תקופת השפל האתיופית

המלחמה

אזור אדאל וקרן אפריקה היה בשלטון אתיופי לכמאה שנים. אך בשנת 1527 האימאם אחמד גראן עלה לשלטון כסולטאן אדאל והתחיל להתמרד ולפלוש לאתיופיה. הצבא המוסלמי יחד עם תמיכה מהאימפריה העות'מאנית פלשו לתוך האימפריה האתיופית והרגו כל משהתנגד להתאסלם.
בנוסף לכך כנסיות רבות ברחבי אתיופיה הושמדו וכ-80% מכתבי הספרות נהרסו. אדאל שהשתמשה בנשק חדיש שעדיין לא היה בשימוש באתיופיה ונתן לה את היתרון לכבוש כמעט את כל שטחה של אתיופיה ולהגיע אפילו עד תיגראי. כיבושה השלם של אתיופיה נמנע הודות לכוחות פורטוגזים שהגיעו ועזרו לאתיופיה כנגד אדאל, בראש המשלחת הצבאית עמד כריסטובאו דה גאמה, בנו של הספן הנודע ואסקו דה גאמה.
הפורטוגזים הגיעו לאתיופיה בשנת 1520 תוך שהם מחפשים את ממלכתו של פרסטר ג'ון האגדי, ואף על אף שמשלחת דיפלומטית מפורטוגל, תיווכה בתחילה בין הממלכות שבראשה עמד רודריגו דה לימה היא נכשלה, בסופו של דבר הפורטוגזים עזרו לחבריהם הנוצרים כנגד אדאל האסלאמית ושלחו צי בפיקודו של אסטבאו דה גאמה שהיה מוצב בהודו והגיע לנמל מסוע בפברואר 1541. במסוע השליח של הקיסר האתיופי קיבל המשלחת שאיתה היו כ-400 רובאיים, הכוחות הפורטוגזים הצטרפו לחילים האתיופים שנלחמו בהצלחה נגד המוסלמים אך הובסו בקרב וופלה שהתרחש ב-28 באוגוסט 1542, ומפקדם נלכד והוצא להורג. ב-21 בפברואר 1543 כוח משותף אתיופי-פורטוגזי הצליח להביס את הצבא האסלאמי בקרב ווינה דגה, שבו אחמד גראגן נהרג והמלחמה הסתיימה בניצחון אתיופי-פורטוגזי.
בעקבות הניצחון המשותף הורשו מיסיונרים פורטוגזים קתולים להיכנס לאתיופיה ולהפיץ את משנתם. 
אלמנתו של אחמד באטי דאל וואמבארה במטרה לנקום את מות בעלה התחתנה עם אחינו האמיר של הרר נור אבן מאג'והיד שהבטיח לה לנקום שאת מותו של אחמד, אחינו של גראן המשיך את הלחימה כנגד אתיופיה אך נהרג כאשר אתיופיה פלשה בשנית לאדאל ב-1567, וכיתרו את זילע ב-1660. במקביל הפורטוגזים, ניסו לכבוש את העיר מוגדישו אך ללא הצלחה. סולטנות אדאל התפוררה לבסוף למספר מדינות עצמאיות כמו אמירות הרר סולטנות אוסה ושבטים סומלים רבים בעקבות ההגירות של האורומו לאזור זה. בירת אדאל זילע נהפכה לעיר חסות של תימן, ואז נכלל בתוך האימפריה העות'מאנית.

הישועים הפורטוגזים

הישועים שליוו את כריסטובאו דה גאמה והגיעו במאה ה-17 הקימו את מרכזם בפרמונה, שם הם דוכאו, הוזנחו אך לא גורשו. מנהיגם פדרו פאיש (Pedro Páez), שכתבים מתארים אותו כאדם גדול, הצליח להמיר את דתו של הקיסר האתיופי מלאק סגד לנצרות הקתולית בשנת 1612. בשנת 1622 הצהיר הקיסר על אמונתו הקתולית בגלוי ואסר על דתות אחרות למעט הקתוליות. פדרו נפטר כעבור חודשים ספורים ומחליפו אפונסו מנדש, שהגיע למאסאווה ב-24 בינואר 1624, היה יהיר ופחות סובלני בנוגע לפולחן הנוצרי המקומי. השינויים שכפה מנדש עוררו התנגדות שגברה לכדי סדרה של התקוממויות שדיכא הקיסר בזו אחר זו, עד שהקיסר עצמו חזר בו מתמיכתו בדרישות הנוקשות של מנדש.
בשנת 1630 הכריז השליט של באגמדיר, סרצה קראסטוס, על בנו של מלאק סגד פאסיל כקיסר אתיופיה. בעקבות זאת נלכד סרצה קראסטוס והוצא להורג בתליה. שנתיים לאחר מכן אחיו של סוסניוס, מלטה קראסטוס ארגן מרד כושל בלסתה שעלה בחייהם של כ-8,000 בני אדם. ההפסד חסר התכלית הזה של חיים דיכאו את סוסניוס, הוא חזר לארמונו בדנקאז והוציא צו שביטל את החוק הקודם והרשה פולחן חופשי ובכך חזרה הכנסייה האתיופית. 
לאחר שנפטר בנו פאסיל ירש אותו כקיסר. פאסיל גירש את היישועים מאדמת אתיופיה וסיים את הסכסוך האורתודוקסי-קתולי.

המערכה כנגד היהודים

בתקופה זו היהודים חברו לסולטנות אדאל בגיבוי האימפריה העות'ומאנית תחת האימאם אחמד גארן שפשטו על שטחי האימפריה האתיופית הם שיתפו פעולה עם הצבא האסלאמי של גראן ונלחמו כנגד צבאותיו של הקיסרים לבנה דנגל וגלאוודיוס, אתיופיה יחד עם חיילים פורטוגזים בראשותו של כריסטבוו דה גמה הצליחו לנצח את המוסלמים מאדאל ולהרוג את גראן בקרב ווינה דגה. שיתוף הפעולה הצבאי עם המוסלמים מתועד גם בספר קול מבשר מאת רבי יצחק בן אברהם עקריש (ר"נ-ש"מ, 1490–1580 לערך), שהתחקה אחר ידיעות ששלחו לוחמי האימפריה העות'מאנית על בעלי בריתם המקומיים, בני ביתא ישראל היהודים. בהקדמה לספר מתאר עקריש בפרוטרוט ובשבועה שלוש ידיעות על הממלכה היהודית, מהן שתיים התפרסמו לדבריו במצרים ובקושטנדינא.
לאחר שהקיסר גלאוודיוס ניצח את המוסלמים הוא פנה צפונה לנקום ביהודים והוציא להורג את המלך היהודי יורם על עזרתו למוסלמים. לאחר מותו של יורם עלה לכס מלכות היהודים, ראדי שנלחם גם הוא כנגד צבא אתיופיה הפעם תחת הקיסר מינאס, ראדי השיג השגים מרשמים והיהודים כבשו תחתיו את מחוז ווגארה דרומית לסאמיאן וחיזקו את ההגנות בהרי סאמיאן הקרבות כנגד מינאס היו מוצלחים וחייליו הובסו בקרב.
יורשו ובנו של מינאס סרצה דנגל נלחם ב-1580 כנגד ביתא ישראל, בקרבות אלו היהודים שרפו את הגוססים בשדה הקרב והעדיפו למות לא בידי אויביהם. היהודים שלא היו ברשותם כלי נשק מודרניים לחמו כנגד כוחות הקיסר והצליחו להרוג בקרב את הקיסר שהודח זה דנגל בקרב בחבל דאמבייה, היהודים לא יכלו לכוחות הקיסר שכללו רובים ותותחים ולכן נסוגו למבצרם בסאמיאן ומנהיגם ראדי נלקח בשבי והוצא להורג. לאחר הפסקה של חמש שנים התחדשה המלחמה בשנת 1585, הפעם תחת מנהיג יהודי חדש כלף. היהודים שהיו נצורים בהרים החלו לגלגל סלעים ולירות חצים על החיילים שהיו למרגלות ההרים. סרצה דנגל קרא לתותחים שקיבל מהפורטוגזים כאשר נלחמו כנגד אחמד גראן. התותחים פתחו באש והרגו נשים, ילדים ובעלי חיים. כאשר חיילי הקיסר נכנסו הם ראו יהודים מתאבדים שלא רצו למות בידיהם, למרות כל זאת התנגדות והלחימה של היהודים היו עזות וחיילי הקיסר נסוגו בסופו של דבר.
לאחר מותו של סרצה דנגל ירש אותו הקיסר הקתולי סוסניוס. הוא קבע את בירתו בעיר גורגה שבחבל דאמבייה המיושב ביהודים רבים, צפונית לאגם טאנה. בירתו שימשה אחת ממקומות מושבם של המיסיונרים, ביניהם ישועים פורטוגזים. בנו של סוסניוס מרד כנגדו ב-1624 מרד שנכשל, בנו של סוסניוס קיבל מקלט באזורי היהודים, סוסניוס שכעס על היהודים שנתנו מקלט לבנו יצא לנקום בהם, נקמה שנכשלה. בעקבותיו כישלונותיו הוא אירגן שוב, צבא הפעם חמוש היטב כולל תותחים רובים וחיילים פורטוגזים שנשארו באתיופיה לאחר מלחמת אתיופיה-אדאל, סוסניוס הורה להוציא להורג ולהילחם כנגד היהודים באזור שבין אגם טאנה להרי סאמיאן ובייחוד בחבל דאמבייה שהיה קל לכיבוש מכיוון שהיה מישורי. בלחימה כנגד היהודים חיילי הקיסר טבחו רבים מהם, מכר רבים לעבדות, הגלו את מנהיג העדה גדעון השביעי והטבילו רבים מהיהודים בכפייה לכנסייה הנוצרית. יהודים רבים שחיו באזורי הטבח החלו לברוח לאזורים אחרים כגון קווארה, ארמצחו ודמאטו שבהם היו קהילות יהודיות קטנות אך רבים עדיין נשארו בדאמבייה, ווגארה ווואלקיט. בכך הקיסר גרם למעשה ליישום אינקוויזיציה אתיופית בארצו בהשפעת היישועים ומהשליחים הפורטוגזים שהגיעו.