עליות מגורשי ספרד ופורטוגל

לפני עליית מגורשי ספרד

החל מהרבע השני שלי מאה ה-15 התקיימה גזירת הים, שהייתה למעשה איסור בצו אפיפיורי על העברת יהודים ואולי גם סחורות של סוחרים יהודים במזרח הים התיכון מאירופה לארץ ישראל, בעקבות סכסוך על המקומות הקדושים בירושלים והמצב הגאופוליטי במזרח הים התיכון. איסור זה היה בתוקפו, לסרוגין, למעלה מיובל שנים: מ-9 במרץ 1427 עד 1467-1485‏. מאידך השפעת האירועים הגאופוליטיים בראשם כיבוש המוסלמים את קונסטנטינופול השריד האחרון של האימפריה הרומית מזרחית, התעוררה עלייה בקרב יהודים בארצות המזרח.

ירושלים

בשלהי התקופה הממלוכית הייתה ירושלים במצב ביטחוני קשה. לעיר לא היו חומות, ותושביה סבלו מפשיטות שודדים. יהודי העיר נקלעו לבעיה כלכלית ולחובות בשל הריסת בית הכנסת המרכזי שלהם (1474) ובנייתו מחדש בעזרת הלוואות בריבית ממוסלמים ומראשי הכנסיות בעיר, ורבים מהם נטשו את העיר.
בשנות ה-80 של המאה ה-15 ניכר שינוי ביחס השלטון כלפי הקהילה היהודית ולתלמידי חכמים הוענק פטור ממסים. בעקבות כך חל גידול במספר העולים לירושלים. 
בשלהי התקופה חיו בירושלים יהודים מוסתערבים, רומניוטים ואשכנזים, ובנוסף להם כבר הייתה קהילה קטנה של ספרדים.
רבי עובדיה מברטנורא הגיע בשנת ה'רמ"ח 1488 אל העיר, בה חייתה קהילה קטנה ודלת אמצעים, כפי שהוא מתאר באגרתו: 
"ומן היהודים לא נשארו בה היום שבעים בעלי בתים מדלת העם...". 
תושביה היו עניים ואפילו לא היו להם ספרי תורה. מאחר שפרנסתו הייתה מצויה מפקדונות בנקאיים נושאי ריבית אותם השאיר באיטליה, נרתם רבי עובדיה לשיפור המצב העגום. הוא אף קיבל תרומות ייעודיות לצורך זה, מאחיו ואביו.
עקב השתדלותו לסייע לביסוס וחיזוק הקהילה מבחינה רוחנית וחומרית כאחד, וכן בשל גדלותו התורנית, תפס הוא עד מהרה מקום של כבוד בין תושביה היהודים של ירושלים, ונתמנה לרבה הראשי מינוי שהוכר גם על ידי השלטונות הממלוכים. בין שאר פעולותיו הייתה הקמתה המחודשת של החברה קדישא בירושלים, בה שימש הוא כחבר מן המנין ואף עסק בעצמו בקבורה. כמו כן, סייע בשיקום בית הכנסת ברובע היהודי שנהרס על ידי פורעים.

לאחר גירושי ספרד פורטוגל

חלק מהמגורשים ניסה להתיישב בארץ ישראל, ובמיוחד בעיר צפת. נראה שכבר בשנת 1504 (רס"ד) תפסו יוצאי ספרד מעמד של בכורה בעיר, על פני קהילת המוסתערבים. הספרדים אף זכו לתרומות שארגן נגיד קהילת יהודי מצרים - יצחק שולאל - וקוממו עליהם את חכמי המוסתערבים.
הנוסע הפורטוגזי פנטליאו דה אביירו, שביקר בארץ ישראל סמוך לשנת 1565, דיווח כי יהודים "ממשיכים להימלט מספרד" אל תחום האימפריה העות'מאנית.

בתקופה העות'מאנית

האימפריה העות'מאנית, כבשה מספר שנים לאחר מכן, בשנת 1516 (רע"ז), את ארץ ישראל מידי הממלוכים, ופתחה את התקופה העות'מאנית בארץ ישראל. העות'מאנים שנמצאו בשיא פריחתם, השקיעו בבנייה, בסדר ובביטחון, והשגשוג ניכר הן בקרב האוכלוסייה המוסלמית של סוריה - ארץ ישראל והן ביישוב היהודי בארץ.
גלי עלייה של יהודים גברו, בעיקר מקרב מגורשי ספרד וצאצאיהם, אך גם מאיטליה, אשכנז וצפון-אפריקה; ויהודים רבים הצטרפו ליישוב המקומי - המוסתערבים. העולים שבארצות מוצאם, חיו בדרך כלל בערים, העדיפו להמשיך ולגור בערים גם בארץ ישראל (בארבע ערי הקודש - ירושלים, חברון, טבריה, וצפת - ובעזה); ולא לגור בכפרים, למרות שגם בהם ישבו יהודי הארץ (בעיקר אלה שבגליל).
היישוב היהודי בעיר עזה באותה תקופה, גדל באורח ניכר. זוהי גם תקופת הפריחה הכלכלית והתרבותית של העיר צפת, ובייחוד של הרובע היהודי בה, שרבים מן המגורשים פנו להתיישב בו.

חברון

ב-1540 קנה הרב מלכיאל אשכנזי בחברון את "חצר היהודים" מהקראים שישבו במקום מהמאה ה-10. בחלקה זו הוא הקים את בית הכנסת על שם אברהם אבינו.
במאה ה-16 חי ופעל בחברון רבי שלמה עדני שעלה מתימן. הוא כתב בשבתו בחברון חיבור פרשנות למשנה הנקרא מלאכת שלמה.

טבריה

יהודים חזרו להתיישב בטבריה במאה ה-16. תייר נוצרי מצא בטבריה ב-1549 עדה יהודית קטנה. כנראה יהודים מצפת שהתיישבו בטבריה.
שיקומה בא לה בשנת 1564 מידי המדינאית ואשת העסקים היהודיה דונה גרציה נשיא וחתנה דון יוסף נשיא, מאנוסי פורטוגל, ששמו להם למטרה לחדש את הריבונות היהודית בארץ ישראל ולסייע ליהודים בכל העולם.
הם חכרו מידי הסולטאן הטורקי סולימאן הראשון ("המפואר") את חורבות העיר ב-1000 דוקאט לשנה, דונה גרציה מימנה את הקמת החומה ושיקום העיר, הקימה בה בתי כנסת והחזיקה ישיבה, דון יוסף נשיא העמיד לרשות העולים ספינות וכן שתלו בעיר עצי תות לפיתוח תעשיית משי והביאו כבשים מרונים לפיתוח תעשיית אריגים. בכוונתה של דונה גרציה היה לעלות ולהתיישב בעיר אך היא נפטרה בדרכה בקושטא בשנת 1569, שנים ספורות לאחר השלמת הבנייה. את מפעלם המשיכו אחריהם יהודי פורטוגלי בשם דון שלמה בן יעיש ובנו יעקב. העיר טבריה התקיימה בזכותם כמאה שנים.