Metal Gear Solid: Portable Ops

Setting

Portable Ops finner sted i år 1970, seks år etter hendelsene i Metal Gear Solid 3: Snake Eater. Spillet følger soldaten Naked Snake som blir tvunget til å kjempe mot sin tidligere enhet, FOX, etter at de egger opp til et opprør i en søramerikansk base. I løpet av spillet møter han Roy Campbell, et overlevende medlem av Green Berets-laget som ble sendt inn for å undersøke affæren. Snakes gamle lagkamerater, som blant annet Major Zero, Para-Medic og Sigint, returnerer for å assistere Snake da de alle er mistenkte for forræderi.
Spillets antagonist er Gene, lederen av FOX som ønsker å etablere en sin egen militærstat. Han er et produkt av «Successor-prosjektet» som forsøkte å skape den perfekte leder på kunstig vis. Han får hjelp av Lt. Cunningham, en ekspert på avhørsteknikker (som senere blir avslørt å være en dobbeltagent fra Pentagon sendt for ta glansen av CIAs rykte) Gene har også en adoptivdatter ved navn Elisa som er skjenket med ekstraordinære psykiske egenskaper, og dette er underforstått å være et resultat av eksponering for radioaktivt nedfall under Kyshtym-ulykken. Elisa lider av dissosiativ identitetsforstyrrelse, og har utviklet en ny personlighet kalt Ursula, og Ursulas psykiske egenskaper er sterkere enn Elisa sine. Som Ursula er hun et medlem av FOX, mens som Elisa er hun feltlege som tar hånd om Null og en informant for Snake. Snake møter Elisa, som først forteller Snake at hun og Ursula er tvillinger, men han får senere vite sannheten.

Historie

I 1970, seks år etter hendelsene i Snake Eater, har Naked Snakes tidligere lag, FOX-enheten, brutt deres troskap til CIA og har erklært seg selv lovløse og tar ikke ordre fra noen. Snake blir også et mål for FOX-enheten, som sendte flere soldater for å fange ham. Spillet starter med at Snake blir torturert og avhørt av en av FOX-medlemmene, løytnant Cunningham, om forsøker å få ham til å plapre om hvor den forsvunnede halvparten av Philosopher's Legacy-pengene befinner seg. Amerikanske myndigheter har allerede fått tak i den ene halvdelen av fondet fra Sovjetunionen ved avslutningen av Snake Eater. Snake blir satt i en celle ved siden av Roy Campbells celle, og han forteller at han er den eneste overlevende fra Green Berets-laget som ble sendt for å undersøke hendelsene ved basen.
De to rømmer sammen, og Snake kommer seg til kommunikasjonsbasen hvor han forsøker å kontakte hans gamle sjef, Major Zero. I stedet møtes han av sine gamle FOX-kamerater Para-Medic og Sigint, som avslører at Snake og Zero mistenkes for forræderi og at det eneste han kan gjøre for å renvaske sitt navn er å finne og fange lederen av opprøret, Gene. For å gjøre ting verre har Gene overtalt de fleste sovjetiske soldatene ved basen til å gå over til hans side. For å gjennomføre oppdraget sitt, må Snake overtale fiendtlige soldater til å bli med i hans lag for å bekjempe Gene.
Snake og laget hans dreper etter hvert flere av de ledende skikkelsene i FOX-enheten, og kommer etter hvert frem til Genes gjestehus. Snake får vite mye rart underveis. Cunningham, mannen som torturerte ham i starten av spillet, jobber egentlig for Pentagon og ønsket å få Snake til å presse Gene til å skyte ut en atomrakett mot Sovjetunionen for å sverte CIAs rykte og for å forlenge den kalde krigen. Gene var faktisk klar over denne planen fra starten av, takket være informasjon fra Ocelot. Det Gene egentlig ønsket seg var å skyte ut atomraketten mot USA for å ødelegge «the Philosophers» og etablere sin egen militærstat, «Army's Heaven». Etter at Gene blir slått, gir han Snake alt av midler, utstyr, personell og informasjon han hadde samlet for å opprette Army's Heaven. Etter dette hylles Snake for sine handlnger, og han oppretter FOXHOUND etterpå. Ellers dreper Ocelot CIAs direktør og stjeler dokumenter som inneholder identitetene til «the Philosophers» med intensjon om å drepe dem.
I epilogen etter rulletekstene hører man at Ocelot snakker med en ukjent mann på telefon, og de planlegger å bruke «the Philosophers» fond, «The Philosopher's Legacy», for å oppfylle deres agenda. Ocelot ønsket å få informasjon om atomrakettens bane for å finne CIA-direktøren for å kunne presse ham til å gi Ocelot dokumentene som inneholder de ekte identitetene til «the Philosophers». Ocelot blir med på å gjennomføre dette nye prosjektet under forutsetning av at Naked Snake også er med.