Skottlands historie

De første bosetningene

Det levde mennesker allerede 8500 år før historisk tid, da navnet Britannia for første gang dukker opp i skrevne kilder. I tiden før den siste istiden (130 000 – 70 000 f.Kr.) hadde Europa et varmere klima enn i dag, og de første menneskene kunne ha kommet til Skottland, men det finnes det ingen arkeologiske bevis for. Den siste isen dekket det meste av De britiske øyer, unntatt Irland, og etter at isen trakk seg tilbake, ble Skottland beboelig omkring år 9600 år f.Kr.
Den vanligste oppfatningen er at menneskene innvandret sørfra, men de eldste sporene av mennesker er blitt funnet lengst nord i landet, så selv om det ikke er bevist, er det blitt antydet at innvandringen kan ha fulgt sjøvegen nordfra.
De første kjente bosetningene tilhørte mesolittiske jegere og samlere, og arkeologene har datert en slik leir ved Biggar fra rundt 8500 f.Kr. Tallrike andre leirer har blitt funnet over hele Skottland og danner et bilde av folk som flyttet på seg, brukte båter og lagde redskaper av bein, stein og gevir.
Neolittiske jordbrukere dannet faste bosetninger, og et meget godt bevart steinhus på Knap of Howar på øya Papa Westray fra 3500 f.Kr. er bortimot 500 år eldre enn landsbyen  Skara Brae på Mainland (begge på Orknøyene) som består av tilsvarende hus. Rundt 3500 f.Kr. bygde bosetterne veldige gravkamre som besto av steinpilarer som bar en stor stein som tak før det hele ble dekket av jord. Et godt eksempel finnes på Maeshowe på Mainland. Fra rundt 3 000 f.Kr. kom «stående steiner» og steinsirkler slik Brodgar-ringene på Orknøyene og Callanish på Lewis på Hebridene. Disse formet deler av den utstrakte europeiske megalittkulturen som også bygde Stonehenge i England og som ofte blir tolket som at de var ment som sofistikerte astronomiske observatorier.
Steinkamrene og megalittmonumentene fortsatte inn i bronsealderen, og i den første metallalderen begynte beboerne å bygge festninger på toppen av høydedrag (hillfort), slik som åsen Eildon Hill i nærheten av Melrose, som går tilbake til rundt 1000 f.Kr. Ofte kunne flere hundre hus bli bygget innenfor steinmurene på et befestet høydedrag.
Antagelig kom brytonisk-keltisk kultur og språk til Skottland en gang etter 700-tallet f.Kr., kanskje gjennom kulturell kontakt heller enn via invasjoner, og ulike småkongedømmer utviklet seg. I jernalderen ble det bygd tallrike festninger på høydedrag, runde tårn (brochs) og befestede bosetninger som støtter inntrykket av stridbare stammesamfunn og småkonger slik som romerne har rapportert om i de første skriftlige kildene om Skottland. Noen spor som tyder på at beboerne ikke alltid var opptatt av forsvar kan tyde på at festningene også hadde like mye symbolsk makt som direkte krigføring.

Romersk invasjon

Skottlands skrevne historie begynner når Romerriket invaderer Britannia. Selv om innbyggerne stundom benyttet en form for skriving for minneplater og på steiner var det først og fremst et samfunn med en sterk muntlig tradisjon. Da druide-tradisjonen døde ut på grunn av krig, sult og ikke minst tilstedeværelsen av kristne misjonærer forsvant det meste av den førhistoriske kunnskapen. Det eneste overlevende før-romerske beretning om Skottland kommer fra den greske eventyreren Pytheas fra Massalia som seilte rundt De britiske øyer (som han selv kalte Pretaniké) i 325 f.Kr., men selve nedtegnelsen av reisen dateres langt senere.
Den romerske invasjonen av Britannia begynte for alvor i år 43 f.Kr. Etter gode militære resultater i sør, gikk styrker ledet av Gnaeus Julius Agricola inn i Skottland i år 79 e. Kr. Romerne møtte imidlertid kraftig motstand fra lokalbefolkningen i Caledonia, som romerne kalte området. I år 82 eller året etter sendte Agricola en flåte med galeier opp langs kysten av Skottland, så langt nord som Orknøyene. I 84 beseiret Agricola kaledonske stammer i slaget ved Mons Graupus. Hans støttespillere i Roma erklærte at Agricola hadde beseiret alle stammene i Britannia.
Den eneste historiske kilde for dette kommer fra skriftene til Agricolas svigersønn, Tacitus. Arkeologien har bekreftet hendelsene med en mer presis datering ut ifra dendrokronologi (årringdatering), der resultatene tyder på at romerne tok kontroll over det sørlige Skottland en stund før Agricolas hærstyrker invaderte. Uansett nøyaktig datering var resultatet at for de neste 300 årene hadde Roma en betydelig tilstedeværelse i sørlige Skottland; både militært, økonomisk og sosialt.
Romerne markerte rikets grense med serie av forsvarsverk, inkludert en lang og sammenhengende mur. Den første av disse, Gask Ridge i Perthshire, er datert fra mellom år 70 og 80 f.Kr. På 120-tallet ga den romerske keiseren Hadrian ordre om å bygge en mektig befestet mur som gikk fra elven Tyne til Solway Firth. Tyve år senere bygget den romerske guvernøren Quintus Lollius Urbicus den antoninske mur (navngitt etter keiser Antoninus Pius, den romerske keiseren som styrte fra 138 til 161) enda lengre nord, fra Old Kirkpatrick ved Firth of Clyde til Bo'ness ved Firth of Forth. Med halvparten av lengden til Hadrians mur var den 60 km muren lettere å forsvare, selv om den kun markerte nordgrensen for det romerske riket i to tiår. Omtrent ved år 160 var nordgrensen igjen ved Hadrians mur.
Romerne fikk altså aldri noen direkte kontroll over Caledonia. Likevel gjorde de sin innflytelse gjeldende gjennom militære utposter og ved hjelp av assistanse fra lokale stammer, slik som blant annet votadiniene.

Kristningen av Skottland

Kristendommen kom antakelig til de sørlige delene av Skottland allerede i løpet av det andre århundre etter Kristus, da denne religionen på dette tidspunktet var vel etablert i Romersk Britannia. Ifølge legenden ble kristningen innledet ved den hellige Ninians misjon i Cumbria på 300-tallet. Ifølge hans hagiografi, var Ninian en britoner som hadde studert i Roma og ble den første katolske biskop som besøkte Skottland da han ble sendt til Hen Ogledd, det britonske området i det nordlige England og sørlige Skottland. Rundt 397 etablerte han Skottlands første kirke, Candida Casa i Whithorn, og dette ble utgangspunktet for hans virke. Senere reiste han nordover for å arbeide bland pikterne.
I løpet av de neste århundrene ble imidlertid kristendommen svekket i Skottland, særlig blant pikterne. Den hellige Patrick beskriver i et brev til Clut Ceretic, konge av Alt Clut pikterne som frafalne, noe som tyder på at kristendommen hadde mistet tak blant dem. I 563 reiste den irske munken Columba til øya Iona med tolv følgesvenner og etablerte et kloster der. Columbas kloster ble et av de viktigste religiøse steder på De britiske øyer, og ble en viktig faktor i å konvertere pikterne og skapte en viktig del av kirkens struktur etter at det romerske styret var slutt på De britiske øyer og den angelsaksisk invasjonen førte til at kontakten mellom De britiske øyer og Kontinentet ble redusert. I de følgende årene etablerte munker fra Iona flere klostre i Skottland og ellers på De britiske øyer og på Kontinentet, herunder det viktige og kjente klosteret på Lindisfarne i Northumberland. Munker fra Iona sto også bak kristningen av Orknøyene og Shetland i tiden før disse kom under kontroll av norske vikinger, og dette kommer blant annet fram i de kristen navnsetting som blant annet North Ronaldsay (forvanskning av «Rinansey» - St. Ninians øy). Fra tidlige kristne bosettinger i Skottland kommer stavelsen Kil-, fra «cill» (kirke), som i Kilmarnock.
Kristendommen ble grundig etablert utover på 500- og 600-tallet. Iona-klosteret spilte hele tiden en sentral rolle i etableringen av Den katolske kirke i Skottland. Her ble de skotske kongene begravd fra til Cináed mac Ailpín (Kenneth I av Skottland) til Máel Coluim mac Donnchada (Malcolm III av Skottland). En liste over gravsteder fra 1549 nevner 48 skotske, 8 norske og 4 irske konger. Columbas legendariske kristning av den piktiske kongen Bridei er blitt stående som historisk vendepunkt, skjønt hendelsen fort kan være mytisk.

Presset fra vikingene fra nord

Det første dokumenterte angrepet av vikinger (en betegnelse som viser til norrøne krigere og herjingsmenn, ikke en etnisitet) på et sted i Skottland skjedde i 794 da de irske Ulsterannalene beskriver «ødeleggelsen av alle øyene i Britannia av hedningene». Klosteret på den hellige øya Iona ble herjet i 795. Grunnet sparsommelige skriftlige kilder fra perioden var dette neppe de første hendelsene, og kontakter over Nordsjøen mellom det vestlige Norge og de nordlige øyene og det nordlige Skottland har eksistert lenge før den såkalte vikingtiden. Likevel er hyppigheten og omfanget av denne kontakten ukjent. Vikingtiden markerer i Skottland som i Norden overgangen fra forhistorisk tid og til historisk tid.
De første kontaktene mellom nordboere og skotter var av fiendtlig art. Vikingene begynte imidlertid raskt å bosette seg på de skotske øyene, slik at norrøn kultur ble spredd også dit. Den dag i dag er omtrent 60 % av DNAet på Orknøyene av norrøn opprinnelse. Moderne genetiske undersøkelser viser at de norrøne mennene også fikk avkom med lokale kvinner og dermed videreførte sine Y-kromosomer til den innfødte befolkningen.
Allerede før 900-tallet hadde det skjedd omfattende innflytning til de ytre øyene som Hebridene og Skye og lengre sør (også flere steder i Irland og Man i Irskesjøen). Galloway i det sørlige Skottland fikk også spredt norrøn bosetning, men antagelig kom denne sørfra i England. De ytre øyene var attraktive sett med norrøne øyne. Landskapet lignet på hva de hadde forlatt i Norge. Klimaet var mildt og vennlig på denne tiden, og området lå ikke avsides, men sentralt midt i skipsleia. Norrøne bosettere dro også til det nordlige skotske fastlandet helt til Caithness og Sutherland (begge navnene har norrøn opprinnelse). Byene Thurso og Wick i samme område har også norrøn opprinnelse. Det er også gjort arkeologiske funn i de samme området som viser norrøn tilstedeværelse. Fra 900-tallet var de fleste norrøne områdene i det som er dagens Skottland underlagt det norrøne jarledømmet på Orknøyene.
Vikingene var en betydelig maktfaktor i det nordlige Skottland. I år 839 seilte en stor norrøn flåte opp elvene Tay og Earn og nådde fram til sentrum av det piktiske kongedømmet Fortriu. I et stort slag beseiret vikingene pikternes konge Eogán mac Óengusa, hans bror Bran og Áed mac Boanta, kongen av skotske (gælisk-irske) Dalriada. Dette nederlaget rystet åpenbart det skotske samfunnet, og det sofistikerte piktiske kongedømmet synes å ha gått under sammen med lederskapet sitt. At Cináed mac Ailpín (eller Kenneth I av Skottland) siden ble konge av både skottene og pikterne kan tilskrives ettervirkningen av dette slaget og tilstedeværelsen av de norrøne som en tredje maktfaktor i Skottland. De norrøne bosetningene bidro således til å forsone de stridende skottene og pikterne til ett folk. Med tid og stunder skulle også de norrøne gå inn i dette folkeslaget.

Anglo-normannisk innflytelse fra sør

Da Edgar døde i 1107 ble Margarets tredje sønn Aleksander konge, og da han i sin tur døde 1124 gikk kronen videre til hennes fjerde sønn David. I løpet av Davids regjeringstid begynte lavlandsskotsk (den gang kjent som inglis) å ble utbredt i det sørøstlige Skottland, skjønt gælisk fortsatte å bli snakket flere århundrer i flere deler av det skotske lavlandet.
De kulturelle og føydale nyvinningene som ble introdusert av de normanniske erobrerne av England imponerte David, og han inviterte flere normanniske stormenn til å komme nordover og ta plass blant den skotske adelen. disse bidro til å spre normannisk kultur og språk nordover. Dette førte til at fransk ble talespråket blant adelen også i Skottland. Mange av de navnene på kjente skotske familiene i dag ble introdusert med normannerne, blant annet «Bruce».
På samme måte som at normannisk adel ble invitert nordover og ble tildelt land, mottok David landområder sør for grensen fra de anglo-normanniske kongene. Dette førte til kongene av Skottland også fungerte som jarler av Huntingdon, og som engelske jarler var de i alle fall rent formelt underlagt de engelske kongene. Dette avhengighetsforholdet viste seg å bli problematisk, da Malcolm Canmore som konge av Skottland to ganger måtte anerkjenne anglo-normannernes overhøyhet etter å ha støttet svogeren Edgar Æthelings mislykkede forsøk på å ta den engelske tronen.
I 1263 havnet Norge og Skottland i åpen konflikt over de ytre vestlige øyene. Til tross for den store norske flåten som den aldrende kong Håkon Håkonsson kom over med, ble den eneste betydelige trefningen slaget ved Largs. Ingen av partene greide imidlertid å avgjøre krigen, og etter slaget trakk den norske kongen seg tilbake til Orknøyene for vinteren. Her ble han syk og døde. Dette viste at kongene i det fjerne Norge ikke lenger kunne fortsette å holde på kontrollen over de skotske øyene, og Magnus Lagabøte, kong Håkons sønn og arving, gikk inn for en forsoningspolitikk med skottene. I 1266 signerte Magnus Perthtraktaten hvor han aksepterte skotsk overherredømme over de ytre øyene i vest. 
Bit for bit ble øyhøvdingene politisk integrert med den skotske staten. I 1284 var etterkommerne av Somerled tilstede ved et parlament som ble innkalt av Aleksander III for å gjøre hans eneste etterkommer Margrete til dronning av Skottland. Margrete, kun tre år gammel, var datter av den norske kongen Eirik II Magnusson gjennom hans skotske dronning. Dette hadde ført Norge inn i en diplomatisk gunstig posisjon i henhold til Skottland. Samtidig ønsket kong Edvard I av England at hans sønn skulle gifte seg med Margrete, noe som i såfall ville knytte Norge, Skottland og England mer eller mindre fast sammen i en dynastisk, kongelig union. 
Da Aleksander III brått døde i en rideulykke i 1286 var lille Margrete i Norge. På reisen over Nordsjøen i 1290 ble Margrete syk, og hun døde senere på Orknøyene kun syv år gammel. Den dynastiske krisen ved hennes død ble begynnelsen de skotske krigene for uavhengighet. Uten arving til den skotske kronen henvendte skottene seg til England for at Edvard I skulle avgjøre hvem innenfor den skotske adelen som sto nærmest til overta Skottlands trone.

Krig med England

Johan Balliol, den skotske adelsmannen med det sterkeste kravet på den skotske kronen, ble skottenes konge den 30. november 1292. Robert Bruce av Annandale, den med det nest beste kravet, aksepterte motvillig beslutningen. Hans sønnesønn med samme navn kom likevel senere til å kreve tronen. I kulissene drev det norske diplomatiet. Den norske kongen Eirik II Magnusson giftet seg på nytt etter at hans skotske dronning døde, og da med Isabella Bruce, søster av sistnevnte Robert Bruce.
For å unngå borgerkrig i avgjørelsen ble Edvard I av England invitert til å overvære og sikre at Skottland fikk en konge. Den engelske kongen grep anledningen til å få Skottland omgjort til et føydalt len underlagt Englands konge, noe Skottland tidligere hadde vært i 15 år fra 1174 og fram til 1189. Dette hadde vært noe Edvard lenge hadde ønsket å gjeninnføre, skjønt lovligheten i dette var tvilsom. 
Balliol fikk den tvilsomme ære av å være den aller siste skotske monark som ble kronet på den tradisjonelle «Skjebnesteinen». Kong Edvard behandlet nå Skottland som en vasallstat, og ydmyket og underminerte Balliols autoritet gang på gang. Etter press fra adelen gjorde imidlertid Balliol etterhvert opprør, og arbeidet frem en allianse mellom Skottland, Norge og Frankrike, den såkalte Auld-alliansen. Balliol valgte deretter å invadere England i 1296 og startet således det som ble den skotske uavhengighetskrig. Skottene tok Stirling og beleiret deretter festningen Carlisle lengre sør. Edvard slo tilbake ved å  plyndre Berwick-upon-Tweed og slakte ned de fleste mannlige innbyggerne. Edvard erobret deretter Edinburgh, Stirling og Roxburgh. Skottene ble beseiret ved Dunbar, og Johan Balliol ble avsatt i Stracathro i nærheten av Montrose. Den engelske kongen rev våpenskjoldet av Balliols våpenkjole, noe som siden ga Balliol det lite smigrende tilnavnet «Toom Tabard» (Tom frakk). 
Det påfølgende året gikk skotske opprørere til åpen krig mot de engelske okkupantene. I sør ble skottene ledet av William Wallace, mens Andrew Murray tok kommandoen i nord. Under deres felles ledelse ble en engelsk hær beseiret i slaget ved Stirling Bridge. For en kort tid styrte Wallace Skottland på vegne av Johan Balliol (Murray døde kort tid etter slaget av sine sår). Edvard I kom nordover i egen person og beseiret Wallace i  slaget ved Falkirk i 1298. Wallace greide å slippe unna, men gikk av som riksforstander. I hans sted ble John Comyn og Robert Bruce utpekt. I 1305 havnet Wallace i hendene på engelskmennene, og ble henrettet for forræderi.
Den 10. februar 1306 deltok Robert Bruce, sønnesønn av fordringshaveren til tronen i 1291, i mordet på sin viktigste rival John Comyn ved Greyfriars Kirk i Dumfries. Den 25. mars, mindre enn syv uker etter drapet i Dumfries, ble Bruce kronet til konge. Imidlertid tok Edvards styrker kontroll over Skottland etter å ha nedkjempet den lille hæren til Bruce i slaget ved Methven. Til tross for nederlaget og at Bruce var blitt bannlyst av pave Klemens V for drapet på Comyn fikk han stadig flere tilhengere, og med hjelp av ledende adelsmenn som den legendariske James Douglas og jarlen av Moray ble Skottland gjenerobret stykke for stykke. I 1314 var Bothwell og Stirling de eneste festningene som fortsatt sto under engelsk kontroll. Edvard I døde i 1307, og arvingen Edvard II av England var ikke laget av samme materiale som faren. Da han sendte en stor hær nordover for å bryte beleiringen av Stirling Castle møtte han en langt mindre skotsk hær ved Bannockburn i 1314. Det engelske nederlaget sikret i praksis skotsk uavhengighet, og den engelske kongen unngikk med nød og neppe å bli tatt til fange 
I 1320 la den skotske adelen frem den såkalte Arbroath-deklarasjonen, noe som fikk pave Johannes XXII til omgjøre den tidligere bannlysningen og til å annullere tidligere bestemmelser om at de skotske kongene skulle underkaste seg Englands konger. Dette gjorde at Skottlands uavhengighet kunne bli anerkjent av de europeiske stormaktene.
Det skotske parlamentet hadde fra 1200-tallet bestått av adelige og geistlige. I 1326 ble imidlertid alle tre stender representert, da byene (burghene) også fikk sende delegater.
I 1328 signerte Isabella av Frankrike og Roger Mortimer av Wigmore (på vegne av den umyndige kong Edvard III av England) Edinburgh-Northampton-traktaten. Denne anerkjente skotsk uavhengighet under Robert Bruces styre. Dette ble en stor triumf for Bruce, og han har blitt stående i skotsk historie som en av landets store konger.
Fire år etter at Bruce døde i 1329 ble Skottland på nytt invadert av engelske tropper under det påskudd å gjeninnsette «den rettmessige kongen» – Edvard Balliol, Johan Balliols sønn, til den skotske tronen. Dette ble startskuddet til den andre skotske uavhengighetskrig. Med engelsk støtte vant Balliol første frem, men han skulle senere møte hardere motstand. Skottene, ledet av Andrew Murray, lykkes etterhvert å kaste Balliol fra tronen, og da hundreårskrigen mellom England og Frankrike brøt ut mistet engelskmennene interessen for Skottland. I 1341 klarte David II av Skottland, Robert Bruces sønn og arving, å komme seg tilbake til Skottland fra landflyktighet i Frankrike. Balliol oppgav nå kravene til den skotske tronen, og trakk seg tilbake til Yorkshire hvor han døde i 1364.

Senmiddelalderen

Ved Davids uventede død i 1371 ble han etterfulgt av den 55 år gamle Robert II, den første av slekten Stewart (senere stavet Stuart, på fransk maner). Roberts krav på tronen var at hans mor var Marjorie Bruce, datter av Robert Bruce. Han ble etterfulgt av i 1390 av sin skrantende sønn John, som tok kongsnavnet Robert III for å markere avstand til Johan Balliol. I løpet av Robert IIIs regjeringstid var den egentlige makten i hendene på hans bror Robert, hertug av Albany. I 1396 ble slaget ved North Inch utkjempet, med kongen som tilskuer. Dette slaget er kjent som det siste tilfellet i Europa  der man kom frem til en juridisk avgjørelse ved hjelp av tvekamp, en såkalt envig.
Skottlands gamle problemer med England fortsatte. Etter det mistenkelige dødsfallet til kongens eldste sønn, David, hertug av Rothesay fryktet kong Robert III for livet for sin yngre sønn Jakob. Kongen fikk Jakob sendt sjøvegen til antatt trygghet i Frankrike i 1406, der den mistenkte gjerningsmannen hertugen av Albany ikke kunne nå ham. Dessverre for skottene ble skipet kapret av engelskmennene som holdt Jakob i fangenskap i 18 år mens de krevde løsepenger. Resultatet var at etter kongens død i 1406 styrte hertugen av Albany uforstyrret som regent, og han hadde naturlig nok ingen hast med å betale den store løsesummen på 40 000 pund som engelskmennene krevde. Etter at hertugen døde  81 år gammel i 1420 gikk makten over til hans sønn Murdoch, som kun klarte å blokkere løslatelsen fram til 1424. 
Jakob I kom til Skottland 32 år gammel med sin engelske brud. Han var fast bestemt på å gjeninnføre lov og orden, og ta et oppgjør med sine fiender. Med hensynsløse bruk av makt reformerte han både det skotske parlamentet og rettsvesenet, og drepte enhver som utfordret hans autoritet, inkludert sin fetter Murdoch. Utenrikspolitisk var et av hans største grep å avskaffe Auld-alliansen i 1428. Jakobs politikk førte til en langt sterkere sentralmakt enn noen gang tidligere i skotsk historie, men han ble samtidig svært upopulær og endte med å bli myrdet i 1437. Hans sønn Jakob II fortsatte sin fars politikk da han ble myndig i 1449. Kongens politikk med å svekke adelens makt førte spesielt til konflikter med Huset Douglas, som hadde fått en fremstående posisjon i Skottland i Robert Bruces regjeringstid.
Med Universitetet i St. Andrews i 1413, Universitetet i Glasgow i 1450 og Universitetet i Aberdeen i 1495 fikk Skottland sine tre første universiteter. Sammen med en ny skolelov i 1496 første dette til en markant fremgang i skottenes åndsliv. 
I 1468 skjedde den siste store anskaffelsen av landområder da Jakob III av Skottland giftet seg med Margrete av Danmark. I den forbindelse mottok Skottland de norske landområdene Orknøyene og Shetlandsøyene som medgift, da danskekongen hadde en anstrengt økonomi. Til tross for den skotske overtagelsen ble ikke forbindelsen til Norge brutt. Norske institusjoner og myndigheter fortsatte delvis å fungere, og norsk var, iallfall på Shetland, både tale- og skriftspråk i relativt lang tid.
Etter at den upopulære og ineffektive Jakob III døde i kamp med egne landsmenn i slaget ved Sauchieburn i 1488 kom sønnen Jakob IV på tronen. Han fikk gjort slutt på Lord of the Isles' delvis uavhengige styre, og fikk således ført de vestlige øyene inn under kongelig kontroll for første gang siden de formelt ble skotsk. I 1503 giftet hans seg med datteren av Henrik VII av England, Margaret Tudor, noe som la grunnlaget for den senere foreningen av de skotske og engelske kronene. Hans regjeringstid ses ofte på som en periode med et blomstrande skotsk kulturliv, og det var i denne perioden at den europeiske renessansen spredte seg i landet. Jakob IV var det siste skotske kongen som benyttet gælisk, selv om enkelte historikere har hevdet at også hans sønn kunne det.
I 1512, under en avtale som forlenget Auld-alliansen, fikk alle skotske borgere også fransk statsborgerskap og vice versa. Dette ble ikke opphevet i Frankrike før i 1903, har kanskje aldri blitt opphevet i Skottland. Imidlertid fikk Auld-alliansen en langt mer ulykkelig effekt da Jakob IV ble pålagt å invadere England for å støtte franskmennene i krigen mot Henrik VIII. Den skotske invasjonen endte i katastrofe. Skottene ble stoppet i slaget ved Flodden Field, der både kongen, landets fremste menn og 10 000 soldater («The Flowers of the Forest» — «Skogens blomster») falt. Det store antallet falne fikk store konsekvenser i hele landet, og Skottland måtte igjen styres av regenter. Sangen The Flooers o' the Forest minnes slaget, og er et ekko av det tidligere episke diktet Y Gododdin om en tilsvarende tragedie en gang rundt år 600. Slaget var også det største som noensinne ble utkjempet mellom England og Skottland målt i antall involverte soldater.
Jakob V endelig greide å unnslippe fra regentenes varetekt i 1528 ved moren Margaret Tudors hjelp. Han satte så i gang med å underlegge seg de opprørske høylendere i vest, på samme måte som hans far i sin tid måtte. Jakob giftet seg med den franske adelskvinnen Marie de Guise. Jakobs tid som monark var en god tid for landet de første årene, men med et nytt nederlag mot engelskmennene i slaget ved Solway Moss i 1542 endte det nok en gang i katastrofe for skottene. Kongen selv hadde ikke deltatt i slaget, men måtte ydmyket trekke seg tilbake til Falkland Palace hvor han døde to uker senere av feber, kun 30 år gammel. Han etterlot seg én datter, og Skottlands skjebne hvilte nå kun på den seks dager gamle Maria Stuart.

Maria Stuart, skottenes dronning

De neste to årene forsøkte Henrik VIII med militærmakt å tvinge igjennom et ekteskap mellom Maria Stuart og sin unge sønn Edvard, i en prosess som ble kjent som «The Rough Wooing», «Det brutale frieri». Flere engelske felttog inn i Skottland gjorde at Maria ble sendt til Frankrike da hun var fem år gammel med den hensikt å bli gift med den franske tronarvingen. Jarlen av Arran var offisielt regent, selv om Marias mor Marie de Guise ble igjen i Skottland for å ta vare på den unge dronningens interesser.
I 1547 døde Henrik VIII, og kommandoen over hæren gikk til regenten Edward Seymour. «Det brutale frieriet» fikk sitt klimaks da Edwards hær vant slaget ved Pinkie Cleugh og okkuperte Edinburgh. Maria Stuart var imidlertid fortsatt i Frankrike, noe som gjorde at striden langt fra var avgjort. Marie de Guise kalte inn franske tropper til skottenes hjelp, og etter at hertugen av Northumberland var blitt ny engelsk regent trakk engelskmennene seg i 1550 helt ut av Skottland.
Marie de Guise ble skotsk regent i 1554, og orienterte landet i stadig større grad mot Frankrike. Den franske kulturelle innflytelsen førte til at mange franske ord kom inn i det skotske språket, samtidig som det vokste frem en klar antifransk stemning hos det skotske protestantene, som så sine trosfeller i England som naturlige allierte. I 1560 døde Marie de Guise, og kort tid senere ble Auld-alliansen avsluttet med signeringen av Edinburgh-traktaten. Denne slo fast at både franske som engelske tropper skulle trekke seg ut av Skottland. Samme år skjedde den skotske reformasjon, da Skottlands parlament opphevet den romersk-katolske religion og forbød messe. 
I mellomtiden hadde Maria Stuart blitt katolsk oppdratt i Frankrike. Hun hadde giftet seg med den franske tronarvingen Frans II i 1558 og ble dronning av Frankrike da kongen døde det påfølgende året. Da Frans II selv døde valgte Maria Stuart, 19 år gammel, å vende tilbake til Skottland og overta styringen. Omgivelsene var fiendtlige, men på tross av hennes personlige tro forsøkte hun ikke å gjeninnføre katolisismen ved tvang. Dette gjorde den katolske delen av adelen rasende. Hennes seks år personlige regime ble fylt av en rekke kriser, hovedsakelig utløst av intriger og rivaliseringen blant adelen. 
I 1566 ble Marias sekretær David Riccio myrdet, og året etter skjedde det samme med hennes upopulære ektefelle, Henry Stuart, lord Darnley. Dette førte til at Maria ble bortført og tvunget til å gifte seg med jarlen av Bothwell, den antatte morderen av Darnley. Den skotske adelen vendte seg imot Maria og Bothwell, og samlet en hær mot dem, Maria ble tatt til fange og ble holdt innesperret i Loch Leven Castle. I juli 1567 ble hun tvunget til å abdisere til fordel for sønnen hun hadde fått med Darnley, prins Jakob.
Maria klarte til sist å rømme fra fangenskapet i Loch Leven og gjorde et forsøk på å gjenvinne tronen med makt. Etter at hun led nederlag i slaget ved Langside i 1568 søkte hun tilflukt i England og etterlot sin unge sønn i hendene på regentene. I England ble hun hovedfokus for katolske konspiratører som hevdet at hun var Englands rettmessige monark, på bekostning av dronning Elisabeth. Dette gjorde at Elisabeth så på Maria som en trussel, og dermed fikk henne arrestert. Etter rundt tyve år i fangenskap ble hun tiltalt og henrettet for forræderi. Grunnen var at hun hadde deltatt i tre konspirasjoner som hadde som mål å få Englands dronning myrdet slik at hun selv kunne overta tronen.

Den protestantiske reformasjonen

Under reformasjonen på 1500-tallet ble Skottland protestantisk. I den første delen av århundret fikk skriftene og læren til først Martin Luther og deretter Jean Calvin gjennomslag i Skottland. En rekke protestantiske predikanter ble henrettet av de katolske makthaverne, blant dem Patrick Hamilton i 1528 og den førkalvinistiske George Wishart i 1546. Sistnevnte ble brent på bålet i St. Andrews av kardinal David Beaton beskyldt kjetteri. De anti-protestantiske kampanjene greide imidlertid ikke å stoppe de nye religiøse strømningene, og Beaton ble for øvrig snikmyrdet kort etter henrettelsen av Wishart.
Den påfølgende reformasjonen av den skotske kirke ble fulgt av en kortvarig borgerkrig i 1559–1560. Den engelske innblandingen i krigen ble avgjørende for protestantenes seier. Parlamentet innførte en reformert trosbekjennelse i 1560, mens den unge Maria Stuart fortsatt var i Frankrike. Den mest toneangivende lederen på protestantisk side var den kompromissløse John Knox, som hadde vært en disippel av både Jean Calvin og George Wishart. Katolisismen ble imidlertid ikke helt utradert, og forble sterk særlig i deler av høylandene. 
Reformasjonens fremtid var noe usikker under styret til den katolske Maria Stuart, men dronningen så seg nødt til å tolerere protestantismen. Etter at hun ble avsatt i 1567 ble sønnen Jakob VI oppdratt som protestant. Da den barnløse dronning Elisabeth I døde i 1603 gikk den engelske kronen til Jakob. Han tok tittelen Jakob I av England og Jakob VI av Skottland, og forente således de to nasjonene under samme monark. Kong Jakob forlot Skottland for London og vendte aldri tilbake. For en tid forble denne unionen den eneste formelle forbindelsen mellom de to uavhengige nasjonene, men personalunionen bebudet den kommende politiske unionen av England og Skottland i 1707 under det felles begrepet Storbritannia.

Biskopenes krig

Selv om både Skottland og England hadde avvist pavemakten utviklet reformasjonen seg forskjellig i de to landene. England opprettholdt store deler av den gamle katolske praksisen, inkludert en formell liturgi og dagsorden. Skottene innførte på sin side en langt friere kalvinisme. Selv om kong Jakob hadde forsøkt å få den skotske kirken til å akseptere deler av den høykirkelige anglikanisme fra England oppnådde han lite eller ingenting. Hans sønn og etterfølger, Karl I, gikk videre og introduserte en engelskstilet bønnebok i den skotske kirke i 1637. Dette resulterte i stor motstand i Skottland, noe som senere utviklet seg til et fullt opprør. Det fortelles at opprøret startet med en viss Jenny Geddes som kastet en klappstol i St. Giles' katedral i Edinburgh mot presten i protest ved den første bruken av bønneboken.
Representanter for ulike fraksjoner i det skotske samfunnet trakk opp «Den nasjonale pakt» (engelsk National Covenant) i 1638. Denne tok til orde mot kongens liturgiske nyvinninger, og disse og tilhengerne av den samme saken ble siden kalt for kovenantene. I november samme år rullet konflikten videre da de skotske biskopene formelt ble utvist fra kirken, som deretter ble etablert på fullt presbyteriansk grunnlag. Karl I gjorde seg klar til å forsvare ro og orden med militærmakt, men da ingen av sidene ønsket å utløse en full militær konflikt ble midlertidig avtale undertegnet i Berwick.
Konflikten forble uløst, og i 1640 kom det til nye fiendtligheter i det som senere ble kjent som «biskopenes krig». Karls styrker i nord ble beseiret av skottene ved Newburn vest for Newcastle, og som erstatning for de tapte troppene forsøkte kongen å rekruttere en hær blant de irske katolikkene. Dette førte til en storm av protester i både Skottland og England, noe som gjorde at Karl måtte gi opp forsøket. Dette provoserte på sin side frem et opprør i Irland, og Karl ble tvunget til å gå til det engelske parlamentet for økonomisk hjelp. Parlamentet krevde på sin side reformer, noe som utløste i den engelske borgerkrigen. Denne serien med intern urolighet og borgerkriger i England på 1640- og 1650-tallet har siden blitt kalt trekongedømmekrigene. I mellomtiden fikk konvenantene ansvaret for å styre Skottland, der de samlet en stor hær mot de episkopale og romersk-katolske kreftene nord i landet.

Borgerkrig

Utover i borgerkrigen kom parlamentarianerne til de skotske covenantene for militær støtte. Skottene og parlamentarianerne inngikk en felles avtale i 1642, der det ble lovet ytterligere reformer i England. Skotske styrker bidro sterkt til rojalistenes nederlag, spesielt i slaget ved Marston Moor. Dessuten okkuperte en skotsk hær ledet av jarlen av Leven en periode det nordlige England.
Det var imidlertid ikke alle skotter som støttet det at covenantene grep til våpen mot kongen, og i 1644 manet James Graham, 1. marki av Montrose høylenderne til å gå inn på kongens side. Markien greide i liten grad å samle skottene på kongens side, men hadde likevel stor suksess med sin mobile strategi støttet av en hær på 1 000 irer, øyboere og høylendere. Med Montroses seier i slaget ved Tippermuir kom den skotske borgerkrigen i gang i september 1644, og etter en serie seiere over covenantene lå lavlandet klart for invasjon. Montrose mistet imidlertid nå store deler av hæren sin, da høylendere heller foretrakk å trekke nordover. Kort tid senere ble Montroses styrke beseiret i slaget ved Philiphaugh. Montrose forsøkte så å samle nye styrker for å fortsette felttoget, men i juli 1646 tok borgerkrigen slutt etter at kongen hadde overgitt seg til skottene ved Newark.
Året etter inngikk Karl en avtale med de moderate skotske presbyterianere, mens han ennå satt fanget på Carisbrooke Castle. I avtalen ble skottene lovet at presbyterianismen skulle innføres i England i en treårig prøveperiode, mot at skottene forpliktet seg til å hjelpe kongen militært. Hertugen av Hamilton fulgte opp avtalen med en invasjon av England, men ble slått av Oliver Cromwell i slaget ved Preston i august 1648.

Cromwells okkupasjon

Covenanten-regjeringen reagerte meget sterkt på henrettelsen av Karl I i 1649, og så snart nyhetene om kongens død nådde Skottland ble sønnen Karl II kronet i Edinburgh. Dette gjorde at Cromwell invaderte Skottland i 1650, der han slo skottene ved Dunbar og Worcester. I perioden som fulgte var Skottland okkupert av engelskmennene under George Moncks kommando, før landet ble innlemmet i Det engelske samveldet. Skottene slo likevel ikke til ro, og det var flere rojalistiske opprør i perioden 1651 til 1654.
Fra 1652 til 1660 var Skottland en del av det engelske samvelde og protektorat, men selv om landet var under engelsk kontroll fikk skottene like handelsrettigheter. Da samveldet brøt sammen og monarkiet ble gjeninnført under Karl II fikk Skottene uavhengigheten tilbake. Skottene fikk tilbake parlamentet sitt, men de engelske navigasjonslovene hindret skottene i å handle med Englands voksende kolonier i Den nye verden. De to landene kom til enighet om en klart definert riksgrense, og det ble innført toll på handel over grensen. Dette beskyttet den skotske tøyindustrien mot billige engelsk importvarer, men rammet også den skotske eksportnæringen.
Etter restaurasjonen fikk den skotske høyadelen ansvaret for å følge opp kongens interesser nord for grensen, med John Maitland, 1. hertug av Lauderdale som kongens statssekretær og høykommissær til det skotske parlamentet. Den episkopale kirkeforfatningen ble snart gjeninnført, noe som førte til mye uro i det sterkt presbyterianske sørvestlige Skottland. Presbyterianerne i dette området begynte snart med ulovlige religiøse samlinger, og myndighetenes forsøk på å slå ned på disse førte til et opprør i 1679. Opprøret ble slått ned av James Scott, 1. hertug av Monmouth i slaget ved Bothwell Bridge. På begynnelsen av 1680-tallet tok den religiøse forfølgelsen seg kraftig opp,  i det som historikeren Robert Wodrow karakteriserte som «Drapstiden». Da Karl døde i 1685 og ble etterfulgt av den katolske broren Jakob ekskalerte problemene ytterligere.

Avsettelsen av Jakob VII

Kong Jakob VIIs forsøk på å gi katolikkene rettigheter opprørte hans protestantiske undersåtter. Hverken dette eller hans bevegelse mot enevelde framprovoserte direkte opprør da det var antatt at han ville bli etterfulgt av sin datter Maria, som var protestant og hustru av  Vilhelm av Oranien, men i 1688 da Jakob produserte en mannlig arving endret det alt.
På invitasjon fra engelskmenn forberedte Vilhelm av Oranien seg og gjorde langgang med en styrke på 40 000 mann, og resultatet ble at kongen flyktet. Selv om dette var hovedsakelig en engelsk hendelse, den såkalte «ærerike revolusjonen», fikk det stor innvirkning på skotsk historie. Mens Vilhelm som Vilhelm III av England aksepterte en begrenset kongelig makt under Bill of Rights (en kontrakt mellom den nye kongen og det engelske parlamentet) hadde Skottland et tilsvarende dokument i Claim of Right som var et betydningsfullt dokument i utviklingen av rettsregler og borgerlige rettigheter.
De fleste betydningsfulle skotter støttet Vilhelm III, men andre, særlig på høylandet, forble trofaste til den avsatte Jakob VII. Hans sak og tilhengere, som ble kjent jakobitter, førte til rekke opprør. Et opprinnelig jakobittisk opprør under John Graham, 1. vicomte av Dundee («Bonnie Dundee») beseiret kongens hær i slaget ved Killiecrankie i 1689, men Dundee selv ble drept i slaget, og hæren hans ble kort tid etter beseiret i slaget ved Dunkeld. Det fullstendige nederlaget til Jakob VII i Irland av Vilhelm III i slaget ved Aughrim i 1691 avgjorde striden for en tid. Ironisk nok fikk den protestantiske Vilhelm III støtte fra paven og det katolske Habsburg-monarkiet mot det aggressive utenrikspolitikken til Ludvig XIV av Frankrike.
De siste årene på 1600-tallet var økonomisk vanskelige for Skottland. Dårlig innhøsting i syv dårlige år på 1690-tallet førte til betydelig hungersnød og avfolkning. Engelsk proteksjonisme stengte skotske handelsfolk ute fra de nye koloniene, og engelsk utenrikspolitikk forhindret handel med Frankrike. Mange skotter emigrerte til Ulster (de såkalte «Ulsterskottene»). Skottlands parlament av 1695 kom med en rekke virkemidler for avhjelpe den desperate økonomiske situasjonen, blant annet med å opprette Bank of Scotland. Loven for å fastesette skolene (Act for the Settling of Schools) etablerte en kirkesognbasert system på offentlig utdannelse over hele Skottland. Selskapet Company of Scotland Trading to Africa and the Indies, også kalt for Scottish Darien Company, fikk et charter for å skaffe kapital ved offentlig subskripsjon for å drive handel med Afrika og India, og ble en effektiv konkurrent til Det britiske ostindiske kompani.

Skotske oversjøiske kolonier

I et forsøk på å ekspandere etablerte skotter kolonier i både Nova Scotia og ved Stuart's Town i hva som i dag er Sør-Carolina. Skotske bosettere hadde også blitt sendt til den engelske kolonien New Jersey. Ingen av disse forsøkene ble noen suksess. Selskapet Company of Scotland ble snart involvert med Darienplanen, en ambisiøs plan konstruert av handelsmannen og bankieren William Paterson om å etablere en koloni ved landtangen i Panama i et håp om å etablere handel med Det fjerne østen – noe som ble opprinnelsen til konstruksjonen av Panamakanalen mange år senere. Company of Scotland skaffet seg lett subskripsjoner i London for planen. Imidlertid motsatte den engelske regjeringen seg ideen. Ettersom England var involvert i den pfalziske arvefølgekrig, eller niårskrigen, (fra 1689 til 1697) mot Frankrike ville engelskmennene ikke provosere Spania som krevde territoriet som en del av Nueva Granada (Ny-Granada). De engelske investorene ble nødtvunget til å trekke seg.
Ved å dra til Edinburgh klarte Company of Scotland å skaffe rundt 400 000 pund på noen få uker. Tre små flåter bestående av totalt 3000 menn seilte til sist ut med Panama som mål i 1698 for å etablere kolonien «New Edinburgh». Utførelsen endte i katastrofe: dårlig utstyrt, besatt av uavbrutt regnvær, angrepet av spanjoler fra det nærliggende Cartagena, og nektet støtte fra engelskmennene i Karibia ble kolonistene tvunget til å oppgi prosjektet i 1700. Kun 1000 overlevde og kun et skip greide å komme seg tilbake til Skottland. Et desperat skip fra kolonien ba om hjelp fra Port Royal på Jamaica fikk ikke hjelp – på ordre fra den engelske regjering.
Vilhelm III innså farene ved motstridende krav og mål for de to uavhengige kongedømmene med forskjeller mellom hverandre fremmet kongen kravet om en union mellom de to landene. Det skjedde ikke, men da unionen ble en realitet i 1707 ble det innført frihandel mellom de to landene og ga skotter tilgang til det blomstrende engelske verdensriket, foruten at de også måtte slåss som soldater i den britiske hæren. Darienplanen fremmet eller fremskyndet uansett unionen: skottene innså at de aldri ville bli en betydelig makt på egen hånd. Viktigst var det faktum at den skotske økonomien gikk bankerott ved fiaskoen, og Skottland måtte be Westminster om hjelp for slette den skotske nasjonalgjelden og stabilisere økonomien. I den forstand var det i Panama at Skottlands uavhengighet døde.

Unionen, hannoverne og jakobittene

Ved 1700 synes det som om det protestantiske monarkiet sto i fare for å gå mot sin avslutning med den barnløse Stuartprinsessen Anne. Heller enn å gå tilbake til hennes katolske bror James Francis Edward Stuart, besluttet det engelske parlament at Sophia av Hannover og hennes etterkommer skulle overta tronen – uten å konsultere det skotske parlamentet – ved loven Act of Settlement av 1701 som utelukket katolikker. I 1703 vedtok det skotske parlament loven Act of Security kravet om en protestantisk monark, men som nedstammet fra de skotske kongene, men ikke den engelske etterkommer. Det åpnet muligheten for at kronen kunne bli delt. Framfor å risikere at James Francis Edward Stuart, som da levde i Frankrike, skulle komme på tronen presset det engelske parlamentet for en full union mellom nasjonene. Skottene nektet å øke skattene og ville trekke skotske soldater fra hertugen av Marlboroughs hær i den spanske arvefølgekrigen om ikke deres krav ble innfridd. I 1705 truet det engelske parlamentet med stoppe frihandelen og fri bevegelse mellom de to landene, om det ikke ble åpnet forhandlinger som enten trakk tilbake den skotske Act of Security eller førte fram til felles union, Act of Union. Det siste ble resultatet i 1707 med en union hvor Skottland og England ble kongedømmet Storbritannia, bortimot et hundre år etter unionen med kronene.
Unionstraktaten bekreftet hannovernes etterfølgelse (en monark som ikke snakket engelsk, kun tysk), avskaffet både det skotske som det engelske parlamentet, og etablerte det britiske parlamentet i London (på samme sted som det tidligere engelske parlament). Skottland har 45 seter i Underhuset, og en representant i Overhuset. Loven førte også til felles statsborgerskap, ga skottene fri tilgang til engelske markeder. Den skotske kirke og skotske lov og rett forble atskilt. Unionen var meget kontroversiell blant skottene, og i økende grad for de som hadde håpet på en økonomisk vekst som ikke øyeblikkelig ble innfridd. Da den til sist kom i løpet av den andre halvdel av århundret, var det skotske lavlandet som mottok fordelene.
Jakobittene fikk fornyet vekst ved unionens upopularitet. I 1708 forsøkte James Francis Edward Stuart å invadere med en fransk flåte, men Royal Navy, den britiske marine, forhindret landgang. Et mer seriøst forsøk skjedde i 1715. Dette opprøret, kjent som «The 'Fifteen», planla et samtidig opprør i Wales, Devon og Skottland. Arrestasjoner i sør forhindret de sørlige aksjonene. I Skottland ledet John Erskine, jarl av Mar, med kallenavnet «Bobbin' John», de jakobittiske klanene, men viste seg som en ubesluttsom leder og lite kompetent soldat. Mar erobret Perth, men lot en mindre regjeringsstyrke under ledelse av hertugen av Argyll holde sletten ved Stirling. Deler av hæren til Mar sluttet seg til opprørene i nordlige England og sørlige Skottland, og jakobittene kjempet seg inn i England før de ble beseiret i slaget ved Preston, og overga seg den 14. november 1715. Dagen før feilet Mar i å beseire Argyll i slaget ved Sheriffmuir. Ved dette tidspunktet gikk James Francis for seint i land i Skottland. Han fikk det råd at saken var håpløs og flyktet hastig tilbake til Frankrike. Et forsøk på en jakobittisk invasjon med spansk støtte i 1719 ble møtt med liten entusiasme fra klanene og det endte med et nederlag mot de britiske styrkene i slaget ved Glen Shiel.
I 1745 kom en overraskende gjentagelse i et nytt og siste jakobittisk opprør kjent som «The Forty-Five». Unge Charles Edward Stuart, sønn av James Francis, kjente som «Bonnie Prince Charlie» og «Den unge pretendent», gikk i land på øya Eriskay på Ytre Hebridene. Flere av klanene flokket seg begeistret om ham. I begynnelsen hadde han overraskende stor suksess, erobret Edinburgh og beseiret deretter den eneste regjeringshæren i Skottland i slaget ved Prestonpans. Opprørshæren marsjerte inn i England og mot London, og kom så langt som til Derby hvor det ble mer og mer åpenbart engelskmennene ikke ville støtte en katolsk Stuart-monark, og Charles lovnader til sine egne om at franskmennene snart ville komme og delta i kampen ble like åpenbart stort sett tomt prat. Jakobittene havnet i en tillitskrise og de trakk seg tilbake til Skottland.
I mellomtiden fikk England samlet seg og ledet av hertugen av Cumberland ble opprøret knust i slaget ved Culloden den 16. april 1746 hvor kanskje opp til 2000 skotter ble slaktet ned. Charles skjulte seg i nordlige Skottland fram til september 1746 da han klarte å rømme tilbake til Frankrike ved hjelp av Flora MacDonald. Han døde som en nedbrutt mann, og jakobittenes sak døde med ham.

Den industrielle revolusjon, utrenskningen og opplysningstid

Etter 1745 gikk de britiske myndighetene inn for å knuse det skotske klansystemet med parlamentariske lover. Klesloven av 1746  gjorde det ulovlig å gå med kilt og tartanfarger. Den var en del av en større lov om forbud, Act of Proscription – Loven om proskripsjon, som forbød klanhøvdingenes tradisjonelle juridiske rettigheter. Alle aspekter av høylandskulturen ble forbudt, inkludert språk, med trussel om dødsstraff. Klanhøvdingene ble oppmuntret til å betrakte seg selv som landeiere lik skikken på lavlandet. Jorda hadde tidligere blitt betraktet som felleseie.
Etterhvert som de nye landeiererne omformet jorda til den langt mer lønnsomme driften av sauer ble mange folk fordrevet og gjort hjemløse, eller ellers truet med utkastelse. Prosessen ble kalt for Highland Clearances – Fordrivelsen av høylandet, hvor hjemmene ble brent ned, og mange, særlig barn og eldre, døde av sult og sykdom, og befolkningsantallet sank betydelig. Et stort antall høylendere flyttet til byene og ble arbeidere i den voksende industrialiseringen, men mange ble også forvist til andre deler av det britiske riket, særlig Nova Scotia (Ny-Skottland), de østlige delene av Quebec, og Ontario i Canada.
På samme tid endret den skotske jordbruksrevolusjonen det skotske lavlandet og omformet det tradisjonelle systemet av utkommejordbruk til et moderne og produktivt landbrukssystem. Omformingen hadde også effekt på befolkningen og førte til utvandring.
Internasjonalt var Skottlands skjebne knyttet til Storbritannias og kort tid etter tragedien ved Culloden drev Storbritannia med suksess krigføring i syvårskrigen (1756–1763), og demonstrerte rikets økende betydning som en stormakt. Som en del av det nye Storbritannia begynte Skottland å blomstre som landet aldri hadde gjort som uavhengig nasjon. Da minnet om jakobittopprøret bleknet hen ble flere av de strengeste lovene opphevet på 1770- og 1780-tallet. Det meste var trukket tilbake ved 1792 da katolske og episkopale geistlige ikke lenger nektet å betale for den regjerende monarken, skjønt unitarisme var fortsatt berørt.
Økonomisk begynte Glasgow og Edinburgh å vokse i en storstilt grad på slutten av 1700-tallet. Den skotske renessanse besto av filosofi og vitenskap. Den skotske opplysningstid besto av navn som Adam Smith, David Hume og James Boswell. Vitenskapelig framgang ble ledet av James Hutton og William Thomson, 1. baron Kelvin, og James Watt, instrumentmaker ved University of Glasgow.
Særlig framtredende i samtidslitteraturen var Robert Burns, en poet fra Ayrshire, og Walter Scott, en profilert forfatter av ballader, dikt, og historiske romaner. Hans romantiske portretter av skotsk liv i tidligere århundrer har fortsatt å ha en uforholdsmessig påvirkning av den populære oppfatning av «autentisk skotsk kultur» og den pomp og prakt som han organiserte for besøket til kong Georg IV til Skottland gjorde tartan og kilt til et nasjonalt festantrekk. I den siste halvdel av 1800-tallet ble George MacDonald en innflytelsesrik skotsk forfatter.
I løpet av 1800-tallet ble det skotske lavlandet i stadig større grad omgjort til tungindustri. Glasgow og elven Clyde ble et betydelig sted for skipsbygging, og byen ble en av de største byene i verden, kjent i Storbritannia som «Imperiets andre by» (etter London).

1900-tallets Skottland

Skottland som var tett knyttet til det britiske imperiets ve og vel led tungt etter den første verdenskrig. Det skotske høylandet hadde skaffet en uforholdsmessig antall rekrutter for hæren. En hel generasjon unge menn ble drept, og mange landsbyer og samfunn led tungt av tapet. På lavlandet, særlig Glasgow, førte de dårlige arbeidsforholdene med lav betaling og elendige boforhold til politisk uro. John MacLean ble politisk nøkkelfigur i hva som ble kjent som «Røde Clydeside», og i januar 1919 mobiliserte den britiske regjeringen soldater og tanks i sentrale Glasgow i frykt for revolusjonære opptøyer. I løpet av 1920- og 1930-tallet opplevde Glasgow og Clydebank stor arbeidsledighet grunnet den globale depresjonen og konkurranse i utlandet.
Den 2. oktober 1929 ble Den skotske kirke og Den forente frikirke i Skottland formelt forent med det mål å løse spliden i den skotske presbyterianisme fra sammenbruddet i 1843 da 450 prester brøt ut fra kirken.
Under den andre verdenskrig var marinebaser og infrastrukturen i Skottland hovedmål for Tyskland. Angrep på Scapa Flow på Orknøyene og Rosyth i Skottland ga RAFs jagerfly deres første suksess. Industrien i Glasgow og Clydeside spilte en nøkkelrolle i krigsanstrengelsene og fikk store ødelegger fra angrep av det tyske Luftwaffe. Høylandet skaffet igjen et stort antall soldater for krigsanstrengelsene. Kommandosoldater og motstandsfolk, både britiske og andre allierte soldater, mottok krigstrening i de tøffe forholdene i Lochaberfjellene.
Skottland spilte også en betydelig rolle under de transatlantisk konvoiene i kampen om nordlige Atlanterhavet. Som under den første verdenskrigen tjente Scapa Flow som den viktigste marinebasen. Shetlands nære beliggenhet til okkuperte Norge resulterte i Shetlandsbussen, fiskebåter som smuglet nordmenn til Storbritannia, og farlige ekspedisjoner over Nordsjøen støttet motstandsbevegelsen. Skottlands kanskje meste bisarre hendelse under krigen skjedde i 1941 da Rudolf Hess fløy til Renfrewshire med det urealistiske målet å forhandle fram en fredsavtale med de allierte.
Etter den andre verdenskrigen ble Skottlands økonomiske situasjon i stigende grad verre grunnet konkurransen utenlands, lite effektiv industri og interne stridigheter. Kun på 1970-tallet begynte situasjonen å endres til det bedre, delvis grunnet oppdagelsen og utviklingen av olje og gass fra Nordsjøen, og delvis ved at Skottland bevegde seg mot en tjenestebasert økonomi. Denne perioden så også framveksten av Det skotske nasjonalpartiet (SNP) og bevegelser for skotsk selvstendighet og hjemmestyre («home rule»). En folkeavstemning om devolusjon (hjemstyre) i 1979 førte til et mindre flertall for selvstyre (52 prosent mot 48 prosent). Generelt var folk oppgitt og lei over spørsmålet om devolusjon. Labour var delt mellom devolusjonistene og unionistene mens SNP var delt mellom devolusjonistene og de som ønsket full løsrivelse fra unionen. Et vilkår for avstemningen var at 40 prosent av det totale stemmeberettigede skulle stemme for at resultatet skulle være gyldig og med et frammøte på 63.6 prosent hadde kun 32,9 prosent stemmet «Ja». Det var også et spørsmål om hvordan man skulle tolke de som ikke stemte da de som drev kampanje for et «Nei» hevdet at før avstemningen var folk blitt fortalt at en ikke-stemme tilsvarte en nei-stemme.
Da den kalde krigen ble mer intens lagret USA ballistiske missiler av typen Polaris og undervannsbåter i Firth of Clydes Holy Loch i 1961. Dette skjedde til tross for opposisjon fra den britiske Kampanjen for kjernefysisk nedrusting (CND). Den britiske marinen for kjernefysiske ubåter ble opprettholdt ved den utvidede basen ved Gare Loch. Den første patruljering med ubåter bevæpnet med Tridentmissiler skjedde i 1994 til tross for USA la ned basen ved slutten av den kalde krigen.
Den 11. september 1997 ved 700 årsminnet over slaget ved Stirling Bridge lot Tony Blairs Labour-regjering det igjen holde folkeavstemning over devolusjon. Det positive resultatet førte til etableringen av et nytt skotsk parlament i 1999. Den skotske parlamentsbygningen ligger tilstøtende til Holyrood House i Edinburgh.

Skottland inn i 2000-tallet

Det føydale systemet hadde overvintret i skotsk lov om eierskap av jord slik at en landeier hadde fortsatt forpliktelser til en føydal overherre, inkludert betaling av lenplikt. I 1974 kom prosessen for fjerne lenplikten i gang, skjønt den trakk ut og det var først da det skotske parlamentet ga saken oppmerksomhet at en rekke lover ble vedtatt, den første i 2000, som førte opphevelsen av det foreldede systemet ble nedlagt i 2004.
Den 3. mai 2007 vant det skotske nasjonalparti (SNP) det skotske parlamentsvalget og dannet en mindretallsregjering. Den nye førsteministeren, Alex Salmond, fremmet i 2010 et lovforslag som kunne ha gjort det mulig for det skotske folk å gjennomføre en folkeavstemning om uavhengighet i 2011. SNP greide ikke å skaffe lovhjemmel for en slik folkeavstemning ettersom partiet var i mindretall, og fordi de tre største opposisjonspartiene nedstemte lovforslaget.
Ved valget til den skotske nasjonalforsamlingen den 5. mai 2011, fikk nasjonalistene flertall og dannet en flertallsregjering med Alex Salmond som førsteminister. Den 15. oktober 2012  inngikk han en avtale («The Edinburgh Agreement») med Storbritannias statsminister David Cameron i Edinburgh for å sikre britisk godkjennelse av en folkeavstemning. Folkeavstemningen om skotsk uavhengighet ble avholdt 18. september 2014. Et flertall på 55,3% av velgerne stemte nei til løsrivelse. Nei-siden vant 28 av 32 valgkretser. Valgdeltagelsen var på 84,59%.
Etter valget den 5. mai 2016 dannet det skotske nasjonalparti en ny mindretallsregjering, med Nicola Sturgeon som førsteminister. Den 23. juni 2016 avholdt Storbritannia en folkeavstemning om EU-tilknytning, hvor det ble et flertall på 51,9 % for at Storbritannia skal forlate EU. Valgresultatet aktualiserte spørsmålet om skotsk løsrivelse. Førsteminister Nicola Sturgeon i Skottlands regjering kunngjorde 24. juni 2016 at regjeringen forberedet en ny folkeavstemning om uavhengighet, den 13. oktober 2016 kunngjorde hun et lovforslag som vil gjøre folkeavstemningen mulig, og den 20. oktober 2016 ble et utkast til lovforslaget lagt frem. Den 28. mars 2017 vedtok det skotske parlamentet en ny avstemning om uavhengighet med 69 mot 59 stemmer. En lovendring som ble foreslått av Scottish Green Party ble også vedtatt, og vil gjøre det mulig for 16 og 17 år gamle, samt EU-borgere, å stemme.