Livonijas un Lietuvas reālūnija

Priekšvēsture

16. gs. sākumā noritēja Livonijas-Maskavijas un Lietuvas—Maskavijas kari, kas parasti beidzās ar ilgstošu pamieru noslēgšanu. 1554. gada Livonijas-Maskavijas 15 gadu pamierā bija iekļauts punkts, kas liedza Livonijai veidot militāru savienību ar Lietuvu. Šajā laikā saasinājās Livonijas ordeņa un Rīgas arhibīskapijas cīņas, sākoties tā dēvētajam Koadjutoru karam. Ordenis guva panākumus, un Rīgas arhibīskapa pusē konfliktā iesaistījās Sigismunds II Augusts, kas ar lielu armiju devās Bauskas virzienā. Ordenis bija spiests līgt mieru un noslēgt Pasvales līgumu, ar kuru Livonija un Lietuva atrisināja savstarpējos konfliktus un izveidoja slepenu militāru aliansi, kurai spēkā būtu jāstājas pēc Livonijas-Maskavijas pamiera beigām 12 gadus vēlāk. Tomēr strīds, ko izraisīja Ivana IV pretenzijas pēc Tērbatas bīskapijas nodevām, jau 1558. gadā izraisīja Livonijas kara sākšanos.

Viļņas līgums (1559)

Militāri neveiksmīgā Livonijas ordeņa mestra fon Firstenberga vietā 1559. gada sākumā par ordeņa mestru izvirzījās Gothards Ketlers, kas 21. februārī tika pilnvarots sākt sarunas ar Sigismundu II. 12. martā Ketlers jau bija Bauskā, lai caur Viļņu dotos uz Krakovu, kur uzturējās līdz maijam. Poļu un lietuviešu augstmaņu viedokļi par atbalstu Livonijai atšķīrās. Sigismunda II iejaukšanos Livonijā neatbalstīja Polijas Sejms, kas vēlējās saglabāt pamieru ar Krieviju. Sigismunds II ieteica Ketleram runāt ar lietuviešiem, kuras augstmaņi bija gatavi riskēt Livonijas iegūšanas dēļ. Ordenis bija gatavs kļūt par Lietuvas vasali un nodot tās kontrolē četrus cietokšņus. Sigismunds II šo piedāvājumu nosūta Lietuvas Sejmam Viļņā, vienlaikus norādot, ka valsts kasē nav naudas karam. Tā kā lietuvieši kavējās ar lēmumu, Sigismunds II kopā ar Ketleru devās uz Viļņu, kur ieradās jūlija vidū. Arī Rīgas arhibīskaps Brandenburgas Vilhelms nosūtīja pārstāvjus sarunām ar karali. Arhibīskaps instrukcijās norādīja, ka runāt var tikai par zemju ieķīlāšanu apmaiņā pret militāru palīdzību, bet ne par pilnīgu pāriešanu Sigismunda II pakļautībā.
Ketlers centās pārliecināt lietuviešus, norādot uz briesmām kādas tiem radīs Krievijas iekarojumi Livonijā, kā arī uz Pasvales līguma radīto aliansi. 1559. gada 31. augustā noslēdza Viļņas līgumu starp Ordeni un Lietuvu, ar kuru Ketlers nodeva sevi un Livonijas ordeņa zemes Sigismunda II aizsardzībā. Lai kompensētu Lietuvas militāros izdevumus, Ketlers Sigismundam II ieķīlāja Sēlijas zemes no Lietuvas robežas līdz Aizkrauklei, kā arī Bauskas, Rēzeknes, Ludzas, Daugavpils un Sēlpils pilis ar visām zemēm un iedzīvotājiem. Sigismunds II apņēmas šīs zemes pārvaldīt pēc Livonijas likumiem, neaizskarot esošās privilēģijas un brīvības. Ordenim bija atstātas tiesības šīs zemes pēc kara beigām izpirkt par 600 000 florīniem.
1559. gada 15. septembrī līgumam ar Lietuvu pievienojās Rīgas arhibīskaps, nododot savas zemes un iedzīvotājus Sigismunda II aizsardzībā. Arhibīskaps Lietuvas valdniekiem piešķīra Viļakas, Lielvārdes, Lubānas un Bērzaunes pilis. Arhibīskapam bija tiesības pēc kara šīs zemes izpirkt par 100 000 florīniem. Sigismunds II Lielvārdi 1560. gada 15. februārī bez atlīdzības atdeva arhibīskapam. Apmaiņā pret Sigismunda II solīto militāro atbalstu ieķīlātās Livonijas teritorijas aizņēma apmēram 1/6 no visas Livonijas, un ķīlas nauda bija tik liela, ka nedz Ordenim nedz arhibīskapam nebija cerību to samaksāt.
Lai iztiktu bez saskaņošanas ar Polijas Sejmu, šos līgumus Sigismunds II slēdz kā Lietuvas lielkņazs. Krievijas nomierināšanai Sigismunds II paziņo, ka līgumu ar Livoniju slēdz nevis kā ar sabiedroto, bet kā ar sev padotu teritoriju. 1559. gada septembrī Cēsīs notika Ordeņa kapituls, kas atbalstīja Ketleru, taču Svētās Romas impērijas ķeizars par likumīgo mestru joprojām uzskatīja fon Firstenbergu, kurš tikai 1660. gada pavasarī nodeva savas pilnvaras Ketleram. Tādējādi radās šaubas par to, vai Ketlera noslēgtais Viļņas līgums vispār bija juridiski saistošs.
Lietuvas apņemšanās aizsargāt Livoniju nozīmēja nepieciešamību pēc jauniem nodokļiem. Ņemot vērā neražu, uzlikto nodokļu apjomu samazināja. Lietuvas augstmaņi lūdza Sigismundam II muižas un īpašumus Livonijā nepiešķirt ārzemniekiem (poļiem), bet tikai Lietuvas augstmaņiem, lai tie varētu iegūt jaunus ienākumu avotus. Sigismunds II atbildēja, ka Livonija viņam nepieder, taču solījās ņemt vērā Lietuvas intereses. Lietuvas pārstāvji ieradās Maskavā, kur centās pārliecināt caru un bajārus nekarot Livonijā, kas tagad nonākusi Lietuvas aizsardzībā.

Militārā sadarbība (1559—1561)

Nodrošinājies ar Lietuvas atbalstu, 1559. gada novembrī Ketlers uzbruka krieviem pie Tērbatas. Krievi atbildēja ar pretuzbrukumu. Nikolaja Radvila vadītā lietuviešu armija devās uz Livoniju, bet krievus šeit vairs nesastapa. 1560. gada maijā Krievija atkal iebruka Livonijā un tai pretī devās Hieronima Hodkeviča 14 000 kareivjus lielā armija, kas sākumā izvietojās ap Bausku. Otra lietuviešu armija ar 15 000 kareivjiem apmetās Krievijas pierobežā, pie Ludzas. Pēc neveiksmīgām sadursmēm ar Krievijas armiju, Hodkevičs lika saviem spēkiem atkāpties uz Sēlpili. Krievijas karaspēks tikmēr guva panākumus igauņu zemēs un Ērģemes kaujā gandrīz pilnībā iznīcināja dažus simtus lielo Ordeņa armiju. Pēc krievu atkāpšanās no latviešu zemēm, Lietuva reģiona daudzajās pilīs un cietokšņos izvietoja ap 3350 kareivju. Pēc Ketlera palīdzības lūgumiem jaunais lietuviešu komandieris, Hieronima dēls Jans Hodkevičs pieprasīja ielaist Lietuvas armiju Rīgā. 1660. gada novembrī Rīga uzņēma 200 poļu kavalēristus.
Naudas trūkums aizkavēja algu izmaksu Ordeņa vācu algotņiem, kas bez cīņas pameta cietokšņus, un sāka aplaupīt vietējos iedzīvotājus. Līdzekļu iegūšanai Ketlers sāka zemju ieķīlāšanu. 1559. gada 6. decembrī viņš Rīgai pret 30 000 markām ieķīlā Vecmuižu. 1560. gada 6. aprīlī pret 50 000 guldeņu ieķīlā Grobiņas draudzes novadu Prūsijas hercogam. 1561. gadā karadarbība atsākās bez izšķirošiem rezultātiem. Ordenis, kā militārs spēks, vairs nepastāvēja. Sākās politiskā cīņa par Livonijas zemju kontroli.

Livonijas sadalīšanās

Laikā no 1557. līdz 1566. gadam Livonijas konfederācijas laicīgie un garīgie valdnieki noslēdza vairākus līgumus, ar kuriem viņu zemes pārgāja Dānijas, Zviedrijas, Lietuvas (un Prūsijas hercogistes) pakļautībā. 1559. gada 26. septembrī bīskaps Johans IV fon Minhauzens par 30 000 dālderiem pārdod Sāmsalas-Vīkas bīskapijas, un vēlāk arī Kurzemes bīskapijas zemes Dānijas karalim Frederikam II, kas tās nodeva savam 19 gadus vecajam brālim Magnusam. No 1561. līdz 1567. gadam Magnuss dzīvoja Piltenē un nosargāja Piltenes apgabala neatkarību no topošās Kurzemes un Zemgales hercogistes. Vēlāk Piltenes apgabals atradās neskaidrā situācijā, tas nebija nedz Kurzemes un Zemgales hercogistes daļa, nedz Pārdaugavas Livonijas hercogistes daļa. 1617. gadā to nodeva tiešā Polijas-Lietuvas karaļa pārvaldē.
Tā kā Ordenis bija gandrīz pilnībā iznīcināts un Sigismunda II karaspēks nesteidzās palīgā, Ziemeļlivonijas bruņniecība sāka sarunas ar Zviedriju. 1561. gada 4. jūnijā Harju, Viru un Jervas bruņniecība pārgāja Zviedrijas pakļautībā, kam 6. jūnijā sekoja Tallinas pilsēta. 2. augustā Zviedrijas karalis Ēriks XIV atstāja spēkā visas iepriekš pastāvošās Livonijas privilēģijas. Izveidojās Zviedru Igaunija.
Uzzinot par Tallinas rīcību, Sigismunds II uz Rīgu nosūtīja Radvila Melnā vadītu armiju. Iepazinies ar situāciju, Radvils nolēma, ka vienīgais risinājums ir Livonijas pievienošana Lietuvai. Rīgā sasauktajā Livonijas augstmaņu sapulcē Rīgas arhibīskaps un Ordenis bija gatavi pāriet Sigismunda II pakļautībā, kamēr Rīgas pilsēta izvirzīja vairākas prasības, kas norādīja uz tās vēlmi iegūt impērijas brīvpilsētas statusu.

Viļņas ūnija (1561)

Dānijas un Zviedrijas ienākšana Livonijā radīja risku, ka tām varētu padoties aizvien lielākas teritorijas, tai skaitā Rīga un Pērnava. Sigismunds II nevarēja ilgāk vilcināties ar Livonijas iegūšanu. 1561. gada 30. maijā karalis paziņo, ka ņemot vērā ne tikai Krievijas, bet arī Zviedrijas un Dānijas iejaukšanos Livonijā, 1559. gada Viļņas līgums par aizsardzību ir zaudējis spēku, un Livonijai pilnībā jāpāriet Sigismunda II pakļautībā. Uz Livoniju nosūtīja brālēnus Radvilus — Radvilu Melno un Radvilu Rudo. Karaspēku komandē Radvils Melnais, kurš aizsargā Pērnavu no iespējamā zviedru uzbrukuma. Tikmēr Radvils Rudais ved diplomātiskās sarunas ar Livoniju. Radvils Rudais piedāvā karaļa kontrolē nodot Rīgu un visas zemes uz ziemeļiem no Daugavas, kamēr Kurzeme un Zemgale paliktu Ketleram.
1561. gada 8. septembrī Rīgas pilsēta piekrīt pāriet Sigismunda II pakļautībā. Oktobra vidū Rīgas pilsētas, Ordeņa un Rīgas arhibīskapa delegācijas ierodas Viļņā. Rīgas delegācija ierosināja, ka vispirms jāpanāk, lai Svētās Romas impērija atsakās no savām tiesībām pār Livoniju, kas tad varētu pāriet Polijas pakļautībā. Sigismunds II nebija saņēmis Polijas Sejma piekrišanu Livonijas pievienošanai, tāpēc sarunas veda Lietuvas lielkņazistes pārstāvji. 25. oktobrī lietuvieši iesniedz sagatavotā līguma tekstu, ar kuru Livonija pāriet Sigismunda II pakļautībā. Pēc tā noteikumiem Rīgas arhibīskaps līdz mūža beigām saglabātu savus īpašumus un privilēģijas. Ketlers kļūtu par hercogu un Sigismunda II vasali. Rīgas pilsēta saglabātu savas brīvības un privilēģijas. Rīgas pilsētas delegāti sāka kritizēt līguma neprecīzos un neskaidros formulējumus, kas neatbildēja uz pilsētai svarīgiem politiskajiem un ekonomiskajiem jautājumiem. Rīdzinieki piedāvāja, lai tikai Ordenis un arhibīskaps noslēdz līgumu ar Sigismundu II, kā Livonijas garīgie un politiskie vadītāji. Novembra beigās notika šķelšanās starp Ketleru un Ordeņa pārstāvjiem, kas vēlējās pēc iespējas ātrāk pāriet Sigismunda II pakļautībā.
28. novembrī Ketlers un Ordeņa delegāti zvērēja uzticību Sigismundam II un noslēdza Viļņas ūniju. Rīgas arhibīskaps uzticību zvērēja personīgi, nevis kā Rīgas kungs, jo Rīgas delegācija no zvēresta došanas atturējās, skaidrojot, ka vēl ir uzticīgi iepriekšējiem zvērestiem arhibīskapam un Ordenim. Tā kā Rīga atteicās zvērēt uzticību karalim, izveidojās Rīgas brīvpilsēta.
Livonijas pārstāvji vēlējās Padošanās līgumu noslēgt ne tikai ar Lietuvu, bet arī Poliju, kuras Sejms šādu ūniju vēl nav apspriedis. Tāpēc līgumu slēdz Sigismunds II, kurš apņemas vēlāk panākt Polijas piekrišanu ūnijai. Viņš arī apņemas nodrošināt Svētās Romas impērijas piekrišanu ūnijas noslēgšanai. Ar atsevišķu Sigismunda Augusta privilēģiju valdnieks apsola saglabāt ticības brīvību protestantiem, neiejaukties esošajās muižnieku un tiesu tradīcijās un privilēģijās. Tas bija tipiski Lietuvas lielkņazistei, kas izplešot savu varu bijušās Kijevas Krievzemes zemēs parasti apsolījās “veco nelauzt, jauno neieviest”. Dodoties prom no Viļņas, Sigismunds II Livonijas pārvaldi nodeva Radvilam Melnajam, uzticot viņam augstāko civilo varu.
Sarunu beigas un zvērestu došana Viļņā notika tādā steigā, ka oficiālais Padošanās akts (Pacta subiectionis) tika sagatavots vēlāk, un stājās spēkā 1562. gada 5. martā, kad Radvils Rīgā pasludināja Ketleru par hercogu, bet nākamajā dienā par Livonijas vietvaldi.
Ūnijas līgums ietvēra Padošanās aktu (latīņu: Pacta subjectionis) par Livonijas padošanās noteikumiem un Sigismunda Augusta privilēģiju (latīņu: Privilegium Sigismundi Augusti), kas garantēja Kurzemei evaņģēliski-luteriskās baznīcas, vācu valodas un pašpārvaldes tiesības. Šo privilēģiju oriģināls gan nav saglabājies. Kurzeme un Zemgale tiesību ziņā tika pielīdzinātas Prūsijas hercogistei, izveidojot autonomas Kurzemes un Zemgales hercogistes un piešķirot to mantojuma lēnī pēdējam ordeņa meistaram Gothardam Ketleram. Pārējā Livonijas ordeņa teritorijā nodibināja Pārdaugavas Livonijas hercogisti, kas atradās personālūnijā ar Lietuvu un tās nākamajiem valdniekiem.
1562. gada 28. janvārī Nikolajs Radvils ierodas Rīgā, un mēģina pārliecināt Rīgas pilsētu pievienoties Viļņas ūnijai. Pilsēta apsola to izdarīt pēc tam, kad ūniju būs apstiprinājis Polijas Sejms. 3. martā Ketlers atbrīvo visus Ordeņa padotos no uzticības zvērestiem. Svinīgā ceremonijā 5. martā Ketlers Radvilam nodod Ordeņa piļu atslēgas un zīmogus, Ordeņa brāļi novelk savas formas. Ketlers kļūst par Sigismunda II vasali, kļūstot par Kurzemes un Zemgales hercogu un Livonijas vietvaldi.

Grodņas ūnija (1566)

Ūnija tika slēgta ar Sigismundu II kā Lietuvas lielkņazu. Viļņas ūnija ir pagaidu līgums, līdz brīdim, kad Polijas Sejms dos savu atbildi. Ja Polija atteiktos no kopīgas ūnijas ar Livoniju, tā pilnībā nonāku Lietuvas sastāvā. 1562. gada 22. novembrī sanāk Polijas Sejms, kas jautājumu par Livoniju neizskata. Livonijas karš turpinās neveiksmīgi, un 1563. gada 15. februārī tiek zaudēta Polocka. 1566. gadā Lietuva piedāvāja krieviem sadalīt Livoniju (atdot bijušo Tērbatas bīskapijas daļu), tomēr cars Ivans IV izlēma turpināt karu. 1566. gadā Lietuvas Sejms, balstoties uz 1561. gada Viļņas ūniju, nolemj iekļaut Livoniju Lietuvas lielkņazistē. Ketleru atceļ no Livonijas vietvalža amata, kurā ieceļ Janu Hodkeviču ar gandrīz neierobežotām militārās un civilās varas pilnvarām. Viņam arī jānodrošina tas, lai nākamais Livonijas landtāgs apstiprina lēmumu par pievienošanos Lietuvai.
1566. gada beigās Lietuvas Sejms vēlas zināt par Hodkeviča paveikto, un 25. decembrī tiek paziņots, ka Pārdaugavas Livonijas hercogiste uz visiem laikiem ir iekļauta Lietuvas sastāvā. 26. decembrī Grodņas ūnija saņem oficiālu Sigismunda II apstiprinājumu. Pārdaugavas Livonija atzīst Lietuvas valdnieka un viņa mantinieku varu, nosūtīt pārstāvjus uz Lietuvas Sejmu. Vienlaikus Livonija lūdz atzīt protestantu tiesības un vācu valodu valsts pārvaldē. Tiek izveidoti Rīgas, Turaidas, Cēsu un Daugavpils novadi. Pārdaugavas Livonija arī saņem jaunu ģerboni — baltu grifu sarkanā laukā.
Lietuvas grūtības Livonijas karā paātrināja Ļubļinas ūnijas noslēgšanu 1569. gadā. Ļubļinā bija ieradušies arī Livonijas pārstāvji. Lietuvieši uzskatīja, ka livoniešiem, kā Lietuvas daļai, zvērests ūnijia jādod kopā ar Lietuvas delegātiem. Poļi iebilda, uzstājot, ka Livonija ir atsevišķa province, kurai jākļūst par Polijas-Lietuvas kopvaldījumu. Livonijas pārstāvji deva atsevišķu zvērestu ūnijai 1569. gada 3. augustā. Pārdaugavas Livonijas hercogiste, tāpat kā Kurzemes un Zemgales hercogiste kļuva par Polijas-Lietuvas kopīpašumu taču Lietuvas augstmaņi turpināja uzstāt, ka Livonija pieder tikai Lietuvas lielkņazistei, nevēloties varu un ienākumus no jaunajām provincēm dalīt ar Poliju.

Zviedrijas iekarojumi

Sigismunda III ordinācijām nebija cerēto rezultātu. Tuvojoties zviedru armijai, Livonijas muižnieki pārgāja viņu pusē. 1601. gada maijā Cēsis notiek zviedru rīkots landtāgs, kurā vietējie muižnieki zvēr uzticību Zviedrijai, taču Sigismunda III karaspēks sāk gūt uzvaras, un daudziem muižniekiem nākas bēgt. 1605. gadā zviedrus smagi sakauj Salaspils kaujā. Turpmākajos gados karš turpinās ar mainīgām sekmēm, tiek noslēgti vairāki pamieri. 1621. gada septembrī zviedru karalis Gustavs II Ādolfs ieņem Rīgu, bet oktobrī Jelgavu. 1622. gadā zviedri zaudē Jelgavu, bet iekaro Valmieru. Zemes postīšana turpinās līdz 1629. gada Altmarkas pamiera noslēgšanai. Lai arī zviedri uz neilgu laiku bija ieņēmuši Rēzekni un Daugavpili, tās paliek Polijas-Lietuvas īpašumā. Zviedri arī atsakās no pretenzijām uz Jelgavu. Livoniju sadala pa Pededzes un Aiviekstes upju līnijām. Altmarkas pamieru 1635. gadā pagarināja vēl uz 35 gadiem. Galīgo mieru un zemju sadalījumu apstiprināja 1660. gada Olivas miera līgums. Pēdējais Polijas-Lietuvas neveiksmīgais mēģinājums atgūt Rīgu un Livonijas ziemeļus notika 1700. gadā, kad tām uzbruka Augusts II Stiprais.
Ziemeļu Septiņgadu kara laikā (1563.-70.) Dānija zaudēja Ziemeļigaunijas zemes Zviedrijai, saglabājot kontroli pār Sāmsalu. Pēc dāņu-zviedru 1643.-45. gada kara, Zviedrija ieguva arī Sāmsalu.

Kontrreformācija

Protestantisms ļoti strauji izplatījās Livonijas pilsētnieku un vācu muižnieku vidū. Katoļu garīdzniecība daudzviet, īpaši laukos, izzuda gandrīz pilnībā. Protestantu mācītāju trūkums noveda pie vēl neizzudušo tautas ticējumu un paražu nostiprināšanās. Zemnieku nevēlēšanās pieņemt luterismu noveda pie dažādām raganu prāvām. Kristietības panīkumu pastiprināja Livonijas karš.
Stefana Batorija varas laikā sākas katolicisma atjaunošana. 1582. gada 7. aprīlī katoļiem atdod Rīgas Jēkaba baznīcu. Bijušo Marijas Magdalēnas klosteri nodod jezuītiem, kas tur atjauno sieviešu klosteri. Rīgas latviešu draudzes vajadzībām piešķir Jāņa baznīcu. Līdz ar karali Rīgā ierodas vairāki jezuīti, viens no tiem ir Ērdmans Tolgsdorfs, kas aktīvi strādāja Rīgā un Valmierā. 1585. gadā Viļņā iespiež viņa iztulkoto katehismu latviešu valodā. 
Jezuītu ziņojumi par situāciju zemnieku vidū liecina, ka tie gandrīz neko nesaprot no kristietības, joprojām ziedo mājas dievībām un pielūdz svētkokus. Lai piepildītu kara nopostīto Livoniju ar iedzīvotājiem, jezuīti atbalsta idejas par Rietumeiropas katoļu kolonistu migrāciju. Jezuīti Rīgā un Tērbatā nodibināja skolas, drīz pastāvēja desmit katoļu draudzes. Jezuītu panākumus izskaidro arī tas, ka viņi mācījās latviešu un igauņu valodas, un varēja sazināties ar vietējiem zemniekiem. 17.gs. sākumā jezuīts Georgs Elgers tulkoja reliģiskus tekstus latviski. 
Svarīgs solis ir katoļu Cēsu bīskapijas nodibināšana. Protestantiskās Rīgas un Tērbatas vietā par Livonijas jaunās katoļu bīskapijas sēdekli izraudzījās bijušo Livonijas ordeņa galvaspilsētu Cēsis. Stefans Batorijs aktu par bīskapijas dibināšanu paraksta 1583. gada 3. decembrī. 1585. gada 1. maijā Cēsu bīskapija parādās Romas pāvesta bīskapiju sarakstā, tā formalizējot tās izveidošanu. Cēsu bīskapijai piešķīra Valmieras, Trikātas, Burtnieku, Mūjānu, Ropažu, Otepē muižas ar zemēm u.c. nekustamos īpašumus. Pirmie divi Cēsu bīskapi mira ātri, un pirmais aktīvais Cēsu bīskaps bija Oto Šenkings.
Stefana Batorija pavēle par Gregora kalendāra ieviešanu Rīgā izraisa Kalendāra nemierus, kas turpinās līdz 1589. gadam. Jezuītus padzen no pilsētas un Jēkaba baznīcas. Pēc tam, kad Polijas-Lietuvas Sejms draud Rīgai ar lielu soda naudu (60 000 ungāru dālderu), 1591. gada 26. aprīlī jezuītiem ļauj atgriezties pilsētā. Atsākas jezuītu skolas darbība, 1598. gadā nodibina semināru. Laukos ievieš aizliegumus protestantiem sprediķot latviešu un igauņu valodās. Poļu-zviedru kara laikā Livoniju postīja bads un epidēmijas, daudzas draudzes zaudēja 50%—90% cilvēku, bet pamestās baznīcas tika izpostītas.
1621. gadā zviedriem iekarojot Rīgu, Gustavs Ādolfs jezuītiem liek pamest pilsētu, bet jezuītu bibliotēku pavēl pārvest uz Upsālas Universitātes bibliotēku. Daļa no Rīgas padzīto jezuītu pārcēlās uz Jelgavu, un turpināja savu darbību Zemgalē. 1625. gadā zviedri liek jezuītiem pamest Cēsis, un tie pārceļas uz Daugavpili. Cēsu bīskapija faktiski beidz pastāvēt, lai arī formāli to likvidē tikai 1799. gadā. 
Daugavpilī jezuīti atjaunoja darbību, lai arī sākotnēji saskārās ar vietējās vācu protestantu muižniecības pretestību. Tā kā ūnijas pārvaldē dominēja poļu valoda, vācu muižniekiem nācās to apgūt. Pēc 1629. gada, kad Polijas-Lietuvas varā palika tikai nelielā Inflantijas vaivadija, šeit dzīvojošo vāciešu muižnieku dzimtu pārstāvji – Manteifeļi, Borhi, Līveni, Rēmeri, Tīzenhauzeni, Plāteri, Ungerni, Hilzeni, Krīdeneri, Zībergi pieņēma katolismu un poļu kultūru. Nostiprinājās poļu muižnieku dzimtas Šadurski, Sokolovski, Prušinski, Bujņicki. Muižnieki kļuva par katoļu baznīcas atbalstītājiem, finansējot jaunu dievnamu celtniecību. 
Pāriešana katoļticībā vietējiem vācu muižniekiem pavēra ceļu uz augstiem amatiem. Jans Andrejs Plāters tā kļuva par Inflantijas vojevodu 1695. gadā. Pēc pāriešanas katoļticībā Borhu dzimtas pārstāvji ieņēma Ludzas stārasta amatu. 1764. gadā Sejms atļāva muižniekiem privātīpašumā pārņemt kādreiz lēnī piešķirtās muižas, tā vairojot Borhu, Plāteru un Korfu turību. 
Pēc 1667. gada Andrusovas pamiera parakstīšanas, Krievijas karaspēks pamet Livonijas zemes. 1694. gadā Inflantijā sāk darboties Dominikāņu ordenis, kurš Kurzemē darbojās jau kopš 1646. gada. Par viņu centru kļūst Pasiene. Dominikāņi nodibina 12 misijas – Landskrona, Rundēni, Brodaiža, Raipole, Pilda, Pokumina, Eversmuiža, Brigi, Istra, Aizpūre, Nirza, Konecpole. 1700. gadā dominikāņi ierodas Aglonā, kur uzceļ baznīcu. 18. gadsimta vidū Dagdā aktīvi strādā jezuīts Mihaēls Rots.