The Second Coming

Alur

Episode dimulai pada suatu malam di masa depan. Peter Petrelli, yang memiliki bekas luka di wajahnya, sedang berlari dan memasuki sebuah ruangan. Namun Claire Bennet telah menunggu untuk menembak Peter. Peter berusaha meyakinkan Claire bahwa ia dapat memperbaiki keadaan buruk yang mereka alami pada saat itu dengan kembali ke masa lalu dan menghalangi Nathan untuk menyampaikan kepada dunia tentang manusia-manusia dengan kekuatan super. Claire berkeras untuk menembak Peter dan mengatakan bahwa ia selalu menyayanginya, seketika Peter menghentikan waktu untuk mengambil senjata lalu pergi ke masa lalu.
Di tengah-tengah sebuah konferensi pers dari anggota Kongres terpilih Nathan Petrelli, Peter dari masa depan memakai sebuah jaket dan topi sebagai penyamaran. Tanpa peringatan ia menembak Nathan. Peter panik melihat Nathan yang tak sadarkan diri dan berlari mengejar penembak. Peter dari masa depan menyembunyikan senjatanya di sebuah gudang lalu berlari menghindari "Peter", meski Peter berusaha menangkap penembak, justru ia diteleportasi ke tubuh seorang tahanan The Company. Matt terheran ketika melihat 'Peter' membawa jaket dan topi sambil berucap bahwa penembak telah berhasil kabur. Nathan dirujuk ke rumah sakit, pada akhirnya ia mati. Peter yang telah menunggu operasi meminta maaf kepada Nathan menyatakan bahwa ini adalah jalan terbaik bagi mereka. Tiba-tiba Nathan terbangun, lalu menjelaskan kepada Peter bahwa Tuhan memberinya kesempatan kedua.
Matt Parkman kemudian menginterogasi 'Peter' yang sedang berusaha mencari-cari senjata yang telah ia coba sembunyikan. Matt memahami ada keanehan dalam ucapan Peter dan ia memasuki alam pikiran Peter, sambil mendesak tentang siapakah ia yang sebenarnya. Peter membalas serangan Matt dengan menteleportasinya ke sebuah padang gurun.
Kabar tentang kesembuhan ajaib Nathan telah tesebar dimana-mana, para reporter berusaha mendapat informasi tentang dirinya. Sewaktu Nathan meninggalkan rumah sakit untuk pergi ke sebuah chapel, ia diikuti oleh awak reporter televisi yang ingin mengetahui apa yang sebenarnya hendak disampaikan oleh Nathan saat konferensi pers. Peter dari masa depan bersiap membunuhnya lagi, jika Nathan mengungkap tentang manusia-manusia berkekuatan super kepada dunia. Akan tetapi, Nathan menyatakan pesan Tuhan dan Peter batal menembak. Ketika kemudian Nathan ditemui Daniel Linderman, ia menduga bahwa Linderman sebagai sebab kesembuhannya.
Claire Bennet yang berada di California merasa khawatir ketika mendengar kabar penembakan Nathan, ia hendak pergi untuk menemui Nathan. Namun Sylar telah menunggu di depan pintu rumahnya. Claire berusaha melarikan diri tetapi semua pintu dan jendela di rumahnya telah dikendalikan oleh kekuatan telekinesis Sylar. Ia berhasil menusuk sebuah pisau pada Sylar dan bersembunyi di sebuah lemari. Ia berusaha melawan meski tidak mampu mengalahkan kekuatan Sylar yang menempelkan tubuh Claire di dinding. Sylar membelah kepala Claire namun ia tetap hidup ketika Sylar menelusuri isi otak Claire. Sylar mengetahui bahwa Claire tidak mempunyai saraf ujung yang membuatnya tidak merasakan sakit. Pada akhirnya Sylar memperoleh kemampuan Claire dan mengembalikan bagian kepalanya. Sylar berkata bahwa kekuatan Claire unik dan tidak bisa mati, begitu pula dengan dirinya sejak saat itu. Sylar pergi sambil membawa data milik Noah Bennet.
Ketika Angela Petrelli mengetahui tujuan yang direncanakan Peter dari masa depan, ia mendesak tentang keberadaan Peter. Angela juga mengatakan bahwa 'Peter' telah mengubah keadaan masa depan yang semestinya. Sementara itu Peter diteleportasikan dalam sebuah ruang tahanan Level 5, dimana Noah Bennet juga ditahan oleh The Company.
Sementara itu Hiro Nakamura, yang telah menjadi pemimpin atas perusahaan yang diwariskan ayahnya, merasa bosan karena tidak merasakan petualangan. Ando menemui Hiro untuk menyerahkan surat wasiat dari Kaito, ayah Hiro. Surat itu berisi pernyataan Kaito kepada Hiro supaya tidak pernah membuka sebuah brankas dengan rahasia penting yang dapat membahayakan kehidupan dunia. Akan tetapi Hiro berusaha membuka brankas untuk mendapat sebuah petualangan. Hiro mendapat rekaman lain dari brankas tentang sebuah tulisan molekular yang tiba-tiba dirampas oleh seorang wanita dengan kekuatan kecepatan super. Hiro berusaha menghentikan wanita itu namun gagal. Hiro memutuskan pergi ke masa depan dan melihat apa yang akan terjadi dengan tulisan itu. Di masa depan, Hiro melihat Ando dan dirinya sedang berebut tulisan itu, tetapi Ando berkhianat dan menyerangnya. Langit seketika menjadi gelap dan ada ledakan besar muncul, akan tetapi Hiro berhasil kembali dari masa depan.
Sementara itu Mohinder Suresh sedang di apartmennya ketika menyadari bahwa kekuatan super dikendalikan oleh kelenjar adrenalin. Mohinder mengetahui hal ini dari Maya Herrera yang menjadi penelitiannya. Mohinder berniat memberikan kekuatan super kepada banyak orang. Maya menganggap kekuatan ini sebagai kutukan namun Mohinder menolak menemukan cara yang menghapus kekuatan super. Meski hendak membuang formula kekuatan super, Mohinder justru menyuntikkan itu pada dirinya sendiri yang menimbulkan "superhuman strength" pada dirinya.
Matt yang telah diteleportasi, menyadari bahwa ia berada seorang diri di tengah gurun pasir. Ketika ia sedang berjalan ia mendapati sebuah batu besar yang menunjukkan gambar bumi yang meledak dari dalam.

Produksi

Pada Mei 2008, terdapat klip promo yang dirilis dengan penekanan "inner villains" di dalam "the heroes." Klip promo menyatakan, "Dalam setiap pahlawan terdapat sisi yang mungkin menjadi sosok penjahat,". Selama panel Heroes di San Diego Comic-Con, episode perdana "Villains" ditayangkan.
Zachary Quinto, pemeran Sylar, menyatakan bahwa "Villains" akan muncul selama tiga belas episode.
The Second Coming memuat sebuah puisi William Butler Yeats dengan judul yang sama pada akhir penayangan.