משרד החוץ

שר החוץ

שר החוץ הוא העומד בראש משרד החוץ. תפקידו הוא לייצג את ממשלת ישראל בעולם וליישם את מדיניות החוץ שהיא מתווה. מאחר שראש הממשלה הוא גורם מרכזי בקביעת מדיניות החוץ, נתפש שר החוץ כמייצג אותו אישית, במיוחד בעת שהוא נפגש עם שרים וראשי מדינות זרים. כפועל יוצא ממבנה המשטר בישראל (ממשלה הנשענת על קואליציה רב-מפלגתית), נהנה שר החוץ מחופש פעולה רחב, והדבר גורם לעיתים לחוסר אחידות בניהול מדיניות החוץ: מחד, שר החוץ עלול לחרוג מן המדיניות הממשלתית המוצהרת. מאידך, ראש הממשלה יכול לעקוף מצב זה, הן באמצעות פניה ישירה לנציגים הדיפלומטיים בחו"ל (בפרט שגריר ישראל בארצות הברית), והן באמצעות שימוש בגורמים אחרים לייצוג ראש הממשלה (שרים אחרים או שליחים אישיים).
שר החוץ נדרש להיות דמות ייצוגית של ישראל בתחומה ומחוצה לה, וכ"דיפלומט הראשון של ישראל" הוא מרבה לייצג את ישראל ועמדותיה בכנסים, פגישות אישיות ופגישות פסגה, שבהם נוכחים אישים בכירים מעצבי מדיניות ודעת קהל.
לשכתו של שר החוץ מורכבת מעובדים במשרות אמון ומעובדים מקצועיים. הראשונים אינם עובדים מן המניין של המשרד, וכל שר חוץ רשאי למנות אותם על פי שיקוליו. העובדים המקצועיים הם העובדים הקבועים של משרד החוץ, והם אמונים על ביצוע העבודה השוטפת בלשכה.
בהיותו אחד התפקידים הבכירים בממשלה, תיק שר החוץ היה בשליטתן הכמעט-בלעדית של שתי מפלגות השלטון הגדולות: העבודה (על גלגוליה השונים) והליכוד. רבים מאלה שכיהנו בתפקיד שר החוץ כיהנו גם כראש ממשלת ישראל בתקופה אחרת בחייהם.
שר החוץ הנוכחי של ישראל הוא השר ישראל כ"ץ המכהן גם כשר לענייני מודיעין.

הקמת המשרד

בטרם הוקם המשרד, הפעילות בנושא מדיניות החוץ רוכזה במחלקה המדינית של הסוכנות היהודית, בראשה עמד משה שרת, לימים שר החוץ הראשון. ההחלטה על הקמת משרד החוץ נפלה בקיץ 1946 בישיבת הנהלת הסוכנות היהודית בראשות דוד בן-גוריון ומשה שרת. מלאכת ההקמה הוטלה על ד"ר ולטר איתן, דובר הסוכנות והמנכ"ל העתידי של המשרד. איתן הקים באותה שנה את המוסד להשתלמות שליד המחלקה המדינית. מוסד זה נועד להכשיר פקידים בכירים בשירות המדינה ובמשרד החוץ לכשיקום. תפקיד המוסד היה לחנך את בוגריו לתחום המגעים והקשרים עם גורמי חוץ. ב-30 בינואר 1948 העבירו חניכי המוסד הצעה להקמת משרד החוץ העתידי של ישראל לעיונו של שרת. אף על פי שלא התקיים דיון על המסמך בסוכנות ולא התקבלה החלטה עליו, עם הכרזת המדינה, הוקם משרד החוץ על פי התוכנית. בראשית ימי המדינה שכן משרד החוץ בתל אביב-יפו, גם לאחר שמשרדי ממשלה רבים עברו לירושלים. שר החוץ, משה שרת, חשש שמעבר משרד החוץ לירושלים, בניגוד להחלטות האומות המאוחדות, עלול לקומם את מדינות העולם.
במהלך 1952 עבר משרד החוץ לירושלים, לבתי הכפר הערבי הנטוש שייח' באדר, עד אז שוכנו במקום עולים חדשים שפונו מהבתים. בשטח הריק בין בתי הכפר הוקמו במהירות 25 מבנים נוספים, חד קומתיים, בבנייה טרומית, ששימשו בנוסף למשרד החוץ גם כמשרדים לרשות הפיתוח, הלשכה המרכזית לסטטיסטיקה ומשרדי ממשלה נוספים.

בניין משרד החוץ החדש

בתחילת שנות ה-90 של המאה ה-20 הוחלט להקים בניין חדש למשרד החוץ במקום המתחם בשייח' באדר. בעיות במימון הפרויקט הביאו להחלטה לממן את הבנייה בעסקה סיבובית. אדמת מתחם משרד החוץ, תועבר לידי קבלן שיקים במקום שכונה מיוחדת לדיפלומטים זרים וישראלים, על פי התוכנית המקורית במקום היה אמור לקום גם בית ההארחה הרשמי של מדינת ישראל
(דוגמת הבלייר האוס שבוואשינגטון) ושני בתי מלון עם 600 חדרים בסך הכל. בכסף ששולם בעבור אדמת מתחם משרד החוץ מומנה בנייתו של הבניין החדש. בשנת 2003 עבר משרד החוץ לבנייו החדש שהוקם ומינהל מקרקעי ישראל החל בשיווק הקרקע במתחם. חברת ב. יאיר זכתה במכרז על רוב השטח, תמורת 435 מיליון שקל, והחלה בהקמת פרויקט "משכנות האומה" בשנת 2007.
בשנת 2004, נבחר בניין משרד החוץ, בתחרות השנתית שעורך איגוד האדריכלים האמריקני (AIA) בשיתוף עם מגזין Business Week ו-Architectural Record, בין עשרה הבניינים הטובים בעולם לשנה זו. הבניין, בתכנון משרד האדריכלים הישראלי קולקר קולקר אפשטיין, בשיתוף האדריכל הקנדי אי.ג'י.דיאמונד.

מינויים וקידום עובדים במשרד

עבודת משרד החוץ מחייבת מבנה וארגון שונים של כח אדם מאלה של יתר משרדי הממשלה. על פי הסדרים בין הנהלת המשרד לוועד העובדים ולנציבות שירות המדינה, נקבע כי בשירות המדיני ובשירות החוץ המנהלי לא ימונו עובדים למשרות בארץ ובחו"ל על פי מכרזים פנימיים, כנהוג בשאר משרדי הממשלה, אלא בידי ועדות מינויים של המשרד (ועדת מינויים לראשי נציגויות, ועדת מינויים עליונה וועדת מינויים שנייה). עם זאת, הממשלה יכולה למנות, על פי המלצת שר החוץ וחוות דעת נוספת של ועדת המינויים בנציבות שירות המדינה, 11 ראשי נציגויות דיפלומטיות. מינויים אלה פטורים ממכרז פומבי ואינם נדונים בוועדות המינויים של המשרד. 
ועדת המינויים לראשי נציגויות מחליטה על מינויים לראשי נציגויות (שגרירים וקונסולים כלליים) בכפוף לאישור הממשלה, ועדת המינויים העליונה מחליטה על מינויי סמנכ"לים וראשי אגפים. ועדת המינויים השנייה מחליטה על מינויים בדרגות נמוכות יותר: עד ראש חטיבה בארץ ועד ציר בחו"ל, ובנוסף היא מחליטה גם על קידום עובדים - העלאה בדרגה או מעבר של עובד משירות לשירות. התקנון קובע ששיבוץ עובד בתפקיד או העברתו לתפקיד אחר טעונים אישורה של ועדת המינויים המתאימה.

אגפים תפקודיים במשרד

האגפים התפקודיים, בשונה מן האגפים המרחביים אשר מחולקים לפי חלוקה גאוגרפית, מחולקים על פי התמחותם בנושא מסוים, כל אחד מן האגפים מרכז את הטיפול לפי התמחותו.

אגף תקשורת והסברה

המטרה הראשית של עבודת ההסברה המדינית של ישראל היא לשכנע מעצבי מדיניות, מקבלי דעת קהל והציבור בכללותו באותן המדינות בהן ניתן לנקוט בפעילות הסברתית ביסודות הקיום של מדינת ישראל, בצדקת עמדותיה המדיניות ופעולותיה הביטחוניות על מנת להשיג תמיכה. בכך יש תרומה ליצירת תדמית חיובית לישראל ובכך מתאפשרת אווירה נוחה ורצון טוב בקשרי המסחר, התיירות, השקעת ההון ועידוד העלייה...מטרה נוספת היא בלימת תעמולה עוינת של אויביה של ישראל.
— משה יגר, מנהל מחלקת ההסברה 1974 - 1977
אגף תקשורת והסברה הוא חלק ממערך דיפלומטיה ציבורית של משרד החוץ והוא אחראי על ההסברה במשרד. האגף מורכב ממספר יחידות: חטיבת הדוברות, מחלקת הסברה, מחלקת דיפלומטיה דיגיטלית, מחלקת מידע והפקה ומחלקת מינהל ותקציב. האגף מקיים את הקשר עם העיתונות הישראלית והכתבים הזרים, מספק ומפיץ מידע לגורמים הרלוונטיים, בכללם נציגויות וכתבים זרים, ועוסק בייצור חומר הסברה כתוב בנושאים שונים ובשפות שונות. האגף גם מנהל פרויקטים מיוחדים כמו משלחות נוער, קשר עם קמפוסים אוניברסיטאיים, שיגור מרצים והשתתפות בתערוכות ובמסעות יחסי ציבור. בנוסף, האגף מרכז את הטיפול בעיתונות העולם הערבי ובתקשורת הערבית. 
בשנת 1969, בעקבות המלצתה של ועדה מקצועית לנושאי הסברה, החליט שר החוץ דאז אבא אבן על ארגון מחדש בעבודת ההסברה של משרד החוץ, ולפיכך הוקם אגף הסברה שנכללו בו מחלקת ההסברה שהייתה קיימת ומחלקות נוספות. לאחר מלחמת יום הכיפורים נעשה ניסיון להקים משרד מיוחד להסברה, אולם הניסיון לא צלח, ונושא ההסברה חזר לאחריות משרד החוץ. המבנה הנוכחי של אגף ההסברה נקבע בשנת 1993, כאשר הקו המנחה אותו היא התאמת פעולות ההסברה לצרכים המשתנים ולשינוי ביחסי ישראל עם העולם הערבי והמוסלמי.
בעשור האחרון נדרש האגף להתמודד עם שידורי טלוויזיה "נמרצים" במיוחד, המעבירים שידורים בזמן אמת לכל בית ברחבי העולם. תופעה זו של הכפר הגלובלי מצריכה מיומנות דינאמית של האגף שכן המידע מתחדש ומשתנה חדשות לבקרים, ובמיוחד עם הופעות תדירות של תמונות ופרשנויות בלתי מאוזנות ואף עוינות של אירועים בתחום הפעילות הצבאית הישראלית.
מדיניותה של ישראל מהווה לעיתים מכשול גדול עבור עבודת ההסברה של המשרד. סוגיית הפעילות של צה"ל בשטחים ובמעבריהם, סוגיות המאחזים ביהודה ושומרון וגדר ההפרדה המתועדות יום יום מתקבלות כולן בגינוי ובדה לגיטימציה על ידי מדינות וארגונים בעולם (ארגוני זכויות אדם כאמנסטי ועדאלה מדווחים על הפרת זכויות אדם בשטחים, בית הדין הבינלאומי לצדק  פסק שעל ישראל לפנות מאחזים ולהפסיק את בניית הגדר, אי פינוי המאחזים הבלתי חוקיים מהווה אי קיום של הסכמים עם ארצות הברית). במקרה של הפצצת הכור בעיראק וקודם לה, התקשה המשרד עד מאוד להסביר על הצורך במניעת נשק בלתי קונבנציונלי מעיראק, שעה שמדינת ישראל איננה חתומה בעצמה על אמנת אי הפצת נשק גרעיני NPT.‏משה שרת טען ש"דעת קהל אוהדת לישראל היא תנאי הכרחי לשמירת ביטחונה של המדינה" ו"כל מבצע צבאי רציני... מחייב הכנה יסודית של דעת קהל". שרת היה מן המצדדים בהכנסת שיקולים הסברתיים לדרך קביעת פעולות צבאיות, מטעמים אלה התנגד לפעולות התגמול בשנות ה-50, פעולות שלדעתו הובילו לנזק הסברתי.
יש הטוענים שכתוצאה ממספרם הדל של העובדים במשרד החוץ, מספר האנשים מצומצם בהתאמה בקרב העוסקים בעבודת ההסברה במשרד הראשי ובנציגויות בחו"ל, מה שמקשה על האגף לתת מענה הולם לצרכיו. בנוסף, תקציב ההסברה של משרד החוץ קטן בהשוואה למשימותיו של האגף.
האגף סובל גם מבעיית תיאום עם גורמי הביטחון ועליו להתמודד שוב ושוב עם שיקולי ביטחון שדה וסודיות בשחרור חומר מול שיקולי תועלת והסברה. כך קורה שבמצב של משבר, לעיתים אין למשרד החוץ שליטה על מקורות המידע, עליו להיות ניזון ממערכת הביטחון, בעוד לאלה יש עדיפות של חיסיון על פני שיקולי הסברה.

חטיבת התפוצות

היחידה היא חלק ממערך דיפלומטיה ציבורית במשרד החוץ והיא מקיימת את הקשר בין המשרד לקהילות היהודיות בעולם. משה שרת טען ש" שדיפלומט ישראלי ממלא תפקיד כפול: נציגה הרשמי של ישראל כלפי הממשלה שהוא מואמן אליה, ושליח לקהילה היהודית החיה בארץ שירותו". בפעולותיה, החטיבה מנסה לגבש הסכמה על נושאים שבסדר היום המדיני, ולשלב בהם את הקהילות. החטיבה מבקשת בדרך זו להשיג גם סיוע ותמיכה בישראל מן הקהילות. חלקן של הקהילות עשירות ובעלות השפעה, והן יכולות לסייע במישור הכלכלי ובמישור המדיני מול הממשלות במדינותיהן. מסיבות אלו הלכה הלך והתחזק הקשר, ובמיוחד עם היהודים בצפון אמריקה. תוך קיום הקשר, מעדכנת החטיבה את הקהילות בהתפתחויות המדיניות והביטחוניות ובהשלכות לכך מבחינת מעמדה של מדינת ישראל. מאידך, המשרד מזהה ועוזר לקהילות שזקוקות הן לסיוע. התיאום והעבודה נעשים באמצעות הנציגויות באותן המדינות ופגישתם של בכירים ישראלים עם הקהילות ועם מנהיגיהם. נושא בו החטיבה מעורבת מאוד הוא המלחמה באנטישמיות, לה היא מקנה עדיפות גבוהה בפעילות המדינית. החטיבה מקיימת מעקב אחר גילויי האנטישמיות ומנחה את הנציגויות לפי התפתחויות בתחום זה.

האגף לעניינים קונסולרים

האגף לעניינים קונסולרים מעניק מענה לאזרחים ישראלים השוהים בחו"ל וכן לאזרחי מדינות העולם המבקשים להגיע למדינת ישראל, באמצעות קונסוליות הפזורות בחו"ל והמטה בארץ. 
השירות הקונסולרי החל לפעול מיד לאחר הקמת המדינה. בשנותיו הראשונות הוא טיפל בעיקר בשארית הפליטה ובמעפילים במחנות הגירוש בקפריסין. מאז משמשת החטיבה כמרכז תיאום בין המדורים הקונסולריים בחו"ל בביצוע חוקי האזרחות, השבות, הדרכונים, הכניסה לישראל ומרשם האוכלוסין, שירות הביטחון ונוטריונים, כל זה תוך קיום קשר קבוע עם משרדי הממשלה השונים. בשנת 2011 הפך מחטיבה לאגף במשרד החוץ.
עיקר הפעילות הקונסולרית מתבססת על אמנת וינה בדבר יחסים קונסולריים משנת 1963, שעיקרה: "הגנה על האינטרסים של המדינה השולחת ושל נתיניה, אזרחים וגופים תאגידיים, בתחומי המדינה המקבלת במגבלות החוק הבינלאומי". בנוסף לנאמר באמנה, החטיבה אחראית בין היתר גם על הנושאים הבאים: העברת גופות לקבורה בישראל,
העברת אסירים לריצוי עונשם בישראל, הנפקת אשרה לאימוץ ילדים, טיפול בעזבונות וירושות, החזרת יורדים מן הארץ דרך שיתוף עם משרד הקליטה, מרכז מידע בנושא תיירות, מיסוי וייבוא.

חטיבת ההדרכה

החטיבה הוקמה עם פירוקה של המחלקה המדינית, היא אחראית על מיון ובחירה של צוערים לתפקידים מדיניים ומנהליים, הכשרתם ומעקב לשם קביעת התאמתם לשירות במשרד החוץ, החטיבה מקיימת גם קורסי הכנה למשרתים בחו"ל : ראשי נציגויות, קציני מנהלה וקונסולים, וכן היא עורכת השתלמויות וקורסים מגוונים בתחומים רבים. שיטת המיון והבחירה החלה כבר בשנת 1946, אז היא אורגנה בידי המוסד להשתלמות, אם כי בשיטה זו השתמשו רק בתחום החטיבה המדינית. משנות ה-80 אומצה השיטה כדרך הבלעדית של המשרד לקבלת עובדים חדשים.

אגף ארגונים בינלאומיים (ארב"ל)

האגף אחראי על הקשר מול הגופים הבינלאומיים בעולם. הוא כולל 3 מחלקות ויחידה אחת. יעדיו המרכזיים של האגף הם גיוס תמיכה בינלאומית רחבה במהלכים המדיניים של ישראל, בלימתם של מהלכים נגד ישראל בזירה האו"ם, הפחתת העוינות ביחס לישראל באו"ם וקידום פעילות ישראלית לא-פוליטית במסגרות האו"ם. הגשמת יעדים אלו כרוכה בדיאלוג עם הממשלות זרות, עם גופי, ארגוני ומטות האו"ם בארץ, בשטחים וברחבי העולם ועם ארגונים בלתי ממשלתיים, בשל חשיבותם הגדלה בעיצוב סדר היום העולמי. בדרך זו מקדם האגף גם את השתלבותה של החברה האזרחית הישראלית בעולם. בנוסף, האגף מקדם בקשר זה נושאים גלובליים חשובים, כזכויות אדם, מניעת רעב וזיהום הסביבה.

חברות באו"ם

מדינת ישראל חברה באו"ם מ-11 במאי 1949. ישראל שותפה בארגונים השונים של הארגון ולוקחת בהם חלק (UNICEF ,ITU ,WHO וכדומה). בדרך זו משרד החוץ נחשף לנושאים וליחסים שונים בסדר היום העולמי ושותף לפעילות הבינלאומית. במוסדות האו"ם המשרד דרך נציגיו יכול לעשות שימוש בבמה הבינלאומית כדי להשפיע או לעורר תשומת לב לסוגיות או לעמדות ישראל, וכן לקדם נושאים, בהם קיים לישראל ידע רב ומתקדם. במשך השנים התקבלו באו"ם עמדות רבות שפגעו באינטרסים של ישראל, בהן, ההשוואה בשנת 1975 בין הציונות לגזענות שבוטלה רק בשנת 1991, הענקת מעמד של משקיף לאש"ף בשנת 1974, הכרה שהעניקה גושפנקה ללגיטימציה של הארגון ולתביעותיהם של הפלסטינים, וגינויים רבים שהתקבלו לאורך השנים על פעולותיה של ישראל. עם זאת, התקבלו החלטות ששירתו את ישראל, גם אם במידה שנויה במחלוקת, כתוצאה ממשאים ומתנים והסכמים שנכרתו, הותוו והוסכמו עם נציגי משרד החוץ, כגון החלטה 242 (עם תום מלחמת ששת הימים), החלטה 338 (לאחר מלחמת יום כיפור), החלטה 425 בעניין לבנון, החלטה 1701 שהביאה לסיום מלחמת לבנון השנייה, החלטות שנתקבלו במועצת הביטחון וההחלטה על יום הזיכרון בינלאומי לשואה (2005), שהתקבלה בעצרת הכללית.
שגריר ישראל הנוכחי בעצרת הכללית של האו"ם הוא דני דנון.

יחסים עם נאט"ו

במשרד החוץ נעשו מאמצים להצטרף אל נאט"ו בשנות החמישים. בשנות החמישים סייעה ברית המועצות בהתחמשותן של מצרים וסוריה. ישראל ראתה בברית נאט'"ו כגורם שבכוחו להרתיע התערבות עתידית של ברית המועצות במזרח התיכון ואת תוקפנותן של מצרים וסוריה וכגורם שביכולתו לתת ערובה לביטחונה של ישראל אם תותקף. ישראל ביקשה להסתפח אל הברית כדי להשתתף במאגר הידיעות של נאט"ו ולהיות חלק בסידורי הקישור והתיאום ותכנון הסדרי ההגנה של הברית. בנוסף ישראל ביקשה שהברית תפרסם הצהרה שכל פגיעה במדינה מזרח תיכונית, לרבות ישראל, תגרור תגובה מצידה. בקשות אלו שנשלחו באיגרת אל מזכיר המדינה של ארצות הברית על ידי אבא אבן, שר החוץ דאז, בנובמבר 1957, והוצגו בפני מועצת נאט"ו בדצמבר באותה השנה, לא נענו בחיוב על ידי הברית בסופו של דבר. כיום נחשבת ישראל לבעלת ברית עיקרית שאינה בנאט"ו, מעמד שאומנם אינו כולל ברית הגנה הדדית אך מציע מגוון הטבות צבאיות וכלכליות.

המחלקה לאורחים רשמיים (מאו"ר)

המחלקה מטפלת באורחים הרשמיים המגיעים לארץ, אלה עשויים להיות נשיאים, ראשי ממשלה, שרי חוץ, יו"ר פרלמנט, שרים, חברי פרלמנט, עיתונאים, אנשי אקדמיה וכדומה. עבודתה של המחלקה כרוכה בהכנת הביקורים, ארגונם וביצועם, והיא המגישה סיוע לוגיסטי וייעוץ למסלולי סיור. ראש נציגות הוא היוזם את הזמנת המועמד או נותן אישור לכך, כאשר השיקול המרכזי הוא מידת חיוניותו בהשפעתו. גם למעמד ציבורי וקרבה לממשל ולחוגים המעצבים דעת קהל יש חשיבות גדולה. אם לא ניתן להשיג אישים מהשורה הראשונה ניתן להסתפק גם באנשים בתחילת דרכם, העשויים בעתיד לכהן בעמדות השפעה.
המחלקה מבוזרת לפי אזורים גאוגרפים, כשעל כל אזור מופקד עורך תוכנית. העורך מקבל את תיק האורח, הכולל את כל המידע הנחוץ אודותיו, לומד אותו וקובע את ההיבטים של תוכנית הביקור. לאחר שהוא מכין הצעה מסכמת הוא מזמן ישיבת תאום סופית עם כל הגורמים המעורבים. המחלקת שותפה גם לארגון ביקורי אנשים חשובים מאוד (אח"מים) בישראל, באמצעות הענקת ליווי וטיפול בהיבטים הטקסיים השונים של ביקורם.
הבאת אורחים הוא אחד האמצעים היעילים להסברה ושכנוע בתנאים אופטימליים, גם לגבי אורחים רמי מעלה שהוזמנו במיוחד ביוזמת המשרד ונציגיו, גם בניצול שהותם של אורחים כאלה שבאו ביוזמתם שלהם ארצה... לפעולה זו אין תחליף וזאת משום שלא ניתן ליצור מחוץ לישראל את הרקע ואת התנאים להצגת הנושאים שלנו והסברתם.
— יהושע טריגור, סגן מנהל המחלקה 1978 - 1979, 1980 - 1981

אגף הכלכלה

האגף אחראי על קשריה הכלכליים של ישראל על צדדיה השונים עם מדינות העולם וגופים שונים, כמו האיחוד האירופי. על ידי זיהוים של האינטרסים הכלכליים של ישראל, ותוך שילוב של היבטים מדיניים, האגף מתווה את מדיניות החוץ הכלכלית שלה. פעילותו של האגף כוללת בין היתר: סיוע לפיתוח גורמים עסקיים בחו"ל, סיוע במשיכת השקעות לישראל, עידוד הסכמים כלכליים בינלאומיים והעמקת היחסים הכלכליים השונים, בייחוד עם ארגונים כלכליים הבינלאומיים מובילים, כארגוני הסחר העולמי (FAO, OECD, WTO) ועוד.
האגף מורכב מחטיבה אחת ושלוש מחלקות: חטיבת כלכלת המזרח התיכון ושלוש מחלקות כלכלה.
א.  חטיבת כלכלת המזרח התיכון - חטיבת כלכלת המזרח התיכון מופקדת על הטיפול "במכלול היחסים הכלכליים בין ישראל לעולם הערבי (הכולל את מדינות ערב, המפרציות והמגרב")
ב.  מחלקה כלכלית 1 – אחראית על פיתוח הקשרים הכלכליים עם צפון אמריקה, מדינות אסיה (ובעיקר: יפן, סין, קוריאה וסינגפור), אוקיאניה, (בעיקר אוסטרליה), אמריקה הלטינית (בעיקר: מקסיקו, ברזיל, ארגנטינה וצ'ילה) ואפריקה (בעיקר ניגריה ודרום אפריקה).
ג. מחלקה כלכלית 2 – אחראית על הקשרים הכלכליים עם מרכז ומערב אירופה, עם טורקיה וקפריסין וכן עם ארגון הסחר העולמי וארגון המדינות המפותחות (OECD). 
ד. מחלקה כלכלית 3 – אחראית על הקשרים הכלכליים עם רוסיה ומרכז אסיה וכן על נושאי האנרגיה. 

מחלקת הטקס

מחלקת הטקס עוסקת בארגון טקסים רשמיים ובמתן השירותים השוטפים לסגל הדיפלומטי כגון חסינויות, תיאום עם שלטונות המכס, מע"מ, מיסי קנייה, הוצאת תעודות, ותיאום עם המשטרה בענייני שמירה על הנציגים. 
מלבד טקסים וקבלות פנים בבית הנשיא ובמשרד ראש הממשלה, המחלקה גם עורכת טקסים בנתב"ג כשהנשיא נוסע לביקורים ממלכתיים בחו"ל. בנוסף, המחלקה גם מטפלת במינוי קונסולי כבוד בישראל ובכתבי האמנה לשגרירי ישראל המתמנים לתפקידים בחו"ל.

החטיבה לתכנון מדיני

החטיבה, שהוקמה בשנת 1993, נועדה "להעמיק את ממד המחשבה המדינית היוצרת ואת התכנון המדיני בסוגיות מפתח של מדיניות החוץ הישראלית, בדגש על תהליכים מדיניים והתפתחויות אזוריות וגלובליות". 
החטיבה עוסקת בתכנון לטווח ארוך, תוך מתן תחלופות והצגת עמדות שונות. החטיבה גם מגבשת הערכת מצב מדינית שנתית, העושה את דרכה אל הקבינט וממשלת ישראל.

אגף קשרי תרבות ומדע (קשתו"ם)

האגף אחראי על "ייצוא התרבות" של ישראל לעולם בתחומי מחול, ספרות, מוזיקה, תיאטרון, קולנוע ואמנות פלסטית. האגף מטפל גם בהסכמי תרבות ומדע של מדינת ישראל עם מדינות זרות, בעריכת תוכניות לשיתוף פעולה תרבותי ומדעי ומארח נציגי תרבות ומשלחות מחו"ל ובתקצוב הכללי של האגף.

אגף משפט

אגף משפט עוסק במתן ייעוץ משפטי לשר החוץ, ליחידות המשרד ולנציגויות ישראל בחוץ לארץ; מטפל בהשלכות המשפטיות של יחסי החוץ של ישראל ושל מהלכי האו"ם ותוכניותיו המיוחדות; מנסח אמנות והסכמים בהם ישראל צד; מטפל בבעיות משפטיות של רשויות ישראל ואזרחיה בחוץ לארץ ובתביעות של ממשלות זרות ושל נציגויותיהן ואזרחיהן בישראל, לרבות בעיות חסינות וזכויות יתר של דיפלומטים זרים בישראל.
האגף בודק הצעות חוק של משרדים אחרים ושלחברי כנסת שיש להם השלכות על משרד החוץ ועל יחסי החוץ של ישראל.
האגף אחראי גם על ריכוז ההליכים הכרוכים בתביעות משפטיות המוגשות בידי המשרד או נגדו, בתיאום עם פרקליטות המדינה. האגף מייצג את המשרד בפני גופים שיפוטיים ומעין שיפוטיים.
נציג האגף משתתף במשא ומתן על ביצוע פעולות עסקיות כמו רכישת נכסים או שכירתם, רכישת ציוד, העסקת קבלנים, כל אלה פעולות החייבות לבוא לידי ביטוי במכרז או בחוזה. נציג האגף גם בודק את החוזים לפני חתימתם.
היועץ המשפטי הנוכחי של המשרד הוא ד"ר טל בקר.

ביקורת על המשרד

לפי דוח מבקר המדינה לשנת 2006 הבוחן היבטים בפעילות משרד החוץ, קיים במשרד פיצול ארגוני רב במחלקות, ובה בעת חל גם גידול משמעותי במספר יחידותיו בשנים 2000 - 2005. הגידול במספר היחידות מגדיל את מספר המנהלים וסגניהם. לדעת המבקר, השינויים הללו, כשנבחן הקשר בין מבנה המשרד להשגת יעדיו, מעוררים חשש שמא הם נועדו למלא גם את הצרכים האישיים של העובדים בו, ולא את צרכיו הארגוניים של המשרד בלבד.
בדו"ח שפרסם מבקר המדינה בשנת 2015 על ניהול כוח האדם במשרד החוץ, נמתחה ביקורת חריפה על כך שבשנים 2010–2014 משרד החוץ לא קלט צוערים חדשים בהתאם לצרכיו או בהתאם למספר העובדים שפרשו באותה תקופה, והעדיף תחת זאת לאייש את תקני שירות החוץ בעובדי השירות המינהלי, אשר חלק ניכר מהם אינו כשיר לשרת בנציגויות. הדו"ח מצטט את מסמכי הנהלת המשרד מהם עולה, כי קיים מחסור בצוערים הנובע מפערים בהיקף גיוס הצוערים שהחלו בשנת 2000 עקב יישום החלטות ממשלה לקיצוץ כוח אדם בשירות המדינה.
בתוכנית "עוצמה בשעת מבחן" שפרסם מכון ירושלים לאסטרטגיה ולביטחון בשנת ]2019, נמתחה ביקורת על "הזנחה מתמשכת" של השירות המקצועי במשרד החוץ.