Holocaust i Litauen

Holocaust i Litauen var utryddelsen av jøder i Litauen under andre verdenskrig. Minst 95 % av landets 210 000 jødiske innbyggere ble massakrert under den tyske okkupasjonen fra sommeren 1941, noe som utgjør det største tap av menneskeliv i Litauens historie. I Litauen og Latvia ble den jødiske befolkningen nesten totalt utslettet. Drapene ble i hovedsak utført av lokal litauisk milits under tysk ledelse.
Litauen ble tvangsinnlemmet i Sovjetunionen i juni 1940, og samtidig ble Vilnius overført fra det da oppløste Polen til Litauen. Den tyske invasjonen av Sovjetunionen i 1941 var trolig en hovedgrunn til tilintetgjørelsen av jødene.
Litauens jødiske innbyggere var Holocausts første ofre. Omfattende og systematiske drap på jøder begynte i Litauen dagen etter invasjonen. Først ble voksne menn drept, senere på sommeren ble massedrapene utvidet til å omfatte jødiske kvinner og barn. Før juni 1941 var jødene i tyskkontrollerte områder utsatt for brutal forfølgelse, og i det okkuperte Polen også for enkeltstående massakrer. I juni 1941 så den tyske ledelsen fortsatt for seg at «jødespørsmålet» hovedsakelig skulle løses ved tvangsflytting. Det er uklart om massemordet i Litauen ble igangsatt etter direkte ordre fra Berlin, eller om det begynte som et initiativ av tyske ledere på stedet. 
To dager etter at tyske styrker krysset grensen til Litauen (som hadde vært okkupert av Sovjetunionen siden året før), begynte massakrene på landets over 210 000 jøder. De første systematiske massakrene ble gjennomført i regi av Schutzstaffel (SS) og politi i Østpreussen og Memelland. Massakrene i Litauen var i hovedsak metodiske og i skjul for offentligheten ved at ofrene ble skutt og dumpet i massegraver i litt utenfor bebodde områder. Denne fremgangsmåten ble senere brukt over det meste av sovjetisk område, inkludert Baltikum.
Massakrene foregikk med bistand fra lokale kollaboratører. Jødene i Litauen ble som regel skutt og dumpet i massegraver nær hjemstedet og det forekom massakrer i gatene der jødene ble slått i hjel i med stokker. Fra juni til desember 1941 var 80 % av jødene drept.

Litauen under tsaren

Litauen hadde hatt jødiske innbyggere siden middelalderen. I 1566 ble jøder pålagt å bruke spesielle klær, blant annet gult hodeplagg. Zaporizjakosakkenes opprør i 1648 resulterte i en pogrom som raserte mange jødiske institusjoner i Polen-Litauen. På den tiden var det omkring 30 000 jødiske innbyggere i Litauen.  
Litauen hadde i likhet med Polen, deler av Latvia og Hviterussland vært en del av de jødiske bosetningsområdet i tsarens Russland og hadde relativt stor jødisk befolkning. Litvak var jøder med historisk tilknytning til Litauen, Latvia, Białystok og Suwałki samt deler av Hviterussland innenfor Polen-Litauen og senere tsarens rike. Jødiske litauere bodde ofte i byer og virket særlig som faglærte håndverkere og kjøpmenn. Da Litauen ble innlemmet i tsarens Russland i 1795, ble litauisk språk og kultur undertrykt; for eksempel var det forbudt å skrive litauisk med latinske bokstaver. Litauen og Litauens historiske territorium var multietnisk, der litauisk, polsk, jiddisk og hviterussisk språk ble brukt. I 1897 snakket flertallet av innbyggerne i Vilnius-provinsen hviterussisk. I det jødiske bosetningsområdet utgjorde jødene i alt 11 % av befolkningen på 1800-tallet, men utgjorde flertallet i flere litauiske og hviterussiske byer, blant annet i Vilnius. De fleste av disse jødene var fattige, noen av dem levde under svært dårlige kår. Vilnius (polsk: Wilna, jiddisk: Vilne) ble blant jøder regnet som sentrum for jødisk kulturelt, intellektuelt og religiøst liv. 
Aleksander II av Russland døde i 1881 etter et attentat utført av gruppen «Folkeviljen», der ett av medlemmene var jødisk. Det gikk da et rykte om at «jødene hadde drept tsaren» og myndighetene tilskyndet brutal forfølgelse av jødene i riket. I 1882 ble det innført nye lover som forbød jødene å drive handel på søndager. De fikk heller ikke bosette seg utenfor byer eller shtetl, de fikk ikke eie eller leie jord, og antallet jødiske elever i videregående skole skulle ikke være over 10 %. Mange jøder i Litauen flyttet til industribyene i Polen, og bidro til at Polen fikk Europas største jødiske befolkning. Mange jøder flyttet også sørover til Ukraina. I 1905 var det en ny bølge av pogromer i tsarens rike. En del jøder emigrerte også til Vest-Europa. Pogromer og diskriminering gjorde at om lag 1,85 millioner jøder forlot Russland i perioden mellom 1880-årene til første verdenskrig. Antisemittisme var utbredt og vanlig hos respekterte forfattere som Simonas Daukantas og Vincas Kudirka.

Mellomkrigstiden

Etter første verdenskrig gikk imperiene Russland og Østerrike og til dels Tyskland i oppløsning, der særlig Russland ble satt økonomisk tilbake. Tidligere russiske områder i vest ble etter revolusjonen til de nye statene Finland, Polen, Estland, Latvia og Litauen.
På tampen av første verdenskrig var det kortvarige kriger mellom Litauen og Sovjetunionen og mellom Litauen og Polen. Polen tok kontroll over Vilnius med omland, noe som førte til at Litauen brøt de diplomatiske forbindelsene. Litauen ratifiserte traktatene om minoritetenes rettigheter. Både regjeringen og nasjonalforsamlingen i den nye republikken hadde jødiske medlemmer. Jødisk selvstyre ble undergravd utover 1920-årene og var avviklet omkring 1930. Etter statskuppet i 1926 ble jøder nektet å arbeide blant annet i offentlige virksomheter, slik at mange gikk inn i frie yrker. Svært mange jødiske litauere arbeidet som kjøpmenn, leger eller jurister. Etniske litauere arbeidet hovedsakelig i landbrukssektoren. «Litauiseringen» som begynte på 1920-årene førte til at de ble presset ut av disse sektorene. Jødisk kultur ble generelt tolerert og det ble utgitt flere aviser på jiddisk; i hovedstaden Kaunas var det fire dagsaviser på jiddisk. Vilnius, «Jerusalem i Litauen», ble regnet som sentrum for jødisk kultur og religion i området. I tiden under polsk styre ble Vilnius en bakevje. Antisemittisme var vanlig i Litauen, men mindre utpreget enn i russiske og polske områder.
Ved universitetet i Vilnius var det relativt flere jødiske enn polske studenter. Den polske studentforeningen krevde kvotering slik at andelen jødiske studenter skulle gjenspeile andelen jødiske innbyggere. De polske studentene sørget også for å dele klassene slik at de to etniske gruppene satt hver for seg. I 1933 demonstrerte etniske polske studenter mot de jødiske.
Memelland ble i 1924 en del av Litauen etter Klaipėdaopprøret i 1923. Regjeringen ble avsatt i et militærkupp i desember 1926 og Antanas Smetona ble innsatt som president. Smetona innførte et autoritært styresett og undertrykte opposisjonen. Da Litauen overtok Vilnius etter Sovjetunionens okkupasjon av det østlige Polen høsten 1939, innledet den litauiske regjeringen en tvungen «litauisering» av byen noe som gjorde de jødiske og etnisk polske innbyggerne skuffede og sinte. Omtrent 15 000 jøder flyktet nordover fra Polen til Vilnius. Fra Suwałki-området forsøkte tyske styrker å jage jødiske polakker over grensen til Litauen, opp mot 2000 jøder krysset grensen. Mot slutten av 1930-årene innførte polske myndigheter anti-jødiske tiltak i Vilnius. 
Litauiske nasjonalister var i utgangspunktet ikke utpreget antijødiske, den polske minoriteten i landet ble av nasjonalistene oppfattet som den viktigste barrieren mot nasjonal frigjøring. Fra etableringen av staten i 1918 ble jøder stadig mer ekskludert gjennom språkpolitikk (de færreste jøder behersket litauisk) og den nye statens grenser delte opp jødenes tradisjonelle bosettingsområder. Tradisjonell antisemittisme (jødene som «Jesus-drepere») og lokal antisemittisme basert på skepsis til jødenes tradisjonelle næringsveier i bondesamfunnet var rotfestet i landet. I det overveiende katolske Litauen var den katolske kirken i landet et opphav til mange antisemittiske forestillinger, blant annet myten om at jødene drakk blod fra myrdede spedbarn i sin ritualer. Landets nasjonalister anså de jødiske litauerne som et fremmedelement som ikke var lojale mot den unge republikken. En utbredt antijødisk forestilling var at jødene var spesielt slue, upålitelige og griske, og at de utnyttet ærlige og hardtarbeidende litauere. Antisemittismen tiltok i mellomkrigstiden, men «jødespørsmålet» spilte ingen vesentlig rolle i litauisk politikk. Ønsket om nasjonalstat basert på litauisk etnisitet ble klart uttrykt i 1920-årene. I 1930-årene ble også den etnisk tyske minoriteten utsatt for retoriske angrep. Jødiske litauere hadde ofte jiddisk som førstespråk og polsk eller russisk som andrespråk, noe som ledet til mistenksomhet og fiendtlighet fra etniske litauere.

Molotov–Ribbentrop-pakten

Etter Molotov–Ribbentrop-pakten inntok Sovjetunionen den da polske byen Vilna (litauisk: Vilnius) i september 1939. Ved en avtale i oktober 1939 fikk Litauen overta Vilnius mot at Sovjetunionen fikk utplassere 25 000 soldater i landet. I juni–august 1940 ble Litauen annektert av Sovjetunionen som antok at Molotov–Ribbentrop-paktens oppdeling av Øst-Europa var permanent. Mange jøder og enkelte etniske litauere ønsket sovjeterne velkommen. NKVD arresterte og deporterte 35 000 personer 14. juni 1941, om lag halvparten var etniske litauere, resten var jøder og etnisk polske i likt antall. Deportasjonen var traumatisk for landet, og da tyske styrker krysset grensen en uke senere fikk jødene skylden for dette og andre tragedier landet hadde blitt utsatt for. Andre kilder oppgir at sovjetiske myndigheter deporterte 17 000 til Sibir. Da de sovjetisk styrkene trakk seg tilbake etter den tyske invasjonen 22. juni drepte NKVD et stort antall fanger (kanskje flere tusen), til dels etter tortur blant annet i Rainiai nær Telšiai.
Etter den sovjetiske okkupasjonen forlot mange litauere landet til fordel for Tyskland eller tysk-okkupert område. Disse politiske flyktningene utnyttet til dels muligheten ved å følge etnisk tyske baltere som ble omplassert fra sovjetisk- til tyskokkupert område. Tjenestemenn i det litauiske sikkerhetspoliti hadde særlig grunn til flykte før NKVD tok over kontrollen.
I motstandsbevegelsen LAF (Lietuvių aktyvistų frontas), under ledelse av oberst Kazys Škirpa, ble litauisk nasjonalisme og arbeid for nasjonal selvstendighet slått sammen med anti-kommunisme og anti-semittisme. LAF drev også under sovjetisk styre antisemittisk propaganda der de for eksempel i mars 1941 argumenterte for at jødene måtte flykte fra landet sammen med den røde arme. «Jo flere jøder som forlater Litauen, desto lettere vil det senere bli å frigjøre landet helt fra jødene.» Den gjestfrihet som middelalderfyrsten Vytautas den store hadde vist jødene ble trukket tilbake for godt på grunn av jødenes pågående forræderi mot landet, ble det argumentert regelmessig i LAFs publikasjoner. LAFs politiske uttalelser ble stadig mer radikale og antisemittiske holdninger stadige sterkere. En pamflett fra våren 1941 fremholdt at jødenes eiendom skulle beslaglegges og at jøder som motsatte seg dette ville bli skutt. Ifølge LAF kunne etniske litauere som hadde sluttet seg til kommunistene og røde arme rette opp sine feil og bli tilgitt om de skiftet side. Kommunister kunne tilgis om de hadde drept minst jøde, het det blant annet propagandaen. LAF agiterte ikke eksplisitt for fysisk utslettelse av alle jøder i Litauen. Det er uklart hvor store praktiske forberedelser til fordrivelse eller massemord LAF gjorde før den tyske invasjonen, men menneskerettighetsforkjemperen Robert van Voren mener at litauerne psykologisk var vel forberedt. En del litauere i eksil i Tyskland gjennomgikk der opplæring med tanke på infiltrering umiddelbart før den tyske invasjonen og deltok deretter i massemord på jøder og kommunister.
Det tyske regimet anså ikke etniske litauere som tilstrekkelig «ariske» og hadde planer om å deportere et stort antall østover etter invasjonen. Frigjort land skulle gi plass til ariske kolonister, blant annet såkalte volgatyskere. I april 1941 ble en etat for germanisering av Baltikum etablert med Alfred Rosenberg som leder (Reichsminister).

Tysk invasjon og okkupasjon

Invasjonen av Sovjetunionen i 1941, «Operasjon Barbarossa», var trolig en hovedgrunn til tilintetgjørelsen av jødene. 
Litauen ble invadert 22. juni som del av invasjonen av Sovjetunionen. De tyske styrkene møtte lite motstand, beveget seg raskt og kontrollerte landet etter en uke. Sovjetiske styrker massakrerte litauere før de trakk seg tilbake. Blant annet politiske fanger i Rainiai-fengselet nær Telšiai. Tyske styrker ble tatt i mot som frigjørere og mange litauere håpet tyskerne ville gjenopprette Litauens uavhengighet. I juni erklærte anti-sovjetiske aktivister (Lietuvių aktyvistų frontas) en provisorisk regjering (laikinoji Vyriausybė) med den nasjonalistiske politikeren Juozas Ambrazevičius i spissen.  Litauen ble lagt under det sivile styret i Reichskommissariat Ostland fra juli 1941 og  Adrian von Renteln ble innsatt som Generalkommissar for Litauen. Generalkommissaren avsatte den provisoriske regjeringen i august og medlemmene av den provisoriske regjeringen avslo å delta i det nazikontrollerte «rådet» ledet av general Petras Kubiliūnas. Den tyske administrasjonen av Litauen var delt i fem distrikter med en kommissær i hvert: Hans Hingst (Vilnius by), Horst Wulff (Vilnius omland), Hans Gewecke (Šiauliai), Hans Kramer (Kaunas by) og Karl Lentzen (Kaunas omland). Den tyske administrasjonen besto av 600 tjenestemenn der beslutningene ble tatt, men de ble iverksatt av 20 000 litauiske tjenestemenn på lavere nivå. Okkupasjonsmakten hadde ikke nok personell til å bemanne administrasjon og var avhengige av lokale tjenestemenn. Hvert litauisk departement ble ledet av en Generalrat som var litauer. Disse lederne av departementene var stort sett fra det litauiske nasjonalistpartiet, en sterkt høyreorientert og ytterliggående antisemittisk gruppe. I mars 1942 ble en stripe land i Hviterussland administrativt lagt under generalkommissaren for Litauen, dette området hadde en jødisk befolkning på omkring 6000.
Nasjonalistene i LAF ga ut detaljerte instrukser om hvordan man skulle opptre overfor de tyske styrkene.
Tysk propaganda la vekt på at jødene i Sovjetunionen var en bolsjevikisk elite, bærere av bolsjevismen, og at målet med krigen var å eliminere og ødelegge den kommunistiske staten. De andre folkeslagene i Sovjetunionen ble fremstilt som undertrykte av Stalin og jødene.

Begynnelsen på Holocaust

Før juni 1941 var jødene i tyskkontrollerte områder utsatt for brutal forfølgelse, og i det okkuperte Polen også for enkeltstående massakrer. I juni 1941 så den tyske ledelsen fortsatt for seg at «jødespørsmålet» skulle løses ved tvangsflytting, og selv om en slik tvangsflytting ville være brutal, ville det ikke innebære massemord på alle jøder. Det er ikke påvist noen skriftlige ordrer om å drepe alle jødene i de erobrede områdene i øst før Barbarossa ble satt i gang. Heydrichs instukser til Einsatzgruppene før invasjonen innebar utslettelse av vagt definerte grupper av befolkningen i erobrede områder. Heydrich kunne trolig gå ut fra at lederne for SD og ordenspolitiet (Orpo, den ordinære politistyrken) ville gjøre sine egne tolkninger av hva som var nødvendig, snarere enn å følge ordlyden i direktivene. Før angrepet på Polen var instruksen at Einsatzgruppene skulle bekjempe alle stats- og tyskfiendtlige elementer i fiendeland bak fronten («Bekämpfung aller reichs- und deutschfeindlichen Elemente in Feindesland rückwärts der fechtenden Truppe»).  Ifølge Ian Kershaw dikterte ikke Hitler alle aspekter av tysk politikk, i stedet arbeidet statsapparatet med å tolke og oppfylle Hitlers ønsker. Hitlers uttalelser om å «bli kvitt jødene» ble tolket på ulike måter. 
De første ukene etter invasjonen av Sovjetunionen var det systematiske drap på voksne jødiske menn. I slutten av juli 1941 ble dette utvidet til å omfatte alle jøder ved at også kvinner og barn ble drept systematisk, noe som signaliserte at et fullstendig folkemord var i gang. Omfanget og opptrappingen har historikerne rekonstruert fra dokumenter gjerningsmennene etterlot seg. Det er stadig uklart hvem som ga den opprinnelige ordren om også å drepe kvinner og barn, eksakt når ordren ble gitt og hvordan ordren kom frem til drapskommandoene.
Samtidig med begynnelsen på massedrapene i Litauen var det massakrer i Iași (tysk: Jassy) i Romania på sivile jøder de første dagene etter at operasjon Barbarossa var i gang. Massakrene i Iaşi hadde mer preg av lite koordinerte og mer tilfeldige aksjoner der jøder ofte ble drept på stedet når soldater fant dem. Massakrene i Litauen var i hovedsak mer metodiske og i skjul for offentligheten ved at jødene ble dumpet i massegraver i skogsområder. Dette ble den vanlige fremgangsmåten i Baltikum og erobrede områder av Sovjetunionen. Jødene i Litauen ble som regel drept nær hjemstedet. Reichsführer-SS Heinrich Himmler var selv til stede ved en massehenrettelse ved skyting utført av Einsatzgruppen sommeren 1941.

De første massakrene

Få dager etter at tyske styrker invaderte Litauen (som hadde vært okkupert av Sovjetunionen siden året før), begynte massakrene på landets over 210 000 jøder. De første systematiske massakrene ble gjennomført etter initiativ av en lokal politisjef i Øst-Preussen uten konkret ordre fra Berlin. Stapo-kontoret (Staatspolizeistelle) i Tilsit hadde mottatt generelle direktiver fra Heinrich Müller, sjefen for Gestapo innenfor RSHA, og disse direktivene var grunnlaget for ordrene utstedt av standartenführer Hans-Joachim Böhme. Stapo-kontoret i Tilsit var involvert i forberedelsene til operasjon Barbarossa, blant annet hadde kontoret fullmakt til å utvide sitt virkeområde over grensen inntil 25 kilometer inn i Litauen. Kontoret fikk tillatelse til å etablere en Einsatzkommando Tilsit, og denne krysset grensen like bak Wehrmacht. Massakrene ble kamuflert som «opprydningsaksjoner» (Säuberungsaktionen) eller «straffetiltak» (Strafaktionen). 
Den første Judenaktion skjedde i Gargždai (litt øst for Klaipėda) da tyske styrker og politi henrettet 201 mennesker to dager etter invasjonen. Tysk infanteriregiment 176 inntok i Gargždai (tysk: Garsden) tidlig på dagen 22. juni 1941 etter 15 timers blodig kamp. Da regiment 176 rykket videre østover overlot de vaktholdet i byen til grensepolitiet fra byen Klaipėda (tysk: Memel), Memelland hadde blitt annektert av Tyskland to år tidligere. Grensepolitiet forsterket med lokale litauere skilte ut 600–700 jøder fra sivilbefolkningen. Grensepolitiet var usikre på hva de skulle gjøre videre og telegraferte til Staatspolizeistelle i Tilsit og Reichssicherheitshauptamt (RSHA) i Berlin. Mens hovedkvarteret i Berlin var usikre på neste skritt, ga standartenführer Hans-Joachim Böhme ved Staatspolizeistelle i Tilsit ordre om å velge ut 200 menn blant jødene. De 200 ble (sammen med en kvinne som nektet å forlate mannen sin) ført til fots til en åker der de ble bevoktet av mannskap fra tolletaten. Statspolitiet i Tilsit hadde ikke nok mannskap til å gjennomføre henrettelsene og politisjefen i Memel, Bernhard Fischer-Schweder, sendte etter forespørsel en tropp på 25 mann. Troppen øvde på henrettelse i Memel-politiets leir 23. juni og kjørte neste dag til Gargždai. Først på vei fra Memel til Gargždai fikk mannskapet overraskende vite at oppdraget var å henrette jøder, og enkelte reagerte med sjokk. Politimennene deltok i avrettingen vel vitende at de drepte uskyldige sivile. I mellomtiden hadde jødene gravd sin egen grav ved å utvide en eksisterende «pansergrav». Ettermiddagen 24. juni ble jødene henrettet etter at det ble lest opp en «dom» som omfattet «forbrytelser mot Wehrmacht». Mange av jødene i Gargždai hadde flyktet fra Memel etter den tyske annektering og var i flere tilfeller gamle bekjente av politimennene som utførte henrettelsene. Gjerningsmennene hevdet etter krigen at ordren om å drepe hadde kommet fra Hitler selv (Führerbefehl) eller fra brigadeführer Walter Stahlecker (kommandant for Einsatzgruppe A), men ordren hadde kommet fra Böhme.
Dagen etter massakren i Gargždai var det lignende «aksjoner» i Kretinga og Palanga, de fleste drepte var jødiske menn. RSHA hadde gitt tillatelse til organisering av en Einsatzkommando (en mobil drapsenhet) i Tilsit og denne krysset grensen rett etter Wehrmacht (Kretinga ble inntatt etter få timers kamp). Einsatzkommando Tilsit besto av personell fra SS, Sicherheitspolizei, Sicherheitsdienst og grensepolitiet samt frivillige fra Wehrmacht. De første jødene som ble henrettet ble anklaget for å være snikskyttere, banditter, forrædere eller partisaner. Tyskerne fikk bistand fra litauere hvorav noen hadde flyktet til Tyskland etter den sovjetiske maktovertakelsen i 1940. I Gargždai, Kretinga og Palanga ble likene dumpet i eksisterende hull eller groper i terrenget etter at de som skulle henrettes hadde utvidet graven. En rekke på ti menn ble stilt på kanten av gropen og den neste gruppen på ti menn måtte da sørge for at alle likene fra forrige runde havnet i massegraven.
Pogromer ble dagene etter invasjonen utført av lokale anti-sovjetiske partisaner. Ifølge Stahlecker satte Algirdas Klimaitis i gang massakrer i Kaunas fra 23. juni. Nettene 23-26. juni ble 1500 jøder drept av militsen og flere synagoger brent, senere ble 2300 jøder massakrert i følge Stahleckers notater. I Šiauliai ble 1000 jøder drept i slutten av juni, lignende mindre massakrer ble utført mange steder i landet. Unntaket var Vilnius der det ikke var noen pogromer de første dagene. Stahlecker kom 25. juni i Kaunas i kontakt med Algirdas Klimaitis, leder for en anti-sovjetisk og anti-semittisk milits. På oppmuntring fra Stahlecker og hans menn gjennomførte Klimatis den første massakren på 1500 jøder.

«Den rolige perioden»

Fra januar 1942 til mars 1943 var en relativt rolig periode der okkupasjonsmakten forsøkte å utnytte de få overlevende jødenes arbeidskraft mest mulig og jøder fra gettoene ble brukt i stadig flere bedrifter, til skogsarbeid og i landbruket. Jødene ble holdt i gettoer i Vilnius, Kaunas, Šiauliai og Švenčionys, der okkupasjonsmakten til dels styrte gettoene gjennom Judenrat og eget jødisk gettopoliti. Jødisk arbeidskraft var mye billigere enn ikke-jødisk, og blant jødene var det oppfatning at den beste måten å overleve på var gjøre seg til verdifull arbeidskraft for tyskerne. Massedrap og summariske henrettelser foregikk også i denne «relativt rolige» perioden: Personer beskyldt for å bryte reglene (for eksempel å ikke bruke det gule jødemerket) eller eldre og invalide ble ofte henrettet enkeltvis eller grupper. Drapene ble utført av litauisk politi etter ordre fra den tyske okkupasjonsmakten.

Endelig likvidering

Våren 1943 ble situasjonen stadig verre for jødiske litauere. Fra april 1943 til 1944 pågikk en gradvis utslettelse av gettoene ved drap eller ved deportering. De små gettoene i Švenčionys og på hviterussisk side ble «likvidert» med til sammen over 6500 beboere - 4000 ble drept i Ponari 5. april (de fikk «spesialbehandling» ifølge politiets rapport) og resten ble flyttet til andre gettoer. Bakgrunnen for beslutningen om likvidering var tiltagende partisanvirksomhet i Hviterussland og tyskerne trodde at jødene ville forsøke å bryte ut og slutte seg til partisanene - noe som til en viss grad skjedde. Himmler ga 21. juni 1943 ordre om å likvidere gettoene i Ostland og i stedet lage konsentrasjonsleirer for de arbeidsføre direkte underlagt SS. Som følge av denne ordren ble barn og eldre i gettoene straks drept. Bakgrunnen for ordren var blant annet svekket tysk stilling ved Leningrad og behov for arbeidskraft til anlegg av festninger i Estland. Gettoen i Vilnius ble «likvidert» (oppløst) og av nær 19 000 beboere ble 11 000 i september overført til Latvia og Estland, mens 3500 kvinner, barn og eldre ble drept (hvorav noen i Sobibór). Omkring tusen personer fra Vilnius flyktet til skogs og sluttet seg til partisanene. Gettoene i Kaunas og i Šiauliai ble gjort om til konsentrasjonsleirer. Før tilbaketrekking fra Baltikum i 1944 oppløste tyskerne alle leirer i Litauen. De internerte ble drept eller deportert til Stutthof og andre leirer - dette gjaldt også jødiske litauere sendt på tvangsarbeid i Latvia og Estland. For eksempel ble 2000 henrettet i Ponary 2-3. juli 1944 og 1500 jøder i Kaunas ble drept av tyske soldater før tilbaketrekkingen 12-14. juli. Ved Lagedi og Klooga i Estland drepte SS-vaktene 3000 fanger 19. september, bare seks dager før sovjetiske styrker kom frem.
I 1943 gikk det ut ordre om å skjule sporene etter drapene i det niende fort i Kaunas. En kommando på 60 fanger ble satt til å grave opp og brenne likene. Noen fra denne spesialkommandoen lykkes å flykte.

Motiver og gjerningsmenn

De første massakrene i Litauen ble til dels motivert av ideologisk antisemittisme, dels var det personlig der noen gjerningsmenn hevnet seg på kjente – de første massakrene omfattet derfor en del ikke-jødiske personer. Drapene var dels også motivert av grådighet av folk som var ute etter jødenes eiendom. I det nordlige Litauen ble flere hundre kommunister, noen etniske russere og mange etniske litauere, henrettet i tiden juli-september 1941. Volden etniske litauere i mellom ble etter hvert så omfattende at det gikk ut instruks om at ingen skulle skytes uten skikkelig etterforskning.
Einsatzkommando 3 var med 120 mann på størrelse med et kompani. Drapene ble i hovedsak gjennomført av lokale, litauiske medhjelpere (identifisert ved hvite armbind) under tysk ledelse. På sommeren besto de flere tusen medhjelperne av bataljoner av «TDA» (litauisk: tautinio darbo apsaugos) opprettet av den provisoriske regjeringen fra slutten av juni. Senere besto medhjelperne av flere bataljoner av reservepolitiet.
Grupper av partisaner og anti-sovjetiske nasjonalister tok kontakt med tyske styrker straks de krysset grensen. Litauiske paramilitære grupper ledet av Algirdas Klimaitis begynte massakre på jøder i Kaunas etter oppfordring fra offiserer i Sicherheitspolizei og Sicherheitsdienst. Stahlecker, leder for Einsatzgruppe A, rapporterte at etter den tyske innmarsjen gjennomførte lokale «effektive progromer» med betydelig bistand fra Sipo og SD. Innen 28. juni hadde litauerne drept 3800 jøder i Kaunas og 1200 i mindre byer, ifølge Stahlecker. Propagandaradiosendinger fra Tyskland til Litauen oppfordret befolkningen til harde tiltak mot jødene. Etter at tyske styrker hadde konsolidert kontrollen over Litauen ble partisanene avvæpnet og «spontane» massakrer stanset, trolig fordi det var så blodig og kaotisk at tyske kommandanter ikke tolererte det. Litauere massakrerte på denne måte 5000–10000 jødiske litauere. 
Tyske ledere ønsket å involvere lokale i masseskytingene, dels for å lette arbeidsbyrden for tyske mannskaper og dels for å gjøre lokalbefolkningen medansvarlige. Franz Walter Stahlecker i Einsatzgruppe A ønsket «å etablere som et utvilsomt faktum at den 'frigjorte' befolkningen hadde tatt i bruk de mest alvorlige tiltak mot den bolsjevikiske og jødiske fienden på eget initiativ og uten instrukser fra tyske myndigheter». Vincentas Brizgys, katolsk hjelpebiskop i Kaunas, forbød prestene å hjelpe jøder.
Stahleckers rapporter om Einsatzgruppens virksomhet er en særlig viktig og detaljert dokumentasjon om Holocausts tidlige fase. Stahlecker baserte sin rapport dels på den sveitsiske standartenführer Karl Jägers detaljerte rapport om antall drepte menn, kvinner og barn på hvert sted og med dato. Stahlecker leverte sin første rapport 15. oktober 1941. Her noterte han at i henhold til den grunnleggende ordren ble målet om fullstendig fjerning av jødene iverksatt besluttsomt med alle midler. Stahleckers rapport underbygger «intensjonalistenes» syn om at massakrene var ledd i stort program fastsatt før invasjonen (et annet hovedsyn er «funksjonalistene» som mener Holocaust vokste frem på lavere nivå i statsapparatet). Han noterte videre at utryddelsesoperasjonen ble bremset av behov for jødene som arbeidskraft og behovet for hemmelighold. Stahlecker noterte at det «for øyeblikket» ikke var mulig å utslette jødene uten spor.
I Hviterussland hadde tyskerne for lite mannskap til å utføre massedrapene og litauisk milits ble brukt som dødskommandoer der. Høsten 1941 drepte den litauiske politibataljon nummer 12 under ledelse av Antanas Impulevičius 35 000 jøder i Minsk-området.

Kaunas' niende fort

De ni nummererte festningsanleggene rundt Kaunas ble brukt som konsentrasjonsleirer og til henrettelser og massegraver. I juli og august 1941 ble 6033 jøder henrettet i det sjette og det syvende fortet, deretter fant henrettelsene sted i det niende. Det niende fortet lå omkring 6 kilometer fra sentrum, og fungerte i mellomkrigstiden som anneks til sentralfengselet i Kaunas. I det niende fort ble 30 000 jøder (inkludert jøder deportert fra blant annet Frankrike og Tyskland) og 15 000 andre drept og dumpet i massegraver. Drapene ble utført av tyske styrker, litauiske politibataljoner og mannskaper fast stasjonert i fortet i utgangspunktet. Det niende fortet omtales som Litauens eneste rene dødsleir og som en av de første utryddelsesleirene under Holocaust. De daglige drapene i de niende fort ble utført av fortets faste bemanningen som arbeidet etter en oppsatt turnus. I november 1941 (nærmere bestemt den 25. og den 29. november) ble 4934 jøder fra Tyskland, inkludert 327 barn, henrettet i fortet. Den 11. desember ble 3000 jøder fra Tsjekkoslovakia, Tyskland og Østerrike drept samme sted. I alt ble 10 000 jøder fra Vest-Europa avlivet der.

Ponary

Ponary hadde flere store massegraver. Et sted mellom 70 000 og 100 000 mennesker ble henrettet og begravd i Ponary.
Bakgrunnen for at dette området ble valgt som åsted for så omfattende misgjerninger, var at Sovjetunionen i 1940 hadde gravd flere store runde groper i skogsområdet ved Ponary (også kalt Panieriai), langs jernbanelinjen til Vilnius, for å sette opp drivstofftanker til en planlagt flyplass. Gropene ble forlatt ved den tyske invasjonen og deretter brukt som massegraver. Ofrene ble fraktet med tog og drept av litauiske kollaboratører under ledelse av Einsatzkommando 9. En stor del av jødene fra Vilnius (50 000–70 000) ble drept i Ponary. I tillegg ble et stort antall russiske krigsfanger og en del etnisk polske krigsfanger drept og dumpet i samme massegrav. I september 1943 ble omkring 80 jøder hentet fra Stutthof for å grave opp likene og brenne dem, for å skjule forbrytelsen. Dette holdt de på med i flere måneder. Gruppen ble kalt lik-kommandoen eller brannbrigaden. I hemmelighet gravde de samtidig en tunnel til å rømme gjennom; tunnelen ble gjenfunnet av forskere i 2016. Tolv klarte å flykte gjennom tunnelen i april 1944, og kunne etter krigen fortelle om hva de hadde sett. Ifølge en av dem hadde gruppen gravd opp 68 000 lik i Ponary.

Gettoer

Tyskerne la opp til at bare byene Vilnius (jiddisk: Vilna), Kaunas (jiddisk: Kovne) og Šiauliai skulle ha gettoer. I disse byene ble det etablert gettoer i perioden 15. august til 6. september 1941. Tyskerne lovte at gettoene skulle gi trygghet for jødene. Egne deler av gettoene ble avsatt til ettertraktede, faglærte arbeidere, som ikke fikk lov å bosette seg i gettoens øvrige deler. Gettoene ble bevoktet av vekselvis lokalt politi og tyske styrker, og det litauiske sikkerhetspolitiet Saugumas jaktet på jøder som forsøkte å skjule seg utenfor gettoene. Utenfor de tre byene ble Litauen raskt erklært som jødefritt. Massakrene utenfor storbyene foregikk som regel ved at åtte-ti tyske SS-menn reiste rundt sammen med opp til 200 bevæpnede litauere som sto for henrettelsene. I perioden september–november 1941 ble de fleste av gettoenes beboere drept: Eldre mennesker og andre som ikke utgjorde nyttig arbeidskraft var de første som ble henrettet. Mens mange jøder håpet at drapsraidene var over, ante dikteren Abba Kovner i den sionistiske ungdomsbevegelsen at drapene i nærområdet var del av et større, systematisk utryddelsesprogram. Det lokale Judenrat mente det tryggeste var å gjøre jødene i Vilnius til verdifull arbeidskraft, mens Kovner og en del andre ungdommer rømte til skogs og dannet partisangrupper. I slutten av 1941 var omkring 43 000 jøder igjen i i gettoene: Vilnius (20 000), Kaunas (17 500) og Šiauliai  (5 500).

Helteinnsats fra to diplomater

Nederlands konsul i Kaunas, forretningsmannen Jan Zwartendijk, og den japanske diplomaten Chiune Sugihara reddet omkring 2 000 jøder ved å skrive ut henholdsvis nederlandsk visum til Curaçao og transittvisum til Japan. Begge ble senere hedret med den jødiske æresbevisningen Rettskaffen blant nasjonene. Zwartendijk fikk refs av sin overordnede i utenrikstjenesten, Joseph Luns, for å ha handlet ut over sine fullmakter. Nederlands regjering kom i 2018 med en uforbeholden unnskyldning til Zwartendijks familie.

Under sovjetisk styre

I den sovjetkontrollerte etterkrigstiden ble andre verdenskrig vinklet som en historie om fascister og motstandskjempere, og Holocaust passet ikke inn i denne store fortellingen. Etter oppløsningen av Sovjetunionen har litauernes medvirkning til Holocaust vært et ikke-tema. Litauiske historikere har erkjent det som skjedde, men har avskrevet de litauiske medløperne som utskudd, kriminelle og fylliker, og lagt ansvar på den nazistiske okkupasjonsmakten. I Sovjetunionen ble minnet om holocaust i stor grad undertrykt. De konkrete hendelsene ble ikke benektet, men sovjetiske myndigheter forsøkte å skjule jødenes lidelse for ikke å skape sympati med den nye staten Israel. Enkelte sovjetiske forfattere antydet at sionistene samarbeidet med nazistene.
Etter at Sovjetunionen gjenerobret Vilnius i 1944, ble ruinene av den store synagogen i byen jevnet med jorden. Fra 2016 ble det gjennomført arkeologiske undersøkelser som avdekket rester av synagogen under en barnehage. Før andre verdenskrig bodde det 70 000 jøder i Vilnius, i 2018 omkring 3 000. Etter andre verdenskrig drev sovjetiske myndigheter en antisemittisk politikk. Blant annet ble gamle jødiske gravsteiner brukt synlig som bygningsmateriale, og et idrettsanlegg ble reist på en jødisk gravplass. 
Noen jødiske barn overlevde holocaust i Litauen ved at de i flere år ble holdt skjult i en kjeller i et nonnekloster. Overlevende jødiske litauere ble diskriminert under sovjetisk styre, og mange benyttet muligheten til å utvandre (til Israel eller USA) etter frigjøringen i 1991. En del utvandret like etter krigen. Sidney Shachnow (født Schaja Shachnowski) var ni år gammel da han unnslapp gettoen i Kaunas like før barna der ble likvidert. Han ble skjult av en katolsk familie til krigen var over, og gikk til fots fra Litauen til det amerikansk-okkuperte Tyskland. Shachnow ble senere general i USAs hær. I sin militære karriere drev han blant annet etterretningsarbeid i Øst-Europa, og han ledet de amerikanske okkupasjonsstyrkene i Berlin. Omkring 500 litauere har blitt anerkjent av Yad Vashem som «rettskafne blant nasjonene» for deres uselviske og risikable bidrag til å redde jøder.

Alliert rettsoppgjør

Martin Sandberger (1911-2010) reiste sammen med Franz Walter Stahlecker inn i Litauen like etter invasjonen og ledet i det baltiske området en av drapskommandoene under Einsatzgruppe A. Etter krigen meldte han seg frivillig for allierte styrker etter kort tid i dekning. Ved Einsatzgruppenprosessen ble han dømt til døden for massemord og skulle ved henges. Ifølge dommen medvirket Sandberger villig og entusiastisk i det nazistiske regimet. Ifølge aktor Benjamin Ferencz var Sandberger en aktiv, ivrig og målrettet bidragsyter til massedrapene. Straffen ble i 1951 omgjort til livstid og han slapp ut i 1958. Sandberger var en glitrende jurist og tok doktorgraden i 1935.

Rettsoppgjør ved vesttyske domstoler

Den første store rettssaken som ble ført i Vest-Tyskland om overgrep i Litauen under krigen, var Ulm-Einsatzgruppe-prosessen (Ulmer Einsatzkommando-Prozeß) i 1958. Denne saken vakte stor oppsikt i Vest-Tyskland. Ti gestapo-menn fra Tilsit-kommandoen ble tiltalt for drap på over 5 000 jøder i Litauen. Noen av dem var SS-medlemmer. Saken begynte fordi en overlevende tilfeldig oppdaget Bernhard Fischer-Schweder som hadde vært politisjef i Memel. Fischer-Schweder og de ni var i 1941 involvert i drap på flere tusen uskyldige sivile. Fischer-Schweder ble dømt til ti års fengsel. Aktor Erwin Schüle oppdaget at ingen tidligere hadde blitt straffeforfulgt for Holocaust i Litauen, og han satte seg som mål at saken mot de ti skulle settes i sammenheng med drapene på 200 000 litauiske jøder. Einsatzgruppesakene i Ulm omfattet var en de største og mest omtalte ført for vesttysk domstol. Süddeutsche Zeitungs overskrift var: «Noch sind die Mörder unter uns» («morderne er fortsatt blant oss»). Saken viste at nazistenes forbrytelser i Øst-Europa ikke var skikkelig etterforsket. Etter dommen mot Fischer-Schweder og de ni andre, ble Zentrale Stelle der Landesjustizverwaltungen zur Aufklärung nationalsozialistischer Verbrechen (Sentralkontoret for etterforskning av nazistenes forbrytelser) (Zentrale Stelle) opprettet høsten 1958, med Schüle som Sentralkontorets første leder. Forbundskansler Konrad Adenauer sørget for å opprette Zentrale Stelle i Ludwigsburg. I august 1958 ble de ti tiltalte dømt for medvirkning til mord. Blant de andre dømte var Böhme (tiltalt for over 5000 mord) og den eneste litaueren, Pranas Lukys.
Et sentralt spørsmål i etterforskningen var om Fischer-Schweder handlet på eget initiativ eller om han skjøt jøder på ordre fra høyere hold. Hadde han bare fulgt ordre var han bare medskyldig i mord. Werner Schmidt-Hammer forklarte at Fischer-Schweder hadde opprettet en henrettelsesskvadron som Schmidt-Hammer ble satt til å lede. Fischer-Schweder ga ordre om at en oppdiktet anklage mot jødene skulle leses før de ble henrettet. Påtalemakten samlet bevis for at minst 22 massehenrettelser hadde blitt gjennomført i Litauen nær Memel (mindre enn 25 kilometer fra grensen) i juni-august 1941. Den enkelte masseskyting hadde opp til 300 ofre i hver, til sammen hadde Einsatzkommando Tilsit drept minst 5000 sivile på denne måten. Fischer-Schweder selv hevdet at Hans-Joachim Böhme ved Stapo-kontoret i Tilsit hadde gitt ordre som han bare måtte følge. Langerbein skriver at Fischer-Schweder ikke behøvde ta ordre fra Böhme som hadde lavere rang og medvirket i aksjonen i Garsden på eget initiativ. Fischer-Schweder insisterte på at hans ordinære politifolk skulle stå for vakthold og utføre henrettelsene. Fischer-Schweder, Böhme og den lokale partilederen var tilskuere til henrettelsene, og Fischer-Schweder skal ha forklart at han måtte bistå fordi Stapo og sikkerhetspolitiet hadde for lite folk. Scenen gjentok seg ved masseskytingen i Kretinga (Krottingen).
Politisjefen Pranas Lukys' historie er relativt godt kjent. Han ble i Ulm-prosessen dømt for drap på jøder og kommunister ved Tauragė. Lukys ble tiltalt sammen Böhme som fra sin base i Tilsit hadde satt i gang de første massedrapene. Lukys var litauer og flyktet til tyske side av grensen ved den sovjetisk okkupasjonen, der ble han først internert før tysk statspoliti i Tilsit ble oppmerksom på at Lukys og andre litauere i eksil kunne være nyttige ved den forestående invasjonen. Han fikk fra 1940 tysk opplæring i Tilsit, Lublin og Memel. Han ble sendt over grensen en natt før invasjonen med en styrke på 50 mann for å bistå tyske styrker med sin lokalkunnskap og for å drive undergravende virksomhet mot den røde hær. Han ble dømt for sin virksomhet som politisjef i Krottingen (Kretinga). Etter krigen arbeidet han for den amerikanske okkupasjonsstyrken i Tyskland. Han forsøkte å innvandre til USA i 1952 og ble arrestert av vesttysk politi i 1957.
Stahlecker ble drept av sovjetiske partisaner i 1942.

Rehabilitering av domfelte

Den amerikansk-jødiske historikeren Efraim Zuroff ved Simon Wiesenthal-senteret har identifisert 20 000 litauere som deltok i folkemordet på jødene i Litauen.
I 1991 begynte Litauen å rehabilitere enkelte litauere dømt som krigsforbrytere (blant annet ved medvirkning til massemord på jøder) av sovjetiske domstoler etter andre verdenskrig. Målet var dels å undergrave legitimiteten til det sovjetiske styret i Litauen etter andre verdenskrig. Flere kollaboratører ble med uavhengigheten feiret som anti-sovjetisk helter mens deres medvirkning til holocaust ble ignorert. Da utenlandske jødiske organisasjoner gjorde myndighetene oppmerksomme på mistenkte vegret myndighetene seg for å gjøre, mens myndighetene reagerte raskt overfor personer anklaget for å ha støttet det sovjetiske regimet.

Unnlatelser av straffeforfølgelse

Etter 1990 oppdaget amerikanske myndigheter flere titalls litauere i USA med bakgrunn som nazistenes kollaboratører. De kunne ikke straffeforfølges etter amerikansk lov; i stedet ble deres amerikanske statsborgerskap inndratt og de måtte reise tilbake til Litauen. Det var kun på grunn av internasjonalt press at litauiske myndigheter åpnet sak mot disse personene, men ingen av dem ble domfelt for sine gjerninger. 
Aleksandras Lileikis ledet Saugumas, det hemmmelige litauiske politiet, som var håndlangere for Gestapo blant annet i kontrollen med gettoen i Vilnius. Han bodde mange år i Tyskland og USA, men mistet sitt amerikanske statsborgerskap i 1996 da hans virksomhet under krigen ble kjent. Han døde i 2000 uten å bli stilt for retten; Simon Wiesenthal-senteret hadde da arbeidet i mange år for at Lileikis skulle bli gjenstand for rettergang.
Kazys Škirpa (1895-1979), antisemitt og grunnlegger av LAF, har fått gater i Kaunas og Vilnius oppkalt etter seg. Škirpa døde i USA og graven ble flyttet til Litauen i 1990-årene med bifall fra litauiske myndigheter. Juozas Ambrazevičius' grav ble også flyttet fra USA til Litauen etter selvstendighet i 1991, han var leder av den midlertidige regjeringen som samarbeidet med den tyske okkupasjonsmakten. Personer som Škirpa og Ambrazevičius regnes som helter fordi de kjempet mot den sovjetiske okkupasjonen.

Jonas Noreika

Undergrunnslederen Jonas Noreika, «general Storm», var en antikommunistisk helt i hjembyen Šukioniai. I 2018 avslørte Silvia Foti, Noreikas barnebarn i USA, at Noreika var en fanatisk antisemitt og hadde medvirket i massedrap på jøder i Litauen. Trolig overtok Noreika huset etter jøder som han sørget for å få henrettet. Noreika skal «entusiastisk» ha ledet drap på jøder. Under Noreikas ledelse ble 2 000 drept i Plungė, 5 500 i Šiauliai og 7 000 i Telšiai ifølge barnebarnet. Noreika signerte for eksempel 22. august 1941 ordre om å samle jødene i Siauliai-området i en getto, flere hundre ble drept med en gang. Noreikas rolle i massedrapene i Plunge ble avdekket av Der Spiegel i 1984. Trolig drepte han ingen jøder egenhendig. Ifølge New York Times var det på hjemstedet ingen hemmelighet at Noreika hadde deltatt i massakrer, men det var misnøye med at Foti hadde gjort denne private familiehistorien kjent offentlig og slikt bragt skam over Litauen. Litauens utenriksminister har bedt om at minneplaten over Noreika på fasaden av Litauens vitenskapsakademi fjernes.

Folkemordsmuseet

Folkemordsmuseet i Vilnius (litauisk: Genocido aukų muziejus, senere endret navn til Museet for okkupasjon og frihetskamp) forteller historien om ofrene for den sovjetiske okkupasjonen, ikke om ofrene for Holocaust. Folkemordsmuseet holder til i en stor bygning som tidligere ble brukt av KGB og før det igjen av SS. Betegnelsen «folkemord» har i Litauen blitt brukt om den sovjetiske undertrykkelsen av landet. Anslagsvis 20 000 litauere ble drept i Stalins utrenskinger, og et par hundre tusen ble deportert. I 2011, etter internasjonal kritikk, innredet museet et lite rom i kjelleren tilegnet folkemordet på jødiske litauere.

Litauisk bokutgivelse

I 2015 publiserte den litauiske journalisten Rūta Vanagaitė boken Us: Travels With the Enemy, en grundig studie av hvordan lokale litauere medvirket til Holocaust. Dette var den første boken om temaet skrevet for et bredt publikum. Vangaites egen bestefar var offentlig tjenestemann og han laget en liste over elleve «uønskede» – de var jøder og de ble henrettet. Forfatterens onkel var politisjef under nazistenes styre. Vangaite forteller blant annet historien om yrkesskoleelever på utkikk etter sommerjobb, som fikk jobb i en dødsskvadron og som fortsatte på skolen etter sommerferien. Boken ble en bestselger, og hun arbeidet med en oppfølger. Da Vanagaite senere antydet at Adolfas Ramanauskas, en litauisk nasjonalhelt, hadde vært agent for den sovjetiske etterretningsorganisasjonen KGB, ble hun skjelt ut som «Putins jødiske hore», og forlaget avsluttet samarbeidet og makulerte boken. Per desember 2017 var hun under etterforskning og risikerte å bli bøtelagt.

Lovgiverne og påtalemyndigheten

Litauiske politikere ønsker per 2018 å gjøre det straffbart å «forvrenge» fakta om landets historie. Polen og Ukraina har i 2018 vedtatt lignende lover.
Holocaust er et lite påaktet tema i litauisk offentlighet, og man har motstrebende erkjent litauisk medvirkning til massedrapene. I stedet har man i Litauen fokusert på den sovjetiske undertrykkelsen etter 1944. Det er begrenset med forskning på hvorfor Holocaust i Litauen var så brutalt, så raskt og nesten totalt. 
I 2008 kom det frem at den litauiske påtalemyndigheten ville gjennomføre avhør av Yitzhak Arad og Fania Brantsovsky (begge over 80 år gamle og Holocaust-overlevende) om overgrep de angivelig skulle ha begått da de var partisaner under krigen. The Economist beskrev dette som i beste fall påfallende, og i verste fall et utslag av historieomskrivning og forsøk på å gi nazistenes jødiske ofre skylden for at ikke-jødiske litauere ble massakrert av sovjetiske styrker etter 1944. Arad hadde 16 år gammel rømt fra en ghetto og deltok sammen med andre partisaner i 1944 angrep på landsbyen Girdenai der innbyggerne var væpnet av okkupasjonsmakten. Arad uttalte at den eneste måten å overleve på var å slutte seg til den Sovjet-kontrollerte motstandsbevegelsen. Arad mener at etterforskningen er gjengjeldelse for sakkyndig vitnemål i sak i USA mot litauer mistenkt for samarbeid med nazistene. Den britiske historikeren Martin Gilbert kalte etterforskningen sjokkerende og pervers.
Det er få i Litauen som benekter holocaust og lokal medvirkning. Det undervises om ugjerningene i grunnskolen og ledende politikere fordømmer det som skjedde. Benjamin Netanyahu, Israels statsminister, besøkte Vilnius i 2018 og anerkjente der regjeringens arbeid for å minnes ofrene og for å bekjempe antisemittisme.

Pavebesøk i 2018

Under sitt besøk i Litauen i september 2018 mintes pave Frans ofrene for Holocaust. Han advarte mot historisk revisjonisme og antisemittisme.