대한제국 고종

일생

흥선대원군과 여흥부대부인의 둘째 아들로, 생부 흥선대원군 이하응과 헌종의 모후인 조대비와의 약속으로 삼종숙부(三從叔父)인 추존 임금 익종의 양자로 입양되어 익종(효명세자)의 양자 자격으로 조선의 왕위를 계승하였다.
즉위 초기 10년은 흥선대원군의 섭정 단계였고, 친정 이후에는 민씨 일가의 집권과 부패에 시달렸다. 1880년대 이후 서양 제국주의 열강의 요구에 개항한 이래 청-일-러 3국의 3파전 속에서 국권(國權)을 보존하려 노력하였다. 1907년 헤이그 특사 사건을 구실로 이완용과 일본제국에 의해 강제로 퇴위(退威)되었고, 1910년에는 이태왕으로 격하되어 덕수궁 함녕전에 유폐되다시피 했다.
1919년 1월 21일에 사망한 뒤, 고종 독살설이 시중에 유포되기도 했는데, 윤치호에 의해 그 기록으로 전한다. 고종 황제 독살설은 3·1 운동(전국적인 대규모 평화 만세운동)이 일어나는 요인으로 작용하였다. 2008년 12월에 고종 황제 폐하께서 사용했다고 알려진 옥새가 발굴되었다.
2009년 일본 국회 헌정(憲政)자료실에서, 조선 총독 데라우치 마사타케의 지시로 친일파 대신들이 “고종황제폐하가 즐겨 마셨던 식혜에 독약을 탔다”는 주장이 적혀 있는 일본 궁내성 관리 구라토미 일기의 사본이 발견되었다.

출생과 가계

고종은 흥선대원군 이하응(헌의대원왕)과 여흥부대부인 민씨(순목대원비)의 둘째 아들로 한성부 안국방 구름재 운현궁 사저에서 출생하였다. 그가 태어난 사저 운현궁은 안자의 후손이 아니라 인조의 인평대군 직계 후손이었다. 사도세자(뒤에 고종 때 장종으로 추존)의 서자 은신군은 자신의 작은할아버지 연령군의 양손자이자 낙천군의 양자가 되었지만 후사 없이 사망했고, 다시 순조는 아들이 없던 서삼촌 은신군에게 인조의 셋째 아들 인평대군의 7대손 진사 이병원의 차남 이채중을 사후 양자로 입양하였다. 이로써 남연군은 인조의 8대손으로 왕위 계승권이 없었지만 은신군의 양자가 되면서 영조의 양증손자가 되어 왕위계승권을 획득했다.
고종에게는 생모 순목대원왕비 소생인 친형 흥친왕 이재면과 친누이 2명이 있었고, 다시 아버지 흥선대원군의 서자인 이복 형 이재선과 이복 누이 1명이 있었다. 그러나 아버지 흥선대원군은 경제적으로 무능하였고 불우한 어린 시절을 보내게 된다.
은신군의 이복 형이던 의소세자와 정조의 직계후손이 끊어지고 철종마저 후손이 없이 사망하자 왕위 계승권은 철종의 이복형인 회평군과 영평군의 아들들과 철종의 호적상 6촌인 흥선군의 아들들 사이로 압축되었다. 철종에게는 아들이 없었지만 친조카들이 있었으므로 흥선군은 효명세자빈(훗날의 조대비)전을 자주 찾아 친분을 쌓고 그에게 자신의 아들들 중 한 명을 익종의 양자로 삼는다는 조건으로 왕위 계승에 대한 동의를 얻어냈다. 헌종 이환에게 아들이 없었으므로 후사가 없던 신정왕후는 그런 흥선군의 조건을 수용하고 결탁을 한다.
조선의 제25대 임금 철종이 후사가 없이 1863년에 지병으로 세상을 뜨자, 흥선 대원군과 대왕대비 조씨의 후원(실은 둘이 안동김씨 세력 몰래 밀약으로 흥선군의 둘째아들 명복을 왕으로 올림)으로 1864년 1월 21일 조대비의 양자로 입적되어 익성군(益成君)의 군호를 받고 조선의 제26대 임금으로 즉위하였다. 형인 이재면 대신 그가 왕위에 오른 것은 나이가 어려 수렴청정을 하기 수월했기 때문이다.

즉위 이전

둘째 아들의 왕위를 위한 꾸준한 계획을 세웠다. 철종이 언제 사망할지 확실하지 않으므로 흥선군은 궁중의 환관과 궁녀를 포섭해서 정보를 알아냈고 안동 김씨 가문에도 자신의 세력을 만들기도 했다. 《매천야록》에 의하면 김병학은 자기 딸을 고종의 비로 삼기로 흥선군과 은밀하게 밀약을 맺었다 고도 한다.
철종이 후사없이 시름 시름 앓게 되면서 후사 논의가 진행됐고, 그 중 김홍근은 흥선군을 추대하자는 주장도 했다. 흥선군이 어리석은 인물이라는 계산에서였으나, 그의 파락호 행실과 그의 나이 등 여러가지 조건에 걸려 반대에 부딛쳐 묵살당하였다. 김병기는 그에게 야심이 있는가를 시험하려 하였으나, 그는 일부러 어리석음을 가장하여 그에게 장남 이재면의 관직을 청탁하기도 했다. 고의로 파락호 생활을 하며 천하장안으로 알려진 천희연, 하정일, 안필주, 장순규 등을 측근으로 삼아 가까이 했으며, 이상지, 이경하 등도 포섭하여 측근으로 삼았다.

즉위 배경

흥선군만이 왕실 족보상 왕위 계승에 가장 근접한 인물은 아니었기에, 왕위를 계승하려면 능력을 보여야 했고, 정치적인 작업도 해둘 필요가 있었다. 또한 흥선대원군은 자신의 둘째 아들인 재황을 안동 김씨 가문의 딸과 혼약하겠다고 약속했다. 그 하나는 김병학의 딸이었고, 다른 한명은 김병문의 딸이었다. 이런 밀계로 흥선군은 안동 김씨 일부를 포섭하는데 성공한다.
또한 흥선군은 조대비(신정왕후 조씨)를 찾아가 물밑 교섭했다. 조대비의 아들은 헌종이었으나 그는 후사없이 사망하였고, 그의 뒤를 이은 것은 사도세자의 증손이자 전계군(나중에 대원군으로 추증)의 아들인 강화도령 덕완군 이원범이었다. 철종이 헌종보다 윗 항렬이므로 헌종의 양자가 될 수 없었고, 익종에게도 동생뻘이기 때문에 익종의 양자가 될 수도 없었다. 순원왕후와 안동 김씨는 이 점을 보고 철종을 간택하여 순조의 양자로 삼았던 것이다. 흥선군은 조대비에게 자신의 둘째 아들을 왕으로 앉히게 도와준다면 조대비의 양자로 보내겠다는 밀계를 맺었다.
1863년 12월 8일 철종이 갑자기 사망하자 조대비와 조성하, 조영하, 정원용 등은 비밀리에 옥새를 접수한 뒤, 흥선군의 적실 둘째 아들 명복을 익종대왕으로 입승대통(立承隊筒)한다는 교서를 재빨리 발표한다. 이로써 그는 조선의 제26대 왕으로 즉위하게 된다.

즉위 직후

즉위 후 10년은 대왕대비 조씨가 수렴청정을 실시하였으나, 흥선대원군이 본색을 드러내어 실권은 흥선대원군이 모두 장악하였다. 흥선 대원군의 집권으로 구 안동 김씨와 김씨 내각의 주요 인사들은 거의 축출되었고, 흥선대원군은 여기에 만족하지 않고 풍양 조씨 세력 역시 궁궐에서 모두 축출한다. 이들 외척들은 고종이 군주인지 흥선대원군이 군주인지 알수 없다는 말을 공공연히 유포시켜 흥선대원군의 섭정에 대한 반발을 유도하기도 한다.
즉위 초기는 서구 열강의 개항 압력이 시간이 흐를수록 점점 노골화되어 프랑스(1866년 병인양요), 미국(1871년 신미양요) 등과 강화도에서 군사적인 분쟁을 2차례 겪었으나, 흥선 대원군은 단호한 집념으로 이들을 모두 물리치고 나서 쇄국정책을 펼치고 척화비를 전국 방방 곡곡에 설치하였다. 국내적으로는 부정부패의 온상으로 지탄받던 서원을 대폭적으로 철폐(서원철폐)하여 오직 47개소만 남겼고, 조선 후기의 상설 기관이던 비변사를 완전 폐지함으로써 기능을 상실케 하여 원래 있던 의정부와 6조에 권력을 집중시키게 하였다. 그리고 1866년 몰락하던 남인 출신의 여흥 민씨 집안의 딸을 왕비로 맞으니 후의 명성황후이다.
제너럴셔먼호 사건이 일어난 뒤 증기선 복제 계획을 흥선대원군이 수립하여 김기두 등이 실행하였으나, 1867년 완성된 목탄 증기선은 매우 느리게 움직여 사실상 실패하였다. 이에 팔도에서 증기선을 만들든지 구하든지 하라는 상소가 빗발쳤다. 이에 대원군은 소년 시절 김정희와 홍대용 학파 인물들로부터 전해 들은 열기구를 본따, 열기구를 만든 뒤 학과 두루미 10만 마리를 잡아들여 그 깃털을 뽑아 아교를 녹여서 붙였으나 열기구는 얼마 날지 못하고 추락하고 말았다.

흥선대원군의 섭정

모든 군사와 정무는 어명으로 나갔지만 실제로는 대원군이 직접 처결하였다. 황현은 이를 두고 독단적이라고 지적했다. '종전의 세도는 비록 한 사람이 주관하고 있을지라도 옆으로 아들과 조카, 인척들이 종종 한몫을 하고 있었으므로, 서로 간섭하고 부족한 점을 보완하여 오직 실각하지 않을까 두려워했다. 그러나 대원군 때는 혼자 집권했기 때문에, 비록 음관 한 명이나 변방의 장수 한 사람이라도 대원군을 거치지 않고는 발령할 수 없었다.'고 하였다.
대원군은 국왕의 고유권인 인사권도 자신이 독자적으로 처결하였다. 인사 발령을 할 때는 언제나 그가 미리 후보 명단을 작성하여 자리를 채운 뒤에 올리면 고종은 그것을 따라 낙점만 했다.

개항과 친정

1869년 1월 31일(1868년 음력 12월 19일) 왕정 복고의 사실을 알리는 일본 제국의 사절단이 조선 동래에 도착하였다. 이때 조선 측은 사절 대표가 일방적으로 관직과 호칭을 바꾼 점, 조선이 준 도서(圖書)가 아닌 일본 정부가 새로 만든 도장(圖章)을 사용한 점, 황제란 용어를 사용한 점 등을 문제 삼아 서계를 접수하지 않았다. 1872년(고종 9년) 음력 1월 일본 사절단이 3년 동안 기다리다가 동래(부산)에서 철수한다. 그 뒤 일본 외무성은 1873년(고종 10년) 음력 2월 대마번에 대(對)조선 외교를 관할케 하는 관행을 폐지하고, 왜관의 명칭을 무단으로 “대일본국공사관”이라고 바꾼다. 이를 “일본 외무성의 왜관 점령 사건”이라 부르기도 하며, 이 사건으로 말미암아 조선과 일본의 국교가 정식으로 단절된다.
1873년(고종 10년) 양력 5월 일본에서 즉시 조선을 정벌해야 한다는 소 정한론을 주장하는 사이고 다카모리 등의 관료가 실각하고, 또한 조선에서는 그해 음력 12월에 흥선 대원군의 집권이 최익현의 탄핵 상소를 받아 끝났다. 비로소 고종의 친정(親政)이 시작되었으나 여흥 민씨의 척신 정치의 경향을 보였다.
1875년(고종 12년) 음력 2월부터 고종의 어명으로 조선은 일본과의 국교 수립에 나선다. 그러나 일본은 사신 억류 등의 방법을 동원하여 시간을 끈다. 같은 해 9월 20일(음력 8월 21일) 일본은 운요호 사건(군사 도발)을 일으켜 조선을 강제 압박하고, 결국 1876년 2월 27일(음력 2월 3일) 강화도 조약(병자수호조약)[불평등 조약]을 체결한 후 조선은 개항을 하게 된다.
강화도 조약이 성립하고 난 뒤부터 조선 정부는 세계정세에 보조를 맞추기 위해 개화운동을 전개하였던바 이러한 노선에 따라 내정개혁을 실시하였다. 내정개혁에서 고종이 관심을 가장 기울인 것은 군제였다. 즉 고종은 과거의 구식 군대인 5군영을 무위영(武衛營)과 장어영(壯禦營)의 양영(兩營)으로 개편하고 새로이 일본의 신식 군사훈련을 도입하여 별기군(신식 군대)을 조직하였다. 또 진신 자제(搢紳子弟)의 연소하고 총민한 자를 골라 사관생도라 하고 신식 무예를 연마케 했다. 또한 행정기구의 개혁에 착수하여 청나라 정부의 총리아문 기구를 모방한 통리기무아문을 설치하고, 그 밑에 사대(事大)·교린(交隣)·군무(軍務)·변정(邊政)·통상 등 12사(司)를 두어 각기 사무를 나누어 보게 하였다.
1881년 초 서양의 군함을 구하려고 시도하였는데, 이때 이동인이 일본과 협상하였으나 실패하고 잠적한다. 그해에 흥선대원군의 서자 이재선이 안기영, 권정호 등과 함께 11월 4일(음력 9월 13일)로 예정된 경기도 향시를 치르려고 모인 유생을 동원하여 대신들과 민씨 척족을 몰아내려던 사건이 발생한다.

청의 내정 간섭과 갈등

1882년 임오군란 당시 봉기한 구식 군대의 추대로 흥선대원군이 재집권하였다. 이때 흥선대원군은 명성황후가 이미 죽었다고 거짓 보고한 뒤 황후가 입던 옷을 관에 넣고 장례를 치르기까지 하였다(이는 흥선대원군이 다시 집권할 수 있는 명분을 만들어 정당성을 부여하고자 하였음). 그러나 청나라의 군사적 압력으로 임오군란은 진압되고 흥선대원군은 1883년에 청나라 톈진으로 압송된다. 1개월 만에 고종은 복권하였으며, 그 뒤로부터 청나라의 간섭을 받게 된다.
1883년 조선에 진주한 청나라의 외교 고문 위안스카이는 조선의 군주를 배알하는 자리에서도 기립하지 않을 것이며, 고종을 ‘혼군(昏君)’이라 칭하면서 폐위를 주장하고 나선다. 조선 정부관료 스무명을 일거에 자신의 측근으로 갈아치웠다. 미국공사 포크는 이를 ‘무혈 정변’이라고 이름했다.
1882년 청나라의 중재로 조·미 수호 조약(조미수호통상조약)의 체결을 시초로 구미 각국과 수교하였는데, 이 때 처음으로 고종의 명을 받아 태극기를 제정했고, 이듬해 3월 6일 정식으로 조선국기로 채택했다. 1883년에는 민영익 등 보빙사를 미국 등 서방에 파견하여 임오군란 이후 비대해진 청나라 세력을 견제하고자 하였다. 또한 그해 서재필 등 16명을 일본 도야마 사관학교에 보내어 신식군사기술을 배우고 돌아오게 하였다. 이때 조선에는 사진기가 최초로 들어왔다. 1883년 최초의 근대적 국가 기술 표준 기관인 전환국 소속 분석시험소를 설립하고 화폐의 주조 및 금속광물의 분석ㆍ가공ㆍ제련 업무를 담당하게 하였다.
1884년 여름, 사진기의 소문을 들은 고종은 친히 사진을 찍어보겠다고 하였다. 사진기로 촬영하면 그림을 그린 것보다도 정밀하게 사람의 모습과 비슷한 형체의 종이가 나온다는 소문이 입에서 입으로 전해져 왕실까지 들어갔고, 왕은 직접 사진을 촬영해보겠다고 선언했던 것이다. 그러나 사진을 촬영하면 ‘영혼이 빠져나간다는 속설’도 만만치 않게 제기되었다. 고종은 퍼시벌 로웰을 시켜 사진을 처음 촬영한다. 이때 촬영한 사진이 그의 최초의 사진이라는 것은 후일 윤치호 등의 증언을 통해서 사실로 확인되었다.

갑신 정변 전후

1884년 12월 4일(음력 10월 17일) 갑신정변 당시 김옥균, 박영효(철종의 부마) 등 개화파가 고종을 보필하였으나 고종의 입장은 중립적이었으며, 마침내 명성황후의 외교 군권으로 조종하는 청나라의 군사적 압력으로 급진 개화파의 혁명은 수포로 돌아갔다. 고종은 이 일로 말미암아 급진 개화파와 그들을 후원한 일본을 경계하며 의심하고 멀리하게 된다.
이후 청나라의 압력은 더욱 거세지고 러시아의 위협 증대와 이에 대항하여 영국 군함이 거문도를 일방적으로 불법 점령하는 사건(거문도 사건,1885~1887년)이 잇달았다. 1886년 사노비 세습제의 혁파를 천명하였다.
1890년 다시 일본 정부에 군함 구입을 타진하였으나 일본 측 반응이 신통치 않았으며 청나라에서도 방해하여 실패하였다. 그 뒤 1893년 독일과 일본을 통해 증기선 3척을 도입하였으며, 이것은 주로 세미(稅米) 운반선으로 쓰였다. 1893년 고종은 기존의 수군편제를 근대식 해군체제로 개편하고, 영국인 대위 콜웰(William H. Callwell)과 하사관 커티스(James Curtis)를 교관으로 초빙하여, 강화도에 최초의 근대적 해군사관학교인 통제영학당을 설립했다. 통제영학당은 사관생도 50명과 수병 300명을 모집하여, 영어, 군사학, 항해학, 포술학 등을 가르쳤다.

동학 농민 운동과 갑오개혁

이후 소강 상태를 거쳐 1894년 동학 농민 운동을 계기로 청나라와 일본 제국 양국 군대가 조선에 들어오고 마침내 음력 6월 23일(양력 7월 25일) 새벽부터 청일전쟁이 일어났다. 그 무렵 한양을 점령한 일본은 단독으로 조선에 대한 근대적 개혁을 요구하였는데, 음력 6월 21일(양력 7월 23일) 일본 군대는 왕궁을 포위하고 흥선대원군을 앞세워 민씨 일파를 축출하고, 김홍집을 비롯한 중도 개화파를 중심으로 친일 정부를 수립하여 갑오개혁을 단행하였다. 이 개혁은 일본공사 오토리 게이스케(大鳥圭介)의 5개조 개혁안의 제출로 시작되었는데, 조선 정부는 교정청(校正廳)에서 독자적인 개혁을 하고 있다는 이유로 일단 거절하였다.
이때 친일 정부는 청나라와의 모든 조약을 독단으로 파기하고 일본군에 청나라 북양군을 조선에서 몰아내도록 허가하였다.
흥선대원군이 1894년 7월부터 8월까지 달포에 걸쳐 섭정을 하였으나, 일본과의 입장 차이로 은퇴를 강요 받는다. 개국 기원(開國紀元)을 사용하여 청과의 대등한 관계를 나타냈고, 중앙관제를 의정부와 궁내부로 구별, 기존 조선의 6조 체계를 8아문으로 개편하고 이를 의정부 직속으로 두었다. 음력 12월 12일(1895년 양력 1월 7일) 홍범 14조를 반포함으로써 개혁이 본격화된다.
한편 흥선대원군이 도승지에까지 오른, 큰아들 흥친왕의 아들로서 장손인 이준용을 왕위에 올리려다 사전에 발각되어 1895년 5월 13일(음력 4월 19일) 종신 유형에서 10년 유형(流刑)에 감형하여 강화 교동도로 유배되고, 대원군은 마포 공덕리 별장(아소정)에 유폐된다. 그 뒤 8월 2일(음력 6월 12일) 특전으로 풀려나 할아버지인 흥선대원군과 아소정에서 함께 지내게 된다.

을미사변(명성황후(민비) 시해)

한편 1895년 청일전쟁이 일본의 승리로 끝난 직후 서양 삼국, 곧 러시아·독일·프랑스가 일본에 간섭하여 청일전쟁에 승리하여 얻은 이권을 내놓게 하였는데, 이것이 러시아, 독일, 프랑스의 삼국간섭이며, 그에 따라 일본은 조선에서의 영향력에도 흔들리게 된다. 이러한 일련의 사태를 주시하던 고종과 명성황후는 친 서방 정책을 강화했다. 특히 일본보다 훨씬 강하게 여겨지는 러시아를 끌어들여 일본을 견제하도록 했다. 일종의 이이제이로서, 인아거일책(引俄拒日策) 또는 수원책(綏遠策)으로 불렸다.
1895년 10월 8일 민왕후가 경복궁에서 일본 낭인에 의해 살해되는 소식을 접하였다. 이때 그는 아들 황태자 척과 함께 일본 낭인과, 조선인 협력자들에 의해 창덕궁 또는 덕수궁에 감금당해 있었다.
일본은 1895년 낭인(자객. 여기에 주한일본공사인 미우라도 같이 동조)을 보내 민왕후를 시해하는 을미사변이 일어났다. 그 뒤 김홍집은 고종을 감금하고 을미개혁(친일적인 성격을 띄게 된다)을 시행하여 연호를 ‘건양(建陽)’으로 고치고 태양력을 채용하였으며 단발령을 공포했는데, 이것이 국민 감정을 자극함으로 말미암아 을미의병이 일어난다.
유길준과 개화파, 한국 군벌 등이 일본인 낭인들의 길안내를 담당했고, 궁녀로 변장한 민왕후를 찾아내는 데 협력했다. 그리고 그의 아버지 흥선대원군과 친대원군계 세력도 민비 살해에 가담했다. 흥선대원군과 유길준 외에도 조선국 국군 1대대장 우범선·2대대장 이두황·3대대장 이진호(李軫鎬) 등과, 전 군부협판 이주회(李周會), 국왕 친위대 부위(副尉) 윤석우(尹錫禹), 일본공사관 통역관 박선(朴銑), 문신 구연수 등이 협력했고, 궁궐수비대의 구식 군대 출신 조선인 병사들도 자발적으로 협력했다. 송병준의 사위이기도 했던 구연수는 일본 낭인들이 민비의 시체를 소각하는걸 도와줬다. 사건 이후 민비가 복권되면서 조선인 가담자인 박선, 이주회는 처형당하고, 우범선, 이두황, 이진호는 일본으로 망명했다. 우범선은 뒤에 일본으로 찾아간 자객 고영근에게 암살되기도 했다. 구연수는 한일 합방 이후에 복권됐다.
나중에 윤치호는 입궐하여 왕후 민씨 시해 사건에 조선인 협력자들이 연루되어 있었다면서 흥선대원군, 우범선, 이두황, 이주회, 이진호, 윤석우, 구연수 등의 존재를 폭로하였다. 여기에 개화파 정치인인 유길준도 민비 살해에 가담했노라고 폭로하였다. 왕비의 암살에 조선인 협력자들이 많이 있었다는 것에 고종은 충격을 받았다. 박은식 역시 민비 살해의 조선인 주요 협력자로 흥선대원군을 지목했다. 고종의 아버지 흥선대원군이 민비 살해(시해)에 가담한 것을 알게 된 고종은 크게 배신감을 느껴 나중에 아버지가 죽었을 때, 빈소(장례식)에 찾아가지 않았다.

대원군 내외 별세

1898년 1월 8일 여흥부대부인 민씨가 사망했다. 이어 2월 22일 흥선대원군이 죽었다. 고종은 을미사변 사건의 배후의 한 사람으로 흥선대원군이라 봤다. 1898년 흥선대원군이 죽었을 때 아들 고종이 장례식에도 나타나지 않을 만큼 부자관계는 악화되어 있었다.
흥선대원군이 죽자 한성부에서는 7일장을 했으나, 고종은 그의 장례식에 참석하지 않았다. 고종은 그의 장례식 참석을 거부했고, 흥친왕 이재면은 혹시나 자신도 죽임당할까봐 대원군의 부음을 알리는 것을 머뭇거리면서 주저했다. 그러나 상여가 노제를 한 뒤 서문(西門)으로 나갈 때 고종은 마루에 서서 담넘어로 바라보며 오랫동안 대성통곡을 하였다. 그 통곡 소리가 밖에까지 들렸다 한다. 상여가 공덕리로 가는 것을 보고 서대문 밖까지도 쫓아갔다고도 한다.

이준용의 쿠데타 기도

1899년 조카 이준용은 직접 쿠데타(고종의 정부을 전복하는 것)를 기획하였다. 이전까지의 쿠데타가 동학 농민군이나 할아버지 흥선대원군에 의해 추진된 것이라면 이번 쿠데타에 이준용 본인이 직접 기획하고 사전 준비까지 한 것이었다. 그 해에는 이준용 추대 관련 역모가 3건이 적발되었다.
이준용이 일본에서 다시 활동을 개시할 때 쯤에 벌어진 장윤상 발언 사건과 어용선 사건은 고종 정부를 자극하기 충분했다. 전 참봉 장윤상이 자신이 일본에서 이준용을 모셨다고 하면서 1899년 1월 이준용이 귀국하면 고종 대신 국왕이 되거나 대통령에 오를 것이라고 말하였다. 이는 와전되어 "박영효가 반역하여 이준용을 추대하고 고종을 태상왕으로 만들 것이라"는 소문으로 번져나갔다. 이에 4월 12일 소문의 발원자인 장윤상은 교살형에 처해졌고, 그 사실을 알고도 고발하지 않은 이유로 유학 신현표와 전 순검 이지현은 태 1백 대에 종신형을 선고받았다.
또한 3월에 어용선 등이 일본에서 그를 모셔다가 현 정부를 전복하고 민주공화정을 표방해 대통령제를 실시하려 한다는 혐의로 체포되었다.
반정부 인사들이 이준용을 대통령으로 추대하려 한다는 소문이나 움직임은 고종에게 상당한 충격을 안겨주었다. 장윤상 사건과 어용선 사건이 처리된 직후인 1899년 6월 고종을 폐위하고 이준용의 옹립을 기도했다는 고발에 따라 윤태영 등 3인이 체포되었는데, 이는 고종 정부가 이준용 추대 모의에 알레르기 반응을 보이고 있음을 나타내는 것이었다.
1900년 안경수, 권형진을 처형 직전 양인을 심문하는 과정에서 1894년 7월에 이준용이 명성황후와 세자궁을 처단하려 하였고, 이러한 역모 사건은 결국 을미사변으로 이어졌다는 진술이 나왔다. 이에 고종 정부의 고관들인 김성근, 신기선, 조병식, 윤용선, 민종묵 등과 재야의 유생들은 1900년 6월부터 역모를 자행한 이준용을 일본에서 불러다가 처형하자는 상소를 되풀이하여 올렸다. 그러나 고종은 그때마다 윤허하지 않았다.
6월 3일 궁내부협판 겸 대신서리 윤정구(尹定求)의 탄핵이 있자, 고종은 칙령을 내려 이준용의 궁내부 특진 관직을 박탈했다. 그러자 평리원과 학부에서 외부에 조회하여 1900년 6월 19일에 주일본공사 이하영에게 이준용을 즉각 잡아서 돌아오게 하라고 하였다. 그러나 이준용은 귀국을 거절했다. 6월 20일 이하영은 "이준용이 꼼짝하지 않고 듣지 않으니 잡아서 돌려보낼 길이 없습니다"라고 보고하였다.

이준용의 엄상궁의 귀비, 왕비 책봉 반대운동

일본 망명 직후부터 이준용은 귀인 엄씨의 빈 책봉을 반대하고 나섰다. 이어 고종은 명성황후의 빈자리를 대체할 인물로 엄상궁을 택하고 그녀를 황후로 격상시키려 시도한다. 그러나 이를 접한 이준용은 망명 한인들에게 이를 알리며 반대 운동을 준비한다.
1899년 4월 이준용은 일본망명객들이 벌인 엄상궁의 왕비책봉에 대한 반대운동에 가담하였다. 그는 유길준, 권동진, 조중응 및 기타 2~3인과 함께 논의한 결과 신분이 낮은 엄상궁을 왕후로 삼는 것은 국가를 위태롭게 하는 조치라는 이유를 들어 엄상궁의 왕후 책봉을 반대할 것을 결의하였다. 그리고 이러한 의사를 담아 궁내부대신 이재순에게 충고서를 보내기로 하였다.
또한 이준용은 아버지 흥친왕에게 서한을 보내 “엄상궁 같은 미천한 소생이 국왕의 총애를 얻은 것을 기화로 간신배들이 벼슬을 얻기 위해 엄상궁을 왕비로 책봉하려 기도하고 있으니, 이러한 때에 왕실에 관계된 이들은 반대의사를 분명히 해야 한다”고 하였다. 이처럼 이준용이 엄상궁의 왕비 책봉 반대운동을 적극적으로 벌인 것은 엄상궁이 자신의 아들 황자 이은의 권력 승계를 위해 일본에 망명중인 이준용과 의친왕 등을 극력 배척하였기 때문이다. 그러나 이런 처지에서 이준용의 엄상궁 왕비 책봉 반대운동은 도리어 그의 신변에 위협 요인으로 작용할 수밖에 없었다.
엄상궁과 그의 측근들은 고종에게 이준용이 다른 마음을 품고 있다고 고했고, 명성황후의 암살에 이준용이 개입되었다고 확신하던 고종은 이준용 제거를 결심한다. 그러나 일본정부에서는 정치 망명객이라는 이유로 이준용을 적극적으로 옹호하였고 고종은 밀지를 내려 자객들을 일본 도쿄 부로 파견했지만 실패한다. 이준용 역시 양돼지라는 별명과 달리 거구에 비교해서 상당히 민첩하게 움직였고 무예 실력까지 갖추고 있었으므로 고종의 이준용 제거 계획은 번번히 수포로 돌아갔다.

러시아, 일본과의 갈등

1900년 9월 27일 육군 참위 김규복(金奎福), 노백린, 어담 등 19인에 일본 유학을 명하였다.
고종은 일본의 침탈에 대비하여 1902년 6월에 정보기관 제국익문사를 설치하고, 1903년 5월 육군과 해군의 창설을 위한 준비를 지시한다. 군대 창설과 관련하여 1903년 3월 15일 징병제도 실시를 예정하는 조칙을 내렸으며, 서양의 징병제와 조선의 5위(五衛) 제도를 절충하는 군제 개혁을 예정하고 그에 따라 협력을 당부한다. 또한 1903년 시위대 1만2천(최종적으로 1만6천) 병력을 갖추고, 용산에 군부 총기제조소를 건립하였다. 이러한 군대 창설 및 그와 관련한 일련의 성과는 을사조약 이후에 계획 자체가 없어지거나 성과는 철거되었고, 급기야 1907년 일본군은 군대를 풀어 한양 내에 있는 주변 시내를 장악하고 군대 해산하라고 명령을 내리면서 군대가 해산이 된다.
고종은 일본이 러시아를 상대로 전쟁을 일으키게 되면 한국의 황성(한양, 지금의 대한민국 서울)을 침탈하게 된다는 점을 예견하고, 1903년 8월 15일 고종 황제가 러시아 황제에게 친서를 보내어 동맹을 요청하였으나 거절당한다. 고종은 그 뒤 1904년 1월 23일 대외적으로 중립국을 선포하였으나, 서울을 점령한 일본의 강요로 2월 23일 한일의정서를 체결하여 중립을 지킬 수 없었다.

을사 늑약 전후

일본의 특명전권대사 자격으로 1905년 11월 9일 서울에 온 이토 히로부미 조선통감는 다음 날인 11월 10일 고종 황제에게 일왕의 “짐이 동양평화를 유지하기 위하여 대사를 특파하노니 대사의 지휘를 일종하여 조치하소서.”라는 내용의 친서를 바쳐 고종을 위협하고 1905년 11월 15일 다시 고종 황제에게 한일협약안을 제시하면서 조약 체결을 강압적으로 요구했다. 이 무렵, 주(駐)조선 일본 공사 하야시 곤스케와 주조선 일본군 사령관 하세가와(長谷川)가 일본으로부터 증원군을 파송받아 궁궐 내외에 물샐 틈 없는 경계망을 펴고 포위함으로써 대한제국 황궁은 공포 분위기에 싸여 있었다. 그러나 고종 황제는 통감의 집요한 강요에도 불구하고 조약 승인을 거부하였다.
이렇게 되자 일본은 전략을 바꾸어 조정 대신들을 상대로 위협·매수에 나섰다. 하야시 곤스케는 11월 11일 외부대신 박제순을 일본 공사관으로 불러 조약 체결을 강박하고, 같은 시간 통감은 모든 대신과 원로대신 심상훈(沈相薰)을 그의 숙소로 불러 조약 체결에 찬성하도록 회유와 강압을 되풀이하였다.
이러한 회유와 강압 끝에 다수의 지지를 얻게 된 통감과 하야시 곤스케는 마침내 11월 17일 경운궁에서 어전회의를 열도록 했다. 그러나 회의는 침통한 공기만 감돌았을 뿐 아무런 결론을 내릴 수가 없었다. 고종황제는 강압에 의한 조약 체결을 피할 목적으로 의견의 개진 없이 대신들에게 결정을 위임한 상태였다. 어전회의가 5시간이 지나도록 결론에 이르지 않자 초조해진 통감은 하세가와 군사령관과 헌병대장을 대동하고 일본헌병 수십 명의 호위를 받으며 궐내로 들어가 노골적으로 협력에 동의하라고 고종에게 강요 및 협박을 했다.
고종은 생각해보겠다는 말로 통감을 달래어 내보냈다. 그는 직접 메모용지에 연필을 들고 대신들에게 가부(可否)를 따져 물었다. 그때 갑자기 한규설 참정 대신이 소리 높여 통곡을 하기 시작했던지라 별실로 데리고 갔는데, 그가 “너무 떼를 쓰거든 죽여 버리라.”라고 고함을 쳤다. 참정대신 한규설, 탁지부대신 민영기, 법부대신 이하영만이 무조건 불가(不可)를 썼고, 학부대신 이완용, 군부대신 이근택, 내부대신 이지용, 외부대신 박제순, 농상공부대신 권중현은 책임을 황제에게 전가하면서 찬의를 표시하였다. 이 찬성한 다섯 명을 을사오적이라 한다.
통감은 각료 8대신 가운데 5대신이 찬성하였으니 조약 안건은 가결되었다고 선언하고 궁내대신 이재극을 통해 그날 밤 황제의 칙재(勅裁)를 강요하였다. 그리고 같은 날짜로 외부대신 박제순과 일본 공사 하야시 곤스케 간에 이른바 이 협약의 정식 명칭인 ‘한일 평화 조약’이 체결되었다.

을사 늑약 반대 운동

조약의 체결은 한국 내에서의 반발을 불러일으켰고, 거국적인 항일운동이 전개되었으나 일제는 이를 억압하였다.(을사의병 참조) 1905년 12월 1일 윤치호는 한성부 저잣거리에서 조약의 무효를 주장하였고, 그날 을사 보호 조약에 서명한 대신들을 처벌할 것을 상소하였다.
지난 갑오경장(甲午更張) 이후로 자주권과 독립의 기초를 남에게 의지한 적 없이 여유 있게 지켜온 지 이제 10년이 되었습니다. 그런데 내정이 잘 다스려지지 않아 하소연할 데 없는 백성들이 모두 죽음의 구렁텅이에 빠졌고 외교를 잘못하여 조약을 체결한 나라와 동등한 지위에 설 수 없게 되었습니다. 이것은 폐하께서 하찮은 소인들에게 눈이 가리어졌기 때문입니다.

궁실을 꾸미는 데 힘쓰게 되니 토목 공사가 그치지 않았고, 기도하는 일에 미혹되니 무당의 술수가 번성하였습니다. 충실하고 어진 사람들이 벼슬을 내놓고 물러나니 아첨하는 무리들이 염치없이 조정에 가득 찼고, 상하가 잇속만을 추구하니 가렴주구 하는 무리들이 만족할 줄을 모른 채 고을에 널렸습니다. 개인 창고는 차고 넘치는데 국고(國庫)는 고갈되었으며 악화(惡貨)가 함부로 주조되고 민생은 도탄에 빠졌습니다. 그리하여 두 이웃 나라가 전쟁을 일으키고 우리나라에 물자를 자뢰하니 온 나라가 입은 피해는 실로 우리의 탓이었습니다. 심지어 최근 새 조약을 강제로 청한 데 대하여 벼슬자리를 잃을까 걱정하는 무리들이 끝끝내 거절하지 않고 머리를 굽실거리며 따랐기 때문에 조정과 재야에 울분이 끓고 상소들을 올려 누누이 호소하게 되었습니다.
하나로 일치된 충성심과 애국심은 어두운 거리에 빛나는 해나 별과 같고 홍수에 버티는 돌기둥과 같다고 할 것입니다. 지난날의 조약을 도로 회수해 없애버릴 방도가 있다면 누가 죽기를 맹세하고 다투어 나아가지 않겠습니까마는, 지금의 내정과 지금의 외교를 보면 어찌 상심해서 통곡하지 않을 수 있겠습니까? 만일 지금이라도 든든히 가다듬고 실심으로 개혁하지 않는다면 종묘사직과 백성들은 필경 오늘날의 위태로운 정도에 그치지 않을 것입니다.

독립의 길은 자강(自強)에 있고 자강의 길은 내정을 닦고 외교를 미덥게 하는 데 있습니다. 오늘날의 급선무는 일을 그르친 무리들을 내쫓음으로써 민심을 위로하고 공명정대한 사람들을 조정에 불러들여 빨리 치안을 도모하며, 토목 공사를 정지하고 간사한 무당들을 내쫓으며 궁방(宮房)의 사재 축적을 엄하게 징계하고 궁인(宮人)들의 청탁으로 벼슬길에 나서게 되는 일이 없게 할 것입니다. 자강의 방도와 독립의 기초가 여기에 연유하지 않은 것이 없으니, 삼가 바라건대 폐하께서는 힘쓰고 힘쓰소서.
 — 조선왕조실록 고종실록, 대한 광무 9년 양력 12월 1일자 5번째기사
그러나 고종은 윤치호의 상소에 내심 동의하면서도 관련자들을 처벌하지 않았다. 12월 내내 한성부를 왕래하며 을사조약이 무효임을 선언한 전단지를 배포했다. 이후 강원도 삼척군과 울진군에서 을사조약 무효 선언과 동시에 의병이 일어났고 쇠퇴해가던 의병 활동에 불을 지피는 계기를 마련한다. 이와 같은 반대 운동에 힘을 얻은 고종은 을사조약의 무효를 선언한다.
이후 고종은 제2차 한일 협약 체결의 부당함을 국제 사회에 알리려고 노력하였으나, 당시 국제 정세의 논리에 따라 황제의 밀서 등은 효과를 얻지 못하였다. 고종의 을사체약 무효선언서는 1906년 1월 29일에 작성된 국서, 1906년 6월 22일에 호머 헐버트 특별위원에게 건넨 친서, 1906년 6월 22일에 프랑스 대통령에게 보낸 친서, 1907년 4월 20일 헤이그 특사 이상설에게 준 황제의 위임장 등이 있다. 고종의 무효선언 발표는 훗날 대한민국에서 을사조약의 무효, 불법성을 주장하는 하나의 근거가 되었다.
조약 체결 당시부터 국제법학계의 일부 학자들은 을사조약은 무효라는 의견을 제시하였다. 특히 프랑스 국제법학자 레이는 제2차 한일 협약 체결 당시 강박(強迫)이 사용된 점과 고종이 그 조약이 불법이고 무효인 점을 밝히기 위해 즉각 항의외교를 벌인 점을 들어 ‘1905년 조약이 무효’라고 주장했다.
훗날 고종의 무효선언서의 존재를 확인한 대한민국 정부는 일본에 수교하는 조건으로 을사조약 무효, 파기를 요구한다. 대한민국과 일본은 1965년 한일기본조약에서 을사조약(제2차 한일 협약)을 포함하여 대한제국과 대일본제국간에 체결된 모든 조약 및 협정이 이미 무효임을 한 번 더 확인하였다. 후일 정상수 명지대 교수는 을사조약이 무효임을 나타내는 독일어 전보를 발견하였다.

이준용의 귀국과 영친왕 이은의 황태자 책봉

을사 조약과 이전인 1904년부터 이토 조선통감은 고종에게 이준용의 귀국을 허락하라고 강요하였다. 자신의 지위를 빼앗으려 여러 번 쿠데타를 일으켰고, 명성황후 암살의 가담자라고 확신하고 있던 고종은 이준용의 귀국 요구를 불쾌히 여겼다. 그러나 통감은 계속 이준용의 귀국을 허락하라고 고종에게 강요했고 고종은 그때마다 거절했다. 을사조약 이후에는 수시로 고종에게 이준용 귀국을 요구한다.
통감의 거듭된 요청에도 불구하고 고종은 이준용의 귀국을 강력히 반대하였다. 그 이유는 "사람들을 선동하고 혹세무민하며 사회 혼란을 부추긴다"는 것이었다. 그러자 통감은 이준용에게 일단 부산에 당도해 있으면 자신이 박영효의 경우처럼 힘써 보겠다고 말하였다. 그리고 이토는 내각 회의를 통해 안경수, 권형진의 의옥사건에 대한 이준용 연루건이 무죄임을 결정하였다.
이로써 이준용은 사복 일본인 경부 1인과 순검 2인의 보호하에 7월 14일 부산항에 도착하였다. 이는 정식 귀국이 아닌 밀입국이었다.
융희제 즉위 전날인 1907년 7월 19일 경성부에 도착한 이준용은 신변 안전을 위해 정운복과 함께 진고개의 일본인여관에서 1박한 후에 운현궁으로 되돌아갔다. 이로써 타의로 한국을 떠났던 이준용은 12년 7개월간의 해외 망명생활을 마감하고 한국 생활에 들어갔다. 그러나 일본 체류 중 이준용은 제때 진료받지 못하여 신장병과 심장병이 수시로 그를 괴롭혔고 결국 이는 그의 죽음의 원인이 되기도 한다.
한편 황태자 척에게 아들이 없는 점을 주목한 일본 정부는 태자 책봉이 유력한 의친왕 강이 반일 성향과 자주 독립 의지가 강하여, 그 존재를 매우 부담스럽게 생각했다. 또한 엄귀비는 아들 황자 은(훗날 영친왕)의 황태자 책봉을 원하고 있었고 황태자 척이 심한 병으로 아들을 얻는 것이 불가능하다는 것을 안 고종은 고민에 빠지게 된다. 이준용이 귀국하게 되면서 병약한 아들과 어린 아들들의 존재 때문에 고종의 염려와 불안은 극도로 고조된다. 황태자 척이 오래 살지 못할 것을 우려한 고종은 다섯째 아들인 의친왕을 병약한 황태자 척의 후계자로 생각했지만, 생모인 엄귀비의 간청과 일본의 영친왕 지지 등 여러 중론을 접하게 되면서 결국 일곱째 아들인 영친왕을 잠재적 후계자로 낙점하게 된다.

생애 후반

고종은 1907년에 이준, 이상설, 이위종 등 밀사를 네덜란드의 헤이그에 파견하여 1905년 을사늑약의 강제체결로 인한 외교권이 강제로 박탈된거에 대해 항의하고자 했다. 그러나 일본의 방해로 실패로 돌아가고 통감은 헤이그에 특사를 보냈다는 구실로 고종을 압박하여 1907년 7월 19일 양위식(고종의 강제 퇴위)으로 황권이 황태자 척에게 양위당하고 고종은 일본군에 의해 덕수궁 함녕전에 유폐되었다. 그러던 와중, 자신이 헤이그에 보냈던 특사 헐버트에게 비밀리에 자신이 상해의 덕화은행에 맡긴 예치금을 찾아오라고 명을 내렸다. 하지만 고종의 내탕금은 일본에 의해 이미 사라지고 난 뒤었다.

일본의 침략과 강제 퇴위

이처럼 일본은 1904년에서 1905년까지 러일전쟁을 통해 러시아는 물론 한반도에서의 열강의 세력을 모두 몰아내고, 전쟁 기간 중에 대한제국의 수도 한성을 침탈하는 등 대한제국 정부를 압박하여 을사조약 등 각종 조약을 강요함으로써 그 영향력을 극대화했다. 고종이 이를 막기 위해 1907년 이준, 이상설, 이위종 등 밀사를 네덜란드의 헤이그에 파견한 것이 발단이 되어 일본의 압력으로 고종은 황태자에게 양위하고 태황제(太皇帝)가 되었다(고종 양위 사건).
한편 1905년 4월 29일 근대적 형법전인 《형법대전》을 편찬하여 반포하였다. 그러나 일본 제국은 이것을 1906년 2월 2일 법률 1호로 제1차 개정하고, 1908년 7월 23일 법률 19호로 제2차 개정하였다. 이 제2차 개정에서 총 880개조였던 법률 가운데 100개조를 개정, 252개조를 삭제하여 원래 모습을 없애 버렸다. 결국 1910년 《한국법전》에 형법으로 개명 삽입하였다. 일본 제국은 《형법대전》이 민권 신장의 성과였으므로 도리어 삭제해 버렸다.
1907년 8월 17일 태황제 고종은 후사가 없는 순종의 황태제로 영친왕을 결정하였다. 이는 자신의 왕위를 계속 위협했던 이준용과 이강을 견제하려는 고종의 의도와 이준용파와 이강파가 득세하면 자신의 실권이 잠식될 것을 우려한 이완용의 정략이 맞아떨어진 결과였다. 이로써 장기간 해외 망명생활 중에 끊임없이 잠재적 왕위계승자로서 대우와 주목과 견제를 받아왔던 이준용과 영친왕은 융희제의 동생이자 황태자의 숙부라는 지위로 격하되었다. 영친왕이 나이가 너무 어리다는 점과 일본의 영친왕 지지를 내심 못마땅해 했지만 이준용의 존재는 그에게 생각의 기회를 주지 못했다.
이준용을 미워했던 그는 왕자 출신이 아닌 왕의 생가 형제와 조카들에게 내리던 군호(君號)의 작위를 친형 이재면에게는 자신의 즉위 37주년이 되는 해에 내렸고, 이복 형 이재선에게는 어떠한 작위도 내리지 않았다. 조카 이준용에게도 어떠한 작위조차 내리지 않았다. 그러나 영친왕의 태자 책봉으로 지위가 격하된 뒤에도 이준용은 황위에 대한 미련을 버리지 못했으나 한일 합방으로 모든 것이 수포로 돌아가게 된다.

일제 강점기 초기

이후 일본의 영향력 증대가 가속되었으며 마침내 일본의 강압으로 1910년 한일병합조약이 체결되었다.
이로써 고종은 일본 제국으로부터 이태왕(李太王)의 작위를 받고 덕수궁에서 생활했다. 고종 이하 흥친왕, 의친왕, 영친왕, 영선군 등이 일본제국의 황족 자격으로 황적에 편입되었다. 일부 일본 극우 귀족이 망국의 황족을 황족으로 대우해야 되는가에 의문을 제기하자 메이지 천황은 고종의 아들 영친왕을 일본 황족 가의 딸과 결혼시킬 계획을 세운다.
1912년 5월 고명딸인 덕혜옹주가 태어나자, 그해 6월 그는 덕혜옹주를 자신의 딸로서 일본 황적에 올리고 싶어 하였다. 그러나 조선총독부와 이왕직장관 모두 덕혜는 사생아이므로 황적에 올릴 수 없다고 거절하였다. 그러자 고종은 성대한 백일잔치(혹은 돌잔치)를 차려놓고 조선총독부의 고관들과 이왕직 장관실의 관료들, 일본의 일부 지한파 귀족들까지 두루 초청, 단상에서 "이 애가 내 고명딸"이라고 발표했다. 일본에서 온 귀족들까지 이 장면을 목격하였으므로 조선총독부나 이왕직의 관료들 모두 덕혜를 일본 황적에 올리는 것을 인정하지 않을 수 없었다. 그러나 이는 덕혜옹주로 하여금 일본으로 인질로 끌려가는 빌미를 제공하고 만다.

최후

고종은 1919년 1월 21일 아침 6시경 덕수궁 함녕전에서 68세로 죽었다. 이를 놓고 뇌일혈 또는 심장마비가 사인이라는 자연사 설과 자살설, 그날 식혜에 들어 있던 독 때문에 사망했다는 주장이 있다. 아직까지 고종의 사망 원인은 명확하게 밝혀지지 않았다.
고종의 갑작스러운 죽음은 사회적으로 화제가 되었다. 이때 그가 자살했다는 주장도 제기되었지만 이는 사실 무근이라는 반론도 있다.
고종황제가 이 왕세자와 나시모토 공주의 결혼식을 꼭 나흘 앞두고 승하하는 바람에, 스스로 목숨을 끊은 것이라는 소문이 나돌고 있다. 정말이지 얼토당토 않은 얘기다. 예전에 이미 굴욕1)을 감수한 고종황제가 이제 와서 하찮은 일에 억장이 무너져 자살했다는 게 말이 되나? 더구나 어린 왕세자의 일본 공주의 결혼이야말로 왕실의 입장에서는 경사스런 일이 아닌가? 이 결혼을 통해서 두 왕실간의 우호관계가 증진될 것이고, 왕세자는 조선의 어떤 여성보다도 더 우아하고 재기 넘치는 신부를 맞이하게 되는 거니까 말이다. 만약에 고종황제가 병합 이전에 승하했더라면, 조선인들의 무관심 속에 저세상으로 갔을 것이다. 그런데 지금 조선인들은 복받치는 설움을 이기지 못하고 옷소매를 적셔가면서 고종황제를 위해 폭동을 일으키려 하고 있다.
 — 윤치호일기, 1919년 1월 26일 일요일
한편 고종이 독살되었다는 의혹도 제기되었다. 윤치호는 처음에는 독살설을 불신했지만 궁궐에 출입하던 인사들을 만나면서 독살설 쪽으로 심증을 굳히게 된다. 그가 독살되었다는 주장도 제기되면서 이는 김규식의 편지서신과 함께 3·1 만세 운동의 도화선이 되었다.

고종 독살설

승하 당일 (1월 21일) 아침 6시에 덕수궁에서 갑자기 뭔가를 마시다가 쓰러졌는데, 뇌일혈 또는 심장마비가 사인이라는 자연사설이 있는 반면, 그날 아침 한약, 식혜, 또는 커피 등을 마신 뒤 이들 음료에 들어 있던 독 때문에 사망했다는 주장이 있다.
무관 출신 한진창은 고종이 독살되었다고 확신하였다. 그리고 한진창은 자신의 누나 한진숙의 시조카 윤치호에게 고종이 독살되었을 것이라고 주장했다. 1919년 초까지만 해도 윤치호는 고종 독살설에 부정적이었다.
이태왕(李太王·고종)이 왕세자 이은(영친왕)과 나시모토 공주(이방자 여사)의 결혼식을 꼭 나흘 앞두고 승하하는 바람에 스스로 목숨을 끊은 것이라는 풍문이 나돌고 있다. 정말이지 얼토당토않은 이야기다. 1907년 황제 자리를 빼앗기고, 3년 후 나라마저 빼앗긴 굴욕을 감수한 이태왕이 이제 와서 하찮은 일에 억장이 무너져 자살했다는 게 말이 되는가? 더구나 어린 왕세자와 일본 공주의 결혼이야말로 왕실의 입장에서는 경사스러운 일이 아닌가? 이 결혼을 통해 두 왕실 간의 우호관계가 증진될 것이고, 왕세자는 조선의 어떤 여성보다 우아하고 재기 넘치는 신부를 맞이하게 되는 거니까 말이다. 만약 이태왕이 ‘병합’ 이전에 승하했더라면, 조선인들의 무관심 속에 저세상으로 갔을 것이다. 그런데 지금 조선인들은 복받치는 설움을 이기지 못하고 옷소매를 적셔 가며 이태왕을 위해 폭동을 일으키려 하고 있다.
1919년 1월26일자 윤치호 일기 中
그런데 한진창의 증언을 듣고 얼마 뒤 윤치호는 입장을 선회하게 된다. 윤치호는 자신이 한진창에게 들은 내용을 1920년 10월 13일자 일기에 기록해 놓았다. 윤치호와 한진창이 남긴 기록에 의하면
1. 이상적이라 할 만큼 건강하던 고종황제가 식혜를 마신지 30분도 안되어 심한 경련을 일으키다가 죽어갔다.
2. 고종 황제의 팔다리가 1~2일 만에 엄청나게 부어올라서, 사람들이 황제의 통넓은 한복 바지를 벗기기 위해 바지를 찢어야만 했다.
3. 민영달과 몇몇 인사는 약용 솜으로 고종황제의 입안을 닦아내다가, 황제의 이가 모두 구강 안에 빠져 있고 혀는 닳아 없어졌다는 사실을 발견했다.
4. 30센티 미터 가량 되는 검은 줄이 목 부위에서부터 복부까지 길게 나 있었다.
5. 고종황제가 승하한 직후에 2명의 궁녀가 의문사했다. 고 했다.
윤치호는 한진창 역시 고종독살설을 다른 사람에게 전해 들었는데, 민영휘, 나세환, 강석호(내관) 등과 함께 시신의 염을 한 민영달이 한진창에게 이 내용들을 말해주었다 고 했다.
대한제국 고종의 장례 행렬 - 고종의 독살설로 일본 식민 지배의 반대 여론이 높았다.

사후

이문용(李文鎔)은 고종과 상궁 염씨 사이에서 본인이 태어났다고 주장하였지만 검증된바 없으며 관련 기록도 전무하다. 소설가 유주현이 이문용을 고종의 딸로 묘사한 장편소설 《황녀》를 발표하고, 1974년 같은 제목의 MBC 일일드라마가 방영되면서 황녀 여부에 대한 진위 논란이 일었다. 드라마 때문에 황녀로 알려지자 1975년부터 전주 경기전 내 조경묘 수직사에서 기거하다가 1987년 3월 28일에 사망하였다. 황실 구성원들과 전주이씨대동종약원은 왕실 족보 《선원계보기략》과 《승정원일기》에서조차 기록이 없는 이문용은 고종의 친딸이 아니라고 부정하였고, 당시까지 생존하여 있던 상궁도 이문용의 존재를 부정하였다.

외국인들의 개인적인 견해

고종 황제를 직접 만나본 외국인들은 대체로 고종의 해박한 지식과 과감한 정치 감각에 호의를 보였다.
마르티나 도이힐러(Martina Deuchler)는 “고종이 주변에서 벌어지는 사건들에 대해 수동적으로 대처한 것이 아니라 당시의 극심한 정치문제를 해결하기 위해 진지한 노력을 기울여 왔다.”라고 긍정적으로 평가하였다. 이는 고종이 민비 일가에게 끌려 다녔다는 그간의 평가와는 대조를 이룬다.
스워터트는 미국인 데니(O. Denny) 가 남긴 평가, 즉 “고종은 위대한 국가의 지배자다운 강건, 낙관 및 인내를 보였다.”라는 평가를 지지하면서, 위 해링턴 연구의 잘못을 지적하였다. 데니는 본래 이홍장이 자신의 조선 속방화 정책을 조력해 주기를 기대하면서 조선 정부에 추천했던 사람이다. 그러나 고종의 고문이 된 데니는 자신의 나라를 독립국으로 보존하려는 개군주의 노력에 감동하여 오히려 청나라에 대해 조선을 변호하는 일을 업무로 삼아 최선을 다했다. 이러한 그의 특별한 이력은 조선의 평가 자체에 대해 신뢰성을 더해 준다. 그리고 고종이 고빙한 서양인 고문중 한 사람이자 개신교 선교사였던 헐버트(Homer Hulbert)는 고종에 대한 부정적 평가를 강하게 부정하였다. 그는 황제가 “유약하다고 주장하는 사람의 견해는 틀렸다.”면서 고종이 주권 수호에 대한 확고한 의지 아래 사생결단의 조치를 단행했던 것들을 열거하였다.
또한 1895년에 한성신문 기자로서 을미사변에 직접 가해자로 참여하기도 했던 기쿠치 겐조(菊池謙讓)가 쓴 《근대조선사》 상·하(1936년, 1939년, 鷄鳴社, 京城)에서 상당히 다른 의견을 보이고 있다. 기쿠치는 《근대조선사》를 쓰기에 앞서 조선사편수회에서 편찬한 《고종태황제실록》의 편찬위원으로 활동하면서 많은 자료를 모으게 된다. 그의 논조는 대체로 《코리아 레퍼지터리》와 비슷하여, 고종이 암군이 아닌 명군이었으며, 단지 열강에 포위되어 내정보다는 외교에 힘쓰다가 국세를 끝내 세우지 못한 불운한 군주라고 묘사하였다. 또한 기쿠치는 다른 일본 학자가 거론하지 않은 평양 이궁 조영(造營)에 대해서 다루고 있으며, 그러한 고종의 치적을 제정 러시아와 일본의 사이가 나빠짐에 대비한 시책이라고 평가하였다. 1903년 8월 15일 고종 황제가 러시아 황제에게 친서를 보내어 동맹을 요청하였는데, 그 친서에는 일본이 황성을 침탈하게 됨을 고종이 이미 예측하였음이 밝혀져 있고, 이러한 동맹 요청을 평양 이궁 조영의 연장으로 보았다. 그밖에도 고종 시기에 설치된 각종 근대적 기구나 받아들여진 서양 문물을 개화파나 독립협회의 치적으로 보지 않고 고종의 업적으로 평가하였으며, 오히려 일본에 합병됨으로써 결실을 보지 못하고 산멸했다고 보았다.

코리언 레퍼지터리 잡지의 견해

고종에 대한 서양인의 평가 는 1896년 10월에 간행된 《코리언 레퍼지터리》 3권 11책에 실린 〈한국의 국왕 폐하〉(His Majesty, The King of Korea)의 글이 가장 자세하다. 그 글에서 아관파천을 단행하여 일본으로부터 벗어난 뒤, 대한제국으로의 새로운 출범을 내다보면서 개혁을 단행하기 시작한 시점에서 그것도 서양인들(코리언 레퍼지터리 잡지의 편집자들)의 시점에 따라 씌었기 때문에 객관성이 인정된다. 그들이 특별히 한국의 국왕에게 아첨을 떨 이유가 없기 때문이다.
이 글에서 고종의 교육 수준에 대해 폐하는 한문과 한글에 숙달하여 있다고 하였고, 국왕 자신이 자기 나라의 역사에 대해 나라 안의 어느 누구보다도 더 많이 알고 있으며, 신하들이 잘 모르고 있는 전통 등에 대해 국왕에게 물으며 그가 답해 주기도 한다고 적혀 있다. 국왕의 집무에 대해서도 매우 부지런하며, 누구보다도 더 많은 일을 해낸다고 평을 하였다. 정치적 성향에 대해서도 호평하여, 진보적이며 또한 다른 동양 나라와는 달리 서양에 대해 적대적인 생각에 젖어 있지 않으며, 교육적인 일에 아주 관심이 많으며, 그리고 최근 수년 안에 이런 진보적 방향에서 물질적인 진보들이 이루어졌다고 밝히고 있다. 종교 면에서는 (로마 가톨릭교회를 탄압했던) 대원군 집권 때와는 달리 관용으로 일관하였다. 국왕의 성격에 대해서는 친절하고 상냥하며 자비롭다고 말하면서 기자는 진실로 그의 나라의 복지와 진보를 열망하고 있다고 적었다.

정치적 능력

1883년 조선에 진주한 위안 스카이는 고종을 '혼군'이라 칭하면서 폐위를 주장하고 나선다. 조선 정부관료 스무명을 일거에 자신의 측근으로 갈아치웠다.
미국의 언론인 데넷 타일러(Dennett Tyler)의 견해는 부정적이다. 그는 1905년 황제와 조정 관료의 을사조약 무효화 운동 때 11월 25일자로 시어도어 루스벨트 미국 대통령이 루트(Root) 국무장관에게 보낸 서신과 12월 19일 루트가 민영찬 공사에게 보낸 회신 등을 근거로, 루스벨트나 루스는 “한 점 잘못 없이” 객관적 사실에 의거하여 합당한 외교 조치를 취하였다고 평가하면서, 잘못은 오히려 고종 측에 있다고 단정하였다. 심지어 “대한제국이 당시 미국의 대통령이던 루스벨트에게 배신당한 것이 아니라 자신의 황제에 의해 배신당했다.”라고 극언하였다. 그의 견해는 고종의 인물평이라기보다 업무 능력에 대한 평가이지만, 1920년대에 제기되어 그 이후의 부정적 견해 형성에 상당한 영향을 끼쳤다.
즉위 초반에는 아버지인 흥선대원군에 의해, 즉위 중반에는 민비(명성황후)와 민씨 일족에 의해 국정이 좌지우지되는 것과 즉위 후반에는 민비가 일본 제국과 러시아 제국을 끌어들이는 것을 막지 못한 것이 비판의 대상이 되기도 한다.
한때 그의 신하였던 윤치호는 '용모가 상당히 출중했다.'라는 평을 내렸다. 그러나 윤치호는 그를 '개인적으로는 상당히 매력적이지만 공인으로서는 신망을 얻지 못한 점에서 영국의 찰스 1세와 비슷하다.'고 평가했다. 윤치호는 자신의 윤치호 일기에서 조선은 유교 국가인데 그런 나라의 임금이면서도 고종은 아버지 흥선대원군의 임종은커녕 장례식에도 참석하지 않았다며, 유교적 기준에 의하면 고종은 패륜을 저지른 왕이라며 조롱하기도 했다.

암약설

윤치호가 판단하기에 다른 사람들도 황제를 혐오하기는 마찬가지였다. 즉, 윤치호는 사람들은 황제를 “너무나 증오해서 그를 망신 주는 일이라면 무엇이든 환영하는 것 같다. 그가 왕좌에서 물러나는 것만이 사람들의 혐오감이나 정의감을 만족시킬 것 같다”고 보았다.
해링턴(Harrington)은 한국 최초의 외국인 어의이자 미국 개신교회 선교사였던 호러스 뉴턴 알렌이 톨레도에서 쓴 1903년 10월 14일자 일기를 근거로 삼아 고종을 “유약한” 사람이라고 보았다. 하지만 해링턴의 의견은 1903년 10월 14일자 일기 내용은 그저 알렌에게 해가 되는 일을 하지 않으리라는 내용이었을 뿐, 모든 분야에서 유약하다는 내용은 전혀 없었다는 데에서 정확하지 않다는 비판을 받는다. 또한 알렌이 고종에 대해 쓴 다른 날짜의 일기, 예를 들면 1885년 2월 3일(화요일)(1884년 음력 12월 19일)자 일기에서도 “대단히 진보적인 조치”(This is a very advanced step)라고 하거나, 1886년 양력 9월 11일(토요일)자 일기에서 “국왕은 어리석은 바보가 아니다.”(The King is no fool)라고 하였지만 해링턴은 전혀 밝히지 않고 있다.
영국의 지리학자인 이사벨라 버드 비숍은 개신교 선교사 언더우드 부인의 주선으로 경복궁에서 고종 황제를 알현하는 모습을 기록하면서, “조선의 왕은 온화한 성품으로 유명하며, 성실하고 유능한 군주이지만 너무 착한 사람이다. 그에게 강인한 성격이 있었다면 훌륭한 통치자가 될 수 있었을 것이다.”라고 하였다.《코리언 레퍼지터리》에 실린 〈한국의 국왕 폐하〉는 현존하는 고종에 대한 외국인의 평가 가운데 가장 자세하면서도 가장 호의적이지만, 비숍의 평가 자체는 부정적이지 않지만, 일본에서 고종이 암울하고 유약한 군주였다는 소위 “고종 암약설”의 근거로 쓰이기도 한다.

독립운동 불참과 일본 황적 편입 비판

1905년 을사조약이 체결되고 1910년 경술국치가 단행되었으나 그는 일본에 적극 저항하지 않았고, 망국에 대한 책임을 지지 않았다. 그리고 한일합방 뒤에는 일본의 황적에 편입되는 것을 스스로 받아들였고, 일본으로부터 이태왕(李太王)이라는 직책과 일본 왕 메이지 천황이 주는 은사금까지 수령했다.

국고 탕진에 대한 비판

유학자 황현은 고종과 명성황후가 국고를 탕진했다는 점을 수시로 비판했다. 그리고 황현 자신의 저서 매천야록의 곳곳에서도 이를 언급하였다. 고종과 민비는 원자가 태어나자 궁중에서는 원자가 잘 되길 빈다는 핑계로 제사를 8도 강산에 두루 돌아다니며 지냈다. 이렇게 탕진하는 하루 비용이 천금이나 되어 내수사가 소장한 것으로는 비용 지출을 감당할 수가 없었다고 밝혔다. 마침내 호조나 선혜청에서 소장한 공금을 빌려서 사용했지만 그것이 위반이라고 말하는 사람도 전혀 없었다. 1년이 채 못돼 대원군이 비축해 놓은 재물을 모두 탕진했다. 그래서 매관매직이나 매과(돈을 주고 과거 합격증을 파는 일)까지 기승을 부렸다 고 한다.