염색질

구조 체계

염색질은 세포 주기 동안 다양한 구조 변화를 거친다. 히스톤 단백질은 염색질을 포장하고 정렬하는 염기성 분자로 다양한 번역후 수식을 통하여 변형되어 염색질 포장 정도를 변화시킨다(히스톤 변형). 히스톤 아세틸화는 염색질을 느슨하게 하고 접근성을 높여 DNA 복제와 전사가 일어나게 한다. 히스톤 트리메틸화는 염색질을 압축하여 접근성을 떨어뜨린다. 한편 염색질에 대한 접근성을 높이는 후성유전학적 변화와 낮추는 변화가 동시에 같은 영역에 일어난 염색질인 이가 염색질(bivalent chromatin)이 존재한다는 보고가 있다. 히스톤 H3의 4번, 27번 위치에 있는 라이신 잔기가 메틸화되어 있는데, 이는 발생과 관련이 있다고 추정된다. 27번의 라이신은 분화된 세포보다 배아 세포에 더 많이 메틸화되어 있고, 메틸화된 4번의 라이신은 뉴클레오솜 재형성 효소와 히스톤 아세틸화효소를 모아 전사를 조절한다.
폴리콤 유전자군 단백질(polycomb-group protein)은 염색질 구조를 조정(modulation)하여 유전자 발현을 조절한다.

DNA 구조

자연에서 DNA는 세 가지 형태(A, B, Z형)로 존재할 수 있다. A형과 B형 DNA는 오른손감기 나선이고, Z형은 지그재그형 인산 뼈대가 있는 왼손감기 나선이다. Z형 DNA는 염색질 구조와 전사에 특정한 역할을 한다. Z형 DNA와 B형 DNA의 연결 지점에는 한 쌍의 염기가 뒤집어져 정상적인 결합을 하고 있지 않다. 이 염기는 다양한 단백질이 인식할 수 있는 자리가 되고, RNA 중합효소나 뉴클레오솜이 결합하여 생기는 비틀림 변형력을 해소하는 역할을 한다.

뉴클레오솜과 염주 구조

염색질은 기본적으로 연결 DNA 구간으로 연결된 뉴클레오솜이 반복된 구조로, 원래 용액상의 DNA보다 훨씬 짧다. 뉴클레오솜 가운데에 있는 히스톤 이외에도 H1이라는 연결 히스톤이 뉴클레오솜에서 DNA가 시작하고 끝나는 부분에 있다. 히스톤 H1과 중심 뉴클레오솜을 합쳐서 크로마토좀이라 한다. 뉴클레오솜과 20-60 염기쌍의 연결 DNA는 비생리학적 조건 아래에서 약 10 nm의 염주 구조를 형성한다.
뉴클레오솜과 DNA의 결합은 비특이적이지만, 뉴클레오솜 위치에 영향을 미치는 DNA 서열은 존재한다. 이는 주로 DNA 서열에 따라 물리적인 특성이 다르기 때문이다. 예를 들어 아데닌과 타이민은 안쪽 작은 홈(minor groove)에 있는 경우가 많다. 즉 뉴클레오솜은 아데닌과 타이민이 최대로 존재하는 약 10 염기쌍(DNA의 나선 회전 당 염기쌍 개수)마다 하나씩 우선적으로 결합한다.

30 nm 염색질 섬유

H1와 염주 구조는 지름 30 nm의 나선 구조로 감겨 30 nm 섬유 혹은 미세섬유가 된다. 이 구조에 대한 정보는 자세히 알려진 것이 적다.
이 단계의 염색질 구조는 진정염색질을 이룰 것으로 추정된다. 전자현미경을 통한 연구에 따르면 30 nm 섬유는 매우 역동적이어서 전사를 위하여 RNA 중합효소가 결합하면 10 nm 섬유(염주 구조)로 풀린다.
현재까지 제안된 모델은 뉴클레오솜이 섬유의 축과 직각으로 놓여있으며, 연결 히스톤은 내부에 존재한다. 30 nm 섬유의 안정성은 DNA와 뉴클레오솜의 규칙적인 형태에 의존한다. 뉴클레오솜이 필요한 방향으로 회전하고 접히면서 DNA에 과도한 변형력을 주지 않으려면 상대적으로 굽힘과 회전에 저항이 있는 연결 DNA의 길이가 매우 중요하다. 이 설명에 따르면 연결 DNA의 길이가 다르면 염색질 섬유마다 다른 위상으로 접혀야 한다. 전자현미경으로 섬유를 재구성한 최근의 이론적 연구는 이러한 설명을 지지한다.

핵에서 염색질의 공간적 구성

핵에서 염색질이 정렬되는 공간은 무작위적이지 않다. 특정한 영역에 특정한 염색질 구간이 위치한다. 특정 핵 내 공간에는 핵 라미나 결합 도메인(lamina-associated domain, LAD), 위상적 결합 도메인(topological-associated domain, TAD) 등이 있으며, 단백질 복합체로 서로 연결되어 있다. 현재까지 핵 내의 염색질의 접힘을 설명하기 위한 모델로는 실과 바인더 스위치(strings and binders switch, SBS) 모델 과 역동적 루프(dynamic loop, DL) 모델 등이 있다.

전사와의 관계

염색질과 효소의 상호작용은 유전자 발현에 중요한 요소이다. RNA 합성은 히스톤 아세틸화와 관련이 있다. 히스톤 끝에 붙어있는 라이신 잔기는 양전하를 띤다. 이 꼬리에 아세틸기가 붙으면 염색질이 중화되어 DNA 접근이 가능해진다.
염색질 응축이 풀리면 DNA가 분자 기구의 접근이 가능하도록 열린다. 염색질이 풀림과 응축을 반복하면서 전사는 불연속적으로 일어나거나 전사 급상승(transcriptional bursting)이 일어난다. 여기에는 전사 인자의 결합이나 분리와 같은 요소도 연관되어 있을 수 있다. 단순한 전사 확률 모델과 대조적으로 염색질 응축과 유전자 발현 사이의 관계는 동종(isogenic) 집단의 세포 간에 유전자 발현 양상이 매우 다른 것을 설명할 수 있다.

간기

간기 동안 염색질의 구조는 핵 내로 DNA를 압축하면서도 전사 인자와 DNA 수선 인자가 DNA에 접근하기 쉽게 최적화된다. RNA 중합효소가 DNA에 접근하기 위해서는 느슨한 진정염색질 구조여야 한다.

중기

중기의 염색질의 구조는 간기의 그것과는 크게 다르다. 물리적인 강도를 높이고 처리하기 쉽도록 핵형에서 볼 수 있는 전형적인 염색체 구조로 변한다. 염색체는 중심 스캐폴드 단백질에 30 nm 섬유가 고리를 이루어 응축된 구조라고 추정하고 있지만, 명확히 밝혀진 바가 없다.
중기에는 딸 염색체가 분리되면서 DNA가 손상되지 않도록 염색질의 물리적인 강도를 높이는 것이 중요하다. 동원체로 염색질이 접근함에 따라 히스톤 H1 유사체를 통하여 염색질의 구성이 변화하여 강도를 극대화한다.
유사분열 동안에 대부분의 염색질이 조밀하게 압축되지만, 그렇지 않은 영역이 일부 있다. 이 영역은 대개 유사분열에 들어가기 전에 그 세포에서 이미 활성화되어 있었던 유전자의 프로모터에 해당하는 영역이다. 유사분열 동안에 압축되지 않는 영역은 유전학적 책갈피(bookmarking)라고 불리며, 후성유전학적으로 딸 세포에게 어떤 유전자가 유사분열 전에 활성화되어 있었는지 기억을 전달하는 역할을 한다고 여겨진다.

기타 구조 변화

후생동물의 정자형성(spermiogenesis) 과정에서 정자세포(spermatid)의 염색질은 결정같은 구조로 개조된다. 이 과정은 전사의 중단과 핵 단백질 교환과 연관이 있다. 히스톤은 아르기닌이 많은 작은 단백질 프로타민(protamine)으로 대부분 대체된다.