זיהוי מקום המקדש

בחירת מיקום המקדש

המחקר ההיסטורי אינו יודע להצביע על סיבה ספציפית לבחירתו של הר הבית. ישנה סברה, שגרנו של ארונה היבוסי שימש מקום פולחן, או שאבן השתייה הייתה מקודשת על המקומיים, מסורת שעברה לעם ישראל. על פי המקרא, בהר המוריה שעליו נבנה בית המקדש, עקד אברהם את יצחק בנו בבואו להקריבו על המזבח שבנה שם על פי הצו האלוהי שקיבל. מאורע זה היה הרקע לקביעת הר המוריה כמקום הקרבת הקרבנות לפני האלוהים, היינו מקום בית המקדש. 
ישנה השערה נוספת שהר הבית נבחר מפני סמיכותו לעיר דוד, שכן הקמת מרכזי פולחן בנקודות גבוהות הייתה עניין רגיל בעת העתיקה. אמנם, הר הזיתים והגבעה הנקראת מאז ימי הביניים הר ציון (בניגוד להר ציון המקראי שהוא הר המוריה), נישאים מעל הר המוריה, אך המעבר אליהם כרוך בחציית נחל קדרון מחד, והגיא המרכזי מאידך. יש לזכור שקרקע העמק הייתה נמוכה בכשנים-עשר מטרים מגובהה כיום. המעבר להר המוריה, לעומת זאת, לא הצריך חציית נחל, אלא אוכף, עליה שנעשתה קלה אף יותר עם בניית המילוא על ידי שלמה המלך. הסבר זה לא נותן תשובה לשאלת חשיבותה של ירושלים ומדוע נבחרה דווקא היא להיות בירת הממלכה.
המסורת היהודית גורסת כי מקומו של המקדש בירושלים אמנם לא הוזכר מפורשות בתורה, אך כבר היה קבוע מקדמת דנא. בתלמוד הבבלי מובא הסברו של רבא מה היו התלבטויותיהם של דוד ושמואל, בבואם למצוא את המיקום הראוי לבנות בו את בית המקדש. רבא, אינו טוען כי שמע במסורת איש מפי איש שכך אכן היה, אך ניתן לראות כאן את גישתו - מיקום הבית היה צריך להיחשף על ידי דרישת פסוקי התורה וספר יהושע.
לעומת זאת, בעת דיונה של הגמרא בבעיות שעמדו בפני בוני בית המקדש השני, לא הזדקקו לאמצעים דרשניים אלה, אלא לכלים שונים בתכלית - לגבי צורת הבית הכללית, מניחה הגמרא בפשטות כי ניתן היה לזהות את צורתו מתוך המצאי בשטח - מעין דוגמה עתיקה לניתוח ארכאולוגי, לאחר איתור יסודות החומות. לדברי ר' שמואל בר נחמני גם לצורך זיהוי מקום המזבח, נעזרו העולים בממצא דומה: "מכל הבית כולו הריחו ריח קטרת, משם הריחו ריח איברים". אמוראים אחרים טענו שבזיהוי מקום המזבח, הסתייעו העולים בדברי נבואה או בגילויים שמימיים אחרים. 
את מזבח הנחושת לקח נבוזראדן לבבל ולא נשאר סימן במקומו. אבל המזבח שבנה זרובבל נגנזו אבניו בתקופה הסלאוקית בלשכת בית המוקד, וחודש שוב בימי הורדוס, ולכן סביר להניח שיהיה קל לאתר את יסודותיו.

הר הבית בתיאורו של יוסף בן מתתיהו

יוסף בן מתתיהו מרחיב את היריעה בנוגע לתיאור בית המקדש והר הבית בכמה מקומות - חלקם כרקע לתיאור הלוחמה והחורבן שהתנהלו בם ובסביבתם כחלק מהמרד הגדול, וחלקם בתור תיאור היסטורי של הבניין החשוב ביותר בתולדות היהודים.
בתיאורו של יוסף ישנה התייחסות לפרטים, ודבר זה חשוב בעיקר בתיאור המבנים החיצוניים של הר הבית, עניין בו חז"ל עסקו באופן מצומצם ביותר. עם זאת, יוסף, למרות היכרותו עם הבית, והעובדה שהוא אף כנראה שימש בו בעצמו ככהן, אינו נבדל משאר ההיסטוריונים בני תקופתו, ואינו מדייק במספרים. תיאורו הוא כללי ומלא התפעלות. ניתן להוסיף לכך את העובדה שהתיאור נכתב לקהל רומאי, אחרי חורבן הבית. כך שלא היה צריך לחשוש להשגות על פרטים שגויים שאולי חדרו לכתביו. ככלל, נחשב התיאור שבמשנה, למרות החלקים בו השנויים במחלוקת, כנאמן יותר, וכתבי פלביוס משמשים כמידע משלים על גביהם

הר הבית בימי הביניים

בית המקדש אמנם חרב, אך הוא לא חלף מהתודעה היהודית, ואף מזו הנוכרית. מסורות שונות לגבי מיקום שלל חלקים מהמקדש שרדו במדרשים, וכן בעדויותיהם של נוסעים ועולי רגל. עם כל הבעייתיות של הסתמכות על מסורות, במיוחד כאלו שנכתבו לעיתים מאות שנים לאחר המאורע, הן עדיין בעלות משקל ניכר בדרך לקביעת מיקום בית המקדש.

מסורות המזהות את כותלי הר הבית

המדרש, בשיר השירים רבה, מספר:
הנה זה עומד אחר כתלנו"- "אחר כותל מערבי של בית המקדש. למה? שנשבע לו הקב"ה שאינו חרב לעולם ושער הכהן ושער חלדה לא חרבו לעולם עד שיחדשם הקב"ה.
— שיר השירים רבה ב, סג
אמנם, מתוך דברי המדרש, נראה סביר כי המדובר בכותל ההיכל או העזרה, אך אלו לא שרדו, והמסורת היהודית קשרה מדרש זה עם כותלו המערבי של הר הבית, ובמשך דורות רבים, היו היהודים מתפללים מול כותל זה וראו בו עדות להבטחה זו. עם זאת, ישנם מקורות נוספים בהם הר הבית כולו נקרא בשם "מקדש", כמו כן שערי חולדה המוזכרים במדרש אינם שערי העזרה, אלא שערי הר הבית, כך שנראה שהמדרש אכן מתייחס לכותל החיצוני.
נראה כי מאמרו של רבי אחא במדרש תנחומא שהוסיף על דברי רבי אלעזר בן פדת שהשכינה נמצאת במקום המקדש, נועד לצמצם ולא להרחיב את מקום השכינה. כאשר אמר "אין השכינה זזה מכותל מערבי של בית המקדש" לא הייתה כוונתו לכותל המערבי של הר הבית, ולא לחומת העזרה המקודשת ממנו שאורכה קל"ה אמה, ולא לכותל החיצון של ההיכל שאורכו 70 אמה, אלא לכותל המערבי של קודש הקדשים שאורכו 20 אמה, הסמוך לאבן השתייה. 

השיטות המרכזיות

כפי שצוין לעיל, מסורות יהודיות, נוצריות ואסלאמיות רבות שנים זיהו את הסלע שתחת כיפת הסלע כמקום קדוש. המסורת היהודית, כפי שהביאהּ הרדב"ז, מיחסת את הסלע כאבן השתייה המוזכרת בחז"ל שעליה עמד קודש הקודשים, שיטה דומה לזאת, בעיקר של הרב שלמה גורן, מזיזה את מקום המקדש בכ-50 מטר מערבה, כיון שלשיטתו הסלע הוא חלק ממזבח העולה.

העדויות והמסורות הקדומות

שיטה זו היא העתיקה והרווחת מבין השיטות, ונתמכת על ידי מרבית החוקרים ואנשי ההלכה] עד היום.
המקור הקדום ביותר המסייע לקביעת מקום אבן השתייה כמקומו של קודש הקודשים הוא עדותו של הנוסע מבורדו, שכתב בשנת 333: "יש כאן שני פסלים של הדריאנוס ולא הרחק מהם אבן מנוקבת שאליה היהודים באים כל שנה ומושחים אותה בשמן, מתאבלים, קורעים את בגדיהם ומפליגים לדרכם". תיאור זה, של אבן מנוקבת, מתאים לסלע אשר כיפת הסלע בנויה על גביו, אשר בו חור עגול ותחתיו מערה. 
ההיסטוריון הנוצרי Eutychius מתאר בשנת 876 כיצד סופרוניוס, בישוף ירושלים, הראה לעומאר בן אל-ח'טאב את הסלע במקום בו היה קדש הקדשים, עליו בנו אחר כך את הכיפה המפורסמת. במקורות ערביים ישנו סיפור כיצד יהודי מומר בשם כעב אבו יצחק יעץ לעומאר לבנות מסגד מצפון לצ'חרה (לסלע אין שם מיוחד בערבית, ומשמעות שמו היא 'סלע') כדי שיתפללו למקום שאליו פונים היהודים וגם אל מכה. ההיסטוריון הארמני Sebeos כתב במאה השביעית בספרו שעם כיבוש ירושלים על ידי הערבים, תכננו היהודים לבנות מחדש את בית המקדש. הם מצאו את מקום קדש הקדשים ובנו בניין עם במה כדי להתפלל שם. אבל הישמעאלים, שקינאו בהם, גרשו את היהודים משם ועשו אותו מקום תפילה לעצמם. 
רבי בנימין מטודלה שביקר בירושלים בערך בשנת 1170, כותב שעומאר בן אל-ח'טאב בנה כיפה גדולה על מקום המקדש. כן מעיד גם ר' פתחיה מרגנשבורג כחמש שנים לאחריו. בראשית המאה ה-14 ביקר בירושלים תלמידו של הרמב"ן. בין השאר הוא כתב "על אבן שתייה בנו מלכי ישמעאל בנין מפואר מאד". 
יש המוצאים אף בדברי המדרש ראיה למיקומו של קודש הקודשים במקום כיפת הסלע:
ר' ישמעאל אומר חמשה עשר דברים עתידין בני ישמעאל לעשות בארץ באחרית הימים, ואלו הן: .. ויגדרו פרצות חומות בית המקדש ויבנו בנין בהיכל.
— פרקי דרבי אליעזר, סוף פרק ל

מזבח העולה היה במקום כיפת הסלע

החוקרים הממקמים את מזבח העולה על גבי הצ'חרה, מזהים את 'בור הרוחות', הנמצא במערה שתחת לאבן, כ"שיתין", הצינורות דרכם התנקז דם הקורבנות. טענה זו הסתמכה בעיקר על עדותו של המהנדס האיטלקי ארמטה פיירוטי כי הוא הצליח להגיע באמצעות אחד הבורות הנמצאים צפונית לאזור אל בור זה. ב-1911 טען מונטגיו פארקר כי הוא פתח את הבור וכי עומקו לא עלה על 25 ס"מ, אך רבים מפקפקים במהימנותו של פארקר.
הרב שלמה גורן הוא הדובר המרכזי של שיטה זו, שנוסחה בספרו "הר הבית". לדבריו אורך האמה הוא 58 ס"מ, המקדש ניצב למזרח האסטרונומי, וה"שיתין", ניצבים מעל החור שבסלע. הקשיים בשיטה זו מרובים. לשיטה זו, חישוב טופוגרפי של ההר מביא למסקנה שקדש הקדשים מצוי מעל אמצע העמק, עובדה המצריכה עבודות פילוס עצומות ומיותרות שלא נשאר מהן זכר.