Holocaust

Etymologi og skriveformer

Betegnelsen «holocaust» kommer fra det greske ordet «holókauston», som betyr dyreoffer gitt til en gud og der hele («holo») dyret er fullstendig brent («kaustos»). Dets latinske form (holocaustum) ble først brukt med spesifikk referanse til en massakre på jøder av kronikøren Roger av Howde og Richard av Devizes i 1190-årene.
I hundrevis av år ble ordet holocaust brukt på engelsk til å bety store ofre, slakt og massakre. Det har vært og blir også brukt (i tråd med ordets opprinnelige betydning) om katastrofebranner som Peshtigo-brannen, hvor hundrevis av mennesker bokstavelig talt ble til aske som ble spredt med vinden. I løpet av andre verdenskrig ble ordet brukt om nasjonalsosialismens grusomheter uansett om ofrene var jøder eller ei. Siden 1960-tallet har begrepet blitt brukt av noen fagfolk og forfattere utelukkende om forsøket på å utrydde jødene. Men også uttrykk som Sigøynernes Holocaust og homofiles holocaust er i bruk om nasjonalsosialistenes forsøk på å utrydde dem.
Begrepet gikk inn i vanlig bruk etter 1978 da TV-serien Holocaust ble sendt på den amerikanske TV-kanalen NBC. Serien viste at emnet hadde stor offentlig interesse så vel som at den ble leverandør av en begrepsbruk som har gått inn i de aller fleste språk. 
Det bibelske ordet shoah (שואה) (også stavet sho'ah og shoa), som betyr «katastrofen», ble standard hebraisk benevnelse for holocaust fra 1940-tallet av Shoah foretrekkes fremfor «holocaust» av mange grunner, deriblant den teologiske betydningen av ordet som refererer til greske hedenske skikker.
I skriftlig form brukes både Holocaust med stor forbokstav og holocaust med liten forbokstav for å karakterisere nasjonalsosialistenes massakre/massedrap på jøder. Respekt for hendelsene gjør at mange mener at navnet bør skrives med stor forbokstav. Språkrådet anbefaler liten forbokstav, etter generelle retningslinjer for navn på historiske hendelser.

Bakgrunn

Yehuda Bauer, Raul Hilberg og Lucy Dawidowicz skriver at fra middelalderen av, var de tyske samfunn gjennomsyret av antisemittisme og at det var en direkte forbindelse mellom middelalderens pogromer og de nasjonalsosialistiske dødsleirene. Hans Küng har skrevet at «nazistisk anti-judaisme var skapt av gudløse anti-kristne kriminelle. Men den ville ikke vært mulig uten nesten to tusen års forhistorie av «kristen» anti-judaisme...»

Jødenes situasjon i mellomkrigstiden

Etter første verdenskrig gikk imperiene Russland og Østerrike og til dels Tyskland i oppløsning, der særlig Russland ble satt økonomisk tilbake. Tidligere russiske områder i vest ble etter revolusjonen til en serie nye stater (Finland, Polen, Estland, Latvia, Litauen) eller ble overført til nabolandene (Bessarabia, Bukovina). Østerrike og Ungarn sto igjen som relativt små land. Sentralt i Europa ble Tsjekkoslovakia dannet, og på Balkan ble den nye staten Jugoslavia dannet. Med unntak av Sovjetunionen var alle de nye staten demokratiske. Paristraktaten garanterte minoritetenes rettigheter i de nye landene. Det var omkring 10 millioner jøder i Europa i mellomkrigstiden, over halvparten i Polen og Sovjetunionen. I Øst-Europa arbeidet jødiske borgere i hovedsak innenfor småhandel og håndtverk, men gikk etter hvert inn i akademiske yrker da de fikk anledning til å ta utdanning. I Polen, Romania, Ungarn og de baltiske landene ble jødene hindret fra å arbeide i offentlig sektor, mens det i Sovjetunionen var slutt på tsartidens diskriminering og mange jøder søkte seg til offentlig tjeneste. Sekularisering av jødisk utdanning begynte midt på 1800-tallet i Vest-Europa og tidlig på 1900-tallet i Øst-Europa. I Polen og Sovjetunionen var hebraisk eller jiddisch det vanlige undervisningsspråket for jødiske barn.

Russland og Sovjetunionen

Jødene i tsarens Russland ble diskriminert på alle områder. De hadde lenge vært tvunget til bo i et bestemt område vest i imperiet. De fikk heller ikke bo i byene, var utelukket fra visse yrker og fra deler av utdanningssystemet. Jødene ble presset sammen i landsbyer, shetl, og hadde ofte småhandel og håndverk som eneste yrkesmuligheter. I 1804 fikk jødene lov til å bosette seg i det sørlige Ukraina langs Svartehavet og på Krim - områder som på 1700-tallet var erobret fra det osmanske riket. Odessa fikk etter hvert et stort jødisk samfunn. Tsaren annekterte i 1812 Bessarabia og lot jøder bosette seg der. Pogromer og diskriminering gjorde at om lag 1,85 millioner jøder forlot Russland fra 1880 til første verdenskrig. Ved utbruddet av første verdenskrig var det 5,2 millioner jøder i det russiske imperiet. Begrensingen i geografisk bosetting ble delvis oppløst under første verdenskrig på grunn av krigshandlingene der og etter revolusjonen i 1917 ble diskrimineringen fra tsartiden opphevet. Frigjøringen av jødene førte til økende integrasjon eller assimilering for eksempel ved at stadig færre, særlig i storbyene, regnet jiddisch som sitt morsmål. Jødene fikk anledning til å ta høyere utdanning og i Ukraina og Hviterussland var i 1939 halvparten eller mer av leger, tannleger og farmasøyter jøder. Fra å være en marginalisert del av befolkningen under tsaren, ble jødene i Sovjetunionen trukket inn i samfunnslivet på linje med andre. De sovjetiske myndighetene drev i mellomkrigstiden aktive tiltak mot antisemittisme. Myndighetene drev også kampanjer mot religion ved blant annet å stenge synagoger og etterlot rabbinerne uten rettigheter og levebrød.

Polen

Polen var del av tsarens Russland til første verdenskrig og de jødiske innbyggerne der underlagt restriksjoner. Ved siste folketelling før andre verdenskrig var 3,1 millioner av Polens borgere jøder og utgjorde 10 % av befolkningen. De fleste jødisk polakkene bodde i byer og utgjorde enkelte steder flertallet. Polen var før krigen et multietnisk land der etnisk polske utgjorde omtrent to tredjedeler av innbyggerne (andre store etniske grupper var jøder, tyske, ukrainere og hviterussere) og etnisk polske var i mindretall i de østlige områdene. Etter først verdenskrig da Polen ble løsrevet fra Russland ble jødene utsatt diskriminering og pogromer. Den russiske revolusjonen førte til at Polen ble sentrum for jødisk kultur i Europa. Landet fikk i mellomkrigstiden en demokratisk forfatning som i prinsippet garanterte like retter for folkegrupper. Antisemittismen tiltok på 1930-tallet. For eksempel ble rituell slakting forbudt noe som i praksis bare berørte jøder. I 1938 ble flere tusen polske statsborgere av jødisk opphav deportert fra Tyskland til Polen, og de ble tvunget til å slå leir langs grensen fordi polske myndigheter mente at statsborgerskapet var utgått etter lang tid utenlands. De jødiske polakkene var stort sett fattige. I det uavhengige Polen hadde jødene formel, juridisk status og de jødiske institusjonenes virke var anerkjent av myndighetene for eksempel i form av fødselsattester, vielser, gravferd og utdanning. 
Białystok ble overtatt av tsaren fra Preussen i 1807 og videreførte den prøyssiske diskrimineringen av jødene, blant annet fikk i jøder gifte seg, skifte arbeid eller bosted uten særskilt tillatelse fra myndighetene. Jødene ble også pålagt ha familienavn. Białystok hadde på den tiden flertall jødiske innbyggere. Under pogromen i 1906 ble nær 100 av Białystoks jødiske innbyggere drept og et stort antall boliger og butikker tilhørende jøder ble plyndret. Før første verdenskrig var over 60 000 av Białystoks 90 000 innbyggere jødiske. Krigshandlinger, hungersnød og utskriving til hæren reduserte folketallet i Białystok. Fra 1916 begynte også utvandring til USA. Etter første verdenskrig ble Białystok en del av Polen. Tilflytting av etnisk polske gjorde at folketallet vokste til nær 100 000 i 1936 mens andelen jødiske innbyggere falt til 40 %. De jødiske innbyggerne var drev stort sett handel og annen næringsvirksomhet i byens sentrum, mens de etnisk polske var bønder og bodde i ytterkanten. Det var egne jødiske skoler med undervisning på jiddisk eller hebraisk alt etter politisk orientering, og det ble utgitt en rekke jødiske tidsskrift på jiddisk eller polsk. Myndighetene i Białystok forsøkt å begrense jødisk preg ved blant annet å kreve at alle oppslag og skilt skulle være på feilfri polsk.

Vest-Europa

Nederlands jødiske borgere hadde fulle rettigheter og mange deltok i politikk og fagforeninger. I 1940 hadde landet 140 000 (halvparten i Amsterdam) jødiske innbyggere samt 15000 flyktninger. Flere titusen jødiske flyktninger reiste også gjennom Nederland. Flyktningene ble hjulpet av en komite organisert professor David Cohen som samlet omkring 1 million dollar til arbeidet. De som tok seg ulovlig inn i landet ble holdt i Westerbork leir. Antisemittismen i landet tiltok på 1930-tallet på grunn av tysk påvirkning. Mange jøder innvandret til Belgia fra Øst- og Sentral-Europa tidlig på 1900-tallet og antallet jødiske innbyggere var i 1940 66 000 hvorav bare 10 % var statsborgere. De fleste bodde i Brüssel eller Antwerpen. De nylig innvandrete snakket hovedsakelig jiddisk. I Luxembourg bodde det 3500 jøder, de fleste innvandret fra Øst-Europa. Omkring 2000 jøder flyktet før krigen til Danmark der det fra før var 6000 jødiske dansker. I Norge var det omkring 1700 jødiske innbyggere med fulle borgerretter.
Frankrikes jødiske innbyggere hadde fulle rettigheter etter frigjøringen på 1800-tallet. Tross antisemittismen rundt århundreskiftet (noe som kom til syne i Dreyfus-saken) var de franske jødene godt integrert og giftet seg ofte med ikke-jøder. I mellomkrigstiden innvandret mange jøder fra Øst-Europa til Frankrike og utgjorde halvparten av de 350 000 jødene i landet i 1940. Omkring halvparten av jødene i Frankrike hadde ikke statsborgerskap i landet. To tredjedeler bodde i Paris. De nylig innvandrete jødene hadde sine egne foreninger og aviser på jiddisk. På slutten av 1930-tallet strammet myndighetene inn muligheten for å komme inn i landet som flyktning og de som kom ble holdt i leirer. 
Jødene i Italia, som utgjorde 0,1 % av befolkningen, hadde oppnådde fulle borgerretter og var godt integrert. Assimilering var tiltagende blant annet ved utbredt ekteskap med andre italienere. Mussolini innførte ikke antisemittiske tiltak etter maktovertakelsen i 1922. Etter Hitlers maktovertakelse i 1933 vaklet Mussolini mellom å erklære sympati med jødene og uoffisielle antijødiske tiltak. Jødenes juridiske situasjon var uendret til 1938 da Mussolini innførte raselover og i 1940 utstedte han antijødiske dekreter.

Balkan

Folketellingen i 1928 viste at det var 73 000 jødiske innbyggere i Hellas og rett før krigen var det omkring 77 000 (hvorav 76 % i Thessaloniki). De fleste jødisk grekerne oppga ladino som morsmål. En stor del av jødene levde under trange kår (blant annet etter storbrannen i Thessaloniki i 1917 der 32 synagoger gikk tapt) og jødene hadde sine egne skoler. Antisemittismen tiltok på 1920-tallet og avtok under Ioannis Metaxas' regime.
I 1931 var 73 000 av jugoslavene jødiske, i 1940 var det 80 000 jøder i landet medregnet  flyktninger. Jødene bodde særlig i hovedbyene Beograd, Zagreb og Sarajevo. Over halvparten av jødene arbeidet innenfor handel og finans, og med unntak av noen fattige i Makedonia hadde de jødiske jugoslavene gunstig økonomi. Landets sjefsrabbiner var medlem av senatet og det var mange jødiske foreninger innenfor sosialt arbeid, utdanning og kultur samt sionistiske foreninger. Det var ingen antisemittisme av betydning av Jugoslavia før nazistene kom til makten. Etter tysk press innførte myndighetene enkelte antijødiske tiltak som forbud mot salg av enkelte matvarer.
I Romania ble den høyreekstreme og antisemittiske Jerngarden etablert i 1927. Jerngarden lå ideologisk nært opp til nazistene i Tyskland og gjorde det godt ved valgene på 1930-tallet. Landet hadde i 1930 760 000 jødiske borgere, vel 4 % av befolkningen. Jødene ble utsatt for diskriminering etter første verdenskrig og antisemittisme tiltok fra 1937 der jøder gjennom lovgiving ble utelukket fra sentral områder i samfunnet. Jødiske organisasjoner utviklet et selvstendig utdanningssystem og jødisk litteratur på hebraisk, jiddisk og rumensk blomstret. Sionistbevegelsen sto sterkt ved tilstrømming av unge medlemmer. I 1937 forsøkte Goga-Cuza regimet å frata jødene statsborgerskap og innføre antisemittisk styre. Under Carol IIs styre ble situasjonen forverret blant annet ved at forfatningen av 1938 legaliserte rasediskriminering og utestengte jødene fra økonomi og samfunnsliv. Da den rumenske hæren trakk seg ut av Bessarabia og Bukovina i 1940 massakrerte de flere hundre jøder i Dorohoi og andre steder. Etter at Romania hadde avstått territorier var det 342 000 jøder i territoriet som regjeringen kontrollerte. I oktober 1940 ble jord eid av jødiske rumenere konfiskert. Antonescu og hans jerngarde begynte terrorisering av jøde og beslagla også forretninger, fabrikker, båter, boliger og annen eiendom. Universitetene i București og Iaşi var sentrum for antisemittiske ideer. Grovkornet antisemittisme ble fremført offentlig av fremstående personer. På grunn av grenseendringene etter første verdenskrig var statsborgerskapet for mange innbyggere uavklart.
Etter første verdenskrig ble to tredjedeler av Ungarns territorium overført til naboland: Nordlige Transilvania til Romania, Bačka til Jugoslavia og noen områder til Tsjekkoslovakia og Ukraina. Den «hvite» hæren under ledelse av Miklós Horthy tok kontroll over landet i en kontrarevolusjon i 1920. Ungarn allierte seg med Tyskland og med tysk hjelp fikk i 1938-1941 tilbake områder avstått 20 år tidligere. Omtrent 3000 jøder ble drept i de hvites terror etter kommunistenes fall. Ved folketellingen i 1930 var 445 000 av landets borgere jødiske innenfor de daværende grensene. De jødiske ungarerne ble stadig mer assimilert tross tiltagende antisemittisme. I 1920 innførte myndighetene begrensninger i jødenes mulighet til å ta høyere utdanning. Under tysk påvirkning agiterte ungarske aviser på 1930-tallet for å utestenge jøder fra ulike deler av samfunnslivet. I 1938 begrenset myndighetene andelen jøder innenfor handel, industri og profesjonene til 20 %, i 1939 ble dette skåret ned til 6 % og i 1941 ble det innført lover etter mønster av Nünrbeg-lovene i Tyskland. Jødiske ungdommer måtte utføre arbeidstjeneste i stedet for tjeneste i de væpnede styrkene. I juni 1941 deltok Ungarn i det tyske angrepet på Sovjetunionen.  Omkring 42 000 jødiske ungarere døde i arbeidstjeneste ved Østfronten. Medregnet tilbakeførte områder var det 725 000 jøder i Ungarn i 1941.

De første konsentrasjonsleirene

Etter maktovertakelsen anla Hitlers regime flere konsentrasjonsleirer der regimets motstandere ble internert. Regimet etablerte Dachau, Oranienburg, Sachsenhausen, Buchenwald og Ravensbrück før 1939. Etter 1939 ble disse en del et større nettverk av leirer der de internerte ble brukt til slavearbeid. Dachau ble etablert i 1933 som den første og der ble politiske fanger og tyske sigøynere samt vanlige kriminelle internert. Før krigen hadde Hitler-regimet opprettet leirer for politiske fanger på tysk jord, blant annet Dachau og Sachsenhausen. Senere ble blant annet krigsfanger, sigøynere og homofile holdt i disse leirene. Disse første leirene var ikke utryddelsesleirer, slike kom først i stand under krigen i okkuperte områder i Øst-Europa.

Mulighet for flukt

USA begynte omkring 1900 å innføre lover som skulle begrense innvandringen til landet. Loven av 1924 satte kvoter for opphavsland og reglene ble i 1930 strammet inn under Herbert Hoover. Konsulatene kunne nekte visum til personer som kunne bli en økonomiske byrde for det offentlige. Disse amerikanske reglene begrenset sterkt muligheten for å unnslippe forfølgelse i Europa. Før 1938 var mange land motvillige til å bli involvert i det som ble ansett som intern sak for Tyskland. I tillegg til jødene i Tyskland ble situasjonen for jøder i Polen og Romania stadig vanskeligere før krigen. 
Holdningen i andre land endret seg i løpet av 1938 først med Anschluss så med Krystallnatten. President Roosevelt inviterte i juli 1938 til Éviankonferansen for å diskutere utfordringen med flyktninger fra Tyskland og Østerrike, der 32 land og 24 frivillige organisasjoner møttes. Konferansen ga få resultater. Storbritannia motsatte seg mer innvandring til Palestinamandatet der innvandringen allerede var stramt svært til etter det arabiske opprøret i 1936. Europeiske land som allerede hadde tatt i mot flyktninger ville ikke ta i mot flere. USA ville ta i mot en kvote på 27 230, mens Den dominikanske republikk tilbød seg å ta i mot 100 000 - det urealistiske tilbudet var trolig et PR-fremstøt. Australias representant uttalte: «As we have no racial problem, we are not desirous of importing one.» (Vi har ikke et raseproblem og er derfor ikke interessert i å importere et.)
Krystallnatten 9-10. november 1938 utløste bred fordømmelse fra omverdenen. USA tilbakekalte sin ambassadør til Tyskland 15. november. Roosevelt lot 15 000 jødiske tyskere med turistvisum bli på ubestemt tid. Storbritannia slapp inn 50 000 flyktninger før krigsutbruddet i september 1939, inkludert 9000 enslige barn i den såkalte kindertransport. Samtidig stengt Storbritannia for ytterligere innvandring til Palestina særlig motivert av å opprettholde et godt forhold til de arabiske nabolandene.
International Committee on Refugees (ICR) ble etablert etter Evian. ICR fikk i oppgave å finne mottakerland for flyktningene og forhandle med tyske myndigheter om at jødene kunne forlate landet uten å gi fra seg alle sine verdier. ICR fikk i stand en ordning med Hjalmar Schacht i januar 1939 og ICR fullførte forhandlingene med Helmuth Wohlthat juni. Jøder utenfor Tyskland var opprørt over avtalen som de mente innebar betaling av løsepenger og aksept for at den tyske staten kunne stjele jødenes eiendeler. Krigen brøt ut før særlig var gjort.

Wehrmacht og SS

SS hadde opphav i nazistenes tidlige periode omkring 1922. Heinrich Himmler ble riksleder for SS i 1929 og SS vokste til over 50 000 medlemmer i 1932 og 200 000 i slutten av 1933. På grunnlag av en völkisch-ideologi omskapte Himmler SS til en elitestyrke som skilte seg fra massebevegelsen SA. Rekrutteringen til SS var blant annet basert på forestillinger om arisk utseende. Etter likvideringen av SA-ledelsen 30. juni 1934 fikk SS en særstilling innenfor nazibevegelsen. I 1936 ble Himmler sjef for både SS og det tyske politiet. Reichssicherheitshauptamt (RSHA) ble etablert 27. september 1939 og ble snart den viktigst aktøren i undertrykkelsen av okkuperte områder og etter hvert i gjennomføringen av folkemord. Sicherheitsdienst og Gestapo var en del av apparatet under RSHA. SS overtok konsentrasjonsleirene fra SA i 1934. SS påvirket etter hvert alle deler av statsapparatet. Heydrich var sjef for RSHA og samtidig stedfortredende riksprotektor for Böhmen-Mähren. Ernst Kaltenbrunner overtok RSHA da Heydrich ble drept av tsjekkiske partisaner i 1942. Fra 1939 var Adolf Eichmann leder for Gestapos kontor for jødesaker. RSHAs ansvar for jødespørsmålets endelige løsning fremgår av et brev fra Hermann Göring til Heydrich 31. juli 1941.
Himmlers apparat vokste betraktelig da det tyske politiet ble en del av SS i 1936 og da Waffen-SS ble etablert i 1939-1940. Himmler forsøkte å skape en korpsånd i SS og ta til seg jødehatet han formidlet. Ideologisk opplæring og indoktrinering var sentralt i SS fra midten av 1930-tallet. Offiserene i SS og politi begynte å se seg selv som Staatsschutzkorps med ansvar for å beskytte riket mot indre fiender.
Da Wehrmacht-soldater, SS-menn og andre tyskere krysset grensene østover tok de med seg innarbeidete forestillinger om områdene i øst, blant annet forestillinger om «jøden», «bolsjevismen» og «Lebensraum». Jødene ble også knyttet til bolsjevismen og gamle antisemittiske stereotypier ble dermed koble til frykten for kommunistisk verdensrevolusjon. Den tyske okkupasjonen av området under første verdenskrig preget offiserskorpsets oppfatning om lokalbefolkningen som degradert og ute av stand til å tilegne seg vestlige verdier, de østlige jødene ble ansett som særlige tilbakestående. Wehrmacht hadde før Nürnberg-lovene innført sine egne anti-jødiske regler: jøder kunne ikke tjenestegjøre og offiserer ble nektet å gifte seg med «ikke-ariere». Himmler og Heydrich var usikre på hvordan massedrapene ville gå, hvilke ledere og enheter som ville vise seg mest effektive, og tyske menige politi og soldater ville motsette seg virksomheten. Himmler var oppmerksom på at henrettelser av sivile ville være psykologisk skadelig for mannskapet hans.
I 1935 beskrev Krigsministeriet sovjetiske partifunksjonærer som «stort sett skitne jøder» (meist dreckige Juden). I 1939 ga hærens overkommando ut et opplæringshefte kalt «Jøden i tysk historie» der det ble lagt til grunn at alle spor av jødisk innflytelse måtte fjernes. Innen juni 1941 var «jødebolsjevismen» en etablert forestilling. Noen av de ledende offiserer som deltok i utryddelsen av jøder på østfronten var senere involvert i militæres opposisjon mot Hitler, noe som ifølge Jürgen Matthäus viser at de hadde akseptert nazistenes antisemittiske ideer. Generaloberst Hoepner, kommandør for pansergruppe 4 som senere deltok på østfronten, uttalte i mai 1941 at den kommende krigen var et forsvar for europeisk kultur mot moskovittisk-asiatisk oversvømmelse (Verteidigung europäischer Kultur gegen moskowitisch-asiatische Überschwemmung) og avvisning av jødebolsjevismen (Abwehr des jüdischen Bolschewismus). Det er mer usikkert om yngre soldater og lavere befal hadde slike forestillinger om «østen».

Molotov–Ribbentrop-pakten

Molotov–Ribbentrop-pakten, eller Den tysk-sovjetiske ikke–angrepspakten, var en ikke-angrepspakt mellom Tyskland og Sovjetunionen. Den ble undertegnet i Moskva den 23. august 1939, en uke før andre verdenskrig begynte med den tyske invasjonen av Polen. Paktens navn viser til de sovjetiske og tyske utenriksministrene, Vjatsjeslav Molotov og Joachim von Ribbentrop, som undertegnet en hemmelig tilleggsprotokoll om deling av Sentral- og Øst-Europa i innflytelsessfærer for de to partene. Blant annet ble det avtalt at Estland og Latvia skulle tilfalle Sovjetunionen, mens Litauen skulle tilfalle Tyskland. Det daværende Polen ble forutsatt delt mellom landene etter en grense som fulgte elvene San, Wisła og Narew; Tyskland skulle overta de vestlige områdene, som i hovedtrekk hadde vært tyske eller østerrikske før første verdenskrig, og Sovjetunionen de østlige områdene som tidligere hadde tilhørt Russland. Grensen fulgte i hovedsak Curzon-linjen fra 1919. Områdene øst for Curzon-linjen kalles Kresy eller Kresy Wschodnie på polsk, og hadde like store andel minoriteter som etnisk polske. Polens østgrense etter andre verdenskrig ble lagt på samme sted.
Jødiske innbyggere øst for delelinjen av 1939 etter Molotov-Ribbentrop-pakten omtales ofte som «sovjetiske jøder». Før 1939 hadde en stor del av disse polske borgerskap.

Hovedtrekk ved holocaust

Holocaust pågikk i varierende form over hele den tyskkontrollerte delen av Europa. Noen jødiske innbyggere var direkte underlagt tysk styre som i selve Tyskland, det okkuperte Polen, den okkuperte delen av Sovjetunionen og de da baltiske landene. Andre var innbyggere av land med marionettregjering som Slovakia og Kroatia, eller i land som var alliert med Tyskland (Italia, Bulgaria, Ungarn og Romania). De okkuperte landene var styrt på ulike måter: Belgia var styrt av den tyske hæren, Generalguvernementet hadde en sivil administrasjon sterkt påvirket av SS, og Danmark hadde sin egen regjering. Det relativt milde styret i Danmark og maktkamp innad i okkupasjonsmakten gjorde at jødene lot seg redde. De brutale styret og høye dødstallene i Generalguvernementet står i kontrast til Danmark. I områder med lange tradisjoner for åpenlys antisemittisme, som Litauen og Ukraina, fikk jødene lite hjelp av befolkningen for øvrig, sammenlignet med for eksempel Italia og Bulgaria der det mer utstrakt hjelp til jødene. Fra selve Tyskland kunne jøder formelt emigrere inntil oktober 1941 og før utbruddet av krigen forlot flertallet landet. Fra land med grense til de nøytrale landene (Sveits, Sverige, Tyrkia og Spania) var flukt noe lettere enn fra innestengte land. Gettoer som lå inntil skogs- eller våtmarksområder i Øst-Europa gjorde flukt lettere og innebar ofte at de sluttet seg til partisanene. For de berørte var det vanskelig å forstå eller forutse hva som skjedde fordi situasjonen var unik og stadig skiftende. Særlig masseskytingene som begynte umiddelbart etter invasjonen av Sovjetunionen ga de berørte liten tid til å reagere.
Holocaust begynte øst for delelinjen av 1939 (etter Molotov-Ribbentrop-pakten) etter at tyske styrker krysset linjen ved invasjonen av Sovjetunionen i 1941. I de erobrede områdene øst for linjen skjøt tyske enheter jøder i stort antall. Vest for delelinjen (de delene av Polen Tyskland okkuperte i 1939) ble jødene for en stor del holdt i ghettoer og der begynte holocaust litt senere da jødene ble drept med gass i spesielt innrettede anlegg. Fra de fleste andre land, inkludert selve Tyskland (Altreich), ble jødene deportert til ghettoer eller direkte til drapsanleggene i det okkuperte Polen. Jøder ble i hovedsak ikke drept Vest-Europa eller inne i selve Tyskland. En svært liten del av ofrene for holocaust var tyske borgere og tyske jøder hadde mye større mulighet til å overleve enn jøder i stater oppløst av den tyske okkupanten.

Tyske institusjoners del i holocaust

Michael Berenbaum skriver at Tyskland ble en «folkemordsstat»
Hver del av landets sofistikerte byråkrati var involvert i drapsprosessen. Landsens kirker og innenriksministeriet leverte dåpsattester som viste hvem som var jøde, postkontor leverte deportasjons- og denaturaliseringsordre, finansministeriet konfiskerte jødisk eiendom, tyske firmaer avskjediget jødiske arbeidere og fratok jødiske aksjeeiere deres rettigheter, universitetene nektet jøder å studere, nektet grader til de jøder som allerede studerte og avskjediget jødiske akademikere, regjeringens transportkontorer sørget for togene som gikk til leirene, tyske farmasøytiske selskap testet medisiner på fanger, selskaper konkurrerte om kontrakter for å bygge krematorier som skulle brukes til å brenne lik og detaljerte lister over fremtidige ofre ble laget ved hjelp av Dehomag-selskapets hullkortmaskiner. Når fanger gikk inn i dødsleirene måtte de gi fra seg all personlig eiendom. Denne ble nøye katalogisert og merket før den ble sendt til Tyskland for gjenbruk eller resirkulering. Berenbaum skriver at «den endelige løsningen av jødespørsmålet» var «i gjerningsmennenes øyne...Tysklands største prestasjon.»
Saul Friedländer skrev: «Ingen sosial gruppe, intet religiøst samfunn, ingen vitenskapelig institusjon eller yrkesgruppe i Tyskland eller Europa erklærte sin solidaritet med jødene.» Han skriv at noen kristne kirker erklærte at konverterte jøder skulle sees på som en del av flokken men også da bare opp til et visst punkt.
Friedländer argumenterer for at dette gjør holocaust enestående fordi antisemittisk politikk kunne iverksettes uten at noen motkrefter ble satt i sving, slike som man vanligvis finner i avanserte samfunn; industri, småforretninger, kirker og ulike lobbygrupper.
Utenriksminister Joachim von Ribbentrop forsøkte å skjule de internasjonale protestene mot krystallnatten for Hitler. I utenriksdepartementet overlot Ribbentrop til den energiske og hensynsløse Martin Luther å ta seg av jødesaker. Ribbentrop gjorde da noe så uvanlig som å gi ordre om at kommunikasjon fra SS (inkludert fra Himmler personlig eller adressert til Ribbentrop personlig) skulle gå direkte til Luther. Luther mente at utenriksdepartementet skulle være så nidkjære som mulig i anti-jødiske tiltak for å holde andre deler av parti- og statsapparat unna. Til 1941 var regimets plan å løse «jødespørsmålet» ved utvandring. Etter erobringen av Polen og Frankrike, da flere millioner jøder kom under tysk herredømme, ble det snakk om å deportere jødene fra Europa etter krigen. Utenriksdepartementet ble involvert i saker som gjaldt utenlandske jøder bosatt i Tyskland, jøder i land som utenriksdepartementet hadde politisk ansvar for (Frankrike, Danmark og Serbia), og jøder i nøytrale og allierte land som måtte presses diplomatisk til å utlevere landets jøder til SS. Utenriksdepartementet støttet i 1941 deportasjon av rumenske, kroatiske og slovakiske jøder som bodde i Tyskland. Utenriksdepartementet motsatte seg i hovedsak ikke anti-jødiske tiltak i okkuperte områder.

Lokale medhjelpere

I okkuperte og allierte land medvirket innbyggerne og myndighetene på ulike måter til gjennomføringen av holocaust. Den tyske historikeren Dieter Pohl anslår at minst 200 000 personer utenfor Tyskland og Østerrike (og like mange innenfor) bidro i gjennomføringen. For eksempel i Latvia bisto reservepolitiet okkupasjonsmakten og i Litauen ble massedrapene i hovedsak utført av lokal milits. I Norge ble deportasjonene utført i samarbeid mellom okkupasjonsmakten og Quisling-regimet der det ordinære norske politiet sto for den praktiske gjennomføringen. I Nederland utførte landets ordinære sivile tjenestemenn oppdrag for okkupasjonsmakten slik at identifisering og deportasjon av landets jødiske innbyggere var mulig. Andre eksempler er ungarske jernbanearbeidere som sørget for at togene (med opp til opp til 12 000 jøder daglig til Auschwitz i 1944) gikk. I utryddelsesleirene (unntatt Auschwitz) og ved massedrapene bak østfronten var det jevnt over 10 lokale medhjelpere for hver tysk. Ifølge Thomas Blatt, som overlevde Sobibor, hadde ikke den tyske okkupasjonsmakten vært i stand til å drepe 250 000 i Sobibor uten «travnikis» (tysk:Trawnikimänner) rekruttert blant krigsfanger. Slike velvillige medhjelpere gikk under betegnelsen Hiwi av tysk Hilfswilliger. De fleste drapsmennene fortsatte sine vanlige liv etter krigen som om ingenting hadde hendt.
I den polske landsbyen Jedwabne ble minst 300 jødiske polakker drept da de ble låst inne i en låve som ble satt fyr på 10. juli 1941. Gjerningsmennene var deres polske naboer i landsbyen og jødene ble torturert før de ble drept. Antallet drepte kan ha vært så mange som 1600. Jan Tomasz Gross skrev om massakren i boken Neighbors: The Destruction of the Jewish Community in Jedwabne, Poland (2001; opprinnelig på polsk som Sąsiedzi i 2000) som innledet en opphetet diskusjon i Polen om polakkers medvirkning til holocaust. Noen av gjerningsmennene skal ha vært så fanatiske at SS-menn reagerte. Mishandlingen av jødene begynte straks tyske styrker inntok byen som hadde vært okkupert av Sovjetunionen siden delingen av Polen. Før krigen var omtrent halvparten av Jedwabnes innbyggere jøder. Etter krigen satte polske myndigheter opp et minnesmerke over massakren der tyskerne ble fremstilt som gjerningsmenn. Lignende massakre skjedde i Radzilow og Wsosz. Kunnskap om etniske polakkers medvirkning ble etter krigen undertrykt. Noen av gjerningsmennene ble tiltalt og dømt i 1949 og senere. Gross ble i Polen gjenstand for en svertekampanje etter at boken kom ut.

Folkemordets omfang

Nedslaktingen ble systematisk gjennomført så godt som i alle tyskokkuperte områder som i dag utgjør 35 land. Det var på sitt verste i sentrale og østlige Europa, som hadde mer enn syv millioner jøder i 1939. Rundt fem millioner jøder ble drept der, inkludert tre millioner i det okkuperte Polen og over en million i Sovjetunionen. Hundretusener døde også i Nederland, Frankrike, Belgia, Jugoslavia og Hellas. I Wannseekonferansens referater gjøres det klart at nasjonalsosialistene også planla «å løse det jødiske spørsmål» i England og Irland, skulle disse land noengang komme under tysk jurisdiksjon.
I andre folkemord hadde mennesker vært i stand til å unnslippe døden ved å konvertere til en annen religion eller assmilleres på en eller annen måte. Denne muligheten var ikke der for jøder i det okkuperte Europa, hvis ikke deres besteforeldre hadde konvertert før 18. januar 1871. Alle personer av jødisk herkomst, så lenge de hadde tre eller fire besteforeldre som var definert som jøder, skulle drepes uten unntak.  skulle tilintetgjøres i områder kontrollert av Tyskland.
Perioden august-oktober 1942 var den mest dødelige under holocaust da nær 15 000 ble drept daglig i gjennomsnitt. Lewi Stone anslår at 25 % av alle drapene under holocaust skjedde i løpet av disse 100 dagene og en stor del av disse drapene var i regi av Aksjon Reinhardt. I drapseffektivitet overgår dette Folkemordet i Rwanda som pågikk i 100 dager.

Gettoer

Kort tid etter den tyske okkupasjonen av den vestlige delen av Polen i september 1939 samlet okkupasjonsmakten jødene i overbefolkede gettoer. Heydrich ga 21. september ordre om oppløse mindre bosetninger av jøder overføre disse til byene. Jødiske «eldreråd» (Judenrat) ble satt opp i hver getto og fikk ansvar for å gjennomføre instrukser fra okkupanten. Da resten av Polen ble erobret fra Sovjetunionen gjennomførte okkupasjonsmakten samme ordning der. Noen av gettoene bar preg av konsentrasjonsleirer, andre hadde mer frihet. Gettoene i Łódź og Warszawa var særlig store. Lignende gettoer ble opprettet i Latvia, Litauen og Hviterussland. Håndverkere, kjøpmenn og personer som var vant omgå lover og regler klarte seg best i gettoene. Sult, mangel på helsestell og utbrudd av sykdom førte til høye dødstall i gettoene, i Warszawa over 10 % på ett år. Døde i gatene ble så vanlig at de ble oversett og skikkelig gravlegging var oftest umulig. Menn ble ofte skilt fra familien og satt i tvangsarbeid. Medlemmer av Judenrat nektet ofte å utføre moralsk problematiske tiltak, mens noen ga etter før tysk press og trusler. I Polen begynte massedrapene et par år etter at gettoene var opprettet, mens i de baltiske landene og Hviterussland ble gettoene satt opp etter at masseskytingen hadde begynt. Da deportasjonene fra gettoene til utryddelsesleirene begynte, tvang okkupasjonsmakten de lokale eldrerådene til å bistå i utvelgelse og oppsamling av de som skulle deporteres. I noen tilfeller måtte all i gettoen møte på en oppsamlingsplass og tyskerne valgte selv ut hvem som skulle deporteres. Det er uklart når og i hvilken grad jødene selv forsto at deportasjon var den sikre død. Tilsvarende gettoer ble ikke satt opp i de okkuperte områdene i Vest-Europa. Det amerikanske holocaustmuseet oppgir at 800 000 døde i gettoene.

Massedrap bak Østfronten

Denne fasen av holocaust omtales også som «geværkulenes holocaust» (engelsk: Holocaust by bullets, tysk: Holocaust durch Erschießung).
Omfattende og systematiske drap på jøder begynte i Litauen dagen etter invasjonen av Sovjetunionen 22. juni 1941. Massakrer i de erobrede områdene fra Østersjøen i nord til Svartehavet i sør skjedde i hovedsak i regi av SS' Einsatzgruppen der drapskommandoene var bemannet av vanlige tyske politifolk, lokalt politi og lokal milits, til dels også av vanlige Wehrmacht-soldater og rumenske styrker. Drapsmetoden var først masseskyting og disse fulgte et relativt fast mønster: Jødene ble samlet sammen og skutt gruppevis i store, klargjorte groper. Det var ofte de dødsdømte selv som måtte grave massegravene og de ble til dels skutt på kanten av graven, dels måtte de selv legge seg ned blant likene. SS var ikke fornøyd med skyting fordi det ikke var en rask nok eller hemmelig nok metode, og de tok i bruk gassvogner til avliving fra sent i 1941. Skyting var den vanligste metoden på sovjetisk territorium (inkludert Sovjetunionen hadde erobret fra Polen i 1939) også etter at gasskamrene i Generalguvernementet var tatt i bruk. Innen utgangen av 1941 var mellom 500 000 og 800 000 jøder drept og hele regioner ble erklært som «jødefrie». Omkring 1,4 millioner jøder ble drept ved skyting, hovedsakelig på sovjetisk territorium inkludert Baltikum og omkring 200 000 ble skutt og drept i Polen. I mange tilfeller drepte tyske styrker som ikke var satt opp til formålet jøder uten de ble irettesatt eller straffet for irregulær atferd.

Dødsmarsjene

Mens deportasjon av og drap på jødiske ungarere pågikk for fullt i juni 1944 planla nazistene evakuering av leirer som snart ville havne på frontlinjen. De mest omfattende evakueringene, kjent som dødsmarsjene, begynte i januar 1945. Fangene ble fraktet delvis med båt eller jernbane, men på enkelte strekninger ble de tvunget til gå til fots. Titusenvis døde underveis av utmattelse, mangel på mat og drikke, eller kulde, mange ble skutt og drept fordi de ikke klarte å holde tempoet eller fordi de forsøkte å stikke av. Noen fanger ble skutt og drept før marsjen begynte fordi de var antatte for svake. Et fåtall klarte å stikke seg unna og ble tatt vare på av lokalbefolkningen. Jødiske og ikke-jødiske fanger ble utsatt for samme brutale behandling. De overlevende havnet i leirer inne i selve Tyskland der tanken var at de skulle bidra med arbeidskraft i den tyske krigsindustrien, noen ble senere sendt ut på nye dødsmarsjer til andre leirer. Leirene i Tyskland var stort sett svært overfylte og det var svært trangt om mat og husly. 
I januar 1945 var det ifølge nazistenes egne registre 714 000 internerte i konsentrasjonsleirer på tyskkontrollert område. Minst 250 000 av disse døde før Tyskland kapitulerte - av sult og frost eller de ble massakrert. Dødsraten var på rundt 35 % ifølge Blatman. For noen dødsmarsjer overlevde bare 20 % for andre 80 %. I 1944-1945 var holocaust allment kjent, mens dødsmarsjene fikk liten oppmerksomhet i de frie landene - fokus var mest på forflytning av allierte krigsfanger vestover. Parallelt med dødsmarsjene flyktet hundretusenvis av tyske borgere eller etniske tyskere vestover av frykt for den fremrykkende røde hær. I alt ble det gjennomført 110 dødsmarsjer. De første evakueringene foregikk sommeren 1944 fra de baltiske landene og det østlige Polen, den andre fasen var evakueringen av de store leirene i Polen i januar 1945 og til slutt fra mars 1945 dødsmarsjer innenfor selve Tyskland. 
Ifølge Daniel Goldhagen forekom det vaktene massakrerte jødiske fanger mot slutten av krigen også etter at Himmler hadde gitt ordre om at jødene skulle behandles godt. Ruth Birn skriver at det var stor variasjon i hvordan vaktene behandlet fangene i dødsmarsjene, fra ekstrem grusomhet til omsorg. Det forekom også at den tyske lokalbefolkningen hjalp fangene med mat og husly.

Ordnungspolizei

Orpo-styrkene som beveget seg inn i Sovjetunionen sommeren og høsten 1941 var mindre forberedt enn de andre medlemmene av drapskommandoene. Ordenspolitiet ble ledet av Himmlers gamle venn Kurt Daluege. Orpo besto av det ordinære bypolitiet (Schutzpolizei) og politiet på landsbygda (Gendarmerie), men uten kriminalpolitiet. Ordenspolitiets kjerne besto av menn med militær bakgrunn og var organisert i bataljoner. Minst tolv Orpo-bataljoner ble straks etter invasjonen av Sovjetunionen tildelt Himmlers «kommandostab», i praksis en privat hær under Himmlers kontroll. Disse Orpo-bataljonene utgjorde omkring 6000 mann, mens selve Einsatzgruppen besto av 3000 mann til sammen.
Fra 1939 ble Orpo-bataljonene utvidet ved å opprette reservebataljoner av erfarne Orpo-menn. De menige i reservebataljonene var for gamle til vanlig militærtjeneste - de var dermed utdannet før nazistene kom til makten og mange var heller ikke medlemmer av nazipartiet. Mannskap fra reservebataljon nummer 9 ble fordelt til Einsatzkommandoer og en annen reservebataljon virket som enhet ved drap på jøder og andre forestilte fiender av Tyskland.
Enheter fra Ordnungspolizei (Orpo), som hadde et samlet mannskap på omkring 100 000, deltok i internering og drap på jøder. For eksempel i Amsterdam drev Orpo arrestasjon og internering av jøder som så ble sendt østover. I Øst-Europa holdt Orpo vakt ved ghettoene. Enheter fra Orpo deltok i Einsatzgruppenes massakrer på jøder og kommunister etter invasjonen i Sovjetunionen, blant annet ved Babij Jar. Orpo-mannskap var ordinært politi og ikke primært ideologisk motivert. Det er ikke kjent tilfeller der Orpo-menn ble skutt eller straffet for å nekte å delta i massakrer. Himmler var svært opptatt av å verne drapsmannskapet mot mulige psykologiske effekter av massehenrettelser og instruerte offiserene om å avholde selskap og tilby mannskapet adspredelse etter en «aksjon». Inntrykkene fra dagens drapsaksjon skulle dempes eller viskes ut av sosiale sammenkomster, ifølge Himmlers instrukser. Videre skulle mannskapet stadig formanes om at massedrapene var nødvendige tiltak i den politiske situasjonen. Ifølge Matthäus er det fortsatt usikkert hvor dyptgripende den ideologiske indoktrineringen var og om det var vesentlig forskjell på SS, Wehrmacht og den tyske befolkningen ellers. Matthäus mener indoktrineringen i SS ikke var hjernevask eller en ren teoretisk øvelse. Bare «jobben ble gjort» var det ikke nødvendig at alle deltok i massehenrettelsene. Tilgang på en del ivrige og rutinerte drapsmenn (som Max Täubner) gjorde avlivingstiltakene effektive og ga ifølge Matthäus de andre en illusjon om at de var vanlige menn som måtte utføre et brutalt arbeid.

Okkupasjon av Polen

Da Tyskland okkuperte polen i september 1939 kom nesten 3 millioner jøder under tysk styre. I Warzsawa alene var det flere jødiske innbyggere enn i hele Tyskland. Ved siste folketelling før krigen var 3,1 millioner av Polens borgere jøder og utgjorde 10 % av befolkningen. I Warszawa bodde det over 350 000 jøder og i Lodz over 200 000. Mange polakker flyktet østover fra den tyske invasjonen, blant disse var 300 000-400 000 jøder - antallet er usikkert fordi mange flyttet igjen eller ble deportert til det indre av Sovjetisk territorium. 
Holocaust er utenkelig uten invasjonen av Polen ifølge Timothy Snyder.
Nazistenes mål var å oppløse Polen som land og bryte ned den polske nasjonalbevisstheten. Dette ble forsøkt oppnådd med tvangsflytting av flere millioner, internering og massedrap på fremstående personer. Fra 16. mai 1940 begynte systematisk drap på fremstående polakker, den såkalte AB Aktion, på ordre fra Hans Frank. Omkring 3000 polakker ble massakrert. Samme sommer begynte okkupasjonsmakten internering av tusenvis av polakker i Auschwitz. Tyskernes voldsbruk og internering var langt mer omfattende enn Franks plan om en kirurgisk aksjon mot intellektuelle og eliten. Heydrich ga sine Einsatzgruppen i Polen en liste over 61 000 polakker med antatt anti-tyske holdninger. Den følelsesmessige belastningen på mannskapet som henrettet sivile polakker i juni 1940 førte til at Himmler satte inn Oskar Dirlewanger og en bataljon rekruttert blant straffedømt (blant annet krypskyttere) til å gjennomføre henrettelser andre ikke ville takle.
Med okkupasjonen av det vestlige Polen i 1939 kom flere millioner jøder under tysk herredømme. De jødiske polakkene fikk forbud mot å skifte bosted, måtte ha hvitt armbånd med David-stjernen på armen og eiendom ble beslaglagt. Fra høsten 1939 begynte tyske myndigheter å deportere jøder fra Danzig, Vest-Preussen, Poznan og Schlesien til Generalguvernementet. Mellom oktober 1939 og mars 1940 ble 95 000 jøder (blant annet deporterte fra Wien) samlet i en leir ved Nisko nær Lublin som et ledd i planen om et «reservat» for jøder. Nisko-planen ble skrotet og arbeidet stanset trolig på grunn av krangel om ansvar innad i den tyske administrasjonen. Polske jøder i alderen 14 til 60 år ble satt i tvangsarbeid. Jøder ble også fordrevet fra Tyskland og Tsjekkoslovakia til Polen. Samtidig arbeidet Hitlers regime med planer for å deportere jødene til Madagaskar. Etter at Tyskland tok kontroll over det meste av Frankrike i juni 1940 foreslo tyske tjenestemenn å samle 4 millioner europeiske jøder på Madagascar under tysk kontroll. Etter britisk okkupasjon av Madagascar ble ideen lagt bort.
Jødene ble stuet sammen i gettoer der det i Warszawagettoen (etablert oktober 1940) alene var flere jøder enn i Tyskland. Gettoene gjør det lettere å beslaglegge jødenes eiendeler og utnytte dem i tvangsarbeid. Gettoene ble som regel etablert i fattige bydeler eller allerede overbefolkede jødiske strøk. Jødene ble isolert i gettoer omgitt av gjerder og de fikk bare med seg noen personlige eiendeler. Matmangel, overbefolkning og dårlig hygiene ga høye dødstall på grunn av sult og sykdom. I Warszawagettoen døde 10 % av beboerne i løpet av 1941, og dødstallene økte i 1942. Omkring 300 000 jødiske polakker flyktet til sovjetisk okkupert område etter delingen av Polen.]]
Jødene i Polen ble tvunget til å arbeide uten lønn og ble trakassert og mishandlet i arbeidet. Sommeren 1940 ble mange tusen jøder skilt fra familien og plassert i egne tvangsarbeidsleirer der de arbeidet på blant annet festningsanlegg, veier og fabrikker. De første leirene ble opprettet i Lublin-området og etter hvert opparbeidet tyskerne et nettverk av tvangsarbeidsleirer over hele Generalguvernementet og andre okkuperte områder. 
Før invasjonen av Sovjetunionen i juni 1941 pågikk det ikke systematisk utryddelse av jøder i Polen. SS og tysk Ordnungspolizei gjennomførte drap og enkeltstående massakre som i Ostrów Mazowiecka der over 350 jødiske menn, kvinner og barn ble henrettet av politiet etter at de hadde gravd en massegrav til seg selv. Massegraven i Ostrów Mazowiecka ble noen år senere åpnet av Sonderkommando 1005 og likrestene brent i et forsøk på å skjule forbrytelsen. Politibataljonen deltok senere i massehenrettelser i erobrede deler av Sovjetunionen.
I juli 1941 tok SS-major Rolf-Heinz Hoppner ved Ghetto Litzmannstadt til orde for å kvitte seg med (det vil si avlive) ikke-arbeidsføre jøder i ghettoen i stedet for å la dem sulte sakte ihjel. Hoppner antydet avliving med hurtigvirkende innretning.
Mangel på mat og brensel ført til mange død av sult og kulde i Warszawagettoen vinteren 1941-1942. De første overføringene fra Warszawagettoen til utryddelse i Treblinka skjedde 27. juli 1942. Tyskerne forlangte at jøderådet i gettoen skulle plukke ut 60 000 gamle og arbeidsudyktige til «omplasseringen». I gettoen var det kjent at omplassering ville innebære likvidering. Jøderådets formann tok sitt eget liv i fortvilelse.
Avliving av utviklingshemmede i «Aktion T4» pågikk fra 1939, og «aksjonen» tok etter hvert i bruk eksos fra forbrenningsmotorer som avlivingsmetode. Christian Wirth ledet eutanasiaksjonen i Brandenburg og ble overført til Kulmhof ved Chełmno. Erfaringene ble sammen med en del av personalet fra T4 overført til Aksjon Reinhardt, som fra oktober 1941 begynte utryddelsen av jødene i det polske Generalguvernementet. Leiren Chełmno (Kulmhof) var i drift fra 8. desember 1941 for å drepe jødene i Łódź og Wartheland, og der ble gassvogner tatt i bruk i stor skala.

Generalguvernementet

Hans Frank administrerte en del av det okkuperte Polen som Generalguvernementet. I hvert av de fire distriktene i Generalguvernementet (Krakow, Warszawa, Radom og Lublin) ble det etablert Selbstschutz-enheter under SS- og politilederen. Disse «selvforsvarsenhetene» ble bemannet med etnisk tyske lokale innbyggere. Odilo Globocnik, SS- og politisjef i Lublin-distriktet, lot disse Selbstschutz-mennene drive brutal undertrykking av sivilbefolkningen, særlig jødiske polakker. Allerede i 1940 forsynte Selbstchutz-folk seg av eiendeler tilhørende jøder i Lublin og drev irregulær handel med tyvgodset. Mannskap fra disse enhetene brukte Globocnik senere i Aksjon Reinhard. I oktober 1941 beordret Globocnik SS-offiseren Karl Streiber til å anlegge en treningsleir ved byen Trawniki, SS-Ausbildungs- und Arbeitslager Trawniki. I Trawniki-leiren ble sovjetiske (hovedsakelig ukrainske) og baltiske krigsfanger omskolerte til en reservepolitistyrke, Trawnikimänner, under Globocniks kommando. John Demjanjuk var blant disse. Globocnik forsøkte å gjennomføre Generalplan Ost og snakket i 1940 om behovet for å bosette tyske gårdbrukere i Generalguvernementet som bolverk mot østlig påvirkning. Han arbeidet for å gjøre Lublin til et tysk bosettingsområde. Sent på høsten 1941 tømte han åtte landsbyer i Zamość-området for polske innbyggere. Globocnik arbeidet for at Lublin skulle ha den første rent tyske bosettingen i det østlige Polen, etter instruks fra Himmler. Tanken var å forflytte etnisk polske, og internere og drepe jødene, slik at det ble plass til tyske bosettere (særlig fra Volhynia). Fra november 1942 til sommeren 1943 hadde Globocniks menn fordrevet 100 000 beboere i 300 landsbyer for å gi plass til tyske bosettere. Enkelte innbyggere endte i Majdanek eller Auschwitz. 
I Lublin ansatte Globocnik østerrikere i nesten alle viktige stillinger og mange var Globocniks gamle kamerater. Hermann Höfle var hans nestkommanderende under Aksjon Reinhardt. Amon Göth fra Wien arbeidet i staben sammen med Höfle før han flyttet til Płaszów. Bygningsingeniøren Richard Thomalla kom fra Øvre Schlesien og ledet arbeidet med oppføring av de tre rene dødsleirene. Franz Stangl var en nær medarbeider. Ernst Lerch fra Klagenfurt var Globocniks personlige adjutant. Globocnik rekrutterte folk med erfaring fra T4 til drapsanleggene i det okkuperte Polen blant andre Franz Stangl. Den første gruppen på et titalls T4-folk, inkludert Christian Wirth og Josef Oberhauser, kom til Lublin oktober-desember 1941. I løpet av de første månedene i 1942 kom ytterligere mannskap fra T4. Viktor Brack besøkte Lublin i mai 1942 og diskuterte hvordan T4 kunne bidra til å utrydde jødene. Globocnik ba om å få flere T4-folk til disposisjon. T4-mannskapet var fritatt fra tjeneste nær fronten i øst av frykt for at de skulle bli tatt til fange og avsløre T4. I forbindelse med Aksjon Reinhardt sto de under Globocniks kommando og hadde SS-uniform, men fikk lønn fra T4 og reiste på ferie til T4s feriested i Østerrike. Ved Globocniks hovedkvarter var det perioder omkring 300 personer utlånt fra blant annet T4. I tillegg var det flere tusen Trawniki-menn som voktet drapsanleggene.
Konsentrasjonsleiren Belzec var den første tillintetgjørelsesleiren i Generalguvernementet og var i drift fra mars 1942. I Belzec ble fangene drept i et gasskammer med eksos fra en dieselmotor, og likene ble lagt i massegraver. Belzec var den første leiren med faste gasskamre som var utformet som et slags badehus. Sobibór var i drift fra april 1942, og der ble det også brukt eksos i gasskamrene, men likene ble brent. Den første Auschwitz-leiren var i drift som fangeleir fra 1940, og den første store fangetransporten dit var politiske fanger og polske motstandsfolk den 14. juni. Auschwitz II (Birkenau) ble anlagt fra oktober 1941 for å avlaste den opprinnelige leiren. De første fangene i Birkenau var krigsfanger fra felttoget i Sovjetunionen. Gasskamrene i Birkenau var klare til bruk i mars 1942, og der ble Zyklon B tatt i bruk til avliving av fangene. I Majdanek ble også Zyklon B brukt i gasskamre som var klare i september 1942.
Eutanasiekspertene fra T4 medvirket til utforming av drapsleiren Sobibór og den var i drift i slutten av april 1942. I Treblinka nær Warszawa ble den tredje drapsleiren satt opp tidlig på sommeren 1942. Små transittleirer ble satt opp nær hovedleirene og disse hadde ukrainske vakter. Belzec, Sobibór og Treblinka var små anlegg. Belzec var om lag 200 meter bred og 250 lang i et tynt befolket område med god jernbaneforbindelse. I Belzec fantes stort sett bare selve drapsanlegget (mottakelsesområdet, avkledningsrom og gasskamrene) samt innkvartering for vakter og jødiske tvangsarbeidere som håndtere likene. De små leirene skulle være hemmelige, men lokalbefolkningen kjente lukten og forsto hva som foregikk. 
Treblinka og Sobibór ble anlagt våren 1942, noe som ifølge Longerich tyder på at Globocnik senhøstes 1941 ikke hadde fått ordre om å forberede drap på alle jødene i Generalguvernementet. Himmler møtte 20. oktober 1941 Jozef Tiso, Vojtech Tuka og Alexander Mach fra Republikken Slovakia. De slovakiske lederne tok med glede i mot Himmlers tilbud om å deportere jødene fra Slovakia og dette kan ha vært bakgrunnen for anlegg av en utryddelsesleir nummer to ved Lublin, Sobibor. Opprinnelig var det bare jøder som ikke var av verdi som arbeidskraft som skulle likvideres. Trolig var det i april eller mai 1942 at Globocnik fikk ordre om systematisk å drepe alle jødene i området.
I juni 1942 uttrykte Globocnik at aksjonen mot jødene måtte gjennomføres så raskt som mulig slik at man ikke ble «stående midt opp i det» dersom det av en eller annen grunn ble stans i arbeidet. Himmler hadde også uttrykt at hurtighet var viktig for å kunne skjule det som foregikk. Himmler besøkte Globocnik i Lublin 19. juli 1942 og sa klart i fra at han ønsket total rengjøring (totale Bereinigung) i Polen; Himmler ville ha «forflytningen» av jøder fullført innen 31. desember 1942 og på den datoen skulle det ikke være noen jøder igjen i Generalguvernementet bortsett fra i interneringsleirer. Fra tidlig 1942 til februar 1943 falt antallet levende jøder i det vestlige og sentrale Polen med 1,75 millioner.
Drapstakten avtok omkring årsskiftet 1942-1943. I Belzec var drapsvirksomheten stanset, mens i Sobibór og Treblinka ble det trappet ned vinteren 1943 etter at holocaust i Generalguvernementet nesten var fullført. Leirene skulle stenges så snart alle lik var brent og sporene etter forbrytelsen var skjult. Himmler ga 5. juli 1943 ordre om at Sobibór ikke skulle avvikles, men omgjøres til en konsentrasjonsleir og lager for ammunisjon.
Aktion Erntfest («operasjon høstfest») ble gjennomført 3. november 1943. Da ble 43 000 jøder i slaveleirene Trawniki og Poniatowa (i Lublin-distriktet) og Majdanek drept - de ble skutt med maskingevær i massegraver. Operasjonen omfattet de gjenværende 18 000 jødene i Majdanek. Denne operasjonen avsluttet Operasjon Reinhard, den utslettet de gjenværende jødene i Lublin-området og var det største antallet drept av tyske styrker i en enkelt operasjon. Etter opprør i Warszawa, Bialystok, Treblinka og Sobior tidligere i 1943 bestemt SS å eliminere jødene i Lublin og omland. Jakob Sporrenberg planla og ledet operasjonen.

Białystok

Den polske byen Białystok med omland ble inntatt av tyske styrker 15. september 1939, men ble etter en uke overtatt av Sovjetunionen i 1939 i henhold til et hemmelig vedlegg til Molotov-Ribbentrop-pakten. De tyske styrkene inntok byen uten motstand fra den polske hæren. Omkring 100 jøder ble drept og en rekke jødiske eiendommer rasert av tyske styrker i løpet av den korte uken før tyskerne trakk seg tilbake til grenselinjen fastsatt i den hemmelige avtalen. Innbyggerne var lettet og ønsket de sovjetiske styrkene velkommen. Białystok ble hovedstad i «Vest-Hviterussland» i Sovjetunionen og fra oktober 1939 ble området integrert unionen. Vilnius (Vilna) ble overført til det da uavhengige Litauen. Mange flyktet østover fra det tysk okkuperte Polen blant annet til Białystok til grensen ble stengt i desember 1939. En stor del av de ikke-jødiske flyktningene reiste etter dette tilbake til tyskokkupert Polen, mens de fleste jødiske ble værende på sovjetisk side. Flyktningene i Białystok kom særlig fra Warszawa og Łódź, og utgjorde i slutten av 1939 omkring 33 000. Noen jødiske flyktninger reiste videre til Vilnius eller Lwów (Lviv) i håp om at situasjonen var bedre der. Ettervinteren 1940 ble både innbyggere og flyktninger tildelt sovjetisk statsborgerskap samtidig som polske dokumenter ble inndratt. Samme vår ga de nye myndighetene anledning for flyktningene til å vende tilbake til tyskokkupert område. En del jøder reiste tilbake av frykt for å miste kontakt med familien eller av skuffelse over sovjetiske myndigheter. Den sovjetiske okkupanten forfulgte tidligere sionister og andre jødiske aktivister samt tidligere kommunister. Det jødiske utdanningssystemet ble tvangsnedlagt. Sovjetiske myndigheter var fiendtlig til religion og jødenes religiøse organisasjoner ble stengt. NKVD gjennomførte flere omfattende deportasjoner, den siste var 20. juni 1941 og omfattet hovedsakelig jødiske som ble sett med kuvogner til det indre av sovjetisk territorium (blant annet Kasakhstan, Komi og Vologda). 
Ved invasjonen av Sovjetunionen inntok tyske styrker på nytt byen 26-27. juni 1941. Byen og distriktet ble administrert av den tyske okkupanten som Bezirk Bialystok. Planen var å integrere området i det tyske riket, dette ble ikke noe av og det var grensekontroll mellom Bezirk Bialystok og resten av det okkuperte Polen. Erich Kochble utnevnt til sivil administrator og han styrte fra sitt kontor i Østpreussen. Ved grensejustering etter andre verdenskrig ble deler av Bezirk Bialystok innlemmet i Sovjetunionen.
Polizei-Bataillon 309 fulgte like bak Wehrmacht og sammen med Wehrmacht-soldater drepte de raskt minst 2000 jøder. Minst 500 av ble stuet sammen i en synagoge som tyskerne satte fyr på - disse som forsøkte å unnslippe brannen ble skutt. Massakren 27. juni var satt i gang av noen få målrettede offiserer. Rettsoppgjøret i Vest-Tyskland pekte ut en troppsleder og kompanikommandant in bataljon 309 som fanatiske nazister. Ortodokse jøder ble skutt på gaten og fikk skjegget brent. Politimenn som uttrykte ubehag ved framferden ble avfeid. Kommandanten for 309 og Wehrmachts general på stedet brydde seg ikke og forsøkte senere å dekke over massakren og beskrev det som gjengjeldelse. Himmler kom til byen 8. juli, dagen etter kom politisjef Daluege og holdt en tale om kampen mot den store fienden, bolsjevismen. Bach-Zelewski ga 11. juli ordre om å henrette mannlige jøder «dømt» for plyndring, henrettelsene skulle skje i skjul utenfor byen. I landsbyen Jedwabne massakrerte sivile polakker 340 jøder 10. juli 1941.
Białystok-gettoen ble helt avstengt i november 1942 og hundrevis av jøder fra omlandet ble presset inn i gettoen. Tilreisende kunne fortelle om deportasjoner til Auschwitz og Treblinka, og i januar ble det kjent at gettoen skulle tømmes i februar, men bare noen tusen ble deportert til Treblinka i februar. Deportasjoner til Treblinka gikk blant annet i august 1943.

Lviv

Den daværende polske byen Lwów (ukrainsk: Lviv) var før andre verdenskrig en multietnisk by. Etnisk polske var så vidt i flertall med 157 000 av i alt 312 000 innbyggere. En tredjedel var jødisk 100 000 og 50 000 var etniske ukrainere. Høsten 1939 hadde 100000 flyktninger ankommet fra den tyskokkuperte delen av Polen. Byen ble omringet av tyske styrker 14. september 1939 etter invasjonen av Polen to uker før. Sovjetisk styrker angrep 17. september og polske styrker ga opp byen 22. september. Polske offiserer og menige ble internert av sovjetiske styrker, mange av offiserene ble henrettet i Katyn. Byen med omland var deretter besatt av sovjetiske styrker i henhold til avtale med Tyskland og ble forsøkt integrert i Sovjetunionen.
Tyske styrker inntok byen 30. juni 1941 etter angrepet på Sovjetunionen. Samme dag begynte lokalbefolkningen å hevne seg på jødiske innbyggere for overgrep og massakrer utført av NKVD. Jødene ble beskyldt for å ha samarbeidet med bolsjevikene. Tirsdag 1. juli utartet dette til et omfattende pogrom. Omkring 4000 jøder ble drept de to første dagene i juli. Byens jødiske innbyggere ble banket opp og ydmyket blant ved at de måtte krype på kne og vaske gatene med tannbørste. Noen av overgrepene ble filmet av tyske fotografer med sikte på publisering i Der Stürmer (det ble ikke noe av). Ukrainske nasjonalister tvang jøder til å grave opp likene av NKVDs ofre i Lviv og det østlige Galicia ellers. I tillegg til milits av etniske ukrainere deltok sivile innbyggere i overgrepene mot jødene. Tyske styrker hadde kontroll i byen og kunne stanset overgrepene om de ønsket. Tyske styrker, trolig fra Einsatzgruppe C, deltok også i drap på jøder, særlig fra 2. juli. Einsatzkommando 4b ankom Lviv ettermiddagen 30. juni. På dette tidspunktet var ikke utryddelsen av jødene trappet trappet opp til full skala og Einsatzgruppen fokuserte på å henrette stridsdyktige menn og menn fra intelligensiaen. I løpet av tre dager i slutten av juli henrettet ukrainsk milits rundt 2000 jøder på den jødiske gravlunden og i Lunecki-fengselet.

Brest

Tyske styrker angrep Brest og festningen der på første dag av Operasjon Barbarossa og hadde kontroll over byen etter seks dagers kamp. Nær halvparten av byens 50000 innbyggere var jødiske, og 5000 av disse ble henrettet i løpet av de første dagene under tysk okkupasjon. Resten ble stuet sammen i en ghetto og de fleste fra ghettoen ble massakrert utenfor byen sent på høsten 1942.

Ukraina

I alt ble minst 1 million ukrainske jøder drept.
Ved utbruddet av andre verdenskrig hadde sovjetrepublikken Ukraina omkring 1,5 millioner jødiske innbygger. Ved utgangen av oktonber 1941 hadde tyske styrker okkupert mesteparten av republikken og satte den under administrasjon som Reichskommissariat Ukraina. Det østlige Galicia ble lagt under Generalguvernementet. Mange ukrainere anså Sovjetunionen som en ulovlig okkupant og tok i mot den tyske invasjonen som en frigjøring. Waffen-SS rekruttere mange frivillige lokalt. Bukovina og Bessarabia ble overlatt til Romania som deporterte jødene derifra til den ukrainske provinsen Transnistria. Frem til sommeren 1942 ble 195 000 jøder deportert til Transnistria og mot slutten av 1943 var omkring 50 000 av disse i live. Mot slutten av 1943 var det i tillegg 20 000 igjen av de omkring 300 000 ukrainske jødene som bodde i området da det ble annektert av Romania.
I det vestlige Ukraina (Volhynia) massakrerte etniske ukrainere omkring 24000 jøder sommeren 1941. Tyske styrker inntok Kiev 19. september og i slutten av måneden ble 33 771 jødiske menn, kvinner og barn henrettet og dumpet i Babij Jar. Senere var det flere omfattende massakrer på stedet. Einsatzgruppe C var på plass i Kiev 25. september og beskyldte byens jøder for de mange minene som gikk av og brannene som startet. Etter at Wehrmacht hadde utkommandert voksne menn til tvangsarbeid var omkring 100 000jøder igjen i byen. De som ble henrettet i Babij Jar ble tvunget til først å kle av seg. Einsatzgruppe C rapporterte 3. november at 75 000 var drept i Babij Jar og klaget samtidig over at det fortsatt var gjenlevende jøder i området.
Odessamassakren 1941 kostet omkring 30 000 jøder livet i løpet av 22-23. oktober 1941. Tyske og rumenske styrker sammen med ukrainske medhjelpere utførte massakren.

Litauen

Av landets 210 000 jødiske innbyggere ble minst 95 % massakrert under den tyske okkupasjonen. Dette er det største enkeltstående tap av menneskeliv i Litauens historie og andelen overlevende jøder var den laveste blant landene berørt av Holocaust. Innen utgangen av 1941 var 80 % jødene i landet drept, utenom Latvia hadde ingen land gjennomgått et slikt massedrap allerede i 1941. Drapene ble i hovedsak utført av lokal litauisk milits og politi under tysk ledelse, og skjedde som regel ved skyting litt utenfor byene. Innenfor landets grenser overlevde bare 1700 jøder. I tysk fangenskap utenfor grensene overlevde 7000-8000 jøder. Omkring 170000 sovjetiske soldater døde i tysk fangenskap i Litauen.
Den første Judenaktion skjedde i Gargždai (litt øst for Klaipėda) da tyske styrker og politi henrettet 201 mennesker to dager etter invasjonen av Sovjetunionen. Gjerningsmennene hevdet etter krigen at ordren om å drepe hadde kommet fra Hitler selv (Führerbefehl) eller fra Walter Stahlecker (kommandant for Einsatzgruppe A), men ordren hadde kommet fra Hans-Joachim Böhme ved Staatspolizeistelle i Tilsit. Politimennene deltok i avrettingen vel vitende at de drepte uskyldige sivile. En rekke på ti menn ble stilt på kanten av gropen og den neste gruppen på ti menn måtte da sørge for at alle likene fra forrige runde havnet i massegraven. Dette ble den vanlige fremgangsmåten for massakrer bak østfronten.
Litauiske grupper begynte massakre på jøder i Kaunas etter oppfordring fra offiserer i Sicherheitspolizei og Sicherheitsdienst. Etniske litauere massakrerte omkring 5000-10000 jødiske litauere i spontane aksjoner før disse ble mer organisert under tysk ledelse. 
De første dagene ble i utgangspunktet bare mannlige jøder drept. I juli-august 1941 fant man ut at kvinner og barn ville bli en byrde også for lokalbefolkningen («unyttig spisere») og tyskerne bestemte seg for å kvitte seg også med disse. SS-oberst Karl Jäger utarbeidet en detaljert rapport med tid, sted og antall drepte, «Jäger-rapporten» er den mest detaljerte beskrivelsen av en Einsatzkommandos aktiviteter som er bevart.

Latvia

I 1920 hadde Latvia omkring 80 000 jødiske borgere og halvparten bodde i Riga, i Daugavpils var opp til 25 % av innbyggerne jødiske. Etter at Sovjetunionen deporterte flere tusen jøder til Sibir var det 70 000 jøder igjen da Tyskland invaderte i juni 1941. Seks måneder etter at tyske styrker tok kontroll i juli 1941 var 90 % av Latvias jødiske innbyggere drept. Omkring 12 000 jøder flyktet til Russland.  I Lativa overlevde bare 1,6 % av jødene som var i landet da Tyskland invaderte 1000 av 85 000. Halvparten av landets sigøynere ble drept.
Tyske styrker rekrutterte latviere til «forsvarsenheter», det vil si dødsskvadroner, som deltok i massakrene. Sent i november og tidlig i desember 1941 drepte Einsatzgruppe A sammen med Viktors Arājs milits 27 000 av Rigas jøder i Rumbula-skogen utenfor byen.  Tolv tyske politimenn (SD) drepte de 27 000 i Rumbula med maskingeværsalver, mens 1500 lokalt politi og Arajs-milits holdt vakt. I tillegg til latviske borgere ble omkring 25 000 jøder fra andre tyskkontrollerte områder deportert til Latvia og drept der. Arājskommando, en lokal milits, deltok også i massakre i erobrede områder av Sovjetunionen.

Estland

De estiske jødene var en marginal gruppe. I 1934 ble det opprett et professorat for jødiske studier ved Universitetet i Tartu og det var særlig jøder fra Latvia som søkte seg dit. Estland ble uavhengig av Russland i 1918. Det var utslag av antisemittisme i landet og jødene ble utsatt for noe diskriminering. Sovjetunionen okkuperte landet 21. juni 1940. I Estland var det 5000 jøder (eller 4500 og de fleste klarte å flykte. De 929 gjenværende ble drept i september 1941 og senere. Walter Stahleckers kart over utryddelse til 31. januar 1942 er 963 drepte angitt og Estland merket med «Judenfrei». Ved Wannsee-konferansen 20. januar 1942 på Eichmanns liste over jøder i Europa var Estland som første og eneste land listet som «jødefritt». Den estiske «selvforsvarsstyrken» (Omakaitse) utførte henrettelsene under ledelse av Einsatzkommando 1a. 900 franske jøder ble deportert til Estland og drept der. Over 100000 sovjetiske krigsfanger døde i tyske leirer i Estland. Mange estere anså den sovjetiske okkupasjonen som verre enn nazistenes. Estiske styrker deltok i massakrer på jøder blant annet i Navahrudak i Hviterussland. Det var få jøder i Estland og et større antall sigøynere ble drept.

Hviterussland

En del av jødene sendt til interneringsleirer eller getto i Minsk overlevde flere måneder og noen helt til 1943 eller 1944. I november 1941 fikk firmaet Topf i Erfurt bestilling fra SS' hovedkontor på et stort krematorium som skulle settes opp i Mogilev (Mahiljow). Planen var trolig å frakte en del av de europeiske jødene langs Prypjats og Dnepr til Mahiljow for avliving. Ovnene SS bestilte hadde en kapasitet på 3000 lik per dagen. Ved nyttår 1941 ble en ovn med fire kremeringskammer levert og montert. Tre ovner var klare til levering i august 1942, men disse ble omdirigert til Auschwitz. I Mahiljow var det en arbeids- og utryddelsesleir under kommando av Erich von dem Bach-Zelewski som hadde sitte hovedkvarter i byen (Einsatzgruppe B holdt til i Smolensk). Jødene i byen ble tvunget inn i en getto ved Dubrovenka-broen fra 25. september 1941, deretter ble jøder fra gettoen drept jevnlig. På Bach-Zelewskis ordre ble 2273 jøder drept 2. og 3. oktober (dette begynte samtidig med utslettelsen av alle større gettoer innenfor Hærgruppe Midts område), og 3726 ble drept 19. oktober og det var da 1000 jøder igjen i Mahiljow.
De to første ukene i august 1941 ledet Bach-Zelewski «opprenskingsaksjonen» i Pripjat-sumpene og omegn. Aksjonen ble gjennomført at SS-kavaleriet og Himmler ga ordre om å skyte mennene og drive kvinnene ut i sumpen for å la dem dø der. Bach-Zelewski rapporterte 7. august at antallet henrettede jøder i hans område var passert 30 000. I midten av august var Himmler selv i Minsk og var sammen med Bach-Zelewski tilskuer til at et hundretalls fanger inkludert kvinner og jøder ble henrettet. Henrettelsen var klønete utført og noen av kvinnene ble først bare såret, både Himmler og Bach-Zelewski var misfornøyde med manglende effektivitet. Himmler uttalte ved denne anledningen at ordren om å drepe utøy som jøder og slavere kom fra Hitler personlig at Føreren alene hadde ansvaret. I august og september undersøkte Bach-Zelewski muligheten for å bruke gas til avliving. Senere på høsten ble jøder fra selve Tyskland sendt til gettoen i Minsk for å bli avlivet der.

Tyskland

Deportasjon fra selve Tyskland til ghettoer i det okkuperte Polen og andre erobrede områder i øst begynte høsten 1941, senere gikk deportasjoner til rene utryddelsesleirer. Etter at nazistene kom til makten i 1933 hadde over 304 000 av de om lag 525 000 jødiske tyskerne flyktet eller blitt presset til å emigrere. Av 237 723 gjenværende jøder i Tyskland i 1939 ble 165 200 myrdet. De siste deportasjonen fra selve Tyskland til Theresienstadt og Auschwitz gikk tidlig i 1943. Jødiske tyskeres eiendeler ble beslaglagt av staten og fordelt etter egne bestemmelser.
NSDAP under ledelse av Adolf Hitler kom til makten i Tyskland 30. januar 1933 og forfølgelsen av og utstøtelsen av landets 525 000 jøder begynte nesten med en gang. Regimet ønsket å få flere jødiske tyskere til å emigrere. Med Krystallnatten i 1938 ble de antijødiske tiltakene trappet opp. De tyske jødenes pass ble da stemplet med J etter påtrykk fra Sveits og Sverige, slik at de to landene kunne nekte jødiske flyktninger adgang uten å stenge andre tyske borgere ute.
Vold, økonomisk press og etterhvert tvang ble brukt for å få jøder til å emigrere fra Tyskland til blant annet Palestina. Etter Eichmanns arbeid med å presse jødiske østerrikere til å utvandre, opprettet Heydrich en tilsvarende ordning i selve Tyskland fra januar 1939. Fra januar til mai 1939 ble omkring 34 000 jøder presset til å utvandre fra selve Tyskland (Altreich). Formelt hadde jødiske borgere av Tyskland anledning til å utvandre også etter krigsutbruddet..
Polske myndigheter gjorde polske jøder bosatt i Tyskland og Østerrike statsløse, og det var da over 70 000 jøder uten pass som ikke kunne emigrere. I slutten av oktober 1938 ble 17 000 av disse passløse polske jødene sendt med godsvogner til den tysk-polske grensen. Dette var den første storstilte og koordinerte deportasjonen av jøder.

Østerrike

Østerrike ble annektert av Tyskland i mars 1939. I 1938 var det omkring 200 000 jødiske borgere i landet ifølge definisjonene i Nürnberglovene. Dette utgjorde 40 % av jødene i det utvidete tyske riket. Antisemittismen tiltok straks etter Anschluss med plyndring, konfiskering av eiendom og offentlig ydmykelse. Jøder som ønsket å forlate landet måtte i praksis etterlate mesteparten av sine eiendeler fordi det ikke fantes noen lovlig måte å ta med seg verdier ut av landet. Det ble også innført en egen avgift for utvandring. Reichsfluchtsteuer. I august 1938 ble Zentralstelle für jüdische Auswanderung (sentralkontoret for jødisk utvandring) etablert under ledelse av Adolf Eichmann. Offisielt ble kontoret ledet av dr.juris. Walter Stahlecker (senere leder av Einsatzgruppe A), men reell leder var Eichmann. Våren 1938 hadde Eichmann forsøkte å stimulere jøder til å utvandre, fra august ville han få en raskere byråkratisk prosess og samtidig måtte jødene gi fra seg alle sine verdier for å et gyldig pass og utreiseløyve. Innen mai 1939 hadde halvparten av de jødiske østerrikerne flyktet fra landet. Heydrich foreslo å opprette en tilsvarende ordning som Eichmanns kontor i selve Tyskland. I januar 1939 ble Reichszentrale für jüdische Auswanderung etablert i Berlin med Heydrich som leder etter oppdrag gitt av Göring i november 1938. Tilsvarende kontorer ble satt opp i Amsterdam og Praha underlagt Reichszentrale i Berlin. Fra januar til mai 1939 ble omkring 34.000 jøder presset til å utvandre fra Tyskland (Altreich) og omtrent samme antall fra Østerrike. Omkring 120 000 jøder forlot Østerrike før holocaust, av de gjenværende overlevde om lag 9000.

Tsjekkoslovakia

Tyskland innlemmet sudettyske områdene etter Münchenavtalen. I mars 1939 tok Tyskland kontroll over resten av Böhmen og Mähren og opprettet av Riksprotektoratet Böhmen-Mähren. Samtidig ble Republikken Slovakia opprettet og en marionettregjering innsatt. En stripe langs grensen ble avstått til Ungarn som dessuten annekterte det østligste området ved Karpatene. Et stort antall tysktalende tsjekkere (sudettyskere) ble rekruttert til Wehrmacht og Schutzstaffel (SS), og mange var involvert i overgrep mot befolkningen.
 
I hele Tsjekkoslovakia utgjorde jøder 75-80 % av alle dødsofre under andre verdenskrig. Flere tusen sigøynere (opptil 7000 ifølge Sniegon) ble deportert til Auschwitz eller drept på annen måte Av de 92199 jødiske innbyggere i Riksprotektoratet ved begynnelsen av okkupasjonen ble 78 154 drept av okkupasjonsmakten, 14045 overlevde.  I republikken Slovakia ble minst 60 000 drept. Områdene annekterte av Ungarn (det sørlige Slovakia og Transkarpatia) hadde i 1939 en jødisk befolkning på 142 000–148 000, hvorav 114 000–120 000 ble drept ved Holocaust i Ungarn. I alt ble 260 000 av landets omkring 350 000 jøder drept (regnet etter grensene av 1937). 
Jødene i Slovakia var blant de første som ble deportert til dødsleirer i Polen. Fra mars til oktober 1942 ble 57 628 (to tredjedeler av landets omkring 90 000) jøder deportert fra Republikken Slovakia til dødsleirer ( i Generalguvernementet i det okkuperte Polen, omkring 300 av disse overlevde. Blant de overlevende var Rudolf Vrba som flyktet fra Auschwitz og skrev en detaljert rapport om forholdene. Deportasjonene ble utført av den tyskvennlige regjeringen under Jozef Tiso og Vojtech Tuka etter avtale med Himmler. Da president Jozef Tiso fikk kjennskap til at de deporterte jødiske slovakene ble utryddet holdt han igjen videre deportasjoner av de gjenværende 24 000.  Det totale tallet på ofre kan være så høyt som 71 000. Deportasjonen fra Slovakia dannet trolig mønster for senere deportasjoner fra okkuperte områder. 
I 1938-1939 kom det tsjekkoslovakiske jøder som flyktninger til Norge, blant annet legen Leo Eitinger som overlevde både Auschwitz og Buchenwald. Nansenhjelpen ordnet innreisetillatelse for 60 barn og 200 voksne jøder fra Tsjekkoslovakia etter Hitlers okkupasjon våren 1939.
Konsentrasjonsleiren Theresienstadt ble etablert i den tsjekkiske byen Terezín. Fra Theresienstadt ble jøder transportert til drapsanleggene i det okkuperte Polen. I perioden november 1941 til tidlig 1943 ble først 70 000 fra Böhmen-Mähren og etter hvert 60 000 jøder fra Tyskland, Nederland, Belgia og Danmark internert i Theresienstadt. Theresienstadt fungerte som propaganda for regimet og vist frem som en god jødisk bosetting. I realiteten var forholden i Theresienstadt ille og mange døde før de ble deportert. De fleste ble sendt videre til andre leirer og færre enn 20 000 overlevde.

Etterspill

De fleste sudettyskere ble etter krigen fordrevet som følge av de såkalte Beneš-dekretene og Potsdamavtalen. Dekretene opphevet statsborgerskap for tysktalende tsjekkoslovaker som ikke kunne bevise sin lojalitet til Tsjekkoslovakia. Sommeren 1945 kom jøder deportert av nazi-regimet tilbake til landet. Omkring 20 000 jøder kom tilbake, litt over 10 % av den jødiske befolkningen fra før krigen. Jøder innvandret også fra Karpato-Ruthenia som Sovjetunionen hadde annektert. Jøder ble ikke tatt godt i mot Tsjekkoslovakia og andre østeuropeiske land etter krigen. I rapport til eksilregjeringen i London het det at «etter krigen vil ikke jødene kunne returnere til stillingene som de hadde tidligere». Noen jøder ble utvist fordi de ble kategorisert som tyske. De få overlevende jødene som ble værende tok en tsjekkoslovakisk (og anti-tysk) ikke-religiøs identitet etter krigen.

Wannsee-konferansen

Hovedmålet med holocaust var eliminering av jødene i Europa, ut fra det som nasjonalsosialistene kalte «Den endelige løsning på det jødiske problem». Den 20. januar 1942 sammenkalte Reinhard Heydrich femten høyt rangerte medlemmer av SS, NSDAP, den nasjonalsosialistiske politiledelsen og ledere av ulike departement til en konferanse i Berlin ved innsjøen Wannsee. Wannsee-konferansens formål var å trekke opp retningslinjene for hvordan utryddelsene rent praktisk skulle gjennomføres. I protokollen fra konferansen ser man at tanken var å myrde 11 millioner jøder, selv om ord som «massemord» og «utryddelse» ikke ble nevnt. RSHA koordinerte utryddelsene og Ernst Kaltenbrunner overtok som sjef der etter drapet på Heydrich. Kaltenbrunner var barndomsvenn av Adolf Eichmann.
På Wannsee-konferansen 20. januar 1942 ble samordning av den allerede påbegynte jødeutryddelsen diskutert.

Vest-Europa

Våren og sommeren okkuperte Tyskland Norge, Danmark, Nederland, Belgia, Luxembourg og Frankrike. I disse landene ble det ikke opprettet lukkede gettoer som i Polen. Det ble innrettet noen lokale leirer i disse landene dels for internering av utenlandske jøder og senere som transittleirer ved deportering til Øst-Europa. Forholdene i disse leirene var generelt langt bedre enn leirer i Tyskland og Øst-Europa. Fra våren 1942 måtte jøder i Belgia, Nederland og Frankrike gå med jødemerke på klærne, noe som var et tiltak for å skille jøder fra andre innbyggere før deportasjonen og samtidig skapte det til dels mer sympati med jødene i befolkningen ellers. I Frankrike og Belgia var landets egne borgere bedre beskyttet enn jøder med annet statsborgerskap. Frankrikes topografi og plassering gjorde flukt lettere enn i det flate og innstengte Nederland. Sveits og Spania utgjorde mulige fluktruter. I Frankrike ble det satt opp interneringsleirer for utenlandske jøder, disse leirene tok okkupasjonsmakten kontrollen over og brukte dem som transittleirer ved deportering til utryddelsesleirene i Øst-Europa. Fra Vest-Europa ble jøder deportert fra sommeren 1942 til 1944 til forskjellige leirer, der Auschwitz var den viktigste.
Fra det okkuperte Frankrike ble jøder deportert til Auschwitz fra 27. mars 1942. Fra den «frie sonen» som ble kontrollert av Vichy-regimet, ble jøder deportert til den okkuperte delen av Frankrike fra august 1942. I det okkuperte Belgia ble jøder internert og deportert østover fra 4. august 1942. Etter tysk seier i slaget om Frankrike ble landet delt i en okkupasjonssone i nord og i sør Vichy-regimet som samarbeidet med nazistene. Etter tysk kontroll over Frankrike foreslo de tyske utenriksdepartementet å samle fire millioner europeiske jøder på Madagaskar som var en fransk koloni. Etter at britiske styrker inntok øya ble planen lagt bort. Jødene under Vichy-regimet var i utgangspunktet tryggere enn jødene i den tyske sonen i nord. Jødene kunne også flykte til den smale stripen okkupert av Italia og mange franske bønder skjulte jøder, spesielt barn. I Belgia og Frankrike var landets egne borgere bedre beskyttet enn flyktninger fra andre land. I Nederland, Danmark og Norge hadde statsborgerskap liten betydning for jødenes skjebne.
Omkring 25 prosent av Frankrikes 350 000 jøder ble deportert og drept, fra Belgia ble 40 prosent deportert, mens 75-80 prosent av de omkring 140 000 jødene i Nederland ble drept. Fra Nederland ble 110 000 deportert til utryddelsesleirene og av disse overlevde 5000. Etter Nederland var Norge det vesteuropeiske landet med størst relativt tap av den jødiske befolkningen. Jødene i Nederland var godt integrert i samfunnet og det var relativt lite antisemittisme. I 1940 var det i tillegg til nederlandske borgere 15 000 flyktninger. Personer som tok seg ulovlig inn i Nederland ble holdt i Westerbork. Halvparten av Nederlands jøder bodde i Amsterdam. Det okkuperte Nederland ble var underlagt sivilt tysk styre bestående av en gruppe SS-folk fra Østerrike. Den sivile nederlandske statsadministrasjonen som var igjen i landet adlød det sivile tyske styret. Belgia hadde en eksilregjering i London og belgiske tjenestemenn støttet ikke det tyske styret i landet. I januar 1941 ga Arthur Seyss-Inquart ordre om at alle jøder måtte registrere seg: 160 820 fulgte ordren og få unnlot, av disse var 140 000 jøder ifølge den tyske regelen om minst 3 jødiske besteforeldre. Deportasjonen fra transittleiren Westerbork til utryddelsesleirene i Polen begynte i midten av juli 1942. Sammenlignet med Frankrike, Belgia og Nederland gikk interneringen og deporteringen av jødene i Norge svært raskt. 
De vel 7000 jødene i Danmark skulle etter planen interneres og deporteres høsten 1943. Den danske regjeringen vernet om sine jødiske innbyggere, og gjennom en stor aksjon klarte 95 prosent å komme seg til Sverige. De fleste danske jødene som ble deportert overlevde med hjelp fra Danmark og bare 77 ble drept. Av de danske jødene ble 477 deportert (en stor del skrøpelige eldre som ikke klarte å flykte) til Theresienstadt der de blant annet fikk pakker hjemmefra og besøk av Røde Kors. Omkring 60 døde dansker av sykdom og alderdomssvakhet. Fra Norge ble 770 jøder deportert i 1942 og 1943, av disse overlevde omkring 30. Arvid Brodersen mener at advarsel fra tyske motstandsfolk og direkte støtte fra sentrale personer i okkupasjonsmakten var avgjørende for redningen av de danske jødene. Blant annet var holdningen hos riksfullmektig i Danmark, Werner Best, og hans fortrolige Georg Ferdinand Duckwitz vesentlige. Danskene ble også varslet av Moltke som (i september 1942 ifølge Brodersen) også hadde advart om en forestående aksjon mot jødene i Norge. Werner Best advarte også ledelsen i Berlin om at en aksjon mot de danske jødene ville bli møtt med sterke protester og ville skade samarbeidet med danskene.
Ifølge Bruland var registrering og merking av jøder et avgjørende grunnlag for den anti-jødiske politikken i Tyskland og okkuperte områder i Vest-Europa. I Belgia, Nederland og Frankrike ble «jøde» definert i egne bestemmelser høsten 1940. I disse tre landene var det okkupasjonsmakten som gjennomførte tiltakene, mens det i Norge var norsk politi og byråkrati som sto for gjennomføringen. Ifølge Per Ole Johansen var det nederlandske byråkratiets og politiets servilitet overfor okkupasjonsmakten medvirkende til omfanget av holocaust i Nederland. Det tyske politiet var for få til å kunne gjennomføre aksjonen uten det norske politiet. Det var ingen organiserte protester mot deportasjonene fra embetsverkets side.

Tysklands allierte

Bulgaria var alliert av Hitlers Tyskland og landet innførte streng anti-jødisk lovgivning. Det bulgarske regimet satte seg mot utlevering av sine omkring 50 000 jødiske borgere. Fra Makedonia og Trakia annektert i 1941 fikk ikke jødene beskyttelse av bulgarske myndigheter og fra disse områdene ble det deportert 11 000 jøder til utryddelsesleirene tidlig i 1943. Deportasjonene skjedde etter en avtale fremforhandlet av Adolf Eichmanns utsending i Bulgaria. Eichmann reserverte 26 tog til operasjonen. Flere hundre døde underveis og likene ble kastet ut av vognene ved stans underveis. Transporten gikk til Treblinka der alle ble avlivet. Ofrenes eiendom ble avhendet og salgssummen (fratrukket kostnaden ved transporten til Treblinka) ble satt på konto. 
I Finland var det omkring 2000 jøder. Den finske regjeringen ville ikke utlevere egne borgere og heller ikke jødiske flyktninger fra andre land. Andre kilder oppgir at 11 av Finlands 2300 jøder ble drept i konsentrasjonsleirer.

Italia

Italia var en alliert av Tyskland og deporterte ikke sine jødiske borgere. Den italienske okkupasjonsmakten i Jugoslavia og Albania tok i mot jødiske flyktninger og utleverte ikke jøder. Det var omkring 50 000 jødiske borgere i landet (inkludert Rhodos) og omkring 7000 forlot landet etter at Mussolini iverksatte antijødiske tiltak fra 1938. Etter at Italia gikk over til alliert side og tyske styrker tok kontroll ble omkring 8000 italienske jøder deportert fra 16. oktober 1943. Deportasjonene fra Italia begynte 12. september 1943 da Himmlers mann i Roma fikk ordre fra Berlin om å deportere jødene i byen. Ernst Kaltenbrunner sendte ny ordre 7. oktober om at en rask og grundig fjerning av jødene i Italia var absolutt nødvendig. Den tyrkiske konsulen på Rhodos, Selahattin Ülkümen, tok stor personlig risiko da han forsøkte å redde øyens jødiske innbyggere fra deportasjon. De fleste av Rhodos 1700 jøder ble deportert til Auschwitz i juli 1944.
Etter at massakrene under Aksjon Reinhardt var fullført flyttet en god del av SS-personalet, blant andre Odilo Globocnik og Hermann Höfle, til Nord-Italia, med base i San Sabba rett utenfor Trieste. Der drev Globocnik jakt på partisaner og gjenværende jøder. På øya Arbe ved Rijeka og i Abazia ble gjenværende jøder samlet og ført til leiren Sussak. En del jøder ble drept i Sussak, de øvrige i drapsanlegget Risiera di San Sabba. Simon Wiesenthal skriver at Globocnik forsøkte å unngå at hans lojale medhjelpere skulle bli tatt til fange av de allierte der de kunne komme med tilståelser. I kamp med partisanene i Jugoslavia var det stor mulighet for at de ikke ville overleve. Franz Reichleitner og Christian Wirth ble drept av partisaner. Gustav Franz Wagner og Franz Stangl overlevde krigen og flyktet til Brasil. Ernst Lerch prøvde å gjemme seg i Kärnten sammen med Globocnik.

Ungarn

Fra 15. mai til 8. juli 1944 ble 437 402 jøder sendt fra Ungarn (inkludert Transilvania) til Auschwitz for å bli avlivet. Hver dag på forsommeren ble omkring 12 000 jødiske ungarere sendt med tog gjennom Slovakia til utryddelsesleiren. Ungarn hadde i 1944 det siste intakte jødiske samfunnet i Europa og dette var den siste store transporten til Auschwitz. Ungarn var formelt en uavhengig stat med mange utenlandske legasjoner og diplomater fra nøytrale land kunne kommunisere fritt med omverdenen. Internasjonalt press på den ungarske regjeringen førte til at deportasjonene stanset 8. juli. Ungarns provinser var praktisk talt tømte for jøder, mens i Budapest og omland var omkring 300 000. Etter deportasjonene til Auschwitz var de gjenværende jødene samlet i arbeidsleirer eller i Budapest der flere tusen ble myrdet før byen ble frigjort.
Holocaust i Ungarn omfattet også landområder Ungarn hadde avstått etter 1. verdenskrig, blant annet nordre Transilvania. Innenfor Ungarns grenser av 1930 bodde det 445 000 jøder, og 725 000 i 1941 innenfor de utvidete grensene. I Ungarn tiltok forfølgelsen av jødene under antisemitten Miklós Horthy der de første antijødiske lovene kom i 1938 og i 1941 ble det innført lover som minner om Nürnberglovene. Den ungarske regjeringen unnlot å etterfølge tysk krav om å deportere sine jødiske borgere, bortsett fra 18 000-22 000 som ble deportert til Galicia i Ukraina fordi de angivelig ikke var ungarske statsborgere og der ble de fleste myrdet sammen med lokale jøder. De jødiske ungarerne følte likevel at de var relativt trygge under Horthys regime. Da tyske styrker i mars 1944 tok kontroll over Ungarn kom Adolf Eichmann og hans mannskap til landet og internerte jødene og gjennomførte deportasjonene. Massakre på jøder i det okkuperte Polen og Sovjetunionen var trolig kjent i Ungarn en tid før dette, men det er uklart om systematikken og omfanget var kjent.

Romania

Bukovina og Bessarabia ble annektert av Sovjetunionen i 1939, og Ungarn overtok nordlige Transilvania og Dobrudsja ble overført til Bulgaria. Regimet kollapset og Ion Antonescu kom til makten. Antonescu oppnådde diktatorisk makt og dannet en fascistregjering med offiserer og folk fra Jerngarden. Landet hadde i 1930 760 000 jødiske borgere, vel 4 % av befolkningen, redusert til 342 000 etter avgivelse av territorier. Antonescu og hans jerngarde begynte terrorisering av jøde og beslagla eiendom og forretninger. I oktober 1940 ble jøders eiendom på landsbygda beslaglagt, deretter ble fabrikker, båter, boliger og annen eiendom beslaglagt. Antonescu innførte dessuten en lov som gjorde at jøder kunne settes til tvangsarbeid. Jerngarden drepte 21-23 januar 1941 drepte 127 jøder i București og plyndret eiendeler.
Romania deltok i Tysklands angrep på Sovjetunionen i juni 1941. Rumenske og tyske styrker inntok Bukovina, Bessarabia og Transnistria inkludert Odessa. I Bessarabia var over 7 % av befolkningen jøder, mens majoritetsbefolkningen var overveiende etniske rumenere. Jødene i Bessarabia ble utsatt for mer diskriminering enn jøder i andre deler av Romania for eksempel når det gjaldt yrkesvalg og utdanning. Antisemittisme var utbredt. Befolkningen i Transnistria var hovedsakelig etnisk ukrainsk i tillegg en del jøder, russere og rumenere. 
I Bessarabia og nordre Bukovina ble 150 000 massakrert i juli og august 1941, samtidig ble eiendommer plyndret. De overlevende ble deportert til Transnistria i september og oktober. De deporterte måtte til dels gå til fots i flere uker. Underveis ble mange plaget og banket opp av lokalbefolkning som sto oppstilt langs veien. I Transnistria var det vanligere at lokalbefolkningen hjalp kolonnen av deporterte med mat. I løpet av vinteren mottok de deporterte noe nødhjelp fra jøder i det rumenske kjernelandet - nødhjelp som ikke ga tilstrekkelige forsyninger for de deporterte og de fastboende. I Transnistria ble jødene massakrert av SS-styrker, rumenske soldater, rumensk politi (gendarmerie) og lokale kollaboratører fra ukrainsk politi og frivillige etnisk tyske. Området de deporterte kom til var ikke klargjort til å hus mange tusen mennesker. Mangel på mat, rent vann og kloakk medvirket til tapstallene. I alt var tapstallene i Transnistria (årene 1941-1944)250 000 der omkring 130 000 var jøder som bodde der fra før. Rumenske styrker oppfordret innbyggerne i Bessarabia, Bukovina og Transnistria til å angripe jødene. Befolkningen i Bessarabia var særlig ivrig i å banke opp, rane og drepe jødene, sammenlignet med befolkningen i Transnistria som begikk få overgrep. Innbyggerne i området (hovedsakelig Moldova) medvirket eller var vitne til det som foregikk. Noen tusen overlevende fra Bessarabia og Bukovina ble ikke deportert til Transnistria for å unngå mangel på håndverkere. 
Jødene i det rumenske kjerneområdet (Regat) ble i hovedsak ikke rørt, forskningsresultater tyder på at den rumenske regjeringen var forberedt på aksjoner også mot disse. Holocaust i Romania ble i hovedsak utført av det rumenske regimet og store deler av myndighetenes apparat var involvert. Jødene i Transilvania delte skjebne med jødene i Ungarn der omkring tre fjerdedeler ble drept i krigens siste år.

Hellas, Albania og Jugoslavia

Etter Italias invasjon av Albania i oktober 1940 angrep Italia også Hellas som slo tilbake og tok en del av Albania. I april 1941 fikk den italienske hæren bistand av tyske styrker og tross britisk støtte ga greske styrker opp. Ved innledning til krigen var det 77 000 jøder i Hellas hvorav tre fjerdedeler bodde i Thessaloniki. De fleste jødene i Hellas ble deportert til dødsleirene i perioden mars-august 1943, noen også sommeren 1944. Transporten gikk med kuvogner på jernbanen via Serbia, Kroatia og Wien.
Jugoslavia ble i mars 1941 tvunget til å samarbeide med aksemaktene og Tyskland invaderte 6. april etter et motrevolusjon, og landet gikk i oppløsning som stat. I 1941 var det 80 000 jøder i landet medregnet noen tusen flyktninger fra blant annet Italia. Jødene bodde særlig i hovedbyene Beograd, Zagreb og Sarajevo. Det var generelt lite antisemittisme i landet før krigen. Etter tysk press innførte myndighetene enkelte antijødiske lover. Ustasja-regimet i Kroatia medvirket i massedrapene og innen våren 1943 var de fleste jødene i Kroatia drept. I Serbia ble jødene drept av tyske enheter blant annet med gassvogner i Sajmište konsentrasjonsleir. Adriaterhavskysten var kontrollert av Italia og der overlevde de fleste. De italienske okkupasjonsmakten i Jugoslavia og Albania tok i mot jødiske flyktninger. Opp til 2000 jødiske flyktninger kom til Albania der det bare var 200 jøder fra før. Alle overlevde krigen tross italiensk og tysk okkupasjon. I Kosovo ble halvparten av jødene drept.

Frigjøring

I løpet 1944 og 1945 ble områder med internerte gradvis frigjort av allierte styrker. Flere tusen av de som fortsatt var i liv var så svake at de døde kort tid etter frigjøringen. Velmenende alliert personell ga de utsultede fangene mat og mange død av mat som de nedbrutte kroppene ikke tålte. En del fanger hevnet seg på sin tidligere fangevokter.

Omfanget av utryddelsen

Et allment akseptert tall på jødiske drepte som følge av holocaust, er 6 millioner. Anslag utført av historikere varierer imidlertid fra 4,8 millioner til over 6 millioner. Men om en tar med de andre gruppene som var omfattet av massakrene, regnes 11 millioner for å være et pålitelig tall, skjønt enkelte estimater ligger på opp mot 26 millioner. I tyskkontrollert område ble i gjennomsnitt to tredjedeler av jødene drept. Andelen drepte var høyest i Polen, Baltikum, Nederland, Jugoslavia, Hellas og protektoratet Böhmen-Mähren. Andelen overlevende var høyest (mer enn halvparten) i Danmark, Frankrike, Italia, Belgia, Luxembourg og Norge. Andelen drepte i Nederland skiller seg tydelig ut fra andre vesteuropeiske land og er på høyde med Øst-Europa. I Litauen ble 95 % av landets vel 200 000 jødisk borgere drept. Fra selve Tyskland hadde omkring 300 000 av landets vel 500 000 jødiske borgere forlatt landet før krigen, ytterligere 13000 emigrerte til 1. oktober 1941 da utreiseforbud ble innført. I Østerrike var 185 000 jøder ved Anschluss, og 120 000 av disse hadde emigrert før krigen. En del av de tyske og østerrikske jødene hadde slått seg ned i Nederland, Belgia og Frankrike, og fra disse landene ble omkring 100 000 statsløse (trolig en stor del tyskere og østerrikere) jøder deportert. Omkring 9000 av de vel 60 000 jødene i Østerrike overlevde.

Riegner-telegrammet

Gerhart M. Riegner ved World Jewish Congress i Genève sendte 8. august 1942 et telegram (via amerikansk og britisk utenriksstasjoner) til organisasjonens kontorer i London og New York. Meldingen kom frem til Stephen Samuel Wise, president i organisasjonen, 28. august 1942. Telegrammet meldte at det tyske regimet diskuterte planer om i et sveip («at one blow») å drepe opp til 4 millioner jøder i Øst-Europa ved hjelp av hydrogencyanid (blåsyre). Advarselen om de (mulig) tyske planene fikk Riegner fra den tyske industrimannen Eduard Schulte. Schulte hadde ofte tjenesreiser til Schlesien og til Sveits, i Sveits holdt Schulte kontakt med blant andre Allen W. Dulles. Stephen Wise tok opp saken med USAs viseutenriksminister Sumner Welles, som syntes det var ulogisk å drepe jødene når tyskerne hadde behov for arbeidskraft. En amerikansk etterretningsoffiser som oppsummerte Riegners melding kalte det «a wild rumor inspired by jewish fears». I november 1942 informerte Sumner Welles Stephen Wise at telegrammet fra Riegner var bekreftet av andre etterretningskilder. Stephen Wise holdt 24. november en pressekonferanse der han fortalte om tyskernes planer om å drepe alle jødene og at likene blant annet ble brukt til å lage såpe og gjødsel. Dette ble omtalt i enkelte aviser og Himmler fikk trolig kjennskap til avisoppslagene. Himmler skal i september ha fått kjennskap til at Wise informerte Welles og ble enda mer opptatt av hemmelighold enn tidligere. Opplysningene som ble formidlet i telegrammet hadde to feil: Prosjektet med å drepe jødene var allerede godt i gang og det hadde så stort omfang at det ville ta mange måneder. Browning mener at i den historiske konteksten må telegrammet forstås som «an astonishingly accurate piece of wartime intelligence».

Offentlig omtale

I november 1941 rapporterte Jewish Telegraphic Agency at 50 000 ble massakrert i september i Kiev (stedet ble senere påvist som Babij Jar). Rapporter som dette omtalte ikke noen plan eller noe mønster i mordene, og ble til dels oppfattet som for ville til å bli trodd.
I løpet av 1942 ble det allment kjent at det foregikk deportasjoner og massedrap andre steder i Europa. «Endlösung» ble første gang omtalt i The Times 2. april 1942 etter en massakre på nederlandske jøder i Mauthausen, – massakren utløste en omfattende streik i det okkuperte Nederland. Massedrapene i øst ble for alvor alminnelig kjent etter at den polske eksilregjeringen i juni 1942 publiserte en rapport som anslo tallet på drepte jøder til 700 000, BBC gjenga 2. juni hovedpunktene i rapportene. Den illegale avisen London-Nytt videreformidlet nyheten 27. juni 1942: «Over 700 000 er blitt myrdet av nazistene i Polen.» Avisen Volk en Vaderland i Rotterdam meldte 13. november 1942 at det snart ville være slutt på antijødiske demonstrasjoner fordi det ikke ville være noen jøder igjen.
Jødeforfølgelsene ble omtalt av BBC og britiske aviser (som The Times, The Guardian og Daily Mail), der det sommeren 1942 ble meldt om én million massakrerte jøder. Det svenske utenriksdepartementet fikk høsten 1942 melding om fabrikklignende utryddelsesleirer i Polen, og den svenske konsulen i Stettin meldte 20. august 1942 at det foregikk massemord blant annet ved bruk av gass. En annen svensk diplomat formidlet personlige opplysninger fra SS-mannen Kurt Gerstein som selv hadde sett «likfabrikken i Belzec». Det svenske utenriksdepartementet hadde også informasjon om massakrer på jøder i Latvia. Foreign Affairs skrev i juli 1942 om Hitlers omfattende folkeforflytninger i erobrede områder, herunder fordriving av jøder til «reservater», gettoer og konsentrasjonsleirer, og at 6,9 millioner jøder hadde kommet under tysk herredømme: «How many of these were killed by the war, by starvation or by organized Nazi terror,...., cannot be stated exactly.» Göteborgs Handels- och Sjöfartstidning skrev 13. oktober 1942 om «utrydningskrigen» mot jødene, og Eskilstuna Kurieren kommenterte også saken 21. oktober.

Sverige

Frem til slutten av 1942 hadde svensker bosatt i Warszawa formidlet informasjon om forholdene via det nøytrale Sverige. De rapporterte også til den svenske utenriksministeren og til hærens stabssjef. Carl Wilhelm Herslow, Sven Norrman (ansatt i ASEA) og Carl Gösta Gustafsson hadde mange jødiske bekjente som de holdt kontakt med og forsøkte å hjelpe. I et tilfelle i 1942 gikk Norrman inn i ghettoen og tok flere filmer som senere ble overlevert til polsk etterretning i Stockholm. Mange av svensken ble arrestert av Gestapo fra juli 1942, mens Norrman lot være å reise tilbake til Polen. Den svenske ruten var stengt da Jan Karski formidlet sin detaljerte rapport og likvideringen av Warszawa-ghettoen begynte.
Den amerikanske ambassadøren til Sverige, Hershel Johnson, rapporterte til Washington 5. april 1943 at det bare var 50 000 igjen av Warszawas 450 000 jødiske innbyggere. Johnson skrev i meldingen til Washington at historien han formildet var så «fantastisk» at nølte med å ta den inn i en offisiell rapport.

Sovjetunionen

Sovjetiske myndigheter hadde omfattende etterretning fra kommunister bak tyske linjer og det var lettere å rømme til sovjetisk område enn vestover. NKVD fikk detaljer om Auschwitz i november 1943, og fortsatte å få motta etterretning i 1944. A.S. Piatko og V.J. Pugev tok seg fra Auschwitz gjennom Østfronten og ga detaljer om gasskamrene og krematoriene til NKVD i Ukraina i november 1943. I 1944 fikk sovjetiske myndigheter informasjon fra en SS-mann som hoppet av østover. Sovjetiske styrker frigjorde Majdanek 3. juli 1944. General Petrenko fikk der tak i dokumenter med detaljer om Auschwitz og andre dødsleirer, deler av Majdaneks administrasjon ble også arrestert. NKVDs informasjon ble sammenstilt til en rapport 31. august 1944.

Mulig bombing av Auschwitz

Det har vært en omfattende akademisk diskusjon om Auschwitz og jernbanelinjen til leiren kunne ha vært bombet av de allierte for å stanse massemordet og deportasjonen. Særlig muligheten for å redde de jødiske ungarerne som sommeren 1944 ble fraktet i et antall på nær 12 000 på slovakisk jernbanenett hver dag til Auschwitz og drept der. 
Den første forespørselen om å bombe Auschwitz kom i 1941 mens leiren fortsatt bare var en fange- og tvangsarbeiderleir. I desember 1940 fikk den polske eksilregjeringen de første meldingene om mishandling av fanger i en konsentrasjonsleir i Oświęcim. Forslaget gikk blant annet ut på å bombe Gestapos ammunisjonslager og det strømførende piggtrådgjerdet slik at fangene kunne rømme i mørket. Vickers Wellington var i stand til å nå frem til Auschwitz med 500 kg bomber hver (under en fjerdedel av normal last). Charles Portal, sjef for RAF, avslo ønsket blant annet fordi de straks skulle innlede bombing av Tysklands oljelager.
I 1944 var de alliertes mulighet for vellykket bombing av Auschwitz helt endret. Fra flybaser i Italia var det bare 1000 km til målet og nye bombefly var tatt i bruk, blant annet Avro Lancaster med stor lastekapasitet og lang rekkevidde. Sommeren 1944 presset jødiske organisasjoner på USA og Storbritannia for å bombe Auschwitz særlig etter at den store deportasjonen fra Ungarn ble satt i gang i mai 1944. USAs War Refugee Board ba om områdebombing og ikke kirurgisk bombing fordi de som allerede var i Auschwitz var dødsdømte uansett, mens de fleste andre støttet presisjonsbombing. Churchill og Anthony Eden mente det var en god ide, men ble frarådet av militære rådgivere.   
Til omkring 1990 var det en bred kritikk av amerikanske og britiske ledere for at de hadde unnlatt å bombe Auschwitz for å stanse massemordet der. Kritikerne påpekte blant annet at USAAF allerede hadde bombet Monowitz (en underleir av Auschwitz 9 kilometer unna Birkenau) og IG Farbens anlegg der gjentatte ganger sommeren 1944. David S. Wyman mente antisemittisme var årsaken til at bombing ikke ble noe av, Bernard Wasserstein mener «byråkratisk likegyldighet» er den viktigste forklaringen. Martin Gilbert mente at de allierte vegret seg for å tro på de «utrolige» ryktene om folkemord. På 1990-tallet begynte forskerne å studere det tekniske og taktiske forutsetningene for en vellykket bombing: Richard Foregger mente at bombetokt var teoretisk mulig, men lite aktuelt på grunn av store tap av fly og mannskap, usikkerhet om det lot seg gjøre å treffe gasskamrene (som var vanskelige bombemål) og små utsikter til å redde de internerte. Andre har utdypet Foreggers analyse og pekt mangelen på presis etterretningsinformasjon og på faren for at mange internerte ville blitt drept av bombene. Joseph White mente at tyskerne kunne fortsatt drapene i samme tempo selv etter en vellykket bombing. Stuart Erdheim og Rondall Rice mente bombetokt kunne gjennomføres med gode utsikter til å stanse eller forsinke massedrapene i Auschwitz.  
De fire gasskamrene i Birkenau var relativt smale mål sett fra luften og var delvis under jorden, og bombing måtte derfor ha blitt utført i dagslys for treffsikkerhet. Royal Air Force(RAF) bombet helst om natten, mens United States Army Air Forces (USAAF) bombet i dagslys. Auschwitz var 1000 km i luftlinje fra den allierte basen i Foggia, Italia, og innenfor rekkevidde. Bombing kunne ha lykkes, men bare små feil i sikting ville ha sendt bombene midt inn i leiren i stedet for mot gasskammeret. Alternativ til slik tung bombing fra stor høyde var bombing fra lav høyde eller stupbombing for treffsikkerhet. Bombing fra lav høyde kunne utføres med RAFs Mosquito, men stor avstand og dagslys ville gjort operasjonen svært risikabel. Det sovjetiske flyvåpenet var trolig mye bedre posisjonert enn USA og Storbritannia, og hadde rett utrustning, til å gjennomføre effektive bombetokt. Stupbombing kunne ha blitt utført med sovjetisk Petljakov Pe-2 som var kjent var sin presisjonsbombing på Østfronten og Sovjetunionen hadde hundrevis av disse utplassert i de nylig gjenerobrede områdene. I juli 1944 da bombing av Auschwitz ble diskutert sto den røde arme bare 160 km unna og leiren var innenfor rekkevidde av alle sovjetiske fly.
Det er usikkert om bombing kunne ha skjedd tidsnok til å redde mange liv. Vrba-Wetzler-rapporten, den viktigste etterretning om detaljene i Auschwitz, nådde London midt i juli. Det var da stort sett for sent å redde jødene fra Łódź og Ungarn. NKVD hadde andre kilder og fikk detaljer om Auschwitz i november 1943, og fortsatte å få motta etterretning i 1944. Sovjetiske styrker frigjorde Majdanek 3. juli 1944. General Petrenko fikk der tak i dokumenter med detaljer om Auschwitz og andre dødsleirer, deler av Majdaneks administrasjon ble også arrestert. Anthony Eden skal ha appellert til Molotov uten resultat. David Ben-Gurion sendte Eliahu Eilat til Kairo for å konferere med Sovjetunionens ambassadør om muligheten for å bombe Auschwitz, initiativet ble avvist. Det er uklart om Sovjetunionen var villige til eller vurderte å bombe Auschwitz med sikte på å stanse eller bremse drapsmaskineriet. Stalin og Sovjetunionens toppledelse hadde trolig god kjennskap til Auschwitz, men detaljert etterretning ble ikke sendt til den røde hærens enheter på slagmarken. Orbach og Solonin konkluderer med at Stalin bevisst avslo hjelp til jødene, på grunn av likegyldighet eller på grunn av antisemittisme. Ungarske myndigheter stanset deportasjonene 8. juli og de siste togtransportene kom frem et par dager senere.
I slutten av august 1944 appellerte ungarske jøder via den polske eksilregjeringen om snarest mulig allierte bombing av jernbanelinjer og -knutepunkter i Slovakia. Forespørselen ble avslått med begrunnelsen at bombing bare ville gi kortvarig forsinkelse i deportasjonene og at USAs 15th air force hadde viktigere oppdrag. USAs krigsdepartement hadde som prinsipp å ikke bruke ressurser på bombemål som var lite viktige for det overordnete målet om seier over Tyskland. De allierte prioriterte bombing av jernbaner av militærstrategisk betydning. Bombing av jernbaneanlegg til støtte for det slovakiske opprøret høsten 1944 viser at slike tokt var innenfor 15th air force' rekkevidde.

Norge

Den norske NS-ledelsen visste godt hvilken skjebne som ventet jødene. NS-lederne, spesielt Sverre Riisnæs, Jonas Lie og Axel Stang, hadde nær kontakt med ledende tyske politikere og tjenestemenn. Jonas Lie høsten 1941 med Einsatzgruppe D og var i Odessa da de massakrerte jødene i byen 23. oktober. Quisling og Riisnæs besøkte Ukraina i 1942, og da var de fleste jødene i området drept. Hans S. Jacobsen fikk i juni 1942 brev fra en bekjent i SD i Katowice-distriktet (som også omfattet Auschwitz) som skrev at der gjør man «kort prosess» med polakker og jøder. Norske frontkjempere, spesielt i SS-Division «Wiking», var vitner og medvirket trolig selv til massakrer i Sovjetunionen. Beretninger om dette ble også offentliggjort i NS-pressen. Noen av de tyske soldatene hadde kjennskap til hva som ventet jøder som ble deportert, og uttalte at «det var best å ikke tenke på det», ellers ville tilværelsen bli uutholdelig.. Siegfried Wolfgang Fehmer i Gestapo kjente til at jødene skulle «likvideres i Tyskland».
Et brev fra Finn Koren ved legasjonen i Bern (17. august 1942) ble lest av Trygve Lie og andre statsråder i London, og legasjonen i Bern sendte et nytt brev 23. september 1942. Den norske eksilregjeringen i London fikk 1. desember 1942 kjennskap til at også de norske jødene var deportert. Utenriksdepartementet i London sendte samme dag telegram om saken til den norske legasjonen i Bern. Motstandsbevegelsen og regjeringen i London så ikke beskyttelse av jødene som en prioritert oppgave, ifølge Michelet. Finn Koren ved den norske legasjonen i Sveits informerte i august 1942 Trygve Lie om meldinger om massemord ved gassing. 27. november 1942 ba World Jewish Congress om at radiosendingene fra London skulle inneholde appeller til Norge om å redde jødene. Utenriksminister Lie avslo et par dager senere: «Slike appeller er ikke nødvendige for å oppildne befolkningen til å gjøre sin humane plikt mot jødene i Norge.»

Sovjetunionen

Sovjetiske myndigheter ville etter krigen ikke omtale jødene som en særskilte gruppe ofre fra krigen og ville for eksempel ikke anerkjenne Babij Jar som et jødisk gravsted. Alle ofre ble slått sammen til en stor kategori «sovjetiske borgere». Antisemittisme ble en del av sovjetisk politikk etter krigen blant annet på grunn av den kalde krigen og forholdet til Israel. Sovjetunionen støttet opprinnelig opprettelse av staten Israel og gikk senere over til fordømme støtte til Israel som «borgerlig nasjonalisme». Jøder ble i Sovjetunionen omtalt som upatriotiske, rotløse og kosmpolitter. Da sovjetiske myndigheter oppdaget at nesten all de døde i Babij Jar var jøder, ville de ikke sette opp et minnesmerke og satte i stedet i gang oppføring av et idrettsanlegg.

Polen

I 1998 opprettet Polens nasjonalforsamling et eget institutt, Instytut Pamięci Narodowej (IPN), for den nære historie, årene 1939 til 1990 da Polen ble utsatt for tysk og sovjetisk undertrykking. IPN har et par tusen ansatte og driver forskning, opplysning og etterforskning. Vinteren 2018 utvidet nasjonalforsamlingen loven om IPN og gjorde det straffbart å hevde at Polen medvirket til nazistenes ugjerninger på polsk jord. Samtidig ble det straffbart å hevde at ukrainske nasjonalister (i Volhynja og Øst-Galicia) ikke deltok i drap på jøder der. Blant de ukrainske nasjonalistene og antatt medhjelper for nazistene var Stepan Bandera som regnes som en helt i Ukraina.

Ukraina

Ukraina var del av Sovjetunionen etter krigen og der ble ikke holocaust minnet spesielt. Det er stadig en tendens til ikke å se holocaust som en del av landets historie. Myndighetene i Ukraina har ikke tatt ansvar for minnesmerker som er avhengig av frivillige.

Den tyske historikerstriden

På 1980-tallet pågikk den tyske historikerstriden (Historikerstreit) med Ernst Nolte i spissen på den politiske høyresiden. Nolte mente at holocaust i ettertiden var kommet ut av proporsjoner som noe unikt og burde i stedet jevnføres særlig med bolsjevikenes overgrep etter revolusjonen og i mellomkrigstiden samt den røde hærs atferd ved fremrykking gjennom Polen og Østprøyssen. Mot dette sto folk på den politiske venstresiden blant andre Jürgen Habermas og Eberhard Jäckel. Omer Bartov skrev i New Republic 29. april 1996: «Det som var – og er – uten sidestykke ved Holocaust (...) var den industrielle drepingen av millioner av mennesker i dødsfabrikker, beordret av en moderne stat, organisert av et pliktoppfyllende byråkrati, og støttet av et lovlydig, patriotisk, «sivilisert» samfunn.» Som svar til den tyske filosofen Ernst Nolte som hevdet at holocaust ikke var unikt, skrev den tyske historikeren Eberhard Jäckel i 1986 at «det nasjonalsosialistiske drapet på jøder var unikt fordi aldri før hadde en stat med autoriteten til en ansvarlig leder bestemt og annonsert at en spesifikk menneskelig gruppe, inkludert dennes gamle, kvinner, barn og nyfødte, skulle drepes så raskt som mulig og deretter gjennomført denne politikken med alle tilgjengelig statlige midler.»

Forskning og dokumentasjon

Holocaust ble etter krigen fortrengt og ikke nevnt spesielt i tyske historiebøker. På 1960-1970-tallet vokste en ny generasjon tyskere opp og ble forferdet da de fikk kjennskap til hva foreldregenerasjonen hadde vært med på. Protestene mot det studentene anså som manglende oppgjør med fortiden medvirket til studentopprøret på slutten av 1960-tallet. De første etterkrigsårene ble Wehrmacht fremstilt eller oppfattet som en «ren» institusjon som ikke var tilsmusset av nazistenes forbrytelser. Kritisk forskning fra 1960-årene av endret dette bildet vesentlig. 
Timothy Snyder fremhever ingenmannslandet skapt av oppløsningen av den polske staten og erobringen av Baltikum og Sovjetunionen som viktig betingelse for holocaust. Ifølge Snyder var områdene av statsløshet skapt først av sovjetisk okkupasjon og deretter av tysk okkupasjon der forsøksvise massemord ble til systematisk folkemord. Den sovjetiske okkupantene hadde i løpet av de knappe to foregående årene deportert eller drept store deler av eliten i Baltikum og det østlige Polen. Nazistenes lokale medhjelpere hevnet seg på jødene for den sovjetiske okkupasjonen (til dels for å lede oppmerksomheten bort fra egen kollaborasjon) og benyttet muligheten til å stjele jødenes eiendeler. Ifølge Snyder ble jødene reddet først og fremst i områder der den opprinnelige statsdannelsen var intakt.
I Brest i Hviterussland ble det i 2019 avdekket en massegrav i sentrum av byen. Levninger av over 1000 mennesker med tydelige spor etter å ha blitt henrettet ved skyting i hodet kom for dagen i forbindelse med anlegg av tomt for en boligblokk. De fleste av Brests omkring 25000 jødiske innbyggere ble skuttet og dumpet i massegraver utenfor byen. Massegraven i sentrum skriver seg trolig fra jøder som unnslapp de store massakrene og i stedet ble henrettet og dumpet på stedet.

Ideologiens betydning

I andre folkemord har pragmatiske hensyn som kontroll over områder og ressurser vært sentrale for folkemordets politikk. Yehuda Bauer hevdet: «Den grunnleggende motivasjonen (for holocaust) var rent ideologisk, med røtter i en illusorisk verden av nasjonalsosialistisk fantasi der en internasjonal jødisk konspirasjon som søkte å kontrollere verden stod i opposisjon til en parallell arisk søken om det samme. Intet folkemord så langt hadde vært basert kun på myter, på hallusinasjoner, på abstrakt ikke-pragmatisk ideologi som så ble iverksatt med rasjonelle pragmatiske midler.» 
Tysk propaganda la vekt på at de sovjetiske jødene var bærere av bolsjevismen.

Ansvar, planlegging og beslutning

Blant historikerne har spørsmålet om beslutningstaking og iverksetting vært gjenstand for den mest omfattende vitenskapelig debatten. Bakgrunnen for debatten er særlig at det ikke er påvist noen klar (skriftlig) ordre om å sette i gang utryddelsene. Et viktig skille i synet på det tredje riket går mellom «intensjonalistene» og «funksjonalistene». Dette skillet ble særlig tydelig etter at Martin Broszat i 1977 stilte spørsmål ved om Hitler faktisk hadde planlagt og beordret drap på alle jøder og etter en konferanse på Cumberland Lodge i 1979. Skillet mellom disse to posisjonene ble etter den skarpeste debatten fra rundt 1980 etter hvert mindre tydelige og for eksempel Ian Kershaw konkluderte at en syntese av perspektivene er nødvendige for en mer fullstendig forklaring på det tredje riket. Med åpningen av arkiver i Øst-Europa fra rundt 1990 har historikerne fått langt mer kunnskap om beslutningstakingen som ledet til massedrap i blant annet Galicia, Litauen, Ukraina og Hviterussland. 
Intensjonalistene legger vekt på det ideologiske mens funksjonalistene legger vekt på det strukturelle. Saul Friedländer mener at funksjonalistene har rett når det fremhever det nazistiske statsapparatet som kaotisk, mens intensjonalistene har rett når det legger vekt på at Hitler var besatt av Lebensraum og av jødene. Friedländer mener det var særegent at en messiansk og akopalyptisk visjon tok kontroll over et teknisk og byråkratisk avansert samfunn. Friedländer kan ikke forstå hvordan en patologisk hater som Hitler kunne nøle med å beordre drap på jødene (slik funksjonalistene legger til grunn), når det samtidig er kjent at Hitler ikke nølte med å angripe Sovjetunionen og Frankrike og dessuten sette i gang barmhjertighetsdrapene i regi av T4. Eberhard Jäckel så ikke noen grunnleggende motsetning mellom posisjonene fordi Hitler bare kunne regjere gjennom nazistenes «polykratiske» system. Ifølge Jäckel og Mommsen ventet Hitler motstand og kunne derfor sette i gang massedrapet stykkevis, Hitler kunne ikke stole på blind lydighet til å gjennomføre omfattende drap på uskyldige og forsvarsløse uten rasjonell begrunnelse. 
Historikerne er stort sett enige om at det foregikk en kumulativ radikalisering innad i regimet. Innad i nazistaten og -partiet var det tautrekking om ansvaret for «jødesaker» noe som førte til stadig med radikale anti-jødiske tiltak. Det var konkurranse om å markere seg selv innenfor Judenpolitik fordi dette ga makt og prestisje. Raul Hilbergs firetrinns modell for iverksetting av holocaust (publisert i 1961) var et hjelpemiddel til å beskrive hendelsesforløpet. Hilberg trodde ikke det var en overordnet, gjennomtenkt plan.
Timothy Snyder tror at Tysklands tilbakeslag ved Moskva og USAs inntreden i krigen side medvirket til opptrapping av massedrapene dra desember 1941. Hitler ga jødene skylden for tilbakegangen. Med Tysklands krigserklæring mot USA (11. desember) var det en virkelig verdenskrig og Hitler kunne trekke frem sin profeti fra januar 1939. Christian Gerlach tror at denne nye og farlige situasjonen for det tyske regimet skapte en forestilling hos Hitler om jødene som sabotører, spioner eller partisaner - Heydrich og Rosenberg betraktet situasjonen på lignende måte. Basert på en detaljert studie av bakgrunnen for Wannsee-konferansen mener Christian Gerlach at den prinsipielle beslutningen om å drepe alle jødene ble tatt mellom 7. og 14. desember 1941.

Intensjonalisme

Intensjonalistene mener at holocaust var et resultat av en tidlig og stor plan hos Hilter og de ledende nazistene, eller i det minste at holocaust var resultat av Hitlers presist uttrykte ønske: Jødene ble drept fordi Hitler ønsket det og Hitler selv var drivkraften bak folkemord som «løsning» på jødespørsmålet. Eberhard Jäckel, Daniel Goldhagen, Richard Breitman og Andreas Hillgruber er kjente intensjonalister. Hillgruber beskrev Hitlers trinnvise plan (Stufenplan) for erobring, folkemord og verdensherredømme. Breitman og Goldhagen har antatt at Hitler tok beslutningen om utryddelse en gang tidlig i 1941 før de storstilte massakrene begynte senere samme år. Sarah Gordon og Gerald Fleming mener at Hitler hadde full styring på utryddelsen av jødene og fulgte med på de minste detaljene. 
Lucy S. Dawidowicz og den tyskfødte historikeren Gerald Fleming beskriver en ubrutt og direkte antisemittisk linje fra Martin Luther via Hitlers tidlige antisemittisme til kulminasjon i holocaust. Daniel Goldhagen mener at holocaust var drevet av en fanatisk og unikt tysk antisemittisme. Alan Bullock mener Hitler selv unnfanget ideen om å drepe jødene og at Himmler umulig kunne gjort dette på egen hånd uten Hitlers godkjenning. Dette var trolig et av temaene under de hemmelige samtalene under fire øyne mellom Hitler og Himmler.
Richard Breitman mener at Hitler hadde en gammel og fastspikret ide om folkemord på jødene, mens de konkrete strategiene og planen for massemord ble utviklet operativt. Nazistenes byråkrati visste ikke akkurat hvordan de skulle gå frem for å gjøre verden fri for jøder, men de europeiske jødene ble heller drept i et åndsfraværende øyeblikk, ifølge Breitman. Til forskjell fra Daniel Goldhagen konkluderte Breitman i 1998 med at dersom alle tyske politifolk var «villige bødler» (Goldhagens bok heter Hitler's Willing Executioners) ville det neppe vært påtrengende behov for å gå over til gasskammer som avlivingsmetode.

Funksjonalisme

Funksjonalistene mener at holocaust vokste frem inkrementelt og til dels byråkratisk på lavere nivå i statsapparatet som resultat av stadig flere anti-jødiske tiltak. Dette var mulig på grunn av nazistatens anarkistiske trekk. Fra funksjonalistenes perspektiv får man et misvisende inntrykk av den store planen ved tilbakeblikk. Blant ledende funksjonalister er Christopher Browning, Raul Hilberg og Hans Mommsen. Browning utfordret i 1981 Broszats klare konklusjon om at det ikke var en stor plan. Mommsen beskriver holocaust som resultat av «kumulativ radikalisering» i det tredje riket og Mommsen regnet Hitler som en svak diktator som ble drevet av omstendighetene og motstridende fraksjoner. Funksjonalistene mener at en god del av forklaringen på holocaust ligger i den kaotiske nazistaten med konkurrerende administrative enheter. 
Den tyske historikeren Götz Aly advarte mot å anta at det var en overordnet målsetting. Den tyske historikeren Christian Gerlach tror at hensikten med Wannsee-konferansen var å ordne opp i mangfoldet av svært ulike anti-jødiske tiltakene i Tyskland og okkuperte områder. Funksjonalistenes posisjon har blitt beskrevet med metaforen twisted road to Auschwitz etter Karl Schleunes' bok (1970) av samme navn. Hans Mommsen og Martin Broszat konkluderte fra 1960-tallet av at det ikke var samsvar mellom den historiefaglige dokumentasjonen og ideen om den totalitære nazistat drevet av en klar plan. Mommsen mente at «veien til Auschwitz» må forstås på ved måten de langsiktige ideologiske mål ble omdannet til konkrete politiske strategier gjennom lang rekke mellomliggende prosesser. Disse mellomtrinnene skjedde på bakgrunn av mangeartede initiativ fra grupperinger på ulike nivå. Ifølge Mommsen var ikke Hitlers ide om å drepe jødene tilstrekkelig til å sette i gang eller styre det store prosjektet. Flere deler av den tyske eliten og «servilt tjenestevillige» lavere tjenestemenn måtte mobiliseres ut fra egeninteresse ifølge Mommsen.
Raul Hilberg beskriver hvordan Odilo Globocnik anla de første drapsleirene (Belzec, Sobibor og Treblinka) under fryktelig primitive forhold og med svært små utgifter. Til Treblinka ble både byggematerialene og arbeidere hentet fra Warszawa-ghettoen. Leirene besto for en stor del av enkle brakker, gassen kom fra en beslaglagte russiske kjøretøy og likene ble brent under åpen himmel. Den rudimentære måten disse leirene ble anlagt på tyder på at de ikke hadde tildelt egne budsjettmidler og at arbeidet ikke var dirigert fra sentraladministrasjonen i Berlin. Utgifter til vakthold, transport og drap ble dekket uoffisielt eller på irregulær måte. Auschwitz, som ble brukt i siste fase av holocaust, var opprettet for annet formål og utgiftene kunne dekkes ved vanlige budsjettdisposisjoner, og der ble mer sofistikerte drapsanlegg innrettet.
Funksjonalismen har vært kritisert for å overse enkeltpersonenes ansvar og skyld for forbrytelsene. Karl Dietrich Bracher advarte i 1976 mot at dette kunne lede til en bagatellisering av nazismen og at barbariet 1933-1945 som moralsk problem med glemt. Goldhagen og hans støttespillere var også moralsk motivert. Sjefredaktøren i Die Zeit skrev at Goldhagens bok (1996) ikke var en forskningsrapport men moralsk bok, en dom.

Mangel på dokumentert skriftlig ordre

Det er stadig uklart og omstridt hvem som sommeren 1941 egentlig ga ordren om å trappe opp massedrapene på østfronten til også å omfatte kvinner og barn, eksakt når ordren ble gitt og hvordan ordren kom frem til drapskommandoene. Ifølge Christian Gerlach var det sommeren 1941 ingen overordnet ordre eller plan. Gerlach tror Hitler ga ordre om å drepe alle jødene 12. desember 1941 i et hemmelig møte i Berlin med topplederne. Møtet er kjent fra Goebbels' og Hans Franks notater. Himmler møtte Hitler 18. desember og noterte at møtet blant annet handlet om jødespørsmålet og at jødene skulle utryddes som partisaner.
Det finnes lite skriftlig dokumentasjon om beslutningstaking og iverksetting. Det storstilte drapet på jødene skulle holdes hemmelig og det som fantes av skriftlig materiale ble forsøkt ødelagt mot slutten av krigen. Himmler og hans nærmeste medarbeidere bestrebet seg på hemmelighold og unngikk skriftlige ordrer. Kurt Daluege ga ordre om å ikke nevne konkret antall henrettede over radio av frykt for at det kunne bli avlyttet av britisk etterretning. 
Heinrich Himmler organiserte utryddelsen av jødene sammen med sin assistent Adolf Eichmann. Alan Bullock antar at drap på jødene var et tema under de hemmelige samtalene under fire øyne mellom Hitler og Himmler. Det forekom at Martin Bormann, men ellers fikk ingen andre være tilstede og det finnes ingen notater fra samtalene. 
Høyreradikale holocaustfornektere som David Irving har utnyttet mangelen på skriftlige bevis for overordnet plan og ordre til å bagatellisere Hitlers rolle.

Wehrmacht og Einsatzgruppene

Einsatzgruppenes drap på godt over 1 million jøder i de erobrede områdene på østfronten var trolig ikke mulig uten aksept eller medvirkning fra Wehrmacht. Walther von Brauchitsch, øverstkommanderende for den tyske hæren, mottok rapporter fra hæravdelingene om at det pågikk forferdelige overgrep; han nøyde seg da med å holde i sjakk soldatenes sinne over det de var vitne til. Ved invasjonen av Frankrike hadde hærledelsen insisterte på at Einsatzgrupper ikke skulle brukes (slik de til en viss grad hadde vært brukt i Polen året før). Hitler overbeviste tidlig i 1941 hærledelsen om at krigen mot Sovjetunionen ville kreve de mest brutale metodene og at en ren militær kampanje som i Frankrike ikke ville være tilstrekkelig. Einsatzgruppenes oppdrag var i utgangspunktet å bekjempe tyskfiendtlig virksomhet i de erobrede områdene bak fronten. Disse «sikkerhetstiltakene» ble stadig utvidet og forvrengt langt ut over grensen for en okkupasjonshærs myndighet.

Dokumentasjon av planer og ordrer

Historikerne har forsøkt å rekonstruere ordrer og tidslinje gjennom indirekte kilder som vitnemål fra de politimennene som faktisk utførte henrettelsene. Himmlers, Heydrichs og Dalueges reiser og møter, og hendelser som fulgte i deres fotspor, gir flere holdepunkt for å rekonstruere hvordan ordrene om utryddelsen av jødene ble gitt. Medlemmene av Einsatzkommandoene fikk vite om oppdraget først da var ute i felten og kort tid før henrettelsene.
I oktober 1939 etter okkupasjonen av Polen beordret Hitler Philipp Bouhler og Karl Brandt til å igangsette et program for eutanasi (Gnadentot) på  mentalt uhelbredelig syke. Ordren ble skrevet på Hitlers eget brevpapir og tilbakedatert til 1. september. Hitlers ordre av 24. august 1941 er også sikkert dokumentert. T4 var underlagt rikskanselliet og da T4-personalet ble overført til Aksjon Reinhardt i Generalguvernementet kom en kurer fra Berlin hver uke med post, lønn og mat direkte fra kanselliet i Berlin.
Franz Walter Stahleckers rapporter om Einsatzgruppens virksomhet er et særlig viktig og detaljert dokumentasjon om holocausts tidlige fase. Stahlecker baserte sin rapport dels på Karl Jägers detaljerte rapport om antall drepte menn, kvinner og barn på hvert sted og med dato. Stahlecker leverte sin første rapport 15. oktober 1941 og der noterte han at i henhold til den grunnleggende ordren ble målet om fullstendig fjerning av jødene iverksatt besluttsomt med alle midler. Stahleckers rapport underbygger «intensjonalistenes» hypotese om at massakrene var ledd i stort program fastsatt før invasjonen av Sovjetunionen. Han noterte videre at utryddelsesoperasjonen ble bremset av behov for jødene som arbeidskraft og behovet for hemmelighold. Stahlecker noterte at det «for øyeblikket» ikke var mulig å utslette jødene uten spor. Arthur Nebe i Einsatzgruppe B noterte at en løsning på jødeproblemet mens krigen pågår er upraktisk i denne regionen fordi det bare kan løses ved forflytning på grunn av det overveldende antallet jøder. 
I mai og juni 1941 gikk det ut ordre fra Hitlers hovedkvarter om at på østfronten gjaldt ikke de vanlige reglene for behandling av sivile og krigsfanger. Ifølge Overy handlet ikke Orpo-bataljonenes drapsskvadroner i strid med instrukser.
De første ukene etter invasjonen av Sovjetunionen ble stort sett bare voksne jødiske menn (i stridsdyktig alder) drept av Einsatzgruppen. Yitzhak Arad mener at dette styrker hypotesen om at ordren til Einsatzgruppen før invasjonen var begrenset til å drepe menn og at ordren om å drepe alle jøder kom til noen uker etter invasjonen. Drap på stridsdyktige menn var i så fall et tiltak for å kvitte seg sovjet-vennlige personer og personer som kunne yte væpnet motstand mot den tyske okkupasjonen. Ifølge Arad skjedde opptrappingen etter mellom nazitoppene og Hitler 16. juli der temaet var administrasjonen og fremtiden for de erobrede områdene; og ordren om å drepe alle jødene ble overbragt muntlig fra Himmler til SS-enhetene i erobrede områder i løpet av andre del av juli 1941. 
Göring hadde 31. juli 1941 et møte med Heydrich. Dette møtet var trolig på Heydrichs initiativ fordi han trengte Görings signatur. Brevet (som er bevart) ble ikke skrevet på Görings eget brevpapir. Funksjonalistene ser dette som eksempel på initiativ fra lavere nivå snarere enn som ordre fra toppen: De pågående massakrene bak østfronten hadde fått et slikt omfang at Heydrich måtte involvere større deler av statsapparatet der lederne ventelig ikke ville medvirke uten klar, skriftlig tillatelse fra toppledelsen.
I forbindelse med rettssaken i 1962 mot Alfred Filbert, leder av Einsatzkommando 9, vitnet flere om at ordren om å inkludere kvinner og barn i massedrapene kom i slutten av juli 1941. Ifølge Alex Kay var Einsatzkommando 9 den første enheten som begynte systematiske drap også på kvinner og barn, en endring som indikerte at et totalt folkemord var i gang. Filbert satte opp Einsatzkommando 9 i den østprøyssiske byen Treuburg og informerte mannskapet om at oppgaven var å skyte sovjetiske jøder og andre «undergravende elementer». Ifølge vitneutsagn omfattet ordren bare jødiske menn. Kay antar at Hitler, Himmler og Heydrich var usikre på hvordan Wehrmacht ville reagere på massehenrettelser av sivile og Kay antar at den skriftlige ordren til Einsatzgruppen før invasjonen tilsvarte Kommissærordren om å henrette politiske kommissærer og ordren om å henrette andre som drev motstand mot okkupasjonshæren. Heydrichs skriftlige instruks 2. juli til HSSPF handlet konkret om å henrette jøder i partiet og statsapparatet samt alle andre «radikale elementer» («sabotører, propagandister, snikskyttere og så videre»). Kay tror at Heydrichs formulering var tilsiktet vag noe som mellom linjene ga rom for hans underordnete til å gå langt ut over den eksakte skriftlige instruksen. Einsatzkommando 9 gikk fra begynnelse av ut over 2. juli-ordren ved drepe voksne jødiske menn i hopetall: Da kommandoen forlot Vilnius 20. juli hadde de der drept 5000 jøder alle menn. Tilsvarende er dokumentert for de andre Einsatzgruppene: I løpet av de først fem ukene ble hovedsakelig jødiske menn i «militær alder» henrettet. Kay konkluderer med at ordren om å drepe alle jøder ikke ble utstedt før krigen på Sovjetunionen var godt i gang. Basert på Einsatzgruppenes faktiske virksomhet tror Kay at ordren om å drepe voksne jødiske menn ble gitt muntlig og uoffisielt. 
Heydrichs retningslinje for sovjetiske krigsfanger av 17. juli 1941 innebar at alle jøder i krigsfangeleirer skulle skilles ut og henrettes, retningslinjen omfattet jødiske sivile som var internert i krigsfangeleir. I mange sovjetiske byer ble alle menn i «militær alder» (16 til 45 eller 60 år) internert av Wehrmacht og Einsatzkommandoene hadde oppdrag fra Heydrich om å skille ute jøder og andre «utålelige politiske elementer» fra disse. Kay konkluderer med at retningslinjene av 17. juli innebar en opptrapping av drap på jøder i de erobrede områdene av Sovjetunionen inkludert Baltikum. Retningslinjene av 17. juli bekreftet og støttet den praksis med massedrap på voksne menn Einsatzgruppene allerede hadde drevet i fire uker.
Otto Ohlendorf, leder for Einsatzgruppe D, fortalte i retten etter krigen at Himmler briefet lederne for Einsatzgruppen tidlig i juni 1941 at en viktig oppgave var å eliminere jøder - menn, kvinner og barn. Ohlendorf vitnemål kan ha vært en del forsvarsstrategien ved rettsoppgjøret. Det er nokså sikkert at Heydrich 17. juni 1941 briefet lederne for drapskommandoene og noen andre (30-40 personer til sammen) om fjerning av jødene i Sovjetunionen - Heydrich snakket i generelle vendinger. Heydrich beskrev østjødene som «bolsjevismens intellektuelle reservoar». Muntlige ordrer til en begrenset krets var en vanlig arbeidsform. Heydrich instruerte sent i 1941 en nyutnevnt leder for en politienhet at førerens ordre om tiltak mot jødene ikke skulle formidles lenger enn lederne for Einsatzkommandoene. Bach-Zelewski vitnet i Nürnberg i januar 1946 og uttalte der at Tyskland hadde satt i gang en utryddelseskrig i Sovjetunionen. Bach-Zelewski anslo at utryddelsestiltakene ville ha resultert i 30 millioner døde om de hadde fått fortsette. Han uttalte også at ifølge ordre fra høyeste hold skulle ingen soldater straffes for overgrep mot sivilbefolkningen i «partisanområdet». 
Martin Sandberger (1911-2010), blant annet leder for en drapskommando i Baltikum, uttalte etter krigen at utryddelsen av jødene var ordre fra Hitler og at Sandberger hadde fått denne av Bruno Streckenbach.
I april 1941 ble det avholdt et møte med Heydrich, Bruno Streckenbach, Heinrich Müller, Arthur Nebe og Alfred Filbert ble planen om invasjon av Sovjetunionen presentert. Trolig var også Einsatzgruppenes rolle i de erobrede områdene et tema.
På erobrede sovjetiske områder inkludert Baltikum gjennomført lokalbefolkningen pogromer straks etter den tyske invasjonen, mer eller mindre tilskyndet av okkupasjonsmakten. Lederne for Einsatzkommandoene mente pogromene var langt fra tilstrekkelige. Bach-Zelewski uttalte etter krigen at Himmler ville ha flere pogromer. Flere dager etter invasjonen skal Himmler ha tilkalte Bach-Zelewski og bedt om en forklaring på hvorfor det ikke hadde vært noen pogromer i Białystok med omegn slik det hadde vært i Latvia og Litauen. Bach-Zelewski uttalte etter krigen at han ikke visste at pogromene i Baltikum var tilskyndet av tyskerne. Himmler beordret Bach-Zelewski om å henrette 2000 jøder som straff for plyndring. Bach-Zelewskis fremstilling av disse hendelsene etter krigen var trolig preget av forsøk på å unndra seg ansvar og straff.
Einsatzgruppene samarbeidet med Wehrmacht bak østfronten. Det var ikke opplagt at Wehrmacht ville være samarbeidsvillig. Flere rapporter fra Einsatzgruppe B viser til samarbeid med Wehrmacht. For eksempel 19. juli 1941 at de «var helt enige om videre aktiviteter» etter diskusjon mellom Max von Schenckendorff (kommandant for Hærgruppe Midt) og Erich von dem Bach-Zelewski. Einsatzkommando 8 hadde et særlig godt samarbeid med relevante enheter i Wehrmacht. Franz Walter Stahlecker sjef for Einsatzgruppe A samarbeidet nært med Wehrmacht. Arthur Nebe noterte at alle avdelinger av Wehrmacht anerkjente og støttet Nebes Einsatzgruppes aktiviteter. Wehrmachts Geheime Feldpolizaie (hemmelige militærpoliti) hadde bidratt med styrker til massakrer i Nebes regi.

Topplederne

Den amerikanske legen Leon Goldensohn intervjuet 19 tiltalte og 14 vitner i Nürnberg første halvår 1946. Intervjuene dokumenterer de tiltaltes strategier for å forsvare seg. De tiltalte forsøkte å opprettholde en fasade som uskyldige og forførte enkeltpersoner, og la opp til å gi inntrykk av Wehrmacht som «ren» og uten noen befatning med krigsforbrytelser. Rudolf Höß forklarte at Himmler hadde fortalt ham tyskerne måtte utrydde jødene ellers kom jødene til å utrydde tyskerne, Höß anså det ikke som hans oppgave å be om ytterlige begrunnelse. Höß' kone syntes det var forferdelig. men slo seg til ro med Himmlers forklaring. I rettsoppgjør brydde nazilederne seg lite om regimets forbrytelser. Hermann Göring mente jødene var for fremmede til å bli værende i Tyskland. Alfred Rosenberg sa at jødene «spyttet på tysk kultur». Joachim von Ribbentrop skyldte holocaust på jøder som trakk i trådene i USA. Walter Funk mente russerne gjorde mye verre ting da de inntok Pommern enn de tyskerne noen gang gjorde i Russland. Otto Ohlendorf innrømte at hans Einsatzgruppe hadde avlivet 90 000 jøder og insisterte på at de alliertes behandling av tyskerne var minst like ille som skytingen av jødene.
Eichmann ble undersøkt av en mange israelske psykiatere før rettssaken i Jerusalem uten at noen av dem var i stand til å påvise noe unormalt. En psykiater påpekte at Eichmann tvert imot var svært normal og at han hadde et sunt forhold til sin familie. I forbindelse med rettssakene i Nürnberg ble seksten ledende nazister undersøkt av en psykiater og en psykolog. Blant annet ble de testet med Wechsler–Bellevue Intelligence Scale, Rorschach-testen og andre tester. Ingen av de 16 ble beskrevet som sadister, men Rudolf Hess og Joachim von Ribbentrop ble vurdert som svært forstyrrede personer. Hjalmir Schacht og Baldur von Schirach ble beskrevet som sunne og velintegrerte personer. Arthur Seyss-Inquart oppnådde 141 i intelligenstesten, høyest av de testede, mot for eksempel Ernst Kaltenbrunner som skåret lavest (113) blant de som ble testet.

Vanlige tjenestemenn

Vanlige tjenestemenn i Einsatzgruppen, politiet og hæren viste seg å være langt bedre i stand til å drepe jøder med kaldt blod ble enn det topplederne ventet.
Flere tusen «vanlige menn» deltok i systematisk massemord som pågikk over flere år. Forskningen har blant vært opptatt av å forklare hvordan og hvorfor gjerningsmennene lydig utførte drapsoppdraget ansikt til ansikt med forsvarsløse og uskyldige kvinner og barn. Stanley Milgram utførte sin studie av lydighet samtidig som rettsoppgjøret i Vest-Tyskland skiftet fokus fra individer til den kollektive atferden i grupper av vanlige politimenn. Saken mot Adolf Eichmann gjorde det tydelig at gjerningsmenn og bakmenn ikke nødvendigvis var sadistiske monstre eller psykologisk avvikende på andre måter. Hannah Arendt påpekte at Eichmann og mange andre ansvarlige og gjerningsmenn var påfallende normale. Milgram mente at organisert ondskap baserte seg på ansvar for handlingen og utførelsen var adskilt: Den som skjøt ved massegraven eller utløste Zyklon B i gasskammeret følte at han bare var en del av en stor prosess der andre satte målene, tok ansvar og bestemte hva som var moralsk forsvarlig. På 1960- og 1970-tallet var Holocaust-historikere lite interesserte i sosial psykologiske forklaringer som Milgram lanserte. På 1970- og 1980-tallet mente mange at Milgram hadde fanget essensen av holocaust med sitt eksperiment. På 1990-tallet mente flere forskere at det var viktige forskjeller mellom Milgrams forsøkspersoner og Hitlers bødler: gjerningsmennene hadde vært eksponert for propaganda, de foraktet ofrene, de deltok frivillig i massakrer, de var entusiastiske og i ettertid uttrykte de som regel ikke anger. Blant annet David Bloxham har påpekt at holocausts første fase med «primitiv» masseskyting ikke hadde preg av en distansert, byråkratisk prosedyre, det var først i senere faser at holocaust fikk et byråkratisk preg. 
Enkelte politimenn og soldater satt til å drepe uskyldige ble plaget av samvittigheten, ble alkoholisert og nervesammenbrudd. Kommandanter for drapsenhetene laget ofte forskjellige rettferdiggjøringer av drapene for å styrke moralen. Erich von dem Bach-Zelewski skal selv ha fått nerveproblemer som SS' sjefslege mente skrev seg fra medvirkning i massedrapene. Himmler forutså de psykologiske problemene massedrapene kunne forårsake hos bødlene og veiledet kommandantene i felten hvordan byrden på mannskapene kunne lettes.
Den sosialpsykologiske tilnærmingen ble særlig tatt opp av Christopher Browning i klassikeren Ordinary Men (1992). Browning studerte en bataljon på 500 vanlige tyske politifolk som drepte 35000 jøder (en stor del kvinner og barn) i løpet av ett år. Browning ble slått av hvor få som uttrykte moralske betenkeligheter ved drapene, mens noen var bekymret for moralen innad i bataljonen ved for eksempel å svikte sine kamerater dersom de avsto fra å delta i henrettelsene. Den nederlandske historikeren Dick de Mildt studerte som Browning flere hundre politimenn som ble stilt for retten i Vest-Tyskland på 1960-tallet og trakk samme konklusjon. Mildt konkluderte med at gjerningsmennene generelt ikke hadde og heller ikke trengte å hate ofrene eller å ha noen ideologisk overbevisning som begrunnet drapene. Mildt skrev også at gjerningsmennene vente seg til drap og vold som en daglig rutine. Politimennene returnerte til Tyskland og normal tilværelse der som om massedrapene aldri hadde skjedd. Få gjerningsmenn betraktet seg selv som forbrytere på flukt.  
Den tyske sosialpsykologen Harald Welzer fremsatte en teori om at i visse situasjoner kunne det å stige ut av gruppen (avstå fra å delta i drap) være psykologisk/moralsk vanskeligere enn å delta i drap på uskyldige. Ifølge Welzer kunne handlinger (som i utgangspunktet var utenkelige) gjennom en serie opptrappinger bli vanskelig å la være. Welzers detaljerte studier av bataljon 45s første massakre begynte med at de kom til massegravene uten å vite hva som skulle skje: politifolkene nølte først men da kommandanten nøye hadde demonstrert fremgangsmåten ved å skyte et offer, fulgte de menige politifolkene etter; de menige fokuserte på prosedyren og ferdigheten i å skyte på en bestemt måte, de var opptatt av gjøre drapene korrekt snarere enn at det var drap de utførte. Welzer og historikeren Sönke Neitzel undersøkte lydopptak av samtaler mellom tyskere i alliert krigsfangenskap og i disse samtalene var «orden» noe som ble nevnt spesielt ofte. En politimann ble kvalm av drepingen han utførte, men ville ikke gå ut av linjen for å kaste opp fordi det ville skape uorden og forstyrre prosedyren. En kommandant beskrev en velorganisert masseskyting: Seks menn sto på kanten av en grop (24 meter lang og 3 meter bred) der ofrene ble lagt som sardiner i en boks, mens det var en kø på over en kilometer av flere som ventet på sin tur til å bli drept. I rettssaken mot Otto Moll understreket hans sjef i Auschwitz, Rudolf Höß, at Moll var dyktig til å holde orden: Ofrene kledde av seg på en ordentlig måte og likene ble fjernet ble på en ordentlig måte. Höß og andre la vekt på orden, funksjon og arbeidsdeling i leiren, noe som ifølge forskerne fordelte ansvaret for massemordet samtidig som det skapte forpliktelse til gjennomføring. 
Daniel Goldhagen trakk i boken Hitler's Willing Exectuioners (1996) motsatt konklusjon av Browning og Mildt: Goldhagen påpekte at politimennene hadde muligheten til å trekke seg fra skytingene, men bare en liten brøkdel gjorde det noe Goldhagen tolker som et ønske om å drepe jøder. Få historikere støttet Goldhagens hovedtese. Noen historikere mener det ikke er tilstrekkelig å studere lydighet i situasjonen (slik Browning gjorde), og mener at ideologi og kulturell betinging i det tredje riket spilte en viktig rolle for å viljen til å utføre massakrene. Jürgen Matthäus mener at uniformert personell var preget av ideologisk indoktrinering. Matthaus konkluderte med at massemord ble en daglig rutine støttet av en felles ideologi der det er vanskelig å påvise den enkeltes motivasjon.
Den israelske historikeren Yaacov Lozowick trakk i tvil forestillingen om blant andre Adolf Eichmann som vanlige byråkrater uten spesiell motivasjon (en vanlig tolkning av Arendts verk). Basert på gjennomgang av arkivene fra Gestapos avdeling IV B4 (jødesaker), påpekte Lozowick at folk som Eichmann var ideologisk motivert og tok initiativ og arbeidet langt hardere enn det som var ventet. Lozowick kunne blant annet dokumentere at Hermann Görings kjente direktiv av 30. juli 1941 til Heydrich i RSHA opprinnelig var utformet av Eichmanns avdeling og sendt oppover kommandokjeden (til Göring) for godkjenning.
Dødsmarsjene er godt dokumentert ved vitnesbyrd fra flere tusen overlevende, de første innsamlet rett etter krigen. Daniel Goldhagen bruker i sin bok Hitlers Willing Executioners mye plass på dødsmarsjene og beskriver dem som en av flere drapsmetoder brukt av det tyske regimet.

Rettsoppgjør

Fra 1943 var de allierte bestemt på at lederne for aksemaktene skulle henrettes, men det var uavklart om det skulle skje summarisk eller etter rettssak. Sovjeterne og amerikanerne gikk etter hvert inn for rettsoppgjør særlig etter at den allierte krigsforbryterkommisjonen ble etablert og Moskvakonferansen (1943) ble avholdt 30. oktober 1943. Churchill ville unngå rettssak mot topplederne i naziregimet fordi det ville bli politisert, han ville i stedet henrette dem summarisk. Amerikanerne ønsket et rettsoppgjør med regimet.

Personer som ikke ble stilt for retten

Hilter og Goebbels begikk selvmord i april 1945. Himmler tok sitt eget liv i alliert fangenskap i mai 1945 før rettsoppgjøret. Heinrich Müller forsvant i Berlin 1. mai 1945. Richard Glücks antas død ved selvmord 10. mai 1945. Odilo Globočnik, leder for Aksjon Reinhardt, tok sitt eget liv etter å ha blitt arrestert av britiske styrker 31. mai 1945. Theodor Eicke omkom på østfronten i 1943. Rolf Günther, Eichmanns nestkommanderende for jødesaker, tok sitt liv i amerikanske fangenskap august 1945. Richard Thomalla, som ledet oppbyggingen av utryddelsesleirene under Aktion Reinhard, ble tatt til fange av sovjetiske styrker i Tsjekkoslovakia og henrettet av NKVD i mai 1945. Christian Wirth ble drept av jugoslaviske partisaner i mai 1944. Oskar Dirlewanger døde i alliert arrest, trolig av mishandling. Hans Günther, som organiserte deportasjonene fra Böhmen og Mähren, ble drept etter å ha bli tatt til fange av tsjekkiske partisaner 5. mai 1945. Otto-Heinrich Drechsler tok sitt eget liv 5. mai 1945. Franz Walter Stahlecker ble drept i kamp med sovjetiske partisaner i 1942. Lorenz Hackenholt overlevde trolig krigen, men lot seg ikke oppspore.
Josef Mengele rømte etter krigen til Argentina og deretter til Brasil. Mossad var på sporet av ham men prioriterte andre saker.
Erich von dem Bach-Zelewski ble ikke tiltalt for sin rolle i holocaust i Sovjetunionen. På 1960-tallet ble han dømt for noen drap på 1930-tallet og han døde i fengsel.

Tyske domstoler

Den første store saken under tysk lov var Ulm-Einsatzgruppe-prosessen i 1958 og vakte stor oppsikt i Vest-Tyskland. Ti Gestapo-menn fra Tilsit-kommandoen ble tiltalt for drap på over 5000 jøder i Litauen. Noen av dem var SS-medlemmer. Saken begynte fordi en overlevende tilfeldig oppdaget Bernhard Fischer-Schweder som hadde vært politisjef i Memel. Süddeutsche Zeitungs overskrift var: «Noch sind die Mörder unter uns». Saken viste at nazistenes forbrytelser i Øst-Europa ikke var skikkelig etterforsket. Adenauer sørget for å opprette «sentralkontoret for etterforskning av nazistenes forbrytelser» (Zentrale Stelle der Landesjustizverwaltungen zur Aufklärung nationalsozialistischer Verbrechen) i Ludwigsburg.
Vesttyske myndigheter reiste i 1959 sak mot Max Täubner som på eget initiativ hadde drept flere tusen jøder. Saken ble avvist av domstolen med begrunnelsen at han allerede var dømt av SS under krigen og han ikke kunne dømmes på nytt ifølge den tyske grunnlovens artikkel 103. Den tyske påtalemakten brakte saken helt til den føderale høyesteretten med samme resultat. I 1973 vitnet Täubner i saken mot en av de underordnete og Täubner kunne da ikke huske hvilke overgrep han og hans tropp hadde utført.
Dr. Alfred Filbert, leder for Einsatzkommando 9 som drepte minst 18.000 jøder, gikk tilbake til vanlig liv etter krigen inntil han ble dømt til livstid i fengsel i 1962. Filbert deltok selv under masseskytingene noe som skal ha ført til nervøst sammenbrudd. Rettssaken avdekket at Filbert fortsatt var en antisemitt. Han ble sluppet ut av fengsel i 1975.
I 1963-1965 gjennomførte Vest-Tyskland sin egne Auschwitz-rettssaker i Frankfurt (også kalt Frankfurt-prosessen), trolig den viktigste i Tyskland etter krigen. Tysk lov krevde at både selve drapshandlingen og intensjon («blodtørst») måtte bevises for å dømme noen for mord. Tyske myndigheter la vekt på at nazister og deres medhjelpere skulle dømmes etter lover som gjaldt da forbrytelsene ble begått, i Tysklands tilfelle var det straffeloven av 1871. Mord måtte inngå i tiltalen fordi mindre alvorlige forbrytelser hadde en foreldelse på 10 år. Fordi personell i Auschwitz handlet i henhold til regler og ordrer som i seg selv var onde, måtte «blodtørst» bevises utover SS-standard. Uten slikt motiv ville de ikke være skyldige i mord, bare i medvirkning. Det var flere og mer pålitelige vitnemål i sakene mot lavere funksjonærer som beveget seg blant de internerte i Auschwitz. For eksempel ble Robert Mulka (Höß' adjutant og del av toppledelsen for Auschwitz) bare dømt for medvirkning til 3000 drap og fikk 14 års fengsel, mens Unterscharführer (korporal) Josef Klehr som moret seg med å drepe pasienter med fenol ble dømt for 475 mord og satt i fengsel resten av livet. Klehr ble et monster som tyskere flest kunne distansere seg fra. Johan Vogt bemerket at mange av funksjonærene fra Auschwitz tiltalt i Frankfurt fremsto som skikkelige og «brave» borgere som var overrasket over at de ble trukket for retten: «Vi alle gjorde intet annet enn vår plikt, selv om det ofte falt oss tungt og selv om det gjorde oss fortvilt.» 
Erwin Lambert utformet gasskamrene i Sobibor og Treblinka. Han ble dømt til fire års fengsel i Treblinkaprosessen på 1960-tallet. Richard Baer gikk etter krigen i skjul under annet navn, og ble avslørt i 1960 - han døde av hjertestans i vesttysk varetekt.
SS-offiseren Karl Wolff var stabssjef ved SS hovedkontor, adjutant for Himmler og lenge ansett som «nummer 2» i SS. I siste del av krigen var HSSPF (SS- og politisjef) for Italia og delte makten der med Albert Kesselring. Av de overlevende hadde bare Kaltenbrunner høyere rang innenfor SS. Han unngikk rettssak i Nürnberg (og opptrådte der bare som vitne), trolig fordi han i forhandlinger med Allen Dulles sørget for tysk kapitulasjon i Nord-Italia våren 1945 («Operation Sunrise»). Wolff kjente godt til utryddelsen av jødene i øst blant annet fra inspeksjonsturer sammen med Himmler, noe som kom frem da han vitnet i saken mot Oswald Pohl. Han ble tiltalt i Vest-Tyskland i 1964 etter Eichmann-saken og der kom det frem at han organiserte jernbanetransport til Treblinka. Han ble dømt til 15 års fengsel og slapp ut etter fem.
Franz Stangl rømte til Brasil via Syria og ble utlevert til Tyskland i 1967 og dømt for 400 000 mord i Treblinka. Simon Wiesenthal uttalte at saken mot Stangl var Vest-Tysklands viktigste straffesak dette århundret, og minst like viktig som saken mot Adolf Eichmann i Jerusalem. I retten fremstilte Stangl seg som en som bare utførte ordrer og skjøv ansvaret for massemord over på andre. Han ble dømt til livsvarig fengsel og død i varetekt før dommen var rettskraftig.
Josef Blösche, soldaten på det kjente bildet fra Warszawagettoen, ble avslørt, dømt og henrettet i DDR i 1969. For DDR var saken mot Blösche en antifascistisk skueprosess. Blösche var en få svært som ble stilt for retten for deltakelse i dødsskvadronene bak østfronten.
Viktors Arājs forsvant på uforklarlig vis fra vesttysk fangenskap i 1949. Det ble ikke gjort noe forsøk på oppspore ham før han ble arrestert i Frankfurt i 1975 og dømt i 1979 for medvirkning til 13 000 drap. 
I 2016 ble Oskar Gröning (da 94 år gammel) dømt til fire års fengsel for medvirkning til drap på 300 000 mennesker, de fleste ungarske jøder, i Auschwitz. For retten var det vesentlig at Gröning hadde vært til stede ved sortering av jøder på perrongen i Auschwitz og dermed hadde medvirket til drapene, eller om han kun var bokholder (i tysk presse ble han omtalt som «bokholderen fra Auschwitz»). Dommen skapte rettshistorie ved at den også medhjelpere til holocaust ble dømt. Tidligere ble John Demjanjuk dømt, men dommen ble ikke rettskraftig fordi Demjanjuk døde før ankebehandlingen.
Den tidligere SS-mannen Reinhold Hanning ble i 2016 dømt til 5 års fengsel for medvirkning til 170 000. Han ba om unnskyldning for det som hadde skjedd, men erkjent ikke straffeskyld. Dommen ble anket og Hanning døde før ankesaken var gjennomført.

Østerrikske domstoler

Ernst Lerch ble stilt for retten i 1972 blant annet etter påtrykk fra Simon Wiesenthal. Etter to dager i retten frafalt den østerrikske påtalemakten tiltalen.

Norge

I det norske rettsoppgjøret etter krigens slutt var Vidkun Quisling den eneste nordmann som ble tiltalt for medvirkning til drap. Oppgjøret omhandlet bare hendelser i Norge og for eksempel frontkjempernes handlinger i andre land ble ikke berørt. Andre ble tiltalt bare for medvirkning til deportasjonene. Wilhelm Wagner var den eneste som ble funnet skyldig i forsettlig medvirkning til drap. De norske jødene ble internert og arrestert av norsk politi og ingen norske politifolk ble dømt for dette. Knut Rød i statspolitiet var ansvarlig for aksjonen mot jødene i Oslo og Aker. I saken mot Rød var det ikke tvil om de fakta han var tiltalt for. Han ble frifunnet basert på en samlet vurdering av Røds innsats, fordi han samtidig – som han var i statspolitiet – hjalp motstandsbevegelsen. Hellmuth Reinhard, Gestapo-sjef i Norge, ble på 1960-tallet av en tysk domstol funnet skyldig i deportasjonene fra Norge, men punktet var foreldet etter tysk strafferett.

Forsoning

Willy Brandt var til stede under minnesmarkeringen for Warszawagettoen, Warszawa 7. desember 1970. Han gikk spontant ned på kne foran minnesmerket uten å si et ord. I selvbiografien skrev Brandt at «under byrden av millioner myrdete gjorde jeg det folk gjør når ordene kommer til kort» (Unter der Last der jüngsten Geschichte tat ich, was Menschen tun, wenn die Worte versagen. So gedachte ich Millionen Ermordeter.) I en spørreundersøkelse av Der Spiegel mente 48 % av tyskerne at Brandts knefall var en overdrivelse.
Luxembourg-avtalen ble inngått i 1952 mellom Forbundsrepublikken Tyskland (Vest-Tyskland) og staten Israel. Avtalen gjaldt erstatning for materielle skader som nasjonalsosialismen hadde påført det jødiske folk. Luxembourg-avtalen forpliktet Tyskland til å utbetale eller levere varer til Israel og Claims Conference, til en verdi av 3,5 milliarder tyske mark, over en periode på 14 år.

Minnesmerker

Yad Vashem er Israels offisielle minnesmerke for de jøder som ble drept under holocaust og ble etablert i 1953. Navnet er fra Jesaja, 56. kapittel, 5. vers: «Dem vil jeg i mitt hus og innenfor mine murer, gi «et minne og et navn» (Yad Vashem) som er bedre enn sønner og døtre. Et evig navn vil jeg gi dem, som ikke skal slettes ut.» Rettskaffen blant nasjonene (engelsk: Righteous Among the Nations) er en ærebevisning for personer som satte seg selv i fare i forsøk på å hjelpe jødene under holocaust. Til 2018 var 26.973 personer oppført på listen, flest i Polen, Nederland, Frankrike og Ukraina.
Minnesmerket over Europas myrdete jøder var ferdig i 2005 og dekker 19 dekar i sentrum av Berlin. Den internasjonale holocaustdagen ble av FN fastsatt til 27. januar, dagen da sovjetiske styrker frigjorde Auschwitz. I Tyskland ble Holocaustdagen etablert 10 år tidligere ved en proklamasjon av president Roman Herzog.
På bakgrunn av Skarpnesutvalget kartlegging hva som skjedde med jødenes eiendeler i Norge under den annen verdenskrig og oppgjøret etter krigen, bevilget Stortinget 250 millioner kroner til å ivareta jødisk kultur og tradisjon, og til Senter for studier av Holocaust og livssynsminoriteter.
.