שמעון פרס

ביוגרפיה

נולד בשם שמעון פֶּרְסְקי (בפולנית: Szymon Perski) בעיירה וִישְׁנֶבָה שבפולין (כיום בבלארוס). אביו, יצחק פרסקי, היה סוחר עצים אמיד, ואמו, שרה לבית מלצר, הייתה ספרנית ומורה לרוסית. משפחתו מיוחסת לרב חיים מוולוז'ין. בילדותו הושפע פרס מסבו מצד אמו, צבי הירש מלצר, בוגר ישיבת וולוז'ין. בשל כך, בגיל ארבע אף נסע עם סבו לראדין וקיבל ברכת אריכות ימים מהחפץ חיים. הסב חשף את פרס לגמרא, אך גם לספרות העולמית והעברית. סבו היה ראש הקהילה בעיירתם. בני משפחות אביו ואמו נרצחו בידי הנאצים עם כאלפיים מבני העיירה. בנאום שנשא בפני הכנסת בעת השבעתו לנשיא מדינת ישראל, הזכיר פרס בחיבה את הסב, אשר "עיצב את עולמי כילד", ובעת השואה היה בין "אחרוני היהודים שהובלו לבית הכנסת העשוי מעץ ונשרפו חיים בתוכו, כאשר טליתותיהם על כְּתֵפָם". על פי עדותו של פרס, הסב ליווה אותו אל תחנת הרכבת בדרכו לארץ ישראל ובקשתו האחרונה מהנכד הייתה "להישאר תמיד יהודי". על שמו נקראה בתו צביה.
בשנת 1931 עלה האב לארץ ישראל המנדטורית, ושלוש שנים לאחר מכן, בשנת 1934, הצטרפו אליו פרס, אמו ואחיו הצעיר גרשון (גיגי). אביו של פרס התנדב לצבא הבריטי, והקשר עמו אבד במשך מלחמת העולם השנייה; לאחר המלחמה התברר שהוא ברח פעמיים ממחנה שבויים גרמני. בנערותו של פרס חייתה המשפחה בתל אביב, ושמעון למד בבית הספר היסודי "בלפור". בגיל ארבע-עשרה התקבל פרס ללימודים בבית הספר החקלאי בבן שמן. בית הספר היה פנימייה, אשר לא הכשירה את בוגריה לעבור את בחינות הבגרות אלא חינכה לחיים של הגשמה ציונית בחקלאות ובהגנה. מקצת מהתלמידים בבית הספר הגיעו מן הגולה. ילידי הארץ היו אלו שמצבם המשפחתי דרש הסדר פנימייתי, או כאלו שנמשכו אל השם הטוב שיצא לבית הספר ברמתו הגבוהה ובערכים שאותם הוא מקנה. כבר בהיותו בבית הספר התבלט בכתיבה ובנאום, ופרסם מאמרים בעיתון הפנימייה תוך שימוש בשם העט "בן אמוץ". ב-1941 יצא להכשרה בקיבוץ גבע, הכשרה שהצטרפה לגרעין המייסד של קבוצת אלומות ב-1942, ועבד שם כרפתן, רועה צאן וגזבר.
פרסקי עברת את שמו ב-1945, בעקבות מסע שיזם שמריה גוטמן להכרת הנגב ומציאת דרך לאום רשרש, ושבמהלכו עף מעל ראשי המשתתפים עוף דורס. הזואולוג היינריך מנדלסון, שהשתתף גם הוא במסע, זיהה כי זהו פרס, ופרסקי החליט לאמץ את שם הציפור כשמו. ב-1945 נישא לסוניה גֶלמן (1924–2011), בתו של המורה לנגרות בפנימיית בן שמן, שהייתה אז חיילת משוחררת מהצבא הבריטי. בשנים 1941–1944 היה אחד ממזכירי "הנוער העובד". בשמשו בתפקיד זה לכד את תשומת לבו של לוי אשכול, אשר קרא לו ב-1947 לשמש בתפקידים ביטחוניים בשירות "ההגנה".
לקראת הקונגרס הציוני ה-22 בבזל בדצמבר 1946, הורה דוד בן-גוריון למשה שרתוק לשלוח גם "חברים צעירים המייצגים את התנועה", וכך זכה פרס בן ה-23 בכרטיס נסיעה ותעודת-ציר לקונגרס.

תחילת פעילותו הביטחונית

ב-1947 החל לעבוד עם דוד בן-גוריון ועם לוי אשכול במפקדת "ההגנה", ועסק בענייני כוח אדם ורכש. עם הקמת צה"ל הוגדרו סמכויותיו של הצבא מול סמכויות משרד הביטחון, והוחלט כי האגף שבו פעל פרס יישאר במשרד הביטחון. מסיבה זו לא גויס פרס, ולא שימש מעולם בכל תפקיד בצה"ל. עובדה זו הייתה בעוכריו של פרס בהמשך דרכו, לדעתם של רבים. אישים כחיים חפר וכיצחק רבין, שלחמו בפלמ"ח, ראו בעלייתו לתפקידים רמים ללא לחימה בשדה הקרב – עלבון אישי כלפיהם. רבין אף טען, שאסור היה למנות את פרס לשר הביטחון כיוון שלא שירת בצה"ל. בעת ההחלטה להטביע את אוניית הנשק של האצ"ל אלטלנה, ביוני 1948, היה פרס בסוד העניינים. שנים לאחר-מכן, הוא אמר למנחם בגין שבן-גוריון הוטעה בעניין זה, ובראיון אחר הזכיר את ישראל גלילי, שניהל את המשא ומתן עם האצ"ל. באפריל 1949 נתמנה לראש שירותי הים באופן זמני למשך כחודש עד שהוחלף על ידי מוניה מרדור, תפקיד שעסק במיוחד בענייני תקציב, כספים, רכש. ב-1949 מונה פרס לראש משלחת משרד הביטחון לארצות הברית, ופעל עם ידידו אל שווימר לרכוש ציוד ותחמושת לחיל האוויר של המדינה הצעירה. פרס אף שכנע את שווימר, שבבעלותו היה האנגר לטיפול במטוסים, לעלות לישראל ולהקים בה האנגר דומה – שנקרא "המכון הממשלתי לבדק מטוסים", ולימים הפך לתעשייה האווירית. פרס שהה בארצות הברית עד שנת 1952 ולמד לימודי ערב באוניברסיטת "ניו סקול" בניו יורק.
בשנת 1952 שב לישראל, ושימש ממלא מקום מנכ"ל משרד הביטחון. בראשית אוקטובר 1953 הודיע דוד בן-גוריון, ראש הממשלה ושר הביטחון, על כוונתו להתפטר מתפקידו. בן-גוריון פיצל את סמכויותיו, והעביר את תפקיד ראש הממשלה למשה שרת ואת תפקיד שר הביטחון הפקיד בידי פנחס לבון, בתחילה בפועל, ובאופן רשמי התפטר בן-גוריון ב-7 בדצמבר 1953. יום לפני התפטרותו, ב-6 בדצמבר, מינה בן-גוריון את פרס למנכ"ל משרד הביטחון ואת משה דיין לרמטכ"ל. פרס היה אז בן 30. מול ראש הממשלה היוני והמוחלש, שרת, ובמציאות שבה העיסוק הביטחוני הוא העיסוק הדומיננטי, היה רב כוחה של ה"שלישייה" בעלת החזון האקטיביסטי – לבון, פרס ודיין. פרס ודיין היו יכולים להניח כי דרכם סלולה למשרות הרמות בהנהגת המדינה, שבה הייתה הנאמנות המפלגתית תכונת מפתח לקידום, גם למחזיקי משרות בשירות המדינה ובצבא.

הידוק הברית הביטחונית עם צרפת, 1954

החל משנת 1952 החלה צרפת לספק לישראל כלי נשק, במיוחד טנקים מסוג AMX-13. בשנת 1954 החליטה הממשלה להפוך את צרפת למקור עיקרי של אספקת נשק ותחמושת, במקום בריטניה. לאחר מגעים ראשונים בין דיין לבין שר ההגנה הצרפתי פייר קניג, נשלח פרס לפריז, לביקור חשאי אצל דיומד קאטרו, שר האווירייה הצרפתי. קאטרו היה אוהד ישראל, ובסיום הפגישה סיכמו השניים על מכירת מטוסי סילון חדישים מסוג דאסו אוראגן, מטוסי "מיסטר 4", טנקים נוספים מסוג AMX-13 וכן ציוד מכ"ם ותותחים. על מנת לספק לצה"ל את הציוד הנחוץ לו כדי להפוך לצבא מודרני, היה על פרס ואנשיו להתגבר על מכשולים רבים. על מכירת הנשק פיקחה ועדה משולשת שבה היו חברים צרפתים, בריטים ואמריקאים, והאמריקאים הפעילו את השפעתם למניעת מכירת הנשק לישראל. כן היה על פרס להתגבר על איבת אנשי משרד החוץ הצרפתי ועל חילופי הממשלות התכופים שהיו נהוגים בימי הרפובליקה הרביעית. פרס שהה זמן רב בצרפת, רקם יחסי ידידות עמוקים עם פקידים, נבחרי ציבור ואנשי צבא, ועשה כל מאמץ על מנת להגביר את אספקת הנשק. שיחות ישירות שניהל פרס עם קניג בפברואר 1955 הביאו לרכש של ציוד צבאי במיליוני דולרים. הקמתה של ברית בגדד, שנועדה לאחד את מדינות המזרח התיכון נגד האיום הסובייטי, נראתה לצרפת כהפרה של האיזון במזרח התיכון, והידקה את הידידות עם ישראל. בין היתר סיפקה צרפת לישראל חמישים טנקי שרמן, שאותם רכשה כציוד עודף מהממלכה המאוחדת. הברית האסטרטגית החדשה הייתה במידה רבה פרי עמלו של פרס.
הידוק היחסים עם צרפת איפשר מאוחר יותר את חתימת ההסכם לבניית הכור הגרעיני בדימונה.

העסק הביש והיחסים עם לבון

יחסיו של פרס, מנכ"ל משרד הביטחון, עם לבון, שהחלו בצורה הרמונית, הידרדרו על רקע מאבק הכוחות הסמוי שבין פרס, לבון ודיין, שהתפתח לאחר מינוים של דיין ופרס לתפקידיהם. במאי 1954 הורה לבון לפרס לבטל את רכישת הטנקים מסוג AMX-13 מצרפת, שכבר סוכמה, וחש כי הוא יכול לבטוח בפרס במאבק מול דיין; אך פרס, שהיה מחויב לעסקה והיה מיוזמיה, מיהר ופנה אל דיין. הדבר הביא למאבק בין דיין ללבון, שהסתיים בהגשת התפטרותו של דיין, שאותה לבון לא קיבל, ובהתפייסות, אך הייתה זו אבן דרך במערכת היחסים העכורה בין השר לבין מנכ"ל משרדו.
"העסק הביש", פרשת הפעלתם של יהודים במצרים על מנת להביא לסיכול פינוי תעלת סואץ על ידי המעצמות ביולי 1954, הביא לחילוקי דעות בשאלה "מי נתן את ההוראה" ולהאשמתו של לבון במתן ההוראה הפזיזה להפעלת החוליה. על מנת לפתור שאלה זו הוקמה בחשאי ועדה בראשות הרמטכ"ל לשעבר, יעקב דורי, ונשיא בית המשפט העליון יצחק אולשן. ועדת אולשן-דורי פעלה בינואר 1955 ושמעה מספר עדויות, בהן עדותו של פרס. בעדותו מסר פרס חוות דעת שלילית על לבון, ותיאר אותו כחסר אחריות וכהרפתקן. הוועדה קבעה כי אינה יכולה לקבוע ממצא מדויק באשר לאשמתו של לבון. לבון ראה בפעולת הוועדה קנוניה שנועדה לחסלו פוליטית, ושנרקמה בין ראש אמ"ן, בנימין גיבלי, הרמטכ"ל דיין ומנכ"ל משרד הביטחון פרס. ב-12 בפברואר 1955 הודיע לבון לראש הממשלה שרת כי אין ביכולתו לעבוד עוד עם "אויביו בנפש", כאשר הכוונה בעיקר לפרס. על אף סלידתו האישית של שרת מפרס (ביומניו כתב שרת באותם הימים: "אני שולל את פרס תכלית השלילה, ורואה בעליית קרנו קלקלה מוסרית ממארת ביותר. אקרע קריעה על המדינה אם אראנו יושב על כיסאו של שר בישראל") החליט שרת להותיר את פרס במשרתו. בפברואר 1955 התפטר לבון, ובן-גוריון שב לשמש בתפקיד שר הביטחון.

מלחמת סיני

שובו של בן-גוריון לתפקיד שר הביטחון, ולאחר מכן לתפקיד ראש הממשלה, היה לרוחו של פרס. פרס היה מאנשיו המובהקים של בן-גוריון, ובן-גוריון ראה בו את אחד מבעלי הפוטנציאל המנהיגותי בין אנשיו. בן-גוריון נקט בקו אקטיביסטי, ויזם עימות עם מצרים של גמאל עבד אל נאצר, במטרה לפגוע במצרים במתקפת מנע, בטרם זו תספיק להתחמש ולהתעצם באופן שיסכן את קיומה של ישראל. הצמרת הביטחונית, פרס ודיין, ראו עמו עין בעין. בראשית 1956 חלו חילופי שלטון בצרפת. גי מולה הסוציאליסט עלה לראשות הממשלה, והביא עמו את שר ההגנה מוריס בורז'ס-מונורי, ואת שר החוץ כריסטיאן פינו. המשטר החדש גילה אהדה לישראל מיום כינונו, וראה צורך באקטיביזם צרפתי במישור הבינלאומי. בעיית אלג'יריה, שהלכה והחריפה, הביאה אף היא להידוק הקשרים עם ישראל, בשל ההנחה שישראל היא אויב המשטרים הרדיקלים בעולם הערבי התומכים בנסיגה צרפתית מאלג'יריה. מאחורי הקלעים נדונה מזה זמן מה האפשרות לפלישה אנגלו-צרפתית לתעלת סואץ, שהולאמה על ידי נאצר, אם כי הבריטים התמהמהו בהחלטה, ונמנעו מכל מגע ישיר עם ישראל בעניין זה.
ב-20 בספטמבר 1956 הגיעו לפגישה עם פרס בתל אביב שני שליחים צרפתים – מקבילו של פרס בתפקיד מנכ"ל משרד הביטחון הצרפתי, אבל תומא והקולונל לואי מאנז'ן. שניים אלו רמזו לפרס כי צרפת מוכנה לסייע סיוע צבאי פעיל לתקיפה ישראלית בסיני. בעקבות פגישתו עם השניים יצא פרס לפריז לפגישה עם פינו. משליחות זו שב כשהוא מעודד, ודיווח לדיין ולבן-גוריון כי פינו מאוכזב מעמדת המעצמות בנוגע למצרים ולפינוי תעלת סואץ, ורואה אף אפשרות לפעולה צבאית נגד נאצר.
לאחר שנודעה לבן-גוריון עמדת שר ההגנה הצרפתי, הוחלט לשלוח לצרפת משלחת בהשתתפות משה כרמל, גולדה מאיר, דיין ופרס, כדי לתאם השתתפות ישראלית במבצע מערבי לכיבוש התעלה. ב-28 בספטמבר 1956 יצאה המשלחת לביזרטה שבתוניס, ומשם לפריז. בוועידה שהתקיימה בביתו הפרטי של מאנז'ן בפרבר סן ז'רמן בפריז (ועל כן ידועה כ"ועידת סן ז'רמן"), הוסכם באופן כללי על תוואי המבצע המתוכנן: פלישה ישראלית לסיני שאליה יצטרפו הבריטים והצרפתים, ועסקת נשק גדולה שנועדה להבטיח את ההצלחה הישראלית במבצע.
ב-10 באוקטובר 1956, בפרבר סן דומיניק בפריז, חתם פרס על הסכם עם תומא, שבו הועלה על הכתב שיתוף הפעולה הישראלי-צרפתי, משלוחי הנשק, ותוואי התקיפה המתוכננת. בימים שלאחר מכן אישרו הממשלות הנוגעות בדבר את ההסכם. לאחר שאישרה ממשלתו של אנתוני אידן את הסכמתה והשתתפותה, הייתה הדרך פתוחה אל מלחמת סיני.
ב-22 באוקטובר 1956 ליווה פרס את בן-גוריון ודיין בנסיעה חשאית נוספת לפריז, שהתקיימה בפרבר הסמוך לפריז, סוור. בן-גוריון, פרס ודיין נועדו עם ראשי הממשל הצרפתי – מולה, בורז'ס-מונורי ופינו. הוועידה, "ועידת סוור", גיבשה באופן סופי את כל תוכנית הפעולה המשולשת, ששילבה את תוכנית "מבצע מוסקטר" במבצע ישראלי שיכונה "מבצע קדש".

אחרי מלחמת סיני

הניצחון במלחמת סיני הביא להקלת מה בתחושת האיום הביטחוני, ונראה היה כי סיבוב נוסף במערכה שבין ישראל למדינות ערב עודנו רחוק. פרס שקד על חיזוק צה"ל בעזרת רכש ובמחקר. בשנת 1957 סלל פרס את היחסים הביטחוניים עם גרמניה המערבית, כאשר נפגש עם שר ההגנה הגרמני פרנץ יוזף שטראוס והוסכם על מתן סיוע צבאי. פגישה זו, והפגישות שלאחריה, התנהלו בחשאי.
יחד עם מאמצי הרכש, נוצרה בתקופה זו תשתית לייצור נשק ותחמושת מכל הסוגים במדינת ישראל. התעשייה האווירית, שהחלה את דרכה בשנת 1953 ברכש של ציוד לתיקון מטוסים מארצות הברית. בשנת 1960 החלו המפעלים לייצר, ברישיון צרפתי, את מטוס האימון, פוגה מגיסטר, ששימש בזמן מלחמת ששת הימים אף כמטוס תקיפה. נשק וחימוש לחילות השדה יוצרו אף הם, והחל ייצורו ההמוני של התת מקלע "עוזי". הונחה התשתית לייצור טילים והוקמה הרשות לפיתוח אמצעי לחימה. פרס סייע לכל אלה בתפקידו כמנכ"ל משרד הביטחון.

הכור בדימונה

באוקטובר 1957 נחתם בין ישראל ובין צרפת הסכם סודי לבניית כור גרעיני על אדמת ישראל, וכן על הקמת מכון הפרדה לפלוטוניום, עובדה המעידה על שימוש בכור לצרכים צבאיים. על פי חזונו של בן-גוריון, שפרס היה שותף לו, היה על ישראל להצטייד בנשק גרעיני. בנושא טעון זה היו הדעות חלוקות. לא ידוע עד כמה שיתף בן-גוריון את שריו בהחלטות ובהסכמים המפורטים שנחתמו עם צרפת; החוקר אבנר כהן סבור כי החליט זאת על דעת עצמו, מבלי ליידע את ממשלתו. עם זאת, ברור כי פרס היה בסוד ההחלטה, ופעל לקידומה, ובין היתר גייס תרומות למימון בניית הכור.
הקריה למחקר גרעיני החלה להיבנות בתקופת כהונתו של פרס כמנכ"ל משרד הביטחון. גם אחר כך, כששימש סגן שר הביטחון וחבר הכנסת, פעל לקידום החימוש הגרעיני של ישראל. בנאומים פומביים התייחס פרס לעניין בעקיפין כ"יתרון איכותי" או "בסיס טכנולוגי".

סגן שר הביטחון

בבחירות לכנסת הרביעית התמודד פרס לראשונה במקום ה-24 ברשימת מפא"י, וב-3 בנובמבר 1959 נבחר לראשונה לחבר הכנסת. כניסתו לכנסת איפשרה את מינויו כסגן שר הביטחון, והוא החל משמש בתפקידו ב-21 בדצמבר 1959.
מבחינה פוליטית היו שנים אלו מאופיינות במריבה בין-דורית בצמרת מפא"י. בן-גוריון ניסה לטפח דור של צעירים, ובהם: דיין, פרס, אבא אבן וטדי קולק. ומנגד, אנשי העלייה השלישית, כפנחס לבון, ובמיוחד "השלישייה" – גולדה מאיר, זלמן ארן ופנחס ספיר – חשו כי בן-גוריון עומד להעביר את לפיד ההנהגה "מעל לראשיהם" לדור הצעיר, מבלי שתינתן להם ההזדמנות להנהיג. שבתי טבת מביא ציטוט של פרס, כי "הוא ובני דורו אינם זקוקים למאבק בזקני מפא"י כדי לפנותם מן הדרך לשלטון, הזמן יעשה זאת עד מהרה". לאחר ניצחונה הגדול של מפא"י בבחירות, ובהיותו מספר 2 בביטחון, כאשר אחרים ובהם משה דיין הוסטו הצידה (דיין מונה לשר החקלאות ושימש בתפקיד משני זה במשך חמש שנים) – חש פרס כי דרכו אל ההנהגה סלולה.
פרס המשיך, לצד בן-גוריון, לשקוד על הפיתוח הביטחוני. אחד ההישגים בשנים אלה היה שיגור הרקטה שביט 2 ביולי 1961. מאחורי שיגור הרקטה עמד מרוץ חימוש אזורי, שבו נעזרה מצרים במדענים גרמנים לייצור טילים, ונטען שגם נשק בלתי קונבנציונלי. בשנים אלו המשיך פרס לתמוך בקשר עם צרפת כספקית הנשק העיקרית של מדינת ישראל, מול קולות אחרים במערכת הביטחונית, שמייצגם היה הרמטכ"ל חיים לסקוב. אלה קראו להתקרבות אל ארצות הברית וקבלת נשק אמריקני, שאותו ראו כעדיף על המערכות הצרפתיות. ויכוח זה עורר עימות ראשון בין פרס לבין ראש אג"ם, אלוף יצחק רבין, שהיה בין התומכים העיקריים בגישתו של לסקוב.
מאחורי הקלעים המשיכה לרחוש העשייה בעניין הכור הגרעיני. לאחר החשיפה של ה"ניו יורק טיימס" בשנת 1960, הפך הנושא לסלע מחלוקת בין ישראל לארצות הברית, וזה החריף עם בחירתו של הנשיא ג'ון פיצג'רלד קנדי. בן-גוריון ניסה להפיס את דעתם של קנדי ושל נשיא צרפת, דה גול, שהיה כנראה בסוד הפיתוח הגרעיני של ישראל, אך עד לשנת 1963 עמד תחת לחץ כבד של קנדי להפסיק את תוכנית הגרעין. חשיפתה של התוכנית הביאה לדיון ציבורי בשאלת הגרעין. הדיון, שאותו קידם "הוועד לפירוז גרעיני של המזרח התיכון" בראשות חבר הכנסת לשעבר אליעזר ליבנה, הביא ליצירת "מחנה גרעיני" ו"מחנה אנטי גרעיני" בתוך הממשלה. עם המחנה הגרעיני נמנו פרס ויושב ראש הוועדה לאנרגיה אטומית, ארנסט דוד ברגמן. התפטרותו של בן-גוריון מתפקיד ראש הממשלה ב-1963 הביאה את המחנה הגרעיני לעמדת מיעוט, ועם פרישתם של פרס וברגמן מתפקידיהם לא היה עוד למחנה הגרעיני כוח בתוך הממשלה. נראה כי ראש הממשלה, לוי אשכול, נכנע ללחץ האמריקני והקפיא את תוכנית הגרעין. פרס העלה את העניין במרומז, בכינוי "המחדל הביטחוני החמור", כנושא לניגוחו של אשכול במערכת הבחירות לכנסת השישית ב-1965, כשהיה כבר ברפ"י. אולם לאחר מלחמת ששת הימים נראה כי המאזן הפוליטי השתנה, והתוכנית חודשה.

ברפ"י

ב-16 ביוני 1963 התפטר בן-גוריון בפתאומיות מתפקיד ראש הממשלה, מבלי למסור מה הסיבה לכך. מחליפו לוי אשכול קיבל על עצמו את התפקיד הכפול, ראש הממשלה ושר הביטחון, על אף שנשמעו קולות בדבר מינויו של דיין או מינויו של פרס לתפקיד זה. תדמיתו של אשכול הייתה של עסקן אפרורי. השארת תיק הביטחון בידי אשכול סימנה לדיין ולפרס, כמו גם לבני דורם, כי דרכם אל ההנהגה חסומה כל עוד דורו של אשכול, דור העלייה השלישית, בין החיים. בתחילה התפטר דיין, אך לאחר משא ומתן חשאי שב לממשלת אשכול, "על מנת למנוע זעזועים", בתפקיד שר החקלאות. פרס המשיך בתפקיד סגן שר הביטחון. פרט לאבא אבן, שמונה לסגן ראש הממשלה, נותרו "הצעירים" עם השפעה מועטה, רגליהם נדחקו, ומנהיגם, בן-גוריון, היה מחוץ למעגלי ההשפעה הפוליטיים. האקטיביזם המדיני, שאותו סמלו בן-גוריון, פרס ודיין, נראה כמנוגד לרוחה של הממשלה החדשה ולרוחו של העומד בראשה.
באוקטובר 1964 החליט בן-גוריון לחדש את המאבק בלבון בנושא "העסק הביש", בדרישה לחידוש החקירה בשאלה "מי נתן את ההוראה?". בוועידת מפא"י שנערכה בפברואר 1965 נשא בן-גוריון נאום חריף, והמחנות הניצים הסתמנו. מחנה המיעוט, שתמך בבן-גוריון ובחידוש החקירה נגד לבון, כלל את פרס, את דיין, את יוסף אלמוגי, את אבא חושי ואחרים. על אף אירועי הוועידה העמיד בן-גוריון את עצמו לבחירה לראשות מפא"י ביוני 1965. ב-25 במאי 1965 פרס פרש מתפקידו במשרד הביטחון, לאחר שאשכול העמידו על הברירה האם להסתייג מדעת התומכים במועמד אחר (פרט לאשכול) לראשות הממשלה או לפרוש. ימים מעטים לאחר מכן ניצח אשכול בבחירות הפנימיות במפא"י ברוב גדול. נראה כי במהלכים אלו עמד פרס כשחקן פסיבי, כשהוא מתלבט בין תמיכתו בבן-גוריון, לבין האפשרות כי צעדיו של בן-גוריון יביאו לפיצול במפא"י. בסוף יוני הודיע בן-גוריון לחבריו לדעה על ייסוד מפלגה חדשה – "רשימת פועלי ישראל" (רפ"י). פרס, שחדל מלהתלבט, הכריז מיד על הצטרפותו לתנועה. ב"משפט חברים" שנערך במפא"י לפורשים, הודחו בן-גוריון, פרס ואחרים מן המפלגה. פרס מונה למזכיר הכללי של המפלגה החדשה ושובץ במקום השלישי ברשימתה, לאחר בן-גוריון והסופר ס. יזהר.
המפלגה החדשה ניסתה לשדר תדמית צעירה, טכנוקרטית ואקטיביסטית, מול הרפיון שטענה כי אנשי "דור הביניים" במפא"י לקו בו. בן-גוריון קיווה לזכות בכ-25 מנדטים ולהרכיב ממשלה בראשותו עם ה"צעירים" ועם חלק מאנשי מפא"י שתטוהר ממתנגדיו. אולם הקמתה של רפ"י נקשרה בזיכרון הציבורי עם "הפרשה", ונראה כי זו הפסיקה לעניין את הציבור, והעיסוק בה נראה מיותר. בבחירות לכנסת השישית, שנערכו ב-2 בנובמבר 1965 קיבלה רפ"י עשרה מנדטים. מפא"י, שרצה לראשונה כ"מערך" עם אחדות העבודה, זכתה ל-45 מנדטים, והצליחה להרכיב בקלות ממשלה ולהותיר את רפ"י מחוץ לקואליציה.
לאחר שנים רבות של עשייה ביטחונית ועלייה הדרגתית בעמדות ההשפעה, מצא עצמו עתה פרס לראשונה, יחד עם בן-גוריון, דיין, אלמוגי ואחרים, באופוזיציה, נטול השפעה ממשית. הוא המשיך בתפקידו כמזכ"ל רפ"י, ושימש באופוזיציה בכנסת. על אף המיתון הכלכלי שאפיין תקופה זו והדעה הרווחת כי אשכול אינו איש ביטחון וכי יש להחליפו בתפקיד שר הביטחון, הייתה ממשלת אשכול יציבה, וניסיונות אנשי רפ"י לנגחה מבחוץ לא צלחו.
עם המשבר במאי 1967, שהביא לפרוץ מלחמת ששת הימים, נכונה "ממשלת הליכוד הלאומית", שהתבססה על צירופן של רפ"י וגח"ל לממשלה, ומינויו של איש רפ"י, דיין, כשר ביטחון. במהלך המשבר, בישיבת ראשי רפ"י ב-21 במאי 1967 ניסה בן-גוריון להניע את רפ"י להתנגד לממשלת האחדות, ולדרוש את התפטרות אשכול. פרס מנע מהלך זה ותמך מאחורי הקלעים במהלך המורכב שהביא את דיין למשרד הביטחון. בפומבי הכריז כי רפ"י מוכנה להתפרק אם הדבר יידרש.
הן לפני המלחמה, שלה התנגד בן-גוריון, והן לאחריה, נראה היה כי בן-גוריון מצוי בשקיעה, וכי המפלגה, שהוקמה כגחמה אישית שלו, אינה בעלת זכות קיום עוד. עם תום המלחמה החליט פרס לפעול לאיחוד בין רפ"י ומפלגת האם שממנה פרשה. הוא הוביל מגעים אלו, על אף דעתו המנוגדת של בן-גוריון. בדצמבר 1967 קיבלו מוסדות רפ"י החלטה ברוב קטן להתאחד עם מפא"י ועם אחדות העבודה למפלגה אחת שתקרא "מפלגת העבודה". עם זאת, לממשלה צורף בשלב זה יוסף אלמוגי, ולא פרס.

שר בממשלת גולדה מאיר

בתקופה שלאחר מלחמת ששת הימים דרך כוכבו של משה דיין, והוא נחשב ליורשם הוודאי של אנשי מפא"י הוותיקים מקרב דור "הצעירים" שאליו השתייך פרס. בבחירות הפנימיות שנערכו בשנת 1969 ברפ"י כחטיבה במפלגת העבודה נחל פרס מפלה, כאשר גד יעקבי הצעיר הקדים אותו וזכה במקום הראשון המבטיח משרת שר. בצעד יוצא דופן ויתר יעקבי על משרת השר לטובת פרס, ששובץ במקום ה-12 ברשימת המערך לקראת הבחירות לכנסת השביעית.
לאחר ניצחון המערך בבחירות צורף פרס לממשלה בראשות גולדה מאיר, תחילה כ"שר בלי תיק האחראי לפיתוח הכלכלי של השטחים". אך ב-22 בדצמבר 1969, כשבוע לאחר כניסתו לממשלה, קיבל את תפקיד השר לקליטת העלייה, וב-1 בספטמבר 1970 מונה להיות לשר התחבורה ולשר התקשורת. פרס היה הראשון שנשא בתואר "שר התקשורת" שהחליף את "שר הדואר". בעמדותיו בנוגע לשטחים שנכבשו במלחמת ששת הימים הוא בלט בתמיכתו בהתיישבות נרחבת, ובכלל זה ברצועת עזה ובסיני, בעיקר בין טאבה לבין שארם א-שייח'.
לפי תחקיר שפורסם בידיעות אחרונות בשנת 2000, פרס היה מעורב בשנת 1969 בטיוח חקירה של תאונה, שבה נהרג חייל כתוצאה מפליטת כדורים מנשקו של בנו של פרס, יוני. בתגובה לתחקיר אמר פרס כי לא היה טיוח.

ההתמודדות הראשונה מול רבין

אל ממשלת ישראל ה-16, שהוקמה לאחר מלחמת יום הכיפורים והבחירות לכנסת השמינית (שבהן שובץ שוב במקום ה-12), צורף פרס כשר ההסברה. ההצטרפות לממשלה, שנראה היה כי ימיה ספורים, ואשר בראשה ישבו גולדה ודיין, שסומנו מבחינה ציבורית כאחראים למחדל החמור של המלחמה, לא הייתה קלה, אך פרס רצה לשמור על עמדת זינוק להנהגה. כאשר התפטרה גולדה, כחודש לאחר הקמת הממשלה, ובעקבותיה דיין, הוצעה בתחילה ראשות הממשלה לפנחס ספיר, "ממליך המלכים" הוותיק, אך הוא סירב. במפלגת העבודה נותרו שני שרים בעלי עבר ביטחוני, שלא הוכתמו בכתם "המחדל": יצחק רבין ושמעון פרס. הבחירה נערכה בין 611 חברי מרכז מפלגת העבודה. בתחילה הסכימו השניים באופן חשאי כי המפסיד יקבל את מרותו של המנצח, ואילו המנצח יאפשר למפסיד לבחור את התפקיד שיינתן לו בממשלה, אך לאחר מכן הידרדרה מערכת הבחירות למערכת מתוחה, ובשיאה, ביום ההתמודדות, פרסם עיתון "הארץ" את סיפורו של עזר ויצמן בדבר התמוטטותו של רבין ערב מלחמת ששת הימים. רבין סבר שידו של פרס בפרסום; הייתה זו פתיחה קשה למערכת היחסים בין האישים. בהתמודדות עצמה, ב-22 באפריל 1974, זכה רבין ב-54% מן הקולות, ובתפקיד ראש הממשלה. אך הישגו של פרס, 46%, היה כזה שהבטיח לו משרה רמה בממשלה הבאה, והראה כי כוחו חזק במנגנון המפלגתי. כאשר הקים רבין את ממשלתו, הוא מינה את פרס לשר הביטחון, "בלב כבד", כפי שהגדיר זאת בזיכרונותיו.

שר הביטחון

הנושאים הביטחוניים העיקריים שעמדו בפני ממשלת רבין הראשונה היו המשא ומתן על הסכם הביניים עם מצרים, שיקומו של צה"ל מנזקי המלחמה וניסיונות להגיע לפריצת דרך מדינית עם ירדן. הצוות המוביל – רבין, פרס ויגאל אלון – פעל בניסיון לשיתוף פעולה וניהל בצוותא את המשא ומתן המסובך על הסכם הביניים ואת הפגישות הסודיות עם חוסיין מלך ירדן, אך עד מהרה התברר כי בין רבין ובין פרס חילוקי דעות בלתי ניתנים ליישוב, שהפכו ליריבות אישית מרה. רבין נטה לעמדה "יונית" של פשרה טריטוריאלית עם ירדן, על פי עקרונות תוכנית אלון. פרס לעומתו נחשב ל"נץ" ותמך ב"פשרה פונקציונלית" במתווה שהתווה קודמו בתפקיד, משה דיין, שמשמעותה השארת השטחים בשליטת ישראל, וחלוקה לא של השטח אלא של הסמכויות השלטוניות.
חילוקי דעות אלו הביאו למספר משברים. בדצמבר 1975 עלו מתנחלי גוש אמונים והתיישבו בסבסטיה שליד שכם, בהתנחלות שאותה כינו "אלון מורה". אלון ורבין ביקשו לפנות את המתנחלים, אך פרס העניק להם סיוע ותמיכה בממשלה. הפשרה שהושגה בסוף, ביוזמתו של ישראל גלילי, הייתה כי המתנחלים יעברו ל"מחנה זמני" בקדום, שהפך לאחר מכן ליישוב הקבע קדומים, ובכך למעשה נענתה הממשלה לדרישת המתנחלים. באותה שנה אישרה הממשלה את הקמת ההתנחלות עפרה, ופרס התכבד בנטיעת העץ הראשון ביישוב. בשנת 1977 השתתף פרס בוועדת השרים לענייני התיישבות שהחליטה לרכוש קרקעות להקמת ההתנחלות אריאל.
במרץ 1976 התיר פרס עריכת בחירות מוניציפליות ביהודה ושומרון וחבל עזה, והרחיב את זכות הבחירה מעבר לנדרש על פי החוק הירדני, גם על מי שאינו בעל רכוש. בבחירות אלו ניצחו הקיצונים, והודחו ראשי ערים ותיקים. רבין טען כי "הממשלה טעתה ונקטה במהלכים שלא הוסיפו לה יוקרה". לכל היה ברור כי המדובר בפרס. המשבר בין השניים החריף עד שהתקשורת ביניהם נעשתה באמצעות פורום פנימי של אנשי המפלגה. פרס הרהר בפומבי על החלפתו של רבין, ואף שיתף במחשבותיו אלו את ראשי הליכוד והמפד"ל. על תקופה זו כתב רבין בזיכרונותיו את המשפט המפורסם – "היה ברור לי, כי מנוי וגמור עם שמעון פרס, כי הוא וראשות הממשלה בישראל ראויים זה לזה ואין להפריד. הנחת היסוד ה'מוצקה' שעליה ביסס חתרן בלתי נלאה זה את אשליותיו הייתה, שבינו לבין ראשות הממשלה אין מחסום, אלא – יצחק רבין". הכינוי "חתרן בלתי נלאה" רדף את פרס מאז.

מערכת הבחירות של 1977 והמהפך

ממשלת רבין הגיעה לסוף דרכה בסוף שנת 1976 בעקבות התפטרות רבין, לאחר הצבעה על הצעת אי-אמון שהגישה סיעת החזית דתית התורתית בשל חילול השבת. לקראת הבחירות לכנסת התשיעית נערכה ב-23 בפברואר 1977 התמודדות נוספת במפלגת העבודה. הפעם היה הגוף הבוחר גדול יותר, וכלל 2,300 צירים שנבחרו בידי 252,000 חברי המפלגה, שאליהם נוספו 600 חברי מרכז. התמודדות זו הייתה קשה וטעונה, ובסיומה ניצח רבין את פרס ברוב דחוק – 1,445 קולות לרבין לעומת 1,404 לפרס.
במרץ 1977 נחשפה "פרשת חשבון הדולרים" של לאה רבין, שבה התברר כי לאחר שהותם של הזוג רבין בארצות הברית, המשיכה גב' רבין לנהל חשבון דולרים בניגוד לחוק. ב-7 באפריל 1977 פרש רבין מראשות המפלגה וממועמדות המערך לראשות הממשלה. ב-10 באפריל נבחר פרס, כמעט פה אחד, ליו"ר המפלגה. רבין, שלא היה יכול להתפטר מממשלת המעבר, יצא לחופשה ופרס מילא בפועל את מקומו כראש ממשלה, אם כי האחריות נשארה על רבין, ופרס עדכן אותו באופן יומיומי.
פרס מצא עצמו בראשות המפלגה, כשלרשותו מעט יותר מחודש לנהל תעמולת בחירות. המערך הפך שם נרדף לריקבון שלטוני ולשחיתות. מולו ניצב הליכוד ובראשו מנחם בגין הוותיק, ובשורותיו פעל כמנהל מסע הבחירות עזר ויצמן, שניהל מסע תעמולה תוסס ונמרץ. הליכוד לא היסס לתקוף אישית את פרס בסיסמה "פרס – שטר בלי כיסוי". בעימות טלוויזיוני שנערך יומיים לפני הבחירות נראה פרס מתוח ועצבני, לעומת בגין שהופיע רגוע ונינוח. סקר טלפוני שנערך לאחר העימות גילה כי המצביעים סבורים כי תוצאת העימות היא תיקו, אך גם אם היה זה תיקו הוא פעל לטובת בגין, שהפגין ממלכתיות והציג בפומבי את אישיותו ודעותיו באופן שטרם נחשף לציבור. הבחירות הסתיימו ב"מהפך": המערך ספג מכה קשה, וירד מ-51 ל-32 חברי כנסת, והליכוד, שעלה ל-43 מנדטים, ניצח בבחירות. הייתה זו הפעם הראשונה מאז קום המדינה שבה הפסידה מפלגת השלטון הוותיקה, בשמותיה מפא"י-עבודה-מערך, את השלטון. פרס היה לראש האופוזיציה.

תקופת ממשלת בגין הראשונה

לאחר הקמת ממשלת ישראל השמונה עשרה מצא עצמו פרס כראש האופוזיציה, ואף שלא היסס לתקוף את ממשלת הליכוד, הוא נקט עמדות ביטחוניות ומדיניות "ניציות". בתגובה להצעתו של נשיא מצרים אנואר סאדאת לחתום על הסכם שלום, פרס הציע תקופת מעבר ארוכה ובה הסכמי ביניים, והתנגד לנסיגה מלאה של ישראל מסיני גם בהסכם שלום. בסופו של דבר, הוביל את המערך לתמיכה במגעי השלום עם מצרים ולאחר מכן תמך בהסכמי קמפ דייוויד ובהסכם השלום עם מצרים.
בתוך המפלגה החריף הקרע בין פרס לרבין. ב-1979 התפרסם ספר הזיכרונות של רבין, "פנקס שירות", שכלל האשמות רבות נגד פרס, ובראשן הביטוי "חתרן בלתי נלאה". אמנם לקראת ההתמודדות המיועדת מול פרס על ראשות המפלגה החליט רבין לא להתמודד ולתמוך בחברו עוד מימיהם בפלמ"ח, יגאל אלון; אולם בפברואר 1980 נפטר אלון במפתיע, וכך ההתמודדות על ראשות המפלגה שוב נותרה בין פרס לרבין. בבחירות הפנימיות שנערכו בנובמבר 1980 ניצח פרס עם 71% מן הקולות. בחירות אלו היוו נקודת מפנה ביחסים בין שני האישים. פרס הקים "ממשלת צללים" ולא כלל בה את רבין. רק בהתקרב הבחירות לכנסת ב-1981 ובלחץ דעת הקהל בציבור ובתוך מפלגת העבודה, הודיע פרס, שרבין יהיה מספר שתיים ומועמדו לתפקיד שר הביטחון (במקום מועמדות חיים ברלב) בממשלה שיקים אחרי הבחירות.
בדצמבר 1980 הכניס מנחם בגין את פרס בסוד תקיפת הכור האטומי בעיראק, המכונה "מבצע אופרה". פרס לא הביע התנגדות באותה העת, אך במאי 1981 הדליף עוזי אבן לפרס כי התקיפה צפויה בעתיד הקרוב. פרס כתב מכתב סודי לראש הממשלה בגין. במכתב זה דחק בו לבטל את המבצע, ולטפל במצב באמצעות לחץ פוליטי על צרפת (שסיפקה את הכור) ועל משטרו של סדאם חוסיין. לאחר ההדלפה לפרס, החליט בגין לדחות את מועד המבצע. בעקבות מידע מודיעיני קבע כי אם תידחה הפצצת הכור, יהיה מימושה במועד מאוחר יותר כרוך בנשורת גרעינית שתביא למותם של אזרחים רבים. החליטה ממשלת ישראל על ביצוע ההפצצה ב-7 ביוני 1981, כשלושה שבועות לפני הבחירות לכנסת.
לאחר הצלחת התקיפה הואשם בגין על ידי מפלגת העבודה בראשות פרס, וזאת בניגוד לעמדת רבין, שהפעולה נבעה משיקולי תעמולה של הליכוד לקראת הבחירות הקרבות לכנסת העשירית. אחרי מלחמת המפרץ טענו רבים שקיום התוכנית הגרעינית של סדאם חוסיין מוכיח את נחיצות הפעולה של בגין ב-1981. אולם פרס המשיך לטעון שההפצצה גרמה ליותר נזק מאשר תועלת, וגרמה רק לפיזור והסתרה של המאמץ הגרעיני העיראקי.

מערכת הבחירות של 1981

מערכת הבחירות של 1981 עמדה בצִלם של האינפלציה הדוהרת, שבימי ממשלת בגין קפצה עד למעלה מ-100% לשנה, הקיפאון המדיני שהחליף את תנופת השלום, שבה התחילה הקדנציה של בגין בראשות הממשלה, ומחלותיו של ראש הממשלה, שסבל מחולשות אישיות ומתפקוד לקוי של ממשלתו. עם זאת, כל אלו נדחקו הצידה מול הנושא העדתי; רבים האמינו כי המערך מייצג את האשכנזים, והליכוד הצליח להפוך למייצגם של המזרחים, בני העליות מארצות האסלאם, שנטרו טינה למפא"י על היחס כלפיהם.
מנחם בגין דיבר על "בריכות השחייה של הקיבוצניקים המיליונרים". מוטה גור אמר "נדפוק אותכם כמו שדפקנו את הערבים". רבות מאספות הבחירות של פרס הופרעו באלימות על ידי תומכי בגין, נזרקו עליו עגבניות, ובבית שמש הניף מולו תומך ליכוד "אצבע משולשת". פרס הגיב בהתעמתות ובהתפלמסות עם הקהל, שיצרה רושם של התנשאות מצדו ומצד אנשי המערך כלפי תומכי הליכוד המזרחיים. לשיא הגיעה תחושת הקרע העדתי כשהבדרן דודו טופז תקף באספת הבחירות המסכמת של המערך את תומכי הליכוד, וכינה אותם בכינוי הגנאי צ'חצ'חים – תקרית שנוצלה למחרת על ידי בגין בנאום תקיף.
באותה מערכת בחירות הופצו כלפי פרס שמועות מופרכות, כאילו אמו ערבייה] ושהוא בעל מניות בחברת תדיראן.
פרס, שהיה בתחילה בטוח בניצחונו בבחירות, דחק את רגליו של רבין מצמרת המערך, וקבע ששר הביטחון בממשלה שיקים אחרי הבחירות יהיה יורשו של רבין בתפקיד הרמטכ"ל, חיים בר-לב. אחרי התאוששות הליכוד בסקרי דעת הקהל, נכנע פרס ללחצים פנימיים והודיע, שמועמד המערך לשר הביטחון הוא יצחק רבין. הוא דחה הצעות שהובאו בפניו לוותר על מועמדותו לראשות הממשלה לטובת רבין.
בליל הבחירות הראה מדגם הטלוויזיה על ניצחון דחוק של המערך, ופרס מיהר לחגוג את ניצחונו, אף שאחד מיועציו הזהירו מראש, שלא ימהר לעשות זאת וימתין לתוצאות הסופיות. עם ספירת הקולות התברר שפרס אמנם הצליח להעלות את המערך ל-47 מנדטים, אבל הליכוד עלה ל-48 מנדטים וניצח.

ממשלת בגין השנייה

האירוע המרכזי בתקופת ממשלתו השנייה של מנחם בגין היה היציאה למלחמת לבנון הראשונה. עם היציאה למלחמה שמר פרס על מראית עין של "אחריות לאומית". אף על פי שהיה ברור כי הוא מסתייג מהמלחמה ומהמהלכים שהובילו אליה, כראש האופוזיציה לא רצה להפגין אי-נאמנות כלפי הממשלה בשעת משבר ומלחמה.

מערכת הבחירות של 1984

התפטרותו של בגין מראשות הממשלה, והחלפתו ביצחק שמיר, שנתפס כמועמד פחות פופולרי ולא כריזמטי, ההסתבכות הקשה בלבנון, שגבתה הרוגים רבים, המשברים הכלכליים, בהם משבר מניות הבנקים והאינפלציה שיצאה משליטה, הביאו לתקווה בקרב אנשי המערך כי הפעם יצליחו לנצח בבחירות. הפעם עמד להתייצב מול פרס בהתמודדות הפנימית יצחק נבון, שסיים זמן קצר לפני כן את תפקידו כנשיא, בו צבר פופולריות רבה, כולל בקרב ציבורים שלא תמכו במערך. מול נבון כרת פרס ברית עם רבין, והצליח למנוע מנבון להתמודד, ולהיות שוב מועמד המפלגה לראשות הממשלה.
מערכת הבחירות לכנסת האחת עשרה עצמה לא הייתה סוערת כקודמתה, והרגשות השליליים שבוטאו נגד פרס במערכת הבחירות הקודמת התמתנו. עם זאת, יצחק שמיר הצליח לזכות באהדה, ואף לשפר את מעמדו, כאשר הכריז כי בכוונתו לפעול לכינון ממשלת אחדות לאומית לאחר הבחירות, הכרזה לה לא היה לפרס מענה ראוי.
במוצאי יום הבחירות, ב-23 ביולי 1984, התברר שבכנסת האחת עשרה ישנו שוויון בין גושי המפלגות. המערך אמנם קיבל 44 מנדטים לעומת 41 של הליכוד, אולם אף אחד מהגושים לא יכול להקים ממשלה בעצמו, ואף לא גוש חוסם. לליכוד עם מפלגות הימין ועם המפלגות הדתיות, היו 60 מנדטים, לעומת 59 מנדטים לגוש של המערך, ושל מפלגות המרכז-שמאל והשמאל, בנוסף הייתה כך שקיבלה מנדט אחד והייתה מוקצה על ידי שני הגושים.
המפלגות הדתיות שמרו על נאמנותן לליכוד, וסירבו להיעתר לפניות להקים ממשלה צרה עם המערך. לאחר התערבותו האישית החסרת תקדים של נשיא המדינה חיים הרצוג ולאחר שעזר ויצמן, שעמד בראש מפלגת יחד, תמך בכך, נמצא הפתרון – "הסכם רוטציה", לפיו במשך השנתיים הראשונות יכהן פרס כראש ממשלה, ושמיר יהיה ממלא מקומו ושר החוץ, ובשנתיים שלאחריהם שמיר ופרס יתחלפו בתפקידיהם. לאורך כל הקדנציה הוענק תיק הביטחון ליצחק רבין מהמערך, ואילו תיק האוצר ליצחק מודעי מהליכוד.

בממשלות שמיר

אחרי הרוטציה הפך פרס לשר החוץ בממשלתו של יצחק שמיר. בתפקיד זה ניסה פרס לקדם את "האופציה הירדנית" – פתרון הסכסוך עם הפלסטינים ופתרון בעיית יהודה שומרון ועזה על ידי הדברות עם ירדן.
באפריל 1987 נפגש בחשאי עם המלך חוסיין בלונדון, והגיע איתו, ללא הסכמתו וללא ידיעתו של ראש הממשלה שמיר, להסכם (שכונה "הסכם לונדון") על מסגרת לשיחות שלום על ידי כינוס ועידה בינלאומית שתוביל למשא ומתן ישיר בין הצדדים, בו העניין הפלסטיני ייוצג במסגרת המשלחת הירדנית. ההסכם החשאי אמור היה להיות מוצג כיוזמה אמריקנית שתוצג לשני הצדדים, ולפי עדות חוסיין, פרס הבטיח לו, שההסכם יאושר על ידי ממשלת ישראל. אולם שמיר התנגד להסכם והודיע על כך לאמריקנים, ומכיוון שבממשלה בה היו לגוש הליכוד מחצית מהחברים לא היה להסכם רוב, הוא נגנז והיוזמה נכשלה.
בדצמבר 1987 פרצה האינתיפאדה הראשונה, והביאה קץ לניסיונות המדיניים של פרס. חברו למפלגה, שר הביטחון רבין, הפעיל יד קשה נגד המתקוממים, והאווירה הייתה קשה.
ב-1988 התקיימו הבחירות לכנסת השתים עשרה. אישים כמוטה גור פנו אל פרס בבקשה כי יפנה את מקומו לרבין, בעל התדמית הביטחוניסטית, ויאפשר לו להתמודד מול שמיר בבחירות, אך פרס סירב. רבין, מטעמיו הוא, נמנע אף הוא מהתמודדות, ופרס נבחר שוב כמועמד המפלגה לבחירות.
מערכת הבחירות הייתה שקטה. עם זאת, ימים ספורים לפני הבחירות הותקף ביריחו אוטובוס שנסע מטבריה לירושלים. על האוטובוס הושלך בקבוק תבערה ובדליקה שפרצה נשרפו למוות רחל וייס מירושלים ושלושת ילדיה. החייל דוד דלרוזה שניסה להצילם נפצע קשה ונפטר מפצעיו מאוחר יותר. האירוע עורר רגשות שליליים נגד הפלסטינים, ונגד פרס שנתפס כמתון וחסר יכולת עמידה מול הטרור הפלסטיני. יש האומרים, וביניהם פרס עצמו, שאירוע זה הביא להכרעת הבחירות לטובת הליכוד.
עם תום הבחירות לכנסת ה-12 היה לגוש הליכוד, מפלגות הימין והדתיים, רוב של 65 מנדטים, אולם שמיר העדיף להקים ממשלת אחדות נוספת. בגלל יחסי הכוחות החדשים נאלץ פרס לוותר על דרישתו לרוטציה בראשות הממשלה. פרס התמנה לשר האוצר וממלא מקום ראש הממשלה בממשלתו של יצחק שמיר, ורבין המשיך בתפקידו כשר ביטחון.

בממשלת רבין השנייה

בשנת 1992 הנהיגה מפלגת העבודה, לראשונה בישראל, בחירות פנימיות בהשתתפות כל חברי המפלגה ("פריימריז"). בהתמודדות על ראשות המפלגה שנערכו ב-19 בפברואר התמודדו רבין, פרס, ישראל קיסר ואורה נמיר. פרס הגיע למקום השני עם 34% מהקולות. רבין זכה במעט יותר מהסף של 40% מהקולות שהיה דרוש בשביל להימנע מסיבוב שני, ונבחר להיות מועמד המפלגה לראשות הממשלה. בבחירות המקדימות שנערכו לאחר מכן, לבחירת חברי הכנסת מטעם המפלגה, זכה פרס במקום הראשון ושובץ ברשימה במקום השני לאחר רבין.

כשר החוץ

כאשר זכתה מפלגת העבודה בבחירות לכנסת השלוש עשרה, מינה רבין את פרס לתפקיד שר החוץ, ולממלא מקום ראש הממשלה. רבין שהבטיח כי "אני אנווט", ניהל את ממשלתו ביד רמה. לעיתים השניים הסתכסכו, אך במהלך כל תקופת כהונת רבין הייתה הכרתו של פרס כי רבין הוא הבכיר מביניהם, שהביאה לשיתוף פעולה ולקידום הנושאים שהיו חשובים לשניהם.
בתחילה דחק רבין את פרס מהטיפול ברוב הנושאים הנוגעים לתהליך השלום, שהתנהל בהמשך ל"תהליך מדריד", והותיר בידיו רק את ניהול החלקים הנוגעים לשיתוף פעולה אזורי.
בשנים 1992 ו-1993 עמדה ממשלת רבין במגעים עם סוריה לכריתת הסכם שלום תמורת נסיגה מרמת הגולן. מגעים אלו התקדמו מאוד, אך באמצע שנת 1993 נראה היה כי הגיעו למבוי סתום. על רבין היה לבחור בין התקדמות במסלול הסורי, שנראה כי היה שרוי במשבר, ובין התקדמות מול הפלסטינים.
בשלב זה הודיע יוסי ביילין, סגנו של פרס במשרד החוץ, לפרס על קיום ערוץ משא ומתן חשאי עם הנהגת אש"ף, שעקף את המסלול "המוסדי" עם המשלחת הירדנית-פלסטינית לוועידת מדריד. אישים המקורבים לערפאת החלו במגעים עם נציגים ישראלים המקורבים לביילין (יאיר הירשפלד ורון פונדק), בתיווכו של הנורווגי טריה לארסן. בשיחות אלו הושגו הבנות והסכמות מתקדמות בהרבה מאשר אלו שהושגו במסלול מדריד. פרס הביא את רבין בסוד העניין, והשניים הסכימו להעלות את דרג השיחות, ולשלוח את מנכ"ל משרד החוץ אורי סביר להמשך השיחות.
במאי 1993 המשיך סבב שיחות נוסף, ולבסוף הגיעו הצדדים להסכם. על ההסכם המקורי חתמו פרס ומחמוד עבאס (אבו מאזן) בחשאי באוסלו ב-20 באוגוסט 1993, ועל כן ההסכם ואלו שבאו אחריו זכו לשם "הסכמי אוסלו". לאחר החלפת מכתבי ההכרה ההדדית בין רבין ליאסר ערפאת, חתמו פרס ועבאס ב-13 בספטמבר על "הצהרת העקרונות בדבר הסדרי ביניים של ממשל עצמי", בטקס חגיגי שנערך על מדשאות הבית הלבן בהשתתפות רבין, ערפאת ונשיא ארצות הברית ביל קלינטון. על צעד זה זכה פרס, יחד עם רבין וערפאת, בפרס נובל לשלום לשנת 1994. חתימת ההסכם עם ערפאת, שהיה במשך שנים אויבה בנפש של מדינת ישראל, והיה אחראי לכמה מהפיגועים המרים ביותר נגד אזרחיה, הביאה לפילוג קשה בעם. גל של פיגועי התאבדות שגרם להרוגים רבים, הביא גם הוא לכך שרבין, ועמו פרס, הואשמו על ידי גורמים קיצוניים בבגידה, ובחלקים מן הציבור החלה התנגדות חריפה למהלכים אלה.
פרס השתתף גם בגיבוש הסכם השלום בין ישראל לירדן. זמן קצר אחרי חתימת הסכם אוסלו הראשון, פגש פרס את הנסיך חסן, אחיו של המלך חוסיין, בבית הלבן. ב-2–3 בנובמבר 1993, נסע בחשאי לעמאן וניהל משא ומתן עם המלך חוסיין, ובסופו הגיעו השניים להסכם בן 4 עמודים עליו חתמו בראשי תיבות. עם שובו התראיין פרס בטלוויזיה על הבחירות המוניציפליות שהתקיימו יום קודם. בחדר האיפור הוא פלט: "זכרו את השלושה בנובמבר". בראיון עצמו שאל אותו מנשה רז למה הייתה הכוונה באמירה הזו. פרס התחמק, אך פליטת הפה כבר חשפה את הסיפור. המלך חוסיין זעם על ההדלפה, וניתק מגע, ורבין בתגובה מידר את פרס מהמשא ומתן עם ירדן, ונטל את המושכות לידיו עד לחתימת הסכם השלום באוקטובר 1994.
ב-1993 הוציא לאור פרס את ספרו "המזרח התיכון החדש", אותו כתב ביחד עם אריה נאור. בספר פרש את חזונו לגבי עתיד המזרח התיכון, שבו אינטרסים כלכליים ועל-לאומיים ייגרמו לשמירה על השלום באזור. שם הספר הפך לביטוי שגור, בייחוד בפי אנשי הימין, המשתמשים בו כדי לנגח את מה שהם רואים כפנטזיות בלתי מציאותיות לגבי המצב במזרח התיכון.

פעילות פוליטית מאוחרת

אחרי הפסדו בבחירות הקים פרס את מרכז פרס לשלום, שנועד לקדם את השלום על ידי עידוד שיתוף פעולה בין ישראל לשכנותיה, לפי חזון "המזרח התיכון החדש" שלו. הוא נותר בתפקיד יושב ראש מפלגת העבודה ויושב ראש האופוזיציה, אך בראיון טלוויזיוני עם ניסים משעל בספטמבר 1996 הודיע כי אין בכוונתו להתמודד עוד על ראשות מפלגת העבודה, בבחירות המקדימות ביוני 1997 שבהן התמודדו יוסי ביילין, שלמה בן עמי, אפרים סנה ואהוד ברק. ראיון זה נתפס על ידי רבים כמעין הודעת פרישה. אחרים ראו בו מעין אמירה כי יהיה מי שיהיה אשר יזכה בבחירות המקדימות, פרס יימצא דרגה אחת מעליו, כמדינאי בכיר.
יחסיו של פרס עם ברק, המנצח בבחירות המקדימות, היו בעייתיים מתחילתם. ברק ראה עצמו כמוביל היחיד של מפלגת העבודה אל ניצחון עתידי בבחירות, בעוד שפרס סירב להיעלם, והמשיך לדרוש עמדת השפעה. ניסים זווילי יזם במאי 1997 הצבעה במרכז המפלגה, על הצעה למנות את פרס ל"נשיא מפלגת העבודה". ברק התנגד לכך, מחשש שמדובר בעמדת כוח שתיצור במפלגה "מחנה פרס", שיצר את צעדיו של כל יושב ראש עתידי. ההצעה כשלה בהצבעה. מאותה הצבעה זכורות שאלתו הרטורית של פרס את צירי הוועדה: "אני שומע את חבריי אומרים: 'פרס הוא לוזר'. אני הפסדתי?!" ותשובות ה"כן", החוזרות ונשנות מהקהל.
ב-1999 ניצח ברק בבחירות, שבהן הוצב פרס במקום השני ברשימת ישראל אחת, והיה לראש ממשלה. פרס נבחר לכנסת מהמקום השני ב"ישראל אחת". בתחילה ביקש להיבחר ליושב ראש הכנסת, אך לכך סירב ברק. לבסוף מינה אותו ברק ל"שר לשיתוף פעולה אזורי". נראה כי משרד זה היה תואר ריק מתוכן. שר החוץ דוד לוי סירב לוותר עבורו על סמכויות משרדו, וכך גם שרים אחרים. התפקיד שנותר למשרד הוא ייצוג ישראל בוועידות כלכליות אזוריות. רק לאחר מאבק הסכים ברק לשתף את פרס בקבינט המדיני-ביטחוני שהקים.
בשנת 2000, אחרי שעזר ויצמן התפטר מהנשיאות, החליט פרס להתמודד על התפקיד. הוא היה מועמדה של קואליציית ברק המתפוררת, אבל בשל מעמדו האישי הבטיחו לו רבים את תמיכתם. ההצבעה החשאית בכנסת לתפקיד התקיימה ב-31 ביולי, והפרשנים העריכו שפרס יזכה ללא קושי. בסיבוב הראשון זכה פרס בתמיכתם של 57 חברי כנסת בלבד, לעומת 60 למשה קצב. בסיבוב השני זכה קצב לעוד שלושה קולות, ופרס ספג הפסד צורב נוסף.
במהלך הקדנציה של ברק בראשות הממשלה, היו יחסי ברק ופרס מתוחים. ברק לא שיתף את פרס במשא ומתן המדיני, ומתח ביקורת על הסכמי אוסלו, שנקשרו בשמו של פרס. פרס, מצידו, מתח ביקורת על ברק וטען כי "הוא יביא מלחמה ולא שלום".
עם התפטרות אהוד ברק מראשות הממשלה והתקרבות הבחירות המיוחדות לראשות הממשלה שנערכו בתחילת 2001, עלתה יוזמה בקרב אוהדי פרס להריץ אותו לראשות הממשלה, וקמו תנועות כמו "תנו לפרס לנצח". בתחילה דובר על כך שפרס יחליף את ברק כמועמד מפלגת העבודה. אך כאשר התברר שהדבר לא מציאותי, עלתה יוזמה שמרצ תציג את פרס כמועמדה, זאת על פי חוק הבחירה הישירה שקבע כי רק סיעה, שלה לפחות 10 חברי כנסת, או קבוצת סיעות כזו, הייתה יכולה להציג מועמד לראשות הממשלה. אולם רוב אנשי מנהיגות המפלגה, בראשות יוסי שריד התנגדו להצעה, והיא נפלה בדיון בהנהלת המפלגה.
אחרי ניצחון אריאל שרון, בבחירות ופרישתו של ברק מהפוליטיקה, הפך פרס, מתוקף בכירותו, לראש המפלגה בפועל. פרס הוביל את כניסת המפלגה לממשלתו של שרון, שהוקמה בשיאה של האינתיפאדה השנייה, כשגל של פיגועי טרור פגע בערי ישראל. הוא התמנה לסגן ראש הממשלה ושר החוץ. בישיבת הממשלה ב-29 במרץ 2002, שבה הוחלט על היציאה למבצע חומת מגן, נמנעו השרים פרס ומתן וילנאי בהצבעה.
ב-2 בנובמבר 2002 פרשה מפלגת העבודה מהקואליציה, ופרס התפטר מתפקידיו כסגן ראש הממשלה ושר החוץ.
אחרי תבוסת מפלגת העבודה בבחירות לכנסת השש עשרה ב-2003 (שבהן שובץ במקום השלישי ברשימה), והתפטרותו של עמרם מצנע מראשות המפלגה, מונה פרס שוב ליו"ר הזמני של המפלגה, עד לעריכת בחירות בקרב מתפקדי המפלגה. עם התערערות ממשלת שרון השנייה, עקב התנגדות הימין לתוכנית ההתנתקות, הוביל פרס את מפלגתו שוב להצטרפות לממשלת שרון, על מנת להבטיח את ביצוע ההתנתקות. בתחילה דרש להיות ממלא מקום ראש הממשלה, אולם מכיוון שהתפקיד כבר היה תפוס על ידי אהוד אולמרט, נוצר עבורו תואר המשנה לראש הממשלה, ללא סמכויות המוגדרות בחוק.
בבחירות המקדימות למשרת יושב ראש המפלגה, שנערכו ב-9 בנובמבר 2005, הוביל פרס בסקרים שקדמו לבחירות בשיעור ניכר, אך משנספרו הקולות, התברר כי זכה רק ל-40% מן הקולות, בעוד שיריבו עמיר פרץ זכה ל-42% מן הקולות והוכרז כמנצח. לאחר היבחרו, הורה פרץ לשרי מפלגת העבודה, בהם פרס, להתפטר מהממשלה וב-23 בנובמבר נכנסה התפטרותו של פרס לתוקף.
לקראת הבחירות לכנסת השבע עשרה ולאחר הפסדו לעמיר פרץ, הודיע פרס רשמית ב-30 בנובמבר 2005, על פרישתו ממפלגת העבודה ותמיכתו במפלגת קדימה, בראשות שרון. ב-15 בינואר 2006 התפטר מהכנסת, ככל הנראה, בשל רצונו להתמנות לשר בממשלת קדימה לאחר הבחירות, מה שהיה נמנע ממנו אילו היה ממשיך לכהן כחבר הכנסת מטעם סיעת העבודה עד לבחירות. הוא הוצב במקום השני ברשימת קדימה לכנסת, אחרי אהוד אולמרט שהחליף את שרון.
לאחר הבחירות, והקמת ממשלת אולמרט, מונה פרס לתפקיד המשנה לראש הממשלה, וכן לשר הממונה על פיתוח הנגב והגליל ועל הפיתוח הכלכלי האזורי, שהוקם עבורו.

נשיא מדינת ישראל

ב-30 במאי 2007 הודיע פרס כי יתמודד על תפקיד נשיא המדינה בשנית בבחירות לנשיאות שהיו עתידות להיערך ב-13 ביוני. במקביל, הודיעה מפלגת קדימה, ובראשה ראש הממשלה אהוד אולמרט, רשמית כי תתמוך בו. בסיבוב הראשון בבחירות זכה ל-58 קולות חברי הכנסת, ביתרון ניכר על פני יריביו חברי הכנסת ראובן ריבלין וקולט אביטל. בעקבות זאת פרשו אלה מן המרוץ, ופרס נבחר לנשיא המדינה בסבב בחירות שבו היה מועמד יחיד. בניצחונו בהתמודדות הצליח פרס לסדוק את תדמיתו עד אז, כ"איש שלא ידע לנצח".
בכך סיים פרס כהונה כמעט רצופה של 48 שנים כחבר הכנסת, החל בכנסת הרביעית בשנת 1959, בתקופת ממשלת בן-גוריון השנייה ועד לשנת 2007, במהלך כהונת הכנסת ה-17 וממשלתו של אולמרט (הרצף הופסק בתחילת 2006, אז התפטר פרס מהכנסת וחזר אליה כעבור כשלושה חודשים). זו תקופת הכהונה הארוכה ביותר לחבר הכנסת בישראל. כמו כן כיהן פרס כשר ב-12 ממשלות שונות (שתיים בראשותו). כמו כן, פרס היה לאדם היחיד בתולדות מדינת ישראל שכיהן גם כראש הממשלה וגם כנשיא המדינה.

ב-15 ביולי 2007 הושבע שמעון פרס לתפקיד נשיא המדינה, לאחר שסמכות הנשיאות עברה מיו"ר הכנסת דליה איציק לידי פרס. בנאומו אמר: 
לא חלמתי להיות נשיא. חלומי כנער היה להיות רועה צאן או משורר של כוכבים. משנבחרתי, זכות היא לי, ואיני מזלזל בה...
פרס שימש נשיא המדינה בעת חגיגות השישים למדינת ישראל, שנערכו בהדר רב ביום העצמאות בשנת 2008. רבים מן האורחים החשובים שהגיעו לחגיגות, השתתפו אף ב"ועידת נשיא המדינה 2008 – פונים אל המחר", שאליה הזמין פרס מדענים והוגים, זוכי פרס נובל, דמויות מפתח ובעלי תפקידים בהווה ובעבר מרחבי העולם, ובראשם נשיא ארצות הברית ג'ורג' ווקר בוש. הוועידה נפתחה בבנייני האומה בירושלים ב-13 במאי 2008, ובמסגרתה עסקו המתכנסים באתגרים העתידיים העומדים בפני האנושות ובפני מדינת ישראל. בשנים הבאות הפך פרס את הוועידה לאירוע שנתי.
ב-22 בספטמבר 2008, בעקבות ניצחונה של ציפי לבני בבחירות הפנימיות בקדימה, והתפטרות אהוד אולמרט מראשות הממשלה, הטיל פרס על לבני את הליך הרכבת הממשלה, לאחר שהתייעץ עם סיעות הכנסת, וזאת על אף שרק 38 ח"כים מסיעות קדימה, הגמלאים ומרצ הודיעו כי יתמכו בלבני לתפקיד ראש הממשלה. לאחר שלבני הודיעה כי אין ביכולתה להקים קואליציה, נועץ שוב עם נציגי הסיעות, ובפתיחת מושב החורף של הכנסת, ב-27 באוקטובר 2008, נשא נאום, ובו מסר כי הודיע ליושבת ראש הכנסת דליה איציק על עמדתו כי אין אפשרות להקים ממשלה בהרכבה הנוכחי של הכנסת, עמדה שפירושה הקדמת הבחירות לכנסת ה-18.
ב-24 בספטמבר 2008 נשא פרס נאום בעצרת האומות המאוחדות, בו השיב לנאום עם נימות אנטישמיות של נשיא איראן מחמוד אחמדינז'אד שטען כי בריונים ציונים שולטים בעולם. בנאומו טען כי אחמדינז'אד הוא בושה לאנושות ולתרבות האיראנית, וקרא למשא ומתן לשלום בין ישראל לסוריה, תוך שהוא מביע חזון בו המזרח התיכון הוא מעצמה כלכלית ובו "שטחי הגבול יכולים להפוך לשטחים כלכליים שיאפשרו תנועה חופשית של אנשים, סחורות ורעיונות. הם יכולים לעודד תיירות ולבנות חממות היי-טק".
לאחר הבחירות לכנסת ה-18 הטיל פרס את תפקיד הרכבת הממשלה על בנימין נתניהו, לאחר שרוב חברי הכנסת תמכו בו.
בדצמבר 2008 החל פרס בצילום סדרת טלוויזיה בערוץ הראשון, שבה דן, עם פאנל של אורחים, בנושאים שונים העומדים על הפרק בציבוריות הישראלית. הסדרה "סיעור מוחות בבית הנשיא", צולמה באולפן מיוחד שהוקם בבית הנשיא, ופרס היה מעורב בכל ההחלטות שנגעו לצילומה ולתכניה]. הפרק הראשון, שעסק ביחסי יהודים-ערבים, היה אמור להיות משודר בסמוך לצילומו, בסוף 2008, אך פתיחת מבצע עופרת יצוקה הביאה לדחיית השידור, והקרנת הסדרה החלה רק בחודש אפריל 2009.
ב-13 ביוני 2012 העניק נשיא ארצות הברית ברק אובמה לפרס את מדליית החירות הנשיאותית, אחד משני העיטורים האזרחיים הגבוהים ביותר בארצות הברית. בכך היה פרס לישראלי השני – אחרי נתן שרנסקי – שזכה בעיטור זה.
ב-2 בפברואר 2013 הטיל על חבר הכנסת בנימין נתניהו את הרכבת הממשלה על-פי חוק יסוד: הממשלה, בהתאם להמלצות נציגי הסיעות השונות לאחר היוודע תוצאות הבחירות לכנסת ה-19. שלושה ימים אחר כך, פתח פרס את הישיבה הראשונה של הכנסת ה-19.
ב-24 בינואר 2014 קיבל את "אות רוח דאבוס" על ידי מייסד הפורום הכלכלי העולמי בדאבוס קלאוס שוואב, על תרומתו לפורום.
ביולי 2014 סיים את כהונתו כנשיא והוחלף על ידי ראובן ריבלין.

לאחר הנשיאות

עם תום כהונתו כנשיא, שב פרס לעמוד בראש מרכז פרס לשלום. בנו, חמי פרס, הקים ביולי 2014 חברה בשם "פרס ויועצים בע"מ", שבה מועסקים אחדים ממקורביו של פרס. שמעון פרס פעל בחברה בהתנדבות, ומרבית רווחיה של החברה מועברים כתרומה למרכז פרס לשלום או ליעדים פילנתרופיים אחרים. במסגרת זו החל שמעון פרס לפעול, באפריל 2015, בשירות בנק הפועלים, תמורת כ-30,000 דולרים לחודש. בעקבות ביקורת ציבורית ביטל פרס התקשרות זו. כעבור ימים אחדים נודע על התקשרות דומה בין פרס לבין חברת "טבע", לה העניק ייעוץ תמורת 10,000 דולר בחודש.

תדמית, חזון ומורשת

כמורו ורבו, דוד בן-גוריון, ראה עצמו פרס איש חזון ואיש ספר. במהלך השנים העלה רעיונות חדשניים רבים, שאת חלקם פירט בספריו, כגון הקמת פרלמנט יהודי עולמי, ביזור הממשל לקהילות אזוריות, והחזון הקשור בשמו, של "מזרח תיכון חדש", הבנוי על שיתוף פעולה אזורי ושגשוג כלכלי, מהפכה של מידע, טכנולוגיה ושלום. בספרו "עם הרצל לארץ חדשה" הוא לוקח את תאודור הרצל לטיול בישראל בשנת 1999 ומשווה אותה לאמור בחזונו של הרצל בספרו "אלטנוילנד", כאשר המסר הוא כי חזון יכול לשנות את המציאות. מעולם לא הגביל עצמו להתבטאויות בנושאים פוליטיים בלבד. הוא כתב מספר ספרים, המבטאים את חזונו, ואינו מסתיר את הערכתו לסופרים ומשוררים, ואת עניינו בספרות ובשירה, הוא אף כתב מספר שירים. פרס גילה עניין ברתימת המדע והטכנולוגיה לטובת פיתוח מדינת ישראל. בשנות ה-50 היה זה בתחום הגרעין, ובשנות האלפיים בקידום תחום הננו טכנולוגיה, בו ראה את עתידה של מדינת ישראל ואת עתיד העולם. תכונה זו, של עניין בטכנולוגיה, ובחזון כלכלי וטכנולוגי לעתיד הרחוק, אשר אפיינה את פרס, הביאה לכך שהוא נתפס בעיני אחדים כאיש חזון ובעל מעוף, ובעיני אחרים כבעל חלומות מסוכן, התלוש מן המציאות.
דעותיו הפוליטיות ותדמיתו הציבורית ידעו שינויים במהלך השנים. בשנות החמישים והשישים הוא היה חלק מהחבורה האקטיביסטית שמסביב לבן-גוריון. באותה תקופה נוצרה לו בהשפעת יריביו במפלגה ובעיתונות, ובראשם "העולם הזה" של אורי אבנרי, תדמית שלילית של איש מנגנון תככן, כפי שהתבטאה בייחוס לו של השיר "איך הפשפש עלה למעלה" שחיים חפר כתב לרביעיית מועדון התיאטרון ב-1963, אף שהשיר לא נכתב עליו. במקביל דאג פרס לטפח חבורה של עיתונאים מקורבים אליו ובהם שייקה בן פורת, יואל מרקוס, חגי אשד ומירה אברך. עם כניסתו למשרד הביטחון בימי רבין, נחשב ל"נץ" שבממשלת רבין השמאלית, עודד את ההתנחלויות, ואפשר הקמתן. בזמן שהיה באופוזיציה לממשלת בגין, הופגנה כלפיו שנאה, שהתבטאה אף במחוות פיזיות של אלימות וצעקות. כן הופצו שמועות שאמו היא ערביה, ושהוא בעל מניות בחברת "תדיראן". בשלב זה החל להיות מזוהה עם שמאל המפה הפוליטית, עד ששנים אחר-כך, הפך למזוהה לחלוטין עם "תהליך אוסלו" והרעיונות הקשורים בו.
עניין תדמיתי נוסף שדבק בפרס הוא התפיסה לפיה אינו מסוגל לזכות במערכת בחירות. הפסדיו הרבים בבחירות, גם כאלו שנראה כאילו הוא עשוי לזכות בהן בקלות (כאשר המקרים הבולטים הם בבחירות 1981 ובבחירות 1996), איששו פעם אחר פעם תפיסה זו, עד שהפכה לקלישה ("פרס הוא לוזר").
בעולם נחשב פרס למנהיג בכיר ומקובל. הוא שימש שנים רבות סגן יושב ראש האינטרנציונל הסוציאליסטי העולמי ונחשב לאורח רצוי אצל בכירים, שליטים ומקבלי החלטות, ובאירועים בינלאומיים, כגון הפורום הכלכלי העולמי. קבלתו את פרס נובל לשלום חיזקה מעמד זה. לא פעם נוצר פער בין ההערכה שלה הוא זכה בעולם, לחוסר האהדה שבה התקבל לעיתים בציבור בישראל. עם זאת, פרס זכה עוד בחייו לפארק על שמו – "פארק פרס" בחולון, לרחוב על שמו בראשון לציון ולשכונה על שמו – נאות פרס בחיפה. הוא זכה גם לאות הוקרה מטעם אמ"י, אגודת אמני ישראל, ולחברות של כבוד באגודה.
יום הולדתו ה-90 נחגג ביוני 2013, במסגרת ועידת הנשיא. הוועידה נמשכה מספר ימים, וכללה נאום של ביל קלינטון בעלות של כחצי מיליון דולר במימון המרכז האקדמי פרס, וכן אירוע מרכזי בבנייני האומה בנוכחות אלפי מוזמנים, ובהם קלינטון, טוני בלייר, רוברט דה נירו ושרון סטון. האירוע שודר במלואו בשידור חי בשלושת ערוצי הטלוויזיה המרכזיים בישראל. החלק האמנותי כלל הופעות של ברברה סטרייסנד, שלמה ארצי, אייל גולן ועוד. ביקורת ציבורית נמתחה על אופיין הראוותני של חגיגות יום ההולדת ועל עלותהּ הגבוהה, שהגיעה ל-11 מיליון ש"ח, שמומנה מתרומות. בשנת 2013 היה פרס המנהיג המכהן המבוגר בעולם.

פרסים ועיטורים

במרוצת השנים צבר פרס פרסים ועיטורים יוקרתיים רבים ברחבי העולם. מבין החשובים שבהם ניתן למנות את פרס נובל לשלום בשנת 1994 על מאמציו להביא שלום למזרח התיכון ועל הסכמי אוסלו. ב-20 בנובמבר 2008 הוכתר כאביר במסדר מיכאל הקדוש וג'ורג' הקדוש על ידי אליזבת השנייה, מלכת הממלכה המאוחדת, בארמון בקינגהאם בלונדון. זכה בשני עיטורי הכבוד האזרחיים הגבוהים ביותר של ארצות הברית: מדליית החירות הנשיאותית, שקיבל מידי נשיא ארצות הברית, ברק אובמה ב-13 ביוני 2012 ומדליית הזהב של הקונגרס שקיבל ב-2014. בשנת 1985 קיבל תואר דוקטור לשם כבוד מטעם אוניברסיטת חיפה, ובשנת 1986 מאוניברסיטת בר-אילן. ב-29 בנובמבר 2015 היה לזוכה הראשון של פרס הדיפלומטיה הישראלית.

משפחה

פרס נישא במאי 1945 לסוניה גלמן. בני הזוג הכירו בכפר הנוער בן שמן, שם התגוררה סוניה עם משפחתה. אביה היה המורה לנגרות של המוסד. לאחר ששבה סוניה לארץ ישראל בתום שירות בצבא הבריטי במלחמת העולם השנייה, נישא הזוג. סוניה פרס הייתה עקרת בית ובחרה להתרחק מאמצעי התקשורת ולשמור על פרטיותה ועל פרטיות משפחתה, למרות הקריירה הפוליטית הענפה של בעלה. עם בחירתו של פרס לנשיאות ב-2007 הודיעה סוניה כי לא תעבור איתו למשכן הנשיא. היא נשארה בדירתם שבנווה אביבים ובני הזוג חיו בנפרד. סוניה נפטרה ב-20 בינואר 2011 בדירתה. לבקשתה, נקברה בבן שמן ולא במקום שיועד לה לצד בעלה בחלקת גדולי האומה.
פרס היה אב לשלושה: בתו הבכורה, פרופ' צביה ולדן, היא בלשנית התפתחותית, נשואה לפרופ' רפאל ולדן, אשר שימש רופאו האישי של פרס; בנו האמצעי הוא הווטרינר ד"ר יהונתן (יוני) פרס; בנו הצעיר, נחמיה (חמי) פרס, מאנשי הון הסיכון המובילים בישראל, שירת כטייס מסוקי קרב בחיל האוויר.