אבי בקר

אָבִי בֵּקֶר (3 במאי 1951 – 4 ביוני 2015) היה ד"ר ליחסים בינלאומיים ומדע המדינה (אוניברסיטת העיר ניו יורק), המזכיר הכללי של הקונגרס היהודי העולמי, חבר במשלחת ישראל באו"ם ומרצה בכיר ללימודי תואר שני בדיפלומטיה באוניברסיטת תל אביב ומשפט בינלאומי פומבי בקריה האקדמית אונו. פרסם ספרים ומאמרים רבים בארץ ובעולם בתחום היחסים הבינלאומיים, האו"ם והביטחון הבינלאומי, יהדות העולם ורעיון העם הנבחר.

ביוגרפיה

הוריו של אבי בקר, אהרן ומרים, היו היחידים ממשפחותיהם מפולין ששרדו את השואה בברית המועצות. אביו נעצר על ידי הרוסים עם כניסתם לפולין בגין "פעילות ציונית", ולאחר שהייה במעצר במהלך המלחמה הצטרף לצבא הפולני שהקימו הרוסים והגיע עם הלוחמים עד לברלין. עם סיום המלחמה התמנה האב לרב בצבא הפולני ובמדי הקפיטן (סרן) הציל מאות ילדים יהודים שנמסרו למנזרים קתוליים על ידי הוריהם לפני השואה.
בקר למד בבית הספר ביל"ו בתל אביב והמשיך בישיבת בני-עקיבא בנחלים ואת שירותו הצבאי סיים בדרגת סרן כקצין קישור לכוחות האו"ם בסיני ואחר כך ביחידה לאיתור נעדרים. הוא סיים את לימודי התואר הראשון באוניברסיטת תל אביב במדע המדינה והיסטוריה של עם ישראל (1974) ותואר שני במדע המדינה (1976) ולאחר נישואיו לצביה יצא ללימודי הדוקטורט במרכז ללימודים מתקדמים של אוניברסיטת העיר ניו יורק. הוא התמחה ביחסים בינלאומיים ובמיוחד בתחומי בקרת הנשק, האו"ם והאמנות הבינלאומיות הקשורות לכך. 
לצד לימודי הדוקטורט הצטרף גם למשלחת ישראל באו"ם ושימש עוזר אישי לשגריר חיים הרצוג ואחר כך ליהודה בלום (1977–1982). הוא גם הופקד מטעם המשלחת על דיוני בקרת הנשק באו"ם. בתקופה זו בלטה פעילות האו"ם בבקרת נשק במערכה הדיפלומטית הערבית כנגד ישראל ובמיוחד בסוגיות החימוש הגרעיני. פעילות זו הגיעה לשיא לאחר שישראל השמידה את הכור הגרעיני העיראקי אוסיראק ביוני 1981. לאחר חזרתו לישראל ב-1982 שימש בקר מרצה למדע המדינה באוניברסיטת תל אביב (1982–1985) בתחומי היחסים הבינלאומיים, בקרת נשק ומדיניות החוץ הישראלית. ב-1985, לאחר מינויו כמנכ"ל הקונגרס בישראל, המשיך להרצות באופן חלקי באוניברסיטת בר-אילן. 
לאחר 20 שנות פעילות בקונגרס היהודי העולמי (להלן) חזר בקר לאקדמיה, ובשנים 2004 –2006 שימש כמרצה בכיר בתוכנית לתואר שני לדיפלומטיה באוניברסיטת תל אביב. ב-2007 התמנה לפרופסור אורח באוניברסיטת ג'ורג'טאון (תוכנית גולדמן) שבוושינגטון הבירה, ושם לימד במשך שנתיים עד קיץ 2009. בנוסף לקורס על הסכסוך הישראלי-ערבי לימד קורסים לתלמידי בית הספר לשירות החוץ בגורג'טאון על האו"ם בזירה הבינלאומית, על בקרת נשק ועל דיפלומטיה של העם היהודי. בשהותו בוושינגטון הרבה להרצות בפני פורומים של המועצה האמריקנית ליחסי חוץ ברחבי ארצות הברית וגם הופיע בכינוסים יהודים של איפא"ק (השדולה הפרו-ישראלית בקונגרס, הידועה גם כלובי היהודי), בקונגרס האמריקני, במכוני המחקר, בארגון הסטודנטים הלל ועוד. ב-2010 חזר להרצות בתוכנית לדיפלומטיה באוניברסיטת תל אביב ועל משפט בינלאומי פומבי בקריה האקדמית אונו. 
במסגרת פעילותו בקונגרס כיהן בקר בשורה ארוכה של קרנות בינלאומיות שעסקו במשא ומתן, תקצוב והסדרי פיצויים על רכוש יהודי מהשואה בהולנד, נורווגיה, צ'כיה וסלובקיה. הוא כיהן משך שנים רבות כחבר בוועד המנהל ביד-ושם, במוזיאון בית התפוצות, שם גם שימש כיו"ר וועדת הביקורת ומספר פעמים כיו"ר וועדת החיפוש הציבורית למנכ"ל. היה חבר בהנהלת וועידת התביעות מגרמניה ובהנהלת הארגון היהודי להחזרת הרכוש היהודי. שימש כיו"ר קרן קלר למורשת יהודית ודירקטור חיצוני בחברת אפריקה ישראל-מלונות, חברה ציבורית. היה פעיל שנים רבות בוועד המנהל וחבר הנאמנים של אוניברסיטת בר-אילן, חבר בוועד המנהל של האקדמיה לעיצוב ולחינוך ויצו חיפה, בהנהלת העמותה לאחריות ארגונים לא ממשלתיים, לפעילות מול ארגוני זכויות אדם, ובעמותה למורשת פון ויזל. 
בדצמבר 2007 הוענק לבקר פרס סמולר לעיתונאות מטעם הג'וינט העולמי בנושא יחסי ישראל והתפוצות "על ההישג המתמשך במאמץ להביא את דבר יחסי ישראל והתפוצות אל הקורא הישראלי." וועדת הפרס קבעה כי בקר "מגלם בכתיבתו ובעיסוקיו הציבוריים את הקשר העמוק של עם ישראל ומדינת ישראל עם התפוצה היהודית בעולם בימינו." 

בשנים 2004–2006 פרסם במסגרת טור קבוע ב"הארץ" עשרות מאמרים על יהדות העולם. מאמריו התפרסמו גם בעיתונים אחרים בארץ ובעולם. ביוני 2014 נבחר אבי בקר כמרצה המצטיין בתוכניות לתואר שני מטעם הפקולטה למדעי החברה. 
ספרו "מיהו העם הנבחר? סיפור מאבק הרעיונות הגדול בהיסטוריה" שיצא בהוצאת ידיעות ספרים בנובמבר 2013 היה במשך חודשיים ברשימות רבי המכר.
ב-4 ביוני 2015 נפטר לאחר מחלה קשה. בקר היה נשוי לצביה, הם התגוררו בקריית אונו ולהם ארבעה בנים.

הקונגרס היהודי העולמי

בקר עבד בקונגרס היהודי העולמי במשך 20 שנה (1983–2003). הוא החל את פעילותו בקונגרס כיועץ מדיני וב-1985 התמנה למנכ"ל הקונגרס בישראל. ב-1994 התמנה למנהל הבינלאומי של הארגון וב-2001 לתפקיד הבכיר ביותר כמזכ"ל הארגון, הכפוף ישירות לוועד המנהל הבינלאומי. הוא היה הישראלי הראשון שמונה לנהל ארגון של יהודי התפוצות, וכמזכ"ל הארגון ניהל את הארגון מניו יורק עד לפרישתו בסוף 2003. נשיא הקונגרס, אדגר ברונפמן, אמר כי "בחירתו של בקר מייצגת תפיסה חדשה והכרה בחשיבות המימד הישראלי בחיי העם היהודי."

פעילות בקונגרס בישראל

כמייצג הקהילות היהודיות בתפוצות, עיקר פעילות הקונגרס היהודי העולמי בישראל מבוססת על תיאום מדיניות עם ממשלת ישראל, במיוחד משרד ראש הממשלה, משרד החוץ והכנסת. משימתו הדיפלומטית של בקר הייתה לכן לחזק את הבסיס המשותף בין זרועות המדינה, הסוכנות היהודית וההסתדרות הציונית עם ראשי הקהילות היהודיות בעולם המפוזרים בכמעט מאה מדינות במגוון שונה של פעילות, זהות וזרמים דתיים. בנוסף לאירוח משלחות ההנהלה והקהילות מרחבי העולם היה בקר אחראי לארגון כינוסים רבי משתתפים של עצרת הקונגרס (כ-1,000 ויותר), ישיבות ההנהלה וחבר הנאמנים שכללו מפגשים מדיניים עם ראשי המדינה, חברי כנסת ואישי ציבור אחרים. כמו כן היה שותף ומארגן כינוסים רבים בחו"ל.

מכון המחקר והמועצה ליחסי חוץ

ב-1989 ייסד ד"ר בקר יחד עם ד"ר דוד קמחי את המועצה הישראלית ליחסי חוץ שפעלה בחסות המשרד בישראל. נשיא המועצה היה דוד קמחי, לשעבר מנכ"ל משרד החוץ, ובקר שימש כמנכ"ל ומפעיל המועצה עד לפרישתו מהקונגרס ב-2003. 
ב-1993 הקים בקר את מכון המחקר של הקונגרס היהודי העולמי ועמד בראשו עד 2003. המכון פרסם מאות מחקרים ודו"חות רקע בסוגיות של מדיניות יהודית בארץ ובעולם בשיתוף עם מומחים בעולם. ב-1996 פרסם המכון את ספר הקהילות היהודיות בעולם (בעריכתו של בקר ובהשתתפות חוקרים ונציגים מקהילות בעולם) בעברית ובאנגלית אשר שימש כמקור אנציקלופדי ועדכני על מצב הקהילות היהודיות בתפוצות.

המערכה כנגד קורט ולדהיים

בקר היה שותף פעיל בתחום הדיפלומטי והתקשורתי במאבק בינלאומי של הקונגרס כנגד מועמדתו של ד"ר קורט ולדהיים לנשיאות אוסטריה. ולדהיים כיהן כמזכ"ל האו"ם (1972–1981) והסתיר בביוגרפיה הרשמית שלו את ארבע השנים (1941–1945) שבהן שירת כקצין בוורמאכט במלחמת העולם השנייה ביחידות שביצעו פשעי מלחמה. הקונגרס חשף מסמכים רבים, ובקר פעל עם עמיתיו להתריע בפני דעת הקהל את חומרת בחירתו של קצין נאצי פעיל, אשר היה שותף לפשעי מלחמה, לתפקיד כה בכיר וסמלי באוסטריה. 
בקר יצא כנגד גישת "בת היענה" של אקדמאים, דיפלומטים ועיתונאים אשר ראו בעיסוק החטטני בשואה פגיעה ב"נורמליזציה" של הקיום היהודי ובמדיניות החוץ של ישראל. הניו יורק טיימס ציטט את אבי בקר (ביוני 1988), בעקבות הפגנה שהוביל בירושלים, נגד פגישת האפיפיור יוחנן פאולוס ה-2 עם ולדהיים ועל "שיצא מגדרו כדי להעניק לגיטימציה לולדהיים בזמן שהוא מנודה על ידי מדינות רבות בעולם".
בפולמוס בישראל ציטט בקר את דו"ח הוועדה הבינלאומית של ההיסטוריונים, אשר ולדהיים בעצמו מינה, שמצאה אותו אשם בשקרים וסיוע בביצוע פשעי המלחמה. בקר הביע סיפוק כי ממשלת ישראל וגם חברי הכנסת מימין ומשמאל הפגינו אחדות יוצאת דופן בהתנגדותם להחזרת השגריר הישראלי לווינה וסירבו לקבל את הפרגמטיזם הציני שהציעו כמה שגרירים לשעבר אשר לא מצאו פסול בהגשת כתב האמנה של שגריר ישראל לנשיא האוסטרי.
(על השלכות מאבק ולדהיים על זיכרון השואה ראו בהמשך).

המאבק על העלייה והחיים היהודיים לאחר נפילת ברית המועצות

בשנות פעילותו של בקר בקונגרס התגבשו התהליכים הפנימיים בברית המועצות שהביאו לפתיחות חדשה (גלאסנוסט) ולבניה מחדש (פרסטרויקה) של הכלכלה בהנהגתו של מיכאיל גורבצ'וב. כישראלי היה ד"ר אבי בקר מהראשונים שנפגשו עם מנהיגים פוליטיים בכירים, ראשי ממשלה ושרים, ברחבי מזרח אירופה הקומוניסטית וגם צפה בתחילת ההתארגנות לחידוש החיים היהודים בקהילות אלה. בקר העביר ישירות לישראל את המסר ממנהיגי מזרח אירופה על כינון היחסים הדיפלומטיים. 
בויכוח הפוליטי על עתיד הקהילות במזרח אירופה הדגיש בקר כי יש לתת עדיפות לעליה לישראל אך לא ניתן להתעלם מרצונם של יהודים להמשיך ולהתקיים כקהילה בגלות. הוא ביקר את גישת הסוכנות היהודית ולשכת הקשר של הממשלה בישראל הממשיכים להתנהל בסגנון מחתרתי ומנסים להכתיב לקהילות מנהיגות מ'טעם' ודרכי פעולה. הוא טען כי אין מנוס מפעילות יהודית גלויה ומוסדרת של חינוך יהודי לחיזוק הזהות והחיים הקהילתיים.העלייה מברית המועצות היא יעד ראשון במעלה, הסביר, אך יש לעזוב את הפטרנליזם הישראלי ואסור לזנוח את אלה הנשארים שם.
כמזכ"ל הקונגרס תמך בהקמת הקונגרס האירו-אסיאתי במוסקבה, ובטקס היסוד בהשתתפות השר רוני מילוא מישראל ונשיא הארגון החדש אלכסנדר משקביץ, ציין כי "זו הפעם הראשונה שיהודים באזור הקימו ארגון מטריה שיהיה פעיל בזירה הפוליטית"

המאבק באנטישמיות

באמצעות הקהילות היהודיות אספו משרדי הקונגרס ומכון המחקר שלו בישראל את המידע וההתרעות בתחום זה. בקר מיסד את שיתוף הפעולה במחקר ובפרסום עם המכון לחקר האנטישמיות באוניברסיטת תל אביב.
ביולי 1992 ושוב ב-2002 כינס הקונגרס היהודי העולמי ועידות בינלאומית בבריסל נגד אנטישמיות ובקר היה גם מופקד על הכנת ניירות העבודה, ארגון המשלחת הישראלית והפקות התוכן בכינוסים.
במאמריו יצא בקר נגד השאננות של ישראלים אשר טענו כי בעולם של גלובליזציה חייבת ישראל לחפש לעצמה את הקיום הנורמלי ולחדול מתחושת הרדיפה של האנטישמיות. בקר ציין כי "בניגוד לחזונו של הרצל, קיומה של מדינה יהודית עצמאית לא העביר מן העולם את האנטישמיות".
ב-2002 גינה בקר את מה שכינה "אנטישמיות בכסות אינטלקטואלית" שבה אקדמאים, אינטלקטואלים וארגוני זכויות האדם התמקדו בתקיפת ישראל ("האנטישמיות החדשה"). מכון המחקר של הקונגרס הוציא דו"חות רבים על המתרחש בקהילות שונות בתחום זה. בקר התריע על מה שהגדיר כ"ברית לא קדושה של גורמי שמאל באירופה, האינטלקטואלים עם הפונדמנטליזם המוסלמי, המסכנת את ישראל והיהודים". ביולי 2002 ארגן בקר, בשיתוף משרד החוץ, כינוס ארגונים יהודים בלונדון לתיאום המערכה נגד המשך הפעילות האנטי-ישראלית של ועידת האו"ם נגד גזענות.

זהות יהודית בישראל ובתפוצות

בדיונים בסוגית הזהות היהודית מצא עצמו בקר במחלוקת עם ישראלים שסברו כי לא ניתן לשמור על המשכיות יהודית בגולה וטענו כי העתיד יהודי מובטח רק בישראל (להלן על הוויכוח עם א.ב. יהושע). בקר טען כי המגמות הפוסט-ציוניות בחברה הישראלית מוכיחות שאין תחליף לחינוך יהודי בישראל ובתפוצות. הוא הביע התנגדות להשתלחות ביהודי התפוצות שהשמיע נשיא המדינה עזר ויצמן וטען כי מול שקיעת האתוס הציוני בישראל ונוכח התפשטות ההתבוללות בתפוצות על שני הצדדים לבחון מחדש את שיתוף הפעולה הנדרש לחיזוק הזהות היהודית.
בדיון בפברואר 2002 הסביר בקר כי יש לטפח את קשרי ישראל עם יהדות ארצות הברית מכיוון ש"כמה עיתות משבר בעבר הוכיחו שיהדות ארצות הברית היא בת הברית הנאמנה ביותר שלנו." לדעתו "ישראל הפכה למרכיב מרכזי בזהות היהודית של יהודי ארצות הברית, וגם לקח השואה, רגשות האשמה שהם לא עשו מספיק כדי להציל את יהדות אירופה הוא נר לרגליהם".

המאבק להחזרת הרכוש היהודי מהשואה

כמי שהיה אחראי מטעם הקונגרס במגעים הדיפלומטיים עם ממשלת נורווגיה על החזרת הרכוש היהודי מהשואה הצליח בקר לסמן את המודל (שקיבל כינוי "מודל אוסלו") להקמת וועדות החקירה הממלכתיות ברחבי אירופה (למעלה מ-50) לבדיקת האחריות הפיננסית והמוסרית של ממשלות על שוד הרכוש. בקר הגיע פעמים רבות לאוסלו למשא ומתן עם השלטונות (בשיתוף הקהילה היהודית) והגדיר את ההסכם כתקדים גם "לגבי מדינות בהן היו קהילות יהודיות גדולות ועשירות יותר". סקירה מפורטת על חשיפת הפרשה בנורווגיה וחלקו של בקר בתהליך במאמריו של סמי כהאן. 
היו שטענו, בישראל וביהדות העולם, שאין זה מכובד לנהל את המערכה על השואה באמצעות תביעות כספיות. להם השיב בקר בראיון ל"הארץ": "שואלים אותי הרבה למה אנחנו הולכים על כסף. הרי זה לא יפה, זה מחזק סטריאוטיפים על יהודים. צריך דווקא ללחום עבור צדק ומוסר. והתשובה היא, שרק באמצעות הטיפול בנדל"ן, בזהב, באמנות, אפשר להבין איך עבדה המכונה הנאצית, איך עבד שיתוף הפעולה, שלא רק גרמניה אשמה." נורווגיה שימשה לקונגרס "חוד החנית בפריצת חומת השתיקה שהקיפה את מערב אירופה מאז השואה" וכדברי בקר: "ראינו את נורווגיה כמודל של מדינה מערב אירופית המוכנה לחקור את עצמה."
בקר ניהל את המשא ומתן מטעם הקונגרס ומטעם הארגון להחזרת הרכוש היהודי (איל"ר) בשורה של מדינות באירופה: נורווגיה, הולנד, צ'כיה, סלובקיה, איטליה, ספרד ופורטוגל והיה גם חבר בוועדות הממלכתיות מטעם הממשלות לחקירה ולהסדר הפיצויים על הרכוש היהודי. בנוסף השתתף במפגשים על הרכוש היהודי עם הבנקים השווייצרים, חברות הביטוח ודיונים בקונגרס האמריקני ובפרלמנט האירופי בנושא.

הפליטים היהודים מארצות ערב

בקר יזם בקונגרס מהלך בינלאומי להפעלת דעת הקהל בסוגיית הפליטים היהודים מארצות ערב במערכה נגד התביעה לזכות השיבה של הפלשתינאים וכנגד סוכנות האו"ם לפליטים הפלשתינאים אונר"א. לדברי בקר אונר"א נועדה, על פי הגדרת המנדט ודרכי הפעולה שלה, "להנציח את הבעיה" במקום לפתרה. המערכה הבינלאומית על דעת הקהל כללה 12 כינוסים בינלאומיים שיזם הקונגרס בצפון אמריקה ואירופה ופעילות הסברה וקידום חקיקה בקונגרס האמריקנים והפרלמנט האירופאי אשר בכולם השתתף והופיע אבי בקר. עשרות כתבות התפרסמו בנושא ובמהלך הכינוסים הופיעו מנהיגים פוליטיים, משפטנים בכירים וניתנו עדויות של יהודים יוצאי ארצות ערב על הגירוש והרכוש שהוחרם.
בעיתונות הישראלית הוגדר אבי בקר כמי ש"מוביל (את) המאמץ לרפורמה מקיפה ביעדי אונר"א" שהיה לדבריו (ביולי 2003) "לגוף פוליטי ומנוף לגידול בגילויי האנטישמיות באירופה". מאמרו של בקר על אונר"א, הופץ כמסמך רשמי בקונגרס האמריקני בהמלצתה של חברת בית הנבחרים ג'אניס שאקובסקי מאילינוי לקדם דיון על רפורמה בארגון ובמחנות הפליטים. המאמר העלה שאלות נוקבות על תרומת סוכנות האו"ם לטרור הפלסטיני והצורך בבדיקה קפדנית של הסיוע האמריקני (יותר מרבע מתקציב אונר"א).
בקר גם הצהיר כי הקונגרס יזום חקיקה בארצות הברית לדרישת פיצויים עבור הפליטים היהודים יוצאי ערב במסגרת הסדר ישראלי פלסטיני. העיתונות האמריקנית דיווחה על המערכה שניהל בקר להכרה בזכויות היהודים יוצאי ערב, הופעותיו בוועדות הקונגרס האמריקני, ומכתבה של יו"ר תת-הוועדה למזרח התיכון חברת הקונגרס אליאנה רוס-לאטינן שהודתה לבקר על מאמציו.
כתוצאה מפעילות זו התקבלה בסוף אוקטובר 2003 החלטה (חקיקה הצהרתית) בקונגרס האמריקני הקוראת בפעם הראשונה להכרה בדרישות הפיצויים של יהודי ערב כחלק מכל הסדר בין ישראל לפלשתינאים ודורשת כי אונר"א תפעל ליישוב קבע של הפליטים הפלשתינאים.

הדיאלוג הבין-דתי

בקר היה פעיל בדיאלוג הבין-דתי עם נוצרים ומוסלמים בעולם ובארץ. הוא השתתף במפגשים עם האפיפיור יוחנן פאולוס השני ברומא ועם קרדינלים קתוליים רבים במדינות כמו ברזיל, ארגנטינה, הונגריה ועוד. חלק מהמפגשים התקיימו במסגרת IJCIC) International Jewish Committee for Interreligious Consultations), גוף התיאום של הארגונים היהודיים להתייעצות בין דתית. במפגש יהודי-מוסלמי הוביל בקר משלחת של ראשי הקהילות היהודיות עם המופתי של פריז (ינואר 2002), שהעניק למשלחת היהודית את המהדורה המהודרת של הקוראן בהוצאת המלך הסעודי. במחקר מאוחר יותר מצא בקר במהדורה זו את הטענה המוסלמית כי האסלאם החליף את היהודים כעם הנבחר.

ספרים ומחקרים

מרוצי חימוש: הקשר בין נפט לחימוש
לפני שסיים את עבודת הדוקטורט פרסם בקר מאמר על הקשר ההדוק בין רווחי העתק של המדינות מפיקות הנפט, בעיקר ערביות, והוצאותיהן על חימוש. ככל שעלו רווחי הנפט כך גם עלו הוצאות החימוש שלהן במאות אחוזים.
המאמר מ-1982 התריע על ערעור הביטחון והיציבות באמצעות מכירות הנשק, כולל מרכיבים לפיתוח חימוש גרעיני. מעצמות העל, ובמיוחד ארצות הברית, בריטניה וצרפת היו שותפות ציניות לתהליך וכך "מיחזרו" את מה ששילמו לערבים עבור הנפט.

האו"ם ובקרת נשק

הספר שהוציא בקר בעקבות הדוקטורט עסק בפוליטיקה של בקרת נשק באו"ם ובהיבטים של המשפט הבינלאומי על פי מגילת האו"ם ואמנות בינלאומיות ובמיוחד האמנה למניעת הפצת נשק גרעיני מ-1968.
הספר מציג את מסמכי העבודה של המשא ומתן בוועדות האו"ם בין הגושים הפוליטיים (כבסיס לאמנות בינלאומיות): המערב, המזרח, העולם השלישי ועוד. הספר מסביר את עליית גוש המדינות הבלתי-מזדהות ושינוי בדפוסי העימות של המלחמה הקרה: במקום מאבק בין מזרח למערב הדרום (המדינות העניות והמתפתחות באו"ם) כנגד הצפון (המתועש והעשיר). 
בקר פרסם מאמרים נוספים על האו"ם וב-2014 כתב על "כוחות האו"ם לשלום: דיפלומטיה מונעת ומגבלותיה." המאמר מסביר כיצד למרות הפרישה הרחבה של כוחות האו"ם ברחבי העולם ובמזרח התיכון הם נעדרים יכולת ממשית להשפיע ולממש את יעדי בקרת הנשק ומניעת מלחמות.

העמימות הגרעינית של ישראל

בקר הציג את הפרובלמטיקה המיוחדת של העמימות הגרעינית של ישראל והמכשולים בפני פירוז גרעיני במזרח התיכון.
וגם הגיש מאמר מיוחד בנושא לכתב העת של האו"ם על פירוק נשק.
בעקבות תקיפת הכור הגרעיני בעיראק, מבצע אופרה (יוני 1981) התעמת עם הנציג העיראקי בוועדת האו"ם.

האו"ם וישראל

ב-1988 פרסם בקר בארצות הברית את ספרו השני על האו"ם וישראל. (מהדורה מוקדמת ומקוצרת יצאה בהוצאת אוניברסיטת בר-אילן ב-1985). הספר סוקר את מאבקיה של מדינת ישראל באו"ם מאז הקמתה, עד להוקעת ישראל בהחלטה שהשוותה את הציונות לגזענות ב-1975. הספר מציג את הנסיבות הפוליטיות ומשחק האינטרסים שהוליד את הגוש האנטי-ישראלי, 'הרוב האוטומטי', באו"ם. הוא מנתח את היסודות האנטישמיים באו"ם כחלק ממאבק הדמוקרטיות בדיקטטורות ומסורת הפולמוסים שניהלו נוצרים ומוסלמים כנגד יהודים בימי הביניים. בכמה מאמרים וערכים עבור האנציקלופדיות העברית ויודאיקה עדכן בקר את מאבקי ישראל באו"ם כולל גם ביטול החלטת עצרת האו"ם המשווה את הציונות לגזענות מ-1991.

האו"ם והמשפט הבינלאומי

עם כניסתו של השיח על זכויות האדם למרכז הזירה הבינלאומית, בעקבות סיום המלחמה הקרה, עבר בקר להרחבת הדיון על האו"ם לתחומי זכויות האדם, המשפט הבינלאומי ההומניטרי ודיני הלחימה. מאמריו עסקו במהפכה שעבר המשפט הבינלאומי עם נפילת ברית המועצות שבישרה בעיני רבים את "קץ ההיסטוריה." ישראל הפכה לדבריו לקרבן העיקרי של תהליכים אלה ובתחום המשפט הפלילי הבינלאומי, עמדה בפני מתקפה של דה-לגיטימציה במיוחד במועצת האו"ם לזכויות אדם בז'נבה הנשלטת בידי הדיקטטורות ומפירות זכויות האדם המובילות בעולם.

יהודי ברית המועצות: זהות ופוליטיקה

ב-1991 התפרסם בארצות הברית ספר בעריכתו של בקר, עם פרופ' יעקב רואי, שעסק בזהות ותרבות יהודית בברית המועצות. הספר כלל סקירות בתחומי התרבות היהודית בברית המועצות והשינויים הדרמטיים שהתחוללו בתקופת הדמדומים של הקומוניזם. מאמרו של בקר התמקד במימד הפוליטי הבינלאומי: "יחסי מעצמות העל והזהות היהודית בברית המועצות". המאמר טען כי גלי ההגירה (למדינות המערב) והעלייה של היהודים שמשו ברומטר ליחסי המעצמות ארצות הברית וברית המועצות ושיקפו את תהליך הדטאנט (הפשרה), זכויות אדם והטילים הגרעיניים. בספר מזכיר בקר את המגעים המדיניים של הקונגרס ומנתח את השפעת הארגונים היהודים על מדיניות מוסקבה כלפי העלייה ההמונית לישראל.
בשורה של מאמרים סקר בקר את המאבק לעלייה ("שלח את עמי") בהיבטים היסטוריים, דיפלומטיים וסוציולוגיים. הוא טען כי לצד ההשפעות האדירות בתחום הדמוגרפיה וההון האנושי עבור ישראל המאבק תרם "להיחלשותה של מעצמת העל הגרעינית והמחיש גם בעיני עצמה את מחדלי השיטה והאידאולוגיה הקומוניסטית". כשם שהבינו ראשי הקרמלין "כי הכלכלה הסובייטית כורעת תחת עיוותי הקומוניזם...כך גם...חלחלו פנימה הרעיונות לזכויות האדם, התנגדות לאנטישמיות ולדיכוי, והכשירו את הקרקע לקריסה הגדולה".

בין בבל לירושלים: זהות, "נורמליות" והמשכיות יהודית

כישראלי שעבד עם יהודי התפוצות הקדיש בקר מחקרים ומאמרים למתח בין המרכזים בישראל ובגולה בפרספקטיבה היסטורית. לצד הציונות לא ניתן להתעלם, כדבריו, כי "היהודים הם בעצם עם גלובלי, הם תמיד תמכו בגלובליזציה, עוד לפני שהמושג ירד אל העולם". יש ליהודים תודעה של שליחות, "אור לגויים", כדי להפיץ רעיונות וערכים מוסריים אך גם להוביל תהליכים של גלובליזציה כלכלית. לסיכום: "פיזורן של ישראל בין האומות הוא עובדה ניצחת שלא ניתן לדחות אותה בטענות של "שלילת הגלות". תפקיד יהודי התפוצות עם השלכותיו הכלכליות, גם בעידן של ריבונות וממלכתיות, מדגים שוב עד כמה שברירי הוא נרטיב הנורמליזציה בהיסטוריה היהודית."
מדינת ישראל, למשל, המשיכה את חזונו של בנימין זאב הרצל בסיוע למדינות אפריקה בדיפלומטיה של תיקון עולם. אך על הישראלים להבין כי כפי שהוכיח ניצחונו של התלמוד הבבלי על הירושלמי, יש בגלות מאז ומתמיד כוחות יצירה שמתסיסים ומחדירים חיוניות להוויה היהודית.
במאמריו דוחה בקר גישות פוסט-ציוניות המתכחשות לייחוד ההיסטורי ולרעיון הבחירה היהודי וטען כי האובססיה להיות 'ככל העמים' מביאה לניכור ישראלי מיהודי התפוצות. ב-1995 כתב על סכנת הפוסט-ציונות בחברה הישראלית, וב-2009 הדגים כיצד נפגעו מעמד ה'היסטוריונים החדשים' והפוסט ציונות. 
בספרו "מיהו העם הנבחר?" מציג בקר את המאבק בין נושאי הדגל של דמות "היהודי החדש", כמו הסופר יוסף חיים ברנר, איש העלייה השנייה, לבין הרב אברהם יצחק הכהן קוק שדיבר על סימני הגאולה והתחייה הלאומית כתהליך של התחדשות יהודית. בקר יצא כנגד האסכולה ה'ברנרית' וממשיכיה כמו הסופר א.ב. יהושע, הבולטים בגישת הניכור והבוז ליהודי הגולה. 
מצד אחד התריע בקר על שיעור ההתבוללות הגובר בתפוצות שהופך את היהודים בעולם ל"יצורים בסכנת הכחדה" אך הזהיר מפני התגברות הניכור בין ישראל לתפוצות המסכנת את הזהות היהודית. כבר אז סבר שיש לפעול ל"הגדרה רחבה יותר של הזהות היהודית (בחבר המדינות), כי הניסיון מלמד שרבים מאלה שלא נספרו בידי הדמוגרפים עשויים להגיע, בסופו של דבר, לישראל ולהיות אזרחיה לפי חוק השבות".

אנטישמיות

במחקרים שונים עסק בקר במימד האנטישמיות שאותו ראה כגורם קבוע בקיום היהודי. ב-2003, טען אבי בקר כי "האנטישמיות של תחילת האלף השלישי החזירה רבים לזיכרונות שניסו להדחיק" ויצרה חיבור חדש לגורל היהודי בישראל ובתפוצות. בקר הדגים כיצד יהודים ליברלים בישראל ובארצות הברית כמו הסופר עמוס עוז ונשיא אוניברסיטת הרווארד לורנס סאמרס (מי שהיה מזכיר האוצר של ארצות הברית) הזדעזעו, כל אחד בנפרד, מעליית האנטישמיות, במסווה של אנטי-ציונות. התקוות לעידן חדש ביחס כלפי ישראל והיהודים נמוגו והסטריאוטיפים האנטישמיים הקלסיים חזרו ושוב הואשמו היהודים כמו בפרוטוקולים של זקני ציון, כאחראים לכל עוולות העולם, וכיצד ישראל הופכת ל"מרעילת הבארות המודרנית של המשפט הבינלאומי". 
במאמרו, וגם בספרו, התנצח בקר עם א.ב. יהושע אשר הציע הסבר משלו לתשתית האנטישמיות ותלה זאת בזהותו הבלתי ברורה של היהודי המטיל פחד על סביבתו. לדברי יהושע האנטישמיות מאז ומתמיד לא הייתה קשורה לשנאה או קנאה ביהודים, כדברי בקר, אלא מהפחד מהצירוף בין דת ללאומיות. אסונם של היהודים באירופה הנוצרית נבע לדבריו מ"כניסתנו העמוקה לתוך זהויות של עמים אחרים...אי הבהירות שלנו והגמישות שלנו והחודרנות שלנו מפחידה אותם...כאוס זהותי כמו של היטלר נדבק באי הבהירות היהודית ויוצר את האסון הכי נורא שפקד איזשהו עם אי פעם.". לדברי יהושע גם מדינת ישראל המטשטשת את גבולותיה "משגעת את היהודים ומשגעת את האנטישמים. משגעת את הערבים ומשגעת את הנוצרים".
בויכוח עם בקר חזר יהושע על תביעתו "להיגמל ממה שתקעו לנו שם בסיני", כדי לעקור את רעיון הבחירה היהודי שמונע את ה'נורמליות'. בקר דחה את הסברו לאנטישמיות כ"אינטראקציה פתולוגית" וטען כי לא ניתן להאשים את היהודים חסרי המגן בגלות כמסובכים בזהותם וכיוצרי אנטישמיות. תשתית האנטישמיות לדברי בקר היא השנאה לנבחר, הנובעת מהקנאה והתסכול נוכח ראשוניות היהודים בהפצת רעיון הבחירה, ומניסיון להשפיל את היהודים ככל הניתן כדי לבסס את גישת החילופין, לפיה העם הנבחר הוחלף, שנמצאת בבסיס הנצרות והאסלאם. (דיון בהרחבה בספרו מיהו העם הנבחר).

השבת הרכוש היהודי מהשואה

בספר שערך בנושא הדגיש בקר את תהליך התמודדות מדינות אירופה מול זיכרון השואה שאותו ניסו להדחיק ואפילו להכחיש. הספר מכנס מאמרים של מומחים על שוד הרכוש, האמנות וההיבט המשפטי. בקר הציג במבוא את התמודדות אירופה עם מיתוסים לאומיים על השואה ובמאמר נוסף את מלכוד מיתוס הנייטרליות של שווייץ.
במחקריו הסביר בקר את המימד הפסיכולוגי שבו היו נתונות מדינות באירופה שהדחיקו משך 50 שנה את הדיון הציבורי על אשמתן בשואה.

רק לקראת סוף המאה ה-20 התעורר הציבור והתקשורת ואנשי רוח היסטוריונים' מדינאים ועיתונאים החלו בהתמודדות אמיצה עם עברם. 
את התהליך כינה בקר "הפסיכואנליזה העצמית של אירופה" שאילצה עמים שלמים לבחון מחדש את המיתוסים הלאומיים שלהם. האוסטרים בחנו מחדש את ה'אנשלוס' (הסיפוח) הנאצי, הצרפתים את משטר וישי הפרו-נאצי, ההולנדים התעמתו עם הסמל 'אנה פרנק' וגילו שלא היה זה סיפור של הצלה בלבד, והנורווגים הבינו כי ראש ממשלתם קוויזלינג, משתף הפעולה עם הנאצים, לא היה לבדו. "היה זה נוח למקד את הוויכוח (ההיסטורי)" כתב בקר "על אשמת גרמניה הנאצית...(אך) תביעות על רכוש מבליטות את העובדה שלא היה אפשרי לממש את מזימותיה של גרמניה בלי שיתוף הפעולה הנלהב של פושעי מלחמה בני לאומים אחרים ובלי עומדים מן הצד חמסניים שניצלו את מצוקת שכניהם היהודים".
במאמר שפרסם ב-2009 הסביר מדוע רק לאחר 60 שנה קיבלה אושוויץ את ההכרה הרשמית בזיכרון האירופי ובהחלטת עצרת האו"ם. כמו בתהליך פסיכולוגי הזדקקו מדינות אירופה ל"טיפול בהלם" ורק אז פנו גם לשכתב חלק מספרי הלימוד וההיסטוריה הלאומית שלהן. בצטטו דוברים באוסטריה הדגים כיצד "פרשת וולדהיים עשתה למען חינוך דעת הקהל בעולם על מהות הפשעים הנאציים וכנגד הכחשת השואה יותר מאשר הרבה ספרי היסטוריה".

העם הנבחר

בשני ספרים ובשורה של מאמרים עסק בקר בסוגיית העם הנבחר ובעיקר במאבק בין הדתות על כתר הבכורה והבחירה. תחילה פרסם את ספרו על רעיון הבחירה בארצות הברית ב-2008 שהתמקד בסוגיות שונות: הרעיון ביהדות, בנצרות ובאסלם ובזירות המאבק: האנטישמיות, השואה, הסכסוך על ארץ ישראל וירושלים. במאמרים שכתב הדגיש שלא ניתן לטפל בסכסוך הישראלי-ערבי מבלי לתת את הדעת ליריבות הדתית הנובעת מתחרות על בחירת האל.

מיהו העם הנבחר

בנובמבר 2013 יצא ספרו "מיהו העם הנבחר? - סיפור מאבק הרעיונות הגדול בהיסטוריה" בהוצאת ידיעות ספרים שהיה גם ברשימות רבי המכר. הספר נכתב בהשפעת פעילותו של בקר שבמהלכה, הוא הופתע ללמוד, תחילה באו"ם ואחר כך בקונגרס היהודי העולמי "כיצד שב ועולה רעיון העם הנבחר היהודי בשיחות עם מדינאים ומנהיגים, באופן ישיר ועקיף, גם אם ברמיזה רועמת ולעיתים צורמת, ברקעם של דיונים מנומסים ומתורבתים."
הספר נבנה סביב סיפור חייהם של ארבעה עשר דמויות המייצגות פסיפס מגוון ביותר של תקופות היסטוריות, דתות, תפקידים ומגדר. כולן דמויות מפתח להבנת מקומו של רעיון הבחירה בתקופתן: מל גיבסון, רבי עקיבא, רבי יהודה הלוי, אוגוסטינוס הקדוש, מוחמד, מרטין לותר, בנימין דישראלי, ג'ורג' אליוט, הרב אברהם יצחק קוק, הסופר יוסף חיים ברנר, ש"י עגנון, המופתי חאג' אמין אל-חוסייני, האפיפיור יוחנן העשרים ושלושה, אנה פרנק. באמצעותם מנסה בקר להוכיח עד כמה משמעותי היה המאבק על כתר העם הנבחר בפרשות דרכים שונות במהלך ההיסטוריה וכיצד, באופן פרדוקסלי, היו היהודים למודל האולטימטיבי לחיקוי ובה בעת ליעד של שנאה שלא נודעה כמותה. 
"מיהו העם הנבחר?" נשען על כתבי הקודש של שלוש הדתות המונותיאיסטיות אך גם על מאות מקורות מן המחקר המודרני ההיסטורי, הפוליטי, התאולוגי והפסיכולוגי. מבחינה יהודית, טוען בקר, לא ניתן להתעלם מתפקידו ההיסטורי של רעיון הבחירה כמתסיס, מפרה אך גם כמוקד לשנאה, ולכן לא ניתן להבין את שנאת ישראל לדורותיה בלעדיו. עבור היהודים משמשת הבחירה כייעוד וכשליחות אך גם כגורל שקשה להימלט ממנו.