יצחק שמיר

ילדות ונעורים

יצחק שמיר נולד כ"יצחק יזרניצקי" ב-1915 לפנינה פֶֹרלה לבית שבזין ולשלמה יזרניצקי.
הוא נולד בעיירה רוז'ינוי שבעת לידתו הייתה בפלך גרודנה של האימפריה הרוסית, בתחום המושב היהודי; ועברה כעבור זמן קצר לתחומי פולין הצעירה; (במאה ה-21, רוז'אני בבלארוס).
אביו היה ראש הקהילה היהודית בעיירה, שהייתה אז בעלת רוב יהודי. בילדותו עברה המשפחה לעיר הסמוכה, וולקוביסק. לאחר סיום בית הספר היסודי בוולקוביסק, עבר יזרניצקי לגימנסיה העברית בביאליסטוק, ובה סיים את חוק לימודיו. בשנת 1934 החל בלימודי משפטים באוניברסיטת ורשה, לצד פעילות נלהבת בארגון בית"ר. הוא לא סיים את לימודי המשפטים משום שעלה לארץ ישראל ב-1935. לאחר עלייתו למד תחילה בפקולטה למדעי הרוח באוניברסיטה העברית בירושלים, אך בשנת 1937 הצטרף לארגון האצ"ל והפסיק את לימודיו. לפרנסתו עבד כפועל בניין וכפקיד במשרד רואי חשבון. משפחתו נותרה בפולין, והוריו, שתי אחיותיו (רבקה פיטקובסקי ומרים סקלרביץ') ומשפחותיהן נספו בשואה.

שנותיו בלח"י

בשנת 1940, כאשר התפלג הלח"י מן האצ"ל, התלבט שמיר במשך תקופה ארוכה לגבי המשך דרכו וקיים שיחות בירור עם דוד רזיאל ויאיר. בספטמבר 1940 הודיע לפקודיו שהוא נשאר באצ"ל מכיוון שדרכו של יאיר מסוכנת מדי. אולם בינואר 1941, לאור שיתוף הפעולה ההדוק מדי לטעמו, של האצ"ל עם הבריטים, הוא פרש ועבר ללח"י, בו אימץ את הכינוי המחתרתי "מיכאל" על שם מייקל קולינס, שהוביל מאבק לאומי נגד השלטון הבריטי באירלנד. גם את שם המשפחה "שמיר" אימץ לאחר שהשתמש בשם זה במשך תקופה מסוימת שבה התנהל אחריו מצוד של הבולשת הבריטית; הוא גידל זקן ופיאות, לבש קפוטה, חבש כובע סמט, וכינה את עצמו "הרב שמיר". בדצמבר 1941 נאסר שמיר ונכלא במחנה המעצר מזרעה.
בספטמבר 1942 נמלט שמיר מהכלא בלוויית חבר הלח"י אליהו גלעדי. הם הגיעו לביתו של ירחמיאל אהרונסון ("אלישע") שסידר להם מקום לינה, דאג להחלפת בגדיהם למדי נוטר (לגלעדי) וקצין פולני (לשמיר) ולהעברתם למרכז הארץ. מחוץ לכלא הצטרפו השניים לקבוצת הנהגה קולקטיבית של הלח"י, שהחליפה את אברהם שטרן (יאיר), שנרצח בידי הבריטים. בהנהגה זו התבלט גלעדי בקו קיצוני. גלעדי הוצא להורג בידי חבריו ללח"י בפקודתו של שמיר במועד לא ידוע בשנת 1943, על רקע חילוקי הדעות בינו לבין שאר הנהגת הארגון. לאחר מות גלעדי ובריחת 20 עצורי לח"י ממחנה המעצר בלטרון, התגבש טריאומווירט בהנהגת הלח"י. חברי הטריאומווירט היו שמיר, ישראל אלדד ונתן ילין מור, כאשר שמיר היה אחראי על הפעילות המבצעית, ולאחר מעצרו נטל ילין מור את האחריות על המבצעים.
בשנת 1944 נישא שמיר לשרה (שריקה) לוי (לימים שולמית), שאותה פגש בעת מאסרו במחנה המעצר מזרעה. שולמית עלתה לארץ מבולגריה בשנת 1941 ונכלאה בשל היותה עולה בלתי-לגאלית.
כחבר הנהגת לח"י, היה שמיר אחראי לפעולות שונות שהבולטות בהן היו ניסיון ההתנקשות בחיי הנציב העליון הרולד מקמייקל ורצח הלורד מוין במצרים, שתיהן בשנת 1944. ב-29 ביולי 1946 נתפס שמיר ונשלח למחנה מעצר באריתריאה. יחד עם גולי אצ"ל ולח"י נוספים נמלט ממחנה המעצר, והגיע לפריז דרך ג'יבוטי. ב-20 במאי 1948, מספר ימים לאחר הקמת מדינת ישראל, חזר לארץ.
שמו נקשר ברצח המתווך מטעם מועצת הביטחון של האו"ם, הרוזן השוודי פולקה ברנדוט, ב-17 בספטמבר 1948. היו שסברו ששמיר עמד מאחורי הרצח, אך אפילו שהוצא נגדו צו מעצר הוא לא נעצר ולא הואשם בבית המשפט, בניגוד לחברי לח"י רבים אחרים שנעצרו. במענה לשאלה האם היה מעורב ברצח ברנדוט הסתפק בציון עובדות אלו, תוך ציון שמי שהחליט על ביצוע הפעולה עשה את המעשה הנכון ושהוא "לא התנגד" לפעולה.

עבודה במגזר הפרטי ושירות במוסד

לאחר הקמת המדינה הצטרף למפלגת הלוחמים, שכללה רבים מחברי הלח"י, ושימש כמזכיר סניף תל אביב של המפלגה. במקביל עבד בעבודות שונות, בהן ניהול משרד של חברה כלכלית בתל אביב ורשת של בתי קולנוע באזור רמת גן. בשנים 1952–1953 ייסד עם חברים מלח"י, בהם נתן ילין מור ושלמה בן שלמה, חברה קבלנית לסלילת כבישים. בשנת 1955 גויס על ידי איסר הראל למוסד למודיעין ולתפקידים מיוחדים, והגיע לדרגה בכירה בו. בשנים אלו שלטה מפא"י במדינת ישראל, והמינוי למשרות ממלכתיות בכירות לפעמים נחסם בפני מי שנחשב לבעל דעות פוליטיות שונות משלה, כגון יוצאי לח"י, אך משרות בכירות בשירות הביטחון הכללי וב"מוסד", שהיו תחת פיקודו של הראל, יצאו מכלל זה. שמיר שירת בתפקידים מבצעיים בארגון, ובין היתר הקים את יחידת "מפרץ" (שהפכה בהמשך ליחידת קיסריה), יחידת המבצעים המיוחדים של המוסד, ופיקד עליה. בין פעולותיו מעקב ופגיעה במדענים הגרמנים שעסקו בפיתוח מערכות נשק חדישות במצרים. בשנת 1965 פרש מ"המוסד", וניהל למשך מספר שנים את מפעל מגם לגומי בכפר סבא. שמיר ביקש לפעול להעלאת יהודי ברית המועצות, צעד לו ייחס חשיבות רבה, כאמצעי לפתרון הבעיה הדמוגרפית של ישראל. הוא החל להוציא עיתון מחתרתי ברוסית בשם "הביתה", שהוברח לברית המועצות וחולק ליהודים המקומיים.

כניסה לפוליטיקה

במרץ 1970 הצטרף לתנועת החרות, לאחר שהוצע לו לכהן כראש מחלקת הארגון של התנועה. בכניסתו לתפקיד השקיע בלימוד המערכת הפוליטית וקריאת ספרים רבים על המערכות הפרלמנטריות ברחבי העולם. הוא השקיע מאמץ רב בפיתוח הסניפים המקומיים של תנועת החרות והוביל לחיבור בין מרכז תנועת החרות והסניפים. כמו כן, הוא פעל להרחבת שורות המרכז, תוך קידום פעילים מקומיים שהצליחו בסניפים ובבחירות לרשויות המקומיות, בהם פעילים רבים בני עדות המזרח, אל המרכז שפעל במישור הארצי. בבחירות לכנסת השמינית, בסוף שנת 1973, נבחר שמיר לכנסת מטעם תנועת החרות במסגרת רשימת הליכוד בה הוצב במקום ה-27. בכנסת השמינית היה שמיר חבר בוועדת החוץ והביטחון ובוועדה לביקורת המדינה. בשנת 1975 נבחר ליושב ראש הנהלת תנועת החרות, תפקיד שבו החזיק שנים רבות. במרץ 1977 הוביל את תנועת החרות להיות הראשונה לאמץ שיטה של בחירת הנציגים לרשימה לכנסת על ידי חברי המרכז במקום על ידי ועדה מסדרת. במסגרת זאת נבחר למקום השישי ברשימה והשלישי בתנועת החירות לאחר בגין ועזר ויצמן. את הרפורמה הזו עשה בניגוד לדעתו של מנהיג התנועה מנחם בגין, תוך ניצול היעדרותו של בגין עקב התקף לב שעבר. בגין גמל לו באי מינויו לתפקיד שר בממשלתו ובדחיקתו לתפקיד יושב ראש הכנסת.

יושב ראש הכנסת

לאחר המהפך, ב-1977, נבחר ליושב ראש הכנסת, והיה הראשון מטעם סיעת הליכוד ששימש בתפקיד זה. עד לאותו הזמן שימשו בתפקיד זה פוליטיקאים שסיימו את דרכם, כאשר התפקיד היה התחנה האחרונה והמכובדת בקריירה פוליטית. נראה היה כי זו גם תחנתו האחרונה של שמיר, שהיה בן 62 בעת שנבחר לתפקיד. שמיר שימש יושב ראש הכנסת בכמה מהישיבות החשובות והסוערות בתולדותיה, כגון נאומו של נשיא מצרים, אנואר סאדאת, בפני הכנסת במהלך ביקורו בישראל בנובמבר 1977, וההצבעה על הסכמי קמפ דייוויד בספטמבר 1978. במסגרת תפקידו זה פעל בתקיפות ובממלכתיות. שמיר היה מנאמני ארץ ישראל השלמה, ולא ראה בעין יפה את הסכם השלום עם מצרים, שכלל נסיגה מחצי האי סיני. בשל כך נמנע בהצבעה על הסכמי קמפ דייוויד. שמיר נמנע אף בהצבעה לאישורו של הסכם השלום עצמו, שנערכה במרץ 1979.

שר החוץ

באוקטובר 1979 התפטר משה דיין, שר החוץ. התפקיד הוצע בתחילה לסגן ראש הממשלה יגאל ידין, שסירב לקבלו. במשך חמישה חודשים שימש מנחם בגין גם שר החוץ, ולאחר מכן הוצע התפקיד לשמיר. ב-10 במרץ 1980 התמנה שמיר לשר החוץ במקביל לסיום תפקידו כיושב ראש הכנסת, תפקיד אליו התמנה יצחק ברמן. הוא המשיך בתפקידו גם לאחר הבחירות לכנסת העשירית ב-1981 שבהן שוב ניצח הליכוד (בו הוצב במקום השביעי) ומנחם בגין הקים את ממשלתו השנייה.
בעת כהונתו כשר חוץ עמדה ישראל בהתחיבויותיה הטריטוריאליות על פי הסכם השלום עם מצרים, לרבות הנסיגה מסיני ופינוי יישובים, מהלכים מהם הסתייג כשהוחלט עליהם כשכיהן כיושב ראש הכנסת. "שיחות האוטונומיה", שהתקיימו בימיו של משה דיין כשר חוץ נזנחו, וניסיונות לתיווך כ"תוכנית פהד" משנת 1981, שבה הציע פהד, נסיך הכתר של ערב הסעודית, הכרה בישראל ומשא ומתן בין ישראל לבין אש"ף כשלו. בצפון החלה הסלמה ביטחונית, ששיאה היה מלחמת לבנון הראשונה שפרצה ביוני 1982, אך לשמיר לא הייתה השפעה משמעותית על הלחימה בצפון.
ב-15 בספטמבר 1982 השתתף שמיר בישיבת הממשלה שאישרה את כניסת הפלאנגות הנוצריות למחנות הפליטים הפלסטינים בביירות, לאחר רציחתו של נשיא לבנון ומנהיג הפלנגות בשיר ג'ומייל. עם כניסתם למחנות חוללו הפלנגות את טבח סברה ושתילה. שמיר נקרא להעיד בפני ועדת כהן, שחקרה את הטבח, ונמנה עם האישים שהוזהרו על ידי הוועדה בנובמבר 1982 כי הם עלולים להיפגע מדו"ח הוועדה (בנוסף לשמיר הוזהרו גם מנחם בגין, אריאל שרון ורפאל איתן). הוועדה מצאה כי שמיר ידע על הטבח משלב מוקדם, אך לא פעל על מנת לאמת את המידע או ליידע גורמים אחרים. בסופו של דבר ננזף שמיר, אך לא נמצא כי יש לנקוט כנגדו בצעדים אישיים. שמיר המשיך לכהן כשר החוץ.
כמו כן, כשר חוץ, חיזק שמיר את היחסים עם מדינות אפריקה והגוש הקומוניסטי.

המצב הכלכלי

פעולתו הראשונה של שמיר כראש ממשלה הייתה פיחות עמוק בערך השקל בשיעור של כ-23%, וזאת לאחר ישיבת ממשלה דרמטית שנמשכה שעות רבות. הפיחות החד בערך השקל ומערכת שיווק אגרסיבית של הבנקים הביאו לכך שהבנקים לא יכלו להמשיך לווסת את שערי מניותיהם. החשש כי המניות – וביחד עמן המערכת הכלכלית בישראל – ייפלו, וחסכונותיו של הציבור יאבדו, הביא את הממשלה להודיע כי תשלם לציבור מחיר מינימלי עבור המניות שברשותו. המסחר בבורסה הופסק לתקופה של אחד עשר ימים. כאשר מניות הבנקים, שהיו אחד ממוקדי ההשקעה העיקריים של הציבור, איבדו את המשיכה שלהן, פנה הציבור אל הדולר. ב-13 באוקטובר 1983 נחשפה תוכניתו של שר האוצר יורם ארידור להפוך את הדולר להילך חוקי בישראל. חשיפת התוכנית בטרם זמנה הביאה להתפטרות ארידור, ולהצבת יגאל כהן אורגד במקומו. כאשר נפתח מחדש המסחר בבורסה החלו ירידות שערים קיצוניות, שאילצו את הממשלה לרכוש את מניות הבנקים מן הציבור במחיר שאותו התחייבה לשלם. לשם כך היה צורך בהדפסת כספים נרחבת, והאינפלציה יצאה משליטה. מדד חודש אוקטובר 1983 עלה ב-21.1%.

המצב הביטחוני

בלבנון המשיך צה"ל להסתבך. ב-4 בנובמבר 1983 אירע "אסון צור השני", שבו פוצץ מחבל מתאבד את בניין הממשל בצור; באירוע נהרגו 60 איש, מתוכם 28 חיילי צה"ל ושוטרי משמר הגבול. באירוע דומה ב-23 באוקטובר התפוצצה משאית תופת במפקדת הנחתים האמריקנים בביירות, והרגה כ-150 חיילים אמריקאים, דבר שהביא לנסיגת כוחות צרפת וארצות הברית מלבנון. ההתנגדות לצה"ל בלבנון התחזקה, ושהיית צה"ל בקו האוואלי גבתה מחיר דמים יומיומי. בעסקת חילופי שבויים כואבת הוחלפו 4,700 מחבלים ואסירים ביטחוניים כנגד שישה חיילי נח"ל שהיו בשבי אש"ף.
ב-6 בדצמבר 1983 התפוצץ מטען חבלה באוטובוס בירושלים וגבה שישה הרוגים ועשרות פצועים. ב-12 באפריל 1984 השתלטו מחבלים על אוטובוס בקו 300 בדרכו מתל אביב לאשקלון (פרשת קו 300). במאי 1984 חשף העיתון "חדשות" את העובדה כי המחבלים נותרו בחיים לאחר החטיפה, והביא צילום שצילם אלכס ליבק, שהראה את המחבלים בחיים; כעבור זמן התברר כי אהוד יתום, איש שירות הביטחון הכללי, הרג שני מחבלים שנתפסו בעודם חיים בפעולת החילוץ של האוטובוס, וזאת בהוראת ראש שירות הביטחון הכללי, אברהם שלום. תגובתו של שמיר הייתה מינוי ועדת בירור פנימית ("ועדת זורע"), ובראיון לעיתונות הודיע "הייתה חריגה – זה לא יישנה". בפועל שיבשו אנשי שב"כ את החקירה, וניסו להטיל את האשמה בהריגת המחבלים על תת-אלוף יצחק מרדכי. פרשה זו הביאה למשברים חמורים בתקופת כהונתו השנייה של שמיר בראשות הממשלה.
ב-27 באפריל 1984 חשף השב"כ את קיומה של "המחתרת היהודית", שהתברר כי עמדה מאחורי פעולות שבוצעו בשנות השמונים והן: ההתנקשות בראשי ערים פלסטיניים, ירי במכללה האסלאמית בחברון וניסיון לפיצוץ אוטובוסים שהסיעו ערבים במזרח ירושלים.
על רקע כל אלו, והתחושה הקשה ששררה בארץ, נראה היה כי סיכוייו של שמיר לזכות בתפקיד לאחר הבחירות לכנסת האחת עשרה קלושים, וכי מועמד המערך (השני), שמעון פרס, יהיה לראש הממשלה הבא. שמיר הצליח להגיע להבנה עם דוד לוי, שנמנע מלהתמודד על מועמדות הליכוד בבחירות, אך אריאל שרון, שלא נחשב לאיום ממשי, הודיע במפתיע על התמודדותו. בהתמודדות שנערכה במרכז הליכוד זכה שמיר ב-59% בעוד שרון זכה ב-41% – הישג שהותיר את ראש הממשלה, כדבריו, "נדהם".

הרכבת הממשלה החדשה

על אף שרבים צפו את ניצחונו הגורף של המערך (השני) בבחירות לכנסת האחת עשרה, הצליח שמיר לצמצם את הירידה הצפויה של הליכוד בבחירות מ-48 מנדטים להישג של 41 מנדטים. הישג זה גרם לכך ששמעון פרס לא הצליח להקים ממשלת שמאל צרה, והסיעות הדתיות לא רצו להצטרף לממשלה בראשותו, אלא אם כן יצטרף אליה גם הליכוד. בסופם של מגעים ארוכים, ולאחר שהנשיא חיים הרצוג הטיל על פרס להרכיב ממשלה. פרס כשל בניסיונו להרכיב ממשלה, ובתיווך חיים הרצוג עצמו בצעד חסר תקדים, הצליח להביא להסדר שלפיו ישמש פרס שנתיים בראשות הממשלה, ושנתיים ישמש שמיר בתפקיד. בפעם הראשונה מאז עלה הליכוד לשלטון הוקמה ממשלת אחדות לאומית, שנשענה על רוב מוצק של 97 חברי כנסת. יצחק רבין היה בממשלה זו לשר הביטחון למשך כל התקופה, יצחק מודעי לשר האוצר (מאוחר יותר הוחלף במשה נסים עקב סכסוך עם שמעון פרס), ואילו שמיר החל את דרכו כשר החוץ וממלא מקום ראש הממשלה, לפי הסכם רוטציה שקבע כי בשנת 1986 יתפטר שמעון פרס, ימליץ על יצחק שמיר בפני הנשיא, וזה יקים ממשלה בעלת הרכב כמעט זהה עם שמעון פרס כשר חוץ.

שר החוץ בממשלת האחדות

בפני הממשלה החדשה עמדו שני אתגרים עיקריים, שבסופו של דבר הושגו היעדים שהוצבו לגביהם. האתגר הכלכלי, דהיינו הדברת האינפלציה וייצוב המשק, ויציאתו של צה"ל מלבנון.
תוכנית הייצוב הכלכלית של 1985 הביאה לבלימת האינפלציה, שהיוותה סכנה של ממש למשק הישראלי וליציבותה של מדינת ישראל.
תוכניתו של יצחק רבין לסגת לקו שכונה "רצועת הביטחון" בלבנון, הובאה לאישור הממשלה בינואר 1985. שמיר היה בין המתנגדים לנסיגה, והצביע כנגדה בממשלה, כמו גם כל שאר שרי הליכוד. על אף התנגדותו של שמיר, הנסיגה אושרה בממשלה, בוצעה בשלושה שלבים והסתיימה ביוני 1985.
בצעד מעורר מחלוקת החליטה הממשלה במאי 1985, בתמיכת שמיר, על "עסקת ג'יבריל", שבמסגרתה שוחררו 1,150 מחבלים תמורת שלושה חיילים שהוחזקו על ידי ארגון הטרור של אחמד ג'יבריל. שמיר טען כי "לא יעלה על הדעת שמחבלים רוצחים ישוחררו ויהודים שפעלו נגדם יישארו בכלא", ותבע את שחרור אסירי המחתרת היהודית. בצעד יוצא דופן תמך שמיר בהצעת חוק פרטית לשחרור אסירי המחתרת, שנדחתה על ידי הכנסת ביולי 1987, לאחר ששר המשפטים אברהם שריר התנגד לה. בסופו של דבר קוצרו בצורה משמעותית עונשי המאסר של אסירי המחתרת.
באוקטובר 1985 היה שמיר בין המחליטים על הפצצת מפקדות אש"ף בתוניס (מבצע רגל עץ) כתגובה למעשה טרור שבו נרצחו ישראלים בנמל לרנקה בקפריסין.
שיתוף הפעולה בין שמיר ופרס הביא להישגים נוספים בתקופה זו, שהחשוב שבהם הוא העלאת יהודי אתיופיה במסגרת מבצע משה, וכן כינון יחסים רשמיים עם מרוקו, שהוכרז בביקור מפתיע של שמעון פרס במרוקו ביולי 1986.
אך ממשלת האחדות סבלה מקרעים פנימיים, והיחסים המתוחים בין מרכיביה היו לשם דבר. באפריל 1986 פוטר מתפקידו שר האוצר מודעי, לאחר שכינה את פרס "ראש ממשלה מעופף".
גם בצמרת הליכוד היו היחסים מתוחים. ועידת התנועה במרץ 1986 התפוצצה לאחר ששמיר התייחס למקורבי דוד לוי כ"חבורת פושעים". בנובמבר השלימו השניים ב"סולחה" מתוקשרת, אך זאת למראית עין בלבד. המתיחות בין לוי ושמיר תוסיף לפצל את הליכוד עד ל"נאום הקופים" של לוי בשנת 1992, שבו טען כי שמיר ואנשיו רואים בו "קוף שזה עתה ירד מן העצים".

הבעיות עם ארצות הברית

משבר נוסף אירע כאשר התברר כי המשך פיתוח מטוס הקרב "לביא" יעמיס על המדינה נטל תקציבי שלא תוכל לשאתו. באוגוסט 1987 החליטה הממשלה על ביטול הפרויקט, זאת לאחר דיונים סוערים והפגנות סוערות של עובדי התעשייה האווירית. שמיר עמד בלחצים חמורים, כאשר יורשו המיועד וחברו לדעה, משה ארנס, עמד בראש התומכים בפרויקט, ומולו עמד הלחץ האמריקני, כאשר האמריקאים חששו כי המטוס יתחרה בתוצרת האמריקנית, וכן העובדה כי צה"ל, משיקוליו הוא, הפחית בהרבה את כמות המטוסים שהיה בדעתו לרכוש. על אף שהדבר נגד כמה מגישותיו הבסיסיות של שמיר, הוא עמד אחרי החלטת הממשלה לבטל את תוכנית הלביא, החלטה שהתקבלה ברוב של קול אחד, אך התוצאה הייתה התפטרותו של ארנס מן הממשלה. לאחר פיטורי יותר מ-4,000 עובדים, הוא הרגיע את עובדי התעשייה האווירית השובתים בהבטחות לגבי "חלופות הלביא" - עבודות שתוקצבו בכספי הפיצויים שהתקבלו מארצות הברית.
פרשה נוספת שלה נדרש שמיר הייתה "פרשת פולארד" שהחלה עוד בכהונתו הראשונה כראש ממשלה. בנובמבר 1985 נעצר בארצות הברית יונתן פולארד, עובד המודיעין של הצי שריגל לטובת ישראל. הפרשה הביאה למשבר ביחסי ישראל–ארצות הברית. ועדת חקירה בראשות יהושע רוטנשטרייך ואבא אבן קבעה במאי 1987 כי לממשלה אחריות קולקטיבית לעניין זה, אך לא הסיקה מסקנות אישיות כלפי אף אחד מהמכהנים בממשלה.

ניסיונות פרס להגיע להסדר מדיני

בשנים אלה ניהל שר החוץ שמעון פרס משא ומתן עם מדינות ערב בניסיון להגיע להסדר מדיני. ניסיונותיו של פרס נבלמו על ידי שמיר. עוד בנובמבר 1985 טענו אישים בימין כי פרס נפגש עם חוסיין מלך ירדן והגיע עמו להסכמות. באפריל 1987 התפרסם כי פרס נפגש עם חוסיין והגיע להסכמות (שכונו "הסכם לונדון") שכללו כינוס ועידה בינלאומית ומשא ומתן ישיר בין הצדדים, שבסופו של דבר יביא לקבלת אחריות ירדנית על יהודה והשומרון. לשמיר הייתה השפעה רבה על חברי הממשלה ולא היה סביר שהוא יאפשר לפרס לגייס רוב שיצביע בעד הסכם שלא תואם עם שמיר ואף לא הובא לידיעתו באופן רשמי. לבסוף התאפשר המשך כהונת הממשלה מתוך הבנה שבשתיקה באשר להסכם. שמיר טען כי מכיוון שההסכם לא הובא לממשלה אין להתחשב בו, ואילו פרס טען כי מכיוון שהממשלה ידעה על ההסכם אך מעולם לא דחתה אותו, הוא חופשי לפעול על פיו.
בפועל נמשך הסטטוס קוו המדיני. במהלך 1987 הלך והידרדר המצב הביטחוני ביהודה ושומרון וחבל עזה, ובראשית יוני הביאו התפרעויות המוניות, שבאו במלאת 20 שנה למלחמת ששת הימים ולשליטה הישראלית ביהודה ושומרון וחבל עזה, לנפגעים בקרב האוכלוסייה הפלסטינית ולחיכוכים עם חיילי צה"ל ומתנחלים. בעקבות ההתפרעויות ערך צה"ל גל מעצרים, אך לא חל שינוי של ממש בחשיבה המדינית או בהיערכות הצבאית.

האינתיפאדה הראשונה

ב-9 בדצמבר 1987, פרצה ההתקוממות העממית בשטחים, המכונה האינתיפאדה.
האינתיפאדה הייתה בגדר הפתעה לדרג הצבאי ולדרג המדיני. שמיר ושר הביטחון יצחק רבין הנהיגו שורת צעדים, שכונו "מדיניות היד חזקה", בניסיון לבלום את האינתיפאדה. עשרות פלסטינים נהרגו בחודש הראשון להתקוממות. תחנות טלוויזיה ברחבי העולם שידרו תמונות של חיילים ישראלים חמושים המתמודדים נגד ילדים ונשים, ומכים עצירים באלות. גל מחאות כנגד מדינת ישראל התעורר בעולם.
במרץ 1988 התפרסמה תוכניתו של מזכיר המדינה האמריקאי ג'ורג' שולץ שלפיה תתכנס ועידה בינלאומית שתהיה לה סמכות לכפות החלטות על המשתתפים בה, וכי במהלכה יתקיים משא ומתן ישיר בין הישראלים ובין משלחת ירדנית-פלסטינית. על אף שפרס לחץ למתן תשובה חיובית למסמך, מנע שמיר כל דיון במסמך.
כצעד מעשי לדיכוי האינתיפאדה, אישרה הממשלה בראשות שמיר את מבצע הצגת תכלית, שמטרתו התנקשות בחיי אבו ג'יהאד, שנועדה לגדוע את מה שנראה כיד המכוונת את האינתיפאדה מתוניס, שם ישב מרכז אש"ף באותן השנים. חרף הצעדים הקשים שננקטו, וחרף ההתנקשות באבו ג'יהאד ב-16 באפריל 1988, לא הצליח צה"ל להפסיק את האינתיפאדה, אשר הפכה משורה של הפגנות עממיות לסדרת פיגועי טרור.

בחזית מול הפלסטינים

נמשכה האינתיפאדה הראשונה.
ב-14 במאי 1989 החליטה ממשלת ישראל על עריכת בחירות אזוריות ביהודה והשומרון, אולם החלטה זו לא מומשה.
ב-6 ביולי 1989 אירע הפיגוע בקו 405, שבו מחבל דרדר את אוטובוס אגד קו 405 לתהום ליד קריית יערים ורצח 16 איש.

מלחמת המפרץ

אל הכוחות האמריקניים שהצטברו במזרח התיכון במבצע "מגן המדבר", שעתיד היה להפוך לאחר מכן למבצע "סופה במדבר", הצטרפה קואליציה של מדינות ערב, בהן ערב הסעודית, סוריה, מצרים ומדינות נוספות. הסיכוי היחיד של סדאם להתנגד לכוח שנאסף כנגדו היה להביא לפירוד בין מרכיבי הקואליציה באמצעות יצירת קשר בין ארצות הברית וישראל, שימנע ממדינות כסוריה את ההשתתפות בקואליציה. מסיבה זו היה חשוב ביותר כי ישראל לא תצטרף לכוחות הקואליציה, ולא תגיב מבחינה צבאית כנגד כל פרובוקציה עיראקית, על מנת לשמור על שלמות הקואליציה ולאפשר פעולה צבאית משולבת בין מרכיביה.
בלילה שבין 16 בינואר ו-17 בינואר 1991 החלה המתקפה של כוחות הקואליציה האמריקנית. לילה אחד לאחר מכן החלה עיראק בתקיפת מדינת ישראל באמצעות טילי סקאד. על אף שבמשך כחודש, עד ל-25 בפברואר, נחתו 39 טילים עיראקים, נמנעה ישראל מלהגיב. מספר אנשים מתו כתוצאה בלתי ישירה כגון שימוש לא נכון במסכות גז או התקף לב, ואדם אחד נהרג מפגיעה ישירה. נזק רב נגרם לרכוש, וכ-300 אנשים נפצעו. למרות הפגיעה הפיזית המועטה יחסית של התקפות הטילים, היו להתקפות השפעה מורלית גדולה על האוכלוסייה, שהייתה נתונה לחרדה, דבר שבא לידי ביטוי בעזיבה של תושבים מהמרכז לנגב ולגליל. הבלבול שנגרם בליל הראשון של נפילת הטילים, היעדר התגובה של הממשלה והימנעות ראשיה מפנייה לציבור הוסיפו גם הם לחרדה. במהלך חודש זה עמד שמיר איתן כנגד לחצים של גורמים בממשלה ובצבא להגיב כנגד המתקפה העיראקית. סיסמתו הייתה כי ישראל תגיב במקום ובזמן שייראו נכונים לכך. בסופו של דבר ישראל לא הגיבה לירי הטילים מעיראק, ובכך לא סיכנה את הקואליציה שנוצרה כנגד סדאם חוסיין. מצד שני, לראשונה בתולדותיה לא הגיבה ישראל למתקפה על שטחה ולשחיקה בכח ההרתעה שלה, ואפשרה לחיילים זרים, מפעילי טילי הפטריוט האמריקניים, לשהות על אדמתה לצורכי הגנתה.

ועידת מדריד והתפרקות הממשלה

עתה נאלץ שמיר להתמודד עם לחץ אמריקני בנקודה הרגישה ביותר. גישתו של שמיר העדיפה את הסטטוס קוו; ידועה אמרתו "הים הוא אותו הים והערבים הם אותם הערבים". אך לאחר מלחמת המפרץ השתנה המצב במזרח התיכון באופן דרמטי. ארצות הברית סברה כי שיתוף הפעולה בין מדינות ערב ובינה, כמו גם המהלומה שספג סדאם חוסיין, מהווים הזדמנות היסטורית לשינוי מהותי, ובלשונה "חלון הזדמנויות".
נשיא ארצות הברית ג'ורג' הרברט ווקר בוש ומזכיר המדינה ג'יימס בייקר החלו בלחץ מאסיבי. הימים היו ימי קליטת העלייה הגדולה מברית המועצות, וישראל נזקקה לסיוע כספי על מנת לקלוט את מאות אלפי העולים שהתדפקו על פתחה. ישראל ביקשה מארצות הברית ערבויות כספיות למימון קליטת העלייה. בנאום חריף שנשא בוש, ב-12 בספטמבר 1991, תקף את שמיר, ודרש כי מפעל ההתנחלויות ביהודה ושומרון וחבל עזה ייעצר וכי ישראל תשתתף בוועידה בינלאומית לשלום, כתנאי למתן הערבויות. הייתה זו אחת מנקודות השפל הנמוכות ביותר שאליהן הגיעו יחסי ישראל-ארצות הברית מאז ומעולם. במהלך ביקוריו של מזכיר המדינה בייקר בארץ קיבל שמיר את פניו בהעלאת התנחלויות חדשות על הקרקע. אך לבסוף, לאחר שניסיון ליצור לחץ באמצעות הפעלת שדולה יהודית בקונגרס לא עלה יפה, הסכים שמיר להשתתף בוועידה בינלאומית שנקבע כי תתכנס במדריד ב-30 באוקטובר 1991, תוך התניה שהמשא מתן העיקרי לא יתנהל בה אלא בדיונים נפרדים מול כל מדינה בנפרד.
שמיר התנגד בחריפות לכינוסה של ועידת מדריד, בשל חששותיו מלחץ בינלאומי על ישראל (כפי שהיה בועידת ז'נבה לאחר מלחמת יום הכיפורים), אך הוא נאלץ לוותר בנקודה זו, ולהצטרף אל הוועידה, לקול מחאות אנשי הימין. הוועידה, שאליה הגיע שמיר כשהוא מלווה באנשי ימין מובהקים מן הליכוד כעוזי לנדאו ובנימין נתניהו, כללה בעיקר נאומים טקסיים, שכללו אף חילופי מהלומות מילוליות (הנציג הסורי פרוק א שרע קרא לשמיר "טרוריסט", וזה הגיב כי נאום הסורי הוא נאום "גבלס"), אך בסופה סוכם כי תיפתחנה בדצמבר שיחות דו-צדדיות בוושינגטון. במהלך דיוני הוועידה התגלע ויכוח על הפרוצדורה בין הישראלים והפלסטינים: בעוד שהפלסטינים דרשו להציג עצמם כמשלחת נפרדת (בניגוד לסיכום המוקדם), ישראל התנגדה לכך. "שיחות מסדרון" הביאו לבסוף לפתרון הבעיה. על אף ששיחות אלו, שהתקיימו בוושינגטון בין משלחת ישראלית בראשותו של אליקים רובינשטיין ובין משלחת ירדנית-פלסטינית, לא הביאו להתקדמות של ממש, ראו אנשי הימין את מדינת ישראל כמתקדמת בדרך מסוכנת, וכמחאה על קיומן של השיחות פרשו "מולדת" ו"התחיה" מממשלת שמיר בינואר 1992, זאת לאחר ש"צומת" פרשה עוד קודם לכן, עקב חילוקי דעות בנושא החוק לבחירה ישירה של ראש הממשלה. פרישה זו הביאה להקדמת הבחירות.

קליטת העלייה

במהלך ההתמודדות המדינית היה על שמיר להתמודד עם קליטת העלייה. נפילת מסך הברזל הביאה לגל עלייה גדול מברית המועצות, וישראל, בראשות שמיר, עשתה ככל יכולתה על מנת לספק דיור ותעסוקה למאות אלפי העולים. הקליטה הייתה קשה; אתרי קראוונים הוקמו על מנת לספק דיור זמני לעולים, רבים מהם אקדמאים שלא מצאו דרך להשתלב במקצועם בארץ. חלק מן האתרים הפכו למקבילה של המעברות משנות החמישים – מוקדים לאבטלה, מצוקה ופשע. עם זאת רבים נקלטו היטב ומצאו דיור ותעסוקה בארצם החדשה. ב-25 במאי 1991 נערך "מבצע שלמה", שבו הוטסו לארץ ארבעה עשר אלף מיהודי אתיופיה, לאחר שהגיעו ידיעות על מצבם הקשה ועל הסכנה לחייהם עקב אי היציבות הפוליטית במדינתם.
בקליטת גל עלייה זה נקטה ישראל מדיניות שונה לחלוטין מזו שהייתה נהוגה עד אז. במקום קליטה "מדורגת" דרך מנגנוני הקליטה, קיבלו העולים דמי קליטה, ולאחר מכן עודדו אותם לנסות ולהיקלט בכוחות עצמם. יש הסבורים שדרך הקליטה הזו הייתה המוצלחת ביותר, ואפשרה לישראל לקלוט תוספת של כעשרים אחוז למספר התושבים באופן מוצלח יותר מזה שבו נקלטו עליות קודמות.

הכישלון בבחירות לכנסת השלוש עשרה

עם זאת, ככל שהתקרבו הבחירות, הפך מצבו של הליכוד ומצבו של שמיר לקשה יותר. תופעה חדשה של פיגועי סכינאות גרמה לערעור תחושת הביטחון האישי. לאחר רצח הנערה הלנה ראפ בבת ים ב-24 במאי 1992 יצאו לרחובות אלפי אנשים בהפגנות מחאה ספונטניות. נראה כי שמיר אובד עצות אל מול גל פיגועים זה, כאשר עקב תדמיתו הביטחונית של יצחק רבין, מועמד מפלגת העבודה לראשות הממשלה, נראה היה כי הוא האיש שבידו להביא לשינוי, אם בדרך ביטחונית, ואם בקידומו של משא ומתן מדיני. נראה כי לאווירה זו היה חלק ניכר בתוצאה הסופית של בחירות אלו.
שורה של פרשיות שחיתות שנחשפו אצל מקורבים לשלטון ולמפלגות הקואליציה (אם כי לא אצל שמיר באופן אישי), כמו גם התנהלותם המושחתת של חלק מן הפוליטיקאים במהלך המשא ומתן הקואליציוני (כך, למשל, הביאה דרישתו של יצחק מודעי לערבות בת עשרה מיליון דולר לכך שאם יצביע בעד הממשלה ימונה לשר האוצר, לשפל חדש ביחס הציבור אל הפוליטיקה), הביאו להצבעה על שינוי שיטת הממשל, אך השיטה החדשה נועדה להיכנס לתוקף החל מן הבחירות לכנסת הארבע עשרה בשנת 1996. הציבור, המזועזע אף מדו"ח חמור של מבקר המדינה, שחשף מינויים פוליטיים, התנהגות ראוותנית וגירעונות תקציביים, החל משתמש בססמה "מושחתים – נמאסתם!".
הבחירות לכנסת השלוש עשרה עמדו בסימן משברים קשים בליכוד. אל מול מחנה "שמיר-ארנס" (ההנחה הייתה כי לאחר פרישתו של שמיר, בן ה-76 ביום הבחירות, יהיה משה ארנס, שר הביטחון, ליורשו) עמד מחנהו של דוד לוי. בבחירות המקדימות, שנערכו בפברואר 1992, הצטרף מחנהו של אריאל שרון אל מחנה שמיר-ארנס, ונראה כי תבוסת מחנה לוי תהיה שלמה.
לוי ביטא את תחושותיו הקשות ב"נאום הקופים", שבו טען כי הוא מופלה בשל מוצאו המזרחי, וטען כי בעיני חברי הליכוד (שמיר, ארנס ושרון הם ממוצא אשכנזי) היה "כקוף שזה עתה ירד מן העצים". את הוועידה עזב על מנת להסתגר בביתו בבית שאן, ומשם שיגר איומים בפרישה, אך לבסוף לא פרש והתמודד מטעם הליכוד בבחירות.
בסופו של דבר נכשל שמיר בבחירות, ומפלגת העבודה (יחד עם מרצ והמפלגות הערביות) יצרו "גוש חוסם" כנגד אפשרות הקמתה של ממשלת הליכוד. גוש זה אפשר למפלגת העבודה, בראשותו של יצחק רבין, להקים ממשלת שמאל ביחד עם מפלגת ש"ס, כשהליכוד נותר באופוזיציה, ולהוביל מדיניות של משא ומתן ופשרה טריטוריאלית, המנוגדת לחלוטין לחזונו של שמיר.
עוד בליל הבחירות הודיע שמיר על פרישתו מהנהגת הליכוד במילים "אני בסוף דרכי האישית והפוליטית". עם זאת לא התפטר מהכנסת, ונותר חבר הכנסת עד סוף כהונת הכנסת השלוש עשרה בשנת 1996.

לאחר הפרישה

בעשור שאחרי פרישתו מראשות הממשלה ניהל חיים שקטים בתל אביב, והופיע בתקשורת מפעם לפעם כדי להביע אכזבה מרה מכל ממשיכיו בראשות הממשלה, בהיותם ותרניים מדי לטעמו; במיוחד באשר לבנימין נתניהו, שאותו כינה "מלאך החבלה של הליכוד". לאוטוביוגרפיה שחיבר בשנת 1994 קרא "סיכומו של דבר". כן יצא לאור בשנת 1998 ספרו של חיים משגב "שיחות עם יצחק שמיר". על רקע חתימת הסכם חברון על ידי בנימין נתניהו, פרש שמיר מהליכוד והצטרף ל"חרות - התנועה הלאומית" שבראשות בני בגין. בבחירות לכנסת החמש עשרה הוצב שמיר במקום האחרון של כבוד ברשימת "האיחוד הלאומי". לאחר הבחירות ופרישת נתניהו חזר לליכוד, והוצב שם במקום האחרון של כבוד ברשימה לבחירות לכנסת השש עשרה.
בשנת תשס"א (2001) הוענק לשמיר פרס ישראל למפעל חיים.
שמיר האריך ימים יותר מכל ראש ממשלה ישראלי אחר. בשנותיו האחרונות סבל ממחלת אלצהיימר, ונפטר ב-30 ביוני 2012 בגיל 96. נטמן בהלוויה ממלכתית בחלקת גדולי האומה שבהר הרצל.

מורשתו ומשפחתו

שמיר כיהן כראש הממשלה קרוב לשבע שנים. בניגוד לאנשי ציבור בולטים אחרים, כמו אברהם (יאיר) שטרן ומנחם בגין, ששמיר תפס את מקומותיהם, שמיר לא היה כריזמטי במיוחד; לא היה לו כושר רטורי או תכונה אחרת המאפשרת להלהיב את סובביו בזמן קצר. "סמלו המסחרי" היו קומתו הנמוכה ותדמיתו הנמרצת. לעיתים היה מקבל את הידיעות שהובאו בפניו במילים "נו... טוף", שהיו אף הן לאמרת כנף. יריביו הביטו בזלזול על תכונות אלו, אך לאוהדיו הם שימשו חיזוק לדעה שליד הגה השלטון במדינת ישראל עומד אדם נחוש, דבק בעקרונות, נאמן לארץ-ישראל, צנוע בהתנהלותו האישית, שאין להסיטו מן הדרך.
שמיר היה נשוי לשולמית עד לפטירתה ביולי 2011 ואב לשניים: יאיר שמיר (הקרוי על שם מנהיג לח"י, אברהם "יאיר" שטרן), שר החקלאות לשעבר, וגלעדה (יש הגורסים כי קרויה על שם אליהו גלעדי, אשר שמיר הורה על חיסולו), שעבדה במשרד ראש הממשלה במשך 30 שנה, ולאחר מכן כעובדת סוציאלית.
על שמו נקרא (עוד בחייו) בית ספר יסודי ממלכתי בעיר חולון. ב-31 בדצמבר 2013 נקרא בית הספר הטכנולוגי של אורט בכפר-סבא על שם יצחק שמיר. כמו כן, פארק תיירותי במעלה אדומים נקרא על שמו. בשנת 2015 החליטה עיריית יבנה לקרוא על שמו את שם בית הספר היסודי ללימודי אקולוגיה ואת שם השכונה החדשה שתקרא "נאות שמיר". במרץ 2017 פורסם כי שמו של בית החולים אסף הרופא ישונה ל'בית החולים ע"ש יצחק שמיר'. בספטמבר 2017 נחנך בפתח תקווה בית ספר תיכון על שמו, שעתיד לשמש כבית ספר שש שנתי.
עיריית תל אביב קבעה לוחית זיכרון בכניסה לביתו של יצחק שמיר ברחוב משה שרת 34.