Kira Yamato

Selayang pandang

Kira Yamato adalah seorang yang tidak menyukai akan kekerasan dan tentu saja peperangan, dia tinggal di koloni luar angkasa netral bernama Heliopolis . Pada saat berusia 13 tahun, Kira bersekolah di kota Copernicus di bulan dan memiliki seorang sahabat bernama Athrun Zala yang pada saat perpisahan mereka memberi sebuah robot burung bernama Torii. Kira adalah seorang Ultimate Coordinator yang janinnya dikembangkan di luar rahim ibunya. Peneliti yang mengembangkan
proyek Ultimate Coordinator, yaitu Ulen Hibiki adalah ayahnya, sementara istrinya, Via Hibiki adalah ibunya. Kira juga memiliki seorang adik kembar, yaitu Cagalli.

Karakteristik

Sifat Kira Yamato digambarkan sebagai seorang yang pemurung dan pendiam; terutama setelah perang Valentine Berdarah pertama berkecambuk dan sekelompok pasukan ZAFT menyerang Heliopolis. Kira juga memiliki perasaan untuk tidak membunuh, sifatnya itu ditunjukannya setelah ia membunuh Nicol Amalfi ; ini merupakan ciri khas dari Kira, yang menyerang mobile suit lawan hanya pada bagian senjata dan kamera utama, sangat jarang ia menyerang bagian kokpit. Kira juga menjadi ganas ketika siapapun mengganggu atau menyakiti orang yang disayanginya, terutama Cagalli, adiknya. Namun, Kira yang marah atau mengalami kesedihan yang teramat sangat ketika bertempur bisa mengeluarkan Modus SEED, suatu keadaan yang mengakibatkan seseorang melewati ambang batas kemampuan manusia biasa. Tercatat selama Gundam SEED dan Gundam SEED Destiny berlangsung, hanya lima orang yang bisa mengeluarkan modus ini, yaitu Kira Yamato, Athrun Zala, Lacus Clyne, Cagalli Yula Athha, dan Shinn Asuka.

Peperangan awal di Heliopolis

Selama 11 bulan perang Valentine Berdarah pertama berlangsung, Kira hidup di dalam sebuah koloni luar angkasa netral (tidak berpihak ke sisi ZAFT atau Earth Alliance) milik Orb, Heliopolis bersama dengan ayahnya (Haruma Yamato), ibunya (Caridad Yamato), dan beberapa kawannya di kampus, yakni Sai Argyle, Flay Allster, Tolle Koenig, Kuzzey Buskirk, dan Miriallia Haww. Kira juga didampingi oleh sebuah robot burung yang dibuat oleh sahabat lamanya, Athrun Zala, yang disebut dengan Torii.
Pada episode pertama Gundam SEED, Heliopolis diserang oleh pasukan ZAFT untuk mencuri beberapa mobile suit yang dikembangkan oleh Atlantic Federation di sana. Selama evakuasi berlangsung, Kira terpisah dari teman-temannya dan mengikuti seseorang yang asing yang kemudian, karena tempat evakuasi telah penuh (hanya tersisa satu buah tempat lagi), Kira pun memasukkannya ke dalam escape pod.
Kira akhirnya menemukan dua buah prototipe mobile suit, yakni GAT-X105 Strike Gundam dan GAT-X303 Aegis Gundam, pada saat berlangsung pertempuran antara Earth Alliance dengan ZAFT, di dekat pabrik Morgenraete. Ketika Kira menolong salah seorang perwira Earth Alliance, Murrue Ramius, ia pun bertemu dengan sahabat lamanya, Athrun Zala. Dua orang tersebut tercengang dengan kehadiran satu sama lainnya. Murrue mencoba untuk menembak Athrun, tetapi Athrun terlalu cepat dan mencuri Aegis dan kabur, sementara Murrue dan Kira menaiki Strike. Kira menyebut GAT-X105 sebagai Gundam, ketika melihat sistem operasi yang digunakan oleh mobile suit tersebut, yakni General Unilateral Neuro-Link Dispersive Autonomic Maneuver Synthesis System tertulis di layar kokpit dari atas ke bawah dengan huruf pertama yang mencolok, Kira menyingkatnya dengan sebutan GUNDAM . Semua mobile suit yang dicuri oleh pasukan ZAFT juga menggunakan sistem operasi yang sama, sehingga mereka juga disebut GUNDAM.
Di luar pabrik, Athrun memberitahukan kepada Miguel Aiman (pilot ZMGF-1017 GINN), bahwa Strike Gundam dipiloti oleh seorang pasukan Earth Alliance, karena Rusty McKenzie gagal dalam melakukan tugasnya dalam baku tembak dengan pasukan Earth Alliance. Miguel pun menyuruh Athrun agar kembali ke kapal induk mereka dan sebagai ganti Rusty, ia akan mengambil Strike. Karena pada waktu itu sistem operasi GUNDAM belum selesai, Murrue bukanlah tandingan Miguel. Ketika melihat teman-temannya dalam bahaya akibat pertarungan ini, Kira pun mengambil alih Strike dan bertarung dengan Miguel dan akhirnya menghancurkan GINN miliknya.
Setelah pertarungan selesai, Murrue memberitahu kepada Kira dan teman-temannya agar tetap berada di sisinya karena mereka melihat rahasia militer Earth Alliance. Kemudian, mereka bertemu dengan Mwu La Fllaga, Natarle Badgiruel, dan beberapa pasukan Earth Alliance yang selamat dari serangan tersebut. Mwu mengambil kesimpulan, bahwa Kira bukanlah manusia biasa, karena ia dapat memodifikasi sistem operasi GUNDAM milik Strike dan mampu menggunakannya secara maksimal, dan bertanya apakah dirinya adalah Coordinator. Ketika Kira menjawabnya dengan "Ya", beberapa orang pasukan Earth Alliance mengeluarkan senjata mereka masing-masing kepada Kira, tetapi teman-temannya melindunginya, karena Kira bukanlah bagian dari ZAFT. Murrue kemudian menyebutkan bahwa Orb memiliki kebijakan tidak mendiskriminasikan Coordinator dan Natural (semua manusia dianggap sama), dan masuk akal jika Kira berada di Heliopolis. Mwu pun selanjutnya minta maaf kepada Kira setelah ketegangan tersebut mereda.
Pada awalnya, Kira menolak untuk menjadi pilot Strike lagi, tetapi Mwu yang bertindak sebagai mentor baginya, mengatakan bahwa Kira-lah satu-satunya orang yang mampu menaiki Strike di antara semua orang yang menaiki Archangel. Ketika pertarungan selanjutnya denga pasukan ZAFT, Kira pun membunuh korban pertamanya: Miguel Aiman dan kemudian Heliopolis pun hancur. Kira pun melihat life pod yang rusak di antara sampah Heliopolis, dan di antara orang yang selamat di dalamnya adalah Fllay Allster.

Di atas Archangel

Setelah menjadi pilot tetap GAT-X105 Strike Gundam, Kira berkali-kali bertemu dengan sahabat lamanya, Athrun Zala, sebagai musuh dan bertarung dengannya. Athrun menjadi pasukan ZAFT karena ia mau melindungi negaranya (PLANT), sementara Kira yang membenci perang, mau melindungi teman-temannya yang berada di Archangel.
Ketika pertama kali Athrun bertemu dengan Kira setelah kehancuran Heliopolis, Athrun mencoba membujuk Kira agar mau menjadi pasukan ZAFT. Athrun mengatakan kepada Kira, bahwa ibunya tewas terbunuh pada saat insiden Valentine Berdarah di Junius Seven dan hal itulah yang menyebabkannya ikut perang bersama ZAFT. Hal ini memengaruhi Kira, tetapi ia menolaknya dengan baik-baik, mengingat Kira mau melindungi rekan-rekannya di Archangel. Kira (dan Strike Gundam-nya) pada saat itu sedang tertangkap oleh bekapan Aegis, tetapi berhasil melepaskan diri saat Mwu La Fllaga mengganggu mereka.
Di Artemis, Kira disebut sebagai pengkhianat Coordinator oleh admiral Eurasian Federation, Gerard Garcia, yang sedang mencoba untuk mencuri Archangel dan Strike Gundam dari Atlantic Federation. Setelah Artemis dihancurkan oleh serangan kilat Blitz, dan Kira bersama Archangel lolos dari insiden tersebut, Kira pun berbaring di atas tempat tidurnya dan menangisi apa yang Gerrard Garcia ucapkan kepadanya.
Saat Archangel mengalami defisit air (akibat banyaknya penumpang dan kru), para eksekutif di Archangel pun terpaksa mencari air di luar angkasa, dan akhirnya mereka ke reruntuhan Junius Seven yang dulunya merupakan kota argraris. Di sana, Kira menembak satu buah GINN yang melindungi sebuah pesawat luar angkasa, dan akhirnya bertemu dengan Lacus Clyne, seorang diva pop yang juga merupakan tunangan Athrun, setelah mengambil life pod yang mengapung.
Pada saat pertarungan selanjutnya bersama Athrun, Natarle Badgiruel pun menggunakan Lacus sebagai tameng untuk melindungi Archangel dari kehancuran, setelah satu skuaton Earth Alliance dihancurkan oleh pasukan ZAFT, yang juga membunuh wakil meneri luar negeri George Allster (ayah Flay Allster). Athrun pun bersumpah untuk menolong Lacus, tunangannya tersebut.
Selanjutnya, Kira pun mengembalikan Lacus ke pangkuan Athrun. Athrun lagi-lagi meminta Kira agar bergabung dengan ZAFT, tetapi Kira lagi-lagi menolaknya dengan menggunakan alasan yang sama. Athrun pun berkata kepada Kira, bahwa lain kali mereka bertemu ia tidak akan bimbang untuk membunuhnya; Kira pun berkata demikian. Lacus pun terlihat sedih sesaat setelah Kira terpisah darinya, dan menyadari bahwa Kira membenci perang, tetapi ia memiliki kekuatan untuk bertarung.
Ketika Flay menyaksikan ayahnya terbunuh oleh ZAFT, ia marah besar kepada Kira mengapa ia tidak melindungi ayahnya, setelah berjanji akan melakukannya. Flay pun menuduh Kira tidak serius bertarung mengingat lawannya adalah Athrun Zala. Tuduhan ini jelas menjadikan luka baru di hati Kira. Selanjutnya, Flay pun meminta maaf, dan berpura-pura suka terhadapnya untuk memanfaatkannya agar membunuh semua Coordinator yang jadi musuhnya untuk dirinya. Kira pun mengembalikan rasa suka tersebut dengan bertarung mati-matian. Bahkan cara bertarung Kira menjadi lebih membabi buta (dengan mengaktifkan mode SEED di dalam dirinya) saat merusak GAT-X102 Duel Gundam dan merusak wajah pilotnya, Yzak Joule.
Selanjutnya, ketika Archangel bertemu dengan pasukan Earth Alliane di markas militer di Bulan, Flay dan kemudian teman-teman Kira menjadi sukarelawan dan mendaftarkan dirinya untuk masuk ke dalam susunan militer. Kira pun ikut-ikutan mendaftarkan diri, secara resmi. Sesaat setelahnya, ketika sebuah pertarungan yang menyebabkan kehancuran armada kedelapan pimpunan Jendral Haliburton, Kira gagal melindungi sebuah pesawat ulang alik yang tertembak oleh Yzak yang bersumpah akan membalas dendam kepada Kira. Yzak menembaknya, dengan berpikiran bahwa di dalamnya terdapat orang-orang militer (padahal di dalamnya adalah orang-orang sipil) yang lari dari kepungan para prajurit ZAFT.
Hal ini terus menghantui Kira untuk waktu yang lama. Salah satu penumpang pesawat ulang alik itu, adalah seorang anak kecil perempuan bernama Elle yang memberinya origami berbentuk bunga kepadanya, sebagai tanda terima kasih kepadanya telah melindungi dirinya di atas Archangel pada beberapa pertarungan sebelumnya. Pada saat Flay membawa origami bunga tersebut kepada Kira, Kira malah menangis. Flay pun menciumnya. Selanjutnya, Kira pun terobsesi untuk selalu melindungi Archangel dari serangan musuh. Hal ini menjadikan Kira semakin membabi buta dalam menghancurkan musuh-musuhnya (bahkan tanpa ampun ia menghancurkan beberapa BuCUE) saat pertarungan di padang pasir.

Pertarungan di padang pasir

Saat bertarung dengan pasukan Kira di Afrika Utara bersama dengan sebuah kelompok pemberontak yang menamakan dirinya Desert Dawn, Kira bertemu kembali dengan orang yang diselamatkannya dulu di Heliopolis, Cagalli Yula Atha. Cagalli mengatakan kepadanya sangat khawatir akan Kira, dan saat melihatnya menjadi pilot mobile suit Strike, ia pun sangat terkejut.
Setelah sebuah skuadron BuCUE yang berada di bawah pimpinan Andrew Waltfeld menghancurkan sebuah desa Tassil, Cagalli dan beberapa anggota Desert Dawn pun tanpa pikir panjang mengejar mereka, yang akhirnya menewaskan beberapa petarung Desert Dawn, termasuk salah seorang temannya, Ahmad El Fasi. Kira datang tepat waktu untuk menyelamatkan Cagalli dan menggunakan mode SEED untuk membunuh beberapa pilot BuCUE. Setelah pertarungan berakhir, Kira berdebat dengan Cagalli. Kira pun bertanya kepadanya, apakah bisa melindungi sesuatu hanya dengan perasaan saja sebagai senjata? Kira pun menampar Cagalli di muka.
Selanjutnya, Kira dan Cagalli pun keluar ke kota untuk membeli beberapa bahan makanan. Pada saat mereka berdua duduk hendak memakan Kebab, mereka bertemu dengan Andrew Waltfeld yang sedang menyamar. Kemudian, ada segerombolan teroris Blue Cosmos yang menyerang Andrew. Pada saat kebingungan, Kira menyelamatkan Andrew dari sebuah senapan yang diarahkan kepadanya dari belakang. Andrew pun berterima kasih kepadanya telah menyelamatkan dirinya, dan akhirnya ia memperlihatkan siapa dirinya. Cagalli pun sadar bahwa ia adalah musuh Desert Dawn.
Andrew membawa Kira dan Cagalli ke markas besarnya, meskipun mereka mau pergi, untuk berterima kasih kepadanya. Pada saat Cagalli, yang saat itu terkena saus cabe dan yoghurt, sedang membersihkan dirinya, Kira dan Andrew pun bercakap-cakap.
Aisha (pacar Andrew Waltfeld) pun memberikan kepada Cagalli baju gaun yang elegan. Ketika Cagalli dipertemukan lagi dengan Andrew, Andrew ternyata mengambil sebuah pistol dan menodongkannya kepada Cagalli dan menanyakan kepadanya apakah perang akan selesai setelah semua musuh telah mati? Andrew berkata bahwa ia tidak tahu mengapa Kira bertarung dengan orang-orang dari rasnya sendiri (Coordinator), tetapi selama Kira menjadi pilot Strike, maka Andrew menganggap Kira sebagai musuh. Kemudian, Andrew pun menaruh senjata yang tadinya ditodongkan kepadanya dengan beranggapan bahwa sekarang ini adalah bukan di medan pertempuran, tetapi di rumahnya, sekalian juga ia berterima kasih kepada Kira telah menyelamatkannya. Ia pun mengizinkan Kira dan Cagalli untuk pulang ke Archangel.
Karena saling mengetahui, Kira dan Andrew pun merasa kesulitan dalam pertarungan selanjutnya. Kira menaiki Strike sementara Andrew menaiki mobile suit yang baru, TMF/A-803 LaGOWE untuk bertarung secara pribadi dengan Kira. Kira pun menyatakan kepadanya untuk berhenti saat kapal induknya, Lesseps, telah hancur, tetapi Andrew masih keras kepala dan mengatakan bahwa perang tidak akan selesai hingga salah satu di antara keduanya mati. Kira pun mengaktifkan mode SEED di dalam dirinya dan menghancurkan LaGOWE yang dipiloti oleh Andrew dan Aisha, menewaskan Aisha dan mengambil satu lengannya. Kira pun menangis saat LaGOWE hancur, karena memang Kira tidak mau membunuh Andrew.

Pertarungan di Samudra Hindia

Ketika menuju Alaska melalui Samudra Hindia, Kira mengingat pertarungan sebelumnya dengan Andrew, kematian ayahnya Flay, dan pesawat ulang alik sipil yang gagal dilindunginya, dan kemudian menangis. Cagalli datang dan langsung memeluk badannya dan bilang kepadanya bahwa semuanya akan baik-baik saja, dan akhirnya Cagalli pun memegang tangannya. Cagalli bilang kepadanya bahwa semua itu dilakukan hanya untuk mencegah Kira menangis.
Cagalli bertanya mengapa dirinya, yang adalah seorang Coordinator, berada di Earth Alliance yang semuanya adalah Natural. Kira pun mengingat beberapa kali ia ditanyai hal yang serupa. Cagalli pun bertanya apa yang dapat dilakukan oleh Coordinator, dan Kira pun menjawabnya bahwa semua kemampuan Coordinator tidaklah datang dari masa kelahiran, tetapi datang dari proses belajar dan latihan. Flay, yang memanfaatkan Kira, mendengar suara mereka berdua dan cemburu terhadap Cagalli. Flay pun membuka seragam Earth Alliance dan memeluk Kira.
Kemudian, ketika Archangel berada Orb untuk melakukan reparasi, Kira mengakhiri hubungannya dengan Flay. Di sini tidak dijelaskan apakah Kira mengetahui Flay hanya memanfaatkan Kira atau tidak. Ia juga bertemu dengan Athrun face-to-face, setelah Torii terbang menuju dirinya, yang sedang mencari keberadaan Archangel yang selama beberapa kali pertarungan tidak dapat dihancurkan. Meskipun Athrun sangat mengetahui bahwa Kira adalah pilot Strike, ia tidak memberitahukan kepada semua rekan-rekannya (Dearka Elthman, Nicol Amalfi, dan Yzak Joule yang sangat ingin membunuh Kira akibat luka yang diderita di wajahnya).
Sebelum meninggalkan Orb dengan Archangel, Cagalli memberitahukan kepada Kira bahwa orang tuanya sedang melihat dirinya. Kira memberitahukan kepada Cagalli untuk memintakan maaf kepada mereka, dan memberitahukan bahwa Kira tidak dapat bertemu dengan mereka, karena mungkin nantinya Kira akan mengatakan sesuatu yang ia tidak sadari dan kemudian ia menyesalinya. Cagalli pun kemudian memeluknya dengan menangis dan bilang kepadanya jangan mati dan kembali ke Orb untuk bertemu dengannya. Kira pun berjanji hal itu akan dilakukannya, tanpa tahu ada bahaya yang mengintainya kemudian.

Pertarungan tragis dengan Athrun

Ketika dalam perjalanan menuju markas besar Earth Alliance di Alaska, JOSH-A, Archangel pun diserang oleh Athrun dan kawan-kawan. Pada awal-awal pertarungan dengan mereka, Kira dapat mengalahkan mereka, dengan merusak mobile suit bawaan mereka sehingga mereka tidak dapat menyerang Archangel lagi. Kira pun bertarung satu lawan satu dengan Athrun, dan Athrun pun dikalahkan karena baterai Aegis mulai habis dan mengalami Phase Shift Down, dan ketika hendak menghancurkan Aegis, Nicol muncul dari samping Strike untuk melindungi Athrun dari Strike dan langsung menyerang Kira. Kira, secara tidak sengaja, menghindar dan langsung menebas kokpit Blitz beserta pilotnya, Nicol. Saat kembali ke pangkalan, Athrun menyadari bahwa hanya dengan kematian Kira, kematian Nicol dapat dihindari dan kemudian ia pun marah dan akan membunuh Kira, pada kemudian hari mereka bertemu.
Sesuai janjinya, Kira pun bertemu kembali dengan Athrun. Athrun,beserta Yzak dan Dearka yang masih dendam akan kematian Nicol, menyerang Archangel dengan ganas. Mereka pun berhasil merusak sebagian persenjataan Archangel, terutama Athrun. Kira dan Strike-pun turun tangan, dan berhasil melumpuhkan Duel, meski pada saat jatuh Duel sempat menembak hancur beam rifle Strike. Kira lalu bertempur dengan Athrun, dan pada saat keduanya bertarung di sebuah pulau kecil, mereka menyerang saling membabi-buta. Tolle Koenig akhirnya turun membantu Strike menggunakan FX-550 Skygrasper unit 2, dan menembakkan rudal menuju Aegis. Athrun berhasil menghindar dan akhirnya membunuh Tolle dengan melemparkan shield Aegis dan tepat mengenai kokpit. Karena sangat marah, Kira pun mengaktifkan mode SEED miliknya untuk membalas dendam Tolle, begitu pun dengan Athrun, ia mengaktifkan mode SEED miliknya. Pertarungan keduanya terlihat seimbang, sampai Athrun mengaktifkan fungsi self-destruct milik Aegis dan mengunci Strike untuk menghancurkannya dan membunuh Kira, sementara dirinya sendiri keluar dari kokpit. Aegis pun meledak, dan memberikan damage yang sangat parah terhadap Strike. Kira pun mengalami cedera cukup parah.

Ke PLANT dan mendapatkan "mesin perdamaian"

Meskipun Kira telah dianggap mati, baik oleh kru Archangel maupun pasukan ZAFT, Kira ternyata berada di PLANT, di rumah Lacus Clyne. Dalam versi Anime, tidak dijelaskan bagaimana caranya Kira bisa sampai ke taman di mana Malchio dan anak-anak yatim yang dilindunginya berada, tetapi memang Malchio-lah yang membawa Kira kepada Lacus Clyne. Tapi, dalam manga Gundam SEED (diterbitkan di Indonesia oleh M&C), hal tersebut dijelaskan bagaimana Kira terlempar ke taman rumah Malchio, sebelum sadarkan diri. Dalam manga Astray, ia bahkan ditarik dari reruntuhan Strike oleh anggota Junk Guild, Lowe Guele, yang kemudian memberikannya kepada Malchio. Kira pun kemudian berterima kasih kepada Lowe Guele saat ReHOME memberikan suplai kepada aliansi tiga kapal pada akhir-akhir perang.
Pada saat itu, Lacus dan Kira pun semakin dekat antara satu dengan lainnya. Lacus memberitahukan kepada Kira bahwa dirinya aman berada di PLANT, dan ia dapat tinggal di situ selama ia mau. Tapi, ternyata, ia tidak sengaja mendengar pesan Eileen Canaver, salah satu anggota dewan ZAFT kepada Siegel Clyne bahwa sasaran operasi Spit Break bukanlah Panama, tetapi pangkalan militer JOSH-A, di Alaska, markas besar pasukan Earth Alliance dan juga tempat di mana Archangel berada saa itu. Kira pun memutuskan bahwa ia tidak dapat berlama-lama di PLANT dan kembali ke Bumi untuk menyelamatkan teman-temannya. Lacus pun membantu Kira untuk memasuki markas ZAFT dan memberikan ZMGF-X10A Freedom Gundam kepadanya, sembari menciumnya di pipi. Akhirnya, Kira pun turun ke Bumi untuk membantu Archangel dengan menggunakan mobile suit barunya.
Pada saat Kira muncul di hadapan Archangel, Murrue Ramius memberitahukan kepada Kira bahwa ada sebuah superweapon yang dipasang di bawah tanah Alaska. Kira pun mengaktifkan mode SEED-nya dan kemudian menyebarkan berita bahwa akan ada bahaya yang mengintai. Yzak menolak untuk percaya dan menyerang Freedom dengan Duel miliknya. Meskipun Yzak membunuh Elle dan para pengungsi Heliopolis lainnya, Kira menghindari serangan ke kokpit Duel, dan tidak mau membalas dendam untuk mereka. Malahan Kira menjadikan Duel Gundam miliknya tidak dapat bergerak, dengan dihancurkannya kaki serta tangannya, dan menendangnya ke bawah sebelum diselamatkan oleh rekan ZAFT lainnya.
Setelah serangan besar-besaran JOSH-A, Archangel pun keluar dari Earth Alliance untuk membelot ke Orb, karena jika mereka ke Panama, sama saja itu dengan bunuh diri. Pada saat sampai di Orb, Cagalli pun menyambut Kira dengan pelukan hingga keduanya jatuh ke tanah. Cagalli menyebut Kira sebagai idiot, saat memukuli dadanya, dan sangat khawatir kepadanya, karena memang dialah yang mencari reruntuhan Strike pada saat dimintai pertolongan oleh Archangel menyusul kehancuran Strike. Kira pun membalas Cagalli dengan mengembalikan janjinya bahwa ia akan kembali ke Cagalli.
Selanjutnya, setelah diberitahu oleh Lacus bahwa Kira masih hidup, Athrun pun mengambil keputusan bahwa Kira bukanlah musuh baginya. Dengan menggunakan ZMGF-X09A Justice Gundam, Athrun membantu Archangel, Freedom, dan Strike yang telah diperbaiki (dinaiki oleh Mwu La Fllaga setelah sistem operasi Strike diganti dengan sistem operasi M1 Astray, sehingga dapat digunakan oleh Natural) saat serangan terhadap Orb dilakukan oleh Earth Alliance. Setelah mengusir pasukan Earth Alliance, Athrun dan Kira pun mulai bercakap-cakap. Mereka mengakui bahwa Tolle Koenig dan Nicol Amalfi tidak harus mati, dan mereka pun mengakui bahwa mereka memiliki nafsu untuk saling membunuh dikarenakan kematian dua orang tersebut, meskipun Kira dan Athrun merupakan sahabat lama. Kira kemudian menyebutkan apa yang harus diperangi, seperti yang dikatakan oleh Lacus Clyne, dan meminta Athrun untuk kembali bertarung bahu membahu bersamanya untuk mempertahankan Orb dan menyelesaikan perang.
Hari berikutnya, Earth Alliance kembali menyerang Orb. Uzumi Nala Athha pun mengorbankan dirinya dengan meledakkan Kaguya (tempat di mana mass driver milik Orb yang diincar oleh Earth Alliance berada) untuk mencegah pasukan Earth Alliance memperoleh target utamanya. Sebelum itu, Uzumi memberikan sebuah foto kepada Cagalli yang di dalamnya terdapat foto dirinya dan Kira ketika masih bayi dan memberitahukan kepadanya meskipun ia meninggalkan dirinya, Cagalli tidaklah sendirian, karena ada saudara kembarnya, yang tidak disangka-sangka: Kira Yamato. Ketika Cagalli memperlihatka foto tersebut kepada Kira setelah Archangel dan Kusanagi ke luar angkasa, Kira pun terkejut, terutama ketika melihat wanita yang sedang menggendong keduanya bukanlah Caridad Yamato, satu-satunya ibu yang dikenalnya.

Mengetahui jatidirinya

Setelah itu, Lacus Clyne dan Faksi Clyne pun bergabung dengan Archangel serta Kusanagi untuk membentuk Aliansi Tiga Kapal (Three Ships Alliance), yang didukung oleh Freedom dan Justice. Di manga Astray, kelompok ini mendapatkan bantuan dari Junk Guild, dan Archangel menganggap bahwa kapal perang ReHOME bertindak sebagai bala bantuan untuk aliansi tiga kapal.
Selama peperangan di Mendel, ia mengetahui dari Raww Le Kluezze bahwa Caridad dan Haruma Yamato bukanlah orang tua kandungnya. Orang tua kandung sebenarnya adalah Ulen Hibiki dan Via Hibiki, dua orang ahli genetika yang telah meninggal dunia. Ia juga mengetahui bahwa dirinya adalah seorang Ultimate Coordinator; janin Kira dikembangkan di luar rahim ibunya, dan terhadap janin tersebut, dilakukanlah beberapa pengembangan kemampuan Kira. Dan Kira-lah satu-satunya hasil dari proyek Ultimate Coordinator yang sukses. Kira juga mengetahui bahwa Cagalli adalah benar-benar saudara kembarnya, yang dilahirkan secara natural tanpa mofifikasi genetika, seperti halnya Kira.
Setelah itu, Kira terkejut bahwa Fllay Allster, yang sebelumnya diyakininya telah ditransfer dari Archangel bersama Natarle Badgiruel, ternyata berada di luar angkasa, yakni di dalam escape pod yang diluncurkan oleh Raww Le Klueze. Di dalam escape pod tersebut, Fllay berkata kepada semuanya (baik itu Archangel ataupun Dominion yang kala itu menjadi lawannya), bahwa ia memiliki sesuatu yang dapat mengakhir perang. Setelah mendengar suara Kira, Fllay pun senang, karena sebelumnya ia berpikir bahwa Kira telah tewas oleh Athrun.
Sayangnya, Kira gagal mendapatkan escape pod di mana Fllay berada, karena Freedom dihadang oleh GAT-X252 Forbidden Gundam dan GAT-X370 Raider Gundam, setelah Kira tanpa pikir-pikir panjang lagi untuk mendapatkan escape pod tersebut. Fllay pun akhirnya ke kapal tempur kembaran Archangel, Dominion. Pada saat Forbidden dan Raider menyerang Kira, Athrun dan Dearka pun datang menyelamatkan Kira (Freedom kehilangan kepalanya).
Setelah kembali ke Eternal, Kira melihat Lacus, tetapi yang terbayang adalah Fllay dan kemudian pingsan di depan mata Lacus. Ketika bangun dari pingsannya yang lama, lagi-lagi ia melihat Fllay ketika melihat Lacus, seperti sebelumnya. Dari koloni Mendel, Kira juga membawa foto yang sama seperti yang dimiliki oleh Cagalli dan pada saat Cagalli bertanya kepada Kira, mengenai siapa orang yang menggendong mereka ketika masih bayi, Athrun mengajak Cagalli keluar dan meninggalkan Lacus dan Kira berduaan. Kira memberitahukan kepada Lacus bahwa ia telah berjanji untuk tidak menangis lagi, tetapi Lacus memberitahukan kepadanya bahwa Kira dapat menangis ketika memang harus menangis. Setelah itu, Kira pun menangis di pelukan Lacus.

Peperangan terakhir di Jachin Due

Kira, Lacus, Athrun, Cagalli dan Aliansi Tiga Kapal pun berniat untuk mengakhiri perang Valentine Berdarah pertama. Sebelum pertarungan itu dilakukan, Lacus pun memberikan cincin yang sebelumnya dimiliki oleh ibunya, dan memberikan cintanya kepada Kira. Kira pun meresponsnya dengan tanda terima kasih dan menciumnya di pipi.
Pada saat perang terakhir di Jachin Due, Kira bertarung melawan pasukan ZAFT dan Earth Alliance sekaligus, dan membantu menghancurkan semua misil nuklir yang dibawa oleh pasukan Earth Alliance, melalui skuadron Peacemaker. Kira pun bertarung dengan Raww Le Kluezze, yang telah menggunakan ZMGF-X13A Providence Gundam. Ketika pertarungan tersebut berlangsung, lagi-lagi Kira mendengar suara Fllay dari sebuah escape pod yang keluar dari Dominion, dan kemudian mencoba mengambilnya. Tetapi, Le Kluezze malahan menembaknya dengan menggunakan DRAGOON System, membunuh Fllay dan semua yang berada di dalamnya (kru Dominion). Kira pun menangis sejadi-jadinya dan menyalahkan dirinya karena jika ia telah menghancurkan Providence Gundam milik Raww Le Kluezze, Fllay tidak akan mati. Arwah Fllay pun kemudian berterima kasih kepada Kira dan meminta maaf kepadanya.
Dengan kemarahan yang didapatnya akibat kematian Fllay, Kira mengaktifkan mode SEED. Meskipun demikian, Freedom Gundam rusak berat dalam pertarungan selanjutnya, ia berhasil mencederai Le Kluezze, dan mendorong Providence Gundam ke dekat meriam GENESIS yang dihancurkan oleh Athrun dengan mengaktifkan self-destruct yang dimiliki oleh Justice Gundam. Setelah itu, Kira pun melayang di luar Freedom, kemudian ia ditolong oleh Athrun dan Cagalli dengan menggunakan MBF-02 Strike Rouge dan ternyata ia menggunakan cincin yang diberikan oleh Lacus sebagai kalung. Perang Valentie Berdarah pertama pun selesai.

Bertempur Kembali

Peran Kira di Mobile Suit Gundam Seed Destiny berawal saat tempat tinggalnya bersama Lacus Clyne diserang oleh sekelompok pilot ZAFT yang dikirim oleh Gilbert Durandal untuk membunuh Lacus Clyne (yang asli), Kira kembali bertempur dan mengalahkan semua pilot mobile suit tersebut dengan cara menonaktifkan (melumpuhkan) semua mobile suit mereka .

Mengalahkan Athrun

Dalam Pertempuran Crete, Kira dan Archangel secara tidak langsung ikut dalam pertempuran, karena Kira (dan Freedom) mengacaukan pertempuran dengan cara melumpuhkan semua senjata mobile suit, tidak peduli itu MS milak ZAFT ataupun Orb.
Saat itu, Athrun dan ZGMF-X23S Saviour Gundam yang melihat Kira kemudian menyusulnya dan berusaha menghentikan Freedom. Athrun bertanya kenapa Kira melakukan hal seperti ini, Kira lalu mengatakan kenapa Athrun tidak bisa mengerti perasaan emosional Cagalli, adiknya yang menangis karena banyak prajurit Orb yang menjadi korban.
Kira pun kemudian marah kepada Athrun dan mengeluarkan modus SEED dan menyerang Athrun. Athrun yang lengah dan memang tidak ingin bertarung melawan Kira pun akhirnya kalah, ditambah lagi kekuatan Saviour tidak sebanding dengan Freedom, sehingga Freedom menghancurkan sebagian besar tubuh Saviour (namun tetap,Kira yang tidak ingin membunuh, tidak menyerang kokpit Saviour).

Kehancuran Freedom

Dewan tinggi ZAFT mengeluarkan pernyataan bahwa Archangel dan Freedom adalah ancaman dan musuh terbesar ZAFT saat itu, dan harus dihancurkan, maka Durandal mengumumkan agar dilaksanakannya Operasi Angel Down, dimana Archangel dan Freedom menjadi target utama.
Pada saat itu, Archangel sedang akan kembali menuju Orb, tetapi mereka secara tiba-tiba diserang oleh banyak mobile suit milik ZAFT. Seperti biasa, Kira dan Freedom meluncur keluar dan mengahadapi mereka, tetapi di saat bersamaan muncul Shinn Asuka dan ZGMF-X56S Force Impulse Gundam, bersama dengan Minerva. Kapten Minerva Talia Gladys menyarankan agar pihak Archangel meyerah saja, tetapi tawaran itu ditolak dengan sopan oleh kapten Archangel, Murrue Ramius, dan akhirnya Archangel harus bertempur mati-matian dengan Minerva dan para prajurit ZAFT.
Sementara itu, Kira yang berusaha "melarikan diri" dari Shinn, terpaksa harus bertarung dengannya. Shinn yang memang menunggu kesempatan ini untuk membalaskan dendamnya atas kematian Stella Loussier sudah berlatih dengan simulasi melawan Freedom, sehingga semua strategi Kira yang berprinsipkan "tidak menyerang kokpit" sudah terbaca. Pada akhirnya satu tebasan beam sword Freedom gagal (karena kemampuan bongkar pasang Impulse) dan Impulse pun memanfaatkan kesempatan tersebut dengan menembak sayap kiri Freedom. Ketika Freedom hampir berhasil kabur, Shinn melemparnya dengan beam boomerang (namun berhasil diblok oleh shield Freedom), dan akhirnya menusuk Freedom dengan sword dari bagian Sword Silhouette. Kira beruntung, karena serangan itu tidak mengenai kokpitnya (karena posisi kokpit Freedom sedikit lebih ke atas,tidak seperti MS kebanyakan yang posisi kokpitnya berada di tengah batang tubuh) dan ia juga berhasil menyerang kepala dari Impulse. Namun pada akhirnya, Freedom jatuh ke laut dan meledak. Di dalam laut, bagian kokpit Freedom masih utuh namun sudah mulai kemasukan air, Kira pun mengalami cedera yang parah. Akhirnya,Cagalli dan MBF-02 Strike Rouge menyelamatkan Kira dengan membawa bagian kokpit Freedom kepada Archangel.

"Mesin perdamaian" baru

Setelah sembuh dari cedera parah yang diderita saat dikalahkan Shinn Asuka, Kira mendengar bahwa Eternal(besrta Lacus Clyne di dalamnya) akan bergerak menuju bumi, tetapi ketahuan oleh mobile suit pengintai milik ZAFT dan diserang secara bertubi-tubi oleh kapal perang ZAFT. Kira pun menggunakan MBF-02 Strike Rouge yang dipasangi space booster untuk menyelamatkan Eternal. Di luar angkasa,Eternal yang kewalahan akhirnya meluncurkan komandan mereka, Andrew Waltfeld beserta mobile suitnya Gaia Gundam untuk membantu Eternal. Kira yang sudah sampai di tempat Eternal segera membantu Waltfeld (yang menyuruhnya untuk cepat mengambil unit baru miliknya, daripada membuang waktu dengan cara membantunya), tetapi karena jumlah musuh yang sangat banyak dan kemampuan Strike Rouge yang sudah tergolong model lama, Kira akhirnya kalah (Strike Rouge tertembak kepala dan kedua kakinya) dan ditarik masuk ke dalam Eternal. Kira bertemu dengan Lacus, dan segera menanyakan di mana unit baru tersebut, Lacus akhirnya membawa Kira ke tempat ZGMF-X20A Strike Freedom Gundam dan memberi mobile suit tersebut kepadanya, Kira pun mengucapkan terima kasih dan segera meluncur bersama senjata barunya tersebut. Akhirnya Strike Freedom menghancurkan sebanyak 25 Mobile suit berupa Zaku dan Gouf dalam waktu 2 menit, serta menghancurkan 3 buah mesin kapal perang NAZCA milik ZAFT dengan menggunakan DRAGOON system yang telah diaplikasikan di Strike Freedom.

Operasi Fury

Operasi Fury dilaksanakan ZAFT untuk menemukan keberadaan pemimpin Blue Cosmos, yaitu Lord Djibril yang diduga kabur menuju Orb, sehingga militer ZAFT menggempur langsung ke wilayah Orb, dan tentu saja, Minerva (beserta Shinn dan Rey yang keduanya telah diberi mobile suit baru oleh Gilbert Durandal)ikut dalam operasi tersebut. Pihak Minerva terkejut ketika mendapati Archangel masih utuh dan ikut dalam pertempuran, karena dalam Operasi Angel Down mereka melihat Archangel seakan-akan tenggelam dan meledak dalam air(sesungguhnya yang meledak adalah mesin Archangel no.2 yang memang sengaja dilepas dan diledakkan,agar Minerva mengira bahwa Archangel benar-benar meledak). Sementara itu,Shinn sedang menghadapi Akatsuki milik Cagalli dengan mobile suit barunya,ZGMF-X42S Destiny Gundam,dan terlihat hampir memenangkan pertarungan ketika lemparan beam boomerang akan mengenai Akatsuki.
Bersamaan dengan itu,di radar Minerva terlihat ada dua objek mendekat dengan kecepatan luar biasa dari luar angkasa, ternyata mereka adalah Strike Freedom dan Infinite Justice (yang dipiloti Lacus Clyne). Strike Freedom pun mendekat dan menembak 2 buah beam boomerang yang dilemparkan Destiny ke arah Akatsuki. Shinn merasa kaget dan akhirnya bertarung dengan Strike Freedom. Sementara itu,Infinite Justice mendarat ke Archangel dan pilotnya,Lacus bertemu dengan Athrun dan Meyrin Hawke. Rey menyuruh Shinn untuk kembali ke Minerva untuk mengisi ulang kembali senjata yang hancur oleh Strike Freedom dan bertempur bersama, akhirnya Shinn pun menurut dan kembali ke Minerva.

A Call Of Counterattack

Setelah Destiny pergi untuk kembali ke Minerva, Kira yang merupakan bagian dari prajurit Orb membantu para prajurit Orb mengalahkan para prajurit ZAFT, sementara itu, Lacus mengatakan bahwa Athrun sendirilah yang memutuskan akan menjadi prajurit lagi atau tidak, Athrun pun memutuskan untuk bertempur kembali dan menggunakan Infinite Justice. Sementara itu, proses isi ulang senjata Destiny Gundam telah selesai, dan Shinn pun langsung take off bersama dengan Rey dan Legend Gundam miliknya, dan bertarung kembali melawan Strike Freedom. Athrun yang memutuskan untuk bertempur kembali juga take off dan menggunakan Infinite Justice untuk bertempur. Serangan Destiny dimulai dengan menggundakan beam saber, tetapi berhasil ditangkis dengan beam shield oleh Strike Freedom, dan ketika Legend menyerang dengan DRAGOON system, Kira masih berhasil mem-blok serangan tersebut, tetapi keseimbangan Strike Freedom goyah dan menjadi bidikan beam cannon Destiny. Ketika Shinn hampir menekan pelatuk beam cannon, datang Athrun beserta Infinite Justice, mencegah tembakan Destiny. Shinn pun terkejut, tetapi Rey menyadarkan kembali Shinn yang shock karena mengira telah membunuh Athrun saat Athrun hendak membelot dan menuju Archangel. Keduanya pun menjauh dan akhirnya saling menyerang, Kira pun membantu Athrun yang sedang terdesak oleh Destiny dan Legend. Shinn pun membantu Rey, dan menembak Strike Freedom,tapi berhasil dihindari dan selanjutnya berhadapan langsung dengan Athrun. Infinite Justice pun mengeluarkan beam saber-nya dan melawan Destiny, sementara Kira merasa ketika melawan Rey yang dia hadapi adalah Raww Le Kluezze (wajar Kira merasa seperti itu,karena Rey belakangan ketahuan adalah kloning dari Le Kluezze). Shinn menggunakan modus SEED-nya dan mengeluarkan Wings of Light system Destiny dan menyerang Athrun, Athrun pun tak mau kalah dia berbalik menyerang Destiny dan menghancurkan sebelah tangan Destiny. Pada saat itu, Lord Djibril pun melarikan diri dengan menggunakan shuttle milik keluarga Seiran, Lunamaria Hawke pun diutus Minerva untuk menembak jatuh shuttle tersebut, tetapi tidak berhasil. Setelah Lord Djibril lolos, Minerva pun memerintahkan untuk menarik mundur semua unit militer ZAFT dari wilayah teritorial Orb. Pertarungan Shinn, Athrun, Kira, dan Rey pun berakhir, pada saat Destiny meninggalkan Infinite Justice, Athrun yang masih terluka pingsan dan mengakibatkan Infinite Justice jatuh, tetapi berhasil ditolong oleh Strike Freedom. Pada saat di Archangel, Kira membuka helm dan pilot suit Athrun, dan ditemukan kepala dan tubuh Athrun mengalami pendarahan hebat.

Peperangan terakhir di Messiah

Setelah Gilbert Durandal mengumumkan pada dunia bahwa akan segera melaksanakan "Destiny Plan", suatu rencana untuk menghancurkan Bumi, Kira beserta Aliansi Tiga Kapal (Three Ships Alliance) dan juga para prajurit militer Orb berusha mencegah rencana tersebut dan akan menyerang Messiah, suatu unit senjata pemusnah massal milik ZAFT yang berada di bulan.
Tentu saja ZAFT tidak membiarkan pihak Orb berbuat itu, mereka juga mengirimkan pasukannya, termasuk Minerva, sehingga Kira, Athrun, Shinn, dan Rey akan bertarung kembali.
Peperangan besar tak terhindarkan, lalu Kira menyuruh agar Archangel (beserta Infinite Justice) dan Kusanagi pergi saja berusaha menyerang Messiah, sementara Strike Freedom dan Eternal menghadapi para pasukan ZAFT. Shinn akhirnya kembali bertemu dengan Strike Freedom, dan dia tentu saja menyerang dengan ganas, tetapi serangannya selalu berhasil ditangkis oleh Strike Freedom, sampai pada akhirnya Rey datang dan menyuruh Shinn untuk pergi, menghadapi Athrun dan Archangel karena Rey berniat balas dendam terhadap kematian saudara kloningnya, Raww Le Kluezze pada akhir pertempuran Valentine Berdarah pertama di Jachin Due.
Sementara itu, Shinn pergi mengejar Archangel dan Infinite Justice, Shinn ingin "menuntaskan" pertarungannya pada saat Operasi Fury yang tertunda. Athrun pada saat itu sedang bertarung melawan Impulse Gundam yang dipiloti Lunamaria Hawke, dan berhasil mengalahkannya. Tepat pada saat itu, Destiny pun datang, dan menyerang Infinite Justice yang dianggap sudah melukai Lunamaria (padahal sebetulnya tidak). Shinn yang marah pun menggunakan modus SEEDnya, dan bertarung hebat dengan Athrun. Sampai pada akhir pertarungan, Athrun mengatakan apa alasan Shinn untuk bertarung adalah untuk membuat dunia hanya berdasarkan kekuatan, dan Athrun juga mengatakan bahwa apapun yang sudah mati tidak akan bisa kembali lagi. Mendengar perkataan Athrun, Shinn pun emosinya meledak dan menyerang Infinite justice dengan Shinning hand Destiny. Lunamaria pun menghalangi Shinn dan menyuruhnya berhenti, tetapi Shinn yang sedang kalap malah menganggap Impulse sebagai Freedom yang sudah membunuh kedua orang yang paling dia sayangi, Mayu Asuka, adiknya dan Stella Loussier dan tidak menghentikan serangannya, Athrun pun mengeluarkan modus SEED miliknya dan menghentikan Destiny, serta langsung menghancurkan Destiny tanpa melukai Shinn. Lalu Athrun menyerang Minerva yang sudah mengalami kerusakan akibat Archangel dengan FATUM backflight Flier milik Infinite Justice dan menonaktifkan mesinnya sehingga Minerva pun terjatuh ke permukaan Bulan. Kapten Minerva Talia Gladys pun mengalihkan kepemimpinannya kepada Arthur Trine dan keluar menuju Messiah dengan menggundakan life pod.
Sementara itu, Rey menggunakan DRAGOON system untuk menyerang Strike Freedom, tetapi bisa ditangkis oleh beam shield, dan pada saat itu Rey mengatakan bahwa drinya adalah Raww Le Kluezze. Kira pun terkejut dan merasa tidak percaya, tetapi Rey mengatakan bahwa itu memang benar, dan merupakan hasil dari buah impian umat manusia, yang tidak sebagian orang mengerti, termasuk Kira Yamato sendiri. Namun Kira tetap menyangkal bahwa Rey adalah Le Kluezze, karena menurut Kira, semua manusia hanya mempunyai satu perasaan dan jiwa, sehingga tidak ada yang namanya dua manusia (apalagi sudah tewas) berada dalam satu tubuh. Mendengar pernyataan Kira, membuat Rey tidak fokus, sehingga stu per satu serangan DRAGOON system milik Legend gagal dan malah dihancurkan oleh beam rifle milik Strike Freedom. Rey pun takluk ketika Kira menggunakan modus HiMAT(High Mobility Aerial Tactics) milik Strike Freedom yang merusak sebagian besar tubuh Legend kecuali kokpit.
Setelah mengalahkan Rey, Kira pun menyerang Messiah dengan menggunakan Strike Freedom yang dilengkapi dengan METEOR, dan masuk ke dalam Messiah, Kira pun menghampiri sambil menodongkan pistolnya ke arah pemimpin ZAFT, Gilbert Durandal yang masih hidup dan masih berada di dalam Messiah. Kira hendak mengajak Durandal keluar dan menyerahkan diri, tetapi Durandal malah menodongkan pistol juga kepada Kira. Saat itu, Talia pun datang dan menodongkan pistolnya kepada Kira secara diam-diam, lalu tak lama Rey yang masih hidup pun datang dan juga mengarahkan pistolnya kepada Kira secara diam-diam pula. Kira lalu mengatakan bahwa perang dan semua proyek yang dilaksanakan olehnya (Durandal) tidaklah membawa manfaat, dan hanya membawa kesengsaraan bagi semua umat manusia. Mendengar hal tersebut Rey pun menembak Durandal dan menangis, sementara Talia mendekati tubuh Durandal dan memeluknya, sambil mengatakan kepada Kira bahwa dia memiliki seorang anak dan ingin agar kapten Murrue Ramius menengok serta mengurusnya, Talia mengatakan bahwa itu adalah perintah terakhirnya. Dia pun memanggil Rey dan memeluknya pula serta mengatakan bahwa Rey sudah melakukan tugasnya dengan baik, sementara Kira pergi meninggalkan Messiah yang akan meledak (karena ulah Infinite Justice dan ORB-01 Akatsuki yang dipiloti oleh Mu La Flaga), Shinn dan Lunamaria pun menangis, saat melihat Messiah yang runtuh dan meledak.

Bertemu dengan Shinn dan akhir dari peperangan

Pada saat Messiah meledak, Athrun melihat Shinn dan Lunamaria di suatu tempat di bulan, ia pun membawa keduanya untuk kembali ke pangkalan ZAFT terdekat. Saat itu,Lacus Clyne menyatakan bahwa peperangan ini harus diselesaikan, dan beberapa bulan setelahnya, representatif Orb Cagalli Yula Athha menandatangani perjanjian damai di PLANT.
Shinn, Athrun, Lunamaria, dan Meyrin sedang ziarah ke suatu nisan di Orb yang dipersembahkan untuk para korban
dari peperangan, lalu Athrun mendengar suara dari Torii, dan melihat Kira serta Lacus membawa bunga menuju nisan tersebut. Athrun lalu mengenalkan Kira kepada Shinn, dan memberitahu Shinn bahwa Kira adalah pilot Freedom. Setelah mengetahui hal itu, Shinn dijabat tangannya oleh Kira dan berkata agar mau berjuang bersamanya mempertahankan perdamaian. Shinn lalu menangis dan merasa bersalah karena orang yang hampir dibunuhnya saja mau memaafkannya. Shinn pun setuju dan membalas menyalami tangan Kira.Perang Valentine Berdarah kedua pun selesai.

Kemampuan tempur

Dalam serial Mobile Suit Gundam SEED, Kira terlihat tidak dapat menggunakan senjata pistol, dan ia hanya melemparkan pistol tersebut kepada penyerang, saat percobaan pembunuhan terhadap Andrew Waltfeld. Ia bahkan diingatkan oleh Mwu La Fllaga untuk melepaskan pengaman pistol yang digunakannya saat bertemu dengan Le Kluezze ketika di Mendel. Tetapi, ketika menggunakan mobile suit, ia luar biasa hebat.
Dalam Mobile Suit Gundam SEED Destiny, kemampuannya dalam menggunakan pistol meningkat, dan terlihat pada saat Lacus hendak dibunuh oleh Coordinator suruhan Gilbert Durandal.

Hubungannya dengan Fllay Allster dan Lacus Clyne

Pada awalnya, Kira hanya dimanfaatkan oleh Flay untuk melindungi Archangel dalam pertempuran. Fllay pun melaksanakan niat tersebut dengan cara pura-pura cinta kepada Kira, bahkan Fllay pun pernah berhubungan dengan Kira(hal ini merupakan yang pertama bagi seorang tokoh utama serial Gundam melakukan hubungan sex). Namun pada akhirnya, tanpa sebab yang jelas, Kira pun memutuskan hubungan dengan Fllay.
Sementara hubungan Kira dengan Lacus ditandai ketika Lacus memberikan cincin ibunya kepada Kira, yang diikuti dengan ciuman di pipi. Dalam tradisi Jepang, ketika seorang perempuan memberikan sebuah ornamen kepada seorang laki-laki, umumnya hal ini merupakan tanda cinta romantis dan kemudian menjadi pernikahan. Hubungan mereka semakin erat pada saat Lacus memberikan ZGMF-X10A Freedom Gundam kepada Kira.

Torii

Torii, adalah sebuah robot berbentuk burung berwarna hijau-kuning yang dimiliki oleh Kira. Torii, dalam versi bahasa Jepangnya diisi suaranya oleh Naomi Shindou. Robot tersebut dibuat oleh Athrun Zala untuk Kira, sebagai tanda persahabatan keduanya, saat keduanya hendak berpisah.
Torii pertama kali muncul pada episode pertama Mobile Suit Gundam SEED, saat Kira dan kawan-kawan berada di kampus. Torii awalnya menemani Kira dengan hinggap di pundaknya, tetapi tanpa alasan yang jelas, ia kabur entah ke mana. Ketika Archangel berada di Orb untuk diperbaiki, Kira dan Athrun pun bertatap muka kembali; Athrun pun kembali mengembalikan Torii kepada Kira tanpa berbincang banyak dengannya. Torii pun muncul pada episode terakhir Gundam Seed Destiny
Sampai pada episode akhir Gundam Seed Destiny pun,Torii masih merupakan lambang persahabatan antara Kira dan Athrun.