פרשת ילדי תימן

פרשת ילדי תימן היא פרשת היעלמותם של פעוטות בני עולים חדשים, כשני שלישים מהם מיהדות תימן, בין השנים 1948–1954. ברוב המקרים הילדים אושפזו במחנות עולים או בבתי חולים, להוריהם נאמר כי הם נפטרו ונקברו, אולם רבים מן ההורים ואחרים מפקפקים בכך וטוענים כי הילדים נלקחו מהם. במהלך השנים נתגלו מספר מקרים בהם הילדים המדוברים נלקחו לאימוץ ללא ידיעת ההורים. בנוסף לכך, מספר אנשים מתוך המערכת, כמו רופאים ואחיות, אמרו כי הם חושדים שהילדים נלקחו ללא רשות.
חלק גדול מהילדים נעלמו על רקע עליית עולי תימן שהתרחשה במחצית 1949. ישראל קלטה אז עשרות אלפי עולים מתימן באופן חפוז ומאולתר, בשל תנאי המחיה הקשים במחנות המעבר בתימן. אחוז גבוה מבין הילדים והתינוקות שהגיעו היו במצב בריאותי גרוע וחלקם סבל מתת-תזונה. גם בישראל עצמה התקיימו תנאים קשים של צנע ומחסור בתשתיות רפואיות ולוגיסטיות. אלה, יחד עם קשיי שפה וזיהוי, הביאו לכך שפעמים רבות נותק הקשר בין ילדים ואף מבוגרים לבין משפחתם. יחס מתנשא של צוותי רפואה הוביל למקרים רבים של קבורה ללא ידיעת ההורים. נוספו על כך בעיות של עומס ואי סדרים ברישום הרפואי וברישומי הקבורה.
נסיבות הפרשה הצטרפו לתחושה קשה ששררה בקרב העולים בנוגע ליחס מפלה על בסיס עדתי וגזעני מצד הממסד והחברה. צווים להתייצבות בלשכת הגיוס, שנשלחו לבתי ההורים כעבור 16–17 שנים, כאשר הגיעו הילדים לכאורה לגיל 18, העלו שוב את העניין לסדר היום הציבורי והוצגו כהוכחה כי הילדים עודם בחיים. בעקבות הלחץ הציבורי החליטה ממשלת ישראל ב-1967 על הקמת ועדת חקירה פרלמנטרית, ועדת בהלול-מינקובסקי. לאחר ביקורות קשות על תפקוד ועדה זו, הוקמה בשנות ה-80 ועדת שלגי, שגם היא ספגה ביקורת ציבורית קשה. ב-1995 הוקמה ועדת חקירה ממלכתית בראשות יהודה כהן, שבהמשך הוחלף בידי יעקב קדמי. הוועדה פרסמה את מסקנותיה ב-2001. כל הוועדות קבעו כי רובם המכריע של הילדים אכן נפטרו. נגד הוועדות נטען שהן אימצו בקלות רבה מידי מסמכים ועדויות על פטירת הילדים.
342 תלונות על ילדים שנעלמו הוצגו בוועדת בהלול-מינקובסקי. ועדת שלגי דנה ב-505 מקרי היעלמות (מתוכם 301 מקרים חדשים) ובפני ועדת קדמי, הוצגו כ-800 מקרי היעלמות (מתוכם כ-450 מקרים חדשים). לפי ועדת קדמי, כשני שלישים מהילדים שנעלמו היו ממוצא תימני, רובם של שליש הילדים הנותר היו יהודים שעלו ממדינות במזרח התיכון, וכ-30 ילדים שנעלמו היו ממוצא אירופאי או אמריקאי. בשנים מאוחרות יותר התגלו מקרים נוספים של ילדים ממוצא אשכנזי.
שלוש תאוריות מרכזיות נשמעו בעניין גורל הילדים. האחת היא חטיפה ממסדית שאורגנה כביכול מגבוה, כדי לספק ילדים לזוגות אשכנזים ולאורחים מחו"ל. תאוריה זו הגיעה לשיאה בשנות ה-90 בפרשת עוזי משולם, כאשר נטען כי הילדים הנעדרים הועברו לחו"ל לשם ניסויים. סברה זו נבדקה על ידי ועדת קדמי ונפסלה. תאוריה שנייה גורסת כי אכן היו מקרים של אימוצים בלתי חוקיים ללא ידיעת ההורים, אבל אין מדובר בתוכנית ממסדית אלא בתופעה שנוהלה בערוצים מקבילים, בחסות העלמת עין ואדישות ממסדית, ומתוך אווירה תרבותית שראתה באימוצים כאלה סיוע לילד שהגיע ממשפחה נחשלת. לפי תאוריה שלישית לא היו דברים מעולם ורוב הילדים מתו, למעט מקרים בודדים שנבעו מטעויות אנוש ובלבול, שנבעו מהנסיבות שתוארו לעיל. סברה זו מקובלת על כל ועדות החקירה שפעלו עד כה. ועדת החקירה הממלכתית מצאה 69 מקרים שבהם לא נמצאו ראיות לכך שהילדים נפטרו ולגביהם היא מעלה אפשרות של "מסירה מזדמנת לאימוץ".

ראשית הפרשה: עולי תימן בעלייה ההמונית

העלייה ההמונית בשנותיה הראשונות של מדינת ישראל הקיפה מאות אלפי יהודים מרחבי העולם שהגיעו בפרק זמן קצר יחסית. מדינת ישראל הייתה עדיין בחיתוליה, בשלהי מלחמת העצמאות ובעיצומה של תקופת הצנע, ולא הייתה בארץ תשתית מוכנה לקליטת מספר כה גדול של עולים. מחסור מרכזי היה במקומות מגורים ובשירותי בריאות. רוב העולים נשלחו לגור במעברות ובמגורים זמניים אחרים, במרכזי קליטה וביישובים רחוקים.

מצוקה במחנות המעבר ומצבם הבריאותי של העולים

במסגרת העלייה ההמונית עלו כ-50,000 יהודים מתימן במבצע "על כנפי נשרים" שהגיע לשיאו בחודשי יוני-ספטמבר 1949. בשלבים מוקדמים של המבצע היו ניסיונות להאט את קצב העלייה בגלל מצבם הבריאותי הגרוע של העולים וחשש מפני קשיים בקליטתם בישראל הענייה, אולם שינויים פוליטיים בתימן והתקבצות הפליטים אילצו את הממשלה והג'וינט לארגן מבצע הצלה ועליה בהול. כבר בשלב הראשון של המבצע שהחל בדצמבר 1948 הגיעו ממחנה "חאשד" לישראל בין 700 ל-950 יתומים, מהורה אחד או משניהם.
מחנה המעבר "חאשד" הוקם בתימן בחופזה ונועד להכיל עד 1,000 איש, אולם בחודש ספטמבר 1949 היו בו מעל 13,000 פליטים. על הטיפול הרפואי הופקד רופא אחד בלבד שהסתייע בשתי אחיות. המצב במחנה היה קשה והתמותה בקרב העולים התשושים הייתה גבוהה. אחת האחיות העידה: "באו כל כך הרבה חולים שהקרקע כולה הייתה מכוסה בגופותיהם. היה עליך להלך ביניהם בזהירות רבה, ובחשכה, למרות הזהירות שבה הייתי הולכת ביניהם, כשאני מאירה את דרכי במנורת הגז, הייתי דורכת על הגופות." תושבי המחנות סבלו ממחסור במזון, במים זורמים, ובתרופות ומתנאי סניטציה קשים והמחנות עמדו בפני קריסה. לכן הוחלט להעלות את העולים לארץ ישראל מהר ככל שניתן.
קשה במיוחד היה מצבם הבריאותי של תינוקות, ילדים וזקנים. לפי ד"ר שטרנברג רבים מהילדים נראו כשלדים ומשקלם של ילדים בני שנה היה 4–5 ק"ג, "עור ועצמות ופני זקנים." בן-גוריון כתב ביומנו בעניין ""ילדים מתים כזבובים... עלינו להציל אותם. אמנם גם פה התמותה רבה, אבל פה יש טיפול יותר יעיל ויותר נאמן". לפי ד"ר דב לויטן, 40% מהילדים בני השנה שעלו מתימן לישראל נפטרו, משום שבתימן לא הכירו את הרפואה המודרנית ובשל תנאי המחיה הקשים של העולים - מסע העלייה המפרך, התנאים הקשים במחנות המעבר והתנאים במחנות בישראל בתקופת המחסור ששררה אז. לכך יש לצרף את היחס המתנשא של צוותי הרפואה שקלטו אותם, שראו אותם כפרימיטיביים. "מחד, ניסו לטפל בילדים ולרפא אותם. מאידך, כשהילד מת לא הודיעו להורים שלו. הם לא נכחו בקבורה ולא ניסחו תעודות פטירה".
חלק מהילדים הגיעו לבית החולים דג'אני ביפו ישירות משדה התעופה בלוד. הם היו במצב קשה של תת-תזונה ותחלואה, וללא רישומים. רבים מהם מתו ונקברו בחלקה של ילדי תימן בבית העלמין בחולון.

קליטת העולים במחנות בישראל

רובם הגדול של עולי תימן שמרו על אורח חיים דתי. לאחר שהגיעו לישראל הם שוכנו בשלושה מחנות מרכזיים, ששימשו קודם לכן מחנות של הצבא הבריטי- ראש העין, בית ליד (פרדסיה), ועין שמר. חלק מן העולים שהה זמן קצר במחנה המעבר בעתלית. אורח החיים במחנות העולים היה דומה לזה של חיילים במחנה צבאי. בד בבד עם הקמת המחנות היה צריך גם לגייס ולהכשיר צוות מנהלי שיטפל באלפי העולים. מחנות אלה נסגרו לאחר כשנה וחצי, בשלהי שנת 1950, ושוכניהם הועברו למעברות, שבהן חיו ההורים והילדים יחד. דבר זה השפיע על דפוסי היעלמות של תינוקות שהיו שונים מעט בתקופת המחנות ובתקופת המעברות. עולים שוכנו גם במחנות העולים שער העלייה (בחיפה) ובבאר יעקב.
לטענת יצחק מעוז, מנהל מחנה ראש העין מאז היווסדו, עומס העבודה והבלבול במחנות היה קשה ביותר. בכל לילה הגיעו כ-700–800 עולים והעובדים במחנה עבדו כ-20 שעות ביממה בניסיון לקלוט אותם באמצעים דלים. בעיה מיוחדת הייתה רישום שמות תושבי המחנה. לרוב העולים היו שמות דומים, כך שצירוף של שני שמות בלבד כמו "זכריה אברהם" לא היה מספיק, והיה צורך להשתמש בשם שלישי. לדבריו, כל תינוק שהובא למחנה הוכנס קודם כל לבית התינוקות, שם נרשם בשם שנמסר למטפלת על ידי הורי התינוק ומדבקה עם שמו הוצמדה לידו הימנית. הרופא במקום החליט אם תינוק חולה צריך להישלח לבית החולים.

בתי תינוקות ובתי חולים לטיפול בילדים

התחלואה בקרב תינוקות וילדים במחנות ותנאי הטיפול בילדים מהווים חלק מרכזי בפרשה. בסמוך למחנות פעלו בתי חולים מקומיים לטיפול בעולים שפעלו בתנאים קשים.
ד"ר ג'ורג מנדל, מי שהיה אז רופא צעיר שעלה מדרום אפריקה, תיאר את התנאים הקשים בבית החולים הזמני במחנה ראש העין. לדבריו, ילדים ותינוקות היו במצב של התייבשות או תת-תזונה ורבים חלו במלריה, טיפוס הבטן, שחפת ומחלות נוספות. בהמשך חלו ילדים גם עקב תנאי התברואה הירודים.
ההורים גרו באוהלים ובמבנים זמניים. בשל מצבם הבריאותי של התינוקות ותנאי המגורים במחנות הוחלט להקים בהם בתי תינוקות שבהם שוכנו עד 50 תינוקות בחדר אחד. הדבר הגביר את סיכויי ההידבקות. בין הסגל של בתי התינוקות (שרובו מקרב יוצאי אירופה) לבין המשפחות היו קשיי תקשורת שהותירו משקעים. היו מקרים של היעדרות הורים בגלל הנסיבות הקשות של אותה תקופה, והדבר עשוי היה ליצור תחושה אצל המטפלות שהמשפחה נטשה את התינוק ושיש למצוא לו סידור חלופי.
במקרה של מחסור במקום או במקרים קשים הועברו התינוקות, כמו חולים אחרים, לבתי חולים אחרים. במחנה בית ליד ובמחנה עין שמר הוקמו בתי חולים שתופעלו על ידי "השירות הרפואי לעולה" של הסוכנות (שר"ל), וילדים פונו בדרך כלל לבתי החולים הממשלתי בחיפה (כיום רמב"ם) ובית החולים העמק בעפולה. במחנה בראש העין הופעל בית חולים מקומי כשלוחה של בית החולים הדסה בירושלים, ובמקרה הצורך הועברו תינוקות לבתי החולים הממשלתיים תל השומר וסרפנד (אסף הרופא כיום), וכן לבית החולים דג'ני ביפו (כיום וולפסון). חולים במחלות מידבקות, לרבות אסכרה, ודפטריה שיתוק ילדים ושחפת, הועברו לבתי חולים ממשלתיים בפרדס כץ ובדיר עמר (איתנים). העברה לאשפוז בבתי החולים הממשלתיים נעשתה על פי החלטת הסגל בבית התינוקות או בית החולים המקומי, ואשפוז התינוק התברר להורים בדרך כלל רק בדיעבד כשלא נמצא התינוק בבית התינוקות. לדברי מנדל, לעיתים קרובות היה צורך דחוף להעביר תינוק ולא ניתן היה לחכות להורים, בשל קושי לטפל בו או חשש להדבקת ילדים נוספים. לדבריו: "השיטה למצוא הורים לא הייתה משוכללת. היה איזה רמקול במשרד של הסוכנות והיו צועקים את השם של אב. לדוגמה: יחיא יחיא, או אברהם יחיא! הייה ממש בלאגן שלם. והיו שמות דומים."

התייחסויות ראשונות לפרשה

כבר בשנת 1949 היה הדרג הבכיר בממשלה מודע לפרשה. בשנת 1950 שלח ארגון "התאחדות התימנים" מכתבים בנושא אל שר המשטרה בכור-שלום שטרית. במכתב, שנשלח ב-8 במאי 1950, נאמר:
מתוך בירורים שונים שהיו לנו בבתי העולים התימנים בראש העין, שוב אישרנו כי חולים נעלמים. אולי מתים ונקברים ואיש אינו יודע מתי והיכן. אנו עומדים נדהמים בפני מצב זה שאין אפילו מי שיסביר לנו מה העניינים כאן.
ד"ר ליכטיג כתב לבתי החולים הממשלתיים ב-21 באפריל 1950:
קרו מקרים שילדים עזבו את בית החולים מבלי שהגיעו חזרה להוריהם. כנראה נמצאו אנשים זריזים שהיו מעוניינים לאמץ ילדים. ההורים ה'שכולים' חיפשו את ילדיהם ואינם[...] צריך לעשות את כל המאמצים למנוע הישנות המקרים.
— גנזך המדינה 74/13/3637
מסמכים מאותה שנה מעידים ששר המשטרה ושר הבריאות היו מודעים לבעיה אך הסתירו מידע רב. סיווגם של רבים ממסמכים אלה היה "סודי" או "סודי ביותר".]
בינואר 1950 נעלם תינוק בן 7 חודשים, משה בן סלים, שהוריו שהו במחנה העולים בבית-ליד. במרץ 1950 החלה חקירת משטרה על היעלמות זו, שכללה תשאול במחנות העולים ובבית החולים בחודשים מרץ ואפריל של אותה שנה. מסקנת המשטרה הייתה שהתינוק הבריא לאחר שאושפז. הוא נשלח בטעות למחנה עין שמר ושם נעלם עקב הבלגן ששרר במחלקות הרפואה במחנות אלו. בספטמבר 1950 תיאר בקצרה העיתון 'דבר' את היעלמו. הכתב מציין כי "אין זה מקרה ראשון שהילדים אשר נשלחו מהמחנה לבתי חולים נעלמו בדרכם חזרה". אחד ממכתבי התגובות תהה "הרי התינוק איננו חבילת חפצים הנעלמת בנמל! ... מי אחראי לשערוריה זו שילדים נשלחים אפילו לא כצרור דואר רשום?". מאמר נוסף פורסם ב"על המשמר" (5 באוקטובר 1950).
הדיון הראשון במליאת הכנסת בפרשה זו התקיים ב-20 בנובמבר 1950, במסגרת דיון על המצב במעברות. בדיון דיבר ח"כ מאיר וילנר ממק"י על השתיקה סביב הפרשה ואמר כי "כל חבר כנסת בלתי משוחד יודע שהמצב הוא בכי רע".
למרות זאת, תינוקות וילדים המשיכו להיעלם. לפי ועדת קדמי בשנים 54–1951 נעלמו כ-260 תינוקות ברחבי הארץ.
ב-1952 נכתב בדו"ח פנימי של אגף החקירות של המשטרה על היעדרותם של תינוקות מבתי חולים ובתי תינוקות במחנות העולים בית ליד, ראש העין ועין שמר. שר המשטרה ושר הבריאות התכתבו בעניין.

ועדות בדיקה ופעילות ציבורית

מאז שנות ה-60 של המאה ה-20, שבה והייתה פרשת ילדי תימן נושא לדיון ציבורי אחת לכמה שנים. שלוש ועדות הוקמו לחקירת הנושא וכן פעלו עמותות וחוקרים לשפוך אור על הפרשה.

חקירה של הוועד הציבורי למען ילדי תימן

בשנת 1966, לאחר שמשפחות ילדים נעדרים קיבלו צווי גיוס עבורם, החלה לפעול קבוצה בשם הוועד הציבורי למען ילדי תימן או "ועדה ציבורית לגילוי ילדי תימן הנעדרים". השתתפו בה פסיכולוגים, רבנים וראשי רשויות. חברי הקבוצה ערכו בתל אביב מפגש התרמה וגייסו את החוקר עמי חובב. חובב, בן למשפחה מיהדות תימן שהיה קצין מודיעין בדק כ-200 מקרים. חקירתו ארכה כ-5 חודשים ובמהלכה הגיע למסקנה כי הילדים נפטרו וכי אין קשר בין היעלמות הילדים לממסד. לדבריו הוא הגיש את הממצאים לטוב צדוק, ראש הוועד הציבורי למען ילדי תימן, וזה סמך ידיו על הממצאים.

ועדת בהלול-מינקובסקי

ב-3 בינואר 1967 הוקמה על ידי שרי המשפטים והמשטרה, ועדת בהלול-מינקובסקי. בראש הוועדה עמדו יוסף בהלול, פרקליט מחוז חיפה והצפון, ורב־פקד ראובן מינקובסקי מהמטה הארצי של המשטרה. תפקיד הוועדה היה לברר את הטענות בדבר היעלמם של תינוקות ממחנות העולים בשנים 1949–1951 וגורלם.
לדברי העיתונאי עמוס כרמלי בטרם עבודת הוועדה הוערך כי קיימים בין עשרה למאה נעדרים. בכתב המינוי הודגש כי על חברי ועדת החקירה לעמוד בקשר עם נציגי הוועדה הציבורית (ראו להלן). שניים מבין חברי הוועדה הציבורית, יועצה המשפטי ה. קהן והחוקר עמי חובב הצטרפו לוועדה כנציגים. לרשותה הוועדה 4 חוקרים קבועים, ולאחר שהתברר כי החקירה ומסתעפת הצטרפו אליה חוקרי משטרה נוספים.
הוועדה לקחה מסמכים מארכיבים של הסוכנות היהודית, משרד הסעד, משרד הבריאות, בתי־חולים ועוד. היא פנתה לציבור באמצעות העיתונות והרדיו למסור לה ידיעות הנוגעות להעלמות הילדים. אנשיה חיפשו חומרים ומסמכים גם בשישה מחנות עולים שבהם גרו עולי תימן. הוועדה ראיינה עשרות מנהלים ועובדים וגבתה עדות מ-399 הורים מתלוננים ולכל תלונה נפתח תיק. לטענת כרמלי הקושי העיקרי של הוועדה היה 17 השנים שחלפו מאז התרחשות האירועים. מרבית המוסדות שבהם שהו העולים נתחסלו וחלק מהארכיונים הושמדו או נמצאו חסרים עקב העברתם למקומות אחרים. בין היתר הגיעה הוועדה, אל י. אריכא, יהודי דתי יוצא תימן שהיה אחד האחראים על מחנה העולים בעין שמר. הוא סיפר לוועדה על תחלואה קשה במחנה שכתוצאה ממנה נפטרו רבים מהילדים. היות שלא היה מנגנון קבורה במחנה הוא אירגן חברה קדישא פרטית. הוא קיבל חלקת אדמה וקבר בה נפטרים. הוא רשם את הקבורה בפנקס שנשמר בבית.
באוגוסט 1968 פרסמה הוועדה את מסקנותיה בדו"ח של 196 עמודים שהוגש לכנסת. הוועדה בדקה 342 מקרי היעלמות שהגיעו לידיה. לגבי 316 מהנעלמים נקבע כי נפטרו. לגבי ארבעה ילדים נקבע כי אומצו, ו-22 ילדים הוגדרו כנעדרים. הוועדה המליצה על עריכת חקירה בחו"ל, כדי לבדוק את האפשרות שחלק מהילדים נמסרו לאזרחים זרים. היא עצמה חקרה מקרים בישראל בלבד.

דו"ח עמותת "ועדה הציבורית לגילוי ילדי תימן הנעדרים"

ב-1986 פרסמה הוועדה ציבורית לגילוי ילדי תימן הנעדרים דו"ח משלה שקרא להקמת וועדת חקירה ממלכתית. הדו"ח הסתמך בין היתר על מחקרו של דב לויטן מאוניברסיטת בר-אילן, שהעלה טענות על ליקויים בפעולת ועדת בהלול-מינקובסקי. לויטן טען כי שיקול פוליטי מנע הקמת ועדת חקירה ממלכתית. הוועדה לא חקרה את כל התלונות שהוגשו וייתכן שמספר הילדים שנעלמו היה גדול מ-342. עוד אמר כי הוועדה הסבירה שליקויים מנהליים מנעו מסירת מידע מוסמך להורים והזמנה לטקס הקבורה, אבל הסבר כזה אינו מתקבל על הדעת היות שמדובר במאות מקרים. כמו כן לא בוצע אימות של אמינות תעודות פטירה על ידי פתיחה מדגמית של קברים.
בפברואר 1986 קראה ועדת הפנים של הכנסת להקים ועדת חקירה ממלכתית. בעקבות תוכנית טלוויזיה ב"מבט שני", שהוקדשה לילדי תימן, הבטיח ראש הממשלה, שמעון פרס, כי תוקם ועדת חקירה בעניין. ב-3 במרץ 1986 מינה פרס ועדה של פקידי ממשלה כדי שתהווה "צוות מדריך לוועדה הציבורית לגילוי ילדי תימן". לטענת הממשלה "הוועדה הציבורית לגילוי ילדי תימן" סירבה לשתף פעולה עם הוועדה הממשלתית. חברת הכנסת מרים גלזר-תעסה מהליכוד דרשה בשנת 1987 הקמת ועדת חקירה ממלכתית.

ועדת שלגי

בעקבות העניין הציבורי שעוררו המסקנות, הקימה הממשלה בראשות יצחק שמיר ב-1988 ועדת בירור על פי חוק ועדות חקירה. בראשות ועדה זו, ועדת שלגי, עמד שופט - ד"ר משה שלגי. לוועדה לא הייתה סמכות לברר תלונות על כוונות זדון או לחקור את ההתנהגות של גורמים שונים שטיפלו בנושא בהם גורמי הממסד. את העבודה ליוו דב לויטן ו"הוועדה הציבורית לגילוי ילדי תימן הנעדרים".
בסך הכל קיבלה הוועדה 505 הודעות על נעדרים, מתוכן 204 הודעות על ילדים שגורלם כבר נבדק על ידי ועדת בהלול מינקובסקי ו-301 מקרים שטרם נחקרו. מרבית הילדים הנעדרים נעלמו מבתי חולים ובתי תינוקות. בין הילדים שנעדרו היו מלבד יוצאי תימן גם יוצאי ארצות נוספות, באפריקה, אסיה ואירופה. בשנת 1994 טען חבר הכנסת אריה גמליאל מש"ס בדיון בכנסת, כי במשך 4 שנים הוועדה לא תפקדה, והיא החלה לעבוד באמת רק בשנה האחרונה לעבודתה, וכן נאמר כי השופט שלגי טען בוועדה כי יש לו מחסור בסמכויות ובתקציבים, ואינו יכול לשכור חוקרים.
ועדת שלגי פרסמה את תוצאותיה בסוף שנת 1994. מתוך 204 הודעות שנחקרו על ידי ועדת בהלול-מינקובסקי, נתגלו 34 מקרים שבהם התגלו טעויות בממצאי הוועדה. מתוך 301 הודעות חדשות - ב-14 מקרים נעלמו הנעדרים בעיר עדן בתימן, ולגבי 3 מהם התגלה מידע על פטירתם שם. מתוך שאר 287 ההודעות, ב-222 מקרים הגיעה הוועדה למסקנה שהילדים נפטרו. ל-171 ילדים נמצא תיעוד על הבאתם לקבורה, וביחס ל-51 אחרים לא נמצא תיעוד דומה. לא נמצאו ממצאים כלשהם באשר לגורל 65 מהנעדרים. הוועדה גם בדקה 10,000 תיקי אימוץ בשנים 49–1960, אך לא התגלה בהם מידע חדש. הוועדה נמנעה מפתיחת קברים - בגלל מורכבות הנושא ובגלל חוות דעת מהמכון לרפואה משפטית כי לאחר עשורים רבים לא ניתן לזהות את הטמון בקבר.
יגאל יוסף, אחד החברים בוועדה וראש עיריית ראש העין לשעבר, סירב לחתום על מסקנות הוועדה. בראיון משנת 2016 טען כי "זו הייתה ועדת מריחה, קומבינה, להשתיק את הפרשה, להתעלם. ככה משכו אותנו במשך כל השנים". עוד אמר:
הביאו נייר מצולם ולקחו את אותו חוקר שהיה בוועדת בהלול-מינקובסקי. לפני החוקר הזה היו לנו כמה קציני משטרה לשעבר, חוקרים מנוסים בנושא של חקירות פליליות, אבל פיטרו אותם, לא נתנו להם לעבוד ולקחו חוקר שפתר להם את כל הבעיה בזה שהביא להם מסמכים לא אותנטיים לדעתנו, לא מקוריים ולא אמינים. על סמך זה הם קבעו שהילדים מתו. זה לא הניח את דעתנו ואת דעת המשפחות, ולכן עד לרגע זה אף אחד לא מקבל את מסקנות ועדת בהלול-מינקובסקי, את מסקנות ועדת שלגי וגם לא את מסקנות ועדת החקירה הממלכתית, שנשענה בעצם על אותם חומרים פחות או יותר של שתי הוועדות הקודמות.

ועדת קדמי - ועדת החקירה הממלכתית

בינואר 1995, חודש אחד בלבד לאחר פרסום מסקנות ועדת שלגי, ובעקבות סערה ציבורית שעוררה התבצרותם של הרב עוזי משולם וחסידיו, הוקמה ועדת חקירה ממלכתית ביוזמת שר המשפטים דוד ליבאי. בראש הוועדה עמד שופט בית המשפט העליון יהודה כהן, והיו חברים בה גם אלוף (מיל') דוד מימון והשופטת דליה קובל. השופט כהן פרש מהוועדה בפברואר 1999 ובמקומו מונה שופט בית המשפט העליון יעקב קדמי. הוועדה עסקה לא רק בילדים מתימן, אלא גם בילדים ממדינות אחרות, בפרט ארצות ערב וצפון אפריקה.
הוועדה בדקה במשך כ-7 שנים למעלה מ-850 עדויות, 27 מהן נותרו חסויות. היא פרסמה דו"ח ביניים באוגוסט 1997.
מסקנות הוועדה פורסמו ב-2001, בדו"ח בן 1,828 עמודים שהתחלק לדו"ח ראשי בן 322 עמודים, ועוד שני כרכים של דו"חות אישיים למשפחות. לגבי 733 נעדרים קבעה הוועדה כי הילדים נפטרו, עקב מציאת ראיות מהימנות בדבר מותם. לגבי 56 תינוקות כתבה הוועדה כי היא לא מצאה קצה חוט לגביהם וגורלם "עלום". היא העלתה אפשרות שתינוקות אלה נמסרו לאימוץ על ידי עובדות סוציאליות. הוועדה מתחה ביקורת על מחדלי הסוכנות היהודית במניעת חרושת השמועות על חטיפות ילדים, וקבעה כי הסוכנות יכלה למנוע זאת באמצעות פעולה יזומה. על תוכן הפרוטוקולים הוטל חיסיון בהוראת ממשלה עד שנת 2071.

מסירה מזדמנת לאימוץ ואחריות הממסד

בעוד הוועדה שוללת מכל וכל חטיפה ממסדית, היא אינה שוללת "מסירה מזדמנת לאימוץ" של 56 ילדים - במקרים שבהם נותק הקשר עם תינוקות שהוחזקו בבתי תינוקות, וכנראה גם במקרה של ילדים שאושפזו והחלימו ומשפחותיהן לא נמצאו. ייתכן שבעקבות כך הם נמסרו לתהליך אימוץ באמצעות העובדת הסוציאלית כתינוקות "נטושים". המסירה לא נרשמה באופן מסודר ולא דווחה לגורם מרכזי כלשהו.
"עובדת קיומה של מסירה מזדמנת לאימוץ" במשמעות ובנסיבות מהתאורות בדו"ח זה לא הייתה - ואינה יכולה להיות - שנויה במחלוקת. היא ניבטת אלינו מן התמונה הכוללת של המציאות של אותם ימים, כפי שזו מצטיירת מן העדויות ומן התיעוד שנפרשו לפני הוועדה: ומומחשת בצורה שאינה מותירה מקום להיסוסים בדבר התחרשותה, בנסיבות מסירתן לאימוץ של שלוש הבנות".
— דו"ח וועדת קדמי, עמ' 253
מסירה מזדמנת זו מתיישבת לדברי הוועדה עם עדויות ששמעה מפי מטפלות בדבר ביקורים של משפחות דוברות שפות זרות בבתי התינוקות, התבטאויות של מטפלות בדבר אפשרות של נטילת תינוק לאימוץ מבית תינוקות לעצמן או לאחרים, דבריהם של נהגי אמבולנסים שהחזירו לבתי החולים ולבתי התינוקות תינוקות מאושפזים שהבריאו אבל בני משפחותיהם לא אותרו, דבריהן של עובדות סוציאליות שניסו למצוא סידור לתינוקות שהחלימו ומשפחותיהן לא אותרו, וכן עם נסיבות אימוצן של שלוש בנות המתוארות בדו"ח הוועדה.
הוועדה מתארת מצב שבו הן בתי התינוקות והן בתי החולים הטילו את האחריות לשמירת הקשר עם הילדים על ההורים, כאשר בפועל שמירה על קשר זה הייתה קשה מאוד למשפחות בשל מצבן, חוסר ידיעת השפה ועוד. כאשר הקשר ניתק - כמעט שלא נעשו מאמצים לאתר את ההורים לשם הודעה על פטירה וקבורה או לשם החזרת הילד. הוועדה אינה מפרשת את אי הדיווח למשפחה כרצון לחטוף את הילדים אלא כתולדה של "אזלת יד" מצד גופי הממסד, שבאה לידי ביטוי בשני אופנים: באי-קביעת נוהלי דיווח ומעקב מחייבים בין בתי התינוקות התינוקות שאושפזו לבין המשפחות, ובאי הקמת מוסד מרכזי למעקב אחר גורלם של תינוקות שהוצאו ממסגרת משפחותיהם ולאיתור משפחות שהקשר שלהם לתינוקם ניתק.

ביקורת על הוועדה

לטענת פרופ' בועז סנג'רו, "עבודת הוועדה לקתה בליקוי היסודי ביותר שוועדת חקירה עלולה ללקות בו - העדר אפיסטמולוגיה של חשד" - הוועדה לא פעלה מתוך נקודת הנחה שיש חשד לחטיפה, והתייחסה בסלחנות קיצונית למחדלים שבוצעו "מתחת לאפה" בשנות פעילותה. דוגמה בולטת היא שהוועדה לא מצאה לנכון לחקור את השמדתם, בסמוך לזמן פעילות הוועדה, של שני ארכיונים חשובים הנוגעים לפרשה, והסתפקה בהסבר כי הארכיונים הושמדו בטעות.
ביקורת נוספת היא שהוועדה התמקדה בבדיקת הטענה של "חטיפה ממסדית", אולם לא בדקה ברצינות אפשרות אחרת, שהיעלמות הילדים לא התבצעה מתוך יוזמה ממסדית אלא על ידי גורמים מקומיים, בחסות העלמת עין ואדישות ממסדית. לדברי סנג'רו הוועדה לא ניסתה לחפש עדויות חדשות כדי לחקור את האמת אלא תפקדה כבית משפט שמסתפק בבחינה של העדויות שמביאים בפניו המתדיינים.
עיתונאים, חוקרים ופעילים ביקרו את הוועדות הציבוריות על כך שנתנו אמון ברישומים של בתי החולים ושל חברה קדישא כראיה לכך שהילדים מתו ונקברו, גם במקרים של סתירה בין רישומים וגם כאשר הרישומים סתרו עדויות של הורי הילדים בפרטים כמו מין הילד.

ממצאי הבדיקה המדגמית בבית העלמין "סגולה"

ועדת בהלול-מינקובסקי וועדת שלגי הגיעו למסקנה כי בבית העלמין סגולה ובבית העלמין בשער מנשה קיימים קברים של ילדים תימנים. עורך הדין רמי צוברי שימש בשנות ה-90 יועץ משפטי בוועדה ציבורית התנדבותית שהוקמה על ידי משפחות הנעדרים. צוברי הוביל מהלך משפטי לפתיחה מדגמית של קברים, בניסיון לבדוק את אמינות רישומי הקבורה של חברה קדישא. הוא פנה לוועדת החקירה הממלכתית ולשר הבריאות אפרים סנה, שדחו את בקשתו. בעקבות זאת פנה צוברי לבג"ץ וב-1996 אישר שר הבריאות צחי הנגבי לפתוח עשרה קברים בבית העלמין סגולה.
לפי דו"ח ועדת החקירה הממלכתית נאמר שחפירת הקברים נעשתה בשלב ראשון ללא מומחים מן המכון הפתולוגי, ובהם נמצאו שרידי גופות בשלושה קברים בלבד. לאחר מכן הורו מומחי המכון הפתולוגי להרחיב את החפירה לצדי הקברים, כדי לבדוק את האפשרות ששרידי עצמות נסחפו הצידה, וכן לסנן את העפר במסננת המיועדת לכך, וזאת משום שעצמות תינוקות מתפוררות במשך השנים. הממצאים נשלחו לבדיקות DNA באנגליה. הבדיקות העלו שבכל אחד מהקברים נמצאה גופה אחת, שגילה המוערך התאים לגיל הילד ששמו על המצבה. רק באחד הקברים נמצאו שרידים שניתן להפיק מהם DNA לצורך הבדיקה, ובמקרה זה התאימו הממצאים לאלה של משפחת התינוק שלפי הרישום נקבר במקום. מאידך, בשנת 2016 אמר צוברי שבעשרת הקברים נמצאו 22 ילדים, ולטענתו הדבר מצביע על כך שרישומי חברה קדישא אינם אמינים.

מאבק ציבורי במאה ה-21

בשנת 2002 ניסו מספר חברי כנסת (צבי הנדל מ"האיחוד הלאומי", אליעזר זנדברג מ"שינוי" ואריה גמליאל מש"ס) לקדם הצעת חוק למען הקמת מאגר דנ"א שיסייע בזיהוי המשפחות הביולוגיות של ילדים שיש חשד שהועברו לאימוץ באופן לא חוקי. הממשלה בראשות אריאל שרון התנגדה ליוזמה זו. שר המשפטים מאיר שטרית טען שהקמת המאגר וחיפוש הקשרים המשפחתיים עלולים להוביל למצבים שבהם לפתע אב יגלה, שמי שחשב שהוא בנו בעצם אינו בנו הביולוגי, אלא פרי יחסי מין של האם עם גבר אחר. מארי-קלייר קינג, פרופסורית לגנטיקה מאוניברסיטת וושינגטון בסיאטל המתמחה באיתור ילדים חטופים באמצעות בדיקות דנ"א, אומרת שאפשר להימנע ממצבים מביכים אלה. לדוגמה אפשר לבצע את הבדיקה ב"דנ"א מיטוכונדרי" - דנ"א העובר רק מהאם לכל צאצאיה, וכך הבדיקה כלל לא תהיה תלויה בקשר המשפחתי שבין אב המשפחה והילד הנעדר.
מספר עמותות ופעילים פועלים בנושא במאה ה-21: "ארגון ילדי תימן" בישראל שקמה בשנת 1995, עמותת "עמר"ם" ופורום "אחים וקיימים". העמותות פועלות כדי לתעד את סיפורי המשפחות שילדיהן אבדו, וכן פועלות באפיק משפטי וציבורי כדי לאלץ את המדינה לחשוף לציבור את כל החומרים שבידה. הן דורשות גם הקמת מאגר DNA, הכרה רשמית ברקע הגזעני של הפרשה והכנסת הנושא לתוכניות הלימוד בבתי הספר התיכוניים.
באמצע 2016 עלה עניין ילדי תימן לדיון בוועדת חוקה חוק ומשפט של הכנסת בשיתוף פעולה עם חברת My Heritage הוקם מאגר גנטי של משפחות ומאומצים.
השר צחי הנגבי, שמונה בשנת 2016 על ידי ראש הממשלה בנימין נתניהו לבדוק את נושא הסרת החיסיון מהפרוטוקולים והמסמכים החסויים בפרשה, אמר זמן קצר לאחר תחילת הבדיקה, כי מאות ילדים נגזלו במזיד. בנובמבר 2016 החליטה הממשלה לקבל את המלצת הנגבי ולהתיר את פרסומם של חומרי ועדת כהן-קדמי, שהיו אמורים להיות חסויים עד שנת 2070. נקבע שכל החומר יפורסם באתר האינטרנט של ארכיון המדינה למעט פרטים העשויים להביא לזיהוי המאומצים, המאמצים וההורים הביולוגיים, מידע רפואי, מידע בענייני רווחה, מידע שאין בו עניין ציבורי הנוגע לפרשה, או שהפגיעה בפרטיות שבפרסומו עולה על העניין הציבורי שבפרסום ומידע אשר גילויו עלול לפגוע בביטחון המדינה. לגבי נעדרים שהוועדה הגדירה כ"עלומים", יפורסם המידע המצוי בתיקם כולל מידע רפואי ומידע על רווחה אלא אם המשפחה סרבה לפרסמו. בעקבות זאת הושק ב-28 בדצמבר אתר אינטרנט ייעודי שהוקם על ידי ארכיון המדינה, ובו נחשפו הפרוטוקולים של ועדות החקירה, אלפי תיקים ומסמכים.
בכנסת הוקמה שדולה למען חקר האמת בפרשה, בראשות ח"כ נורית קורן. בראשית 2017 החליטה מליאת הכנסת על הקמת "הוועדה המיוחדת לפרשת היעלמותם של ילדי תימן, המזרח והבלקן" בראשות חברת הכנסת קורן. הוועדה עוסקת בין השאר בשמיעת עדויות לגבי הפרשה, ובהכנת חוק פתיחת קבר של קטין יוצא תימן, המזרח או הבלקן לשם זיהוי ועריכת בדיקה גנטית לקשרי משפחה (הוראת שעה), התשע"ח-2018, שאושר בפברואר 2018.
בחודש יוני 2017 ארגנה עמותת עמר"ם בירושלים הפגנה בדרישה להכיר בהיעלמות הילדים ולטהר את שמו של הרב עוזי משולם. בהפגנה השתתפו כמה אלפים, בהם בני משפחה וחברי כנסת מימין ומשמאל.

תאוריות על גורל הילדים ואחריות הממסד

היו שהעלו טענות כי מדובר בחטיפות ילדים מאורגנות ובמסירתם להורים מאמצים בארץ וחו"ל, תמורת תשלום או במטרה שיגדלו בסביבה חילונית (רוב המשפחות שילדיהן נעלמו היו משפחות שקיימו אורח חיים דתי ואנשים מסורתיים). לטענתם, האמת כוסתה בעזרת הנפקת תעודות פטירה פיקטיביות לילדים הנעלמים ובאמצעות הצגת קברי הילדים, כאשר בפועל המשפחה אינה יודעת כי הקבר מדומה וכי אין גופה הקבורה תחתיו.
לא נמצא ביסוס עובדתי לחטיפה שיטתית ומאורגנת בחסות הממסד, ונמצאו רק מקרים בודדים שהוכח בהם כי הילדים נמסרו לאימוץ. רובם של השותפים לתהליך קליטת העולים דחו את ההאשמות וראו בהן טענות קונספירציה. הקולטים טענו שמדובר ביחס כפוי טובה על עבודתם המסורה בתנאים קשים למען העולים.
הפרשה הותירה תחושות כבדות גם בקרב אישי ציבור. פרופ' אסא כשר כתב:
פרשת ילדי תימן מצטיירת יותר ויותר כגידול פרא של הבחנה פסולה בין יוצאי אירופה ליוצאי תימן. גם היא מגלמת צורה מיוחדת של גזענות, אכזרית ומתועבת, ככל שיכולה להיות חטיפת ילדים מהוריהם על יסוד דעה קדומה. אינני יודע מי נושא באשמה לאפליה הגזענית של הילדים הללו ומשפחותיהם. אני יודע מי נושא באחריות לתיקון המעוות: אנחנו. אפילו מעט מדי ומאוחר מדי, המדינה חייבת לחפש כראוי, למצוא בהקדם, לאחד משפחות, לפצות ניזוקים, בפה מלא וביד רחבה. מה שנעשה, באופן מוסרי למופת, בדרך ל"חוק לפיצוי נפגעי גזזת, תשנ"ד-1994", על טיפול שניתן לפני עשרות שנים, ראוי להיעשות שבעתיים בדרך לחוק לפיצוי נפגעי הגזענות, על "טיפול" שניתן באותן שנים.
לעומתו כתב פרופ' רפאל פלק:
ברור מהכרת התנאים והנסיבות שפרשת חטיפת ילדי תימן גורמת עוול כבד לעובדי השירותים הרפואיים והסיעודיים, שעשו את מרב המאמצים להצלת התינוקות מזי הרעב. מן הראוי שסוף סוף יעזרו עתה לבני משפחות התינוקות הנעדרים, בין שמתו ובין שחזרו לחיק משפחות לא להם, להתמודד עם המצב. חשוב אף להביע הערכה לצוותים שעשו מעבר למיטב יכולתם, אף כי לא תמיד בהצלחה, מבלי שיעלו מחדש טענות אכזריות המשוות בין "חטיפת" ילדי תימן והבנאליות של הרוע ומאורעות השואה.
לטענת העיתונאי אהוד עין-גיל הן ועדות החקירה והן כתבות התחקיר של העיתונות לא חשפו ראיות לחטיפה מאורגנת של ילדים במטרה למוסרם לאימוץ. עם זאת כתבות התחקיר גילו מצב אחר שהעיתונאי יגאל משיח כינה אותה "חטיפה אפורה": התנהלות גזענית של אנשי ממסד, שהולידה רשלנות פושעת בטיפול בתינוקות ובילדים. לפי תיאור זה עשרות ואולי מאות ילדים, נותקו מהוריהם ונשלחו לבתי חולים בלי הקפדה על רישום פרטיהם וזהותם, וכשהחלימו לא ידעו למי להחזירם. במקום להשקיע מאמצים לאיתור הוריהם, מסרו אותם לאימוץ. ילדים רבים מתו ונקברו מבלי שנעשה ניסיון לאתר את הוריהם בעוד מועד, כדי לאפשר להם להשתתף בהלוויה, או לפחות להודיע להם על מות הילד ועל מקום קבורתו.

עדויות על נתיחת גופות וניסויים רפואיים

בדיון של ועדת הכנסת המיוחדת בפרשת ילדי תימן, מזרח ובלקן בחודש יוני 2017 הוצגו תמונות ומסמכים מוועדת החקירה הממלכתית על נתיחות בגופות ילדים וניסויים רפואיים, ללא ידיעת הוריהם. על פי המסמכים בוצעו נתיחות של גופות באחוזים גבוהים בתנאים בלתי מקובלים, ובמסגרתן הוצאו איברים רבים. חלקי האיברים והגופות נקברו לאחר כמה שבועות בקבר אחים.
ועדת החקירה הממלכתית חקרה מקרה בבית החולים לילדים של הדסה בראש העין, שבו החדירו לגופם של ארבעה תינוקות שסבלו מתת-תזונה תמיסות מלחים ופרוטאינים דרך עירוי דם. ע"פ מכתביו של פרופ' קלמן מן מביה"ח הדסה עין כרם, כמויות החומרים היו לפי המקובל לילדים, אלא שהילדים התימניים היו קטנים ואנמיים, והכמויות האלו גרמו למותם.
לפי עדותו של ד״ר מנדל, מנהל בית החולים לילדים של הדסה בראש העין, בדם שנלקח מילדים חולי מלאריה, נעשתה גם בדיקה לגילוי אנמיה חרמשית.