קו הרכבת המהיר לירושלים

תוכניות ראשונות

הרעיון להקמתו של קו רכבת מהיר לירושלים עלה לראשונה בשנת 1961, והועלתה גם ההצעה להפעילה כמונורייל. ושוב בשנת 1970, בזמן כהונתו של שמעון פרס כשר התחבורה.
בשנת 1971, לאחר שמספר הנוסעים ברכבת לירושלים בקו הישן צנח ב-40% תוך שנה, בעקבות סגירת תחנת הרכבת בית הדר במרכז תל אביב והעברת תחנת הקצה לתחנת הרכבת תל אביב דרום, נשכרו חברות הנדסה בינלאומיות לתכנן קו רכבת חדש ממרכז תל אביב למרכז ירושלים. "חברת הרכבות הלאומית של בריטניה" הציעה לישראל לרכוש רכבת דיזל מהירה, מדגם InterCity 125, שהיה אז בפיתוח (והיה דגם רכבת הדיזל המהיר ביותר שהוכנס לשימוש מעולם). לפי התכנון, זמן הנסיעה בין ירושלים לתל אביב דרך נתב"ג, בתוואי שישתלב עם כביש 1 שהיה אז בתכנון, יהיה כ-28 דקות, במהירות נסיעה של 240 קמ"ש (בפועל כשיוצר דגם InterCity 125 הוא הגיע למהירות של 200 קמ"ש בלבד). התוכנית לא יצאה לפועל מאחר שניתנה עדיפות תקציבית לפיתוח רכבת תחתית בתל אביב באותה עת.
בשנת 1976, העלה שר התחבורה, גד יעקבי, רעיון למסילה וכביש מהיר חדש (תוכנית כביש 45) שיחברו את ירושלים דרך מודיעין ומשם דרך גבעון ועד לצפון ירושלים. אך התוכנית לא הגיעה לכדי מימוש.
בשנת 1996, פנה מנכ"ל רכבת ישראל לממשלה בבקשה להקציב לו 60 מיליון דולר, כדי לשפר את התוואי הקיים של הרכבת מירושלים לנסיעה במהירות של עד כ-160 קמ"ש באמצעות רכבות רוכנות ( "טילטינג"), רכבת שהיא בעלת מנגנון המאפשר לרכבת להטות עצמה בעיקולי תוואי המסילה. הדבר היה מקצר את זמן הנסיעה ל-50 דקות. בהוראת שר התשתיות דאז, אריק שרון, פירסמה רכבת ישראל ב-1998 מיכרז בינלאומי לרכישת ארבעה מערכי קרונות מסוג זה, אך לאחר שנבחר הזוכה, המכרז בוטל בשנת 2000.

העיכוב בהשלמת הקו

לאחר השלמת גשר הרכבת מעל עמק איילון, רכבת ישראל התכוננה להמשיך את המסילה לפי התכנון המקורי - מנהרות באורך כולל של 20 קילומטר, שיתחלקו על פני חמש מנהרות, דרך הרי ירושלים אל תחנת הרכבת ירושלים – יצחק נבון הנבנית בעומק 80 מטר מתחת לפני הקרקע. במהלך 2007 כבר נערך מכרז לחפירת הקטע המרכזי בין שער הגיא למבשרת ציון וחברת "שפיר הנדסה" זכתה במכרז המנהור (בעלות שהסתכמה לבסוף בכ-2 מיליארד שקל).

חריגה תקציבית

ב-2007 הגישה רכבת ישראל בקשה לתוספת של ארבעה מיליארד ש"ח בשל עלייה בתשומות הבנייה, וביקשה להאריך את לוח הזמנים בשלוש שנים נוספות (עד 2013), כך שתוספת תקציב הפיתוח תתפרס על תקופה ארוכה יותר. במשרד האוצר לא הסכימו לבקשה וטענו כי ברכבת ישראל מבזבזים כספי ציבור. האוצר הקפיא את סלילת הקו המהיר לירושלים, עד שחברת הרכבת תבהיר את הסיבה לכך שהתקציב המבוקש לפרויקט עלה פי שלושה (מכ-2 מיליארד ש"ח לכ-6 מיליארד ש"ח). ביולי 2008, כדי לפתור את המשבר בין חברת הרכבת לאוצר, הוסכם כי תיערך בדיקה נוספת של כדאיותו הכלכלית של הפרויקט.
בנובמבר 2008 הסתיימה בדיקת הכדאיות הכלכלית שעליה הוסכם, אך תוצאותיה לא היו חד-משמעיות. ברכבת פירשו את הדו"ח לטובת הפרויקט והצביעו על כך שצפי ההכנסות מהקו עלה, אך באוצר טענו כי ההוצאה הגדולה לא תתקזז עם ההכנסות. חרף זאת, שר האוצר רוני בר און ושר התחבורה שאול מופז הסכימו כי השיקול המרכזי הוא טובתה של ירושלים וחיבורה לגוש דן. בר און האשים את "עבודת המטה הפגומה שבוצעה בשנת 2003, עת התקבלה ההחלטה על ביצוע הפרויקט", שבגללה ניתן אומדן מוטעה, שלפיו עלות הנחת המסילה אינה גבוהה.

מאבק הארגונים הירוקים

פרט לסכסוך עם משרד האוצר הסתכסכה רכבת ישראל עם הארגונים הירוקים, בשל הפגיעה האקולוגית והנופית בשמורת טבע באזור הרי יהודה שבה זורם נחל יתלה. כבר בשנת 2003 הציעו הסביבתנים לסלול מנהרה ארוכה מתחת לנחל (במקום להעביר גשר מעליו), אך ברכבת ישראל טענו כי הדבר יגרור מסילה תלולה באורח בלתי מעשי. ב-2005 נבדקה שוב האפשרות לחפור מנהרה ארוכה מתחת לנחל, ורכבת ישראל הסכימה כי מדובר בחלופה בת-ביצוע, אך יקרה בכחצי מיליארד ש"ח. כמו כן, העריכו ברכבת כי התכנון מחדש יעכב את מועד סיום העבודות בשנתיים.
בשנת 2008 התעצם הוויכוח בין הארגונים הירוקים לרכבת ישראל, וכל אחד מהצדדים גיבה את החלופה שהציע בחוות דעת של מומחה. פרופסור אלפרד האק, מומחה בינלאומי למנהור, גויס לטובת הגופים הירוקים וקבע כי הפתרון הטוב ביותר לרכבת בירושלים הוא מנהרה ארוכה מתחת לנחל יתלה. מנגד, רכבת ישראל גייסה לטובתה את פרופסור יוסי חצור מאוניברסיטת בן-גוריון, שקבע כי הסלע בתוואי המתוכנן הוא מהסוג הגרוע ביותר, ושההשקעה ההנדסית במנהרה ארוכה תהיה גדולה פי כמה מהתכנון המקורי. מן הצד השני, הגופים הירוקים שללו את טענות חברת הרכבת, ולטענתם הם הפריכו את ההערכות בנוגע לעלות הנוספת של החלופה שהציעו, ובנוגע לכך שהיא תימשך זמן רב יותר.
מינהל התכנון מינה ועדה חיצונית בראשות פרופסור עזרא סדן, שתמליץ על אחת החלופות. פרופסור סדן קבע שחלופת המנהור ישימה ככל הנראה מבחינה הנדסית, אך לחלופה זו אין תכנון הנדסי מוכן, להבדיל מחלופת חברת הרכבת, ולכן חלופה זו כרוכה בחוסר ודאות. פרופסור סדן העדיף את חלופת רכבת ישראל מטעמי לוח הזמנים לביצוע, עלות הביצוע וטעמים אחרים.
גם לאחר שהוחלט להעדיף את התוכנית של רכבת ישראל על פני החלופה של הארגונים הירוקים, מועצת הגנים הלאומיים ושמורות הטבע המשיכה להתנגד להמשך העבודות בקו ואף לא אישרה את בקשתה של רכבת ישראל לפרוץ כביש גישה לכלי צמ"ה דרך שמורת הטבע של נחל יתלה.
ב-4 באוגוסט 2009 אישרה המועצה הארצית לתכנון ולבנייה את תוואי הרכבת. המועצה דחתה את החלופה שהציעה רשות הטבע והגנים והחליטה שלא להנמיך את מסילת הרכבת באזור נחל יתלה. עם זאת, שונה התכנון של הגשר מעל הנחל, כך שהפגיעה בנוף תקטן. במקום חמישה עמודים תומכים, ייבנה עמוד מרכזי אחד שיוצב בתוך הנחל.

סוגיית העבודות מעבר לקו הירוק

תוואי A1 עובר במספר נקודות מעבר לקו הירוק. בשנת 2000 ביטל שר התחבורה מטעם מפלגת העבודה, אפרים סנה, את קידום התוואי, בשל שיקולים תקציביים והן מרצון להימנע מזליגה מעבר לקו הירוק. בהמשך שונה תוואי הקו כך שיעבור רובו בתוך הקו הירוק במקום בחפיפה לכביש 443 הנוח טופוגרפית.
עם תחילת העבודות על קו הרכבת מהגשר מעל עמק איילון עד ירושלים, הפקיע ראש המינהל האזרחי דאז, תא"ל יואב מרדכי, חמישים דונם מהשטחים של הכפר בית איכסא הסמוך, הנמצא מעבר לקו הירוק, כדי לסלול עליהם דרך גישה בעת חירום למנהרה 3 של קו הרכבת. ההפקעה התבצעה לצורך שינוי תוואי הרכבת, בעקבות המאבקים הרבים שעורר על רקע שמירת הסביבה. הקרקעות המופקעות אינן מעובדות ואינן משמשות למגורים.עתירה כנגד ההפקעה נדחתה על ידי בג"ץ, כיוון שהיא הוגשה באיחור רב.
במחצית הראשונה של 2011, עקב חציית הקו הירוק בשתי נקודות לאורך כ-6.7 קילומטרים, החליטה חברת דויטשה באן שהייתה שותפה בחלק קטן בפרויקט, בלחץ פלסטינים וקואליציית נשים לשלום שפעלו בשיתוף פעולה עם פעילים גרמניים, לבטל את השתתפותה בפרויקט.

תחנה במבשרת ציון

עם אישור התוכנית לקו הרכבת בשנת 2001, הודיעה רכבת ישראל כי הקמתה של תחנה במבשרת ציון איננה אפשרית בשל השיפוע התלול יחסית שייווצר בין התחנה במבשרת לבין התחנה בירושלים. זאת בשל המגבלות ההנדסיות של שיפוע הקו (כ-3%) ועומק המנהרה (כ-200 מטר). אך בשנת 2011, החלו תושבי מבשרת ופרוזדור ירושלים במאבק להקמת תחנה רכבת עבורם. הנושא הגיע גם לדיון בוועדה לביקורת המדינה, בו הסיעות השונות בכנסת הסכימו על הצורך בהקמת תחנה שתשרת את תושבי האזור, ומנכ"ל משרד התחבורה התחייב לבחון את האפשרויות להקמת התחנה.

ליקויים בהקמת המנהרות

בינואר 2016 פורסם על ליקויים במנהרות שירות שנחפרו במהלך הכנת קו הרכבת, דבר שעלול לגרום לנזק כספי גדול ולעיכוב נוסף בפתיחת הקו. ב-3 ביולי 2016 פורסמו ממצאי בדיקה חיצונית שהזמין משרד התחבורה ואומדן חדש של 70% מנהרות העומדות בסיכון של ניקוז חסר, שמגדיל את הסיכוי לנזקים החל בהופעת עיוותים או סדקים וכן להתבקעות רצפות ואף קריסה, כפי שקרה במנהרה אחת. הבדיקה קובעת כי מדובר בעיקר בכשל תכנוני של חברת אמי מתום שנובע מנתונים גיאו-טכניים חסרים והתעלמות של רכבת ישראל מהתראות גורמים שונים ובהם יועצת התכנון של הרכבת. עם זאת, צוות הבודקים גם מטיל את האחריות על טיב הביצוע של הקבלנים וביקר את שיתוף הפעולה הלקוי בין הגורמים בפרויקט. בסמוך למועד הפרסום, רכבת ישראל הודתה בדבר התיקונים הנערכים וטענה כי עלותם תהיה 12.5 מיליון שקל וכי הפרויקט לא יתעכב בשל התיקונים.

הרצה ומועד הפתיחה

ב-16 בינואר 2018 התבצעה נסיעת המבחן הראשונה בקו, על קטע מהמסילה באזור לטרון. ב-12 באוגוסט 2018 החלו העבודות לחשמול הקו.
לפי פרסומי רכבת ישראל הפעלתו של הקו הייתה אמורה להתחיל במרץ 2018. באוגוסט 2017 הודיע משרד התחבורה כי הקו צפוי להיפתח באפריל 2018. אולם בדו"ח מבקר המדינה התריע המבקר כי פתיחת הקו עלולה להתעכב לסוף 2018. בינואר 2018 הודיע שר התחבורה כי הקו ייפתח במרץ 2018, ב-21 בפברואר 2018 הודיעה הרכבת על דחייה של חצי שנה נוספת, לאוקטובר 2018 עקב אי קבלת האישורים הרגולטוריים מצד המשטרה והרשות הארצית לכבאות והצלה. זאת בניגוד להבטחת שר התחבורה ישראל כ"ץ, אך באפריל 2018 פורסם כי הפעלת הקו תידחה בשנית, למועד בלתי ידוע, שניתן יהיה להעריכו רק אחרי חג הסוכות תשע"ט, ככל הנראה לרבעון הראשון או השני של 2019. כמו כן פורסם כי בכירים בפרויקט מעריכים כי תפתח ועדת חקירה בעקבות הכשלים בפרויקט. בפועל הקו יתחיל במתכונת מצומצמת, בספטמבר מתחנת ההגנה בת"א לבנייני האומה בלבד, ומספר הרכבות בשלב הראשון יעמוד על 2 רכבות בשעה.
ב-6 בספטמבר 2019 בוצעה נסיעת בדיקה מוצלחת ראשונה של קטר חשמלי בין נמל התעופה בן גוריון ועד לתחנת ההגנה. בחודשים שלאחר מכן צפוי הקו להיפתח גם לתחנות הצפוניות יותר בתל אביב, ולתחנת הרכבת הרצליה. תדירות הנסיעה צפויה לעלות בחודשים הסמוכים להפעלת הקו ל-3 נסיעות בשעה לכל כיוון, ובעתיד מסוגלת להגיע בשעות העומס ל-6 נסיעות בשעה. בשלושת החודשים הראשונים, צפויה להיות הנסיעה בקו בחינם, בשני כיווני הנסיעה.

חנוכת הקטע ירושלים – נתב"ג

ב-20 בספטמבר 2018 נחנך קטע ראשון של הקו, מירושלים לנמל התעופה בן-גוריון. הקו התחיל לפעול ב-25 בספטמבר, והוא פועל בתדירות של 2 רכבות בשעה. נוסעים לתחנות נוספות נאלצים להחליף רכבת בתחנה זו עד מועד השלמת חשמול מסילת הקו במלואה. בתצורתו הסופית התחנה הסופית של הקו תהיה תחנת הרכבת כרמיאל.]
שירותי ההצלה דרשו לבטל את פתיחת הקו עקב חוסר יכולת להזעיק רכב הצלה לטווח הקו במקרה הצורך. זאת מכיוון שבחלק הקו שעובר במנהרות, כארבעים קילומטר אורכו, אין גישה לרכבי הצלה לכ-99% מהשטח, עקב ההחלטה לחסוך תקציב על יצירת כביש בטון בצמוד למסילה. לפני פתיחת הקו הצפויה טרם נקנו רכבי הצלה לקו. לאחר שיירכשו, הם יכלו להגיע לנקודות מסוימות אך לא לצאת משם, כך שרכבי אמבולנס עם פצועים יצטרכו לנסוע כארבעה קילומטרים בהילוך אחורי. הובטח כי הבעיה תפתר תוך לא יותר מחמש שנות פעילות הקו. ב-22 בספטמבר, שלושה ימים לפני הפתיחה, נמסר כי שרותי הכבאות סירבו לחתום על אישור להפעלת הקו, והוציאו אישור לתחנת יצחק נבון בלבד. עם זאת, שר התחבורה הורה לפתוח את הקו במועד שקבע. שלוש שעות לפני פתיחת הקו הסכימו שירותי הכבאות לתת אישור הפעלה למשך חודש אחד בלבד. רכבת ישראל נדרשה לתקן את כל הליקויים עד 24 באוקטובר כדי לקבל אישור קבוע.
במקביל נמסר כי חסרים 141 קרונות עבור הקו החדש, וכדי לספק לו את הקרונות החסרים, רכבת ישראל גרעה קרונות מקווים אחרים, מה שיצר עומס רב בקווים בצפון הארץ.
הפעלת הקו הייתה רצופה תקלות. במועד שנקבע קבעה רשות הכבאות כי רוב התקלות תוקנו, אם כי לא כולן, כך שרכבת ישראל קיבלה במקום האישור הקבוע הצפוי אישור זמני נוסף, הפעם למשך שנה. בראשית נובמבר דווח על שריפה בחפיר של הקו סמוך למודיעין.

תל אביב-נתב"ג

הקטע הראשון של הקו מחבר את תל אביב לנמל התעופה בן-גוריון. הוא מתפצל מקו תל אביב לוד במרכזו של כביש מספר 1 בין המחלפים גנות ושפירים, עובר במנהרה מתחת לכביש 1 במחלף שפירים וממשיך בחפיר ובגשרים עד לתחנה הממוקמת מתחת לכניסה לבניין טרמינל 3. העבודות לבניית קטע זה החלו בשנת 2001 והוא החל לפעול באוקטובר 2004, סמוך לתחילת פעולת טרמינל 3. הקו נחשב להצלחה, וישראלים ותיירים רבים עושים בו שימוש רב כדי להגיע לטיסות. בעקבות הצלחתו, החלה חברת הרכבת להפעיל קווים גם בשעות הלילה.

נתב"ג-כפר דניאל

בסמוך לנתב"ג ממשיך התוואי מעל לכביש 1 בגשר שאורכו 550 מטר. בקצה הגשר ממוקם צומת רכבות שמאפשר לרכבות הבאות מהדרום לפנות לכיוון נתב"ג ולהפך וכך לקיים שירות בין באר שבע לנתב"ג. הקו ממשיך בגשר מעל כביש 40 ועובר מדרום למושבים בן שמן וגנתון ומצפון למושב אחיסמך (כביש מספר 1 עובר מצפון להם), חוצה בגשר את כביש 6 ועובר במנהרה נוספת מתחת לכביש מספר 1 לכיוון כפר דניאל. באזור כפר דניאל הוקם מחלף מסילתי שממנו יוצאת שלוחה מזרחה לכיוון מודיעין. שלוחה זו מתוכננת להיות חלק מקו ארוך יותר המקשר בין מודיעין למערב ראשון לציון בין מסלוליו של כביש 431. חיבור זה יאפשר גישה ישירה לקו A1 ולמודיעין מהפרברים הדרומיים של תל אביב ומערים כגון רחובות, נס ציונה ואשדוד, ללא צורך במעבר בתל אביב ובהחלפת רכבת לכיוון ירושלים.
העבודות בקטע נתב"ג-כפר דניאל החלו בשנת 2004 והסתיימו בשנת 2007, אחרי עיכוב משמעותי כתוצאה מגילוי קברים בגבעה הסמוכה למעבר הרכבת, מתחת לכביש מספר 1 לעבר כפר דניאל. כדי להימנע מעימות, החליטה חברת הרכבת לחפור מנהרה מתחת לגבעה זו, ובכך לעכב את פתיחת הקו למודיעין בשנה. הקו למודיעין נפתח לבסוף ב-1 בספטמבר 2007 עד לתחנת הרכבת פאתי מודיעין, וב-1 באפריל 2008 הוארך הקו עד לתחנת הרכבת מודיעין מרכז.

כפר דניאל-ירושלים

החלק היקר, המסובך והמאתגר ביותר של קו הרכבת המהיר לירושלים מוביל מאזור השפלה עד לקצה הקו בעיר. העבודות על התוואי החלו בשנת 2005. כדי לפתור את בעיית השיפועים, ההשפעה על הסביבה והתוואי ההררי הוחלט שרוב התוואי יעבור בשלוש מנהרות. מאזור כפר דניאל ממשיך התוואי לאורך כביש מספר 1 לכיוון לטרון. באזור לטרון חוצה התוואי את עמק איילון באמצעות גשר באורך 1.2 קילומטר המכונה גשר 6, ומסתיים ממזרח לכביש 3. בקצה הגשר נכנס התוואי למנהרה הראשונה מתוך מערכת של שלוש מנהרות ושני גשרים. המנהרה השלישית שאורכה 11.6 קילומטר, היא המנהרה הארוכה ביותר בישראל.
המנהרה השלישית מסתיימת באזור מבשרת ציון. שם, דרך מערכת קצרה יותר של מנהרות וגשרים, ממשיך התוואי עד לתחנה הסופית בבנייני האומה שבנייתה החלה ב-2006 ועומקה כ־80 מטרים מתחת לקרקע, בין בנייני האומה והתחנה המרכזית ומתחת לתוואי הרכבת הקלה בעיר.

קטעי התוואי והתקדמות בנייתם

לצורכי תכנון וביצוע חולק התוואי "כפר דניאל-ירושלים" לארבעה קטעים.

קטע א'

תוואי הקטע הוא בין מחלף ענבה - כביש 3, בין לטרון למבוא חורון ואורכו 8 קילומטרים. הקטע כולל בניית 6 גשרים ומעבר תת-קרקעי. אחד הגשרים הוא גשר 6, באורך 1,250 מטר, כמו כן הקטע כולל שני מעברים תת-קרקעים (2B ו- 2A) שישמשו בעתיד לחיבור קו מכיוון ירושלים בקשת רכבתית למודיעין (קשת מודיעין) ולראשון לציון (מסילה לאורך הכביש 431). הקמת הגשרים והמעבר התת-קרקעי 2B הושלמה ב-2009, מעבר התת-קרקעי 2A הושלם ביולי 2015. בחודש אוגוסט 2015 החלה סלילת מסילת הברזל החל מגשר 6 מערבה לכיוון מחלף ענבה. במקביל, הסתיימה בניית מבנה השו"ב והתחנה התפעולית (התחנה התפעולית איילון). עלות הקטע 250 מיליון ש"ח והקבלנים המבצעים הוא דניה סיבוס וי.ד. עשוש.

קטע ב'

תוואי הקטע הוא בין לטרון (כביש 3) לשער הגיא ואורכו 4 קילומטרים. הקטע כולל מנהרה כפולה באורך 3.6 קילומטר (מנהרה 1) וגשר באורך 150 מטר (גשר 7). חציבת המנהרות נעשתה באמצעות מכונת TBM והסתיימה באוגוסט 2013 ובנוסף, הושלם ביצוע כל 14 המעברים בין שתי המנהרות. גם בניית גשר 7 הושלמה והקטע מוכן לפריסת מבנה עליון, מערכות וחישמולת. עלות הקטע כ-600 מיליון ש"ח, הקבלן הזוכה הוא מנרב וכריית המנהרה נעשתה בשיתוף עם חברת מוסמטרוסטרוי (Mosmetrostroy) מרוסיה.

קטע ג'

תוואי הקטע הוא בין שער הגיא לעמק הארזים ליד מבשרת ציון ואורכו 14.5 קילומטרים. הקטע כולל כריית שתי מנהרות שהאחת מהם היא הארוכה בישראל, והקמת שני גשרי רכבת באורך 150 מטר. הקטע נחשב למורכב ועלותו 1,600 מיליון ש"ח. הקבלנים המבצעים שפיר הנדסה, ובכריית המנהרה גם Impresa Pizzarotti מאיטליה.
המנהרה הראשונה בקטע - מנהרה 2, באורך 1,200 מטר, 900 מטר מתוכם נכרו בשיטת מנהור שלבי (NATM) ו-300 מטרים נוספים בשיטת חפירה וכיסוי. ביצוע המנהרה הושלם באפריל 2013.
הגשר הראשון בקטע - גשר 8 מעל נחל יתלה, נבנה בשיטת היציקה המאוזנת עם עמוד מרכזי אחד שלא יורד לתוך ערוץ הנחל ובבנייתו נעשו מאמצים שלא לפגוע בערכי הטבע הרגישים בשטח.
המנהרה השנייה בקטע - מנהרה 3 היא הארוכה בפרויקט ואורכה עומד על 11.6 קילומטר. כרייתה נעשתה באמצעות שתי מכונות TBM במקביל, מכיוון תל אביב לכיוון ירושלים. קטע של מעל 800 מטר נחפר בכל אחת מצמד המנהרות מהכיוון הנגדי בשיטה הקונבנציונלית ובסופו הוקם אולם שיאפשר פירוק של מכונות ה-TBM. ב-25 באוגוסט 2014 הושלמה כריית המנהרה הצפונית, וב-6 באוקטובר 2014 הושלמה כריית המנהרה הדרומית.
העפר שהוצא מהמנהרות שונע על גבי מסוע עד למתחם התפעול שהוקצה לחברת שפיר ליד כביש 1, בסמוך לשער הגיא. לאחר סיום העבודה פונה העפר והאזור שוקם. חלק מן העפר שימש גם להרחבת הכביש.
הגשר השני בקטע - גשר 9 נבנה בין מנהרה 3 למנהרה 3A ממזרח ליישוב מבשרת ציון. הגשר נבנה בשיטת הדחיקה ובנייתו הושלמה בתחילת אפריל 2014.

קטע ד'

תוואי הקטע הוא בין עמק הארזים לתחנת האומה בירושלים, ואורכו 4.3 קילומטר. הקטע כולל את מנהרת A3 (מנהרה כפולה), גשר באורך קילומטר ובגובה של עד כ-86.5 מטר (גשר 10) ומנהרה 4 (האחודה עד קרוב לרציפי התחנה). עלות בניית הקטע כולו מגיעה לכ-910 מיליון ש"ח (כ-750 מיליון ש"ח עבור מנהרות A3 ו-4, וכ-163 מיליון ש"ח עבור גשר 10). הקבלנים המבצעים הם חופרי השרון בשיתוף חברת Max Bögl מגרמניה לכריית מנהרות A3 ו-4, ובניית גשר 10 נעשית על ידי חברת טר ארמה.
בניית מנהרה A3 הושלמה במאי 2013, ובניית גשר 10 הושלמה בספטמבר 2016. כמו כן הושלם ביצוע מנהרה 4, כולל כריית המנהרה ומנהרות הרציפים.

התקנת מערכות על הקו ומבנה עליון

קבוצת Electra Bogl JV זכתה במכרז המערכות, מבנה עליון ו-Slab Track למסילת הרכבת המהירה מתל אביב לירושלים. הקבוצה מורכבת מחברות: אלקטרה חופרי השרון בשיתוף חברת Max Bögl הגרמנית, וחברה Signon Schweiz AG השווייצרית. הפרויקט כולל הקמת כ-46 קילומטר מסילות ומכלול המערכות השונות (אלקטרו-מכניות, חשמל, אוורור, גילוי וזיהוי אש, בקרה וכדומה), כמו כן גם ניהול, פיקוח ואינטגרציה של כלל המערכות המותקנות ומערכות תשתית רכבתיות.

חישמול הקו

פרויקט התקנת קווי ההזנה העיליים (OCS) להנעה חשמלית, בניית תחנות השנאה רכבתיות (תה"ר-TS) והקמת שאר המערכות הנלוות מבוצע על ידי חברת SEMI הספרדית. חשמול הקו לא הושלם והצפי לסיום החשמול עד תחנת הרכבת הרצליה אינו ידוע. ביולי 2019 הכריז שר התחבורה, בצלאל סמוטריץ', שב-15 בספטמבר הקו יחל לפעול עד תחנת ההגנה.

התוכנית להארכת הקו אל הר הבית והכותל המערבי והקמת תחנה נוספת במרכז העיר

בדצמבר 2016 אשרו משרד התחבורה ורכבת ישראל בשיתוף עיריית ירושלים את התוכנית להארכת קו הרכבת מתחנת בנייני האומה עד לתחנת הר הבית והכותל. על פי התכנון יבוצעו עבודות להארכת הקו לאורך רחוב יפו במפלס תת-קרקעי עד לממילא, שעל יד העיר העתיקה, ומשם ימשיך תוואי הקו כשהוא עדיין תת-קרקעי לכיוון הר הבית באחת משתי חלופות, האחת היא: המשך הקו לאורך חומות העיר העתיקה ומחוצה לה, עד לשער האשפות, שם תוקם תחנת הר הבית והכותל, ואילו החלופה השנייה מציעה: כניסה אל תוך העיר העתיקה מאזור מגדל דוד מערבה תחת הרובע היהודי, לכיוון רחבת הכותל.
התוכנית להארכת הקו, מצריכה כריית מנהרה באורך של למעלה משלושה קילומטרים, כאשר לפי המתוכנן, הכרייה תיעשה מכיוון העיר העתיקה לכיוון תחנת בנייני האומה וזאת כדי לא להפריע לפעילות השוטפת בתחנת בנייני האומה.
לפי התוכנית תוקם בנוסף גם תחנת ירושלים מרכז, שתחילה תוכננה באזור הצטלבות הרחובות יפו והמלך ג'ורג' אך הוסטה לאזור הצטלבות הרחובות יפו והנביאים. מיקום התחנה באזור זה יאפשר למשתמשים בה נגישות למסלול הקו האדום הקיים והקו הכחול המתוכנן של מערך הרכבת הקלה בירושלים, ולהמשיך בנסיעה כמעט לכל נקודה מרכזית בעיר. התחנות המתוכננות וכן המסילה תיבנינה בעומק של כ-50 מטרים מתחת לפני הקרקע. עלות הפרויקט מוערכת בכ-2 מיליארד שקל.
בהמשך החלו לתכנן תוואי שונה לפיו לאחר תחנת ירושלים מרכז ימשיך הקטע התת-קרקעי של המסילות תחת מרכז העיר לתחנה תת-קרקעית חדשה שתוקם בסמוך לתחנת החאן ההיסטורית.

קשת מודיעין

בשנת 2016 החלה הקמת "קשת מודיעין", מסילת ברזל המחברת את הרכבות היוצאות ממודיעין מזרחה אל קו הרכבת המהיר לירושלים ותאפשר להפעיל קו רכבת בין תחנת פאתי מודיעין ישירות לירושלים בזמן נסיעה משוער של 17 דקות.