Salpeterkrigen

Gjensidig forsvarstraktat av 1873

I 1872 trodde Perus utenriksminister José de la Riva-Agüero at Chile ville bruke sine nyanskaffede panserskip for å innta den bolivianske kysten. Han ønsket at Peru skulle bruke sin maritime innflytelse på å få slutt på konfliktene før saken kom helt ut av kontroll. Marskalk Ramon Castilla hadde også advart Peru mot et mulig chilensk angrep og rådet Peru til å kjøpe to krigsskip for hvert eneste krigsskip som Chile kjøpte. Men pengemangel hindret den peruanske regjeringen fra å følge Castillas råd.
Den 6. februar 1873, undertegnet Peru og Bolivia en forsvarstraktat om militært samarbeid og gjensidig forsvar som skulle garantere uavhengighet, suverenitet og territorial integritet for begge landene. Det var også en klausul om å hemmeligholde dette samarbeidet inntil det ble nødvendig å benytte seg av dette. Men allikevel visste Chile, gjennom sin ambassadør Carlos Walker Martínez, om avtalen siden 1874. Walker nevnte til og med traktaten i sin bok fra 1876  "Pajinas De Un Viaje Al Traves De La Amerika Del Sur". Chile fikk også høre om traktaten gjennom en annen minister i 1877, da Argentinas senat drøftet invitasjonen til å delta i Peru og Bolivia sin forsvarsallianse.

Grensetraktaten av 1874

I 1874 erstattet Chile og Bolivia sin grensetraktat fra 1866 med en ny traktat som skulle gi Bolivia myndighet til å samle inn alle skatteinntektene mellom den 23. og 24. breddegrad, noe som bandt skattesatsene på chilenske bedrifter i hele 25 år inntil Bolivia åpnet opp. Traktaten innebar imidlertid visse begrensninger for Bolivia, ved at ingen ny skatt kunne tillegges, og at satsene ikke skulle kunne økes innenfor perioden. Chilenske selskaper sto for det meste av utnyttelsen av Atacamas kystregion. Den 26. desember 1874, ankom det nybygde panserskipet Cochrane til Valparaiso i Chile, og den forble i Chile inntil ferdigstillelsen av Blanco Encalada i 1875 endret maktbalansen i Stillehavet i Chiles favør. Dermed ble den argentinske undertegnelsen av alliansetraktaten utsatt.  
Til tross for begrensningene i traktaten fra 1874, etablerte Bolivia i februar 1878 en ny skatt på det chilenske selskapet Compañía de Salitres y Ferrocarril i Antofagasta. Da Chile protesterte mot den nye skatten og nektet å betale, opphevet den bolivianske regjeringen lisensen til det chilenske Nitrat-selskapet. Bolivia beslagla hele selskapets eiendom og utlyste auksjon. Dagen for auksjonen, 14. februar 1879 gikk 200 chilenske soldater inn i Antofagasta, for å hindre iverksettelsen av denne. Inntoget skjedde udramatisk og under applaus fra byborgerne som i all hovedsak var chilenere.

Krigsutbrudd

Den 1. mars 1879 utstedte regjeringen i Bolivia et dekret der landet erklærte krig med Chile, samt utvisning av chilenske innbyggere, beslagleggelse av deres eiendeler, eiendom og investeringer. 
Peru prøvde å megle, men da Bolivia sa at de var i krig så ble situasjonen forverret. Bolivia og Peru hadde en gjensidig forsvarspakt. Bolivia ba derfor Peru om å mobilisere snarest, men Chile på sin side krevde at Peru øyeblikkelig skulle erklære sin nøytralitet. Men Peru motsatte seg begge kravene, dermed så erklærte Chile krig mot begge nasjoner den 5. april. Den påfølgende dagen så aksepterte Peru alliansen med Bolivia.
Salpeterkrigen foregikk over en femårsperiode på forskjellige arenaer, inkludert Atacamaørkenen samt Perus ørken og fjellpartier. Det første slaget var slaget ved Topáter. Det første året lå fokuset mest på marine-slaget i Stillehavet, da Chile kjempet i verdens tørreste ørken for å etablere en sjøbasert forsyningslinje for sine styrker. Til tross for at den peruanske hæren var suksessfulle i begynnelsen, så kom den chilenske marinen sterkt tilbake. I tiden etterpå, beseiret Chiles hær de dårlig utrustede bolivianske og peruanske hærene på slagmarken. Dette bidro sterkt til Bolivias nederlag og tilbaketrekning i slaget ved Tacna den 26. mai 1880, samt Perus nederlag etter slaget om Arica den 7. juni. 
Stridens klimaks fant sted 1881 da chilenerne okkuperte Lima. Konflikten gikk da over til å bli en geriljakrig, fordi sivilbefolkningen mobiliserte og gjorde motstand sammen med restene av Perus hær. Felttoget i Breña var ganske suksessfull, sett fra motstandsbevegelsens side, men det endret ikke utfallet av krigen.
Etter Perus nederlag i slaget ved Huamachuco, undertegnet Chile og Peru Ancón traktaten, den 20. oktober 1883. Bolivia undertegnet en avtale om våpenstillstand med Chile i 1884.
Chile tok kontroll over peruanske Tarapacá og den omstridte bolivianske havnebyen Antofagasta, og blokkerte dermed Bolivias kysttilgang. I tillegg tok de midlertidig kontroll over de peruanske provinsene Tacna og Arica. I 1904 signerte Chile og Bolivia en fredsavtale slik at grensene ble definitive. Situasjonen mellom Chile og Peru ble forverret da 1893 avtalen angående skjebnen til provinsene Arica og Tacna ikke ble overholdt. Kolonisering og voldelig chilenifisering av territoriene, resulterte i et brudd i 1911. I 1929 ble det imidlertid inngått et kompromiss, hvor Chile fikk Arica, mens Tacna gikk til Peru, men det løste ikke uvennskapet. Politiske konflikter mellom disse nabolandene skriver seg ofte tilbake til denne konflikten.