מדינת האפיפיור

מתחילת הנצרות ועד הקמת מדינת האפיפיור

בשלוש מאות השנים הראשונות לקיומה הייתה הכנסייה הקתולית ארגון בלתי חוקי, ולפיכך לא הייתה יכולה להיות בעלים של רכוש או להעביר רכוש למישהו אחר. לאחר שהקיסר קונסטנטינוס ביטל איסור זה, גדל הרכוש הפרטי של הכנסייה במהירות באמצעות תרומות של הנוצרים האדוקים העשירים שכללו גם שטחי אדמה. ארמון הלטראנו היה התרומה המשמעותית הראשונה, מתנה מקונסטנטינוס עצמו. משפחות רומאיות עשירות תרמו אחוזות שלמות, לרוב באיטליה אך גם בפרובינקיות כדוגמת דלמטיה, גאליה ופרובינקיות בחופו המזרחי של הים התיכון. הכנסייה החזיקה בשטחים אלה שכונו נחלת פטרוס הקדוש (Patrimonium Sancti Petri) כבעלת קרקעות פרטית ולא כישות ריבונית. כאשר במאה ה-5 עבר חצי האי האיטלקי לשלטונו של אודואקר ואחר־כך לשלטונם של האוסטרוגותים, קיבל ארגון הכנסייה והעומד בראשה - הבישוף של רומא - את מרותם השלטונית בעודו עומד על עליונותו בתחום הדת.
שורשי התהליך שהביא להקמת מדינת האפיפיור כישות מדינית ריבונית נעוצים במאה ה-6. האימפריה הביזנטית שמרכזה בקונסטנטינופול החלה במסע לכיבוש מחדש של נחלות האימפריה הרומית שאבדו במאות הקודמות. מסע הכיבוש הגיע גם לאיטליה וארך עשרות שנים ובמהלכו נחרבו המוסדות המדיניים והכלכליים של חצי האי. כשמסע הכיבוש התקרב לסיומו, פלשו הלומברדים לאיטליה מהצפון וכבשו כמעט את כל חצי האי. במאה השביעית היה השלטון הביזנטי מוגבל לרצועת שטח אלכסונית שהשתרעה בין ראוונה, שבה ישב נציג הקיסר הביזנטי, האקסארך, לרומא. כיוון שהשלטון הביזנטי היה מרוכז בקצה הצפון־מזרחי של רצועת שטח זו, נטל לעצמו הבישוף של רומא, כבעל הקרקעות הגדול ביותר והדמות היוקרתית ביותר באיטליה, את הסמכות השלטונית שהביזנטים לא היו מסוגלים לממש באזור שסביב רומא. אומנם, לכאורה נותרו הבישופים של רומא (שעתה החלו להיקרא אפיפיורים) נתינים ביזנטיים "דה יורה", אך בפועל הפכה דוכסות רומא, אזור המקביל למחוז לאציו של ימינו, למדינה עצמאית הנשלטת בידי הכנסייה. בתפקידו כעומד בראש ישות מדינית זו קרא לעצמו האפיפיור בשם נציג "מדינת הרומאים" (Respublica Romanorum). 
עצמאותה היחסית של הכנסייה יחד עם התמיכה העממית באפיפיורות באיטליה, אפשרה לאפיפיורים השונים להמרות את פיו של הקיסר הביזנטי. האפיפיור גרגוריוס השני אף נידה את הקיסר לאו השלישי. למרות זאת, האפיפיור והאקסרך שיתפו פעולה בניסיון לרסן את כוחם העולה של הלומברדים באיטליה. אבל ככל שהביזנטים נחלשו יותר ויותר החל האפיפיור לקחת על עצמו חלק גדל והולך בהגנת רומא מהלומברדים. בדרך כלל באמצעות דיפלומטיה, איומים, ושוחד. למעשה גרמו מאמצי האפיפיור למיקוד עיקר מאמצי הכיבוש הלומברדי נגד האקסארך וראוונה. יש הרואים את ניצני הקמת מדינת האפיפיור בחתימת ההסכם המכונה "מתת סוטרי" בין מלך הלומברדים ליותפראנד לאפיפיור גרגוריוס השני בשנת 728, שבו אישר ליותפראנד את הרחבת גבולות האזור שבשליטת האפיפיור. יורשו של גרגוריוס השני, זכריאס, חתם הסכם עם ליותפראנד שהחזיר לשליטת זכריאס ערים שכבש ליותפראנד מדוכסות רומא.

הרנסאנס

שטחי מדינת האפיפיור התרחבו בצורה ניכרת במהלך תקופת הרנסאנס, במיוחד בתקופתם של האפיפיורים אלכסנדר השישי ויוליוס השני. האפיפיור הפך לאחד השליטים החשובים ביותר באיטליה. בנוסף להיותו ראש הכנסייה, הוא עמד בראש צבא שלחם בשליטים שכנים וכרת עמם בריתות. עם זאת, השלטון האמיתי על רוב שטחה של מדינת האפיפיור היה נתון בידיהם של נסיכים מקומיים. האפיפיורים נאבקו על השליטה בלא הרף ורק במאה ה-16 עלה בידי האפיפיור להשליט מרות של ממש על כל שטחי מדינתו.
בתחילת המאה ה-14 החל סכסוך בין מלך צרפת פיליפ היפה לבין האפיפיור בוניפקיוס השמיני. הסכסוך עסק בתשלומי מיסים של אנשי כמורה למלך בצרפת. תוצאות הסכסוך היו שבספטמבר 1303 פרצו שליחי המלך לטירת האפיפיור באנייני הסמוכה לרומא וניסו לאסור אותו. הניסיון אמנם נכשל, אבל האפיפיור מת חודש אחר כך, כנראה כתוצאה ממכות שספג בניסיון המאסר. האפיפיור שנבחר אחריו, בנדיקטוס האחד עשר, מת תשעה חודשים לאחר בחירתו, והאפיפיור החדש שבא במקומו, קלמנס החמישי, נבחר בחסות פיליפ היפה ומקום מושבו נקבע בעיר אביניון שבצרפת. בתקופה שבין 1309 עד 1378 ישבו האפיפיורים בעיר זו. תקופה זו נקראת גם "גלות בבל של האפיפיור" והיא מסמלת את ירידת כוחה של הכנסייה בראשות האפיפיור אל מול כוחו של המלך. בתקופה זו נוספה העיר אביניון עצמה והשטחים שסביבה למדינת האפיפיור. היא נותרה רכושו של האפיפיור גם אחרי שהאפיפיורים חזרו לרומא וחזרה לרשות צרפת רק במהפכה הצרפתית. גם בתקופה זו, שכונתה מאוחר יותר "גלות אביניון", נותרה מדינת האפיפיור רשמית תחת שליטת האפיפיור. למעשה התערער לחלוטין שלטונו של האפיפיור בשטחים אלה ורוב הערים במדינת האפיפיור היו תחת שלטונן בפועל של משפחות "סיניורים" (רודנים). בעיר רומא עצמה שררה אנרכיה ונציג האפיפיור (ה"לגאט") לא הצליח להשליט בעיר מרות. 
את השינוי חולל הקרדינל הספרדי חיל דה אלבורנוס (Gil Álvarez Carrillo de Albornoz) שנשלח על ידי האפיפיור אינוקנטיוס השישי כלגאט לרומא. אלבורנוס השתמש באמצעים כספיים שקיבל מהאפיפיור ובהפעלת כוח באמצעות צבא שכירי חרב וכפה על הסיניורים לקבל את מרות האפיפיור. הם הוכרו כ"ממלאי מקום אפוסטוליים" (vicari apostolici), תואר שאיפשר להם המשך שליטה אבל היה כרוך בתשלום מס שנתי לאפיפיור, בהתחייבות לשירות צבאי והיה מוגבל ל-10 שנים. אלבורנוס היה אחראי לשכלול וייעול המנהל האפיפיורי במדינה והוא גם יזם את אוסף החוקים של מדינת האפיפיור - הקודקס "Constitutiones Agegidianae" - ששימש כבסיס לחוק במדינת האפיפיור עד 1816.
הצלחתו של אלבורנוס הייתה זמנית. הנסיכויות והרפובליקות העצמאיות האחרות באיטליה חששו מכוחה הגובר של מדינת האפיפיור. שליטי פירנצה עודדו מרידות של הערים בתחומי מדינת האפיפיור ואחר־כך נקלעו למלחמה ישירות מול מדינת האפיפיור - מלחמת שמונת הקדושים (1375-1378). משהסתיימה המלחמה התחולל הקרע המערבי ("הקרע הגדול" 1378-1417, שבמהלכו כיהנו במקביל במשך כ-40 שנה שני אפיפיורים, איטלקי וצרפתי) והאנרכיה חזרה למדינת האפיפיור. בסיום התקופה נבחר מרטינוס החמישי כאפיפיור (1417-1431) והוא הצליח לחדש את המונרכיה האפיפיורית. המדינה חולקה ל-7 יחידות שלטון טריטוריאליות: על הגדולות שבהן שלטו לגאטים ועל הקטנות יותר שלטו רקטורים. במשך המאה ה-15 עברו על מדינת האפיפיור זעזועים שנבעו ממרידות פנימיות בהם החלו אישים שאימצו את הרעיונות החדשים של הרנסאנס. הם קראו לשחרור מהרודנות האפיפיורית וכן יצאו נגד הנפוטיזם (העדפת בני המשפחה) בחלוקת רכוש הכנסייה ומשרות כנסייתיות, השיטה בה נקטו האפיפיורים של תקופה זו. סיבה נוספת לזעזועים במדינת האפיפיור היו המאבקים בין הספרדים לצרפתים על השליטה באיטליה, שהיו כרוכים במסעות כיבוש של צבאות זרים על אדמת איטליה.
בתקופת שלטונו של אלכסנדר השישי התפוררה מדינת האפיפיור לקבוצת מדינות זעירות בשליטת קרוביו של האפיפיור ממשפחת בורג'ה. בנו של אלכסנדר, צֶ'זַרֶה בּוֹרְג'ה, השתלט על מחוז רומאניה והפך אותו לדוכסות בשלטונו. משם יצא למסעות כיבוש במטרה להפוך את מדינת האפיפיור לממלכת מרכז איטליה, אולם עם מותו של אלכסנדר השישי ב-1504, חזר המצב לקדמותו.
יורשו של אלכסנדר, האפיפיור יוליוס השני, החל בשורת מסעות כיבוש שהחזירה למדינת האפיפיור שטחים שהיו בבעלותה בעבר ואף הרחיבה אותה. הוא כבש את פרוג'ה ובולוניה, הצטרף לברית קמבריי ואילץ את ונציה להחזיר את ראוונה, צ'רוויה, פאאנצה ורימיני. אחר־כך ארגן יוליוס את "הליגה הקדושה" על מנת לסלק את הצרפתים מאיטליה. בתחילה ניצחו הצרפתים את חיל הליגה בראוונה ב-1512, אבל בהמשך אותה שנה כבשו שכירי החרב השווייצרים מצבא האפיפיור את מילאנו מידי הצרפתים שהחזיקו בה משנת 1500 והעלו לשלטון בעיר את הדוכס מסימיליאנו ספורצה, בן למשפחה ששלטה בעיר מ-1450. תמורת הסיוע שהגיש יוליוס לספורצה הוא צרף למדינת האפיפיור את פארמה ופיאצ'נזה שהיו שייכות לדוכסות מילאנו. הערים רג'ו אמיליה ומודנה שהיו שייכות לדוכס של פרארה נלקחו אף הן, אך יורשו של יוליוס, האפיפיור לאו העשירי, נאלץ להחזירן לדוכס ב-1515.
מדיניות החוץ של האפיפיור שכיהן אחריהם, קלמנס השביעי, המיטה אסון על רומא. קלמנס תמך בצרפת וחיילותיו של מלך ספרד קרל החמישי, אויבה של צרפת, פלשו למדינת האפיפיור ובזזו אותה. רומא עצמה נכבשה ב-6 במאי 1527 ובמשך 8 ימים בזזו חייליו של קארל (שלא קיבלו שכר) את העיר, מאורע המכונה "Sacco di Roma". האפיפיור עצמו הוחזק בשבי במצודת סנט אנג'לו שברומא עד 6 בדצמבר. ב-1529 חתם האפיפיור על חוזה שלום עם הקיסר בברצלונה וקיבל בחזרה את השליטה על אדמותיו. החוזה אושרר בכינוס בולוניה ב-24 באפריל 1530 בטקס שבו קיבל קרל החמישי כתר קיסרי מקלמנס השביעי.
בהמשך המאה ה-16 עדיין התנהלה מדינת האפיפיור כמדינה עצמאית בנושאי חוץ, אלא שהחלטה של האפיפיור פאולוס הרביעי לכרות שוב ברית עם הצרפתים כנגד הספרדים הובילה לכישלון צבאי נוסף (1555) שבעטיו חדלה מדינת האפיפיור להופיע בזירה הבינלאומית כגורם מדיני עצמאי. הפעילות הצבאית האחרונה של מדינת האפיפיור הייתה במסגרת הברית שארגן האפיפיור כנגד האימפריה העות'מאנית. קרב לפנטו (1570), שבו ניצחו הציים המאוחדים של ספרד, ונציה והאפיפיור את הצי הטורקי, היה הפעם האחרונה שבה הופיעה מדינת האפיפיור ככוח צבאי. מכאן ואילך שלט האפיפיור בחסות המעצמות, תחילה ספרד ואחר־כך צרפת ואוסטריה.
השלטון במדינת האפיפיור היה אבסולוטי כמקובל במדינות אחרות באירופה. האפיפיור שלט במדינה במישרין באמצעות שליחיו הלגאטים (מושלי המחוזות) ונעזר בראש לשכת האפיפיור, ובמוסדות הקוריה הרומאית. 
ערים ואזורים רבים ניתנו על ידי האפיפיורים במהלך השנים כנחלה לקרובי משפחתם והשלטון בהם עבר בירושה לבנים זכרים. כאשר לא היה בן זכר שישמש כיורש חוקי, איבדה המשפחה את זכות השליטה והמקום חזר בדרך כלל לשליטת האפיפיור. כך חזרו לבעלות האפיפיור פרארה (1597), מונטפלטרו, אורבינו ופזארו (1631).

המהפכה הצרפתית ותקופת נפוליאון

במאה ה-18 הגיעה מדינת האפיפיור לשיא גודלה וכללה את רוב מרכז איטליה – לאציו, אומבריה, מארקה, ונחלות האפיפיור בראוונה, פרארה ובולוניה. כמו כן נכללו במדינת האפיפיור המובלעות הקטנות של בנוונטו ופונטקורבו בדרום איטליה, והמחוז הגדול יותר רוזנות וֶנֶסֶן (Comtat Venaissin) שמסביב לאביניון שבדרום צרפת. עם זאת, הממשל הכנסייתי כמעט שלא נקט שום צעדים לקידום הכלכלה הנחשלת של מדינת האפיפיור. האדמות רוכזו בידי מספר מצומצם של משפחות אצילים שהחכירו אותן בתנאים קשים לאריסים. על מנת לעמוד בתנאי החכירה גרמו האריסים לניצול יתר של האדמות ולדלדולן או שפנו למעשי שוד, ולכן האזור הכפרי של מדינת הכנסייה התאפיין בחוסר ביטחון. ההכנסות ממדינת האפיפיור לא היו יכולים לכסות את תפעולה של חצר אפיפיור מפוארת וממשל אפיפיורי מנופח, שבשנת 1800 כלל על פי הערכה כ-30,000 מועסקים מיותרים.
המהפכה הצרפתית הייתה הרסנית לשטחים שבשלטון האפיפיור כשם שהייתה הרסנית לכנסייה הקתולית באופן כללי. רוזנות ונסן ואביניון סופחו לצרפת ב-1791. ב-1796 פלשו הצרפתים בפיקודו של נפוליאון לאיטליה, ובחורף 1797 נאלץ האפיפיור פיוס השישי לחתום על שלום טולנטינו. בהסכם זה ויתר האפיפיור על השטחים בדרום צרפת, ועל פרארה, בולוניה ורומאניה שסופחו לרפובליקה הציסאלפינית שתחת חסותה של צרפת וכמו כן התחייב לתשלום פיצויי מלחמה. ב-1798 כבש הגנרל הצרפתי ברתיה (Berthier) בשליחות נפוליאון את רומא וצרף את השטחים שנותרו בשליטת מדינת האפיפיור לרפובליקה הרומית. האפיפיור פיוס השישי, שלא הסכים לוותר על ריבונותו על שטחים אלה, נלקח כאסיר לוואלנס בצרפת ומת שם ב-29 באוגוסט 1799. הרפובליקה הרומית התקיימה מספר מועט של חודשים. בקיץ 1798 הצליחו צבאות הקואליציה השנייה בראשות האוסטרים והרוסים להביס את הצבא הצרפתי באיטליה, רומא נכבשה והשלטון האפיפיורי הושב על כנו. בשנת 1800, בחסות פרנץ השני קיסר האימפריה הרומית הקדושה, בחרו הקרדינלים בוונציה את האפיפיור פיוס השביעי. באותה שנה כבש נפוליאון את איטליה וביוני 1800 והוא העביר את השליטה במדינת האפיפיור בממדיה המוקטנים לפיוס השביעי. שטחה של מדינת האפיפיור הוקטן עוד יותר בשנת 1806, כשנפוליאון מסר את בנוונטו לשר החוץ הצרפתי טליראן ואת פונטקורבו למרשל ברנדוט. ב-1808 פלשו הצרפתים שוב למדינת האפיפיור משום שהאפיפיור סירב לסגור את נמליו בפני ספינות אנגליות. ב-1809 חולקה מדינת האפיפיור בין שטחים שצורפו לממלכת איטליה שזה עתה הוקמה ובין שטחים שסופחו לקיסרות הצרפתית. רומא הוכרזה "עיר קיסרית" ובנו של נפוליאון שנולד ב-1811 קיבל את התואר "מלך רומא". פיוס השביעי, שהטיל חרם על נפוליאון, נאסר והוחזק בטירת פונטנבלו שליד פריז.
בקונגרס וינה (1815) שהתכנס בסוף תקופת נפוליאון, הצליח נציג האפיפיור, הקרדינל קוֹנֵסַלְוִי, לשכנע את הקונגרס לאשר את הקמת מדינת האפיפיור מחדש בממדיה הקודמים, למעט אביניון ורוזנות ונסן שנשארו חלק מצרפת ושטחים מצפון לנהר הפו באיטליה שהועברו לשליטת האוסטרים.

מקונגרס וינה ועד איחוד איטליה

בתקופה שלאחר קונגרס וינה הונהגו במדינת האפיפיור מספר רפורמות בתחומי החקיקה, הכלכלה והמיסוי, ובוטלו זכויות היתר של גופים ואישים מסוימים. אבל השלטון נשאר אבסולוטי ולאוכלוסייה המקומית לא ניתן בו ייצוג. רעיונות לאומניים וליברליים שמקורם במהפכה הצרפתית אשר נקלטו באיטליה כתוצאה משלטון הצרפתים בה, גרמו לתסיסה כנגד השלטון הכנסייתי האבסולוטי במדינת האפיפיור. תסיסה זו התבטאה במרידות ובפעולות טרור של מחתרות כמו הקרבונרים. התגובה של האפיפיורים הייתה הגברת הדיכוי המשטרתי והטלת צנזורה שרק חיזקה את הקרבונרים והמתנגדים הליברלים. עם מותו של האפיפיור פיוס השביעי ב-1830 פרצה מרידה בבולוניה. בהנהגתו של ג'וזפה מציני, מייסד התנועה המהפכנית "איטליה הצעירה" (Giovane Italia), התכנסו נציגים בבולוניה ב-1831 כפרלמנט של המחוזות המאוחדים על מנת להקים ממשל רפובליקני ולבחור ממשלה זמנית. האפיפיור החדש גרגוריוס השישה עשר ביקש את עזרת אוסטריה והצבא האוסטרי השתלט על בולוניה, מודנה ופרמה. עם עזיבת הצבא פרצו מיד מהומות חדשות בבולוניה והאפיפיור ביקש שוב את סיועם של האוסטרים, אשר כבשו את בולוניה שוב ונשארו בה הפעם עד 1838. במקביל השתלט הצבא הצרפתי על אנקונה. בניגוד להבטחותיו מתקופת טרום בחירתו לליברליזציה בשלטון, התמיד גרגוריוס במדיניות הריאקציונרית של קודמיו, והתסיסה הפוליטית שבראשה עמד מציני כנגד ממשל הכנסייה הלכה וגברה.
בחירתו של פיוס התשיעי ב-16 ביוני 1846 שנחשב ליברל ותומך באיחוד איטליה התקבלה בהתלהבות. פיוס כינס ברומא את מועצת המדינה, שלראשונה בתולדותיה הייתה מורכבת מנציגים נבחרים של המחוזות השונים (אם כי לחבר הקרדינלים הייתה זכות וטו על החלטות המועצה), הקים ממשלה רשמית שכללה בתחילה אנשי כמורה בלבד, והציע לממלכות טוסקנה וסרדיניה לאחד את גביית המכס. הליברלים דרשו שיתוף של האזרחים בממשלה ואכן מרד שפרץ אילץ את האפיפיור למנות ממשלה של אזרחים ובה היה כומר אחד בלבד. ב-14 במרץ 1848 פיטר פרנץ יוזף, קיסר אוסטריה את הנסיך מטרניך בעקבות מהומות בווינה והאיטלקים החליטו לנצל את ההזדמנות כדי לפרוק את עולה של אוסטריה והתקוממו. הכול ציפו שהאפיפיור התומך באיחוד איטליה יצטרף למלחמה לשחרור איטליה, אלא שב-29 באפריל 1848 פרסם האפיפיור אנציקליקה ובה הודיע כי לעולם לא ישתכנע להשתתף במלחמה כנגד מעצמה קתולית כדוגמת אוסטריה וכי הוא לא יקבל על עצמו לעולם את ראשות הקונפדרציה האיטלקית. התגובה הזועמת לא אחרה לבוא. מציני העלה את הדרישה שרומא תהפוך לרפובליקה. פרצה מרידה ברומא ופיוס נאלץ להימלט ב-24 בנובמבר כשהוא מחופש, לעיר גַאֶטה שבממלכת נאפולי לשהות בחסות המלך פרדיננדו השני. בינתיים התהפך הגלגל - קרלו אלברטו, מלך סרדיניה כשל בניסיונו לאחד את האיטלקים תחת שלטונו כשהובס שוב ושוב על ידי האוסטרים ובראשם מרשל רדצקי ולאחר התבוסה בקרב נובארה (23 במרץ 1849) התפטר והעביר את המלוכה לבנו ויטוריו אמנואלה השני. הרפובליקנים ברומא נאלצו לעמוד הן בפני צבא אוסטרי מצפון הן בפני הצבא של פרדיננדו מלך נאפולי מדרום (שתמך באפיפיור הגולה) והן בפני איום חדש. נשיא צרפת הנבחר לואי נפוליאון קיבל בקשות מהאפיפיור הגולה לסיוע והחליט להיענות להן כצעד שנועד להשיג את תמיכת השמרנים בצרפת כהכנה למטרתו האמיתית להיבחר כקיסר. לואי נפוליאון שלח בהסכמת האספה המכוננת בפריז חיל משלוח צרפתי, שצר על רומא וכבש אותה ב-2 ביולי 1849. האפיפיור חזר לעיר ב-12 באפריל 1850 ושב למשול במדינה. שׂבע מרורים, החליט האפיפיור פיוס התשיעי לבטל את הממשל החוקתי של 1846 בטענה כי השארת החוקה נוגדת את האינטרסים החיוניים של המדינה ואת חוקי הכנסייה.
שיתוף הפעולה בין האוסטרים לצרפתים באיטליה היה זמני. ביולי 1859 הצליח ראש ממשלת סרדיניה-פיימונטה קמילו דה קאבור, תומך נלהב באיחוד איטליה, לשכנע את נפוליאון השלישי קיסר צרפת לכרות ברית כנגד האוסטרים. באותה שנה הביסו הכוחות המשולבים של צרפת ופיימונטה את הצבא האוסטרי במגנטה ובסולפרינו. בהסכם שחתם נפוליאון השלישי עם פרנץ יוזף קיסר אוסטריה הועברה לומברדיה לידי פיימונטה, אך אזור ונטו נותר בידי האוסטרים. כמו כן נקבע כי תקום קונפדרציה של מדינות איטליה (ובהן ונטו האוסטרית) ובראשה יעמוד האפיפיור. חלק זה בהסכם לא התממש. ב-1860 הצביעו תושבי טוסקנה, מודנה ופארמה, שהשתייכו למדינת האפיפיור, על סיפוח מרצון לפיימונטה. ניס וסבויה הועברו לצרפתים תמורת הסכמתם למהלך. האפיפיור לא הסכים לוותר מרצון על שטחים אלה והודיע על נידוי והחרמת ויטוריו אמנואלה מלך פיימונטה ואלה התומכים בו, וכמו כן הכריז על הקמת צבא מתנדבים שילחמו להחזרת השטחים שאבדו.
באותה שנה החלה התקוממות בסיציליה נגד פרנצ'סקו השני, מלך שתי הסיציליות, שהיה מבית בורבון הצרפתי. ג'וזפה גריבלדי הפליג בראש כוח בן אלף מתנדבים לסייע להתקוממות; המורדים הצטרפו לכוח ותוך חודשיים כבשו את כל האי. גריבלדי חצה את מצר מסינה אל היבשת והתקדם צפונה, בתמיכתה של האוכלוסייה המקומית. המורדים נכנסו לנאפולי, אך לא היו יכולים להתמודד מול צבאו הסדיר של מלך נאפולי. לשם כך בא לעזרתו ויטוריו אמנואלה השני, מלך פיימונטה. בדרכו לנאפולי, ליד אנקונה בירת מחוז מארקה, גבר צבאו ב-18 בספטמבר 1860 על צבאו של האפיפיור אשר ניסה לעצור את התקדמותו. חודשיים אחר־כך החליטו תושבי מחוז מארקה במשאל עם על סיפוח מרצון לממלכת סרדיניה-פיימונטה. למרות התנגדותו העיקשת, נאלץ פרנצ'סקו מלך נאפולי להיכנע לאחר מצור ארוך, אך מאוחר יותר המשיך את מאבקו בלוחמת גרילה. ב-13 במרץ 1861 הכריז ויטוריו אמנואלה מלך פיימונטה על עצמו מלך איטליה. ואכן, למעט ונטו ורומא, הייתה כל איטליה תחת שלטונו.
ב-1866 התייצב ויטוריו אמנואלה לצדה של פרוסיה במלחמתה נגד אוסטריה. משניצחה פרוסיה במלחמה, הוענק לאיטלקים אזור ונטו, למרות כישלונותיהם הצורבים בשדה הקרב. באותה שנה רצה גריבלדי לעלות על רומא, אך נבלם דווקא בידי ויטוריו אמנואלה, שהיה מעשי יותר, והעדיף לא להיכנס לסכסוך עם הצרפתים שהגנו על האפיפיור. שנה אחר־כך ערך גריבלדי ניסיון נוסף, שנבלם ב-3 בנובמבר 1867 במנטנה, צפונית מזרחית לרומא, בתבוסה לצבא האפיפיור ולחיל משלוח צרפתי. חיל־מצב צרפתי נשאר ברומא ומנע את סיפוחה לממלכת איטליה. ב-20 בספטמבר 1870, לאחר שחיל המצב הצרפתי התפנה כתוצאה מתבוסת הצרפתים במלחמת פרוסיה צרפת, נכנסו כוחותיו של ויטוריו אמנואלה לרומא. משאל עם אישר את סיפוח רומא לאיטליה וב-30 ביוני 1871 נקבעה רומא כבירת הממלכה האיטלקית החדשה. 
כצפוי הייתה תגובת האפיפיור פיוס התשיעי נזעמת. האפיפיור הטיל חרם על כל המשתתפים והמתכננים של כיבוש מדינת האפיפיור. בניסיון לרצות את האפיפיור ואת הממשלות הזרות שתמכו בו חוקקה איטליה ב-13 במאי 1871 את חוק ה"ערבויות" על פיו נשמרה לאפיפיור ריבונותו, קדושת אישיותו וחופש הפעולה של הקונקלווה והמועצות האקומניות. בנוסף הוענקה לו פנסיה שנתית בגובה של 3 מיליון פרנק והוותיקן, ארמון הלטראנו והאחוזה הכפרית בקסטל גנדולפו הוכרזו שטח אקס־טריטוריאלי. אבל פיוס התשיעי והאפיפיורים שבאו אחריו סירבו לקבל את אובדן מדינת האפיפיור והסתגרו כאסירים מרצון בוותיקן. רק ב-1929 הגיעו האפיפיור וממשלת איטליה תחת שלטון בניטו מוסוליני להסדר בהסכמים הלטרניים שהביא להקמת מדינת קריית הוותיקן.

מהקמת מדינת האפיפיור ועד הקונטרה-רפורמציה

יהודים חיו ברומא החל מהמאה ה-1 לפנה"ס. הקהילה שגשגה בתקופת האימפריה הרומית, אם כי בסוף התקופה - כשהנצרות הפכה לדת המדינה - החלו הקיסרים לפרסם חוקים שהיפלו יהודים לרעה. עם פלישת העמים הגרמניים ונפילת האימפריה הרומית הדלדלה האוכלוסייה היהודית. מתקופה זו ועד המאה ה-11 יש מעט ידיעות על הקהילה היהודית. מהמאה ה-11 החלו להופיע חיבורים בשפה העברית. בין הידועים שבהם "הערוך" – המילון התלמודי הראשון שחובר על ידי רבי נתן בן יחיאל באמצע המאה ה-11 ו"שיבולי הלקט" – אוסף הלכות שחיבר רבי צדקיה בן אברהם עניו.
בדרך כלל נהנו היהודים באיטליה בכלל ובמדינת האפיפיור בפרט עד המאה ה-12 מחופש דת (למעט האשמה בגידופים כנגד הנצרות בשנת 1021) וזאת בניגוד לגזרות ולפוגרומים מהם סבלו קהילות יהודיות במקומות אחרים באירופה הנוצרית. עם זאת נאסר על היהודים לכהן במשרות ציבוריות או להיות בעלי קרקעות ולכן נדחקו היהודים לעסוק במסחר, במיוחד באבנים יקרות.
בנימין מטודילה ביקר ברומא באמצע המאה ה-12 ומצא בה "כמו מאתיים יהודים מכובדים". הוא כתב על רבי יחיאל, נכדו של רבי נתן בעל "הערוך" שהיה אחראי על הנכסים של האפיפיור אלכסנדר השלישי, שהוא "יוצא ובא בבית האפיפיור, והוא פקיד ביתו ועל כל אשר לו". אפיפיור זה הפגין רגשות ידידות כלפי היהודים כשהצליח להביס תוכניות של אנשי כמורה עוינים בועידת הלטראנו השלישית (1179) שהטיפו לחקיקה אנטי יהודית מגבילה. 
החל מסוף המאה ה-12 החלו האפיפיורים בסדרת צעדים שמטרתם הרשמית הייתה להפריד בין הנוצרים ליהודים. בפועל הטילו הגבלות כלכליות ופיזיות על הקהילות היהודיות שבחלקן היו משפילות. כבר בויעוד האקומני שאחרי ועידת הלטראנו השלישית, ועידת הלטראנו הרביעית (1215), הוטלה על היהודים חובת נשיאת אות קלון ונאסר על יהודים להסתובב בחוץ ב"שבוע הקדוש" (מיום ראשון של כפות התמרים ועד פסחא). במאה ה-13 התנהל מסע תעמולה כנגד התלמוד בטענה שהתלמוד מצווה על כפירה ועל איבה כלפי הנוצרים, ומתיר ליהודי לרמות את הגוי, לגזול אותו וגם להורגו. שיאו של מסע זה היה משפט פריז וכמו במקומות אחרים באירופה ניתנה ההוראה לשריפת התלמוד גם ברומא.
בימי הביניים החל מנהג שביום הכתרתו של אפיפיור חדש הייתה משלחת מיהודי רומא באה לברכו, היה האפיפיור עונה "Legum Probo, sed improbo gentium" (אנו מכבדים את חוקי התורה, אך מסתייגים מהעם). בשלב מסוים התקבע המנהג שרב העדה היה מביא כתשורה ספר תורה. האפיפיור היה מקבל את ספר התורה אך היה אומר " Confirmamus sed non consentimus" (אנו מאשרים אך איננו מסכימים), ואז היה האפיפיור מחזיר את ספר התורה מעבר לכתפו השמאלית כאות של בוז. הגדיל לעשות האפיפיור לאו העשירי. בשנת 1513, כאשר הגיעה משלחת יהודית לברך אותו לרגל היבחרו השליך לאו את ספר התורה לארץ. 
יהודים רבים החלו לעסוק בהלוואות בריבית, תחום הכרחי מבחינה כלכלית, אבל הכנסייה הנוצרית אסרה אותו על נוצרים. עסקי הבנקאות היהודית שגשגו ומסוף המאה ה-13 החלו הבנקאים היהודים מרומא לפתוח עסקי בנקאות במרכז ובצפון איטליה. כמו כן היו רופאים יהודים רבים ואף האפיפיורים השתמשו בשירותיהם. כך למשל היה יצחק בן מרדכי המכונה "מאסטרו גאו" רופאם של ניקולאוס הרביעי ובוניפקיוס השביעי.
הספרות העברית פרחה באיטליה בתקופה זו. היוצר הידוע ביותר הוא עמנואל בן שלמה בן יקותיאל ממשפחת הצפרוני, הידוע בכינויו עמנואל הרומי (1330- 1270, תאריכי הלידה והמוות משוערים). הוא התפרסם בשל חיבורו "המחברות" המחולק ל-28 מחברות וכולל שירי יין, אהבה וידידות. בין השירים תרגום של אחד משירי דנטה. השפעת דנטה על עמנואל באה לידי ביטוי במחברת האחרונה "התופת והעדן", חיקוי ל"הקומדיה האלוהית".

מתקופת הקונטרה-רפורמציה ועד איחוד איטליה

האפיפיורים ראו ברפורמציה הפרוטסטנטית (אמצע המאה ה-16) איום ישיר עליהם וכחלק מתגובת הנגד לרפורמציה הופעלו גם אמצעים נגד היהודים במדינת האפיפיור. ב-14 ביולי 1555, חודשיים לאחר שנבחר לתפקידו, פרסם האפיפיור פאולוס הרביעי את הבולה Cum nimis absurdum שבה נאסר על יהודים להיות בעלים של נדל"ן, להעסיק משרתים נוצרים, לעסוק ברפואה ולקשור קשרים חברתיים עם נוצרים. היהודים נדרשו לחבוש כובע צהוב (צהוב הוא סמל הבגידה בנצרות, ראו הטלאי הצהוב) ולהאזין לדרשות קתוליות בשבת. העיסוקים המותרים ליהודים הוגבלו לסחר בחפצים משומשים בלבד. העיסוק היהודי הנפוץ של מתן הלוואות בריבית התאפשר תחת פיקוח מחמיר. כמו כן נקבע בבולה כי היהודים חייבים להתגורר בנפרד משכניהם הנוצרים. גזרה אחרונה זו הביאה להקמת גטו רומא. עם הקמת הגטו הופרדו יהודי רומא משאר האוכלוסייה לרובע מוקף חומה שבו שלושה שערים שננעלו למשך הלילה. הבולה כללה בנוסף היתר ליהודים להתפלל בבית כנסת אחד בלבד בכל עיר. 
שנה אחר־כך (1556) נידונו למוות והוצאו להורג בשריפה עשרים אנוסים שניסו לחזור ליהדות בעיר הנמל אנקונה. בתגובה נעשה ניסיון לארגן חרם כלל־יהודי על העיר. הניסיון שזכה לשם חרם אנקונה נכשל. 
האפיפיור הבא פיוס הרביעי אכף הקמת גטאות ברוב ערי איטליה. יורשו פיוס החמישי המליץ על הקמתם במדינות השכנות, וב-1569 הורה על גירוש כל היהודים ממדינת האפיפיור למעט מאנקונה ומרומא (כ-1,000 משפחות).
השפעת מאורעות אלה על הקהילה היהודית הייתה דראסטית. ההגבלות והצווים על תחומי העיסוק מצד אחד וגביית המיסים על ידי השלטון (כלומר הכנסייה) מצד שני הביאו את הקהילה לפשיטת רגל כלכלית. במהלך המאות ה-17 וה-18 הפכו יהודי רומא לעניים מרודים והתגוררו בגטו בתנאים מחפירים עד כדי כך שחדר אחד שימש למגורי שלוש משפחות שהחזיקו בו שמונה שעות כל אחת. אף על פי כן המשיכו להתגורר בגטו בין 4,000 ל-6,000 יהודים. הפעילות התרבותית הענפה שקדמה לתקופה זו פסקה כליל, אם כי התקיימה פעילות חינוך בגטו ואחוז היהודים יודעי קרוא וכתוב היה גבוה משמעותית מהאחוז באוכלוסייה הכללית.
בתקופת המהפכה הצרפתית ושלטון נפוליאון זכו היהודים לשוויון זכויות לזמן קצר וב-1808 הוכרז על ביטול הגטו ברומא. אלא שבעקבות קונגרס וינה הוחזר האפיפיור לשלטון ועמו הוחזרו ההגבלות, הצווים והגטו הרומאי. גטו זה היה הגטו האחרון שהושאר על כנו במערב אירופה במאה ה-19. ב-1858, לקראת סוף שלטון האפיפיור, אירע המקרה של אדגרדו מורטארה, ילד יהודי שנחטף מביתו שבבולוניה על ידי משטרת האפיפיור ואולץ להתנצר. 
עם כיבוש רומא ב-1870 וביטול מדינת האפיפיור זכו יהודי העיר לשוויון זכויות מלא.