2008년 대한민국 미국산 쇠고기 수입 협상 논란

2008년 4월에 열린 한미 쇠고기 협상에서, 2003년 12월 미국에서 소해면상뇌증(광우병) 발생 후 수입 금지와 재개가 되풀이되던 쇠고기의 수입을 재개하고 부위 대부분을 자유롭게 수입할 수 있도록 합의되었다. 협상 직후 공개된 주요 내용과 2008년 5월 5일에 공개된 합의문은 축산농가의 피해, 광우병의 위험성에 대한 우려와 함께 국민의 의견이 반영되지 않은 것이 지적되어 각계 각층으로부터 논란을 불러일으켰고, 정당, 각종 언론, 전문가 등이 문제를 제기하면서 논란은 더욱 증폭되었다. (한미 쇠고기 협상과 관련한 논란은 이전에도 존재하였으나, 2008년에 협상이 체결되면서 논란이 확대되었다.) 이후 국회와 방송에서 각종 보도와 토론이 진행되었으나, 정부측의 설득과 국민의 재협상 요구는 계속되었다. 정부는  2008년 6월 26일 고시를 관보에 게재하면서 미국산 쇠고기 수입을 재개했다.

개요

2003년 미국의 광우병 발생으로 중단되었던 미국산 쇠고기의 수입이 2006년 ‘30개월 미만, 뼈를 제거한 고기’라는 조건으로 재개되면서 광우병에 대한 관심과 보도가 증가하였다.
2008년 초 미국에서 암소를 학대하는 동영상 이 유포되었고, 4월 18일에 ‘뼈와 내장을 포함한 30개월 이상, 대부분의 특정위험부위를 포함한 30개월 미만’의 미국산 쇠고기를 수입하는 협상이 체결되면서 이른바 '광우병 논란'이 일기 시작했다.
특히 인터넷을 통한 광우병에 대한 잘못된 정보의 유포를 통해, 흔히 미국산 쇠고기는 공기로도 전염되는 광우병을 가지고 있다는 내용 등의 잘못된 내용이 전달되기도 하였다. 정부의 안일한 협상내용에 많은 사람들이 분노하였으며, 5월 2일과 5월 3일에는 청계 광장대규모 시위가 열리기도 하였다. 일부 연예인들은 시위에 참가하거나 자신의 미니 홈피에 이명박 대통령과 미국 쇠고기 수입에 대한 비판의 글을 담기도 하였다.
이명박 대통령의 미니홈피에 누리꾼들의 각종 댓글이 쇄도하여 게시판을 폐쇄하기도 하였고, 이명박 대통령에 대한 탄핵 서명운동이 인터넷에서 벌어져 5월 4일에 100만 명을 돌파하였다. 5월 6일 농림수산식품부와 보건복지가족부가 주최하는 미국산 쇠고기 안전성 설명회가 서울 세종로 외교통상부청사에서 열리는 등, 정부의 대책이 뒤따랐으나, 6월 2일의 여론 조사에서는 대다수 국민들이 협상에 반대한 것으로 나타났다. 정부의 대응은 협상에 반대하는 촛불집회를 확대시켰다.

쇠고기 청문회

5월 7일에는 국회 농림해양수산위원회에서 '쇠고기 청문회'가 개최되어, '검역주권 포기', '쇠고기 안정성', '재협상', '전·현정부 책임론' 등이 논의되었다. 조경태 의원은 정운천 농림수산식품부 장관에게 “값싸고 질 좋은 30개월 이상 쇠고기가 있느냐?”라고 질문하며 장관은 자격이 없다, 물러나야 한다며 비판을 했다. 한나라당 김형오 의원은 “공직자를 상대로 고압적으로 윽박지르는 것은 보기 안 좋다.”라며 정부 측을 두둔했다.

5월 추가협의

5월 19일에는 한미 쇠고기 협상에 대한 추가협의를 하였으며, 서한문 형식의 합의문을 채택하였다.

장관 고시

2008년 5월 29일, 정운천 농림수산식품부 장관은 미국산 쇠고기 수입위생조건을 고시했다. 장관 고시가 관보에 실리게 되면 미국산 쇠고기가 새로운 위생조건으로 대한민국에 다시 수입된다. 그러나 6월 2일, 장관 고시를 관보에 싣는 것을 유보한다고 발표하여 수입이 연기되었다. 한편, 민주사회를 위한 변호사모임(이하 민변)은 고시에 대해 6월 5일 청구인단 10만여 명의 이름으로 헌법소원 심판을 청구하였다.

국회 쇠고기 국정조사특위

8월 1일 국회 쇠고기 국정조사특위가 활동을 시작했다.여권은 미국산 쇠고기를 다시 수입하는 게 참여정부 때 이미 결정되어 있었고 현 정부는 서명만 한 것이라 주장했다(속칭 '설거지론'). 반면, 야권은 본 협상이 정상회담에 맞춰 졸속으로 추진된 협상이라고 주장했다(속칭 '정상회담 선물론').
협상을 주도했던 민동석 전 농업통상정책관이 "쇠고기 협상은 우리가 미국에게 준 선물이 아니라 미국이 우리에게 준 선물"이라고 발언했다. 이 발언에 야당 의원들은 "대한민국 정부 관료가 참담하고 몰상식한 말을 했다"며 사과를 요구하여 기관보고가 잠시 중단되기도 했다.
이후 2011년에 위키리크스가 공개한 외교전문을 통해, 2008년 4월 19일(협상 3일전)에 김병국 당시 외교안보수석이 버시바우 당시 주한미국대사를 만나 사실상 협상을 확약한 것이 알려지면서 정상회담 선물론 주장이 사실로 확인되었다.

쟁점

2008년 4월의 한미 쇠고기 협상은 한국 내 산업 보호, 검역 안전, 미국과의 관계, 국민과의 의사소통 문제와 맞물려 논쟁을 불러일으켰다.

검역 주권 문제

쇠고기 수입 개방 합의문에 따르면 미국에서 소해면상뇌증이 다수 발생하더라도, 대한민국 정부는 임의로 미국산 쇠고기 수입을 중단하지 못한다.
미국에 BSE(광우병)가 추가로 발생하는 경우, 미국정부는 즉시 철저한 역학조사를 실시하여야 하고 조사 결과를 한국정부에 알려야 한다. 미국정부는 조사 내용에 대해 한국정부와 협의한다. 추가 발생 사례로 인해 OIE의 미국 BSE 지위 분류에 부정적인 영향을 가져올 경우 한국정부는 쇠고기와 쇠고기 제품의 수입을 중단할 것이다. 
 — 농림수산식품부공고 제2008-45호
즉 OIE에서 판정한 후에만 대한민국 정부가 수입을 중단할 수 있도록 되어 있다. 이는 각국 정부가 수입 여부를 판단한다는 검역주권에 위배되는 조항이고 수입 결정권은 각국의 자주적인 권한인데 이것을 미국에 넘겨주듯이 협정을 맺었다는 비판이 있다.
이와 유사한 예에 대한 1998년 세계무역기구의 판례는 다음과 같다.
앞에서 지적하였듯이 제3조의 의미는 WTO 회원국이 위생검역 협정 제3조 제3항에 따라 자신의 위생검역 수준을 설정하는 권리는 독자적인 권리라는 뜻이지, 제3조 제1항은 일반적 의무에 대한 규정이고 제3조 제3항은 그에 대한 예외 규정이라는 뜻이 아니다.(즉, 제3조 제2항은 추정 규정이고 이 규정에 의하여 증명 책임이 전환된다는 뜻이 아니다. 항소기구는 제3조 제1항의 based on 과 제2항의 conform to를 같은 의미로 해석하고 제2항을 추정 규정으로 해석하여 제3항의 권리를 행사하는 측에 증명 책임이 있다는 패널 보고서를 파기하고 제1항·제2항·제3항이 독자적인 의미를 가지고 있다고 판시하였다.)
(제173절) 하지만 회원국이 자신에게 적당한 검역 수준을 설정할 수 있는 권리는 절대적이거나 무조건적인 권리는 아니다. 제3조 제3항이 이 점을 명백하게 한다.:
(위생검역협정 제3조 제3항):회원국은 과학적 증명이 있거나 또는 도입하거나 유지하려는 동식물 위생검역 수준의 결과로 제5조 제1항 내지 제8항 중 적당한 규정에 따르기로 회원국이 결정한 경우, 적합한 국제기준이나 가이드라인 또는 권고에 기초한 수단에 의하여 성취될 수 있는 것보다 더 높은 동식물 위생검역 수준으로 귀착되는 동식물 위생검역 수단을 도입하거나 유지할 수 있다. 앞 규정에 불구하고 국제기준이나 가이드라인 또는 권고에 기초한 수단에 의하여 성취될 수 있는 수준과 다른 동식물 위생검역 수준으로 귀착되는 모든 수단은 이 협정 규정에 저촉되어서는 아니된다.
(As noted earlier, this right of a Member to establish its own level of sanitary protection under Article 3.3 of the SPS Agreement is an autonomous right and not an "exception" from a "general obligation" under Article 3.1.

The right of a Member to define its appropriate level of protection is not, however, an absolute or unqualified right. Article 3.3 also makes this clear:

Members may introduce or maintain sanitary or phytosanitary measures which result in a higher level of sanitary or phytosanitary protection than would be achieved by measures based on the relevant
international standards, guidelines or recommendations, if there is a scientific justification, or as a consequence of the level of sanitary or phytosanitary protection a Member determines to be appropriate in
accordance with the relevant provisions of paragraphs 1 through 8 of Article 5. Notwithstanding the above, all measures which result in a level of sanitary or phytosanitary protection different from that which

would be achieved by measures based on international standards,guidelines or recommendations shall not be inconsistent with any other provision of this Agreement.)
 — WTO, EC MEASURES CONCERNING MEAT AND MEAT PRODUCTS(HORMONES)유럽공동체의 미국산 쇠고기 호르몬 사건 항소기구 보고서 제172절, 제173절
한미 쇠고기 합의문에서는 미국 내에서 소해면상뇌증이 발생했을 때 국제수역사무국(OIE)이 미국에 대해 ‘광우병 위험 통제국’ 지위를 박탈하지 않는 한 미국산 쇠고기에 대해 수입중단 조치를 내릴 수 없다는 데 합의한 것으로 알려졌다. 대한민국 정부는 미국산 쇠고기 검역과정에서 전수조사할
권한이 없으며, 소의 뇌·척수 등 특정 위험 물질(SRM)이 발견돼도 표준 검사비율(5두당 1두)만 적용해야 하는 것으로 밝혀졌다.

소해면상뇌증과 특정 위험 물질 논란

소해면상뇌증의 원인물질로 의심 받는 변형 프리온은 단백질 분해효소에 의해 분해되지 않으며, 열, 자외선, 화학물질, 방사선 등에 대한 강한 저항성을 가지고 있다. 가장 널리 쓰이고 있는 소독 지침으로는 2003년에 세계보건기구(WHO)에서 제시한 것이다.약 섭씨 130도 이상에서 1시간 동안 가열하거나, 수산화나트륨 용액에 수 시간 담가두는 방법으로 변형 프리온을 파괴할 수 있다고 한다. 그러나 식용인 쇠고기에 적용하기는 어렵다.
조선일보 2009년 4월 28일자 〈조선만평〉에서는 BSE에 감염된 소를 익혀먹으면 아무 문제가 없다는 주장을 하였다. 하지만 쇠고기를 익히는 것이 프리온을 분해하는 방법인지 인체감염가능성만을 없애는 것인지는 해당 만평에서 자세하게 나오지 않아 알 수 없다.이론적으로 가능한 전달 경로는 무수히 많으나, 주된 감염 경로로는 위험 물질(광우병에 감염된 소의 척추, 척수, 뇌, 소장 끝 부분 등)의 섭취, 장기 이식,혈액 수혈,오염된 수술 도구 도축에 사용한 도구를 씻은 물오염, 물질의 피부 접촉과 같은 것들이 지목되고 있다.
이에 대해 브릭-과학 갤러리에서는 사람 대 사람 감염(수혈, 수술도구, 기타 접촉)이나 라면스프, 수돗물 등의 간접감염의 가능성은 현재로선 낮거나 인정되지 않기 때문에 이를 오도하는 건 왜곡이며, 다만 가능성의 측면에서 고려해야 한다는 반응이 있었다. 특히 광우병 협상에 관해서 가장 비판적 시각을 보인 문화방송 또한 라면스프를 먹거나 소뼈의 젤라틴 성분이 들어간 기저귀로도 전염된다는 소문이 있지만, 과학적으로 입증된 얘기는 아니며 공기와 수돗물, 키스로 전염된다는 소문도 사실과 다르다는 전문가의 발언을 인용한 바 있다. 특히 연합뉴스는 FDA가 소 단백질이 사용된 화장품을 상처 난 피부 등에 사용하면 단백질이 흡수될 수 있음이 실험으로 확인됐다며 결론적으로 소 유래 단백질이 포함된 화장품을 사용할 경우 광우병 감염 위험이 일정부분 있다고 홈페이지에서 밝혔다고 주장했다. 그러나 실제 2004년 7월 14일에 보고된 보고서에서 원론적으로 지적한 감염 가능성을 지적했으며 그 후 2005년 9월 14일 홈페이지 광우병 안내 사이트의 ‘광우병과 관련해서 자주 묻는 질문’ 코너에서 동물성 지방이 함유된 화장품을 사용한다고 해서 광우병에 걸리는 것은 아니라고 설명했다. FDA는 답변에서 “세계보건기구(WHO)는 지방과 광우병의 원인이 되는 프리온 단백질을 분리하는 과정이 있기 때문에 동물성 지방으로 인한 광우병 전염 위험은 낮다는 입장”이라며 “FDA도 광우병 위험이 높은 소 성분 사용을 금지하고 있다”고 설명했다. 또 이에 따라 화장품 제조회사들은 제조과정에서 프리온과 우지를 분리하고 있다는 것이다. 광우병 유발 위험물질을 분리, 제거해 화장품은 안전하다는 입장이다. 한편, 2007년에 일본 국립동물위생연구소에서 발표한 논문 에 따르면 말초신경과 부신까지 변형 프리온이 전달되기 때문에, 쇠고기의 섭취만으로도 감염될 가능성이 있다는 주장이 커지고 있다.
변종 크로이츠펠트-야코프 병의 잠복기는 최소 5년에서 20년에 이르는데다 사망후 뇌를 부검하지 않는 한 단순한 노인성 퇴행성질환과 변형 프리온에 의한 뇌손상을 구분하기 어렵기 때문에, 치매 등 노인성 퇴행성질환으로 인한 사망률의 증가가 간접적으로 광우병 사망률의 증가를 증명한다는 주장이 있다. 이는 논리적인 모순은 없는 가설이나, 변종 크로이츠펠트-야코프 병은 평균 29세로 단순 노인성 퇴행성질환보다 비교적 젊은 나이에 발병하며, 초기에는 치매 등 정신과적인 증상이 보이나 후기에는 마비, 시신경장애 등 신경학적인 증상 또한 나타나기 때문에 구분하기 어렵지 않다는 반론도 있다.
본 협상에서의 SRM 범위는 미국 FDA 기준보다 축소된 것이고, 유럽 연합 기준보다도 축소된 것이었으며, 이는 농식품부가 "광우병 경험이 더 풍부한 EU 규정을 가지고 협상했다"고 한 것과는 배치되는 것이었다. 이후 대한민국 정부측은 5월 19일 추가협의를 통해 미국 FDA의 규정과 동일한 수준으로 SRM을 제거하기로 합의한 바가 있어 문제가 없다는 입장이다.
미국 FDA에서 특정위험물질(SRM)으로 분류한 부위 중 일부(경추의 횡돌기와 극돌기, 흉추·요추의 극돌기, 천추의 정중 천골능선과 3차 신경절)가, 협상에서의 SRM 범위에서는 빠져 있다는 의혹이 제기되었다. 5월 14일 FTA 청문회에서 통합민주당 최성 의원이 이 문제를 제기하였는데, 정운천 농식품부 장관이 제대로 답변하지 못했다가, 차후 다른 경로를 통해 해명하였다. (FDA는, 기계로 분리된 고기(MSB)는 식용으로는 적합하지 않으며, BSE의 위험으로부터 완전하게 소비자를 보호하기 위해서는 AMR 공정으로 얻은 고기와 12개월 이상 소의 부위도 SRM에 포함되어야 함을 지적하고 있다.)
이에 대해 농림수산식품부는 "(이들) 부위들은 우리나라에 수입될 수 없다"고 해명했다. 한·미 쇠고기 수입위생조건(본문 1조 및 부칙 2항)에는 한국에 수출되는 쇠고기가 '미국 연방 육류검사법에 기술된 대로 소의 모든 식용(食用) 부위'라고 규정한 것을 그 근거로 들었다. 이상길 농식품부 축산정책단장은 "최의원이 지적한 부위들은 미국에서 식용이 아니기 때문에 내수용에서나 수출용에서나 모두 제거된다"고 말했다. 하지만 미국은 내수용으로는 FDA의 기준을 따르고, EU에 수출할 때는 12개월 초과 연령 소의 뇌와 척수, 모든 연령 소의 십이지장에서 직장까지의 창자와 장간막을 SRM으로 규정한 EU의 기준을 따르도록 되어 있다. 따라서 한국에는 EU에서 SRM으로 규정한 12개월 초과 30개월 미만 연령 소의 뇌와 척수, 모든 연령 소의 창자 수입이 허용된다. EU의 기준에서 소장 전체를 SRM으로 규정하고 있지만, 유럽에서 광우병의 대부분이 발생하였고 대한민국은 미국으로부터 내장을 수입해 왔기 때문에 미국은 EU와 구별되어야 한다는 주장도 있다.
30개월 이상의 소는 특정 위험 물질(SRM)을 모두 제거해야 하지만, 검역당국이 수입 쇠고기의 이력을 확인할 길이 없어 이들 소의 SRM이 섞여 들어올 여지가 있다는 견해도 있다. 수차례 뼛조각이 박힌 살코기와, 등뼈가 아예 제거되지 않은 고깃덩어리가 수입됐다가 검역과정에서 적발되어 반품된 사례를 볼 때, SRM이 100% 제거된다는 정부의 주장을 그대로 받아들이기 어렵다는 것이다. 대한민국 정부는 내장 조직 검사를 통해 광우병 위험물질 부위인 소장 끝 부위 2미터가 제거됐는지 철저히 확인할 것이라 밝히고, 내장 조직검사는 120cm에 걸쳐 30cm 간격으로 5개의 샘플을 떼어내는 방식으로 조직검사를 할 것이며 이 가운데 4개 이상에서 파이어스 패치(림프소절)가 확인되면 반송할 것이라고 했다. 조사방식의 실효성과 시행에 관한 논란이 있다. 국립수의과학검역원 검역검사과장은 "일부 공장 말단 부위 (소장 중간 부분)에서 (파이어스 패치가) 나타나는 것으로 확인했다", "시험 결과 조직검사의 신뢰성이 95% 이상으로 확인됐다"고 말했다.
서울대 수의학과 이영순 교수는  "내장 가운데서 광우병의 위험물질이 존재한다면 그것은 회장원위부 그러니까 소장의 제일 끝부분"이라며 "미국도 30개월 이상이나 이하의 모든 소의 도축과정에서 이 위험부위를 제거하는 것이 법적으로 규정돼 있어 그것이 실제적으로 이루어진다면 아무런 걱정이 없다"고 말했다. 또한 서울대 수의학과 조직학 전공 윤여성 교수는 "회장(소장 끝부분/광우병위험물질) 말고 소장 다른 부위에서도 파이어스패치(림프소절)가 나타날 수 있기 때문에 정상적으로 그게 나타났다고 해서 회장이라고 문제를 제기할 수 없다"고 말했다. 그리고 국민건강을 위한 수의사연대의 박상표 정책국장은 50미터 가까운 곱창 부위를, 여러 절편을 잘라내서 파이어스패치의 밀도를 조사한다는 것이 현실적으로 어렵다고 말했다.

소의 연령 감별과 회수육 논란

미국은 소의 출생기록을 문서로 남기는 경우가 15~20%밖에 되지 않기 때문에 80% 이상의 미국산 쇠고기는 월령을 확인할 수 있는 방법이 없다는 주장이 있다. 치아 감별에 대해, 농림수산식품부는, 미국 도축장이 수의사의 감독 아래 치아감별전문가가 치아감별을 통해 연령감별을 하고 있다는 점 등을 근거로 들며, 30개월 이상의 미국산 소는 도축 및 가공과정에서 SRM이 완전히 제거될 것이라고 주장하였다. 미국 식품안전검사청(FSIS)의 지침에 따르면 24~30개월에 나오는 2번째 영구치 한쌍(2개) 가운데 하나만 확인되어도 모두 30개월 이상으로 간주하기 때문에, 이로 인한 위험은 크지 않다는 견해가 있다. 치아감별법 자체에 대한 의구심을 품는 전문가도 있는데, 서울대 수의학과 우희종 교수는 "OIE의 광우병 발생통계를 보면 24개월령부터 잡고 있는 상황에서 30개월이냐 아니냐는 광우병 위험성을 줄이는 데 (치아감별법은) 큰 의미가 없다"고 말했다.
국제수역사무국(OIE)에서는 특정위험물질(SRM)이 섞여 들어갈 수 있는 기계적 육회수공정을 금지할 것을 권고하고 있다. (다만, 손으로 분리해낸 회수육은 OIE의 금지 권고 대상이 아니다.) 또한, 미국 농무부가 하버드대학에 의뢰한 연구에 따르면 회수육 중 88%에서 척수조직이 나왔다고 한다. 이 때문에 미국 농무부는 선진회수육(AMR)과 분쇄육(MSM)을 국가 학교 급식 프로그램(National School Lunch Program, 이하 NSLP)에 사용하는 것을 금지하고 있다. 그런데, 최초 협상 내용에 따르면 이 회수육들은 포함되어 있었으며, 6월 추가협의 이후에도 여전히 수입 범위에 포함되어 있다. 반면, 선진회수육(AMR)은 수입 범위에 포함되어 있다. 대한민국 정부는 NSLP에서 선진회수육을 제외한 것은 광우병 위험 때문이 아니고, 회수부위별로 품질상의 차이가 크기 때문이며 학교급식보다 더 안전성이 보장되어야 하는 유아식에 선진회수육 사용이 허용되어 있다고 USDA가 밝혔다고 주장했다.
또한 미국의 경우 신경·골수조직의 혼입에 따라 NSLP에서 금지했지만, 대한민국이 수입하는 선진회수육의 경우는 특정위험물질이나 중추신경계 조직이 포함되지 않아야 하며, 30개월령 이상의 소 머리뼈와 척주로 선진회수육을 생산하는 것도 금지되어 있다고 밝혔다. 또한 소를 분쇄하여 제조하는 분쇄육(MSM)은 수입 범위에 포함되어 있다.
한편, 미국 농무부 식품안전검사국(FSIS)이 공개한 ‘대한민국행 육류 수출 요건(KS-76)’에 따르면, 오스트레일리아·뉴질랜드·멕시코에서 생산된 잡육을 미국 축산업체가 수입하여 대한민국에 수출하는 것이 가능하다. 그러나 이는 대한민국 정부의 고시와 달라 논란이 남아있다.

대한민국 내 통제 문제

5월 7일 쇠고기 청문회에서 강기갑 의원의 질의와 정운천 농식품부 장관의 응답 과정에서 검역법 재개정이 있더라도 현재 대한민국 음식점의 28%에 불과한 업소만이 검역을 받는다는 점이 지적되었다. 이후 대규모 급식업체, 대규모 사업장, 학교 급식 등에서 법적으로 검역을 시행할 수 있느냐는 질문에 정운천 장관은 법적으로 검역을 시행할 수 없다고 답변하였다.
대한민국 정부는 식품위생법 제21조, 제69조에 근거하여 2008년 7월 8일부터 쇠고기와 쌀(찐쌀 포함)에 대해 원산지 표시제도를 시행하였다. 2008년 12월 22일에는 돼지고기와 닭고기 그리고 김치(배추김치)까지 대상이 확대되었다. 대상은 식품위생법에 따라 신고를 하는 일반음식점, 휴게음식점, 위탁급식영업소 및 집단급식소이다.
음식점들의 원산지 표시 관리를 철저히 하겠다는 방침이지만 현실적으로 어렵다는 견해가 있다.

미국내 통제 문제

2007년 5월 국제수역사무국(OIE)은 미국을, 특정위험물질만 제거하면 소의 연령이나 부위에 제한 없이 수출이 가능해지는 광우병 위험 통제국으로 판정하였다. OIE는 24개월 이상 소가 백만 마리 이하인 나라는 7년 동안 20~30%정도를, 백만 마리가 넘는 나라는 7년 동안 45만 마리를 검사하도록 하고 있다. 따라서, 24개월 이상 소가 4천만 마리 정도인 미국은 후자의 기준으로 표본 검사를 실시하여, 검사를 받는 소는 전체의 1% 미만이다. 이같이 낮은 비율의 표본을 검사하고 받은 판정은 신뢰하기 어렵다는 견해가 있다. 판정이 나오기 직전인 2007년 4월 대한민국 정부는 이 문제를 OIE에 제기한 바 있다.
반면, 모든 소를 검사하는 방식이 아니라, 국제수역사무국의 기준에 따라 광우병 위험 높은 소를 중점적으로 검사하였기 때문에 판정을 신뢰할 수 있다는 견해도 있다. 육안으로 보아, 광우병 위험성이 높은 소를 중점적으로 검사하는 방식으로 광우병 안전성을 채점하였고(예를 들어, 정상적인 소를 검사하면 최저 0.01점, 광우병 증상이 있는 소를 검사하면 최고 750점까지 주는 식이다.), 미국이 최근 7년간 OIE가 권고하는 기준보다 10배 가까운 점수를 받았기 때문에 신뢰할 수 있다는 것이다.
또, 정부는 5월 29일 "미국 내 30개 작업장의 쇠고기 도축(屠畜) 실태를 조사한 결과 광우병을 일으킬 수 있는 특정위험물질(SRM) 제거 등 위생관리에 문제가 없다는 결론을 내렸다"고 밝혔다. 그러나 점검 기간이 짧고, 점검단이 정부 관계자들로만 구성되어 있어 발표 내용을 신뢰할 수 없다는 주장도 있다.

졸속 협상 의혹

2007년 농림부(2008년 기준으로 농림수산식품부)는 미국이 검사를 제대로 하지 않고 있으며, 한국인의 유전적 특성이 vCJD에 취약하다는 등의 내용을 정부에 보고한 바 있다. 이 사실은 민주노동당의 강기갑 의원이 2007년 9월 11일~12일에 열렸던 전문가 회의의 자료를 입수하여 공개하면서 알려졌다. 따라서 동일한 사안에 대한 정부의 입장이 정권교체 이후 정반대로 변화하였고, 이명박 대통령과 부시 미국 대통령의 정상회담 직전에 타결된 점을 들어 졸속으로 협상이 진행되었다는 의혹이 있다.

미 점검단, ‘교차 오염 우려’ 누락 발표

2008년 6월 14일 KBS-TV의 보도에 의하면 2008년 5월 미국 쇠고기 수입고시 전, 미국을 방문하여 보름간 미국 쇠고기 도축장 위생상태 점검을 마치고 돌아온 대한민국 정부의 점검단이 광우병 감염과 관련된 부분에 대해 국민들에게 중대한 거짓말을 한 것으로 드러났다. KBS의 보도에 의하면, 정부 점검단의 내부 보고서를 입수해 살펴 본 결과, 30곳 이상의 미국 도축장을 둘러본 정부 점검단은 일부 도축장에서는 30개월 미만 쇠고기와 30개월 이상 쇠고기가 서로 섞여, 광우병 교차 감염 위험이 높은데도 당시 손찬준 특별점검단장은 "작업위생관리상태도 전반적으로 매우 만족스러운 수준이었다"고 당시 공식발표 했었다는 것이다. 또 보고서는 일부 도축장의 경우 소의 나이를 판별하는 치아 감별사가 충분히 확보되지 않아 월령 구분이 어려울 수 있다는 문제도 지적했다고 KBS는 전했다.
그런데도 불구하고 점검단은 이런 내용은 모두 누락한 채 위생상태에 문제가 없다고만 발표했다. 이와 관련 거짓말한 당사자인 정부 점검단의 손찬준 특별점검단장은 "(이미) 시정해달라고 요청했기 때문에 (내부보고서에는 있는 그런 사실을) 공개적으로 지적했다는 이야기는 할 필요가 없어서 그랬습니다(거짓말을 했습니다)"고 해명했다.
미국 쇠고기 수입 협상이 졸속이라는 지적이 잇따르고 있는 가운데 현지 점검 결과마저도 고의 누락됐다는 의혹까지 나오면서 미국산 쇠고기로 불거진 촛불 시위 정국에도 적지않은 파장을 미칠 것으로 보인다.

사료 조치 완화 은폐 의혹

대한민국 정부 (참여정부 시기)는 미국 정부가 2008년 4월 관보에 게재한 사료조치가 이전보다 완화된 것임을 알고도 은폐를 시도했으며, 이러한 은폐 시도가 밝혀지자 실무자의 단순 '영문오역'으로 거짓 해명했다는 의혹이 있다.

위키리크스의 기밀문서

2011년 9월 미국의 폭로 전문 웹사이트 위키리크스가 공개한 문서에 따르면 이명박 정부의 인수위에서 활동하던 최시중 현 방송통신위원장과 현인택 현 통일부 장관은 2008년 1월 17일 알렉산더 버시바우 주한 미국대사와 점심을 먹으면서 이명박의 미국 방문 문제를 논의했다. 현인택은 버시바우 대사에게 총선(4월 9일)이 끝난 직후인 4월이 방미의 가장 적당한 시기이며, 또 캠프 데이비드에서 조지 W. 부시 대통령을 만날 수 있다면 이상적이 될 것이라고 제안했다. 이에 버시바우 대사는 “한국이 미국산 쇠고기 수입을 재개한 이후, 4월에 이 대통령이 미국을 방문한다면 더 좋을 것”이라고 말했다. 현인택은 “쇠고기 이슈에 대한 정치적 민감성을 이 당선인이 잘 알고 있다. 그러므로 이 대통령의 (미국) 방문에 앞서 미국산 쇠고기에 대해 한국 시장이 개방될 것”이라고 답변했다. 이 대통령의 미국 방문 뒤에 쇠고기 개방이 이뤄질 경우 한국 내에서 반발이 일어날 수 있다는 점을 이 당선인 진영과 미국 쪽이 공유하고 있었음을 시사하는 대목이다.
2007년 6월 5일 이명박은 버시바우 당시 미 대사와 만나 "FTA를 12월 선거 직전에 비준하는 것이 반미·반FTA 감정을 일으킬 수도 있을 것"이라고 말했다. 이명박은 대부분의 한나라당 의원들이 FTA를 찬성하지만 농어촌 지역에 지역구가 있는 일부 의원들이 반대한다고 지적했다. 이명박은 “몇 안되는 축산업자와 귤 재배자들 때문에 한국이 한-미 FTA를 포기할 수는 없다. 한국의 소는 미국산 사료를 먹기 때문에 한국 쇠고기는 진짜 한국산이 아니며, 따라서 한국 쇠고기를 살리자고 주장하는 것은 이미 물 건너간 것”이라고 농담을 하기도 했다.

국외 반응

5월 6일 열린 미국산 쇠고기 안전성 설명회에서 남문기 로스앤젤레스 한인회장은 "재미동포는 105년간 쇠고기를 먹었지만 아무도 광우병에 안 걸렸다", "재미동포와 미국인들은 매일 같이 이들 식당에서 음식을 먹었고, 아무 의심 없이 앞으로도 먹어야 한다."라고 말하며 안전하다는 것을 믿어달라고 당부했다.
한편 '쇠고기 수입 재협상 실행을 요구하는 미주한인주부들의 모임'은 LA 한인회장 등이 미국내 한국인들의 의사를 정확히 반영하지 못한다고 비판하며, 5월 7일 성명을 통해 "정부는 국민건강과 검역주권을 포기한 채 최소한의 안전장치마저 해제한 졸속적인 금번 협상을 무효화하고, 재협상을 추진 할 것을 강력히 촉구"하였고, 6월 7일 뉴욕에서는 대한민국 정부의 협상을 비판하는 촛불문화제가 개최되었다.
6월 1일 프랑스, 독일, 뉴질랜드에서도 쇠고기 협상을 비판하는 촛불집회가 개최되었다.
6월 7일 오스트레일리아 시드니에서도 촛불문화제가 개최되었다. 여기에서는 미국산 쇠고기 수입 반대, 이명박 퇴진, 경찰폭력 반대 등의 구호가 나왔다.

언론

2008년 4월 24일, 로이터 통신은 미국이 2009년부터 모든 종류의 동물사료에 특정 위험 물질(SRM)을 넣을 수 없도록 하는 정책을 발표했다는 기사의 말미에 대한민국의 쇠고기 협상 내용을 일부 소개했다.5월 3일, 월 스트리트 저널은 미국산 쇠고기 수입에 반발하는 대한민국인들 사이에 루머가 퍼지고 있다고 보도했다.5월 14일, CNN은 "국가 식품 체계가 붕괴되고 있다.(Nation's food system is collapsing.)"는 제목의 기사에서, 미국 내 검역관의 수가 규정에 크게 미치지 못해 쇠고기가 안전하게 관리되지 못하고 있다고 보도했다.2008년 5월 13일, 푸드컨셔머(미국의 소비자보호단체, Foodconsumer.org)는 광우병 발병 사례가 있더라도 미국 의료기관이나 의사들에게 고지 의무가 없어 정확한 통계 집계가 불가능하다고 지적했다.5월 16일, 미국 민주당의 유력 예비 대선 후보인 버락 오바마는 사우스다코타주 워터타운에서 열린 집회에서 “미국이 명백하게 최고의 안전기준을 가지고 있음에도 불구하고 한국과 일본에는  쇠고기를 수출할 수 없다”, “더 강한 협상가(tougher negotiator)가 대통령이 되어야 하며, 미국은 더 강한 협상을 해야 한다”면서 “그래서 우리가 (미국산 쇠고기를) 다른 나라 시장에 팔 수 있도록 해야 한다”고 말했다.6월 3일, 알렉산더 버시바우 주한미대사는 유명환 외교통상부장관과의 면담에서, 쇠고기 고시의 관보 게재를 연기한 것에 대해 "실망했다(disappointed)", "한국인들이 미국산 쇠고기에 관한 과학적 사실을 배우기를(learn) 희망한다"고 말했다.미국의 소비자연맹은, 미국 농무부가 쇠고기 가공업체의 광우병 전수검사를 허용할 것을 촉구하는 성명을 내고, 대한민국의 촛불집회를 언급하며 농무부가 미국 내 쇠고기업체들의 자발적인 광우병 검사를 금지함으로써 국내외의 소비자 신뢰를 저해하고 있다고 지적했다.
2008년 5월 9일, 타임즈는 TV 보도 프로그램과 복잡한 유전학 과학 논문, 그리고 루머의 원천인 온라인의 민감한 반응들이 수십만의 젊은 한국인들을 미국 쇠고기 수입을 반대하는 촛불 집회에 나서게 만들고 있다고 보도하고 이 집회에는 두가지 특징이 있는데 첫째는 반수 이상의 시위참가자들이 대학생 미만의 청소년이며 또하나는 온라인과 오프라인에 번지는 반외세정서의 격렬한 적의라고 하였다.
필리핀 국립대학의 사회학과 교수 월든 벨로는 이 문제가 미국에서 얼마나 철저히 검역을 하고 있는가 하는 문제와 상관이 없는 검역주권의 문제이고, 각국은 각자 사정에 맞는 검역 기준을 갖고 있어야 한다고 말했다. 또한, 대한민국은 뼈를 고아먹는 식문화를 가지고 있으므로 더욱 엄격하게 검역을 실시하는 권한을 가져야 한다고 말했다.

일본

2010년 3월 기준으로 일본은 20개월 미만의 쇠고기만 수입하고 있다.

정부청사의 미국산 쇠고기 사용 현황

2009년 10월 14일 민주당 최규식 의원이 공개한 행정안전부 및 경찰청 국감 자료에 따르면 경찰간부와 직원들이 이용하는 경기지방경찰청, 경찰청 본청 구내식당에서는 미국산 쇠고기를 전혀 사용하지 않은 것으로 드러났다. 하지만 전경에게 제공되는 쇠고기는 100% 미국산 쇠고기만으로 사용한 것으로 드러나 비판이 일기도 하였다. 조선일보도 정부 청사의 쇠고기 사용 실태를 조사한 결과 호주산을 99.9% 사용하고 있었다고 보도하였다.

기업들의 미국산 쇠고기 사용 현황

미국산 쇠고기의 안정성을 강조해온 조선일보가 소유한 코리아나 호텔에서도 호주산 쇠고기를 사용한다고 강조하고 있는 것으로 드러났다.