Mujahidin Indonesia Timur

2001-2008: Ideologi Tauhid wal Jihad

Paham yang disebarkan oleh tiga tokoh penganut Tauhid wal Jihad, sebuah ideologi jihad yang muncul di Irak pada 2001, yaitu Abu Muhammad al-Maqdisi, Abu Musab al-Zarqawi, dan Abu Bakr al-Baghdadi masuk ke Indonesia pada 2001. Zarqawi kemudian mendirikan Negara Islam Irak. Orang pertama di Indonesia yang diketahui menyerap dan menyebarkan paham itu adalah Aman Abdurahman. Aman diketahui mampu menerjemahkan lebih dari 50 kitab karangan Abu Muhammad al-Maqdisi.
Pada 2008, Aman terlibat dalam pembentukan Jamaah Ansharut Tauhid (JAT) yang didirikan oleh mantan pemimpin Jamaah Islamiyah, Abu Bakar Ba’asyir. Beberapa orang yang menjadi anggota perkumpulan itu adalah Santoso alias Abu Wardah dan juga Bahrumsyah yang nanti akan membentuk Mujahidin Indonesia Barat (MIB). Empat tahun kemudian, kelompok tersebut masuk daftar Organisasi Teroris Asing oleh pemerintah Amerika Serikat.

2008-2010: Gagasan mendirikan Negara Islam

Gagasan membentuk Negara Islam mulai menguat pada 2009. Kelompok Lintas Tanzim Aceh menjadi penggagasnya. Kelompok ini merupakan aliansi dari berbagai macam kelompok jihad Indonesia seperti JAT, Kelompok Ring Banten, Mujahidin KOMPAK, Tauhid wal Jihad, dan kelompok lainnya. Penggagas utama Lintas Tanzim Aceh adalah Dulmatin, buronan teroris nomor satu di Asia Tenggara saat itu.
Dulmatin menghubungi sejumlah tokoh untuk mendukung gagasannya. Amir JAT saat itu, Abu Bakar Ba’asyir, setuju. Ba’asyir sempat meminta bantuan Abu Tholut, pengurus JAT, untuk membantu proyek ini dan bersedia membantu pendanaan proyek ini. Menurut rencana awal, Aceh akan dijadikan qoidah aminah atau daerah basis, setelah itu baru dideklarasikan Negara Islam. Aceh kemudian menjadi basis pelatihan militer. Tapi, proyek ini kandas di tangan pemerintah. Pelatihan militer di daerah Jantho, terendus aparat keamanan. Polisi kemudian memburu para peserta pelatihan sekaligus penanggungjawabnya. Pada 2010, dalam penyerbuan di Pamulang, Tangerang Selatan, aparat keamanan berhasil menembak mati Dulmatin. Puluhan orang yang terlibat ditangkap, termasuk Abu Bakar Ba’asyir yang dianggap mendanai proyek ini.
Menurut catatan mantan Kepala Badan Nasional Penanggulangan Terorisme, Ansyaad Mbai, orang-orang yang mengikuti pelatihan militer tercerai-berai pada akhirnya mendirikan sel-sel sendiri, salah satunya adalah di Poso. Pada Oktober 2009, Abu Tholut datang ke Poso untuk bertemu dengan Ustadz Yasin dan Santoso. Abu Tholut kemudian menjelaskan rencana Proyek Uhud, yaitu menjadikan Poso sebagai qoidah aminah Negara Islam. Abu Tholut juga mengusulkan berdirinya JAT Poso, sebagai cikal bakal tanzim jihad Negara Islam di sana. Santoso kemudian di angkat menjadi ketua Asykariy atau sayap militer JAT Cabang Poso, yang diketuai oleh Ustadz Yasin.

2010-2012: Pendirian Mujahidin Indonesia Timur

Santoso merealisasikan proyek itu dengan merekrut peserta untuk dilatih secara militer. Pada 2010, Santoso dan rekan-rekannya berhasil mengumpulkan senjata dan menemukan tempat pelatihan militer di Gunung Mauro, Tambarana, Poso Pesisir Utara, serta di daerah Gunung Biru, Tamanjeka, Kabupaten Poso, Sulawesi Tengah.
Gerakan MIT mendapatkan dukungan dari kelompok terduga teroris lain yang terhubung dalam jaringan mereka. Seperti kelompok Mujahidin Indonesia Barat (MIB) pimpinan Abu Roban, sebuah sel yang berperan untuk mendapatkan dana/kekayaan melalui perampokan (fa'i) di berbagai daerah di Jawa Tengah, Jawa Barat, dan Jakarta.
Pada 2012, Santoso di angkat menjadi Amir, atau pemimpin Mujahidin Indonesia Timur.

2012-2016: Aksi terorisme dan kejahatan sporadis

Kelompok ini mendapat perhatian internasional setelah mereka membunuh dua orang polisi. Pada 16 Oktober 2012, dua orang polisi, Briptu Andi Sapa dan Brigadir Sudirman; ditemukan tewas di Dusun Tamanjeka, Desa Masani. Mayat keduanya ditemukan setelah dinyatakan hilang sepekan sebelumnya. Keduanya dikubur dalam satu lubang. Polri menyatakan bahwa pelaku dari pembunuhan ini adalah kelompok Santoso.
Pada 20 Desember 2012, tiga anggota Brimob tewas setelah ditembak dari belakang saat patroli di desa Kalora, Poso Pesisir Utara. Mereka bertiga tewas karena luka tembak yang parah, yang pertama Briptu Ruslan, kemudian Briptu Winarto dan Briptu Wayan Putu Ariawan. Mereka mengalami luka tembak di bagian kepala dan dada.
Pada awal tahun 2015, kelompok MIT membunuh tiga warga di Desa Tangkura. Mereka semua tewas dalam kondisi yang mengenaskan, yakni Dolfi Moudi Alipa (22) yang tewas akibat tiga luka tembak pada bagian kepala, dada kiri dan perut. Korban tewas kedua bernama Aditya Tetembu (58), dan korban tewas ketiga yaitu Hery Tobio (55).

2016: Kematian Santoso dan kemunduran

Pada 18 Juli 2016, Satgas Operasi Tinombala telah menembak mati pemimpin MIT Santoso bersama dengan salah satu pengikutnya, Mukhtar. Pada 14 September 2016, Basri, tangan kanan serta orang kepercayaan Santoso, ditangkap bersama istrinya oleh Satgas Operasi Tinombala di desa Tangkura, Pada hari yang sama, Andika Eka Putra tewas dan beberapa hari kemudian, Sobron juga tewas.
Pada tanggal 10 November 2016, Yono Sayur tewas setelah kontak tembak dengan pasukan gabungan.

Organisasi teroris

MIT telah dinyatakan sebagai kelompok teroris oleh Dewan Keamanan Perserikatan Bangsa-Bangsa di bawah Komite Sanksi Al-Qaeda pada 29 September 2015.
Departemen Luar Negeri Amerika Serikat juga telah menyatakan bahwa MIT adalah organisasi teroris. Santoso juga masuk dalam Daftar Teroris Global (SDGT) Amerika Serikat. Sebagai konsekuensi dari pencatatan itu, semua bentuk properti di daerah yurisdiksi AS yang mengatasnamakan Santoso akan diblokir.