במדבר

פרקים א-י

עם הספרים שמות וויקרא מסתיים התהליך הארוך של יציאת מצרים, קבלת התורה ובניית המשכן.
העם מוכן אם כן לצאת לנדודיו.
ספר במדבר מתחיל בתיאור ההכנות למסע בארבעה חלקים: הכנת העם למסע, עבודת הלויים, דינים מיוחדים והיציאה למסע.
מחנה ישראל (פרקים א' - ב'): הספר מתחיל בציווי ה' לספור את עם ישראל בתחילת המסע במדבר. לאחר המפקד מתואר סדר המחנה בהפסקות שבין מסע למסע: במרכז המשכן, סביבו הכהנים והלויים, ומסביבם שאר עם ישראל - שלשה שבטים בכל אחד מארבעת צדדי המחנה.
הלויים (ג' - ד'): לאחר מפקד הלויים מתוארת החלפת הבכורות בלויים (הבכורות היו אמורים מלכתחילה להיות עובדי-המשכן), ואחר כך תיאור עבודת הלויים בזמן המסע: בני קהת נושאים את כלי המשכן, בני גרשון את כלי הבד שבמשכן ושמעליו, ובני מררי את קרשי המשכן וכל הקשור אליהם.
דינים מיוחדים (ה' - ט' יד): דין קרבן אשם, דין אישה סוטה, דיני הנזיר, ברכת הכהנים (הנאמרת עד היום בבתי הכנסת על ידי הכהנים), קרבנות נשיאי השבטים, טהרת הלויים ופסח שני.
היציאה למסע במדבר (ט' טו - י'): הענן קובע את דרכם של בני ישראל - מתי יסעו ומתי יחנו, וכן תרועת החצוצרות - בימי שלום ומלחמה, והיציאה עצמה למסע כאשר הארון בראש המחנה.
החלק הזה מסתיים בשירת "ויהי בנסוע הארון", מאת משה, שמוקפת באותיות נו"ן הפוכה לפניה ולאחריה - לכך הוצעו בגמרא ובפרשנים מספר הסברים.

פרקים יא-יט

בפרקים אלו מתוארים אירועים רבים שהתרחשו במהלך המסע במדבר. האירועים המרכזיים הם חטאי בני ישראל במדבר כמו חטא המתאוננים בתבערה, חטא המתאווים בקברות התאוה, חטא המרגלים וקורח ועדתו.
תלונות העם (י"א): הפרק מתחיל בתיאור כעס ה' על תלונה של העם (חטא המתאוננים) בתבערה, וממשיך בתלונות העם ביחס לתנאי המסע וגעגועיהם למצרים (חטא המתאווים). בעקבות תלונה זו מתייאש משה מהעם, וה' מצרף אליו 70 זקנים כעזרה בהנהגה.
צרעת מרים (י"ב): מרים מרכלת על משה יחד עם אהרן ("כי אישה כושית לקח..."). בעקבות זאת לוקה מרים בצרעת.
חטא המרגלים (י"ג - י"ד): משה שולח 12 נציגים לרגל את הארץ. המרגלים עוברים בחלקיה הדרומיים ולוקחים מפירותיה. בשובם מתפתח ויכוח האם הארץ ניתנת לכיבוש, כשרק כלב בן יפונה ויהושע בן נון מנסים לשכנע את העם לעלות בכל-זאת. בעקבות ההיסוס נגזר שדור יוצאי מצרים יימחה ברובו במדבר, ורק אז תותר הכניסה לארץ. בעקבות זאת מנסים כמה לפרוץ את הדרך אל הארץ אך ניסיונם נכשל (חטא המעפילים) - העם פונה להמשך מסעיו במדבר.
דינים שונים (ט"ו): מנחות המוקרבות עם הקרבן: סולת, שמן ויין. קרבנות על חטאי ציבור או נציגיו. דינו של מחלל שבת - סיפור המקושש, ומצוות ציצית.
מחלוקת קורח ועדתו (ט"ז - י"ח ז): קורח ועדתו ערערו על הנהגתם של משה ואהרן. כמבחן יקטירו קורח ועדתו קטורת וגם אהרון. אש אכלה את מקטירי-הקטורת של קורח וכל אנשיו נבלעו באדמה. במבחן נוסף פרח מטהו של אהרון והעיד כי רק אהרן ובניו (שבט לוי) - ישמשו במשכן.
דינים שונים (י"ח ח - י"ט): חלקם של הכהנים בקרבנות ובתבואה, תחת לקבל נחלה בארץ, ודיני פרה אדומה.

פרקים כ-כה

חלק זה עוסק באירועים שאירעו על גבול ארץ ישראל אך לא קשורים ישירות לכניסה לארץ.
מי מריבה (כ' א - יג): לאחר מות מרים העם רב עם משה בגלל מחסור במים. ה' מצווה את משה לדבר אל הסלע שיוציא מים, ומשה מכה בסלע עד שיוצאים ממנו מים. מקרה זה מוזכר בהמשך כסיבה לעונשם של משה ואהרן שבעקבותיו לא יכנסו לארץ.
מלחמות עבר הירדן (כ' יד - כ"א): מלך אדום מונע מישראל לעבור בארצו שסובבים את ארצו במקום להילחם בו. מלך ערד נלחם בהם, ובעקבות סירוב נוסף נלחם בהם סיחון מלך האמורי (ביהץ) ואחריו עוג מלך הבשן (באדרעי). במהלך המסע מת אהרן ונקבר בהר ההר.
פרשת בלעם (כ"ב - כ"ה): בלק מלך מואב (אף היא ממלכה בעבר הירדן) מביא את בלעם, מכשף ונביא, לקלל את בני ישראל. בלעם מנסה את כוחו אך מפיו יוצאות ברכות במקום קללות. לאחר שבלעם עוזב, שולחים המואבים את בנותיהם להחטיא את ישראל בזנות.

פרקים כו-לו

בפרקים אלו מפורטות ההכנות לכיבוש הארץ.
המפקד ומינוי יהושע (כ"ו - כ"ז): מפקד של עם ישראל כולל שבט לוי. בנות צלפחד מבקשות נחלה וה' משיב בחיוב. מינוי יהושע בן נון למחליפו של משה.
דינים שונים (כ"ח - ל'): קרבנות התמיד, המועדים, ודיני הפרת נדרים.
סיום המסע (ל"א - ל"ג מט): מלחמה אחרונה במדין, בני גד ובני ראובן מבקשים לנחול בעבר הירדן, משה מסכם את המסע בכותבו את רשימת תחנות-המסע.
הכנה להתנחלות (ל"ג נ - לו): הגדרת גבולות הארץ, החלוקה לנחלות והפרשת ערי המקלט.