Muhammad Yunus Yosfiah

Balibo Five

Pada tahun 1975, seorang Kapten memimpin unit pasukan khusus Indonesia ke Balibo, Timor Timur, dituduh bahwa Yosfiah menembaki wartawan Australia yang mencoba untuk menyerah, dan memerintahkan anak buahnya untuk melakukan hal yang sama. Setelah dibunuh, beberapa tubuh wartawan dipakaikan seragam tentara Portugis dan difoto dengan senapan mesin seolah-olah mereka telah tewas terbunuh karena berperang melawan pasukan Indonesia.
Pada bulan Februari 2007 Mark Tedeschi QC, penasihat pembantu koroner pada pemeriksaan kematian salah satu wartawan yang tewas, Brian Peters, mengatakan Yosfiah tidak menanggapi undangan untuk tampil pada pemeriksaan. Deputi Koroner New South Wales, Dorelle Pinch dalam temuannya menemukan bahwa: "Brian Raymond Peters, beserta rekan wartawannya Gary James Cunningham, Malcolm Rennie Harvie, Gregory John Shackleton dan Anthony John Stewart, yang dikenal sebagai Balibo Five, meninggal di Balibo, Timor Leste pada 16 Oktober 1975 akibat luka yang diderita ketika mereka ditembak dan/atau ditusuk dengan sengaja, dan tidak berada dalam panasnya pertempuran, oleh anggota Pasukan Khusus Indonesia, termasuk oleh Christoforus da Silva dan Kapten Yunus Yosfiah atas perintah Kapten Yosfiah. Tujuannya, untuk mencegah mereka mengekspos bahwa Pasukan Khusus Indonesia telah berpartisipasi dalam serangan di Balibo." Namun Yosfiah membantah tuduhan itu. Dia menyatakan tidak pernah bertemu dengan kelima wartawan asing tersebut selama bertugas di Balibo.
Beberapa saksi, termasuk mantan pasukan Timor yang mendukung invasi Indonesia (UDT dan Apodeti) mengidentifikasi Yosfiah sebagai partisipan kunci dalam pembunuhan wartawan. Sebagai konsekuensi Dorelle Pinch mengeluarkan laporan pada 16 November 2007 yang menyimpulkan bahwa Yosfiah telah berpartisipasi dalam kejahatan perang, dia terlibat dalam pembunuhan dan mesti dihukum sesuai dengan konvensi Jenewa yang mana Indonesia adalah salah satu penandatangannya.

Nicolau dos Reis Lobato

Dia juga diduga telah membunuh Nicolau dos Reis Lobato, pemimpin Fretilin pada tahun 1978.

Menteri Penerangan

Yosfiah menjabat sebagai Menteri Penerangan dalam Kabinet Reformasi Pembangunan pada era Presiden Habibie tahun 1998 sampai 1999. Tindakannya dalam menghilangkan pembatasan terhadap media dan bentuk komunikasi lainnya, antara lain seperti penghapusan Surat Izin Usaha Penerbitan Pers (SIUPP) dan menjamin kebebasan pers, telah digambarkan sebagai, "salah satu terobosan besar pemerintahan Habibie".

Dugaan pendanaan milisi Timor Timur

Yosfiah diduga pada tahun 1999 terlibat dalam penyaluran uang pemerintah Indonesia untuk kelompok-kelompok milisi Timor Timur sebelum referendum kemerdekaan Timor Timur yang berakhir dengan terjadinya pertumpahan darah.

Karier politik

Yosfiah pernah menjadi Ketua Fraksi ABRI di MPR pada 1997. Ia pensiun dari TNI pada tahun 1999. Pada 2002 Yosfiah menjadi anggota Partai Persatuan Pembangunan (PPP). Yosfiah juga adalah Sekretaris Jenderal PPP dari bulan Desember 2003 hingga tahun 2007. Pada bulan Februari 2007 Yosfiah ikut dalam pemilihan Ketua Umum PPP, tetapi ia gagal. Terakhir, ia menjadi anggota DPR dari PPP periode 2004-2009 dan duduk di Komisi XI.