Yoweri Museveni

Masa muda dan awal karier (1944–1972)

Museveni yang dilahirkan di Ntungamo di barat Uganda, adalah anggota kelompok etnis Nyankole. Ia diberi nama keluarga, Museveni, yang artinya "Anak orang dari [Pasukan] ke-Tujuh", untuk menghormati Batalyon ke-7 dari King's African Rifles, pasukan kolonial Britania yang banyak mempunyai anggota orang Uganda yang melayani dalam Perang Dunia II. Nama tengahnya diambil dari nama ayah tirinya, Amos Kaguta, seorang gembala ternak yang dinikahi ibunya, Esteri Kokundeka, di Ntungamo. Amos Kaguta juga adalah ayah dari saudara tiri Museveni, Caleb Akandwanaho, yang lebih dikenal di Uganda sebagai "Salim Saleh", dan saudara perempuannya Violet Kajubiri.
Museveni belajar di SD Kyamate, SMA Mbarara, dan Sekolah Ntare. Sementara di SMU itulah ia menjadi seorang Kristen yang lahir baru. Pada 1967, ia belajar di Universitas Dar es Salaam di Tanzania dalam bidang ekonomi dan ilmu politik dan menjadi seorang Marxis tak terkonstruksi. Ia terlibat dalam politik pan-Afrika yang radikal. Sementara di universitas, ia membentuk Front Revolusioner Mahasiswa Afrika, sebuah kelompok aktivis, dan memimpin sebuah delegasi mahasiswa ke wilayah FRELIMO di Mozambik Portugis, dan di sana ia mendapatkan latihan gerilya. Museveni yang belajar antara lain di bawah bimbingan Walter Rodney, yang kiri, menulis tesis seniornya tentang penerapan kekerasan revolusioner Frantz Fanon di Afrika pasca-kolonial.
Pada 1970, Museveni bergabung dengan dinas intelijen militer Presiden Milton Obote. Ketika Mayjen Idi Amin merebut kekuasaan dalam sebuah kudeta militer pada Januari 1971, Museveni melarikan diri ke Tanzania dengan para pengungsi lainnya, termasuk presiden yang tergulingkan. Basis kekuasaan Amin dan Obote sangat berbeda, hingga menyebabkan perbedaan etnis dan regional yang signifikan dan bahkan menimbulkan konflik. Obote berasal dari kelompok etnis Lango dari utara tengah, sementara Amin adalah seorang Kakwa dari sudut barat laut negara itu. Pemerintah kolonial Britania telah mengatur politik internal koloni itu sehingga Lango dan Acholi mendominasi militer nasional, sementara orang-orang dari bagian barat negara itu aktif dalam bisnis. Situasi ini bertahan hingga kudeta itu terjadi, ketika Amin mengisi posisi-posisi puncak di pemerintahan dengan orang-orang Kakwa dan Lugbara dan dengan kejam menindas sekutu-sekutu Lango dan Acholi mereka.

FRONASA dan penggulingan Amin (1972–1980)

Pasukan-pasukan di pembuangan yang menentang Amin, dan yang umumnya terdiri dari suku Lango dan Acholi, menyerang Uganda dari Tanzania pada September 1972, namun dipukul balik dan mengalami kekalahan besar. Situasi para pemberontak dipersulit oleh perjanjian perdamaian yang kemudian ditandatangani oleh Tanzania dan Uganda, yang isinya melarang kaum pemberontak menggunakan wilayah Tanzania untuk melakukan agresi terhadap Uganda. Museveni untuk waktu singkat bekerja sebagai dosen di sebuah sekolah tinggi di Moshi, di Tanzania utara, namun kemudian memisahkan diri dari oposisi arus utama dan membentuk Front untuk Keselamatan Nasional (FRONASA) pada 1973. Pada bulan Agustus tahun yang sama, ia menikahi Janet Kataha, seorang bekas sekretaris dan pramugari udara dan mereka dikaruniai empat orang anak.
Pada Oktober 1978, Presiden Idi Amin memerintahkan penyerangan ke Tanzania untuk mengklaim wilayah Kagera untuk Uganda. Sejak 24 hingga 26 Maret 1979, Museveni dan FRONASA menghadiri suatu pertemuan orang-orang yang hidup di pembuangan dan kelompok-kelompok pemberontak di kota Moshi, Tanzania utara. Dengan mengatasi perbedaan-perbedaan ideologi, setidak-tidaknya untuk sementara waktu, berbagai kelompok itu membentuk Front Pembebasan Nasional Uganda (UNLF). Museveni ditunjuk menjadi anggota Dewan Eksekutif yang terdiri dari 11 orang, dan diketuai oleh Yusuf Lule. Dewan ini didampingi oleh Dewan Konsultatif Nasional (NCC) dengan satu orang anggota untuk masing-masing dari ke-28 kelompok yang terwakili dalam pertemuan itu. UNLF menggabungkan pasukan-pasukannya dengan tentara Tanzania untuk melakukan suatu serangan balasan yang memuncak dengan penggulingan rezim Amin pada April 1979. Museveni ditunjuk menjadi Menteri Negara untuk Urusan Pertahanan dalam pemerintahan UNLF yang baru. Ia adalah menteri termuda dalam pemerintahan Yusuf Lule. Ribuan pasukan yang direkrut Museveni untuk bergabung ke dalam FRONASA selama perang dipersatukan ke dalam tentara nasional yang baru. Namun mereka tetap setia kepada Museveni, dan hal ini kelak sangat menentukan dalam pemberontakan-pemberontakan di kemudian hari terhadap rezim kedua Obote.
NCC memilih Godfrey Binaisa sebagai ketua yang baru dari UNLF setelah pertikaian internal yang menyebabkan digulingkannya Yusuf Lule pada Juni 1979. Upaya-upaya Binaisa untuk mengonsolidasikan kekuasaan berlanjut dengan cara yang sama seperti pendahulunya. Pada November, Museveni dipindahkan dari Departemen Pertahanan ke Departemen Kerjasama Regional sementara Binaisa sendiri mengambil alih jabatan di Pertahanan. Pada Mei 1980, Binaisa sendiri dikenai tahanan rumah setelah upayanya untuk menyingkirkan Oyite Ojok, kepala staf angkatan darat – dalam apa yang merupakan kudeta de facto yang dipimpin oleh Paulo Muwanga, Yoweri Museveni, Oyite Ojok dan Tito Okello. Sebuah Komisi Kepresidenan, dengan Museveni sebagai Wakil Ketuanya, dibentuk dan dengan cepat mengumumkan rencana-rencana untuk mengadakan pemilihan umum pada Desember.
Museveni yang kini menjadi tokoh yang cukup dikenal secara nasional, membentuk sebuah partai politik yang baru, Gerakan Patriotik Uganda (UPM), yang kemudian memenangkan pemilihan-pemilihan umum. Museveni kemudian bertarung melawan tiga kelompok politik lainnya: Kongres Rakyat Uganda (UPC), yang dipimpin oleh bekas Presiden Milton Obote; Partai Konservatif (CP); Partai Demokratik (DP). Dua petarung utamanya adalah UPC dan DP. Hasil-hasil resmi menyatakan bahwa UPC adalah pemenangnya, sementara partai Museveni, UPM, hanya memperoleh satu di antara 126 kursi yang tersedia. Sejumlah penyimpangan menyebabkan pemungutan suara tidak dapat dipercaya. Dalam perencanaan pemilu, pemimpin komisi yang berkuasa, Paulo Muwanga, mendukung pandangan UPC bahwa masing-masing kandidat harus mempunyai kotak suara yang terpisah. Hal ini ditentang keras oleh partai-partai yang lainnya, yang menyatakan bahwa hal itu akan membuat pemungutan suara mudah dimanipulasi. Konfigurasi batas-batas politik juga mungkin telah menolong UPC. Daerah-daerah pemilihan yang umumnya pro UPC di Uganda utara mempunyai suara yang secara proporsional lebih sedikit daripada Buganda yang anti-UPC, sehingga partai Obote mendapatkan lebih banyak kekuasaan. Kecurigaan-kecurigaan akan terjadinya kecurangan semakin diperkuat oleh pengumuman Muwanga pada hari pemilu bahwa semua hasilnya harus disahkan dulu olehnya sebelum diumumkan kepada masyarakat. Partai-partai yang kalah menolak mengakui keabsahan rezim yang baru, sambil menyebutkan penyimpangan-penyimpangan pemungutan suara yang terjadi di mana-mana.

Obote II dan Pasukan Perlawanan Nasional

Museveni kembali dengan pendukung-pendukungnya ke pusat-pusat kekuatan mereka di pedesaan di daerah selatan dan barat daya yang didominasi suku Bantu untuk membentuk Tentara Perlawanan Rakyat (PRA). Di sana mereka merencanakan pemberontakan terhadap rezim kedua Obote, yang populer dikenal sebagai "Obote II", dan angkatan bersenjatanya, Pasukan Pembebasan Nasional Uganda (UNLA). Pemberontakan dimulai dengan serangan ke instalasi militer di distrik Mubende tengah pada 6 Februari 1981. PRA kemudian bergabung dengan kelompok perlawanan yang dipimpin bekas Presiden Yusufu Lule, Pejuang Kemerdekaan Uganda (UFF), untuk membentuk Tentara Perlawanan Nasional (NRA) dengan sayap politiknya, Gerakan Perlawanan Nasional (NRM). Dua kelompok pemberontak lainnya, Front Penyelamatan Nasional Uganda (UNRF) dan Bekas Tentara Nasional Uganda (FUNA), terbentuk di Nil Barat dari sisa-sisa pendukung Amin dan melibatkan pasukan-pasukan Obote.
NRM/A mengembangkan "Program Sepuluh Butir" untuk suatu pemerintahan yang baru, yang meliputi demokrasi, keamanan, konsolidasi persatuan nasional, membela kemerdekaan nasional, membangun ekonomi yang independen, terintegrasi dan swa-sembada, perbaikan pelayanan sosial, penghapusan korupsi dan penyalahgunaan kekuasaan, perbaikan atas ketidakseimbangan, kerja sama dengan negara-negara Afrika lainnya dan ekonomi campuran.
Pada Juli 1985, Amnesti Internasional memperkirakan bahwa rezim Obote telah bertanggung jawab atas kematian lebih dari 300.000 warga sipil di seluruh Uganda. Organisasi hak-hak asasi manusia itu telah beberapa kali menghadap pemerintah untuk menuntut perbaikan catatan hak-hak asasi manusia nya yang mengerikan sejak 1982. Pelanggaran hak-hak asasi khususnya sangat jelas terjadi di daerah Uganda tengah yang dikenal sebagai Segi tiga Luwero. Laporan-laporan dari Uganda pada masa ini menimbulkan kecaman internasional terhadap rezim Obote dan meningkatnya dukungan internasional terhadap pasukan-pasukan pemberontak Museveni. Di dalam Uganda sendiri, penindasan yang brutal terhadap pemberontakan telah mempersatukan suku Buganda, kelompok etnis terbesar di Uganda, dengan NRA dalam menghadapi UNLA, yang dianggap didominiasi oleh orang-orang utara, khususnya suku Lango dan Acholi. Hingga kematiannya pada 2005, Milton Obote menuduh NRA bertanggung jawab atas pelanggaran hak-hak asasi di kalangan suku Luwero.

Perjanjian Nairobi 1985

Pada 27 Juli 1985, perpecahan di dalam pemerintahan UPC menyebabkan terjadinya sebuah kudeta militer yang berhasil terhadap Obote oleh bekas komandan Angkatan Daratnya, Letjen Tito Okello, seorang suku Acholi. Museveni dan NRM/A marah karena revolusi yang telah mereka perjuangkan selama empat tahun telah “dibajak” oleh UNLA, yang mereka anggap telah kehilangan nama karena pelanggaran-pelanggaran hak-hak asasi manusia yang parah pada masa Obote II. Namun, meskipun pihak Museveni bersikap hati-hati, NRM/A akhirnya setuju untuk menghadiri perundingan perdamaian yang diadakan oleh sebuah delegasi Kenya yang dipimpin oleh Presiden Daniel arap Moi.
Perundingan ini, yang berlangsung dari 26 Agustus hingga 17 Desember, berlangsung dengan sangat tidak bersahabat, dan gencatan senjata yang dihasilkannya dibatalkan dalam waktu yang sangat singkat sesudah itu. Kesepakatan terakhir, yang ditandatangani di Nairobi, menyerukan gencatan senjata, demiliterisasi Kampala, integrasi pasukan-pasukan NRA dengan pasukan-pasukan pemerintah, dan digabungkannya pimpinan NRA ke dalam Dewan Militer. Syarat-syarat ini tidak pernah dipenuhi.
Prospek tentang suatu kesepakatan yang langgeng dihalangi oleh sejumlah faktor, termasuk, antara lain, kurangnya pengetahuan yang mendalam pada pihak Kenya mengenai situasi di Uganda dan tidak diundangnya sejumlah pelaku yang relevan di Uganda maupun dari tingkat internasional dalam pembicaraan itu. Akhirnya, Museveni dan sekutu-sekutunya menolak untuk berbagi kekuasaan dengan para jenderal yang tidak mereka hormati, apalagi sementara itu NRA mampu mencapai kemenangan militer secara mutlak.

Dorongan untuk Kampala

Sementara mestinya terlibat dalam perundingan-perundingan perdamaian, Museveni mendekati Jenderal Mobutu dari Zaire dalam upaya menangkal keterlibatan pasukan-pasukan Zaire dalam mendukung junta militer Okello. Namun, pada 20 Januari 1986, beberapa ratus pasukan yang setia kepada Idi Amin disertai oleh militer Zaire memasuki wilayah Uganda. Pasukan-pasukan itu ikut campur di dalam konflik sipil setelah beralngsungnya latihan rahasia di Zaire dan imbauan dari Okello sepuluh hari sebelumnya. Dukungan Mobutu terhadap Okello merupakan utang yang kelak diselesaikan oleh Museveni bertahun-tahun kemudian, ketika ia memerintahkan pasukan-pasukan Uganda terlibat dalam konflik yang akhirnya menggulingkan pemimpin Zaire itu.
Namun, pada tahap ini, NRA telah mengembangkan momentum yang tidak dapat dihentikan. Pada 22 Januari, pasukan-pasukan pemerintah di Kampala telah mulai meninggalkan pos-pos mereka beramai-ramai sementara pasukan-pasukan pemerontak merebut wilayah di selatan dan barat daya Uganda. Pada tanggal 25, faksi yang dipimpin oleh Museveni akhirnya merebut ibu kota. NRA menggulingkan pemerintahan Okello dan mengumumkan kemenangan esok harinya.
Museveni diangkat sumpah sebagai Presiden tiga hari kemudian pada 29 Januari. "Ini bukanlah sekadar pergantian pengawal; ini adalah perubahan yang mendasar," ujar Museveni setelah upacara yang dipimpin oleh Hakim Agung kelahiran Britania, Peter Allen. Berbicara kepada kerumunan yang terdiri dari ribuan orang di luar parlemen Uganda, preisen yang baru menjanjikan pemulihan demokrasi dan mengatakan: "Rakyat Afrika, rakyat Uganda, berhak memiliki pemerintahan yang demokratis. Ini bukanlah hadiah dari rezim manapun. Rakyat yang berdaulat haruslah menjadi publik, bukan pemerintah."

Regenerasi politik dan ekonomi

Rezim-rezim sesudah Amin di Uganda dicirikan oleh korupsi, sektarianisme dan ketidakmampuan untuk memulihkan ketertiban dan mendapatkan legitimasi rakyat. Museveni harus menghindari pengulangan kesalahan-kesalahan ini apabila pemerintahannya tidak ingin mengalami nasib yang sama. NRM mengumumkan pemerintahan sementara selama empat tahun, yang terdiri dari basis etnis yang lebih luas daripada pendahulu-pendahulunya. Namun, wakil-wakil dari berbagai faksi ini dipilih langsung oleh Museveni. Kekerasan sektarian yang telah membayang-bayangi sejarah Uganda baru-baru ini diajukan sebagai pembenaran untuk membatasi kegiatan-kegiatan partai-partai politik dan basis-basis pendukung mereka yang khas etnis. Sistem non-partai tidak melarang partai-partai politik, namun mencegah mereka untuk mengajukan calon-calon mereka secara langsung dalam pemilu. Apa yang disebut sistem “Gerakan” ini, yang menurut Museveni mengklaim kesetiaan dari setiap warga Uganda, kelak menjadi batu penjuru dalam politik selama hampir 20 tahun.
Sistem Dewan Perlawanan, yang dipilih secara langsung pada tingkat kelurahan, dibentuk untuk mengelola urusan-urusan lokal, termasuk distribusi komoditi-komoditi dengan harga pasti secara merata. Pemilihan anggota-anggota Dewan Perlawanan adalah pengalaman langsung pertama yang dirasakan oleh banyak warga Uganda dengan demokrasi setelah berpuluh-puluh tahun mengalami berbagai tingkat otoriterianisme. Peniruan strukturnya hingga ke tingkat distrik telah dipuji karena telah menolong rakyat pada tingkat lokal untuk memahami struktur-struktur politik pada tingkat yang lebih tinggi.
Pemerintahan yang baru mendapatkan dukungan internasional yang luas, dan ekonomi yang telah dirusakkan oleh perang saudara telah mulai pulih setelah Museveni mulai merancang kebijakan-kebijakan ekonomi untuk melawan masalah-masalah penting seperti hiperinflasi dan neraca pembayaran. Dengan meninggalkan gagasan-gagasan Marxisnya, Museveni merangkul penyesuaian struktural neo-liberal yang dianjurkan oleh Bank Dunia dan Dana Moneter Internasional (IMF).
Uganda mulai ikut serta dalam sebuah Program Pemulihan Ekonomi (ERP) IMF pada 1987. Tujuan-tujuannya mencakup pemulihan insentif untuk menggalakkan pertumbuhan, investasi, lapangan kerja, dan ekspor, promosi dan diversifikasi perdagangan dengan tekanan khusus pada promosi ekspor, penghapusan halangan-halangan birokratis dan pencabutan modal dari perusahaan-perusahaan publik yang sakit dengan tujuan meningkatkan pertumbuhan ekonomi dan pembangunan yang dapat dipertahankan melalui sektor swasta, liberalisasi perdagangan pada segala tingkat.

Konflik regional

Di Uganda, ada banyak sekali imigran Rwanda dari etnis Tutsi – yang merupakan bagian yang cukup besar dari pejuang-pejuang NRA. Kelompok pemberontak Front Patriotik Rwanda yang didominasi suku Tutsi dan berbasis di Uganda adalah sekutu-seku erat NRA, dan telah begitu Museveni berhasil mengukuhkan genggamannya di pusat kekuasaan, ia membantu perjuangan mereka. Serangan-serangan yang gagal dilakukan oleh RPF terhadap pemerintahan Hutu di Rwanda pada paruhan pertama tahun 1990-an dari basis-basis di Uganda barat daya. Baru setelah terjadinya genosida Rwanda pada 1994 RPF mengambil alih kekuasaan dan pemimpinnya, Paul Kagame (seorang bekas tentara di pasukan Museveni), menjadi presiden.
Setelah Genosida Rwanda, pemerintah Rwanda yang baru merasa terancam oleh kehadiran bekas tentara-tentara Rwanda dan anggota-anggota dari rezim sebelumnya (di seberang perbatasan Rwanda di Kongo – yang saat itu dikenal sebagai Zaïre) . Para serdadu ini dibantu oleh Mobutu Sese Seko – yang memimpin Rwanda (dengan bantuan Museveni) dan para pemberontak Laurent Kabila untuk menggulingkannya dan mengambil alih kekuasaan di Kongo. (lihat Artikel utama: Perang Kongo I).
Pada Agustus 1998, Rwanda dan Uganda berusaha menyerang Kongo kembali, kali ini untuk menggulingkan bekas sekutu Museveni dan Kagame – Kabila (lihat Artikel utama: Perang Kongo II). Museveni dan segelintir penasihat militer dekatnya saja yang membuat keputusan untuk mengirim Tentara Pertahanan Rakyat Uganda (UPDF) ke Kongo. Sejumlah sumber di tingkat tinggi menunjukkan bahwa parlemen dan para penasihat sipil Uganda tidak dikonsultasikan tentang hal ini, seperti yang diwajibkan oleh konstitusi 1995. Museveni tampaknya berhasil meyakinkan seorang panglima yang mulanya enggan untuk ikut serta dalam usaha ini. “Kami merasa bahwa orang-orang Rwanda yang memulai perang, dan sudah menjadi tugas mereka untuk melanjutkan dan menyeleasikan tugas ini, tetapi Presiden kita mengambil waktu yang lama dan meyakinkan kita bahwa kita mempunyai kepentingan dalam apa yang sedang terjadi di Kongo", demikian dilaporkan dikatakan oleh seorang pejabat senior. Alasan-alasan resmi yang diberikan Uganda untuk intervensi ini adalah untuk menghentikan “genosida” terhadap orang-orang Banyamulenge di Republik Demokratis Kongo, bersamaan dengan pasukan-pasukan Rwanda , dan bahwa Kabila telah gagal memberikan jaminan keamanan di sepanjang perbatasan dan membiarkan Pasukan-pasukan Demokratis Sekutu (ADF) menyerang Uganda dari garis belakang di Kongo. Pada kenyataannya UPDF tidak dikerahkan di daerah perbatasan, melainkan lebih dari 1.000 km di sebelah barat perbatasan Uganda dengan Kongo  dan untuk mendukung para pemberontak Mouvement de Libération du Kongo (MLC) yang berusaha menggulingkan Kabila. Oleh karena itu, mereka tidak dapat mencegah ADF menyerang kota utama Fort Portal dan mengambil alih sebuah penjara di Uganda Barat.
Pasukan-pasukan dari Rwanda dan Uganda menjarah cadangan-cadangan mineral dan kayu yang kaya di negara itu. Amerika Serikat menjawab invasi itu dengan menunda semua bantuan militer untuk Uganda. Hal ini mengecewakan pemerintahan Clinton, yang telah berharap bahwa Uganda akan menjadi pusat dari Inisiatif Tanggapan Krisis Afrika. Pada 2000, pasukan-pasukan Rwanda dan Uganda melakukan tembak-menembak pada tiga kesempatan di kota Kisangani di Kongo, sehingga menimbulkan ketegangan dan merosotnya hubungan antara Kagame dan Museveni. Pemerintah Uganda juga telah dikritik karena memperparah konflik Ituri, sebuah sub-konflik dari Perang Kongo II. Pada Desember 2005, Mahkamah Internasional menyatakan bahwa Uganda harus membayar ganti rugi kepada Republik Demokrasi Kongo atas pelanggaran-pelanggaran hak-hak asasi manusia selama Perang Kongo II.
Di utara, Uganda telah mendukung Tentara Pembebasan Rakyat Sudan (SPLA) dalam Perang Saudara Sudan Kedua melawan pemerintah Khartoum bahkan sebelum Museveni berkuasa. Dukungan yang berlanjut untuk SPLA, yang dipimpin oleh sahahat lama Museveni John Garang, memimpin Sudan untuk mendukung Tentara Perlawanan Tuhan (LRA) dan kelompok-kelompok pemberontak anti-Museveni lainnya pada pertengahan 1990-an. Ketidakamanan dan konflik-konflik yang muncul karena itu telah melahirkan sejumlah besar pengungsi, kematian dan kehancuran di Sudan selatan dan Uganda utara. Hubungan yang menghangat dengan Sudan sesudah itu melahirkan tekad untuk menghentikan dukungan kepada kekuatan-kekuatan yang memusuhi (dari kedua belah pihak) dan pemberian persetujuan kepada uPDF untuk menyerang LRA di Sudan sendiri.

Pemilu 2001

Pada 2001 Museveni memenangkan pemilu presiden dengan jumlah suara mayoritas yang cukup besar. Lawannya yang benar-benar serius hanyalah sahabatnya dan dokter pribadinya, Kizza Besigye. Dalam sebuah acara publisitas yang merakyat, Museveni dalam usianya yang 50-an tahun, mengendarai sebuah ojek motor bodaboda untuk menyerahkan formulir nominasinya untuk pemilu itu. Bodaboda adalah sebuah sarana transportasi yang murah dan agak berbahaya untuk membawa penumpang keliling kota dan desa-desa di Afrika Timur.
Ada banyak tuduhan dan kegetiran dalam pemilu presiden 2001. Berbagai kekerasan terjadi setelah hasilnya diumumkan – yang dimenangi oleh Museveni. Besigye menantang hasil-hasil pemilu di Mahkamah Agung Uganda. Dua dari lima hakim agung menyimpulkan bahwa dalam pemilu itu terjadi begitu banyak penyimpangan dan hasilnya harus ditolak. Tiga hakim lainnya memutuskan bahwa penyimpangan-penyimpangan itu tidak memengaruhi hasil pemilu itu secara berarti, namun mereka menyatakan bahwa “ada cukup bukti bahwa di sejumlah tempat pemungutan suara terjadi kecurangan” dan bahwa di sejumlah daerah di negara itu, “prinsip pemilu yang adil dan bebas tidak sepenuhnya dilakukan.” Besigye ditahan sebentar dan ditanyai oleh polisi, konon karena hubungannya dengan pengkhianatan. Pada bulan September ia terbang ke AS dan menyatakan bahwa nyawanya terancam.

Kematian seorang sekutu

Pada 30 Juli 2005, Wakil Presiden Sudan John Garang terbunuh ketika helikopter kepresidenan Uganda mengalami kecelakaan ketika ia kembali ke Sudan setelah menghadiri percakapan di Uganda. Insiden ini sangat memalukan bagi pemerintah Uganda dan merupakan terpaan pribadi terhadap Museveni – Garang adalah seorang sekutu politiknya sejak mereka bersama-sama di universitas. Garang baru saja diangkat menjadi Wakil Presiden Sudan selama beberapa minggu sebelum kematiannya, dan hal ini mematikan harapan-harapan untuk membentuk sebuah persekutuan regional berdasarkan aliansi Uganda-Sudan Selatan.
Spekulasi luas tentang sebab-sebab kecelakaan itu menyebabkan Museveni, pada 10 Agustus, mengancam menutup perederan media yang menerbitkan “teori-teori persekongkolan” mengenai kematian Garang. Dalam sebuah pernyataan, Museveni mengklaim bahwa spekulasi seperti itu merupakan ancaman terhadap keamanan nasional. "Saya tidak akan lagi menoleransi suratkabar yang bertindak seperti burung kondor. Setiap surat kabar yang bermain-main dengan keamanan regional, tidak akan saya toleransi – saya akan menutupnya." Pada hari berikutnya, stasiun radio populer, KFM dicabut izinnya untuk menyiarkan perdebatan tentang kematian Garang. Pembawa acara radio, Andrew Mwenda akhirnya ditangkap atas tuduhan menghasut, sehubungan dengan komentar-komentar yang dibuatnya dalam acara wacana KFM-nya.

Kerusuhan Besigye

Pada Oktober 2005, Kizza Besigye, penantang utama Museveni dalam pemilu 2001, kembali dari Afrika Selatan tempat ia tinggal selama ini. Besigye meninggalkan Uganda pada 2001, karena khawatir akan nyawanya. Sebagai ketua Forum untuk Perubahan Demokratis (FDC), banyak yang menduga bahwa ia akan menjadi kandidat presiden utama dari kelompok oposisi dalam pemilu yang direncanakan untuk Maret 2006. Tak lama sebelum kembalinya Dr. Besigye, Museveni menulis kepada kabinetnya, bahwa ia tidak menentang kembalinya Besigye, namun menambahkan bahwa Besigye dapat dikenai tuntutan-tuntutan kriminal. Pada 14 November, Besigye ditangkap dan dikenai tuduhan berkhianat, menutupi pengkhianatannya, dan pemerkosaan. Kasua pengkhianatan ini mencakup hubungan yang dituduhkan kepadanya dengan kelompok-kelompok pemberontak, Tentara Perlawanan Tuhan dan Tentara Penebusan Rakyat. Penangkapan Besigye membangkitkan demonstrasi dan kerusuhan di Kampala dan kota-kota lainnya. Para demonstran percaya bahwa tuduhan-tuduhan itu dirancang untuk mencegah Besigye menantang Museveni dalam pemilu 2006. Besigye mendaftarkan diri sebagai salah seorang kandidat keprisedenan tahun 2006 meskipun ia berada di penjara.
Dalam bulan Desember 2005, Swedia menahan dukungan sejumlah $8.25 juta karena prihatin tentang perkembangan demokratis negara itu. Belanda juga memutuskan baru-baru ini untuk menahan bantuan untuk Uganda sejumlah 6 juta euro sambil menyebutkan alasan bahwa Uganda tidak cukup menghasilkan kemajuan dalam masalah-masalah pemerintahan (khususnya berkaitan dengan transisi politik) dan dalam masalah manajemen ekonomi makro  Kedua negara ini mengatakan bahwa uang itu akan dialihkan menjadi bantuan kemanusiaan.

Pemilu 2006

Pada 17 November 2005, Museveni terpilih sebagai kandidat presiden untuk pemilihan Presiden Uganda 2006. Kekandidatannya untuk masa jabatan ketiga menyebabkan kritik, karena ia telah berjanji pada tahun 2001 bahwa ia sedang melakukan masa jabatan terakhir. Penangkapan pemimpin oposisi utama, Kizza Besigye tanggal 14 November – diserang dengan pengkhianatan, penyembunyian pengkhianatan dan pemerkosaan – menyebabkan demonstrasi dan kerusuhan di Kampala dan kota lainnya. Penawaran Museveni untuk masa jabatan ketiga, penangkapan Besigye, dan penyerangan Pengadilan Tinggi selama pemeriksaan kasus Besigye (oleh grup intelejen militer bersenjata), dipimpin oleh Swedia, Belanda dan Britania Raya untuk mencegah bantuan ekonomi terhadap pemerintahan Museveni karena keprihatinan mengenai perkembangan demokrasi negara. Pada 2 Januari 2006, Besigye dilepaskan setelah Pengadilan Tinggi memerintahkan untuk segera melepaskannya.
Pemilihan 23 Februari 2006 merupakan pemilihan multi partai pertama di Uganda selama 25 tahun terakhir, dan dianggap sebagai ujian kredensial demokrasi. Meskipun Museveni melakukan hal yang kurang baik daripada pemilihan sebelumnya, ia terpilih untuk masa jabatan lima tahun berikutnya, memenangkan 59% suara terhadap 37% Besigye. Besigye, yang menduga hasil pemilihan ini merupakan penipuan, menolak hasil tersebut. Pengadilan Tertinggi Uganda menyatakan bahwa pemilihan ini dirusak oleh intimidasi, kekerasan, penarikan suara, dan ketidakberesan lainnya. Namun, hasil pemilihan pengadilan menunjukan 4 berbanding 3 untuk mendukung hasil pemilihan.