주오선 쾌속

노선의 공식 명칭

도쿄 - 간다 구간은 도호쿠 본선, 요요기 ~ 신주쿠 구간은 야마노테 선에 속하며 나머지 구간은 주오 본선이다. 국철 시절에는 두 구간을 중첩 구간으로 다루었지만 민영화 이후에 단일 소속으로 변경되었다. 덧붙여 시스템 상의 경로 표시에서는 주오히가시 선으로 불리며 구간은 도쿄 - 간다 - 신주쿠 - 니라사키…로 규정하고 있어 도쿄 - 간다 구간은 도호쿠 본선과 중첩되고 야마노테 선의 요요기 ~ 신주쿠 구간과는 분리되어 있다.
해당 구간 가운데, 오차노미즈 - 나카노 구간은 도쿄 소재의 국철 노선 중 일찍 복복선화가 되거나, 야마노테 선 내에서 복복선의 양쪽 모두에 여객 열차가 운행하여 급행 운전을 실시되었던 것 때문에, 현재, 쾌속 열차나 장거리 열차 등이 운행하는 본선은 정식으로는 “주오 본선(급행선)”이라고 불린다.  이것은 역 구내의 출발 신호기등의 표시등에서 이용되고 있다.
주오 본선의 연혁의 균형이나 운행 계통 때문에, 도쿄 권에서 “주오 선”이라고 하면 주오 선 쾌속열차를 가리키는 경우가 많다. 이 운행 계통의 역 구내 안내의 경우, 도쿄 - 간다 구간과 무사시사카리 - 다카오 구간(복선 구간)에서는 “주오 선”으로, 오차노미즈 - 미타카 구간(복복선 구간)에서는 “주오 선 (쾌속)”으로 안내된다.
예전에 지금의 쾌속 열차는 “급행 전철”이라고 했다.  그러나, 마쓰모토/고후 방면의 준급이 급행열차(유료)로 격상되어서 주오 선 구간에서 유료 급행과 무료 급행이 동시에 운행하게 되자 이에 대한 혼란을 피하기 위해 무료 급행 전철을 쾌속 열차로 개칭하였다.

주오 라이너·오메 라이너

도쿄·신주쿠 ~ 다카오 (일부 하치오지 역 발착)·오메 간을 연결하는 라이너 열차로 특급용 차량들이 운행되고 있다. 하행 라이너의 경우 도쿄 및 신주쿠에서는 승차 취급만, 다른 정차역에서는 하차 취급만 이루어진다. 상행 라이너는 그 반대이다.

통근특별쾌속

평일 아침에 상행선 도쿄 행만 운행하며, 줄여서 통근특쾌(通勤特快), 혹은 통특(通特)이다. 다카오 -> 다치카와 구간에서도 각역에 정차하지 않으며 고쿠분지 -> 신주쿠(21.1 km) 구간을 무정차로 운행하는 등 특급 요금을 별도로 받지 않은 열차 중에서는 가장 정차역이 적지만 시각표가 매우 과밀한 출퇴근 시간대에 운행하는데다가, 쾌속도 2분 간격으로 많기 때문에 일반 쾌속과 같은 구간에서 소요 시간이 별로 다르지 않다(다치카와 -> 신주쿠 구간 33분 정도 소요). 특히 미타카 - 신주쿠 구간은 배차 간격이 좁기 때문에 속도가 느려지는 경우가 많다.
E233계의 LED식 행선지 표시기에서는 적색으로 표기된다.
오쓰키 및 오메에서 출발하는 열차가 각 2편, 다카오에서 출발하는 열차가 1편으로 총 하루 5편이 운행되고 있다. 시간대는 다치카와 도착 기준으로 오전 7시대 2편, 8시대 3편이다. 다치카와와 고쿠분지에서 쾌속과 접속하는 것 이외에 도요다, 무사시코가네이, 미타카, 나카노에서 쾌속을 추월하는 경우도 있다.
정차역은 국유철도 시절의 보통 열차와 비슷하다. 차이점이 있다면, 이전의 보통은 다치카와 - 신주쿠 구간에서 일시적으로 미타카에 정차했지만, 이 열차는 고쿠분지에만 정차한다는 점이다.
1993년 4월 10일부터 운행에 들어갔으며, 그 때부터 지금까지 정차역이 변경된 적은 없었다.

주오·오메 특별쾌속

주/야간을 통틀어서 운행을 하며, 특별히 야간 하행선은 주말이나 휴일에만 운행한다. 도쿄 - 다치카와 구간에서 각 역에 정차하지 않으며, 다치카와 - 다카오/오쓰키/오메 구간에서는 각 역에 정차한다. 주오 선 구간에만 운행하는 열차는 주오 특별 쾌속이며, 오메 선과 직결 운행하는 열차는 오메 특별쾌속이다.
국철 시절이었던 1967년 7월 3일 특별쾌속으로 운행되기 시작하였다. 이로 인하여 주오 쾌속선은 일본국유철도 최초로 특별 쾌속이 운행된 노선이 되었으며, 운행 초기에는 도쿄 - 간다 - 오차노미즈 - 요쓰야 - 신주쿠 - 나카노 - 미타카 - 다치카와 - 다치카와 이서 구간 각 역에 정차했다. 민영화 초기까지 특별쾌속으로 운행되었다가 1988년 12월 1일 주오 특별쾌속 (주오 특쾌, 일본어: 中央特快 주오톳카이)으로 변경되고 오메 선 직결 운행 특별 쾌속으로서 오메 특별쾌속(오메 특쾌, 일본어: 青梅特快 오메톳카이)을 신설함과 동시에 주오 특쾌에만 고쿠분지 역을 정차역에 추가되었다. 그러다가 1993년 4월 10일의 시각표 개정으로 오메 특쾌도 고쿠분지에 정차하게 되었다. 이로 인하여 주오 쾌속선 구간 내에서는 정차역의 차이가 없어졌기 때문에 그저 특쾌로 불리는 경우가 많다. 이 밖에 특별쾌속 계열에는 휴일 쾌속 오쿠타마·아키가와 호가 포함된다.
평일 심야에 2편 정도만 설정된 신주쿠에서 출발하는 주오 특별쾌속은 나카노 역을 통과한다. 이것은 신주쿠 역에서 후속 쾌속 열차가 나카노 역에 도착한 후에 발차하는 시간표 운용 상의 이유와, 나카노 역에 정차할 필요성이 낮아진 것 등 수요 상의 이유가 존재한다. 다만 휴일 쾌속 오쿠타마·아키가와 호는 신주쿠 역에서 출발하지만 나카노 역에 정차한다.
E233계의 LED식 행선지 표시기에는 주오 특쾌가 청색, 오메 특쾌가 녹색으로 표기된다. 다만, 다치카와 이서 구간에서는 각 역에 정차하기 때문에 다치카와부터는 종별이 표기되지 않는다.
보통 시간당 네 편 정도가 운행되는데, 주오 특별쾌속과 오메 특별쾌속의 비율이 3대 1로 오메 특별쾌속의 편수가 비교적 적다.(대체로 15분 간격) 원칙적으로 고쿠분지와 미타카, 일부는 다치카와 역에서 쾌속 또는 각역정차 열차와 접속한다. 다치카와에서의 접속은 오메 특쾌에서 많이 볼 수 있다.
일부의 주오 특별쾌속은 도요다 역과 다카오 역 (하행만), 사가미코 역, 시오쓰 역 중 한 곳에서 특급의 통과 대기가 이루어지는 경우가 있다. 특히 오쓰키 역에서 출발하는 열차를 비롯한 다카오 역 이서 구간에서 발착하는 열차는 그 대부분이 도중에 특급에 추월당한다. 오메 특별쾌속이 특급의 통과를 위해 대기하는 경우는 없다.

통근쾌속

평일 저녁부터 야간의 일부 시간대 사이 에 하행선에만 특별 쾌속 대신 운행된다. 이 때문에 운행 형태는 주오 특별쾌속·오메 특별쾌속 처럼 미타카, 고쿠분지, 다치카와에서 완급 접속이 이루어진다. 정차역은 특별쾌속의 정차역 및 오기쿠보 역과 기치조지 역이다.  통쾌(일본어: 通快 쓰카이)로 줄여서 부르기도 한다. E233계의 LED 행선 표시기에는 보라색으로 종별이 표기된다.  일부의 통근쾌속은 도요다, 다카오, 사가미코, 시오쓰 중 한 곳에서 통과 대기가 이루어지는 경우가 많아, 오쓰키 행이나 가와구치코 행 열차는 전부 특급에 의해 추월당한다.  2007년 3월 18일의 시각표 개정으로, 21시대의 특별 쾌속 4편이 통근 쾌속으로 전환되었다.
처음 운행했을 당시(1986년 11월 1일)에는, 도쿄 - 간다 - 오차노미즈 - 요쓰야 - 신주쿠 - 나카노 - 미타카까지 정차하고 미타카 이서 구간에는 각 역에 정차했으며, 그 중 신주쿠에서 출발하는 열차는 나카노를 통과했다. 후에, 미타카 - 다치카와 구간은 고쿠분지만 정차하게 되었으며(지금의 특별쾌속열차와 같은 정차역), 1988년 12월 1일부터는 오기쿠보, 기치조지에 정차하기 시작하였다.

쾌속

주오 쾌속선의 주축을 이루는 열차로 또한, 가장 많이 운행되는 종별이다. 복복선 구간에서만 쾌속 운전을 행하며 나카노부터 다카오 방면으로는 각 역에 정차하되, 나카노 - 기치조지 구간에서는 고엔지, 아사가야, 니시오기쿠보에 평일에 한해 정차한다.  LED식 행선지 표시기에서는 상행선 전 구간과 평일 하행선의 나카노, 주말 및 휴일의 기치조지까지는 오렌지색으로 "쾌속"이라고 표기된다. 역의 발차 안내에서도 평일은 나카노 역, 주말 및 휴일에는 기치조지에서부터는 각역정차가 되어 종별이 표시되지 않게 된다.
또한, 무사시코가네이에서 출발하는 하행 열차 등 미타카 역 이서 구간에서만 운행하는 열차는 운행 상 통과역이 없고, 실제 안내방송이나 역 구내 방송에서는 출발역에서 종착역까지 각역정차로 안내하지만 정식 운행 종별은 쾌속이다. 일부의 책자 시간표에서는 이것을 그대로 적용하여 주오 본선의 다치카와 발 오쓰키 행에 '다치카와 ~ 다카오 간 쾌속' 표기가, 오메 선의 무사시코가네이 발 오메 행 전차는 쾌속 종별 표기가 각각 되어 있다.
덧붙여 같은 "쾌속"을 지칭하는 경우는 하치오지 - 구니타치(통과) - 오미야(무사시노 선 경유) 구간의 쾌속인 무사시노 호(むさしの)와 홀리데이 쾌속 가와구치코 호(ホリデー快速河口湖)가 있다. 다만, 정차역에서 보았을 때는 특별 쾌속과 거의 비슷하며, 무사시노 호의 경우 주오 선 구간에서는 다치카와와 하치오지에만 정차하고, 가와구치코 호의 경우는 (신주쿠), (미타카), 다치카와, 하치오지, 다카오에 정차한다.(1, 2호차만 정차)
운행은 1933년 9월 15일에 '급행'(일본어: 急行 규코) 종별로 시작했다. 당시는 평일에만 운행했으며, 도쿄, 간다, 만세이바시(万世橋), 오차노미즈, 요쓰야, 신주쿠, 나카노 및 나카노 이서 구간에서의 각 역에 정차했다. 1943년 11월 1일에 만세이바시 역의 영업 중단으로 무정차 통과하게 되었으며, 1944년 3월 5일부터는 주말 및 휴일에는 운행하기 시작했다. 1946년 6월 17일부터 1951년 9월 17일까지 아침 상행선에 한하여 요쓰야를 통과했으며, 1961년 3월 30일에 '급행'에서 지금의 명칭인 '쾌속'으로 변경(동시에 아사가와 역이 다카오 역으로 개칭)되었다. 이 후 주말 및 휴일에 한하여 고엔지, 아사가야, 니시오기쿠보가 무정차 통과역으로 지정되었다.

각역정차

이른 아침과 심야에 소부 완행선과의 직결 운행을 하지 않고, 쾌속 전용 차량이 각역 정차(황색 둘레의 문자)로 표기하여 도쿄 - 다카오 구간을 운행한다(오차노미즈 - 미타카 구간에서도 쾌속 운행을 하지 않는다.). 이 시간대에는 모든 전철이 주오·소부 완행선의 선로(오차노미즈 - 미타카 구간)를 경유하기 때문에 소부 선 경유 도쿄/다카오 행으로 간주되는 경우도 있다. 덧붙여 이른 아침에 운행하는 상행선 열차와 심야에 운행하는 하행선에는 무사시코가네이, 다치카와 발착의 소부 선 직결 운행 열차(주오·소부 완행선)가 있다. 이 경우 완행선 전용 전동차인 209계와 E231계가 투입된다. 이른 아침의 상행선과 주말/휴일의 심야 시간대의 상행선은 거의 각역 정차가 운행하지만, 평일 심야의 상하행선과 주말/휴일의 심야 시간대의 하행선은 운행 시작부터 잠시 동안은 쾌속과 각역정차가 섞여서 운행하는 상태가 된다. 덧붙여, 도쿄 역 발착의 각역정차의 운전 시간대는 이른 아침, 심야 모두 주말/휴일 시각표에서는 평일보다 30분 내지는 1시간 정도 길다. 또한, 심야의 하행선 열차는 신주쿠 역에서 1-2분 정도 정차하며, 막차인 도쿄 역에서 24시 35분 출발하여 미타카까지 가는 열차의 경우 신주쿠 역에서 야마노테 선과의 연계를 위해 3분 정도 정차한다. 야마노테 선이 늦었을 경우는 연계가 될 때까지 신주쿠 역에서 계속 대기한다.
그 외에, 신주쿠 역 육교의 재가설 공사를 하는 경우는, 쾌속계의 종별의 운행이 중지되며, 도쿄 역 발착의 열차가 각역정차로 운행되는 일이 있다. 이 경우 소부 선 직결 운행 전동차와 교대로 운행된다.(소부 선 직결 주오 선 열차의 횟수는 평소보다 줄어든다.)

보통

다치카와 이서에서 주오 본선을 이용하여 마쓰모토 역 방면으로 운행하는 중장거리 열차이다. 1911년 5월 1일에 주오 본선 전 구간이 개통했을 당시 주오 본선 전 구간을 운행한 열차도 존재했었다. 그 후 보통 열차는 신주쿠 발착으로 운행이 되어, 주오 쾌속선 내에서는 다치카와, 하치오지, 다카오 이서 구간 각 역에 정차하였다가 후에 미타카와 니시하치오지에도 정차를 하게 되었다. 1993년 12월 1일에는 신주쿠 발착이 폐지되어 현재는 전 열차가 다치카와 이서 구간에서 발착하며, 1996년 이후에는 히노와 도요다에도 정차하여 주오 쾌속선 내 통과역이 없어지게 되었다. 현재는 반 정도 이상이 다카오에서 왕복 운행이 되고 있어서 다카오에서 주오 특쾌와의 상호 연계가 되고 있다.
신주쿠 발착 열차가 폐지되었을 당시에도, 동일본 여객철도의 차내 도쿄 근교 노선도에는 주오 본선 보통 열차는 신주쿠 발착으로 개재되었지만(반대로 지금은 오쓰키까지 표기되고 있는 쾌속 열차가 다카오까지만 운행하는 것으로 표기가 되었다.), 2001년의 시각표 개정부터는 다치카와 이서 구간으로만 표기가 되었다.
덧붙여 다카오 이서 구간으로 직결 운행하는 쾌속으로 운행하는 열차도, 다카오 이서 구간에서는 운전 종별과 관계없이 모두 보통 열차로 취급된다. 다만, 상행선의 경우 보통 열차 이외에는 해당 종별로 안내된다.

사철과의 관계

주오 선의 신주쿠 - 다카오 구간은 게이오 전철의 게이오 선과 다카오 선, 그리고 이노카시라 선과 경쟁 관계에 있다.  그렇기 때문에 주오 특쾌나 통근 특쾌 처럼 빠르게 운행하는 열차를 운행하는 한편, 기치조지 - 시부야 구간 등을 특별 운임 구간으로 설정하여 원래의 요금보다 저렴하게 설정하는 등 대책을 강구하고 있다.
또한 신주쿠 - 하이지마(오메 선) 구간은 세이부 철도의 신주쿠 선 및 하이지마 선과 경쟁을 하고 있지만, 세이부 신주쿠 역의 입지가 좋지 않고, 세이부 철도는 수송의 중심이 도코로자와 및 혼카와고에 방면이며, 운행 횟수에서 차이가 나기 때문에 그렇게 치열한 경쟁 관계는 아니라고 할 수 있다.  그러나 세이부 철도가 2008년 6월 14일의  다이아그램 개정으로 세이부 신주쿠 - 하이지마 구간을 43분에 주파하는 하이지마 쾌속을 투입하였기 때문에 경쟁의 끈을 아주 놓을 수는 없다.
도쿄 - 오기쿠보 구간은 마루노우치 선과 경쟁을 하며, 도쿄 역, 오차노미즈 역, 요쓰야 역, 신주쿠 역, 오기쿠보 역에서 환승이 가능하다.  주오 선에서는 도쿄 역, 오차노미즈 역, 요쓰야 역, 신주쿠 역, 오기쿠보 역 순으로 운행하는데 마루노우치 선은 오차노미즈 역, 도쿄 역, 요쓰야 역, 신주쿠 역, 오기쿠보 역 순으로 운행하고 있다.
여기서는 경쟁이 가장 치열한 게이오 전철과의 관계를 신주쿠 - 하치오지(게이오 하치오지도 포함) 구간을 놓고 비교하기로 한다.

운임

동일본 여객철도는 특별 운임구간까지 적용할 경우 원래 설정해야 할 요금보다 더 저렴하게 되지만, 6개월 통근 정기권을 제외하고는 운임면에서 게이오 철도가 더 우위에 있다.
보통 운임은 게이오 철도가 350엔인데 반하여, 동일본 여객철도는 특별 운임 구간을 적용한다고 해도 460엔이다.
정기권의 경우 할인율이 높은 6개월 짜리 정기권에서 동일본 여객철도가 더 저렴하나 그 외의 정기권은 게이오 전철이 더 저렴하다.  통학 정기권도 동일본 여객철도의 중학생용 통학 정기권보다 게이오 철도의 통학 정기권(중고생 모두 포함)이 더 저렴하다.

소요 시간

평일 낮시간대의 게이오 전철 특급 및 준특급과 주오 선 특별 쾌속을 비교할 경우, 주오 선이 약 40분, 게이오 선이 약 37분 걸린다.
주오 본선의 특급 열차가 최고 속도를 내며, 약 33분이 소요되나 승차할 경우 500엔의 자유석 요금을 추가로 지불해야 한다.

막차

신주쿠에서 하치오지(게이오 하치오지)로 가는 막차는 게이오 철도의 경우 0시 1분에 출발하는 다카하타부도 행 열차(단, 종착역에서 게이오 하치오지 행 각역정차 열차로 갈아타야 한다.)인데 주오 선은 0시 41분에 출발하는 다카오 행 각역정차 열차이며, 0시 11분에 출발하는 주오 특쾌 열차도 운행하고 있다.  이 때문에 심야 시간대의 운행 및 막차는 주오 선이 우위에 있다고 할 수 있다.