Den eritreisk-etiopiske krig

Bakgrunnen

Fra 1961 til 1991 hadde den tidlige italienske kolonien Eritrea utkjempet en lang krig for uavhengighet med det større nabolandet Etiopia, som ble sluttført med en militær seier som bidro sterkt til å velte Mengistu Haile Mariams «Derg-styre» i Addis Abeba i året 1991. Sluttkonklusjonen på den langvarige frigjøringskampen kom med en folkeavstemning og fredelig separasjon i 1993. I den etiopiske hovedstaden hadde den politiske fellesfronten EPRDF med den tigrayske TPLF organisasjonen i spissen overtatt den politiske makten etter kollapsen av det forrige regimet. Forholdet mellom tidligere fiender ble avløst av et nært og vennskapelig forhold mellom de to regjeringer i Asmara og Addis Abeba som begge var nære allierte med få unntak siden 1976. TPLF med hovedvekten av deres politiske bakgrunn i den nordlige provinsen Tigray skulle etter hvert bli den ledende politiske faktoren for det nye regimet under ledelse av statsminister Meles Zenawi. I Eritrea overtok EPLFs politiske ledelse med Isaias Afewerki makten. Etter uavhengigheten kom de to regjeringene i konflikt med hverandre over en rekke territoriale og økonomiske spørsmål, spesielt over valuta- og handelsspørsmål ettersom Eritrea med den viktige havna Assab var et transittland (transitt betyr «gjennomreise») mellom Etiopia og resten av verden. 
Regjeringen i Asmara, som var opprettet fra det nye partiet PFDJ, var konfrontert med meget begrensede økonomiske ressurser i et ødelagt land etter tiår med krig. I begynnelsen hadde begge land et godt forhold med økonomisk samarbeidsvilje, men dette ble forsuret over årene fordi det var et meget nært og intenst, nesten broderlig forhold mellom Afwerki og Zenaki som meget raskt var preget av konkurranse og historiske som følelsesmessige motsetninger. Bakgrunnen for disse motsetninger kom av grunnleggende ideologiske forskjeller mellom ledelsene i EPLF og TPLF fra 1980-tallet. TPLF ble betraktet som den minste parten som hadde fått militær opplæring og støtte fra den eritreiske EPLF som stadige minnet sine tigrayske kolleger om dette i ettertiden. Med et så nært forhold ble de meste alminnelige motsetninger og forviklinger mellom partene forstørret med større politisk tyngde enn vanlig, og vennskapet ble gradvis uthult i løpet av årene etter 1993.

De økonomiske relasjonene

Etter at den eritreiske uavhengigheten var anerkjent av den nye regjeringen i Etiopia, ble den såkalte «Asmara-pakten» undertegnet i september 1993 om å utvikle et harmonisk økonomisk samarbeid over de etablerte riksgrenser. I 1995 erklærte representanter for Etiopia at en «frihandelssone» i prinsippet var oppstått. I dette året hadde en felles eritreisk-etiopisk kommisjon konkludert med at det hadde vært fremskritt i tråd med de inngåtte avtaler. Pakten ble derimot ikke helt fulgt opp, og det økonomiske samkvemmet ble dårligere tross gjensidige avhengighet mellom de to landene. Allerede under et møte i Asmara hadde kommisjonen 3.-4. april 1995 identifisert alvorlige problemer: Spørsmålet om statsborgerskap og bevegelsesfrihet i handelsektoren. I begge land var nye lover om definisjon av statsborgerskap innført med en rekke restriksjoner. Eritrea anerkjente dobbelt statsborgerskap med fulle økonomiske rettigheter mot en skatt på 2% av bruttoinntekt mens Etiopia ikke tillater dobbelt statsborgerskap for sine borgere. Dette problematiserte den omfattende transitt-trafikken og det økonomiske samkvemmet. 
Begge regjeringer innførte begrensninger på diverse varer som ble underlagt ekstratoll ved flere anledninger. Tross flere avtaler i 1994 som hadde forsøkt å omgå disse problemene, vedvarte dette. Det hadde vist seg at Eritrea og Etiopia hadde fulgt så forskjellige økonomiske strategier at det var oppstått tilpasningsproblemer. Eritrea gikk inn for en utadrettet markedsorientert økonomimodell med transitthandel og eksport. Etiopia på den andre siden ønsket å utbygge en vesentlig landbruksbasert nasjonaløkonomi basert på lokale produkter, som ble beskyttet med en avgiftspolitikk mot importvarer. Den eritreiske økonomien som i begynnelsen gikk godt, led under den etiopiske avgiftspolitikken som rammet konkurranseevnen for varer fra Eritrea.
I desember 1997 innførte Eritrea sin egen valuta Nakfa, som erstattet den etiopiske valutaen birr som fremdeles var i bruk i det eritreiske markedet. Som svar på dette kom etiopiske myndigheter med utstedelse av nye birr-sedler for å forhindre inflasjon av de gamle fra Eritrea. Dette forstyrret handelen gjennom transittlandet. Etiopia som hadde observert hvordan eritreerne byttet etiopisk valuta mot internasjonal valuta som dollar, insisterte deretter på bilaterale transaksjoner i dollar. Det kunne ikke eritreerne akseptere.
I utgangspunktet var begge landene gjensidig avhengig av hverandre økonomisk, men utstedelsen av den nye valutaen og det etiopiske mottiltaket gjorde slutt på ethvert håp om økonomisk samarbeid. Den økonomiske tilstanden i Etiopia var ikke bedre enn i Eritrea, slik at enhver forstyrrelse på den internasjonale handelen mellom Etiopia og resten av verden førte til politiske konsekvenser. I januar 1998 utstedte Etiopia nye handelsrestriksjoner som skulle gjøre forholdene vanskeligere for Eritrea. De sviktende økonomiske relasjonene mellom Eritrea og Etiopia skyldes interne anliggender i begge land, deriblant en rivalisering mellom investorer i et økonomisk landskap som i utgangspunktet var oppbygget i ett land før separasjonen av Eritrea. Statlig innblanding fra de respektive regjeringer i hver deres hovedstad forverret de økonomiske motsetninger.

Demarkering av grensen

Fra sommeren 1997 hadde det oppstått uenigheter vedrørende demarkering av grensen mellom de to landene. De ble enige om å sette opp en kommisjon for å utrede forslag fra begge parter om en endelig løsning på demarkeringen av grensen som inkluderte flere omstridte regioner, Badme, Tsorona-Zalambessa og Bure fra vest til øst. I en traktat fra 1902 mellom den italienske regjeringen som hadde koloniserte kystlandet sammen med det nordlige høylandet, deretter betegnet som «Eritrea» og den etiopiske keiseren Menelik II ble grensen fastslått. 
Mye av grensen var trukket opp langs flere elver, men mellom to nærliggende elver lå området Badme. En rett linje mellom elvene var skapt på tvers av dette området. I Tsorona-Zalambessa området hadde elvene skiftet løp slik at de eldre kartene fra koloniperioden ikke lenge var à jour. Grensen i regionen Bure mot byen Assab i øst var også blitt omstridt ettersom traktaten fra 1902 bare presiserte «parallelt med og på seksti kilometers avstand fra kysten». Eritreerne og etiopierne kunne ikke bli enig om hvor grensen skulle gå i regionen Bure.
Organisasjonen for afrikansk enhet (OAU) hadde innført prinsippet om å beholde de fastslåtte riksgrensene som var arvet fra koloniperioden. Hensikten med dette var å unngå splittelse av de etablerte stater. Separasjonen av Eritrea fra Etiopia skapte en ny situasjon; for det første hadde de to landene blitt sammenslått ved FN-resolusjon i 1952, for det andre hadde Eritrea separert seg med Etiopias støtte og FNs anerkjennelse. Men sammenslåingen av de to landene forverret spørsmålet om hvor grensen skulle gå gjennom lite befolkede områder. Eritreiske og etiopiske innflyttere utbygde de omstridte områder inkludert landsbyen Badme. Overlappende administrasjonsområder mellom de to landene hadde oppstått. Eritrea anser Badme for å være en del av Gash-Barka-sonen, mens Etiopia vurderer området som en del av Mirabawi-sonen i Tigrayregionen.
På begge sider av grensen arvet de to nye regjeringene en etnisk konflikt med væpnede elementer av afarfolket, som var organisert som militsen Ugugumo av Derg-styret, etter etableringen av den autonome regionen for Assab på 1980-tallet. Afarfolket bor hovedsakelig i Danakilørkenen i Afarregionen i nordøstlige Etiopia, dels i Djibouti og i Eritrea. Mot nord på ørkenen lå en av de få fruktbare landområdene for landbruk i Afarregionen, sletten Bada med elven Wadi Ragalu som fylles med regnvann hvert år under monsunen. Sletten Bada med det tørre elveløpet i midten deles mellom Eritrea og Etiopia.
De eritreiske styrkene gikk til angrep på militsen, og gjenerobret sletteområdet Bada i juli-august 1991. Men militsen som hadde trukket seg over grensen, fortsatte sin motstand mot både eritreerne og etiopierne. I 1995 hadde en ny afarisk organisasjon, Afar Revolutionary Democratic United Front (ARDUF) startet åpen krig med de etiopiske regjeringsstyrkene i Afarregionen. I 1997 samarbeidet Eritrea med den etiopiske regjeringen i krigen mot ARDUF, som mistet de fleste baser, inkludert deres besittelser i grenseområdet Bada. ARDUF hadde gått til angrep på eritreerne i Bada, som hadde tatt seg over grensen til tettstedet Adi Murug. Etiopiske regjeringsstyrker kom til Adi Murug, der de den 24. juli 1997 kastet ut den eritreiske administrasjonen.
Etter konflikten om Bada sendte president Afwerki et brev den 25. august 1997 til statsminister Zenawi i Addis Abeba med et forslag om å lansere en kommisjon for å demarkere den gjeldende grensen mellom Eritrea og Etiopia. Kommisjonens første møte fant sted i Asmara 13. november 1997. Utover en forståelse om å respektere status quo langs grensen, ble samtalene utsatt til 8. mai 1998.

Den eritreiske utenrikspolitikken

Den nye staten hadde en aggressiv måte å markere sin nye posisjon overfor nabolandene i regionene, i løpet av 1990-tallet hadde Eritrea kommet i konflikt med samtlige av nabostatene Sudan, Jemen, Djibouti og sist Etiopia. 
Den første konflikten var med Sudan, en viktig støttespiller for den eritreiske frigjøringsbevegelsen under uavhengighetskrigen. Forholdet mellom Sudan og det selvstendige Eritrea ble anstrengt etter gjensidige beskyldninger om å ha trent og utstyrt opprørere. Eritrean Islamic Jihad (EIJ) allerede i 1993 hadde startet de første angrepene, og Eritrea beskyldte Sudan for å ha støttet opprørere fra EIJ. Som svar på dette anklaget den sudanske regjering Eritrea for å trene sudanske opprørere. Konflikten ble ytterligere tilspisset i 1996 da Eritreas regjering overdro den sudanske ambassadebygning i Asmara til den sundanesiske motstandsbevegelsen National Democratic Allianse (NDA). Som svar på dette styrket Sudan forbindelsen med Etiopia og lot eritreisk opposisjon operere i Sudan etter krigsutbruddet mellom Eritrea og Etiopia. De diplomatiske forbindelser ble gjenopprettet, men gjensidig mistro mellom regjeringer i Sudan og Eritrea vedvarte i mange år.
I 1995 gjorde eritreerne krav på Hanish-arkipelet på grunnlag av at dette området var administrert av den italienske kolonien fra 1923 til 1941, dessuten hadde EPLF frigjøringsfronten flere mindre baser på øyene for deres styrker under uavhengighetskrigen i 1970-tallet. Etter mislykte forhandlinger ga Eritrea Jemen et ultimatum om å trekke ut sine soldater og sivile fra de omstridte øyene i løpet av en måned. Åpen krig brøt ut etter at det eritreiske militæret gikk til angrep den 15. desember 1995. Etter tre dager med kamp var all motstand slått ned, og den største øya, Hanish al-Kabir, var okkupert av eritreerne. Etter internasjonal megling aksepterte Eritrea og Jemen forslaget om å bringe saken inn for den internasjonale domstolen for voldgiftssaker i Haag. Voldgiftsretten i oktober 1998 konkluderte med at Hanish arkipelet medregnet Hanish al-Kabir er underlagt jemenittiske suverenitet. Eritrea gav tilbake øyene til Jemen i november 1998.
De diplomatiske forbindelser mellom Eritrea og Djibouti ble brutt på grunn av beskyldninger under den eritreisk-etiopiske krigen fra Eritrea om at Djibouti støttet Etiopia. Samtidige anklaget Djibouti sitt naboland for å støtte den afar-dominerte opprørsbevegelsen i landet som hadde vært i en krig med regjeringen i årene mellom 1991 og 2001. De diplomatiske forbindelsene ble gjenopprettet i 2000, men som med Sudan hadde forholdet blitt anstrengt og forsuret med en del mistro mot hverandre.

Den eritreiske innmarsjen i grenseområdene

Uten forvarsel dro den eritreiske delegasjonen i kommisjonen for fastsettelsen av grensen fra Addis Abeba om morgen 8. mai. Avreisen skulle bli begynnelsen på en akutt periode med økende spenning langs den eritreisk-etiopiske grensen i de neste dagene. Etiopiske myndigheter registrerte militære forberedelser med konsentrasjon av tropper på den eritreiske siden av grensen mot Badme med økende uro, deres forsvarsstyrker mot nordgrensen bestod kun av milits og politienheter uten kapasitet for et effektivt forsvar. Regimet i Addis Abeba lenge hadde ansett nordgrensen for å være relativt sikkert uten et behov for regulære grensetropper. 
Omtrent kl. 05.30 om morgen den 12. mai 1998 startet eritreiske væpnede styrker et overraskelsesangrep på byen Badme og omkringliggende grenseområder i distriktene Tahtay Adiabo Wereda og Laelay Adiabo Wereda. De eritreiske troppene i en størrelsesorden på mellom to og tre brigader støttet av stridsvogner og artilleri avanserte over den flate Badmesletten til høyere grunn sør og øst for byen. De lokale forsvarsstyrkene, som ikke kunne stå mot den eritreiske overmakten, ble tvunget på retrett fra byen og omkringliggende landsbyer etter kort motstand. Flere titalls etiopiske militære og sivile samt eritreiske militære omkommet under kampene om de taktisk viktige høydene i dagene mellom 12. og 20. mai 1998. I all hast ble etiopiske regulære troppene sendt til Badme der de klarte å holde stand, men kunne ikke frarive eritreerne de taktiske posisjonene som kontrollerte Badme-regionen.
Den etiopiske reaksjonen på den eritreiske innmarsjen den 13. mai var resolutt, etter å ha varslet FNs sikkerhetsråd om at det hadde oppstått en krigstilstand på nordgrensen mot Eritrea ble landets styrker mobilisert som respons på den eritreiske aggresjonen. Etter at de etiopiske troppene med artilleri hadde kommet i styrke til høydene foran Badme ved 22. mai, ble kampene meget raskt eskalert til intense sammenstøt med bruk av tung ildkraft. En andre front ble åpnet i Tsorona-Zalambessa grenseregionen langs hovedvegen fra den eritreiske hovedstaden Asmara til den tigraiske provinshovedstaden Mekele via den strategiske viktige byen Adigrat av eritreiske styrker 30. mai 1998. Den eritreiske offensiven erobret grensebyen Zalambessa 3. juni etter kraftige kamper med forsvarerne som ikke hadde ventet et større angrep på et mindre omdiskutert område enn Badme. De første pressemeldingene etter at Zalambessa var erobret, tydet på opptil femti omkomne under angrepet.
En tredje front ble åpnet av de eritreiske troppene fra vegen til havnebyen Assab langs den østlige delen av den eritreisk-etiopiske grensen i Bure grenseregionen. Medregnet dette hadde mindre fremstøt over grensen hendt i Irob og Bada litt vest for Bure, samt Alitiena som ble erobret opptil tjue kilometer dypt inn i Etiopia i dagene mellom 31. mai og 3. juni. De verste kampene i året 1998 foregikk på den tredje fronten mot øst, med flere tusen soldater mot hverandre nær vitale beliggenheter som vannreservoaret på den etiopiske delen av Bure. Den eritreiske innmarsjen med tropper i flere bataljoner fra 525. og 491. divisjon ble stoppet i et blodig slag av de lokale forsvarerne inkludert afar-milits og etiopiske regulære den 11. til 12. juni. Etiopierne hevdet i en pressmelding å ha tatt nitti eritreiske soldater til fange og observert «480 døde» etter fienden.
De større regulære sammenstøter fra 22. mai til 11-12. juni på tre fronter var intense og blodige etter hvert som de etiopiske troppene kom til og klarte å tette til på deres forsvarslinjen mot den eritreiske innmarsjen som bare var sluttført med de fleste objekter erobret i grenseregionen Badme. Ved 7. juni hadde det første større etiopiske motangrepet funnet sted mot høydedraget øst for byen Zalambessa som ifølge pressemeldinger var angrepet av tropper fra minst to divisjoner. Det eritreiske forsvaret var for sterkt, og etiopierne oppga sitt motangrepet den 11. juni. Men på Badme-fronten hadde et nytt motangrep av etiopierne tatt tilbake høyden Erde Mattios ti km nordvest for Sheraro i dagene fram til 15. juni. Flere hundre skal ha blitt drept og skadet, etiopierne erklærte et tap på 38 døde og opptil 250 sårede og savnede. Kampene øst for byen Badme på Badme-fronten er sagt å ha kostet opptil ett tusen liv i over en uke.

Flyangrepene

Om morgen kl. 09.45 5. juni 1998 kom to EtAF MiG-23BN angrepsfly lavt over flyplassen i Asmara og åpnet ild, og slapp deretter sine bomber. Under angrepet ble et Boeing 727 passasjerfly fra flyselskapet Aero Zambia og to hangarer truffet. På utsiden av flyplassen ble busstasjonen truffet av en bombe, en person ble drept og fem andre skadet. Det eritreiske luftvernet konfronterte de to flyene og skjøt ned det ene som styrtet i forstedene utenfor hovedstaden. Piloten som klarte å berge seg, ble tatt til fange av eritreerne som startet forberedelser til et gjengjeldelsesangrep. Senere om ettermiddag den samme dagen, fløy to eritreiske MB-339FD fly mot byen Mekele, provinshovedstaden i Tigray under et kontroversielt flyangrep. Det har blitt meldt om at klasebomber var brukt mot et fabrikkanlegg utenfor flyplassområdet, noen av bombene på avveie truffet en skolebygning og nærliggende boliger der minst 44 sivile var meldt drept, andre 135 skadet.
Få timer etter det innledende flyangrepet på Asmara organiserte USA en rask evakuering av utenlandske borgere fra Eritrea med innleide passasjerfly. Allerede den første dagen ble den første gruppen på 190 sivile evakuert med en Airbus A300. Flyangrepene forsterket sjokket på den internasjonale opinionen som hadde vært i troen om at Eritrea og Etiopia fremdeles var nære venner, bare få måneder tidligere hadde president Clinton lovpriste forholdet mellom de to nabolandene. Flyangrepene kom som en kraftig vekking på verden, fulgt av de første internasjonale anmodninger om å stoppe stridighetene. På begge sider hadde man allerede begynte å bli kraftige preget av krigsutbruddet, som under et intervju av sjefen for det eritreiske flyvåpenet (ERAF), brigadegeneral Habte Sion Hadgu, til Reuters beviste: «En mot ett hundre – det er en valutakurs!» Om utsagnet fra 9. juni tok utgangspunktet i begivenhetene den 5. juni, er fortsatt uklart.
På nytt ble angrepet på flyplassen i Asmara gjentatt av EtAF med to MiG-21 fly om morgenen den 6. juni, men tung luftvernsild skjøt ned det ene flyet mens det andre ble skadeskutt og tvunget vekk. Piloten på det nedskutte flyet ble tatt til fange. Den etiopiske krigsfangen, oberst Bazbeh Petros, hadde en fortid som fange hos eritreerne i 1980-årene under uavhengighetskrigen før løslatelse i 1991. I forbindelse med evakueringsoperasjonen av utenlandske borgere i Eritrea gikk regjeringen i Addis Abeba med på å innstille sine flyangrepene på Asmara flyplass. I løpet av kvelden og frem til tidlig om ettermiddagen den 7. juni var 1 500 utenlandske statsborgere evakuert med fly fra flere land deriblant et Luftwaffe Airbus A310 transportfly.
I mellomtiden ble de eritreiske bakkestyrkene støttet av «macchi»-jetfly på Badme-fronten og Tsorona-Zalambessa-fronten mot de etiopiske styrkene. De etiopiske luftvernstyrkene som støttet deres egne bakkestyrker, tok opp kampen med de eritreiske macchi'ene. Allerede den 6. juni ble et MB-339 fly skutt ned nord for Mekelle. Dagen etterpå ble de eritreiske macchi'ene på nytt satt inn mot de etiopiske bakkestyrkene i Badme-fronten ved Erde Mattios. Etiopierne kom med påstander om minst tretti omkomne under et angrep på et lokalt sykehus 7. juni. ERAF, som hadde oppnådd suksess som taktisk støtte for bakkestyrkene mot det etiopiske motangrepet, ble mer aggressive. Om morgenen den 12. juni dukket to eritreiske Mi-8 helikoptre utstyrt med bomber opp under et angrep mot en farmasøytisk fabrikk i byen Adigrat. Mindre skader ble forårsaket. Noen få timer senere kom fire macchi'er til angrep på flere mål i den samme byen. 4 omkomne i tillegg til 30 andre skadet ifølge etiopiske pressemeldinger.
Den amerikanske presidenten klarte å megle fram en overenskomst mellom regjeringene om å ikke angripe befolkningssentra i hverandres land med flystyrker fra den 14. juni 1998.

Den første våpenhvilen

Etter 11. juni ble kampene gradvis mindre intense, og ble deretter avløst av sporadiske sammenstøt mellom styrker som gravde seg ned langs deres stillinger i de tre fronter langs grensen. OAU, USA, Rwanda og Russland startet en felles innsats om å megle fram en diplomatisk løsning etter krigsutbruddet. Fra den 3. august 1998 ble det omsider inngått en avtale om våpenhvile mellom partene, men perioden var blitt benyttet av både etiopierne og eritreerne til en voldsom opprustning med omfattende våpenkjøp i det internasjonale markedet for våpen. Begge landene brukte flere hundre millioner dollar på nytt militært utstyr til deres styrker som hadde blitt mobilisert i løpet av sommeren. 
En fredsplan på fire punkter ble utarbeidet av utsendinger fra USA, Rwanda og OAU, om en tilbaketrekking av styrker på begge sider tilbake til deres stillinger før krigsutbruddet. Forslaget til denne fredsplanen var allerede lagt på bordet den 30. mai, og senere akseptert av OAU for det planlagte fredsmøtet den 7. november. Eritrea avslo denne fredsplanen og krevde i stedet en demilitarisering av alle omstridte områder langs grensen under overvåkning av nøytrale makter, dessuten ønsket man direkte samtaler med Etiopia.
Etiopiske myndigheter som hadde mobilisert sine styrker, avtalte oppkjøp av krigsmateriell og assistanse for opplæring og veiledning av deres personell for benyttelse av våpnene med det russiske selskapet Rosvoorouzhenie. En gruppe av tidligere offiserer i det russiske militæret dro sammen med de store leveranser av våpen og utstyr til Etiopia i senhøsten 1998. Afwerki i Asmara som hadde fått rede på den innleide militærhjelpen, truet med å henrette alle utenlandske leiesoldater tatt til fange av eritreiske militære. EtAF som bare hadde tjue piloter og få operasjonelle fly tilbake, ble satt i beredskap på nytt i løpet av kort tid ved hjelp av de østeuropeiske instruktører som også lærte etiopiske piloter om hvordan å fly det nyeste tilskuddet: Sukhoi Su-27.
Det eritreiske militæret som under uavhengighetskrigen mot det etiopiske derg-styret hadde utviklet en ekspertise på skyttergravskrig i moderne omgivelser, startet arbeidet med en befestet forsvarslinje langs en skyttergrav på skråningene av høydene øst for byen Badme på Badme-fronten. Samtidig ble store mengder av våpen, ammunisjon, fly og annet beordret av regjeringen i Asmara som forsterket ERAF flyvåpenet med 5 MiG-29 jagerfly, 1 MiG-29 UB treningsfly og 4 Mi-17 helikoptre. Fra Kina og Øst-Europa var massive våpenleveranser i 1998 og 1999 sendt til de krigførende landene.
Etter hvert som forhandlingene fortsatte uten en løsning i sikte, ble den etiopiske frustrasjonen større etter nyttåret. Man hadde allerede gått med på den amerikansk-rwandiske fredsplanen på fire punkter, men Eritrea var ikke villige til å gå med på en tilbaketrekking. Muligens kom dette av frykt for en gjentakelse av utfallet av okkupasjonen på Hanish-øyene. Allerede i januar 1999 begynte etiopierne de første forberedelser på å bryte våpenhvilen, og FNs generalsekretær Kofi Annan den 27. januar erklærte at han var «meget bekymret» over utviklingen.

Opptrappingen

Den etiopiske regjeringen trengte en unnskyldning for et brudd på våpenhvilen, noe som kom med en pressmelding om et eritreisk flyangrep med to MB-339FD fly den 5. februar 1999 på et drivstoffdepot i byen Adigrat 48 km dypt inn i Etiopia. Siden juni 1998 hadde denne byen blitt den viktigste militærbase for den militære oppbyggingen av styrkene mot Badme-fronten i vest og Tsorona-Zalambessa-fronten i nordvest. Dagen etterpå startet krigen på nytt, men påstanden om flyangrepet var senere trukket tilbake. 
Fremskutte posisjoner på den eritreiske forsvarslinjen ble underlagt angrep med kamphelikoptre og bombefly som MiG-23BN, deretter av bakkestyrker med stridsvogner. På Badme-fronten om morgenen 6. februar hadde tre etiopiske brigader rykket over den flate sletten mot et høydedrag ved landsbyen Geza Gerlase/Gezagerehlase. Etter fem dager hadde etiopierne tatt seg syv kilometer fremover og tatt flere befestede stillinger sammen med to eritreiske stridsvogner. Den eritreiske motstanden var sterk, men fremstøtet var begrenset for å teste forsvarsevnen. Flere hundre hadde trolig blitt drept, og opptil ett hundre eritreere skulle ha blitt tatt til fange. Etiopia kom med påstanden om «fire tusen falne».
Den etiopiske militærledelsen anså i deres krigsplan for året 1999 perioden fra 6. februar som en opptrappende fase for å teste og kartlegge den eritreiske forsvarsevnen med sin kapasitet i forkant av en storoffensiv. Femten kilometer inn i Eritrea ble en radarstasjon beskutt med 152mm artilleri som rammet sivile i Adi Quala 7. februar. Fra den 8. februar lanserte etiopierne et angrep i Tsorona-Zalambessa-fronten med styrker fra 20. og 24. divisjon på tre fremstøter fra Haddeshadi mot to landsbyer holdt av eritreerne. Eritreerne slo tilbake angrepet som var sagt å bestå av minst ti tusen soldater med stridsvogner. Fra dette tidspunktet skulle begge parter komme med erklæringer om fiendtlige tap. Eritrea erklærte et fiendtlig tap på «1500 døde og 3000 sårede» mens Etiopia hevdet «3000 eritreiske falne».
Etter de etiopiske angrepene hadde blitt bremset av eritreerne ved 10. februar, begynte en serie av luftangrep og artilleriangrep langs de tre frontene over de neste ukene. Antonov An-12B transportfly i tjeneste som bombefly om natten bombet militære mål mens Mi-24 kamphelikoptre gang på gang beskjøt mindre objekter med maskinkanon og raketter langs den eritreiske forsvarslinjen. Om morgenen den 14. februar ble et av de to Mi-24 helikoptre skutt ned på Bure-fronten 72 km sør for Assab. Nedskytningen ble raskt etterfulgt av hektisk aktivitet fra den etiopiske siden på Bure-fronten med daglige artilleri- og flyangrep. Deretter ble installasjoner for logistisk støtte til det eritreiske militæret bombet av MiG-23BN flyer frem til 23. februar. 
Den etiopiske general Samora Yunis kommenterte dette: «Eritreerne kan dette med å grave skyttergraver, og vi er gode på å omvende skyttergraver til faktiske graver. De vet dette, for vi kjente hverandre veldig godt.» Det etiopiske militæret respektere eritreernes ferdigheter i skyttergravskrigføring, men var kjent med eventuelle svakheter.
Mens stridighetene fortsatte på de tre fronter langs grensen, intervenerte EU i konflikten med et diplomatisk fremstøt ledet av den tyske ministeren Ludger Volmer i samarbeid med OAU. Flere resultatløse møter fant sted i Addis Abeba og Asmara som opplevde meget hektiske diplomatisk aktivitet i februardagene.

Operasjon Solnedgang

Om morgenen den 23. februar 1999 fra kl. 04.30 startet det største slaget hittil i krigen etter store etiopiske tropper i en størrelsesorden på omtrent fire korps på minst 50 000 mann støttet av tungt artilleri, pansrede enheter med stridsvogner og kamphelikoptre samt angrepsfly startet et bredt angrep langs en seksti kilometer lang front. Objektet for de etiopiske styrker som startet tre separate fremstøter, var gjenerobringen av høydene øst for byen Badme som kontrollerte Badme-regionen. Det eritreiske forsvaret var ikke mindre formidabelt med en meget sterk forsvarslinje bemannet med opptil 40 000 mann og kvinner fra tre korps langs en enkelt skyttergrav som forbandt bunkere, befestede posisjoner og forposter samt kommunikasjoner. Kodenavnet «Operasjon Solnedgang» for det etiopiske angrepet på Badme-fronten kom av president Afwerki` utsagn om en eventuell tilbaketrekning: «Å forvente at Eritrea skulle retirere er like sannsynlig som solen ikke skulle stige opp.» Derav etiopiernes noe ironiske valg av kodenavn.
I tre dager raste de meget blodige kampene om herredømmet i regionen Badme. Ved hjelp av rå kraft konsentrerte etiopierne seg om tre utvalgte sektorer, og etter flere timer i den samme dagen som angrepet startet, hadde ett fremstøt brutt gjennom. En inntrengningsåpning hadde blitt skapt på Gernhalo/Gamhalo-sektoren, og kort etterpå hadde bresjen blitt utvidet til et brohode mot det viktige området Deda som kom under angrep fra flankene. De eritreiske troppene som tidligere hadde stoppet etiopiske angrep med hell, ble overrumplet og tvunget på defensiven under angrep fra flere kanter mens man var underlagt sterkt angrep med artilleri, raketter og bomber. Et eritreisk motangrep 24. februar ble slått tilbake, deretter startet de eritreiske offiserene som hadde innsett at forsvarslinjen ikke kunne holdes, en retrett i god orden nordvestover og vestover ut av Badme-regionen. Etter å ha tatt Deda og byen Badme under deres kontroll, rykket de etiopiske troppene fram til like utenfor den eritreiske byen Senafe.
Slaget om Badme fra den 23. februar hadde sluttet med en militær seier for det etiopiske militæret som hadde slått og drevet vekk tre korps oppgitt til 40 000 soldater samt sytti stridsvogner i løpet av tre dager. Den nye forsvarslinjen mot elven Mereb i vest og nordvest ble ikke angrepet av de fremrykkende etiopiske styrker som skal ha lidd meget stor tap under et slag som var beskrevet som «et slag fra den første verdenskrigen utkjempet med moderne våpen». Som ventet, etiopierne meldte fra i en pressemelding at de hadde påført eritreerne et tap på «10 000 falne» mens Eritrea erklærte at det etiopiske tapet skulle være «9 000 døde og 12 000 sårede», tilsammen hevdet begge sider at over tretti tusen var drept, skadet og tatt til fange. Det er lite med selvstendige kilder om de militære tapene under slaget om Badme. Men det er sikkert at tusener hadde omkommet i løpet av dagene fra 23. til 26. februar 1999.
Den eritreiske presidenten Afwerki aksepterte 27. februar formelt fredsplanen betegnet som OAU peace Framework som OAU hadde tatt fram under fredsmøtet i november 1998. FNs sikkerhetsråd bad som respons på dette partene om å stoppe krigshandlingene. Etiopierne hadde blitt noe skeptisk ovenfor oppriktigheten hos Afwerki og minte om at andre omstridte områder utenom Badme fremdeles var under eritreisk kontroll. Med dette i bakhodet nektet etiopierne å akseptere at eritreerne hadde fullført de første betingelser i fredsplanen, og bare forsøkt å vinne seg tid for å reorganisere sine styrker. Etiopia erklærte den 6. mars at krigen vil fortsetter.

Slaget om Tsorona

I håp om å gjenta suksessen fra Badme-fronten startet etiopierne en offensiv på Tsorona-Zalambessa-fronten om morgenen den 14. mars 1999. Allerede om kvelden dagen før hadde et massivt bombardement av de eritreiske stillinger startet med granater og bomber, og dette fortsatte frem til morgengryet. På denne fronten ligger byene Tsorona og Zalambessa samt Hazemo-sletteområdet som strekker seg inn i Eritrea i retning Asmara. Langs den lange fronten forsøkte titusener av etiopiske soldater å bryte gjennom den eritreiske forsvarslinjen i separate fremstøt på forskjellige steder. 
Eritreerne hadde tatt lærdom fra slaget om Badme og gravde ut to ekstra skyttergraver og skapte dermed et bedre forsvar i dybde i tillegg til den ene skyttergraven fra før. Den etiopiske offensiven som klarte å bryte seg gjennom de to første skyttergravene, ble stoppet foran den tredje og siste skyttergraven. Det eritreiske forsvaret mot de fremrykkende etiopiske tropper som hadde blitt stoppet i det åpne, var morderisk effektivt og hundrevis, om ikke tusener, ble drept i angrepene.
Vestlige journalister ble kort etter den etiopiske offensiven var oppgitt den 16. mars ført til et lite område ved Tsorona som hadde sett et gjennombruddsangrep forvandlet til et blodbad med stor tap for etiopierne. Minst tjue vrak etter panserkjøretøyer og flere hundre døde ble funnet på et område på få hundre meter bredde. Taktikken fra slaget om Badme fungerte ikke lenge ovenfor et forsvar i dybde, og som journalistene bevitnet, fulgt til meget smertelige tap som løftet den eritreiske stridsmoralen flere hakk oppover. 
Den viktigste årsaken bak nederlaget var at etiopierne ikke hadde overraskelsesmomentet med seg som på Badme-fronten og at eritreerne i forveien hadde konsentrert sine beste styrker på Tsorona-Zalambessa-fronten. Eritrea erklærte å ha påført etiopierne et tap på «10 000 døde og sårede» mens Etiopia i ettertiden mente at eritreerne hadde et tap på «9 000 falne». De offentlige tapstallene var blitt en del av propagandakrigen mellom partene.

Det første slaget ved Mereb

Det heldige utfallet av slaget om Tsorona oppmuntret eritreerne til å lansere en offensiv på de etiopiske styrker som hadde tatt seg over tjue kilometer inn i Eritrea, fra deres posisjoner langs den tørre elven Mereb. Det første av tilsammen tre hovedslag ved Mereb i året 1999 startet den 17. mars 1999. Forhold fra den første verdenskrigens vestfront gjentok seg mellom de to lands styrker.
Badme-fronten var blitt avløst av den såkalte Mereb-Setit-fronten med den nye eritreiske forsvarslinjen reist langs Mereb i nordvest og nord mot byen Shembeko, deretter fjellterreng over til elven Setit i sørvest. De topografiske forholdene i dette området var ikke like beleilige for verken offensive eller defensive operasjoner som annetsteds, dette fulgte til stadige skiftende betingelser taktisk sett mellom troppene som sloss med hverandre. Fronten mellom Mereb og Setit i nordvest og sørvest samt Badme i øst ble en lang og seig kamp om hver eneste høydetopp med ild fra skråninger og fjellskrenter samt flate dalsøkk.
Det første slaget ved Mereb fra 17. til 29. mars sluttet med et nederlag for det eritreiske militæret som led store tap mot de forberedte etiopiske forsvarsposisjonene støttet av tungt artilleri og kamphelikoptre. De eritreiske troppene som forsøkte å bryte gjennom sterke stillinger for å gjenerobre Badme, ble slått tilbake i større angrep og sprede fremstøt under en offensiv Etiopia hevdet hadde sett et eritreisk tap på «13 700 døde, sårede og fanger» senest den 26. mars. De etiopiske tapene i sammenligning er ikke presist kjent. Det siste eritreiske angrepet som fant sted 29. mars med tropper fra fem brigader var slått tilbake med et tap på «3 400 døde og sårede».
Ved 26. mars hadde Etiopia kommet med en pressemelding med påstander om at Eritrea siden 23. februar på en måned hadde et tap på over «45 000 døde, sårede og fanger», hvorav 22 500 under slaget om Badme, 9 000 under slaget om Tsorona og 13 700 under det første slaget ved Mereb.

Det andre slaget ved Mereb

Daglige trefninger og skuddvekslinger med mitraljøser eller artilleri fortsatte på de tre frontene langs den eritreisk-etiopiske grensen, men Mereb-Setit-fronten var den meste aktive krigsskueplassen på våren og sommeren 1999. I mellomtiden lanserte det etiopiske luftvåpenet EtAF av og til luftangrep dypt inn i landet Eritrea, som ved havnebyen Massawa den 16. mai. 
Fra den 22. mai hadde større stridshandlinger funnet sted på Mereb-Setit-fronten, og den eritreiske talsmannen Yemane Gebremeskal forklarte under en pressekonferanse utbruddet med at dette var et etiopisk angrep med en størrelsesorden på en eller flere divisjoner. I en pressemelding hevdet Etiopia at dette var en eritreisk offensiv mot Badme med fire brigader på rundt 12 000 mann og kvinner.
Det andre slaget ved Mereb om de strategiske viktige høydene vest og nordvest for byen Badme, sluttet med et eritreisk nederlag i dagene mellom 22. og 27. mai 1999. Etiopia hevdet de hadde påført motparten et tap på 400 døde og 1500 sårede ved 25. mai, deretter 865 døde og over 1600 sårede ved 27. mai. Eritrea mente de hadde påført det etiopiske militæret et tap på 405 døde og 825 sårede, senere 785 døde og 1800 sårede. Ingen av disse oppgitte tapstallene kunne bekreftes på annet hold. Men flere titusener soldater hadde utkjempet et slag ved elven Mereb og byen Badme i fem dager.

Det tredje slaget ved Mereb

Den tredje og siste eritreiske offensiven for gjenerobringen av Badme ble startet på Bure-fronten langt mot øst den 10. juni. Mindre fremstøt fungerte som en avledningsmanøver for å trekke til seg reservetropper. På ettermiddagen startet et voldsomt bombardement langs Mereb-Setit-fronten fra den eritreiske siden som forberedelse på noe som eritreiske pressemeldinger erklærte som en «motoffensiv». Et etiopisk angrep med to divisjoner skulle ha startet stridshandlinger, ifølge den eritreiske parten. Dette ble blankt avvist av etiopierne, som mente at de var utsatt for en sterk offensiv på deres forsvarslinje mellom elven Mereb og byen Badme.
Det tredje slaget ved Mereb ble en større suksess for de fremrykkende eritreiske troppene, som etter flere dager klarte å trenge seg gjennom forsvarslinjen og opp i høydene. Dette provoserte etiopierne til å lansere meget sterke motangrep for å gjenerobre det som hadde gått tapt, og eritreerne forsøkt å bryte gjennom til slettelandskapet rundt byen Badme. Deres lengste avansementer var, ifølge en eritreisk offiser, bare fem kilometer fra byen. I to omganger og mindre oppblussninger, fortsatte det blodige slaget fram til 29. juni, avbrutt av «rolige» perioder med fly- og artilleriangrep. Den første omgangen var fra 10. til 19. juni, den andre omgangen fra 25. til 29. juni.
Den eritreiske offensiven som startet med massiv bombardement med artillerigranater og raketter, fulgt av meget store tap for begge parter. Infanterister støttet av stridsvogner måtte gå til angrep mot befestede posisjoner i variert terreng med høydetopper og fjellskråninger, uten mulighet for å redusere deres eksponering mot fiendtlig ild. De døde som ble liggende der de falt, var mulig å identifisere på deres fottøy – de eritreiske hadde sandaler på seg mens de etiopiske hadde militærstøvler.
Det har blitt antatt at det tredje slaget ved Mereb er det største enkeltslaget i krigen etter antall deltagende soldater, over tretten eritreiske divisjoner hadde kjempet mot over syv etiopiske divisjoner. En divisjon i den eritreisk-etiopiske krigen kunne ha mellom 6 000 og 10 000 mann og kvinner. Over ett hundre tusen soldater hadde deltatt i slaget. Som sedvanlig oppga begge parter sine beregninger over fiendtlige tap. Eritrea mente at de hadde påførte Etiopia et tap på over «21 000 soldater» mens Etiopia på sin side hevdet at eritreerne hadde et tap på «24 450 døde, sårede og fanger». Bare i den andre omgangen 23. til 29. juni hevdet Etiopia de hadde påført eritreerne et tap på «5 590 døde og sårede» samt 11 fanger.
De tre blodige slagene ved Mereb fra mars til juni 1999 skulle ifølge pressemeldinger fra begge parter ha kostet over femti tusen omkomne, sårede og fanget for de militære styrkene. Kort etter det tredje slaget var avsluttet, ble det erklært at mellom 70 000 og 100 000 soldater var falt under kampene siden krigsutbruddet.

Stillstanden

Ingen av partene hadde kommet nærmere en militær løsning på konflikten, som hadde kjørt seg fast i  løpet av sommeren, og den årlige monsunen på høsten og vinteren nærmet seg. Den glohete sommeren hadde tørket ut landskapet langs grensen som er gjennomskåret av uttørrede elveløper og våtmark som raskt blir oversvømmet med regnet. Det ville ikke ha vært mulig å innlede større operasjoner før enn tidlig i det neste året, dermed var en skrøpelig stillstand oppstått mens begge parter forberedte seg på det neste året. 
Diplomatisk sett ble årstiden meget intens mens det rådet stillstand mellom styrkene på de tre frontene. USA og Algerie støttet av OAU, EU og FN forsøkte å få bilegge konflikten med diplomatene Anthony Lake som representerte USA og Ahmed Ouyahia som representerte Algerie, i spissen. Eritrea annonserte 14. juli at de sluttet seg til fredsplanen basert på tre hovedtekster for en avslutning på krigen: enigheten om en rammeplan (the Framework Agreement), den formelle planen (the Modalities) og den tekniske enigheten (the Technical Agreement). Men eritreerne gjorde verden oppmerksom på den kontroversielle deportasjonen av etiopierne med eritreiske pass, og etiopierne reagert ved å sette seg på bakbeina. Forhandlingene ble langvarige og frustrerende for samtidige parter, der begge krigsførende parter gradvis manøvrerte seg om hverandre under kraftige press fra USA, EU, OAU og FN.
Den etiopiske fremferden under forhandlingene på senåret skyldtes statsminister Meles' hensikter om å fremstille Etiopia som et offer for eritreisk aggresjon, og forsøkte å vinne seg ryggdekning internasjonalt sett, men endte opp med å skape sterk frustrasjon med kraftig kritikk mot Etiopia. Et viktig møte fant sted mellom representanter fra begge land i Alger fra 29. april til 5. mai 2000, men uten resultat. Eritrea ønsket at Etiopia også skulle slutte seg til fredsplanen, men Etiopia var av den meningen at eritreerne også måtte slutte seg til den tekniske enigheten som forutsatte en tilbaketrekning fra de omstridte områdene. Eritrea ønsket å gjøre dette først etter at en våpenhvile var innført. Dette ville ikke Etiopia gå med på.
Den amerikanske utsendingen Richard Holbrooke, på vegne av FN, dro til Addis Abeba og Asmara, men oppnådde ikke noe mer etter det siste møtet med Afwerki den 9. mai 2000. Det internasjonale institutt for strategiske studier (IISS) kom med en foreløpig konklusjon at fredsforhandlingene under krigen hadde mislyktes fordi meglerne forsto ikke dybden av konflikten hos ledelsene i begge land. Grensekonflikten var i virkeligheten en kollisjon mellom personligheter, president Afwerki og statsminister Zenawi, som ble trukket inn sentrale interesser knyttet til begge land. Med et så nært forhold i fortiden var krigen blitt meget personlige mellom regjeringene.
I mellomtiden fortsatte krigen med mindre oppblussninger. Et sivilt privatfly, fløyet av en svenske og en brite, av type Learjet 35A, kom ved en feil over grensetraktene, og ble skutt ned av etiopisk luftvern den 28. august. Et mindre slag brøt ut på Tsorona-Zalambessa-fronten den 6. september, etiopierne hevdet de hadde slått tilbake en eritreisk bataljon og påført dem et tap på «90 døde og 120 sårede». På Mereb-Setit-fronten raste et syv timer langt slag ved en mindre elv i området, etiopierne hevdet eritreerne hadde et tap på «335 falne» 23. oktober 1999. På Bure-fronten brøt et mindre slag ut sytti kilometer fra Assab den 23. februar 2000.
I den etiopiske hovedstaden hadde man konkluderte med at det ikke vil være mulig å få en aksepterbar løsning på konflikten så lenge eritreerne okkuperte de omstridte områder med sterke militære styrker. Statsminister Zenawi hadde besluttet seg for å ødelegge det eritreiske militæret, og fra den 4. mai 2000 startet de etiopiske artilleristene en tung beskytning av mål langs de tre frontene. FN reagerte resolutt på dette, og vedtok resolusjon 1298 med embargo mot våpenkjøp av begge land den 17. mai 2000.

Mereb-offensiven

De etiopiske militære planleggerne hadde forstått at en offensiv med frontalangrep på de eritreiske forsvarslinjene samtidig på tre fronter ville være kostbart for de angripende troppene. Spesielt på Mereb-Setit fronten i vest hadde eritreerne utbygd et meget sterkt forsvarssystem, omtalt av pressen som «skyline trenches» (norsk: horisontale skyttergravene) av vestlige journalister. Skyttergravene strakk seg fra bredden av elven Mereb i nordvest, til elven Setit/Tekezze i sørvest i et 100 km stort befestet område med store minefelter og bunkre. Det var ikke mulig å forsere et så formidabelt forsvarssystem uten å risikere store tap og tilbakeslag under en offensiv, dermed skulle man omgå disse forsvarsverkene på flankene. Eritreerne hadde ventet et angrep på Tsorona-Zalambessa-fronten, så etiopierne konsentrerte seg først om Mereb-Setit-fronten mot det vestlige Eritrea i begynnelsen. Strategien den 12. mai for det etiopiske militæret var basert på en knipetangsmanøver fra vest og øst i omgående angrep med et sentralt fremstøt som bandt ned forsvarerne på plassen. For dette formålet ble store styrker trent og utstyrt for hurtig fremrykking over vanskelig terreng mot strategiske posisjoner bak fiendens linjer, man tok med seg forsyninger på transportdyr som muldyr.
Etter en marsj på tre dager rykket de første etiopiske styrkene over den uttørrede elven Mereb mot fjellet Enda Ambas Simon øst for byen Shambuko på det eritreiske forsvarets venstre flanke. Man hadde ikke sikret fjellet med det omkringliggende området, i troen om at det vanskelige terrenget ville forhindre et fiendtlige angrep. Bare en mindre sikringsgruppe på et halvt tusen soldater var stasjonert for å observere grensetraktene over Mereb. 471 ble tatt til fange etter kort motstand av de numeriske overlegne etiopierne, oppgitt for å være på mellom to brigader og opptil 50 000 mann. Deretter var den viktige vegforbindelsen mellom Barentu via Shambuko og Mendefera avskåret, og bare to timer senere stormet de etiopiske troppene nedover veien mot Shambuko, mellomleddet for forsvaret mellom Mereb-Setit-fronten og den strategiske viktige byen Barentu. Samtidig startet frontalangrepet ledeført av et meget voldsomt bombardement med granater og bomber.
Den 12. mai hadde det eritreiske militæret rundt åtte divisjoner på Mereb-Setit-fronten, hvorav en tredjedel som reservetropper og to tredjedeler i forsvarssystemet med skyttergravene sørvest for byen Shambuko. Det skulle være minst 40 000 mann og kvinner (ifølge etiopierne var det 5 500 for hver divisjon) mot trolig opptil 110 000 etiopiske militære. De ble overrasket av det etiopiske angrepet ved Shambuko på deres flanke og rygg, forbindelsen med Barentu var nå truet, slik at det ble straks gitt ordre om retrett tilbake til Barentu. På mindre enn et døgn var hele Mereb-Setit-fronten oppgitt av eritreerne som opplevde kaotiske tilstander under retretten ute på det åpne under angrep fra fly, kamphelikoptre og stridsvogner.
Knipetangsmanøveren hadde ryddet rent skyttergravene, og allerede kort tid etterpå var de første midlertidige overgangsstedene for stridsvogner, transportkjøretøyer og artilleri gjort klart. De mekaniserte troppene kunne nå kjøre ute i det vestlige Eritrea som var blitt åpnet for den etiopiske offensiven fra Mereb. De eritreiske styrkene forsøkte å reorganisere seg ved Shambuko, Tokombia og Das i nord med forsterkninger i form av tre divisjoner, men ble overkjørt og tvunget på retrett i dagene mellom 13. og 16. mai av åtte etiopiske divisjoner som delte seg i to separate fremstøter, ett mot Barentu og ett mot Das.
Det eritreiske forsvaret som hadde kollapset, var tvunget nordover mot Barentu med høydedragene rundt byen og det viktige Derkebia-passet. I flere dager sloss eritreerne og etiopierne i et hardt slag om høydedragene fram til den 19. mai, deretter ble byen evakuert og overgitt til de etiopiske styrkene som uten et skudd marsjerte inn i Barentu. Dermed hadde etiopierne tvunget seg sytti kilometer dypt inn i Eritrea og tvunget over 200 000 sivile på flukt langs veien til Agordat og deretter Keren. President Afwerki hadde beordret divisjonskommandantene ved Barentu om å trekke seg tilbake til Agordat. Etter Barentu var sikret sammen med Shambuko, rykket de etiopiske troppene vestover og tok hele Gash-Setit regionen fram til byen Tesseni og grensen mot Sudan i løpet av få dager. 
Ti dager etter Mereb-offensiven startet, hadde etiopierne vunnet en militær seier som gav dem herredømme over hele sørvestlige Eritrea. Med Barentu under deres kontroll var kommunikasjoner mellom Gash-Setit-regionen og resten av landet nesten helt avskåret. Den eritreiske regjeringen forsøkte å nedtone alvoret i situasjonen ved å erklære at man hadde foretatt «en strategisk retrett» fra Barentu for å bevare sine styrker ovenfor fiendtlige suksess. Men denne taktikken som hadde vært brukt med suksess under uavhengighetskrigen mot Derg-styret, ble benyttet av Afwerki i en meget forskjellig konflikt mellom stater fremfor en frigjøringskrig. En tredjedel av landet ble oppgitt i et vakuum av den eritreiske retretten, dels overtatt av de etiopiske styrkene.
To dager etter gjennombruddet på Mereb-Setit-fronten, erklærte den etiopiske regjeringen i en pressemelding at minst åtte eritreiske divisjoner hadde blitt «ødelagt» med et tap på minst «25 000 døde, sårede og fanger». Fra Asmara erklærte eritreerne at de hadde påført det etiopiske militæret et tap på «25 200 døde, sårede og fanger» som svar på pressemeldingen fra Etiopia. Selvstendige kilder, deriblant journalister som var fløyet med helikoptre til områdene som var erobret, kunne ikke bekrefte størrelsen på disse påståtte tapstallene.

Offensiven ved Zalambessa

Fra Shambuko startet de etiopiske styrkene en avledningsmanøver langs vegen mot Mendefera sør for den eritreiske hovedstaden Asmara for å true den sentrale Tsorona-Zalambessa-fronten på det eritreiske forsvarets høyre flanke og rygg. Det strategisk viktige fjellområdet Areza foran Mendelfera ble dermed omgjort til en forsvarslinje av eritreerne, med den strategiske trusselen om en knipetangsmanøver som hadde forledet de fleste observatørene fra de etiopiske forberedelser på den sentrale fronten.
Etiopierne hadde overraskelsesmomentet med seg da de startet en stor militæroffensiv på flere objekter samtidig langs fronten fra vest til øst den 23. mai 2000. I vest rykket etiopiske avdelinger nordover mot Mai-Dema og May-Mine, sørvest for Adi Quala, sør for Mendefera, langs Mereb-elven startet mindre fremstøter fra Rama i vest til Tsorona, deretter Zalambessa-sektoren, siden Aiga-Alitiena fronten i øst. Store styrker deltok i krigens største offensiv langs den sentrale fronten på over ca. 150 kilometer fra vest til øst. Det eritreiske forsvaret var forberedt med et intakt forsvarssystem som hadde ikke vært testet på et år. Den etiopiske krigsplanen var å kutte av det eritreiske forsvaret og tilintetgjøre det. Som på Mereb-Setit-fronten den 12. mai hadde etiopierne funnet et sårbart punkt å slå igjennom, og det var det strategiske viktige fjellet Aiga nordøst for byen Zalambessa der et fjellplatå begynte mot Senafe og deretter Adi Keyh mot fjellkjeden som skilte innlandet fra kystlandet. Eritreerne hadde et svakt forsvar der fordi fjellterrenget var så krevende at man trodde et hovedangrep ikke var mulig på Aiga-fjellet.
Allerede den første dagen klarte de etiopiske troppene å ta kontrollen over Aiga-fjellet slik at et gap på forsvarslinjen var oppstått i fjellplatået bak Zalambessa. På samtidige sektorer langs fronten hadde de etiopiske styrkene klart å bryte igjennom og erobret viktige objekter i løpet av de første 24 timene etter at offensiven var startet, men trolig hadde de verste og meste brutale kampene i dette året vært sett i dagene mellom 23. og 25. mai før den eritreiske militærledelsen måtte beordret sine styrker om å retirere fra Zalambessa, Tsorona, Alitiena og Irob. Retretten foregikk i god orden, og etiopierne klarte ikke å fullføre målet med sin offensiv – å ødelegge de eritreiske styrkene som oppga Senafe og Adi Keyh langs vegen fra Zalambessa og Tsorona til Asmara før de kunne reorganisere seg på nytt.
De etiopiske troppene som hadde brutt gjennom, tok Senafe, men ble forhindret fra å ta den strategiske viktige Adi Keyh av de eritreiske motangrepene i dagene fram til den 31. mai 2000. Etter å ha stoppet i Adi Keyh, var en ny forsvarslinje langs Adi Keyh-Senafe-fronten dannet av det eritreiske militæret. Med den venstre flanken sikret i Mendefera, hadde den sentrale fronten stabilisert seg etter tapet av Tsorona, Zalambessa og Alitiena. Men flere titusener av etiopiske soldater hadde kommet meget nær hovedstaden Asmara som var kommet i en stemning av sjokk og panikk over tilbakeslagene på bare tre uker. I Addis Abeba erklærte den etiopiske statsministeren Meles Zenawi at man hadde «slått ut en tredjedel av Eritreas militæret» som ved begynnelsen på året 2000 var oppgitt på 270 000 menn og kvinner.
Samtidig som retrettsordren var sendt til de eritreiske troppene på Tsorona-Zalambessa-fronten, annonserte den eritreiske regjeringen at man ville oppgi omstridte territorier langs grensen fra den 24. mai 2000. To dager senere ble begge parter enig om å gjenta fredsforhandlingene fra den 30. mai i Algerie. Dagen etter fredsmøtet begynte, erklærte Zenawi at man hadde vunnet krigen, og ønsket å trekke tilbake de etiopiske styrkene fra det eritreiske landet til de omstridte områdene, inkludert Badme-regionen. Dette kom som et signal på utstedelsen av en erklæring i Asmara ved 29. mai om at den eritreiske retretten på samtlige fronter skulle trekke seg tretti kilometer innover i landet som en åpenbar kapitulasjon på det etiopiske kravet om en tilbaketrekning før en våpenhvile kunne være aktuelt.

Tessenei og Assab

Allerede den 1. juni ble byen Barentu evakuert av de etiopiske styrkene som startet en gradvis retrett fra den sørvestlige Eritrea, men president Afwerki, som hadde erklært at man ikke ønsket en våpenhvile før de etiopiske troppene var ute av landet, beordret sine styrker om å gå til motangrep i vest og på den sentrale Adi Keyh-Senafe-fronten. Flere blodige sammenstøt med store tap for begge parter som ble bevitnet av journalister i de første junidagene, skulle lede til flere etiopiske angrep i de neste to ukene. Og som respons på dette ble flere mål i Eritrea bombet av EtAF som på Asmara flyplass den 29. mai og Assab havneområde den 2. juni. Zenawi stoppet retretten og ønsket sikre «garantier» før man ville trekke seg fra eritreiske territorier i mellomtiden. Afwerkis regjering hadde offentlig påstått at den etiopiske retretten var et resultat av det eritreiske militærets omorganisering og motangrepene.
Oppmuntret av suksess annetsteds, startet etiopierne en offensiv på Bure-fronten som skulle ha brutt igjennom og som sto bare 37 km fra byen Assab om morgenen den 3. juni 2000. To dager senere var det etiopiske angrepet slått tilbake av det eritreiske forsvaret som mente det var opptil 50 000 etiopiske soldater på Bure-fronten. «Det første slaget ved Assab» ifølge eritreiske pressemeldinger skulle ha sluttet med seier for Eritrea som skal ha påført etiopierne et tap på «3 755 døde, sårede og fanger». Opplysningene om den etiopiske offensiven bestrides av etiopierne.
I det sørvestlige Eritrea startet eritreerne et slag om byen Tessenei med et angrep på etiopiernes venstre flanke i Gash Setit-regionen midt under retretten tilbake til Badme-regionen. «Det første slaget om Tessenei» sluttet med et nederlag den 5. juni for etiopierne, som skal hatt et tap på «700 falne». Den etiopiske militærledelsen reagerte på dette ved å stoppe retretten fra grensen mot Sudan og sendte tilbake styrker til Guluj-området sør for Tessenei. Med dette ble den vestlige delen av landet langs grensen mellom Omhajer mot Setit-elven i sør og Tessenei i nord en slagmark mellom eritreerne og etiopierne. Etter at Guluj på nytt var tatt, startet «det andre slaget om Tessenei» fra 14. juni. Etter ti timers kamp var byen gjenerobret av etiopierne som skulle ha evakuert byen uten et skudd, om det ikke hadde vært for det eritreiske angrepet som måtte hevnes.
Den siste militæroffensiven i junimåneden skulle ha startet den 8. juni på Bure-fronten, og etter fire dager hevdet eritreerne at de hadde slått tilbake den etiopiske offensiven. I en pressemelding fra 12. juni erklærte Eritrea at de hadde påført etiopierne et tap på «4 125 døde og 7 110 sårede» av opptil tjue tusen soldater i tre divisjoner under «det andre slaget ved Assab». Om den etiopiske regjeringen hadde en hensikt med de to offensivene på Bure-fronten om å erobre den vitale havnebyen Assab tross gitte løfter og en erklæring om å trekke seg ut av Eritrea, er ikke helt kjent.
De eritreiske motangrepene i det sørvestlige Eritrea og på Adi Keyh-Senafe-fronten sør for Asmara, sammen med meldinger om etiopiske angrep mot Assab,  ledet raskt til meget sterkt diplomatisk press på begge parter. Eritrea aksepterte en ny fredsplan av OAU med opphør av fiendtligheter med Etiopia 9. juni med en våpenstillstand, og Etiopia sluttet seg til det samme forslaget 14. juni etter flere dager med nøling. Statsminister Zenawi hadde omsider fått «garantier» for å fortsette retretten, og deretter kunne inngå en våpenhvile med eritreerne. Afwerki var nødt til å akseptere våpenhvile med etiopiske styrker fremdeles på eritreisk territorium.
Fredsmøtet i Algerie sluttet med at begge parter underskrev en overenskomst om våpenhvile den 18. juni, deretter skulle en buffersone være på plass for fredsbevarende tropper fra FN.

Den andre våpenhvilen

Så snart overenskomsten var underskrevet, opphørte kampene på de tre frontene fra vest til øst mellom troppene fra begge land. Den etiopiske tilbaketrekningen som hadde stoppet opp, begynte på nytt etter den 18. juni, og få dager senere var Tessenei, Guluj og Omhajer gitt tilbake til den eritreiske kontrollen. De eritreiske styrkene observerte den etiopiske retretten i de neste ukene, mens regjeringene hadde indirekte samtaler om hvor buffersonen skulle gå. De etiopiske styrkene stoppet i de forutbestemte posisjonene opptil 25 kilometer inn i Eritrea fra Badme-regionen og Tsorona-Zalambessa regionen.
Den såkalte «midlertidig sikkerhetssonen» (TSZ) som ble etablert i landet Eritrea, var på 25 kilometer i bredde som skulle patruljeres av FNs fredsbevarende styrker fra over 60 land for oppdraget UNMEE (United Nations Mission in Ethiopia and Eritrea). De første 46 observatører kom den 14. september 2000, deretter skulle over fire tusen soldater og frivillige patruljere på buffersonen. I regi av OAU skulle den fredsbevarende styrken overvåke våpenhvilen og stillstanden, frem til det var oppnådde felles enighet om hvor grensen skulle gå, to uker etter UNMEE hadde deployert seg på TSZ-sonen vil de etiopiske styrkene trekker seg ut av Eritrea. Det eritreiske militæret ville bli forhindret fra å komme inn i TSZ-sonen, men den sivile administrasjonen inkludert politi og lokalmilits ville få lov til å returnere.
Fram til UNMEE hadde fått tilstrekkelige styrker på plass for en formell overtakelse av TSZ-sonen, var det meget spent mellom begge hærer som holdt øye med hverandre langs det som skulle bli buffersonen tjuefem kilometer inn i landet. På enkelte steder var skyttergravene bare få meter fra hverandre med stridsberedte tropper meget nær hverandre. I flere måneder klarte offiserene i begge hærene å opprettholde meget streng disiplin på troppene som ikke skulle bli innviklet i uventede episoder fram til etiopierne i februar 2001 kunne evakuere den planlagte buffersonen. I de neste to månedene måtte UNMEE håndtere midlertidige kriser etterhvert som eritreerne og etiopierne trakk seg fra hverandre ifølge planen.
Den 12. desember 2000 ble konflikten formelt avsluttet med fredsavtalen i Alger mellom regjeringene i Eritrea og Etiopia, dermed var våpenhvilen som var signert den 18. juni avsluttet med en fredsavtale med bestemmelser om at man skulle respektere overenskomsten fra 18. juni, sende hjem alle krigsfanger og andre anholdte personer, og respektere avgjørelsen fra den internasjonale grensekommisjonen som ble etablert i Haag skulle treffe omkring de omstridte grenseområdene langs den eritreisk-etiopiske grensen.

Ettertiden

Etter at partene hadde inngått en overenskomst om våpenhvile med en buffersone under kontroll av fredsbevarende styrker den 18. juni 2000, hadde begge parter sluttet seg til fredsplanen som deretter ble vedtatt som en fredsavtale, signert av de to regjeringer den 12. desember 2000, og dermed avsluttet krigen og våpenhvilen. Men begge parter hadde fremdeles opptil to hundre tusen soldater stasjonert langs grensen omkring de omstridte områdene, spesielt Badme-regionen og Tsorona-Zalambessa-regionen. Bestemmelsene i fredsavtalen var at en internasjonal grensekommisjon etablert i Haag skulle treffe en «endelig og bindende» dom om de omstridte områdene, som begge parter skulle akseptere og respektere. Dessuten var en granskingskommisjon (EECC-kommisjonen) som skulle undersøke bakgrunnen for krigsutbruddet, også dannet som en av bestemmelsene i fredsavtalen.
Grensekommisjonen i samarbeid med den internasjonale domstolen for konfliktløsning i Haag vedtok den 13. april 2002 at de omstridte territoriene skulle fordeles til de respektive landene, men at byen Badme, som det meste sentrale stridsspørsmålet under grensekonflikten, skulle tildeles Eritrea. Etter dommen var gjort offisiell, lovet begge regjeringene dagen etter å godta vedtaket som en permanent løsning. Noen måneder senere uttalte den etiopiske regjeringen at man var svært misfornøyd med kjennelsen, og valgte å stille seg avvisende i strid med fredsavtalen. Man var ikke villige til å gi avkall på det fremste symbolet under krigen, Badme. 
Eritrea nektet i september 2003 å akseptere en ny grensekommisjon, og ønsket at den bindende fredsavtalen ikke skulle bli satt til side som et resultat av den etiopiske motvilligheten. Eritrea ba det internasjonale samfunnet om å legge press på Etiopia om å godta kjennelsen som man tidligere hadde forpliktet seg til å gjøre. I november 2004 aksepterte Etiopia grensekommisjonens kjennelse «i prinsippet», men ikke mer. Situasjonen virket fastlåst, etiopierne hadde allerede samtidige omstridte områder under egen kontroll og ønsket ikke å gi etter for de mindre avståelsene til Eritrea. Kjennelsen var i Etiopias favør med mesteparten gitt bort til den etiopiske regjeringen.
I den 10. desember 2005 annonserte Etiopia at man ville trekke tilbake noen av sine styrker fra den eritreiske grensen «av hensyn til fred», få dager senere begynte FN å trekke ut de fredsbevarende styrkene i UNMEE fra Eritrea. I Haag hadde den faste voldgiftsdomstolen i Haag i samarbeid med EECC-kommisjonen (Eritrea Ethiopia Claims Commission) vedtatt den 21. desember 2005 at aggresjonen i krigen var fra Eritrea, som hadde brutt folkeretten ved sitt angrep på Etiopia i mai 1998 uansett om det hadde vært mindre provokasjoner i forveien.
Etiopia og Eritrea mobiliserte på nytt sine tropper langs grensen, slik at det hadde oppstått ny frykt for at de to landene kunne vende tilbake til krig i 2006. Allerede i 7. desember 2005 hadde UNMEE og de eritreiske myndighetene kommet på kollisjonskurs med hverandre etter det var sendt ut ordre om at samtidige medlemmer av UNMEE med adresse i USA, Canada, Europa og Russland skulle forlate landet innen ti dager. UNMEEs patruljering med helikoptre ble forbudt, og etter hvert klarte ikke de fredsbevarende troppene å fullføre sine oppdrag om å observere bevegelser på begge sider av grensen. Spenningen mellom de to landene ble ikke redusert, og til tross for fredsavtalen var faren for en ny krig ikke minsket. Begge land har vært anklaget for å støtte dissenter og væpnede opposisjonsgrupper mot hverandre, Asmara ble den ledende allierte for organisasjoner i motsetningsforhold mot Zenawis regjering dominert av EPRDF-fraksjonen. Addis Abeba ble også anklaget for å ha gitt støtte til opprørere i opposisjon mot den eritreiske regjeringen.
Saken om de omstridte territoriene som skulle ha blitt løst av grensekommisjonen, ble forverret i november 2006 ved et møte mellom landene og den internasjonale grensekommisjonen. Man hadde ønsket å stadfeste grensene ved hjelp av FNs kart over de omstridte territoriene, men dette ville ikke begge land gå med på, og dermed boikottet de møtet. Etiopia aksepterte ikke kjennelsen fra april 2002, og Eritrea ønsket at grensen skulle vært markert i forveien.
USAs tidligere ambassadør David Shinn var ved utgangen av året 2007 av den meningen at både Etiopia og Eritrea hadde en for dårlig posisjon for en gjentakelse av stridigheter om de omstridte territoriene, den eritreiske økonomien har blitt svekket mens den etiopiske regjeringen måtte takle stigende opprørsaktivitet i Ogaden som hadde ledet til en etiopisk intervensjon i Somalia mot de islamistiske kreftene der. David Shinn mente at Etiopia hadde gjort kort prosess med eritreerne i mai 2000 med hæren som hadde vist seg meget slagkraftig og disiplinert, og at dette var ikke glemt i Asmara. Dessuten erklærte han at USA ville ikke akseptere et angrep fra Etiopia mot Eritrea. Dermed var konflikten blitt sittende fast i mange år med hundretusener av soldater på begge sider av grensen.
FNs sikkerhetsrådet som hadde med resolusjon 1640 i november 2005 truet med sanksjoner mot begge parter om det ikke kom fortgang på arbeidet om en løsning, vedtok å avslutte UNMEE oppdraget fra den 31. juli 2008. Dette kom som et resultat av Eritreas inngrep som drev bort de fredsbevarende observatørene fra grenseområdet i februar 2008. Generalsekretær Ban Ki-moon fryktet at en ny krig kunne bryte ut mellom eritreerne og etiopierne. I mellomtiden var Eritrea blitt en av Afrikas meste politiske isolerte stater, bekreftet av AU (Afrikansk Union) som erstattet OAU, FN og sist USA.
Demobiliseringen av de væpnede styrkene ble gjennomført i 2001 til 2003 på den etiopiske siden som hadde 150 000 soldater i ettertiden, men ikke på den eritreiske siden som fremdeles åtte til ni år senere har ikke demobilisert sine styrker som på sitt høyeste var på 400 000 soldater.

Tapstallene

Det meste kontroversielle emnet fra den eritreisk-etiopiske krigen er anslagene over de militære tapene begge land hadde under kampene, som et resultat av at propagandamaskineriet hos begge regjeringer under krigen var overdrevne, og ubekreftede opplysninger om tap av døde og sårede ble hentet fram gang på gang mens krigen raste. Samtidig var begge regjeringene opptatt med å skjule de egentlige korrekte anslagene over egne tap, at det bare var den eritreiske regjeringen som har gitt opplysninger om egne tap. Fravær av selvstendige beregninger over eventuelle tap som et resultat av krigen har gitt grobunn for spekulasjoner. Alle tallene som har blitt oppgitt, er dermed omstridte.
Tilsammen 450 000 etiopiske og 350 000 soldater har deltatt i krigen fra mai 1998 til juni 2000, man hadde klart å mobilisere over tre hundre tusen menn og kvinner av en befolkning på 3,5 millioner innbyggerne i Eritrea. Afwerkis regjering innrømte et tap på 19 000 døde og over 2 067 krigsfanger i juni 2003, men på annet hold tror man det er høyere, opptil 36 000 ifølge ministre som hadde trukket seg fra regjeringen. Zenawi har nektet å offentliggjøre sine egne tap fra krigen, men stabssjefen for den etiopiske militæret hadde oppgitt at det skulle være minst 40 000 døde på den etiopiske siden. Bare 1 067 krigsfanger var tatt av eritreerne.
En tommelfingerregel i krigstid er at det er tre-fire sårede for hver døde. Bare i året 1999 hadde begge parter erklært å ha påført hverandre tilsammen «over 120 000 døde, sårede og fanger».
Man hadde anklaget det etiopiske militæret for å ha brukt «menneskebølger» i frontalangrep for å bekjempe de eritreiske skyttergravene, men ifølge en rapport fra avisen The Independent, var det ikke sett masseangrep av denne typen. De etiopiske militære utmanøvrerte og overmannet de eritreiske skyttergravene med sin taktikk med konsentrerte gjennombruddsangrep, for deretter å rulle opp forsvarslinjen i 1999 og omgående bevegelser på deres rygg og flanke i 2000. Det har ikke vært sett åpenbare tegn på et slikt scenario om frontalangrep på bred front, selv om journalister hadde bevitnet hvordan det kunne gå galt med enorme tap som under Slaget om Tsorona i mars 1999.

Deportasjoner

Etter krigsutbruddet i mai 1998 ble innbyggere med tilknytning til motparten deportert fra både Etiopia og Eritrea. Myndighetene i begge land begrunnet deportasjonene med at motpartens borgere utgjorde en sikkerhetsrisiko i den daværende konfliktsituasjonen, men dette var i forbindelse med systematisk beslagleggelse av deres eiendeler. Det har blitt oppgitt at det var omtrent 500 000 etiopiere med eritreisk bakgrunn i Etiopia og over 110 000 etiopiere i Eritrea i mai 1998.
Mellom 50 000 og 77 000 eritreere bosatt i Etiopia som hadde fått eritreisk statsborgerskap etter 1993, i tillegg til sine etiopiske statsborgerskap, ble deportert fra midten av 1999. Med dette hadde systematiske deportasjoner av sivilbefolkning mellom statene startet, noe som skulle fortsette lenge etter opphøret av stridighetene. Fra juni 1998 frem til 2002 var opptil 75 000 etiopiske sivilister med eritreisk bakgrunn deportert av myndighetene med stempelet «Utvist uten mulighet for retur» på sine reisepapirer. De ble deportert etter at deres eiendeler var konfiskert av den etiopiske staten. Flertallet av de deporterte var velstående etter den lokale levestandarden. I senere tid hevdet etiopiske myndigheter at deportasjonene foregikk som et ledd i familiegjenforening med tidligere deporterte. 
Som gjengjeldelse startet de eritreiske myndighetene et «repatrieringsprogram» med de gjenværende etiopierne i Eritrea. Fra august 1998 til januar 1999 hadde 21 000 etiopierne gått frivillig hjem fra sitt arbeid i havnebyen Assab. Rundt 7 500 etiopiere som bodde i Eritrea ble internert i interneringsleirer, og tusenvis ble tvangsflyttet om de ikke klarte å betale en avgift på 1000 birr til myndighetene. Mellom 60 000 og 130 000 etiopiere ble deportert til Etiopia i flere år av eritreiske myndigheter før de i 2009 erklærte «repatrieringsprogrammet» avsluttet. Under krigen var etiopierne ved flere anledninger utsatt for hatforbrytelser som respons på krigens utvikling i Eritrea.