Žemaitija

Ziemeļu krusta kari

1219. gada baltu cilšu miera līgumu ar Galīcijas-Volīnijas kņazu parakstīja 21 ķēniņi, starp kuriem bija arī žemaišu kunigaiši Vikints un Gerdvils.
1236. gadā Saules kaujas laikā žemaišu karaspēks sagrāva Zobenbrāļu ordeni.
1244. gadā žemaiši piedalījās Lietuvas dižunigaiša Mindauga vadītajā karagājienā uz Kursu, bet cieta sakāvi kaujā pie Embūtes pilskalna.
1248. gadā žemaišu ķēniņa Vikinta vadītais karaspēks cieta sakāvi karagājienā uz Smoļenskas kņazisti. Lietuvas dižkunigaitis Mindaugs mēģināja pakļaut viņu zemes savai varai. Vikints iesaistījās plašā opozīcijā pret Mindaugu kopā ar Galīcijas kņazu Danielu un Livonijas ordeni.
1251. gadā Lietuvas dižkungs Mindaugs uzsāka sarunas ar Livonijas ordeņa mestru Andreasu no Štīrijas (Andreas von Stirland, 1248—53) par pāriešanu katoļu ticībā. Mindaugs piekrita Zemgales un Žemaitijas nonākšanai Livonijas ordeņa pakļautībā.
1253. gada 6. jūlijā notika Mindauga kronēšana. Mindaugs saņēma no Livonijas mestra Lietuvu kā feodālo lēni, bet viņam bija jāatdod Livonijas ordenim daļu Žemaitijas (pusi no Raseiņiem (Rasseyene), Laukuvas (Lukowe), Betigalas (Betegalle), Arjogalas (Eregalle) un jātvingu Dainavas (Deynowe) teritorijas, bet visu Kuleni, Karšuvu, Kraži (Crase), Nadravu (Nederowe), Veizi (Weyze, aliud Weyse) un Vangu (Wange).
1259. gadā žemaiši sakāva Vācu ordeņa un Livonijas ordeņa apvienoto karaspēku kaujās pie Skodas un 1260. gadā Durbes kaujā. Tādēļ Mindaugs lauza miera līgumu ar Ordeni, atsacījās no kristietības un sāka karu pret krustnešiem.

Strīdus teritorija

1263.—1398. gadā Žemaitijas teritorija atradās konfliktu zonā starp Lietuvas dižkunigaitiju un Vācu ordeņa teritorijām Livonijā un Prūsijā. 
1398. gadā pēc Saliņas līguma noslēgšanas dižkunigaitis Vītauts Dižais noslēdza miera līgumu ar Vācu ordeni, kurā "iznomāja" Žemaitiju ordeņa lielmestram. Tika izveidota Žemaitijas fogteja (Vogtei Samogitien), kuras pārvaldei lielmestrs iecēla īpašu fogtu. No 1405. gada fogta pienākumus pildīja vēlākais lielmestrs Mihaels Kihmeisters no Šternbergas (Michael Küchmeister von Sternberg).
1409. gadā sākās žemaišu sacelšanās, ko atbalstīja Polijas karalis Jagailis, kas bija formālais iemesls lielmestra Ulriha fon Juningena lēmumam doties karagājienā uz Lietuvu, kas beidzās ar Vācu ordeņa sagrāvi Grunvaldes kaujā. 
1411. gadā pēc Pirmā Toruņas līguma Žemaitija tika iekļauta Lietuvas dižkunigaitijas sastāvā. 
1422. un 1426. gadā pēc Melnas līguma apstiprināšanas Vācu ordenis atteicās no Žemaitijas, kurai pievienoja arī Kursas, Zemgales un Sēlijas dienvidu daļas. 
Tikai pēc tam 15. gadsimtā žemaiši kā pēdējā no Baltijas tautām atteicās no savas tradicionālās reliģijas un pieņēma katolicismu.
Livonijas un Žemaitijas robežlīgumi slēgti 1426., 1473., 1529. un 1541. gadā.

Polijas-Lietuvas kopvalstī

Polijas-Lietuvas kopvalstī Žemaitijai bija īpašs administratīvais statuss — seņūnija jeb hercogiste (latīņu: Ducatus Samogitiae). Salīdzinot ar citām Lietuvas daļām, tā bija mazāk pakļauta pārpoļošanai un slāvu tautu kultūras ietekmēm. 
1655. gada 20.oktobrī Otrā Ziemeļu kara laikā Žemaitijas pilsētā Ķedaiņos tika parakstīts līgums par Zviedrijas-Lietuvas kopvalsts izveidi, kas paredzēja Žemaitijas hercogistes pašnoteikšanās tiesības Zviedrijas-Lietuvas vasaļatkarībā.

Krievijas impērijā

19. gadsimtā Žemaitija veidoja Kauņas guberņas lielāko daļu un bija lietuviešu nacionālās atmodas centrs, kurā lielā nozīme bija nelegālajiem lietuviešu "grāmatnešiem" (knygnešiai) no vācu pārvaldībā esošā Mēmeles apgabala.