Kesultanan Mataram

Masa awal

Danang Sutawijaya naik tahta setelah ia merebut wilayah Pajang sepeninggal Sultan Hadiwijaya dengan gelar Panembahan Senapati. Pada saat itu wilayahnya hanya di sekitar Jawa Tengah saat ini, mewarisi wilayah Kesultanan Pajang. Pusat pemerintahan berada di Kuthagedhe, wilayah yang terletak kira-kira di timur Kota Yogyakarta dan selatan Bandar Udara Adisucipto sekarang. Lokasi keraton (tempat kedudukan raja) pada masa awal terletak di Banguntapan, kemudian dipindah ke Keraton Kuthagedhe. Sesudah ia meninggal (dimakamkan di Kuthagedhe) kekuasaan diteruskan putranya Raden Mas Jolang yang setelah naik takhta bergelar Sri Susuhunan Hadi Prabu Hanyakrawati.
Pemerintahan Hanyakrawati tidak berlangsung lama karena dia wafat karena kecelakaan saat sedang berburu di hutan Krapyak. Karena itu ia juga disebut Susuhunan Seda hing Krapyak atau Panembahan Seda hing Krapyak yang artinya Raja (yang) wafat (di) Krapyak. Setelah itu takhta beralih sebentar ke tangan putra keempat Raden Mas Jolang yang bernama Raden Mas Wuryah bergelar Adipati Martapura. Ternyata Adipati Martapura menderita penyakit saraf sehingga takhta beralih ke putra sulung Raden Mas Jolang yang bernama Raden Mas Rangsang yang kelak bergelar Sri Sultan Agung Hadi Prabu Hanyakrakusuma pada masa pemerintahan Raden Mas Rangsang, Mataram mengalami masa keemasannya.

Sultan Agung

Sesudah naik takhta Raden Mas Rangsang bergelar Sri Sultan Agung Hadi Prabu Hanyakrakusuma atau lebih dikenal dengan sebutan Sultan Agung. Pada masanya Mataram berekspansi untuk mencari pengaruh di Jawa. Pada puncak kejayaannya, wilayah kekuasaan Mataram mencakup sebagian Pulau Jawa dan Madura (kira-kira gabungan Jawa Tengah, sebagian besar Jawa Barat, DIY, dan Jawa Timur sekarang, dengan pengecualian daerah Blambangan atau yang sekarang adalah wilayah Probolinggo hingga Banyuwangi). Ia memindahkan lokasi kraton ke Karta (Jw. "kertå", maka muncul sebutan pula "Mataram Karta"). Akibat terjadi gesekan dalam penguasaan perdagangan antara Mataram dengan VOC yang berpusat di Batavia, Mataram lalu berkoalisi dengan Kesultanan Banten dan Kesultanan Cirebon dan terlibat dalam beberapa peperangan antara Mataram melawan VOC. Setelah wafat (dimakamkan di Imogiri), ia digantikan oleh putranya bernama Raden Mas Sayidin yang bergelar Sri Susuhunan Hadi Prabu Hamangkurat I atau Hamangkurat I.

Terpecahnya Mataram

Hamangkurat I memindahkan lokasi keraton ke Plered (1647), tidak jauh dari Karta. Selain itu, ia tidak lagi menggunakan gelar sultan, melainkan "sunan" (dari "Susuhunan" atau "Yang Dipertuan"). Pemerintahan Hamangkurat I kurang stabil karena banyak ketidakpuasan dan pemberontakan. Pada masanya, terjadi pemberontakan besar yang dipimpin oleh Trunajaya dan memaksa Hamangkurat bersekutu dengan VOC. Ia wafat di Tegalarum (1677) ketika mengungsi sehingga dijuluki Sunan Tegalarum. Penggantinya, Hamangkurat II (Hamangkurat Amral), sangat patuh pada VOC sehingga kalangan istana banyak yang tidak puas dan pemberontakan terus terjadi. Pada masanya, keraton dipindahkan lagi ke Kartasura (1680), sekitar 5 km sebelah barat Pajang karena keraton yang lama dianggap telah tercemar.
Pengganti Hamangkurat II berturut-turut adalah Hamangkurat III (1703-1708), Pakubuwana I (1704-1719), Hamangkurat IV (1719-1726), Pakubuwana II (1726-1749). VOC tidak menyukai Hamangkurat III karena menentang VOC sehingga VOC mengangkat Pakubuwana I (Puger) sebagai raja. Akibatnya Mataram memiliki dua raja dan ini menyebabkan perpecahan internal. Hamangkurat III memberontak dan menjadi "king in exile" hingga tertangkap di Batavia lalu dibuang ke Ceylon (sebutan dunia Internasional dari Sri Lanka).
Kekacauan politik baru dapat diselesaikan pada masa Pakubuwana III setelah pembagian wilayah Mataram menjadi dua yaitu Kesultanan Ngayogyakarta dan Kasunanan Surakarta tanggal 13 Februari 1755. Pembagian wilayah ini tertuang dalam Perjanjian Giyanti (nama diambil dari lokasi penandatanganan, di sebelah timur kota Karanganyar, Jawa Tengah). Berakhirlah era Mataram sebagai satu kesatuan politik dan wilayah. Walaupun demikian sebagian masyarakat Jawa beranggapan bahwa Kesultanan Ngayogyakarta dan Kasunanan Surakarta adalah "ahli waris" dari Kesultanan Mataram.