סוד הגן הנעלם

עלילה

עלילת הספר מתחילה בתיאור חייה של הילדה האנגלייה מרי לנוקס בהודו, מרי היא ילדה עשירה ומפונקת, שהוריה מזניחים אותה ולמעשה מגדלים אותה המשרתים והאומנת שלה. מרי מאבדת את הוריה במגפת כולרה ונשלחת לגור באחוזת דודה מצד אמה, מר קרייבן, המתגורר ביורקשייר שבאנגליה.
מרי נשארת מבודדת באחוזה, תחת השגחת סוכנת הבית גברת מדלוק, כאשר דודה, הבורח ממות אשתו שרודף אותו, נעדר באופן קבוע מהאחוזה. האדם היחיד שמקדיש למרי תשומת לב היא החדרנית מרתה, ובמהלך שיחותיהן היא מספרת למרי על גן נעול וחתום בחומות, שהיה הגן האהוב על גברת קרייבן, ושאותו נעל בעלה לאחר מותה, וקבר את המפתח.
במהלך שיטוטיה של מרי בגני האחוזה היא מוצאת את המפתח ולאחר מכן את הדלת לגן ונכנסת לתחומיו. כאשר היא נכנסת לגן מגלה מרי שלמרות נבילת הוורדים, חלק מהפרחים עדיין חיים, והיא מחליטה להתחיל לעבוד על הגן בעצמה, אולם לשמור על כך בסוד, במקרה שדודה, או גברת מדלוק יגלו שהגן נפתח וינעלו אותו בשנית.
דרך מרתה, מגייסת מרי לעזרתה את אחיה הקטן של מרתה, דיקון, הידוע בכישרונו ובקשריו המיוחדים עם בעלי חיים וצמחים. דיקון עוזר למרי להחזיר את הגן לקדמותו, מספק למרי, באמצעות כסף שהיא מביאה לו, כלי גינון וזרעי פרחים, ועוזר לה להחזיר לחיים את הוורדים.
כאשר דודה של מרי בא לביקור באחוזה ופוגש את מרי לראשונה, מבקשת מרי ממנו חלקת אדמה בשביל עצמה, ומר קרייבן מסכים ואומר לה שהיא יכולה לקבל כל חלקת אדמה שהיא רוצה באחוזה (בלי לדעת, שלמעשה הוא מעניק לה את הגן הנעלם).
לאחר ביקור דודה, שומעת מרי במשך מספר לילות קולות בכי. למרות הכחשת המשרתים את קיומו של הבכי, מחליטה מרי לחקור את פשר העניין. כאשר היא מתחילה לחקור את בית האחוזה בעצמה היא מגלה את חדר בנו של מר קרייבן, בן דודה קולין.
קולין מתגלה כילד חולני מאז הולדתו, מפונק ומריר, כמו שמרי הייתה בתחילת הספר (אופי שהשתנה בהדרגה אצל מרי במקביל לשיקום הגן). אביו של קולין מתעלם ממנו, משום שהוא מזכיר לו את אשתו המנוחה והאהובה, ומפקיר אותו לטיפולה של הגברת מדלוק, שרואה בו נטל, ולטיפולו של רופא זקן, שמתייחס אליו כאל נכה וכולא אותו בחדרו ובמיטתו, ללא הצדקה רפואית של ממש, אלא רק מתוך בורות ושיקולים אחרים.
קולין ומרי מבינים שהמשרתים, בראשות גברת מדלוק, לא אפשרו להם לדעת זה על קיומו של זה, בגלל החשש שקולין הרגיש יחלה וילקה באחד מהתקפי הרעידות וההיסטריה שלו, אם תופרע מנוחתו.
מרי וקולין, ששניהם היו עד עכשיו בודדים מאוד, קושרים עד מהרה קשרי חיבה ורעות, וקולין מכריח את המשרתים להרשות למרי לבקר אותו לעיתים קרובות. במהלך הביקורים מספרת מרי לקולין על הגן הנעלם.
עם בוא האביב, עונת הפריחה בגן הנעלם, מתחילה מרי לבלות יותר ויותר זמן בגן ובעבודה עליו. קולין מתרעם על כך שחברתו היחידה מבלה יותר זמן בגן ועם דיקון מאשר איתו, ובאחד מביקוריה הוא נתקף רעד, אחרי שמרי מסרבת להיענות לבקשותיו.
מרי, בניגוד למשרתים, מסרבת להיכנע להתקף ההיסטריה ועומדת על שלה, וכאשר קולין נרגע, הוא מבקש ממנה לקחת אותו לבקר בגן. מרי, שזה מכבר תכננה עם דיקון להביא את קולין לגן, מסכימה בשמחה, מתוך תקווה שהגן ישפר את מצבו של קולין.
דיקון מגיע לבקר את קולין, ומביא איתו כמה חיות בר שאימץ, ושלושת הילדים מתכננים בקפידה את הוצאתו של קולין מהבית אל הגן בלי שגברת מדלוק והמשרתים יגלו את הדבר. הילדים מצליחים לשכנע את רופאו של קולין, ולאחר מכן את מדלוק, שאם מרי ודיקון ייקחו את קולין לטיול בכיסא גלגלים בגן, מצבו ישתפר.
כאשר השלושה יוצאים אל גני האחוזה, פוקד קולין על הגננים והמשרתים לא להפריע להם ולהימנע מלעקוב אחריהם בזמן שהם מטיילים, וכך מצליחים השלושה להתחמק לתוך הגן הנעלם בלי שאיש יפריע להם או יגלה אותם.
לגן יש השפעה חיובית מאוד על קולין, שנהנה ממנו מאוד, והשלושה מבקרים בגן בכל פעם שמזג האוויר מאפשר זאת. במקביל לתחייתו ופריחתו של הגן, פורחת חברותם של השלושה, ומצב בריאותו של קולין משתפר.
המבוגר הראשון שמגלה את סוד הילדים הוא הגנן הזקן בן מוטמטר, שהיה חביב על אמו של קולין, וביקר בסודיות את הגן בכל השנים האלה, פעם או פעמיים בשנה, לאחר שטיפס על חומותיו. כאשר הוא מבקר בגן בפעם הראשונה מאז בואה של מרי אל האחוזה, הוא מוצא את השלושה ומתרגז. אבל עד מהרה, כשהוא נוכח בשיפור שחל במצבו של קולין ובמצב והגן, הוא נרגע, ומסכים לא לגלות לאף אחד אחר את סודם של הילדים.
קולין נחוש בדעתו לשפר את מצבו, כך שבפעם הבאה שאביו יחזור ממסעותיו, הוא יראה את קולין הולך ורץ כמו ילד נורמלי. קולין מצליח לעמוד וגם ללכת, אולם רק בן, דיקון ומרי יודעים על כך.
הסיפור מסתיים עם חזרתו של מר קרייבן לאחוזה. הוא מגיע בזמן ששלושת הילדים נמצאים בחוץ ומשחקים. מר קרייבן מוצא את עצמו נמשך אל הגן הנעלם, ובהגיעו לשם הוא נדהם לראות את בנו, אותו חשב לגוסס, רץ במהלך משחק, ואף מנצח את מרי בתחרות ריצה.
הילדים לוקחים את אביו של קולין לתוך הגן, מראים לו את כל מה שעשו שם, ומספרים לו על כל מה שקרה. כאשר מר קרייבן והילדים חוזרים לאחוזה, גברת מדלוק ושאר המשרתים לא מאמינים למראה עיניהם, קולין בריא והולך, ואביו מחזיק בידו, מאושר.