Twelve-step Suite

The Glass Prison

"The Glass Prison" berisi tiga bagian seri ("Reflection", "Restoration" dan "Revelation"). Ini adalah lagu pertama pada album Six Degrees of Inner Turbulence dan merupakan lagu terpanjang dari "Twelve-step Suite". Akhir pekan sebelum masuk studio untuk mulai mengerjakan Six Degrees of Inner Turbulence, John Petrucci dan Portnoy menonton konser Pantera di Hammerstein Ballroom, New York City. Hal ini memberikan pengaruh yang besar pada band ketika mereka mulai menulis. Portnoy menjelaskan lagu ini sebagai musik "perpaduan antara Pantera dan Megadeth, energi yang mengalir tanpa henti".

This Dying Soul

"This Dying Soul" menampilkan bagian dari seri empat dan lima ("Reflections of Reality (Revisited)" dan "Release"). Ini adalah lagu kedua di album Train of Thought. Rich Wilson (wartawan penulis biografi resmi Dream Theater, Lifting Shadows), menjelaskan trek ini sebagai kelanjutan dari lirik dan musik "The Glass Prison".
Lagu ini juga berisi beberapa referensi lirik lagu The Mirror, yang paling jelas pada bait "Hello mirror, so glad to see you my friend, it's been a while" (bait ini kemudian akan muncul dalam "Repentance" dan mirip pada bait "Hello Victoria, so glad to see you, my friend" dalam "lagu Regression"). Juga, pada bagian pertama, berjudul "Reflections of Reality (Revisited)" referensi dari bait The Mirror "Reflections of reality are slowly coming into view". Dan bait "Now it's time to stare the problem right between the eyes" mirip dengan bait dari lagu The Mirror, "Let's stare the problem right in the eye". Bagian lima ("Release") dalam fitur lagu dimulai dengan riff yang sama dengan bagian kedua ("Restoration") di lagu "The Glass Prison".

The Root of All Evil

"The Root of All Evil" terdiri dari bagian seri enam dan tujuh ("Ready" dan "Remove"). Ini merupakan trek pembuka pada album Octavarium dan lagu terpendek dari semua seri. Wilson menganggap lagu ini sebagai "sebuah pola dasar trek Dream Theater, pencampuran riff yang rapi dan berat dengan beberapa momen progresif."

Repentance

"Repentance" merupakan fitur bagian delapan dan sembilan ("Regret" dan "Restitution"). Ini adalah lagu kelima pada album Systematic Chaos. Pada tahap ini Portnoy telah berhenti mabuk selama tujuh tahun. Portnoy menyatakan bahwa lagu itu sengaja dibuat "sedikit bisa bernafas", daripada lagu sebelumnya di seri yang "sangat agresif dan bombastis". Dia mengatakan dari semua lagu pada Systematic Chaos, ia sangat bangga pada "Repentance" karena lagu itu "moody, lagu gelap, hipnotis, psychedelic ... sesuatu yang belum pernah dilakukan sebelumnya". Dia menggambarkan "Restitution" memiliki "rasa Pink Floyd". James LaBrie menganggap sebagai tantangan "untuk bisa benar-benar menyampaikan pesan itu, tetapi dengan karakter yang tepat". Repentance" menjadi bagian yang tersulit dari penampilannya di Systematic Chaos. "Aku ingin terdengar sangat muram, sangat serius, sangat ... tidak dingin, tetapi pendekatan yang murung, kau tahu," katanya.
Portnoy menjelaskan bagian kesembilan Suite, "Restitution", sebagai "bagian tentang memperbaiki kesalahan kepada orang-orang yang telah anda rugikan". Saat menulis, ia tidak ingin menulis tentang kehidupan pribadinya sendiri karena akan membuat lagu "terlalu spesifik" untuk dirinya sendiri, ia ingin membuat lirik yang lebih umum. Dia malah meminta teman-teman band untuk berkontribusi dalam kata-kata permintaan maaf yang diucapkan. Steve Hogarth, Steven Wilson, Jon Anderson, Steve Vai, Joe Satriani, Mikael Åkerfeldt, Corey Taylor, Daniel Gildenlöw, Neal Morse, David Ellefson dan Chris Jericho semua berkontribusi pada permintaan maaf yang ditampilkan dalam bagian terakhir lagu. Portnoy kecewa bahwa Dave Mustaine, Geoff Tate, Bruce Dickinson dan James Hetfield menolak ajakannya, tetapi ia senang dengan daftar akhir kontributor.

The Shattered Fortress

"The Shattered Fortress" Merupakan kesimpulan dari seri lagu, yang menampilkan tiga bagian terakhir ("Restraint", "Receive", "Responsible"). Ini adalah lagu keempat di album Black Clouds & Silver Linings. Portnoy menganggap trek sebagai "Grand Finale" dari Suite, dan "tahu itu akan benar-benar terdiri dari semua referensi musik dan lirik dari semua seri, dan membawanya semua bersama-sama untuk membungkus semuanya". Sebelum mulai menulis lagu, band ini mendengarkan keempat seri sebelumnya, membuat catatan pada bagian progresi dan melodi yang mereka inginkan untuk Reprise.