Den andre krigen i Kongo

Fraksjoner

På grunn av krigens karakter, har det vært mange unntak fra kategoriseringen som følger, og grupper innen en kategori har hatt voldelige sammenstøt over ressurser og territorier. 
Kinshasa-vennlige styrker inkluderte den kongolesiske hæren under ledelse av president Laurent-Désiré Kabila og senere sønnen hans, Joseph Kabila, ulike Mai-Mai grupper som var mot utenlandsk innflytelse og allierte nasjoner som Zimbabwe, Angola, Tsjad, Sudan og Namibia. Disse kontrollerte de vestlige og sørlige delene av DR Kongo. Hovedmålet var å skape en sterk stat, og med det få kontroll over de naturlige ressursene.
Styrker som samarbeidet med Rwandan Patriotic Front (Rwandas patriotiske front) inkluderte hærene fra de tutsidominerte regjeringene i Rwanda og Burundi, militser dannet av Banyamulenge, en organisasjon av etniske tutsier med base i DR Kongo, og den banyamulengedominerte gruppen Rassemblement Congolais pour la Démocratie (Den kongolesiske samlingen for demokrati) (RCD) sine opprørsgrupper med base i Goma. Tutsistyrker i DR Kongo var mest aktive i de nordlige og sørlige kivuprovinsene, og hadde et territorium som strakte seg vestover mot Kinshasa. Målene til denne gruppen var å beskytte sikkerheten for Rwanda og Burundi, beskytte tutsier i DR Kongo, utligne Ugandas påvirkning i landet, samt å få tilgang på naturressurser. 
Hutuvennlige styrker var hutuer fra Rwanda, som var ansvarlige for folkemordet i Rwanda i 1994, opprørere fra Burundi som ville kaste den burundiske regjeringen, kongolesiske hutuer og Mai-Mai militser. Den viktigste hutugruppen var Forces Démocratiques de la Libération du Rwanda ((FDLR) (Demokratiske styrker for frigjøring av Rwanda) som opererte i Kivu-regionen. Målene var å kaste ut utenlandske tutsistyrker, etnisk rensing av Banyamulenge, å kaste regjeringene i Rwanda og Burundi samt å få kontroll over ressurser.
Ugandarettede styrker var den ugandiske hæren og diverse ugandastøttede opprørsgrupper, som Mouvement pour la Libération du Congo (Bevegelsen for frigjøring av Kongo) som hadde kontroll over de nordøstlige og sentrale delene av DR Kongo. Uttalte mål var å beskytte grensen mot Uganda fra å bli krenket av væpnede grupper med base i DR Kongo, som Allied Democratic Forces (Allierte demokratiske styrker) og People's Redemption Army (Folkets forløsningshær), (Det er usikkert om sistnevnte faktisk har eksistert), og å ødelegge opprørsbaser i DR Kongo. Uganda har hevdet at Joseph Kabilas regjering ikke gjorde noe for å stoppe disse opprørsgruppene. FN har utpekt Uganda som et land som ulovlig har tappet DR Kongo for naturressurser.

Kabilas marsj mot Kinshasa

Den første krigen i Kongo startet i 1996, ettersom Rwanda ble  mer og mer bekymret for at medlemmer av Rassemblement Démocratique pour le Rwanda-militsen som gjorde flere raid inn i Rwanda fra Zaïre, planla en invasjon. Den nye tutsidominerte regjeringen i Rwanda protesterte på disse krenkelsene av deres territorium, og gav våpen til Banyamulenge, en gruppe i det østlige Zaïre som bestod av tutsier. Mobutu-regjeringen i Zaïre protesterte kraftig på dette, uten at de hadde militærkapasitet til å handle militært, og lite politisk godvilje rundt seg.  
Med aktiv støtte fra Rwanda, Uganda og Angola, rykket Laurent-Désiré Kabilas opprørsstyrker metodisk nedover Kongoelven. De møtte bare lett motstand fra Mobutus styrker, da hans regime var i ferd med å gå i oppløsning. Hovedtyngden av Kabilas soldater var veteraner fra konfliktene rundt de store afrikanske sjøene. Kabila selv hadde troverdighet siden han lenge hadde vært en politisk motstander av Mobutu og var en etterfølger av  Patrice Lumumba som var den første statsministeren i det uavhengige Kongo. Lumumba ble avsatt og myrdet av en kombinasjon av interne og utenlandske krefter, og ble erstattet i 1965 av Mobutu, som da var offiser. Kabila hadde erklært seg selv som en marxist og en beundrer av Mao Zedong. Han hadde drevet væpnet motstand i Zaïre i nesten tjue år, selv om han ifølge Che Guevara var en uengasjert og lite inspirerende leder.
Kabilas hær startet en langsom bevegelse vestover i desember 1996, da den store flyktningkrisen nærmet seg slutten. De tok kontroll over grensebyer og gruver. Det kom rapporter om massakrer og brutal framferd fra opprørshæren, og en menneskerettighetsundersøkelse utført av FN, publiserte vitneutsagn som hevdet at AFDL deltok i massakrer, og at så mange som 60 000 sivile var blitt drept av den fremrykkende hæren. Dette ble på det sterkeste avvist av AFDL. Roberto Garreton sa at under sin undersøkelse i Goma, kom det frem påstander om forsvinninger, tortur og drap. Han siterte  Moese Nyarugabo, en av Mobutus menn, som skal ha sagt at drap og forsvinninger må forventes i krigstid.
I mars 1997 startet Kabilas styrker en offensiv, og forlangte at myndighetene overgav seg. Opprørerne tok Kasenga 27. mars. Rapportene om dette ble avvist av myndighetene, som startet en lang kampanje der forsvarsdepartementet kom med feilinformasjon om hva som virkelig skjedde i krigen.
I slutten av mars ble det foreslått å ha samtaler mellom partene. Etienne Tshisekedi som lenge hadde vært motstander av Mobutu ble statsminister 2. april. På dette tidspunktet hadde Kabila kontroll over omtrent 25 % av landet. Kabila avviste den nye koalisjonsregjeringen og advarte Tshisekedi, at han ikke ville få noen del i en ny AFDL-regjering, dersom han godtok denne posten.
Gjennom hele april rykket AFDL stadig nedover Kongo-elven, og i mai hadde de nådd utkanten av Kinshasa. Den 16. mai, etter at fredssamtalene brøt sammen og Mobutu rømte landet, gjorde den flernasjonale hæren, ledet av Kabila, forsøk på å erobre Lubumbashi flyplass. Mobutu døde 7. september i Marokko, og samme dag utnevnte Kabila seg til president. Det første han gjorde var å bruke vold og makt for å bringe orden til landet, deretter tok han til på et forsøk på å reorganisere nasjonen.

Uvelkommen «støtte»

Da Kabila tok kontroll over hovedstaden i mai 1997, møtte han på store hindre når han skulle styre landet han gav det nye navnet Den demokratiske republikken Kongo. I tillegg til politiske konflikter mellom ulike grupper som ville ha makt og en enorm utenlandsgjeld, viste de utenlandske allierte seg å være uvillige til å forlate landet da Kabila ba om det. Det tydelige rwandiske nærværet i hovedstaden gjorde mange kongolesere urolige, og Kabila ble av mange sett på som en nikkedukke for utenlandske krefter.
Spenningen nådde et foreløpig høydepunkt den 14. juli 1998, da Kabila avskjediget sin rwandiske stabssjef James Kabarebe, og erstattet ham med den kongolesiske Celestin Kifwa. Kabila skal ha følt at han da hadde nok politisk støtte i DR Kongo til å markere avstand mot de landene som hadde hjulpet ham til makten. Selv om denne episoden gjorde det allerede vanskelige forholdet til Rwanda verre, hjalp det litt at Kabarebe ble Kifwas militærrådgiver.  
To uker senere var de diplomatiske manøvrene over for Kabila. Da takket han Rwanda for hjelpen, og beordret alle rwandiske og ugandiske tropper ut av landet. I løpet av 24 timer ble de rwandiske militærrådgiverne som bodde i Kinshasa flydd ut av landet. Banyamulengene som bodde øst i landet, var den gruppen som ble mest uroet av denne ordren. Deres konflikter med de etniske gruppene rundt seg, hadde vært gnisten som utløste den første krigen i Kongo, og de ble også et redskap for Rwanda for å forårsake hendelser over grensen til DR Kongo. Banyamulengene ville enda en gang bli gnisten som utløste en større konflikt.

1998–1999

Den innledende offensiven fra opprørerne ble en trussel for Kabila-regjeringen i løpet av få uker. Regjeringen ble reddet gjennom hurtig inngripen fra flere andre afrikanske stater. Det så en stund ut som om, på grunn av at opprørsstyrkene ble presset tilbake,  det skulle eskalere til en konvensjonell krig mellom flere nasjonale hærer. Dette ble avverget da frontlinjene stabiliserte seg i 1999. Etter dette ble konflikten i stor grad kjempet av irregulære grupper, og det var små endringer i territoriene de ulike gruppene hadde kontroll over.
Den 2. august 1998 gjorde banyamulengene i byen Goma opprør. Rwanda tilbød seg umiddelbart å gi assistanse til banyamulengene, og tidlig i august var en godt væpnet gruppe, Rassemblement Congolais pour la Démocratie (RCD) (Kampanje for kongolesisk demokrati) etablert. Gruppen bestod hovedsakelig av banyamulengener og var fikk støtte av Rwanda og Uganda. Denne gruppen fikk fort kontrollen over den ressursrike østlige provinsen, og la hovedbasen sin i Goma.  RCD tok raskt kontroll over byene Bukavu og Uvirai Kivu. Den tutsiledede rwandiske regjeringen, som var allierte med Uganda og Burundi, gjorde også framstøt, og okkuperte en del av det nordøstlige Kongo. For å kaste ut rwanderne, fikk president Kabila hjelp av militante hutuer i det østlige Kongo, og hisset opp folkeopinionen mot tutsiene, noe som resulterte i flere offentlige lynsjinger i gatene i Kinshasa. 12. august gav en major i hæren denne uttalelsen da han mante til motstand på en radiostasjon i Bunia i østkongo. «Folk må ta med seg en machete, et spyd, en pil, en hakke, spader, river, spiker, køller, elektriske gjerder, piggtråd, steiner og slike ting, for, mine kjære lyttere, å kunne drepe de rwandiske tutsiene.» Rwandiske myndigheter hevdet også at en betydelig del av det østlige Kongo var «historisk rwandisk». Rwanderne anklaget Kabila for å organisere et folkemord mot deres medtutsier i Kivuregionen. I hvor stor grad den rwandiske intervensjonen faktisk var motivert av et ønske om å beskytte banyamulengenene og ikke bruke dem som et dekke for egne regionale mål, er ukjent.
I et dristig trekk, kapret opprørere fra DR Kongo et fly og fløy det til myndighetene sin base i Kitona på atlanterhavskysten, hvor de fikk støtte fra flere av myndighetenes styrker som gjorde mytteri og slo følge med kaprerne. Flere byer i øst og rundt Kituna falt i rask rekkefølge, etter som de kombinerte styrkene til RCD, Rwanda, Burundi og Uganda overkjørte regjeringssoldatene, og alle diplomatiske forsøk på å løse konflikten fra andre afrikanske land rant ut i sanden.
13. august, mindre enn to uker etter at opprøret brøt ut, hadde opprørerne kontroll over kraftverket i Inga, som produserte strøm til Kinshasa, og havnen i Matebi, som mesteparten av Kinshasas mat ble fraktet gjennom. Diamantsenteret Kisangani falt til opprørerne den 23. august, og styrker som rykket fram fra øst hadde blitt truende for Kinshasa mot slutten av august. Uganda, som fremdeles støttet RCD sammen med Rwanda, opprettet nå «sin egen» opprørsgruppe, som fikk støtte bare av Uganda, Mouvement pour la Libération du Congo (MLC) (Bevegelsen for frigjøring av Kongo).
Til tross for at frontlinjen bevegde seg, fortsatte kampene over hele landet. Samtidig som opprørsstyrker vant land i Kinshasa, fortsatte regjeringsstyrker å kjempe om kontroll over byer øst i landet. De militante hutuene som ble kontrollert av Kabila, var òg en viktig styrke i øst. Men  Kinshasa og Kabilas fall virket stadig mer sannsynlig, til tross for at de siste ukene hadde sett desperate søk etter støtte fra ulike afrikanske nasjoner og Cuba.
Opprørsoffensiven ble brått snudd, da Kabilas diplomatiske anstrengelser til slutt bar frukt. Kongolesere øst og vest i landet viste en sterk nasjonalfølelse, og avviste den andre invasjonen utført av rwandiske og ugandiske styrker på to år. De første afrikanske landene som svarte på Kabilas bønn om assistanse var andre medlemmer av Southern African Development Community (Det sørafrikanske utviklingsfellesskapet) (SADC). Selv om medlemmene i SADC er forpliktet til et felles forsvar om noen av medlemmene blir utsatt for aggresjon fra andre land, inntok flere av medlemmene et nøytralt ståsted i konflikten. Myndighetene i Namibia, Zimbabwe og Angola, derimot, støttet Kabila og hans regjering etter et møte i Harare i Zimbabwe 19. august. I de kommende ukene ble også Tsjad, Libya og Sudan (som ikke er medlemmer av SADC) med i konflikten på Kabilas side.
Dermed begynte en mangesidet krig. I september 1998 holdt zimbabwiske styrker, som hadde blitt fløyet inn til Kinshasa, stand mot en opprørsoffensiv som nådde utkanten av byen, samtidig som angolanske styrker angrep de angripende opprørerne nordfra og østover fra det angolanske territoriet i Cabinda-provinsen. Denne inngripenen fra flere land reddet Kabila og regjeringen hans, og presset opprørerne sine frontlinjer vekk fra hovedstaden. Dette var ikke nok til å knuse opprøret, og motoffensiven stod i fare for å bli en direkte konflikt med regjeringshærene fra Rwanda og Uganda, som organiserte opprøret.
I november 1998 ble det meldt om en ny Uganda-støttet opprørsgruppe MLC nord i landet. Den 6. november innrømmet Rwandas president Paul Kagame for første gang at rwandiske styrker støttet opprørerne i RCD av sikkerhetsgrunner. Dette skjedde etter en forespørsel fra Nelson Mandela, som ville få igang fredssamtaler. 18. januar 1999 gikk Rwanda, Uganda, Angola, Namibia og Zimbabwe med på en våpenhvile på en konferanse i Windhoek i Namibia. RCD var ikke invitert til konferansen, så kampene fortsatte.  
Utenfor Afrika, forholdt de fleste land seg nøytrale, men presset på for å få en slutt på volden. Ikke-afrikanske stater var ekstremt nølende til å sende tropper til regionen. Flere vestlige gruve- og diamantselskap, stort sett fra USA, Canada, Australia og Japan, støttet Kabila, og fikk som takk for dette forretningsavtaler i begge krigene. Dette ble sterkt kritisert av menneskerettighetsgrupper. Michael Ross har kalt dette fenomenet «booty futures» (en futureskontrakt på plyndring - altså salg av rettighetene til utvinning av naturressurser i fremtiden, uavhengig av i hvilken grad man har kontroll over disse naturressursene når kontrakten inngås). Dette gjorde nok at konflikten i DR Kongo ble forlenget siden partene kunne skaffe seg inntekter fra salg av fremtidige utvinninger, uten å være avhengige av å kontrollere ressurser for å kunne profittere av dem.

Angola

Den angolanske regjeringen hadde kjempet mot Mobutu Sésé Seko i den første krigen i Kongo på grunn av hans støtte til opprørergruppen UNITA i borgerkrigen i Angola. Den angolanske regjeringen ville få slutt på UNITA-operasjoner i det sørlige Kongo, der man byttet diamanter hentet fra den opprørerstyrte delen av Angola mot utenlandske våpen. Angola hadde ingen tro på at en ny president ville vise seg mer effektiv en Kabila, og fryktet at kampene ville lede til et maktvakuum som bare ville tjene UNITA. Inngrepene til de erfarne angolanske styrkene var avgjørende for utfallet av begge krigene.

Namibia

President Sam Nujoma hadde interesser i Kongo som på mange måter tilsvarte Mugabes interesser, med flere familiemedlemmer dypt involvert i den kongolesiske gruveindustrien. Namibia som land, hadde få nasjonale interesser i krigen, og det at landet gikk inn i krigen ble møtt med sinne og avsky av befolkningen og opposisjonelle politikere.

Tsjad

Kabila hadde først avskrevet mulighetene for å få støtte fra det fransktalende Afrika, men etter et møte i Libreville i Gabon 24. september, gikk Tsjad med på å sende 2000 mann. Frankrike oppmuntret Tsjad til å bli med i konflikten, som en måte å få tilbake innflytelse i en region hvor franskmennene hadde trukket seg tilbake i skam etter folkemordet i Rwanda i 1994. Intervensjonen fra Tsjad ble en fiasko, og styrkene ble anklaget for alvorlige brudd på  menneskerettighetene og plyndring helt fra starten. De trakk seg derfor fort tilbake, etter både nasjonalt og internasjonalt press.

Libya

Regjeringen til Muammar al-Gaddafi organiserte planleggingen av troppeforflyttingen fra Tsjad, noe som var overraskende, det anstrengte forholdet mellom landene tatt i betraktning. Gaddafi kan ha sett på dette som en måte å tjene penger, men det er også sannsynlig at et sterkt motiv var ønsket om å bryte ut av den internasjonale isolasjonen Libya var i som et resultat av bomben i et Pan Am-fly over Lockerbie i Skottland i 1988.

Sudan

Ubekreftede rapporter i september indikerte at den sudanesiske regjeringen sendte styrker for å kjempe mot opprørere i Orientale-provinsen, tett ved den sudanesiske og ugandiske grensen. Sudan etablerte aldri noe sterkt militært nærvær inne i DR Kongo, men gav støtte til tre ugandiske opprørsgrupper; Lord's Resistance Army (Herrens motstandshær), Uganda National Rescue Front II (Den ugandiske nasjonale redningsfronten II) og Allied Democratic Forces (Allierte demokratiske styrker), som et svar på ugandisk støtte til Sudan People's Liberation Army/Movement (Det sudanske folkets frigjøringshær eller frigjøringsbevegelse).

1999–2000

Den 5. april 1999 nådde spenningene innad i RCD angående banyamulengenenes dominans et høydepunkt. Lederen for RCD, Ernest Wamba dia Wamba, flyttet basen sin fra Goma til det Uganda-kontrollerte Kisangani for å lede en utbrytergruppe kalt Forces for Renewal (Styrker for fornyelese). Enda et tegn på oppløsning kom da Ugandas Museveni og Kabila den 18. april inngikk en våpenhvileavtale i Sirte i Libya, etter megling av Muammar al-Gaddafi. Både RCD og Rwanda hadde nektet å være med på disse forhandlingene. 16. mai ble Wamba vraket som leder for RCD, til fordel for en mer rwandavennlig leder. Sju dager senere barket de ulike delene av RCD sammen i kamp om Kinshasi. Den 8. juni møttes de ulike fraksjonene for å forsøke å danne en felles front mot Kabila, men til tross for dette klarte man ikke å løse problemene. Da Uuganda opprettet den nye provinsen Ituri, var dette gnisten som utløste de etniske sammenstøtene i iturikonflikten, av og til referert til som en «krig i krigen». Til tross for vanskelighetene gjorde det diplomatiske arbeidet at man fikk krigens første våpenhvile. Våpenhvileavtalen fra Lusaka ble underskrevet i juli 1999 av de seks krigførende landene DR Kongo, Angola, Namibia, Zimbabwe, Rwanda og Uganda. 1. august skrev også MLC under på avtalen, mens RCD nektet å skrive under. Avtalen sa at styrker fra alle parter, under en felles militærkommisjon, skulle samarbeide for å spore opp, avvæpne og dokumentere alle væpnede grupper i Kongo, med særlig vekt på de gruppene man viste hadde spilt en rolle i folkemordet i Rwanda. Lite ble gjort for å følge opp dette. 
FNs sikkerhetsråd satte av rundt 90 mann for å støtte våpenhvilen i august 1999. Dette forhindret ikke at alle sider anklaget hverandre for å bryte våpenhvilen i de kommende månedene. Det ble snart klart at en liten episode kunne utløse større handlinger.
Spenningen mellom Rwanda og Uganda nådde et bristepunkt tidlig i august, da styrker fra Uganda People’s Defense Force (Det ugandiske folkets forsvarsfront) og Rwandan Patriotic Army (Den rwandiske patriotiske hær) støtte sammen i Kinsangani. I november hevdet den regjeringskontrollerte TV-stasjonen i Kinshasa at Kabilas hær hadde blitt gjenoppbygd og stod klar for å fullføre sitt «oppdrag for å frigjøre» landet. Rwandiske styrker startet da en stor offensiv, og gikk mot Kinshasa før de kunne bli kastet ut.
24. februar 2000 autoriserte FN en styrke på 5 537 mann som skulle overvåke fredsavtalen. Styrken ble kjent under sitt franske akronym; MONUC. Kampene fortsatte imidlertid mellom regjeringen og opprørsstyrker, og mellom ugandiske og rwandiske styrker. Det var flere sammenstøt og offensiver over hele landet, der kampene mellom Uganda og Rwanda i Kisangani i mai og juni 2000 var de største. Den 9. august ble en regjeringsoffensiv stoppet av MLC i den ekvatoriale provinsen med elven Ubangui, nær Libenge. Selv om de militære operasjonene ikke førte fram, lykkes heller ikke diplomatiske forsøk på å løse konflikten, enten gjennom bilaterale samtaler, eller gjennom FN, Den afrikanske unionen eller det sørafrikanske utviklingssamarbeidet.

2001

En livvakt skjøt og skadet Laurent Kabila i et attentatforsøk 16. januar 2001 i Zimbabwe. To dager senere døde Kabila av skadene han fikk.
 
Det er ikke kjent hvem som beordret drapet, men de fleste mente Kabilas allierte stod bak, og at de var leie av dobbelspillet hans. De var også frustrerte over at han ikke hadde klart å lage en progresjonsplan for introduksjonen av en demokratisk konstitusjon som skulle føre til frie valg. Angolanske tropper var synlig tilstede ved Kabilas begravelsesprosesjon i Kinshasa.
Kabilas sønn, Joseph Kabila, ble enstemmig valgt av det kongolesiske parlamentet som farens etterfølger. Dette var i stor grad på grunn av Robert Mugabes støtte men også fordi de fleste av parlamentsmedlemmene hadde blitt håndplukket av Kabila. Den nye presidenten møtte Rwandas president Paul Kagame i USA i februar.Her ble Rwanda, Uganda og opprørere enige om en tilbaketrekningsplan, og Rwanda og Uganda startet en tilbaketrekning av tropper fra frontlinjen.
Washington Post stilte den vestlig utdannede og engelsktalende Joseph Kabila, opp som en kontrast til faren. Den nye presidenten skulle være en som fikk diplomater til å «håpe at ting hadde forandret seg», mens «Laurent Kabila stod som den viktigste hindringen mot en fredelig avslutning på krigen som startet i 1998 for å avsette ham.» Våpenhvilen fra Lusaka «forble uoppfylt i stor grad på grunn av at han stadig startet ny offensiver samtidig som han blokkerte FNs fredsstyrker fra å operere i det regjeringsstyrte territoriet.»  En analytiker fra det Londonbaserte Economist Intelligence Unit er sitert på å ha sagt at «den eneste hindringen har vært Kabila, fordi Lusakaavtalen krevde en demokratisering av regjeringen, og det var en trussel mot hans posisjon.»
I april 2001 undersøkte et ekspertpanel fra FN ulovlig utvinning av diamanter kobolt, koltan, gull og andre lukrative ressurser i Kongo. Rapporten de kom med anklaget Rwanda, Uganda og Zimbabwe for systematisk å utnytte de kongolesiske ressursene, og bad FNs sikkerhetsråd om å igangsette internasjonale sanksjoner
Til tross for at det hyppig kom anklager om overgrep i DR Kongo, fikk den rwandiske regjeringen stadig mer internasjonal støtte enn hva det betraktelig større DR Kongo fikk. Den rwandiske presidenten Paul Kagame var internasjonalt respektert for sitt lederskap, som fikk en slutt på folkemordet i Rwanda, og for hans anstrengelser for å samle og gjenoppbygge landet.

2002

Det ble gjort flere forsøk på å få slutt på volden, uten at noen av disse var vellykkede. I 2002 ble Rwandas situasjon verre. Mange medlemmer av RCD gav enten opp kampen, eller slo seg sammen med Kabila. I tillegg ble banyamulengenene, ryggraden i Rwandas militsstyrker, stadig mer slitne av de endeløse kampene om kontroll over Kigali. Et stort antall deserterte, noe som førte til voldelige sammenstøt mellom dem og rwandiske styrker. Samtidig ble Kabila den yngres posisjon i vest stadig sterkere. Internasjonal hjelp ble også gjenopptatt, ettersom man fikk inflasjonen under kontroll.
Sun City-avtalen ble underskrevet 19. april 2002. Den var et rammeverk som skulle gi DR Kongo en felles flerpartiregjering og demokratiske valg, men kritikerne merket seg at det ikke var noen plan for hvordan man skulle samle hæren, noe som forhindret planen i å være så effektiv som den kunne ha blitt. Det har blitt rapportert om flere brudd på Sun City-avtalen, men den førte til en nedgang i kampene. 
30. juli 2002 signerte Rwanda og DR Kongo en fredsavtale kjent som Pretoriaavtalen etter fem dagers samtale i Pretoria i Sør-Afrika. Samtalene dreide seg i hovedsak om to områder. Det ene var tilbaketrekningen av de rundt 20 000 rwandiske soldatene i Kongo, og det andre var å få tak i gamle rwandiske soldater og avvæpning av hutumilitsen Interahamwe, som var en aktiv deltager i folkemordet i Rwanda i 1994, og fortsatte å operere i de østlige delene av Kongo. Rwanda hadde tidligere nektet å trekke seg tilbake før hutumilitsen var oppløst.
6. september signerte man Luandaavtalen, som formaliserte freden mellom Kongo og Uganda. Avtalen tok sikte på at Uganda skulle trekke sine styrker ut av Bunia og at forholdene mellom de to landene skulle bedre seg, men implementeringen av avtalen viste seg vanskelig. Elleve dager senere ble den første rwandiske soldaten ble trukket ut av det østlige Kongo og 5. oktober erklærte Rwanda at tilbaketrekningen var fullført. MONUC bekreftet at over 20 000 soldater var trukket ut av landet.
21. oktober publiserte FN rapporten fra ekspertpanelet som hadde sett på hvordan de væpnede gruppene utnyttet naturressursene. Både Rwanda og Uganda nektet for påstandene om at høytstående tjenestemenn og militæret var involvert i ulovlig handel med plyndrede ressurser. Den zimbabwiske forsvarsministeren Sydney Sekeramayi hevdet at det zimbabwiske militæret trakk seg ut av DR Kongo i oktober 2002, men i juni 2006 meldte reportere at en styrke på 50 mann hadde blitt igjen i landet for å beskytte Kabila.
17. desember signerte de kongolesiske partiene i den interkongolesiske dialogen, det vil si: regjeringen, MLC, RCD, RCD-ML, RCD-N, den hjemlige politiske opposisjonen, representanter for embedsverket og Mai Mai, Den globale og allinklusive avtalen. Avtalen skisserer en plan for en overgangsregjering som skulle ende i parlaments- og presidentvalg i løpet av to år. Avtalen markerte den formelle slutten på den andre krigen i Kongo.

2003 og fremover: Overgangsregjeringen

18. juli 2003 startet overgangsregjeringen sitt arbeid, slik det ble lagt opp til i Den globale og allinklusive avtalen mellom de krigførende partene. Avtalen forplikter partene til å gjennomføre en plan for å gjenforene landet, avvæpne og integrere de krigførende partene og holde valg. Det har vært flere problemer i prosessen, noe som har resultert i fortsatt ustabilitet i store deler av landet og en forsinkelse i de oppsatte datoene for valg fra juni 2005 til juli 2006.
Hovedgrunnen til svakhetene i overgangsregjeringen har vært at flere parter i krigen har nektet å gi fra seg makt til en sentralisert og nøytral administrasjon. Noen grupper opprettholdt militære kommando- og kontrollstrukturer uavhengig av regjeringens, men den internasjonale krisegruppen har rapportert at disse strukturene gradvis har blitt redusert. Et stort problem med offentlig korrupsjon, som gjør at statlige tjenestemenn, soldater og prosjekter for å bedre infrastrukturen ikke får de ressursene de trenger, fører også til ustabilitet. 
30. juli 2006 ble de første valgene holdt i DR Kongo, etter at befolkningen hadde godkjent den nye grunnloven. En ny valgrunde ble holdt 30. oktober.

Områder med fortsatt konflikt

Den skjøre statsmakten har gjort det mulig med fortsatt vold og menneskerettighetsbrudd øst i landet. Det er tre særlige konfliktsentre; Nord- og Sør-kivu, hvor et svekket FDLR fortsatt truer den rwandiske grensen og banyamulengenene, og hvor den Rwandastøttede RCD-Goma fortsatt kjemper mot Kinshas, Ituri, hvor MONUC ikke har klart å holde kontroll på de mange militsgruppene som er involverte i Iturikonflikten, og det nordlige Katanga, hvor Mai-Mai skapt av Laurent Kabila ikke lenger er under Kinshasas kontroll. 
Den etniske volden mellom hutuer og tutsier har vært drivkraften i mye av konflikten, da folk på begge sider har fryktet en utryddelse av hele gruppen. Gruppene knyttet til Kishasa eller hutuer fikk tette bånd gjennom felles interesser i å kaste ut troppene fra Rwanda og Uganda. Gruppene som var knyttet til Rwanda og Uganda, derimot, kjempet om et felles mål i å ta land som var kontrollert fra Kinshasa, samtidig som tilgangen til ressurser splittet dem. Det kom rapporter om at Uganda lot Kinshasa sende våpen til det hutuske FDLR gjennom områder under kontroll av ugandiskstøttede grupper, siden Uganda, Kinshasa og hutuene alle vil utligne den rwandiske påvirkningen i området.

Rwandas grensesikkerhet

Rwanda vil at DR Kongo skal kaste ut FDLR som opererer fra kongolesisk territorium, og har også tilbudt tropper som hjelp i dette. Regjeringen i Kinshasa er mistenksom ovenfor Kigalis påvirkning i området, og virker ute av stand til å gjøre noe med FDLR. Som en konsekvens av dette støtter Rwanda det fortsatte opprøret fra general Nkunda. Dette vil sannsynligvis pågå så lenge Rwanda føler at grensen er truet av hutuopprørere.

Militser

Krigen i Kongo har stort sett vært uten store slag eller klart definerte frontlinjer. Selv om et stort antall soldater fra de nasjonale hærene til flere land har vært involvert, har lederne vist seg varsomme med å risikere styrkene sine i åpen kamp. Utstyr og trening av militæret utgjør en stor investering for fattige land, og tap ville vært vanskelig å erstatte. I tillegg er Kongo et svært stort land, noe som har gjort at militæravdelingen har vært plassert på strategisk viktige plasser, som havner, flyplasser, gruvesentre og de få store veiene, i stedet for å vokte over klart definerte områder.
Som et resultat har krigen i stor grad blitt utkjempet av løselig organiserte militsgrupper. Disse utrente og i stor grad udisiplinerte gruppene har i stor grad bidratt til den grove volden i konflikten med flittig bruk av plyndring, voldtekter og etnisk rensing. Det har også gjort fredsavtaler mye vanskeligere å få i stand, da militsene har fortsatt kamphandlingene, trass våpenhvileavtaler mellom hovedaktørene. Disse ukontrollerte militsene og deres allierte i ulike regjeringer har drept mange kongolesere, men enda flere har dødd som følge av sykdommer og sult som har kommet i kjølvannet av krigen.

Plyndring av ressurser

Mye av konflikten fokuserte på å få kontroll på de store naturlige ressursene i DR Kongo. Statene rundt de store sjøene i Afrika har i stor grad dekket sine militærutgifter under konflikten ved inntekter de har fått fra diamanter og tømmer hentet fra det østlige Kongo. Dette har blitt styrt av offiserer fra de ugandiske og rwandiske hærene, som selv har tjent seg rike i prosessen. Etter som tiden har gått, har den rwandiske hæren blitt mindre interessert i å finne opprørere og dem som var ansvarlige for folkemordet i landet, og mer interesserte i å styrke sin innflytelse inne i DR Kongo. Okkupasjonsstyrkene i området har pålagt lokalbefolkningen høye skatter og konfiskert det meste av husdyrene og mye av maten i området.
Kamp om kontrollen over ressursene mellom anti-Kabilastyrker har og resultert i konflikt. Ugandiske og rwandiske styrker støtte sammen i Kisangani, og RCD delte seg i to fraksjoner, noe som svekket anti-Kabilastyrkene betraktelig. Kabilas styrker var imidlertid for svekket til å utnytte dette.

Voldtekt som våpen

Voldtekt ble brukt som et våpen i krigen gjennom hele konflikten. I oktober 2004 rapporterte menneskerettighetsgruppen Amnesty International at 40 000 tilfeller av voldtekt hadde blitt rapportert de siste seks årene. Mesteparten av disse var fra Sør-Kivu. Dette er ufullstendige tall, da organisasjonene som finner tallene ikke har tilgang til store deler av konfliktområdet, og bare kvinner som har fått behandling for overgrep blir registrert. Det faktiske tallet vil derfor være betraktelig høyere. Alle væpnede grupper i konflikten har gjort seg skyldige i voldtekt, selv om de ulike militsene står bak de fleste. 
Et spesielt medisinsk problem som har oppstått i kjølvannet av de utbredde overgrepene, er den abnormalt høye andelen kvinner som lider av vaginal fistula, som oftest som en følge av gjengvoldtekter. De utbredte voldtektene har, i tillegg til fysiske og psykiske traumer for de enkelte kvinnene, bidratt til spredningen av seksuelt overførbare sykdommer som HIV.

Flyktninger

Følgene av krigen internt i DR Kongo, var blant annet at 3,4 millioner mennesker ble fordrevet fra sine hjem, samtidig som tusener ble drevet inn i fattigdom. Flesteparten av de fordrevne er fra den østlige delen av landet. I tillegg til disse, er det også rundt 2 millioner flyktninger som har blitt plassert i Burundi, Rwanda, Tanzania og Uganda.

Pygméer

Pygméene er antatt å være urbefolkningen i store deler av de skatoriale skogene i Sentral-Afrika. I krigen ble pygméer jaktet på som dyr og også spist. Begge sider i krigen så på dem som undermennesker, og noen tror at pygmékjøtt kan gi magiske krefter. I Nord-Kivu har det vært kannibalisme utført av en gruppe kjent som «Les Effacers» (Utrydderne) som ville fjerne folk fra området, og med det gjøre det klart for å utvinne mineraler. FNs menneskerettsaktivister rapporterte i 2003 at opprørere hadde utført kannibalisme. Sinafasi Makelo, en representant for Mbuti-pygméene har bedt FNs sikkerhetsråd om å anse kannibalisme som en forbrytelse mot menneskeheten og folkemord. Ifølge Minority Rights Group International er det mange beviser på massemord, kannibalisme og voldtekter mot pygméer, og man har oppfordret den internasjonale domstolen for krigsforbrytelser om å etterforske dette som en kampanje for å utrydde pygméene. Selv om de har blitt angrepet av nesten alle de væpnede gruppene, har opprørsgruppen Movement for the Liberation of Congo (Bevegelsen for frigjøring av Kongo) som er en del av overgangsregjeringen og fremdeles kontrollerer store deler av nordområdene, fått mesteparten av skylden for angrepene.

Konsekvenser for naturen

De ødeleggende følgene av krigen, både økonomisk og for samfunnet, har ført til alvorlige konsekvenser for naturen i regionen. I september 2005, rapporterte WWF at flodhestbestanden i Lake Edward i Virunga National Park hadde gått ned til rundt 900 individer fra anslagsvis 29 000 tretti år tidligere. Nedgangen kommer sannsynligvis av krypskyting for å få kjøtt og tenner. Tennene er brukt til å produsere ulovlig elfenbein. I tillegg til dette holder rundt halvparten av verdens 700 fjellgorillaer til i den samme nasjonalparken.

Juridiske konsekvenser

19. desember 2005 sa FNs internasjonale domstol at DR Kongos uavhengighet hadde blitt krenket av Uganda, og at Uganda hadde plyndret ressurser for millioner av dollar. Regjeringen i Kongo har krevet 10 milliarder dollar i erstatning.