שואת יהודי ליטא

שואת יהודי ליטא התחוללה בחודשים יוני עד דצמבר 1941. המעטים ששרדו מקרב יהדות ליטא היו הנמלטים ליערות ואותם שהצליחו להסתתר אצל קרובים ליטאים. על פי מחלקת הסטטיסטיקה הליטאית ליטא מנתה בין 203,000 ל-207,000 יהודים עד ה-1 בינואר 1941. על פי ספרות המחקר, אוכלוסיית היהודים בליטא מנתה כמאתיים ועשר עד מאתיים ועשרים אלף נפש. מספר היהודים ששרדו בשטחי הכיבוש של גרמניה הנאצית בליטא בתום המלחמה נאמד בכ-8,000 נפש. 
הרציחות ההמוניות של היהודים בליטא היו תקדים בהיסטוריה של ליטא, במספר הרוגים הרב בזמן כה קצר.

כיבוש ליטא על ידי ברית המועצות

ביוני 1940, סמוך לאחר פרוץ מלחמת העולם השנייה, נכבשה ליטא על ידי ברית המועצות, כפי שהוסכם בהסכם ריבנטרופ-מולוטוב. בתקופה זו עלתה לשלטון ממשלה ליטאית-קומוניסטית בחסות ברית המועצות. השלטון החדש הלאים רכוש רב ושלח רבים מבני-מעמד הבורגנות למחנות בסיביר, ביניהם כ-5,000 יהודים.
אף על פי שהיהודים היו הגרעין הקשה של המפלגה הקומוניסטית במחתרת, לא זכו הקומוניסטים היהודים לכוח ממשי בשלטון החדש. עם זאת, הליטאים זיהו את היהודים עם המשטר החדש, שנוא-נפשם, אשר נתפש בעיניהם ככיבוש סובייטי זר. בתקופה זו הוצאה התנועה הציונית אל מחוץ לחוק, וכל בתי-הספר שלימדו בעברית נאלצו לעבור ללימוד ביידיש. הקומוניסטים רדפו את הישיבות (לפחות חלק מהישיבות המשיכו בלימוד באופן מחתרתי), ורבים מבני הישיבות הוגלו לסיביר. 
בתקופת השלטון הסובייטי הנפיק צ'יאונה סוגיהארה סגן הקונסול היפני ויזות מעבר רבות, ובעזרתן נמלטו אלפי יהודים ליפן.

כיבוש ליטא על ידי גרמניה הנאצית

ב-22 ביוני 1941, שנה אחרי הכיבוש הרוסי של ליטא, במבצע ברברוסה, פלשו כוחות של גרמניה הנאצית לליטא, שברשות ברית המועצות. 
כוחות הכיבוש הגרמנים התקבלו בליטא באהדה כגיבורים, וזאת לעומת סלידתם של ההמונים מן הכיבוש הרוסי הסובייטי. מכוחה של התעמולה הגרמנית, ליטאים רבים ראו בגרמנים כמקימים החדשים של עצמאות ליטא. הליטאים שיתפו פעולה עם שלטונות הכיבוש הגרמני. חלקים ניכרים מהעם הליטאי הביעו את רגשותיהם האנטישמים כלפי העם היהודי בנוכחות הציבור הרחב. הגרמנים ניצלו זאת לטובתם וביצעו כמה פעולות משמעותיות כנגד הממשל הליטאי. למשך זמן מה נראה כי הגרמנים יאפשרו שלטון עצמאי בליטא, אך, בין ספטמבר לאוגוסט פוזרו כל הארגונים הממשלתיים בליטא כאשר גרמניה צברה כוח רב. פעולות אלו גרמו להרס השלטון העצמי בליטא עד לחיסולו.

השמדת הקהילה היהודית

לאחר כניסת הגרמנים לליטא החל גל של פגיעות ורציחות של יהודים. רובן בוצעו על ידי יחידות האיינזצקומנדו 3 של האיינזצגרופה A, בסיוע נרחב של ארגונים ליטאיים פרו נאציים ומשטרת הסדר הליטאית. אנשי האיינזצגרופה הכינו תוכנית חיסול מאורגנת של יהדות ליטא ועל פי "לוח זמנים מדויק". הקורבנות היהודים אותרו, נעצרו, הושפלו ברחובות במעין תרגילי סדר או ריקוד, והובלו לאתרי הרצח ההמוניים על ידי ליטאים, שחלקם היו אנשי משטרת העזר הליטאית וזאת כאשר המוני אזרחים צופים בהם, ומביעים הנאה מהמחזה. במבצעים המאורגנים היטב, בחודשים יולי-אוגוסט 1941 נרצחו רובם של יהודי הערים והעיירות, ובספטמבר-נובמבר 1941 נרצחו מרבית יהודי הערים הגדולות. פעולות הרצח סוכמו בדין וחשבון מפורט שחיבר מפקד איינזצקומנדו 3, קרל יגר.
ב-2016 פרסמה הסופרת הליטאית רוטה ונאגייטה ספר שנוי במחלוקת ספר בשם "Mūsiškiai: Kelionė su priešu" (תרגום חופשי: "משלנו: מסע עם האויב"), נכתב לפי תחקיר שנעשה בשיתוף פעולה עם אפרים זורוף שעורר סערה בדעת הקהל בליטא כשהציף את הטענה לפיה התייחדה שואת יהדות ליטא בכך שהטבח העיקרי במדינה נעשה בידי שכניהם הליטאים של היהודים. הסערה התעוררה, בין היתר, משום שהספר מציג רק פן אחד של האירוע, ומתעלם מההיקף הנרחב של הצלת יהודים על ידי ליטאים בתקופת השואה.

תיעוד והנצחה

לאחר המלחמה החל איסוף עדויות של ניצולי שואת יהודי ליטא. אוסף משמעותי הוא אוספו של לייב קוניוחובסקי (Leyb Koniuchowsky) מאליטוס, ניצול מגטו קובנה. קוניוחובסקי אסף מיד בתום המלחמה מעל 150 עדויות כתובות של עדי ראייה וכן תצלומים ומפות.