נגיף DNA

קבוצה 1 - נגיפי DNA חד-גדילי

הסידור הגנטי בקבוצה זו הוא מגוון ביותר. לחלק יש גנום מעגלי (Baculoviridae, Papovaviridae וPolydnaviridae) בעוד שלאחרים הגנום ליניארי (adenoviridae, Herpesviridae).
נגיף DNA שהדביק ארכאון תואר לראשונה ב-1974. מספר נגיפים נוספים תוארו מאז: רובם בעלי צורת ראש-זנב ובעלי סליל דו-גדילי ליניארי. כמו כן, תוארו נוספים בעלי מאפיינים שונים - עגולים, בצורת מוט, ועוד.
סדרים בקבוצה זו מפורשים על בסיס המורפולוגיה של הנגיף יותר מאשר על צירוף ה-DNA. סביר להניח שהמורפולוגיה של הנגיף משתמרת טוב יותר מאשר רצף הגנים או הסידור הגנטי, שהוא מגוון למדי. שלושה סדרים ו-31 משפחות כבר התגלו. סדר רביעי - מגאויראלי - הוצע עבור נגיפי DNA נוקלאיטוציטופלסמים. ארבעה סוגים נוספים מוכרים אשר עדיין לא שויכו לאף משפחה. הנגיף "סולפולובוס" שונה מאוד מכל שאר הנגיפים המתוארים, ולכן כנראה ישויך למשפחה חדשה בקרוב.
15 משפחות מתפתחות. אלו כוללות את 3 המשפחות המוכרות ואת המשפחות הבאות: Ascoviridae, Ampullaviridae, Asfarviridae, Baculoviridae, Fuselloviridae, Globuloviridae, Guttaviridae, Hytrosaviridae, Iridoviridae, Lipothrixviridae, Nimaviridae and Poxviridae.
לבקטריופאג'ים (נגיפים התוקפים חיידקים) השייכים למשפחות "טקטיביריד" ו"קורטיקובירד" ישנה מעטפת שומן סביב קופסית החלבון וכן סביב הגן עצמו. הגנום בקבוצה זו הוא רחב ביותר, בערך בין 10 קילו-בסיסים ליותר מ-2.5 מגה-בסיסים. הבקטריופאג' הגדול ביותר נודע בשם "קלבסילה פאג'", אשר לו 346 קילו-בסיסים.

קבוצה 2 - נגיפי DNA דו-גדילי

על אף שבקטריופאג'ים תוארו לראשונה ב-1927, רק ב-1959 התגלה ה-DNA הבודד. למרות גילוי זה, עד לאחרונה, היה נהוג לחשוב כי רוב נגיפי ה-DNA שייכים לסוג הדו-גדילי. מחקרים עדכניים הצביעו על כך שייתכן שהנחה זו אינה נכונה, ואף כי סלילי DNA חד-גדיליים קיימים ברוב הנגיפים שנמצאו במי ים, מים מתוקים, משקעים, אדמה ועוד.
רבים מהנגיפים ה"סביבתיים" הללו, שייכים למשפחה "מיקרובירד". בכל אופן, הרוב המוחלט עדיין לא סווג לקבוצות קטנות יותר. כיוון שרוב הנגיפים הללו אינם קשורים (או קשורים חלקית) לנגיפים מוכרים נוספים - סווג חדש יווצר עבורם.

סיווג

הוצעה בעבר חלוקה של סלילי ה-DNA החד-גדילי ל-4 סוגים. חלוקה זו משקפת את היחסים הפילוגנטים שלהם. גנים מסוג 1 מאופיינים בגן DNA קטן ועגול. סוג 2 מאופיינים במאפיינים ייחודיים של 2 מסגרות קריאה נבדלות. גנים מסוג 3 כוללים 2 מסגרות קריאה עיקריות באותו הכיוון.  לגנים מסוג 4 יש את הגנום הגדול ביותר - כמעט 4 קילו-בסיסים, עם יותר מ-8 מסגרות קריאה. סוג זה של גנום נמצא ב"אינוביריד" וב"מיקרוביראד".

מגוון המארחים

למשפחות "בידנבירד" ו"פרבובירד" יש גנים ליניארים בעוד שלמשפחות האחרות של גנים עגולים. למשפחת ה"בידנביראד" יש גן בעל 2 חלקים והוא תוקף את חסרי החוליות. ה"אינובירד" וה"מיקרוביראד" הם נגיפים מזהמים.

נגיפי DNA לוויניים

נגיפים קטנים עם RNA או DNA בתור החומר הגנטי שלהם הדורש מנגיף נוסף להשתכפל. קיימים שני סוגי נגיפי DNA לוויניים: "אלפא" ו"בטא". נגיפי הלווין אינם מסווגים לקבוצות קטנות יותר.

הקדמה

יחסים פילוגנטים בין המשפחות הללו קשים להגדרה. הגנום משתנה באופן משמעותי בסדר ובארגון. רוב המחקרים שניסו להוכיח את מערכות היחסים הללו מבוססים על חלבוני DNA או על מאפייני מבנה נפוצים. באופן כללי, רוב מערכות היחסים המוצעות הן ניסיוניות.

נגיפי DNA דו-גדילי

נגיף ההרפס ו-caudoviruses
בעוד שקשה לקבוע את היחס הפילוגנטי בין מגוון קבוצות הנגיפים, במספר מאפיינים נראה כי נגיף ההרפס וcaudoviruses קשורים זה לזה. 
בעוד ש-3 המשפחות הקשורות להרפס הויראלי קשורות זה לזה באופן ברור (במובנים מורפולוגים), הוכח כי קשה לקבוע את השוני ביניהן בעקבות העדר שימור גנים. במאפיינים מורפולוגים נראה כי הם קשורים לבאקטריופאג'ים - במיוחד ל-Caudoviruses.