่าคลาดเคลื่อน เพื่อป้องกันการคัดค้านจากสาธารณชนและการบังคับใช้กฎหมายที่ไร้เหตุผล
ในปี 2556 บทความหนึ่งในนิตยสารวิทยาศาสตร์ Scientific American ให้ข้อสังเกตว่า มีเพียงนักชีววิทยาเป็นส่วนน้อยกระจิริด ที่ได้ตีพิมพ์เหตุข้อกังวลเกี่ยวกับอาหารดัดแปรพันธุกรรม แต่ก็กล่าวด้วยว่า นักวิทยาศาสตร์ที่สนับสนุน GMO ในการผลิตอาหาร มักจะให้ความสำคัญกับเหตุข้อกังวลเหล่านั้นน้อยไป
ก่อนปี พ.ศ. 2553 นักวิทยาศาสตร์ที่ต้องการทำงานวิจัยกับพืชหรือเมล็ดพืชดัดแปรพันธุกรรรม ไม่สามารถจะทำได้เพราะว่ามีสัญญาผู้ใช้ (end-user agreement) ที่จำกัดเกินไป
ต่อมาก็เกิดนักวิทยาศาสตร์กลุ่มหนึ่งที่ต่อต้านข้อจำกัดเช่นนั้น
แล้วส่งคำแถลงการณ์ไปยังสำนักงานปกป้องสิ่งแวดล้อมสหรัฐ (EPA) ในปี 2552 โดยประท้วงว่า
"เพราะเหตุที่เข้าถึงได้อย่างจำกัด จึงไม่สามารถจะทำงานวิจัยที่เป็นอิสระอย่างแท้จริงและที่ถูกต้องตามกฎหมาย เกี่ยวกับคำถามสำคัญต่าง ๆ เกี่ยวกับเทคโนโลยีนี้"
บทความบรรณาธิการในปี 2552 ของนิตยสาร Scientific American อ้างนักวิทยาศาสตรผู้หนึ่งผู้กล่าวว่า มีงานศึกษาหลายงานที่ได้รับอนุมัติจากบริษัท แต่ต่อมาก็ถูกห้ามไม่ให้ตีพิมพ์เผยแพร่ผลงานเมื่อไม่แสดงผลที่น่าชอบใจ
คณะบรรณาธิการจึงเสนอให้ EPA บังคับว่า การอนุมัติพืชดัดแปรพันธุกรรมจะทำได้ก็ต่อเมื่อบริษัทเปิดโอกาสให้นักวิจัยอิสระเข้าถึงผลิตภัณฑ์เพื่องานวิจัยได้อย่างไม่จำกัด แม้ว่าคณะบรรณาธิการจะเห็นด้วยกับการปกป้องทรัพย์สินทางปัญญา
ต่อมาในเดือนธันวาคม 2552 สมาคมการค้าเมล็ดอเมริกัน (American Seed Trade Association) ตกลงที่จะ "อนุญาตผู้วิจัยสาธารณะ ให้มีอิสระมากขึ้นในการศึกษาผลกระทบของพืชดัดแปรพันธุกรรมที่ใช้ทำอาหาร"
โดยมีบริษัทเซ็นให้สัญญาแบบรวม ๆ ที่จะอนุญาตงานวิจัยเช่นนี้ ซึ่งทำให้นักวิทยาศาสตร์เป็นจำนวนมากรู้สึกดีต่ออนาคต
โดยมีนักวิทยาศาสตร์ท่านหนึ่งจาก Agricultural Research Service (ARS) ซึ่งเป็นองค์กรหนึ่งของกระทรวงเกษตรสหรัฐ ได้กล่าวไว้ว่า "[สัญญานี้] ดีและเฉพาะเจาะจงมาก ARS จะสามารถทำทุกสิ่งทุกอย่างโดยทั่วไปตามที่ต้องการ"
แต่ว่า ก็ยังมีนักวิทยาศาสตร์บางพวกที่ยังเป็นห่วงกังวลว่า สัญญานี้จะมีผล "เปลี่ยนแปลงภาวะแวดล้อมงานวิจัยที่เต็มไปด้วยการกีดขวางและความไม่ไว้วางใจ" ได้หรือไม่
คือความจริงมอนแซนโตก็ได้มีสัญญางานวิจัย (คือ Academic Research Licenses - สัญญาอนุญาตงานวิจัยวิชาการ) กับมหาวิทยาลัยประมาณ 100 แห่งอยู่แล้ว ที่อนุญาตให้นักวิทยาศาสตร์ของมหาวิทยาลัย สามารถทำงานวิจัยกับผลิตภัณฑ์ดัดแปรพันธุกรรมของบริษัท โดยที่บริษัทไม่เข้าไปควบคุมจัดการ
โดยปี พ.ศ. 2546 การทดสอบภาคสนามของพืชดัดแปรพันธุกรรมได้ลดลง 87% จากปี 2541 เนื่องจากการถอนตัวของบริษัทต่าง ๆ เพราะเหตุ "สถานกาณ์ทางกฎหมายที่ไม่ชัดเจน การยอมรับผลิตภัณฑ์แปรพันธุกรรมในระดับต่ำของสาธารณชน และตลาดที่ไม่แน่นอน" และการตัดงบประมาณให้ทุนจากภาครัฐ
งานปฏิทัศน์ปี 2556 กับสิ่งตีพิมพ์ 1,783 บทความระหว่างปี 2545-2556 เกี่ยวกับพืชและอาหารดัดแปรพันธุกรรมพบว่า ไม่มีหลักฐานที่น่าเชื่อถือว่ามีอันตรายจากการใช้พืชดัดแปรพันธุกรรมที่วางตลาดแล้วในเวลานั้น ๆ
และ Biology Fortified, Inc. (เรียกสั้น ๆ ว่า Biofortified) ซึ่งเป็นองค์การไม่แสวงหาผลกำไรอิสระ ที่มีจุดประสงค์เพื่อให้ข้อมูลความจริงและสนับสนุนการอภิปรายประเด็นต่าง ๆ เกี่ยวกับเกษตรกรรม โดยเฉพาะในเรื่องพันธุศาสตร์และพันธุวิศวกรรม
ได้วางแผนเพื่อเพิ่มสิ่งตีพิมพ์อื่น ๆ รวมกับงานที่รวบรวมโดยงานปฏิทัศน์ปี 2556 ในฐานข้อมูลขององค์กรซึ่งรวบรวมงานศึกษาเกี่ยวกับพืชดัดแปรพันธุกรรม เป็นฐานข้อมูลที่เรียกว่า GENERA
มีงานวิเคราะห์ในปี 2554 ที่ปฏิทัศน์งานศึกษา 94 งานที่ทบทวนโดยผู้รู้เสมอกัน เกี่ยวกับความปลอดภัยของ GMO เพื่อประเมินว่าความขัดแย้งกันทางผลประโยชน์ (conflicts of interest) มีสหสัมพันธ์กับผลที่แสดง GMO ในทางบวกหรือไม่
แล้วพบว่าแม้ว่าจะไม่มีสหสัมพันธ์ระหว่างการขัดกันทางผลประโยชน์กับผลที่ได้ (p = 0.631) แต่ว่าก็ยังมีสหสัมพันธ์ระหว่างความเกี่ยวข้องกับอุตสาหกรรม (คือมีความขัดแย้งกันทางอาชีพ) กับผลของการศึกษา (p < 0.001)
แต่ว่า ในบรรดางานศึกษา 94 งาน 52% ไม่ได้แจ้งเรื่องแหล่งเงินทุน 10% จัดว่า "กำหนดไม่ได้" ในเรื่องความขัดแย้งกันทางอาชีพ และในบรรดางาน 43 งานที่มีความขัดแย้งกันทางผลประโยชน์หรือทางอาชีพ งาน 28 งานเป็นแบบ "compositional"
และตามอดีตนักปฏิบัติการหัวรุนแรงผู้หนึ่ง ความสัมพันธ์ระหว่างความขัดแย้งกันทางอาชีพและผลบวกที่ได้ อาจจะไม่ถูกต้อง เพราะว่า บริษัทมักจะว่าจ้างผู้ทำงานอิสระ เพื่อทำงานศึกษาต่อเมื่อพบผลบวกในงานวิจัยที่ทำในบริษัทแล้ว
แต่ว่าถ้ามีผลลบ ก็จะไม่ทำการศึกษาต่อ ๆ ไปในเรื่องนั้น ๆ
ดังนั้น งานวิจัยที่บริษัทว่าจ้าง จะมีโอกาสสูงกว่าที่แสดงผลบวก

สุขภาพ

มีมติส่วนใหญ่ของนักวิทยาศาสตร์ว่า อาหารดัดแปรพันธุกรรมที่วางตลาดแล้วในบัดนี้ ไม่ได้เสี่ยงสูงกว่าอาหารธรรมดา
คือไม่มีรายงานเกี่ยวกับผลลบในประชากรมนุษย์สมาคมอเมริกันเพื่อความก้าวหน้าของวิทยาศาสตร์ (American Association for the Advancement of Science ตัวย่อ AAAS) ซึ่งเป็นสมาคมทางวิทยาศาสตร์ทั่วไปที่มีสมาชิกมากที่สุดในโลก และเป็นผู้พิมพ์นิตยสาร Science ในปี 2555 อ้างว่า "การบริโภคอาหารที่มีส่วนผสมจากพืชดัดแปลงพันธุกรรมไม่ได้เสี่ยงกว่าอาหารเดียวกันที่มีส่วนผสมมาจากพืชที่พัฒนาขึ้นผ่านวิธีธรรมดา"
สมาคมการแพทย์อเมริกัน (American Medical Association) วิทยาศาสตรบัณฑิตสถานแห่งชาติ (National Academies of Sciences) และราชสมาคมการแพทย์ (Royal Society of Medicine) ล้วนแต่กล่าวว่า ยังไม่มีการรายงานผลลบต่อสุขภาพมนุษย์เนื่องกับอาหารดัดแปรพันธุกรรม ผ่านวรรณกรรมที่ทบทวนโดยผู้รู้เสมอกัน
โครงการ ENTRANSFOOD เป็นกลุ่มนักวิทยาศาสตร์ที่ให้ทุนโดยคณะกรรมาธิการยุโรป และจัดตั้งขึ้นเพื่อให้วางแผนโปรแกรมงานวิจัย เพื่อจัดการปัญหาความกังวลของสาธารณชนเกี่ยวกับความปลอดภัยและคุณค่าของเทคโนโลยีชีวภาพเพื่อการเกษตร
ENTRANSFOOD สรุปว่า "วิธีการทดสอบแบบผสมที่มีอยู่ เป็นระบบการทดสอบที่สมควร สามารถใช้ประเมินความปลอดภัยของพืชแปรพันธุกรรมได้"
ดังนั้น ในปี 2553 ผู้อำนวยการของหน่วยการวิจัยและนวัตกรรมของคณะกรรมาธิการยุโรปจึงรายงานว่า "ข้อสรุปหลักที่ได้จากงานวิจัยกว่า 130 โครงการ ที่ทำเป็นเวลานานกว่า 25 ปี ทำโดยกลุ่มนักวิจัยอิสระกว่า 500 กลุ่ม ก็คือ เทคโนโลยีชีวภาพโดยเฉพาะ GMO ไม่ได้เสี่ยงกว่าเทคโนโลยีเพาะพันธุ์พืชแบบธรรมดา"
แต่ว่า มติส่วนใหญ่ของนักวิทยาศาสตร์และขององค์กรควบคุมของรัฐชี้ว่า ต้องพัฒนาเทคโนโลยีและกฎระเบียบ ที่ใช้ในการทดสอบ
สิ่งมีชีวิตทั้งแบบ transgenesis (โดยใช้ยีนจากสิ่งมีชีวิตตระกูลอื่น) และ cisgenesis (โดยใช้ยีนจากสิ่งมีชีวิตที่เป็นญาติใกล้ชิด) ยังมีการทดสอบเหมือนกัน
ในปี 2555 กลุ่ม GMO ขององค์กรควบคุมความปลอดภัยอาหารยุโรป (European Food Safety Authority ตัวย่อ EFSA) กล่าวว่า "อันตรายที่ไม่เคยมีมาก่อน" อาจจะเกิดขึ้นสัมพันธ์กับสิ่งมีชีวิตแบบ transgenesis

Substantial equivalence (ความสมมูลอย่างสำคัญ)

ผลิตภัณฑ์เกษตรธรรมดาโดยมาก มาจากการจัดการพันธุกรรมผ่านกระบวนการผสมพันธุ์แบบข้ามพันธุ์ (cross-breeding) และแบบลูกผสม (hybridization)
รัฐบาลประเทศต่าง ๆ ควบคุมการวางตลาดและการปล่อยอาหารดัดแปรพันธุกรรมเป็นกรณี ๆ
ประเมินความเสี่ยงและมีกฎควบคุมที่ต่าง ๆ กัน
ประเทศสหรัฐอเมริกาและประเทศในยุโรปมีความแตกต่างกันที่สำคัญ
พืชผลที่ไม่ใช้เป็นอาหารจะไม่มีการตรวจสอบความปลอดภัยเพื่อเป็นอาหาร
อาหารดัดแปรพันธุกรรมจะไม่ทดสอบในมนุษย์ก่อนวางตลาด เพราะไม่ใช่สารเคมีชนิดใดชนิดหนึ่งโดยเฉพาะ และไม่ได้มุ่งหมายให้บริโภคเฉพาะปริมาณเป็นระยะ ๆ จึงทำให้การศึกษาแบบคลินิกนั้นยากขึ้น
เจ้าหน้าที่องค์กรควบคุมจะตรวจสอบการเปลี่ยนแปลงของยีน ที่สัมพันธ์กับโปรตีนที่เป็นผล และผลของโปรตีนเช่นนั้นต่ออาหาร
เจ้าหน้าที่ควบคุมจะเช็คว่า อาหารดัดแปรพันธุกรรมนั้นสมมูลอย่างสำคัญ (substantial equivalence) กับอาหารธรรมดา เพื่อจะตรวจจับผลลบที่ไม่ได้ตั้งใจ
โปรตีนใหม่ที่ต่างไปจากโปรตีนในอาหารปกติ หรือความผิดปกติอย่างอื่นที่พบในการเปรียบเทียบ จะต้องผ่านการวิเคราะห์ทางด้านพิษวิทยาต่อไป
ในปี 2542 นักวิชาการที่ Rowett Research Institute ในประเทศสกอตแลนด์เตือนว่า การทดสอบโดยความสมมูลอย่างสำคัญ "อาจจะมีปัญหาในบางกรณี" และการทดสอบความปลอดภัยที่มีในปัจจุบัน อาจจะปล่อยสารอันตรายเข้าสู่ระบบเก็บส่งอาหารของมนุษย์
ในปีเดียวกับมีนักวิทยาศาสตร์กลุ่มหนึ่งที่วิจารณ์ว่า ระเบียบมาตรฐานที่ว่านี้เป็นผลของงานวิทยาศาสตร์เทียมที่มีเหตุมาจากการเมืองและการวิ่งเต้น เพื่อสร้างความมั่นใจให้ผู้บริโภค และเพื่อช่วยบริษัทเทคโนโลยีชีวภาพให้ลดทั้งเวลาและค่าใช้จ่ายในการทดสอบความปลอดภัย
แล้วเสนอว่า ให้ทดสอบอาหารดัดแปรพันธุกรรมทางชีววิทยา ทางพิษวิทยา และทางวิทยาภูมิคุ้มกันอย่างเข้มงวด และให้ทิ้งมาตรฐานความสมมูลอย่างสำคัญไปเสีย
ต่อมาข้อวิจารณ์นี้ถูกวิจารณ์ว่า บิดเบือนประวัติ
บิดเบือนข้อมูลที่มีอยู่ และมีเหตุผลที่ไม่ดี
มีนักวิชาการท่านอื่นอีก (รวมทั้ง Kuiper) ที่อ้างว่า ข้อวิจารณ์พูดถึงการประเมินความปลอดภัยอย่างง่าย ๆ เกินไป และการทดสอบความสมมูลนั้น เป็นอะไรที่มากกว่าการทดสอบโดยเคมี และอาจจะรวมการทดสอบความเป็นพิษด้วย
แต่ก็ยังมีนักวิชาการอื่นอีกที่สนับสนุนกฎหมายเพื่อทดแทนมาตรฐานความสมมูลอย่างสำคัญ ด้วยการศึกษาความปลอดภัยแบบอื่น ๆ
นักวิชาการ Kuiper ตรวจสอบกระบวนการนี้เพิ่มเติมในปี 2545 แล้วพบว่า ความสมมูลอย่างสำคัญไม่ได้วัดความเสี่ยงสัมบูรณ์ (absolute risk) แต่กำหนดความแตกต่างกันระหว่างผลิตภัณฑ์ใหม่กับผลิตภัณฑ์ที่มีอยู่ เขาอ้างว่า การกำหนดความแตกต่างเช่นนี้ เป็นจุดเริ่มต้นที่เหมาะสมในกระบวนการประเมินความปลอดภัย
และว่า "แนวคิดเกี่ยวกับความสมมูลอย่างสำคัญ เป็นเครื่องมือที่พอเพียงในการกำหนดปัญหาความปลอดภัยของผลิตภัณฑ์แปรพันธุกรรมที่มีผลิตภัณฑ์ธรรมดาที่คล้ายกัน"
แต่เขาก็ยังตั้งข้อสังเกตว่า มาตรฐานนี้ประยุกต์ใช้ได้ยากโดยเหตุผลต่าง ๆ รวมทั้งความจริงว่า อาหารธรรมดาก็มีสารเคมีที่เป็นพิษหรือก่อมะเร็ง และอาหารที่มีอยู่ก็ยังไม่ได้พิสูจน์ว่าปลอดภัย
การขาดความรู้ที่สมบูรณ์เกี่ยวกับอาหารธรรมดา อาจหมายความว่า อาหารดัดแปรอาจจะแตกต่างกันโดยสิ่งที่ไม่ใช่สารอาหาร (anti-nutrient) และโดยพิษธรรมชาติที่ยังกำหนดไม่ได้ในพืชดั้งเดิม ซึ่งอาจจะทำให้การทดสอบไม่สามารถตรวจจับความเปลี่ยนแปลงที่เป็นอันตราย
นอกจากนั้นแล้ว ความเปลี่ยนแปลงในทางบวกก็อาจจะตรวจไม่เจอเช่นกัน
ยกตัวอย่างเช่น ข้าวโพดที่เสียหายเพราะแมลงมักจะมีพิษเห็ดรา fumonisins ในระดับสูง เป็นสารก่อมะเร็งเกิดจากเห็ดราทีเกาะไปตามหลังของแมลงแล้วเติบโตขึ้นในข้าวโพดตรงที่แมลงกัดกิน
งานศึกษาหลายงานแสดงว่า ข้าวโพดดัดแปรพันธุกรรม Bt maize มีระดับ fumonisins ที่ต่ำกว่าข้าวโพดธรรมดาที่เสียหายเพราะแมลง
มีการสัมมนาเชิงปฏิบัติการ (เวิ้ร์กฉ็อป) และการประชุมปรึกษาหารือหลายครั้งที่จัดโดยองค์กรต่าง ๆ รวมทั้งองค์การเพื่อความร่วมมือทางเศรษฐกิจและการพัฒนา องค์การอนามัยโลก และองค์การอาหารและการเกษตรแห่งสหประชาชาติ ที่ทำงานรวบรวมข้อมูลและพัฒนาความเข้าใจเกี่ยวกับอาหารธรรมดา เพื่อใช้ประเมินอาหารดัดแปรพันธุกรรม
งานสำรวจสิ่งตีพิมพ์ในปี 2554 ที่เปรียบเทียบคุณสมบัติภายในของพืชดัดแปรพันธุกรรมและพืชธรรมดา (โดยตรวจสอบจีโนม proteome และ metabolome) สรุปว่า พืชดัดแปรพันธุกรรมมีผลกระทบต่อการแสดงออกของยีน หรือต่อโปรตีนและระดับเมทาบอไลท์ ในระดับที่ต่ำกว่าพืชที่เพาะพันธุ์แบบธรรมดา
งานปฏิทัศน์ปี 2556 ต่อมาเสนอว่า การดัดแปรพันธุ์แบบ transgenesis เปลี่ยนแปลงสายพันธุ์ในระดับที่น้อยกว่าเทคนิคการเพาะพืชธรรมดา เพราะว่า การเพาะพืชธรรดาเปลี่ยนแปลงยีนในระดับที่สูงกว่า เป็นความเปลี่ยนแปลงแบบต่าง ๆ รวมทั้งการกลายพันธุ์ การหลุดหาย การแทรก (insertion) และการจัดแจงใหม่ (rearrangement) เมื่อเทียบกับการเปลี่ยนแปลงโดยพันธุวิศวกรรมที่จำกัด ซึ่งบ่อยครั้งเปลี่ยนแค่ยีนเดียว
นอกจากนั้นแล้ว องค์การอาหารและยาของสหรัฐยังพบว่า งาน 148 งานที่องค์กรประเมินทั้งหมด มีความสมมูลอย่างสำคัญกับพืชธรรมดา และเจ้าหน้าที่ควบคุมญี่ปุ่นก็พบความสมมูลในงานทั้งหมด 189 งานที่รัฐตรวจสอบ รวมทั้งผลิตภัณฑ์ต่าง ๆ ที่มีลักษณะสืบสายพันธุ์รวมกันหลายอย่าง
ความสมมูลที่พบเช่นนี้รับการยืนยันโดยงานที่ทบทวนโดยผู้รู้เสมอกันกว่า 80 ชิ้น
ดังนั้น ผู้เขียนงานปฏิทัศน์จึงอ้างว่า การศึกษาแบบ compositional equivalence ที่บังคับให้ทำในพืชดัดแปรพันธุกรรมเท่านั้น เป็นสิ่งที่ไม่ควรทำต่อไปเพราะเพียงเหตุผลว่า มีความไม่แน่นอนทางวิทยาศาสตร์ ซึ่งเป็นเหตุผลที่ให้เมื่อเริ่มใช้วิธีนี้ในปี 2536

ภูมิแพ้

ความเสี่ยงของการเปลี่ยนแปลงยีนที่รู้จักกันดีก็คือการก่อสารก่อภูมิแพ้
ดังนั้น การทดสอบสารภูมิแพ้จึงเป็นเรื่องปกติสำหรับผลิตภัณฑ์อาหาร ที่ต้องผ่านการทดสอบตามกฎควบคุม
และองค์กรต่อต้าน GMO เช่น European Green Party และกรีนพีซมักจะเน้นกล่าวถึงความเสี่ยงนี้
แต่ว่างานปฏิทัศน์ในปี 2548 ที่ทบทวนการทดสอบสารภูมิแพ้พบว่า "ยังไม่มีโปรตีนเทคโนโลยีชีวภาพในอาหารที่ก่อให้เกิดปฏิกิริยาภูมิแพ้"
ทั้ง ๆ ที่เจ้าหน้าที่ควบคุมดูแลก็บังคับให้อาหารดัดแปร มีการทดสอบตรวจดูสารภูมิแพ้ก่อนที่จะวางตลาด
ผู้สนับสนุน GMO ให้ข้อสังเกตว่า เพราะว่ามีการบังคับให้ทดสอบความปลอดภัย ความเสี่ยงการปล่อยพันธุ์พืชที่มีสารก่อภูมิแพ้หรือสารพิษใหม่ ๆ จะน้อยกว่ากระบวนการเพาะพันธุ์พืชธรรมดา ที่ไม่บังคับให้มีการทดสอบเลย
นอกจากนั้นแล้ว พันธุวิศวกรรมมีผลกระทบต่อการแสดงออกของยีน หรือต่อโปรตีนและระดับเมทาบอไลท์ น้อยกว่าการเพาะพันธุ์พืชแบบธรรมดา ซึ่งเป็นการเปลี่ยนพันธุ์พืชแบบไม่สามารถทำให้เฉพาะเจาะจง
และนักพิษวิทยาก็ตั้งข้อสังเกตด้วยว่า "อาหารธรรมดาไม่ใช่ไม่เสี่ยง (เพราะว่า) สารก่อภูมิแพ้มีอยู่ในอาหารธรรมดาทั้งชนิดที่มีอยู่แล้วและทั้งที่เกิดขึ้นใหม่ ๆ
ยกตัวอย่างเช่นมีการวางตลาดลูกกีวีในประเทศสหรัฐอเมริกาและประเทศยุโรปในช่วงคริสต์ทศวรรษ 1960 ซึ่งในขณะนั้นไม่ปรากฏสารก่อภูมิแพ้ใด ๆ แต่ว่า ทุกวันนี้ มีคนที่แพ้ผลไม้ชนิดนี้"
นอกจากนั้นแล้ว การแปรพันธุกรรมยังสามารถกำจัดสารก่อภูมิแพ้ ซึ่งอาจจะลดความเสี่ยงการแพ้อาหาร
เช่นในปี 2546 มีการทดสอบถั่วเหลืองพันธุ์ลดสารภูมิแพ้ แล้วพบว่า ไม่มีสารก่อภูมิแพ้สำคัญ ๆ ในถั่วแปรพันธุกรรมที่พบในถั่วธรรมดา
วิธีการเดียวกันก็ทดลองแล้วในหญ้า สกุล Lolium ซึ่งปกติมีละอองเรณูที่เป็นเหตุสำคัญของโรคเยื่อจมูกอักเสบจากภูมิแพ้ ในกรณีนี้ มีการสร้างหญ้าดัดแปรพันธุกรรมที่สืบลูกหลานได้ โดยไม่มีสารก่อภูมิแพ้หลัก ซึ่งแสดงให้เห็นว่าการสร้างหญ้าปราศจากสารก่อภูมิแพ้นั้นเป็นไปได้
บริษัท GMO ได้ระงับผลิตภัณฑ์ GMO ที่พบว่าทำให้เกิดปฏิกิริยาภูมิแพ้ ก่อนที่จะวางตลาด
เช่นในต้นคริสต์ทศวรรษ 1990 บริษัท Pioneer Hi-Bred (ปัจจุบันเป็น Dupont Pioneer) พยายามปรับปรุงสารอาหารในถั่วเหลืองเพื่อเลี้ยงสัตว์โดยเติมยีนจากต้นบราซิลนัต
แต่เพราะว่ามีคนที่แพ้ถั่ว บริษัทจึงได้ทดสอบการเกิดภูมิแพ้ทั้งแบบ in vitro (คือในสถานการณ์เทียม) ทั้งแบบเจาะผิวหนังทดสอบ
แล้วพบว่า ถั่วเหลืองดัดแปรพันธุกรรมทำให้เกิดภูมิแพ้
บริษัทจึงระงับการพัฒนาผลิตภัณฑ์นั้น
ต่อมาในปี 2548 องค์กร Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation (องค์การวิจัยทางวิทยาศาสตร์และอุตสาหกรรมแห่งเครือจักรภพ) แห่งประเทศออสเตรเลียได้พัฒนาถั่วลันเตาต้านทานโรคขึ้น แต่พบว่าทำให้เกิดภูมิแพ้ในหนู
ดังนั้น องค์กรจึงได้ระงับงานที่ทำกับพืชพันธุ์นี้อย่างทันที
กรณีเหล่านี้ ได้ใช้เป็นหลักฐานว่า การแปรพันธุกรรมสามารถก่อให้เกิดการเปลี่ยนแปลงที่ไม่คาดหวังและเป็นอันตรายในอาหาร แต่ก็ใช้เป็นหลักฐานด้วยว่า การทดสอบความปลอดภัยสามารถป้องกันระบบเก็บส่งอาหารได้
ในเหตุการณ์เรียกคืนผลิตภัณฑ์ข้าวโพด Starlink ปี 2543 ผลิตภัณฑ์ข้าวโพดในซูเปอร์มาร์เก็ตและร้านอาหารในสหรัฐอเมริกา เกิดปนเปื้อนด้วยข้าวโพดดัดแปรพันธุกรรมที่มีโปรตีนของแบคทีเรียบาซิลลัสทูริงเยนซิส (Bt) คือ โปรตีน Cry9C
แล้วต่อมาก็พบในประเทศญี่ปุ่นและเกาหลีใต้ด้วย
ข้าวโพดชนิดนี้ความจริงได้รับอนุมัติเฉพาะให้เป็นอาหารสัตว์เท่านั้น ด้วยเหตุว่า Cry9C สามารถดำรงอยู่ในระบบย่อยอาหารได้นานกว่าโปรตีนชนิดอื่น ๆ ของ Bt ซึ่งทำให้เกิดความเป็นห่วงเรื่องความเป็นสารภูมิแพ้ของผลิตภัณฑ์
เหตุการณ์เริ่มขึ้นในเดือนกันยายน 2543 เมื่อองค์กรตรวจสอบอาหาร (Genetic ID) ที่จัดตั้งโดยกลุ่มต่อต้าน GMO ตรวจพบข้าวโพด Starlink ในผลิตภัณฑ์ของบริษัท Taco Bell ในซูเปอร์มาร์เก็ต จึงมีผลให้บริษัทเรียกคืนผลิตภัณฑ์ แล้วในที่สุดบริษัทต่าง ๆ ในสหรัฐอเมริกาก็เรียกคืนผลิตภัณฑ์ของตนทั้งที่ตรวจพบ Starlink ทั้งที่เรียกคืนเป็นการระวังล่วงหน้า ทั้งหมดรวมกันกว่า 300 ผลิตภัณฑ์
บริษัท Aventis จึงได้เลิกขายข้าวโพดชนิดนี้โดยสมัครใจเองในเดือนตุลาคม 2543
ในปี 2545 อาหารที่สหประชาชาติและประเทศสหรัฐอเมริกาส่งไปช่วยประเทศต่าง ๆ ในแอฟริกากลางก็พบว่าปนเปื้อนด้วยข้าวโพด StarLink เหมือนกัน อาหารช่วยเหลือจึงถูกปฏิเสธ
ตั้งแต่ปี 2544 ก็มีการจับตรวจโปรตีนของ Starlink Bt ได้ต่อมาเรื่อย ๆ จนกระทั่งถึงปี 2547 จึงไม่พบโปรตีนนี้อีกในระบบเก็บส่งอาหารของสหรัฐ
ในปี 2548 องค์กรต่อต้านสิ่งมีชีวิตดัดแปรพันธุกรรม GeneWatch UK และกรีนพีซ ก่อตั้งทะเบียนการปนเปื้อนด้วยสิ่งมีชีวิตดัดแปรพันธุกรรม (GM Contamination Register)
ในช่วงที่มีการเรียกคืนผลิตภัณฑ์ ศูนย์ควบคุมโรคสหรัฐ (Centers for Disease Control) ประเมินรายงานเกี่ยวกับปฏิกิริยาภูมิแพ้ต่อข้าวโพด StarLink แล้วตัดสินว่าไม่มีปฏิกิริยาภูมิแพ้เกิดขึ้น

การถ่ายทอดยีนในแนวราบให้สัตว์

การถ่ายทอดยีนในแนวราบ (horizontal gene transfer) เป็นการถ่ายทอดยีนจากสิ่งมีชีวิตอย่างหนึ่ง ไปยังอีกอย่างหนึ่ง ที่ไม่ใช่โดยการสืบพันธุ์
การถ่ายทอดยีนเช่นนี้ระหว่างพืชดัดแปรพันธุกรรมกับสัตว์มีความเสี่ยงน้อยมาก และโดยมากคาดหวังได้ว่าจะน้อยกว่าอัตราพื้นฐาน (background rate)
งานวิจัยสองงานเกี่ยวกับผลของการเลี้ยงสัตว์ด้วยอาหารดัดแปรพันธุกรรมพบว่า ไม่มี recombinant DNA หรือโปรตีนแปลกปลอมหลงเหลืออยู่ในอวัยวะหรือในเนื้อเยื่อของสัตว์
แต่มีงานวิจัยอื่นที่พบดีเอ็นเอของแบคทีริโอฟาจ M13, ยีนโปรตีนเรืองแสงสีเขียว (green fluorescent protein), และยีนเอนไซม์ rubisco ในเลือดและเนื้อเยื่อของสัตว์
และในปี 2555 ก็มีงานวิจัยหนึ่งที่เสนอว่าไมโครอาร์เอ็นเอจากข้าว มีอยู่แต่ต่ำมาก ในซีรั่มของมนุษย์และสัตว์
แต่ว่ามีงานวิจัยหลายงานอื่น ๆ ที่คัดค้าน
คือพบว่า มีการถ่ายทอดไมโครอาร์เอ็นเอจากพืช ในระดับที่ไม่มีนัยสำคัญ ไปยังเลือดของมนุษย์และสิ่งมีชีวิตแบบจำลอง (model organism) 3 อย่างที่ทดลอง
ความกังวลอีกอย่างหนึ่งก็คือ ยีนดื้อยาปฏิชีวินะที่ใช้ทั่วไปเป็นเครื่องหมายดีเอ็นเอ (genetic marker) ในพืชดัดแปรพันธุกรรม อาจถ่ายทอดไปยังแบคทีเรียอันตราย ซึ่งจะกลายเป็นแบคทีเรียดื้อยา
งานวิจัยปี 2547 ในอาสาสมัครมนุษย์ตรวจสอบว่า ยีนตัดต่อ (transgene) จากถั่วเหลืองดัดแปรพันธุกรรม จะถ่ายทอดไปยังแบคทีเรียที่อยู่ในทางเดินอาหารมนุษย์หรือไม่
แม้โดยปี 2555 นี่ก็ยังเป็นงานศึกษาอาหารดัดแปรพันธุกรรมในมนุษย์เพียงแค่งานเดียว
แต่ก่อนการบริโภคอาหารดัดแปร มีการตรวจพบยีนตัดต่อที่ว่าในอาสาสมัคร 3 คน จาก 7 คน ผู้ที่ตัดลำไส้ออกเพราะเหตุผลทางการแพทย์
แต่เพราะว่า ไม่มีการถ่ายทอดยีนที่เพิ่มขึ้นหลังจากการบริโภคถั่วเหลืองดัดแปร นักวิจัยจึงสรุปว่า ไม่มีการถ่ายทอดยีนจากการบริโภคอาหาร
และในอาสาสมัครที่มีลำไส้ปกติ ยีนตัดต่อก็ไม่สามารถรอดผ่านทางเดินอาหารไปได้
นอกจากนั้นแล้ว ยีนยาปฏิชีวนะที่ใช้ในพันธุวิศวกรรม ก็มีอยู่ในเชื้อโรคมากมายตามธรรมชาติอยู่แล้ว
ตัวยาปฏิชีนะเองก็เป็นยาที่ใช้โดยทั่วไปในการเลี้ยงสัตว์
ถึงแม้ว่าแพทย์จะไม่ได้สั่งใช้สำหรับมนุษย์โดยทั่วไป

งานศึกษาการเลี้ยงสัตว์

งานปฏิทัศน์ที่ศึกษางานวิจัยการเลี้ยงสัตว์โดยมากไม่พบผลอะไร
งานปฏิทัศน์ในปี 2557 พบว่า สมรรถภาพของสัตว์ที่เลี้ยงด้วยอาหารดัดแปรพันธุกรรม คล้ายกับสัตว์ที่เลี้ยงด้วยอาหารธรรมดา
งานปฏิทัศน์ในปี 2555 ของงานศึกษาระยะยาว 12 งาน และงานหลายชั่วยุค (multigenerational) 12 งาน ที่ทำโดยแล็บวิจัยของรัฐสรุปว่า ไม่เคยพบปัญหาความปลอดภัยสืบเนื่องจากการบริโภคอาหารแปรพันธุกรรม
ส่วนงานปฏิทัศน์ในปี 2552 พบว่า แม้ว่างานศึกษาโดยมากจะสรุปว่า อาหารดัดแปรไม่แตกต่างในเรื่องโภชนาการ และไม่เป็นพิษต่อสัตว์ แต่ก็ยังมีรายงานเกี่ยวกับความเปลี่ยนแปลงเชิงลบในระดับเซลล์ที่เกิดจากอาหารดัดแปรบางอย่าง
ดังนั้น งานปฏิทัศน์จึงสรุปว่า "ต้องพยายามตรวจสอบทางวิทยาศาสตร์มากขึ้น เพื่อให้มั่นใจได้ว่า การบริโภคอาหารดัดแปรพันธุกรรมมีโอกาสน้อยที่จะทำให้เกิดปัญหาสุขภาพ"
งานปฏิทัศน์ในปี 2552 งานหนึ่งสรุปว่า ผลงานวิจัยเกี่ยวกับอาหารดัดแปรพันธุกรรมแสดงว่า "อาหารอาจเป็นเหตุเกิดพิษอะไรบางอย่างเช่นต่อตับ ตับอ่อน ไต หรือระบบสืบพันธุ์ และอาจเปลี่ยนตัวแปรต่าง ๆ ทางเลือด ทางชีวเคมี และทางภูมิคุ้มกัน"
แต่การตอบสนองต่องานปฏิทัศน์นี้ต่อมาในปีเดียวกันและปีต่อมาให้ข้อสังเกตว่า ผู้เขียนงานพุ่งจุดสนใจไปที่บทความที่มีความเอนเอียงเพื่อไม่ให้ทำการดัดแปร และที่ถูกคัดค้านปฏิเสธมาแล้วโดยบทความที่ทบทวนโดยผู้รู้เสมอกันอื่น ๆ
งานปฏิทัศน์ปี 2548 สรุปว่า อาหารที่ดัดแปรเพียงแค่ยีนหนึ่ง ๆ จะเหมือนกันทางด้านโภชนาการและความปลอดภัยกับอาหารที่ไม่ได้ดัดแปร แต่ให้ข้อสังเกตว่า อาหารที่มียีนหลายยีนดัดแปร ยากกว่าที่จะทดสอบและควรจะต้องมีการศึกษาในสัตว์เพิ่มขึ้น
งานปฏิทัศน์การทดสอบเลี้ยงอาหารสัตว์ปี 2547 ไม่พบความแตกต่างอะไร ๆ ในบรรดาสัตว์ที่กินพืชดัดแปรพันธุกรรมหรือกินพืชธรรมดา
งานปฏิทัศน์ปี 2550 โดยโดมิงโก (JL Domingo) ที่ค้นฐานข้อมูลของ PubMed โดยใช้บทค้นหา 12 บท พบว่า "จำนวนการอ้างอิง" เรื่องความปลอดภัยของพืชผลแปรพันธุกรรมนั้น "มีความจำกัดอย่างน่าแปลกใจ" และตั้งกระทู้ว่า ความปลอดภัยของอาหารดัดแปรพันธุกรรมเป็นเรื่องที่พิสูจน์แล้วหรือไม่
แล้วยืนยันว่า ข้อสรุปของงานเหมือนกับงานปฏิทัศน์ที่มีก่อน 3 งานอื่น ๆ
แต่ว่า นักวิชาการท่านหนึ่งอ้างว่า มีงานวิจัยถึง 692 งานในปี 2550 เกี่ยวกับพืชผลดัดแปรพันธุกรรมและความปลอดภัยของอาหาร และอัตราสิ่งตีพิมพ์เช่นนี้ได้เพิ่มขึ้นเรื่อย ๆ ในปีที่ผ่าน ๆ มา
แล้วให้ข้อคิดว่า งานวิจัยการดัดแปรพันธุกรรมต้องอาศัยหลักวิชาหลายสาขา ซึ่งทำให้การค้นหางานศึกษาเป็นเรื่องซับซ้อน จึงต้องใช้บทค้นหาเป็นจำนวนมาก (เขาใช้เกินกว่า 300) และต้องใช้ฐานข้อมูลหลายฐาน
ต่อมาในปี 2554 โดมิงโกและเพื่อนร่วมงาน ทบทวนวรรณกรรมวิทยาศาสตร์อีกและกล่าวว่า แม้ว่าจะมีงานศึกษาเพิ่มขึ้นอย่างสำคัญจากจำนวนที่พบในปี 2549 แต่งานโดยมากทำโดยบริษัทเทคโนโลยีชีวภาพที่จะวางตลาดพืชดัดแปรพันธุกรรมที่ศึกษาเหล่านั้น

งานศึกษาในมนุษย์

แม้ว่าจะมีกลุ่มชนและบุคคลต่าง ๆ ที่เรียกร้องให้ทดสอบอาหารดัดแปรพันธุกรรมในมนุษย์
แต่ก็มีอุปสรรคหลายอย่างที่จะทำงานเช่นนี้
สำนักงานบัญชีกลางสหรัฐ (General Accounting Office) ที่ทบทวนการทำงานขององค์การอาหารและยาของสหรัฐเนื่องด้วยอาณัติจากรัฐสภา, กลุ่มงานขององค์การอาหารและการเกษตรแห่งสหประชาชาติ และองค์กรต่าง ๆ ขององค์การอนามัยโลก ล้วนแต่กล่าวว่า การศึกษาระยะยาวในมนุษย์เกี่ยวกับผลของอาหารดัดแปรพันธุกรรมไม่สามารถทำได้
โดยเหตุผลรวมทั้งการไม่มีเหตุผลสมควรที่จะทำการศึกษา การขาดองค์ความรู้เกี่ยวกับผลระยะยาวของอาหารธรรมดา ปฏิกิริยาหลายหลากที่มนุษย์มีต่ออาหาร และความเป็นไปไม่ได้ที่จะแยกแยะผลต่อสุขภาพจากอาหารระหว่างอาหารดัดแปรพันธุกรรมกับอาหารธรรมดา ซึ่งอาหารธรรมดาก็มีโทษต่อสุขภาพด้านต่าง ๆ อยู่แล้วด้วย
นอกจากนั้นแล้ว ยังมีหลักจริยธรรมที่จะต้องปฏิบัติตามในงานวิจัยกับมนุษย์
คือ สิ่งที่ทดลองต้องมีโอกาสเป็นประโยชน์ต่อมนุษย์ผู้รับการทดลอง เช่น เป็นการรักษาโรค หรือมีประโยชน์ทางโภชนาการ (และดังนั้น จึงทดสอบสารพิษกับมนุษย์ไม่ได้)
นักวิชาการท่านหนึ่งอ้างว่า "ข้อจำกัดทางจริยธรรมและทางเทคนิคในการทดสอบในมนุษย์ และความจำเป็นในการทำเช่นนั้น เป็นเรื่องที่ต้องให้ความใส่ใจพอสมควร"
แต่ว่า อาหารที่มีประโยชน์ทางโภชนาการอาจจะไม่มีปัญหาในเรื่องนี้
เช่น มีการทดสอบข้าวทองในมนุษย์เกี่ยวกับประโยชน์ทางโภชนาการ ซึ่งก็คือมีวิตามินเอเพิ่ม

Pusztai affair (กรณีพูซตาย)

ในปี 2542 ดร. Arpad Pusztai (พูซตาย) ตีพิมพ์บทความที่ทบทวนโดยผู้รู้เสมอกันบทความแรกที่แสดงว่า มีผลลบในการบริโภคอาหารดัดแปรพันธุกรรม
คือ ดร. พูซตายเลี้ยงหนูด้วยมันฝรั่งแปรพันธุ์ด้วยยีน Galanthus nivalis agglutinin (GNA) จากพืชหยาดหิมะ ทำให้ต้นมันฝรั่งสามารถสังเคราะห์โปรตีนเลกติน (lectin) ได้
ในช่วงนั้น มีการแปรพันธุ์หลายอย่างที่สามารถทำให้พืชสามารถสังเคราะห์เลกตินได้ แต่เลกตินจาก GNA มีโอกาสน้อยที่สุดที่จะมีผลลบต่อมนุษย์
เลกทินมีฤทธิ์เป็นพิษ โดยเฉพาะต่อเซลล์เนื้อเยื่อบุผิวในท้อง
ดร. พูซตายรายงานในวารสารการแพทย์ เดอะแลนเซ็ต ว่า มีความแตกต่างอย่างสำคัญต่อความหนาของเซลล์บุผิวที่ท้อง แต่ไม่มีความแตกต่างในเรื่องการเติบโตหรือระบบภูมิคุ้มกัน
แต่ในวันที่ 22 มิถุนายน 2541 ดร. พูซตายให้สัมภาษณ์ออกทีวีรายการ World in Action ว่า หนูที่เลี้ยงด้วยมันฝรั่งเติบโตอย่างผิดปกติ และมีระบบภูมคุ้มกันที่อ่อนแอ
ซึ่งมีผลเป็นความแตกตื่นในสื่อ
ต่อมา สถาบัน Rowett Institute ให้พักงาน ดร. พูซตาย
แล้วดำเนินการว่า มีความประพฤติไม่ชอบ แล้วยึดข้อมูลการทดลองและห้ามเขาไม่ให้พูดต่อสาธารณะ
ต่อมาทั้งสถาบันและราชสมาคมแห่งลอนดอนได้ทบทวนงานของเขา แล้วสรุปว่า ข้อมูลหลักฐานไม่สนับสนุนข้อสรุปของเขา
งานของ ดร.พูซตายถูกวิจารณ์ว่า มีการดำเนินการกับหนูกลุ่มควบคุมอย่างไม่สมบูรณ์ และว่า หนูที่ได้แต่อาหารมันฝรั่งย่อมจะมีปัญหาขาดโปรตีน
ดร. พูซตายโต้ว่า อาหารของทุกกลุ่มมีปริมาณโปรตีนและพลังงานเท่ากัน และหนูก็กินอาหารเท่ากัน

ข้าวโพด Bt

งานศึกษาปี 2554 เป็นงานแรกที่ตรวจสอบสหสัมพันธ์ระหว่างการรับพิษของ Bt ของแม่กับเด็ก โดยกำหนดระดับการรับสารฆ่าศัตรูพืชและสัตว์และเมทาบอไลท์ที่เกี่ยวข้องกับสาร
ผู้ทำการวิจัยรายงานการมีอยู่ของสารฆ่าศัตรูพืชและสัตว์ที่ใช้คู่กับอาหารดัดแปร ในผู้หญิงที่ตั้งครรภ์และไม่ตั้ง และในทารกในครรภ์
ต่อมา ทั้งบทความและสื่อที่เสนอข่าว ถูกวิจารณ์ว่ากล่าวเกินผลที่พบในงาน
องค์กรมาตรฐานอาหารของออสเตรเลียและนิวซีแลนด์ (FSANZ) กล่าวถึงปัญหานี้ตรง ๆ ว่า ประสิทธิภาพการทดสอบโปรตีนฆ่าแมลง Cry1Ab (เกิดจากแบคทีเรีย Bacillus thuringiensis) ด้วยวิธี ELISA ที่ใช้ในงานศึกษา ยังไม่มีการตรวจสอบยืนยัน และไม่มีหลักฐานที่แสดงว่า อาหารแปรพันธุกรรมเป็นแหล่งกำเนิดของโปรตีนฆ่าแมลง
องค์กรยังเสนออีกด้วยว่า ถ้าแม้พบ Cry1Ab จริง ๆ แหล่งของมันก็น่าจะมาจากอาหารธรรมดาและอาหารอินทรีย์มากกว่า

Séralini affair (กรณีเซราลินี)

ในปี 2550 2552 และ 2554 ศ.ดร.เซราลินี ตีพิมพ์งานวิจัยแบบวิเคราะห์ใหม่ โดยใช้ข้อมูลการทดลองเลี้ยงหนูของบริษัทมอนแซนโต ที่เลี้ยงด้วยข้าวโพดดัดแปรพันธุกรรม 3 ชนิด คือ ข้าวโพดทนแมลง MON 863 กับ MON 810 และข้าวโพดทนสารกำจัดวัชพืช "ไกลโฟเสต" พันธุ์ NK603
เขาได้สรุปว่า ข้อมูลแสดงว่ามีความเสียหายต่อตับ ไต และหัวใจ
ต่อจากนั้น องค์กรควบคุมความปลอดภัยอาหารยุโรป (EFSA) สรุปขัดกันว่า ค่าความแตกต่างที่พบอยู่ในขอบเขตปกติ
EFSA ยังกล่าวด้วยว่า การวิเคราะห์ทางสถิติของงานนั้นผิดพลาด
โดยข้อสรุปของ EFSA ได้รับการยืนยันสนับสนุนโดย FSANZ
โดยคณะกรรมการผู้เชี่ยวชาญทางพิษวิทยา
และโดยองค์กรอิสระของประเทศฝรั่งเศส High Council of Biotechnologies Scientific Committee
ต่อมาในปี 2555 แล็บของ ศ.เซราลินี ตีพิมพ์บทความในวารสารวิชาการสาขาวิทยาศาสตร์ Food and Chemical Toxicology
ที่ตรวจสอบผลระยะยาวของการเลี้ยงหนูด้วยข้าวโพดดัดแปรพันธุกรรมทนสารไกลโฟเสต ข้าวโพดธรรมดาที่ฉีดไกลโฟเสต และข้าวโพดที่รวมพันธุ์ทั้งสอง โดยเลี้ยงหนูในระดับต่าง ๆ
บทความสรุปว่า หนูที่เลี้ยงด้วยข้าวโพดดัดแปรพันธุกรรมมีปัญหาสุขภาพอย่างรุนแรง รวมทั้งความเสียหายต่อตับ ไต และการเกิดเนื้องอกขนาดใหญ่
งานศึกษานี้ถูกวิจารณ์อย่างกว้างขวาง และ ศ.เซราลินีเอง ก็จัดการแถลงข่าวก่อนที่จะตีพิมพ์บทความ โดยประกาศการพิมพ์หนังสือและการสร้างภาพยนตร์ในการแถลงข่าวนั้นด้วย
เขาอนุญาตให้นักข่าวเข้าถึงบทความก่อนการแถลงข่าวนั้นได้ ต่อเมื่อนักข่าวเซ็นสัญญารักษาความลับ ที่นักข่าวจะไม่สามารถสื่อการตอบสนองจากนักวิทยาศาสตร์อื่น ๆ ต่อบทความ ก่อนที่บทความจะตีพิมพ์
การแถลงข่าวมีผลเป็นการออกสื่อที่เน้นความสัมพันธ์ระหว่าง GMO, ไกลโฟเสต และโรคมะเร็ง
การเผยแพร่ข่าวเช่นนี้ทำให้นักวิทยาศาสตร์ท่านอื่น ๆ วิพากษ์วิจารณ์โดยเฉพาะเรื่องไม่ให้สื่อพิมพ์ความคิดเห็นที่คัดค้าน
ข้อวิจารณ์รวมทั้งการวิเคราะห์ทางสถิติที่ไม่มีกำลัง
และหนูทดลองพันธุ์ Sprague-Dawley ไม่เหมาะสมกับการศึกษาแบบทั้งชีวิต (เทียบกับการศึกษาทางพิษวิทยาที่จะสั้นกว่าและเหมาะกับพันธุ์หนู) เพราะว่าหนูโดยทั่วไปมักจะเกิดมะเร็ง โดยมีงานศึกษาหนึ่งที่พบว่า หนูกว่า 80% เกิดมะเร็งโดยปกติ
และเพราะแนวทางปฏิบัติขององค์การเพื่อความร่วมมือทางเศรษฐกิจและการพัฒนาแนะนำให้ให้ใช้หนู 65 ตัวต่อการทดลอง แทนที่จะใช้แค่ 10 ตัวในการทดลองเหมือนของ ศ.เซราลินี
ข้อวิจารณ์อื่นรวมทั้งความไม่มีข้อมูลเกี่ยวกับปริมาณอาหารและอัตราการเติบโตของตัวอย่าง
การไม่มีข้อมูลความสัมพันธ์ระหว่างปริมาณยากับการตอบสนอง (เช่น ตัวเมียที่ได้ยา 3 เท่าจากมาตรฐานมีจำนวนเนื้องอกที่น้อยลง)
และการไม่แสดงกลไกการเพิ่มขึ้นของเนื้องอก
บัณฑิตยสถานแห่งชาติประเทศฝรั่งเศส 6 สถาบัน แถลงข่าวร่วมกันอย่างไม่เคยมีมาก่อน โดยติเตียนทั้งงานศึกษาและวารสารที่ตีพิมพ์งานนั้น
วารสารที่ตีพิมพ์ผลงานเบื้องต้น ได้ตีพิมพ์จดหมายวิจารณ์เป็นจำนวนมาก โดยมีไม่กี่ฉบับที่ให้ความสนับสนุน
องค์กรควบคุมความปลอดภัยอาหารแห่งชาติประเทศต่าง ๆ ทบทวนดูผลงาน แล้วล้วนแต่ไม่ยอมรับผลงาน
ในเดือนมีนาคม 2556 ศ.เซราลินีตอบข้อวิจารณ์เหล่านั้นในวารสารเดียวกันที่ตีพิมพ์ผลงานวิจัยที่เป็นประเด็น
และก็ยังมีนักวิทยาศาสตร์ 2-3 คนที่สนับสนุนคำตอบของเขา
แต่ต่อมาในเดือนพฤศจิกายน 2556 บรรณาธิการของวารสาร ได้ถอนคืนผลงานดั้งเดิม
ภายใต้การประท้วงของ ศ.เซราลินี และกลุ่มผู้สนับสนุน
หลังจากนั้นในปี 2557 งานศึกษานั้นก็ได้ตีพิมพ์ใหม่ในวารสารอีกฉบับหนึ่งคือ Environmental Sciences Europe โดยมีข้อมูลดิบที่ ศ.เซราลินีตอนแรกปฏิเสธที่จะเปิดเผย

สิ่งแวดล้อม

พืชผลดัดแปรพันธุกรรมก็ปลูกในไร่เหมือนกับพืชทั่วไป
ในที่ที่ต้องอยู่ร่วมกับสิ่งมีชีวิตที่กินพืช และกับสิ่งมีชีวิตอื่น ๆ ในระบบโซ่อาหารละอองเรณูของพืชจะกระจายไปในสิ่งแวดล้อมเหมือนกับพืชอื่น ๆ
ซึ่งทำให้เกิดความกังวลถึงผลของพืชต่อสิ่งแวดล้อม ผลซึ่งรวมทั้งการถ่ายเทของยีน (gene flow) การดื้อยาฆ่าวัชพืชและแมลง และการปล่อยแก๊สเรือนกระจก

สิ่งมีชีวิตที่ไม่ใช่เป้าหมาย (Non-target)

ประโยชน์สำคัญในการใช้พืชผลดัดแปรพันธุกรรมก็เพื่อควบคุมแมลง ผ่านการแสดงออกของยีน cry (crystal delta-endotoxins) และ Vip (vegetative insecticidal proteins) จากแบคทีเรีย Bacillus thuringiensis (Bt)
ซึ่งเป็นโปรตีนที่เป็นพิษต่อแมลงอื่น ๆ นอกจากแมลงที่เป็นเป้าหมายเช่น หนอนเจาะข้าวโพดยุโรป (European corn borer)
แต่ว่ามีการใช้โปรตีนของ Bt เป็นยาฆ่าแมลงอินทรีย์ในประเทศฝรั่งเศสตั้งแต่ปี 2481 และประเทศสหรัฐอเมริกาตั้งแต่ปี 2501 โดยไม่มีรายงานว่ามีผลเสียอะไรอื่น ๆ
โปรตีน Cry เป็นพิษเฉพาะเจาะจงกับผีเสื้อ (แมลง)
ทำงานโดยยึดจับกับหน่วยรับความรู้สึกของเยื่อหุ้มเซลล์ที่ทางเดินอาหารส่วนกลาง มีผลให้เซลล์แตก
ดังนั้น สิ่งมีชีวิตใดที่ไม่มีหน่วยรับความรู้สึกที่สมควรในทางเดินอาหาร ก็จะไม่ได้รับผลจากโปรตีน และจะไม่มีผลเสียจาก Bt
นอกจากนั้นแล้ว องค์กรควบคุมของรัฐจะประเมินโอกาสที่พืชดัดแปรพันธุกรรมจะมีผลต่อสิ่งมีชีวิตไม่ใช่เป้าหมาย ก่อนที่จะอนุมัติให้วางขาย
ในปี 2542 มีงานวิจัยที่อ้างว่า ในห้องแล็บ ละอองเรณูจากข้าวโพด Bt ที่ตกลงบนพืชวงศ์นมตำเลีย สกุล Asclepias (milkweed) ซึ่งเป็นอาหารอย่างเดียวของตัวอ่อนผีเสื้อสปีชีส์ Danaus plexippus (Monarch butterfly) มีอันตรายต่อผีเสื้อ
ต่อมามีกลุ่มนักวิจัยที่ทำงานร่วมกันในสหรัฐและแคนาดาตลอดสองปี เพื่อศึกษาผลของละอองเรณูทั้งในห้องแล็บทั้งในภาคสนาม เป็นผลงานวิจัยประเมินความเสี่ยงปี 2544 ที่สรุปว่า ความเสี่ยงต่อผีเสื้อไม่มีนัยสำคัญ
งานทบทวนวรรณกรรมในปี 2545 สรุปว่า "การปลูกข้าวโพดลูกผสม Bt พันธุ์ปัจจุบันอย่างกว้างขวางเพื่อพาณิชย์ ไม่ได้สร้างความเสี่ยงอย่างมีนัยสำคัญต่อประชากรของผีเสื้อ Monarch" แล้วให้ข้อสังเกตว่า แม้จะปลูกพืชดัดแปรพันธุกรรมมากมายขนาดนี้ ประชากรของผีเสื้อก็กำลังเพิ่มพูนขึ้น
แต่ต่อมาในปี 2555 กลับพบว่า ยาฆ่าวัชพืชไกลโฟเสตที่ใช้กับพืชดัดแปรพันธุกรรมฆ่าต้น milkweed ซึ่งเป็นอาหารชนิดเดียวของผีเสื้อ และดังนั้นโดยปี 2558 ประชากรผีเสื้อในสหรัฐอเมริกาได้ลดลงประมาณ 90%
งานวิจัยปี 2552 พบว่า พิษของ Bt มีผลต่อสิ่งมีชีวิตไม่ใช่เป้าหมาย โดยทั่วไปเป็นสิ่งมีชีวิตที่เป็นญาติใกล้ชิดของเป้าหมาย
โดยทั่วไปแล้ว การรับสารจะเกิดขึ้นเนื่องจากการบริโภคส่วนของพืช เช่นละอองเรณูหรือเศษพืช หรือบริโภคสัตว์ที่กินพืช
แต่ว่า ก็มีกลุ่มนักวิทยาศาสตร์ที่วิจารณ์วิธีการวิเคราะห์ของงาน โดยกล่าวว่า "พวกเราเป็นห่วงอย่างยิ่งถึงวิธีที่ไม่เหมาะสมที่ใช้ในงาน ถึงการไม่แสดงถึงบริบทของระบบนิเวศ และถึงการรณรงค์ของผู้เขียนว่า การศึกษาในแล็บเกี่ยวกับสัตว์ขาปล้องควรจะทำและตีความหมายอย่างไร"

ความหลากหลายทางชีวภาพ

ความหลายหลากทางพันธุกรรมของพืชผล อาจลดลงได้เนื่องจากมีพันธุ์ดัดแปรที่เก่งกว่า ที่สามารถขับพันธุ์อื่น ๆ ไม่ให้อยู่รอดได้
ยังมีผลโดยอ้อมที่สามารถเกิดกับสิ่งมีชีวิตอื่น ๆ อีกด้วย
คือ สารเคมีเกษตรที่ใช้สามารถมีผลต่อความหลากหลายทางชีวภาพ เพราะการดัดแปรอาจจะทำให้ต้องใช้สารเคมีต่าง ๆ เพิ่มขึ้นเพราะว่าจำเป็นสำหรับพันธุ์พืชใหม่ หรือว่าเพราะการดื้อยาเกิดเพิ่มขึ้นในศัตรูพืช ทำให้ต้องใช้สารเคมีในจำนวนเพิ่มขึ้น
ผลงานศึกษาต่าง ๆ ที่เปรียบเทียบความหลายหลายทางกรรมพันธุ์ของต้นฝ้ายพบว่า ในประเทศสหรัฐอเมริกา ความหลากหลายไม่เพิ่มขึ้นก็เหมือนเดิม แต่ในประเทศอินเดีย ความหลากหลายกลับลดลง
มีการให้เหตุผลว่า สหรัฐและอินเดียแตกต่างกันเพราะว่า มีพืชดัดแปรหลายพันธุ์ในสหรัฐมากกว่าในอินเดีย
งานทบทวนผลของพืชผลแบบ Bt ต่อระบบนิเวศของดินพบว่า โดยทั่วไปแล้ว พืชดัดแปร "ดูเหมือนจะไม่มีผลที่แน่นอน ที่มีนัยสำคัญ ที่เป็นระยะยาวต่อสิ่งมีชีวิตเล็ก ๆ (microbiota) และฤทธิ์ของพวกสิ่งมีชีวิตในดิน"
ความหลายหลากของวัชพืชปรากฏกว่าลดลงในการทดลองในระดับฟารม์ ทั้งในสหราชอาณาจักรและประเทศเดนมาร์ก เมื่อเปรียบพืชดัดแปรที่ทนต่อยาฆ่าวัชพืช เทียบกับพืชธรรมดา
การทดลองในสหราชอาณาจักรบอกเป็นนัยว่า ความหลากหลายของนกอาจจะเกิดผลลบเนื่องจากมีเมล็ดวัชพืชเป็นอาหารลดลง
คือ ข้อมูลฟารม์ที่ตีพิมพ์แล้วแสดงว่า นกที่กินเมล็ดวัชพืชปรากฏว่ามีมากกว่าในกรณีที่ไม่ได้ฉีดยาฆ่าวัชพืช (ที่ข้าวโพดธรรมดาทนไม่ได้) ซึ่งนักวิจัยแจ้งว่า น่าจะเป็นเพราะอาหารของนกลดลงถ้าฉีดยาฆ่าวัชพืชสำหรับพืชดัดแปรพันธุกรรม
งานศึกษาในปี 2555 พบสหสัมพันธ์ระหว่างการลดลงของวัชพืชวงศ์นมตำเลีย สกุล Asclepias (milkweed) ในไร่สหรัฐที่ใช้พืชดัดแปรทนยาฆ่าวัชพืชไกลโฟเสต กับการลดประชากรของผีเสื้อ (monarch butterfly) ในประเทศเม็กซิโก
หนังสือพิมพ์เดอะนิวยอร์กไทมส์รายงานว่า งานศึกษานี้ตั้งแนวความคิดแบบสุดโต่งที่ว่า บางทีวัชพืชในไร่นาควรจะอนุรักษ์เอาไว้
งานศึกษาปี 2005 ที่ออกแบบเพื่อเลียนแบบผลของการฉีดยาเกินต่อพื้นที่ชุ่มน้ำ โดยใช้สารเคมีเกษตร 4 อย่าง คือ carbaryl (ยี่ห้อ Sevin), malathion, กรด 2,4-ไดคลอโรฟีนอกซีแอซีติก (2,4-D) และไกลโฟเสต เป็นการทดลองทีสร้างระบบนิเวศเทียมในถังขนาดใหญ่แล้ว ฉีดสารเคมีแต่ละอย่างในอัตราสูงสุดตามคำแนะนำของผู้ผลิต แล้วพบว่า ความอุดมสมบูร์ณของสปีชีส์ลดลง 15% สำหรับ carbaryl ลดลง 30% สำหรับ malathion ลดลง 22% สำหรับไกลโฟเสต แต่ 2,4-D ไม่มีผล
จึงกลายเป็นงานศึกษาที่ใช้โดยกลุ่มอนุรักษ์สิ่งแวดล้อมต่าง ๆ โดยเป็นหลักฐานว่า การใช้สารเคมีเกษตรมีผลลบที่ไม่ตั้งใจต่อสิ่งแวดล้อมและความหลากหลายทางชีวภาพ

ศัตรูพืชขั้นทุติยภูมิ

งานศึกษาหลายงานพบการเพิ่มขึ้นอย่างรวดเร็วของศัตรูพืชทุติยภูมิภายใน 2-3 ปีที่เริ่มใช้ฝ้าย Bt
ในประเทศจีน งานวิจัยในปี 2553 พบว่า ปัญหาหลักก็คือแมลงในวงศ์ Miridae
ซึ่งในบางกรณีนักวิจัยได้กล่าวว่า "หักประโยชน์ที่ได้จากการปลูกฝ้าย Bt อย่างสิ้นเชิง"
ส่วนงานวิจัยในปี 2552 ในเมืองจีนสรุปว่า การเพิ่มขึ้นของศัตรูพืชทุติยภูมิขึ้นอยู่กับอุณหภูมิและฝนที่ตกในพื้นที่ และเกิดขึ้นในหมู่บ้านประมาณครึ่งหนึ่งในงานศึกษา
และการใช้ยาฆ่าแมลงทุติยภูมิที่เพิ่มขึ้น มีปริมาณน้อยกว่าปริมาณยาฆ่าพืชทั้งหมดที่ประหยัดได้เนื่องจากการปลูกฝ้าย Bt
ส่วนงานวิจัยในปี 2554 ที่สำรวจไร่นา 1,000 แห่งที่เลือกโดยสุ่มในจังหวัด 5 จังหวัดในเมืองจีนพบว่า การลดปริมาณยาฆ่าศัตรูพืชที่เป็นผลจากการปลูกฝ้าย Bt อยู่ในระดับที่น้อยกว่าที่รายงานในงานวิจัยในที่อื่น ๆ ซึ่งสนับสนุนสมมติฐานที่ว่า จะต้องใช้ยาฆ่าศัตรูพืชมากขึ้นในระยะยาวเพื่อควบคุมศัตรูพืชทุติยภูมิเช่น แมลงวงศ์     Aphididae, Tetranychidae, และสกุล Lygus
ในประเทศอินเดียก็พบปัญหาคล้ายกัน แต่กับเพลี้ยแป้ง
และแมลงวงศ์ Aphididae

การถ่ายเทของยีน (gene flow)

ยีนจากสิ่งมีชีวิตดัดแปรพันธุกรรมสามารถถ่ายเทไปยังสิ่งมีชีวิตอื่น ๆ เหมือนกับยีนธรรมดา
เป็นกระบวนการธรรมดาที่สามารถเกิดขึ้นในพืชผลทุกอย่างที่ปล่อยละอองเกสรให้ไปหาตัวเมียตามธรรรมชาติ
ลักษณะสืบสายพันธุ์ที่เกิดขึ้นใหม่สามารถถ่ายทอดไปยังพืชที่อยู่ใกล้ ๆ ไม่ว่าจะเป็นสปีชีส์เดียวกัน หรือญาติใกล้เคียงกัน โดยมีการถ่ายเทยีน 3 แบบ คือ crop-to-crop, crop-to-weedy และ crop-to-wild.
crop-to-crop เป็นการถ่ายทอดยีนจากพืชผลดัดแปรพันธุกรรมไปยังพืชผลที่ไม่ได้ดัดแปร
crop-to-weedy เป็นการถ่ายทอดยีนไปยังวัชพืช
ส่วน crop-to-wild เป็นการถ่ายทอดยีนไปยังพืชหรือพืชผลที่ไม่ได้เพาะปลูก
มีความเป็นห่วงว่าการถ่ายทอดยีนจากสิ่งมีชีวิตดัดแปรพันธุกรรมไปยังพืชอื่น ๆ อาจก่อให้เกิดวัชพืชต่าง ๆ ที่ทนต่อยาฆ่าวัชพืช
อาจปนเปื้อนกับพืชผลธรรมดาที่ปลูกอยู่ใกล้ ๆ หรืออาจสร้างปัญหาให้กับระบบนิเวศ
และนี่ก็จะเป็นเรื่องน่าเป็นห่วงหลัก ถ้าสิ่งมีชีวิตดัดแปรพันธุกรรมสามารถอยู่รอดได้เก่ง และสามารถเพิ่มพูนจำนวนแล้วอยู่รอดได้เองในประชากรธรรมชาติ
ให้สังเกตว่า กระบวนการถ่ายทอดยีนจาก GMO ไปยังพืชธรรมชาติ เพื่อเกิดเป็นพืชที่ดื้อยา เป็นพัฒนาการที่ต่างไปจากการคัดเลือกโดยธรรมชาติ ที่สร้างความต้านทานยาฆ่าศัตรูพืชให้กับพืชและแมลง
ในประเทศโดยมาก งานศึกษาทางสิ่งแวดล้อมเป็นสิ่งที่ต้องทำก่อนจะอนุมัติให้วางตลาดขาย GMO ซึ่งจะต้องมีแผนการเฝ้าตรวจเพื่อกำหนดผลที่ไม่ได้คาดหวังของการถ่ายทอดยีน
ในงานศึกษาปี 2547 นักวิจัยพบโปรตีน Bt ในพืชธรรมดาที่ปลูกเลี้ยงศัตรูพืช (refuge) มีจุดประสงเพื่อไม่ให้เกิดความต้านทานต่อยาฆ่าศัตรูพืชที่ขายพร้อมกับ GMO เป็นผลที่บอกเป็นนัยว่า มีการถ่ายทอดยีนจากพืชดัดแปรพันธุกรรม
ในงานศึกษาปี 2548 นักวิจัยในองค์กรของรัฐ Centre for Ecology and Hydrology รายงานหลักฐานแรกว่ามีการถ่ายทอดยีนในแนวราบ (horizontal gene transfer) จากพืชทนยาฆ่าศัตรูพืชไปยังวัชพืช แม้ว่าจะไม่มีหลักฐานว่าพืชเหล่านั้นอยู่รอดไปจนถึงฤดูเพาะปลูกต่อไป
ในปี 2550 กระทรวงเกษตรสหรัฐได้ปรับบริษัท Scotts Miracle-Gro 500,000 ดอลลาร์สหรัฐ (ประมาณ 16.25 ล้านบาท) เมื่อพบดีเอ็นเอดัดแปรของหญ้าเลี้ยงสัตว์สปีชีส์ Agrostis stolonifera ในพืชอื่นที่อยู่ในสกุลเดียวกัน
และในหญ้าท้องถิ่นอื่น ๆ ที่อยู่ห่างออกไปถึง 21 กม. จากสถานที่ทดสอบ ซึ่งเป็นการปล่อยเนื่องจากการตัดหญ้าแล้วลมพัดพาไป
ในปี 2552 ประเทศเม็กซิโกออกกฎควบคุมข้าวโพดดัดแปรพันธุกรรม
แต่เพราะว่าเม็กซิโกเป็นศูนย์ความหลายหลาก (center of diversity) ของข้าวโพด จึงเกิดความกังวลถึงผลของข้าวโพดดัดแปรพันธุกรรมต่อพันธุ์ต่าง ๆ ในท้องที่
งานศึกษาในปี 2544 พบว่า ข้าวโพด Bt ได้ผสมพันธุ์กับข้าวโพดธรรมดาในเม็กซิโก
แต่ว่า ข้อมูลในงานศึกษานั้นต่อมาปรากฏว่า เป็นข้อมูลเทียม (artifact) และวารสารที่พิมพ์งานศึกษาคือ เนเจอร์ ก็กล่าวว่า "หลักฐานที่มี ไม่เพียงพอที่จะเป็นเหตุให้ควรตีพิมพ์ผลงานดั้งเดิม" แม้ว่าจะไม่ได้ถอนคืนงานศึกษา
งานศึกษาขนาดใหญ่ต่อมาในปี 2548 ไม่พบหลักฐานว่า มียีนที่ถ่ายทอดจากพืชดัดแปรในรัฐวาฮากา
แต่ว่า ก็มีผู้เขียนท่านอื่น ๆ (เช่นในงานปี 2552) ที่อ้างว่า พบหลักฐานของการถ่ายทอดยีน
งานศึกษาในปี 2553 แสดงว่า ประมาณ 83% ของพืชหรือวัชพืชวงศ์ผักกาดที่ตรวจสอบ มียีนดัดแปรที่ทนยาฆ่าวัชพืช
นักวิจัยกล่าวว่า การขาดรายงานถึงการกระจายของยีนในสหรัฐแสดงว่า การควบคุมดูแลและการเฝ้าสังเกตไม่เพียงพอ
รายงานปี 2553 กล่าวว่า การเกิดขึ้นของวัชพืชที่ดื้อไกลโฟเสต อาจมีผลให้พืชผลดัดแปรพันธุกรรมหมดประสิทธิภาพ นอกจากชาวเกษตรที่ใช้ไกลโฟเสตพร้อมกับวิธีการกำจัดวัชพืชอื่น ๆ
วิธีหนึ่งเพื่อป้องกันการปนเปื้อนสิ่งแวดล้อมก็คือการใช้เทคโนโลยี genetic use restriction technology (GURT) หรือที่รู้จักกันว่า Terminator
เทคโนโลยีที่ยังไม่ได้วางตลาดนี้ ทำให้สามารถผลิตพืชผลที่มีเมล็ดสืบพันธุ์ไม่ได้ จึงสามารถป้องกันการปล่อยลักษณะสืบสายพันธุ์ไปสู่สิ่งแวดล้อมได้ แต่ว่า กลุ่มที่เป็นห่วงเรื่องระบบเก็บส่งอาหารแสดงความกังวลว่า เทคโนโลยีจะถูกใช้เพื่อจำกัดการเข้าถึงเมล็ดที่สืบพันธุ์ได้
ส่วนแนวคิดเทคโนโลยีอีกอย่างหนึ่งที่เรียกว่า T-GURT (หรือ Traitor) จะไม่ทำให้เมล็ดเป็นหมัน แต่จะบังคับให้สเปรย์สารเคมีชนิดหนึ่งต่อพืชแปรพันธุกรรมเพื่อให้ลักษณะสืบสายพันธุ์ของพืชดัดแปรออกฤทธิ์ได้
แต่ก็มีกลุ่มสิ่งแวดล้อมต่าง ๆ (เช่น Rural Advancement Foundation International) ที่แสดงความคิดว่า ความปลอดภัยของอาหารและของสิ่งแวดล้อมต้องมีการทดสอบยิ่ง ๆ ขึ้นก่อนที่จะวางขาย T-GURT

พืชผลดัดแปรที่หลุดออกสู่สิ่งแวดล้อม

เมล็ดแปรพันธุ์ที่หลุดเข้าไปสู่ไร่นาข้างเคียง แล้วเกิดการปนกันของผลผลิตที่ได้ เป็นประเด็นปัญหาของเกษตรกรที่ส่งผลิตภัณฑ์ไปยังประเทศที่ไม่ยอมรับสินค้า GMO
ในปี 2542 นักวิทยาศาสตร์ในประเทศไทยอ้างว่า ได้พบข้าวสาลีแปรพันธุกรรมทนไกลโฟเสตในระบบการขนส่งข้าว แม้ว่าจะยังไม่ได้รับอนุมัติให้ขาย และให้ปลูกในแปลงทดลองเท่านั้น แต่ก็ไม่ได้กำหนดว่าพืชหลุดออกสู่สิ่งแวดล้อมได้อย่างไร
ในปี 2543 มีการพบข้าวโพดดัดแปรพันธุกรรม StarLink ของบริษัท Aventis (ปัจจุบันเป็นบริษัท Bayer CropScience) ในตลาดและร้านอาหารสหรัฐ
มีผลเป็นเป็นการเรียกคืนผลิตภัณฑ์ข้าวโพด ที่เริ่มเมื่อผลิตภัณฑ์ของบริษัทอาหาร Taco Bell ที่ขายในซูเปอร์มาร์เก็ตปรากฏว่า มีข้าวโพดดัดแปรพันธุกรรม
ต่อมาข้าวโพดพันธุ์นี้จึงหยุดวางตลาด
และบริษัทก็ได้งดลงทะเบียนเพื่อขายพันธุ์ต่าง ๆ ของข้าวโพด StarLink โดยอาสาเอง
ในปี 2549 ข้าวจากสหรัฐที่ส่งไปยังยุโรปถูกระงับ เมื่อพบข้าวแปรพันธุ์แบบ LibertyLink แม้ว่าจะเป็นพันธุ์ที่ยังไม่ได้รับอนุมัติให้วางตลาด
แต่กรมตรวจสอบสุขภาพพืชของกระทรวงเกษตรสหรัฐไม่สามารถกำหนดเหตุของการปนเปื้อนได้
ในเดือนพฤษภาคม 2556 มีการพบข้าวสาลีแปรพันธุกรรมทนต่อไกลโฟเสตที่ยังไม่ได้รับอนุมัติให้วางตลาด
ในนาของรัฐออริกอนที่ปลูกข้าวสาลีพันธุ์ฤดูใบไม้ร่วง
เป็นข้าวโพดดัดแปรพันธุกรรมที่ผลิตโดยบริษัทมอนแซนโต ที่ทดสอบภาคสนามระหว่างปี 2541-2548
ซึ่งมีผลกระทบต่อการส่งออกข้าวสาลีของสหรัฐซึ่งมีมูลค่า 8.1 พันล้านดอลลาร์สหรัฐ (ประมาณ 253,000 ล้านบาท) ในปี 2555
จึงมีผลให้บริษัทถอนการทดสอบผลิตภัณฑ์
ต่อมาประเทศญี่ปุ่น เกาหลีใต้ และไต้หวัน ได้หยุดซื้อข้าวสาลีพันธุ์ฤดูใบไม้ร่วง เพราะประเด็นปัญหาที่ผู้รณรงค์อาหารอินทรีย์ได้ยกขึ้น
โดยวันที่ 30 สิงหาคม 2556 แม้ว่า ที่มาของข้าวสาลีดัดแปรพันธุกรรมจะยังไม่ชัดเจน แต่ว่า ประเทศเหล่านั้นก็ได้ดำเนินการซื้อผลิตภัณฑ์ต่อไปแล้ว

ยาฆ่าศัตรูพืช

ยาฆ่าศัตรูพืชเป็นสารที่มีจุดประสงค์เพื่อล่อแล้วทำลาย หรือบรรเทาศัตรูพืชงานวิเคราะห์อภิมานปี 2557 ที่ตรวจดูงานศึกษาดั้งเดิม 147 งานที่สำรวจไร่นาและการทดลองภาคสนามสรุปว่า การใช้เทคโนโลยีแปรพันธุกรรมได้ลดระดับการใช้สารเคมีฆ่าศัตรูพืชโดย 37% โดยมีผลในพืชผลที่ทนแมลง ดีกว่าพืชผลที่ทนยาฆ่าวัชพืช

ยาฆ่าวัชพืช

การพัฒนาพืชทนไกลโฟเสตได้ เปลี่ยนรูปแบบการใช้ยาฆ่าวัชพืชโดยลดยาที่คงทนอยู่ได้นานกว่า มีพิษสูงกว่าเช่น atrazine metribuzin และ alachlor และลดระดับปริมาณและผลลบของน้ำพัดผ่านผิวดินที่นำยาฆ่าศัตรูพืชไป
แต่ว่าก็ยังมีงานศึกษาปี 2555 (โดย ดร.ชาลส์ เบ็นบรุก) ที่เผยแพร่กันอย่างกว้างขวางที่สรุปว่า การกระจายตัวของวัชพืชที่ดื้อไกลโฟเสตได้เพิ่มการใช้ยาฆ่าวัชพืชในสหรัฐอเมริกา
โดยอ้างว่า มีการใช้ยาเพิ่มขึ้น 23% (0.3 กก./เฮกตาร์) สำหรับถั่วเหลืองระหว่างปี 2539-2549 43% (0.9 กก./เฮกตาร์) สำหรับฝ้ายระหว่างปี 2539-2553 และมีการใช้ยาลดลง 16% (0.5 กก./เฮกตาร์) สำหรับข้าวโพดระหว่างปี 2539-2553
แต่ว่า ก็มีผู้วิจารณ์ว่า การศึกษานี้ไม่สมบูรณ์ เนื่องจากไม่ได้พิจารณาว่า ไกลโฟเสตมีพิษน้อยกว่ายาฆ่าวัชพืชอื่น ๆ และดังนั้น ความเป็นพิษสุทธิอาจจะลดลงแม้ว่าการใช้ยาฆ่าวัชพืชจะมีปริมาณสูงขึ้น
นอกจากนั้นแล้ว นักเศรษฐศาสตร์เกษตรจากบริษัทให้คำปรึกษา PG Economics (คือนายเกรแฮม บรุกส์) ยังตำหนิผู้วิจัยว่า ใช้ค่าประเมินยาฆ่าวัชพืชที่คิดเอง เพราะว่า ข้อมูลที่ใช้ในงานศึกษา ดังที่ได้จากกรมสถิติการเกษตรแห่งชาติ (National Agricultural Statistics Service) ไม่ได้แยกแยะพืชผลแปรพันธุกรรมและที่ไม่ได้แปร
นอกจากนั้นแล้ว นายบรุกส์ยังได้ตีพิมพ์งานศึกษาในปีเดียวกันที่พบว่า การใช้พืชดัดแปรพันธุกรรมได้ลดทั้งปริมาณยาฆ่าศัตรูพืชและผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมจากยา ซึ่งไม่ตรงกับผลงานของ ดร.เบ็นบรุก
นายบรุกส์ยังกล่าวอีกด้วยว่า ดร.เบ็นบรุก มีข้อสันนิษฐานที่ "มีอคติและไม่ถูกต้อง"

ยาฆ่าแมลง

ประโยชน์ทางสิ่งแวดล้อมของฝ้ายและข้าวโพด Bt ก็คือ ลดระดับการใช้สารเคมีฆ่าแมลง
งานศึกษาโดยบริษัทให้คำปรึกษา PG Economics สรุปว่า การใช้ยาฆ่าศัตรูพืชทั่วโลกลดลง 286,000 ตันในปี 2549 และลดผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมของยาโดยประมาณ 15%
งานในปี 2555 ที่สำรวจไร่นาขนาดเล็กในประเทศอินเดียระหว่างปี 2545-2551 สรุปว่า การปลูกฝ้าย Bt ทำให้เกิดผลผลิตที่สูงขึ้นและลดการใช้ยาฆ่าศัตรูพืชลง
ส่วนงานที่เสนอวิธีการคำนวณผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมที่ตีพิมพ์ครั้งแรกในปี 2535 แล้วอัปเดตเป็นประจำ บอกเป็นนัยว่า การใช้ยาฆ่าแมลงต่อฝ้ายและข้าวโพดระหว่างปี 2539-2548 ลดลง 35,600 ตันโดยนับแค่ตัวยาสำคัญ (active ingredient) ซึ่งเกือบเท่ากับปริมาณที่ใช้ปีต่อปีในสหภาพยุโรป
ส่วนงานวิจัยปี 2555 กับฝ้าย Bt ในจังหวัด 6 จังหวัดด้านเหนือของประเทศจีนระหว่างปี 2533-2553 สรุปว่า การปลูกฝ้ายแปรพันธุกรรมได้ลดการใช้ยาฆ่าศัตรูพืชลงครึ่งหนึ่ง เพิ่มปริมาณของด้วงเต่าลาย แมงมุม และแมลงอันดับ Neuroptera ขึ้นสองเท่า (ซึ่งล้วนแต่เป็นแมลงที่โดยมากพิจารณาว่าให้ประโยชน์กับเกษตรกรรม) และขยายประโยชน์ทางสิ่งแวดล้อมให้แก่พืชผลที่อยู่ใกล้ ๆ รวมทั้งข้าวโพด ถั่วลิสง และถั่วเหลือง

แมลงดื้อยา

การดื้อยาจะเกิดขึ้นเองโดยธรรมชาติ ถ้าประชากรพืชหรือแมลงถูกกดดันภายใต้กระบวนการคัดเลือก ที่เกิดจากการใช้ยาฆ่าศัตรูพืชชนิดเดียวซ้ำ ๆ
ในเดือนพฤศจิกายน 2552 นักวิทยาศาสตร์ของมอนแซนโตพบว่า แมลงสปีชีส์ Pectinophora gossypiella (pink bollworm) ดื้อยาต่อฝ้าย Bt รุ่นแรก ในส่วนต่าง ๆ ของรัฐคุชราต ประเทศอินเดีย เป็นฝ้ายที่มีการแสดงออกของยีน Bt Cry1Ac ซึ่งเป็นการดื้อยา Bt กรณีแรกที่มอนแซนโตยืนยันได้
ต่อมาการดื้อยาเช่นกันก็พบในประเทศออสเตรเลีย จีน และสหรัฐอเมริกา
วิธีอย่างหนึ่งที่สามารถใช้หน่วงการเกิดขึ้นของการดื้อ Bt ก็คือ การปลูกพืชธรรมดาเลี้ยงศัตรูพืช (refuge) เพื่อทำยีนดื้อยาให้เจือจาง
อีกวิธีหนึ่งก็คือ การสร้างพืชผลที่มียีน Bt หลายยีนที่ยิงเป้าไปที่ตัวรับความรู้สึก (receptor) แบบต่าง ๆ ของแมลง
ในปี 2555 การทดสอบภาคสนามในรัฐฟลอริดาแสดงว่า หนอนสปีชีส์ Spodoptera frugiperda (fall armyworm) ดื้อยาของข้าวโพดดัดแปรพันธุกรรมผลิตโดยบริษัท Dupont และ Dow ซึ่งพบในครั้งแรกในเปอร์โตริโกในปี 2549 มีผลให้บริษัททั้งสองเลิกขายผลิตภัณฑ์ในที่นั้น
นอกจากนั้นแล้ว หนอนเจาะข้าวโพดยุโรป (European corn borer) ซึ่งเป็นเป้าหมายหลักอย่างหนึ่งของ Bt ก็สามารถพัฒนาเป็นแมลงดื้อยาได้เช่นกัน

เศรษฐกิจ

คุณค่าทางเศรษฐกิจของอาหารแปรพันธุกรรมเป็นประโยชน์สำคัญอย่างหนึ่งของพืช รวมทั้งเศรษฐกิจของประเทศกำลังพัฒนาด้วย
งานศึกษาในปี 2553 พบว่า ข้าวโพด Bt ให้ผลประโยชน์ทางเศรษฐกิจเป็นมูลค่า 6,900 ล้านเหรียญสหรัฐระหว่างปี 2538-2552 ในมลรัฐ 5 รัฐในสหรัฐ
แต่ว่า ผลประโยชน์ส่วนใหญ่ที่ได้ (ประเมินที่ 4,300 ล้านเหรียญ) กลับเกิดกับเกษตรกรที่ไม่ได้ใช้ข้าวโพด Bt
เพราะว่า ประชากรหนอนเจาะข้าวโพดยุโรปลดลง เนื่องจากประสบกับข้าวโพด Bt ทำให้มีหนอนน้อยลงที่จะทำลายข้าวโพดธรรมดาที่อยู่ใกล้ ๆ กัน
นักเศรษฐศาสตร์เกษตรคำนวณว่า "กำไรทั่วโลกเพิ่มขึ้น 240.3 ล้านเหรียญสหรัฐ (ประมาณ 6,091 ล้านบาท) ในปี 2539 จากกำไรทั้งหมดนี้ เกษตรกรชาวอเมริกันได้แชร์ใหญ่ที่สุด (59%) บริษัทขายเมล็ดพันธุ์มอนแซนโตได้แชร์ใหญ่รองต่อมา (21%) ตามมาด้วยผู้บริโภคชาวอเมริกัน (9%) ตามมาด้วยกลุ่มต่าง ๆ ในโลกที่เหลือ (6%) และบริษัทขายเชื้อพันธุ์ Delta and Pine Land (5%)"
งานศึกษาที่กว้างขวางในปี 2555 ของบริษัทให้คำปรึกษา PG Economics สรุปว่า พืชผลแปรพันธุกรรมเพิ่มรายได้ให้กับเกษตรกรทั่วโลก 14,000 ล้านเหรียญสหรัฐ (ประมาณ 441,000 ล้านบาท) ในปี 2553 โดยครึ่งหนึ่งเป็นเกษตรกรในประเทศกำลังพัฒนาที่เป็นผู้ได้
ส่วนผู้ไม่เห็นด้วยคัดค้านเรื่องผลประโยชน์ที่เกษตรกรได้ เนื่องจากความแพร่หลายของผู้สังเกตการณ์ที่มีอคติ และการไม่มีการทดลองแบบสุ่มและมีกลุ่มควบคุม
พืชผล Bt หลักที่ปลูกโดยเกษตรกรรายย่อยในประเทศกำลังพัฒนาก็คือฝ้าย
งานปฏิทัศน์ในปี 2549 ของฝ้าย Bt ทำโดยนักเศรษฐศาสตร์เกษตรสรุปว่า "แม้ว่าจะดูสดใส บัญชีงบดุลโดยทั่วไปแล้วปน ๆ กันไป รายได้แตกต่างกันมากโดยปี โดยประเภทไร่นา และโดยภูมิภาค"
แต่ว่า อดีตผู้ปฏิบัติการณ์หัวรุนแรงที่มีชื่อเสียงท่านหนึ่งคือมารค์ ไลนาส ได้กล่าวว่า การปฏิเสธพันธุวิศวกรรมโดยสิ้นเชิง "เป็นเรื่องไม่มีเหตุผล และอาจจะมีผลลบต่อประโยชน์ของคนที่ยากจนกว่าและต่อสิ่งแวดล้อม"
ในปี 2556 คณะกรรมการให้คำปรึกษาทางวิทยาศาสตร์ของบัณฑิตยสถานยุโรป (European Academies Science Advisory Council ตัวย่อ EASAC) เรียกร้องให้สหภาพยุโรป (EU) อนุญาตการพัฒนาเทคโนโลยีแปรพันธุกรรมสำหรับเกษตรกรรม เพื่อเพิ่มความสามารถการทำเกษตรกรรมยั่งยืน และเพื่อใช้พื้นที่เพาะปลูก ทรัพยากรน้ำและสารอาหารอื่น ๆ ที่น้อยกว่า
นอกจากนั้นแล้ว EASAC ยังวิจารณ์ "ระบบควบคุมที่เปลืองเวลามากและมีค่าใช้จ่ายสูง" ของ EU แล้วกล่าวว่า EU ล้าหลังในการใช้เทคโนโลยีแปรพันธุกรรม

เกษตรระดับอุตสาหกรรม

พืชผลแปรพันธุกรรมเป็นหลักสำคัญในเกษตรกรรมระดับอุตสาหกรรม (intensive crop farming) ซึ่งอาจใช้ระบบเกษตรกรรมพืชเดี่ยว ใช้ยาฆ่าวัชพืชและยาฆ่าศัตรูพืช ใช้อุปกรณ์เครื่องมือที่ใช้พลังงานจำนวนมหาศาลและต้องพึ่งระบบชลประทาน
มีผู้ต่อต้านสิ่งมีชีวิตดัดแปรพันธุกรรมบางท่าน ที่ปฏิบัติต่อเกษตรกรรรมระดับอุตสาหกรรมและพืชดัดแปรพันธุกรรม โดยเป็นประเด็นใกล้เคียงกัน และเรียกร้องให้มีข้อปฏิบัติทางเกษตรกรรมที่ลดประเด็นปัญหาต่อสิ่งแวดล้อม
ส่วนผู้สนับสนุนชี้ว่า พืชดัดแปรพันธุกรรมให้ผลผลิตสูง มีราคาต่ำ ให้ทางเลือกมากกว่า และอ้างว่า เทคโนโลยีนี้จำเป็นต่อการเลี้ยงประชากรโลกที่เพิ่มขึ้นเรื่อย ๆ

ผลผลิต

ผลผลิตข้าวโพดในสหรัฐไม่เพิ่มขึ้นจนถึงคริสต์ทศวรรษ 1930 เมื่อการใช้พืชพันธุ์ลูกผสมแบบธรรมดาเริ่มเพิ่มผลผลิตขึ้นประมาณ .8 bushel/เอเคอร์/ปี ระหว่าง ค.ศ. 1937-1955
ต่อจากนักนั้น วิธีการปลูกรวมทั้งพันธุ์ที่ดีขึ้น ปุ๋ย ยาฆ่าศัตรูพืช การใช้เครื่องกล เพิ่มอัตราการเพิ่มผลิตเป็น 1.9 bushel/เอเคอร์/ปี
และในปีหลังจากการผลิตข้าวโพดดัดแปรพันธุกรรม อัตราการเพิ่มเพิ่มขึ้นเป็น 2.0 bushel/เอเคอร์/ปี
ในสหรัฐอเมริกา ผลผลิตเฉลี่ยข้องข้าวโพดอยู่ที่ 174.2 bushel/เอเคอร์ ในปี 2557
พืชผลดัดแปรพันธุกรรมที่วางตลาดแล้วมีลักษณะสืบสายพันธุ์ (trait) ที่ลดความเสียหายจากแมลงและวัชพืช
ทั้งพืชผลและสัตว์ที่กำลังได้รับการพัฒนา ล้วนแต่มีการแสดงออกของยีนที่เพิ่มผลผลิต
ผลิตภัณฑ์ที่ใกล้จะวางตลาดก็คือ ปลาแซลมอนแปรพันธุกรรม ที่ผลิตฮอร์โมนการเติบโตได้เองมีผลเป็นการโตเร็วได้ 2 เท่า

งานปฏิทัศน์ปี 2557

งานปฏิทัศน์ปี 2557 ที่ใหญ่ที่สุดที่เคยมีมาสรุปว่า พืชผลดัดแปรพันธุกรรมมีผลบวกต่อเกษตรกรรม
เป็นงานวิเคราะห์อภิมานที่พิจารณางานวิจัยภาษาอังกฤษทั้งหมดที่เคยตีพิมพ์ เกี่ยวกับผลทางเกษตรและทางเศรษฐกิจของพืช ระหว่างปี 2538 จนถึงเดือนมีนาคม 2557
งานศึกษาพบว่า พืชผลทนยาฆ่าวัชพืชมีค่าใช้จ่ายในการผลิตน้อยกว่าพืชธรรมดา ในขณะที่พืชผลทนแมลงที่ลดระดับการใช้ยาฆ่าแมลง จะมีค่าใช้จ่ายสูงกว่าเพื่อซื้อพันธุ์พืช จึงมีค่าใช้จ่ายเท่ากับพืชธรรมดา
ผลผลิตเพิ่มขึ้น 9% สำหรับพืชทนยาฆ่าวัชพืช และเพิ่มขึ้น 25% สำหรับพืชทนแมลง
เกษตรกรที่ใช้พืชดัดแปรพันธุกรรมทำกำไรได้ 69% สูงกว่าผู้ที่ไม่ได้ใช้
งานปฏิทัศน์ยังพบอีกด้วยว่า พืชผลดัดแปรพันธุกรรมช่วยเกษตรกรในประเทศกำลังพัฒนา โดยเพิ่มผลผลิตประมาณ 14%
ผู้วิจัยรวมงานศึกษาบางงานที่ไม่มีการทบทวนโดยผู้รู้เสมอกัน และงานศึกษาจำนวนหนึ่งที่ไม่ได้รายงานขนาดตัวอย่าง (sample sizes)
ผู้วิจัยพยายามแก้ความผิดพลาดที่มาจากความเอนเอียงในการตีพิมพ์ (publication bias) โดยรวมเอางานที่ไม่ได้พิมพ์ในวารสารวิชาการ
การมีข้อมูลเป็นจำนวนมากทำให้ผู้วิจัยสามารถควบคุมตัวแปรกวนเช่นการใช้ปุ๋ยในงานนี้ได้
นอกจากนั้นแล้ว ผู้วิจัยยังสรุปว่า แหล่งเงินทุนงานวิจัยไม่ได้มีผลต่อผลงานวิจัย

งานปฏิทัศน์ปี 2553

บทความในปี 2553 ที่สนับสนุนโดยสมาคมการค้าเกษตร CropLife International สรุปผลของงานวิจัยที่ทบทวนโดยผู้รู้เสมอกัน 49 งาน
โดยเฉลี่ยแล้ว มีการเพิ่มผลผลิตในอัตรา 6% สำหรับเกษตรกรในประเทศพัฒนาแล้ว และ 29% สำหรับประเทศกำลังพัฒนา
การไถนาลดลง 25-58% สำหรับถั่วเหลืองที่ทนยาฆ่าวัชพืช
คือพืชที่ทนไกลโฟเสตทำให้เกษตรกรปลูกพืชเป็นแนวชิดต่อกันยิ่งขึ้น เพราะว่าไม่ต้องควบคุมวัชพืชด้วยการไถนา
การใช้ยาฆ่าแมลงสำหรับพืช Bt ลดลง 14-76% และเกษตรกร 72% ทั่วโลกประสบผลบวกทางเศรษฐกิจ

งานปฏิทัศน์ปี 2552

ในปี 2552 กลุ่ม Union of Concerned Scientists (สหภาพนักวิทยาศาสตร์ผู้ห่วงใย) ซึ่งเป็นกลุ่มต่อต้านพันธุวิศวกรรมและการโคลนสัตว์เลี้ยงเป็นอาหาร สรุปงานวิจัยที่ทบทวนโดยผู้รู้เสมอกันเกี่ยวกับผลผลิตที่ได้จากถั่วเหลืองและข้าวโพดดัดแปรพันธุกรรมในสหรัฐ
ว่า วิธีการเกษตรกรรมอื่น ๆ มีผลต่อผลผลิตในระดับชาติเมื่อเร็ว ๆ นี้ มากกว่าพันธุวิศวกรรม

งานวิจัยรัฐวิสคอนซิน

งานวิจัยที่มีลักษณะการตีพิมพ์ที่ไม่ทั่วไปโดยเป็นจดหมายถามตอบแทนที่จะเป็นบทความ ตรวจสอบข้าวโพดดัดแปรพันธุกรรมออกแบบเพื่อให้มีการแสดงออกของยีน 4 อย่างคือ ทนต่อหนอนเจาะข้าวโพดยุโรป ทนต่อหนอนรากข้าวโพด (corn rootworm) ทนต่อไกลโฟเสต และทนต่อกลูโฟสิเนต แบบทีละอย่าง ๆ หรือแบบผสมผสานกันในแปลงปลูกพืชรัฐวิสคอนซินระหว่างปี 2533-2553
แล้วพบว่า ผลผลิตที่ได้ปีต่อปีแตกต่างกันน้อยกว่าพืชธรรมดา โดยมีการเพิ่มผลผลิต 0.8-4.2 bushel/เอเคอร์ โดยที่พันธุ์ทนหนอนเจาะข้าวโพดยุโรปเพิ่มขึ้น +6.4 bushel/เอเคอร์ พันธุ์ทนกลูโฟสิเนตเพิ่มขึ้น +5.76 พันธุ์ทนไกลโฟเสตลดลง -5.98 และพันธุ์ทนหนอนรากข้าวโพดลดลง -12.22
งานศึกษาพบการปฏิสัมพันธ์กันระหว่างยีนในพันธุ์ที่มีการแปรพันธุ์หลายลักษณะ โดยที่ผลรวมกันที่ได้แตกต่างจากการบวกผลของลักษณะสายพันธุ์แต่ละอย่างเข้าด้วยกัน
ยกตัวอย่างเช่น การรวมลักษณะสายพันธุ์ทนต่อหนอนเจาะข้าวโพดยุโรปกับลักษณะทนต่อกลูโฟซิเนตเพิ่มผลผลิตเพียงแค่ 3.13 bushel/เอเคอร์ ซึ่งน้อยกว่าพันธุ์ที่มีลักษณะต่างหาก ๆ สองพันธุ์รวมกัน

สภาวะการตลาด

มีบริษัทไม่กี่บริษัทที่ครองตลาดอุตสาหกรรมเมล็ดพันธุ์พืช ล้วนแต่เป็นบริษัทที่รวมหน่วยธุรกิจตามแนวยืน (vertically integrated)
ในปี 2554 บริษัทเพียงแค่ 10 บริษัทควบคุม 73% ของตลาดโลก
ในปี 2544 กระทรวงเกษตรสหรัฐรายงานว่า การรวมตัวบริษัทแม้จะนำไปสู่การประหยัดค่าใช้จ่ายเนื่องจากขนาด แต่ก็ตั้งข้อสังเกตว่า การที่บริษัทบางบริษัทได้ขายหน่วยธุรกิจผลิตเมล็ดพันธุ์พืช ทำให้การอยู่รอดของบริษัทรวมธุรกิจเหล่านี้ ยังเป็นที่น่าสงสัย
นักเศรษฐศาสตร์สองท่าน ผู้เป็นแขกรับเชิญให้พูดใน AgBio Forum
อ้างว่า อำนาจการตลาดของบริษัทเมล็ดพันธุ์พืชอาจจะเพิ่มผลประโยชน์ให้แก่สังคม ถึงแม้ว่าจะมีการตั้งราคาที่ดูจะไม่อำนวย เพราะว่า "แม้ว่า การตั้งราคาแตกต่างกันจะบ่อยครั้งพิจารณาว่า เป็นความบิดเบือนการตลาดที่ไม่น่าปรารถนา แต่มันอาจจะเพิ่มประโยชน์โดยรวม (ให้กับสังคม) ด้วยการเพิ่มผลผลิตโดยรวม และด้วยการวางจำหน่ายในตลาดที่จะไม่มีผลิตภัณฑ์นี้โดยประการอื่น"
การครองตลาดช่วยให้บริษัทสามารถตั้งหรือมีอิทธิพลในการตั้งราคา กำหนดกติกา และเป็นอุปสรรคในการเข้าสู่ตลาดของบริษัทใหม่ ๆ
และช่วยให้มีอำนาจต่อรองกับรัฐบาลในการออกนโยบายต่าง ๆ
ในเดือนมีนาคมปี 2553 กระทรวงยุติธรรมและกระทรวงเกษตรสหรัฐประชุมกันเพื่อพิจารณาการแข่งขันกันในตลาดของอุตสาหกรรมเมล็ดพันธุ์พืช
หัวหน้าแผนกการป้องกันการผูกขาดขอองกระทรวงยุติธรรมแจ้งว่า กำลังตรวจสอบว่า มีการใช้สิทธิบัตรของเมล็ดพันธุ์พืชแปรพันธุ์โดยไม่ชอบหรือไม่
ประเด็นปัญหาที่สำคัญก็คือ สัญญาอนุญาตให้ใช้ลักษณะสายพันธุ์ทนต่อไกลโฟเสตของบริษัทมอนแซนโต ที่พบในถั่วเหลือง 93% ที่ปลูกในสหรัฐปี 2552
มีกลุ่มเกษตรกร ผู้บริโภค และผู้ที่คัดค้านเกษตรกรรมแบบบริษัทกว่า 250 คนที่จัดการประชุมหมู่บ้านก่อนการประชุมของรัฐ เพื่อประท้วงการซื้อบริษัทเมล็ดพันธุ์พืชที่เป็นอิสระโดยมอนแซนโต แล้วจดสิทธิบัตรและขึ้นราคาเมล็ดพันธุ์พืช

ทรัพย์สินทางปัญญา

โดยธรรมดาทั่วไปแล้ว เกษตรกรของทุก ๆ ชาติเก็บเมล็ดพันธุ์พืชของตนเองเพื่อเพาะปลูกในปีต่อไป
แต่ว่า เริ่มตั้งแต่ต้นคริสต์ทศวรรษ 1900 มีการใช้พืชลูกผสมอย่างกว้างขวางในประเทศพัฒนาแล้ว และเมล็ดพืชเหล่านี้ต้องซื้อปีต่อปีจากผู้ผลิต
คือลูกหลานของข้าวโพดลูกผสม แม้ว่าจะไม่เป็นหมัน แต่ก็จะสูญเสียประโยชน์ (heterosis) ที่ได้จากพันธุ์ลูกผสม
นี่เป็นเหตุหลักที่จะไม่ปลูกเมล็ดพันธุ์พืชรุ่นที่สอง
แต่ว่า สำหรับพืชผลแปรพันธุกรรมเช่นถั่วเหลือง บริษัทเมล็ดพันธุ์จะใช้สัญญาบังคับโดยกฎหมายทรัพย์สินทางปัญญา และกฎหมายเกี่ยวกับการมอบการครอบครองทรัพย์ (bailment) เพื่อป้องกันเกษตรกรไม่ให้ปลูกเมล็ดพันธุ์ที่เก็บไว้
ยกตัวอย่างเช่น ใบอนุญาตการมอบการครอบครองทรัพย์ของบริษัทมอนแซนโตจะห้ามการเก็บเมล็ดพันธุ์ไว้ และบังคับให้ผู้ซื้อเซ็นสัญญาใบอนุญาตให้ใช้สิทธิบัตรต่างหาก
บริษัทผู้ผลิตกล่าวว่า จำเป็นที่จะป้องกันการละเมิดลิขสิทธิ์ของเมล็ดพันธุ์พืช เพราะเป็นหน้าที่ต่อผู้ถือหุ้นบริษัท และเพื่อเป็นทุนสำหรับการพัฒนายิ่ง ๆ ขึ้นไป
บริษัทดูปองท์ใช้เงินครึ่งหนึ่งจากงบประมาณการวิจัยและพัฒนา 2,000 ล้านเหรียญสหรัฐ (ประมาณ 61,000 ล้านบาท) สำหรับเกษตรกรรมในปี 2554
ในขณะที่มอนแซนโตใช้จ่าย 1,500 ล้านเหรียญสหรัฐในปี 2557
แต่ผู้ไม่เห็นด้วยเช่นกลุ่มกรีนพีซกล่าวว่า กฎหมายสิทธิบัตรให้อำนาจทางเกษตรกรรมกับบริษัทมากเกินไป
และศูนย์เพื่อการศึกษาเกี่ยวกับระบบนิเวศ (Center for Ecoliteracy) อ้างว่า "การจดสิทธิบัตรสำหรับเมล็ดพันธุ์พืชให้อำนาจกับบริษัทมากเกินไป ในเรื่องจำเป็นสำหรับชีวิตของทุกคน"
ส่วนรายงานปี 2543 ภายใต้การสนับสนุนของบัณฑิตยสถานนานาชาติกล่าวว่า "ถ้าสิทธิของเครื่องมือ (ทางกฎหมาย)เหล่านี้มีการบังคับใช้อย่างเข้มงวดและทั่วไป และไม่มีการอนุญาตให้ใช้ หรือให้ใช้ฟรีในประเทศกำลังพัฒนา โอกาสการประยุกต์ใช้เทคโนโลยีแปรพันธุกรรมที่อธิบายมาก่อนแล้ว ก็จะไม่ให้ประโยชน์กับประเทศด้อยพัฒนาเป็นระยะเวลายาวนาน" (คือจนกระทั่งสิทธิบัตรหมดอายุ)
บ.มอนแซนโตได้จดสิทธิบัตรพืชพันธุ์ของตน และบังคับให้เกษตรกรผู้เลือกที่จะซื้อเมล็ดพืชของ บ. เซ็นสัญญาให้ใช้สิทธิ โดยบังคับให้เก็บหรือขายพืชผลที่ปลูกเท่านั้น ไม่ให้ปลูกใหม่
โดยที่ บ. มีประวัติฟ้องคดีละเมิดสิทธิบัตรในศาลต่อเกษตรกร 145 รายเริ่มแต่ปี 2540 แต่มี 11 รายเท่านั้นที่สู้คดีในศาล
และใน 11 คดีเหล่านั้น เกษตรกรล้วนแต่อ้างว่า เกิดการปนเปื้อนที่ไม่ได้ตั้งใจเพราะเหตุการถ่ายเทของยีน แต่ บ. ได้ชนะคดีเหล่านั้นทั้งหมด
หัวหน้าแผนกมนุษยสัมพันธ์ของมอนแซนโตแคนาดากล่าวว่า "มันไม่ใช่ และไม่เคยใช่ นโยบายของมอนแซนโตแคนาดาที่จะบังคับใช้สิทธิบัตรของพืชผล Roundup Ready ถ้ามันเกิดขึ้นในแปลงเกษตรกรโดยอุบัติเหตุ แต่ต่อเมื่อมีการละเมิดสิทธิทั้งที่รู้และตั้งใจเท่านั้น ที่มอนแซนโตจะดำเนินการ"
ในปี 2552 มอนแซนโตประกาศว่า หลังจากสิทธิบัตรถั่วเหลืองหมดอายุลงในปี 2557 บ. จะไม่ห้ามเกษตรกรไม่ให้ปลูกเมล็ดถั่วเหลืองที่เป็นผลผลิตอีกต่อไป
ตัวอย่างของการฟ้องศาลเช่นนี้คือคดีบริษัทมอนแซนโตแคนาดากับนายชไมเซอร์
ซึ่งเป็นคดีที่เข้าใจผิดกันอย่างกว้างขวาง
คือในปี 2540 นายเพอร์ซี ชไมเซอร์ ผู้เป็นเกษตรกรที่ปลูกและเพาะพันธุ์พืชวงศ์ผักกาดในเมืองบรูโน รัฐซัสแคตเชวัน พบว่าแปลงพืชของเขาแปลงหนึ่งดื้อต่อยาฆ่าวัชพืช Roundup
เขาไม่ได้ซื้อเมล็ดพันธุ์เช่นนี้ ซึ่งพัดเข้ามาในที่ของเขาจากแปลงข้างเคียง
ต่อมาเขาเก็บผลผลิตจากแปลงนั้น แล้วก็เก็บไว้ที่หลังรถกระบะ
ก่อนปีเพาะปลูก 2541 ปีต่อไป ผู้แทนของ บ.มอนแซนโตได้แจ้งนายชไมเซอร์ว่า การใช้พืชผลอันนี้เพื่อปลูกพืชจะเป็นการละเมิดสิทธิบัตร แล้วยื่นข้อเสนอให้ใบอนุญาตแก่เขา ซึ่งเขาปฏิเสธ
ตามศาลสูงสุดของประเทศแคนาดา แม้ว่าหลังจากการคุยกันเช่นนี้ "นายชไมเซอร์ก็ยังนำเอาผลผลิตที่เก็บไว้ที่รถกระบะไปยังโรงงานบำบัดเมล็ด แล้วบำบัดพืชผลนั้นเพื่อจะใช้เมล็ด และเมื่อบำบัดแล้ว มันก็ไม่สามารถจะใช้อะไรอย่างอื่นได้อีก นายชไมเซอร์ปลูกเมล็ดที่บำบัดในไร่ 9 แปลง เต็มเนื้อที่ประมาณ 1,000 เอเคอร์ (ประมาณ 2,529 ไร่) การทดสอบที่เป็นอิสระต่อ ๆ กันทำโดยผู้เชี่ยวชาญต่าง ๆ ยืนยันว่า พืชวงศ์ผักกาดที่นายชไมเซอร์เพาะปลูกในปี 2541 95-98% เป็นพันธุ์ทนยา Roundup"
หลังจากการคุยกันนอกศาลระหว่างนายชไมเซอร์กับมอนแซนโตล้มเหลว มอนแซนโตฟ้องนายชไมเซอร์ในข้อหาละเมิดสิทธิบัตรแล้วชนะคดีในศาลเบื้องต้น
ต่อมานายชไมเซอร์ได้อุทธรณ์ต่อศาลและแพ้คดี แล้วจึงยื่นฎีกาต่อศาลสูงสุดแคนาดาอีก ซึ่งในปี 2547 ตัดสินโดยเสียงข้างมาก 5 ต่อ 4 ให้มอนแซนโตชนะ โดยกล่าวว่า "มันชัดเจนในการสืบคดีของศาลชั้นต้นว่า ผู้อุทธรณ์เก็บ ปลูก เก็บเกี่ยว แล้วขายผลผลิตจากต้นพืชที่มียีนและเซลล์พืชที่มอนแซนโตได้จดสิทธิบัตร"

การค้าขายระหว่างประเทศ

พืชผลดัดแปรพันธุกรรมเป็นจุดชนวนหนึ่งของข้อพิพาทในประเทศที่ส่งอาหารออกขายว่า การเริ่มใช้พืชผลดัดแปรพันธุกรรมจะเป็นอันตรายต่อการส่งสินค้าออกไปยังประเทศอื่นหรือไม่
ในประเทศแคนาดาปี 2553 การส่งแฟลกซ์ (ต้นไม้คล้ายป่าน) ไปยังยุโรปถูกปฏิเสธ เมื่อพบร่องรอยของแฟลกซ์แปรพันธุกรรมที่ยังอยู่ในขั้นทดลอง
ซึ่งมีผลให้สมาชิกรัฐสภาท่านหนึ่งเสนอกฎหมาย (C-474) ที่บังคับให้ "มีงานวิเคราะห์เกี่ยวกับโอกาสผลลบที่มีต่อการส่งออก ก่อนที่จะอนุญาตให้ขายเมล็ดพันธุ์พืชแปรพันธุกรรมใหม่ ๆ"
ส่วนผู้คัดค้านอ้างว่า "การรวมมาตรฐานทางสังคม-เศรษฐกิจที่เข้มงวดเข้ากับระบบการควบคุมที่มีมูลฐานอยู่บนวิทยาศาสตร์ อาจเป็นเหตุระงับการลงทุนทำงานวิจัย (เกี่ยวกับเทคโนโลยีชีวภาพ) ของเอกชน เพราะว่า ถ้าบริษัทเทคโนโลยีชีวภาพไม่เห็นผลตอบแทนจากการลงทุน ก็จะลงทุนงบประมาณการวิจัยของตนในเรื่องอื่น ๆ"
ต่อมาในปี 2554 กฎหมายไม่ผ่านรัฐสภาโดยมีคะแนนเสียง 97-176

ความเป็นกลางขององค์กรควบคุมกฎหมาย

กลุ่มต่าง ๆ ที่ต่อต้านการอนุมัติสิ่งมีชีวิตดัดแปรพันธุกรรม หรือการใช้เป็นอาหาร ได้ตั้งข้อสงสัยว่า องค์กรควบคุมของรัฐสนิทสนมกับบริษัทที่ต้องการให้อนุมัติผลิตภัณฑ์ของตนเกินไปหรือไม่
ผู้ต่อต้านในสหรัฐได้ประท้วงการตั้งนักวิ่งเต้นในตำแหน่งสูง ๆ ภายในองค์การอาหารและยา (ตัวย่อ FDA)
เช่นในปี 2534 นักวิ่งเต้นของมอนแซนโตคนหนึ่ง (Michael R. Taylor) ได้รับแต่งตั้งให้เป็นผู้ปรึกษาอาวุโสของ FDA เกี่ยวกับความปลอดภัยอาหาร
ต่อมาเมื่อลาจากตำแหน่งแล้ว เขาได้กลายเป็นรองประธานคนหนึ่งในบริษัท
ต่อมาในวันที่ 7 กรกฎาคม 2552 เขากลับไปทำงานกับรัฐบาลอีกโดยเป็นผู้ปรึกษาอาวุโสของกรรมาธิการขององค์กร
ในปี 2554 เมื่อเกิดกรณีเรียกคืนข้าวโพด Starlink บุคลากรขององค์การไม่แสวงหาผลกำไร "ศูนย์ความปลอดภัยอาหาร (Center for Food Safety)" ได้วิจารณ์สำนักงานปกป้องสิ่งแวดล้อมสหรัฐว่า ตอบสนองต่อปัญหาช้า
และวิจารณ์ทั้งองค์กรและบริษัท Aventis CropScience (ปัจจุบัน Sanofi) เพราะคำแถลงการณ์ว่า ทั้งสององค์กรไม่ได้คาดหวังว่าเหตุการณ์เช่นนี้จะเกิดขึ้น
คณะกรรมการที่ปรึกษาเกี่ยวกับเทคโนโลยีชีวภาพแคนาดาที่ทำหน้าที่ทบทวนกฎหมายควบคุมของแคนาดาระหว่างปี 2542-2546 ถูกตำหนิโดยกลุ่มสิ่งแวดล้อมและกลุ่มพลเมืองต่าง ๆ ว่า ไม่ได้เป็นผู้แทนเพื่อสาธารณประโยชน์ในทุก ๆ ด้าน และใกล้ชิดกับกลุ่มอุตสาหกรรมต่าง ๆ มากเกินไป
สมาชิกโดยมากของคณะกรรมการความปลอดภัยทางชีวภาพแห่งชาติจีนมีส่วนร่วมในเทคโนโลยีชีวภาพ ซึ่งทำให้เกิดคำวิจารณ์ว่า ไม่เป็นตัวแทนเพื่อสาธารณประโยชน์ที่กว้างขวางเพียงพอ

สหรัฐอเมริกา

มีการฟ้องคดีในศาลรัฐบาลกลางสหรัฐ 4 คดี ต่อกรมตรวจสอบสุขภาพของสัตว์และพืช (Animal and Plant Health Inspection Service ตัวย่อ APHIS) ซึ่งอยู่ใต้อำนาจของกระทรวงเกษตรสหรัฐ ที่มีหน้าที่ดูแลควบคุมพืชดัดแปรพันธุกรรม
คือคดี 2 คดีเนื่องด้วยการทดสอบภาคสนามของหญ้าทนยาฆ่าวัชพืชในรัฐออริกอน และข้าวโพดและอ้อยที่สามารถผลิตยาได้ในรัฐฮาวาย กับอีก 2 คดีเนื่องด้วยการยกเลิกกฎบังคับถั่วอัลฟัลฟาแปรพันธุกรรม
และต้นน้ำตาลบีท (Sugar beet) แปรพันธุกรรม
APHIS แพ้ทั้ง 4 คดีในศาลเบื้องต้น โดยผู้พิพากษาตัดสินว่า ไม่ทำตามนโยบายที่ตั้งไว้ในกฎหมาย
แต่ว่า ต่อมาศาลสูงสุดของสหรัฐยกเลิกการห้ามถั่วอัลฟัลฟาแปรพันธุกรรมทั่วประเทศ
ดังนั้น ศาลอุทธรณ์จึงอนุญาตให้ลดกฎข้อบังคับของต้นน้ำตาลบีทแปรพันธุกรรม
หลังจากที่ APHIS เตรียมคำแถลงผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมของถั่วอัลฟัลฟาและต้นน้ำตาลบีท การยกเลิกกฎบังคับจึงได้รับการอนุมัติ
ในปี 2557 ชนในเทศมณฑลเมาวีในรัฐฮาวายออกเสียงให้ระงับการผลิตและการวิจัยสิ่งมีชีวิตแปรพันธุกรรมอย่างชั่วคราว
โดยให้ลงโทษทั้งจำและปรับถ้าฝ่าฝืนโดยเจตนา และไม่จำกัดเพียงแค่เกษตรกรรมเพื่อการค้าเท่านั้น
โดยมีปชามติผ่านกฎหมายในอัตรา 50.2% ต่อ 47.9%

ความก้าวหน้าทางเทคโนโลยีและกฎหมายควบคุม

พืชดัดแปรพันธุกรรมแรกสุดทำด้วยยวิธี transgenesis คือโดยใช้ยีนของอีกสิ่งมีชีวิตหนึ่ง และบางครั้งใช้แบคทีเรียเพื่อถ่ายโอนยีน
ซึ่งในประเทศสหรัฐอเมริกา พืชผ่านกรรมวิธีเช่นนี้จะอยู่ใต้การควบคุมของกระทรวงเกษตร (USDA)
แต่ต่อมาในปี 2553 เทคโนโลยีพันธุวิศวกรรมใหม่ ๆ เช่น การตัดต่อจีโนม (genome editing) ทำให้นักวิทยาศาสตร์สามารถเปลี่ยนจีโนมพืชได้โดยไม่ต้องเพิ่มยีนจากสิ่งมีชีวิตอีกอย่างหนึ่ง ดังนั้น พืชทำโดยวิธีนี้ จึงพ้นจากการควบคุมของกระทรวงเกษตร
จึงมีเสียงวิพากษ์วิจารณ์ว่า กฎหมายควบคุมจะต้องเปลี่ยนเพื่อให้ทันเทคโนโลยีที่เปลี่ยนไปเรื่อย ๆ

ข้อโต้เถียงในแอฟริกา

ในปี 2545 แม้ว่าจะอยู่ในเหตุการณ์ทุพภิกขภัย ประเทศแซมเบียก็ยังปฏิเสธอาหารช่วยเหลือฉุกเฉินจากต่างประเทศที่มีพืชผลดัดแปรพันธุกรรม โดยอาศัยหลักระวังไว้ก่อน
แต่ในการประชุมในเมืองหลวงประเทศเอธิโอเปียคืออาดดิสอาบาบา เลขาธิการบริหารของคณะกรรมการเศรษฐกิจแอฟริกาของสหประชาชาติ ได้สนับสนุนให้ประเทศในแอฟริการับอาหารดัดแปรพันธุกรรม และแสดงความไม่ชอบใจต่อความเห็นเชิงลบของสาธารณชนต่อเทคโนโลยีชีวภาพ
งานวิจัยต่าง ๆ ในประเทศยูกันดาแสดงว่า กล้วยดัดแปรพันธุกรรมมีโอกาสสูงที่จะช่วยลดความยากจนในชนบท แต่ว่าชาวเมืองที่มีรายได้สูงกว่าอาจจะไม่ยอมรับ
มีนักวิจารณ์ที่อ้างว่า การส่งอาหารของสหรัฐไปยังแอฟริกาใต้เป็นการโปรโหมตให้ยอมรับพืชผลแปรพันธุกรรม มากกว่าเป็นการช่วยบรรเทาความหิวโหย
คือ สหรัฐได้อุปถัมภ์เรื่องอาหารภายใต้วิกฤติอาหารที่มีมาตั้งแต่ต้นคริสต์ทศวรรษ 2000
แต่ว่า หลังจากที่ประเทศแอฟริกาบางประเทศเริ่มรู้ว่า อาหารที่ส่งมีข้าวโพดดัดแปรพันธุกรรม ก็เลยเริ่มปฏิเสธความช่วยเหลือและไม่แจกจ่ายอาหารที่ส่งไปให้แล้ว
นักวิจารณ์โจทสหรัฐว่า "ฉวยประโยชน์จากทุพภิกขภัยในแอฟริกาโดยทำเป็นการประชาสัมพันธ์"
ส่วนสหรัฐกล่าวโต้ตอบว่า ประเทศยุโรปปล่อยให้ชาวแอฟริกันเป็นล้าน ๆ ประสบทั้งความหิวและความอดอยากเนื่องจาก "ความกลัวไร้เหตุผลในเรื่องความเสี่ยงที่เป็นเพียงแต่ความคิดพิสูจน์ยังไม่ได้"
สหรัฐมีนโยบายแม้ก่อนจะเกิด GMO ที่จะส่งพืชผลสหรัฐเป็นอาหารช่วยเหลือ โดยไม่ได้ซื้อพืชผลจากประเทศที่อยู่ใกล้ ๆ ประเทศที่ต้องการความช่วยเหลือ
เป็นนโยบายซึ่งมีผู้อ้างว่า มีค่าใช้จ่ายสูงกว่าของยุโรป

ข้อโต้เถียงในอินเดีย

อินเดียเป็นประเทศเกษตรโดยมีประชากร 60% ที่มีรายได้โดยตรงหรือโดยอ้อมจากเกษตรกรรม
ระหว่างปี 2538-2556 มีเกษตรกร 296,438 คนที่ฆ่าตัวตาย หรือโดยเฉลี่ย 16,469 คนต่อปี
ในช่วงเวลาเดียวกัน มีคน 9.5 ล้านคนที่ตายต่อปีในอินเดียจากเหตุอื่น ๆ รวมทั้งทุพโภชนาการ โรค การฆ่าตัวตายที่ไม่เกี่ยวกับเกษตร หรือประมาณ 171 ล้านคนในช่วงเวลาเดียวกัน
นักปฏิบัติการและนักวิชาการให้เหตุผลที่ขัดแย้งกัน เช่น เพราะมรสุม เพราะมีหนี้มาก เพราะ GMO เพราะนโยบายของรัฐ เพราะสุขภาพจิตที่ไม่ดี เพราะเรื่องส่วนตัว และเพราะปัญหาทางครอบครัว
มีแม้กระทั่งการโจทว่า รัฐต่าง ๆ ทำข้อมูลการฆ่าตัวตายของเกษตรกรลวง
ฝ้ายแปรพันธุกรรมในรัฐมหาราษฏระ กรณาฏกะ และทมิฬนาฑู เพิ่มผลผลิตโดยเฉลี่ย 42% ในปี 2545 ซึ่งเป็นปีแรกที่ใช้เพาะปลูกโดยทั่ว ๆ ไป
แต่ว่า ความแห้งแล้งอย่างรุนแรงในรัฐอานธรประเทศในปีเดียวกันไม่ได้เพิ่มผลผลิตในรัฐ เพราะว่าไม่ใช่พันธุ์ทนแล้ง
แต่พันธุ์ทนแล้งก็ได้พัฒนาขึ้นในภายหลัง และโดยปี 2554 88% ของฝ้ายทั้งหมดมาจากพืชดัดแปรพันธุกรรม โดยหลักเพราะเสียหายจากแมลงน้อย
แม้ว่าจะมีข้อมูลที่ไม่ลงรอยกัน
แต่ก็มีหลักฐานว่าเกษตรกรฝ้ายแปรพันธุกรรมได้ผลประโยชน์ทั้งทางเศรษฐกิจและทางสิ่งแวดล้อม
งานวิจัยระหว่างปี 2545-2551 เกี่ยวกับผลทางเศรษฐกิจของฝ้ายแปรพันธุกรรมในอินเดียพบว่า ฝ้าย Bt ให้ผลผลิตที่สูงขึ้น ให้กำไรที่มากขึ้น และเพิ่มมาตรฐานการครองชีพของเกษตรกรรายย่อย ๆ
แต่ว่า ในเมื่อเร็ว ๆ นี้ หนอนฝ้ายพันธุ์ Helicoverpa armigera เกิดดื้อยาที่ผลิตโดยฝ้าย Bt
ดังนั้น ในปี 2555 รัฐมหาราษฏระจึงให้เลิกปลูกฝ้าย Bt แล้วสั่งให้นักวิชาการอิสระทำการศึกษาทางสังคมเศรษฐกิจ
ในเดือนตุลาคม 2552 องค์กรควบคุมของรัฐอนุมัติมะเขือยาว Bt
แต่ต่อมาภายหลังการประท้วงจากนักวิทยาศาสตร์บางพวก กลุ่มเกษตรกรและสิ่งแวดล้อม จึงระงับการอนุมัติชั่วคราวเริ่มที่เดือนกุมภาพันธ์ 2553 เป็นช่วงระยะเวลา "ที่จำเป็นเพื่อสร้างความเชื่อใจและความมั่นใจให้แก่ประชาชน"
โดยวันที่ 1 มกราคม 2556 อาหารที่มี GMO ต้องขึ้นป้าย
คือมีกฎว่า "อาหารทุกชุดที่มีอาหารแปรพันธุกรรมจะต้องมีอักษรว่า 'GM' ที่ด้านบนสุดของป้ายหลัก" โดยมีผลต่อผลิตภัณฑ์ 19 ชนิดรวมทั้งขนมปัง ธัญพืช ถั่ว และอื่น ๆ
แต่กฎหมายนี้มีการคัดค้านทั้งจากกลุ่มพิทักษผู้บริโภคและจากอุตสาหกรรมอาหารสำเร็จรูป โดยทั้งสองเป็นห่วงว่าไม่มีการออกกฎเกณฑ์ที่ช่วยในการบังคับกฎหมาย
วันที่ 21 มีนาคม 2557 รัฐบาลอินเดียอนุมัติพืชผลแปรพันธุกรรม 10 ชนิดอีกครั้ง แล้วอนุญาตให้ทดสอบพืชแปรพันธุกรรมภาคสนามรวมทั้งข้าวสาลี ข้าว และข้าวโพด