Kosovokrigen

Bakgrunn

Kosovo hadde et begrenset indre selvstyre ved grunnloven fra 1946. Da grunnloven ble utformet i 1943 skilte man mellom nasjoner (med «hjemland» innenfor Jugoslavia) og nasjonaliteter (med hjemland hovedsakelig utenfor Jugoslavia). Innenfor det Jugoslavia skapt etter andre verdenskrig skulle bare nasjoner og ikke nasjonaliteter ha rett til sin egen delrepublikk innenfor føderasjonen. Kosovoalbanerne ble regnet som en nasjonalitet fordi Albania ble oppfattet som deres hjemland.
De fleste kosovoalbanere aksepterte etter andre verdenskrig den staten Tito skapte, mens et mindretall drømte om et Kosovo forent med Albania. Kosovo var Jugoslavias fattigste provins. Etter 1974-reformen mente mange at Kosovo måtte få status som republikk som i prinsippet hadde rett til å bryte ut av den jugoslaviske føderasjonen, men tanken om væpnet opprør var fjern for de aller fleste. På 1980-tallet forberedte en håndfull kosovoalbanere seg på væpnet kamp, tre av disse ble i januar 1982 drept i Tyskland. Tito utvidet Kosovos selvstyret i 1974 - etniske serbere mente Titos reform gikk for langt, etniske albanere mente Tito ikke gikk langt nok. De to etniske gruppene ble grunnlaget for to motstridende nasjonalistiske prosjekter. På 1980-tallet ble det spådd at åpen konflikt i Jugoslavia ville bli utløst av Kosovo-spørsmålet. Slobodan Milošević utnyttet spenningene i Kosovo for å styrke sin stilling og stimulerte den serbiske nasjonalismen med bakgrunn i Kosovo-spørsmål. Et høydepunkt for Milošević var 600-årsjubileet for slaget ved Kosovosletta i juni 1989. Den serbiske nasjonalismen på 1980-1990-tallet handlet i stor grad om Kosovo. Nasjonalistiske akademikere som Dusan Batakovic fikk romslige offentlige midler til å publisere sine verk. Serbiske nasjonalister betrakter Kosovo som serbisk kjerneområde blant annet fordi de eldste og viktigste religiøse minnesmerkene som klosteret i Peć ligger der og på grunn av Slaget ved Kosovosletta.

Oppløsningen av Jugoslavia etter Tito

Kosovos status var et tilbakevendende tema under Jugoslavias oppløsning på 1990-tallet. Serbia opphevet i 1989 Kosovos status som autonom provins og serbisk myndigheter tok full kontroll over politi- og justissektoren i provinsen. Fra Serbias side ble dette fremstilt som forsvarstiltak for å hindre fordrivelse av etniske serbere fra provinsen. Beograd gjennomførte mange tiltak for å styrke eller beskytte kosovoserbernes stilling, blant med bruke serbisk som språk og pensum i skolen med vekt på serbisk perspektiv på historien. Kosovoalbanere fikk vansker på arbeidsmarkedet og eiendomsmarkedet.
I 1990 mistet Kosovo vetoretten i Serbias parlament. Etter at Kosovos selstyreforsamling vedtok en erklæring om selvstendig ble direkte styre fra Beograd ble innført på alle områder. Kosovoalbanerne svarte med å ignorere det serbiske styret og opprettet et parallelt styre finansiert av klanledere og kosovoalbanere i utlandet. Den uoffisielle skatten var på 3 % av inntekten. Ibrahim Rugova ble uoffisielt valgt til president for Kosovo i 1992 og 1998. Bujar Bukoshi var statsminister i den uoffisielle regjeringen som til dels opererte fra eksil. Mange fra den militante undergrunnsbevegelsen på 1980-tallet sluttet seg til Rugovas linje. Rugova argumenterte i 1992 for at væpnet opprør mot Beograd ville være fåfengt, og han mente at Beograd ville bruke et væpnet opprør som påskudd til å utslette den kosovoalbanske befolkning. Rugovas linje bidro til å holde ro i Kosovo og Milošević aksepterte stilltiende Rugovas ikke-voldelige linje fordi det skapte ro blant kosovoalbanerne.
EF utnevnte i august 1991 en kommisjon som skulle gi juridisk råd i forbindelse med forhandlinger mellom delrepublikkene (Arbitration Commission of the Peace Conference on Yugoslavia). Kommisjonen ble ledet av den franske juristen Robert Badinter. Forhandlingene om Jugoslavia ble ført i Haag og ledet av Peter Carington, kommisjonen ga uttalelser blant annet på spørsmål fra Lord Carington. Kommisjonens uttalelser (opinions) var ikke bindende. Kommisjonen konstaterte at Jugoslavia var i ferd med å bli oppløst og uttalte at alle delrepublikkene var likeverdige etterfølgere av den føderale republikken. Delrepublikker som brøt ut av føderasjonen var dermed ikke å anse som opprørere ifølge kommisjonen, og delrepublikker som brøt ut var å anse som nye, suverene stater. Kosovo var en provins og ikke en delrepublikk, og dermed ikke omfattet av kommisjonens uttalelse. EF-landene hadde dermed et grunnlag for å skille mellom utbrytere som var legitime nye stater som burde anerkjennes og de som ikke var det, noe som ifølge Caplan var en folkerettslig nyvinning. I desember 1991 avviste EF på dette grunnlaget en forespørsel fra Kosovo om å bli vurdert som selvstendig stat. Under forhandlingene i Haag hadde Lord Caringtons første utkast en betingelse om anerkjennelse av Kosovos autonome status, dette punktet ble strøket trolig for å få aksept fra Milošević og til stor skuffelse for kosovoalbanerne. Frem til Kosovokrigen ble uavhengighet for Kosovo helt avvist. «Rugova burde nå vite at uavhengighet for Kosovo ikke er aktuelt» uttalte Bill Clintons talsmann i mars 1998, et syn som ble delt av europeiske ledere.
Etniske albanere utgjorde majoriteten i Kosovo og drev fra 1989 en ikke-voldelig motstandskamp mot de serbiske makthaverne, ledet av Ibrahim Rugova. I løpet av 1990-tallet var det tautrekking mellom ulike fraksjoner i Kosovo om uavhengighet skulle søkes gjennom voldelige eller ikke-voldelige metoder. Rugovas arbeid ledet ikke til noen innrømmelser fra sentralregjeringen i Beograd og heller ikke internasjonal støtte for Kosovos uavhengighet. Etter de blodig krigene i Bosnia og Kroatia sluttet de fleste kosovoalbanere opp om Rugovas linje, mens noen grupper, blant annet i eksilmiljøene i Tyskland og Sverige, avfeide Rugova som serbisk agent. En liten gruppe menn øvde geriljakrig i en leir i Labinot i Albania. Eksilmiljøene samarbeidet også med yngre radikale inne i Kosovo, blant annet Hashim Thaci.

Dayton-avtalen

Kosovo var ikke et tema under Dayton-forhandlingene i 1995 noe som var et stort politisk nederlag for Rugova. Fraværet av voldelig konflikt i Kosovo i 1995 gjorde at situasjonen der ikke ble ansett som akutt. Dayton bidro til radikalisering av kosovoalbanerne. Resten av verden var ikke særlig oppmerksom på at Dayton var et stort sjokk for kosovoalbanere: Fordi Kosovo bare var en provins i Jugoslavia og ikke en republikk, skulle Kosovo fortsatt være en del av Serbia eller rest-Jugoslavia. EU anerkjente Den føderale republikken Jugoslavia bestående av Serbia, inkludert Kosovo, og Montenegro. I Kosovo begynte en del kosovoalbanske politikere argumentere for at Rugova burde øke presset mot Beograd for eksempel ved å arrangere demonstrasjoner, og til manges skuffelse gjorde Rugova ingenting. Mange kosovoalbanere mistet etter hvert troen på Rugovas tålmodige, ikke-voldelige linje. UÇK begynte som den militære grenen av det venstreradikale partiet LPK og fungerte lenge som en paraplyorganisasjon på grunn av sterk fraksjonering. Dayton-forhandlingen var i regi av USA ved diplomaten Richard Holbrooke. General Wesley Clark var også en nøkkelperson på amerikanske side i Dayton.
Ifølge Espen Barth Eide var én tolkning av Dayton at politisk fasthet kombinert med flyangrep var avgjørende for at Bosnia-serberne ga etter. Eide mener at bildet er mer sammensatt særlig ved at Holbrooke fikk aksept i Washington for en løsning basert krigens realiteter. Før Dayton hadde kroatiske styrker gjenvunnet områder i Kroatia og den kroatisk-bosniakiske alliansen på offensiven på bakken i Bosnia. De serbiske styrkene i Bosnia forsøkte å konsolidere sine posisjoner noe som blant annet ble fulgt av Srebrenica-massakren. Ifølge Eide var Dayton et godt tilbud til Bosnia-serberne i denne trengte situasjonen, NATOs flyangrep bidro ytterligere. Kosovoalbansk politikk på 1990-tallet var hele tiden basert på hvordan det var forventet at det internasjonale samfunnet ville reagere. UÇK mente at Dayton viste at man måtte gripe til våpen for å bli hørt internasjonalt. Veton Surroi, redaktør for Koha Ditore, uttalte på bakgrunn av Dayton at «etniske territorier har legitimitet» og «internasjonal oppmerksomhet kan bare oppnås ved krig».

UÇK vokser frem

Kosovos frigjøringshær (UÇK) sprang ut av LPK (Lëvizja Popullore e Kosovës, «Kosovos folkebevegelse»), et marxistisk og nasjonalistisk parti. UCKs opphav kan spores til de politiske urolighetene tidlig på 1980-tallet. Hashim Thaçi var blant de sentrale personene i UÇK fra tidlig 1990-tall og ble politisk leder i 1999. På et hemmelig møte i Drenica i 1993 ble en firemannsgruppe i LPK utpekt til å forberede geriljakrig. Selv innenfor LPK var det få som før 1996-1997 visste hva som ble forberedt. UÇK hadde i begynnelsen lite tilgang på våpen og inne i Kosovo besto mye av arbeidet med rekruttering av «sovende» sympatiserer som var klare til å gripe til våpen og ta kontroll over sin landsby. I perioden 1993-1995 ble en og annen politimann skutt ned og UÇK tok på seg ansvaret. Ramush Hardinaj var en annen sentral leder. Han oppholdt seg lenge i Sveits der han trente geriljakrig, og på 1990-tallet snek han seg over grensen fra Albania og organiserte treningsleire for UÇK. I 1996 ble serbisk politi og sivile etniske serbere angrepet av kosovoalbanere. I 1997 dukket UÇK opp og tok på seg ansvaret for angrep på serbisk politi. I januar 1997 ble tre medlemmer av UÇK skutt og drept av politiet. UÇK hadde i utgangspunktet sværte lite tilgang på våpen og ammunisjon inntil våren 1997 da Albania kollapset i en bankkrise og statsapparatet sluttet å fungere. Albanerne var rasende på president Sali Berisha og myndighetenes våpenlager ble brutt opp mens hæren gikk i oppløsning og politiet flyktet. På kort tid var det tilgang på hundretusen khalasjnikover til 10 dollar hver. Tiltagende misnøye med Rugovas linje førte i 1997 til bedre rekruttering og finansiering til UÇK. Det vekte oppsikt da maskerte UÇK-menn i november møtte opp i en begravelse. Per november 1997 besto UÇK av et par hundre mann.
I 1998 fremsto UÇKs som den ledende politiske gruppe i Kosovo, og Rugova hengte seg på UÇKs offensive strategi for ikke å bli skjøvet helt ut og i verste fall definert som forræder med fare for eget liv. I desember 1992 kom Bush med en klar advarsel: I tilfelle serbisk bruk av våpen ved konflikt i Kosovo ville USA være klare til å bruke militærmakt mot serbiske styrker i Kosovo og i Serbia ellers. Clinton gjentok advarselen i 1993. Det politiske kaoset i Albania våren 1997 førte til en strøm av lette våpen inn i Kosovo og UÇK innledet et åpenlyst væpnet opprør med sikte på å frigjøre etniske albanere i Kosovo (og i Makedonia) for å slutte seg til et «Stor-Albania». USAs utsending Robert Gelbard møtte Milošević 23. februar 1998 og erklærte deretter at UÇK «without any question is a terrorist group» og USA sterkt fordømte terrorisme i Kosovo. Statlige valg og institusjoner ble boikottet og separate albanske institusjoner opprettet. Mange albanere flyktet i denne perioden til utlandet, blant annet til Norge.  Fra 1996 av startet den albanske Kosovos frigjøringshær å angripe serbisk politi. I 1997 demonstrerte studenter ved Universitetet i Priština blant annet for rett til bøker på eget språk, noe som ble slått ned av serbisk politi.

Opptrapping første halvår 1998

Første halvår 1998 ble den væpnede konflikt trappet tydelig opp. UÇK angrep politibiler og drepte antatte kollaboratører. I løpet av februar 1998 hadde politiet trukket seg ut av mesteparten av Drenica. Fire serbiske politimenn ble drept i et attentat 28. februar 1998. Politiet angrep 4. mars i landsbyen Donji Prekaz en eiendom tilhørende Adem Jasheri (som flere år tidligere hadde drept en politimann), og 58 personer ble drept hovedsakelig Jasheris slektninger. De serbiske motangrepene førte til store protester i Priština, og serbisk politi slo ned på demonstrasjonen. Kosovos skyggeregjering gjennomførte i mars 1998 et nytt valg og Rugovas parti fikk 90 % av stemmene. Kontaktgruppen forsøkte å isolere terroristene og den britiske utenriksministeren oppfordret til forhandlinger mellom Rugova og Milošević. Utover våren 1998 fordelte UÇK våpen og uniformer, blant annet over grensen fra Albania, og «sovende» medlemmer ble mobilisert. UÇK gjorde rask fremgang og erobret en forsyningskorridor til Albania. Serbiske styrker var først passive og gjorde knapt motstand, og UÇK erklærte stadig mer «frigjort territorium». I juli 1998 hadde UÇK mer eller mindre kontroll over 30 % av Kosovos territorium. Situasjonen utviklet seg raskt og var til dels kaotisk med unge som krysset grensen for å skaffe våpen, og UÇK hadde i liten grad organisasjonen klar. I juli 1998 var Milošević nøling over og serbiske politistyrker slo tilbake. Jugoslavias hær sammen med innenriksdepartementets sikkerhetsstyrker svarte med en til dels brutal motoffensiv mot UÇK-geriljaen. UÇK  trakk seg tilbake og den serbiske offensive skapte 200 000 interne flyktninger som verden utenfor ble oppmerksomme på gjennom media.  
Utover 1998 begynte sivile kosovoalbanere å flykte over grensene til Albania og Makedonia fra områdene hvor kampene mellom UÇK og serbiske sikkerhetsstyrker var hardest. Forholdene i området ble forverret i løpet av 1998 og FNs sikkerhetsråd vedtok resolusjonene 1160, 1199 og 1203 som fordømte voldsbruken og ba om forhandlinger. NATO fordømte UCK som terrorister første halvår 1998 og kom utover våren med militære trusler mot Serbia. NATO-landene gjorde våren 1998 det klart at regimet i Beograd ble ansett som hovedproblemet. Både Russland og NATO-land ønsket utvidet selvstyre for Kosovo, men uten ytterligere fragmentering av Jugoslavia. USA og Storbritannia arbeidet for å få Sikkerhetsrådet til å vedta en resolusjon om å bruke «alle nødvendige midler» for å gjennomføre tidligere resolusjoner. Russiske myndigheter var bekymret for at NATO ble stadig mer dominerende i Europa.
Richard Holbrooke, Clintons spesialutsending, organiserte et møte mellom Rugova og Milosevic 15. mai 1998, uten resultat. Noen dager senere innledet de jugoslaviske styrkene en ny aksjon mot UÇK og Rugova tapte oppslutning i Kosovos befolkning. Rugova reiste 29. mai til Washington og møtte Clinton, og til New York for å møte Kofi Annan. Rugova informerte der om at han trakk seg fra forhandlinger og at bare full uavhengighet akseptabelt. Kontaktgruppen hadde frosset Serbias utenlandske beholdninger. I juni krevde kontaktgruppen våpenhvile og tilbaketrekning av væpnede styrke fra Kosovo. UCK trappet opp sine angrep på myndighetenes sikkerhetsstyrker og deres antatte samarbeidspartnere. NATO innledet luftmilitærøvelser over Albania og Republikken Makedonia 13. juni som en klar advarsel til Jugoslavias regjering. Milošević inviterte 16. juni til nye forhandlinger med Rugova om Kosovos «form for autonomi», tilbaketrekning av styrker og tilgang til Kosovo for utenlandske NGOer. Holbrooke og den russiske viseutenriksministeren forsøkte 4 til 6. juli å få til en avtale mellom Milošević og Rugova, forsøket mislyktes (ifølge Holbrooke fordi kosovarene var for uorganiserte). Christopher R. Hill, kontaktgruppens talsperson, understreket at Kosovo ikke kunne skyte seg ut av Serbia. På sensommeren 1998 kontrollerte UÇK store deler av Kosovo. På grunn av stadige kamphandlinger ble flere hundre tusen drevet fra sine boliger særlig i Drenica-dalen.
NATO plasserte 8. juli 1998 fire krigsskip i Durrës. Wesley Clark, NATOs øverstkommanderende, advarte partene i konflikten om NATOs betydelige militære kapasitet, og antydet muligheten for en aksjon mot UÇK i samarbeid med Albania. På slutten av juli var UCKs geriljakrigere og tusenvis av sivile presset ut i villmarken av den jugoslaviske offensiven. Christopher Hill hadde 29. juli for første gang offisiell kontakt med UCKs ledelse. Kontaktgruppen lanserte 9. august en plan for autonomt Kosovo under forutsetning av at provinsen forble en "spesiell" del av Serbia. UÇK avviste planen og krevde full uavhengighet. Midt i august 1998 gjennomførte NATO en ny militærøvelse i Albania for å presse Milošević. Da UCK tapte terreng militært ble Rugova mer imøtekommende i forhandlingene, og gikk 20. september (etter at UCK ga opp stillinger ved Prizren og Pec) med på en plan for å gjøre Kosovo en republikk innenfor den jugoslaviske føderasjonen på linje med Serbia og Montenegro. FNs sikkerhetsråd vedtok 23. september resolusjon 1199 som fordømte voldsbruken og nevnte voldsbruk fra serbiske styrker spesielt.

NATO åpner for maktbruk

NATO forberedte styrkeoppbygging til bruk i Kosovo. Forsvarsminister William Cohen uttalte 1. oktober at USA var klar til å gjennomføre luftangrep innen to uker, tre dager senere annonserte Miloševićat styrkene ble trukket tilbake, og 5. oktober reiste Holbrooke til Beograd. NATO-rådet vedtok 13. oktober 1998 at alliansen kunne bruke militærmakt mot Jugoslavia også uten vedtak i Sikkerhetsrådet. NATO hadde tidligere på 1990-tallet begynt en intern debatt om «out-of-area». NATO hadde tidligere ikke gått utenom folkeretten og tidligere operasjoner på Balkan (1992-1995) var autorisert av vedtak i Sikkerhetsrådet. NATOs trusler fra våren 1998 overfor Serbia ga UCK inntrykk av at NATO var forberedt på å gripe inn på en måte som i praksis støttet UCKs sak og UCK tok sikte på å få involvert NATO. Ifølge Espen Barth Eide kan derfor NATOs handlemåte ha inspirert begge sider i konflikten til ytterligere voldsbruk.

Holbrooke-avtalen

Den russiske regjeringen uttrykte uro over NATOs trusler. Italias flybaser i Aviano, Vicenza og Villafranca var viktig for et eventuelt angrep, men den italienske statsministeren mente det ikke var grunnlag for militære aksjoner blant annet fordi det manglet mandat fra Sikkerhetsrådet. Det nordatlantiske råd ga 13. oktober tillatelse til angrep innen 96 timer dersom regjeringen i Beograd ikke rettet seg etter resolusjon 1199. Samme dag (13. oktober) annonserte Holbrooke og Milošević «Holbrooke-avtalen» som slo fast at Jugoslavias territorielle integritet og suverenitet måtte respekteres.
Milošević gikk i avtalen med på å trekke tilbake serbiske sikkerhetsstyrker utplassert siden februar 1998. Styrker fra den regulære jugoslaviske hær («VJ») skulle trekke seg tilbake til sine forlegninger, bortsett fra grensevaktene mot Albania. Politistyrkene skulle også trappes ned. NATO fikk tillatelse til å fly inn i Jugoslavisk luftrom for å overvåke tilbaketrekningen. Internerte kosovoalbanere skulle løslates. Avtalen ga også tillatelse til utplassering av 2000 sivile observatører fra OSSE (Kosovo Verification Mission - KVM). KVM var i praksis en videreføring og utvidelse av Kosovo Diplomatic Server Mission som hadde vært i Kosovo fra sommeren 1998.
Under trussel om flyangrep fra NATO gikk Serbia med på å trekke mesteparten av de væpnede styrkene tilbake. Innen fristen 27. oktober hadde Milosevic oppfylt kravene og blant annet trukket tilbake 6 000 politimenn og militære til sine forlegninger, general Clark og Klaus Naumann lovte til gjengjeld å forsøke å kontrollere UÇK. UÇK (som ikke var part i forhandlingene) kritiserte avtalen og ville bare akseptere uavhengighet, men aksepterte avtalen og resolusjon 1199 uformelt for ikke å gi Milošević gratispoeng. Omkring 20 000 regulære soldater ble værende i provinsen i tråd med avtalen. Holbrooke krevde i utgangspunktet full serbisk tilbaketrekning og utplassering av en internasjonale væpnet styrke i Kosovo. Den endelige Holbrooke-avtalen lignet mye på et utkast som russiske diplomater hadde forhandlet frem en uke tidligere. Serbisk politi kunne etter skjønn begrense KVM-observatørenes bevegelser av hensyn til sikkerheten. OSSEs observatører roet ned situasjonen i Kosovo.

Ny opptrapping

Ifølge Crawford ville UÇK avstå fra offensive aksjoner bare dersom de ble overlatt til seg selv, og lærdommen fra Bosnia og Dayton-avtalen var at sivile tap og flyktningstrøm snarere enn ikke-voldelig motstand ville gi UÇK vestlig støtte. NATO hadde selv ingen vesentlige strategiske interesser i Kosovo. I oktober 1998 fikk Richard Holbrooke, USAs utsending, i stand en avtale med Slobodan Milošević om å trekke ut de væpnede styrkene og tillate observatører («verification mission») fra OSSE. Samtidig kunne UÇK etter tilbaketrekning av serbiske styrker i oktober 1998 trappe opp sin virksomhet. Etter at Holbrooke-avtalen var i iverksatt okkuperte UCK straks de områdene serbiske styrker hadde trukket seg ut av. Omtrent 150 serbiske politifolk og over 100 sivile ble drept av UCK innen utgangen av 1998, et stort antall var også kidnappet. I løpet av 1998 var opp mot 2000 personer drept av serbiske styrker og opp mot 300 000 var internt fordrevet. 
Mens NATO la press på Milošević' regjering, lykkes det NATO i liten grad å holde igjen UÇK. Da den jugoslaviske hæren trakk seg tilbake kom UÇK frem fra sine gjemmesteder og tok opp igjen sin tidligere strategi med å angripe serbisk politi og i noen tilfeller tok UÇK over stillinger forlatt av serbiske styrker. I ly av våpenhvilen og på tross av OSSEs nærvær kunne UÇK konsolidere og vokse. UÇK fikk tilgang til våpen fra Albania, og i noen tilfeller skal de også ha kjøpt våpen av serbiske politifolk og soldater. I januar 1999 ble det blant annet foreslått å sette inn NATO-soldater til å vokte grensen mot Albania eller å kontrollere Albanias havner og flyplasser. Våpen og andre forsyninger skal ha blitt betalt blant annet med inntekter fra narkotikasmugling og prostitusjon. UÇK kan ha økt sin offensive aktivitet med håp om en militær inngripen mot Jugoslavia dersom ikke volden ble stoppet. Det har også blitt hevdet at britiske spesialstyrker drev trening av UÇK-geriljaen i en leir i fjellene ovenfor Bajram Curri i Nord-Albania .
Gjentatte tilfeller av brudd på avtalen skjedde fra begge parter, men det var særlig Serbias handlinger som skapte reaksjoner i NATO-landene. William Walker, leder for OSSEs observatørkorps, uttalte 8. januar 1999 at det hadde vært flere brudd på avtalen hovedsakelig fra serbiske myndigheters side. Walker poengterte samtidig at avtalen stilte flere krav til myndighetene enn til UÇK. 
NATO gjorde lite for å hindre tilstrømmingen av våpen til UCK via Albania, verken grenseområdene eller båttrafikken på Koman-sjøen ble kontrollert, blant annet på grunn av Albanias uvilje mot å slippe til utenlandske styrker. USAs årlige terrorismerapport for 1998 skrev at Albanias svake interne sikkerhet var gunstig for fremvekst av terrorisme. UCK sto ikke på USAs liste over terrorgrupper i 1998. Fra Holbrooke-avtalen til Rambouillet tilstrebet NATO og kontaktgruppen en løsning som sikret politisk autonomi for Kosovo samtidig som Jugoslavia forble intakt og det ikke var behov for fredsbevarende styrker. Rugova sto fast på at full uavhengighet og utenlandske soldater på bakken var nødvendig. Tidlig i desember la Christopher Hill frem et nytt forslag som ble avvist av Jugoslavias nasjonalforsamling samtidig som UÇK ikke ville akseptere noe mindre enn full uavhengighet.
I desember 1998 gjennomførte den jugoslaviske hæren sin «juleoffensiv» med angrep på UÇK i det nordlige Kosovo. Offensiven kom etter at UÇK hadde inntatt stillinger ved Podujevo og truet hovedveien fra selve Serbia. UÇK drepte også fire serbere i en bar og drepte viseborgermesteren i Kosovo Polje. UÇK tapte terreng og innledet en serie bakholdsangrep og kidnappinger (blant annet ble tre offiserer i militærpolitiet drept) og drev også aggressive patruljering av hovedveiene i provinsen. I januar 1999 ble det meldt at UÇK drev full geriljakrig med uavhengighet som mål og sikret seg kontroll over en tredjedel av Kosovo etter Holbrooke-avtalen i oktober. Etter at 45 kosovoalbanere ble funnet massakrert i landsbyen Račak gjentok NATO sine trusler om flyangrep mot serbiske mål. Massakren skapte stor oppmerksomhet internasjonalt. Christopher Hill reiste mellom Beograd og Kosovo i et forsøk på å finne en politisk kompromissløsning. Hill var usikker på hvem han skule snakke med i UÇK fordi UÇK hadde en uklar kommandostruktur og var i stor grad basert på lokale initiativ. Ifølge Crawford sto UÇK bak det meste av opptrappingen etter Holbrooke-avtalen, og UÇK skal ha hatt som strategi å trekke NATO inn i konflikten ved å provosere serbiske myndigheter. Walker rapporterte til NATOs råd at UÇK sto bak de fleste overtredelsene, ifølge Klaus Naumann. Utenriksminister Albright uttalte 26. januar at UÇKs provokasjoner hadde bidratt til opptrappingen i Kosovo.
Før NATO gikk inn i krigen, var ifølge Human Rights Watch mellom 1 500 og 2 000 sivile og stridende i Kosovo blitt drept, mens totalt 370 000 var drevet på flukt, hvorav 200 000 internt i provinsen. I oktober 1998 var 200.000 sivile på flukt.

Rambouillet-forhandlingene

Vinteren 1999 kalte kontaktgruppa for Jugoslavia (bestående av Storbritannia, Frankrike, Italia, USA og Russland) partene sammen i Rambouillet i Frankrike. NATO-landenes strategi ble i hovedsak utarbeidet av Robin Cook, Madeleine Albright og Frankrikes utenriksminister Hubert Védrine. Albright skal ha lagt mest vekt på å øve press mot Milosevic, mens Cook og Védrine forsøkte å fine kompromiss. NATO presenterte et ultimatum til partene som innebar at Kosovo skulle få tilbake statusen som autonom provins, men formelt forbli en del av Serbia. Dette var i utgangspunktet uakseptabelt for den kosovoalbanske delegasjonen, men godtok planen etter separate forhandlinger med USA. Kosovos delegasjon godkjente likevel avtalen i forvissning om at dette ville gi dem den støtten fra NATO som de hadde ventet på når den jugoslaviske delegasjonen som forventet nektet å underskrive.
Det som var uakseptabelt for Jugoslavia var at avtalen også forutsatte at Kosovo skulle stilles under NATO-administrasjon med utplassering av 30 000 NATO-soldater i Kosovo, og at NATO-styrkene skulle ha uhindret tilgang til hele Jugoslavia, som ikke skulle kunne stilles til ansvar for eventuelle forbrytelser de måtte begå i landet. Fristen ved Rambouillet-forhandlingene gikk ut 23. februar og Milosevic godtok da tentativt planen fordi det var noen elementer som ikke var akseptable. Kontaktgruppen annonserte at planen skulle signeres i Paris 15. mars. Milosevic ble regnet som en pragmatisk politiker og det er uklart hvorfor han tok sjansen på å utfordre NATO våren 1999 når han ga etter i oktober 1998. En forklaring er at han gamblet på at NATO ikke ville sette inn bakkestyrker og at politiske uenighet i NATO-landene vil hindre militær opptrapping. Milosevic kan også ha stolt på russisk støtte og russisk motstand ville bidra til politisk splittelsen innenfor NATO, blant annet fordi Russlands motstand mot NATOs tilnærming tiltok fra oktober 1998 til mars 1999. Carwford tror at Milosevic overvurdert Russland evne til å skjerme Serbia. Crawford tror også at Rambouillet-forhandlingene ville vært overflødige dersom NATO hadde kontrollert UCK etter Holbrooke-avtalen.
Krigsmotstanderne argumenterer med at Milosevic ikke kunne godta Rambouillet-avtalen som i praksis var NATOs forslag (Russland var med i kontaktgruppen men sluttet seg ikke til planen). Avtalen nevnte ikke at KFOR skulle stå ansvarlige overfor FN og KFOR skulle styres av NATO, også eventuelle KFOR-soldater fra land utenfor NATO. KFOR skulle også ha fri tilgang til alt jugoslavisk territorium - i luften, på vann og på land.
Også Russland protesterte mot vilkårene i Rambouillet-avtalen som NATO framla, og sammen med Kina ville Russland ha hindret et vedtak i FNs sikkerhetsråd som kunne ha autorisert NATOs påfølgende bombekrig mot Jugoslavia. NATO lot være å bringe saken inn for FN. Et endelig oppgjør mellom NATO og Jugoslavia var ifølge Espen Barth Eide allerede på trappene da Rambouillet-forhandlingene begynte, og da forhandlingene strandet hadde NATO satte seg selv i en situasjon der de måtte angripe for å ikke miste troverdighet, ifølge Eide: NATO baserer seg på forsvar ved avskrekking og potensiell slagkraft, og kan derfor ikke tillate seg å tape når alliansen blir satt på prøve.
Holbrooke reiste 21. mars 1999 til Beograd med et ultimatum: Enten måtte Milosevic akseptere Rambouillet-avtalen (og avstå fra videre bruke av militærmakt) eller måtte han regne med angrep fra NATO. Ifølge Espen Barth Eide hadde NATO og Milosevic «malt seg inn i hvert sitt hjørne». NATOs krav ble avfeid av serbisk propaganda som en provokasjon med sikte på å gjøre Kosovo til en uavhengig stat. Kravene ble i Beograd fremstilt som utslag av amerikansk imperialisme. Serbias nasjonalforsamling avviste 23. mars Holbrookes krav, og la i stedet frem et alternativ i form av en diplomatisk løsning overvåket av OSSE og FN. Forslaget innebar autonomi for Kosovo og åpnet for utenlandsk militært nærvær i Kosovo.
Til forskjell fra de bosnisk-serbiske styrkene NATO hadde angrepet i 1995, var de serbiske og jugoslaviske styrkene velorganisert og godt bevæpnet. NATO sto overfor en langt sterkere motstander i Kosovo og Serbia enn i Bosnia. Ifølge The Economist hadde NATO snublet inn i den mest risikable operasjonen siden andre verdenskrig.

NATOs intervensjon

NATO gikk til krig mot Jugoslavia fra 24. mars 1999 med kodenavnet Operation Allied Force (vedtaket om angrep ble fattet kvelden før). Målet var ifølge Bill Clinton å demonstrere «the seriousness of NATO's purpose», å stanse opptrapping av Serbias offensiv mot Kosovo og  «to seriously damage the Serb military's capacity» til å gjennomføre militære offensiver. Samtidig som Tyskland deltok offensivt, drev regjeringen intensivt og profilert diplomatisk virksomhet for å finne en løsning på konflikten. Fra tysk side var det avgjørende at en diplomatisk løsning involverte FN og Russland. Tyskland hadde også formannskapet i EU på den tiden og Kofi Annan ble invitert til EUs toppmøte 14. april
Norge deltok med F-16 fly i en støttefunksjon, men deltok ikke i selve bombingen. Hellas deltok ikke og arbeidet i stedet for en politisk og diplomatisk løsning. USA og Storbritannia var vesentlige bidragsytere på NATOs side.
General Wesley Clark, NATOs kommandant, uttalte at NATOs bombekrig «ikke var utformet for å hindre etnisk rensing eller for å drive krig mot serbiske styrker inne i Kosovo». Et vesentlig spørsmål var om NATO skulle være forberedt på å bruke bakkestyrker offensivt. Både Albania og Makedonia var villige til å økt NATO-nærvær som oppmarsjområde for bakkestyrker. Militære ledere i Europa og USA mente bakkestyrker kunne bli nødvendig for å vinne og sikre territorium. Ifølge Espen Barth Eide var NATOs troverdighet avhengig av at alliansen satte opp en reell hær i nærområdene klar til å konfrontere Jugoslaviske styrker på bakken. Det var liten oppslutning om bruk av bakkestyrker i NATO. NATO avviste av hensyn til flygernes sikkerhet å bidra med transport av nødhjelp til flyktninger i veiløse områder.

Omfang og bombemål

NATOs angrep besto i hovedsak av flyangrep og det ble gjennomført 38 004 flyvninger hvorav 10 484 var angrep mot serbiske mål, og det ble sluppet eller skutt 28 236 bomber eller tilsvarende fra luften. Fra sjøen ble det i tillegg skutt 218 tomahawk krysserraketter. Ved innledningen til operasjonen var 344 NATO-fly utplassert, mot slutten var 1031 fly knyttet til operasjonen. I begynnelsen var 30-50 bombetokt daglig, mens det i slutten av mai 1999 tok av 300 bombe-/angrepsfly hver dag. Fase 1 og 2 av bombingen omfattet angrep mot serbisk luftforsvar og mot serbiske styrker i Kosovo. Fase 3 omfattet «strategiske mål» (inkludert sivil infrastruktur) og ble ikke formelt godkjent. Angrep på strategisk mål økte i løpet av perioden og særlig etter NATOs toppmøte og 50-årsjubileum i slutten av april. 
Alle større jugoslaviske byer ble utsatt for et kraftig bombardement i over ti uker. I strid med forventningene om en rask seier for NATO varte krigen i 78 dager og ble ikke avsluttet før gjennombruddet kom etter en omfattende forhandlingsprosess med Russland i spissen. I månedene før angrepet hadde NATO valgt ut strategiske bombemål og militære ressurser ble overført fra USA til Europa, utover dette var liten forberedelse. Jugoslavia møtte med angrepene fra luften med opptrapping av krigføring på bakken, ifølge Espen Barth Eide var Jugoslavias respons som forventet etter militærteori som sier at en underlegen part vil unngå å kjempe sin slag på angriperens premisser. Dessuten hadde Jugoslavia en alliansefri forhistorie og var forberedt på å bekjempe en overlegen motstander. Det er uklart om NATO var forberedt på Jugoslavias militære respons på luftangrepene. Eide mener den politiske ledelsen i USA feilberegnet Milošević reaksjon på NATOs bombing. Da NATO innledet sitt angrep var ikke utarbeidet noen plan for eventuell opptrapping til bakkekrig. NATO var heller ikke forberedt på å håndtere flyktningstrømmen. Eide tror at Milošević kan ha trappet opp krigen mot UÇK etter NATOs angrep for å få tatt et endelig oppgjør med UÇK.

Bombingen av kringkastingshuset

Bygningen som huset Radio-televizija Srbije (RTS), Serbias offentlige kringkasting, ble bombet 23. april og 16 mennesker omkom. Flere av medarbeiderne ble innesperret i ruinene i flere dager og kommuniserte med omverdenen med mobiltelefon. Stasjonen var på luften igjen etter 24 timer fra et hemmelig sted. NATOs hovedkvarter begrunnet bombingen med at kringkastingshuset inngikk i de jugoslaviske hærens kommando- og kommunikasjonssystem. I tillegg ble kringkastingen brukt til propagandaformål i kampen mot Kosovos befolkning, ifølge NATO. Samtidig hadde NATO toppmøte i Washington i anledning 50-årsjubileum for alliansen. Lamberto Dini, Italias utenriksminister, kalte bombingen av kringkastingshuset for «terrible news». Tony Blair støttet bombingen fordi han mente kringkastingen inngikk i regimets apparat og ble brukt som ledd i etnisk rensing i Kosovo.
Den europeiske menneskerettsdomstol avviste søksmål mot NATO fra ansatte i RTS. Dragoljub Milanović, direktør for RTS, ble dømt til ti års fengsel for å ha unnlatt å evakuere bygget under bombeangrepet.

Bombingen av Kinas ambassade

Natt til 7. mai 1999 traff NATOs bomber Kinas ambassade i sentrum av Beograd. Tre personer ble drept og bygningen ble ødelagt. Bygningen skal ha blitt forvekslet med Jugoslavias føderale forsyningskontor som ble plukket ut som bombemål. Ifølge The Guardian ble ambassaden bombet med vilje fordi NATO mente bygningen ble brukte til å formidle meldinger for den jugoslaviske hæren. Bombingen var kontroversiell og kunne ha ført til splittelse i alliansen mot Milosevic. Kinas ledere var ikke overbevist om USAs forklaring på bombingen som ble politisk gevinst for det kinesiske regimet.

Våpenhvile

Slobodan Milošević undertegnet 10. juni en fredsavtale som innebar at jugoslaviske styrker ble trukket ut av Kosovo. Fredsavtalen avvek noe fra Rambouillet-avtalen, ved at den ikke forlangte adgang for utenlandske styrker til hele Jugoslavias territorium, samt at Kosovo formelt skulle stå under FNs, ikke NATOs administrasjon. NATO har i praksis hatt kommandoen over det som formelt har vært FNs administrasjon i Kosovo i perioden som har fulgt.
NATOs bombing stanset etter avtalen fremforhandlet av Martti Ahtisaari og Viktor Tsjernomyrdin 2. juni (også kjent som Kosovo-avtalen av 4. juni). Prinsippene for avtalen ble lagt av G8 og utarbeidet i detalj av Ahtisaari og Tsjernomyrdin i forhandling med USAs viseutenriksminister Strobe Talbott. Denne avtalen ble supplert av en militær-teknisk avtale mellom Jugoslavia og NATO 9. juni, og Sikkerhetsrådets resolusjon 1244 10. juni (Kina avsto fra å stemme). Resolusjon 1244 la Jugoslavias territorielle integritet til grunn og opprettet UNMIK. De serbiske styrkene ble trukket ut og KFOR rykket inn 12. juni. Etter avtale av 21. juni skulle UCK avvæpnes og demobiliseres, og UCK ble offisielt oppløst 20. september og erstattet av det sivile Kosovo Protection Corps. NATO fikk vide militære fullmakter innenfor Kosovos grenser, men ikke tilgang til resten av Serbia slik Rambouillet-avtalen la opp til. Kosovos status innenfor Jugoslavia forble i utgangspunktet uløst.
NATO hadde helt overlegen militær styrke. Flyangrepene mot serbiske styrker førte til små skader og hadde liten virkning, skadene på sivil infrastruktur var omfattende: Serbias strømproduksjon og oljeraffinerier ble satt ut av spill, våpenindustrien fikk store skader, forsyninger av drivstoff til militært bruk ble hindret og det nasjonale kommando-/kommunikasjons-systemet fikk også store skader. Ni viktig veiforbindelser ble sperret, syv flyplasser ble satt ut av drift og 59 broer ble ødelagt. Da bombingen ble avsluttet sendte Russland inn 200 soldater med pansrede kjøretøy for å besette flyplassen i Priština for å sikre en russisk okkupasjonssone. NATO nektet å gi Russland en egen sone og Russland gikk dermed med på en mer begrenset tilstedeværelse.

Debatt i NATO-landene

Kosovo-krigen handlet i liten grad om NATO-landenes nasjonale interesser i snever forstand og det var vanskelig å oppnå folkelig støtte på det grunnlaget. For de politiske lederne var det vesentlig å love at krigen kunne føres uten risiko for egne styrker, noe som blant annet medførte at krigen ble ført fra luften. Blant politikerne i NATO-landene var det en utbredt oppfatning at en humanitær katastrofe, muligens verre enn under Bosnia-krigen, ville skje om ingenting ble gjort. Massakrene i Drenica og særlig i Racak styrket denne oppfatningen. Den britiske regjeringens beslutning om å intervenere skyldes også frykt for en massiv flyktningstrøm ut av Kosovo.
William S. Cohen, USAs forsvarsminister, og general Henry H. Shelton hadde NATO tre strategiske til å gå til krig om Kosovo: hindre destabilisering av NATOs sørøstre hjørne, avslutte undertrykkingen som hadde skapt en flyktningstrøm over grensene, og svar på Serbias handlinger som undergravde NATOs troverdighet. Cohen understreket at NATO hadde ikke gått til aksjon dersom NATOs og USAs troverdighet ikke hadde blitt satt på prøve. Lionel Jospin mente at NATOs aksjon mot Serbia var et spørsmål om europeisk sivilisasjon. Joschka Fischer mente å reversere Milosevic' handlinger kunne sammenlignes med motstand mot Hitler og Mussolini. George Robertson, Storbritannias forsvarsminister, mente at bruk av militærmakt i Kosovo var akseptabelt og riktig for å avverge en humanitær katastrofe. Javier Solana, NATOs generalsekretær, argumenterte som Robertson. Innad i NATO var det prinsipiell enighet om bombeaksjonen, men valg av bombemål og spørsmål om bakkestyrker skapte åpen splittelse i alliansen. Regjeringene i Tyskland, Italia og Tsjekkia var uenige innad, og et stort flertall av befolkningen i Tsjekkia, Hellas, Spania og Portugal var mot NATOs intervensjon. NATO ble kritisert for å fremprovosere krigen ved å stille for strenge krav til Serbia i Rambouillet. NATO ble beskyldt for å bryte krigens regler (jus in bello) ved å bombe sivil infrastruktur (som vannforsyning) og ved å bruke klasebomber og utarmet uran. NATO ble også kritisert for å unngå egne tap slik at flyangrepene skal ha blitt mindre treffsikre og slik at NATO unnlot å bruke egne soldater på bakken.
Hellas' statsminister, Costas Simitis, stilte spørsmål ved begrunnelsen for aksjonen: «The air raids have not led to the end of ethnic cleansing, but rather have intensified it. Milosevic has not lost his appeal with the Yugoslav people. On the contrary, he has strengthened his position.»
NATOs toppmøte i forbindelse med alliansens 50-årsjubileum ble avholdt i Washington D.C. en måned etter at bombingen begynte. På toppmøtet uttalte lederne at de var fast bestemt på å trappe opp bombingen til kravene var innfridd samtidig som betingelsene ble myket opp for å oppmuntre Russland til å megle en diplomatisk løsning. Italias statsminister antydet blant annet at bombingen kunne avsluttes uten alle serbiske styrker var trukket ut av Kosovo. Uttalelsen fra toppmøtet balanserte USAs og Storbritannias ønske om militær opptrapping mot de europeiske medlemmenes ønske om en diplomatisk løsning forhandlet i regi av Russland. NATO ønsket også et FN-mandat for en fredsbevarende styrke i det øyeblikk bombingen ble avsluttet. USA åpnet for å sende inn en bakkestyrke uten mandat, mens andre NATO-land la vekt på russisk deltakelse i en fredsbevarende styrke. President Clinton understreket at flyktningene måtte få vende tilbake og Kosovo måtte få selvstyre. Storbritannia og Frankrike var åpne for å invadere Kosovo med bakkestyrker blant annet for å eskortere flyktninger, mens Tysklands regjering (av innenrikspolitiske grunner) ikke ville diskutere bakkestyrker.

Tyskland

Fire tyske Tornado-fly tok 24. mars 1999 av fra Piacenza-basen for å angripe Serbia, med dette var for første gang siden andre verdenskrig tyske styrker med i angrep på en suveren stat. I Tyskland var den generelle oppfatningen at tysk deltakelse i krigshandlinger måtte ha mandat fra FN eller OSSE. For Tyskland var Kosovo-krigen et grunnleggende spørsmål om landet skulle forlate den rolle landet hadde hatt siden andre verdenskrig. Etter andre verdenskrig hadde Tyskland en defensive og multilateral sikkerhetspolitikk, og landets grunnlov begrenset Bundeswehr til å forsvare territorier innenfor NATOs paragraf 5. Denne politikken ble reflektert i pasifistiske holdninger i store deler av befolkningen. Helmut Kohl og hans regjering drev en forsiktig oppbygging av folkelig støtte for militære operasjoner «out-of-area». Før Kosovo hadde tyske styrker deltatt i fredsbevarende operasjoner i Kambodsja og Somalia, og i IFOR/SFOR. Både sosialdemokratene og de grønne hadde tidlig på 1990-tallet pasifistiske holdninger. Endringen kom særlig med Bosnia-krigen der Joschka Fischer erklærte i 1995 at bruk av militærmakt kunne brukes for å stanse folkemord. I 1991 avsto den tyske regjeringen, med bred støtte i befolkningen, fra å delta i angrepet på Irak.
Den tyske regjeringen skal ha brukt 15 minutter fra telefonsamtale med Clinton til den bestemte seg for å delta i Kosovo. Ved den etterfølgende debatten i Bundestag uttrykte bare PDS motstand. For tyske politikere var lojalitet til NATO et viktig motiv. En annen viktig grunn var moralsk og politisk ansvar for den humanitære situasjonen i Kosovo. Frykten for tilstrømming av asylsøkere var også et motiv, men mindre åpent diskutert. Alfred Dreggar og Helmut Schmidt var kritiske til at Tyskland deltok i krig uten FN-mandat. Karl-Heinz Kamp i Konrad-Adenauer-Stiftung mente angrepet strengt tatt var ulovlig og at situasjonen i Kosovo var et internt anliggende, men argumenterte for at FN-charteret ikke måtte tolkes for bokstavelig og snevert. Kamp argumentert for at FNs konvensjon om folkemord av 1951 ga juridisk grunnlag for aksjonen mot Jugoslavia. Rudolf Scharping argumenterte med at det dreide seg om en nødssituasjon. De grønne støttet motvillig regjeringens linje i utgangspunktet, men motstanden vokste etter hvert som luftangrepene fortsatte våren 1999. Bruk av tyske bakkestyrker i kamphandlinger var kontroversielt også i CSU/CDU og i Gerhard Schröders SPD. Koalisjonen mellom De grønne og SPD hadde erklært at «tysk utenrikspolitikk var fredspolitikk». Bruk av bakkestyrker kunne ha skapt en politisk krise for Schröders regjering.

USA

President Clinton gikk til krig uten vedtak i Kongressen og begrunnet i stedet deltakelse i Kosovo med USAs forpliktelser overfor NATO. USAs grunnlov deler myndighet til å gå til krig mellom presidenten og kongressen, mens kongressen har brukt sin rett til å erklære krig bare fem ganger i landets historie. Senatet vedtok 23. mars en fullmakt til presidenten til å bruke fly- og rakettangrep mot Jugoslavia (Serbia-Montenegro) i samarbeid med allierte i NATO. Clinton erklærte at målet med aksjonen var å vise at NATO mente alvor («to demonstrate NATO's seriousness of purpose»), å avverge en enda blodigere offensiv mot uskyldige sivile («to deter an even bloodier offensive against innocent civilians in Kosovo») og å ødelegge Serbias evne til å skade befolkningen i Kosovo («to seriously damage the Serbian military's capacity to harm the people of Kosovo»).
Representantenes hus vedtok 24. mars resolusjon 424 som uttrykte støtte til amerikanske styrker, men uten å vedta støtte til selve krigføringen. Representantens hus avviste 28. april med 427 mot 2 stemmer et forslag om å erklære krig mot Jugoslavia og med 213 mot 213 ble heller ikke Senatets vedtak (av 23. mars) om å gi fullmakt til bruk av militærmakt støttet. Siden 1973 har presidentens fullmakt til å føre krig vært begrenset til 60 dager uten eget vedtak i Kongressen (Kosovo-aksjonen varte i 69 dager). Ifølge Yoo er det uklart om Clintons deltakelse i Kosovo-aksjonen var i tråd med USAs forfatning, selv om den var i tråd med lang praksis. Clinton ga aldri noen fullgod begrunnelse for Kosovo-aksjonen i henhold til folkeretten eller amerikansk lov, skriver Yoo. Det er uklart om vedtak i FNs aller NATOs organer endrer maktfordelingen mellom kongressen og presidenten.

Folkerettslige spørsmål

NATO angrep Jugoslavia uten vedtak i FNs sikkerhetsråd. NATOs angrep ble på den bakgrunn kritisert for påstått brudd på folkeretten fra NATOs side. Kritikerne mente blant annet at krigføring uten godkjenning fra FNs sikkerhetsråd var ulovlig. Andre, blant annet Norges utenriksminister Knut Vollebæk, hevdet at krigen ikke var i strid med folkeretten og FN-pakten. Angrepet på en suveren stat ble begrunnet menneskerettslig som en humanitær intervensjon. Utenrikskomiteen i det britiske underhuset konkluderte med at NATOs aksjon var i strid med FN-pakten, og støttet samtidig Robin Cooks ønske om å innlemme intervensjoner på humanitært grunnlag i FN-pakten.
Måten NATOs angrep ble utført på har også vært gjenstand for debatt med hensyn til «ius in bello». Et spørsmål er om bombing av infrastruktur (som elektrisitetsverk) i tilstrekkelig grad skjermet ikke-stridende slik Geneve-konvensjonen krever. Luftkrig alene kommer lettere i konflikt med prinsippet om å skjerme sivile og om proporsjonalitet. Noam Chomsky er blant de kjente kritikerne av NATOs intervensjon på humanitært grunnlag.
På bakgrunn av NATOs har spørsmålet om hva som er legal og legitim bruk av militærmakt overfor suverene stater blitt debattert. Haines identifiserer flere ståsteder. Et ortodoks syn er et at bruk av militærmakt er ulovlig så sant det ikke er entydig i samsvar med FN-pakten kapittel VII i form av selvforsvar (§ 51) eller i form av mandat fra Sikkerhetsrådet (§ 42). Etter dette synet var NATOs aksjon ulovlig. Et diametralt motsatt syn legger til grunn at det ifølge sedvane kan brukes militærmakt for å avverge en humanitær krise. En mellomposisjon legger til grunn at folkeretten på området er eller var i endring og at NATOs angrep var et legitimt og nødvendig steg for å skape endring i folkeretten: Angrepet skjedde av en gruppe av viktige land, sikkerhetsrådet avslo å fordømme angrepet og sikkerhetsrådet godtok gjennom resolusjon 1244 underforstått NATOs intervensjon. Et fjerde syn innebærer at NATOs angrep ikke var lovlig men like fullt legitimt som en humanitær nødvendighet.

Internasjonale reaksjoner

Viktor Tsjernomyrdin mente at NATOs aksjon var i strid med folkeretten, Helsinki-avtalen og den verdensorden som ble skapt etter andre verdenskrig. Kina hadde tilsvarende innvendinger. Rio-gruppen av latinamerikanske land, den alliansefrie bevegelse og G77 fordømte NATO for undergraving av FNs autoritet.
Detaljene i Rambouillet-avtalen ble ikke omtalt av media, spesielt det omstridte appendix B. Svensk og greske presse omtalte initiativet fra det serbiske parlamentet 23. mars. Den greske avisen Ta Nea var en av de få som fremstilte de serbiske fredssonderingene detaljert. Nohrstedt m.fl. viser at fremstillingen i Ta Nea var svært ulik fremstillingen i for eksempel Daily Telegraph. Den greske avisen var kritisk til Clintons begrunnelse for angrepet og pekte på feil i Clintons tale, mens den britiske avisen fremhevet Tony Blairs moralske begrunnelse for angrepet. De norske og svenske avisene analysert vektla også det humanitære aspektet ved aksjonen samtidig som Milosevic ble «demonisert». Den greske avisen problematiserte det humanitære motivet for aksjonen. Den greske og den svenske avisen formidlet i større grad bekymring for konsekvensen av bombing for de sivile og begge tok opp det juridiske grunnlaget for angrepet. Den britiske avisen kritiserte bombingen for ikke å være effektiv nok. Carl Bildt uttrykte skepsis til bombingen som han trodde ville føre til full krig i Kosovo.

Konsekvenser

I august 1998 ble det meldte om massakrer og massegraver med 600 drepte ved byen Orahovac. I juni 2000 hadde Røde Kors mottatt melding om 4400 savnede kosovoalbanere, av disse var 1400 ført bort og fengslet på den andre siden av grensen. NTB oppga i juni 2000 at Røde Kors hadde en liste på 3368 savnede personer i provinsen. Drøyt 2000 av disse skal ifølge Internasjonale Røde Kors ha blitt bortført av serbere, før og under NATOs luftkrig. Om lag 500 av de savnede var serbere og sigøynere, og den kosovoalbanske UÇK-geriljaen skal ha stått bak minst 370 av bortføringene. Røde Kors avviste høye tall som 10.000 og 100.000 drepte som verserte mens krigen pågikk. Daniel Pearl kritiserte vestlige ledere for å overdrive tallet på døde og mente at påstander om pågående folkemord i Kosovo var ubegrunnet.
I ettertid har det vært debatt om NATOs mål med aksjonen ble nådd og hva målene egentlig var.
På slutten av 1990-tallet var Milošević stilling innenriks svekket og konflikten om Kosovo var det endelige oppgjøret mellom Milošević og vestlige regjeringer. Fra NATOs side ble aksjonen tolket som en demonstrasjon av NATOs fleksible og overlegne militære kapasitet. Forsvarskomiteen i Underhuset konkluderte med at Milošević tilbaketrekning ikke nødvendigvis betyr at aksjonen var en suksess. Aksjonen reiste et folkerettslig spørsmål om brudd på menneskeretter overfor en minoritet gir minoriteten rett til uavhengighet: Dette har ikke støtte i folkeretten og det ville blant annet for Kina og Russland være uakseptabelt om Kosovo-krigen skulle skap ny rett ved presedens. Milošević og hans regime var den store taperen i konflikten, og innen to år var han fjernet fra makten og stilt for retten i Haag. Ramush Haradinaj, en av UCKs ledere, ble tiltalt for krigsforbrytelser i 2005. Haradinaj var da statsminister og han trakk seg og reiste frivillig til Haag. Han ble i 2008 frikjent på grunn av manglende bevis. Han ble tiltalt på nytt og frikjent i 2012. I 2017 ble Haradinaj arrestert av franske myndigheter på bakgrunn av arrestordre utstedt av Serbia; Frankrike avslo å utlevere ham.
Kosovo-krigen kom på slutten av Clintons periode, mens det var en avgjørende hendelse tidlig i Tony Blairs regjeringstid. Kosovo-krisen og NATOs hadde trolig stor betydning for Blairs perspektiv på internasjonal konfliktløsning. Kosovo-aksjonen var en avgjørende utenrikspolitisk hendelse for det forente Tyskland som for første gang brukt militærmakt etter andre verdenskrig, og som åpnet for utplassering av tyske soldater i Afghanistan et par år etter. Tyske politikere mente at landet hadde et historiske ansvar for å forsvare menneskerettene og avverge folkemord.
Steven Haines mener general Wesley Clark tar feil når Clark konkluderte med at NATOs luftkrig var en stor suksess. Haines mener at NATOs luftbaserte aksjon varte mye lenger enn ventet og var ikke i stand til å hindre etnisk rensing, kosovoalbaneren kunne vende hjem til forskjell fra kosovoserbere.(..«what it actually seemed to demonstrate was the profound inadequacy of air power in delivering a humani tarian result. The campaign lasted much longer than expected and failed to prevent ethnic cleansing, which occurred both during and after the air campaign.»)

Sivile tap

Inntil 528 sivile serbere ble drept som følge av NATOs bombing. Andre kilder oppgir 600 til 1500 sivile ble drept av NATOs bomber. Krigsforbrytertribunalet kom til at 2788 kosovoalbanere ble drept. Webber oppgir at krigsforbrytertribunalet kom til 4400 sivile drept i perioden mars-juni 1999. Human Rights Watch anslo at 500 sivile ble drept i NATOs bombeangrep. NATO oppga 5000 militære tap på serbisk side, mens serbiske rapporter oppga 576 eller omkring 600 drepte (innenriksstyrker og ordinære forsvarsstyrker). Danske Politiken skrev i august 2000 at NATO «overdrev vilt» da det ble hevdet at 100.000 var drept i Kosovo. Forsvarsminister William Cohen hevdet 100.000 kosovoalbanere var forsvunnet og trolig drept. Kosovoalbanske talsmann sa senere at 11.000 var savnet. Tallene var nærmere 3000-4000 ifølge Politiken. I løpet av 1999 fant rettsmedisinere 195 graver med 2108 døde, første halvår 2000 ble 150 graver med 680 døde avdekket. Levningene etter 19 etniske serbere bortført fra Velika Hoća i 1998 er funnet, mens 55 serbere og ni romer oppgis som fortsatt savnet.

Militære tap

I den første fasen av serbisk tilbaketrekning fra Kosovo registrerte NATO at 250 stridsvogner kjørte ut av provinsen sammen med 40.000 soldater. De påfølgende tre dagene forlot ytterligere flere tusen soldater Kosovo. General Pavkovic hevdet at den jugoslaviske hæren mistet syv tanks, tre lastebiler og 13 antitankartilleri. Et stort antall militære forlegninger var helt ødelagt av kryssermissiler. Robert Fisk mente de serbiske tapene var så små at styrkene var fullt kampdyktige etter to måneder NATO-bombing.

Flyktninger og fordrevne

Før NATOs angrep hadde omkring 230.000 flyktet fra sine boliger. På slutten av NATOs bombing var 1,4 millioner sivile på flukt. Omkring 863.000 sivile flyktet fra Kosovo og 590.000 var internt fordrevne. Det er uklart om det store antallet flyktninger var del av en serbisk plan om etnisk rensing, et biprodukt av angrep på UÇK eller et svar på NATOs luftangrep. Ifølge Mandelbaum er det lite som tyder på at det var en planlagt i lang tid fordi Milosevic hadde kontrollert provinsen i ti år uten å forsøke noe som lignet det som skjedde i 1999. Høsten 1998 kom dessuten mange av de internt fordrevne tilbake under våpenhvilen fra oktober 1998. General Wesley Clark, som ledet NATOs aksjon, uttalte offentlig at det var helt forutsigbart («entirely predictable») at overgrepene i Kosovo ville bli trappet opp som følge av NATOs intervensjon. Serbiske styrker trappet opp fordrivelsen av sivile, særlig over grensen til nabolandene, som svar på bombingen. Etterretningskomiteen i USAs kongress skal i februar 1999 ha blitt advart av CIA om at bombing trolig ville føre til etnisk rensing i Kosovo. NATO gikk ifølge Herring til angrep tross advarsler om at krig kunne føre til forverring av menneskerettsbruddene i Kosovo. Carl Bildt og Massimo D'Alema advarte Clinton i mars om at man måtte regne med at en halv million flyktninger ville strømme ut av Kosovo dersom Milosevic ikke ga seg umiddelbart.
Ifølge den internasjonale undersøkelseskommisjonen for Kosovo var årsaken til flyktningstrømmen at «jugoslaviske styrker var engasjert i en godt planlagt kampanje av terror og fordrivelse av kosovoalbanere. Denne kampanjen blir vanligvis beskrevet som etnisk rensning, og hadde til formål å fordrive mange, om ikke alle, kosovoalbanere fra Kosovo, ødelegge grunnlaget for samfunnet, og forhindre dem fra å returnere».

«Operasjon hestesko»

Rudolf Scharping, Tysklands forsvarsminister, hevdet at Serbia hadde plan, omtalt som «Operasjon hestesko», der den kosovoalbanske befolkningen skulle omringes på tre kanter og drives over grensen til Albania. Det er uklart hva som er grunnlaget for Scharpings påstand og Wesley Clark uttalte at han ikke kjent til noen slik serbisk plan. Herring mener at den påståtte planen ble brukt som bevis for at fordrivelsen av kosovoalbanerne ville ha skjedd uansett og at det ikke var en konsekvens av NATOs bombing. Herring mener også den store flyktningstrømmen kan ha blitt brukt taktisk av Milosevic. Ifølge Porter Goss, leder av kongressens etterretningskomite, advarte CIA i februar 1999 om at angrep på Serbia kunne lede til etnisk rensing. Ifølge Espen Barth Eide var ikke fordrivelsen av kosovoalbanere en spontan reaksjon fra frustrerte serbiske offiserer i Kosovo, men koordinert aksjon. Flyktningstrømmen viste seg for fullt 26-27. mars, men skal ha blitt innledet 20. mars rett etter sammenbruddet i Rambouillet og Knut Vollebæks beslutning om å trekke ut OSSE-observatørene. Det er uklart om den påståtte Operasjon Hestesko var en plan som Milošević uansett ville gjennomføre eller om det bare var en reaksjon på NATOs angrep.

Internasjonale relasjoner

Den store tilstrømningen av flyktninger til Albania og Republikken Makedonia truet med å destabilisere de to svake statene. Det var fare for at begge disse statene ble trukket inn i Kosovo-konflikten. Bosnia var også i en ustabil situasjon knapt fire år etter Dayton. NATOs krigføring skadet relasjonen mellom vestlige land på den ene siden og Russland og Kina på den andre siden. Utvidelsen av NATO hadde irritert den politiske eliten i Russland, mens operasjonen mot Serbia utløste raseri i den russiske befolkningen. Den uventede russiske okkupasjonen av flyplassen i Priština med 200 soldater var svært populært i Russland. NATOs aksjon mot Serbia sluttet uten å at Serbia hadde gått med på alle kravene fra Rambouillet, blant annet kravet om at utplasserte NATO-styrker skulle få uhindret tilgang til hele Jugoslavia og Kosovo ble satt under administrasjon av FN der Russland har vetorett. Forholdet til Russland ble langvarig skadet. Kosovo-krigen ga opphav til begrepet i responsibility to protect og en bredere debatt om de juridiske og moralske grunnlaget for å intervenere. Mark Webber konkluderer med at tiden etter Kosovo-krigen ikke har vist en mer vidtrekkende bruk av intervensjon på humanitært grunnlag. Krigen markerte NATO som viktigste sikkerhetspolitiske institusjon i Europa, EU fikk en mer fremtredende rolle som sikkerhetspolitisk aktør og samtidig ble OSSE svekket. Ernst-Otto Czempiel mente at Kosovo-aksjonen ble gjennomført for å styrke NATO som sikkerhetspolitiske aktør i Europa på bekostning av OSSE og EU.

Tiden etter

Etter krigen ble Kosovo administrert i henhold til FN-resolusjon 1244. en etniske spenningen i Kosovo har i en viss grad vedvart etter krigen, men var har dempet seg noe. De utplasserte FN/NATO-soldatenes viktigste oppgave har vært å forsvare serbere og andre minoriteter mot angrep fra det albanske flertallet i de områdene som fortsatt har en etnisk delt befolkning. De serbiske minoritetene har flyttet til områder i Kosovo med serbisk flertall, noen har også bosatt seg i Serbia, eller fått oppholdstillatelse i vestlige land. Av byene i Kosovo er det i dag bare i Mitrovica som har en betydelig serbisk befolkning, albanerne i den nordlige delen av byen har blitt jaget av serberne. Igjen er også store deler av bosnjakbefolkningen og andre minoriteter som tyrkere. I byen Prizren, sør i Kosovo er er det flest samling av bosnjaker og gorani hvor de utgjør 9.6% av befolkningen. Før krigen utgjorde de omtrent 10%. Omkring 300 etniske serbere ble drept fra juni til oktober 1999, også slaviske muslimer har blitt angrepet av kosovoalbanere. Kosovo har langt på vei blitt et etnisk rent område.
Den internasjonale administrasjonen overtok et område uten fungerende økonomi, offentlig administrasjon og rettspleie. Fra 1999 til 2008 mottok Kosovo 1,8 milliarder euro i bistand fra EU. Regnet per innbygger er Kosovo de største mottakeren av bistand fra EU. På det meste var 50 000 soldater utstasjonert i KFOR, sammenlignet med 54 000 i IFOR og 62 000 i ISAF (per 2009). Regnet per innbygger er KFOR den største av disse tre operasjonene. I KFOR var omkring 7000 amerikanske soldater og de tjenestegjorde også under ikke-amerikanske offiserer. Tilstrømmingen av hjelpeorganisasjoner etter krigen førte en kunstig økonomi med oppdrevet etterspørsel og inflasjon på mange varer og tjenester. Ifølge Morten Strøksnes var hjelpearbeidet lite koordinert. FN har i liten grad lykkes i å beskytte den kosovoserbiske minoriteten og mange endte som fattige flyktninger i Serbia.
Bill Clinton, Madeleine Albright og Wesley Clark ble nasjonalhelter i Kosovo etter krigen.