도쿄 야쿠르트 스왈로스

고쿠테쓰·산케이 시대

1949년 시즌 후 리그 확장 방침에 수반한 구단 난립의 여파로 각지의 고쿠테쓰 철도국(당시) 야구부는 다수의 선수가 유출되게 된다. 고쿠테쓰는 같은해 대폭적인 합리화 정책으로 노사 관계가 악화되었고 고쿠테쓰 직원들의 단결과 의지 함양을 위해 프로 구단 설립을 발안했다. 당시 총재였던 가가야마 유키오 총재가 야구를 대단히 좋아해서 구단 설립에 큰 영향을 끼쳤다.
그러나 이는 일본 국유철도법을 저촉하게 되어 고쿠테쓰는 직접 모회사가 될 수 없었고 고쿠테쓰의 하위단체인 재단법인 교통 협력회가 주체가 되어 1950년 1월 12일 재단법인 철도홍제회, 닛폰 통운, 일본 교통공사(현재의 JTB) 등의 기업을 통해 주식회사 고쿠테쓰 구단(株式会社国鉄球団)을 설립, 구단명을 고쿠테쓰 스왈로스(国鉄スワローズ)로 정했다. 고쿠테쓰 참가 직전 센트럴, 퍼시픽 리그는 7개 구단이었고 양리그는 8번째 구단을 환영하고 있었다. 대기업인 고쿠테쓰의 프로 참가로 센트럴 리그 관계자들은 활기를 띄고있었고, 퍼시픽 리그과 벌일 리그 참가 권유 전쟁을 우려한 센트럴 리그와 고쿠테쓰는 이를 극비로 진행했다. 항간에서도 고쿠테쓰의 리그 참가의 소문이 나고 있었지만, 퍼시픽 리그는 “고쿠테쓰가 프로 구단 등을 만들 리가 없다”며 얕잡아 보고 있었기에 리그 참가에 순조롭게 성공했다. 본거지는 전 체신성 총재였던 마쓰마에 시게요시의 노력으로 무사시사카이 역 경계에 위치한 구 나카지마 비행기 공장 철거지에 새로운 야구장 ‘무사시노 그린파크 야구장’를 건설하는 것으로 결정되었다(여러가지 사정에 의해 1956년에 폐쇄되면서 실질적으로 7경기 밖에 열리지 않았다).
그러나 다른 신규구단에 비해서 리그 참가가 늦었기 때문에 선수 확보가 제대로 되지 않았고, 자가 부담의 철도국 야구부를 중심으로 다른 사회인 야구단이나 대학 등의 아마추어 야구에서 남아 있는 인재들을 수급하려 했지만 프로 야구 경험자는 전쟁 전 한큐에서 일시적으로 뛴 나카무라 사카에 1명 뿐이었다. 아마추어 야구의 강호였던 철도국 야구부 선수들조차 프로 야구에선 쉽게 통용되지 못했기 때문에 쇼치쿠 로빈스의 2군 감독이었던 모리야 료헤이와 일찍이 심양만주철도 클럽에 재직하고 있던 우사미 가즈오를 추가로 보강, 클린업을 강화시켰지만 그 후에도 빈공에 시달리며 1950년 8월에는 고등학교를 중퇴하여 입단해 팀의 에이스가 된 가네다 마사이치의 투구에 의해 팀 성적이 좌우되었다. 1951년 ~ 1964년, 총 14년 동안 연속 20승을 준 가네다의 활약으로 최하위는 그닥 기록하지 않았지만, 항상 4위·5위에 성적이 멈춰 추가적인 순위상승은 없었다.
그렇지만 1954년 요미우리 자이언츠로부터 트레이드 되어 온 우노 미쓰오가 팀에 합류하여 맹활약을 펼치면서 같은 해 요미우리와의 경기에서는 8연승을 거두었다. 거기다가 1956년 우노가 감독으로 취임하여 요미우리를 철저하게 마크하여 11승(13패)을 기록하는 등 대 요미우리전에서 호각의 시합을 펼쳐 고라쿠엔의 고쿠테쓰와 요미우리의 경기는 당시 간토 지방에서 가장 인기가 많은 경기였다고 한다. 1955년에는 마치다 유키히코가 홈런 31개를 쳐내며 팀내 최초의 타격부문 타이틀을 획득했고 1957년에는 가네다가 28승과 평균자책점 1.63을 기록하며 최다승과 최고 평균자책점, 사토 다카오가 홈런 22개를 기록하면서 홈런왕 타이틀을 획득했다.
1961년 처음으로 리그 3위를 기록하며 A클래스(리그 1위 ~ 3위)를 기록했다. 이듬해인 1962년에는 해마다 기하급수로 증가하는 구단 경영비를 위해 경영 주체를 교통 협력회에서 철도 홍제회로 옮겼으나 공공 기업인 고쿠테쓰의 구단이라는 이름이 있었기 때문에 상당한 긴축 재정으로 팀을 꾸려갔다. 신인 선수의 계약금이 부담스러울 정도로 상승해 만족할만한 보강을 하지 못하였고 같은 해에 일어난 미카와시마 사고에 대한 비판은 구단에 대해서도 비화되고 있었다. 결국 1963년 8월, 구단 양도를 전제로 산케이 신문, 후지 TV 등과 묶어 후지산케이 그룹으로 사실상 구단 경영 주체가 바뀌었다.
1964년 경영 주체가 된 후지 TV를 통해 경기를 중계하기 위해서 홈구장을 고라쿠엔 구장에서 메이지 진구 야구장으로 이전했다. 같은 해 오프 시즌 하야시 기이치 감독의 경질과 유임을 둘러싸고 산케이 신문과 국철이 격렬하게 대립했다. 에이스 투수인 가네다가 “하야시 감독이 유임될 경우에는 이적하겠지만, 해임당한다면 잔류하겠다”라는 내용의 성명을 낸 것으로부터 고쿠테쓰는 완강히 하야시의 경질을 주장했다. 한편 산케이 측에서는 타사 매스컴(요미우리 신문, 아사히 신문, 마이니치 신문)에 의해 ‘하야시 감독 경질’이라는 기사가 퍼져나가고 있었고 논의는 평행선을 걷다가 최종적으로는 경영 주체의 산케이 측이 유임을 강행했다. 결국 하야시 감독은 유임되었고 가네다는 특권을 행사해 요미우리로 이적했다. 가네다를 잃고 고쿠테쓰는 경영 의욕을 완전히 상실했고, 후지산케이 그룹에 경영권을 모두 양도함으로써 구단경영에 손을 때기로 결정했다. 원래 고쿠테쓰 구단은 업무가 제휴된 이후 후지산케이 그룹의 자금력에 의존하고 있어 이양은 시간의 문제라고 보였지만 결국 갈등 끝에 결별과 구단 양도라는 결과로 끝나고 말았다.
구단 이양으로 1965년 5월 10일, 산케이 신문과 후지 TV 등이 모회사가 되어 산케이 스왈로스(サンケイスワローズ)로 팀 이름을 개칭했다. 게다가 1966년 테즈카 오사무가 당시 구단 후원회 부회장이었고, 어린이 야구팬을 늘린다는 목적이 맞아 떨어지면서 아톰을 팀 마스코트로 이용, 팀명을 산케이 아톰스(サンケイアトムズ)로 변경, 운영회사명을 주식회사 산케이 아톰스(株式会社サンケイアトムズ)로 개칭했다. 같은 해 야쿠르트 혼샤가 주식을 취득해 구단 경영에 참여했다.
1969년 산케이 신문 본사의 실적 부진 때문에 산케이는 가지고 있던 구단 주식의 일부를 야쿠르트에 매각했다. 구단 경영에 적극적인 의지를 가지고 있던 미즈노 시게오가 갑작스런 병으로 쓰러면서 뒤를 이은 시카나이 노부다카가 후지산케이 그룹의 사업에 대한 전반적인 재검토에 들어가, 프로 야구 구단 경영에선 물러나고 자본 관계만 이어가기를 결정했다. 야쿠르트 본사는 표면상 공동경영을 표방하며 구단명을 아톰스(アトムズ)로 바꾸고 운영 회사명을 주식회사 아톰스 구단(株式会社アトムズ球団)으로 바꿨지만, 실질 경영권은 야쿠르트 본사가 쥐게 되었다. 1970년 1월 7일에는 야쿠르트 본사가 공식으로 단독 경영권을 가지게 되어 구단명을 야쿠르트 아톰스(ヤクルトアトムズ)로, 운영 회사명을 주식회사 야쿠르트 아톰스(株式会社ヤクルトアトムズ)로 개칭했다.