בקעת באר שבע

אקלים

האקלים בבקעת באר שבע הוא צחיח למחצה (סוג אקלים חצי מדברי וחצי ים תיכוני), האמצע בין האקלים המדברי, שמדרומה והאקלים הים-התיכוני שמצפונה. בבקעת באר שבע יש בין 100 ל-200 מילימטר משקעים בשנה לאורך עשרים עד ארבעים ימי גשם בשנה. לרוב יורדים המשקעים בבקעת באר שבע רק בצורת גשם ולעיתים גם בצורת ברד. בבקעת באר שבע תועדו מקרים נדירים של כמויות שלג מאוד מועטות אך תופעה זו לא אופיינית כלל לאזור, מה גם שהוא מאוד נמוך ובשל כך ירידת שלג לא מתאפשרת. טמפרטורת המינימום בחודש ינואר (החודש הכי קר) בבקעת באר שבע נעה בין 5 ל-7 מעלות. לעומת זאת טמפרטורת המקסימום בחודש אוגוסט (החודש הכי חם) בבקעת באר שבע נעה בין 32 מעלות ל-34 מעלות ולעיתים יכולה להגיע ל-36 מעלות. הכמות השנתית הממוצעת של מים שמתאדים בבקעת באר שבע היא 1600–1800 מ"מ. הלחות היחסית הממוצעת בשיא הקיץ היא 55% ובמזרח הבקעה גם 50%. כמות הטל השנתית הממוצעת בבקעת באר שבע היא בין ארבעים לשישים מילימטר. הרוחות העזות בשטח המישורי, הקרקע הלסית והיובש בהיעדר משקעים גורמים לעיתים לתופעה של סופות חול.

צומח

כמו שבקעת באר שבע מהווה גבול בין שטח מדברי לשטח ים תיכוני כך גם צמחייתה היא הגבול בין הצמחייה הים תיכונית לצמחייה המדברית. בעקבות השתלטות האדם על שטחים נרחבים, התפתחות הטכנולוגיה ורעיית יתר הצטמצם מגוון הצמחים בבקעת באר בצורה דרסטית. בקעת באר שבע מתאפיינת בצמחייה נמוכה, הרבה שיחים ומאוד נפוץ למצוא באזור עצי אשל. באזור נפוצה שלהבית קצרת- שיניים, שיח נמוך מאוד, כמעט שרוע, בעל עלים צמירים וצהבהבים, הפורח בצהוב בחודשים מרץ-יוני. האזור כולו מתאפיין בפריחה עונתית. כלניות פורחות כאן דרך קבע בפברואר ואחריהן מינים רבים של צמחי פרחים ססגוניים, ביניהם צבעוני המדבר, הפורח במרץ. צמח נפוץ נוסף הוא העירית הגדולה, הפורחת במרץ בצבע קרם וצמח נוסף הוא לשון הפר הסמורה, הפורח בחורף בכחול עמוק.

בעלי חיים

כמו הצמחייה גם החיות סובלות מהשתלטות האדם וכיום קשה וכמעט בלתי אפשרי להבחין בבעלי חיים גדולים בסביבות בקעת באר שבע. במקומות רחוקים מאדם יהיה ניתן להבחין בשעות החשוכות של היממה במספר מועט של יונקים מסוגים שונים: תן זהוב, שועל מצוי, צבוע, דרבן ועוד מכרסמים שונים. לעומתם ניתן למצוא בשפע סוגים שונים של זוחלים, זחלים ובמיוחד חיפושיות שונות באזור בקעת באר שבע. במרחב הבקעה מצויים יותר משלושים סוגים שלושים מינים של זוחלים ושלושה מינים של דו-חיים. ”מין הדגל“ של הזוחלים באזור היא שנונית באר שבע, לטאה נדירה בעלת הסתגלות טובה לתנאי הבקעה.

בקעת באר שבע במקרא

בקעת באר שבע תופסת חלק רחב בסיפורי המקרא מתחילתם בספר בראשית מראשון המתיישבים הוא אברהם אבינו עד לאחרון הספרים, ספר דברי הימים המסכם את ספרי התנ"ך עד לתקופת שיבת ציון. בקעת באר שבע מוזכרת לראשונה כ"נגב" המקראי אליו מגיע אברהם אבינו לאחר נדידתו מארם נהריים: 
ט וַיִּסַּע אַבְרָם, הָלוֹךְ וְנָסוֹעַ הַנֶּגְבָּה
— ספר בראשית, פרק י"ב, פסוק ט'

לאחר מכן מתרחש הסיפור המפורסם של אבימלך מלך גרר. בסיפור מסופר על הסכסוך שהיה בין רועי אברהם לרועי אבימלך ופיכול שר הצבא שגזלו את הבאר שאברהם חפר. לאחר פיוס ושבועה הדדית, אברהם נוטע אשל וקורא למקום מושבו: "באר שבע", על שם השבועה שניתנה בנוגע לבאר. על כך מסופר בספר בראשית: 
כב וַיְהִי, בָּעֵת הַהִוא, וַיֹּאמֶר אֲבִימֶלֶךְ וּפִיכֹל שַׂר-צְבָאוֹ, אֶל-אַבְרָהָם לֵאמֹר: אֱלֹהִים עִמְּךָ, בְּכֹל אֲשֶׁר-אַתָּה עֹשֶׂה. כג וְעַתָּה, הִשָּׁבְעָה לִּי בֵאלֹהִים הֵנָּה, אִם-תִּשְׁקֹר לִי, וּלְנִינִי וּלְנֶכְדִּי; כַּחֶסֶד אֲשֶׁר-עָשִׂיתִי עִמְּךָ, תַּעֲשֶׂה עִמָּדִי, וְעִם-הָאָרֶץ, אֲשֶׁר-גַּרְתָּה בָּהּ. כד וַיֹּאמֶר, אַבְרָהָם, אָנֹכִי, אִשָּׁבֵעַ. כה וְהוֹכִחַ אַבְרָהָם, אֶת-אֲבִימֶלֶךְ, עַל-אֹדוֹת בְּאֵר הַמַּיִם, אֲשֶׁר גָּזְלוּ עַבְדֵי אֲבִימֶלֶךְ. כו וַיֹּאמֶר אֲבִימֶלֶךְ--לֹא יָדַעְתִּי, מִי עָשָׂה אֶת-הַדָּבָר הַזֶּה; וְגַם-אַתָּה לֹא-הִגַּדְתָּ לִּי, וְגַם אָנֹכִי לֹא שָׁמַעְתִּי--בִּלְתִּי הַיּוֹם. כז וַיִּקַּח אַבְרָהָם צֹאן וּבָקָר, וַיִּתֵּן לַאֲבִימֶלֶךְ; וַיִּכְרְתוּ שְׁנֵיהֶם, בְּרִית. כח וַיַּצֵּב אַבְרָהָם, אֶת-שֶׁבַע כִּבְשֹׂת הַצֹּאן--לְבַדְּהֶן. כט וַיֹּאמֶר אֲבִימֶלֶךְ, אֶל-אַבְרָהָם: מָה הֵנָּה, שֶׁבַע כְּבָשֹׂת הָאֵלֶּה, אֲשֶׁר הִצַּבְתָּ, לְבַדָּנָה. ל וַיֹּאמֶר--כִּי אֶת-שֶׁבַע כְּבָשֹׂת, תִּקַּח מִיָּדִי: בַּעֲבוּר תִּהְיֶה-לִּי לְעֵדָה, כִּי חָפַרְתִּי אֶת-הַבְּאֵר הַזֹּאת. לא עַל-כֵּן, קָרָא לַמָּקוֹם הַהוּא--בְּאֵר שָׁבַע: כִּי שָׁם נִשְׁבְּעוּ, שְׁנֵיהֶם. לב וַיִּכְרְתוּ בְרִית, בִּבְאֵר שָׁבַע; וַיָּקָם אֲבִימֶלֶךְ, וּפִיכֹל שַׂר-צְבָאוֹ, וַיָּשֻׁבוּ, אֶל-אֶרֶץ פְּלִשְׁתִּים. לג וַיִּטַּע אֶשֶׁל, בִּבְאֵר שָׁבַע; וַיִּקְרָא-שָׁם--בְּשֵׁם ה', אֵל עוֹלָם. לד וַיָּגָר אַבְרָהָם בְּאֶרֶץ פְּלִשְׁתִּים, יָמִים רַבִּים.
— ספר בראשית, פרק כ"א, פסוקים כ"ב-ל"ד

בעיר באר שבע ישנה באר עתיקה שנמצאת בכניסה לעיר הטורקית של באר שבע, הנקראת "באר אברהם" שעל פי מסורות רבות זוהי הבאר שאותה חפר אברהם אבינו. אברהם אבינו היה גר בעיר באר שבע בתקופת הברונזה, במהלך האלף השני לפנה"ס בתקופת הברונזה התיכונה. אך למרות ריבוי המסורות, הסיפורים והאמונות סביב סיפורי אברהם אבינו בבקעת באר שבע, הקביעה הארכאולוגית היא שלא היו שום התיישבויות בבקעה במהלך תקופת הברונזה (3200/3100- 1200/1150 לפנה"ס). באר שבע נזכרת שוב לאחר מכן כמקום מושבו של יעקב אבינו בהיותו צעיר: 
י וַיֵּצֵא יַעֲקֹב, מִבְּאֵר שָׁבַע
— ספר בראשית, פרק כ"ח, פסוק י'

לאחר יציאת מצרים עם ישראל כובש את הארץ בפיקוד יהושע בן נון ובתוך הארץ גם את בקעת באר שבע. בספר יהושע לא מסופר על ערי מדינה מרכזיות שבהם נלחם יהושע במהלך כיבוש הבקעה (חוץ מערד וחורמה שנמצאות בבקעת ערד). כאשר מחלק יהושע את הארץ לנחלות שבט יהודה מקבל שטח גדול מאוד יחסית לשאר השבטים ומתחלק בו עם שבט שמעון. שבט שמעון מקבל את נחלתו בתוך נחלת שבט יהודה ושטחי הנחלה כוללים את בקעת באר שבע וסביבתה. בספר יהושע פרק ט"ו נמצאת רשימת ערי יהודה שכוללים בתוכם גם את ערי שמעון. זוהי רשימת הערים שבנחלת שבט שמעון על פי ספר יהושע: 
א וַיֵּצֵא הַגּוֹרָל הַשֵּׁנִי, לְשִׁמְעוֹן--לְמַטֵּה בְנֵי-שִׁמְעוֹן, לְמִשְׁפְּחוֹתָם; וַיְהִי, נַחֲלָתָם, בְּתוֹךְ, נַחֲלַת בְּנֵי-יְהוּדָה. ב וַיְהִי לָהֶם, בְּנַחֲלָתָם--בְּאֵר-שֶׁבַע וְשֶׁבַע, וּמוֹלָדָה. ג וַחֲצַר שׁוּעָל וּבָלָה, וָעָצֶם. ד וְאֶלְתּוֹלַד וּבְתוּל, וְחָרְמָה. ה וְצִקְלַג וּבֵית-הַמַּרְכָּבוֹת, וַחֲצַר סוּסָה. ו וּבֵית לְבָאוֹת, וְשָׁרוּחֶן: עָרִים שְׁלֹשׁ-עֶשְׂרֵה, וְחַצְרֵיהֶן. ז עַיִן רִמּוֹן, וָעֶתֶר וְעָשָׁן: עָרִים אַרְבַּע, וְחַצְרֵיהֶן. ח וְכָל-הַחֲצֵרִים, אֲשֶׁר סְבִיבוֹת הֶעָרִים הָאֵלֶּה, עַד-בַּעֲלַת בְּאֵר, רָאמַת נֶגֶב: זֹאת, נַחֲלַת מַטֵּה בְנֵי-שִׁמְעוֹן--לְמִשְׁפְּחֹתָם. ט מֵחֶבֶל בְּנֵי יְהוּדָה, נַחֲלַת בְּנֵי שִׁמְעוֹן: כִּי-הָיָה חֵלֶק בְּנֵי-יְהוּדָה, רַב מֵהֶם, וַיִּנְחֲלוּ בְנֵי-שִׁמְעוֹן, בְּתוֹךְ נַחֲלָתָם.
— ספר יהושע, פרק י"ט, פסוקים א'-ט'

בספר דברי הימים א' נמצאת רשימה זהה עם שינויים קלים: 
כח וַיֵּשְׁבוּ בִּבְאֵר-שֶׁבַע וּמוֹלָדָה, וַחֲצַר שׁוּעָל. כט וּבְבִלְהָה וּבְעֶצֶם, וּבְתוֹלָד. ל וּבִבְתוּאֵל וּבְחָרְמָה, וּבְצִיקְלָג. לא וּבְבֵית מַרְכָּבוֹת וּבַחֲצַר סוּסִים, וּבְבֵית בִּרְאִי וּבְשַׁעֲרָיִם; אֵלֶּה עָרֵיהֶם, עַד-מְלֹךְ דָּוִיד. לב וְחַצְרֵיהֶם עֵיטָם וָעַיִן, רִמּוֹן וְתֹכֶן וְעָשָׁן; עָרִים, חָמֵשׁ. לג וְכָל-חַצְרֵיהֶם, אֲשֶׁר סְבִיבוֹת הֶעָרִים הָאֵלֶּה--עַד-בָּעַל;
— ספר דברי הימים א', פרק ד', פסוקים כ"ח-ל"ג
רבים מערים אלו גילו בתלים ובחורבות ארכאולוגיות, כגון: חרמה, צקלג, שרוחן ועוד. אך מרשימות ארוכות אלו גילו אך ורק שלוש ערים בבקעת באר שבע והן: העיר באר שבע שנמצאת בבאר שבע בסביבות תל עוזיהו והערים העתיקות של הביזאנטים והטורקים, העיר שבע שנמצאת בתל באר שבע (בעבר רווחה ההשערה כי העיר באר שבע נמצאת על תל זה, אך לאחר גילוי השכבות הארכאולוגיות העתיקות מתקופת הברזל באזור תל באר שבע שבבאר שבע, התגלה כי ההשערה המסורתית הייתה מוטעית) והעיר מולדה שהתגלתה במערב הבקעה. נראה שנמצאים עוד אתרים מקראיים בבקעת באר שבע, שכן ישנם עוד חורבות רבות בבקעה שלא נחפרו מספיק.

גם לאחר מות יהושע, לא נכבשה כל הארץ וכנראה, שטחים נוספים מהנגב ומהבקעה נכבשו לאחר מותו, כפי שמסופר בספר שופטים:
ט וְאַחַר, יָרְדוּ בְּנֵי יְהוּדָה, לְהִלָּחֵם, בַּכְּנַעֲנִי--יוֹשֵׁב הָהָר, וְהַנֶּגֶב וְהַשְּׁפֵלָה.
— ספר שופטים, פרק א', פסוק ט'

במהלך התקופה הישראלית (תקופת השופטים והמלכים היא תקופת הברזל) הגבול הדרומי ביותר של הממלכות הישראליות (ממלכת ישראל המאוחדת, ממלכת יהודה וממלכת שומרון) היה נע בקו אילת- קדש ברנע- אל עריש (קו הגבול הצפוני של מדבר סיני). אף על פי שהגבול של הממלכות עבר בגבול הצפוני של מדבר סיני הגבול של ההתיישבות עבר בכלל בבקעת באר שבע. ההתיישבות הישראלית לא עברה את גבול המדבר ו"נתקעה" בבקעת באר שבע שהייתה החיץ בין המזרע לישימון. בספרי התנ"ך מופיע חמש פעמים המשפט: 
מִדָּן וְעַד-בְּאֵר שֶׁבַע
— ספר שופטים, פרק כ', פסוק א'

כלומר, העיר באר שבע שהייתה בירת הבקעה הייתה הגבול ההתיישבותי הדרומי של ישראל. למשל, כאשר אליהו הנביא ברח מאיזבל וכאשר הגיע לעיר באר שבע השאיר שם את משרתו, והמשיך דרומה למדבר. כלומר, המשרת נשאר במקום הכי דרומי שבו גרים ישראלים, בבקעת באר שבע ואליהו הנביא המשיך למדבר, בו לא גרים ישראל כלל. המעשה מתואר בספר מלכים א': 
ג וַיַּרְא, וַיָּקָם וַיֵּלֶךְ אֶל-נַפְשׁוֹ, וַיָּבֹא, בְּאֵר שֶׁבַע אֲשֶׁר לִיהוּדָה; וַיַּנַּח אֶת-נַעֲרוֹ, שָׁם. ד וְהוּא-הָלַךְ בַּמִּדְבָּר
— ספר מלכים א', פרק י"ט, פסוקים ג'-ד'

בנוסף, המקום הכי דרומי שהוזכר בתנ"ך כמקום שבו גר מישהו בממלכת ישראל או ממלכת יהודה, הוא באר שבע, בה גרה צביה אשת יהואחז המלך: 
וְשֵׁם אִמּוֹ, צִבְיָה מִבְּאֵר שָׁבַע.
— ספר מלכים ב', פרק י"ב, פסוק ב'

זוהי עוד הוכחה להיותה של בקעת באר שבע הגבול ההתיישבותי הדרומי של ממלכת ישראל. דוגמה נוספת, מובאת במקרה של גם בספר נחמיה שמגולל את סיפור העם היהודי בתחילת תקופת בית שני מובאת רשימה של הערים בנחלת שבט יהודה שאליהם חזרו לגור תושבי ישראל (ביניהם גם שלושה מערי בקעת באר שבע): 
כה וְאֶל-הַחֲצֵרִים, בִּשְׂדֹתָם--מִבְּנֵי יְהוּדָה, יָשְׁבוּ בְּקִרְיַת הָאַרְבַּע וּבְנֹתֶיהָ, וּבְדִיבֹן וּבְנֹתֶיהָ, וּבִיקַּבְצְאֵל וַחֲצֵרֶיהָ. כו וּבְיֵשׁוּעַ וּבְמֹלָדָה, וּבְבֵית פָּלֶט. כז וּבַחֲצַר שׁוּעָל וּבִבְאֵר שֶׁבַע, וּבְנֹתֶיהָ. כח וּבְצִקְלַג וּבִמְכֹנָה, וּבִבְנֹתֶיהָ. כט וּבְעֵין רִמּוֹן וּבְצָרְעָה, וּבְיַרְמוּת. ל זָנֹחַ עֲדֻלָּם, וְחַצְרֵיהֶם, לָכִישׁ וּשְׂדֹתֶיהָ, עֲזֵקָה וּבְנֹתֶיהָ; וַיַּחֲנוּ מִבְּאֵר-שֶׁבַע, עַד-גֵּיא הִנֹּם.
— ספר נחמיה, פרק י"א, פסוקים כ"ה-ל'
על פי הפסוקים ניתן לראות שגם בתקופת בית שני המקום הכי דרומי שבהם חיו בני ישראל (נחלת יהודה ושמעון שבתוכה היא הנחלה הכי דרומית ולכן גבולה הדרומי של נחלה זו הוא גם גבולה הדרומי של כל ההתיישבות הישראלית) היא באר שבע, בירת בקעת באר שבע. אף על פי שידוע לנו על ערים ישראליות נוספות מדרום לבקעה כמו תל אסדר וחורבת ערוער, ברור הוא כי באר שבע הייתה המרכזית באזורה ולכן לא היה צורך לציין עיירות וכפרים קטנים כעיר גבול. לעומת זאת, העיר באר שבע שטופחה וגדלה בצל קדושת האבות הייתה עיר מרכזית וחשובה שיכלה לשמש כעיר גבול.

בקעת באר שבע נזכרת פעם נוספת כאשר אביה ויואל בני שמואל נמנים לשופטים בבירת הבקעה, היא באר שבע: 
א וַיְהִי, כַּאֲשֶׁר זָקֵן שְׁמוּאֵל; וַיָּשֶׂם אֶת-בָּנָיו שֹׁפְטִים, לְיִשְׂרָאֵל. ב וַיְהִי שֶׁם-בְּנוֹ הַבְּכוֹר יוֹאֵל, וְשֵׁם מִשְׁנֵהוּ אֲבִיָּה--שֹׁפְטִים, בִּבְאֵר שָׁבַע.
— ספר מלכים א', פרק ח', פסוקים א'-ב'

התקופה הכלקוליתית

היישוב האנושי הראשון במרכז הבקעה מתחיל בתקופה הכלקוליתית באלף הרביעי לפנה"ס. באזור תל באר שבע נמצאו ממצאים מעטים מהתקופה הכלקוליתית. בנוסף באזור העיר באר שבע על גדותיו של נחל באר שבע הוקמו שלושה יישובים כלקוליתיים שהיו חלק מתרבות מגוונת הקרויה "תרבות באר שבע" שהתקיימה באלף הרביעי לפנה"ס. שלושת האתרים (חורבת צפדי, ביר אבו מטר וחורבת בתר) היו כפרי מגורים, תת-קרקעיים בחלקם. אף על פי ששלושת היישובים הכלקוליתיים הללו הם בעלי אופי קבוע ישנם סימנים ברורים לעזיבה מתוכננת של האוכלוסייה במקום (למשל: כלים וחפצים הונחו בצרורות ופתח החדרים נחסם באבן). 
היישובים כללו תחילה חדרים תת-קרקעיים שנכרו באדמת הלס ושימשו כנראה לשינה ואחסון. לאחר מכן הרחיבו המתיישבים את המערכת התת-קרקעית, על ידי חפירת אולם גדול המתחבר לתאים נוספים. הירידה מפני הקרקע הייתה דרך פיר אנכי. בתוך תאים ואולמות אלו נחפרו בורות קטנים ששימשו לאחסון חפצים. התושבים של התרבות שהיו נוודים למחצה היו יוצאים לנדידות לפי עונות ושומרים את חפציהם העודפים בבורות אלו ומכסים אותם בסדר ובצורה מתוכננת. באחת הנדידות לא חזרו התושבים והאתרים היו שוממים לזמן מה. בשלב ההתיישבות השלישי זה בנו התושבים את בתיהם על השקעים שנוצרו מהתמוטטות מערותיהם ובשלב הרביעי והאחרון נבנו גם בתים על הקרקע אך בצורה יותר משוכללת. תושבי תרבות באר שבע נהגו לסחור אם רבים משכניהם במזרח התיכון, כגון תושבי רמת הגולן (כלי בזלת אשר נמצאו באתרים מעידים על מסחר שכזה). תושבי התרבות עסקו בחקלאות ובמרעה וכן עסקו בציד צבאים.
גם בתל שבע נמצאו ממצאים כלקוליתיים, אם כי לא רבים. בתל נמצאו חרסים בודדים ומספר בורות שנראה שימשו למגורים, אולי הייתה זאת השפעה של תרבות באר שבע ואולי הייתה בעצם אותה תרבות. תרבות באר שבע ואיתה כל ההתיישבות בבקעה בתקופה הכלקוליתית נעלמה כלא הייתה בסוף האלף הרביעי לפנה"ס. בתקופת הברונזה לא נמצאו עדויות ארכאולוגיות להתיישבות בבקעה.

תקופת הברזל

בתקופת הברזל (התקופה הישראלית) שהתקיימה בין המאות ה-13 עד ה-6 לפנה"ס, שבטי ישראל התנחלו בבקעת באר שבע לאחר שהבקעה הייתה ריקה מהתיישבות בתקופת הברונזה. בקעת באר שבע הייתה מיושבת לאורך כל תקופת הברזל, מההתנחלות עד חורבן בית המקדש הראשון. בבקעה ישנם אתרים רבים שנמצאו בהם ממצאים מתקופת הברזל והם: תל שבע, תל באר שבע, חורבת אום סרבוט', אתר נחל יתיר, חורבת יתן וחורבת יתנה. תל באר שבע שבעיר העתיקה של באר שבע הוצע לזיהוי כעיר הקדומה של באר שבע. נכון לשנת 2014 לא התבצעו חפירות גדולות מספיק שבעזרתם ניתן ללמוד יותר על העיר. עד כה נמצאו רק מספר מבנים וכלי חרס מתקופת הברזל II.

גם בחורבת אום סרבוט' נעשו מספר חפירות מועט שעד כה גילו מבני מגורים מסוף תקופת ממלכת יהודה. כמו קודמיהם גם בחורבת יתן, חורבת יתנה ואתר נחל יתיר אין מספיק פרטים וכל אחד מהאתרים הוצע לזיהוי כעיר המקראית- מולדה. מחקר תקופת הברזל בבקעת באר שבע הוא תחום שנחקר רבות, אך דווקא בתל שבע נחפרו שכבות רבות ונמצאו ממצאים רבים. בתל שבע נתגלתה עיר מיוחדת במינה עד כדי כך שהוכרזה כגן לאומי. התל שבתחילה הוצע לזיהוי כעיר באר שבע, ידוע כיום כעיר שבע. בתל שבע נחפרו חמש עשרה שכבות ארכאולוגיות, החל מהתקופה הכלקוליתית עד התקופה הערבית הקדומה במאה השמינית לספירה. בין השכבות נמצאו 9 שכבות מתקופת הברזל. 

בשכבה הראשונה של התל מתקופת הברזל נמצאו שרידים של עיר שהתנהלה במהלך השנים 1150 לפנה"ס- 1050 לפנה"ס ומספר תושביה מנה בין 120 למאתיים נפשות. שכבת התיישבות ראשונה זו מאופיינת בבורות חפורים בסלע הקונגלומרט. חלקם שימשו למגורים וחלקם שימשו לאגירה ושמירה על מוצרים וכלים כגון: יין, תבואה, כלי חרס ועוד. בנוסף תנורי הבישול שנמצאו בקדמת אחד הבורות מצביעים על שימוש חלק מן הבורות כמקומות מלאכה. סביר להניח כי בקרבת הבורות הוקמו סוכות ואוהלים ששימשו גם הם למגורים. כלכלת היישוב באותה תקופה התבססה על גידול צאן ובקר. אופי היישוב היה ארעי ותושביו כנראה היו נוודים למחצה, כמרבית תושבי הבקעה. 
השלב השני המשיך ברציפות לקודמו במהלך השנים 1050 לפנה"ס- 1025 לפנה"ס והוא מאופיין בהתפתחות הבנייה. הבורות שנחפרו בשלב הראשון חולקו לתאים בעזרת קירות תת-קרקעיים ומעל הקרקע נבנו מבנים מסוג "הבית הישראלי" (בית ארבעת המרחבים). אחד הממצאים המרשימים של אותה שכבה היא הבאר בעומק של יותר מארבעים מטרים. תקופת הזמן בה מיושבת השכבה הארכאולוגית הזאת חופפת לתקופת הזמן בהם היו יואל ואביה בני שמואל שופטים בבאר שבע, מעשה שמעיד על התפתחות כלשהי בעיר ובבקעה כולה, אולי גידול באוכלוסייה שמצריך בית משפט מקומי. 
בשלב הבא, הוא השלב השלישי שתקופת זמנו תוארכה לשנים 1025 לפנה"ס- 975 לפנה"ס נבנתה העיר שבע לאחר שבורות המגורים העתיקות מולאו בעפר ופני גבעת העיר יושרו. היישוב החדש נבנה בתוך מצודה סגלגלה, שקוטרה הארוך היה 70 ק"מ, הכניסה אליה הייתה בצורת מסדרון ארוך שעובר בין שני מגדלים גבוהים ובמרכזה חצר ריקה. מבני ארבעת המרחבים נבנו בצמוד לחומות המצודה ובקרבתם חצרות ובהן שורות של עמודים. כמו ערים נוספות בנגב גם העיר שבע התפשטה אל מחוץ לחומת המצודה, בעיקר לכיוון באר המים העמוקה. העיר שבע נבנתה בתוך מצודה בשכבת הזמן המדוברת, כנראה מסיבות ביטחוניות. שהרי באותה תקופה היו שכיחות המלחמות בין העמלקים שבמרכז הנגב לבין שאול מלך ישראל. בשלב הרביעי, כאשר העננה הביטחונית פגה, בשנים 975 לפנה"ס- 950 לפנה"ס איבדה המצודה את שימושה ההגנתי וזאת אפשר להבין ממבנה שנבנה על קו המצודה במהלך פירוק קטע ארוך ממנה. בשלב זה נראה כי העיר שבע הפכה למחנה עבודה בו תוכננה להיבנות עיר מרכזית וגדולה שתשמש את השלטון הישראלי בתקופת דוד המלך. בשל הניצחונות הצבאיים וההצלחות הכלכליות של דוד המלך יכלה הממלכה לגשת לעניינים שכאלה ולהתחיל לפתח את העיר לשיפור הגבול הדרומי ולמטרות מדיניות נוספות. כך נגמרה תקופה של ארבע שכבות ארכאולוגיות, שהחלו בתקופת ההתנחלות ונגמרו בשלטון המלך דוד. במהלך מאתיים שנים אלו התנהלה העיר שבע כעיר ככל הערים שעם השנים התפתחה, אך כעת תהפוך לעיר מנהל מרכזית.
השלבים הבאים (החמישי עד השני) די זהים בבנייתם ובמאפייניהם. מהשכבה החמישית העיר שבע נבנתה כעיר ממלכית בעלת חשיבות עליונה. העיר הוקפה בחומות עבות שרק ערי בירה וערים מרכזיות זכו לשמירה כזאת. בנוסף העיר שבע הוקפה בסוללת עפר אדירה, הגדולה ביותר מסוגה בתקופת הברזל בארץ ישראל. עיר זאת זכתה להשקעה שכזו מעצם היותה הגבול ההתיישבותי הדרומי של הממלכה ומן הצורך להגן על הממלכה מאיומים דרומיים. בעיר הוקמו מבנים מיוחדים שמצביעים בבירור על קיומה של עיר ממשל שתושביה הם תושבי כבוד, אלה הם חלק מהמבנים: מבנה מחסם, ארמון המושל, מערכת ניקוז משוכללת ומפעל אספקת המים העירוני. השכבה החמישית של העיר התקיימה בין השנים 950 לפנה"ס- 925 לפנה"ס. בסוף תקופת השכבה הארכאולוגית החמישית נחרבה העיר על ידי שישק מלך מצרים. לאחר מכן עברה העיר את תקופת השכבה רביעית בשנים 925 לפנה"ס- 875 לפנה"ס, את השכבה השלישית בשנים 875 לפנה"ס- 725 לפנה"ס ואת השכבה השנייה בשנים 725 לפנה"ס- 675 לפנה"ס. בין כל שכבה לשכבה קיים שוני זניח. בכל תקופת העיר שבע כעיר ממלכתית התיישבו בה מגדולי השליטים של הממלכה כאשר 75 בתיהם תפסו שני שלישים משטחי העיר ומספרם הגיע לכ־400 איש. כל פעם העיר נהרסה או עברה אירוע שהצריך שדרוג ובנייה מחדש של העיר. בסביבות שנת 675 לפנה"ס נחרבה העיר על ידי סנחריב מלך אשור. ניסיונות השיקום של העיר יצאו לדרך בתקופת השכבה הראשונה שהתקיימה משנת 675 לפנה"ס עד שנת 586 לפנה"ס בכיבוש בבל. למרות זאת הניסיונות לא הניבו פירות והיישוב נשאר בחורבנו עם סימנים להתחלת בנייה. בימיה האחרונים של ממלכת יהודה, העיר שבע לא הייתה מיושבת ואחת ההשערות אומרת כי תושבי העיר שבע נדדו לעיר באר שבע וחיו שם את ימיהם האחרונים לפני הגירוש לבבל.

תקופת בית שני

בשנת 539 לפנה"ס כורש מלך פרס כבש את הממלכה הבבלית שארץ ישראל הייתה חלק ממנה. שנה לאחר ניצחונו של כורש הוא מכריז על "הצהרת כורש", הצהרה אשר מקנה ליהודים לחזור לארצם ולבנותה. בתחילת תקופת בית שני (538 לפנה"ס- 70 לספירה) חזרה ההנהגה הרוחנית של היהודים לארץ ישראל לאחר גלות בבבל, בין השאר גם לבקעה.
בספר נחמיה מובאת רשימה של ערים אליהם חזרו אנשי שבט יהודה לגור (שבט שמעון, שהבקעה הייתה כלולה בנחלתו, נטמע כבר זמן רב לפני כן בתוך שבט יהודה) וביניהן נמצאות גם ערים בבקעת באר שבע. גם בתקופה זאת העיר באר שבע הייתה הגבול הדרומי ביותר של ההתיישבות היהודית. תקופת בית שני הייתה תקופה בה הנגב ובקעת באר שבע נזנחו במעט והתיישבו בהם האדומים. בתל שבע נמצאה שכבה ארכאולוגית מהמאה הרביעית לפנה"ס, תקופת שלטון הפרסים בארץ ישראל ועליה נמצאו שרידי יישוב קטן ומצודה.
כיבוש הארץ על ידי אלכסנדר מוקדון בשנת 332 לפנ"ס פתח את התקופה ההלניסטית בארץ ישראל. באותה תקופה הוקם יישוב קטן בחורבת אום סרבוט' (בין תל שבע לתל באר שבע על גדת נחל באר שבע) על חורבות היישוב שהתקיים שם בסוף תקופת ממלכת יהודה. היישוב היה בנוי בצורת תאים תת-קרקעיים מחוברים בעזרת תעלות תת-קרקעיות והיציאה מהם אל הקרקע היא דרך פירים אנכיים. זוהי שיטת בנייה שמאוד מזכירה את תרבות באר שבע בתקופה הכלקוליתית. מאותה תקופה (הלניסטית) נמצאה עוד שכבה ארכאולוגית בתל שבע ובה שרידים של מצודה גדולה ולידה מקדש, בנוסף נמצאו כלי פולחן רבים.
בשנת 167 לפנה"ס גזר אנטיוכוס הרביעי, השליט ההלניסטי על תושבי ארץ ישראל היהודים גזרות שעל פיהם הם אסורים לנהוג לפי הדת היהודית. גזירות אלו הובילו למרידה יהודית בממלכה ההלניסטית. המרידה שהתחילה בשנת 167 לפנה"ס והונהגה על ידי משפחת החשמונאים צלחה וסללה את הדרך לשליטת החשמונאים בארץ ישראל. במהלך תקופת החשמונאים בה שלטה השושלת החשמונאית על ארץ ישראל היא הצליחה להתפשט בימי אלכסנדר ינאי בתחילת המאה ה-1 לפנה"ס עד לבקעת באר שבע אך לא להרבה זמן.
המצביא הרומי, גנאיוס פומפיוס מגנוס כבש את ארץ ישראל בשנת 63 לפנה"ס וקבע את באר שבע ואת הבקעה כגבול הדרומי של פרובינקיה יהודה באימפריה הרומית. לאחר כיבוש ארץ ישראל בידי הרומאים, הורדוס האדומי התמנה למושל המחוזי ומתקופתו נמצאה שכבה ארכאולוגית בתל שבע עליה בנה הורדוס ארמון גדול ובית מרחץ.
בשנת 70 כאשר טיטוס החריב את בית המקדש השני הוא הגלה רבים מתושבי ארץ ישראל היהודיים וביניהם גם את תושבי בקעת באר שבע שנשארה במעמדה הרעוע. עם חורבן בית המקדש השני תמה לה תקופת בית שני הן בארץ ישראל והן בבקעה.

התקופה הרומית-ביזנטית

בתחילת התקופה הרומית-ביזנטית, שהתקיימה משנת 70 לספירה (חורבן בית המקדש השני עד שנת 634 לספירה (הכיבוש המוסלמי של ארץ ישראל) בקעת באר שבע ואיתה כל ארץ ישראל הייתה תחת השלטון של האימפריה הרומית. במהלך המאה הרביעית לספירה הדת הנוצרית נהפכה בהדרגה לדת הרשמית והיחידה המותרת בתחומי האימפריה (שנת 393). מאותה תקופה הנצרות הייתה הדת השולטת בכל האימפריה הרומית ושליחי וכוהניה התפשטו בכל רחבי האימפריה. בשנת 395 לספירה התפצלה האימפריה הרומית לאימפריה המערבית (שהתפוררה שנים מספר לאחר מכן) ולאימפריה המזרחית (שלימים נקראה האימפריה הביזנטית).
ידוע הוא כי היישוב בבקעה היה מאוד מתפתח ומרכזי בתקופה זו וכך המשיך גם כמאה שנים לאחר הכיבוש המוסלמי, עד שדעך לחלוטין.] בעזרת חפירות ארכאולוגיות רבות בחוות פרטיות שנמצאו בסביבות הבקעה, בתל שבע עליה נמצאה מצודה רומאית ובתל באר שבע בה נמצאה העיר באר שבע הקדומה נשפך אור על תקופה היסטורית מאוד מיוחדת בבקעה. למרות ההתיישבות הרבה לכאורה שהייתה בבקעה באותה תקופה לא קיימים כיום ממצאים היסטוריים רבים לגביה, כלומר ממצאים בכתב. באר שבע מוזכרת לעיתים רחוקות בכתבים של צליינים ונזירים נוצרים שבסך הכל כותבים כי באר שבע הייתה עיר גדולה במרחק עשרים מילין מהעיר חברון. אפשרית הטענה כי בקעת באר שבע הייתה מקום פחות מוכר לעולם הנוצרי, יחסית למקומות כמו ירושלים וחברון אך מוחלטת היא העובדה שבקעת באר שבע הייתה מקום מיושב מאוד ובעל משמעות לשלטונות הנוצריים בתקופתם.
באר שבע הייתה עיר שונה משאר ערי האימפריה הרומית, מאותה סיבה שבה הייתה עיר מיוחדת לאורך כל ההיסטוריה-באר שבע הייתה גבול המדבר. האימפריה הרומית ישבה על גבול הבקעה, כלומר על גבול המדבר כאשר מדרומה משתרעת ממלכת הנבטים, איום די רציני. לשם הגנה על גבולות האימפריה נבנה חגר הגנתי בגבול הדרומי, או בשמו הרומי: "לִימֵס". הלימס הרומי נבנה בקו דרומי שהתחיל מדרום לעזה, במקביל לנחל הבשור, לאחר מכן במקביל לנחל באר שבע דרך באר שבע, תל מלחתה עד לרכס זוהר ועין גדי. לאורך הלימס נבנו מצודות, מגדלים ותחנות דרך שונות. אחת המצודות נמצאה בתל שבע ותוארכה למאות הראשונה והשנייה לספירה. שרידים נוספים של מצודה ניתן למצוא בתל באר שבע. בשנת 106 הקיסר טראיאנוס הביס את הנבטים והדרים את קו הגבול הדרומי של האימפריה הרומית לאזור הערבה, אדום ומדבר צין. בכל זאת באר שבע המשיכה להתנהל כעיר בעלת מערכת מינהלית מיוחדת.
באר שבע הייתה כנראה העיר הגדולה ביותר בנגב בתקופה הנוצרית (גודלה מוערך בכ-1,000 דונם) והמרכזית ביותר בבקעה. הבקעה עצמה הייתה מיושבת בצפיפות על ידי בתי חוות שנמצאו כולן מסביב לעיר המרכזית, היא באר שבע. עד כה נמצאו בתי חוות במקומות כמו: שכונה ד' באר שבע, תחנת הרכבת באר שבע צפון, חורבת שבע וחורבת אבו מחפוז שממערב לתל שבע. עדויות ארכאולוגיות רבות מלמדות אותנו על עובדות רבות לגבי העיר באר שבע הנוצרית, כמו שם המושל של העיר, שם הרופא, על מלאכת היין המפותחת בעיר ועוד.. כנסיות רבות ובתי קברות נוצריים נמצאו בצפיפות רבה בעיר ובסביבותיה, זוהי עוד סיבה כי אין כל ספק שתושבי העיר היו נוצרים נוכרים. אך למרות זאת ניתן לראות השפעות מעטות של עבודה זרה. ממצא מעניין נוסף הוא בניין שנמצא בעיר והיה בנוי בצור מכוונת צפונה ולא מזרחה ככנסייה. יכול להיות שמבנה זה שימש בית כנסת לקהילה יהודית קטנה בעיר. ממצא נוסף שנמצא הוא כתובת הקדשה בשפה הארמית שמוכיח בבירור שבעיר באר שבע התקיימה קהילה יהודית קטנה ביותר מול הקהילה הנוצרית (ארמית הייתה שפה שנייה של רוב יהודי העולם במיוחד באותה תקופה).
כפי שיאמר בפסקה הבאה, כאשר נכבשה הבקעה על ידי המוסלמים, העיר הביזאנטית נשארה בחורבנה עד לשנת 1900. עדויות היסטוריות רבות של מטיילים מספרים כיצד העיר שחלק ממבניה היו עומדים עוד במאה ה-14 נבנתה מחדש על ידי הטורקים במיוחד מהאבנים של העיר העתיקה. רבים ממבני העיר פשוט נהרסו ושבריהם שימשו לבניית העיר הטורקית של באר שבע. נאמר כי אפילו מצבות קברים וצווים (שנכתבו על אבן) שימשו לבניית העיר.

התקופה המוסלמית או תקופת השיממון

בשנת 634 כאשר האימפריה המוסלמית כבשה את ארץ ישראל בראשות עומר בן אל-ח'טאב, הנוצרים ובראשם הביזאנטים ברחו מהארץ והשאירו את העיר באר שבע שבבקעה בחורבנה. בעזרת ממצאים ארכאולוגיים מעטים ניתן לקבוע כי עד תחילת המאה השמינית (700- 799) עוד היו חיים בבקעה. בעיר באר שבע נמצאו מספר מטבעות מתקופת שלטון בית אומיה (השלטון המוסלמי), מבני מגורים מאותה תקופה באזור תחנת הרכבת באר שבע צפון, בתי חווה ומצודה בתל שבע. חוץ מממצאים אלו, לא נמצא שום אתר או מבנה שיכול להצביע על קיומו של יישוב קבע בבקעה. כך העיר באר שבע המשיכה להתנהל מקסימום מאה שנה בראשות בית אומיה אך לאחר מכן ננטשה העיר ונשארה בחורבנה יותר מ-1100 שנים. פה ושם ניתן למצוא אזכורים לשבטים הבדואים הנודדים באזור ומשתמשים בבארות העיר בשכיחות. הבדואים במקום לא הקימו עיר או שלטון כלשהו. ידוע הוא כי במאה התשע עשרה, מקום העיר באר שבע הייתה המרכז של השבטים הבדואים ובה עבר הגבול בין מושבותיהם הזמניות. שבט עזאזמה נדד מדרום, שבט תיאהא ממזרח ושבט תראבין ממערב.

גם כאשר הארץ ובתוכה הבקעה עברה מסכת כיבושים על ידי הצלבנים, הסלג'וקים, הכורדים (בראשות צלאח א-דין) והטורקים במאות ה-11- 16 אף אחד מהשליטים לא ניצל את אזור הבקעה והיא נשארה בחורבנה כלא הייתה. מאז התקופה הצלבנית עד ראשית המאה התשע-עשרה חדל אף מיקומה הגאוגרפי להיות ידוע לעולם האירופי. רוב המבקרים האירופיים וגם הצלבנים זיהו את באר שבע עם בית גוברין ורק בשנת 1806 איתר מחדש החוקר זטצן את באר שבע האמיתית. במהלך המאה התשע-עשרה החוקרים שעברו במקום ( אדוארד רובינסון, תומסון, טריסטראם, לורטה, פורט, פולמר ועוד.) ציינו רק הימצאות בארות ולא מצאו שום יישוב קבע או דרך ראשית בסביבה. רק בתחילת המאה העשרים הטורקים היו הראשונים להבין שקיים יתרון בבקעה והתחילו להשתמש ביתרון זה.

האימפריה העות'מאנית

בסוף המאה ה-19 כאשר הטורקים החלו להבין את היתרונות באזור הנגב הם השקיעו את מרב מאמציהם בפיתוח הנגב ובעיר בירתו החדשה היא באר שבע. בקעת באר שבע שכבר סבלה ממלחמה בין השבטים הבדואים עזאזמה ותראבין בשנות התשעים של המאה ה-18החלה להיות מיושבת ונבנית בשנת 1900. הטורקים החליטו להקים מחוז נפרד נפרד של הנגב שבירתו היא באר שבע. הבחירה בבקעת באר שבע נובעת מהיותה צומת דרכים מכל כיווניה והגבול בין שלושת השבטים הבדואים בצפון הנגב (עזאזמה, תראבין ותיאהא)והבחירה דווקא במקומה של העיר באר שבע נובעת ממי התהום הרבים שבשטחה. כנראה הסיבה הכי משמעותית לבניית העיר בנוסף לסיבות מדיניות ופנימיות היא הגישה האימפריאליסטית של עבד אל-חמיד, השולטן העות'מאני. העיר באר שבע בראשות חג' עלי אל עטאונה נבנתה בעזרת סלעי העיר הביזנטית העתיקה ובעזרת סלעים שנחצבו מצפון לעיר. העיר נבנתה בצורת שתי וערב בסמוך לגדת נחל באר שבע. בנייתה החלה בשנת 1900 בהדרגה עד שנת 1912. באותה תקופה לא נכחה אוכלוסייה יהודית בבקעת באר שבע אך בנייתה של העיר באר שבע משכה מספר יהודים הרפתקניים שמספרם מנה לא יותר מעשרה אנשים. לקראת סוף התקופה העות'מאנית מספר היהודים יותר ממאה אנשים.
היום האחרון בו שלטו הטורקים על בקעת באר שבע היה ה-31 באוקטובר 1917. הבריטים התכוננו לכבוש את באר שבע כשהטורקים בכלל חשבו שהבריטים יתקפו בעזה. כך, לאור בוקר 31 באוקטובר הפרשים האוסטרלים שנלחמו בשביל הבריטים הסתערו על העיר באר שבע שהכוחות שישבו בה היו מעטים. קרב זה שנחשב כקרב הרכוב האחרון נמשך לאורך כל שעות היום ולבסוף כאשר הבריטים כיתרו את העיר והפרשים כבשו אותה במהרה מבלי שהחיילים הטורקים עוד הספיקו להגיב. הקרב, לא רק שהיה הרכוב האחרון אלא היה בעל משמעות מאוד גדולה במלחמת העולם הראשונה. לאחר כיבוש באר שבע הבריטים כבשו במהרה את כל ארץ ישראל והמזרח התיכון ובכך הביסו את הטורקים. בעצם קרב באר שבע היה הקרב שבו ניתן היתרון לכוחות הבריטים, מקרב זה הטורקים רק נסוגו אחורה.

המנדט הבריטי

תקופת המנדט הבריטי החלה מיד לאחר כיבוש הבקעה ב-31 באוקטובר 1947 אך משפטית, תקופה זו החלה ב-11 בספטמבר 1922 בה קיבלה בריטניה את המנדט על ארץ ישראל. למנדט הבריטי יש השפעה ניכרת על האוכלוסייה, על הכלכלה ועל ההתיישבות בבקעת באר שבע. במהלך תקופת המנדט העיר באר שבע שופצה והוגדלה פי שלוש. מבנים חדשים נבנו, תושבים חדשים התיישבו ומקומות תעסוקה חדשים נפתחו. אוכלוסיית העיר באר שבע גדלה מ-2356 תושבים ב-1,922 ל-6,490 תושבים ב-1946. העיר שמשכה אליה את כל הבדואים מהסביבה היוותה מרכז כלכלי מאוד חשוב, במיוחד בימי רביעי כאשר השוק היה פעיל. באר שבע שהייתה בירת מחוז הדרום הייתה המרכז הכלכלי והמנהלי של הדרום כולו, כאשר על נפת באר שבע משל עארף אל-עארף. בנוסף, בסמוך לעיר במקום בו עומד כיום מחנה נתן הוקם מחנה צבאי של חיל הספר הירדני, יחידה צבאית של המנדט הבריטי.
בזמן שבקעת באר שבע התנהלה כאזור מוסלמי לכל דבר דאגה התנועה הציונית שאזור הנגב ובמיוחד בקעת באר שבע לא יכללו במדינה יהודית עתידית כלשהי. בעיר באר שבע חיו עד כמאתיים יהודים שמספרם הידלל לאט לאט עד 1931 לאחד עשר אנשים בעקבות מאורעות תרפ"ט. הלאומנות הערבית התפשטה ברחבי הבקעה והייתה נודעת גם אצל מושל נפת באר שבע- עארף אל-עארף. התנועה הציונית שחיפשה מרכז יהודי סמוך לעיר באר שבע הצליחה להוציא לפועל את תוכנית "שלושת המצפים" שבה נבנו שלושה מצפים בנגב שבחנו את אפשרויות ההתיישבות בו. המצפה בית אשל הוקם כשני קילומטרים מזרחית לבאר שבע בעמק שרה, על אדמה שנרכשה על ידי המוסד להכשרת היישוב מידי בדואים ותושביו ששאפו להקים במקום מושב עובדים. במוצאי יום כיפור (6 באוקטובר) 1946 יצאה לפועל תוכנית 11 הנקודות של התנועה הציונית. התוכנית כללה בניית אחת עשרה נקודות יישוב בנגב הצפוני והמערבי ואחת מהן הייתה היישוב נבטים שנמצא מזרחית לבית אשל, גם הוא בבקעת באר שבע. המושב נבטים הוקם על ידי גרעין של יוצאי עיראק ומיעוט של יוצאי אירופה. לאחר שגרעין זה התפרק מחוסר תקציב וחלק מאנשיו עברו לבית אשל הובא גרעין חדש למושב ובו יוצאי רומניה. גרעין זה התפרק במהרה ושוב הובא גרעין חדש של יוצאי רומניה.
השלב האחרון בשליטה הבריטית על ארץ ישראל מתחיל ביום בו הוחלט על סיומו של אותו מנדט בריטי. ב-29 בנובמבר 1947 האו"ם החליט על תוכנית החלוקה. לפי תוכנית החלוקה בלילה שבין ה-14 במאי ל-15 במאי 1948 יעזבו הכוחות הבריטים את ארץ ישראל שבה יקומו שתי מדינות, אחת ערבית ואחת יהודית. לפי תוכנית זו רוב הנגב, מישור החוף, הגליל התחתון והעמקים בידי היהודים ובקעת באר שבע, מישור החוף הדרומי, חולות שפלת הנגב, יהודה, השומרון והגליל העליון בידי הערבים. קו הגבול של המדינה הערבית עבר בבקעת באר שבע כאשר באר שבע בתחומי המדינה הערבית וגוש בית אשל-נבטים בתחומי המדינה היהודית (על פי התוכנית ירושלים תהיה מובלעת בינלאומית). הערבים התנגדו בכל תוקף לאותה הצעה, בניגוד ליהודים שקיבלו אותה ברצון. יום למחרת פרצה מלחמת העצמאות והתקיימו קרבות אזרחיים בין ארגונים לא רשמיים. הקרב האזרחי הראשון שהתרחש במלחמת העצמאות שבה נעשה שימוש לראשונה בכלי טיס על ידי היהודים התרחש בבקעת באר שבע. ב-17 בדצמבר 1947 כאשר המושב נבטים הותקף על ידי 300 ערבים (בדואים ותושבי חברון) המריא מטוס שבמקרה היה נמצא בבית אשל הסמוכה לכיוון מזרח. לאחר שברחו התוקפים הערבים נהרג אדם תושב נבטים ושניים נוספים נפצעו. בלילה שבין 14 במאי ל-15 במאי עזבו הבריטים את ארץ ישראל כאשר עוד באותו יום הכריז דוד בן-גוריון על הקמתה של מדינת ישראל על פי החלטת עצרת האומות המאוחדות. שלטונם של בריטים בארץ ישראל נגמר וקמה לה מדינה יהודית צעירה כשישר ביומה הראשון ב-15 במאי, למחרת ההכרזה פלשו צבאות ערב לארץ ישראל.

מלחמת העצמאות

ב-14 במאי 1948 הכריז דוד בן-גוריון על הקמתה של מדינת ישראל, מדינה יהודית. למדינה עוד לא הייתה טריטוריה מוגדרת אך למחרת ההצבעה פלשו צבאות ערב לארץ על מנת לדאוג שלא תהיה לה שום טריטוריה. כאשר הבריטים עזבו את הארץ ב-15 במאי הם השאירו את הערבים להילחם ביהודים, שבעה צבאות נגד צבא אחד צעיר. לאחר חצות ב-15 במאי פלשו כוחות צבא מצרים לארץ ישראל והתחילו במסעות כיבוש. המצרים נעצרו בקו אשקלון- בית גוברין- חברון ב-28 במאי 1948. בזמן המצור המצרי על הנגב עמדו על אדמת הנגב יישובים רבים שהיו נצורים בשתי קבוצות- יישובי מערב הנגב ויישובי בקעת באר שבע/ נבטים ובית אשל. רוב היישובים נשארו עומדים על תילם וביניהם גם יישובי הבקעה. כאשר כבשו המצרים את בית אשל הם פתחו בהרעשה עזה על היישוב שבה נהרג מפקד היישוב-משה אלברט יצהר. במשך 5 חודשים התחפרו אנשי היישוב מתחת לאדמה בזמן שהיישוב מופגז. לאחר שהבינו תושבי המקום שבית הביטחון הדו קומתי ביישוב מהווה נקודת מכוון לתותחים המצריים, פוצצו אותו חברי המקום. אספקת המים בבית אשל באה מבאר שמימיו זרמו במשאבה שעבדה במשך כל ימי המלחמה. ביישוב נבטים הסמוך הוקם מנחת מטוסים שיאפשר הגעתם של מטוסי אספקה. האספקה הגיעה לנבטים ומשם רגלית לבית אשל. במהלך המלחמה המתווך מצד האו"ם פולקה ברנדוט ניסה להעביר תוכנית להפסקת אש שכוללת את מסירת הנגב כולו לערבים. מדינת ישראל התנגדה בכל תוקף להצעה שכזו, במיוחד בן-גוריון שאהב מאוד את הנגב. ב-17 בספטמבר 1948 נרצח בירושלים על ידי אנשי הלח"י בשל כוונותיו לחלוקת הארץ. ביחד עם ברנדוט מתו גם הכוונות לחלוקת הנגב. 
ב-15 באוקטובר 1948 כאשר צה"ל ניסה להעביר שיירת אספקה נוספת לנגב וזאת הותקפה התחדשו קרבות המלחמה (לאחר שהייתה הפוגה בקרבות). מדינת ישראל שפחדה כי האו"ם יאמץ את תוכנית ברנדוט לפיה הנגב יינתן לערבים עמדה תחת לחץ כבד של האו"ם להפוגת אש מיידית. בעקבות לחץ זה והתעקשות על שליטה בנגב צה"ל יצא למספר מבצעים בנגב. "חזית הדרום" שחייליה לחמו במבצע הייתה קבוצות יחידות קרביות עליהם פיקד יגאל אלון. הקבוצות היו: חטיבת הנגב, חטיבת גבעתי, חטיבת יפתח, חטיבת עודד וגדוד שריון של חטיבה 8. הכוח הארטילרי הגדול ביותר שרוכז עד אז על ידי צה"ל היה ביד חזית הדרום. מבצע יואב שבו לחמו חיילי חזית הדרום היה אחד המכריעים בחזית הדרומית של מלחמת העצמאות. המבצע לווה בהתקפות ימיות ואוויריות של צה"ל על מטרות מצריות. לאחר שחזית הדרום יצאה למבצע ב-16 באוקטובר 1948 היא נחלה מספר הפסדים במיוחד, בעיראק אל-מנשייה ומטרת המבצע- לפתוח את הדרך לנגב צלחה רק בלילה שבין ה-19 באוקטובר וה-20 באוקטובר. בלילה זה כבשה חזית הדרום את משלטי חוליקאת שממערב לאשקלון ובכך פתחה את הדרך לנגב שהיה נצור כמעט חצי שנה. מבצע יואב צלח ויישובי מערב הנגב חוברו בחזרה לשאר מדינת ישראל. במשך ימי המבצע כוחות אוויריים הפגיזו את העיר הערבית של באר שבע קשות, בסך הכל כ־10 טון פצצות נפלו על העיר במסגרת המבצע. הפצצות אלו הפחידו את התושבים הערבים וגרמו להם להסתלק במהרה מהיישוב לעזה וחברון (ערי מוצאם) שעד לכיבושו בידי מדינת ישראל, האנשים היחידים שנכחו בה היו רק חיילי צבא מצרים. בשחר ל-21 באוקטובר התקדמה חטיבת הנגב בפיקוד נחום שריג לעבר העיר באר שבע כחלק ממבצע משה לזכר משה אלברט יצהר ובשעה 9:45 האויב המצרי נכנע. באר שבע נכבשה, מיכאל הנגבי התמנה למושל הצבאי של העיר והיישובים בית אשל ונבטים שוחררו. 
בזמן שבן-גוריון נאבק מול העולם על זכותה של ישראל להחזיק בבאר שבע, חיילים רבים נמצאים בעיר ושומרים עליה פן הצבא המצרי יחליט לבוא מכיוון עזה ולנסות לכבשה בשנית. מיכאל הנגבי המושל הצבאי של העיר באר שבע הביא לעיר את ליאונרד ברנשטיין ואת התזמורת הפילהרמונית הישראלית לנגן בפני החיילים. זמן קצר לאחר מכן בנה הנגבי בעיר בית חולים צבאי זמני ודאג לאכלוס בתי העיר הנטושה בחיילים משוחררים ובעולים חדשים. לאחר כישלון של האו"ם להביא להפוגת המלחמה בישראל הובאו לאי רודוס שמדרום לטורקיה נציגי הצדדים הלוחמים לניהול משא ומתן. במהלך המשא ומתן ישראל כבשה ישראל את כל הנגב. לבסוף ב-24 בפברואר 1949 חתמה ישראל עם מצרים על הסכמי שביתת נשק ולפיהם המצרים יצאו מנקודת האחיזה המצרית האחרונה בנגב הצפוני היא כיס פלוג'ה והגבול בין שתי המדינות יעברו בקו רפיח טאבה כאשר רצועת עזה בשלטון מצרים. לאחר שהמלחמה הסתיימה רשמית ב-20 ביולי 1949 בקעת באר שבע כולה נכללה בתחומי המדינה היהודית אך המצפה החרב למחצה בית אשל ננטש לאחר שתושביו הבינו שקו המים המזרחי לא יעבור דרכם וכך לא יהיה להם סיכוי לפיתוח כלכלי. תושבי המצפה עברו לעמק יזרעאל והקימו את היישוב היוגב. לאחר תום המלחמה נותרו בבקעה שני יישובים, באר שבע המתפתחת ונבטים הקטנה. בבקעה נערכה התיישבות יהודית כשרבים משטחיה הפתוחים היו מיושבים על ידי בדואים.

מדינת ישראל

בקעת באר שבע שאחרי ה-20 ביולי 1949 היא מקום חסר סדר ועתיד. המצפה בית אשל היה בשלבי נטישה בשנה שלאחר המלחמה, המושב נבטים מחליף את תושביו כל כמה חודשים, בין אם זה חיילים משוחררים שבאו ליישב אותו ועזבו במהרה ובין אם זה עולים חדשים מהונגריה שכבר בשנים 1952- 1953 נטשו את המושב בעקבות חובות כלכליים. כמעט כל השטחים הפתוחים של הבקעה נכנסו לתוך אזור הסייג שנמצא במשולש דימונה-באר שבע-ערד, האזור בו הבדואים הורשו לנדוד. באזור הסייג חל שלטון צבאי והבדואים לא נחשבו אזרחים אלא עוינים למדינה וכפריהם לא הוכרו על ידי המדינה. אפילו העיר באר שבע איבדה הרבה מצבעה בעקבות הימצאותם של הבדואים באזור הסייג שלא כלל את באר שבע. אי הימצאותם של הבדואים בעיר הגדולה הותיר אותה חסרת מקורות כלכלה, גם באר שבע עצמה הייתה בשליטת מושל צבאי הוא מיכאל הנגבי. למדינת ישראל שהשקיעה כה הרבה בכיבוש העיר הייתה הרבה עבודה להפרחת השממה. בינתיים בשנת 1948, הוקמה נקודת התיישבות חדשה מצפון מערב לבאר שבע בכיוון תל שוקת בשם "עומר". ב-1951 הוקמה המועצה האזורית בני שמעון שחלקים משטחיה משתרעים על פני בקעת באר שבע וכוללים את המושב נבטים. המושב נבטים שננטש על ידי מתיישביו ההונגרים יושב שוב בסוף מאי 1954 על ידי 60 משפחות של עולים חדשים מקוצ'ין שבהודו. המשפחות הקימו מושב חקלאי בעל מטעים ומשקים חקלאיים ובין השאר שימרו במקום את מורשת יהודי קוצ'ין.
ב-26 בפברואר 1950 התמנה דוד טוביהו לראשות עיריית באר שבע והוקמה שכונת דרום לאיכלוס ראשון של עולים חדשים. במהרה החלה להיבנות העיר בשיטת עיר גנים ולאכלס עולים רבים. עד שנת 1960 נבנו שכונות א', ב', ג', ד', ה', ונווה נוי במקביל לבניית מתחם תעשייתי בעמק שרה והקמת מרכזים תעשייתיים בעיר העתיקה ובשכונה ד'. בשנת 1959 הוקם בית החולים סורוקה ששימש מרכז רפואי לכל הנגב ובשנת 1969 הוקמה אוניברסיטת הנגב (בשנת 1974 עם מותו של דוד בן-גוריון שונה שם האוניברסיטה ל"אוניברסיטת בן-גוריון בנגב"). כבר בשנות השמונים העיר באר שבע שימשה מרכז תעשייתי, כלכלי, רפואי ואקדמאי לכל דבר בדיוק כמו בחזונו של דוד בן-גוריון. עד תחילת שנות השמונים ניבנו גם שכונות ט' ו-י"א ומספר התושבים בעיר באר שבע עלה ל-110,800 תושבים.
במקביל להתפתחותה של בירת הנגב (באר שבע), מושב העובדים עומר, שהוקם ב-1950 וכלל בתוכו לא יותר ממאתיים תושבים קלט לתוכו כאלף בני משפחות אקדמאיות מבאר שבע שבאו להקים יישבו קהילתי כפרי. בצלאל גבר, יליד ירושלים היה ראש מועצת עומר הראשון מ-1975- 1985 ובמהלך עשר השנים הללו פעל לפיתוח העיר עומר. בשנת 1985 התפטר מראשות המועצה וז'אק ארז נבחר להחליפו. בשנת 1990 נבחר פיני בדש לכהן כראש מועצת עומר. פיני בדש מכהן בתפקיד זה עד היום ולזכותו נרשמו פעולות רבות למען הנגב והמועצה המקומית עומר שמספר התושבים בה הוא 6,300 (נכון לשנת 2012). עומר ידועה גם בשל פארק התעשייה, שהקימה בבקעה ממערב ליישוב, פארק מדעי, תעשייתי, ארכאולוגי, חינוכי ואומנותי. גם המושב נבטים המשיך להתפתח ולהתקדם כמושב חקלאי כשמספר התושבים בו הוא 698 תושבים (נכון לשנת 2012).
לצד המתיישבים היהודים בבקעה, התושבים הבדואים התקשו במעט בהתיישבות. הבדואים שהורשו לצאת מאזור הסייג בשנת 1966 התחילו לנדוד ולהתיישב באדמות רחבות בכל הנגב ואף מעבר. ההתיישבות הבלתי מוסדרת והבלתי חוקית של הבדואים גרמה למדינה לא להכיר בעשרות הכפרים הבדואיים שהוקמו ברחבי הנגב. מעבדת ועד בית קמה הוקמו אין ספור התנחלויות בדואיות והתנחלויות אלו לא זכו לקבל שום תשתיות של חשמל, מים וביוב מהמדינה. לאחר ניסיון של המדינה להסדיר את ההתיישבות הבדואית שנערכה בין השאר גם בבקעה הוצאה לאור תוכנית להקמת שבע ערים בדואיות, תוכנית שיושמה אך נתקלה בזעם מצד הבדואים. בעקבות תוכנית זאת הוקמו בבקעה שני יישובים בדואיים, תל שבע ממזרח לבאר שבע ליד תל שבע (האתר הארכאולוגי) ב-1968 והיישוב שגב שלום מדרום מזרח לבאר שבע ב-1979. אף על פי שרבים מהבדואים רוכזו בשבע הערים החדשות (לקייה, רהט, כסייפה, תל שבע, שגב שלום, ערערה בנגב וחורה) עדיין נשאר מספר גדול מאוד של כפרים בדואים בלתי חוקיים שרבים מהם נמצאים בבקעת באר שבע. תוכנית נוספת להסדרת היישובים הבדואים היא הקמת המועצה האזורית אבו בסמה בנגב בשנת 2003 שכללה בתוכה 11 יישובים בדואיים וביניהם שני היישובים א-סייד ואום בטין שנמצאים בבקעה. נכון לשנת 2012 ביישובים הבדואים המוכרים בבקעה (המונים 4) גרים 30,830 תושבים, כל השאר בכפרים לא מוכרים אלה: אבו רוקייק, אבו סריחן, אום סבית, תראבין אל צאנע עמרה, א-סייד שבט, אל אעס א-נבארי, אל-וכילי אבו טראש, אבו זקיקה, ביר אבו אל-חמאם ואל-עת'אמין. תוכנית נוספת שנוסחה על מנת להסדיר את ההתיישבות הבדואית בנגב היא תוכנית פראוור שאושרה ב-11 בספטמבר 2011 ונועדה להעניק לבדואים רבים בעלות על אדמות ובנוסף להעניק לכל בדואי פיצוי בנפרד. בתוכנית גם תוכננו הקמת שכונות חדשות בערים בדואיות קיימות. התוכנית התקבלה בהפגנות זעם אלימות מצד הבדואים ובגינויים מצד האו"ם מחשש לאפליה ובשל כך התוכנית נפסלה ונגנזה.
בסוף שנות השמונים החלה האצת בנייה בעיר באר שבע אם בניית שכונות נאות לון ורמות. החל משנת 1991 עלו כמיליון יהודים לארץ ישראל מברית המועצות לשעבר ובאר שבע אכלסה רבים מהם. על מנת לאכלסם הוקמו שכונות רבות וחדשות כמו: נווה זאב, נחל בקע, רמות החדשה ונחל עשן. העיר המשיכה להתפתח בשנות האלפיים עם בניית שכונות נאות אילן ובהמשך הבנייה בשכונות רמות ונחל עשן. בשנת 2008 נבחר רוביק דנילוביץ' לראשות העיר באר שבע ולקח על עצמו להפריח את בקעת באר שבע ולפתח אותה. אחד מהפרויקטים הרבים אותם יזם הוא פרויקט פארק נחל באר שבע, פארק עם אגם בסמוך לגדת נחל באר שבע, הפארק הגדול ביותר שמשתרע ברציפות בתוך שטח עירוני. בימיו של רוביק דנילוביץ' העיר באר שבע נהפכה למטרופולין ומרכז בין תחומי לנגב כולו. באר שבע נהפכה לעיר השנייה בגודלה בכל הארץ והעיר השביעית באוכלוסייתה. לאחר כשישים שנה בקעת באר שבע נכנסה שוב לחזית המלחמה כאשר משנת 2008 נורו אל עבר העיר מאות רקטות מכיוון רצועת עזה.