Antrojo pasaulinio karo pradžia ir Lietuvos nepriklausomybės praradimas

Antrasis pasaulinis karas prasidėjo 1939 m. rugsėjo 1 d. nacistinei Vokietijai užpuolus Lietuvos kaimynę Lenkiją. Lietuva paskelbė neutralitetą, nors Vokietija siūlė Lietuvai atsiimti iš Lenkijos Vilnių. Nors 1939 m. rugsėjo 17 d., paskelbus dalinę mobilizaciją, surinkta 100 000 karių, spalio 2 d. kariuomenė demobilizuota.
Joachimui Ribentropui atskridus į Maskvą, 1939 m. rugsėjo 28 d. SSRS ir Vokietija pasirašė naują susitarimą, kuriuo Lietuva, mainais už Lenkijos teritorijos dalį, buvo perleista Stalinui. Dabar jau SSRS politikai pradėjo ruoštis pajungti Lietuvą. Jau kitą dieną po sutarties pasirašymo Lietuvos pasiuntiniui Maskvoje buvo pareikštas noras aptarti šalių santykius. Spalio 9 d. ministro pirmininko pavaduotojas Kazys Bizauskas ir kariuomenės vadas Stasys Raštikis išvyko į Kauną pranešti Vyriausybei apie derybų eigą. Pasirinkimas Lietuvos vyriausybei buvo toks: 1) arba ji pasirašo sovietų reikalaujamą savitarpio pagalbos sutartį, duodančią Sovietų Sąjungai teisę laikyti tam tikrose Lietuvos teritorijos vietovėse sutarto kiekio įgulas ir atgauna Vilnių su Vilniaus krašto teritorijos dalimi; 2) arba tos sutarties nepasirašo ir tada neatgauna Vilniaus ir sueina į pražūtingą konfliktą su Sovietų Sąjunga. Kokį pavidalą galėjo įgauti tas konfliktas parodė Suomijos patirtis. Tuometinė Lietuvos vyriausybė pasirinko pirmąją išeitį. 1939 m. spalio 10 d. Maskvoje pasirašoma sutartis, kurią įamžino ir du rusų fotografai. Po taip vadinamos savitarpio pagalbos sutarties pasirašymo, sovietų karinės įgulos nedelsdamos įsikūrė Naujojoje Vilnioje, prie Jonavos – Gaižiūnuose, Prienuose ir Alytuje.
Žlugus Lenkijai Lietuva nebeteko galimybės balansuoti tarp didžiųjų regiono valstybių ir jos likimą nulėmė Molotovo-Ribentropo paktu pasiekti didžiųjų valstybių susitarimai dėl įtakos sferų. Lietuva su kitomis Baltijos valstybėmis atsidūrė Sovietų Sąjungos okupacinių siekių sferoje. 1939 m. spalio mėn. Sovietų Sąjunga grąžino Lietuvai tik mažiau nei pusę Vilniaus krašto, okupuoto želigovskininkų 1920 m. spalio mėn., kitą dalį priskirdama Baltarusijos SSR, tuo de facto aneksuodama nemenką dalį lietuvių etninių žemių su Gardino miestu ir kitomis lietuviškomis salomis. Dalies žemių grąžinimas Lietuvai buvo atliktas su ultimatyvaus reikalavimo tenkinimu dislokuoti Vilniaus krašte ir Lietuvos centre Raudonosios armijos karines bazes.
1940 m. Lietuvos teritoriją po provokacinių ir ultimatyvių veiksmų okupavo sovietų kariniai daliniai. Okupacija įforminta marionetinio Liaudies seimo, išrinkto per imitacinius ir SSRS emisarų surežisuotus rinkimus, sprendimais prašyti Sovietų Sąjungos prijungti Lietuvos SSR kaip sovietinę respubliką. 1940 m. liepos 23 d. Liaudies seimas išrinko 11 narių konstitucinę komisiją ir pavedė jai parengti konstitucijos projektą. Parengtą konstitucijos projektą Liaudies seimas priėmė rugpjūčio 25 d.
Išrinkti 78 „Liaudies seimo“ atstovai susirinko į Valstybės teatrą ir dirbo liepos 21-23 d., juridiškai įteisindami sovietinę santvarką (okupaciją). Pirmą Seimo posėdį atidarė einantis prezidento pareigas Justas Paleckis. Išrenkamas „Liaudies seimo“ prezidiumas: Liudas Adomauskas – pirmininkas, Mečislovas Gedvilas – pavaduotojas, Juozas Grigalavičius – antrasis pavaduotojas, Petras Cvirka ir Antanas Venclova – sekretoriais. Šie penki prezidiumo nariai pasirašinėjo visas Seimo deklaracijas.
Pirmoji Liaudies seimo sesija išrinko 20 įgaliotinių, kuriems buvo patikėta misija – perduoti SSRS Aukščiausiajai Tarybai Deklaraciją dėl Lietuvos įstojimo į Sovietų Sąjungos sudėtį ir „parvežti Stalino Saulę“: marionetinis prezidentas Justas Paleckis, vidaus reikalų ministras Mečislovas Gedvilas, buvęs kunigas, vyriausias kontrolierius Liudas Adomauskas, žemės ūkio ministras Matas Mickis, švietimo ministras Antanas Venclova, rašytojas Liudas Gira, krašto apsaugos ministras ir kariuomenės vadas Vincas Vitkauskas, profsąjungų pirmininkas Motiejus Šumauskas, kompartijos veikėjas Karolis Didžiulis-Grosmanas, rašytojas Petras Cvirka, poetė Salomėja Nėris, Kazimieras Petrauskas, darbininkas Pranas Zibertas, Stasė Vaineikienė, Icikas Meskupas-Adomas, kareivis Viktoras Ditkevičius, Pranas Petrauskas, Juozas Demskis, Marija Kutraitė, Birutė Abdulskaitė.
1940 m. liepos 21 d. „Liaudies seimui“ nubalsavus už Lietuvos prijungimą prie Sovietų Sąjungos, Lietuvos Respublikos pasiuntiniai įteikė protesto notas daugumai vyriausybių, prie kurių jie buvo akredituoti. Liepos 21 d. pirmasis tokį protestą pareiškė Kazys Škirpa Reicho užsienio reikalų ministrui Joachimui von Ribbentropui. 1940 m. liepos 30 d. Justo Paleckio vadovaujama įgaliotinių delegacija traukiniu išvyko į Maskvą, kur rugpjūčio 3 d. SSRS AT posėdyje turėjo įteikti prašymą dėl Lietuvos įstojimo į Sovietų Sąjungą. SSRS AT „prašymą“ patenkino. Lietuva tapo Sovietų Sąjungos dalimi.
1940 m. spalio 9 d. studentų organizacijų pagrindu Kaune sukuriamas Lietuvių aktyvistų frontas (LAF) kaip vadovaujantis ir koordinuojantis besikuriančio antisovietinio pogrindžio veiksmus centras, centrinė antisovietinio pogrindžio institucija.
1941 m. birželio 4 d. Sovietų Sąjungos NKVD komisaro pirmojo pavaduotojo Serovo pasirašyta „Instrukcija dėl priešsovietinio elemento išvežimo tvarkos iš Lietuvos, Latvijos ir Estijos“. Sudarant sąrašus, daugiausia prisidėjo kaimų seniūnai ir LKP nariai. Lietuvoje tremtinių sąrašus patvirtindavo Justas Paleckis ir Antanas Sniečkus. 1941 m. birželio 14 d. 3 val. ryto prasidėjo masiniai okupuotų Baltijos valstybių gyventojų trėmimai, į gyvulinius vagonus buvo susodinta 60 tūkst. estų, 34 tūkst. latvių ir 38 tūkst. lietuvių, visi jie išgabenti į koncentracijos stovyklas – gulagus Sibire. Tik labai maža dalis jų besugrįžo. Tai buvo vienas iš didžiausių politinių, ekonominių ir socialinių sukrėtimų Lietuvos XX a. istorijoje.