천주교정의구현전국사제단

제13대 대통령선거무효확인 소송

1988년 1월 18일 사제단 대표 김승훈 신부와 천주교공정선거감시단장 오태순은 윤일영 중앙선거관리위원장을 상대로 13대 대선에 대해 "지난해 12월 16일의 대통령선거에서 선거부정이 당선에 영향을 미쳤다."며 대통령선거무효확인소송을 대법원에 제출했다. 이후 대법원은 "대통령선거 결과에 영향을 끼칠만한 부정이 있었다고 볼 증거가 없다."며 원고 청구를 기각했다.

KAL기 폭파사건 조작 의혹제기

2001년 11월 23일 정의구현 사제단은 천주교인권위원회와 공동으로 기자회견을 갖고 "대한항공 858편 폭파 사건 관련 7대 의혹"을 제기했다. 12월 26일에는 통일연대의 제안으로 다수의 시민단체들과 함께 "(가칭)김현희 KAL기사건 진상규명 시민대책위원회"(이후 KAL858기 사건진상규명 시민대책위원회로 변경)를 결성했다.
이후 조선민주주의인민공화국의 고위 외교관인 리근(李根) 미국 국장은 비공식 석상에서 "우리는 KAL기 사건 이후 한번도 테러한 적이 없다"는 발언을 하여, 858편 폭파 사건을 일으켰음을 간접 시인한 바 있다. 국가정보원 과거사건 진실규명을 통한 발전위원회 는 사건을 재조사하고 2006년 8월과 2007년 10월 두 차례에 걸쳐 이 사건에 대해 "조작이 아니다"는 결론을 내렸다.

국가보안법 반대

김수환 추기경은 2004년 9월 13일 한나라당 박근혜 대표를 면담한 자리에서 "북한을 아직 믿을 수 없다"며 "국가보안법을 폐기할 필요가 있다고 생각하지 않는다"고 밝혔다. 김수환 추기경이 국보법 문제에 대해 공식적으로 언급한 것은 그때가 처음인 것으로 알려졌다. 김수환 추기경은 "젊은 신부들이 국보법 폐지에 힘이 돼달라고 할 때 폐지는 시기상조라고 말했고, 명단에 고문으로 넣겠다고 했을 때 빼라고 했는데 의지와는 달리 그대로 뒀다"고 말했다는 게 한나라당 참석자들의 전언이다.
이에 정의구현사제단 백남해, 호인수 신부는 국가보안법 폐지에 반대하는 입장을 밝힌 김수환 추기경의 모습이 이중적이라며 반박하고 국보법 폐지 의사를 밝혔다.

2007년 삼성 비자금 폭로

2007년 10월, 사제단은 김용철과 함께 삼성의 비자금 조성 의혹을 폭로했다. 천주교 신자들은 물론 같이 활동했던 운동가와 정부 고위 관료들까지 나서서 폭로를 만류했으나 사제단은 이를 무릅쓰고 발표를 강행하였다. 사제단 대표를 맡고 있는 전종훈 신부는 "20년 전 독재 정권에 맞섰던 사제단이 이제는 경제 민주주의와 경제 정의를 위해 나섰다. ‘자본 독재’에 맞서기 위함이다" 라고 말했다.

4대강 사업 비판

한국 천주교 주교단은 2010년 3월 12일 춘계 정기총회를 열고 4대강 사업과 관련하여 "자연 환경에 치명적인 손상을 입힐 것으로 심각하게 우려한다."는 성명서를 발표했다. 반면 12월 8일 정진석 추기경은 "주교단이 4대강 사업이 자연을 파괴하고 난개발의 위험을 보인다고 했지 반대한다는 소리는 안했다." 며 주교회의와 배치되는 발언을 했다.
이에 대해 정의구현사제단은 "정 추기경의 발언이 주교회의의 결정을 함부로 왜곡했다."고 반박하는 성명서를 발표했다.
이후 서울대교구 홍보국장 허영엽 신부는 추기경의 발언 진의에 대해 해명하며, "당시 성명에 ‘반대’나 ‘중지’등의 표현이 없었는데 적극적으로 해석하는 분들은 반대라고 해석해 일선 본당에선 주교들이 정해줘서 반대가 의무라고 하고, 본당 신자들은 주교회의의 결정을 거스르면 죄가 된다는 혼란을 겪는다는 얘기를 듣고 이들의 양심에 평화를 줘야한다는 사목적 목적에 따라 하신 말씀"이라고 밝혔다.
이에 정의구현사제단 소속 김병상, 문정현, 송기인, 함세웅 신부 등 25명은 12월 13일 기자회견을 열고 정진석 추기경의 4대강 관련 발언을 비판하며, 서울대교구 교구장직에서 물러날 것을 요구했다.

부정선거 규탄 시국미사

2013년 11월 22일 정의구현사제단은 군산 수송동성당에서 박근혜 대통령의 퇴진을 위한 시국미사를 집전했다. 정의구현사제단의 시국미사는 한국천주교주교회의 정의평화위원회의 시국미사와 관련된 것으로, 그에 앞서 7월 25일 부산교구 사제들을 시작으로 전국 각 교구의 사제·수도자 2165명이 연이어 시국선언을 한 바 있다.
정의구현사제단의 시국미사는 타종교의 시국선언 및 박근혜 대통령 퇴진 운동에 영향을 주었다. 교회개혁실천연대, 전국목회자정의평화실천협의회, 한국기독학생회총연맹 등 개신교 30개 단체가 참여한 '국가정보원 선거 개입 기독교 공동 대책위원회'는 11월 27일 한국기독교회관 앞에서 기자회견을 열고 "대통령 선거는 부정선거임을 천명하며, 현 대통령의 퇴진을 요구한다"고 밝혔으며, 11월 28일에는 실천불교전국승가회 등 대한불교조계종 소속 승려 1천여명이 시국선언을 하였고, 11월 29일에는 원불교 사회개벽교무단 소속 교무 30여명이 시국선언을 하였다. 11월 28일 개신교 정의평화기독인연대와 4개 향린교회(향린, 들꽃향린, 섬돌향린, 강남향린), 성문밖 교회, 새민족 교회의 평신도 160명이 정의구현사제단의 시국 선언을 적극 지지한다는 성명을 발표하기도 했다.
한편 본 시국미사 중의 발언과 관련하여 논란이 일기도 했다. 박근혜 대통령은 사회적 혼란을 야기하는 활동이라고 비난하였으며, 새누리당 대변인은 종북활동이라고 비난하였다. 또 종교계 및 일부 시민들의 반발도 발생하였다.

연평도 포격 관련 발언 논란

2013년 11월 22일에 정의구현사제단 전주교구는 군산 수송동성당에서 박근혜의 대통령직 사퇴를 촉구하는 시국미사를 집전했다. 이때 미사를 집전한 박창신 신부가 조선민주주의인민공화국이 2010년 연평도를 포격한 것을 정당화 하는듯한 발언을 하였다고 알려지면서 논란이 됐다. 당시 박창신 신부는 미사 강론에서 " 그러면 NLL(북방한계선), 문제 있는 땅에서 한미군사운동을 계속 하면 북한에서 어떻게 하겠어요? (청중이 "쏘아요!"라고 대답하자) 쏴야지. 그것이 연평도 포격 사건이에요. 그래놓고 북한을 적으로 만들어가지고 지금까지 이 난리를 치르고 선거에 이용하고 한 겁니다."라고 발언해 논란을 불러일으켰다.
박창신 신부의 '연평도 포격 옹호 발언'에 대해 서울대교구장인 염수정 추기경은 12월 29일 미사 중에 "그리스도인의 정치참여는 일종의 의무지만, 사제가 직접 정치에 개입하는 것은 잘못된 일”이라고 간접적으로 비판했다. 박근혜 대통령은 "분열과 혼란을 야기하는 일들을 용납하거나 묵과하지 않겠다"고 경고했으며, 새누리당 윤상현 의원은 시국미사가 종북신앙이라며 사제단의 발언을 비난했다.
반면 민주당 문재인 의원은 새누리당과 박근혜 대통령의 발언에 대해 "새누리당과 청와대의 종북몰이가 도를 넘었다"며 강도높게 비판했다. 한국기독교교회협의회 정의평화위원회는 2013년 12월 7일에 '인권선언문' 발표를 통해 '종북' 논란에 대해 "현 정부가 자신들과 의견을 달리하는 국민을 대상으로 무분별하게 진행하고 있는 종북 몰이는 분명히 사상의 자유를 침해한 것으로써 깊이 우려하지 않을 수 없습니다." 라고 했다.
이와 관련하여 정의구현사제단은 대통령, 각료, 여당이 강론의 취지를 왜곡하고 이념의 굴레를 뒤짚어씌움으로써 한국 천주교회를 심히 모독하였다고 비판했으며, 특히 종북논란에 대해서는 "뒤가 구린 권력마다 지겹도록 반복해온 위기대응 방식"이라고 반박하였다. 아울러 정의구현사제단은 전주교구 사제단의 요구를 존중하며, 박근혜 대통령 사퇴성명이 사제단의 입장임을 공식적으로 선포하였다. 사제단 대표신부인 나승구는 종북 논란에 대해 '보수언론에서 사제단에게 색깔을 뒤집어씌우고 몰아붙인 일이 이번이 처음도 아니고 여러 번 겪어 익숙한 상황'이라며 일일이 대응하지 않겠다고 밝혔다. 로마 가톨릭 해외선교 담당기구(PIME)의 공식 언론사 아시아뉴스는 "한국 정부가 민주화 운동 신부를 국가의 '적'으로 몰았다"고 보도했다.