מלחמת צ'צ'ניה השנייה

האימפריה הרוסית

צ'צ'ניה היא אזור בצפון הקווקז בעל היסטוריה של התנגדות לשלטון זר, לרבות האימפריה העות'מאנית במאה ה-15. צבא הקוזאקים של הטרק נוצר בשפלת צ'צ'ניה ב-1577 על ידי קוזאקים חופשיים שנדדו מאזור הוולגה לנהר הטרק. בערך בתקופה זו החלה ההתפשטות הרוסית לקווקז עם כיבושיו של איוואן האיום את קזאן ואת אסטרחן. במשך מאות שנים התחולל באזור מאבק על השליטה בין גורמים שונים. ב-1783 האימפריה הרוסית והממלכה הגאורגית ממלכת כארתלי-קאחתי חתמו על חוזה גאורגייבסק, שבו הפכה כארתלי-קאחתי לפרוטקטורט רוסי. גם לאחר חוזה גאורגייבסק הייתה השליטה הרוסית באזור רופפת. הפרסים מן השושלת הקג'ארית בראשות אע'א מוחמד ח'אן קג'אר  פלשו לאזור ושרפו את העיר טביליסי לאפר בשנת 1795. הדבר הביא ליתר מעורבות רוסית באזור, ולהגברת הנוכחות הצבאית, על מנת להבטיח את דרכי התקשורת עם גאורגיה ושאר אזורי עבר הקווקז. הכוחות הרוסיים נעו ראשית אל אזורי ההרים בצ'צ'ניה בשנת 1830. החל משנות השלושים של המאה ה-19, החלה באזור התקוממות אותה הובילו האימאמים של דאגסטן, לה נמצא לאחר זמן מה מנהיג כריזמטי בדמותו של האימאם שאמיל. וההתנגדות לרוסים באזור נמשכה עד 1859, כאשר צבא בן 250,000 חיילים בפיקודו של הגנרל אלכסנדר בריאטינסקי שבר את התנגדות אנשי ההרים. אך גם לאחר מכן, לחמו רבים מבני הקווקז כנגד רוסיה במהלך מלחמת רוסיה-טורקיה, 1877–1878.

ברית המועצות

בעקבות המהפכה הרוסית בשנת 1917 ייסדו הצ'צ'נים "אימאמות קווקזית" שכללה חלקים מצ'צ'ניה, דאגסטן ואינגושטיה. כן נערך ניסיון חילוני ליצירת "הרפובליקה ההררית הצפון קווקזית". המדינות הצ'צ'ניות לא שרדו את מלחמת האזרחים הרוסית, ובשנת 1922 השתלטו הבולשביקים בכוח על האזור, וייסדו בו את האובלסט הצ'צ'נית של הרפובליקה הסובייטית הסוציאל-פדרטיבית של רוסיה. בשנת 1936 אוחדו צ'צ'ניה ואינגושטיה ליצירת הרפובליקה האוטונומית הסובייטית הסוציאליסטית הצ'צ'נית-אינגושית. 
מדיניותו של סטלין כלפי העמים הלא רוסים בברית המועצות, כללה גירוש המוני של עמים שלמים. במהלך מלחמת העולם השנייה, כדי למנוע, כביכול, שיתוף פעולה עם האויב, ולאחריה, כדי להעניש עמים ששיתפו פעולה עם האויב. בפועל, גורשו עמים שלמים, על בסיס פעולותיהם של יחידים בתקופה הקצרה של הכיבוש הגרמני בצפון הקווקז בשנת 1942. הגירושים היו אכזריים ביותר, והביאו למותם של רבים מהמגורשים. גירוש זה של עמי הקווקז מכונה לעיתים "השואה הקווקזית". הצ'צ'נים עצמם ראו במלחמה הזדמנות להיפטר מן הכובש הרוסי השנוא, ובשנת 1941 פרצה בצ'צ'ניה מרידה בראשות חסן איסראילוב. כשאר עמי הקווקז סומנו הצ'צ'נים כבלתי נאמנים למשטר, וכמורדים בכוח ובפועל, ולאחר כיבושו מחדש של הקווקז על ידי הרוסים, בעקבות קרב סטלינגרד, כאשר החל גירוש עמי הקווקז, נכללו הצ'צ'נים ברשימת העמים המסומנים לגירוש. ב-23 בפברואר 1944 התחיל גירושם של הצ'צ'נים ושל האינגושים. 387,000 צ'צ'נים ו-91,000 אינגושים גורשו מזרחה, ויושבו באזורים שוממים בסיביר או בקזחסטן, בתנאים של רעב ומחלות. עשרות אחוזים מן המגורשים מתו במהלך הגירוש ובמהלך השנים שלאחריו. רק לאחר מותו של סטלין, בשנת 1957, התיר חרושצ'וב את שובם של המגורשים, וייסד מחדש את הרפובליקה הצ'צ'נית. במהלך השנים שלאחר מכן, עד לנפילתה של ברית המועצות, הלכה ונשחקה סמכות השלטון המרכזי הרוסי באזור, על אף שהצ'צ'נים נותרו כפופים לשלטון שדיכא את זהותם הלאומית ואת חופש הדת שלהם.

כאוס בצ'צ'ניה

בעקבות מלחמת צ'צ'ניה הראשונה, הייתה ממשלתה הבדלנית של צ'צ'ניה ללא שליטה של ממש ברפובליקה המורדת, במיוחד מחוץ לעיר הבירה החרבה גרוזני. אזורים שלמים נשלטו על ידי קבוצות קיצוניות, והחוק לא נאכף באזורי הספר. החורבן שהביאה המלחמה והעדר אפשרויות לפיתוח כלכלי, הותירו אנשי גרילה חמושים רבים ללא תעסוקה כלשהי, פרט להמשך הלחימה. סמכות הממשלה בגרוזני הייתה תחת איום מתמיד מראשי קבוצות קיצוניות כאראבי באראייב וסלמאן ראדוייב. חטיפות ופשיטות מצ'צ'ניה לאזורים אחרים בצפון הקווקז התגברו בהדרגה. לאור המבנה הכלכלי ההרוס, החטיפות הפכו למקור חשוב להכנסה, והגיעו להכנסה של מאתיים מיליון דולר במהלך שלוש שנות העצמאות הצ'צ'נית. מעריכים כי בתקופה זו נחטפו 1,300 איש. ב-1998 נחטפו ארבעה מהנדסים זרים, והוצאו להורג. האלימות הפוליטית והקיצוניות הדתית, בה הואשם זרם הווהאביה, היו מעשה נפוץ בצ'צ'ניה. ב-1998 הכריזו הרשויות בגרוזני על מצב חירום. המתחים הובילו לעימותים גלויים, כגון העימות ביולי 1998 בגודרמס, שבו נהרגו 50 איש בקרב בין המשמר הלאומי הצ'צ'ני וקיצונים מוסלמים.

היחסים עם הפדרציה הרוסית בשנים שבין המלחמות

הבחירות ב-1997 העלו לשלטון את הבדלן אסלאן מסחדוב. ב-1998 וב-1999 שרד מסחאדוב מספר ניסיונות התנקשות, והאשים בהם את שירותי הביון הרוסים. במרץ 1999 נחטף הגנרל גנאדי שפיגון, ראש משלחת הפדרציה הרוסית לצ'צ'ניה. הגנרל שפיגון נמצא מת בשנת 2000 בזמן המלחמה.
בממשלה הרוסית עצמה הייתה דאגה שהמצב בצ'צ'ניה יוביל לאפקט דומינו שיגרום להיפרדותם של אזורים בעייתיים נוספים מהפדרציה. המתח הפוליטי הוגבר על ידי מעשי טרור שנקשרו לגורמים צ'צ'נים או פרו צ'צ'נים, ועל ידי תקריות גבול רבות. בראיון בינואר 2000 טען ראש הממשלה הרוסי לשעבר, סרגיי סטפשין כי הפלישה לצ'צ'ניה תוכננה כבר ממרץ 1999.

מתקפות טרור ותקריות גבול

ב-16 בנובמבר 1996 בכספייסק שבדאגסטן הרסה פצצה בית דירות ששימש למגורי שומרי גבול רוסיים. 68 אנשים מתו. הנסיבות לפיצוץ לא נקבעו מעולם, אך רבים האשימו את הטרוריסטים הצ'צ'נים באפריל 1997 מתו שלושה אנשים בפיצוץ בתחנת רכבת רוסית בארמוויר במחוז קרסנודר, ובמאי 1997 מתו שניים כאשר פצצה התפוצצה בתחנת רכבת רוסית בפיאטיגורסק במחוז סטברופול.
ב-22 בדצמבר 1997, התקיפו כ-100 קיצונים דאגסטנים ועמם ערבים קיצוניים שבסיסם בצ'צ'ניה, בראשות איבן אל-חטאב, בסיס של הצבא הרוסי בבוינאקסק, בדאגסטן, ולאחר קרב יריות בן מספר שעות, שבו הונחלו לרוסים אבדות, נמלטו התוקפים כשהם לוקחים עמם כבנות ערובה מספר נשים שהיו במקרה באוטובוס שעבר במקום ב-16 באפריל 1998 הותקפה מן המארב שיירה צבאית רוסית באינגושטיה, ליד הגבול הצ'צ'ני. בין ההרוגים היה גנרל ושני קולונלים. נראה כי ידם של קיצונים אינגושים הייתה במעשה. ב-7 באפריל 1999 נרצחו ארבעה שוטרים רוסים שסיירו באזורי הגבול במחוז סטברופול. בסוף מאי הכריזה רוסיה כי הגבול בינה ובין צ'צ'ניה נסגר, בניסיון להילחם בטרוריסטים. שומרי הגבול קיבלו הוראות לירות בחשודים מיד לכשיראו אותם. ב-18 ביוני 1999 נהרגו שבעה שומרים רוסים בהתקפה על עמדות גבול בדאגסטן. ב-29 ביולי 1999 השמידו חיילי כוחות הפנים של משרד הפנים הרוסי עמדת גבול צ'צ'נית ותפסו מקטע בן 800 מ' של דרך אסטרטגית. ב-22 באוגוסט 1999 נהרגו עשרה שוטרים רוסים בפיצוץ מוקש נגד טנקים בצפון אוסטיה, וב-9 באוגוסט 1999 נחטפו שישה שוטרים בבירת אוסטיה, ולדיקווקז. בכל אותה תקופה ביצעו כוחות מיוחדים של הצבא הרוסי פשיטות עומק לתוך הטריטוריה הצ'צ'נית.

הפלישה לדאגסטן

שכנתה של צ'צ'ניה, הרפובליקה של דאגסטן נהנתה אף היא מאוטונומיה מסוימת, אם כי מעולם לא חדלה מלהיות חלק מהפדרציה הרוסית. דאגסטן, שכ-90% מתושביה מוסלמים, ניסתה לשמור על איזון בין הגורמים האתניים השונים החיים בה. בדאגסטן ישנם עשרות מיעוטים אתניים, ומתוכן 14 קבוצות עיקריות, שהוכרו בחוקת דאגסטן. שלא כצ'צ'ניה, לא הייתה בדאגסטן קבוצה אתנית שלטת, ושליטי דאגסטן, שייצגו את הקבוצות האתניות השונות, ניסו לשמור על יחסים תקינים עם רוסיה, על אף נסיונותיהם של בדלנים, ורדיקלים מוסלמים, להוביל את דאגסטן בדרכה של צ'צ'ניה. גורמים אלו יצרו קשרים עם אנשי המיליציות בצ'צ'ניה, שהיו מבוססים על אמונה משותפת בווהאביה. דאגסטנים גולים ייסדו בשנת 1998 על אדמת צ'צ'ניה את "צבא האימאם הדאגסטני של לוחמי החירות", שחבר לקבוצתו של שאמיל באסייב ליצירת "הקונגרס של עמי צ'צ'ניה ודאגסטן", ו"הלגיון האסלאמי" שכללו אף לוחמים ערבים ואחרים מרחבי העולם המוסלמי.
ב-4 באוגוסט 1999 נהרגו מספר שוטרים רוסיים בתקרית גבול על גבול דאגסטן צ'צ'ניה, לה היו אחראיות מיליציות אסלאמיות צ'צ'ניות ודאגסטניות. שלושה ימים מאוחר יותר, באסייב וחטאב הובילו צבא של כ-1,500 לוחמים, דאגסטנים, צ'צ'נים, ואחרים, אל אזורי ההרים בדאגסטן, והשתלטו על מספר כפרים ללא התנגדות ממשית. ב-10 באוגוסט הכריזו על "המדינה האסלאמית העצמאית של דאגסטן" ועל מלחמה ב"ממשלת הבוגדים הדאגסטנית" וב"יחידות הכיבוש הרוסיות".
הפולשים נתקלו בהתנגדות עזה מצד מיליציות מתנדבים מקומיות, שתמכו במשטר הדאגסטני. לעזרת מיליציות אלו התגייסה הפדרציה הרוסית, ועד מהרה נכנס לפעולה כוח האש הרוסי, בפעולת כוחות ארטילריה וחיל האוויר הרוסי. עימות זה היה הראשון שבו הופעלו פצצות דלק אוויר כנגד אוכלוסייה אזרחית, במיוחד בכפר טנדו. המורדים הופתעו מאכזריות ההפצצות. קווי האספקה שלהם נותקו, ונזרעו במוקשים. פעולה זו איפשרה לרוסים להתארגן למתקפת נגד. ב-23 באוגוסט הודיעו המורדים כי הם "נסוגים לצורך התארגנות מחדש, והתחלת שלב חדש במבצע".
ב-27 באוגוסט פוטין, ששימש אז כראש ממשלת רוסיה, טס לדאגסטן והורה על תקיפת עונשין כנגד כפרים דאגסטנים וואהבים באזור קאדאר, על אף שאלו לא נטלו חלק במתקפה. ב-4 בספטמבר, בעוד הצבא הרוסי נאבק אל מול תושבי הכפרים בקאדאר, התפוצצה מכונית תופת בעיירה בוינאנסק, ליד בניין ששימש למגורי אנשי צבא, והרגה 64 אנשים. היה זה הראשון בסדרת פיצוצי מבנים שכוונו כנגד מטרות רוסיות. באותו היום שבו המיליציות הצ'צ'ניות ופלשו לדאגסטן, לחבל נובולאק, אך נהדפו על ידי המיליציות המקומיות שחוזקו בידי הצבא הרוסי. עד לאמצע ספטמבר 1999 ניתן היה לומר כי הפולשים נהדפו מכל הכפרים שבהם החזיקו. במקביל החל הצבא הרוסי בהפצצות כבדות בצ'צ'ניה עצמה. במלחמה הדאגסטנית נהרגו מאות לוחמים, לרבות מספר לא ידוע של אזרחים. הצד הרוסי הודה ב-279 הרוגים ו-987 פצועים.

מתקפת האוויר

בסוף אוגוסט ותחילת ספטמבר 1999, הנחיתה רוסיה מתקפה אווירית מאסיבית על צ'צ'ניה, שמטרתה המוצהרת הייתה השמדת הקיצונים שפלשו לדאגסטן. ב-26 באוגוסט הודתה רוסיה בכך שהיא מנהלת מתקפה אווירית בצ'צ'ניה. במתקפת האוויר דווח על מותם של מאות אזרחים. לפחות מאה אלף איש נאלצו לעזוב את בתיהם. ממשלת אינגושטיה פנתה אל האומות המאוחדות על מנת לקבל עזרה בטיפול בעשרות אלפי הפליטים שחצו את הגבול . המשרד למצבי חירום והגנה אזרחית של רוסיה הודה כי 78,000 איש נמלטו מההפצצות, וכי הם חוצים את גבול אינגושטיה בקצב של 5,000 עד 6,000 ביום.

המתקפה הקרקעית

ב-1 באוקטובר 1999 הכריז פוטין כי משטרו של הנשיא אסלאן מסחאדוב והפרלמנט הצ'צ'ני אינם חוקיים. הוא הכריז כי הכוחות הרוסים יפתחו במתקפה, שתגיע רק עד לנהר טרק (המפריד את השליש הצפוני של צ'צ'ניה משאר המדינה), שמטרתה יצירת "אזור ביטחון" בצפון צ'צ'ניה שיגן כנגד תוקפנות צ'צ'נית נוספת. אזור זה היה חסר משמעות לאור פני השטח הקשים וההרריים בצ'צ'ניה. על פי דיווחים רוסיים, פוטין הורה על הוצאתה לפועל של תוכנית לחיסול המשטר בצ'צ'ניה שתוכננה במשך חודשים לפני כן. יש הסבורים כי מטרת הפלישה הייתה לקדם את פוטין לעמדת כוח, או לפחות להשפיע על הבחירות לנשיאות שהיו קבועות ל-26 במרץ 2000.
הצבא הרוסי נע בקלות במרחבים הפתוחים של צפון צ'צ'ניה, וב-5 באוקטובר 1999 הגיע לנהר טרק. ביום זה, אוטובוס מלא פליטים נפגע מפגז טנק רוסי, ולפחות 11 אזרחים נהרגו. יומיים לאחר מכן מטוסי סוחוי SU-24 רוסים הטילו פצצות מצרר על הכפר אליסטנז'י, והרגו 35 אנשים. ב-10 באוקטובר הודיע מאסחדוב על תוכנית שלום, והציע שיתוף פעולה במלחמה במיליציות המורדות. ההצעה נדחתה על ידי הצד הרוסי. מאסחדוב פנה לנאט"ו על מנת שיסייעו בסיום הלוחמה בין חייליו ובין הרוסים, אך הפנייה לא נענתה.
ב-12 באוקטובר 1999 חצו הכוחות הרוסים את הטרק, והחלו בתנועה דו ראשית לעבר עיר הבירה גרוזני הנמצאת מדרום לטרק. כלקח ממלחמת צ'צ'ניה הראשונה, התקדמו הרוסים לאט ובכוח גדול, תוך שימוש מאסיבי בארטילריה ובכוח אווירי, על מנת לרכך את המעוזים הצ'צ'נים בטרם יגיעו אליהם כוחות הקרקע. אלפי אזרחים נמלטו מפני הטורים הרוסיים המאיימים, והגיעו כפליטים לרפובליקות הרוסיות שמסביב. המספרים הוערכו לאחר מכן בין 250,000 ל-350,000 פליטים, מתוך 800,000 תושבי הרפובליקה הצ'צ'נית. הרוסים הקימו מחנות ובהם כלאו את מי שחשדו בו כי הוא שייך למורדים.
ב-15 באוקטובר 1999 תפסו הרוסים רכס אסטרטגי המשקיף על הבירה גרוזני, לאחר מתקפת ארטילריה וטנקים כנגד המגינים הצ'צ'נים. כאשר גרוזני בטווח הארטילריה הרוסית הודיע מסחאדוב על "מלחמת קודש" כנגד הצבא הרוסי. באיצ'קריה הוכרז משטר צבאי, וגויסו מילואים. בימים שלאחר מכן המשיך הצבא הרוסי ותפס מעוזי מורדים מסביב לבירה, תוך קרבות כבדים.
ב-21 באוקטובר 1999 התקיפו הרוסים בטילים בליסטיים לטווח קצר את מרכז גרוזני, ובפגיעה בשוק של גרוזני נהרגו 140 איש, רבים מהם נשים וילדים. דובר ממשלת רוסיה הודיע כי המקום שימש כמחסן נשק, ולכן הותקף. שמונה ימים לאחר מכן פגע מטוס רוסי בשיירת פליטים שנעו לעבר אינגושטיה, והרג 25 אזרחים, לרבות עובדי הצלב האדום הבינלאומי ועיתונאים. מספר ימים לאחר מכן נהרגו אזרחים רבים במתקפת ארטילריה וטילים על העיר סמשקי.
ב-12 בנובמבר הונף דגל הפדרציה הרוסית מעל העיר השנייה בגודלה בצ'צ'ניה, גודרמס, כאשר מפקדי המיליציה המקומית, האחים יאמאדייב, עברו לצד הפדרציה הרוסית. הלחימה המשיכה ברחבי צ'צ'ניה תוך אבדות רבות לשני הצדדים, ותוך תפיסת עמדות נוספות מסביב לגרוזני. טענות על פשעי מלחמה ומעשי טבח הועלו על ידי שני הצדדים.
ב-4 בדצמבר 1999 הודיע מפקד הכוחות הרוסיים בצפון הקווקז, הגנרל ויקטור קזנצב כי גרוזני מוקפת מכל עבריה בכוחות רוסיים.

המצור על גרוזני

במהלך החודשים דצמבר 1999 וינואר 2000 צרו הרוסים על גרוזני. ב-2 בפברואר 2000 נכנעה העיר.
על פי מקורות רשמים רוסיים היו האבדות הרוסיות 368 חיילים ומספר לא ידוע של אנשי מיליציות פרו רוסיות. המורדים סבלו אף הם אבדות כבדות. שר ההגנה הרוסי, איגור סרגייב, טען כי 1,500 מורדים נהרגו כשניסו לצאת מגרוזני. 
המצור והלחימה העזה הותירו את הבירה חרבה, כשם שלא חרבה אף עיר אירופית מאז מלחמת העולם השנייה. ב-2003 כינה האו"ם את גרוזני, "העיר החרבה ביותר על פני כדור הארץ". 
ב-26 בינואר 2000 הודיעו הרוסים כי עד עתה איבדו במערכה 1,173 חיילים. 19 ימים לפני הודעה זו טענו הרוסים כי אבדותיהם היו אך 544 נפש. הלחימה נמשכה ברחבי צ'צ'ניה תוך אבדות כבדות, ואבדן חיי אזרחים רבים. ראויה לציון הפצצת הכפר קאטיר-יורט ב-4 בפברואר 2000 שבה נפגעה שיירת פליטים שהניפה דגל לבן, ו-170 איש נהרגו.

הלחימה בהרים

במהלך החורף של שנת 2000 נמשכה לחימה כבדה, מלווה בהפגזות באזורי ההרים של דרום צ'צ'ניה, במיוחד מסביב לערים ארגון, וודנו ושאטוי.
ב-9 בפברואר 2000 פגע טיל רוסי טקטי בקהל של אנשים שהגיעו לבניין ממשל מקומי בעיירה שאלי על מנת לגבות את הגמלה שלהם. העיירה הוכרזה לפני כן כ"אזור בטוח". המתקפה הייתה תגובה לדיווח שקבוצה של לוחמים מורדים נכנסה לעיירה. מפגיעת הטיל נהרגו כ-150 איש, ורבים נוספים נהרגו בפשיטה שבאה לאחר מכן של מסוקי קרב רוסים. ארגוני זכויות אדם דרשו מרוסיה לחדול מלהשתמש בפצצות דלק-אוויר, והביעו חשש מכך שההפצצות הרוסיות בנשק זה גורמות לנפגעים אזרחיים רבים.
ב-29 בפברואר 2000 התבטא מפקד קבוצת הארמיות המאוחדת הרוסית, שלחמה בצ'צ'ניה, גנאדי טרושב, כי "המבצע כנגד הטרור בצ'צ'ניה תם. ייקח עוד שבועיים לחסל את הקבוצות הקטנות". שר ההגנה הרוסי, סרגייב, העריך את כוחם המספרי של המורדים בין 2,000 ל-2,500 נפש "המפוזרים לרוחבה של צ'צ'ניה כולה". באותו היום התנהלה לחימה בין צנחנים רוסים לבין קבוצת קיצונים מוסלמים ערבים בכפר אולוס-קרט בשפלת צ'צ'ניה הדרומית. מתוך קבוצה של כ-90 לוחמים רוסים נותרו רק שישה בסיום הקרב, וזאת על אף מאמצי הרוסים לחלצם. הרוסים מעריכים כי 400 מורדים נהרגו, וזאת על סמך מידע מודיעיני, וחקירת שבויים. הקרב, המכונה הקרב על גבעה 776, הפך למיתוס בעיני שני הצדדים הלוחמים.
במרץ ניהלה קבוצה של יותר מ-1,000 מורדים בראשות רוסלן גלייב מגננה בעיירה קומסומולסקאיה. המורדים הצליחו להדוף מספר התקפות רוסיות גדולות במשך שבועיים, אך סבלו מאות הרוגים. הרוסים הודו כי אבדו להם למעלה מ-50 חיילים. הלחימה נמשכה גם באפריל. בשלב זה ניתן היה לומר כי הרוסים כבשו את המרכזים המאוכלסים האחרונים של ההתנגדות המאורגנת. המורדים נסוגו אל אזורי ההרים הבלתי מיושבים, והמשיכו משם בלוחמת גרילה.

החזרת השלטון הרוסי

ולדימיר פוטין, שהוכרז ביומה האחרון של שנת 1999 כמחליפו של בוריס ילצין בכהונת נשיא הפדרציה הרוסית, ונבחר לתפקיד בבחירות שהתקיימו במרץ 2000, הכריז על חידוש השליטה הרוסית הישירה בצ'צ'ניה במאי 2000. בחודש שלאחר מכן מינה פוטין את אחמד קדירוב לראש ממשלת צ'צ'ניה הזמנית. צעד זה זכה לפופולריות, אך המשך מעשי האיבה ומותם של חיילים רוסים במערכת הגרילה שלאחר הלחימה המאורגנת הנמיך את רמת ההתלהבות מהמערכה בצ'צ'ניה. בהפלת המסוק הרוסי בחנקאלה שאירעה ב-19 באוגוסט 2002, בדלנים צ'צ'נים הפילו מסוק מיל Mi-26 של חיל האוויר הרוסי וגרמו להתרסקותו בשדה מוקשים. כל החיילים במסוק, 127 איש, נהרגו באסון.
ב-23 במרץ 2003 קיבלה צ'צ'ניה חוקה חדשה, לאחר משאל עם נתון במחלוקת, שאותו תארו משקיפים בינלאומיים כפגום באופן מהותי. החוקה העניקה לצ'צ'ניה מידה רבה של אוטונומיה, אך עדיין קשרה אותה אל הפדרציה הרוסית. באופן טבעי, הבדלנים הצ'צ'נים התנגדו לקבלת החוקה, ונטען כי רבים מהם החרימו את משאל העם. במאי 2004 נרצח אחמד קדירוב בפיצוץ מטען באצטדיון של גרוזני. מאז דצמבר 2005 משמש רמזן קדירוב, בנו של אחמד קדירוב כשליטה דה פקטו של צ'צ'ניה, בתחילה כסגן ראש הממשלה לאחר מות אביו, לאחר מכן כראש הממשלה, ומ-15 בפברואר 2007 מכוח צו של פוטין, כנשיא בפועל.

שלב לוחמת הגרילה

על אף שלוחמה בקנה מידה גדול הסתיימה בצ'צ'ניה, נמשכו התקפות יומיות, במיוחד באזורי הדרום, וגלשו אל שאר אזורי הקווקז, במיוחד לאחר שהמורדים הכריזו על ייסוד מסגרת ארגונית בשם "חזית הקווקז" בשנת 2005. הלחימה מתנהלת במיוחד בצ'צ'ניה, אך גם בדאגסטן, ואינגושטיה, כמו גם במקומות אחרים בקווקז. ראויה לציון פשיטת המורדים ב-13 באוקטובר 2005 על העיר נאלצ'יק בקברדינו-בלקריה, בה איבדו את חייהם 142 בני אדם, כ-14 מהם אזרחים.
יחידות קטנות של מורדים פגעו בחיילים ומנהלנים רוסים, וארבו לשיירות ולכלי רכב. כוחות הצבא הגיבו בפשיטות אוויריות ובארטילריה, כמו גם במבצעים קרקעיים. כיום רוב החיילים בצ'צ'ניה הם כוחות קרקע של חיילים מקצועיים המכונים "קונטרקטניקי" (חיילים תחת חוזה), בניגוד למגויסים שלחמו בשלב הראשון של המלחמה. בעוד שרוסיה שומרת על נוכחותה הצבאית בצ'צ'ניה מעורבים הכוחות הפדרלים פחות בלחימה. כוחות מקומיים התומכים ברוסיה, בראשותו של רמזן קדירוב שולטים כיום במנגנוני אכיפת החוק והביטחון. רבים מאנשים אלו (לרבות קדירוב עצמו) הם מורדים לשעבר. מאז 2004 הוטמעו אנשי המיליציות ביחידות משרד הפנים הרוסי.
הרוסים האשימו את רפובליקת גאורגיה השכנה בכך שהיא מאפשרת לצ'צ'נים לפעול מתחומה, ומהווה מקור להברחת אנשים וחומרי לחימה לאורך גבולה עם רוסיה. בפברואר 2002, לאחר פיגועי 11 בספטמבר, הציעה ארצות הברית סיוע לגאורגיה במלחמתה כנגד "הגורמים הפליליים" לרבות מוג'אהדין ערבים שפעלו באזור פניסקי. הגאורגים עצרו ערבי ושישה אנשים נוספים, והכריזו כי האזור נמצא תחת שליטה. באוגוסט 2002 האשימה גאורגיה את רוסיה בסדרה של תקיפות אוויר סודיות על מעוזי המורדים בפניסקי.
מיוני 2000 התחילו המורדים הצ'צ'נים בביצוע פיגועי התאבדות. עד ספטמבר 2004 בוצעו מחוץ לצ'צ'ניה 23 פיגועי התאבדות, רובם כנגד מטרות צבאיות או מינהליות רוסיות.
שני הצדדים ללחימה התנקשו בחיי מנהיגים מן הצד השני. שתי ההתנקשויות הבולטות הייתה הריגתו, ב-13 בפברואר 2004 של מנהיג המורדים הגולה זליקמן ינדרבייב בקטר, והריגתו, ב-9 במאי 2004 של נשיא צ'צ'ניה מטעם הפדרציה הרוסית, אחמד קדירוב, באמצעות פיצוץ מטען באצטדיון בגרוזני.
בפברואר 2005 הכריז מסחאדוב על הפסקת אש חד צדדית האמורה להימשך עד 22 בפברואר. ההודעה על הפסקת האש בת שלושת השבועות הופיעה באתר בדלני באינטרנט ונוסחה כקריאה לפוטין וכמחווה של רצון טוב. המענה לקריאה זו היה פשיטה על המקום בו הסתתר מסחאדוב בכפר טולסטוי-יורט, ב-8 במרץ 2005, פשיטה בה נהרג מסחאדוב. גופתו של מסחאדוב הוצגה לראווה בטלוויזיה הרוסית. למחליפו של מסחאדוב מונה עבדול-חלים סדולייב. סדולייב נהרג ביוני 2006, ודוקו אומארוב הוכרז כמחליפו.

סיום המלחמה

עוד בשנת 2002 הודיע ולדימיר פוטין כי המלחמה הסתיימה. בהזדמנויות שונות חוזרים בכירים רוסים על הטענה כי המלחמה ארכה רק שנתיים, וכי מאז מתקיים "מבצע לשמירת השלום". כך התבטא סגן ראש ממשלת רוסיה סרגיי איבנוב בראיון ל-BBC בשנת 2006. יש הסבורים כי המלחמה תמה בשנת 2003 עם משאל העם שאיפשר את בחירת אחמד קדירוב לנשיא, ואחרים סבורים כי המלחמה תמה בעיקרה בשנת 2006.
המורדים עצמם טוענים כי הלחימה נמשכת, וכי המלחמה עוד לא תמה. על פי ה-CIA, על אף שרוסיה פגעה קשות בתנועת המורדים, הרי שהאלימות מתפרצת עדיין בצפון הקווקז. ארגון אמנסטי אינטרנשיונל קבע בשנת 2007, בהתייחס לטענתו של רמזן קדירוב כי צ'צ'ניה היא המקום השקט בעולם, כי על אף שפעולות איבה בקנה מידה גדול נפסקו, הרי שהעימות נמשך ושני הצדדים מפרים את זכויות האדם.
במרץ 2009 התבטא נשיא רוסיה דמיטרי מדבדב כי החיים שבו למסלולם בצ'צ'ניה וכי ניתן לסיים את המבצע כנגד טרור המתחולל בשטחיה. ב-16 באפריל הודיעו סוכנויות הידיעות הרשמיות שמצב החירום שהוטל בצ'צ'ניה מאז 1999 בוטל.

נשק ותחמושת

בעת המלחמה היה הצבא הרוסי בהליך התעצמות, כתוצאה מלקחי מלחמת צ'צ'ניה הראשונה, אך הליך זה היה רחוק מהשלמה, וכלי נשק רבים שבהם נעשה שימוש, היו כלים סובייטיים ותיקים, אשר הוכיחו עצמם בעימותים קודמים. המורדים השתמשו בחימוש סובייטי שנרכש או שנפל שלל במלחמת צ'צ'ניה הראשונה.

נשק קל

שני הצדדים עשו שימוש בגרסאות מתקדמות של רובים מבוססי AK-47, בעיקר כאלו בקליבר 7.62 מ"מ, כמו כן, נעשה שימוש ברובה הצלפים דרגונוב הוותיק. הצד הרוסי צויד גם ברובי צלפים מסוג VSK-94 (רובה בריחי 9 מ"מ) ו-SV-98 (רובה בריחי 7.62 מ"מ) המותאמים ללחימה הררית. המורדים עשו שימוש רב במטולי רקטות נגד טנקים.

חימוש נגד מטוסים

המורדים היו חמושים בטילים מסוג סטרלה-3 (SA-14) ומסוג איגלה-1 (SA-18). שני הצדדים עשו שימוש בתותחים מתנייעים נגד מטוסים מסוג ZSU-23-4 וZU-23 וכן M-1 טונגוסקה. הצד הרוסי השתמש בהם לליווי טנקים, בשל יכולתם הטובה יותר לפגוע במארבי המורדים החמושים בכלי נשק נגד טנקים.

מסוקים

הממשלה הרוסית עשתה שימוש מאסיבי במסוקים, ואיבד כ-45 מסוקים במהלך המערכה. השימוש העיקרי נעשה במסוק התקיפה מיל מי-24 – "הינד", ובמסוק התובלה מיל מי-8. כן נעשה שימוש במסוק התובלה מיל MI-26. ישנם דיווחים על שימוש במסוק התקיפה המתקדם קמוב KA-50. ה"הינד" שנשא בעיקר הנטל במערכה, שימש את הרוסים מזה ארבעה עשורים, ובעת תחילת המערכה נחשב כבר למיושן.

מטוסים

הרוסים השתמשו בעיקר במטוסי ההפצצה סוחוי SU-25 (פרוגפוט) ו-סוחוי SU-24 (פנסר). לא נעשה שימוש במטוסי הקרב המתקדמים מסוג מיג-29 ו-סוחוי 27. הסוחוי-25, המטוס שנשא בעיקר הנטל, היה בזמן המערכה מטוס מיושן למדי, ופגיע לטילי הכתף ותותחי הנ"מ של המורדים. במהלך הלחימה אבדו 11 מטוסים, שהופלו באש נ"מ של המורדים. התקיפות הסתמכו על כוח אש ועוצמה, ושלא כבמתקפות מקבילות שביצעו מדינות המערב בשנים אלו, לא נעשה שימוש בחימוש מונחה לפגיעות מדויקות וכירורגיות.

נגמ"שים וטנקים

הצד הרוסי השתמש בעיקר בנגמ"שים מסוג BMP-2, ‏ BTR-70 ו-BTR-80. הרוסים השתמשו בעיקר בטנקים מסדרת T-72, ואף בטנקים מיושנים יותר מסדרת T-62. שימוש בטנק המערכה T-90 נעשה באופן מצומצם בגיזרת דאגסטן בתחילת הלוחמה, אך לא בהמשך.

ארטילריה

הצד הרוסי השתמש בתומ"תים מסוג MSTA-S כן נעשה שימוש במשגרי רקטות מסוג גראד ו-BM-27 אוראגאן.

פשעי מלחמה

שני הצדדים האשימו זה את זה בפשעי מלחמה לרבות חטיפות, רצח, לקיחת בני ערובה, ביזה, אונס והפרות אחרות של דיני המלחמה במשפט הבינלאומי. ארגוני זכויות אדם וארגונים בינלאומיים, לרבות מועצת אירופה ואמנסטי אינטרנשיונל, ביקרו את שני הצדדים על הפרות בוטות ומתמשכות של החוק הבינלאומי.
ארגוני זכויות אדם רוסים טוענים כי כ-5,000 איש "נעלמו" בצ'צ'ניה מאז 1999. ב-2006 פסק בית הדין האירופי לזכויות האדם, בפסיקה תקדימית, כי רוסיה אחראית להעלמו של חאג'י מוראט-ינדייב, לוחם צ'צ'ני שנתפס בשלב הראשון של המלחמה, ושפקודה של קצין רוסי להוציאו להורג לאחר חקירתו, צולמה על ידי כתבי חדשות. מאות תיקים נוספים מסוג זה פתוחים בפני בית הדין האירופי לזכויות האדם.
מזכירת המדינה של ארצות הברית מדליין אולברייט אמרה בנאום לנציבות האומות המאוחדות לזכויות האדם ב-24 במרץ 2000 כי:
איננו יכולים להתעלם מהעובדה שאלפי אזרחים צ'צ'נים מתו, ויותר מ-200,000 גורשו מבתיהם. ביחד עם משלחות אחרות, הבענו את חוסר שביעות רצוננו מדיווחים אמינים ועקביים בדבר הפרות זכויות אדם על ידי הכוחות הרוסיים בצ'צ'ניה, לרבות הוצאות להורג ללא הליך משפטי. יש גם דיווחים שהבדלנים הצ'צ'נים הפרו אף הם את זכויות האדם, לרבות רצח של אזרחים ואסירים... המלחמה בצ'צ'ניה פגעה מאוד במעמדה הבינלאומי של רוסיה, והיא מבודדת את רוסיה מהקהילה הבינלאומית. עבודתה של רוסיה לתקן נזק זה, הן בבית והן מבחוץ, או בחירתה להסתכן בבידוד נוסף, היא האתגר העיקרי בפניו ניצבת רוסיה כרגע
דו"ח ארגון אמנסטי אינטרנשיונל באשר לצ'צ'ניה קובע:
העימות בצ'צ'ניה התאפיין בדיווחים נרחבים ואמינים כי הכוחות הרוסיים אחראים להפרות של זכויות האדם והחוק הבינלאומי, לרבות היעלמויות, הוצאות להורג ללא משפט, ועינויים, כולל אונס. הפרות אלו יכולות להוות הפרה משמעותית של אמנות ז'נבה ולהיחשב כפשעי מלחמה.
הכוחות הצ'צ'נים אף הם הפרו את זכויות האדם. ישנם דיווחים על הוצאה להורג של שבויים רוסיים. גם הפרות אלו מהוות פשע מלחמה.
על פי דיווחים, הכוחות הרוסיים עצרו באופן שרירותי, עינו או רצחו אלפי אזרחים. רובם נתפסו על ידי הרוסים במהלך בדיקות זהות בשיירות אזרחיות של פליטים שנמלטו מצ'צ'ניה לאינגושטיה או במהלך פשיטות צבאיות ל"ניקוי" אזורים מאוכלסים. פשיטות אלו לוו בהפרות זכויות אדם נרחבות של האוכלוסייה האזרחית. אזרחים, לרבות נשים וילדים נלקחו, נאנסו ועונו, ולאחר מכן נרצחו.
— דו"ח אמנסטי על צ'צ'ניה(הקישור אינו פעיל, 19 בפברואר 2017)
ביוני 2005 הודה בכיר בממשלה הצ'צ'נית הפרו-רוסית כי על אדמת צ'צ'ניה עשרות קברי אחים, בהם קבורים "אזרחים תומכי שלום" שנרצחו מאז שנת 1999 על ידי הצבא הרוסי.

מניעת דיווח עיתונאי

מלחמת צ'צ'ניה הראשונה סוקרה בהרחבה על ידי עיתונאים מרחבי העולם. הסיקור הביא לכך שהקרמלין שוכנע כי עליו לשמור על השליטה בדיווחים העיתונאים, ובמיוחד בערוצי הטלוויזיה הארציים ברוסיה. עם תחילת פעולות האיבה בצ'צ'ניה, ניתנו הוראות שהגבילו את גישת העיתונאים לאזורי העימות, ועיצבו את אופן הדיווח.
נטען כי הממשלה הרוסית שולטת בכל ערוצי הטלוויזיה ומפעילה אמצעי הטרדה, איומים וצנזורה. התקפות על עיתונאים שללו מהציבור הרוסי מקורות מידע עצמאיים על העימות. כמעט כל התקשורת הצ'צ'נית הייתה תחת שליטה רוסית ישירה, ועיתונאים רוסים בצ'צ'ניה סבלו מהפרעות חמורות במלאכתם. גם עיתונאים זרים סבלו מלחץ לצנזר את ידיעותיהם על המתרחש.
העיתונאית אנה פוליטקובסקיה עסקה בתחקירים על הנעשה בצ'צ'ניה, וחיברה מספר ספרים בנושא, אשר זיכו אותה בפרסים, בין היתר את הספר Putin's Russia. במהלך דיווחיה מצ'צ'ניה נעצרה על ידי כוחות צבא, אשר ביצעו עליה הוצאה להורג מבוימת; והורעלה בדרכה לבסלאן (אך שרדה גם את העינויים וגם את ההרעלה). ב-7 באוקטובר 2006 נרצחה מירי בראשה. על אף שנעצרו חשודים במעורבות ברצח, אין כיום קביעה באשר לגורמים העומדים מאחוריו, וישנם כמה וכמה גורמים החשודים בכך.

מעשי טרור

בין מאי 2002 לספטמבר 2004 ביצעו אנשי המיליציות הצ'צ'ניות, לרוב נאמני שאמיל באסייב, מעשי טרור רבים כנגד מטרות אזרחיות ברוסיה. בסדרה של פיצוצים (בתחנת הרכבת של סטברופול, בתחנת המטרו במוסקבה ובפיצוצי מטוסי נוסעים) נהרגו כ-200 איש.
שני פיגועים קשים במיוחד היו משבר בני הערובה בתיאטרון במוסקבה באוקטובר 2002 שבו נלקחו 850 בני ערובה על ידי טרוריסטים צ'צ'נים בתיאטרון דוברובקה במוסקבה, ומשבר בני הערובה בבסלאן בספטמבר 2004 שבו נלקחו כ-1,200 ילדים בני ערובה בבית ספר בבסלאן. תוצאת שני הפיגועים הייתה קשה ביותר. במוסקבה הורה פוטין ליחידות מיוחדות להשתלט על הבניין באמצעות גז מיוחד, שאמור היה לנטרל את הטרוריסטים ולאפשר את חילוץ בני הערובה ללא פגע. התוצאה הייתה כי הטרוריסטים נהרגו, אך 129 אזרחים נהרגו אף הם, רובם משאיפת הגז הקטלני. בבסלאן הביאה הסתערות על בית הספר תוך ירי ללא אבחנה למותם של 386 מהילדים (כ-20 בני ערובה הוצאו להורג על ידי החוטפים במהלך שלושת ימי החטיפה).

אבידות אזרחיות

מניין ההרוגים האזרחים שונה ממקור למקור. על פי הממשלה הצ'צ'נית התומכת בפדרציה הרוסית, מתו בסך הכל 160,000 לוחמים ואזרחים בשתי המלחמות, לרבות 30 עד 40 אלף צ'צ'נים וכ-100,000 רוסים. אסלאן מסחאדוב טען כי בשתי המלחמות מתו 200,000 צ'צ'נים. לא ניתן לאמת נתונים אלו באופן עצמאי. על פי ארגון זכויות האדם "ממוריאל", ב-2007 מ-1999 מתו או נעלמו 25,000 אזרחים. על פי ארגון אמנסטי אינטרנשיונל במלחמה עצמה מתו 25,000 אזרחים, ו-5,000 "נעלמו" לאחר שוך הקרבות.

נזק סביבתי

ארגוני איכות הסביבה מזהירים שהרפובליקה של צ'צ'ניה עומדת בפני אסון אקולוגי. מובעת דאגה מזיהום של צינורות נפט וביוב שנפגעו במלחמה. מי התהום זוהמו עד לעומק של 250 מ'. כן מובע חשש מזיהום כימי ורדיואקטיבי כתוצאה מהפצצת מפעלים כימיים ומחסנים במהלך העימות. עולם הטבע בצ'צ'ניה סבל נזק כבד במהלך המלחמה, וחיות שפעם איכלסו את יערות צ'צ'ניה עברו למקום בטוח יותר. הממשלה הרוסית הכריזה על כשליש משטחה של צ'צ'ניה כ"אזור אסון אקולוגי" ועל 40% נוספים כ"אזור במצוקה סביבתית חמורה".

מוקשים

צ'צ'ניה היא האזור הממוקש ביותר בעולם. מאז 1999 נפוץ השימוש במוקשים על ידי שני הצדדים. רוסיה היא צד לאמנה על הנשק הקונבנציונלי משנת 1980 אך אינה חתומה על הפרוטוקול מ-1996 הנוגע לאיסור השימוש במוקשים. האזורים הממוקשים ביותר הם אזורי הגבול, ואזורי הדרום שבהם עדיין ממשיכים המורדים להילחם. ביוני 2002 העריך שליח האו"ם אולרה אוטונו כי ישנם כחצי מיליון מוקשים פזורים בצ'צ'ניה. יוניצ"ף תיעדה 2,340 פגיעות באזרחים ממוקשים ונפלים בין תחילת העימות לבין סוף 2003.

אבידות צבאיות

מספר האבידות הצבאיות משני הצדדים אינו ניתן לאימות, ומניחים כי האומדן האמיתי של האבידות הוא גבוה בהרבה מהמספרים שפורסמו על ידי שני הצדדים. בספטמבר 2000, יצר הארגון האמריקני "National Endowment for Democracy" רשימה של האבדות עליהן הודיע הצבא הרוסי באופן רשמי בשנתו הראשונה של העימות. רשימה זו, על אף פגמיה, מספקת תובנה מסוימת לגבי סדר הגודל של האבדות. על פי הרשימה, עד 3 באוגוסט 2000 מתו 21,000 חיילים רוסים, ונפצעו 50,000, וזאת לעומת 1,464 מורדים הרוגים, ו-1,730 מורדים פצועים. באוגוסט 2005 פרסם משרד ההגנה הרוסי מידע ולפיו לפחות 3,450 חיילים רוסים מתו בעימות בין 1999 ל-2005. דיווח זה לא כלל אבידות של כוחות הפנים - ה-FSB והמשטרה, אלא רק על אבידות הצבא ומשרד הפנים. הערכות עצמאיות והערכות במערב נוקטות במספרים גבוהים בהרבה. ארגון הפועל למען זכויות האדם בצבא הרוסי בשם "איחוד הוועדות של לוחמי אמא רוסיה", העריך כי בין 1999 ל-2003 נהרגו 11,000 חיילים, וארגון "ממוריאל" העריך כי בשתי המלחמות נהרגו 15,000 חיילים בעוד שאחרים נוקבים במספרים גבוהים בהרבה - עד 40,000.

הרדיקליזציה של תנועת המורדים

לאחר המלחמה נראה כי תנועת המורדים הפכה לרדיקלית יותר. הדור הראשון של המורדים בצ'צ'ניה מנה אנשים כג'וחר דודייב ואסלאן מסחאדוב, שהיו קציני הצבא האדום, ועל אף דבקותם באסלאם, לא היה האסלאם מניע ראשי לפעילותם. הם הוחלפו ברדיקלים מוסלמים, שהעיקרון הלאומי הוא משני בפעילותם. בעוד שדודייב ומסחאדוב ביקשו את הכרתה של מוסקבה ברפובליקה של איצ'קריה, מנהיגים אחרים דיברו על הצורך "לגרש" את רוסיה מן הקווקז כולו, ולייסד בו אמירות אסלאמית, כחלק מתנועת הג'יהאד העולמי, הנאבקת גם כנגד ארצות הברית, בריטניה וישראל.

ההשפעה על האוכלוסייה הצ'צ'נית

על פי דו"ח משנת 2006 של ארגון רופאים ללא גבולות, "רוב תושבי צ'צ'ניה סובלים עדיין מחיים תחת פחד, אי וודאות ועוני". סקר שנערך על ידי הארגון בספטמבר 2005 העלה כי 77% מן הנשאלים סובלים מ"סימפטומים ניכרים של מתח פסיכולוגי".
נכון לשנת 2005 תמותת התינוקות בצ'צ'ניה היא גבוהה עד כדי 50 ל-1,000, שיעור כפול מהשיעור בפדרציה הרוסית כולה. על פי יוניצ"ף בין 1994 ל-2008 כ-25,000 ילדים בצ'צ'ניה איבדו הורה אחד לפחות. ב-2007 זיהה משרד הפנים הצ'צ'ני 1,000 ילדים שחיו חיי נוודות. לטענת המשרד המספר אך גדל והולך.
על פי הסטטיסטיקה הרשמית, אחוז האבטלה בצ'צ'ניה ב-2007 עמד על 61.5%, השיעור הגבוה ביותר של אבטלה בכל הפדרציה הרוסית. רבים נותרו חסרי בית, בשל ההרס המסיבי שיצרה המלחמה. המלחמה הביאה להרס התשתית הפיזית והכלכלית, כמו גם התרבותית והחינוכית. רוב מוסדות החינוך נהרסו במלחמה. המדובר בבתי תפילה, מוזיאונים, בתי ספר, אוניברסיטאות וספריות. עם זאת, ממשלת צ'צ'ניה עושה כמיטב יכולתה לבנות מחדש את המדינה בקצב מהיר, לרבות בניית בתי מגורים, תשתיות, סלילת כבישים והחזרת החשמל לרוב המדינה. החיים בצ'צ'ניה ממשיכים בצילם של שחיתות, שוחד, סחיטה וחטיפה. דיווחים של הממשלה הרוסית מעריכים כי פעילות הפשע המאורגן בצ'צ'ניה כפולה מאשר ביתר חלקי רוסיה, והממשלה נתפסת על ידי האזרחים כמושחתת וחלשה מכדי להגיב.
מאות אלפי צ'צ'נים הפכו לפליטים בעקבות המלחמה. בשיא המשבר, בשנת 2,000 מנה מספרם 300,000 איש. רובם נמצאים במחנות בצ'צ'ניה וברפובליקת אינגושטיה השכנה, אך אלפים מהם יצאו לגלות, ונמצאים כיום במדינות האיחוד האירופי.

ההשפעה על האוכלוסייה הרוסית

ולדימיר פוטין היה ראש ממשלה אך כמה שבועות כאשר החליט על היציאה למלחמה. ההחלטה הגבירה את הפופולריות שלו. אך ככל שנמשך העימות הייתה המלחמה לפחות ופחות פופולרית. סקר במרץ 2007 הראה כי 70% מהרוסים רוצים להגיע להסדר כלשהו עם הבדלנים, ורק 16% מהם סבורים כי על המלחמה להמשיך. 
מאז תחילת העימות בצ'צ'ניה, בשנת 1994 ידועים מקרים רבים של ותיקי המלחמה השבים לבתיהם מרירים ונושאים עמם טראומות. פסיכיאטרים, אנשי אכיפת החוק ועיתונאים החלו לכנות מקרים אלו בשם "סינדרום צ'צ'ניה", המקביל לתופעות דומות אצל ותיקי המלחמה הרוסית באפגניסטן בשנות ה-80. על פי יורי אלכסנדרובסקי, סגן מנהל בית החולים הפסיכיאטרי הרוסי "סרבסקי", סבלו מסינדרום צ'צ'ניה בשנת 2003, לפחות 70% ממיליון וחצי חיילים רוסים שהשתתפו במלחמות צ'צ'ניה.
העימות בצ'צ'ניה קושר לרמת האלימות של המשטרה הרוסית. על פי עיתונאים ופעילי זכויות אדם, עשרות אלפי השוטרים הרוסים ואנשי כוחות הביטחון שהיו בצ'צ'ניה למדו שם תבניות של התנהגות אלימה והביאו אותן עמם בחזרה, לרוב כשהם עצמם סובלים מבעיות משמעת ומבעיות פסיכולוגיות. קשה לנקוב במספרים באשר לבעיות האלימות במשטרה הרוסית, אך משרד הפנים הרוסי הצהיר כי בשנת 2005 עלה מספר הפשעים שבוצעו בידי שוטרים ב-46.8%. סקר שנערך בשנה זו העלה כי 71% מהנשאלים אינם סומכים כלל על המשטרה, וכי 41% חיים בפחד מאלימות משטרתית.

המלחמה בתרבות ובאמנות

מאז 2000 המלחמה הפכה לחלק מהתודעה הציבורית ברוסיה ונכתבו אודותיה ספרים רבים, הוסרטו סרטי קולנוע וסדרות טלוויזיה על רקע הלחימה בצ'צ'ניה והשפעותיה על האוכלוסייה.

לאחר המלחמה

ב-16 באפריל 2009 הוכרז על ידי הוועדה הלאומית למלחמה בטרור על סיום הלחימה בצ'צ'ניה, אך בפועל הפכה המלחמה למבצע בעצימות נמוכה למלחמה בטרור ומהווה למעשה עימות צבאי בין כוחות ספצנאז של פס"ב ומשטרת רוסיה נגד מיליציות צ'צ'ניות שעודן מוציאות לפועל פעולות נגד האוכלוסייה האזרחית ונציגי הממשל הפדרלי בשטחי דאגסטן, קברדינו-בלקריה, צפון אוסטיה, קאראצ'אי-צ'רקסיה, מחוז סטברופול, צ'צ'ניה ואינגושטיה.
העימות מתאפיין בעיקרו במתקפות על תחנות משטרה ועמדות ביקורת של שירותי הביטחון הרוסיים ואף שבדצמבר 2014 אנשי הוועדה הלאומית למלחמה בטרור טענו כי חוסלו כל אנשי המחתרות הצ'צ'ניות, בפועל הלחימה בין המורדים הצ'צ'ניים לכוחות הביטחון עודנו נמשך ובמרץ 2017 אף דווח על הרג 6 אנשי המשמר הלאומי של רוסיה במתקפה של המורדים על בסיס המשמר בצ'צ'ניה.
בתקשורת הרוסית, העימות הצבאי נקרא לעיתים "הסכסוך הצבאי בצפון הקווקז".