עלי הכהן

בניו

ספר שמואל מספר כי לעלי היו שני בנים - חפני ופנחס (מקורות שמותיהם כנראה מצריים]). בניו חונכו כדי להיות כוהנים לאחר מות עלי. עלי ניסה להעביר להם גם את מעמדו כשופט דרך ירושה. חפני ופנחס חטאו חטאים דתיים כאשר פעלו ככוהנים בפועל במקום עלי, וניצלו את כוחם לרעה.
לעלי נודע על מעשיהם הרעים של בניו פנחס וחפני, אשר מנצלים את כוחם לרעה, אם בלקיחת החלק הטוב של בשר הקורבנות לעצמם, אם בהטרדות של נשים שהגיעו לאהל מועד ואם בדרכים אחרות. עלי מנסה להתעמת עם בניו כדי לשכנע אותם להפסיק לנצל את כוחם לרעה, אך אלה אינם מייחסים חשיבות לדבריו ומזלזלים בהם, כך נכשל עלי במשימתו להחזיר את בניו לדרך הישר. לפי פירושים מסוימים, עלי לא הצליח לשכנע את בניו כי ריחם עליהם ולא הענישם במלוא החומרה, כפי שהיה יכול. לאחר כשלונו של עלי להניא את בניו מדרך הרוע, הגיע לשילה "איש אלוהים" וניבא עליהם נבואת פורענות: כל בניו של עלי יחיו בעוני ולא יזכו לשיבה טובה. במקביל, שמואל גדל ועלי מלמדו לקבל נבואה, ונבואתו הראשונה, שזרעו של עלי יהיה רע ולא יזכה לחיים טובים, מחזקת את דברי איש האלוהים לעלי.
הנבואה התגשמה בדורות הבאים: רוב צאצאי עלי נרצחו בפקודת שאול המלך, בנוב. ואביתר, הפליט היחיד מאותו טבח, סולק על ידי שלמה מלשרת בכהונה בבית המקדש שבנה שלמה בירושלים, ותפקיד הכהונה ניתנה למשפחת צדוק.

עלי ושמואל

בספר שמואל א' מתואר הקשר בינו לבין שמואל. בספר שמואל כתוב שעלי ראה את אמו לעתיד של שמואל, חנה, (אשר הייתה אשה אדוקה באמונותיה המאמינה בהנהגת ה' אך עדיין מתעקשת שלמרות עקרותה היא תהיה אמא) מתפללת. מכיוון שבתפילתה שפתיה נעו אך קולה לא נשמע, חשב עלי שהיא שיכורה, והאשים אותה במעשה. לאחר שהבין שטעה, הוא ברך אותה שתפילתה תתגשם, בלי לדעת למען מה התפללה. לאחר הולדת שמואל קיימה חנה את הנדר שנדרה להביא את שמואל לעזור לעלי במשכן הקודש ולהפוך להיות נזיר לאלוהים. בהמשך מסופר כי עלי שפט מתוך היכל המזוזה במשכן שילה מכיוון שזקן היה ולכן היה מרוחק מהעם אשר היה רואה אותו רק בשלושת הרגלים, זאת לעומת שמואל הנביא ואהוד בן גרא. עלי הכהן, שהיה גם שופט, הזדקן, ובניו מכהנים בפועל ככהנים הגדולים ומבצעים את כל עבודת הקודש במשכן שילה.

מותו

בסוף ימיו של עלי הכריזו הפלשתים מלחמה על ישראל. הפלשתים, שלהם היה צבא חזק ומיומן, ניצחו ניצחון מוחץ את ישראל. בניו של עלי, חפני ופנחס, מתו במלחמה בגיל צעיר כפי שניבא איש האלוהים בעקבות מעלליהם. ארון האלוהים, הקדוש שבנכסי ישראל, נפל בידי פלשתים. 
מסופר כי כאשר בא השליח ומסר לעלי על התבוסה של בני ישראל, הוא סיפר לעלי על החדשות השרירותיות לכאורה וממשיך עד לחדשות הרעות ביותר, וכך התחיל בספרו על ההפסד של ישראל לפלשתים, ממשיך בידיעת המגפה שפרצה בעם, מודיע על מותם של שני בניו האהובים של עלי, חפני ופנחס, ולבסוף מדווח על הנורא מכל: ארון הברית נלקח בידי פלשתים. באומרו זאת, גרם לעלי הלם כבד, וזה נפל מכיסאו ושבר את מפרקתו. ספר שמואל מתאר את מות עלי, בי' באייר על פי המסורת, אחרי שנודע לו על הלקח ארון הברית בידי הפלשתים, וגורל משפחתו:
וַיְהִי כְּהַזְכִּירוֹ אֶת אֲרוֹן הָאֱלֹהִים וַיִּפֹּל מֵעַל הַכִּסֵּא אֲחֹרַנִּית בְּעַד יַד הַשַּׁעַר וַתִּשָּׁבֵר מַפְרַקְתּוֹ וַיָּמֹת כִּי זָקֵן הָאִישׁ וְכָבֵד; וְהוּא שָׁפַט אֶת יִשְׂרָאֵל אַרְבָּעִים שָׁנָה. יט וְכַלָּתוֹ אֵשֶׁת פִּינְחָס הָרָה לָלַת, וַתִּשְׁמַע אֶת הַשְּׁמוּעָה אֶל הִלָּקַח אֲרוֹן הָאֱלֹהִים וּמֵת חָמִיהָ וְאִישָׁהּ; וַתִּכְרַע וַתֵּלֶד כִּי נֶהֶפְכוּ עָלֶיהָ צִרֶיהָ. כ וּכְעֵת מוּתָהּ וַתְּדַבֵּרְנָה הַנִּצָּבוֹת עָלֶיהָ אַל תִּירְאִי כִּי בֵן יָלָדְתְּ; וְלֹא עָנְתָה וְלֹא שָׁתָה לִבָּהּ. כא וַתִּקְרָא לַנַּעַר אִיכָבוֹד לֵאמֹר גָּלָה כָבוֹד מִיִּשְׂרָאֵל; אֶל הִלָּקַח אֲרוֹן הָאֱלֹהִים וְאֶל חָמִיהָ וְאִישָׁהּ. כב וַתֹּאמֶר גָּלָה כָבוֹד מִיִּשְׂרָאֵל כִּי נִלְקַח אֲרוֹן הָאֱלֹהִים.
— ספר שמואל א', פרק ד', פסוקים י"ח-כ"ב
הסיפור בא להדגיש את סדר החשיבות של הדברים בעיני עלי, ולהראות שעל אף אהבתו הרבה לבניו, בשבילו לאבד את ארון האלוהים שמסמל את הדת, ואבדנו – את אובדן הדת, היה משמעותי לו אף יותר מבניו, צלע מצלעו. לאחר הבסת הפלשתים את ישראל ומותם של חפני ופנחס הכהנים במערכה, הגלית ארון הברית על ידי הפלשתים ולבסוף מות עלי הכהן, משכן שילה איבד מחשיבותו וגדולתו והמשכן הועבר לנוב עיר הכהנים, גם אם ארון הברית כבר לא חזר לשם.

מצאצאי בית עלי

בתלמוד הבבלי מובא כי האמוראים אביי ורבה היו מבית עלי הכהן, ולכן נפטרו בטרם עת: רבה נפטר בגיל ארבעים שנה, ואביי בגיל שישים. גם בני משפחתם היו מבית עלי, ובהם רב ביבי בר אביי, רב חייא בר רבה, ורבא בריה דרבה.
בשל מוצא המשפחה, כאשר חלקו לעיתים אמוראים על דברי רב ביבי בר אביי, היו שואלים אותו: "משום דאתיתו ממולאי אמריתו מילי מוליתא?", כלומר: וכי משום שממשפחה קטועה אתה (קטועת שנים), אומר אתה סברות מקוטעות?. בהקשר למותם המוקדם של אביי ורבה דן התלמוד במסכת ראש השנה בקללה הרובצת על בית עלי, ומבאר:
'לכן נשבעתי לבית עלי אם יתכפר עון בית עלי בזבח ובמנחה'. אמר רבא: בזבח ובמנחה אינו מתכפר, אבל מתכפר בתורה; אביי אמר: בזבח ומנחה אינו מתכפר, אבל מתכפר בתורה ובגמילות חסדים. רבה ואביי מדבית עלי קאתו, רבה דעסק בתורה חיה ארבעין שנין, אביי דעסק בתורה ובגמילות חסדים חיה שיתין שנין. תנו רבנן: משפחה אחת היתה בירושלים שהיו מתיה מתין בני י"ח שנה. באו והודיעו את רבן יוחנן בן זכאי, אמר להם: שמא ממשפחת עלי אתם דכתיב ביה 'וכל מרבית ביתך ימותו אנשים'? לכו ועסקו בתורה, וחיו. הלכו ועסקו בתורה וחיו, והיו קורין אותה 'משפחת רבן יוחנן' על שמו.
— תלמוד בבלי, מסכת ראש השנה, דף י"ח, עמוד א'
.