Daerah Operasi I Jakarta

Balai Yasa Manggarai

Balai yasa ini khusus untuk perawatan kereta penumpang kelas eksekutif dan KRL, bersama Balai Yasa Tegal, Balai Yasa Yogyakarta, dan Balai Yasa Surabaya Gubeng. Dulu balai yasa ini dibangun oleh Staatsspoorwegen tahun 1920 dengan nama Hoofd-Werkplatsen te Manggarai. Di sini semua kereta eksekutif dan KRL yang dirawat mengalami pemeliharaan akhir (PA), semiperawatan akhir (SPA), PA bogie, perbaikan akhir lengkap (PAL), dan perbaikan (PB).

Dipo lokomotif Jatinegara

Dipo ini dipergunakan untuk menyimpan lokomotif besar diesel elektrik, yaitu CC201, CC203, dan CC206 untuk operasional KA jurusan Jawa. Berada satu kompleks dengan stasiun Jatinegara, dipo ini cukup unik karena pemutar relnya (turntable) berada di depan kompleks dipo. Setiap harinya dipo ini tidak pernah sepi dari banyaknya lokomotif diesel elektrik dari seluruh dipo di Jawa yang beristirahat. Saat ini dipo lokomotif Jatinegara juga mengoperasikan 2 buah CC204 seri C18MMi yang direhab di Balai Yasa Yogyakarta.
Rencananya Dipo Lokomotif Jatinegara ini akan dipindahkan ke Dipo Lokomotif terbaru serta Menyimpan Rangkaian Kereta ialah Dipo Lokomotif Cipinang serta Dipo Kereta Cipinang yang berada di sebelah timur Stasiun kecil PPKA Cipinang, Karena Dipo Lokomotif Cipinang belum beroperasi penuh secara serentak dikarenakan pemutar relnya (turntable) Lokomotif belum selesai.

Subdipo Lokomotif Tanah Abang

Berada satu kompleks dengan stasiun Tanah Abang. Dipo ini dipergunakan untuk menyimpan lokomotif diesel hidraulik dan sebagian CC201 serta CC206 untuk langsiran dan menarik kereta api lokal milik Daop I. Sejak tidak dioperasikannya lagi lokomotif diesel hidraulik kelas BB 304 (telah dipindahkan ke Balai Yasa Manggarai) di Daop I, dipo ini hanya memiliki lokomotif CC201, tetapi juga melayani lokomotif CC203, CC204, dan CC206 berbagai dipo lokomotif lain.

Subdipo Lokomotif Rangkasbitung

Dipo ini melayani perawatan kereta api yang mengakhirkan perjalanan di Stasiun Rangkasbitung, seperti Kereta api Langsam dan Kereta api Rangkas Jaya namun kedua lokal itu telah berhenti beroperasi dan digantikan oleh Kereta api lokal Merak relasi Merak-Rangkas dan Sebaliknya. Dipo ini juga melayani perawatan lokomotif BB304, CC201 dan CC203 berbagai luar Dipo Lokomotif. Subdipo ini dulunya pernah menyimpan rangkaian KA Krakatau sebelum KA tersebut diperpendek rutenya hingga Pasarsenen.

Dipo KRL Bukit Duri, Depok dan Bogor

Dipo ini hanya dipergunakan sebagai tempat penyimpanan, perbaikan, dan perawatan KRL yang beroperasi di seluruh lintas Jabodetabek.

Dipo Kereta Api Jakarta Kota

Satu kompleks dengan Stasiun Jakarta Kota, dipo ini dipergunakan untuk menyimpan rangkaian kereta-kereta api eksekutif, kereta api bisnis, dan kereta api ekonomi AC milik Daop I. Dipo kereta tersebut menyimpan rangkaian Kereta api Argo Parahyangan Tambahan (eksekutif/PSE) (Bukan Argo Parahyangan Reguler), Argo Lawu/Dwipangga Fakultatif (malam/siang) (dipakai oleh KA Sancaka Tambahan Eksekutif), Argo Jati (fakultatif/tambahan siang), Bima, Sembrani (reguler/tambahan), Gumarang, Gaya Baru, Jayabaya, Jayakarta Premium, Pangrango (reguler/tambahan), Siliwangi, Walahar, Jatiluhur, Tegal Ekspres, Kereta Wisata (Nusantara + Toraja + Bali + Jawa + Sumatera + Imperial + Priority) dan ditambah Kereta Luxury Generasi 2 Tahun 2019 (nomor seri: K1 0 19 49 JAKK + K1 0 19 50 JAKK) dan serta menyimpan dari luar daop lain .

Subdipo Lokomotif Karawang

Dipo ini dahulu melayani perawatan kereta api yang mempunyai gauge 600 mm. Sejak ditutupnya jalur kereta api ke Rengasdengklok, Wadas dan Cilamaya, dipo ini tidak lagi melayani perawatan kereta api lagi. Dipo yang dari jaman Belanda saat ini digunakan untuk menyimpan mesin perawatan jalan rel (MPJR).