Hubungan Filipina–Malaysia

Tuntutan Kesultanan Sulu ke atas Sabah

Kawasan timur Sabah pada awalnya merupakan hak Kesultanan Sulu yang berpusat di Filipina Selatan setelah diberikan oleh Kesultanan Brunei.

Perjuangan pemisah Mindanao

Saiz pulau Mindanao memang agak besar dan majoriti penduduknya agak berbeza dengan pulau-pulau di utara Filipina seperti pulau Luzon. Kepulauan Mindanao pernah mempunyai kesultanan sendiri yang berasaskan kepada penduduknya yang beragama Islam. Malahan ahli pelayaran Ferdinand Magellan dari Sepanyol terbunuh oleh penduduk berugama Islam di pulau Magtan.
Perbezaan tradisi yang menjadi amalan penduduk berbangsa Moro di Selatan juga berlainan dari suku kaum Tagalog yang berada diutara (Luzon)juga menjadi penghalang kepada penyatuan ini. 
Jika penduduk di Pulau Luzon berugama Islam, perjuangan menuntut kemerdekaan dari Manila mungkin tidak berlaku. Tetapi oleh kerana agama Kristian menjadi anutan penduduk Filipina di utara dan mahu mengembangnya ke selatan, menyebabkan rasa ketakutan dan rasa tidak selamat itu terjadi.Akhirnya perjuangan penduduk Moro dikepulauan selatan mengenai tuntutan kemerdekaan dan pemisahan serta autonomi ini telah menjadi perang agama - jihad dan perang suci.(menurut kepercayaan Umat Islam),jika mereka mati kerananya, maka mereka akan mati syahid.dan diberi balasan memasuki Syurga .  
Kemiskinan dan hidup terbiar di selatan menyebabkan penduduk di Mindanao terutama di Jolo merasakan apalah gunanya para pemimpin politik dan angkatan tentera dari utara Filipina.Suku Moro tidak pernah mengakui pemerintahan Filipina keatas mereka dan mendakwa mereka tidak pernah ditakluki walaupun hakikatnya kepulauan selatan itu berulang kali diserang dan dimusnahkan kerajaan atas sebab penentangan mereka sebelumnya. 
Kerajaan Filipina telah lama mengamalkan dasar transmigrasi dari utara (baca: Kristian) ke wilayah selatan bagi mengubah bentuk demografi penduduk. Dasar ini memang tidak dapat dielakkan kerana itu memang menjadi dasar kerajaan Filipina. Semakin lama bilangan penduduk yang berugama Kristian semakin bertambah dan menguasai ekonomi Mindanao. Sementara penduduk Islam semakin terbiar dan melarat dan terpaksalah berhijrah ke Sabah untuk menyelamatkan diri dan cuba untuk meraih sokongan antarabangsa terutamanya dari Malaysia bagi menuntut penubuhan negara mereka sendiri.Akhirnya ramai daripada pelarian ini berputus asa lantas berusaha memohon belas kasihan kerajaan Malaysia untuk menjadi warganegara.

Dokongan negara Libya

Satu ketika pemimpin Libya di utara Afrika merasa terpanggil untuk membela penduduk minoriti Islam di seluruh dunia. Petroleum di buminya disalurkan kepada penduduk minoriti ini untuk tujuan pembangunan sosial dan ekonomi. Tetapi pertubuhan yang menerima dana ini menggunakannya untuk membeli senjata sisa Perang Vietnam untuk tujuan perjuangan bersenjata tatkala diserbu oleh tentera kerajaan.
Tahun 1970-an menyaksikan banyak bantuan dari Libya disalurkan kepada penduduk Islam di Mindanao untuk membantu membina masjid, pendidikan, kebajikan dan lain-lain. Nur Misuari yang berpendidikan tinggi dari wilayah Mindanao mendapat kelebihan dari bantuan Muammar al-Gaddafi dari Libya ini. Sebenarnya orang Islam lebih rapat dengan Arab Saudi kerana mereka biasa mengerjakan haji dan umrah di Makkah dan Madinah.Tambahan pula kebanyakan Rakyat Sulu adalah berdarah "Sharif-sharif" yang datang dari tanah Arab. Keluarga Diraja Sulu juga adalah berdarah "Sharif" dari susur-galur Kesultanan Brunei (Sultan Sharif Ali @ Barkat Ali) dan berdarah "Said/Syed" dari susur-galur Sultan Shariful Hashim (Sultan Pertama Kesultanan Sulu). Tetapi keluarga Saud yang menguasai Arab Saudi tidak berbuat sesuatu untuk puak minoriti Islam ini.

Gencatan senjata

Perjuangan bersenjata di Mindanao tidak selari dengan matlamat Perlembagaan Filipina. Sebarang pemberian kuasa autonomi kepada Gabenor Mindanao iaitu hanya bertentangan dengan Perlembagaan Filipina.
Amerika Syarikat dan Filipina mendapat 'lesen' untuk menggerakkan tentera marin ke Mindanao terutama di Jolo. Selepas peristiwa 911, hak asasi manusia tidak lagi mendapat tempat. Sebaliknya semua puak minoriti dituduh sebagai pengganas atau menaja keganasan dan dengan itu dasar 'pre emtif' perlu dilaksanakan sebelum membarah dan menggugah dunia. Satu demi satu penculikan, pembunuhan, pelanunan muncul dan kambing hitamnya ialah kumpulan Abu Sayyaf. Siapa Abu Sayyaf ini tidak jelas kerana ia tiba-tiba muncul dan gah.
Kerajaan Filipina dapat ditanggap sebagai tidak ikhlas untuk mencari perdamaian / gencatan senjata di Mindanao. Walaupun dari segi politik Presiden Gloria Macapagal-Arroyo mahukan gencatan senjata, tetapi tentera Filipina dikerah pula ke sana. Tentera Filipina ini dikatakan melakukan latihan ketenteraan dengan tentera marin Amerika Syarikat.
Akibat gencatan senjata yang tertangguh beberapa kali berkait dengan alasan bertentangan dengan Perlembagaan Filipina. Malaysia memutuskan untuk menamatkan penyertaan tentera Malaysia dalam misi Pasukan Pemantau Antarabangsa di Selatan Filipina. 
Nur Misuari telah ditangkap di malaysia sebelum diserahkan kepada kerajaan Filipina.

Kepulauan Spratly

Kepulauan Spratly lebih merupakan terumbu karang dan sesuai dimajukan sebagai destinasi perlancongan antarabangsa sebagaimana Seycheles, Guam dan lain-lain.
Lebih dari itu, Filipina tidak mempunyai sumber petroleum dan menjangkakan boleh digali darinya. Pelbagai negara seperti Malaysia, Filipina, Vietnam, China dan Brunei menuntut kepulauan ini.
Setakat ini Malaysia memajukan pulau Layang-Layang sebagai destinasi perlancongan eksklusif. Spratly hampir sangat dengan pulau Palawan di Filipina. Malahan ekor Pulau Palawan menganjur ke pulau Spratly.
Perkara Kepulauan Spartly ini nampaknya dirumitkan oleh pelbagai pihak. Kepulauan Spartly ini berada disempadan diantara Laut Cina Selatan & Laut Sulu. Bagi rekod Sulu, Kepulauan Spartly itu adalah wilayah persinggahan Orang-orang Sulu untuk menangkap ikan memandangkan ianya sangat dekat dengan Pulau Palawan yang sememangnya Pulau Palawan adalah salah-satu pulau wilayah jajahan Kesultanan Sulu, selain Pulau Jolo, Tawi-Tawi & Basilan. Ada rekod juga mengatakan, yang pihak Jepun pernah "Menyewa" wilyah kepulauan Spartly ini dari Kesultanan Sulu. Malangnya "Surat Perjanjian" tersebut telah hilang, untuk dijadikan sebagai Bukti.
Penyelasaian tuntutan ke atas Kepulauan Spartly ini adalah diantara Kerajaan China,Taiwan, Vietnam, Malaysia dan Filipina. Namun kerana tiadanya wujud kini perundingan yang berkesan, maka pihak China tidak boleh membuat kata putus dalam hal tersebut walaupun telah banyak kali membuat perundingan dengan pihak-pihak yang membuat tuntutan keatas Kepulauan Spartly tersebut.Manakala isu perhubungan Kepulauan Spartly yang kononnya dibawah milik Kesultanan Sulu adalah tidak berasas disebabkan tiada bukti yang kukuh.(hanya cerita lama yang diperolehi secara lisan dari turun temurun.)

Pulau Tawi-Tawi dan Pulau Sebatik

Pulau Tawi-Tawi pernah dituduh oleh Filipina menjadi tempat latihan tentera Malaysia pada era Macapagal menjadi Presiden Filipina. Tetapi apabila Marcos menjadi presiden, isu ini semakin tenggelam dan tuntutan Filipina ke atas Sabah semakin sejuk, tetapi tidak hilang sepenuhnya.
Pulau Sebatik memang jelas kepunyaan Malaysia. Tahun-tahun 1965, Batalion ke-5 Rejimen Askar Melayu DiRaja banyak melakukan operasi dan latihan di pulau tersebut.
Isu Pulau Sibatik menjadi 2 bahagian kerana pada masa lalu, pihak British North-Borneo Company (BNBC) yang menyewa Wilayah North-Borneo dari Sultan Sulu (Perjanjian Pajakan 1878) percaya bahawa sempadan wilayah Kesultanan Sulu yang dipajak nya itu adalah sehingga Sungai Sibuko. Manakala pihak Belanda pula percaya jajahan Kesultanan Bulungan ke atas wilayah North-Borneo menganjur sampai ke atas yang kini adalah daerah Tawau. Untuk meleraikan pertikaian tersebut buat sementara waktu, pihak ICJ di Netherland telah membuat keputusan agar wilayah yang dipertikaikan itu "Dibahagi Dua" maka itulah akhirnya Pulau Sibatik menjadi 2 Bahagian. Namun jika dirujuk wilayah North-Borneo yang telah diserahkan oleh Kesultanan Brunei kepada Kesultanan Sulu pada 1695, sememangnya seluruh wilayah ke Utara, garis lintang dari Teluk Kimanis ke Sungai Sibuko termasuk kawasan Ambalat dekat Teluk Darvel yank kini dituntut oleh pihak Indonesia & Malaysia adalah bekas tanah jajahan Kesultanan Sulu.