המצור על מלטה (מלחמת העולם השנייה)

רקע

עבור בריטניה, הייתה מלטה מבצר ימי בעל חשיבות מרובה, בהיותה הבסיס היחיד של בעלות הברית בכל המרחב שבין גיברלטר לבין אלכסנדריה שבמצרים. בשל כך הפכה להיות חלק חיוני בשטחי האימפריה הבריטית מעבר לים: תחנת ביניים חיונית על עורק החיים של בריטניה שעבר דרך מצרים ותעלת סואץ בדרך להודו ולמזרח הרחוק. מבחינתה של הספנות הבריטית, ששטה אל היעדים הללו ומהם, הייתה מלטה כנווה מדבר. בנוסף, הייתה מלטה בסיס מצוין ליציאה למתקפות כנגד מטרות באוויר, בים וביבשה באגן המרכזי של הים התיכון. בשל היותה חשופה לפגיעה מצד כוחותיה של איטליה השכנה, הועברה באוקטובר 1939 מפקדת כוחות הצי המלכותי של הים התיכון מוולטה שבמלטה לאלכסנדריה שבמצרים.
שטחו של האי מלטה הוא כ-260 קמ"ר ואוכלוסייתו ביוני 1940 עמדה על כ-250,000 תושבים, כשרק שלושה או ארבעה אחוזים מהם היו מלטזים מקוריים. על פי המפקד של שנת 1937, חיו רוב התושבים בשטח של 6.4 קמ"ר סביב לנמל הגדול וצפיפות האוכלוסייה באזור זה הייתה גבוהה יותר מפי שישה מהצפיפות בכל האי. אזור זה היה אחד האזורים הצפופים בוולטה, הבירה המדינית והצבאית של האי והמרכז המסחרי שלו. אוכלוסיית ולטה שעמדה על 23,000 תושבים חיה בשטח של 0.65 קמ"ר. מעבר לנמל הגדול, בשטח הקרוי שלוש הערים, באזור שהיו ממוקמות המספנות ומפקדת הצי, חיו עוד 28,000 תושבים בשטח צפוף של 1.3 קמ"ר. שני האזורים הצפופים הללו ספגו את ההפצצות האוויריות הכבדות, הממושכות והמרוכזות ביותר בהיסטוריה.
הגנתה של מלטה הייתה במצב גרוע מאוד וכמעט ולא הייתה קיימת. מצב זה נבע מהנחת עבודה שהייתה מקובלת לפני המלחמה שהאי לא ניתן להגנה. סדר הכוחות של ספינות השטח של הציים של בריטניה ושל איטליה באזור היה די שקול, אך לאיטלקים היה יתרון מספרי משמעותי בכמות הצוללות והמטוסים. בריטניה, ובעיקר מפקדת הצי שלה, התייגעה מהצורך להגן על תעלת סואץ באמצעות צי הים התיכון בפיקודו של האדמירל אנדרו קנינגהם ועל גיברלטר באמצעות כוח H (שמילא את מקומו של הצי הצרפתי בהגנה על האגן המערבי של הים התיכון לאחר כניעת צרפת), בפיקודו של תת-אדמירל ג'יימס סומרוויל (James Somerville). באוקטובר 1939 הועברה כאמור מפקדת צי הים התיכון מזרחה למצרים ובכך הוסרה מעל האי ההגנה הימית שלו. כלי השיט היחידים שנותרו להגן על מלטה היו אוניית השריון "טרור" (HMS Terror) וכמה צוללות. כאשר תהתה ממשלת מלטה על ההיגיון שמאחרי החלטה זו, נאמר לה שניתן להגן על האי במידה מספקת מאלכסנדריה באותו אופן בו ניתן להגן עליו מהנמל הגדול. החלטה זו לא עמדה במבחן המציאות והתחושה של המלטזים הייתה שהמחויבות של בריטניה להגן עליהם לא התבטאה במעשים.
כאשר התעוררו החששות שעקב ריחוקו של האי מבריטניה וקרבתו לאיטליה, לא ניתן יהיה להגן עליו, הוחלט ביולי 1939 להגדיל את מספר התותחים נגד-מטוסים ואת מספר מטוסי הקרב שהוצבו במלטה. להנהגה הבריטית היו ספקות נוספים בנוגע לצורך להחזיק במלטה במאי 1940, כאשר דיווח ראש ממשלת צרפת פול ריינו שהמצב בצרפת בכי רע, אך ניתן לפייס את רודן איטליה בניטו מוסוליני על ידי ויתורים שיכללו את מלטה. לאחר כמה דיונים, שכנע וינסטון צ'רצ'יל את קבינט המלחמה שאין לבצע שום ויתורים מסוג זה.

כשבריטניה עצמה הייתה בסכנה, ההגנה על מלטה הייתה בעדיפות משנית, ולכן הגנתה הייתה דלילה. ב-10 ביוני 1940, כאשר הכריז מוסוליני מלחמה על בריטניה ועל צרפת, היו מוצבים באי רק שישה מטוסים דו-כנפיים מיושנים מדגם גלוסטר גלדיאטור, בנוסף לשישה נוספים באחסון.
כבר בשנות השלושים היו לאיטלקים שאיפות התפשטות בים התיכון ובאפריקה, אזורים שהיו בשליטה צרפתית ובריטית. תבוסתה של צרפת במאי-יוני 1940 הורידה את הצי הצרפתי מסדר הכוחות של בעלות הברית והפרה את מאזן הכוחות בים ובאוויר לטובתה של איטליה.
עם כניסתו למלחמה התכוון מוסוליני לפתוח במתקפה בכל רחבי הים התיכון. בתוך שעות, הוטלו הפצצות הראשונות על מלטה. לאחר כניעתה של צרפת ב-25 ביוני, ניסה מוסוליני לנצל את העובדה שבריטניה הייתה עסוקה בקרב על בריטניה ולתקוף את מצרים בספטמבר, אך הובס קשות בהתקפת הנגד במסגרת מבצע מצפן ואדולף היטלר נאלץ להציל את בעל בריתו. בפברואר 1941, נשלח קורפוס אפריקה, בפיקודו של הפילדמרשל ארווין רומל, לצפון אפריקה כדי למנוע תבוסה של כוחות הציר. הטייסות ללוחמה בספינות של חיל האוויר המלכותי והצוללות של הצי המלכותי, היוו איום משמעותי על קווי האספקה והתקשורת של מדינות הציר בין אירופה לצפון אפריקה ושני הצדדים הכירו עד מהרה בחשיבותה של מלטה כנקודת שליטה אסטרטגית בים התיכון.
הססנותו של הצי המלכותי האיטלקי סייעה לבעלות הברית. ב-1940 התנאים לתקיפת מלטה היו עבורו יותר ממיטביים, ומהלך כזה עלול היה להעביר לידי האיטלקים את השליטה על האי ולאפשר להם להשיג עליונות ימית ואווירית באגן המרכזי של הים התיכון. מצב עניינים כזה עלול היה לפצל את זירת הים התיכון לשני חלקים ולמנוע מהבריטים להעביר שיירות אספקה בין האגן המערבי והאגן המזרחי של הים התיכון מבלי להסתכן. אי רצונם של האיטלקים לפעול במשך שנת 1940 התגבר בקרב טאראנטו שבו ספינות השטח של הצי המלכותי האיטלקי ניזוקו קשה על ידי זרוע האוויר של הצי המלכותי הבריטי. מבחינתם של האיטלקים (ובהמשך מבחינת הגרמנים) עליונות אווירית הייתה האמצעי העיקרי בקרב על מלטה. הפעולה המיידית היחידה שנקטו בה האיטלקים, הייתה ניתוקו של כבל הטלפון התת-ימי בין מלטה ובין גיברלטר ואלג'יריה. כמה אלפי מטרים של הכבל נחתכו על ידי ספינות הצי האיטלקי בין ה-11 ביוני ל-16 באוגוסט ובכך נותקה מלטה מערוצי התקשורת לעולם החיצון.

התקפות האוויר האיטלקיות

הדרך שנבחרה לתקוף את מלטה הייתה מהאוויר. חיל האוויר המלכותי האיטלקי (Regia Aeronautica) החל בהפצצות מהאוויר על האי. ביום הראשון למצור, ה-10 ביוני 1940, טסו מעל מלטה 55 מפציצים ו-21 מטוסי קרב איטלקים והטילו 142 פצצות על שלושה שדות תעופה בלואה, בחאל פאר ובטא' אלי. בהמשך טסו בשמי האי 10 מטוסי סבויה מרקטי SM.79 ו-20 מטוסי מאקי C-200 (‏ (Macchi C.200) ללא התנגדות. עם תחילתן של פשיטות אוויריות אלה, כלל הכוח האווירי שנועד להגן על מלטה מטוסי גלוסטר גלדיאטור מיושנים של גף הקרב שהוצב בחאל פאר. על פי המיתוסים כלל הכוח רק שלושה מטוסים, אך במציאות היו לפחות שישה מטוסי גלדיאטור בנוסף למטוסי הוקר הוריקן שביצעו את רוב העבודה.
האיטלקים טסו בגובה של כ-20,000 רגל (6,100 מ'). האנייה המשוריינת "מוניטור" וספינות התותחים "אפיס" (HMS Aphis) ו"ליידיבירד" (HMS Ladybird) פתחו באש. אחר הצהריים פשטו על ולטה 38 מפציצים נוספים מלווים ב-12 מטוסי קרב. הפשיטות תוכננו להשפיע על המורל של האזרחים יותר מאשר להסב נזקים למספנות ולמתקני הצי. שמונה פשיטות בוצעו ביום הראשון. ההפצצות לא הסבו נזק גדול מדי, ורוב ההרוגים היו מקרב האוכלוסייה האזרחית. יירוט לא בוצע מאחר שלא היו בנמצא כוחות של חיל האוויר המלכותי הבריטי. מכל שדות התעופה במלטה לא היה אף אחד מבצעי.
למרות המחסור בשדות תעופה מבצעיים, לפחות מטוס גלדיאטור אחד התמודד מול 55 מטוסי הסבויה מרקטי SM.78a ומול 20 מטוסי הקרב שליוו אותם למחרת. הדבר הפתיע את האיטלקים, אך ההגנה, שכמעט ולא הייתה קיימת באוויר וביבשה, לא הצליחה לעכב אותם. ב-12 ביוני הופל מטוס סיור שטס מעל האי.
התפתחות מפתיעה נוספת התחוללה ב-19 ביוני. 12 מפציצי טורפדו פיירי סורדפיש של טייסת האימונים 767 שנמלטו מדרום צרפת בעקבות הכניעה, טסו לבסיס הזרוע האווירית של הצי הבריטי בחאל פאר. יעדם היה המושבה הצרפתית בתוניסיה, אך מצב של חוסר ביטחון גרם להם לחפש יעד השוכן בסביבה בטוחה יותר. המטוסים היוו את הגרעין של הכוח שבהמשך יהיה טייסת 830 של זרוע האוויר של הצי, שהיה הכוח ההתקפי האווירי הראשון שהגן על מלטה. בסוף יוני, הם פשטו על סיציליה והטביעו משחתת איטלקית, גרמו נזק לסיירת ופגעו במאגרי דלק בנמל אוגוסטה (Augusta) שבסיציליה.
עם תחילתו של חודש יולי, תוגברו מטוסי הגלדיאטור במטוסי הוריקן וכוחות ההגנה אורגנו באוגוסט כטייסת 261. באותו חודש הובאו 12 מטוסים למלטה על ידי נושאת המטוסים "ארגוס" (HMS Argus), בראשון מבין כמה סבבים שביצעה הספינה. משימת הטסה של 12 מטוסי הוריקן ב-17 בנובמבר הסתיימה באסון שבו אבדו 8 מטוסים עקב טעות בניווט שגרמה לדלק במטוסים לאזול. שני מטוסים נוספים התרסקו ואחד מהטייסים ניצל. הגעתם של מטוסי קרב נוספים הייתה נחוצה ולאחר שמונה שבועות, קורקעו מטוסי ההוריקן הראשונים שהגיעו למלטה עקב מחסור בחלקי חילוף.
שנת 1940 הסתיימה כשהרושם שעשה חיל האוויר המלכותי האיטלקי היה חלש. חיל האוויר הבריטי טען ש-45 מטוסים איטלקים הופלו בהשוואה לאבדות קלות שספגו הבריטים. האיטלקים מצדם הודו ב-23 מפציצים וב-12 מטוסי קרב שהופלו בנוסף ל-187 מטוסי קרב שניזוקו, בעיקר עקב ירי אש נגד מטוסים.

תוכניות הפלישה האיטלקיות

ב-1938 הכין מוסוליני תוכנית פלישה למלטה שהיו אמורים להשתתף בה כ-40,000 חיילים שיובלו ב-80 כלי שיט שינחיתו את הכוחות. הפלישה הייתה אמורה להתבצע מצפון והכוח אמור היה לתקוף את קו הביצורים "ויקטוריה" (Victoria Lines) שחצה את האי. נחיתה נוספת הייתה אמורה להתבצע באי הסמוך גוזו ובאי הקטן קומינו השוכן בין גוזו למלטה. בפלישה אמור היה לקחת חלק כל הצי האיטלקי, יחד עם 500 מטוסים. עם זאת, מחסור באמצעים העיד על כך שמתכנני הפלישה לא האמינו שהיא תצא בכלל לפועל. לאחר הצלחתם של הגרמנים בצרפת במאי 1940, הוקטן כוח האדם שיועד לפלישה ל-20,000 ולכוח המתוכנן נוספו טנקים.
כניעתה של צרפת ונסיגתה של בריטניה נתנה לאיטלקים הזדמנות ללכוד את מלטה, אך המודיעין האיטלקי הגזים בהערכתו את היקף ההגנה על האי ואמונתו של מוסוליני שבריטניה תשאף לשלום עם גרמניה, גרמה לו לצפות שמלטה תיפול ללא קרב משמעותי. מוסוליני גם חשב שספרד של פרנקו תצטרף עד מהרה למלחמה. אי קידום התהליך כאשר מאזן הכוחות היה לטובתם, הוביל לתוצאות מרחיקות לכת עבור מדינות הציר, כאשר זמן לא רב לאחר מכן הבין הצי המלכותי הבריטי את הפוטנציאל של האי כבסיס לפעולות תקיפה וכפועל יוצא להבנה זו הם הכירו בחשיבות ההגנה עליו.

המלחמה בים

אי הרצון של פיקוד הצי האיטלקי לפעול נבע משיקולים נוספים כמחסור באימונים ובמיומנות נמוכה בלוחמת לילה שנבעו מחוסר ניסיונו. האיטלקים האמינו שהם יוכלו להכות בספינות המתיישנות של הצי הבריטי או לפחות לאלץ אותו להישאר באלכסנדריה. גורם נוסף היה המחסור בנפט גולמי (האיטלקים לא גילו את מרבצי הנפט הגדולים בלוב בזמן ששלטו בה). רוב הנפט שהגרמנים השתמשו בו הגיע מרומניה ונותר מלאי מצומצם של דלק כדי שהם יוכלו להוציא לפועל מבצעים רחבי היקף בים התיכון. המחסור בדלק הגביל עד מאוד את יכולותיהם של האיטלקים בזירה הימית. עם תחילת שנת 1941 היה ברשות איטליה מאגר דלק מספיק רק לשבעה חודשים. סיורים שבוצעו על ידי הצי הבריטי בים התיכון אישרו לאדמירל קנינגהם שהאיטלקים מרגישים נחותים. מנגד, הביטחון העצמי של הבריטים עלה כאשר הכוחות האוויריים החלו לשלוט במלחמה בים בהמשך שנת 1941 וב-1942.
ב-9 ביולי 1940 התנהל קרב קלבריה והייתה זו ההזדמנות היחידה בה נלחמו הציים של איטליה ושל בריטניה (שנעזרו בספינות של הצי המלכותי האוסטרלי) זה בזה. העם המלטזי קיבל את ההוכחה שבריטניה עדיין שולטת בימים, גם אם לא מתוך הנמל הגדול. דבר זה אושר שוב במרץ 1941 כאשר כוחות של הצי המלכותי הבריטי הביסו כוחות של הצי המלכותי האיטלקי בקרב כף מטפן ליד יוון. הקרב התנהל בעקבות ניסיונם של האיטלקים לעכב את השיירות הבריטיות שנשלחו לתגבר את הכוחות ביוון בזמן מלחמת איטליה-יוון.

מתקפות הנגד הבריטיות

כאשר התברר לבריטים שהמתקפות האוויריות של האיטלקים מוגבלות והשפעתן על האוכלוסייה האזרחית מזערית, החל להישלח זרם של תגבורות. הפוטנציאל של מלטה כבסיס הוכר וממשלת בריטניה הורתה על משלוח מטוסים נוספים לאי, כולל מטוסי הוריקן, מרטין מרילנד, שורט סנדרלנד (Short Sunderland), ויקרס ולינגטון, פיירי סורדפיש וכן צוללות. כך הצטבר על האי כוח התקפי חזק.
בינתיים, נכשלה הפלישה האיטלקית למצרים ומתקפת הנגד הבריטית, מבצע מצפן, גרמה לאיטלקים לסגת עמוק לתוך לוב. ההסחה שגרמה המערכה בצפון אפריקה חייבה את הגעתם של מטוסים איטלקים רבים מאיטליה ומסיציליה כדי להתמודד עם התבוסה. הדבר גרם להקלה משמעותית על מלטה והבריטים יכלו להתרכז בפעולות התקפיות ופחות בפעולות הגנתיות. בנובמבר 1940, לאחר חודשים של התקפות אוויר איטלקיות שלא היו מתואמות, הכה הצי המלכותי הבריטי יחד עם זרוע האוויר שלו בבסיסי הצי בטאראנטו. קרב טאראנטו שהתנהל לאחר מכן היה ניצחון של הזרוע האווירית של הצי. מפציצי הטורפדו פיירי סורדפיש הסבו נזק למספר רב של ספינות איטלקיות. נסיגתו של הצי האיטלקי לנאפולי, מחוץ לטווח הטיסה של המטוסים הבריטים, היה ניצחון אסטרטגי שהוביל לעליונות בריטית בזירה הימית באותה עת.
הצוללות של הצי המלכותי הבריטי החלו גם הן בסדרה של פעולות התקפיות. הצוללות הקטנות מסדרת U החלו לפעול ביוני, וצוללות גדולות יותר החלו גם הם לפעול, אך לאחר שאבדותיהן עמדו על 50%, הם נסוגו. צוללות ה-U פעלו מבסיס הצי באי מנואל במלטה, אם כי כאשר הוקם לפני המלחמה לא נבנו בבסיס זה דירים ממוגנים מסיבות תקציביות. הכוח החדש נקרא "שייטת הצוללות העשירית" והמפקד העליון שלה היה האדמירל מקס הורטון (Max Horton). מבחינה מנהלתית, הוכפפה שייטת זו לשייטת הצוללות הראשונה באלכסנדריה, שהייתה כפופה לקנינגהם. באופן מעשי, העניק קנינגהם למפקד השייטת העשירית יד חופשית לפעול. כאשר גדל מספרן של צוללות ה-U, היו כבר בשימוש הצוללות מסדרת T. לצוללות אלה היו הצלחות, אך הן ספגו אבדות כבדות כאשר החלו לפעול ב-20 בספטמבר 1940. בשל המחסור בפצצות טורפדו, הותקפו ספינות אויב רק אם הם היו ספינות קרב, מכליות או כלי שיט גדול.
עם תחילת פעילותה נחלה השייטת הצלחות וכישלונות: מחד, הצליחו להטביע ספינות בהדחק כולל של 38,000 טון, חצי מזה על ידי הצוללת "טרואנט" (HMS Truant), הטבעות שכללו צוללת איטלקית אחת, 9 ספינות סוחר וסירת טורפדו אחת. מאידך, אובדנן של 9 צוללות על צוותיהן ומפקדיהן, רובן עקב עליה על מוקשים, היה חמור.

ב-14 בינואר 1941 הגיעו צוללות ה-U ומתקפת הצוללות נכנסה לשלב חדש.

המעורבות הגרמנית

המעורבות הגרמנית במצור על מלטה הייתה תוצאה של התבוסות האיטלקיות בצפון אפריקה יותר מאשר הכישלון של האיטלקים במצור על האי. כמו במקרה של מלחמת יוון-איטליה, ראה היטלר לנכון להציל את בעל הברית האיטלקי שלו מתבוסה, ובכך גם לנצל את ההזדמנות לכבוש את שדות הנפט של המזרח התיכון. בפברואר 1941 נשלח קורפוס אפריקה בפיקודו של ארווין רומל להבטיח את החזית של מדינות הציר בצפון אפריקה. מבצע קולוסוס (Operation Colossus) היווה נקודת מפנה. הגרמנים שיגרו את מבצע סוננבלום (Operation Sonnenblume), שתגבר את כוחם של האיטלקים בצפון אפריקה ולאחר מכן החלו מתקפת נגד שמטרתה הייתה להדוף את הכוחות הבריטים לתוך מצרים. משמעותה של פעילות מעבר לים על אדמת אפריקה הייתה שרוב רובה של האספקה הייתה אמורה להגיע בדרך הים. עובדה זו הפכה את הכוחות הבריטיים במלטה לבעיה עבור המאמץ הלוגיסטי של כוחות הציר.
בתגובה, שלח פיקוד הלופטוואפה את גיס האוויר העשירי (X. Fliegerkorps), כדי להכות בבסיסים הימיים סביב מלטה וכן בבסיסים של חיל האוויר המלכותי הבריטי על האי. ב-10 בדצמבר 1941, הצטווה גיס האוויר העשירי של הלופטוואפה בפיקודו של גנרל האנס גייסלר (Hans Geisler), שהסתייע בראש המטה שלו מרטין הרלינהאוזן (Martin Harlinghausen), להגיע לסיציליה כדי לתקוף ספינות של בעלות הברית בים התיכון.
ב-2 בינואר 1941 הגיעו היחידות הגרמניות הראשונות לטרפאני שבחוף הדרומי של סיציליה. שתי היחידות של הלופטוואפה היו קבוצות של מפציצי הצלילה יונקרס Ju 87 ("שטוקה"). היחידות כללו 80 מפציצים. הגעתם של המטוסים הרחיבה משמעותית את היקף ההפצצות על מלטה. הפקודה שניתנה ליחידות הגרמניות הייתה ליירט את הספינות הכבדות ביותר ובמיוחד את נושאות המטוסים. זמן קצר לאחר מכן קיבלו המטוסים הגרמנים פקודה להטביע את נושאת המטוסים של הצי המלכותי הבריטי ה"אילוסטריוס" (HMS Illustrious). הספינה לקחה חלק פעיל בקרב טאראנטו, שבעקבותיו השיג הצי המלכותי עליונות ולפיכך היא עלתה לראש רשימת המטרות של כוחות הציר.

עם תחילתה של הפעולה הגרמנית הראשונה, עמדו לרשותו של גייסלר 95 מטוסים ו-14,389 איש בסיציליה. גייסלר שכנע את פיקוד הלופטוואפה להקצות לו ארבע קבוצות מפציצי צלילה נוספות. ב-10 בינואר הוא היה מסוגל לקבץ 255 מטוסים (מתוכם 179 כשירים) כולל 209 מפציצי צלילה ומפציצים בינוניים.
מנגד, לא הצליחו הצוללות הבריטיות לתקוף את ספינות התובלה הגרמניות שהיו בדרכן ללוב. הנזק שנגרם לספינה הגרמנית "דואיסבורג" (Duisburg) היה הישגן המשמעותי היחיד. ב-9 בפברואר 1941, החמיצו שלוש צוללות את אותה שיירה שהובילה אספקה לטריפולי. נמל טריפולי, שהיה הבסיס העיקרי של כוחות הציר בלוב, היה מסוגל לפרוק שש ספינות בעת ובעונה אחת והיה הנמל הטוב ביותר מערבה לנמל אלכסנדריה, 1,600 ק"מ ממנו. חלק גדול מההצלחה של ההגנה של כוחות הציר נזקפה למוקשים הימיים. האיטלקים הפעילו 54,000 מוקשים סביב מלטה כדי למנוע ממנה אספקה. מוקשים אלה היו הרסניים עבור הצוללות הבריטיות. בנוסף, הונחו על ידי הצי האיטלקי כ-3,000 מוקשים לאורך חופי תוניסיה.
הכישלון בעצירת ספינות הציר התבטא במספרים שגדלו החל מפברואר 1941. בחודשים ינואר-אפריל שלחו מדינות הציר 321,259 טונות ללוב, שכולם פרט ל-18,777 טון שהוטבעו, הגיעו ליעדם. כלומר, מדובר על 94% הצלחה. מתוך 73,991 איש שנשלחו בדרך הים, 71,881 (97%) הגיעו ליעדם.

"מבצע שפע" וההתקפה על ה"אילוסטריוס"

צוותי הלופטוואפה סברו שארבע פגיעות ישירות יטביעו את ה"אילוסטריוס" והחלו להתאמן על דגמים צפים על חופי סיציליה. סיפון הטיסה העצום היווה מטרה בשטח של 6,500 מ"ר. ההזדמנות לתקוף את הספינה הגיעה ב-6 בינואר. מבצע שפע (Operation Excess), שבמסגרתו שוגרו שיירות של ספינות לאורך הים התיכון, יצא לדרך. ב-10 בינואר הם נכנסו לטווח מפציצי השטוקה. 43 מטוסי שטוקה של כנף 2 של הלופטוואפה (Sturzkampfgeschwader 2) המריאו למשימה בליווי מטוסים מכנף 1 (Sturzkampfgeschwader 1). במקביל העסיקו עשרה מטוסי סבויה מרקטי SM.79 את מטוסי הפיירי פולמאר שהמריאו מסיפונה של ה"אילוסטריוס", בזמן שהסיירת הבריטית "בונאוונטור" (HMS Bonaventure) הטביעה את ספינת הטורפדו האיטלקית "ווגה" (Vega). כעשרה מטוסי שטוקה תקפו את ה"אילוסטריוס" מבלי שנתקלו בהתנגדות. לנגד עיניו של מפקד הצי אנדרו קנינגהם, שהיה על ספינת הקרב "וורספייט" (HMS Warspite), הצליחו מפציצי השטוקה לפגוע שש פעמים ב"אילוסטריוס". פגיעה אחת השמידה תותח, השנייה פגעה בחרטום, השלישית הרסה תותח נוסף ובשתי פגיעות נוספות נפגעו המעלית ומטוסים שחנו מתחת לסיפון ההמראה, תוך כדי שתחמושת מתפוצצת ודלק בוער. הפצצה השישית חדרה את הסיפון המשוריין והתפוצצה בתוך הספינה. שני יעפי הפצצה נוספים התבצעו ללא תוצאות. כשהיא פגועה קשות, אך מנועיה עדיין פועלים, שייטה ה"אילוסטריוס" למלטה. ההתקפה ארכה שש דקות ובמהלכה נהרגו 126 איש ונפצעו 91. כשהתגלתה מלטה באופק, תקפו גם מפציצי הצלילה האיטלקים את הספינה אך הונסו באש נגד-מטוסים.
מבצע שפע יצא לפועל על אף שיחידת פיענוח הצפנים אולטרה דיווחה למשרד האווירייה הבריטי על נוכחותם של כוחות גיס האוויר העשירי של הלופטוואפה בסיציליה כבר ב-4 בינואר. בפועל ההודעה לא הועברה למודיעין הצי ואם הייתה מועברת, ספק אם האדמירליות הייתה שולחת את השיירות להפליג בטווח מפציצי השטוקה. חיל האוויר המלכותי הבריטי לא היה במצב למנוע מתקפה אווירית בסדר גודל כזה, שכן רק 16 מטוסי הוריקן ו-2 מטוסי גלדיאטור היו זמינים. ב-11 בינואר נשלחו 10 מפציצי שטוקה נוספים להטביע את ה"אילוסטריוס". בדרכם הם נתקלו בסיירות "סאות'המפטון" (HMS Southampton) ו"גלוסטר" (HMS Gloucester). ה"סאות'המפטון" נפגעה כה קשות, שהוחלט להטביעה. במשך 12 הימים הבאים עמלו פועלי המספנה בנמל הגדול על תיקון ה"אילוסטריוס" תחת מתקפות אוויריות נחושות, כדי שתוכל לכל הפחות להגיע לאלכסנדריה. ב-13 בינואר מפציצי השטוקה, שכעת היו מצוידים בפצצות SC 1000 לא הצליחו לפגוע בה. יעף נוסף של 44 מפציצי שטוקה שהתבצע למחרת גרם לה נזק נוסף. ב-18 בינואר עברו הגרמנים להפציץ את בסיסי האוויר בחאל פאר ובלואה על מנת להשיג עליונות אווירית לפני שישובו לתקוף את ה"אילוסטריוס". ב-20 בינואר, שתי פצצות, שכמעט והחמיצו אותה, הבקיעו חור בגוף הספינה מתחת לקו המים. אף על פי כן ב-23 בינואר חמקה ה"אילוסטריוס" מהנמל הגדול ולאחר יומיים הגיעה לאלכסנדריה. בהמשך הפליגה ה"אילוסטריוס" לארצות הברית שם שהתה בתיקונים למשך שנה.
הלופטוואפה נכשל במשימת הטבעת נושאת המטוסים. יחד עם זאת, אבדותיו היו מעטות - שבעה מטוסים במשך כל התקופה. הגרמנים לחצו מאוד את הבריטים בכוחם האווירי. מכאן והלאה נמנעו הבריטים להשיט ספינות גדולות בזירה. הן הצי המלכותי הבריטי והן הצי המלכותי האיטלקי הפיקו לקחים מהקרבות בטאראנטו ובמלטה.

העליונות האווירית הגרמנית

הופעתם בפברואר של מטוסי הקרב מסרשמיט Bf 109 של טייסת 7 של כנף 26 של הלופטוואפה, בפיקודו של יואכים מונשנברג (Joachim Müncheberg), גרמה עד מהרה לעלייה חדה באבדות חיל האוויר המלכותי. נוכחותן של יחידות הקרב הגרמניות המנוסות, הבטוחות בעצמן, בעלי העורמה הטקטית, המצוידות היטב והמאומנות, הורגשה היטב. לטייסים של בעלות הברית שהוצבו במלטה היה ניסיון קרבי מועט ומטוסי ההוריקן שלהם היו די שחוקים. בארבעת החודשים הבאים ניזוקו מעט מאוד ממטוסי המסרשמיט, שלא לומר שכמעט ולא הופלו. לעומת זאת הם הצליחו להפיל 42 מטוסים בריטים, 20 מתוכם נזקפו לזכות טייסיו של מונשנברג.
מנגד, מטוסי ההוריקן נשחקו ויכולותיהם נוצלו מעבר לאורך חייהם הצפוי. היכולת שלהם, שהייתה נחותה יחסית לזו של מטוסי המסרשמיט, ירדה עוד יותר עקב תגבורות מצומצמות ביותר שהגיעו לזירה: חמישה מטוסים הגיעו בראשית מאי ושישה נוספים ב-18 בו. במקביל הופלו חמישה מטוסים על טייסיהם. תוחלת החיים של טייסי חיל האוויר המלכותי הבריטי הייתה קצרה.
ב-1 במרץ ביצע הלופטוואפה פשיטות רציניות. התקפות על שדות התעופה השמידו את כל מטוסי הוולינגטון שהגיעו באוקטובר. ספינות הקרב של הצי המלכותי ומטוסי הסנדרלנד לא יכלו להשתמש באי כבסיס לפעולות התקפיות. שתי טייסות הקרב (261 ו-274) עמדו בלחץ עצום.
העליונות האווירית הגרמנית השפיעה על מלטה. בכל יום הופצץ האי כמה פעמים. 107 תקיפות בפברואר ו-105 תקיפות במרץ בוצעו, כאשר מטוסי המסרשמיט עוקבים אחרי כל תזוזה על הקרקע. קיצוב במזון החל באי ובכך ירד המורל עוד יותר. כל הגברים בגיל 16–56 גויסו לשירות בנוסף לאלה שהתנדבו כבר קודם לכן. בפברואר גויסו כבר 14,600 גברים, כשישית מכוח העבודה. בזמן זה היה כבר חיל התותחנים המלכותי של מלטה (Royal Malta Artillery) אחראי על הגנת הנמל הגדול. הפצצות כוחות הציר גרמו נזק חמור לשלוש הערים.
באפריל החלה ההצלחה להאיר את פניה במידה מסוימת לבעלות הברית, עם הניצחון בים בקרב שיירת טאריגו (Battle of the Tarigo Convoy). ספינות שטח של בעלות הברית הצליחו להטביע ספינות קטנות של כוחות הציר לאור יום רק פעם אחת במהלך המערכה בצפון אפריקה, אך בלילה הוכיח הצי המלכותי שהוא יכול לחבל קשות בספינות של כוחות הציר. בלילה שבין ה-15 ל-16 באפריל, יורטו ספינות הציר על ידי חמש משחתות של השייטת ה-14. הוטבעו חמש ספינות (בעיקר ספינות גרמניות). אובדן ספינות אלו, אף על פי שהיה מצומצם יחסית, החל להדאיג את רומל.
השייטת הוקמה ב-8 באפריל 1941, כתגובה לצורך להגן על מלטה. תפקידו של כוח זה היה לעצור את השיירות של הציר ואליו הצטרפה שייטת המשחתות החמישית בפיקודו של הלורד לואי מאונטבטן. הצלחתו של הכוח הייתה משמעותית והצדיקה את הצבתו במלטה למרות סכנת התקיפות האוויריות. ב-21 במאי נשלח הכוח להצטרף לקרב על כרתים.
הצלחה נוספת נזקפה לזכותן של "שיירות מלטה". שיירות אספקה יצאו בדחיפות מגיברלטר לאלכסנדריה (מבצע טייגר), בד בבד עם התגבורות שהוחשו לטובת הצי בים התיכון. שתי שיירות קטנות ממצרים למלטה ו-48 מטוסי הוריקן שהובאו על סיפונן של שתי נושאות מטוסים במבצע ספלייס. במהלך מבצעים אלה טבעה רק ספינה אחת, עם 10 מטוסי הוריקן ו-57 טנקים שנשאה עמה, כאשר עלתה על מוקש. במסגרת מבצע טייגר הועברו 295 טנקי מטילדה וקרוסיידר ו-24,000 טונות נפט שהיו דרושים למערכה בצפון אפריקה. המבצעים הושלמו ב-12 במאי. הכנפות של הלופטוואפה התאמצו מאוד לחבל בשיירות ולהפציץ את מלטה אך ללא הצלחה.
אף על פי כן, שמרו הגרמנים על עליונות אווירית. היטלר הורה לגיס העשירי להגן על הספינות של הציר, למנוע מעבר של ספינות של בעלות הברית בים התיכון ולנטרל את מלטה כבסיס לבעלות הברית. המשימה הוטלה על כ-180 מטוסים גרמנים ו-300 מטוסים איטלקים. מטוסי הלופטוואפה שרצו בשמי מלטה ועשו בהם כרצונם. חיל האוויר המלכותי הבריטי לא היה מסוגל להפעיל יותר מ-6–8 מטוסי קרב בעת ובעונה אחת. לעיתים היו מופעלים 12 מטוסים מתוך סיפוניהן של נושאות המטוסים, אך בהיותם במספרים קטנים כאלה, התגבורות הללו לא החזיקו מעמד. כוחות הציר הצליחו בביצוע פקודתו של היטלר. באמצע חודש מאי, נחסם האגן המרכזי של הים התיכון בפני ספינות של בעלות הברית וקורפוס אפריקה הצליח לקבל את כל האספקה והתגבורות הדרושים לו כשבדרך אבד אחוז קטן מאוד מהם. בין ה-11 באפריל ל-10 במאי בוצעו 111 פשיטות על מלטה. מטרת כולן היו מתקנים צבאיים, אך ציוד כבד רב בנמל הגדול ניזוק. המבדוקים היבשים יכלו להיות מופעלים רק באופן ידני. יעילות עבודתן של רוב הסדנאות ירדה ל-50% ושל כמה מהן אף ל-25%.
במהלך ארבעת החודשים הראשונים של הפעולות הגרמניות, הטיל הלופטוואפה 2,500 טון פצצות על מלטה. הייתה זו כמות פצצות גבוהה הרבה יותר מזו שהוטלה על ידי האיטלקים, אך מעטה מאוד באופן יחסי להפצצות שבוצעו בשנה שלאחר מכן. מעל 2,000 מבנים אזרחיים נהרסו בהשוואה ל-300 בלבד בתקופה בה פעלו במלטה רק האיטלקים. האבדות בנפש נותרו קלות יחסית. לאחר הפצצתה של ה"אילוסטריוס", רוב האוכלוסייה האזרחית עברה לגור במקלטים. עד חודש מאי 1941 כ-60,000 איש עזבו את הערים. 11,000 תושבים, כשני שלישים, מאוכלוסיית ולטה נטשה את העיר. הסיבה העיקרית לכך הייתה המחסור במקלטים. הבריטים התמקדו בהגנה על מטרות צבאיות. בסופו של דבר גויסו 2,000 כורים וחוצבי אבן להקים מקלטים ציבוריים. שכרם היה נמוך והם עמדו בפני סכנות של תקיפה אווירית וכשסיימו את מלאכתם, היו עשויים להיות מגויסים לצבא.

נסיגת הגרמנים

באפריל, נאלץ היטלר להתערב במערכה בבלקנים שבמסגרתה נוהלו הפלישה הגרמנית ליוגוסלביה ומלחמת איטליה-יוון. המערכה שנוהלה בהמשך בקרב על כרתים תוך כדי אבדות גרמניות כבדות, גרמו להיטלר להסיק שהצנחות מעבר לקווי האויב אינן מעשיות ללא גורם ההפתעה. הוא הכיר בכך שסיכויי ההצלחה של פעולות אוויריות מסוג זה נמוכים מאוד והוא עמד במילתו, בהמשך לא בוצעו עוד פעולות כאלה. היו לכך השלכות חשובות על המצב במלטה, שתקיפתה בוצעה תוך כדי נטילת סיכון על ידי כוחות הציר. ביוני תקף היטלר את ברית המועצות במבצע ברברוסה. מטוסי גיס האוויר העשירי הוסטו לכוון החזית המזרחית וחיל האוויר המלכותי האיטלקי נותר כדי להמשיך ולנהל את התקפותיו הבלתי יעילות על מלטה בחודשים הבאים. גייסלר, שפיקד על שאריות הגיס יכול היה להסתמך רק על מטוסי כנף 4 שלו שהטילו מוקשים ימיים ועל מטוסי השטוקה שביצעו תקיפות ליליות. מצב האספקה היה גרוע. הכוח הגרמני המצומצם שנותר בזירה נאלץ לנטוש אותה ב-22 באפריל 1941. עד לראשית מאי הוציא הלופטוואפה 1,495 גיחות, מתוכן 1,444 גיחות קרביות ו-132 משימות סיור ואיבד רק 44 מטוסים. כנף 30 וכנף 1 ביצעו התקפות ליליות מעטות במהלך אפריל.

יו לויד

ב-1 ביוני הוחלף מרשל האוויר פורסטר מיינרד, ששימש כמפקד הכוח האווירי במלטה, על ידי מרשל האוויר יו לויד (Hugh Lloyd). בהגיעו לאי, מצא לויד מעט כוחות שיוכל לעבוד איתם, אך הוא היה נחוש בדעתו לקחת על עצמו את המתקפה. מחוץ למשרדו, בחדרי המלחמה התת-קרקעיים בסוללת לסקאריס (Lascaris Battery) שבוולטה, הוא תלה שלט שאמר: "פחות תלוי בגודל הכלב המשתתף בלחימה, יותר תלוי ברוח הלחימה של הכלב" ("Less depends on the size of the dog in the fight than on the size of the fight in the dog").
תוך שעות ספורות מהגעתו יצא לויד לסיור בשדות התעופה ובסדנאות המרכזיות בבסיס חיל האוויר המלכותי בקלפרנה (RAF Kalafrana). המצב באי היה גרוע בהרבה מששיער לעצמו. התרופפות הפעילות של הלופטוואפה אפשרה להגדיל את מספר המטוסים, אך עדיין היו ברשות חיל האוויר המלכותי במלטה מעט יותר מ-60 כלי טיס מכל הסוגים, בעיות תחזוקה רבות ומלאי חלקי חילוף מצומצם. חלקי חילוף היו מנופים מתוך ההריסות או מפורקים ממטוסים שלא ניזוקו. יתר על כן, שדות התעופה היו קטנים מדי, לא היה ציוד כבד שניתן לעבוד אתו ואפילו היה מחסור בכלי העבודה הבסיסיים ביותר כמו פטישים וברגים. התדלוק היה צריך להתבצע באופן ידני מתוך חביות. המיגון גם הוא היה בלתי מספק וקשה היה להגן על הציוד המועט שעמד לרשותם. רוב המטוסים הוצבו באשכולות על מסלולי ההמראה הפתוחים והיוו מטרות למטוסי האויב. בקלפרנה, כל הבניינים מוקמו בצפיפות זה לצד זה והיו מעל הקרקע. מתקן שיפוץ המנועים היחידי באי היה ממוקם ליד שולחנות העבודה. לויד עצמו אמר: "כמה פצצות על קלפרנה בקיץ 1941 היו יכולות להרוס את התקווה שלמלטה יהיה חיל אוויר משלה".
בדרך כלל ההגנה על מערך ההגנה האווירית ועל מתקני הצי על האי זכו לעדיפות גבוהה. ברור היה שמבחינה אסטרטגית, הבאת אספקה נוספת תהיה הגיונית יותר לפני הסתכנות ביציאה למתקפה שתגרום לזעמו של האויב. אך הייתה זו תקופה רבת מאורעות. בצפון אפריקה, היה קורפוס אפריקה בתנופה ורומל דחק את הצבא לכוון תעלת סואץ ואלכסנדריה. כוחותיו של חיל האוויר המלכותי במלטה לא יכלו להרשות לעצמם לשבת בחוסר מעש. הם יכלו למנוע את התקדמותו של רומל, או לפחות להאט אותה, על ידי תקיפת נתיבי האספקה שלו. מלטה הייתה המקום היחידי שממנו יכלו מטוסי תקיפה בריטים לצאת למשימותיהם. המפציצים של לויד ושייטת קטנה של צוללות היו הכוחות היחידים שיכלו להציק לשיירות האספקה של רומל עד לסתיו. לאחר מכן החלו לשוב ספינות השטח לגזרה ולסייע במתקפה.

תגבור בעלות הברית

העדרם של מטוסי הלופטוואפה אפשר לבריטים להביא כמה שיותר תגבורות, בעוד האיטלקים נכשלו במשימתם למנוע זאת. באותה מידה שחיל האוויר המלכותי האיטלקי היה בלתי אפקטיבי, כן היה גם הצי המלכותי האיטלקי. תבוסתם בקרב כף מטפן עודדה את האיטלקים להיות אף פחות נחושים בפעולותיהם כנגד מלטה. המחסור בדלק אף הוא הגביל את יכולותיהם לתקוף את נתיבי הים של הבריטים. תבוסה זו הכתה את מוסוליני בתדהמה. הוא עדיין היה מסוגל להחזיק עליונות אווירית על האויב, אך היה ברור לו שאיטליה נמצאת בנחיתות. מתוך כעס על הגרמנים, הוא סירב ליזום פעולות קרביות מול הבריטים. כוחות הצי הבריטים הפליגו למלטה כמעט ללא הפרעות. כמה מאות טונות של מטען, 2,000 חיילים, ו-200 טונות של אספקה רפואית הגיעו למלטה בשלום ומחקו את כל ההישגים של הלופטוואפה בארבעת חודשי הלחימה הראשונים של שנת 1941. מצב האספקה בסתיו 1941 תואר כמצוין. להוציא, פחם, מספוא, קרוסין ומצרכים חיוניים לאוכלוסייה האזרחית, הוכן מאגר שהיה אמור להספיק ל-8–15 חודשים. עיקר האספקה הגיעה בחודש יולי 1941 והיא כללה חלקי חילוף למטוסים. כעת עמדו לרשות הכוחות במלטה 60 מפציצים ו-120 מטוסי הוריקן. בסך הכול הועברו למלטה במהלך חודש יולי 65,000 טונות מטען. באוגוסט לא הגיעה אספקה, אך בספטמבר הועברו 85,000 טונות נוספים שהועברו על ידי 9 ספינות סוחר שלוו בנושאת מטוסים, 5 סיירות ו-17 משחתות. ספינה אחת טבעה ואחרת ניזוקה מטורפדו. הוכח כי שיירה זו הייתה חיונית להצלת מלטה, מאחר שהסחורות שהובלו באמצעותה היו חיוניות בעת שובם של הגרמנים בדצמבר.
באמצע שנת 1941, הוקמו שתי טייסות חדשות, טייסת 185 וטייסת 126, והגיעו מטוסי הוריקן מדגם Mk IIC, שחומשו לראשונה בתותחים. צי כלי הטיס של נושאות המטוסים גדל ב-81 מטוסים נוספים בחודשים אפריל-מאי. ב-12 במאי עמד מספר ההוריקנים על האי על 50. ב-21 במאי הגיעה טייסת 249 והחליפה את טייסת 261. ביוני הגיעה טייסת 46 ושמה שונה לטייסת 126. במאי טסו לאי 47 מטוסי הוריקן. בחודשים מאי-דצמבר הגיעו טייסת 113 וטייסת 115 שהפעילו מפציצי בריסטול בלנהיים וטייסות 252 ו-272 שהפעילו מטוסי קרב בריסטול בופייטר. כעת שמשה מלטה כתחנת אספקה שדרכה עברו שיירות בדרך למצרים. בין החודשים יולי-דצמבר 1941 עברו במלטה 717 מטוסי קרב של חיל האוויר המלכותי ו-514 הועברו לצפון אפריקה. בראשית אוגוסט היו מוצבים במלטה 75 מטוסי קרב ו-230 תותחים נגד מטוסים. מפציצי בריסטול בלנהיים גם הם הצטרפו למערך ההגנה והחלו גם הם לבצע משימות התקפה.
בנוסף להכנות לפעולות התקפה ותגבור כוחות חיל האוויר על האי, דאג לויד לתקן ליקויים רבים. אלפי מלטזים וכ-3,000 חיילים בריטים גויסו כדי לשפר את אמצעי המיגון של שדות התעופה. גם הצוותים הטכניים, פקידים וצוותי האוויר נתנו כתף היכן שנדרשו. מסלולי טיסה נוספים נבנו ובתי המלאכה הועברו למבנים תת-קרקעיים. מקלטים תת-קרקעיים נבנו גם הם מתוך ידיעה שהלופטוואפה ישוב במהרה.
בליל ה-26 ביולי ספינת תקיפה מהירה של יחידת העילית של הצי המלכותי האיטלקי, "השייטת העשירית" (Decima Flottiglia MAS), הוכתה וספגה אבדות כבדות על ידי תותחי החוף של האי.

מתקפת בעלות הברית

לאחר שהכוחות תוגברו במידה ניכרת, הצליחו בעלות הברית להוציא ממלטה פעולות התקפיות. במחצית השנייה של 1941 טובעה כ-60% מהתובלה הימית של כוחות הציר. קורפוס אפריקה ובעלי בריתו אשר היו זקוקים לאספקה במשקל של 45,000 טון בחודש קיבלו רק חלק ממנה, מחסור שהיה אחד הגורמים העיקריים להצלחה הבריטית במבצע צלבן.
בחודש יולי הגיעו ליעדם 62,276 טונות אספקה של כוחות הציר, כמחצית מהכמות שהגיעה בחודש הקודם. היירוטים של יחידת פענוח הצפנים אולטרה אישרו ש-3,500 טונות של פצצות למטוסים, 4,000 טונות תחמושת, 5,000 טונות מזון, בית מלאכה שלם לטנקים, 25 מנועים למטוסי מסרשמיט ו-25 ארגזים של נוזל קירור למנועים, אבדו.
בספטמבר, הוטבע שליש ממטען של 96,000 טונות שנשלח, הודות לפעילות של הצוללות והמטוסים הבריטים. טייסת 830 של זרוע האוויר של הצי הטביעה שתי ספינות איטלקיות (או גרמה לנזק שהוציאן מכלל שימוש). 
סך הכול הטביעו מטוסי חיל האוויר המלכותי וזרוע האוויר של הצי בתיאום עם הצוללות של הצי המלכותי הבריטי 108 ספינות של הציר בין יוני לספטמבר.
במהלך נובמבר התגבר קצב ההטבעות במידה ניכרת, עם הגעתו של כוח K של הצי המלכותי. שילוב של המידע המודיעיני שסיפקה יחידת אולטרה על תנועות הספינות של הציר עם טיסות מיוחדות של מטוסי הוולינגטון, שצוידו במכשירי מכ"ם לגילוי ספינות וסרקו את הים, כיוונו את הכוחות הימיים אל השיירות.
יחידות כוח K הצליחו להשמיד שיירה שלמה של הציר במהלך הקרב על שיירת דואיסבורג (Battle of the Duisburg Convoy) ולמעשה הביאו לחסימתם של הנמלים הלובים. ב-27 בנובמבר, תוגבר כוח K עם הגעתו של כוח B, על הסיירות הקלות שלו. התורמות העיקריות להטבעות ספינות הציר היו טייסות 828 ו-830 של זרוע האוויר של הצי, השייטת העשירית של הצי וטייסת 69 של חיל האוויר המלכותי.
יחד עם זאת, להצלחה היה מחיר. ב-13 בנובמבר הוטבעה נושאת המטוסים "ארק רויאל" (HMS Ark Royal) על ידי צוללת, בעת שהובילה מטוסים למלטה. 12 ימים לאחר מכן הוטבעה גם ספינת הקרב "ברהאם" (HMS Barham) על ידי צוללת וב-15 בדצמבר הוטבעה הסיירת הקלה "גלטאה" (HMS Galatea). ב-19 בדצמבר, ספינות משני צדי המתרס נקלעו לתוך שדה מוקשים בעת מרדף אחר שיירה איטלקית. נזק מהמוקשים גרם לטביעתה של הסיירת "נפטון" (HMS Neptune) ולנזק לספינה "אורואה" (HMS Aurora). המשחתת "קנדאהאר" (HMS Kandahar) עלתה על מוקש בעת שניסתה לסייע ל"נפטון". ה"קנדאהאר" הוטבעה למחרת באופן יזום על ידי המשחתת "ג'אגואר" (HMS Jaguar). בעקבות אירוע זה ובעקבות חידוש ההפצצות על מלטה, נמנעו החל מינואר 1942 ספינות השטח מלהפליג במימי האגן המרכזי של הים התיכון. גם בקרב כוחות האוויר עלו לבריטים ההתקפות על שיירות הציר באבדות כבדות - ממוצע אבדות של 12% בתקופה זו. אחת הסיבות לאבדות בקרב המטוסים הייתה חוסר היכולת להטיל את הפצצות באופן מדויק. לויד ביקש מהטייסים להטיל את הפצצות על הספינות מגובה נמוך, אך בכך הם היוו מטרה נוחה לאש נגד המטוסים.
בתגובה למפלות של כוחות הציר, בדצמבר 1941 שב הלופטוואפה בכוחות מחודשים כדי לחדש את ההפצצות הנרחבות. במקביל שלח הקריגסמרינה כמעט מחצית מהצוללות שפעלו באוקיינוס האטלנטי לתוך הים התיכון, כדי לסייע במאמצים נגד מלטה. ב-15 בדצמבר מחצית מהצוללות הללו היו כבר בתוך הים התיכון או בדרך אליו. יחד עם זאת, הקשו מטוסי חיל האוויר המלכותי עד מאוד על הצוללות, שנאלצו לעבור בסמוך לבסיס הימי והאווירי של הבריטים בגיברלטר בדרכם למלטה.
בתקופה שבין יוני 1940 עד לדצמבר 1941, טרם חזרתו של הלופטוואפה למלטה, הצליחו מטוסי חיל האוויר המלכותי להפיל 199 מטוסים ובמקביל איבדו בקרבות 90 מטוסי הוריקן, שלושה מטוסי פיירי פולמאר ומטוס גלדיאטור אחד. עשרה הוריקנים נוספים וגלדיאטור אחד אבדו בתאונות ורבים נוספים הושמדו על הקרקע. שמונה מטוסי מרילנד, שלושה מטוסי בריסטול בופייטר, מטוס בלנהיים אחד ומספר רב של מפציצים הופלו בקרבות. סך כל האבדות של חילות האוויר של הציר עמדו על 135 מפציצים ו-56 מטוסי קרב בנוסף למטוסים אחרים.

קסלרינג מגיע לסיציליה

ביוני 1941, עבר גייסלר ללוב כדי לסייע לקורפוס אפריקה במערכה בצפון אפריקה. בזירת הים התיכון ובמלטה התאוששו בעלות הברית והחלו במבצעים התקפיים כנגד הספינות של הציר שהובילו שיירות אספקה לקורפוס אפריקה. העלייה בכמות הספינות שהוטבעו השפיעה על יכולתם של מטוסיו לסייע לרומל ולכוחותיו, מה שגרם למתחים בין הלופטוואפה לורמאכט. גייסלר תכנן לשוב לסיציליה עם שארית הכוחות שלו כדי לפתור את הבעיה, אך תוכניתו זו נזנחה עקב מחאה איטלקית. כאלטרנטיבה, הרחיב גייסלר ב-6 באוקטובר את תחום האחריות שלו גם אל נתיב הים שבין טריפולי ונאפולי.

ב-2 באוקטובר נפגשו מפקד הלופטוואפה הרמן גרינג ועמיתו מפקד חיל האוויר המלכותי האיטלקי פרנצ'סקו פריקולו (Francesco Pricolo), כדי לדון בנושא התגבורות. גרינג גילה רגישות מפתיעה לכישלונות האיטלקים ודן באפשרות של שליחת תגבורות גרמניות. ראש המטה של גרינג הנס ישונק הציע לשלוח מהחזית המזרחית לסיציליה את דיוויזיית האוויר השנייה של הלופטוואפה (Luftflotte 2) בפיקודו של אלברט קסלרינג. גרינג הסכים להצעה והורה לשלוח 16 קבוצות (Gruppen) לסיציליה, בצפותו לקריסה של הסובייטים בחזית המזרחית. סדר גודל זה של סיוע לא הגיע, עד לינואר 1942, עת גיס האוויר השני (Fliegerkorps II) בפיקודו של ברונו לרצר הוצב לתגבור הכוחות בסיציליה.

הגרמנים לוחצים, הספיטפיירים מגיעים

עד מהרה הגיעו התגבורות הגרמניות. מטוסי הקרב הליליים מסרשמיט Bf 110 והיונקרס Ju 88 טסו לסיציליה כדי לסייע לגיס האוויר השני. תוך זמן קצר הם חיסלו את כוח התקיפה של מלטה שהיה מחוץ לטווח הטיסה של מטוסי הליווי כשהיה מעל הים התיכון. בחודשיים הראשונים הופלו כ-20 מפציצים ומטוסי סיור של חיל האוויר המלכותי. ההצלחה שהושגה בקרבות כנגד קווי הספנות של כוחות הציר נעצרה עד מהרה. הניצחון המשמעותי היחיד של בעלות הברית היה הטבעתה של ספינת הסוחר "ויקטוריה" (Victoria) במשקל 13,089 טונות. הייתה זו אחת מספינות האספקה המהירות ביותר שהיו אז. היא הוטבעה על ידי מפציץ טורפדו אלבקור (Albacore) של טייסת 826 ב-23 בינואר.
בשמי מלטה הייתה גם הזרוע ההגנתית של חיל האוויר המלכותי תחת לחץ. קסלרינג החל את שנת 1942 בפשיטה שבוצעה בערב ראש השנה. הייתה זו הפשיטה ה-1,175 מאז תחילת המלחמה. הלחץ גדל, ובינואר איבד חיל האוויר המלכותי 50 מטוסי הוריקן על הקרקע בנוסף ל-8 מטוסים שהופלו בקרבות. מתוך 340 המטוסים שהגיעו למלטה או היו בה בתחילת המלחמה, נותרו רק 28. לויד החל לתהות אם כוחותיו יהיו מסוגלים להחזיק מעמד. הציר ניהל 263 פשיטות באותו חודש, עליה משמעותית ביחס ל-169 פשיטות בדצמבר 1941. גיס האוויר השני של לרצר עדיין התאושש מהאבדות שספג בחזית המזרחית והיה יכול לתרום רק 118 מטוסים בינואר, אך במרץ גדל המספר ל-390 מטוסים. מטוסים נוספים נאספו וכמות המטוסים שעמדו לרשות הגיס הגיעה לשיא של 425.
שליש מהפשיטות בוצעו כנגד שדות תעופה. על אחד משדות התעופה בטא' אלי הוטלו 841 טונות של פצצות, מאחר שהגרמנים האמינו שלבריטים יש שם דיר תת-קרקעי. הם השתמשו בפצצות בעלות הנעה רקטית. התרגולת הרגילה הייתה שליחתם של מטוסי קרב גרמנים כדי להשיג עליונות אווירית ולאחריהם הגיעו המפציצים. שיטה זו עבדה והושגה עליונות אווירית של הגרמנים. המפציצים סבלו אבדות קלות בלבד. כ-94% מהתקיפות בוצעו לאור יום והאיטלקים סייעו לגרמנים כשהוציאו 2455 גיחות בפברואר ובמרץ.
הצי המלכותי הבריטי ומפקדי הכוח האווירי יחד עם המושל הצבאי של מלטה ויליאם דובי, דרשו שמטוסים חדישים, במיוחד מטוסי ספיטפייר, ישלחו למלטה. מפקד הכוחות האוויריים במזרח התיכון ארתור טדר שלח את קפטן קבוצה בזיל אמברי (Basil Embry) למלטה כדי להעריך את המצב. הטייסים אמרו לאמברי שההוריקנים הם חסרי ערך ושמטוסי הספיטפייר הם תקוותם היחידה. הם טענו שהגרמנים הטיסו את מטוסיהם בחזית מטוסי ההוריקן כדי להראות את עליונותם של מטוסי המסרשמיט. מפקדי הטייסות טענו שהנחיתות של מטוסיהם משפיעה על המורל. אמברי הסכים והמליץ על שליחת מטוסי ספיטפייר בכמויות מספיקות. המטוסים החלו להגיע במרץ 1942.

העליונות האווירית של חיל האוויר הבריטי

עוד לפני הגעתם של מטוסי הספיטפייר, נעשו ניסיונות נוספים להפחית את האבדות. בפברואר 1942 הגיע סטן טרנר (Stan Turner) כדי לקבל את הפיקוד על טייסת 249. לויד ביקש שישלח אליו מפקד בעל ניסיון קרבי וניסיונו של טרנר בטיסה עם דאגלס באדר בשמי אירופה הכשיר אותו לתפקיד. הוא החל לאמץ את השימוש במבנה ארבע האצבעות בניסיון לצמצם את האבדות של חיל האוויר המלכותי על ידי שימוש בטקטיקות גמישות יותר שיפצו על הנחיתות הטכנית. מטוסי ההוריקן המיושנים עדיין נאבקו כנגד מטוסי המסרשמיט הגרמנים החדישים ביותר ומטוסי המאקי (Macchi C.202) שפעלו אז בשמי מלטה. מפציצי היונקרס היוו גם הם איום משמעותי.
כדי ליצור מחדש שוויון באיכות, טסו למלטה ב-7 במרץ 1942‏ 16 מטוסי ספיטפייר מסיפונה של נושאת המטוסים "איגל" (HMS Eagle) כחלק ממבצע ספוטר (Operation Spotter). סבב נוסף של ה"איגל" הוסיף 9 מטוסים נוספים. שיטת התגבור של מלטה באמצעות נושאות מטוסים (Club Run) המשיכה להתבצע בתדירות גבוהה יותר במהלך שנת 1942. ב-13 באפריל הובאו 47 מטוסים נוספים. כל המטוסים פרט לאחד הצליחו להגיע לאי. אף על פי שמטוסי הספיטפייר היוו גורם שקול מול מטוסי הציר, רבים מאלה שהגיעו במרץ ובאפריל הושמדו על הקרקע ובאוויר, כאשר הם היו בנחיתות מספרית. לדוגמה, במשך חמישה ימים באפריל היה רק מטוס ספיטפייר אחד זמין להגנת האי ובמשך יומיים לא היה אפילו אחד. הגרמנים ידעו על המשלוחים והפעילו התקפות כבדות. בבוקרו של ה-21 באפריל היו רק 27 מטוסי ספיטפייר שמישים. בערוב היום ירד המספר ל-17.
ההפצצות הכבדות של כוחות הציר שחקו את יכולות ההתקפה של כוחות הצי והאוויר שהיו במלטה. בחודשים אפריל-מאי 1942 היה ברור שהלופטוואפה השיג מידה רבה של עליונות אווירית. חיל האוויר האיטלקי ביצע גם הוא הפצצות בנחישות. לעיתים, שלושה עד חמישה מפציצים איטלקים היו טסים בגובה נמוך מאוד מעל המטרות כדי להטיל את הפצצות בדיוק רב, וזאת מבלי לשים לב לתקיפות של מטוסי חיל האוויר הבריטי ולאש נגד המטוסים שנורתה מהקרקע.
לצד העליונות האווירית שהושגה, גילו הגרמנים שהצוללות הבריטיות פעלו מתוך הבסיס באי מנואל ולא מתוך הנמל הגדול וניצלו את העליונות האווירית שלהם כדי לחסל את האיום הזה. עד מהרה היה הבסיס תחת התקפות בלתי פוסקות. הצוללות נאלצו לבלות את רוב זמנן מתחת למים ומבני המגורים, בהם הצוותים יכלו לנוח מדי פעם, ננטשו. הנחת המוקשים על ידי מטוסי הציר גרמה גם היא לעליה משמעותית באובדן הצוללות. עד לסוף מרץ 1942 אבדו 19 צוללות. היעילות של תקיפות האוויר כנגד בסיסי הצי נרשמה לזכות הצי האיטלקי. בחודש אפריל הגיעו 150,389 טונות מטען לצפון אפריקה מתוך 150,578 טונות שנשלחו. האסטרטגיה של היטלר שהתבססה על שיתוקה של מלטה על ידי מצור נראתה בשלב זה מוצלחת. קסלרינג דיווח לפיקוד העליון הגרמני ש"לא נותרו פצצות להטיל". המאמצים הנחושים של כוחות הציר כנגד מלטה השתקפו בגיחות ההפצצה. מה-20 במרץ ועד ה-28 באפריל 1942 הוציאו הגרמנים 11,819 גיחות כנגד האי והטילו 6,557 טונות של פצצות (3,150 טונות על ולטה). הגרמנים איבדו 173 מטוסים במהלך הפעולות.
בעלות הברית פעלו להגדיל את מספר מטוסי הספיטפייר על האי. ב-9 במאי הועברו על גבי סיפוניהן של שתי נושאות מטוסים 64 מטוסים נוספים. כעת היו במלטה חמש טייסות מלאות של מטוסי ספיטפייר. (טייסות 126, 185, 249, 601, ו-603). ההשפעה של מטוסי הספיטפייר נראתה מאוד לעין. ב-9 במאי הודיעו האיטלקים על 37 אבידות. ב-10 במאי איבדו כוחות הציר 65 מטוסים שהתרסקו או ניזוקו בקרבות אוויר בשמי האי. מטוסי ההוריקן היו מסוגלים להתמקד במפציצים של הציר ובמפציצי הצלילה בגבהים הנמוכים, כשבמקביל, הספיטפיירים, שהיו בעלי יכולת לטפס לגבהים, העסיקו את מטוסי האויב שטסו בגובה רב יותר. בין ה-18 במאי ועד ה-9 ביוני הצליחה ה"איגל" להוביל 76 מטוסי ספיטפיירים נוספים בשלושה סבבים. עם כוח כזה, היה מסוגל חיל האוויר המלכותי להתמודד עם כל התקפה של הציר.
באביב 1942, חילות האוויר של הציר שפעלו נגד מלטה היו בשיא כוחם. היריבים הרציניים ביותר של מגיני האי היו 137 מטוסי המסרשמיט, ו-80 מטוסי המאקי 202. המפציצים של הציר היו 199 מטוסי יונקרס 88 ו-32–40 מטוסי יונקרס 87. יחד עם זאת, השיפורים הטכניים והגדלת כמות המטוסים של מערך ההגנה של חיל האוויר הבריטי, זיכו אותו בעליונות האווירית. בסוף מאי 1942 עמד סדר הכוחות של קסלרינג על 13 מטוסי סיור שמישים בלבד, 6 מטוסי מסרשמיט Bf 110, 30 מטוסי מסרשמיט Bf 109 ו-34 מפציצים. בסך הכול 83 מטוסים בהשוואה לכמה מאות חודשיים קודם לכן.

כוחות הציר תוקפים את השיירות

לאחר הקרבות של חודשים מאי ויוני, הצטמצמו באופן משמעותי תקיפות האוויר באוגוסט ובספטמבר. למרות העליונות האווירית שעברה לצדו של חיל האוויר המלכותי, הלחץ הגרמני אפשר לכוחות הציר לחדש את שיירות האספקה לכוחותיו של רומל ובשלב זה נראה לכוחות הציר שמלטה מנוטרלת בתור איום על השיירות שלהם. עתה יכול היה רומל להתכונן למבצעים ההתקפיים בסיועו של הלופטוואפה בצפון אפריקה. בקרב גזאלה הוא זכה בניצחון משמעותי בעוד שבקרב ביר חכים הצלחתו הייתה פחותה. אף על פי כן, עד מהרה הוא התקדם לכוון מצרים בקרב אל-עלמיין הראשון. למרות הירידה בכמות ההתקפות האוויריות הישירות על מלטה עצמה, המצב באי היה קשה מאוד. המחסור במוצרים חיוניים כמו מזון ומים היה חמור, עקב הנזק שנגרם למשאבות המים ולצינורות ההולכה בהפצצות. כמו כן הורגש מחסור בביגוד. כל משק החי נטבח ומשמעות המחסור בעור היה שהתושבים נאלצו להשתמש בווילונות ובצמיגים משומשים כדי למצוא תחליפים לבגדים ולסוליות נעליים. אף על פי שהאוכלוסייה האזרחית החזיקה מעמד, סכנת הרעב הייתה ממשית. תנאי התזונה והתברואה הגרועים גרמו להתפשטותן של מחלות. מנות המזון של החיילים גם הן הופחתו מ-4,000 ל-2,000 קלוריות ליום. מלטה עמדה על סף רעב. הבריטים החלו להתכונן להעברת אספקה לאי בשני מבצעים גדולים.
ביוני ניהל הצי המלכותי במקביל את מבצע רומח (Operation Harpoon) ואת מבצע נמרץ (Operation Vigorous) שהיו שני מבצעי הובלת שיירות למלטה. הראשון יצא מגיברלטר והשני יצא מחיפה ומפורט סעיד. המהלך נועד לפצל את הכוחות הימיים של הציר שניסה ליירט את השיירות. אם אחת מהשירות תלכד, השנייה תצליח לעבור, כך לפחות קיוו. לויד רצה להטיל על טייסת 601 לתת לשיירות חיפוי אווירי. אף על פי שהוא יכול היה להרשות לעצמו את הקצאת הכוחות, הוא היה מסוגל להפעיל רק ארבעה מטוסים בכל רגע נתון, מאחר ששאר המטוסים היו צריכים לבצע סבבים של נחיתה לצורך תדלוק. במקרה שמטוסי הציר תקפו בזמן שהם עמדו לשוב לנחיתת התדלוק, היה עליהם להישאר בגזרה ולהילחם בהם. נטישת המטוס במקרה שהדלק היה אוזל הייתה הברירה היחידה חוץ מלחזור למלטה. תקוותם של הטייסים הייתה שהספינות ימשו אותם מהמים. השיירה שהגיעה ממזרח נאלצה לשוב על עקבותיה בשל סדרה של תקיפות מהאוויר ומהים, אף על פי שמלאי התחמושת של ספינות הליווי שלה הגיע לרמה של 20% שלא הייתה מספיקה כדי להשלים את המשימה ולהביא את ספינות האספקה בשלום למלטה. אבדותיהן של השיירות היו כבדות ובהן הייתה המשחתת "הרמיוני" (HMS Hermione). שלוש משחתות נוספות ו-11 ספינות סוחר גם הם טובעו. ממלטה נשלחו מפציצי טורפדו בריסטול בופורט שהעסיקו את הצי האיטלקי ואת הצוללות הגרמניות שתקפו את השיירה. הם הטביעו סיירת כבדה וגרמו נזק לספינת קרב. שתי ספינות מטען של השיירה המערבית הגיעו למלטה והעבירו את האספקה והיו לספינות היחידות מתוך 17 שהשתתפו בשני המבצעים והגיעו ליעדן. הספינות פרקו מטען של 25,000 טונות. 16 טייסים שיצאו ממלטה איבדו את חייהם בשני המבצעים.
באוגוסט הצליח הצי להביא אספקה חיונית למלטה הנצורה במסגרת מבצע פדסטל, אך במחיר כבד. השיירה הותקפה מהים ומהאוויר. 146 מטוסי יונקרס 88, 72 מטוסי מסרשמיט 109, 16 מטוסי יונקרס 87, 232 מטוסי קרב איטלקים ו-139 מפציצים איטלקים, לקחו חלק בהתקפות על השיירה. מתוך 14 ספינות סוחר שנשלחו למשימה, 9 הוטבעו. בנוסף לכך הוטבעו נושאת המטוסים "איגל", סיירת אחת ושלוש משחתות על ידי הצי האיטלקי, הצי הגרמני וחיל האוויר הגרמני. יחד עם זאת, המבצע היה חשוב מאוד להבאת אספקה חיונית למלטה, בעיקר דלק. משחתות בריטיות משו מהים 950 ממלחי ה"איגל". הלופטוואפה שיחק תפקיד משמעותי בפעולה כנגד השיירות במחיר של 16 ממטוסיו שהופלו.
ספינות השטח לא היו היחידות שהובילו אספקה למלטה. צוללות בריטיות ביצעו גם הן תפקיד זה. הצוללת "קלייד" (HMS Clyde) הוסבה לספינת אספקה תת-מימית. היא לא יכלה לצלול למעמקים במהירות כמו הצוללות מסדרת U ו-T, אך עדיין הצליחה לבצע תשע הפלגות אספקה למלטה, יותר מכל צוללת אחרת מסוגה. היכולת של הצוללות לשאת מטען גדול אפשרו להן להיות בעלות ערך רב במאבק להסרת המצור על האי.

הגעתו של קית' פארק

ביולי 1942 שוחרר יו לויד מתפקידו כמפקד ההגנה האווירית של מלטה. הייתה תחושה שיש צורך בטייס קרבות מנוסה כדי לנהל את המערכה. מסיבות שונות לא בחר פיקוד החיל לעשות זאת קודם לכן. מרשל אוויר משנה קית' פארק החליף את לויד בתפקידו והגיע למלטה ב-14 ביולי 1942 במטוס ימי. הוא נחת במלטה בעיצומה של הפצצה אווירית, אף על פי שלויד ביקש מהטייס שיחוג מעל הנמל עד לסיום ההפצצה.
פארק התמודד עם קסלרינג עוד קודם לכן במהלך הקרב על בריטניה. במהלך הקרב, טען פארק שעדיף לשגר כוחות קטנים של מטוסי קרב לפגוש את מפציצי האויב. שלוש סיבות עיקריות היו לגישה זו. ראשית, הכיסוי האווירי יהיה תמידי ורציף. שנית, כוחות קטנים קלים יותר לתמרון. שלישית, שרידותו של הכוח טובה יותר. ככל שהיו מטוסים מעטים יותר באוויר (16 לכל היותר), כך הייתה לאויב בעל עליונות מספרית, מטרה קטנה יותר. בהתאם לנסיבות הוא יישם טקטיקה זו במלטה. עם כמות גדולה של מטוסי ספיטפייר שעמדה לרשותו, שאף פארק ליירט את מטוסי האויב ולפצל את מבני הקרב שלו עוד לפני שהמפציצים הגיעו לאי. כעת, עם מערכות מכ"ם משופרות, עם היכולת להמריא במהירות ועם אפשרויות חילוץ משודרגות, הייתה המשימה אפשרית. כשלרשותו שלוש טייסות, הנחה פארק את הראשונה להעסיק את מטוסי הליווי של כוחות ההפצצה של האויב. הטייסת השנייה תכה את מטוסי הליווי הקרוב ובהיעדרם, את המפציצים עצמם. הטייסת השלישית תכה את המפציצים ישירות.
ההשפעה של השיטות של פארק הייתה מידית. תוכנית המכה המקדימה שלו הופעלה לראשונה ב-25 ביולי 1942 ואילצה את טייסי הציר להפסיק את התקיפות לאור יום תוך שישה ימים. מטוסי היונקרס 87 הפסיקו בבת אחת לקחת חלק בפעולות במלטה. קסלרינג הגיב בשיגורם של מטוסי קרב שפעלו בגבהים רמים יותר כדי להשיג יתרון טקטי. בתגובה הורה פארק לטייסיו לטפס לגבהים של 20,000 רגל (6,100 מ'). בעוד שצעד זה העניק למטוסים את יתרון הגובה, הוא אילץ את מטוסי המסרשמיט 109 לרדת לגבהים שיהיו מתאימים יותר למטוסי הספיטפייר מאשר למטוסי הקרב הגרמנים. לשיטה זו הייתה השפעה גדולה באוקטובר כאשר קסלרינג חזר לזירה.

מבצעי התקיפה הבריטים

אף על פי שעיקר הפעולות של חיל האוויר המלכותי הבריטי והצי המלכותי הבריטי היו פעולות הגנתיות, עדיין בוצעו פעולות התקפיות. שנת 1942 הייתה עמוסה במיוחד בפעולות התקפיות. שני שלישים מספינות צי הסוחר האיטלקי טובעו. 25% מהן על ידי צוללות בריטיות ו-37% מהן על ידי מטוסי בעלות הברית. כוחות הציר בצפון אפריקה קיבלו רק מחצית מהאספקה הדרושה להם ורק שליש מתצרוכת הדלק.
הצוללות של השייטת העשירית סיירו ללא הפסקה, למעט התקופה שבין חודשים מאי ויולי 1942 כאשר טייסיו של קסרלינג התאמצו באופן מיוחד לפגוע בבסיסיהן. הצלחתן של הצוללות לא הושגה בקלות, בהיות רובן מסדרת U האיטיות. בסיוע הצוללות מסדרות S ו-T, הם הניחו מוקשים. מפקדי הצוללות הבריטים נעשו אלופים כשפעלו ממלטה. הבולטים בהם היו קומנדר איאן מק'גוש (Ian McGeoch) שפיקד על הצוללת "ספלנדיד" (HMS Splendid), קומנדר יו מקנזי (Hugh "Rufus" Mackenzie) וקומנדר דייוויד וונקלין (David Wanklyn). ההצלחה בהטבעת המכלית הגרמנית "וילהלמסבורג" (Wilhelmsburg), שהייתה אחת מהמכליות המעטות שהובילו נפט מרומניה, גרמה להיטלר להוכיח באופן ישיר את קרל דניץ, אז מפקד צי הצוללות של הקריגסמרינה, בהשוותו את הצי הגרמני לזה הבריטי. דניץ טען שלא היו לו את המשאבים להגן על השיירה, מאחר שמשימת ליוויה של המכלית הצריכה כוחות גדולים. למזלו של דניץ לא העלה היטלר את שאלת הגנתה של המכלית בהמשך.
הצוללות הבריטיות הוכיחו את עצמן כאחד מכלי הנשק הטובים ביותר שהתמודדו עם השיירות של כוחות הציר. סך כל ההדחק של הספינות שהטביעו הצוללות מסדרת U לבדן הסתכם ב-650,000 טונות בנוסף ל-400,000 טונות של ספינות שניזקו. לרשות בסיס הצוללות במלטה (HMS Talbot), עמדו 1,790 פצצות טורפדו באותה תקופה, מתוכן שוגרו 1,289 כששיעור הפגיעה עמד על 30%.
גם באוויר נמשכה המתקפה. טייסיו של מפקד כנף פטריק גיבס (Patrick Gibbs), שעמד בראש טייסת 39, הטיסו את מטוסי הבריסטול בופורט שלהם, תקפו את קווי הספנות של הציר והגדילו את הלחץ על רומל בספטמבר. מצבו של רומל היה כעת קריטי. קווי האספקה שלו היו מוגבלים מאוד, בעוד שקווי האספקה של הבריטים למצרים תוגברו לקראת קרב אל-עלמיין השלישי. הוא התלונן בפני הפיקוד העליון של הוורמאכט על כך שהתחמושת והדלק שברשותו כמעט ואוזלים. כוחות הציר ארגנו שיירה כדי שתקל על המחסור. יחידת פענוח הצפנים אולטרה יירטה את התשדורות בנוגע לשיירה ומטוסי ולינגטון של טייסת 69 אישרו שהשיירה אכן בדרך. מטוסי הבופורט של גיבס הטביעו שתי ספינות ואחת הצוללות טיבעה את הספינה השלישית. רומל עדיין קיווה שמכלית נוספת ה"סאן אנדראס" (San Andreas), תצליח להעביר 3,198 טונות דלק שהיה חיוני לקרב עלם חלפה. הוא לא חיכה למכלית על הרציף ושיגר את המתקפה לפני הגעתה. המכלית הוטבעה בהתקפה אווירית שיצאה בפיקודו של גיבס. מתוך תשע הספינות שנשלחו חמש הוטבעו על ידי הכוחות שיצאו ממלטה. למטוסי הבופורט הייתה השפעה הרסנית על אספקת הדלק של הציר שכעת כמעט ונעצרה כליל. ב-1 בספטמבר רומל נאלץ לסגת. קסלרינג סיפק דלק לכוחות האוויריים שפעלו בסיוע לרומל, אך זה לא הספיק לפעולות של הסיוע אווירי לכוחות הקרקע ובכך השפעת העליונות האווירית הבריטית בקווי החזית עלתה.
באוגוסט תרמו כוחות התקיפה האוויריים של מלטה לקשיים של רומל בניסיונו להתקדם לתוך מצרים. בחודש זה שליש מהאספקה שלו ו-41% מאספקת הדלק שלו אבדה. בספטמבר 1942 קיבל רומל רק 24% מ-50,000 טונות האספקה שנזקק להם מדי חודש כדי שיוכל להמשיך במתקפה. במהלך ספטמבר הטביעו בעלות הברית 33,939 טונות של ספינות. רוב האספקה הזו הייתה אמורה להגיע דרך נמל טריפולי שהיה מרוחק מאוד מקו החזית. המחסור במזון ובמים גרם לתחלואה בשיעור של 10% בקרב חייליו של רומל. המתקפה המשולבת של כוחות האוויר והצוללות של בעלות הברית הבטיחה ששום טיפת דלק לא תגיע לצפון אפריקה בשבוע הראשון של אוקטובר 1942. שתי מכליות הוטבעו ומכלית נוספת איבדה את מטענה אף על פי שצוותה הצליח להציל את הספינה עצמה. עם תחילת המתקפה הבריטית באל-עלמיין ב-23 באוקטובר 1942, הצליחה יחידת אולטרה להבין את המצב העגום בו היה מאגר הדלק של כוחות הציר. ב-25 באוקטובר, שלוש מכליות וספינות מטען אחת שנשאו דלק ותחמושת נשלחו תחת ליווי אווירי וימי והיו אמורות להיות הספינות האחרונות שיגיעו לרומל בהיותו באל-עלמיין. אנשי אולטרה יירטו את התשדורות והשיגו את המידע על נתיב השיירה, שהגיע ליחידות האוויר של מלטה. שלוש המכליות הוטבעו ב-28 באוקטובר והפעולה עלתה לבריטים במטוס בופייטר אחד, שני מטוסי בופורט, שלושה מטוסי בלנהיים ובמטוס ולינגטון אחד. רומל איבד 44% מהאספקה החודשית שלו לעומת 20% שאיבד בספטמבר.

סוף המצור

באוגוסט 1942, מתוך 163 מטוסי הספיטפייר שהוצבו במלטה, 120 היו שמישים. ב-11 באוגוסט, ב-17 באוגוסט וב-24 באוקטובר הביאה נושאת המטוסים "פיוריוס" (HMS Furious) למלטה 85 מטוסי ספיטפייר בסך הכול. במקרים רבים נדרשו המטוסים הללו לבצע טיסות שמשכן היה חמש וחצי שעות ולגמוא מרחק זהה למרחק שבין לונדון לבין סנקט פטרבורג. ביצועים אלה הושגו בזכות מכלי דלק נוספים בנפח של 170 גלון, שבנוסף ל-29 הגלונים של מכלי המטוס הגדילו את סך כל הדלק שהם נשאו איתם ל-284 גלון.
למרות ההצלחה של השיירות של בעלות הברית לעבור, היה חודש אוקטובר גרוע כמו כל החודשים שקדמו לו והיה רצוף בהפצצות ועדיין היה מחסור במזון. בתגובה לאיום שהיוותה מלטה על קווי האספקה של הציר, חידשו מטוסי הלופטוואפה את התקפותיהם. בהבינו את חשיבות הקרב שעמד להתחיל בצפון אפריקה (קרב אל-עלמיין השלישי), ארגן קסלרינג את גיס האוויר השני בסיציליה שיסיר את האיום אחת ולתמיד. ב-11 באוקטובר היו מגיני מלטה עסוקים מעל הראש. במשך 17 ימים איבד הלופטוואפה 34 מטוסי יונקרס 88 ו-12 מטוסי מסרשמיט 109, בנוסף ל-18 שניזוקו. אבדות חיל האוויר המלכותי הסתכמו ב-23 מטוסים שהופלו וב-20 שהתרסקו בנחיתה, בנוסף ל-12 טייסים שנהרגו. ב-16 באוקטובר היה ברור לקסלרינג שהמגינים של מלטה חזקים מדי והוא הפסיק את המתקפה. המצב בצפון אפריקה הצריך סיוע אווירי ולפיכך חודש אוקטובר היה האחרון שבו פעל הלופטוואפה בשמי מלטה.
האבדות הותירו את חילות האוויר של הציר מדולדלים לחלוטין והם לא היו מסוגלים להושיט לרומל את הסיוע שהוא נדרש לו בחזית. בנובמבר היה המצב באי עדיין חמור, אך מיד לאחר ניצחונו של פארק בקרבות האוויר, הגיעו החדשות על הצלחות גדולות בחזית. הקיפאון בצפון אפריקה נשבר באל-עלמיין וב-5 בנובמבר היו כבר בעלות הברית בהתקדמות מהירה מערבה. ב-8 בנובמבר הגיעו למלטה הידיעות על מבצע לפיד, בו נחתו בעלות הברית במרוקו ובאלג'יריה שהיו בשליטת צרפת של וישי. 11 ימים מאוחר יותר הבשורה על מתקפת הנגד הסובייטית בקרב סטלינגרד העלתה את המורל אף יותר. ההוכחה לכך שניתן לזקוף את ההצלחה בצפון אפריקה לזכות עמידתה של מלטה, הגיעה בדמותה של שיירה (מבצע תקופת האבן - Operation Stone Age), שהגיעה ב-20 בנובמבר מאלכסנדריה למלטה כמעט מבלי שנפגעה בדרך. הגעתה של שיירה זו מהווה למעשה את סופן של שתי שנות המצור על האי. ב-6 בדצמבר שיירת אספקה נוספת הגיעה למלטה מבלי שספגה אבדות כלל. לאחר מכן הספינות הפליגו למלטה ללא צורך בליווי. כיבוש שדות התעופה בצפון אפריקה והיכולת של מתן מטריה אווירית לאורך כל הדרך לאי, אפשרו לספינות להעביר 35,000 טונות. בראשית דצמבר 1942 הגיעו 55,000 טונות נוספים. התקפת האוויר האחרונה על מלטה אירעה ב-20 ביולי 1943 והייתה ההתקפה ה-3,340 מאז ה-11 ביוני 1940.

נזקים למבנים במלטה

באי הקטן והצפוף נהרסו 5,524 בתי מגורים, 9,924 ניזוקו ו-14,225 נפגעו מהדף הפצצות. בנוסף נהרסו או ניזוקו 111 כנסיות, 50 בתי חולים ומוסדות חינוך ו-36 בתי קולנוע, מועדונים, משרדי ממשלה, בנקים, בתי חרושת, טחנות קמח, ומבנים מסחריים אחרים. סך של כ-30,000 מבנים.