Sultan Ali Iskandar Shah

Tahun-tahun awal

Pada tahun 1840, Johor mula menerima peneroka Cina (kebanyakannya datang dari Swatow dan Chaozhou), Temenggung Ibrahim yang mentadbir negeri mengenakan cukai ke atas peneroka ini, sebagai sumber pendapatan baginda. Walau bagaimanapun, tidak seperti Temenggung Ibrahim, Sultan Ali tidak melibatkan diri di dalam hal ehwal negeri tetapi pada masa yang sama mengadu tidak menerima elaun yang mencukupi daripada British.
Dalam pada itu, kesetiaan orang-orang Melayu di Johor kepada pemerintah mula berpecah belah diantara sokongan kepada Sultan Ali dan Temenggung Ibrahim. Walau bagaimanapun, perpecahan kesetiaan ini tidak menyebabkan sebarang persengketaan besar. Pada masa yang sama, seorang pedagang Inggeris, W.H. Read, menjaga cap mohor Sultan Ali sebagai balasan untuk melangsaikan hutang baginda. Read adalah penyokong kuat tuntutan Sultan Ali untuk diiktiraf sebagai pemerintah Johor yang sah serta berhak keatas hasil negeri, dengan Temenggung Ibrahim sebagai wakil baginda. Disebabkan tekanan ekonomi dan politik pedagang tersebut, Gobenor British telah menimbangkan untuk memberi pengiktirafan tersebut, tetapi telah mendapat tentangan hebat daripada Temenggung Ibrahim dan anaknya, Abu Bakar.
Pada awal tahun 1850an, Johor telah berada dibawah kuasa Temenggung; pengikut-pengikut Sultan Ali telah disingkirkan secara paksa oleh pengikut-pengikut Temenggung.

Penyerahan Johor

Beberapa rundingan diantara Sultan Ali dan Temenggung Ibrahim berlangsung dimana British telah menjadi orang tengah, selepas Sultan Ali menimbulkan persoalan mengenai hak Temenggung Ibrahim untuk menerima kesemua hasil negeri. Pada mulanya, Temenggung Ibrahim bercadang untuk membahagi dua hasil negeri dengan syarat Sultan Ali menyerahkan hak untuk menuntut kedaulatannya ke atas Johor. Syarat tersebut tidak diterima Sultan Ali. Kedua-dua pihak bersetuju untuk mendapatkan campur tangan British, diantaranya, Gabenor British untuk Negeri-negeri Selat, Colonel William Butterworth, dan penggantinya, Edmund Blundell telah dilantik sebagai orang tengah.
Pihak British lebih menyenangi prospek Temenggung Ibrahim mengambil alih pentadbiran Johor daripada Sultan Ali. Tuntutan Sultan Ali berkenaan hak kedaulatannya ke atas Johor telah disangkal oleh British. Temenggung Ibrahim pula telah membangkitkan kenyataan bahawa ayahanda Sultan Ali, Sultan Hussain Shah tidak pernah membuat usaha untuk menuntut hak kedaulatannya ke atas Johor walaupun baginda telah diiktiraf oleh British di dalam Perjanjian Inggeris-Belanda 1824. Pada masa itu, Johor berada dibawah tanggungjawab Temenggung Abdul Rahman seperti juga Pahang yang berada di bawah tanggungjawab Bendahara. Dokumen-dokumen lain pula menunjukkan sekiranya Johor berada dibawah kuasa Sultan, de jure kedaulatan tersebut sepatutnya berada di bawah Sultan Lingga, Sultan Mahmud IV Muzaffar Shah dan bukan Sultan Ali. 
Temenggung Ibrahim dan Sultan Ali menyerahkan cadangan mereka kepada Gabenor British pada bulan April 1854. Temenggung bersetuju keatas permintaan Sultan Ali untuk diiktiraf secara simbolik sebagai Sultan Johor, tetapi berkeras mahu mengekalkan kuasa penuh ke atas Johor. Sebaliknya Sultan Ali telah menyatakan hasratnya untuk memerintah wilayah Kesang yang terletak ditebing sebelah utara Sungai Muar sehingga ke sempadan Melaka dengan alasan sebahagian nenek moyangnya di makamkan di sana. British telah memujuk Temenggung Ibrahim untuk menerima permintaan Sultan Ali. Akhirnya, Temenggung Ibrahim telah bersetuju dengan permintaan tersebut.
Satu perjanjian telah ditandatangani pada 10 Mac 1855, dimana Sultan Ali secara rasmi menyerahkan hak kedaulatannya ke atas Johor kepada Temenggung Ibrahim kecuali wilayah Kesang. Sebagai balasan, Sultan Ali telah diberi jaminan diiktiraf sebagai "Sultan" oleh Temenggung Ibrahim dan British. Baginda juga menerima pampasan berjumlah $5000 dan elaun bulanan sebanyak $500 sebulan daripada Temenggung.

Sultan Muar (Kesang)

Sultan Ali mewakilkan pentadbiran Kesang kepada Temenggung Paduka Tuan Muar dan banyak menghabiskan banyak masa di Melaka. Kesang tidak banyak penduduk pada tahun 1855 dan hanya ada 800 penduduk tanpa sebarang struktur kerajaan. Pada tahun 1860, Sultan Ali dilaporkan meminjam $53,600 daripada seorang ceti, Kavana Chana Shellapah. Sultan Ali menandatangani satu perjanjian dengan Shellapah untuk menggunakan sebahagian daripada elaun bulanan baginda untuk membayar pinjaman tersebut. Walau bagaimanapun, Sultan Ali tidak dapat membayar pinjaman tersebut mengikut jadual. Ini menyebabkan Shellapah marah dan menulis surat kepada kerajaan British pada tahun 1866. Setelah dipaksa membayar pinjamannya mengikut jadual, Sultan Ali telah menyerahkan hak untuk berdagang di Kesang kepada Temenggung Ibrahim sebagai cagaran sekiranya baginda tidak dapat menjelaskan pinjaman mengikut jadual.
Hubungan Sultan dan Temenggung Ibrahim tetap tegang; pada tahun 1860, Sultan Ali membenarkan seorang Bugis, Suliwatang, Ketua Rembau dan Sungai Ujong untuk menetap di Kesang dan bersiap untuk menyerang Johor. Hubungan buruk diantara Sultan Ali and Temenggung Ibrahim berterusan sehingga anak Temenggung Ibrahim, Abu Bakar, yang menggantikan ayahandanya yang mangkat pada tahun 1862. Tidak lama selepas Abu Bakar menjadi Temenggung Johor, baginda menghantar surat kepada Sultan Ali untuk menegaskan kedaulatan Johor ke atas Segamat. Pertikaian yang berterusan berkenaan kedaulatan Segamat membawa kepada perperangan diantara pengikut Temenggung Abu Bakar dan Sultan Ali. Sebelas tahun kemudian iaitu pada tahun 1873, usaha Suliwatang untuk memungat cukai daripada penduduk di muara Sungai Kesang menyebabkan lebih banyak konflik dengan pengikut Temenggung Abu Bakar yang mula menggunakan gelaran Maharaja pada tahun 1868.
Semasa pemerintahan Sultan Ali, tidak banyak aktiviti ekonomi di Kesang. Walau bagaimanapun, baginda mewakilkan tugas memungut cukai kepada Suliwatang dan wakilnya. Pada tahun 1868, Sultan Ali melantik Babu Ramasamy, seorang guru berketurunan Tamil untuk memungut cukai di Kesang. Pada tahun 1872, seorang pelombong berbangsa Eropah telah diberikan hak melombong secara eksklusif di Kesang selama lima tahun oleh Sultan Ali. Tiga tahun kemudian, seorang rakyat Amerika telah diberikan konsesi untuk membeli tanah seluas 45 batu persegi di Kesang oleh Sultan Ali.

Mangkat

Sultan Ali menghabiskan masa tuanya di Umbai, Melaka, dan menyara hidupnya dengan elaun bulanan yang diberikan oleh Syarikat Hindia Timur Inggeris. Baginda mendirikan sebuah istana dan tinggal bersama permaisuri ke-3 iaitu Cik' Sembuk sehingga beliau mangkat pada 20 Jun 1877 dan Makam Sultan Ali terletak di Masjid Umbai, Melaka di Laluan Persekutuan 5. 
Sebelum Baginda mangkat, Sultan Ali telah mewasiatkan wilayah Kesang kepada Tengku Mahmood yang berumur 11 tahun, putera Almarhum Sultan dan Cik Sembuk yang berasal dari orang kebanyakan. Keputusan baginda menerima tentangan daipada sebahagian orang Melayu di Singapura yang berpendapat Tengku Alam Shah sepatutnya menjadi pewaris wilayah Kesang memandangkan beliau adalah putera sulong baginda dengan Daeng Siti, anak seorang pembesar Bugis. 
Apabila Sultan Ali mangkat, hak penjagaan wilayah Kesang telah diletakkan di bawah kuasa Ungku Jalil, abang kepada Sultan Ali. Ungku Jalil telah menyerahkan hak penjagaan wilayah Kesang kepada Maharaja Abu Bakar, selepas kerajaan British mengadakan pemilihan Temenggung Paduka Tuan Muar dan ketua-ketua masyarakat di Kesang telah memilih Maharaja Abu Bakar untuk memimpin mereka. Gebenor British telah menyerahkan pentadbiran wilayah Kesang kepada Maharaja Abu Bakar. Ini menyebabkan Tengku Alam dan pengikutnya tidak berpuas hati. Tuntutan berterusan Tengku Alam ke atas wilayah Kesang telah menyebabkan Perang Jementah pada 25 Oktober 1879.