המלחמה השמלקלדית

הרקע לפרוץ המלחמה

החל מהקמת התנועה הפרוטסטנטית (1517), החלה מתיחות בתוך גרמניה בין הקתולים לפרוטסטנטים. הקיסר קרל ניסה כמה פעמים לכונן שלום והבנה בין הדתות, כדי שיוכל להפנות את מאמציו למלחמה בצרפת ובטורקים, אך ללא הועיל. כך היה באספת הממלכה באוגסבורג (1530), ברגנסבורג (1532, 1541), בשפייר (1544) ובוורמס באותה שנה. החשדנות כלפי הקיסר הקתולי, מצד הנסיכים הפרוטסטנטים גברה כל העת, ומה גם שמדי פעם היו "שליחים" שעל דעת עצמם דרשו מהנסיכים הללו, בשם הקיסר או האפיפיור, לחזור אל הקתוליות.

המצב ערב המלחמה

בגרמניה היו שבעה נסיכים בוחרים, שהיוו את "מועצת המלוכה". שלושה מהם נטו לפרוטסטנטיות - יוהאן פרידריך מסקסוניה, יואכים השני מברנדנבורג, ופרידריך השלישי מפפאלץ. בשנת 1543 נפל דבר שעלול היה לשנות את המאזן לטובתם - הנסיך הבוחר של קלן, הארכיבישוף הרמן פון ווייד, הפך לפרוטסטנטי. לפיכך הרגישו ראשי ברית שמלקלדן בטוחים בעצמם, ולא חששו מפני קרל החמישי. נוסף על כך, קשריהם הכלכליים של הנסיכים הפרוטסטנטים היו טובים יותר, ועמד לרשותם כסף רב.
הקיסר ניסה עוד בניסיון נואש אחרון, לכנס אספת ממלכה ברגנסבורג ב-1546, אך באחת ההתייעצויות שקיימו הנסיכים הפרוטסטנטים, הגיע לפתע "שליח" מטעם הקיסר, ד"ר מתיאס האלד, שדרש מהנאספים לחזור לקתוליות. אך כנזכר לעיל החליטו ראשי הברית לא להגיע לאספה, מה שגרם לקיסר להכריז עליהם חרם, ופרוץ המלחמה היה רק עניין של זמן.

מהלכים פוליטיים אחרונים

בתרגיל פוליטי הצליח הקיסר קרל החמישי להוציא את הנסיך הבוחר יואכים השני מברנדנבורג מתוך הברית, כך שהוא לא היה שותף במלחמה. סביר להניח, שבכך שינה קרל את תוצאות המלחמה, שהיו שונות בהרבה אילו היה שותף בה הצבא הברנדנבורגי.
נוסף על כך, הצליח קרל החמישי להטות לצידו כמה נסיכים פרוטסטנטיים, כגון מוריץ, דוכס סקסוניה, שלאחר המלחמה קיבל את משרת הנסיך הבוחר במקום קודמו, וכמו כן את פרידריך השני, הנסיך הבוחר מפפאלץ.

תחילת המלחמה - התגוננות של הקיסר

כזכור, ראשי ברית שמלקלדן היו עדיפים מבחינה כספית, ולפיכך היו ברשותם יותר חיילים ואמצעים בתחילת המלחמה. בנוסף, צבאם עמד תחת פיקודו של מצביא מיומן ומוכשר, סבסטיאן שרטליי מאוגסבורג, וכן הרוזן פיליפ מהסן.
הקיסר הסתמך מעט על חיילותיו בגרמניה, והרבה על חייליו הספרדיים בפיקוד הדוכס מאלבה, וההולנדיים בפיקוד הרוזן פון בורן, שלא הצליחו להגיע לעזרתו עם פרוץ הקרבות. לפיכך התבצר הקיסר באינגלשטט (בוואריה), שם תקפו אותו ללא הרף חילות הברית, אך ללא הועיל.

היהודים במלחמה

הדוכס מאלבה, כמו גם חייליו הספרדים, היו עוינים כלפי היהודים. כבר עם תחילת הקרבות נרצחו ונאנסו על ידיהם בבוואריה כמה יהודים.
רבי יוסף בן גרשון מרוסהיים נסע מיד לאינגלשטט אל מזכיר הקיסר, הרוזן גרנוולה, ובעזרת השפעתם הוציא הקיסר צו לפיו כל חייל שיפגע ביהודי יוצא להורג.

המפנה, וסיום המלחמה

בסוף 1546, הצליחו החילות ההולנדיים לחבור אל צבא הקיסר, לאחר מסע ארוך דרך הריין ופרנקוניה, ואז פתח הקיסר במתקפה, ובמקביל החל מוריץ מסקסוניה לתקוף את ארצו של הנסיך יוהאן, כך שהלה היה צריך להתמודד עם חזית חדשה.
לאחר מכן פנה הקיסר לוירטמברג ולערי הברית השוואבית, שהחשובות שבהן היו אולם ואוגסבורג, וכבשן בזו אחר זו, עד לכניעת הנסיך מוירטמברג.

קרב מילברג

ב-24 באפריל 1547 נסתיימה המלחמה, כאשר הכה קרל את הפרוטסטנטים שוק על ירך בקרב מילברג (סקסוניה), כאשר למעלה ממחצית הכוח בפיקוד הרוזן פיליפ מהסן נהרג בקרב (כ־8,000 נפש), לעומת אבידות מעטות מאוד בצידו של קרל (כ־200).
ההערכות לקרב החלה כבר ב-23 באפריל, כאשר שני הצבאות נערכו אלה מול אלה על שתי גדות האלבה. לקיסר היו כ-13,000 חיילי רגלים, עוד כ-7,000 חיילים ספרדים, ועוד כאלף הולנדים, ומלבד זה עוד 4,000 פרשים וכעשרים תותחים. הנסיך יוהאן לא יכול היה להפנות את כל כוחו לקרב, מחמת המלחמה הפנימית בתוך סקסוניה, שכפה עליו הנסיך מוריץ. לפיכך הצליח להביא לקרב רק כ-12,000 חיילים רגליים, עוד כ-3,000 פרשים, ו-15 תותחים, שנערכו באזור העיר מילברג, על גדתו המזרחית של הנהר.
חיילי הקיסר, בעיקר הפרשים, ביצעו תנועות לאורך הנהר, ולבסוף, בבוקר ה-24 באפריל, צלחו אותו, בשני מוקדים, 1,000 פרשים ספרדים, ואלף הולנדים. הנסיך יוהאן, שראה את הערכות הקיסר, ניסה ללכד את חייליו לקראת החיילים הצולחים את הנהר, כאשר בעקבותיהם כבר צולחים הרגלים בסירות, הוא חצה את האלבה מערבה עם חלק מחייליו, וניסה לחסום את חיילי הקיסר מצד צפון, אך אז תקף שוב הקיסר בשני מוקדים, ממערב לנהר, וכן ממזרח - בכיוון צפון, והצליח לכתר את כל כוח הרגלים של הנסיך יוהאן. הקרב הוכרע - הצבא הסקסוני הוכה, והנסיך יוהאן נפל בשבי. 
מאוחר יותר נפל בשבי גם הרוזן פיליפ מהסן, ושניהם הוחזקו כך עד 1552. קרל כפה על העיר קלן נסיך בוחר חדש, קתולי, בשם אדולף פון שאומבורג, ועל הנסיך הבוחר יוהאן התפטרות לטובת מוריץ.

כיס ההתנגדות האחרון, וקרב דראכנברג

אף על פי שלהלכה נסתיימה המלחמה, דבקו כמה ערים בצפון המדינה, בהנהגת ברמן, המבורג ומגדבורג, בהתנגדות לקיסר. חודש לאחר קרב מילברג, ב-23 במאי 1547, נערכו שוב צבאות הקיסר במתכונת מצומצמת, מאחר שהיה משוכנע בניצחונו, שחרר את הצבא הספרדי, ושלח צבא קטן בהנהגת הדוכס אריך השני מקלנברג והרוזן כריסטוף מריזבורג, שמנה 6,000 רגלים, מספר לא ידוע של פרשים וכ-17 תותחים. את כוחות ברית שמלקלדן שמנו מעט יותר - כ-6,500 רגלים, 1,400 פרשים וכעשרים תותחים - הנהיג הרוזן בוטמר. הקרב נערך ליד העיר דראכנברג, על הנהר וזר. בדומה לקרב מילברג, חצו הקתולים את הנהר מזרחה בשני ראשים, באחד הרוזן כריסטוף, ובאחר הדוכס אריך, אך הפרוטסטנטים התכוננו למהלך זה, ומיהרו לכתר את הצבא הקתולי, שמפלטו היחיד היה נהר הווזר. הדוכס אריך עצמו נאלץ לקפוץ לנהר וכך הציל את חייו, הוא ועוד כאלף חיילים. ההערכה היא שבקרב נהרגו כ-2,500 חיילים מצבא הקיסר ועוד כמספר הזה נשבו, לעומת אבדות ברית שמלקלדן - 200 הרוגים ו-400 שבויים בלבד. קואליציית ברמן נחלה ניצחון מוחץ, והצליחה להכתיב לקיסר את תנאיה ביחס לחופש הדת שלה, דבר שהיווה בסיס למהלכים הבאים. 
ב-1555 נחתם שלום אוגסבורג בין קרל החמישי למתנגדיו במלחמה. בחוזה זה נקבע כי דת כל נסיכות תקבע לפי השליט שלה, ובכך נסללה הדרך לכניסתו של הזרם הלותרני לאימפריה.