Den demokratiske republikken Afghanistan

Opposisjonsstyrkene

Observatører fra utsiden identifiserer ofte de to krigende gruppene som «fundamentalister» og «tradisjonalister.» Rivalisering mellom disse gruppene fortsatte i løpet av den afghanske borgerkrigen som fulgte etter Sovjetunionens tilbaketrekning. Rivaliseringen mellom disse gruppene brakte afghanernes forhold til vestens oppmerksomhet og det var dem som mottok militær assistanse fra USA og et antall andre land.
Fundamentalistene baserte sine prinsipp om organisering rundt massepolitikk og inkluderte flere delinger av Jamiat-i-Islami. Lederen av hovedretningen, Burhanuddin Rabbani, begynte organisering i Kabul før undertrykkelsen av religiøse konservative, som begynte i 1974, tvang ham til å flykte til Pakistan i løpet av Daouds regime. Kanskje best kjent blant lederne var Gulbuddin Hekmatyar som brøt med Rabbani og formet en annen motstandsgruppe, Hizb-e-Islami, som ble Pakistans foretrukne våpenmottager. En annen splittelse, drevet av Yunus Khales, resulterte i en annen gruppe med navnet Hizb-e-Islami, en gruppe som var noe mer moderat en Hekmatyars. En fjerde fundamentalistisk gruppe var Ittehad-i-Islami ledet av  Abdul Rabb Rasuul al-Sayyaf som senere inviterte Osama bin Laden til å komme til Afghanistan. Rabbanis gruppe mottok dens største støtte fra nordlige Afghanistan hvor den mest kjente motstandskommandøren  i Afghanistan, Ahmed Shah Massoud, en tadsjiker, som Rabbani, opererte mot sovjeterne med betydelig suksess.
Organisasjonsprinsippene til den tradisjonalistiske gruppen var forskjellig fra den fundamentalistiske. Dannet av løse bånd blant ulama i Afghanistan, var tradisjonalistenes ledere ikke opptatt, i motsetning til fundamentalistene, med å omdefinere islam i det afghanske samfunnet, men i stedet fokuserte de på bruken av sharia som lovens kilde (å fortolke sharia er en hovedoppgave for ulamaen). Blant de tre gruppene i Peshawar var den viktigste Jebh-e-Nejat-e-Milli ledet av Sibghatullah Mojadeddi. Noen av tradisjonalistene var villige til å akseptere gjenopprettelsen av monarkiet og så på den tidligere kongen Mohammed Zahir Shah, i eksil i Italia, som herskeren.
Andre bånd var også viktige i å holde sammen noen motstandsgrupper. Blant disse var forbindelser innen sufi-ordenen ledet av Pir Sayyid Gilani. En annen gruppe, sjiamuslimene i Hazarajat, organiserte flyktninger i Iran.

Den sovjetiske invasjonen, desember 1979

Den sovjetiske invasjonen av Afghanistan begynte da midnatt nærmet seg 24. desember 1979. De organiserte en massiv militær luftbro inn i Kabul, som involverte 280 transportfly og 3 divisjoner med nærmere 8500 mann i hver. Innen to dager hadde de sikret Kabul og satte ut en sovjetisk spesialangrepsenhet mot Darulman Palasset, der elementer av den afghanske arméen som var lojal mot Hafizullah Amin gjorde en kort, men intens motstand. Etter at Amin døde i palasset ble Babrak Karmal, lederen av Parcham-fraksjonen i ADFP som var i eksil, satt inn av sovjeterne som Afghanistans nye regjeringssjef.
Et antall teorier har blitt framsatt for å forklare den sovjetiske handlingen. Disse fortolkningene av Sovjets motiver er ikke alltid enige, det som er sikkert er at beslutningen ble påvirket av mange faktorer, i Leonid Bresjnevs ord om at beslutningen om å invadere Afghanistan var virkelig «ingen enkel beslutning.» To faktorer var svært viktige i Sovjets kalkuleringer. Sovjetunionen, som alltid var interessert i å skape en buffersone av «vennlige» stater (dvs allierte og nøytrale stater) langs grensene, var økende bekymret for den ustabile, uforutsigbare situasjonen langs dets sørlige grense. Kanskje like viktig var Bresjnev-doktrinen, som sa at Sovjetunionen hadde «rett» til å gå til assistanse av vennligsinnede sosialistland i nød. Antagelig var Afghanistan et «vennligsinnet» regime som ikke kunne overleve mot et voksende press fra motstandsbevegelsen uten direkte assistanse fra Sovjet.
Regjeringen til Babrak Karmal stod ovenfor en ødeleggende mangel på muligheter. Det at den var satt inn av en fremmed makt, hindret muligheten for en folkelig og populær legitimitet av regjeringen. Selv om Parcham selv hadde vært blant gruppene som hadde blitt hardest rammet av forfølgelsen av Khalqiene, var deres identifikasjon med marxismen og sovjetisk undertrykkelse ikke tilgitt. Deres fall i antall førte Sovjet til å insistere på gjenforening mellom de to fraksjonene. Renselsen av Parcham hadde etterlatt militæret så dominert av Khalqis at sovjetrne ikke hadde noe valg utenom å stole på Khalqi-offiserer for å gjenbygge hæren. 
Sovjets feilkalkuleringer om hva som trengtes for å knuse den afghanske motstanden gjorde regjeringens situasjon enda verre. Det ble forventet av den afghanske hæren at de skulle bære byrden av å undertrykke motstanden som skulle vært gjort raskt med sovjetisk støtte. Ettersom pasifiseringskrigen dro ut i flere år, ble Babrak-regjeringen ytterlig svekket av dårlig ytelse av dens hær. 
Uansett hva Sovjets mål hadde vært, var den internasjonale responsen skarp og rask. USAs president Jimmy Carter, da han revurderte den strategiske situasjonen i sin tale om landets tilstand i januar 1980, identifiserte Pakistan som en stat i frontlinjen i den globale kampen mot kommunismen. Han snudde i sitt syn et år tidligere om at hjelp til Pakistan skulle avsluttes pga atomvåpen-program og tilbød Pakistan en militær og økonomisk pakke dersom de ville fungere som tunnel for USA og annen assistanse til mujahedin. Den pakistanske presidenten Muhammad Zia-ul-Haq avslo Carters pakke men senere ble et større tilbud gitt av Reagan-administrasjonen akseptert. Spørsmål om Pakistans atomvåpen-program ble satt til siden for en stund. Assistanse kom også fra Folkerepublikken Kina, Egypt og Saudi-Arabia. Det kom også internasjonal hjelp for å hjelpe Pakistan i å håndtere de mer enn 3 millionene med afghanske flyktninger.  
Utenriksministrene av Organisasjonen for Islamske land (OIC) fordømte invasjonen og krevde sovjetisk tilbaketrekning på et møte i Islamabad i januar 1980. FNs sikkerhetsråd kunne ikke gjøre noen ting siden Sovjet hadde vetorett, men FNs generalforsamling utstedte jevnlig resolusjoner som gikk mot den sovjetiske tilstedeværelsen.
I midten av januar 1980 flyttet sovjeterne sine kommandobaser fra Termez, på sovjetisk territorium nord for Afghanistan, til Kabul. I ti år kjempet sovjeterne og deres afghanske allierte mot mujahedin om kontrollen i landet. Sovjeterne brukte helikopter (inkludert Mil Mi-24 Hind kamphelikopter) som deres primære luftangrepsstyrke, støttet med kampfly og bombefly, bakkestyrker og spesialstyrker. I noen områder gjennomførte de en brent jords taktikk-kampanje der de ødela landsbyer, hus, avlinger, husdyr osv.

Letingen etter folkelig støtte

I forsøk på å øke støtten etablerte ADFP organisasjoner og satte i gang politiske initiativ som skulle føre til folkelig deltagelse. Det mest ambisiøse var den Nasjonale Fedrelands Fronten (NFF), grunnlagt i juni 1981. Denne paraplyorganisasjonen skapte lokale enheter i byer, tettsteder og stammeområder som skulle rekruttere tilhengere av regimet. Landsby- og stammeledere ble tilbudt belønninger for å delta i godt publiserte sammenkomster og program. Partiet tilbød også assosierte organisasjoner som sikret kvinner, ungdom og byarbeidere høyprofilert framvisning i nasjonal radio, tv og regjeringspublikasjoner.
Fra begynnelsen i midten av 1960-årene hadde medlemmene i ADFP vært opptatt av resultatet av informasjon og propaganda. noen år etter at deres egne publikasjoner hadde blitt ødelagt av regjering, fikk de kontroll over all offisiell media. Disse ble brukt til det ytterste til deres propagandamål. Anis, den viktigste regjeringsavisa (trykket på pashto og dari), Kabul New Times (tidligere Kabul Times), trykket på engelsk og nye publikasjoner som Haqiqat-i-Inqelab-i-Saur gledet regimets trang til propaganda. Det gjorde også bruk av tv på en oppfinnsom måte. 
De tidlige forsøkene på å mobilisere folkelig støtte ble senere fulgt opp av nasjonale møter og sammenkomster, og brukte til slutt en variasjon av modellen til den tradisjonelle loya jirga for å inspirere kooperasjonen av sekulære bondeledere og religiøse autoriteter. En loya jirga i stor skala ble holdt i 1985 for å ratifisere ADRs nye grunnlov.
Disse forsøkene på å vinne støtte ble nøye koordinert med forsøk på å manipulere pashtoenes stammepolitikk. Slike forsøk  inkluderte forsøk på å splitte eller forstyrre stammer som støttet motstanden eller ved å lure viktige personer inn i forpliktelser for å skaffe milits-styrker til regjeringen.
Et konsentrert forsøk ble gjort for å vinne minoritetene: Usbekere, turkmenere og tadsjiker nord i Afghanistan. For første gang ble deres språk og litteratur kringkastet og publisert av et regjeringsmedium. Minoritetsforfattere og diktere ble dyrket frem, og oppmerksomheten ble gitt til deres kunst, musikk, dans og fortellinger.

Interne flyktninger: Flukten til byene

Etterhvert som den afghansk-sovjetiske krigen ble mer destruktiv, flyktet flokker av interne flyktninger til Kabul og de største provinsielle byene. Variende anslag (ingen autentiske folketellinger ble gjort) satte Kabuls folkemengde til mer enn 2 millioner i slutten av 1980-årene. I mange tilfeller flyktet landsbyboere til Kabul og andre byer for å slå seg sammen med familien eller nære grupper som allerede hadde dannet seg der.
Minst 3, kanskje 4, millioner afghanere var dermed underlagt regjeringens autoritet og dermed utsatt for ADFPs rekruttering eller kobling. Dets største påståtte medlemsantall var 160 000, fra starten på mellom 5 000 og 10 000 rett etter invasjonen. Hvor mange medlemmer som var aktive og engasjerte er uklart, men fristelsen med fordeler som for eksempel mat og drivstoff til beskyttede priser, var grunnleggende for medlemskap for mange. Påstander om antall medlemskap i NFF var i miilioner, men dens kjernetilhengere var for det meste partimedlemmer. Da den ble avskaffet i 1987, forsvant NFF uten videre innflytelse.

Fraksjonalisme

ADFP klarte aldri å kvitte seg med den interne rivaliseringen. Med byrden av opplagte bevis på at Sovjet overså dens politikk, dominerte aktivt de viktigste sektorene i styret og bokstavelig talt drev krigen, kunne ikke ADFP se på seg selv som en politisk kraft før sovjeterne forsvant. I borgerkrigstiden som fulgte, fikk partiet betydelig respekt, men dets interne stridigheter ble verre. 
AFDP var født delt og led en nesten sammenhengende konflikt mellom de to store fraksjonene. Sovjet fremtvang en offentlig våpenhvile på Parcham og Khalq, men rivaliseringen fortsatte med stadige gjenoppblomstringer av fiendtlighet og uenigheter. Parcham nøt den politiske dominansen, mens Khalq ikke kunne nektes taket over hæren gjennom sine høyere offiserer. Det var et ekteskap som var nødvendig for å overleve.
Sosiale, språklige og regionale opphav og forskjellige grader av marxistisk radikalisme hadde drevet fraksjonalismen fra begynnelsen. Da sovjetiske styrker invaderte, stod en 15 år gammel historie av uenigheter, mislikelse, rivalisering, vold og mord bak dem. Hver ny episode førte til stadig mer fremmedgjøring. Hendelser hadde også en tendens til å skape nye undergrupper. Hafizullah Amins mord av Taraki delte Khalqiene. Rivaliserende militære klikker delte Khalqiene enda mer.

Mohammed Najibullah, 1986–1992

Parchamene led en serie splittelser da sovjeterne insisterte på å bytte ut Babrak Karmal med Mohammed Najibullah som leder av ADFP 4. mai 1986. ADFP ble splittet av delingene som hindret iverksettelsen av politikk og satte dens interne sikkerhet i fare. Disse fundamentale svakhetene ble senere delvis skjult av trangen til å samle seg for felles overlevelse i den umiddelbare effekten av den sovjetiske uttrekningen. Men etter militære suksesser begynte igjen riftene å dukke opp. 
Karmal beholdt presidentskapet for en stund, men makten ble overført til Najibullah som tidligere hadde ledet Statens Informasjonstjeneste (Khadamate Ettelaate Dowlati, KHAD), det hemmelige afghanske apparatet. Najibullah forsøkte å minske forskjellene med motstanderne og var beredt til å la islam ha en større rolle så vel som å legalisere motstandsgrupper, men alle forsøk han gjorde mot innrømmelser ble forkastet av mujahedin.
Fraksjonalisme hadde en kritisk virkning på lederskapet av ADFP. Najibullahs forsøk på å mekle mellom fraksjonene, han var en effektiv diplomat, en smart fiende, en ressursfull administrator og en brilliant talsmann som taklet konstant og forandrende uroligheter gjennom sine seks år som regjeringens sjef, kvalifiserte ham som leder blant afghanerne. Hans kvaliteter som leder kan bli oppsummert som pasifiserende autoritet: en sikker sans for makt, hvordan få den, hvordan bruke den, men preget av vilje til å gi muligheter til sine rivaler. Denne kombinasjonen var tydelig manglende i de fleste av hans kolleger og rivaler. 
Najibullah led, i mindre grad, av den samme ulempen som Karmal hadde da han ble innsatt som generalsekretær i ADFP av sovjeterne. Til tross for sovjetisk innblanding og hans egen frustrasjon og mismot over de mislykkede forsøkene på å skape betydelig folkelig støtte, hadde Karmal fremdeles beholdt nok lojalitet innen partiet til å sitte i posten. Dette viste seg i den intensiteten av motstand til oppnevnelsen av Najibullah i Parcham-fraksjonen. Splittelsen fortsatte og tvang Najibullah til å spre sin politikk mellom all Parchami støtte han kunne få og allianser han kunne vinne fra Khalqis.
Najibullahs rykte var av en hemmelig politi-administrator med spesielt effektive evner i å besinne Ghilzai og østlige pashtoer fra motstand. Najibullah var Ghilzai fra den store ahmedzai-stammen. Sovjeternes valg av ham var tydelig i sammenheng til hans suksess i å drive KHAD mer effektivt enn resten av ADR hadde blitt styrt. Hans oppnevnelse var dermed resultatet av indre partipolitikk. Det ble satt i sammenheng med avgjørende endringer i den Sovjetisk-Afghanske krig som til slutt førte til det sovjetiske militærets tilbaketrekning.

Den sovjetiske avgjørelsen om å trekke seg ut, 1986–1988

Sovjet undervurderte grovt den enorme kostnaden av den afghanske kampanjen for deres stat, som har blitt omtalt som «Sovjetunionens Vietnamkrig».
Toppen på kampene kom i 1985–86. De sovjetiske styrkene åpnet sitt største og mest effektive angrep på mujahedins forsyningslinjer i nærheten av Pakistan. Betydelige kampanjer hadde også tvunget mujahedin i dekning i nærheten av Herat og Kandahar. 
Samtidig kom en sterk økning i militær støtte til mujahedin fra USA og Saudi-Arabia, og denne gjorde det mulig for mujahedin å igjen overta initiativet i geriljakrigen. Sent i august 1986 ble de første FIM-92 Stinger bakke-til-luft rakettene brukt med suksess. I nesten ett år ville de hindre effektiv bruk av luftforsvaret for Sovjet og regjeringen i Kabul.
Disse endringene i fremdrift forsterket reservasjonene til den nye regjeringen i Sovjet, ledet av Mikhail Gorbatsjov, til videre eskalering av krigen. Videre eskalering ble sett på som misbruk av Sovjets politiske og militære midler. Slik tvil hadde satt seg fast før beslutningen om å sette inn Mohammed Najibullah. I april 1985, en måned etter at Gorbatsjov overtok makten i Moskva, klarte ikke 1. mai-hilsenen til Kabul-regjeringen å henvise til dens «revolusjonære solidaritet» med ADFP, et signal i marxistisk-leninistisk retorikk at deres forhold var nedjustert. Babrak Karmal foreslo flere måneder senere å inkludere medlemmer i det revolusjonære råd som ikke var partimedlemmer og å arbeide frem en «blandet økonomi.» Disse forsiktige innrømmelsene mot ikke-marxister ble bifalt av Sovjet, men splitting i politikken ble synlig ved den 27. kongressen til kommunistpartiet i Sovjetunionen i februar 1986. Gorbatsjovs «blødende sår»-tale antydet at en beslutning om å trekke seg tilbake «i nærmeste framtid» var på vei. I sin egen tale gjorde Karmal ingen henvisninger til tilbaketrekning. Tidlig i mai ble han skiftet ut med Najibullah.
Najibullah var forpliktet til å nærme seg den gryende sovjetiske posisjonen med stor forsiktighet. Karmals tilhengere kunne bruke alle innrømmelser til ikke-marxister eller bifallelse av sovjetisk tilbaketrekning mot ham. Med bakgrunn i dette beveget han seg i forskjellige retninger, insisterte på at det ikke var plass til ikke-marxister i regjeringen og tilbød bare muligheten i nåde til «banditter» som hadde blitt lurt av mujahedin-ledere til å motsette seg regjeringen. I tillegg til luftangrep og bombing med artilleri over grensa, nådde KHADs terrorist-aktivitet i Pakistan sin topp under Najibullah.  
Sent i 1986 hadde Najibullah stabilisert sin politiske posisjon nok til å begynne å samkjøre seg med Moskvas steg mot tilbaketrekning. I september satte han opp den nasjonale kompromiss-kommisjonen for å kontakte kontrarevolusjonære «med tanke på å fullføre saur-revolusjonen i dens nye fase.» Det er påstått at 40 000 opprørere ble kontaktet. I november ble Karmal skiftet ut som (nå serimonielle) president av Haji Muhammed Samkanai, som ikke var medlem av partiet, og signaliserte ADFPs vilje til å åpne regjeringen for ikke-marxister.
På slutten av 1986 offentliggjorde Najibullah et program for «nasjonal gjenforening». Den tilbød en seks måneders våpenhvile og diskusjoner som skulle lede til en mulig koalisjons-regjering der ADFP ville oppgi sitt regjeringsmonopol. Kontakt skulle tas med «antistatlige væpnede grupper.» Tilknytning av grupper ble foreslått som lot motstandsstyrkene beholde områdene under deres kontroll. 
Mye av substansen i programmet skjedde i realiteten på bakkenivået med desillusjonerte mujahedin-kommandører som godtok å samarbeide som regjeringsmilitser. Mujahedin-lederskapet gjorde retorisk krav på at programmet ikke hadde noen sjanse til å lykkes. For sin del beroliget Najibullah sine tilhengere at det ikke ville bli gjort noen kompromiss over «det en hadde fått gjennomført» gjennom Saur-revolusjonen. Det forble en fjern drøm. Mens et propagrandaforsøk med stor flid ble rettet mot både afghanske flyktninger og pakistanere i Nordvest Grense-provinsen, var programmet et nederlag for Moskvas håp om å fullføre en politisk avtale som kunne gjennomføre deres ønske om å trekke ut styrkene.
Najibullahs konkrete oppnåelse var konsolideringen av hans væpnede styrker, ekspansjon av samarbeidende milits-styrker og en økende andel av bybefolkningens, under hans kontroll, akseptering av hans regjering. Som et propagandaforsøk, lyktes «nasjonal gjenforening» i å vinne tid for å forberede seg på borgerkrig etter at Sovjet trakk seg ut.

Genève-avtalene, 1987–1989

På begynnelsen av 1987 var det kontrollerende fakta i krigen Sovjetunionens bestemthet om å trekke seg ut. Sovjet ville ikke gå tilbake på sine løfter om å la Kabul-regjeringen overleve, Mikhail Gorbatsjov sine muligheter var hindret av det sovjetiske militærets vilje at Kabul ikke skulle forlates. På tross av dette var det sovjetiske lederskapet bestemt på å løse den kalde krigens problemer med Vesten og interne reformer var mye viktigere enn skjebnen til Kabul-regjeringen.
Andre hendelser utenfor Afghanistan, særlig i Sovjetunionen, bidro til enigheten. Prisen i falne og skadde, økonomiske ressurser og tapet av støtte hjemme som en merket mer og mer hjemme i Sovjet, sørget for kritikk av okkupasjonspolitikken. Leonid Bresjnev døde i 1982, og etter at to etterfølgere døde etter kort tid, overtok Gorbatsjov lederskapet i mars 1985. Ettersom Gorbatsjov åpnet opp landets system, ble det stadig klarere at Sovjetunionen ønsket å finne en vei å trekke seg ut av Afghanistan og samtidig redde ansiktet.
Borgerkrigen i Afghanistan var geriljakrig og en utmattelseskrig mellom regjeringen og mujahedin. Den kostet begge sider mye. Mange afghanere, kanskje så mange som fem millioner, eller en fjerdedel av landets befolkning, flyktet til Pakistan og Iran hvor de organiserte seg i geriljagrupper for å slå tilbake mot Sovjetunionen og regjeringsstyrker inne i Afghanistan. Andre forble i Afghanistan og dannet også kampgrupper. Kanskje den mest nevneverdige ble ledet av Ahmed Shah Massoud i den nordøstre delen av Afghanistan. Disse forskjellige gruppene ble støttet med midler til å kjøpe våpen, først og fremst fra USA, Saudi-Arabia, Folkerepublikken Kina og Egypt. Til tross for høye tap på begge sider fortsatte presset å stige på Sovjetunionen, særlig etter at USA sendte inn FIM-92 Stinger luftvern-raketter som reduserte i betydelig grad effektiviteten til den sovjetiske luftstøtten. 
En formel var beleilig klar og tilgjengelig for å minimere ydmykelsen av å snu politisk i en sak hvor enorme politiske, materielle og menneskelige ressurser ble investert. I 1982 hadde FN, under vingene til generalsekretærens kontor, satt i gang forhandlinger rundt Sovjets tilbaketrekning fra Afghanistan. Det grunnleggende formatet hadde en blitt enig om i løpet av 1985. Det var produktet av indirekte forhandlinger mellom ADR og Pakistan (Pakistan anerkjente ikke ADR) med hjelp av generalsekretærens spesialrepresentant, Diego Cordovez. USA og Sovjetunionen hadde bundet seg til å garantere gjennomføringen av en avtale som førte til tilbaketrekning.
Både formatet og substansen av avtalen var lagt for å kunne aksepteres av både Sovjet og ADR. Klausulene inkluderte anerkjennelse av Afghanistan og dets rettigheter til selv å bestemme, dets rett til å være fri fra intervensjoner og innblandinger og retten til dets flyktninger til en sikker og ærerik tilbakevending. Men i kjernen lå en avtale som ble nådd i mai 1988 som autoriserte tilbaketrekningen av «utenlandske tropper» ifølge en tidsplan som ville fjerne alle sovjetiske styrker i løpet av 15. februar 1989.
Forhandlingene kom i stand etter initiativ av Moskva og Kabul i 1981. De hadde påstått at sovjetiske styrker hadde gått inn i Afghanistan for å beskytte det fra utenlandske styrker som skulle intervenere på opprørenes side i et forsøk på å styrte DRA. Logikken av Genève-avtalene var basert på denne påstanden, dvs at når denne trusselen om fremmed intervensjon forsvant, ville Sovjet trekke seg tilbake. Av denne grunn var en bilateral avtale mellom Pakistan som aktivt støttet motstanden, og DRA skulle hindre intervensjon og innblanding mellom dem, essensiell. 
Med nøyaktige detaljer var begge parter enige om å avslutte alle tiltak som kunne på noe vis ha effekt på suvereniteten eller sikkerheten til den andre. Avtalen skulle hindre mennesker i eksil og flyktninger fra å gi uttalelser som hans/hennes regjering kunne bruke som et bidrag til uro innen dets territorium. Den bilaterale avtalen mellom Afghanistan og Pakistan på prinsippene om ikke-innblanding og ikke-intervensjon ble signert 14. april 1988.
Avtalene sørget for tilbaketrekningen av en tidligere supermakt på en måte som rettferdiggjorde en invasjon. De eksemplifiserte den delikate FN-diplomatien når interessene til en stormakt er truet. Kort sagt var avtalene en politisk redningsvei for en regjering som kjempet med konsekvensene av en kostbar tabbe. FN kunne ikke insistere på beskyldningene om nasjonal skyld var relevant i forhandlingene. I Afghanistans tilfelle insisterte Sovjet på sine diplomatiske premisser akkurat som USA gjorde på en annen måte i forhold til Vietnam. 
Avtalen om tilbaketrekning holdt, og den 15. februar 1989, trakk de siste sovjetiske troppene etter skjema seg ut fra Afghanistan. Med dem borte, riktignok, var det derimot ikke klart for en varig fred.

Fredsforsøkene mislykkes

Forhandlingene brakte ikke fred til Afghanistan. Det var små forventninger blant dets fiender og Sovjetunionen at Kabul-regjeringen ville overleve. Den nektet å kollapse, som førte til en tre-årsperiode med borgerkrig.
Genève-prosessen klarte ikke å hindre videre ødeleggelser som en politisk løsning kunne ha hindret eller begrenset. Den slo feil delvis fordi Genève-prosessen hindret deltakelse av den afghanske motstandsbevegelsen. DRA okkuperte Afghanistans sete i FN. Nektet anerkjennelse motsatte motstandslederne den sentrale rolle som DRA fikk spille i Genève. Da FN-representanten Diego Cordovez gikk til mujahedin-partiene for å diskutere en mulig politisk avtale i februar 1988, mer enn fem år etter at forhandlingene startet, var de ikke interessert. Deres bitterhet ville sveve over utallige forsøk på å finne en politisk løsning.
Betydelig diplomatisk energi ble brukt gjennom 1987 på å finne politiske kompromiss som ville ende kampene før Sovjet trakk seg ut. Mens Pakistan, Sovjet og DRA kranglet over tidsaspektet ved Sovjets tilbaketrekning, arbeidet Cordovez med et utkast for en afghansk regjering som kunne gjenforene de stridende parter. Dette utkastet involverte Mohammed Zahir Shah, og ved forlengelse, de ledende medlemmene av den tidligere regjeringen, derav de fleste medlemmene var i eksil. Denne tilnærmingen trengte også et møte i loya jirga-tradisjon som representerte alle afghanske ledende personer og samfunn. Dette for å nå en samlet enighet på hvordan det fremtidige styret skulle være. Jirgaen skulle også velge en liten gruppe med respekterte ledere for å fungere som en overgangsregjering i stedet for Kabul-regjeringen og mujahedin. I løpet av overgangen skulle en ny grunnlov bli satt sammen og valg skulle lede til innsettelsen av en folkelig akseptert regjering. Denne pakken dukket stadig opp i modifiserte former gjennom borgerkrigen som fulgte. Foreslåtte roller for kongen og hans tilhengere gikk inn og ut av dette utkastet, til tross for hard motstand fra de fleste mujahedin-lederne.
Fredsutsiktene feilet fordi det ikke ble oppnådd noen troverdig enighet. I midten av 1987 merket motstandsstyrkene at de var i ferd med å oppnå en militær seier. De hadde slått tilbake det som viste seg å være den siste rekken med betydelige sovjetiske offensiver. Stinger-rakettene hadde fremdeles en avskrekkende effekt og de mottok en ubegrenset mengde med assistanse utenfra. Nederlag for Kabul-regjeringen var deres løsning for fred. Denne sikkerheten, skjerpet av deres mistro til FN, nesten garanterte deres avslag på politiske kompromiss.

Pakistans forsøk på en politisk løsning, 1987–1988

Pakistan var den eneste hovedaktøren som kunne overbevise mujahedin om noe annet. Dets nære forhold med partiene det var verter for hadde formet deres krig og politikk. Deres avhengighet av Pakistans våpen, trening, finansiering og godkjennelse hadde vært nesten total. Men innen 1987 hadde Pakistans utenrikspolitikk blitt fragmentert. Utenriksministeren arbeidet med Diego Cordovez for å skape et formular for en «nøytral» regjering. President Zia-ul-Haq var fast bestemt på at en politisk løsning som gav mujahedin fordelen var essensiell og arbeidet hardt for å overbevise USA og Sovjetunionen. Riaz Muhammed Khan argumenterer at uenighet innen militæret og med Zias økende uavhengige statsminister, Muhammed Khan Junejo, bøyde av Zias forsøk. Da Mikhail Gorbatsjov annonserte en sovjetisk tilbaketrekning uten en fredsavtale på sitt Washington, D.C. møte med president Reagan 10. desember 1987, var muligheten for en politisk løsning tapt. Alle hovedaktørene var etter dette opptatt av å fullføre Genève-prosessen.
Til slutt var sovjeterne fornøyd med å overlate mulighetene for gjenforening til Najibullah og å støtte ham med mengder av materiell støtte. Han gjorde et utvidet gjenforeningsforsøk mot motstandsbevegelsen i juli 1987 som inkluderte 20 seter i statsrådet (tidligere revolusjonsrådet), tolv ministerium og en mulig statsministerpost samt Afghanistans status som en islamsk nøytral stat. Militæret, politiet og sikkerhetsmakten ble ikke nevnt. Forslaget var likevel for lett for hva selv de moderate mujahedin-partier kunne godta.
Najibullah reorganiserte så sin regjering for å møte mujahedin alene. En ny grunnlov ble innført i november 1987. Landets navn ble forandret tilbake til Republikken Afghanistan, statsrådet ble skiftet ut med en nasjonalforsamling der «progressive partier» kunne konkurrere om plassene. Mir Hussein Sharq, en uavhengig politiker, ble innsatt som statsminister. Najibullahs presidentskap ble gitt makt og lengde som Charles de Gaulle i Frankrike. Han ble valgt umiddelbart for en syvårsperiode. På papiret virket det afghanske styret mye mer demokratisk enn Mohammed Daoud Khan hadde etterlatt det, men dets folkelige støtte forble det store spørsmålet.

Stillstand: Borgerkrigen, 1989–1992

Sovjetunionen forlot Afghanistan midt på vinteren med antydninger til panikk blant Kabul-tjenestemenn. Erfaringer hadde overbevist sovjetiske tjenestemenn at regjeringen var for fraksjonsdelt til å overleve. Pakistanske og amerikanske tjenestemenn forventet en rask mujahedin-seier. Det var ventet at motstandsbevegelsen ville angripe provinsielle tettsteder og byer og til slutt Kabul, dersom nødvendig. Den første som falt kunne føre til en dominoeffekt som ville kaste regjeringen.
Innen tre måneder ble disse forventningene gjort til skamme ved Jalalabad. Et innledende angrep brøt gjennom byens forsvar og nådde flyplassen. Et motangrep støttet av artilleri og jagerfly drev mujahedin tilbake. Ukoordinerte angrep på byen fra andre retninger slo feil. Den livsviktige forsyningsveien til garnisonen fra Kabul ble gjenåpnet. I mai 1989 var det klart at Kabuls styrker i Jalalabad holdt.
Mujahedin var rystet av dette nederlaget. Det avslørte deres manglende evne til å koordinere taktiske bevegelser eller logistikk eller til å opprettholde politisk samarbeid. I løpet av de neste tre årene, var de ikke i stand til å overvinne disse begrensningene. Bare et betydelig provinsielt administrasjonssenter, Taloqan, ble erobret og holdt. Mujahedins posisjon i nordøst og rundt Herat ble styrket, men deres manglende evne til å samle store styrker for å overvinne en moderne armé med viljen til å kjempe fra nedgravde posisjoner var klar. En dødelig utveksling av mellomdistanse-raketter ble den primære kampformen, noe som skapte bitterhet blant bybefolkningene og la flere hindre i veien for millioner av flyktninger som ønsket å reise hjem.
Seieren ved Jalalabad var en moralsk vitamininnsprøytning for Kabul-regjeringen. Hæren viste seg å være i stand til å kjempe effektivt ved siden av de herdede sovjetisk-trente spesialstyrkene. Desertering avtok dramatisk da det ble tydelig at motstandsbevegelsen var i villrede uten noen muligheter for en rask seier. Forandringen i stemningen gjorde rekruttering av milits-styrker mye enklere. Så mange som 30 000 soldater ble satt til forsvaret av Herat alene. 
Rett etter sovjeternes tilbaketog, trakk Najibullah vekk fasaden av delt regjeringsansvar. Han erklærte en unntakstilstand, fjernet Shaq og andre ministere som ikke var medlem av partiet fra kabinettet. Sovjetunionen svarte med en strøm av militære og økonomiske forsyninger. Nok mat og drivstoff ble gjort tilgjengelig for de neste to vanskelige vintrene. Mye av det militære utstyret som tilhørte sovjetiske enheter som evakuerte Øst-Europa ble sendt til Afghanistan. Kabuls luftforsvar var sikret nok forsyninger og hadde utviklet strategier som minimaliserte farene fra Stinger-rakettene. Luftforsvaret hindret nå masseangrep mot byene. Mellomdistanse-raketter, spesielt scud-raketten, var særlig vellykket i forsvaret av Jalalabad, skutt fra Kabul, 145 km unna. En nådde forstedene til Pakistans hovedstad, Islamabad, mer enn 400 km unna. Sovjetisk støtte nådde en verdi av 3 milliarder dollar i året i 1990. Kabul hadde klart å oppnå stillstand som avslørte mujahedins svakheter, politisk og militært.

Sovjetunionens sammenbrudd, 1991

Med den kommunistiske harde kjernes mislykkede forsøk på å ta over det sovjetiske regjeringen i august 1991, mistet Mohammed Najibullahs tilhengere i den sovjetiske hæren deres makt til å diktere politikken i Afghanistan. Effekten kom umiddelbart. 13. september ble den sovjetiske regjeringen, nå dominert av Boris Jeltsin, enig med USA på en avtale om å kutte militær hjelp på begge sider i den afghanske borgerkrigen. Avtalen skulle iverksettes 1. januar 1992. 
Sovjet-regjeringen etter kuppforsøket forsøkte så å skape politiske relasjoner med den afghanske motstandsbevegelse. I midten av november inviterte den en delegasjon fra motstandsbevegelsens Interimregjeringen i Afghanistan (IA) til Moskva der sovjeterne godtok at en overgangsregjering skulle forberede Afghanistan for nasjonale valg.Sovjeterne insisterte ikke på at Najibullah eller hans kolleger skulle delta i overgangsprosessen. Etter å ha blitt kuttet løs både materielt og politisk, begynte Najibullahs fraksjonspregede regjering å falle sammen.
I løpet av de nesten tre årene som Kabul-regjeringen med suksess hadde forsvart seg mot mujahedin-angrep, hadde fraksjoner innen regjeringen også utviklet kvasi-konspirasjonelle forbindelser med motstanden. Selv i løpet av Sovjets krig hadde Kabuls tjenestemenn arrangert våpenhviler, nøytrale soner, gjennomgang på motorveier og til og med pass som lot ubevæpnede mujahedin gå inn i tettsteder og byer. Ettersom borgerkrigen utviklet seg til stillstand i 1989, ble slike avtaler sementert som politiske forståelser. Kamper stoppet nesten opp rundt Kandahar fordi de fleste mujahedin-kommandørene hadde en forståelse med dens provinsielle guvernør. Ahmed Shah Massoud utviklet en avtale med Kabul om å holde den viktige nord-sør-motorveien åpen etter at sovjeterne trakk seg ut. Den største mujahedin-seieren i løpet av borgerkrigen, var erobringen av Khost og ble oppnådd gjennom kollaborasjon med garnisonen. I mars 1990 samarbeidet Gulbuddin Hekmatyar med et kuppforsøk av Khalqieren og forsvarsministeren Shah Nawaz Tanai. Hekmatyars styrker skulle angripe Kabul samtidig. Plottet mislyktes på grunn av feilaktige kommunikasjoner. Tanai unnslapp med helikopter til Pakistan der han ble tatt vell i mot og offentlig akseptert som en alliert av Hekmatyar. 
Samarbeid med motstandere ble en viktig del av Najibullahs forsvarsstrategi. Mange mujahedingrupper ble bokstavelig talt betalt vekk med våpen, forsyninger og penger for å bli militser som beskyttet tettsteder, veier og installasjoner. Slike avtaler hadde faren med at det kunne slå tilbake. Da Najibullahs politiske støtte opphørte og pengene forsvant, smuldret også disse alliansene vekk.

Kabuls fall, april 1992

Kabul falt til slutt til mujahedin fordi fraksjonene i regjeringen til slutt gikk fra hverandre. Hæren hadde, inntil den ble demoralisert av avhoppningene til dens øverste offiserer, oppnådd en grad av effektivitet som den ikke hadde oppnådd under direkte sovjetisk veiledning. Det var et klassisk tilfelle av tap av moral. Regimet kollapset mens det fremdeles hadde et materielt overtak. Dets lagre av ammunisjon og fly ville gi de seirende mujahedin med det de trengte for å føre en svært ødeleggende krig. Kabul hadde lite drivstoff og mat på slutten av vinteren i 1992, men dets militære enheter var godt nok forsynt til å kjempe i ubestemmelig tid. De kjempet ikke fordi deres ledere flyktet for å overleve. Deres hjelp hadde ikke bare blitt kuttet, den marxist-leninistiske ideologien som hadde lagt grunnlaget for regjeringen hadde blitt rykket opp ved roten.
Noen dager etter at det var klart at Mohammed Najibullah hadde mistet kontrollen, avtalte hans armékommandører og lokale ledere i hele landet å gi over styringen til motstandsbevegelsen. Felles styrer eller shuras ble med en gang satt opp for lokal styring der både sivile og militære tjenestemenn fra den tidligere styresmakten vanligvis ble inkludert. Rapporter tyder på at prosessen var stort sett gjennomført på vennskapelig vis. I mange tidlige tilfeller hadde organiseringen for overføring av regional og lokal autoritet skjedd mellom fiender.
Disse lokale organiseringene forble på plass i store deler av Afghanistan inntil 1995. Forstyrrelser skjedde der lokale politiske organiseringer ble knyttet til kampen som oppstod mellom forskjellige mujahedin-parti. På nasjonalt nivå var et politisk vakuum skapt, inn i dette falt partier i eksil i deres hast for å ta kontroll. Fiendskapet, ambisjonene, stoltheten og dogmene som hadde lammet deres skyggeregjering viste seg å være enda mer katastrofal i deres kamp om makt. Karakteristikkene de brakte med seg hadde blitt forsterket i kampen for å bli foretrukket i Peshawar.
De hemmelige forståelsene mellom militære ledere rev snart ned Kabul-regjeringen. I midten av januar 1992, innen tre uker etter avviklingen av Sovjetunionen, ble Ahmed Shah Massoud klar over konflikt innen regjeringen nordre kommando. General Abdul Momin som hadde ansvaret av Hairatan grenseovergang ved den nordre enden av Kabuls forsyningsvei, og andre ikke-pashto generaler basert i Mazar-e Sharif, fryktet fjerningen av Najibullah og å bli erstattet av pashto offiserer. Generalene gjorde opprør og situasjonen ble tatt kontroll over av Abdul Rashid Dostum, som hadde general-grad som sjef for Jozjani-militsen som også hadde base i Mazar-e Sharif. Han og Massoud nådde en politisk avtale, sammen med enda en betydelig milits-leder, Sayyid Mansor fra ismaili-samfunnet basert i Baghlan-provinsen. Disse nordlige allierte konsoliderte sin posisjon i Mazar-e Sharif den 21. mars. Deres koalisjon dekket ni provinser i nord og nordøst. Ettersom uroen innen regjeringen i Kabul utbviklet seg, var der ingen regjeringsstyrker mellom de nordlige allierte og den viktige flybasen ved Bagram, 70 km nord for Kabul. I midten av april hadde luftforsvarets ledelse ved Begram kapitulert til Massoud. Kabul var forsvarsløs, hæren var ikke lenger til å stole på.
Najibullah hadde mistet intern kontroll med en gang etter at han 18. mars offentliggjorde sin vilje til å trekke seg for å gjøre plass for en interimregjering. Ettersom regjeringen brakk i flere fraksjoner hadde saken blitt om hvordan maktoverføringen skulle skje. Najibullah forsøkte å flykte ut av Kabul 17. april, men ble stoppet av Dostums tropper som kontrollerte Kabul flyplass under kommandoen til Babrak Karmals bror, Mahmud Baryalai. Hevnaksjoner mellom Parcham-fraksjoner ble gjennomført. Najibullah søkte tilflukt ved FN-stasjonen der han forble til 1996. En gruppe Parcham-generaler og tjenestemenn erklærte seg som interimregjeringen for å overføre makten til mujahedin.
I mer enn en uke forble Massoud passiv og unnlot å flytte sine styrker inn i hovedstaden. Han ventet på ankomsten av det politiske lederskapet fra Peshawar. Partiene hadde plutselig den suverene makten i sine hender, men ingen planer for å utføre den. Med sin hovedkommandør klar til å okkupere Kabul, var Burhanuddin Rabbani i posisjon til å overta. I mens forsøkte FN å finne en politisk løsning som sikret en måte å overføre makten på som var akseptabel for alle sider.

FNs politiske kompromiss

Benan Sevan, Diego Cordovez etterfølger som representant for generalsekretæren i FN, forsøkte å innføre et politisk formular som ble offentliggjort av FNs generalsekretær Javier Pérez de Cuéllar 21. mai 1991. Henvist til som en fempunktsplan, inkluderte den anerkjennelse av Afghanistans suverene status som en politisk islamsk stat, innrømmelser av afghanernes rett til selvbestemmelse i å velge deres regjeringsform samt sosialt og økonomisk system, behov for en overgangsperiode som tillater en dialog mellom afghanere som skal lede til etableringen av en styresmakt med bred støtte, avslutningen av våpenleveringer inn i Afghanistan og finansiering fra det internasjonale samfunnet som er stor nok til å støtte hjemkomsten til Afghanistans flyktninger og gjenoppbygningen fra ødeleggelsene pga krig.
Disse prinsippene ble satt i verk av Sovjetunionen, USA og Afghanistans naboregjeringer, men der var ingen militære midler til å gjennomføre dem. De tre moderate Peshwar-partiene godtok dem, men de møtte motstand fra Gulbuddin Hekmatyar, Burhanuddin Rabbani, Rasool Sayyaf og Mawlawi Yunis Khalis som stod foran seieren over Kabul-regjeringen.
De fire «fundamentalistene» fant det lurt å delta i forsøket på å iverksette FN-initiativet. Press fra deres utenlandske tilhengere og mulighetene som deltakelse for å modifisere eller sette seg imot planen støttet dem til å være nølende deltakere. Pakistan og Iran arbeidet sammen for å vinne mujahedins støtte på en konferanse i juli 1991. Pakistan indikerte mujahedins formelle akseptering av planene og erklærte offisielt avslutningen av sin egen militære støtte til motstandsbevegelsen sent i januar 1992. Najibullah aksepterte også, men inntil 18. mars 1992 dro han ut spørsmålet om og når han ville trekke seg i henhold til forhandlinger. 
Sevan gjorde seriøse forsøk på å skape mekanismer for dialog som kunne lede til innsettelsen av overgangsprosessen i henhold til punkt tre i planen. Den tilpassede organiseringen var finere og enklere enn tidligere planer som hadde blitt bygget rundt mulig deltakelse av Mohammed Zahir Shah og sammenkallingen av et møte i loya jirga-tradisjon. I løpet av mars 1992 hadde planen utviklet seg til et møte i Europa sent på våren av rundt 150 respekterte afghanere som representerte alle samfunn. De fleste av Sevans forsøk på å vinne samarbeidet til alle de afghanske lederne, inkludert sjia-partiene som hadde kontrollen i Hazarajat. Tidlig i februar virket det som om han hadde vunnet den aktive støtten til kommandørene blant pashtoene i det østlige Afghanistan og deltakelse fra Rabbani og Hekmatyar i den grad at de sendte lister av deltakere som var akseptable for dem til det foreslåtte møtet. Samtidig arbeodet Sevan for å overbevise Najibullah til å tre tilbake på den antagelsen at når han var borte, ville dette føre til full mujahedin-deltakelse. I stedet akselererte Najibullahs offentliggjøring 18. mars kollapsen av styresmaktene. Denne kollapsen utløste igjen hendelser som beveget seg raskere enn Sevans plan kunne iverksettes.
I midten av hektisk manøvrering for å sette sammen det europeiske møtet, deklarerte Sevan 4. april at de fleste partene (inkludert Hekmatyars) og Kabul-regjeringen hadde blitt enige om å overføre til en overgangsautoritet. Han annonserte også opprettelsen av et «før-overgangsråd» til å ta kontroll over styret «kanskje innen de neste to ukene.» Han kjempet for å holde følge med begivenhetene som truet å ødelegge regjeringen før han hadde klart å erstatte den.
På slutten blokkerte noen av shia-partene og islamistene i Peshawar hans plan. De holdt tilbake deres valg eller sendte kandidater til det europeiske møtet som de visste ville være uakseptable for andre. Håpet om en nøytral, grundig tilnærming til en politisk avtale blant afghanere døde. Sevan arbeidet så for å sikre en fredelig maktoverføring fra interimregjeringen i Kabul som erstattet Najibullah 18. april til styrkene til Ahmed Shah Massoud og Abdul Rashid Dostum. Effekten ble at maktoverføringen var fredelig, men uten en enstydig politisk avtale som basis. Innen en uke startet en ny borgerkrig blant seierherrene da tiden til Den Islamske staten Afghanistan startet.