Helligåndskirken i København

Klosterkirken

Man vet ikke mye om størrelsen på den første kirken. Bygningene er bedre dokumentert etter at de ble bygget om til kloster. Klosterkomplekset besto av fire lengder rundt en urtegård (kirkegård), hvor kirken utgjorde sydfløyen og det nåværende Helligåndshuset vestfløyen. Nordfløyen er siden forsvunnet og av østfløyen er det bare noe murverk bevart i sakristiet/prestekontoret nord for koret. 
Det eldste bildet av klosterkirken er Jan van Wijcks københavnsprospekt fra 1611 som viser en kirke med nesten samme grunnplan som den nåværende. Undersøkelser av fundamentet i 1870–årene og av murverket i 1928 har påvist at kirken opprinnelig har hatt et kortere kor, antakelig kun ett fag med flat gavl og det har vært uten tårn. Kirken lå der allerede før opprettelsen av klosteret, men alderen er vanskelig å fastslå. Den nevnes første gang i 1449, men er altså eldre. Stilmessig kunne den være fra 1300–tallet, men er snarere fra første halvdel av 1400–tallet.
Formen var en basilika med et bredt, høyt midtskip på fem fag avsluttet i øst av et korfag i samme dimensjoner. På hver side av midtskipet var et lavere sideskip på fem fag med pulttak. Utvendig var murene fagoppdelt av støttepilarer og i hvert fag et spissbuet vindu. Det var også vinduer i midtskipets murer over sideskipenes takhøyde. Taket var prydet av et gotisk spir som antas å være like gammelt som bygningen og som formodentlig har inneholdt kirkens klokker. På det nordøstlige hjørnet av koret var det bygget på et trappetårn som ga adgang til loftet og klokkene. Innvendig var midtskip og sideskip atskilt av avlange, profilerte søyler som bar arkadebuer. Hvert fag i  midtskip og sideskipene hadde krysshvelv.
Etter opprettelsen av klosteret ble det bruk for plass til munkene i koret og det ble forlenget til tre fag pluss den polygonale østenden. Bygningen hadde høyere gesims og høyere vinduer enn den nåværende. Det ble konstatert flere steder i forbindelse med H.B. Storcks renovering i 1878 og kan fortsatt sees i murverket over det østligste vinduet i koret.
Kirken hadde to portaler i det sydlige sideskipet, én i det vestligste faget og én i det østligste. Det er funnet spor etter tre dører i korets nordvegg, men de har neppe vært i bruk samtidig. I tilbygget nord for koret sees spor etter en dør i andre etasjes høyde, som fører inn i koret. Klosterets østfløy må ha hatt to etasjer, antakelig med sovesal eller celler for munkene på øverste etasje hvor de har hatt direkte adgang til kirken. Det har sannsynligvis vært en forlengst forsvunnet trapp langs veggen i koret. Rundt 1520 startet man å bygge et tårn ved østenden av det nordre sideskipet, men innen det ble skikkelig høyt, kom reformasjonen og klosteret ble nedlagt i 1530.

Sognekirken i perioden 1537–1728

Etter nedleggelsen av klosteret overtok bystyret kirken. Den ble tildelt et sogn og har fungert som sognekirke siden da. I vindusnisjen i korets nordside er årstallet 1538 satt inn i form av murankre og det henviser sannsynligvis til datoen for overgang til sognekirke. Kirkens nye funksjon medførte blant annet endringer i inventaret og i de nesten 200 år før brannen i 1728, ble det foretatt forskjellige endringer med bygningen.

Tårnet

I 1582 tok Københavns stattholder Christoffer Valkendorf initiativ til at tårnet skulle ferdigstilles. Det ble nå bygget i kryssforband hvor det tidligere hadde vært munkeforband og overgangen mellom den gamle og den nye delen er tydelig i murverket. Tårnet ble oppført i åtte stokkverk atskilt av bjelkelag hvor det øverste var omtrent dobbelt så høyt som de øvrige. Dette inneholdt klokkene. Det gamle utvendige trappetårnet ble ført opp til klokkestokkverket. Tårnet ble kronet av et spir likt det kirken har i dag. På grunn av utformingen og stilen på spiret er det tilskrevet Hans van Steenwinckel den eldre.
I den øverste kulen på spiret ble det lagt inn en forgylt kopperplate med en innskrift som fortalte at spiret ble reist i august 1594. Omtrent 75 år senere innberettet kirkevergene at det var oppstått svakheter i tømmerkonstruksjonen og kongen ga den 10. april 1671 ordre om at den øverste delen skulle fjernes. Før man rakk å gjøre det blåste spissen ned den 16. august 1671. Skaden ble reparert samme år og kopperplaten ble forsynt med en ny innskrift til minne om det.

Portalene

Kirkens to portaler mot syd i de ytterste av de fem fagene som var i skipet dengang, ble begge fornyet på 1600-tallet. Den vestlige ble i 1612 forsynt med en sandstensportal av rådmann Thomas Lorck. Den kjennes bare fra Laurids de Thurahs gjengivelser ettersom alle andre bilder viser portalens avløser fra 1770-årene. de Thurah gjengir kirkens sydside i oppstalt i både Den Danske Vitruvius fra 1746 og Hafnia Hodierna fra 1748, men det er betydelige forskjeller på de to gjengivelsene.
Den østlige portalen fikk senere tilføyet et våpenhus, men det eksakte tidspunktet lar seg ikke bestemme: Inngangen er utstyrt med portal og gavlavdekninger av sandsten; stilistiske uoverensstemmelser tyder på at de forskjellige delene ikke er samtidige. Årstallet 1620 er risset inn i gesimsen, Christian IVs monogram er i toppstykket og det er bruskbarokkdetaljer som tidligst kan være fra 1630-årene. Christian VIs monogram på toppen av gavlen stammer fra en langt senere renovering i 1730-årene. 
Det er sannsynlig at portalen opprinnelig var laget til Børsen, men ble overflødig pga. endringer under byggingen. Portalen ble oppmagasinert i et par årtier inntil den ble bestemt for kirken og fikk et moderne toppstykke. Byggetidspunktet var rundt 1640. Våpenhuset, som er 8 m bredt og 4 m dypt, har ovale vindusglugger fra 1878 i sidene.

Skipet

Det søndre sideskipet er forlenget med et fag mot øst, noe som har forkortet koret til to fag og rundingen. Utvidelsen ble foretatt rundt 1650 (og ikke som tidligere ment etter brannen i 1728): Det lå en gravkrypt under faget, og dens historie kan føres tilbake til 1678, hvor den lå innenfor kirkemurene. En kilde fra 1654 forteller at døpefonten ble flyttet til dette hjørnet i forbindelse med at Helligaandshuset ble omdannet til gravkapell. Den nye muren er ikke forbundet med våpenhuset.

Kapellene

Etter nedleggelsen av klosteret tilhørte ikke Helligåndshuset kirken lenger, men i 1650 fikk den huset tilbake for å benytte det som gravkapell. Første bisettelse fant sted i 1652 og fortsatte frem til 1858 da begravelser innenfor vollene ble forbudt.
Rundt 1680 ble det bygget et mindre gravkapell ved Helligaandshusets nordøsthjørne til rådmann Ditmer Bøfke. I 1768 ble det bygget et tilsvarende kapell til Hans Christopher Hersleb på sydsiden, så de dannet én bygning med felles tak. Begge kapellene var på 7x7 alen. De ble revet i 1879.
Det seneste tilbygg til kirken som fremdeles står, er Griffenfelds gravkapell, som er bygget i 1672–73 og tegnet av Lambert van Haven. Det er en sirkelrund bygning på 9 m i ytre diameter med koppertekket kuppeltak på kirkens nordside rett vest for tårnet. Adgang til kapellet skjer fra det nordre sideskipet og her var det en portal, som må ha gått tapt under brannen. Man vet ikke hvordan den så ut. 
Kapellet ble bygget til Griffenfelds ektefelle, Karen Nansen, som døde i 1672, og hun er så vidt man vet den eneste som ble bisatt i kapellet. Etter Griffenfelds fall ble kisten hennes overført til Vær kirke.

Sognekirken i perioden 1728–1878

Københavns brann i 1728 gikk hardt ut over Helligåndskirken. På ettermiddagen den 21. oktober nådde ilden kirken og rundt kl. 20 styrtet tårnet sammen. Hvelvingene falt ned i kirkerommet og alt brant opp. Kirkens prest på denne tiden, Knud Tommerup, anbrakte formuen sin i kirken før han selv i all hast forlot den brennende byen. Formuen gikk opp i røyk.
Ved gjenoppbyggingen av kirken var det kun deler av yttermuren som kunne gjenbrukes. Arkitekt J.C. Krieger utarbeidet en plan for gjenoppbyggingen som ble godkjent av Frederik IV i hans siste leveår. Kriegers bygning hadde samme grunnplan som den brente kirken, men der den gamle bygningen var i basilikaform med lave sideskip og felles tagrygg for midtskip og kor, fikk den nye sideskip med samme gesimshøyde som resten av bygningen og felles tak med midtskipet. Det ble dermed høyere enn korets tak, som også ble avvalmet i østenden, hvor det tidligere hadde vært en kamtaksgavl bøyd rundt den polygonale koravslutningen.
Kirkevergene var ikke helt tilfredse med Kriegers plan. De ville ha hvelvinger i kirkerommet i stedet for det flate loftet som Krieger foreslo, de ville ha takrytteren igjen og de ville ha et høyere åttekantet spir på tårnet i stedet for den forholdsvis beskjedne avslutningen som Krieger hadde tegnet (se de Thurahs gjengivelse). Byggekommisjonen innvilget at det ble laget hvelvinger i tre mot at kirken selv betalte halvparten av merutgiften, men på de øvrige punktene ble det med den godkjente planen.
Gesimshøyden på Kriegers kirke ble noe lavere enn på middelalderkirken. Det er flere ting som avslører det, men tydeligst sees det på korets østende, hvor det er rester av den gamle vinduesbuen i murverket over det nåværende vinduet. Skipets gavler måtte bygges opp til den nye takhøyden – vestgavlen ble forsynt med tre rundbuede vinduer. Portalene på sydsiden ble renovert. Det var ved denne anledningen at Christian VIs monogram ble anbrakt i gavltoppen på våpenhuset. Den utvendige trappen til tårnet ble murt igjen.
Kirken ble gjeninnviet 30. november 1732. Heretter er den eneste nevneverdige endring ved kirkens ytre på 1700-tallet utskiftingen av den vestre portalen. Den ble bygget fra april til oktober 1774. Arkitektens navn kjennes ikke.
I 1820 og i 1840–årene ble det foretatt istandsettelser, primært innvendig. Vinduet i korets østende, bak alteret, ble murt igjen som blending, men når det skjedde vet man ikke.

Lerretsbodene

En beskrivelse av Helligåndskirkens historie er ikke komplett uten opplysninger om lerretsbodene (dansk: Lærredsboderne) som i mange år var en god inntektskilde for kirken – så god at ideen ble kopiert ved Trinitatis kirke.
I 1528 ga magistraten tillatelse til å oppføre stenboder langs kirkegårdens grense mot Amagertorv. Det var bare fire, men de var forholdsvis store: sammenlagt 80 alen i bredden og i tre etasjer, med de øvre bindingsverksetasjer fremspringende i forhold til grunnmuren. Bodene sto i 200 år og sto imot brannen i 1728. Men de ble fjernet i 1732 da gatene som følge av brannen skulle gjøres bredere og muren til kirkegården ble derfor rykket tilbake.
Imidlertid beholdt kirken sin rett til å ha boder langs kirkegården, men nå ble de flyttet inn i Lille Helliggeiststræde (den nåværende Niels Hemmingsensgade), hvor det ble innredet 27 små boder i muren, syv syd for porten og 20 nord for. Hver bod hadde en rundbuet dobbeltdør som samtidig fungerte som utstillingsvindu. For ikke å bli sjenert av lukt fra bodene, ga kirken strenge regler for hva man kunne selge fra dem. Hverken «drikke- eller fedevarer samt saltmad» eller «hamp og deslige hørkram» måtte forekomme, kun «lærredskram og tørre varer». Hovedvaren var tekstiler og derav kom navnet Lærredsboderne; cigarer kunne også passes inn under tørre varer.
Rundt 1797 ble de enkle portåpningene til bodene forsynt med en nyklassisistisk gavltrekant båret av konsoller. De var antakelig utformet av statsbyggmesteren Peter Meyn, som få år senere bygget de små bodene i Kongens Have i Kronprinsessegade, som stadig er i bruk. I 1856 foreslo G.F. Hetsch å erstatte lerretsbodene med et helt nytt og større butikkompleks. Han reviderte sitt forslag i 1861, men de anslåtte byggeomkostningene var for store for magistraten, så det ble ikke noe av. Ved Storcks renovering i 1878-80 ble bodene nedlagt og muren erstattet av gittergjerde.

Den store istandsettelsen

Allerede i 1872 forberedte arkitekt H.B. Storck den store hovedreparasjonen ved å måle opp kirken og Vilhelm Tvede utførte tegninger. Først i 1878 sendte Storck inn sin plan for reparasjonen til magistraten. Arbeidet foregikk i perioden 1878-80 og  bygningen fikk sitt nåværende utseende.
Storck gikk grundig til verks og det var stort sett ikke noen del av bygningen som ikke ble tatt under behandling. Det ble lagt nye granittsokler under murene, murverket ble renset for gammel puss og maling og store deler skiftet ut. Barokkgesimsen ble skiftet ut med en enklere murstensgesims og taket istandsatt. Vinduene ble også satt i stand og det blendede østvinduet i koret ble gjenåpnet. Gulvet ble gjennomgravet og de fleste spor etter begravelser fjernet slik at en ny varmekjeller kunne settes inn.
Den vestlige døren i sydsiden ble murt igjen, portalen ble flyttet om til en ny dør i vestgavlen og utstyrt med et nytt toppstykke med en innskriftstavle. Østgavlen ble murt om og begge gavlene forsynt med sandstenspynt i senrenessansestil. På vestgavlen ble årstallet for ombyggingen i 1878 satt opp i jernsifre utformet som murankre. Våpenhuset ble renovert og utstyrt med ovale vinduer i sidene. Jernsprossene i disse vinduene stammer muligens fra kapellene i urtegården som ble fjernet ved denne anledningen. I nordsiden av tårnet ble det laget en dør. Griffenfelds kapell, som på dette tidspunkt betegnes som skriftestol, fikk nytt koppertak i løkkuppelform. Den bevarte delen av klosterets gamle østfløy ble innredet til skriftestol.
Storck oppfylte også kirkevergernes gamle ønske fra gjenoppbyggingen etter brannen ved å rekonstruere Valkendorfs spir så presist som det lot seg gjøre utfra van Wijks prospekt fra 1611. Rytterspiret kom også tilbake på midten av skipets takrygg. Støpejernsgitteret som satt rundt lanternen på tårnspiret fra 1731, ble brukt til å avgrense et stykke av urtegården på kirkens nordside, mellom Helligåndshuset og Griffenfelds kapell, hvor de gjenværende gravstenene er plassert. 
Kirken ble gjeninnviet på Kristi himmelfartsdag i 1880.

Senere endringer

Det har ikke blitt foretatt vesentlige endringer ved bygningen siden Storcks omfattende renovering. Først i 1989-1990 kom det ny taksten og man utbedret soppskader på de bærende bjelkene i hele takkonstruksjonen og utbedret skader i tårnet, spiret og den nye kopperbekledningen.

Kirkerommet

Det er ikke overlevert mange informasjoner om hvordan kirkerommet så ut før brannen i 1728. Bygningen hadde basilikaform, med lave sideskip og et høyt midtskip med vinduer over sideskipenes tak. Sideskipene har vært atskilt fra midtskipet av kraftige arkadebuer, båret av ovale profilerte søyler. Sideskipenes hvelvinger har sannsynligvis vært så lave at det var plass til pulpiturer over dem, eller i hvert fall adgang til pulpiturer. Det har vært lukkede herskapsstoler til adelsfamiliene, epitafier på veggene og gulvet har vært dekket av gravstener. Alt gikk tapt i brannen i 1728.
I dag står kirkerommet og kirkens ytre i det vesentlige som Storck etterlot det i 1879. De største endringer er nok tilføyelsen av kororgelet og utskiftingen av døpefonten (se nedenfor). Skipets vestfag er skilt fra med en vegg og danner et forrom og trapperom til pulpiturene innenfor vestportalen, under orgelpulpituret, slik at skipet blir fem fag langt – på grunn av tårnet kun fire fag i nordre sideskip. Koret, som er hevet to trinn, er to fag langt pluss rundingen. Bredden svarer til midtskipets.
Hvelvingene som i dag er like høye i midtskip og sideskip, bæres av åttekantede søyler i to rekker. Søylene er hvite med enkle sokler og kapitéler malt grå med forgylte detaljer. De hviler på høye trebekledde fotstykker. Murverket er hvitt og alt treverket fremstår hovedsakelig mørkebrunt med forgylte detaljer, selv om det ikke skorter på bruk av farver i stafferingen.
I tillegg til inngangen i vestenden kan man også komme inn gjennom våpenhuset i sydsiden. På motstående side av denne døren i nordsiden er det inngang til Griffenfelds kapell som i dag er i bruk som bønne- og meditasjonsrom, hvor man kan tenne et lys i den gamle døpefonten (se nedenfor). Øst for kapellinngangen er det en dør til tårnet og i korets nordvegg er det en dør til sakristiet.

Inventar

De større inventardelene behandles nedenfor. Her skal i tillegg nevnes korgitteret hvor messingbalustrene stammer fra 1732. Opprinnelig var det også en dobbeltdør, også med messingbalustre, men den ble fjernet i forbindelse med en ombygging av gitteret i 1846, da det muligens også ble gjort lavere. 
Ved korets nordvegg henger Henrik Starckes store krusifiks på som ble satt opp i 1967. Det er skåret ut av myrek. Det erstatter et 180 cm høyt krusifiks i ek som ble anskaffet i 1894 og som hang på samme sted. Et tredje krusifiks av forsølvet bronse, 122 cm højt, ble donert av pastor Johannes Bloch Suhr i 1867, for at det skulle «bestandigen have sin plads på alterbordets midte». Det eneste sporet av det i kirkerommet i dag er at det nevnes på tavlen over gaver til kirken.

Stolestader og pulpiturer

Man vet svært lite om utseendet på stoler og pulpiturer fra før brannen. Etter brannen ble det satt opp nye stolestader og man vet at Johs. Weiss laget utskårne toppstykker til dem, men heller ikke her kjennes utseendet. I 1730-årene omtales 96 stoler bygget opp på ekerammer slik at de kunne flyttes når det var begravelser under kirkegulvet. I 1770-årene ble det satt «tralværk», dvs. små ballustre på toppen av ryggstøene. Da Malling flyttet prekestolen fra tredje søyle fra vest i nordsiden til den nåværende plassen, ble stolene også bygget om. De nåværende lukkede stolestadene i ek er fra 1940, utformet av Thomas Havning, men med utstrakt bruk av dører fra de gamle stadene. I sideskipene er det ytterligere langsgående mørkebrune benker. 
Etter reformasjonen fantes det forskjellige herskapsstoler som omtales som pulpiturer, men det har sikkert bare betydd at de var hevet litt over gulvet. Griffenfeld hadde en stol med våpenskjold på og det samme hadde Corfitz Ulfeldt og Leonora Christina. Egentlige pulpiturer omtales først i 1706, men de kan ha vært der lenger. Sannsynligvis utnyttet man plassen over de lave sideskipshvelvingene til høytliggende pulpiturer. Etter brannen argumenterte kirkevergene for å få et øvre pulpitur og sa at de hadde mistet den plassen som hadde vært «over de syndre hvælvinger». I første omgang fikk de kun pulpiturer i et nivå, et gjennomgående på sydsiden og et todelt på hver side av prekestolen, på nordsiden. Først i 1759 ble det tilføyet et øvre pulpitur på sydsiden. En tegning fra perioden mellom Mallings flytting av prekestolen i 1846 og Storcks store ombygging i 1879 viser gjennomgående pulpiturer i to etasjer i begge sideskip. Etter Storcks ombygging er det pulpiturer i et nivå, tilsvarende orgelpulpiturets i begge sideskips fulle lengde. De bæres av tresøyler i klassisk komposittstil, som er plassert ved de åttekantede søylene. Et av fagene på det søndre pulpitur er i dag opptatt av kororgelet (se nedenfor).
Siden 1878 har kongestolen vært plassert i søndre sideskips østfag, som man ser den i dag, men en kongestol omtales også tidligere, uten stedsangivelse. Det anses for relativt sikkert at den har vært plassert på søndre pulpitur overfor prekestolen (i dens gamle plassering).

Altertavle

Det foreligger ingen opplysninger om kirkens altertavle før brannen i 1728. Etter brannen skulle  Johan Frederik Ehbisch utføre en ny altertavle og prekestol, som til de øvrige brannskadede kirkene i byen, men innen det ble til noe for Helligåndskirkens del, bestemte Christian VI seg for å forære kirken disse inventardelene fra slottskirken på Københavns slott, som skulle rives for å gjøre plass til det første Christiansborg slott.
Altertavlen ble utført i 1727 av Didrick Gercken med relieffer og figurer av Just Wiedewelt og i sin arkitektoniske oppbygging tydelig inspirert av Tessins altertavle i Vor Frelsers kirke. Midtpartiet er et himmelfartsbilde av Hendrik Krock. I toppstykket sees Frederik IVs portrett og monogram i medaljong. Ved oppstillingen i Helligåndskirken i 1732 ble Christian VIs monogram med palmegrene tilføyet under medaljongen. Over toppstykket svever en helligåndsdue i stråleglans.
Kongen holdt noen deler av altertavlen unna fra gaven, deler som han åpenbart tenkte seg kunne brukes i det nye Christiansborg. Det var bl.a de to søylene som flankerer midtpartiet og de to figurene, Tro og Håp, på yttersiden av søylene. Stukkatøren Brenno laget et par midlertidige søyler i marmorstukk, men de første årene sto tavlen uten de to figurene. Først i 1747, da Frederik V var kommet på tronen, ble de siste delene overlevert til kirken og altertavlen kunne ferdigstilles. Ved denne anledning ble Frederik Vs monogram føyet til de to andre på toppstykket.
Kirken råder over to alterduker som er eldre enn brannen. De ble overtatt i 1806 fra Sankt Nikolai kirke da den ble nedlagt. I et inventarie fra 1727 nevnes fem alterduker, slik at fire må ha gått med i brannen. Den femte, som var skjenket av Peter Griffenfeld i 1674, overlevde på en eller annen måte og ble solgt til en islandsk kirke i 1783 sammen med en tilsvarende messehagel.

Prekestoler

Før brannen benyttet man en prekestol fra begynnelsen av 1600-tallet, donert av Adam Bødiker og hustru Wendele von Delden. Givernes navn skal ha vært anbrakt på stolen.
Etter brannen fikk kirken prekestolen fra Københavns slott. Den var stort sett ny – Ehbisch, som hadde skåret den, sendte regning i november 1727. Plasseringen av den i slottskirken var annerledes enn i Helligåndskirken, hvor den ble anbrakt ved den midterste søylen i nordsiden, så Ehbisch måtte lage en ny oppgang og en ny fot til kurven. Stolen ble marmorert av J.C. Krüger i farver som passet med materialene i alteret. Stilen var barokk med mange engler og putti som boltrer seg i skyformasjoner.
I 1846 ble det satt opp en ny prekestol i klassisistisk stil tegnet av Peder Malling. Stolen kan ses på en tegning fra før 1879-renoveringen. Den satt samme sted som den nåværende, på det sydvestre hjørnet av tårnet. Den hadde en sekskantet kurv og en bred flat himmel kronet av en stor stående engel, modellert av C.J. Rosenfalk.
Mallings prekestol fikk kort levetid, da Storck i forbindelse med renoveringen i 1879 skiftet den ut med den nåværende i renessansestil etter hans eget utkast. Detaljtegningene menes å være av Martin Nyrop, mens Bissen skal ha modellert figurene.

Døpefonter

Klosterkirken har ikke hatt behov for en døpefont, men da den etter reformasjonen ble sognekirke, må den nødvendigvis ha hatt en. Imidlertid er den første fonten som omtales først fra 1609, da den ble skjenket av rådmann P.A. Randulf. Den var opprinnelig plassert i vestenden av nordre sideskip, men måtte flyttes i 1651, da man gjenåpnet døren til Helligåndshuset. Den ble da plassert i østenden av søndre sideskip (hvor kongestolen står i dag), i det tilbyggede stykket av skipet, som må ha vært nytt på dette tidspunkt. Fonten gikk tapt i brannen i 1728.
Etter brannen hugget Didrick Gercken ut en barokk sandstensfont med en bred kumme på en åttekantet fot. Sandstenen var marmorert med forgylte ornamenter. Den var anbrakt samme sted som den foregående, i søndre sideskip. Den var forsynt med en fontelukkelse i ek, som i 1746 ble utsmykket med figurer og en fontehimmel, skåret i lindetre av Johann Friedrich Hänel. I 1846 ble den skiftet ut med en støpt font av sink med forgylte bronseornamenter og den ble anbrakt midt i koret. Den ble kassert under Storcks renovering i 1878 og skjenket til Humlebæk kirke i 1895, hvor den benyttes fremdeles. Storck brakte Gerckens font tilbake i kirken, men nå plassert i koret. De sto den til rundt 1940 da den ble overdratt til Gørslev kirke. Gørslev benyttet fonten frem til 1992 da de avleverte den til Nationalmuseet. Siden da har den kommet tilbake til Helligåndskirken hvor den står som fokuspunkt midt i Griffenfelds kapell.
På en auksjon i London i 1939 kjøpte Helligåndskirken marmordøpefonten av Bertel Thorvaldsen som den benytter i dag. Fonten har en usedvanlig forhistorie: I 1805-15 laget Thorvaldsen en døpefont på bestilling  til Brahetrolleborg kirke, som fortsatt benyttes i kirken. Deretter begynte Thorvaldsen på en kopi som han hadde tenkt å gi i gave til Island til minne om sin farfar, som kom derfra. Før han ble ferdig fikk han imidlertid  en bestilling fra  andre jarl av Caledon i 1822 på enda en kopi. Thorvaldsen lot jarlen få den kopien som han var i gang med, selv om innskriften på fontens ene side sier, at Thorvaldsen skjenket den til Island i 1827. Island fikk senere en annen kopi som i dag står i domkirken i Reykjavík. Den første kopien sto i over hundre år i jarlens eiendom i London, Carlton House Terrace 5, inntil den ble solgt på auksjonen i 1939, da Helligåndskirken kjøpte den. Som dens forgjenger er den plassert midt i koret.
Kirkens dåpsfat er fra 1682, da det ble skjenket av assessor Hans Nielsen og hustru, som hadde gravsted i krypten under fonten.

Orgeler

Man vet lite om orgelet som sto i kirken før brannen, heller ikke hvor i kirken det var plassert. I 1662 skjenket borgermester Hans Nansen (Karen Nansens farfar) 100 rdl til kirken, bl.a. til forbedring av orgelverket.
Etter brannen var det Lambert Daniel Kastens som bygget det nye orgelet som han gjorde det i flere andre av byens brannskadde kirker. Instrumentet var ferdig i oktober 1733. I starten sto fasaden i ubehandlet tre, men det medførte at den allerede i 1749 måtte repareres pga. markangrep. Deretter ble fasaden malt i farver tilsvarende den daværende prekestolen og alteret. Billedskjærerarbeidene ble forgylt og det øvrige treverket marmorert. Verket ble også ettersett og reparert. I 1766-67 gikk orgelet gjennom en hovedreparasjon og i resten av dets levetid, frem til 1876, ble det reparert minst fire ganger.
I 1876 bygget Knud Olsen et nytt orgel til kirken og i forbindelse med den store renoveringen i 1878-80 fikk det en ny fasade, tegnet av Storck og skåret av billedskjærer H.C. Berg i samme renessansestil som det øvrige nye inventaret. Orgelet hadde 40 stemmer fordelt på tre manualer og pedal. Storcks fasade omfatter et ryggpositiv, men den delen av fasaden var bare en attrapp. Orgelet ble bygget om av Marcussen & Søn i 1935, men man kjenner ikke til detaljer om dette. 
Marcussen & Søn bygget i 1986 et nytt orgel bak Storcks fasade. Det atskiller seg fra flertallet av de store orgeler i København ved å være bygget etter et romantisk klangideal, hvor det ellers er Orgelbevegelsens pre-romantiske klangideal som dominerer hos de danske orgelbyggerne. Orgelet har 75 stemmer fordelt på fire manualer og pedal og det er brukt eldre pipemateriale i oppbyggingen, bl.a. fra dets forgjenger, men også fra andre nedrevne instrumenter. Nå har ryggpositivet igjen funnet innpass i orgelbyggingen og Storcks attrapp ble bygget om til å inneholde klingende piper.
I 1998 fikk kirken et kororgel med seks stemmer og anhangspedal. Instrumentet er ikke nytt, det er bygget i 1899 av I. Starup og har tjent i Smørum kirke til 1989, da det ble skiftet ut. Orgelet ble reddet fra smeltedigelen av en privatperson og i 1998 fikk han den gode idéen å sette det opp i Helligåndskirken, hvor det passer fint sammen med det øvrige inventaret ettersom fasaden også er tegnet av Storck. Orgelbygger Svend E. Nielsen sto for flytting og renovering av orgelet og det ble plassert på søndre pulpitur over inngangen fra våpenhuset.

Lysekroner

Blant kirkens mange lysekroner er det særlig én som skiller seg ut. Den henger i koret og er av forgylt malm med sølvbeslag. Den har 12 armer i to rekker av seks og i den store kulen er det bygget inn et urverk med en vannrett urskive på undersiden av kulen. Verket slår kvarter- og timeslag. Kulen er utsmykket med kjerubhoder, mellom de to lag armene er det anbragt tre faunfigurer, over armene en krone og øverst en pelikanfigur med tre unger, som den nærer med blod fra brystet. Blodet er gjengitt med en rød sten i innfatning.
Lysekronen er fra ca. 1610, men ble først donert til kirken av baker Christian Drevitz i 1750. Hvor den har vært brukt før kirken fikk den, vet man ikke, men det finnes noen sannsynlige teorier. Sølvbeslagene er stemplet med de samme stempler som Christian IVs sølvalter i Frederiksborg slottskirke, noe som ifølge undersøkelser i 1958 skulle innebære at den senest er fra 1613, men kanskje samtidig med alteret fra 1606. Det er derfor nærliggende å forbinde lysekronen med Frederiksborg. Man vet at det har hengt en lysekrone med urverk i bedekammeret, men der er det så lavloftet at det ikke kan være denne kronen. En annen krone med urverk, som har hengt i kongens smykkekammer på Frederiksborg, nevnes senest i et inventarie fra 1677 med en beskrivelse som passer fint med Helligåndskirkens lysekrone. I et inventarium for Rosenborg slott fra Christian Vs tid nevnes en lysekrone med en beskrivelse som passer med kirkens. Ifølge kirkens overleveringer skulle kronen komme fra Københavns slott og det kunne passe med at den ble hjemløs da Christian VI bygget det første Christiansborg i 1730-40-årene. Det er altså mulig at lysekronen har flyttet rundt mellom tre kongelige slott før den fant sin plass i Helligåndskirken.

Malerier og glassmalerier

På nordveggen i koret henger et maleri av Adam Müller fra 1837 som forestiller Martin Luther i Worms. Det er skjenket av Kunstforeningen og har alltid hengt i koret. På vestveggen under orgelpulpituret sees Joakim Skovgaards «Mariæ bebudelse» fra 1897, som er skjenket av kirkevergen Georg Bestle.
I korets fire vinduer ble det i 1892–94 satt opp glassmalerier. I det nordøstvendte vindu ses evangelisten Johannes. Bildet er skjenket av Georg Bestle og hustru til minne om Christian IX og dronning Louises gullbryllup i 1892. Ved samme anledning ble maleriet i det sydøstvendte vindu skjenket av Carl Jacobsen. Det forestiller apostelen Jakob. Jacobsen skjenket også bildet av Maria Magdalena som sitter i det sydvendte vindu, i anledning av kronprins Frederiks (senere d. VIII) og kronprinsesse Louises sølvbryllup i 1894. Samme år ble et dekorativt glassmaleri av C.N. Overgaard, skjenket av Pauline Margrethe Husted, og satt i det østvendte vindu, men det synes å ha gått tapt ettersom det i dag sitter klart glass i vinduet.
Fire små ovale glassmalerier fra 1700-tallet med scener fra Jesu liv er overdratt til Nationalmuseet.

Tårnur, klokker og klokkespill

Helligåndskirkens tårnur nevnes så tidlig som i 1562 og i 1651 foreskrev reglene for kjøpmennene og kremmernes laug at de skulle rette seg etter Helliggeistes ur. Etter branden ble det satt opp et nytt verk i 1734, bygget av Peter Matthiesen. Urskivene ble forgylt og Ernst Didrich leverte fire koppervisere, én til hver skive (minuttvisere bruktes ikke). I 1747 ble verket forbundet til en urskive inne i kirken på korets nordvegg som også viste månens faser. Den synes å ha vært avskaffet i forbindelse med renoveringen i 1846.
Inventariet fra 1727 nevner to klokker i tårnet fra 1589 og 1640 samt to mindre klokker i takrytteren, som alle har gått tapt. Etter brannen ble det i 1732–33 anskaffet fire klokker, som alle ble støpt om i 1931 og man bevarte de originale innskriftene. Det er disse klokkene som stadig henger i tårnet.
Det første klokkespill, eller sangværk som det tidligere kaltes, ble anskaffet i 1647-49 og besto av 19 klokker støpt av Henrik Vestrinck. Det spilte en salmemelodi hver halve time og ble også flittig benyttet ved begravelser. I 1718 endret Johan Mercki det slik at det kunne utføre dobbeltslag; verket gikk tapt ved brannen i 1728. Mens kirken brant spilte det salmen «Vreden din afvend, Herre Gud, af nåde», som det også hadde spilt ved innvielsen.
Først i 1947 fikk kirken et klokkespill igjen. Det ble fremstilt av Jydsk Jernstøberi og Maskinfabrik og omfattet 41 klokker. Det ble innviet 28. november med samme salme, som dets forgjenger. I januar 2003 ble et nytt klokkespill med 49 klokker innviet og det gamle overlatt til Dansk Klokkemuseum. Det nye verket er fremstilt av det hollandske firmaet Koninklijke Eijsbouts.

Kirkegården

Etter omleggingen til sognekirke fikk man behov for en kirkegård og den lå først syd for kirken ned til Fisketorvet (nå Strøget). I 1607 overlot Christian IV klosterets urtegård til kirken og kirkegården ble utvidet på nordsiden, så langt at det etter brannen i 1728 ble skåret noe bort ved gjennomføringen av Kokkegade (nå Valkendorfsgade). 
På 1700-tallet omtales de forskjellige delene av kirkegården med egne navn og de har forskjellig status. Vestre kirkegård lå mellom Helligåndshuset og den vestre muren. Søndre kirkegård mellom kirken og Strøget. Vinkelen mellom koret og bygningene i sydøstre hjørne av området som tilsynelatende alltid har ligget der, kaltes sprøytehuskirkegården. Østre kirkegård var stripen fra korgavlen, langs Lille Helliggeiststræde (nå Niels Hemmingsensgade) opp til Valkendorfgade. Endelig var nordre kirkegård den gamle urtegården og området nord for og fra 1710 dog omtalt som søndre hhv. nordre afdeling. Østre kirkegård var forbeholdt fattigbegravelser, mens sprøytehuskirkegården og nordre avdeling av urtegården var forbeholdt «honette borgerfolk».
Kirkegården ble nedlagt i 1851 da det ble forbudt å foreta begravelser innenfor vollene og området var lukket for offentligheten bortsett fra under gudstjenester frem til 1895, hvor det ble et offentlig anlegg, noe det fortsatt er.

Kirken

Av Helligåndskirkens tidligere rikdom av gravstener og epitafier er det ikke mye igjen. I selve kirkerommet er det ikke bevart noe, i Helligåndshuset finner man en håndfull epitafier langs veggene og noen gravstener i gulvet. I den gamle urtegården er området langs kirkens nordmur mellom Griffenfelds kapell og Helligåndshuset gjerdet inn med det gamle smijernsgitteret som satt på tårnet før rekonstruksjonen av Valkendorfs spir og det sees et snes gravstener og noen mindre epitafier, dels på jorden, dels murt inn i kirkens og Helligåndshuset murer.
Takket være Peder Hansen Resen vet man imidlertid litt om hva det var å se i kirken før brannen. I hans Atlas Danicus er det gjengitt tegninger av noen epitafier og i Inscriptiones Hafnienses er det inskripsjoner fra noen av gravstenene. Man kan lese at den eldste stenen som Resen har skrevet av lå over Peder Villadsen (stavet Per Willatzen i avskriften), borgermester i København. Resen har skrevet dødsåret som M.D.XXXV (1535), men senere historikere mener at Resen må ha lest feil og at dødsåret må være 1539. Teksten er på dansk og ikke på latin som var vanlig i katolsk tid. Den slutter ikke med et skriftsted, som man tidligere brukte, men med Villadsens munnheld:«Den som vel lefver hand ikke ilde døer.» 
De eneste minnene i kirkerommet om de mange begravelsene under gulvet er to tavler med navnene på i alt ni standspersoner som døde mellom 1544 og 1697. De henger på hver side av inngangen fra våpenhuset. Blant gravminnene er en minneplate over Ejnar Asbø, kordegn ved kirken, som døde i 1944 «som offer for Danmarks sag». Det henger på vestveggen i søndre sideskip. Et annet minnesmerke fra okkupasjonen står på plassen syd for kirken: Den ukjente konsentationsleirfanges grav. Støtten er tegnet av Kaare Klint og innskriften er av Halfdan Rasmussen. Asken av to ukjente konsentrationsleirfanger er nedsatt under den. Den ble avduket i 1950.

Helligåndshuset

I Helligåndshuset er det i dag seks epitafier på veggene og syv gravstener i gulvet samt to mindre stenplater i vinduesnisjene under de to sydligste vinduene, som ble avdekket ved avrensingen av den gamle kalken i april/mai 2008. Platen i østveggens nisje er et epitafium over Eggert Rasmussen som hadde grav nr. 15 under stenplaten. I vestveggens nisje er inskripsjonsplaten fra Peder Juuls epitafium, som hang foran vinduet. I Danmarks Kirker beskrives platen. 
I Danmarks Kirker redegjøres det for 13 epitafier hvorav tre er utenfor i urtegården og resten i Helligåndshuset. Tre epitafier er altså gått tapt siden. Av de gjenværende er det eldste i Helligåndshuset fra 1779 og satt over Agnete Lunding. De øvrige er også fra siste del av 1700-tallet på nær ét fra 1896 og satt over justitsråd Christian Hee-Wadum og hustru Margrethe Lange, som hadde testamentert sin formue til et fond for utdannelse av «unge søkrigere». Det er satt av Søofficersskolen.
Nationalmuseet redegjør også for syv gravstener i kapellet som ikke var tilgjenglige på det tidspunkt, da de lå under et plankegulv fra 1918. Storck har imidlertid tegnet dem inn på en plan over huset fra 1882, hvor de ligger i det systemet av fire nord-syd-gående rekker av graver som kapellet var oppdelt i. 
I dag er plankegulvet erstattet av et flisegulv og det ligger syv store gravstener ned langs rommets midtlinje, fordelt mellom søylene. Nationalmussets identisering av stenene stemmer med seks av de stenene som ligger i gulvet i dag, men den siste, som de mener er over Eggert Rasmussen, bærer i dag innskriften:
"HER UNDER HVILER ERLIG OC VELACHT MAND HEINDRICH MOTTOL MED SIN KIERE HUSTRU IEHANNE TERKELS DATTER OC TILHØRRER DENNE STEN OC BEGRAVELSE STED ERLIG OG VELACHT MAND IØRGEN BIRMAN BORGER OC KOBERSCHMID HER UDI KØBENHAVEN MED SIN KIERE HUSTRUE MARIA WOGENERS SAMBT DERIS BØRN OC ARFVINGER. ANNO 1669". 
Hvis årstallet står til troende, er stenen med god margin den eldste av de seks stenene som har bevart innskrift. De øvrige er fra 1757–1786.

Urtegården

Ved inngjerdingen langs kirkens nordvegg finnes de resterende av de 27 gravstenene som Danmarks Kirker beskriver, men flere av dem er så forvitret at de ikke lenger lar seg identifisere. Den eldste som kan identifiseres – ikke på grunn av dens tilstand, men på dens plassering – er lagt over borger og skomaker Hans Federsen og hustru i 1758.
Den nyeste stenen er fra 1865 over Johan Gabriel Linde, sønnesønns sønn af Arved Christian Linde, hvis sten fra 1762 også sitter i kirkemuren. Lindefamilien er forøvrig representert med hele seks medlemmer. De to eldste epitafier fra 1590 og 1602 er murt inn i Helligåndshusets østvegg, mens det tredje, hvor bare innskrifttavlen er bevart, sitter mellom gravstenene i kirkens nordmur.