Køge kirke

Kalkmalerier

Det er kun bevart to kalkmalerier i Sankt Nicolai kirke; de er til gjengjeld store. Det eldste er fra ca. 1500 og viser Jesus med glorie rundt hodet og høyre hånd løftet til velsignelse. Det er malt på tredje arkadesøyle fra vest i søndre sideskip.  
Motivet er også kjent fra St. Bendts kirke i Ringsted.
Det andre kalkmaleriet er datert til ca. 1550 og viser apostelen Paulus. Dette er et sjeldent motiv i danske kirker i denne perioden.

Prekestol

Kirkens indre preges av et utsøkt renessanseinventar som gjenspeiler Køges betydning og storhetstid på 1600-tallet. 
Prekestolen er et verk fra 1624 av snekkermester Hans Holst og er utført i ek. Årstallet står på ryggskjoldet sammen med Christian IVs navnetrekk. 
Selve hovedfeltet har fremstillinger av Kristi fødsel, korsfestelsen, gravleggingen, oppstandelsen, himmelfarten, Kristus som kommer tilbake for å dømme levende og døde og en engel som tar de frelste til himmelen samtidig som en djevel får med seg de fortapte til helvete.
I sidefeltene vises Moses og døperen Johannes.
Lydhimmelen er formet som et spir og har tre etasjer. På første etasje vises scenen hvor Johannes døperen døper Jesus og en due svever over dem. I etasjen over er Jesus med rikseple og septer. Helt i toppen står det en figur på en kule av lindetre. Figuren har hodet bøyd. Selve kulen er satt fast i en treplate og på denne har Hans Holst risset inn navnet sitt.
Kunstneren har tatt med seg selv blant alle figurene på prekestolen; rett under fremspringet på postamentet er en figur med skjegg og dette er antatt å være Hans Holst.

Altertavle

Altertavlen kommer fra Lorentz Jørgensens verksted i Holbæk og er fra 1652. I midtpartiet sees nattverden med Jesus og disiplene rundt bordet. I forgrunnen sitter Judas med sølvpengene i en pose.  Den venstre delen av midtstykket viser korsfestelsen og den høyre gravleggingen. 
Altertavlen bærer Frederik IIIs kronede monogram i toppen.

Døpefont

Døpefonten er utført i sort marmor med rød porfyr under kummen. Fonten er fra 1613 og ble gitt til kirken av borgermester Claus Olufsen Bagger og hans ektefelle som et minne over freden etter Kalmarkrigen. Rundt den åttekantete kummen er det en forgylt inskripsjon på latin som lyder:
«I from og takknemlig erindring, fordi Gud har bevart vår beste, største og mildeste konge, Christian IV fri for uendelige og overhengende farer under den grusomme krig mellom dansker og svensker, og fordi han har skjenket oss en høyst ønskelig fred, etter at svenskenes sterkt befestede borger i Kalmer, Elsborg, Gulborg og Borgholm var beseiret, lot Niels Bagger med sin hustru Bodil dette arbeide utføre og forferdige år 1613. Psalme 71, v.1,5,9» 
Dåpsfatet er av sølv og er datert til 1635. Også dette er en gave fra en av byens borgermestere. Fatet veier over fire kilo og er laget i Nürnberg. I bunnen er et motiv som viser Johannes døperen og Jesus.

Kirkebenkene

Kirkebenkenes historie strekker seg fra ca. 1500 til langt inn på 1600-tallet. En del av dem er imidlertid fra en stor bestilling på 104 benker som skulle være ferdig til kirkens 300-årsjubileum i oktober 1634. Det var lokale snekkere som sto for arbeidet med benkene, bl. annet Jochum Holst, bror av Hans Holst. 
Kirkebenkene er spesielle og har en kararkteristisk utsmykking med englehoder på ornamentgavlene. Borgere av byen som hadde råd til det, kunne enten leie eller kjøpe en benk og få den utstyrt med sitt eget bumerke eller et messingskilt med navn el.lign.

Orgeler

Kirken har to orgeler og et sangerpulpitur. Hovedorgelet er et Marcussen & Søn-orgel med 38 stemmer bygget i 1968. Kororgelet er også fra Marcussen & Søn og er fra 1999.
Sangerpulpituret er fra 1586; årstallet er påført. Det er etter all sannsynlighet utført av Henrik Reinike fra Køge.

Votivskip

Sankt Nikolai kirke har 4 votivskip. «Christianus Quintus» er en modell av Niels Juels admiralsskip og ble gitt i gave til kirken i forbindelse med 300-års markeringen av slaget ved Køge bukt i 1677. Modellen er fra 1977 og var en gave fra Køge Marineforening.
«Dannebroge»; modell av Iver Huitfeldts skip. Under kamper med svenskene i Køge bukt i 1710 sprang skipet i luften. Modellen er laget av E. Franch i 1985 og ble gitt som gave til kirken samme år av Køge Marineforening. 
«ELSE», bygget og gitt til kirken av styrmann Anders Martin Erichsen.
Navnløs brigg bygget og gitt til kirken av tobakksfabrikant Chr. Møller.

Epitafier

De tallrike gravstenene i gulvet er det største antall bevarte borgerlige gravminner i Danmark. I tillegg har kirken 14 epitafier.
På et epitafium fra rundt 1599 ser man borgermester Rasmus Sørensen Brochmand (født 1537, død 1599) og hans to ektefeller; (Kirsten Ibsdatter død 1579 og Bodil Jacobsdatter død 1619 samt deres 11 barn. Den ene av guttene er Jesper Brochmand, som i 1648 ble biskop over Sjællands stift.
Et av epitafiene er fra rundt 1633 og viser Christen Lauridsen Glob (født 1581, død 1633) sammen med sine fire ektefeller Karin Hofmann, Johanne Hansdatter Resen, Bodil Jensdatter og Margrethe Braem og deres barn. Også familiens to avdøde barn er med på epitafiet avbildet i liktøy.
Christen Lauridsen Glob var sogneprest i Sankt Nikolai kirke.