Holocaust i Slovakia

Holocaust i Slovakia var utryddelsen av jøder i Republikken Slovakia under andre verdenskrig. Fra mars til oktober 1942 ble 57 628 (to tredjedeler av landets omkring 90 000) jøder deportert til tilintetgjørelsesleirer (særlig Majdanek, Auschwitz og Sobibór) i Generalguvernementet i det okkuperte Polen. Omkring 300 av disse overlevde. Blant de overlevende var Rudolf Vrba som flyktet fra Auschwitz og skrev en detaljert rapport om forholdene. Omkring 6000 flyktet over grensen til Ungarn. Deportasjonene ble utført av den tyskvennlige regjeringen under Jozef Tiso og Vojtech Tuka. Det er unikt for Slovakia at regimet på egen hånd stanset deportasjonen og ikke etterkom press fra Tyskland om videre deportasjoner. Da tyske styrker tok kontroll over landet høsten 1944 ble ytterligere 13 000 deportert, om lag halvparten av disse overlevde. Det totale tallet på drepte kan være så høyt som 71 000. Pressac oppgir at 27 000 av de jødiske slovakene ble deportert til Auschwitz. Nesten alle slovakiske dødsofre under krigen var jøder. I hele Tsjekkoslovakia utgjorde jøder 75–80 % av alle dødsofre under andre verdenskrig. Jøder fra Slovakia var blant de første som ble myrdet i Auschwitz og Majdanek. 
Republikken Slovakia var det første landet som i stor skala sendte sine egne innbyggere til dødsleirene. I Slovakia ble ikke jødene samlet i ghettoer som i Polen og de baltiske landene. Holocaust artet seg derfor mer som i de okkuperte landene i Vest-Europa. Republikken Slovakia var det eneste landet som betalte Tyskland for å ta i mot de deporterte jødene. De aller fleste overlevende utvandret de første etterkrigsårene.
De tsjekkoslovakiske områdene som Ungarn erobret eller annekterte 1938–1939 ble utsatt for holocaust i Ungarn. Medregnet det sørlige Slovakia annektert av Ungarn i 1938 var det samlede antall drepte om lag 110 000 av i alt 135 737 jøder som bodde i denne delen av Tsjekkoslovakia før krigen. I Karpato-Ruthenia erobret av Ungarn i 1939 ble 80 000 jødiske innbyggere drept. Over 400 000 jøder fra Ungarn (inkludert annekterte områder) ble i løpet av et par måneder i 1944 sendt med tog gjennom Slovakia til Auschwitz.
Jahn Otto Johansen oppgir at de fleste sigøynere forlot landet før deportasjonene begynte, og at 6490 av de gjenværende ble deportert til Auschwitz hvorav 500 overlevde. Sniegon oppgir at 5500 tsjekkiske og 2000 slovakiske sigøynere ble drept. Columbia guide to the Holocaust oppgir at 500 sigøynere ble drept.

Tsjekkoslovakia

Slovakia var til slutten av første verdenskrig underlagt Ungarn innenfor Østerrike-Ungarn og ble i 1918 en del av republikken Tsjekkoslovakia. Béla Kun og kommunistpartiet kom til makten i Ungarn etter krigen og invaderte i 1919 Slovakia der de forsøkte å opprette en slovakisk sovjetrepublikk. Tsjekkoslovakia var en sekulær stat. I Slovakia sto den katolske kirke sterk, folk var skeptiske til tsjekkernes religiøse likegladhet og det var irritasjon over bøhmisk dominans i republikken. I mellomkrigstiden var slovakisk politikk preget av klerikalisme (ønske om å sikre og styrke kirkens makt politisk), antimodernisme og slovakisk nasjonalisme; det dominerende partiet var ledet av prestene Andrej Hlinka og Tiso.
I 1938 ble de sudettyske områdene innlemmet i Tyskland som følge av Münchenavtalen. Fra Slovakia ble et område på 11 900 km² langs grensen i sør overført til Ungarn. Dette området, som delvis tilsvarer det som kalles «Øvre Ungarn» eller Felvidék, hadde 870 000 innbyggere hvorav 87 % etniske ungarere. Slovakia og fikk et visst indre selvstyre etter Münchenavtalen. I forbindelse med München-avtalen hadde Ungarn i utgangspunktet krevd å få overført hele Slovakia. Polen (støttet av Italia) forlangte at Karpato-Ukraina skulle overføres til Ungarn slik at landene fikk felles grense. Ved forhandlingene i Wien 2. november 1938 ble Ungarn tildelt en liten del av Karpato-Ukraina, inkludert hovedbyene Uzjhorod og Mukatsjeve, resten ble okkupert av Ungarn etter Tsjekkoslovakias oppløsning i mars 1939.
Slovakia erklærte seg som autonomt (selvstendig) område 6. oktober 1938. Tsjekkoslovakia ble, under navnet Tsjekko-Slovakia, en føderal stat som resultat av München-avtalen. Den østligste delen av Tsjekkoslovakia ble Karpato-Ruthenia, en autonom region (på linje med Slovakia) under navnet Karpato-Ukraina. Ved den oppløsningen av Tsjekkoslovakia 15. mars 1939 ble området okkupert av Ungarn og gjort til regionen Kárpátalja.
De slovakiske nasjonalistlederne Ferdinand Ďurčanský og Alexander Mach møtte sammen med Franz Karmazin (representant for den tyske minoriteten) den tyske nazilederen Hermann Göring i München 17. oktober 1938. Ďurčanský forsikret Göring om at slovakene ønsket full uavhengighet med nære forbindelser til Tyskland. Internt i regimet gikk Göring inn for uavhengighet for Slovakia blant annet av strategiske grunner ved eventuelle militære operasjoner østover. I februar 1939 besøkte Tuka Hitler i Berlin, og Tuka ba innstendig om Tysklands støtte til frigjøring fra tsjekkerne. Tidlig i mars avsatte president Emil Hácha selvstyreregjeringene i Slovakia og Rutenia. Tiso ble satt i husarrest i et kloster som han imidlertid raskt rømte fra. Den 13. mars reiste han til Berlin sammen med Ďurčanský.
Før oppdelingen av Tsjekkoslovakia hadde den slovakiske delen av landet 136 737 jødiske innbyggere. De fleste jødene bodde i Bratislava, Košice, Nitra og Zvolen. Etter at Ungarn ble tildelt grensestripen i sør havnet 44 000 av disse i Ungarn. I Karpato-Ruthenia var det rundt 110 000 jødiske innbyggere og disse utgjorde over 15 % av befolkningen i regionen. I dette området arbeidet en firedel av jødene i landbruket, noe som var uvanlig i Europa på den tiden. De fleste jødiske barn gikk på tsjekkisk-språklige skoler og ble beskyldt for å drive «tsjekkifisering» av området.

Republikken Slovakia

Jozef Tiso som var leder av selvstyreregjeringen i Bratislava, erklærte 14. mars 1939, med tysk støtte, Republikken Slovakias uavhengighet fra Tsjekkoslovakia. Fører og rikskansler Adolf Hitler påtok seg 16. mars å beskytte den nye staten Slovakia, og utenriksminister Joachim von Ribbentrop undertegnet traktat om dette med Tuka 23. mars. Traktaten inneholdt et hemmelig tillegg som ga Tyskland enerett til å utnytte Slovakias næringsliv. Hele Tsjekkoslovakia var da i praksis under tysk kontroll, mens Republikken Slovakia formelt forble en uavhengig stat. Tyskland intervenerte i innenrikspolitiske saker i Slovakia via Tysklands ambassadør. USA anerkjente ikke Republikken Slovakia, men betraktet Tsjekkoslovakias eksilregjering i London som landets eneste representant under krigen. USA ignorerte også Slovakias krigserklæring i desember 1941.
Republikken gikk i 1940 inn i tremaktspakten med Tyskland og Italia. Slovakia deltok i angrepet på Sovjetunionen i juni 1941. En folketelling i desember 1940 viste at landet på denne tiden hadde 88 951 jødiske borgere. Jødene utgjorde omkring 4 % av Slovakias innbyggere. Jødiske slovaker arbeidet for en stor del innenfor handel og finans, mens godt over halvparten av befolkningen ellers arbeidet i landbruk og skogbruk. Tiso var en kjent antisemitt. Han videreførte Hlinkas katolsk-nasjonalistiske politikk, også kalt klerikal fascisme. Av parlamentets 63 medlemmer var 16 katolske prester. Regimet hadde dessuten nær forbindelse med Vatikanet.
Jødiske slovaker ble utsatt for forfølgelse straks republikken Slovakia var opprettet. Fra april 1939 ble jøder i stadig større grad utestengt fra forretningsliv og offentlig administrasjon. Det jødiske miljøet i Slovakia drev hjelpearbeid for flyktninger som kom til landet fra Østerrike, Böhmen-Mähren og Polen. Da det jødiske miljøet i Slovakia ble avskåret fra det jødiske tyngdepunktet i Praha (i Bøhmen), etablerte de sine egne organisasjoner for det jødiske miljøet i Slovakia. De jødiske slovakene var blant annet delt i ortodokse og sionister. Arbeidet med å legge til rette for utvandring til Palestina ga lite resultat. Sionistorganisasjonen ble i 1940 nedlagt av myndighetene og kontorene beslaglagt. Jødiske barn og unge ble utvist fra den offentlige skolen. Jødiske slovaker ble beskyldt for å ha medvirket til tap av territorium til Ungarn. Regimet hadde mål om et jødefritt Slovakia og tilskyndet utvandring og innledet i 1940 en gradvis ghettoisering.
På et møte i Salzburg i slutten av juli 1940 strammet Hitler opp det slovakiske regimet fordi han mente de opptrådte for selvstendig. Hitler krevde opptrapping av de anti-jødiske tiltakene etter mønster av Det tredje riket. Ribbentrop beordret sine folk til å sørge for tyske rådgivere i den slovakiske regjeringene på områdene politi, propaganda, økonomi og jødesaker. I august 1940 kom hauptsturmführer Dieter Wisliceny til Bratislava som rådgiver i jødesaker. Wisliceny var utsending fra SS-lederen Adolf Eichmanns kontor og arbeidet sammen med de tyske diplomatene i Bratislava. Han arbeidet særlig tett med den slovakiske regjeringen og hans assistenter ble utplassert i departementene. En lov iverksatt 30. august 1940 krevde at eiendom tilhørende jøder skulle registreres særskilt. En grunnlovsendring vedtatt av parlamentet 3. september ga regjeringen fullmakt til å iverksette «arianisering», og de etterfølgende månedene utarbeidet regjeringen hundrevis av bestemmelser som fjernet jødenes livsgrunnlag og borgerlige retter. Judenkodex (slovakisk: Židovský kódex) av 9. september 1941 samlet de anti-jødiske bestemmelsene i 270 paragrafer hvorav mange allerede var trådt i kraft. Ved rettsoppgjøret etter krigen uttalte Dieter Wisliceny at planen var å fjerne jødenes livsgrunnlag og slik skape et sosialt og økonomisk problem som kunne løses ved å deportere jødene. 
I juli 1941 reiste fire ledende slovakiske tjenestemenn og to tyske rådgivere til Øvre Schlesien på invitasjon av gauleiter der. Delegasjonen inspiserte der anlegg av arbeidsleirer for jøder. Izidor Koso, stabssjef ved statsministerens kontor, konkluderte at leirene hadde ukristelig og ikke-humane forhold, og at Slovakia måtte finne en annen løsning. Den slovakiskfødte, israelske historikeren Yeshayahu Jelinek skriver at dette viser at regimet tidlig vurderte muligheten for å deportere landets jøder.
I løpet av et år var over 10 000 firmaer eid av jøder oppløst, og over 2000 andre var overført til «ariske» eiere. De beslaglagte eiendelene ble solgt unna til lave priser eller fordelt til personer som støttet regimet. Regjeringen tvangsflyttet rundt 10 000 jødiske innbyggere fra Bratislava til den østlige delen av landet. Etter Salzburg-møtet forsøkte Tuka og Mach å gjennomføre en radikal nazifisering av Slovakia. I september 1941 innførte de antijødiske bestemmelser etter mønster av Nürnberglovene, og innen mars 1942 hadde de sikret seg den jødiske befolkningens eiendeler. Tiso motsatte seg ytterligere nazifisering landet slik Tuka og Mach ønsket. Tuka representerte den ytterliggående og aggressive slovakiske nasjonalismen, mens Tiso hadde en viss modererende innflytelse. Den politiske situasjonen i Slovakia lignet på den politiske situasjonen i Romania.

Det okkuperte Polen

Med okkupasjonen av det vestlige Polen i 1939 kom flere millioner jøder under tysk herredømme. Fra høsten 1939 begynte tyske myndigheter å deportere jøder fra Danzig, Vest-Preussen, Poznan og Schlesien til Generalguvernementet. Polske jøder i alderen 14 til 60 år ble satt til tvangsarbeid. Jødene ble stuet sammen i gettoer der det i Warszawagettoen (etablert oktober 1940) alene var flere jøder enn i Tyskland. Jødene ble isolert i gettoer omgitt av gjerder og de fikk bare med seg noen få personlige eiendeler. Før invasjonen av Sovjetunionen i juni 1941 pågikk det ikke systematisk utryddelse av jøder i Polen.
Konsentrasjonsleiren Belzec var den første tillintetgjørelsesleiren i Generalguvernementet og var i drift fra mars 1942. I Belzec ble fangene drept i et gasskammer med eksos fra en dieselmotor, og likene ble lagt i massegraver. Sobibór var i drift fra april 1942, og der ble det også brukt eksos i gasskamrene, men likene ble her brent. Den første Auschwitz-leiren var i drift som fangeleir fra 1940, og den første store fangetransporten dit skjedde 14. juni 1942, med politiske fanger og polske motstandsfolk. De første fangene i den store konsentrasjonsleiren Auschwitz-Birkenau var krigsfanger fra felttoget i Sovjetunionen. Gasskamrene i Auschwitz-Birkenau var klare til bruk i mars 1942, og der ble giftgassen Zyklon B tatt i bruk til avliving av fangene. I Majdanek ble også Zyklon B brukt i gasskamre som var klare i september 1942.

Invasjonen av Sovjetunionen

Invasjonen av Sovjetunionen i juni 1941 kalt «Operasjon Barbarossa», var trolig en hovedgrunn til beslutningen om å tilintetgjøre jødene. Omfattende og systematiske drap på jøder begynte i Litauen dagen etter invasjonen av Sovjetunionen 22. juni 1941. Massakrer i de erobrede områdene fra Østersjøen i nord til Svartehavet i sør, skjedde i hovedsak i regi av SS' Einsatzgruppen. Drapsmetoden var først masseskyting, noe som var det vanlige på erobret sovjetisk territorium. SS var ikke fornøyd med skyting fordi det ikke var en rask og hemmelig nok metode, og de tok i bruk såkalte gassvogner til å drepe jøder fra sent i 1941.  Innen utgangen av 1941 var mellom 500 000 og 800 000 jøder drept og hele regioner ble erklært som «jødefrie».

Deportasjoner fra Republikken Slovakia

SS-sjef Heinrich Himmler hadde sammen med Ribbentrop 20. oktober 1941 et møte med Tiso, Tuka og Mach. De slovakiske lederne fikk der tilbud om å deportere landets jøder til et særskilt avsatt område i Generalguvernementet. Dette forslaget ble svært godt mottatt i den slovakiske delegasjonen. Møtet med Hitler gikk trolig ikke inn i detaljene om iverksetting. Tiso var erklært antisemitt og omtalte blant annet jødene som slovakenes «evige fiender». 
Martin Luther, en av Ribbentrops underordnete i det tyske utenriksdepartementet, deltok på Wannsee-konferansen (20. januar 1942). Gjennom samarbeid blant annet med Adolf Eichmann drev Luther sin egen ambisiøse anti-jødiske politikk. I februar 1942 tok Luther på forespørsel fra RSHA initiativ til den første deportasjonen fra Republikken Slovakia.

Gjennomføring av deportasjonene

I februar 1942 ble 20 000 jøder sendt som arbeidere til Tyskland. Ifølge Peter Longerich, en ledende tysk holocaustforsker, var det en forespørsel (request) om 20 000 jødiske arbeidere som skulle utplasseres i øst. Forespørselen gikk fra RSHA via Martin Luthers avdeling i utenriksdepartementet til ambassaden i Bratislava. Slovakiske myndigheter tok ivrig mot forslaget (Vorschlag mit eifer Aufgegriffen) ifølge de tyske diplomatene i Bratislava. Forespørselen gjaldt opprinnelig 20 000 frivillige slovaker som skulle kompensere for mangelen på arbeidskraft. Den slovakiske regjeringen mente det ikke ville være mulig å skaffe så mange frivillige, og antisemittene i regjeringen foreslo i stedet å deportere unge jøder til arbeidstjeneste. Eichmann skal ha vært begeistret for forslaget om å få 20 000 unge og sterke personer til å arbeide gratis. Tuka og Mach oppfordret Wisliceny til å ta i mot alle jødene, men Eichmann avslo fordi de ikke hadde kapasitet til å ta i mot så mange på den tiden. De første deportasjonene omfattet ungdommer som ikke var av betydning for landets økonomi: Ugifte jenter og gutter over 16 år, studenter og arbeidsledige.
Jødene i Slovakia var blant de første som ble deportert til Polen etter en avtale med Tyskland ble signert mars 1942. Regjeringen la 25. mars 1942 frem et lovforslag om deportasjoner for parlamentet. Før loven var vedtatt og uten å informere parlamentet, organiserte Tuka den først toglasten til det okkuperte Polen. Loven om deportasjon (forfatningslov 68/1942) og Tisos rett til å unnta personer fra deportasjon, ble vedtatt 15. mai, etter at deportasjonene faktisk hadde pågått i nesten to måneder. Parlamentet vedtok loven enstemmig, med unntak for representanten for den ungarske minoriteten, grev Janos Esterházy, som avsto fra å stemme. De moderate i parlamentet nølte til en kraftfull tale av Ján Vojtaššák. Vojtaššák var katolsk biskop, en kjent antisemitt og ledende medlem av det regjerende partiet.  De første deportasjonene omfattet unge, arbeidsdyktige kvinner, blant annet en toglast med 1000 kvinner fra byen Poprad til Auschwitz. 
Etter møte med sjef for Reichs­sich­er­heits­haupt­amt Reinhard Heydrich i Bratislava 10. april begynte den slovakiske regjeringen å deportere hele familier, og disse ble ofte plassert på steder der den lokale jødiske befolkningen allerede var drept i Belzec eller Sobibor. Tidlig i juni 1942 ble kvinner, barn og andre unyttige sendt rett til drapsanlegget i Sobibor. Fra 4. juli gikk minst åtte togtransporter til Auschwitz der de mest arbeidsføre ble overført til arbeidsleiren, mens de øvrige (i hovedsak barn, mødre og eldre) ble sendt rett i gasskammeret. I Auschwitz ble Zyklon B brukt fra 20. mars 1942. Gasskammeret «Bunker II» ble første gang brukt 4. juli 1942 til å avlive 628 kvinner, barn og eldre fra Slovakia – etter dette ble utvelgelse og drap på jøder «uegnet til arbeid» fast praksis i Auschwitz. I slutten av juni 1942 var omkring 50 000 deportert, og en stor del av de gjenværende hadde attester på at de av ulike grunner var unntatt deportering. 
Hlinkagarden (en parallell til tyske SS) og slovakisk frivillig SS internerte 57 000 jøder i leirer hovesakelig Sered, Novaky og Vyhne. Fra leirene ble de fraktet til grensen til Generalguvernementet og overlatt til tysk SS. Da president Tiso fikk kjennskap til at de deporterte jødiske slovakene ble utryddet holdt han igjen videre deportasjoner av de gjenværende 24 000. De fleste endte i Lublin-området og noen endte i Auschwitz. I avtalen med Tyskland krevde de slovakiske lederne at de deporterte jødene ikke skulle komme tilbake. Deportasjonen fra Slovakia dannet trolig mønster for senere deportasjoner fra okkuperte områder. Tuka ivret for deportasjonene. Av en samtale mellom Heydrich og Tuka 10. april 1942 fremgår det at deportasjonene fra Slovakia var del av et større program for å deportere minst en halv million jøder fra Vest-Europa og Tsjekkoslovakia til de erobrede områdene i øst. Eichmann var flere ganger i Bratislava for å følge opp deportasjonsarbeidet. Deportasjonen begynte i mars 1942, avtok fra slutten av juli og stanset i oktober 1942. Da hadde 57 toglaster blitt sendt fra Slovakia til leirene i Polen.

Deportasjonene stopper opp

Da deportasjonene fra Slovakia avtok i slutten av juli, tiltok samtidig deportasjoner fra Vest-Europa og fra selve Polen, til dødsleirene. I august 1942 var det fortsatt 25 000 jøder i Slovakia og tyske myndigheter ville la 20 000 bli i landet inntil videre. I september og oktober gikk minst tre transporter rett til Auschwitz og vinteren 1942 gikk en transport til Lublin. I oktober var tallet på deporterte nær 58 000. 
Tiso skal senest i juli 1942 ha fått kjennskap til at jødene deportert til Lublin-distriktet ble drept. I slutten av 1942 fikk det internasjonale Røde Kors etablere seg i Slovakia, Ungarn og Romania. Slovakia forbeholdt seg retten til å overta de deportertes eiendeler og ledende tjenestemenn var trolig innforstått med at de deporterte ville forsvinne.

Motstand og redningsforsøk

I Slovakia vokste motstanden mot deportasjonene i 1942. Biskoper i den katolske kirke i landet og Vatikanet protesterte mot de antijødiske tiltakene, to lutherske biskoper protesterte offentlig i mai 1942. Flere regjeringsmedlemmer og presidenten i parlamentet var motstandere av deportasjonene. De gikk rykter om at jødene ikke kom levende fra deportasjonen blant annet fra øyenvitner som hadde rømt fra leirene i Polen og kom tilbake til Slovakia. 
Presset fra Vatikanet var trolig medvirkende til at regjeringen stanset deportasjonene i oktober 1942. Paven sendte flere brev i sterke ordelag til Tiso der han ble advart om de alvorlige konsekvensene av dette «inhumane» tiltaket for statens fremtid. Bortsett fra biskopene og enkelte prester, støttet de katolske prestene deportasjonene. 
Den lutherske kirken var mer negativ til regimet og uttrykte i større grad enn den katolske sympati for jødenes situasjon. De lutherske biskopene fordømte 20. mai 1942 overgrepene i forbindelse med deportasjonene og krevde respekt for familieliv og menneskelig verdighet også for jødene. Ifølge den amerikanske historikeren Walter Laqueur var Vatikanets innblanding mislykket. Pavens utsending til Slovakia, nuntius Giuseppe Burzio, telegraferte 9. mars 1942 (før deportasjonene) til Vatikanet: «Deportasjon av 80 000 personer til Polen på tyskernes nåde betyr å dømme en stor del til sikker død.» Det tyske nederlaget ved Stalingrad og de sovjetiske styrkenes fremrykking vestover medvirket trolig også til motstanden mot deportasjonene. 
Tiso reddet trolig en del jøder ved å gripe inn og frita enkeltpersoner og deres familie fra deportasjon. Organisasjonen «Arbeidsgruppen» (slovakisk: Pracovná Skupina) med de jødiske aktivistene Gisi Fleischmann og Michael Dov Weissmandl i spissen forsøkte å redde jøder fra deportasjon, ved forhandlinger og bestikkelser. Arbeidsgruppen forsøkte blant annet å få SS til å etablere arbeidsleire i Slovakia, i stedet for å deportere jødene over grensen til Polen. Weissmandl skrev etter krigen at han tidlig i 1942 ikke kjente til «Endlösung» (det planlagte folkemordet på jødene).  Wisliceny skal ha året før ha fortalt at dersom jødene ikke ville dra i kuvogner ville de bli kjørt vekk i slaktevogner. Weismandl sendte kurerer til Ungarn og Sveits i et forsøk på å varsle omverdenen. Wisliceny skal ha mottatt 50 000 dollar i bestikkelser for å utsette deportasjonene.

Opphold i deportasjonene

Etter at deportasjonene stanset i 1942 ble en stor del av de jødiske slovakene internert i arbeidsleirer inne i Slovakia. De internerte fikk relativt human behandling i disse leirene. Regjeringen i Slovakia sto i mot tyske krav om å gjenoppta deportasjonene.
Mach annonserte 7. februar 1943 at regjeringen ville gjenoppta deportasjonene. Biskopene sendte deretter 16. februar en protest til regjeringen og presidenten. Midt i mars ble et protestskriv på vegne av jødene fremført i landets katolske kirker. Regjeringen avlyste de planlagte deportasjonene i april 1943, og forsøkte uten hell å gjenoppta deportasjonene sommeren 1943 og våren 1944. Etter oktober 1942 var det ingen deportasjoner før den slovakiske oppstanden fra august 1944 da 13 500 jøder ble deporterte eller henrettet av tyske styrker med tidvis bistand fra Hlinkagarden. Utenriksminister Joachim von Ribbentrop instruerte i juli 1943 ambassadør Hanns Ludin om at det «for tiden» ikke var noen planer om å ta initiativ overfor den slovakiske regjeringen om å rydde opp i jødespørsmålet i landet. Samtidig informerte Edmund Veesenmayer, utenriksdepartementets Balkan-ekspert, Tiso uformelt om at Tyskland fortsatt var interessert i en opprydning. 
Tyske myndigheter gjentok stadig at de ønsket at deportasjonene skulle fortsette. På forsommeren 1943 tok det tyske regimet et nytt initiativ (på bakgrunn av radikaliseringen etter opprøret i Warszawagettoen i 1943) til nye deportasjoner, uten at Tisos regjering ga etter. Tuka ønsket å fortsette «forflytningen» av jøder og ba om støtte fra tyske utenriksdepartementet. Den tyske politikeren og diplomaten Ernst von Weizsäcker ba Tuka informere Tiso om at Berlin fant stansen i deportasjonene som overraskende. Edmund Veesenmeyer fra det tyske utenriksdepartementet fortalte Tiso i juli 1943 at Tyskland fortsatt ønsket å rydde opp i jødespørsmålet i Slovakia. I desember 1943 gikk Tiso med på at de gjenværende 16 000 til 18 000 jødene i Slovakia skulle interneres senest 1. april 1944. Den slovakiske regjeringen holdt ikke sin del av avtalen. Veesenmeyer forsøkte sommeren 1944 (etter deportasjonene av jødene i Ungarn) å gjenoppta deportasjonene, noe Tiso igjen avslo.

Opprøret i 1944

Oppstanden mot Tisos regime begynte 29. august 1944 etter at sovjetiske styrker rykket inn i Transkarpatia. Oppstanden ble utløst av at Tiso ville tillate Wehrmacht å rykke inn i landet for å møte de sovjetiske styrkene. Opprørsstyrkene ble dannet av enheter fra den slovakiske hæren og kommunistiske partisaner. Tyske myndigheter deporterte 126 000 (13 500 ifølge historikeren Leni Yahil) jøder til Auschwitz, Theresienstadt og Tyskland. I tillegg ble flere tusen jøder som hadde gått i dekning eller deltok i opprøret drept av tyske styrker og Hlinkagarden. De tyske styrkene i landet fikk forsterkninger (blant annet «Dirlewanger SS-brigaden») som slo ned opprøret i oktober 1944 etter harde kamper. Himmler utnevnte SS-Obergruppenführer Gottlob Berger til sjef for de tyske styrkene i Slovakia, mens sturmbannführer Hermann Höfle, en av lederne for Aksjon Reinhardt, ble høytstående SS-leder. Sicherheitsdienst etablerte dessuten Einsatzgruppe H tidlig i september for å jakte på slovakiske partisaner og gjenværende jøder. I april 1945 hadde sovjetiske styrker frigjort hele Slovakia og avanserte videre inn i Mähren. Gustáv Husák var en av lederne av oppstanden i Slovakia. 
I områder erobret av partisanene fikk jødene tilbake borgerretter som de hadde blitt fratatt seks år tidligere. Omkring 10 000 jøder ble reddet unna deportasjon i perioden frem til de sovjetiske styrkene tok kontroll. Jødiske slovaker gjemte seg i hemmelige rom, katolske barnehjem, blant partisanene, i bortgjemte hus på landsbygda eller i hytter i fjellet. Noen overlevde ved hjelp av falske papirer. I denne siste perioden fikk jødene mer hjelpe fra andre slovaker enn i 1942. Mot slutten av 1944 ble kvinner og barn internert i Sered overført til Theresienstadt, og ved utgangen av mars 1945 var leiren tømt for fanger og utstyr.
Einsatzkommando H internerte jødiske slovaker i Sered konsentrasjonsleir. SS deporterte fra september 1944 deporterte 8000 jøder til Auschwitz, 2700 til Sachsenhausen og 1600 til Theresienstadt. Et stort antall av disse døde under transport, i leirene eller i dødsmarsjene på slutten av krigen da leirene i Polen ble evakuert. Eichmann sendte den rutinerte SS-Obersturmbannführer Alois Brunner til Bratislava for å lede arbeidet. Tyskernes jakt på de gjenværende jødene fortsatte mens sovjetiske styrker nærmet seg landets grenser. De jødiske slovakene deportert høsten 1944 var blant de siste som ble sendt gjennom drapsanlegget i Auschwitz. Himmler ga trolig ordre om å innstille bruken av gasskammeret i månedsskiftet oktober/november. Riving av krematoriene begynte i slutten av november. Nazist-jegeren Simon Wiesenthal skriver at Himmler og Eichmann ville «holde igjen» noen jøder som et mulig bytteobjekt med de allierte i forbindelse med forhandlinger. Wisliceny i Bratislava var informert om denne mulige byttehandelen og forsøkte å avvente situasjonen. Alois Brunner skal ha vært så ivrig i arbeidet at han ikke tok hensyn til Himmlers planer og deporterte videre på egen hånd.
Tuka trakk seg da som regjeringssjef i forbindelse med opprøret.

Områdene annektert av Ungarn

De tsjekkoslovakiske områdene som Ungarn erobret eller annekterte 1938–1939 var omfattet av holocaust i Ungarn. I det sørlige Slovakia annektert av Ungarn i 1938 ble minst 40 000 drept (området ble etter krigen tilbakeført til Tsjekkoslovakia). I Karpato-Ruthenia erobret av Ungarn i 1939 ble 80 000 jødiske innbyggere drept (området ble etter krigen avstått til Sovjetunionen).

De første anti-jødiske tiltakene

Etter annekteringen av det nordlige Transilvania begynte ungarske myndigheter høsten 1940 å internere påstått statsløse jøder og forsøkte å deportere dem over den nye grensen til Romania. Denne deportering mislykkes stort sett og de jødiske familiene ble da transport (for egen regning) til Körösmező på grensen til sovjetisk-okkupert Polen i Karpato-Ruthenia (erobret fra Slovakia). Fra Körösmező ble de jaget over grensen til Galicia i desember 1940. De som ikke frøs hjel i vinterkulden ble internert av sovjetisk myndigheter, få av disse overlevde krigen. Deportasjonene til Körösmező fortsatte i 1941. Omkring 20 000 ble deportert på denne måten. Sent i 1941 ble et stort antall henrettet med maskingevær i Kamenets-Podolsk av den tyske okkupanten. Wyman og Rosenzveig oppgir at 18 000 ble drept i massakren i Kamenets-Podolsk og at dette var påstått statsløse personer fra området annektert fra Tsjekkoslovakia.
Ungarns antijødiske lover av 1938 og 1939 bestemte at det ikke mer enn 6 % av jødene kunne arbeide innenfor handel og håndverk. Mange ble derfor uten arbeid og avhengig av sosialhjelp. Den stadig fattigere jødiske befolkningen ble utsatt for antijødisk propaganda og sjikane. En del jødiske medlemmer av kommunistpartiet flyktet til sovjetisk-kontrollert område og en del av disse slutte seg til general Ludvik Svobodas tjekkoslovakiske eksilhær.

Deportasjonene mai-juli 1944

Wehrmacht (den tyske hæren) okkuperte Ungarn 19. mars 1944 og det karpatiske området ble erklært som militært. Jødene i Ruthenia ble stuet sammen i ghettoer før de senere på våren ble deportert til Auschwitz. I løpet av mai-juli 1944 var de fleste av områdets 112 500 jøder deportert. Færre enn 20 % av jødene i Karpato-Ruthenia overlevde. Området ble frigjort av den sovjetiske hæren høsten 1944 og etter krigen overført til Sovjetunionen ved traktat med Tsjekkoslovakia av 29. juni 1945. 
Deportasjonene fra Ungarn til Auschwitz pågikk mellom 14. mai og 8. juli og omfattet 437 402 jøder. Karpato-Ruthenia, det nordøstlige Ungarn og det nordlige Transilvania begynte deportasjoner med 15. mai med fire tog daglig. Hvert tog tok omkring 3000 personer presset sammen i godsvogner. Košice (Kassa) var en av de først ghettoene som ble tømt. Košice var et jernbaneknutepunkt der nesten alle tog til Auschwitz passerte og der ungarske vakter ble byttet ut med tyske. Hver dag på forsommeren 1944 ble omkring 12 000 jødiske ungarere sendt med tog gjennom Slovakia til utryddelsesleiren. Ungarn hadde i 1944 det siste intakte jødiske samfunnet i Europa og dette var den siste store transporten til Auschwitz. En god del ungarske jøder flyktet til Slovakia forsommeren 1944. Jøder fra Karpato-Ruthenia ble deportert til Auschwitz og drept der sammen med ungarske jøder, våren og forsommeren 1944. Fotografier fra disse transportene inngår i det såkalte Auschwitzalbumet som (bortsett fra Sonderkommando-fotografiene) er det eneste kjente bevarte fotobevisene fra Auschwitz. Albumet med nær 200 bilder er donert til Yad Vashem.

Togtransport gjennom Slovakia

Deportasjonene fra Ungarn til Auschwitz sommeren 1944 gikk med tog gjennom Slovakia og jernbaneknutepunktet i Košice (ungarsk: Kassa). Daglig gikk omkring fire tog med til sammen 12 000 personer, til sammen 147 togtransporter.
Det har vært en omfattende akademisk diskusjon om Auschwitz og jernbanelinjen til leiren kunne ha vært bombet av de allierte for å stanse massemordet og deportasjonen. Særlig muligheten for å redde de jødiske ungarerne som sommeren 1944 ble fraktet i et antall på nær 12 000 på slovakisk jernbanenett hver dag til Auschwitz og drept der. I slutten av august 1944 appellerte ungarske jøder via den polske eksilregjeringen om snarest mulig allierte bombing av jernbanelinjer og -knutepunkter i Slovakia. Forespørselen ble avslått med begrunnelsen at bombing bare ville gi kortvarig forsinkelse i deportasjonene og at USAs 15th Air Force hadde viktigere oppdrag. USAs krigsdepartement hadde som prinsipp å ikke bruke ressurser på bombemål som var lite viktige for det overordnete målet om seier over Tyskland. De allierte prioriterte bombing av jernbaner av militærstrategisk betydning. Bombing av jernbaneanlegg til støtte for det slovakiske opprøret høsten 1944 viser at slike tokt var innenfor 15th Air Force' rekkevidde.

Rettsoppgjør

Etter andre verdenskrig ble republikken Tsjekkoslovakia restaurert og kom raskt under sovjetisk innflytelse. Tuka og Tiso ble etter krigen dømt til døden for landsforræderi og henrettet. Mange slovaker, også hans politiske motstandere, opplevde henrettelsen av Tiso som en urimelig straff. Sett fra Böhmen og Mähren var Tiso en quisling. President Edvard Beneš nektet å omgjøre Tisos straff til livsvarig fengsel. Rettssakene ble ansett som et internt anliggende i Tsjekkoslovakia og ikke som en del av det internasjonale rettsoppgjøret. Saken mot Tiso inngikk i et en intens maktkamp i Tsjekkoslovakia etter krigen. Dommen mot Tiso ble av en del betraktet som en tsjekkisk eller kommunistisk hevn. Nasjonalister i Slovakia forsøkte å sabotere rettsoppgjøret mot lederne i Republikken Slovakia.
Wisliceny ble utlevert til Tsjekkoslovakia, dømt til døden og hengt i Bratislava 4. mai 1948. Han hadde også medvirket til holocaust i Ungarn og i Hellas. Wisliceny medvirket som vitne i Nürnberg og dette ble senere brukt i saken mot Eichmann i 1961. Hanns Ludin, tysk ambassadør i Bratislava fra 1941, ble dømt til døden og hengt i Bratislava i 1947. Ludin hadde som ambassadør få oppgaver fordi tyske SS-offiserer fungerte som rådgivere direkte til den slovakiske regjeringen; disse rådgiverne gikk utenom ambassaden og rapporterte direkte til nazitoppene i Berlin. Hermann Höfle, HSSPF i Slovakia, ble dømt og hengt sammen med Ludin i Bratislava.
Brunner flyktet til Syria og levde der under regimets beskyttelse.
Etter krigen har det vært ulike oppfatninger av i hvilken grad det ville ha nyttet å stå mot tysk press. Tiso, Tuka og Mach hevdet at de var utsatt for kraftig påtrykk fra Tyskland om å deportere landets jødiske borgere. Fra tysk side, blant annet Dieter Wisliceny og statssekretær Ernst von Weizsäcker, mente de slovakiske regimet var ivrig etter å få deportert jødene. Bare den tyske ambassadøren i Bratislava, Hanns Ludin, mente det ble øvd press på regimet.

Jødenes situasjon

Umiddelbart etter krigen ble ikke jødene nødvendigvis betraktet som ofre for en særlig urett: Det var først og fremst landet som helhet som ble regnet som offer. Mens det var utenlandske gjerningsmenn sammen med en liten gruppe innenlandske kollaboratører som hadde begått urett mot det slovakiske folket. Overlevende jøder opplevde i en del tilfeller fiendtligheter og vold fra andre innbyggere da de vendte hjem. De måtte også overbevise myndighetene om at de hadde vært lojale mot republikken Tsjekkoslovakia for å unngå ny deportasjon som «tyskere» eller «madjarer» i henhold til Beneš-dekretene. Tyskspråklige innbyggere ble regnet som tyskere ifølge dekretene og sto dermed i fare for å miste statsborgerskap og bli utvist. I de jødiske skolene i Bratislava var det vanlig å bruke tysk som undervisningsspråk. Karpato-Ruthenia ble annektert av Sovjetunionen og mange gjenværende jøder flyttet deretter vestover i Tsjekkoslovakia. I etterkrigstiden ønsket mange jøder å utvandre fra Tsjekkoslovakia, blant annet etter antijødisk voldsbruk i Bratislava og etter kommunistenes maktovertakelse i 1948. I forbindelse med Slánský-prosessen var det en omfattende anti-semittisk kampanje. I juli 1949 var det 14 000 jøder i Slovakia og 10 000 av disse hadde registrert seg for utvandring. Ved utgangen av 1949 var det bare noen få tusen jøder igjen i Tsjekkoslovakia.
Etter krigen forekom det i landet en tildels fiendtlig holdning til de jøder og overlevende fra Auschwitz, som krevde å få tilbake sine boliger og eiendeler. I det østlige Slovakia ble 15 jøder drept da de vendte hjem til Snina og Svinna. Det var voldelige episoder i 24. september 1945 i Velké Topolčany, i Bratislava i august 1946 og enkelte andre steder. Disse voldsepisodene falt sammen med lignende hendelser rett over grensen i Ungarn. Ytterliggående nasjonalister og kommunister forsøkte å finne måter å nasjonalisere jødisk eiendom på, som var beslaglagt av nazistene.
Tsjekkoslovakia hadde før krigen vært en multietnisk stat. Holocaust og jødisk utvandring, avståelse av territorium til Sovjetunionen og fordrivelsen av etnisk tyske fra de tsjekkiske områdene og madjarer fra de slovakiske områdene, etterlot landet etnisk mer homogent. Etter krigen ble Tsjekkoslovakia et land hovedsakelig av tsjekkere og slovaker. Jøder ble ikke lenger anerkjent som en etnisk gruppe og måtte enten bekjenne seg som tsjekkere eller slovaker. Beneš, som var en varm tilhenger av sionismen, mente jødene måtte velge mellom å emigrere til Palestina eller la seg assimilere. Mange holocaust-overlevende fra Øst-Europa brukte derfor Tsjekkoslovakia som springbrett for utvandring til Palestina.

Nyere tid

Rudolf Schuster, Slovakias president fra 1999 til 2004, beklaget overgrepene mot jødene under andre verdenskrig blant annet ved et offisielt besøk i Israel. Schuster tok avstand fra Republikken Slovakia under Tiso og anså Slovakia som arvtaker etter den demokratiske humanismen i Tsjekkoslovakia i mellomkrigstiden. Schuster ville gjøre 10. september, dagen for Judenkodex, til minnedag for holocaust i Slovakia. Minnedagen ble første gang markert 9. september 2001 ved stedet for Kremnička-massakren. Blant noen slovaker ble allerede under kommunismen, Tiso ansett som en helt, og Republikken Slovakia ble betraktet som grunnlag for et selvstendig Slovakia etter kommunismen. Dette synet ble særlig støttet av slovaker i eksil og til dels av den katolske kirke i landet. 
En meningsmåling i 1990 viste at halvparten av de som hadde gjort seg opp en mening så positivt på Republikken Slovakia, den andre halvparten var negativ; 63 % mente at jødene led mer enn andre slovaker under krigen, mens 37 % ikke var enig i at jødene led mer enn andre; omkring en tredel av de spurte var negative til jøder, i en undersøkelse i 1999 var tallet 9 %; en undersøkelse i 2001 svarte 20 % at de ikke ønsket jødiske naboer og 37 % ønsket ikke jødiske svigersønner. På denne tiden var det omkring 3000 jøder i Slovakia.
Rudolf Vrba og Alfred Wetzler ble posthumt tildelt Det hvite dobbeltkorsets orden.

Forskning og dokumentasjon

Etter kommunistenes maktovertakelse ble historieskrivinging preget av et sovjetisk perspektiv. Holocaust var på 1950-tallet ikke et eget tema og jødene ble ikke nevnt som en særskilt kategori ofre. Jødeforfølgelsene i Karpato-Ruthenia var i tsjekkoslovakiske historieverk ikke et eget tema. Holocaustofrene ble slått sammen med tallene for drepte i blant annet lokale partisangrupper. I Slovakia fikk jødenes skjebne under krigen mer oppmerksomhet enn i den tsjekkiske delen av landet, noe som særlig skyldes at Tiso-regimets medvirkning passet med kommunistpartiets antireligiøse propaganda.
Holocaust-forskeren Ivan Kamenec mener holocaust i Slovakia var et resultat av tysk press og innenrikspolitikk i Slovakia. Kamenec konkluderer med at «løsningen på jødproblemet» ikke var et primært mål for Tisos regime, men heller et middel til å manipulere opinionen og en måte å demonstrere lojalitet til Tyskland: Regjeringens kortsiktighet og manglende evne til å forstå konsekvensene av de antijødiske tiltakene er den vesentlige forklaringen ifølge Kamenec. Den israelske historikeren Livia Rothkirchen fremhever i tillegg rivalisering mellom moderate og radikale krefter i det slovakiske regimet, samt rivalisering mellom Ungarn og Republikken Slovakia. Dette siste brakte Slovakia stadig nærmer det tyske regimet. Andre forklaringer viser til at de innledende antijødiske tiltakene drev de jødiske slovakene ut i fattigdom, en situasjon regjeringen ikke visste hvordan de skulle håndtere. Professor i internasjononale forhold Nadya Nedelsky mener regimets deltakelse i Holocaust var et resultat av den nasjonalistiske politikken, der nasjonalstaten trumfet hensynet til individuelle rettigheter. Historikerne Yehuda Bauer og Gila Fatran legger i tillegg vekt på Tiso-regimets ideologi som drivkraft. Hitler hadde i sitt hovedkvarter 23-24. oktober 1941 et møte med Tiso og Tuka. Møtet omhandlet trolig planlegging av deportasjonene; det er ikke funnet noen dokumenter som fastslår hva som skjedde på møtet. Historikerne Rothkirchen og Kamenec mener at topplederne Tiso, Tuka og Mach var svært samstemte med regimet i Berlin. Dermed behøvde ikke det tyske regimet å legge press på regjeringen i Bratislava. Andre forskere mener at det tyske presset var betydelig.

Minnesmerker

Etter 1989 har flere minnesmerker blitt reist i Slovakia. I Banska Bystrica er det et eget minnesmerke over sigøynernes holocaust, Baro Porrajmos.