Mikroorganisme

Mikroorganismer, også kalt mikrober, er mikroskopiske organismer, det vil si selvstendige livsformer som man ikke kan se med det blotte øye. Dette er først og fremst én- og fåcellede organismer som bakterier, mykoplasmer, protozoer og flere sopp- og algearter, men også smittestoffer (som virus).
Avgrensningen av hva som regnes som mikroorganisme er ikke helt skarp. Begrepet «mikroorganismer» utgjør med andre ord ikke noen naturlig gruppe av arter som er nært beslektet med hverandre. Den er heller en praktisk motivert inndeling, fordi mikroskopiske organismer må undersøkes med andre metoder (f.eks. mikroskop) enn større organismer. Likevel regnes vanligvis ikke flercellede organismer til mikroorganismene, selv om noen av dem er så små at de ikke kan undersøkes uten mikroskop (f.eks. hjuldyr, korsettdyr, Mesozoa, midd, bjørnedyr).
Mikroorganismer kan også kalles mikrober. Ordet er avledet av de greske ordene mikros og bios, det vil si «liten» og «liv».

Helseskadelige mikroorganismer

Maten vi spiser skal ikke inneholde mikroorganismer, toksiner eller metabolitter i mengder som innebærer en uakseptabel helserisiko. Eksempler er Listeria monocytogenes i ost, og toksiner fra Staphylococcus aureus i melk. Disse er selvsagt i høyeste grad uønsket i mat. Diverse ufarlige organismer igjen kan være uønsket av andre grunner, som evne til forringelse av mat med de ikke så ubetydelige økonomiske tap det medfølger.

Gjær og mugg

Gjærsopp er en av de viktigste mikroorganismene vi mennesker har lært å utnytte. Gjær brukes i brødbaking, til produksjon av vin, øl og andre alkoholholdige drikker. Andre produkter er etanol til drivstoff, gjærekstrakter, pigmenter, probiotika. I kittmodnede oster er gjær med på å utvikle karakteristisk smak under modningsprosessen, mens i andre oster er fører gjærvekst til forringelse av kvaliteten. Gjær er tradisjonelt blitt brukt som starterkultur i produksjon av kefir og lignende produkter.
I ost er forholdene lite gunstige for bakterier. På grunn av ostens lave pH,  lave vanninnhold, økte saltkonsentrasjon og kjølige lagring er det imidlertid gode forhold for gjærsopp i ost.  
Vekst av gjærsopp på ost gir forringelse av kvaliteten i form av gassproduksjon, smaksfeil og misfarginger. Gjæren er en mikrosopp som lever enten som saprofytt eller som parasitt.  Gjær kan vokse ved lav aw, ved lav pH, i lite oksygen og ved lave temperaturer. Noen gjærsopper, som Debaromyces hansenii, Zygosaccharomyces bailii  og Z. rouxii , kan vokse på steder der det finnes salt i høye konsentrasjoner, og de kan isoleres fra saltlaken i meierier hvor saltkonsentrasjonen kan være så høy som 19-20 %. Luften i meieriet er også en kilde til kontaminering av gjær, og gjæren spres med aerosoler i luften.

Pasteurisering av melk

Gjær trives generelt best mellom 0 og 37 °C og drepes når temperaturen når 60 °C.  Pasteurisering av melken (72 ° C i 15 sekunder) burde derfor drepe gjærsopp. Til tross for dette finner man gjær i melken etter pasteurisering. Dette tyder på at noen gjær tåler høyere temperaturer.

Bakteriofager

Bakteriofager er virus som formerer seg inne i levende celler, enten det er dyreceller, planteceller eller bakterieceller. Virus har ingen metabolisme og kan ikke formere seg uten levende celler, derfor er ikke virus pr. definisjon en mikroorganisme. Men bakteriofager har stor betydning for kvaliteten av meieriprodukter som skal syrnes med melkesyrebakterier.
Når viruspartikler infiserer melkesyrebakteriene i melk som skal fermenteres, vil bakteriene lysere (sprekke) og dø. De virusene som er blitt dannet inne i bakteriecellen (mellom 10 og 30) blir frigjort når bakteriecellene lyserer. Dette fører til at aktiviteten til starterbakteriene reduseres og man får en treg pH-senkning, eller i verste fall ingen syreproduksjon i det hele tatt. Virusene formerer seg hurtig, og en eneste bakteriofag i en tank kan gi opphav til 22,000 virus på to timer, noe som er nok til å hemme melkesyreproduksjonen kraftig.

Kilder til bakteriofager

Myse inneholder et stort antall virus, og rå melk er også antatt å være en viktig kilde.

Kontroll av bakteriofager

Ved produksjon av syrekultur ved meieriet, er den mest viktige faktoren for betydning til osten kvalitet å sørge for at tanken med starterkultur ikke inneholder bakteriofager. Dette kan man oppnå ved å bl.a bruke et begrenset antall kulturer i ystingen og inokulere disse i melka aseptisk i en melketank som befinner seg i et annet rom enn der hvor ystingen skjer. Man kan rotere på forskjellige startere som har forskjellige stammer. Man kan bruke lukkede ystekar som er klorinert før bruk og tilsette starter og løpe samtidig. Ysteriet bør være fysisk separert fra området hvor separator som skiller fett fra mysa, står. Om et ystekar er infisert med bakteriofager, er det viktig å varmebehandle innholdet for å unngå spredning. Anbefalt temperatur er over 90 °C i 45 minutter.