אלטלנה

הרקע לפרשה

פרשת אלטלנה התרחשה במהלך ההפוגה הראשונה במלחמת העצמאות (11 ביוני - 9 ביולי 1948), זמן קצר לאחר הקמת מדינת ישראל. באותה תקופה הייתה המדינה היהודית הצעירה נתונה במצב צבאי קשה, בעקבות פלישת צבאות ערב לשטח ארץ ישראל המנדטורית, שהחלה ב-15 במאי 1948. היא סבלה ממחסור חמור בציוד צבאי מכל הסוגים, ובמיוחד בנשק כבד (כלי רכב משוריינים, מטוסים וכלי ארטילריה), ונסיונותיה לרכוש נשק ולהביאו לישראל, נתקלו בקשיים חמורים עקב האמברגו שהוטל על ידי מועצת הביטחון של האו"ם, על אספקת נשק לצדדים היריבים במלחמה בא"י.
ההכנות להפלגת "אלטלנה", כולל מימון רכישת האונייה, איושה וציודה, נעשו לפני חתימת ההסכם לפירוק אצ"ל, אך הפלגתה והגעתה לחופי ישראל התרחשו לאחר שההסכם נחתם ב-1 ביוני. לפי ההסכם כוח האצ"ל בירושלים, שכונה "הגדוד הירושלמי", שמר על עצמאותו, אך יחידות אצ"ל אחרות הוכפפו לצה"ל, ושולבו במסגרת חטיבה 7, 8 ו-18. ההסכם נחתם על רקע שאיפתו של ראש הממשלה, דוד בן-גוריון לאחד את כל הכוחות הצבאיים, שפעלו במסגרת היישוב היהודי בא"י (ההגנה, הפלמ"ח, האצ"ל והלח"י) תחת מסגרת צבאית אחת (צבא הגנה לישראל), שתהיה כפופה למרות הממשלה הזמנית של מדינת ישראל.
לתהליך זה הייתה משמעות עמוקה עבור היישוב היהודי, שכן החלוקה לארגוני המחתרת השונים, הייתה מעוגנת בהתפלגות תרבותית ופוליטית של תנועות ערכיות שונות. תנועות אלו שאפו לשמר את עצמאותן, ולכן התנגדו למהלכיו של בן-גוריון להביא ליצירת מערכת ביטחונית ממלכתית אחת, שכולם סרים למרותה, לאחר הקמת המדינה. ההתנגשות והמתח הטבעי בין נטיית הממשלה לקבוע כי למדינה יש מונפול בלעדי על השימוש בכוח צבאי לבין נטיית תנועות פוליטיות שונות (במיוחד אצל מי שנקראו בשם "ארגוני הפורשים", שלפני קום המדינה לא קיבלו את מרות הנהגת ההסתדרות הציונית והנהגת היישוב) להמשיך במצב הקודם, שימשה מצע נוח לפרוץ עימותים סביב נושא זה, אשר פרשת אלטלנה סימנה את שיאם.

הרכש והפלגת האונייה

האונייה "אלטלנה" נרכשה בארצות הברית בקיץ 1947 על ידי "הוועד העברי לשחרור האומה", שהיה גוף פוליטי של אצ"ל בארצות הברית. היא שימשה במקור כנחתת טנקים של חיל הים האמריקני בשם LST 138. השם החדש שניתן לאונייה, "אלטלנה", שמשמעותו "נדנדה" באיטלקית, היה שם העט של זאב ז'בוטינסקי. במקור נועדה האונייה להביא עולים חברי אצ"ל מאירופה לארץ ישראל, אולם בסוף השנה הוחלט להשתמש בה גם כאוניית נשק. באונייה הפליגו כ-930 עולים שנועדו לגיוס לאצ"ל, חלקם ניצולי השואה, והיא הובילה על סיפונה ציוד צבאי רב. מרבית הציוד הצבאי שהועמס על האונייה (נשק ששוויו הוערך בכ-153 מיליון פרנק) הועבר לידי האצ"ל בחינם על ידי ממשלת צרפת, במסגרת הסכם חשאי, שנחתם בין נציגי הארגון לג'ורג' בידו, שר החוץ הצרפתי, פרטי ההסכם והמניעים שגרמו לממשלת צרפת להעביר את הנשק לידי האצ"ל אינם ברורים. הסבר אפשרי הוא חששה של ממשלת צרפת מהשתלטות צבא עבר-הירדן על ירושלים, ורצונה לשמור על האינטרסים המיוחדים של צרפת בעיר באמצעות חימוש הצבא הישראלי (הצרפתים היו מעוניינים שירושלים תישאר מובלעת בחסות בינלאומית, בהתאם להחלטת החלוקה). חלק קטן מהנשק, שהיה על סיפון "אלטלנה", נקנה על ידי נציגי האצ"ל מידי ארגונים ספרדים אנטי פשיסטיים בצרפת, קומוניסטים צרפתיים ולוחמי מחתרות אנטי נאציות].
לפי עדותו של מפקד האונייה, אליהו לנקין, הציוד הצבאי שהועמס על "אלטלנה" כלל כ-5,000 רובים, 450 מקלעים, 5 זחל"מים, כמה אלפי פצצות מטוסים וכארבעה מיליון כדורים. כמו כן הכילה האונייה ציוד רפואי רב (כולל חדר ניתוח) ומדים לרוב. רב החובל של האונייה היה מונרו (עמנואל) פיין, יהודי ששירת בצי האמריקאי.
האונייה הייתה אמורה להגיע לישראל ב-15 במאי 1948, אך מאחר שרכישת הנשק וארגון הלוחמים ארכו זמן רב, יציאתה התעכבה, והיא הפליגה מצרפת רק ב-11 ביוני. עיכוב זה היה משמעותי ביותר, שכן כתוצאה ממנו "אלטלנה" הגיעה לחופי ישראל רק לאחר כניסת ההפוגה הראשונה במלחמה בא"י. בינתיים, נחתם ב-1 ביוני הסכם על שילוב אצ"ל בצה"ל, במסגרתו הוסכם, שאצ"ל יפסיק כל פעילות עצמאית לרכישת נשק. בעקבות ההסכם מסרו נציגי אצ"ל לממשלת ישראל על קיום אוניית הנשק ועל תוכנית ההפלגה שלה, אך מועד ההפלגה המדויק שלה מצרפת לא היה ידוע להם.
האדם שקיבל את ההחלטה על מועד ההפלגה הסופי של האונייה היה שמואל כץ, ששימש כמנהל מפקדת האצ"ל באירופה. הוא החליט לא להודיע להנהגת האצ"ל בישראל על מועד ההפלגה, משום שלטענתו "לא חשב שהדבר נחוץ", טעות שהתבררה בדיעבד כגורלית.
על רקע זה יצאה האונייה לדרכה בחשאי, מבלי להודיע למפקדת אצ"ל בישראל, אך דבר הפלגתה התגלה על ידי הסוורים בנמל שפתחו בשביתה והדליפו זאת לצהובון בריטי (כנראה בשל מסדר שנעשה בנמל לפני העלייה) וממנו הגיעה השמועה לרויטרס, AP, ולבסוף גם ל-BBC, שם שמע לראשונה מנחם בגין, מפקד אצ"ל, על ההפלגה. בגין ניסה לעכב את הגעת האונייה, אך לא הצליח בכך, לטענת אליהו לנקין, מפקד האונייה, הסיבה הייתה בעיות קשר אך יש הטוענים כי לנקין ביים הצגה כאילו מערכת הקשר לא עובדת.

משא ומתן

נציגי הממשלה הציעו למנחם בגין שהממשלה תרכוש את כל הנשק שעל הסיפון, ובשל כך נערכה ישיבה של מפקדי האצ"ל ובה נדונה הצעת הרכישה, בגין התנגד נחרצות בטענה כי אין אנשי האצ"ל סוחרי נשק. ב-15 ביוני נועד מנחם בגין עם נציגי ממשלת ישראל, והודיע להם כי האונייה מפליגה לעבר חופי ישראל בניגוד להוראתו. ישראל גלילי העביר לבגין את הנחיית ראש הממשלה, דוד בן-גוריון, כי על האונייה להגיע במהירות, שדר שהצליח להגיע אל האונייה. ב-16 ביוני התקיימה פגישה בין נציגי אצ"ל לנציגי משרד הביטחון, שבה עלו חילוקי דעות בדבר חוף היעד של "אלטלנה". בניגוד להצעת אצ"ל שהספינה תפרוק את העולים והציוד הצבאי שעל סיפונה בנמל תל אביב שם היו לאצ"ל תומכים רבים, החליטה הממשלה שהיא תעגון בחוף כפר ויתקין, במאמץ לשמור בסוד את דבר קיומה ממשקיפי האו"ם.
למרות הסיכום במחלוקת בדבר חוף היעד, נותרה אי-הסכמה משמעותית בנוגע לחלוקת הנשק שעל סיפון האונייה: בגין דרש כי חמישית מהנשק יועבר ל"גדוד הירושלמי", והשאר ליחידות צה"ל עם קדימות ליחידות אצ"ל, בעוד בן-גוריון הסכים כי חלק מהנשק יועבר לירושלים, אך עמד על כך ששאר הנשק יופקד ישירות בידי צה"ל ללא תנאים מוקדמים.

ישיבת הממשלה ב-20 ביוני

ב-20 ביוני בשעות הערב נערכה ישיבת ממשלה שעסקה בנושאים שונים ביניהם המצב החמור בירושלים. בסוף הישיבה, ניתנה סקירה של התפתחות הפרשה. לפי הדיווח הייתה בחוף ויתקין התכנסות כ-500 אנשי אצ"ל.

בן-גוריון מודיע כי
"עניין המכתב שקבלנו חמור מאין כמוהו, אי אפשר שיהיו שני צבאות ואי אפשר שתהייה שתי מדינות ומר בגין יעשה ככל העולה על רוחו. נהגנו עד גבול הפשרנות האפשרית. ... עלינו להחליט אם למסור את השלטון בידי בגין ולפזר את הצבא שלנו או להגיד לו שיפסיק את פעולותיו הנפרדות, ואם לא - נירה! או שנחליט לפזר את הצבא שלנו"
בן-גוריון מעלה חשש נוסף והוא החלשת מעמדה של הממשלה במגעים עם שליח האו"ם לארץ ישראל, הרוזן ברנדוט, משום שהאחרון עלול להגיע למסקנה כי הממשלה הזמנית אינה שולטת במתרחש במדינת ישראל.

כל השרים שדיברו בישיבה, כולל מרדכי בנטוב, הרב פישמן-מיימון, יצחק גרינבוים אחזו בדעה כי עדיף להימנע מקרב ככל האפשר, ולשם כך יש לרכז כוח גדול שירתיע את אנשי האצ"ל. כפי שביטא זאת גרינבוים: 
"כדי למנוע קרב עלינו לרכז כוח גדול עם תותחים, אם יתרכז כוח קטן שיוכלו לעמוד נגדו, יתפתח קרב. ואז יהיה המצב רע גם אם ננצח".
עולה גם החשש כי כוחות צה"ל במקום לא יספיקו להתארגן בזמן כדי למנוע פריקה של מספיק נשק כך שיתפתח משבר רציני עוד יותר. הרב פישמן טוען כי "אם אפשר לרכז כוח במידה שיספיק כדי לאיים עליהם - צריך לעשות את הדבר." לכך עונה בן-גוריון "לאיים אפשר רק אם מוכנים גם לפעול. הם אינם ילדים ויש ערך לאיום רק כשהוא רציני... אם נכון הדבר שיש להם 5000 רובים ו-250 מכונות ירייה הרי מה שהם עושים עתה הוא משחק ילדים לעומת מה שיעשו מחר. ואז תהיה שתי מדינות ושני צבאות." הרב פישמן שואל אם צריך לתת התראה לבגין ובן-גוריון אומר כמובן שכן.
בן-גוריון מבהיר כי מטרת הכוח היא מניעת הורדת הנשק לחוף, ואם אין ברירה יעשה שימוש בכוח שמונה שרים הצביעו בעד, ושר אחד, הרב פישמן, נמנע. נוסח ההחלטה הוא "מחליטים פה אחד לתת סמכות למטה לפעולה נגדית, אם ירכז כוח מספיק במועד הדרוש. על המפקד במקום להשתדל למנוע בלי כוח, אם לא יקבלו דינו - ישתמש בכוח".

הגעת האניה לכפר ויתקין

האונייה הגיעה לכפר ויתקין בשעות הערב המאוחרות של 20 ביוני, והחלה לפרוק אנשים וציוד. בין המקבלים את פניה היו מספר חברי אצ"ל, ובתוכם בגין עצמו, מספר חיילי הפלי"ם (פלוגות הים של הפלמ"ח) שהתאמנו בפעולות הנחתה וחברי מושב הדייגים מכמורת. חיילי הפלי"ם סייעו בפריקת העולים מהספינה, משהחל הוויכוח על יתרת הנשק שנותר בספינה, הוציאו חיילי הפלי"ם את סירותיהם מכלל שימוש וטענו כי אינם יכולים להמשיך בפריקה.
בשעה 11.00 בערב שיגר יגאל ידין, ראש אגף המבצעים במטכ"ל צה"ל, מברק למפקדי חטיבות "קרייתי" ו"גבעתי": "לרגל אפשרות של התקוממות גדודי האצ"ל לפקודתך בעקב פעולות העלולות להתרחש מהלילה, עליך לנקוט בכל האמצעים הפרבנטיבים שהגדודים הנ"ל לא יוכלו לבצע את ההתקוממות הזאת". חיילי חטיבת גבעתי סירבו לבצע את המשימה. לאור זאת, נדרש דן אבן (אפשטין), מפקד חטיבת אלכסנדרוני, לכתר עם חייליו את כפר ויתקין, ולהחרים את ציוד האונייה. בנוסף לחטיבת אלכסנדרוני הובאו למקום כוחות מחטיבה 7, גדוד 89 (הקומנדו מחטיבה 8 בפיקודו של משה דיין) ופלוגה מהגדוד השישי (שהובאה ממחנה פרדס-חנה).
פקודת הכיתור של כוחות אצ"ל על ידי כוחות צה"ל, הושלמה בבוקר יום המחרת, 21 ביוני. אנשי אצ"ל ראו בזמן זה שתי אוניות מלחמה של צה"ל שסוגרות על האלטלנה מהים. בשעות הבוקר ניסו משאיות האצ"ל לצאת החוצה אבל נתקלו במחסומים של צה"ל. את המחסום הראשון פרקו ואילו במחסום השני נתקלו בחיילי צה"ל שאיימו לפתוח באש אם ינסו לפרוץ את המחסום.
מספר דקות לאחר מכן, שלח דן אבן שליח לבגין עם אולטימטום קצר מטעם משרד הביטחון, למסירת האונייה על תכולתה לרשות הצבא. האולטימטום דרש תשובה תוך 10 דקות. הנימוק שניתן על ידי הממשלה לזמן הקצר היה כי שהות ארוכה בחוף עלולה לגרום לנהירה המונית של אנשי אצ"ל לחוף ולהחרפת העימות בין שני הצדדים. בנאום לפני העולים החדשים על סיפון אלטלנה, אמר בגין שהנשק שעל הספינה נועד ליחידות האצ"ל כדי להגן על ירושלים, ולכן אין כוונה למסור אותו לרשות צה"ל. עוד אמר שהאצ"ל יגן על ירושלים וצבא ההגנה לישראל (הגנה בהדגשה - בציניות) יגן על תל אביב.
בגין ראה באולטימטום הדחוק עלבון, וסגנו יעקב מרידור ניסח זאת כך: "איך זה תוך עשר דקות נותנים אולטימטום? מה זה? אנחנו פושעים? איזו גישה זאת? לא עשינו בשביל המולדת משהו, כדי שהם יוכלו לתת את הפקודות האלה? זה קומם אותנו". בגין טען זמן קצר לאחר מכן כי לא הייתה לו אפשרות לענות תוך עשר דקות וכי הוא רוצה לדבר עם דן אבן.
חלפו עוד מספר שעות שבהן אנשי האצ"ל המשיכו לפרוק את ארגזי הנשק מהספינה, ללא מימוש האולטימטום.
לפי בן-גוריון, היות שניתנו הוראות ברורות לפיקוד הצבא, לא היה לו יותר מה לעשות, והוא לא היה מעורב בנושא עד לפנות ערב. ראש אגף מבצעים, יגאל ידין (שתפקד בעצם כרמטכ"ל באותו זמן) נסע לכפר ויתקין בעצמו וניהל את הפעולות שם.

גילוי האונייה על ידי כוחות האו"ם

אנשי האו"ם גילו את דבר בוא ספינת הנשק ואת מקום נחיתתה. מספר שעות לאחר הגעתה, בשעות הבוקר של 21 ביוני, נשלח לחוף ויתקין מטוס של האו"ם שחג מעל הספינה. אנשי האצ"ל הבינו כי קיומה התגלה. למרות זאת המשיכו אנשי האצ"ל בפעולות פריקת הנשק. מאוחר יותר שלח האו"ם גם שני פקחים לכיוון הספינה אולם אנשי האצ"ל מנעו מהם להתקרב אליה.
טיסת האווירון מעל האנייה, נודעה לשר החוץ דאז, משה שרת בשעות הבוקר של אותו יום. יתר על כן, לטענת שרת, עוד באותו בוקר כינסו אנשי האצ"ל עיתונאים ודיווחו על האניה לכתבים, ומשם הדבר הגיע גם לאנשי האו"ם. שרת הגיע למסקנה כי משרד החוץ חייב לדווח לאו"ם על הנושא כדי שישראל לא תואשם בהפרת האמברגו.
בשעות אחר הצהרים של אותו יום, שלחו אנשי האו"ם שליחים לשרת כדי לקבל הבהרות. שרת היה באותו זמן עסוק בכתיבת מכתב לאנשי האו"ם לדווח על האוניה ועל כך שמדובר במורדים נגד המדינה. אנשי האו"ם סברו בתחילה כי מדובר בהגעתן של שלוש ספינות נשק, אולם הובהר להן כי שתי ספינות הן ספינות משמר החופים.

קרב בכפר ויתקין

נוכח הסירוב להיענות לאולטימטום, ומשניסו משאיות הנשק לפרוץ את המצור, החלו בשעות הערב של 21 ביוני, חילופי-אש, שבהם נהרגו ארבעה אנשי אצ"ל ושני חיילי צה"ל. בנוסף נפצעו 14 אנשי אצ"ל ו-3 חיילי צה"ל. מפקד האצ"ל במקום ביקש הפוגה של 45 דקות לפינוי הפצועים, בכלי רכב של האצ"ל. מפקדי צה"ל במקום הסכימו להפסקת האש ולפינוי הפצועים ברכבים של צה"ל. בשעה תשע בערב הודיע "קול ישראל" כי הוטל עוצר על העיר נתניה.
רוב הנשק שהביאה האוניה נותר בה, אבל חלק ממנו נפרק לחוף. לפי הערכת תנועת חירות, כ-2000 רובים (כ-40% מהרובים באוניה), מאות מכונות ירייה וכמליון כדורים (25%) נפרקו לחוף והגיעו בסופו של דבר לידי צה"ל. גם לפי הערכת הממשלה חלק מהנשק נפרק בחוף אבל רובו נותר באונייה.
בשלב זה האונייה נמלטה אל לב ים ועל סיפונה בגין וכ-100 אנשי אצ"ל, מיעוטם עולים. לפי מרידור הסיבה לכך הייתה חשש לחייו של בגין. בגין עצמו נימק את ההפלגה ברצון להתייעץ עם חבריו ולהגיע להסדר לפריקת הנשק. האניה הפליגה בתחילה לכיוון חיפה אך סבה לתל אביב בפקודת ספינות חיל הים.
ביום המחרת, 22 ביוני, הסכים יעקב מרידור שנותר כמפקד האצ"ל בכפר ויתקין להיכנע. הדבר כלל מסירת כלי הנשק והרכבים במקום לידי צה"ל, ומסירת מכתב אישי מכל אחד מאנשי האצ"ל שיספק את פרטיו וכן התחייבות להופיע בפני השלטונות אם ידרשו לכך. שני הצדדים התחייבו לשחרר שבויים שהיו בידם

קרב בבית דגן

אנשי אצ"ל לשעבר שהיו בגדודי צה"ל בדרום הארץ, עזבו את עמדותיהם כדי לסייע לכוחות האצ"ל. ב-21 ביוני, כוח של לוחמי אצ"ל לשעבר שגויסו לגדוד 57 של חטיבת גבעתי, נטש את עמדותיו בחזית ליד רמלה (שטרם נכבשה), השתלט על נשק ועל כלי רכב של צה"ל ויצא בשיירה לכיוון כפר ויתקין.
השיירה נעצרה במחסום בבית דגן שאויש על ידי אנשי חטיבת קרייתי שניסו לעצור את התקדמותה. הם סירבו להישמע לפקודה לחזור לבסיס. בקרב שהתפתח נהרגו שני אנשי אצ"ל. אחד מהם היה ויקטור-אריה פקולה ומספר חיילי צה"ל נפצעו.שיירת אנשי אצ"ל גברו על כוח צה"ל, פרצו את המחסום, בזזו את הציוד הצבאי שהיה במקום והמשיכו בנסיעה מהירה לעבר חוף הים. בן-גוריון דיווח על התקרית בישיבת הממשלה למחרת, באמרו כי הכוח חסם את הדרך וכי אנשיו מנעו ממנו לשוב לתל אביב בשל כך.

נסיונות תיווך ב-21 ביוני

במשך 21 ביוני ניסה שר הפנים ונציג הציונים הכלליים יצחק גרינבוים לקיים דיונים עם אנשי האצ"ל שהיו מעורבים בהסדר הקודם. הצעתו הייתה שהנשק יוכנס למחסנים תחת שמירה משותפת של האצ"ל ושל צה"ל, והנשק יהיה מיועד לציוד הגדודים של צה"ל. גרינבוים היה סבור שהמטרה היא לא להכניע את אצ"ל בכל מחיר, אלא לסיים את הפרשה בשלום - גם על ידי משא ומתן. הצעת גרינבוים הייתה שהנשק יימסר לצבא, לפי מה שהוסכם קודם, תופרש 20% מכמות הנשק לירושלים (לא ברור אם החלוקה היא בידי אצ"ל או צה"ל) הצבא יתחשב בכך שאצל הביא את הנשק וקודם כל יופרש חלק מהנשק להשלמת ציודם של שני גדודי אצ"ל אם נדרש, וכן ציוד של גדודי אצ"ל נוספים.
הרב פישמן, גרינבוים ושפירא הציעו לקדם תיווך וישיבת ממשלה. גרינבוים ניסה במשך שעות ארוכות להגיע לבן-גוריון אבל נכשל בכך. לבסוף כתב מכתב שהגיע אל בן-גוריון בשעות הערב. הוא קיבל תגובה חריפה מבן-גוריון, על כך שהוסכם שלא יבוצע משא ומתן נוסף. הנימוקים לכך ניתנים בישיבת הממשלה שהתקיימה למחרת - בעוד שבעיני האצ"ל השאלה המרכזית הייתה ועודנה, כיצד יחולק הנשק, בעיני הממשלה השאלה המרכזית היא כיצד לשמור על סמכות המדינה.

קרב ימי עם אוניות חיל הים

בשעה 21:15 פנתה אלטלנה לעבר תל אביב. שתי קורבטות, "אח"י וג'ווד" ו"אח"י אילת", בפיקודו של מפקד חיל הים פול שולמן, נשלחו כדי לרדוף אחר אלטלנה ולמנוע ממנה להגיע לחופי תל אביב. כדי למנוע את הטבעתה ניסתה אלטלנה להיצמד ככל האפשר לקרבת החופים. הווג'ווד ואילת ניסו ליצור עם אלטלנה קשר ולבקש ממנה לפנות ללב ים באמתלאות שונות, אולם לנקין עשה עצמו כלא מבין והתעלם מהמסרים.
אח"י אילת ירתה בתותחי 20 מ"מ על אלטלנה, בזמן שזו חמקה דרומה בשעות החשכה. אלטלנה השיבה אש מקלעים שלא פגעה ולא גרמה נזק. בהמשך התפתח קרב ימי קצר עם אח"י וג'ווד, שבו נעשו חילופי אש מקלעים. חייל צה"ל, איש אצ"ל לשעבר, ששירת בוג'ווד נפצע בקרב.
בשתי אוניות חיל הים פרצו מרידות זוטא. ישראלים ומתנדבים שנמנו עם הצוותים סירבו למלא פקודת ירי. לפי משה נקדימון סיפרו לצוותים סיפור כוזב לפיו מדובר באוניית אויב ערבית.
אלטלנה הייתה בעלת יכולות תמרון טובות יותר מאניית חיל הים והיא הצליחה להתחמק לחוף תל אביב.

עגינת האניה בתל אביב

ב-22 ביוני בשעה בשעה 00:30 השליכה אלטלנה עוגן מול מלון "קטה דן", סמוך למטה הפלמ"ח ולרחוב פרישמן. על פי הצעת מפקד האונייה אליהו לנקין, העלה אותה רב החובל מונרו פיין על שרטון, שריד של אוניית המעפילים "טייגר היל" שטבעה ב–1939. נימוקו היה כי "עכשיו יהיה ברור לכל אחד שאונייה על שרטון איננה עוסקת במרידות".
במקום היו כוחות של חיל המשמר (חי"ם) שהורכב מחיילים בעלי כושר לקוי או גיל גבוה. על הגנת תל אביב הופקדה חטיבת קרייתי ויחידות משנה שלה, שנערכו לתפיסת החוף מול האונייה. במהלך הלילה נסגרו רחובות ובתי קפה על הטיילת התרוקנו ממבליהם. נשלחו פטרולים ונערכה כוננות למניעת ירידה מהספינה, עם הוראות לפתיחה באש.
האלוף מיכאל בן-גל, מפקד קרייתי, שלח פקודת מבצע שבה נרשם: "על אוניית נשק שהגיעה לחופי הארץ השתלטו כוחות אצ"ל. ממשלת מדינת ישראל החליטה פה אחד וציוותה לצבא ההגנה לישראל לנקוט בכל האמצעים להעברת הנשק לרשות הממשלה". פקודת המבצע הורתה על גיוס מיידי של "כל הכוחות שבמרחב ההגנה של תל אביב... במגמה לחסום בדרכים ידועות כל תנועה, חוץ מנושאי תעודות ש.ב. (שירות ביטחון), מכוניות אספקה ויחידות צבא שלנו". ברחובות הסמוכים לים היו ממוקמים מטות ומפקדות שונים של צה"ל, שבמטכ"ל התייחסו אליהם כאל יעד אפשרי. בן-גל הורה להגביר את השמירה על מוסדות הממשלה ומרכזים אחרים.
באמצע הלילה נערך ניסיון להוריד סירה מאלטלנה על מנת ליצור קשר עם מפקדת אצ"ל שהייתה ממוקמת בבניין בית החולים "פרויד" ברחוב לילינבלום תל אביב. אש שנורתה מתוך עמדת שקי החול שלמרגלות מטה הפלמ"ח אילצה את הסירה לחזור.

נסיונות משא ומתן בליל 22 ביוני

בשעות הלילה התקיימו מגעים בין גורמים שונים. שליח העביר פתקים בין בגין על האוניה לבין חיים לנדאו, בכיר במפקדת אצ"ל שהיה מעורב במגעים על המיזוג בצה"ל.
בשעה 03:40 יזם צבי אורבך, מפקד כוחות החי"ם (חיל המשמר) בחטיבת קרייתי, שפיקד על הכוחות בגזרת חוף תל אביב, שיחות בין גלילי וידין שהיו במטכ"ל, לבין לנדאו, איתן לבני, מפקד גדוד אצ"ל בצה"ל ובן ציון קצנלבוגן מוותיקי אצ"ל. בשעה 04:00 לפנות בוקר דיווחו גלילי וידין לבן-גוריון בביתו על כישלון המגעים. לדברי גלילי, בשיחה זו אמר בן-גוריון שלא יהיה מנוס משימוש בכוח, לרבות תותחים. בסיום המפגש הסמיך בן-גוריון את שניהם להמשיך לנהל את המגעים עם אצ"ל והורה להם לנקוט "שפה איתנה" במשא ומתן עם נציגיו. גם סבב נוסף של שיחות כשל.
בבוקר ניסה מפקד חיל המשמר להידבר עם האנייה אך הוא סולק ממנה.

ישיבת הממשלה בבוקר 22 ביוני

בישיבת הממשלה באותו בוקר האשים בן-גוריון את פיקוד האצ"ל בהפרת ההסכמים. הוא טען שאלטלנה נכנעה בלילה לספינות חיל הים, שהדביקו אותה בחוף תל אביב, אבל לאחר מכן התעלמה מפקודה לשוב אל קיסריה. בן-גוריון סיפר לשרים כי בשעות הבוקר התנהל משא ומתן עם פיקוד האצ"ל על האוניה, במהלכו הם נדרשו לתת לנציג הממשלה לעלות לאוניה, כדי להגיש את תביעות הממשלה, אולם אנשי האצ"ל התנו את הסכמתם בכך, שמפקדי האצ"ל יורשו גם הם לעלות על סיפונה להתייעצות, דרישה שנדחתה על ידי מנהלי המשא ומתן מטעם הממשלה הזמנית. לסיכום אמר בן-גוריון: "מתברר שזו הייתה תרמית: הודיעו שנכנעים - ולא נכנעו."
במהלך הישיבה תודרכו השרים לגבי אירועי יום אמש ולגבי עגינת האוניה בחוף תל אביב. בקרב חברי הממשלה, שהשתתפו בישיבה, התגלעו חילוקי דעות ביחס לדרך הטיפול באלטלנה. נציגי מפ"ם (אהרון ציזלינג ומרדכי בנטוב) ומפא"י (בן-גוריון, משה שרת ואליעזר קפלן) בממשלה, בתמיכת השרים פליכס רוזנבליט ובכור שיטרית תמכו בנקיטת גישה תקיפה ובלתי מתפשרת כלפי אנשי האצ"ל על האונייה, בעוד נציגי המפלגות הדתיות (משה חיים שפירא והרב פישמן) והציונים הכלליים (יצחק גרינבוים ופרץ ברנשטיין) תמכו בגישה פשרנית יותר, ובהמשך ניהול משא ומתן עם נציגי אצ"ל, בתקווה להגיע בכל זאת לפשרה מוסכמת. מרבית השרים ראו בפעולות האצ"ל מרד כנגד סמכות הממשלה הזמנית. הם העלו חששות שונים כמו פרוץ מלחמת אחים בשל הפרשה, ופגיעה אנושה ביכולת להחזיק מעמד מול צבאות ערב.
גרינבוים הסביר במהלך ישיבה את הצעת הפשרה שלו לסיום המשבר עם האצ"ל. הוא הביע חשש, שהפעלת כוח צבאי להכנעת אלטלנה, עלולה לדחוף את הארגון לחזור בו מהסכמתו להשתלב במסגרת צה"ל, ולרדת שוב למחתרת, הפועלת נגד ממשלת ישראל. יחד עם הרב פישמן ומשה שפירא, הוא הציע להפסיק את העימות הצבאי עם האצ"ל ולבחור וועדת שרים בת שלושה חברים, לניהול משא ומתן עם נציגיו. רוב השרים התנגדו לקיום משא ומתן כזה. שר החוץ, משה שרת טען בתקיפות כי לא מדובר כאן בריב בין "שתי כנופיות" אלא בארגון שמפר הסכם עם הממשלה וממאן להשמע להוראותיה. בעוד שבתחילת הפרשה, ובעיני אצ"ל גם בסופה - "העיקר היה עניין חלוקת הנשק" מצהירים בן-גוריון ושרת כי "העיקר היה סמכות מדינת ישראל" - ולכן אין להיכנס למשא ומתן נוסף עד לקבלת תנאי הממשלה על ידי האצ"ל.

לפי בן-גוריון:
"כולנו רוצים להימנע משפיכת דמים. אין ביננו מי שלהוט יותר אחרי שפיכת דמים ומי שלהוט פחות אחרי שפיכת דמים. אבל שום משא ומתן, אלא מסירת האניה לממשלה וקבלת הפקודות מן הצבא, זה הצבא שלנו. ואם יקבלו את זה ולא ישתמשו בכוח - לא נלך אתם בקרי."
בשלב זה, אנשי האצ"ל עדיין קיוו לפרוק את הנשק שנותר באוניה בחוף תל אביב, ולאחר מכן להגיע להסדר כלשהו עם הממשלה. לממשלה הזמנית היה ברור בשלב זה, כי לאחר גילוי האניה, והגעתה לחוף תל אביב, לא ניתן עוד להסתיר את פריקת הנשק ממנה ממשקיפי האו"ם, וישראל אינה יכולה להרשות לעצמה את המחיר המדיני של פריקת הנשק מאלטלנה בניגוד להחלטת האמברגו של מועצת הביטחון של האו"ם. עוד קודם לכן עלה חשש מכך, שמועצת הביטחון עלולה למנוע הגעה של אוניות עם עולים מאירופה לישראל, אם ברנדוט לא יסמוך על הבטחות ממשלת ישראל. שרת אמר במהלך הישיבה, כי לאחר תום ההפוגה השנייה, הוא יצליח לשכנע את האו"ם למסור את הנשק הנותר לידי צה"ל. כמו כן שרי הממשלה חששו מהפצצת האניה על ידי הערבים מיד בתום ההפוגה. הממשלה החליטה כי לאחר כניעת האוניה, היא תבקש מנציגי האו"ם לפרוק את הנשק ממנה, כדי לשים אותו תחת פיקוח האו"ם, או לחלופין להשאיר את הנשק על האוניה תחת פיקוח האו"ם עד לגמר ההפוגה. הממשלה גם החליטה כי אם האוניה תציע להפליג חזרה לים ולחזור רק באישור הממשלה, היא תשקול את הנושא מאוחר יותר, בהתאם לתפיסה כי הנושא העיקרי העומד על הפרק הוא לא גורל הנשק שעל האונייה, אלא הציות לסמכותה של הנהגת המדינה היהודית הצעירה (הממשלה הזמנית).
הממשלה דחתה, ברוב של 6 מול 4, את הצעה להקים וועדה למשא ומתן עם אצ"ל. ברוב של 7 מול 2 החליטה הממשלה לדרוש שאצ"ל ימסור את כל הציוד הצבאי שעל סיפון אלטלנה לידי צה"ל ורשויות המדינה. בן-גוריון הבהיר בתום הישיבה "אני רוצה שיהיה ברור מה החלטה שקבלנו. אנחנו החלטנו שדורשים מהם למסור את האניה. אם לא יסכימו - פירוש ההחלטה כפי שהבינותי שיש להשתמש בכוח כמו בכפר ויתקין - לתקוף אותם בכוח כזה שיהיו נאלצים להיכנע, במקרה ויפנו אלינו ויודיעו שהם מסלקים את האניה מחוץ הארץ - תדון הממשלה בדבר ותתן להם תשובה. אני מניח שאין ערור על כך שזהו פירוש ההחלטה: לעשות הכל למען שאפשר יהיה לתפוס את האניה בלי שפיכת דמים. אבל אם לא תהיה דרך אחרת - להשתמש בכוח."

הערכות בחופי תל אביב

בשעות הבוקר של 22 ביוני נתן בן-גוריון לראש אג"מ (והרמטכ"ל בפועל), יגאל ידין, הוראה לפיה: "עליך לעשות את כל הצעדים, ריכוז צבא, כוח אש (תותחים, מכונות ירייה), זורקי להבות ... למען הבא את האונייה לכניעה ללא תנאי". בעקבות הוראה זו נשלחו כוחות מחטיבות יפתח, כרמלי והנגב לאזור תל אביב וסוללת תותחים הוצבה באזור מחנה יונה.
בשעות הבוקר הסתננו אנשי אצ"ל ואוהדי הארגון לאזור החוף של תל אביב, בין האזור שכיום הוא חוף גורדון לבין האזור מול רחוב אלנבי. לפני הצהריים הם פרקו מנשקם את אנשי החי"ם, ויצרו ראש גשר לאלטלנה. לאחר איבוד שליטה במצב מצד חי"ם הועבר הפיקוד לפלמ"ח. בשלב זה מפקדת חיל הים שבמלון "סן רמו" בסמוך לאלנבי הייתה נצורה בשטח שבידי האצ"ל.
שידור מטעם ארגון האצ"ל טען כי כוחות עצומים של צה"ל מתכוונים לבצע התקפה רצחנית על יחידות האצ"ל. אנשי הארגון גם איימו בהתפשטות הסכסוך על פני כל הארץ.
בשעה 09:45 החלה האניה לכרוז לחוף שלא להפריע לה להוריד את הנשק.
משעה עשר בבוקר לערך פיקד יצחק רבין על כוחות שהגנו על מטה הפלמ"ח במלון "ריץ" בחוף תל אביב לשם נקלע במקרה עם זוגתו. הוא ציין בספרו פנקס שירות, שבקרב כוחות הפלמ"ח נפוצו שמועות על כך ש"האצ"ל מתכוון להשתלט על תל אביב כולה". הוא כתב שפעילי אצ"ל השתלטו על כמה עמדות סמוך לחוף ולוחמי חטיבת קרייתי נטשו את עמדותיהם על מנת להימנע מלהשתתף במלחמת האחים. לעומתם מחלקה אחת של חיילי חטיבת גבעתי לא נסוגה מעמדותיה.

תחילת הקרב בתל אביב

סמוך לשעה 12 בצהריים, שידרה אלטלנה לחוף כי היא תחל בפריקת הנשק ואם יפריעו להם בכך - יפתחו באש. דבר זה הוביל להערכות רבה בחוף. עיתונאים שהיו במועדן "סקופוס" נדרשו לעזוב בגלל סכנת קרב.
עקב אי התקדמות במגעים, החליטו אנשי האצ"ל לשלוח סירה עם אמצעי לחימה כלחץ על נציגי הממשלה לפתוח במשא ובמתן. היה ברור שמדובר בפרובוקציה, אבל ההנחה הייתה כי הדבר יקדם את המשא ומתן. יונה פרגר שהיה בעל ניסיון רב מונה לפקד על הסירה. לוחמי הסירה הורכבו משלושה כוחות. כוח אחד, בן חמישה לוחמים, חמושים במטול נגד טנקי (פיאט) ובנשק אישי במתחם קפה "פנורמה", כוח שני, עם 5 לוחמים, מול מטה הפלמ"ח, ופרגר עצמו וארבעה נוספים, חמושים בשני ברנים ובמכשיר קשר, בעמדה ברחוב הירקון הסמוך. באמצעות נשק זה ניסו אנשי האצ"ל להשתלט על מלון ריץ, שבו שכן מטה הפלמ"ח, בסמוך לרחוב פרישמן. משלב זה המלון נמצא במצור על ידי אנשי האצ"ל. כשמול כוחות האצ"ל נמצאים כוחות חמושים במקלעים של אנשי פלמ"ח. שני הצדדים החלו לצעוד זה מול זה, הפיקוד במלון ריץ החליט שלא לפתוח באש אלא אם כן יותקף והסירה הראשונה שיצאה מאלטלנה פרקה ללא שתותקף.
הסירה חזרה לאלטלנה. אנשי האצ"ל מילאו אותה שוב בנשק ושלחו אותה לחוף. בשעה 12:15 התקרבה הסירה לחוף במסעה השני.
אנשיה קראו לעבר החוף לא לגלות התנגדות, אבל בטרם יכלה לעגון, פתחו כוחות צה"ל באש לכיוון הסירה. מקור האש היה במרפסת של ויצו, מטה חיל המשמר. דבר זה החל קרב יריות קשה בין אנשי אצ"ל בחוף ובספינה לבין חיילי צה"ל במטה חיל המשמר, ובמטה הפלמ"ח. הסירה הצליחה להוריד קבוצת אנשים במרחק 300 מ' מצפון לאונייה, אך בכל פעם שניסתה לחזור נבלמה על ידי האש הכבדה.
משלב זה התפתח קרב שנמשך כחצי שעה, שבו גם אנשי האצ"ל באניה ירו על החוף. כמה מלוחמי אצ"ל ששהו על "אלטלנה" העידו שבגין הורה שלא להשיב אש, מחשש להתפתחות מלחמת אחים. זו גם גרסת בגין עצמו בספרו המרד. אולם אנשי האצ"ל באוניה לא מילאו אחר פקודה זו והמשיכו לירות. בגין פנה בזעם ללנקין, שבתאי נדיב וג'ק ברון, ודרש להוציא את הנשק מידי האנשים. ברון ונדיב עשו זאת. לנקין ציווה על הפסקת הירי אולם ההוראה לא בוצעה, אולי בגלל שאון הקרב. ג'רי זלצמן רץ על הסיפון לעבר פקודיו שירו מהחרטום, וחטף את הרובים מידם וציווה עליהם לחדול מהירי ולרדת לבטן האנייה.
אנשי האצ"ל על החוף ניסו לכבוש את מלון ריץ אבל נהדפו.
"תגבורות של לוחמי אצ"ל זרמו אל החוף מן האנייה שבים ומכיוון תל אביב. נפתחה אש לעבר המטה. השבנו אש אל היורים - חוליות אצ"ל, הפרושות לאורך החוף במספרים ניכרים. בבית הסמוך לשלנו שלטו אנשי אצ"ל. כרתנו אתם הסכם: הם אינם יורים לעברנו ואנו איננו יורים לעברם. קול פיצוץ החריד את הבניין: אצ"ל שלח פגז נגד טנקים "פיאט" לעבר מטה הפלמ"ח. הפגז לא גרם כל נזק, אבל זו הסלמה חריפה בקרב. אם הפגז השני יפגע בקיר פנימי של הבניין, מצבנו יחמיר מאד. עמוס חורב (לימים אלוף בצה"ל) ואני עלינו לגג הבניין והשלכנו רימונים לעבר החוליות הפרושות על החוף. לאנשי אצ"ל היו נפגעים. אחד ממפקדי אצ"ל איבד את השליטה על עצמו, התפרץ וצעק, 'למה אתם יורים ביהודים?'. השבתי לו, כשיהודים יפסיקו לירות בנו, נפסיק לירות ביהודים'"
יהודים יורים ביהודים. שעות ארוכות. יהודים נפגעים ונהרגים - מכדוריהם של יהודים אחרים. בהפוגה שבין מערכה אחת במלחמת העצמאות לבין המערכות הבאות, כאשר חשיבותו של כל לוחם בודד לא תסולא."
— יצחק רבין, פנקס שירות, כרך שביעי, עמ' 567.
חיילי צה"ל במטה הפלמ"ח חיסלו עמדת פיאט ומקלע שירו עליהם. מספר אנשי אצ"ל פצועים נראו מוצאים מהמקום. אנשי הפלמ"ח גם זרקו רימונים כדי להדוף את ההתקפה. אנשי האצ"ל בחוף החלו לצעוק וביקשו הפסקת אש לפינוי הנפגעים. על סיפונה של אלטלנה היו פצועים רבים. ביניהם שני בכירים, אברהם סטבסקי (שמת אחר כך) ושמואל מרלין. רב החובל התקשר באלחוט וביקש להורות על הפסקת אש. הוא ביקש להחזיר את הסירה היחידה של אלטלנה שעוכבה בחוף כדי להעביר בה את הפצועים קשה. המענה היה שעל אנשי אצ"ל לחדול מפריקת הנשק.
חילופי היריות בחלק הראשון בקרב בתל אביב, נמשכו חצי שעה, עד לשעה 12:45. לטענת לנקין, מפקד צה"ל יצר קשר עם האונייה והודיע כי יפסיק את היריות אם תחדל פריקת הנשק ואנשי אצ"ל הסכימו לכך. חיילי צה"ל הסכימו לפינוי הנפגעים באמצעות אמבולנסים ומשאיות שהגיעו דרך רחוב מאפו. תושבי תל אביב שהסתתרו מפחד הירי, יצאו מהבתים בתחושה שהקרב הסתיים.

הפגזת האונייה וסוף הקרב

בשעות הצהריים נקרא יגאל אלון אל המטכ"ל, ומונה לפקד על מבצע "להדברת התמרדות האצ"ל ומניעת השתלטות שלו על תל אביב."
אלון נקרא לשיחה עם בן-גוריון. שיחתם נמשכה 15 דקות. בשיחה זו לא נרשם פרוטוקול וכל מה שפורסם בקשר לכך בא מפי אלון. דן קורצמן, שחיבר ספר מקיף על מלחמת העצמאות, טען כי אלון גילה לו פרטים על שיחה זו. "לדבריו, בן-גוריון אמר לו, 'אנו ניצבים בפני מרד גלוי. לא רק תל אביב בסכנת נפילה בידי המורדים. כל עתיד המדינה הזאת הוא על כף המאזניים'". גם הביוגרף של בן-גוריון, מיכאל בר זוהר, מסתמך רק על עדותו של אלון, לאמור: בן-גוריון פנה אליו בקול דרמטי ובחריקת שיניים: "תפוס את בגין! תפוס את בגין!" אלון התארגן במהירות. הוא הקים מטהו במחנה יונה, היום גן מלון הילטון. רבין מונה לסגנו של אלון וקצין המבצעים שלו.
בשלב זה מטה הפלמ"ח היה נתון במצור, ואנשים באניה ומהחוף ירו עליו. מדי פעם נעשו הפוגות להוצאת הפצועים. גם מטה חיל הים היה נתון במצור. קציני צה"ל דרשו שוב ושוב מאנשי האצ"ל להיכנע אבל אנשי אצ"ל לא נשמעו להם. אלון דווח לידין: "אצ"ל השתלט על תל אביב... מפקדת המחוז (חטיבת קרייתי) לא שולטת בעיר".אלון העריך שבלי תגבור כוח צה"ל, הוא לא יצליח לגבור על כוחות אצ"ל. הוא הורה להעביר כוח בגודל 3 פלוגות מחטיבות יפתח, הנגב וכרמלי לתל אביב - וכוח זה טיהר את הרחובות והסיר את המצור משתי המפקדות. בנוסף שלח אלון גדוד נוסף של צה"ל, לעצור ולפרוק את הנשק של כוח של אנשי אצ"ל שערקו מיחידותיהם בצה"ל והתקדמו מכיוון סרפנד אל תל אביב.
אלון העריך שיש לו שלוש אפשרויות - לפתוח באש כבדה על "אלטלנה" ולגרום אבדות כבדות, להניח לאנשי האניה לרדת לחוף עם עוד נשק, דבר שהוא מעריך שיגרום עוד קרבות רחוב עקובים מדם. במקום שתי אפשרויות אלה, הוא פונה למטכ"ל של צה"ל וביקש שיטיל על חיל התותחנים - שלא נתון לפיקודו, לירות כמה פגזי הזהרה לקרבת האלטלנה, לפני הגשת אולטימטום לכניעה. לפי מקור אחר, בשעה 15:30 מסרו כוחות צה"ל לסגן רב החובל של "אלטלנה" אולטימטום, שכלל דרישה לכניעת האונייה עד שעה 16:00.
בשעה 16:00, לאחר שחלף מועד האולטימטום, פתח תותח של צה"ל באש התראה לעבר האונייה. הפגז השני שנורה מהתותח פגע במחסן האונייה וגרם להתלקחות דליקה. לטענת אלון הפגיעה הייתה בטעות ולא מכוונת. לאחר שנכשלו המאמצים לכבות את האש המתפשטת, נאלץ רב-החובל לפקוד על נטישת הספינה מחשש להתפוצצות חומרי הנפץ שעל סיפונה. האנשים שהיו על "אלטלנה" קפצו אל המים, וחבריהם, שהיו על החוף, יצאו לקראתם עם סירות חסקה.
לפי אלון, מרגע שנודע לו על הפגיעה, הוא פקד על חלק מאנשיו להניח את נשקם, לקפוץ לים ולהחיש עזרה לאנשי האניה. לאחר מכן התקשר למטכ"ל לבקש מהם שיורו להפסיק את אש התותחים, וכן להזעיק את חיל הים לפעולות הצלה של אלטלנה.
יצחק רבין כתב בזכרונותיו, שבראותם את ה"אלטלנה" בוערת, אנשי האצ"ל על החוף נתקפו בהיסטריה וצעקו "בגין על האונייה! הצילו את בגין!". לפי עדות רבין, אנשי הפלמ"ח הגבירו בתגובה את עוצמת האש שירו על האונייה, ואילו הוא ומפקדים נוספים של הפלמ"ח, שנמצאו במלון ריץ (מטה הפלמ"ח בתל אביב), ניסו להפסיק את הירי על האונייה לאחר שהבינו שהקרב נסתיים למעשה ולא נשקפת עוד סכנה מצד "אלטלנה": "אש תופת, בעוצמה בלתי רגילה, מכל כלי-הנשק, נפתחה לעבר האונייה. משקעי השנאה של אנשי הפלמ"ח וה"הגנה" כלפי הארגונים [ארגוני "הפורשים" - האצ"ל והלח"י] ומנהיגם מצאו ביטויים בעוצמת האש. איני יודע אם מנחם בגין נמצא על האונייה. אני יודע שהאונייה בוערת, שהפרשה הזאת מחוסלת ואין צורך בנפגעים נוספים. אני עושה כל מאמץ, יחד עם המפקדים האחרים, להפסיק את האש".
בראיון שנערך עמו אמר רבין כי הורה להפסיק את האש לאחר שראה שהאוניה בוערת, ושהירי מכיוונה נפסק. הוא הוסיף, שלאחר הפסקת הירי על האוניה, אנשי האצ"ל שעל החוף, שהיו בפאניקה, הזהירו כי התחמושת וחומרי הנפץ שעל סיפונה עלולים להתפוצץ ולגרום הרס רב באזור חוף תל אביב. בסרטון מופיע גם לוחם פלמ"ח בשם אורי ירום, המודה כי נורתה אש גם לעבר אנשי אצ"ל פצועים, שקפצו מהאוניה וניסו להגיע לחוף.
בו בזמן, כוחות צה"ל השתלטו על אנשי אצ"ל שנמצאו במבואות העיר ובתוכה. יחידת פלמ"ח הגיעה למלון ריץ והסירה את המצור ממנו. רוב התנגדות אנשי האצ"ל נפסקה בשלב זה. לפנות ערב פוזרה ההתקהלות של אנשי האצ"ל והפלמ"ח שלט בחוף.
בקרב על חוף תל אביב נהרגו עשרה חברי אצ"ל וחייל צה"ל. סך ההרוגים בקרבות בחוף ויתקין, בצומת בית דגן, ובחוף תל אביב: 16 אנשי אצ"ל ושלושה חיילי צה"ל. מבין הנופלים מאצ"ל, שלושה היו מהעולים החדשים שהפליגו עם אלטלנה והשאר ישראלים ותיקים (יחסית), בהם גם אברהם סטבסקי, אחד מהנאשמים בפרשת רצח חיים ארלוזורוב.

פרשיות הסירוב בצה"ל

על פי ספרו של שלמה נקדימון אלטלנה, היו סירובי פקודה בפרשת אלטלנה. חיל האוויר הונחה לתקוף את האונייה בדרכה לישראל. גורדון לויט (Levett, אז טייס מח"ל לא-יהודי בחיל האוויר) כתב בספרו "Flying Under Two Flags" (בתרגום לעברית, תחת השם: "גוי של שבת"), כי היימן שמיר, סגן מפקד חיל האוויר, ניסה למצוא טייס לא יהודי שיתנדב לבצע את התקיפה, אולם אלה סירבו כולם, בנימוק שלא הגיעו לארץ ישראל כדי לירות ביהודים. בלטה בחריפותה תגובתו של הטייס השני שנשאל, ריבקוב: "אתם יכולים לקפוץ לי, לא בשביל להפציץ יהודים אני טסתי עשרת אלפים מייל ואיבדתי ארבעה חברים".]
לאחר תשאול שלושה טייסים, שכולם סירבו לבצע את המשימה, התברר שהאופציה האווירית לטיבוע האונייה אינה קיימת, ונותרה רק ההפגזה מן החוף. התותחן הראשון שנתבקש לירות, יוסף אקְסֵן, הצהיר שהוא מסרב ומוכן להישפט ואף להיות מוצא להורג, בטענה שזה הדבר הטוב ביותר שהוא יעשה בחייו. התותחן השני שנשאל, הלל דלסקי, מדרום אפריקה, ניסה גם כן למחות אך שוכנע לבסוף וביצע את הירי.
בסרט "אלטלנה" של אילנה צור מוצגים מסמכים המעידים כי עוד שמונה אנשים מגדוד 33 של חטיבת אלכסנדרוני סירבו פקודה להשתתף בכיתור האונייה (ב"פנקס שירות" מופיע סיפור דומה אך שם הם מוזכרים כחיילי חטיבת קרייתי).

תוצאות הפרשה

בסיכום הקרבות נהרגו 19 אנשים מחילופי האש (16 מהאצ"ל ו-3 מצה"ל) ועשרות נפצעו.
הרוחות לא נרגעו גם בתום הקרבות בחוף תל אביב.
באותו לילה נאם מנחם בגין בתחנת הרדיו החשאית של האצ"ל. במהלך נאומו, שנמשך שעתיים, הוא פרץ בבכי. הוא כינה את בן-גוריון "כסיל" ו"טיפש" וטען שזמם "מזימה" להרוג אותו. עם זאת, הזהיר את אנשיו: "אנו לא נפתח באש. לא תהיה מלחמת אחים בעוד האויב בשער". לימים התייחס בזיכרונותיו ללגלוג לבכיו: "יש דמעות אשר שום גבר אינו צריך להתבייש בהן. יש דמעות מצילות. יש שהברירה היא: דמע או דם". באותו לילה פרסם האצ"ל גילוי דעת, שכינה את בן-גוריון "דיקטטור מטורף" שעומד בראש "ממשלת רודנים פושעים", "בוגדים" ו"מרצחי אחיהם". את מעשיו של בן-גוריון הגדיר "פשעים נגד העם ונגד האנושות". למחרת, 23 ביוני, הודיעה מפקדת אצ"ל כי הארגון מבטל את ההסכם עם הממשלה, כי אנשיו לא יתגייסו לצה"ל וכי אנשי האצ"ל לא מכירים בממשלה הזמנית ודורשים את התפטרותה המיידית. עם זאת המפקדה הורתה לא לפתוח באש בשום מקום במדינה, מחשש למלחמת אחים ובנימוק כי האויב הערבי-הבריטי עומד בשער. בנוסף התרחשו עימותים שונים בתל אביב, ביניהם ירי (באוויר) במשך חצי שעה בין משוריין של צה"ל לבין משוריין של אצ"ל.
השרים פישמן ושפירא התפטרו מן הממשלה הזמנית ב-23 ביוני. הם חזרו בהם ביום למחרת בעקבות הרחבת הוועדה שנועדה להבטיח צבא אחיד ומרות אחידה ושוויון בזכויות ובחובות של כל החיילים. כמו כן הובטח לסלוח לכל פשעי העבר בנושא זה, כי העצורים הולכים ומשוחררים ושלא יהיו עוד מאסרים ללא כתבי אשמה.
בעקבות הפרשה נעצרו כ-200 מאנשי אצ"ל ושוחררו ברובם לאחר מספר שבועות. חלק מבכירי הארגון: משה חסון, אליהו לנקין, יעקב מרידור, בצלאל עמיצור והלל קוק הוחזקו במעצר עד 27 באוגוסט ושחוררו רק בעקבות שביתת רעב ולחץ ציבורי. רוב יחידות האצ"ל פורקו ופוזרו בצה"ל, למעט "הגדוד הירושלמי". ב-17 בספטמבר 1948, נרצח ברנדוט בירושלים על ידי ארגון הלח"י. בעקבות כך נחקקה פקודת מניעת טרור, ופורק הלח"י. כמו כן החליטה הממשלה על תביעת אולטימטום מגדוד האצ"ל בירושלים להתפרק. דבר שיצא לפועל ב-21 בספטמבר.
למשך כשנה עמד גוף הספינה מעלה חלודה ומפוחם מול חופי תל אביב.
הפרשה שעוררה הדים רבים נחשבת לציון דרך חשוב ושנוי במחלוקת בתולדות מדינת ישראל. המאורעות המדויקים, ומניעי הצדדים המעורבים, ובמרכזם בגין ובן-גוריון, נתונים לפרשנויות רבות וסותרות, המושפעות לא מעט מעמדת המפרש. בניסיון להבין את מניעי בגין, יש הטוענים, כי דרישתו לקבל את חמישית הנשק בספינה נועדה להעלות את מורל חייליו שלא משכבר נאלצו לקבל את עולו של צה"ל, אך בעיקר כדי לחזק את כוחות אצ"ל בירושלים.
לעומתם נטען, כי שאיפת בגין הייתה לחזק את התנועה הרוויזיוניסטית על ידי השארת אצ"ל תחת פיקודו, ולחתור תחת הנהגת הצבא.
הטיעון הרשמי של בן-גוריון בזכות הוראתו היה הצורך בהקמת צבא ממלכתי, ומניעת היווצרותו של צבא משנה עצמאי במסגרת צה"ל, מדיניות שבה נקט באופן עקבי, לדוגמה עם פירוק הפלמ"ח. בכל הקשור למניעים אחרים של בן-גוריון, ייתכן כי היה מעוניין בפגיעה בכוחם של מתחריו הפוליטיים, הרוויזיוניסטים, ובחיזוק מפלגתו מפא"י ומעמדו; ולפי טענה אחרת חשש מהשתלטות של בגין על המדינה בהשתמש בכוח צבאי ופוליטי. על מנת להמחיש את טיעוניו, גרס בן-גוריון כי "זהו ניסיון לדרוס את המדינה", וכינה את התותח שהעלה באש את אלטלנה "מבורך". הביטוי "תותח קדוש" אינו נמצא בפרוטוקול הרשמי של הדיון אך הוא נמצא בדיווחים של עיתונאים שנכחו באולם. ערב מלחמת ששת הימים הצטרף מנחם בגין לפגישה בשדה בוקר כדי לשכנע את בן-גוריון לחזור לראשות הממשלה (ממנה פרש ארבע שנים קודם לכן). בן-גוריון אמר בעקבות אותה פגישה: "אילו הכרתי את בגין אז כפי שאני מכירו היום, היו פני ההיסטוריה שונים". מנגד, על סף מותו אמר בראיון לשלמה נקדימון: "נהגתי באלטלנה כפי שהיה צריך לנהוג".]. מצד שני, נקדימון, בספרו "אלטלנה", מציין שבראשית שנות ה-70, אמר מקורבו של בן-גוריון, שמעון פרס לבגין, שהיה אז שר בממשלת הליכוד הלאומי, "הגענו למסקנה כי בעניין 'אלטלנה' הטעו את בן-גוריון". משביקש בגין מפרס, לאחר מכן, להסביר את דבריו, סירב הלה לעשות זאת. בגין, מצידו, פירש את המילים "הגענו למסקנה" בכך שנעשתה בדיקה וזו העלתה את הממצאים האלה. בהזדמנות אחרת, אמר פרס: "היה מי שהטעה את בן-גוריון, הוא היה ישר כסרגל ופעל לפי ההנחיות של גלילי". בראיון פומבי לאחר-מכן, סירב בן-גוריון להתייחס לאפשרות שקיבל מידע לא-נכון מישראל גלילי.
בספרו האוטוביוגרפי המרד כרך מנחם בגין את פרשה זו יחד עם תיאור הסזון בפרק הנושא את הכותרת "מלחמת אחים - לעולם לא". את פרשה אלטלנה סיכם במילים: "עוד רבים המעשים הנוראים שנעשו בימים ההם, ועלולה הייתה לפרוץ מלחמה פנימית, מלחמת נקם איומה, על התרמית, על המזימה, על הפשע, על מעשי הזוועה, על הדם הטהור שנשפך. אבל האויב החיצוני עמד בשער ואנחנו אמרנו: 'בשום תנאים לא להפעיל נשק'... ולא הייתה מלחמת אחים הדדית בישראל, שהייתה מחריבה את ישראל בטרם יקום. על אף הכל". לפני מותו אמר שהיה רוצה שיזכרו אותו מעל הכול כאיש שמנע מלחמת אזרחים בעת קום המדינה, דבר שבעיניו היה חשוב יותר מהישגיו כראש ממשלה.

הטיפול בגוף האונייה

האלטלנה נשארה נטושה על חוף הים בתל אביב. כשנה לאחר מכן, הטיל ראש הממשלה ושר הביטחון דוד בן-גוריון על מפקד חיל הים לפנות את הגוף השרוף מחוף הים של תל אביב ולהטביעו בלב ים. הביצוע הוטל על צוערי מחזור ב' של קורס חובלים. ב-22 ביולי 1949 הודיע משרד הביטחון על כוונתו למשות מן המים את האניה "אלטלנה" המוחרמת, כלשון ההודעה, ולפרקה.
המבנה העליון וסיפון הספינה הוסרו מהספינה ופונו לחוף, כך שמשקל הגוף ירד מ־1,800 טון למחצית. לאחר שריתכו לוחות אטימה לתחתית הגוף ושאבו את המים, הצליחו להציף את הקוער. האנייה נגררה על ידי ה"טג האפור" של חיל הים לנקודה שנבחרה בעומק גדול והוטבעה.
ב-23 ביוני 2011 פורסם כי בעקבות יוזמה של מרכז מורשת מנחם בגין, מתכוון משרד ראש הממשלה להוציא משלחת חיפוש בעלות של 200,000 ש"ח, אשר תאתר את מקום טביעת האונייה. בהמשך יוחלט מה לעשות עם השרידים, וישקלו "הקמת אנדרטה בלב-ים או משיית חלקים מהאנייה לשם הקמת אנדרטה על החוף"

הנצחה וזיכרון

באחדות מערי ישראל (אשדוד, באר שבע, ראשון לציון) נקראו רחובות בשם "אלטלנה".
הרוגי אצ"ל באלטלנה קבורים בבית הקברות נחלת יצחק. הם קבורים כחללי צה"ל בחלקה הצבאית. על הקברים מופיע סמל צה"ל ללא מספר אישי. מול הקברים הוקמה אנדרטת זיכרון ממתכת ועליה שמותיהם וציטוטים של מנחם בגין מאותה פרשה. באוקטובר 2016 נחנכה אנדרטה חדשה לחללי אלטלנה בבית הקברות נחלת יצחק הצמודה לאנדרטה הישנה. האנדרטה היא בצורת ספינה שוקעת ועליה אמרתו של מנחם בגין: "מלחמת אחים לעולם לא".
לאחר שדרישתם הראשונית של אנשי האצ"ל להנצחה ממלכתית של 13 חבריהם שנפלו באירועי אלטלנה סורבה על ידי השלטונות הם הקימו עמוד זיכרון למרגלות גבעת הכורכר בה פעלה בריכת גן הדסה, עמוד ששרד במקום עד 1962. זהו המקום בו נרצח יצחק רבין ב-1995.
במלאת 60 שנה לטיבוע "אלטלנה" נחנכה בחוף תל אביב אנדרטה לזכר הנופלים מקרב אנשי אצ"ל. האנדרטה, דמוית אונייה טובעת, עוצבה בידי דן רפפורט והיא עשויה אבן גיר גלילית. בנוסף לשמות לוחמי אצ"ל שנהרגו, נכתבה על האנדרטה תמצית האירועים, על פי רוח יוצאי אצ"ל, בעברית ובאנגלית, וחקוקים עליה משפטים שאמר מנחם בגין ודברי איש אצ"ל ששהה על הספינה.
לעומת זאת אין אנדרטה לזכר שלושת חיילי צה"ל שנהרגו בקרבות, ובאף אחת מן האנדרטאות הקיימות לא מוזכרים שמותיהם.
במשך שנים רבות נזכרת אלטלנה בשיח הציבורי לטוב ולרע בדיונים בין ימין ושמאל בפוליטיקה הישראלית.
הקריאה "דרושה אלטלנה שנייה" הושמעה על ידי עמי איילון לפני תוכנית ההתנתקות וכן בעקבות אירועי חוות גלעד.]
בשנת 1980, ביום הזיכרון להטבעת אלטלנה, ביקש ראש הממשלה ושר הביטחון, מנחם בגין, מחילה "בשם חיילי צה"ל".
בטקס האזכרה לאלטלנה בקיץ 2011 אמר ראש ממשלת ישראל בנימין נתניהו, כי "ממרחק השנים הפקודה לפתוח באש על הספינה, ולא להידבר עם מפקדיה, הייתה נמהרת ולא אחראית".