היסטוריה של בוסניה והרצגובינה

החל מימי הביניים המחוזות בוסניה והרצגובינה, השוכנים בחלק המרכזי-מערבי של חצי האי הבלקני, נחשבים ליחידה גאופוליטית אחת. מקור שמה של הרצגובינה בדוכס סטייפן ווקצ'יץ' שכינה עצמו "הרצוג" (Herzog) - "דוכס" בגרמנית ומכאן נודע האזור כ"ארצו של הרצוג" או "הרצגובינה".
בוסניה והרצגובינה הייתה ממוקמת על קו התפשטותן של אימפריות אדירות וכך עברה מיד ליד, לפי ההיסטוריה של אותן אימפריות. בתוך הארץ עבר גם גבולן של שלוש דתות גדולות שנאבקו ביניהן על האחיזה בנשמות התושבים, האסלאם, הכנסייה הקתולית והכנסייה האורתודוקסית. המאבקים בין הדתות ובין האימפריות עיצבו את ההיסטוריה של המקום.

תקופת השבטים ונדידת העמים

המחוזות בהן שוכנת כיום המדינה בוסניה הרצגובינה יושבו בסוף תקופת האבן החדשה ובראשית תקופת הברונזה. אנשי תקופת האבן הוחלפו על יד שבטים הודו-אירופיים שנקראו אילירים. הקלטים החלו להגר לאזור במאה ה-3 לפנה"ס ובמאה ה-4 לפנה"ס תוך כדי גירוש השבטים האילירים. לא כל האילירים גורשו - מספר שבטים קלטים ואילירים התמזגו. השוני בין השבטים היה בעיקר בשפות שדיברו.
בתחילת שנת 229 לפנה"ס פרץ סכסוך בין השבטים האילירים לרומאים, סכסוך שהתפתח למלחמה. בשנת 168 לפנה"ס הפכה ארצם של האילירים לפרובינקיה הרומית איליריקום. הרומאים הצליחו לספח את כל האזור רק בשנת 9 לספירה, אחרי מאבק נגד מורדים אילירים. בשנת 10 לספירה הפרובינקיה איליריקום חולקה לשתי פרובינקיות שהגבול ביניהן עבר בנהר הסאווה. האזור הדרומי הפך לחלק מפרובינקיית פאנוניה. חלקים משטחי מונטנגרו, הרצגובינה, דאלמטיה, בוסניה וחלק ממערב סרביה הפכו בחלוקה החדשה לפרובינקיית דלמטיה. בתקופה הרומית נוספו מתיישבים רבים שהגיעו מכל רחבי האימפריה כדי להתיישב בבוסניה והרצגובינה. 
הנצרות הגיע לאזור במאה ה-1. לאחר הפיצול הסופי של האימפריה הרומית, סופחו האזורים דלמטיה ופאנוניה שהיו בבוסניה של היום לאימפריה הרומית המערבית. האזור נכבש על ידי האוסטרוגותים בשנת 455, ומאוחר יותר על ידי האלאנים וההונים. ממלכת האסטרוגותים הובסה על ידי האימפריה הביזנטית במהלך מלחמת הגותים 535 – 552 והאזור נכבש וסופח לאימפריה הביזנטית על ידי הקיסר יוסטיניאנוס הראשון.
הסלאבים, שמקורם בדרום פולין של היום, יחד עם האווארים פלשו לאימפריה הביזנטית בתחילת המאה ה-6, אותם שבטים סלאבים שפלשו לאזור התיישבו בבוסניה ובזאכומייה (Захумље) ומסביב לאזורים הללו, והקרואטים התיישבו במערב האזור בקרבת הים. כשהאימפריה הביזנטית סיפחה את האזור והפכה אותו לאזור מנהלי, השבטים הסלאבים פלשו גם מאזור התיישבותם בבוסניה לאימפריה הרומית המערבית.

היווצרות המדינה הפאודלית והקרע בכנסייה

לקראת סוף האלף הראשון לספירה הוזכר לראשונה בכתובים חבל ארץ קטן בשם בוסונה (Βοσωνα) ובו הערים קוטור ודסניק.
במאה ה-10, עם היווצרותן של המדינות הפאודליות סרביה וקרואטיה, האזור של בוסניה הרצגובינה הפך לסלע מחלוקת ביניהן. לאחר הכללת קרואטיה בממלכת הונגריה, בשנת 1102, החלה הונגריה לתבוע לעצמה את שטחי בוסניה והרצגובינה.
במקביל להתרחשויות המדיניות, בשנת 1054 התרחש פילוג הכנסייה הנוצרית. בוסניה והרצגובינה, הממוקמות על ציר הקרע שבין הכנסייה הקתולית ובין הכנסייה האורתודוקסית, הצמיחה בתקופה זו כנסייה מיוחדת לה. הידיעות על הכנסייה הבוסנית מועטות ומקורן ברובו מכתבים קתוליים, שאינם אובייקטיבים. הכנסייה הקתולית האשימה את הכנסייה הבוסנית בכפירה בוגומילית, סוג של נצרות גנוסטית שהיה נפוץ בקרב העמים הסלביים בין המאה ה-10 והמאה ה-14, אך ממקורות אחרים נראה שהכנסייה הבוסנית פעלה על פי הטקסים הקתולים המקובלים, אולם לא קיבלה את הסמכות האפיפיורית. לפי ממצאים בשטח היו תושבים רבים שבחרו בבוגומיליזם, אך לפי מסמכי התקופה האצולה נהגה על פי כללי הטקס הקתולי.
במהלך המאה ה-11 עבר השלטון בחבלי ארץ אלה לסירוגין מידי האימפריה הביזנטית לאימפריה הבולגרית, ובין לבין הצליח המלך הקרואטי פטאר קרזימיר הרביעי להשליט בהם את השפעתו בשנת 1060. בין השנים 1082 - 1085 כבש קונסטנטין בודין, הצאר של בולגריה, את המחוזות והשליט עליהם את באן שטפאן, אחד מאנשי חצרו. בשנת 1102, לאחר מות בודין והסתפחות קרואטיה להונגריה, הפכה גם בוסניה לואסלית של הונגריה והתנתקה מסרביה ומבולגריה. משנת 1137 המלך ההונגרי קרא לעצמו גם "דוכס של ראמה" והכוונה היא לאזור ראמה שבצפון הרצגובינה. בשנת 1160 הביסה האימפריה הביזנטית את ההונגרים והשיבה את בוסניה להשפעת המזרח.

הממלכה הבוסנית

בשנת 1169 השתלט הבאן קולין על חלק מבוסניה. לאור המאבק שבין הכנסייה הקתולית שתמכה בממלכה ההונגרית והכנסייה האורתודוקסית באימפריה הביזנטית, החליט הבאן קולין לבחור באמונה הבוגומילית שהתפשטה על פני בוסניה. הבאן ומרבית בני משפחתו היו לבוגומילים וחיזקו בכך את הכנסייה הבוסנית שבחרה בגרסה קיצונית של הבוגומיליות. בתחרות על לבם של הבוסנים העלתה האימפריה הביזנטית את קולין לדרגת מלך ב-1180. המלך הטרי כרת ברית עם הונגריה ויחד ניהלו מלחמה מוצלחת (מבחינתם) ב-1183 נגד ביזנטיון, מלחמה שניתקה את תלותה של בוסניה בביזנטיון, אך יצרה תלות חדשה בהונגריה. המלך קולין נכנע ללחץ ההונגרי ועבר לקתוליות, אך רק למראית עין ומכאן ואילך מרבית שליטי בוסניה היו חסידי הכנסייה הבוסנית, פלג באמונה הבוגומילית. הממלכה כרתה ב-1189 הסכמים מסחריים עם רפובליקת ונציה ועם רפובליקת דוברובניק והסכם זה, שהגדיר את הגבולות של בוסניה והרצגובינה על פי תווי הנחלים אונה, סאווה ודרינה (דומים מאוד לגבולות הנוכחיים), נחשב לתעודת הלידה של הממלכה. עם מותו של קולין ב-1204 ירש אותו בנו, סטייפאן קוליניץ' שהיה השליט האחרון בשושלת קוליניץ', שייסד אביו ונפתחה תקופה של מאבקים פנימיים בין משפחות האצולה.
הסכסוך בין שתי המשפחות - שוביץ' (Šubić) וקוטרומאניץ' (Kotromanić) הסתיים ב-1322 כאשר סטייפאן קוטרומאניץ' ה-2 ( Stjepan II Kotromanić) היה לבאן. תחת שלטונם של סטייפאן קוטרומאניץ' (עד מותו ב-1353) ואחיינו-יורשו טוורטקו (Tvrtko) גדלו שטחי הממלכה מצפון וממערב (טריטוריות סרביות) וסופחו זאכומייה, חלקים מדלמטיה וכמה איים בים האדריאטי. טוורטקו הוכר כמלך ב-1377, אולם לאחר מותו, ב-1391, בוסניה החלה נחלשת.
האימפריה העות'מאנית, שהחלה בכיבוש אירופה, היוותה איום גדול על אזור חבל הבלקן באמצע המאה ה-15. לאחר עשור של אי יציבות בבוסניה נפלה בוסניה ב-1463, הרצגובינה נפלה בשנת 1482. האזורים המערביים של בוסניה, שכונו "ממלכת בוסניה", החזיקו מעמד עוד כמה עשרות שנים אל מול לחץ עות'מאני גובר והולך, בתמיכה של הונגריה, עד לנפילתם בשנת 1527.

התקופה העות'מאנית

במהלך המאה ה-15 הגיעו לשטחי בוסניה והרצגובינה יהודים עות'מאנים מצאצאי מגורשי ספרד וייסדו קהילה יהודית משמעותית, בעיקר בערים סראייבו וטראווניק.
בסמוך לכיבוש העות'מאני התחיל תהליך של התאסלמות האוכלוסייה הסלאבית של בוסניה. להבדיל מהמצב באלבניה, שם השלטונות העות'מאניים עודדו את ההתאסלמות, בבוסניה התהליך היה ספונטני והתחיל עם הצמרת הפאודלית שרצתה לשמור על קרקעותיה. להסברת התופעה מציינים את הנוכחות החלשה יחסית של הזרמים הגדולים של הנצרות, את המעמד הנחות של הנוצרי בתחום המדינה העות'מאנית ואת הרצון להימנע ממס הילדים (נפסק במאה ה-17) שהיו חייבים בו הלא מוסלמים. לפי החוק העות'מאני לנוצרים לא הייתה זכות בעלות על הקרקע, לא היו זכאים לרכוב על סוס או על גמל ועדותם (כשהורשו להעיד) הייתה שווה פחות מעדותו של מוסלמי. לא כל האוכלוסייה התאסלמה, המתאסלמים היו בעיקר חסידיה לשעבר של הכנסייה הבוסנית בעוד שהקתולים והאורתודוקסים נשארו נאמנים לדתם ויצרו מיעוטים של נוצרים בתוך האוכלוסייה המוסלמית. במהלך שנות הכיבוש העות'מאני התרכזה האוכלוסייה המוסלמית בערים והנוצרים חיו בכפרים, בעיקר כעובדים בנחלות מוסלמיות.
הפלית הנוצרים באה לידי ביטוי גם בכל מיני סמלי סטטוס. נאסר על בנית כנסיות גבוהות מהמסגדים, נאסר השימוש בפעמוני הכנסיות. האורתודוסים של בוסניה חיפשו את המשענת שלהם ברוסיה והקתולים באוסטריה. הנוצרים קיבלו עידוד מהמרד הסרבי שהביא להקמת המדינה (נסיכות) הסרבית העצמאית בשנת 1815, מדינה שקיבלה הכרה עות'מאנית. הנוצרים, מכל הזרמים, והיהודים היו חייבים במס נוסף למיסים ששילמו התושבים המוסלמים.
המאבק העות'מאני לכיבוש מרכז אירופה ותהפוכות המלחמה השפיעו על בוסניה ואוכלוסייתה. שנים רבות התייצב הגבול בין האימפריה העות'מאנית ובין אוסטריה על גבולה של בוסניה והפך אותה למחוז גבול על כל המשתמע מכך. כשהעות'מאנים כבשו את הונגריה, בוסנים רבים עברו אליה, כפקידי רשות עות'מאנים וכשנסוג הצבא העות'מאני, מוסלמים רבים, שיצאו מהמחוזות שפונו, באו להתיישב בבוסניה.
ב-26 בינואר 1699, בהסכם קרלוביץ, שסיים את המלחמה הטורקית הגדולה, נקבעה פעם נוספת בוסניה כמחוז הצפוני ביותר של האימפריה העות'מאנית, מחוז גבול. בשנת 1718, על פי הסכם השלום של פוז'ארוואץ עברה צפון בוסניה לשלטון אוסטרי.
בתקופת השלטון העות'מאני היו מפעם לפעם מרידות והבולטות שביניהן היו המרידה של חוסיין גראדאשצ'ביץ (גיבור לאומי בוסני) והמרד ההרצגוביני. בשנים 1831-1832 מרד חוסיין גראדאשצ'ביץ בשלטון המרכזי תוך מאבק לאוטונומיה בוסנית. המאבק הסתיים לאחר שמנהיגו מת באיסטנבול בשנת 1834, בנסיבות לא ברורות. בשנת 1875, בהרצגובינה, פרץ מרד איכרים נוצרים קתולים נגד המיסים הגבוהים המוטלים עליהם. המרד התפשט גם בין האיכרים הנוצרים אורתודוקסים בבוסניה והלך וגדל. המושל העות'מאני החדש נקט באמצעי דיכוי חריפים שהביאו בין היתר להימלטותם של 150,000 בוסנים לקרואטיה. הדיכוי הקשה עורר תחושות אנטיטורקיות קשות במונטנגרו, בסרביה, ברומניה וברוסיה, שהתגלגלו למלחמה נגד האימפריה העות'מאנית. המלחמה הסתיימה עם הסכם ברלין 1878, שבו נקבע שבוסניה והרצגובינה יישארו חלק מהאימפריה העות'מאנית אך ינוהלו על ידי האימפריה האוסטרו-הונגרית.

שלטון אוסטרו-הונגריה

כניסת הצבא האוסטרו-הונגרי לתוך בוסניה והרצגובינה נתקלה בהתנגדות מוסלמית. המוסלמים מרדו ונוצחו סופית רק בשנת 1883. הנוצרים, שפיתחו ציפיות, התאכזבו במהרה מהשלטון החדש. גם אוסטריה וגם הונגריה, גבלו עם בוסניה, לכן השלטון החדש החליט לנהל אותה על ידי שיתוף של שתי הבירוקרטיות, כדי לא לגרום להפרת שיווי המשקל בין שני מרכיבי אוסטרו-הונגריה. הממשל החדש שמר על הסדרים הישנים, כולל המיסים המיוחדים המוטלים על הנוצרים. הוחלט לשמור על מאזן קבוע בין ההוצאות וההכנסות של המחוז וכך הוגבלו אפשרויות הפיתוח.
באוסטריה ובהונגריה היו שיטות משפטיות שונות ובבוסניה הוחלט להפעיל את השיפוט הצבאי ולמעשה המשיכו להסתמך על המשפט העות'מאני. מבחינה לאומית נוצר תהליך שהביא להזדהות הקתולים עם העם הקרואטי והאורתודוקסים עם העם הסרבי, שני עמים ששכנו על גבולות בוסניה. הבוסנים המוסלמים, ששפתם הייתה סרבו-קרואטית, ניצבו בפני בעיה של זהות לאומית. במהלך השלטון העות'מאני הם ראו עצמם טורקים בוסניים, חלקם למדו טורקית, המשכילים השתמשו בטורקית, פרסית וערבית. הסרבים והקרואטים השתדלו לשכנע את הבוסנים המוסלמים לראות בעצמם סרבים או קרואטים בני דת האסלאם ומעטים השתכנעו והצטרפו למפלגות לאומיות סרביות או קרואטיות. באזור קמה תנועה חזקה ששאפה להקמת מדינה של הסלאבים הדרומיים. מרבית הבוסנים המוסלמיים תמכו בתנועה/מפלגה ששאפה להבטיח אוטונומיה תרבותית-דתית.
בשנת 1908 לאחר שרוסיה הסכימה לדון עם אוסטרו-הונגריה על הסכמה לסיפוח בוסניה והרצגובינה לאימפריה האוסטרו הונגרית, הכריזה אוסטרו-הונגריה על סיפוח חד צדדי של בוסניה והרצגובינה. הסיפוח עורר זעם רב בקרב מדינות אירופה וחרם על האימפריה האוסטרו-הונגרית. במאמצים דיפלומטיים הצליחה אוסטרו-הונגריה להשיג הסכמה לסיפוח באפריל 1909. ראשית היא רכשה מהאימפריה העות'מאנית ב-2.5 מיליון לירות טורקיות את זכויותיה בבוסניה והרצגובינה ואחר כך ריצתה את מונטנגרו בהכרה בשליטתה המלאה בשני ערי חוף ובמתן לה היתר להקים צי.
הממלכה הסרבית ראתה בבוסניה הרצגובינה מטרה להתפשטותה, לכן גדלה מאוד התמרמרות הסרבים בבוסניה, כשאוסטרו-הונגריה הכריזה על הסיפוח. הסיפוח כמעט ולא שינה את המצב של הבוסנים, אך המעשה הביא לרדיקליזציה של החוגים הלאומיים, שהקימו קבוצות מחתרתיות כדוגמת: "בוסניה הצעירה", "המוות", "האיחוד" ו"היד השחורה". חלק מהמחתרות האלה נתמכו בחשאי על ידי הצבא הסרבי. סרביה, שיצאה מחוזקת ובעלת הישגים טריטוריאליים ממלחמת הבלקן הראשונה המשיכה לעודד את התנועה הלאומית הפרו-סרבית.
בשנת 1914, קבוצה של שישה צעירים לאומנים (5 סרבים ואחד בוסני מוסלמי) זממו לרצוח את יורש העצר האוסטרו-הונגרי, הארכידוכס פרנץ פרדיננד. ביום 28 ביוני, בסראייבו, הצעירים תקפו את שיירת המכוניות בה נסע הארכידוכס, אך החטיאו אותו ופצעו נוסעים אחרים. אחרי ההתנקשות נסע הארכידוכס אל בית החולים כדי לבקר את הפצועים ובדרך זוהתה במקרה מכוניתו על ידי אחד המתנקשים, גברילו פרינציפ, בעת שעברה בקרבתו. גברילו פרינציפ ניגש אליה והרג ביריות אקדח את הארכידוכס ואת אשתו. התנקשות זו היוותה יריית הפתיחה של מלחמת העולם הראשונה.
לאחר שנפתחה המלחמה, כוחות של ממלכת מונטנגרו תקפו בשנת 1915 את הכוחות האוסטרו-הונגרים בבוסניה, אך נהדפו. במהלך המלחמה כוחות סרבו-קרואטים מקומיים נלחמו לצד סרביה ובוסנים מוסלמים גויסו לצד האוסטרו-הונגרי. המלחמות הפנימיות בין הבוסנים יצרו מציאות שהשפיע לאורך זמן על היחסים בין העדות בתוך בוסניה והרצגובינה. בשנת 1918, בסיום מלחמת העולם הראשונה פורקה האימפריה האוסטרו-הונגרית והוקמה ממלכת הסרבים, הקרואטים והסלובנים, שכללה את בוסניה והרצגובינה ומאוחר יותר שינתה את שמה ליוגוסלביה.

מדינת הסלאבים בבלקן

בשנת 1918, עם הקמת המדינה החדשה, הוכרזה בוסניה והרצגובינה כפרובינציה מלכותית שנוהלה ישירות על ידי המונרך. בשנת 1921 שונתה החלוקה של הממלכה ובוסניה והרצגובינה חולקה ל-33 מחוזות שנקראו אובלאסט (Oblast). חלוקה זו החליפה את החלוקה הישנה לשישה מחוזות. ייסוד ממלכת יוגוסלביה ב-1929, הביא לחלוקה מחודשת של בוסניה והרצגובינה ל-4 אזורים, על פי המוצא האתני וההיסטורי. החבלים החדשים כונו בשם "באנובינה" (נגזר מבאן). החלוקה הזאת גרמה להתפרקות הזהות הבוסנית המאוחדת. המתיחות הסרבית-קרואטית על מבנה יוגוסלביה השפיעה לרעה על מצב בוסניה והרצגובינה. הסכם צווטקוביץ'-מאצ'ק (Cvetković-Maček), שהוליד את מדינת קרואטיה ב-1939, מיקם את בוסניה והרצגוביה בין סרביה לבין קרואטיה.
החיים בבוסניה והרצגובינה, במסגרת המדינית החדשה, הושפעו משני גורמים עיקריים: המצב הסוציו-אקונומי והמצב הפוליטי. הממשלות והקואליציות ביוגוסלביה התחלפו בצורה תכופה יותר ויותר, אך מפלגת המוסלמים הבוסניים השתתפה ברוב הממשלות של יוגוסלביה. בוסניה והרצגובינה היוו חבל ארץ בעל מעמד כלכלי נמוך, שפיגר אחרי שכנותיו, מונטנגרו, סרביה וקרואטיה. המאבקים הפוליטיים העיקריים היו בין הקרואטים שרצו פיזור ממשלות וסמכויות לאזורים השונים לבין הריכוזיות של הסרבים. המפלגה הקומוניסטית, שהתחילה להכות שורשים ביוגוסלביה, לא זכתה לחסידים רבים בבוסניה והרצגובינה, אך במערב הרצגובינה התחזקה מאוד התנועה הקרואטית הלאומנית של האוסטאשה בראשותו של אנטה פאבליץ'.
מלך יוגוסלביה, אלכסנדר הראשון, נרצח בשנת 1934 ובנו/יורשו, פטר, היה רק ילד, לכן שלט ביוגוסלביה, בשמו של היורש, הנסיך פבל. לאחר פתיחת מלחמת איטליה-יוון כאשר הצבא האיטלקי פלש ליוון והסתבך שם, ביקש מוסוליני את עזרת גרמניה הנאצית. היטלר נענה למוסוליני, אך לגרמניה לא היה גבול משותף עם יוון, לכן נדרש אישור מעבר לצבא הגרמני דרך מדינות החיץ. הנסיך פבל נכנע ללחצים שהופעלו עליו וחתם על הצטרפות יוגוסלביה להסכם התלת צדדי. העם היוגוסלבי ובעיקר הצבא היוגוסלבי דחו את ההסכם שבמסגרתו עמדו לתקוף את יוון, בת ברית מסורתית של הסרבים, אורתודוקסית כמו מרבית האוכלוסייה היוגוסלבית. הצבא היוגוסלבי, עם תמיכה בריטית מאחורי הקלעים, ביצע הפיכה, הדיח והגלה את הנסיך פבל והעלה לשלטון את המלך הצעיר שהיה רק בן 17. בתגובה פלש הצבא הגרמני ליוגוסלביה ב-6 באפריל 1941 וכבש אותה.

תקופת מלחמת העולם השנייה

לאחר שממלכת יוגוסלביה נכבשה על ידי הכוחות הגרמנים כל בוסניה הועברה לשלטון מדינת קרואטיה, שהייתה גרורה של גרמניה הנאצית.
המשטר הקרואטי הלאומני-קתולי, שבראשו מפלגת האוסטאשה, חתר ליצירת מדינה טהורה, ללא יהודים וללא סרבים אורתודוקסים. הבוסנים המוסלמים התקבלו כשווי זכויות במעמד של קרואטים בני הדת המוסלמית, אך לגבי הסרבים החליטו אנשי האוסטאשה להביא לכך ששליש ימירו דתם לקתוליות, שליש יגורש, והשליש האחרון יושמד, כמו היהודים והצוענים. בהתאם לדוקטרינה זו הובילו השלטונות הקרואטיים, יחד עם כמרים מהמסדר הפרנציסקני, למעשי דיכוי המלווים בשפיכות דמים מרובה נגד היהודים והסרבים, בנוסף להמרות דת כפויות. חלק מהאוכלוסייה המוסלמית של בוסניה קיבל את המשטר החדש ואף השתתף במעשי הדיכוי.
נגד המשטר קמו, מתוך האוכלוסייה היוגוסלבית, שתי תנועות התנגדות שנקטו במלחמת גרילה: הצ'טניקים בהנהגתו של קולונל דראגוליוב מיכאילוביץ' והפרטיזנים בהנהגתו של טיטו.
הצ'טניקים היו לאומנים סרבים, שחלקם לפחות, חתרו למדינה סרבית גדולה וכך נמנע צירופם של לא סרבים לשורותיהם. מנהיג הצ'טניקים היה קצין בדרגת קולונל בצבא יוגוסלביה ומטרתם כארגון הייתה להשיב את המצב שקדם לפלישה הגרמנית. הצ'טניקים ביצעו מעשי זוועה כנגד יריביהם מהאוסטשה ומבין הבוסנים המוסלמים. במהלך המלחמה ארצות הברית, בריטניה וצרפת ראו בהם בני ברית, אך לקראת סוף המלחמה הועברה ההכרה לפרטיזנים של טיטו. בשלבים מסוימים, במיוחד לקראת סוף המלחמה, שיתפו הצ'טניקים פעולה עם הצבא הגרמני נגד הפרטיזנים.
הפרטיזנים, בהנהגת הקומוניסט הקרואטי, טיטו, ראו מטרה לעצמם לשחרר את יוגוסלביה וליצור מדינה סוציאליסטית עם אידאולוגיה המאחדת את בני הלאומים השונים. בשורות הפרטיזנים לחמו קודם כל הקומוניסטים בני כל עמי יוגוסלביה, יהודים יוגוסלבים רבים ורבדים הולכים ומתרחבים מהאוכלוסייה שלא היו מרוצים מהשלטון. הפרטיזנים התרכזו בבוסניה, אזור הררי ומיוער שהתאים למלחמת גרילה, והצליחו להשתלט על מרחבים גדולים. בשנת 1942, בעיר ביחאץ', בצפון מזרח בוסניה והרצגובינה (באזור המוסלמי), נערכה הוועידה הראשונה של "המועצה האנטיפשיסטית לשחרור יוגוסלביה" (ארגון גג של הפרטיזנים), ועידה שבמהלכה נקבעו עקרונות המשטר העתידי ביוגוסלביה: דמוקרטיה, מתן זכויות לקבוצות האתניות השונות, כיבוד הרכוש הפרטי והזכות ליזמות כלכלית.
הבוסנים המוסלמים ששיתפו פעולה עם המדינה הקרואטית הפשיסטית, התגיסו למלחמה בקבוצות ההתנגדות ובשנת 1943 יצרו דיוויזיה במסגרת הצבא הנאצי בשם הדיוויזיה ההררית אס אס ה-13, שנלחמה נגד הפרטיזנים ומאוחר יותר נלחמה גם בחוף נורמנדי בצד הגרמני בעת פלישת בעלות הברית לצרפת. חאג' אמין אל חוסייני, המופתי הירושלמי, היה בין התועמלנים העיקריים שקראו לבוסנים המוסלמיים להתגייס לצד הגרמנים. ההצלחה עם גיוס הדיוויזיה חאנדיאר הביאה את הגרמנים ליצירת דיוויזיה נוספת, דיוויזיה הררית מס' 23, קאמא אס אס. בדיוויזיות אלה שרתו בעיקר בוסנים מוסלמים תחת פיקוד גרמני, אך בעקבות לחץ קרואטי הוחלט שלפחות 10% מהחיילים יהיו קרואטים קתולים והדיוויזיות יקראו ה"דיוויזיה הקרואטית מס' 1" ו"הדיוויזיה הקרואטית מס' 2".
בכינוס השני של הפרטיזנים, בנובמבר 1943, בעיר יאיצה שבמרכז בוסניה, הוכרזה המועצה כרשות המבצעת העליונה של יוגוסלביה, טיטו הוכרז כראש ממשלה והוצהר על פיטורי הממשלה הגולה שישבה בלונדון. המועצה הכריזה על יוגוסלביה כרפובליקה פדרלית המורכבת מהרפובליקות סרביה, קרואטיה, מונטנגרו, בוסניה והרצגובינה, מקדוניה וסלובניה. יום ההצהרה, 29 בנובמבר, היה לחג הלאומי של יוגוסלביה בתקופה הקומוניסטית.
במהלך שנת 1943 הצליחו הפרטיזנים להשיג ניצחונות משמעותיים במאבקם בצ'טניקים בהרצגובינה וגם חמקו מהכיתור הגרמני והשתלטו על חלקים מהחוף האדריאטי. בהמשך המלחמה בוצעו פשעי מלחמה רבים, כמו הפשעים שבוצעו במחנה יאסנובאץ על ידי הקרואטים, אך גם הצ'טניקים והפרטיזנים פגעו באוכלוסיות לא לוחמות. בשנת 1945, לאחר שכל שטח יוגוסלביה שוחרר מהגרמנים, טיטו עלה באופן רשמי לשלטון והוכרזה המדינה הפדרטיבית בעלת האוריינטציה הסוציאליסטית שהונהגה על ידי המפלגה הקומוניסטית.

התקופה הקומוניסטית

עם הקמת הפדרציה היוגוסלבית אחרי מלחמת העולם השנייה, הוכרזה הרפובליקה של בוסניה והרצגובינה כחלק ממנה וגבולותיה נקבעו לפי גבולות התקופה העות'מאנית. בשנות החמישים של המאה ה-20 בוצע שינוי גבולות, כדי ליצור מוצא לים האדריאטי בנמל נאום.
המדיניות של יוגוסלביה הקומוניסטית התבססה על כלכלה ריכוזית בסגנון סטליניסטי (גם לאחר הקרע עם סטלין בשנת 1948) וקולקטיביזציה כפויה. במקביל דיכא המשטר את שרידי הצ'טניקים והאוסטאשה שנותרו בשטח. נסיבות אלה, בארץ שכלכלתה נפגעה קשה במהלך המלחמה, הביאו לאי שביעות רצון גדולה אצל התושבים, שבאה לידי ביטוי בהתקוממויות, שכולן דוכאו. ההתקוממות הבולטת ביותר הייתה מרד קאזין בשנת 1950, כשכפריים בוסנים מוסלמים וסרבים התקיפו את המוסדות הניהוליים המקומיים והרסו את משכן הקואופרציה החקלאית.
ריבוי התקריות מסוג זה במהלך השנים 1949 - 1951, תקריות שבין משתתפיהן היו גם פרטיזנים לשעבר ואפילו מאלה שהצטרפו כבר בשנת 1941 ולכן נשאו את התואר היוקרתי "ראשוני הלוחמים", הביאו את השלטונות לשינוי מדיניות. הוחלט לעצור את הקולקטיביזציה ולהתיר בעלות פרטית על הקרקע בגבולות מסוימים. הלטיפונדיות הגדולות של האריסטוקרטיה המוסלמית חוסלו וכך גם כל שרידי המחויבויות הפאודליות של האיכרים.
בהיות בוסניה והרצגובינה בין הרפובליקות היוגוסלביות העניות ביותר, קיבלה העדפה בתהליך התיעוש שהובילה ההנהגה הקומוניסטית. מרבצי פחם מקומיים וריחוק בוסניה מגבולות יוגוסלביה (שעלולים להיות מותקפים) היו בין השיקולים למיקום תעשיית הנשק היוגוסלבית בבוסניה והרצגובינה. התיעוש הביא לגידול האוכלוסייה העירונית והתפתחות גדולה של הערים. המדיניות היוגוסלבית האנטילאומנית ואנתידתית הביאה לרגיעה ביחסי העמים והדתות שחיו בשטח הרפובליקה וריבוי נישואים מעורבים.
בשנת 1971 הוכרו תושביה המוסלמים של בוסניה והרצגובינה כ"עם מוסלמי". הם רצו הכרה כ"עם בוסני", אך זאת נמנעה מהם כדי לא להרגיז את הסרבים והקרואטים. הסרבים והקרואטים של בוסניה והרצגובינה הוכרו, לצד ה"עם המוסלמי" כ"עמים מייסדים" של הרפובליקה. חלוקת התפקידים השלטוניים בתוך הרפובליקה נעשתה תוך ניסיון לשמור על האיזון בין העמים והדתות השונים, בדומה לחלוקת השלטון בלבנון.
החל משנת 1969 החלה ליברליזציה במתן הדרכונים ובוסנים יצאו לעבוד במערב אירופה ובמרכזה, וכתוצאה מכך החלה זרימת הון מבחוץ אל בוסניה והרצגובינה. המצב הכלכלי הטוב יחסית, שהתבסס בין היתר על הלוואות פיתוח שלקחה יוגוסלביה במערב, השתנה לאחר מותו של טיטו בתחילת שנות ה-80. על רקע המשבר הכלכלי שנבע מהצורך להתמודד עם חובות החוץ הכבדים פרצו שביתות רבות בתעשייה. המתחים בין העמים ובין הדתות, שדוכאו ביד ברזל בתקופתו של טיטו, החלו לרחוש מחדש והשלטון התקשה להתמודד איתם.
אליה איזטבגוביץ', מי שעתיד להיות הנשיא הראשון של בוסניה והרצגובינה העצמאית, פרסם את ההצהרה האיסלאמית, יצירה מטאפורית המבטאת את השאיפה ליצירת מדינה מוסלמית ולתיקון פנימי של העדה המוסלמית. השלטונות העמידו אותו למשפט בשנת 1983 באשמת תעמולה עוינת ואיזטבגוביץ' נדון ל-16 שנות מאסר, אך קיבל חנינה לאחר זמן מה.