פעולת אלכסנדריה

הביצוע

הצוללת המתינה בנקודת ההורדה כ-2.5 קילומטר משובר הגלים, ומעליה המתינו צוללים סמנים שסימנו לצוללים השבים מהפעולה את מיקום הצוללת. עקב תנאי ים גלי ותקלות ציוד (הן של הצוללים החודרים והן של הסמנים), הצוללים שחזרו מהפעולה לא מצאו את הצוללת ובהתאם לתוכנית חזרו לחוף על מנת לאתר מחבוא לשעות היום. לאחר ששהו במהלך היום במערה, הצוללים התגלו על ידי אזרחים מצרים והועברו לשבי המצרי.
משבוששו הצוללים לחזור בשעה המיועדת, הצוללת עזבה את נקודת ההורדה במטרה לחזור למחרת. בשעות הבוקר הצוללת תקפה בטורפדו פריגטה מצרית שסיירה במבואות הנמל. הפריגטה לא נפגעה ואף ביצעה תקיפת נגד בפצצות עומק. הצוללת ספגה נזקים אך לא הוטבעה. בלילה שלמחרת נשלחה הצוללת לניסיון נוסף לחילוץ הצוללים אך כשנודע כי אלה נפלו בשבי, קיבלה הוראה לחזור לישראל.
לאחר למעלה מ-8 חודשי שבי הוחזרו הלוחמים במסגרת חילופי שבויים.

מודיעין

נמל אלכסנדריה משתרע על פני שטח רחב מאוד אורכו מדרום מערב לצפון מזרח כ-6 ק"מ ומשובר הגלים הצפוני לרציפים בדרום מערב כ-3 ק"מ, הוא הנמל המסחרי העיקרי של מצרים והבסיס הראשי של חיל הים המצרי. ובו רוכזו רוב יחידותיו. הגנת אזור הנמל התבססה על מערכת התרעה של מערכות מכ"ם וסיורי אויר, סיורי כלי שיט, מערכת תותחי חוף ומערכת הגנה פנימית בכלי שיט המסיירים בתוך הנמל. 

בזמן חירום היה נוהג להכריז על אזור סגור לשיט מטווח 30 מייל מהנמל בשעות החשיכה. באלכסנדריה היו לצי המצרי כ- 15 כלי השיט עם ציוד לגילוי צוללות. ולמעשה מרבית כלי השיט הקטנים נשאו עליהם פצצות עומק ויכלו להוות מטרד. 
סיורי אוויר - סיורי אוויר (שהופעלו בזמן חירום) נערכו פעמיים ביום: בשעות הבוקר ואחרי הצהריים. קו הסיור היה מקביל לחוף, כ-100 מייל ממנו, בדרך כלל בקו אלכסנדריה-פורט סעיד. המטוסים שערכו את סיורי האוויר היו מסוג איל-28 ואיל-11
סיורים ימיים במבואות הנמל ערך חיל הים המצרי סיורים הגנתיים במקביל לחוף: צוללת בתחום עד 20 מייל ימי, משחתת עד 10 מייל ימי מהחוף. סמ״ר נצ״ל או מקשת, קשור למצוף בפתח הנמל, בכוננות ליציאה מידית.
מיקוש הגנתי - בידי המצרים הייתה כמות גדולה של מוקשים בכללם מוקשי מגע ומוקשי השפעה מגנטית מתוצרת רוסית, שנועדו ברובם למיקוש מבואות הנמלים. ביצוע תוכנית המיקוש חייב את קידום המוקשים לאזור הנמל, אך עד ערב הפעולה טרם אותרה פעילות להנחת שדות המוקשים. .
ההגנה הפנימית של הנמל התבססה על רשתות נגד צוללים, סיורי סירות חמושות, הטלת מטעני עומק, בדיקת תחתיות כלי שיט, תותחים נגד מטוסים וזרקורים והגברת השמירה על כלי השיט והרציפים. פתח הנמל הנמצא בגבולו המערבי ביותר נשמר במיוחד.
התאורה  - הייתה תאורה חזקה לאורך רציפי הנמל. נראה כי טרם הופעלה האפָלָה כללית בנמל או בעיר עצמה.
פריסת יחידות הצי המצרי מרבית יחידות הצי המצרי התבססו באלכסנדריה. בתקופת ההמתנה כדי לממש את סגירת מצרי טירן או כתוצאה מפעילות הונאה ישראלית, נשלחו מספר צוללות משחתות ומקשות דרך תעלת סואץ לים האדום. הפריסה הרגילה של יחידות הצי הייתה באזור ראס אל-תין בצפון מזרח הנמל. היה צפי שבמצבי חירום יתפרסו כלי השיט של הצי באזורי הנמל השונים: מספר סט״רים וסטי״לים נקשרו בבריכת הדלק שבכניסה לנמל, שתי משחתות דגם סקורי וצוללת בבריכת הפחם, פריגטה וקורבטה בבריכת ה"ארסנל", שני סטי״לים או ספינות משמר נגד צוללות עשויים להמצא קשורים למצופים מול הארמון בדרום הנמל. מקומות אפשריים נוספים לפריסה היו: רציף הניטרטים, הרציף המרכזי ורציף הנוסעים.

הוראה לביצוע

קידום והמתנה ב-1 ביוני בשעה 20:00 יצאה אח"י תנין בשלישית בדרכה לאלכסנדריה. ובמהלך השבוע קיצרה טווח בהוראת המפקדה, עד שב-5 ביוני שעה 12:00 נתן הרמטכ"ל יצחק רבין אישור לפעולה שהועבר לאח"י תנין. " רשאי לתקוף כלי-שיט אויב בנמל ומחוצה לו. לאור מקום האויב ממליץ לתקוף בטורפדו, בהצלחה. 180 מטוסי אויב הושמדו. " 

בצהרי היום הועברה הודעת עדכון מהמודיעין הימי לאח"י יפו (ק-42) שיצאה לפעולת פורט סעיד (1967) על תנועת צוללות מאלכסנדריה לפורט סעיד. מפקד הכח אל"ם בנימין תלם נערך לקבל את פני הצוללת המצרית. הודעה זאת לא התקבלה באח"י תנין (צ-71).
מטאורולוגיה  - בליל 5–6 ביוני היה לילה חשוך ביותר. הירח בין מולד לרביע ראשון, אין עננות והראות אפסית. נשבה רוח קלה צפון-מערבית. בים היו גלי גיבוה  חזקים נשברים על שובר הגלים. באזור היה זרם קבוע מזרחי, שנעשה חזק למדי בקרבת שובר הגלים.

פעולת הצוללת

הצוללת החלה בהתגנבות לנקודת ההורדה. בשעות אחה"צ התגלתה משחתת סקורי מסיירת במקביל לחוף. הייתה זו מטרה ראויה ומועדפת אך עברה במרחק גדול מאוד ואח"י תנין (צ-71) המשיכה לעבר לנקודת הישיבה המתוכננת. לקראת אור אחרון, נראו בפריסקופ תרנים האופייניים למשחתת סקורי לכאורה עוגנת בקרבת שובר הגלים בתוך הנמל. 
הוצאת הצוללים החלה בשעה 19:00  היא נעשתה בזוגות וארכה כשעה. לאחר המתנה של שלוש שעות הוצאו זוג הסמנים. מעל הצוללת בעת היציאה אבד אחד הפנסים. הים היה גלי. מגדלור רס אל טין לא עבד. הנצנץ הופעל באינפרא אדום אך לאחר חצות התקלקל. הסמנים נצנצו באור אדום רגיל. בדיעבד התברר כי בגלל הים הגלי הסיכוי שהצוללים החוזרים יבחינו בנצנוצי פנס בגובה פני הים היה אפסי. 
יציאה - מאחר שלא נוצר מפגש, הורה מפקד הצוללת בשעה 06:03 לסמנים להיכנס והצוללת החלה להתרחק מהחוף בשינור. הסמנים תוחקרו בתוך הצוללת וסיפרו כי הנצנץ המיוחד לסימון מקום הצוללת לא עבד והם נצנצו חלק מהזמן  באור אדום ואור לבן.

תקיפה והתגוננות

בקרבת הצוללת התגלתה פריגטה מצרית "טארק" בסיור, בפיקוד עבד אל-מונעים צדיק. הייתה זו פריגטה מדגם בריטי Black Swan שאחיותיה קצרו הצלחה רבה כנגד צוללות גרמניות במלחמת העולם. הייתה זו מטרה ראויה - באורך 92 מטר ושוקע של 4.3 מטר, ואברהם דרור החליט לתקוף אותה. חימוש הצוללת היה 6 טורפדות 21 אינץ' דגם 8 מתוצרת בריטית ללא מנגנון ביות והמרעום ללא מחוש קרבה.
 
פגיעה בכלי שיט בתנועה מחייבת את מפקד הצוללת לבצע הצצות בפריסקופ להעריך את הזווית על החרטום והמהירות של המטרה. הוצאת פריסקופ בקרבת כלי שיט צבאי צפויה להתגלות ולתגובת נגד חריפה. וגם הטווח נמדד בצורה אופטית ואינו מדויק. כדי להגדיל את סיכויי הפגיעה נורו ארבעה טורפדות מטווח שהוערך כ-3000 מטר. בעת הירי מאבדת הצוללת ממשקלה ועלולה להגיח מהמים ולהראות לאויב. קצין המכונה גבי קינן מיהר להשקיע אותה.
הפריגטה המצרית 'טאריק' הבחינה בטורפדות שנורו לעברה, ופנתה מיד לעבר הטורפדות שעברו במקביל אליה ולא נפגעה. טאריק ביצעה התקפת נגד והטילה 3 פצצות עומק חזרה להתקפה נוספת והטילה 5 פצצות עומק. באח"י תנין (צ-71) לא נקלטו שידורי מכשיר גילוי צוללות במשך כל התקיפה. נראה שהפריגטה לא הצליחה לגלות את מקום הצוללת המדויק. פצצות העומק התפוצצו בקרבה מהממת לאח"י תנין (צ-71) אך המבנה עמד בלחצים והנזקים לא היו קטלניים.
נזקים ותיקונם - אח"י תנין שרדה את ההתקפות אך מכשיר הסונאר הראשי יצא מפעולה. וגם הצינור המוציא את גזי הפליטה בעת השינור נבעו חורים. גזי הפליטה החמים הרתיחו את מי הים ועמוד אדים ריחף מעל הצוללת וסימן את מקומה למטוסים או כלי שיט כאשר ניסתה להפליג בשינור. 

הצוללת, שמסתמכת בעיקר על השמיעה, נעשתה חירשת חלקית. אח"י תנין המשיכה במשך היום בצלילה, בשעות החשיכה עלתה לשינור והעבירה דיווח מסכם למפקדה.
אח"י תנין כבר הייתה במרחק רב מהחוף עלתה על פני המים. קצין המכונה גבי קינן ורס"ר יעקב לוי יצאו מחוץ לצוללת וביצעו בקרת הנזקים לצינור הפליטה. בידיעה ברורה שאם יגיע מטוס או כלי שיט אויב הצוללת תצלול ותשאיר אותם צפים בים.

פעולת הצוללים

צוללי שייטת 13 שהו זמן רב באח"י תנין (צ-71) בתנאי צוללן ופחות מכך. כל אותה תקופה כמעט ולא ניתן היה לבצע תרגילי כושר שחיה וצלילה, פרט לזמנים שבהם הצוללת עלתה אל פני הים. המתח לקראת הפעולה היה רב והרצון לבצע ולהצליח חזק מאוד. 
לאחר התמקמות אח"י תנין (צ-71) בישיבה על הקרקע התארגנו הצוללים למשימתם בשלושה זוגות. איתן ליפשיץ עם זאב בן-יוסף, דני ברעם וגדי פטיש, זוג שלישי אילן אגוזי עם גלעד שני. 
יציאה מהצוללת ושחיה לנמל  – תא המעבר כלל פתח תחתון ועליון ואפשרות למילוי וריקון מי הים. המקום היה צר מאוד להכיל שני צוללים עם מכשירי צלילה נשק ומוקשים. הכוונה להתקבץ יחד מעל הצוללת ולשחות ששת הצוללים לשובר הגלים ושם לחלק מטרות. אך תקלה בתפעול מגלול המצוף הסימון גרמה לשינוי משמעותי והכוונה לא מומשה. המצוף החל לעלות אך נעצר כמה מטרים מתחת לפני המים. בצלילת חמצן אין לרדת מתחת ל-10 מטר החבל הסתבך וליפשיץ חשש שהתעסקות עם תוף החבל בעומק תגרום להרעלת חמצן. החליט להמתין מעל הצוללת מבלי להחזיק בחבל הסימון. על פני המים התגלו גלי גיבוע גבוהים וארוכים ובלי חבל קשור לצוללת נמנעה אפשרות להשאר במקום. הזוג השני יצא וללא החבל לא פגש את הזוג הראשון. אף כי היו קרובים הגלים הגבוהים והחושך לא ראו אחד את השני. כך קרה גם עם הזוג השלישי. כל זוג המשיך לכיוון שובר הגלים מיד לאחר יציאתו. ולאחר כ-15 דקות המתנה יצא הזוג הראשון בשחיה לשובר הגלים.
 
חציית שובר הגלים  - לאחר כשעה של שחיה – בדיעבד המרחק לשובר הגלים היה 2.3 ק"מ לעומת 1.8 שתוכנן. התקרב כל זוג בנפרד אל השובר. גובה שובר הגלים במקום היה כשני מטר. הגלים החזקים שטפו את שובר הגלים העלייה הייתה מסוכנת. לאחר כמה ניסיונות מצאו עצמם שהגל זרק אותם מעל אבני השובר והצוללים ספגו חבטות. לגלים הגבוהים היה צד טוב בכך שלא נמצאו דייגים על אבני השובר. דני ברעם חש בחילה אך לא הפסיק את פעילותו. כשעלה לשובר ראו את ראשיהם של ליפשיץ ובן יוסף כבר בתוך הנמל. גם הזוג של אילן אגוזי הוטל בגל גדול מעבר לשובר. בתצפית מהשובר הגלים התגלתה לצוללים תמונה מאכזבת. משחתת הסקורי שנצפתה שינתה את מקומה וצלליתה נראתה מרחוק בדרום הנמל. בטווח הפעולה הרלוונטי לצוללים לא נמצאו מטרות צבאיות. אלא רק מבדוק, מחפר ודוברה שמיועדים לעבודות נמל.
הדבקת מוקשים  בירידה מהשובר התברר כי המים בתוך הנמל רדודים. כל זוג פנה לגזרה שהוקצתה לו בתכנון המפורט. אזור הנמל היה חשוך סירות מנוע סיירו והטילו רימונים נגד צוללים חלקם בקרבת הצוללים אך הם לא נתגלו ולא נפגעו. לאחר שלא נמצאו כלי שיט צבאיים הודבקו המוקשים למטרות אזרחיות. 
הפגיעה במבדוק - הניסיון של איתן ליפשיץ לפגיעה במבדוק לא צלח היות שהמוקש לא נדבק לתחתית והצוללים עברו לחפש מטרות אחרות. כאשר לא נמצאה מטרה ראויה החליט ליפשיץ לנטרל את המוקשים ולשמוט אותם בנמל. דני ברעם וגדי פטיש צללו לעבר הנמל הצבאי אך לא גילו מטרות. הזמן חלף בלית ברירה חזרו למבדוק ושם הצליחו להדביק מוקשים בחלק אחר של המבדוק. מאוחר יותר הגיעו למפקדת חיל הים ידיעות שהמבדוק טבע. 
אילן אגוזי וגלעד שני יצאו לכיוון דרום מערב שם הדביקו מוקשים למחפר ולדוברה.
 חיפוש הצוללת - הצוללים שהו כשעתיים במימי הנמל בדרכם חזרה נפגשו הזוג של איתן ליפשיץ עם הזוג של איתן אגוזי. הזוג של דני ברעם וגדי פטיש המשיכו בנפרד הצוללים יצאו מהנמל ושחו לאזור הצוללת אך לא הצליחו למצוא את חבריהם הסמנים. להערכת איתן ליפשיץ הגיעו הצוללים החוזרים לקרבת הצוללת, אך העיר אלכסנדריה לא הייתה מואפלת, ולא ניתן היה לראות נצנוצים על רקע אורות העיר. 
תנועה לבסיס חוף -. לאחר כשעה של חיפושים החליט דני ברעם לרדת למחבוא בחוף כשני ק"מ מזרחה מהנמל. בדרכם התרחקו מדייגים ועברו ליד מעגן סירות. את ציוד הצלילה והחרצית הטביעו בדרך. עד שאיתרו אזור שקט לצאת מהמים. כבר האיר היום אך לא היה איש בסביבה. מבנה נטוש התגלה ומתחתיו מערה קטנה ונכנסו אליה. מפקד כוח הצוללים, איתן ליפשיץ אמר ללוחמים שלידו "הפסקנו להלחם מעכשיו המטרה הישרדות." שחו כשני ק"מ מזרחה בדרכם הטביעו את ציוד הצלילה והחרצית. ובאור ראשון ירדו לחוף וחיפשו מחבוא. המבנה הנטוש והמערה תחתיו קרצו להם וכך נפגשו ששת הצוללים במערה.

ניסיון לחילוץ שני

לאחר חצות בליל 6–7 ביוני שואלת מפקדת חיל הים את מפקד התנין: " מתי ואיך מתכוון לחזור לאיסוף?" מברק תשובה נשלח בשעה 02:20, מהצוללת למפקד החיל: " הצוללים הורדו ב-051930. תקפתי בטורפדו ב-060630. לא ידוע אם פגעתי, אך לא שמעתי פיצוצים. צריך לאסוף בין 072200–080100, בנקודה 1700 יארד  צפונית-מערבית לראס אל-תין. היה בכוונתי להתגנב במשך היום. אני ללא סונר. נצנץ השייטת יצא מכלל שימוש. מבקש לחשוב על איסוף אלטרנטיבי מכלי אחר עם סירות גומי או 'ציפור'."
המנחה המקצועי לנושאי צוללות מפקד שייטת הצוללות סא"ל הדר קמחי נמצא בהפלגה עם אח"י לויתן (צ-75) ולא הייתה אפשרות להיועץ בו. הנזק שנגרם לסונאר הראשי הגביר את הסיכון בחילוץ הצוללים שתוכנן לליל 7/8 ביוני. בהערכת המצב שנעשתה במפקדת חיל הים השתתף קצין טכני בעל ניסיון בשייטת הצוללות, רס"ן אלחנן התרסי שנשאל באם הצוללת תוכל לפעול רק עם מכשיר סונאר משני שמיועד לאתר שידורי מכשירי גילוי צוללות. תשובתו הייתה חיובית אך שהתקלה בנצנץ הציון לא תאפשר חבירת הצוללים.

בדיונים הועלתה גם אפשרות באם הצוללים נשבו אולי סיפרו בחקירתם על מקום ומועד החילוץ. מרבית הנוכחים האמינו בכושרם של הלוחמים לעמוד בחקירות. מפקד חיל הים שלמה אראל החליט לקיים את החילוץ על ידי אח"י תנין (צ-71) כפי שתוכנן. ב-7 ביוני בשעה 03:35 הועברה לצוללת הוראה להיכנס לביצוע האיסוף.
בשעה 03:35 (7 ביוני) התקבל בצוללת אישור ממפקד החיל לחילוץ הצוללים בנמל אלכסנדריה "היכנס לחילוץ הערב, בדוק אפשרות שיגור סמן שלך להתחברות עם האנשים. שוקלים חילוץ על- ידי משחתת ו'ציפור'." אברהם דרור, מפקד אח"י תנין (צ-71), אישר שינסה להיכנס והציע שתקוים תקיפת מטוסים כדי להסב תשומת לב המצרים באזור. בדיון במפקדת חיל הים הייתה דעת מרבית הנוכחים שיש לשלוח כלי שיט להשתתף בחילוץ. 
 
מפקד חיל הים בדק עם מפקד חיל האוויר, מרדכי הוד, שהודיע כי יוכל לבצע הטרדה באזור אלכסנדריה אך לא לשמור רצף מטוסים בגלל המרחק. באישור סגן הרמכ"ל חיים בר לב יצאה שייטת המשחתות בפיקודו של אל"ם נפתלי רוזן לעבר אלכסנדריה ואיתה גם סירת 'ציפור' וסירות גומי למקרה הצורך. הרמטכ"ל יצחק רבין שמע על כך והעריך שהסיכון לפגוש ספינות טילים מצריות גבוה והורה לחיל הים להחזיר את המשחתות.
ביטול החילוץ -בעוד אח"י תנין (צ-71) מתקרבת בצלילה לאלכסנדריה במגמה לאסוף את הצוללים. נציג המודיעין הימי במוצב הפיקוד העליון סא"ל אורי מרץ איתר בין החומר הגלוי מתוך העיתונות והשידורים המצריים את המידע שהמצרים לקחו בשבי את חוליית הצוללים על שובר הגלים בנמל אלכסנדריה. מידע זה היה חשוב ביותר ומפקדת חיל הים החלה בשידורים רצופים ללא מענה: " חזור הבייתה, חזור הבייתה". אח"י תנין (צ-71) הייתה אז בצלילה מתגנבת עד 8 מיילים מהיעד, עת קלטה (בשעה 16:15) את ההוראה "לחזור". העובדה שהייתה בשינור אפשרה את קליטת ההודעה, אולם הקליטה לא הייתה ברורה. הצוללת שינתה קורס וב-18:55 קלטה בבירור את ההוראה: "חזור מיד החבר'ה בשבי." אח"י תנין קלטה את המברק ושבה על עקבותיה. מקורות תקשורת זרים הודיעו שבנמל טובע מבדוק צף.
בשעה 20:00 עלתה אח"י תנין על פני המים והמשיכה בדרכה לארץ. בשעה 00:55, 8 ביוני, קלטה הודעת המפקדת חיל הים על המצאות שלוש צוללות אויב בקרבת חופי הארץ. וכי הצוללות המצריות התגלו והותקפו על ידי משחתות חיל הים. במצב רגיל הייתה זו הזדמנות להציב להן מארב. כניסה לקרב נגד צוללות ללא סונאר אינה אפשרית. אח"י תנין שמצאה את עצמה בנחיתות שייטה בנתיב עוקף. כדי להגיע לחיפה מהצפון ולהימנע מפגישה עם צוללות האויב.

בשעה 20:40 נשלח דוח מים/3 לצוללת בו הודיעה המפקדה כי שלוש צוללות אויב התגלו בקרבת החוף מחיפה ודרומה. והתנין עשויה לפגוש צוללת אויב שנסוגה לאלכסנדריה. התנין התבקשה לציין את נתיב תנועתה ולוח זמנים עד לכניסתה לנמל חיפה. תשובת אח"י תנין (צ-71) הייתה: "שט  לכיוון צור, אגיע לנמל בצלילה מכיוון צפון. זמן הגעה משוער לפנות בוקר." ואכן ב-9 ביוני בשעה 04:00 נכנסה אח"י תנין לנמל חיפה.

בשבי המצרי

לוחמי הקומנדו הימי שביצעו את פעולת אלכסנדריה לא הצליחו לחבור לצוללת. נחבאו יחד בנקיק סלע בחוף הים בשעות אחרי הצהריים התגלו על ידי נער מצרי שקרא להמון מאיים. איתן בא איתם בדברים עד שהגיעו רכב צבאי ושוטרים שלקחו אותם בשבי. שני הקיבוצניקים מכפר מנחם, אילן אגוזי וגדי פטיש, ניצלו את המהומה ונמלטו. הם נתפסו רק למחרת בבוקר בפרברי אלכסנדריה.

ביום הראשון נמצאו במרתפי מפקדת הצי ברס אל טין. כבר שם החלו לספוג מכות ועינויים וחקירות קשות. השבויים כל אחד בנפרד עמדו בחקירות ולא מסרו שום מידע רלוונטי מעבר לשמם ומספרם האישי. 

למחרת הועברו הצוללים בלא קשר ביניהם כאשר הם אזוקים ומכוסי עיניים לכלא בקהיר. שם הוחזקו בתא קטן בנפרד. את מזון הכלא: מים מעופשים, פיתה יבשה, פול ועדשים לא הצליחו לאכול ונשארו זמן רב רעבים. עברו חקירות קשות על ידי המודיעין המצרי תוך כדי מכות ועינויים. החוקרים התעניינו בפעולה איך הגיעו לאלכסנדריה ובשיטות עבודה בקומנדו הימי. השבויים ענו תשובות שלא ממן העניין ושום מידע חיוני לא נחשף בחקירות אלה. "היכו אותנו, חבלו בנו, התעללו בנו,השפילו אותנו, ניסו לשבור אותנו....הקושי הגדול נטילתה של החירות." 
שיפור יחסי - לאחר כשבוע הופגשו עם נציג הצלב האדום, בשם בואזר בתחילה התייחסו אליו בחשדנות אך התנאים החלו להשתפר. קצב החקירות ירד מכות ועינויים הופסקו. באמצעותו התאפשרה העברת מכתבים למשפחות. המכתבים משני הצדדים נקראו על ידי קצין מהמודיעין המצרי. שדרוג משמעותי במעמדם חל ב-17 ביוני כאשר מצאו עצמם יחד בחדר משותף ואיתם גם שלושה טייסים יאיר ברק דן מנור ומרדכי לבון. לאחר שפגה החשדנות התברר כי הטייסים נפלו ביומיים הראשונים למלחמה ולא היה ביכולתם לחדש רבות לצוללים. הטייס מרדכי לבון הוחזר לישראל לאחר כשבוע, כנראה מסיבות בריאות, והטייס יאיר ברק בן ה-29 דובר אנגלית שוטפת קיבל תואר "בכיר השבויים" וייצג אותם מול שלטונות הכלא. 
קבלת החלטות - הקבוצה התנהלה במעין קומונה והחלטות התקבלו בהצבעה. יחד עם המכתבים החלו להגיע חבילות מהבית. המזון בכלא היווה בעיה ולמעשה סבלו השבויים מרעב כל התקופה. נקבע עקרון שמצרכי מזון המגיעים נעשים נחלת הכלל.
שבויים נוספים – ב-14 ביולי 1967, שבו המצרים את סג"ם יעקב כהנוב ורב"ט אברהם יסעור (וידומלנסקי) בפורט תאופיק לאחר שהשיטו את דגל ישראל בסירת גומי שטובעה ביריות. הם הוחזקו בתאים נפרדים באותו הכלא וסבלו מחקירות. ב-4 בספטמבר צורפו השנים לחדר עם שאר השבויים.
קצינים מצרים בכלא - פילדמרשל עבד אל-חכים עאמר, שהודח מתפקידו לאחר מלחמת ששת הימים, ניסה באוגוסט 1967, לבצע הפיכת נגד עם 2000 קצינים מתומכיו. הפיכת הנגד נכשלה והכלא היה מתח רב והשבויים לא הבינו את המתרחש. עאמר עצמו נתפס, ואולץ להתאבד.
היחס משתפר - השבויים התנהגו בצורה מכובדת ביותר. זאב בן-יוסף כתב יומן במהלך השבי ופרסם ספר שבע שנים מאוחר יותר. הגסות והעינויים שבתקופה הראשונה פינו את מקומם להערכה הדדית. קבוצת השבויים עברה לדום כאשר הוצנע הדגל המצרי בשעות הערב. הנושא נעשה נחלת הכלל בכלא. המידע על היחס אליו זוכים השבויים המצרים בישראל שיצאה מגדרה כדי לשבור להם את הסטיגמה של השנאה חילחל למצרים. קצינים מצריים הוסעו לסיורים ברחבי הארץ לראות את בנינה והפרחת השממה. ב-25 בספטמבר נלקחו השבויים לסיור בקהיר ובפירמידות. סיור נוסף נערך בתחילת ינואר. מנהל הכלא רס"ן עבדאללה נעשה נגיש לשיחה. קצין המודיעין גלאל כתב לאיש הקשר הישראלי דן הדני שאינו מצליח לקרוא את כתב ידה של אראלה חברתו של דני ברעם. אראלה העבירה בקשה: "צנזור יקר זה הכתב שלי מלידה ואני לא יודעת לשנות אותו – תעביר בבקשה את המכתבים" וגלאל העביר את המכתבים. חלק מהסוהרים גילו יחס אנושי ואחד מהם התרגש מאוד כאשר נפרד מהשבויים.
תהליך החלפת השבויים – היה חשוב לשני הצדדים והמשא ומתן התנהל בחסות הצלב האדום. מנין שבויים ישראלים במצרים מול כחמשת אלפים שבויים מצריים בישראל. האינטרסים היו זהים לאף צד לא הייתה יותר תועלת באחזקת שבויים מהצד השני. ראש אמ"ן מאיר עמית דרש לכלול בהחלפת השבויים גם את שחרור נידוני קהיר והמרגל הישראלי וולפגאנג לוץ שישבו כבר שנים רבות בכלא המצרי. בדברי נציג הצלב האדום הובא לידיעת השבויים ם כי שחרורם מתעכב על מנת לצרף לעסקת ההחלפה את אנשי נידוני קהיר. השבויים דנו ביניהם גילו הבנה והסכימו לכך. את הבנתם והסכמתם העבירו במכתבים למשפחותיהם. 
תחושת הקץ המתרחק - בממשלת ישראל הייתה חשיבות לכך שהשבויים מקבלים את הדחיה בהבנה. אך בין השבויים עצמם החלו חששות עד כדי מחשבה שצריך יהיה לברוח מהכלא. לבסוף הושגה הסכמה והאישור האחרון ניתן על ידי גמאל עבדול נאצר עצמו.
החזרה - בינואר 1968 החלה החלפת השבויים בין ישראל למצרים המצריים. סרן איתן ליפשיץ הוחזר ראשון בתחילת החודש היות שאמו נכנסה לבית חולים. ב-18 החלה ההחלפה כל יום אחד או שני ישראלים מול אלפי מצרים. התהליך דרש הסעות ליווי ואבטחה כבדים מצה"ל ולפי דרישת הרבנות לא התקיים במהלך השבת למגינת לבם של השבויים. האחרונים להיות מוחזרים היו דני ברעם ויאיר ברק ב-23 בינואר 1968.

ציונים לשבח

על פיקודו באח"י תנין (צ-71) בפעולת אלכסנדריה קיבל מפקד הצוללת, אברהם דרור, את עיטור העוז. 

כל אנשי צוות הצוללת קיבלו רקע אדום לכנפי הצוללן והיוו מושא לגאווה.

הצוללים שהשתתפו בפעולה קיבלו לאחר חזרתם רקע אדום לכנפי העטלף. עם זאת הרגישו חלק מהם שקבלת הפנים לא הייתה כשל גיבורים. "למרות כל הקשיים חדרנו לתוך נמלי האויב הדבקנו מוקשים ויצאנו מבלי שהתגלינו."
מבין השבויים צוינו גם יעקב כהנוב ואברהם יסעור שקיבלו את עיטור המופת על הפעולה בה נשבו של השטת סירת הדגל בתעלת סואץ.