הקרב על ירושלים במלחמת ששת הימים

תוכניות מוקדמות

מצבה האסטרטגי של ירושלים המערבית היה גרוע: חלוקת העיר העמידה את עיר הבירה החצויה של ישראל במרחק קצר מאד מצבא עוין, שיכול היה לפגוע בריכוז אוכלוסייה גדול וכן במוסדות השלטון של המדינה. מיקומה של העיר, בקצהו של פרוזדור יבשתי צר, יצר סיכון חמור לניתוק העיר על ידי כיבוש פרוזדור זה. נקודה בעייתית במיוחד היה הר הצופים: כמובלעת מנותקת היה סביר מאד להניח שהירדנים ינסו לכבוש אותו, ולזכות בהישג מהיר ויוקרתי. פיקוד המרכז זיהה גם את ארמון הנציב כנקודה בעייתית, שכן גם בנקודה זו היו הירדנים יכולים לבצע מחטף מהיר וקל יחסית, ואז הייתה נפתחת לפניהם הדרך להסתערות לכיוון דרום ירושלים. ברמה הרחבה יותר, היה המשולש ירושלים - לטרון - רמאללה בסיס שממנו היה הצבא הירדני יכול לתקוף את מתניה הצרים של מדינת ישראל באותו אזור, לפגוע בשדה התעופה לוד, ולהגיע למרכזי האוכלוסין של המדינה.
למרות המצב האסטרטגי הבעייתי, העריכה ישראל כי יש לה ולירדן זהות אינטרסים, ורצון משותף לשמור על הסטטוס קוו. עם זאת, במהלך השנים נערכה ישראל למלחמה בגזרת ירושלים, בכמה תרחישים אפשריים, כמו מצב שבו חוסיין, מלך ירדן, יאבד את כסאו, ניתוק הקשר עם הר הצופים, ועוד.
תוכניות מבצעיות אסטרטגיות של צה"ל למקרה של מלחמה בגזרת ירושלים כללו בראש ובראשונה התחברות להר הצופים. שתי דרכי הפעולה האפשריות היו הבקעה ישירה דרך השטח הבנוי בירושלים, או הבקעה עקיפה מצפון פרוזדור ירושלים לתל אל פול, מצפון לירושלים, ומשם הגעה להר הצופים. תכנונים אלה השפיעו על הקרב כפי שהתחולל בפועל. ברמה הפיקודית תכנן פיקוד המרכז את כיבוש כל יהודה ושומרון בתנועת מלקחיים מצפון ומדרום, דרך גב ההר ובקעת הירדן, תוכנית שנקראה "פרגול". תוכנית זו נועדה גם לשתק את הארטילריה הירדנית ולכתר את העיר העתיקה. בנוסף לתוכניות האסטרטגיות, היו תוכניות טקטיות מקומיות ל'מחטפים' של אזורים אסטרטגיים בגבולות כמו: בית ספר לשוטרים, הר ציון, אבו טור, מתחם ארמון הנציב, צור באהר ומוצב מר אליאס. משימות חולקו לגדודי החטיבה והתוכניות אושרו על ידי החטיבה והפיקוד.
התוכניות המבצעיות של הצבא הירדני כללו את תוכנית "טארק". במסגרת תוכנית זו היה הצבא הירדני אמור לכתר את ירושלים המערבית, על ידי תקיפה בארמון הנציב, בהר הצופים, בלטרון, וניתוק ירושלים באזור הקסטל. תוכניות נוספות כללו את תוכנית "אל חוסיין", שהייתה הגנתית בעיקרה, אך כללה גם פעולות מקומיות, "מחטפים", שנועדו להשתלט על יעדים מקומיים שביניהם הר הצופים, ארמון הנציב, ומבשרת ירושלים.

היערכות למלחמה

ב-14 במאי 1967 החל צבא מצרים להעביר כוחות ניכרים אל תוך חצי האי סיני, וזאת בעקבות התראות של ברית המועצות על ריכוז כוחות של ישראל, כביכול, בגבול הסורי. ההערכה בצמרת צה"ל ובממשלת ישראל הייתה כי המדובר בהפגנת כח מצידו של נשיא מצרים, גמאל עבד אל נאצר, ואולם סגירת מיצרי טיראן על ידי מצרים ב-22 במאי החריפה עוד את המצב. ב-25 במאי החליטה ממשלת ישראל על גיוס מלא של צבא המילואים.
עיקר תשומת הלב של צמרת צה"ל וממשלת ישראל הופנתה למצרים. הסברה הייתה כי לחוסיין, מלך ירדן, אין כוונות לתקוף את ישראל, וכל התוכניות המבצעיות של צה"ל היו מכוונות כנגד מצרים. ואולם, ב-30 במאי הפתיע חוסיין את ישראל ואת העולם הערבי, כאשר טס למצרים וחתם עם נאצר על הסכם הגנה משותף. משמעות ההסכם הייתה העמדת צבא ירדן תחת פיקוד צבא מצרים, וכניסת כוחות של צבאות ערבים אחרים לירדן, כדי שיוכלו להילחם בישראל - צעד שירדן התנגדה לו בחריפות עד אז. צבא ירדן הועמד תחת פיקוד הגנרל המצרי עבד אל-מונעם ריאד, מן הקצינים המצריים המוערכים והנחשבים בעולם הערבי, וצבא עיראק החל להניע דיוויזיות משוריינות, בדרכן מעיראק דרך ירדן לשומרון. הקצינים הירדניים הבכירים היו חלוקים בשאלת פריסת הכוחות; בריגדיר גנרל עאטף אל מג'אלי, ראש אגף מבצעים של המטכ"ל הירדני, דרש לרכז את כל הכוחות הירדניים בירושלים, אך גנרל עבד אל-מונעם ריאד עמד על פריסת הכוחות הירדניים ברחבי יהודה ושומרון. חוסיין קיבל את הכרעתו של ריאד.
אלוף פיקוד המרכז, עוזי נרקיס, העריך שהירדנים לא יצליחו לפרוץ את הקו העירוני, וינסו לפעול בשרון או בכיוון רמלה. תוכניות הפיקוד עסקו בהתמודדות עם מקרים אפשריים של תקיפת השיירה להר הצופים (שהייתה אמורה לעלות להר ב-7 ביוני, לאחר דחיות), ובתוכניות ל'מחטפים'. לפני המלחמה לא אושרו תוכניות החטיבה והפיקוד על ידי הרמטכ"ל יצחק רבין או על ידי שר הביטחון משה דיין, שמונה לתפקיד זה ב-1 ביוני. דיין הבהיר לאלוף הפיקוד כי תוכניותיו חייבות להיות הגנתיות בלבד, וכי אסור לו "לעשות דבר אשר יסבך את ישראל עם הירדנים." לשאלתו של אלוף הפיקוד מה יקרה אם אכן יתקפו הירדנים ויכבשו את הר הצופים, ענה דיין: "נשוך שפתיך והחזק מעמד. כשנגמור עם המצרים ונגיע לתעלה יחזור צה"ל הגדול כולו ויוציא אותך מהבוץ.".

תחילת המלחמה

מלחמת ששת הימים החלה בבוקר 5 ביוני, כאשר מטוסי חיל האוויר הישראלי המריאו לתקיפת שדות התעופה במצרים, במבצע מוקד. באותה עת, ישראל עדיין קיוותה שתצליח לשכנע את ירדן שלא להתערב במלחמה. בעקבות זאת, בשעות הבוקר העבירה ישראל מסר לירדן, דרך גנרל אוד בול, ראש משקיפי האו"ם בירושלים. במסר הדגישה ישראל כי לא תתקוף את ירדן אם תשמור על השקט, אך אם ירדן תתקוף תגיב ישראל בעוצמה. המסר הועבר גם דרך שגרירות ארצות הברית בעמאן. ואולם, ב-9:27 בבוקר הודיע חוסיין ברדיו לעמו על תחילת המלחמה מול ישראל. כאשר מסר שגריר ארצות הברית בירדן לחוסיין את המסר מישראל, הגיב חוסיין: "הם החלו בקרב, והם יקבלו את תגובתי מהאוויר. הפור נפל". ייתכן שהחלטתו של חוסיין נשענה על מידע כוזב שהועבר לירדן על ידי המצרים, על פיו הושמדו 75% מן המטוסים התוקפים, וצבא מצרים יוצא למתקפה. דיווח זה חוזק על ידי המכ"ם הירדני בעג'לון, שקלט את המטוסים הישראליים בדרכם חזרה מן הגיחות במצרים; בעקבות הדיווח המצרי, הסיקו הירדנים שהמטוסים המתקרבים הם מטוסים מצריים המגיעים לתקוף את ישראל.
בשעה 9:40 פתחו הירדנים באש לעבר עמדות הכוחות בקו העירוני ובהר הצופים. אש נפתחה גם לעבר כוח של חטיבה 10 שהיה בסיור לאורך הגבול ליד מבשרת ציון. בשעה 10:30 ניתנה הפקודה של אלוף הפיקוד למפקד הקו העירוני הדרומי סרן רפי בנבנשתי "להשיב באש בכלים שיורים עליו". כל עמדות הקו פתחו באש על הירדנים. בגזרה הצפונית היו בקו חיילי גדוד 62 בפיקוד סרן ניצן ובדרומי פלוגה מגדוד 161. פלוגות הקו הוחלפו לפנות ערב בכוחות חי"מ ובגזרה הצפונית הפלוגה בפיקוד סרן חיים גורי חטפה אש חזקה ומספר אבידות. עמדות הכוח בהר הצופים השיבו אש בפיקוד רס"ן מנחם שרפמן. בסביבות 11:00 החלו הכוחות הירדניים לאורך כל הקו העירוני לפתוח באש ארטילרית על נקודות אסטרטגיות בירושלים: תחילה ממרגמות, ומאוחר יותר מתותחים. גם הכנסת נפגעה מההפגזה. האש הירדנית כוונה אל בסיסי צבא ומוסדות שלטון, ובהם מחנה שנלר, מחנה אלנבי, הר הצופים, מקומות הכינוס של חיילי חטיבה 16 ועוד, אך נורתה גם אש תותחים ללא הבחנה. מאש זו נהרגו במשך היום כ-15 מתושבי העיר, וכאלף נפצעו
בשעה 11:55 ניתנה הפקודה למפקדי הקו להפעיל את טילי ה-ל' (מטען ל') שנמצאו בעמדות מסוימות. הטילים נועדו להשמיד את העמדות המבוצרות הירדניות שממול. הטילים סופקו והותקנו בעמדות על ידי יחידת יפת"ח מחיל הנדסה קרבית במיוחד למטרת השמדת עמדות של צבא ירדן בקו העירוני. בגזרת אבו טור הופעלו הטילים על עמדות "לולב" ו"אריה" וגרמו לשיתוק העמדות והפסקת הירי. בהר ציון הופעל המטען נגד עמדת "הפינה" בחומה. בגזרה הצפונית הופעלו המטענים בעמדות "תורג'מן" (שער מנדלבאום) והרסו כליל את העמדות הירדניות שהיו ממול. הריסת העמדות הירדניות סייעה בהמשך לכיבוש אבו טור ולחדירה למזרח ירושלים על ידי חטיבה 16 וחטיבה 55. עד הצהרים ביום הראשון הצליחה חיילי הקו העירוני לפגוע ברוב מקורות הירי הירדניים ולשתק אותם. 11 מחיילי חטיבת ירושלים נהרגו במהלך חילופי האש הללו, מתוך 48 חיילי החטיבה שנהרגו בקרב כולו.
בישראל העריכו וקיוו בתחילה שהמדובר בירי שנועד לאפשר לירדן "לצאת ידי חובה" בלבד ולכן, בסביבות הצהריים, נעשה ניסיון נוסף מצד ישראל להגיע להפסקת אש, באמצעות משקיפי האו"ם. תחילה סוכם על השעה 12:00 כשעת הפסקת האש, ומשהמשיכה האש נקבע זמן נוסף, ב-13:30. הקצינים הישראליים בוועדת שביתת הנשק ניסו לשכנע את הקצינים הירדניים בוועדה כי חיל האוויר המצרי הושמד, ולפיכך אין טעם במלחמה, אך הקצינים הירדניים סירבו להאמין. עם התגברות הירי הורה הפיקוד לחטיבה 16 להגביר את האש, ולהניע כוחות שריון אל תוך העיר. מג"ד 161 שלח בשעה 12:00 שתי פלוגות להגנת 'חוות הלימוד'. לפני השעה 13:00 נכנסה פלוגה מוגברת ירדנית לארמון הנציב. בשעה 13:35 שלח המפקד הירדני באזור פלוגה לעבר חוות הלימוד.
עם תחילת המלחמה החל המטכ"ל הירדני להניע את חטיבות השריון שהיו בעתודה בבקעת הירדן, והורה לחטיבה 60 הירדנית לנוע לבמת ההר. הפיקוד הירדני העריך לא נכון את כוונותיה של ישראל, והנעת הכוחות נעשתה בדרך לא יעילה: במשך השעות הראשונות של המלחמה קיבלו החטיבות ארבע פקודות תנועה שונות, ברובן סותרות, ששחקו את הטנקים ובזבזו דלק וזמן. בצד הישראלי קיבל פיקוד המרכז אישור להעביר את חטיבה 10, שהייתה העתודה הפיקודית, לפרוזדור ירושלים. שני הצדדים העריכו נכונה שהמטרה העיקרית היא גב ההר: הצד הראשון שיצליח להגיע לבמת ההר, מצפון לירושלים, ינצח במערכה.
בנוסף להנעת חטיבה 10 לכיוון ירושלים, הועברה חטיבה 55 לפיקוד מרכז. חטיבה זו הייתה אמורה לצנוח באזור אל עריש בליל שבין היום הראשון והשני של המלחמה, אך משימתה בוטלה בשל התקדמותה המהירה של אוגדה 84 בציר החוף. בשל כך הועברה החטיבה לפיקוד מרכז ביום הראשון של המלחמה.

כיבוש מוצבי "הנקניק" ו"הפעמון"

כאמור לעיל, על השלוחה שמדרום לארמון הנציב הקימה ירדן מספר מוצבים. על שלוחת הארמון היה מוצב שנקרא על שם צורתו מן האוויר, מוצב "הנקניק" (המוצב הקביל פחות או יותר לחלקו העליון של רחוב עולי הגרדום בשכונת תלפיות מזרח של היום). מצפון מזרח למוצב "הנקניק" היה מוצב ירדני נוסף שנקרא בצה"ל מוצב "הצומת", ששלט על הדרך מירושלים המזרחית לבית לחם. מעבר לוואדי התוחם את השלוחה מדרום (שהוא למעשה תחילתו של נחל דרגה) בנו הירדנים, מול רמת רחל, מוצב שנקרא בפי הישראלים מוצב "הפעמון", גם הפעם בשל צורתו מן האוויר. מזרחה לו היה הכפר צור באהר, שגם בו היו כוחות של הלגיון.
עם כיבוש ארמון הנציב שלח דרייזין כוח קטן של חיילי סיירת בליווי טנק כדי להשתלט על מוצב "הצומת". הכוח תפס את המוצב ובכך למעשה ניתק את הקשר של ירושלים המזרחית דרומה. המג"ד הורה לכמה ממחלקות הסיירת שלא השתתפו בכיבוש ארמון הנציב ולפלוגה ה' לכבוש את מוצב הנקניק. בשעה 16:00 החלו חיילי הסיירת בהתקפה על המוצב שהיה מוגן על ידי פלוגה ירדנית אחת. המוצב, שהיה בנוי מתעלות באורך כקילומטר, נבנה כדי להדוף התקפה ממערב ולא מצפון, ולכן הצליחו חיילי הסיירת לכבוש את המוצב בתוך כשעה, עם שני פצועים. לירדנים היו כ-35 הרוגים. במהלך הקרב הצטיינו מובילי הכוחות בתעלות - בכרך ואוחנה - שהמשיכו בתפקידם לאורך כול הקרב במוצב. על חלקם בקרב קיבלו את עיטור המופת.
לאחר כיבוש מוצב "הנקניק", אישר המטכ"ל גם את כיבוש מוצב "הפעמון" והכפר צור באהר. דרייזין ארגן כוח של חמישה טנקים, מחלקת סיור אחת בפיקוד לנגוצקי ושני ג'יפי תול"ר של הסיירת, והחל לנוע דרומה בכביש אל צור באהר. במקביל, הורה מח"ט 16, אל"ם אליעזר אמיתי, לגדוד נוסף של החטיבה לנוע לרמת רחל ולהסתער משם על מוצב הפעמון. הגדוד שעליו הוטלה המשימה היה גדוד 62, בפיקוד סא"ל גדעון רוטשילד. הגדוד היה בהר הרצל, ומכיוון שלא היו לו אמצעי תחבורה, נאלצו חיילי הגדוד לנוע מהר הרצל לרמת רחל ברגל. הכוח של דרייזין שנע בכביש המפותל ממוצב הנקניק דרומה ספג אש מרגמות, וכתוצאה ממנה סטה אחד הטנקים מן הדרך והידרדר לוואדי. תותחן הטנק, אליהו גואטה נהרג בהתהפכות, ושאר אנשי הצוות נפצעו. אף על פי כן המשיך הכוח של דרייזין דרומה, כבש במהירות את הכפר, והסתער על מוצב "הפעמון" באור אחרון. המוצב היה מוגן משלושה כיוונים. בעקבות תצפית מוקדמת איתר דרייזין את פתח התעלה האחורית של המוצב ושלח את החיילים הישראליים לתקוף את המוצב מאחור, ממזרח, הכיוון היחיד שממנו לא היה מוגן. המוצב נכבש במהירות עד שעה 19:30. על חלקו בקרב והובלת הכוח בכיבוש הפעמון זכה יוסי לנגוצקי מפקד הסיירת באות המופת. גדוד 62 התארגן לכניסה אל המוצב מכיוון רמת רחל דרך שדות המוקשים שהגנו על המוצב, הגיע אל המוצב בשעה 22:00 והחליף את הכוח של דרייזין. בכך הושלם ניתוק הדרך בין ירושלים הירדנית ובית לחם.
לאחר כיבוש מתחם ארמון הנציב וצור באהר התארגן גדוד 62 להגנה על צור באהר וגדוד 161 על מתחמי ארמון הנציב. פלוגה ג' נכנסה למוצב הנקניק ופלוגה ב' לעמדות בחורשה מצפון לארמון. בבוקר ה-6.6 ספגה פלוגה ב' התקפת נגד ירדנית של אש טנקים כבדה מרכס עזריה, אשר גרמה לחמישה הרוגים ויותר מעשרה פצועים. ההתקפה שותקה על ידי אש המרגמות של הגדוד בהכוונת מ"פ המסייעת אליעזרי שהתמקם על גג הארמון.

המירוץ לבמת ההר

כאמור לעיל, שני הצדדים העריכו כי השליטה על הרמה שמצפון לירושלים, על הדרך המובילה מירושלים צפונה, תכריע את המערכה. שני הצדדים הפעילו את העתודות המשוריינות שלהם למטרה זו: המטכ"ל הירדני הורה לחטיבה 60 לנוע מיריחו דרך מעלה אדומים אל תל אל פול מצפון לירושלים, ולחטיבת חי"ר 27 שהייתה במעלה אדומים ובאבו דיס להצטרף לחטיבה 60. מנגד, אלוף פיקוד המרכז הורה לחטיבה 10, חטיבת הראל, לנוע משטחי הכינוס שלה בבן שמן אל פרוזדור ירושלים. האלוף, עוזי נרקיס, העריך שתנועת השריון הירדני תארך כשמונה שעות, ולפיכך הבקעה של חטיבה 10 דרך המוצבים בצפון פרוזדור ירושלים בשעות הערב תצליח להביא אותה לתל אל פול לפנות בוקר, באותו זמן בו יגיעו לשם הכוחות הירדניים. ואולם, הערכה זו הייתה נכונה רק בחלקה; חטיבה 10 הישראלית הייתה צריכה להבקיע דרך מוצבי אויב ולעבור בדרך הררית קשה לתנועה, ואילו חטיבה 60 הירדנית הייתה צריכה לנוע כ-35 קילומטרים בלבד, על כביש סלול ללא הפרעה. פיקוד המרכז, שהיה מודע לסיכון הרב בהופעתה של חטיבה ירדנית בתל אל פול דרש שוב ושוב מן המטכ"ל סיוע אווירי. החל מן השעה 17:30 החלו מטוסי פוגה מגיסטר (מטייסת 147, "האיל הנוגח") ואוראגן (מטייסות 107, "אבירי הזנב הכתום", ו-113, "הצרעה") בתקיפת הכוחות הירדניים. התקיפה נמשכה עד לחצות, ועד אז הושמד חלק מן הכוח הירדני והציר נחסם. רק כוחות ירדניים מעטים הצליחו להגיע ליעדם עד הבוקר. גם למחרת המשיך חיל האוויר בהפצצות, וגרם לאבדות כבדות בקרב השריון הירדני.

כיבוש המוצבים הירדנים בצפון פרוזדור ירושלים

אלוף פיקוד המרכז, עוזי נרקיס, הורה למפקד חטיבת הראל, אורי בן ארי, להבקיע דרך צפון פרוזדור ירושלים, בגזרה שבין מעלה החמישה למוצא, במטרה להגיע לתל אל פול לפנות בוקר. המשימה הראשונה שעמדה בפני החטיבה הייתה להגיע מיער בן שמן לפרוזדור ירושלים, משעת מתן הפקודה לנוע (ב-13:25) ועד לשעה המיועדת לתחילת ההתקפה, ב-17:00. למרות הנחייתו של אלוף הפיקוד לחסום את הכביש לירושלים ולאפשר רק תנועה צבאית, נותרה הדרך פתוחה ועמוסה בתנועה, אזרחית וצבאית. מעבר לקושי הלוגיסטי והתנועה העמוסה, הופגזה הדרך על ידי הצבא הירדני, ששלט באש ובתצפית על חלקים נרחבים ממנה.
נרקיס הנחה את אורי בן ארי לבצע הבקעה בשני צירים: האחד, ממעלה החמישה אל גבעת הרדאר (שעליה שוכן כיום היישוב הר אדר), והשני מהקסטל אל מוצבי הלגיון בשייח עבד אל עזיז, ומשם ימשיך אל המוצב בחירבת לאוזה ואל בית סוריכ. שני הכוחות הפורצים יוכלו לחבור בכפר בידו, וממנו לנוע מזרחה לנבי סמואל ולבית חנינא, על במת ההר. בכל ציר היה אמור לפרוץ אחד מגדודי החרמ"ש של החטיבה. הגדוד השלישי של החטיבה, גדוד הטנקים והסיירת החטיבתית היו אמורים להיות בעתודה בקסטל, לניצול ההצלחה.
המח"ט בן ארי היה למוד ניסיון מקרבות מלחמת העצמאות בגזרה זו. בקרבות אלה היה בן ארי מפקד פלוגה בגדוד הרביעי של חטיבת הראל, שהשתתף בניסיון לכיבוש גבעת הרדאר ונבי סמואל באפריל 1948; הניסיון נכשל באבדות כבדות לישראלים. הוא חשש כי הקרבות הקשים של מלחמת העצמאות יחזרו על עצמם: שני הגדודים הפורצים עלולים להיכשל בהבקעת הקו הירדני, או להתעכב ולא להצליח להתגבר בזמן על המוצבים הירדניים. כתוצאה מכך עלול גדוד הטנקים להתעכב, ולא יצליח להגיע בזמן לתל אל פול. בשל כך החליט בן ארי לשנות את תפקידו של כוח העתודה, והטיל עליו לנסות ולפרוץ ציר שלישי, שיגיע ישירות אל בית חנינא. על הסיירת הוטל התפקיד להבקיע ישירות אל בית איכסא כדי להחזיק את ציר התנועה של הגדודים האחרים.
למרות הקשיים הרבים בתנועה מבן שמן לפרוזדור ירושלים, הצליחה החטיבה להגיע בזמן לתחילת הפעולה. בשעה 17:15 החלו הטנקים בירי אל המוצבים הירדניים, ובמקביל החלה הפגזה ארטילרית של מרגמות כבדות על היעדים והפצצה אווירית. בשעה 18:00 החלה ההסתערות הרגלית.

כיבוש מוצבי הרדאר

מתחם ההגנה הירדני ברדאר כלל שלושה מוצבים: רדאר 1, הסמוך לגבול; רדאר 2, הגדול מבין שלושת המוצבים, שהיה מעט מרוחק יותר ועל גבעה גבוהה יותר; ורדאר 3, המרוחק ביותר. את שלושת המוצבים החזיקה פלוגה של צבא ירדן. המוצבים נועדו למנוע פריצה של צה"ל לאורך הכביש העובר ביניהם, המוביל לכפר בידו. בכפר בידו עצמו הייתה פלוגה נוספת. בנוסף להגנת הכביש על ידי המוצבים, הציב צבא ירדן מכשולים פיזיים על הכביש: נחפרה בו תעלה, הונחו שדות מוקשים, ומוקמו "שיני דרקון" (גושי בטון שנועדו למנוע מעבר טנקים).
למרות החששות הכבדים, היה הקרב על מוצבי הרדאר קצר. האש הארטילרית וההפצצות האוויריות גרמו לנזק כבד במוצבים הירדניים, והקושי העיקרי של גדוד 104 (בפיקוד רס"ן יגאל בן דוד), שעליו הוטלה משימת הפריצה דרך מוצבים אלה, היה פריצת נתיב בשדה המוקשים שהקיף את המוצב. חלק מן המוקשים היו מוקשים שהונחו על ידי צה"ל עוד בימים שלפני המלחמה, אך על מיקומם לא נמסר לכוחות הפורצים. פלוגה א' של הגדוד הסתערה על מוצב רדאר 1 והשלימה את כיבושו עד 19:25 בערב. באותו זמן, תקפה פלוגה ב' את מוצב רדאר 2 באיגוף מזרחי, והשלימה את כיבושו עד אותה שעה. כוח המג"ד, יחד עם פלוגת השריון המסופחת, התעכב במשך כמה שעות במעבר דרך שדה המוקשים תחת אש ארטילרית, ולאחר מכן בהתגברות על תעלת נ"ט ומכשולים נגד טנקים.
במקביל, הופעל גדוד 163 של חטיבת ירושלים, בפיקוד סא"ל מיכאל פייקס שהיה ערוך להגנה באותה גזרה, ועם ההבקעה ביקש לקחת חלק בהתקפה. פלוגה של הגדוד הסתערה על מוצב רדאר 3 והשתלטה עליו עד השעה 22:00. השלב הראשון של ההבקעה בגזרה זו הסתיים בשעה 2:00 לפנות בוקר, כאשר כוח המג"ד של חטיבה 10 מלווה בשריון הצליח לעבור את המכשולים לעבר המוצבים, והחל בתנועה לקראת הסתערות על הכפר בידו. בשעה 4:00 לפנות בוקר כבש הגדוד את הכפר ואת מוצב ג'בל א-שייח שלידו. פלוגת הטנקים שהייתה מסופחת לגדוד הועברה לגדוד 106 (בפיקוד אהרן גל), והגדוד עצמו התארגן להגנה מפני התקפה מצפון.

כיבוש מוצבי שיח עבד אל עזיז וחרבת לאוזה

ציר הפריצה השני של חטיבת הראל היה ממבשרת ירושלים, לכיוון הכפרים בית סוריכ ובידו, דרך המוצבים שיח עבד אל עזיז וחרבת לאוזה, שהיה מרוחק מעט יותר וגבוה מן המוצב הראשון. מוצבים אלה היו מאוישים בפלוגה אחת של הליגיון הערבי, והיו מוגנים בשדות מוקשים, גדרות תיל ומכשולים נוספים. חלק משדות המוקשים הונחו על ידי ישראל בימים שלפני המלחמה, כהגנה מפני מתקפה ירדנית אפשרית, אך גם כאן לא נמסר עליהם לכוחות הפורצים. לאחר המלחמה הסתבר כי הפיקוד הירדני אכן הורה על התקפה ממוצבים אלה לכיוון הקסטל, המרוחק מהם כקילומטר וחצי בלבד, ואולם הפקודה בוטלה תוך זמן קצר.
משימת הפריצה בציר זה הוטלה על גדוד 106. הגדוד סבל אבדות כבר בשטח ההיערכות בקסטל, וספג אבדות רבות נוספות במהלך ההסתערות דרך שדות המוקשים. למרות ההפגזות וקשיי התנועה הצליחה פלוגה ט' של הגדוד לכבוש את מוצב שיח עבד אל עזיז עד השעה 19:30, תוך חיפוי טנקים ומרגמות. פלוגות כ' ול' שהסתערו על מוצב חרבת לאוזה נהדפו פעם אחת, אך לאחר שביצעו איגוף נרחב ממזרח הסתערו שוב על המוצב והשלימו את כיבושו עד השעה 22:30. אבדות גדוד 106 היו 15 הרוגים ו-42 פצועים, בין ההרוגים היה מפקד פלוגה ט' אסא יגורי. לאחר כיבוש המוצבים המשיך הגדוד לכפר בית סוריכ, השתלט עליו ללא קרב, והגיע לצומת בידו בשעה 4:00 לפנות בוקר.

כיבוש בית איכסא, נבי סמואל, בית חנינא ותל א זהרה

במקביל לפריצה של גדוד 104 וגדוד 106, ניסתה החטיבה למצוא ציר נוסף להבקעה, ממזרח. גדוד 95 עם הסיירת החטיבתית החלו את הטיפוס מעמק הארזים, מצפון להר המנוחות, לכיוון בית איכסא ונבי סמואל. הסיירת החטיבתית התפצלה מתנועתו של הטור הגדודי, טיפסה אל בית איכסא וכבשה את הכפר ללא קרב כבר בשעה 17:45. זמן קצר לאחר מכן השתלטה הסיירת על הצומת שבין נבי סמואל לבית חנינא, כדי למנוע מעבר תגבורת ירדנית לכיוון בידו. פלוגות הטנקים של גדוד 95 עלו במקביל בציר קשה (דרך שכונת רמות אלון של היום), מעט מזרחה משם. העלייה הייתה קשה מאד, והטנקים של פלוגת הצנטוריונים נתקעו כולם וסבלו נזקים מכניים רבים. למרות זאת, הצליחו חמישה טנקי שרמן ולאחריהם פלוגת החרמ"ש להגיע לצומת שאותה החזיקה הסיירת. הגדוד, יחד עם הסיירת, השתלט על בית חנינא ובשעה 3:30, עם אור ראשון, התבסס על תל א-זהרה השולט על הדרך מירושלים צפונה, ופתח באש על כוחות ירדניים שהיו על הדרך.
בעקבות כלל התקיפות, השלימה חטיבת הראל את החלק הראשון והמכריע של משימתה: החטיבה הגיעה ראשונה לבמת ההר לפאתי ירושלים מצפון, לפני הירדנים, וניתקה את ירושלים המזרחית מן הצפון.

שתי דרכי הפעולה בחבירה להר הצופים

כאמור לעיל, מטרת העל של צה"ל בירושלים הייתה התחברות מהירה ככל האפשר עם מובלעת הר הצופים, כדי למנוע מן הירדנים הישג מהיר שעלול היה לגרום לישראל נזק רב, גם בשל שליטת הר הצופים במבואות הצפוניים של ירושלים, וגם מן הבחינה של דעת הקהל הישראלית והבינלאומית. בתוכניות שנערכו בפיקוד מרכז במשך השנים הועלו שתי אפשרויות לחבירה עם מגיני ההר: הבקעה דרך מוצבי צפון הפרוזדור והגעה עד תל אל פול - המשימה שהוטלה על חטיבת הראל; וחבירה ישירה דרך הקו העירוני המבוצר. אלוף הפיקוד חשש שחטיבת הראל לא תצליח להתגבר על השטח הקשה ועל התנגדות המוצבים הירדניים בזמן הקצר שעמד לרשותה. לפיכך, עם העברתה של חטיבה 55 לפיקוד מרכז, החליט האלוף להטיל עליה את ההבקעה דרך הקו העירוני, בשכונת שיח' ג'ראח, אל הר הצופים. בניגוד לחטיבת הראל, שהייתה צריכה לעבור דרך של כ-35 ק"מ עד ליעדיה, היו הצנחנים צריכים לעבור כשני קילומטרים בלבד עד להר הצופים, אך דרך זו הייתה מוגנת היטב על ידי המוצבים הירדניים בבית הספר לשוטרים, גבעת התחמושת, גבעת המבתר והגבעה הצרפתית. חטיבה 55 הייתה חטיבת חי"ר מעולה, ואלוף הפיקוד סמך על יכולתה הגבוהה שתאפשר את הצלחת משימתה. ואולם, כבר בשלב זה הרשה לעצמו אלוף הפיקוד, עוזי נרקיס, להציב יעד נוסף. הוא אמר למח"ט הצנחנים, מוטה גור: "המשימה היא להתחבר עם ההר, אך זכור את העיר העתיקה. עליך למשוך ימינה לכיוון מוזיאון רוקפלר כדי שתהיה נכון בכל עת לפרוץ את החומה ולכבוש את העיר העתיקה".

התארגנות ותוכניות

כפי שהוזכר, החטיבה הייתה אמורה לצנוח מעבר לקווי האויב. בשל כך, צוידה החטיבה בהתאם, בציוד שנועד לאפשר לצנחנים להילחם במשך שעות ארוכות ללא סיוע. הציוד נארז לצניחה, ללא ציוד מסורבל שעלול היה להכביד על הצנחה, ובמארזים ייעודיים להצנחה. כל אלו עתידים היו להכביד על הלחימה בירושלים, כאשר היה צורך לשנות את ההתארגנות הלוגיסטית ולהתארגן מחדש למתאר לחימה שונה. עם ההחלטה להעביר את החטיבה לירושלים היה עליה להגיע לעיר במהירות; כמו חטיבת הראל, גם גדודי חטיבה 55 היו צריכים להתמודד עם עומס התנועה הכבד שהיה בדרך אל העיר, וכן עם האש הארטילרית שנורתה על ידי צבא ירדן מפקדי הכוחות השונים בחטיבה הכירו את הזירה רק באופן כללי, מסיורים בשנים קודמות. חסרו לחטיבה אמצעי מודיעין שונים כמו מפות וצילומי אוויר, ובשל הלחץ הרב היה על הכוחות להיערך במהירות ללא זמן להכרה מעמיקה יותר של השטח.
מפקד חטיבה 55, אלוף-משנה מרדכי גור, תכנן פריצה בשתי נקודות בגזרה שניתנה לו, מבית הספר לשוטרים עד מעבר מנדלבאום. על גדוד 66, בפיקוד רב-סרן יוסי יפה, הוטלה המשימה לפרוץ משיכון פאג"י אל בית הספר לשוטרים, לכבוש את גבעת התחמושת, ולהגיע עד מלון "אמבסדור" בתחילת דרך שכם. עם ההגעה למלון יימצא הגדוד בנקודה סמוכה להר הצופים, כדי שיוכל לפרוץ אליו בהמשך, וכן ישלוט על חלקה הצפוני של שכונת ואדי אל-ג'וז.
על גדוד 71, בפיקוד רס"ן עוזי עילם, הוטלה המשימה לפרוץ בנקודה דרומית מעט יותר, צפונה ממעבר מנדלבאום. משימת הגדוד הייתה לכבוש את השכונות ואדי אל-ג'וז, באב א-זהרה והמושבה האמריקנית. כיבוש שכונות אלה היה מנתק את העיר העתיקה מצפון, לכיוון רמאללה ויריחו.
גדוד 28, בפיקוד סגן-אלוף יוסי פרדקין, נותר כעתודה חטיבתית בשלב הראשון. לאחר ההבקעה של גדוד 71, היה גדוד 28 אמור לעבור באותה דרך, ולהמשיך דרומה על דרך שכם ולאחר מכן על רחוב סלח א-דין לכיוון מוזיאון רוקפלר. המטרה הייתה להביא את הגדוד לכיוון העיר העתיקה, כך שאם וכאשר תתקבל ההוראה להיכנס אליה יהיה הגדוד במיקום הקרוב ביותר. גדוד 28 נבחר על ידי המח"ט למשימה זו משום שאנשיו היו הוותיקים בחטיבה, ונלחמו עוד בפעולות התגמול בשנות ה-50 של המאה ה-20.
שעת התקיפה נקבעה בתחילה ל-23:00. ואולם, ההתארגנות של הצנחנים התעכבה בשל הקשיים הלוגיסטיים הרבים, ותחילת ההתקפה נדחתה, בתחילה לחצות, ולאחר מכן לשעה 1:00 ושוב נדחתה לשעה 2:00. אלוף הפיקוד ולאחר מכן ראש אגף המבצעים במטכ"ל, אלוף-משנה יצחק חופי וסגן הרמטכ"ל, האלוף חיים בר-לב, הציעו לדחות את ההתקפה לבוקר, כדי שניתן יהיה לתת סיוע אווירי להתקפה. גור ומפקדי הגדודים התנגדו לדחייה לבוקר. הם סברו שהתקפה בלילה עדיפה, וזאת בשל עדיפותם של הצנחנים על הלגיון הערבי בלחימת לילה, וכן מכיוון שבאור יום יהיו הצנחנים גלויים לעמדות האויב. בנוסף, היה חשש ממתקפת נגד ירדנית, לאחר שנתקבלו דיווחים מן התצפית בהר הצופים על שריון ירדני (הטנקים של חטיבה 60) שנצפו נעים ממעלה אדומים לכיוון ירושלים. אלוף הפיקוד קיבל את עמדת הצנחנים, והמטכ"ל אישר את ההתקפה; במקביל, כפי שתואר לעיל, בוצעו גיחות של חיל האוויר הישראלי כנגד השריון הירדני. שעת הפתיחה הייתה לבסוף 2:30 לפנות בוקר, כשעה ורבע לפני אור ראשון.
סדר הכוחות של חטיבה 55 כלל 3 גדודים, סיירת חטיבתית, פלוגת הנדסה, 10 טנקים מגדוד השריון הפיקודי וארבע סוללות תותחים ומרגמות. הכוח הירדני שהגן על גזרת הפריצה של חטיבה 55 היה גדוד 2 של חטיבה 3 הירדנית. הירדנים היו מצוידים בתותחים ללא רתע, ועל הגזרה היה מטווח גדוד תותחי שדה וכן מרגמות. בשעה 2:30 לפנות בוקר, בעת תחילת הפריצה, היו החיילים הירדנים כבר אחרי 16 שעות של לחימה רצופה.

כיבוש שכונות ואדי אל-ג'וז והמושבה האמריקאית

במקביל להבקעה של גדוד 66, הבקיע גדוד 71 בנקודה נוספת, כקילומטר מדרום לשם, מעט צפונה משער מנדלבאום. ההתקפה החלה במקביל להתקפה של גדוד 66, בשעה 2:30 לפנות בוקר. לאחר פריצת הגדרות על ידי פלוגה ב', החלה פלוגה ג' בקרב קשה לכיבוש העמדות הירדניות באזור הפריצה, קרב שנמשך עד השעה 6:00 בבוקר והיה כרוך בנפגעים רבים. מספר בתים מצפון לנקודת הפריצה (שנקראו "הבית הלבן" והבית האדום") נכבשו רק לאחר מספר הסתערויות; בחלק הדרומי של גזרת הפריצה השתלטה פלוגה ג' על בית שכונה "הבית השרוף", מול מלון אמריקן קולוני, ובכך אבטחה את גזרת הפריצה לכיוון דרום, כהכנה למעבר גדוד 28 דרך הפירצה וללחימתו דרומה בדרך שכם.
תוך כדי הקרב של פלוגה ג' עברו דרך הפירצה פלוגות א' וד'. פלוגה ד' התקדמה לשכונת ואדי אל-ג'וז: כוח אחד התקדם במהירות כדי לשתק עמדת מרגמות 81 מ"מ, ומצא אותה ריקה; כוח שני נע על הכביש הראשי של השכונה והשתלט עליו. כוח שלישי של הפלוגה השתלט על המושבה האמריקאית, מדרום לשכונת ואדי אל-ג'וז. פלוגה א' עברה דרך השכונה, התקדמה עד לקצה, והגיעה לנקודה ממנה שלטה על מוזיאון רוקפלר. חיילי הפלוגה הבחינו בכוח ירדני יורד מהר הזיתים לכיוון העיר העתיקה, ובאמצעות סיוע ארטילרי שביקשו בלמו את התקדמותו. עד השעה 6:00 בבוקר השלים גדוד 71 את משימתו

הקרב בדרך שכם

גדוד 28 המתין בשכונת שמואל הנביא כעתודה חטיבתית, בהמתנה להשלמת ההבקעה של גדוד 71. במהלך ההמתנה ספג הגדוד הפגזה קשה ולפלוגה ד' היו נפגעים רבים. במהלך ההפגזה נשכב החובש שלמה אפשטיין על החייל הפצוע שבו טיפל, שלמה חגואל, ובכך הציל את חייו של חגואל במחיר חייו שלו. למרות זאת, החל הגדוד את המתקפה בשעה 3:30 לפנות בוקר, דרך הפירצה שהבקיע גדוד 71. פלוגה א' של הגדוד הובילה את ההתקדמות, וכבר בשלב הראשון נקלעה לקרב קשה באזור "הבית השרוף", שכבר נכבש על ידי גדוד 71; לוחמים ירדנים שנטשו את הבית לאחר הקרב עם פלוגה ג' של גדוד 71 שבו אליו, ובקרב הקשה שהתפתח ספגה פלוגה א' נפגעים רבים. מפקדת החטיבה הורתה לפלוגת הטנקים מגדוד השריון הפיקודי שהמתינה עד שלב זה ליד מלון "אמבסדור" לנוע דרומה ולסייע לגדוד 28. הופעתם של הטנקים שינתה את המצב: האש הירדנית התרכזה בהם, מחד, ועוצמת האש של השריון הייתה משמעותית מאד כנגד האש הירדנית.
על פי התוכנית המקורית אמור היה הגדוד לנוע לאורך רחוב צלאח א-דין, הנמשך ממזרח לדרך שכם. דרך שכם הייתה למעשה הצד הירדני של הקו העירוני, והמטרה הייתה להימנע מלחימה ישירות בעמדות שבקו זה. ואולם, בלהט הלחימה טעו הצנחנים והמשיכו בדרך שכם עצמה. הלחימה הייתה מבית לבית, כאשר הלוחמים הירדניים נלחמים מעמדות מבוצרות היטב שהוכנו מראש. גם בגדוד וגם במטה החטיבה לא הבחינו בטעות של הגדוד, וגם כאשר דיווח המג"ד שהוא נלחם בבניין ימק"א לא הבינו במטה החטיבה את הטעות.
בשעה 6:00 בבוקר הצליחה פלוגה א' להשתלט על צומת הרחובות שמדרום לבניין ימק"א והקונסוליה האמריקאית, ונעה עוד דרומה. כחצי שעה לאחר מכן נתקלה הפלוגה בעמדה מבוצרת היטב שחסמה את המשך המעבר; העמדה הייתה ממוקמת בקצה סימטה שפנתה מערבה מדרך שכם, ונקראה לאחר מעשה "סמטת המוות". שלושה מלוחמי הפלוגה נהרגו בניסיון לכבוש את הסימטה, ללא הצלחה. פלוגה ג', שהחליפה את פלוגה א' בחוד בשלב זה, ניסתה גם היא, ושניים מאנשיה נהרגו גם הם בקרב. העמדה בסימטה עיכבה את התקדמות הגדוד למשך כשעתיים, והירדנים הוכנעו רק לאחר שטנק מ"פ השריון הצליח לפגוע בה והשמידה.
עם מעבר הסימטה היו הצנחנים סמוכים מאד לחומת העיר העתיקה, והחלו להיפגע מאש החיילים הירדניים שעל החומה. המג"ד עם פלוגה ג' נע דרך בית הקברות א-סהירה, מצפון לחומה. פלוגה ג' כבשה את קצהו של רחוב צלאח א דין, והתמקמה במלון "ריבולי", מול שער שכם. פלוגה א' והטנקים נשארו בקצה דרך שכם, מול החומה.
הפלוגה המסייעת של גדוד 28 לא טעתה בדרכה; הפלוגה עלתה על רחוב צלאח א-דין, נעה עליו והגיעה עד למוזיאון רוקפלר, אותו כבשה לאחר קרב קצר. כוח שהיה מורכב מחיילי פלוגה ד', הסיירת החטיבתית והסיירת של חטיבה 80 הצטרף לפלוגה המסייעת, והתמקם בסמוך למוזיאון.

יום שלישי, 6 ביוני, בוקר: חטיבת הראל כובשת את המבואות הצפוניים של ירושלים

בעוד הקרב על גבעת התחמושת בעיצומו, ובמקביל להבקעת הקו העירוני על ידי גדוד 71, הגיעו הכוחות הראשונים של חטיבת הראל לכביש ירושלים - רמאללה, כפי שתואר לעיל. הכוח היה מורכב מ-6 טנקי שרמן ו-10 זחל"מים של גדוד 95, יחד עם סוללת מרגמות, ועוד 4 זחל"מים ו-3 ג'יפים של פלוגת הסיור החטיבתית. הכוח הישראלי פתח באש על הכביש, השמיד כלי רכב ירדניים, וחסם את התנועה צפונה. חטיבת הראל הייתה פרוסה באותו זמן לאורך כל הצירים שהובקעו בלילה; טנקים, זחל"מים וכלי רכב רבים אחרים היו תקועים לאורך הדרכים השונות, ואחרים נעו מזרחה בכביש הצר מבידו לנבי סמואל ולבית חנינא. למרות זאת, המשיך המח"ט את תנופת ההתקפה של החטיבה. קשיי התנועה גרמו גם לקושי רב בהעברת תחמושת ובעיקר דלק לכוחות המסתערים.

כיבוש תל אל פול

חיל האוויר הישראלי הפציץ בלילה את כוחות התגבור הירדניים שנעו ממעלה אדומים לכיוון תל אל פול. הכביש נחסם, ורק פלוגת טנקים מוקטנת ובה 7 טנקי פטון M48 הצליחה להגיע ליעדה. בשעה 5:30 בבוקר נוצר מגע אש בין הטנקים הישראליים לטנקים הירדניים. הירדנים הצליחו לפגוע בכמה זחל"מים ישראליים, שהיו ריקים מצוותם, ומאש הטנקים הישראליים נפגעו כמה טנקים ירדניים. הטנקים האחרים נסוגו לכיוון צפון מזרח.
בשעה 8:30 בבוקר קיים מפקד חטיבה 10, אלוף-משנה אורי בן ארי, קבוצת פקודות. הוא החליט להכפיף את כל הכוחות שהמשיכו להגיע לכיוון תל א-זהרה לגדוד 106, בפיקוד סא"ל אהרון גל. גדוד זה יתקוף את תל אל פול, בחיפוי הטנקים של גדוד 95, בפיקוד סא"ל צביקה להב, שהיו ממוקמים בתל א-זהרה. משם ימשיכו הטנקים והזחל"מים דרומה, יכבשו את גבעת המבתר ואת הגבעה הצרפתית, ויצרו קשר עם חטיבה 55 שהשלימה באותה שעה את כיבוש גבעת התחמושת ועם הר הצופים.
מפקד גדוד 106, סא"ל אהרן גל, הורה לשתי פלוגות טנקים ולפלוגת חרמ"ש להסתער על התל. פלוגת טנקים נוספת חיפתה על ההסתערות מתל א זהרה, ופלוגת השיריוניות נשלחה כדי לבצע חסימה מצפון לתל, לכיוון מזרח. ההתקפה על התל עצמו החלה בשעה 9:00 ועברה כמעט ללא התנגדות. אולם, פלוגת השיריוניות נתקלה בכמה טנקים ירדניים, ואלה השמידו שתי שריוניות פאנהארד AML ישראליות. בקרב נהרג מפקד הפלוגה, אהוד שני. הטנקים הישראליים שעלו לפסגת תל אל פול השמידו שניים מהטנקים הירדניים, והשאר נסוגו.

כיבוש הגבעה הצרפתית וגבעת המבתר

מיד לאחר כיבוש התל הורה פיקוד המרכז לחטיבת הראל להמשיך דרומה ולכבוש את גבעת המבתר ואת הגבעה הצרפתית, כשני קילומטרים מדרום לתל. שתי הגבעות הללו חלשו על הכניסה הצפונית לירושלים, על גבעת התחמושת ועל הכביש העולה להר הצופים, ובשל כך הייתה להן חשיבות רבה. בדרך לגבעות אלה היה על החטיבה להשתלט על שכונת שועפאט ועל המוצב שהיה בה, וכן על גבעה מצפון לגבעה הצרפתית. מח"ט "הראל" החליט על הסתערות מהירה: הטנקים יעברו ראשונים דרך הבתים שבדרך. תנועתם המהירה והאש הכבדה שלהם ייצרו הלם, שבעזרתו ישתלטו פלוגות החרמ"ש שאחריהם על שטחים אלה. הטנקים עצמם לא יתעכבו אלא ימשיכו עד ליעד הסופי, כלומר גבעת המבתר.
המעבר דרך שועפאט היה מהיר וללא התנגדות, ואולם, עם ההגעה לגבעת המבתר, נבלמה ההסתערות. כוח הטנקים שהתקדם ראשון נע מהר מדי, עבר את המוצב הירדני, ונחשף לגבעת התחמושת. טנק של גדוד השריון הפיקודי שהיה ליד מלון "אמבסדור" טעה בזיהוי הטנקים הישראליים של חטיבה 10, ירה ופגע באחד מהם. נהג הטנק, יעקב מאיר, נהרג ושאר הצוות נחלץ לעבר לשאר הטנקים הישראליים, שנסוגו לאחור. כח החרמ"ש שנע בזחל"מים אחרי הטנקים הסתער ישירות אל מרכז המוצב, אך נתקל מכל עבר באש כבדה מתותחים ללא רתע ומקלעים. הזחל"מים נפגעו קשות מהאש שסביבם, ונסוגו. מיד לאחר מכן אירעה תקרית נוספת של אש ידידותית, כאשר מטוס ישראלי תקף את הכוח המסתער. אל"ם בן ארי הורה על נסיגה של כמה מאות מטרים לאחור, להיערכות מחדש.
לכוח שנערך מחדש הצטרפה תגבורת, פלוגת טנקים ופלוגת חרמ"ש, וכן פלוגה מגדוד 68 של חטיבת ירושלים, שהיה ערוך בסמוך. מח"ט "הראל" הורה לשלושה טנקים לתפוס את הגבעה הצפונית לגבעה הצרפתית ולירות משם על המוצב הירדני; הפלוגה מחטיבת ירושלים הסתערה על הגבעה הצרפתית, ואילו הכוח המתוגבר של חטיבת הראל הסתער שוב על גבעת המבתר. ואולם, שתי ההסתערויות הסתיימו בלא קרב: הכוח הירדני בגבעת המבתר נטש את המוצב לאחר הדיפת ההסתערות הישראלית הראשונה, נסוג לגבעה הצרפתית ומשם נסוג כל הכוח מזרחה. הכוחות הישראליים השלימו את ההשתלטות על שתי הגבעות עד השעה 12:00 - פחות מ-24 שעות לאחר תחילת ההתקפה של החטיבה בפרוזדור ירושלים. משימות חטיבת הראל הושלמו במלואן: נוצר קשר עם הר הצופים, וירושלים נותקה מצפון. על פי הנחיית אלוף הפיקוד הועברה פלוגה אחת של החטיבה לטובת חטיבה 55, ושאר החטיבה הופנתה צפונה, לכיבוש רמאללה בצירוף פלוגה מגדוד 62 בחטיבה 16.

האם לכבוש את העיר העתיקה? דיונים בממשלת ישראל

כבר מתחילת הלחימה בירושלים החלו שרים בממשלת האחדות הלאומית (שנקראה אז "ממשלת ליכוד לאומי") לפעול כדי להביא להחלטה על כיבוש מזרח ירושלים ואיחוד העיר. בראש הפועלים בנושא היו מנחם בגין, ששימש שר בלי תיק, ויגאל אלון, אז שר העבודה וסגן ראש הממשלה. בלילה שבין 5 ל-6 ביוני התקיימה ישיבת ממשלה מיוחדת במרתף הכנסת (בשל ההפגזות על העיר), ובה הסכימו כל הנוכחים כי ישנה הזדמנות היסטורית להשלים את איחוד ירושלים תחת שלטון ישראל. ההתלבטות שמולה עמדו השרים הייתה כפולה: היה ברור שעל הצדדים תיכפה הפסקת אש בתוך ימים ספורים, אם לא פחות, וישראל עלולה להחמיץ שעת כושר חד פעמית. מאידך, היה ברור שכיבוש ירושלים המזרחית ובעיקר המקומות הקדושים לאסלאם ולנצרות עלול להביא לחץ בינלאומי כבד על ישראל. חשש נוסף היה שקרב בתוך העיר העתיקה עלול להביא לפגיעה במקומות קדושים אלה, דבר שיגרום ביקורת חריפה מאד על ישראל.
למרות התלבטויות אלה הסכימו כל השרים, כאמור, כי יש לכבוש את העיר העתיקה. שר הביטחון, משה דיין, לא נכח בישיבה, ולפיכך סיכם ראש הממשלה שדיין והרמטכ"ל, רב-אלוף יצחק רבין, יבדקו את אפשרות מימוש ההחלטה מן הבחינה הצבאית. לוי אשכול נפגש עם דיין עוד באותו לילה, יחד עם שר החוץ אבא אבן, יגאל ידין, ששימש יועצו הצבאי של ראש הממשלה. דיין התנגד להתקפה ישירה על העיר, מחשש לאבדות רבות ולנזק הרב שעלול להיגרם. הוא העדיף לכתר את העיר כדי שתיכנע.
בהתאם להחלטה זו של דיין נדחתה דרישתו של אלוף הפיקוד, עוזי נרקיס, להיכנס לעיר העתיקה כבר בבוקר 6 ביוני. בצהרי אותו יום ביקר דיין, בליווי נרקיס, בהר הצופים (לאחר שחטיבות הראל ו-55 חברו אליו במהלך הבוקר) וצפה אל העיר העתיקה; גם במעמד זה סירב דיין לבקשה חוזרת של נרקיס להיכנס לעיר העתיקה. בישיבה של ועדת השרים לענייני ביטחון שהתקיימה באותו יום בשעה 16:00 בתל אביב התקבלה עמדתו של שר הביטחון. בשל כך, הוחלט שהצעד הבא יהיה השתלטות על מתחם אוגוסטה ויקטוריה וכיבוש רכס הר הזיתים, משימה שהוטלה על חטיבה 55, לביצוע באותו ערב.

האם לסגת מן הגדה המערבית? התלבטות במטה הכללי של צבא ירדן

בצהרי 6 ביוני הייתה כל ירושלים המזרחית שמחוץ לחומות בשליטת צה"ל, למעט שכונת אבו טור שנכבשה אחר הצהריים, ורכס הר הזיתים שנכבש למחרת (ראו להלן). בגזרות אחרות בחזית הירדנית הצליחה חטיבת קרייתי לכבוש את לטרון ולטפס לבמת ההר (החטיבה חברה לחטיבת הראל בשעות הצהריים ושתי החטיבות נעו צפונה לכיבוש רמאללה), ואילו בצפון השומרון הסתיים קרב עמק דותן בכיבוש ג'נין והאזור שסביבה על ידי צה"ל. שתי חטיבות השריון הירדניות נפגעו קשות; חטיבה 60 הופצצה על ידי חיל האוויר הישראלי, כאמור לעיל, וחטיבה 40 ספגה אבדות קשות בקרב בעמק דותן. נוכח השליטה האווירית המוחלטת של ישראל ועקב האבדות הקשות סבר גנרל עבד אל-מונעם ריאד שיש חשש אמיתי לגורלו של צבא ירדן, ולשלטונו של המלך חוסיין בכלל. ריאד האיץ במלך להגיע לאחד משני פתרונות: הפסקת אש מיידית, או נסיגה מהירה מהגדה המערבית.
חוסיין היה בין הפטיש לסדן: הוא חשש שנסיגה משטחי יהודה ושומרון עלולה לתת לגמאל עבד אל נאצר תירוץ להסיג את הצבא המצרי תוך כדי הטלת האשמה על ירדן; ואילו קבלת הפסקת אש עלולה להביא להתפרעויות של הפלסטינים בירדן ואף למרד בצבאו. מסיבה זו, חוסיין ניסה, בערוצים חשאיים, להביא להפסקת אש דה-פקטו, כלומר הפסקת הלחימה ללא הכרזה רשמית, אך ניסיונות אלה לא הצליחו.
הלחץ שבו היו נתונים חוסיין וריאד לא היה מחויב המציאות; הצבא הירדני לא התמוטט, ועדיין החזיק ברוב שטחי יהודה ושומרון. ייתכן שלו הייתה הצמרת הירדנית מחליטה להחזיק בעמדותיה היה הצבא הירדני מצליח להחזיק מעמד עד להפסקת האש. ואולם, תחושת המשבר החריפה שהייתה בצמרת הצבא המצרי (והביאה גם שם לנסיגה חפוזה ולא מסודרת) עברה גם למטכ"ל הירדני. אחר הצהריים של ה-6 ביוני הורה ריאד על נסיגה מן הגדה המערבית. קצינים ירדניים בכירים חלקו על ריאד, ולאחר ויכוח הוחלט להסיג את הכוחות הירדניים למערך עורפי, אך לא לסגת לגמרי מהגדה המערבית. חלק מן הכוחות הירדניים לא נסוגו מיד; גדוד 31 של חטיבת החי"ר ה-27 הירדנית, חטיבת האימאם עלי, לא ביצע מיד את פקודת הנסיגה ונותר במשך הלילה בעמדותיו ברכס אבו דיס. בשל כך, למרות פקודת הנסיגה עדיין היו בירושלים וסביבתה כוחות ירדניים משמעותיים.

יום שלישי, 6 ביוני, אחר הצהריים: חטיבת ירושלים כובשת את אבו טור

החל משעות הבוקר הוחל בהכנות לכיבוש שכונת אבו טור, שמדרום לעיר העתיקה. אלוף הפיקוד הטיל את המשימה על החטיבה הירושלמית, ומטרתו הייתה להדק עוד יותר את כיתור העיר ולמנוע מצב של היווצרות מובלעת אם יוחלט על הפסקת אש. אלוף-משנה אליעזר אמיתי, מפקד החטיבה, החליט להפעיל למשימה זו את גדוד 163, בפיקוד סגן-אלוף מיכאל (מיכה) פייקס. ואולם, היה צורך להעביר את הגדוד מאזור מוצבי הרדאר, ליד מבשרת ירושלים; כאמור לעיל, הגדוד סייע לחטיבת הראל בכיבושם במהלך הלילה הקודם. כדי להעביר את הגדוד לאבו טור היה צורך להעביר גדוד חי"ם למוצבי הרדאר כדי שיתפוס את העמדות שהחזיק גדוד 163. חיילי הגדוד הוסעו לעין כרם, אך הסתבר שאין אמצעי תחבורה להעביר את הגדוד משם לאבו טור, והחיילים נאלצו לעשות את הדרך ברגל עד למושבה הגרמנית. שעת פתיחת ההתקפה נקבעה לבסוף ל-15:00.
על קו הגבול באבו טור חלשו ארבע עמדות ירדניות. הן נקראו על ידי הישראלים, מדרום לצפון, עמדות "לולב", "אריה", "בית המחלקה" ו"בית התריסים הצהובים". מול עמדות "לולב" ו"אריה" הירדניות היו עמדות ישראליות, בעלות שם זהה. כל פלוגה בגדוד הייתה אמורה לתקוף עמדה אחת, במקביל.
פלוגה ג' תקפה בשעה 15:00 את עמדת "לולב", העמדה הירדנית הדרומית ביותר. העמדה הותקפה על ידי כוחות הקו בשני טילי (מטעני) ל' עוד ביום הראשון למלחמה ונהרסה. הכוח הישראלי איגף את העמדה מדרום, וכבש אותה. המ"פ הורה על המשך התקדמות לכיוון עמדה נוספת, עמדת "הלשון", שהייתה ממוקמת כ-300 מטרים ממזרח, ואולם, עם המשך ההסתערות נתקלו החיילים הישראליים בצלף ירדני. זה הצליח להרוג חמישה מחיילי הפלוגה עד שאותרה עמדתו, והוא נהרג. במקביל לתקיפת עמדת "לולב" תקפה פלוגה ה' ("הפלוגה המיוחדת") את עמדת "בית המחלקה", העמדה השנייה מצפון. כבר בשלב ההיערכות לתקיפה נפצעו כמה מחיילי הפלוגה מהפגזה ירדנית. עם תחילת ההתקפה פרצו חיילי מחלקת החוד שתי גדרות בעזרת בונגלור, ואולם הסתבר להם שישנה גם גדר שלישית, שלא היו בידיהם אמצעים לפריצתה, ולכן נשכב אחד מהחיילים על הגדר ושאר הכוח עבר עליו. צליפות מהר ציון הסבו לפלוגה מספר רב של פצועים, ביניהם המ"פ, ואולם הכוח הצליח להשלים את משימתו תוך שימוש במיסוך עשן.
התקיפות על שתי העמדות הנוספות החלו באיחור. התקיפה על עמדת "אריה" הירדנית החלה בהפעלת מטען ל', שגרם לעמדה הירדנית (בנוסף למטען ל' שנורה אל העמדה ביום הראשון של המלחמה) נזק כבד ונפגעים רבים. מיד לאחר מכן הסתערה פלוגה ד' על העמדה, כבשה אותה, והחלה בהשתלטות על הבתים שבין עמדת "לולב" הדרומית ועמדת "בית המחלקה". במהלך הקרב הצטרף חפ"ק המג"ד לכוחות המסתערים; בהיתקלות עם חיילים ירדניים שניסו לסגת נהרג המג"ד, סא"ל מיכאל פייקס. פלוגה ב', שנועדה לתקוף את העמדה הצפונית ביותר, "בית התריסים הצהובים", ספגה אש כבדה כאשר נערכה להתקפה ליד בית המדפיס הממשלתי, בדרך חברון. 4 חיילים נהרגו ורבים נפצעו, וההתקפה התעכבה ב-45 דקות. למרות האבדות הצליחה הפלוגה לכבוש את יעדה, בסיוע טנקים של גדוד השריון הפיקודי שחיפו על ההתקפה מארמון הנציב ודרך עין רוגל בפאתי אבו טור הצפוניים וירו על העמדות הירדניות בהר ציון, ארטילריה ויחידת צלפים של החטיבה.
בשעה 18:00 הושלם כיבוש אבו טור. הקרב היה קשה במיוחד, גם בשל העובדה שהירדנים ציפו להתקפה וידעו מה יהיה הכיוון ממנה תבוא. 17 חיילים ישראלים נהרגו בקרב. הירדנים איבדו כ-50 חיילים, ושאר הכוח נסוג מזרחה.

יום שלישי, 6 ביוני, ערב, ויום רביעי, 7 ביוני, בוקר: חטיבת הצנחנים 55 כובשת את מתחם אוגוסטה ויקטוריה

כאמור לעיל, שר הביטחון משה דיין הכריע נגד כניסה לעיר העתיקה, וקבע שיש לכתר אותה עד לכניעתה. בשל כך, היעד הבא של פיקוד המרכז היה כיבוש רכס הר הזיתים, ובפרט מתחם אוגוסטה ויקטוריה שבראשו. השתלטות על הרכס הייתה מנתקת את ירושלים העתיקה ממזרח ובכך משלימה את כיתורה, לאחר ניתוקה מדרום ומצפון ביממה הקודמת. המשימה הוטלה על חטיבה 55, בסיוע פלוגת טנקים של חטיבת הראל. חטיבה זו הופנתה, כאמור לעיל, לרמאללה, אך על פי הנחיית אלוף הפיקוד הועברה פלוגה אחת תחת פיקוד חטיבה 55.

ניסיון ראשון: 6 ביוני, ערב ולילה - קרב גשר גת שמנים

על פי הנחיית הפיקוד, תכנן מח"ט 55, אלוף-משנה מוטה גור, את ההתקפה על הרכס. פלוגת הטנקים מחטיבת הראל התמקמה ליד מוזיאון רוקפלר, ומשם ירו לעבר מטרות במתחם אוגוסטה ויקטוריה (ההפגזה הייתה אמורה להתבצע על ידי 9 טנקים, ואולם בתנועה מגבעת המבתר למוזיאון רוקפלר טעו כמה מהטנקים בדרך, וחברו לצנחנים מאוחר יותר). פלוגה נ' מגדוד השריון הפיקודי הייתה אמורה לרדת ממוזיאון רוקפלר, לפנות מיד שמאלה בדרך העולה להר הזיתים, ולעלות לאוגוסטה ויקטוריה. אחרי פלוגת הטנקים הייתה אמורה לנוע סיירת חטיבה 80, בפיקוד רס"ן מיכה קפוסטה (בן ארי), שסופחה לחטיבה 55 לאחר שמשימתה המתוכננת בסיני בוטלה. גדוד 71 היה אמור לעלות מנחל קדרון ולחבור לשני הכוחות. ההתקפה הייתה אמורה להתחיל בשעות אחר הצהריים, כדי שתהיה באור יום.
ואולם, מסיבות שונות, התעכבה היציאה להתקפה, והתנועה החלה רק בשעה 19:30 בערב, עם אור אחרון. למפקדי הכוחות לא היו מפות ותצלומי אוויר, ובשל ירי ירדני בלתי פוסק מחומת העיר העתיקה לכיוון מוזיאון רוקפלר, שבו התמקמה מפקדת החטיבה, לא היו מפקדי הכוחות יכולים לבצע תצפית על ציר התנועה המתוכנן. החשיכה שירדה הקשתה עוד יותר על ההתמצאות, ובשל כך טעה מפקד פלוגת הטנקים והמשיך ישר בדרך יריחו, במקום לפנות שמאלה. רק טנק אחד פנה על פי המתוכנן, אך נפגע מפצצת בזוקה ירדנית, וצוותו נטש אותו. הטנקים הישראליים המשיכו בדרך יריחו לדרום מזרח, והגיעו תוך זמן קצר לגשר גת שמנים (הידוע גם כ"גשר הסיירת"), שם התגלו לחומת העיר העתיקה ולעמדות החיילים הירדניים שהיו עליה.
החיילים הירדניים שהיו על החומה פתחו באש כבדה על הטנקים, והמ"פ הבין שטעה. הוא הורה לטנקים להסתובב ולנסות לחזור, וניסה לאתר את מיקומו הנכון בסיוע מפקדת החטיבה. הניסיונות נכשלו, ולכן הורה המח"ט לצוות של סיירת חטיבה 80 לאתר את הטנקים ולהחזירם. גם כוח הסיירת נחשף לאש מן החומה, והחל מאמץ לחילוץ הנפגעים הרבים. תחת האש הכבדה נפגע אחד הטנקים ועלה באש, וטנק המ"פ התהפך ונפל מן הגשר לערוץ נחל קדרון. כמה מן הג'יפים של הסיירת התנגשו זה בזה. לאחר מספר שעות הצליח מפקד הסיירת, קפוסטה, להשלים את חילוץ הפצועים. בקרב על הגשר נהרגו חמישה חיילים, מאנשי השריון והסיירת.
ההסתבכות על הגשר מנעה את ניסיון ההשתלטות על אוגוסטה ויקטוריה. בנוסף, סמוך לחצות התקבלה בפיקוד התראה מן התצפיות שעל הר הצופים על תנועה של עשרות טנקים וכלי רכב ירדניים לכיוון ירושלים. למעשה, זו הייתה תנועתו של גדוד 31, שהחל בנסיגה מזרחה, ואולם התנועה לא פורשה נכון על ידי הצד הישראלי. מח"ט 55 חשש מהסתבכות בקרב לילה מול שריון ירדני, והעדיף להיערך להגנה. אלוף הפיקוד הסכים, והוחלט לדחות את חידוש ההתקפה על הרכס לבוקר שלמחרת.

ההחלטה על הכניסה לעיר העתיקה

במקביל לקרבות במזרח התיכון, נעשו מאמצים במועצת הביטחון של האו"ם להגיע להפסקת אש. בשעה 19:00 בערב על פי שעון ניו יורק, 1:00 לפנות בוקר על פי שעון ישראל ו-2:00 לפנות בוקר על פי שעון ירדן, הגיעו ארצות הברית וברית המועצות להסכמה על הפסקת אש בין הצדדים. המלך חוסיין הביע את הסכמתו, בתקווה שבכך תימנע המשך ההתמוטטות ביהודה ושומרון; הוא ביטל את הוראת הנסיגה שהוציא הגנרל עבד אל-מונעם ריאד שעה קודם לכן, והורה לכל היחידות להישאר במקומן ולהחזיק בעמדותיהן.
השר בלי תיק, מנחם בגין, שמע על הפסקת האש המתוכננת בחדשות הבי.בי.סי. אחד מסעיפי ההסכם שהוזכרו היה האיסור על כוחות צבא של שני הצדדים לנוע מעמדותיהם מיד עם כניסת הפסקת האש לתוקף, עם שחר. בגין חשש ממצב שבו תישאר העיר העתיקה מכותרת, אך לא בידי ישראל, מצב שיהיה "בכייה לדורות" כהגדרתו. הוא יצר קשר עם שר הביטחון, משה דיין, ודרש לאשר כניסה מיידית לעיר העתיקה. דיין, שהבין גם הוא שהזמן פועל לרעת ישראל, הסכים, אך תלה את הדברים באישור ראש הממשלה, לוי אשכול. בגין העיר את אשכול משנתו, וזה הסכים מיד וכינס בשעה 3:00 לפנות בוקר ישיבת מצומצמת, בה השתתפו דיין, בגין ויגאל אלון. בישיבה אושרה הכניסה לעיר העתיקה. דיין הנחה את פיקוד המרכז לבצע את הפריצה תוך זהירות מרבית מפגיעה במקומות הקדושים ובאוכלוסייה האזרחית.

כיבוש מתחם אוגוסטה ויקטוריה

בשעה 7:00 בבוקר החלה חטיבה 55 בניסיון נוסף לכבוש את רכס אוגוסטה ויקטוריה. החל משעה 8:00 בבוקר החל חיל האוויר הישראלי בהפצצת הרכס: ארבע רביעיות של מטוסי קרב מדגם סופר מיסטר של טייסת 105 ("העקרב") תקפו את הרכס והסבו למגינים הירדניים אבדות כבדות. בעקבות ההפצצה הסתערו על המתחם שני גדודים: גדוד 66, שהגיע מהר הצופים, וגדוד 71, שטיפס רגלית מנחל קדרון, בליווי סיירת חטיבה 80. שני הגדודים הסתערו בליווי טנקים. דרכו של גדוד 66 מהר הצופים לאוגוסטה ויקטוריה הייתה קצרה הרבה יותר, והגדוד השלים את כיבוש המתחם עד השעה 9:05, עם חלל אחד בלבד - מפקד פלוגה א', רס"ן גיורא אשכנזי.
סיירת חטיבה 80 והטנקים שעלו עמה להר המשיכו הלאה והשתלטו על הכפרים א-טור, אל עזרייה ואבו דיס.

הכניסה לעיר העתיקה

ביום רביעי, 7 ביוני בשעה 6:15 בבוקר, הורה שר הביטחון רשמית לרמטכ"ל, רב-אלוף יצחק רבין, להיכנס לעיר העתיקה. הרמטכ"ל ושר הביטחון הורו לסגן הרמטכ"ל, אלוף חיים בר-לב, להגיע לירושלים ולפקח מקרוב על ביצוע הפקודה. אלוף פיקוד המרכז הנחה את מח"ט 55, מוטה גור, לבצע את הכניסה, אך זו לא הייתה יכולה להתבצע לפני כיבוש רכס הר הזיתים. בשעה 9:30, עם השלמת ההשתלטות על הרכס, ניתן האישור הסופי לכניסה.

כניסת חטיבה 55

חבורת הפיקוד של חטיבה 55 התמקמה ברחבת מלון אינטרקונטיננטל, ומשם נתן המח"ט את פקודת הכניסה לעיר. הכוח העיקרי נע לשער האריות, ובראשו חפ"ק המח"ט. אחריו נעו שתי פלוגות מגדוד 71, שזה עתה עלו לרכס הר הזיתים, גדוד 66, שגם הוא ירד מהרכס, גדוד 28, שהגיע ממוזיאון רוקפלר, ומחלקת טנקים. פלוגה ד' מגדוד 71 נעה לכיוון שער האשפות ונכנסה לעיר לאחר הכוחות של חטיבת ירושלים. הם המשיכו לטהר את הרובע הנוצרי.
בשעה 9:45 הגיע זחל"ם המח"ט לשער האריות, עקף את הטנקים שלא היו יכולים להיכנס דרך השער הצר, ונע פנימה בתוואי רחוב ויה דולורוזה. כמה דקות לאחר מכן נכנסה חבורת הפיקוד להר הבית, יחד עם פלוגה א' של גדוד 71, שהגיעה ראשונה מבין פלוגות הגדוד. בשעה 10:00 הודיע מוטה גור ברשת הקשר את המשפט המפורסם: "הר הבית בידינו". דקות ספורות לאחר מכן הגיע אל ההר הרב הראשי לצה"ל, אלוף שלמה גורן. סגן מפקד החטיבה, משה סטמפל ומפקד פלוגה א', יורם זמוש, עלו אל בניין המחכמה וממנו הניפו את דגל ישראל מעל לכותל. זמן קצר לאחר מכן ירדו לכותל הרב גורן, אלוף הפיקוד, עוזי נרקיס, וסגן הרמטכ"ל, חיים ברלב. רחבת הכותל נמלאה בעשרות חיילים. מפקד הגדוד, עוזי עילם היה הראשון שתקע בשופר בכותל, ולאחריו הרב גורן.

כניסת החטיבה הירושלמית

כמעט באותה שעה שבה נכנס חפ"ק מח"ט 55 דרך שער האריות, נכנסו דרך שער האשפות שלוש פלוגות מגדוד 163 של החטיבה הירושלמית, בפיקוד מפקד הגדוד החדש, יוסף ברוש (כאמור לעיל, המג"ד הקודם, מיכאל פייקס, נהרג ביום שלפני כן בעת כיבוש אבו טור). הכוח כבש את הר ציון ללא קרב. לפני השעה 10 נכנסו פלוגות א' וד' של הגדוד דרך שער האשפות לעיר העתיקה ופאתי שכונת המוגרבים שליד הכותל. פלוגה ד', בפיקוד סרן אלי קידר (שהיה בין מגיני הרובע היהודי במלחמת העצמאות כנער), נעה אל תוך הרובע היהודי והרובע הארמני, ואילו פלוגה א בפיקוד יקי שרף נעצרה בפאתי שכונת המוגרבים לפי פקודת המג"ד כדי למנוע התקלות עם כוחות הצנחנים שהגיעו להר הבית. פלוגה ב' נכנסה לעיר כפלוגת העתודה.

השלמת ההשתלטות על העיר העתיקה

בשעה 11:00 הגיע מושל ירושלים מטעם ממשלת ירדן, אנוואר אל חטיב, לרחבת הר הבית, ושם חתם על כתב הכניעה. גדוד 66 של חטיבה 55, שנכנס לעיר העתיקה דרך שער האריות, ופלוגה ד' של גדוד 71, שנכנסה כאמור דרך שער האשפות, הצטרפו לטיהור הרובע המוסלמי והרובע הנוצרי. הפלוגות של חטיבת ירושלים טיהרו את הרובע היהודי והרובע הארמני. גדוד 28 ושתי פלוגות נוספות של גדוד 71 נכנסו דרך שער האריות וסייעו לטיהור הרובע המוסלמי והרובע הנוצרי. במהלך היום נמשכו היתקלויות בתוך העיר מול צלפים ירדניים, אך עד שעות אחר הצהריים הסתיימה ההשתלטות על העיר.

סיום הקרב על ירושלים

הכוח הירדני היחיד שעדיין נותר בשלמותו ביהודה ושומרון הייתה חטיבה 29, חטיבת חיטין, שהייתה אחראית על המרחב שמדרום לירושלים. חטיבה זו המשיכה בהפגזת מערב ירושלים גם בבוקר 7 ביוני. בשעה 10:25 קיבל מפקד החטיבה הירדנית הוראת נסיגה, והחל בביצועה. גדוד 39 של החטיבה נותר במר אליאס כדי לחפות על שאר הגדודים.
בשעות הצהריים הורה הפיקוד לחטיבה הירושלמית לנוע דרומה ולכבוש את העמדות הירדניות שמדרום לעיר. גדוד 62, בפיקוד סא"ל רוטשילד, נע מרמת רחל ותקף את מוצב מר אליאס ביחד עם פלוגה א' מגדוד 161 שכבשה את מוצב טבליה (גבעת המטוס). במקביל כבשה הפלס"ר החטיבתי את ג'בל אבו ע'וניים (כיום שכונת הר חומה) והמשיכה לגוש עציון וחברון דרך פאתי בית לחם. גדוד 62 המשיך דרומה יחד עם הפלס"ר. גדוד 161 נכנס לבית לחם, בית ג'אלה ובית סחור ומ"פ ד' - סרן רפי בנבנשתי קיבל לפנות ערב להפתעתו את הכניעה של נכבדי הכנסייה והעיר ונכבדי בית ג'אלה ובית סחור בחדר גדול בכנסיית המולד (זו הייתה הכניעה השנייה של הנכבדים לאחר שנכנעו קודם לכן לאנשי הפלס"ר בפרברי בית לחם). הוא הרגיע את הנכבדים, הודיע להם שהמושל הצבאי של הערים יגיע רק למחרת היום ויודיע להם את ההוראות המתאימות ושלח אותם לביתם.

פולמוס

במשך השנים התעוררו ויכוחים על הדרך שבה התנהל הקרב על ירושלים.

תחילת הקרב

אורי מילשטיין טוען שהקרב החל, בגזרת ארמון הנציב, כיוזמה מקומית, בניגוד לכוונת הפיקוד העליון ובניגוד לפקודות מפורשות. לדעתו, לאלוף פיקוד המרכז, עוזי נרקיס, הייתה מוטיבציה רבה לחולל את הקרב, כתיקון ל"בכייה לדורות" של מלחמת העצמאות. נרקיס היה סגן מפקד הגדוד הרביעי של הפלמ"ח ועמד בראש כוח הפריצה לעיר העתיקה דרך "שער ציון" ב-19 במאי 1948. לאחר הצלחת הפריצה, נרקיס הורה על נסיגת הכוח בניגוד לפקודה מפורשת של מפקד ירושלים דוד שאלתיאל. מהלך זה גרם לנפילת הרובע היהודי בידי הלגיון הערבי. נרקיס הואשם על ידי דוד שאלתיאל, מפקד חטיבת עציוני, באחריות לכישלון, ואילו נרקיס הטיל את האשמה על שאלתיאל. מכל מקום, ברור שנרקיס חש שהוא עומד בפני הזדמנות היסטורית לתקן את המעוות.
לדברי מילשטיין, המותח ביקורת חריפה על תפקודו של נרקיס, אלוף הפיקוד עשה כל מאמץ כדי לעקוף את הרמטכ"ל ושר הביטחון, ולפתוח במלחמה. למעשה, טוען מילשטיין, ההתקפה על ארמון הנציב החלה אף ברמה נמוכה יותר. לדברי מילשטיין, מי שהורה על מתקפת הנגד בארמון הנציב היה קצין האג"ם של חטיבת ירושלים, רס"ן עמוס נאמן. על פי מילשטיין נאמן הורה על תחילת ההתקפה בהיעדר המח"ט ואלוף הפיקוד, וכאשר הגיעו טלפונים דחופים מן המטכ"ל שדרשו את עצירת המתקפה טען נאמן, יחד עם קצין האג"ם הפיקודי סגן-אלוף אריק רגב, שאין לו קשר עם הכוח המסתער. כך, טוען מילשטיין, החלה המלחמה, וזאת כתולדה של יוזמה מקומית בלבד.
אריה יצחקי דוחה תפיסה זו. הוא מסכים שנרקיס ראה בפתיחת המלחמה הזדמנות לתקן את הכישלון של 1948; נרקיס מעיד על כך בעצמו בספרו פעמים רבות. ואולם, ההחלטה על פתיחת המערכה מול ירדן לא הייתה יוזמה מקומית אלא התקבלה בישיבת ממשלה ביום הראשון של המלחמה. באותה ישיבה אישר ראש הממשלה לוי אשכול את הנחייתו של שר הביטחון משה דיין להעביר את חטיבת הראל לפרוזדור ירושלים, כדי שתחבור להר הצופים (באותה ישיבה אושרה גם תקיפת מטרות בירדן ובסוריה על ידי חיל האוויר, וכן את תקיפת ג'נין על ידי פיקוד הצפון).

מי שחרר את ירושלים?

בתודעה הישראלית נצרבה חטיבה 55 כ"חטיבת משחררי ירושלים", ועיקר התהילה על הניצחון ההיסטורי נפלה בחלקה. כך למשל, בספרו של משה נתן, "המלחמה על ירושלים", שיצא לאור כשנה לאחר המלחמה, חטיבת הראל כמעט ולא מוזכרת, ואילו החטיבה הירושלמית זוכה לאזכור קצר בהרבה מזה של חטיבה 55. הועלו טענות קשות על כך שחטיבה 55 "ניכסה לעצמה" את כל התהילה, והמעיטה בחלקן של החטיבות והיחידות האחרות. אין ספק שהכרזתו של מוטה גור "הר הבית בידינו" ותמונות הצנחנים ליד הכותל יצרו את הרושם הדרמטי ביותר. בעשורים האחרונים נעשה מאמץ לתאר ולחשוף את מאמציהן של כלל היחידות שהשתתפו בקרב על ירושלים.

מורשת

תצלום הצנחנים בכותל המערבי הפך למזוהה עם הקרב ועם המלחמה כולה. לדוגמה, ב-2001 עמד התצלום במרכזו של פולמוס בדבר השימוש בו במסגרת תעמולת הבחירות של הבחירות לראשות הממשלה באותה שנה. בתשדירי הבחירות של אריאל שרון, הוצג התצלום. בעקבות זאת, הגישה סיעת שינוי עתירה ליושב ראש ועדת הבחירות המרכזית השופט מישאל חשין וטענה כי "השימוש בתמונה עשוי ליצור רושם שצה"ל מזוהה עם הימין". חשין דחה את בקשתם והתיר את המשך השימוש בתצלום ואף קבע כי 
התמונה ייחודית וחד-פעמית היא, וזה מכבר הופקעה מרשותו של צה"ל – אם הייתה אי פעם נכס מנכסיו – והפכה לנכס מנכסי האומה כולה.
— החלטת יו"ר ועדת הבחירות המרכזית
.
השיר גבעת התחמושת הפך לפופולרי מאוד. יש שאומרים כי בלעדיו תהילת הקרב של גבעת התחמושת לא הייתה גדולה כל כך. הרמטכ"ל לשעבר מוטה גור, אשר פיקד על שיחרור העיר ירושלים במלחמה, טען כי אלמלא השיר שפאר כל כך את הקרב, השבעת חיילי הצנחנים לא הייתה מתקיימת בגבעת התחמושת.