Prototype

Prototype

בשנת 1963 מדענים מטעם הממשלה גילו וירוס חדש בעל תוצאות מרשימות על חיות שהופך אותן לחזקות ואינטליגנטיות. הווירוס נקרא BLACKLIGHT. הם ניסו זאת על חיות והתוצאות היו מרשימות, אך כשהם ניסו זאת על בני אדם בעיירה הופ איידהו התוצאות היו הרות אסון. הווירוס הדביק והשמיד את העיירה, והתושבים שהתחסנו בווירוס כ"תרגיל ממשלתי נגד הסובייטים" היה ככיסוי לבדיקת הווירוס. האזרחים המסכנים הפכו למוטציות משודרגות גנטית ורצחניות, בזמן שהממשל הקים יחידה חדשה BlackWatch, אשר טיפלה במשבר ומצאה ניצולה אחת: אליזבת גרין, שאיכשהו הצליחה לחיות בהרמוניה עם הווירוס, אבל באותו זמן לחסל אותה ואת כל יצורי האנוש. הקצין והגנרל לעתיד רנדל מצא אותה לאחר קרב עיקש, וכאשר נשכה אותו כהגנה הוא כרת את ידו כדי לא להידבק והחליט לבנות מתקן ניסויים ולשים את אליזבת בתוכו. כך הוא הפך לגנרל עטור דרגות וכבוד המבצעים. אך התוצאות של המבצע היו לא משמחות: הצבא פיצץ את העיר וגם כל עדות על המשבר. כך הוקמה חברת GenTek אשר בודקת את הווירוס ואת הביצועים שלו, וBlackWatch הפכו ליחידה רשמית ללוחמה באסונות טבע ואדם.BlackWatch גייסה לעצמה צבא עצום וכך המבצעים המשיכו עד שנת 2008. בשנה זו אליזבת הועברה לאי מנהטן בניו יורק ואלכסנדר מרסר מדען בGENTEK ראה שחבריו למעבדה מתו אחד אחד לא ידוע אך בגלל BLACKWATCH הוא גנב בקבוקון של הווירוס וברח לתחנת הרכבת אך BLACKWATCH היו מהירים מדי בשבילו והם מצאו אותו ומתוך כעס ותסכול אלכס ניפץ את הבקבוקון על הרצפה וBLACKWATCH בדיוק ירו בו והווירוס השתחרר ונכנס אל גופו של אלכס ושחזר אותו תא אחר תא וכך ואפשר לו להמשיך לחיות אך גם הווירוס התפשט על פני הקרקע וגרם ולמה שיקרא "התפרצות מנהטן" וכך הוא מתעורר בחדר המתים בGENTEK אך קם לתחייה ונראה עד להרג 2 המדענים שבדקו גופתו על ידי BLACKWATCH תחילה הוא ניסה לתקשר עם החיילים אך הם פתחו באש וכך הוא נס על נפשו גילה כוחות כמו הריגה והעתקת הקוד הגני והלבוש וראיית זיכרון וגם "צריכה" של אנשים בשביל יותר "נקודות חיים" שיתנו לו "חיים" אם הוא נפצע וכך הוא מוצא את אחותו דנה מרסר כתבת צהובון רכלני בעיר והיא מוסרת לו משימות וכך בטעות הוא משחרר את גרין בשביל מידע והיא מתחילה את ההתפרצות ומפעילה מוטציות בשם "ציידים" וכך הוא מוצא את חברתו קארן פארקר אשר היא גם מדענית אך היא מוסרת אותו למשימות מציאת חיסון לאלכס בלי ידיעתו וכך הוא נרפא חלקית בקרב בתוך "כוורת" על ידי קפטן קרוס מפקד BLACKWATCH שמפקד על המבצע לחסל אותו וכעת כל כוחותיו נעלמו והוא פונה לעזרה מהדוקטור היחיד שיכול לעזור לו דוקטור ראגלנד מדען GENTEK לשעבר שערק וכך לאחר שהם מוצאים חיסון לחיסון הוא מגלה שאחותו נחטפה על ידי אחד ה"ציידים" והוא מצליח להציל אותה ולהשתמש בחיסון של ראגלנד על גרין מה שמשתק אותה חלקית וכך לאחר קרבות בעיר והשתלטות הווירוס מרסר נוכח בקרב אחרון נגד גרין הוא הורג אותה ובזאת כל הנגועים מאבדים את "מוח" ששולט עליהם וכך הם משוטטים בלי אסטרטגיה אבל BLACKWATCH נסוגים בשביל לפוצץ את העיר אף על פי שגרין הובסה הוא חובר לקפטן קרוס שערק למען לעצור את ההפצצה וכך אלכס הורג את איאן טג'רט מפקד חייל הנחתים האמריקאי בניו יורק ומקבל גישה לנושאת המטוסים של גנרל רנדל וכך הוא מחסל אותו אבל הוא מגלה שקרוס בעצם הוא "הצייד העליון" ושקרוס מת בכלל בפינוי הצבאי מבסיס הראשי "הכתר האדום" והוא רק לקח את המבנה הגנטי והשתלט עליו וכך הוא מחסל אותו וטס עם הפצצה לאוקיינוס ומפוצץ אותה בפנים אך הוא גוסס וכך לאחר שצרך כמה יונים וציפורים הוא חוזר לחייו אך הוא בספקות מי הוא מהו והם כל זה היה שווה רצח האנשים התמימים האלה ועוד שאלות פילוסופיות וכך העיר מתחילה להשתקם והוא מסתובב בעולם לחפש אחר הטוב באנושות והאם הוא מוגדר "אנושי".

Prototype 2

שנתיים לאחר המשחק הראשון סמל ג'יימס הלר חוזר ממשימה בעיראק ומגלה שאשתו ובתו הוכרזו כמתות. לאחר מכן הוא מגלה שאלכס מרסר אחראי לכך מה שגורם לו להצטרף מחדש לצבא ולצאת לאזור האדום להילחם בווירוס blacklight ושם הוא מוצא את מרסר ומתחיל לרדוף אחריו.
כשהוא רודף אחר מרסר לנקמה, הלר מודבק על ידי מרסר באותו הווירוס שלו שמקנה לו כוחות על דומים, לאחר שהוא מתעלף הלר מתעורר באזור הצהוב במעבדה של Gentek כשדוקטור אנטון קאוניג וקולונל דאגלס רוקס עושים עליו ניסויים והלר נמלט מהבסיס של Gentek כשבחוץ מרסר מופיע מולו וטוען שGentek וBlackwatch אחראים לשחרור הנגיף Blacklight, מה שהופך אותם אחראים לזיהום השני ולמותם של בני משפחתו של הלר. מרסר חושף את תוכניותיו לחסל את Gentek וBlackwatch, מרסר מציע הפסקת אש להלר. כשהוא לא בטוח בכוונותיו של מרסר. הלר הולך לכומר המקומי שלו, אב לואיס Guerra, לקבלת ייעוץ ועזרה.
בשימוש במידע המסופק על ידי גוארה, הלר פורץ למסופי Blacknet לברר על המבצעים שלהם ולחבל במספר פעולות שלהם. בהדרגה כשהוא שואב את החיילים בBlackwatch כדי לגלות עוד מידע, הלר סופו של דבר מוצא ומתעמת עם ד"ר אנטון קאוניג, שמתיימר להיות בצד שלו וחושף את תוכנית סופר החייל של Blackwatch, שנקראת "אוריון". הלר מונע את התקדמות הפרויקט של אוריון על ידי הריגת סופר חייל שהזריקו לו DNA שלו. אחרי שהוא שואב את אחד מהמדענים הראשיים במחקר הלר מגלה כי ד"ר קאוניג התבונן בו כדי למצוא את חולשתו, רק כדי לגלות שיש לו סמכויות דומות לשלו, והוא אחד מכמה סוכנים "המפותחים", שנשתלו בGentek וBlackwatch על ידי מרסר. לאחר שהביס את ושאב את הדוקטור, מרסר מגלה להלר כי בכוונתו לגייס אותו בניסיון לשלוט בNYZ. ספקותיו גוברות לאחר שגוארה מראה להלר קלטת וידאו של מרסר משחרר את הנגיף בפעם השנייה בתחנת פן, באותו המקום בו מרסר שחרר את הנגיף בפעם הראשונה.
זועם על כך שמרסר שיקר לו, הלר מגדיר את האזור הירוק לצוד את עושי דברו של מרסר, לרבות סוכנת המפותח בGentek בשם סברינה גאלווי, על התמודדות עם גאלווי, לעומת זאת, הלר בחוסר רצון חובר עימה כשהוא מגלה שהיא יכולה לעזור לו לחסל את מרסר. בעזרתה של גאלווי, הלר מגלה מגלה כי מרסר מתכנן להדביק את העולם כולו באמצעות "Whitelight", תרופה לווירוס נוצרה על ידי Gentek אבל זוהמה על ידי הדם של מרסר ולמעשה מרסר משתמש בו כדי להפיץ את הווירוס במקום למנוע אותו.
מתוסכל מזה שהלר מחבל בתוכניותיו, מרסר הורג את אב גוארה; על מציאת הגופה שלו, לעומת זאת, הלר משתמש בטלפון של גוארה כדי להגיע לאתנה איש הקשר של גוארה שמתגלה כדנה מרסר (אחותו של אלכס), דנה מסבירה כי בתו של הלר, מאיה, היא עדיין בחיים, מה שגרם להלר לחזור לאזור האדום להרוג את אלכס ולהציל את מאיה. אחרי מניעת הניסיון השני של Blackwatch לרמת אי מנהטן, רוקס עוזר להלר להגיע לבתו, רק כדי לגלות שגאלווי בגדה בו ולקחה את מאיה לאלכס מרסר. כשהוא מתמודד עם מרסר הוא דורש ממנו לתת לו בחזרה את הבת שלו אלכס מסרב וממשיך לדבר על תוכניתו שבה הוא מתכנן לפתור מחלות, סכסוכים בינלאומיים ובעיות עולם על ידי הדבקה של המין האנושי כולו, בצורה יעילה יצירת אורגניזם עם מאייה במרכז. לאחר שהסביר להלר את תוכניתו מרסר שואב את גאלווי ואת כל החיילים שלו על מנת לקבל עוד כוח ומהירות, השניים מנהלים קרב אכזרי ועקוב מדם, שבסופו ג'יימס הורג את אלכס בכך שתולש את ידיו של מרסר ושואב אותו כשידיו חתוכות.
לאחר מכן הלר מחסל את הנגועים בNYZ ביחד עם מה שנשאר מווירוס הBlacklight ואז באמצעות הזיכרונות של מרסר, הלר מאתר ומשחרר את מאיה ודנה מכספת הבנק שננעלו שם על ידי מרסר והסיפור מסתיים כשהשלושה משקיפים על ניו יורק ודנה שואלת מה עושים הלאה.