יוחנן הורקנוס השני

עלייתו של הורקנוס אל המלוכה, וויתורו עליה לאחר מות אמו

הורקנוס השני היה בנם של אלכסנדר ינאי ושלומציון. לאחר מות אביו, החלה אמו משתפת אותו בשלטון, ומסרה לידיו את כהונת הכהן הגדול. שלומציון הייתה אישה, והאישה היחידה (פרט למלכה עתליה בימי בית ראשון) אשר הייתה למלכה. כאישה הייתה מנועה מלכהן ככהן הגדול, משרה שהייתה בסיס כוחם הדתי והחילוני של מלכי בית חשמונאי, ומשום כך מסרה משרה זו לידי הורקנוס. לטענת יוסף בן מתתיהו היה הורקנוס "רפה ידיים" וזו הסיבה לכך שאמו סמכה עליו לכהונת הכהן הגדול, בעוד שחששה מעזות רוחו של בנה הצעיר אריסטובולוס השני אשר לדברי יוסף בן מתתיהו הייתה לו "נפש לוהטת", וחששה כי אם תתן בידיו את הכהונה הגדולה, ישתמש בכך על מנת לסלקה כליל מן השלטון.
כאשר חלתה, בימיה האחרונים, החל אריסטובולוס לאסוף את כוחו. הוא העביר לצדו את כל מפקדי המצודות והכריז על עצמו למלך. כאשר התלונן הורקנוס על כך בפני אמו, כלאה זו את אשת אריסטובולוס ואת בניו במצודת אנטוניה, אך לא הספיקה להביא מהלך זה לידי סיום ולדכא את מרידת אריסטובולוס בטרם מתה בשנת 67 לפנה"ס.
לאחר מותה קיבל הורקנוס את המלכות, אך לא החזיק במשרה זו זמן רב. אריסטובולוס וצבאו עלו על ירושלים. הורקנוס החזיק אומנם בבני משפחתו של אריסטובולוס שהיו שבויים באנטוניה, אך נרתע מלהשתמש בבני הערובה שבידיו על מנת להסיט את אריסטובולוס ממזימותיו. האחים נפגשו, וכרתו ברית בבית המקדש לפיה ניתנה המלוכה לאריסטובולוס, והכהונה הגדולה להורקנוס. על מנת לחזק את הברית השיא הורקנוס את בתו אלכסנדרה לאלכסנדר השני, בנו של אריסטובולוס.

השפעת אנטיפטרוס האדומי, ומלחמת האזרחים

בזמן זה החל הורקנוס להיות נתון תחת השפעת אנטיפטרוס. אנטיפטרוס היה אדומי נכבד, בן למשפחה שהתגיירה בימי יוחנן הורקנוס הראשון, ואביו, אנטיפס היה לנציב אדום מטעם אלכסנדר ינאי. אנטיפטרוס היה ליועצו הקרוב של הורקנוס, ותחת השפעתו החליט הורקנוס לחזור בו מהסכמותיו עם אריסטובולוס, ולשוב ולדרוש את המלוכה. הורקנוס ואנטיפטרוס נמלטו אל חרתת, מלך הנבטים והבטיחו לו את נחלות החשמונאים בארץ הנבטים בתמורה לסיוע כנגד אריסטובולוס.
חרתת וצבאו, ועמם הורקנוס ואנטיפטרוס, עלו על ירושלים, וצרו עליה, בשנת 64 לפנה"ס. בימי הפסח, כאשר ביקשו הנצורים קורבנות לשם עבודת המקדש, קיבלו הורקנוס ואנשיו תשלום, ובתמורה הבטיחו לספק לכוהנים כבשים לשם הקרבת הקורבנות. הורקנוס ואנשיו העלו אל חומת הר הבית סלים ובהם חזירים. כן תבעו אנשי הורקנוס מן הצדיק חוני המעגל, אשר היה ידוע בכך שתפילתו נענית, ובכך שהצליח להביא גשם בימי בצורת, כי יקלל את אריסטובולוס, ומשסירב לכך הרגוהו.

ההתערבות הרומאית

המצור הסתיים כאשר הגנרל הרומי פומפיוס אשר היה במסע מלחמה במזרח, שלח את מפקד צבאותיו סקאורוס לדמשק. אנשי שני הצדדים הגיעו אל סקאורוס וביקשוהו כי יסייע בידם. אריסטובולוס שילם לסקאורוס שוחד כספי משמעותי, וזה הגיע לירושלים ודרש מן הנבטים כי יסירו את המצור. הנבטים נענו לדרישה, אך משחזרו לעירם התקיפם אריסטובולוס בדרך והרג רבים מהם.
בינתיים הגיע פומפיוס עצמו לאזור. בישבו בדמשק באו בפניו שלוש משלחות לשטוח את טענותיהן באשר לנעשה ביהודה. משלחתו של אריסטובולוס, משלחתו של הורקנוס, ומשלחת שלישית מאת "העם" אשר דרשה את הסרת שלטון בית חשמונאי, והחזרת שלטונם של הכהנים הגדולים. פומפיוס נמנע מלהכריע במריבה, וירד עם חייליו לירושלים.
פומפיוס הטיל על העיר מצור. יוסף בן מתתיהו כותב כי אריסטובולוס רצה בתחילה להיכנע לצבאו של פומפיוס, אך תומכיו סירבו להכניס את פומפיוס אל העיר. פומפיוס אסר את אריסטובולוס, וכבש את העיר ואת בית המקדש, לאחר מצור שנמשך שלושה חודשים. העיר עמדה כנגד כוחותיו של פומפיוס בגבורה, אך פומפיוס ניצל את מנוחת מגיני העיר בשבת, בנה סוללה על פני הערוץ העמוק שהפריד בין צפון העיר ובין חומותיו הצפוניים של הר הבית, וכבש את העיר. באירוע זה נהרגו שנים עשר אלף יהודים.
לאחר כיבוש בית המקדש חילל פומפיוס את קודש הקודשים מקום בו הורשה רק הכוהן הגדול לשהות. פומפיוס נמנע מלבזוז את אוצרות המקדש, ויום לאחר כיבוש המקדש, הורה לטהר את המקום שחולל, ולהמשיך בעבודת המקדש.
כניסתו של פומפיוס לירושלים בשנת 63 לפנה"ס מסמנת את ראשיתה של התקופה הרומית בארץ ישראל ובמקביל דעיכתה של הריבונות היהודית - ממלכת החשמונאים, בארץ ישראל, תחילה ליהודה כמדינת חסות רומית (63 לפנה"ס - 6 לספירה), עם מצבי ביניים שנעו בין עצמאות חלקית לשעבוד ולאחר מכן למדרגת פרובינקיה.
על יהודה לא הושם נציב. פומפיוס הכריז על הורקנוס כאתנארך ("ראש העם" תואר נחות מן התואר "מלך"), שליט בובה והכוח האמיתי בממלכה ניתן בידי אנטיפטרוס האדומי, השליט בפועל, שנוא העם - הכפיף את האינטרס היהודי לאינטרס הרומאי, ואדוניו הרומאים. מס הושת על יהודה וערים ההלניסטיות שנכבשו על ידי החשמונאים, מימי יונתן הוופסי עד לימי אלכסנדר ינאי, כבית שאן ויפו נגרעו מן הממלכה.
עד 62 לפנה"ס ניהל סקאורוס מלחמה בנבטים והסתייע בחיילים ששלח אנטיפטרוס. לאחר מכן הגיע תפס את מקומו בסוריה הנציב גביניוס.

מרד אלכסנדר השני

בשנת 58 לפנה"ס נמלט אלכסנדר השני, בנו של אריסטובולוס, מכלאו ברומא, והגיע ליהודה. הוא אסף אנשים חמושים, והכריז על עצמו כמלך. הורקנוס נאלץ להימלט מירושלים, ולפנות לגביניוס לקבלת עזרה. גביניוס דיכא את המרד, שבה את אלכסנדר, והחזיר את הורקנוס לירושלים. מכל משרותיו נותרה עתה ביד הורקנוס רק משרת הכהן הגדול. גביניוס חילק את הארץ לחמישה מחוזות אוטונומיים, ושם בראש כל אחד מהם "סנהדרין" המורכבת מנכבדי המקום. פעולה זו כמעט ואיינה את כוחו של השלטון המרכזי שאמור היה להיות ביד הורקנוס.
בשנת 54 לפני הספירה הגיע מרקוס ליקיניוס קראסוס לארץ, ושדד את אוצרות המקדש. הרומאים המשיכו לרדוף את תומכיו של אריסטובולוס בארץ והרסו את העיר טריכיי שלחוף הכנרת.

בימי יוליוס קיסר

עלייתו של יוליוס קיסר לשלטון העליון ברומא נתנה הזדמנות אחרונה לאריסטובולוס ולאנשיו. בית הורקנוס נתמך עד עתה בידי אנשיו של פומפיוס, שהיו נתונים במלחמת אזרחים עם הכוח העולה של יוליוס קיסר. אריסטובולוס הושם בראש שני לגיונות, אך בטרם הספיק לפעול, הורעל על ידי אנשי פומפיוס ומת. בנו אלכסנדר השני נערף במצוותו של פומפיוס.
לאחר תבוסתו של פומפיוס בקרב פארסלוס הפגינו הורקנוס ויועצו אנטיפטרוס את תמיכתם בקיסר, ואף השפיעו על יהודי מצרים להצטרף אל הלוחמים למען קיסר. קיסר הכיר בכהונתו של הורקנוס, מינה אותו לאתנארך על היהודים, ומינה את אנטיפטרוס לאפוטרופוס על ארץ יהודה. יפו הוחזרה לשטח הממלכה, קיסר התיר להורקנוס לבצר את חומות ירושלים ויהודה שוחררה מחובת הגיוס לצבא רומא.

הריב עם הורדוס

אנטיפטרוס מינה את הורדוס בנו למושל הגליל, וזה לכד את המורד חזקיהו והוציא אותו ואת אנשיו להורג ללא משפט. הורקנוס נאלץ, בניגוד לרצונו, להורות על העמדתו של הורדוס למשפט הסנהדרין בגין רצח זה. אל המשפט הופיע הורדוס כשהוא לבוש בבגדי ארגמן, חגור בנשק, ושומרי ראש מקיפים אותו מכל עבר. אנשי הסנהדרין והורקנוס ביניהם נדהמו מפחד, ונראה היה כי הורדוס יצא זכאי בדינו. אך נאום תקיף של שמאי (ויש אומרים של שמעיה), היטה את הכף לרעתו של הורדוס. משראה הורקנוס כי הורדוס עומד לצאת חייב בדינו, הורה על דחיית המשפט למחרת, והורדוס נמלט בלילה אל דמשק. הורדוס מונה למושל חילת-סוריה, והפך לאויבו המושבע של הורקנוס. זמן מה לאחר מכן הורעל אביו של הורדוס, הוא אנטיפטרוס, בידי אחד מאנשי הורקנוס, מליכוס. על מנת לרצותו, השיא לו הורקנוס את נכדתו, בת בתו אלכסנדרה, היא מרים החשמונאית.

עלייתו של אנטיגונוס השני

שנים אלו היו שנים סוערות באימפריה הרומית. רציחתו של יוליוס קיסר הביאה בעקבותיה זעזועים, מלחמות ומרידות. אויביה של האימפריה ניצלו שעת כושר זו, והפרתים התקדמו מערבה והגיעו עד לארץ ישראל. בשנת 40 לפנה"ס הגיע מתתיהו אנטיגונוס השני, בנו הצעיר של אריסטובולוס עם הפרתים לארץ, והכריז על עצמו כמלך. הורדוס הצליח להימלט, אך אחיו פצאל והורקנוס נפלו בשבי הפרתים. פצאל התאבד, ואילו הורקנוס הוגלה לבבל. על מנת שלא יוכל עוד לכהן ככוהן הגדול, קצץ אנטיגונוס את אוזניו, שכן אדם בעל מום פסול לכהונה הגדולה.
חיתוך האזניים בוצע אמנם בעידודו של אנטיגונוס, אולם על פי ההיסטוריון הרומאי טקיטוס, נראה כי הנוהג לכרות את אזניו של יריב היה מקובל אצל הפרתים, כדי להשפילו ובו בזמן גם לחוס על חייו.

חייו בצילו של הורדוס, והכחדת בית חשמונאי

בשנת 37 לפנה"ס הצליח הורדוס להשתלט על הארץ, ובחסותו של מרקוס אנטוניוס מושלו הרומאי של המזרח, הכריז על עצמו כמלך. הורקנוס היה אמנם בגלות בבבל, אך הורדוס ידע כי אם יצליח הורקנוס להטות לטובתו את ליבה של הקהילה היהודית העשירה ורבת העוצמה שבבבל, יהווה סכנה גדולה לשלטונו. לפיכך זימן אותו בדברי חלקות לשוב לירושלים, ושם חלק לו כבוד, אך שמר על כל צעדיו.
נכדו של הורקנוס, אחיה של מרים החשמונאית, הוא אריסטובולוס השלישי שהה בירושלים, והיה היורש הלגיטימי האחרון לשלטון בית חשמונאי. שניים אלו, הורקנוס ונכדו, היוו סכנה של ממש להורדוס, ועל מנת לבסס את שלטונו היה עליו להסיטם מן הדרך.
בתחילה נתן הורדוס לאריסטובולוס השלישי, הנער בן ה-17 את הכהונה הגדולה, אך מיד לאחר מכן המית אותו בטביעה, בארמונו אשר ביריחו תוך שהוא מסווה את הרצח בתאונה תוך כדי משחק. הדבר קומם על הורדוס את אשתו, מרים, חותנתו רבת הכוח, אלכסנדרה, ואת הורקנוס.
הורדוס העליל על הורקנוס עלילת שווא, לפיה ניסה זה להרעילו, והוציאו להורג, בשנת 30 לפנה"ס. יוסף בן מתתיהו מציין שהורקנוס היה במותו "בן שמונים שנה ומעלה", אולם בהנחה שמת בשנת 30 לפנה"ס, לא ייתכן שנולד בשנת 110, כאשר הוריו נישאו זמן קצר לאחר שנת 103 לפנה"ס.
בסמוך לאחר מכן, הוציא הורדוס להורג אף את אלכסנדרה ואת מרים, האחרונה לבית חשמונאי, בשנת 29 לפנה"ס. הטרגדיה המשפחתית הסתיימה רק שנים לאחר מכן כאשר הרג הורדוס אף את ילדיו ממרים, אלכסנדר ואריסטובולוס.