נקבת השילוח

רקע גאוגרפי

במשך דורות שימש מעיין הגיחון מקור המים העיקרי, וכמעט הבלעדי, של ירושלים. הוא נובע עד ימינו בנקודת גובה נמוכה באופן משמעותי ביחס לעיר – בתחתית נחל קדרון, בין עיר דוד והר הזיתים. המיקום הבעייתי לא אִפשר בימי קדם את הכללתו של המעיין בתחומי העיר המבוצרת שממערב לו, שכן מבחינה אסטרטגית וטופוגרפית לא ניתן היה להציב את החומות במיקום נמוך כל כך. בימי שלום לא הייתה בכך בעיה, שכן יושבי העיר יכלו לצאת ולשאוב מים מהמעיין באין מפריע, אך בעת מצור, כששערי העיר נסגרו והאויב הקיף את החומות, נוצרה בעיה כפולה: מחד גיסא, תושבי העיר לא יכלו לגשת למקור המים, ומאידך גיסא האויב נהנה ממימיו באין מפריע. 
היבוסים, ששלטו בירושלים בשלהי האלף ה-2 לפנה"ס, התמודדו עם הבעיה על ידי ביצור המעיין בנפרד, ויצירת גישה אליו מהעיר דרך מערכת מגדלים ומעברים תת-קרקעיים, כדוגמת פיר וורן. היה זה הפתרון היחיד האפשרי באותם ימים, שכן ירושלים שכנה באותה עת רק על שלוחת עיר דוד הצרה, שהוקפה משני עבריה בגאיות עמוקים: ערוץ נחל קדרון ממזרח וגיא טירופיאון ממערב. בהיעדר טכנולוגיית שאיבה, לא הייתה אז כל דרך להעלות את המים לגובה מפלס העיר.
בשלהי תקופת בית ראשון כבר גדלה ירושלים והתפשטה אל מעבר לטירופיאון, אל "הגבעה המערבית", הכוללת את הר ציון, הרובע היהודי והרובע הארמני של ימינו. בעקבות הכללת הטירופיאון בתוך העיר היה בה גיא עמוק יותר מהקדרון לראשונה בתולדותיה. נקבת השילוח מנצלת עובדה טופוגרפית זו, בכך שהיא מזרימה את מי הגיחון ממזרח למערב, תחת בתי עיר דוד, אל הטירופיאון שבלב העיר בכוח הכבידה בלבד.

תוואי הנקבה, תבניתה ואופן חציבתה

תוואי נקבת השילוח מפותל. אורך הנקבה הוא 533 מטרים, אף שהמרחק הקווי בין נקודת המוצא לנקודת הסיום הוא כ-320 מטרים בלבד. רוחבה הממוצע בין 70 ל-80 ס"מ, גובהה נע בין 1.1 ל-5 מטרים, ושיפועה מתון ביותר: הפרש הגבהים בין נקודת המוצא לנקודת הסיום הוא 33 ס"מ בלבד, כלומר, ממוצע השיפוע הוא כמעט אפסי (0.6 פרומיל), דבר קשה לביצוע בטכנולוגיות שעמדו לרשות החוצבים באותה עת.
הנקבה חצובה כולה בסלע גיר-דולומיט קשה וצפוף, המכונה 'מיזי אחמר' (בניגוד לאפיון שגוי שנעשה בעבר, שעל פיו חלקה הדרומי של הנקבה חצוב בגיר אוורירי יותר ונוח לחציבה, המכונה 'מיזי יָהוּדי'). הארכאולוג בן המאה ה-19, האב לואי איג ונסאן, שחקר את הנקבה באופן יסודי, שיער כי חציבתם ופינוים של כ-650 מטרים מעוקבים של סלע ליצירת הנקבה, ארכה כ-250 יום (קצת יותר משמונה חודשים). 
הנקבה נחצבה על ידי שתי קבוצות חוצבים, שיצאו זו לקראת זו משני צִדי עיר דוד, האחת מצפון-מזרח והשנייה מדרום-מערב. נקודת המפגש בין הקבוצות זוהתה בוודאות במחצית הדרך בקירוב, על פי תוואי הנקבה וסימני החציבה. בנקודה מדויקת זו מעל פני השטח הוצב שלט הדרכה עבור המטיילים בעיר דוד, ובו תקציר סיפורה של הנקבה שמתחת לרגליהם.
בעשרת המטרים האחרונים שלפני נקודה זו ואחריה ניכרת חציבה "פרועה" יחסית, בהשוואה לסיתות האלגנטי האופייני לשאר חלקי הנקבה. נראה כי לאחר שהחוצבים שמעו אלה את אלה, הם החלו לחצוב במהירות לקראת המפגש המיוחל, מבלי לתת דעתם לסדר ולצורה. בעת המפגש התברר גם כי רצפת הקטע הדרומי גבוהה ב-30 ס"מ מזו של הקטע הצפוני; דבר זה נלמד מסיתות הרצפה ותחתית הקירות בקטע זה, המאופיין בקווים גסים ולא אחידים, לעומת הגימור האיכותי של התקרה וראשי הקירות באותו מקום. נראה אפוא שהקבוצה הדרומית פילסה את הרצפה במהירות, כדי להתאימה לגובה הרצוי. תופעה נוספת המעידה על טעותם של החוצבים היא התרוממות גובה התקרה ליותר מחמישה מטרים לקראת סוף תוואי הנקבה. השערת החוקרים היא שהקבוצה הדרומית החלה לחצוב בנקודה גבוהה מדי, ולאחר שנפגשה עם הקבוצה הצפונית התבררה הטעות, והיא נאלצה להנמיך באופן משמעותי את רצפת הנקבה בחלק הזה. הקושי בטענה זו הוא שאילו התקדמה הקבוצה הדרומית בנקודה כה גבוהה ביחס לקבוצה הצפונית, היא לא הייתה מצליחה כלל להיפגש עם הקבוצה השנייה, עקב הפרש המפלסים המשמעותי ביניהן.
כך או כך, רק לאחר חיבור שני חלקי הנקבה ופילוסם יחד, נחצב קטע קצר אחרון, שחיבר את המערכת למערת הנביעה של המעיין, שאם לא כן היו המים שוטפים את החוצבים ומפריעים לעבודתם. הקבוצה הצפונית החלה אפוא את מלאכתה דרך תעלה קצרה, שנחצבה בתחתית בריכה כנענית סמוכה (חלק ממערכת 'פיר וורן'), ודרכה אף העבירו מעט מים במהלך החציבה, כדי לבחון את שיפוע הרצפה.
אחת התעלומות הגדולות של חציבת נקבת השילוח היא בעיית האִוורור עבור החוצבים. בחציבת מנהרות בתקופות מאוחרות יותר מקובל היה לחצוב פירים אנכיים במרחקים קבועים מפני השטח אל המנהרה הנחצבת, שדרכם הוכנסו אור ואוויר והוצא חומר החציבה. נקבת השילוח, לעומת זאת, נחצבה ללא פירים כאלה (מלבד אחד בחלק הדרומי), והחוקרים אינם יודעים כיצד נחצבה לאורך מאות מטרים, ללא אספקת אוויר, ותוך שימוש באמצעי תאורה הגוזלים חמצן. ניכר כי חציבת נקבת השילוח הייתה פרויקט הנדסי מורכב מאין כמוהו, ולא פלא שהתרגשות החוצבים עם השלמתו הייתה רבה, ואף הונצחה בכתובת שהותירו אחריהם.

מה היה אורך הנקבה?

מחלוקת נטושה בין החוקרים בדבר אורכה המקורי של הנקבה. הוויכוח נובע משני גורמים: האחד הוא כתובת השילוח, המעידה כי אורך הנקבה היה 1,200 אמה, והשני הוא ההנחה (המקובלת על הכל) כי בריכת השילוח המקורית ניצבה עשרות מטרים דרומית לבריכה המוכרת היום בשם זה, היא ברכת השילוח הביזנטית.
בממלכת יהודה (כבשאר המזרח הקדום) השתמשו בשני סוגי אמה – ארוכה וקצרה – שאורכן נע בין 40 לכ-50 ס"מ. יש הטוענים כי הנקבה נמדדה באמה הארוכה, ולפיכך נחצבה לאורך יותר מ-600 מטרים, וכי חלקה האחרון נהרס; אחרים טוענים כי היא נמדדה באמה הקצרה, דבר התואם את אורכה היום, ואת מיקומה של כתובת השילוח סמוך לפתח. החיבור בין הנקבה ובין הבריכה המרוחקת היה, לדעתם, באמצעות תעלה פתוחה בת כ-80 מטרים.

מדוע הנקבה מפותלת?

קבוצות החוצבים שיצאו מהמעיין ומהבריכה לא פנו בקו ישר זו כלפי זו, כמתבקש לכאורה, אלא יצרו כל אחת פיתול גדול מאוד (ראו שרטוט): הקבוצה הדרומית פנתה מזרחה בעיקול, ורק אז הסתובבה צפונה, ואילו הקבוצה הצפונית פנתה מערבה, ורק אז הסתובבה דרומה. תוואי זה יצר עבודת חציבה רבה יותר, והאריך את זמן ביצוע הפרויקט.
החוקרים חלוקים בדבר הסיבה לפיתולים אלה. חלקם סוברים כי תוואי הנקבה נקבע באופן מקרי, ללא תכנון מראש, ואחרים חושבים שמדובר ברשלנות המהנדסים או החוצבים, שלא ידעו לנווט מתחת לפני השטח. החוקר הצרפתי שארל קלרמון-גנו סבר כי המהנדסים יצרו את הפיתול הדרומי כדי לאגף את קברי בית דוד, ואת הפיתול הצפוני כדי למצוא בדרכם בארות או מקור מים חדש לעיר. ריימון וייל טען שהחוצבים נעזרו בהנחיית חבריהם מבחוץ לאחר שנקשו אלה לאלה בסלע, וכי הפיתולים נעשו מפני שהוטעו על ידי הדהוד או סדקים תת-קרקעיים. כן הוצע כי הפיתולים נועדו להתרחק מחציבה במסלע קשה, ולמצוא מסלע רך יותר.
גאולוגים וארכאולוגים שונים סברו כי התוואי המפותל נוצר בעקבות התחקות חוצבי הנקבה אחר סדק קארסטי, ואולי אף אחר קילוח מים טבעי, שזרם ממעיין הגיחון עד מוצא הנקבה, וכך נתפרשה להם המילה "זדה" בכתובת השילוח, כאמור לעיל. תאוריה זו התערערה בעקבות מחקר גאולוגי חדש, המוכיח כי חוצבי הנקבה איתרו לכל היותר חללים מקומיים וחיברו ביניהם.
החוקרים רוני רייך ואלי שוקרון מסבירים את הפיתולים הרבים בתוואי הנקבה כסטייה מכוונת של החוצבים, במטרה להבטיח מפגש ביניהם: אילו חצבו בקו ישר, יכלו בקלות להחמיץ אלה את אלה, אולם חציבה של קבוצה אחת בניצב לרעותה מתחת לפני השטח יכולה להבטיח את המפגש המיוחל. הרב יואל בן נון פירש על פי זה את המילה "זדה" שבכתובת השילוח, על פי לשון המקרא, כסטייה מכוונת (בדומה ל"זדון" בעברית המודרנית): "וְכִי יָזִד אִישׁ עַל רֵעֵהוּ לְהָרְגוֹ בְעָרְמָה" (שמות כא, יד).
באשר לפיתול הדרומי הגדול, שאינו קשור כלל לעבודת שתי קבוצות החוצבים, מציעים רייך ושוקרון הסבר אחר ולפיו תכננו מהנדסי הנקבה בתחילה לחבר תעלה אחרת, המכונה "תעלה II הכנענית הקדומה", לבריכת השילוח. מדובר בתעלה החצובה ברובה בסלע, ועוברת עד ימינו לאורך המצוק המזרחי של גבעת עיר דוד, ממעיין הגיחון ועד תחתית עיר דוד. מאחר שחלקה הדרומי יותר של התעלה פורץ לא פעם את מצוק הסלע ונחשף לעין כול, מציעים רייך ושוקרון שהמהנדסים החליטו כי קטע זה ייובש, ומי התעלה יוזרמו מערבה תחת בתי עיר דוד בחלקה התחתון של הנקבה. תוכנית זו נזנחה בסופו של דבר מסיבות שאינן ידועות, ורק אז יצאה תוכנית שתי הקבוצות לפועל. באופן זה מסבירים רייך ושוקרון את הפיתול הדרומי, אך אין בידיהם הסבר מניח את הדעת לזה הצפוני, למעט הצורך להבטיח מפגש בין הקבוצות. כן מציעים השניים כי אופן התקדמות החוצבים לא היה על פי סדקים קארסטיים אלא על פי סדקים טקטוניים שנראו על פני השטח, תוך שיתוף פעולה עם אנשים שכיוונו אותם מפני השטח שמעליהם.
כל אחת מתאוריות אלו סובלת מקשיי היגיון והוכחה (ראו במראי המקום), ולמעשה קשה מאוד לקבוע מהי הסיבה לפיתולים הגדולים. עם זאת, מקובל על רוב החוקרים כי הפיתולים הקטנים סביב נקודת המפגש של שתי הקבוצות הם כתוצאה מניסיונות החוצבים לאתר אלה את אלה מתחת לפני האדמה.

תיארוך מקראי

רוב החוקרים מייחסים את מפעל חציבת נקבת השילוח למלך חזקיהו, מאחרוני שושלת מלכי בית דוד, וזאת בשל הסיפור המקראי המייחס לו מפעל מים רב חשיבות: בשנת 701 לפנה"ס הצטרף חזקיהו למרד מיסים נרחב נגד סנחריב מלך אשור. סנחריב מיהר לפעול נגד המורדים ויצא למלחמה בראש צבא של כ-200,000 איש. חזקיהו, שצפה את מסע המלחמה, הכין את ירושלים בירתו לקראת מצור ממושך. בספר דברי הימים מסופר כי המלך תיקן את כל פרצות החומה וביצר את העיר: "וַיִּתְחַזַּק וַיִּבֶן אֶת כָּל הַחוֹמָה הַפְּרוּצָה, וַיַּעַל עַל הַמִּגְדָּלוֹת וְלַחוּצָה הַחוֹמָה אַחֶרֶת, וַיְחַזֵּק אֶת הַמִּלּוֹא עִיר דָּוִיד, וַיַּעַשׂ שֶׁלַח לָרֹב וּמָגִנִּים" (דברי הימים ב לב, ה). כדי להבטיח שצבא האויב לא ייהנה ממי מעיין הגיחון הנובע מחוץ לחומה, הורה חזקיהו לחסום את מוצאו, ולהעביר את מימיו פנימה לתוך העיר, כמתואר שם:
וַיִּוָּעַץ עִם שָׂרָיו וְגִבֹּרָיו לִסְתּוֹם אֶת מֵימֵי הָעֲיָנוֹת אֲשֶׁר מִחוּץ לָעִיר וַיַּעְזְרוּהוּ. וַיִּקָּבְצוּ עַם רָב וַיִּסְתְּמוּ אֶת כָּל הַמַּעְיָנוֹת וְאֶת הַנַּחַל הַשּׁוֹטֵף בְּתוֹךְ הָאָרֶץ לֵאמֹר: לָמָּה יָבוֹאוּ מַלְכֵי אַשּׁוּר וּמָצְאוּ מַיִם רַבִּים?... יְחִזְקִיָּהוּ סָתַם אֶת מוֹצָא מֵימֵי גִיחוֹן הָעֶלְיוֹן וַיַּישְּׁרֵם לְמַטָּה מַּעְרָבָה לְעִיר דָּוִיד, וַיַּצְלַח יְחִזְקִיָּהוּ בְּכָל מַעֲשֵׂהוּ.
מקור נוסף המתאר את מפעל המים של חזקיהו הוא ספר ישעיהו: "וְאֵת בְּקִיעֵי עִיר דָּוִד רְאִיתֶם כִּי רָבּוּ, וַתְּקַבְּצוּ אֶת מֵי הַבְּרֵכָה הַתַּחְתּוֹנָה... וּמִקְוָה עֲשִׂיתֶם בֵּין הַחֹמֹתַיִם לְמֵי הַבְּרֵכָה הַיְשָׁנָה" (ישעיהו כב, ט-יא). הביטוי "בין החומותיים" מתאים לתיאור ירושלים בימי חזקיהו, אחרי התרחבות העיר מערבה: לירושלים היו אז שתי חומות זו בתוך זו, אחת קצרה שהקיפה את עיר דוד בלבד ואחת ארוכה שהקיפה את העיר כולה, כולל את גיא הטירופיאון.
עדות נוספת למפעל המים של חזקיהו מופיע בסיכום קורות המלך בספר מלכים: "וְיֶתֶר דִּבְרֵי חִזְקִיָּהוּ וְכָל גְּבוּרָתוֹ, וַאֲשֶׁר עָשָׂה אֶת הַבְּרֵכָה וְאֶת הַתְּעָלָה, וַיָּבֵא אֶת הַמַּיִם הָעִירָה, הֲלֹא הֵם כְּתוּבִים עַל סֵפֶר דִּבְרֵי הַיָּמִים לְמַלְכֵי יְהוּדָה." (מלכים ב כ, כ) על פי פסוק זה, אם אכן יש זהות בין התעלה ובין הנקבה, הייתה הנקבה מפעל כה חשוב, עד כי הדבר צוין בספר ההיסטוריה הרשמי של מלכי יהודה. ספר בן סירא, שנכתב באמצע תקופת בית שני, מספר אף הוא על מפעלו של חזקיהו במילים: "חזקיהו חיזק עירו בהטות אל תוכה מים, ויחצוב כנחושת צורים, ויחסום הרים מקווה" (בן סירא מח, כב, מהדורת סגל עמ' שלג).
מסע המלחמה של סנחריב נחל הצלחה כבירה בדיכוי המרד, וערים פיניקיות רבות נפלו בידו, כמו גם ערים רבות בארץ ישראל. חזקיהו נכנע, שילם את מסיו, ואף הוסיף פיצוי כספי כבד, אך סנחריב התעקש להחריב את ירושלים ולהעניש את מלכהּ. במסעו זה נכשל סנחריב, וצבאו ניגף באופן נסי, כפי שחזה הנביא ישעיהו: "כֹּה אָמַר ה' אֶל מֶלֶךְ אַשּׁוּר: לֹא יָבֹא אֶל הָעִיר הַזֹּאת וְלֹא יוֹרֶה שָׁם חֵץ... וְגַנּוֹתִי אֶל הָעִיר הַזֹּאת לְהוֹשִׁיעָהּ" (מלכים ב יט, לב). למרות הצלת ירושלים נתפסה סתימת מעיין הגיחון בעיני חז"ל כפעולה שלילית, כמתואר במשנה: "שישה דברים עשה חזקיה המלך, על שלושה הודו לו ועל שלושה לא הודו לו... סתם מי גיחון העליון ולא הודו לו" (משנה מסכת פסחים ד, י).
כאמור, במקרא מוזכרת המילה "תעלה" (אשר בדרך כלל מציינת זרימה במקום פתוח) ולא נקבה, ולמעשה לא מצוין כלל כיצד העביר חזקיהו את מי הגיחון ממוצא המעיין אל הבריכה. הטקסט המקראי מלמד רק כי חזקיהו סתם את מוצא המעיין ו"יישר" את מימיו מערבה. עם זאת, לא ניתן להעלות על הדעת כל דרך אחרת להעברת המים בכוח הכבידה מן הקדרון לטירופיאון, אלא באמצעות נקבה חצובה מתחת לבתי העיר, בעומק סלע האם. כל תעלה פתוחה חייבת הייתה להקיף את גבעת עיר דוד לאורך המצוק המזרחי והדרומי, מחוץ לחומת העיר שעברה שם. לפיכך, קיומה של נקבה עתיקה בתוואי מדויק ממוצא מעיין הגיחון אל בריכה ממערב לעיר דוד תואם את התיאור המקראי ומאפשר לזהותה כמפעל המים של חזקיהו.

תיארוך אפיגרפי

בדיקה אפיגרפית של כתובת השילוח, שהסתמכה על השוואת סגנון האותיות ולשון הכתובת לטקסטים אחרים בני התקופה, איששה את הסברה שהיא נכתבה על ידי יהודים בזמן שלטונו של חזקיהו. למרות זאת, מאמר שהתפרסם בכתב העת Biblical Archeologist בשנת 1996 הטיל ספק בתיארוך האפיגרפי של כתובת השילוח. בהסתמך על בדיקה של מאפייני הכתובת טענו מחברי המאמר כי הנקבה נחצבה כ-500 שנה אחרי חזקיהו, בתקופה ההלניסטית, ולפיכך יש לתארך את הנקבה לתקופה זו. את הטקסט המקראי הם טענו כי יש לייחס ככל הנראה למפעל מים אחר, שסיפק מים ממעיין הגיחון לירושלים דרך מערכת מנהרות ופיר.

תיארוך על פי השוואת ממצאים

בנקבת השילוח לא נתגלו כל ממצאים ארכאלוגיים מתקופות קדומות, בדמות חרסים או מטבעות. הדבר מובן, בהתחשב בכך שמדובר במפעל מים, שאיש לא אמור להלך בו לאחר התקנתו, וכן בשל זרימת המים, שבוודאי שטפו כל דבר שהושאר במקום, אם היה כזה. עם זאת, אופי חציבת הנקבה ניכר לעין בדפנותיה, ומעיד על סוג כלי העבודה שהיה בידי החוצבים ועל שיטת עבודתם. חציבה זו דומה מאוד למפעלי מים מתקופת בית ראשון, כמו בגבעון, מגידו ואחרים, דבר המסייע לתארך את הנקבה לתקופה זו על פי הטכנולוגיה הדומה. יתרה מזו, חפירות שהתבצעו בשנת 2011 בפתח הצפוני של נקבת השילוח מצאו שכבת מילוי ובה חרסים המתוארכים בין סוף המאה ה-9 לראשית המאה ה-8 לפנה"ס. שכבת המילוי חסמה את הכניסה לנקבה. לאור זאת, קיים קושי לקשור את חציבת הנקבה לחזקיהו, אשר חי בסוף המאה ה-8 לפנה"ס.

תיארוך רדיומטרי

בשנת 2003 נערכה לראשונה בדיקת תיארוך רדיומטרי בנקבת השילוח, במטרה לתארך את חציבתה באופן המדויק ביותר לתקופה היסטורית מוגדרת. הבדיקה שנערכה בידי חוקרים מהאוניברסיטה העברית ומאוניברסיטת רדינג שבאנגליה, מבוססת על מדידת דעיכה של איזוטופים רדיואקטיביים, דבר המשמש מעין שעון לקביעת גיל. החוקרים בדקו שני מרכיבים שונים בנקבה, שאינם תלויים זה בזה, כדי להצליב את התוצאות ולהגיע לתארוך המדויק ביותר: הבדיקה הראשונה הייתה תיארוך של האיזוטופ פחמן 14, המאפשרת תיארוך מדויק של חומר אורגני. במקרה זה, נבדקו חלקי צמחים שעורבבו בטיח שעל דפנות הנקבה ורצפתה למניעת חלחול. הבדיקה השנייה התייחסה לנטיפים שנוצרו בנקבה לאחר חציבתה, וזאת באמצעות מדידת קצב הדעיכה של האיזוטופ אורניום 234 בנטיפים (בדומה לתיארוך אורניום-תוריום). שתי הבדיקות העלו כי הנקבה נחצבה בוודאות בין 800 ל-600 לפנה"ס, כלומר בתקופה המכילה את ימי שלטון חזקיהו.
אם כן, השוואה בין כל שיטות התיארוך מצביעה, אפוא, על מחלוקת לגבי מועד חציבת נקבת השילוח. על כך נוספים גם טיעונים נוספים המטילים ספק לגבי הקשר בין חזקיהו והנקבה. הארכאולוג דוד אוסישקין, למשל, טוען כי הנקבה אכן נחצבה על ידי חזקיהו, אך לא כהכנה למצור, אלא כחלק מאספקת המים להשקיית 'גן המלך' שבמורדות עיר דוד. יהושע עציון, הגורס כי שיטת התארוך הכללית בארץ שגויה מיסודה, דוחה מכל וכל את ייחוס הנקבה לחזקיהו, וטוען כי פעולתו ההיסטורית של חזקיהו לקראת המצור התקיימה במערב העיר, באזור בריכת ממילא ובריכת חזקיהו של ימינו, המתוארכות על פי שאר החוקרים לתקופת בית שני.

שם הנקבה

'שילוח' הוא כינוי תנ"כי, המופיע לראשונה אצל הנביא ישעיהו, בן דורו של חזקיהו. הנביא גער בעם ובישר על עונשו "יַעַן כִּי מָאַס הָעָם הַזֶּה אֵת מֵי הַשִּׁלֹחַ הַהֹלְכִים לְאַט" (ישעיהו ח, ו). שם זה ביטא ככל הנראה את פעולת שליחת המים ממעיין הגיחון אל בריכת האגירה בתחתית עיר דוד, או שהוא קשור לסוג חקלאות השלחין באזור, שהושתתה על תעלות השקיה (ראו ספר יחזקאל, פרק ל"א, פסוקים ד'-ה').
נראה כי השם דבק כבר אז בבריכת האגירה, שנקראה 'בריכת השילוח', כמופיע אצל נחמיה במסע הלילי שערך בירושלים לאחר שיבת ציון: "וְאֵת שַׁעַר הָעַיִן הֶחֱזִיק שַׁלּוּן בֶּן כָּל חֹזֶה... וְאֵת חוֹמַת בְּרֵכַת הַשֶּׁלַח לְגַן הַמֶּלֶךְ וְעַד הַמַּעֲלוֹת הַיּוֹרְדוֹת מֵעִיר דָּוִיד." (נחמיה ג, טו). ההקשר הגאוגרפי, הכולל את גן המלך ומדרגות היורדות לעיר דוד, מחזק את ההשערה כי מדובר בבריכה ששכנה בתחתית עיר דוד. נחמיה אף תיאר את מהלך מסעו באותו אזור: "וָאֶעֱבֹר אֶל שַׁעַר הָעַיִן וְאֶל בְּרֵכַת הַמֶּלֶךְ" (נחמיה ב, יג). ניתן אפוא אולי לזהות בין בריכת השילוח ובין בריכת המלך, בהנחה שזו הייתה מוכרת כמפעל של חזקיהו.
המילה 'שילוח' התגלגלה לערבית, וזהו מקור שמו של הכפר סילואן, השוכן באזור במאות השנים האחרונות. בשל כך, כאשר הקימו יהודי תימן את יישובם בתחומי הכפר הערבי בשלהי המאה ה-19, הם בחרו לכנותו 'כפר השילוח'.

תקופת בית שני

נקבת השילוח הייתה ידועה עד סוף תקופת בית ראשון. לעומת זאת, היהודים ששבו לירושלים לאחר גלות בבל זיהו אמנם את בריכת השילוח (כמוכח בספר נחמיה פרק ג', ט"ו), אך לא ידעו על קיומה של הנקבה, שכן לא קישרו בין מעיין הגיחון ובין שפך הנקבה, וסברו כי מדובר בשני מעיינות שונים. יוסף בן מתתיהו, למשל, עשה שימוש רב במונח "מעיין השילוח", למשל: "הגיא הנקרא בשם 'עמק עושי הגבינה' (טירופיאון)... משתרע עד השילוח. בשם זה אנו קוראים למעיין מים מתוקים חזק" (יוסף בן מתתיהו, תולדות מלחמת היהודים ברומאים, ספר ה', פרק ד', סעיף א). מקור נוסף, המעיד כי יושבי ירושלים ראו בשפך הנקבה מעיין שכבה, מובא בתוספתא (מסכת ערכין, פרק ב, הלכה ו'), בה מספר רבן שמעון בן גמליאל: "שילוח היה מוציא מים בכאיסָר (נובע מעט מים), אמרו: נרחיבנו כדי שירבו מימיו. והרחיבוהו ונתמעטו מימיו. וסתמוהו וחזר לתחילתו." 
היו אף שסברו כי הגיחון לא היה ידוע כלל, לאחר שהוסתר בשלהי תקופת הבית הראשון בידי חזקיהו, ולכן שמו לא מוזכר כלל בימי בית שני, ואף את מצוות ניסוך המים עשו בשילוח ולא בו (משנה, מסכת סוכה פרק ד מ"ט). טענה זו הופרכה, לאחר שהקשת מעל גרם המדרגות היורד אל המעיין זוהתה כקשת רומית מקורית, וכן מתחת לגרם המדרגות נחשף מקווה טהרה מתקופת בית שני. ייתכן כי ברבות השנים מילא סחף את נחל קדרון ומקום המעיין נשכח. משנתגלה שוב, (ככל הנראה בתקופה הממלוכית), הוא שכן עמוק מתחת לפני השטח, וניתן היה להגיע אליו רק דרך גרם המדרגות החיצוני, הקיים עד היום.

התקופה הרומית והביזנטית

בתקופת איליה קפיטולינה נבנתה בריכת ניקוז חדשה וקרובה יותר למוצא המים מבריכת השילוח הקדומה, דבר שקיצר את מהלך זרימת המים בכ-80 מטרים, אך עדיין לא חשף את קיומה של הנקבה. מאחר שהחוקרים חלוקים בדעותיהם לגבי אורכה המקורי של המנהרה, לא ברור אם הבריכה הרסה כ-80 מטרים מהנקבה עצמה, או שמא הנקבה הסתיימה מלכתחילה בנקודה זו, ורק תעלה פתוחה היא זו שהובילה את המים עד בריכת השילוח הקדומה. כך או כך, הבריכה החדשה מוזכרת בכתביו של הנוסע מבורדו, שביקר בירושלים בשנת 333. הנוסע האלמוני תיאר בריכה מרובעת, מוקפת באכסדרת עמודים היקפית (פריסטיל), וכן בריכה גדולה נוספת ששכנה בסמוך (אולי הכוונה לבריכת השילוח הקדומה). שרידי בריכה המתאימים לתיאור זה נחשפו בחפירות של הארכאולוגים הרמן גותה ופרדריק ג'ונס בליס ב-1882. עם זאת, הזיהוי אינו ודאי, וייתכן כי בריכה זו היא מהתקופה הביזנטית.

בתקופה הביזנטית עדיין לא נתגלה החיבור שבין בריכת השילוח ומעיין הגיחון, והכול עדיין סברו ששפך הנקבה הוא המעיין עצמו. אב הכנסייה הירונימוס, למשל, כתב על "מעיין השילוח" ואף איבחן אותו כבעל מקורות מסתוריים: "מעיין השילוח נובע בקול רם דרך חללים וסדקים בסלע הקשה" (הירונימוס לישעיהו ה, ו). נראה כי זהו מקורה של אגדה ירושלמית מימי הביניים, שעל פיה מי הגיחון עולים מתוך לוע של דרקון. למרות זאת, ואולי בשל כך, נחשבו מי השילוח בתקופה זו כקדושים ומיוחדים, בהסתמך על המסורת שעל פיה שלח ישו אדם עיוור שריפא, לרחוץ דווקא שם: 
"וַיְהִי בְּעָבְרוֹ וַיַּרְא אִישׁ וְהוּא עִוֵּר מִיּוֹם הִוָּלְדוֹ... וַיָּרָק עַל הָאָרֶץ וַיַּעַשׂ טִיט מִן הָרוֹק וַיִּמְרַח אֶת הַטִּיט עַל עֵינֵי הָעִוֵּר, וַיֹּאמֶר אֵלָיו: לֵךְ וּרְחַץ בִּבְרֵכַת הַשִּׁלֹחַ... וַיֵּלֶךְ וַיִּרְחַץ וַיָּבֹא וְעֵינָיו רֹאוֹת."
— הבשורה על פי יוחנן, ט, 1–7
בשל מסורת זו הקימה הקיסרית הביזנטית אאודוקיה כנסייה ליד הבריכה הרומית, שאליה היו המאמינים יכולים לצאת ולטבול. הבריכה והכנסייה מוזכרות בכתבי אנטונינוס מפיאצ'נצה, שביקר בירושלים בין השנים 560–570 לערך. ממבנה הבריכה הביזנטית השתמרו שברי עמודים וקירות, המצויים בקצה נקבת השילוח (בתוך "בריכת השילוח" של ימינו).

ימי הביניים

ישנו מעט מאוד מידע על אזור עיר דוד מאז הכיבוש הערבי של ארץ ישראל בשנת 640 ועד העת החדשה. נראה כי האזור לא היה מיושב כל כך, עד שננטש לגמרי במאה ה-11, לאחר ששליטי העיר הפאטימים שיפצו את חומות ירושלים והותירו את גבעת עיר דוד מחוץ להן. במהלך אותן מאות שנים (אולי בתקופה הממלוכית) התגלה מוצא מעיין הגיחון, אך איש לא ידע עדיין על נקבת השילוח. הסיבה לכך הייתה הצטברות חול ומפולות אבנים, שהתגלגלו פנימה ונסחפו בזרם, ואשר לא אפשרו לאיש להיכנס לעומקה של הנקבה או לחצות אותה.
בראשית המאה ה-17 (לפני שנת 1620) חצה לראשונה נזיר בשם יוליוס את נקבת השילוח מראשיתה ועד סופה. כמה שנים לאחר מכן ניסה חוקר אירופי בשם וינהואן לחצות את הנקבה, אך לא הצליח מסיבות רבות: הנר שלו כבה, התקרה הייתה נמוכה והכל היה "רטוב ומלוכלך מאד". בשנת 1674 חצו שני נזירים פרנציסקנים את הנקבה ודיווחו כי היא מלאה באבנים, שנפלו וחסמו את רוב המעבר. לא ידוע על כל ניסיון לחצות את הנקבה במהלך המאה ה-18, אך ב-1817 עשה זאת כומר קתולי בשם דה-מזיר. מקור בן התקופה מספר על האירוע המסעיר:
"הוא נכנס לנקבה שעה שחלה הפסקה בזרימת המים, והוא עבר בה תוך אלף סכנות, עד שיצא בצד השני. כשראו בני המקום מישהו יוצא לפתע מהמערה, והוא כולו רטוב ומכוסה קורי עכביש, חשבוהו לרוח רעה האחראית להפסקת זרימתם של מי המעיין. לאחר שנרגעו מתדהמתם, תפסו את דה-מזיר המסכן והתחילו להכות בו באבנים ובמקלות. למזלו, התחילו שוב המים לזרום, ובאותו רגע והוא ניצל."
— מובא אצל נתן שור, "מסע אל תוך הנקבה", עמ' 18
מקור אחר שדיווח על האירוע מספר כי דה-מזיר נשאר בפנים במשך 24 שעות עד שהעז לצאת, מפחד הערבים שבחוץ.

העת החדשה

רק במאה ה-19 החלה חקירה יסודית של הנקבה, ובמהלכה התגלתה כתובת השילוח, והתגבש זיהויה עם פעולות המלך חזקיהו לקראת המצור האשורי. בתקופת המנדט הייתה הנקבה מוכרת וידועה, ואף נחקרה ונבדקה כמה וכמה פעמים. עד מלחמת ששת הימים לא יכלו יהודים וישראלים לבקר בנקבה, שהייתה תחת שלטון ירדן, אך לאחר איחוד ירושלים הוסדרה הכניסה גם לקהל זה. הדבר עורר אז התרגשות רבה, ורבים פקדו את המקום, בעיקר תלמידי בתי ספר במסגרת הטיול השנתי. מטיילים רבים דיווחו כי מפלס המים בנקבה עלה לפתע בבת אחת, עד כי כמעט וטבעו. בעקבות האירועים החוזרים והנשנים החלה להישמע הטענה כי מדובר בהתנכלות של ערבים מקומיים תושבי הכפר סילואן, שסתמו לכאורה באבנים את פתח יציאת הנקבה, כדי להטביע את מי שבתוכה. בדיעבד הסתבר כי לטענה אין כל שחר; הסיבה לעלייה הפתאומית במפלס המים הייתה בשל היותו של הגיחון מעיין פועם, אשר ספיקתו אינה סדירה. עובדה זו מופיעה בכתביהם של רובינסון, וורן, האב ונסאן וכמעט כל חוקרי הנקבה במאה ה-19 ובראשית המאה ה-20. כך או כך, שינויים הידרולוגיים במערך העירוני של ירושלים (ואפשר שאף תזוזות טקטוניות), השפיעו על מצב האקוויפר, ובעקבות כך הפך הגיחון בהדרגה למעיין שכבה רגיל, בעל ספיקה רציפה.
בשנת 2002 הציפו מי ביוב גולמי את מעיין הגיחון, ובעקבות כך את נקבת השילוח, דבר שהביא לסגירתה המיידית לביקורי קהל. במשך שבועות ארוכים שופצו כמה וכמה צינורות ביוב דולפים בקרבת מקום, ואפילו כמה צינורות בעיר העתיקה, אך ללא הועיל. רק בעקבות מחקר הידורולוגי מעמיק בשכבת האקוויפר המקומית, הסתבר כי המקור להצפה הוא תיקון רשלני שנעשה בקו ביוב ראשי ליד מוזיאון רוקפלר, כחצי שנה קודם לכן. במשך זמן זה זיהם הביוב את האקוויפר מתחת לכל העיר העתיקה, עד שהגיע למעיין הגיחון. הצינור הדולף תוקן, נקבת השילוח נוקתה היטב, ואחרי 129 יום שבהם הייתה סגורה נפתחה שוב לקהל לכבוד חג הסוכות תשס"ג.
בחורף של שנת 2002 התמוטט חלק מן המדרון המזרחי של עיר דוד, בעקבות שכבת שלג גדולה, וגרם נזק רב לרכוש. החברה לפיתוח מזרח ירושלים החליטה לתמוך את המדרון באמצעות קיר בטון, שיוצמד לקרקע בעזרת עוגני ברזל. מקדחת בורג, שהופעלה לצורך הצמדת העוגנים לסלע, חדרה באלכסון לתוך חלל נקבת השילוח, חוררה את הדופן השמאלית, ואף המשיכה וחוררה את הדופן הימנית. הקדיחה הופסקה מיד, אך הנזק כבר נעשה, ובסופו של דבר נבנה קיר הבטון ללא עיגון בנקודה מסוימת זו. הקדיחה נראית לעין במרחק של כ-150 מטרים פנימה משפך הנקבה לבריכת השילוח (ראו תמונה).

המחקר הארכאולוגי

בדיקתה המדעית של נקבת השילוח החלה בשנת 1838, כאשר החוקר האמריקאי אדוארד רובינסון ערך בה סקר ארכאולוגי ראשון, והלך בה מראשיתה ועד סופה. היה זה לאחר ששמע מן המקומיים כי יש קשר בין מעיין הגיחון ל"מעיין השילוח", אך לא עמד על טיבו, ולא הבין כי מדובר במקור מים אחד בלבד, זאת על פי דבריו: "התחלנו לזחול קדימה, בתקווה להגיע בהקדם לנקודה שהגענו אליה מן המעיין השני." רובינסון רשם תיאור מפורט של עלילותיו בחקר הנקבה. בין היתר סיפר כי כ-800 רגל (כ-245 מטרים) לאחר הכניסה הייתה התקרה כה נמוכה, עד שנאלץ להשתטח ולהמשיך בזחילה על מרפקיו על קרקע מלאה בחול לאורך מטרים רבים.
בהמשך נבדקה הנקבה על ידי טיטוס טובלר ואחריו על ידי שארל קלרמון-גנו, אך הראשון שמדד את אורכה היה צ'ארלס וורן בשנת 1866. את המדידה הוא עשה במאמץ רב "תוך כדי שחייה, כשזרם חזק עובר על פניו ועפרונו והנר בפיו, כדי שידיו יהיו משוחררות לאחוז בנייר, שעליו התוכנית ובמצפן שמחוץ למים."
בשלהי המאה ה-19 נחקרה הנקבה ונבדקה בידי כמה חוקרים, אך רק בשנים 1909–1911 זכתה למחקר מקיף ביותר, בידי משלחת פארקר והאב לואי ונסאן. לראשונה בתולדותיה הוטו מי הנקבה לתעלה פתוחה והיא יובשה כדי שאפשר יהיה לבדוק ולמדוד באופן המדויק ביותר. הפעם הבאה שהנקבה יובשה הייתה כמעט מאה שנה אחר כך, בינואר 2007, על ידי פרופ' רוני רייך ועמיתו אלי שוקרון, לצורך שיפוץ ומחקר.
חברי משלחת החפירה עמלו על ניקוי הנקבה מבוץ ולכלוך שנאגרו בתוכה במשך אלפי שנים. באופן אירוני, המלאכה נעשתה בידי שתי קבוצות שהתקדמו זו לקראת זו, בדומה לחציבת הנקבה בימי קדם, כעולה מתיאורו של האב ונסאן:
"יום בהיר אחד החלה קבוצה לנקות את הפתח של המנהרה עד קרקעיתה המקורית, וגובה המנהרה גדל לפתע במטר אחד... במהרה החלו לעסוק במשימה זו גם מן הצד השני... וניתן היה לדמיין בנקל איזו עבודה קשה הייתה חציבתה של מנהרה זו... משימתם (של המנקים) הייתה לחפור בתוך גוש הבוץ, שבמקומות מסוימים התקשה כמו מלט, מן ההשקעות של אבן וגיר במים העומדים. מאחורי אלה הייתה שרשרת ארוכה של עובדים... והם העבירו את הסלים והדליים מלאי הבוץ אחורנית אל עבר הפתח. הייתה תחרות רבה בין שתי הקבוצות... באשר למי ניקה יותר בזמן המשמרת."
— "ירושלים של מטה", עמ' 42
לא ידוע כמה זמן הייתה הנקבה יבשה, אך קיים תיאור מרגש של האב ונסאן על היום שבו הורה על הטיית המים בחזרה למקומם:
"ביום 11 באוקטובר 1910 הפנינו את המים... אל תוך המנהרה... בתוך דקות אחדות המים מילאו את כל השקעים ברצפה. זרם המים עבר בהדרגה דרך המנהרה אל עבר בריכת השילוח. קולות התשואה ורעש החוגגים יהדהדו עוד זמן רב באוזניי, כמו הד של התשואות הנלהבות עוד יותר באותו היום, לפני הרבה מאד שנים, כאשר שתי קבוצות החוצבים נפגשו."
— "ירושלים של מטה", עמ' 51
עד עצם היום הזה נחשב מחקרו של האב ונסאן בנקבת השילוח למחקר החשוב והשלם ביותר אודותיה. אורך הנקבה כפי שנמדד על ידו – 533.10 מ' – נתקבל מאז על רוב החוקרים כאורכה המקורי המדויק.
בימי שלטון ירדן במזרח ירושלים חקרה את הנקבה הארכאולוגית קתלין קניון, ולאחר מלחמת ששת הימים היא נבדקה שוב בידי ארכאולוגים ישראלים שונים, בהם דוד אוסישקין, יגאל שילה, והגאולוג דן גיל.

נקבת השילוח בתרבות ובאמנות

נקבת השילוח היוותה השראה במלחמת העצמאות למבצע אספקת מים לירושלים, בעקבות המצור הערבי והרס צינור המים לעיר. חברת מקורות הניחה צינור מים חלופי שהוליך מים מאזור חולדה לתחנת שאיבה בשער הגיא, ומשם לירושלים. מאות מתנדבים גויסו למבצע, ובתום 28 ימי עבודה מאומצת ביום ובלילה זרמו מים לירושלים. עקב הדמיון בין מפעל מים זה למפעל המים הקדום של חזקיהו, העניק לו דוד בן-גוריון את השם "מבצע השילוח". בחודשי פעולתו נקרא הצינור בשם 'קו השילוח'.
ב-2009 ביקר הזמר קובי אוז בנקבת השילוח, והרושם הרב שהותיר בו המקום הביאו לפרסם שיר בשם "נקבת השילוח". בשיר זה מתאר אוז מסע חיפוש והיטהרות נפשי במי הנקבה. בין היתר כתב:
"בדרך לנקבת השילוח
 רוצה לטבול במים חיים
 נושם אוויר מימי המלכים
 זוחל במחילותייך לנקבת השילוח...

אולי נפשי תמצא מנוחה
כאן במחילותייך ירושלים
 אולי אני אגיח ואמצא מלוכה?
 נוגע אני שיכור מקור
 כשאצא בחוץ האם אהיה טהור?
 האם יצאתי מלך או חמור?"
באופן אירוני, בקליפ שצילם אוז לשיר הוא נראה משוטט במקומות שונים בירושלים, כמו בתעלות קדומות בעיר דוד, ואפילו בגשר המיתרים, אך לא בנקבת השילוח. בקליפ, שאורכו כמעט 4 דקות וחצי, נראים מי הנקבה למשך שלוש שניות בלבד.