שוברים שתיקה

הקמה ופעילות

הפעילות הציבורית של הארגון החלה ביוני 2004, אז ארגן יהודה שאול, חייל צה"ל משוחרר, שבין השאר שירת בחברון במסגרת גדוד 50 של חטיבת הנח"ל, תערוכת צילומים ומוצגים בשם "לוחמים מספרים על חברון" במכללת תל אביב. התערוכה תיעדה ותיארה את פעילותם של שאול וחבריו בעת שירותם בחברון. הפרקליט הצבאי הראשי, האלוף מנחם פינקלשטיין הורה לפתוח בחקירה, בעקבות העדויות שהוצגו בתערוכה. חוקרי מצ"ח החרימו חלק מהמוצגים בתערוכה וזימנו לחקירה ארבעה ממארגניה.
הקולנוען אבי מוגרבי יצר את סרטו "Z32" בעקבות עדות שגבה הארגון על אירוע שבו כוח צה"ל הרג שוטרים פלסטינים כנקמה על פיגוע שבו נהרגו שישה חיילי צה"ל במחסום עין עריק. הסרט נקרא על שם המספר הסידורי של המעיד האלמוני ברישומי הארגון.
הארגון פועל בישראל ומחוץ לה. הוא משתתף בכנסים, מעביר הרצאות באוניברסיטאות ובמוסדות אחרים ומפרסם מידע בכלי תקשורת.
מנכ"לית הארגון הייתה יולי נובק. ביולי 2017 החליף אותה אבנר גבריהו, שהועסק עד אז כדובר ומנהל המחלקה הציבורית.
לציון עשור לאינתיפאדה השנייה הוציא הארגון ספר "כיבוש השטחים" שמציג את שיטות הפעולה של כוחות הביטחון על פי עדויות שאסף.
בשנת 2016 הובאו נתונים שלפיהם בשלוש השנים הקודמות השתתפו בסיורים ובהרצאות של הארגון 16,000 ישראלים, 5,000 יהודים מחו"ל ו-6,000 בני אדם שאינם ישראלים ואינם יהודים, כלומר כ-40% מהמשתתפים בפעילויות לא היו ישראלים, וכ-22% גם לא יהודים.

סיורים בחברון

להמחשת עדויותיו על הנעשה בחברון מקיים הארגון סיורים בעיר. חלק מהסיורים ביישוב היהודי בחברון נערכו במשותף עם אנשי ציונות דתית ריאלית. במקרים אחדים נעצרו הסיורים והותקפו על ידי פעילי ימין ותושבי היישוב היהודי בחברון שמנעו בגופם את מעבר הסיורים והתעמתו עם משתתפי הסיורים, בטענה שלא מדובר בסיורים לימודיים אלא בפרובוקציה וניסיון להתסיס את תושבי העיר הערבים. משטרת חברון הטילה הגבלות על סיורי "שוברים שתיקה" בחברון, בנימוק שהם מתסיסים את האווירה במקום, ובתקופות מסוימות הם אף הופסקו לחלוטין. הארגון עתר לבג"ץ בבקשה לאפשר לו לקיים סיורים בחברון, ובג"ץ אישר הסדר "פיילוט" להמשך סיורי העותרים, בתיאום עם המשטרה וצה"ל. בתגובה לבקשת אנשי היישוב היהודי בחברון להוצאת צו ביניים נגד הפיילוט קבע השופט אליקים רובינשטיין כי מימוש ההסדר יהיה מותנה "בהתנהגות העותרים ובגישה מרוסנת מצדם", אך הוסיף כי "גם היישוב היהודי אינו פטור מריסון".
בעקבות מפגש עם אנשי "שוברים שתיקה" וסיור בחברון כתבה אלונה קמחי את השיר "עניין של הרגל". השיר, בביצועו של יזהר אשדות, נפסל להשמעה בגלי צה"ל.

מבצע עופרת יצוקה

חודשים אחדים לאחר מבצע עופרת יצוקה פרסם הארגון דוח ובו 54 עדויות של חיילים על המבצע.

מבצע צוק איתן

במאי 2015 פרסם הארגון דו"ח ובו 60 עדויות אנונימיות של חיילים על אירועים של פגיעה בחפים מפשע ברצועת עזה שהתרחשו לדבריהם במהלך מבצע צוק איתן. בהקדמה לדו"ח נאמר: 
"העיקרון שהנחה את המדיניות הצבאית – מינימום סיכון לכוחותינו, גם במחיר פגיעה באזרחים חפים מפשע – לצד הניסיון להטיל אימה על הפלסטינים ולהרתיע אותם, הובילו לפגיעה אדירה וחסרת תקדים באוכלוסייה ובתשתית האזרחית ברצועת עזה. ... תורת הלחימה של צה"ל המשתקפת בעדויות מעוררת שאלות קשות באשר לנורמות המוסריות המתוות את דרכו של צה"ל בכלל ובמבצעים ברצועת עזה בפרט."
 עם מממני הדו"ח נמנו הארגון הקתולי האירי טרוקרה, הארגון הדני DanChurchAid, הארגון הבריטי Christian Aid, קרן החברה הפתוחה של ג'ורג' סורוס ו"מנהלת זכויות האדם והמשפט הבינלאומי" מרמאללה (פועלת במימון ממשלות דנמרק, שוודיה, שווייץ והולנד).
הדוח עורר הד תקשורתי רחב בארץ ובעולם ואחדות מהעדויות אף הוקראו בכנסת על ידי חברי כנסת מסיעת מרצ. תנועת חמאס אימצה את הדוח, כינתה את המעשים המתוארים בו פשעי מלחמה ודרשה להעמיד לדין את האחראים להם. חלקים מהדו"ח אף הוצגו בתקשורת האיראנית.
בתגובה לדוח מספר חיילי צה"ל ששירתו במהלך מבצע "צוק איתן" פרסמו את עדויותיהם מהמבצע שבהן הציגו את התרשמויותיהם מהמוסריות הרבה שגילה צה"ל במהלך הלחימה. אל מול המתנגדים נמצאו גם תומכים בדוח, ובהם פרופ' אייל גרוס ואילנה המרמן.
ביוני 2015 נפגשו נציגים של "שוברים שתיקה" עם אנשי הבית הלבן ומחלקת המדינה לשם הצגת הדו"ח של הארגון על מבצע "צוק איתן".
דו"ח "שוברים שתיקה" צוטט על ידי דו"ח האו"ם על מבצע צוק איתן שהזמינה מועצת זכויות האדם של האו"ם.
ביולי 2015 פורסם שמצ"ח חוקרת אירועים אחדים שתועדו בדו"ח של "שוברים שתיקה".
ביוני 2018 פרסם דין יששכרוף מאמר שבו טען כי במבצע "צוק איתן", שבו שירת כמפקד מחלקה במילואים, "שיטחנו כפרים שלמים עם בולדוזרים והשחתנו עם זחלי הטנקים שדות נטושים של אלו שברחו." מפקד הפלוגה של יששכרוף, עומרי סיינר, הכחיש את הטענות על הרס חסר הבחנה ואמר שצה"ל הרס נקודתית רק מבנים ששימשו לטרור.

תקציב

ב-2007 קיבל הארגון תרומה של 70 אלף דולר מהקרן החדשה לישראל במטרה להגביר את המודעות הציבורית להשלכות ההרסניות שיש לשירות בשטחים הכבושים על החברה הישראלית. בשנים 2008 ו-2009 קיבל הארגון מימון עבור פעילותו מהאיחוד האירופי, הקרן החדשה לישראל, ממשלות בריטניה, ספרד והולנד, קרן אוקספם, קרן DanChurchAid, קרן Christian Aid, קרן המכון לחברה הפתוחה וארגון NDC הפלסטיני. בשנת 2008, 46% מהכנסות הארגון מתרומות היו מממשלות זרות ו-22% מהקרן החדשה לישראל.
ב-2008 קיבל "שוברים שתיקה" תרומות בסך 1.2 מיליון שקל וב-2009 כ-2.9 מיליון שקל. בנובמבר 2012 תרם עמוס עוז לארגון פרס בסך 2500 ליש"ט, שניתן לו מהקרן החדשה לישראל על פועלו לקידום זכויות אדם.
בין השנים 2012–2014, הארגון קיבל מימון של 4 מיליון שקל באופן ישיר ועקיף, מהמדינות דנמרק, הולנד, שוודיה, שווייץ, גרמניה, צרפת, בלגיה, ספרד ואירלנד. ולפי אתר שירות פעילות החוץ של האיחוד האירופי בישראל, בין השנים 2012–2013 עמדו סך תרומות האיחוד האירופי ל"שוברים שתיקה" על 166 אלף אירו.

פרסים

בדצמבר 2008 העניקה האגודה לזכויות האזרח לארגון את אות אמיל גרינצוויג. חברי ועדת הפרס ציינו בנימוקי הבחירה כי:
בארבע שנות פעילותם, הציגו פעילי שוברים שתיקה באומץ מראה עגומה אל מול פניה של החברה הישראלית. מאות לוחמים אשר שירתו בשטחים רואיינו על ידי שוברים שתיקה ועדויותיהם מובאות כמעט ללא עריכה ותוך שמירה על אנונימיות, במטרה לעודד חיילים לחשוף את הסיפורים. העדויות, על היקפן הנרחב ותכניהן הנוקבים, מרכיבות אמירה אפקטיבית ואמיצה על הקשר הגורדי שבין הפרקטיקה היומיומית של הכיבוש לבין הפרות זכויות האדם בשטחים.
בשנת 2016 החליטה המחלקה ללימודי המזרח התיכון באוניברסיטת בן-גוריון בנגב להעניק את פרס ברלסון (המוענק מדי שנה לאנשים פרטיים ולעמותות אשר תרמו להבנה בין יהודים לערבים), בסך 20 אלף שקל, ל"שוברים שתיקה". נשיאת האוניברסיטה, פרופסור רבקה כרמי, ביטלה את ההחלטה. בעקבות זאת נערך באוניברסיטה טקס עצמאי, שבו ניתן לארגון פרס חלופי מטעם קבוצת מרצים באוניברסיטה, והסופר עמוס עוז נשא דברים בשבח הארגון.

פולמוס סביב פעילות הארגון

ארגון "שוברים שתיקה" סופג ביקורת על פעילותו, שעיקרה היא על אמינות העדויות - שרובן עדויות שמיעה אנונימיות - ועל פעילותו של הארגון בעולם, שלטענת המבקרים מטרתה הכפשת חיילי צה"ל בחו"ל ויצירת דה-לגיטימציה למדינת ישראל, פעילות שגורמת לישראל נזק מדיני ותדמיתי.
חגי מטר כתב באתר "שיחה מקומית" כי מבקרי הארגון מעלים כלפיו חמש טענות: (1) שדיווחיו אינם אמינים; (2) שהארגון אינו מביא את העדויות בפני צה"ל; (3) שהעדויות אלמוניות; (4) שמימון הארגון מקורו בממשלות זרות; (5) שהוא פועל בחו"ל. מטר ענה על חמש הטענות.

אמינות העדויות

בתגובה לעדויות שפרסם הארגון ביחס למבצע "עופרת יצוקה" הגיבו בדובר צה"ל והפרקליט הצבאי הראשי תא"ל אביחי מנדלבליט שהחלטת הארגון לגבות עדויות באופן אנונימי מעוררת את התחושה שהארגון אינו מעוניין באמת ובקיומה של בדיקה ביחס לטענותיו, ושאנונימיות העדויות אינה מאפשרת לחקור את העדים. גם לאחר מבצע "צוק איתן" טען דובר צה"ל ש"שוברים שתיקה" אינו מספק מידע שיאפשר לבדוק את האירועים המועלים בעדויות. בתגובה להאשמות אלו יצא הארגון ב-2011 בפרסום עדויות וידאו, שבהן הופיעו החיילים בשם מלא.
עמוס הראל כתב בשנת 2009 כי לאנשי הארגון "אג'נדה פוליטית ברורה, שהתואר "ארגון זכויות אדם" כבר לא ממש מכסה עליה. מי שמתאר באתר האינטרנט שלו את "השחיתות שפשתה במערכת הצבאית" עקב השירות בשטחים, אינו משקיף נייטרלי. מכאן לא נובע שהעדויות, שהוקלטו וחלקן גם צולמו בווידאו, מפוברקות. אבל ברור שהתיאור המעורפל של נסיבות התקריות מפחית מיכולתו של הצבא להשתמש בהן לחקירה פלילית. אנשי "שוברים שתיקה" מבקשים להעביר מסר בדבר השלכות השירות בשטחים. נראה שזה בעיקר מה שמעניין אותם, הרבה יותר ממיצוי הדין בתקרית ספציפית.".
כלפי הסיורים שמארגנים אנשי הארגון טען בן-דרור ימיני שהם כוללים סיפורים שקריים. פורסמו צילומי וידאו שבהם מספר איש הארגון על ירי קבוע במקלעים לפי פקודה לכיוון אזרחים חפים מפשע בחברון, כמו במשחק וידאו. בתגובה לכך, פרסמו "שוברים שתיקה" סרטון המציג טענות של חיילים על כך שקיבלו פקודות לירות לעבר מיקומים בחברון, במקרה של אירועים בעיר, בניגוד להוראות הבטיחות של צה"ל, וכן סרטון המתעד ירי מקלעים לעבר מיקומים בחברון בזמן האינתיפאדה השנייה.
כלפי הספר "כיבוש השטחים", טען NGO Monitor שהוא כולל האשמות גורפות המבוססות על תיאורים אנקדוטליים בלתי מבוססים שאינם נוגעים לקובעי המדיניות של צה"ל. בעדויות מופיעים לטענתו "מניעים אנטי-ישראלים פוליטיים קיצוניים" כגון עדות של חייל המתייחס למתנחלים כ"הכי יודו-נאצים שפגשתי בחיים שלי". עדויות אחרות הן בעלות כותרות מטעות (לדוגמה בעדות המצהירה על היתקלות עם אמבולנס שבתוכו מחבלים, הייתה הכותרת "יריתי על אמבולנס עם מקלע כבד" - המרמזת לכאורה על פשע מלחמה). לדברי הכותב המטרות האידאולוגיות והפוליטיות של "שוברים שתיקה" מוסוות מאחורי רטוריקה של מוסריות וחוק בינלאומי.
בישראל עלתה ביקורת על אופן פרסומו של הדו"ח והצגתם של מה שנטען שהם מקרי קיצון כמדיניות צה"ל.] בנוסף נטען] כי האירועים בדוח הוצגו באופן חד-צדדי וללא הקשר וכי חלקם מוגדרים כחוקיים ומתקבלים] תחת דיני המלחמה והמשפט הבינלאומי.
תחקיר עיתונאי של תוכנית "המקור" ששודר בערוץ 10 ב-12 ביולי 2016 בדק את אמינות העדויות ומצא שמתוך 10 עדויות רק 2 עדויות היו מאומתות ולפחות 2 עדויות היו שקריות. השאר היו מוגזמות או בלתי ניתנות לבדיקה עקב אנונימיות העדויות. התחקיר קבע לגבי אמינות העדויות: "השורה התחתונה מורכבת: כן, גילינו עדויות לא נכונות וכאלה שהציגו את התמונה בצורה חלקית ומטעה. האם השתכנענו שמדובר בחבורת שקרנים? ממש לא. אבל תהליך אימות העדויות, גילינו, מחמיר הרבה פחות מכפי שתואר פעמים רבות על ידי אנשי הארגון בעבר: להצהרה כי כל אירוע חמור מפורסם רק אם יש לגביו שני עדי ראייה, למשל, אין ממש כיסוי." למרות זאת סיכם התחקיר שפעילות הארגון "חשובה ומבורכת".
בנובמבר 2016 פרסם "שוברים שתיקה" פוסט בפייסבוק ובו טען שצה"ל מגרש באופן קבוע תושבים מראס אל אחמר כדי להתאמן על בתיהם. בתגובה טען ארגון "האמת שלי", קבוצה שמטרתה לסתור את טענות "שוברים שתיקה" ולהציג את הפנים המוסריות של צה"ל, שהבתים המדוברים נבנו באופן בלתי-חוקי בשטח אש צה"לי, דבר שלא הוזכר בהודעת "שוברים שתיקה", ושצה"ל נותן לתושבים להתגורר שם לפנים משורת הדין, למעט בזמן אימונים, כדי לא לסכן את חייהם.
בסוף אפריל 2017 פרסם "שוברים שתיקה" עדות של דוברו, דין יששכרוף, שלפיה במהלך שירותו, כשהיה מפקד מחלקה, הכה פלסטיני עד זוב דם והתעלפות מול מפקד הפלוגה והמחלקה שלו. ארגון מילואימניקים בחזית פרסם סרטון תגובה של המ"פ של יששכרוף ושל כעשרה מחיילי המחלקה, שבו הם אומרים שהסיפור לא היה ולא נברא. בעקבות זאת פנתה שרת המשפטים, איילת שקד ליועץ המשפטי לממשלה, אביחי מנדלבליט, כי יורה על חקירת יששכרוף והעמדתו לדין אם יש אמת בדבריו. יששכרוף נחקר באזהרה. המשטרה איתרה פלסטיני שנעצר בידי יששכרוף לאחר שיידה אבנים, וזה הכחיש בחקירה שהופעל נגדו כוח מעבר לדרוש לצורך אזיקתו. התיק נגד יששכרוף נסגר על דעת פרקליט המדינה בנימוק של חוסר אשמה והפרקליטות קבעה כי יששכרוף "בחר מטעמיו להעצים סיטואציה של שימוש בכוח שהיה כדין", ושהמקרה לא אירע כלל ועיקר. ראש הממשלה בנימין נתניהו הגיב שזוהי הוכחה נוספת לכך ששוברים שתיקה משקרים. מנכ"ל הארגון, אבנר גבריהו, הגיב כי ״מה שהתחיל בהוראה פוליטית של שרת המשפטים, הפך לחקירה פוליטית ונגמר במסקנה פוליטית ומגמתית". יששכרוף טען שהפלסטיני שנחקר שייך למקרה אחר. הפרקליטות הגיבה שהוא עצמו אמר בחקירה שהיה רק מקרה אחד כזה והפרטים שמסר זהים לאלה שמסר הפלסטיני שנחקר. עוד אמרה הפרקליטות שיששכרוף עצמו אמר בחקירתו שהפעיל כוח רק במידה הנדרשת לאזוק את הפלסטיני. לאחר סגירת התיק פרסם הארגון סרטון של חייל לשעבר, שלא נחקר, שבו הוא טוען שהיה עד לאירוע שבו יששכרוף נתן ברכיות לעצור בעת אזיקתו. בתגובה לסרטונים שפרסמו "שוברים שתיקה", העידו שלושה חיילים שצולמו בסרטון של "שוברים שתיקה" שיששכרוף שיקר ומה שתיאר לא אירע. ביוני 2019 הודיעה הפרקליטות שיששכרוף אכן הכה פלסטיני אחר, אולם השימוש בכוח היה סביר.

עדויות שווא של מתנגדי "שוברים שתיקה"

"שוברים שתיקה" מתבסס על עדויות של חיילים המגיעים אליו. פעמים אחדות ניסו מתחזים לשבש את פעילות הארגון באמצעות עדויות שווא. אחד המקרים התרחש במהלך מבצע צוק איתן. אז פנה אורן חזן לנציג הארגון בשם בדוי, התחזה ללוחם מחיל התותחנים שהשתתף במבצע, ומסר עדויות שקריות על פעולות צבאיות בלתי מוסריות, מתוך מטרה לפגוע באמינות הארגון. עדות השקר לא פורסמה מעולם עקב חוסר אמינותה. לדברי חזן, הונאה זו הייתה חלק ממבצע מתוכנן יחד עם ועד מתיישבי השומרון, על מנת "לחשוף את השקרים של שוברים שתיקה".

קבלת תרומות ממדינות זרות וביקורת על פעילות בחו"ל

לפי NGO Monitor, שוברים שתיקה מקבל מדי שנה תרומות של מאות אלפי ש"ח מגופים שהם בגדר ישות מדינית זרה. ממשלת ישראל מתחה ביקורת על תרומתן של מדינות זרות למימון הפעילות של "שוברים שתיקה", ונציגי משרד החוץ ניסו להניא מדינות אלה מלהמשיך ולתמוך בארגון, בנימוק שהוא אופוזיציוני. תגובת הארגון הייתה שמשרד החוץ מבצע "ציד מכשפות מסוכן לדמוקרטיה" וכי "הניסיונות להשתיק קולות של החברה האזרחית בישראל הם מסוכנים... נראה שמשרד החוץ שואב רעיונות ממשטרים אפלים בהם מי שהצביע על מחדלים פנימיים נחשב לבוגד". בעקבות העברת תמיכה כספית מצד ממשלת ספרד, בסך של עשרות אלפי אירו, למימון הסיורים של "שוברים שתיקה" בחברון, הגיבה ממשלת ישראל ואמרה כי המימון עומד בחוסר פרופורציה ביחס לזה שמקבלים ארגוני זכויות אדם במדינות ערב. שגריר ישראל בהולנד, הארי קני-טל, הביע מחאה על מימון הארגון על ידי הולנד, ואמר כי אף על פי ש"שוברים שתיקה" הוא ארגון לגיטימי, מימונו על ידי מדינה אינו סביר לנוכח הרגישויות המדיניות. בתגובה פנו עשרה ארגונים ישראליים בקריאה פומבית לממשלת ישראל בה כינו פעולות אלו של הממשלה כ"מתקפה" ודרשו להפסיקה.
בדו"ח ביקורת עומק שנעשה מטעם רשם ההקדשות צוין שארגון ICCO התורם ל"שוברים שתיקה" התנה את תרומתו במינימום של 90 ראיונות עם חיילים בשנה והוצאה לאור של "אנציקלופדיה של הכיבוש". ארגון Oxfam, שתרם אף הוא, דרש לחפש כמה שיותר עדויות על "בלתי מוסריות" ופגיעה בזכויות אדם.
חברת הכנסת ענת ברקו האשימה את הארגון בשיתוף פעולה עם ארגונים אנטי-ישראליים ואנטישמיים בחו"ל, ואמרה שהפעילות שלו בחו"ל עומדת בניגוד למטרה המוצהרת של הארגון לקיים דיון בקרב הציבור הישראלי. המשפטן היהודי-אמריקאי, אלן דרשוביץ, אמר על פעילות "שוברים שתיקה" בארצות הברית ש"הם גורמים נזק עצום לישראל, כי אינם מספרים את האמת, ואינם מציגים את הביקורת שלהם בהקשר הראוי, וכי לרוב האנשים אין היכולת לבקר אותם".

טענות על איסוף מידע מסווג על ידי פעילי הארגון

ב-17 במרץ 2016 שידר ערוץ 2 תחקיר שהתבסס על צילומים שערכו פעילי "עד כאן", וטען לחשיפת ניסיונות של פעילי "שוברים שתיקה" לאסוף מידע מסווג מחיילים שהגיעו אליו. בתגובה טען ארגון "שוברים שתיקה" שהעדויות שנמסרות לו נבדקות על ידי הצנזורה הצבאית, וצנזורה נרחבת הופעלה רק על העדות שמסר שתול של "עד כאן". בעקבות שידור התחקיר אמר ראש הממשלה בנימין נתניהו ש"נחצה קו אדום". שר הביטחון משה יעלון הודיע שצה"ל יחקור את הארגון. כעבור שבוע הוחלט להעביר את חומרי החקירה ואת הבדיקה לידי השב"כ. בפברואר 2019 אישר היועץ המשפטי לממשלה, אביחי מנדלבליט, את החלטת פרקליטות המדינה שאין לפתוח בחקירה פלילית נגד "שוברים שתיקה".
בעקבות טענות אלו נגד שוברים שתיקה, וכן בעקבות הנזק המדיני באו"ם, פנתה המדינה באמצעות הפרקליטות לבית המשפט, בתהליך שעל חלק מפרטיו חל צו איסור פרסום, בדרישה למסירת מידע על העדויות שפורסמו. האגודה לזכויות האזרח בישראל ביקשה להצטרף כידידת בית המשפט לצד שוברים שתיקה בדיון זה. הארגון סירב למסור פרטים לגבי אחת העדויות, וטען שהדבר יוביל לסגירתו.

הגבלות על פעילותו

במהלך 2015 הנחתה סגנית שר החוץ, ציפי חוטובלי, את שגרירויות ישראל בשווייץ ובגרמניה לבחון דרכי פעולה שניתן לנקוט נגד תערוכות שאורגנו על ידי "שוברים שתיקה" ובהן הוצגו עדויות לוחמים ממבצע צוק איתן. התערוכה בגרמניה בוטלה ואילו התערוכה בשווייץ נפתחה כמתוכנן.
בעקבות פרסום העובדה כי ארגון "שוברים שתיקה" מרצה בפני חיילי צה"ל חתמו 70 חיילים וקציני מילואים על עצומה כנגד פעילות זו, ובדצמבר 2015 אסר שר הביטחון, משה יעלון, על כל פעילות משותפת של צה"ל עם "שוברים שתיקה", כגון מתן הרצאות וסדנאות על ידי נציגי הארגון לחיילים או השתתפות בדיונים משותפים. בנימוקיו להחלטה כתב יעלון: "מדובר בצביעות ובתעמולה שקרית נגד חיילי צה"ל ומדינת ישראל, וזהו חלק ממסעות הדה-לגיטימציה נגדנו. [...] בעבר היו ניסיונות לברר אירועים ומקרים שאנשי 'שוברים שתיקה' הצביעו עליהם, והם עלו בתוהו. ככל שחלף הזמן התברר שמדובר בארגון הפועל ממניעים זדוניים, ונגד תופעות שכאלו ניאבק בחורמה."
בתגובה הודיע הארגון כי יעלון "חצה אתמול כל קו אדום בחברה דמוקרטית כשבחר להשתלח בחיילי צה"ל, לוחמים ולוחמות, ששירתו בשטחים" ושהוא חבר "למסע ההסתה שמנהלים ארגוני הימין הקיצוני בחודשים האחרונים נגד הדמוקרטיה בישראל". מספר ימים לאחר מכן הודיע שר החינוך נפתלי בנט שהחליט לאסור על פעילות הארגון במערכת החינוך ובפרט על הרצאות של נציגיו בבתי ספר תיכוניים. ב-16 ביולי 2018 אושר בכנסת חוק המסמיך את שר החינוך למנוע כניסה לבתי הספר של ארגונים הפועלים נגד שירות בצה"ל או נגד חיילי צה"ל, שהמניע לחקיקתו היה פעילות "שוברים שתיקה".
בעקבות פרסום כוונת הארגון לקיים הרצאה בפאב-מועדון "עשן הזמן" בבאר שבע קראו פעילי ימין 'לפוצץ' את האירוע. בעקבות החשש לאלימות הורה בית המשפט, לבקשת המשטרה, שלא לקיים את האירוע. כתחליף נערכה ההרצאה בשתי דירות פרטיות בעיר.
ב-31 באוגוסט 2018 עיכבו שוטרי משמר הגבול לחקירה את מנכ"ל הארגון, אבנר גבריהו, הדובר אחיה שץ ועו"ד מיכאל ספרד, לאחר שניסו להיכנס למאחז מצפה יאיר, שהוכרז שטח צבאי סגור.

תמיכה בארגון

שגריר ארצות הברית לשעבר מרטין אינדיק צוטט כתומך בארגון ואמר שפעילותו מרככת את ישראל ומביאה אותה להכיר בתוצאות הכיבוש. גם הארגון היהודי ג'יי סטריט יצא להגנת שוברים שתיקה במאמרים ובהזמנת סדרת הרצאות בידי אנשי שוברים-שתיקה בארצות הברית.
אל מול הביקורת על "שוברים שתיקה" בדצמבר 2015 כתב ראש השב"כ לשעבר, יובל דיסקין על ארגון זה וארגוני שמאל נוספים: "גם אם הם מרגיזים, גם אם הם לא פעם לא מדייקים או עושים את מלאכתם לא תמיד נאמנה מבחינה מקצועית – עדיין תרומתם חשובה מאוד ועוזרת לשמור על הערנות הנדרשת בסוגיות אנושיות רגישות ביותר. ... לא חייבים לאהוב אותם אבל הם חלק חשוב מאוד בכל שלטון דמוקרטי וחלק חשוב מעוצמתו." לעומתו, כתב ראש השב"כ לשעבר, ח"כ יעקב פרי, כי "מעולם לא תמכתי ולא אתמוך בהכפשות, בהוצאת שם רע ודיבה במקרים מסוימים על צה"ל שיקר לכולנו ואין כלל ספק במוסריותו.[...] חשוב שהדברים יגיעו לידיעתו אך ללא כיבוס הכביסה הזאת בין עמי העולם, אצלם תדמיתה של מדינת ישראל עם או בלי שוברי שתיקה מעוותת וחד צדדית."
עמירם לוין פרסם בעיתון "הארץ" מודעת תמיכה גדולה ב"שוברים שתיקה", שבה כתב "'שוברים שתיקה' מחזקים את מוסריותנו. ... 'שוברים שתיקה' שומרים על חיילי צה"ל במקום בלתי אפשרי בו הפוליטיקאים הפקירו אותם. ההנחיות להשתקת 'שוברים שתיקה' הן הפוגעות והמחלישות את צה"ל. צה"ל חייב לעודד את שוברים שתיקה ושכמותם להשמיע קולם ללא מורא בצה"ל ובחברה הישראלית (ורק בצה"ל ובחברה הישראלית)." כעבור ימים אחדים הצטרפו ראש השב"כ לשעבר, עמי אילון, וניצב בדימוס אליק רון ופרסמו מודעת תמיכה דומה.
באפריל 2017 ביקר בישראל שר החוץ הגרמני, זיגמר גבריאל. ראש הממשלה בנימין נתניהו התנה את פגישתו אתו בכך שגבריאל יבטל פגישה מתוכננת עם נציגי "שוברים שתיקה" ו"בצלם". לאחר שגבריאל לא נענה לדרישה זו, לא התקיימה פגישה בינו לבין נתניהו.

אלימות נגד פעילי הארגון

ביולי 2018 הוכה יהודה שאול ונפצע בשפתו בעת סיור בחברון. המשטרה עיכבה לחקירה פעיל ימין בחשד זה.