Marcos Flores

Union de Santa Fe

Pada tanggal 17 April 2004, Flores membuat debut senior untuk klub Argentina Unión de Santa Fe. Flores masuk di menit 67 menggantikan Miguel Sebastian Garcia dan mencetak gol pertamanya pada menit ke-89 pertandingan tersebut.

Newell Old Boys

Pada tahun 2006, Flores direkrut oleh ke Newell Old Boys namun dipinjamkan kembali ke Union de Santa Fe selama periode satu tahun.

Curicó Unido

Setelah kembali ke Newell Old Boys, Flores akhirnya hengkang ke klub kontestan Liga Chile, Curicó Unido.

Adelaide United

Pada bulan juni 2009, klub A-League, Adelaide United telah mendekati Flores untuk musim 2009/2010, tetapi negosiasi gagal karena Flores berkeinginan untuk tetap tinggal di Amerika Selatan. Namun akhirnya pada tanggal 8 Desember 2009, Flores menandatangani kontrak dengan Adelaide United yang tampil di Piala Champions Asia 2010. Flores resmi diperkenalkan oleh klub pada tanggal 11 januari 2010.
Flores memulai debutnya sebagai pemain pengganti di menit ke-60 dalam pertandingan Adelaide United yang menang 2-0 atas Brisbane Roar FC pada tanggal 6 februari 2010. Flores langsung memperoleh status legendaris oleh fans Adelaide United. Flores yang berposisi sebagai playmaker memamerkan keterampilan dan teknik yang jarang terlihat di A-League. Flores menambahkan agresi dan stamina di setiap laga sejak datang ke A-League.
Flores mencetak 4 (empat) gol di A-League di musim 2010-11. Penampilan Flores di Adelaide United menarik perhatian klub – klub di luar negeri antara lain klub J-League, Urawa Red Diamonds dan klub MLS New York Cosmos. Pada tanggal 21 januari 2011, Flores mencetak gol hat-trick pertamanya di A-league untuk Adelaide United dalam kemenangan 8-1 atas North Queensland Fury. Flores memenangkan Johnny Warren player of the year untuk musim 2010-11. Adelaide United langsung menawari Flores kontrak berdurasi 3 (tiga) tahun dengan kesepakatan senilai $320,000 per musim, yang membuatnya menjadi pemain bergaji tertinggi dalam sejarah klub.

Henan Jianye

Flores hengkang ke klub Liga Super Tiongkok, Henan Jianye pada 26 juni 2011, di mana ia mendapatkan $2.4 juta selama periode tiga tahun dengan Transfer fee bernilai $500.000. Flores membuat debut untuk Henan Jianye sebagai pengganti babak kedua pada tanggal 10 juli 2011 di saat bermain imbang 0-0 melawan Changchun Yatai di Liga Super Tiongkok. Kontraknya dihentikan dengan persetujuan bersama pada 21 juni 2012. Flores menyatakan bahwa ia tertarik untuk datang kembali ke Australia, sempat dikaitkan akan kembali ke Adelaide United, tetapi langkah itu terhenti karena alasan gaji.

Melbourne Victory

Pada tanggal 4 juli 2012, diumumkan bahwa Marcos Flores telah menandatangani kontrak 2 (dua) tahun dengan klub A-League, Melbourne Victory dengan kesepakatan senilai sekitar $1 juta.
Dia membuat debut di putaran 1 di A-League melawan rival sekota Melbourne Heart pada tanggal 5 oktober 2012. Flores mencetak gol pertamanya untuk Melbourne Victory pada 5 November 2012, dalam pertandingan melawan Wellington Phoenix. Flores dilepas oleh Melbourne Victory pada 5 juli 2013.

Central Coast Mariners

Tak lama setelah dilepas Melbourne Victory, ia direkrut oleh Central Coast Mariners dengan kontrak selama satu tahun. Ia mengalami cidera parah, menderita robek di Anterior cruciate ligament dan langsung absen sepanjang sisa pertandingan musim 2013–2014. Pada tanggal 29 Maret 2014 Mariners mengumumkan ia tidak akan kembali menandatangani kontrak untuk musim berikutnya.

Newcastle Jets

Pada tanggal 9 juni 2014, diumumkan bahwa Flores akan bermain untuk Newcastle Jets dalam kompetisi Hyundai A-League musim 2014. Flores mencetak gol pertamanya untuk Newcastle Jets melawan Western Sydney Wanderers FC di menit ke-27 dalam laga dengan skor imbang 1-1.
Pada tanggal 15 januari 2015, kontrak Flores dihentikan oleh Newcastle Jets.

Jacksonville Armada

Flores bergabung dengan klub NASL (Liga Amerika Utara), Jacksonville Armada FC. General Manager Jacksonville Armada FC, Dario Sala, terbang ke Australia untuk menyelesaikan penandatanganan Flores pada tanggal 22 januari 2015. Flores dilepas oleh Jacksonville pada bulan November 2015.

Curico Unido

Pada tanggal 30 januari Marcos bergabung Curico Unido namun kariernya tidak cerahdan dia hanya tampil di beberapa pertandingan saja dan banyak menghuni bangku cadangan. Pada tanggal 2 agustus 2015 Marcos diberhentikan.

Persib Bandung

Pada tanggal 30 Agustus 2016, Flores menandatangani kontrak dengan durasi 4 bulan untuk mengarungi kompetisi Indonesia Soccer Championship A bersama Persib Bandung. Akhirnya ia berhasil menjalani debut pada tanggal 18 September, dalam sebuah pertandingan tandang melawan Bali United tapi cederanya kambuh dan harus ditarik pada menit ke-59. Di akhir kontrak, Persib Bandung memilih untuk memberikan trial untuk pemain asing lainnya dan membuat dia menjadi pilihan kedua. Diapun hengkang ke Bali United F.C. yang menurut Flores cocok karena Flores memang suka berlibur dan ia mengatakan bahwa Bali adalah tempat yang sempurna untuk membangun kehidupan baru.