ספרי הגר"א

תורתו של רבי אליהו מווילנה הידוע בכינויו הגאון מווילנה התפרסמה דרך כתביו. בימי חייו לא פורסם בכתב דבר מכתביו (זולת החרמות על החסידות). מקור כתביו הרבים הוא ברשימות סיכומים של דבריו שפורסמו על ידי תלמידיו לאחר מותו. מיוחסים לו יותר משבעים חיבורים. הספר עלית קיר הנדפס בסוף עליות אליהו  מפרט חמישים וארבעה מספריו.

אדרת אליהו על התורה

פירוש לחלקים מהתורה. בחלק מהמהדורות של מקראות גדולות מודפס בסוף כל פרשה. הספר כולל פירושים בדרך הפשט הרמז והסוד, על חלקים שנכתבו בדרך הסוד נכתבו פירושים על ידי בנו רבי אברהם בן הגר"א ועל ידי רבי יצחק אייזיק חבר בשם באר יצחק.

קיצור מכילתא וקיצור תורת כהנים

קיצור מכילתא וקיצור תורת כהנים, בהם עיבד וקיצר הגר"א את המכילתא ותורת כהנים לפי סדר הפסוקים. נדפס בספר אדרת אליהו - על חלקים מחומש שמות וויקרא. קיצור תורת כהנים נדפס בשנת תקע"ט עם פירוש בשם ביאור מהרי"ל. 
מהדורה חדשה בשם חומש הגר"א הכוללת את הספר אדרת אליהו וליקוטים מתורת הגר"א, יצאה לאור בשנים האחרונות על חומשים בראשית, שמות וויקרא.

אדרת אליהו על נביאים וכתובים

פירוש לחלקים מהנ"ך. בחלק מהמהדורות של מקראות גדולות מודפס בצמוד לפירוש רש"י ורד"ק. הספר כולל פירושים לספר יהושע, לתפילת חנה (שמואל א' ב'), לבנין הבית בספר מלכים, לחלקים מספרי ישעיהו ויחזקאל ועוד.

פירוש על פרק ק"ד בתהלים על דרך הסוד

נדפס בסוף ספר ברית יצחק לרבי יצחק אייזיק חבר עם ביאור באר יצחק.

פירוש על ספר משלי

חובר על ידי תלמידו של הגר"א רבי מנחם מנדל משקלוב, על פי שעורים ששמע מפיו. נחשב בין ספרי המוסר בעולם הישיבות. יצא לאור במהדורה מתוקנת על פי כתבי יד על ידי הרב משה פיליפ.

פירוש על ספר יונה

פירוש על ספר יונה על דרך רמז ומשל לגוף ונשמה. בדרך זו פירש הגר"א גם את מגילת אסתר, מלבד פירושו על דרך הפשט, וכן חלק ממגילת איכה.

פירוש על שיר השירים

פירוש מקיף על מגילת שיר השירים בדרך משל על הקב"ה ועם ישראל.
מהדורה חדשה יצאה לאור על ידי מכון הגר"א, וכן חלק א' על ידי מוסד הרב קוק עם הערות מראש ישיבת חברון הרב דוד כהן. כמו כן יצאה מהדורה מבוארת ומורחבת בארבעה כרכים על ידי הרב שלמה ברעוודה.

פירוש על מגילת אסתר

הגר"א פירש את מגילת אסתר בשלשה פירושים אחד ארוך על דרך הפשט, השני על דרך הרמז, והשלישי על דרך הסוד. מהדורה חדשה של הפירושים יצאה לאור יחד עם פירוש יוסף לקח, ומהדורה נוספת על ידי מוסד הרב קוק.

פירוש על מגילת רות

פירוש מיוחס להגר"א על מגילת רות, אולם יצאו עוררין על יחוס הפירוש להגר"א, וכנראה משולבים בו גם פירושים מרבי חיים מוולוז'ין ובנו רבי יצחק מוולוז'ין. ליקוט מפירושי הגר"א ותלמידיו על מגילת רות כולל הפירוש המיוחס לו, יצא לאור על ידי מכון הגר"א.

פירוש על המשנה

חידושי הגר"א על המשניות - נעתק מכתב ידו של הגר"א. החיבור יצא לאור על ידי הרב אבא קליינרמן, ובשנת תשנ"ט על ידי הרב דוד סופר עם הוספות. כחלק מסדרת "אור אליהו" הוציא לאור הרב אוריאל שלמוני פירוש על ביאורי הגר"א למשנה: כרך ב' על סדרים זרעים, מועד, נשים, נזיקין, קדשים וחלק מטהרות (מהדורה חדשה בתשע"ב), וכרך ג' על מסכתות פרה ומקוואות (תשס"ז). הספרים יצאו לאור בהוצאת מכון הר-ברכה.

סדר זרעים

שנות אליהו על סדר זרעים, נכתב על ידי תלמידיו. לחלק מהמסכתות יש שתי מהדורות.

מסכת שבת

שנות אליהו על מסכת שבת נדפס לראשונה על ידי רבי נפתלי הערץ הלוי בתוך סידור הגר"א שהוציא לאור.

מסכת אבות

פירוש הגר"א לפרקי אבות כולל מקורות מהתורה לדברי המשנה.

סדר טהרות

ביאור הגר"א ו אליהו רבא על סדר טהרות. פירושים אלו נכתבו על ידי תלמידים. 
כמו כן יצאו ספרי ליקוטים לביאור הגר"א על סדר הש"ס כשהבולט שבהם הוא הספר שדה אליהו מהרב שמואל דוד מובשביץ.

הגהות הגר"א

הגהות שנדפסו בכל הגמרות מזמן הגר"א, בהם תיקוני נוסח ומעט ביאורי שיטות הראשונים. כחלק מסדרת "אור אליהו" הוציא לאור הרב אוריאל שלמוני פירוש על ביאורי הגר"א לתלמוד הבבלי. עד עתה יצאו לאור הכרכים הבאים: כרך א' על מסכת ערכין (תשנ"ח); כרך ד' על מסכת בבא מציעא; כרך ה' על מסכתות ראש השנה, ביצה, תענית, מגילה, מועד קטן וחגיגה (תשע"ז); כרך ו' על מסכתות ברכות, שבת, עירובין, פסחים, יומא וסוכה (תשע"ט). הכרך השביעי אמור לכלול את סדרים נשים, נזיקין, קודשים וטהרות. הספרים יצאו לאור על ידי מכון הר ברכה.

אמרי נועם

פירוש על מסכת ברכות וחלקים נוספים מהתלמוד הבבלי.

ביאורי אגדות

ביאורי אגדות למסכת ברכות ובבא קמא ועוד.

יד אליהו

ביאור הגר"א על גמ' מסכת ערכין. נדפס בש"ס וילנא (בחלק מהמהדורות בסוף מסכת נדה ובמהדורות היותר מאוחרות אחרי המסכת). בשנת תשנ"ח יצא לאור במהדורה חדשה עם פירוש אור אליהו על ידי הרב אוריאל שלמוני.

סדר זרעים

הגר"א כתב ביאור מקיף לסדר זרעים בתלמוד הירושלמי, ובו פירושים מקוריים המתאימים לפשט התלמוד, ומבוסס גם על הגהות ותיקונים בטקסט.

מסכת ביכורים

ביאורים והגהות למסכת ביכורים של התלמוד הירושלמי, יצא לראשונה בשנת תשס"ז בידי הרב ידידיה הלוי פרנקל וצוות תלמידי חכמים, מתוך טופס הירושלמי המקורי, דפוס אמשטרדם, שנחשף בידי הרב פרנקל, עליו רשם הגאון את הערותיו. הספר, שהודפס בפאר רב, כולל, בין השאר, פקסימילים צבעוניים של המקור, מבוא והערות מעמיקות מאת המו"ל.

הביאור על השו"ע

הגר"א כתב ביאור על כל ארבעת חלקי השולחן ערוך. באופן כללי, תפקיד הפירוש הוא למצוא את מקורות הדינים של השולחן ערוך, אולם בניגוד לבאר הגולה (שקדם לו) המציין לדברי הפוסקים הראשונים מהם שאב השולחן ערוך את דבריו, הגר"א בביאורו מציין להסבר סוגית התלמוד לפירושים אלו, או למקורות נוספים (גמרא במקום אחר, תוספתא, תלמוד ירושלמי וכדומה). פעמים רבות רומז הגר"א לפרשנות חדשה בסוגית הגמרא, לדעות אלו.
הביאור מתאפיין בקצרנות רבה ולפעמים הוא רק מציין מראה מקום. משום כך קשה לעיתים לפענח את כוונתו. בשל כך נכתבו עליו פירושים רבים. בין הפירושים שנכתבו על ביאור הגר"א לשו"ע קיימים דמשק אליעזר על כל אורח חיים, מאת הרב אליעזר לנדא (וילנה תרכ"ח), באר אליהו על תחילת חושן משפט (שני כרכים) מאת הרב קוק, ברכת אליהו על אבן העזר, אורח חיים, וחלק מחושן משפט, מאת הרב ברוך רקובר, וכן עדות ביהוסף על הלכות עדות ונחפה בכסף על הלכות אבידה ומציאה, שניהם מאת הרב יונה פודור, ועוד.
כמו כן יצא לאור ספר פסקי הגר"א להוציא את ההוראות למעשה מתוך ביאור הגר"א.

השמטות מספר מעשה רב

נדפסו בסוף ספר זכר לחיים וכן בסוף ספר צוואת יחזקאל (לא אותם השמטות) השמטות מספר מעשה רב, מקורם הראשון ככל הנראה הוא מכ"י הנהגות וחידושים.

ליקוטים על הרמב"ם

ליקוט על משנה תורה לרמב"ם על הלכות שבת, נזקי ממון, גניבה ועוד, נדפס בסוף ספר הפרנס למהר"ם מרוטנבורג.

פירוש לספרא דצניעותא

ספרא דצניעותא הוא חיבור קטן הכלול בתוך ספר הזוהר, והזוהר נוהג להסתמך עליו במספר מקומות. ביאור הגר"א לספרא דצניעותא הוא פירוש ארוך וייחודי, שנחשב לאחת מאבני היסוד של שיטת הגר"א בקבלה, לצד הפירוש לתיקוני הזוהר. בתוך פירוש הספרא דצניעותא דן הגר"א במקום אחד בגילוי הקץ ומשביע את מי שיודע את הסוד שלא יגלהו. לספר נספח הקדמה מתלמיד הגר"א רבי חיים מוולוז'ין, ומרביתה עוסקת בסיפור שבחי הגר"א וגדלותו העצומה.

פירוש לספר יצירה

ספר יצירה - עם פירוש הגר"א

פירוש תיקוני זוהר

ביאור ארוך על ספר "תיקוני הזוהר" ועל "תיקוני זוהר חדש".

יהל אור

פירוש על ספר הזוהר

ליקוטי הגר"א

חיבור בנושאים כלליים בקבלה, יש הסוברים כי חיבור זה הוא חלק מפירוש הגר"א לספר משנת חסידים.

ביאור על היכלות

פירוש על ההיכלות שבספר הזוהר מפרשת בראשית ופקודי.

הדרת קודש

על מדרש הנעלם למגילת רות.

דקדוק אליהו

על שיטת הגר"א בדקדוק, נקרא גם ספר דקדוק קטן.

דקדוק על התורה

פירוש על התורה על פי דיוקים לשוניים.

איל משולש

מתמטיקה, אסטרונומיה וגאומטריה - ספר זה מיוחד בכך שבעוד שכל הספרים האחרים נכתבו או כהגהות עד שהצטרפו כספר, או כסיכום שיעורים על ידי תלמידיו. אייל משולש הוא היחידי שנכתב כספר ממש על ידי הגר"א. הספר לא הודפס מחדש תקופה ארוכה ובשנת תשס"ד נדפס שוב עם פירוש בשני חלקים.

הגהות

הגר"א כתב הגהות על רוב התלמוד הבבלי, ירושלמי, משנה, תוספתות, מסכתות קטנות וספרי. מכיוון שספרי התוספתא והירושלמי היו לא מוגהים עד תקופתו חיזק למעשה הגר"א את הלימוד בספרים אלו על ידי הגהותיו.

קול אליהו

ליקוט מפירושיו השונים של הגר"א המפוזרים בכתבי תלמידיו על התנ"ך, הגמרא והגדה של פסח. הליקוט נכתב על ידי הרב חנוך העניך ארזהן בשנת תרס"ה. הרב חנוך הוסיף בספר זה גם את הגהותיו והערותיו על פירושי הגר"א. במהדורה הישנה של הספר נוסף חלק קטן של ליקוטים אשר הושמט מסיבה כלשהי במהדורות החדשות.

אבן שלמה

ספר על תיקון המידות ודרכי התורה והעבודה. נלקט מספריו השונים של הגר"א (בעיקר מפירושו על הנ"ך) על ידי הרב שמואל ב"ר אברהם מאלצאן מסלוצק. יצא לאור על ידי בנו ותלמידו הרב יצחק מאלצאן. (שם הספר מרמז על המחבר אליהו בן שלמה).

מעשה תורה

עריכת מימרות של תנאים ואמוראים לפי סדר מספרים. לדוגמה פירוט כל המימרות הקשורות למספר חמש וכן הלאה. כפי הידוע מתלמידי הגר"א ספר זה נכתב באחרית ימיו של הגר"א.

כללי הגר"א

נדפס בסוף מדרש תדשא.

ביאור סדר עולם רבא

ביאור על סדר עולם רבא.