Perang Boshin

Bantuan militer asing

Walaupun Inggris sudah membombardir Kagoshima, Domain Satsuma tetap mendekati pihak Inggris, dan menerima bantuan untuk memodernisasi angkatan darat dan angkatan laut Domain Satsuma. Pedagang senjata asal Skotlandia, Thomas Blake Glover menjual kapal perang dan senjata kepada pihak domain yang berada di Jepun selatan. Penasihat militer Amerika dan Inggris yang umumnya terdiri dari mantan perwira, kemungkinan besar terlibat secara langsung dalam usaha militerisasi tersebut. Duta Besar Inggris Harry Smith Parkes mendukung kekuatan antikeshogunan dalam usahanya untuk mendirikan kekuasaan Maharaja yang sah dan bersatu di Jepun, sekaligus menghentikan pengaruh Perancis di dalam keshogunan. Pada periode yang sama, pemimpin Jepun selatan seperti Saigō Takamori dari Satsuma, atau Itō Hirobumi dan Inoue Kaoru dari Chōshū menjalin hubungan pribadi dengan diplomat Inggris, khususnya Ernest Mason Satow.
Pihak keshogunan juga bersiap menghadapi konflik bersenjata dengan memodernisasi kekuatan militer. Sejalan kebijakan duta besar Parkes, Inggris sebagai mitra militer utama, tidak mau memberi bantuan lebih lanjut kepada keshogunan. Oleh kerana itu, kekuatan militer Tokugawa hanya mengandalkan penasihat militer dari Perancis. Keshogunan merasa puas atas prestise tentara Napoleon III yang telah berjaya di Perang Krimea dan Perang Kemerdekaan Italia II. Keshogunan mengambil langkah-langkah penting menuju pembangunan militer yang modern dan kuat, termasuk angkatan laut yang berintikan delapan kapal perang bertenaga uap yang telah dibangun sejak beberapa tahun, dan menjadikan angkatan laut Jepun terkuat di Asia. Pada 1865, Jepun membangun arsenal angkatan laut yang pertama di Yokosuka. Perancangnya adalah insinyur Perancis bernama Léonce Verny. Misi Militer Perancis untuk Jepun tiba di Jepun, Januari 1867 untuk melakukan reorganisasi tentara keshogunan dan membentuk pasukan elit. Jepun memesan kapal bekas Amerika Serikat, kapal perang berlambung besi buatan Perancis, CSS Stonewall yang pernah dipakai dalam Perang Saudara Amerika. Amerika Serikat mulanya menolak untuk menyerahkan kapal CSS Stonewall kerana pihak Barat sudah menyatakan sikap netralnya. Pihak militer empayar berhasil memperoleh CSS Stonewall setelah sikap netral Barat dicabut. Kapal tersebut dipakai dalam pertempuran di Hakodate dengan nama Kōtetsu.

Kudeta (1866–1868)

Setelah terjadi kudeta di Chōshū dan kekuasaan kembali ke tangan faksi radikal antikeshogunan, keshogunan mengumumkan niat untuk memulai ekspedisi menaklukkan Domain Chōshū yang dianggap membangkang. Ancaman ini berakibat pada dijalinnya aliansi rahasia antara Domain Chōshū dan Domain Satsuma. Pada akhir tahun 1866 terjadi perubahan besar dalam peta politik setelah wafatnya shogun Tokugawa Iemochi yang disusul mangkatnya Maharaja Kōmei. Sebagai pengganti, Tokugawa Yoshinobu diangkat sebagai shogun, dan Maharaja Meiji naik tahta. Perkembangan baru tersebut membuat "gencatan senjata tidak dapat dihindari." Pada 9 November 1867, perintah rahasia dikeluarkan oleh Domain Satsuma dan Chōshū atas nama Maharaja Meiji untuk membunuh shogun Yoshinobu. Atas usulan daimyo Tosa, Yoshinobu sudah lebih dulu mengundurkan diri dan mengembalikan kekuasaan kepada Maharaja, dan setuju dirinya dijadikan "sarana untuk melaksanakan" perintah Maharaja. Peristiwa ini menandai berakhirnya Keshogunan Tokugawa.
Walaupun Yoshinobu sudah mengundurkan diri dan jabatan tingkat atas dalam pemerintahan menjadi kosong, anak buahnya tetap menjalankan tugas seperti biasa. Pemerintah keshogunan, khususnya keluarga Tokugawa, tetap merupakan kekuatan utama dalam sistem politik, dan masih memegang kekuasaan eksekutif.  Keadaan ini tidak dapat ditolerir kalangan garis keras dari Satsuma dan Chōshū. Peristiwa penting terjadi pada 3 Januari 1868 ketika faksi garis keras mengambil alih istana Maharaja di Kyoto. Pada hari berikutnya, Maharaja Meiji yang waktu itu berusia 15 tahun mengumumkan kembalinya kekuasaan di tangan Maharaja. Walaupun mayoritas dewan penasihat setuju dengan proklamasi resmi kekuasaan langsung di tangan istana, mereka cenderung mendukung kerja sama dengan keluarga Tokugawa di bawah konsep pemerintahan bersama. Saigō Takamori mengancam dewan agar menghapus jabatan shogun dan mengeluarkan perintah penyitaan tanah-tanah yang dimiliki Yoshinobu.
Walaupun awalnya setuju dengan permintaan-permintaan tersebut, Yoshinobu menyatakan bahwa "dirinya tidak akan terikat oleh proklamasi tentang Restorasi dan meminta pengadilan untuk membatalkannya." Pada 24 Januari, Yoshinobu menyatakan serangan terbuka atas Kyoto yang dikuasai tentara Satsuma dan Chōshū. Keputusan Yoshinobu dibalas dengan pembakaran bagian luar Istana Edo yang menjadi kediaman keluarga Tokugawa. Ronin asal Satsuma dituduhnya sebagai pelaku di balik peristiwa pembakaran kerana pada hari itu mereka juga menyerang kantor-kantor pemerintah. Keesokan harinya tentara keshogunan membalas dengan menyerang rumah kediaman daimyo Satsuma di Edo. Dalam rumah kediaman tersebut berlindung sejumlah besar musuh keshogunan yang atas perintah Takamori membuat kerusuhan di Edo. Rumah kediaman daimyo Satsuma di Edo dibakar habis. Musuh keshogunan banyak yang terbunuh atau dieksekusi.

Perlawanan Aliansi Utara

Setelah Shogun Yoshinobu menyerah, seluruh wilayah Jepun menerima kekuasaan Maharaja, kecuali beberapa domain di Jepun Utara pendukung Puak Aizu yang tetap membangkang. Pada bulan Mei, beberapa daimyo utara membentuk Aliansi Utara (Ouetsu Reppan Domei) yang berintikan kekuatan militer Domain Sendai, Domain Yonezawa, Domain Aizu, Domain Shonai, dan Domain Nagaoka. Aliansi Utara berkekuatan total sekitar 50.000 prajurit. Pangeran Kitashirakawa Yoshihisa ikut melarikan diri ke utara bersama pendukung Keshogunan Tokugawa. Pangeran Yoshihisa ditunjuk sebagai Kepala Aliansi Utara dengan maksud mengangkatnya di kemudian hari sebagai "Maharaja Tobu".
Armada Enomoto bergabung di Pelabuhan Sendai pada 26 Agustus. Walaupun pasukan Aliansi Utara cukup banyak, mereka kurang peralatan dan masih bergantung pada teknik berperang tradisional. Sedikitnya peralatan modern memaksa mereka membuat meriam kayu yang diperkuat lilitan tali dengan batu sebagai proyektil. Meriam kayu hanya bisa menembak empat hingga lima kali sebelum pecah berantakan. Daimyo dari Nagaoka beruntung bisa memperoleh dua dari tiga senapan Gatling yang ada di Jepun, dan 2.000 pucuk senapan Perancis dari pedagang senjata Jerman bernama Henry Schnell.
Pada bulan Mei 1868, pasukan daimyo Nagaoka menyebabkan kerugian besar bagi pasukan empayar dalam Pertempuran Hokuetsu, namun istana Nagaoka akhirnya jatuh pada 19 Mei 1868. Pasukan empayar terus maju ke utara, mengalahkan Shinsengumi di Pertempuran Puncak Bonari. Kekalahan Shinsengumi dan membuka jalan bagi pasukan empayar untuk menyerang kastil Aizu-Wakamatsu dalam Pertempuran Aizu pada bulan Oktober 1868, dan Sendai tidak dapat dipertahankan lagi.
Aliansi Utara tercerai-berai, dan armada Aliansi Utara melarikan diri ke Hokkaido pada 12 Oktober 1868. Dua kapal perang (Oe dan Hōō yang dipinjam Sendai dari keshogunan) ikut dibawa ke Hokkaido beserta tambahan 1.000 pasukan yang terdiri dari sisa-sisa tentara keshogunan di bawah pimpinan Otori Keisuke, pasukan Shinsengumi yang dipimpin Hijikata Toshizo, korps gerilya (yugekitai) pimpinan Hitomi Katsutarō, dan sejumlah penasihat militer Perancis (Fortant, Garde, Marlin, dan Bouffier) 
Pada 26 Oktober 1868, Edo berganti nama menjadi Tokyo, dan zaman Meiji secara resmi dimulai. Aizu sudah dalam keadaan terkepung sejak bulan Oktober, dan menyebabkan bunuh diri massal samurai muda usia yang bergabung dalam Byakkotai. Setelah pertempuran berkepanjangan selama sebulan, Aizu jatuh pada 6 November 1868.

Dramatisasi

Restorasi Meiji sering disebut-sebut sebagai "revolusi tidak berdarah" yang mengawali modernisasi Jepun. Walaupun demikian, sekitar 120.000 prajurit terlibat dalam Perang Boshin, dan 3.500 prajurit tewas. Perang ini dikemudian hari cenderung didramatisasi, pihak keshogunan berperang dengan senjata tradisional melawan pihak empayar yang bersenjata modern. Walaupun senjata tradisional dan senjata modern digunakan secara bersama-sama, kedua belah pihak sebenarnya menggunakan teknik berperang dan senjata termodern pada zamannya, termasuk kapal perang berlambung besi, senapan Gatling, dan teknik berperang yang diajarkan penasihat militer dari Barat.
Di antara dramatisasi Perang Boshin terdapat novel 4 jilid karya Jirō Asada, Mibu Gishi-den. Sutradara Yojiro Takita mengangkat karya Asada menjadi sebuah film berjudul When the Last Sword Is Drawn. Novel yang sama diangkat menjadi jidaigeki yang dibintangi Ken Watanabe. Pada tahun 2001 kembali dibuat jidaigeki mengenai pemberontakan di Hokkaido dengan judul Goryokaku. Sebagian dari serial anime Bakumatsu Kikansetsu Irohanihoheto mendramatisasi Perang Boshin, sementara cerita Rurouni Kenshin terjadi 10 tahun sesudah Perang Boshin. Film Hollywood The Last Samurai yang diproduksi tahun 2003 menggambarkan Perang Boshin dan Pemberontakan Satsuma.