מלחמת האזרחים האלג'יראית

מלחמת האזרחים האלג'יראית היא כינויו של הסכסוך המזוין בין ממשלתה של אלג'יריה ובין קבוצות אסלאמיות מורדות, אשר החל בשנת 1991. יש המעריכים כי הסכסוך גבה למעלה ממאה אלף קורבנות בנפש. הסכסוך הסתיים באופן מעשי בניצחון ממשלת אלג'יריה, בעקבות כניעת "צבא הישועה האסלאמי", ותבוסתה ב-2002 של "הקבוצה האסלאמית המזוינת". עם זאת לחימה בעוצמה נמוכה נמשכת עדיין באזורים שונים של המדינה.
הסכסוך החל בדצמבר 1991, כאשר הממשלה ביטלה את תוצאות הבחירות לאספה הלאומית האלג'ירית, לאחר שתוצאות הסיבוב הראשון הראו כי מפלגת "חזית הישועה האסלאמית" (FIS) זכתה בבחירות, ובעקבות חששות כי מפלגה זו תביא לקיצה של הדמוקרטיה באלג'יריה. לאחר שהוטל איסור על פעילות ה-FIS ומאסר אלפים מחבריה, החלו לוחמי גרילה אסלאמיים להתארגן למערכה כנגד הממשלה ותומכיה. הם יצרו מספר קבוצות מזוינות, ובמיוחד את "התנועה האסלאמית המזוינת" (MIA) שבסיסה בהרים, ואת "הקבוצה האסלאמית המזוינת" (GIA) שבסיסה באזורים העירוניים. בתחילה פגעו הלוחמים האסלאמיים רק באנשי צבא אלג'יריה, אך עד מהרה החל הסכסוך לגבות קורבנות אף בקרב האזרחים. בשנת 1994, עת הגיעו מגעים בין הנהגת ה-FIS הכלואה, ובין ממשלת אלג'יריה, לשלב מתקדם, הכריזה ה-GIA מלחמה על ה-FIS ואנשיו. בתגובה יצרו אנשי ה-MIA וקבוצות נוספות שתמכו ב-FIS את "צבא הישועה האסלאמי" (AIS).
בסמוך לאחר התפתחות זו כשלו השיחות. בבחירות לנשיאות אלג'יריה ב-1995 זכה מועמד הצבא, גנרל ליאמין זרואל. המשבר בין ה-GIA ובין ה-AIS החריף. במהלך השנים הבאות החלה ה-GIA בביצוע סדרת מעשי טבח, שקורבנותיהם עיירות שלמות ושכונות שלמות בערים, ששיאן ב-1997, עת נועדו להתקיים בחירות לפרלמנט. בבחירות זכתה קבוצה חדשה "המצעד הלאומי הדמוקרטי" (RND) אשר תמכה בצבא. ה-AIS, המותקפת משני הכיוונים, הכריזה על הפסקת אש חד צדדית אל מול כוחות הצבא בשנת 1997 בעוד שה-GIA נקרעה לגזרים, בשל התנגדות כמה ממנהיגיה למעשי הטבח. ב-1999 נבחר נשיא חדש עבד אל-עזיז בותפליקה, והוא העניק חנינה לרוב הלוחמים, וכך הניע רבים מהם "לחזור בתשובה" (כפי שנטבע המושג בהקשר זה), ולשוב לחיים רגילים. האלימות פחתה באופן משמעותי, ונראה כי הממשלה נצחה במאבק. אנשי ה-GIA שלא הניחו את נשקם נרדפו ונצודו אחד לאחד במשך השנתיים הבאות, ולמעשה, ב-2002 חדלה הקבוצה להתקיים.
עם זאת, קבוצה מקרב אנשי ה-GIA "הקבוצה הסלאפית להטפה וללוחמה" (GSPC) (כיום חלק מאל קאעידה) שמרכזה בחבל קביילי ההררי, נוצרה בשנת 1998, והצליחה לנתק עצמה ממעשי הטבח. קבוצה זו עודה ממשיכה במלחמה כנגד אנשי הצבא והמשטרה, ודחתה את הצעת החנינה. נכון לשנת 2005 פעילויות קבוצה זו הן השרידים היחידים ללוחמה באלג'יריה. על אף שהלחימה נמצאת בעוצמה נמוכה, אין לראות עדיין את סופו המוחלט של הסכסוך.

ליברליזציה – ההקדמה למלחמה

בסוף שנת 1987, החזית הלאומית לשחרור אלג'יריה - שהייתה למעשה דיקטטורה חד מפלגתית סוציאליסטית, ששלטה באלג'יריה מאז שזו קיבלה את עצמאותה, גילתה סימני חולשה. הממשלה נשענה על מחירי הנפט הגבוהים, וכאשר בשנת 1986 המחירים ירדו מ-30 דולר לחבית נפט ל-10 דולר, הכלכלה הריכוזית והמתוכננת נקלעה למשבר חמור. באוקטובר 1988 (שכונה "אוקטובר השחור") החלו מהומות והפגנות כנגד הנשיא שאד'לי בן ג'דיד. בהפגנות אלו היה האלמנט האסלאמי בולט. הצבא ירה על המפגינים, וגרם לקורבנות אחדים ולזעזוע כבד בציבור האלג'יראי.
תגובתו של הנשיא לאירועים הייתה ניסיון להביא לרפורמה. בשנת 1989 הוא הביא בפני העם חוקה חדשה אשר ביטלה את המפלגה השלטת (FLN – החזית הלאומית לשחרור אלג'יריה), ולא הזכירה את הסוציאליזם, והבטיחה את "חירות הביטוי, ההתאגדות וההתקהלות". עד לסוף השנה החל להיווצר מגוון של מפלגות פוליטיות, אשר הוכרו על ידי הממשלה, ובהן "חזית הישועה האסלאמית" – FIS.
ה-FIS איגדה בתוכה מגוון רחב של תומכים באסלאם, שהתבטא בשני מנהיגיה. נשיאה, עבאסי מדאני, פרופסור ולוחם לעצמאות אלג'יריה כנגד השלטון הצרפתי ייצג דעות דתיות מתונות, וסימל את הקשר של המפלגה אל מלחמת העצמאות של אלג'יריה, ואל ה-FLN השלטת. סגן הנשיא, עלי בלחאדג', היה מטיף צעיר מאלג'יר אשר היה ידוע בנאומיו התוקפניים והרדיקליים, שנתמכו בידי הצעירים ואנשי המעמדות הנמוכים, והביאו לדאגה בקרב האחרים, בשל דחייתו את הדמוקרטיה, ודעותיו הקיצוניות באשר למעמד האישה. בלחאדג' היה בעל תפקיד חשוב במהומות אוקטובר. ה-FIS הפכה עד מהרה למפלגה האסלאמית הגדולה ביותר, וזכתה להצלחה ניכרת ביישובים העירוניים. בבחירות המוניציפליות שהתקיימו בשנת 1990 זכו לניצחון גדול, ול-54% מן הקולות. מלחמת המפרץ הראשונה, ב-1991, הביאה לתמיכה במפלגה, בשל התנגדותם הקולנית לקואליציה שקמה בהנהגת ארצות הברית כנגד סדאם חוסיין, בעוד שהממשלה נאלצה לנקוט עמדה מתונה יותר.
במאי 1991 ה-FIS קרא לשביתה כללית על מנת למחות כנגד עריכתם מחדש של אזורי הבחירה על ידי הממשלה, שנועדה להבטיח רוב למפלגות התומכות בממשלה. השביתה עצמה נכשלה, אך הפגנות ענק בעיר אלג'יר הרשימו את ההמונים, ולבסוף הפסיקה ה-FIS את השביתה לאחר שהובטחו לה בחירות הוגנות. בסמוך לאחר מכן עצרה הממשלה את מדאני ובלחאדג', ועמם מספר חברים בולטים נוספים במפלגה. המפלגה לא הוצאה מחוץ לחוק, והונהגה על ידי עבדאלקאדר חשאני.
עליית המפלגה המשיכה. לבסוף הסכימה להשתתף בבחירות, לאחר שפלטה מתוכה פעילים שהטיפו לפעולה אלימה כנגד הממשלה. בסוף נובמבר התקיפו קיצונים אסלאמים מזוינים עמדת גבול באזור גואמר, אך פרט לכך שרר שקט מתוח. ב-26 בדצמבר ה-FIS זכתה בבחירות לאספה הלאומית, כאשר קיבלה 48% מן הקולות, ו-188 מתוך 232 המושבים. ניצחון ה-FIS והקמת ממשלה אסלאמית נראו בלתי נמנעים.

הפיכה צבאית ותחילת הלוחמה המזוינת

הצבא לא קיבל התפתחות זו. ה-FIS העלתה איומים בוטים כנגד אנשי הצבא, וכינתה אותם כבלתי פטריוטים ופרו צרפתים, וכן מושחתים. בנוסף לכך הנהגת ה-FIS לא תמכה בדמוקרטיה, ונראה כי ממשלתם תהפוך לדיקטטורה אסלאמית, או כלשונו של העוזר למזכיר המדינה האמריקני אדוארד ג'רג'יאן – "קול אחד לאיש אחד, פעם אחת".
ב-11 בינואר 1992 הצבא ביטל את הבחירות, והכריח את הנשיא בנג'דיד להתפטר, ולהעלות במקומו את לוחם העצמאות הגולה מוחמד בודיאף שישמש כנשיא. רבים מחברי ה-FIS נעצרו (המספר נע בין 5,000 על פי הצבא ובין 30,000 על פי נתוני ה-(FIS, וביניהם חשאני. הוקמו מחנות מעצר במדבר סהרה שכן מערכת בתי הכלא לא הייתה ערוכה לקלוט מספר כה רב של כלואים. מצב חירום הוכרז במדינה וזכויות האזרח הושעו. אנשים מזוקנים חששו לצאת מביתם על מנת שלא להיעצר כתומכי ה-FIS. ארגוני זכויות אדם כארגון אמנסטי הבינלאומי דיווחו על עינויים וכליאה ללא משפט. ב-4 במרץ הכריזה הממשלה על הוצאתה מחוץ לחוק של מפלגת ה-FIS ועל פיזורה.
בין המעטים ממנהיגי ה-FIS שנותרו בחופשי, ראו רבים את פעילות הממשלה כהכרזת מלחמה. הם התאחדו עם גורמים קיצוניים שנפלטו בעבר אל מחוץ למפלגה, והחלו בלוחמת גרילה בהרים. בתחילה התקיפו את כוחות הממשלה, ממעוזים בהרים בצפון המדינה, מקום בו פני השטח המיוערים מתאימים לסוג זה של לוחמה. ובערים מסוימות שאוכלוסייתן נטתה לתמוך באנשי האסלאם. מדבר הסהרה הבלתי מיושב נותר שקט כמעט במהלך כל המלחמה. מאחר ששדות הנפט, המהווים את עיקר הכנסת הממשלה האלג'ירית מצויים בסהרה, הבטיחה עובדה זו כי הממשלה לא תסבול מקשיי מימון במהלך הלחימה.
עם זאת, בתחילת הלחימה קרסה הכלכלה האלג'ירית. כל הסובסידיות על מזון בוטלו. התקוות שנתלו בדמותו של בודיאף קרסו עד מהרה כאשר זה נרצח בידי שומרי ראשו ביוני 1992. בסמוך לאחר מכן נדונו מדאני ובלחאדג' לשתים עשרה שנות מאסר.
ב-26 באוגוסט נראה ברור כי כמה מן הלוחמים שמים להם כמטרה פגיעה באוכלוסייה אזרחית. פיגוע בנמל התעופה באלג'יר גבה חייהם של תשעה בני אדם ופצע 128. ה-FIS גינה את הפיגוע, וכן עשו רוב המפלגות האחרות, אך בשלב זה השפעת מנהיגי ה-FIS על הלחימה הפכה להיות מוגבלת. 
הלחימה, שהחלה כלחימה של קבוצות קיצוניות קטנות, המורכבות מבוגרי מלחמת אפגניסטן, הלכה והפכה לסכסוך כולל, עם התגבשות "התנועה האסלאמית המזוינת" – MIA, המונהגת בידי איש הצבא לשעבר עבדאלקאדר שבוטי. שבוטי הוא איש אסלאם קיצוני אשר התרחק ממנהיגי ה-FIS בשל התנגדותו להליכים פרלמנטריים. בפברואר 1992 ייסד סעיד מלחופי, קיצוני אסלאמי בוגר המלחמה באפגניסטן, את "התנועה למדינה אסלאמית" (MEI). קבוצות קיצוניות אלו ניסו לאחד את שורותיהן תחת הנהגתו של שבוטי. פגישה בין מספר מנהיגים על מנת לסכם את האיחוד בין הקבוצות הקיצוניות פוצצה על ידי כוחות המשטרה, והדבר העלה חשדות, ומנע איחוד בין הקיצונים האסלאמים המורדים.
ה-FIS הייתה בעלת רשת מחתרתית משלה, שכללה עיתונים מחתרתיים ותחנת רדיו, והחלה להנפיק הודעות "רשמיות" מחוץ לאלג'יריה. בשלב זה חלק מן הקיצונים התנגדו לפעילות ה-FIS.
בינואר 1993, עבדאלחאק לאיאדה, הכריז על עצמאות קבוצתו מן הקבוצות המונהגות על ידי שבוטי. הקבוצה החדשה נקראה "הקבוצה האסלאמית המזוינת" GIA (בצרפתית Groupe Islamique Armé) והיא הפכה לפעילה באזורים העירוניים ובשכונות. הקבוצה נקטה בקו נוקשה, התנגדה לממשלה ול-FIS, ואיימה על מנהיגי ה-FIS וה-MIA. בניגוד ל-MIA אשר ביצע "סינון אידאולוגי" של הלוחמים, קיבלה ה-GIA לשורותיה את כל מי שחפץ בכך. כתוצאה מכך היו מקרים רבים של חדירת סוכנים של כוחות הביטחון, וראשי ה-GIA נהרגו בזה אחר זה.
החלוקה הפנימית בקרב לוחמי הגרילה הפכה למובהקת יותר בשנת 1993. ה-MIA וה-MEI ניסו לייצר אסטרטגיה שמטרתה לערער את המדינה, והתרכזו במאבק כנגד כוחות הביטחון, ובפעולות כנגד מוסדות המדינה. ה-GIA התרכז באזורים העירוניים והרג כל מי שנראה כתומך הממשלה, כגון עובדי הממשלה, מורים ואנשי מנהל. ה-GIA שם לו למטרה גם עיתונאים ואינטלקטואלים, ועד מהרה החל לבצע רציחות של כל מי שלא קיבל עליו את אורח החיים האסלאמי הנוקשה לו הטיף, ואף זרים. פעולות אלו הביאו להתרוקנותה של אלג'יריה מזרים, ולתנועה של הגירה מחוץ לאלג'יריה של אלג'יראים שקצו בלחימה ובטרור. במקביל לכך, החלו ממשלות מחוץ לאלג'יריה להוריד את מספר הויזות שניתנו לאזרחי אלג'יריה.

כישלון מאמצי המשא ומתן והלוחמה בין הקבוצות האסלאמיות

האלימות המשיכה אף בשנת 1994 על אף השיפור במצב הכלכלי. כאשר נראה כי אין קץ נראה לעין ללחימה, הגנרל זרואל הוכרז כנשיא "המועצה העליונה של אלג'יריה". זרואל היה בין אנשי הצבא שתמכו בדיאלוג. לאחר שמונה למשרה, החל במשא ומתן עם אנשי ה-FIS הכלואים, ושיחרר רבים מהם כמחווה. השיחות פיצלו את הקשת הפוליטית. התנועות הפוליטיות העיקריות – ה-FLN הסוציאליסטית, ומפלגות סוציאליסטיות נוספות, קראו לפשרה, אך מפלגות שמאל אחרות, וכן ארגוני נשים, התנגדו לכל פשרה עם המוסלמים הקנאים. מיליציות שתמכו בממשלה החלו להתקיף את אנשי האסלאם בערים. ב-10 במרץ 1994 נמלטו אלף אסירים אסלאמיים מן הכלא, ונראה כי הקיצונים האסלאמיים זכו בניצחון גדול. יש המשערים כי בריחה זו נועדה להחדיר סוכנים של הממשלה להנהגת ה-GIA.
בינתיים, תחת הנהגתו של שריף גואוסמי, שקיבל לידיו את הנהגת ה-GIA במרץ 1994 הפכה ה-GIA לארגון העיקרי הלוחם בממשלה. במאי ספגה ה-FIS מהלומה, כאשר מנהיגיה שנותרו מחוץ לכלא, וכן אנשי ה-MEI הצטרפו אל ה-GIA, על אף שזה הוציא כנגדם איומי רצח מזה מספר חודשים. הדבר בא כהפתעה, ונראה כי יסודו ברצון אנשי ה-FIS לשנות את ה-GIA מתוך שורות הארגון. ב-26 באוגוסט הכריז ה-GIA על מדינה אסלאמית, או "ח'ליפות", בהנהגת ה"ח'ליפה" גואומי. הדבר הביא לפרישת אנשי ה-MEI מן ה-GIA. הארגון המשיך בהתקפותיו על מטרותיו הרגילות, ובשלב זה החל בהצתתם של בתי ספר שלא עמדו בתוכנית לימודים אסלאמית דיה לדעת אנשי הארגון.
הלוחמים הנשמעים ל-FIS היו עתה בשולי המאבק. הם ניסו לאחד את כוחותיהם עם אנשי ה-MEI, וביולי 1994 נוסד "צבא הישועה האסלאמי" המחודש והמאוחד (AIS). המסגרת החדשה איחדה לוחמים שהתנגדו הן לממשלה והן לקיצונים. ההתארגנות החדשה חיזקה את כוחו של ה-FIS במשא ומתן עם הממשלה. בסוף 1994 היו יותר ממחצית הלוחמים מאוחדים במסגרת זו במזרח ובמערב המדינה. אך במרכז המדינה, ליד הבירה אלג'יר, הייתה יד ה-GIA על העליונה, ואנשי ה-AIS היו אך כחמישית מן הלוחמים. אנשי החזית החדשה גינו את פגיעתם של אנשי ה-GIA בנשים, בעיתונאים ובאזרחים שאינם "מעורבים בדיכוי" והתקיפו את נטייתם של אנשי ה-GIA להצית בתי ספר.
בסוף אוקטובר הכריזה הממשלה על כישלון השיחות. זרואל יצא ביוזמה חדשה. הוא יזם בחירות לנשיאות אלג'יריה ב-1995, וקידם בשורות המפלגה קיצוניים המתנגדים לפשרה עם אנשי האסלאם, כמו גם תמך ב"מיליציות להגנה עצמית" שנלחמו בקיצונים האסלאמים באזורים הכפריים. סוף שנת 1994 הביאה להסלמה במאבק האלים. במהלך השנה העמיק בידודה של אלג'יריה. רוב סוכנויות הידיעות הזרות כבר לא החזיקו עיתונאים בארץ, והגבול עם מרוקו נסגר, כמו גם כל משרדי חברות התעופה הזרות. הממשלה הורתה לעיתונות שלא לדווח על ידיעות שלא הופצו באמצעות סוכנות הידיעות הרשמית. הדבר הביא לפער של ממש בין המתרחש בשטח לבין המידע שהיה לגורמי חוץ ואף לאזרחי אלג'יריה על הנעשה.
כמה ממנהיגי ה-FIS נמלטו לגלות מחוץ לאלג'יריה. בנובמבר 1994 החלו שיחות בין גורמים שונים ברומא, שהביאו להצהרה ב-14 בינואר 1995, שכונתה "מצע סנט אדיג'יו" על שם הפרבר הרומאי שבו התנהלו השיחות. המצע פרש שורת עקרונות: כיבוד זכויות האדם, דמוקרטיה רב מפלגתית, דחייה של הדיקטטורה, הכרה בזכות האסלאמית, הערבית והברברית האתנית כחיוניים לזהות האלג'ירית הלאומית, ודרישה לשחרור מנהיגי ה-FIS הכלואים. הצדדים קראו לסיום הרציחות מכל הצדדים. על מסמך זה חסרה הייתה חתימה אחת – זו של הממשלה. כתוצאה מכך לא הייתה למסמך השפעה מיידית. במהלך החודשים הבאים נרצחו אסירים אסלאמיים בהתמרדות בכלא, ובקרב בעין דפלה זכתה הממשלה לניצחון ולהרג מאות קיצונים מוסלמים. אך בטווח הארוך היה מסמך סנט אדיג'יו הדרך שבה יכול הצבא לעבור מדרך העימות הצבאי לדרך הפוליטית.
בסוף 1994 הוחלף ה"ח'ליפה" גואוסמי בג'מאל זיתוני כראש ה-GIA. זיתוני החריף את התקפות ה-GIA על אזרחים, והחל אף לפעול על אדמת צרפת, פעולה שהחלה בחטיפת טיסה 8969 של אייר פראנס בדצמבר 1994, והמשיכה בשורת פעולות טרור בצרפת ב-1995. באלג'יריה עצמה, המשיכה הלחימה באמצעים המוכרים של פיגועים והתנקשויות במוזיקאים, ספורטאים, נשים שלא לבשו רעלה, וכן שאר הקורבנות האזרחיים הרגילים. האזור שמדרום לבירה אלג'יר נשלט על ידי ה-GIA שכינה אותו "האזור המשוחרר". אחרים כינו אותו "משולש המוות". הלחימה המשיכה עם ההתנקשות בחיי מייסד ה-FIS עבדאלבאקי סחראוי בפריז.

המשך המאבק, עליית המיליציות

לאחר כישלון השיחות החליטה הממשלה לערוך בחירות לנשיאות. ב-16 בנובמבר 1995 נבחר זרואל לנשיא עם רוב של 60% מן הקולות. על אף קריאת התנועות האסלאמיות להחרים את הבחירות, הודיעה הממשלה כי אחוז ההצבעה הגיע ל-75%. משקיפים חיצוניים אישרו מספר זה. ה-GIA איים ברצח כל מי שיצביע (תחת הסיסמה – "קול אחד, כדור אחד"), ורמת אבטחה גבוהה אפיינה את יום הבחירות. משקיפים מהליגה הערבית, האומות המאוחדות והארגון לאחדות אפריקה, הביעו סיפוק מטוהר הבחירות. 
התוצאות שיקפו את מגוון הדעות, מתמיכה בחילוניות והתנגדות לאסלאם, עד לרצון לסיים את האלימות, ללא כל קשר לפוליטיקה. התקוות שהפוליטיקה תביא לנורמליזציה של החיים במדינה גברו. זרואל הגביר תקוות אלו כאשר הביא בפני העם חוקה חדשה בשנת 1996. בחוקה זו התחזק כוחו של הנשיא, ונוסף בית לפרלמנט, אשר יהיה בחלקו נבחר ובחלקו ממונה על ידי הנשיא. בנובמבר 1996 אישר משאל עם את החוקה.
פעולותיה הפוליטיות של הממשלה בוצעו לצד עלייה מתמדת בפעילות מיליציות התומכות בה. "המיליציות להגנה עצמית" הנקראות אף "הפטריוטים" לשם קיצור, כללו אזרחים שאומנו על ידי הצבא, וחומשו על ידי הממשלה. הן נוסדו בכפרים בסמוך לריכוזי המורדים האסלאמים, ותעמולה בשידורי הטלוויזיה קראה לאזרחים להצטרף לשורותיהם. 
תוצאות הבחירות היוו מכה לקבוצות הקיצוניות, אשר ראו עלייה מתמדת בעורקים משורותיהם בסמוך לאחר הבחירות. מנהיגי ה-FIS אימצו קו מתון יותר כלפי הממשלה. ב-GIA נרצחו המנהיגים המתונים שהגיעו משורות ה-FIS, ונטען כי הם ניסו להשתלט על התנועה. טיהור זה החריף את המאבק בתוך שורות ה-GIA עצמו. למנהיגותו של זיתוני קמו מתנגדים, וקרבות בין קבוצות יריבות בתוך ה-GIA עצמו הפכו לשגרה.

טבח ופיוס

ביולי 1996 מנהיג ה-GIA, ג'מאל זיתוני, נרצח בידי קיצונים, ומקומו נתפס בידי ענתר זואברי, אשר יוכיח עצמו כמנהיג הקיצוני ביותר במאבק.
הבחירות למועצה המחוקקת התקיימו ב-5 ביוני 1997 ובהן ניצח ה-RND ומפלגה חדשה של תומכי זרואל. מפלגות אלו יצרו קואליציה עם אנשי ה-FLN, ואיש ה-RND אחמד אויהיא שימש כראש ממשלה. הממשלה החדשה נקטה בצעדים מתונים כלפי ה-FIS. השאני שוחרר, ומדאני הועבר למעצר בית.
בשלב זה החלה בעיה חמורה להתגבש. בתחילת אפריל החלו הקיצונים האסלאמיים לנקוט בפעולות טבח חסרות תקדים באכזריותן ובהיקפן. הסכסוך ידע מעשי טבח בעבר, אך בהיקף קטן יותר. כפרים שלמים ושכונות שלמות הושמדו, ללא התחשבות בגיל הקורבנות או מינם. אנשי ה-GIA רצחו עשרות ומאות אזרחים בפעולה אחת. מעשי הטבח המשיכו עד לסוף שנת 1998 ושינו את המצב הפוליטי באופן ניכר. האזורים שמדרום וממזרח לאלג'יר, אשר הצביעו בעד ה-FIS ב-1991 נפגעו במיוחד. מעשי הטבח בראיס ובבנטלהא, זיעזעו את המשקיפים מחוץ לאלג'יר. נשים הרות נבקעו, ילדים נחבטו בקירות, איברי הגברים נקטעו, ונשים צעירות נחטפו לשימושם של המורדים כשפחות מין.
איש לא הטיל ספק באחריות ה-GIA למעשים. הארגון נטל אחריות על מעשי הטבח העיקריים, ואימץ אידאולוגיה לפיה כל האלג'יראים שלא נלחמו לצדו היו כופרים ויש לרצוח אותם. 
ניצולים ממעשי הטבח טענו כי הצבא הגיע בזמן, אך לא התערב, ואף מנע מאחדים מן הקורבנות להימלט ממתקיפיהם. במקרים מסוימים היה בסיס צבא בסמוך לכפר שהותקף, אך אנשי הצבא נותרו בבסיסיהם. דבר זה העלה חשד כי לממשלה היה עניין בהחרפת הסכסוך, וכי ה-GIA היה מופעל בחלקו על ידי סוכנים של הממשלה.
צבאה של ה-FIS, ה-AIS אשר היה נתון בשלב זה בלוחמה הן כנגד הממשלה והן כנגד ה-GIA מצא עצמו בעמדה בלתי נוחה. ה-GIA נראה כאויב יותר, שכן אנשי ה-AIS חששו כי מעשי הטבח ייוחסו להם. ב-21 בספטמבר 1997 ראש ה-AIS, מאדאני מזרג, הורה על שביתת נשק חד צדדית, על מנת לחשוף את העומדים מאחורי מעשי הטבח. בכך יצא ה-AIS ממעגל הלחימה, והלחימה נותרה בין אנשי הממשלה וה-GIA. במהלך השנים הבאות נשאו ונתנו אנשי ה-AIS עם הממשלה על חנינה ללוחמיהם.

ה-GIA מושמד, וה-GSPC ממשיך בלחימה

לאחר לחץ בינלאומי, שלחו האיחוד האירופי וכן האומות המאוחדות משלחות של משקיפים מטעמם. משלחת האו"ם הונהגה בידי נשיא פורטוגל לשעבר, מריו סוארש, במחצית 1998. דו"חות המשקיפים הטילו את האחריות על מעשי הטבח על הקבוצות האסלאמיות, ונמנעו ממתיחת ביקורת על מעשי האכזריות של הממשלה. 
העיירות הגדולות הפכו לבטוחות יותר, אך העיירות הקטנות בקצוות הרחוקים של המדינה נותרו מטרה להתקפות. ה-GIA היה חצוי בשאלת המשך ההתקפות על אזרחים. בספטמבר 1998 פרשה מן ה-GIA קבוצה בשם "הקבוצה הסלאפית להטפה וללחימה" (GSPC) שבסיסה בהרים.
ב-11 בספטמבר זרואל הודיע על התפטרותו. בבחירות שנערכו ב-15 באפריל 1999 לוחם העצמאות עבד אל-עזיז בותפליקה, שנתמך בידי הצבא, נבחר לנשיא ברוב של 74% מן הקולות. כל המועמדים האחרים הודיעו על פרישתם מן המרוץ בטרם הבחירות, בשל חששם מבעיות בטוהר הבחירות ומזיופים. בותפליקה המשיך את המשא ומתן עם ה-AIS וב-5 ביוני הודיע הארגון על פיזורו. בותפליקה המשיך בהצלחותיו אלו, והכריז על חנינה לאסירים אסלאמיים שהורשעו בעבירות קלות, ותמך בחוק "ההרמוניה האזרחית" אשר אישר חנינה לכל מי שלא ביצע רצח או אונס, והסגיר את נשקו. חוק זה אושר במשאל עם ב-16 בספטמבר 1999 ורבים מן הלוחמים הסגירו עצמם לממשלה על מנת לקבל חנינה במסגרת החוק. מנהיגות ה-FIS הביעה את אכזבתה על כי המאבק המזוין של אנשי ה-AIS הסתיים מבלי להביא לתוצאה, אך רציחתו של מנהיג ה-FIS עבדאלקאדר חשאני ב-22 בנובמבר הייתה בעלת השפעה ממתנת, וקיצה של הלחימה נראה לעין.
ב-11 בינואר 2000 התפזר ה-AIS באופן סופי, לאחר שכל אנשיו קיבלו חנינה מיוחדת מן הממשלה. ה-GIA אשר היה קרוע מבפנים, ומנודה אף על ידי גורמים אסלאמיים, החל להיות נרדף בפעולות של הממשלה אשר במשך מספר שנים הביאו להשמדתו. מותו של זואברי בתחילת 2002 היווה למעשה את סופו של הארגון. פיגועי 11 בספטמבר בארצות הברית הביאו לתמיכת ארצות הברית במאבק הממשלה האלג'ירית, ולהקפאת נכסים של המורדים בארצות הברית, והספקת נשק מתוחכם לצבא.
עם השמדת ה-GIA נותר ה-GSPC כגוף המורד הפעיל היחיד. בשורותיו פעלו בשנת 2003 כ-300 לוחמים. הארגון ממשיך בהתנקשויות באנשי משטרה וצבא, ואף הצליח לבסס עצמו בסהרה, וחטף שם מספר תיירים גרמנים בשנת 2003. בשנת 2007 כרת הארגון ברית עם אל קאעידה ושינה את שמו לאל קאעידה בצפון אפריקה והוא נרדף על ידי הממשלה ועל ידי ממשלת ארצות הברית כאחת.
שחרורם של מנהיגי ה-FIS בשנת 2003 לא הביא להחמרה במצב, ונוצר אמון בין הממשלה ובין המפלגה, אשר התחזק במהלך הבחירות לנשיאות בשנת 2004 בהן זכה בותפליקה ברוב של 85%, ובתמיכת שתי המפלגות העיקריות. תוצאות הבחירות נראו כמאשרות את התמיכה העממית במדיניות בותפליקה כלפי לוחמי הגרילה, ובסיום המאבק הצבאי והאלימות. 
ב-29 בספטמבר 2005 התקבלה ברוב גדול במשאל עם, הצעת החנינה, שכונתה "האמנה לשלום ולפיוס לאומי" הזהה לחוק שהתקבל בשנת 1999 על מנת להביא לסיום הליכים משפטיים כנגד לוחמים אשר הניחו את נשקם לאחר 1999, ולאפשר פיצוי למשפחות שקרוביהן נהרגו על ידי כוחות הצבא. על פי שר הפנים האלג'יראי הצביעו 97.4% מן המשתתפים במשאל בעד ההצעה. וכי שיעור ההצבעה היה 80%. עם זאת לא היו משקיפים בינלאומיים אשר פיקחו על ההצבעה, ולדברי עיתונאים זרים, נצפו קלפיות ריקות. משמעות ההצבעה היא מתן חנינה הן למורדים והן לאנשי צבא המואשמים בפשעי מלחמה.