Konsolidasi negara bagian di Somalia (1998–2006)

Somaliland

Pada tahun 1981, sekelompok imigran dari klan Isaaq di London membentuk Gerakan Nasional Somalia (SNM), yang mendedikasikan diri untuk mengalahkan Siad Barre, dan menyerang wilayah barat laut Somalia melalui Ethiopia selama perang sipil. Siad Barre melawan pasukan mereka selama lima tahun, namun akhirnya dipaksa untuk menarik diri dari bekas wilayah Somaliland Britania pada tahun 1991. SNM yang menang menguasai wilayah tersebut dan menyatakan diri mereka independen pada tanggal 18 Mei 1991.

Puntland

Pada tahun 1981, tiga kelompok dari para imigran Majertin yang anti-Siad Barre di Aden (saat itu bagian dari Yaman Selatan) membentuk Front Demokratik Keselamatan Somalia, dengan tujuan berperang bersama pasukan Ethiopia dalam Perang Ogaden melawan rezim Siad Barre. Invasi tersebut ditarik pada tahun 1982 ketika Amerika Serikat mengirim bantuan militer darurat ke Somalia. Organisasi ini semakin terpecah di sepanjang garis klan, yang menyebabkan banyak anggota terkemuka termasuk Abdullahi Yusuf Ahmed dipenjara, dan pembelotan banyak orang ke rezim Siad Barre.
Selama perang saudara, SSDF mulai mengkonsolidasikan kontrol mereka atas wilayah Mudug, Nugaal dan Bari. Saat periode anarki terjadi, daerah-daerah tersebut hancur berantakan dengan pertempuran faksi internal, dan usaha tekun oleh al-Ittihad al-Islami untuk mengambil alih wilayah tersebut dengan paksa dari markas mereka di Bosaso, yang menyebabkan perang berdarah yang sangat besar yang dimenangkan SSDF dengan pengorbanan tinggi. Akhirnya pada tahun 1998, SSDF bersama dengan Partai Persatuan Somalia dan Uni Demokratik Nasional Somalia sepakat untuk membentuk sebuah pemerintahan administrasi gabungan dan negara bagian, yaitu Puntland. Sejak saat itu, Puntland dan Somaliland kadang-kadang mengalami perselisihan mengenai wilayah Darod yaitu Sool dan Sanaag]].

Maakhir

Maakhir (Makhir) adalah negara bagian otonom yang diproklamirkan sendiri di Somalia, mennyatakan merdeka pada tanggal 1 Juli 2007 di wilayah yang "disengketakan" oleh Somaliland dan Puntland. Mereka mencari pengakuan dari Pemerintahan Transisi Federal Somalia. Kerangka tata kelola pemerintahan Maakhir mengacu pada sistem blok bangunan yang didukung oleh dunia internasional sebagai cara untuk membangun kembali negara Somalia yang kacau. Sistem pemerintahan tingkat lokal di Somalia ini dipandang sebagai strategi jangka panjang yang dapat diterapkan untuk menyelesaikan konflik antar-klan dan institusi pembangunan seperti polisi, sistem pengadilan dan militer lokal yang melindungi dan menjaga layanan dari LSM internasional serta ketentuan-ketentuan Program Pembangunan Perserikatan Bangsa-Bangsa. Negara bagian otonom ini umumnya dihuni oleh suku Warsangeli yang berkuasa. Negara bagian ini mengawali sejarahnya sebagai Kesultanan Warsangeli, yang telah ada selama lebih dari 600 tahun. Wilayah ini mengklaim sebagian besar wilayah Sanaag dan bagian barat Bari.

Jubaland

Faksi-faksi yang setia kepada Siad Barre, terutama dari klannya sendiri, Marehan, membentuk Front Nasional Somalia setelah dia digulingkan dari kekuasaan, sebagian besar berbasis di wilayah ini, dimana mereka menarik diri untuk mengikuti berakhirnya perang sipil. Di sekitar Kismayo, terjadi pertempuran antara klan Darood yang melarikan diri dari Mogadishu untuk menguasai kota, klan Harti utara yang dipimpin oleh Mohamed Hersi Morgan dan milisinya SPM, dan klan Marehan yang dipimpin oleh Ahmed Warsame dan milisinya SNF. SPM-Harti mundur dari kota setelah kalah dalam perang. Negara bagian Jubaland didirikan pada tanggal 3 September 1998, namun pemerintah ini bertahan kurang dari setahun sebelum digulingkan oleh beberapa faksi dari Front Nasional Somalia, membentuk sebuah rezim baru yang kuat atas seluruh Jubaland, yang bernama Aliansi Lembah Juba pada tanggal 11 Juni 1999. JVA memilih untuk bergabung dengan Pemerintah Transisi Nasional (TNG) pada tanggal 18 Juni 2001, namun pada bulan Januari 2006 mereka berubah pikiran dan membentuk negara otonom mereka di Jubaland. Negara bagian ini hanya bertahan kurang dari satu tahun, karena Uni Pengadilan Islam membawa banyak faksi JVA ke pihak mereka dan mengambil alih Kismayo tanpa melepaskan tembakan pada tanggal 24 September 2006.

Somalia Barat Daya

Klan Rahanweyn tidak berperan aktif dalam periode awal perang saudara, dan justru memilih untuk mengatasi konflik tersebut. Namun, pada saat puncak anarki, milisi Mohamed Farrah Aidid menyerang Baidoa, merebut kendali kota terpenting di Rahanweyn ini pada tanggal 17 September 1995. Sebagai tanggapan atas peristiwa ini, para pemimpin Rahanweyn ini bertemu di Jhaffey pada tanggal 13 Oktober 1995 dan setuju untuk membentuk sebuah pasukan aliansi untuk melawan Aidid, Tentara Perlawanan Rahanweyn (RRA). Memaksa Aidid keluar dari wilayah mereka memakan waktu hampir empat tahun, namun pada tanggal 6 Juni 1999, Aidid mundur dari Baidoa dan RRA mengejarnya sampai ke Shabelle Bawah, hingga konferensi Arta menetapkan pembentukan pemerintah transisi. RRA akhirnya memilih untuk membentuk negara bagian mereka sendiri di Somalia Barat Daya pada tanggal 1 April 2002. Para pemimpin pada awalnya mendukung Pemerintah Transisi Nasional (TNG), namun kemudian membagi dukungan tersebut untuk saingan mereka, Dewan Rekonsiliasi dan Restorasi Somalia (SRRC). Beberapa di antaranya tetap setia pada gerakan TNG. Kedua belah pihak akhirnya berdamai dan mendukung Pemerintah Transisi Federal (TFG) dan berperan sebagai tuan rumah bagi mereka di Baidoa.

Pemerintah Transisi Nasional

Sebuah konferensi di kota wisata di Djibouti, Arta, berhasil mengakhiri kekerasan di antara faksi-faksi dalam organisasi USC, dan membuat langkah menuju persatuan, namun gagal untuk membentuk sebuah pemerintahan yang komprehensif. Banyak faksi menolak untuk hadir karena mereka tidak dapat menetapkan persyaratan rekonsiliasi, dan pendukung mereka, Ethiopia, menentang TNG. Faksi-faksi pro-Ethiopia ini membentuk gerakan pemerintah nasional pan-kesukuan mereka sendiri, Dewan Rekonsiliasi dan Restorasi Somalia (SRRC).

Pemerintah Transisi Federal

Usaha kedua untuk membentuk pemerintahan nasional yang lebih komprehensif dilakukan di Kenya. Kali ini para pemimpin fraksi di parlemen diizinkan untuk menetapkan persyaratan, dan Ethiopia memberikan pengaruh yang diinginkannya. Pemerintah pindah ke Jowhar dan Abdullahi Yusuf Ahmed terpilih sebagai presiden oleh Parlemen Transisi Federal (TFP), membawa Puntland ke dalam Pemerintah Transisi Federal (TFG). Karena persyaratan rekonsiliasi, para pemimpin faksi dan fraksi tetap merupakan wilayah pemerintahan yang sepenuhnya otonom, dan TFG menjadi lebih seperti versi miniatur dari Liga Rakyat Somalia, dan hampir tidak berdaya. Perselisihan masih disikapi dengan sengit, seperti perselisihan antara Mohamed Ibrahim Habsade dan rekan-rekannya sesama pemimpin RRA, Hassan Mohamed Nuur dan Adan Mohamed Nuur Madobe atas kendali Baidoa pada tahun 2005. Ketiganya adalah anggota parlemen baru, dan dua orang terakhir pemimpin bahkan merupakan menteri di pemerintahan.

Uni Pengadilan Islam

Pada tahun 1984 dua organisasi Islam reaksioner, al-Jamma al-Islamiya (Asosiasi Islam) yang dipimpin oleh Sheikh Mohammed Eissa (berbasis di selatan), dan Wahdat al-Shabab al-Islam (Persatuan Pemuda Islam) yang dipimpin oleh Sheikh Ali Warsame, bertemu di Burao di Somalia utara untuk membentuk sebuah organisasi baru untuk menggulingkan rezim Siad Barre yang disebut al-Ittihad al-Islami (AIAI). Tujuan dari organisasi bersatu ini ada dua: Satu, untuk mengalahkan Siad Barre dan mendirikan sebuah negara Islam di Somalia dan dua, untuk menyatukan Somalia Raya (Djibouti, Kenya timur laut, dan wilayah Somalia di Ethiopia) ke negara bagian tersebut. Selama perang saudara, AIAI membangun kekuatan di dua wilayah, wilayah Gedo dan di barat laut, dan melakukan kebijakan ekspansi wilayah yang berani selama periode anarki, menaklukkan wilayah independen mereka sendiri di Bosaso pada tahun 1992. Namun, Ethiopia menyerbu Gedo beberapa kali dan menghancurkan AIAI, menduduki Gedo selama beberapa tahun, dan Puntland berhasil menghancurkan AIAI di bagian utara pada tahun 1992 hingga 1993.
Kejutan terhadap AIAI bersifat menghancurkan dan organisasi tersebut pada dasarnya dibubarkan ke dalam Pengadilan Islam independen kecil yang tersebar di seluruh wilayah di Somalia, tempat dimana Ethiopia dan Puntland atau pihak lain tidak memiliki pengaruh, menjadi wilayah pusat tanpa hukum. Pengadilan-pengadilan ini kembali berakar pada gerakan sosial mereka, bukannya gerakan revolusioner, dan mulai menawarkan arbitrasi hukum oleh Syariah dan layanan sosial, secara perlahan membangun kembali dukungan terhadap mereka. Selama masa ini, elemen revolusioner pengadilan dilemahkan oleh pihak-pihak yang lebih moderat yang terutama tertarik oleh aspek sosial gerakan tersebut, menyeimbangkan antara keduanya. Keadaan ini terus berlanjut selama bertahun-tahun sampai 11 pengadilan yang berbasis di Mogadishu ini bergabung untuk membentuk Uni Pengadilan Islam, dengan agenda yang jauh lebih menarik: memulihkan hukum dan ketertiban.
Menariknya bagi semua orang kecuali para pemimpin fraksi, yang mencontohkan despotisme kriminal, dan pada bulan Mei 2006 UIC terlibat dalam perang jalanan dengan pemimpin fraksi, yang telah bergabung dan mendapatkan dukungan finansial dari AS untuk mengalahkan mereka. Hal itu belum cukup, dan UIC meraih kemenangan total pada tanggal 6 Juni 2006. UIC tersingkir dari Mogadishu dan dihubungkan dengan pengadilan independen di Somalia tengah, membentuk sebuah pemerintahan yang dengan cepat mengalahkan semua negara bagian lain di Somalia pada tanggal 16 Agustus 2006.

Galmudug

Berbagai tetua klan yang dipimpin oleh subklan Sacad dari Habir Gidir menyatakan bahwa Galmudug menjadi sebuah negara pada tanggal 14 Agustus 2006 di Galkacyo bagian selatan, Galinsoor dan Bandiradley, yang akan mencakup seluruh wilayah Mudga selatan.