מהר"ל מפראג

פעולותיו

בתקופת המהר"ל התעורר באזורו גל של עלילות דם כנגד היהודים, שהעמיד אותם בפני סכנת גירוש. המהר"ל התייצב מול גל זה והתווכח עם כמרים על שקריות ההאשמות. לא ברור אם נערך ויכוח בכתב עם שלוש מאות כמרים כפי שמתאר הספר הבדיוני נפלאות המהר"ל, אבל הדים של הוויכוח נשתמרו בכתביו של המהר"ל עצמו. בסופו של דבר קיבל הקיסר את דעתו, ושלל את הטענה שיהודים מכינים את מצות הפסח שלהם מדם אנושי.
למהר"ל יוחסו כוחות מיסטיים. האגדה מספרת שיצר את הגולם בעל הכוחות העל-אנושיים, שנוצר כדי להגן על הקהילה היהודית מרדיפות. סביב מיתוס זה נכתבו ספרים, צולמו סרטים, וקמה תעשיית תיירות משגשגת בעיר פראג. יש המוצאים סימוכין לכך בכתבי החסידות. כך האדמו"ר החסידי צבי אלימלך שפירא מדינוב ("בני יששכר") כתב על המהר"ל: "שהיה ידוע כעוסק בספר יצירה, וזוכה לרוח הקודש". עם זאת היו שביקרו מיתוס זה שאין לו כל זכר בכתביו של המהר"ל ושל תלמידיו. כך למשל שי"ר מאנשי תנועת ההשכלה טען ש"לא בגולם הראה המהר"ל את חכמתו אלא בתלמידו הגדול בעל "התוספות יום טוב" (יום-טוב ליפמן הלר), אשר הלך בכל דרכיו, ולא מש מנתיבותיו, ביושר שכל נפלא בהלכות המשנה והתלמוד וכן בלמוד חכמות שונות ומוסר השכל...". ככל הידוע, בספרות היהודית-גרמנית מופיע מוטיב הגולם, כשהוא מקושר למהר"ל מפראג, לראשונה בשנת 1834, אחר כך ב-1836 ברשימה בכתב-עת מאת לודוויג אוגוסט פרנקל, ואחר כך ברומן "שפינוזה" (1837) של הסופר היהודי-גרמני ברתולד אוארבך.
כינויו החלופי היה "ליווא" או "ליוואי" שמשמעותו בגרמנית אריה. על פי המסורת היהודית האשכנזית, לחלק מהשמות היה שם חלופי על פי ברכות יעקב בספר בראשית, כך יהודה שמתואר בברכת יעקב כגור אריה, ולכן הוצמד השם ליוואי לשמו הפרטי יהודה, כסמל שבט יהודה שהיה אריה, ולרוב הוא מוכר בכינוי זה יותר מאשר בשמו המקורי.

מוכיח בשער

המהר"ל היה מבקר חברתי חריף, שלא היסס לומר את ביקורתו החריפה לפני המנהיגים התקיפים של הקהילות, במיוחד זו של פראג, אף שהדבר גרם לו להיות לא אהוד אצלם ולא לקבל תפקידי רבנות. ביקורתו, שהייתה שנונה ואף מלווה בדימויים רבים מהמקורות שלעיתים שזורה בהן נימה אירונית, כוונה בראש ובראשונה אל המנהיגים והרבנים.
כנגד מנהיגים שמשתררים ומתיהרים על הקהילה טען שכל הצלחתו של המנהיג היא בשביל הכלל ולכן אין לו להבדל מהכלל, ולכן "אין ממנים פרנס על הצבור, אלא אם כן, קופה של שרצים תלויה מאחוריו", כדי שלא יוכל להגיע ליוהרה ולהתנשא על הכלל. תלמידי החכמים לעומת זאת, כן צריכים להיות בבחינה מסוימת נבדלים מהכלל ושתהיה בהם "שמינית שבשמינית של גאווה", להיות במובן מסוים "השכל של הגוף" ולא להתנהל בצורה החומרית בה ההמון מתנהל, ועל ידי התנהגות זו להעלות את ההמון כלפי מעלה אל מקומם.
על מינוי ראשי קהל בורים ושאינם ראויים, שמשפילים תלמידי חכמים, וממנים לתפקידי משפט בורים כמותם שמעוותים דין ואינם מושיעים עשוקים, יתומים ואלמנות, אמר שהם כמו הצבת מצבות לאלה אשרה ליד מזבח השם.
כנגד מסמיכי תלמידים לא ראויים שלא הגיעו כלל להוראה לרבנות, טען שהם בכלל מגדלי בהמה דקה שעליה נאמר במשנה שאסור לגדלה בארץ ישראל, דבר שגורם לשפל במעמד החכמים. בדומה על דרשנים שדורשים דרשות הבל, אמר שגדול כוחם מכוח דוד המלך, שאומרים דברים שלא שמעתם אוזן וגם לא תשמע עוד לעולם.
על רבנים חמדנים ותאבי בצע שמקבלים מהציבור הטבות חומריות, אמר שאינם מתנהגים באופן נאות לפי דרכו של הרוחני שמהותו להשפיע לאחר ולא לקבל ולאגור לעצמו. הוא ביקר עשירים שאינם משתתפים בסולידריות חברתית לתמוך בבני עניים "שאין להם מאסף", ואמר שגורמים לתורה שתסתלק מישראל. עוד קונן רבות בלב מורתח, על עיוות סדרי לימוד התורה, שלא לומדים את הדברים היסודיים והבסיסיים תחילה, לא לומדים באופן מודרג, ולא מבצעים חזרות לריענון הזיכרון, אלא "רוצים לעלות בסולם השמימה והם נשארים מטה מטה". יעד נוסף לביקורתו היו מנהגי חסידות של בורים ועמי הארצות. על המנהג לשיר את שיר היחוד (שמושר רק בשבת) בכל יום, טען "שאין לסתור דברי חכמים בדמיונות בעלי בתים שיחשבו כי בזה מגיעים עד השער הפנימי". בדומה כיוון חיציו כלפי בורים שמברכים לבטלה ברכת הגומל - שאמורה להאמר רק בשל הצלה מסכנת נפשות - על אבן שסתם שנזרקה לעברם.

הגותו

למהר"ל היה ידע נרחב בפילוסופיה ובמדעים, על פי הראי"ה קוק ורבים אחרים הוא ניצל אותו כדי ליצוק את תוכני הקבלה לתוך מסגרת פילוסופית-מדעית, מסגרת שמבחינה צורנית היא בעלת מאפיינים אריסטוטלים ומבחינה מהותית בעלת תכנים אפלטוניים, ובכך הוא "גאל" את תוכני הקבלה ממסתריהם והביאם אל הציבור הרחב. הגותו משלבת בין הפילוסופיה של ימי הביניים שהחל כבר לשקוע שמשה, לבין תורת הקבלה שזכתה באותה תקופה לפריחה גדולה. כתביו שהם מעין הכלאה של שכלתנות ומיסטיקה, מכילים טרמינולוגיה קבלית חדשה, המתמקדת במהות הפנימית של הדברים ולא בסימבולים מקובלים, שנטען על ידי הרב עדין אבן ישראל, שהיא הגורמת לתורתו להיות קשה להבנה. נטען כי סגנונו המסורבל והקשה להבנה נובע מניסיונו להביע רעיונות מורכבים באמצעות העברית הדלה, שבתקופתו שימשה לתפילות וללימוד תורה. עם זאת, כמעט לא ניתן למצוא אצלו את יסודות הקבלה באופן גלוי ומפורש (למעט זעיר פה וזעיר שם), עד שהיו שסברו (בתקופת ההשכלה הרב שלמה יהודה רפפורט (שי"ר) ובתקופתנו פרופסור שלום רוזנברג וד"ר יורם יעקבסון) כי המהר"ל לא עסק בחכמה זו. על פי הרב משה צוריאל, המהר"ל ניסה לטשטש את עקבות הקבלה בכתביו באופן מכוון.

חז"ל

המהר"ל התייחס להגות חז"ל בכבוד גדול ואף בהערצה והשתמש בה כבסיס לכל הגותו. הוא מיעט לפרש את המקרא באופן ישיר והרבה לפרש את כתבי חז"ל. מאפיין קבוע של כתביו הוא הפתיחה בדברי חז"ל הרלוונטיים לעניין שהוא דן בו, מהתלמודים או מהמדרשים, והבאת הסבר רוחני-פילוסופי. בדרך זו ניסה המהר"ל להראות שחז"ל התייחסו להרבה סוגיות פילוסופיות, כאשר הם עושים זאת באופן אליגורי, באמצעות משל שיש בו גרעין פילוסופי. מספר פעמים רב הכתיר המהר"ל את דברי חז"ל כ"דברי חכמה עמוקים שלא נאמרו באומד וסברא", ואף באחד הפעמים הוא שאל "כי איך אפשר לחמורים כמונו, לעמוד בסוד קדושים?" הוא אף קבע שרק חז"ל הבינו את התורה לאשורה ולא אף אחד אחר והתריע לא לסור מהם. לעיתים הוא ביקר ואף נזף בפרשנים מן המעלה הראשונה שהביעו תפיסות הנוגדות לתפיסות חז"ליות. המהר"ל עשה תיקון גדול לתורת האגדה התלמודית והמדרשית שהייתה מוזנחת ומיעטו לעסוק בה באותה רצינות שעסקו בפן ההלכתי לפניו ואחריו. בניגוד לפרשנים אחרים שנתנו הסברים מקומיים על אגדות חז"ל, הוא נתן להגותם הסבר עיקבי ושיטתי במספר רב של ספרים בתחומים רבים. הרב משה צוריאל מביע תפיסה מקובלת "שמהר"ל משמש כסמכות ראשונה במעלה לכל דברי הגות, אמונות ודעות של חז"ל בש"ס ובמדרשים".

דואליזם

השקפתו רואה את כל מערכת הבריאה מורכבת משתי קטגוריות מנוגדות: חומר וצורה, גשם ושכל, גוף ונפש, קצוות ויושר, העדר ושלמות, טבע ונבדל, גבר ואישה, ישראל והאומות. כל קיים מורכב משתי מהויות: מהחומר שהוא מוגבל ומוגדר בגבולות של זמן ומקום ולכן הוא בר חלוף, ומהצורה שהיא מהות הנבדלת מגוף וחסרת גבולות, ולכן היא קשורה אל ההויה, הנצחיות והאלוהות. הרע והחטא קשור בדרך כלל אל החומר, מפני שהוא לרוב החוליה החלשה בעניין ואליו קשורים הפחיתות וההעדר, אך יכול להיות גם קשור לצורה, כאשר קיימת צורה גרועה שדוחפת לכיוונים שליליים. ככלל, ככל שהדבר הוא אלוהי ורוחני כך הוא איתן, מציאותי, יציב, שלם ונצחי וככל שהדבר טבעי וחומרי, כך הוא יותר חלש, זמני ובר כיליון.

חומר וצורה

המהר"ל לקח את המושג האריסטוטלי של חומר וצורה והראה בו פנים חדשות, תוך שהוא מרחיב את המושג להיסטוריה האנושית כדי להביע באמצעותו את משנתו היהודית. כל דבר בעולם מורכב מחומר וצורה. החומר שמורכב מהיסודות השונים והצורה שהיא המהות הרוחנית המגדירה את יעודו ומטרתו של הדבר והיא "אמיתת עצמו של כל דבר". הצורה איננה בהכרח צורתו החיצונית של הדבר אלא הציביון והנשמה של הדבר, שלעיתים היא גם יכולה להפציע ולהקרין כלפי חוץ, והחומר איננו חומר בהכרח אלא הוא בסיס ומצע לצורה, ולעיתים דבר שמוגדר כצורה יכול להוות חומר לצורה עליונה וכללית יותר. הצורה איננה גלומה בחומר מלכתחילה אלא היא הויה נוספת. אך לא כל הצורות שוות, יש צורות שהן בטלות לגבי החומר והן משועבדות לו, יש צורות שלילות שמדרבנות את החומר כלפי רוע, ויש צורות רוחניות שהן נבדלות מהחומר ומובילות לדרך טובה. כללו של דבר, כל דבר שהוא נשמה לדבר אחר, הנשמה קרויה צורה והמצע לה קרוי חומר, אף שיכול להיות שהוא בעצמו יהיה מורכב מחומר וצורה, כמו למשל שישראל הם צורה לעולם, התורה היא צורתם של ישראל, ואלוהים הוא הצורה האחרונה של העולם. גם את הזוגיות שבין גבר לאישה ראה כשלמות של התמזגות חומר וצורה, ששמו של הקב"ה מקיים אותו.

הממוצע

המהר"ל קובע ביחס לתופעות רבות בעולם שקיים בהן ריתמוס משולש. מספר 2 מסמל אצלו "שתי קצוות של הפכים שאינם יכולים להתאחד ולהתחבר" ואילו מספר 3 מסמל אצלו ממוצע וחיבור של שני הקצוות הראשונים, "והשלישי - כמו ממוצע בין שניהם". בעוד שהקצוות הם גשמיים וחומריים ויש להם ממדים, קצה, סוף ואף העדר וכיליון. האמצע הוא העקרון הרוחני שמאחד את התופעות, "אחדות ההפכים" והכללות של הדבר, והוא אלוהי, נצחי וקדוש ובו יש חיים וקיום.
למשל, ביחס לאבות הוא קובע שמידת יעקב יש לו מידת האמצע בין החסד של אברהם לדין של יצחק, ולכן דווקא יעקב משויך אל החיים, ויש לו ברכה ללא מצרין ועל פי חז"ל דמות דיוקנו חקוקה בכיסא הכבוד. ביחס לפסוק, "הגיד לך אדם מה טוב ומה ה' דורש ממך, כי אם עשות משפט ואהבת חסד והצנע לכת עם אלהיך" מסביר "כי אלו שלשה הם כוללים כל החלקים. לפי שהם דבר והפכו והדבר שהוא ממוצע בין שניהם, ולפיכך אלו שלשה הם משלימים גם כן האדם בכל, לפי שאלו שלשתם הם כוללים כל הדרכים". תפיסה זו עולה שוב לאחר כמה מאות שנים בתפיסתם של הפילוסופים הגל ופיכטה, בדברם על התיזה, האנטיתזה והסינתזה.
המהר"ל סבר שלא רק שמקורה של הבריאה הוא באלוהות, אלא שאין דבר בעולם זולת האלוהות, רעיון שמאוחר יותר הופיע בחסידות בכלל ובפרט בחב"ד במונח "אין עוד מלבדו". עוד סבר שיש לעולם סדר ותוכנית אלוהית קוסמית, ושום דבר במציאות לדידו איננו קורה במקרה.
את הגדרת הרמב"ם אודות האלוהים כ"שכל פשוט" הוא דחה, מכיוון שסבר שגם שכל מופשט הוא הגדרה באלוהות, שאין לה גדר כלל. המהר"ל העדיף להגדיר את אלוהים כ"הויה פשוטה" שממנה כל ההויות שבעולם, וכך הוא מפרש שמותיו: שם הויה: "יהו"ה" - שמורה על כך שהקב"ה הויה פשוטה, ואת השם "אהיה אשר אהיה" (אשר מופיע באופן יחידני בשמות ג' י"ד), שאין לאלוהים שום שם והגדרה שמייחדת אותו והוא הויה פשוטה, והשם שהוא נקרא יהיה לפי אותו המעשה שהוא עושה באותה שעה. תפיסה מעניינת בדבר מהותו של אלוהים הוא מביע בספר גבורות ה': "מפני כי הוא יתברך פשוט ואין לו גדר כלל, אין דבר נבדל ממנו ואם כן הוא יודע הכל והוא יכול הכל, וכל זה מפני שאין לו גדר יוגדר בדבר מיוחד, ובשביל זה הכל נמצא מאתו גם כן".
לפי המהר"ל כל התארים התיאורים הפיזיים שאלוהים מתואר בהם בתנ"ך ובחז"ל, שאפשר להגיע מהם להגשמה, הם רק מהצד המקבל האנושי כפי שנתפס בעיניהם, ולא תיאורים שמכוונים לעצמותו של אלוהים, כלומר אלוהים מתגלה לנבראים כפי מעמדם ומצבם הנוכחי, וההתגלות האלוהית היא מתואמת עם המצב הסובייקטיבי של נשוא הגילוי. כך למשל על המתואר במקרא כי אלוהים מתעצב על לבו בדור המבול, סובר המהר"ל כי לא באמת הייתה עצבות לפניו, אלא שכך הוא התגלה אל דור המבול בשם מצבם הקשה. בכך הוא משיק לעוד רעיון שהגה מאוחר יותר הפילוסוף הגרמני עמנואל קאנט על העולם-כשהוא-לעצמו ועולם-התופעות.
על פי המהר"ל ישנה סקלה בין המורכב לבין הפשוט. ככל שהישות יותר מורכבת כך היא יותר גשמית וחומרית וככל שהיא פשוטה היא יותר רוחנית ואלוהית. ולכן בצד אחד של הסקלה ניצבים הנבראים המורכבים ובצידה השני של הסקלה ניצב אלוהים שהוא "פשוט בתכלית הפשיטות". על כן הוא צידד והעדיף את מידת הפשטות וראה בה מידה אלוהית עצמית נטולת גוונים כצבע הלבן ביחסו לשאר הצבעים, דבר שלא היה מובן מאליו בפראג המעוטרת של תקופתו, ואילו את המורכבות והמסובכות ראה כמגרעת אנושית שיש להימלט ממנה.
המהר"ל אימץ את הגישה האפלטונית שהטוב והיפה הולכים יד ביד ("קאלוס קאי אגתוס" - היפה והטוב), ובהתאם ראה את היופי כנצחי והאלוהי שמתגלם ומשתקף בחומר ולכן הכהן הגדול שנכנס לקודש הקודשים וגם בתו מתוארים בתלמוד כבעלי יופי עילאי, ולכן לתפיסתו לעתיד לבוא חומות ושערי ירושלים - העיר הקדושה, יבנו כפשוטו מאבנים יקרות כמו שוהם וישפה.

ארבע המלכויות

על פי המהר"ל בפירושו לחזון החיות שבספר דניאל, החיות מייצגות ארבעה סוגי מלכויות שהן סוגים של תרבויות אנושיות שונות: תרבות של עוצמה, חשיבות ושליטה (בבל), תרבות של חומריות, כלכלה חזקה וחושניות (פרס), תרבות של כח החכמה והתבונה האנושית (יוון), ותרבות שכוללת את שלושת האלמנטים גם יחד (רומא). ולמולם ניצב עם ישראל שמבטא את "צלם אלוהים" שבאדם, שהוא כח אלוהי מטפיסי וקוסמולוגי. במהלך ההיסטוריה הכללית, האנושות צועדת, תוך שהיא מגלה את כוחותיה, והדבר גורם לישראל ללקות ולצלוע על ירכו כפי שמסמל יעקב. רק לאחר שהמלכות הרביעית תוציא את כוחותיה אל הפועל, יוכל עם ישראל להתייצב מחדש על במת ההיסטוריה כמדינה ולהחליפה. בהסברו למהר"ל של פרופ' בנימין גרוס, עם ישראל נטוע בעולם כדי להזכיר לעולם את הנוכחות של הצלם, ששאיפתו הבסיסית היא ללכת מעבר לטבע שלו ובשל כך הוא דוחק את גבולות הקיום האנושי אל הקצה. על פי פרופ' שלום רוזנברג בפרשנותו למהר"ל, עם ישראל הוא בעולם "עם חייזרי", שלכן לא מוצא לו מקום בעולם הטבעי כשאר העמים הטבעיים ושלכן הוא נרדף על ידי האומות, בשל שונותו הזו, שהיא גם המקור לאנטישמיות.

גלות וגאולה

לדידו מקומם הטבעי של ישראל הוא בארץ ישראל בריבונותם, כשם שלכל עם יש זכות טבעית ואף אלוהית לשלטון עצמאי במקומו המיוחד, משום שכל עם נברא לעצמו. מבחינה זו היה מראשוני ההוגים שהתייחס להגדרה לאומית של העמים השונים. בארץ ישראל ראה ארץ קדושה, הגבוהה מבחינה רוחנית מכל הארצות, וארץ ממוצעת ואמצעית שכלולה מהכל, ולכן אינה נוטה אל הקצוות ואל החסרון. את גלות ישראל ראה כדבר שאיננו טבעי שמתנהג בניגוד ל"סדר העולם" ולחוקיותו הטבעית ולכן עתיד להתבטל, וקיים רק בשל גזרה מיוחדת של אלוהים. את אריכות הגלות תלה לא רק בחטאם של ישראל כפי שהיה נהוג לתפוס, אלא בחוסר התאמה בסיסי בין ישראל הרוחניים לעולם הזה הגשמי, שאיננו יכול להכיל אותם.
בשונה מהרמב"ם, שאימץ את הדעה התלמודית "שאין בין העולם הזה לימות המשיח אלא שיעבוד מלכויות בלבד", אף כי המהר"ל סבר שהגאולה היא בעיקרה תהליך מדיני שבו תחזור המלכות לישראל וישראל יתכנסו לארץ ישראל בריבונותם, עם זאת סבר כי בימות המשיח, לתפיסתו, העולם יעבור שינוי דרמטי מבחינה מוסרית: הרוע יבוער מהעולם, שיהפוך למקום רוחני ומצפוני, בני האדם יהיו צדיקים, וארץ ישראל תהיה מבורכת בפירות באופן יוצא דופן.
הוא פילל לתקומת מלכות ישראל, שראה בה מלכות קדושה בעלת מדרגה אלוהית, וסבר כי יש להתפלל לתקומתה מפני "שהיא קיום של ישראל, להמשיך שלומם וגדולתם ורוממותם והצלחתם". על בסיס האגדה שמשיח יושב בשערי רומי, סבר כי מלכות ישראל תצמח מתוך מלכות אדום, שתהווה מעין אינקובטור של מלכות ישראל, כשם שמשה גדל בבית פרעה, כי דרכו של עולם שהקודש צומח מתוך החול, כשם שהפרי גדל בקליפתו. דמותו הפרסונלית של המשיח מטושטשת אצלו ונתפסת יותר כמהות שמעבר למקום ולזמן, ועם זאת לובשת בהופעתה לבוש אנושי קונקרטי. בסמוך לימות המשיח הסביר את דברי חז"ל שתהיה ירידה ונפילה גדולה בעם ישראל, כמו רעב, התמעטות תלמידי חכמים ואף צרות קשות, מכיוון שהמדרגה הקודמת מסתלקת כדי לפנות מקום להוויה החדשה והעילאית של ישראל, ואז גם סבר שיופיעו בישראל נשמות מזן חדש ואיכותי, שיפעילו את התהליך הגאולי.

תורה ומדעים

את החכמות הקיימות בעולם גם סיווג לשלוש. בראשן חכמת התורה שהיא שכל אלוהי על טבעי וניצבת ברום המעלה. לאחריה את המשנה שהיא כמו אמצעי, בין החכמה העליונה שהוא המקרא, ובין דרך ארץ שהיא חכמה האנושית, ולבסוף את דרך הארץ שנכללים בה גם המדעים האנושיים, שהאנשים מגיעים אליהם בשכלם. המהר"ל סבר כי התורה מקיפה הכול ולא חסר בה דבר, אך קרה לה מה שקרה לאדם, שיש לו נשמה קדושה, אבל הוא שרוי בגוף חומרי בעולם הזה, וכך גם התורה ומצוותיה אף שמדובר בדברים מעשיים, יש בהם סוד פנימי שעומד ברומו של עולם.
המהר"ל בעקבות חז"ל סבר שהתורה קדמה לעולם, והיא נבראה לפני שהעולם נברא. ויתר על כן הוא גם ראה בתורה את התוכנית האדריכלית של העולם ואת המנגנון הפנימי שלו ואת הלב שלו, את "סדר העולם" וגם את השכל העליון שמחולל את המצוות, שרק באמצעותו האדם, יוכל למצות ולהוציא אל הפועל את נפשו האלוהית ואת יתרונו על כל הנבראים. על פי משלי "כי נר מצווה ותורה אור" (פרק ו', פסוק כ"ג), סבר שיש דמיון בין התורה לאור, כי התורה כאור היא דבר שמופשט מן הגוף ואיננו תלוי בו, וגם בשל התפיסה כי התורה היא אורו של העולם. כדי להגיע לתובנות של התורה, סבר שלא מספיק מאמץ אינטלקטואלי וידע אלא גם תיקון מידותי והתמסרות רבה. את התורה עצמה גם חילק לשלושה רבדים: רובד אחד הוא הנגלה המובן לכל אדם. רובד שני הוא רובד נסתר המובן רק לחכמים ולנבונים ורובד שלישי הוא רובד שקשור אל עולם הבא, שאפילו הנביאים לא יכלו להשיג ויובן רק בעולם הבא.
חלוקה משולשת נוספת הוא חילק במקצועות התורה עצמה: מקרא, משנה ולתלמוד. לפי משל האילן שחביב עליו, המקרא מדומה לשורש האילן, המשנה מדומה לגזע האילן, ואילו התלמוד לענפיו ופוארותיו של האילן. בהתאם לסיווג הידוע של חכמת האדם לסוגים שונים: חכמה, בינה ודעת, הוא סובר כי המקרא - תורה בכתב מאופיין כחכמה - התובנות הראשוניות של האדם, המשנה - שבעל פה מאופיינת כדעת - להבחין בין דבר לדבר, כפי שנאמר "אם אין דעת -הבדלה מנין?" והתלמוד מאופיין כבינה - להוציא ולהבין דבר מתוך דבר.
ככלל צידד וחייב לימוד מדעים וראה בהם סולם לעלות אל חכמת התורה והכרת הבורא. אחת מראיותיו היא שיש לברך על ראיית חכם מאומות העולם - "ברוך שנתן מחכמתו לבשר ודם". יוצא דופן במדעים הוא מדע האסטרונומיה שמהר"ל ראה בו "מדע יהודי" ("כי היא חכמתכם ובינתכם לעיני כל העמים"), שנמסר הלכה למשה מסיני, ויש חובה דתית ללומדו כמו שאר דברי תורה. עם זאת, ואולי בגלל זאת, לא קיבל המהר"ל את חידושו הגדול של בן דורו קופרניקוס, שהציג את המודל ההליוצנטרי, לפיו השמש במרכז, והמשיך לדבוק בדעה שרווחה עד אז, המודל הגאוצנטרי, לפיו כדור הארץ במרכז והשמש מקיפה אותו.
ביחס שבין הקבלה לפילוסופיה, בניגוד לרמ"א שקבע "כי חכמת הקבלה היא חכמת הפילוסופיה, רק שבשתי לשונות ידברו", סבר המהר"ל כי תהום פעורה ביניהן, וכי קביעה זו נובעת מחסרון ידיעה, "כי כאשר ידע ויבין הדברים אז ידע שהם רחוקים זה מזה בתכלית הריחוק".

הטבע והנס

כהוגים יהודיים אחרים האמין בניסי המקרא, וחידושו היה שכמו שלחוקי הטבע יש חוקיות, גם לנסים יש סדר וחוקיות, ולכן הם דווקא מתרחשים בזמן מסוים ואינם תמידיים. בניגוד לרמב"ם, שסבר שעם בריאתו של העולם נקבע זמנם של הניסים ועניינם, ולכן הם חלק מהטבע ואינם קוראים תיגר על חוקי הטבע, לדעת המהר"ל קיים במקביל לעולם הזה עולם מטאפיסי על-טבעי ("העולם הנבדל"), שבעת יצירת ממשק בינו לבין העולם שלנו נוצרים נסים, כאשר לאישים מישראל כמו הנביאים, קיימת יכולת להיות ה"נתבים" של ממשק זה ("הנביאים על ידי שהיו דבקים בעולם הנבדל, היו פותחים שער הננעל הוא עולם הטבע"). עם זאת סבר שהקב"ה מעדיף שלא לבטל את חוקי הטבע אם יכול, באשר הטבע הוא "שלוחו של הקב"ה", ואף כאשר נעשים ניסים הם נעשים באופן שיהיה כמה שיותר קרוב אל הטבע, "כי הקב"ה מקרב כל הניסים אל הטבע כל מה דאפשר, שאין הקב"ה מבטל הטבע בחינם אם לא להכרח.".
אפשר לראות בהגות המהר"ל ניצנים ראשונים של תורת הקוואנטים, כאשר טען שבהתרחשות של נס, הטבע הרגיל איננו מתבטל, אלא ממשיך את פעולתו הטבעית, וקיימת למעשה מציאות מקבילה וחופפת בו-זמנית שהיא סובייקטיבית לעין המתבונן("שני הפכים בנושא אחד") (ראו גם: פירוש העולמות המרובים). כך למשל תיאר שהנס של עמידת השמש בגבעון ליהושע התרחש רק באופק שלו, ואילו בשאר האופקים השמש המשיכה לנוע כרגיל במהלכה הטבעי. גם השקפתו כי "כי הזמן והמקום עניין אחד" ו"הם שייכים ומתייחסים זה לזה" היא חדשנית. בהתאם לתפיסה זו סבר בין היתר שדבר שאינו גוף ואין לו מקום הוא גם מעל לזמן ולכן הדברים הנבדלים הרוחניים פועלים בעולם במהירות ללא זמן.

משנתו החינוכית

המהר"ל טען בנחרצות כנגד חוסר השיטתיות וחוסר רכישת היסודות בחינוך. לדעתו סדרי החינוך צריכים ללכת מהקל אל הכבד, ומהפשוט אל המסובך, על פי הכלל "לתת לנער משא, כאשר יוכל שאת, לפי טבעו." (גור אריה דברים ו' ז'). ולכן צריך להתחיל בגיל הרך במקרא, "שבה עיקרי הדינים והיא כמו שורש האילן", להמשיך בגיל העשרה בפשטות והבהירות של המשנה שהיא "היסוד הגדול ועמוד הברזל, שמדומה לגופו של האילן", ורק אחר כך בגיל הנעורים (חמש עשרה) להגיע אל התלמוד, שמדומה לענפיו ופוארותיו של האילן ובה "מלחמתה של תורה", כפי הסדר שהתוו חז"ל במשנה במסכת אבות, ושהיה נהוג בימי קדם.
גם לגבי צורת הלימוד הייתה לו דעה מגובשת, המהר"ל צידד בלימוד של בקיאות וברכישת רוחב ידע תלמודי, שיהיה עם האדם וילווה אותו בחייו, והתנגד לשיטת הפלפול וללמדנות שנהגה בישיבות ומחה נגדה בלשון קשה. הוא טען שהיא לא רק מפריעה לקנות ידע תורני, אלא אף גורמת לאדם ללמוד לימוד של הבל ושעשועי סרק, שאין בו תועלת ולמעשה יש בו נזק אינטלקטואלי. דבר נוסף שהוא דגל בו מאוד, היה חזרות מרובות על הלימוד, כדי שהדברים יהיו שגורים על ליבו של האדם, ו"תלמודו יהיה בידו". את איסור כתיבת תורה שבעל פה, הוא הסביר "שלא יבטח האדם בעורות הבהמות המתות אשר התורה כתובה עליהם, ותהיה התורה עמו בפיו". (דרוש על התורה).
הוא קרא להקדים את לימוד גוף התלמוד לפרשנים מאוחרים כמו בעלי התוספות ופסקי הרא"ש, ולעסוק בלימוד שיטת ההלכה המעשית, כך שהאדם יוכל להיכנס לחתונתו, כאשר באמתחתו ידע של כמה וכמה מסכתות בתלמוד וידע הלכתי על המותר והאסור. הוא טען שאי הלימוד בשיטה כזו, גורם לדורו להיות פחות מוסרי ולהתבטל מעשייה חיובית, משום שהבורות וחוסר הידע פועלים את פעולתם הרעה עליהם. ועוד יותר לפרוש ולעזוב את התורה לגמרי.
לדבריו, דרך החשיבה בתורה צריכה להיות דומה לזו המופעלת ביתר חוכמות העולם:
"החידוד של אומנות הוא תחת סוג אחד עם חידוד התורה - ששניהם מבקשים לעמוד מתוך החידוד על האמת"
— תפארת ישראל פרק נ"ו
המהר"ל ביקר את "הטפשים בארצות הללו" שלא מלמדים בשיטתיות את המקרא, אלא מלמדים ילדים במחזוריות שנתית מעט מפרשת השבוע עם הסברים ללא חזרות, וכאשר חוזרים לאותה פרשה לאחר שנה הכל כבר נשכח, או אלו שמלמדים מקרא עם פירוש רש"י, לימוד שלדעתו יסודו במלמדי תינוקות כפריים שלא היו להם ספרים, וטען שהם מכלים את ימי הנער ללא הועיל, וגורמים לו לסיים את לימודי המקרא ללא כל ידע ממשי. כנגד לימוד תלמוד בגיל צעיר, טען שאף אם "הנער מצפצף את התלמוד בקול דברים", אין ביכולתו אפילו להבין את תמונת הפשט, ולא שום דבר ממנו. וכנגד אלו שמלמדים נערים את פירוש בעלי התוספות הוא מבקר במילים קשות, "והאנשים האלו הוכו בסנורים, אין זה רק כי שכל הנער גדל מעצמו, אבל שיהיה מוסיף בשכלו מה שהלעיטו, דבר שאין ראוי לו, ואינו לפי ערך שכלו - זה אי אפשר." (גור אריה דברים ו' ז').
לנוכח סדרי לימוד מעוותים וחוסר יכולת השפעה לתיקון המצב הוא מקונן בשברון רוח ולב דואב פעמים רבות, עד שהוא אומר שאילולי הבטחת ה' כי התורה לא תשכח מישראל - היא הייתה אובדת, מכיוון שאין אחד שלומד בסדר שלימדו חז"ל. עוד מוסיף שכל אדם "שיבקש כבוד קונו ודורש התורה, ראוי שיהיה דוה לבו" על עיוות סדרי הלימוד "שלא הניח תורה וחכמה וירא אלהים בינינו", ומהרועים (המחנכים) הוא מבקש שלא לקצר את הדרך וללכת ב"דרך קצרה שהיא ארוכה", ולא לייגע את צעירי הצאן (התלמידים) בדבר שהם לא מסוגלים בו, שיביא אותם אל מותם. את סופו של מי שלמד בשיטות כאלו הוא מתאר: "...ודבר זה נוהג עד שיכתוב כתובה לאשה. אז הושלך משמים ארץ, ונראה לו כאילו חולם חלום כל ימיו, יפרוש מן התורה לגמרי, לא ישא בידו מאומה, לא מקרא ולא משנה ולא תלמוד ולא דרך ארץ." (גור אריה דברים ו' ז').

המהר"ל וחופש הביטוי

בספר "באר הגולה" מוחה המהר"ל כנגד הצנזורה הדתית שפעלה במלוא המרץ באותה תקופה. דבריו כוונו אומנם נגד הנוצרים, אך ניסוחיו הם אוניברסליים, וחיבורו מהווה כתב הגנה חריף ומנומק למען חופש הביטוי.
אל למי שהכוח בידו להרחיק "שום דבר המתנגד אל דעתו... אף אם הדברים הם נגד אמונתו ודתו", כותב המהר"ל מפראג. לדעתו, הוויכוח הדתי משול לקרב. מכיוון שכך, המנצח יוכל להתגאות בניצחונו רק אם ליריבו ניתנה האפשרות לנהל מאבק הוגן.
כך הוא מתאר זאת: "כי כל גיבור... שרוצה להראות גבורתו, הוא חפץ מאוד שאותו שבא כנגדו יתגבר ככל אשר יוכל. ואז, אם ינצח אותו הגיבור שבא להתגבר כנגדו, נראה שהמנצח גיבור ביותר. אבל מה גבורה מראה, כאשר אותו שבא כנגדו אין רשאי לעמוד על נפשו וללחום".
המהר"ל כותב שגם דברי פילוסופי יוון, שהיו כופרים גמורים, אינם מצריכים צנזור, מאחר שאלו כתבו את דבריהם מתוך אהבת הידע ומתוך שכנוע עמוק ולא מתוך רצון לקנטר. עוד הוא מוסיף וכותב שאם בכל אופן יצנזר השלטון את יריביו, יישארו אלו שונאים בלב המסוכנים משונאים המבטאים דעותיהם בגלוי. על כך הוא אומר: "היזהרו מן השונא בלב". בדברים אלו הקדים הוגי דעות אירופאים כמו המשורר ג'ון מילטון.

המהר"ל כאיש הלכה

בנוסף על הגותו הענפה המהר"ל היה גם איש הלכה ותלמוד. בידינו מצויים כמה ספרים שלו בהלכה: פירוש על טור יורה דעה, וספר גור אריה על מסכתות שבת עירובין פסחים, ופירוש מכת"י על מסכת בבא מציעא (יצא לאור על ידי יהושע חסידה בהוצאת מכון ירושלים). כמו כן, יצאו לאור שיעוריו מפי בנו רבי בצלאל על הרי"ף (ישורון) בספריו ההגותיים מופיעות מעת לעת פסיקות, העולות בקנה אחד עם תפיסתו ההגותית לגבי אופיה של ההלכה.
בפסיקותיו הללו מתפלמס המהר"ל בין היתר עם בן דורו הרמ"א: בעוד הרמ"א נטה להקל לעיתים ולהיות קשוב למנהג ולצורכי החיים, המהר"ל גזר את פסיקותיו אך ורק מתפיסותיו את דרכה העקרונית של ההלכה לפי התלמוד, לעיתים תוך דיוקים דקים. פסיקה ידועה שלו (המפורטת בספרו "נר מצווה") היא נגד הדלקת נרות חנוכה העשויים משעווה, מתוך תפיסה שנר בתלמוד הוא רק זה העתיק, של שמן הנשאב על ידי הפתילה.
כמה מפסיקותיו מופיעות בספרי הלכה שונים, כגון משנה ברורה (י"א, ג') ועוד.

היחס למהר"ל

בתנועת החסידות צידדו בלמידת כתביו. האדמו"ר רבי ישראל יצחק קאליש מוורקא השווה את תורתו לתורת האר"י (שהמהר"ל נולד לפניו ומת אחריו). על פי ד"ר בנימין בראון, הגותו חדרה רק לחסידות המאוחרת (1815). לדבריו רבי ישראל הופשטיין מקוז'ניץ (המוכר בכינוי המגיד מקוז'ניץ) הוא הפותח בהגות מהר"ל באופן רציני. ובהמשך חותמו של המהר"ל בולט אצל רבי יהודה אריה ליב אלתר מגור (בעל "השפת אמת"), שמהווה לפי בראון צינור חשוב של המהר"ל. האדמו"ר רבי שמחה בונים מפשיסחה שדבק בכתביו, השווה בין כתבי מהר"ל לספר הזוהר. ותפיסה זו ניכרת בתלמידיו: הרב מרדכי יוסף ליינר ("מי השילוח") והרבי מקוצק. על הרבי מקוצק מסופר כי עודד ללמוד את כתביו כדי לקבל "שכל של גמרא", וציווה: "לא ללמוד בשום ספרי חסידים. רק בספרי מהר"ל". רבי שניאור זלמן מליאדי כותב בדף השער של ספר התניא, ספר היסוד של חסידות חב"ד, כי הוא מיוסד "על פי ספרים .. קדושי עליון", כאשר במסורת החסידית מקובל כי כוונתו לספרי המהר"ל והשל"ה. רבי ישעיה מושקט אפיין את חיבוריו "אשר כלפיד יבער בחדרי לבות ההוגים בם".
הראי"ה קוק שראה בו את "גדול העולם", סבר כי הוא אבי שיטת הגר"א והחסידות גם יחד, וכלל אותו בין המקובלים, אף שסגנון מיוחד לו. תלמידו, הרי"מ חרל"פ, האמין כי ספרי המהר"ל נכתבו בהופעת רוח ממרום, בדומה למה שכתב הרב יוסף שאול נתנזון כי המהר"ל "היה מפורסם כבעל רוח הקודש". הרצי"ה קוק ראה בו "היקף עולמי של צדיק יסוד עולם, תלמיד חכם של העולם, וגדול מדע בעולם". פרופ' שלום רוזנברג, הקביל בין אישיותם ופועלם של המהר"ל והרב קוק, במשפט מסייג: "המהר"ל - תורת הגלות, הרב קוק - תורת הגאולה". ד"ר יורם יעקבסון הכתירו בתואר "התאולוג הלא רשמי של היהדות הרבנית", ופרופ' אלחנן ריינר תיארו כ"הוגה האשכנזי הראשון והיחיד שניסח הגות שיטתית ומקיפה שהתכוונה להתמודד עם השאלות הגדולות באירופה של שבירת הכלים: הרפורמציה ורפורמציית הנגד, בפרויקט אחד ענק בהיקפו, העשוי קומה על גבי קומה".
גם רבי מנחם מנדל שניאורסון (הצמח צדק) בספרו "דרך מצוותך" (ספר המצות. מצות תפילין.יח, א) כותב בשבחו של המהר"ל - "איש האלקים קדוש הוא הר"י ליוא מפראג".
המהר"ל שב ונזכר כדמות רבנית מרכזית בזיכרון האגדי העממי לדורותיו. בעיקר ידועה אגדת הגולם מפראג - על פי האגדה נוצר הגולם בידי המהר"ל על מנת למנוע מזימה של עלילת דם.