תיקים באפלה: הסרט

העלילה

דרום טקסס, 35,000 לפני הספירה: שני אנשים פרימיטיביים נראים הולכים בתוך סופת שלג ורודפים אחרי משהו. מרדפם מוביל למערת קרח, שם הם מותקפים על ידי חייזר גבוה בעל עיניים עם מבט חודר בצבע שחור. כשההתקפה מסתיימת, היצור נהרג אך דמו השפוך שצבעו שחור כנפט מתחיל לזוז וחודר לתוך הגוף של אחד הפרימיטיביים.
ימינו אנו: סטיב, ילד מקומי, נופל לבור עמוק באדמה שם הוא מגלה מערה. במערה הוא מוצא גולגולת ואחרי שניות אחדות מתחיל אורגניזם שחור לחדור לתוך גופו של סטיב ומגיע עד עיניו. שני אנשי ההצלה של מכבי האש שירדו למערה כדי להוציא את סטיב, לא חוזרים מהבור ולכן ראש צוות הכבאים מחליט לשלוח עוד שני כבאים. כשגם הם לא חוזרים ראש צוות ההצלה מתחיל לדאוג. 
לפתע, משום מקום, מגיעות משאיות לא מסומנות לאזור וחוסמות את כל האזור. סגר מוטל על האזור, וצוות אנשים, שנמצאים תחת פיקודו של ד"ר בן ברונצוייג, איש מחקר שעובד עבור מיזם סודי של הממשלה, אשר לובשים חליפות מיוחדות יורדים לבור ומוציאים את גופותיהם של סטיב וארבעה הכבאים ושמים אותם בתוך מתקן בידוד. הממשלה מסבירה כי מתו בהתפשטות של נגיף "האנטה".
בינתיים, מאלדר וסקאלי, שאינם עוסקים עוד בתיקי X, נמצאים במשימת חיפוש אחר פצצה שהוטמנה בבניין הסוכנות הפדרלית. מאלדר מוצא את הפצצה בתוך חדר משקאות בבניין הסמוך לבניין הסוכנות הפדרלית. אבל בזמן שהמפקח הראשי כביכול מנסה לפרק את הפצצה, הפיצוץ מתרחש כמתוכנן. לאחר ההרס מתגלות הגופות מהאתר בטקסס, אבל אלה מועברות בחשאיות למשרד של הסוכנות החשאית של הבולשת.
מאלדר חושד בטיוח, ומגלה את סיפור טקסס באמצעות ד"ר אלווין קורצוויל, חבר אביו של מאלדר שעבד איתו במשרד החוץ העוסק למחייתו בכתיבת ספרי תאוריות קונספירציה. ד"ר קורצוויל מגלה למאלדר את המוטיבים האמיתיים מאחורי פיצוץ בניין המשרדים בדאלאס, וכי כבאי אחד נותר בחיים מהאירוע בטקסס. מאלדר עוקב אחרי השיירים של אחד הכבאים המתים ומגיע לחדר מתים בבניין הסוכנות הפדרלית. שם הוא משכנע את סקאלי לעשות ניתוח שלאחר המוות לאיש וסיפורו של ד"ר קורצוויל בנוגע לווירוס חייזרי מתברר כנכון.
בינתיים החייזר בתוך גופו של הכבאי החי, המשמש פונדקאי, מתפתח ויוצא מתוך גופו של הכבאי, תוקף והורג את ד"ר ברונצוייג - חוקר שעקב במחקרו אחר התפתחות הווירוס החייזרי, לא לפני שד"ר ברונצוייג מזהיר את הסינדיקט כי החייזר התפתח.
הסינדיקט מתכנסים לישיבת חירום, בהשתתפות הבוס הגדול שלהם המכונה "סטרגולד". הם מגיעים למסקנה שמאלדר הגיע קרוב מדי לאמת וכדי לגרום לו להפסיק לרדוף אחרי האמת הם מוכרחים להרוג את מי שהכי חשוב לו - סקאלי. האיש מטופח הציפורנים מתנגד להצעה, אך הם אינם מקשיבים לו.
חקירתם של מאלדר וסקאלי מובילה אותם לשדה תירס באמצע המדבר ולשני מכלים ענקיים שמכילים אלפי דבורים. בבדיקה של האתר מבין מאלדר כי מדובר באתר ניסויים של הסינדיקט שבו הם משתמשים כדי להפיץ את הווירוס החייזרי. באתר מאלדר וסקאלי מותקפים בידי דבורים, אבל חומקים מהם. כשמאוחר יותר נעקצת סקאלי בידי אחת הדבורים שהשתרבבה לחולצתה, גופה נחלש במהירות ואיש הסיגריות חוטף אותה וטומן אותה במטוס שטס לאנטארקטיקה.
האיש מטופח הציפורניים עוזר למאלדר ומגלה לו להיכן נחטפה ונותן לו חיסון נגד הווירוס. על כך הוא משלם במותו כשהסינדיקט דואגים לפוצץ את מכוניתו בעודו בה.
חמוש בנקודות הציון למקום הימצאה של סקאלי ובחיסון נגד הווירוס החייזרי, מאלדר יוצא לחפש את סקאלי באזור תחנת קרח באנטארקטיקה. תחנה ממוקמת מעל חללית חייזרים ענקית שקבורה בתוך האדמה. מאלדר חודר לחללית ושם מוצא את סקאלי ועוד מאות אנשים הנמצאים בתוך מכל הקפאה ששומר עליהם חיים כך שניתן יהיה לראות את ההתפתחות של הווירוס החייזרי בטמון בבני האדם. מאלדר שובר את המכל ומזריק לסקאלי את החיסון. החיסון גורם להפשרת המכלים, להתפתחות מואצת של החייזרים הכלואים בגוף הפונדקאי ולהפעלת החללית. 
מאלדר וסקאלי מצליחים לברוח מהחללית שנוסקת ונעלמת בשמים.
במטה ה-FBI סקאלי מוסרת את עדותה בנוגע לאירועים ולחטיפתה וזמן קצר אחר כך היא פוגשת את מאלדר מחוץ למבנה ומסביר לה "שאף אחד לא יאמין לנו וחזרנו לאותה נקודה שהתחלנו", ובו בזמן שדות התירס נשרפים, המכלים הענקיים שמכילים דבורים נעלמים, כל המשאיות הלא מסומנות הופכות מסומנות וכל הראיות מושמדות. מיזם חדש של גידולי תירס וגידול דבורים מתחיל בתוניסיה, שם איש הסיגריות מראה לסטרגולד מכתב שקיבל לא מזמן, ושעליו: "תיקי ה-X נפתחו מחדש. אנא יעץ". בתגובה אומר סטרגולד לאיש הסיגריות כי "איש אחד לא יכול להילחם בעתיד".