Penyerbuan di Batavia

Latar Belakang

VOC yang sebelumnya bermarkas di Ambon, Kepulauan Maluku, mengirimkan dutanya untuk mengajak Sultan Agung agar mengizinkan VOC untuk mendirikan loji-loji dagang di pantai Utara Mataram. Namun hal ini ditolak Sultan Agung karena bila diizinkan maka ekonomi di pantai Utara akan dikuasai oleh VOC. Penolakan ini membuat hubungan Mataram dan VOC sejak saat itu renggang.
Pada tahun 1619 VOC berhasil merebut Jayakarta (di bagian Barat pulau Jawa yang belum ditaklukkan Mataram) dari Kesultanan Banten, dan mengganti namanya menjadi "Batavia" (sekarang Jakarta). Markas mereka pun dipindah ke kota Batavia. Menyadari kekuatan bangsa dan maskapai dagang Belanda tersebut, Sultan Agung mulai berpikir untuk memanfaatkan VOC dalam persaingannya menghadapi Surabaya dan Kesultanan Banten.
Sasaran Mataram berikutnya setelah Surabaya jatuh adalah Banten yang ada di ujung Barat pulau Jawa. Akan tetapi posisi Batavia yang menjadi penghalang perlu diatasi terlebih dahulu oleh Mataram. Bulan April 1628 Kyai Rangga bupati Tegal dikirim sebagai duta ke Batavia untuk menyampaikan tawaran damai dengan syarat-syarat tertentu dari Mataram. Tawaran tersebut ditolak pihak VOC sehingga Sultan Agung memutuskan untuk menyatakan perang.

Serangan pertama

Armada Bahureksa membawa 150 ekor sapi, 5.900 karung gula, 26.600 buah kelapa dan 12.000 karung beras. Pihak Mataram menyampaikan hal ini sebagai alasan keinginan Mataram berdagang dengan Batavia. Namun pihak Belanda curiga. Hari berikutnya, mereka menyetujui sapi diturunkan, dengan syarat kapal Mataram hanya menepi satu demi satu. 100 prajurit bersenjata dari garnisun Kasteel (benteng) keluar untuk menjaga-jaga.
Hari ketiga, tujuh lagi kapal Mataram muncul, dengan alasan ingin minta surat jalan dari pihak Belanda agar dapat berlayar ke Melaka, saat itu di bawah kekuasaan VOC. Belanda memperkuat penjagaan di dua benteng kecil utara dan menyiapkan artilerinya. Sore hari itu, duapuluhan kapal Mataram menurunkan pasukannya di depan Kasteel. Belanda terkejut dan buru-buru masuk benteng kecil. Sejumlah kapal Mataram lain mendaratkan prajuritnya. Pasukan Mataram kemudian dihujani tembakan dari Kasteel.
Tanggal 25 Agustus, 27 kapal Mataram lagi masuk teluk, tetapi berlabuh agak jauh dari Kasteel. Di sebelah selatan Batavia, serdadu Mataram mulai tiba, dengan panji perang berkibar. Mataram telah menyatakan dengan jelas keinginannya menyerang Belanda. Esok harinya, terhitung 1.000 prajurit Mataram memasang kuda-kuda di depan Batavia. Tanggal 27 Agustus, mereka menyerang benteng kecil "Hollandia" di sebelah tenggara kota. Sekompi berkekuatan 120 prajurit di bawah pimpinan Letnan Jacob van der Plaetten berhasil menghalang mereka, setelah pertempuran yang dahsyat. Sementara beberapa kapal Belanda datang dari Banten dan Pulau Onrust dan mendaratkan 200 prajurit. Kini Kasteel dipertahankan oleh 530 prajurit.
Pasukan kedua tiba bulan Oktober dipimpin Pangeran Mandurareja (cucu Ki Juru Martani). Total semuanya adalah 10.000 prajurit. Perang besar terjadi di Benteng Holandia. Pasukan Mataram mengalami kehancuran karena kurang perbekalan. Menanggapi kekalahan ini Sultan Agung bertindak tegas, pada bulan Desember 1628 ia mengirim algojo untuk menghukum mati Tumenggung Bahureksa dan Pangeran Mandurareja. Pihak VOC menemukan 744 mayat orang Jawa berserakan dan sebagian tanpa kepala.

Serangan kedua

Sultan Agung kembali menyerang Batavia untuk kedua kalinya pada tahun berikutnya. Pasukan pertama dipimpin Adipati Ukur berangkat pada bulan Mei 1629, sedangkan pasukan kedua dipimpin Adipati Juminah berangkat bulan Juni. Total semua 14.000 orang prajurit. Kegagalan serangan pertama diantisipasi dengan cara mendirikan lumbung-lumbung beras tersembunyi di Karawang dan Cirebon. Namun pihak VOC yang menggunakan mata-mata berhasil menemukan dan memusnahkan semuanya. Hal ini menyebabkan pasukan Mataram kurang perbekalan, ditambah wabah penyakit malaria dan kolera yang melanda mereka, sehingga kekuatan pasukan Mataram tersebut sangat lemah ketika mencapai Batavia.
Walaupun kembali mengalami kekalahan, serangan kedua Sultan Agung ini berhasil membendung dan mengotori Sungai Ciliwung, yang mengakibatkan timbulnya wabah penyakit kolera melanda Batavia. Gubernur jenderal VOC yaitu J.P. Coen meninggal menjadi korban wabah tersebut.