Kerajaan Beraja Hungary Timur

Pemerintahan John II Sigismund

Perjanjian Nagyvárad bertahan hanya dua tahun, apabila anak lelaki John I dilahirkan pada tahun 1540, hanya sembilan hari sebelum kematian John I. Bayi John II Sigismund Zápolya ditakhtakan oleh para bangsawan Hungary beberapa minggu kemudian. Kebanyakan masa tempoh pemerintahan II, Hungary Timur ditadbir oleh ibu beliau, Isabella, bersama dengan Bishop George Martinuzzi sebagai pemangku raja. Mereka disokong oleh Sultan Suleiman, yang mengakui John II sebagai Raja dan vasal beliau.
Pada tahun 1541, Ferdinand menyerang untuk menguatkan tuntutan beliau. Martinuzzi meminta bantuan daripada Suleiman, yang berjaya menghalau keluar Ferdinand, tetapi menguasai hampir seluruh Hungary Tengah di bawah pemerintahan terus di bawah Uthmaniyyah sebagai Wilayah Budin. Bahagian timur dataran Hungary kekal berada di bawah pemerintahan Zápolya; di mana selepas tahun 1571 ia dikenali sebagai Partium.
Pada tahun 1540-an, Kerajaan Beraja Hungary Timur terdiri daripada kaunti-kaunti Máramaros, Szabolcs, Szatmár, Közép-Szolnok, Bihar, Külső-Szolnok, Békés, Csongrád, Arad, Csanád, dan Temesköz. Kota-kota yang besar seperti Várad atau Lippa, merupakan pusat-pusat penting bagi kuasa negara, yang mana memberi jaminan penguasaan ke atas wilayah. Salah seorang daripada para bangsawan yang kaya, Péter Petrovics, merupakan pemerintah mutlak di Temesköz, tetapi setia kepada keluarga Zápolya. Beliau bekerjasama dengan pemangku raja Martinuzzi. Kawasan bermula di Kaunti Máramaros sehingga ke Sungai Kraszna diperintah oleh keluarga Drágffy-Perényi, Ecsed dan Somlyó oleh keluarga Báthory, kaunti Békés oleh Patócsy, lembah sungai Maros oleh keluarga Jaksics, dan kota Debrecen oleh keluarga Török dari Enying. Kaunti-kaunti Zemplén, Borsod, dan Abaúj dengan sempadan yang tidak jelas diperintah oleh keluarga-keluarga Balassa, Losonci, Bebek, dan Drugeth, dengan kaedah pemerintahan yang dianggap autonomi.
Kempen ketenteraan pada tahun 1543–44 hanya meninggalkan satu lingkaran jalan yang selamat buat Hungary Diraja, bersama-sama dengan lembah Vág. Keadaan ini mengurangkan lagi tahap bantuan Habsburg di wilayah ini. Pada Ogos 1544, para pesuruhjaya daripada bahagian tengah kerajaan beraja Hungary pada Zaman Pertengahan yang wujud sebagai kaunti di sepanjang sungai Tisza menyertai Diet Transylvania di Torda dengan diberi hak-hak yang sama. Diet Transylvania menjadi entiti pewaris rasmi kepada Diet Hungary.
Struktur canseleri dan istana di Buda hilang semasa kekacauan politik pada tahun 1540-41 dan Transylvania tidak boleh ditadbir oleh kerajaan pusat Kerajaan Beraja Hungary lagi. Kaedah voivode tidak cukup untuk menyediakan tugas-tugas pentadbiran sebuah negara. Martinuzzi membentuk sebuah pentadbiran baru, dan mewujudkan istana di Gyulafehérvár.
Estet-estet feudal mula kehilangan kuasa mereka kepada negara. Orang-orang Saxon masih lagi menyokong Habsburg dan menunjukan pendirian pasif. Péter Haller, hakim diraja di Szeben, merupakan satu-satunya orang Saxon di istana Gyulafehérvár. Székelys memiliki hanya beberapa orang peguambela di kalangan pengaruh pemangku raja dan ratu. Para penyokong Raja John biasanya tidak memiliki kekayaan dalam negara, bagaimanapun hubungan mereka boleh ditemui dalam kalangan para pegawai kanan dalam jumlah yang ramai. Kelas pemerintah masih berharap akan penyatuan negara dan Martinuzzi selalu berhadapan dengan tekanan harapan dan jangkaan ini.

Pemerintahan dan peperangan dengan Habsburg

Martinuzzi dan Isabella tumbang, dan Martinuzzi juga berpaling tadah dengan menentang Uthmaniyyah dan membuat perikatan dengan Ferdinand, dan memaksa Isabella untuk menandatangani Perjanjian Nyírbátor pada tahun 1549, yang mana melepaskan Transylvania kepada Ferdinand. Isabella menentang pelucutan tahkta daripada anak lelaki beliau dan memaklumkan kepada Sultan dengan serta merta. Satu perang saudara meletus di antara tentera Isabella dengan tentera Martinuzzi yang condong kepada Habsburg. Tentera Martinuzzi mengepung kediaman diraja di Gyulafehérvár pada tahun 1550 dan 1551.
Satu pasukan tentera Habsburg di bawah arahan Giovanni Battista Castaldo mara ke dalam wilayah Transylvania dan Tisza. Martinuzzi terus melanjutkan rancangan jahat beliau dengan menghantar ufti kepada Sultan dan berjaya dibunuh oleh Castaldo pada tahun 1551. John II melepaskan takhta sebagai Raja, dan bersama-sama dengan Isabella melarikan diri ke Poland.
Pada tahun 1552, Sultan Uthmaniyyah yang merasakan beliau telah dikhianati telah menghantar pasukan tentera beliau menentang Hungary. Veszprém, Drégely, Szolnok, Lippa, Temesvár, Karánsebes, dan berjaya ditawan semasa kempen ini. Hanya Istana kota Eger, yang dipertahankan oleh István Dobó, berjaya menahan asakan tentera Uthmaniyyah. Pada tahun 1553, Ferdinand mengundurkan tentera Castaldo daripada Transylvania. Pada tahun 1554, Sultan Uthmaniyyah melancarkan satu lagi serangan ke atas Hungary, dan berjaya menduduki Salgó dan Fülek.

Pengembalian takhta John II

Pada tahun 1556, para bangsawan di Transylvania memanggil semula John II, dan memilih beliau sebagai Putera Transylvania semasa Diet Szászsebes; juga sekali lagi mengakui beliau sebagai Raja.
"Pada hari ini kami akan memilih anak lelaki kepada mendiang Raja John sebagai Putera dan Raja kami, dan kami akan setia berkhidmat kepada Tuanku kini dan selamanya."
Pada tahun 1568, kebebasan beragama secara rasminya diakui oleh John II dalam Edik Torda.

Perjanjian Speyer

Pada tahun 1570, John II menandatangani Perjanjian Speyer dengan penganti Ferdinand dari Habsburg iaitu Maximilian. John II sekali lagi menggugurkan tuntutan beliau sebagai Raja Hungary bagi memberi laluan kepada Maximilian, oleh itu mengakhiri Kerajaan Beraja Hungary Timur. John pula diakui oleh Maximilian sebagai "Putera Transylvania dan Partium" (princeps Transsylvaniae et partium regni Hungariae dominus; yang bermaksud, "Putera Transylvania dan Lord kepada sebahagian Kerajaan Beraja Hungary") bermula pada tahun 1570 sehingga kematian beliau pada 1571.
Perjanjian ini, sepertimana Perjanjian Nagyvárad sebelumnya, mengesahkan prinsip sebuah negara Hungary yang bersatu. Partium dan Transylvania telah diserahkan kepada John Sigismund Zápolya, sebagai sebuah wilayah naungan kepada Maximilian. Seperti yang dinyatakan di atas, meskipun Partium telah dikuasai oleh Zápolyas, tetapi kini Habsburg mengakui ketuanan beliau. Dalam kata lain, John Sigismund memperdagangkan gelaran beliau untuk mendapat wilayah pemerintahan.
Oleh itu, Kerajaan Beraja Hungary Timur menjadi negeri pendahulu kepada Prinsipaliti Transylvania (1570–1711). Meskipun John Sigismund menumpahkan taat setia kepada Maximilian, Putera Transylvania memerintah wilayah ini secara hampir autonomi di mana beliau sering kali menghantar ufti kepada Empayar Uthmaniyyah. Austria dan Turki bersaing untuk menguasai wilayah ini selama hampir dua kurun. Selepas tahun 1570, Raja Hungary merujuk wilayah ini sebagai "Hungary Diraja"; manakala rujukan kepada Putera pula adalah "Prinsipaliti Transylvania".