Yasir Arafat

Fødsel og barndom

Arafat ble født i Kairo av palestinske foreldre. Hans far, Abdel Raouf al-Kidwa al-Husseini, var fra Gaza; Yasirs farmor var fra Egypt. Arafats far jobbet som tekstilhandler i Kairos flerkulturelle distrikt, Sakanini. Yasir var den nest yngste av syv barn og var, (sammen med sin yngre bror Fathi), det eneste avkommet som ble født i Kairo. Hans mor, Zahwa Abul Saoud, døde av en nyresykdom i 1933, da Arafat var fire år gammel.
Arafats første tilknytning til Jerusalem ble etablert da hans far, som ikke var i stand til å oppdra syv barn på egen hånd, sendte ham og hans bror Fathi til deres mors familie i det marokkanske kvarter i Gamlebyen. De bodde der med sin onkel, Selim Abul Saoud, i fire år. I 1937 kalte faren dem tilbake for at de skulle bli tatt hånd om av deres eldre søster, Inam. Arafat fikk et stadig dårligere forhold til sin far. Da faren døde i 1952, unnlot Arafat å møte opp i begravelsen. Han besøkte heller ikke farens grav før han returnerte til Gaza.

Utdannelse og den arabisk-israelske krig i 1948

I 1944 begynte Arafat studier ved Kong Fuad Is Universitet og tok avgangseksamen i 1950. Han hevdet senere å ha søkt bedre forståelse for jødedommen og sionismen ved å delta i diskusjoner med jøder og ved å lese publikasjoner av Theodor Herzl og andre fremtredende sionister. Samtidig utviklet hans interesse for arabisk nasjonalisme seg, og han begynte å anskaffe våpen som skulle smugles inn i det daværende Palestinamandatet, for å brukes av irregulære styrker i den høyere arabiske komité og milits i den hellige krigs armé. 
Under den arabisk-israelske krig i 1948  forlot Arafat universitetet og planla å slutte seg til de arabiske styrkene i Palestina, i likhet med andre arabere, for å slåss mot israelske styrker. I stedet for å slutte seg til den palestinske fedayeen, sloss Arafat sammen med Det muslimske brorskapet, selv om han ikke ble offisielt medlem av organisasjonen. Arafat kjempet i Gaza-området (som var hovedslagmarken for egyptiske styrker under hele konflikten). Tidlig i 1949 ebbet krigen ut, i Israels favør, og Arafat dro tilbake til Kairo grunnet mangel på forsyninger.
Da Arafat returnerte til universitetet, begynte han å studere byggeteknikk og var president for Den Palestinske Studentunion (GUPS) fra 1952 til 1956. I sine første år som president for unionen, ble universitetet omdøpt til Universitetet i Kairo etter at et kupp anført av bevegelsen «de frie offiserer» hadde styrtet Kong Faruk I fra tronen. På dette tidspunktet hadde Arafat tatt avgangseksamen med bachelorgrad i byggeteknikk for å bli bygningsingeniør, og han ble innkalt til tjeneste for å kjempe med egyptiske styrker under Suezkrisen. Han deltok likevel ikke i krigføringen. Senere samme året, på en konferanse i Praha, kledde han seg i et helhvitt palestinaskjerf – forskjellig fra det rutete som han senere tok i bruk i Kuwait, som ble hans kjennemerke.

Navn

Arafats opprinnelige, fulle navn var Mohammed Abdel Rahman Abdel Raouf Arafat al-Kidwa al-Husseini. Mohammed Abdel Rahman var hans fornavn; Abdel Raouf var farens navn og Arafat var bestefarens. Al-Kidwa var navnet på hans familie og al-Husseini var klanen som al-Kidwaene tilhørte. Det bør bemerkes at Arafats klan, al-Husseini, var basert i Gaza og ikke er den samme som den velkjente  al-Husseini-klanen fra Jerusalem - men hans mor stammer fra den klanen, fra mufti Mustafa al-Husseini (d. 1868).
Siden Arafat ble oppdratt i Kairo, var det vanlig å følge tradisjonen med å unnlate navnene Mohammed eller Ahmad fra fornavnet; kjente egyptere som Anwar Sadat og Hosni Mubarak fulgte denne praksisen. Arafat sløyfet i tillegg Abdel Rahman og Abdel Raouf fra navnet sitt. På begynnelsen av 1950-tallet tok han navnet Yasir, og i starten på sin karriere som geriljasoldat tok han krigernavnet Abu Ammar. Begge navnene er relatert til Ammar ibn Yasir, en av Muhammeds første følgesvenner. Han kvittet seg med mesteparten av sine andre navn, men beholdt Arafat på grunn av dets viktige posisjon i Islam.

Dannelsen av Fatah

Som et resultat av Suezkrisen i 1956 tillot den egyptiske presidenten Gamal Abdel Nasser, en av lederne i «De frie offiserer», at UNEF I etablerte seg på Sinaihalvøya og Gazastripen. Dette førte til at alle geriljatropper eller «fedayeenere» ble fordrevet derfra, også Arafat. Arafat forsøkte tidlig å skaffe seg visum til Canada og senere til Saudi-Arabia, men fikk avslag på begge søknadene. I 1957 søkte han visum til Kuwait (på den tiden et britisk protektorat) og fikk søknaden godkjent, basert på hans arbeid innen byggeteknikk. I Kuwait møtte han to palestinske venner fra Universitetet i Kairo, Salah Khalaf (Abu Iyad) og Khalil Wazir (Abu Jihad), som begge var åpne medlemmer av Det muslimske brorskapet i Egypt. Sammen fungerte de som Arafats høyre hånd i hans fremtidige, politiske engasjement. I 1960 fikk Arafat hjelp av Abu Iyad til å få midlertidig jobb som lærer.
Arafat utviklet stadig nye vennskap med andre palestinske flyktninger (noen var bekjente fra tiden i Kairo), og de etablerte gradvis gruppen som senere fikk navnet Fatah. Datoen for dannelsen av Fatah er ikke kjent. I 1959 fikk gruppen derimot promotert sin eksistens i et nasjonalistisk, palestinsk tidsskrift, Filastununa Nida al-Hayat («Vårt Palestina, livets kall»), som ble skrevet og redigert av Abu Jihad. FaTaH er et omvendt akronym av det arabiske navnet Harakat al-Tahrir al-Watani al-Filastini som kan oversettes med «Den palestinske nasjonale frigjøringsbevegelsen». Ordet Fatah ble også brukt i tidlig islamsk tid for å referere til «erobring».
Fatah dedikerte sitt arbeid til frigjøringen av Palestina gjennom væpnet strid, startet av palestinerne selv. Dette skilte dem fra andre palestinske, politiske organisasjoner og geriljagrupper, som hovedsakelig hadde sterk tro på en samlet, arabisk respons. Arafats organisasjon bandt seg aldri til ideologien til de store, arabiske, nasjonale myndighetene på den tiden, mens andre, palestinske fraksjoner ble dominert av Egypt, Irak, Saudi-Arabia, Syria og andre.
Arafat nektet på generell basis å akseptere donasjoner til organisasjonen fra store arabiske land. Dette var i samsvar med hans ideologi, og et forsøk på å holde seg uavhengig av dem. Samtidig ønsket han ikke å distansere seg helt og søkte deres støtte ved å unngå allianser med grupper tilknyttet andre ideologier. I Kuwait jobbet Arafat mye for å etablere et fundament for Fatahs fremtidige finanser. Dette gjorde han ved å ta imot bidrag fra de mange velstående palestinerne som jobbet der og i andre gulfstater som Qatar, (hvor han møtte Mahmoud Abbas i 1961). Bidragsyterne var i hovedsak forretningsmenn og oljearbeidere, og de bidro med kraftig økonomisk støtte til organisasjonen. Arafat gjorde dette også i andre arabiske land, blant annet i Libya og Syria.
I perioden 1962–1966 innvandret Arafat og hans nærmeste venner til Syria – et land med grense til Israel – som nylig hadde gått ut av en union med Nassers Egypt. I Syria var han i stand til å rekruttere medlemmer i større grad, og omsider bygge opp til væpnet kamp mot Israel. Før dette hadde Fatah hatt omtrent 300 medlemmer og ingen soldater. Fatahs slagkraft økte gradvis etter Arafats avgjørelse om å tilby langt høyere lønninger til medlemmer av den palestinske frigjøringshæren (PLA), PLOs militærstyrke, som ble dannet av Den arabiske liga sommeren 1964. Den 31. desember samme året forsøkte al-Assifa, som var Fatahs væpnede enhet på den tiden, å infiltrere Israel. De ble stoppet og holdt igjen av libanesiske sikkerhetsstyrker. Flere forsøk fulgte i ettertid med Fatahs dårlig trente og svakt utrustede krigere. Dette endte i både vellykkede og mislykkede raid, hvorav flere var ledet av Arafat personlig.
Arafat og Abu Jihad ble anholdt i Syria etter at den pro-syriske palestinske lederen Yusuf Orabi ble drept. Noen timer før drapet hadde Arafat diskutert med ham i et forsøk på å samle fraksjonene og for å spørre om Orabis støtte mot Arafats rivaler i Fatah. Like etter at Arafat forlot møtet, ble Orabi kastet ut av vinduet fra en tre etasjers bygning, og syrisk politi rettet umiddelbart mistanke mot Arafat. Det syriske politiet hadde nære kontakter med Hafez al-Assad, som var en «nær venn» av Orabi. Assad iverksatte et etterforskningspanel, som erklærte Arafat og Abu Jihad skyldige i drapet. Likevel ble begge to benådet av Syrias president Salah Jadid, men hendelsen førte til et dårlig forhold mellom Assad og Arafat. Dette viste seg senere da Assad ble president i Syria.

Palestinernes leder

Den 13. november 1966 startet Israel et storstilt raid mot den jordanskstyrte byen as-Samu på Vestbredden. Dette kom som et svar på et bombeangrep iverksatt av Fatah på en landevei, som tok livet av tre medlemmer av de israelske sikkerhetsstyrkene nær Grønne Linje ved sørgrensen. Aksjonen resulterte i mange dødsofre blant de jordanske sikkerhetsstyrkene og 125 bolighus ble jevnet med jorden. Dette angrepet var en av flere årsaker til seksdagerskrigen i 1967.
Israel innledet  seksdagerskrigen med et luftangrep mot Egypts luftforsvar den 5. juni 1967. Krigen endte med tap for araberne, og Israel okkuperte flere arabiske territorier, inkludert Vestbredden og Gazastripen. Selv om Nasser og hans allierte tapte kampen, bidro krigen og utviklingen etter den til å styrke Arafat og Fatah. Majoriteten av palestinerne, som før dette hadde rettet seg etter og sympatisert med enkelte arabiske myndigheter, begynte nå å innse at en egen, palestinsk løsning knyttet til deres situasjon var nødvendig. Mange palestinske politiske partier gikk i oppløsning etter at de mistet sin økonomiske støtte fra myndighetene. Dette inkluderte Habashs arabiske nasjonalistbevegelse, al-Husseinis, høyere arabiske komité og den islamske frigjøringsfront samt flere grupper som var støttet av Syria. Bare én uke etter nederlaget krysset en forkledd Arafat elven Jordan og beveget seg inn på Vestbredden. Han satte opp rekrutteringssentre i Hebron, Jerusalem-området og Nablus og begynte å verve geriljakrigere og bidragsytere.
Nasser kontaktet Arafat via Mohammed Heikal, (en av Nassers rådgivere), og erklærte ham som «palestinernes leder». Ahmad Shukeiri trakk seg fra stillingen som formann i PLO i desember 1967. Yahya Hammuda erstattet ham og inviterte Arafat til å slutte seg til organisasjonen. Fatah ble tildelt 33 av 105 seter i Palestinas frigjøringsorganisasjons eksekutivkomité, mens 57 seter ble gitt til andre geriljafraksjoner.

Slaget om Karameh

I 1968 var Fatah og andre palestinske væpnede grupper mål i en stor israelsk, militær operasjon i den jordanske landsbyen Karameh hvor det var en mellomstor palestinsk flyktningleir og Fatah hadde en styrke der. Stedets navn kommer fra det arabiske ordet for verdighet, som fremhevet dets symbolske betydning for det arabiske folk, spesielt etter nederlaget i 1967. Operasjonen var et svar på angrepene mot Israel, inkludert Fatah og andre palestinske militsers rakettangrep mot den okkuperte Vestbredden. 
Ifølge Said Aburish ble Arafat informert av de jordanske myndighetene og flere Fatah-kommandoer, om at Israel forberedte store, militære angrep på landsbyen. Dette førte til at fedayeengrupper som George Habashs nydannede gruppe Folkefronten for Palestinas frigjøring (PFLP) og Nayef Hawatmehs utbryterorganisasjon Demokratisk front for frigjøring av Palestina (DFLP) trakk sine styrker ut. Arafat ble rådet til å flytte ut sine styrker og hovedkvarterer til en nærliggende ås av en jordansk divisjonskommandør og Fatah-tilhenger. Arafat nektet og uttalte: «Vi vil overbevise verden om at det finnes de i den arabiske verden som ikke vil trekke seg tilbake eller rømme». Aburish skriver at Fatah ble værende på Arafats kommando og at den jordanske hæren godtok å støtte dem dersom det kom til strid.
Om natten den 21. mars gikk de israelske sikkerhetsstyrkene til angrep på Karameh med tungt skyts, pansrede kjøretøy og jagerfly. Fatah holdt stillingen, noe som overrasket israelerne. Da de israelske styrkene intensiverte sine angrep, valgte den jordanske hæren å involvere seg, og israelerne måtte ty til retrett for å unngå full krig. Ved slutten av slaget hadde nesten 150 av Fatahs krigere, i tillegg til 20 jordanske og 28 israelske soldater, blitt drept. På tross av arabernes høye dødstall regnet Fatah seg som slagets seierherre, sett ut fra den israelske hærens raske tilbaketrekning. Arafat deltok selv på slagmarken, men detaljene knyttet til hans bidrag er uklare. Hans allierte – samt den israelske etterretningstjenesten – hevder at han manet sine menn til kamp og til å holde sine posisjoner gjennom hele slaget.
Slaget fikk detaljert nyhetsdekning i Time Magazine, og Arafats ansikt kom på forsiden av utgaven fra 13. desember 1968, noe som for første gang eksponerte ham for et større publikum. I tiden etter seksdagerskrigen ble Arafat og Fatah trukket frem i forbindelse med dette vendepunktet, og han ble ansett som en folkehelt som våget å konfrontere Israel. Fatah mottok mye skryt og påfølgende donasjoner fra den arabiske verden. Fatah fikk dermed bedre tilgang på  våpen og utstyr. Gruppens medlemstall økte betraktelig fordi mange unge arabere, inkludert tusenvis av ikke-palestinere, gikk inn i Fatahs rekker.
Yahya Hammuda trakk seg fra sin stilling som formann i PLO ved Det palestinske nasjonalrådet (PNC) i Kairo den 3. februar 1969. Arafat tok over etter ham, ble øverstkommanderende for de palestinske revolusjonære styrkene to år senere, og i 1973 ble han leder for PLOs politiske avdeling.

Fatah i Jordan

Forholdet mellom palestinerne og de jordanske myndighetene ble mer anspent mot slutten av 1960-tallet. Tungt væpnede, arabiske motstandsgrupper hadde dannet en virtuell «stat i staten» i Jordan. Etter hvert kontrollerte disse gruppene flere av landets strategiske posisjoner. Etter seieren i slaget om Karameh, begynte Fatah og andre palestinske militser å ta kontroll over Jordans sivile borgere. De satte opp veisperringer, ydmyket jordanske politistyrker offentlig, antastet kvinner og krevde inn ulovlige skatter, noe Arafat valgte å se gjennom fingrene med. 
Kong Hussein anså dette som en økende trussel mot kongerikets suverenitet og sikkerhet, og han forsøkte å avvæpne militsene. Han ville likefullt unngå en militær konfrontasjon med sine motstandere, og avskjediget flere av sine ministere som var imot PLO (inkludert noen av sine egne familiemedlemmer), og anmodet Arafat om å bli statsminister i Jordan. Arafat nektet og henviste til sin tro på behovet for en palestinsk stat med palestinsk lederskap.
De militære aksjonene i Jordan fortsatte på tross av Husseins motstand. Den 15. september 1970 kapret PFLP fem fly og landet tre av dem på Dawson's Field, 48 km øst for Amman. Etter at passasjerene hadde blitt flyttet til andre steder, ble tre av flyene sprengt. Dette gjorde at Arafats omdømme ble svekket i flere vestlige land, blant annet i USA, som holdt ham ansvarlig for å kontrollere palestinske fraksjoner som tilhørte PLO. Arafat ga etter for press fra de arabiske myndighetene, og gikk ut med en offentlig fordømmelse av flykapringene. Han suspenderte også PLFP fra alle geriljaaksjoner i flere uker (han hadde gjort det samme etter at PFLP angrep flyplassen i Athen). Jordanske myndigheter tok tilbake kontrollen over eget territorium, og dagen etter innførte Kong Hussein unntakstilstand (mer korrekt «martial law»). Samme dag ble Arafat øverstkommanderende i PLA.
Andre arabiske myndigheter forsøkte å forhandle frem en fredelig løsning etter hvert som konflikten utviklet seg. Som en del av dette iverksatte Gamal Abdel Nasser Den arabiske ligas første krisetoppmøte i Kairo den 21. september. Arafats tale vakte sympati hos tilstedeværende arabiske ledere; andre statsoverhoder gikk imot Hussein, inkludert Muammar al-Gaddafi som spottet både ham og hans schizofrene far, Kong Talal. Forsøket på å inngå en fredsavtale mellom partene feilet. Nasser døde av hjerteinfarkt noen timer etter møtet.
Den 25. september hadde den jordanske hæren fått overtaket, og to dager senere ble Arafat og Hussein enige om våpenhvile i Amman. Den jordanske hæren hadde påført palestinerne store tap – inkludert sivile ofre – omtrent 3 500 menneskeliv. Etter gjentatte brudd på våpenhvilen fra begge hold, gikk Arafat inn for å styrte Kong Hussein fra tronen. Som et svar på denne trusselen beordret Hussein i juni 1971 sine styrker til å drive ut de resterende palestinske krigerne fra det nordlige Jordan, noe han lyktes med.
Arafat og flere av hans styrker – inkludert de militære lederne Abu Iyad og Abu Jihad – ble presset inn i et hjørne i det nordøstlige Jordan. De forflyttet seg til like utenfor byen Gerasa, som ligger nær grensen til Syria. Med hjelp fra Munib Masri, en pro-palestinsk jordansk statsråd, og Fahd al-Khomeimi, Saudi-Arabias ambassadør i Jordan, klarte Arafat å komme seg inn i Syria med nesten 2 000 av sine soldater. Fiendtlighetene mellom Arafat og Syrias president, Hafez al-Assad, (som tidligere hadde veltet president Salah Jadid), gjorde at palestinerne fortsatte og krysset grensen til Libanon for å slutte seg til PLOs styrker der, og de etablerte et nytt hovedkvarterer.

Terrorangrep på 70-tallet og offisiell anerkjennelse

Siden Libanon hadde en svak sentralregjering kunne PLO opptre omtrent som en uavhengig stat på 1970-tallet. På denne tiden var flere venstreorienterte PLO-grupper med på militære aksjoner mot Israel, hvor det ble gjennomført angrep på både sivile og militære mål i og utenfor Israel.
To store hendelser fant sted i 1972. En underorganisasjon av Fatah, kjent som Sort September, kapret et fly på vei til Wien og tvang det til å lande på flyplassen Ben Gurion i Lod, Israel. PFLP og Den japanske røde armé utførte en massakre på samme flyplass. Den resulterte i at 24 sivile ble drept. Israel hevdet senere at attentatet mot PFLPs talsmann, Ghassan Kanafani, kom som et svar på PFLPs engasjement i planleggelsen av angrepet. To dager senere slo flere PLO-fraksjoner tilbake ved å bombe en busstasjon, som tok livet av elleve sivile.
Under Sommer-OL i München ble elleve israelske utøvere kidnappet og drept av Sort September. Flere kilder, inkludert Abu Daoud som var en av hjernene bak München-massakren, og den fremtredende, israelske historikeren Benny Morris, har uttalt at Sort September var en militær divisjon under Fatah som ble brukt til paramilitære operasjoner. I Abu Daouds bok fra 1999 uttaler han at «Arafat ble orientert om planene for gisseltakingen i München». Drapene ble fordømt internasjonalt. I 1973–74 la Arafat ned gruppen Sort September, og beordret PLO til å trekke seg ut av voldshandlinger utenfor Israel, Vestbredden og Gazastripen.
I 1974 godkjente PNC tipunktsprogrammet (satt sammen av Arafat og hans rådgivere), og foreslo et kompromiss med israelerne. Den krevde en palestinsk selvstyremyndighet i alle deler av «frigjort palestinsk territorium»,, som viser til de områder som var okkupert av arabiske styrker under Den arabisk-israelske krig i 1948 (dagens Vestbredden, Øst-Jerusalem og Gazastripen). Dette førte til misnøye i flere av PLO-fraksjonene, og PFLP, DFLP og andre partier dannet utbryterorganisasjonen Avvisningsfronten.
Israel og USA har påstått at Arafat også var involvert i diplomatattentatene i Khartoum, hvor fem diplomater og ytterligere fem personer ble drept. Et dokument fra Utenriksdepartementet i USA i 1973, som ble frigitt i 2006, konkluderte med at «Khartoum-operasjonen ble planlagt og utført med Yasir Arafats fulle viten og personlige godkjenning». Arafat nektet for all involvering i operasjonen og insisterte på at den ble utført uavhengig av gruppen Sort September. Israel hevdet at Arafat til syvende og sist hadde kontroll over disse organisasjonene, og dermed ikke hadde sluttet med terrorisme.
Samme året ble PLO erklært som den «enestående, legitime representant for det palestinske folk», og ble gitt fullt medlemskap i Den arabiske liga under et toppmøte i Rabat. Arafat ble den første representanten fra en ikke-statlig organisasjon til å tale under et plenumsmøte for FNs hovedforsamling. I sin tale til FN fordømte Arafat sionismen, men sa videre: «I dag har jeg kommet bærende på en olivengren og en frihetskjempers pistol. La ikke olivengrenen falle fra min hånd». Talen skaffet ham internasjonal sympati for sin palestinske kampsak.

Fatahs deltakelse i den libanesiske borgerkrigen

Fatah og Arafat var i begynnelsen avventende til å ta side i konflikten, men fikk senere en viktig rolle i den libanesiske borgerkrigen. Arafat gav etter for press fra undergrupper av PLO, slik som PFLP, DFLP og den palestinske frigjøringsfronten (PLF), og knyttet PLO til den venstreradikale og nasseristiske libanesiske nasjonalbevegelsen (LNM). LNM var under ledelse av Kamal Jumblatt, som hadde et vennskapelig forhold til Arafat og andre ledere i PLO. Syrias president, Hafez al-Assad, som opprinnelig var på lag med Fatah, fryktet tap av påvirkningskraft i Libanon og byttet side. 
Assad sendte sin hær, sammen med de Syria-støttede palestinske fraksjonene as-Sa'iqa og PFLP-GC ledet av Ahmed Jibril, for å slåss med de radikale, kristne høyrefløystyrkene mot PLO og LNM. Den kristne fronten bestod hovedsakelig av maronittiske falangister, som var lojale mot Bashir Gemayel og militsen Tigrene. Tigrene var under ledelse av Dany Chamoun, sønn av den tidligere presidenten, Camille Chamoun.
I februar 1975 skjøt Tigrene et viktig, pro-palestinsk, libanesisk parlamentsmedlem, Ma'arouf Sa'ad, grunnleggeren av Popular Nasserite Organization. Han døde måneden etter av skadene, og sammen med drapet i april samme år på 27 bussreisende palestinere og libanesere på vei mellom flyktningleirene Sabra og Shatila til Tel el Zaatar, fraktet av falangistiske styrker, var det med på å fremprovosere den libanesiske borgerkrigen. Arafat var uvillig til å svare med makt, men mange av Fatah og PLOs andre medlemmer var uenige. For eksempel utførte DFLP flere angrep mot den libanesiske hæren. I 1976 beleiret en allianse av kristne militser, med støtte fra den libanesiske og syriske armeen, flyktningleiren Tel el Zaatar øst for Beirut. PLO og LNM slo tilbake ved å angripe byen Damur, som var et falangistisk tilholdssted. Over 330 personer ble drept, og mange flere ble skadet. Tel el Zaatar tilfalt de kristne etter seks måneders beleiring, og deretter fulgte en massakre hvor tusenvis av palestinere ble drept. Arafat og Abu Jihad klandret seg selv for at de ikke hadde organisert en vellykket redningsoperasjon.
PLO trappet opp antallet grensekryssende raid mot Israel sent på 1970-tallet. Et av de kraftigste var massakren på hovedveien mellom Haifa og Tel Aviv-Jaffa den 11. mars 1978. En styrke på nesten et dusin fra Fatah sjøsatte sine båter nær kystveien, og kapret deretter en buss. Både bussens passasjerer og forbipasserende kjøretøy ble beskutt, og 37 sivile døde under skytingen. IDF iverksatte Operasjon Litani, en gjengjeldesesaksjon tre dager senere, med det mål å ta kontroll over Sør-Libanon opp til elven Litani. De nådde målet, og Arafat trakk sine PLO-styrker nordover til Beirut.
Fiendtlighetene mellom PLO og Israel fortsatte etter at israelerne trakk sine styrker ut av Libanon, selv om PLO innførte en ny, tilbakeholden politikk i perioden fra august 1981 til mai 1982. Den gikk ut på at de ikke skulle svare på provoserende utspill. Ifølge enkelte kilder ble den israelske invasjonen i 1982 gjennomført for å knuse palestinernes nasjonalfølelse, ved å eliminere deres styrker på Vestbredden og i nærliggende områder. Beirut ble senere beleiret og bombardert av IDF, og like etter erklærte Arafat byen som «IDFs Hanoi og Stalingrad». Borgerkrigens første fase var nå over, og Arafat – som kommanderte Fatahs styrker i Tel el Zaatar – klarte så vidt å rømme etter hjelp fra saudiarabiske og kuwaitiske diplomater. For å få en slutt på beleiringen, meglet amerikanske og europeiske myndigheter om en avtale som garanterte fri passasje for Arafat og PLO. De ble derfor voktet av en multinasjonal styrke på 800 soldater fra US Marines, støttet av US Navy til sitt eksil i Tunis.
Arafat dro tilbake til Libanon ett år etter utkastelsen fra Beirut, for å etablere seg i den nordlige byen Tripoli. Nok en gang ble han forvist, denne gangen av palestinere som jobbet for Hafez al-Assad. Arafat kom ikke tilbake til Libanon etter dette, selv om flere av Fatahs krigere gjorde det.

Arafat i Tunisia

Arafat og Fatahs operasjonssenter var basert i Tunis, hovedstaden i Tunisia, frem til 1993. I 1985 overlevde han et israelsk attentatforsøk da Israels luftforsvar bombet Arafats hovedkvarterer med fly av typen F-15, som en del av Operasjon «Wooden Leg». 73 mennesker ble drept i angrepet, men Arafat overlevde ettersom han hadde begitt seg ut på en joggetur den morgenen.

Første intifada

På 1980-tallet mottok Arafat økonomisk støtte fra Libya, Irak og Saudi-Arabia, noe som bidro til at han fikk bygget opp igjen PLOs medtatte organisasjon. Dette kom spesielt til nytte under den første intifada i desember 1987, som begynte som et opprør blant palestinsk ungdom mot Israels okkupasjon av Vestbredden og Gazastripen. Ordet «intifada» er arabisk og betyr bokstavelig talt «jordskjelv» eller bare «skjelv», men det brukes mer for å beskrive et opprør.
Intifadaens første stadium kom som en spontanreaksjon på en hendelse ved Erez, hvor et israelsk militærkjøretøy hadde kjørt ned ned og drept fire palestinske arbeidere. Noen uker senere tok Arafat og PLO over styringen av opprøret, delvis på grunn av forespørsler fra Abu Jihad, som varte frem til 1992–93. Abu Jihad hadde tidligere fått ansvaret for de palestinske territoriene under PLOs kontroll, og ifølge biografen Said Aburish hadde han «imponerende kunnskap om lokale forhold» i de israelskokkuperte territoriene. Den 16. april 1988, mens intifadaen begynte å bygge seg opp, ble Abu Jihad drept i sitt hjem i Tunis, angivelig av en israelsk spesialstyrke tilhørende Israels forsvar. Arafat regnet Abu Jihad som PLOs motvekt til de lokale palestinske styresmaktene, og holdt en prosesjon for ham i Damaskus.
Palestinernes mest brukte taktikk under intifadaen var å kaste stein mot israelske stridsvogner, noe som ble et symbol på opprøret. Lokale styresmakter i flere byer på Vestbredden innledet ikke-voldelige protester mot okkupasjonen ved å delta i skattenekt og andre former for boikott. Israel svarte med å konfiskere store pengebeløp ved å raide husstander. Da intifadaen nærmet seg slutten, begynte nye palestinske, væpnede grupper – i hovedsak Hamas og Islamsk Jihad (PIJ) – å utfordre sivile israelere med den nye taktikken selvmordsbombing. Antallet interne stridigheter blant palestinerne økte dramatisk på dette tidspunktet.

Arafat endrer retning

Den 15. november 1988 kunngjorde PLO den uavhengige staten Palestina. I sine taler 13. og 15. desember aksepterte Arafat resolusjon 242 fra FNs sikkerhetsråd, som proklamerte Israels «rett til å eksistere i fred og sikkerhet», og forkastet «terrorisme i alle dens former, inkludert statsterrorisme». Arafats kursendring ble mottatt med bifall av den amerikanske regjeringen, som lenge hadde insistert på at resolusjonen var utgangspunktet for offisielle diskusjoner mellom USA og PLO. Arafats uttalelser indikerte et skifte vekk fra ett av PLOs primærmål – Israels undergang – og mot opprettelsen av to separate entiteter: en israelsk stat innenfor grønn linje og en arabisk stat på Vestbredden og Gazastripen. Den 2. april 1989 ble Arafat valgt til president over den proklamerte staten Palestina av sentralrådet i det palestinske nasjonalrådet (PNC), PLOs styreorgan.
I forkant av Gulfkrigen i 1990–91, da intifadaen begynte å stilne, gikk Arafat ut med offentlig støtte til Saddam Husseins invasjon av Kuwait, og motsatte seg dermed den USA-styrte koalisjonen mot Irak. Han tok denne beslutningen uten samtykke fra de andre medlemmene av Fatah og PLO. Arafats høyre hånd, Abu Iyad, ønsket å holde seg nøytral og gikk imot en allianse med Saddam. Abu Iyad ble drept i et attentat den 17. januar 1991 av den pro-irakiske Abu Nidal-organisasjonen. Arafats beslutning forverret også relasjonene til Egypt og mange av de oljeproduserende arabiske statene som støttet den USA-styrte koalisjonen. Flere amerikanere tolket attpåtil Arafats beslutning slik at han ikke lenger var en fredsvenn. Etter at fiendtlighetene tok slutt, valgte flere arabiske stater å stoppe sin økonomiske støtte til PLO, og begynte heller med å gi finansiell støtte til den rivaliserende organisasjonen Hamas og flere andre islamske grupper.
I 1990, i en alder av 61, giftet Arafat seg med den 27 år gamle palestinske, kristne Suha Tawil, etter å ha møtt henne for første gang under sitt første besøk i Frankrike i 1989. Før giftemålet hadde hun jobbet som sekretær for Arafat i Tunis etter at hennes mor introduserte henne for ham i Paris. I forkant av ekteskapet adopterte Arafat femti palestinske barn som var blitt foreldreløse etter krigen.
Arafat var nok en gang nær døden den 7. april 1992, da flyet hans krasjlandet under en sandstorm i Den libyske ørken. To piloter og en tekniker døde, mens Arafat unnslapp forslått og rystet.

Oslo-avtalen i 1993

Tidlig på 90-tallet deltok Arafat og flere av Fatahs ledere i en rekke hemmelige møter og forhandlinger med Israels myndigheter, noe som førte til Oslo-avtalen i 1993. Avtalen dreide seg om implementering av palestinsk selvstyre i deler av Vestbredden og Gazastripen over en femårsperiode, i tillegg til umiddelbar stans og gradvis fjerning av de israelske bosetningene i disse områdene. Avtalen medførte også opprettelse av en palestinsk politistyrke, som skulle dannes av lokale rekrutter og utenlandske palestinere, for å patruljere områdene hvor selvstyre var innført. Myndighet over slikt som utdannelse og kultur, sosialtrygd, direkte beskatning og turisme, ville bli overført til den palestinske interimregjeringen. Begge parter godtok også opprettelsen av en komité som skulle etablere samarbeid og koordinering med bestemte økonomiske sektorer, inkludert hjelpesystemer, industri, handel og kommunikasjon.
Før han skrev under på avtalen, undertegnet Arafat to brev – på vegne av PLO som organisasjonens formann og offisielle representant – hvor han tok avstand fra vold og offisielt anerkjente Israel som stat. Som motytelse erklærte statsminister Yitzhak Rabin samme anerkjennelse av PLO, på vegne av Israel.
Året etter ble Arafat og Rabin tildelt Nobels fredspris, sammen med Shimon Peres. Tildelingen ble kritisert, og det vakte stor oppsikt at Kåre Kristiansen trakk seg fra Nobelkomiteen i protest mot at fredsprisen ble tildelt Arafat. Palestinernes reaksjon på Oslo-avtalen var blandet. Avvisningsfronten i PLO allierte seg med islamister i en felles opposisjon mot avtalen. Den ble også avvist av palestinske flyktninger i Libanon, Syria og Jordan, samt flere  fremtredende palestinere og lokale ledere i de palestinske territoriene. Derimot var territorienes innbyggere generelt positive, både til avtalen og til Arafats løfte om fred og økonomisk velvære.

Ny territorial myndighet

Blant vilkårene i Oslo-avtalen var enigheten om at Arafat skulle innføre en PLO-myndighet på Vestbredden og Gazastripen. Han insisterte på at økonomisk støtte var nødvendig for å etablere denne myndigheten, og for å sikre avtaleaksept blant palestinerne i disse områdene. I 1991 nektet Arafats tidligere, økonomiske støttespillere, de arabiske gulfstater, å finansiere ham og PLO med donasjoner av noen størrelsesorden, grunnet hans sympati for Irak under Gulfkrigen. Ahmed Kurei, som var en av Fatahs nøkkelpersoner under forhandlingene i Oslo, annonserte offentlig at PLO hadde gått konkurs.
I 1994 flyttet Arafat til Gaza by, som var et av territoriene under kontroll av den palestinske selvstyremyndigheten (PNA) – en provisorisk instans som ble opprettet under forhandlingene i Oslo. Arafat ble president og statsminister i PNA, øverstkommanderende for PLA og formann i PLC. Etter at PNA ble erklært som palestinernes offisielle myndighet i juli, ble den foreløpige lovsamlingen «Basic Law» publisert av PLO. Arafat fortsatte ved å gjøre strukturelle endringer innen PNA. Han etablerte først en eksekutivkomité (eller regjering) bestående av tyve medlemmer, og tok seg deretter også friheten å erstatte og ansette ordførere og bystyrer i de større byene, blant annet Gaza og Nablus. Han begynte å tilordne ikke-statlige organisasjoners ansvar for utdannelse, helse og sosiale saker under egen kontroll, ved å erstatte de folkevalgte lederne og direktørene med egne, lojale ledere fra PNA. Han valgte deretter seg selv til formann for den palestinske, finansielle organisasjonen som ble dannet av Verdensbanken, for å kunne sette inn mesteparten av bistandsmidlene til å hjelpe denne nye palestinske instansen.
Arafat dannet en palestinsk politistyrke kalt for Palestinske sikkerhetsmyndigheter, som ble iverksatt den 13. mai. Den bestod hovedsakelig av soldater fra PLA og frivillige palestinere fra utlandet. Arafat satte Mohammed Dahlan og Jibril Rajoub til å lede organisasjonen. Amnesty International anklaget Arafat og ledelsen i PNA for slurvete etterforskning av maktmisbruket som foregikk i PSS (inkludert tortur og drap). Politiske motstandere og dissidenter var blant ofrene, og i tillegg arresterte de flere menneskerettsaktivister. Den 24. juli 1995 fødte Arafats kone Suha deres datter i Sorbonne, Frankrike. Hun fikk sitt navn, Zahwa, etter Arafats avdøde mor.
I perioden november-desember 1995, besøkte Arafat dusinvis av palestinske byer som var evakuert av israelske styrker, inkludert Jenin, Ramallah, al-Bireh, Nablus, Qalqilya og Tulkarem, og erklærte dem for «frigjort». PNA fikk også kontroll over Vestbreddens postvesen i denne perioden. Den 20. januar 1996 ble Arafat valgt til president for PNA, med overveldende 88,2 % av stemmene (motkandidaten var veldedighetsarbeideren Samiha Khalil). Valgkandidatene var få, ettersom Hamas, DFLP og andre opposisjonelle folkebevegelser valgte å boikotte presidentvalget. Arafats overlegne seier sikret Fatah 51 av de 88 mandatene i PLC. Etter utvelgelsen ble Arafat ofte referert til som Ra'is («president» på arabisk), men selv omtalte han seg som «generalen».
I 1997 anklaget PLC ledelsen i PNA for økonomisk vanstyre, noe som førte til at fire medlemmer av Arafats regjering leverte inn oppsigelse. Arafat nektet derimot å fratre sin posisjon.

Andre fredsavtaler

I midten av 1996 ble Benjamin Netanyahu valgt til statsminister i Israel med en margin på bare én prosent. Forholdet mellom palestinere og israelere ble stadig mer fiendtlig ettersom konflikten vedvarte. På tross av forliket mellom Israel og PLO, var Netanyahu sterkt imot en palestinsk stat. I 1998 ble de to lederne overtalt til å møtes av USAs president, Bill Clinton. På møtet ble Wye-avtalen, fremforhandlet. Den inneholdt en detaljert plan for hvordan Israels myndigheter og PNA skulle fullføre fredsforhandlingene.
Arafat fortsatte forhandlingene med Netanyahus etterfølger, Ehud Barak, under toppmøtet på Camp David i juli 2000. Barak tilbød Arafat en palestinsk stat som opprinnelig skulle omfatte 73 % av Vestbredden og hele Gazastripen. Forslaget gikk ut på at den palestinske kontrollen over vestbredden skulle øke til 90 % over en periode på mellom ti og tjuefem år, men innebar fortsatt israelsk kontroll over Jerusalem. Tilbudet åpnet også for tilbakeføring av et mindre antall flyktninger, og kompensasjon til de som ikke fikk tillatelse til å vende tilbake. Arafat takket nei til Baraks tilbud, og nektet å komme med et umiddelbart motkrav. Han informerte president Clinton om at «den arabiske leder som vil overgi Jerusalem har ikke blitt født ennå».
Forhandlingene fortsatte under Taba-forhandlingene i januar 2001. Denne gangen trakk Ehud Barak seg ut av samtalene for å føre en kampanje før valget i Israel. 

I slutten av september 2000 gjennomførte den israelske opposisjonslederen Ariel Sharon et omstridt besøk ved Klagemuren. Denne hendelsen, samt den i utgangspunktet spente situasjonen førte til blodige sammenstøtet mellom palestinere og israelsk politi de nærmeste dagene. I løpet av de første ti dagene var over 80 døde, de fleste palestinere. Samtidig vedtok FNs sikkerhetsråd en resolusjon som fordømte Israels bruk av vold mot palestinerne. I resolusjonsteksten la Sikkerhetsrådet indirekte skylden på opposisjonslederen Ariel Sharon for å ha provosert fram urolighetene og sammenstøtene den siste uka. Konflikten eskalerte ytterligere og førte utover høsten til flere kraftige selvmordsbombinger gjennomført av palestinske militære grupper. Disse aksjonene ble fulgt opp kraftige av israelske militære motangrep, noe som førte til utbruddet av den andre intifada. Fredsprosessen fikk en brå slutt etter at Ariel Sharon vant valget i februar 2001. Det palestinske valget var opprinnelig planlagt i januar 2002, men ble utsatt etter en uttalelse om at intifadaen og krisesituasjonen gjorde det umulig å føre en kampanje, samt fordi IDF satte restriksjoner på bevegelsesfriheten i de palestinske territoriene. Samme måned beordret Sharon at Arafat skulle sperres inne i sin mukata i Ramallah, som følge av en selvmordsbombing i den israelske byen Hadera. USAs president George W. Bush støttet Sharons handling, og hevdet at Arafat var «et hinder for friheten».

Forholdet til Hamas og andre militære grupper

Arafat overlevde, personlig og politisk, i meget lang tid. Ifølge vestlige eksperter, var dette et tegn på hans mesterlige asymmetriske krigføring og taktiske evner, gitt de ekstremt farlige forholdene i politikken i Midtøsten og de mange attentatene. Noen tror at han overlevde hovedsakelig på grunn av Israels frykt for at han ville bli en martyr for sin palestinske kampsak, dersom han ble drept eller bare arrestert av Israel. Andre tror at Israel unnlot å handle mot Arafat, fordi de fryktet Arafat mindre enn Hamas og andre islamske bevegelser med høyere oppslutning enn Fatah. Forholdene mellom USA, Israel, Saudi-Arabia og de andre arabiske statene var både skrøpelige og komplekse, noe som også bidro til Arafats lange fartstid som palestinernes leder.
Arafats evne til å tilpasse seg nye taktiske og politiske situasjoner, ble muligens satt på prøve av organisasjonene Hamas og Islamsk Jihads fremvekst. Dette var islamske grupper som  gikk mot Israels eksistens, og som tok i bruk nye taktikker som selvmordsbombing, ofte mot ikke-militære mål som kjøpesentre og kinoer, for å gjøre mest mulig psykologisk skade og ta flest mulige sivile liv. På 1990-tallet så disse gruppene ut til å vanskeliggjøre Arafats arbeid med å opprettholde en samlet, sekulær og nasjonalistisk organisasjon hvis mål var å danne en egen stat. Arafat så ikke ut til å ha noen innflytelse eller kontroll over disse gruppene, som aktivt kjempet imot Fatah. Enkelte hevder også at Arafat godtok deres handlinger for å legge mer press på Israel.
I 2002 kom Den arabiske liga med et tilbud om å anerkjenne Israel mot at de trakk seg ut av alle territoriene som ble okkupert under Seksdagerskrigen, i tillegg til dannelsen av en palestinsk stat under styring av Arafats PNA. Like etter utførte Hamas et angrep som tok livet av tjueåtte sivile israelere som feiret pesach. Israel svarte med å iverksette Operasjon «Defensive Shield»; en stor militær offensiv i flere byer på Vestbredden.
Enkelte israelske embedsmenn påstod i 2002 at al-Aqsa-martyrenes brigader, en væpnet undergruppe av Fatah, utførte angrepene mot Israel for å konkurrere med Hamas. Den 6. mai gav Israels myndigheter ut en rapport, delvis basert på stjålne dokumenter fra Israels okkupasjon av Arafats hovedkvarterer i Ramallah. Denne inneholdt kopier av noen brev som Arafat hadde skrevet under, hvor han tillot finansiering av al-Aqsa-martyrenes brigader og deres aktiviteter.

Forsøk på marginalisering

Israelske myndigheter forsøkte i lengre tid å marginalisere Arafat ved å finne en annen leder for det palestinske folk, men uten hell. Arafat nøt bred oppslutning blant grupper som, hans egen historie tatt i betraktning, normalt ville ha kviet seg for å forhandle med eller støtte ham. Marwan Barghouti (en leder av al-Aqsa-martyrenes brigader) ble ansett som en mulig erstatter under den andre intifada, men han ble arrestert av israelerne for deltakelse i drapene på tjueseks sivile. Barghouti ble dømt til fem livstidsdommer.
Arafat fikk først forlate mukataen den 3. mai, etter at intense forhandlinger endte i et forlik: I samme bygg som Arafat befant det seg seks militære personer fra PFLP, inkludert generalsekretæren Ahmed Sadat, som også var innesperret. Disse var ettersøkt av Israel, men skulle etter avtalen slippe både å overføres til Israel eller å holdes i forvaring av PNA. I stedet skulle et britisk-amerikansk sikkerhetsapparat sikre at de ble fengslet i Jeriko. (Mennene ble senere tatt til fange av Israel i en nattoperasjon mot fengselet i 2006. Sammen med et løfte om at Arafat skulle ta en telefon på arabisk til palestinerne for å stoppe angrepene på Israel, ble han sluppet fri. Telefonsamtalen tok han 8. mai, men i likhet med tidligere forsøk ble hans ytringer oversett. I 2003 gikk Arafat av som statsminister etter press fra USA, og ble etterfulgt av Mahmoud Abbas.
I 2004 erklærte president Bush at han droppet Arafat som en fremtidig forhandlingspartner. Arafat hadde et blandet forhold til lederne av øvrige arabiske land, og deres støtte så ut til å øke hver gang han var under press fra Israel. Dette viste seg tydelig da Israel annonserte i 2003 at de i prinsippet hadde besluttet å fjerne ham fra den israelskstyrte Vestbredden. Etter Ariel Sharons anmodning om at Arafat skulle utestenges fra de palestinske territoriene på livstid, kom Arafat med et svar i et intervju hos den arabiske TV-kanalen Al-Jazeera: «Er det hans [Sharons] hjemland, eller vårt? Vi ble plassert her før profeten Abraham kom, men det ser ut som om de [israelerne] ikke forstår historie eller geografi».

Økonomiske transaksjoner

I august 2002 uttalte sjefen for det israelske militære etterretningsdirektoratet Aman, at Arafats personlige formue beløp seg til 1,3 milliarder dollar, men viste ikke til håndfaste bevis. I 2003 tok Det internasjonale pengefondet (IMF) en gjennomgang av PNAs regnskaper, og slo fast at Arafat plasserte offentlige midler for 900 millioner dollar på en bankkonto han kontrollerte sammen med myndighetens øverste finansrådgiver. IMF hevdet derimot at det ikke var ulovligheter knyttet til dette, og vektla at mesteparten av midlene hadde blitt investert i palestinske eiendeler, både internt og utenlands.
I 2003 begynte en gruppe amerikanske revisorer å undersøke forholdene rundt Arafats økonomi – innleid av Arafats eget finansdepartement. De hevdet at deler av den palestinske lederens formue befant seg i en hemmelig portefølje på nesten 1 milliard dollar, med investeringer blant annet i et tapperi for Coca-Cola i Ramallah og et tunisisk mobiltelefonselskap, samt i venturefond i USA og på Caymanøyene. Lederen av undersøkelsen uttalte at «selv om pengene i porteføljen kom fra offentlige midler som palestinske skatter, ble omtrent ingenting av det brukt på det palestinske folk, men derimot kontrollert av Arafat. Ingen av disse transaksjonene ble heller offentliggjort».
Arafat levde en beskjeden livsstil, men ble likevel kritisert av Dennis Ross, tidligere forhandler i Midtøsten for presidentene George H.W. Bush og Bill Clinton. Han hevdet at Arafats penger finansierte et enormt beskyttelsessystem kjent som nypatrimonialisme. Ifølge Salam Fayyad, en tidligere leder av Verdensbanken som ble utnevnt til finansminister i PNA av Arafat i 2002, kunne Arafats varehandelsmonopol anses som bedrageri overfor sitt eget folk, «spesielt i Gaza som er fattigere, noe som er fullstendig uakseptabelt og umoralsk». Fayyad hevdet videre at Arafat brukte 20 millioner dollar fra offentlige midler til å betale ledelsen i PNAs sikkerhetsapparat (Preventive Security Service) alene.
EU gransket påstander om at deres egne midler ble misbrukt av Palestinas myndigheter, men fant ingen bevis for at de finansierte terrorhandlinger. Fuad Shubaki, Arafats tidligere finansielle rådgiver, fortalte det israelske sikkerhetsapparatet Shin Bet at Arafat brukte flere millioner dollar av bistandsmidler til å kjøpe våpen og til støtte av militære grupper.

Sykdom og død

Med årene ble Arafats helsetilstand redusert, noe som først viste seg da han kastet opp under et møte. Arafats talsmann omtalte det hele som influensa, etter at de første rapportene om medisinsk behandling nådde offentligheten den 25. oktober 2004. Tilstanden hans forverret seg de påfølgende dagene. Leger fra blant annet Tunisia, Jordan og Egypt ble senere hentet inn i et forsøk på å diagnostisere og hjelpe ham. Det ble klart at Arafat skulle fraktes med et jetfly tilhørende Frankrikes myndigheter til Percy militærsykehus i Clamart, en forstad utenfor Paris. Som en forutsetning ble det avtalt at Israel ikke skulle hindre ham i å returnere.

Koma

Ifølge en av legene, led Arafat av idiopatisk trombocytopenisk purpura (ITP), en kroppstilstand med unormalt få sirkulerende blodplater. Den 3. november falt han i en gradvis dypere koma. De påfølgende dagene hersket det en viss tvil om Arafats helse, med mistanker om at han var rammet av forgiftning eller aids. Ulike kilder spekulerte i om Arafat var komatøs, i en «vegetativ tilstand» eller død, men de palestinske myndighetene og Arafats jordanske lege avviste påstandene om at Arafat var hjernedød og ble holdt kunstig i live.
Deretter oppstod det en kontrovers mellom ledere av PNA og Suha Arafat, da flere av lederne reiste til Frankrike for å besøke Yasir Arafat. Suha uttalte at «de forsøker å begrave Abu Ammar [Arafat] levende». Frankrikes rettssystem forbyr leger å diskutere sine pasienters tilstand med noen, med unntak av nære pårørende i tilfeller med dystre prognoser. Følgelig måtte all kommunikasjon vedrørende Arafats helse bli godkjent av hans kone, noe som hindret palestinernes delegasjon i å besøke ham på sykehuset. Flere palestinske ledere uttrykte misnøye med at nyhetene om Yasir Arafat ble «filtrert» gjennom henne.
Dagen etter meldte sjefskirurgen Christian Estripeau ved Percy at Arafats tilstand hadde forverret seg, og at han hadde falt i en enda dypere koma. Sjeik Taissir Tamimi, lederen av det islamske rettsvesenet i palestinske territorier, besøkte Arafat og erklærte at det var uaktuelt å koble ham fra respiratoren, siden en slik handling ifølge ham selv var forbudt i islam. Han holdt derimot en våkenatt ved Arafats sengekant.

Dødsfall og reaksjoner

Arafat ble erklært død kl. 03.30 UTC den 11. november 2004, i en alder av 75 år. Den eksakte dødsårsaken er ukjent. Tamimi beskrev det som «et meget smertefullt syn». Da Arafats død var annonsert, gikk det palestinske folket inn i dyp sorg, hvor sørgende koranske bønner runget ut fra moskeers høyttalere og bildekk brant i gatene. Nettstedet Socialist World beskrev det hele med følgende minneord: «Mange palestinere vil se på Yasir Arafats dødsfall med en blanding av sorg og et ønske om at den palestinske myndigheten han ledet, hadde gjort mye mer for å ende fattigdommen og undertrykkelsen som ødelegger deres liv».
Avisen Canard Enchaîné rapporterte like etter om påstått informasjonslekkasje av ikke navngitte medisinske kilder ved Percy, som hadde tilgang til Arafat og hans helsedokumenter. Ifølge avisen fryktet legene, allerede ved Arafats ankomst til sykehuset, store leverskader som medførte endring i blodsammensetningen. Arafat ble derfor lagt inn på en hematologiavdeling, men leukemi ble raskt utelukket. Samme kilde hevdet også at han ble diagnostisert med skrumplever, men at dette ikke kunne offentliggjøres av hensyn til allmennheten, fordi skrumplever normalt assosieres med konsekvensene av alkoholmisbruk. 
Selv om diagnosen ikke gjaldt alkoholisk skrumplever og Arafat ikke var kjent for å konsumere alkohol, virket ryktene sanne for mange. Kilden skrev videre at Arafats leveforhold gjorde lite for å forbedre situasjonen. Dermed slo de fast at det var flere årsaker til sykdommen; Arafats koma var en konsekvens av en stadig forverret skrumplever. Den franske avisen Le Monde siterte leger som uttrykte at han led av «en uvanlig blodsykdom og et leverproblem».
Etter Arafats død fortalte det franske forsvarsdepartementet at Arafats helsedokumenter bare ville overføres til hans nærmeste pårørende. Det ble fastslått at Arafats nevø og PNA-utsendelse til FN, Nasser al-Kidwa, var en nær nok slektning. Han fikk utlevert en kopi av Arafats helsedokumenter på 558 sider av Frankrikes forsvarsdepartement, og uttalte deretter at han ville trosse Suha Arafats ønsker og offentliggjøre innholdet for det palestinske folk av politiske årsaker.

Påstander om forgiftning og aids

I september 2005 skrev den israelske avisen Haaretz at franske eksperter ikke var i stand til å fastslå årsaken til Arafats død. Avisen siterte en israelsk aidsekspert, som hevdet at Arafat hadde alle symptomene for aids. Denne hypotesen ble senere forkastet av den amerikanske avisen The New York Times.
Ashraf al-Kurdi, som var Arafats personlige lege i mer enn tyve år og som også behandlet flere konger av Jordan, erklærte senere at det ikke ble nevnt noe om en slik infeksjon i Arafats medisinske rapport. En annen israelsk lege skrev i en artikkel i avisen Haaretz at det var «et klassisk tilfelle av matforgiftning», sannsynligvis forårsaket av et måltid som ble inntatt fire timer før han ble dårlig. Maten skal ha kunne inneholdt et giftstoff, slik som ricin, i stedet for en vanlig bakteriell forgiftning. I samme uke publiserte derimot The New York Times en egen rapport, som også var basert på tilgang til Arafats sykejournal. Der ble det hevdet at Arafat høyst sannsynlig ikke var rammet av aids eller matforgiftning. Begge publikasjonene spekulerte videre i om dødsårsaken kan ha vært en infeksjon av ukjent natur eller opphav. 
Ryktene om matforgiftning har likevel blitt hyppig diskutert verden rundt, spesielt i arabiske miljøer. Al-Kurdi klaget over det faktum at Arafats kone, Suha, ikke ville tillate en obduksjon, noe som kunne ha gitt svar på mange spørsmål som fortsatt er ubesvart. I 2005 ropte al-Kurdi på etableringen av en uavhengig kommisjon som skulle lede etterforskningen av Arafats mystiske dødsfall, og uttalte at «en hvilken som helst lege vil fortelle deg at dette er symptomer på forgiftning». Han hadde tidligere fortalt nyhetsbyrået Associated Press at Arafat hadde et aidsvirus og at «det ble gitt til ham for å skjule giften».
Claude Goasguen, et medlem av Frankrikes nasjonalforsamling, etterlyste en parlamentarisk granskningskomité for Arafats død i et forsøk på å avlive alle falske rykter. Franske myndigheter insisterte på at det ikke fantes noe bevis for at Arafat hadde blitt forgiftet, og at en etterforskning ville ha blitt iverksatt ved mistanke om det.
Den 24. august 2012 ble det besluttet at hans levninger skulle undersøkes av sveitsiske eksperter for å finne ut om han hadde blitt forgiftet. Arbeidet med å åpne graven begynte 13. november 2012, og 27. november var levningene hentet ut av graven. Bakgrunnen var at sveitsiske eksperter tidligere hadde påvist unormalt store mengder av det radioaktive stoffet polonium på hans eiendeler. Arafats enke og de palestinske selvstyremyndighetene gav tillatelse til at levningene undersøkes. Undersøkelsene ble gjort på et radiologisk laboratorium ved Lausannes universitetssykehus. 
Høsten 2013 bekreftet sveitsiske eksperter at hadde funnet spor av det radioaktive grunnstoffet polonium på Arafats klær. Uttalelsene i rapporten støttet opp under tidligere rapporter i mediene om funn av polonium på Arafats klær og styrket dermed muligheten for at han ble forgiftet. I desember 2013 konkluderte franske eksperter med at Arafat døde av naturlige årsaker og utelukket forgiftning. Senere samme måned kom et russisk institutt til samme resultat.

Begravelse

Den 11. november avholdt franske, militære æresvakter en minnemarkering for Arafat på en militær flyplass i nærheten av Paris. President Jacques Chirac stod alene ved siden av Arafats kropp i omtrent ti minutter, som et siste tegn på respekt for lederen han omtalte som «en mann av mot». Dagen etter ble Arafat flydd til Egypts hovedstad Kairo for den offisielle, militære begravelsesseremonien, før han ble gravlagt i Ramallah senere samme dag. Flere statsoverhoder, statsministre og utenriksministre var til stede under begravelsen. Egypts høytstående storimam og storsjeik Sayyid Tantawi ledet bønnene i forkant av prosesjonen.
Israel avslo Arafats ønske om å gravlegges nær al-Aqsa-moskéen eller noe sted i Jerusalem, og henviste til bekymringer knyttet til sikkerheten. Etter prosesjonen i Kairo ble Arafats kropp «midlertidig» lagt i hans tidligere hovedkontorer i Ramallah. Seremonien ble sett av flere tusen palestinere. Etter at Sjeik Taissir Tamimi oppdaget at Arafat var feilaktig gravlagt og i en kiste – noe som ikke er tillatt ifølge islamsk lov – ble Arafat gravlagt på nytt om morgenen den 13. november, omtrent kl. 03.00. Den 10. november 2007, nesten 3 år etter Arafats død, avduket Abbas et mausoleum for Arafat i nærheten av den midlertidige graven, til ære for ham.

Etterfølger

PLCs formann Rawhi Fattuh tok over for Arafat som interimspresident i PNA allerede før hans død. PLOs generalsekretær Mahmoud Abbas ble valgt til formann i PLO, og Farouk Kaddoumi ble leder av Fatah. PNA og ledelsen ved de palestinske flyktningleirene i Libanon meldte om 40 dager sørging over Arafat. Abbas vant presidentvalget i januar 2005 med god margin, noe som befestet hans posisjon som Arafats etterfølger og palestinernes leder.

Arafats rolle og betydning

Arafat oppnådde noen av sin bevegelses mål før sin død – men ikke alle. Opprettelsen av en palestinsk stat ved siden av den jødiske har de facto skjedd, men ikke på langt nær etter de grensene som ble antydet i 1948. Staten har en egen, folkevalgt palestinsk regjering og president, men er militært og økonomisk langt underlegen den jødiske nabostaten. Arafat nådde ikke sitt hovedmål – en uavhengig palestinsk stat med Jerusalem som hovedstad. 
Han bygde ikke opp en etterfølger som kunne innta en samlende posisjon etter hans død, tvert imot mener enkelte observatører at Arafat var en leder som representerte et «minste felles multiplum», med en samlende evne til å kompromisse og føre forhandling som ikke kunne vare etter hans epoke. Yasir Arafat var en omstridt leder, som med årene opplevde både internasjonal anerkjennelse og kritikk fra ulike hold. Synet på ham varierte sterkt; mange palestinere anså ham som en helteskikkelse som kjempet for deres rettigheter, mens mange israelere og amerikanere regnet ham som en terrorist og fiende.
I nesten et halvt århundre var Arafat symbolet på palestinsk nasjonalisme og selvstendighetskamp. Hans internasjonale status endret seg betraktelig over tid; på 1960-tallet ble han kjent som terrorist – en leder som søkte fokus på palestinernes kamp gjennom spektakulære terrorangrep mot Israel, hvor også uskyldige sivile ble drept. Arafat fikk større anerkjennelse som politiker på 1970-tallet. Han talte i FN første gang 13. november 1974, og ble snart ansett av mange regjeringer som en «statsleder uten land», selv om han fortsatt ble assosiert med utenompolitiske og voldelige aktiviteter fra 60-tallet. På 1980-tallet begynte Arafat å få mer støtte fra vestlige land, mye på grunn av Israels engasjement mot massakrer og voldelig politikk. Etter hvert oppnådde PLO observatørstatus i FN, og de palestinske selvstyreområdene har dette i dag.
På 1990-tallet skulle Arafat bli regnet som pragmatisk moderat, og ble en reell forhandlingsmotpart for sine israelske motstandere. Høydepunktet ble undertegningen av Oslo-avtalen foran Det hvite hus i 1993, og 1994 da han fikk Nobels fredspris sammen med Shimon Peres og Yitzhak Rabin. Mange israelere forsonte seg med Arafat i disse årene. Tilbakeslaget kom da fredsgarantisten Rabin ble drept, og en uforsonlig Benjamin Netanyahu overtok som forhandlingsmotpart. Etter Netanyahu fulgte Ariel Sharon som Israels sterke mann, og enda mer uforsonlig overfor palestinernes krav på anerkjente landområder.
Arafat balanserte i vanskelig terreng når han bega seg inn i forhandling med Israel, et land som hans organisasjon i lang tid ønsket å utslette som selvstendig stat. Allerede i 2000 var fredsforhandlingene i realiteten strandet, da Israel nektet de mange millioner palestinske flyktningene fra 1948 tilbakereise til sine hjem i Israel. For Arafat var det uaktuelt å svikte flyktningenes sak og krav på egne hus og eiendommer som var overtatt av jøder femti år tidligere. Løsningen ble å stilltiende godta den nye intifadaen og vold mot israelske mål – en feilslått strategi dersom målet var å få Israel tilbake til innrømmelser ved forhandlingsbordet.
I 2001 ble Arafats posisjon og popularitet svekket. Andre mer radikale grupper vokste fram og samlet bred støtte på grunn av misnøye med Oslo-avtalen, motstand mot et mer uforsonlig Israel, og manglende sosial framgang i selvstyreområdene. Utbredt korrupsjon og vanstyre bidro til misnøyen. Krigeren Arafat hadde større evner enn den sivile statslederen Arafat, som holdt både Mahmoud Abbas og Ahmed Kurei (Abu Ala) nede uten å bygge opp noen arvtaker.
Israelske aksjoner mot den palestinske infrastrukturen, blant annet mot politiet, hadde gjort det tilnærmet umulig for Arafat å utøve særlig makt. Han undertrykte Hamas, men bevarte sin håpløse forhandlingsvilje overfor Israel under intifadaen – noe som styrket Hamas' omdømme og malte et bilde av Arafat som svak og ettergiven overfor Israel. Samtidig støttet Arafat stilltiende selv radikale grupper, og angrep på israelsk jord ettersom han opplevde lite samarbeid med israelske ledere, og fredsforhandlingene ikke ledet fram. Han utviklet en utydelig dobbeltposisjon hvor han ble innhentet av historien og av Hamas' attraksjon som like tydelige og uforsonlige som de israelske motpartene. Det var Arafats forhandlingsverk som etter Rabins død forvitret på begge sider av de nye grensene, uten at han selv klarte å frigjøre seg fra forhandlingsveien. Han døde dermed isolert – som forsoningens mann i en tid da få palestinere og israelere ønsket forsoning.