הקונגרס הקונטיננטלי השני

בתחילת המלחמה

קודמו של קונגרס זה, הקונגרס הקונטיננטלי הראשון, שלח הפצרות למלך בריטניה ג'ורג' השלישי שיבטל את חוקי הכפייה. כדי להיאבק בחוקי הכפייה יצר הקונגרס את האגודה הקונטיננטלית על מנת לבסס מחאה מתואמת כנגדם, בפרט, באמצעות חרם על סחורות בריטיות. הקונגרס הקונטיננטלי השני נקבע להתאסף ב-10 במאי 1775, על מנת לתכנן עוד תגובות אם ממשלת בריטניה לא תבטל או תשנה את חוקי הכפייה.
עד שהקונגרס הקונטיננטלי השני הספיק להיפגש, כבר פרצה מלחמת העצמאות של ארצות הברית בקרבות לקסינגטון וקונקורד. הקונגרס היה אמור לקחת על עצמו את האחריות על המאמץ המלחמתי. בחודשים הראשונים של המאבק, הפטריוטים נלחמו בצורה לא מתואמת. הם כבשו מאגרי הנשק, גרשו פקידים מלכותיים, ופתחו במצור על הצבא הבריטי בעיר בוסטון. ב-14 ביוני 1775, הקונגרס הצביע על הקמת הצבא הקונטיננטלי שהורכב מיחידות המיליצה בסביבות בוסטון, ומינה במהירות את חבר הקונגרס ג'ורג' וושינגטון מוירג'יניה, כמפקד העליון של הצבא הקונטיננטלי. ב-6 ביולי 1775 הקונגרס אישר את הצהרת העקרונות המסבירה את ההיגיון והצורך בהתחמשות שלוש עשרה המושבות. ב-8 ביולי שלח הקונגרס את עצומת ענף הזית לכתר הבריטי, כניסיון סופי לפיוס. אולם, העצומה התקבלה מאוחר מדי בשביל להרגיע את המצב. סילאס דין נשלח לצרפת כשגריר של הקונגרס, והנמלים האמריקניים נפתחו מחדש בהתרסה כנגד חוקי הסחר הימי הבריטיים.
למרות שלקונגרס לא הייתה סמכות חוקית מפרשת למשול, הוא נטל לעצמו את כל התפקידים של ממשלה לאומית, כמו מינוי שגרירים, חתימה על אמנות, גיוס צבאות, מינוי גנרלים, קבלת הלוואות מאירופה, והנפקת שטרות כסף (שנקראו "קונטיננטלים"). לקונגרס לא הייתה סמכות להטיל מיסים, ולכן היה צריך לבקש משלוש עשרה המדינות כסף, אספקה, וחיילים על מנת לתמוך במאמץ המלחמתי. מדינות מסוימות התעלמו לעיתים קרובות מבקשות אלה.

הכרזת העצמאות

בשנת 1776, הקונגרס התקדם לקראת הכרזה על עצמאותו מן האימפריה הבריטית, אולם לרבים מהנציגים חסרה הייתה הסמכות מהממשלות המושבתיות שלהם לקבל החלטות דראסטיות כל כך. תומכי העצמאות בקונגרס עברו בממשלות מושבתיות שונות על מנת לשכנע אותן לשנות את ההנחיות למשלחותיהן, או אפילו להחליף את הממשלות שלא תמכו בעצמאות. 
ב-10 במאי 1776, העביר הקונגרס החלטה הממליצה שבכל מושבה החסרה ממשלה ראויה (כלומר, מהפכנית) יש ליצור אחת כזו. ב-15 במאי אימץ הקונגרס החלטה קיצונית יותר, שנוסחה על ידי ג'ון אדמס, שהמליצה להשליך את שבועת האמונים ולדכא את סמכותו של הכתר בכל המושבות בהן הממשלה עדיין שואבת את סמכותה מהכתר הבריטי. באותו יום הנחתה אספת אמנת וירג'יניה את המשלחת שלה בפילדלפיה להגיש הצעה הקוראת להכרזה על עצמאות, כינון בריתות חוץ, והקמת קונפדרציה שתאחד את שלוש עשרה המושבות-המדינות. ההצבעה על החלטה זו נדחתה במשך מספר שבועות, בהן המהפכנים בכל רחבי המושבות חיזקו את תמיכת ממשלותיהן בעצמאות, כהכנה לקראת ההצבעה.
הרישומים של הקונגרס הקונטיננטלי מאשרים כי הצורך בהצהרת עצמאות היה קשור קשר הדוק לדרישות היחסים הבינלאומיים. ב-7 ביוני 1776, הציע ריצ'רד הנרי לי שהקונגרס הקונטיננטלי יכריז על שלוש עשרה המושבות כעצמאיות. הוא גם דחק בקונגרס "לנקוט בצעדים האפקטיביים ביותר ליצירת בריתות חוץ" ולהכין תוכנית לקונפדרציה שתאחד את שלוש עשרה המדינות העצמאיות החדשות. לי טען כי עצמאות היא הדרך היחידה להבטיח ברית חוץ, שכן שום מלך אירופי לא יתעסק עם אמריקה אם היא תישאר מושבה בריטית. מנהיגי המהפכה האמריקנית דחו את זכותם האלוהית של המלכים בעולם החדש, אבל הכירו בצורך להוכיח את האמינות של המושבות בעולם הישן.
הקונגרס אימץ באופן פורמלי את החלטת העצמאות, רק לאחר יצירת שלוש ועדות חופפות שניסחו את הכרזת העצמאות, אמנת המודל ותקנון הקונפדרציה. הכרזת העצמאות הכריזה על כניסת ארצות הברית למערכת הבינלאומית; אמנת המודל נועדה לבסס ידידות וקשרי מסחר עם מדינות אחרות; ותקנון הקונפדרציה, הקים "ליגה מוצקה" בין שלוש עשרה המדינות החופשיות והעצמאיות. יחד, היוו הסכם בינלאומי להקמת מוסדות מרכזיים לניהול ענייני פנים וחוץ.
הקונגרס אישר לבסוף את החלטת העצמאות ב-2 ביולי 1776. לאחר מכן, הפנה הקונגרס את תשומת לבו למתן הסבר רשמי להחלטה זו, הכרזת העצמאות של ארצות הברית, שאושרה ב-4 ביולי, ופורסמה זמן קצר לאחר מכן.

אישור תקנון הקונפדרציה

בחורף של שנת 1776 עבר הקונגרס מפילדלפיה לבולטימור כדי להימנע מלכידה בידי הצבא הבריטי שהתקדמו לפילדלפיה. בעיר בת ה-47 שנים, היה הפונדק של הנרי פיט המבנה הגדול ביותר, והוא סיפק מקום נוח עבור התאספות הקונגרס. מיקומו של המבנה, בקצה המערבי של העיר, היה מעבר להישג ידו של הצי המלכותי הבריטי, אם זה היה שולח את ספינותיו במעלה הנהר על מנת להפגיז את העיר. הקונגרס הקונטיננטלי נאלץ לחזור לפילדלפיה בסוף ספטמבר 1777, כאשר הכוחות הבריטיים כבשו את העיר. הקונגרס עבר ליורק, פנסילבניה, והמשיך שם את עבודתו. 
הקונגרס התארגן בוועדות. ג'ון אדמס הוביל את מועצת המלחמה והחימוש, שכונתה "מחלקת מלחמה של איש אחד", וישב בנוסף, בתשעים ועדות, בעשרים וחמש מתוכן, כיושב ראש. לאף חבר קונגרס אחר לא היה עומס עבודה כזה.
לאחר יותר משנה של דיונים, ב-15 בנובמבר 1777, אישר הקונגרס את תקנון הקונפדרציה, והעביר אותו לשלוש עשרה המדינות לאשרור. הבעיה הייתה שהמדינות הגדולות רצו לקבל חשיבות פדרלית גדולה יותר מהמדינות הקטנות, שהתנגדו לכך וחששו מעריצות שתופעל עליהם. הצעתו של ג'פרסון לבית עליון שייצג את המדינות לפי מספרן ובית תחתון שייצג את המדינות לפי מספר התושבים נדחתה (הצעה דומה אומצה מאוחר יותר בחוקת ארצות הברית). בתקנון זה ניצחו המדינות הקטנות, כך שלכל מדינה היה קול אחד ושווה לזולתה. הקונגרס קרא למדינות להעביר את התקנון מהר ככל האפשר, אך בסופו של דבר, הדבר לקח שלוש וחצי שנים. מבין שלוש-עשרה המדינות, בית המחוקקים של וירג'יניה היה הראשון לאשרר את התקנון, ב-16 בדצמבר 1777, ובית המחוקקים של מרילנד היה האחרון שאישרר אותו, ב-2 בפברואר 1781.