Sultan Abu Bakar ibni Almarhum Raja Temenggung Tun Daeng Ibrahim

Tahun-tahun awal

Wan Abu Bakar dilahirkan pada 3 Februari 1833 di Istana Lama di Teluk Belanga, Singapura. Beliau adalah anak sulung Temenggong Daeng Ibrahim, dia keturunan Patrilineal Temenggong Abdul Rahman yang pada gilirannya adalah keturunan matrilineal Sultan Abdul Jalil Shah IV, Sultan Bendahara Johor yang pertama. Abu Bakar menghabiskan masa kecilnya di kampung ayahnya di Teluk Blanga; pada usia muda dia ditugaskan oleh guru-guru tempatan mengenai Islam dan Adat (undang-undang Melayu tradisional), [8] sebelum dia dihantar ke sekolah Melayu Teluk Blanga, sebuah sekolah misi yang dikendalikan oleh Reverend Benjamin Peach Keasberry. Di bawah bimbingan guru-guru mubaligh, Abu Bakar diperhatikan membangunkan sopan santun seorang lelaki Inggeris, dan keupayaan untuk bercakap bahasa Inggeris dengan fasih selain bahasa Melayu pribumi. 
Pada tahun 1851, Temenggong telah mewakilkan Abu Bakar, yang kemudian menjadi pemuda berusia lapan belas tahun, untuk membantunya dalam usaha rundingan terhadap Sultan Ali, yang membuat percubaan remeh untuk menuntut hak kedaulatan ke atas Johor. [10] Sebagai orang tua Temenggong, beliau secara beransur-ansur mewakilkan tugas pentadbirannya kepada Abu Bakar. Dalam tempoh ini, beberapa pegawai British memuji kemampuan diplomatik Abu Bakar yang sangat baik, seperti yang disebutkan dalam buku harian William Napier, yang merupakan agen undang-undang kanan Singapura. Napier telah menemani Abu Bakar untuk mengambil Tengku Teh, ibu dari Sultan Lingga yang dilupuskan, Mahmud Muzaffar Shah, ke Johor tidak lama selepas anaknya mula mengajukan tuntutan kedaulatan ke atas Pahang. [11]
Wabak Perang Saudara Pahang pada tahun berikutnya menyaksikan Abu Bakar berkawan dengan Tun Mutahir, yang beliau memberikan sokongan untuk usaha perangnya. Abu Bakar berkahwin dengan anak perempuan Mutahir pada tahun 1860 semasa lawatan di Pahang, dan pada tahun berikutnya beliau menandatangani perjanjian persahabatan, persekutuan dan jaminan sokongan bersama Mutahir pada tahun 1861. [12] Sementara itu, Temenggong Ibrahim sudah menderita dari tempoh kesihatan yang berlarutan, dan pertarungan demam yang tinggi mengakibatkan kematiannya pada 31 Januari 1862.

Menjadi Sultan

Baginda telah menguasai seluruh wilayah Johor, iaitu setelah Sultan Ali mangkat pada tahun 1877. Selepas Sultan Ali mangkat, Tengku Alam (anak Sultan Ali) membantah pemerintahan Muar/Kesang diserah sementara kepada Maharaja Abu Bakar dan melancarkan Perang Jementah pada 1879 tetapi gagal. 
Baginda juga pernah merasmikan Penjara Johor Bahru pada tahun 1883.
Pada 1885, Johor telah menandatangani perjanjian persahabatan dengan kerajaan British. Melalui perjanjian ini, kerajaan British mengiktiraf Johor sebagai sebagai sebuah negeri yang bebas dan berdaulat. Maharaja Abu Bakar juga diiktiraf sebagai Sultan Johor. Baginda bersetuju menerima seorang pegawai British yang bertugas sebagai Konsul British di Johor dan bukan sebagai penasihat. British juga bersetuju melindungi Johor jika berlaku sebarang ancaman dari luar.
Mulai 1 Julai 1886, baginda memakai gelaran sultan dengan gelaran Maharaja Abu Bakar Alkhalil. Pada 14 April 1895, Sultan Abu Bakar Alkhalil Ibrahim Shah menubuhkan Undang-Undang Tubuh Kerajaan Johor.