משפט בייליס

מנדל בייליס

מנחם מנדל בייליס היה בן למשפחה של סוחרים מהחבל הדרום-מערבי של רוסיה. אביו היה יהודי חסידי. חוקי האפליה נגד היהודים בחבל זה פגעו קשות במצבם הכלכלי של הסוחרים היהודים, ועקב כך, לאחר שירותו הצבאי, התחתן בייליס ועבר לגור בעיירה מג'יגוריה, ליד קייב, שם עבד בבית חרושת ללבנים של דודה של אשתו. מאוחר יותר קיבל עבודה בבית חרושת ללבנים בקייב, שהיה שייך לבית החולים על שם זייצב ועמד על הגבול בין רובע לוקיאנובקה לרובע ה"פולסקי". רובע לוקיאנובקה היה אזור שליהודים לא הותר להיכנס אליו. זייצב היה רשאי להעסיק פקיד יהודי אחד, וכך היה בייליס היהודי היחיד בין 500 פועלים נוצריים. תפקידו היה משרדי: הוצאת תעודות המשלוח ללקוחות, קוני הלבנים. לבייליס היו יחסים טובים עם הכומר המקומי. הוא היה מתיר למסעות ההלוויה של הכומר לעבור דרך מגרש בית החרושת וגם העניק לו לבנים במחיר מוזל עבור בניין בית הספר. הכומר, מצדו, העניק לבייליס הגנה בזמן הפוגרומים של שנת 1905. גם אשתו היתה בידידות עם שכנותיה הנוצריות. בשנת 1911 היה בייליס אב לחמישה ילדים ובעל ותק של 15 שנות עבודה בבית החרושת הזה. בשל עומס העבודה, לא שמר שבת.

החקירה

על פי החוק ברוסיה הצארית, התהליך המשפטי במקרי רצח מתחיל בחקירה ראשונה על ידי המשטרה, שמעבירה את ממצאיה הראשונים לשופט־חוקר. זה פותח בחקירה, שומע עדויות, ומעביר את החומר עם חוות דעתו למשרד התובע הכללי. במידה והתובע הכללי מחליט שיש מקום להמשיך בתהליך, הוא מנסח את כתב האישום, שמועבר עם כל חומר ההוכחות אל "הלשכה לקביעת האישום", שליד בית המשפט לערעורים פליליים. לשכה זו מורכבת מחמישה שופטים, שבמידה והם מחליטים כי יש יסוד להעמיד לדין באשמת רצח, הם מעבירים את התיק עם חוות דעתם לבית הדין, בו יושבים שלושה שופטים מקצועיים ולצדם חבר מושבעים המורכב מ-12 אזרחים.

חקירת ורה צ'בריאק

המשך החקירה הוטל על הפודפולקובניק איוואנוב, שעמד בראש הג'נדרמריה (המשטרה המדינית של שירותי הביטחון). אליו סופח, במקום מישצ'וק, המפקח ניקולאי קראסובסקי, שכיהן באותה עת כמפקד מחוז משטרה כפרי, אך נודע כמומחה ארצי לחקירת פשעים מסובכים. ב-7 במאי החל קראסובסקי בעבודתו, אלא שבניגוד לציפיות אנשי הממשל, החליט לחדש את חקירתם של ורה צ'בריאק וחבורתה. בין היתר, הוא סייר בפרבר לוקיאנובקה, מחופש לפועל, כדי לשמוע דברים מפי התושבים. אחד הסיפורים ששמע, עורר את אמונו: בבוקר היעלמותו, שיחק אנדריי בחורשה בפרבר עם חברו ז'ניה צ'בריאק ועם חבר נוסף. פרצה מריבה בין אנדריי וז'ניה, ובמהלכה איים אנדריי שיספר על כך שבבית אמו של ז'ניה ישנה סחורה גנובה. ז'ניה רץ אל ביתו וסיפר על כך לאמו. הנער השלישי, שליווה את ז'ניה, שמע מחוץ לבית את ורה צ'בריאק שואלת "מה נעשה עם אנדריי?" ואת תשובתו של אחד הנוכחים בביתה, "יש להיפטר ממנו מיד!". בהתחשב בכך שיומיים לפני הרצח פשטה המשטרה על ביתה של צ'בריאק וערכה בו חיפוש אחר חפצים גנובים, החליט קראסובסקי לחקור את בני המשפחה. הוא חקר מספר פעמים את ז'ניה וב-10 במאי 1911 ערך חיפוש בביתם. בשעה ששהה בתוך הבית, עמד עוזרו, הבלש קיריצ'נקו, בפתח הבית, שם פגש את ז'ניה ושאל אותו מה ידוע לו לגבי הרצח. לפתע נראה הילד מבוהל. בעקבות זאת, הסתובב קיריצ'נקו לאחור וראה את האם ורה מסמנת לבנה סימני אזהרה, ואילו הילד ברח מבלי לענות על השאלה. ב-9 ביוני נעצרה ורה צ'בריאק לחקירה. היא היתה עצורה במשך חמישה שבועות, שבמהלכם נחקרה מספר פעמים והודתה כי אנדריי אכן ביקר בביתה בבוקר שבו נעלם וגם השאיר שם את מעילו. אלא שבהוראת צ'פלינסקי, על אף התנגדותם של איוואנוב ופרקליט המחוז בראנדורף, ב-14 ביולי היא שוחררה ממעצרה.

חקירת הזוג שאחובסקי ואנה "הלביאה"

בתחילת יולי 1911 הופיע לראשונה בפני קראסובסקי, מדליק הפנסים העירוני קזימיר שאחובסקי, שסיפר לחוקר כי הוא נזכר (ארבעה חודשים לאחר הרצח) שבבוקר בו נעלם אנדריי, הוא פגש את הנער ברובע לוקיאנובקה יחד עם ז'ניה ונער נוסף. אשתו של שאחובסקי, יוליאנה, נחקרה גם היא, בנפרד, וגם היא נזכרה כי ראתה באותו בוקר את אנדריי וז'ניה, אולם לא ראתה איתם נער נוסף. ב-10 ביולי העידה יוליאנה בפני פולישצ'וק, אחד מעוזריו של קראסובסקי, כי אשה בשם אנה "וולקיוונה" ("הלביאה") סיפרה לה שראתה בבוקר היעלמותו של אנדריי, אדם הסוחב אותו בכוח למשרפת הלבנים, בעוד שני חבריו בורחים. ב-18 ביולי נחקר קזימיר פעם נוספת, הפעם בפני פננקו, ובחקירה זו הזכיר לראשונה את שמו של מנדל בייליס – כ"ידיד" של ורה צ'בריאק, משום היותו של חצר בית החרושת בו עבד, גובל עם חצר ביתה. ב-20 ביולי הופיע הזוג ביוזמתו בפני השופט החוקר והשניים מסרו עדויות נוספות בנפרד. יוליאנה סיפרה ששמעה מבעלה, כי ראה את בייליס סוחב בכוח את אנדריי לכיוון משרפת הלבנים. קזימיר טען שנזכר בפרט חשוב: ביום שלישי, שלושה ימים לאחר שפגש את אנדריי וז'ניה, פגש שוב את ז'ניה, אצל דודתו, וז'ניה סיפר לו כי בבוקר בו פגש אותם הוא שיחק עם אנדריי בחצר בית החרושת ללבנים עד ש"אדם בעל זקן שחור" גירש אותם משם. לטענתו של שאחובסקי, הוא נזכר בפרט זה, כאשר אשתו סיפרה לו שוורה אמרה לה לאחר שחרורה: "בגלל המנוול הקטן הזה (ז'ניה) לא נותנת לי המשטרה מנוח". שאחובסקי הוסיף כי לדעתו "האדם עם הזקן השחור" יכול להיות רק בייליס. קראסובסקי החליט לחקור בסביבתו של שאחובסקי ופגש את הסנדלר נקונייצ'ני, שהעיד כי שאחובסקי אמר לו שהוא רוצה להתנקם בבייליס בגלל שזה האשימו בגניבת עצים מבית החרושת. ב-23 ביולי עומתו השניים בחקירה ושאחובסקי הודה כי התיאור "אדם עם זקן שחור" היה תוספת שלו עצמו לדבריו של ז'ניה. השופט החוקר שאל אותו מי הדריך אותו להוסיף זאת ושאחובסקי השיב כי היה זה הבלש פולישצ'וק. לשמע דברים אלה, הגיע קראסובסקי למסקנה כי פולישצ'וק "עיבד" את העדות הזו כדי להפנות את החשד על בייליס. וולקיוונה עצמה הסבירה בחקירתה כי אכן סיפרה ליוליאנה על "אדם עם זקן שחור", אך הכחישה שסיפרה כי "סחבו את אנדריי למשרפת בית החרושת" וטענה שממילא היתה שיכורה בשעת שיחתן.

מעצר בייליס

על אף הסתירות בעדויות הללו, החליט התובע הכללי צ'פלינסקי, בניגוד לדעתם של פרקליט המחוז בראנדורף, של המפקח קראסובסקי ושל השופט החוקר פננקו, כי החומר מספיק כדי לעצור את בייליס. לאחר שפננקו סירב להוציא את צו המעצר, דרש צ'פלינסקי מראש שירות הביטחון (ה"אוכרנה") בקייב, שישתמש בסמכותו המיוחדת במקרים של סכנה לביטחון המדינה. ב-22 ביולי 1911, בשעה 03:00 בלילה, נעצר בייליס כחשוד ברצח על ידי חולייה בת 50 ג'נדרמים שפשטה על ביתו, בפיקודו של קוליאבקו, המפקד המקומי של ה"אוכרנה". בבית נערך חיפוש מדוקדק, אולם לא נמצא בו אף ממצא מחשיד. יחד איתו נעצר גם בנו בן ה-8, שהוחזק במעצר נפרד. למחרת הופגש הילד עם ז'ניה צ'בריאק ובצהריים שוחרר.
על אף מעצרו של בייליס, המשיכו קראסובסקי ואיוואנוב, בהסכמת בראנדורף, לנהל את חקירתם בכיוון חבורתה של ורה צ'בריאק. ב-22 ביולי עצרו אותה שנית, אלא שגם הפעם היא שוחררה, ב-7 באוגוסט. כשחזרה לביתה, שמעה כי בלשים שוחחו עם בנה, ז'ניה, שכבר מספר ימים היה מאושפז בבית חולים. היא דרשה את שחרורו ועל אף התנגדותו של הרופא המטפל, הוא הוחזר לביתו, וכעבור יומיים, ב-9 באוגוסט, נפטר. הבולשת לא התירה לה להשתתף בהלוויתו. כעבור מספר ימים נפטרה גם אחותו הקטנה, ולנטינה. הגופות עברו בדיקה רפואית בידי ד"ר טופאנוב, שערך את הנתיחה השנייה בגופתו של אנדריי. הבדיקה הראתה כי ז'ניה מת מדיזנטריה.
שחרורה של צ'בריאק נעשה בהוראת צ'פלינסקי. בעקבות זאת, התפטר קראסובסקי מהחקירה וחזר לשירותו כקצין מחוז כפרי. בספטמבר הדיחו צ'פלינסקי ושצ'גלוביטוב גם את בראנדורף. במקום קראסובסקי מונה המפקח קיריצ'נקו. איוואנוב וקיריצ'נקו המשיכו לחקור בכיוון כנופייתה של צ'בריאק. עוד קראסובסקי שם לב לכך שאנשיה לא ניסו להסתלק מקייב לאחר מספר פריצות שביצעו בעיר, בעוד ששלושה מהם מיהרו לנסוע למוסקבה למחרת רצח יושצ'ינסקי. לכך הצטרפה העובדה כי מיום הרצח פסקו לפתע הפריצות באזור זה של קייב. ב-1 בנובמבר הגיעה עדות מכרעת בכיוון זה. מליצקאיה, בעלת בית המרזח שבקומת הקרקע של הבית בו גרה משפחת צ'בריאק, העידה כי ביום הרצח שמעה מלמעלה, מעל לדירתה, רעש של צעדים כבדים וקול בכי של נער שלא דמה לקולות ילדיה של ורה.
ביום שבו מסרה בעלת בית המרזח את עדותה, השתחרר מהכלא אסיר בשם קזצ'נקו, שהיה שכנו לתא של בייליס ושימש כסוכן משטרה, ומסר לסוהרים מכתב שבייליס ביקש ממנו להעביר בסוד לאשתו. מלבד המכתב, טען קזצ'נקו כי בייליס ביקש ממנו לבצע עבורו שליחות: להשיג סטריכנין ממישהו בבית החולים היהודי ולהרעיל את שני העדים קזימיר שאחובסקי ונקונייצ'ני, ובעבור משימה זו "ישלם לו העם היהודי 500 רובל". אלא שאיוואנוב לא האמין לסיפור ההרעלה וקזצ'נקו הודה בפניו כי בדה אותו. הוא עדכן בנושא את צ'פלינסקי, אך זה דרש ממנו להשתיק את עניין ההודאה.
ב-20 בדצמבר, ארבעה חודשים לאחר מותו של ז'ניה, העיד אביו, וסילי צ'בריאק, כי מספר ימים לפני הרצח, חזר ז'ניה הביתה כשהוא נסער, וסיפר כי שיחק עם אנדריי בחצר בית החרושת ובייליס גירש אותם משם לעיני בניו הצוחקים.

העיתונאי בראזול-ברושקובסקי

באוגוסט 1911 החל העיתונאי בראזול-ברושקובסקי (שאשתו היתה יהודיה) לחקור את פרשת הרצח באופן פרטי, לאחר שהגיע למסקנה כי בייליס חף מפשע. ורה צ'בריאק שכנעה אותו לקיים פגישה בחרקוב עם "אדם חשוב" שיש בידיו פרטים חשובים על הרצח. ברושקובסקי האמין שהפגישה עשויה להוביל למציאת האשמים ושכנע את סנגורו של בייליס, עורך הדין היהודי ארנולד מרגולין , להשתתף בה, אולם נתברר כי אותו "אדם חשוב" לא היה קיים. צ'בריאק סיפרה לנוכחים שאת הרצח ביצעה קבוצת פושעים ובראשה לוקה פריחודקו, אביו החורג של אנדריי, ופאול מיפלה, מאהבהּ לשעבר, ושהרצח בוצע במערה. שיחה זו דווחה למשטרה וצ'בריאק טענה בחקירתה כי ברושקובסקי היה זה שיזם את הפגישה, והוצע לה בה סכום של 40,000 רובל תמורת הסכמתה לקבל על עצמה את האשמה ברצח. מרגולין וברושקובסקי הכחישו את סיפור השוחד, אולם הוא זכה לפרסום רב בעיתונות הימנית. בשל פרשה זו, נאלץ מרגולין להופיע במשפט כעד ומשום כך גם לוותר על תפקידו כסנגור. אלא שאיוואנוב החזיק בדעתו לגבי האשמים ברצח. במכתב לממונים עליו בבירה, כתב: "הננו חוזרים על הנחתנו הקודמת, לאמור, יושצ'ינסקי נרצח על ידי ורה צ'בריאק, בשיתוף עם פושעים מחבורתה".
ב-5 בינואר 1912 נסתיימה החקירה, ב-18 בינואר הוחלט להעמיד את בייליס לדין וב-30 בינואר נמסר לידיו כתב האישום. הוא היה בן חמישה עמודים, לא צוין בו מניע לרצח ולא היה בו אזכור לכך שהרצח בוצע למטרות פולחן דתי.
בינואר 1912 פרסם ברושקובסקי את כתבתו, שהפנתה את החשד לאותה כנופיה שצ'בריאק הצביעה עליה. בעקבות זאת, פנה אליו בהצעת עזרה סטודנט בשם מאכאלין, שהביא עמו סטודנט אחר, קאראייב, שנודע לתהילה בעולם התחתון, בשל כך שרצח סוהר אך יצא זכאי במשפט. לאחר שבדצמבר 1911 הודח קראסובסקי ממשרתו כקצין-מחוז, חזר באפריל 1912 לטפל בפרשת הרצח כחוקר פרטי. מאוחר יותר הסביר זאת ברצון להיאבק על כבודו ולהיאבק במדיחיו. חוקרי המשטרה סיפרו לו על עדותן של האחיות דיאקונובה, ידידותיה של ורה צ'בריאק. השתיים סיפרו כי בבוקר בו נעלם אנדריי, הן ביקרו בביתה של צ'בריאק והפתיעו את הנוכחים: ברגע כניסתן, נמלטו מספר אנשים זרים לחדר סמוך ואילו הן עצמן ראו גוף עטוף בשמיכה. ברושקובסקי קישר בין שני הסטודנטים לעוזרו, הבלש ויגראנוב, ולקראסובסקי ונוצר שיתוף פעולה. מאכאלין וקאראייב הצליחו לרכוש את אמונו של פיוטר סינגאייבסקי, אחיה החורג של צ'בריאק וחבר בכנופייתה, עד שהודה בפניהם כי יחד עם שני חברים אחרים, בוריס רודזינסקי ואיוואן לטישב, רצח את יושצ'ינסקי בביתה של ורה. בעקבות ההודאה הזו, ב-6 במאי דרשו קראסובסקי וברושקובסקי מאיוואנוב את חידוש החקירה נגד כנופיית צ'בריאק. איוואנוב מסר את המידע לצ'פלינסקי, אולם מועד המשפט כבר נקבע ל-25 במאי וצ'פלינסקי התנגד לדחייתו ואסר על פתיחת חקירה חדשה.
אלא שלאנשי הממשל המרכזי בסנקט פטרבורג היו שיקולים אחרים. בשני מכתבים שונים, בפברואר ובמאי 1912, כתב להם הפולקובניק שרדל שלפי דעתו חומר העדויות הקיים נגד בייליס אינו מספיק והזהיר כי הגשת כתב אישום המבוסס על עדויות רופפות עלול להטיל קלון על הממשל כולו. לכך נוסף שיקול מדיני פנימי: הבחירות הקרבות לדומה. ב-3 במאי כתב שר הפנים מקארוב לשר המשפטים שצ'גלוביטוב מכתב סודי: "יש יסוד רציני להניח, כי משפט בייליס ייגמר בזיכוי הנאשם. משפט זה עורר תשומת לב רבה לא רק ברוסיה, כי אם גם בחוץ לארץ. אם יזוכה בייליס, הדבר יעשה רושם מדכא על הציבור הרוסי, מחד – ויעורר שמחה בחוגי הגזעים האחרים, ובראש ובראשונה בחוגי היהודים, מאידך – הואיל ועל־ידי כך תוסר הסכנה הרצינית, שהיתה תלויה על ראשם... על־כן יש צורך לנקוט אמצעים לאפשר ניהול שקט ונורמלי של הבחירות... לפיכך, הנני מבקש מכבודו לבדוק את האפשרות של דחיית המשפט עד לאחר הבחירות". ב-30 וב-31 במאי פרסם ברושקובסקי בעיתונו את מה שגילה לגבי חבורת הפושעים של ורה צ'בריאק, בצירוף תמונותיהם. פרסום זה עורר סערה בדעת הקהל ובהוראת שצ'גלוביטוב נדחה תאריך המשפט.

הדחת פננקו לצורך הכנת כתב האישום השני

בעקבות דחיית המשפט, החל צ'פלינסקי לפעול לחיזוק העדויות נגד בייליס. ב-2 ביוני 1912 נפגש לבקשתו עם ורה צ'בריאק ועדכן אותה שהחקירה נגדה ונגד חבריה מתחדשת. מאוחר יותר הסביר כי הזמנתה לשיחה אישית נעשתה "למען הגנה על הנוצרים, מפני היהודים". הוא הצליח לשכנע את שצ'גלוביטוב להדיח את פננקו ובמקומו מונה לשופט-חוקר נאמנו של שר המשפטים, האנטישמי משקביץ'. העיתונות האנטישמית הסבירה את הדחתו של פננקו, כמו גם את הדחותיהם של בראנדורף וקראסובסקי, בכך שהוא "מכוּר ליהודים" ויש לנהל את החקירה ללא השפעתם של היהודים. ב-10 ביולי התייצבה צ'בריאק בפני השופט החוקר החדש כדי למסור עדות נוספת. בעדות זו הצהירה כי נזכרה בפרטים נוספים ששמעה מבנה לפני מותו: בבוקר ה-12 במרץ 1911, הוא שיחק עם אנדריי, עם בנותיה, לודמילה וולנטינה, ועם ילדים אחרים בחצר בית החרושת, ובייליס סחב את אנדריי אל משרפת הלבנים "ביחד עם עוד שני יהודים". ב-11 באוגוסט 1912 העידה גם בתה לודמילה, כי כאשר בייליס ושני יהודים נוספים גירשו אותם מהחצר, כולם ברחו, אבל בייליס הצליח לתפוס את אנדריי ושני היהודים "סחבו את אנדריי למשרפת בית החרושת". היא אמרה כי את הפרט על המשרפה שמעה מאחותה הקטנה, שלא היה ביכולתה לרוץ מהר וכך הספיקה לראות זאת.
במהלך תקופה זו, מת אובלונסקי, אחד משני המומחים שביצעו את הנתיחה השנייה, וצ'פלינסקי חיפש מומחה אחר שיתמוך בחוות דעתו של טופאנוב, המומחה השני. הוא בחר בדמיטרי קוסורוטוב (רו'), פרופסור לרפואה משפטית באוניברסיטת פטרסבורג. במרץ 1913 הוא אישר את ממצאיהם של השניים לגבי תיאור הפצעים וקבע כי הם מוכיחים ללא ספק שכוונת הפוצע היתה להקיז כמות גדולה של דם, למטרות קבועות מראש. באביב 1913 קיבלה ועידת הרופאים ברוסיה החלטה, שפורסמה גם בעיתון אגודת הרופאים, המגנה את חוות דעתם הרפואית-משפטית של טופאנוב ואובלונסקי ואת חוות הדעת הגזענית של הפסיכיאטר סיקורסקי. אף על פי כן, השתמשה הקטגוריה בחוות דעתו של סיקורסקי כבסיס להצגת אופיו הדתי של הרצח בכתב האישום ואף הזמינה אותו לשמש כעד ראשי במשפט. לאחר מלחמת העולם הראשונה התברר כי סיקורסקי קיבל עבור חוות דעתו זו, בנוסף לשכר טרחה גבוה מהרגיל, סכום של 4,500 רובל שקיבל מ"הקופה הסודית" של מחלק המשטרה במשרד הפנים. בוועדת החקירה של 1917 נתברר כי גם קוסורוטוב קיבל תשלום ממשרד הפנים, בסך 4,000 רובל.
בניגוד לתחום הפתולוגי-פסיכיאטרי, בו מצא צ'פלינסקי מומחים שיעידו במשפט, בתחום המדעי-דתי נוצר קושי במציאת מלומדים נוצרים שיסכימו לבוא ולהוכיח את אמיתות קיומו של רצח פולחני בקרב היהודים. הכמורה הפרבוסלבית, השלטת במדינה, לא שיתפה פעולה עם עלילת הדם, וכל הפניות לראשיה, כמו גם הפניות לראשי דת קתוליים מחוץ לרוסיה, לא נענו בחיוב. בסופו של דבר, זומן למטרה זו יוסטינאס פְראנַייטיס , כומר קתולי ממוצא לטבי שכיהן אז בכנסייה בטשקנט. ב-1892 חיבר פראנייטיס ספר בשם "התלמוד והנוצרים", בו התיימר להוכיח, ממקורות יהודיים כביכול, כי קיים אצל היהודים רצח פולחני-דתי. הספר התבסס על חיבור בשם "סודם של היהודים", שפורסם לראשונה ב-1803 ביאסי על ידי יהודי מומר בשם נח מלמד, שהפך לנזיר בשם "ניאופיט". עתה ישב פראנייטיס במשך חמישה חודשים בארכיונים לצורך הכנה למשפט.
ב-13 באפריל 1913 הושלם כתב האישום השני, שנכתב בכתב צפוף על פני 30 עמודים. הוא הועבר ל"לשכת האישום" וזו החליטה ב-24 במאי, ברוב של 3 נגד 2, להעמיד לדין את בייליס, הפעם באשמת רצח פולחני-דתי. שלושת המצדדים נימקו את עמדתם: "חובה מוטלת עלינו, להביא לדין אדם, שהחזיקו אותו זמן כה רב במעצר, ויהיה זה רק מתוך הצורך להגן על כבודו של החוק". שני המתנגדים היו השופטים החשובים בלשכה, הנשיא קמניצב והמזכיר ריז'וב, שנימקו את התנגדותם בכתב: "לא נכתים את שמנו ולא נמיט חרפה על עצמנו, בשנות חיינו האחרונות, על־ידי ביצוע מעשה מחפיר כזה – האשמת אדם חף־מפשע".

מחאות ערב המשפט

כבר בשלבים הראשונים של הפרשה, נקט העיתון הימני "קייבליאנין" עמדה המתנגדת להתנהלות הממשל, ובין המצדדים בחפותו של בייליס היה גם עורכו האנטישמי, וסילי שולגין , שתקף בחריפות את השלטונות.
ערב פתיחת המשפט פרץ גל מחאות. ביום השני של ראש השנה נאמרו בכל בתי הכנסת של רוסיה תפילות לשלומו של בייליס ומספר קהילות אף הכריזו על יום צום נוסף למחרת יום הכיפורים. פועלים יהודים במספר ערים הכריזו על שביתות וגם ציבורים לא יהודיים השתתפו במחאה: מעל 20,000 פועלים שבתו בסנקט פטרסבורג וביום פתיחת המשפט החליטו נהגי החשמליות בקייב לתרום רבע משכרם היומי לסיוע למשפחתו של בייליס.

העדויות

למשפט הוזמנו כמאתיים עדים. ב-20 ימי הדיונים הראשונים נשמעו העדים הרגילים ורק לאחר מכן נשמעו העדים המומחים.

הזוג שאחובסקי ואנה "הלביאה"

העדים הראשונים היו קזימיר ויוליאנה שאחובסקי ושניהם חזרו בהם במשפט מעדותם בפני השופט החוקר. קזימיר הודה עתה כי ז'ניה צ'בריאק לא סיפר לו שהאיש שגירש אותם היה "אדם בעל זקן שחור" והודיע כי שניהם הכירו את בייליס באופן אישי. הוא סיפר שנאלץ להעיד שבייליס חטף את אנדריי יושצ'ינסקי תחת איומים ומכות מצד אנשים שסירב לזהות וגם תחת לחץ אנשי הבולשת. כמו כן, הכחיש שאמר לסנדלר נקוניצ'קני שבכוונתו להתנקם בבייליס. יוליאנה טענה במשפט כי אינה זוכרת כלל את תוכן שיחתה עם אנה "וולקיוונה" ולבסוף סיפרה כי אנשי הבולשת הדריכו אותה להעיד כי בייליס סחב את אנדריי. גם הנער קליוז'ני, שהיה עוזרו של שאחובסקי בעבודתו, התכחש עתה לעדותו בפני השופט החוקר, על פיה שמע את שיחתן של השתיים, וטען עתה כי "וולקיוונה" לא אמרה דבר על בייליס. הוא סיפר שאיש הבולשת הדריך אותו להצהיר זאת בפני השופט החוקר, אך הוא כלל לא אמר לו את הדברים. אנה "וולקיוונה", שבעדותה לשופט החוקר סיפר שראתה את בייליס סוחב את אנדריי למשרפת בית החרושת, לא זיהתה אותו בבית המשפט. לשאלת הקטגור אם היא מכירה את האדם היושב בתא הנאשמים, השיבה: "מניין לי להכיר אותו? הוא דומה ליהודי". לאחר מכן הכחישה בכלל שאמרה בעדותה הקודמת כי ראתה אותו סוחב את אנדריי וטענה כי יוליאנה שיקרה בדבריה. במהלך עימות פנים אל פנים, פרץ בין השתיים ויכוח שכלל צעקות וגידופים. באותו יום מסר כתב הטיימס של לונדון טלגרף לעיתונו: "בנסיבות אלו, אין זה סביר שהממשל ירשה להמשיך בהליכי המשפט המבחיל הזה!". אלא שעל אף התכחשותה של אנה "וולקיוונה" לעדותה הקודמת, השתמש בה הקטגור בנאום הסיכום שלו, וטען כי בבית המשפט כפו עליה לשנות אותה.

גולובב, קראסובסקי ופולישצ'וק

הסטודנט גולובב העיד כי ז'ניה סיפר לו שבבוקר 12 במרץ, הגיע לביתו אנדריי, השניים יצאו לטייל, קנו אבק שרפה בחנות ברחוב ורחניה-יורוקובסקאיה, וחזרו לביתו. לאחר מכן עזב אנדריי את הבית והשאיר שם את מעילו. גם החוקר קראסובסקי העיד כי שמע מז'ניה שהוא וחברו אהבו לשחק באבק שרפה, ואכן, בחיפוש שנערך בבית צ'בריאק נמצאה קופסה מלאה באבק שרפה. עוד סיפר קראסובסקי, כי מאחר שהתעקשות הוריו של ז'ניה להוציאו מבית החולים בזמן שהיה בסכנת חיים נראתה בעיניו חשודה, הטיל על בלשי המשטרה ויגראנוב ופולישצ'וק להישאר ליד מיטתו בביתו במשך כל שעות היממה. שני הבלשים נשארו שם עד מותו. לשאלתו של הסנגור גרוזנברג, אישר פולישצ'וק כי ורה צ'בריאק אמרה לבנה "ספר להם ילדי, כי לאמך אין כל חלק בכל העניין הזה", וסיפר עוד כי ממש ברגעי חייו האחרונים ביקש ז'ניה ללחוש משהו באוזני הכומר ששהה לצדו, כאילו רצה לספר משהו, אולם אמו, שהבחינה בכך, הסתערה עליו בנשיקות על פיו, עד שנפטר. פולישצ'וק אמר כי לדעתו ידע ז'ניה מי הרוצח, אולם ציוו עליו שלא יספר. לשאלת התובע שמאקוב, מאיזו סיבה מת ז'ניה, השיב פולישצ'וק, כי לדעתו הוא מת מהעוגיות שנתן לו קראסובסקי.

עדויות הילדים

העדויות של ז'ניה צ'בריאק עצמו הוקראו בבית המשפט כפי שנגבו מפיו. בהצהרתו הראשונה סיפר כי אנדריי הגיע אליו בצהריים, אך יצא משם לטייל לבדו. בהצהרתו השנייה סיפר כי אנדריי הגיע אל ביתו, יצא משם לחפש אבק שרפה ואז חזר, וכי באותו ערב שמע מתיאודור ניז'ינסקי, אחד מאנשי חבורתה של אמו, שהיה שיכור ומלוכלך בטיט, כי "אנדריושה איננו עוד בחיים", וסיפר על כך לאמו. בהצהרתו השלישית טען כי ב-12 במרץ אנדריי כלל לא הגיע אליו וכי הם לא נכנסו מעולם לאותה מערה שבה נמצאה גופתו. אביו של ז'ניה, וסילי צ'בריאק, הוסיף לעדותו בפני השופט החוקר, כי מספר ימים לאחר ששמע מז'ניה על כך שבייליס תפס את אנדריי, שמע ממנו עוד כי יחד עם בייליס רדפו אחר הילדים גם שני יהודים ב"תלבושת בלתי רגילה", כזו שנוהגים ללבוש יהודים מתפללים. לשאלת גרוזנברג, מדוע רק עכשיו נזכר לספר על "שני הרבנים", השיב כי בזמן עדותו בפני השופט החוקר, נמצא היה במתח רב עקב מות ילדיו ולכן לא זכר היטב את פרטי הסיפור של בנו.
בפני בית הדין הופיעו תשעה ילדים בתור עדים, ובהם גם לודמילה צ'בריאק בת ה-10, שחזרה באופן רהוט על עדותה בחקירה, אולם הפעם טענה כי גם על עצם סחיבתו של אנדריי על ידי בייליס שמעה מפי אחותה הקטנה. לודמילה נשאלה אם תוכל לזהות את "שני היהודים" שהיו יחד עם בייליס והיא השיבה בחיוב. הקטגור ביקש מפייבל שניאורסון, שבחקירה המוקדמת נקשר כביכול לרצח, להתקרב אל העדה. לשאלתו אם היה שניאורסון בין האנשים שגירשו את הילדים מהחצר, השיבה כי איננה זוכרת. לדוכן העדים הועלתה הילדה יבדוקיה נקונייצ'נאיה, שעל פי עדותה של לודמילה, היתה בין הילדים ששיחקו עמה בחצר בית החרושת. הילדה אישרה שהם שיחקו שם באותו בוקר, אולם הכחישה את הסיפור שבייליס גירש אותם, וכאשר לודמילה חזרה על טענתה כי בייליס אכן גירש אותם, הגיבה נקונייצ'נאיה בקול רם: "קודם תזכרי טוב, ואחר־כך תשקרי!". לודמילה פרצה בבכי ואמרה כי היא מפחדת, משום שהחוקר פולישצ'וק איים עליה שלא תחייה זמן רב אם תדבר נגד בייליס. השניים עומתו, לודמילה דבקה בטענתה ואילו פולישצ'וק הכחיש את ההאשמה. הסנדלר מיכאיל נקונייצ'ני, אביה של יבדוקיה, העיד כי בתו לא סיפרה לו על כך שאנדריי נחטף על ידי בייליס וטען: "אילו בייליס היה אמנם חוטף את יושצ'ינסקי, היו יודעים על כך, תוך שעה, בכל השכונה". עדותו של הסנדלר צוינה בעיתונות כמכרעת לזכותו של בייליס. הילדה יבגניה וולושצ'נקו סיפרה כי ז'ניה אמנם אמר לה שהם שיחקו בחצר בית החרושת, אך לא אמר לה שהם גורשו משם. אחותה הקטנה סיפרה שלפעמים היו מגרשים אותם משם, אולם בייליס עצמו לא גירש אותם מעולם.
בחצר בית החרושת עמדה בזמן המשפט גדר בגובה שני מטרים לפחות, ומספר עדים (נקונייצ'ני, הפקיד בלאבין והשוער פנצ'יוק) העידו כי היא הוקמה עוד בשנת 1910, ומאז לא יכלו ולא נכנסו ילדים לחצר.

ורה צ'בריאק

ביום השמיני למשפט הופיעה בערב בבית הדין ורה צ'בריאק. שם משפחתה היה ידוע בעיתונות העולמית כבר מהימים הראשונים שלאחר הרצח. צ'בריאק היתה רהוטה בעדותה וידעה לספר פרטים מדויקים על תקופת שכנותה עם משפחת יושצ'ינסקי, אולם כאשר נדרשה להתייחס לנקודות בעלות השלכה על החשדות נגדה, לא זכרה פרטים חשובים ועדותה כללה סתירות רבות. במהלך עדותה שינתה את גרסתה לגבי מספר דברים: בתחילה סיפרה שלא ראתה את אנדריי מיום שמשפחתו עזבה את שכונתה, אך לבסוף הודתה שראתה אותו גם סמוך ליום היעלמותו; תחילה הכחישה שהוא שהה בביתה באותו יום, אך לבסוף הודתה שהיה בביתה ושהשאיר בו את מעילו. בעקבות שינויי הגרסאות הללו, אמר לה אב בית הדין: "גברת, תיטיבי לעשות אם תגידי את האמת!". במהלך עדותה, חשף הפרקליט גרוזנברג את העובדה שצ'בריאק נידונה בעבר לשמונה חודשי מאסר על מעשה זיוף, ומלבד זאת, את העובדה שהיא עוסקת בביצוע הפלות מלאכותיות.
ורה צ'בריאק גוללה בעדותה את גרסתה על הפגישה בחרקוב. לדבריה, "האדם החשוב" שהעיתונאי בראזול-ברושקובסקי הבטיח שיסייע לה, הוצג לה כציר ב"דומה" ודרש ממנה לחתום על מסמך שבו תקבל על עצמה את האשמה ברצח. בשלב זה הצטרפו לפגישה שני אנשים נוספים, שהבטיחו להעניק לה 40,000 רובל ולהכין לה דרכון שבאמצעותו תיסע אל מחוץ לרוסיה, ובמידה ותיעצר, יגנו עליה "הפרקליטים הכי טובים". לדבריה, על אף לחציו של ברושקובסקי, היא סירבה להצעה. ברושקובסקי ומרגולין חזרו בעדויותיהם על הגרסה שמסרו בחקירה והכחישו שהציעו לה שוחד. בהתייחס להתערבותם של העיתונאי ועורך הדין בחקירת הרצח, גינתה הקטגוריה את יוזמותיהם של "חוקרים עצמאיים" בפרשה. על כך מחה הפרקליט (הלא יהודי) זארודני: "מדוע אסור ליהודים, מה שהיה מותר לגורמים לא־יהודיים רבים כל־כך, שחקרו והתערבו וניסו לכוון ולהשפיע בכיוון הרצוי להם?". אף על פי כן, עצם השתתפותו של מרגולין בפגישה עם אשה מהעולם התחתון, סיפק חומר להסתה האנטישמית.
ברושקובסקי העיד כי בזמן החקירה, כמעט כל גורמי המשטרה שטיפלו בפרשה היו משוכנעים כי צ'בריאק היא הרוצחת. הוא ציטט דברים שנאמרו לו על ידי כמה מהם וגם על ידי סגן הפרקליט המחוזי בקייב, לשקארב. הצהרותיו אלו עשו רושם ניכר על בית הדין וגרמו מבוכה לקטגוריה.
השופט החוקר פננקו העיד כי היה משוכנע שאין מספיק ראיות כדי להאשים את בייליס ולכן סירב להוציא נגדו צו מעצר. חוקר המשטרה מישצ'וק, שפוטר ועמד לדין על זיוף הוכחות, נשללו ממנו זכויותיו האזרחיות ולכן לא הופיע אישית במשפט ורק עדותו נקראה.
החוקר קראסובסקי סיפר את מה שנתברר לו במהלך חקירתו את הפרשה: כאשר רץ ז'ניה צ'בריאק אל ביתו וסיפר על איומיו של אנדריי יושצ'ינסקי שיספר על הדברים הגנובים שראה בבית צ'בריאק, נמצאו שם כמה אנשים מחבורתה של ורה. היה זה בדיוק בזמן שהחלו חיפושים בבית, ב-9 במרץ 1911, במהלכם נמצאו חפצים גנובים ומספר רב של כדורי רובה. לטענת קראסובסקי, צ'בריאק הגיעה למסקנה כי החיפוש בוצע בעקבות הלשנה של אנדריי ולכן יש להניח כי היא הורתה לבנה להביאו אל ביתם כדי לרצוח אותו. קראסובסקי הציג מכתב שנכתב ב-21 במרץ 1911, יום לאחר מציאת הגופה, ונשלח לאמו של אנדריי על ידי אדם שחתם בשם "נוצרי". הכותב רמז על כך ש"הרצח נעשה על ידי יהודים" ומנה את מספר הפצעים שנעשו בגופו של הקורבן, עוד לפני שנערכה נתיחת הגופה הראשונה. מכתב דומה נשלח גם לתובע הכללי, וקראסובסקי טען כי שניהם נשלחו על ידי חבורתה של צ'בריאק, במטרה לשבש את החקירה. קראסובסקי סיפר כי על בגדיו של אנדריי נמצאו עקבות ערדליים שונים מערדליו של בייליס, וכי הטיט שנדבק בבגדיו של אנדריי אינו הטיט של הכבשן של בית החרושת ללבנים. הוא גם הצביע על כך שכל המרצעים שנמצאו בבית צ'בריאק בחיפוש הראשון, נעלמו לאחר מכן. קראסובסקי הצהיר כי על סמך כל הידוע לו, הנער נרצח בדירתה של צ'בריאק על ידי כנופיית הפושעים שלה ובסיועה. בסיום עדותו, ציין כי את תוצאות חקירתו זו הגיש לשלטונות ב-17 ביוני וכבר למחרת נעצר בחשד ל"מעילה". עדויותיהם של ברושקובסקי וקראסובסקי הביאו למפנה בפרשת עלילת הדם. הן הותירו את רישומן בדעת הקהל ואפילו בעיתונות האנטישמית נשמעה נימה חדשה לגבי תוצאות המשפט וזהות הרוצחים.
מספר עדים העידו על אופיה של ורה צ'בריאק. דובז'נסקי, בעל בית המרזח בשכונה, סיפר כי היא נוהגת לבקר בבית המרזח שלו בלוויתם של פושעים וטען כי היא "הכי נבזית בחבורת הנבלים שלה". וישינסקי, קצין ההוצאה לפועל, סיפר כי בביתה מבקרים פושעים באופן קבוע ובהם גם לטישב, סינגאייבסקי ומנדזלבסקי. סטפן וסילייביץ', שכנה לחצר, נפטר בינתיים ועדותו הוקראה. לדבריו, היא היתה "הרוח הרעה בחצר" והיא נהגה להכות את המאהב שלה, פאבל מיפלה. העד וישמירסקי, שהתגורר בשכונה והכיר אישית את בייליס, עורר מהומה כאשר סיפר כי נאמר לו על ידי ראביץ', שאשתו, שהיתה לה חנות מכולת בחצר הבית של צ'בריאק, נכנסה ביום היעלמו של אנדריי לביתה של ורה וראתה גוויה עטופה בשטיח, ושוורה ביקשה מהם לנסוע חוץ לארץ ומימנה את כרטיס הנסיעה לאמריקה. לשאלה מדוע לא סיפר על כך לשופט החוקר, השיב כי לא התעניין בנושא וממילא כולם ידעו מי הם הרוצחים. הנער זרוצקי, בן 11, סיפר כי ביום הראשון של המשפט, ביקשה ממנו ורה שיעיד כי שיחק עם ז'ניה ואנדריי בחצר זייצב וכי בייליס תפס את אנדריי. הנער סיפר כי שיחק איתם רק שבוע לפני הרצח ומעולם לא ראה את בייליס. הכומר סינקאייביץ' אישר את הסיפור על שעת מותו של ז'ניה: הנער קרא לו, אך נשתתק לאחר שאמו רמזה לו שלא לדבר. האחיות דיאקונובה חזרו על דבריהן בחקירה, אולם בעימות עם צ'בריאק, הכחישה האחרונה שיקתרינה ביקרה אצלה לפני ה-20 במרץ.

סינגאייבסקי ורודזינסקי

הסטודנט מאכאלין סיפר בעדותו על הודאתו של סינגאייבסקי ברצח בפני חברו, הסטודנט קאראייב, ועל חשדו של סינגאייבסקי כי האחיות דיאקונובה הן אלו שהלשינו, משום שבעת ביקור הפתע שלהן בבית צ'בריאק, הן ראו את הגוויה העטופה במעיל. קאראייב עצמו לא הופיע במשפט, משום שמספר ימים לאחר שנודע על פעילותו בפרשה, הוא נעצר ובינואר 1913 הוגלה לסיביר. בוועדת החקירה של 1917, אישר סטפן בלצקי, ראש אגף המשטרה במשרד הפנים, כי ניתנה הוראה למנוע את עדותו במשפט. אי לכך, הוקראה עדותו משלב החקירה. סינגאייבסקי עצמו, שישב בכלא על גניבות, העיד במדי אסיר. הוא הודה בפריצה לחנות במרכז העיר, יחד עם שותפיו, ב-12 במרץ בלילה, אך הכחיש את ביצוע הרצח באותו בוקר והכחיש כי הודה ברצח בפני מאכאלין וקאראייב. שותפו לפשע, רודזינסקי, הובא מסיביר, שם ריצה עונש על שוד מזוין, וחזר על ה"אליבי" שהוצג כבר על ידי סינגאייבסקי: בבוקר הרצח הם ערכו בדיקה ותצפית בסביבת החנות במרכז העיר, לקראת הפריצה באותו לילה. הוא אף טען כי לא הכיר את ורה צ'בריאק עד שראה אותה בחקירה וכי מעולם לא ביקר בביתה. בעל מספרה בשם שוואצ'קו העיד כי בעת ששהה במעצר ביולי 1911, שמע שיחת-לחש לילית, בה נשאל רודזינסקי "מה בדבר ה'ממזר'?", וזה השיב: "סידרנו אותו סופית". רודזינסקי הכחיש את קיומה של השיחה. ב-1917 נתגלה מכתב של אסיר בשם סוסלוב, שהיה מיועד לסנגור גרוזנברג אך מעולם לא הגיע לידיו, שבו סיפר כי כאשר קיבל רודזינסקי בתאו את ההזמנה להעיד במשפט בייליס, פלט בכעס: "ורה הארורה הזאת! היא גילתה הכל!". השותף השלישי בחבורה, לטישב, התאבד בקפיצה מהחלון כאשר היה אמור לחתום על עדותו בפני פננקו.

שאלת הרצח הפולחני

עוד ביום הראשון לשמיעת העדים, העיד הכומר מוֹצ'וּגוֹבסקי כי כבר ביום קבורתו של אנדריי, חולקו כרוזים רבים שאמרו: "נוצרים פראבוסלאבים! הז'ידים עינו את יושצ'ינסקי! אל תסלחו להם את הדם הנקי השפוך של ילד נוצרי! הכו ביהודים וגרשו אותם!". במהלך המשפט ביקש הסנגור זארודני שלוש פעמים לדון בשאלת כרוזי ההסתה האנטישמיים, אולם התביעה התנגדה, ורק כאשר ראש הג'נדרמריה, איוואנוב, אישר כי אכן הכרוזים הללו הופצו בזמן הלוויה, החליט בית הדין לצרף את הכרוז שהובא כמוצג לתיק המשפט ולעיין בו בדלתיים סגורות.
על פי כתב האישום, קבע הכומר פראנייטיס כי "השימוש בדם נוצרים הוא סוד כמוס מאד, שאינו ידוע לכל יהודי, כי אם רק לרבנים, ללומדים ולפרושים; המתת אדם נוצרי למטרה זו נעשית על פי אופן הקבוע בקבלה". על פי נוסח כתב האישום, אחת המטרות בשימוש היהודים בדם נוצרים היא "ללוש בו את עיסתם של מצותיהם לחג הפסח". הסטודנט גולובב אמר בעדותו במשפט, כי כאשר נודע לו שבייליס היה מטפל עבור זייצב, בעליו המנוח של בית החרושת, בהובלת המצות לפסח, הבין כי לרצח יש אופי פולחני. התובע שמאקוב שאל אותו אם שמע על "צדיקים" ו"רבנים", וגולובב השיב כי נאמר לו שבייליס בעצמו הוא "צדיק". תשובה זו גרמה גם לבייליס עצמו לפרוץ בצחוק. אהרון בייליס, אחיו של הנאשם, הסביר בעדותו כי מנדל בייליס היה נוסע מדי שנה לאחוזתו של זייצב, כדי להשגיח שם על אפיית המצות, לצדו של הרב משגיח הכשרות. הוא היה מביא לשם את הקמח ולאחר האפייה היה מחלק את המצות בין מקורביו של זייצב. הסנגור גרוזנברג הדגיש כי בייליס היה עושה זאת רק בזמן שזייצב היה חי, כלומר עד 1907, ומשרתו של זייצב ובנו אישרו כי מאז שנה זו לא נאפו יותר מצות והן נקנו מוכנות.
ביום ה-20 למשפט והאחרון לשמיעת העדים, נקראו בבית המשפט הפרוטוקולים של תוצאות הבדיקות שנערכו בזמן החקירה המוקדמת. בעקבות הימצאותם של כתמי זרע גברי על בגדיו של אנדריי, נערכה בדיקה ונמצאו כתמי זרע גם על קירות דירתה של ורה צ'בריאק. על תחתוניו של אנדריי נמצאו שערות, אולם הן היו שונות משערותיו של בייליס. בהזדמנות זו, הביע גרוזנברג תמיהה מדוע צריך היה לשם כך לגלח את כל שערות ראשו וזקנו של בייליס.

העדים המומחים

הקטגוריה טענה כי ריבוי הפציעות והדקירות בגופו של אנדריי יושצ'ינסקי מעיד על כך שכוונת הרצח היתה להקיז דם רב ככל האפשר, וזו מצביעה על אופיו הפולחני-דתי של הפשע. הפרופסור קוסורוטוב הופיע מטעם הקטגוריה כעד מומחה, ואילו מצד הסנגוריה הופיעו כעדים מומחים בנושאי פתולוגיה הפרופסורים פאבלוב ובדיאן. בית המשפט הציג למומחים 23 שאלות. הם קיימו התייעצות וכעבור 9 שעות הגישו סיכום, שבו הסכימו ביניהם על 12 תשובות, ובהן: הרצח בוצע ככל הנראה על ידי שני אנשים לפחות; ביצוע הרצח אינו מוכיח כי יש להם ידיעה כלשהי באנטומיה; הרצח לא בוצע במערה; הוא ככל הנראה בוצע במקום שיש בו הרבה טיט. בניגוד לקוסורוטוב, שטען כי אין ספק שכוונת הרוצחים היתה הקזת-דם, טען פאבלוב כי אין סימנים לכך.
הפרופסורים סיקורסקי, ולדימיר בכטרב וקרפינסקי הוזמנו כעדים מומחים לפסיכיאטריה. גם הם קיימו התייעצות משותפת, אך לא הסכימו לגבי אף אחת משמונה השאלות שהציג להם בית המשפט, ולכן הופיע סיקורסקי בנפרד מהשניים האחרים, שהסכימו ביניהם. סיקורסקי טען כי הרצח הזה שייך לסוג רציחות שמטרתן הקזת-דם מגופות של ילדים, ויש לו סימנים ברורים: הוא מבוצע בדרך כלל בחודשים מרץ–אפריל, באמצעות דקירות עמוקות שמספרן בדרך כלל הוא 7 או כפולותיו, והגוויה מושארת גלויה ולא קבורה. לדבריו, רציחות כאלו מתרחשות רק במקומות בעלי אוכלוסיה מעורבת של יהודים ונוצרים, אך מעולם לא קרה שהקורבן היה נער יהודי, אלא רק ילדים נוצרים, ומכאן שמי שמבצע את הרציחות היא כת של קנאים דתיים מבין היהודים, והדבר כבר הוכח במשפט סראטוב ב-1853. הוא טען כי אין יהודים שמתנגדים לרציחות כאלו, וכאשר חושדים בהם כשנרצח ילד נוצרי, הם "פותחים מיד במסע־תעמולה אדיר, שבו משתתפים כל יהודי העולם". הסופר ולדימיר קורולנקו, שסיקר את המשפט, כתב כי עדותו של סיקורסקי היא "אוסף של דברי הבל ואמונות טפלות, שאין להם כל דמיון לחוות־דעת מדעית". בכטרב טען כי בספרות המדעית הפסיכיאטרית אין כלל חומר על רציחות דתיות וציין כי עדויותיהם של הארכימנדריט אמוורוסי ושל הכומר פראנייטיס סותרות זו את זו ואת הממצאים ברצח הנידון: הראשון טען כי על פי המנהג היהודי, מספר הפצעים צריך להיות 45, ואילו השני טען כי המספר הוא 1+12 ("אחד" בגימטריה), בזמן שמספר הפצעים במקרה הרצח הזה שונה משניהם; פראנייטיס טען גם כי מכשיר הרצח חייב להיות סכין ואילו במקרה הזה נעשה שימוש במרצע. למחרת עדויות המומחים, כתב העיתון הימני "קייבליאנין": "גירסת הרצח הדתי בטלה... כל המשפט הזה הוא שגיאה גדולה".
התביעה הזמינה גם שני "עדי ראייה" לפולחן הדתי. הארכימנדריט ארטונום טען כי היה יהודי עד גיל 10, בילדותו הזהירוהו כי היהודים "רוצחים ילדים נוצרים" וברשותו חומר ארכיוני על ילדים כאלה עוד מהמאה ה-18. הסנגור גרוזנברג הצטרף לבקשת הקטגוריה לצרף את התעודות הללו לתיק המשפט והסביר: "אין לנו מה להסתיר... הדת היהודית, צרופה כזהב, עומדת בפני השמש". אלא שבית הדין דחה את הבקשה. עדותו של הארכימנדריט אמוורוסי הוקראה. לדבריו, אצל היהודים, ובמיוחד אצל ה"חסידים", יש מנהג שבו מוהלים דם נערים נוצרים באפיית המצות והוא מסמל את הרעיון שהגויים הם עבדיהם. זאת הוא שמע משני נזירים, יהודים מומרים: דונאט, שכבר נפטר, וארטונום.
לפני שהחלה שמיעת העדים המומחים לענייני דת, נערכה ישיבה סגורה, בה שמע חבר המושבעים את קריאתו של דו"ח "הוועדה המיוחדת לחקירת כת־החסידים" (תנועת החסידות) משנת 1858, הכולל מקורות שטענו כי יסודותיה העיקריים של ה"כת" הזו הם שנאה וביזוי הנוצרים. אלא שמסקנותיה של ועדה זו, בהן הוכחשו ההאשמות כלפי החסידים, לא הוקראו.
להבהרת הסוגיות הדתיות, הוזמנו עדים מומחים ממוסדות ההשכלה הממלכתיים ברוסיה ומקרב הקהילה היהודית, להם הוצגו 29 שאלות. הם נתבקשו לחוות דעתם בנפרד ונאסר עליהם לקיים התיעצויות משותפות. הכומר פראנייטיס טען כי לאחר חורבן בית המקדש השני פסקה הקרבת הקורבנות, אולם היהודים המשיכו עם קרבנות אדם – נוצרים. הרב מזא"ה ציטט מפרק י"ז בספר ויקרא ("כָּל נֶפֶשׁ מִכֶּם לֹא תֹאכַל דָּם" וכו'). פרופסור איוואן טרואיצקי (רו'), מהאקדמיה הפראבוסלאבית־רוחנית בפטרסבורג, העיד כי גם על פי התלמוד, השימוש בדם אסור. פראנייטיס נתבקש לציין מראי מקום לטענותיו במקורות היהודיים, אך טען כי הם אינם בידיו והוא אינו זוכר בעל פה. התובע זמיסלובסקי חש לסייע לו וטען: "בהוצאות מאוחרות יותר של התלמוד מחקו היהודים את המקומות האלה או 'תיקנו' אותם. כל הספרים, המכילים סודות מסוכנים ליהודים נעלמו מן הספריות בעולם!".
טרואיצקי אמר כי את ה"מאמרים" שניאופיט ציטט כביכול מהתלמוד, הוא בדה מלבו. פרופסור טיכומירוב, מ"המוסד ההיסטורי-פילולוגי" בנואז'ין, אמר כי האשמת היהודים ברצח דתי היתה אחת התופעות המשונות שאיפיינו את ימי הביניים, כמו המשפטים נגד בעלי חיים ומכשפות, וכי במקרים בהם נאשמים הודו בפשע זה – הודאתם נסחטה מהם בעינויים אכזריים. הסנגוריה פנתה לותיקן, בבקשה לקבל עותקים של אנציקליקות של אפיפיורים מתקופות שונות, המוכיחות כי ראשי הדת הנוצרית שללו את האשמת היהודים ברצח פולחני-דתי, אולם אלה לא נתקבלו בבית הדין לפני סיום המשפט. עם גילוי התיקים הסודיים של משרד החוץ ב-1917, נתברר כי שגריר רוסיה בוותיקן עיכב את מתן אישורו עליהם כדי שיוכלו לשמש כמסמך משפטי. על המכתב לשר החוץ, בו הודיע השגריר על העיכוב, הופיעה גם הערה בכתב של הצאר עצמו, מה שמצביע על כך שייתכן והדבר נעשה בהסכמתו.
בתום עדויות המומחים, עלה הכומר פראנייטיס לחקירה נוספת על דוכן העדים, אלא שבשלב זה הוא נקלע לרצף שאלות מצד התובע שמאקוב, שעליהן השיב "אינני יודע" או "אינני זוכר". הקטגור ניסה לסייע לעד הנבוך בשאלות מדריכות, ובתגובה למחאת הסנגוריה על כך, אמר בנימה מתנצלת: "מה יכול אני לעשות אם 'העד־המומחה' אינו זוכר כלום?" – אמירה שעוררה צחוק באולם. מצב זה נמשך גם למחרת. הסנגור קרבצ'בסקי נענה להצעת העיתונאי בן-ציון כ"ץ, שכיסה את המשפט עבור העיתון "הזמן", ושאל את פראנייטיס: "הזכרת בחוות הדעת שלך את השם בבא בתרא?... מי היתה אשה זו?" (בבא בתרא הוא החלק האחרון של מסכת נזיקין בתלמוד). פראנייטיס השיב: "אינני יכול להיזכר מי היתה אותה באבא בתרא" ("באבא" ברוסית: סבתא). גם תשובה זו עוררה צחוק באולם, והוכיחה את בורותו של העֵד המומחה של הקטגוריה.
את פעילות התנועה הציונית בהגנה על בייליס ריכז הד"ר ליאו מוצקין מברלין. האדמו"ר מחב"ד שלום דובער שניאורסון סייע להגנה ולעדות הרב מזא"ה בהשגת מסמכים שונים, ומינה צוות בן שלשה רבנים לסייע להגנה במשפט בראשות בנו רבי יוסף יצחק שניאורסון והרב לוי יצחק שניאורסון. הרב אברהם חן הוציא את חיבורו "היהדות והדם" הפורך את העלילות ובכך סייע לנתבע. גם הרב מנחם מנדל חן שימש כסנגור וניהל ויכוח פומבי עם הכומר פראנייטיס.

נאומי הסיכום

עם סיום עדויות המומחים, נישאו במשך חמישה ימים נאומי הסיכום של שלושת נציגי התביעה וחמשת נציגי ההגנה. לאחר סבב ראשון, שבו העלו את טענותיהם, נערך סבב קצר נוסף, בו העלו את השגות-הנגד שלהם. הקטגור ויפר תקף את הציבור היהודי על כך שיצר למשפט תהודה עולמית, וטען כי גם הוא עצמו מרגיש "נתון תחת השפעה יהודית", למשל באמצעות העיתונות הרוסית, ש"נכבשה ממש על ידי היהודים". בהתאמה לכך, טען התובע שמאקוב: "במשפט זה אנו ניצבים מול היהדות העולמית, והיא בעלת אמצעים בלתי־מוגבלים". הסנגור קרבצ'בסקי הגיב להאשמת פרקליטי ההגנה הנוצרים כ"משרתי היהודים" והצהיר: "כן! אני משרת בענין זה את היהודים, משום שהצדק איתם!". הפרקליט גרוזנברג השיב לטענה שהתלכדותו של הציבור היהודי להגנת בייליס מהווה מעין הוכחה לאשמתו: "מקום שמעלילים שם על כלל, על ציבור שלם, שם מתאחדים כל אנשי המצפון והמוסר, שכן מרגישים כולם, כי המכה שאומרים להנחית על איש אחד כביכול, מכוּונת לאמיתו של דבר נגד כולם... איך, איפוא, לא יפחדו היהודים מפני קלון כזה, העלול להוציאם מכלל החברה האנושית?". ויפר וזמיסלובסקי האשימו את החוקרים מישצ'וק וקראסובסקי בהטייה מכוונת של החקירה ואת העיתונאים ברשצ'בסקי ובורשקובסקי בהמשכת ההטייה לאחר שהחוקרים הודחו. שמאקוב הוסיף כי הבולשת שיתפה פעולה בכך עם היהודים. קרבצ'בסקי האשים בתגובה את השלטונות וטען כי הם אלה שהזניחו במכוון עובדות שונות שנתגלו בחקירה, שהצביעו על כוונת הרוצחים להטעות את החוקרים לעבר ההשערה בדבר רצח פולחני-דתי בידי יהודים. התובע זמיסלובסקי טען כי ורה צ'בריאק סימנה לבנה לשתוק, לא מתוך חשש שמא יקשור אותה לרצח, אלא שמא ילשינו היהודים מבית החרושת על פשעיה האחרים, כנקמה על עדותו של בנה.
הסנגור ויפר אמר כי לדעת הסנגוריה הרצח בוצע באורוות הסוסים שבחצר בית החרושת, אלא שהמקום הסמוך לאורווה, בו נאסף טיט לבדיקה, סויד לפני שהגיע לשם קראסובסקי והאורווה עצמה נשרפה שלושה ימים לפני שהגיע אליה השופט החוקר, וכל זאת נעשה כדי למחוק את עקבות הרצח. דברים אלה נאמרו על אף שפועל בבית החרושת העיד כי השריפה פרצה רק באוקטובר 1911 (ארבעה חודשים לאחר מעצר בייליס) ועל אף שבמשפט שהתקיים לגבי השריפה, נקבע כי לא היתה הצתה בזדון. גם חברת הביטוח אישרה זאת, אולם אב בית הדין סירב לפרסם את תעודת הביטוח. שמאקוב טען כי חצר בית החרושת של זייצב משמש "קן של חסידים" וכי הפועלים הרוסים העובדים בו, שהעידו במשפט, שוחדו על ידי היהודים. הסנגור קרבצ'בסקי השיב כי כתב האישום קבע שהרצח בוצע במשרפת הלבנים והביע פליאה כיצד עבר פתאום ביצוע הרצח לאורווה. הוא טען כי האשמה חדשה זו הופכת את קודמותיה להשערות בלבד, והאשים את הקטגוריה בניסיון הטעייה: מיקום ביצוע הרצח באורווה, רק משום שהיא נשרפה לפני שנערך שם חיפוש.
הסנגור מקלאקוב ביטל את טענתה של ורה צ'בריאק, שהובטח לה שתזוכה במשפט אם תפליל את עצמה ברצח, ותהה כיצד אמור היה חבר המושבעים לזכות אותה אם היתה מודה באשמה. שמאקוב טען כי הסטודנטים מאכאלין וקאראייב אינם אמינים, משום שקיבלו כסף רב עבור עבודתם. גרוזנברג ציין כי על אף הודאתם של סינגאייבסקי ורודזינסקי בפריצה לחנות, שאמורה היתה לספק להם אליבי, הוחלט להפסיק את החקירה נגדם בנימוק שהודאתם אינה אמינה. החלטה זו של המוסדות המשפטיים המוסמכים, ובהם התובע הכללי ובית הדין המחוזי, עמדה בסתירה לטענת האליבי של בא-כח התביעה, שהוא בעצמו חלק בלתי נפרד מאותה מערכת משפטית.
הסנגור גרוזנברג תיאר את השתלשלות מעשה הרצח, כפי ראותו: כשחזרו ז'ניה ואנדריי מטיול הבוקר שלהם לביתו של ז'ניה, נמצאו שם שלושת חבריה של אמו. הם התנפלו עליו בזעם על שאיים להלשין, חבטו בו ודקרו אותו במרצע שהיה בהישג ידם. אחת המכות הראשונות ניתכה על הקודקוד וגרמה לשטף דם חזק והנער איבד את הכרתו. כאשר החל לזוז, החלו לדקור אותו במרצע עד שמת. עם רדת החשיכה העבירו את גופתו למרתף או לרפת ומאוחר יותר בלילה העבירו אותה למערה. התובע שמאקוב טען בתגובה, כי אילו רצתה החבורה לרצוח את הנער, היתה מזמינה אותו אליה ולא ממתינה עד שיבקר, ומלבד זאת, "אדם רוסי" אינו מסוגל לדקור 47 פעמים את קורבנו. אלא שלאחר מכן שינו זמיסלובסקי ושמאקוב את עמדתם והודו באפשרות השתתפותה של ורה צ'בריאק ברצח. שמאקוב טען כי ההפסקה שארכה בין 5 ל-7 דקות בין גרימת הפצעים הראשונים לאחרונים, נועדה לאיסוף הדם, וכי לצורך הקזתו, לא נזקקו הרוצחים ללימודי אנטומיה בבית ספר לרפואה, מכיוון שהם למדו זאת מהתלמוד בישיבה. הסנגור קרבצ'בסקי הזהיר כי אם בית המשפט יקבע תקדים משפטי ויכיר רשמית בקיומו של "רצח דתי", הוא יביא לכך שרוצחים רבים ישתדלו מעתה לבצע את מעשי הרצח בצורה שתיראה כבעלת מטרה פולחנית.

מחאות נגד עלילת הדם במהלך המשפט

המחנה הליברלי ברוסיה ועיתוניו התייצבו בגלוי נגד העלילה ונותרו עקביים בכך לאורך כל המשפט. מחנה זה כלל גם את הרוב המכריע של אנשי הרוח ואנשי המדע, ואת אגודת עורכי הדין ואיגוד הרופאים. במהלך המשפט התקיימו בערים הגדולות ברוסיה אסיפות מחאה נגד עלילת הדם, במפעלים, באוניברסיטאות ובחוגים פוליטיים שונים. אסיפות המוניות כאלו נערכו גם בוינה, בפריז, בלונדון ובלידס והשתתפו בהן נציגי הכנסיה, אנשי רוח ומדינאים. באסיפה המונית באנטוורפן, נאם מזכיר האינטרנציונל הסוציאליסטי, קמיל הויסמנס והארגון עצמו שלח לכל המפלגות הקשורות בו חומר הסברה על המשפט. סיעת הלייבור בפרלמנט הבריטי ביקשה בפומבי משר החוץ, שיודיע לממשלת רוסיה כי המשפט גורם לעלבון לעם הבריטי. מספר בישופים חשובים באירופה גינו את עלילת הדם. הסופר ליאוניד אנדרייב  כתב מכתב עידוד לסנגור מקלאקוב ובאסיפה השנתית של עורכי הדין בסנקט פטרסבורג נתקבלה החלטה לשלוח ברכה לסנגוריה. אך יחד עם זאת, נמשך במקביל מסע ההסתה כנגד היהודים. במהלך המשפט הטילו השלטונות עונשים וקנסות על מספר עיתונים, בשל פרסום התקפות על רוקמי העלילה.
הסופר מיכאיל ארציבשב כתב: "האשמה שהוטלה על היהודים היא כה טיפשית, עד שחרפה היא אפילו לדבר אודותיה". הסופר אלכסנדר אמפיתיאטרוב  כתב: "פרשת בייליס אינה אלא סטירת־לחי מחרישת אזניים על פרצופה של הציביליזאציה הרוסית". ערב מתן פסק הדין, כתב הסופר ולדימיר קורולנקו: "ה'ריטואליסטים' סומכים על הכרתם ה'חשוכה' של המושבעים, בני־העם הפשוטים; אך נדמה לי, כי יטעו גם בחשבון זה".

לאחר המשפט

ב-1917, לאחר נפילת המשטר הצארי, הוקמה ועדת חקירה בשם "ועדה מיוחדת של הממשלה הזמנית", שעליה הוטל לחקור את "חטאי" המשטר. הוועדה פעלה רק עד פרוץ מהפכת אוקטובר, אולם היא הספיקה לפרסם דו"ח בשם "נפילת המשטר הצאריסטי", שעסק בין היתר גם בפרשת בייליס. התברר כי הנער נהרג בשל פעילות פלילית עליה ידע, ושדבר זה היה ידוע לשלטונות במהלך החקירה. העדויות הוכיחו כי כל דרגי הממשל מן הצאר דרך שר המשפטים היו מעורבים בעלילה. המשטר הסובייטי הוציא להורג חלק מיוזמי המשפט ומארגניו וכן את הרוצחת עצמה.
כיום משמש קברו של הנער הנרצח בקייב אתר עלייה לרגל לאנטישמים. שלטונות אוקראינה הסירו, בעקבות סערה בינלאומית, שלט אשר קבע כי "כאן קבור הנער אשר עונה על ידי הז'ידים" (ז'יד הוא כינוי גנאי ליהודים בשפות הסלאביות).
בייליס עלה לארץ ישראל ב-1914, אולם לא הסתדר תעסוקתית וכלכלית ולכן ב-1920 היגר עם משפחתו לארצות הברית והתיישב בניו יורק. בייליס גולל את קורותיו בתקופת שבתו בכלא בעיתון יידי מקומי, שתורגמו לעברית.
ב-1926 הוציא בניו יורק בהוצאה עצמית, ביידיש ובאנגלית, את סיפורו: "The Story of My Sufferings" - "משפטו של שעיר לעזאזל", סיפור שנפרש על פני 285 עמודים.
בייליס נפטר בכ"ד בתמוז תרצ"ד (יולי 1934) ונקבר בבית העלמין Cypress Hills שבקווינס במדינת ניו יורק. על מצבתו נכתב:
בן אדם, שים לב לזה הקבר

בו ינוח איש קדוש בחיר גבר.

רשעי קייב העיר שמוהו למטרה

ועל כל ישראל פרשו הצרה.

העלילו דם ילד נוצרי דורשת אמונתו

לימי חג הפסח הוא לעדתו.

אסרוהו בכבלים ויורידוהו אל הבור

ושנים עשרות לא ראה אור.

ובעד כל ישראל עונה עד דכא

תנו כבוד לנפש טהורה וזכה.

יתלונן בצל שדי במרומי שמים

עד יקיצו הנרדמים לחיים.
על הפרשה כתב ברנרד מלמוד את ספרו "יום הדין" ‏ (The Fixer), שהתפרסם ב-1966 ועובד לסרט "יום הדין"  ב-1968.