שירות הביטחון הכללי

שם הארגון

שירות הביטחון הכללי מכונה בדרך כלל לפי ראשי התיבות שלו שַׁבַּ"כּ, או הַשַּׁבַּ"כּ. בראשית ימיו נקרא שִׁין-בֵּית, ראשי תיבות של "שירות ביטחון" וכך הוא מכונה עד היום בכמה שפות זרות. באנגלית נהוגים מספר תרגומים לשמו של השב"כ, בהם GSS = General Security Service,‏ GSA = General Security Agency והתרגום הרשמי של השב"כ ISA = Israeli Security Agency.

סמל הארגון

סמל הארגון הוא עיגול ובתוכו חצי המנורה (המיוצגת על ידי שלושה קנים וחלק מהקנה האמצעי), כמחצית של סמל הלאום. צבעי הסמל כחול-תכלת-לבן כצבע הצבעים הלאומיים של ישראל.
בסמל מופיע מוטו הארגון, "מגן ולא יראה" כמבטאים את דרך הפעילות החשאית שלו. מילים אלו לקוחות משירת דבורה: "מָגֵן אִם יֵרָאֶה וָרֹמַח" (שופטים פרק ה' פסוק ח').
לעיתים קרובות רשום בצד הסמל או מסביבו שם הארגון, "שירות הביטחון הכללי".

הקמה

עם הכרזת המדינה הוקם (על בסיס שירות המודיעין של "ההגנה" והיחידה לביטחון פנים "מחץ", שהוקמה אחרי פירוק "ההגנה" ופעלה עד לכינונו של שירות הביטחון) שירות הביטחון, ה"ש.ב.", שהיה זרוע של צה"ל (יחידה 184), ובראשו הועמד סגן-אלוף איסר הלפרין (הראל). מסמך היסוד של הש.ב. נכתב ב-17 בפברואר 1949, ובו כתב הראל אל הרמטכ"ל יעקב דורי כי בהתייעצות אצל דוד בן-גוריון סוכם להקים "שירות ביטחון". ההוראה בוצעה כעבור כשלושה שבועות, בצו של האלוף דוד צדוק, ראש אגף מטה (אג"מ), שהורה על הקמת "שירות ביטחון כללי". בשנת 1950 הוצא השירות ממסגרת צה"ל, והועבר לאחריותו של ראש הממשלה. במהלך מלחמת העצמאות עסק השירות רק בביטחון פנים, ולאחר המלחמה הוקמה בו גם מחלקה לריגול נגדי ונמסר לו גם הטיפול בנושאים מודיעיניים הקשורים בערביי ישראל.

השנים הראשונות ועד 1967

עד מלחמת ששת הימים כלל השב"כ כמה מאות עובדים והתמקד בריגול נגדי, ובמעקב אחר פעילות חתרנית במגזר הערבי ובמגזר היהודי (לצד אבטחת אישים ומוסדות חיוניים בישראל ובנציגויותיה בחו"ל). בתקופה זו הרשו לעצמם רבים מערביי ישראל לעזור לשב"כ באופן גלוי לחלוטין, בעיקר על ידי אירוח מתלמדים כדי שיכירו היטב את התרבות הערבית.
את כוח האדם בשירות בתקופה זו מתאר פרי בספרו:
"באותם ימים היה סגל השב"כ מורכב משלוש קבוצות עיקריות: הראשונה - ותיקי הש"י והיחידה לביטחון פנים "מחץ", שהוקמה לאחר פירוק ה"הגנה" ופעלה עד לכינון שירות הביטחון בפברואר 1949. הקבוצה השנייה - אנשים ששפת האם שלהם הייתה רוסית או לשון מזרח אירופאית אחרת. השלישית - יוצאי מדינות ערב או ילידי הארץ, שגדלו בסביבה ערבית ולמדו להכירה כמו את כף ידם."
— עמ' 26
אחד ההישגים הבולטים ביותר של השב"כ בשנותיו הראשונות הוא השגת תמליל הנאום הסודי של מנהיג ברית המועצות, ניקיטה חרושצ'וב בשנת 1956, אם כי הישג זה נוצר באקראי, בלא שהשב"כ טרח על כך.
ב-4 במרץ 1957, התנקשו שלושה צעירים בחיי ד"ר ישראל קסטנר, בעקבות משפט דיבה שבו נקבע כי קסטנר שיתף פעולה עם הנאצים. במהלך משפטם התברר כי זאב אקשטיין, שירה בקסטנר והרגו, היה סוכן של הש"ב, ונשלח לקבוצה המחתרתית כדי לשמש בה כמודיע. הש"ב טען כי אקשטיין ניתק את הקשר עם מפעיליו, ונסחף בעצמו לרעיונות המחתרת והשתתף בה. הרוחות בעניין זה לא נרגעו זמן רב.
בעקבות רצח ישראל קסטנר, ובמהלך המשפט, נחשפה לציבור עובדת קיומו של השב"כ, שהייתה חסויה עד אז, ואף הוכחשה. החשיפה הובילה לכינונו של פיקוח פרלמנטרי על השירות.
בשנות ה-50 של המאה ה-20, במסגרת פעילות השב"כ לאיתור גורמים חתרניים, בוצעו פעולות מעקב אחר מפלגות אופוזיציה פרו סובייטיות, שנחשדו כי יעמדו לצד ברית המועצות אם תתלקח מלחמה בין גושית. פעילות כזו נחשבה לאחר מכן כפגיעה בדמוקרטיה. פרסומים על פעילות זו הושתקו ברובם על ידי ההנהגה בראשות דוד בן-גוריון, והגורם היחידי שפרסם זאת היה השבועון "העולם הזה" של אורי אבנרי (בשנים 1956–1958 ניסה השב"כ, ללא הצלחה, להתחרות בשבועון זה באמצעות הוצאת שבועון מתחרה בשם "רימון"). תפיסת שני אנשי שירות הביטחון בעת שהטמינו מתקן האזנה במשרדו של מנהיג מפ"ם, מאיר יערי, עוררה סערה רבה. השב"כ גם דאג שיפוטרו ממשרדי הממשלה עובדים שהתגלה כי הם תומכים במפלגות שנחשבו "עוינות" למפלגת השלטון מפא"י, כמו חרות ומק"י. השב"כ פעל למען מפא"י גם במגזר הערבי. בראשית שנות ה-60 של המאה ה-20 קיבל ראש הממשלה דוד בן-גוריון את עמדת ראש השירות עמוס מנור והחליט לחדול מריגול פוליטי. "מטה 1" בשב"כ, שעסק בכך, פורק והחומר הארכיוני שנאגר בו הועלה באש.
הישג חשוב של השב"כ בתחום הריגול הנגדי היה חשיפתו ב-1961 של ישראל בר, סגן-אלוף (מיל.) ופרשן צבאי נודע שהיה מקורב לצמרת הביטחונית, כמרגל סובייטי. בר נשפט, נכלא ומת בכלא.

אחרי מלחמת ששת הימים

לאחר מלחמת ששת הימים החל המאמץ לסיכול טרור פלסטיני ביהודה, שומרון ועזה ומהם, והפך לחלק גדל והולך של פעילות השב"כ, עד שבמאה ה-21, הוא נתפס כחלק העיקרי של פעילות הארגון.
יעקב פרי כותב על התקופה הראשונה שלאחר המלחמה:
לא היה אפוא ספק שהשירות חייב להתארגן במלוא המהירות כדי למנוע את הקמתם של קיני התנגדות. מאגר כוח האדם של השב"כ, שהיה עד אז מצומצם למדי, לא היה מסוגל לענות על צרכים אלה. כדי לעמוד בפרץ הוחל בגיוסם מחדש של עובדים ותיקים שכבר פרשו מן השירות. במקביל נאלץ השב"כ לשאול אנשי מקצוע משורות המוסד. אבל את התוספת החשובה ביותר תרמו הגיוסים הנרחבים של עובדים חדשים - צעירים, שרבים מהם היו יוצאי יחידות קרביות בצה"ל.
— הבא להרגך, עמ' 45
בשנת 1968 בעקבות חטיפת מטוס אל על לאלג'יריה הוחלט בשירות הביטחון הכללי לבצע רפורמה במערך האבטחה הממלכתי. לצורך כך הצטרף לשירות דייב בקרמן כמדריך ירי באקדח. בקרמן אימן את מאבטחי השירות בירי באקדח ובתרגולות לוחמה בטרור. באותה עת כונו אנשי היחידה "הגורילות". בשנת 1972, בעקבות טבח הספורטאים באולימפיאדת מינכן, מונה אברהם שלום לראש אגף האבטחה ויושמה מדיניות אבטחה כוללת לנציגויות מדינת ישראל בחו"ל כמו גם במטוסים וספינות. כתוצאה מכך מיסד וכונן בקרמן את תחום הדרכת והכשרת המאבטחים. בין היתר פעלו חניכיו בסיכול מתקפת הטרור ב-18 בפברואר 1969 כנגד מטוס אל על, שהתכונן להמראה בנמל התעופה הבינלאומי ציריך קלוטן ופעולת החילוץ של מטוס סבנה. ב-27 בדצמבר 1985 תקפו מחבלים פלסטינים את דלפקי חברת אל-על בנמלי התעופה בווינה וברומא. מאבטחי השירות ברומא לחמו במחבלים, הרגו שלושה מהם ופצעו אחד באורח קשה ועצרו אותו. בווינה ערכו שוטרים אוסטרים ומאבטחי השירות מרדף רכוב אחר המחבלים הנמלטים הרגו אחד מהם ועצרו את השניים הנוספים.
בשנות מלחמת לבנון הראשונה פעל השב"כ גם כנגד ארגוני הטרור הלבנוניים, ובראשם חזבאללה. בין 135 הרוגי אסון צור הראשון ואסון צור השני היו גם אנשי שב"כ. יובל דיסקין סיפר בראיון לגלי צה"ל, כי לפני פרוץ האינתיפאדה הראשונה נגרם לשב"כ נזק מודיעיני קשה בשטחי יהודה ושומרון ורצועת עזה, מפני שהארגון מיקד את פעילותו בלבנון והזניח אזורים אלה.

המשברים הגדולים

בשנים 1986-1984 עבר השב"כ משבר קשה בעקבות פרשת קו 300, שבה שני מחבלים שחטפו אוטובוס ולקחו את נוסעיו כבני ערובה הוצאו להורג בלא משפט בידי אנשי השב"כ, שמסרו לאחר מכן עדויות שקריות על מעורבותם בפרשה. בעקבות זאת נאלץ ראש השב"כ אברהם שלום להתפטר מתפקידו, וכמוהו בכירים נוספים בארגון, וראש השב"כ לשעבר יוסף הרמלין נקרא לעמוד בשנית בראש הארגון כדי לשקמו.
בשנת 1987 נחשפה פרשת עיזאת נאפסו שבסופה זוכה סגן בצה"ל, בן העדה הצ'רקסית מהאשמות של בגידה וריגול, לאחר שישב כשבע שנים בכלא. בפסק דינו של בית המשפט העליון נמתחה ביקורת על נוהלי החקירה של השב"כ ועל בידוי ראיות שהפך לנורמה בארגון. ביקורת ציבורית הופנתה אל הבכיר בשב"כ יוסי גנוסר, שאותו האשים נאפסו ב"תפירת התיק" כנגדו.
משבר נוסף פקד את השב"כ בסוף 1995, בעקבות רצח יצחק רבין. בעקבות כישלון זה (בעיקר של היחידה לאבטחת אישים), עוד לפני שהוגשו מסקנות ועדת שמגר (רצח רבין), החליט ראש השב"כ, כרמי גילון, להתפטר מתפקידו. לפני שעזב גילון, חיסל השב"כ את "המהנדס" יחיא עיאש מהחמאס שהיה אחראי לסדרת פיגועי טרור ב-1994. עיאש חוסל באמצעות טלפון סלולרי ממולכד, במבצע שהעלה במעט את המורל והמוניטין של הארגון.
חשיפתו של אבישי רביב ("שמפניה") כסוכן מדיח בקרב הימין הקיצוני לאחר רצח רבין, הציבה את השירות במוקד של ויכוח ציבורי בנוגע להפעלת סוכנים. הלחץ הציבורי להעמידו לדין העמיד את השירות בדילמה בין ערך ההגנה על סוכנים וסייענים לבין היותו שירות ביטחון של מדינה דמוקרטית. לבסוף הועמד רביב לדין באשמת אי מניעת רצח רבין אך זוכה. כפי שאירועי קו 300 הובילו לבחינה מקיפה של נושא הטיפול הפיזי בחקירות, פרשת רביב הפכה לקו פרשת מים בכל הנוגע להפעלת סוכנים במגזר הלא ערבי.
אחרי התפטרותו של גילון ב-1996, "הוצנח" לתפקיד ראש השב"כ עמי אילון, לשעבר מפקד חיל הים, על מנת לשקם את הארגון. בשנת 2000 הוחלף על ידי אבי דיכטר, שצמח בשב"כ, דבר שאילון טוען לזכותו כעדות להצלחה בשיקום הארגון.

האינתיפאדה השנייה

אבי דיכטר נכנס לתפקיד בסמיכות לפריצת האינתיפאדה השנייה. פיגועי ההתאבדות, שהפכו למרכיב עיקרי של הטרור הפלסטיני נגד תושבי ישראל העמידו בפני השב"כ אתגר של מתן מידע מודיעיני, שיאפשר סיכול פיגועים אלה בטרם ביצועם. לשב"כ היו הישגים יוצאי דופן בתחום זה, הן במניעתם של פיגועי התאבדות והן בלכידת האחראים להם. מאידך, פיגועי התאבדות רבים יצאו אל הפועל, ופגעו פגיעה קשה בביטחונם האישי של תושבי ישראל.
כחלק ממלחמתו בפיגועי ההתאבדות נהג השב"כ להפיץ לשאר גורמי הביטחון התרעות לפיגועים צפויים. חלק מההתרעות הוגדרו כ"חמות" ו"ממוקדות" וגררו פרישת מחסומי משטרה ומג"ב לאורך מרחב התפר ובאזורים שעליהם התריע המודיעין. במקרים רבים הצליחו כוחות הביטחון לסכל פיגועים בזמן אמת באמצעות התרעות של השב"כ. את המודיעין לצורך סיכול הפיגועים השיג השב"כ באמצעות חקירות ושימוש ב"מודיעין אנושי (HUMINT)" - הפעלת סוכנים ומשת"פים.
אחד הסוכנים הבכירים והמוצלחים ביותר שהפעיל השב"כ ביהודה ובשומרון היה מסעב חסן יוסף, בנו של ראש החמאס ביהודה ושומרון, שהפיק מודיעין רב, אמין ואיכותי, וכונה "הנסיך הירוק" בידי מפעיליו. בנוסף, סוכני שטח של השב"כ ליוו את כוחות צה"ל ביהודה ושומרון וסייעו להם בביצוע מעצרים של מחבלים ובחשיפת מעבדות נפץ. כך למשל, בשנת 2005, חשף השב"כ שלוש רשתות טרור של חמאס ועצר רבים מהמחבלים הפעילים בהן.
לשב"כ בפיקודו של דיכטר הייתה מעורבות רבה בביצוע סיכולים ממוקדים ובהאצת השימוש במדיניות זו, שגובשה עוד לפני כניסתו של דיכטר לתפקיד ראש הארגון. מדיניות זו - של חיסול מחבלים בכירים, מנהיגי טרור ו"פצצות מתקתקות" - יושמה בשיתוף פעולה עם צה"ל ובייחוד חיל האוויר הישראלי, שלרוב היה הזרוע המבצעת בסיכול (ירי טיל אל עבר המחבל). מצד השב"כ, יובל דיסקין היה זה שהופקד על בניית מערך הסיכול הממוקד והתיאום עם צה"ל. בעוד שצה"ל היה אחראי על הביצוע, השב"כ היה אחראי על הספקת המודיעין (איתור המטרה, דיווח על סדר היום שלה) ו"הפללת" היעד (כלומר: וידוא שהאדם על הכוונת הוא אכן מחבל ולא עובר אורח). הסיכולים הממוקדים כוונו בהתחלה נגד דרגי-השטח והביצוע אך בעקבות ההסלמה בטרור הפלסטיני, הורחבו החיסולים גם אל צמרת ארגוני הטרור ומנהיגיהם "הפוליטיים". במרץ 2004 חוסל מייסד החמאס ומנהיגו הרוחני אחמד יאסין, וחודש אחר כך חוסל יורשו עבד אל-עזיז רנטיסי. בשנת 2005 חוסלו מספר בכירים בג'יהאד האיסלאמי.
כתוצאה ממבצעים אלה, נהנה השב"כ מיוקרה הן בקרב הציבור והן בקרב מקבלי ההחלטות. למרות ההישגים הרבים האלה, השב"כ ספג לא מעט ביקורת. פיגועי ההתאבדות שהשב"כ לא הצליח לסכל גרמו למאות הרוגים ישראלים. כמו כן, מערך האבטחה של השב"כ כשל בשנית וכתוצאה מכך נרצח שר התיירות רחבעם זאבי בידי מחבלים פלסטינים מארגון החזית העממית לשחרור פלסטין.
בנוסף לפעילותו בסיכול טרור, מנהל השב"כ מאגר מידע ממוחשב על פעילי הטרור הפלסטינים ועל כל אירועי הטרור - שבוצעו או סוכלו - מאז פרוץ האינתיפאדה השנייה. חשיבותו העיקרית של מאגר מידע ממוחשב זה היא בסיכול פעולות טרור, אך גם במתן נתונים לצורכי הסברה, כגון בהפקת פרסומים סטטיסטיים בנוגע לפעילות השב"כ באינתיפאדה, ודוגמאות שמיות לפעילות ארגוני הטרור, המפורסמים מדי שנה באמצעי התקשורת.

אחרי האינתיפאדה וההתנתקות

הפעילות הרבה של צה"ל, משמר הגבול והשב"כ הביאה בסופו של דבר לדיכוי הטרור ביהודה ושומרון, אם כי עדיין מתרחשים מדי פעם באזורים אלה פיגועי ירי נגד ישראלים. השב"כ ממשיך לפעול ביהודה ושומרון לסיכול פיגועים. ב-2011 הצליח השב"כ, בשיתוף יחידות מיוחדות של צה"ל, לאתר ולעצור את מבצעי טבח משפחת פוגל באיתמר. הם הודו במעשה בבית המשפט ונידונו למספר רב של מאסרי עולם.
ברצועת עזה, בעקבות תוכנית ההתנתקות והנסיגה של הצבא מרצועה, נחלשה אחיזתו המודיעינית של השב"כ. כתוצאה מכך נכשל השב"כ בניסיון לגלות מידע על החייל החטוף גלעד שליט והיכן הוחזק. למרות זאת, השב"כ, ביחד עם כטב"מים של חיל האוויר הישראלי, ממשיך לספק מודיעין צבאי המאפשר סיכולים ממוקדים של פעילי טרור.
בתחילת העשור השני של המאה ה-21 חיזק השב"כ, בשיתוף אמ"ן, את הפעילות המודיעינית שלו בגזרה הדרומית, רצועת עזה וגבול ישראל-מצרים, בעקבות עלייה בפעילות הטרור שם, תעבורת מחבלים דרך ציר ה-ח' וביצוע פיגועים שזכו להד רב בגבול ישראל-מצרים. ב-14 בנובמבר 2012 פיקד ראש השב"כ יורם כהן, ביחד עם הרמטכ"ל בני גנץ, על מבצע חיסולו של אחמד ג'עברי, ראש הזרוע הצבאית של החמאס. ב-2013 דווח כי השב"כ הקים חטיבה מיוחדת לסיכול טרור שמקורו בסיני.
ב-22 בינואר 2014 הותר לפרסום כי השב"כ חשף ועצר תא טרור של אל-קאעידה שהורכב מפלסטינים ממזרח ירושלים ויהודה ושומרון שהופעל על ידי מחבלים בג'יהאד העולמי שיושבים ברצועת עזה ותכנן מספר רב של פיגועי תופת בישראל.
ב-12 ביוני 2014 שלושה נערים נחטפו ונרצחו על ידי תא חמאס בחברון. בעקבות החטיפה, יצאו צה"ל, השב"כ והימ"מ למבצע שובו אחים במטרה לאתר ולשחרר את הנערים, שמצבם לא היה ידוע בעת ההתרחשות. מידע מודיעיני שסיפק השב"כ הוביל לחיפושים באזור שבו נמצאו בסופו של דבר גופות הנערים, 18 ימים לאחר החטיפה. כשלושה חודשים לאחר החטיפה אותרו גם החוטפים, שנהרגו ב-23 בספטמבר אחרי שהתנגדו למעצר.
ב-2015 ביצעו מספר חוליות של מחבלים פלסטיניים מספר פיגועי ירי קטלניים ביהודה ושומרון בהם נהרגו מספר ישראלים. חוקרי השב"כ פיענחו את הפיגועים והשיגו מודיעין צבאי שאפשר את מעצר החוליות תוך זמן קצר. בנוסף חשף השב"כ ועצר מספר חוליות טרור של חמאס שתכננו פיגועים גדולים. באותה שנה חשף השב"כ בודדים וחוליות מקרב ערביי ישראל שהצטרפו לדאעש ואף תכננו לצאת לסוריה ועיראק כדי להילחם למען המדינה האסלאמית ולחזור ולבצע פיגועים בישראל.
בדצמבר 2015 מונה סגן ראש השב"כ, רוני אלשיך, למפכ"ל משטרת ישראל.
בראש השנה ה'תשע"ו פרץ גל הטרור הפלסטיני (2015–2016) שהתבטא במספר רב של פיגועי טרור, הבולטים שבהם פיגועי דקירה וירי, שביצעו מחבלים פלסטינים, לרוב ללא שיוך ארגוני ורבים מהם קטינים. גל הטרור זכה לכינוי "אינתיפאדת הבודדים" בשל מאפייני המפגעים. השב"כ לא הצליח לספק התרעות על רוב הפיגועים אך הצליח לפענח את הפיגועים במהירות והביא למעצר של אלה מבין המפגעים שלא נורו בעת הפיגוע. במקביל חשף וסיכל השב"כ חוליות טרור מאורגנות של חמאס שתכננו לבצע פיגועים גדולים וקטלניים.
בסוף שנת 2017 פורסם כי השב"כ פיתח כלים בתחום הסייבר וניטור רשתות חברתיות מקוונות (דוגמת פייסבוק, שבה יש הסתה לטרור ומספר רב של מחבלים הצהירו בה על כוונתם לפגע), וכי ארגוני ביטחון ממדינות זרות מבקשים ללמוד מהניסיון והידע שלו בתחום זה. בדיווח לוועדת חוץ וביטחון של הכנסת אמר ראש השב"כ נדב ארגמן שבשנת 2017 סיכל השב"כ 400 פיגועים משמעותיים, בהם 13 פיגועי התאבדות ו-8 פיגועי חטיפה ומיקוח. ב-3 בינואר 2018 פורסם שהשב"כ חשף חוליית טרור פלסטינית בראשות סוכן פלסטיני שהופעל על ידי המודיעין האיראני ותכננה פעולות טרור, כולל פיגוע התאבדות, וכן ריגלה עבור איראן. ביוני 2018 חשף השב"כ שמתחילת השנה הוא סיכל כ-250 פיגועי טרור. בשנת 2019 פורסם כי בעקבות "המהפכה הטכנולוגית" שהוביל ארגמן, קרוב לשליש מכוח האדם בשב"כ הם אנשי טכנולוגיה.

הסדרת פעילותו של השב"כ

ראש הממשלה ממונה על ראש השב"כ ונושא באחריות מיניסטריאלית לפעולת הארגון.
עם הגידול במרכזיותו של השב"כ בחיי מדינת ישראל גבר הצורך בהסדרת פעילותו. בעקבות פרשת קו 300 ופרשת עיזאת נאפסו, כמו גם טענות על שימוש בלתי מבוקר בעינויים במהלך חקירתם של עצירים פלסטינים, הוקמה "ועדת לנדוי", שפרסמה בשנת 1987 דו"ח שבא לקבוע קריטריונים לשימוש באמצעי חקירה זה. הדו"ח קבע שבשב"כ רווחה בשנות ה-80 של המאה ה-20 תרבות של עדויות שקר. הדו"ח המליץ על התרת שימוש בלחץ פיזי מתון בחקירות, והגמשה של הכללים כאשר מדובר בחקירה העוסקת ב"פצצה מתקתקת", שהיא אירוע חבלני ספציפי העומד להתרחש בזמן הקרוב, ויש לעשות כל מאמץ על מנת לסכלו. בשנת 1999, בעקבות עתירות שהוגשו על ידי האגודה לזכויות האזרח והוועד הציבורי נגד עינויים בישראל, דן בג"ץ בשיטות החקירה של השב"כ, ובפסק-דין תקדימי קבע שאסורות שיטות חקירה הכוללות לחץ פיזי. בעקבות פסיקה זו קראו אנשי ציבור ובהם הח"כים רובי ריבלין ושאול יהלום לחוקק חוק שיתיר לשב"כ להמשיך ולהשתמש בלחץ פיזי מתון בחקירותיו. הדיונים בכנסת ובוועדותיה בעניין זה נמשכו עד שנת 2002, אז חוקקה הכנסת את חוק שירות הביטחון הכללי, המסדיר את פעולתו של השב"כ. בסופו של דבר לא כלל החוק סעיף המתיר שימוש בלחץ פיזי. בניגוד לחקירות משטרה, חקירות השב"כ אינן מחויבות בתיעוד קולי וחזותי.
עד שנת 2005 שימש נציג השב"כ בתפקיד סגן מנהל האגף לחינוך הערבי במשרד החינוך. הנציג היה יכול לבטל מינויים של מורים, מנהלים ובעלי תפקידים אחרים במערכת החינוך הערבית. התפקיד בוטל על פי המלצת ועדת דוברת.
במשך שנים רבות היה איש שב"כ הכפוף לפרקליטות המדינה, "מבקר תלונות נחקרים בשב"כ" (מבת"ן). בשנת 2013 הועבר תפקיד זה למשרד המשפטים.
בשנים 2001–2008 הוגשו למבת"ן ונבדקו על ידו כ-600 תלונות על עינויים והתעללות, אולם לא נפתחו חקירות פלילית (וכך גם בשנת 2015, בה הוגשו 56 תלונות). בשנת 2013 הודיעה המדינה, בתשובה לעתירה בבג"ץ, כי תאפשר בעתיד עיון של המתלוננים בחלק מחומרי הבדיקה העוסקים בתלונותיהם, ללא חומר שמסירתו עלולה לפגוע באינטרסים ציבוריים. בתחילת שנת 2018 פורסם כי לראשונה מאז הקמת המבת"ן, נפתחה חקירה פלילית נגד חוקר שב"כ בעקבות תלונה.
הגוף המבקר את השירות הוא החטיבה לביקורת מערכת הביטחון במשרד מבקר המדינה.

דרכי הפעולה של השב"כ

במהלך השנים השתמש השב"כ (כדי להשיג מידע מודיעיני) בשיטות חקירה שנויות במחלוקת, שבחלק מהמקרים נפסלו בחלקן בסופו של דבר בהוראת בג"ץ, ובהן שיטות של עינויים בחקירת חשודים (כמו טלטולים). ארגוני זכויות אדם טוענים שהשב"כ ממשיך להשתמש בחלק משיטות אלה גם כיום, וגורמים בקהילת המודיעין הישראלית אישרו (במסגרת תחקיר של "ידיעות אחרונות" ב-2008) כי האמצעים שבהם נעשה שימוש בחקירות הם מכות יבשות, כיסוי ראש, כבילה קשה, בידוד, עמידה לפרקי זמן ממושכים ומניעת שינה.
לקבלת מידע מודיעיני נעזר השב"כ גם במשתפי פעולה (משת"פים) מקרב הפלסטינים. על מנת לגייס משת"פים משתמש השב"כ בטכניקות של תגמול כספי ולטענת פלסטינים גם סחיטה. חלק ממשתפי הפעולה נרצחו על ידי ארגונים פלסטינים. מאז יישום תוכנית ההתנתקות נפגעה יכולתו לאיסוף מודיעין בשטח רצועת עזה, מה שהתבטא בין השאר בפרשת חטיפת החייל גלעד שליט.
מקורות המידע מופעלים על ידי בעלי תפקיד המכונים "רכזי מודיעין". במרחב ירושלים, יהודה ושומרון פועלים רכזי השטח בגלוי, מנהלים קשר שוטף עם הקהילה בשטח שעליו הם אחראים ונותנים מענה לבעיות יומיומיות. עם זאת, הפעלת הסוכנים וקבלת המידע נעשות באופן סמוי.
השב"כ משתמש גם בהאזנות סתר. כך נעשה, למשל, בפרשת החשדות המיוחסים לח"כ לשעבר עזמי בשארה. כן באפשרותו לקבל בזמן אמת את נתוני התקשורת של טלפונים סלולריים ובהם למשל מיקומו של כל מכשיר סלולרי.
כדי לבצע מעצרים ופעולות מיוחדות בשטחים, השב"כ משתף פעולה עם הימ"מ וימ"ס, שתיהן יחידות של משמר הגבול, וכוחות של צה"ל (בעיקר יחידת דובדבן וחטיבת כפיר). בנוסף מפעיל השב"כ יחידה מבצעית של לוחמים שמבצעת פעילות חשאית בשטחים עוינים.
לפחות מאז 2005 מזמין השב"כ באמצעות משטרת ישראל פעילים משני קצות הקשת הפוליטית לשיחות אזהרה. 
לפי החלטת ממשלה מ-1975 השב"כ מציב מאבטחים חמושים סמויים על כל מטוס נוסעים ישראלי. קודם לכן היו במטוסי אל-על מאבטחים של היחידה הממלכתית לאבטחת אישים ומשלחות.

התמודדות עם טרור יהודי

אגף לסיכול ריגול ומניעת חתרנות במגזר היהודי, הידוע גם בשם "החטיבה היהודית" ו"האגף היהודי". עוסק גם בסיכול וחקירת טרור יהודי.
בשנת 1984 חשף "האגף היהודי" בשב"כ את המחתרת היהודית שביצעה שורת פיגועים החל משנת 1980. בעקבות המלצות ועדת שמגר לחקר טבח מערת המכפלה, הוגדל האגף.
בשנת 2003 נחשפה מחתרת בת עין, אחרי שחבריה ניסו להניח מטען חבלה ליד בית ספר לבנות במזרח ירושלים. היקפן של התארגנויות אלה היה זניח ביותר יחסית לזה של הטרור הפלסטיני. באמצע העשור השני של המאה ה-21 הגביר השב"כ את פעילותו נגד טרור יהודי. באפריל 2016 הודיע השב"כ כי "כל אירועי הטרור היהודי מהשנתיים האחרונות פוענחו".

פרסום מידע על השב"כ

המוטו של השב"כ הוא מָגֵן וְלֹא יֵרָאֶה. ברוח מוטו זה וגם מטבע הדברים, המדינה לא מוסרת פרטים רבים על המתקנים שבהם שוכן הארגון, על המבנה הארגוני, האנשים המנהלים אותו, וכל פרט אחר הנוגע לפעילותו. חוק שירות הביטחון הכללי קובע: "כללים, הוראות השירות, נוהלי השירות וזהות עובדי השירות והפועלים מטעמו, בעבר או בהווה, וכן פרטים אחרים בנוגע לשירות שייקבעו בתקנות, הם חסויים וגילוים או פרסומם אסור. המגלה או המפרסם מידע חסוי לפי חוק זה בלא היתר, דינו מאסר שלוש שנים". כמו כן, השב"כ הוא אחד מהגופים שאינם מחויבים לחשוף מידע מתוקף חוק חופש המידע.
עד שנת 1996 שמו של ראש השב"כ (כמו גם שמו של ראש "המוסד") היה אסור בפרסום, אף על פי שרבים ידעו את זהותו, ובהם פוליטיקאים, ראשי הצבא, עיתונאים רבים ואף ראשי מנגנוני הביטחון של הרשות הפלסטינית. בסופו של דבר הוחלט לחשוף את שמו של ראש השב"כ כשהובן שבעידן האינטרנט, עם מעט מאמץ כל אדם המעוניין בכך יוכל לגלות את זהותו. ראש השב"כ הראשון שזהותו נחשפה באופן רשמי עם כניסתו לתפקידו הוא עמי אילון.
בשנת 2005 הושק אתר האינטרנט של השב"כ וב-5 בדצמבר 2007 הוא שודרג. בעוד שבעבר עסקו תוכני האתר במידע למועמדים לגיוס, האתר המשודרג עוסק במידע על הארגון, על ההיסטוריה שלו, עובדיו שהלכו לעולמם ועוד. בהמשך לשדרוג נוספו לאתר גם דפים בערבית (العربية) ובאנגלית (English).