יצחק בן-צבי

ביוגרפיה

יצחק בן-צבי נולד בעיר המחוז פולטבה שבדרום-מערב האימפריה הרוסית (כיום באוקראינה), בתחום המושב היהודי, בן בכור לקריינה (עטרה) בת הרב ישראל לייב קופילביץ, ולצבי שימשלביץ (לימים שמשי), עסקן וסופר ציוני. מצד אמו היה נין הרב מאיר הלוי אפשטיין ומצד אביו היה צאצא הרב יחיאל היילפרין, הרב אליהו חיים מייזל מלודז', הרב המקובל משה אשכנזי (משה איוויער), ונצר לרש"י. אחיו הוא הסופר אהרן ראובני, ואחיותיו הן: המשוררת שולמית קלוגאי ודינה אשת בנימין מזר.
בן-צבי התחנך בילדותו ב"חדר", משנת 1891, ולאחר מכן בחדר מתוקן. עם מוריו נמנו אלכסנדר זיסקינד רבינוביץ' ונתן וסילבסקי (לימים ציר לקונגרס הציוני הראשון). בביתם דיברו הוריו רוסית, אך אביו היה מורה לעברית וחבר אגודת "בני משה". בשנת 1891 ביקר אביו בארץ ישראל למטרת התיישבות עתידית, ובשובו הרבה לספר על רשמיו. עקב המגבלות על יהודי האימפריה הרוסית, למד בן-צבי מחוץ לגימנסיה הכללית ונבחן בה מדי סוף שנה. בשנת 1901 התקבל כתלמיד מן המניין, ולמד בה עד סיום לימודיו ב-1905. עברית למד בחוגים פרטיים, לצד השתתפותו בחוג עברית בהנהגת משה אהרון בורוכוב, אביו של בר בורוכוב, שותף לתחומי עניינו בפילוסופיה, בהיסטוריה ובסוציולוגיה.
בשנת 1904 הגיע בן-צבי לביקור ראשון בארץ ישראל. בדרכו ביקר בקהילות היהודיות באימפריה העות'מאנית, ביוון ובלבנון. כחודשיים שהה לבדו בארץ ישראל, ובמהלכם סייר רגלית ברחבי הארץ (יפו, ראשון לציון, נס ציונה, רחובות, עקרון, גדרה, קסטינה, מסחה, ירושלים, חיפה, טבריה, צפת ומטולה). בתקופה זו נפטר בנימין זאב הרצל, ובן-צבי השתתף בטקס זיכרון לכבודו. בביקורו בארץ קשר קשרי הכרות עם ישראל ואליעזר שוחט, יחזקאל חנקין ואליעזר בן-יהודה.

פועלי ציון ובר גיורא

בשובו לפולטבה סייעה התרשמותו הבלתי אמצעית למאבקו של בר בורוכוב נגד העלאת תוכנית אוגנדה בפני הקונגרס הציוני. בעקבות פרעות "המאות השחורות" באוקראינה (1905), יצא ליקטרינוסלב והשתתף בהלוויית 70 קורבנות. בפולטבה היה פעיל בהגנה העצמית היהודית, וייסד עם בורוכוב את מפלגת "פועלי ציון". סניפים למפלגה ולארגון ההגנה הוקמו על ידיו גם בערים קרמנצ'וג ופרילוק. בשלהי אותה שנה נרשם ללימודי מדעי הטבע באוניברסיטת קייב, אך בעקבות שביתה שב לעיסוקיו בפולטבה. באותה עת נחלקה המפלגה לשני גופים פוליטיים, ובן-צבי היה חבר מרכזי בוועדה לניסוח מצע "פועלי ציון" לאחר הפילוג וחבר ועד המפלגה המרכזי. בתקופה זו הפך למטרה למעקב מטעם השלטונות. בפולטבה היה ראש ארגון ההגנה העצמית המשותף לכלל המפלגות בעיר.
ביוני 1906 התגלה מחסן נשק של ארגון ההגנה העצמית בחצר בית אביו. אביו נידון ל-16 שנות גלות בסיביר, ועמו יצאו רעייתו ובתם, וכן אחיו ואחותו של בן-צבי. בן-צבי עצמו נמלט והגיע דרך קייב לווילנה. פעילותו המפלגתית נמשכה, ובחודש יולי השתתף בשם בדוי בוועידת המפלגה בצפון-מערב רוסיה. לאחר מכן יצא למסע תעמולה בגרמניה, אוסטריה ושווייץ, ועסק בהרחבת תשתית המפלגה. בשלהי 1906 חזר לווילנה, ונאסר בה יחד עם חברי מערכת עיתון המפלגה "דער פּראָלעטאַרישער געדאַנק". כעבור עשרה ימים שוחרר, אך זמן קצר לאחר מכן נאסר בשנית למשך שלושה שבועות במהלך ועידה מפלגתית בגרודנו. בראשית 1907 (אדר תרס"ז) עזב את רוסיה בדרכו לארץ ישראל, ובהיותו באוסטריה החל לפעול למען צירוף המפלגה לאינטרנציונל הסוציאליסטי.
בפסח תרס"ז 1907, חזר בן-צבי לארץ ישראל והשתקע ביפו בדירה ששכר מידי השומרוני אברהם צדקה, שממנו למד ערבית ועל אודות מנהגי העדה השומרונית. בחג שבועות ישב בנשיאות ועידת פועלי ציון בארץ ישראל, ונבחר לנציג המפלגה בקונגרס הציוני השמיני, לצד ישראל שוחט. בקיץ החל בעריכת ביטאון המפלגה "דער אנפאנג". בדרכו לקונגרס הציוני בהאג השתתף בוועידת המפלגה בקרקוב ובוועידה העולמית של ברית פועלי ציון, ובה נבחר לנציג הברית בארץ ישראל. בשובו מהקונגרס היה בין מייסדי ארגון "בר גיורא", אשר ההחלטה על הקמתו התקבלה בחדרו ביפו.
מאוחר יותר היה בין מייסדי "השומר". (כינויו המחתרתי היה "אבנר"). בתקופה זו עלתה לארץ רחל ינאית, שותפתו להנהגת המפלגה בווילנה. יחד עמה התגורר בשכונת החבשים בירושלים, השניים היו בין חברי הקומונה "ירושלים החדשה", בהנהגת בוריס ש"ץ, וייסד את העתון האחדות, עיתונה של מפלגת פועלי ציון. יחד היו בתקופה זו בין ראשוני חברי איגוד פועלי הדפוס בישראל. בשנת 1908, בעקבות הכאה של פועל דפוס, הנהיג בן-צבי את שביתת פועלי הדפוס בירושלים, שביתה שלא זכתה להשגים, אך נחשבת לאחת משביתות הפועלים הראשונות בארץ ישראל. בעקבות פנייה של בוריס ש"ץ השתתפו בן-צבי ורחל ינאית בייסוד הגימנסיה העברית רחביה והיו ממוריה הראשונים.

בטורקיה ובתקופת מלחמת העולם הראשונה

לצד מהפכות באימפריה העות'מאנית, קיים בן-צבי פעילות מפלגתית למען גיוס יהדות טורקיה להגברת האוטונומיה בהתנהלות ארץ ישראל, הגדלת מכסות העלייה וביטול ההגבלות על התעשייה. הצעתו לחקר מצב הפועלים והמשכילים מבין יהדות טורקיה התקבלה והובילה למסעו לביקור הקהילות היהודיות בשטחי טורקיה, יוון, לבנון וסוריה. במסעות אלו ערך מפגשים רשמיים עם מנהיגי הקהילות ונציגיהם במוסדות השלטון, אך התפנה גם לקיום מחקרים וערך הכרות ראשונית עם השבתאים. בשנת 1912 יצא שוב לצורך לימודי משפטים בסלוניקי ולאחר מכן באוניברסיטת איסטנבול. רשמיו מטורקיה הודפסו בביטאון המפלגה "האחדות". במהלך ביקורו התרשם בן-צבי מ"פדרציית העובדים הסוציאליסטית" בהנהגתו של אברהם בן-ארויה ומאמרו הראשון בביטאון "האחדות", שנקרא "הפועל היהודי בתוגרמא" עסק בהשפעה הסוציאליסטית על ארגוני הפועלים אשר יובאה מבולגריה לאימפריה העות'מאנית והוא התמקד בפדרציית העובדים אשר הובילה לדבריו, לאיחוד בין הפועל היהודי לפועלי שאר העמים. עם פרוץ מלחמת העולם הראשונה (1914) נפסקו לימודיו והוא שב לארץ ישראל. יחד עמו למדו דוד בן-גוריון, ישראל שוחט ודוד רמז. בירושלים, בראותו שמרבית יושבי הארץ נתינים זרים העשויים לעמוד בפני גירוש, פעל להקמת ועד להתעתמנות. בניסיון נוסף להעמקת הקשר עם השלטונות העות'מאנים פנה למפקד על ירושלים וייסד בהסכמתו כוח יהודי מגן על העיר.
מערכת "האחדות" נסגרה בעקבות מאמר שפרסמה בתגובה לגירוש יהודי יפו (בשנת תרע"ה). בן-צבי ושותפו לפעילות הפוליטית, דוד בן-גוריון, נאסרו בגין פעילותם הציונית ונידונו לגירוש מארץ ישראל לצמיתות. ממצרים הגיעו יחדיו לארצות הברית, שבה הקימו יחד את תנועת "החלוץ" המקומית וייסדו עבורה סניפים. יחד גם כתבו את תקנות "החלוץ", שתורגמו ונשלחו לאירופה, וכן פרסמו את הספר ארץ ישראל בעבר ובהווה (מאוחר יותר יצא גם ברוסיה) וערכו את ספר יזכור. מאמריו של בן-צבי בנושא ארץ ישראל ועתידה פורסמו בעיתון "דער אידישער קאָנגרעס". עם ראשית המנדט הבריטי על ארץ ישראל, יצאו בן-צבי ובן-גוריון בקריאה לגיוס יהדות ארצות הברית לגדוד העברי, ובאותה שנה חזרו לארץ כטוראים בגדוד "קלעי המלך". בן-צבי שהה באמריקה שלוש שנים. טרם הגעתם לארץ יצאו לאימונים בקנדה, וממנה עברו לאנגליה ולמצרים.
ב-31 בדצמבר 1918 נישאו יצחק ורחל ינאית, בטקס שערך אלכסנדר זיסקינד רבינוביץ'.

אחדות העבודה וההסתדרות

בשנת 1919 התקיימה ועידת היסוד של מפלגת "אחדות העבודה", כאיחוד בין "פועלי ציון" ופועלים הבלתי מפלגתיים. בן-צבי נבחר למרכז ועידת היסוד. בכינוס במועצה העולמית של ברית פועלי ציון בשוודיה נבחר לחבר המשלחת להכנת תוכנית פעולה לארץ ישראל, ובשנת 1921 לקח חלק מרכזי בפעילות המשלחת וחיבר את פרקי הדו"ח הנוגעים למצב המדיני, ארגון היישוב ופרשת ועד הצירים. באותה שנה אירע פילוג במפלגה העולמית, ובעקבותיו נבחר בן-צבי להנהלת הברית העולמית פועלי ציון-ציונים סוציאליסטים בארץ ישראל.
בשנת 1920 מונה על ידי הנציב העליון הרברט סמואל לחבר המועצה הממשלתית. כהונתו במועצה נמשכה שבעה חודשים, עד להתפטרותו בעקבות התנהלותה במאורעות תרפ"א (1921); בהם השתתף בפעולות "ההגנה", והיה נציג היישוב בפני שלטונות המנדט.
בן-צבי היה בין עשרת חבריה הראשונים של הסתדרות העובדים הכללית; ועם ייסודה נבחר לחבר הוועד הפועל של ההסתדרות בעל אחריות על עובדי הממשלה, פועלי הרכבת והסקטור הערבי, שעבורו הקים את העיתון "אתאחד אל-עמל", שיצא לאור בין השנים 1925–1928. כן היה ממונה על קופת פועלי ארץ ישראל, אשר נמנה בעבר עם מייסדיה. בשנות חברותו בוועד הפועל יצא בשליחויות בינלאומיות שונות לכנסים מקצועיים. מטעם "אחדות העבודה" יצא לכנסי האינטרנציונל הסוציאליסטי והשתתף בקונגרסים הציוניים בשנים 1923, 1927 ו-1929.
לפי אברהם תהומי בשנת 1924 היה בן צבי שותף בהחלטה על רציחתו של פעיל העדה החרדית יעקב ישראל דה האן, במה שנחשב לרצח הפוליטי הראשון בארץ ישראל בזמן המודרני.
בשנת 1927 נבחר למועצת עיריית ירושלים, ומונה להנהלת העירייה. בעקבות מאורעות תרפ"ט ב-1929 התפטר במחאה על התנהלות העירייה. בשנים 1934–1938 כיהן בשנית בעירייה. בין השנים 1920–1948 היה חבר אספות הנבחרים מטעם "אחדות העבודה" ומפא"י. בכל שנות כהונתו היה חבר הנהלת הוועד הלאומי, ומשלהי כהונת אספת הנבחרים השנייה היה למחליפו של דוד ילין כיו"ר הוועד. בתקופת אספת הנבחרים הרביעית היה נשיאו. לאורך שנים אלה לקח חלק בחיבור פרקים היסטוריים על אודות ארץ ישראל בפרסומים רשמיים ובדו"חות לגורמים בינלאומיים, בהם ועדת החקירה האנגלו-אמריקאית לענייני ארץ ישראל. בשנת 1937 נבחר גם להנהלת הסוכנות היהודית. בשנה זו ייצג את היישוב העברי (כמושבה בריטית) בהכתרת ג'ורג' השישי, מלך הממלכה המאוחדת בלונדון, כאשר הוא לבוש בהידור בריטי ורעיתו רחל עם אבנט ועליו מגן דוד בולט.
ב-1939 היה בין נציגי היישוב בוועידת השולחן העגול בלונדון.
בן-צבי היה מחותמי מגילת העצמאות. כחבר מועצת המדינה הזמנית נשא בה דברים שש פעמים, והעלה בה לדיון את שאלת מצב העיר ירושלים תחת מצור. לאחר הקמת מדינת ישראל נבחר לחבר הכנסת מטעם מפא"י. בכנסת הראשונה היה חבר ועדת הפנים ובכנסת השנייה היה חבר ועדות הפנים והכנסת.

חבר הכנסת

במסגרת תפקידו הִרבה בן-צבי לעסוק בענייני רשויות מקומיות, ובייחוד ירושלים, ובענייני חוקה ודיני עונשין. בשנת 1950 מונה לחבר ועדת החקירה הממשלתית בנושא חינוך ילדי עולים. עוד בפעילותו הפרלמנטרית קרא לשוויון זכויות בין המינים, הגנת אסירים בבתי סוהר, דרש מתן זכות כניסה לישראל לשומרונים ועמד על שמירה על יחסים תקינים עם ערביי ישראל. בשנות כהונתו בכנסת, קיבל את רשות הדיבור במליאה 45 פעמים. בדבריו הרבה להתייחס ולצטט מכְּתבים יהודים היסטוריים. השאילתה הראשונה שהציג נגעה בשאלת העדה השומרונית.

נשיא המדינה

לאחר פטירתו של חיים ויצמן, הציע דוד בן-גוריון את בן-צבי כמועמד מפא"י לנשיאות המדינה בישיבת המפלגה שנערכה ב-26 בנובמבר 1952. בהצבעה החשאית ניצח בן-צבי את יוסף שפרינצק בהפרש של 14 קולות.
ב-8 בדצמבר 1952 נבחר לתפקיד, נבחר אליו בשנית ב-1957 ופעם נוספת ב-1962. בן-צבי היה לנשיא המדינה היחיד שנבחר לשלוש כהונות, ובעת מועמדותו לכהונה שנייה ושלישית היה מועמד יחיד לתפקיד, ללא מתנגדים. בראשית כהונתו השלישית הלך לעולמו, ב-23 באפריל 1963 (כ"ט בניסן תשכ"ג).
יצחק ורחל בן-צבי סירבו לעבור מביתם ברחוב אבן גבירול בירושלים למעון יוקרתי וייצוגי. על כן, רכשה ממשלת ישראל ממשפחת ולירו את מתחם בית הנשיא יצחק בן-צבי ברחוב אלחריזי 17. בביתם קיימו את תפקידיו המסורתיים של נשיא המדינה; בערב ראש חודש נהגו להזמין לביתם נציגי עדות וגלויות שונות, ובתקופת כהונתו התארחו באופן זה נציגי יהדות תימן, צפון אפריקה, פרס, בוכרה, הונגריה, בבל, רומניה, כורדיסטן, צ'כוסלובקיה, מצרים, איטליה, הודו, יוון, בולגריה, בריטניה ואירלנד וארצות אמריקה הלטינית. במסגרת פעילויותיה הרשמיות של רחל הוקמה קרן בית הנשיא לילדי ישראל. בתקופת כהונתו נפתח בית הנשיא לציבור הרחב פעמיים בשנה, בחול המועד סוכות וביום העצמאות.
באוגוסט 1962 יצא בן-צבי לסיור ממלכתי באפריקה, במסגרתו ביקר ברפובליקה המרכז-אפריקאית וברפובליקה של קונגו וחתם על הסכמי שיתוף פעולה עמן.
בן-צבי נהג להשתתף בשיעור גמרא שבועי, וסירב להשתתף בחגיגות פתיחת בית כנסת רפורמי בירושלים.
במסגרת סמכות החנינה שבידי הנשיא, הונחו בפני בן-צבי בין היתר בקשותיהם לחנינה של נידונים במשפטים בעלי עניין ציבורי, ובהם אדולף אייכמן ומתנקשיו של ישראל קסטנר. בתוקף סמכות החנינה שחרר בן-צבי ממאסר את כל המורשעים בטבח כפר קאסם ובראשם שמואל מלינקי.

מותו והנצחתו

בן-צבי נפטר שבוע לפני יום העצמאות והובא לקבורה בהר המנוחות, לצד קברי הוריו. אל מסע ההלוויה הגיעו המוני אדם. המשטרה איבדה שליטה: דיפלומטים נדחקו הצידה, וסדר הושג רק לאחר התערבות כוחות צבא בפיקוד אלופי צה"ל שנכחו במקום.
ממשלת ישראל החליטה על הוראת שעה שלפיה ביום העצמאות יונפו דגלים ציבוריים ופרטיים כאחד בחצי התורן ודגלי קישוט יעוטרו בסרט שחור לאות אבל. עשרות רבות של מכתבי תנחומים התקבלו ממנהיגי מדינות וארגונים יהודיים ובינלאומיים. דגל האו"ם במטה הארגון בניו יורק הורד למחצית התורן, ודגלי 110 המדינות החברות באו"ם לא הונפו לאות אבל. ימי אבל לאומיים הוכרזו בין היתר בארגנטינה ובאל סלוודור, ושלושה ימי אבל הוכרזו בקובה ובקונגו-ברזוויל. כן הורדו לחצי התורן דגלי המוסדות הרשמיים בבריסל, ובהם בניין מושב הקהילה הכלכלית האירופית.
בדברי ההספד שנשא ראש הממשלה בן-גוריון אמר: "לא הכרתי איש רב פעלים וגדול רוח ויחד עם זאת צנוע, ענו ופשוט בכל הליכותיו עם גדולי עמים ועם פשוטי עם כמוהו. הוא גילם בתוכו אהבת ישראל ואחדות ישראל כאשר לא הצליח לעשות איש בימיו, והעם כולו הרגיש בדבר, ואיני יודע עוד איש אחד בדורנו שזכה לאהבת כל העם, בכל עדותיו ושבטיו, לאהבה תמה ושלמה כזו, שזכה לה יצחק בן-צבי". במלאת שבעה למותו העלתה הכנסת את זכרו בישיבה מיוחדת שבה נשאו דברים נציגי הסיעות השונות. אסתר רזיאל-נאור ציינה כי "מקרב עמו בא, לפני עמו הלך ובתוך עמו ישב", ומשה סנה אמר כי "על אף ההבדלים היסודיים בהשקפת עולם ובדעות פוליטיות, ידענו להעריך כראוי את אישיותו, מידותיו וסגולותיו של הנשיא המנוח, כפטריוט ישראלי רב פעלים וכאחד מראשוני תנועת הפועלים בישראל". נציגי הסיעות הערביות ציינו את הבנתו הייחודית לבעיות המיעוט הערבי.
במותו נותרו אלמנתו רחל ובנו עמרם. בנו הצעיר, עלי, נפל במלחמת העצמאות על הגנת קיבוץ בית קשת (בקרב בית קשת). לאחר מות בנם, העבירו את צריף מגוריהם לבית קשת לשם הקמת בית נוער על שמו.
בן-צבי הונצח בבול ישראלי בשנת 1964 ובשטר בסך מאה שקלים חדשים. ברחבי הארץ נקראו על שמו רחובות ומוסדות חינוך. יד יצחק בן-צבי לחקר תולדות ארץ ישראל וקהילות המזרח קרוי על שמו. בשנת 1965 הוציא המכון את "ספר הזיכרון ליצחק בן צבי" ובו סקירת פעילותו המדעית, רשימת פרסומיו וקובץ מחקרים הנוגעים בתחומי עניינו.

פעילותו כחוקר

בן-צבי עסק בחקר תחומים שונים במדעי היהדות: ארכאולוגיה של ארץ ישראל, היישוב היהודי בארץ, תולדות המסעות והעליות לישראל, קהילות יהודיות בארצות ערב ושבטי ישראל ומנהגיהם. בתחומים אלו פרסם למעלה מ-150 פרסומים מדעיים. כתביו כוללים כעשרים ספרים ומאות מאמרים בענייני פובליציסטיקה ומחקר. רשמיו הראשונים על תחומי המחקר שבהם הרבה לעסוק נכתבו בעת מסעו לארץ ישראל בשנת 1904, שבמהלכו ביקר בנקודות יישוב מקראיות והתרשם ממפגשיו עם העדה השומרונית. בעקבות גילוי כתובת ארמית ברמות נפתלי כתב:
"דורנו שזכה להיות דור ראשון לגאולת העם, חובתו להיות ראשון גם בגילוי נסתרות ההיסטוריה".]
במאמרים רבים התייחס בן-צבי לארכאולוגיה, לאפיגרפיה ולטופוגרפיה. באופן זה חקר את מסורות הפלאחים והבדואים. בשנים שלאחר קום המדינה התעניין רבות במגילות ים המלח ובממצאים שאותרו במערת האיגרות. במחקריו המשיך לעסוק ביישוב היהודי בארצות ערב וסייע בהצלת כתבי יד מקראיים מקהילות אלו, ובראשם כתר ארם צובא, שהיווה נושא מחקר בפרסומיו.
בתקופת שהותו בווילנה, פורסם מאמרו הראשון, "די יידישע אומוואנדערונגען", שבו חקר את תולדות נדודי ישראל בגולה וקבע את השפעת ה"יסוד המבודד" וה"יסוד המכולל" על התערות היהודים בחברה הכללית ואופן הגירתם. בשנת תרע"א 1911, פרסם ב"השילוח" מסה על אודות מרד החשמונאים. לאחר מכן התמקדו תחומי עניינו בידיעת ארץ ישראל, ההיסטוריה המקומית וחקר עדות וכתות בעם ישראל. סקירותיו על אודות יישובים לא-יהודיים בארץ ישראל כונסו בספרים "שכנינו בארץ" ו"אוכלוסי ארץ ישראל". מחקריו על אודות העדה השומרונית כונסו ב"ספר השומרונים".
תחום עניינו של בן-צבי כלל את תולדות היישוב היהודי בארץ ישראל מחורבן בית שני ועד התחייה הציונית. ספרו "ארץ ישראל ויישובה בימי השלטון העות'מאני" הכיל סקירה מדינית, חברתית, כלכלית ורוחנית של האוכלוסייה היהודית בארץ ישראל לאורך 400 שנים (1517–1917), ובו אסף וחקר תעודות ערביות וטורקיות. בעקבות פרסומו משנת תרפ"ב 1922, בשם: "היישוב היהודי בכפר פקיעין", החל בחקר יישובים חקלאיים שקדמו להתיישבות החדשה בארץ. מחקריו על אודות שפרעם, כפר יאסיף, חצביה ואחרים כונסו בכרכי "שאר יישוב". במחקרים אלו ריכז עדויות על תושבים יהודים בכל ערי וכפרי הארץ; בין היתר גילה שבכפר פקיעין התקיים יישוב יהודי רצוף לאורך כל הדורות, וקיים יחסי ידידות וקרבה עם קהילת יהודי פקיעין. בין היתר העלה את ההשערה שמקורם של חלק ניכר מערביי הארץ הכפריים ביהודים שהמירו את דתם עם השנים.
בן-צבי קשר קשרים אישיים עם יוצאי קהילות יהודיות שונות, ונסע ברחבי המזרח התיכון על מנת לאסוף שרידים יהודיים ולתעד אותם. בישראל מילא תפקיד מרכזי בגילוי בית שערים. על יסוד בדיקה מחודשת של פסוקים בספרי איוב ודברי הימים פרסם מאמר שבו הסיק כי בחצי האי ערב התקיימו בין המאה השלישית והמאה השישית מדינות בראשות שליטים יהודים.
פרסום ניכר ניתן לעיסוקו בחקר מורשת ותולדות השומרונים, שהוא היה מחוקריה הפוריים ביותר בתקופת חייו. מחקריו הסתמכו על כתובות וממצאים אפיגרפיים, רשימות סופרים בקולופונים ובתשקילים, וכן מסורת שבעל פה. עבודתו בתחום זה סוכמה על ידיו במאמר "יסודות הכרונולוגיה השומרונית", ובספרו "ספר השומרונים". בפרסומיו ייחד מאמרים לתיאור כתבי יד שומרוניים לתורה, בהם פנחסיה. קשרי הידידות שקשר איפשרו לו להיות בין האישים הבודדים מחוץ לבני העדה שזכו להתרשם מספר אבישע. בן-צבי היה חבר קרוב של ראש העדה בחולון יפת בן אברהם צדקה וכן מיוזמי הקמת השכונה השומרונית בחולון בשנת 1956, כמו כן היה בין הראשונים לפרסם על אודות יהדות פרס ויהדות כורדיסטן, ועסק בעדת הקראים ובחוקרו את השבתאות היה מראשוני העוסקים בדונמה.
בהרצאה שערך לזכרו זאב בן-חיים, ביקש לעמוד על עניינו של בן-צבי גם בפילולוגיה ובלשון העברית. בהרצאתו בפני האקדמיה ללשון העברית, בהיותו נשיא, ביקש בן-צבי לשלב אותיות מן הכתב העברי הקדמון בכתב העברי המודרני, ולהעשיר את יכולת ההבעה בתנועות.
בנובמבר 1947, הוקם על ידיו "המכון לחקר קהילות ישראל במזרח" במסגרת האוניברסיטה העברית בירושלים. עם בחירתו לנשיא המדינה נקרא המוסד "מכון בן-צבי", בעוד בן-צבי נותר לעמוד בראשו ושימש מנהלו המדעי. מטרת המכון הוגדרה על ידיו "להציל מכיליון את נכסי הרוח של היהודים במזרח התיכון, ולעודד את חקר קורותיהם ותרבותם". לאחר מותו אוחד המכון אל יד יצחק בן-צבי ומשנת 1973 הוא מנוהל במשותף על ידי יד יצחק בן-צבי והאוניברסיטה העברית.
בשנת 1955, ייסד בן-צבי באוניברסיטה העברית קרן להענקת פרסים לחוקרים. פרס על שם אביו נקבע עבור מחקר בתולדות קהילות אירופה שנספו בשואה, ופרס על שם בנו נקבע עבור מחקר בתולדות הקהילות היהודיות בארצות המזרח.
על ספרו "נדחי ישראל", זכה בפרס ביאליק לחכמת ישראל לשנת תשי"ז. בן-צבי סירב לקבל את הפרס באופן אישי, מתוקף היותו נשיא המדינה, אך נשא דברים בטקס קבלת הפרס ודיבר בעד רעיון קיבוץ הגלויות. הפרס (500 ל"י) נתרם על ידיו למען עידוד המחקר של נדחי ישראל. ספר זה תורגם לאנגלית, לספרדית, לצרפתית, לאיטלקית, לדנית וליידיש.

פרסומיו

בן-צבי פרסם מאמרים מקצועיים ופובליציסטיים רבים, לעיתים תחת שמות עט (יצחק השמשי, אבנר, נעמן, י. קטגורי, י. ק-י, עובר דרך, עובר אורח, י. ב.צ.). העיתונים העיקריים שלהם תרם: "האחדות", "קונטרס", "דבר", "הפועל הצעיר", "הדור", "התורן", "הדואר", "פארווערטס", "וארהייט", "דער יידישער קעמפער", "דער יידישער קאנגרעס", "העולם" ו"פאלק און ציון". מאמרים רבים פרי עטו כונסו ב"כל כתביו" (תרצ"ה).