יצחק נבון

מוצא משפחתו

אביו של יצחק נבון היה נצר למשפחת נבון מירושלים, מצאצאי המשפחה היהודית-ספרדית הוותיקה ביותר בירושלים (מ-1620), משפחת ברוך מזרחי שעלה ארצה מטורקיה. רבי יצחק אליה נבון כתב בזיכרונותיו כי צאצאי משפחת נבון, בצוותא עם יהודים אחרים שהוגלו מספרד, השתקעו והקימו את ביתם בעיר ניקופול שבבולגריה וניהלו אחוזה שנקראה "אחוזת נבון". במחצית השנייה של המאה ה-17 נפל סכסוך בחצר נבון, ושלושת האחים שהרכיבו אותה החליטו לעזוב את ניקופול וללכת כל אחד לדרכו. האחד נסע לירושלים, השני לאדירנה שבטורקיה והשלישי לעיר שמולָה שבבולגריה. יצחק נבון היה צאצאו של רפאל עלי ובנו חנון, שנסעו לירושלים לאחר הסכסוך ב-1670. יוסף נבון, יוזם ובונה מסילת הרכבת יפו-ירושלים, הוא ממוצא טורקי ומצאצאיו של אפרים, יליד-איסטנבול. רבי יצחק אליה נבון הוא מצאצאיו של הנשארים באדירנה.
יוסף, אביו של יצחק נבון, היה מצד אמו צאצא של הרב המקובל חיים אבן עטר מסלא שבמרוקו. הוא ניהל בית תמחוי שפעל בירושלים, במימונו של הנדבן נתן שטראוס, וסיפק ארוחות ליהודים נזקקים בני כל העדות. אולם בשנות ה-30 של המאה ה-20, משפסק תקצוב בית התמחוי, עבר האב לעבוד בעיריית ירושלים, בבדיקת תוכניות בנייה.
אמו של יצחק נבון הייתה ממשפחה ספרדית יוצאת מרוקו שעלתה לארץ ישראל בשנת 1884. אביה, רבי יעקב בן-עטר, היה חסיד ומקובל, ואחיה היה העיתונאי חיים בן-עטר, עורך העיתונים "אל ליבראל" בספרדית ו"החרות" בעברית. ב-1902 נשתדכו שתי המשפחות המכובדות באמצעות אירוסיה של מרים לבית בן-עטר, אמו של נבון, ליוסף נבון, אביו. סבו מצד אמו שהה אז בשליחות ארוכת-ימים בצפון אפריקה, ליסבון וגיברלטר על מנת לגייס כספים לבניית בתי מחסה לדרי רחוב בשכונת מחנה ישראל. אמו של נבון בחרה שלא לחכות לשובו של אביה משליחותו בחוץ לארץ, והזוג נישא ב-1902 והשתקע ברחוב יפו. בירושלים ילדה אמו את תשעת ילדיה, בהם נבון. חמישה מהם הלכו לעולמם בגיל צעיר עקב מחלות (שכיום נחשבות קלות וניתנות לטיפול ולהחלמה מהירה).

ילדותו ונעוריו

נבון נולד ב-א' בניסן ה'תרפ"א. כאשר התקבל ללימודים ב"תיכון בית הכרם" (כיום: התיכון ליד האוניברסיטה), נשאל נבון לראשונה על תאריך לידתו הלועזי ואביו קבע בטעות שמדובר ב-19 באפריל 1921. רק שנים רבות לאחר מכן, זמן קצר לאחר בחירתו לנשיאות, התברר שתאריך לידתו הנכון הוא 9 באפריל 1921.
כשהיה בן שלוש, עקרה משפחתו לשכונת אהל משה, שם חיו שמונה שנים. ב-1927, כשנבון היה בגיל שש, הוא נלקח בידי אביו לבית המדרש "דורש ציון". בספר זיכרונותיו מספר נבון כי המורה המועדף עליו היה מורה לעברית בשם אדון גולדשטיין, אשר האהבה ביניהם הייתה הדדית. התלמידים האחרים בכיתתו החלו להקניטו, מתוך קנאה, ובעקבות כך ביקש נבון את רשות אביו לעזוב את בית המדרש בטענה כי אין מלמדים שם די אנגלית, שהייתה נחוצה בימי המנדט הבריטי על ארץ ישראל.
בשנת 1932 עברה משפחת נבון להתגורר בשכנות לערבים בשייח' באדר באזור בנייני האומה דהיום. משפרצו מאורעות תרצ"ו ב-1936 עברה המשפחה לשכונת מקור ברוך, שם למד נבון בבית הספר תחכמוני במשך שנה אחת. בתחכמוני כתב נבון את יצירתו הראשונה שהופיעה בדפוס, בעיתון בית הספר. היצירה הייתה הספד על חיים נחמן ביאליק. כשנצטרך לעבור לבית ספר תיכון, הלך למבחני קבלה עבור "תיכון בית הכרם", שנחשב אז לתיכון יוקרתי.

חברותו במחנות העולים ובאצ"ל

בין שכניו של נבון בשכונת שייח' באדר נמנה עקיבא עצמון, איש תנועת המחנות העולים ולימים מפקד הגדנ"ע. ב-1937, בעידודו של עצמון, לקח נבון חלק בפעילות של מחנות העולים. אולם בחלוף הזמן לא הרגיש שייך לערכי ורוח התנועה ואף לא התחבר אל אנשיה, שחלק ניכר מהם היו "ילדי שמנת", בנים למשפחות מבוססות ואמידות, בניגוד לנבון. בעקבות זאת, הצטרף עם אחיו הבכור ויקטור לפעולות תנועת בית"ר, בה מצא נבון את מקומו ופגש בחבריו משכונת אהל משה. המפורסמים שבהם היו חיים קורפו ודוד הורן. ב-1937, בגיל 16, בעיצומו של המרד הערבי הגדול, הצטרף נבון באופן טבעי אל "הארגון הימני", שקדם לאצ"ל.
נבון מספר כי בעת חברותו באצ"ל, נאחז קנאה בערבים. הוא צפה בהם עובדים את האדמה ונטועים איתן בחקלאות, בניגוד ליהודים, שאותם ראה כחנוונים. הוא האמין בכיבוש העבודה ובעקבות זאת החל לפתח עמדות יוניות, והתרחק מהאידאולוגיה של בית"ר. העמדות הסוציאליסטיות של נבון, שאותן לא הסתיר בארגון הנצי שהיה חבר בו, הכניסו אותו לא פעם לתסבוכות. ביום מן הימים, נקרא לתחנת המשטרה. משחשש כי נודע לרשויות החוק על חברותו באצ"ל, השמיד כל זכר לחברותו בתנועה. כשהגיע לתחנה הסתבר שנחשד בהצתת מועדון של השומר הצעיר. נבון חשד כי הטילו עליו את האשמה על רקע דעותיו. לאחר שמצא אליבי, הסתיים העניין בלא כלום. לקראת סוף לימודיו התיכוניים סיפר נבון למפקדו באצ"ל שדעתו אינה כאידאולוגית הימין. בארגון לא הקשו על עזיבתו, אך ארגנו עבורו טקס "גירוש וסילוק" במסווה של טקס עזיבה. בטקס צוו שאר המשתתפים לא להתחבר אליו, ולאחר מכן גירשו אותו מאולם בית הספר שפיצר, שבו נערך הטקס.

כתיבה והצטרפות להגנה

נבון סיים את לימודיו התיכוניים, ופנה לאוניברסיטה העברית בירושלים ללימודים אקדמיים. במקביל הוא השלים את המהפך הפוליטי-אישי כאשר הצטרף אל שורות ההגנה ולנוער העובד, שם לימד. תוך לימודיו באוניברסיטה, שב נבון לתיכון בית הכרם, אך הפעם כמחנך וכמורה לתנ"ך, ספרות וערבית. בשעות הערב לימד מקצועות שונים בבית הספר של הנוער העובד. באותם הימים, ב-1944, התפרסמה סיפורת ראשונה פרי עטו של נבון. היה זה סיפור על נער ירושלמי שעזב את הישיבה על מנת להתגורר בקיבוץ. הסיפור נסב על המתח בין הנער אשר מבקש להישאר בקיבוץ ותוהה מה תהא דרכו בחיים לבין אביו, שמפציר בו לשוב לישיבה. הסיפור נקרא על שם מעשייה תלמודית, "הולך ברקידה", והוא זכה בפרס "הסיפור הטוב ביותר מהווי הארץ" של שבועון הגלגל בעריכתו של דב קמחי.
ב-1942 עבר נבון קורס מפקדי כיתות בקריית ענבים, אך בבחינת ניווט לילי בסיום הקורס, שנערכה על ידי יגאל ידין, הוא נכשל ובמקום להמשיך בפיקוד נשלח להתייצב בביתו של הביוכימאי אפרים קצ'לסקי. משימתו הראשונה הייתה לפזר אספה של המפלגה הקומוניסטית הישראלית בקולנוע אדיסון בעזרת שתי פצצות סירחון. בהמשך, נשלח נבון בידי מפקדו, זיאמה דיבון, להקים רשת הערכת מודיעין בלבנון בכיסוי של סטודנט הלומד באוניברסיטה האמריקנית בביירות. מתוך הנחה שיקבלו אותו ללימודים באוניברסיטה בביירות, התפטר נבון מעבודתו בתיכון שליד האוניברסיטה. בארץ ישראל שהתה אז משלחת מטעם האוניברסיטה שבחנה בקשות של תלמידים פוטנציאליים, נבון ביקש להתקבל ללימודים גבוהים באוניברסיטה בספרות ערבית, אולם המשלחת סירבה לבקשתו ונבון נשאר קירח מכאן ומכאן. הוא איבד את משרתו כמורה ומחנך ולימודיו הגבוהים נגדעו, אך בשנות הארבעים המוקדמות היה בוגר אוניברסיטה בפדגוגיה, תרבות האסלאם, השפה הערבית וספרות עברית. בימים אלו שמע נבון לראשונה את דוד בן-גוריון, שבעתיד יהיה איש סודו. לאחר שהאזין לנאום בן-גוריון בבית הספר למל, שבו קרא להיאבק בכל הכוח במדיניות הספר הלבן של ממשלת בריטניה ולהמשיך את העלייה לארץ ישראל, התקרב נבון לאישיות ולאידאולוגיה של בן-גוריון.

ראש המודיעין הערבי של ההגנה

ב-1946, כשמלאו לו 25 שנים, הוטל על נבון לשמש כראש המחלקה הערבית של הש"י בירושלים רבתי, שירות המודיעין והידיעות של ארגון ההגנה. האזור שעליו פיקד נבון השתרע מחברון בדרום עד רמאללה בצפון, ומיריחו במזרח עד לטרון במערב. נבון מילא תפקיד זה עד שנת 1948, ובכלל זה בזמן מלחמת העצמאות. המחלקה הערבית הייתה אחת משלוש מחלקות המודיעין של הש"י, לצד המחלקה האנגלית (בה שירתה אחותו של נבון, מזל, אולם הוא ידע על כך רק בדיעבד) והמחלקה היהודית. קודמו בתפקיד היה יעקב עיני.
עם הזמן הקים נבון יחידת מסתערבים. הוא עבר בכל יחידות ההגנה על מנת לחפש את הטובים ביותר להתחזות לערבים ולהיטמע באוכלוסייה הפלסטינית. לאחר שלבי מיון ארוכים, יחידת המסתערבים בפיקודו כללה שמונה אנשים. בכ"ט בנובמבר 1947, היום בו התקבלה באומות המאוחדות תוכנית החלוקה, התגורר נבון ברחוב הפלמ"ח בירושלים. עד לכ"ט בנובמבר הוא תפעל מודיעים ערבים מהימנים ביותר. אולם עם פרוץ הקרבות, שהתגלגלו למלחמת העצמאות, נסתם לחלוטין מאגר המידע שהגיע מידי המודיעים הערבים, מאחר שאלה חששו להגיע לפגישות עם היהודים. המחלקה הערבית בפיקודו של נבון התרכזה אז בהאזנה לאנשי מפתח בהנהגה הפלסטינית, כדוגמת אמין אל-חוסייני, ושידור תשדורות רדיו בשפה הערבית אל האויב, בעזרת אישים דוברי שפות ערביות, במסגרת לוחמה פסיכולוגית. בין השאר, הביא נבון את אליהו נאוי, דובר ערבית, לשכנע את הלוחמים הלבנונים והסורים בחוסר הטעם שבמאבקם.
בימים שלאחר קבלת תוכנית החלוקה פגש נבון לראשונה את דוד בן-גוריון פנים אל פנים. בעזרתו של יעקב ליסר, קצין מודיעין בהגנה, הצליח נבון להשיג הבטחה מהבריטים שתמורת תשלום יוסדר כי תחנת משטרת המנדט באבו גוש, שהייתה נקודה חשובה מבחינה צבאית על הדרך לירושלים, תימסר למדינה היהודית. הם פנו אל בן-גוריון, שהיה עדיין יושב ראש הסוכנות היהודית, כדי לבקש תקציב לכך, אולם בן-גוריון לא מסר תשובה, ומשטרת אבו גוש לא נרכשה אלא נכבשה.

באורוגוואי

עם ייסודו של משרד החוץ ב-1948, לאחר הקמת מדינת ישראל, נקרא נבון להצטרף למחלקת המזרח התיכון של המשרד ובעקבות זאת עקר לתל אביב-יפו. לאחר זמן קצר, נענה להצעת אנשי שירות הידיעות לשעבר, יעקב שמעוני ועזרא דנין, שבקשו ממנו, כדובר לדינו הקרובה לשפה הספרדית, לכהן כמזכיר שני בצירות ישראל באורוגוואי. כאשר נודע דבר מינויו של נבון לנציג ישראל באורוגוואי, פנה אליו מנהל המחלקה המדינית במשרד החוץ, אלקנה גלי, וביקש שייצג שם גם את מערכת הביטחון הישראלית. גלי הסביר לו שבאמריקה הדרומית ריכוז לא מבוטל של ערבים, וביקש שיברר את יחסם לגבי ישראל והאם הם מתכננים לפעול נגדה. משימה מודיעינית נוספת שהטיל עליו גלי, הייתה לאסוף מידע על פושעי מלחמה נאצים, קרואטים-פשיסטים, בלגים-מלוכנים ומשתפי פעולה עם השלטון הנאצי שנמלטו לאמריקה הדרומית בתום מלחמת העולם השנייה.
בשלהי 1948, התארגן צוות הצירות הישראלית: הציר, יעקב צור ויועצו מרדכי שניאורסון, יהודית מלמד-ברגמן, ששימשה כמזכירה שנייה וכקונסול דיפלומטי ונבון, ששימש מזכיר שני. כשהגיעו למונטווידאו המתינו להם אלפי יהודים נרגשים בנמל, אשר צבאו סביב רכב השרד שהמתין להם וקראו קריאות ברוכים הבאים בעברית ובספרדית. מהנמל נסעו לבית המלון "פָּארקֶה הוטל", שם התגורר נבון במשך שהותו באורוגוואי.
מעבר לעבודה הדיפלומטית השגרתית, הוטל על נבון לבחון את האפשרות ליישב פליטים פלסטינים במושבות יהודיות ותיקות שהוקמו על ידי הברון מוריס הירש במדינות כמו ארגנטינה, שיתרוקנו עם עליית תושביהם לישראל. נבון בדק את הנושא וחיווה את דעתו כי "פתרון" זה חסר שחר.
נבון שימש כמזכיר שני בצירות הישראלית באורוגוואי מ-1949 עד 1950. מיד לאחר בואו לאורוגוואי, הבין נבון כי שפת הלדינו אותה הוא דובר אינה חופפת במידה רבה עם השפה הספרדית. לאור זאת, שכר מורה מקומי שלימד אותו ספרדית, ובמשך חודשים אחדים שקד על לימודים אלו. לאורך התקופה שבה למד ספרדית לא נשא דברים בפומבי, עד שהרגיש שהוא דובר היטב את השפה המקומית. את הרצאתו הראשונה בספרדית נשא בפני נשות ארגון ויצו בנושא "מגמות בספרות העברית החדשה". נבון עסק בהסברה ישראלית, מודיעין, במגעים עם הנוער היהודי, בעידוד עלייה לארץ ישראל, בנשיאת הרצאות ופיקוח על הקשר של הצירות עם משרד החוץ בירושלים.

בארגנטינה

עם כינון היחסים הדיפלומטיים עם ארגנטינה ב-1949, פעל נבון גם שם. צוות הצירות התבקש על ידי משרד החוץ בירושלים לארגן לנציג כלכלי מישראל פגישה אישית עם נשיא ארגנטינה חואן דומינגו פרון. במהלך הפגישה הציע הנציג הכלכלי לפרון שישראל תמכור למדינתו תפוזים, שיניים תותבות ואף פרימוסים. פרון, ורעייתו אווה, פרצו בצחוק לנוכח ההצעה המגוחכת. פרון אולץ בידי רעייתו לקנות מהנציג את כל הצעותיו בעל כורחו - לאחר שהסכים לקנות מישראל תפוזים ושיניים תותבות, הורה פרון לבדוק האם אצל האינדיאנים בפרובינציית חוחוי, פרובינציה נידחת ופרימיטיבית, עדיין משתמשים בפרימוסים. ונבון, יחד עם אנשי הצירות שבאו עמו לארגנטינה, נחלו אכזבה בעקבות האירוע המביך.

עם משה שרת במשרד החוץ (1951–1952)

בראשית 1951, לאחר שנתיים באמריקה הדרומית, שב נבון לישראל, אך המשיך לשמור על קשריו עם הקהילה היהודית באמריקה הדרומית. כמי שהיה בין הבודדים במשרד החוץ ששלט בשפה הספרדית, נשלח נבון לעיתים לשאת הרצאות בקהילות היהודיות שם. נבון נהג לדבר איתם על טיפוח הנחלת המורשת והתרבות היהודית, על חינוך עברי לילדיהם, על העלייה לארץ ישראל ועל הסכנות הקיומיות שבנישואי תערובת ביהדות. לאחר מספר חודשים שבהם שימש כפקיד במשרד החוץ, הציע לו מנכ"ל משרד החוץ ולטר איתן לשמש כמזכירו של שר החוץ משה שרת. לצורך כך, שכר נבון, שלאחר שובו לישראל התגורר עם הוריו בירושלים, דירה בתל אביב-יפו, בה שכן משרד החוץ.
בימים שבהם כיהן נבון כמזכירו האישי של משה שרת, החלה להירקם ידידות ארוכת-הימים שלו עם בן-גוריון. ראש הממשלה דוד בן-גוריון קיבל מבואנוס איירס ספר בספרדית "לָה וידָה אִי לָה פילוסופיה דֶה שפינוזה" (החיים והפילוסופיה של שפינוזה) מאת הפרופסור היהודי-ארגנטינאי ליאון דוכובנה. הוא חיפש מורה לספרדית, ומזכירו אפי עברון, הציע את נבון כמי שחזר זה עתה מאמריקה הדרומית ויודע את השפה.
עם התפטרותו של עברון מתפקידו, הציע בן-גוריון לנבון שיחליפו בתפקיד, ונבון עזב את לשכת שרת שבתל אביב למשרד ראש הממשלה שבירושלים והחל לשמש כמזכירו האישי של ראש הממשלה ושר הביטחון, דוד בן-גוריון.

במחיצתו של בן-גוריון (1952–1953)

במהלך שנת 1952 שקע נבון בעבודתו במשרד ראש הממשלה. נדרש לו זמן לא מועט להתרגל לסדר העבודה אצל בן-גוריון, שבניגוד גמור לשרת, היה נוהג להעביר את זמנו בחשיבה והגייה בשקט ושלווה בחדרו ודחה עניינים דחופים, הן פרלמנטריים והן אישיים. נבון היה מתלווה למסעותיו של בן-גוריון ברחבי ישראל והיה לחלק ממעגל מצומצם שבו נתן בן-גוריון את אמונו.
כל תקופת עבודתו של נבון לצד בן-גוריון, הן לפני פרישתו לשדה בוקר והן לאחר חזרתו לראשות ממשלת ישראל, עמדה בצלה של מערכת היחסים העכורה והסבוכה בינו לבין משה שרת, ה"בוס" הקודם של נבון.
כאשר עלו נושאים שנויים במחלוקת לדיון על שולחן הממשלה, לעיתים היה שרת מגייס רוב נגד עמדת בן-גוריון, מתוך המפלגות האחרות בקואליציה ואפילו מתוך מפלגת פועלי ארץ ישראל, מפלגתו שלו. כדי לרכך את המשבר, הציע נבון לבן-גוריון לזמן את שרי מפא"י לפני ישיבת הממשלה, לדון עמם בנושא ומה שיוחלט יחייב את כולם. בן-גוריון קיבל הצעה זו, וכך, בכל יום רביעי היו מתכנסים שרי המפלגה בפורום שאותו כינה נבון "פורום שרינו". בפורום היו מסכמים עמדה משותפת לקראת ישיבת הממשלה של יום ראשון, והמשיך להתכנס עוד שנים רבות. פורום שני שאת הקמתו יזם נבון, היה פורום "חברינו". נוסף על שרי מפא"י, השתתפו בו מזכיר ההסתדרות הכללית של העובדים בארץ ישראל, יושב ראש הסוכנות היהודית וראש הסיעה בכנסת. פורום זה התכנס לעיתים לא מזומנות, כאשר עלו לדיון נושאים שאינם נוגעים לענייני ממשלה בלבד, אלא שלהם השלכות גם על המפלגה, ההסתדרות, הכנסת או על יהדות התפוצות.

שרת בראשות הממשלה (1953–1955)

לאחר פרישתו של בן-גוריון מראשות הממשלה, שב נבון לתפקידו כמזכיר האישי של שרת, ובין השאר סייע לו בהקמת ממשלת ישראל החמישית שקיבלה את אמון הכנסת ב-26 בינואר 1954. במאי 1954, נבון יצא לחופשת לימודים כדי לסיים את לימודיו הגבוהים באוניברסיטה העברית בירושלים. נבון גם רצה לשמור על נאמנותו לבן-גוריון ולא רצה לפגוע ביחסיו עמו, אם ימשיך לעבוד עם יריבו הגדול.
לאחר שבן-גוריון הביע ביולי 1954 תחזית קודרת בפני שרת ומנהיגי מפא"י לגבי ניסיונות להטיל "אפוטרופסות אמריקאית" על ישראל, החלו בכירי מפא"י ללחוץ על בן-גוריון לשוב לראשות הממשלה - מהלך שאותו הובילו עוזריו הצעירים של בן-גוריון, ובהם נבון. לאחר הבחירות לכנסת השלישית, ביולי 1955, בן-גוריון שב לכהן כראש הממשלה ושר הביטחון בממשלת ישראל השביעית שהושבעה בתחילת נובמבר 1955, ונבון נקרא שוב לשמש כמנהל לשכתו.

במחיצת בן-גוריון בשנית (1955–1963)

בזמן מלחמת סיני ב-1956, התגורר נבון בבית בן-גוריון שבתל אביב ובילה במחיצתו עד לתום המלחמה. לפני שישראל יצאה למלחמה, הקים נבון ועדת שידורים עליונה שפיקחה והנחתה את השידורים בערבית לערביי ישראל ולאזרחי מדינות ערב. במסגרת תפקידו כאחראי לשידורים ברדיו בערבית, סבר נבון כי ראוי שלגיבוי המלחמה השידורים יסבירו את הצד הישראלי. ב-1972 התפטר נבון מראשות ועדת שידורים זו.
במאי 1962, עם מעברו של מזכיר הממשלה, כתריאל כ"ץ למשרד החוץ, עלה שמו של נבון כמועמד מועדף להחליפו. אולם מינוי זה נתקל בהתנגדות של שותפות בקואליציה שלא רצו שמזכיר הממשלה יהיה איש כה מקורב לראש הממשלה, ולאחר מספר חודשים המינוי ירד מעל הפרק.
עם התפטרות בן-גוריון מתפקיד ראש הממשלה באמצע 1963, סיים נבון את תפקידו כראש לשכתו. מחליפו של בן-גוריון, לוי אשכול, הציע לנבון להמשיך כראש לשכתו, אך נבון העדיף לעבור לתפקיד אחר. באותו זמן, בסוף יוני 1963, התחתן יצחק נבון עם אופירה ארז. זמן קצר לאחר מכן השתתף נבון בסמינר קיץ בן ארבעה ימים באוניברסיטת הרווארד בהנחייתו של מזכיר המדינה של ארצות הברית הנרי קיסינג'ר.
בשנת 1962 תואר במעריב תפקידו של נבון במילים אלו:
אחד מתפקידיו של יצחק נבון הוא — להתיר את העניבה, עניבת-החנק של אלף-אלפי עניינים: הוא המסננת האחרונה שלפני ראש הממשלה; הוא שקובע מי יזכה לפגישה עם בן גוריון וממילא, משפיע במידה לא מעטה של סדר־העבודה של ראש הממשלה, לפי סדר החשיבות של העניינים המובאים בפניו. נוסף לכך מטפל יצתק נבון — בעזרת צוות — בדואר של בן-גוריון — ההתכתבות המקיפה ביותר של אדם במדינת ישראל, בהתהשב במאות המכתבים המגיעים אליו, החל במכתבו של מקרה סוציאלי בעיירת-פיתוה וכלה במכתב אל ראש מדינה זרה.

ברפ"י

ביוני 1965, לקראת הבחירות לכנסת השישית, הקים דוד בן-גוריון את רפ"י - רשימת פועלי ישראל, ונבון הצטרף אליו מתוך תמיכה בו ובעמדתו בעניין העסק הביש. נבון עתיד היה לעמוד לראשונה בחייו לבחירות פוליטיות. הוא התפטר מתפקידו כעובד מדינה במשרד החינוך, והתמנה למזכיר רפ"י בירושלים. בתפקיד זה נועד עם פעילים בשכונות וגייס תמיכה בקרב עולים חדשים.
הבחירות נגמרו במפח נפש עבור אנשי רפ"י. רק 10 מחברי המפלגה נבחרו לכנסת ורפ"י נותרה באופוזיציה. נבון נבחר לתפקיד סגן יושב ראש הכנסת, נוסף על חברותו בוועדת החוץ והביטחון, ועדת הכנסת וועדת החינוך והתרבות. ישיבתו באופוזיציה הקשתה על נבון. כחבר אופוזיציה, היה אמור לתקוף את מדיניות הממשלה ולמתוח עליה ביקורת, אולם הוא הרגיש לא בנוח לעשות כן למי שעבד עמם במשך כשלוש עשרה שנים: זלמן ארן, לוי אשכול, גולדה מאיר, מרדכי נמיר. התחבטויות אלו לא נמשכו ארוכות: ערב מלחמת ששת הימים ב-1967, הוקמה ממשלת ליכוד לאומי ורפ"י הצטרפה לקואליציה. בראשית 1968 הצטרפה רפ"י אל המערך לאחדות פועלי ארץ ישראל - והתמזגה עם מפא"י ואחדות העבודה, ובכך יצרה את מפלגת העבודה הישראלית. נבון נמנה בין המתנגדים לאיחוד, אך עם מימושו, קיבל את הכרעת הרוב והיה לחבר הכנסת מטעם המפלגה המאוחדת.

סיור באסיה

במסגרת חברותו בוועדת החוץ והביטחון, יצא נבון ב-1967 לסיור הסברה במדינות אסיה ערב דיון שעתיד היה להתקיים במועצת הביטחון של האומות המאוחדות. נבון שם דגש על הביקור ביפן, שם קיים דיונים מרתוניים עם ראש הממשלה אייסאקו סטו ויושב ראש הדיאט של יפן. במהלך ביקורו התוודע לראשונה לאנשי בית שלום יפן בהנהגת האב טקג'י אוצוקי. ב-1995 הקים נבון את "עמותת ידידי בית שלום יפן בישראל" שהסבה את שמה ב-2016 ל"עמותת ידידי 'בית שלום יפן' בישראל ע"ש יצחק נבון".
מיפן טס אל הפיליפינים, שם נפגש עם הנשיא פרדיננד מרקוס. הוא שוחח עם מרקוס בספרדית ועל ידי כך רקם עמו ידידות. אלא שמרקוס היה ידוע באנטי-ישראליות שלו והביקור לא הניב פרי. מהפיליפינים טס לקמבודיה, שם נועד עם המלך נורדום סיהאנוק. הביקור הידידותי תם בבורמה, שבה התקבל על ידי נה וין , הגנרל שירש את או נו. בספרו האוטוביוגרפי, "כל הדרך" מציין נבון כי ביקר במסגרת הסיור בתאילנד.

קריירה מחזאית

תחושת האופוריה ששררה בישראל עם הניצחון במלחמת ששת הימים וההתפעמות ממנו, הובילה את נבון לכתוב את ששת הימים ושבעת השערים. זהו סיפור הכתוב בלשון מדרשית, שעניינה ויכוח בין שערי ירושלים: מי מביניהם הוא הראוי ביותר דרכו ייכנסו חיילי חטיבת הצנחנים אל העיר העתיקה. ב-1982, בתקופת נשיאותו של נבון, קרמה האגדה עור וגידים כשהפכה למופע מיוחד במסגרת פסטיבל ישראל. נבון בחר ביוסי בנאי להקריא את האגדה ובמתי כספי להלחינה.
מלחמת ההתשה שפרצה בין מצרים וישראל ב-1969, יצרה מציאות עכורה בישראל. כחבר הכנסת ביקר נבון אצל משפחות שכולות. מתוך הזדהות עם היגון והצער של משפחות אלו, כתב את מגילת הזקנים אשר בכותל המערבי. המגילה מגוללת את סיפורם של עדת קשישים המוכנים לוותר על יתרת שנותיהם ולהעניקה אל החיילים הנלחמים בחזית. שנים אחר כך חולקה היצירה למשפחות הנופלים ביום הזיכרון לחללי מערכות ישראל, וכן בשורה של הספדים ובהם דברים לדמותו של יוני נתניהו במלאת שנתיים לנפילתו במבצע אנטבה.
בשלהי שנת 1968 הציע יהורם גאון לנבון לכתוב תמלילים לערב מיוחד בשם רומנסרו ספרדי, שיעסוק בתרבות יהודי ספרד ויתבסס על אנתולוגיה לחזנות ספרדית פרי עטו של יצחק לוי. בנובמבר אותה שנה נערך המופע הראשון של הרומנסרו בהיכל התרבות בתל אביב-יפו. בהצגה השתתפו בין היתר רמה סמסונוב, יוסי בנאי ואברהם פררה. העלאת הרומנסרו על במה תרבותית לאומית, הייתה נדבך נוסף בהנחלת תרבות הלדינו בציבור הישראלי.
בעקבות המופע "רומנסרו ספרדי", ביקש יעקב אגמון מיצחק נבון שיכתוב מחזה הנוגע בתרבות יהדות ספרד, ואף העמיד לרשותו את דירתו בכפר האמנים עין הוד כדי שנבון יוכל לעסוק ברוגע בכתיבת המחזה. נבון כתב וערך מחזה בשם בוסתן ספרדי, קולאז' תיאטרלי-מוזיקלי, המספר את סיפורה של השכונה הספרדית אהל משה בירושלים של שנות ה-30 של המאה ה-20. המחזה עלה לראשונה ב-1969 בתיאטרון בימות, ובכורתו בירושלים נערכה בספטמבר 1970. על כן זכה נבון ב-1970 לפרס כינור דוד למחזאי הטוב ביותר של השנה. ב-1998 עלה שוב מחזה בתיאטרון הבימה בבימויו של צדי צרפתי. ב-2014 חגג הבימה 2,000 הצגות למחזה.

ההתמודדות על הישיבה בראשות הכנסת

בראשית אפריל 1972 נפטר באופן פתאומי יושב ראש הכנסת ראובן ברקת, בזמן שנבון שהה בסביליה שבספרד למען השתתפותו באירועי השבוע הקדוש בעיר. כסגן יו"ר הכנסת, התמנה נבון ליושב הראש הזמני של משכן הכנסת. מתוקף תפקידו כיו"ר הכנסת בפועל מילא את חובותיו הטקסיים.
כשהגיעה העת לבחור יושב ראש קבוע לכנסת, הודיע נבון כי יתמודד על תפקיד יו"ר הכנסת, אך צמרת המפלגה הציבה את חה"כ ישראל ישעיהו-שרעבי, לשעבר שר הדואר ובאותם ימים יו"ר ועדת הכנסת, למועמד המפלגה לתפקיד. ישעיהו-שרעבי השתייך לצמרת מפא"י שסלדה מרפ"י, ובין השניים התנהל מרוץ צמוד. בתום ההצבעה נמנו 30 קולות בעדו של ישעיהו-שערבי ו-28 קולות בעד נבון.

יו"ר ועדת החוץ והביטחון (1974–1977)

מלחמת יום הכיפורים הובילה בסופו של דבר את גולדה מאיר להתפטר מראשות הממשלה, ועל הנהגת המערך התנהל קרב בין שמעון פרס, איש רפ"י, לבין יצחק רבין. לאור היכרותו רבת השנים עמו כשבילה לצד בן-גוריון,
תמך נבון בפרס, אולם רבין נבחר. בבחירות לכנסת השמינית הוצב נבון במקום ה-17 ברשימת המערך ולאחריהן הושבע מחדש כחבר הכנסת. כשהורכבה ממשלת רבין הציע יו"ר סיעת המערך משה ברעם, את נבון לתפקיד יו"ר ועדת החוץ והביטחון, ונבון התמנה לתפקיד. בהצבעה הסיעתית על הרכב הממשלה הצביעו בעד 41 חברים ונמנעו שלושה, בהם נבון. מלבד סיורים רבים שערכה ועדת החוץ והביטחון בראשותו של נבון במקומות שונים בארץ, נבון עצמו, כיו"ר הוועדה, גם ערך ביקורים בחוץ לארץ מטעם הממשלה.
במהלך כהונתו כיו"ר הוועדה, החל התהליך המדיני בין מצרים וישראל שהבשיל בסופו של דבר להסכם הביניים בין ישראל למצרים ב-1975. בציבור הישראלי נתגלה חשש מפני תכתיבים אמריקאים ובאישורו של ראש הממשלה רבין, התראיין נבון לטלוויזיה ופירט את עיקרי ההסכם, שהיה מצוי אז בערפל. בזכות הראיון העיתונאי שנתן, החלה הביקורת נגד ההסכם להמוג. אלא שהמערך לא הספיק לקצור את פרות הצלחת ההסכם, שכן הממשלה נפלה בשל פרשת חשבון הדולרים ושמעון פרס מילא את מקומו של רבין. המערך נחל תבוסה קשה בבחירות לכנסת התשיעית למפלגת הליכוד בהנהגת מנחם בגין, וישב לראשונה בתולדות המדינה באופוזיציה.

טקס ההשבעה

ב-29 במאי 1978, ארבעים ימים לאחר שנבחר לנשיאות המדינה, יצחק נבון הושבע לתפקידו בטקס חגיגי שנערך בכנסת. בטקס נכחו כל 120 חברי הכנסת. יצחק שוה, מועמד הקואליציה לנשיאות, לא הוזמן, ואילו אלימלך-שמעון רימלט, שהתמודד גם הוא, הוזמן כאחד מחברי הכנסת לשעבר, אך לא נכח בהשבעה. בנאום השבעתו, שם נבון דגש על השלום הקרב ובא עם מצרים:
[...] אינני מכיר אף מפלגה אחת בישראל שאינה משתוקקת לשלום בלב שלם, ואינני מכיר ממשלה בישראל, לא בעבר ולא בהווה, אשר לא היתה מוכנה, ואינה מוכנה כיום, לתת קרבן על מנת להשיגו. [...] אני פונה בקריאה לנשיא מצרים לחדש את המשא­ ומתן במלוא התוקף. קטע הדרך שנותר למצותו קצר יותר מן הדרך אשר כבר עברנו בה. יותר תקוות נשתלו בלב שני עמינו מכדי שנוכל לאכזבם.
— דברי הכנסת, 29 במאי 1978, עמ' 2764–2766

ביקוריו בפריפריה

תקופת נשיאותו של נבון אופיינה יותר מכל בביקוריו הרבים ביישובים רחוקים בפריפריה, ואת ישראל חרש שתי וערב. יומיים בלבד לאחר השבעתו, ב-1 ביוני 1978 יצא נבון לביקורו הראשון - במוסד הסיעודי "משען" ברעננה (אגף בבית לוינשטיין), שם נועד עם רבקה גובר ובעלה מרדכי, ששכלו את שני בניהם שנפלו במלחמת העצמאות ותרמו תרומה ענפה למפעל קליטת העלייה בישראל.
מרעננה נסע לביקור במושבים הסמוכים לגבול ישראל-לבנון, והחל אותו באביבים, שנבחר בשל האסון במקום בשנת 1970. בביקורו בדוב"ב ביקש ללון בבית משפחה ולא בבית מלון בצפת, "כדי לחוש למשך לילה מה שחשים הם כל השנה". מדוב"ב המשיך לביקור בבית הספר התיכון ברנקו וייס ע"ש אנה פרנק שבקיבוץ סאסא, שכיתותיו הורכבו מתלמידים בני הקיבוץ וילדים עירוניים מהמושבים הסמוכים.
מכל מסעות השטח שערך נבון זכה לסיקור ומשמעות מיוחדת ביקורו בשכונת התקווה, שהתקיים בין ה-4 ל-6 במרץ 1979. נבון ביקש לטעת בתושבי השכונה את "התחושה שהמדינה מתעניינת בהם". בתוכנית הטלוויזיה מוקד הושמעה הטענה כאילו הנשיא ביקר בשכונה מתוך תעמולת בחירות פרטית לקראת חזרה אפשרית לפוליטיקה בבחירות לכנסת האחת עשרה. על שולחנו של נבון נחו גם תגובות פחות חיוביות על הביקור ממי שראו עצמם "אסירי שכונת התקווה המשקפת את ישראל השנייה", וקבלו על ביצוע המחקר החברתי אודותיהם בתואנה כי המחקר גורם להם להרגיש נבדלים משאר הישראלים, שעליהם לא בוצע שום מחקר חברתי במיוחד עבור ביקור רם-דרג. המחקר החברתי נערך על ידי מכון אקדמי העוסק בחקר התחום החברתי ושנתבקש להפיק דו"ח ממצה על דעת הקהל בדבר ביקור הנשיא במקום.

יחסו לערביי ישראל

בתקופת נשיאותו, הקפיד נבון לקיים יחסי גומלין עם ערביי ישראל - לבקרם ביישוביהם ולברכם בחגיהם, להעניק להם יחס כמו אל אזרחי ישראל היהודים. נבון היה נשיא מדינת ישראל הראשון שדיבר ערבית רהוטה, ונהג לנאום לפניהם בשפתם. ב-1978 ערך ביקור במסגד אל-ג'זאר שבעכו לרגל חג הקורבן. הייתה זו הפעם הראשונה שנשיא המדינה הגיע לברך את המוסלמים בישראל בביתם. שיא הביקור היה ברחבת המסגד, שם התקבל על ידי מוחמד חובישי, הקאדי השרעי. נבון נאם בערבית ופנה אל המתפללים: "באתי אליכם כדי להשתתף אתכם ביום שמתחתם וחגיגתכם, חג הקורבן הגדול". בעקבות הביקור, נחקק על הקיר החיצוני של המסגד אפיטף באבן ובו נכתב כי במלאת 200 שנה לייסודו, נחנך המסגד ונפתח מחדש לתפילה בחסות כבוד נשיא המדינה יצחק נבון. המסגד הפך בכך ליחיד בעולם שבו ישנה כתובת הקדשה למי שאינו מוסלמי]. אולם בימי האינתיפאדה הראשונה ב-1987, נערכו שיפוצים במסגד. נבון הגיע לשם וחיפש את הכתובת, אך לא מצא אותה. היא ככל הנראה הוסרה משם בהשפעת האינתיפאדה.
ב-1980 הגיע נבון לחצר בית ספר במועצה המקומית אבו גוש, שם התקבל בידי חג' מוסא אבו גוש, מוח'תאר הכפר. נבון נאם בפני תושבי המועצה בערבית והכריז: "הביקור שלי אצלכם משול לביקור אצל משפחתי ואצל הקרובים שלי". ב-22 במרץ 1982 ערך ביקור רשמי בשפרעם, במהלכו נועד עם תלמידי החטיבה העליונה בעיר, ראש העירייה ואף ביקר במסגד המקומי.

החתימה על הסכם השלום

בעקבות ביקור נשיא מצרים סאדאת בישראל בנובמבר 1977, נפתחו שיחות ישירות בין ישראל ומצרים בדבר הסכם שלום, אולם זמן מועט לאחר מכן, הן נקלעו למשבר.
נבון נבחר לנשיאות המדינה כשהמשבר בתהליך השלום היה בשיאו. כבר בנאומו הראשון בכנסת, לאחר שהצהיר אמונים כנשיא המדינה ב-29 במאי 1978, הוא מנה את "השלום ויחסינו עם העולם הערבי" בין שלוש הבעיות המרכזיות והרות הגורל העומדות בפני ישראל. הוא דחה טענות לפיהן המצרים הקשו במכוון על תהליך הנורמליזציה ביחסים, מה שנתפס על ידי רבים בישראל כעדות לכך שתהליך השלום אינו אמיתי אלא תכסיס מצרי להשבת חצי האי סיני לשלטונם.
ב-3 ביולי 1978 הגיע סגן נשיא ארצות הברית וולטר מונדייל לביקור בישראל, בתקווה להניע מחדש את המשא ומתן. באיגרת לראש הממשלה בגין, סיפר נבון על פגישתו עם מונדייל ועל מאמציו להציג את עמדת ישראל ולדרוש התייחסות הוגנת אליה מצד ארצות הברית.
ביקורו של מונדייל אכן הביא לחידוש המשא ומתן לאחר שיחותיו עם צמרת המדינה. בספטמבר 1978 הזמין הנשיא קרטר את בגין וסאדאת לוועידת פסגה בקמפ דייוויד, ולרגל חתימת הסכמי קמפ דייוויד, שלח נבון לבגין מברק ברכה.
בראשית חודש מרץ 1979 הגיע נשיא ארצות הברית ג'ימי קרטר למסע דילוגים במצרים וישראל, בתכלית להתגבר על המכשולים שעיכבו חתימה על הסכם השלום ולזרזו.
נבון קיבל את פני קרטר בנמל התעופה בן-גוריון ועמד על הוויתורים שעושה ישראל למען השלום. לאחר מכן נסעו השניים לירושלים.
למחרת ביקר קרטר אצל נבון.

ביקור סאדאת בבאר שבע

פגישתו הראשונה של הנשיא נבון עם נשיא מצרים אנואר סאדאת התקיימה בביקורו של סאדאת בבאר שבע ב-27 במאי 1979, יום לאחר החזרת אל עריש לשליטה מצרית, בהתאם להסכם השלום, חנכו בגין וסאדאת את הקו האווירי בין ישראל ומצרים בטיסה משותפת לבאר שבע, שם קיבל נבון את פניו של סאדאת ליד בניין עיריית באר שבע בירי של 21 מטחי כבוד ב-27 במאי 1979 ונשא נאום קצר בערבית שבו הדגיש את הקרבנות של העם הישראלי עבור תהליך השלום וקשרי התנועה הציונית עם התנועה הלאומית הערבית. בנאומו קרא נבון להשיב את הנורמליזציה ולקדם את יחסי ישראל-מצרים בעקבות ההסכם.
במהלך הנאום נוצרה תקרית דיפלומטית כאשר נבון התייחס להחזרת אל עריש לשלטון המצרי. הנשיא סאדאת לא שמע היטב את דבריו של נבון וסבר שדיבר על "מתן אל עריש" למצרים – נקודה שהייתה רגישה עבורו - ובדברי תשובתו לכך, ציין שעל ישראל להבין שאדמתם של אחרים מקודשת להם, כפי שאדמתו של עם ישראל מקודשת לו. סאדאת ונבון נסעו במכונית פתוחה לאוניברסיטת בן-גוריון בנגב, ולאחר שהוצג לסאדאת נוסח הנאום בערבית, התקרית הסתיימה והוא ניהל עם נבון שיחה ידידותית.

ביקור סאדאת בחיפה

בראשית ספטמבר 1979 הגיע סאדאת לביקור ממלכתי בחיפה. מתוקף תפקידו כנשיא המדינה, הוטל על נבון לערוך סעודה עבור סאדאת ורעייתו ג'יהאן ב"דן כרמל" שבחיפה. באותם הימים שוחררה רעייתו של נבון, אופירה, מבית החולים הדסה עין כרם לאחר ניתוח קשה במסגרתו הוצא מבית השחי שלה גידול ממאיר.
הסעודה נערכה בהשתתפות שרי ממשלת ישראל, חברי כנסת, שופטי בית המשפט העליון ואישים אחרים. לפני כן ערכה אופירה נבון, שחלקה עם ג'יהאן סאדאת עניין משותף בנושא שיקום נכים, כנס לכבודה באוניברסיטת חיפה. במהלך הביקור הגיש נבון לסאדאת כרך של הספר "מורה נבוכים" מאת הרמב"ם, שנכתב בערבית באותיות עבריות. בנאומו בארוחת הערב הדגיש נבון את הצורך בדיאלוג תרבותי ורוחני בין העמים ואת הקושי בניהול מגעים אלו נוכח עוינות העבר, וכן הדגיש את הדמיון בין הערכים והמסורת היהודית והמוסלמית.
בעקבות היחסים האישיים והחמים שנרקמו בין נבון וסאדאת, התקבל אישור ליציאת משלחת חוקרים למצרים על מנת לבדוק כתבי יד. נבון הורה להקציב 50,000 לירות ישראליות מקרן הנשיא למשלחת זו.

ביקור נבון במצרים

ב-28 בפברואר 1980 הגיש שגרירה הראשון של מצרים בישראל, סעד מורתדא, את כתב האמנתו לנשיא נבון, ושגרירות מצרים נחנכה בתל אביב-יפו. אולם על אף התקרבות דיפלומטית סמלית זו, היחסים הבילטרליים נותרו במבוי סתום ועמדו בסימן חילוקי דעות. משבר זה לווה גם במשבר אמון מסוים בין בגין לסאדאת.
נבון נתפס אז בציבור כמי שביכולתו להביא את שני הצדדים לעמק השווה. בקיץ 1980, לאחר חילופי דברים בין סאדאת לבגין בעניין מדיניות ישראל ביהודה ושומרון וקבלת חוק ירושלים בכנסת, הזמין סאדאת את נבון למצרים. נבון, המודאג מההתפתחויות השליליות במשא ומתן ב-1 בספטמבר, נענה להזמנה בתקווה שיוכל לתרום לשיפור היחסים, ונקבע שהביקור ייערך באוקטובר 1980. לקראת הביקור, ביטל נבון את סדר היום שלו והחל ללמוד על מצרים, באמצעות פגישות עם אנשי שירות החוץ הישראלי, עיתונאים, אנשי אקדמיה ובכירי אגף המודיעין. החוקרת רבקה ידלין לימדה את נבון אודות מעמד האישה במצרים, והפרופסור לבלשנות משה פיאמנטה תרגל איתו את ניב הערבית המצרית, שכן נבון דיבר ערבית פלסטינית. בתחום הפוליטיקה של מצרים שקד נבון על למידת המבנה החוקתי של מצרים ומעמדו של סאדאת במערכת הפוליטית ובציבור המצרי.
נבון ביקש לפגוש את סגן נשיא מצרים חוסני מובארכ. הוא גרס כי מובארכ מהווה דמות מפתח בשלטון המצרי ובעתיד יירש את סאדאת. נוסף על כך, ביקש להיפגש עם סופרים ואנשי רוח ולבקר במית אבו אל-כום, כפר הולדתו של סאדאת. נבון סירב לנאום בפני הפרלמנט המצרי, משום שסבר כי על בגין לנאום שם, אולם הוא הציע לנאום בפני הנהגת מפלגת השלטון, המפלגה הלאומית הדמוקרטית, ולא במשכן הפרלמנט. ב-9 באוקטובר התנהלה ישיבה משותפת של מומחים במשכן הנשיא, במטרה לגבש מסרים לא רק לקהל המצרי, אלא גם לדעת הקהל בעולם הערבי, בישראל ובעולם. הפמליה שהתלוותה לנבון הורכבה מיושב ראש הקואליציה חיים קורפו, ראש האופוזיציה שמעון פרס, ראשת נעמת נאוה ארד, יושבת ראש ויצו ישראל מיכל מודעי, המשוררת נעמי שמר, והפיזיקאי חיים הררי. אליהם הצטרפו גם השופט הערבי אליאס כתילי, ד"ר יצחק קפלן מבית החולים שיבא, העיתונאי אהרן מגד ואחרים.
ביום ראשון, 26 באוקטובר 1980, נחת מטוסו של נבון בקהיר. הוא התקבל בטקס ממלכתי בנוכחות נשיא מצרים סאדאת, סגן הנשיא מובארכ, ושרי הממשלה, ולאחר מכן הובל יחד עם רעייתו לארמון עאבדין. הרחובות בהם עברה שיירת המכוניות שליוותה את נבון קושטו לאורך קילומטרים אחדים בדגלי ישראל - מראה שטרם נצפה במדינה ערבית. בארמון עאבדין העניק נבון לסאדאת את תשורתו ולאחר מכן נסעו השניים אל מית אבו אל-כום. הם ערכו שם סיור ומסיבת עיתונאים. סאדאת נשא הצהרה כללית, ונבון פירט בפני העיתונאים את הנושאים שהוסכמו ביניהם. בין ההסכמות שגובשו נמנו מעבר סחורות בגבול היבשתי שחולקות המדינות, כינון מטה מבצעי מצרי-ישראלי לשלום, תוספת טיסה שבועית של אל על למצרים ובחזרה, חילופי נוער, וביקורים הדדיים מטעם מוסדות ומפלגות.
בתום הביקור במית אבו אל-כום, נועד נבון לשיחה אישית עם סגן הנשיא חוסני מובארכ. נושא השיחה היה תהליך השלום, והשפעת ברית המועצות וארצות הברית עליו ועל ארצות ערב, שלדעתו של מובראכ תלכנה בעקבות מצרים. מובארכ הביע הסתייגות מהכיבוש הישראלי של רמת הגולן ומחוק היסוד: ירושלים בירת ישראל. אופירה נבון הביאה עמה למצרים מכשיר רפואי לניתוח באמצעות קרני לייזר, וביקרה עם ג'יהאן סאדאת בכפר הילדים "אס.או.אס", שהוקם שנים קודם לכן ונתמך בין היתר על ידי אייבי נתן. גולת הכותרת של הביקור הייתה נאומו בפני חברי הפרלמנט המצרי ממפלגת השלטון. אחד מקטעי הנאום התייחס להסכמה שהושגה בין ישראל למצרים במסגרת הסכמי קמפ דייוויד ולפיה, כאשר תבואנה שתי המדינות לדון בהסדרי האוטונומיה לפלסטינים, יובאו "הזכויות הלגיטימיות של העם הפלסטיני ותביעותיו הצודקות".
נבון הדגיש בנאומו בפני המפלגה כי "היה זה רצונו של האל לפזר את העם היהודי" בין העמים ו"היה זה רצונו להשיבו למולדתו ההיסטורית". אמרה זו של נבון גררה ביקורות מפי ראש ממשלת מצרים מוסטפא ח'ליל  (مصطفى خليل). ח'ליל נאם נאום ארוך שסקר את תולדות העם היהודי מימי יציאת מצרים עד להקמת מדינת ישראל, וציין כי הייתה קהילה יהודית במצרים עוד לפני חורבן בית המקדש השני, מה שמעיד כי היה זה רצונם של היהודים להיות מפוזרים בין אומות העולם. במישור הפוליטי מתח ח'ליל ביקורת על מדיניותה של ישראל ביהודה ושומרון וחבל עזה, ונבון נמנע מלהגיב לביקורת.
הביקור במצרים הביא את מעורבותו של נבון בתהליך השלום לשיאה. ב-27 באוקטובר שלח לבגין דין וחשבון על תוכן שיחותיו עם סאדאת. הוא ביקש לעגן את ההסכמות ביניהם בכתב, ונבון פנה לבגין לאשר את הדבר. בתשובתו של ראש הממשלה, שאושרה על ידי הממשלה, קיבל בגין בברכה את ההצעות לנורמליזציה והידוק הקשרים, אך התנגד לכל אפשרות שתפגע בריבונות הישראלית הבלעדית על ירושלים.
ביקורו של נבון סימל את ירח הדבש ביחסי ישראל-מצרים. בהנהגה המצרית שררה באופן כללי התייחסות מלכותית לביקור, אולם לעומת השלטון, שררה ברחוב המצרי אדישות כלפיו. ברשות השידור אף סברו כי הביקור לא סוקר באופן הולם. היו בישראל גם מי שראו בביקור פגיעה במוסד הנשיאות. יחסי ישראל-מצרים התחממו בעקבות הביקור, ועדות לכך הייתה משלחת מצרית רמת-דרג שביקרה בישראל ודנה בכינון קשרי מסחר ושיתוף פעולה חקלאי עם חברות ישראליות.
ב-6 באוקטובר 1981 נרצח הנשיא סאדאת במהלך מצעד צבאי. מיד לאחר הרצח, שיגר נבון מברקים לאלמנה ג'יהאן סאדאת, לסופי אבו טאלב  (صوفى أبو طالب), יו"ר הפרלמנט המצרי ששימש כנשיא מצרים בפועל, ולחוסני מובארכ, סגן הנשיא. נבון רצה לצאת למצרים מיד לביקור תנחומים, אולם ראש הממשלה בגין החליט שהוא עצמו ייסע למצרים, וביקור הנשיא יצא לפועל אחרי למעלה מחודש לאחר הרצח. ב-17 בנובמבר ערכו יצחק ואופירה נבון ביקור תנחומים אצל ג'יהאן סאדאת. הזוג הניח זר על קברו של סאדאת, ונבון נפגש עם הנשיא החדש, חוסני מובארכ.

בזמן מלחמת לבנון הראשונה 1982–1983

ביום הרביעי לפרוץ מלחמת לבנון הראשונה, 9 ביוני 1982, ביקר נבון בפיקוד הצפון וסייר ביישובים שנפגעו בהפגזות המחבלים. ב-24 ביוני ביקש לקבל את רשימת חללי צה"ל שנפלו במלחמה ובני משפחותיהם כדי לשלוח להם תנחומים.
נבון תמך בפעולות צה"ל ודאג להתעדכן אודות הלחימה ממקורות ראשוניים בצבא. למרות זאת, יחסיו עם הממשלה הגיעו לנקודת שפל בעקבות טבח סברה ושתילה בספטמבר 1982. מיד לאחר שידור הזוועות שצולמו ממחנות הפליטים, נפגש נבון עם בגין במשכן הנשיא ותבע להקים ועדת חקירה ממלכתית, שלטענתו "תחשוף את האמת ותפריך את ההאשמות", ואם לא תקום - יתפטר. בגין הסכים וב-4 באוקטובר הוקמה ועדת כהן. מיד לאחר כינונה, שיבח נבון את הרכבה וחזר על כך שהוועדה תחשוף את האמת.
בפברואר 1983 נרצח אמיל גרינצוויג בזמן הפגנה של תנועת "שלום עכשיו", שדרשה מהממשלה לבצע את מסקנות ועדת כהן. הרצח זעזע רבים בישראל, שחששו מפרוץ מלחמת אזרחים. נבון ביקר אצל משפחת גרינצוויג, אולם היו מי שגינו אותו על שביקר אצלה מבלי לבקר אצל משפחתה של אסתר אוחנה, שנהרגה באותם ימים מרגימת אבנים בידי ערבים בדאהרייה הדרומית לחברון.
נבון פעל בזירה הבינלאומית במטרה למזער את הנזק התדמיתי שגרמה המלחמה למדינת ישראל. בספטמבר 1982 שלח מברק לנשיא איטליה סנדרו פרטיני וביקש ממנו שלא לפגוש את יושב ראש הארגון לשחרור פלסטין יאסר ערפאת, שביקר ברומא באותם ימים. באפריל 1983 שלח איגרת לחבר הסנאט של ארצות הברית, צ'ארלס פרסי , שבה הודה לו על מאמציו ליצור קשר עם סוריה בעניינם של שבויים ונעדרים ישראלים מהמלחמה.

ביקורו בארצות הברית ב-1983

ב-20 בינואר 1980 הושבע רונלד רייגן לנשיאות ארצות הברית. במהלך כהונתם של רייגן ונבון, טיב היחסים ביניהם התבטא בביקור מצדו של נבון בבית הלבן וכן בחליפת אגרות ברכה.
ב-15 בינואר 1983 פנה נבון אל רייגן בעניין נעדרי צה"ל במלחמת לבנון הראשונה.

יחס התקשורת בישראל ובארצות הברית לביקור

ביקורו של נבון בארצות הברית נערך לקראת תום כהונתו ולא ברור היה אם יתמודד שנית לנשיאות. ב-29 בדצמבר 1982 דווח כי נבון לא נראה זה זמן רב בלשכתו, ככל הנראה למען ההכנות לביקור.
נבון ידע כי על רקע המתיחות ביחסי ארצות הברית-ישראל והתהיות על עתידו הפוליטי, הוא צפוי להישאל שאלות קשות בעניינים מדיניים ששרויים במחלוקת בישראל ובכלל זה תוכנית רייגן.
לקראת הביקור ובמהלכו הועלו השערות ותחזיות לגבי מועמדותו האפשרית של נבון לראשות ממשלת ישראל בבחירות לכנסת האחת עשרה או בבחירות 1983 לנשיאות ישראל.
כתב עיתון דבר בארצות הברית, יוסף פריאל כתב כי הממשל האמריקאי מכין לנבון קבלת פנים חמה, שתבלוט על רקע המתיחות בין בגין ורייגן, אך גם בשל "תפקידו האפשרי בעתיד". דברים דומים כתב ב-4 בינואר בעיתון "הארץ" גדעון אלון תחת הכותרת "ביקור או קרש קפיצה". איתן הבר כתב בידיעות אחרונות שהממשל בארצות הברית רוצה להוכיח באמצעות ביקור נבון ש"היחס הצונן כלפי ממשלת בגין אינו בהכרח היחס למדינת ישראל". בעיתונות האמריקאית דווח כי הממשל הפדרלי של ארצות הברית מקווה שנבון ייתן לאזרחים האמריקאים לראות מקרוב את "האלטרנטיבה היונית לבגין". הימים היו ימי מלחמת לבנון הראשונה, והעיתונות והממשל בארצות הברית הביעו זעם ועוינות כלפי ישראל וכלפי ממשלתה. בד בבד, דומה היה כי הממשל הפדרלי הקנה משקל ייחודי לביקור, בעיקר משום שהכירו את דעותיו היוניות של נבון, המנוגדות לאלו הנצות של ראש הממשלה בגין. בניו יורק טיימס נכתב שנבון הקפיד שלא לתת לבגין סיבה להאשימו בניצול הביקור למטרות פוליטיות.

מהלך הביקור

ב-4 בינואר 1983 נחת מטוס חיל האוויר הישראלי ובו נבון, רעייתו אופירה ופמליית מלוויו בבסיס אנדרוז הממוקם במחוז פרינס ג'ורג' שבמרילנד לביקור בן 13 יום. היה זה מסעו השני של נבון כנשיא מחוץ לגבולות ישראל. במהלך הביקור נועד עם הנשיא רונלד רייגן, מזכיר המדינה ג'ורג' שולץ ועם מזכיר המדינה לשעבר הנרי קיסינג'ר. במשתה החגיגי שנערך לכבוד נבון השתתפו גם סגן נשיא ארצות הברית ג'ורג' הרברט ווקר בוש ופקידי ממשל בכירים אחרים.
ב-5 בינואר, נערכה השיחה בין נבון ורייגן בחדר הסגלגל, בחברת סגן הנשיא בוש, מזכיר המדינה שולץ, היועץ לביטחון לאומי ויליאם פ. קלארק  (שזה עתה נכנס לתפקידו), שגריר ישראל בארצות הברית משה ארנס והציר בנימין נתניהו. בשיחה זו שיקף נבון את דעת הקהל הישראלית על מלחמת לבנון, אחדות ירושלים, ההתנגדות לחזרה לגבולות 67 והגדרת הארגון לשחרור פלסטין כארגון טרור. בטיול רגלי עם רייגן, התאונן נבון בפניו על התדרדרות יחסי ישראל-מצרים.
ב-7 בינואר ביקר נבון בספריית הקונגרס, שם הציגו בפניו מנהליה ספרים בני כ-200 עד 400 שנה, שנכתבו בידי משפחת נבון: "קריית רעב" מאת יהודה נבון, ספר נוסף מאת יונה נבון וספר שנכתב ב-1720 בידי יצחק נבון. נבון לא ידע על קיום הספרים הללו והתרשם כי הוא קרוי על שמו של אותו יצחק נבון. לתדהמתו הרבה, הוצג בפניו גיליון הגלגל מ-1944, שבו התפרסם סיפורו "הולך ברקידה". במהלך ביקורו בארצות הברית, נפגש נבון עם סופרים יהודים אחדים ובהם אלי ויזל, ברנרד מלמוד, הווארד פאסט ואירווין שו.
לביקור היה ממד יהודי חשוב. הייתה זו הפעם הראשונה זה שנים רבות בה נשיא המדינה המכהן נועד עם ראשי קהילת יהדות ארצות הברית, משוחח עם יהודים פוטנציאליים לעלייה לארץ ישראל ומתעסק בסוגיות החינוך היהודי. הקהילות היהודיות חשו מבוכה מהמתרחש בישראל (מלחמת לבנון). בפגישתו עמם קרא להם נבון לעלות לישראל ולהעמיד את העלייה בראש סדר היום בדו-שיח שבין ישראל ליהדות התפוצות. ביקורו של נבון הוגדר על ידי שגרירות ישראל בוושינגטון כמוצלח וצוין כי בפגישה עם רייגן שררה אווירה אינטימית שהמחישה קו מתון ללא עיסוק בהתבטאויות ראש הממשלה בגין.
בכל תקופת נשיאותו יצא נבון מגבולות הארץ כנשיא המדינה פעמיים בלבד.

יחסיו עם גרמניה

נבון ניהל חליפת אגרות ברכה עם נשיאי גרמניה ולטר של וקרל קרסטנס, קיבל את כתבי האמנתם של שגרירי גרמניה בישראל קלאוס שוץ  ונילס הנסן, אירח בלשכתו אישים ומשלחות מגרמניה ובהם ראש עיריית ברלין ריכרד פון וייצזקר והתראיין לאמצעי התקשורת בגרמניה. ב-1980 אירח נבון את מנהיג מדינת בוואריה, ומי שהיה קודם לכן שר ההגנה ושר האוצר בממשלות גרמניה המערבית, פרנץ יוזף שטראוס.

יחסיו עם צרפת

במאי 1981 נבחר פרנסואה מיטראן, מועמד המפלגה הסוציאליסטית הצרפתית, לנשיא צרפת. בחירתו של מיטראן, שהיה בעל קשרים הדוקים עם יהודים ועם ישראלים, בעיקר עם ראשי מפלגת העבודה הישראלית, סימנה נקודת מפנה ביחסי ישראל-צרפת, שהפכו קרירים מאז מלחמת ששת הימים ב-1967. ב-3 במרץ 1982 הגיע מיטראן לביקור רשמי בישראל. היה זה מסע ראשון של נשיא צרפת לישראל. הוא התקבל בנמל התעופה בן-גוריון על ידי הנשיא נבון וראש הממשלה בגין.
לאחר הטקס נסע מיטראן לירושלים ונועד עם נבון בבית הנשיא, וביום השני לביקורו נערכו לכבודו שתי ארוחות ערב חגיגיות. נבון מסר למיטראן שי – סדרת מטבעות עתיקים מימי מרד בר כוכבא. באותו היום, 4 במרץ, קיימו השניים שיחה סגורה במשכן הנשיא, שעסקה ביחס לאש"ף, הסכם השלום עם מצרים והבעיה הפלסטינית. ב-1984 נענה נבון להזמנתו של מיטראן לבקר בארצו, וכשר החינוך נסע לביקור רשמי בקהילה היהודית של סרסל (Sarcelles), פרוור בעל אוכלוסייה יהודית גדולה ליד פריז.

פרישתו מהנשיאות

בשלהי כהונתו התעוררה השאלה האם יעמיד את עצמו נבון כמועמד לנשיאות בשנית במהלך בחירות 1983 לנשיאות ישראל. תרם להחלטתו לפרוש מהנשיאות המשבר שפקד את חיי הנישואים שלו עם אופירה, שכן באותה העת הצטברו מחלוקות ומתחים בין בני הזוג, ובכלל זה תחושתו שאינו יכול להמשיך בתפקיד בגלל סיבות שונות ובהן העובדה שבא ממפלגת אופוזיציה והקושי האישי שלו לייצג את המדינה בעקבות מלחמת לבנון שעמדה בניגוד לתפיסתו האידאולוגית, ובשל השלכותיה שנגדו את ערכיו המוסריים. ב-31 בינואר 1983 הודיע נבון לראש הממשלה בגין על עזיבתו את החיים הפוליטיים וב-5 במאי סיים באורח רשמי את נשיאותו, עם השבעתו של חיים הרצוג.

חזרה לחיים הפוליטיים (1984 - 1992)

אחרי שעזב את משכן הנשיא, נותר נבון אזרח פרטי, ברם כבר במהלך השנה מאז פרישתו, שקל ברצינות לשוב לזירה הפוליטית. במסגרת המפלגתית, הופעל עליו לחץ לשוב לשורות המפלגה. הרקע לפניות היה היריבות המתמידה בין שמעון פרס ויצחק רבין, שנמאסה על הציבור ועל חברי מפלגת המערך.
ב-1984, כשנה לאחר תום נשיאותו, יצא נבון לחוץ לארץ למסע הרצאות באוניברסיטאות וקהילות יהודיות שונות. בהיותו במיאמי, שמע לראשונה על הקדמת הבחירות לכנסת האחת עשרה, ומיד לאחר מכן ביטל את מסעו ושב ארצה.
המערך הקדים לגבש את מועמדיו. ההתמודדות בין יצחק רבין ושמעון פרס נראתה כנחלת העבר, וניצחונו של פרס נראה מובטח. השניים נדרשו, עם זאת, לחסום את דרכו של נבון, שנהנה מפופולריות מאמירה. סקרים הראו שנבון יותר פופולרי מפרס ואף מרבין, ושבראשותו המערך יזכה ברוב מוחלט בכנסת. עם זאת, פרס ורבין האמינו שהוא חסר כישורים לראשות הממשלה. בסופו של דבר נרתע נבון מהתמודדות מול פרס, עקב ידידותו רבת השנים עמו. הוא הוצב במקום השני ברשימת המערך לכנסת, מיד אחרי פרס.
בבחירות הללו היה נבון לנשיא הראשון ששב לזירה הפוליטית לאחר תקופת נשיאותו. לשובו לחיים הפוליטיים נלווה עניין עדתי. ישנה סברה רווחת שנבון היה ה"תשובה" של המערך לפופולריות הגואה של הליכוד בקרב עדות המזרח. הוא שימש עבורה מועמד "ספרדי", שעתיד יהיה למשוך את קולות המזרחים שהצביעו באופן מסורתי לבגין.

ייסוד בית הספר לקולנוע והמועצה לקידום תרבות ואמנות

בדצמבר 1988 פרץ מרד סטודנטים במגמה לקולנוע בבית הספר בית צבי ברמת-גן, שהיה אז לבית הספר לקולנוע היחיד שזכה לתמיכת משרד החינוך והתרבות. תלמידי המגמה לקולנוע טענו שבבית צבי קיימת העדפה מובנית למסלול למשחק, ודרשו אוטונומיה ניהולית למגמת הקולנוע. שר החינוך והתרבות נבון, הקים ועדה ציבורית שתמכה עקרונית בעמדת הסטודנטים, והחליט, יחד עם ראש מנהל התרבות אבנר שלו, להקים בית ספר עצמאי, ראשון מסוגו בישראל, לקולנוע ולטלוויזיה, שינוהל על ידי יוצרי קולנוע, ולשם כך פנה לראשי ערים מרכזיות בישראל. ראש עיריית ירושלים, טדי קולק, ומנהלת הקרן לירושלים, רות חשין, התחייבו להעמיד תקציבים הדדיים מול המדינה, וביוני 1989 הוחלט על הקמת בית הספר בירושלים, בניהול רנן שור. בית הספר נחנך לראשונה בנובמבר אותה השנה.
גוף נוסף שהקים משרד החינוך והתרבות ביוזמתו של נבון היה "המועצה הציבורית לפיתוח תרבות ואמנות בשכונות ובערי הפיתוח". מטרת המועצה הייתה לגלות כישרונות אמנותיים בערי פיתוח ובפריפריה, בהן כישרונות אלו לא יכלו לבטא את עצמם מפאת חוסר ממסדים אמנותיים בכך לא יתגלו לעיני הכלל. תפקיד המועצה, שהוחלפה ב-2004 במועצה הישראלית לתרבות ואמנות, לייעץ לממשלה ולשרת החינוך והתרבות אילו פרויקטים אמנותיים לקדם.

חינוך לדמוקרטיה ולדו-קיום

ב-21 ביוני 1988, דיווח נבון על פעולות משרד החינוך והתרבות בפני מליאת הכנסת. במהלך הדיווח, הצהיר כי משרדו הכין תשתית לקראת הנהגת השפה הערבית כמקצוע חובה בבתי הספר היהודיים בישראל. המשרד הכשיר מורים והכין תוכניות לימודים שנתיות, והחל משנת הלימודים ה'תשמ"ט הונהגה השפה הערבית כמקצוע חובה בכלל בתי הספר היהודיים. למען הנהגת השפה הערבית כמקצוע חובה הוכנה כאמור תשתית לפיתוח, שכללה בדיקה של חומרי לימוד קיימים, בדיקת אוצר מילים וביטויים בערבית. חומרי הלימוד כללו חוברות פעילות לתלמיד לשנת הלימודים וחופש הגדול שבתוכן סיפורים קצרים, פעילויות כתיבה, משחקים כיתתיים, הכנת כרזות בערבית באופן עצמאי והאזנה אישית או קבוצתית לקטעי לימוד בערבית. חומרי לימוד אלו חלו בשלוש רמות: בסיסית מתקדמת וגבוהה, על מנת לאפשר מסלולי למידה שונים ולימודים הטרוגניים.
נוסף על הנחלת השפה הערבית כמקצוע חובה בבתי הספר היהודיים בישראל, חתר נבון לקיום הפגשת תלמידים חילוניים עם תלמידים מן הזרם החינוך ממלכתי דתי. אולם, יוזמה זו נתקלה בהתנגדות מצד המזכירות הפדגוגית של הזרם הממלכתי-דתי, שאפשרו קיום מפגשים במשורה רק בגני הילדים. אך התנגדויות ליוזמות דו-קיומיות לא באו רק מן הזרם הדתי. במהלך כהונתו הנהיג נבון את הכרת סידור התפילה במערכת החינוך הממלכתי. נבון קיווה שבעקבות הנחלת הכרת סידור התפילה בקרב התלמידים החינוכיים, יכירו התלמידים מה כלול בתפילה, מה עושה היהודי בבית הכנסת וכיוצא בזה. התוכנית כללה את כיתות ז' ו-ח', ומיד עם ההכרזה על התוכנית הותקף נבון בעיתונות ובכנסת והואשם בהדתה.

הרפורמה בבחינות הבגרות

במשך עשרות שנים נשמעו טענות רבות מפי תלמידים, הורים ומורים על מתכונת בחינות הבגרות. טענות נשמעו גם מפי פוליטיקאים ואישי ציבור שטענו שבחינות הבגרות מנציחות את הפער הקיים בין כה וכה בין ישראל המבוססת לבין הפריפריה ובשכבות המצוקה. ואמנם, הסטטיסטיקה הצביעה על כך שאחוז הניגשים והמצליחים בבחינות הבגרות גדול באופן ניכר בבתי-הספר הנמצאים באזורים שנחשבים מבוססים, והדבר משפיע גם על חלקם בקרב בעלי ההשכלה הגבוהה ועל הפערים החברתיים בישראל. לפיכם נדרשו שרי החינוך לדורותיהם לעסוק בסוגיית בחינות הבגרות, ומתכונת הבחינות עברה שינויים לא מעטים שעיקרם היו ניסיונות להתאים את הבחינות לייעודן כפי שנתפס בעיניהם, לשיקולים ערכיים ולשינויים במבנה מערכת החינוך, וגם להתפתחות בתחומי התעניינות של תלמידים. ב-1976 הוביל שר החינוך והתרבות אהרן ידלין רפורמה לימודית ורה-אורגניזציה במשרד, מתוך כוונה להעמיד את מספר מקצועות החובה בבחינות הבגרות על המינימום הנחוץ, המהווה מטען תרבותי-רוחני משותף לכל תלמידי החטיבות העליונות בישראל. במסגרת הרפורמה בוטלו המגמות, והובטח מגוון רחב של מקצועות בחינה עד כדי מצב של 600 שאלונים ויותר בשנה.
ב-1987 הגיע משרדו ל-1,135 שאלונים של בחינות שונות לבגרות, אך בהרכבים שונים הגיעו מספר הבחינות לכ-12,000, מה שיצר תוהו ובוהו בכל מפעל הבגרויות. באותו זמן קבעה ועדה בין-אוניברסיטאית למדיניות הקבלה לאוניברסיטאות בישראל בראשות פרופסור אלעזר כוכבא את תנאי הקבלה לאוניברסיטאות ובכך אילצה את משרד החינוך להתיישר לפי דרישותיה. תנאי הקבלה שנקבעו חשפו את הפער שבין משרד החינוך הקורא לפשט ולהקל על השכבות החלשות לבין הגישה ה"אליטיסטית" לכאורה של הנהלות האוניברסיטאות. מסמך כוכבא קבע שתנאי ההרשמה לאוניברסיטה הם עמידה בבחינה במתמטיקה ברמה של שלוש יחידות לימוד או יותר, ובאנגלית ברמה של 4–5 יחידות, בעוד שמשרד החינוך התיר לתלמידים לבחור בין מתמטיקה לאחד מן המקצועות המדעיים. באנגלית הסתפק המשרד בדרישה של 3 יחידות. מדיניות זו של משרד החינוך, שלא תאמה את דרישות המועצה להשכלה גבוהה, באה להבטיח שתלמידים משכבות חלשות יהיו זכאים לתעודת בגרות.
המחלוקת בין משרד החינוך למוסדות ההשכלה הגבוהה פתחה מחדש את הדיון בשאלות כגון כמה מקצועות בחירה וכמה מקצועות חובה יש ללמד ולהיבחן בהם, עד כמה משקפות הבחינות את הישגי התלמידים, עד כמה מגביל ריבוי בחינות את החינוך לערכים, עד כמה מאפשרות תוצאות הבחינות מיון נכון ומדויק של הבוגרים לצרכים השונים של מוסדות ההשכלה הגבוהה, המשק וצה"ל. שוב ושוב עלה הרעיון של ביטול מוחלט של בחינות הבגרות, שבבסיסו המגמה להעביר את שלב המיון אל המוסד הקולט בתום 12 שנות לימוד. לפי שיטה זו – בוגרים הפונים להכשרה מקצועית במוסדות להשכלה גבוהה או במסגרות הכשרה אחרות ימוינו על ידי המוסד המקבל ואין לתהליך זה קשר עם המוסדות התיכוניים המקיימים הוראה וחינוך במסגרת המטרות הלאומיות שנקבעו.
נבון נדרש לסוגיה זאת כבר מראשית כהונתו במשרד החינוך והתרבות, ויזם דיונים על מתכונת בחינות הבגרות ועל העקרונות לפיהם יקבלו התלמידים את תעודת הבגרות שתזכה אותם בכרטיס כניסה למוסד להשכלה גבוהה. בדין וחשבון שהגיש למשרד החינוך ב-1984 הגדיר דוקטור ברוך נבו מאוניברסיטת חיפה את הבעיות המרכזיות: ריבוי שאלוני הבגרות, איחור בהנפקת תעודות הבגרות וכתוצאה מכך גם בקבלת המשוב הסטטיסטי של הבחינות, מאורעות רמייה במהלך בחינות, גישות שונות של בתי הספר לציוני המגן ועל כן חוסר שוויון ואחידות וכיוצא בזה. באפריל 1985, יוסף באשי הוסיף לפרט את מגרעותיה של השיטה הנהוגה. חודש לאחר מכן כתב באשי מסמך נוסף ובו חיווה את דעתו בנוגע לשינויים במתכונת בחינות הבגרות באמרו שמדובר בתהליך דינמי וסחבתי מדי, והמליץ לאמץ תעודת בגרות אחידה, גג יחידות לימוד מקסימלי, איזון בין השונות בנטיות התלמידים והתעניינותם לבין הצורך בפישוט תהליכים מנהליים המכתיבים אחידות וכיוצא בזה.

במרץ 1986 זימן נבון אנשי חינוך לדיונים בסוגיה זו בכנס בכפר המכביה. במפגש הובעו דעות שליליות על עצם השינויים במתכונת והרוב העדיפו להשאיר את המצב הקיים על כנו. רוב הביקורת הייתה מצד המגזר הטכנולוגי. ניתן ביטוי לדאגה שהמתכונת החדשה תגרום לירידה במספר מקבלי תעודת הבגרות, ואף נשמעה ביקורת גם מן המגזר הדתי, מן המגזר הערבי ומעיירות פיתוח. היו דעות שמוטב לאמץ שני סוגים של תעודות, אחת לצורכי קבלה לאוניברסיטאות ואחת למוסדות אחרים. עלתה הצעה לתעודה שלישית ברמה של תעודת גמר תיכון. הוצעו גם שני שלבים של בחינה, בגרות בכתה י"א וכניסה לאוניברסיטאות בי"ב. והייתה דעת יחיד בעד ביטול בחינות הבגרות. בדיוני המשרד בהובלתו של נבון התקבלו מספר החלטות ובהן: יהא סוג אחד בלבד של תעודת בגרות ותעודה זו תקנה זכות הרשמה לכל המוסדות להשכלה גבוהה בארץ ללא יוצא מן הכלל; המתכונת תתבסס על מקצועות חובה; בחירה מחייבת ובחירה חופשית אחת; צמצום רשימת המקצועות והתאמתם לדרישות האוניברסיטאות, הקמת ועדה משותפת שתקבע את שיטת החישוב ואת נהליה; ביצוע מנהלי תקין של הבחינות והעברת הציונים והתעודות במועד לבוגרים ולאוניברסיטאות.

פרישה מן החיים הציבוריים

במרץ 1990 פרשו כל שרי המערך מממשלת ישראל העשרים ושלוש בראשותו של יצחק שמיר, בהוראת מנהיגם שמעון פרס. נבון קיווה לכהן כשר החוץ בממשלת המערך הקרבה ובאה. ב-11 באפריל מליאת הכנסת אמורה הייתה להצביע בעד כינון ממשלתו הצרה של פרס, אך בבוקר יום זה נעדרו שניים מחברי אגודת ישראל: אברהם ורדיגר ואליעזר מזרחי, מה שנודע כתרגיל המסריח. בעקבות זאת, פרש נבון מהממשלה, ובכך נחתם פרק של עשייה פוליטית בן כ-25 שנה. נבון אמנם סיים את כהונתו בממשלה ב-15 במרץ 1990, אך הוא נשאר חבר כנסת עד תום כהונת הכנסת השתים עשרה ב-13 ביולי 1992, כברווז צולע.

בערוב ימיו

ב-1991, צוות טלוויזיה בהנהגת יגאל לוסין, מפיק סדרת הטלוויזיה "עמוד האש", החל בהפקות סרט תיעודי על יהודי ספרד ופורטוגל, לקראת שנת 1992 - בה מלאו 500 שנה לגירוש ספרד. לנבון נודע על כך, והוא ביקש מלוסין ומפיקת התוכנית, נעמי קפלנסקי, להצטרף לצוות. למחרת יום פגישתו עם לוסין וקפלנסקי, הציעו לו השניים האחרונים לכהן כמנחה בסדרה. נבון נענה בחיוב, אך הוטל וטו על השתתפותו בתוכנית ברשות השידור בגין סברה לפיה נבון יהיה מועמד לכנסת מטעם מפלגת העבודה הישראלית בבחירות הקרבות ובאות ולנבון יינתנו שעות תעמולה סמויות. לאחר פנייתו של נבון למנכ"ל רשות השידור אריה מקל, הובהר העניין והוסר הווטו. הסדרה בת שמונה הפרקים נקראה "ירושלים שהייתה בספרד", ובמהלך הפקתה וצילומיה יצאו נבון וצוות הטלוויזיה הישראלי למסע קולנועי-היסטורי ברחבי ספרד ופורטוגל לגילוי שרידיה של הקהילה היהודית המפוארת ששכנו בהן.
ב-1992 ציינה ספרד אירועים היסטוריים אחדים: השלמת איחוד ספרד עם כיבושה של ממלכת גרנדה, הממלכה המוסלמית האחרונה בחצי האי האיברי; גילוי אמריקה בידי כריסטופר קולומבוס; גירוש יהודי ספרד וגירוש המוסלמים. ציון אירועים אלו שימש לספרד הדמוקרטית אמצעי להגברת שילובה באירופה, שנמצאה בעיצומם של תהליכים שמטרתם הייתה להביא לידי איחודה. ישראל השתלבה במאמץ הספרדי משום שביקשה לציין, מטעמיה שלה, את מלאות חמש מאות השנים לגירוש ספרד. חבר הכנסת נבון התמנה לאחד ממארגני האירוע. נבון דיווח לנשיא הרצוג על פעילות זאת וסיכם איתו על הזנקת האירועים במשכן הנשיא ובבנייני האומה.
בראשית שנות ה-90 של המאה ה-20 הציעו מיכל זמורה-כהן וראש עיריית ירושלים לשעבר מרדכי איש-שלום לנבון לעמוד בראש הוועד המנהל של האקדמיה למוזיקה ולמחול בירושלים. נבון כיהן בתפקיד זה בשנים 1994–2004. עם פרישתו מתפקיד יו"ר הוועד המנהל הוענק לו התואר נשיא כבוד של האקדמיה. ב-1996 עמד בראש הוועדה לחקירת פרשת השמדת מנות הדם של עולי אתיופיה. מאז פרישתו מן החיים הפוליטיים כיהן כיו"ר של גופים ציבוריים שונים: חברת "נאות קדומים", שמוּרה המשחזרת את הצמחייה המוזכרת בתנ"ך ובתלמוד, האקדמיה למוזיקה ולמחול בירושלים, ועד שנת 2015 גם כיו"ר הרשות הלאומית לתרבות הלאדינו. כיהן כנשיא הכבוד של "קרן אברהם", שמטרתה לעודד את ההבנה והדו-קיום היהודי-ערבי בישראל.
יצחק נבון הדליק משואה ביום העצמאות ה-59 של מדינת ישראל (2007) על תרומתו לעיר ירושלים, במסגרת ציון חגיגות 40 שנה לאיחוד ירושלים במלחמת ששת הימים. עוד קודם לכן, הוא הדליק משואה ביום העצמאות ה-24, בשנת 1972. בבחירות לכנסת ה-18, ה-19 וה-20 הוצב, באופן סמלי, במקום ה-120 והאחרון ברשימת מפלגת העבודה לכנסת.

פטירתו

באפריל 2015 נשלמה מלאכת כתיבת ספרו האוטוביוגרפי "כל הדרך" ובחודש זה הוצא לאור. השקת הספר נערכה במרכז העולמי למורשת יהודי צפון אפריקה שבירושלים. אל השקה זו הגיע נבון כבר בכיסא גלגלים, והייתה זו הפעם האחרונה שהופיע בציבור. לאחר חודשים אחדים החלה נסיגה משמעותית במצב בריאותו. לאחר מספר בדיקות אחדות שנערכו לו בבית החולים הדסה עין כרם התברר שנבון נתקף התקף לב. הוא אושפז, ומאז החל מצבו הבריאותי להתדרדר. בערב יום שישי ה-6 בנובמבר 2015, הלך נבון לעולמו בביתו שבירושלים, בגיל 94.
הלוויתו הממלכתית נערכה ב-8 בנובמבר והוא הובא למנוחות בהר הרצל לאחר שארונו הוצב במשכן הנשיא בירושלים ולציבור ניתן לעבור על פניו. נבון נטמן בחלקת גדולי האומה לצד רעייתו הראשונה אופירה. נשיא המדינה ראובן ריבלין ספד: "לא אבן אחת הנחת, יצחק, אבנים רבות – אבני יסוד, אבני בניין". גם ראש ממשלת ישראל בנימין נתניהו ספד לנבון בפתח ישיבת ממשלת ישראל השלושים וארבע באומרו כי יצחק נבון, נצר ליהדות ספרד המפוארת, הקדיש את חייו לעשייה ציבורית למען עם ישראל ומדינת ישראל. אישים רבים אחרים ספדו לנבון, ובהם שמעון פרס, יואל חסון, יצחק הרצוג, יאיר לפיד, ציפי לבני וזהבה גלאון.

נישואיו הראשונים

נישואיו הראשוניים אפופים במסתורין ומעולם לא פורסמו באורח רשמי. זמן לא רב לאחר מותו של נבון, אישר בנו ארז כי היה נשוי במשך כחודשיים בלבד (בין 1949–1950), לאישה דרום-אמריקאית שהכיר בזמן שהיה מזכיר שני בצירות ישראל באורוגוואי. לעומת זאת, יאיר קוטלר טוען בספרו "הנבחרת הלאומית" (כרך א') כי בראשית שנות ה-50 של המאה ה-20 ניהל נבון "רומן סוער" עם אמריקאית צעירה שהגיעה לירושלים ללימודים. מרצונו החופשי החליט להינשא לה; לאו דווקא מתוך אהבה אלא במטרה למנוע התפתחות לא רצויה במצבה הבריאותי-נפשי. נישואי-הבוסר נערכו בחשאי ובמהירות הבזק, ומיד לאחר מכן עבר להתגורר בחדרה של רעייתו הטרייה. כעבור חודשים אחדים, חלה התפתחות מסוימת במצבה הבריאותי של אשתו הראשונה, ובעקבות זאת החליט נבון להשתחרר מהאילוצים שנטל על עצמו והתגרש. גרושתו שבה לארצות הברית, נישאה מחדש וילדה שני ילדים.

נישואיו לאופירה ארז

אופירה נבון (נולדה ב-1936) נישאה ליצחק נבון ב-25 ביוני 1963. לאחר מספר שנים בהן היו חשוכי ילדים, החליט הזוג נבון לפנות לשירות למען הילד בבקשה לאימוץ. לאחר כשנתיים וחצי של המתנה, אימצו בשנת 1973 בת בשם נעמה. מספר חודשים לאחר מכן חבק הזוג לראשונה בן, לו קראו "ארז", כשם נעוריה של אופירה. ארז הוא בוגר אוניברסיטה במשפטים מטעם האוניברסיטה העברית בירושלים ועוסק בתחום הנדל"ן. חברתו יוזמת פרויקטים בארץ ובחוץ לארץ, בין היתר בגרמניה ופנמה, והונו מוערך במיליוני שקלים.
שלוש פעמים חלתה אופירה בסרטן. הפעם הראשונה הייתה סמוך לבחירתו של נבון לנשיאות. פעמיים הצליחה לגבור על המחלה, אך בפעם השלישית, בשנת 1993, מאבקה בסרטן השד הסתיים במותה בגיל 57.

נישואיו למירי שפיר

שנתיים לאחר מות רעייתו אופירה, ב-1995, הכיר נבון את מירי שפיר, אמנית במקצועה. שפיר נולדה ב-1936 בתל אביב-יפו, בוגרת מכללת לוינסקי לחינוך ועוד בנעוריה שיחקה בתיאטרון זירה. לשפיר קריירת ארוכת שנים בעיצוב תכשיטים ואופנה. היא הייתה מעצבת האופנה של כלבו שלום מיום ייסודו עד לנסיעתה לאירופה, שם התגוררה במשך שבע שנים. ברומא פתחה גלריה לאמנות ישראלית. היא שבה ארצה ועסקה באופנה ואמנות, אך בעקבות משבר בענף הטקסטיל, נסעה לניו יורק, שם הקימה את משרדה "מירי שפיר תדמית ותקשורת". בנה הוא הפרופסור אלדר שפיר. לאחר כשלוש עשרה שנים בהן הזוג חי יחדיו, מיסדו שפיר ונבון את קשרם ונישאו זו לזה באפריל 2008, כאשר נבון היה בגיל 87.

תדמית

תדמיתו של יצחק נבון השתנתה רבות במרוצת השנים. טרום בחירתו לנשיאות המדינה, כשהיה חבר כנסת בראשית דרכו מרפ"י ומפלגת העבודה הישראלית, נחשב נבון לעושה דברו ואיש סודו של דוד בן-גוריון, אשר היה נתון תחת צלו. אך תדמיתו השתנה מקצה לקצה כשנבחר לנשיאות מדינת ישראל ב-1978. מרגע שנכנס לבית הנשיא, דאג להיות עממי, פשוט ונפוץ, שמוכר ומדבר לכולם. הוא פתח את משכן נשיאי ישראל להמונים בחגי ישראל ומועדיו, ונהג לשים פעמיו לסיורים ברחבי הארץ ובמהלך כל נשיאותו יצא מגבולות ישראל רק פעמיים באופן רשמי. אפילו תדמיתו בקרב ילדי ישראל הייתה חיובית: היו כאלו שהאמינו שקוראים לו יצחק נבון כיוון שהוא "צוחק הרבה וחכם". תדמיתו החיובית והעממית ואהדתו בקרב ההמונים התגברה עוד יותר כששב לזירה הפוליטית.
משנכנס נבון אל ממשלת האחדות ומונה לשר החינוך והתרבות, התנפצה תדמיתו זו ועמיתיו לממשלה רכשו לו שנאה וזלזול. נבון ושמעון פרס היו שותפים לידידות ארוכת-שנים שראשיתה עוד בדרכם המשותפת ברפ"י ובמחיצת בן-גוריון, אך מאז הבחירות לכנסת האחת עשרה הלך והעמיק הקרע בין השניים. פרס כרת ברית עם אויבו המר יצחק רבין במטרה למנוע ממנו להתמודד לראשות המערך, ולחסום את הפופולריות הגואה שלו בקרב ציבור מצביעי המפלגה. רבין ופרס זלזלו בו והתעלמו ממנו בניד עפעף. שרי הליכוד שישבו עמו בממשלה ביטלו אותו כאילו לא היה קיים וכינו אותו "כישלון ואכזבה" ו"הרדידות בהתגשמותה". מעטים היו תומכיו בזמן כהונתו כשר החינוך, בניגוד למבקריו הרבים. גם חבריו מהצד השמאלי של המפה הפוליטית כיוסי שריד ושולמית אלוני ביקרו אותו וראו בו שר חינוך לא טוב וחסר-תועלת. לאחר שעזב את הזירה הפוליטית לא זכה ליחס מיוחד, וניהל חיים ציבוריים צנועים יחסית.

מורשת והנצחה

בינואר 2016, חודשים אחדים לאחר פטירתו של נבון, הוקמה "העמותה להנצחת מורשת הנשיא החמישי יצחק נבון" כעמותה פרטית. ב-22 במרץ 2017 הגישה חברת הכנסת שולי מועלם-רפאלי, מתוקף תפקידה כיו"ר השדולה לשימור תרבות יהודי ארצות האסלאם הצעת חוק להקמת מפעל הנצחה רחב למורשת הנשיא החמישי יצחק נבון. על אף שהצעת החוק הוגשה מפי מועלם-רפאלי חברת הקואליציה, נתקלה ההצעה בהתנגדות מצד הממשלה ביולי אותה השנה. ב-10 בדצמבר הודיעה הממשלה על כוונתה להקצות כ-20 מיליון שקלים למפעל ההנצחה, וב-24 בדצמבר אישרה ממשלת ישראל השלושים וארבע השקעה בת 32 מיליון שקלים במפעל ההנצחה. שר החינוך נפתלי בנט הורה באותו היום על הקמת מיזם ל"ביצוע של מחקר להעמקת הידע בהיסטוריה של החברה הישראלית, תוך מיקוד בחזונו, פועלו ומורשתו של הנשיא נבון".
יצחק נבון מונצח בשמות בתי ספר ומוסדות חינוך, אירועים ופרסים, גנים ציבוריים, כיכרות ורחובות ברחבי ישראל. על שמו רחובות במגדל העמק וחדרה. בכרמיאל ישנה שכונה בשם "רמת נבון" על-שמו. בתי ספר ומוסדות חינוך הנקראים על-שמו שוכנים ביבנה, ברחובות, בקריית שמונה, בנתיבות, במודיעין-מכבים-רעות, בירוחם, בדימונה, בקריית מוצקין, בפתח תקווה, בלוד, בראשון לציון ובאשדוד. גנים ציבוריים בנאות קדומים ובאשקלון נקראים על שמו; בירושלים נקראת על-שמו חורשה. גם בהיבט התרבותי מונצח יצחק נבון: הרשות הלאומית לתרבות הלאדינו מארגנת אחת לשנה את "יום הלאדינו הבינלאומי על-שם יצחק נבון", ב-22 בדצמבר 2016 התקיים בתיאטרון ירושלים חידון הלשון העברית על-שמו וכאשר נפתחת העונה של תזמורת האקדמיה למוזיקה ולמחול בירושלים מתקיים "קונצרט נבון".
שר התחבורה ישראל כ"ץ העניק לתחנת הרכבת הראשית של ירושלים אשר נמצאת בכניסה המערבית לעיר עם פתיחתה את השם "תחנת הרכבת ירושלים – יצחק נבון" (שמה המקורי של התחנה תוכנן להיות "תחנת האומה").
חידון התנ"ך המחוזי לשנת ה'תשע"ט היה בנושא "שביל הסנהדרין" ולזכרו של נבון.