米国愛国者法

概要

2001年9月11日のアメリカ同時多発テロ事件後45日間で成立し、米国内外のテロリズムと戦うことを目的として政府当局に対して権限を大幅に拡大させた法律である。この法律において電話やEメール、医療情報、金融情報や他の記録について当局に対し調査する権限を拡大し、アメリカ合衆国国内において外国人に対する情報収集の制限に対する権限を緩和し、財務省に対し金融資産の移転、とりわけ外国人や外国法人について規制する権限を強化し、テロに関係する行為をとったと疑われるものに対し司法当局や入国管理局に対し入国者を留置・追放する権限を高めることを規定している。さらに、「テロリズム」の定義を拡大し「国内テロ」をも含め、その結果本法は司法当局の拡大された権限を行使する場面が飛躍的に拡大している。
2009年3月2日にアメリカ合衆国司法省が公開した、ブッシュ政権の政府高官達が作成した対テロ政策秘密メモ類によれば、“テロ容疑者”に対する捜索は大統領の政策であり憲法修正条項（第1条・第4条）の制約を受けず随時行なわれてよいし、また“戦時に人権は制限され得るべき”と記されていたという。

詳細

9月11日の攻撃と炭疽菌事件によってアメリカ人の間に不安が広がり、議会は安全保障を強化する法案の成立を急いだ。2001年10月23日、共和党のジム・センセンブレナー下院議員は、その月の初めに下院と上院に提出されていた法案を組み合わせ、下院3162号法案H.R. 3162として提出した。翌日の2001年10月24日、愛国者法は賛成357票対反対66票で下院を通過し、民主党の議員が提出した法案に圧倒的な差をつけた。その翌日の2001年10月25日、愛国者法は賛成98票対反対1票で上院を通過した。
法案に反対する者たちは、その移民の拘留についてのあいまいな定義の権限、法執行機関の職員による所有者または占有者の同意または通知のない家宅捜索の許可、連邦捜査局（FBI）による令状のない通話、電子メール、資産管理記録の捜査を可能にする国家安全保障書簡の拡大利用と法執行機関による資料や資産の記録を含む企業活動の記録の捜査について批判した。議会を通過した後、愛国者法にはいくつかの法律上の課題に直面し、連邦裁判所は多くの条項が憲法に違反しているという判決を下した。
愛国者法の多くの条項は、その通過からおよそ4年が経過した2005年12月31日の日没の開始に期限を迎えた。日没の日に先立つ数か月のあいだ、愛国者法の支持者たちは日没条項を恒久的なものにするために働きかけ、愛国者法を批判する者たちは市民が持つ自由を保護するために愛国者法の様々な部分を改正しようと模索した。2005年7月、アメリカ議会上院は、愛国者法のいくつかの重要な部分を変更した法案を可決したが、下院はもともとの表現を維持した法案を支持した。2つの法案はそれから、調停のために開かれた両院協議会において、共和党と民主党双方の上院議員から市民が持つ自由を無視していると批判された。
2006年3月2日、上院に提出された法案から変更されたほとんどの部分を取り除いたものが可決され、2006年3月9日と10日に、ジョージ・W・ブッシュ大統領によって署名され、発効した。

背景

愛国者法は多くのアメリカの法律に変化を与えた。重要な法律には、1978年の外国諜報活動監視法（Foreign Intelligence Surveillance Act of 1978、FISA）、1986年の電子通信におけるプライバシー保護法（Electronic Communications Privacy Act of 1986、ECPA）、1986年の資金洗浄規制法（Money Laundering Control Act of 1986、MLCA）、1970年の銀行秘密法（Bank Secrecy Act of 1970、BSA）、と1952年の移民国籍法（Immigration and Nationality Act of 1952、INA）がある。愛国者法それ自体は9月11日のニューヨーク市とペンタゴンに対する攻撃に対応するためのものである。これらの攻撃のあと、司法省が2001年の反テロリズム法（Anti-Terrorism Act of 2001）と呼ばれる法案を提出する前に、議会はただちにテロリスト対策の法案を作成するために動きだした。この法案は2001年のテロリズムの阻止と回避のために必要な適切な手段を提供するための法律（the Provide Appropriate Tools Required to Intercept and Obstruct Terrorism (PATRIOT) Act of 2001）として下院に提出され、のちにアメリカを統合し強化するための法（the Uniting and Strengthening America (USA) Act、H.R. 2975）として10月12日に下院を通過した。 そしてそれはラス・ファインゴールド上院議員が提案した多くの修正が加えられたあと、上院にUSA法（the USA Act、S. 1510）として提出され、それらはすべて通過した。法案は最終的に、米国愛国者法（the USA PATRIOT Act）として10月23日に下院に提出され、 下院2975号法案H.R. 2975、上院1510号法案S. 1510と下院3004号決議（2001年の金融反テロリズム法、the Financial Anti-Terrorism Act of 2001、H.R. 3004）の多くの条文と併合された。
それはラス・ファインゴールド上院議員ただひとりだけが激しく抵抗し、反対票を投じた。パトリック・リーヒ上院議員もまたいくつかの懸念を表明した。
しかしながら、反対する者も支持する者も法案の大部分は必要なものであると考えていた。
最終的な法案には、2005年の12月15日の日没に期限を迎える多くの条項が含まれていた。
論争のために数多くの法案は通過しなかったが、それらは米国愛国者法の改正を提示した。これらのなかには個人の権利を保護するための法律（Protecting the Rights of Individuals Act）、ベンジャミン・フランクリン真実の愛国者法（Benjamin Franklin True Patriot Act）や安全保障と自由を確実にするための法律（Security and Freedom Ensured Act、SAFE）が含まれる。2003年1月下旬、センター・フォー・パブリック・インテグリティ（社会の健全性のためのセンター）の創設者であるチャールズ・ルイスは、政府が成立を目指していた2003年の国内の安全保障の充実を図るための法律（Domestic Security Enhancement Act of 2003）のコピーを暴露した。この大いに議論となった書類はすぐに、メディアや電子フロンティア財団のような組織によって「第2の愛国者法」または「愛国者法の息子」とに呼ばれた。
法案の内容は司法省の10の部門にわたり、さらに米国愛国者法の改善と拡大を提示していた。
司法省はそれがただの法案に過ぎず、さらなる計画は含まれていないと主張したが、それは幅広く非難された。

構成

愛国者法は10章から成り、各章は複数の条に分かれている。各章の内容は以下の通りである。

第1章 テロリズムに対する国内の安全性の向上

第1章はテロリズムを予防するため、国内における安全保障の対処能力を向上させることを目的とするものである。この章によって、FBIが所轄するテロリズム活動への対策とテロリストを識別するための本部を設置するための基金が設けられた。大量破壊兵器が関わる状況において司法長官による要求があったとき、軍隊による支援を提供することが認められた。テロリズムが発生した場合の大統領の権限とともに、国家電子犯罪タスクフォース（The National Electronic Crime Task Force）の権限が拡大された。この章はまた、9月11日のテロリストによる攻撃の直後に、アラブ人やムスリムのアメリカ人を差別するものであると非難された。さきの法案で多くの条項のきっかけとなり、差別の非難となった一例は、かたちは違っていたが、トム・ハーキン上院議員(D-IA)がもともと提案した2001年のテロリズム退治法（the Combatting Terrorism Act of 2001）による修正である。それはもともと「ニューヨーク市、ワシントンD.C.とペンシルベニアで起こったテロリストによるハイジャックと攻撃の直後に行われた2001年9月12日のミサにおけるわが国と犠牲者のためのワシントン大司教区のセオドア・マキャリック枢機卿の祈りは、すべてのアメリカ人に『我々は犯人を探し出し、無辜の民を傷つけてはならず、また我々は道徳を欠き、正しい道に導こうとしないような人々のようになってはならない』ことを思い起こさせる」という表現が含まれていた。特定の人種に対するさらなる中傷や暴力への非難は、第10章でも、9月11日のテロリストによる攻撃の後に、ムスリムと間違えられ、そのような行為への非難があったシク教徒のアメリカ人の例が詳細に説明されている。

第3章 テロリズムを予防するための資金洗浄対策

愛国者法の第3章は「2001年の国際的な資金洗浄の排除および金融反テロリズム法（International Money Laundering Abatement and Financial Anti-Terrorism Act of 2001）」と題され、国際的な資金洗浄と金融テロリズムの予防、発見、告発を目的としている。それは先に制定されていた1986年の資金洗浄規制法(MLCA)と1970年の銀行秘密法(BSA)の一部を改正するものである。それは3つの節に分かれており、第1節は主に資金洗浄、特に国際的なもの、に対する銀行の規制の強化を取り扱っている。第2節では法執行機関と金融機関のコミュニケーションの改善、利用記録保持期間の拡大と当局の要請への報告について触れられている。第3節では、最高刑の4倍が科せられる外国通貨の偽造を含む通貨の密輸と偽造を取り扱う。
第1節では、アメリカ政府にとって懸念となっている資金洗浄について、、世界における取引の総量の示す記録の所持の強化を金融機関に要請した。それはまた、金融機関に銀行口座の実質的な所有者と誰がそれを利用しまたは銀行経由支払口座を通じて資金を迂回する権限が与えられているのかを特定するための有効な手段を与えた。財務省が課した規制は、金融業界内で資金洗浄を予防するために情報を共有することを目的としている。新たな規制は、記録の保持の要求の拡大とともに、当局が資金洗浄の活動を特定することをより容易にし、資金洗浄を行う者が隠れてそれを行うことをより困難にさせた。この節では、もし資金洗浄が見つかった場合、資金洗浄を行った疑いのある者の資産は凍結されることが明記された。金融機関における資金洗浄を削減しようとする努力のなかにおいて、財務省には資金洗浄を予防するための施策を取らなかった金融持株会社と銀行のその他の銀行や金融持株会社との合併を規制する権限が与えられた。同様に、資金洗浄対策を取らなかった保険業者と非保険業者の合併も規制された。
規制は口座や海外の銀行に対しても行われた。それはアメリカに活動の実態のない銀行またはアメリカ以外の国において金融当局の監督の対象となっていない銀行の活動を禁じている。また、そのような銀行は金融機関において口座を利用することを禁止または規制されている。現在金融機関は、アメリカ国外の銀行の利害関係者を調べるだけでなく、個人的に所有するすべてのコルレスバンクの口座の所有者を特定する手続きをも行わなければならない。
それはそのような銀行が資金洗浄に関与していないかどうかを確認するためにアメリカの機関によって行われる調査のために適用されると期待されている。銀行はアメリカにおいてアメリカ人以外によって開設されたすべての個人の銀行口座の名目上および実質的な所有者を特定しなければならない。もしそれが収賄を行った公務員の代理人によって所有または維持されていることが疑われる十分な合理的理由がある場合には、さらなる調査が行われることが期待されている。現在、アメリカ国内から外国の銀行へ送金された預金はすべて、外国の銀行がアメリカ国内に持つ銀行の口座から銀行間の取引を通じて行われたと考えられている。このようにして、アメリカ国内の金融機関におけるすべての口座において、銀行間の取引を通じて外国の銀行口座に移動された資産は全額に至るまで、差押、押収または令状の発布の対象となりうる。銀行間の取引を利用した集中口座について、そのような口座によって効果的な口座の取引の履歴の情報が提供されることはなく、そしてこれは資金洗浄を行うために利用されうるため、集中口座には規制が課せられている。金融機関は顧客が特定の資産を集中口座へ直接移動したり、集中口座から引き出したり、または集中口座を通じて資産を移動することを禁じており、また顧客に対しそのような口座が存在することを教えることも禁止されている。金融機関が顧客に対しそのような口座を特定することにつながる情報を提供することは許可されていない。金融機関はすべての顧客に対し単独あるいは複数で所有する資産の集中口座がどこにあるかを記録し、特定する方法を使って追跡することが求められている。 
資金洗浄の定義は、暴力的な罪を犯すためにアメリカ国内の金融機関で取引を行うことや公務員の贈収賄と税金の不正取引、規制されている軍需物資の密輸あるい違法な輸出、そしてアメリカの司法長官による許可を得ていない銃または弾薬の輸入あるいは持ち込み、輸出管理制度（Export Administration Regulations）のもとで規制されているすべての貨物の密輸を含むよう拡大された。それにはアメリカが外国と締結している条約のもとで行われる犯罪人の引き渡し、またはアメリカが締結している条約のために必要とされている人物の訴追、知的財産権を侵害する物品の輸入の取り締まり、サイバー犯罪、そして1938年の外国エージェント登録法（Foreign Agents Registration Act of 1938）に違反するすべての重罪もまた含まれている。それはまた、アメリカの司法権が及ぶ域内において、規制された物資の製造、輸入、販売または輸送に関与する外国に対して圧力をかけるための資産の凍結も認めている。現在、諸外国はアメリカの地方裁判所によって執行された資産の凍結または判決の通知について解決策を模索している。これは、アメリカ政府が外国人の資産の凍結または没収するための判決を得るために、どのようにして差押令状を申請するかを定めた新しい法律を通じてなされた。そのような申請が審理される際には、外国の裁判所の適正な手続きに従う能力に重点が置かれている。愛国者法はまた、財務長官に、アメリカまたは他国の金融機関への振込の名義人を含め、どこで振込が行われ、どこで引出が行われたか情報を残すとともに、すべて適切な手続きを取ることを外国の政府に促すよう求めている。財務長官はまた、資金洗浄、経済犯罪、そしてテロリスト集団の経済活動の捜査における国際的な協力を促すよう命じられている。
愛国者法はまた、公務員の汚職に対する刑事罰について紹介している。公務を行う際に収賄を行った政治家または公務員、贈賄を行った者を含む、は、当人が賄賂を行った額の3倍以下の罰金を科されるか、または15年以下の懲役、または罰金と懲役の双方が課せられる。刑罰は10日以内に口座を閉鎖するよう司法長官または財務長官に命令されたにもかかわらず従わなかった金融機関にも適用される。金融機関には10日間の期限が過ぎた後、1日遅れるごとに1万ドルの罰金が科せられる。
第2節は、資金洗浄を行うことをより難しくさせ、法執行機関と規制を行う当局がより容易に取締りを行うための試みとして、銀行秘密法のいくつかの改正として行われた。銀行秘密法の1つめの改正は疑わしい活動の報告を受け取った職員または当局が、情報機関に通知することを許可するものである。利用記録の保持と取引報告に関連する問題を解決するため、数多くの改正がなされた。1万ドル以上の硬貨と外国の貨幣を利用した取引が行われた際には書類を作成することが新たに求められ、銀行秘密法の報告が求めている要求を回避する方法での振込は違法とされた。当局による資金洗浄対策の規制と審査をより容易にするため、メインストリーム以外の金融システムを用いる非公式の価値移動システムを操作するマネー・サービス・ビジネス、が金融機関の定義に含められた。
金融機関は疑わしい振込について報告を行うことが義務づけられるよう銀行秘密法は改正され、そのような報告を行うことをより容易にするための試みがなされた。財務省には金融犯罪捜査網（Financial Crimes Enforcement Network、FinCEN）と呼ばれる部局が組織され、金融機関は安全なコンピュータネットワークを構築し、疑わしい振込があった場合にはそれを報告し、関連する疑わしい活動が行われた際には警告を発することが命じられた。これらの報告の要求とともに、数多くの条文が資金洗浄の予防と告発に関連づけられた。金融機関は資金洗浄対策の計画を立てることが命じられ、銀行秘密法は資金洗浄対策のよりよい戦略を定義するために改正された。資金洗浄と取引報告義務命令（Geographic targeting order、GTO）と一定期間の利用記録の保持に違反に対する民事および刑事罰もまた強化された。銀行秘密法の小節Bの数多くの改正を通じて、法執行機関に連邦準備銀行のすべての建物、土地、財産と人の保護を要請し、委員会がこの権限を連邦準備銀行に与えることを許可するよう連邦準備制度理事会の委員に権限が与えられた。もうひとつの手段は、アメリカのテロとの戦いを支持する行動をとっている国を支援するため、アメリカの国際的な金融機関の経営責任者の声と票を用いることを指示することである。金融機関の経営責任者は今や、テロリズムに関与または支援する人物に対して支払いが行われていないかどうかを確実に監査することが求められている。
第3節は、通貨の犯罪について取り扱う。その多くは銀行秘密法の影響のため、資金洗浄を行う者がそれを行う際には伝統的な金融機関を回避し、ビジネスには現金決済を用いてきた。大量の現金の移動による資金洗浄を阻止するための新たな方策として、主に刑事手続における没収と資金洗浄に対する刑事罰の強化に焦点があてられた。議会は犯罪者が資金の振込の報告を巧妙に回避し、資金洗浄が報告されることはほとんどなく、それが不十分であることを見い出し、大量の現金の密輸はそれ自体が罪であることにしたほうがよいと判断した。そのため、犯罪者が通貨取引の報告を回避するために、1万ドル以上に相当する物や金を人を通じてあるいは貨物、商品の購入またはコンテナの運搬を通じてアメリカから輸出または他の国から輸入した場合、罪になるように銀行秘密法は改正された。そのような罪による刑罰は5年以下の懲役が科せられ、密輸された財産はすべて没収される。また通貨取引報告違反に対する民事および刑事罰は、犯罪にかかわった被告人の財産と被告人に関わる財産は没収されることとされた。許可を得ずに企業活動によって金銭を送り届けることもまた、法律によって禁じられている。2005年、米国愛国者法のこの条項は、イギリスの武器取引商で2003年8月に政府のおとり捜査によって逮捕されたハーマント・ラカニの資金の移動の手助けをしたイェフダ・アブラムを起訴するために用いられた。ラカニはミサイルをソマリアの軍人のふりをしたFBIのエージェントに売却しようとしていた。偽造の定義はアナログ、デジタルまたは電子機器による写真の再現像にまで含まれるよう拡大され、そのような再現像機器を所有することも違法とされた。罰則は20年以下の懲役へと強化された。資金洗浄の「非合法活動」にはテロリストに物資の提供または海外のテロリスト機関に資源を提供することが条文に含まれるように拡大された。法律はアメリカの司法権が及ぶ領域外において不正行為に関与または共謀する者について明記し、アメリカに対する有害となるものは、アクセス装置を利用した詐欺行為とそれに関連する活動について定めた合衆国法典第18章第1029条合衆国法典第18編第1029条 18 U.S.C. § 1029に基づき起訴される。

第4章 国境の保全

第4章は、司法長官と移民帰化局（Immigration and Naturalization Service、INS）に、法律の執行と監視の権限を与えるため、1952年の移民国籍法（INA）を改正するものである。司法長官には、アメリカ北部国境の移民帰化局に常勤雇用者（full-time employees、FTEs)の数を観察することを命ずるよう権限が与えられた。国境警備隊、税関と移民帰化局の職員を3倍に増やすための予算が計上され、移民帰化局と税関によるカナダとの北部国境の監視の業務を改善するための設備の導入のための予算は5000万ドルさらに増額された。また、移民帰化局には、職員に最大で年間3万ドルの時間外労働の給与を支払うための権限も与えられた。ビザの発給を求める請願者に対してビザを与えるかどうか、そして請願者をアメリカに入国させるかどうかを決めるため、国務省と移民帰化局には、国家犯罪情報センター（National Crime Information Center、NCIC）の州際身元確認インデックス（Interstate Identification Index、NCICまたはIII（トリプルアイ）や指名手配人物ファイル、その他の機関が保有する犯罪者の情報にアクセスする権限が与えられた。国務省には、指紋を取るための手続きに関わる最終的な規則と、国務省がこの情報を利用することが許される条件についてを策定することが求められている。さらに国立標準技術研究所(National Institute of Standards and Technology、NIST)は、アメリカのビザを申請する個人を特定するための技術的な標準を策定することが命じられている。省庁や電子システムのプラットフォームを横断して技術の標準を作成する理由は、個人の特定と異名によるビザ取得防止のために行われる背景調査のためである。この報告書は2002年11月13日に発表されたが、国立標準技術研究所によると、これはのちに「指紋押捺システムは現在の最新式の指紋認証システムほど正確ではなく、1998年に利用されていた民生用の指紋認証システムとほぼ同じレベルであることが明らかにされた」。この報告書はのちに2002年の国境安全保障拡充とビザ申請改革法（Enhanced Border Security and Visa Entry Reform Act of 2002）の303条（a）項によって改正された。
小節Cのもと、テロリズムに関する様々な定義が変更あるいは拡大された。外国の諜報機関の外国人のメンバーあるいは代表、またはテロリズムを行おうとする集団がアメリカに入国することができないよう、移民国籍法は遡及的に改正された。この規制の強化には、そのような外国人の家族も含まれる。「テロリストの活動」の定義は、爆発物や銃火器だけでなく、いかなる危険な装置を使った行動も含まれるよう強化された。「テロリストの活動に従事する」こととは、参加する、または計画すること、あるいはテロリズムの活動の準備を請け負うことであると定義された。この定義には、諜報機関による潜在的なテロリストに対する情報収集、 テロ組織による資金の調達、あるいはテロ行為を請け負う人材の募集が含まれている。そのような活動を実現することを計画している人物に知識を提供することがテロリストの活動を請け負うことであると定義された。そのような支援には安全な場所、輸送、通信、資金、資金の振込またはその他の経済的利益、虚偽の書類または身元証明、武器（化学、生物、放射能兵器を含む）、爆発物、テロリストの活動訓練の支援を提供するなどの物質的な援助が含まれる。ある組織がテロ組織であるかどうかをするため決定するための移民国籍法の明示的な基準はテロリストの活動の定義を含むよう改正された。これらの改正は遡及的に行われたが、それは合衆国法典第8章第1189条合衆国法典第8編第1189条 8 U.S.C. § 1189のもとで国務省によってテロ組織であると認定される前に組織に加入したメンバーに適用されるのではなく、組織を脱退した者に適用される。移民国籍法は愛国者法によって改正され、拘留を命じるための新しい条文が追加された。
それはまた、ビザが認められなかったり国外に追放されなければならない人にも適用される。なぜならそれは彼らが違法なスパイ活動に従事するための入国、違法な物品、技術または国家機密に関わる情報輸出、政府を管理下に置くか転覆、それともテロリストの活動と関係があるか関係を持とうとしていたことが確認されたからである。司法長官または司法次官は、そのような外国人を、彼らがもはや釈放されるべきであると考えられない限り、アメリカから退去するまで拘留し続ける。外国人が拘留されるのは最長90日間であるが、彼らが国家の安全保障にとって脅威であると考えられる場合には、6か月まで延長できる。しかしながら、外国人が罪を犯したり、または外国人の拘留から7日以内に国外退去の手続が始まらなければ、外国人は釈放される。しかしながら、司法長官は、それを無効にする決定を下すことができるが、法律によってそうすべきでないとされる場合を除き、そのような拘留を6か月ごとに審査しなければならない。拘留された外国人は、6か月の間に、必要な書類に記入することよって、確認の再審査を求めることができる。これに関連する作為または決定に対する司法による審査は、司法による確認の利益の審査を含め、ヘイビアス・コーパスによる手続きのもとで行われる。そのような手続きは合衆国最高裁判所、最高裁の裁判官、コロンビア特別区巡回区合衆国上訴裁判所、その他に申請する裁判所がない場合には合衆国地方裁判所に、必要な書類に記入することにより、申請を開始することができる。上訴に対する最終的な判決はコロンビア特別区巡回区合衆国上訴裁判所が下す。愛国者法の条文により、そのような決定による6か月の間、司法長官から毎月報告書を作成することが求められ、下院司法委員会と上院司法委員会に提出される。
国務長官は、1996年の不法移民制度改革および移民責任法（Illegal Immigration Reform and Immigrant Responsibility Act of 1996（IIRIRA）に記述されている空港、海港、陸続きの国境の入口のための統合された出入国データシステムを完全に実施することを推進しなければならないという認識が議会によって与えられた。彼らはまた、司法長官は、2000年の移民および帰化サービスデータ管理改善法（Immigration and Naturalization Service Data Management Improvement Act of 2000）の第3章に記述されている、統合された出入国データシステムタスクフォースをただちに発足させなければならないということを見出した。議会が出入国データシステムの開発において最も重視しているのは、生体認証技術を利用し、また入国における認証の際に必要となるドキュメントの作成において偽造することができないものを開発することである。彼らはまた、法執行機関が所有しているデータベースと照合できるシステムを望んでいる。司法長官は、不法移民改革および移民責任法の第641条（a）項によって創設された、すべての海外留学生の入国の日付と場所を記録する海外留学生監視プログラムを実施し、拡充することを命じられている。プログラムの内容はその他に、司法長官による承認を受け、教育長官、国務長官への諮問を経た航空学校、語学研修学校、専修学校を含む入学を許可した教育機関の情報を含めるよう拡大された。司法省には、プログラムの実施のために、3600万ドルの予算が割り当てられた。
国務長官は、2007年9月30日まで、会計年度ごとに合衆国法典第8章第1187条合衆国法典第8編第1187条 8 U.S.C. § 1187に記載されているビザ免除プログラムについて審査し、議会に報告することを命じられていた。国務長官はまた、ビザ免除プログラム制度のもと、パスポートの偽造や盗難の予防、および偽造することのできないパスポートを開発するためのプログラムが確立されている国かどうかの国籍を確認するための方法の実施状況について調査するよう命じられていた。国務長官はまた、複数の領事館にビザを申請することが問題になっていないかどうかを議会に報告することを命じられていた。
ジョン・コニャーズ上院議員とパトリック・リーヒ上院議員によって導入された最後の節において、テロリズムの犠牲者、およびその家族を保護するための移民制度が設けられた。彼らは、犠牲者の家族のなかには、彼らが何も間違いを犯していないのにもかかわらず、9月11日のテロリストによる攻撃のために、重要な期限に間に合うことができなかったか、あるいはテロ事件によって彼らの配偶者が死亡したため、特別移民の地位が適用されなくなってしまい、アメリカに永住するには不適格であるとされている人々がいると認識している。

第5章 テロリズムの捜査に対する障害の除去

それにより司法省は、テロリズムを退治し、テロリストの行為を予防するための支援を呼びかける広告に従う者に対して、司法長官が報奨金をと支払うことができるようになった。25万ドル以上の報奨金は司法長官または大統領の個人的な承認がなければ支払われないか提示されず、報奨金が承認された場合、司法長官は上下両院の商務・司法・司法科学関連機関小委員会の委員長と少数派党の委員に通知しなければならない。1956年の国務省基本権限法（State Department Basic Authorities Act of 1956）は改正され、国務省は報酬を提供できるようになり、司法長官と相談しながら、テロリスト組織の完全な解体あるいは大幅な縮小、そしてテロリスト組織の重要人物の特定を行う。アメリカとカナダに対するテロリストの行為を防ぐことができると国務長官が判断した場合には、500万ドル以上の懸賞金を支払う権限が与えられた。DNA分析未処理サンプル排除法（DNA Analysis Backlog Elimination Act of 2000）は、連邦政府が作成するテロリズムまたは暴力的な犯罪を行った者のリストに掲載された人物のサンプルを含めるよう改正された。また、連邦政府の省庁は法執行機関と情報を共有することができるようになり、もうひとつの障壁が取り除かれた。こうして愛国者法は今や、電子機器を使用した監視または物理的な捜索を通じて情報を獲得した連邦政府の職員が、起こりうるあるいは実際の攻撃、破壊活動、国際的なテロリズム、諜報機関または外国勢力のネットワークによる秘密の諜報活動から国を守るために行われる審査において、連邦政府の法執行機関の職員と相談しながら調整を行うことを可能にした。
シークレットサービスの管轄権は、コンピュータ犯罪、 アクセス装置犯罪、虚偽の身元証明書または装置、アメリカの金融機関に対するすべての犯罪活動を含むよう拡大された。教育総則法（General Education Provisions Act）は、テロリズムの連邦犯罪であると定義されている攻撃的な行為に対する審査または手続きのために、司法長官または司法次官が関連する教育記録を収集、保持し、教育省または機関が所有することを認めるよう改正された。司法長官または司法次官は、「教育記録が『テロリズムの連邦犯罪に関与しているかもしれない』情報を含んでいるおそれがあると信ずるに足る特定の明瞭な事実があるかどうかを確認しなければならない」。教育記録を残す教育機関が、そのような要請があった場合に記録を提出することによる法的責任はすべて免除される。
愛国者法で最も論争を呼び起こしたもののひとつが第5章とそれに関連する国家安全保障書簡（National Security Letter、NSLs）である。FBIによる国家安全保障書簡は行政府による召喚令状の形式をとり、CIAと国防総省を含む他の省庁もまた同様であると伝えられている。令状は特定の法人または組織に属する個人について審査に必要な様々な記録とデータを収集するために発布される。それらは相当な理由または司法による監督を必要とせず、また令状の受取人が令状が発布されたことを公開することを禁止する裁判所による命令（口外禁止規定、Gag order）が含まれている。第5章により、以前はFBI長官または副長官しかできなかったそのような要請による国家安全保障書簡の発行が捜査局の特別職の職員もまた発行できるようになった。愛国者法のこの条項は、不特定の集団に対するアメリカ政府による国家安全保障書簡の発行が、憲法修正第1条および第4条に違反しているとしてアメリカ自由人権協会が訴訟を起こした。なぜなら国家安全保障書簡の発行に対して裁判で反対する法的手段がないこと、そして書簡の口外禁止規定のために命令について書簡の対象となる人物に対して司法長官から知らせることが許されていないのは違憲であるからである。裁判所はアメリカ自由人権協会の主張を受け入れ、 違憲であるとの判決を下した。
のちに米国愛国者法は再認証され、国家安全保障書簡に対する司法による審査の手続を明記するよう改正された。国家安全保障書簡の受取人は、司法長官または他の必要な部署に対し、命令を受け入れるかまたは不服を申し立てるために書簡を受領したことを公開することができるようになった。
しかしながら、2007年合衆国地方裁判所は再認証された国家安全保障書簡ですら無効を宣言した。なぜなら口外禁止規定に対する有意義な司法による審査はなされず、違憲状態にあると判断されたからである。

第6章 テロリズムの被害者およびその家族に対する支援

第6章は、アメリカ犯罪被害者支援基金（U.S. Victims of Crime Fund）を創設し、管理するために、1984年の犯罪被害者支援法（Victims of Crime Act of 1984、VOCA）を改正するものである。犯罪被害者支援法の改正は、公安省の職員またはその家族に対する経済的な支援の速度を改善し、促進するために行われた。法律の改正により、公務の遂行中にけがまたは死亡した職員に対する支援金は30日以内に支払われなければならなくなった。司法次官の権限は、米国愛国者法の第614条により、公安省職員共済プログラム（Public Safety Officers Benefits Program）を含む司法計画室（Office of Justice Programs）のすべての組織に対して許可を与えることができるよう拡大された。犯罪被害者支援基金に対する予算は増額され、給付を受ける方法が変更された。犯罪被害者補償プログラムによって給付を受けるための資格を満たした者に対する犯罪被害者支援基金を通じた給付の金額は、基金の総額の40％から60％へと増額された。犯罪被害者補償プログラムは、海外で被害に見舞われたアメリカ国民に対する補償も行う。補償の適用を求める者に対してはミーンズテストが行われる。犯罪被害者法により、監督官は犯罪被害者支援基金から給付を受ける者に対して、1年ごとに犯罪被害者支援プログラムへと適用の変更を求めることがある。犯罪被害者支援法の改正は、コロンビア特別区、 プエルトリコ自治連邦区、アメリカ領ヴァージン諸島またはその他のアメリカの領土に居住する犯罪被害者に対しても行われた。犯罪被害者支援法はまた、テロリズムまたは大規模な暴力事件における被害者に対する補償と支援も提供する。この改正により、監督官は、犯罪被害者補償制度と犯罪被害者支援プログラムの資格を満たす者と、被害者支援組織の職員、連邦政府、州、または地方の公共団体の職員、または犯罪の被害者に支援を提供する非政府組織の職員で被害に見舞われた者に対する精神的なケアの提供を要請することができるようになった。基金は、緊急救助、緊急事態に対応するための努力や支援、補償、訓練とテロリズムの審査と起訴手続における技術援助に対しても利用される。

第7章 重要基盤の防護のための地域的情報共有の増進

第7章には1つの節がある。この章の目的は、国境付近におけるテロリストの活動に対するアメリカの法執行機関の能力の向上である。それは1968年の包括的犯罪取締及び街頭安全法（Omnibus Crime Control and Safe Streets Act of 1968）を改正することによってなされた。

第8章 テロリズムに対する刑法の強化

第8章では、テロリズムの定義またはその新たな刑の創設または再定義を扱う。それにより、「国内におけるテロリズム」という用語は、テロリストの活動として、大量破壊兵器を用いた活動、暗殺または誘拐が含まれるよう再定義された。その定義はまた、 「アメリカまたは他国の刑法に違反する人間の生活にとって危険な」活動であるとされ、さらに、アメリカ国内において、「一般市民を恐怖に陥れることまたは何かを強要すること」、「脅迫してまたは強制的に政府の政策に影響を与えようとすること」、または「政府が指揮する活動に対して大量破壊兵器、暗殺、誘拐によって影響を与えようとすること」であるとされた。
テロリズムにはまた架空の問題を解決する詐欺の定義が含まれている。「保護されたコンピュータ」、「被害」、「刑」、「人」、「損失」などの用語を含め、サイバーテロリズムに関連する用語もまた再定義された。
公共交通機関に対して攻撃を行う者に対する刑罰が新設された。乗客のいない車両に対する攻撃に関与した者は、最大で20年の懲役が科される。しかしながら、乗客がいたときに公共交通機関の車両またはフェリーを攻撃した場合、または攻撃の結果死者が出た場合には、刑罰は無期刑となる。
この章により、予防医学、善意による研究またはその他の平和的な目的以外で、生物兵器になりうる薬物、毒物、または流通システムを武器として使用することについて定義するよう生物兵器に関する法律は改正された。生物兵器になりうる薬物、毒物または流通システムを使用しながら、正当な理由なくそれらを取り扱っていた者は、10年の懲役または罰金またはその両方が科せられる。
テロリズムを支援すると思われる予防あるいは刑罰に処すべき活動に対する多くの措置が導入された。テロリストをかくまうかまたは隠した者は、罰金または10年以下の懲役、またはその両方が科せられる。アメリカまたはアメリカの市民に対するテロリズムの活動に関与することを計画しているすべて集団または個人のすべての外国または国内の資産を凍結する権限を与えるよう、アメリカの資産凍結に関連する法律は改正された。また、さらなるテロリストの活動の目的のために、彼らが個人または組織によって資産を獲得し、維持していた場合には、その資産は凍結される。愛国者法の第805節は、テロリストに対する「物質的な支援」、および、特に「テロリズムに関する専門的な知識の助言または支援」を禁じている。これは人道法プロジェクト（Humanitarian Law Project）がアメリカ政府に対して民事訴訟を提起した後、アメリカ合衆国連邦裁判所によって違憲であると判断された。裁判では、それが合衆国憲法修正第1条に違反しており、その条項は平均的な知能を持つ人がそれらが法律に違反しているかどうかを予想するためには非常にあいまいであり、こうして違法であることを知らずに攻撃に関与する状況が起こることにつながると判断された。裁判所は、これが恣意的なまたは差別的な法律の執行を許す効果を持つ可能性があるだけでなく、修正第1条によって保障された権利が萎縮してしまう可能性があると判断した。
議会はその後「物質的な支援または資源」、「訓練」、「専門的な助言または資源」の意味を明確に定義することによって法律を改善した。
サイバーテロリズムは様々な方法によって取り扱われた。保護されたコンピュータに対して損害を与えた者、または権限が与えられていないにもかかわらず、コンピュータにアクセスし、攻撃に関与した者には、刑罰が適用される。これらの攻撃には、他人に合計5000ドル以上の損害を与えること、または誰かの医療的な診察、診断、または治療を受けるような悪い影響を与えることが含まれる。また、他人にけがをさせること、公衆の衛生または安全にとって脅威となること、または裁判、国防、または国家の安全保障の手段として使われている政府のコンピュータに損害を与えることなどの行為も含まれる。保護されたコンピュータを通じて強要、強奪を企てることもまた禁じられている。コンピュータウイルスまたは他のソフトウェアのメカニズムによって保護されたコンピュータに被害を与えようとする者には10年以下の懲役が科せられ、権限が与えられていないにもかかわらず保護されたコンピュータにアクセスし、その後保護されたコンピュータに被害を与えた者にはさらに5年以上の懲役が加算される。しかしながら、2度目の攻撃を行った場合には、刑罰は最大20年の懲役に増加する。はまた、サイバーセキュリティにおけるフォレンジクス能力の向上と支援を明記している。愛国者法は、押収したコンピュータ内に残っている犯罪活動とサイバーテロリズムに関連する証拠を調査する能力を持ち、連邦政府、州および地方公共団体の法執行機関の職員とコンピュータ犯罪が専門の検察官に訓練と教育を施す能力を持つ地域的なコンピュータ・フォレンジクスの研究所を設立し、「複数にまたがる管轄権を持つタスクフォースを利用することを含め、連邦政府の法執行機関と州および地方公共団体の法執行機関の職員と検察官によるコンピュータに関連する犯罪についての手続において、コンピュータ犯罪に関連する調査、分析と手続についての専門的知識と情報の共有を促進、奨励する」ことを司法長官に命じている。そのような研究所を設立するための予算として、合計5000万ドルが割り当てられた。

第9章 諜報活動の改善

第9章は、中央情報局長官（Director of Central Intelligence、DCI）に、外国諜報活動監視法のもとで収集された外国の諜報活動の情報の必要条件と優先順位を創設することを求め、物理的な捜索または電子機器を使用した監視によって得られた情報を精度の高いものにし、司法長官に助言を提供するため、1947年の国家安全保障法（National Security Act of 1947）を改正するものであり、効率的で効果的な外国の諜報活動の情報収集を行うことを目的としている。それは法執行機関が審査している案件を危うくする情報を除外しながら、司法省が獲得した外国の諜報活動の情報をすべて公開するよう、司法長官または法律の執行に責任を負う連邦政府の他の省庁の長官に要求した。司法長官と中央情報局長官は、インテリジェンス・コミュニティーからの情報に基づいた外国の諜報活動の情報および起こりうる外国の諜報活動による犯罪活動の審査の意図を司法長官に通知するための手続きを速やかに改善することを命じられた。国家安全保障法のもとでは、国際的なテロリストの活動の情報収集は外国の諜報活動に焦点をあてたものに限られていた。
多くの報告書の作成が様々な諜報活動に関する政府の省庁に委託された。委託されたもので最善の手段のひとつとして、アメリカのインテリジェンス・コミュニティーからの諜報活動の情報の断片をタイムリーかつ正確に翻訳し、コミュニティーの活動の支援するための自動翻訳装置の開発を目指した国立仮想翻訳センター（National Virtual Translation Center、NVTC）の設立が挙げられる。2002年2月1日、愛国者法はこれに対し提供するよう求めた。しかしながら、「中央情報局長官による国立仮想翻訳センターについての報告、インテリジェンス・コミュニティーの外国語能力の向上」と題された報告書が2か月以上経った後受理され、そのなかで上院諜報活動特別委員会は「遅れたうえに、この法律を作成する際に、それによって委員会にタイムリーかつ価値ある情報が提供されるという条文の文言に明らかに違反している」と報告した。別の委託された報告書では、財務省の外国テロリスト資産追跡センター（Foreign Terrorist Asset Tracking Center）と外国資産管理局（Office of Foreign Assets Control）の再構成による実用可能性と望ましさについて触れられている。それは期限が2002年2月1日までだったが、未だ書かれていない。上院諜報活動特別委員会は後に「中央情報局長官と財務長官は報告することができず、今回、米国愛国者法の節に直接違反した」と不満を述べ、彼らはさらに「法律によって義務づけられている報告はただちになされなければならず、それは法律が義務づける要求の報告をなぜ監督官がすることができなかったのか状況を説明する節が含まれていなければならない」と命令した。
その他の措置として、2002年2月1日までに職員または社員が職務のテロリズム対策を妨げるような認可の準備と提案に関わっていた場合、諜報活動と諜報活動に関連する問題についてのいくつかの報告は、2002年2月1日または2002年2月1日の後のある日まで延期されることが許された。そのような延期は、それが認められる前に議会による承認を必要とする。司法長官は、外国の諜報活動の情報を確認し、利用することを職務とする専門家としての職員の訓練に携わる。政府の職員には、通常は外国の諜報活動について接したり伝達したりする機会がない連邦政府の職員、および職務の遂行中にテロリストの活動または外国による諜報活動の現場に遭遇する可能性のある州および地方公共団体の職員も含まれる。インテリジェンス・コミュニティーの職員および従業員が合法的な諜報活動を行い、インテリジェンスに関わるすべての人、法人または集団と関係を築き、維持する努力を奨励する議会声明が発表された。

第10章 雑則

第10章は、米国愛国者法の他の節に実際に適合させることができなかった様々な法律を制定あるいは改正した。危険物の取り扱いは、背景調査を通過し、彼らが危険物を取り扱うことができることを実践によって示した者に限り、許可された。司法省の監察総監室(United States Department of Justice Office of the Inspector General)は、司法省に対するすべての公民権の侵害の申し立てを観察、調査し、議会に報告する職員を任命するよう命じられた。それは持ち主が傍受を許可したか、あるいは捜査において法律に従って関与していた保護されたコンピュータを通じたまたはそれによる通信の傍受を除外するよう「電子機器を使用した監視」の定義を改正した。
資金洗浄の事例では、資金洗浄が行われたかあるいは資金洗浄の振込が開始されたところに至るまで、現在厳しい規制が課せられている。また、資金洗浄に関与した外国人がアメリカに入国することは禁止された。テロリズム発生時の支援およびテロリズム予防のため、ファースト・レスポンダーには支援が提供される。麻薬取締局（Drug Enforcement Administration、DEA）には、南および東アジアの警察の訓練のため、500万ドルの予算の権限が与えられた。司法長官は、アメリカに入国しようとする人の身元を確認し、犯罪者である疑いのある人物を記すため、FBIのデータベースと照合するための生体認証技術を利用した装置の実現可能性について研究するよう命じられた。また、テロリストの疑いのある人物が航空機に搭乗する前に航空会社に彼らの名前を提供する技術の実現可能性の研究も命じられた。国防総省には、安全保障上の理由で随意契約を結ぶため、彼らの財源を利用する一時的な権限が与えられた。最終章はまた、慈善団体の代理として電話勧誘販売を行う業者に対して団体の目的や代表の名前、メールアドレスなどその他の情報の開示を要求する電話勧誘販売による消費者詐欺・悪用予防法（Telemarketing and Consumer Fraud and Abuse Prevention Act）を改正する情け深いアメリカ人に対する犯罪防止法（Crimes Against Charitable Americans Act）と呼ばれる新たな法律を生み出した。それはまた、赤十字社の職員を装ってそのような不法行為に関与した者に対する刑罰を1年の懲役から5年の懲役へと強化した。

図書館の帯出記録への政府のアクセス

当初、愛国者法で最も物議を醸したのは、非常に厳しく制限されてはいたが、連邦政府の捜査官に図書館の帯出記録と書店での購入履歴にアクセスする権限を持たせた第215条であった。第215条により、FBIのエージェントは外国諜報活動監視裁判所から、国際的なテロリズムまたは諜報活動に関与している疑いのあるすべての個人の図書館の帯出記録または書店の購入履歴を調査するための令状を極秘で獲得することができるようになった。条文の文面には「図書館」とは書かれておらず、企業活動記録またはその他の一般的で具体的な品目と書かれている。自由主義的な市民と図書館の職員は特に、この条項は利用者の人権を侵害しており、もはや「図書館帯出記録条項」と呼ぶべきであると主張している。司法省は、第215条は外国諜報活動監視裁判所の判断による命令を必要とし、それによって図書館はより強力に保護されていると語り、擁護した。
2001年8月26日、ニューヨーク・タイムズは、アメリカ自由人権協会によると、連邦捜査局が諜報活動の審理の一環として、コネチカット州の研究所の図書館帯出記録を要求していると報じた。これは連邦捜査局による図書館帯出記録の捜索が確認された初めての事例であると連邦政府職員とアメリカ自由人権協会は語った。興味深いことに、政府は第215条に基づく捜査は行わなかったが、その代わりに外国諜報活動監視法の大陪審による召喚令状であり、裁判所の命令を必要とせず、第215条が利用される前から存在していた「国家安全保障書簡」を使用した。

議会

2003年7月1日、リーサ・マーカウスキー上院議員（R-AK）とロン・ワイデン上院議員（D-OR）は、個人の権利を保護するための法律（Protecting the Rights of Individuals Act、（S. 1552）を提出した。.この法案は司法による審査の機会を増やすため、法律のいくつかの条項を改正するものだった。例えば、法執行機関によって行われていると主張されているペンレジスター装置やトラップ・アンド・トレース装置の使用を認める令状による捜査の代わりに、「ある犯罪が行われてきたか、現在行われているもしくは将来起こりうることを合理的に示す特定の明瞭な事実と犯罪の捜査に関連するそのような装置を使用することによって獲得されたと考えられる情報」に基づいて捜査を行うよう法律を改正するものである。しかしながら、個人の権利を保護するための法律は、法執行機関が確認しようとする無名の個人に対するペンレジスター装置とトラップ・アンド・トレース装置を使用を認める令状による捜査を許可する米国愛国者法の第216条の問題を解決することができなかった。
2003年9月24日、民主党の議会進歩主義幹部会議の共同代表であるデニス・クシニッチ上院議員（D-0H）は、下院に愛国者法の10箇所の条文を廃止する改正法案を提出した。「ベンジャミン・フランクリン真実の愛国者法（Benjamin Franklin True Patriot Act）」と題された法案は、スネーク・アンド・ピーク捜査令状、図書館帯出記録、医療記録、資産管理記録の捜査を認める条文や、アメリカ人でない市民の定義と国外追放について司法による全面的な審査を含む愛国者法の一部の改正を目指すものだった。法案は、愛国者法だけでなく、その他の重要な条項とともに弁護士と依頼者間の秘匿特権や情報の自由法（Freedom of Information Act、FOIA）に基づいた情報保全命令を削除することによる司法省と国土安全保障省の透明性の回復を目指した。
バーニー・サンダース上院議員(I」-VT)と数人の共和党員、ジェロルド・ナドラー下院議員（D-NY）、ジョン・コニャーズ・ジュニア下院議員（D-MI）、C.L.オッター下院議員(R-ID)、ロン・ポール下院議員(R-TX)は、第215条に基づく捜査に対する司法省の予算を削減する2005年の商務省、司法省および国務省への予算充当法案（Commerce, Justice, State Appropriations Bill of 2005）の改正を提案した。改正法案の1回目の投票は、賛成、反対ともに210票で下院を通過することができなかった。当初の改正法案は投票でうまくいかなかったが、投票は継続され、数人の議員は説得を受け入れ、投票で賛成に回った。
2005年6月15日、第215条を制限する法案は2回目の投票で下院を通過することができた。下院は、賛成238票、反対187票でサンダース議員が提出した改正法案を可決した。サンダース議員による改正法案は、外国諜報活動監視法の第215条によって認められた図書館帯出記録や書店の購入履歴を捜査するときにFBIと司法省が利用する予算を認めないものである。この投票は、多くのメディアによって第215条の法律の抜け穴を作るものだと誤って報道された。
安全保障と自由の充実を図るための法律（Security and Freedom Ensured Act、SAFE）は、ラリー・クレイグ上院議員（R-ID）、ジョン・スヌヌ上院議員R-NH、リチャード・ダービン上院議員（D-IL）によって提出された法律であり、愛国者法に対するチェック・アンド・バランスの機能を持たせようとするものである。2005年4月6日、この法律は下院に提出され、司法による審査と報告を義務付けることにより、愛国者法によって付与された権限を縮小しようとした。

第805条はあいまいであると判断される

2004年1月23日、合衆国地方裁判所のオードリー・コリンズ裁判官は、第805条（テロリズムに対する物質的な支援の「専門家の助言または支援」について規定する）はあいまいではあるが、憲法修正第1条または第4条に違反はしていないという判断を示した。その判断は、愛国者法について法的な判断を示した最初の判決のひとつとなった。愛国者法に対する訴訟は、人道的法律プロジェクト（Humanitarian Law Project）によって提起され、5人の組織の代表とトルコのクルド人難民に専門的な助言を提供することを希望していた2人のアメリカの市民が出席していた。これらの組織に支援を提供していた集団は、愛国者法に反しているとのおそれから、その活動を中断することを余儀なくされ、彼らは愛国者法の「専門的な助言または支援」という表現があまりにもあいまいすぎるとして、司法省と国を相手どり、訴訟を提起していた。
コリンズ裁判官は「専門的な助言または支援」という表現が容認できないほどあいまいであるという原告の主張は認めたものの、愛国者法の条項に対する全国規模の法律の禁止命令は認めなかった。原告には条項の執行からの「救済手段」が認められた。

ACLU対アシュクロフト事件

2004年4月9日、アメリカ自由人権協会（ACLU）は、1986年の電子通信におけるプライバシー法の条項に基づくものであり、テロリズムに関する捜査において、連邦捜査局長官（またはFBI副長官以下の被指名人）に電話とインターネットに関連する企業から顧客の利用記録の獲得を認める国家安全保障書簡に対する訴訟を提起した。ACLUは電話企業とインターネットサービスプロバイダはFBIの長官からの召喚令状を公開することができるべきであるとし、またそうすることはFBI長官のテロリズムに対する捜査における安全保障上の必要性より重大であると主張した。愛国者法は間接的に訴訟に影響を与えることができただけだった。なぜなら事例はテロリズムに対する捜査と愛国者法による非テロリズム案件に対する国家安全保障書簡の拡大利用に関するものであったからである。しかし、ACLUの主張は双方の場合の捜査に適用された。
2004年8月30日、アメリカ自由人権協会は152万ドルを投じて愛国者法を批判する広告を展開した。広告は、「政府はあなたの家を捜査することができます...私の家...私たちの家を...私たちに知らせることなく。私たちをまるで容疑者であるかのように扱いながら。それが愛国者法というものです」と主張した。
2004年9月29日、連邦地裁のビクター・マレロ裁判官は、政府がインターネットサービスプロバイダまたはその他の企業から、裁判所による審査することなく敏感な顧客の記録を獲得するために「国家安全保障書簡」の発行を許可する第505条が合衆国憲法修正第1条および第4条に違反しているとの判断を示した。裁判所はまた、愛国者法の口外禁止規定条項が表現の自由を侵す「違憲な表現の自主規制」にあたると判断し、それは却下された。
判決が下されると、議会は第505条を改正し、合衆国法典第18章第2709条として成文法化した。控訴審では、既に議論は尽くされているとして退けられた。

州及び地方の抵抗

アラスカ州、カリフォルニア州、コロラド州、ハワイ州、アイダホ州、メイン州、モンタナ州、バーモント州の8つの州とニューヨーク市、ロサンゼルス市、ダラス市、シカゴ市、ユージーン市、フィラデルフィア市、ケンブリッジ市を含む396の市および郡は、市民の自由を侵害しているとして愛国者法を非難する決議を採択した。カリフォルニア州アーケータ市は、愛国者法に基づくすべての連邦政府の捜査に市の職員（警察と図書館の職員を含む）が支援または協力することは、市民の自由を侵害する違憲で無効な行為であるという条例を成立させた最初の都市となった。権利章典防衛委員会は決議を通過させようとする地方の努力の調整役の役割を果たした。ある学者は、連邦法が州または地方自治体の法律を覆すことができる憲法の優越条項を引用しながら、これらの条例の妥当性について訊ねた。しかしながら、他の学者は連邦政府の職員は、そのような捜査の手続きを利用する際に憲法修正第4条の条項に違反しており、このような事例では憲法は米国愛国者法の条項を無効にすることができると意見を述べた。

期限切れと延長

第224条に基づき、愛国者法の（200条台の）いくつかの監視の条項は2005年12月31日に期限を迎えた。後にその日付は2006年2月3日に延期された。この延期は後に2006年3月10日まで再び延期された。日没条項は期限を迎える前に開始された捜査を除外している。それらの捜査では愛国者法のすべての権限を使うことが認められている。
2006年3月2日、上院は愛国者法を延長するための投票を行った。2006年3月7日、下院は愛国者法の延長を承認するための最終投票を行った。法律を延長するための法案は2つの条項を恒久的なものにする以外のすべてに及ぶ。疑問に付されている条項は、それぞれ外国諜報活動監視法第206条とに基づく「ロービング」による監視の指揮の権限と外国諜報活動監視法（と米国愛国者法の第215条）に基づく企業活動の記録を要求するための権限である。これらの条項は4年以内に期限を迎える。
2006年3月9日、ブッシュは愛国者法の再認証に署名した。公的な儀式の後、彼は愛国者法のいくつかの条項が憲法に抵触していたとしても、それに従うことが常軌を逸しているとは思わないという趣旨の「署名声明」を発表した。この声明は、彼の大統領の任期中を通じて普通のことだったが、メディアによって否定的に捉えられ、法案を議会に提出するために彼はそうすることが求められていたという情報は知らせずに明白な意図を持って批判された。

議会での動き

2005年6月10日、愛国者法の再認証のために開かれた下院司法委員会の公聴会における証言の最中、ジェームズ・センセンブレナー委員長（愛国者法の起草者のひとりであった）は、民主党の議員とその証人たちがテロとの戦いとグアンタナモ湾で拘束されている政治犯の状態を弾劾する演説を始めると、突然議会を閉会しようとした。不満を募らせたセンセンブレナーは、「我々は議題に従うべきだ。米国愛国者法とグアンタナモ湾とは何の関係もない。米国愛国者法と敵の兵士とは何の関係もない。米国愛国者法と不明瞭な拘束とは何の関係もない」と宣言した。そして彼は委員会を閉会し、槌とともに立ち去った。しかしながら、ジェロルド・ナドラー下院議員とその証人たちは、センセンブレナーが退場したのにもかかわらずしゃべり続け、C-SPANのカメラは委員会のマイクのスイッチが切られた後も回り続けた。
同年6月21日、下院3199号法案、すなわち、いくつかの日没条項が再認証ではなく恒久化されるかまたは制定法化されるかして取り除かれた2005年の米国愛国者およびテロリズム予防再認証法は下院を通過した。再認証法を提出したのはセンセンブレナー下院議員だった。
12月16日、上院は法律を再認証するための議論を終息させることを拒否した。上院は7人の議員がその問題について議論を終息させようとしたが人数が足りず、再認証法の将来は疑わしくなっていた。投票が行われ、共和党の5人の議員と民主党の2人の議員は議論を終息させるよう投票し、共和党の5人の議員と民主党の41人の議員と1人の無所属の議員がそれに反対した。
12月21日、上院は、超党派で期限切れを迎える愛国者法の条項を6か月延長させる法律（上院2167号法案）を成立させることで合意に至った。下院の規則により、下院司法委員会の委員長であるジェームズ・センセンブレナーは、6か月の延長法の成立を阻止する権限を持っていた。翌日である2005年12月22日、下院は6か月間の延長法の成立を拒否し、1か月の延長法が多数決により支持され、上院はその後の夜にそれを承認した。ブッシュ大統領による証明は延期され、米国愛国者法の条項は2006年の2月まで有効であり続けることになった。
2006年2月17日, ワシントン・タイムズは、「先週、共和党所属でニューハンプシャー州選出のジョン・E・スヌヌ上院議員、アイダホ州選出のラリー・E・クレイグ上院議員、アラスカ州選出のリーサ・マーカウスキー上院議員とネブラスカ州選出のチャック・ヘーゲル上院議員は自由権の保護に対する懸念を和らげたとされる改正法案に反対票を投じた」と報じた。

論争

米国愛国者法はその施行以後、大きな論争を巻き起こした。
愛国者法に反対する者たちは、それが9月11日のテロ攻撃事件の後にご都合主義的に成立したと声高に主張した。彼らは愛国者法が上院を通過したのは拙速であり、成立前の変更はほとんど行われなかったと考えていた。（パトリック・リーヒ上院議員とラッセル・ファインゴールド上院議員は法律の最終案の改正を提案した）。
愛国者法それ自体が本当に問題視されたのは、マイケル・ムーアが彼の物議を醸した映画である『華氏911』で取りあげてからであった。映画において、彼はジム・マクダーモット下院議員が上院議員で法案を読んだものはいないと主張している場面や、ジョン・コニャーズ・ジュニアが「我々は法案をほとんど読んでいない。君は我々が成立させようとしている法案をすべて読んでそれが本当に必要であると思っているのか？」と語っているシーンを撮影した。コニャーズ議員はそれから彼のレトリカルな質問について答え、彼らがしていることがあるとすればそれは「立法過程を遅らせることだ」と主張した。ドラマのような手法を使い、ムーアはそれからアイスクリーム屋を雇い、ラウドスピーカーとともにワシントン周辺をドライブし、通行人、それには数人の上院議員も含まれる、に対して愛国者法について読んで聞かせた。
しかしながら、多くの人が愛国者法を読んだことがないことについて気づかせた批評家はムーアだけではなかった。ダリア・リトウィックとジュリア・ターンは、スレート誌に「とにかく、愛国者法はどれくらい悪いの？」と訊ねられたとき、彼女たちはそれが「言うことが難しい」と考え、そして次のように述べた。
ACLUは、新しい概況報告書の公開を司法省に求めていますが、愛国者法が私たちの基本的な自由権のほとんどを危険にさらすものであるということを信じてほしいと思っています。アシュクロフトと彼の部下たちは法律の変化について、「わずかだが増えつつある」と言っています。ほとんどの人が法律を読んでいないので、それについて私たちが考え、知っていることのほとんどは間接的なものです。法律を擁護する人も反対する人も恐怖をあおり、ゆがめる罪を犯すことになるのです。
愛国者法の論争で最も重要な例のひとつは、アメリカ合衆国対アントイン・ジョーンズの判例において示された。あるナイトクラブのオーナーが自宅で麻薬の取引に関わっていたことが彼の車に取り付けられていた法執行機関のGPS追跡装置を通じて分かり、その人物は起訴された。それが取り付けられたのは令状によるものではなく、そのことは裁判において連邦政府の検察官が量刑を要求する際において深刻な障害となった。裁判は数年にわたり、合衆国最高裁判所まで持ち越され、被告に対する有罪判決は覆された。裁判所は愛国者法のような法律が憲法によって保障された容疑者の権利が直接的な危険にさらされ、そのような監視による疑いが高まったと判断した。
電子プライバシー情報センター（Electronic Privacy Information Center、EPIC）は、特に「法に従うアメリカ市民の私的な通信が偶発的に傍受されている可能性がある」愛国者法は違憲であると批判し、電子フロンティア財団は、無数の無実のアメリカ人の通信の秘密を侵す盗聴を許可するかどうかは「FBIに『白紙委任』する」ような低い基準が適用されているという意見を持ち続けていた。ロービング・タップを認める法律に問題はないと考える者もいる。ジョージタウン大学ローセンターのデビッド・D・コール教授は、愛国者法の多くの条項について批判している者のひとりであるが、プライバシーは敏感な問題であるが、やむを得ない代償であるという結論に至り、ヘリテージ財団法律司法研究所の法律研究部門シニアフェローであるポール・ローゼンズバイグは、ロービング・タップは迅速に変化する通信技術に対する単なる対応であり、特定の位置や装置に対する改善の必要はないと主張している。
愛国者法の第2章はまた、盗聴の命令ではなく、捜査令状を通じたボイスメールへのアクセスを許可している。センター・フォー・デモクラシー・アンド・テクノロジーのジェームズ・デンプシーは、憲法修正第4条と愛国者法第2章に基づく盗聴は告知の重要性が不必要に見過ごされていると信じており、電子フロンティア財団は告知の条項の欠如について批判している。しかしながら、電子フロンティア財団の批判はもっと進んだものだった。彼らは改正「は合衆国憲法修正第4条に違反している可能性がある」と信じていた。なぜなら以前にFBIがボイスメールを違法に聴取していたなら、 それは被告人に対する証拠としてそのメッセージを使ってはならないからである。他の者たちはこれらの考えに同意しなかった。ジョージ・ワシントン大学法学研究科のオリン・カー教授は、ECPAが「インターネットサービスプロバイダによって蓄積されたボイスメールを規制するためにかなり奇妙なルールを採用した」と信じていた。なぜなら「ECPAによれば、もし政府がある人の寝室に公開されていないプライベートなメッセージのコピーがあり、別のコピーが彼らの手元に蓄積されたボイスメールがあることを知っていたら、FBIはただ単純にボイスメールを獲得しただけで法令違反を犯したことになる。法律は警察に実際に家宅捜索をさせ、寝室をくまなく捜索することによって獲得することを求めており、プライベートなボイスメールについて、これ以上障害となるようなことはない」。カー教授の意見において、これはほとんど意味をなさず、米国愛国者法による改正は適切なものであり意義のあることだった。
米国愛国者法に対する裁判による司法権の介入の拡大により、全国規模の捜査令状の発行を許容したことは、電子フロンティア財団の意見の正しさを証明した。彼らは当局が「捜査令状に関して法執行機関に対する強い偏見を持つ裁判官、それらの裁判官が少なくともノーと言いそうであるということを利用するだけで、、もし令状が憲法修正第4条の厳しい要求を満たしていなくても、『選ぶ』ことができ」、そしてそれにより、より小さなISPまたは電話企業が裁判で令状に異議を申し立てることによって彼らの顧客のプライバシーを保護しようとすることを少なくすることができるようになるだろうと信じていた。彼らがそう考えた理由は「ニューヨークの裁判所が令状を発布する前に、そのような令状による命令を受けたある小さなサンフランシスコのISPは公表できるような記録を持っていないだろう」というものだった。彼らはこれは悪いことだと信じていた。なぜなら通信事業者がそのことを知ることができないばかりに、令状に異議を申し立てることができるないだけだからである。多くの令状は一方的に発布され、それは命令の対象者は、命令が出されたときにその場にいないことを意味する。
一時的に、米国愛国者法は「スネーク・アンド・ピーク 」捜査令状の発布を許可した。
EPICやACLUは修正第4条違反だとして愛国者法を強く批判し、ACLUはそれを批判する広告を流し続け、その廃止を呼びかけた。
しかしながら、 マンハッタン政策研究所の研究員であり、ニューヨーク・シティ・ジャーナル誌への寄稿者であるヘザー・マクドナルドなどの改正を支持する者たちは、それが必要であるという信念を述べた。なぜなら捜査命令の通知における一時的な遅れは捜査の対象となっているテロリストの当局への密告の妨げとなるからである。
2004年、FBIのエージェントは捜索のためにこの条項を利用し、マドリードの列車爆破事件に関与しているとの容疑がかけられ、2週間もの間、誤って収監されていたブランドン・メイフィールドの家を秘密裏に調査した。アメリカ政府はメイフィールドと彼の家族に対して公式に謝罪し、メイフィールドはそれ以上裁判にかけられることはなかった。2007年9月26日、アン・エイケン裁判官は、実際には、愛国者法により、メイフィールドに対する不適切な捜査が行われ、修正第4条に違反していたと判断した。
テロリズムへの物質的な支援を規制する法律は、議論の余地があることが証明された。それは電子フロンティア財団により、結社の自由を侵害していると批判された。電子フロンティア財団はこの法律が施行されたのはアパルトヘイト政策が行われていた頃であり、アメリカの市民はアフリカ民族会議（ANC）を支援することができなかったと主張した。電子フロンティア財団はアフリカ民族会議がテロリスト組織として分類されていたと信じている。彼らはまた、イスラエルとパレスチナの紛争により傷ついた子供をどのように救護するかをハマスのメンバーに訓練することができない人道的な活動を行うソーシャルワーカーや、IRAのメンバーに国際法について教えることができない弁護士、効果的な平和交渉や人権侵害を国連へ申請する方法を教えることができない平和維持活動に従事する職員を例にとりあげた。
別の組織、人道法プロジェクトもまた、テロリストに対する「専門家による助言と支援」を禁止する条項に異論を唱え、アメリカ政府に対してそれが違憲であることを明らかにするために訴訟を提起した。彼らの訴訟は成功し、連邦裁判所は、愛国者法が相当の理由がある人が法律に違反しているかどうか予想することができないほどあいまいであると判断した。こうして彼らは、愛国者法が修正第1条によって保障されているアメリカ市民の権利を侵害し、それを無意味なものにしていることを明らかにした。
おそらく最も大きな論争を巻き起こしたもののひとつは、FBIによる国家安全保障書簡の使用である。なぜならそれらは裁判所が命令することなくFBIに電話、Eメール、資産管理記録を捜索することを許容したからであり、それらは多くの集団から批判された。2005年11月、ビジネスウィーク誌は、FBIがラスベガスの企業を標的として、1万通の国家安全保障書簡を発行し、1000万件の資産、信用、雇用、医療記録を獲得したと報じた。標的となった企業のなかにはカジノや倉庫業者、レンタカー会社が含まれていた。司法省の職員は匿名で、そのような要求は米国愛国者法の第505条によって認められており、要求の数の多さにもかかわらず、「我々は裁判所を裏でせかすようなことはしていない」と主張した。しかしながら、このことが明らかになる前までに、ACLUは裁判で国家安全保障書簡の合憲性について争っていた。2004年4月、彼らは政府が明らかにされていない理由で、ある不明のインターネットサービスプロバイダに国家安全保障書簡を送り付けたことについて、政府を相手に訴訟を提起した。ACLU対司法省事件において、ACLUは、国家安全保障書簡は合衆国憲法修正第1条違反であると主張した。なぜなら米国愛国者法はすべての法的な過程について詳細に説明しておらず、 それによって電話またはインターネット会社が国家安全保障書簡の召喚令状について裁判で争うことができなかったと主張した。裁判所はこれに同意し、召喚令状の受取人が裁判で争うことができないことは違憲であると判示した。議会は後にこのことを再認証法のなかで改善しようとしたが、彼らは非公開条項を取り除かなかったので、連邦裁判所は再び国家安全保障書簡は違憲であると判示した。なぜならそれらは裁判で意義のある司法審査を妨げていたからである。
別の米国愛国者法の条項は、図書館の職員たちを大いに驚愕させた。第215条は、FBIが捜査において国際的なテロリズムまたは秘密裏に行われる諜報活動から国家を保護するため、支援のための物資の生産に対する命令のために適用することを許容している。対象となりうる「有形物」のなかには、「書籍、記録、文書、資料や他の品目」が含まれる。
条項の支持者たちは、これらの記録は第三者によってが所持されているものであり、それゆえ市民のプライバシーに対する適切な期待から免除され、FBIによって条項が濫用されることもないと指摘した。それを証明するため、ジョン・アシュクロフト司法長官は2003年に情報を公開し、第215条による命令は未だかつて使われたことはないことを示した。
しかしながら、抗議とは裏腹に、アメリカ図書館協会は条項に強く異議を唱え、図書館帯出記録は企業活動記録とは根本的に異なっており、条項が言論の自由における萎縮効果をもたらしていると信じていた。協会は非常に警戒し、彼らは米国愛国者法を非難する声明を発表し、会員に言論の自由と利用者のプライバシーの保護を守ることを求めた。
彼らは図書館の職員に捜査令状に従う前に法的な助言を求めることを模索し、会員には法的に必要とされるまで可能な限り長く記録を手渡さないことだけを助言した。
その後、図書館の職員は、記録をばらばらにしてそのような命令に従うことを避けるようにしたと報告された。
2005年、ACLUとともに図書館帯出記録の口外禁止規定に対して立ち上がり、コネチカット・フォーとして知られるコネチカット州の図書館の27か所の非営利目的の協会は、米国愛国者法について世論を喚起しようとした4人の市民を黙らせるための第505条に基づく政府の権限について、訴えを提起した。この事案はジョン・ドウ対アルベルト・ゴンザレス事件として知られるようになった。2006年5月、 政府はついに口外禁止規定を維持するための法廷闘争を諦めた。コネチカット・フォーと彼らによる米国愛国者法との戦いの結末について、バーバラ・ジョーンズは次のように記している。「図書館の職員は彼らの国における表現の自由の保護と国家の安全保障の保護とのあいだの法的な均衡について理解する必要があった。多くの図書館の職員は、国家の安全保障の保護法益と同じくらい読書の自由に対する萎縮効果は重要であるという根拠になったと信じていた」。
米国愛国者法の論争の側面について示すもうひとつの事例は、司法長官がテロリストによる行為の原因となりうると判断したすべての外国人に対してあいまいな拘束を許容する移民条項である。米国愛国者法が成立する以前、ワシントン大学法科大学院の法学部助教授であり、シドラー法律商業技術センターの所長であるアニタ・ラマサストリーは、合法的な永住権を持つものを含め、アメリカへの移民の基本的な権利を奪う法律を告発していた。彼女は、「秘密の証拠によるあいまいな拘束、米国愛国者法が許容する、とはターリバーンのような組織の正義ではなく、我々のものである。我々の主張は、もし我々が同盟国の国民をも投獄するような基本的なアメリカの公正と正義の保障を欠く法律の成立を許すなら、テロリストに対する国際的な連携を構築しようとする我々の試みが、深刻な打撃を受けるだろうというものである」と警告した。多くの他の者もまた、強く条項を批判している。ラッセル・ファインゴールドは、上院本会議において、条項は「基本的な憲法が求める手続の過程と公正さの水準さえ欠いた審査不足の状態に陥っており、もしそのままなら、司法長官がわずかな容疑によって人を拘留することを許容しかねない」と主張した。カリフォルニア大学はあいまいな拘束を（その他のことよりも）非難する決議を可決し、ACLUは「移民の運命を決める予測のできない新しい権限...状況はより悪くなる、もし外国人が彼らを受け入れる国を持たなければ、彼らは裁判を受けることなく拘留されてしまう」権限が司法長官に与えられたことを告発した。
米国愛国者法のもうひとつの憲法上の論点は、ブリティッシュコロンビア州に在住カナダ人のプライバシーへの影響である。ブリティッシュコロンビア州プライバシー委員会の委員長は、米国愛国者法は、アメリカ政府が、外注されたアメリカの企業にカナダ人の医療記録のようなプライベートな情報へのアクセスを許容するのではないかと危惧している。ブリティッシュコロンビア州政府は、アメリカ政府当局が情報を獲得することを防ぐための手段を講じ、法律の整備によりカナダにおける米国愛国者法の権限の拡大の問題は克服された。ブリティッシュコロンビア州プライバシー委員会のデビッド・ルウキデリス委員長は、報告書において、米国愛国者法の問題の結末について、「かつて情報は国境を通って送られていた、それは難しいことだが、それが不可能でないならば、制御することはできる」と述べた。
彼らのプライバシーを守るための努力の一環として、2004年10月21日、ブリティッシュコロンビア州は情報の自由とプライバシーの保護法（Freedom of Information and Protection of Privacy Act（FOIPPA）の改正法を成立させた。これらの改正は、「サービスの提供者によるブリティッシュコロンビア州の公的機関のデータの格納、アクセス、および公開」について、より厳しい制限を設けることを目的としている。これらの法律はカナダの公的機関のデータのみを対象としており、国境をまたがるあるいは民間企業のデータは対象の範囲ではない。公的機関の組織には、2000に上るとみられるの「政府省庁、病院、保健所、大学や短大、教育委員会、特別行政区政府といくつかの王立企業と協会」が含まれる。これらの法律により、多くの企業は、現在特に彼らが所有している敏感なデータの取り扱いについて、アメリカ以外の国に発注先を求めている。
ノバスコシア州では、米国愛国者法によるデータ収集の手段から州を守るための法的措置が講じられた。2007年11月15日、ノバスコシア州政府は、ノバスコシア州の住民の個人情報が米国愛国者法によって持ち出されることを防ぐことを目的とした法律を成立させた。法律は、「個人情報が国際的に公開されることを防ぐための新しい法律（The new Personal Information International Disclosure Protection Act）」と題された。法律の目的は、個人情報が公開されることから保護することとともに、それができなかった場合の処罰を定めることである。マーレイ・スコット司法大臣は、「この法律は、ノバスコシア州の住民の個人情報の保護を確実にすることに役立つだろう」と述べた。法律の概要は、公的機関、特別行政区とサービス提供者の義務と、これらの責任が果たされなかった場合のその後について述べている。
2013年6月にNSAとそのPRISMプログラムによるアメリカ人の通話記録の収集が明らかになり（詳細はen:Global surveillance disclosures (2013–present)を参照）、米国愛国者法の濫用が疑われ、2001年に愛国者法を議会に提出したウィスコンシン州選出で共和党所属のジム・センセンブレナー下院議員は、国家安全保障局はその限界を超えてしまったと述べた。彼は声明を発表し、「私は国家の安全保障と公民権とのバランスについて、おおよそ愛国者法を信じていたが、私は濫用の可能性についても常に懸念していた」と述べた。彼は加えて、「何百人もの無実の人々の通話記録を収集することは行き過ぎであり、アメリカにとってふさわしくないことだ」と述べた。