원균

출생과 가계

원균은 1540년 음력 1월 5일 현재 장군의 사당과 묘소가 있는 평택시 도일동에서 무인 원준량(元俊良)과 남원 양씨의 아들로 출생했다.
원주의 호족이자 고려 태조 왕건 때의 통합삼한공신(統合三韓功臣)으로 병부령, 원성백에 봉작된 원극유(元克猷)의 후손으로 그의 선조들은 강원도 원주군에서 경기도 진위현으로 이주했다. 원주 원(原州元)씨의 경기도 입향조(入鄕祖)는 세종 때 호조참판 등을 역임했던 원임(元任, 또는 원몽이라고도 함)으로 알려져 있다. 도일동의 원주 원씨 가문은 대대로 무인(武人) 집안으로 이름이 났다. 입향조였던 원임도 세종 때 무과에 급제했던 무인 출신이며, 원준량도 홍문관 교리와 경상도 병마절도사를 역임했던 무인이었다.
외가로는 외조부 양희증(梁希曾)은 세조, 성종때의 학자인 양성지의 후손이었다.

변방 근무

1564년 원균의 아버지 원준량은 아들을 무과 초시에 규칙을 어기고 응시하게 했다는 죄로 탄핵당한다. 둘째 원연이 문과라는 것을 볼 때 이때 비리에 연루된 아들은 원균으로 추측된다. 이에 따라 원균은 무과합격이 취소되고 다시 무과를 준비한다.
사인 최옹이 함경북도 병사 곽흘 등의 자제의 무과 응시에 관하여 아뢰다)
사인(舍人) 최옹(崔翁)이 삼공의 뜻으로 아뢰기를,
“함경북도 병사 곽흘(郭屹), 평안 병사 이택(李澤), 경상우도 병사 원준량(元俊良)이 그들의 자제(子弟)를 무과(武科) 초시(初試)에 응시하도록 허락한 일은 지금 추고(推考) 중에 있습니다. 신들이 듣건대, 과거 사목(科擧事目)이 문과는 상세한데, 무과는 일정한 규정을 세우지 않은 까닭에 그 자제들이 군관(軍官)으로서 구례대로 응시하도록 허락한 것입니다. 법을 어기고 거짓으로 응시한 것과는 비할 바가 아니니, 상께서 참작하여 처리함이 어떻겠습니까?”
하니, 알았다고 답하였다.
사신은 논한다.

"곽흘과 이택의 벼슬살이는 그래도 그 중에서 잘한 점이 있다 하겠으나, 원준량은 갖가지로 재물을 긁어 들여 군졸들이 원망하고 괴로와하면서 날마다 파직되어 가기만 고대하였다. 그런데도 윤원형 등이 일찍이 그의 뇌물을 받았기에 파직되어 갈릴까 염려되어 이렇게 임금을 속이어 아뢰었으니, 앞으로 저런 재상을 어디에 쓰겠는가."
이후 그는 오위에 입대하여 충순위(忠順衛)에 병력으로 배치된다. 이후 무과에 여러 차례 응시했으나 낙방한다. 1567년(선조 즉위년) 식년 무과에 을과(乙科) 2위 로 급제하여 선전관(宣傳官)을 거쳐 변방에 파견되어 이일 등과 함께 함경도 일대에서 조산보만호(造山堡萬戶)로 부임하였다. 한편 백호 윤휴는 백호전서에 그를 천거한 인물로 해평군(海平君) 윤근수(尹根壽)와 영의정 이산해(李山海)가 그를 천거 발탁했다고 하였다.
그뒤 방답진첨사(防踏鎭僉使)로 전출되었다가 알수 없는 이유로 강등되어, 1575년(선조 9년) 잠시 거제현령으로 부임했다가 다시 함경도 일대에서 조산보만호에 재임명되었다. 1583년(선조 17년) 여진족 이탕개(尼湯介)의 부락을 토벌한다. 조산보만호로 참여한 공으로 부령부사(富寧府使)로 특진했다. 이어 종성부사를 지냈고, 1591년(선조 24) 전라좌도수군절도사가 되었으나 별다른 성과없이 전라좌수사에 제수되었다는 사간원의 비판으로 체차되었다.
사간원이 아뢰기를,
“전라 좌수사 원균(元均)은 전에 수령으로 있을 적에 고적(考積)이 거하(居下)였는데 겨우 반 년이 지난 오늘 좌수사에 초수(超授)하시니 출척 권징(黜陟勸懲)의 뜻이 없으므로 물정이 마땅치 않게 여깁니다. 체차를 명하시고 나이 젊고 무략(武略)이 있는 사람을 각별히 선택하여 보내소서.”

하니, 아뢴 대로 하라고 답하였다.
그 뒤 병마절도사 이일(李鎰)을 따라 우위 부대를 지휘한 위장(衛將)인 온성부사 양대수(楊大樹)의 수하우위 1계원장(一繼援將)으로 참전해 시전부락(時錢部落)을 격파하는데 참여하였으며 이 공으로 임진왜란이 일어나기 3개월 전인 1592년(선조 25년) 음력 1월에 경상우도 수군절도사로 임명되었다.
변방 근무시 여진족을 토벌한 공으로 부령부사로 특진을 하였다고 일부 사람들이 주장하나 관련 기록을 찾아볼 수가 없다. 다만 부령부사로 특진을 한 것은 기록에 남은 확실한 사실 이어서 어떠한 군공을 세웠다는 추측과 혹은 그의 친인척들이 당시 조정의 중진이었기에 이들의 지원으로 승진했을 거라는 추측도 있다. 또한 시전부락전투에 참여한 것은 사실이지만 이 전투에서 그는 예비대로서 참전을 해 딱히 군공을 세울 만한 일은 없었다. 시전부락 전투에 참여한 이들은 후에 조선군의 중추로 성장하였고 이중에는 당시 원균과 동급의 신분으로 참전한 이순신 또한 있다.

재야사학의 오류

재야사학에서는 이때 원균이 10척을 분멸하였다고 말하나 위에 나온 실록 및 다른 공식기록과 모순되는 점이 많다. 원균의 초기 전공에 대해서는 왜란 기간은 물론 그 이후에도 인정받지 못 했으며, 선조도 이순신을 부른 공을 강조할 뿐 초기에 승리했다는 공에 대해서는 언급하지 않는다. 10척 분멸을 확인할 수 있는 이순신에게 보낸 장계 역시 승전 소식이 아닌 10척을 격파하고 100여 척을 잃었다는 패전 소식이었다. 결국 이러한 사실들을 확인할 수 있는 것은 원균행장밖에 없다.
또한 원균행장록에서는 원균이 직접 지원 요청을 하였으나 이순신이 주저하며 거절하였다고 기록되어 있어 이순신을 부정적으로 묘사하고 있지만, 당시 출동을 위해서는 '경상우수사→경상감사→조정→전라감사→전라좌·우수사'와 같은 절차에 의해서 조정과 전라감영의 승인과 지시가 필요했다. 변방의 수사들끼리의 협의로 출병 여부가 결정되는 것이 아니었다. 실제로 이순신은 원균의 공문을 받자마자 조정의 구원요청이 있을 경우 바로 출동할 수 있게 관내 기지 함대들에게 본영에 집결하라는 명령을 내렸다.

재야사학의 오류

위에서 원균이 옥포해전 때 부채를 노획한 것이라고 말하였지만 조선 수군이 이 부채를 노획한 것은 옥포 해전이 아닌 2차 출동 때의 당포 해전으로 난중잡록에서도 확인된다. 또한 행장에서는 원균이 연명 장계를 올리자고 했으나 이순신이 이를 거절하고 단독으로 장계를 올려서 원균의 공을 빼앗았다고 돼 있지만 이순신이 올린 장계에 나온 전과는 21척으로, 원균행장의 기록대로 100여척을 불태운 것이라면 그 중 사분의 일도 되지 않는 21척만 자기 공으로 삼았다는 것이 된다. 그리고 옥포해전의 공식적 전과는 전부 합쳐 26척이다. 마지막으로 원균은 원균자신이 올린 장계에서 자신의 공적은 30척이 아닌 5척이라 보고하였다. 또다른 오류점으로는 수군의 1차 출동에는 참가하지 않은 이억기의 전라우수군이 참전한 것으로 기록돼 있으며 원균행장록에서는 원균이 이 해전의 주역인 것처럼 묘사하였지만 형식적으로 이순신과 원균은 동급으로 둘이 같이 지휘를 하였으며 실제적으로는 전력의 차이가 6~8배에 달한다.

재야사학의 오류

"원균은 왜군을 육지로 유인, 육지에 올라서 그들의 칼날을 피하고"라고 써져있으나 실제로는 싸워보지도 않고 밀렸다는 것을 우회적으로 표현하는 말이다.

재야사학 기준

6월에 당항포(唐項浦)에서 승리를 거둔 뒤, 7월 6일 그는 이순신 등과 함께 또 노량(露梁)에서 모여 적선 63척을 불태우고, 안골포(安骨浦) 앞바다에 도착하여 적선 40여 척을 만나 교전했다. 이때 이순신과 번을 갈라 교대로 공격하자 왜군은 일단 거제(巨濟)·부산(釜山)으로 후퇴했다.
임금은 원균에게 특별히 상으로 말 한필을 내려 격려한다.
경이 나라를 위하여 진력(盡力)해서 충용(忠勇)하는 지성은 고금에 비할 이가 드물기에 내가 일찍이 가상하게 여겼으나, 돌아보건대 아무 것도 보답한 것이 없기에 오늘 멀리 떠나게 되어 서로 접견하고 전송하려 하였다. 하필 기운이 편치 못하여 그러지 못하니 좋은 내구마(內廐馬) 한 필을 하사하노라.

재야사학의 오류

원균행장에서는 한산도 대첩을 노량에서 일어난 것으로 기록하고 있으며 그 실체가 확인되지 않은 2차 출동에 있었던 율포 해전이 이 노량 해전의 뒤에 와 있고, 해전이 일어나지 않은 가덕에서도 해전이 일어났다고 기록돼 있다. 당항포 해전에 대한 내용과 '거북선+학익진'의 설명이 빠져있다. '적장 5인이 함께 탄 배'는 미끼배로 보인다. '공이 붙잡은 적선이 모두 55척'이라고 했는데, 원균 함대의 10배가 넘는 규모로 과장되었다. 또한 한산도와 안골포해전에 대해서는 7월 30일에 조서를 내렸다고 하였지만 〈선조실록〉에는 8월 24일에 원균의 장계를 처음 받았다고 기록되어 있으므로 날짜가 맞지 않는다. 그리고 네차례의 장계를 올렸다고 기록되어 있지만 단 한 차례의 장계이다. 이뿐만 아니라 수많은 사실들을 왜곡하여 기록해 놓은 후 원균행장록은 이후 부산포 해전과 이듬해에 있은 해전들을 다 빼놓았다. 종합적으로 분석해 보면, 원균행장록에는 원균이 중앙으로 돌격해 들어갔고, 원균의 병선들은 층루선들과 충돌했으며, 원규의 장졸들은 왜선단에 올라가서 백병전으로 대승했다는 설명이다. 그러나 원균 함대가 이렇게 해전을 벌였다면 옥포해전에서 이미 전멸했을 것이므로 원균행장록에 기록된 원균함대는 유령 함대가 되고 만다. 그 이유는 다음과 같다. 첫째, 실제로 그렇게 적군에게 중앙으로 돌격했다면 원균의 함대는 조총의 일제사격을 받아 원균함대의 갑판은 피바다가 되었을 것이고 둘째, 왜선단은 학익진의 일시집중타를 맞아 화염에 휩싸여 있었기 때문에 원균함대도 함께 불탔을 것이다. 마지막으로 이순신의 장계에 나온 해전들이 다른 기록들에 교차 검증이 되는 데 반해 이 해전들은 원균행장에만 기록돼 있다.

한산도 대첩

한산도대첩은 임진왜란의 3대 대첩 중 하나로 1592년(선조 25년) 음력 7월 8일 한산도 앞바다에서 이순신 휘하의 조선 수군이 일본 수군을 크게 무찌른 해전으로, 이 전투에서 육전에서 사용하던 포위 섬멸 전술 형태인 학익진을 처음으로 펼쳤다.
이순신으로부터 병력 지원 요청이 있자 경상우수사였던 원균은 음력 7월 4일에 선박을 이끌고 출발, 6일에 노량에 이르러 이순신의 전라좌수영 군사들과 합류하였다. 이때 적선이 출몰한 정보를 얻어 8일 큰배 36척 중간배 24척 작은배 13척을 만나 전투가 벌어졌다. 이순신이 거짓으로 후퇴하는 듯하여 적들을 큰 바다로 끌어들이자 원균은 뒤에서 추격하는 척 하며 일본군을 이순신이 파놓은 함정으로 몰아갔다. 이순신 등이 이끄는 조선 수군은 학의 날개처럼 배들이 진을 치고 지자총통, 현자총통, 승자총통 등을 발포하여 적들을 괴멸시키는 데 성공하였다. 이순신군의 승전을 본 후 원균은 병사들을 이끌고 다시 경상우수영으로 되돌아왔다.

이순신과의 갈등

그러나 옥포해전에 대한 공으로 조정에서 이순신에게는 자헌대부(資憲大夫)를, 그에게는 1품계 아래인 가선대부(嘉善大夫)를 내렸다.
조정의 상신·포상 과정에서 이순신과 다툼이 있었고, 이순신이 삼도수군통제사가 되어 지휘권을 장악하자 크게 반발하였다. 이때부터 둘 사이에 불화가 생겼다. 그해 음력 9월 자헌대부 중추부지사(知事)로 승진하였다.
이순신이 남인인 유성룡과 권율과 친분관계가 있어 이원익 등 동인으로부터 호평을 얻자 윤두수 등의 서인들은 원균을 옹호한다. 동인 중 아계 이산해 등이 이례적으로 그를 변호하고 그를 지원하였는데, 이산해는 정철의 처벌 문제와 우성전의 기생 첩 문제를 감싸는 문제로 유성룡, 권율 등과 알력이 있었고, 이들을 불신했다. 유성룡, 권율 등에 대한 불신은 원균에 대한 호평으로 이어졌고, 동인이 남북인으로 분당한 뒤에는 북인들 역시 원균을 옹호했다.
원균과 이순신이 결정적으로 틀어진 것은 이순신의 보고 때문이었다. 그는 원균의 측실 소생인 원사웅이 12살 밖에 되지 않는데, 전쟁에 공이 있는 것처럼 장계를 올렸다고 조정에 보고했던 것이다. 이런 개인적인 문제는 적을 앞둔 마당에 장수끼리 자중지란이 일어날 위기로 조정에 비쳐진 선조는 "수군 여러 장수들이 서로 화목하지 못하다고 하니 그런 습관을 모두 버리라"는 교시까지 내리게 된다.
이후 원균과 이순신의 갈등은 공공연히 외부로 표출되었고, 이는 왜군의 귀에까지 들어가게 되었다. 원균과 이순신의 갈등은 파천된 조정에도 알려졌고 선조는 사람을 시켜 이들의 갈등 과정을 조사하여, 파악하게 된다.

선조의 관점 변화

1594년(선조 27년) 8월 선조는 유성룡과 왜란의 진행 상황을 논의하던 중, "이순신이 혹시 일에 게으른 게 아닌가?"라고 물었다. 그러자 유성룡이 "이때까지 지탱한 것도 이순신의 공이고, 수륙의 모든 장수들 중 가장 우수합니다"라고 대답했다. 그러나 선조는 유성룡이 이순신과 개인적으로 친하지 않느냐며 그의 답변을 의심하기 시작한다.
많은 학자들은 선조가 이후 이순신을 크게 의심하면서 원균을 특출한 용장으로 보기 시작한 것으로 분석하고 있다. 실제로 선조는 두 사람의 체직(遞職)에 관한 전교를 내리면서 "군율을 범한 것은 이순신도 (역시) 같고, 오히려 그 죄가 원균보다 심하다."라고 언급한 바 있다.
개전 초기에 이순신은 기근과 전염병 등으로 병력이 고갈되자 그 대책으로 둔전 경영과 병력 징발 등에 주의를 기울여 일본 수군의 북상을 저지하는데 결정적인 공을 세웠다. 그러나 전쟁 초기부터 원균의 지원군 요청을 거절하다가 그와 갈등하게 된다.
하지만 조선 수군의 총지휘자인데도 동료인 원균과의 갈등을 밖으로 드러냄으로써 선조의 의심을 샀다. 선조가 원균보다 이순신의 죄가 더 크다고 한 것은 바로 이때문이다. 동인이 집권하고 있던 당시의 상황을 감안할 때, 이순신은 여러 면에서 원균보다 유리한 입장이었다. 실제로 우의정 이원익은 체찰사로 있으면서 이순신과 수시로 만나 대책을 의논했다. 선조가 이원익이 이순신을 아주 호의적으로 평가했는데도 원균을 더 신임하는 듯한 발언을 한 것은 바로 이 때문이었다. 한편 선조는 원균이 동인 강경파 일부와 서인 의 지지를 받는다는 점도 인식했다.
선조는 이순신과 원균 간 갈등에 관한 보고를 받고 곧 이순신을 수군통제사에 유임시킨 채 원균을 전라병사로 교체해 임명할 뜻을 밝혔다. 이는 그간 이순신이 세운 공을 높이 평가했기 때문이다. 그러나 당시 신료들 중에는 원균을 더 뛰어난 용장으로 보는 사람들도 있었다. 정탁(鄭琢)이 원균을 적극 옹호하면서 수사의 자리에서 체직시키지 말 것을 청했다. 결국 원균은 충청병사로 전임되었다.

충청병사 전임과 선조의 신임

이후 율포(栗浦), 한산도(閑山島), 안골포(安骨浦), 부산포(釜山浦) 해전에 참전하여 일본 수군과 싸워 격퇴하였다.
1595년 음력 12월 그는 충청도병마절도사로 전출되었고, 충청병사로 재임시 1596년초 청주의 상당산성(上黨山城)을 수리하여 왜적의 재침을 대비하였다. 이 상당산성은 무리한 공사로 인해 많은 원망을 들었고, 완성된 직후 비가 오자 다시 무너져 버렸다.
충청병사로 부임한 원균은 1595년(선조 28년) 8월 사헌부에서 탐욕스럽고 포악하다는 등의 죄목으로 탄핵을 받았다. 이때 원균을 적극 옹호하고 나선 사람이 선조였다. 선조는 "원균은 분수를 알아 넘치지 않는다. 이런 때 명장을 이처럼 해서는 안 된다."라며 반박했다. 심지어 선조는 사헌부가 계속 원균의 파직을 건의하고 나서자 크게 노해 "오늘날 장수로 원균이 으뜸이다. 설사 정도에 지나친 일이 있더라도 어찌 가벼이 탄핵해 그의 마음을 헤이하게 만들 수 있겠는가?"라고 했다.
사헌부가 아뢰기를,
“충청 병사(忠淸兵使) 원균(元均)은 사람됨이 범람(泛濫)하고 게다가 탐욕 포학하기까지 합니다. 5∼6월에 입방(入防)한 군사를 기한 전에 역을 방면하고 그 대가로 씨콩을 거두어 다 농사(農舍)로 실어 보냈습니다. 또 무리한 형벌을 행하여 잔혹한 일을 자행하여 죽은 자가 잇달고 앓다가 죽는 자도 많아서 원망하고 울부짖는 소리가 온 도에 가득합니다. 이와 같은 사람은 통렬히 다스리지 않을 수 없으니 파직하고 서용하지 마소서.
철원 부사(鐵原府使) 심원해(沈源海)는 사람됨이 탐욕스럽고 용렬합니다. 환자곡(還上穀)의 수효를 속여 보고하여 사사로이 사용하였으며, 소를 잡아 민간에서 재리(財利)를 꾀하였습니다. 심지어 형을 위해 경내에 집을 경영하고 전토를 널리 차지하기까지 하였으니 듣고 보는 이들이 경악하고 있습니다. 파직하소서.
봉산 군수(鳳山郡守) 박응인(朴應寅)은 전에 연안 부사(延安府使)로 있을 때에 백성에게 거두어들이는 것이 한이 없고 비용이 너무 과람하여 길가의 거읍(巨邑)이 탕진되어 텅 비게 하였으니 체차(遞差)하소서.”
하니, 상이 답하기를,

“원균의 사람됨은 범람하지 않다. 이런 시기에 명장을 이처럼 해서는 안 된다. 윤허하지 않는다. 나머지는 아뢴 대로 하라.”
사헌부가 원균을 파직하고 서용하지 말 것을 연달아 아뢰니, 상이 그렇게 할 수 없다고 답하였다.
사헌부가 아뢰기를,
“각도의 병사(兵使)에게는 본래 종사관(從事官)이 없는 법인데, 충청 병사(忠淸兵使) 원균(元均)은 전 군수(郡守) 최덕순(崔德峋)을【사신은 논한다. 최덕순은 음관(蔭官)으로서 추솔하고 비루하여 한 가지 점도 취할 것이 없다. 임진란 때 가평 군수(加平郡守)로 있으면서 우리 나라의 피난민을 죽여서 머리를 깎고 이마에 문신을 새겨 왜인의 형색을 만들어 행재소(行在所)에 거짓으로 보고하고 상공(上功)을 노리다가 여러 사람이 목격하여 정상이 드러났다. 그런데도 그에게 형이 가해지지 않았으니, 통탄함을 이루 말할 수 있겠는가. 대관(臺官)의 이 논란 역시 너무 가벼운 것이다.】 종사관의 명칭을 붙여 수행시킬 것을 계청하여 거느리고 갔으니, 이는 법규에 어긋나는 처사로서 지극히 잘못된 것입니다. 덕순은 바야흐로 도내에 우거(寓居)하고 있다가 연줄을 이용해 간청하여 이 소임을 맡게 되었으나 별로 하는 일도 없이 열읍(列邑)에 전식(傳食)하므로 많은 폐단을 끼치고 있습니다. 원균을 추고하고 최덕순의 종사관 칭호를 없애소서.”
하니, 상이 이르기를,
“병사는 추고할 수 없다. 칭호를 없애는 일은 아뢴 대로 하라.”

하였다.
신하들의 계속된 원균 탄핵을 두고 선조는 왕권에 대한 도전으로 이해했다.
시간이 갈수록 선조는 원균을 더욱 높이 평가했다. 이는 동인이 원균을 배척하며 이순신만을 높이 평가하는 데 따른 반발로 볼 수 있다. 동인 중에서는 이산해 등 소수만이 원균의 편을 들었다.
반면 선조는 시간이 지날수록 이순신에 대해 좋지 않은 생각을 갖게 되었다. 이는 이순신이 명령을 거부한 것과 무관하지 않았다. 당시 이순신은 광해군이 무군사(撫軍司)에서 이순신을 불렀을 때 응하지 않았다. 이는 곧 선조의 명령에 대한 불복을 의미한다. 이순신을 불신한 선조는 "이순신은 처음에는 힘껏 싸웠으나 이후 성실하지 않았다."라고 평가했다. 하지만 이는 다른 사료를 살펴보면 신빙성이 떨어진다. 1594년 1월 15일 이순신에게 광해군의 분부를 전달하는 서한이 왔다. 군사를 거느리고 가서 적을 토벌하라는 명령이었다. 이튿날 17일 이순신은 광해군에게 장계를 띄워 보냈다. 2월 2일 광해군에게 올린 장계의 회답이 왔고, 4일 광해군의 명령이 내려왔다. 9일 이순신은 광해군이 문책한 데 대해 답을 보냈다. 위 기록을 살펴보면, 그해 1월부터 2월 사이에 광해군과 이순신은 최소한 세 번 이상 편지를 주고받았다. 상세한 내용은 알 수 없지만, "군사를 거느리고 가서 적을 토벌하라"라는 명령에 대해 이순신이 자신의 입장을 밝히고 응하지 않았던 것으로 보인다. 따라서 광해군이 이순신을 여러차례 불렀는데 응하지도 않았다는 선조의 말은 신빙성이 떨어진다.
위의 기록을 보면 알 수 있듯이 선조는 이순신을 이상하게 냉대하면서도 원균은 높이 평가했다. 이순신이 공을 세워 보고할 때는 장수가 싸워 이기는 것은 당연한 일이라며 냉대하고 오히려 중국에서 원병으로 온 장수들의 활약이 더 크다고 발언하기도 했다. 또한 원균이 부정을 저질러 사간원에서 탄핵을 받을 때나 이원익이 혹평에 가까운 평가를 하고 장수로서는 문제점이 있다는 여러 신하들의 의견에도 불구하고 여전히 그를 신임하고 옹호하였다. 전란후에는 선무공신을 정하는 자리에서 시작전 원균의 공이 크다고 하였고 본래 선무3등공신으로 책정되었다가 선조의 발언과 전사한 까닭에 선무2등공신으로 책정된 원균을 선무1등공신으로 올려주기도 하였다. 이러한 선조의 이순신에 대한 냉대와 원균에 대한 호평은 백성을 버리고 몽진을 떠난 것에 대한 자괴감 이몽학의 난으로 인해 흔들린 왕권에 대한 불안감으로 인해 군세력을 견제하기 위해 하였다는 시각도 있다. 실제로 그 당시 유명한 의병장은 낙향 혹은 사형을 당했고 유명한 예로는 김덕령의 경우를 들 수 있다. 군권을 한손에 쥔 권율의 경우는 매일 같이 선조에게 자신의 충성을 증명하는 편지를 보내기도 하였다.

지휘, 통솔능력 논란

1596년 7월에 이몽학(李夢鶴)의 역모 사건이 일어났다. 이로 인해 김덕령 등이 하옥되는 등 전라도 지역이 불안해지자 선조는 이를 빨리 수습하기 위해 원균을 다시 전라좌병사로 임명했다. 이때 이원익은 선조를 배견하는 자리에서 "이순신은 경상도 장수 중 제일 훌륭합니다."라고 높이 평가하면서, 원균에 대해서는 "평상시 상관과 다툼이 있기는 하나 전투에는 제법 기용할 만 합니다."라며 유보하는 평가를 내렸다. 남인 인사가 그를 비판하자 이산해의 그가 모함을 당한 것이라며 옹호하였다.
이에 선조가 원균을 호평하며 반박하자, 이원익은 즉각 "원균은 전공 때문에 인정하는 것이지 그렇지 않다면 결코 등용해서는 안 됩니다. 원균에게는 미리 군사를 주어서는 안 되고 전투에 임해 군사를 주어 돌격하도록 해야 합니다. 평시에 군사를 주면 반드시 (원균을) 원망하고 배반하는 자들이 많을 것입니다."라며 제동을 걸고 나섰다. 원균의 용맹과 전공은 인정하나 지휘관의 자질은 없다고 혹평에 가까운 견해를 밝힌 것이다. 이 날의 대화 중에 주목되는 점은 이원익이 "쉽게 대답할 수 없다"라 하며 원균에 대한 평가가 대단히 신중하게 나왔다는 점이다. 그러나 북인들과 서인들은 유성룡과 권율이 이순신과 친한 점을 들어 남인에서 그를 모함한다고 성토했다.
하니, 원익이 아뢰기를,
“전투에 임할 때와 평상시와는 같지 않습니다. 원균(元均)과 같은 사람은 성질이 매우 거세어서 상사(上司)와 문이(文移)하고 절제(節制)하는 사이에 반드시 서로 다투기는 합니다만 전투에 임해서는 제법 기용할 만하다고 합니다.”
하였다. 상이 이르기를,
“원균(元均)에 대해서는 계미년3553) 부터 익히 들어왔다. 국사를 위하는 일에 매우 정성스럽고 또한 죽음을 두려워하지 않는다고 한다.”
하니, 원익이 아뢰기를,
“원균은 전공(戰功)이 있기 때문에 인정하는 것이지 그렇지 않다면 결단코 기용해서는 안 되는 인물입니다.”
하고, 김순명(金順命)이 아뢰기를,
“충청도(忠淸道)의 인심이 대부분 불편하게 여긴다고 합니다.”
하였다. 상이 이르기를,
“마음은 순박한데 고집이 세기 때문이다.”
하니, 원익이 아뢰기를,
“원균에게는 군사를 미리 주어서는 안 되고, 전투에 임해서 군사를 주어 돌격전을 하게 해야 합니다. 평상시에는 군사를 거느리게 하면 반드시 원망하고 배반하는 자들이 많을 것입니다.”
하였다. 상이 이르기를,
“전일에 원균을 탐오하다 하여 대론(臺論)이 있었다. 원균은 지극히 청렴한데 탐오하다고 하는 까닭은 무엇인가?”
하니, 김수(金睟)가 아뢰기를,
“전에 조산 만호(造山萬戶)로 있었을 때는 어사(御史) 성낙(成洛)이 장계하여 포장(褒奬)하였습니다.”
하고, 원익이 아뢰기를,
“원균이 어찌 지극히 청렴하기까지야 하겠습니까.”
하고, 조인득(趙仁得)이 아뢰기를,
“소신이 일찍이 종성(鍾城)에서 그를 보니, 비록 만군(萬軍)이 앞에 있다 하더라도 횡돌(橫突)하려는 의지가 있었고, 행군(行軍)도 매우 박실(朴實)하였습니다. 탐탁(貪濁)한지는 모르겠습니다.”
하였다. 상이 이르기를,
“이와 같은 장수는 많이 얻을 수 없다.”
하니, 원익이 아뢰기를,

“이후로 어떻게 될 지는 모르겠습니다.”
위 사료에서 보면 알 수 있듯이 대부분의 신료들이 원균의 지휘능력에 관해서는 불신하는 것을 알 수가 있다.
1596년(선조 29년) 11월에 이르러 황신의 비밀 보고가 도착하면서 일본의 재침략 사실이 확실해졌다. 일본의 침입 목표가 전라도이고, 수륙병진으로 침략할 것이라는 내용이 그 골자였다. 다음 날 윤두수는 대책을 논의하는 자리에서 일본의 해로를 차단하기 위해서는 반드시 원균을 수사로 다시 기용해야 한다는 건의를 하였다. 이원익도 이에 동조했다. 이를 두고 '고니시 유키나카 등이 획책한 반간계가 먹혀든 것이다.'라는 시각도 있다.

전라 병사 재직 시절

1596년 가을에 다시 전라좌병사로 전속되었다. 이때 왜인들이 여러번 수전(水戰)에 패하자 1596년말 도요토미 히데요시는 조선군에 첩자를 파견한다. 그러나 이때 명나라와 일본이 화의를 교섭하던 중 교섭이 깨지면서 1597년 1월 일본군이 다시 남해안에 상륙한다. 이 무렵 조정에서 그를 수사로 재임명하자는 논의가 나왔다. 1597년 초 가등청정이 대함대를 이끌고 조선에 출정하자 경상우수영에 침투한 히데요시의 첩자 요시라는 가등청정이 소수의 배를 이끌고 온 것처럼 거짓 제보를 한다.
두 나라의 화의(和議)하는 일이 이루어지지 않은 것은 오로지 청정에게서 말미암은 것이기 때문에 행장이 그를 매우 싫어합니다. 지금 청정이 한 척의 배로 바다를 건너올 것이니 만약 바다 가운데서 잠복하여 노린다면 산 채로 사로잡아 포박해 올 수 있으니 삼가 기회를 놓치지 마시오.
이때 일본군 첩자의 주장이 조정에 보고되자 조정에서 믿었다. 위유사(慰諭使) 황신(黃愼)을 보내서 통제사 이순신에게 비밀히 통보하였으나 이순신은 적에게 모계(謀計)가 있음을 알고서 여러 날을 머뭇거렸다.
원균행장에서는 이때 이순신이 적의 모계가 있음을 알고서 여러 날을 머뭇거렸다고 돼 있지만, 실록에서는 이순신에게 명령을 내리기도 전에 가토 기요마사가 상륙했다는 보고를 받게 되며 이 때문에 명령을 취소할 지 늦었더라도 수군을 출동시킬지에 대한 논의를 한다. 이순신은 이에 대해 가토를 놓쳤지만 수군을 출동시켜야 한다고 주장했고 1597년 2월 10일 63척의 전선을 이끌고 부산포로 간다.
하지만 선조는 요시라의 말을 들은 김응서의 보고가 들어 오자 태도를 바꿔서 이순신이 일부러 나가지 않은 것처럼 주장하였고, 이것을 핑계로 통제사에서 파직시킨다. 이순신이 서울로 압송되고 옥에 갇히자 2월 그는 삼도수군통제사로 임명된다.
원균은 이때 자신이라면 부산포 앞에 나갈 것이라는 상소를 올린다.
신의 어리석은 생각에는 수백 명의 수군으로 영등포(永登浦) 앞으로 나가 몰래 가덕도(加德島) 뒤에 주둔하면서 경선(輕船)을 가려 뽑아 삼삼 오오 짝을 지어 절영도(絶影島) 밖에서 무위를 떨치고, 1백여 명이나 2백 명씩 대해(大海)에서 위세를 떨치면, 청정(淸正)은 평소 수전(水戰)이 불리한 것에 겁을 먹고 있었으니, 군사를 거두어 돌아갈 것이라 생각됩니다."
경상도의 주요 항구/포구 및 거점들이 왜군들에게 모두 점령되어 있는 데다가 왜군들이 곳곳에 왜성을 쌓아서 해로를 감제하고 있는 점을 완전히 배제해 실효성이 없는 주장이었고 실제로 원균은 수사로 임명되자 말을 바꾼다. 또한 이는 요즘의 기준으로 말하자면 육군군단장 내지 야전군사령관급이 해군참모총장의 작전에 대해서 왈가왈부한 것으로 심각한 월권행위이다.
이후 조정에서 그를 수사로 재임명하자는 논의가 있던 중 1597년 정월 이순신이 순신이 두류(逗留)하여 나아가지 않음으로써 군기(軍機)를 그르치게 되었다는 이유로 언관들의 탄핵을 받아 서울로 압송되고 옥에 갇히자 2월 그는 삼도수군통제사로 임명된다.
경상도 수군절도사로 삼도수군통제사를 겸임하여 임시로 이순신이 맡고 있던 삼도수군 통제의 업무를 맡았다. 이때 류성룡 등은 이순신의 편을 든 반면 아계 이산해, 오음 윤두수 등은 흔들림 없이 원균을 지원했다.

거제도 전투

그러나 원균은 통제사가 되자 역시 나가기를 주저했다. 원균은 '적이 거짓말로 속임을 미루어 살피고서 아군의 힘으로는 부산 바다로 들어가 토벌하는 것은 불가하다'는 뜻을 전달하였다. 조정에서 듣지 않자, 또 아뢰기를, '그렇다면 안골포와 가덕도에 주둔하고 있는 적을 먼저 육군으로써 몰아낸 이후에야 들어가 싸울 수 있습니다.'라고 하였다. 하지만 원균이 이순신 대신 통제사가 된 것은 스스로 부산포에 나가겠다는 상소 때문이었고, 당시 조선의 병력 동원능력을 넘어선 30만의 육군이 출동해 섬인 가덕도를 수군이 아닌 육군으로 쳐 달라는 비현실적인 주장 때문에 이를 듣지 않았다. 체찰사 이원익(李元翼)은 종사관 남이공(南以恭)을 보내서 전투를 재촉하였다. 97년 3월 25일 원균은 통제사가 된 후 승전을 보고하는데, 거제도로 나무하러 온 왜적 80여명을 강화 회담 중이라는 걸 핑계로 술을 먹여 안심시킨 후 부산포로 돌아가게 해 주었다가 조선 수군 전체가 공격하여 전멸시켰다는 것이었다. 비변사에서는 나무하러 온 적을 잡아서 공이라고 보기 어렵다고 했지만 선조는 나무하러 온 적 역시 적이라면서 상을 주라고 하였다.
하지만 이 과정에서 고성 현령 조응도와 140여명의 병력이 전멸하고 판옥선을 뺏겼다는 것이 확인되었고, 일본에서 이것을 항의하면서 원균이 공격하지 않기로 해 놓고 각기 32명과 15명의 나무하러 간 병력을 죽였다고 하면서 포상은 흐지부지된다. 피해를 입은 측에서 주장하는 수가 더 적고 원균이 올려보낸 수급이 47급이었다는 것에서 일본측의 주장에 신뢰성이 있으며, 이 전투 아닌 전투에서 원균은 47명을 잡는 대신 140명과 판옥선 한 척을 잃은 패전이었다는 게 확인되었다.

부산 해전과 퇴각

1597년 7월 초에 도요토미 히데요시는 조선의 수군에 첩자를 보냈다. 도요토미가 보낸 첩자 중 경상우수영에 파견된 요시라는 경상우수사 김응서를 속였다. '왜선(倭船)이 지금 연이어 바다를 건너오고 있으니 그들에게 방비가 없음을 틈타 주사(舟師)로 요격한다면 오히려 이득을 취할 것이오.'하였다. 이때 원균은 왜인의 말이라 믿을 수 없다고 주장했으나 도원수(都元帥) 권율(權慄)은 출전을 명하여 독전(督戰)하였다. 6월 말 원균은 수군을 이끌고 웅천(熊川) 앞바다로 나갔으나 평산포만호 김축과 보성만호 안홍국이 적탄을 맞아 전사했고, 수군은 별 성과 없이 돌아오게 된다.
이때 원균은 2월 초에 이순신이 동원했던 63척보다 두 배 이상 많은 판옥선 134척을 동원했다. 그러나 왜군의 추가 지원군이 나타나자 원균은 바로 군대를 물리고 지원군을 요청했다. 원병(援兵)을 더하여 다시 진격할 계책을 청하였다. 원균은 계속 안골포와 가덕도의 적을 육군이 없애 주기만을 고집했고, 권율은 원균을 잡아다 원문(轅門)에서 곤장을 쳤다. 원균은 어쩔 수 없이 부산포 앞바다로 향하게 된다.
1597년 음력 7월 부산 앞바다에서 왜군이 조선 수군이 무서워서 도주하자, 원균은 급하게 추격하다가 적진 깊숙이 들어간 것을 깨닫지 못하였다. 뱃사람들이 이미 수령(水嶺)을 넘었노라고 고하니 이때 놀라 급히 배를 돌려 퇴각했지만 파도에 의해 12척의 배를 잃게 된다. 후퇴 후 물을 구하기 위해 가덕도에 급히 내렸는데 가덕도의 적이 공격해 왔고 원균은 400명의 병력을 남기고 급히 퇴각한다. 2월 이순신 역시 가덕도에서 공격받았지만 1명이 전사하고 5명이 생포되자 가덕왜성을 공격했고, 요시라가 급히 건너 와서 포로가 된 아군을 돌려 주는 조건으로 공격을 멈추기로 합의했던 것과는 크게 대비되는 결과였다.
이에 권율은 원균을 다시 불러 곤장을 치고 다시 부산포로 나갈 것을 종용한다.

사망 직후

시신은 정유재란이 종결된 후 수습되어 경기도 진위현 도일리에 안장되었다. 후일 원균 묘는 경기도 기념물 제57호로 지정된다. 칠천량 해전에서 패전 후 그의 시신이 수습되지 않아 조정에서는 그가 숨었을 것이라 단정하고 그가 나타났을 때 처벌을 건의하는 상소가 올라가기도 한다.
1603년(선조 36) 임진왜란, 정유재란 당시 공신들을 선정할 때 그는 선무공신 2등에 책록되었으나, 패전을 이유로 공을 깎는 것은 부당하다는 선조 임금의 지시로 선무공신 1등으로 책정된다.
원균은 반드시 패전할 것을 알면서도 할 수 없이 진을 떠나 적을 공격하다가 전군이 괴멸당하고 순국하였다. 원균은 용맹함이 삼군에 으뜸일 뿐 아니라 그의 지략이 또한 출중했다. 나는 일찍이 원균이 지용(智勇)을 겸비한 장수로 그 운명이 때를 잘못 만나 공은 이지러지고 결국 패전하게 되어, 그의 마음과 행적이 정당하게 밝혀지지 못함을 안타깝게 여기는 바이다. 오늘날 공(功)을 의논하는 마당에 그를 2등에 두려 하니 어찌 원통하지 아니하리오. 원균의 눈이 또한 지하에서 감겨지지 못할 것이로다.
그 뒤 효충장의적의협력선무공신 1등에 녹훈되고 증 숭록대부 의정부좌찬성 겸 판의금부사에 추증되고 원릉군(元陵君)에 추봉된다.

사후

사후 불천위로 지정되고, 고향인 진위현 도일리에 사당이 세워졌다. 한편 원균의 사후 그의 집안은 가난을 면치 못하였다. 임진왜란 당시 원균과 아들이 함께 전사했고, 당시 남은 핏덩이 손자로 대를 이었으며 96세에 졸한 원균의 부인이 국가에 생활의 어려움을 호소하여 상신한 바 있다. 그러나 그의 아들이 1597년 6월 19일 칠천량 해전에서 아버지 원균을 보호하다가 전사했다고 일반적으로 알려져 있지만 이때 전사하지 않았고 정확한 년도는 불명이지만 공신회맹록에 사망등의 이유로 논의되는 승계가 1646년에 기록된 것으로 보아 그이전에 사망한 것으로 추정된다 부인 파평윤씨는 1642년 6월 홍성군 홍주에서 사망했으나 시신을 거둘 이 없었는데, 그해 7월 호노(戶奴)인 백종(白從)이 왕에게 상소를 올려 예장하였다.
원균의 묘소 뒤에는 선조가 하사한 말의 무덤이 있다.
그러나 그에 대한 부정적인 평가는 계속되었다. 택당 이식이 쓴 이순신 장군 시장(諡狀)과 정조가 찬한 이순신 장군 신도비명, 오성 이항복이 쓴 전라좌수영대첩비, 우암 송시열이 쓴 명량묘비, 잠곡 김육이 쓴 신도비명, 서애 류성룡의 징비록 기록 등이다. 그 외에도 후대에 쓰인 많은 글들이 이 기록들을 바탕으로 원균의 부정적인 이미지를 확대재생산했다. 그 외에도 원균의 친척이었던 안방준의 은봉전서 등 당대의 기록에 이미 원균은 극히 부정적으로 기록돼 있으며, 1600년에 쓰여진 달천몽유록에도 원균은 장수 자리에도 끼지 못 하고 귀신들에게 희롱이나 당하는 부정적인 입장으로 나온다.
긴 시냇가에서 여러 귀신들이 손뼉을 치며 웃으므로 그 까닭을 물으니 통제사 원균(元均)을 기롱하고 있는 것이었다. 배는 불룩하고, 입은 삐뚤어지고, 얼굴빛은 흙빛이 되어 기어왔으나 퇴짜를 맞고 참여하지 못하였던 것이다. 언덕에 의지하여 두 발을 죽 뻗고 주저앉아 주먹을 불끈 쥐고 길게 탄식할 뿐이다. 파담자 역시 크게 웃고 조롱하다가 기지개를 켜고 깨어나니, 그것은 한바탕 꿈이었다.
그 뒤 원균의 후손들은 억울함을 토로하였고, 원균의 증손자로부터 억울함을 호소받은 송시열의 제자들이 원균의 행장을 새로 짓기도 한다. 그 뒤 우암 송시열의 문인인 현석 박세채와 송시열의 다른 문인인 후재(厚齋) 김간(金幹, 1646-1732) 등이 행장을 썼다. 그들은 모두 원균의 패전 이유의 하나로 '중과부적(衆寡不敵)'을 지적하였지만 이는 관련사료를 제대로 살펴보지 않아 생겨난 오류로서 당시 끝까지 싸우다 포로로 잡힌 김완의 사료 를 보면, 원균은 만여 명의 대군과 160척의 배를 이끌고 진격하다 야간에 기습한 단 2척의 적을 보고 전군을 이끌고 후퇴하였다고 기록되어 있다. 또한 김완은 기습을 받은 당시에 원균이 술에 취해 있었다고 주장한다.

사후 관작

1603년 음력 6월 선무공신 훈1등에 녹훈되었고 증 숭록대부 의정부 좌찬성겸 판의금부사 원릉군(原陵君)에 추봉되었다. 1605년 왕이 내린 치제문과 숙종 때의 대사헌 김간(金幹)이 편찬한 〈통제사원균증좌찬성공행장(統制使元均贈左贊成公行狀)〉이 있다.
전사 직후 그의 전사 사실이 바로 통보되지 않아 선조실록에는 8월의 기사에 그가 나타날 때까지 기다렸다가 책임을 물어야 된다는 기사가 나타난다. 그러나 인조 반정 이후 기록된 선조수정실록에 의하면 그는 7월 16일 전사한 것이 기록된다.
후일 원균의 선무공신 교지는 후손들에 의해 기증되었으며 대한민국 보물 제1133호로 지정되었다.

종합

임진왜란 당시 조선의 군인이었음에도 지나치게 폄하되었다는 주장이 있다. 이 주장은 학계에서는 거센 반론을 받고 폐기되었으나 소설과 드라마 등에서 계속 다뤄지고 있다.

부정적 평가

임진왜란 당시 이순신과 원균의 갈등은 누가 옳은지에 관한 논의와 상관없이 조선 수군 지휘부의 분열을 의미했다. 국난의 위기에서 극심한 갈등을 빚은 두 사람 역시 이러한 책임에서 자유로울 수 없다.
당시사료를 보면 당대사람들이 원균이 용장이라고 주장하나 실제로 용장으로서의 모습을 보인 기록이 전무한데다 아군 병사들과 백성들에게는 가혹하게 굴며 외적만 보면 도주하는 장수가 용장이 될 수 있는가에는 의문이 생길 수밖에 없으며 조정에 목을 보내는데 집착하고 공을 세우는데 욕심을 냈다는 사료를 참고해보면 사실은 자기가 겁을 먹었다는 사실을 들키지 않기 위해 허풍을 떤 것이 아닌가 하는 추측이 있다.
선조실록의 사관은 “탐욕스럽고 잔혹함이 지나치다”라고 평가했다.

권율과의 관계

권율은 도원수가 되면서 이순신과 원균을 휘하에 두게 되었다. 말없이 묵묵하게 자신의 할 일만 하는 이순신은 아무 문제없이 잘 지냈으나 매일같이 불평만하는 원균과는 사소한 충돌이 많았다. 게다가 원균은 관직에 대한 욕심이 대단한 위인이였고 이순신이 지형(암초)과 기후(역풍)의 문제로 인하여 칠천량에 출전하지 않고 있는 상황에서 간첩 요시라의 말만 믿은 윤근수 윤두수 형제가 이순신을 모함하자 여기에 호응했다. 그러나 이로 인하여 이순신이 삼도수군통제사에서 파직당하고 그 후임으로 원균이 들어오자 원균은 오히려 그 동안 해온 모든 주장들을 번복하고 이순신이 내세웠던 주장을 그대로 내세웠다.
이 일에 대해 권율은 칠천량에 출동할 수 있다면서 출동하지 않는다는 표면적인 이유로 원균에게 곤장을 때렸는데 권율이 원균에게 곤장을 때린 진짜 이유는 원균이 삼도수군통제사 자리를 얻으려고 감히 조정과 임금을 갖고 놀았기 때문에 이것이 너무나 괘씸해서 원균을 곤장으로 다스린 것이다.

선조 임금과의 관계

선조는 이런 원균을 좀 과하다 싶을 정도로 총애하고 추켜세워줬다. 원균에 대한 세상의 평판을 모르는 것은 아니었고 선조가 그렇게 머리가 나쁜 임금도 아니었다. 다만 선조 임금은 자신이 한양을 버리고 북쪽으로 도망간 행동에 대해 부산진을 버리고 이순신에게로 도망간 원균을 띄워주면서 책임추궁을 회피하기 위해 원균을 총애했다. 실제로 선조는 원균을 선무 1등공신에 권율, 이순신과 같이 추서하려 할 때 원균의 군공이라 밝혔다는 내용이 이순신에게 도움을 요청한 것이라 한다. 또한 덧붙여 선조 본인도 명나라에 구조를 요청했으니 스스로를 구국영웅이라 자화자찬했다.
선조가 원균을 심하게 우대한 이유는 이러한 이유에서였다. 선조는 한양을 버리고 도망친 일로 인하여 언제 광해군 중심의 반정을 당할 지 모르는 불안한 상황이었다. 게다가 임진왜란 기간 중에 이몽학의 난까지 당했던 선조인지라 자기 제위를 빼앗길까봐 몹시 두려워했다. 광해군이 선조와는 달리 한양에 남아 분조를 꾸려 왜군에 대항했기 때문이었다. 그래서 자신의 과오를 어떻게든 군공으로 미화해야만 했고 그 도구로서 원균을 사용한 것이다. 이와는 별개로 영창대군이 태어나자 선조는 광해군을 폐세자시키고 영창대군을 세자로 책봉하려 했으나 그 과정에서 선조가 붕어해, 광해군이 조선 임금으로 즉위했다.