יוסף בכור שור

רבי יוסף בכור שור (נקרא גם ריב"ש או ר"י מאורליאנס), מבעלי התוספות, פרשן מקרא מקורי ופשטן, פרשן התלמוד ופייטן צרפתי בן המאה ה-12.
פעל באורליאן שבצרפת. היה מתלמידיו של רבנו תם והושפע בפירושיו למקרא גם מר' יוסף קרא ורשב"ם. עיקר יצירתו ופרסומו הוא בפירושיו לתורה, שבהם דבק בדרך הפשט (אך לא משך ידו מדרשות חז"ל ומרמזים) והכניס גם ממד פסיכולוגי בפרשנויותיו וחקר את מניעי הדמויות ואת הלוך-רוחן. לריב"ש גם פירושים המאירים את המקראות באור מציאותי, תוך ניסיון להבין את הריאליה שמאחרי התיאורים, ותוך עיון בחוקי הטבע ובדרכי התנהגותם של אנשים ובעלי חיים. כן נטל חלק מרכזי בפולמוס היהודי-נוצרי, והשפעתו של פולמוס זה ניכרת בפירושיו. 
פירושיו נודעו לתהילה בימי הביניים, בעיקר באזור צרפת-אשכנז, וזכו לציטוטים רבים גם בספרות הפוסקים. עם זאת, מחוץ למקום מושבו לא נודע, ובמאות השנים האחרונות נשתכח מעט בקרב לומדי המקרא, וכיום הוא מפרשני המקרא הנודעים פחות בקרב הלומדים מן השורה. אולם בשנים האחרונות נודעה לו עדנה, בפרט בקרב אנשי אקדמיה, החשופים יותר לפירושו.
כן פעל גם בשדה התלמוד, וחידש בו חידושים, המובאים לא מעט אצל בעלי התוספות. גם לתחום הפיוט שלח יד, וחיבר כמה קינות וסליחות.
על פי מסורות המצוטטות בספרי ייחוס מן המאות האחרונות, רבי יוסף בכור שור היה ראש שושלת משפחת שור שנדדה מאורליאן למרכז ולמזרח אירופה. שושלת זו הצמיחה מקרבה רבנים ידועים.

מקור השם

מקור השם "בכור שור" הוא בפסוק "בְּכוֹר שׁוֹרוֹ הָדָר לוֹ וְקַרְנֵי רְאֵם קַרְנָיו" (דברים, ל"ג, י"ז), שנאמר בברכתו של משה ליוסף. גם מקור השם פורת (בו כונה חכם אחר בשם יוסף שהיה בן התקופה) הוא מברכה ליוסף – ברכתו של יעקב: "בֵּן פֹּרָת יוֹסֵף, בֵּן פֹּרָת עֲלֵי עָיִן" (בראשית, מ"ט, כ"ב).
אם כן, שני אלה הם כינויים מתבקשים לשם יוסף (כשם שאנשים בשם יהודה כונו 'גור אריה', או 'ליאונטין', תרגומו ללעז), ועל כן יש גם סבירות שלא כל "יוסף בכור שור" הוא אותו אחד, ומכאן גם נפלו לעיתים טעויות שונות בזיהוי בקרב אנשים שונים שכונו בשם זה. עם זאת, ניתן לקבוע די בבירור שברוב הפעמים מדובר בעיקר באדם אחד, שכונה בשם בכור שור.

האם ר"י בכור שור הפשטן הוא ר"י מאורליאנס בעל התוספות?

בספרות חכמי ימי הביניים (הראשונים) – בעיקר בספרות התוספות – מוכר פרשן בשם ר"י מאורליאנס (או ר"י ב"ר יצחק), ולצדו (בעיקר בקובצי פרשנות המקרא) מוזכר פרשן בשם ר"י בכור שור. בקרב החוקרים נחלקו הדעות אם הכוונה היא לאותו אדם. 
דעת המצדדים בכך שמדובר בשני אנשים שונים נתמכת בכך שלעיתים מובאים בקבצים כגון "פענח רזא" ו"מושב זקנים" ציטוטים מר"י מאורליאנס לצד ציטוטים מר"י בכור שור (בדעה זו תמכו החוקרים ולטר ואפטוביצר, אם כי זה האחרון חזר בו לאחר מכן והשאיר זאת בצריך עיון). לעומתם, מרבית החוקרים סוברים כיום כי מדובר באותו אדם. דעתם נתמכת בזהות של פירושים רבים (ואף מעשה שאירע) המובאים בתוספות בשם ר"י מאורליאנס והנמצאים בפירושו של ר"י בכור שור לתורה. הראיה הנגדית מן הקבצים הפרשניים דלעיל נדחית בכך שהללו פעמים רבות אינם מדייקים בשמות הפרשנים שהם מביאים, ועל כן אין להביא מכך ראיה. כאמור, רוב החוקרים תומכים בדעה זו (בהם ניתן למצוא את גרוס, פוזננסקי ואורבך), וזוהי הדעה המקובלת כיום.

קורות חייו, משפחתו ורבותיו

מעט ידוע על חייו של ר"י בכור שור. ידוע כי פעל במאה ה-12 בצפון צרפת. נולד בעיר אורליאן (בכתיב דאז: אורליאנ"ש), ככל הנראה סביב שנת 1140. לאור זהותו עם ר"י מאורליאנס, הרי ידוע כי שמו של אביו היה יצחק. למד אצל גדול בעלי התוספות, רבנו תם, וכמה שאלות שלו מובאות בחיבורו של רבנו תם, "ספר הישר". על היחסים ביניהם ניתן ללמוד מלשונותיהם בפנייתם אחד לשני; ר"י בכור שור כותב לרבנו תם: "הנני הקטן ממשמשיו ותלמידיו, מחלה פני מורי הרב". ורבנו תם קרא לו: "בחור זקן, החבר ר' יוסף". בפרשנות הפשט שלו הושפע מבני מקומו בדור הקודם, ר"י קרא ורשב"ם, אך נראה שלא למד אצל אחד מהם, מאחר שאינו מזכיר שהם רבותיו בצטטו אותם.
ר"י בכור שור השתתף בפולמוסים שונים בין יהודים לנוצרים, פולמוסים שאותם כפו הנוצרים על הנתינים היהודים. לצורך כך גייס ריב"ש את הידע וההבנה החודרת שלו בהבנת פסוקי המקרא, שלרוב הם אלו שעמדו במרכז הדיונים. יש המשערים כי ידע לטינית, לאור הערתו בפירושו לתהילים על "הטעות שטעה ירומא בתרגום הפסוק"; השערה זו מסתברת, שכן לצרכים פולמוסיים ודאי נחוץ היה לו לעיין בכתבי הנוצרים ולדעת מה להשיב עליהם. 
ניכר כי חש על בשרו את צרותיה של הגלות. יש ששיערו שאחת מסליחותיו מקוננת על מיתת קדושי העיר בריי בשנת תתקנ"א (1191). בנוסף עולה דבר זה מן החרוזים ששיבץ בפירושו לתורה בין כל פרשה לפרשה, שכמעט בכולם משתקפת כמיהה לגאולה ואיבה עזה לגויים הרודפים את עם ישראל. כך, למשל, כתב בסוף פרשת ויחי:
"את אויבי צור יקוב / ועצמותיהם ירקבו רקוב / ומישור יהיה לפני עקוב / בסיימי ויחי יעקב."
כן משלב ר"י בכור שור בפירושיו דברי ניחומים ועידוד לעם הסובל, ואף חישוב הקץ, דברים המעידים על המצוקה והסבל שחווה העם בתקופתו. היו שכתבו שפיוטיו וחרוזיו מהווים הד לרדיפות היהודים בצרפת לאחר עלייתו של המלך פיליפ אוגוסט בשנת 1180, עד לגירושם הסופי מן הארץ.
באותה תקופה מוכר חכם בשם ר' אברהם בר' יוסף מאורליאנ"ש, וככל הנראה מדובר בבנו.

מקוריות בפירושי המקראות

כאמור, מצטיין פירושו של בכור שור במקוריות רבה. דוגמה לפירוש מעין זה היא על הפסוק "וְעֵינֵי לֵאָה רַכּוֹת" (בראשית, כ"ט, י"ז):
ועיני לאה רכות – נותן טעם למה שאל רחל שהיא הקטנה, ואם אומר בשביל שרחל יפת תואר, הייתי סבור שלאה מכוערת – מגיד לך הכתוב שלא היה בלאה שום דופי, אלא בעלת תואר ובעלת יופי, לא הייתה נופלת מרחל, רק שעיניה רכות, וכשהולכת נגד הרוח קשה לה, ולכך היה שולח לבן רחל עם הצאן ולא לאה. או שמא לחלוק כבוד לגדולה.
כך עונה בכור שור על שאלה שקל שלא לשים אליה לב: מדוע נשלחה עם הצאן הבת הצעירה רחל – על ידי הסבר המופיע בפסוק עצמו, ועל ידי ירידה לחוות את הכתוב, שבה חש הפרשן באופן פיזי את רכות עיניה של לאה, המקשה עליה ללכת כנגד הרוח.
לדעת פוזננסקי (ואחריו נמשכו חוקרים אחרים), "יש אצלו גם פירושים מוזרים ורחוקים מן הפשט ומן האמת, וגם זה מפאת שאיפותו היתרה להיות מקורי ולפרש פירושים שלא נמצאו אצל זולתו", אולם מעיון בדוגמות שהביא לכך נראה שהדברים אינם כה חריפים (כך לדוגמה הפירוש לבראשית יג, ט הוא בעצם הרחבה וביאור לרש"י).

פרשנות פסיכולוגית

אחד ממאפייניו העיקריים ומחידושיו הבולטים של בכור שור הוא תחום הפרשנות הפסיכולוגית. בפירושיו הוא מנסה להתחקות אחרי הלך-מחשבותיהן של הנפשות הפועלות, ובכך להסביר את המקרא באור אחר. כך, למשל, הסביר מדוע עשה אהרן לבני ישראל בחטא העגל את העגל (בבקשו מהם לפרוק את נזמי הזהב שלהם לצורך כך). זאת, לפי פרשנותו הקודמת, כי בני ישראל לא ביקשו אלא מנהיג, בחושבם כי משה מת (שמות, ל"ב, ב'):
פרקו נזמי הזהב – אהרון לשם שמים נתכוון. חשב: אם אומר להם, כלב בן יפונה או נחשון בן עמינדב או אחד מן הגדולים יהיה לראש וימליכו אותו עליהם, כשיבא משה לא ירצה לירד מגדולתו, וירבה קטטה ותגר ביניהם, וישפכו דמים ונפשות על זאת. ואם אומר אני אהיה לכם ראש, יקשה בעיני משה. אעסיקם בדברים עד שיבא משה, ואעשה להם דבר שאין בו ממשות וכשיבא משה יתבטל מאליו.
פרשנות זו, מלבד המאפיין הפסיכולוגי שלה, יש בה גם ממד מובהק של לימוד זכות על האבות (במקרה זה, על אהרן, שעשה את העגל); וראו להלן.
פירוש פסיכולוגי נוסף, המשתלב עם שאיפתו למתן טעם הגיוני למצוות, הוא בהסבר למצוות הקורבנות (ויקרא, ב', י"ג):
מלח ברית אלהיך – מלח דבר המתקיים, לפיכך ציווה הקב"ה להקריבו במנחות ובקרבנות, להראות שהקרבנות ברית קיים לעולם לכפרה. וכבר פירשו כן, הכול יודעים כי הקב"ה אינו צריך לא לריח ולא לשום הקרבה, אלא לזכות בהם את ישראל. כשאדם חוטא ומקריב קרבן, מתכפר לו ויודע שהוא נקי ונזהר יותר מללכלך עצמו בחטא, כאדם שיש לו בגדים נקיים ונזהר מן הטיט, אבל כשהם מלוכלכים אינו חושש. וכן אמרו רבותינו, כיון שעבר אדם עבירה ושנה בה, ונתלכלך, נעשית לו כהיתר, כיון שנתלכלך נתלכלך...

פרשנות על דרך הריאליה

מאפיין נוסף של פירושיו של בכור שור הוא הנטייה לפרש פירושים על דרך הריאליה. גם הסתכלות זו, כקודמתה, מראה על העמקה בכתובים כמציאות חיה, מעבר למילים הכתובות בטקסט. כך למשל פירש מדוע לא היה ראובן ליד הבור שבו היה יוסף כאשר מכרו אותו האחים, על אף שהיה עמם קודם לכן:
וישבו לאכול לחם – דרך הרועים, שמקצתם אוכלים ומקצתן עומדים על הבהמות, ואחר שאכלו מקצתם, הולכים אותם שאכלו אל הבהמות, והאחרים אוכלים, ואין דרכם לאכול כולם ביחד. והיה אוכל יהודא ומקצת אחיו, וראובן ומקצת אחיו היו שומרים הצאן, ולפיכך לא ידע ראובן במכירתו...
פירוש נוסף, המשלב פרשנות פסיכולוגית עם פרשנות על דרך המציאות, הוא ביאורו מדוע לא ביקש פרעה לבטל את מכת הכינים (שמות, ט', ט"ו)
ויחזק לב פרעה – וגם לא שאל רפואה על הכינים, לפי שלא היו אלא בעפר, והיכלין של רצפת שיש היו, ומכבדין אותן בכל יום, לא היה שם עפר וכינים, וכן כל השרים הגדולים; והעניים רגילים בכינים ואינם חוששים.
פירושיו הסתמכו על המציאות שהכיר בזמנו, ומטבע הדברים פרשנות מעין זו אינה קולעת בהכרח לפשטם של הדברים, מחמת מרחק הזמן והמקום. דוגמה לפירוש מעין זה היא לפסוק "שַׁל נְעָלֶיךָ מֵעַל רַגְלֶיךָ" (שמות, ג', ה'), שבו מפרש בכור שור שיש נעל גם על היד (כפפה), והיא הנעל שנתן בעז לגואל במגילת רות:
מעל רגליך – שאף אותו שעל היד נקרא 'נעל' סתם, והוא שנתן בועז לגואל, והוא בלע"ז גונ"ט, ועדיין רגילין השרים להקנות בגונ"ט שלהם, ולכך צריך לומר 'מעל רגלך', שלא יהא סבור שמאותו של היד הוא אומר לו.
פירוש זה של מעשה קניין באמצעות הכפפה, שבו מפרש בכור שור את מעשה הקניין במגילת רות, מסתמך כמעט רק על המנהג בימיו של בכור שור, ללא כל ראיה שאכן היה זה המנהג בזמן שעליו מסופר במגילה.

צמצום בנסים

כחלק מדרכו הרציונליסטית, נוטה בכור שור לפרש כתובים שנראים כמתארים תופעות על-טבעיות, בצורה טבעית. כך, למשל, הוא כותב על הפיכתה של אשת לוט לנציב מלח כאשר הסתכלה אחורה בעת הפיכת סדום ועמורה. ללוט נאמר בתחילה "אַל תַּבִּיט אַחֲרֶיךָ" (בראשית, י"ט, י"ז), ולאחר מכן נאמר "וַתַּבֵּט אִשְׁתּוֹ מֵאַחֲרָיו וַתְּהִי נְצִיב מֶלַח" (שם, כ״ו). רצף העניינים מטה את הדעת לכך שיש בעיה מאגית-מיסטית בהסתכלות בסדום ההפוכה, שעליה בא העונש בהיהפכות לנציב מלח. אולם לא כך פירש בכור שור:
המלט על נפשך, אל תבט אחריך – כלומר, רוץ מהרה ואל תביט אחריך, כאדם שאומר לחבירו 'נבו"ש אלי"ץ מיאה דגרדינט"א' (=אל תלכו בהביטכם בי), אלא מהרו ללכת, כי הענן עולה ובו גפרית ואש ומתפשט על הארץ כמו ענן הגשמים, ואם ידביק אתכם הרי אתם מתים... ותבט אשתו – הייתה מבטת, מתאחרת, שלא הייתה ממהרת לילך, מיש"א אלו"ט דגרדוט"א (=אלא הולכת ומבטת), עד שנשארה מאחריו והדביקתה הענן הנפשט ונפרש עליה מן הגפרית ומן המלח, כי במקום שנופלת גפרית נופל מלח עמו, שנאמר 'גפרית ומלח שרפה' וגו', ותהי נציב מלח – כלומר מצבה ותל, שכולה נפל עליה מלח, שלא היה נראה שמעולם הייתה שם אשה, שהייתה מכוסה כולה, ונראה שיש שם תל מלח - לפי פשוטו של הפסוק. אבל העולם אומרים כי גופה נהפך להיות מלח, ועדיין נראית בארץ ההיא.
הצהרה עקרונית בדבר הצמצום בנסים עד למינימום ניתן למצוא בפירושו למכת השחין (שמות, ט', ח'):
קחו לכם מלא חפניכם... פיח – כמו רמץ... וזרקו משה השמימה – שיפול על האדם ועל הבהמה, ויהיו נכוים בו ויעלו בהם אבעבועות, כי אדם הנכוה עולה אבעבוע במקום המכוה. ומכל מקום קורא אותו הפסוק 'שחין', ושחין משמע שלא על ידי האש... מפני שמלא חפנים אש לא היה יכול להספיק לכל מצרים, ומשום הכי (=ומשום כך) מעצמו בא השחין ולא מחמת האש, אלא שהקב"ה אינו רוצה לשנות מנהג העולם, ועשה מקצת לפי מנהג העולם, ולכך צוה להשליך עליהם רמץ. וכך תמצא ברוב ניסים שהקב"ה אינו משנה על מנהג העולם...
וכן מבאר בכור שור בפסוק המדבר על המתקת מי מרה, שבו ה' מורה למשה להשליך עץ אל המים כדי להמתיקם (שמות, ט"ו, כ"ה):
ויורהו ה' עץ – אם היה רצונו של הקב"ה, בלא עץ היה יכול להמתיק, אלא דרכו של הקב"ה לעשות ניסיו על דרך העולם, שמשימין המינין המתוקין בדבר מר להמתיקו.
מדברים אלה ניכרת הגישה העומדת מאחורי צמצומו בנסים: הקב"ה אינו רוצה לשנות מ"מנהגו של עולם", ועל כן הוא עושה את רוב נסיו בדרך הנראית טבעית.
נראה כי לדרכו זו חברו כמה גורמים, ובפרט השפעתה של פרשנות הפשט הרציונליסטית-ספרדית (שכאמור, הגיעה לצרפת גם לפני כן, אצל ר"י קרא), וכן הפולמוסים שבהם השתתף, נגד הנוצרים ונגד אחרים.

הרחקה מהגשמה

השפעה נוספת של הפרשנות הרציונליסטית הספרדית ושל הפולמוס היהודי-נוצרי, ניתן לראות בהרחקתו ביטויי הגשמה שונים בפסוקים, על דרך הכלל 'דיברה תורה כלשון בני אדם'. כך כותב בכור שור על הפסוק "נַעֲשֶׂה אָדָם בְּצַלְמֵנוּ כִּדְמוּתֵנוּ" (בראשית, א', כ"ו):
בצלמנו כדמותנו – שהיא מאוימת, להיות מושל ושליט על כל, ולא שזו דומה לזו, כי אין לתת דמיון ודמות ותמונה למעלה, כדכתיב 'כי לא ראיתם כל תמונה'... ומה שאומר הכתוב 'עיני ה' ', 'הדום רגליו', 'יד ה' ', אינו אלא לשבר את האוזן, שיבין בראייה ובהילוך ובלקיחה, דאין דרכם רק בעינים ורגלים וידיים, לפי שלא ראה מעולם אדם עניין אחר. ומה שכתוב 'ועל דמות הכיסא דמות כמראה אדם', כך היה נראה בעיניו על עניין החזיון, כמו חלום שנדמה לו שהוא רואה ואינו רואה... ונדמה לו כאדם, שלא להבעיתו בדבר שאינו רגיל לראות, שהקב"ה ופמליה שלמעלה מדמין עצמן בכל עניין שירצו להראות לאדם... ולפיכך אינו אומר 'בצלמנו כדמותינו' אלא על דרך האיום, ואף על פי שאין האיום שוה, מכל מקום דימהו הכתוב, כאדם שאומר 'הפרעוש הלז, בין הפרעושים, כמלך בין האנשים', ואינם דומים זה לזה, וכל שכן כאן...

לימוד זכות על האבות

ברבים מפירושיו משתדל בכור שור להגן על אבות האומה, ונראה שגם למאפיין זה יש קשר הדוק לפולמוס האנטי-נוצרי, שכן הנוצרים נהגו להקניט את היהודים על כך שעקב חטאי אבותיהם הם נדחו בידי האל, שבחר בנוצרים במקומם. 
אחת הפרשות המרכזיות שסביבן התנהל פולמוס הוא פרשת חטא העגל. בחטא זה, מתגלים על פי הפשט גם בני ישראל וגם אהרן הכהן בקלקלתם ובחטאם, בעשותם עגל זהב, ארבעים יום בלבד לאחר ששמעו במעמד הר סיני את הדיבר "לא תעשה לך פסל וכל תמונה". כמה מן הראשונים ראו בכך בעיה קשה, גם בלי להתייחס לפולמוס – שכן קשה להבין כיצד הגיע עם ישראל משיא לשפל בתוך תקופה קצרה ("ככלה המזנה תחת חופתה" כדברי חז"ל). לבכור שור פירוש מקורי, המנקה את בני ישראל מעוון חמור, אך משלם מחיר לא מבוטל בפשט (שמות, ל"ב, א'):
עשה לנו אלהים – שופט ודיין, מנהיג ודַבָּר, כמו 'נתתיך אלהים לפרעה', וכמו 'עד האלהים יבא דבר שניהם', וחס ושלום לא נתכוונו לעבודה זרה, ונתינת הטעם מוכיח, דקאמרי (=שאמרו) 'כי זה משה האיש' ['...לא ידענו מה היה לו'], אלמא (=הרי) דבמקום משה רצו להעמידו. ומה שאמר דוד 'וימירו כבודם בתבנית שור אוכל עשב' [שמשמע שאכן מדובר בעבודה זרה], הכי קאמר: שהמירו כבודם, משה שעשה לו הקב"ה ניסים ונפלאות על ידו, בתבנית שור, וישתחו למסכה לכבדה, ולא לשם עבודה זרה.
ועל דרך זו הוא מבאר את עשיית העגל כתחליף להנהגה (ראו לעיל, בסעיף פרשנות פסיכולוגית). כך מסביר הוא את האמירה "אֵלֶּה אֱלֹהֶיךָ יִשְׂרָאֵל" (שם, ד'):
דרך לדבר אלהות ואדנות בלשון רבים, כמו 'כי אלהים קדושים הוא'; אי נמי (=או) שתפו אהרון עמו, ובכך טעו שהיו סבורים שיוכל להנהיגם, לפי שידעו אהרון מלומד בנסים, וסברו שיעשה לו שידבר ויסבור אותם.
וכן הסביר את עשיית המזבח, שהוא להקרבת קורבנות לאלוהים כדרך שנוהגים בהמלכה (שם, ו):
ויעלו עולות – לשמים בשבילו, כמו שמצינו בשאול כשנתחדשה לו המלוכה... וכן בכאן לא נתכוונו אלא לשמים, והשתחוו לו לכבוד ולא לאלוהות.
הדחקים הרבים הניכרים שבהם הכניס עצמו פשטן זה, מעידים כאלף עדים על ההכרח התאולוגי שלו לנקות את ישראל (ואת אהרן) מעוון כה חמור של עבודה זרה, ולהעבירו לעוון קל של עשיית פסל ומסכה בלבד.
עם זאת, מעניין שעל אף שבמקרה זה (ובמקרים לא מעטים אחרים) פירש בצורה מקורית המגנה על האבות, אף כנגד פירוש חז"ל, הנה במקום שבו חז"ל עצמם הגנו על אחד האבות, פירש הוא דווקא על פי הפשט, המייחס לו חטא. כך הם פני הדברים בחטאו של ראובן, שהכתוב מספר עליו: "וַיֵּלֶךְ רְאוּבֵן וַיִּשְׁכַּב אֶת בִּלְהָה פִּילֶגֶשׁ אָבִיו, וַיִּשְׁמַע יִשְׂרָאֵל" (בראשית ל"ה, כב). דעה מקובלת בחז"ל היא ש"כל האומר ראובן חטא אינו אלא טועה", ושהוא רק "בלבל את יצועי אביו"; וכך נוקט גם רש"י במקום (ואף פשטן כמו ראב"ע). אך בכור שור ככל הנראה לא קיבל פירוש זה:
וישמע ישראל – ונמצא שאיבד שתי נשיו, רחל שמתה ובלהה ששכב ראובן עמה, שמהיום ההוא ומעלה לא שכב יעקב עמה...
מדוע לא הגן גם כאן בכור שור על כבוד האבות? נראה שעשה זאת משום ששיקולי הפשט הכריעו, והוא לא מצא דרך טובה באמצעי הפשט, ולו גם בצורה דחוקה, לפרש את מעשיו אחרת. גם הפסוקים המעידים שיעקב לא שכב יותר עם בלהה (בראשית מ"ט, ד), וההשוואה שהביא בפירושו לדוד, שגם הוא לא שכב עם פילגשיו לאחר שבנו אבשלום שכב אתן (שמואל ב' כ', ג) הטו את הכף לפירוש זה. על כל פנים עולה מכאן שבכור שור לא העדיף את הגנת האבות בכל מחיר, על אף הרצון לעשות זאת כנגד הקנטת הנוצרים. 
ונראה שגם במקרים שבהם לא כיסה על עוון האבות, כאשר הפשט הכריח בצורה ברורה אחרת, אין הדבר יוצא מן ההקשר האנטי-נוצרי הרווח בפירושיו. שכן עצם הפירוש על דרך הפשט וההקשר היה כלי הנשק החזק ביותר כנגד הנוצרים, שפירושיהם לרוב נטו להוציא את הכתובים מפשוטם; ואם כן עצם העקביות שלא לפרש נגד ההקשר והעניין, גם כאשר יש לכאורה הכרח תאולוגי לכך, היא באופן מהותי הצורה הטובה ביותר להילחם בפרשנות הכריסטולוגית לתורה.

הנמקה הגיונית למצוות

בכור שור גם נטה לתת טעמים הגיוניים למצוות. מגמה זו ניתן לייחס להשפעה הספרדית-רציונליסטית, שם היה הדבר מקובל מאוד, אך גם לפולמוס האנטי-נוצרי (ראו להלן). הנוצרים השתדלו להוציא את הכתובים, ובפרט את המצוות, מפשוטם, ואך טבעי היה שילגלגו על פירוש הדברים כפשוטם. לצורך כך ראה עצמו בכור שור כמחויב לתת טעמים הגיוניים למצוות, ובכך לחזק את ידי היהודים העומדים תחת תעמולה נוצרית כבדה.
כך, למשל, נתן בכור שור טעם לקורבנות (ראו לעיל), וכן לענייני טומאת מת (במדבר י"ט, ב):
ויקחו אליך פרה אדומה – לפי שלא יהו בני אדם מצוין אצל מיתיהם מתוך חיבתם ויצערו יותר מדאי. אי נמי (=או גם) שלא יהו דורשים אל המתים ובעלי אוב החמיר הכתוב בטומאת מת יותר מכל טומאות שבעולם... ואף מפני כבוד הבריות, שלא יעשו מעורם נודות ושטיחין, מעצמותיהן כלים להשתמש בהם כמו בעור בהמות ועצמות וזהו גנאי לבריות...
ניכר שהוא מרחיב ומתבסס בפירושו זה על פירושם של חז"ל "אמר עולא דבר תורה עור אדם טהור ומה טעם אמרו טמא גזירה שמא יעשה אדם עורות אביו ואמו שטיחין". בעוד דברי חז"ל עוסקים רק בטומאת עור אדם, בכור שור מרחיב זאת לכל סוגי הטומאה.
יש לשים לב לכך שיש כאן הנמקה רציונלית, ולא מיסטית, ונראה שאכן בכור שור לא היה מקורב לחוגי המקובלים של זמנו. נושא אחר שלו נזקק הוא טעמו של איסור מאכלות אסורים, שגם בו הרבו לקנטר את היהודים. וכך הוא כותב (ויקרא י"א, ב):
זאת החיה אשר תאכלו – כלומר, זאת הבהמה, חיה לאכול, שונ"א בלע"ז (=בריא), אבל האחרות, אנפרימ"ש (=חולה); 'חיה', כמו 'וחיתה המכה', כאדם שאומר לעבדו, אתה רגיל אצלי, אל תמאס עצמך במאכלים מאוסים ומזוהמים. כי כל מקום שנאמר 'טמא' מאוס ומזוהם הוא... ואדם מזוהם אינו ראוי לבא לפני המקום... אבל חֵלב ודם אסור, קדושה יש להם, שכל כך הם קדושים ונקרבים על גבי המזבח, שאין הדיוט רשאי לאכלם, כי מנת המלך הם.
הפירוש הרציונליסטי ש'טמא' פירושו 'מאוס', משקף נאמנה את דרכו של בכור שור בהנמקת המצוות, ובמתן טעם הגיוני להן.

עיונים טקסטואליים

בכור שור לא משך ידו גם מעיונים בטקסט כשלעצמו, תוך עמידה על אופיו מבחינות שונות, כולל עיסוק בענייני דקדוק, סדר הפרשיות וזיהויין, וכלילת כללים במקרא.

ענייני דקדוק

בכור שור מיעט לעסוק בענייני דקדוק, ואף כי אכן פירש כמה פסוקים תוך עמידה על צורתה הדקדוקית של המילה, הרי שסוף סוף תרומתו בנושא אינה כה גדולה. פוזננסקי כתב שבעניין הדקדוק מצינו אצל בכור שור "נסיגה לאחור", ואף איתר אצלו "טעותים (!) בדקדוק", אך כתב ש"עם זה יש גם אצלו כללים יפים בדרכי הלשון ושמושה, אשר מהם נראה כי השגיח אל מהות השפה, והרבה פעמים ירד אל עומק תכונתה". אחת הדוגמות המובאת על ידו לעניין זה הוא פירושו לבראשית ל"ב, טז:
גמלים מיניקות – אין דרך העברי לתת חילוק בגמלים בין זכרים בין נקיבות ולומר 'גמלות' ולא גמלה, כמו בשאר מקומות...

זיהוי סיפורים

אחד מחידושיו של בכור שור הוא זיהוי סיפורים שונים במקרא כמתייחסים לאותו מאורע. כך הוא מזהה את סיפור השליו בשמות (ט"ז, יג) עם זה המסופר בספר במדבר (י"א, לא-לב), וכן את סיפור הכאת הסלע בשמות (י"ז, ו-ז) עם זה שבספר במדבר (כ', ח) על הדיבור אל הסלע, וגם את הסיפור על חרמה בבמדבר כ"א, ג עם זה שבבמדבר י"ד, מה.

הקשר ספרותי

כן נהג בכור שור להסביר לעיתים את ההקשר הספרותי של פרשות מסוימות. כך, למשל, מסביר הוא את הפסוק "וַיְדַבֵּר ה' אֶל מֹשֶׁה בְּהַר סִינַי", הבא לקראת סוף ספר ויקרא (כ"ה, א):
כל הפרשיות כולן של מעלה מראש הספר עד כאן נאמרו באהל מועד, וכולה שייכי (=וכולן שייכות) באהל מועד... אבל אילו שני הפרשיות, בהר סיני ואם בחקותי, לא שייכי כל כך לאהל מועד ולא לכהנים ונאמרו בהר סיני. ומיהו משום דשייכי קצת... נצטרפו הכא (=כאן) בתורת כהנים. ומשום דלא תיסק אדעתין (=שלא יעלה על דעתנו) דנאמרו באהל מועד, כתב דבהר סיני נאמרו.
כאן הביא אותו ביטוי בפסוק ("בהר סיני") להסביר את כלל עריכת הספר ונושאיו. במקום אחר (במדבר ד', כב) הסביר מדוע במקום זה נמנה קהת בראש בני לוי, על אף שבמקומות אחרים נמנה גרשון, הבכור, ראשונה; ושם עצם הסידור השונה הזקיק אותו לתור אחר הסבר. לעיתים גם העיר על "הערת עורך" (הוא משה) בסיפורי התורה (בראשית ל"ה, כ):
[היא] מצבת קבורת רחל עד היום – כך אמר בעל הספר, הוא מצבת קבורת רחל שהייתה עומדת וקיימת עד היום הזה.

כלילת כללים

מאפיין נוסף בהקשר זה הוא כלילת הכללים במקרא, אשר רבים מהם שאב מקודמיו, ר"י קרא ורשב"ם, אך עם זאת יש גם מקוריים משלו. כך, למשל, הרחיב את הכלל הידוע של "דברי תורה עשירים במקום אחד ועניים במקום אחר" ואמר (במדבר ט"ז, א):
...וכן דרך, אפילו בשתי פרשיות, שמקצר בראשון מפני שסומך על פרשה שנייה; כמו 'ויהס כלב את העם אל משה', שהיה מדבר ולא פירש מה היה אומר, כי סמך על פירושו שבמשנה תורה שמפרש 'ואומר אליכם לא תערצון ולא תיראון'.

שילוב מקראות

דרך נוספת שבה נקט בכור שור, היא שילוב המקראות זה בזה והסבר ההקשר ביניהם, לפעמים בחריפות מקורית שלא מצאנו כמוה אצל פרשני פשט אחרים. כך, לדוגמה, הוא מסביר את הסדר של עשרת הדיברות (שמות כ', א-יד):
אנכי ה' אלהיך – זה הדיבור הראשון, אנכי מצווה עליך שאהיה אדון שלך ודיין שלך... לא יהיה לך אלהים אחרים – שלא יאמר אדם, אני אהיה עבד לך כאשר צויתני, וגם אלהים אחרים יעבוד... לא תשא - שלא תאמר, מאחר שאין הקב"ה רוצה שיהיה לנו אדון אלא הוא, בשמו אשבע הן לאמת הן לשקר... זכור את יום השבת – ... ולפי שאמר שלא יכבד אדם אלא הקב"ה, אבל שבת תכבדו, שזהו כבודי... כבד את אביך ואת אמך – אף על פי שאמרתי לך שלא תכבד ותעבוד כי אם אותי, אביך ואמך כבד... לא תרצח – שלא תאמר, מאחר שאמר הקב"ה שלא אכבד כי אם אותו ושבת ואבי ואמי, כל אדם שיעשה לי שלא כרצוני אכנו נפש... לא תנאף – לפי שאמר 'לא תרצח' דמשמע אסור למעט הבריות, הייתי אומר: אבל לגדל הבריות שפיר דמי, ולפיכך כל אשה שימצא אדם, בין אשת איש בין שאר עריות יבוא עליה כדי להוסיף על הבריות... לא תגנוב – שלא תאמר, על רציחתו ועל ניאוף אשתו אני נזהר... אבל לגנוב אותו או ממונו כדי להשתכר מותר... לא תענה – שאפילו לגרום שימות או שיפסיד ממונו אי אתה רשאי, ואחר כך לא תחמוד - שתתן עליו לצדד שיבא שלו בידך, לא בדמים ולא שלא בדמים....
אך עם כל זאת, נראה כי עיקר מעייניו של בכור שור היה להסביר בעיות בדרך של העמקה בסיפורים מבחינה 'חווייתית' (פסיכולוגית-ריאליסטית) ופחות בצורה ספרותית.

פרשנות אנטי-כריסטולוגית

כאמור, בכור שור היה מראשי המדברים בפולמוס היהודי-נוצרי בתקופתו. מכיוון שעיקר הוויכוח התנהל סביב פירושם של פסוקים, לא ייפלא שפרשן מקרא מבריק כמו בכור שור יתייצב בראש המערכה נגד ניסיונותיהם של הנוצרים לכפות את דתם על היהודים באמצעות תעמולה וויכוחים פומביים. דוגמה לשימושו בפרשנות המקרא בוויכוחים דתיים הובאה בספר יוסף המקנא. הוויכוח התנהל סביב פרשת 'הנה ישכיל עבדי' (ישעיהו נב, יג), שהייתה מרכזית בפרשנות הנוצרית, כאשר "עבד ה'" המוזכר שם פורש על ידם כמדבר על ישו. בכור שור, לפי המסופר שם, תקף את עצם הפירוש בצורה ישירה:
וכבר בא משומד אחד שהיה אדוק ביותר, לפני הרב ר' יוסף בכור שור. אמר לו הרב בכור שור, שוטה! ישמעו אזניך מה שאתה מוציא מפיך: הנה ישכיל עבדי, ואם הוא אלוה, היאך קורא אותו עבד? מיד קרע אותו המשומד את בגדיו ונתפלש באפר וחזר בתשובה.
כפועל יוצא, רווחים אצלו פירושים "לתשובת המינים", אף יותר מפרשנים אחרים בסביבתו, ובצורה גלויה. כך, למשל, כתב על הפסוק "שִׂים נָא יָדְךָ תַּחַת יְרֵכִי" (בראשית כ"ד, ב), שפורש על ידי חז"ל וגם על ידי הנוצרים כמתייחס אל הישבעות על אבר הזכרות, כאשר הנוצרים פירשו זאת כרומז על המקום שממנו יצא ישו. הפולמוס אצלו כפול: מחד, הצעת שני פירושים אחרים על דרך הפשט, שמפקיעים את האפשרות לפירוש הנוצרי, וכן תקיפה של הפרשנות הכריסטולוגית כשלעצמה, "לשיטתם":
שים נא ידך תחת יריכי – רגילים היו לתת ידם תחת ירך בשעה שתוקעין אמונתם ונשבעין, כמו שאנו רגילין לתת איש ידו ביד רעהו; וגם יש לפרש שים נא ידך ואמונתך תחת רגלי, להיות משועבד לי... ולא שישים ידו שם ממש. והגדה, מפני שיש שם מצות מילה. והמינין אומרים: מפני שמשם יצא יש"ו תרפותם. ויש להשיבם: הלא לא הורה על ידי גבר; לדבריהם על רחמה של אשה היה להם לישבע.
לעיתים נדחק לפרש פירוש רחוק מן הפשט, עקב פרשנות כריסטולוגית קיימת לפסוק. כך, בנוגע לפסוק "שמע ישראל ה' אלהינו ה' אחד" (דברים ו', ד), שהנוצרים פירשוהו כמתייחס לאמונת השילוש (על שום הזכרת שלושת השמות בפסוק), פירש בכור שור:
שמע ישראל ה' אלהינו ה' אחד – אי אפשר בלא שלש הזכרות, מפני קטרוג של אומות העולם, שאם אמר 'שמע ישראל ה' אחד', היו אומרים כל אומה ואומה על תרפותו, על שלנו הוא אומר שהוא אחד. כשהוא אומר 'אלהינו', נודע שעל אלהי ישראל הוא מדבר, שהרי עמהם היה מדבר; ואם אמר 'ה' אלהינו אחד', היו אומרים, כן הוא אומר, שאלהי ישראל אחד מן האלהות, ויאמר כל אחד ואחד: וכן שלנו. וכן אם אמר, 'אלהינו ה' אחד', היו מפרשים 'ה' אלהינו ה' אחד מן האלהות'. וכל שכן אם אמר 'אלהינו אחד', אבל השתא (=עכשיו) על כרחם הכי קאמר (=כך אמר)... אדון שלנו אדון אחד, שאין באדונות אלא הוא... והבן בדברים ויתיישבו על הלב. ועל אילו התועים שאומרים שלש חלקים והם והם אחד, ולכך אמר שלש אזכרות וכללם כאחד, הרי תשובתו בצדו, 'ואהבת את ה' אלהיך, הרי שני הזכרות שאינם לא אחד ולא שלש. ואם כדבריהם, היה לומר בכל מקום או אחד או שלש, אם על מניין חלקים הוא מדבר... ולדבריהם לא צוה לאהוב, רק שני חלקים, ומסתמא אותו שנחלק מן האחרים ונכנס במקום הטנופת אין אוהבים אותו.
בדבריו של בכור שור יש לא רק הסבר מפולפל לשאלה מדוע יש שלוש אזכרות בפסוק, כי אם גם פולמוס שנון לתשובת המינים, כולל עקיצה לסיום. עקיצות מעין אלו אינן שייכות לפרשנות המקרא, אלא לתחום הפולמוס, שבו יש להן ערך רטורי רב, ונראה שבכור שור עשה בהן שימוש בוויכוחים, ובפירושיו רצה להנחיל אותן כאמצעי לעמוד בפני ויכוחים דומים.
מלבד פולמוס חזיתי וציוד הלומד באמצעים כנגד התועמלנים הנוצריים, רבים מפירושיו מהווים עימות שקט, כאשר במקומות שבהם הייתה פרשנות כריסטולוגית המנגחת את ישראל, פירש בכור שור בצורה שונה, ובכך השמיט את הקרקע מתחת טענות הנוצרים. כך, לדוגמה, פירש (בראשית ל"ז, כח) שהאחים שמכרו את יוסף שילמו לסוחרים כסף כדי שיקחו אותו. פירוש תמוה זה לא יכול להיות מובן אלא על רקע הפרשנות הכריסטולוגית לפרשה זו, שהקניטה את בני ישראל על חטאם במכירת יוסף. לכך מצטרפות פרשנויות אחרות המסנגרות על האבות, כדוגמת הפרשנות על חטא העגל ועוד (ראו לעיל, לימוד זכות על האבות).
מאפיינים נוספים שנמנו לעיל, ובהם נטייתו להנמקה הגיונית של המצוות, להרחקה מהגשמה ולצמצום הנסים, ניתן לקושרם לפולמוס האנטי-נוצרי. גם תקיפתו את הפירושים האלגוריים בפרשות ההלכתיות (ראו להלן, פולמוס נגד המפרשים כנגד חז"ל בהלכה) מצטרפת למגמה האנטי-נוצרית בפירושיו.
עם כל זאת יצוין, כי באשר לצדדים הייחודיים של פירושו, ובעיקר בנוגע לפרשנות הפסיכולוגית והמציאותית, הרי שלהם אין קשר הדוק לפולמוס היהודי-נוצרי.

שבעים פנים לתורה

מבחינה של פירושיו של בכור שור, עולה כי בדומה לפשטנים אחרים בזמנו ומקומו, הוא מכיר בלגיטימיותם של כמה פירושים מקבילים, ובכמה רבדים שונים. כך, פעמים רבות הוא מביא את פירושו בפשט לצד פירושם של חז"ל, ואף במקומות שהדברים נוגעים לנושאים תאולוגיים מהותיים ולהלכה, כאשר אמר במפורש ש'אין להשיב על דבריהם' ושפירושם הוא 'אמת', לא נמנע מלהציג את פירושו הפשטי (וראו להלן, בפרק על יחסו לדרשות חז"ל). הביטוי "שבעים פנים לתורה" אף מוזכר אצלו במפורש:
ומדרש אגדה כמו שפירש רש"י... ובע' פנים התורה נדרשת, ואני פירשתי אחר לשון המקרא העברי.
ריבוי רבדים מתבטא גם ביחסו לרמזים וגימטריות, שאין הוא מתנזר מהם לחלוטין. כך, למשל, כאשר הביא גימטריה של המילים "לֶךְ לְךָ" (בראשית י"ב, א), חזר ואמר 'ולפי הפשט תיקון לשון בעלמא...'. גימטריה מצויה אצלו גם בחישובו את הקץ (דברים כ"ח, סג; ל"א, יח).
כיוצא בזה גם בריבוי הסברים ברובד הפשט גופו. עתים הוא אומר זאת גם על שני פירושים שונים שהביא "ונראה דאיתא להא ואיתא להא" (=ששניהם נכונים; בראשית י"ג, ד). פעמים רבות הוא גם אומר בסתם 'וגם יש לפרש', 'אי נמי', וכיוצא בזה, על אף שמכאן אין ראיה מחייבת, שהרי ייתכן שלדעתו רק פירוש אחד הוא הנכון, ואין הוא יודע להכריע ביניהם.

סגנונו

בכור שור כתב בעברית חיה, המתובלת בלשון תלמודית-ארמית. סגנונו הוא דיאלקטי לעיתים, כדרכם של בעלי התוספות: רווחים אצלו ביטויים כגון "ואם תאמר", "והכי קאמר", "ויש לומר". הוא מרבה לשלב בלשונו חלקי פסוקים ולשונות מקראיים, וכן לבנות לעיתים את פירושו בתוך דברי הפסוק. בכור שור נהג גם לכלול כללים, שיבארו כמה מקומות בכתובים, ואף בזאת קדמו ר"י קרא.
לעיתים כולל פירושו משא ומתן ארוך בסגנון בעלי התוספות, עם קושיות ותירוצים; בעיקר אמור הדבר בנוגע לפירושים הנוגעים לפן ההלכתי.
כן נוהג בכור שור לפעמים להשתמש בדרך ביאור פראפראסטית, המשכתבת פרשה שלמה במילותיו הוא, בלשון בהירה וצחה, כדי לבאר את סדרה ועניינה לדעתו. דוגמה לדבר ניתן למצוא בביאור פיתוי הנחש את האישה בחטא עץ הדעת (בראשית ג', א-ו); ראו במדגם הפירושים הנבחרים.
מאפיין נוסף של בכור שור, שהיה מקובל בקרב פשטני ימי הביניים, הוא השימוש בלעזים להבהרת דבריו; לעיתים הוא עושה זאת אף בתרגום משפט שלם, או כדי להבהיר פרט בריאליה.
את חותמו כפייטן (ראו להלן) הותיר בכור שור גם על פירושו, כאשר שילב בין הפרשות (בעיקר בחומשים בראשית ושמות) חרוזים אחדים. בחרוזים ישנו לרוב שילוב בין בקשה לגאולת עם ישראל ושאיפה לנקמה בגויים, מוטיב אשר חוזר גם בפיוטיו הרגילים. לא ברור מדוע הפסיק עם חרוזים אלו כמעט כליל בחומשים ויקרא-דברים. יצוין, כי שילוב חרוזים בין הפרשות מצוי גם אצל פרשנים-משוררים נוספים, כדוגמת ראב"ע.

יחסו לדרשות חז"ל

יחסו של בכור שור לדרשות חז"ל היה מורכב. מחד, העריץ את חז"ל, ואמר עליהם ש"אין להשיב על דברי רבותינו, שאף הם כמלאכים לדעת אשר בארץ" (פירושו על בראשית י"ח, ב). פעמים רבות הביא פירושים הנסמכים על דברי חז"ל (ובפרט בפרשות הלכתיות). מאידך, פעמים רבות חלק על פירושם של חז"ל, לרוב באמצעות מטבע הלשון "ועל דרך הפשט". נראה, כי בדומה לפרשני פשט רבים מימי הביניים (ובפרט רשב"ם) ראה מקום לפירושים ברבדים שונים לאותו פסוק. הוא העניק קדימה לפירושי חז"ל, אך לא מחק את פירושו "על דרך הפשט" מפני פירושם. נראה כי נטה לקבל את דברי חז"ל ככל שיכול לתמכם בפשט, אך כאשר לא יכול לעשות זאת הציע את פירושו שלו, "על דרך הפשט".

יחסו לדרשות חז"ל באגדה

בפרשנות האגדה, לרוב היה בכור שור חופשי יותר לחלוק על פירושי חז"ל. זאת עשה כמיטב מסורתם של ר"י קרא ושל רשב"ם, שהצהירו שעל אף שדבריהם של חז"ל נכונים ואמיתיים בתחום הדרש, הרי שיש מה לחדש בתחום הפשט. כך, ניתן לראות זאת בפסוק "ואני נתתי לך שכם אחד על אחיך, אשר לקחתי מיד האמורי בחרבי ובקשתי". את המילים "בחרבי ובקשתי" פירשו חז"ל "בתפילתי ובבקשתי", או "במצוות ובמעשים טובים", ואילו בכור שור כתב:
אין מקרא יוצא מידי פשוטו, כי בוודאי במלחמה לקחו, אבל לא נודע היכן...
עם זאת, גם בתחום זה לא חלק בקלות על חז"ל, מתוקף סמכותם הגדולה בעיניו. כך כתב על האנשים שנגלו לאברהם (בראשית י"ח, ב):
וירא והנה שלשה אנשים – לפי הפשט אנשים ממש... אך אין להשיב על דברי רבותינו, שאף הם כמלאכים לדעת אשר בארץ.

יחסו לדרשות חז"ל בהלכה

יחסו של בכור שור לדרשות חז"ל הנוגעות להלכה היה מורכב ועל כן ניתנו תיאורים שונים ליחס זה. בשנת 1896 כתב ד"ר יצחק שלמה פוכס: "לההלכה ישים אך לב בהמקומות שלא תתנגד לביאור הפשוט, ואיננו ירא לנטות ממנה כאשר תעמוד לשטן על דרך פירושיו". אחרים טענו שדרכו הרגילה של בכור שור היא להסתמך על חז"ל, ולהביא להם, עד כמה שיכול, תימוכין בפשט.

פולמוס נגד המפרשים כנגד חז"ל בהלכה

הריב"ש יצא בחריפות נגד החולקים על פירושי חז"ל בהלכה. למשל, בדין מצוות כיסוי הדם (ויקרא י"ז, יא):
...והכופרים שאומרים אין כיסוי הדם מצווה, ראוי להפשיט עורם מעליהם, והוא הוא המגלה פנים בתורה שלא כהלכה. יש מהם אומרים, אם צריך לנקות חצרו יכסהו בעפר – וכי הכתוב מלמדם לנקות חצירות? ומי לימדם לנקות רפת בקר שלהם וגללי צאת אדם? יקחו אותם בידיהם ויוציאום לחוץ, כי דבריהם דברי צדוקים. ויש מהם אומרים, לפי שאמר למעלה שיש עונש בדם המוקדשין אם לא יביאנו לאהל מועד, אמר בזה שאין בהם עונש... ודבריהם חולין אפילו להזכיר וספריהם ראויין לישרף.
בחריפות דומה יצא נגד הפירוש על הפסוקים "וקשרתם לאות על ידיך... וכתבתם על מזוזות ביתך", שאינם מדברים על תפילין ומזוזה כפירוש חז"ל וכהלכה, אלא על דרך משל, שיהיו דברי התורה כמין קמע (דברים ו', ט):
וכתבתם על מזוזות ביתך – כדי שתזכור בשעת יציאה וביאה. והמפרשים שזה כמו 'שימני כחותם על לבך כחותם על זרועך', ואינו מדבר בתפילין ומזוזות, טועים ומשבשים ומראים פנים בתורה שלא כהלכה, ולא שמו לב מה שאומר הקב"ה אל משה 'פה אל פה אדבר בו, ומראה ולא בחידות', ולפי דבריהם אילו חידות הם, ומה טעם לא נתנו לב על רבותינו, שהיו יודעים לטהר את השרץ מן התורה, ומעולם לא תמצא אחד מהם שחיסר מצווה מן התורה, ולא נחלקו, רק בדקדוקי המצוות וגזירותם, אבל לעקור גוף מצווה לא תמצא מחלוקת, והם מחסרים בפשטיהם, שרא להו מרייהו (=ימחל להם ריבונם)! ועל כיוצא בהם אמרו רבותינו, פושעי ישראל - קרקפתא דלא מנח תפילין (=ראש שלא מניח תפילין)...
שצף-קצף זה כנגד המפרשים את המצווה שלא כחז"ל, קיים גם בפירוש ראב"ע לתורה, בנושא זה. ייתכן שכיוונו לרשב"ם, שפירש (שמות י"ג, ט) את הפסוקים כמשל, אך לא נראה שעיקר חצי הביקורת של הריב"ש מופנים אליו; שהרי רשב"ם ודאי לא הפקיע למעשה את מצוות תפילין ומזוזות, והיה פרשן תלמודי לא פחות מאשר פשטן מקראי. רשב"ם אף מעלה על נס את הדרשות מעל תפקידו של הפשט, בהקדמתו המתודולוגית המפורסמת בתחילת פרשת וישב. נראה שבימיו של הריב"ש היה זלזול במצוות תפילין ומזוזות באזור צרפת, ייתכן עקב השפעת הפרשנות הנוצרית האלגורית לכתובים, ולכן ראה הריב"ש עצמו מחויב לעמוד בפרץ אל מול תופעה זו; דבר זה משתלב יפה עם היותו מראשי המדברים בפולמוס היהודי-נוצרי.

פירושים של בכור שור עצמו שלא כפי המסורת ההלכתית של חז"ל

עם זאת, לעיתים חלק במישור הפשט גם על דעת חז"ל (אם כי ייתכן שמצא דעת יחיד בחז"ל כדבריו). כך, לדוגמה, בפרשת עבד עברי, היוצא לחפשי "בשביעית" (שמות כ"א, ב), כתב:
בשביעית שאינו חורש וזורע וקוצר ובוצר, אינו צריך עבודה כל כך.
פרשנות זו מתייחסת למילה "שביעית" כאילו היא מתייחסת לשנת השמיטה, אשר בה אין עובדים בשדה, ובניגוד לפרשנות המקובלת בחז"ל, שלפיה מדובר בשנה השביעית לעבודתו של העבד. עם זאת, מצינו בכמה מקומות בודדים התייחסות מעין זו ל"שביעית" בהקשר של עבד עברי לשנת השמיטה (ראו התרגום המיוחס ליונתן על שמות כ"א, ז, וכן ירושלמי קידושין פ"א ה"ה, שם ניתן אולי למצוא רמז לכך).
גם במקרים שבהם סבר שבמישור הפשט יש מקום לפרשנות אחרת מדברי חז"ל, הרי שלעיתים דחה פרשנות זו, מכוח היותם של חז"ל מעבירים את מסורת הפרשנות האמיתית. כך כתב על הציווי ללוויים לגלח את כל שערם (במדבר ח', ז):
והעבירו תער – לפי הפשט נראה לתקן עצמן ולייפות את עצמן לבא לפני המלך, להבדיל כמו 'ויגלח ויחלף שמלותיו ויבא אל פרעה' (בראשית מ"א, יד). אבל אין להעמידו, כי גזירה שווה היא מנזיר שיגלחו כל שיער שעליהם כדלעת, וגזירה שווה ניתנה בסיני, ולהעביר כל צחנה מהם נצטוו על כך.
מקרה מעניין הוא בפסוק "ראשית בכורי אדמתך תביא בית ה' אלהיך, לא תבשל גדי בחלב אמו" (שמות כ"ג, יט), שסופו נדרש על ידי חז"ל כאיסור אכילת בשר בחלב. בכור שור פירש אחרת לגמרי:
לפי הפשט, 'בישול' לשון גידול וגמר, כמו 'הבשילו אשכלותיה ענבים'. והכי קאמר (=וכך אמר): לא תניחנו לגדל ולגמול בחלב אמו, שתאחרנו עד שתגדלנו האם בחלבה, אלא בראשית תביאנו, דומיית תחילת הפסוק, שאמר 'ראשית בכורי אדמתך'.
פירוש זה מפתיע, בפרט על רקע פירושו של ראב"ע במקום, היוצא נמרצות נגד פירוש כזה, שהיה שגור בפי הקראים. ונראה כי במקום זה לא נמנע בכור שור לפרש אחרת מחז"ל, כיון שישנם עוד מופעים של המצווה, ואם יופקע מקום אחד לטובת הפשט וההקשר, לא יופקע האיסור בכללותו. יצוין שבהמשך לפירוש זה יש פירוש המחזיר את הפסוק לדברי חז"ל, אם כי לא ברור אם הוא משל בכור שור או משל מעתיק מאוחר:
והאמת כי אסר בשר לבשל בחלב, כי החלב שגדלו וחי ממנו, איך תבשלו בו, דומיא ד'אותו ואת בנו' ו'לא תקח האם על הבנים'. וגדי לאו דווקא, אלא לפי שהעז יש לה רוב חלב והגדי דק וקטן, ששנים ושלשה יולדות בכרס, ויכול לבשלה בחלבה, והוא הדין לכל בהמה חיה ועוף...
בהמשך שם מופיעים עוד שני משפטים, המסיימים במילה 'הגה"ה'. אך נראה (שלא כמהדיר הפירוש במהדורת מוסד הרב קוק, י' נבו) כי הקטע המצוטט לעיל הוא של בכור שור עצמו, על פי סגנונו, וכן על פי ההקשר ('לפי הפשט' לעומת 'והאמת' – כפי שנהג בנוגע לגילוח הלויים). ואם אכן כך הדברים, הרי ששוב הדגיש את עליונות פירוש חז"ל ('האמת') על 'הפשט'. ואכן, כך שיער גם ש' ברוכי (במאמרו במגדים מ', עמ' 91).

יחסו לפרשנים קודמים

בכור שור אינו מרבה לציין את מקורותיו, אף כי הוא מזכיר כמה חכמים בחיבורו. מלבד חז"ל, שכאמור, פירושים רבים אצלו נכתבו תוך השפעה של דרשותיהם וביאוריהם (עתים תוך הסכמה ועתים תוך דחייתם מהפשט), נזכרו בשמותם: רש"י (המוזכר אף הוא רבות), ר' יוסף קרא, רשב"ם, ר' עובדיה (הוא ר' עובדיה בר' שמואל הספרדי), ר'שלמה פרחון, ר' יהודה חיוג', מנחם בן סרוק, ר' אברהם בר חייא מברצלונה, ר' אליעזר ממגנצא (הוא ר' אליעזר בן נתן ממגנצא, או ר' אליעזר מבלגנצי). פירושים רבים שלו דומים לפירושי של ראב"ע, אך אין לדעת אם הכיר את פירושיו.

יחסו לפירוש רש"י

פירושי רש"י מובאים לרוב אצל בכור שור, בציון שמו או בסתם. לדעת נבו (שם, עמ' 12), לרוב לא רואה בכור שור צורך להזכיר את שמו של רש"י, מאחר שכמו שאר פרשני צפון צרפת, גדל על פירושיו והם נהפכו לחלק טבעי מהסתכלותו הפרשנית. כאשר הוא אכן מציין את שמו של רש"י, לעיתים הדבר בא כדי למצוא לו סיוע בפירוש המנוגד לדעתם של חז"ל.
לא תמיד מסכים בכור שור עם פירושי רש"י שהוא מביא; לעיתים הוא דוחה אותם בצורה מנומקת או רק מביע הסתייגות. לדעת נבו (שם), עצם הציטוט מדברי רש"י מחזק את הסברה שאין הוא דוחה את דבריו אלא רק מציע פירוש מסתבר יותר. כאשר בכור שור דוחה את דברי רש"י, לרוב הוא רואה צורך לעצמו להסביר ולנמק מדוע אין הוא מקבל אותם.

יחסו לפירוש רשב"ם

על אף שהוא מזכיר את רשב"ם בשמו רק פעמיים, הרי שזיקתו של בכור שור לרשב"ם היא גדולה, ופירושים רבים מזכירים את פירושיו; גם כללים רבים שטבע רשב"ם מוזכרים אצל בכור שור בסתם. לעיתים הוא דוחה את דבריו, ללא הזכרת שמו, אף בביטויים קשים, כגון "והוא בדאות בעיני" (בראשית כ"ה, לד; וכיוצא בזה שם ל"ז, כח), או אף במתקפה חריפה על פירוש אלגורי למצוות, המצוי גם אצל רשב"ם (ראו לעיל, בסעיף פולמוס נגד המפרשים כנגד חז"ל בהלכה).

יחסו לראב"ע

לא ידוע האם הכיר בכור שור את ראב"ע, על אף שהלה קיים קשרים עם פרשני צרפת, ואף התגורר זמן מה בעיר רואן שבצפון צרפת. שמו של ראב"ע אינו מוזכר בפירושי בכור שור, אך פירושים רבים שלו דומים לפירושי ראב"ע. עם זאת, אין בכך הוכחה מוחלטת, שכן מסתבר הדבר שפרשנים המנסים לכוון אל הפשט, בפרט כאשר הם חיים באותה תקופה ובאותו אזור, יכוונו אל אותו פירוש.

השפעתו על פרשנים מאוחרים

בכור שור היה נודע מאוד בתקופתו, והשפיע לא מעט על פירושים שנכתבו באזור צרפת לאחר זמנו. בקובצי בעלי התוספות לתורה, ובספרי מאסף כגון "הדר זקנים", "מנחת יהודה" ועוד, מופיעים פירושים רבים משלו. גם הפרשן הנודע חזקוני, שפירושו מהווה אוסף אקלקטי של מיטב פשטני ימי הביניים, מביא לא מעט מפירושיו של בכור שור, ואולי אף יותר מכל פרשן אחר שהביא. פירושיו של בכור שור הוזכרו גם בספרות התוספות, וכן בספרות הפוסקים, כגון בספר אור זרוע (ח"א ד ע"א), ובמרדכי (שבועות סוף פרק ג). 
החכם בן המאה ה-15 רבי משה אבן דאנון, הזכיר בחרוז שלו שני פרשנים יוצאי צרפת, שרק אותם הוא מעריך. וכך פייט:
כל הצרפתה השלך לאשפתא חוץ מפרשנדתא ובן פורתא.
לצד הרמז לרש"י ("פרשנדתא"), מופיע גם כינוי לחכם שאותו הוא מכנה "בן פורתא"; אם אכן הכוונה לר' יוסף בכור שור (ועל כך חלוקות הדעות), הרי שיש בכך כדי להצביע על השפעתו הניכרת של ר' יוסף בכור שור גם לדורות רבים אחר כך, ולכבוד גדול שלו הוא זכה, בהיותו מועמד לצד רש"י, בתור שני הפרשנים הצרפתים היחידים המוערכים על ידו. 
השפעתו כפולמוסן אנטי-נוצרי הייתה מכרעת אף היא. ספרי פולמוס שחוברו לאחר זמנו, כגון הספר 'יוסף המקנא', הביאו טיעונים רבים בשמו, וייתכן שעצם פעולתו הפולמוסית השפיעה על חיבור ספרים אלו.
עם זאת, במהלך השנים הוא הלך ונשכח, ועדות לכך מהווה גם עצם העובדה שאך כתב יד יחיד של פירושו נשתמר. רבים מחידושיו הפרשניים מיוחסים בטעות לחזקוני, אשר כאמור נטל אותם ממנו; אלא שגורלו של החזקוני שפר עליו בזמננו, כאשר נדפס על הדף במהדורה הפופולרית של מקראות גדולות לתורה של מוסד הרב קוק - תורת חיים, ובכור שור לא זכה להימנות על הפרשנים המובאים שם. רק בשנים האחרונות הייתה עדנה מחודשת לבכור שור, כאשר הודפס במהדורת מקראות גדולות הכתר של אוניברסיטת בר-אילן (ראו להלן). ועם זאת, עדיין אין פרשן זה מוכר היטב בקרב ציבור לומדי התורה.

מקומות שבהם נשתמרו פירושיו

מלבד פירושו לתורה שבידינו, נשתמרו פירושים נוספים של בכור שור, בעיקר בקובצי פירוש של בעלי התוספות לתורה ובספרי מאסף נוספים, כגון "מושב זקנים", "דעת זקנים" "הדר זקנים", "פענח רזא", "מנחת יהודה", בפירושי חזקוני, ועוד. כן מופיעים פירושים בשמו בתוספות על הגמרא. בחלק מן המקומות הפירושים מקבילים למופיע לפנינו, ובחלקם מובאים פירושים שאינם כתובים בפירוש לתורה שבידינו. בקבצים אלה מופיעים לפעמים גם ייחוסים מוטעים, ועל כן יש להשתמש בהם בזהירות.
באחד הקבצים מובא קטע מפירוש שכתב לתהילים, ובו פרשנות אנטי-נוצרית. פירוש זה לא הגיע לידינו.
הפירוש לתורה שכתב בכור שור נשתמר בכתב יד יחיד בעולם (כת"י מינכן 52; אמנם ישנם עוד שני כתבי יד של פירושים המייחסים עצמם לבכור שור, אך מקובל שאין הם שלו). כתב יד זה משנת ה'ש"ט (1549) הועתק מאות שנים לאחר שנכתב הפירוש, ויש בו (מעצם היותו כתב יד יחיד) בעיות ייחודיות המקשות על זיהוי דבריו המדויקים של בכור שור.

ה"הגהות" בפירושו לתורה

בכתב היד שלפנינו, מופיעה פעמים רבות המילה 'הגה"ה', אשר ההנחה היא שהיא מציינת את סופן של הערות שהוספו לפירוש. לא ברור האם הערות אלו הן של בכור שור עצמו או של מעתיק קדמון, או שחלקם כאלו וחלקם כאלו. בהיעדר סימון ברור של תחילת ההערות, לא תמיד ברור היכן הן מתחילות. לעיתים אף יש ספק אם המילה 'הגה"ה' מסמנת את תחילת התוספת או את סופה. כך ישנם קטעים שלמים בפירוש אשר זיהוים מסופק, האם הם של בכור שור או של מעתיק אלמוני. בנוסף, מופיע בפירוש לעיתים המילה 'מצאתי' שגם לגביו נטען שייתכן שהוא מציין תוספות מאוחרות. 
מהדורות שונות התמודדו בדרכים שונות עם ההגהות. חלק מהמהדורות סימנו את ההגהות בסוגריים, חלקם הסירו אותם מהטקסט, וחלקם השאירו אותם בטקסט.

מהדורות מודפסות של פירושו לתורה

לפירושו של בכור שור לתורה יצאו כמה מהדורות מודפסות, שהתבססו על כתב היד היחיד הקיים. 
בתחילה נדפסו חלקים של הפירוש על ידי מהדירים שונים בתקופות שונות. חלק ראשון הודפס בשנת 1856, בתקופה בה החלו לצאת לאור פירושים מכתבי יד, על ידי אהרן ילינק. חלק זה כלל את הפירוש על בראשית ושמות. בהמשך יצאו לאור דברים ל"ב-ל"ד - על ידי ג' ולטר (ברסלאו 1890), במדבר א'-ט"ו - על ידי י' נוימן (ברסלאו 1900), דברים א'-י"ב - א' צוויג (MGWJ 57, 1913), ויקרא - מ' הלוי (הצופה לחכמת ישראל ח', 1924), ובמדבר ט"ז-ל"ב - מ"א במברגר (הצופה לחכמת ישראל יא, 1927). כל אלה כונסו יחד במהדורת צילום בהוצאת 'מקור' תשל"ח (1978).
מהדורה נוספת נדפסה בידי הרב ח"י איסר גד, בשנים תשט"ז-תש"ך (1956-1960), ובה הושלם גם החלק של ספר דברים שלא הודפס עד אז. מהדורה משוכללת ומוערת נדפסה בשנת תשנ"ד (1994) בידי יהושפט נבו, בהוצאת מוסד הרב קוק. 
מהדורה מדעית מודפסת של הפרוש על כל התורה יצאה במסגרת מפעל מקראות גדולות הכתר, המהדיר והעורך המדעי: מנחם כהן, בהוצאת אונ' בר-אילן. כמו כן הפרוש נמצא גם במהדורה המקוונת של מקראות גדולות הכתר.

דרכן של המהדורות השונות ביחס להגהות בפירוש

סקירה מקיפה על דרכן של המהדורות בנוגע להגהות בפירוש בכור שור, הובאה על ידי ש' ברוכי במאמרו במגדים. א' ילינק נקט בדרך לא-אחידה. לעיתים כתב בסוגריים את כל ההגהה (לפי דעתו), ולעיתים רק את המילה 'הגה"ה' (או אף אותה לא). מ' הלוי לא ציין את תחילתה של ההגהה לדעתו. מ"א ברגר לא סימן את ההגהות בגוף הפירוש, אך לרוב ציין בהערות את דעתו בנוגע לגבולות ההגהה. אצל נוימן, צוויג ו-ולטר אין הגהות רבות ועל כן קשה למצוא שיטה אחידה, וכן אמורים הדברים לגבי מהדורת גד (שלרוב הלך בעקבות קודמיו). לעומת כל אלה, נקט נבו בדרך אחרת: לרוב הפריד בין ההגהות (לפי דעתו בתיחומן) לגוף הטקסט, והכניסן להערות; עם זאת, לא עשה זאת תמיד, בפרט במקרים בהם היה מסופק בגבולותיהן של ההגהות. במהדורת מקראות גדולות הכתר לא קיבלו את חידושו של נבו וציינו רק את המילה 'הגה"ה' בסוף הפירוש, ובכך הותירו לקורא לבחור את גבולות ההגהה בעצמו.
על דרכו של נבו, להפריד את ההגהות מן הטקסט, מתח ש' ברוכי ביקורת, מכמה טעמים: ראשית, ייתכן שחלק מההגהות הן של המחבר; הורדתן לחלק ההערות כמוה כקביעה מוחלטת שאין הן שלו. שנית, גבולות ההגהה אינם ברורים תמיד, וחילוק בין גוף הפירוש להערות קובע מסמרות בצורה מטעה. שלישית, ייתכן שהמילה הגה"ה מתייחסת דווקא לנאמר בהמשך, וכך 'מקצץ' המהדיר פירוש שהוא במובהק של המחבר. ברוכי הציע, מצדו, דרך אחרת לההדרת פירוש בכור שור, על ידי הבדלה גרפית בין הפירוש להגהות (הדפסת ההגהות באות קטנה יותר), והערה על השיקולים בקביעת תיחומן של ההגהות במדור ההערות.

דרכו כפרשן התלמוד

רבנו יוסף בכור שור נחשב גם כפרשן תלמוד חשוב, ושמו נזכר בתוספות לש"ס כמה פעמים. כן נזכר בספרות הפוסקים. שמו נזכר גם, כאמור, בכמה שאלות שהפנה אל רבנו תם ושהובאו ב'ספר הישר'. עם זאת, עיקר פועלו היה בתחום המקרא, ומההבאות הספורות שלו בתחום התלמוד אין לעמוד על שיטה כלשהי בצורה ברורה.

בכור שור כפייטן

בכור שור כתב כמה פיוטים וסליחות, וכאמור אף שילב חרוזים בין הפרשות בפירושו לתורה. על דרכו כפייטן כתב א"א אורבך (בעלי התוספות, עמ' 140):
ר' יוסף מאורליאנש כתב גם פיוטים בסגנונם של פייטני אשכנז וצרפת הצפונית. ארבע מסליחותיו ועקדה אחת נדפסו בימינו (על ידי א"מ הברמן ב'תרביץ' שנה ט, עמ' 323 ואילך), ופיוט אחד שנמצא בו הסימן 'יוסף בכור שור' נשאר בכתב יד. כשם שבפירושיו נשמע הד לוויכוח עם מינים ונוצרים, כך גם משתקפות בפיוטיו הצרות שפגעו בבני דורו, והן אשר חיבלו את רוחו והורידו פלגי מים מעיניו. גדולה שנאתו ללוחצי עמו, לזדים המכים ומורטים בדומה לפריץ חיות. ותפילתו אחת שהיא שתיים: 'שבור זרוע רשע אף קדקוד'.
בין סליחותיו הוא הפיוט אדון מועד כתקח (המוכר גם כפיוט "מרובים צרכי עמך", לפי הפתיח של חציו השני של הפיוט, שנאמר בהזדמנויות שונות כפיוט נפרד), שבו אין קריאות נקמה כנגד האומות הצרות לישראל. בסוף סליחה זו חתום באקרוסטיכון "יוסף בר יצחק", הוא ר' יוסף מאורליאנס, שכאמור זהה כנראה לר' יוסף בכור שור. הפיוט נאמר בכמה קהילות בתפילת נעילה שביום הכיפורים וכן בסליחות לערב ראש השנה.