Stargate Atlantis

Sesong 1

Sesong 1 hadde premiere 16. juli 2004. Atlantis-ekspedisjonen, ledet av dr. Elisabeth Weir, kommer til byen som «de forhistoriske» hadde forlatt for 10 000 år siden. De får nye venner, athosianerne, men samtidig møter de en ny fiende, the Wraith («spøkelsene»); wraithene. Uten mulighet for å vende tilbake til jorden, må teamet overleve ved å bruke teknologien som de forhistoriske etterlot seg i byen, og finne en måte å forsvare seg mot de skumle på. John Sheppard setter sammen et team som består av ham selv, Rodney McKay, Aiden Ford og Teyla Emmagan, lederen for athosianerne. På et av teamets første oppdrag skaffer de seg enda en ny fiende, geniiene, en menneskelig militær sivilisasjon med et teknologisk nivå på linje med Jorden på 1950-tallet. Sesongen avsluttes med at byen Atlantis er under et større angrep fra wraithene.

Sesong 2

Sesong 2 hadde premiere 15. juli 2005, og fortsetter der sesong 1 slutter. Atlantisekspedisjonen unngår å bli utslettet av wraithene ved å få dem til å tro at byen har blitt ødelagt. De har nå også muligheten for å kontakte Jorden igjen, etter at romskipet «Daedalus» og den nye ZPM-en (en kraftkilde) ankommer byen. Teamet møter på Ronon Dex, som blir med på teamet mens Aiden Ford er savnet. Sesongen ender med at wraithene er på tur til Jorden, og ekspedisjonen må finne en måte å stoppe dem på.

Sesong 3

Sesong 3 hadde premiere 14. juli 2006, og fortsetter der sesong 2 slutter. De stopper wraithene fra å nå jorda, men klarer fremdeles ikke å utvikle en «retrovirus» for disse som de håper vil gjøre rasen menneskelig igjen. Teamet møter nok en ny fiende, asuranerne, og ting begynner å se mørkt ut når et eksperiment tar vekk all energien som er igjen i den ene ZPM-en som de hadde. Ikke lenge etter finner de et romskip av de forhistoriske, men da mannskapet ombord finner ut at Atlantis er funnet, tar de tilbake byen som var deres og sender hele ekspedisjonen hjem. O'Neill og Woolsey er sendt til byen for å forsøke å lage en avtale om at ekspedisjon må få lov til å vende tilbake. Dette mislykkes, men O'Neill og Woolsey får lov til å bli igjen som ambassadører mellom jorda og Atlantis. Etter noen uker rapporterer de tilbake at asuranerne har angrepet byen og holder på å ta over styringen. De drepte mannskapet som ekspedisjon tok med tilbake også.
Sheppard og teamet hans drar tilbake til Atlantis, tar byen tilbake og dreper også alle asuranerne. Sesongen ender med at menneskene angriper asuranerne som bygger krigsskip. Asuranerne setter inn et motangrep med et sterkt strålevåpen. Ekspedisjonen prøvde å unngå strålen ved å senke hele byen ned i havet, slik som byen var da teamet ankom byen for første gang. Strålen skar imidlertid gjennom havet, og er fortsatt en stor fare for ekspedisjon. Som en siste utvei setter Atlantis i gang motorene som får byen til å fly, slik at de kan flytte byen til en annen planet. De flykter, men like før de hopper i hyperrommet, treffer strålen byen, slik at Dr. Weir blir hardt skadet. Sesongen ender med at hyperdriven stopper opp og byen flyter i rommet med bare 24 timer med energi igjen.

Sesong 4

Sesong 4 hadde premiere 28. september 2007, og fortsetter der sesong 3 slutter. Samantha Carter overtar som ekspedisjonens leder etter at Elisabeth Weir ble skadet. For å berge Weirs liv vekte de til live noen nanitter som har ligget inaktive i kroppen hennes fra en tidligere hendelse. Hun berget livet, men ble tatt til fange av asuranerne da de prøver å stjele en ZPM fra deres hjemplanet. I en av de første episodene møter teamet på en ny kultur kalt the Travelers (de reisende), disse bor på skip for at wraithene ikke skal kunne finne dem så lett.

Sesong 5

Sesong fem er seriens siste. Stargate Atlantis var ment avsluttes med en to-timers spillefilm, Stargate: Extinction, men planene for denne ble oppgitt.