סוכני S.H.I.E.L.D.

עלילת הסדרה

העלילה של הסדרה מתמקדת בצוות של סוכני S.H.I.E.L.D. בראשות פיליפ קולסון בניסיונם להגן על האנושות מפני איומים על טבעיים וחוץ ארציים. הצוות הורכב מיד לאחר אירועי הסרט "הנוקמים" והוא כלל הן סוכני שטח (מלינדה מאי וגראנט וורד) והן סוכני מחקר (ליאו פיץ וג'מה סימונס). לאורך העונה הראשונה הצוות נאלץ להתמודד עם המשימות השונות שהוטלו עליו על ידי פיקוד S.H.I.E.L.D. כשברקע הבליח מדי פעם אויב מסתורי בשם "מגיד העתידות", לקראת סוף העונה, ובעקבות אירועי "קפטן אמריקה: חייל החורף", פיל וצוותו עמדו בפני האתגר של לשרוד את קריסת הסוכנות והופעתו של ארגון ההידרה מתוכו.
בעונה השנייה על פיל קולסון הוטל להרכיב ארגון S.H.I.E.L.D. חדש מתוך הריסותיו ולהתמודד כנגד ארגון הידרה על אף העוינות מהשלטונות. אף על פי שפיל הפך לראש סוכנות העומד בראש סוכנים רבים הסדרה המשיכה להתמקד בצוות הישן של קולסון מהעונה הקודמת בנוסף למספר דמויות חדשות. במהלך העונה ההתמודדות כנגד ארגון הידרה התחלפה בהתמודדות עם ארגון S.H.I.E.L.D. מתחרה וקבוצה של בעלי כוחות על בשם הבלתי אנושיים.
בעונה השלישית הסוכנות בראשות קולסון המשיכה להתמודד עם בעיית הבלתי אנושיים וארגון ההידרה כאשר במהלך העונה מתגלה בלתי אנושי עתיק מכוכב אחר המהווה כעין אלוהות מייסדת הן עבור ארגון ההידרה והן עבור הבלתי אנושיים.

עונה 1

הסוכן פיליפ "פיל" קולסון חוזר לחיים לאחר שנהרג על ידי לוקי באירועי הנוקמים. הוא אינו זוכר את הניתוח שהציל את חייו, אך זוכר שהיה בחופשה באי טהיטי. לאחר שחזר לעבוד בסוכנות S.H.I.E.L.D., המנהל ניק פיורי נתן לקולסון אישור לעמוד בראש צוות סוכנים מובחר שיתמודד עם מקרים של תופעות על-טבעיות ויחקור אותן. בצוות של קולסון נמצאים הסוכנים מלינדה מאי, חברתו הטובה ואמנית לחימה, גראנט וורד, איש מבצעים ומומחה לכלי נשק, ליאו פיץ, מהנדס וג'מה סימונס, ביו-כימאית, כששני האחרונים הם חברים קרובים ומדענים של S.H.I.E.L.D.. המפקדה של הצוות היא מטוס המכונה "האוטובוס". המקרה הראשון איתו הצוות מתמודד הוא הופעתו של פרויקט סודי המכונה "מרבה רגליים" שמשתמש בחומרים המשויכים לגורמים על טבעיים כמו אקסטרמיס, קרינת גמא, נסיוב חייל העל ועוד. את כל החומרים מכניסים מדעני הפרויקט למכשיר הדומה למרבה רגליים ומחברים אותו לידיהם של המתנדבים לניסוי ובכך הופכים אותם לחזקים ומהירים במיוחד. אחד המתנדבים הוא מייק פיטרסון, שחשף את הפרויקט בכך שהציל את אחת המדעניות מפיצוץ מעבדה וקהל אנשים תיעד את האירוע במצלמות. את המקרה חוקרת גם האקרית בשם סקיי, חברה בארגון ההאקרים העולמי "הגאות העולה" אשר מתעב ארגוני מידור כמו S.H.I.E.L.D.. הצוות של S.H.I.E.L.D. תופס את סקיי וחוקר אותה אך לבסוף הם נעזרים בה כדי למנוע ממייק פיטרסון להתפוצץ בשל מכשיר "מרבה הרגליים", שהתגלה כלא יציב. סקיי מצטרפת לצוות של קולסון והסוכן וורד נעשה לקצין התורן שלה.
הצוות ממשיך לחקור אירועים על טבעיים וכל מקרה מציב את הצוות בפני אתגרים חדשים מלבד פרויקט "מרבה הרגליים". אנשי הצוות מתמודדים עם אויבים חדשים כמו איאן קווין, איש עסקים שנוי במחלוקת, ריינה, אישה מסתורית המעריצה אנשים בעלי כוחות ומגייסת אותם לפרויקט "מרבה רגליים" ועוד. בהמשך מתגלה גם ראש פרויקט "מרבה רגליים" אשר זהותו אינה ידועה גם לאנשי הפרויקט וגם לצוות וניתן לו הכינוי "מגיד העתידות". חברי הפרויקט וביניהם ריינה, מאמינים שהוא בעל כוחות חיזיון והוא רואה הכל, אך הוא לא היה מסוגל לראות כיצד קולסון חזר לחיים, וזה מאוד מסקרן אותו. לכן הוא מורה לחטוף את קולסון כדי לברר כיצד הוא חזר לחיים. קולסון מגלה כי החופשה בטהיטי היא למעשה זיכרון שהושתל בו על ידי מכונה כדי להסוות את הניתוח שהחזיר אותו לחיים משום שנעשה בו שימוש באמצעים לא כשרים. הצוות של קולסון מציל אותו וריינה נשלחת לכלא. "רואה העתידות" ממשיך לנסות לברר עוד פרטים על הניתוח ומורה לאיאן קווין לירות בסקיי באחת המשימות של הצוות. קולסון יודע שעליו ללכת למקום שבו חזר לחיים כדי להציל את סקיי הגוססת אך יסתכן בכך שהוא יראה ל"רואה העתידות" בדיוק את מה שהוא רוצה. פיץ וסימונס איתרו את המקום שנקרא "בית הארחה". אל הצוות מתלווים גם הסוכן ג'ון גארט, חבר ותיק של קולסון והמנטור של וורד והסוכן אנטואן "טריפ" טריפלט, המתלמד שלו. ביחד הם מצליחים לקחת את התרופה שהזריקו לקולסון בניתוח שלו הידועה בשם G.H 325, אשר מסוגלת לחדש תאים תוך דקות. קולסון מגלה לתדהמתו שמקור התרופה הגיע מגופה של חייזר כחול מגזע הקרי. הצוות מצליח להציל את סקיי בעזרת התרופה אך קולסון חושש מתופעות לוואי שיכולות לקרות לו ולסקיי.
הצוות ממשיך לנסות ולגלות מיהו אותו "רואה העתידות". לאחר שהצוות פוגש אדם נכה שכל החקירה מצביעה עליו כ"רואה העתידות", הסוכן וורד הורג אותו מתוך רגשות זעם על כך שאיים לחטוף את סקיי כי יש בה "משהו שאנחנו רוצים". קולסון מגלה ש"רואה העתידות" לא באמת רואה את העתיד אלא שהוא סוכן S.H.I.E.L.D. בעל דרגה בכירה.
סוכנות S.H.I.E.L.D. מותקפת בהפתעה מוחלטת על ידי ארגון הידרה (ראו את הערך קפטן אמריקה: חייל החורף) שנחשב כמובס לאחר מלחמת העולם השנייה אך למעשה היה בתוך S.H.I.E.L.D. מאז היווסדה. מספר הסוכנים שהם למעשה שייכים להידרה מפתיע מאוד את הצוות כמו כן גם הבשורה שפיורי (כביכול) מת, שמאי דיווחה מהיום הראשון שהצוות קיים לפיורי בחשאי על המצב של קולסון מפני שפיורי חשש שמצבו של קולסון ידרדר בגלל התרופה שניתנה לו ושמאי למעשה הקימה את הצוות. הצוות גם חושב שאחת מהסוכנות הבכירות, ויקטוריה האנד, היא למעשה "רואה העתידות" ושהיא שייכת להידרה. על "האוטובוס" משתלטים מרחוק מאחת המפקדות הראשיות של S.H.I.E.L.D. ומטיסים אותו אל המפקדה. גם גארט מצטרף אל הצוות והם מתכננים איך לתפוס את האנד בתוך המפקדה, אך גארט פולט בטעות הערה שמסגירה כי הוא למעשה "רואה העתידות". לאחר מאבק בינו לבין קולסון בתוך המפקדה, מצליח קולסון לגבור עליו וגארט הולך לכלא השמור ביותר של S.H.I.E.L.D., "המקרר". וורד מעוניין להתלוות עם הסוכנת האנד ל"מקרר" ולסובב את המנעול של תא הכלא של גארט בעצמו. במהלך הטיסה לשם, וורד הורג את השומרים ואת הסוכנת האנד וחושף כי גם הוא שייך להידרה.
ממשלת ארצות הברית מכריזה על S.H.I.E.L.D. כארגון טרור בשל ההשתלטות המהירה של הידרה וקולונל גלן טלבוט מחיל האוויר של ארצות הברית מנהל מרדף אחר הצוות של קולסון. הצוות שאליו מצורף הסוכן טריפלט מגיעים לאחד הבסיסיים הסודיים של פיורי שנמצא בהשגחה של הסוכן אריק קוניג. גארט מגייס אליו כמה סוכני הידרה, את מדעני פרויקט מרבה רגליים, את ריינה, איאן קווין, וורד ומייק פיטרסון שגארט שתל בגופו כלי נשק ומתכות ונהיה לאדם חזק המכונה דת'לוק. גארט חושף את כוונותיו האמיתיות: הוא למעשה רוצה את תרופת ה- G.H 325 שהחזירה את קולסון לחיים מפני שהוא למעשה גוסס מפצע ישן שקיבל אך מכיוון שלא נותרה עוד כמות מהתרופה, הוא שולח את וורד ודת'לוק שיגרמו לסקיי לפתוח את הדיסק הקשיח שמכיל את כל המידע על כל החפצים והחומרים שהצוות אסף במהלך משימותיו וביניהם המידע על התרופה. וורד מגיע לבסיס הסודי של פיורי והורג בחשאי את אריק קוניג אך סקיי מגלה את הגופה המוחבאת שלו וכותבת מסר לשאר הצוות הנמצאים במשימה שוורוד שייך להידרה. וורד לא מודע שסקיי יודעת על נאמנותו האמיתית והוא לוקח את "האוטובוס" כדי להגיע למיקום שרק שם הדיסק יכול להפתח אך סקיי משקרת לגבי המיקום האמיתי ולבסוף דת'לוק מופיע ומצליח לשכנע את סקיי לפתוח את הדיסק. קולסון מצליח להסתנן אל "האוטובוס" ומציל את סקיי. הצוות מגבש תוכנית איך לעקוב ולראות כל מה שגארט עושה אך במהלך התוכנית, פיץ וסימונס נחטפים על ידי פרויקט "מרבה רגליים" ומובאים ל"אוטובוס" וגארט מורה לוורד להרוג אותם לאחר שפיץ כמעט הרג את גארט ווורד זורק אותם כשהם נמצאים בתוך תא רפואי אל תחתית האוקיינוס.
ריינה מצליחה לשכפל את התרופה ומזריקה אותה לגארט העומד למות. התרופה הפכה את גארט לאדם חזק יותר אך וורד מודאג ממצבו לאחר שהתחיל לדבר "שטויות" ולשרטט שרטוטים מוזרים על הקיר. פיץ וסימונס מצליחים לצאת מהתא ולפתע פיורי מגיע עם מסוק ומציל אותם. הוא אומר לסימונס שפיץ איבד הרבה חמצן במהלך השחייה וגם מבקש ממנה להגיד לו אם היא יודעת היכן קולסון. הצוות מגיע למתקן מעבדה ששם נמצאים חברי פרויקט "מרבה רגליים". קולסון מוצא את גארט ולשם מגיעים פיורי ודת'לוק. מאי נאבקת בוורד וסקיי מחפשת את בנו של מייק פיטרסון שנמצא במתקן כדי שיעזור לה שאביו יהיה נגד גארט. לאחר שיחה שמקיימים קולסון, גארט ופיורי, מצליחה סקיי למצוא את בנו של מייק והוא שולח לאביו הודעה שגורמת לו לתקוף את גארט. גארט מצליח בקושי לשרוד, ומשתמש בטכנולוגיה הרובוטית של סייברטק כדי להעצים את כוחו, אך קולסון מצליח לחסל אותו סופית. וורד נכנס למעצר של הצוות כדי שישמש כמקור מידע לגבי הידרה.
קולסון, מאי ופיורי מדברים על הניתוח שהחזיר את קולסון לחיים ופיורי מצדיק את הניתוח בשל החשיבות העצומה שיש לקולסון. פיורי נותן לקולסון את הרשות להקים מחדש את הסוכנות ולהיות המנהל שלה. הצוות מגיע לעוד בסיס סודי של פיורי שנמצא תחת השגחתו של אחיו התאום של אריק קוניג, בילי.
ריינה פוגשת את אביה של סקיי ואומרת לו שהיא מצאה את בתו. במקביל, קולסון מתחיל לפתח את תופעת הלוואי של התרופה וחורט על הקיר את השרטוטים המשונים.

עונה 2

פרקים 23 - 44.
באוסטריה בשנת 1945, פושטת הסוכנות של בעלות הברית, ה- SSR, תחת פיקודם של הסוכנת פגי קרטר והחיילים ג'ים מוריטה ודאם דאם דוגאן, למתקן מחקר של הידרה. קרטר לוקחת למעצר את קצין ההידרה הבכיר ורנר ריינהרדט, ומחרימה גם חפצים מסתוריים שהידרה חקרו וביניהם הגופה של החייזר הכחול וחפץ המכונה ה"האובליסק", המאבן כל אדם שבא איתו במגע.
בהווה, קולסון כבר הקים את S.H.I.E.L.D. מחדש עם העזרה של הצוות שלו, ביסס את מעמדו כמנהל הארגון והביא סוכנים חדשים וביניהם איזבל הארטלי, איידהו ולאנס האנטר כסוכני שטח ואלפונסו "מאק" מקנזי כטכנאי וביחד ממשיכים את מאבקם נגד הידרה בזמן שממשיכים לחמוק מהגנרל גלן טאלבוט. כמו כן, פיץ כבר אינו מסוגל לתפקד כמו בעבר בשל הנזק המוחי שנגרם לו בזמן ההמלטות שלו ושל סימונס מהאוקיינוס והוא סובל כעת מהיפוקסיה. סימונס הבינה שנוכחותה ליד פיץ אינה מסייעת להחלמתו והיא התנדבה לעבוד כסוכנת סמויה באחת ממעבדות הידרה. בתגובה, פיץ מפתח הזיה בדמותה של סימונס. במקביל, מאי לוקחת על עצמה להיות המאמנת של סקיי בעוד שוורד נמצא במעצר בתוך מרתף ואינו מוכן לדבר עם איש פרט לסקיי כדי שיוכל להגיד לה סוף סוף מיהו אביה ובכך וורד ימצא חן בעיניה. בנוסף, קולסון ממשיך לפתח את תופעת הלוואי של נוסחת ה- G.H 325 והוא חורט על הקירות את השרטוטים המשונים לעיתים קרובות יותר ויותר. הוא מבקש מסקיי שתחקור את פשר השרטוטים.
S.H.I.E.L.D. רוצים להשיג את "האובליסק" שהתגלה במחסן של ממשלת ארצות הברית אך מסתבר שגם מנהיג הידרה בארצות הברית, דניאל ויטהול הלא הוא ורנר ריינהרדט, שנראה שלא הזדקן ביום מאז שהסוכנת קרטר עצרה אותו, מעוניין מאוד להחזיק ב"אובליסק" ולהבין את כוחו. הוא שולח את קארל קריל, המסוגל לחקות כל צורה של חומר באמצעות מגע פיזי בלבד. צוות של S.H.I.E.L.D. המורכב ממאי, סקיי, טריפ, הארטלי, האנטר ואיידהו נכנס לבסיס שבו נמצא "האובליסק" במטרה לקחת אותו לפני שהידרה יקחו אותו אך במהלך הפשיטה, קריל נכנס לבסיס והארטלי נוגעת ב"אובליסק" והיא אינה מסוגלת לשחרר אותו בזמן שהיא מתאבנת לאט לאט. סקיי שמה לב כי על "האובליסק" מופעים השרטוטים המשונים. האנטר לוקח אותה ויחד עם איידהו הם נוסעים לכיוון בית חולים אך לפתע קריל מופיע, גורם לרכב להתהפך, הורג את הארטלי ואת איידהו ולוקח את "האובליסק". במקביל, מאי, סקיי וטריפ נסים על נפשם מהחיילים שרודפים אחריהם וקולסון מורה להם לטוס עם מטוס ה"קווינג'ט", בעל יכולת הסוואה ובכך יהיה לS.H.I.E.L.D. יתרון. סוניל באקשי, יד ימינו של ויטהול, מודיע לו כי "האובליסק" אכן בידו של קריל ומאי מודיע לקולסון כי הארטלי ואיידהו מתים. האנטר מעוניין להרוג את קריל מתוך נקמה על חבריו שנהרגו מידו. קריל מתחיל גם הוא להתאבן לאט לאט ולפתע ריינה נותנת לו טבעת שיכולה לסייע לו להחלים, מבלי שהוא יודע כי למעשה יש בה מכשיר מעקב. לאחר מכן, היא מייצרת קשר עם קולסון ומספרת לו כי גם היא רוצה את "האובליסק" אך אינה רוצה שיהיה בידיים של הידרה ולכן מספרת לקולסון איך אפשר למצוא את קריל ואת "האובליסק". במהלך העסקה בין קריל לבאקשי בנוגע להעברת "האובליסק" הנמצאת במקום ציבורי, האנטר יורה בקריל אך הוא חוסם את הירייה ומתפתח ביניהם קרב. במהומה שנוצרה, ריינה לוקחת את "האובליסק" הנמצא בתוך מזוודה והולכת. קולסון מופיע ומצליח לאבן את קריל. ריינה מביאה את "האובליסק" לאביה של סקיי ומצליחה להחזיק בו מבלי שתתאבן. קולסון מביא את קריל המאובן לגלן טאבלוט ובכך הועלתה דרגתו של טאבלוט מקולונל לגנרל.
S.H.I.E.L.D. ממשיכים את מאבקם נגד הידרה ומונעים מהם לצבור ידע וכוח. קלסון ממשיך את מסעו להבין מה משמעותם של השרטוטים המשונים כשלפתע, אותם שרטוטים מופעים בגבו של ציור. גם הידרה מעוניינת להשיג את הציור וויטהול שולח את הסוכנת 33 שהייתה בעבר ב-S.H.I.E.L.D. אך כעת היא סוכנת שטופת מוח של הידרה. קולסון ומאי יוצאים למצוא את הציור אך הסוכנת 33 ובאקשי מצליחים לקחת את הציור ואת מאי. הסוכנת 33 שמה מסכה וכעת נראית בדיוק כמו מאי ומצליחה לגרום לקולסון לבוא למקום שבו באקשי נמצא, אך מאי משתחררת ונלחמת בסוכנת 33 ומאי מביסה אותה בזמן שבאקשי בורח עם הציור אל קולסון מצליח לקחת את הציור. לאחר מכן, קולסון מודאג ממצבו בעניין הצורך האובססיבי לשרטט את השרטוטים ומורה למאי להרוג אותו במקרה שיגיעה למצב כמו של ג'ון גארט. ויטהול מאיים על חייה של ריינה ומציב לה אולטימטום של 48 שעות שבמהלכן היא חייבת להביא לו את "האובליסק". וורד מספר לסקיי על התשוקה של אביה למצוא אותה.
במהלך עבודתה של סימונס כמדענית של הידרה, היא מגלה כי התוכנית של הידרה היא לרתום את כוחו של "האובליסק" כדי לייצר נשק להשמדה המונית. ריינה, מפוחדת מהאיום של ויטהול, מתחננת אל אביה של סקיי, בזמן שהוא מנתח אדם ירוי, שיתן לה את ה"האובליסק" אך הוא מזכיר לה שהיא הבטיחה שתביא לו את סקיי ומסרב לתת לה את "האובליסק". בזמן שסימנוס, שמרגלת במעבדה של ההידרה, שולחת מידע מוצפן ל-S.H.I.E.L.D. ריינה מצלמת אותה. ריינה פוגשת את קולסון ומאיימת שאם הוא לא יביא לה את סקיי כדי שתוכל לפגוש את אביה, היא תפיץ את התמונה של סימונס שולחת את ההודעה ובכך הידרה ידעו שהיא המרגלת ונותנת לו שתי דקות שאחריהן התמונה תישלח אוטומטית. קולסון מסרב לתת לה את סקיי וריינה, נדהמת ומבוהלת, מתחננת שיסכים ואומרת לו שויטהול עלול יהרוג אותה. קולסון מורה להאנטר להצמיד לה מכשיר מעקב ובכל היא תוביל אותם ישירות לויטהול והיא משאירה גם את הכתובת של אביה של סקיי. התמונה נשלחת ואנשי האבטחה מנסים לתפוס את סימונס אך לפתע אשת האבטחה של המעבדה נלחמת בהם. היא מציגה את עצמה כבובי מורס בפני סימונס, סוכנת S.H.I.E.L.D. שקולסון ביקש ממנה לשמור על סימנוס מקרוב. במקביל, סקיי נכנסת לבדה לקלינקה של אביה וקולסון, מאי והאנטר באים אחריה. היא מוצאת מספר גופות במקום והיא מכנה את אביה "מפלצת". אביה, שרואה את המתרחש באמצעות מצלמות האבטחה שמקום, שבור מהרושם הראשוני הנורא שעשה לסקיי ונוסע מהמקום. טריפ מגיעה עם ה"הקווינג'ט" ולוקח את סימונס ומורס למפקדת S.H.I.E.L.D.. מורס מתגלה כגרושתו של האנטר וסימונס מתאחדת שנית עם פיץ. אביה של סקיי מביא לויטהול את "האובליסק" ומציע לו להיות בן בריתו מכיוון שיש להם אויב משותף: פיל קולסון. וטיהול מסכים להצעה. סקיי מבקשת מקולסון שיסביר לה את פשר השרטוטים אך הוא מסביר שאין לו הסבר. סקיי אומרת שיש לה רעיון ומסיקה שהשרטוטים הם למעשה מפה.
לאחר שפעילים של הידרה שהציגו את עצמם בתור S.H.I.E.L.D. תקפו את מטה האומות המאוחדות בניו יורק, אחיו הסנאטור של וורד, כריסטיאן, עומד להעלות הצעת חוק המאפשרת להקים כוח משטרתי בינלאומי שיצוד כל איש החשוד בקשירת קשר עם S.H.I.E.L.D. בכל מקום בעולם. קולסון מודאג מאוד מההצעה הזו ולכן הוא נכנס למשרדו של הסנאטור וורד ומציע לו הצעה: בתמורה שלא רק שיבטל את הצעת החוק של, אלא אף יתן ל- S.H.I.E.L.D. גיבוי, קולסון יסגיר לו את אחיו, גראנט וורד. בזמן שוורד מדבר עם סקיי ומבין כי היא ביקרה בביתו של אביה, הוא מבין כי קולסון מדבר כעת עם כריסטיאן והוא מנסה לשכנע אותה כי לא ניתן לבטוח בו. הוא אומר זאת בשל התעללות של כריסטיאן נגד וורד כשהיו ילדים. סימונס מבינה כי פיץ אינו אותו האדם שהיא הכירה והיא מודה בפני מאק מקינזי, שכעת חבר טוב שלו, כי עדיף שהיא לא תהיה עם פיץ בשל מצבו החדש. חיילים מביאים את וורד לרכב ולוקחים אותו למעצר של אחיו, אך וורד מצליח להרוג את כולם ומשתחרר לחופשי.
בזמן המרדף של S.H.I.E.L.D. אחר וורד, הם מגלים גם כי התבצע רצח של אישה ועליה חרוט השרטוטים המשונים. קולסון מזהה את האישה ואומר כי עבדה עבור S.H.I.E.L.D. בעבר. הוא משתמש במכונה שריינה השתמשה עליו כשהוא נחטף על ידי "מרבה רגליים" והוא מגלה כי האישה הייתה יחד עם עוד כמה סוכני S.H.I.E.L.D., פציינטים ב"בית הארחה" בתקופה שקלסון היה האחראי במקום. הוא נזכר כי כול המטופלים לקחו את תרופת ה-G.H 325 מהגופה של החייזר הכחול השתגעו ושרטטו את השרטוטים המשונים. הדרך היחידה שבה הם היו יכולים לשוב ולחיות חיים רגילים הייתה למחוק להם את הזיכרון ולתת להם זהויות חדשות. קולסון גם מבין מי היה יכול לבצע את הרצח: סבאסטיאן דריק, סוכן "מהצד האפל של S.H.I.E.L.D." לדברי קולסון. דריק רצח את כל המטופלים שהיו ב"בית הארחה" פרט לאחד וקולסון יוצא לעצור אותו. קולסון מתעמת איתו, מבין כי דריק סובל בדיוק כמונו אך קולסון מצליח לעצור אותו בכך שהוא מבין כי השרטוטים הם למעשה מפה של עיר חייזרית. וורד פוגש את באקשי ומצליח ללכוד אותו כדי ש S.H.I.E.L.D. יקחו אותו למעצר ולאחר מכן יוצא להרוג את אחיו ואת הוריו ולבסוף מציע את שירותיו לוויטהול. אביה של סקיי, אף על פי שכעת הוא בן בריתו של וטיהול, מעוניין להרוג אותו מכיוון שלפני שנים, ויטהול ניתח את אשתו בעודה בחיים והרג אותה מכיוון שהצליחה לאחוז ב"אובליסק" או בשמו האחר "הידועני" (The Diviner) והכניס לעצמו את היכולת שהייתה לה: צעירות נצח. אביה של סקיי נשבע לנקום בו לאחר שראה את גופתה המתה. אביה של סקיי מספר לויטהול על קיומה של העיר ו-S.H.I.E.L.D. מאתרים את העיר.
שני הצדדים מנסים ללכוד את ריינה בשל הידע שלה לגבי העיר ו-S.H.I.E.L.D. מצליחים לקחת אותה. ריינה מספרת לסקיי על ההיסטוריה של משפחתה ושלמעשה העיר עוצבה על ידי גזע חייזרי קדום שרצה להכחיד את האנושות למעט כמה נבחרים שאותו גזע בחר שהם יירשו את כדור הארץ. שמם של הגזע הוא קרי וריינה מוסיפה גם כי היא וסקיי יכולות לאחוז ב"ידועני" שמראה לנבחרים את מיקום העיר ומשדרג את יכולותיהם. זהו הגורל שלה ושל סקיי, מסבירה ריינה. במקביל, קולסון, מורס, האנטר, מקנזי, פיץ ומסימונס מגיעים אל העיר לפני הידרה. למרות זאת, הידרה עולים על מיקומה של ריינה וויטהול שולח את הסוכנת 33 ואת וורד לקחת אותה אך וורד לוקח גם את סקיי מותך רצונו החופשי. וורד מפגיש את סקיי עם אביה. הוא מציג את עצמו כקאל (ששמו האמיתי הוא קאלווין זאבו) ומספר לסקיי על עברה ועל אימה וכמה מיוחדות הן. הידרה מגיעים מעל לעיר הקרי אך בינם לבין S.H.I.E.L.D. מתפתח קרב. זאבו עומד להרוג את ויטהול כשלפתע קולסון יורה בזה האחרון מאחור. זאבו מתרגז וביניהם מתפתח קרב אלים. סקיי מאיימת על אביה שאם לא יעזוב, היא תירה בו. זאבו מסכים ולפני שעוזב הוא קורא לה דייזי. סקיי רודפת אחר ריינה שנכנסה עם "הידועני" אל תוך העיר. סקיי פוגשת אותה ו"הידועני" מתחיל לפעול: הוא נפתח ומתוכו יוצאים מוטגני וערפלי הטריגן. לפתע טריפ נכנס ובדיוק אז, סקיי וריינה מתחילות להתאבן. סקיי צועקת בנואשות שטריפ יעזור לה והוא בועט ב"מוטגן הטריגן" אך גם הוא מתאבן בשל רסיס שחדר לבטנו. מתוך שכבות האבן יוצאת ריינה וסקיי. ריינה שינתה את עורה וסקיי, המבחינה בטריפ המאובן, מפוצצת את שכבת האבן אך גורמת לרעידת אדמה שאותה מרגשים חברי S.H.I.E.L.D. שבמקום. טריפ מת וריינה וסקיי סוף סוף נהפכו לבלתי אנושיות.
במקום אחר, איש חסר עיניים בשם גורדון המחזיק גם הוא ב"ידועני" זוהר, מתקשר למישהי ומברר אם גם היא רואה זאת. הוא מסיק שכרגע "נברא" עוד בלתי אנושי ואומר לה לדבר עם "האחרים" ושהוא מטפל בזה. אותו איש, כפי שמתגלה בפלאשבק באחד הפרקים, עבר הדרכה כדי לשלוט בכוחותיו על ידי אמה של סקיי שכללו יכולות טלפורטציה והגנה.
לאחר השינוי שלה, סקיי נלקחה חזרה לבסיס של S.H.I.E.L.D. ושם הושמה בהסגר עד שיתברר האם היא מסוכנת לעצמה או לסביבתה. עם זאת, בהתחלה איש מהסוכנים מלבד פיץ וסקיי עצמה לא גילו על היכולות החדשים שלה ואילו שניהם בחרו לשמור על כך בסוד לזמן מה. בינתיים קולסון החליט להציף את עיר הקרי במים על ידי פיצוץ אחד מהקירות החיצוניים של העיר שנמצא מתחת לאוקיינוס וכך למחוק את המקום לנצח. בזמן שסימנס וקבוצת חוקרים חקרו את העיר על מנת לגלות את סודותיה לפני הטבעתה, הופיעה ריינה, שהפכה למעין אדם חיה המכוסה בקוצים, ורצחה בכוחותיה החדשים חלק מהחוקרים. מאוחר יותר ריינה מצאה את קאל, אביה של סקיי, וטענה שהיא חשה שרימו אותה כי במקום יצור יפיפה, הפכה למפלצת ואילו סקיי הפכה ליצור אלוהי. זאבו, שגילה שביתו עברה את השינוי ולאחר שהפנה עורף לריינה, החל לרקום מזימות איך לחלץ את ביתו מידיהם של קולסון וארגון S.H.I.E.L.D.. ריינה, שבחרה להתאבד מאשר לחיות כמפלצת, נלכדה על ידי כוח אפראטיבי של סוכני S.H.I.E.L.D. אך רגע לפני שאילצה אותם להרוג אותה חולצה בידי האיש חסר העיניים, גורדון.
קולסון שח צורך עז לנקום בהידרה על מותו של טריפ, הגה תוכנית מיוחדת לפגוע בהידרה. הוא ביים את שחרורו של באקשי וגרם לו לחשוב שראשי הידרה ממחנה אחד רוצים את מותם שלו ושל ראשי הידרה אחרים. חשש זה גרם למנהיגי הידרה רבים להרוג זה את זה וללכידתו הנוספת של באקשי והעברתו לכלא פדרלי. בינתיים הסתבר שכל הזמן הזה, מתחת לאפו של קולסון בובי מורס ומאק מקנזי שימשו בתור סוכנים כפולים של ארגון כלשהו. האנטר שחשד במורס ובמקנזי ניסה לדובב את האחרון ומצא את עצמו חטוף ומובל על ידי מקנזי כשבוי לארגון הנוסף שהסתבר שהוא, או לפחות כך מכנה אותו, S.H.I.E.L.D. האמיתי.
את השינוי של סקיי וריינה בעיר הקרי, על פי איתות שנשלח מהעיר, גילה לוחם קרי בשם וינטאק. הוא הכיר את פשר האיתות ולכן יצא לכדור הארץ לברר את פשר העניין. את הגעתו לכדור הארץ גילו אנשי אסגרד וליידי סיף נשלחה על ידי אודין (לוקי בתחפושת) ללכוד אותו. לאחר שאל ליידי סיף הצטרפו סוכני S.H.I.E.L.D. הם לכדו את וינטאג. וינטאג הובל לבסיס של S.H.I.E.L.D. ושם טען שהוא היחיד שידע על האיתות שהגיע מן העיר וטען שיש לעצור את אותם אלו שעברו את ההשתנות. הוא סיפור על תולדות הבלתי אנושיים:
במהלך מלחמה הרת אבדות שניהלו הקרי נגד אויב מר, כשהם היו זקוקים ללוחמים, הם הגיעו לכוכבי לכת כדי לעצב גנטית את הילידים הפרמיטיביים של עולמות אלו על מנת שימלאו את שורות צבאותיהם. הניסוי נכשל ברוב המקומות מלבד על כדור הארץ. בכדור הארץ היו רבים מבני האדם ששונו גנטית ונהפכו לנשק רב עוצמה של הקרי. עם זאת, אותם בני אדם, ה"בלתי אנושיים", היו צריכים את ערפילי הטריגן כדי לעורר את היכולות שלהם. משלב מסוים תוכנית זו של הקרי נזנחה, הכלים שייצרו את ערפילי הטריגן, האובליקס או ה"ידועני", אבדו ועיר הקרי נשכחה. בכל אופן כך היה עד הגעתן של ריינה וסקיי לעיר הקרי. כשווינטאק, לוחם הקרי, גילה איתות מהעיר האבודה של בני עמו על כדור הארץ, ובשל הן החשש מיצירת צבא "הבלתי אנושיים" והן בשל הסלידה שלו מפרק זה בעבר של עמו, הוא הגיע לכדור הארץ לבדו על מנת למחוק בסתר אחת לתמיד את הכתם הזה בהיסטוריה של עמו ולעצור יצירה אפשרית של צבא "הבלתי אנושיים".
סקיי ששמעה את הסיפור נלחצה וכך הפעילה את כוחותיה החדשים. היא החלה לעורר רעידות אדמה ללא שליטה. הדבר הבא שהיא עשתה כשסובביה הבינו שהיא גם עברה שינוי בדומה לשינוי שעברה ריינה, היא החלה לברוח, תוך שסוכני S.H.I.E.L.D. מגנים עליה, מוינטאג ולמיידי סיף משום ששני אלו רצו לקחת אותה הרחק מכדור הארץ. כחלק מהבנתה שהיא אינה שולטת בכוחות שלה ולא יכולה לעצור את רעידות האדמה, סקיי הקפיאה את עצמה על ידי נשק משופר של סימונס. ליידי סיף השתכנעה בכוונותיהם הטובות של סקיי וסוכני S.H.I.E.L.D. ושחררה את סקיי לחופשי. היא עזבה את כדור הארץ עם לוחם הקרי שזיכרונותיו על כל שהותו בכדור הארץ ואת ידיעתו על הפעלת הידועני נמחק לחלוטין.
אביה של סקיי, מתוך חשק לנקמה בקולסון ועל ידי הרצון להשיב את ביתו, אסף כמה מהאסירים של S.H.I.E.L.D. שהיו בעלי יכולות מיוחדות על מנת למשוך את קולסון לעיר מגוריו הישנה ולפגוע הן בו והם בעיר אשר גדל בה. הוא טען ש-S.H.I.E.L.D. פשעו ופגעו באנשים עם יכולות מיוחדות וגרם להם להתחבא בצללים. הוא עצמו גילה כי יצר נוסחה מיוחדת שנותנת לו כוחות על אנושיים ברגע של כעס. על מנת למנוע מקולסון ליפול למלכודת של זאבו סקיי, התחזתה לבת ערובה של מאי. לפני שקאל תקף את סוכני S.H.I.E.L.D. שוב הופיע האיש חסר העיניים, גורדון, ולקח את קאל למקום פלוני. בינתיים סקיי גילתה שהיא לא רק פוגעת בסביבתה אלא גם גורמת לנזקים בגופה שלה בשל הניסיון לדחוק את כוחותיה פנימה.
במקביל, מקינזי הוביל את האנטר למנהל של הפלג השני של S.H.I.E.L.D. ‏("S.H.I.E.L.D. האמיתי"), רוברט גונזלס. יחד עם עוד סוכנים, גונזלס הסביר להאנטר כי בניגוד ל-S.H.I.E.L.D. שנוהלה על ידי פיורי, S.H.I.E.L.D. הזו אינה מסתירה מידע מהסוכנים שלה והם מאמינים כי קולסון מנהל באותה הדרך של פיורי את הסוכנות שלו ושיש לעצור אותו בייחוד משום שלפני זמן מה הוא הושפע על ידי הדם החייזרי שהוחדר בו בתהליך החייאתו. מורס נכנסה גם היא לחדר והראתה תמיכה בגונזלס. לאחר שהאנטר ניהל שיחה עם מורס, ונתן לה לדעת שהוא נאמן לקולסון, הוא נמלט מהבסיס של S.H.I.E.L.D. שהתגלה כנושאת מטוסים. בזמן שקולסון הביא את סקיי לבקתה מבודדת כדי שתוכל ללמוד לשלוט בכוחות שלה, הסוכנת 33 או בשמה האמיתי, קארה פלאמאס, ווורד הצליחו לתקן את פניה של פלאמאס ולקחת מהמעצר הפדרלי את באקשי ולשטוף את מוחו.
בהמשך התגלה כיצד נוצר הפלג השני של S.H.I.E.L.D. תחת הנהגתו של גונזלס: ביום ש-S.H.I.E.L.D. הותקפה על ידי הידרה, מורס, מקנזי, גונזלס ואיזבל הארטלי היו על נושאת מטוסים של S.H.I.E.L.D.. הידרה הצליחו לכבוש את נושאת המטוסים וכמעט להשיג את המטען שעליו, שאותו ניק פיורי הורה למורס ולהארטלי להשמיד בכל מחיר. לאחר שהרביעייה הצליחו להתאחד, מורס עמדה להשמיד את נושאת המטוסים אך מקנזי ניסה לשנות את דעתה להמשיך להלחם בהידרה ולכבוש מחדש את כלי השיט. בניגוד אליו, גונזלס אמר כי על מורס למלא אחר הפקודות של פיורי, מפני ש-S.H.I.E.L.D. אינה דמוקרטיה. מורס הסכימה עם מקנזי וביחד כל הארבע, יחד עם עוד סוכנים ששהו בשאר חלקי כלי השיט, לחמו נגד הידרה וכבשו מחדש את נושאת המטוסים. אירוע זה השפיע על הסוכנים להאמין כי ניתן להקים S.H.I.E.L.D. על בסיס גילוי ושיתוף ולא על שקרים וסודות.
חזרה להווה. מורס ומקנזי חזרו לבסיס והכינו אותו לקראת הפלישה של ה-S.H.I.E.L.D. של גונזלס. קולסון ומאי שחשדו זה מכבר בשניים, אספו צוות על מנת לברר עבור מי מקנזי ומורס עובדים. עם זאת, לא הצליחו לעצור את השתיים. מורס הצליחה למצוא את החפץ של קולסון, "הקובייה של פיורי", שהכיל מידע מסווג ואת הסודות שהשאיר ניק פיורי לקולסון, ואחרי כן הפעילה מנגנון שהחדיר גז מרדים וכך ניטרלה את כל הסוכנים בבסיס. בשלב הבא S.H.I.E.L.D. של גונזלס חדר לבסיס, סוכניו עצרו את הסוכנים של קולסון והציעו להם להיצטרף ל S.H.I.E.L.D. האמיתי. במקביל, סקיי קיבלה ביקור בלתי צפוי מגורדון, שהסביר לה יותר על פשר כוחה והציע לה אפשרות ללמוד לשלוט בהם במקום בו ישנם עוד בלתי אנושיים, ולאחר מכן הוא נעלם מהמקום. בינתיים, מורס גילתה היכן נמצאת סקיי והיא ועוד כמה סוכנים יצאו לקחת אותה, אך לא לפני שמאי, שהצליחה להתחמק מלוחמיו של גונזלס, הזהירה אותה על בואם. קולסון הובל למשרד שלו בו נמצא גונזלס. גונזלס הסביר לו כי הוא אינו סומך על ההנהגה של קולסון מפני שהוא חזר לחיים על ידי תרופה חייזרית, ומפני שלפיורי אין את הסמכות להעביר לו את ההנהגה ולכן הוא אינו כשיר להנהיג את הסוכנות. מאי לפתע נכנסה לחדר, עילפה את גונזלס ולאחר מכן הבריחה את קולסון מהבסיס. סקיי ברחה מהבקתה אך אותרה על ידי הלוחמים של גונזלס. סוכן, שכנראה קיבל פקודות סודיות לחסל את סקיי, ירה בה לפני שמורס יכולה לעצור אותו, אך סקיי, בעזרת כוחותיה, הצליחה להסיט את הכדור אך גורמת לכמה עצים להתפוצץ ולפגוע קשה בסוכן. מבוהלת מהתקרית הזו, סקיי קראה לגורדון אשר הופיע מיידית והעביר אותה למקום בטוח וכל זה בזמן שמורס צופה מבוהלת מהצד.
גורדון העביר את סקיי למקום המכונה "החיים שאחרי המוות" שם, כפי שהסתבר, מכינים את אלו שנושאים את הגן של "הבלתי אנושיים" לעבור את השינוי בעזרת ערפילי הטריגן. את סקיי אירח במקום בלתי אנושי אחר, בעל יכולת לשלוט בשדות אלקטרומגנטיים, בשם לינקולן. בשלב מסוים סקיי גילתה שגם ריינה שוהה ב"חיים שאחרי המוות". מלאת זעם ותשוקה לנקמה (משום שראתה בריינה אחראית על השינוי שלה ומותו של טריפ) היא תקפה את ריינה וכמעט הרגה אותה אך ג'איינג, אמא של סקיי, שחזרה בעזרת בעלה לחיים, מנעה זאת ממנה. מסתבר שגם אביה של סקיי נמצא ב"חיים שאחרי המוות" אך נמנע ממנו לראות את ביתו כי הוא עלול להשפיע עליה לרעה.
במקום אחר, האנטר הצטרף לקולסון וביחד הם בחרו להילחם ב-S.H.I.E.L.D. של גונזלס. בעזרתו של מייק פיטרסון, דת'לוק, שריגל עבור קולסון אחר המדען הראשי של הידרה, ד"ר ליסט, הם הצליחו להשיג את אחד ממטוסי "הקויינג'ט" של הארגון ויצאו לחפש את וורד בשל הקשר שלו להידרה. דת'לוק סיפר לשניים כי ליסט מעוניין באנשים בעלי כוחות ואף עושה עליהם ניסויים. בעוד שפיץ בחר לפרוש מארגון S.H.I.E.L.D., סימונס בחרה להישאר כדי לפצח את "הקובייה של פיורי" אך נכשלה. בסופו של דבר הסתבר שסימונס פשוט הבריחה את הקוביה מידי S.H.I.E.L.D. של גונזלס דרך "פרישתו" של פיץ. בינתיים, גונזלס הציעה למאי להיות בדרג משמעותי בארגון שלו, ומאי הסכימה.
בהמשך מוסבר כיצד מאי קיבלה את הכינוי "חיל הפרשים" ומה היה האירוע ששינה את מאי מקצה לקצה: במנאמה, בחריין, S.H.I.E.L.D. קיבלו דיווח כי לאישה בשם אווה בליאקוב כוחות על-אנושיים של חוזק משופר. לשני הצוותים של S.H.I.E.L.D. שיצאו לשם התלוו קולסון ומאי. קולסון החל לשוחח עימה וניסה להגיע איתה להבנה, אך מהר מאוד המצב יצא משליטה, וקבוצת אנשים הבריחו אותה לתוך מבנה ולקחו איתם ילדה קטנה. שני הצוותים של S.H.I.E.L.D. נכנסו לתוך בניין כדי להציל את הילדה ולחסל את בליאקוב, כשלפתע הקשר עימם נותק. לאחר שהתגבורת המכונה "חיל הפרשים" בוששה לבוא, מאי הבינה כי היחידה שיכולה להציל את הסוכנים ואת הילדה ונכנסה לבניין לבדה בזמן שקולסון הסיח את דעתם של אנשי הצבא של בחריין. לאחר שמאי הצליחה למצוא את בליאקוב ובין השתיים התפתח קרב, ומאי הצליחה להרוג אותה אך מסתבר שהילדה הקטנה היא למעשה ביתה של בליאקוב ובעלת כוחות של תמרון הרגשות של אנשים ויכולה להרוג אותם בהנפת יד בודדה. מאי הבינה כי אין דרך אחרת והיא הרגה את הילדה. לאחר מכן, הסוכנים ומאי יצאו מהבניין בזמן שג'איינג וגורדון צופים. מפקד המבצע כינה את מאי "חיל הפרשים" בשל ההצלחה שלה להציל את הסוכנים לגמרי לבדה ולהשמיד את האיום. לעומת זאת, חוויה זו הייתה עבור מאי טראומטית ובהמשך התקשורת הבין-אישית שלה נפגמה, היא עזבה את בעלה (שעבד עבור הארגון כפסיכולוג של אנשים על אנושיים) עד שבסופו היא בחרה לעבור למחלקה הביורוקרטית ושם נשארה עד שצורפה לצוות של קולסון (בראשית העונה הראשונה).
בהווה, סקיי למדה יותר על כוחותיה החדשים יחד עם ג'איינג עד שלבסוף סקיי הבינה כי היא אמה. ג'איינג הסבירה כי קשר זה אמור להשאר בסוד בשל החוקים הנוקשים שיש למקום לגבי מצב שכזה. ג'איינג סיפרה לה כי אווה בליאקוב הייתה תלמידתה בעבר אך היא גם רצתה שגם ביתה תהיה בלתי-אנושית ולבסוף היא אכן הפכה לכזו, אך בניגוד לדרך בה הבלתי אנושיים מדריכים ומלמדים לעבור את השינוי. ג'איינג הבינה כי הדרך הנכונה להעביר נפשית בצורה הנכונה את הבלתי אנושיים בעתיד היא בהדרכה, ולכן היא חששה שאנשיה יחשבו שהיא עברה על החוקים של עצמה עבור סקיי. סקיי הבטיחה לשמור על כך בסוד. במקביל, גורדון נהיה למורה של ריינה והיא סיפרה ללינקולן על חלום שבו סקיי וקאל יושבים לאכול. ג'איינג מביאה את סקיי לזאבו והשלושה התאחדו בשנית לאחר 25 שנה והם מספרים לסקיי על לידתה. לינקולן נכנס לחדר וראה את המתרחש ומבין כי לריינה כוחות ניבוי העתיד דרך חלומותיה.
בינתיים, מורס שכנעה את מאי כי יש צורך ביטחוני לפתוח את הקופסה של פיורי כי מתגבר החשש שקולסון מקים קבוצת אנשים בעלי יכולות כדי להשיב מלחמה ב-S.H.I.E.L.D. של גונזלס. מאי הבינה שקולסון שמר כמה סודות גדולים מדי וכי אין בררה אלא לחשוף אותם ולכן היא פונה אל סימנוס שתפתח את הקופסה אך היא אינה יודעת שסימונס נתנה את הקופסה לפיץ. פיץ הצליח לפתוח את הקופסה וליצור קשר עם קולסון והאנטר ומבקש להצטרף אליהם. השניים עוזרים לו להתחמק ממעקב סוכני S.H.I.E.L.D. ולהתאחד עמם. הם מסבירים לו זה לא מכבר הידרה, ובייחוד הברון סטרוקר וד"ר ליסט, עוסקים בניסויים על בני אדם עם או בעלי פוטנציאל יכולות על אנושיות במטרה לייצר צבא של אנשי-על שישרת את הידרה (כמו למשל קוויקסילבר ומכשפת הארגמן בסרט "הנוקמים: עידן אולטרון" או קארל קריל בתחילת העונה) וייתכן וסקיי מוחזקת בידיהם. האיש שיכול להוביל אותם להידרה זה לא אחר מאשר הסוכן גרנט וורד.
בשלב מסוים קולסון, פיץ, האנטר ודת'לוק, הצליחו לאתר את וורד ואת קארה פלאמאס. וקולסון הציע לוורד עסקה שבה וורד יעזור לו לתפוס את מנהגי הידרה, הברון סטרוקר וד"ר ליסט ובתמורה, קולסון ימחק לוורד את כל הזכרונות הרעים שלו כדי שיוכל להתחיל חיים חדשים. וורד מסכים לעסקה והוא מביא לקולסון את באקשי שטוף המוח שלו. בינתיים, סימונס מגלה למאי שקופסת הכלים של פיורי נמצאת אצל פיץ ומאי מגלה זאת למורס. מאי משכנעת את סימונס למצוא את קולסון דרך דת'לוק. במקביל, סקיי מבקשת מאמה לתת לה ולקאל להיות ביחד מחוץ "לחיים שאחרי המוות". גורדון משגר את השניים למילווקי, ויסקונסין אך הוא משגר גם את לינקולן שיעקוב אחריהם. שם קאל מסביר לסקיי על עברו. סקיי מצליחה ליצור קשר עם מאי ומודיעה לה שהיא עם אביה ומורס מארגנת קבוצה שתיקח אותה משם. גם הידרה שמים לב להפעלת כוחו של גורדון בזמן הפגישה בין באקשי לד"ר ליסט שבמהלכה באקשי מציע לו את דת'לוק ולאחר מכן הם טסים לכיוון אות השיגור, היכן שם סקיי נמצאת. קולסון והשאר שמאזינים לשיחה, יוצאים אחרי ליסט בידיעה שסקיי נמצאת שם. קאל מוביל את סקיי לבניין שבו הוא עבד כרופא בעבר כשלפתע לינקולן נכנס כדי לבדק שהכול כשורה. קאל מבין שסקיי בילתה איתו רק כדי לנטוש אותו לבסוף והוא מתחיל להכות את לינקולן אך הידרה והצוות של קולסון מגיעים וסקיי מצליחה לברוח. קולסון ווורד מחפשים את סקיי בזמן שהאנטר ופלאמאס נלחמים בהידרה ודת'לוק בלינקולן. סימונס מצליחה לראות דרכו של דת'לוק כשבדיוק קולסון ווורד מולו, דבר שמפתיע אותה ואת מאי. באקשי הכביכול לא שטוף מוח, הצליח לקחת את לינקולן ודת'לוק כשבדיוק גורדון משגר את סקיי ובטעות גם את זאבו, בזמן שקולסון ווורד צופים. וורד מודה שמצבם חמור. זה מוביל את קולסון להיכנע למורס ולמקנזי.
בחזרה "לחיים שאחרי המוות", סקיי מבקשת רשות מגורדון שישגר אותה חזרה כדי להתאחד עם S.H.I.E.L.D. כדי להציל את לינקולן. ריינה, שהבינה כי בבעלותה כוחות ניבוי, תומכת בהחלטה זו כי לטענתה רק סקיי יכולה להציל את לינקולן. על האוטובוס, קולסון מסביר לגונזלס כי עליהם להתאחד כדי לחלץ את החטופים מהידרה במעבדה שבאנטארקטיקה ובתמורה הוא יביא לגונזלס את "ארגז הכלים של פיורי". גונזלס מסכים לעסקה אך רק כדי שיהיו ברשותו אנשים בעלי כוחות. קולסון יוצא למשימה יחד עם צוותו המקורי, כשגם סקיי מצטרפת אליהם. הצוות נכנס למתקן של הידרה ששם נמצאים באקשי וד"ר ליסט, אשר ברח משם. סימונס, שמעלה בתחושות זעם כלפי וורד, מנסה להרוג אותו אך באקשי מקריב את חייו עבורו ולאחר מכן וורד בורח משם. הצוות מצליח למצוא את דת'לוק ולינקולן, אשר הידרה ערכו עליהם ניסויים. הצוות חוזר חזרה לבסיס יחד עם שני החטופים. וורד יוצר קשר עם קולסון ומבקש ממנו לעזור לפלאמאס. לאחר מכן, קולסון יוצר קשר עם מריה היל ומודיע לה כי הוא יודע היכן נמצא השרביט של לוקי, ושהנוקמים יכולים לצאת משם מיד לקחת אותו. במקביל, ג'איינג רוצה לשוחח עם ריינה על כוחתיה וריינה מקבלת חיזיון על צבא של מכונות מייצרים הרס רב.
לאחר מכן, מנהגי S.H.I.E.L.D. מקשיבים לקולסון המסביר להם כי סודו הוא למעשה נוהל אשר במקרה חירום, נושאת מטוסים מרחפת של S.H.I.E.L.D. תסייע למנוע את האסון (אותה נושאת מטוסים שהופיע ב"נוקמים: עידן אולטרון" בקרב הסופי נגד אולטרון). שני הפלגים של S.H.I.E.L.D. הגיעו למסקנה כי יש להקים S.H.I.E.L.D. אחת, תחת הנהגתו של קולסון. באותו הזמן, ריינה מקבלת חיזיון על אבן מיוחדת - המונוליט. ג'איינג מסבירה כי האבן הזו נוצרה על ידי הקרי כדי להשמיד את הבלתי-אנושיים, מאחר שראו בהם כטעות. גרדון וריינה משתגרים אל נושאת מטוסים של S.H.I.E.L.D., היכן שנמצאת האבן (שהיא הסיבה שניק פיורי פקד על בובי להטביע את הספינה) אך הם אינם מצליחים להשיב אותה. S.H.I.E.L.D. מצליחים לאתר את "החיים שאחרי המוות". סקיי ולינקולן נשלחים חזרה ל"חיים שאחרי המוות" כדי להודיע על בואם של S.H.I.E.L.D.. גונזלס התנדב לדבר עם ג'איינג על כוונתם לבדוק את אנשי המקום ולא לחרחר מלחמה. במקביל, מקנזי הודיע על פרישתו מהסוכנות, פלאמאס מצליחה לחטוף את מורס יחד עם וורד ולאחר ש-S.H.I.E.L.D. מגיעים ליעד הם לוקחים למעצר את קאל. במהלך השיחה של ג'איינג וגונזלס, ג'איינג אינה רואה בעין יפה את בואם של S.H.I.E.L.D., ולכן היא מאבנת את גונזלס באמצעות גביש טריגן ומפלילה אותו על כך שניסה לחסל אותה ובכך פורצת מלחמה בין הבלתי-אנושיים ל-S.H.I.E.L.D..
ג'איינג ממשיכה בתוכניתה להשמיד את S.H.I.E.L.D. ולהשמיד את המין האנושי בטענה שהמחלה ביניהם היא בלתי נמנעת. סקיי נקרעת בין נאמנותה לשתי הקבוצות אך בסוף בחרה לעמוד לצד S.H.I.E.L.D., לאחר שראתה את אמה רוצחת את ריינה, כשזו האחרונה איימה לחשוף את כוונותיה האמתיות של ג'איינג. קולסון מבין במהירות את תוכניתה של ג'אינג ומצליח לשכנע גם את זאבו, תוך שהוא מסביר את רוע\ ליבה של זו, להצטרף למאבק נגדה. וזה לאחר שזאבו הפך לסוג של מפלצת באמצעות תרופה המחזקת את גופו. במקביל, וורד ופלאמאס מענים את מורס כדי לגרום לה להודות שהיא הסגירה את מיקומה של פלאמאס בזמן שמורס עבדה בהידרה. מורס אינה מוכנה להודות בטענה שהכל היה עבור הכיסוי. וורד מזמן אז את האנטר שיבוא לחלץ אותה כדי שיכול לחסל אותו במצפונה של מורס.
מאי והאנטר מגיעים למקום ומאי מצליחה לגרום לוורד להרוג את פלאמאס ומורס מצליחה להציל את האנטר ממוות וודאי, אך נפצעת קשה. באותו הזמן, הבלתי אנושיים משתלטים על אונייה של S.H.I.E.L.D. שבה נמצא המונוליט. סקיי מובאת שם למעצר אך מקנזי, שהיה באונייה, משחרר אותה וסקיי מסבירה לו כי אמה רוצה לחסל את S.H.I.E.L.D. ולגרום לבלתי אנושיים להיות המין השולט בכדור הארץ, במקום בני האדם. ג'איינג גורמת לכמות גדולה של סוכנים לבוא לאונייה כדי שתוכל לאבן את כולם ולהשתמש במטוסים כדי לאבן את שאר העולם. קולסון, פיץ, זאבו ומאי יוצאים גם הם לשם וסקיי מודיעה להם שזו מלכודת. קולסון אומר לכולם לסגת אך הוא והצוות שלו ממשיכים לכיוון הספינה. מקנזי נאבק עם גורדון וקולסון ופיץ באים לעזור לו. פיץ מחבר מכשיר הגורם לגורדון להשאר באותו אזור מבלי להשתגר משם, ומצליח להרוג את גורדון. גורדון מפיל גביש טריגן, אך קולסון תופס אותו בזמן. כשהוא מתחיל להתאבן, מקנזי גודע את ידו. סקיי מתעמתת עם אמה ומצליחה להפיל מטוס שבו נמצאים גבישים לים. ג'איינג עומדת להרוג את ביתה אך זאבו מצליח להרוג ג'איינג, בצער רב.
בבסיס, קולסון מדבר עם בעלה לשעבר של מאי, אנדרו גארנר, על התוכניות שלו לעתיד כגון מינויו של מקנזי לראש המחלקה לחפצים חוצניים, הקמת קבוצת אנשים בעלי כוחות שסקיי הראשונה שנמצאת בה והודעתה של מאי לקחת חופשה בפעילותיה ב-S.H.I.E.L.D.. סקיי מבקרת את אביה לאחר שנמחק זכרונו מרוב עברו וכעת עובד בתור וטרינר. היא מציגה את עצמה בתור דייזי. בינתיים, וורד הופך למנהיג הידרה החדש. באותו הזמן, החומר של הגבישים הנמצאים במעמקי הים, מגיע לדגים אשר נתפסים ונמכרים ככדורי אומגה 3. לאחר מכן, פיץ שואל בהיסוס את סימונס, בזמן שהם בוחנים את המונוליט אם היא מעוניינת לצאת איתו וגורם לציר הדלת השומרת על האבן הקרי, המונוליט, להשבר. סימונס מסכימה ולאחר שהוא יוצא, האבן בולעת אותה וחוזרת חזרה למקומה.

עונה 3

פרקים 45 - 66.
העונה מתחילה עם הופעתו של בלתי-אנושי חדש. בחור אלמוני בשם ג'ואי שלקח כדור אומגה שלוש, מאלו שספגו את החומר מגביש הטריגן, עבר את השינוי הגנטי והחל להמס כל דבר מתכתי שהתקרב אליו. מבוהל הוא ניסה להגיע אל בית החולים אך נתקל בקבוצת לוחמים שניסו ללכוד אותו ואף פתחו נגדו באש חיה. להצלתו הגיעו סוכני S.H.I.E.L.D. - דייזי (סקיי), מאק והאנטר שניטרלו את הלוחמים ולקחו אותו איתם לבסיס של קולסון. שם התברר לג'ואי שחייו הקודמים הסתיימו ולזמן מה הוא יישאר כלוא בבסיס של S.H.I.E.L.D.. במטרה לעזור לג'ואי, דייזי הגיעה אל לינקולן שהחליט להתחיל חיים רגילים במסווה של אח בבת חולים. בין השתיים התחיל ויכוח משום סירובו של לינקולן לסכן את חייו החדשים ורצונו לחיים רגילים. בזמן הוויכוח תקף את השתיים בלתי אנושי נוסף בעל מראה מפלצתי בשם לאש שהורג במגע ויוצר חורים בקירות בעזרת ידיו. מתוך דבריו של לאש הובן שהוא חיפש את לינקולן על מנת להרוג אותו. בעזרתו של מאק דייזי ולינקולן הצליחו לנטרל את לאש והוא נמלט. גם לינקולן ברח לאחר שהבין שחייו החדשים נהרסו כי עדים רבים ראו אותו משתמש בכוחותיו.
האנטר וקולסון ניסו לצוד את רוזלין, המנהיגה של אותו הארגון שרדף אחרי ג'ואי כשניסה להגיע לבית החולים, אך נפלו למארב ונאלצו להימלט. עם זאת, הם הצליחו לדלות מרוזלין את הידיעה שמישהו הורג את כל הבלתי אנושיים שהופיעו לאחר נטילת כדורי האומגה 3. לאחר מכן, נשיא ארצות הברית בנאום טלוויזיוני הודיע שהרכיב ארגון שיגן על אמריקה מפני איומים חיצוניים ואלו שבעבר S.H.I.E.L.D. התעסקה איתם. זהו ארגון ATCU שרוזלין עומדת בראשו.
בינתיים פיץ שהאמין שסימונס עדיין בחיים יצא למסע חיפושים על מידע קדום באשר למונוליט.
. הוא הגיע בסופו של דבר למרוקו משום ששם קבוצת ג'יהאדיסטים שמרה על מגילה עתיקה מהמוזאון של חומס (שארגון דאעש החריב) שפיץ האמין ששומרת מידע על האבן. חברי הארגון כמעת רצחו את פיץ אך הוא הצליח להימלט עם המגילה ולחזור לבסיס. כל הזמן הזה בובי גיבתה את פיץ היות שהיא, שעדיין לא החלימה מהפצעים שגרמו לה וורד ופלאמאס, נשארה לעבוד במעבדה וזה בזמן שהאנטר החל מצוד אחרי וורד.
פיץ פתח את המגילה אך התברר לו שרשום עליה מילה אחת בעברית: "מות". תוך שהוא נכנס למצב היסטרי הוא נכנס לתא שנשמר בו המונוליט.
בתחילת הפרק השני לעונה מוצגת פתיחה, שמראה טירה אנגלית עתיקה. בשנת 1853, בטירה התקיימה סעודה ובסופה הגרלה של אדם אחד מכל יושבי הסעודה. כל האורחים הביאו למי שיצא בהגרלה תיק ובו אוכל ומים ונתנו לו חרב. הם איחלו לו בהצלחה במסעו, הכניסו אותו לחדר ונעלו את הדלת. בחדר עמד גם המונוליט. לאחר שהאיש נבלע על ידי המונוליט, עולה משיחתם של האדונים שהם שולחים את האנשים האמיצים ביותר לחקור את האבן אך אף אחד עדיין לא חזר. חברי הצוות מוציאים את פיץ מהתא של אבן החוצנית, אבל פיץ מצא בתא חול שמקורו לא מכדור הארץ וכך הבין שהמונוליט משמש כשער לכוכב אחר. על מנת ללמוד עליו יותר ולפתוח את השער כדי להשיב את סימונס החבורה פנתה לפרופסור אליוט רנדולף, אסגארדי נמלט שחי מאות שנים בכדור הארץ. רנדולף לוקח אותם לטירה באנגליה ומראה להם את המילה "מות" חקוקה מעל דלת בטירה. רנדולף מסביר להם שאחד התרגומים למילה אומר "מוות בעונש", ואז הצוות מוצא מעבר סודי אל חדר מכונות סודי בטירה. באמצע החדר יש פתח עמוק עבור אבן החוצנית, וכך פיץ מבין שהמכונה נועדה להפעיל את השער. אחרי ההפעלה הראשונה המכונה נשברת ומוציאה צלילים שגורמים לדייזי נזק פיזי רציני, פיץ מבין שהמונוליט מגיב לרטט. דייזי משחזרת את המכונה בעזרת כוחות הרטט שלה ופיץ קופץ אל תוך המונוליט ומוצא את סימונס. מיד לאחר שפיץ וסימונס יוצאים מהשער, דייזי משמידה את המונוליט. בינתיים, וורד מפתח את הידרה ומגייס מגויסים על פי כוח פיזי, חכמה וסיבולת ולא על פי אמצעים כספיים. וורד תופס את וורנר פון סטרוקר, בנו של וולפגנג פון סטרוקר, ראש הידרה האחרון שנהרג באירועי "הנוקמים: עידן אולטרון". סטרוקר מתמסר להידרה ומסתנן לכיתת הפסיכולוגיה של ד"ר אנדרו גארנר. האנטר יוצא אל מאי, שנמצאת בקליפורניה עם אביה, כדי לשכנע אותה לעזור לו במצוד אחרי וורד. לבסוף מאי משתכנעת ומצטרפת אליו.
בפרק השלישי האנטר גילה, בעזרת חבר ותיק, שהידרה עורכים קרבות ללא חוקים שהמנצחים בהם זוכים לאפשרות להצטרף לארגון האפל. הוא הצליח להתמודד עם יריבים רבים כולל חברו הישן שנהרג במהלך הקרב ביניהם וזומן לשיחה עם סגנו של וורד.
בינתיים לינקולן ניצוד על ידי ממשלת ארצות הברית וארגון ATCU תוך שהוא מסרב בעקשנות לקבל את עזרתם של S.H.I.E.L.D.. אך בעקבות הרג חבר ישן בשוגג, בעזרת כוחותיו ורגשות האשם שתקפו אותו בעקבות זאת הוא קרא לדייזי לעזרה. דייזי הצליחה לשכנע את לינקולן לבוא עמה לבסיס של קולסון, ואף ביטאה את משיכתה אליו, אך מיד לאחר מכן היא מצאה את שניהם מוקפים על ידי כוחות ATCU. מסתבר שעל פי פקודה של קולסון, לאחר שהוא נפגש עם רוזלין, לינקולן היה אמור להימסר לידי ה-ATCU ואילו קולסון היה אמור להתחיל בשיתוף פעולה עם רוזלין וזה בשל החשש של קולסון שה-ATCU יתחילו מצוד אחרי דייזי.
לאש לא הפסיק את מסע הציד שלו לחיסול הבלתי אנושיים ובתחילת הפרק הרביעי הוא חיסל שניים מהם ביחד עם כפיל של אלישה שנשלח להזהירם. אלישה היא בלתי אנושית בעלת יכולת לשכפל את עצמה והיא הייתה אחת מהחיילות של ג'אינג בעונה הקודמת. לאחר תחילת החיסול הסדרתי של הבלתי אנושים היא פנתה לקולסון לעזרה. בזכות העדיות שאלישה מסרה S.H.I.E.L.D. גילו שסוכן ממשלתי לשעבר בשם דוויט פריי יצר תוכנת וירוס שעוזרת לאתר את מקום הימצאותם של הבלתי אנושיים עבור לאש. דייזי, מאק, קולסון ואנשי ATCU מצאו את הכתובת של פריי, גילו שהוא בלתי אנושי שמגיב לבלתי אנושיים אחרים, ולכדו אותו. עם זאת במהלך העברתו של פריי למתקן המעצר של ATCU דייזי, מאק והאנשים של רוזלין הותקפו בידי לאש. כתוצאה מכך לאש הרג את פריי ועזב את המקום ולא פגע באחרים. במצב של חצי הכרה דייזי הבחינה שלאש השתנה לצורה אנושית רגילה אך לא הצליחה לזהות במי מדובר.
גם האנטר לא הפסיק את מסע הציד שלו אחרי וורד. האובסיסיביות שהוא שידר בעניין גרמה למאי לחזור לבסיס של קולסון ולבקש ממנו תגבורת מחשש שהאנטר יעשה טעות, יתגלה בידי וורד ויהרג. והיא לא טעתה, האנטר התגלה כשנלקח לפגישה עם וורד והיה נהרג אם היא לא הייתה מגיעה בזמן לתגבר אותו. לאחר קרב יריות וורד הבין שחייו בסכנה ולכן הודיע למאי שאנשיו נמצאים ליד בעלה לשעבר אנדרו ואם היא לא תיכנע אנדרו נחשב למת. למרות תחינותיה של מאי האנטר בחר להמשיך במתקפה אך וורד הצליח להימלט. לאחר מכן התגלה שאנדרו ניצל בדרך נס מההתפקה של הידרה ועל פי עדותו זה בזכות סוכן S.H.I.E.L.D. אחר שהקריב את חייו עבורו.
בינתיים בובי שהחלה להחלים מפציעותיה מצאה את סימונס, העוברת שיקום בעזרתו של פיץ, כשהיא חוקרת את שרידי אבן החייזרים. בטענה שהשער בין העולמות חייב להיפתח שוב וזה משום שהיא חייבת לשוב לצד השני. במהלך הפרק הרביעי בובי מנסה לשמור את סודה של סימונס אך ללא הצלחה. פיץ מגלה על העניין ודורש מסימונס שתגלה לו מה קרה בכוכב שבו היא נלכדה ומדוע היא מנסה לחזור לשם. סימונס מסכימה בתנאי שפיץ יעזור לה לממש את כוונותיה.
על פי סיפורה של סימונס היא נשאבה לעולם מדברי, בעל שני ירחים, חסר אור שמש וכמעת שומם מחיים. בהתחלה היא בחרה להישאר במקומה בתקווה שהשער יפתח שוב אך לאחר שעות רבות היא החלה לתור את כוכב הלכת כשהבינה שאם לא תמצא מזון ומים היא תמות. בשלב מסוים היא מצאה מקווה מים שבו חי יצור ראוי לאכילה. לאחר שלושה שבועות על פי מניין כדור הארץ סימונס נפלה בטעות למערה בה חי אדם כולשהו שהתגלה בתור אסטרונאוט אמריקאי בשם ויל. הוא סיפר שארבע עשרה שנה לפני הגעתה של סימונס, כשנאס"א החזיקו במונוליט, הם שלחו קבוצת חוקרים לכוכב הלכת על מנת שיאספו ממנו דגימות ויבצעו משימות מחקר עד שנאס"א יבינו איך להחזיר אותם לכדור הארץ. בפועל כל האסטרונאוטים התאבדו בהשפעת יצור מסתורי שהופעתו מלווה בסופות חול. ביאושה סימונס בחרה ללכת ולחקור את המקום שבו נמצא היצור המסתורי. ושם היא מצאה ציוד מהמאה ה-19 ולאחר מכן את השלד של בעל הציוד. היא גם הותקפה על ידי היצור המסתורי אך הצליחה להימלט. בין הציוד של האיש מהמאה ה-19 היה טלסקופ עתיק שעזר לסימונס להבין איך לחזור מכוכב הלכת לכדור הארץ: מסתבר שהשער משנה את מקומו בהתאם לירחי כוכב הלכת והתנועה שלו על צירו וניתן לחשב את המקום והזמן שהשער יפתח שוב. בעזרת שרידי הסוללה מהטלפון החכם והציוד של נאס"א סימונס הצליחה לחשב את הנקודה הבאה שיפתח השער אך היא וויל לא הצליחו להגיע אליו בזמן. סימונס קיבלה את גורלה להישאר לנצח בכוכב הלכת והחלה רומן עם ויל.
חצי שנה מאז הגעתה של סימונס, על פי מניין הימים בכדור הארץ, אמורה הייתה להתקיים זריחה נדירה על כוכב הלכת והיא וויל החליטו לצאת ממאורתם ולצפות בה. ממש במקרה סימונס ראתה את הזיקוק שפיץ שלח דרך השער כשזה נפתח מהצד של כדור הארץ (בפרק 2) וביחד עם ויל היא רצה לכיוון. בדרך השנים הותקפו על ידי היצור המסתורי של הכוכב, ויל בחר לעכב אותו בעוד שסימונס הספיקה לעבור בשער בעזרתו של פיץ. את כל זה תיארה סימונס באוזניו של פיץ שבחר לעזור לה להציל את ויל אשר נותר לבדו בצד השני של השער.
בפרק השביעי דייזי, שגילתה שלאש הוא מחליף צורה, ניסתה בדרכים שוניות לגלות את זהותו. היא העלתה חשד שלאש הוא אחד מסוכני ACTU. בהתחלה היא, מאק והאנטר בחרו לעקוב אחרי המזכיר של רוזלין אך הוא התגלה כאנושי. לאחר מכן, בזכות הנתונים שהם אספו, הם הגיעו אל הבסיס הסודי של ACTU וגילו שהם מרדימים את כל הבלתי אנושיים שהם לוכדים ושומרים אותם בשינה מושהת עד שתימצא דרך להפוך את השינוי שלהם. הדבר שעוד יותר הפתיע אותם שקולסון, שזכה במהלך הפרק באמונה של רוזלין, ידע על כך.
בינתיים המצוד אחרי וורד נמשך אם כי את האנטר, שנכשל, החליפה בובי מורס. לאחר חיפושים רבים מאי ובובי הגיעו למקום שהסתתר בו סטרוקר הצעיר. סטרוקר נרדף בידי וורד לאחר שנכשל בחיסולו של אנדרו וכשזוג הלוחמות הגיעו למסתור שלו הן מצאו אותו תחת עינויים שביצעו בו אנשיו של וורד. לאחר שחרורו הצעיר סיפר שהוא נכשל ברצח של אנדרו משום שאנדרו הפך ליצור גדול ונורא. מה שמסביר שאנדרו הוא למעשה לאש.
לאחר התגלית הנוראית מאי החליטה למצוא את אנדרו וגילתה למרבה הזוועה שהוא בדרכו למתקן אימונים של S.H.I.E.L.D. על מנת לאבחן את אחד הבלתי אנושיים. היא הספיקה להגיע למתקן לפני שאנדרו הצליח להרוג את ג'ואי (לאחר ששמע ממנו שהוא למד לשלוט בכוחות שלו). בין אנדרו למאי התפתח וויכוח שבסופו אנדרו ירה באשתו לשעבר באקדח הקפאה. לאחר שמאי התעוררה, כפותה, היא שמעה מאנדרו שהוא נהפך לבלתי אנושי לאחר שקרא ספר על הבלתי אנושיים. הספר היה רשימה של שמות נציגי המין הזה מהאוסף של ג'אינג המנוחה והיה מוגן בערפליי טריגן. הערפילים השפיעו על אנדרו והפכו אותו ללאש שהחל לחוש רעב לרצח של בלתי אנושיים ועל כן יצא למסע טיהור. למזלה של מאי לינקולן, שגילה על מותם של חבריו, הגיע למסקנה שהרוצח הסדרתי של הבלתי אנושיים הוא מאנשי S.H.I.E.L.D. (זאת משום שהוא ידע על קיומו של הספר של ג'אינג) וסיפר זאת למאק שבתורו העביר את המידע לקולסון. S.H.I.E.L.D. בגיבוי של ACTU ניסו ללכוד את אנדרו אך בשל תאוות הנקמה של לינקולן התוכנית יצאה מכלל שליטה. בעקבות כך, לאש הספיק להרוג את סוכני ACTU והיה הורג את רוזלין אם דייזי לא הייתה מצילה אותה. גם את לינקולן לאש כמעט הרג אך מאי ירתה בו על אף שהייתה בטחה שהדבר יביא למותו אך לאש שרד ונלכד. בסוף הפרק השביעי אנדרו\לאש נלכד והועבר לבסיס של ACTU, לינקולן הצטרף לS.H.I.E.L.D., מאי נשארה עם הזיכרונות שלה מהחופשה עם אנדרו (שכללו את כוונת השתיים לנסות לשוב לחיים משותפים) ואילו בין קולסון לרוזלין החל רומן.
רוזלין הוזמנה לביקור בבסיסו הראשי של קולסון ואילו הוא ניצל את זה כדי לחדור לבסיס של ACTU. בובי והאנטר שהיו תחת מסווה של סוכני FBI גילו לתדהמתם ש-ACTU עוסקים לא בחיפוש תרופה עבור הבלתי אנושיים אלא בניסויים עליהם על מנת להפוך אותם לחיילים וכהוכחה לכך הזוג הותקף בידי בלתי אנושי ששלט בטלקינזיס. קולסון כלא את רוזלין והחל לחקור אותה אך התברר לו שהיא לא הייתה מודעת למתרחש מתחת לאפה ובאמת האמינה שהארגון שלה עוסק בריפוי הבלתי אנושיים. לאחר שגילתה זאת היא עזרה לקולסון, בעזרת סגנה, להוציא בבטחה את בובי והאנטר מהבסיס של ACTU.
התברר שהאיש שעמד מאחורי הניסויים בבלתי אנושיים היה גדעון מאליק, חבר מועצת הביטחון לשעבר וראש הידרה בהווה. מאליק ניסה לחסל את גראנט וורד בשל האובססיה של האחרון לנקמה בS.H.I.E.L.D. והטעויות שעשה בדרך לכך אך לאחר שוורד הראה שרידות יוצאת דופן מאליק החליט להפוך את וורד למספר שתיים בהידרה ולמזג את הארגונים שלהם לארגון הידרה אחד. מאליק הסביר שארגון הידרה קדום מאוד והתקיים מאות שנים לפני שהגולגולת האדומה עיצב אותו תחת השלטון הנאצי. מייסד הידרה היה בלתי אנושי רב עוצמה שהוגלה מחוץ לכוכב (אל הכוכב שסימונס נשאבה) וחברי הארגון נהגו להקריב לו מאז קרבנות אדם על מנת שישרוד. לאותה המסקנה הגיעו פיץ וסימונס לאחר שזיהו שהסמל של תוכנית נאס"א שבמסגרתה ויל האסטרונאוט נשלח לכוכב המדברי זהה לסמל מוות קדום שזהה לסמל התמנון של הידרה. הדבר אושש בעובדה שגדעון מאליק הפעיל את אותה התוכנית בנאס"א.
בתמורה לשיתוף הפעולה של וורד עם הידרה, הוא קיבל את הכלים להתנקם אישית בקולסון על ידי התנקשות בחייה של רוז. בתגובה לכך קולסון החל במצוד אגרסיבי אחרי וורד ואף העז לחטוף את אחיו של זה לשם כך. בינתיים פיץ וסימונס נלקחו כבני ערובה בידי הידרה על מנת להשתמש בידע של סימונס על הכוכב בו הייתה לכודה כדי להחזיר משם את מייסד הידרה העתיק. פיץ התנדב להישלח לכוכב במקומה כשהמטרה האמיתית שלו היא למנוע מהידרה להחזיר משם את הבלתי אנושי העתיק. אנשי הידרה הפעילו את השער לכוכב האחר ושלחו לשם את צוות של הידרה בראשות וורד ופיץ. לפני שהם הספיקו לסגור את השער קולסון הצליח גם להתגנב בדרכו.
הסוכן מאק, שהפך לאחראי בהיעדרו של קולסון, אירגן צוות מיוחד על מנת להחזיר את סוכניו מהשבי של הידרה. הוא אף אישר לשם כך את יצירתו של צוות מיוחד של סוכנים בעלי כוחות על בראשות דייזי שכללו את ג'ואי ולינקולן. אלו שהתלוו למאק, בוב, האנטר ומאי.
בינתיים סימונס הצליחה להשתחרר מהכבלים של הידרה והחלה להימלט. בדרך היא מצאה את תאו של אנדרו וזה האחרון הביטח שיעזור לה בתמורה לשחרורו. בעזרת כוחותיו של ג'ואי הצוות של מאק הצליח לחדור אל הטירה בה הידרה שמרו את השער לכוכב האחר והשתלטו על רוב המתחם. דייזי, ג'ואי ולינקולן, בעזרת כוחות העל שלהם, השטלתו על חדר הבקרה של הידרה ואילו מאי פגשה את סימונס ושלחה אותה אל שאר חברי הצוות. לאחר מכן מאי הגיע למקום בו אנדרו היה מוחזק. היא לא מצאה אותו אך מצא את המוני הבלתי אנושיים שהידרה שמרה למטרותיה מתים.
בינתיים בכוכב האחר הצוות של וורד גילה פסל ענק בצורה של הסמל של הידרה והדבר גרם לוורד להאמין בדברים שמאליק אמר לו: שהוא חלק ממשהו גדול והדבר הפך אותו לשלם נפשית. פיץ הוביל את הצוות למחבוא של ויל. הוא הסביר לוורד שוויל הוא היחיד שיודע איך למצוא את הבלתי אנושי של הידרה ובכלל רק הוא יודע להתמצא בכוכב הזה ויעזור להם למצוא את המקום בו אמור להיפתח השער לכדור הארץ. כשהחבורה נקלעת לסופת חול ויל רוצח את רוב אנשי הידרה ששמרו עליו ונמלט ביחד עם פיץ ואילו וורד הופך לשבוי של קולסון שמאיים לירות בו אם הוא לא ישתף פעולה. לאחר שוויל הוביל את פיץ למקום שבו אמור להיפתח השער לכדור בארץ (ע"פ חישוביה של סימונס אותם נתנה לפיץ) הם מצאו עיר ענקית נטושה. ויל הסביר שכאשר הבלתי אנושי הגיע לכוכב הלכת הוא ניסה לעשות בו שינוי אך תושבי הכוכב במקום לציית לו פתחו במלחמת אזרחים שהביאה להשמדתם. פיץ הבין שמי שעומד מולו הוא לא ויל אלא אותו בלתי אנושי, מייסד הידרה, שהשתלט על גופו של ויל. למעשה היצור הסביר שהוא הרג את ויל והשתלט על גופו באותו היום שסימונס הצליחה להימלט מהכוכב. פיץ ניסה להיאבק ביצור אך גילה שהוא בעל כוח על אנושי. מתוך יאוש ובניסיון למנוע מהיצור לעבור את השער לכדור הארץ פיץ ירה בו זיקוק שהבעירו באש ועצר אותו. אותו הזמן וורד ניסה לעזור ליצור והחל להיאבק בקולסון. במהלך המאבק קולסון הרג את וורד בעזרת יד הברזל שלו כנקמה על רצח רוז.
בכדור הארץ מאק פקד על הצוות שלו לעזוב את הטירה ולפוצץ אותה בטילי אוויר-קרקע למקרה שהדבר יידרש משום שהוא חשש שבמקום פיץ וקולסון, בשער יעבור היצור של הידרה או אנשי הידרה יצליחו להשלטת על הטירה. לבסוף מאק נמלט מהטירה יחד עם פיץ וקולסון, דייזי ולינקולן הפכו לזוג ולסימונס נודע דבר מותו של ויל. S.H.I.E.L.D. גם הפציצו את הטירה עד להשמדתה המוחלטת על מנת למנוע מהידרה ניסיונות נוספים להחזיר את היצור מהכוכב האחר.
גדעון מאליק היה בטוח שהידרה שוב הובסו אך להפתעתו הוא ראה את וורד עומד למולו חי. עם זאת, הוא הבין שלא מדובר בוורד אלא ביצור מהכוכב האחר, הבלתי אנושי העתיק שיצר את הידרה, שהשתלט על גופו של וורד.
כמה זמן אחריי כן אנשי סוכנות S.H.I.E.L.D. מקבלים דיווח ששיירה של משטרה מקומית בקולומביה הותקפה וכל כלי הנשק שהיא נשאה עמה נשדד. על מנת לחקור את האירוע העל טבעי נשלחו למדינה הדרום אמריקאית צוות המורכב מדייזי, מאק, האנטר, בובי וג'ואי. במהלך החקירה מאק נחטף על ידי אישה בעלת מהירות על אנושית למשך כשנייה שלאחריה היא חוזרת למקומה הראשון. דייזי ושאר חברי הצוות ממהרים להצילו ולוכדים את החוטפת. שמה של החוטפת הוא ילנה רודריגז, עוד בלתי אנושית המאמינה שכוחותיה ניתנו לה מידי האל ועל כן עליה להשתמש בהם למען הטוב וזה כולל מלחמה בשחיתות המשטרתית. כחלק מכך היא נהגה לגנוב נשק מהמשטרה המושחתת המקומית ואחיה היה זורק אותו לנהר. בהאנטר ובובי עקבו אחרי אחיה של ילנה במטרה לעצור אותו אך לרוע מזלם של השניים הם נלכדו בידי המשטרה המקומית, בין היתר משום שבין השוטרים היה בלתי אנושי מרושע בשם לוציו המסוגל בעזרת מבטו להקפיא לזמן מה אנשים אחרים. האנטר ובובי נעצרים ואילו אחיה של ילנה נרצח. בתגובה לכך ילנה, ג'ואי ודייזי, תוך שימוש בכוחותיהם, פורצים לבניין המשטרה הקולומביאנית ומשחררים את חבריהם. הם גם לוכדים את לוציו אך הוא, ברגע של אי תשומת לב, נלקח בידי הידרה.
בינתיים קולסון ונשיא ארצות הברית אליס נפגשו בביתה של רוז המנוחה. הנשיא נתן את מילתו לאפשר לסוכנות של קולסון לפעול ללא הפרעה ואף הכפיף אליו את A.C.T.U שבראשו עמד בשלב זה הגנרל גלן טאלבוט.
הגנרל וקולסון, שהיחסים בניהם התגלו מהראשית כמתוחים, נשלחו לישיבה סודית של מנהיגי המעצמות הגדולות. בישיבה זו מנהיגי העולם נפגשו באופן חשאי לדון בנושא הופעתם של הבלתי אנושיים. על ביטחונם של השניים הופקדו לינקולן ומיי. מיי שמה לב שנבל על בשם קריל עקב אחרי קולסון וטאלבוט וידעה על כך את לינקולן שהגי מיד ותקף את קריל. התפתח קרב שבמהלכו התגלה שקריל הוא בעצם שומר ראשו הסודי של הגנרל. אנשיו של קולסון, ובייחוד האנטר, מסתייגים מנוכחתו של הנבל אך טאלבוט התעקש לקחת את האיש המשודרג עמו לישיבה הבינלאומית.
במהלך הוועידה בזמן שמנהיגי העולם דנו בשאלת הבלתי אנושיים אנשיו של קולסון סרקו את השטח וחיפשו סימנים של סכנה. לפתע ללא סיבה ברורה, טאבלוט האשים את קולסון, לפני מנהיגי העולם, בתור איש הידרה. לפני שקולסון הספיק להגיב לחדר נכנס גדעון מאליק והודיע על נכונותו לעזור למדינות העולם כנגד משבר הבלתי אנושיים ועל הדרך הוא עצר את פיל. בסיומה של הישיבה גם טאבלוט מוצא את עצמו מאחורי הסורגים יחד עם פיל קולסון. הסתבר שהגנרל נאלץ לשתף פעולה עם הידרה כי גדעון החזיק את בנו בתור בן ערובה. לפני שאנשיו של מאליק הוציאו את השנים להורג קריל פורץ לחדר בו הם הוחזקו והורג את סוכני הידרה שהיו במקום. סוכניו של קולסון הביסו את אנשיו של מאליק אך הנבל עצמו הצליח לברוח במטוס יחד עם שר החוץ החוץ הרוסי. הדבר שגדעון לא ידע שבובי והאנטר נמצאו על המטוס שלו בדרך לרוסיה. השניים, ביחד עם דייזי ומאק, הצליחו לסקל הפיכה ברוסיה שמאליק תכנן אך בדרך הם הרגו של שר הביטחון הרוסי, שהתגלה כבלתי אנושי המסוגל לשלוט בצל שלו, ונעצרו. מעונש מוות הצילה את השניים רק התערבותו של נשיא ארצות הברית אליס שהבטיח שבתמורה לשחרורם השניים לא יעסקו יותר בריגול. האנטר ובובי קיבלו את רוע הגזרה ועזבו את S.H.I.E.L.D..
לאחר עזיבתה של בובי שהייתה השותפה של מאק, האיש בחר לצאת לחופשה ולבלות עם אחיו. החופשה נקטעה משום שבאזור ששהה בו מאק פעלו "כלבי שמירה", ארגון טרור שנשבע להילחם באנשים המשודרגים, שהשמידו בעזרת נשק שפותח בידי האוורד סטארק מבנה השייך לA.C.T.U. הסתבר ש"כלבי השמירה" הונהגו על ידי סוכן לשעבר של S.H.I.E.L.D. בשם פליקס בלייק שהחל לשנוא אנשים בעלי כוחות על לאחר שנפצע בידי דת'לוק (עונה 1) והפך לנכה. ללא ידיעתו הוא העביר טכנולוגיה של S.H.I.E.L.D. לידי הידרה.
החייזר בגופו של וורד החל אט אט להתחזק. הוא השתלט על מוחם של גיירה ולוציו, וספג את הבשר של חמישה בני אנוש על מנת לשקם את גופו המת. הוא גילה שאבותיו של מאליק היו ממייסדי הידרה שהאמינו שהחזרתו תיתן להם כוחות בלתי מוגבלים ושלטון עולמי. הוא הבטיח להראות כוח אמיתי כמו זה למאליק בתנאי שהוא ישתף עמו פעולה.
בינתיים סוכנות S.H.I.E.L.D. קיבלו קריאת חירום של פלוני שהודיע שהוא עומד למות ומבקש להיפגש עם דייזי ג'ונסון. כשהצוות הגיע למקום הימצאו של אותו פלוני הוא הודיע כי הוא מזהה את דייזי אך היא לא זיהתה אותו. האיש טען שנגע בהומלס והחל לראות חזיונות מהעתיד שכללו אותה ואת מותו. כמה דקות לאחר מכן מטוס של הידרה תקף במקום, אכן הרג את האיש וחטף הומלס מקומי בשם צ'ארלס. דייזי הבינה שההומלס הוא בלתי אנושי ובניסיון לחלצו נגעה בו וזכתה לחזיונות שכללו את קולסון היורה בה ואת מותו של ההומלס.
אחרי כן במשרדי חברה יריבה מאליק הציע לאנשי העסקים למכור את המניות שלהם לו. אשי העסקים סירבו והחייזר הרג את רובם תוך שהוא שואב את האורגניקה שלהם. את המנהיג של אנשי העסקים החייזר השאיר למאליק עלמנת שיהרוג את האיש במו ידיו בעזרת חליפה שהקנתה לו כוח על אנושי ובכך ירגיש כוח אמיתי מהו. דייזי גילתה על עברו של צ'ארלס על ידי אשתו שנמצאה בידי סוכנים אחרים של S.H.I.E.L.D. ובאה איתם לבסיס כדי לספר על עברו. היא ספרה שיום אחד צ'ארלס התאבן ואחרי שיצא מהאבן הוא החל לראות ולהראות חזיונות הקשורות למוות אותם לא יכול היה למנוע. הדבר, יחד עם אי יכולתו לגעת בבת שלו בלי שתצעק מאימה, גרם לו לשקוע בדיכאון ולעזוב את הבית. כשדייזי, לינקולן ולוחמי S.H.I.E.L.D. הגיעו להציל את צ'ארלס הם גילו שהחזיונות שדייזי ראתה החלו להתגשם. בשלב מסוים מאליק, המשודרג בידי החליפה, התנפל על דייזי וכמעט הרג אותה אך היא ניצלה בשל התערבותו של צ'ארלס ששילם בחייו עבור הצלתה. לפני מותו של צ'ארלס דייזי ראתה חיזיון של מעבורת חלל שהתפוצצה ובתוכה היה סוכן S.H.I.E.L.D. כלשהו ואילו מאליק ראה את מותו בייסורים וחשד שמי שיגרום לכך יהיה החייזר.
בזמן שדייזי נלחמה במאליק מאי נשארה בבסיס של S.H.I.E.L.D. משום שדוקטור גארנר הסגיר את עצמו. הוא טען שהוא בא להיפרד ממאי משום שפעם הבאה שהוא ישתנה ללאש זה יהיה לנצח. הוא גם טען שאמורה להיות סיבה לכל הרציחות שהוא ביצע אך הוא עדיין לא יודע מהי. לאחר מכך גארנר השתנה ללאש ונותר סגור בתא של S.H.I.E.L.D..
סוכנות S.H.I.E.L.D. גילו תמונות של החייזר והבינו של באמת מדובר בגראנט וורד אלא ביצור שפיץ וקולסון פגשו בכוכב הלכת הזר שביקרו. לינקולן הציע למצוא מכר ותיק שלו, אדם גס-רוח בשם ג'יימס שחי עמו ב"חיים שאחרי המוות" לפני שגנב משהו מג'איינג וגורש. לינקולן סבור שהחפץ הגנוב קשור לחייזר. קולסון הסכים ולינקולן ודייזי נשלחו למצוא את ג'יימס. לאחר שמצאו אותו הוא סיפר להם, בתמורה שיתנו לו מערפליי הטריגן ויהפכו אותו לבלתי אנושי, שישנה אגדה על בלתי אנושי אחד עתיק שנוצר בידי הקרי על מנת לשלוט בבלתי אנושיים אחרים וכך הקרי לנצל אותם בצורה יעילה ומסודרת במלחמותיהם. אותו בלתי אנושי נקרא בפי הבלתי-אנושיים "אלבאוס" (alvaus), מלטינית: כוורת (Hive). ולאחר שהן הקרי והן הבלתי אנושיים החלו לחשוש מפניו הוא סולק לכוכב לכת אחר. ג'יימס גם נתן לדייזי את המכשיר שלפי המסורת יכול להרוג את הייב. לאחר שהיא קיבלה את המכשיר, יחד עם לינקולן, היא עזבה בלי לממש את ההבטחה לג'יימס לתת לו את הקריסטל של ערפליי הטריגן.
גדעון מאליק הפגיש את ראשי הידרה שנותרו בבית של בתו. הפגישה התקיימה כדי שהייב יחשוף בפניהם שהוא חזר וכדי להוכיח להם את זה הוא חשף את פניו האמתיות - פני תמנון. פנים שהיו הסמל העתיק של הידרה. ערב אחרי הוא בא לפני גדעון, יחד עם בתו של זה, וחשף את האמת הנוראה מעברו של האיש:
משפחתו של גדעון הייתה בין אלו שהאמינו שמטרת העל של הידרה היא לא סתם שלטון עולמי אלא קודם כל להחזיר את הייב לעולם. הוא ואחיו נתנאל העזו אף לריב עם דניאל וויטהול שהיה מאנשי הידרה שלא האמינו במטרה של החזרת הייב לעולם. אחת לכמה שנים "המאמינים" מאנשי הידרה זרקו גורל ומי שהיה יוצא בגורל היה נשלח מכוכב הלכת בו היה לכוד הייב כדי שהוא היה ניזון בגופו ושורד. נתנאל וגדעון הזדעזעו כשגילו שאביהם רימה בכל פעם שנזק הגורל כדי שלא הוא יהיה זה שישלח. האחים הבטיחו זה לזה הוגנות ונאמנות אך ביום ששוב נזרק הגורל ומישהו היה צריך להישלח גדעון רימה ובכוונה עשה כך שנתנאל ייבחר.
כשכוורת סיפר את הסיפור לגדעון וביתו הוא העלה את התודעה של נתנאל. לאחר מכן כעונש הוא שאב את גופה של הבת של גדעון.
בזמן הכינוס המיוחד של ראשי הידרה מאי, קולסון, פי ומאק לכדו את גיירה אך הוא השתחרר, הביס את אנשי הצוות, וחטף את המטוס שכולם היו בו לבסיס של הידרה.
כדי להציל את חבריה דייזי גייסה למשימה את כל הבלתי אנושיים שהיו ב-S.H.I.E.L.D. ויצרה את חבורת "הלוחמים הסודיים". הלוחמים חילצו את חבריהם, לכדו את מאליק וחזרו לבסיס. הפעולה הייתה מוצלחת והיחיד שנראה מעורער מהעניין היה ג'ואי שהרג בפעולה את לוציו. קולסון ניסה לדובב את גדעון ולחקור אותו וגדעון, ששנא ופחד מפני הייב, אף שמח לספר. הוא סיפר על כך שהייב הוא סוג של אל עבור הבלתי אנושיים והם סוגדים לו לאחר שבאים עמו למגע. השערה זו אושרה בידי פיץ וסימונס שחקרו את גופו של לוציו וגילו טפיל במוח שלו. קולסון החל לפעול בזהירות כדי לוודא שאיש מהבלתי אנושיים שלו לא חפרפרת של הייב.
החשדות התממשו כשמישהו הרג את גדעון. בהתחלה החשד נפל על לינקולן והוא נעצר אך בהמשך הסתבר שדייזי היא החפרפרת. בזמן החילוץ בבסיס של הידרה היא נדבקה בווירוס של הייב והפכה למשרתת שלו. היא נמלטה אם כי לפני זה היא הציעה ללינקולן לבוא עמה אך הוא סירב. כשהיא עזבה את הבסיס היא גרמה לרעידת אדמה שהחריבה חלקים נרחבים שלו.
דייזי נפגשה עם הייב שהסביר לה ששניהם הם עתה אורגניזם אחד. לאחר מכן הם הגיעו לביתו של ג'יימס, הפכו אותו לבלתי אנושי היכול להבעיר כל דבר שהוא נוגע בו, ולקחו עוד חלק מהמכשיר שיכול להשמיד את הייב (את החלק הקודם דייזי לקחה איתה מהבסיס של S.H.I.E.L.D. לפני שעזבה אותו). מאוחר יותר קולסון, מאי ולומים רבים של S.H.I.E.L.D. הגיעו לביתו הנטוש של ג'יימס רק כדי ליפול למלכודת. בבית הייתה טמונה פצצה והדבר שהציל את הצוות ממוות הוא מגן הבנוי משדה כוח שנמצא בידו הרובוטית של קולסון.
לינקולן התנדב, יחד עם מאי וקולסון, לבדוק מה שלום אלישה, בלתי אנושית שיודעת להתפצל לכפילות. לצערם אלישה כבר שועבדה בידי הייב וכשבאו לבקש אותה היא תקפה את הסוכנים. לינקולן שאיבד שליטה לכד את אחת הכפילות של אלישה ואיים לחשמל אותה למוות אם היא לא תגלה איפה דייזי, בתגובה כפילה אחת הרגה את השנייה אך נורתה בעצמה בידי קולסון לאחר שניסתה להרוג את מאי. פיץ וסימונס, יחד עם מאק, טסו למזרח אירופה כדי לפגוש את הולדן רדקליף, טראנס הומניסט החולם לשדרג את האנושות אבולוציונית, על מנת שיעזור למצוא תרופה מהווירוס של הייב שבו הוא שולט בבלתי אנושיים. במהלך המשימה הם מחליטים להפוך באופן רשמי לזוג. פיץ וסימונס פגשו את דוקטור רדקליף אך בזמן שהם ניסו לשכנע אותו לעזור להם פרצו למתחם הייב והבלתי אנושיים שלו והתפתח קרב שבסופו רדקליף נלקח. הייב גם רצה את עזרתו של רדקליף על מנת לשחזר את הניסוי שיצר אותו. הוא סיפר שבמהלך עידן האדם הקדמון הוא נחטף על ידי ציידי קרי שהפכו אותו למה שהוא בעזרת, בין היתר, שימוש בדם שלהם. הוא הציע להודות לראשי הידרה ששרדו את השמדתו של הארגון (שהתרחש בזכות המידע שקולסון השיג מגדעון) בכך שיהפוך אותם לבלתי אנושיים. הניסוי נכשל הנסיינים נמסו למוות. רדקליף הסביר שהוא צריך דם קרי אמיתי בשביל שהניסוי יצליח. הייב החליט להעניק לדוקטור את מבוקשו והפעיל את "המכשיר שיכול להשמיד אותו" שהוא למעשה מכשיר רדיו בין כוכבי שאמור להעיר ציידי קרי משינה מושהת בחלל במקרה שניסוי הבלתי אנושיים ייכשל. ציידי הקרי נוחתים בכדור הארץ בדיוק בזמן שצוות של לוחמי S.H.I.E.L.D. בהנהגת מאי ומאק הגיעו לחסל את הייב בנשק מיוחד. אחד מציידי הקרי הורג את אלישה ומנסה להרוג את דייזי אך היא מצליחה לשטות בו וללכוד אותו על מנת להקיז את דמו, מאק מגיע למקום ולאחר ניסיון כושל לשכנע את דייזי לחזור לבסיס הוא משמיד את גופו של הקרי. צייד הקרי השני תוקף את הייב אך נחשל ונהרג, בזמן הקרב לוחמי S.H.I.E.L.D. ניסו גם להשמיד את הייב אך גילו שהנשק שלהם אינו יעיל נגדו ולכן בחרו להימלט. בזמן ההמלטות מיי יורה בדייזי שכמעט הורגת את מאק וכל הצוות מסתלק מהאור. הייב עבר לתוכנית ב' והחליט להקיז את דמה של דייזי (שבה ישנו דם קרי שהוזרק לגופה כדי להציל את חייה). לינקולן מתנדב לבדוק תרופה פוטנציאלית לטפילים של הייב, אך זו מסוכנת מאוד והורסת לו את המערכת החיסונית.
דייזי מנסה להיכנס אל השרתים של S.H.I.E.L.D. אך פיץ נלחם בה והיא נכשלת. ד"ר רדקליף לוקח ממנה מנות דם רבות לעיתים תכופות כדי לשחזר את הניסוי.
בעקבות אירועי "קפטן אמריקה: מלחמת אזרחים" ארגון S.H.I.E.L.D. חייב להיכנע ל"הסכמי סוקוביה" על פיהם יש ליצור רשימה מסווגת של בלתי-אנושיים. גנרל טלבוט מגיע לבסיס התת-קרקעי ונחשף לבלתי אנושיים שבצוות. ג'יימס והייב משטים בקבוצת "כלבי שמירה" כדי ללכוד אותם ולעשות עליהם ניסויים. ד"ר רדקליף מכין גז אשר אמור להפוך אותם לבלתי-אנושיים נשלטים על ידי הייב. כאשר "כלבי השמירה" בוקעים מהפקעות, הם מצייתים להייב בכניעה אך גופם השתנה. פיותיהם נחסמו וראשיהם דמויי ביצה. הייב מתרשם מהתוצאות ודורש מד"ר רדקליף להכין עוד חיילים כמוהם.
דייזי יוצרת קשר עם לינקולן ומנחה אותו איך לברוח מהבסיס ולהיפגש איתה. אך בלא ידיעתה של דייזי מעלים על המטוס אשר מגיע אל הבסיס של הייב את לאש במקום את לינקולן. כאשר לאש יוצא מהמטוס, הוא מתחיל לתקוף את הייב. דייזי החלשה מהמחסור בדם מנסה להילחם בו אך מאבדת הכרה. לאש ניגש אליה ובעזרת כוחו מוציא ממנה את הטפילים של הייב. הוא סוחב אותה אל המטוס אך נהרג בידי ג'יימס. דייזי מטיסה את המטוס חזרה לבסיס ונכנסת לבידוד.
פיץ וסימונס מגלים את תוכניתו של הייב: להפיץ את הגז היוצר את החיילים הנשלטים באטמוספירה וליצור בלתי אנושיים נשלטים וחיילים חסומי-פה. אלנה נפגשת עם מאק ונותנת לו את קמע הצלב שלה, מה שאולי מרמז על כך שהוא יהיה האדם שימות בחלל בסוף העונה.
לאחר מכן הסוכנים, במבצע נועז, תופסים את הייב ומכניסים אותו לתא ג'לי, כמו שעשו עם הבלתי אנושיים. אך לכידתו מתגלה כמלכודת לסוכנים והוא משתחרר בבסיס של שילד תוך הפיכת סוכנים רבים לחייליו הנאמנים. לאחר מכן הוא לוקח את הזפיר, המטוס הגדול של שילד, ויוצא לגובה כדי לפוצץ את הפצצה מעל אירופה. מיי ופיץ נמצאים על המטוס ומפריעים להייב. קולסון לוקח קווינג'ט ויוצא בעקבותם. הוא מגיע למטוס עם כל הקבוצה, ובזמן שהולוגרמה שלו מסיחה את דעתו של הייב, הם נפגשים עם מיי פיץ' ודייזי ומחליטים לשלוח קווינג'ט לחלל עם הפצצה ולפוצץ אותה שם. דייזי נזכרת בחיזיון שהיה לה ורואה כי הצלב המוזהב אצלה, והיא לבושה כמו שראתה בחזיון. באותו רגע דייזי מבינה שהיא זאת שתיהרג בחלל. עם זאת, לינקולן מוריד אותה בכוח מן הווינג'ט ולוקח ממנה את הצלב, ומסביר לה במכשיר הקשר שרק הוא היה יכול להרוס את מערכת הניווט הידנית של המטוס, ולגרום לכך שהייב לא יוכל לחזור.
הוא לקח שליטה על הקווינג'ט ויחד עם הייב טס לחלל החיצון. שניהם הושמדו בפיצוץ שאמור היה להפוך חצי מאוכלוסיית העולם לבלתי אנושיים המשועבדים להייב.
בעקבות האובדן דייזי עוזבת את ארגון S.H.I.E.L.D. ומתחילה קריירת סולו כגיבורה בשם "קווייק" ואילו קולסון עוזב את כיסא מנהל הארגון והופך לסוכן רגיל.

אורחים מהיקום הקולנועי של מארוול

בסדרה מופיעים בתפקידי אורח מספר שחקנים מהיקום הקולנועי של מארוול, ביניהם סמואל ל. ג'קסון כניק פיורי, קובי סמולדרס כמריה היל, ג'יימי אלכסנדר כסיף, מקסימיליאנו הרננדז כסוכן ג'ספר סיטוול, טיטוס ווליבר כסוכן פליקס בלייק, היילי אטוול כפגי קרטר, קנת' צ'וי וניל מקדונו כחיילי הקומנדו המייללים ג'ים מוריטה ודאם דאם דוגאן והנרי גודמן כד"ר ליסט.
בעונה השלישית ויליאם סאדלר מגלם את הנשיא אליס כפי שהופיע באיירון מן 3. ופאוורס בות' שגילם את חבר מועצת הביטחון העולמית בסרט הנוקמים, מגלם בעונה זו את גדעון מאליק.

קרוסאוברים עם היקום הקולנועי של מארוול

מלבד מפגש עם אורחים מהעולם הקולנועי, אירועי הסרטים של מארוול הם גם בעלי השפעה על הסדרה.
בעונה הראשונה הצוות של קולסון נשלח לחקור את האזור בו התרחש הקרב הסופי בין מלקית' הארור לתור על פי העלילה של "תור: העולם האפל" ואילו אירועי "קפטן אמריקה: חייל החורף" היו הגורם החשוב שליווה את העלילה של העונה הראשונה כולה והיא צמיחת הידרה בתור S.H.I.E.L.D.. כמו כן, אירועי ה"נוקמים" וחברת הנוקמים הוזכרו לאורך העונה הראשונה והעונות האחרות (כמו גם בסדרת "דרדוויל").
בעונה השנייה הוזכרו גזע הקרי לאחר שהופעתם הקולנועית הבכורה הייתה בסרט "שומרי הגלקסיה". כמו כן, הסדרה מסבירה איך מיקומו של הבסיס של הידרה בסוקוביה התגלה לנוקמים, מה הרקע להופעתם של מכשפת השני וקוויקסילבר ואיך נשמרה נושאת המטוסים של פיורי. המידע הנ"ל מאפשר להבין אירועים שהתרחשו ב"הנוקמים: עידן אולטרון". ועוד, בעונה זו ניתן ללמוד על פועלה של פגי קרטר כהרחבה לסדרה הנושאת את שמה.
בעונה השלישית מוזכרים אירועי "הנוקמים: עידן אולטרון", "אנטמן" ו"קפטן אמריקה: מלחמת האזרחים".
בעונה החמישית מוזכרים אירועי "הנוקמים: מלחמת האינסוף".
בסוף העונה השישית הם הגיעו לציר הזמן אחרי "הנוקמים: סוף המשחק"

הפקה ופיתוח

זו סדרת הלייב אקשן הראשונה של מארוול, שהתחילה בשיחות עם רשת ABC ביולי 2012 כדי להפיק סדרה טלוויזיונית אשר תתבסס על היקום הקולנועי של מארוול, אותו החברה יצרה מאז צאת הסרט "איירון מן" בשנת 2008. באוגוסט 2012 הוכרז במאי "הנוקמים", ג'וס וידון, כיוצר הסדרה החדשה. צילומי הסדרה החלו בינואר 2013, כאשר היא הוזמנה על ידי רשת ABC האמריקנית לעונה ראשונה במאי 2013.
בינואר 2013 נשיא רשת ABC פול לי אישר כי הסדרה מתרחשת על פי קווי העלילה שמתרחשים לאחר אירועי "הנוקמים" ואיירון מן 3 ומתקשרת גם לאירועי תור: העולם האפל ובעיקר לקפטן אמריקה: חייל החורף, לאחר נפילתה של הסוכנות. צילום הפיילוט יצא לדרך ב-22 בינואר 2013 ובאפריל כבר נודע כי הסדרה תיקרא "סוכני S.H.I.E.L.D.". בספטמבר 2013 רשת ABC הזמינה עונה מלאה של 22 פרקים. ב-8 במאי 2014 אושר כי הסדרה תומשך לעונה שנייה. העונה השנייה עלתה ב-23 בספטמבר 2014.
הסדרה חודשה לעונה שלישית ב-7 במאי 2015 ועלתה ב-29 בספטמבר 2015 כאשר בו זמנית חודשה גם הסדרה "הסוכנת קרטר" לעונה שנייה שעלתה בינואר 2016, ובוטלה לאחריה. באוגוסט 2015 הודיעה ABC על הזמנת פרק פיילוט לסדרת ספין-אוף מתוכננת על בובי מורס ולאנס האנטר בשם "Marvel's Most Wanted", אולם סדרה זו לבסוף לא התממשה. במרץ 2016 חודשה "סוכני S.H.I.E.L.D." לעונה רביעית,
ובדצמבר 2017 עלתה לשידור העונה החמישית לסדרה. הופסקה באמצע לקראת אולימפיידת החורף וחזרה ב 2 בפברואר 2018. בקיץ 2019 תעלה העונה השישית וב-2020 העונה השביעית. שתי העונות בנות 13 פרקים כל אחת יצולמו ברצף, כדי להתאים לעלויות של עונה רגילה בת 26 פרקים. פורסם כי כל הגיבורים הראשיים למעט פיל קולסון יחזרו לעונות החדשות.