Serangan Indonesia ke atas Timor Leste

Indonesia mula menyerang Timor Leste, di bawah nama Operasi Seroja pada tanggal 7 Disember 1975 dengan alasan menangkis kuasa penjajahan, di mana Tentara Nasional Indonesia menumbangkan FRETILIN lalu mencetuskan suatu pergolakan panjang di mana kira-kira 100,000–180,000 askar dan warga awam dianggarkan telah dibunuh atau mati kelaparan. Jawatankuasa Penerimaan, Kebenaran dan Perdamaian di Timor Timur mendokumentasikan sebanyak 102,000 kematian yang dianggarkan minimum berkaitan dengan konflik dalam Timor Timur dari tahun 1974 hingga 1999, termasuk 18,600 kes pembunuhan ganas dan 84,200 kematian aikbat penyakit dan kelaparan;  pasukan -pasukan Indonesia dipertanggungjawabkan atas 70% daripada kes pembunuhan yang tercatat.

Perubahan dalam pemerintahan Portugis

Pada April 1974, Movimento das Forças Armadas (Pergerakan Angkatan Tentera, MFA) menggulingkan pemerintahan autoritarian Estado Novo di Lisbon (dipanggil "Revolusi Bunga Teluki"), dan pemerintahan yang dilantik mereka mengumumkan kesegeraan menarik diri dari jajahan mereka termasuk Angola, Mozambique dan Guinea yang banyak berlakunya peperangan oleh pejuang kemerdekaan gerila di sana sejak tahun 1960-an).

Hasrat pihak Indonesia

Golongan nasonalis dan sayap kanan Indonesia, terutamanya agensi perisikan Kopkamtib dan unit operasi khasnya Opsus, melihat penarikan diri Portugal sebagai peluang baik untuk menganeksasi atau mengilhak Timor Timur. Ketua Opsus dan penashiat dekat Suharto, Mayor Jenderal Ali Murtopo, serta anak didiknya Brigadier Jeneral Benny Murdani mengepalai operasi perisikan tentera serta meraih sokongan untuk pengilhakan oleh tentera Indonesia. Faktor-faktor dalaman di Indonesia pada tahun 1970-an tidak begitu kondusif udalam meluaskan kuasanya, terutamanya dengan skandal kewangan pengeluar petroleum Pertamina 1974-75  mewaspadakan Indonesia agar tidak merisaukan penderma dan bank asing. Oleh itu, Suharto pada awalnya tidak menyokong tindakan pengilhakan ini.
Pertimbangan tersebut lama kelamaan menjadi bayang-bayang kekhawatiran Indonesia dan Barat bahwa kemenangan bagi sayap kiri Fretilin akan mengarah pada pembentukan negara komunis di perbatasan Indonesia yang dapat digunakan sebagai dasar untuk serangan oleh kekuatan yang tidak bersahabat ke Indonesia, dan potensi ancaman bagi kapal selam Barat. Itu juga diiringi oleh rasa takut bahwa Timor Timur yang merdeka dalam nusantara bisa menginspirasi sentimen separatis di provinsi lain di Indonesia. Keprihatinan ini berhasil digunakan untuk menggalang dukungan dari negara-negara Barat yang ingin menjaga hubungan baik dengan Indonesia, khususnya Amerika Serikat, yang pada saat itu sedang menyelesaikan penarikan pasukan dari Indocina. Organisasi intelijen pihak awalnya mencari strategi aneksasi damai, berniat untuk menggunakan APODETI sebagai kendaraan integrasi. Penguasa "Orde Baru" Indonesia direncanakan untuk menginvasi Timor Timur. Tidak ada kebebasan berekspresi di "Orde Baru" Indonesia dan dengan demikian tidak perlu terlihat untuk berkonsultasi dengan Timor Timur secara baik.
Pada awal September, sebanyak dua ratus pasukan khusus tentara melancarkan serangan menurut perisik catatan AS, dan pada bulan Oktober, serangan pihak konvensional mengikuti. Suatu kejadian mengejutkan berlaku tidak lama kemudian di kota perbatasan Balibo pada tanggal 16 Oktober di mana lima orang wartawan dari Australia ditahan dan dibunuh askar-askar TNI.

Serangan

Pada 7 Disember tahun 1975, Indonesia mula menyerang Timur Timor.

Operasi Seroja (1975-1977)

Operasi Seroja merupakan operasi kenteteraan yang terbesar pernah dijalankan tentera Indonesia. Berikutan pengeboman Dili, tentera laut Indonesia mendarat bersama-sama anggota paramiliter di kota tersebut, di mana mereka terlibat dalam suatu pertempuran selama enam jam mementang anggota bersenjata FALINTIL . Menurut penulis Joseph Nevins, kapal-kapal perang Indonesia mengebom tentera mereka sendiri memajukan tentera dan beberapa dari pasukan mereka menghempap angkatan Falantil sehingga banyak kemalangan yang berlaku. Pada tengah hari, tentera Indonesia mengambil alih Dili dengan banyak 35 askarnya yang terkorban manakala 122 anggota FALINTIL tewas dalam pertempuran.

Jalan buntu

Meskipun pihak Indonesia terdepan di Timor Timur, sebagian besar penduduk meninggalkan kota-kota dan desa-desa menyerbu masuk di wilayah pesisir dan di setiap bagian pegunungan. Pasukan Falintil, yang terdiri dari 2.500 pasukan reguler bekas dari tentara kolonial Portugis, yang dilengkapi persenjataan dengan baik oleh Portugal sangat membatasi kemampuan tentara Indonesia untuk membuat kemajuan. Dengan demikian, selama bulan-bulan awal invasi, kontrol Indonesia terutama terbatas pada kota-kota besar dan desa-desa seperti Dili, Baucau, Aileu dan Same.
Sepanjang tahun 1976, pihak Indonesia menggunakan strategi di mana tentara berusaha untuk berpindah ke pedalaman dari wilayah pesisir untuk kemudian bergabung dengan pasukan yang diterjunkan lebih jauh ke pedalaman. Namun, strategi ini tidak berhasil dan pasukan menerima perlawanan keras dari Falintil. Misalnya, butuh 3.000 pasukan Indonesia dan empat bulan untuk menguasai kota Suai, sebuah kota di selatan yang berjarak hanya tiga kilometer dari pantai. Militer terus membatasi semua orang asing dan Timor Barat memasuki Timor Timur, dan Suharto mengakui pada bulan Agustus 1976 bahwa Fretilin "masih memiliki beberapa kekuatan di sana-sini."
Pada April 1977, pihak Indonesia menghadapi jalan buntu. Tentara tidak membuat kemajuan terhadap daerah kekuasaannya selama lebih dari enam bulan, dan invasi tersebut telah menarik peningkatan publisitas di mata internasional yang merugikan.

Pengepungan, pemusnahan, dan pembersihan akhir (1977-1978)

Pada bulan-bulan awal tahun 1977, angkatan laut Indonesia memesan rudal -penembak patroli- kapal dari Amerika Serikat, Australia, Belanda, Korea Selatan, dan Taiwan, serta kapal selam dari Jerman Barat. Pada bulan Februari 1977, Indonesia juga menerima tiga belas pesawat OV-10 Bronco dari Rockwell International Corporation dengan bantuan dari Foreign Military Sales resmi milik AS. Bronco adalah pesawat yang ideal untuk invasi Timor Timur, yang khusus dirancang untuk operasi kontra-insurjensi di daerah yang sulit dijangkau.
Pada awal Februari 1977, setidaknya enam dari 13 Broncos beroperasi di Timor Timur, dan membantu pihak Indonesia menentukan posisi Fretilin. Seiring dengan persenjataan baru, tambahan 10.000 tentara dikirim untuk memulai kampanye baru yang dikenal sebagai 'solusi akhir'.
Kampanye 'solusi akhir' melibatkan dua taktik utama: Kampanye 'pengepungan dan penghancuran' yang melibatkan pengeboman desa dan daerah pegunungan lewat pesawat, menyebabkan kelaparan dan defoliasi menutup tanah. Ketika penduduk desa yang masih hidup datang ke daerah yang lebih rendah dan berbaring untuk menyerah, pihak menembaki mereka. Yang selamat lainnya ditempatkan di kamp-kamp permukiman di mana mereka dicegah untuk bepergian atau kembali bertani. Pada awal tahun 1978, penduduk sipil di seluruh desa Arsaibai, dekat perbatasan Indonesia, dibunuh karena mendukung Fretilin setelah dibombardir dan menderita kelaparan. Selama periode ini, dugaan penggunaan senjata kimia Indonesia muncul, desa-desa melaporkan belatung muncul di tanaman setelah serangan bom. Keberhasilan kampanye 'pengepungan dan penghancuran' menjadi 'kampanye pembersihan akhir', di mana anak-anak dan orang dari kamp-kamp permukiman dipaksa untuk memegang tangan dan berbaris di depan pasukan Indonesia yang mencari anggota Fretilin. Ketika anggota Fretilin ditemukan, para anggota akan dipaksa untuk menyerah atau menembak diri sendiri. Kampanye 'pengepungan dan penghancuran' oleh Indonesia pada 1977-1978 mematahkan milisi utama Fretilin dan Presiden Timor Timur yang pandai sekaligus komandan pihak, Nicolau Lobato, ditembak dan dibunuh oleh pasukan helikopter Indonesia pada tanggal 31 Desember 1978.
Periode 1975-1978, dari awal invasi pada kesimpulan sebagian besar keberhasilan kampanye pengepungan dan penghancuran, terbukti menjadi periode terberat dari seluruh konflik, korban dari orang Indonesia yang tewas lebih dari 1.000 jiwa dari total 2.000 yang meninggal dari seluruh pendudukan.

Gerakan klandestin FRETILIN (1980-1999)

Milisi Fretilin yang selamat dari serangan Indonesia dari akhir 1970-an memilih Xanana Gusmão sebagai pemimpin mereka. Ia ditangkap oleh intelijen Indonesia di dekat Dili pada tahun 1992, dan digantikan oleh Mau Honi, yang ditangkap pada tahun 1993 dan pada gilirannya digantikan oleh Nino Konis Santana. Penerus Santana, pada kematiannya dalam serangan Indonesia tahun 1998, adalah Taur Matan Ruak. Pada 1990-an, ada sekitar kurang dari 200 pejuang gerilya yang tersisa di pegunungan, dan ide separatis sebagian besar telah bergeser ke barisan klandestin di kota-kota. Gerakan bawah tanah, namun, sebagian besar lumpuh oleh penangkapan secara terus menerus dan infiltrasi oleh agen Indonesia. Prospek kemerdekaan sangat gelap sampai jatuhnya Suharto pada tahun 1998 dan keputusan mendadak Presiden Habibie untuk mengizinkan referendum di Timor Timur pada tahun 1999.

Perangkaan korban

Pada bulan Mac 1976, pemimpin UDT Lopes da Cruz melaporkan bahwa 60,000 orang Timor telah tewas selama serangan ini berlangsung, maklumat statistik ini turut disahihkan sebuah delegasi pekerja bantuan Indonesia setuju dengan ini. Dalam sebuah wawancara pada tanggal 5 April 1977 dengan Sydney Morning Herald, Menteri Luar Negeri Indonesia Adam Malik mengatakan jumlah korban tewas adalah "50.000 orang atau mungkin 80.000". Seorang tokoh menyebut korban sebanyak 100.000 yang dikutip oleh McDonald (1980) dan oleh Taylor. Amnesty International memperkirakan bahwa sepertiga penduduk Timor Timur, atau 200.000 total, meninggal karena aksi pihak, kelaparan dan penyakit dari tahun 1975 sampai 1999. Pada tahun 1979 US Agency for International Development memperkirakan bahwa 300,000 orang Timor Timur telah pindah ke kamp-kamp yang dikuasai oleh angkatan bersenjata Indonesia. Komisi PBB untuk Penerimaan, Kebenaran dan Rekonsiliasi di Timor Timur memperkirakan jumlah kematian selama pendudukan juga kelaparan dan kekerasan menjadi sekitar 90,800 hingga 202,600 orang termasuk antara 17,600 sampai 19,600 orang terkorban akibat kekerasan atau penghilangan, dari populasi penduduk setempat  sekitar 823.386 orang pada tahun 1999. Komisi kebenaran diselengarakan untuk pasukan Indonesia yang bertanggung jawab atas sekitar 70% pembunuhan dan kekerasan yang sudah dilakukan.

Amerika Syarikat

Pemerintahan Gerald Ford tidak melihat kawasan tersebut berkepentingan tinggi, apatah lagi dengan Hubungan Amerika Syarikat–Indonesia yang semakin menguat selepas kejatuhan Saigon pada pertengahan tahun 1975. Oleh demikian, Ford merasakan beliau lebih baik menyebelahi dengan Suharto dalam dasar-dasarnya demi mengukuhkan hubungan antara dua negara pimpinan mereka. 

Australia penglibatan

Pada bulan September 2000, Jabatan Luar Negeri dan Perdagangan Australia mengeluarkan fail rahsia yang menunjukkan bahawa pernyataan dari kerajaan Gough Whitlam barangkali menggalakkan rejim Suharto menyerang Timor Timur. Kerajaan-kerajaan pimpinan Fraser, Hawke dan Keating didakwa bekerjasama dengan tentera Indonesia dan Presiden Suharto menyembunyikan maklumat mengenai keadaan di sana serta menjaga kawalan Indonesia terhadap kawasan tersebut. Perkara ini mendatangkan kemarahan kepada warga awam Australia akibat kes Balibo Five serta terkesan daripada sumbangan warga Timor terhadap tentera Australia dalam Perang Dunia Kedua sehingga banyak tunjuk perasaan dilakukan membantah campur tangan itu.

Tindak balas Pertubuhan Bangsa-Bangsa Bersatu

Pada 12 Disember 1975, Perhimpunan Agung PBB mengambil resolusi yang "sangat mengancam" serangan Indonesia ke atas Timor Timur serta menuntut Jakarta menarik tenteranya "tanpa berlengah-lengah" dan membiarkan penduduk pulau itu menggunakan hak mereka untuk menentukan nasib mereka sendiri. Resolusi tersebut juga meminta agar Majlis Keselamatan PBB segera mengambil tindakan memelihara kestabilan dalam wilayah Timor Timur.