הגאון מווילנה

מעמדו

הגאון מווילנה זכה כבר בחייו למעמד אוטוריטרי בלתי מעורער ולסמכות יוצאת דופן. גם בקרב מנהיגי תנועת החסידות שנרדפו מכוחו, היו שכינו אותו "יחיד בדורו". בקרב הקהל הכללי הלא-חסידי נאמד מעמדו כדמות חריגה. דימוייו נעים בין בן-דרגתם של התנאים והאמוראים חכמי התלמוד ובין זו של גאוני בבל.
רבי אברהם ישעיה קרליץ (החזון איש) כתב עליו כך: "אנו מתייחסים להגר"א בשורה של משה רבנו, עזרא, רבנו הקדוש, רב אשי והרמב"ם. הגר"א שנתגלה תורה על ידו כקדוש מעותד לכך שהאיר במה שלא הואר עד שבא ונטל חלקו, והוא נחשב אחד מהראשונים, מדרגתו ברוח הקודש, ביגיעתו ובבקיאותו בעיון העמוק בכל התורה המצויה עתה בידינו, אי אפשר כלל לצייר את אפשרותם".
בשל הערצה זו, כונה בפי יהדות ליטא בתואר "הגאון" בלבד.

משנתו

הגר"א דגל בלימוד על דרך הפשט והיה בעצמו בעל בקיאות וידענות רחבת היקף. התנגד ללימוד בסגנון פלפולי חריף, כשם שהתנגדו לו הרמב"ם, המהר"ל וחכמי ישראל נוספים. בבית מדרשו הקטן למדו תלמוד עם הפרשנים רש"י, רא"ש ורי"ף בלימוד ישר המכוון להכרעה ופסיקת ההלכה.
הגאון היה מקורי מאוד בפסיקת ההלכה, ופעמים רבות פסק על פי הבנתו בתלמוד גם נגד הראשונים והשולחן ערוך או המנהג המקובל.
לימודו מבוסס על חתירה לעומק הפשט מהמקורות, אך גם על שינויי גרסאות, בפרט בספרים הפחות שכיחים כמו התלמוד ירושלמי והתוספתא וספרי הזוהר. למרות חשיבותו בהיסטוריה של המתנגדים, שיטת הלימוד המקובלת בישיבות הליטאיות כיום שונה באופן ניכר מדרכו. את מרבית שינויי הגרסאות ביצע שלא על פי כתבי יד שהיו בידו, אלא בהתבסס על בקיאותו המופלגת בספרות התלמודית והרבנית. בדיעבד, רבות מהגהותיו נמצאות כקולעות לגרסאות הקיימות בעדי נוסח מדויקים.
במוצאי יום כיפור היה הגר"א ממשיך לצום עוד כמה שעות תוך כדי לימוד תורה. זאת על פי מאמר חז"ל: "מאי דכתיב, ויהי ערב ויהי בוקר יום השישי? מלמד שהתנה הקב"ה עם מעשה בראשית ואמר להם: אם ישראל מקבלים התורה - אתם מתקיימים, ואם לאו - אני מחזיר אתכם לתוהו ובוהו". כלומר קיומו של העולם תלוי בלימוד תורה בלתי פוסק. רעיון זה עמד גם בבסיסה של ישיבת וולוז'ין שהקים תלמידו, ר' חיים.

תורת הסוד במשנתו

כבר בגיל תשע החל הגר"א ללמוד את תורת הסוד.
על פי עדותו של רבי חיים מוולוז'ין, בהקדמתו לפירוש הגר"א ל"ספרא דצניעותא", עוד לפני הגיעו לגיל שלוש עשרה החל הגאון לברוא גולם, אבל פסק באמצע מפני שמנעוהו מן השמים.
הגר"א כתב פירושים לספרא דצניעותא, אותו ראה כספר היסוד של הקבלה, וכן לתיקוני זוהר ולתיקוני זוהר חדש, ולשאר חלקי ספר הזוהר, וכן לספר יצירה.
עם זאת, בניגוד למקובלים אחרים, התנגד הגר"א לקבל מגידים, מחמת רצונו לעמול בתורה, וכך לקבלה ישירות מהקב"ה ולא דרך מתווכים. הוא גם שלח את תלמידו רבי חיים מוולוז'ין להזהיר את אחיו, רבי שלמה זלמן מוולוז'ין, שלא יסכים לקבל מגיד שעתיד להגיע אליו, משום שהמגידים באותו דור ובפרט מחוץ לארץ ישראל - "אי אפשר כלל שיהיה כלו קדש קדשים ובלי עירוב כלל".
תורת הגר"א בקבלה, נחשבת לזרם בפני עצמו (אם כי היא משולבת לעיתים עם תורת הרמח"ל), ורבים מן המקובלים עסקו בה ופירשו אותה, כמו תלמידיו רבי חיים מוולוז'ין בספרו נפש החיים, רבי משה מטולשין, רבי מנחם מנדל משקלוב, ותלמידי תלמידיו רבי יצחק אייזיק חבר, רבי דוד לוריא, רבי אברהם שמחה מאמצ'יסלב, רבי אליהו מקאליש, וכן רבי שלמה אלישיב בספרו "לשם שבו ואחלמה", ורבי נפתלי הרץ הלוי מיפו, ואחרים.
בדורנו עסקו בכתביו רבי יצחק שלמה זילברמן, רבי שריה דבליצקי, רבי ישראל אליהו וינטרוב, רבי יעקב עדס, והרב יוסף אביבי, שאף כתב ספר מיוחד לבאר את ייחודיות קבלת הגר"א וההבדלים בינה לבין קבלת האריז"ל.
במסגרת המאבק בין החסידים למתנגדים, הפיצו החסידים שמועה, לפיה הגר"א לא מאמין בתורת הקבלה ואינו עוסק בזוהר ובכתבי האר"י. בכך ביקשו ליטול את עוקצה של התנגדות הגר"א לחסידות.

תלמידו של הגר"א, רבי חיים מוולוז'ין, בהקדמתו לפירוש הגר"א לספרא דצניעותא, תוקף את מפיצי השמועה במילים חריפות: 
ומדי דברי בגדולות ונפלאות קדושת תורתו של רבינו הגדול נ״ע, זכור אזכרנו אשר תשוח עלי נפשי ויקד יקוד בלבי כאש בוערת. אשר לקחה אזני דבת רבים בורים ריקים בפלכים הרחוקים. אשר לא ראו אור תורתו וקדושתו מימיהם. אנשי בלי עול בפה ולשון מדברת גדולות להפיל מום בקדשי שמים. זבובי מות להבאיש ולהביע שמן רקח משחת קדש רבינו הגדול נ״ע. באמרם שהרב הקדוש די רוח אלהין קדישין ביה האריז"ל לא היה נחשב בעיניו ח״ו. זאת ועוד אחרת. מהם אשר מעמיקים יותר לדבר סרה לומר שגם הזוה״ק לא הוכשר בעיניו ח״ו לקבוע בו עסק לימודו מימיו. תאלמנה שפתי שקר הדוברות עתק על צדיק יסוד עולם. יתפרכון. יתחרשון. ישתתקון. לא תהא כזאת בישראל.

תורת הגאולה במשנתו

לפי המסופר בספר קול התור, בראש השנה שנת הת"ק (1739) החל הגאון בעיסוק גלוי בתורת הנסתר. על פי שיטתו בעניין הגאולה, בשנה זו מתחיל בוקרו של ה"יום הששי" של העולם, שבו יש להתחיל את ההכנות לקראת השבת, שבה תהיה הגאולה השלמה. חשבון זה מסתמך על דברי הגמרא במסכת סנהדרין (דף לח, עמוד ב), שהעולם יתקיים ששת אלפי שנים. הגאון החשיב כל אלף שנים כיום אחד, על פי הפסוק "כי אלף שנים בעיניך כיום אתמול כי יעבור" (תהלים צ', ד'), ומכאן ששנת חמשת אלפים וחמש מאות לבריאת העולם היא בוקרו של היום השישי. כשם שההלכה קובעת שיש להשכים ביום שישי ולהכין את צורכי השבת, כך על פי דברי הגאון יש להתכונן ל"שבת" של העולם באופן מעשי החל מ"בוקרו של היום הששי". (הספר קול התור, שנכתב על ידי תלמידו הרב ריבלין, נמצא במחלוקת אם נכתב מפיו).

שולחן ערוך חדש

מן הדברים שכתב בנו של הגר"א, אנו למדים שבכוונתו של אביו היה לחבר מעין "שולחן ערוך חדש":
שתיים זו שמעתי מפיו הקדוש והטהור שלא הסכימה עימו דעת קונו, ולא עשה. לעת זקנתו שאלתיו פעמים רבות מדוע לא נסע לארץ הקדושה ולא ענני וכן הבטיח לי שיעשה פסקי הלכות מארבעה טורים בדעה מכרעת לכתוב רק דעה אחת הישרה בעיני חכמתו, בראיות חזקות ועצומות שאין להשיב עליהן
— הקדמת בני הגר"א לשולחן ערוך - אורח חיים, שקלוב, תקס"ג

יחסו ללימודי חול ולפילוסופיה

הגר"א תמך בלימוד חלק מהמדעים, בעיקר המדעים הריאליים, ואף כתב ספר על מתמטיקה, אסטרונומיה וגאומטריה בשם "איל משולש". בהקדמה לספר "אוקלידוס" (בתרגום לעברית שנעשה על ידי הרב ברוך בן יעקב שיק משקלוב, האג תק"ם - 1780) מובא בשמו:
כפי מה שיחסר לאדם ידיעות משארי החכמות - לעומת זה יחסר לו מאה ידות בחכמת התורה... וציוה לי (=הגאון) להעתיק מה שאפשר ללשוננו הקדוש מחכמות כדי להוציא בולעם מפיהם וישוטטו רבים ותרבה הדעת בין עמינו ישראל.
דבריו של הרב ברוך שיק מקבלים חיזוק מתרגום שהפיק בנו של הגר"א, אברהם וילנר לחלקים מתוך ה"היסטוריה של הטבע" של החוקר הצרפתי הרדיקלי, בופון.
על פי עדות של תלמידיו והספרים שנכתבו מפיו, הגר"א היה בעל ידע במתמטיקה, הנדסה, ביולוגיה, אסטרונומיה, גאוגרפיה, בלשנות ומוזיקה, אך נמנע מלעסוק ברוקחות לפי הוראת אביו.
הוא החכים גם בהגות האנושית, ועם זאת התנגד ללימודי מדעי הרוח הכלליים, משום שלא ראה בהם תועלת אמיתית לחיי האדם היהודי. הגר"א נהג להבדיל בין לימודי מדעי הרוח לבין לימודי מדעי הטבע בהם ראה "רקחות וטבחות" המסייעות להבנת התורה.
וכך סיפר על הגר"א רבי ישראל משקלוב:
כה אמר, כל החכמות נצרכים לתורתנו… וכלולים בה, וידעם כולם לתכליתם והזכירם: חכמת אלגעברע ומשולשים והנדסה וחכמת מוזיקא… וביאר איכות כל החכמות ואמר שהשיגם לתכליתם, רק חכמת הרפואה ידע חכמת הניתוח והשייך אליה, אך מעשה הסמים ומלאכתן למעשה רצה ללמדם מרופאי הזמן וגזר עליו אביו הצדיק שלא ילמדנה, כדי שלא יבטל מתורתו כשיצטרך ללכת להציל נפשות כשידע לגמרה. וכן חכמת הכישוף… וידעה, רק היה חסר לו מעשה העשבין וכל גמר מעשיה, מפני שהם ביד הגויים הכופרים לא היה יכול ללמוד גמר מעשיה מרוב מפנקותו
— פאת השולחן, הקדמה, ד"ה ומצידה ביאור ארוך
בניגוד ליחסו למדעי הטבע, יצא בחריפות נגד הפילוסופיה ולומדיה כמובא בספר אבן שלמה (שהוא ליקוט מכתביו), פרק יא, סי' ד
וכך אמר:
בזכות שמתרחקים מאותן העוסקים בלימוד פילוסופיא אלהית, לימודית וטבעיות. יזכו לעתיד לבא לאור ד' (ישעיה ב' ו')
ושם מובא עוד בהערת שוליים, על פיסקה זו:
עי' יו"ד סי' קע"ט ס"ק י"ג. שכתב ג"כ לגנות את הפילוסופיא הכוזבה ועי' בס' עליות אליהו י"ז ב'. ודלא כיש אומרים שמ"ש ביו"ד בסי' הנ"ל אינו מהגר"א. כי שמעתי מאיש אמונים שכן נמצא בכי"ק ממש וכמו שמוכח כאן. ועי' יו"ד סי' רמ"ו ס"ק י"ח
ביאור הגר"א ישעיה פרק ב' פסוק ו':
כי נטשת עמך וגו' פירוש, בשביל הזכות שנטשת עמך, כמ"ש ושכחי עמך ובית אביך ויתאו המלך יפיך: כי מלאו מקדם וגו' פירוש, בשביל שעמך מלאו מקדם לכן נטשת עמך וזכית לאור ה'. ואמר מקדם. ועוננים ובילדי נכרים המה פלסופיא אלהות ולמודית וטבעית. ומקדם הוא אלהית כמ"ש מעונה אלהי קדם. ועוננים היינו יודעי לכוון השעות כמו הוברי השמם. וילדי נכרים הוא טבעיות.
ביאור הגר"א על יו"ד סי' קעט סע' ו ס"ק י"ג
הרמב"ם ... נמשך אחר הפלוסופיא ולכן כ' שכשפים ושמות ולחשים ושדים וקמיעות הכל הוא שקר אבל כבר הכו אותן על קדקדו שהרי מצינו הרבה מעשיות בגמ' על פי שמות וכשפים ... והפלסופיא הטתו ברוב לקחה לפרש הגמרא הכל בדרך הלציי ולעקור אותם מפשטן וח"ו איני מאמין בהם ולא מהם ולא מהמונם אלא כל הדברים הם כפשטן אלא שיש בהם פנימיות לא פנימיות של בעלי הפלוסופיא שהם חצוניות אלא של בעלי האמת
היו שראו ביחסו האוהד כלפי לימודי חול את הסיבה להתפשטות תנועת ההשכלה בליטא יותר מבפולין החסידית. טענה זו הופרכה במחקרים מאוחרים יותר.

ניסיון עלייתו לארץ ישראל

ידוע כי הגאון ניסה בעצמו לעלות לארץ ישראל, ואף כתב לבני משפחתו אגרת מהדרך, שהתפרסמה אחר כך בשם "עלים לתרופה", ובה כתב בין היתר שהוא הולך ל"ארץ חמדת ישראל וחמדת ה', שכל עליונים ותחתונים תשוקתם אליה". עם זאת, ניסיונו זה לא צלח. הוא החליט לחזור באמרו שאין לו רשות משמים לעלות לארץ ישראל ושב על עקבותיו לאחר שהגיע להולנד.
קיימת אי-הסכמה לגבי השנה בה ניסה הגר"א לעלות לארץ. דב אליאך, בספרו "הגאון", טורח להוכיח מדקדוקים בלשון האיגרת, כי ניסיון זה היה כאשר הגאון היה בסביבות גיל ארבעים, לדבריו כנראה בחורף תק"כ (1760-1759). בספר 'קול התור' מופיע כי הוא ניסה לעלות לארץ בשנת תקמ"ב (1782). לעומתם, ד"ר אריה מורגנשטרן טוען כי הניסיון היה בסביבות שנת תקל"ח (1778), על פי מסמכים של הקהילה היהודית בהולנד המזכירים אדם בשם "ר' אליהו מווילנא", אולם לא ברור האם הכוונה במסמכים לגאון.
כפי המסופר ב'קול התור', הוא ביקש לחדש את היישוב היהודי בארץ, להפריח את שממותיה של ארץ ישראל, וליצור בה זן של אנשים חכמים ומוסריים שקרא לו "אנשי אמנה", ולסלול בזאת את בואו של המשיח שהאמין כי אמור להופיע בשנת הת"ר (1840), כאשר הוא הכריז "קול התור נשמע בארצנו" (על פי שיר השירים).
לשם כך שידל את תלמידיו לעלות לארץ שהייתה בחורבנה, ומינה את תלמידו הרב הלל ריבלין לעמוד בראשם, ואכן 14 מתלמידיו עלו בראש שיירה לצפת ולירושלים בתחילת המאה ה-19, 11 שנה לאחר מותו, ומצאו בה כשלושים יהודים. בעקבותיהם עלו קבוצות נוספות בעשרות השנים שלאחר מכן.

לאחר פטירתו

על שמו של הגר"א הוקמו בתי כנסת, בפרט בשכונת שערי חסד בירושלים. כמו כן הוקמה על שמו ישיבת הגר"א (כיום כולל אברכים) בחיפה, ישיבת אדרת אליהו וקהילת אדרת אליהו בעיר העתיקה בירושלים.
תמונות דיוקן של הגאון מווילנה החלו להתפרסם כהדפסי אבן בין השנים 1821–1825. הצייר המקורי היה ראש המחלקה הליטוגרפית באוניברסיטת וילנה, הצייר הליטאי-פולני ג'וסף הילארי גלובצקי.