חוק הפטריוט

פרק I: העמקת ביטחון הפנים נגד טרור

פרק I מתיר לשירותי ביטחון הפנים לנקוט אמצעים למניעת טרור. הפרק מיסד קרן לפעילות אנטי טרוריסטית, הגדיל את מימון מרכז התמיכה הטכנית של ה-FBI והרחיב את כוח המשימה הלאומי לענייני פשיעה אלקטרונית. הפרק גם גינה את האפליה שננקטה כלפי מוסלמים וערבים אמריקאים בתקופה העוקבת לפיגועי 11 בספטמבר.

פרק II: נוהלי מעקב

פרק זה עוסקת ב"נוהלי מעקב משופרים" ומכסה את כל ההיבטים של מעקב אחר חשודים בטרור, חשודים בהונאות ופשעי מחשב וסוכנים של מדינה זרה העוסקים בפעילויות חשאיות. הפרק מתיר לסוכנויות ממשלתיות לאסוף "מודיעין חוץ", מאזרחים וממי שאינם אזרחי ארצות הברית גם יחד. השינוי נועד להסיר את המחיצה המשפטית בין חקירות פליליות לבין ביצוע מעקבים לצורך איסוף "מודיעין חוץ", חציצה אשר הקשתה על קיום חקירות כאשר התקיימה חפיפה בין ביצוע מעקבים מודיעיניים לפליליים. הפרק מרחיב את משך פקודות המעקב והחיפוש הפיסי של FISA (חוק מעקב מודיעיני חוץ) ונותן לרשויות את היכולת לחלוק מידע שנאסף בפני חבר מושבעים גדול פדרלי, עם רשויות אחרות. 
היקף וזמינות צווי ההאזנה והמעקב הורחבו תחת הפרק השני. האזנות סתר הורחבו כך שיכללו טיפול וניתוב מידע על מנת לאפשר מעקב אחר רשתות מיתוג מנות, סעיף שגרר את התנגדותו של מרכז המידע להגנה על פרטיות אלקטרונית (EPIC) שטען כי הסעיף לא לוקח בחשבון כתובות דואר אלקטרוני או אינטרנט אשר לעיתים קרובות מכילות תוכן בפרטי הכתובת. החוק אִפשר לכל שופט בית משפט מחוזי בארצות הברית להוציא צווים כאלו ואף צווי חיפוש בעת ביצוע חקירות נגד חשודים בפעילות טרור. צווי החיפוש אף הורחבו כך שאִפשרו ל-FBI גישה להודעות תא קולי בלא להזדקק לחוק הציתות המחמיר יותר.
פרק II כונן שלוש הוראות השנויות במחלוקת חריפה: צווי "sneak and peek" - צווי חיפוש המתירים לקציני אכיפת החוק לבצע כניסה פיזית לנדל"ן פרטי ללא אישור הבעלים או הדיירים ואף בלא החובה ליידעם על כך, על מנת לבצע חיפוש חשאי במקום; ביצוע האזנות סתר נודדות; ומתן הסמכות ל-FBI לקבל גישה למסמכים החושפים דפוסי חיים של אזרחי ארצות הברית.
צווי ה-"sneak and peek" אִפשרו להשהות את מתן ההודעה על ביצוע צווי חיפוש. פרק הזמן הקודם למועד בו חייב ה-FBI ליידע את מקבלי הצו לא הוגדר בחוק - המדריך לסוכני השטח של ה-FBI ציין סטנדרטים גמישים בהקשר זה - והוא ניתן להארכה על פי שיקול דעתו של בית המשפט. הנחיות ה-"sneak and peek" בוטלו על ידי השופטת אן אייקן ב-26 בספטמבר 2007 לאחר שפרקליט פורטלנד (אורגון), ברנדון מייפילד, נכלא בטעות בגלל החיפושים הללו. בית המשפט קבע כי החיפושים הללו מפרים את ההוראה האוסרת על חיפושים בלתי סבירים בתיקון הרביעי לחוקת ארצות הברית. 
האזנות הסתר הנודדות נתפשו כחיוניות על ידי אנשי מחלקת המשפטים של ארצות הברית בשל אמונתם שטרוריסטים יכולים לשנות במהירות את מיקומם ואת אמצעי התקשורת בהם הם עושים שימוש, דוגמת טלפון סלולרי, בעוד המתנגדים לסעיף זה רואים בו הפרה של הזכות לפרטיות המיוחסת לתיקון הרביעי לחוקה.
הוראה אחרת השנויה במחלוקת, היא זו המאפשרת ל-FBI ליתן צו המחייב הפקתם של כל הדברים המוחשיים (כולל ספרים, תקליטים, ניירות, מסמכים ופריטים אחרים) לחקירה על מנת להגן מפני טרור בינלאומי או פעילות מודיעין חשאית, ובלבד שחקירה כזו של אדם בארצות הברית לא מתבצעת אך ורק על בסיס של פעילות המוגנת על ידי התיקון הראשון לחוקת ארצות הברית.
על אף העובדה שהצו הנ"ל לא היה מכוון ספציפית לספריות, איגוד הספריות האמריקאי (ALA - American Library Association) הביע התנגדות מיוחדת לצו זה. בהחלטה שקיבל האיגוד ב-29 ביוני 2005 נקבע כי "סעיף 215 של חוק הפטריוט בארצות הברית מאפשר לממשל לבקש ולקבל בחשאי רשומות ספרייה על מספר גדול של אנשים ללא כל סיבה להאמין שהם מעורבים בפעילות בלתי חוקית". עם זאת, עמדת ה-ALA לא התקבלה בלי ביקורת. מבקרת בולטת של עמדה זו הייתה הת'ר מק דונלד, מ-Manhattan Institute for Policy Research (מכון מנהטן למחקרי מדיניות), שבמאמר פרי עטה שהתפרסם בסיטי ג'ורנל טענה כי הסערה סביב הסעיף היא "חקר מקרה של 'חרחור פחד' מפני חוק הפטריוט". 
הפרק כלל סנקציות מסחריות נגד קוריאה הצפונית ונגד אפגניסטן שנשלטה על ידי הטליבאן, והוא כיסה גם העסקת מתורגמנים על ידי ה-FBI.
בשל התעקשותו של חבר בית הנבחרים ריצ'רד ארמי, תוקפם של כמה מתת הסעיפים שבפרק II היה אמורים לפקוע ב-31 בדצמבר 2005, אולם הוסכם שגם אותם תת-סעיפים שתוקפם אמור לפקוע בתאריך זה, יוסיפו להתקיים לגבי חקירות שנמצאות בעיצומן כנגד גורמי מודיעין חוץ, כך שניתן יהיה למצות את החקירות עד תומן.

פרק III: סיכול טרור באמצעות מניעת הלבנת הון

הפרק השלישי שכותרתו "מניעת הלבנת הון בינלאומית והחוק הפיננסי למלחמה בטרור 2001", נועד להקל על מניעה, איתור והעמדה לדין של החשודים בהלבנת הון בינלאומית ומימון טרור. הוא בעיקר מתקן חלקים מהחוק לבקרה על הלבנת הון (1986) (MLCA) ומחוק הסודיות הבנקאית (1970) (BSA). 
הסעיף חולק לשלושה חלקים, כשהחלק הראשון מתמודד בעיקר עם חיזוק חוקי הבנקאות נגד הלבנת הון, במיוחד בזירה הבינלאומית. החלק השני מנסה לשפר את התקשורת בין סוכנויות אכיפת חוק ומוסדות פיננסיים, כמו גם להביא להרחבת שמירת רשומות ודרישות הדיווח. החלק השלישי מגדיל עד פי ארבעה את העונש על זיוף והברחת מטבע זר.
החלק הראשון מהדק את הדרישות לשמירת רשומות שחלות על מוסדות פיננסיים, כשבתוך כך גרם להם לתעד את הסכומים המצטברים מעסקות שהוזמנו מאזורים בעולם לגביהם הלבנת הון מהווה מקור לדאגה בעבור הממשל הפדרלי. מחלקת האוצר של ארצות הברית אף הואשמה בגיבוש תקנות שנועדו לעודד שיתוף מידע בין מוסדות פיננסיים לצורך מניעת הלבנת הון. לצד הדרישות להרחבת תיעוד הרשומות, הונהגו תקנות חדשות שנועדו להקל על הרשויות לזהות פעילות הלבנת הון ולהקשות על מלביני הכספים להסוות את זהותם. במקרה שנחשף מקרה של הלבנת הון, מאפשר הסעיף לחלט את רכושם של החשודים בהלבנה. במאמץ לעודד מוסדות לנקוט בצעדים שיפחיתו את תופעת הלבנת הון, ניתנה למחלקת האוצר של ארצות הברית הסמכות לחסום מיזוגים בין חברות אחזקה בנקאיות (חברה השולטת בבנק אחד או יותר, אך לא בהכרח עוסקת בבנקאות בעצמה) ובנקים לבין חברות אחזקה בנקאיות ובנקים אחרים שלהם היסטוריה גרועה בתחום אי מניעת הלבנת הון. באופן דומה, מיזוגים בין תאגידים בנקאיים מבוטחים לבין תאגידים בנקאיים שאינם מבוטחים שיש להם רקורד גרוע במאבק נגד הלבנת הון, עשויים להיחסם. 
ההגדרה של הלבנת הון הורחבה כך שתכלול ביצוע עסקה פיננסית בארצות הברית שמטרתה ביצוע פשע אלים; מתן שוחד לעובד ציבור; הונאה בכספי ציבור; הברחת או ייצוא בלתי חוקי של תחמושת מבוקרת; ייבוא או הכנסת כלי נשק שלא אושרו על ידי התובע הכללי של ארצות הברית והברחה של כל פריט מבוקר על פי תקנות מִנהל הייצוא.
החוק גם הציג עונשים פליליים על פקידים מושחתים. עובד או פקיד מטעם הממשל הנוהג בשחיתות אישית בעת ביצוע תפקידו - כמו גם האדם שגרם לו להתנהג בצורה מושחתת - ייקנס בסכום שאינו עולה על פי שלושה משוויו של השוחד האמור. לחלופין, הם עלולים להיכלא לתקופה של עד 15 שנות מאסר, או שעשוי להיגזר עליהם קנס בנוסף למאסר. העונשים חלים על מוסדות פיננסיים שלא יעמדו בתנאים לחיסול חשבונות בנק כאמור בתוך 10 ימים ממתן הצו על ידי התובע הכללי של ארצות הברית או מזכיר מחלקת האוצר של ארצות הברית. המוסדות הפיננסיים יכולים להיקנס בסכום של 10,000 דולר על כל יום שהחשבונות נשארים פתוחים לאחר שפוקעת מגבלת עשרת הימים. 
החלק השני ערך מספר שינויים בחוק החסינות הבנקאית של 1970 בניסיון להקשות על פעולתם של מלביני כספים ולהקל על רשויות האכיפה והרגולציה לפקח על פעולות אלו. מטרתו של אחד התיקונים לחוק החסינות הבנקאית הייתה לאפשר לסוכנות או לקצין ייעודי המקבל דוחות על פעילות חשודה, להודיע על כך לסוכנויות המודיעין השונות של ארצות הברית. מספר תיקונים נעשו כדי לטפל בבעיות הקשורות לשמירת רשומות ודוחות פיננסיים. אמצעי אחד היה דרישה חדשה שכל מי שעושה עסקים יחויב להגיש דוח על כל תקבולי מט"ח מעל 10,000 דולר, והפך העברות כספיות המתחמקות מדרישות חוק החסינות הבנקאית של 1970, לבלתי חוקיות. על מנת להקל על הרשויות להסדיר ולחקור פעילות להלבנת הון, נכללו בהגדרה של מוסד פיננסי גם שירותים כספיים לעסקים המפעילים מערכת העברות כספים מחוץ לזרם המרכזי.

פרק IV: אבטחת הגבולות

הסעיף הרביעי מתקן את חוק ההגירה והאזרחות (1952) (Immigration and Nationality Act of 1952) כך שיינתנו יותר סמכויות אכיפה וחקירה לתובע הכללי של ארצות הברית ולשירות ההגירה וההתאזרחות (Immigration and Naturalization Service-INS). התובע הכללי הוסמך לוותר על כל מכסה של עובדים במשרה מלאה שהוקצו לשירות ההגירה וההתאזרחות בגבולה הצפוני של ארצות הברית. הוקצה מימון הולם שיאפשר להשליש את מספרם המקסימלי של אנשי משמר הגבול של ארצות הברית, שירות המכס ושירות ההגירה וההתאזרחות, לצד הקצאת 50 מיליון דולר שהוקצו לטובת שירות המכס ושירות ההגירה וההתאזרחות לצורך שיפור הטכנולוגיה ויכולות הניטור בגבול הצפוני ורכישת ציוד נוסף. לשירות ההגירה וההתאזרחות ניתנה גם הסמכות להורות על תשלום שעות נוספות מעבר למכסה בסכום של עד 30,000 דולר בשנה, לעובדי השירות. ל-INS ולמחלקת המדינה של ארצות הברית ניתנה גישה למידע אודות עבר פלילי הנכלל ב-National Crime Information Center Interstate Identification Index (מדד מרכז הפשיעה הלאומי הבין-מדינתי), בקובץ המבוקשים ובכל קובץ אחר המופעל על ידי המרכז הלאומי למידע על פשיעה (National Crime Information Center) על מנת לקבוע האם מבקשי ויזה יכולים להיכנס לגבולות ארצות הברית.
התיקון הסמיך את חוק ההגירה והאזרחות (1952) להוסיף הוראות חדשות לאכיפת דיני המעצר. אלו יחולו על כל זר אשר עוסק בטרור או מי שעוסק בפעילות המסכנת את הביטחון הלאומי של ארצות הברית. כמו כן יחול על מי שאינו קביל להיכנס למדינה, או שחובה לגרשו כי יש מידע מוסמך שהוא מנסה להיכנס על מנת לבצע ריגול בלתי חוקי; על מי שמייצא סחורות, טכנולוגיה או מידע רגיש באופן בלתי חוקי; או מנסה לשלוט או להפיל את הממשלה; או שהיה או שיהיה מעורב בפעילות טרור; התובע הכללי או סגנון יכולים להורות על משמורת של זרים כגון אלו עד שיורחקו מארצות הברית, אלא אם כן יוחלט לגביהם כי אין עוד חובה לסלקם, ובמקרה זה הם משתחררים. ניתן להחזיק זרים במעצר למשך 90 יום, אולם ניתן לעצרם לפרק זמן של שישה חודשים לאחר שנחשבו כאיום לביטחון הלאומי. עם זאת, חובה להאשים זרים אלו בפשע, או שההליכים לגירושם יחלו לא יותר משבוע לאחר יום מעצרם, אחרת ישוחררו. כך או אחרת, מעצרים אלו חייבים להיבחן מדי חצי שנה על ידי התובע הכללי אשר יכול להחליט לבטלם, אלא אם כן נמנע ממנו לעשות כן על פי חוק. כל שישה חודשים הזר יכול לבקש, בכתב, לבחון מחדש את האישור. ביקורת שיפוטית על כל פעולה או החלטה בעניין סעיף זה, לרבות ביקורת שיפוטית לגופו של אישור, ניתן לקיים בהליכי הביאס קורפוס. ניתן ליזום הליכים אלו בהגשת בקשה לבית המשפט העליון של ארצות הברית, על ידי כל שופט של בית המשפט העליון של ארצות הברית, על ידי כל שופט ב-Circuit court של בית המשפט לערעורים של ארצות הברית בוושינגטון די. סי., ובכל בית משפט מחוזי של ארצות הברית שיש לו סמכות לשקול את הבקשה. הצו הסופי נתון לערעור של בית המשפט לערעורים של וושינגטון די. סי. התובע הכללי אף מגיש דו"ח על צווי מעצר אלו בכל חצי שנה לוועדה של בית הנבחרים המפקחת על מערכת המשפט ולוועדה של הסנאט המפקחת על מערכת המשפט.
פרק המשנה האחרון, אשר הוצגה על ידי הסנאטורים ג'ון קוניירס ופטריק ליהי, מאפשרת שמירה על יתרונות ההגירה של נפגעי טרור, ושל משפחות של נפגעי פעולות הטרור. הם הכירו בכך שמשפחות מסוימות, שלא באשמתן, עלולות להיות לא מתאימות לקבלת היתר לישיבת קבע בארצות הברית בשל אי יכולתן לעמוד בתאריכי יעד חשובים בעקבות פיגועי 11 בספטמבר, או שהפכו לא כשירים להגיש בקשה לקבלת מעמד הגירה מיוחד מכיוון שאהובם מת בפיגוע.

פרק V: הסרת מכשולים לחקירת טרוריסטים

הסעיף מאפשר לתובע הכללי של ארצות הברית לשלם תגמולים על סיוע למחלקת המשפטים של ארצות הברית על מנת להילחם בטרור ולמנוע טרור, אם כי סכומים של מעל 250,000 דולר יוצעו או ישולמו אך ורק באישור אישי של התובע הכללי או של נשיא ארצות הברית וברגע שפרס מאושר, התובע הכללי חייב לתת על כך הודעות בכתב ליושב ראש ולחברי ועדת ההקצבות והרשות השופטת של הסנאט של ארצות הברית ושל בית הנבחרים של ארצות הברית. החוק State Department Basic Authorities Act of 1956 תוקן על מנת לאפשר למחלקת המדינה של ארצות הברית להציע פרסים, בהתייעצות עם התובע הכללי, על פירוק מלא או משמעותי של כל ארגון טרור ולזיהוי המנהיגים המרכזיים של ארגוני טרור. למזכיר המדינה של ארצות הברית ניתנה הסמכות לשלם יותר מחמישה מיליון דולר אם הוא משוכנע שהדבר ימנע פעולות טרור נגד ארצות הברית וקנדה. חוק ה-DNA Analysis Backlog Elimination Act תוקן כך שיכלול טרור או פשעי אלימות ברשימת העבירות הפדרליות המכשירות פעולה. סוגיה נוספת שנתפשה כמכשול, הייתה הצורך לאפשר לרשויות פדרליות לחלוק מידע עם רשויות אכיפת חוק פדרליות. לפיכך, החוק מאפשר עתה לקצינים פדרליים הרוכשים מידע באמצעות מעקב אלקטרוני או חיפושים פיזיים, להתייעץ עם אנשי אכיפת חוק פדרליים לצורך תיאום מאמצים על מנת לחקור או להגן מפני התקפות או חבלה פוטנציאליות או מוחשיות, או מפני טרור בינלאומי או פעילויות מודיעין חשאיות על ידי שירות מודיעין או רשת של כוח זר. 
השירות החשאי של ארצות הברית הורחב כך שיחקור גם הונאות מחשב, הונאות באמצעות access device, מסמכי זיהוי מזויפים או התקנים מזויפים, או כל פעילות הונאה נגד מוסדות פיננסיים בארצות הברית. חוק החינוך הכללי (The General Education Provisions Act) תוקן כך שאִפשר לתובע הכללי של ארצות הברית או לעוזר התובע הכללי של ארצות הברית לאסוף ולשמר רשומות חינוכיות רלוונטיות לחקירה מוסמכת או להעמדה לדין על עבירה המוגדרת כפשע פדרלי של טרור, אשר סוכנות חינוכית או מוסד חינוכי מחזיקים ברשותם. התובע הכללי של ארצות הברית או עוזרו חייבים "לאשר כי ישנן עובדות מסוימות הנותנות סיבה להאמין שרשומות חינוכיות מסוימות עשויות להכיל מידע" (שפשע פדרלי מסוג טרור יכול להתבצע). למוסד חינוכי המפיק רשומות חינוכיות בתגובה לבקשה כזאת ניתנת חסינות משפטית מכל אחריות העולה מהפקה כזו של רשומות. 
אחת הסוגיות השנויות ביותר במחלוקת בחוק הפטריוט, נמצאת בסעיף V בהתייחס למכתבי הביטחון הלאומי. מכתבי הביטחון הלאומי הם סוג של זימון (subpoena) לבית דין מנהלי הנמצא בשימוש ה-FBI, ומדווח שגם על ידי סוכנויות אחרות של ארצות הברית, דוגמת ה-CIA ומחלקת ההגנה של ארצות הברית. זהו מכתב דרישה שהוצא לישות או לארגון מסוים למסור מידע ורישומים שונים הנוגעים לבני אדם. הם אינם מחייבים עילה סבירה או ביקורת שיפוטית, וכן כוללים צו איסור פרסום המונע מנשוא המכתב לגלות שהמכתב הוצא אי פעם. סעיף V מאפשר לסוכן מיוחד הממונה על משרד שטח של ה-FBI להשתמש במכתבי הביטחון הלאומי, כאשר קודם לכן רק מנהל ה-FBI או העוזר לסגן ראש ה-FBI יכלו לאשר בקשות מסוג זה. האיגוד האמריקאי לחירויות אזרחיות (ACLU) עירער על הוראה זו מטעם צד לא מוכר נגד הממשל של ארצות הברית תוך שהוא מתבסס על הטענה שמכתבי הביטחון הלאומי מפרים את הוראות התיקון הראשון והרביעי לחוקת ארצות הברית בשל העובדה שאין דרך משפטית להתגונן מפני צו זימון שהוצא על פי מכתבי הביטחון הלאומי בבית משפט, ושמניעת יכולתו של הנפגע ליידע את עורך דינו על ההליך בשל צו איסור הפרסום שחל על המכתבים, היא בלתי חוקתית. מאוחר יותר אושר חוק הפטריוט מחדש ונעשו תיקונים שהגדירו ביקורת שיפוטית על מכתבי הביטחון הלאומי ועל מנת לאפשר לנמען המכתבים לחשוף את דבר קבלת המכתב בפני עורך דינו או אנשים אחרים הנדרשים על מנת להתגונן מול הצו. כך או אחרת, בשנת 2007 בית משפט מחוזי ביטל את האישור מחדש של מכתבי הביטחון הלאומי בשל היות צו איסור הפרסום בלתי חוקתי משום שבית המשפט עדיין לא יכול היה לבצע ביקורת שיפוטית משמעותית של צווים אלו.

פרק VI: קורבנות טרור ומשפחותיהם

הסעיף השישי מתקן את חוק קורבנות עבירה 1984 (VOCA) ביחס לדרך בה הקרן לקורבנות טרור מנוהלת וממומנת. שינויים נעשו ב-VOCA על מנת לשפר את מהירות האספקה של סיוע למשפחות נושאי משרות בתחום על ידי ביצוע תשלומים מהירים לנושאי המשרות או למשפחותיהם. על פי השינויים, חלה חובה להעביר את התשלומים לא יאוחר מ-30 יום לאחר היום בו נושא המשרה נפצע או נהרג במסגרת שירותו. לעוזר לתובע הכללי של ארצות הברית ניתנה הסמכות המורחבת, כאמור בסעיף 614 לחוק הפטריוט, להעניק מלגות לכל ארגון שמנהלת Office of Justice Programs (סוכנות במחלקת המשפטים של ארצות הברית שמתמקדת במניעת פשיעה באמצעות מחקר ופיתוח) הכוללת תוכנית הטבות לקציני בטיחות הציבור. שינויים נוספים בקרן לקורבנות הפשע הגדילו את סכומי הכסף בקרן ושינו את האופן בו חולקו הכספים. הסכומים הזמינים למענקים שבוצעו דרך הקרן לקורבנות פשיעה הזכאים לפיצוי, עלו מ-40% ל-60% מכלל הכספים בקרן. התוכנית יכולה להעניק פיצוי לאזרחי ארצות הברית אשר נפגעו מחוץ לגבולות ארצות הברית. בוטלו מבחני הזכאות לאלו אשר זכאים לפיצוי. תחת VOCA רשאי המנהל להעניק מענק שנתי לתמיכה בתוכניות סיוע לקורבנות פשע, מכספי הקרן הייעודית. הועבר תיקון כך ש-VOCA יכלול גם נושאים במשרה מתחומי וושינגטון הבירה, פוארטו ריקו, איי הבתולה של ארצות הברית וכל טריטוריה אמריקאית אחרת. VOCA מספק גם פיצוי וסיוע לקורבנות טרור ואלימות המונית. תיקון זה נעשה על מנת לאפשר למנהל להעניק מענקים משלימים למדינות לפיצוי קורבנות פשיעה ותוכניות סיוע, לארגונים המעניקים שירות לקורבנות, ארגונים וגופים ציבוריים (בממשל הפדרלי, המדינתי או המקומי), וכן ארגונים לא ממשלתיים המספקים סיוע לקורבנות הפשע. הכספים יכולים לשמש על מנת לספק סיוע חירום, כולל מאמצים לתגובה בשעת משבר, סיוע, פיצויים, הכשרה וסיוע טכני לחקירה ולהעמדה לדין של אנשים הקשורים לטרור.

פרק VII: שיתוף פעולה מוגבר להגנה על תשתיות קריטיות

מטרת סעיף זה היא להגביר את היכולת של רשויות אכיפת החוק בארצות הברית להתנגד לפעילות טרור החוצה גבולות שיפוט. הסעיף עושה זאת באמצעות תיקון החוק Omnibus Crime Control and Safe Streets Act of 1968. הסעיף מאפשר למנהל הלשכה לסיוע משפטי "להעניק מענקים ולהתקשר בחוזים" עם קבוצות מסוימות כדי להתמודד עם ארגוני טרור החוצים גבולות שיפוט. בנוסף, הוא מתקצב את הלשכה כך שתוכל להוציא לפועל את העשייה הזאת. הסעיף עושה זאת תוך תיקון Omnibus Crime Control and Safe Streets Act of 1968 כך שהוא יכליל טרור בהגדרה של "פעילות פלילית".

פרק VIII: חוק הטרור הפלילי

הסעיף השמיני משנה את הגדרות הטרור, ומכונן או מגדיר מחדש חוקים הבאים להתמודד איתו. הסעיף מגדיר מחדש את מושג ה"טרור מבית" כך שיכלול בהרחבה הרס המוני כמו גם התנקשות או חטיפה כפעולות טרור. ההגדרה כוללת גם פעולות אשר "מסוכנות לחיי אדם, שמפרות את החוק הפלילי של ארצות הברית או כל מדינה" ואשר נועדו "להפחיד או לכפות על האוכלוסייה האזרחית" "להשפיע על מדיניות הממשל באמצעות הפחדה או כפייה" או נעשים "כדי להשפיע על מדיניות הממשל על ידי השמדה המונית, התנקשויות או חטיפות" בתוך תחום השיפוט של ארצות הברית. טרור נכלל גם בהגדרה של ניהול עסק בלתי חוקי (שמתנהל בדרך כלל תחת החסות של ארגוני פשע מאורגן). מושגים המתייחסים לטרור קיברנטי הוגדרו מחדש כך שיכללו את המושגים "מחשב מוגן", "נזק", "הוכחה" (conviction), "אדם" ו"אובדן". 
עונשים חדשים נוצרו על מנת להרשיע מי שביצע תקיפה כנגד מערכות תחבורה ציבורית. אם העבריין ביצע תקיפה כזאת כאשר לא היו נוסעים בכלי התעבורה, העבריין ייקנס ויהיה צפוי לעונש מרבי של 20 שנות מאסר. לעומת זאת, אם הפעולה בוצעה כנגד כלי רכב או מעבורת שנסעו עליהם נוסעים בזמן ההתקפה או שהעבירה גרמה למותו של אדם, או אז העונש הוא קנס ומאסר עולם. הסעיף מתקן את חוק הנשק הביולוגי על מנת להגדיר את השימוש בחומר ביולוגי, רעלן או מערכת הובלה כנשק, מלבד כאשר השימוש נעשה למחקר בתום לב, לצורכי "רפואה מונעת, הגנה או שימוש אחר לצורכי שלום". הענישה כנגד מי שלא יוכל להוכיח באופן סביר שהוא משתמש בחומר ביולוגי, ברעלן או במערכת הובלה לצרכים אלו תהיה קנס, 10 שנות מאסר או שניהם גם יחד.
מספר צעדים הוכנסו על מנת למנוע ולהעניש פעילויות שנחשבות לתומכות בטרור. גם הסתרת מחבלים או אספקת מחסה למעורבים בטרור תביא לענישת העושים כן בקנס, מאסר של 10 שנים, או שניהם גם יחד. חוק חילוט רכוש האמריקאי תוקן כך שיאפשר לרשויות להחרים כל רכוש זר או מקומי, של כל קבוצה חברתית או יחיד, אשר נתפסו מתכננים לבצע מעשי טרור נגד ארצות הברית או נגד אזרחים אמריקניים. פסקה אחת של החוק (סעיף 805) אסרה על הגשת "תמיכה חומרית" לטרוריסטים ובפרט "סיוע או ייעוץ מקצועי". סעיף זה בוטל על ידי בית משפט פדרלי בארצות הברית כבלתי חוקתי לאחר שפרויקט המשפט ההומניטרי הגיש תביעה כנגד הממשל האמריקני. בית המשפט מצא כי הסעיף מפר את הוראות התיקון הראשון והחמישי לחוקת ארצות הברית וכי ההוראה הייתה כה מעורפלת עד שהיא תגרום שאדם בעל אינטליגנציה ממוצעת יצטרך לנחש אם הוא עובר על החוק ובכך יוביל למצב פוטנציאלי בו יוגש נגד אדם כתב אישום בגין עבירה שלא הייתה לו כל דרך לדעת שהיא בלתי חוקית. בית המשפט מצא כי עלולה להיות לכך השפעה שתוביל לאכיפה שרירותית ומפלה של החוק כמו גם Chilling effects (מונח המשמש לתיאור עיכוב או רפיון של פעילות לגיטימית של זכות חוקתית על ידי איום של סנקציה משפטית) אחרות על התיקון הראשון לחוקת ארצות הברית. הקונגרס של ארצות הברית שיפר מאוחר יותר את החוק על ידי חידוד ההגדרות של "תמיכה או משאבים חומריים", "הכשרה" ו"משאבים או ידע מקצועי". 
טרור קיברנטי טופל בדרכים שונות. עונשים הוחלו על אנשים אשר גרמו נזק או השיגו גישה לא מורשית למחשב מוגן ולאחר מכן ביצעו מספר עבירות. עבירות אלו כוללות גרימת אובדן של סכום כולל העולה על 5,000 דולר אמריקני לאדם, כמו גם השפעה לרעה על בדיקה רפואית, אבחנה או טיפול רפואי של אדם. כמו כן נכללות בכך פעולות הגורמות לאדם להיפגע, איום על ביטחון או בריאות הציבור, או גרימת נזק למחשב ממשלתי המשמש ככלי לעשיית צדק או לביטחון לאומי. נאסרה גם סחיטה באמצעות מחשב מוגן. העונש על ניסיון לפגוע במחשבים מוגנים באמצעות וירוסים או תוכנות אחרות נקבע למאסר של עד 10 שנים, ואילו העונש על גישה לא מורשית ונזק לאחר מכן למחשב מוגן הוגדל ללמעלה מחמש שנות מאסר. עם זאת, אם העבירה תתבצע פעם נוספת, העונש יגדל עד ל-20 שנות מאסר. החוק גם הגדיר את הפיתוח והתמיכה של יכולות הזיהוי פלילי של אבטחת מחשב אישי ברשת. הוא מורה לתובע הכללי של ארצות הברית להקים מעבדות אזוריות לזיהוי פלילי בתחום המחשבים בעלות יכולת לבצע בדיקות זיהוי פלילי ליירוט עבירות מחשב הנוגעות לפעילות טרור קיברנטי פלילי ואשר תאפשרנה להדריך ולחנך אנשי אכיפת חוק ותובעים מקומיים, מדינתיים ופדרליים בתחום פשעי מחשב וכן "להקל ולקדם שיתוף של מידע ומומחיות בתחומי אכיפת חוק פדרלית אודות חקירה, ניתוח ותביעה של פשעי מחשב הקשורים לאנשי אכיפת חוק ותובעים ברמה המקומית והמדינתית כולל שימוש בכוחות משימה ממספר תחומי שיפוט". אושר סכום של 50 מיליון דולר להקמת מעבדות מסוג זה.

פרק IX: מודיעין משופר

הפרק התשיעי מתקן את חוק הביטחון הלאומי (1947) כך שמנהל הביון המרכזי (DCI - Director of Central Intelligence) יקבע דרישות וסדרי עדיפויות למודיעין חוץ שנאסף תחת FISA ולספק סיוע לתובע הכללי של ארצות הברית על מנת להבטיח שמידע הנובע מאמצעי מעקב אלקטרוניים או חיפושים פיזיים מופץ למטרות מודיעין זר יעילות וממשיות. למעט מידע שעלול לסכן חקירה מתמשכת בתחום אכיפת החוק, נדרש מהתובע הכללי של ארצות הברית, או ראש מחלקה או סוכנות פדרלית אחרת עם אחריות לאכיפת חוק, למסור למנהל כל מודיעין חוץ שהושג על ידי מחלקת המשפטים של ארצות הברית. התובע הכללי של ארצות הברית ומנהל הביון המרכזי הונחו לפתח נהלים אותם על התובע הכללי למלא על מנת ליידע את מנהל הביון המרכזי, מבעוד מועד, על כוונה לחקור פעילות פלילית של מקור מודיעיני זר בהתבסס על רמז מודיעיני של חבר בקהילת המודיעין. התובע הכללי גם הונחה לפתח נהלים באשר לדרך הטובה ביותר לנהל נושאים אלו. פעילות טרור בינלאומית הוכללה בתחום מודיעין החוץ תחת חוק הביטחון הלאומי (1947). 
מספר דוחות הוזמנו ביחס למספר מרכזים ממשלתיים הקשורים למודיעין. אחד מהם הוזמן על מנת לעמוד על הדרך הטובה ביותר להקים את המרכז הלאומי לתרגום וירטואלי במטרה לפתח מתקני תרגום אוטומטיים על מנת לסייע בתרגום עדכני ומדויק של מידע מודיעיני זר למרכיביה של קהילת המודיעין האמריקאית. חוק הפטריוט נדרש לספק זאת עד ה-1 בפברואר 2002, אולם הדו"ח שכותרתו הייתה "דו"ח מנהל המודיעין המרכזי על המרכז הלאומי לתרגום וירטואלי: תוכנית קונספט לשיפור יכולות השפות הזרות של קהילת המודיעין, 29 באפריל 2002" אולם החוק התקבל באיחור של יותר מחודשיים, איחור אשר לוועדת הסנאט לענייני מודיעין דווח כי "בנוסף להיותו נוגד את המלים המפורשות של החוק, שלל את יכולת הוועדה לקלט רב ערך ואקטואלי במאמציה לעצב את החקיקה". דו"ח נוסף הוזמן בנוגע להיתכנות ולכדאיות של ההגדרה מחדש של מרכז המעקב אחר נכסי טרוריסטים זרים ומרכז השליטה אחר נכסים זרים של מחלקת האוצר של ארצות הברית. עם זאת, הדו"ח לא נכתב מעולם. ועדת הסנאט לענייני מודיעין התלוננה לאחר מכן כי "מנהל הביון המרכזי ומזכיר מחלקת האוצר של ארצות הברית לא סיפקו דו"ח, הפעם בניגוד ישיר לחלק של חוק הפטריוט" והם מכוונים לכך ש"הדו"ח המכוון על פי חוק יושלם מיד וכי עליו לכלול חלק המתאר את הנסיבות שהובילו לכישלון המנהל לעמוד בדרישות הדיווח החוקיות".
עמדות הקונגרס באו לידי ביטוי בכך שיש לעודד את קציני ועובדי מערכת המודיעין לעשות כל מאמץ להקים ולקיים יחסי ביון עם כל אדם, גוף או קבוצה בזמן שהם מנהלים פעילות מודיעין חוקית.

פרק X: שונות

פרק X יצר או שינה מספר חוקים שונים שלא ממש השתלבו בכל סעיף אחר של חוק הפטריוט. רישיון חומרים מסוכנים הוגבלו לנהגים שעוברים בדיקות רקע ולמי שיכולים להוכיח שהם מסוגלים להתמודד עם החומרים. כללי המפקח של מחלקת המשפטים של ארצות הברית כוונו למינוי פקיד על מנת לנטר, לבדוק ולדווח לקונגרס את כל הטענות בדבר הפרת זכויות אזרח נגד מחלקת המשפטים של ארצות הברית. הוא תיקן את ההגדרה של "מעקב אלקטרוני" כדי להוציא מן הכלל את היירוט של תקשורת שנעשית דרך או ממחשב מוגן שבו הבעלים מאפשר את היירוט, או שהוא מעורב כדין בחקירה. ניתן כעת להביא מקרי הלבנת כספים למחוז בו בוצעה הלבנת ההון או למחוז ממנו העברת הלבנת ההון החלה. נאסר על זרים שביצעו הלבנות הון להיכנס לארצות הברית. נמסרו מענקים למגישי עזרה ראשונה על מנת לסייע להם להגיב ולמנוע טרור. אושר להעביר חמישה מיליון דולר למנהל לאכיפת (חוקי) הסמים על מנת להכשיר שוטרים בדרום ובמזרח אסיה. התובע הכללי של ארצות הברית הוכוון להזמין מחקר על ההיתכנות של שימוש בזיהוי ביומטרי על מנת לזהות אנשים כאשר הם מנסים להיכנס לארצות הברית ואשר יהיה מחובר למסד הנתונים של ה-FBI על מנת לסמן חשודים. מחקר אחר הוזמן על מנת לקבוע את הכדאיות של העברת שמות חשודים בטרור לחברות התעופה בטרם עלייתם לטיסות. למחלקת ההגנה של ארצות הברית ניתנה סמכות זמנית לניצול תקציבהּ לצורך חתימה על חוזים פרטיים למטרות אבטחה. הפרק האחרון יצר חוק שנקרא Crimes Against charitable Americans Act אשר תיקן את Telemarketing and Consumer Fraud and Abuse Prevention Act כך שידרוש ממבצעי טלמרקטינג אשר מתקשרים מטעם ארגוני צדקה לחשוף את המטרה ומידע נוסף כולל שם וכתובת הדואר האלקטרוני של הגוף שמייצג אותו מתקשר. כמו כן הוחמר עונשם של המבצעים הונאה בהתחזות לאנשי הצלב האדום משנה מאסר לחמש שנים.

מחלוקת

חוק הפטריוט יצר מספר רב של מחלוקות מאז נחקק. מתנגדי החוק הביעו עמדה קולנית בטענתם שהחוק עבר בצורה אופורטוניסטית לאחר פיגועי 11 בספטמבר, תחת האמונה שיתקיים דיון ציבורי מצומצם אודות החוק. המתנגדים רואים את החוק ככזה שעבר במהירות בסנאט של ארצות הברית, עם שינוי קטן בלבד בטרם הועבר הלאה לבית הנבחרים של ארצות הברית (הסנאטורים ראס פיינגולד ופטריק ליהי הציעו שינויים על מנת לשנות את הגִרסה הסופית). גודלו העצום של החוק צוין על ידי מייקל מור בסרטו מעורר המחלוקת פרנהייט 9/11. באחת הסצנות בסרט מקליט מור את חבר הקונגרס ג'ים מקדרמוט הטוען שאף סנאטור לא קרא את החוק ואת ג'ון קוניירס ג'וניור כאומר "אנחנו לא קוראים את רוב החוקים. אתה באמת יודע במה זה יהיה כרוך אם נקרא כל הצעת חוק שאנחנו מעבירים?". חבר הקונגרס קוניירס עונה אז על שאלתו הרטורית בטענה שאם היו עושים כן זה היה "מאט את תהליך החקיקה". כאמצעי דרמטי, שכר מור אוטו גלידה ונסע סביב וושינגטון די. סי. עם רמקול חזק וקרא בקול את החוק כדי להביך את העוברים ושבים, שכללו מספר סנאטורים. 
דוגמה מובהקת למחלוקת הנוגעת לחוק הפטריוט מוצגת בפסק דין ארצות הברית נגד אנטואן ג'ונס. בעל מועדון לילה קוּשר לבית בו הוסלקו סמים לצורך סחר, באמצעות מכשיר GPS שרשויות אכיפת החוק הצמידו למכוניתו. ה-GPS הונח שם ללא צו מה שהעמיד בפני התובעים הפדרליים קשיים חמורים בבית המשפט. במשך השנים עלה המקרה לדיון בפני בית המשפט העליון של ארצות הברית שם בוטלה ההרשעה. בית המשפט מצא שניטור מוגבר של החשודים שנגרם על ידי חקיקה דוגמת חוק הפטריוט מעמידה את זכויותיהם החוקתיות של החשודים בסכנה ישירה.
מרכז המידע להגנה על פרטיות אלקטרונית (EPIC) ביקר את החוק כבלתי חוקתי, במיוחד כאשר "התקשורת הפרטית של אזרחים שומרי חוק עלולה להיות מיורטת באופן אקראי" ואילו קרן החזית האלקטרונית קבעה כי הסטנדרט הנמוך יותר ליישום האזנות סתר "נותן ל-FBI 'צ'ק פתוח' להפר את הפרטיות התקשורת של אין-ספור אמריקנים חפים מפשע". אחרים, לעומת זאת, לא רואים כמדאיגה את החקיקה ביחס להאזנות סתר נודדות. פרופסור דייוויד ד. קול ממרכז החוק של אוניברסיטת ג'ורג'טאון, מבקר של רבות מההוראות בחוק, מצא שלמרות העלות של פגיעה בפרטיות, אלו הם צעדים הגיוניים בעוד פול רוזנצווייג, עמית בכיר למחקר משפטי במרכז ללימודי חוק ומשפט של Heritage Foundation טוען כי האזנות סתר נודדות הן רק תגובה לטכנולוגיית התקשורת המשתנה במהירות, אשר אינה קבועה בהכרח למיקום או מתקן ספציפי.
חוק הפטריוט מאפשר גם גישה למשיבון באמצעות צו חיפוש, ללא צורך להזדקק לכותרת השלישית של wiretap order. פרופסור אורין קֶר מבית הספר למשפטים של אוניברסיטת ג'ורג' וושינגטון סבור כי חוק הפרטיות בתקשורת אלקטרונית (Electronic Communications Privacy Act) "מאמץ כלל די מוזר על מנת להסדיר תא קולי המאוחסן אצל ספקי שירות" מפני ש"תחת חוק הפרטיות בתקשורת אלקטרונית, אם הממשל ידע שיש עותק אחד של הודעה פרטית שטרם נפתחה בחדר השינה של האדם ועותק נוסף על תא קולי המאוחסן הרחק, היה זה בלתי חוקי עבור ה-FBI פשוט להשיג את התא הקולי. החוק למעשה מאלץ את המשטרה לפלוש לבית עם רובה דרך חדרי השינה של בני אדם, כדי לא להטריד את התא הקולי הפרטי יותר". לדעתו של פרופסור קר, לתיקון זה היה היגיון מועט ביותר והתיקון שנעשה על ידי חוק הפטריוט היה סביר והגיוני.
הרחבת תחום השיפוט של בית המשפט בחוק הפטריוט, כך שיתאפשר שירות כלל ארצי של צווי חיפוש, הוכחה כבעייתית על ידי קרן החזית האלקטרונית. בקרן מאמינים כי סוכנויות יוכלו לבצע "שופינג" בקרב שופטים שהראו הטיה חזקה לטובת רשויות אכיפת החוק בכל הקשור לצווי חיפוש, וישתמשו אך ורק בשופטים שהכי פחות סביר שיסרבו להוצאת הצו, גם אם הצו לא מספק את הדרישות המחמירות של התיקון הרביעי לחוקת ארצות הברית, וכי הוא מפחית את הסבירות שספקי שירותי אינטרנט קטנים או חברות טלפון ינסו להגן על הפרטיות של הלקוחות שלהן על ידי אִתגור הצו בבית משפט תחת ההנמקה ש"לא סביר שלספק שירותי אינטרנט קטן מסן פרנסיסקו שקיבל צו כזה יהיו המשאבים להופיע בפני בית המשפט בניו יורק שהנפיק אותו". הקרן מאמינה כי זהו מצב גרוע, שכן רק ספק התקשורת יוכל לערער על הצו שכן רק הוא יידע על כך - צווים רבים מוּצאים במעמד צד אחד, כלומר היעד של הצו אינו נוכח בעת הוצאת הצו.
במשך זמן מה, חוק הפטריוט התיר לסוכנים לבצע חיפושי "sneak and peek". המבקרים, כמו ה-ACLU (האיגוד האמריקאי לחירויות אזרחיותׂ) ו-EPIC (מרכז המידע להגנה על פרטיות אלקטרונית) מתחו ביקורת חריפה על כך בשל ההפרה של התיקון הרביעי לחוקת ארצות הברית, כשהאיגוד האמריקאי לחירויות אזרחיות מרחיק לכת עד כדי שחרור פרסומת המגנה אותו וקוראת לבטלו. אולם תומכי התיקון, דוגמת פרשנית העיתונות הת'ר מקדונלד, עמיתה ב-Manhattan Institute for Policy Research כמו גם contributing editor בסיטי ג'ורנל הביעו אמונה בנחיצותו, בשל העובדה שהעיכוב הזמני בהודעה על צו החיפוש מונע מטרוריסטים להזהיר את עמיתיהם שמתוחקרים. ב-2004 השתמשו סוכני FBI בהוראה זו על מנת לחפש ולבחון בחשאי את ביתו של ברנדון מייפילד אשר נכלא שלא בצדק למשך שבועיים בחשד שהיה מעורב בפיגועי 11 במרץ 2004 במדריד. בעוד שהממשל האמריקאי התנצל בפומבי בפני מייפילד ומשפחתו, מייפילד עצמו לקח את הסוגיה לבית משפט. ב-26 בספטמבר 2007 מצאה השופטת אן אייקן כי החוק היה, למעשה, בלתי חוקתי בשל העובדה שהחיפוש היה בלתי סביר ובכך הפר את התיקון הרביעי לחוקת ארצות הברית. 
חוקים המסדירים את תחום התמיכה החומרית בטרור הוכחו כשנויים במחלוקת. נמתחה על כך ביקורת על ידי קרן החזית האלקטרונית בתואנה של פגיעה בחופש ההתאגדות. קרן החזית האלקטרונית טוענת כי לו היה נחקק החוק בתקופת האפרטהייד, אזרחי ארצות הברית לא היו יכולים לתמוך בקונגרס הלאומי האפריקני בשל העובדה שהקונגרס הלאומי האפריקני היה מסווג, אליבא דקרן החזית האלקטרונית, כארגון טרור. הם משתמשים גם בדוגמה של עובד סוציאלי הומניטרי שלא מסוגל לאמן אנשי חמאס כיצד לטפל בילדים יתומים בסכסוך הישראלי-פלסטיני, עורך דין שאינו מסוגל ללמד את חברי הצבא האירי הרפובליקני (ה-IRA) אודות החוק הבינלאומי ועובדים בתחום השלום שאינם מסוגלים להציע הכשרה בדבר הדרך לנהל משא ומתן יעיל להשגת שלום או כיצד לעתור לאומות המאוחדות בנוגע להפרת זכויות אדם. קבוצה נוספת, פרויקט המשפט ההומניטרי (the Humanitarian Law Project) התנגדה אף היא להוראה האוסרת "ייעוץ וסיוע ממומחה" לטרוריסטים, והגישה תביעה כנגד הממשל הפדרלי של ארצות הברית על מנת שההוראה תוכרז כבלתי חוקתית. הם הצליחו, ובית משפט פדרלי מצא כי החוק מעורפל מספיק כדי לגרום לאדם סביר לנחש אם הוא עובר על החוק או לא. בשל כך נקבע על ידי בית המשפט כי ההוראה מפרה את התיקון הראשון לחוקת ארצות הברית, וביטל אותה.
אולי אחת המחלוקות הגדולות הנוגעות לחוק הפטריוט כרוכות בשימוש במכתבי הביטחון הלאומי על ידי ה-FBI. גופים רבים מתחו ביקורת על כך שהמכתבים מאפשרים ל-FBI להאזין לטלפונים ולחפש ברשומות כספיות ובדואר אלקטרוני ללא צו בית משפט. בנובמבר 2005 דיווח הביזנסוויק כי ה-FBI הוציא עשרות אלפי מכתבי ביטחון לאומי והשיג מיליון רשומות בתחומי הפיננסים, האשראי, התעסוקה ובחלק מהמקרים גם רשומות בתחום הבריאות מהלקוחות של עסקים בלאס וגאס. בין העסקים נכללו בתי קזינו, מחסני אחסון וסוכנויות להשכרת רכב. פקיד משפטי אנונימי טען כי בקשות מסוג זה הותרו על פי סעיף 505 לחוק הפטריוט ולמרות נפח הבקשות התעקש כי "אנחנו לא נוטים לבקש את בית המשפט לאמץ 'מסעות דיג'". עם זאת, לפני כן התגלה כי האיגוד האמריקאי לחירויות אזרחיות עירער על חוקתיותם של מכתבי הביטחון הלאומי בבית המשפט. באפריל 2004 הגיש האיגוד תביעה נגד הממשל מטעם ספק שירותי אינטרנט לא ידוע שחויב לפעול בהתאם למכתבי הביטחון הלאומי מסיבות לא ידועות. בתיק ACLU v. DoJ טען האיגוד האמריקאי לחירויות אזרחיות כי מכתבי הביטחון הלאומי הפרו את התיקונים הראשון והרביעי לחוקת ארצות הברית, בשל העובדה שחוק הפטריוט לא מצליח לפרט כל תהליך משפטי לפיו חברות טלפון או אינטרנט יכולות לנסות להתנגד לזימון לבית משפט על פי מכתבי הביטחון הלאומי. בית המשפט הסכים ומצא, שבשל העובדה שמקבל הזימון לא יכול לערער עליו בבית המשפט, היה הזימון בלתי חוקתי. הקונגרס של ארצות הברית ניסה לתקן זאת מאוחר יותר בחוק האישור מחדש, אך משום שלא הסירו את סעיף האי-גילוי, שוב פעם מצא בית משפט פדרלי את מכתבי הביטחון הלאומי כבלתי חוקתיים משום שהם מנעו מבית המשפט לעסוק בביקורת שיפוטית משמעותית. 
הוראה אחרת של חוק הפטריוט גרמה מבוכה רבה בקרב ספרנים. סעיף 215 מאפשר ל-FBI לבקש צו להפקת חומרים המסייעים לחקירה המתחייבת לצורך הגנה מטרור בינלאומי או פעילויות מודיעין חשאיות. בין ה"דברים המוחשיים" שעשויים להיות יעד נכללים "ספרים, רשומות, ניירות, מסמכים ופריטים נוספים". תומכי ההוראה מציינים כי רשומות אלה מוחזקות על ידי צדדים שלישיים ולכן הם פטורים מציפיות סבירות של האזרח לפרטיות, ובנוסף גורסים כי ה-FBI לא ניצל לרעה את ההוראה. לראיה, ב-2003 שיחרר התובע הכללי ג'ון אשקרופט מידע שהראה כי מעולם לא נעשה שימוש בהוראות סעיף 215. כך או אחרת, למרות הצהרות מנוגדות, איגוד הספריות האמריקאי התנגד להוראה, מתוך האמונה שרשומות הספרייה שונות באופן מהותי מרשומות עסקיות רגילות וכי להוראה יהיה chilling effect על חופש הביטוי. האיגוד הפך כה מודאג עד שחבריו כוננו החלטה המגנה את חוק הפטריוט ואף קראה לחבריו להגן על חופש הביטוי ועל פרטיות הלקוחות. הם דחקו בספרנים לפנות לייעוץ משפטי לפני ציות לצו חיפוש וייעצו לחברי האיגוד לנהל רשומות רק למשך פרק הזמן המחויב מבחינה חוקית. כתוצאה מכך, נכתבו דוחות על ספרנים המרטשים רשומות כדי להימנע מהצורך למלא אחר צווים כאלו. 
בשנת 2005 קיבל ה-Library Connection, קונסורציום שלא למטרות רווח של 27 ספריות בקונטיקט, מכתב לביטחון לאומי מה-FBI, בדרישה לקבלת רשומות הפטרונים של הספרייה. ג'ורג' כריסטיאן, מנכ"ל Library Connection ושלושה חברי הוועד הפועל של מועצת המנהלים, עירבו את האיגוד האמריקאי לחירויות אזרחיות להגיש תביעה על מנת לערער על תוקפו החוקתי של מכתב הביטחון הלאומי. מכיוון שסעיף 505 של חוק הפטריוט, אשר מסמיך את ה-FBI לדרוש רשומות ללא אישור מראש של בית המשפט, גם אוסר על כל מי שמקבל מכתב ביטחון לאומי מלספר לכל אחד אחר על קבלת המכתב, הם ערערו גם על תוקפו של צו איסור הפרסום. במשך כמעט שנה נלחם האיגוד האמריקאי לחירויות אזרחיות להסיר את צו איסור הפרסום, כשעירער על כוחו של הממשל לפי סעיף 505 להשתיק ארבעה אזרחים שביקשו לתרום לדיון הציבורי על חוק הפטריוט. במאי 2006 ויתר הממשל בסופו של דבר על המאבק המשפטי שלו כדי לשמור על צו איסור הפרסום. ב-26 ביוני 2006 הודיע האיגוד האמריקאי לחירויות אזרחיות כי לאחר שזנח את ההגנה על הוראת איסור הפרסום המלווה את הבקשה למכתב הביטחון הלאומי, נטש ה-FBI את התביעה לחלוטין. הארבעה מקונטיקט כובדו על ידי איגוד הספריות האמריקאי בפרס פול האוורד ל-2007 על אומץ לבם לאתגר את מכתב הביטחון הלאומי והוראת איסור הפרסום של חוק הפטריוט.
היבט נוסף של חוק הפטריוט השנוי במחלוקת הוא הוראת ההגירה המאפשרת מעצר בלתי מוגבל בזמן של כל זר אשר התובע הכללי סבור שהוא עלול לגרום לפעולת טרור. לפני שנחקק חוק הפטריוט, אניטה רמססטרי, פרופסור למשפטים ומנהלת מרכז שידלר למשפט, מסחר וטכנולוגיה באוניברסיטת וושינגטון שבסיאטל, האשימה כי החוק שולל זכויות יסוד ממהגרים לאמריקה, כולל תושבי קבע חוקיים. היא הזהירה כי "מעצר לפרק זמן בלתי מוגבל תחת ראיות חסויות - אשר חוק הפטריוט מאפשר - נשמע יותר כמו הצדק של הטליבאן מאשר הצדק שלנו. הטענה שלנו שאנו מנסים לבנות קואליציה בינלאומית נגד הטרור תיפגע בצורה קשה אם נעביר חקיקה המאפשרת מצב בו אפילו אזרחים של בעלות הברית שלנו כלואים בלי ערבויות יסוד אמריקאיות של הגינות וצדק". גורמים רבים אחרים הפגינו ביקורתיות כלפי ההוראה. ראס פיינגולד הצהיר בסנאט, כי ההוראה אינה עומדת אפילו בסטנדרטים החוקתיים הבסיסיים ביותר של הליך הוגן והגינות [כשהיא] ממשיכה לאפשר לתובע הכללי לעצור אדם על בסיס חשד בלבד. אוניברסיטת קליפורניה קיבלה החלטה המגנה (בין היתר) את הוראת החוק המאפשרת מעצרים ללא הגבלת זמן, בעוד שהאיגוד האמריקאי לחירויות אזרחיות האשים את החוק שהוא נותן לתובע הכללי "כוח חדש חסר תקדים לקבוע את גורלם של המהגרים... גרוע מכך, אם לזרים אין מדינה שתהיה מוכנה לקבל אותם, הם יכולים להיות במעצר ללא הגבלת זמן, ללא משפט".
היבט נוסף השנוי במחלוקת של חוק הפטריוט, הוא השפעתו על פרטיותם של קנדים החיים בפרובינציית קולומביה הבריטית. נציב הפרטיות של קולומביה הבריטית העלה חששות כי חוק הפרטיות יאפשר לממשל האמריקאי לקבל גישה למידע פרטי אודות קנָדים, כמו רשומות רפואיות אישיות, שמנוהלות במיקור חוץ על ידי חברות אמריקאיות. אף על פי שממשלת קולומביה הבריטית נקטה באמצעים שמטרתם למנוע מרשויות ארצות הברית לקבל מידע, הסמכויות הרחבות של חוק הפטריוט יכולות להתגבר על החקיקה הקנדית. נציב הפרטיות של קולומביה הבריטית, דייוויד לוקידליס, הצהיר בדו"ח אודות ההשלכות של חוק הפטריוט, "ברגע שמידע נשלח אל מעבר לגבולות, זה קשה, אם לא בלתי אפשרי, לשלוט בו". 
במאמץ לשמור על הפרטיות, הציבה קולומביה הבריטית תיקונים בחוק חופש המידע והגנת הפרטיות (FOIPPA) אשר התקבל כחוק ב-21 באוקטובר 2004. תיקונים אלו נועדו להציב מגבלות מוצקות יותר על "אחסון, גישה וגילוי נתוני המגזר הציבורי של קולומביה הבריטית על ידי ספקי השירות". חוקים אלו מתייחסים רק לנתונים במגזר הציבורי ואינם מכסים נתונים חוצי גבולות או נתונים של המגזר הפרטי בקנדה. מוסדות המגזר הציבורי כוללים כ-2,000 "משרד ממשלה, בתי חולים, מועצות בריאות, אוניברסיטאות ומכללות, מועצות בתי ספר, ממשלות מקומיות וסוכנויות ותאגידי כתר מסוימים". בתגובה לחוקים אלו, חברות רבות בוחרות לאחסן את הנתונים הרגישים שלהן מחוץ לארצות הברית. 
צעדים משפטיים מבוצעים בנובה סקוטיה כדי להגן על הפרובינציה משיטות איסוף הנתונים של חוק הפטריוט. ב-15 בנובמבר 2007 העבירה ממשלת נובה סקוטיה חקיקה שנועדה להגן על המידע האישי של נובה סקוטיה מפני חוק הפטריוט. החוק נחקק תחת הכותרת “The new Personal Information International Disclosure Protection Act”. מטרת החוק היא לקבוע דרישות להגנה על מידע אישי מפני חשיפתו, כמו גם ענישה במקרה של כישלון מהשגת מטרה זו. שר המשפטים מארי סקוט הצהיר: "חוק זה יעזור להבטיח כי המידע האישי של נובה סקוטיה יהיה מוגן". החוק מתאר את תחומי האחריות של גופים ציבוריים, רשויות מקומיות וספקי שירות, ואת ההשלכות אם תחומי אחריות אלו לא יתקיימו.