Ma'had Al-Zaytun

Kurikulum

Ponpes yang memiliki landasan yaitu "Pesantren spirit but modern system" ini menggunakan kurikulum yang mengacu pada Kementerian Agama dan Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan. Muatan lokal pun diberikan kepada para siswa, seperti Piagam Madinah dan Hak Asasi Manusia serta Jurnalistik. Selain itu, siswa dibekali kemampuan didaktik agar bisa mengajar. Santri Al-Zaytun mengatakan bahwa mereka diajarkan Islam yang terbuka dan toleran, menghindari perpecahan seperti pada aliran Sunni dan Syiah dan menerima penganut agama lain, seperti ditulis oleh Post-Gazette, "Students at the school say they are taught an open, tolerant version of Islam, eschewing divisions such as Sunni and Shiite and accepting adherents of other religions."

ICDL-AGICT

Pendidikan komputer bekerjasama dengan lembaga International Computer Driving Licence (ICDL) untuk sertifikasi penggunaan komputer tingkat dasar.
ICDL Al-Zaytun Global Information and Communication Technology (ICDL-AGICT) didirikan tahun 2002. Pada 3 Januari 2003 ICDL-AGICT mendapatkan akreditasi dari kantor pusat ICDL, di London, Inggris sebagai test centre yang pertama untuk seluruh kawasan Indonesia.
Pada bulan Desember 2006 ICDL Licensee in Indonesia, atau ICDL AGICT, sebagai perpanjangan tangan kantor pusat ICDL di Indonesia, berhasil membangun kesepakatan kerjasama dengan Dirjen Pendidikan Luar Sekolah (PLS), Depdiknas, untuk memberikan pelatihan-pelatihan penguasaan komputer, kepada unit-unit pelaksana teknis daerah pendidikan nonformal.
Dengan akreditasi yang dimiliki itulah, ICDL-AGICT berhak merekrut peserta, melakukan pelatihan menggunakan silabus dan kurikulum dari ICDL, serta melaksanakan serangkaian tes kepada peserta pelatihan untuk mendapatkan sertifikasi ICDL. Pada 12-18 Maret 2007 Al-Zaytun melaksanakan pelatihan sertifikasi ICDL kepada 39 pegawai negeri sipil (PNS) yang berdinas di Unit Pelaksana Teknis (UPT) Daerah, Pendidikan Luar Sekolah. Peserta berasal dari 17 daerah di seluruh Indonesia.

NCC Education

Pendidikan komputer bekerjasama dengan lembaga NCC Education untuk jenjang pendidikan komputer sampai tingkat Master.

PKBM

Bagi masyarakat sekitar, melalui PKBM (Pusat Kegiatan Belajar Masyarakat), Al-Zaytun membuka kelas dewasa untuk keterampilan-keterampilan baik peternakan, pertanian, pertukangan dan juga kelas KF (Keaksaraan Fungsional) bagi mereka yang belum dapat membaca dan menulis.

Masjid

Di lingkungan pesantren ini terdapat Masjid Rahmatan lil 'Alamin yang masih dalam tahap pembangunan. Masjid ini berukuran enam hektar dan berlantai enam dengan kapasitas mencapai 100.000 orang. Terdapat pula Masjid Al-Hayat yang dapat menampung 7000 orang.

Gedung Pembelajaran dan Asrama Santri

Al Zaytun saat ini memiliki 6 gedung sebagai tempat belajar mengajar. Gedung tersebut yakni gedung Abu Bakar Al-Shiddiq, Gedung Umar Ibnu Khaththab, Gedung Utsman Ibnu Affan, Gedung Ali bin Abi Thalib yang kesemuanya adalah nama sahabat Nabi Muhammad SAW. Sedangkan dua gedung lagi diambil dari nama Presiden pertama dan kedua RI, Ir. Soekarno dan HM Soeharto.
Gedung asrama yang sudah selesai dibangun di antaranya Gedung Al-Mushthofa, Gedung Al-Fajr, Gedung Al-Nur, Gedung Al-Madani, Gedung Persahabatan, Gedung Syarifah Hidayatullah.

Program Pertanian Terpadu

Untuk membangun kemandirian pesantren ini menerapkan Program Pertanian Terpadu. Program ini meliputi pertanian, peternakan dan perikanan sebagai satu kesatuan yang saling terikat. Berbagai teknologi dipelajari dan diterapkan di lapangan, di antaranya teknologi kultur jaringan, pemuliaan tanaman dan pembibitan, transfer embrio dan inseminasi buatan, teknologi pemerahan susu, teknologi pasteurisasi untuk pengolahan susu, teknologi pembuatan silase, teknologi pembuatan pupuk dari kotoran ternak, kotoran manusia dan urin manusia, pembuatan pupuk dari daun-daunan dan teknologi pembuatan pupuk bokasi dan kascing.
Alumni Program Pendidikan Pertanian Terpadu (P3T) langsung dikaryakan untuk mengelola lahan di pesantren ini serta menangani koperasi simpan pinjam yang bekerjasama dengan masyarakat desa sekitar pesantren, serta memberikan penyuluhan untuk peningkatan hasil pertanian masyarakat desa sekitar. Masyarakat Koperasi Desa Mekarjaya-Ma’had Al Zaytun (MKDM-MAZ) membantu permodalan masyarakat untuk berusahatani padi.

Bidang Olahraga

Menjadi tuan rumah pada Pekan Olahraga dan Seni antar Pondok Pesantren Tingkat Nasional (POSPENAS) pertama yang diselenggarakan pada tahun 2001 diikuti 2.668 Olahragawan, Seniman & Official seluruh Provinsi dan dibuka oleh Mendiknas, A. Malik Fajar.

Kontroversi

Pada tahun 2002 Majelis Ulama Indonesia (MUI) mengadakan penelitian mengenai pesantren ini dan hasilnya menyatakan bahwa ada keterkaitan kepemimpinan dan finansial antara Ma'had Al-Zaytun dengan Negara Islam Indonesia (NII) KW 9.
Menanggapi isu-isu yang kemudian berkembang di masyarakat mengenai keterkaitan Ponpes Al-Zaytun dengan NII pada tahun 2011, Panglima TNI Jenderal Moeldoko yang saat itu menjabat panglima Kodam III/Siliwangi, berinisiatif untuk melakukan komunikasi dari kedua pihak, baik dari Panji Gumilang selaku pengasuh Pesantren Al-Zaytun dan kelompok masyarakat tertentu. Hasilnya, isu bahwa Ponpes Al-Zaytun mendidik siswa atau santri agar menolak Pancasila tidak terbukti sama sekali. "Sekarang kita lihat hasilnya, gaya komunikasi yang saya lakukan. Tidak ada kecurigaan lagi. Ini masalahnya komunikasi," demikian ujar Moeldoko.
Mantan Kepala Badan Intelijen Negara Hendropriyono membantah jika Ponpes Al-Zaytun disebut sebagai sarang kelompok NII. Ia mengaku sering berkunjung ke pondok pesantren tersebut. Hendopriyono dalam buku Al-Zaytun Sumber Inspirasi Bermasyarakat, Berbangsa dan Bernegara yang ditulis Drs. Ch. Robin Simanullang, menegaskan: ""Al-Zaytun ini mengajarkan toleransi dan perdamaian, mengajarkan Pancasila dan mendidik santrinya supaya menjadi warga negara Republik Indonesia yang baik, sesuai kurikulum Kementerian Pendidikan Nasional dan Kementerian Agama Republik Indonesia. Itu kebenarannya. Tapi oleh orang-orang lain masih dituding NII (Negara Islam Indonesia). Bagaimana mungkin NII mengajarkan Pancasila? Bukankah NII menentang dan mengkafirkan Pancasila dan NKRI?" Pembuktian bahwa Ponpes tersebut bukan sarang NII dapat dilihat dari beberapa hal. Salah satunya adalah hasil dari penelitian tim Kementerian Agama, yang menyatakan bahwa ajaran dalam Ponpes tersebut tidak ada yang menyalahi ajaran Islam.
Salah seorang alumni Ponpes Al-Zaytun yang berasal dari Kota Palangka Raya, Provinsi Kalimantan Tengah, merasa keberatan jika lembaga tempatnya menuntut ilmu dituding sebagai sarang Negara Islam Indonesia (NII). Ia mengaku tidak pernah menemukan indikasi mencurigakan seperti penerapan paham-paham radikal dan NII. "...Jangan mentang-mentang salah satu pengurus ponpes bekas anak buah Kartosoewiryo, yang pernah membina pesantren ini, sehingga Al-Zaytun terbawa-bawa dengan gerakan NII," ujarnya.
Sedang Pimpinan Ponpes, Panji Gumilang menanggapi isu-isu tersebut dengan mengatakan bahwa persoalan NII menurut sejarah Indonesia sudah selesai pada tahun 1962. Terkait dengan persoalan finansial, Panji Gumilang menjelaskan, semuanya didapat dari uang siswa dan usaha ekonomi pesantren. Misalnya, pertanian padi dan perkebunan jati. Selain itu, dia mengatakan bahwa beberapa sahabatnya memberikan bantuan dana.