Sejarah Johor

Sejarah Johor sudah pun bermula pada tahun 801 M sebagai  petempatan perdagangan yang penting. Semasa abad ke-14, kawasan itu menjadi wilayah tanggungan Empayar Majapahit sehingga pemerintahan Kesultanan Melaka (1400-1511) yang mana negeri Johor menjadi salah satu tanah jajahan pemerintahannya. Pada tahun 1511, Melaka dikuasai oleh pihak Portugis dan Sultan Mahmud Shah , Sultan Melaka ketika itu, melarikan diri ke Pahang dan kemudiannya ke Bintan di Johor. Kesultanan Johor ditubuhkan oleh Sultan Alauddin Riayat Shah II, anakanda Sultan Mahmud Shah, Melaka pada tahun 1528 dimana wilayah jajahan yang diperintah oleh kerajaan  ialah Johor, Riau, wilayah yang terbentang dari Sungai Klang hingga ke Linggi dan Tanjung Tuan, Muar, Batu Pahat, Singapura, Pulau Tinggi dan pulau-pulau lain di pantai timur Semenanjung Tanah Melayu serta Kabupaten Karimun, Bintan, Bulang, Lingga, Bungaran, Kota Baru, Kampar dan Siak di Sumatera.
Pada tahun 1946, Johor telah menjadi sebahagian daripada Malayan Union dan Dua tahun kemudian, Johor menyertai Persekutuan Tanah Melayu dan seterusnya persekutuan Malaysia pada tahun 1963.

Kejatuhan Kesultanan Melayu Melaka

Di Bentan, Sultan Mahmud Shah mengumpulkan semula semua askarnya dan menyerang Melaka beberapa kali dan membuat sekatan perdagangan. Portugis merana kerana banyak serangan dilakukan oleh Sultan Mahmud Shah. Beberapa percubaan untuk menewaskan askar-askar Sultan Mahmud Shah dilakukan. Akhirnya, pada tahun 1526, seangkatan kapal yang besar di bawah Pedro Mascarenhaas dihantar oleh Portugal untuk memusnahkan bandar Bentan. Sultan Mahmud Shah terpaksa melarikan diri melintasi Selat Melaka ke Kampar, Sumatera di mana baginda mangkat disana. Baginda meninggalkan beberapa orang putera dan puteri antaranya Raja Mudzaffar dan Raja Ali.
Raja Mudzaffar seterusnya menjadi Sultan Perak manakala Raja Ali menjadi sultan Johor yang pertama. Kesultanan Johor juga dikenali sebagai "Kesultanan Johor-Riau-Lingga".

Perang Tiga Segi

Sultan Alauddin Riayat Shah II menubuhkan sebuah kota di Johor Lama yang terletak di tebing Sungai Johor dan dari situ terus melancarkan serangan ke atas kedudukan Portugis di Melaka. Baginda sentiasa bekerjasama dengan saudaranya di Perak dan juga dengan Sultan Pahang untuk menawan semula Melaka (pada ketika itu kota A Famosa telah dibina).
Di sebelah utara Sumatera pula pada masa yang sama, Aceh mula mengembangkan pengaruhnya untuk menguasai Selat Melaka. Selepas kejatuhan Melaka kepada Portugis yang beragama Kristian, pedagang-pedagang Muslim mula menjauhkan diri daripada Melaka dan singgah di Aceh. Melihat keadaan itu Portugis merasa tercabar kerana hasil perdagangannya semakin kurang.
Portugis dan Johor sentiasa berperang menyebabkan Aceh melancarkan serangan ke atas kedua-dua belah pihak. Kebangkitan Aceh di Selat Melaka mengakibatkan Johor dan Portugis berdamai dan bekerjasama melemahkan Aceh. Tetapi selepas Aceh menjadi lemah, Johor dan Portugis kembali berperang.

Perang Johor-Jambi

Semasa Perang Tiga Segi, Jambi yang berada di bawah kekuasaan Johor menjadi tumpuan ekonomi dan politik. Pada tahun 1666, Jambi cuba membebaskan diri daripada kekuasaan Johor dan di antara tahun 1666 hingga tahun 1673 terjadilah peperangan di antara Johor dan Jambi. Ibu kota Johor iaitu Batu Sawar dimusnahkan oleh angkatan Jambi. Hal ini menyebabkan ibu kota Johor sentiasa berpindah-randah.
Sepanjang perang itu, Jambi yang sentiasa mendapat keuntungan. Tetapi pada tahun 1679, Laksamana Tun Abdul Jamil mengupah askar upahan Bugis untuk bersama-sama dengan tentera Johor menentang Jambi. Tidak lama kemudian Jambi pun tewas.
Krisis antara Johor dan Jambi bermula apabila kedua-dua pihak berselisih faham mengenai perebutan kawasan yang bernama Tungkal. Pada masa ini Johor diperintah oleh Sultan Abdul Jalil Shah III dan peranan pentadbiran lebih banyak dimainkan oleh Raja Muda. Dalam usaha untuk mendapatkan semula Tungkal dari tangan orang Jambi, orang Johor telah menghasut penduduk Tungkal untuk memberontak. Hal ini menimbulkan kemarahan Pemerintah Jambi. Namun kekuatan ketenteraan Johor yang disegani pemerintah Jambi pada waktu itu menyebabkan Jambi memilih untuk berdamai. Ketegangan antara Johor dan Jambi telah dapat diredakan menerusi perkahwinan antara Raja Muda Johor dengan Puteri Sultan Jambi pada tahun 1659.   
Namun persengketaan antara Johor dan Jambi kembali meletus berpunca daripada tindakan kedua-dua pihak yang saling menghina kedaulatan kerajaan masing-masing. Johor telah memulakan episod perperangan dengan Jambi apabila menghantar 7 buah kapal untuk menyerang perkampungan nelayan Jambi pada bulan Mei 1667.  Kegiatan perdagangan semakin merosot akibat perperangan yang berlaku kerana tiada jaminan keselamatan kepada pedagang untuk menjalankan urusniaga di kawasan bergolak ini. Hal ini menyebabkan kerugian ekonomi kepada Johor. Kemuncak peristiwa perperangan ini berlaku apabila  Pangeran Dipati Anum  mengetuai  sebuah angkatan perang untuk  menyerang dan memusnahkan Johor secara mengejut pada 4 April 1673.  Serangan ini telah melumpuhkan sistem pentadbiran kerajaan Johor. Dalam usaha menyelamatkan diri, Raja Muda bersama seluruh penduduk Johor telah lari bersembunyi di dalam hutan. Bendahara Johor telah ditawan dan dibawa pulang ke Jambi. 
Sultan Abdul Jalil Shah III pula  melarikan diri  ke Pahang. Baginda akhirnya meninggal dunia di sana pada 22 November 1677.  Perperangan yang menyebabkan kekalahan kerajaan  Johor ini telah mengakibatkan  kerugian yang besar kepada Johor kerana Jambi telah bertindak merampas semua barang berharga milik kerajaan Johor termasuk 4 tan emas, sebilangan besar senjata api yang merupakan simbol kemegahan dan kekuatan Johor. Kehilangan senjata api dan tentera yang ramai menyebabkan kerajaan Johor tidak berupaya berbuat apa-apa secara tidak langsung menyebabkan kerajaan  Johor runtuh.

Pengaruh Bugis dan Minangkabau

Sultan Mahmud Shah II mangkat pada tahun 1699 tanpa meninggalkan sebarang waris. Melihatkan keadaan itu, Bendahara Abdul Jalil melantik dirinya sebagai sultan baru dengan digelar Sultan Abdul Jalil Riayat Shah IV. Tetapi timbul perasaan tidak puas hati di kalangan pembesar-pembesar lain di atas perlantikan itu.
Orang Bugis yang memainkan peranan penting sewaktu Perang Johor-Jambi mempunyai pengaruh yang kuat di Johor. Selain daripada orang Bugis, orang Minangkabau juga mempunyai pengaruh yang kuat. Orang Bugis dan Minangkabau percaya dengan kematian Sultan Mahmud II, mereka dapat mengembangkan pengaruh mereka di Johor. Dalam kalangan orang Minangkabau terdapat seorang putera dari Siak iaitu Raja Kecil yang mengaku dirinya sebagai waris tunggal Sultan Mahmud II. Raja Kecil menjanjikan kepada orang Bugis bahawa sekiranya mereka menolongnya menaiki takhta dia akan melantik ketua orang-orang Bugis sebagai Yang Dipertuan Muda Johor. Pada masa itu orang-orang Bugis telah memberikan alasan untuk pergi ke Selangor bagi mengumpul orang-orangnya sebelum melancarkan serangan. Walau bagaimanapun, pada tahun 1717, Raja Kecil dan askar dari Siak (Minangkabau) telah menyerang Johor terlebih dahulu setelah terlalu lama menunggu kedatangan orang-orang Bugis. Pada 21 Mac 1718, Raja Kechil telah menawan Panchor. Raja Kechil melantik dirinya sebagai Yang di-Pertuan Besar Johor dan bergelar Sultan Abdul Jalil Rahmat Shah. Setelah Raja Kecil berjaya menduduki tahta Johor orang-orang Bugis telah datang menuntut janji untuk dilantik sebagai Yang Pertuan Muda. Permintaan ini telah tidak diperkenankan oleh Raja Kecil kerana orang-orang Bugis tadi telah tidak memberikan bantuan sebagaimana yang diminta oleh Raja Kecil.
Tidak puas hati dengan perlantikan Raja Kecil, bekas Bendahara Abdul Jalil meminta Daeng Parani ketua orang Bugis untuk menolongnya mendapatkan semula takhta. Permintaan ini telah dipersetujui oleh orang-orang Bugis kerana mereka juga kecewa kerana tidak dapat menuntut jawatan Yam Tuan Muda. Pada tahun 1722, Raja Kecil terpaksa meletakkan takhta kerana pengaruh Bugis. Anak Bendahara Abdul Jalil kemudiannya dilantik menjadi sultan dengan gelaran Sultan Sulaiman Badrul Alam Shah. Tetapi Sultan Sulaiman hanyalah seorang sultan tetapi tidak mempunyai kuasa kerana Daeng Merewah, daripada orang Bugis yang memegang kuasa sebagai Yang Dipertuan Muda.

Pentadbiran Empayar Johor

Kesultanan Johor meneruskan sistem pentadbiran terdahulu seperti yang diamalkan di Melaka. Kuasa pemerintah tertinggi ialah Yang di-Pertuan yang dikenali juga sebagai Sultan. Sultan dibantu oleh Majlis Orang Kaya yang berperanan menasihati Sultan. Ahli majlis ini ialah Bendahara, Temenggong, Laksamana, Shahbandar dan Seri Bija Diraja. Pada kurun ke 18, Bendahara tinggal di Pahang dan Temenggong Johor di Teluk Belanga, Singapura. Setiap mereka berperanan mentadbir kawasan mereka itu dengan kuasa yang diberikan oleh Sultan Johor. Oleh itu, kuasa pusat Empayar Johor dipecahkan.Ia menjadikan Empayar Johor terdiri dari 4 vasal/wilayah pegangan atau wilayah yang dipertanggungjawabkan kepada pembesar tertentu. Wilayah Muar dibawah Raja Temenggung Muar, Pahang dibawah kekuasaan Bendahara Johor, Riau dibawah Yang Dipertuan Muda dan tanah besar Johor dan Singapura dibawah kekuasaan Temenggung Johor.Sultan hanya berkuasa di Lingga  dan pulau-pulau sekitarnya sahaja.Seluruh empayar Johor diketuai oleh Sultan yang bersemayam di Pulau Lingga. Semua Orang Kaya kecuali Raja Temenggong Muar melapor terus kepada Sultan, Raja Temenggong Muar adalah berdaulat dan diakui oleh Sultan kerana Muar adalah jajahan yang dikurniakan oleh sultan kepada pembesar yang bergelar Dato' Pasir Raja.Muar kemudiannya diambil oleh Sultan Abu Bakar dari wangsa Temenggung dengan syarat dibayar pencen setiap bulan kepada pewaris Raja Temenggong Muar untuk selama-lamanya.

Pengaruh Empayar Johor

Sebagai Kesultanan menggantikan Kesultanan Melayu Melaka, maka pengaruh wilayahnya meliputi semenanjung selatan Malaysia, bahagian selatan-timur Sumatera dan Kepulauan Riau dan kawasan sekitarnya. Empayar ini termasuk negeri Pahang, Muar, Johor darat, Kepulauan Riau dan Pulau Lingga. Pentadbiran pusat kekuasaan telah beberapa kali berpindah di Sayong Pinang, Kota Kara, Seluyut, Johor Lama, Batu Sawar dan Kota Tinggi, semua di Johor darat dan kemudian ke Riau dan Pulau Lingga. Kemudian beralih dengan kelahiran Kesultanan Johor moden di Tanjung Puteri, yang sekarang dikenali sebagai Johor Bahru.

Belanda dan Melaka

Pada abad ke-17, Belanda tiba di Asia Tenggara. Belanda bukanlah sekutu atau kawan Portugis dan ini menyebabkan Belanda bersekutu dengan Johor untuk memerangi Portugis di Melaka. Akhirnya pada tahun 1641, Belanda dan Johor berjaya menewaskan Portugis. Melaka kemudiannya menjadi milik Belanda sehinggalah Perjanjian Inggeris-Belanda 1824 ditandatangani.

Singapura dan British

Pada tahun 1818, Sir Stamford Raffles dilantik sebagai Gabenor Bangkahulu di Sumatera Barat. Namun, ia yakin bahawa Inggeris diperlukan untuk mendirikan pangkalan baru di Asia Tenggara untuk bersaing dengan Belanda. Meskipun banyak di British East India Company menentang idea seperti itu, Raffles berjaya meyakinkan Lord Hastings ketua Syarikat, kemudian Gabenor Jeneral India, untuk menyokongnya. Dengan persetujuan gabenor jeneral, dia dan ekspedisinya berangkat untuk mencari petempatan baru. 
Ekspedisi Raffles tiba di Singapura pada 29 Januari 1819. Dia terjumpa sebuah penempatan kecil Melayu di kuala Sungai Singapura yang dipimpin oleh seorang gabenor (Temenggung) Johor. Walaupun pulau itu ukuran dasar diperintah oleh kesultanan, situasi politik di sana sangat keruh. Sultan saat ini, Sultan Abdul Rahman, berada di bawah pengaruh Belanda dan Bugis. Oleh kerana itu, dia tidak akan bersetuju untuk menubuhkan pangkalan British di Singapura. Namun, Tengku Abdul Rahman adalah penguasa hanya kerana abangnya, Tengku Hussain atau Tengku Long, berada di Pahang berkahwin ketika bapa mereka meninggal dunia pada tahun 1812. Dia dilantik oleh Yam Tuan Muda Riau, Raja Jaafar kerana menurut dia, dalam tradisi Melayu, pengganti sultan itu harus berada di sisi sultan ketika sultan mangkat agar boleh dianggap sebagai penguasa baru. Namun hal ini harus diputuskan oleh Bendahara sebagai penjaga "adat".
Bendahara Ali (Raja Bendahara Pahang, Bendahara Empayar Johor) sedar akan masalah ini dan memutuskan untuk bertindak. Dia telah menyiapkan armada kapal ke Riau untuk "memulihkan adat". Inggeris setelah mengetahui hal ini mengutus armada dan mengepung angkatan Bendahara Ali untuk menghalangnya pergi ke Riau. Dengan bantuan Temenggung, Raffles berjaya menyeludup Tengku Hussain , yang tinggal dalam buangan di salah satu Kepulauan Riau, kembali ke Singapura. Berdasarkan surat antara Tengku Hussain yang diutuskan kepada saudaranya (Sultan Abdul Rahman), ia berangkat ke Singapura kerana bimbang tentang keselamatan anaknya. Sayangnya dia ditangkap oleh Raffles dan dipaksa untuk membuat perjanjian.  Perjanjian mereka menyatakan bahawa Inggeris akan mengakui Tengku Hussain sebagai 'penguasa sah' "Johor", dan dengan demikian Tengku Hussain dan Temenggung akan menerima gaji tahunan dari Inggeris itu. Sebagai ganjaran, Tengku Hussein akan membolehkan Raffles mendirikan pos perdagangan di Singapura. perjanjian ini telah disahkan pada 6 Februari 1819. Bendahara Ali diminta oleh Inggeris untuk mengakui Tengku Hussain  sebagai Sultan yang sah. Namun, Bendahara Ali telah menyatakan bahawa ia tidak ada hubungannya dengan kejadian di Singapura, kerana ia merupakan tanah kekuasaan Temenggung dan menyatakan bahawa kesetiaannya terletak pada Sultan Johor sebenar di Lingga.

Perjanjian Anglo-Belanda

Belanda sangat tidak senang dengan tindakan Raffles. Ketegangan antara Belanda dan Inggeris di Singapura berterusan sehingga tahun 1824, ketika mereka menandatangani Perjanjian Anglo-Belanda. Menurut syarat-syarat perjanjian itu, Belanda secara rasmi menarik balik penentangan mereka terhadap kehadiran British di Singapura. Banyak sejarawan berpendapat bahawa perjanjian itu membahagikan lingkaran pengaruh antara Belanda dan Inggeris; Kesultanan Johor ke Johor moden dan kelahiran negeri baru Riau-Lingga selepas pemecatan Sultan terakhir dari Johor. Namun perjanjian ini ditandatangani diam-diam tanpa sepengetahuan bangsawan tempatan termasuk Sultan dan kerananya legitimasinya dipertanyakan. Hal ini serupa dengan Perang Dunia 2 persidangan di Yalta di mana Stalin, Roosevelt dan sekutu lain bersetuju untuk berkongsi dunia yang dikenal dalam blok-blok kuasa timur dan barat sementara Jerman dan Jepun masih berdaulat. 
Inggeris berjaya dikesampingkan pengaruh politik Belanda dengan mewartakan Tengku Hussain sebagai Sultan Johor dan Singapura untuk mendapatkan pengakuan hukum dalam lingkup pengaruh mereka di Singapura dan Semenanjung Malaysia. Legitimasi proklamasi Sultan Hussein sebagai Sultan Johor dan Singapura, adalah tidak diakui oleh semua pemerintah Melayu dan gelaran 'sultan'nya hanya sekadar nama. kedudukan Temenggong Abdul Rahman, di sisi lain, diperkuatkan sebagai penandatanganan perjanjian yang mengasingkannya dari pengaruh Raja Ja'afar (Yam Tuan Muda Riau). Sementara itu, Sultan Abdul Rahman Muazzam Shah dilantik sebagai Sultan Johor dan bersemayam di Pulau Lingga pada bulan November 1822, lengkap dengan alat-alat kebesaran diraja Empayar Johor. Sultan Abdul Rahman, seorang yang warak, menjadi puas hati dengan lingkup politik pengaruhnya di Lingga, di mana keluarganya terus mempertahankan rumah tangganya pentadbiran di bawah arahan Raja Ja'afar yang memerintah di bawah naungan dari Belanda.

Kuasa-kuasa yang berminat

Terdapat tiga pihak iaitu kuasa Penjajah Inggeris dan Belanda, para bangsawan yang membuat perjanjian dengan Belanda iaitu Raja Jaafar, Yam Tuan Muda dari Riau dan Temenggung Abdul Rahman, dari Johor dan Singapura, pihak istana Johor yang terdiri dari Sultan Abdul Rahman Muazzam Shah dan Bendahara tidak menyedari perjanjian ini kerana perjanjian ini tidak ditandatangani tanpa pengetahuan mereka. Disebabkan perjanjian tidak diiktiraf oleh Sultan dan Bendahara, orang Melayu tidak memberi memperhatikan setiap tindakan kuasa penjajah.
Yam Tuan Muda (Gabenor Riau) telah melakukan pengkhianatan dengan "menjual" kedaulatan Johor, tetapi tidak Sultan atau Bendahara kerana mereka bukan merupakan pihak yang terlibat dalam perjanjian. Adalah salah untuk membuat penilaian bahawa Sultan tidak mematuhi perjanjian 1830. Perjanjian itu ditandatangani secara rahsia dan butirannya hanya diketahui pada tahun 1855. Pada kenyataannya, Sultan adalah memiliki hak kedaulatan dan menuntut taat setia dari semua pembesar Empayar Johor. Adapun Temenggung, ia menguatkan kedudukannya dalam persiapan perubahan nasib Kesultanan Johor, bersiap-siap untuk memiliki persahabatan dengan United Kingdom dan berkongsi kekayaan dengan British di saat keruntuhan Kesultanan Johor. Hal ini terbukti benar berlaku apabila anak Temenggung Daeng Ibrahim, Temenggong Abu Bakar (kemudian menjadi Sultan Abu Bakar) bercita-cita menjadi Sultan Johor.

Sultan cuba membaiki keadaan

Sultan Abdul Rahman Muazzam Shah meninggal dunia pada tahun 1832 dan digantikan oleh puteranya, Sultan Muhammad II Muazzam Shah (berkuasa 1832-1841). Raja Jaffar, Yam Tuan Muda Riau meninggal dan Sultan tidak tergesa-gesa untuk mengangkat pengganti. Sultan melihat kerosakan yang dilakukan ke Istana dalam kerajaan ayahnya dan memutuskan untuk memperbetulkan dan mengembalikan adat sebagai peraturan yang mengatur perilaku peribadi dan politik. Baginda memanggil Bendahara Ali (Raja Bendahara Pahang) untuk Lingga. Di Lingga, pendalaman fungsi adat diadakan. Bendahara melakukan upacara (sesuai adat) yang bertujuan untuk mendidik bangsawan dan Sultan tentang tugas dan tanggung jawab masing-masing. Islam dan politik telah dibahas. Ini dihadiri oleh seluruh bangsawan dari seluruh Empayar Johor, maka, membuktikan bahawa 'Sultan' di Singapura (Tengku Hussain) tidak diakui oleh orang Melayu. Upacara juga meliputi penabalan Tengku Mahmud (kemudian memerintah sebagai Sultan Mahmud IV Muzaffar Shah) sebagai putera mahkota dan Tun Mutahir sebagai bakal Bendahara. 
Pada tahun 1841, Bendahara Ali melantik Temenggung Ibrahim untuk menggantikan ayahnya yang meninggal pada 1825. Jarak waktu yang lama ini kerana ketidaksenangan Bendahara atas isu Singapura. Syarat telah dikenakan selama pelantikan termasuk dikehendaki membuat kunjungan kepada Sultan Mahmud Muzaffar yang berkuasa di Lingga sebagai tanda taat setia yang mengembirakan Tuanku Sultan. 'Sultan Hussein' Singapura telah meninggal pada tahun 1835 dan puteranya, Tengku Ali berharap legitimasi yang diberikan kepada Temenggung Ibrahim dberlakukan juga kepadanya. Inggeris meneruskan permintaan itu pada tahun 1841 kepada Bendahara. Bendahara Ali menolak untuk mengambil bahagian dalam pengkhianatan ini. 
Setelah menunggu sejak 1835 untuk ditabalkan sebagai Sultan, pada tahun 1852 Tengku Ali memutuskan untuk 'kembali ke Johor' dengan menyatakan penghormatan dan taat setia kepada Sultan Mahmud IV Muzaffar Shah di Pulau Lingga. Selama tiga tahun Empayar Johor bersatu kembali lagi kecuali Singapura. Bimbang dengan keadaan keadaan ini, Inggeris memanggil Tengku Ali kembali ke Singapura dan mengancam untuk membatalkan persaraannya. Di Singapura, ia sering dikunjungi oleh Sultan Mahmud IV Muzaffar Shah dan hubungan mereka rapat

Pemisahan tanah daratan Johor dengan Riau

Setelah penggulingan bekas Sultan Johor, bangsawan Bugis melantik sultan baru, Sultan Sulaiman II Badrul Alam Shah, Sultan "baru" bagi kerajaan Riau-Lingga didirikan atas sisa Empayar Johor. Sultan Sulaiman menandatangani perjanjian dengan Belanda. Dalam perjanjian tersebut baginda bersetuju untuk mengakui kedaulatan Belanda terhadap kerajaannya. Hanya dengan sebatang pena, dia memecahkan Empayar Johor menjadi 2 bahagian besar dan telah menyerah kedaulatan bahagian wilayah kekuasaannya kepada Belanda. Ini juga menandakan berakhirnya kesultanan Johor sebagai penerus Kesultanan Melaka. Pembahagian ini berlangsung tetap hingga ke hari ini sebagai sempadan Malaysia-Indonesia.

Johor dan Pahang

Selepas Sultan Mahmud Muzaffar digulingkan dan Sultan baru menyatakan wilayahnya yang baru sebagai berasingan dari Empayar Johor dahulu, itu mirip dengan seekor kambing disembelih dengan Sultan (sebagai badan) dan Riau-Lingga yang diwakili oleh kepala. Bendahara sekarang ini menjadi ketua besar kepada sisa-sisa Empayar Johor berperanan sebagai pelindung adat. Temenggung Ibrahim dari Johor memahami situasi ini dan akan menandatangani perjanjian dengan Bendahara Tun Mutahir dari Pahang pada 1861. Perjanjian itu mengakui wilayah Johor (darat), dimiliki oleh keturunan Temenggung dan keturunannya untuk memerintah, pengakuan perlindungan bersama antara Pahang dan Johor. Dengan penandatanganan perjanjian ini, sisa-sisa Empayar menjadi 2 negara merdeka, Johor dan Pahang.

Wangsa Temenggong

Pada 10 Mac 1855, di bawah perjanjian di antara British di Singapura dan Sultan Ali dari Johor, kuasa memerintah Johor dijual kepada Raja Temenggung Tun Daeng Ibrahim dengan Muar masih lagi di bawah kekuasaan sultan. Muar kemudiannya diserahkan kepada Temenggung Ibrahim pada tahun 1877. Temenggung Ibrahim membuka sebuah bandar iaitu Bandar Tanjung Puteri di selatan Johor dan menjadikannya sebagai sebuah bandar utama. Bandar Tanjung Puteri kemudiannya dikenali sebagai Johor Bahru.
Temenggung Ibrahim kemudiannya digantikan oleh anaknya, Temenggung Abu Bakar yang kemudiannya memegang gelaran Seri Maharaja Johor. Pada tahun 1866, dia dilantik menjadi sultan Johor secara rasmi. Sultan Abu Bakar Daeng Ibrahim memperkenalkan sebuah perlembagaan dan menubuhkan sebuah sistem pentadbiran yang cekap dan berkesan. Baginda juga memerintahkan dibinanya Istana Besar, tempat tinggal rasmi sultan. Sultan Abu Bakar kemudiannya dikenali sebagai Bapa Johor Moden.
Pada 11 Disember 1885, Sultan Abu Bakar telah menandatangani perjanjian persahabatan dengan wakil kerajaan British, Sir Frederick Arthur Stanley yang merupakan Setiausaha Tanah Jajahan British. Melalui perjanjian ini, kerajaan British mengiktiraf Johor sebagai sebagai sebuah negeri yang bebas dan berdaulat. Baginda juga diiktiraf sebagai Sultan Johor. Baginda bersetuju menerima seorang pegawai British yang bertugas sebagai Konsul British di Johor dan bukan sebagai penasihat. British juga bersetuju melindungi Johor jika berlaku sebarang ancaman dari luar.
Johor juga menikmati pembangunan ekonomi yang cemerlang. Permintaan lada hitam dan gambir yang tinggi pada kurun ke-19 menyebabkan pembukaan ladang-ladang baru dan kemasukan buruh Cina secara beramai-ramai. Sistem Kangchu dilaksanakan.
Pada 12 Mei 1914, Sultan Sir Ibrahim Al-Masyhur ibni Sultan Abu Bakar telah menandatangani perjanjian dengan Sir Arthur Henderson Young, Gabenor Negeri-Negeri Selat. Dalam perjanjian ini, jawatan Konsul ditukar kepada Penasihat Am. Dengan ini, Douglas Graham Campbell yang merupakan Residen British di Negeri Sembilan yang kelapan telah dilantik sebagai Penasihat Am British pertama di Johor. Ini juga telah menukarkan taraf Johor daripada sebuah negeri yang bebas dan berdaulat kepada sebuah negeri naungan British.
Walaupun Sultan Sir Ibrahim menerima Penasihat Am British, kuasa pemerintahan baginda kekal dan tidak berkurangan seperti raja-raja Melayu yang lain di mana kuasa mereka dikawal oleh Residen dan Penasihat British. Mereka hanya berkuasa terhadap agama Islam dan adat-istiadat Melayu sahaja.

Pra-kemerdekaan Tanah Melayu

Selepas tamatnya peperangan, British kembali ke Johor dan pada tahun 1946, Johor menjadi sebahagian daripada Malayan Union. Nasionalisme Melayu yang diketuai oleh Dato' Onn Jaafar daripada UMNO menyebabkan Malayan Union dibatalkan. Selepas itu, Perjanjian Persekutuan Tanah Melayu dimeterai di King House (kini Carcosa Seri Negara) pada 21 Januari 1948. Mengikut perjanjian ini, 11 negeri-negeri Melayu termasuk Pulau Pinang dan Melaka bergabung dan membentuk Persekutuan Tanah Melayu dan seterusnya mencapai kemerdekaan.
Walau bagaimanapun, Sultan Sir Ibrahim masih tidak yakin dengan cadangan kemerdekaan Tanah Melayu. Pada bulan September 1953, Sultan Sir Ibrahim menulis surat bertajuk "Straits Settlement Forever" (Negeri-Negeri Selat Selama-lamanya) kepada akhbar The Straits Times yang berharap agar sistem Penasihat British dapat diteruskan dan negeri Pulau Pinang dan Melaka tidak perlu berada di dalam Persekutuan Tanah Melayu dan patut bersama-sama Singapura menjadi tanah jajahan British sampai bila-bila. 
Sultan Sir Ibrahim juga telah menyuarakan hasrat baginda untuk menolak kemerdekaan Tanah Melayu semasa sambutan Jubli Intan pemerintahan baginda pada 17 September 1955. Baginda juga memberi amaran kepada negeri-negeri Melayu untuk menolak cadangan kemerdekaan dengan berkata "You Will Suffer If British Go!" (Kamu Akan Sengsara Jika British Pergi!). 
Penolakan Sultan Sir Ibrahim terhadap kemerdekaan Tanah Melayu membawa kepada penubuhan Persatuan Kebangsaan Melayu Johor (PKMJ) pada 22 Oktober 1955 oleh seorang kerabat istana Johor iaitu Ungku Abdullah bin Ungku Omar. PKMJ bukan saja menyokong saranan Sultan Sir Ibrahim untuk terus berada di bawah naungan British tetapi berusaha untuk memisahkan Johor dari Persekutuan Tanah Melayu dan seterusnya menggagalkan kemerdekaan Tanah Melayu.  
PKMJ bukan saja mendapat tentangan daripada Ketua Menteri Persekutuan Tanah Melayu, Tunku Abdul Rahman dan Parti Perikatan, tetapi turut mendapat kecaman daripada orang Johor sendiri. Pada bulan November 1955, penduduk daerah Segamat yang mengelarkan kumpulan mereka 'Pasok Melaya Daerah Segamat' mengugut untuk meninggalkan daerah Segamat dari negeri Johor jika Johor tidak menyertai Persekutuan Tanah Melayu.  
Menjelang kemerdekaan, semakin ramai ahli-ahli PKMJ meninggalkan persatuan itu dan akhirnya persatuan ini terkubur. Ini bermakna cadangan Sultan Sir Ibrahim untuk menolak kemerdekaan dan dibawa oleh Ungku Abdullah melalui PKMJ tidak dapat diterima oleh rakyat Johor sendiri.  
Pada ketika itu, Sultan Sir Ibrahim sedang gering. Baginda menghabiskan hayatnya selama 2 tahun di Rumah Grosvenor, London dengan menonton televisyen, melawat teater bersama isterinya yang ke-6, Marcella Mendl dan puterinya, Tunku Meriam. Baginda telah menyerahkan pentadbiran Johor kepada puteranya, Tunku Ismail. Ungku Abdullah telah menasihati Tunku Ismail agar tidak menandatangani Perlembagaan Kemerdekaan tetapi beliau tidak diendahkan dan baginda terus menandatangani perlembagaan tersebut sejurus menjadikan Johor sebagai salah sebuah negeri yang menyertai Malaysia dan mencapai kemerdekaan pada 31 Ogos 1957.