סוניק הירוס

עלילה

בגלל ריבוי הצוותים, לכל צוות עלילה משלה כשבסופו של דבר המטרה של כל צוות היא להגיע ל"ד"ר אגמן" ולעצור אותו. הדרך והסיבות הן שמבדילות.

צוות סוניק

המשחק נפתח כשרואים את סוניק מסתובב בעולם. טיילס ונאקלס מוסרים לו שאגמן מתכוון להמציא את נשק יום הדין תוך שלושה ימים ולשלוט בעולם. סוניק וחבריו נענים לאתגר ויוצאים לעצור את אגמן.
בדרך הם נלחמים מול צוות ורד, כשאיימי מנסה לתפוס את סוניק אהובה, ונגד צוות האופל, כששאדו מאתגר את סוניק לקרב.
בסוף הסיפור סוניק וחבריו הורסים את רוב הבסיס האווירי של אגמן אך לא פוגשים באגמן עצמו.

צוות אופל

רוז' העטלפה מנסה לשדוד את אוצרו של דוקטור אגמן שנמצא בבסיס סודי. רוז', למרבה הפתעתה מוצאת את שאדו (שנחשב למת עקב המאורעות שקרו בSonic Adventure 2), בקפסולת הקפאה. רוז' מחברת את הבסיס כולו לחשמל כדי לפתוח את הקפסולה ובאותו זמן מפעילה את E-123 אומגה, רובוט נטוש שנמצא בבסיס. אחרי שזיהה את שאדו בתור איום, אומגה תוקף אותו בדיוק כששאדו מתעורר. קרב החל בין השניים ורוז' עצרה אותם במהרה. לאחר בירור, היא גילתה ששאדו לקה באמנזיה וכתוצאה מכך הוא לא זוכר כלום. בעוד אומגה ננטש על ידי אגמן וכעת הוא ממורמר ורוצה לנקום באגמן ובכל הרובוטים שלו. רוז' הבינה שלשלושתם יש אותה מטרה והחליטה שהם צריכים לפעול יחד. בדרך הצוות פוגש את צוות כאוטיקס, אחרי תגרה קלה, ובצוות סוניק כששאדו מאתגר את סוניק לקרב. בסוף הסיפור רוז' מגלה עוד שכפולים של שאדו וחוששת כי מי שהיה אתה כל הזמן הוא שכפול ושאדו אכן מת. אך אומגה מספר לה שלשכפול חייב להיות מקור, משמע ששאדו עדיין חי. הסיפור הוא בעצם הקדמה למשחק "שאדו הקיפוד" בו שאדו מנסה לגלות את עברו המסתורי.

צוות ורד

איימי רוז מחפשת אחר סוניק, האהוב הנצחי שלה שמופיע בעיתון כנעדר. היא פוגשת בקרים הארנבת וביג החתול, שגם הם מחפשים אחרי חבריהם. קרים מחפשת את צ'וקולה צ'או, התאום של הצ'או שלה, צ'יז, וביג מחפש אחרי פרוגי, הצפרדע האהוב שלו. מכיוון ששלושתם מחפשים אחרי יקיריהם ושלושתם הופיע באותה כתבה בעיתון איימי מציעה ששלושתם יחפשו יחד. בדרך הם נלחמים בצוות סוניק, ונגד צוות כאוטיקס משום שהם רצו לקחת את צ'יז. בסוף הסיפור הם מוצאים את פרוגי ואת צ'וקולה צ'או בתוך זיוף של אגמן וגם את סוניק בסביבה אחרי שגם הוא הביס את אגמן.

צוות כאוטיקס

סוכנות הבלשים כאוטיקס, המורכבת מאספיו, זיקית הנינג'ה המרגל ובעל המשמעת, וקטור, הקרוקידל, המוח והמנהיג של הסוכנות וצ'רמי הדבורה הילדותי שמשמש לתשקיף על, כרגע מחוסרים עבודה. הם לא קיבלו עבודה זמן רב והם זקוקים לתעלומה שתביא להם כסף. מודיע מסתורי שולח להם מכשיר קשר דרכו הוא מעביר להם משימה. המשימה שלהם היא לתפוס את דוקטור אגמן. אספיו חושד קצת אך סכום הכסף הרב שמוצע אינו משאיר ספק להחלטתם של וקטור וצ'רמי, והקבוצה יוצאת למשימה (אספיו השתכנע כשוקטור הזכיר לו את השבועה שלהם:"אנחנו אף פעם לא מפנים את הגב לעבודה בתשלום"). בדרך הם נלחמים בצוות אופל, מכיוון שרוז' חשבה שהם רוצים את האוצר של אגמן, אחרי תגרה קלה, ובצוות ורד כי הם לא הסכימו לתת להם את צ'יז וגם מפני שקרים האשימה אותם בהיעדרות של אחיו של צ'יז. בסוף הסיפור הם מגלים שהלקוח הוא בעצם דוקטור אגמן בעצמו שננעל והשתמש בשירותיהם כדי לצאת לחופשי ולשלוט בעולם, וברגע שהקבוצה הבינה שאגמן הציע להם הרבה כסף למרות העובדה שאין לו אגמן בצרות...

הסיפור האחרון

אחרי שמסיימים את הסיפורים של כל אחד מארבעת הצוותים ומשיגים את שבעת יהלומי הכאוס נפתח הסיפור האחרון. מסתבר שלא אגמן הוא זה שתכנן את המזימה, אלא סוניק המתכתי (Metal Sonic), שצבר כוח רב ומנסה להשתלט על העולם. אף אחד לא ידע מה לעשות עד שגילו ששבעת יהלומי הכאוס נמצאים בידי כולם, בעזרתם סוניק יוכל להפוך לסופר-סוניק. עד שזה יקרה, הם סיכמו ששאר הצוותים יעצרו את סוניק המתכתי ככל שיוכלו. אחרי ששאר הצוותים ניסו לעצור אותו, סוניק המתכתי הצמיח כנפיים והתנתק מהבסיס, שעד עתה היה קשור אליו. סוניק הפך לסופר-סוניק והשרה על טיילס ונאקלס מכוחותיו, וכך הם התחזקו עד מאוד, ויצאו לעצור לחלוטין את סוניק המתכתי. אחרי שעצרו אותו והוא חזר לצורתו המקורית ולאחר מכן כבה, כל הגיבורים מתפזרים ויוצאים לחפש הרפתקאות חדשות.

סגנון משחק

במהלך המשחק השחקן מתפעל שלוש דמויות שונות. השחקן שולט בדמות אחת והשתיים האחרות עוקבות ועוזרות לדמות הנשלטת. לכל דמות יש יכולות מיוחדות בתחום מסוים: מהירות, תעופה וכוח. בכל צוות כל דמות היא בעלת אחת משלוש התכונות האלו. לדוגמה בצוות סוניק, סוניק הוא דמות מהירה, טיילס הוא דמות בעלת יכולת תעופה ולנאקלס יש כוח רב. במהלך המשחק השחקן מחליף דמויות לפי הצורך, כך שאם לדוגמה יש קטע שמצריך תעופה, השחקן מחליף לדמות בעלת יכולת התעופה ומשתמש בה. לכל דמות יש דרך שונה להילחם. במהלך השלב הדמויות יכולות לעלות רמה ובכך לחזק את יכולותיהן, אם כי אחרי כל שלב או פסילה הדמויות חוזרות לרמת ההתחלה. בסוף כל שלב המשחק מדרג את השחקן בציון מ-A עד ל-E, כש-A הוא הציון הגבוה ביותר, ואילו E הוא הנמוך ביותר. בעת הדירוג המשחק מתחשב בניקוד שהשחקן צבר, בזמן שלקח לשחקן לעבור את השלב ובמספר הטבעות שנאספו. בכל שלב מפוזרים מפתחות, שאם השחקן מחזיק בהם כשהוא מסיים את השלב הוא מגיע לשלב בונוס, שבחצי מהם מתחבא יהלום כאוס.