מסע נפוליאון בארץ ישראל

מסע נפוליאון בארץ ישראל הוא קטע מהמערכה הצרפתית בסוריה ובמצרים בשנים 1798–1799. בתחילה הגיע נפוליאון למצרים, ולאחר מכן נע צפונה, כבש את יפו וחיפה, והטיל מצור על עכו. נפוליאון ניצח במספר קרבות, בהם קרב תבור, אך משנכשל במצור על עכו, שב למצרים יחד עם חייליו, ולבסוף שב לצרפת מאחר שהוקמה הקואליציה האנטי צרפתית השנייה של מעצמות אירופה נגד צרפת.
מסע מלחמה מזורז זה לא גרם לשינוי מיידי במצבה של הארץ או במצב יושביה. צבאו של נפוליאון עבר בארץ, וחזר על עקבותיו. בראייה היסטורית רחבה ניתן לראות במסע מלחמה זה מעין זרקור, שהאיר להרף עין את הארץ הנידחת, שבעבר הייתה מרכז רוחני ותרבותי עולמי, אך זה מאות שנים הייתה אך פחווה בקצה האימפריה העות'מאנית. הרוח החדשה אשר הביא עמו נפוליאון אל הארץ, כשם שהביא לכל מקום אליו הגיע במסעותיו, סייעה לקדם את הארץ אל עבר העידן המודרני. העניין שהיא עוררה במערב בנעשה בארץ בישר את תחילת ההתערבות האירופית, ששיאה יהיה בכיבוש הארץ לאחר למעלה ממאה שנים על ידי בריטניה במלחמת העולם הראשונה. מסע המלחמה אף הביא את נפוליאון להכרה בצורך במתן שוויון אזרחי ליהודים, ולמפנה במצבם של היהודים באירופה, לקראת אמנציפציה. 
ההיסטוריון צבי גרץ כותב:
בבואו אל ארץ ישראל נדמה בונפרטי למטאור נורא, אשר אחרי עשותו שמות בארץ יעלם לפתע פתאום. חלומו אשר חלם, להיות לקיסר של ארץ המזרח ולהשיב את ירושלים ליהודים גז חיש מהר. אולם על פרי ניצחון אחד של המהפכה שקד לשמור תמיד - הוא השויון האזרחי. השויון הזה הביא בייחוד תועלת ליהודים.

המצב בצרפת

צרפת של שנת 1798 טרם סיימה את עידן המלחמות המהפכניות. הקואליציה האנטי-צרפתית הראשונה שהוקמה נגדה בידי פרוסיה, אוסטריה, בריטניה, ספרד וממלכת סרדיניה אמנם התפרקה לאחר שחלק מן המדינות כרתו חוזי שלום עם המשטר המהפכני החדש וחלקן הובסו על ידי נפוליאון במסעו המהולל באיטליה, אך בריטניה נותרה לבדה במערכה מול צרפת כשהיא עיקשת ומסרבת להיכנע. בריטניה "השליטה בימים" עמדה מול צרפת, אשר ניצחונותיה ובריתותיה הבטיחו את קיום המשטר המהפכני. צרפת המהפכנית משלה באירופה המערבית, רגלה האחת נטועה בים התיכון ורגלה השנייה באוקיינוס האטלנטי ועורפה מובטח על ידי רשת של בריתות חשאיות והסכמים גלויים. האימפריה הבריטית הייתה היעד הבא של החיילים הצרפתים.
מבית, היה המצב שונה. שלטונו של הדירקטורט היה שלטון כושל ובלתי אהוד. שורה של הפיכות ותמרונים פרלמנטריים ליוו משבר כלכלי. בשנת 1797 פיזר הדירקטורט את הפרלמנט, שכן הרוב שנבחר בו היה מלוכני, ומאז אירוע זה (שנקרא "הפיכת פרוקטידור" על שם החודש בלוח הצרפתי בו אירע) איבד את ההצדקה החוקית לקיומו ונשען על כוח הזרוע. במאי 1798 ביטל הדירקטורט שוב את תוצאות הבחירות, ב"הפיכת פלוריאל". אל מול אוזלת היד וחוסר הפופולריות של מנהיגי הדירקטורט, צמח ועלה משורות הצבא נפוליאון בונפרטה.
מסע מלחמה כנגד בריטניה בראשות נפוליאון היה צו השעה. היה צורך ממשי לשבור את ההתנגדות הבריטית, וצורך פוליטי להרחיק מצרפת את הגנרל הפופולרי. בדמיונו הרומנטי ראה עצמו נפוליאון כ"קיסר המזרח". האיים הבריטיים עצמם היוו מטרה קשה ומסוכנת. האפשרות הטובה הייתה לכבוש את מצרים ומשם להמשיך הלאה, דרך ארץ ישראל אל עבר המושבות הבריטיות העשירות בדרך המובילה אל הודו, "היהלום שבכתר"].

נפוליאון

בשנת 1798 היה נפוליאון בונפרטה בן עשרים ותשע שנים. בוואקום השלטוני שפקד את צרפת לאחר שלטון הטרור בשלהי המהפכה הצרפתית דרך כוכבו של הקורסיקני הצעיר. אך שנתיים לפני כן, בשנת 1796, קיבל את הפיקוד על צבאות צרפת באיטליה, ובמערכה שנמשכה שנתיים הביס את האוסטרים, וכפה על הקיסרות האוסטרית תנאי שלום משפילים. נאומו של נפוליאון אל חייליו באיטליה נודע בכל צרפת: "חיילים, מזונכם דל והינכם עירומים. הממשלה חייבת לכם הרבה ואינה מסוגלת להעניק לכם דבר... אני אנהיג אתכם אל העמקים הפוריים בעולם... שם תמצאו תהילה, כבוד ועושר".
המהפכה הצרפתית סימנה בבירור כי הגיע הקץ לשלטון המבוסס על מוצא משפחתי, שלטון הניתן למעטים בלבד בשל נסיבות הולדתם. נפוליאון, בנו של נוטריון קורסיקני, הבין את משמעות האירועים במידה שמעטים הצליחו להבינם באותה התקופה. תקופת המלחמות של המאה ה-18, שבהן לחמו צבאות של שכירי חרב במערכים מסורבלים וקבועים מראש, פינתה את מקומה למלחמות המוניות של צבאות המבוססים על גיוס סדיר. נפוליאון היה מהיר קליטה ומהיר בהסקת מסקנות. בשנים הבאות יביא את השליטה בצבאות המוניים אלו לכלל אומנות, ועמם יגיע לשלטון העליון ביבשת אירופה כולה כמעט. כבר עתה ניכרה מיומנותו בשדה הקרב, כמו גם מיומנותו בשליטה בהמון ובמשחק ברגשות חייליו. מעל לכל היה נפוליאון מינהלן מחונן ויוצא דופן. 
האנשים שיצאו עם נפוליאון לשדה הקרב, כז'אן-בטיסט קלבר, ז'אן לאן, ורנייה היו אף הם יוצאי דופן בתחומם. לאן היה בן גילו של נפוליאון, בעוד שרנייה היה בן עשרים ושבע. גנרלים ומפקדי דיוויזיות אלו התבגרו אל שנות המהפכה, ומזה שנים לחמו בכל קצווי אירופה על מנת לשמור על השגיה. (קלבר היה מעט יוצא דופן בחבורה זו, שכן היה מבוגר בשנים מספר, ואף ראה עצמו כשווה ערך לנפוליאון, בשלב זה של הקריירה של שני האישים. כן נעזר נפוליאון בניסיונו של לואי אלכסנדר ברטייה, שהיה בן 46 בעת הפלישה למצרים). נפוליאון הצליח להשיג את נאמנותם, ואף את הקרבתם האישית. חזונו של נפוליאון היה חזון של הישגים אישיים, כמו גם של הפצת ערכי המהפכה. אין זה מקרי שכאשר תיקרה לידיו ההזדמנות, יעזוב את חייליו בארץ זרה, כשהם מוכים בדבר וללא יכולת לשוב לארצם, על מנת לתפוס את השלטון העליון במדינה.

המצב בארץ ישראל

בשנת 1516 כבש הסולטאן העות'מאני סלים הראשון את סוריה וארץ ישראל, וסיפח אותן אל האימפריה העות'מאנית. בימיו, כמו בימי יורשו סולימאן המפואר, היה השלטון המרכזי, היושב בקונסטנטינופול, בעל כוח של ממש במחוזות הרחוקים של האימפריה, שהשתרעה על פני שטח נרחב באנטוליה, אסיה, צפון אפריקה, הבלקן ואירופה.
בתהליך היסטורי שנמשך מאות שנים הפכה האימפריה החזקה לשעבר ל"איש החולה של אירופה". היחלשות השלטון המרכזי גרמה ליצירת מעמד של מושלים מקומיים, בעלי קשר רופף אל השלטון המרכזי, אשר שלטו בכוח הזרוע או בכוחם של חיילים זרים שהובאו מכל קצות האימפריה. השלטון המרכזי בצפון ארץ ישראל אמור היה להיות מדמשק, כאשר מושל דמשק הוא האחראי בפני השלטון המרכזי בקונסטנטינופול, וממנה מושלים מקומיים, שמקום מושבם היה בדרך כלל בצידון. עם זאת, מדי פעם סכסוכים בין "אפנדים" מקומיים היו מעלים אמיר מקומי, שהיה שולט, תוך מידה זו או אחרת של כפיפות לשלטון המרכזי, עד שהיה נופל בידי שליט חזק ממנו. בין שנות הארבעים לשנות השבעים של המאה ה-18 שלט בארץ השליט הבדואי דאהר אל עומר אשר החזיק בתואר "גובה המיסים של פחת צידון". תואר זה היה חסר משמעות. דאהר אל עומר היה שליט חזק ועצמאי, ואף פנה כנגד השלטון המרכזי מספר פעמים. בשנת 1775 משנוצרה ההזדמנות להדיחו, הודח דאהר ובמקומו הושם פחת צידון, אחמד אל ג'זאר, אשר קבע את מושבו בעכו וממנה שלט שלטון נוקשה ואכזרי בחלקים נרחבים מן הארץ, כשלצדו יועצו היהודי, חיים פרחי. שלטונו של אל ג'זאר היה אוטונומי כמעט, אך שלא כדאהר, שמר אל ג'זאר על נאמנות למשטרו של הסולטאן.

המצב במצרים

מצרים הייתה שרויה בחוסר שקט ובחוסר נאמנות לשלטון העות'מאני המרכזי מזה שנים מספר. מרידתו של סולטאן מקומי בשם עלי ביי אל כביר בשנת 1768 דוכאה בכוח הזרוע, אך השלטון המרכזי לא הצליח להשליט את מרותו. בשנת 1775 כבש כוח של השלטון המרכזי (אשר כונה "השער הנשגב") את קהיר, ומינה את איסמעיל ביי ל"שייח' אל בלד" מטעם השלטון המרכזי. בינואר 1791 מתו איסמעיל ביי ומשפחתו במגפה, ובשל הצורך בשליטים בעלי יכולת, נקראו שניים מן המורדים במלכות לשעבר, אשר מצאו מקלט במצרים עילית, איברהים ביי ומוראד ביי לשלוט במדינה בצוותא, האחד כ"שייח אל בלאד" והשני כ"אמיר אל חאג'". שלטונם המשותף לא היה כפוף לשלטון השער הנשגב, והם נחשבים לממלוכים, מעמד של חיילים עבדים אשר מעת לעת היה לוקח את השלטון לידיו בחלקי האימפריה העות'מאנית. הממלוכים שלטו במצרים במשך תקופות ארוכות, הן לפני הכיבוש על ידי האימפריה העות'מאנית והן לאחריה, והיו בעיקרם זרים לאוכלוסייה המקומית, ולרוב שנואים עליה.
מאחר שהסולטאן העות'מאני לא היה מצוי במלחמה עם צרפת, הכריז נפוליאון כי מטרת פלישתו היא להחזיר את שלטונו של "השער" ולדכא את הממלוכים. הכרזה זו הודפסה בערבית, ובה הכריז נפוליאון כי הוא נאמן לנביא מוחמד ולקוראן יותר ממה שהממלוכים נאמנים להם. כן הצהיר כי כל האנשים שווים, וכי בעתיד כל המשרות במצרים תהיינה פתוחות לבני כל המעמדות, אשר יוכיחו כישרון וידע. נפוליאון לא נועץ בסולטאן עצמו, אשר את שלטונו רצה, כביכול, לחזק, ואחת מן המטרות המונחות בבסיס המסע הייתה לנגוס נתח משמעותי מן האימפריה העות'מאנית, אשר כבר בסוף המאה ה-18 נראתה כשלטון שימיו קצובים.

המסע למצרים

ב־19 במאי 1798 יצא נפוליאון לדרכו. אניותיו הפליגו מנמל טולון כשהן נושאות עמן כשלושים וחמישה אלף חיילים. בצאתו לדרך היה משום הימור, שכן הצי הבריטי, בפיקודו של הורציו נלסון, שם לו למטרה להטביע את אניות המסע ואת כוח הפלישה של נפוליאון בים התיכון עוד בטרם יגיעו ליעדן. צי הפלישה יצא לדרכו כשהוא חומק מאוניותיו של נלסון. על מנת שתהיה לפלישה נקודת ביניים לציוד ולאספקה, נכבש האי מלטה ב־9 ביוני, וב־30 ביוני עגן הצי בנמל אלכסנדריה. אלכסנדריה נפלה בידי נפוליאון, ומשם הוא המשיך במסע יבשתי מהיר אל עבר קהיר.
ב־21 ביולי 1798 נתקלו כוחותיו של נפוליאון בכוחותיהם של איברהים ביי ומוראד ביי כשישה קילומטר מקהיר. הכוחות הממלוכים נשענו בעיקר על חיל פרשים, ענף צבאי שבו הצטיינו הממלוכים במצרים. הכוח הממלוכי היה גדול במספר חייליו מצבאו של נפוליאון, אם כי מספרם המדויק אינו ברור. מוראד התבצר בפרבר אמבבה של קהיר, בעוד שאיברהים פרס את חייליו בשטח הפתוח. 
לנפוליאון כמעט ולא היו פרשים, ויחס הכוחות בקרב שהתפתח היה כ-2 או 3 ל-1 לטובת הממלוכים. על מנת להדוף את הפרשים הממלוכים, סידר נפוליאון את צבאו בריבועים דיוויזיוניים, מערך אשר ניטרל את יתרונם המספרי של הממלוכים וניצל עד תום את יתרונם האיכותי של חיילי הרגלים הצרפתים על אלו הממלוכים. ההתקפות החוזרות ונשנות של הממלוכים נשברו על כידוני החיילים הצרפתים, ומכשנכשלו למוטט את הריבועים הם נסוגו משדה הקרב תוך אבדות כבדות. לאחר כישלון ההתקפות הממלוכיות הסתערו אנשי נפוליאון על הפרבר אמבבה, והשמידו את הכוחות הממלוכים שהתבצרו בו. מוראד ביי פנה דרומה אל מצרים העליונה והמשיך להילחם שם נגד חיילי נפוליאון, ואילו איברהים ביי נמלט אל סיני ומשם לאזור רצועת עזה של היום.
הישגו של נפוליאון הפך עד מהרה לאסון, כאשר בסוף חודש יולי גילה נלסון, לאחר חיפוש של חודשיים, את צי הפלישה הצרפתי עוגן במפרץ אבו קיר. בקרב שהתחולל ב־1 באוגוסט 1798 השמיד נלסון את הצי הצרפתי.
נפוליאון ואנשיו היו עתה ללא כל יכולת לחזור ממצרים לצרפת, או לקבל אספקה מצרפת. הם היו חיל כיבוש בארץ זרה, ומנותקים לחלוטין מן המקום ממנו באו.
אל צי הפלישה התלוו כמאה מדענים, חוקרים, אנשי צבא ואומנים. תרומתם לחקר התרבויות והגאוגרפיה של המקומות שאליהם פלש נפוליאון האפילה על ההישגים הצבאיים של המבצע הכושל, ולתוצאותיה הייתה השפעה נרחבת בהרבה מההיבט הצבאי. בין תוצאות אלו ניתן למנות את פיענוח כתב החרטומים לאחר גילוי אבן רוזטה, וכן את יצירת המפות המדויקות הראשונות על ידי הכרטוגרף פייר ז'אקוטן, שעמד בדרגת קולונל בראש צוות של מודדים ומהנדסים והשתמש באמצעים כרטוגרפיים מודרניים ובכלי מדידה בטכנולוגיה של המאה ה-19.

ההחלטה לכבוש את ארץ ישראל

לאחר קרב אבוקיר היו נפוליאון וחייליו מבודדים. נפוליאון לא השכיל לקרב אליו את האוכלוסייה המקומית. הדיבורים על "התאסלמותו" כביכול, והכרוזים שהפיץ היו מחוות ריקות מתוכן. אומנם שלטון הממלוכים היה שנוא על העם המצרי, ששמח בתחילה מתבוסת איברהים ביי ומוראד ביי, ואף בזז את בתיהם, אך השליט הזר התגלה כשנוא עליהם אף יותר מן הממלוכים. בתחילה נערכו ניסיונות ליצור מועצות שלטוניות מקומיות, שבהן ניתן ייצוג לאוכלוסייה המקומית על כל גווניה, השייח'ים, הממלוכים, ונציגות צרפתית, אך אלו הסתברו כפורומים שמטרתם לרשום את הוראות הנציב הצרפתי המקומי שקיבל סמכויות דיקטטוריות.
אובדן הצי הצרפתי והשמועות על ברית חשאית בין הסולטאן ובין בריטניה, כמו גם פעולותיו של מוראד ביי, שהמשיך בלחץ צבאי כנגד הצרפתים במצרים העליונה, עודדו מאוד את מתנגדי נפוליאון במצרים, וניפצו את האגדה כי הכובשים הם בלתי מנוצחים. מרידה בקהיר ב־22 באוקטובר 1798 שדוכאה בכוח הזרוע, סיימה למעשה את העמדת הפנים של שיתוף הפעולה עם האוכלוסייה המצרית המקומית. הפגיעה במהלך הפעולה לדיכוי המרד במסגד אל-אזהר, היוותה עלבון קשה.
השמועות בדבר הברית בין הסולטאן והבריטים התגברו. ראש ממשלת בריטניה ויליאם פיט הבן מעולם לא הניח את נשקו כנגד צרפת. גם לאחר שמדינות כאוסטריה חתמו על הסכמי שלום נפרדים עם צרפת, המשיכה בריטניה במאמצים דיפלומטיים על מנת להמשיך את המאבק כנגד מה שנראה כשליטה צרפתית ביבשת אירופה. בדצמבר 1798 נראה היה כי מאמצים אלו נושאים פרי, וכי קואליציה נוספת נוצרה כנגד צרפת ביבשת. אנגליה, רוסיה, אוסטריה וממלכת נאפולי הכריזו על מלחמה נגד הרפובליקה הצרפתית, והפעם הצטרפה אליהם אף האימפריה העות'מאנית, שמצרים הייתה אמורה להיות חלק משטחה. גם כאן באה אל סופה העמדת הפנים של נפוליאון, כאילו נועד מסע הכיבוש להשליט את השליט החוקי העות'מאני במצרים. הנאמנות המוזרה שנדרשה מתושבי מצרים במהלך החודשים הראשונים לפלישה - נאמנות לנפוליאון ולסולטאן כאחד, הוכחה כבלתי אפשרית.
נפוליאון העריך בשלב זה כי הפעולה נגדו תיערך בתנועת מלקחיים - נחיתה בריטית בחופי מצרים שתסתייע בתנועת חיילים שיגיעו דרך ארץ ישראל וסיני. נפוליאון העריך כי הנחיתה הבריטית אינה אפשרית בחודשי החורף. לפיכך העדיף להקדים, ולהשמיד את זרוע המלקחיים הימנית, בכך שיתפוס את ארץ ישראל וסוריה וימנע בכך כל תנועה של כוחות צבא ואספקה בריטיים דרכן אל מצרים. לכל זאת יש להוסיף את הצורך הצבאי שנוצר להשמיד את כוחותיו הנותרים של איברהים ביי, שמצאו מקלט באל עריש וברצועת עזה, ואת כוחותיו של אחמד אל ג'זאר, פחת צידון, היושב בעכו והנאמן לסולטאן, אשר היוו אף הם איום שיש להתחשב בו.
ההכנה למסע נערכה בדקדקנות במשך חודשים. בין היתר ערך נפוליאון מסע אישי לסיני על מנת לבחון את תנאי השטח. במהלך חציית ים סוף מדרום לעיר סואץ כמעט וטבע, שכן חצה את הים בשעות הבוקר בזמן השפל וניסה לחצות בחזרה בשעות הלילה, במקום אחר, בשעת הגאות. בימיו האחרונים באי סנט הלנה נזכר נפוליאון באירוע, וטען כי באותו היום היה בסכנה הגדולה ביותר בחייו, וכמעט שסיים את חייו באותה צורה שבה סיים פרעה את חייו, דבר שהיה נותן למטיפים הנוצרים חומר תעמולתי נגדו במשך הדורות הבאים. באותם ימים החל בתכנון מעשי ראשון של חפירת תעלת סואץ, שהושלמה בסופו של דבר בידי הצרפתי פרדיננד דה לספס, כמה עשרות שנים לאחר מכן.

קרב אל עריש

ב־6 בפברואר 1799 יצא חיילו של נפוליאון בדרכו אל ארץ ישראל. החיל כלל כשנים עשר אלף איש, מהם כעשרת אלפים רגלים, וכן ארטילריה וגדודים מיוחדים של פרשי גמלים. כוח החלוץ, דיוויזיה בפיקודו של הגנרל ז'אן לואי אבנעזר רנייה הקדימה את צאתה על מנת לתפוש את מצודת אל עריש, ושאר הכוח כלל שלוש דיוויזיות. נפוליאון עצמו פיקד על אחת הדיוויזיות, (כאשר תחתיו פועל שלישו לואי אלכסנדר ברתייה), והאחרות היו תחת פיקוד הגנרלים ז'אן-בטיסט קלבר וז'אן לאן. 
כשל מודיעיני גרם לכך שהכוח לא היה מודע לחוזקה של מצודת אל עריש, ולכוחם של המחזיקים בה. תותחי המצור הכבדים, שיכולים היו להכריע את המצור באופן מהיר, נשלחו בדרך הים אל עכו, בהנחה שייאספו בנמל עכו כאשר זו תיפול בידי נפוליאון בהמשך המסע, וכי גרירתם דרך חולות המדבר לאל עריש אך תעכב את המסע המסובך גם כך מבחינה לוגיסטית.
כאשר הגיע רנייה לאל עריש ב־8 בפברואר 1799 מצא כי המדובר במצודה חזקה, המוחזקת על ידי כוח של כ-1,500 חיילים, רובם פרשים ממוצא אלבני וכן חיילים מן המגרב (מרוקו). כן נמצאו במקום כמה משרידי כוחו של איברהים ביי, אשר מצאו במקום מפלט לאחר התבוסה בקרב הפירמידות.
ההתנגדות במבצר הייתה עזה ביותר. הכפר אל עריש נפל אומנם (לאחר לחימה קשה מבית לבית), אולם המצודה, ועימה מקורות המים היקרים כל כך לצבא האלפים הצועד במדבר, החזיקה מעמד. כבר בשלב זה נשקפה סכנה לכוח הפולש, שכן תכנונו של המסע על ידי נפוליאון הסתמך על תפיסת אל עריש בידי כוח החלוץ, כדי שתשמש בסיס אספקה לכוחות העתידים לבוא.
לאחר מצור בן אחד-עשר ימים, אשר כלל עימות עם חלק מחיילי חיל המצב של המצודה שנותרו מחוץ למצודה לאחר תחילת המצור, ואיימו על כוח הצר, ולאחר ששאר שלוש הדיוויזיות הגיעו וצרו על המצודה, נפלה אל עריש לידיו של קלבר ב־19 בפברואר 1799. נפוליאון שיחרר את רוב חיילי המצודה והשביע אותם כי ירוצו ישירות עד בגדד ולא יילחמו בו שוב לעולם. במסעו צפונה יפגוש שוב רבים מהם, שכן רובם הצטרפו מיד לחילות אל ג'זאר בעזה וביפו. 
קרב אל עריש היה ראשון המכשולים במה שתוכנן להיות מלחמת בזק. נפוליאון תכנן את המסע כולו (ואף ביצע אותו) לשלושה חודשים לערך. העיכוב בן אחד-עשר הימים בתוכניות שנגרם עקב המצור על אל עריש, היה רק תחילתם של השיבושים במסע המתוכנן.
ב-23 בפברואר חדר נפוליאון לארץ ישראל ליד רפיח, במקום שבו נקבע גבולה של הארץ מאה שנה מאוחר יותר, אם כי באותה תקופה לא היה למיקום הזה משמעות מיוחדת או הבחנה ברורה בין שנמצא ממערב וממזרח לו.

כיבוש עזה ורמלה

נפוליאון המשיך בדרכו צפונה ממדבר סיני לאחר חציית הגבול ברפיח. ב־24 בפברואר 1799 כבש את עזה לאחר קרב קצר, וב-1 במרץ חנה נפוליאון ברמלה אשר נכבשה ללא התנגדות, וישן שם במנזר הקתולי. עד היום מראים הנזירים את החדר שבו ישן נפוליאון.
מזכירו האישי של נפוליאון, בוריין, מספר בזכרונותיו על ההתלבטות שעמדה בפני נפוליאון לאן להמשיך מרמלה, צפונה אל נמלי יפו ועכו או לחדור לפנים הארץ, לכיוון ירושלים דרך מעברי ההרים. משהציע בוריין לנפוליאון כי ישים פעמיו לירושלים, אמר לו נפוליאון "או לא. ירושלים אינה בקו המבצעים שלי. איני חפץ להיות מוטרד בידי אנשי ההרים בדרכים משובשות, ובצד השני של הדרך להיות מותקף בידי נחילי פרשים".
שיקול זה הוא שיקול הגיוני, בהתחשב בעובדה כי מטרת מסעו של נפוליאון הייתה מלכתחילה חסימת דרכו של הצבא העות'מאני מצפון, ולשם כך היה עליו לתפוס את המעברים בצפון הארץ, וכן את נמלי הים ביפו ובעכו. ירושלים אינה נחוצה לצורך זה. נפוליאון הסתפק במשלוח מכתב לתושבי ירושלים לפיו לא יפגע בהם לרעה אם לא יפעלו נגדו. מכתב זה לא נענה.
מרמלה המשיך נפוליאון צפונה לאזור יפו, ומעולם לא היה בירושלים. מסתבר כי האגדות הכורכות את שמו של נפוליאון עם ירושלים הן אך בדיה, כמו האגדה כי מעל יד אבשלום התנוססה דמות יד, שנפוליאון פגע בה ביריית תותח, משום שכעס על אבשלום על שמרד באביו דוד.
בעת שהותו של נפוליאון ברמלה, בטרם פנה אל יפו, נפוצה שמועה כי פניו מועדות לירושלים. יהודי העיר השתתפו בעבודות ביצור העיר, ואף קיבלו רשות מרב העיר, משה יוסף מרדכי מיוחס, לעבוד ביום השבת. לעובדה זו ישנה חשיבות לנוכח ניסיונותיו של נפוליאון לאחר מכן להטות את לבם של היהודים כלפיו בהבטחות לגאולה לאומית.
בוריין מציין בזכרונותיו כי על אף שבני דורו של נפוליאון כוולטר סקוט טענו כי מטרת מסעו של נפוליאון הייתה הכתרתו של "קצין התותחנים הקטן" כ"מלך ירושלים", אין הדבר כך, וכי חלומותיו של נפוליאון היו נשגבים בהרבה.

קרב קאקון

מיפו היה על נפוליאון להמשיך צפונה, אל חיפה ועכו. בעוד הוא פונה צפונה, הרגישו מפקדיו באיום מכיוון הרי השומרון. נפוליאון עצמו סירב, בשלב מוקדם יותר של המסע, לפנות אל תוככי ההרים פנימה, מחשש פן יוטרד חילו על ידי המקומיים בדרכים הרריות משובשות, כשבסופה של הדרך יחכו הפרשים שיכריעו את המערכה נגדו. חייליו כקלבר ולאן, היו חסרי מנוחה, ושאפו להישגים אישיים. אלו העלו את החשש, שכאשר יעלה עיקר הצבא צפונה הם יותקפו בידי פרשים ממלוכים מההרים, ויקשה עליהם להחזיק ביפו שהמשך ההחזקה בנמלה היה תנאי להמשך מוצלח של המערכה. אך אל מול דעתו של קלבר, שסבר כי שכם צריכה להיות היעד הבא, היה נפוליאון נחוש בדעתו להמשיך צפונה.
נפוליאון חידש את התקדמות כוחותיו ב־14 במרץ. בעוברו על גִ'סְר אֶל-הַדָּאר, גשר האבן בעשר טחנות צפונית מזרחית ליפו על דרך יפו-שכם ההיסטורית, עקף ממזרח את חוף השרון המוצף מי גשמים וביצות וב־15 במרץ ניהל קרב עז באזור קאקון. קאקון הוא כפר בשרון ובו מבצר צלבני, שחרב במלחמת העצמאות ושכן סמוך למושב גן יאשיה של היום. קרב קצר ועז נגד הפרשים הממלוכים שנפרסו על הגבעות הסמוכות לכפר, לא הצליח להביא להשמדת הכוח הממלוכי. הכוח הממלוכי ביצע נסיגה מסודרת לתוך ההרים לכיוון שכם, כשהם גוררים אחריהם את חיל הפרשים המובחר של לאן. בוריין מציין כי לאן פעל "בניגוד לפקודות", רדף אחרי אנשי ההרים ונקלע למארב. רוב ההרוגים הצרפתיים בקרב זה נהרגו בהרפתקה זו אליה נגרר לאן. בוריין מתאר את תגובת נפוליאון במילים אלו: 
במהלך מבצע אווילי וחסר תועלת זה, במיוחד בעת שהאש הייתה עזה, גילה בונפרטה חוסר סבלנות. אך אני חייב להודות כי זעמו היה אך טבעי. אנשי שכם עצרו בפתחי ההרים. בונפרטה נזף בלאן במרירות בשל כך שחשף את עצמו לסכנה ללא תועלת והקריב ללא צורך מספר אנשים אמיצים. לאן הסביר את מניעיו בכך שאנשי ההרים התגרו בו, והוא ביקש לחנך את האספסוף. 'אנחנו לא במצב בו אנו יכולים לשחק את השחצן' הייתה תשובת נפוליאון.
תוצאת הקרב הייתה כי על אף שכוח הממלוכים לא הושמד, שוב לא היוו אנשי ההרים סכנה של ממש במסע המלחמה עד תומו.

סיום המצור על עכו

בתחילת חודש מאי, כחודש וחצי מתחילת המצור על עכו, ולאחר שהביס את הצבאות הממלוכים בהר תבור, היה נפוליאון חופשי לחדש את המצור על העיר ללא הפרעה. תגבורת של תותחי מצור הגיעה בדרך היבשה, אך הסתערויות חוזרות ונשנות של הצרפתים המותשים על חומות העיר לא צלחו.
בתוך העיר עצמה עסקו הנצורים בהכנות קפדניות. אל המומחיות הצבאית של סידני סמית ואנטואן דה פיליפו, הצטרפה המומחיות הארגונית של חיים פרחי, יועצו היהודי של אל ג'זאר, והמוח שמאחורי ההתנגדות לנפוליאון.
בינו לבין עצמו קבע נפוליאון את ה-25 באפריל כמועד סיום המצור. אך גם מועד זה חלף, והעיר טרם נכבשה. בינתיים הצליח הצי הבריטי להעביר אל הנצורים תגבורת של חיילים ואספקה.
ב־8 במאי הצליחו אנשיו של ז'אן לאן להבקיע את החומה, והסתערו אל תוך העיר. אך שלא כמו ביפו, שבה גרמה הבקעת החומה להתמוטטות כל קווי ההגנה, הייתה חדירתם של הצרפתים לעיר קשה ביותר, ולאחר חדירה מועטה נתקלו התוקפים בהפתעה קשה. בעת המצור הקימו דה פיליפו ופרחי חומה נוספת, במקום שהיה גינתו של אל ג'זאר. חומה זו ריפתה את ידי התוקפים, והם נסוגו כלעומת שבאו. התקפה זו, השביעית במספר, הייתה גם האחרונה. מתכנן הגנת העיר, אנטואן דה פיליפו, לא זכה לראות בניצחונו. הוא מת מהתייבשות כשבועיים בטרם הוסר המצור.
בוריין מעריך את מספר ההרוגים הצרפתים בכ-3,000 במהלך כל המצור. רבים מתוכם מתו במחלת הדבר. תנאי התברואה הירודים באותה תקופה גרמו לכך שגם פגיעות קלות היו עלולות להמית, כפגיעתו של קפארלי שמת מהרעלת דם. אין נתונים כמה מבין מגיני העיר מתו במצור, אך יש להניח כי המדובר במספר דומה.
שמועות על התקוממות במצרים, כמו גם מחלת הדבר ויאושם של הצרים, שנתקלו במכשולים בלתי צפויים, הביאו את נפוליאון למסקנה כי לא יוכל לכבוש את העיר, וב-20 במאי 1799, לאחר חמישים וארבעה ימי מצור, נסוג מן העיר. לימים, בשבתו בגלות בסנט הלנה, יאמר לכותב זכרונותיו "אם עכו הייתה נופלת, הייתי משנה את פני העולם", וכן "גורל המזרח נקבע בעיירה קטנה זו".

הנסיגה למצרים

ב־18 במאי 1799 החלו ההכנות לנסיגה מעכו. תחילה נשלחו דרומה החולים והפצועים, ולאחר מכן, בליל ה-20 במאי עזב הצבא כולו, בחשאי, את העיר, שכן חשש מהסתערות על ידי הנצורים שיבינו כי ניצחו בקרב. השיירה ירדה דרומה בדרך החוף, כאשר הפצועים נישאים על גמלים ופרדות, וסובלים מצמא, מרעב ומהחום העז. עוד באותו יום חנו הצרפתים בטנטורה, שם נאלצו להותיר בחולות את תותחי המצור הכבדים. ב-22 במאי חנו בקיסריה, וב-24 במאי שבו ליפו, בה חנו עד 28 במאי. במהלך שהייתם ביפו נתן נפוליאון לרופאיו את הפקודה הקשה להרוג חלק מהפצועים ומהחולים, שנראה היה כי לא יעמדו בתלאות המסע. ב-1 ביוני שבו הצרפתים לאל עריש וב-14 ביוני שב נפוליאון לקהיר.

סיום המערכה במצרים

במהלך נסיגת נפוליאון, אספו הממלוכים את כוחותיהם להסתערות נוספת. איברהים ביי ומוראד ביי חברו שוב כנגדו, ובשבוע האחרון של יולי התחולל קרב נוסף באבוקיר, בו שב נפוליאון והכה בכוחות הממלוכים, אשר נעזרו בצי הבריטי שעליו פיקד סידני סמית.
זמן מה לאחר ניצחונו זה, ולנוכח המאורעות בצרפת ובאירופה - הקמת הקואליציה השנייה כנגד צרפת על אדמת אירופה, והתערערות משטרו של הדירקטורט - שב נפוליאון לאירופה, ומינה את קלבר למפקד הכוחות במצרים. סמוך לאחר שובו, ב־10 בנובמבר 1799 (הוא ה"שמונה עשר בברימאר" על פי הלוח המהפכני), הכריז נפוליאון על עצמו כעל "קונסול הראשון", וקיבל את השלטון האבסולוטי בצרפת. לקלבר ולשייח'ים של קהיר מסר כי ייעדר לתקופה בת שלושה חודשים בלבד.
נפוליאון עזב את צבאו במצרים ללא כל סיכוי ריאלי שצבא זה ישרוד. הצבא היה עמוק בתוך טריטוריה עוינת, מוקף מכל עבר באויבים, כאשר דרך המוצא שלו לצרפת, הים התיכון, חסומה בידי הצי הבריטי. הסולטאן שב ושלח חיילים על מנת לכבוש את מצרים.
קלבר נשא ונתן עם סידני סמית, והשניים אף חתמו על הסכם באל עריש ב-24 בינואר 1800, שלפיו יפונו הכוחות הצרפתים ממצרים, אולם מפקדו של סמית', הלורד קית', לא אישרר את ההסכם, שכן סבר כי יש להשמיד את הצרפתים, ולא להשיבם אל היבשת, שם יוסיפו להילחם נגד כוחות הקואליציה.
קלבר נאלץ לשוב ולהתמודד עם כוחות הסולטאן, ואף ניצח אותם במספר קרבות. קלבר אף השכיל לכרות ברית עם מוראד ביי, ומסר לו את השלטון במצרים העליונה, אך ב-14 ביוני 1800 נרצח קלבר בידי קנאי מוסלמי בשם "סולימאן מחאלב", והפיקוד על הצבא הועבר לבארון מנו.
במרץ 1801 נחתו הבריטים באבוקיר וניסו לכבוש את אלכסנדריה. ב-30 במאי עלו הבריטים והממלוכים על קהיר. הצדדים שוב נשאו ונתנו, ועתה הוסכם על חזרתם של הצרפתים באוניות לצרפת. באוגוסט הפליגו כארבעה עשר אלף חיילים מקהיר, וצבאו של מנו, שחנה באלכסנדריה ועמו כעשרת אלפים אנשים נוספים, שב לצרפת בספטמבר. כך תמה המערכה הצרפתית במצרים ובארץ ישראל.

השפעת המסע על ארץ ישראל

למסעו של נפוליאון בארץ ישראל לא היו השפעות מרחיקות לכת מבחינת הארץ ותושביה. שלטונו של אחמד אל ג'זאר נמשך לאחריו כשם שהיה לפניו, ומעמדה של הארץ, פרובינציה נידחת בקצהה של קיסרות גוססת, הנתונה לשלטונם של בעלי זרוע, לא השתנה.
שהותו של נפוליאון בגבולות הארץ במשך כשלושה חודשים לא הותירה אחריה בנייה, אך גם לא הרס. הערים שנכבשו עמדו על תילן כמקודם, כמו גם עכו, אשר לא נכבשה. מכל הערים שנכבשו על ידי צבא נפוליאון, הפגיעה ביפו הייתה הקשה ביותר, אך בהיותה בתקופה זו נמל מרכזי, הצליחה יפו להתאושש מהמכה ואף גדלה והתרחבה במהלך המאה ה-19. שתי גבעות, האחת באזור רמת גן ואילו השנייה בעכו, נקראות "גבעת נפוליאון". זהו החותם שהותיר אחריו נפוליאון על הגאוגרפיה של ארץ ישראל. חפירות ארכאולוגיות הנערכות מעת לעת בעכו מגלות לעיתים גופות של חיילים שמצאו את מותם במצור והושארו מאחור. ניתן לומר שנפוליאון חלף בקורות הארץ כלעומת שבא, ולא הותיר אחריו כמעט דבר.
עם זאת, גרם מסעו של נפוליאון במזרח למיקוד מסוים של תשומת הלב העולמית למקום זה, שכמעט ונשכח מאז עזבו אותו אחרוני הצלבנים כחמש מאות שנה קודם לכן. תיאורי הארץ שמסרו האירופאים, כמו גם מפותיו של פייר ז'אקוטן, עוררו את העניין הדתי, האנושי והמדעי בארץ ישראל. החל משנות השלושים של המאה ה-19 חלה עלייה גדולה בהתעניינות המעצמות באזור. כשלונו של נפוליאון בעכו הוכיח כי ייתכן שגורלו של המזרח כולו תלוי יהיה בכיבושה של "עיירה קטנה" בארץ ישראל. הוכח כי ארץ ישראל היא השער למזרח, לאיראן, להודו ולסין ובעידן הקולוניאליזם והאימפריאליזם, הייתה לעובדה זו משמעות רבה.
אחת התוצאות של המסע לארץ הייתה סדרת מפות המתארות חלקים של ארץ ישראל, בעיקר את אותם האזורים בהם עבר צבאו של נפוליאון, והן המפות הראשונות של ארץ ישראל ששורטטו בהתבסס על מדידות במכשירי מדידה שהיו בשימוש במאה השמונה עשרה, אשר היו מדויקים יחסית במדידת המרחקים והזוויות. במפות אלו, בקנה מידה של 1:100,000, מצוינים שמות המקומות בצרפתית, בלטינית ובערבית.
קובץ מפות זה (ידוע בשם: האטלס של ז'אקוטן), היה למקור מידע חשוב בידיעת ארץ ישראל ולאורך המאה ה-19 היו אלה המפות היחידות של האזור עד למיפוי הארץ בידי הבריטים.
המאבק הבינלאומי לאחר תקופת נפוליאון, בין בריטניה צרפת ורוסיה, שכל אחת רצתה להגדיל את השפעתה באזור ולדחוק את רגלי יריבותיה, הגיע אף לארץ ישראל. הגברת ההתעניינות הבינלאומית בארץ התבטאה בייסוד מושבות סחר וקונסוליות (הקונסוליה הבריטית נפתחה בשנת 1838 והמעצמות האחרות באו בעקבותיה), כמו גם מוסדות דת וצדקה. קונסוליות אלו הרחיבו את שטחי פעולתן, ונגסו בסמכות השלטון העות'מאני המרכזי, תוך שהן פורשות את חסותן על קהילות מיעוטים כקהילה היהודית. תהליך זה, שבו התמעטה סמכותם של העות'מאנים, הגיע לשיאו עם כיבוש הארץ בידי הבריטים במלחמת העולם הראשונה.

המסע בהיסטוריוגרפיה

מבחינה היסטוריוגרפית, מסעו של נפוליאון בארץ-ישראל לא נחקר בצורה מקיפה. מחקר שנערך באוניברסיטה העברית ועקב אחרי אוסף ביוגרפיות נפוליאוניות מראה שפרק חשוב זה בתולדות שלטונו מתואר בקיצור נמרץ, ולרוב תוך התעלמות מהפרשות הלא-מחמיאות שבמהלכן. הביוגרפים הגרמנים והצרפתים נוטים להציגו באופן חיובי כל-אימת שהגינותו עומדת בספק, הרוסים נוטים ללבות את האגדה סביב האיש, ורק האנגלים מוצאים לתאר את האירועים במבט חסר-פניות. 
שיאה של המגמה הפרו-נפוליאונית הזו נמצאת בסקירה שכתב ההיסטוריון הצרפתי הנודע לואי מדלין, ובחר לסכם את כל הפרק המצרי-ארץ-ישראלי במשפט בודד:
“...And after conquering Malta, had hurled (the Directory) its armies on Egypt and Syria. The Result was that France had established in the Mediterranean a hegemony which made Great Britain shake in her shoes.”
— Madelin, Louis, 1934, The Consulate And The Empire, 1789-1809, G.H.Putnam’s Sons, N.Y, p.23
מבחינה היסטורית תיאור זה חסר-שחר. תבוסתו של הצי הצרפתי בקרב אבוקיר הפקירה את הים התיכון לספינות האנגליות עד לסוף ימיו של נפוליאון.