אוונג'רס ואקס-מן: הציר

אפילוג, הכנות לאירוע

לאחר שסייקלופס בהשפעת כוח הפניקס הרג את צ'ארלס אקסבייר, שיבוט של הגולגולת האדומה השתיל את מוחו של אקסבייר בגופו. הוא הרכיב קבוצה בשם אס-מן להלחם באיום המוטאנטי, והצליח להשתלט על רוג ומכשפת השני. הגולגולת הוביל מתקפה על ניו יורק כדי לבחון את יכולותיו הטלפתיות, ואילץ אזרחים להלחם אחד בשני לפני שהובס בידי האוונג'רס המופלאים. מאוחר יותר, סטיב רוג'רס / קפטן אמריקה הפסיק להיות קפטן אמריקה, וזאת כי הזדקנותו חזרה.
בהשראת מציאות ארץ-811, הגולגולת בנה בג'נושה - בעבר מקום מפלט למוטאנטים - מחנות ריכוז. הוא שם במחנות גם בלתי אנושיים, אך פעילותיו התגלו בידי מגנטו. בינתיים, האס-מן לכדו את האבוק, מכשפת השני ורוג מהאוונג'רס המופלאים אך הם ברחו והצילו את מגנטו. לאחר שכלא את לוקי, דוקטור דום התמודד עם מתקפה טלפתית מצד הגולגולת על לאטבריה ואילו סאם וילסון / פלקון נלחם לצד איאן וג'ט זולא נגד אביהם ושיבוטיו של האוונג'רס. הוא קיבל מרוג'רס את המגן והחליפה אך שמר על כנפיו, ונעשה קפטן אמריקה החדש. בג'נושה, מגנטו והאוונג'רס המופלאים נתקלו והתעמתו עם הגולגולת והאס-מן. בעזרת הורמון גדילה מוטאנטי, מגנטו הרג את כל האס-מן פרט לג'יני המסוכן, ואת הגולגולת באמצעות "אגרופים בלבד" כדי להעניק לו "מוות טהור". דבר זה גרם לאונסלות', שככל הנראה שכן במוחו של אקסבייר, להשתלט על הגולגולת.

מערכה ראשונה - "העליונות האדומה"

בעזרת כוחותיו החדשים, הגולגולת הפיץ שנאה בעולם שהשפיעה על האוונג'רס ובו זמנית נלחם במגנטו, האבוק, רוג ומכשפת שני. לאחר שאיירון מן הציל את האוונג'רס, הם אתרו את מקור המתקפה הטלפתית, הגיעו לג'נושה וחברו לארבעת המוטאנטים, לשני צוות האקס-מן של סייקלופס וסטורם, מדוזה ואחרים. הגולגולת גילה כי הוא גרם לאיירון מן לבנות לו סדרת זקיפים בעלי ידע על גיבורי-על מימי מלחמת האזרחים ביקום מארוול. הגולגולת שחרר את זקיפי סטארק, שהחלו בקרב. 
עם הופעת הזקיפים, המערכה נטתה לטובת הגולגולת. בעזרת המידע על הגיבורים, הזקיפים השתמשו בכוחותיהם נגדם, כיווצו אותם עם חלקיקי פים וכלאו אותם. רוג הציעה שמכשפת השני ודוקטור סטריינג' יטילו כישוף על הגולגולת כדי שאקסבייר ישתלט עליו, אך התוכנית נכשלה בגלל חוסר הניסיון של נובה. בעוד מגנטו ברח, קיד אומגה הסתיר את הגיבורים. איירון מן אירגן ניסיון אחרון להביס את הזקיפים, אך נכשל ונשאר האחרון שעומד. הגולגולת אמר שהוא חדר למוח של איירון מן ושהוא רק סוציופת המונע בידי תחרות. לפתע, מגנטו חזר עם קבוצת נבלי-על שכללה אותו כמנהיג לצד דוקטור דום, לוקי, מיסטיק, סייברטות', ג'ק-או-לנטרן, דדפול, הובגובלין, מכשפת, האיש הסופג וקרנג'.
בניצול העובדה שלזקיפים אין מידע על נבלי-על, קבוצתו של מגנטו הביסו את הזקיפים אחד-אחד ושחררו את הגיבורים. דוקטור דום ומכשפת השני הטילו כישוף היפוך, שגרם לגולגולת לחזור לצורתו המקורית ולאבד את ההכרה וללא ידיעתם להיפוך במוסר של גיבורי-ונבלי העל שבאי. קבוצתו של מגנטו עזבה, ואילו האקס-מן רצו לחזות בהתעוררתו של הגולגולת בתקווה שאקסבייר שולט בו. לפני שהוא התעורר, האוונג'רס לקחו אותו לכלא במגדל סטארק, מה שגרם להאבוק להתפטר מתפקידו באוונג'רס המופלאים ולהצטרף לאקס-מן, שהתאחדו.

מערכה שנייה - "היפוך"

ימים לאחר מכן, S.H.I.E.L.D קראו לסאם וילסון לדון בנושא הגולגולת. ניק פיורי הבן ניסה לשכנע את וילסון להסגירו, אך תחת השפעת כישוף ההיפוך, וילסון הכה את פיורי ועזב. בברוקלין, קרנג' הציל משפחה שהוחזקו כבני ערובה מידי "התמנון". ספיידרמן הגיע למקום לפני שקרנג' עזב, והופתע לגלות שאין כלל נפגעים. בסן פרנסיסקו, איירון מן הגיע לאצטדיון שם הציג גרסה דיגיטלית לוירוס אקסטרמיס חינם לכל העיר. בקהל, מאט מורדוק / דרדוויל שם לב לשינוי באיירון מן, וכי הוא חזר לאלכוהוליזם. בבית הספר לצעירים מחוננים על שם ג'ין גריי, האקס-מן חשפו כי סדר-היום החדש שלהם לא כולל דו קיום בין בני אדם למוטאנטים, ושאפו לשלוט בהם בעזרת אוון סבאחנור, שיבוט של אפוקליפס שהפך לאפוקליפס בגלל כישוף ההיפוך. במגדל האוונג'רס, וילסון הודיע לאוונג'רס על מיקומם הנוכחי של האקס-מן והחליט כי הם צריכים להרוג את הגולגולת האדומה גם אם אקסבייר בתוכו. אדווין ג'רביס והענק הירוק ניסו לעצור בעדם ללא הצלחה, מה שגרם להשפעת כישוף ההיפוך על הענק. כעת אלים ואגרסיבי ברמה יותר גבוהה מקודם, הענק קרא לעצמו קלאה (Kluh, היפוך אותיות במילה האלק, באנגלית Hulk) ותקף את האוונג'רס לפני שברח והתחיל במסע הרס. האוונג'רס החליטו שקלאה הוא לא בעיה שלהם כל עוד לא יעמוד בדרכם, וכאשר פתחו את תאו של הגולגולת, גילו שהוא ריק.
בעקבות בריחתו של הגולגולת, וילסון זימן ישיבה במגדל האונג'רס, של האוונג'רס ושאר הגיבורים הזמינים. אחרי שהודיע על היעלמותו של הגולגולת, וילסון אמר כי רק חבר אוונג'רס מסוגל לכך, מה שהפך את כל הגיבורים לחשודים. ברגע שחוש העכביש שלו הופעל, ספיידרמן ברח יחד עם נובה ברגע שוילסון ריסס את הגיבורים בחלקיקי פים וכלא אותם בחוות הנמלים של האנק פים. ספיידרמן ונובה נרדפו, אך ניצלו בידי מגנטו שלקח אותם לאחוזת האוונג'רס. שם, סטיב רוג'רס הסביר להם על ההיפוך, וכי קלאה משתולל באריזונה. לאחר שנובה טס להלחם נגדו, ספינת אוויר ענקית הופיעה בשמי ניו יורק, ונשאה אתה את האקס-מן ההפוכים. הם הכו את וילסון, והודיעו לתושבי מנהטן להתפנות או למות, וזאת כי הם מתכננים להשתלט על המקום.
לאחר שידור האזהרה, האקס-מן - שיצרו פצצת גנום שתהרוג כל אדם ללא גן האקס המוטאנטי - נתקלים במיסטיק, שמנסה לשכנע אותם כי הם טועים. אחרי עימות נגד רוג ונייטקרולר, מיסטיק נאלצה לעזוב עם סייברטות'. בסן פרנסיסקו, דרדוויל נאבק באיירון מן על שיחרור אקסטרמיס, אך איירון מן הפתיע אותו בכוח וזריזות מוגברים שהביסו אותו. בלאטבריה, דוקטור דום תכנן לחולל משטר דמוקרטי לפני שהותקף על ידי מכשפת השני כנקמה על שניצל אותה בעבר וגרם בעקיפין לאירועי "בית אם". מגנטו וקוויקסילבר הגיעו ללאטבריה, הצילו את דום ומגנטו העיר כי אם הייתה הורגת אותו לעולם לא הייתה מתאוששת. בלאס וגאס, לוקי ניסה לשכנע את תור / בן אודין להקשיב לו, ניצל בידי ספיידרמן, איאן זולא ורוג'רס והגיע איתם לאחוזת האוונג'רס. רוג'רס גילה כי הוא מצא פתרון להתמודדות עם האוונג'רס והאקס-מן, בכך שאיחד את קבוצת נבלי-על של מגנטו לצוות של האוונג'רס - האוונג'רס המדהימים.

מערכה שלישית - "אי-סדר עולמי חדש"

האוונג'רס המדהימים הסתערו על האקס-מן, והחלו בקרב. דדפול, שעבר לזן והפך לזנפול, חבר לספיידרמן בניסיון להרחיק את אפוקליפס ולנטרל את הפצצה. זנפול ניסה להסיח את דעתו של אפוקליפס כדי שספיידרמן ינטרל את המכשיר, אך הם נכשלו והועפו מהספינה היישר לתוך הקרב. בלאטבריה, מכשפת השני שחררה את כוחותיה כדי להלחם בדום, לכאורה הרגה את מגנטו וקוויקסילבר וגילתה כי לה ולקוויקסילבר אין קשר דם עם מגנטו. וילסון נפגש עם איירון מן באי סטארק, בעוד זנפול ניסה להגיע להבנה עם אפוקליפס. אפוקליפס הכה את זנפול וערף את ראשו, והביס את שאר האוונג'רס המדהימים. הוא התפאר בניצחונו, וזאת בעוד הספירה לאחור כמעט הושלמה.
ללא אפשרות אחרות, קרנג' עטף את הפצצה, ונהרג. ספיידרמן התעמת עם האקס-מן בדבר מותו, ולפתע האוונג'רס הגיעו למקום ונלחמו באקס-מן. לוקי הסיח את דעתו של תור, והשניים השתגרו לירח. באחוזת האוונג'רס, רוג'רס ואיאן צפו במאבק, ופתאום ג'רביס הגיע והודיע כי הוא יודע איך לעצור אותם. בלאטבריה, מכשפת השני התעלמה מדבריהם של מגנטו וקוויקסילבר והחלה בהריסת עיר הבירה. דוקטור דום הופיע עם דוקטור וודו שקם לתחייה, שהורה לרוחו של אחיו דניאל להיכנס לגופה של מכשפת השני ובכך ביטל חלקית את הכישוף. באחוזת האוונג'רס, איאן קיבל הודעה מרוג'רס (שצייד את עצמו בשלד חיצוני תוצרת איירון מן ומגן אנרגיה) כי הוא הולך לשחרר את הגולגולת. איירון מן יירט את ההודעה, הודיע לוילסון ושניהם הלכו למגדל האוונג'רס. מתגלה כי הוא כלל לא שוחרר, אלא שג'רביס השתמש באחד ממכשירי ההסוואה של איירון מן כדי להחביא אותו. הם מצאו את רוג'רס מחזיק את הגולגולת האדומה, אומר להם להיכנע או להלחם.
בעזרת כוחות הטלפתיה של הגולגולת, רוג'רס הספיק להסיח את דעתו של וילסון וברח. לאחר כשלונו של וילסון ותבוסתם של האקס-מן, האוונג'רס יצאו לאחוזת האוונג'רס. אפוקליפס המתאושש מתבוסתו מתעמת עם זנפול ורוצה להלחם באוונג'רס, ואילו על הירח, תור רדף אחרי לוקי באזור הכחול של הירח. לוקי רץ לעבר המיולניר שהונח מאז שתור נעשה לא ראוי, הרים אותו והחל בקרב. באחוזת האונג'רס, רוג'רס והגולגולת הותקפו על ידי האוונג'רס. לפני שוילסון הנחית את מכת המוות על רוג'רס, אפוקליפס הופיע ונלחם באוונג'רס. הגולגולת נעלם, חלק מהאוונג'רס ניצבו מול ספיידרמן וסייברטות' ורוג'רס ניסה להעביר את הגולגולת למטוס, אך הם הותקפו בידי איירון מן. איירון מן עמד להרוג את הגולגולת כאשר פתאום דום, מגנטו, קוויקסילבר, דוקטור וודו ואחיו בגופה של מכשפת השני הגיעו. לאחר שאיירון מן נוטרל, דום, וודו, הגולגולת ואחיו של וודו החלו בכישוף שיבטל את השפעות ההיפוך. איירון מן הגן על עצמו מהכישוף, אך בטעות גם על האבוק וסייברטות'. כל הנוכחים חזרו למצבם הרגיל פרט לשלושה, והאבוק הצליח להשתמש בצרעה כדי לברוח. מגנטו הבין כי בכל ההמולה, איירון מן, דום והגולגולת נמלטו.

אחרית דבר

לאחר הקרב, ניו יורק נבנתה מחדש. העיתונות קבלה קלטת וידאו שהוקלטה בידי האוונג'רס המדהימים לפני הקרב, בה לקחו את האחריות על עצמם וטענו כי הפעילו מניפולציה על האונג'רס והאקס-מן באמצעות קסמיה של מכשפת. איירון מן חזר לאי סטארק והאבוק לאקס-מן של סייקלופס, דדפול וסבאחנור נעשו במנוסה, לוקי התמודד עם היותו לא ראוי ודוקטור דום חטף את הגולגולת כאסיר. מכשפת השני חזרה לאוונג'רס המופלאים, אליהם הצטרפו גם דוקטור וודו וקוויקסילבר. ספיידרמן השתמש במשאבי תעשיות פארקר לבניית פסל דמוי יהלומים של קרנג' לזכרו, וסייברטות' נכלא. סייברטות' הבטיח ללכת בדרך טובה יותר בחיים, בדומה לזו של לוגאן.