천안함 피격 사건

개요

2010년 3월 26일에 백령도 해상에서 대한민국 해군의 초계함인 천안함이 북한의 뇌격에 굉침된 사건이다. 사건 발생 직후 출동한 인천해양경찰서 소속 해안경비정에 의해 천안함에 탑승하고 있던 승조원 104명 중 58명이 구조되었으며 나머지 46명은 실종되었다. 이후 실종자 수색과 선체 인양이 진행되면서 2010년 4월 24일 17시 기준으로 실종자 46명 중 40명이 사망자로 확인되었으며 6명이 실종자로 남아 있다.
한편 일반에 공개되지 않은 수색과정에서 3월 30일에는 UDT 대원인 한주호 해군준위가 작업 중 실신하여 병원으로 후송되었으나 순직하였다. 김현진 상사, 김정호 상사는 실신해 치료를 받았다. 4월 2일에는 저인망어선 금양98호가 천안함 실종자 수색을 마치고 조업구역으로 복귀하던 중 서해 대청도 서쪽 55km 해상에서 침몰해 탑승 선원 9명 중 2명이 숨지고 7명이 실종됐다.
사고 원인은 초기에는 어뢰설, 기뢰설, 내부폭발설, 피로파괴설, 좌초설 등 다양했으나 조사가 진행되면서 북한의 뇌격으로 좁혀졌다. 당초 정부와 민군 합동조사단은 뇌격설과 좌초설의 가능성을 조사했었다.

실종자 수색 및 천안함 인양

대한민국 해군은 27일 오전 수상함 10여 척과 해난구조함 평택함을 포함한 대부분의 병력을 사건 지점에 배치했다. 사건 지점에 배치된 100여 명의 해군 해난구조대(SSU) 잠수 요원들은 선체의 구멍을 조사했다. 28일에는 실종자 수색을 위해 광양함을 추가로 배치했다. 수색 과정에서 대한민국 해군은 침몰 지점으로부터 서남방 16마일 부근에서 구명복 상의 22개와 안전모 15개를 발견했다.
해군 SSU, UDT 대원들과 육군 특전사의 잠수요원들이 수색,구조작업에 투입되었다.
29일 밤, 아시아 최대의 수송함인 독도함을 침몰한 천안함의 탐색 및 구조 활동을 지휘하기 위해 현장 해역에 긴급 투입했다. 31일 함수쪽을 수색한 잠수사는, 격실 안에 물이 가득 차 있다고 증언했다.
4월 2일 수색작업을 돕던 쌍끌이 어선 금양98호가 22시 30분쯤 조난신호를 보낸 뒤 실종됐다. 이 배는 캄보디아 화물선과 충돌하여 침몰해 탑승 선원 전원이 숨졌다.
4월 3일 천안함에서 시신 2구를 발견했는데, 그중 한 명은 남기훈 상사로 확인됐다. 4월 3일 실종자 가족 측이 실종자 수색 작업을 중단해달라는 요청을 했으며, 해군은 실종자 가족 측의 요청을 받아들였다.
그리고 4월 7일 함미 절단면에서 김태석 상사가 발견되었다.

기타 수색작업

30일, 백령도 용트림바위 앞 부표에서 목적이 알려지지 않은 수색 작업을 하던 UDT 대원 한주호 준위가 작업 도중 실신해 후송 치료 중 사망, 순직했다.

금양98호 침몰 사건

저인망어선 금양98호는 4월 2일 천안함 실종자 수색을 마치고 조업구역으로 복귀하던 중 서해 대청도 서쪽 55 km 해상에서 침몰해 탑승 선원 2명이 숨지고 7명이 실종됐다.
침몰 원인은 천안함 침몰 사건과 직접적인 연관은 없으며 캄보디아 선적 화물선 '타이요호(1천472t급)'와의 충돌 때문이다. 충돌한 뒤 달아난 혐의를 받고 있는 타이요호는 사고 당시 조타실을 비워둔 채 운항했을 것으로 추측되고 있다.
한편, 정부는 실종자수색작업에 참여했던 금양호 98호선원들에 대해 '의사자'지위를 부여할 수 없고, 의사자에 준하는 대우를 해주겠다고 밝혔다.
그러나 2011년 의사상자법이 개정되고 2012년 2월 5일 시행됨에 따라 2012년 3월 29일 열린 보건복지부 의사상자심사위원회에서 사망 및 실종된 금양호 선원 9명 전원을 의사자로 인정하였다.

실종자(사망자) 가족협의회

천안함 실종자 가족들은 2010년 3월 30일에 전체회의를 통해 46명의 천안함 실종 장병 가족당 1명씩의 대표를 뽑아 '천안함 실종자 가족협의회'(약칭 천실협)를 구성하였으며, 이 가운데 15 ~ 20명으로 실무단을 구성했다. 실종자 가족협의회는 발족 기자회견에서 △실종자 전원의 구조를 위해 마지막 1인까지 최선을 다할 것 △현재까지 진행된 해군과 해경의 초동대처 과정과 구조작업 과정에 대한 모든 자료를 공개할 것 △가족과의 질의응답 시간을 마련할 것 등을 해군에 요구했다. 실종자 가족협의회 대표는 고 최정환 중사의 매형 이정국 씨가 맡아 활동했다.
실종자 가족들은 이 사건에 대해 장교는 7명(중령1, 소령1, 대위2, 중위3) 전원 구조된 것에 대해 지휘책임 회피문제를 제기했다. 함장 최원일 중령은 “선체의 구조상 장교들이 머무는 작전상황실이 선두에 위치했고 선미만 가라앉은 사고였기 때문에 장교들은 모두 무사한 것이며 자신도 초계함이 침몰할 당시 약 5분 동안 함장실에 갇혀 있어서 부하들이 함장실 문을 부수고 나서야 함장실 밖으로 나왔는데 이때는 이미 선미부분이 침몰하고 난 이후였다” 고 진술했다.
최원일 중령이 작전상황도를 검토하고 있던 도중 사고가 발생하여 최원일 함장이 함장실에 갇혀 있게 된 것을 부함장 김덕원 소령이 부하들을 데리고 와서 문을 부수고 최원일 중령을 구조하도록 지시하였다. 또한 당시 초계함의 모든 전력이 차단되어 정전상태였기 때문에 함장인 최원일 중령은 자신의 휴대전화를 이용하여 사고상황을 상부에 보고했다.
천안함 실종자 가족협의회는 2010년 4월 21일에 평택 제2함대 사령부에서 가진 기자회견에서 가족 전체회의를 통해 직계 가족으로 이뤄진 새 가족대표단 '천안함 전사자 협의회'(약칭 천전협)로 전환했다고 밝혔다. 새로 조직된 천전협은 천안함 희생·실종자 가족당 직계가족 1명씩이 대표로 참여해 모두 46명으로 구성됐으며, 실무단을 따로 뽑지는 않았다. 천전협과 함께 5인으로 구성된 장례위원회가 구성되어서 군과 장례절차를 협의하였다.

영결식

2010년 4월 29일, 천안함 희생 장병 46명의 영결식이 거행되었다. 이 날 영결식에는 2800여 명이 참석해 천안함 장병들을 애도했다. 해군 제2함대 사령부 인근의 원정초등학교는 영결식이 열린 4월 29일 오전 10시를 기해 전교생이 묵념을 올렸다. 원정초등학교에는 천안함 희생 장병의 일부 자녀들도 재학 중인 것으로 알려졌다.
영결식은 국기경례 → 묵념 → 경위보고 → 화랑무공훈장 추서 → 조사 → 추도사 → 종교 의식 → 주요 인사 헌화 → 조총 발사 순으로 진행되었다. 희생 장병 46명(산화자 6명은 유품)은 국립대전현충원의 사병3묘역에 안장되었다. 또한 인근에서 수색작업을 벌이다 사망한 한주호 준위도 묘역 인근에 안장되었다.

러시아 조사팀의 보고서

2010년 6월 1일 천안함 침몰 원인을 분석하기 위해 러시아 조사팀이 방한하였다. 이들은 천안함 침몰 증거에 대한 설명을 들었으며, 해군 기지를 방문해 선박 잔해와, 어뢰 잔편 등을 조사하였다. 이들은 천안함이 두 동강이 났음에도 불구하고 어뢰 잔편이 온전하게 남아있는 이유, 1번 글씨가 남아있는 이유 등을 질문했다. 그들은 당시 서해안에 미군 핵잠수함까지 있었음에도 불구하고 순찰함인 천안함을 목표로 삼은 것에 대해 의문을 제기했다. 조사단은 수중폭발이라는 조사결과에는 동의했지만 어뢰에 의한 것인지 여부에 대해서는 구체적으로 언급하지 않았다.
2010년 7월 8일 한겨레 신문은 러시아 소식통을 인용해 조사팀은 '북한의 뇌격에 의한 침몰로 볼 수 없다'고 결론 내린 것으로 보도했다. 이들은 보고서에서 조선민주주의인민공화국 소행의 결정적 증거로 한국 정부가 제시한 '1번 어뢰'를 천안함 침몰의 '범인'으로 볼 수 없으며 '1번 어뢰'의 페인트와 부식 정도 등에 비춰볼 때 어뢰가 물속에 있던 기간 및 출처에 대해서 문제를 제기했다. 또 스크류의 휘어진 부분에 대해서는 사전에 손상되었을 가능성을 제기했다. 이들은 사고시각 이전에 조난신호를 보냈다는 정황을 포착했다고 보도되었다. 또한 러시아 정부가 대한민국 정부에만 조사 결과를 통보하지 않아 대한민국 외교부가 러시아측에 항의했다고 보도했다. 외교부 당국자는 "러시아는 방한했던 자국 전문가팀이 수집한 정보와 자료 등을 토대로 조사 검토 작업을 진행하고 있으며 최근 우리가 추가로 제공한 최종보고서에 대해서 검토하고 있는 것으로 알고 있다"며 "러시아 외무부 대변인도 8일 브리핑에서 '아직 한국에 통보한 게 없고 추가 검토를 하는 중이라고 밝혔다'고 전했다. 복수의 언론들이 이를 인용하여 보도하였는데, 국방부 대변인은 9일 정례 브리핑을 통해 “러시아 조사단이 천안함 사태가 북한 소행이라는 근거가 없다고 밝혔다는 일부 언론의 보도는 사실이 아니다”라고 주장했다.
2010년 7월 27일 한겨레, MBC는 이와 같은 내용으로 조사단의 요약보고서를 공개하며, 러시아 측이 이를 미국과 중국 두 나라에만 통보하고 이를 한국정부에는 알리지 않았고 한국은 우방국을 통해 간접적으로 요약본을 전달받았다고 주장했다. 국방부측은 “러시아는 합조단의 조사결과를 상당부분 신뢰했기 때문에 유엔 안보리에서 거부권을 가지고 있음에도 의장성명에 동의한 것”이라며 “일부 언론의 보도는 러시아의 이런 입장과 상당 부분 차이가 있어 신뢰하기 어렵고 검토결과 자료라는 것도 정체불명으로 판단한다”고 밝혔다. 주한 러시아 대사관도 한겨레의 보도와 관련해, 러시아 대사관측은 본국으로부터 조사결과를 받은 것이 없고 아직 조사가 진행 중이라고 밝히며 천안함 보고서를 한국 정부에 전달한 사실이 없다고 밝혔다.
한겨레가 공개한 요약본 전문에는 "천안함의 사고원인이 접촉에 의하지 않은 외부의 수중 폭발이라는 주장이 확인되었다."는 부분이 명시되었고, 다른 결론은 내리지 않고 있다. 정부가 러시아 대사관에 요약보고서에 대해 문의하자 '우리도 왜 이런 게 돌아다니는지 모르겠다. 우리가 만든 것이 아니다'고 반응했고, 이러한 보고서는 출처불명으로 유엔 주변에서 떠돌던 3장짜리 미확인 문건으로 알려졌다. 이런 가운데 러시아 조사단은 3명이 일주일간 그야말로 '둘러본' 수준에 불과했다는 주장이 제기되면서 러시아 조사팀의 조사가 제대로 이루어졌는지 논란이 일던 가운데 러시아 조사팀의 조사를 한국 정부가 막았다는 주장이 나왔다. 도널드 그레그 전 주한 미국 대사는 "한국 정부는 러시아 조사단이 보고 싶어하는 자료를 제공하지 않았고, 러시아 조사단이 제기한 의문에도 답변을 거부해 잠정결론을 내릴 수밖에 없었다"며 "한국 정부는 합동조사단의 조사 결과를 상세히 밝혀 모든 의문을 풀어야 한다"며 한국 정부가 러시아의 조사에 비협조적으로 대응했다고 비판했다.
2010년 9월 15일, 한-러 정상회담에서 러시아 측은 "북한의 소행"이라는 직접적인 언급을 하지는 않았으나, 한-러 간의 협력을 확인했다. 또한 정상회담 전후로 러시아 국영TV에서 천안함이 북한에 의해 격침되었다는 취지의 내용을 대한민국 당국자 인용으로 보도하였다. 이후 2010년 9월 21일 러시아 외무차관은 "천안함 침몰 사건과 관련한 러시아 조사단의 보고서는 당초 국가 지도부를 위해 내부용으로 작성된 비밀문서로 러시아 정부는 이를 한국이나 북한 어느 쪽에도 전달하지 않을 것"이라고 말했다. 2010년 11월 10일, 러시아의 드미트리 메드베데프 대통령은 중앙일보와의 서면 인터뷰에서 "러시아 전문가들의 결과 보고서는 UN안보리에서 천안함 사건에 대한 의사결정을 위한 러시아 내부적 분석의 목적을 위한 것이었므로, 공식적으로 그 어디에도 발표되지 않았으며, 또한 발표될 수도 없습니다."라고 말하며 세간에 회자되는 천안함 보고서에 대해 인정하지 않음을 재차 확인했다. 이어 그는 "지난 7월 9일 채택된 UN 안보리 의장 성명은 균형 잡히고 객관적이라고 우리는 판단하고 있습니다." "야로슬라블에서 개최된 한-러 정상회담시 이명박 대통령께서는 UN에서 천안함 관련 논의에 있어서 러시아의 협력에 대해 사의를 표한 바 있습니다."라고 언급하며 UN 안전보장이사회 성명서와 지난 한-러 정상회담에서의 입장을 재확인했다.

대한민국 국방부 공식발표 이외의 주장들

조사단의 공식 조사결과 발표 이전에는 침몰 원인을 두고 다양한 설이 제기되었다. 침몰 원인에는 크게 북한 공격설과 사고설이 있다. 북한 공격설은 어뢰설, 매설기뢰설, 대함화기공격설을 말하고, 사고설에는 유실기뢰사고설과 좌초설, 선내폭발설, 자체결함에 의한 피로파괴설 등으로 나뉜다. 기뢰에 의한 사고의 경우, 한국전쟁이나 훈련중 "유실된 기뢰"라는 사고설과 북한이 고의적으로 "매설한 기뢰"라고 보아 조선민주주의인민공화국의 공격으로 볼 수 있다는 주장으로 나뉜다. 한편 위에서 나열한 천안함 침몰 원인에 대한 가설 중 외부충격에 의한 가설은 북한 공격설 모두와 사고설 중 유실기뢰사고설, 좌초설이 모두 여기에 해당된다. 내부충격에 의한 것은 선내폭발설이 유일하며, 피로파괴설은 외부나 내부에 의한 충격, 그 어느 것도 아닌 경우이다. 일부에서는 좌초와 피로파괴가 순차적으로 일어났다는 주장이 제기되었다.

조선민주주의인민공화국의 뇌격설

조선민주주의인민공화국의 뇌격설은 북한 잠수정에 의한 뇌격과 인간어뢰에 의한 공격까지 포함하고 있다. 2010년 4월 2일 김태영 국방장관은 천안함의 사고원인으로 거론되고 있는 내부폭발과 기뢰, 좌초, 피로파괴 등은 발생했을 가능성이 낮으며 폭발에 의한 것으로 보인다면서, "어뢰 가능성이 기뢰 가능성보다 높다"고 국회에서 답변했다.
이 어뢰가 함미를 직접 타격하는 직격어뢰인지 수중폭발로 인한 거품으로 공격하는 버블제트 어뢰인지는 더 조사를 해야 알 수 있다고 한다.
4월 25일 합동조사단은 절단면과 내외부 육안검사를 볼 때 선체 절단면이 위를 향해 있는 점, 그을음과 열상 흔적이 없는 점을 들어 비접촉 폭발(버블제트)의 가능성이 높다고 발표했다. 이어 4월 30일 사고현장에서 파편등 을 수거에 검사한 결과 RDX라는 화약성분이 검출되었고 재질은 어뢰의 외피를 구성하는 알루미늄과 마그네슘 합금인 것으로 분석됐다"고 말했다.

기뢰사고설

백령도 근해에 기존에 매설되었으나 미처 제거하지 않은 기뢰에 의해 천안함이 침몰했다는 주장이다. 기뢰사고설로는 6.25 전쟁 당시 북한군 동해와 서해에 설치한 기뢰가 다 제거되지 않은 채로 바다 밑에 남아 있다가 강한 물살에 남쪽으로 흘러내려와 천안함에 부딪혀 폭발했다는 설과, 1970대 한국 해군이 전시를 대비해 설치한 것을 천안함이 실수로 건드렸다는 설이 있다. 김태영 국방장관은 북한군 기뢰에 관하여 "비록 많은 기뢰를 제거했다고 하지만 물속에 있는 기뢰를 100% 수거하기는 쉽지 않다. 이러한 기뢰가 바다로 흘러내려 왔을 가능성이 있다."라고 밝힌 반면, 서해안에 설치된 한국군 기뢰는 현재 다 제거되었다며 한국군이 설치한 기뢰에 의한 사고였을 가능성을 일축하였다. 또한 염분이 강한 바닷물에서 30년이 지난 기뢰가 폭발할 가능성도 적으며 사고수역은 많은 어선들이 다니던 곳인데 갑자기 떠올라 폭발할 가능성도 낮다.

좌초설

사고 근해에 있는 암초 또는 바다 바닥에 천안함이 부딪혀서 사건이 발생했다는 주장이다. 이 주장의 근거는 인양된 함미에서 확인되는 긁힌 자국 과 해군 제2함대 사령부의 브리핑 자료, 해경에 구조요청 시 신고 내용, 백령도 주민들의 증언 등이다.

선내폭발설

선내폭발설은 천안함 선내에 있는 함포탄과 어뢰가 노후화로 인하여 폭발했거나, 혹은 함 내부에서 불만이 있던 자가 일부러 폭발 사고를 일으켰을 것이라는 추측이다. 그러나 탄약고에 있는 무기들이 분리 보관되어 왔다는 점, 침몰 당시 화약냄새가 전혀 없었다는 점, 폭발로 인한 부유물이 주변에 없었다.
천안함이 인양된 이후 확인한 결과 내부의 폭발물은 안전한 상태로 확인되었다.

피로파괴설

피로 파괴는 미세한 균열이 장시간 누적된 충격과 압력에 의해 갑작스런 파괴로 이어지는 현상이다. 피로파괴가 침몰 원인이었다는 결정적인 증거는 없지만 희생자 가족을 비롯한 여러 증언과 어뢰, 기뢰 등의 폭발 가능성이나 좌초 가능성이 낮을 경우 가장 높은 개연성이 있다.  사고 직후 일부 실종자 가족들이 선내에 물이 샌다는 말을 실종자들에게 들었다는 증언이 나옴에 따라, 수리가 완전히 끝나지 않은 상태에서 무리한 작전 수행에 나섰기 때문에 배가 침몰했을 가능성이 제기되었다. 한편, 4월 23일 미국 브루킹스연구소 초빙연구원인 박선원 박사는 손석희의 시선집중에 출연하여 "한국이 공개하지 않은 자료는 미국이 다 갖고 있다"며, "우리는 선체의 결함 이외에 다른 침몰의 요인을 알지 못한다"며 선내결함 가능성을 언급했다.
그러나 천안함의 절단면은 깔끔하게 절단되어 있지 않고 찢겨 있는 상태여서 피로파괴설은 설득력이 없다는 반론이 제기되고 있으나 절단면이 공개되지 않은 상태여서 확인하기 어려운 상태이다. 한편, 천안함 함장이었던 최원일 중령은 실종자 가족들이 제기한 선체결함 가능성에 대해서 “수리한 적도 없을 뿐만 아니라 물이 샌 적도 없다”고 말했으며, 생존 장병들과의 기자 회견에서도 "물이 샌다고 말하는 건 온도차로 습기가 만들어지는 것을 두고 오해하는 것이다."라며 부인했다. 또한 최초 폭발 당시 백령도 지진관측소에서 관측한 지진파가 피로파괴에 의해 발생했다고 보기 어렵다는 의견이 있다.

좌초 후 피로 파괴설

좌초된 후 침수 등에 의해 피로파괴가 일어났다는 주장이다. 피로파괴설에 대한 가장 강력한 반론 중 하나인 절단면이 매끄럽지 않다는 것에 대해서 아메리칸 스타호의 사례에서처럼 좌초 후 피로파괴가 일어나는 경우에는 절단면이 매끄럽지 않고 찢긴 모양이 될 수 있다는 주장을 함께 제시하고 있다. 그러나 천안함이 예인된 이후 조사한 결과 배의 밑이 온전한 것이 확인돼 이 가설도 신빙성이 낮아졌다.

고위급 탈북자 증언

'북한의 군사문제와 군수산업에 정통한 한 고위급 탈북자'는 이 사건이 10년 동안 북한이 철저하게 준비해온 사건이라고 주장했다. "북한은 1999년 제1연평해전과 2002년 제2연평해전 때 대한민국 해군에 참패해 피해가 크자, 사기가 떨어졌다. 그러자 군부는 이를 만회해야한다는 목소리가 높아졌고, 결국 4군단과 작전부, 함대 사령부에 패배에 대해 보복을 하라는 지령이 떨어졌다. 그 결과가 천안함 폭침이라는 것이다.
함정이 진행하면서 내는 소음은 주파수가 낮을수록 멀리가는데, 선체 프로펠러에서 나는 소음은 10km 이내에서 이뤄져야 감지되지만, 선체 자체의 소음은 저주파로 10km이상 퍼져나간다. 그런데 이 선체 소음은 각 함정마다 제각각 다른 특성을 갖고 있다. 북한은 남측 함정이 내는 고유한 선체 소음을 어뢰 CPU(중앙처리장치)에 저장해 10km 이상 떨어진 원거리에서도 감지해 추적·격발되도록 해놓았고, 이는 천안함이라는 특정 함정을 깨기 위해 목표를 정해놓고 기회를 노리고 있었다는 의미이다."라고 주장했다.

잠수함 충돌설

경성대 김황수 교수와 케임브리지대 코레스타 교수는 천안함 침몰 당시 백령도에서 관측된 지진파 주파수를 분석한 결과 천안함이 잠수함과 충돌해 침몰했을 가능성을 제기했다. 연구진은 당시 지진파가 저주파인 8.5㎐ 기본 진동수의 주파수에서 강한 피크 진폭을 보이는 데 주목했다. 이 지진파는 8.5㎐의 정수배(2·3·4배) 주파수에서도 차례로 강한 피크 값을 보이는 '조화 주파수' 형태로 분석됐다. 연구진은 수중 폭발에 의한 지진파에서는 이러한 조화 주파수를 가진 지진파가 나타나지 않으며, 잠수함을 기하학적 형태의 금속 물체(튜브형)라고 가정하고 연구를 진행한 결과, 튜브형 금속 조형물 축 진동의 고유 진동수 스펙트럼과 지진파 관측 결과가 ‘만족스럽게’ 일치하는 것을 발견했다고 설명했다.
국방부는 잠수함의 충돌 흔적이 발견되지 않았다고 설명했다.

군의 부적절한 대응

천안함 사건이 일어나기 직전 북한 잠수정과 해안포의 심상치 않은 움직임이 포착됐는데도, 우리 군이 적절한 대응조치를 취하지 않았다는 논란이 있다. 민주당 신학용의원은 천안함 사건 당일 아침 해군 2함대가 전파한 군 문자정보망 교신 내역을 공개하며 2~3일 전부터 북한 연어급 잠수정 한척과 이를 지원하는 배 6척이 기지에서 출동한 뒤 모습을 보이지 않고, 천안함 침몰 직전 시점에는 북한 해안포 10문이 모습을 드러냈는데도 이렇게 정보가 있음에도 불구하고 전투태세 및 경계태세는 발령되지 않은 점을 문제삼았다. 국방부장관은 "오늘날 지나고 나서 다 이 사건이 북한의 잠수함 어뢰공격이었구나 하는 것을 아니까 오늘날 우리가 이렇게 얘기할 수 있습니다만 그 당시에는 쉽지 않았다"며, 그것을 침투나 도발 징후로 인정하지를 않았다고 해명했다. 민주당 박지원 원내대표는 "많은 우리 장병들이 이로 인해 목숨을 잃었지만 실질적인 최고 책임자 김태영 국방장관은 오늘까지도 국방장관을 엔조이하고 있다"며 국방부장관을 해임하고 군법회의에 회부해야 한다고 주장했다. 이에 한나라당은 "그로 인해 장병들이 목숨을 잃었다" 는 표현은 천안함 사건이 북한의 폭침에 의한 것임을 시인한 것”
이라며 "민주당은 지금부터라도 북한에 천안함 책임을 강하게 물어야 책임 있는 공당이 될 수 있다" 고 했다. 민주당 손학규 대표는 “우리는 한국의 공식 입장과 발표를 신뢰한다는 자세를 갖고 있다”면서도 “ 여러 의혹이 정부에 의해 분명히 밝혀지지 않는 것도 사실인 만큼 문제 제기는 야당의 당연한 임무”라고 말했다.

반대론자들에 대한 고소 고발

천안함 사태에 대해 문제를 제기해 논란을 일으켰던 사람들중 상당수는 고소, 고발을 당했다. 대표적으로 도올 김용옥, 천안함 조사위원이었던 신상철과, 박선원 전 청와대 통일안보전략비서관, 민주노동당 이정희 의원 등이다. 이러한 반대론자들에 대한 해군, 국방부 등의 고소, 고발은 반대론자들에 대한 탄압으로 비춰졌으며 천안함의 조사 결과에 대해 의문을 제기했던 이승헌 버지니아대학교 물리학 교수는 "정부의 천안함 결론에 대해 문제를 제기하는 사람들이 고소됐다. 이것은 현재 우리 사회가 합리적인 사회가 아니라는 것을 보여줄 뿐이다."라고 지적했다. 국방부는 허위사실 유포로 명예가 훼손되었다며 고소 이유를 밝혔다. 한편 김용옥은 보수단체로부터, 이정희는 해군 대령 개인으로부터 고소 당하였다. 국방부로부터 고소를 당한 박선원 전 청와대비서관은 어뢰피격설이나 암초설을 주장한 적이 없다며 언론사 관계자를 고소했다.
천안함 침몰 원인이 조선민주주의인민공화국에 의한 버블제트형 어뢰 폭발에 의한 것이라는 국방부의 근거에 대해 주로 대한민국 이외에 거주하는 학자들이 문제를 제기하고 있는 것에 대해서도 "(대한민국내 학자들이)보이지 않는 손에 의해 압박을 받고 있다", "의혹을 제기한 학자들이 군의 조사를 받았다"라는 증언이 나왔다.

성금 모금 훈장 수여와 징계

2010년 4월 14일 천안함 침몰 사건에 대한 성금 모금이 진행되었다. 이전까지 국민성금을 모아왔던 적은 많았으나, 불우이웃이나, 자연재해로 인한 피해 등 금전적 지원이 반드시 필요한 곳에서만 추진되어 왔다. 하지만 이번 사건에서는 개인에 대한 재산 피해도 없었기 때문에 금전적 지원이 필요한 경우라고 보기 어려웠으며, 천안함 침몰 원인이 밝혀지기는 커녕, 실종자들의 생사조차 확인되지 않은 상황에서 이러한 성금 모금은 부적절하다는 지적이 제기되었다. KBS는 이를 특집으로 생방송하여 시청자 게시판에는 항의글들이 올라왔다. 또한 이 사건의 책임이 전적으로 정부와 국방부에 있음에도 국민들에게 책임을 지우기 위한 것이 아니냐는 지적이 제기되었다. 국방부는 희생자들에 대해 훈장을 수여하고 국민성금까지 모금하여 억대의 보상금을 지급하며 '영웅' 대접을 하면서도 생존자들과 군 지휘관들에게는 징계 또는 격리수용을 하며 책임을 묻고 있다는 점이 모순으로 지적되기도 한다. 도올 김용옥은 이번 사건은 패전이라는 지적했다. 중앙일보도 칼럼을 통해 '산 사람은 죄값을 받고, 죽은 사람은 훈장을 받는다'는 의미로 "생자유죄(生者有罪), 망자유공(亡者有功)"이라는 격언을 언급하며 모순을 지적했다. 또 "강릉무장공비 사건(1996), 동해 잠수정 침투 사건(1998), 북한군의 전방 사단 철책 통과 사건(2005) 등에선 지휘관을 형사입건하지 않았다."며 지휘관의 재량권을 인정해야 한다는 주장과 함께 최원일 함장이 58명을 구조한 공도 인정해야 한다는 견해도 있었다. 또한 천안함이 북측의 이든, 사고로 인한 것이든간에 근무를 제대로 하지 못했다는 것인데, 어느쪽이든간에 이들에게 영웅, 용사 등의 호칭을 사용하는것이 적절한지에 대한 논란도 있다. 정부는 이들에게 공식적으로 '용사'라는 호칭을 사용하고 있으며 사건 1주기가 되는 2011년 3월, 기업, 학교에 천안함 용사 추모 현수막과 홈페이지 배너를 달라는 내용의 공문을 보냈다.

문제 제기한 누리꾼을 내사

천안함의 침몰 원인에 대해서 문제를 제기한 누리꾼들을 국가정보원이 내사했다. 국정원은 해당 누리꾼들의 수년치 이메일을 열람했고, 이들 누리꾼들은 북에 동조한 이유로 수사를 받았다.

각계의 반응

조사단의 발표는 과학적이고 객관적인 것으로 평가되기도 하지만, 잠수함의 이동 경로에 대해서는 설명이 충분하지 않다는 지적이 있다.
독일, 미국, 스웨덴, 영국, 오스트레일리아, 일본, 캐나다, 태국, 등 각국(가나다순)은 조사단의 발표를 지지하는 성명을 발표하거나 인정하였다. 러시아와 중국은 신중해야 한다는 입장을 밝혔다. 이명박 대통령은 "대한민국에 살면서 북한 소행이 아니라고 믿는 것은 정말 아니라고 생각한다"고 말했다.

대한민국 국회

천안함 침몰 사건에 대해 대한민국의 여야 정당들은 정 반대의 해석과 책임론을 주장했다. 여당인 한나라당은 북한의 책임론을 주장하며 김대중, 노무현 정부의 대북정책에 비판을 가했으며, 야당인 자유선진당과 미래희망연대도 이에 동조했다. 다른 야당인 민주당과 민주노동당, 진보신당, 국민참여당 등은 정부의 조사 결과에 의문을 제기하는 한편, 합동조사단의 조사결과 발표 이후에는 해전에서 이렇다할 대응은커녕 적의 움직임조차 전혀 파악하지 못하고 타격당했다는 점을 들어 정부의 구멍뚫린 국방정책에 대한 비판을 제기하였다. 이러한 정치권의 대립되는 책임론은 2010년 6월 2일에 있을 지방선거에서 우위를 점하기 위한 전략이라는 해석이 지배적이다. 천안함 사건이 조선민주주의인민공화국의 공격에 의한 것일경우 조선민주주의인민공화국에 대해 비판적인 성향을 가진 보수주의자들을 결집시키는 결과를 불러올 수 있으며 지지율이 상승한다고 보는 것이다. 한편, 합동조사단의 천안함 사고 조사 발표날짜를 원래 5월 23일에 하기로 하였으나 이날은 노무현 대통령 서거 1주기이기 때문에 너무 노골적이라 미국측의 반대로 앞당겼다는 주장도 있었지만 국방부는 이를 부인했다. 최종 보고서에서도 정치권의 반응은 엇갈렸다. 한나라당은 "영국과 스웨덴이 참여한 객관적 조사를 세계 주요국들이 인정했다"며 의혹이 완벽하게 해소되었다고 주장했으며, 민주당 등 야당은 "여론조사에서도 국민 3명 중 2명이 믿지 못한다. 외국 언론이나 러시아 보고서들도 계속 의혹을 제기하고 있다"며 각종 문제가 남아있다고 주장했다. 이렇게 의혹이 해소되지 않았다는 주장들이 나오는데 대해 국방부는 "굉장히 많은 세력이 (진실과) 다른 방향으로 끌고 가려고 노력했고, 그게 성공했다"고 주장했다.
보고서에서 국방부의 대처나 반성에 대한 내용이 전혀 없던것도 지적된다. 민주당 신학용 의원은 "군의 책임에 대해선 단 한 줄도 언급을 하지 않았다"라고 지적했다.

여론 조사

조사초기인 4월 11일 리서치플러스의 여론결과 정부의 수사가“신뢰가 안 간다”는 응답이 59.9%였고, “신뢰한다”는 응답은 34.9%였다.
합동조사단의 조사결과가 발표된 5월 20일과 21일 실시된, 코리아리서치센터(KRC)의 여론조사에서는 '합조단의 발표대로 북한 소행이 분명하다'는 응답이 72.0%였고, '북한 소행이라는 합조단 발표를 신뢰할 수 없다'는 응답은 21.3%였다.이명박 "대통령의 대응 및 국가 위기 관리 능력"에 대해서 긍정적이라는 응답이 60.5%였고, "정부 여당이 국가안보 사안을 정치적 목적으로 악용한다"는 응답은 26.5%였으며, "국가안보사안을 정치적으로만 해석하는 야당의 주장에 동의 안한다"는 응답은 58.3%였다.
5월 30일 있었던 여론조사에서 '정부의 조사를 신뢰한다'는 응답이 64%였다. '여당의 정치적 의도가 있다'는 응답은 67.2%였다. 군 책임자 문책에 대해 찬성한다는 응답이 73.9%였다. 9월 8일에 실시된 여론조사에서도 국민들의 32%만 정부의 발표를 믿는다고 답변하여 불신이 여전한 것으로 드러났다. 최종보고서가 발표된 9월 14일에 실시된 여론조사에서 응답자의 47.8%가 신뢰한다고 밝혔으며, 40%가 정부의 발표를 신뢰하지 않는다고 답변하였다. 침몰 원인에 대해서도 '북한의 도발에 의한 침몰'이라는 의견이 57.2%로, 좌초나 충돌에 의한 침몰이라는 의견 15.1% 보다 훨씬 많았다. 여성보다는 남성이 신뢰한다는 답변이 많았고 지역별로는 대구, 경북지역에서 신뢰한다는 의견이 높은 반면, 전남, 광주에서는 신뢰하지 못한다는 답변이 많았다. 또한 한나라당의 지지자들은 신뢰한다는 답변이 많았으나, 야당 지지층들은 불신이 더 높았고, 연령대별로는 50대 이상에서 북한의 소행이라는 답변이 많았고, 젊은층일수록 불신한다는 답변이 많아 계층별로 신뢰의 정도에 차이가 많았다. 9월 17일 문화일보가 실시한 여론조사에서는 57.9%가 최종보고서의 내용을 신뢰한다고 밝혀 여론조사 기관이나 주최측에 따라서 차이를 보였다. 이렇게 국민들중 상당수가 믿지 못하고 있는 것에 대해 김종대 군사잡지 편집장은 "국민들은 보다 자기의 판단이 개입된 참여적인 분위기를 원하는데 쇼윈도에 갇혀있는 진실만 구경하는 피동적인 위치로의 전락이 심리적인 반발을 일으켰다"고 분석했다.
천안함 사건 1주년을 맞아 한국 리서치에 의뢰해 전국 성인남녀 1천명을 대상으로 시행한 여론조사를 한 결과 ‘천안함 사건은 북한의 도발에 의해 발생했다고 보는냐’는 질문에 응답자의 80%가 ‘그렇다’고 답했다. 지난해 9월 조사 결과 72.6%보다 늘어난 수치다.‘그렇다’라고 밝힌 응답자중 ‘천안함 사건이 북한 도발에 의해 발생했다고 생각한 때는 언제쯤인가’라는 질문에 64.2%가 ‘천안함 사건 직후’라고 답했다. 이어‘정부와 군 조사 결과 발표 이후’(23.3%), ‘북한의 연평도 포격 이후’(11.7%) 순으로 응답했다.

각국 정부

천안함 침몰 사건에 대해 국제사회는 많은 관심을 보였고 조사결과 발표 후 각국으로부터 국제사회의 대북규탄 메시지가 잇따르고 있다. 2010년 5월 27일까지 국제기구 4곳 및 21개국이 대북 규탄성명을 발표했다.
반기문 UN사무총장:  "대한민국 정부가 천안함 사건에 대해 절제와 인내심을 가지고 침몰 원인의 규명을 위해 국내외 전문가들을 통해 객관적이고 과학적인 조사를 진행해 온 것을 평가한다"며 이같이 밝혔다.
반 총장은 특히 "보고서에 적시된 사실 관계는 매우 엄중하다"며 "유엔 사무총장으로서 이 문제에 대해 계속 깊은 관심을 가지고 대처해 나갈 예정"이라고 강조했다.
 미국 : 백악관은 천안함 조사 결과 발표와 관련한 성명에서 "이번 공격 행위는 북한이 국제법을 무시한 용납할 수 없는 또 다른 사례"라고 비난하고 북한의 행위는 "고립을 심화시킬 뿐"이라고 지적했다. 또한 힐러리 클린턴 미국 국무장관은 5월 26일 천안함 사태와 관련, "이명박 대통령이 강하면서도 인내를 가지고 철저하게 진실을 규명한 것과 그 후 대응책을 마련한 방식을 치하한다"며 "대한민국 정부가 취하는 조치들을 전적으로 지지한다"고 밝혔다. 하지만 북한을 테러지원국으로 재지정하는 문제에 대해서는 이번 사건을 "테러는 아니다"라고 선을 그었다.
 독일 : 독일 외무장관은 "민군합동조사단이 확인한 조선민주주의인민공화국에 의한 천안함 침몰을 강력히 규탄한다"면서 "이것은 유효한 국제법에 대한 중대한 위반 행위"라고 지적하고 대한민국 국민과 대한민국 정부에 대해 전폭적인 지지와 공감을 약속한다"고 밝혔다.
 유럽 연합 : 유럽 연합(EU) 외교 총책인 캐서린 애슈턴 외교·안보정책 고위대표는 아프리카 순방 중 성명을 내고 “나는 이처럼 악질적이고 지극히 무책임한 행위를 강력히 규탄한다”고 밝혔다. 조사결과에 따른 적절한 후속 조처를 취하는데 한국 정부 및 다른 이해당사자들과 긴밀히 협력할 것”이라고 말해 유엔 안전보장이사회 회부 등 국제사회의 대응에 적극적으로 협력하겠다는 의지를 보였다.
 프랑스 : 프랑스 외교부는 대변인 발표를 통해 조선민주주의인민공화국의 뇌격에 대한 대한민국 조사 결과 발표를 지지하고 조선민주주의인민공화국의 이 같은 도발은 중단돼야 한다고 강조했다. 이어 "프랑스는 조선민주주의인민공화국 측이 폭력 행위를 포기하고 국제적 협상 테이블로 복귀해 대화의 장에 참여해야 한다는 입장"이라고 덧붙였다.
 스웨덴 : 천안함 사건 조사에 참여한 스웨덴은 20일 북한의 소행으로 결론을 내린 조사결과 보고서가 만장일치로 채택됐다면서 조선민주주의인민공화국에 대한 외교적 조치가 필요하다고 밝혔다. 빌트 장관은 "조선민주주의인민공화국 어뢰가 천안함을 침몰시켰다는 보고를 받았다"면서 "우리는 이같은 행위를 단호하게 규탄하고, 유엔의 어떤 조처를 할지 지켜봐야 한다"고 강조했다.
 오스트레일리아 : 스티븐 스미스 오스트레일리아 외무장관은 "천안함은 의심의 여지없이 북한의 뇌격을 받아 침몰한 것"이라며 "국제법과 지난 1953년 정전협정을 위반한 북한의 행동은 변명의 여지가 없다"고 밝혔다. 이와 함께 국제사회가 조선민주주의인민공화국을 강력하게 비난해야 한다고 언급했다. 케빈 러드 호주 총리도 천안함 사태를 적대적, 정당성이 없는 행위라고 비난 했다.
 인도 : 인도 외무부는 이날 발표한 '대한민국의 천안함 침몰' 제하 성명을 통해 "대한민국 정부는 천안함 침몰 사건 원인 규명을 위한 민군합동조사단의 조사 내용을 우리와 공유했다"며 "우리는 이번 사건을 규탄하며 비극적 인명손실과 관련 한국 정부에 애도를 표한다"고 밝혔다. 성명은 이어 "인도는 대한민국이 지역 평화와 안정을 유지하기 위해 성숙함과 자제력을 갖고 이번 사건을 처리해 온 점을 높이 평가한다"고 덧붙였다.
 뉴질랜드 : 머레이 매컬리 뉴질랜드 외무장관은 21일 해외 전문가들이 포함된 조사단이 전날 천안함 침몰 원인으로 규정한 북한의 뇌격을 "한반도와 지역 안보에 대한 심각하고, 고의적이며, 정당한 이유없는 도전"이라고 규정한 뒤 "북한의 지도자들은 국제사회가 이 문제를 얼마나 엄중하게 보는지에 대해 어떠한 착각도 해선 안될 것"이라고 말했다. 또한 "뉴질랜드는 한반도 안정을 꾀하기 위한 적절한 대응을 모색하는 과정에서 대한민국과 유관국들을 지지할 것"이라며 "한국이 장병 46명의 생명을 앗아간 비극적 사건을 조심스럽고 신중하게 처리하고 있다는 점을 치하한다"고 덧붙였다.
 러시아 : 메드베데프 러시아 대통령은 25일 천안함 침몰 원인이 북한의 뇌격으로 드러난 것과 관련, "한반도 평화와 안전을 보장하면서 북한에 제대로 된 신호를 주도록 노력하겠다"고 말했다. 이어 "대한민국 측과 긴밀하게 협력해 나갈 준비가 돼 있다"고 강조했다.
 캐나다 : 스티븐 하퍼 캐나다 총리는 천안함 침몰과 관련, 이명박 대통령에 대한 흔들림 없는 지지를 표명하며 조선민주주의인민공화국에게 강력한 국제적 조치가 취해지도록 한국 및 여타 파트너, 동맹국들과 계속 논의하고 협력해 나갈 것이라고 밝혔다.
 일본 : 하토야마 총리는 5월 22일 "북한이 터무니없는 일을 저지르고 있다"며 "국제적으로 협력해 확실히 싸우지 않으면 안 된다"고 말했다. 또 "일본이 대한민국을 확실히 지지하는 것이 중요하다. 두 번 다시 북한이 이런 일을 일으키지 않도록 국제적 환경을 만들어야 한다"고 덧붙였다.
그 외 국가: 세계 자유지도자 70명은 대한민국 민·군 합동조사단의 조사결과를 전폭적으로 신뢰하며, 대한민국 정부의 대북 대응조치를 적극 지지한다”고 밝혔다. 세계 및 아태 자유민주연맹 2010 연차총회에 참석한 참가국(70개국) 대표단은 북한이 최소한의 책임 있는 태도를 취할 때 까지 인도적 지원을 제외한 모든 대북지원 및 교류를 전면 중단할 것을 총회 참석 대표들의 정부에 요청하기로 했다”며 “대북 제재 결의안이 유엔 안보리에서 채택될 수 있도록 자국 정부의 협조와 동참을 이끌어내기 위해 노력한다”고 결의했다.

대한민국 국회 대북결의안 채택

대한민국 국회는 2010년 6월 29일 국회 본회의를 열어 '북한의 천안함에 대한 군사도발 규탄 및 대응조치 촉구 결의안'(천안함 대북결의안)을 채택했다.
이날 표결에는 한나라당, 자유선진당, 미래희망연대, 국민중심연합, 및 무소속 의원들이 찬성표를 냈으나 민주당과 진보신당은 반대표를 던졌다. 민주당 의원들은 민군합동조사단의 5월 20일 발표도 최종 발표가 아닌 중간 조사 결과에 불과하고, “국회 천안함 진상조사특위 활동이 끝나지 않은 상황에서 철저한 진상조사가 우선”주장했다.

유엔 회부

대한민국 정부는 유엔 안전보장이사회에 이 사건을 회부하는 것 등을 적극 검토하겠다고 밝혔으며 미국은 대한민국, 중국, 일본과 공동방안을 마련하겠다고 밝혔다.
이에 대해 유엔사 군정위는 "북한군의 뇌격을 받고 천안함이 침몰한 결론에 대해 북한의 정전협정 위반 여부를 조사할 예정 이라고 밝혔다.

안전보장이사회 회부

윤덕용 천안함 사건 민·군 합동조사단장은 6월 14일 국제조사단과 함께 안보리 이사회에 참석, 23분간의 브리핑, 7분간의 비디오 프레젠테이션 등을 통해 사건의 개요와 어뢰 추진체 인양 모습을 공개하고, 1시간 30분 가량 질의응답을 받았다. 남북한 양측의 브리핑을 들은 유엔 안전보장이사회 이사국들은 대한민국 조사결과에 대해 대부분 전폭적인 신뢰를 보낸 반면 북한 주장에 대해선 "일방적인 주장만 있고 근거가 희박하다"고 평가했다 프랑스·오스트리아·터키·일본의 유엔주재 대사 등은 "과학적이다" "철저하다" "지극히 확신을 준다"고 평가했다. 지금까지 유보적인 태도를 취하고 있는 중화인민공화국과 러시아 대표도 이날 의문을 제기하는 질문은 전혀 하지 않은 것으로 알려졌다. 조선민주주의인민공화국의 신선호 유엔대표는 한국의 브리핑에 이은 별도 설명회에서 "우리는 희생자이며 이번 사건과 아무런 관련이 없고, 한국의 조사는 날조된 것"이라고 주장했다. 이에 대해 토마스 마이르-하팅 오스트리아 대사는 "한국의 브리핑은 철저한 '조사(investigation)'인 반면 북한의 브리핑은 '주장(allegation)'"이라고 말했다.
에르투룰 아파칸 터키대표는 "한국의 과학적 조사에 수긍이 가며 전적으로 동의한다"고 말했고, 다카스 일본대사는 "한국의 조사가 지극히 확신을 준다(extremely convincing)"고 했으며, 오스트리아 대표는 "한국은 철저한 조사를 했다"고 평가했다.
2010년 7월 9일 안보리 의장 성명이 발표되었다. 이 내용에는 '북한이 천안함 침몰의 책임이 있다는 결론을 내린 합동조사단의 조사결과에 비추어 깊은 우려를 표명한다', '천안함 침몰을 초래한 공격을 규탄하며 한국에 대한 공격이나 적대행위를 방지하는 것이 중요하다'는 내용이 있었으나 천안함 사건과 관련이 없다는 북한의 입장에 유의한다는 문장을 포함시켜 북한의 반론을 병기함으로써 G8 공동 성명보다 후퇴했다는 지적이 일었다. 또한 뇌격이나, 북한에 대한 명시도 없어 북한에 대한 사과를 촉구하는 내용이 빠진점도 외교적 한계로 지적되었다. 이후 북한 외무성대변인은 의장성명을 사실상 수용하는 입장을 밝혔다.

참여연대 서한 논란

2010년 6월 14일 참여연대는 천안함 침몰 사건의 조사결과에 대한 의문점을 담은 서한을 안전보장이사회와 이사국들에 보냈다. 이는 큰 파장을 불러왔으며 정치권에서도 논쟁의 중심이 되었다. 각국 안보리 관계자들은 엄격하고 전문적인 무대에 시민단체가 느닷없이 뛰어든 것도 상식밖이고 대한민국의 시민단체가 사건의 책임자를 규탄하려는 정부의 노력을 방해하는 것을 이해할 수 없다는 반응을 보였다. 이곳 외교관들은 "이스라엘의 폭격으로 팔레스타인인들이 무참히 죽어서 이스라엘이 유엔 안보리에 회부됐는데, 갑자기 팔레스타인 시민단체가 '이스라엘의 소행이라는 조사 결과에 무수한 의혹이 있다'고 팩스를 보내 말리는 꼴"이라는 말까지 나왔다. 한나라당은 국론분열을 야기한다며 비판하였고, 민주당 등 야당은 "민단체의 영역인 비판적 활동을 친북 이적행위로 매도하는 것은 매카시즘"이라고 반박했으며, 참여연대측도 "NGO들이 국제사회의 논의과정에 참여하는 것은 유엔의 참여자로서 갖는 당연한 권리이고, 이번 유엔안보리 서한 역시 이같은 취지에서 이뤄진 것"이라고 해명했다. 이러한 논란 끝에 검찰은 참여연대에 대한 수사를 착수하였다. 그러나 법조계에서는 "의혹제기는 허위사실 유포가 아니다"라며 법적 조치를 할 수 없다는 해석이 나오기도 하였다. 또한 미국의 경우 2005년 부시 행정부가 대량살상무기 확산방지구상(PSI)의 근거를 만들기 위해 안보리 결의 1540호를 제안하자 미국내 비정부기구(NGO)들은 유엔 안보리 의장에게 서한을 보내 반대 의견을 개진한 전례가 있으며 다른 국가들에서도 비정부기구들이 유엔에 정부와 다른 의견을 개진하는 것은 일상적인 일이고 유엔도 이러한 비정부기구들의 의견들을 존중하고 있기 때문에 검찰의 이러한 표현의 자유를 침해하는 수사는 무리라는 지적들이 제기되었다. 이러한 논란 가운데 법학교수와 변호사 등 법률가 342명은 참여연대에 대한 검찰의 수사를 중단하라는 내용의 시국선언을 발표했다. 이들은 "참여연대에 명예훼손죄와 국가보안법을 적용하겠다는 것은 정부와 다른 입장 표명을 이적행위로 보고 있는 것"이라며 "21세기 국가보안법의 대표적인 악용 사례로 기억될 것"이라고 강조하며 "생각이 다른 사람을 물리력까지 동원하여 배제함으로써 생각을 통일하고야 마는 전체주의를 대하는 전율을 느낀다"고 비판했다. 아시아의 대표적인 인권 단체로 평가되는 아시아인권위도 "참여연대에 대한 한국 정부와 보수단체의 옭죄기를 막아달라"는 내용의 서한을 반기문 UN 사무총장에게 보냈다. 이들은 서한에서 "정부의 시민사회단체 예산 지원 재검토 발언과 참여연대에 대한 검찰의 국가보안법 위반 혐의 수사 등이 표현의 자유를 위협하고 있다"며 "한국 정부가 유엔과 교류하는 시민사회단체를 직·간접적으로 옭죄는 것을 막기 위해 반 사무총장이 필요한 행동을 취해주길 바란다"고 말했다. 검찰이 국가보안법을 적용하여 참여연대를 기소하려는 움직임을 보이자 국제 인권단체인 엠네스티는 우려를 표명했다. 서재정 존스홉킨스대 교수는 "참여연대에 대해서는 정부가 오히려 칭찬해줘야 한다. 유엔이라는 국제무대에 시민단체가 이견을 제시한 것은 한국 민주주의의 성숙성을 보여주는 것이며, 국격을 높이는 데 엄청난 기여를 했다고 본다"고 평가했다. 조국 서울대학교 법대 교수도 "참여연대의 문제제기가 옳은 것인지 그른 것인지 과학적인 토론과정을 통해서 밝혀내야 한다"며 천안함 사태에 대한 원인 분석이 정부가 맞았든, 참여연대가 맞았든 토론을 거쳐 해결해야 할 문제라고 지적했다.
이러한 가운데 참여연대의 서한이 언론이 제기한 의혹을 모아놓은 수준에 불과한 등 비전문적이고 조사결과가 잘못되었다는 지적보다는 '내가 이해할 수 없다'는 주장에 불과한 것" 이라는 비판도 제기되었다. 바른사회시민회의는 "국민 대다수의 시각을 외면하고 국제사회에 국내 여론을 비틀어 호도하는 것" 이며 “국민이 부여하지 않은 권리와 대표성을 가지고 유엔 안보리를 직접 상대하겠다고 나선 것은 오만과 독선이다”라고 평가했다. 이러한 가운데 참여연대의 행동을 규탄하는 시민단체들의 기자회견 및 시위가 이어졌고 이들중 '고엽제 전우회'는 가스통과, 시너가 든 소주병을 들고 참여연대로 질주해 경찰이 막아섰다. 참여연대의 홈페이지는 항의하는 네티즌들의 접속으로 다운되었다. NKnet는 5개 시민단체들은 참여연대의 서한에 대해 긴급세미나를 열고 참여연대가 오류를 했다고 주장하며 그 이유를 '오류를 인지 못하는 능력부족, 믿고 싶은 것만 믿는 심리적 문제, 북한에 대한 감상주의적인 환상에 빠졌기 때문'이라고 설명하면서 "참여연대는 과학적 증거를 외면하고 지엽말단의 의문점에서 헤매고 있는 형국"이라고 비판했다. 또한 언론과 인터넷을 통해 어떤 정보가 정보시장에 나오게 되면, 취향에 따른 취사선택이 이루어지고, 그 정보가 잘못되었다는 명백한 증거가 나와도 생명력을 가지고 특정한 집단 내에서는 교정되지 않고 계속 유통되는 현상이 벌어지고 있다"며 정보유통에 구조에 대한 문제도 제기되었다.

국방부에 대한 감사원 조사와 징계

사고가 발생한 직후부터 국방부에 책임을 물어야 한다는 주장이 제기되어 왔다. 대한민국의 군형법 22조에는 "지휘관이 그 할 바를 다하지 아니하고 적에게 강복하거나 부대, 진영, 요새, 함선 또는 항공기를 적에게 방임한 때는 사형에 처한다"라는 조항과, "지휘관 또는 이에 준하는 장교로서 그 임무를 수행함에 있어 적과의 교전이 예측되는 경우에 전투준비를 태만히 한 자는 무기 또는 1년 이상의 징역에 처한다"라는 35조 1항의 조항을 들어 비판이 제기되었다.
이러한 논란 끝에 이번 사건에서 군의 대응실태를 조사한 감사원은 허위보고, 음주근무 등 초기 대응에서의 총체적 문제점이 드러나 합참의장 등 장성급 장교들을 포함해 총 25명에 대해 징계를 요청했으며 이중 12명은 형사처벌이 필요하다고 밝혔다. 당시 합참의장은 만취상태에서 통제실을 이탈했으며, 비상경계태세 발령을 부하가 했는데도 불구하고 자신이 지시한것처럼 꾸몄다. 세떼 보고서와 발생시간도 역시 의도적으로 조작한 것으로 드러났다. 하지만 김태영 국방부장관은 감사원의 대규모 징계 요청과 형사처벌이 필요하다는 의견에 반대했으며 국방부는 합참의장이 자리를 비우고 문서를 조작했다는 감사원의 조사 결과도 사실이 아니라고 반박하며 국방부와 감사원간의 갈등이 빚어졌다. 이렇게 대규모 징계가 결정되면서 국방부의 대대적 인사가 뒤따르게 되었다. 그러나 감사원의 감사 결과가 발표된 이후 3개월이 넘도록 4명을 입건하는데만 그쳤다. 또한 감사원 감사에서 처벌 대상이 아니었던 최원일 함장이 입건 명단에 포함되면서 형평성 문제도 불거졌다. 결국 11월에 발표된 최종 징계안에서 기소된 사람은 한 명도 없었다. 이에 대해 야당은 "국민들이 납득할 수 없다"며 반발했다.

법원의 판단

2016년 1월, 천안함 침몰이 발생한 지 약 6년 만에 이 사건이 북한의 뇌격에 의한 폭발로 비롯됐다고 법원이 판단했다. 1심을 맡은 서울중앙지법 형사합의36부(이흥권 부장판사)는 25일 "천안함은 수중 폭발로 발생한 충격파와 버블 효과에 의해 절단돼 침몰했고, 여기에 사용된 무기는 북한에서 제조된 CHT-02D 어뢰, 또는 그와 같은 계열의 어뢰"라는 결론을 내놨다.