אברהם יצחק הכהן קוק

ביוגרפיה

נולד בעיירה גריבה (לטב') שבמחוז דווינסק של האימפריה הרוסית (כיום דאוגבפילס בלטביה) לפערל זלטא (לבית פלמן), ולרב שלמה זלמן קוק, בוגר ישיבת וולז'ין. התחנך אצל אביו שהיה 'מתנגד', אך התחבר גם לחסידי חב"ד שאמו באה מקהילתם (אביה רפאל פלמן היה ממקורבי ה"צמח צדק"). מגיל תשע בערך הגיע לעיתים אל רבה של דווינסק הסמוכה לביתו, לשוחח בדברי תורה עם הרב ראובן הלוי לוין שהשפיע רבות על דרך לימודו. מגיל חמש עשרה למד כשנתיים אצל הרב אליעזר דון יחיא והרב יעקב רבינוביץ (בנו של הרב מרדכי גימפל יפה מרוז'ינוי שהיה אח־סבתו (אם אביו) של הרב קוק) בלוצין. ואחר כך אצל רבה של סמרגון, הרב נח חיים אברהם שפירא.
לפני הגיעו לגיל עשרים הוסמך להוראה על ידי הרב יחיאל מיכל הלוי אפשטיין, מחבר "ערוך השולחן". בשנת תרמ"ד (1884) השתדך עם אלטה בת־שבע, בתו של הרב אליהו דוד רבינוביץ' תאומים (האדר"ת), רבה של פוניבז' באותה עת, ובהמשך רבה של ירושלים. לאחר אירוסיו למד במשך כשנה וחצי בישיבת וולוז'ין, בראשותה עמד הרב נפתלי צבי יהודה ברלין (הנצי"ב), שבו ראה אחר כך את רבו המרכזי. לאחר נישואיו בניסן תרמ"ו (1886), חזר הרב קוק ללמוד ולגור בפוניבז' סמוך לחותנו האדר"ת, ושם נולדה בתו הבכורה פרידה חנה בי"ז בטבת תרמ"ח (1888).

תקופת זיימל ובויסק

בשנת תרמ"ח (1888) התמנה לרבה של העיירה זיימל שבאימפריה הרוסית (כיום בשטחי ליטא) - עיירה קטנה ובה קהילה מסורתית. שם למד קבלה כתלמיד חבר עם אחד מגדולי מקובלי דורו, הרב שלמה אלישיב, מחבר הספר הקבלי "לשם שבו ואחלמה". כעבור שנה נפטרה אשתו, והרב קוק נותר אלמן עם בתו הפעוטה בת השנה וחצי. לאחר כשנה, במהלכה עסק בהגות וקבלה, נישא לרייזה רבקה, בתו של הרב צבי יהודה רבינוביץ' תאומים (אחיו התאום של האדר"ת), שהייתה בת דודתה של אשתו הראשונה וגדלה בבית האדר"ת לאחר מות אביה. ממנה נולד בנו הרב צבי יהודה קוק, בי"ד בניסן תרנ"א (1891). באותה שנה הוציא לאור את ספרו חבש פאר הכולל חלק הלכתי וחלק מחשבתי, ובו הוא קורא להקפיד על הנחת התפילין במקומן הנכון. לאחר הוצאת הספר לאור, נדד זמן מה בין העיירות כדי להפיץ את ספרו.
בשנת תרנ"ה (1895) נבחר כרבה של בויסק, שהייתה עיר גדולה יותר ובה היה גם ציבור בעל נטייה מודרנית. החל משנת תרס"א, החל לפרסם מאמרים הגותיים בביטאון הרבני "הפלס". בבויסק גם נולדה בתו השנייה, בתיה־מרים, בשנת תרנ"ט (1899), שלימים נישאה לרב שלום נתן רענן. בתקופה זו עסק בכתיבת החיבורים עין איה (חלקו הגדול), מדבר שור (דרשות שנשא בתקופה זו), ולנבוכי הדור, חיבור הגותי על התמודדות היהדות עם זרמי מחשבה מודרניים. כתבים אלה יצאו לאור שנים רבות לאחר פטירתו.

תקופת יפו

כאשר פנו אליו אנשי יפו, בהשתדלותו של יואל משה סלומון, לכהן כרב העיר יפו והמושבות, הגשים את חלומו לעלות לארץ ישראל, על אף שאנשי קהילת בויסק העשירה ניסו לשדלו להישאר על ידי הגדלת משכורתו ותשלום חובותיו. בכ"ח באייר תרס"ד (1904) הגיע ליפו והחל לכהן בתפקיד זה. תקופת יפו הייתה התקופה הפורייה ביותר בכתיבתו, ובה נכתב החומר לכמה מהיצירות החשובות שלו (שהתפרסמו מאוחר יותר) - אורות, אורות הקודש, עולת ראי"ה ועוד.
בתענית אסתר תרס"ז (1907) נולדה בתו הצעירה, אסתר יעל, ובאותו זמן התארסה בתו הגדולה פרידה חנה עם בן דודה, ישראל שמעון רבינוביץ' תאומים, בנו של האדר"ת וממייסדי העיר בת ים.
באותה תקופה תמך באופן מסויג בבית ספר "תחכמוני" ששילב בין לימודי קודש ("לחינוך האדם להיות ישר וטוב") ולימודי חול ("למלחמת החיים"), בשל התפיסה שיש לקדש את החומר במיוחד בארץ ישראל, דבר שעורר התנגדות מצד חלקם של רבני ירושלים. במקביל שימש כמנהל הרוחני של תלמוד תורה שערי תורה. הוא יצר קשרים עם מנהיגי הפועלים ותמך בהתיישבות החקלאית. במסגרת זאת תמך בהיתרים על פי ההלכה לצורך קיום ההתיישבות, כגון בפולמוס השמיטה ובהיתר המכירה, שרבנים בולטים תמכו בו גם לפניו. הוא ביסס היתר זה מבחינה הלכתית בספר שבת הארץ. כמו כן התיר את השימוש בפסח בשמן שומשומין שנכבש בכבישה קרה ללא מגע מים, אף שהשומשומין הם ממשפחת הקטניות שאסורה בפסח באכילה לאשכנזים.
בתרס"ט הקים הרב קוק ביפו ישיבה משלו שבה למדו כעשרים תלמידים מירושלים ומיפו, בהם הרב יהושע קניאל והלל פרלמן. הישיבה שכנה בבית המדרש "ברכות" בקומה העליונה בבניין של תלמוד תורה "שערי תורה". הרב קוק מסר לתלמידים שיעור יומי, ועל סגל המורים נמנו בין השאר הרבנים זלמן שך ושם טוב גפן. למעשה היה זה מבנה של שני אגפים שבאגף שבקומה השנייה שכנה דירתו, ובאגף השני היה מקום לימודו וישיבת בית דינו. שם הייתה הישיבה. הבית שבו התגורר הרב שוכן ברחוב אחווה 21 בשכונת נווה צדק הכלולה בתל אביב־יפו דהיום.
בשנת תרע"ד (1913) יצא הרב קוק, כרבן של המושבות, בראש משלחת רבנים למסע המושבות הראשון. המסע נמשך כחודש. במסעות אלו ניסה הרב קוק לחזק את הקשר בין החלוצים לתורה ומצוות. במסגרת תפקיד זה הוא גם עסק בגישור סכסוכים במושבות.

תקופת מלחמת העולם הראשונה 1914–1918

בתמוז ה'תרע"ד (1914) יצא לכנס העולמי של אגודת ישראל בשווייץ בשל רצונו לקרבם למפעל הציוני, ובשל טיפול רפואי לו נזקק, ולאחר חודש נאלץ להישאר בסנט גלן בשל פרוץ מלחמת העולם הראשונה. שם פעל פעילות ציבורית כדי לסייע ליישוב שבארץ. בשנת ה'תרע"ו (1916) הציעה לו קהילת מחזיקי הדת שבלונדון להיות רבה, והוא ניאות בתנאי שיחזור ליפו בהזדמנות הראשונה שיוכל. בהיותו בלונדון הקים מספר ישיבות. ניהל מאבק עם אנגלים בני דת משה, שטענו כנגד התנועה הציונית, וניסו להשפיע על הממשל הבריטי להימנע מהצהרת בלפור. בעקבות גילוי דעת של הרב קוק בבתי הכנסת, נשלחו תזכירים רבים לחוגי השלטון מהקהילות היהודיות, שבהם הודגש כי דת ישראל קשורה בלאומיות הישראלית ובארץ ישראל. גילוי דעת זה חזק את עמדתם של מצדדי פרסום ההצהרה. בשעת הוויכוחים על ההצהרה בפרלמנט הבריטי, העלו אחדים מהצירים את הסתייגות היהודים המתבוללים, שטענו שההצהרה מנוגדת לרוח הדת היהודית. בתשובה לכך קם הציר קיילי וענה: "על מי יש לנו לסמוך בנוגע לצד הדתי, על הלורד מונטגיו שאוכל איתנו חזיר, או על הרב של "מחזיקי הדת" הרב קוק?!"
בשנת 1918 הוזמן הרב קוק על ידי הרב ד"ר דב (ברנרד) רבל (רעוועל) לבקר בארצות הברית. זו הייתה הצעה נדיבה מטעמו של הרב רעוועל וגיסיו, האחים טרוויס, לממש את חזונו של הרב קוק ולממן את ההקמה של הישיבה המרכזית העולמית בירושלים.

תקופת ירושלים

בתום המלחמה, לאחר תקופה של כשלוש שנים בלונדון, חזר הרב קוק לארץ ישראל. מתקופה זו ועד למותו מיעט בכתיבת דברי מחשבה ועסק בכתיבת "הלכה ברורה" על הש"ס, ובפעילות בשדה הציבורי.

רב ראשי

בשנת 1919 נענה להזמנתם של ראשי המוסדות והישיבות ורוב רבני ירושלים להתמנות לרבה של העיר. בכך אייש משרה שהייתה מיותמת מספר שנים, מאז פטירת הרב שמואל סלנט. בהמשך כונן את מוסד הרבנות הראשית, שבה ראה שלב ראשון לייסוד הסנהדרין, ונהיה הרב הראשי האשכנזי הראשון של ארץ ישראל (1921). את הרבנות הראשית ראה כהנהגה רוחנית כלל עולמית ולא כמנגנון ביורוקרטי. בבחירות לאספת הנבחרים הראשונה שהתקיימה ב־1920, התנגד נחרצות למתן זכות בחירה לנשים - לבחור ולהיבחר - ובכך תמך בעמדת החרדים, זאת בניגוד לדעת רבים מחברי המזרחי.
סמוך להתמנותו לרבה של ירושלים נהרגה בתו הצעירה אסתר־יעל בעת שנפלה ממדרגות הבית הזמני ברחוב הנביאים שבו התגוררו.

ייסוד ישיבת מרכז הרב

פעילותה המעשית של הישיבה החלה בקיץ תרפ"ג בעת שהחלו ללמוד בה תלמידים בודדים. קבוצה גדולה יותר הגיעה ללמוד בתרפ"ד (1924). השם שהעניק הרב קוק לישיבתו הוא "הישיבה המרכזית העולמית" אך היא התפרסמה בשם "מרכז הרב". הישיבה התאפיינה בשפה העברית שהייתה מדוברת בה, ובלימודי הגות ומחשבה. שאיפתה נוסחה: "שינהרו אליה טובי הבחורים מכל העולם, המצוינים בכשרון ושאר רוח... להחזיר עטרה ליושנה ולהשתלם בתורת ארץ ישראל ובתחיית הקודש על אדמת הקודש." את ניסוח תוכנית הלימודים של הישיבה הטיל על תלמידו הרב דוד כהן. בתוכנית הלימודים, היו בנוסף ללימודים הישיבתיים המקובלים, לימודי תנ"ך, פילוסופיה, היסטוריה ולימודי מדעים (בוטניקה וביולוגיה), אולם לימודי החול לא יושמו בפועל. הרב יעקב משה חרל"פ שימש כראש הישיבה בפועל, עד לפטירתו בשנת תשי"ב.
בחיי הרב קוק הגיעה כמות התלמידים בישיבה לכשמונים תלמידים. הישיבה נוהלה על ידי הרב קוק באופן אבהי. לעיתים דאג הרב קוק לתלמידיו מבחינה חומרית בסיועה של אשתו, שלקחה על עצמה את הטיפול בחורים שבגרבי תלמידיו. הרב קוק עודד את בוגרי הישיבה לשמש כרבנים, כמורים וכאנשי ציבור, ואכן רבים מהם שימשו כרבנים בארץ ישראל ובחו"ל.

פעילות מעשית למען הישיבות

הרב קוק ראה בישיבות את הבסיס הרוחני של עם ישראל, ופעל ליסוד מוסדות חינוך תורניים ולמען החזקתן של ישיבות. בחורף 1924 יצא לארצות הברית בראש משלחת רבנים שבה השתתפו רבה של קובנה, הרב אברהם דוב כהנא שפירא, והרב משה מרדכי אפשטיין, ראש ישיבת סלובודקה, במטרה להשיג מימון למוסדות תורניים. הרב קוק התקבל בכבוד רב, ובין היתר קיבל אזרחות כבוד של העיר ניו יורק. הוא נפגש גם עם נשיא ארצות הברית קלווין קולידג' בבית הלבן.
ייסד את מכון "הלכה ברורה", העוסק בהעמדת הפסיקה ההלכתית מול מסקנות סוגיות התלמוד עליהן היא מבוססת, עבודה שהקדיש לה חלק ניכר מזמנו ושראה בה בניין התורה לדורות. בתרצ"ג ייסד בירושלים את מכון הארי פישל, למחקר מדעי של היהדות, ובמיוחד תורה שבעל פה, והעמיד בראשו את תלמידו הרב שאול ליברמן, שנחשב לאחד מגדולי חוקרי התלמוד וספרות התורה שבעל פה.

בפרעות תרפ"ט (1929) ובשאלת מעמדו של הכותל המערבי

כאיש ציבור הגיב הרב קוק למעשיהם והחלטותיהם של הבריטים, ונודע בעמידתו האיתנה מול ממשלת המנדט הבריטי בארץ ישראל.
ב-15 באוגוסט 1929, תשעה באב, נערכה תהלוכה גדולה של נוער בית"ר ליד הכותל המערבי, שנועדה למחות נגד שגרת ההתנכלויות של מוסלמים למתפללים היהודים ולהפגין ריבונות יהודית במקום. במוצאי הצום, התראיין הרב קוק לעיתון דואר היום. בראיון הביע את תודתו לנוער המפגין וקרא לפנות את שכונת המוגרבים שלמרגלות הכותל: "אי אפשר שהמקום הקדוש יהיה מוקף תמיד חצרות וסמטאות כל כך מלוכלכות ומכוערות, המשמשות קן לכל זוהמה ומחלה... עם ישראל צריך לעמוד על דרישה זו בכל הכובד המוסרי והמשפטי. כל זמן שהמצב העלוב הנוכחי לא יתוקן, תהיינה תסיסות, המוכרחות לבוא לעתים קרובות". גם בהזדמנויות נוספות הדגיש הרב שהדרישה היהודית היא להרחיב את רחבת התפילה שליד הכותל, וציפה שהמהלך יבוצע על ידי ממשלת המנדט תוך פיצוי התושבים.
בזמן מאורעות ה'תרפ"ט שהו רוב מנהיגי היישוב בקונגרס הציוני ה־16 שנערך בציריך. הרב קוק טלפן בשבת לממלא מקום הנציב העליון, הארי לוק, וכאשר הלה הציב עמדה מהססת בקשר לדיכוי הפורעים, ציווה עליו לירות ברוצחים בשם המצפון האנושי. במהלך הפוגרום שלח הרב טלגרף לראשי קהילות יהודיות ברחבי העולם והזהיר כי "היהדות הארצישראלית בסכנה". זמן קצר לאחר המאורעות בירושלים, מחה הרב באוזני המושל הצבאי לואי ג'ין בולס אשר נתן הסכמה למופתי לבצע עבודות בכותל המערבי ללא צורך ברשות מן היהודים. הוא הזהירו: "חלילה לשום יד לנגוע בכותל הקדוש מבלי הרשאתינו." מאז ניהל חלופת מכתבים ושיחות עם גורמים ביישוב ובשלטון בדבר מעמדו של המקום וקדושתו. כאשר באה אליו משלחת של ראשי המוסדות הציוניים כדי לשכנעו לוותר על הבעלות על הכותל ולהסתפק בזכות להתפלל במקום, אמר: "חלילה לנו! עם ישראל לא ייפה את כוחנו לוותר בשמו על הכותל המערבי! [...] אם חס ושלום נוותר על הכותל גם הקב"ה לא ירצה להחזירו לנו." בוועדת החקירה הבריטית אמר: "מלך אנגלי תרגם פעם את התהילים שלנו לאנגלית, ותחת שלטון אנגלי שרפו פורעים ספרי תהילים במקום הקדוש לנו ביותר."

רצח ארלוזורוב 1933

לאחר רצח חיים ארלוזורוב, ראש המחלקה המדינית של הסוכנות היהודית, שהיה מבאי ביתו, ולאחר שניתן פסק דין מוות כנגד אברהם סטבסקי יצא הרב קוק להגנת הנאשמים, ובראשם אבא אחימאיר, ראש תנועת ברית הבריונים. הרב קוק טען שאין ראיות ממשיות לכך שהם ביצעו את הרצח, ואסור להוציא להורג את סטבסקי, על סמך חשדות בלתי מבוססים. ועד פעולה להצלת הנאשם הוקם בביתו. הרב קוק ניצח על קמפיין ציבורי שנועד להציל את סטבסקי מהגרדום, ובו פרסם כרוזים, דירבן אישים שונים, ואף גייס את מנהיגי הגולה לתת יד להצלתו של סטבסקי. בתגובה לסופר ר' בנימין שתהה על כך שהרב קוק מסנגר על סטבסקי, כתב הרב קוק: "רק האמת בטהרתה היא המאירה את עיני ותומכת את לבבי, שאתן את כחי הדל להציל את הלקוח למות בלא שום יסוד לאשמתו, ואשר הנני חדור כולי בהכרה ברורה מטהרת המצפון שלי שהנאשם הוא נקי וצדיק וחף לגמרי מכל פשע וחשד של רצח".
התנגדותו הנחרצת לאווירת הלינץ' הציבורי עלתה לו בפופולריות שלו בקרב אנשי היישוב, וגרמה לחצי ביקורת רבים להשלח כנגדו, ואף לתייגו כשייך למחנה הימני. היו אף שכתבו כתובות נאצה על חומת ביתו בסגנון "אוי לדור שכהניו מחפים על רוצחיו". חיים נחמן ביאליק תיארו באותה תקופה כנידון למוות בצל הגרדום. מקורביו העריכו כי גלי ההתנגדות והביקורת, והשסע שנפער אל ציבור שכה אהב, קיצרו את ימיו. מספר חודשים לאחר שניתן פסק הדין המזכה את סטבסקי, בעת שהרב קוק חזר לירושלים מטקס שבו קיבל אזרחות כבוד של העיר תל אביב חש הרב קוק כאבים בבטנו, ומחלת הסרטן החלה לתת בו את אותותיה.

פטירתו

בסוף ימיו נאבק הרב קוק במחלת הסרטן. עצרות תפילה נערכו בקיץ תרצ"ה בירושלים והוכרז יום תפילה כלל־עולמי בכ"ד בתמוז. לשמו של הרב נוסף השם "יחזקיהו". הרב קוק נפטר בגיל שבעים, ביום ג' באלול ה'תרצ"ה (1 בספטמבר 1935), בפנסיון זלינגר בקריית משה (רחוב פיק 8), ונקבר בהר הזיתים בירושלים.

צאצאיו

הרב קוק שכל את בנותיו רוחמה טויבא ואסתר יעל בצעירותן. השאיר אחריו בן: הרב צבי יהודה קוק, יורשו הרוחני וממשיך דרכו הבולט, ושתי בנות: פרידה חנה (מנישואיו הראשונים) - אשת גיסו ישראל שמעון רבינוביץ' תאומים, ובתיה מרים - אשת הרב שלום נתן רענן.

יצירתו והגותו

אף שמבחינה הלכתית נחשב לשמרן, מבחינה מחשבתית הוא נחשב להוגה דעות מקורי והוא ינק את השקפותיו מספרות ישראל לדורותיה ומעולם המחשבה הכללי, ומיזג את התנ"ך, התלמוד, מחשבת ישראל והקבלה (במיוחד של האר"י והרמח"ל), עם התפיסות החדשניות של העולם הפילוסופי והמדעי של תקופתו, לכלל תורה רוחנית אחת. במידה מסוימת הלך לאור שיטתו ותורתו של המהר"ל מפראג, ממנו ידע לצטט פרקים שלמים בעל פה.
לימים סיפר עליו הרב שלמה זלמן אוירבך שהרב ידע לצטט בעל פה את כל ספר הזוהר, ונאמר עליו שלמד כל יום שישים דפי גמרא ופעם לחודש את כל התנ"ך.

רבים ממי שפגשו בו מתארים אישיות קורנת ואצילית. תלמידו הרב יעקב משה חרל"פ תיאר את פגישתו הראשונה: 
"הימים לפני חג שבועות תרס"ד ירדתי ליפו כמצוות הרופאים עלי, כדי לטבול בים. בשבועות שחל ביום השישי, התפללתי בבית הכנסת "שערי תורה", בן כ"א שנים הייתי אז, והנה שמעתי כיצד הרב אומר "אקדמות" לפני הקהל ברטט ובבכיה, ונזדעזעתי עד יסוד נפשי. מאותה שעה ואילך דבקתי ברב באהבה עזה, והייתי לתלמידו וחסידו לעולם"
— אפרים צורף, חיי הרב קוק, ירושלים תש"ז, עמ' 119

תלמיד אחר, הרב דוד כהן, "הנזיר", שלימים ערך את ספרי "אורות הקודש", מתאר גם הוא את מפגשו הראשון עם הרב: 
"אחרי טבילה במימי הריין, מצויד ב"שערי קדושה", מלא ספק וחכיון, עשיתי את דרכי להרב. בערב ראש חודש אלול באתי אליו. מצאתיו עסוק בהלכה עם בנו. נסבה שיחה על חכמה יונית וספרותה, שלא סיפקה עוד נפש היודעה ממקורותיה הראשונים. נשארתי ללון אצלם. על משכבי לא שכב לבי, גורל חיי היו על כפות המאזניים. והנה בוקר השכם ואשמע קול צעדים הנה והנה, בברכות השחר, תפילת העקדה בשיר וניגון עליון, משמי שמי קדם, וזכר לנו אהבת הקדמונים. ואקשיב והנה נהפכתי והייתי לאיש אחר. אחר התפילה, מהרתי לבשר במכתב כי יותר מאשר פללתי - מצאתי. מצאתי לי רב".
— מבוא לאורות הקודש
לקראת יום הולדתו השבעים תכננו ידידיו ומעריציו לחגוג את יובל השבעים, אך הוא פנה אליהם מעל דפי העיתונות ואמר שתהיה לו קורת רוח אם לא יעשו עניין מיום זה. ביום מותו ביקש מתלמידיו שלא יכתבו עליו שום תארים נוספים מלבד התואר "הרב", וכך היה
הגותו של הראי"ה קוק, נחשבת בעיני מספר חוקרים, דיאלקטית, ולעיתים מתפרשת באופנים מנוגדים. כתיבתו עוסקת בין היתר באלוהות, בריאה, טבע האדם, מהלך ההיסטוריה, התחדשות הנבואה, ציונות, משיחיות ופוליטיקה.

יחסו לציונות ולמודרנה

בהתייחס לאמירתו המפורסמת של החת"ם סופר ביחס למודרנה "חדש אסור מן התורה", טבע הרב קוק את הביטוי "הישן יתחדש, והחדש יתקדש". כך למשל לא ראה כל בעיה בקבלת תורת האבולוציה, ואף הכריז שהיא עולה בקנה אחד עם מושגים קדומים המופיעים בתורת הקבלה. רוב כתביו לא נכתבו באופן מאורגן ושיטתי, אלא בכתיבה ספונטנית ושוטפת. בנו הרב צבי יהודה ותלמידו הרב הנזיר סידרו פסקאות מכתביו בספרים לפי נושאים.
הרב קוק היה למעשה האידאולוג הדתי והתאולוג של הציונות, שראה בה פעמי משיח ותחילת הגאולה, ועודד את מפעליה. לאחר מותו של הרצל נשא הרב קוק הספד בשם "המספד בירושלים", בהספד זה, שבו שמו של הרצל אינו נזכר, הוא עוסק במשיח בן יוסף. כשסמוך למותו שאלוהו מדוע הוא מתעקש להיות ציוני, השיב שגם הקב"ה ציוני, כפי שכתוב "כי בחר ה' בציון, איוה למושב לו" (תהילים קל"ב).
אף שחרד מנטייתם של צעירי הציונות לחילוניות ולעזיבת הדת, ביטא אהבה רבה כלפיהם. בספריו אף ציין שיש יתרונות במעמד הנפשי לציבור החילוני של דורו על פני הציבור הדתי בדורות הקודמים ביחסם אל כלל ישראל. הוא סבר כי "הנפש של פושעי ישראל שבעקבתא דמשיחא, אותם שהם מתחברים באהבה אל ענייני כלל ישראל לארץ ישראל ולתחיית האומה, היא יותר מתוקנת מהנפש של שלמי אמוני ישראל, שאין להם זה היתרון של ההרגשה העצמית לטובת הכלל ובנין האומה והארץ. אבל הרוח הוא מתוקן הרבה יותר אצל יראי ה' ושומרי תורה ומצוות, אף על פי שההרגשה העצמית וההתעוררות של כח פעולה בענייני כלל ישראל עדיין אמיצות אצלם, כמו מה שהם אצל אלה שרוח עוועים אשר בתוכם מעכר את לבם עד כדי להתקשר בדעות זרות ובמעשים המטמאים את הגוף ומונעים את הרוח מלהיתקן, וממילא סובלת גם הנפש מפגמיהם."
בתקופות שונות של חייו, יזם מספר מסעות של רבנים למושבות ולקיבוצים בעמק יזרעאל, בגליל ובשפלת החוף, וצירף אליהם רבנים מהיישוב הישן שהתנגדו לציונות, כדי לגשר על הפערים ולהדק את הקשר עם החלוצים, הן במטרה להקשיב להלך רוחם ולשמוע על מצבם, והן במטרה לחזקם מורלית ורוחנית ולהשפיע עליהם יהדות.
בעקבות השתדלות תלמידו, הרב משה צבי נריה, ניאות הרב קוק לתמוך ולעודד את תנועת הנוער הדתי לאומי בני עקיבא, ונחשב כמורה דרכה הרוחני. הוא כתב אגרות לכינוסיה השונים של התנועה ואף אירח מפגשי מדריכים בביתו.

היחס לטבע ולעולם

עניין מרכזי בהגותו הוא היחס החיובי כלפי הטבע והעולם. הוא סבר כי יש לאהוב את היופי של הטבע ולהכיר בחידושי המדע ובתהפוכות ההיסטוריה, כחלק ממכלול הבריאה. מאחורי כל הפרטים במציאות עומד כוח מאחד, שהוא האלוהות. גם "אהבת ישראל" נובעת מתוך אמונה שעם ישראל חשוב לאנושות ולעולם כולו. הוא קרא ל"אהבת כל המעשים":
אַהֲבַת כָּל הַמַּעֲשִׂים כֻּלָּם - הִיא קוֹדֶמֶת לַכֹּל.

אחר כך אַהֲבַת כָּל הָאָדָם,

אַחֲרֶיהָ אַהֲבַת יִשְׂרָאֵל - שֶׁהִיא כּוֹלֶלֶת הַכֹּל, שֶׁעֲתִידִין יִשְׂרָאֵל לְתַקֵּן אֶת כָּל הַמַּעֲשִׂים כֻּלָּם.

וְכָל אֲהָבוֹת אֵלֶּה הֵם אֲהָבוֹת מַעֲשִׂיוֹת, לֶאֱהֹב אוֹתָם, לַעֲשׂוֹת לָהֶם טוֹבָה, וְלִגְרֹם לָהֶם עִלּוּי.

וְנַעֲלָה עַל כֻּלָּן אַהֲבַת ד' (= אהבת השם), שֶׁהִיא אַהֲבָה שבְּפוֹעֲל אֵינָהּ גּוֹרֶרֶת בְּעֲצְמוּתָה שׁוּם דָּבָר, כִּי־אִם מָה שֶׁהַלֵּב מָלֵא מִמֶנָה.

זֶה הוּא הָאֹשֶׁר הַיּוֹתֵר נִשְׂגָּב.
הוא ראה את החיים הטבעיים כחלק ממצוות התשובה, ובכך כלל הן את הבריאות הגופנית והתעמלות הגוף, והן את הבניין הלאומי, ובמסגרתו את החזרה לארץ ישראל, בניין מוסדות ממלכתיים ופיתוח החקלאות. הוא ראה בחיוב גם את פיתוח המדע מתוך התאמה עם התורה, קרא ליחס מכבד לאוכלוסייה הערבית, וגם את הכפירה ראה כתחילתה של מהפכה דתית נדרשת.
בנושא היחס ההדדי בין התורה לבין "הרגשות הגשמיים" כתב הרב קוק: "האדם הישר צריך להאמין בחייו. כלומר שיאמין בחיי עצמו והרגשותיו ההולכות בדרך ישרה מיסוד נפשו, שהם טובים וישרים ושהם מוליכים בדרך ישרה. התורה צריכה שתהיה נר לרגלו, שעל ידה יראה את המקום ששם הטעות עלולה, שלפעמים תתע הנפש בתוהו לא דרך".

מציאת החיוב והכוח המאחד

הרב קוק מעלה על נס את המאבק על דרך החיוב. במקום לשלול ולחפש ליקויים ופגמים יש לנקוט עשייה חיובית ומועילה. במקום לחבוט בסוטים מדרך הישר, יש למצוא מסילות ללבם בדברי כיבושין. כך יתרצו, וכבודם לא יינזק, כי כבודם חביב עליהם כפי שחביב על האחרים כבודם שלהם. האדם והציבור נתבעים לעשייה, ולא לשלילה של האדם או הציבור האחר.
אמנם לשיטת הרב קוק ישנה אמת אבסולוטית, אבל בכל דעה כמעט יש גם משהו אמיתי. על מנת להגיע לאמת המוחלטת יש לאחד את כל השיטות ולתת לכל אחת מהן את מקומה. גם בכפירה ישנו חיוב, משום שהיא שוללת את התפיסה האלילית המוטעית את האל; וגם באלילות יש גרעין של אמת שהוא הרצון לקרבה לאל, אלא שהיא מעוותת ומגשימה את האל.
בכמה מקומות הוא מונה שלושה כוחות מרכזיים בימינו: ההומניזם (אנושיות בלשונו), הלאומיות והדת (או הקודש). שלושתם נאבקים זה בזה, וגם בכך יש משהו מן החיוב, משום שבאופן זה הם מונעים התפשטות יתר של אחת השיטות ללא בקרה, מצב שעלול להביא לקיצוניות ולהרס. על כל אחת מהשיטות ללמוד להבין שגם לשתי האחרות ישנה חשיבות. לשיטה האידיאלית שמאחדת את כל השלוש הוא קורא "הקודש העליון". בכל מתח הגותי יש למצוא את החיוב שבצדדים המתעמתים ולגרום להם להבין שהם זקוקים זה לזה ונבנים זה מזה.
הדברים באים לידי ביטוי בציטוט מפורסם מדבריו:
"הצדיקים הטהורים אינם קובלים על הרשעה אלא מוסיפים צדק,

אינם קובלים על הכפירה אלא מוסיפים אמונה,

אינם קובלים על הבערות אלא מוסיפים חוכמה."
— ערפלי טוהר

הרב קוק קרא שלא להפריז ב"דבקות" בצדיק, והציע להחליפה בדבקות בנשמת כלל ישראל, שלה לדבריו אין מגרעות כלל: 
"אשריהם ישראל שהם דבקים בנשמת האומה, שהיא טוב מוחלט, לשאוב על ידה אור ד׳ הטוב."
— אורות ישראל פרק ג' פסקה ג'

הלכה

חלק ניכר בכתביו תופס הפן ההלכתי. עוד בחייו הוציא הרב קוק כמה מספריו ההלכתיים: הספר חבש פאר על ענייני תפילין, עץ הדר בעניין פסול אתרוגים מורכבים והספר שבת הארץ על ענייני שביעית והיתר מכירה. לאחר מותו הוציא בנו הרצי"ה קוק את ספרי השו"ת שלו אורח משפט, משפט כהן, דעת כהן ועזרת כהן שבו מקובצות מרבית תשובתיו ההלכתיות.

תורת ארץ ישראל

הרב קוק פיתח בהרחבה את הנושא של ייחודיותה של תורת ארץ ישראל, וקרא לשוב אל שיטת הלימוד הארץ־ישראלית המקורית. חידושו העיקרי בנושא הוא שהייחודיות של תורת ארץ ישראל היא בכך שבארץ ההלכה מושפעת מתחומים שונים שהם חוץ־הלכתיים, ובפרט מן הנבואה, האגדה ותורת הקבלה, וכתוצאה מכך בלימוד התורה בארץ ישראל ניתן להגיע לחקר האמת בלא צורך בפלפול מרובה.
הרב קוק גם קבע שיישוב ארץ ישראל בפועל, הוא יעד שיש לשאוף אליו. קניית אדמות, עליה מהגלות, חקלאות, וקיום המצוות התלויות בארץ: לקט שכחה ופאה, תרומות ומעשרות, דיני כלאיים ושמירת השמיטה. במקרים שבהם הייתה התנגשות בין יישוב הארץ ובין קיום המצווה, חיפש דרכים הלכתיות על פיהן ניתן להקל, כך תמך בחידוש "היתר המכירה" של חובבי ציון, משתי שמיטות קודמות לו.

יחס קבלה והלכה ואופי פסיקתו

הרב קוק, לבד שהיה איש הגות, שמש גם כפוסק וכתב מאות תשובות הלכתיות. מרבית תשובתיו ההלכתיות פורסמו בספרי השו"ת אורח משפט, משפט כהן, דעת כהן ועזרת כהן. חלק מהחוקרים סוברים שעל אף שהגותו חדשנית ביותר, הרב קוק לא שילב אותה בפסיקותיו.
לעומתם, אבינועם רוזנק סבור ששורש החומרות הרבות המצויות בפסיקותיו הוא ברעיונות החדשניים שבהגותו. חגי בן ארצי סבור שיש להבחין בפסיקות הרב קוק בין תקופת יפו לתקופת ירושלים: בראשונה הרב פוסק באופן חדשני ביותר (למשל בהקלתו בפולמוס שמן השומשומין, בהיתר המכירה בשנת השמיטה ובפולמוס האתרוגים המורכבים) ובשנייה, הרב עובר לפסיקה שמרנית בהרבה (בהחמרתו באיסור הצבעת נשים, בנושא חליבה בשבת, ובהחמרתו בהלכות גיור ואיסורו לנתוחי גופות יהודים במסגרת לימודי רפואה).
פרופ' נריה גוטל אמר שהרב קוק מנמק את פסיקותיו גם בדברי קבלה ואגדה, דבר שאינו מקובל ברוב ספרי השו"ת האשכנזיים הקלאסיים, אך מצוי בפסיקות חכמי אשכנז הקדמונים וחכמי עדות המזרח. כך למשל הזכיר את פסיקת הרב קוק שיש להשתמש בגופות גויים לצורך לימוד רפואה, שאותה נימק גם בכך שהגוף היהודי הוא קדוש.
הרב קוק למד ספרי קבלה וחסידות וכתב בשבחם, אבל בישיבתו לא לימד כתבים אלה.

פלפול

הרב שלמה יוסף זווין הסביר את גישתו ההלכתית של הרב קוק בספריו ובכתביו. הוא מציין שהרב קוק נמנע מלבסס הסברים על שיטת ה"לשיטתו", כשהוא רואה בה פן של פלפול שאינו הכרחי; אולם לא נמנע, לאחר שהסביר שיטה, לציין שהסבר זה תואם את שיטתו של אומרה במקום אחר.
עם זאת ניכר בהרבה מקורות בכתביו, כי הרב קוק התייחס בחיוב ובסנגוריה לצורת לימוד זו. הוא מנתח את הסיבה להתנגדות שצורת לימוד זו עוררה בעבר, ואת הנימוקים ללגיטימיות שיש לה כיום. הרב קוק טוען שללימוד זה יש צד אסתטי, והוא עשוי לעורר לאהבת תורה. אמנם הוא מגביל ותוחם אותו בתנאים אחדים, כמו לא לערבב הלכה ואגדה, ולאפשרו לאנשים שכבר יש להם ידיעות מעמיקות בלימוד.

מנהג

באופן כללי גישתו של הרב קוק למנהגים מהווה שיטה קלאסית בקרב האורתודוקסיה המודרנית. גישתו כללה התייחסות בכובד ראש למנהגים, כשלעיתים הוא רואה חשיבות עצומה בקיים המנהגים ממש כדין תורה. גישתו המעניינת היא ביחס לדין המנהג ועניין "לא תתגודדו".

פילוסופיה וקבלה בהגותו

הוגה הדעות הלל צייטלין מציב את הרב קוק ברצף אחד עם גדולי הקבלה: האר"י, הבעל שם טוב, ובעל התניא. לדבריו הרב קוק הסתמך רבות על הקבלה הבעש"טנית, יותר ממה שמיוחס לו. הוא כותב:
בא הרב קוק וגילה בקבלה את נשמת הרבים, את מאורעותיה, סכנותיה, ירידותיה, הצלותיה, גאולותיה, צירופיה וזכוכיה, עליותיה ושגשוגיה של הנשמה ההיא, כלומר של כללות נשמת ישראל, והסתכל אף בנשמתו של היחיד רק מתוך האספקלריה של נשמת הרבים. החב"ד מסתכל בנשמתו של אחד מישראל ומשם הוא מביט בשכינה; הרב קוק מביט בשכינה, בכנסת ישראל, כלומר בשורש השרשים של נשמות ישראל, ומשם הוא מסתכל בנשמתו של היחיד.
— במאמרו "הקו היסודי בקבלה של הרב קוק ז"ל"
היו חוקרים (כגון בנימין איש שלום) שטענו שאף שלקבלה מקום מרכזי בתפיסת עולמו של הרב קוק, הוא אינו צמוד לעולם המושגים שלה, אלא משתמש בה לצורכי הגותו־הוא באמצעות נתינת משמעות מחודשת לסמליה. כנגדם יצאו חוקרי קבלה, ובראשם יוסף אביב"י, שטענו כי עולמו הרוחני של הרב קוק נטוע עמוק בחיק הקבלה, וכי ניתן להראות במקומות רבים שבהם נראה שהוא כותב הגות בלבד, שאין זה אלא תרגום לשפה מודרנית של תכנים קבליים, על פי פרשנותו הייחודית של הרב קוק.
הרב קוק בחר שלא לציין את מקורותיו בפירוש, אולם ציין שהרבה להסתמך על כתבי האר"י. מעבר לכך, מקורותיו מגוונים, ובהם הזוהר, עץ חיים, ספרי החסידות, רבי יהודה הלוי, רמב"ם, ספרי מהר"ל מפראג, ספרי רמח"ל, הגאון מווילנה, רבי יצחק אייזיק חבר, וכן פילוסופיה יוונית ומודרנית.
בהגותו ניכרת גם השפעתם של פילוסופים מודרניים של העת החדשה. באחד ממכתביו של בנו הרב צבי יהודה, כותב הבן שמאמרו של אביו, "דעת אלוקים", מבוסס לדעתו על גישתו של הפילוסוף הרמן כהן. למעשה, רבים ממושגיו של שפינוזה מצויים הן במאמר זה והן במקומות רבים נוספים בהגות הרב קוק. השפעה מיוחדת ישנה להגותו של הגל (אולי בתיווכה של משנת ר' נחמן קרוכמל) על מחשבת הרב קוק. הדבר ניכר במאמרו "למהלך האידיאות בישראל" (בספרו "אורות"), שבו הוא משתמש במושגי האידאות במובנן ההגלייני, לשם הסברת ההיסטוריה היהודית. עוד ניכרת, במיוחד, הגותו של שלינג, בייחוד בכל הקשור לשילוב אחדות וריבוי. מלבד זאת ישנה זיקה הגותית, הן בדרך של השפעה והן ביקורתית, לכתביהם של קאנט, שופנהאואר, ניטשה, אנרי ברגסון, כמו גם ביחס לבודהיזם, וכן לתגליות מדעיות בעלות משמעות פילוסופית (דוגמת האבולוציה וגיל העולם).
הרב קוק הסתייג מתורת ההשכלה, אך לא התנגד לשימוש בכלים מדעיים־ביקורתיים בלימוד התורה, כאשר הדבר נעשה בידי בני תורה המתאימים לכך, ולא כעיקר הלימוד.

תשובה וגאולה

התשובה במשנת הרב קוק תופסת מקום מרכזי. אחד הכתבים הבודדים שיצאו לאור בחייו הוא הספר "אורות התשובה". בספר זה הוא מברר את התהליכים הגורמים ומניעים לתשובה, ואת מטרותיה, ומחדש את רעיון התשובה לאו דווקא כשיבה מחטא מסוים וכחזרה בתשובה פשוטה, אלא כתהליך התקדמות כללי של המציאות, זאת בהתבסס על ספרות הסוד של היהדות.
התשובה במשנתו אינה שייכת ליחידים בלבד אלא כוללת גם חזרה בתשובה של ציבור, תהליכים מדיניים, חברתיים ומדעיים. ובעיקר שיבת עם ישראל לארצו וגאולתו הלאומית הן חזרה בתשובה. הגאולה המצופה אינה נוגעת רק בעם ישראל ושיבתו לארצו, אלא כוללת גם עליה של כלל האנושות למדרגה מוסרית גבוהה יותר. ייתכן גם מצב שבו קודם העם חוזר לארצו ואחר כך חוזר אל התשובה הפרטית, הכוללת גם את קיום ההלכה במלואה.

התפתחות והתקדמות העולם

לפי תפיסתו, תורת האבולוציה הדרוויניסטית מורה על כך שהעולם מתקדם ומתפתח. לדעתו תהליכים אלו קורים גם בתחום המוסרי, כגון בהתקדמות ההיסטורית לקראת הגאולה.
הרב קוק הבין על פי הקבלה, שעם בוא הגאולה המלאה, תהיה התקדמות של כל החיים. ב'חזון הצמחונות והשלום' הוא מתאר את התקדמות הטבע כולו, כאשר כל רמת חיים עולה ומתקדמת. האדם יהיה ליותר מאשר הוא כיום, וכך הצמחים והבהמות, ומתוך כך, תיאסר אכילת הבשר. הוא ראה גם התפתחות של המדעים להבנה מלאה של היקום, המתיישרת עם המוסר, מתוך ידיעה והשתתפות, ולא מתוך התנשאות וכוחנות. הוא כלל בכך את מדעי הנפש, הטבע והחיים, וכן את היצירה האנושית והאמנות.

תומכיו

אישיותו של הרב קוק וידיעותיו בתורה זכו להערכה רבה אצל הרבנים מרוב הזרמים השונים, חובבי ציון וחרדים. חליפת האגרות והמכתבים בינו לבין רבנים גדולי ישראל, וכן התבטאויות של רבנים שונים, מבטאות כבוד רב כלפי הרב קוק, הגם שפעמים רבות לא הסכימו עם דרכו ושיטתו.
בין מחליפי המכתבים עמו (מהם שהתנגדו לשיטתו והשקפתו ואף בחריפות אך ראו בו אחד מהגדולים): הרב אברהם ישעיה קרליץ (ה"חזון איש"), הרב חיים עוזר גרודזינסקי, הרב נפתלי צבי יהודה ברלין, הרב חיים סולובייצ'יק, בנו הרב יצחק זאב סולובייצ'יק, האדמו"ר מגור רבי אברהם מרדכי אלטר, הרב איסר זלמן מלצר, הרב שמשון אהרון פולנסקי, הרב יוסף חיים זוננפלד, האדמו"ר מליובאוויטש הרב יוסף יצחק שניאורסון, הרב אהרון קוטלר, הרב נתן צבי פינקל, הרב ירוחם ליבוביץ, הרב ברוך בר ליבוביץ, הרב יהודה מאיר שפירא ועוד רבים.
החפץ חיים שמע בזמן הכנסייה הגדולה הראשונה שהתקיימה בווינה בשנת תרפ"ג דברי פגיעה ברב קוק, ואז הגיב החפץ חיים: "הערענדיג אזעלכע ווערטער דארף מען קריעה רייסען!" (תרגום מיידיש: לשמע דברים כאלו יש לקרוע קריעה!). כמו כן סירב ללחוץ את ידיהם של בני המשלחת הירושלמית ואמר להם: "לאלה שעושים מחלוקת נגד רבה של ירושלים איני נותן שלום!" והוסיף: "דעו לכם כי הוא קדוש וטהור, וכל הנוגע בו לא יינקה."
הרב מלצר אמר לרב גרודז'ינסקי בביקור אצלו בהתייחסו לרב קוק: "אנו גדולים עד בריח הדלת שלו" ובהספד על הרב קוק אמר: "יחיד הדור בגאונות, יחיד הדור בצדקות, יחיד הדור בחסידות."
הרב שלמה אליעזר אלפנדרי, על אף התנגדותו החריפה לציונות, חלק כבוד לרב קוק והעריכו כאחד מגדולי הדור. כשביקר הרב קוק בצפת בכסלו תרפ"ד שלח לו הרב אלפנדרי מכתב ברכה ואירחו בביתו "בכבוד גדול ובחביבות מרובה". במכתב מו' בשבט תרפ"ד לרב יעקב משה חרל"פ, מגדולי תלמידי הרב קוק, הביע הרב אלפנדרי את מחאתו החריפה נגד מי שפגע בכבודו של הרב קוק: "הגיע לאוזני מפי עדים נאמנים ש... פער פיו מבלי חוק ושחץ עם הרב והתבטא בביטולים כלפי הרבי קוק וגדף מערכות ישראל אלופי ישורון. תאלמנה שפתי שקר הדוברות על צדיק עתק." הרב אלפנדרי ביקש את הערותיו של הרב קוק על חיבור שחיבר וקיבל את השגותיו.
הרב שלמה אלישיב אמר לרב אריה לוין על הרב קוק שהוא "כליל השלמות: שלמות בגאונות, שלמות בצדקות, שלמות במחשבה ושלמות בהנהגה".
הרב יצחק הוטנר, שהיה תלמידו, אמר עליו: "הרב היה בקי בכל התורה כולה, בבלי וירושלמי, נגלה ונסתר, ממש כל רז לא אניס ליה בכל חלק מחלקי התורה!." והוסיף: "הרב היה גדול בתורה, ביראה ובחסידות, מכל אשר חלקו עליו." רבו, "הסבא מסלבודקה" אמר לו על הרב קוק: "הרב קוק לא למד בישיבות המוסר, אך הוא הצורה של המוסר."
גם חלק מהרבנים מתנגדי הציונות הכתירוהו בתוארי כבוד במכתביהם אליו. הרב זליג ראובן בנגיס כתב לרב קוק, אותו הכיר מישיבת וולוז'ין: "הרב הגאון האדיר, תפארת ישראל... הכהן הגדול מאחיו..." הרב יצחק זאב סולובייצ'יק מבריסק כתב: "הרב הגאון הגדול המפורסם, תפארת ישראל..." ובמכתב אחר מכנה את הרב קוק "פאר הדור". הרב ירוחם ליבוביץ כתב: "לכבוד הרב הגאון המפורסם בכל קצוי תבל, סיני ועוקר הרים, צדיק וחסיד, כליל המעלות והטוהר, רשכבה"ג ומרא דארעא דישראל, אדמו"ר הגאון א"י הכהן קוק שליט"א." הרב ברוך בר ליבוביץ כתב: "כבוד הגאון האמתי, נר ישראל, עמוד הימיני כקש"ת." הרב אהרן קוטלר כתב: "מעלת כבוד הגאון הגדול המפורסם בכל קצוי הארץ, פאר הדור, עמוד הימיני, פטיש החזק, מעוז ומגדול לתורה ולדת..." הרב יהודה מאיר שפירא מלובלין כתב: "חכימא דיהודאי, רב האי גאון ודגול מרבבות קודש, שר התורה ופאר הדור, מרא דארעא דישראל", כשבתוכן המכתב מבקש מהרב קוק להאציל מברכתו של הישיבה שפותח.
החזון איש פנה אליו בפנייה 'הוד כבוד מרן שליט"א', תואר שבו השתמש החזון איש, מלבד ביחס לרב קוק, רק לגדולים ביותר בעיניו: הרב איסר זלמן מלצר, הרב חיים עוזר גרודז'ינסקי, הרב יצחק זאב סולובייצ'יק והרב אלחנן וסרמן. בהנחת אבן הפינה לישיבת בית יוסף בבני ברק עמד החזון איש במשך כל נאום הברכה של הרב קוק, כבוד שלא נתן לגדולי תורה אחרים שדיברו שם. לשואלים מדוע לא ישב, הוא ענה: "די תורה שטייט!" (מיידיש: "התורה עומדת!").
הרב שלמה זלמן אוירבך שהכיר את הרב קוק בצעירותו אמר עליו לרב משה צבי נריה שהיה מתלמידי הרב קוק: "הרב היה גאון מופלא וקדוש עליון". בהזדמנות אחרת אמר לרב נריה: "הרב היה גדול בכל, איש האשכולות. מאיזה צד שהיית מתבונן בו, היית רואה את גדולתו, את יחידותו. גאון ששלט בכל מכמני התורה, בנגלה ובנסתר, צדיק בכל דרכיו ובכל מעשיו, בדקדוקי מצוות ובמעלות המידות, בשקידת הלימוד ובמעשי החסד." ועוד אמר על הרב קוק: "לא היו גדולים כמוהו בדורו. זו הייתה גדלות מיוחדת. הרב היה גדול לא רק בדורו אלא בדורות!" הרב קוק היה הרב שערך את חופתו של הרב אוירבך בחתונתו. כמו כן סיפר בנו, כשהיה אומר אביו "הרב" ללא הוספת שם, כוונתו הייתה לרב קוק. גם הרב יעקב רקובסקי העיד על כך, וסיפר שכך אמר לו רבי שלמה זלמן: "ר' יעקב, אם אני אומר לך 'דער רב', 'הרב', תדע לך שזה הרב קוק, זה הרב שלנו, זה הרב שלי" הוא אמר: "יש את ר' צבי פסח פרנק, כל אחד עם גדלותו הוא, אבל כשאני אומר הרב, הרב אני לא אומר לאף אחד, הרב שלי זה הרב קוק."
בדין תורה שנערך בפני הרב יוסף שלום אלישיב בין הרב יוסף בוקסבוים, ראש מכון ירושלים, לבין אדם שלא רצה להכניס ל"אוצר מפרשי התלמוד" שבהוצאת המכון דברים של הרב קוק ובגלל זה פוטר על ידי הרב בוקסבוים, הצדיק הרב אלישיב את הפיטורים ותמה מדוע לא להכניס דברי תורה של הרב קוק לקובץ, הרי "הרב היה קדוש!" במקרה אחר אמר הרב אלישיב על הרב קוק "הוא היה גאון וצדיק ראשו בשמים, די גרעסטע פון אלע."
הרב יוסף משאש מחשובי רבני מרוקו, מכנה אותו "תפארת ישראל", מצדד בהקמת ישיבת מרכז הרב, וכותב כי הוא גער במתנגדיו באופן חריף.
הרב עובדיה יוסף, בצטטו את הרב יהודה צדקה, אמר: "הרב קוק היה מלאך ה' צבאות".
גם רבני יהדות תימן ראו בו את גדול הרבנים בארץ ישראל. הם ביקשו את הסכמתו על הספר "אמונת ה'", תוך שהם מתארים אותו בתוארי כבוד מרשימים יותר משאר הרבנים שם: "רבנו הכהן הגדול, נר ישראל וקדושו, גדול הדור ונזרו מרן אברהם יצחק הכהן קוק זצוק"ל וכו'". הרב הראשי ליהדות תימן, הרב שלום יצחק הלוי כינה אותו "רבינו מריה דארעא דישראל". גם הרב מרדכי שרעבי סבר שדרכו של הרב קוק עדיפה על פני דרכו של הרב זוננפלד.
רבים מראשי היישוב ואנשי רוח והגות כברל כצנלסון, ברנר, ובמיוחד א"ד גורדון, אז"ר, ביאליק ועגנון כיבדוהו ושמרו על קשר אתו. הצייר נחום גוטמן מספר כי ברנר פסע אחר הרב קוק ביפו כשהוא מהלך בדיוק בתוך עקבותיו של הרב קוק. סיפור זה מופיע גם אצל עגנון.

מתנגדיו

רבנים במחנה החרדי, ובהם החזון איש והרב יצחק זאב סולובייצ'יק מבריסק, התנגדו לשיטתו הציונית של הרב קוק, אך העריכו את אישיותו וגדלותו בתורה.
במחנה "העדה החרדית" היו שהתנגדו לו בחריפות בשל דעותיו והתחברותו, לדעתם, לרשעים. חוגים אלו החרימו אותו ואת כתביו והוציאו נגדו קונטרסים ופשקווילים ובהם גידופים ושמות גנאי. הרב גלזר, רבה לשעבר של רמלה, סיפר כי היו בשכונת מאה שערים שצעקו לו "אפיקורס" מאחורי תריסים מוגפים, כאשר הלך ברחוב. קבוצה של קיצונים מהיישוב הישן עשו בל"ג בעומר באחת השנים, בובה בדמותו והעלוה באש. יעקב ישראל דה האן שהיה מהעסקנים הבולטים בעדה החרדית ארגן תביעה משפטית כנגד הרב קוק בראשית ימי המנדט הבריטי.
הרב אלחנן וסרמן, שנמנה עם הפלג הקנאי באגודת ישראל, כתב: "ידוע כי העומד בראש הרבנות הראשית כותב וחותם קול קורא לעורר היהודים לתת כסף לקרן היסוד, וידוע גם כן כי כספי קרן היסוד הולכים לגדל כופרים להכעיס, ואם כן המעורר לתמוך בקרן זה הוא מחטיא את הרבים במדרגה היותר נוראה... ואם רואים אנו שהוא מהלל רשעים יודעים אנו שזהו רשע גמור באופן שהדבר ברור שאסור להתחבר לאיש כזה. ולולא שאינני כדאי הייתי אומר כי המחזיק בהצעה זאת (לחבר את העדה החרדית עם הרבנות הראשית) ראוי לנדותו." (קובץ מאמרים ח"א עמוד קנ"ג)
רבנים בהונגריה רבתי מלפני השואה יצאו נגדו בקיצוניות. הרב שאול בראך כתב עליו: "הוא מסית ומדיח כירבעם בן נבט. לא רציתי להזכיר שמו המרומז בישעיה' כ"ח ח' [כי כל שלחנות מלאו קיא; ר"ת קוק יצחק אברהם] דקרובים דרכיו לאותו האיש... ויש תקוה שגם הוא יתנצר אם יפסק שפע הציוניסטין ממנו... ואין צריך התבוננות שכל מי שמאמין בתורת משה ירחק ממנו וכל אשר יכבד אותו הוא ממש כמשתחווה לע"ז. ואם ימצא באה"ק איש אשר ינהג בו כבוד מחמת הדחק הגדול השורר שם ולו נתנו עגלי זהב מהציונים יזהרו כל החרדים לא להתחבר עם איש כזה הנוהג בו כבוד." לאחר המלחמה המשיך בכך האדמו"ר יואל טייטלבוים ממסאטמר, שקרא לו "איש צר ואויב לדת תורתינו הקדושה ולעיקרי האמונה דרך קשתו כאויב להפר ברית עולם, הנקוב בשם אברהם יצחק קוק... ומבלעדי זאת הוסיף פשעים על פשעים, להדפיס בספריו הטמאים, גלויים וידועים, דברי מינות וכפירה, בעזות מצח וחוצפה יתירה, את ה' הוא מגדף ביד רמה, אשר לא נראה ולא נשמע כזאת מימים ימימה."
הרב יעקב חיים סופר, בעל כף החיים, חתם עם כמה חכמים מעדות המזרח שלא לקרוא בספר אורות.
אחת השיטות שמתנגדיו נוקטים במלחמתם נגדו היא התנכלות לספריו ולכל ספר תורני אחר ששמו ותורתו מוזכרים בהם. בגין כך מצנזרים חלק מהמחברים והמו"לים את אזכוריו, ולעיתים גם צאצאי תלמידיו מסתירים את הקשר של אבותיהם לרב קוק
מנהיגי תנועת המזרחי העריכו אותו הערכה רבה, אולם במספר מקרים התנגדו לפעולותיו או להשקפת עולמו האקטיביסטית מדי לטעמם. הרב קוק לא הצטרף רשמית למזרחי וטען שהמזרחי צריך להילחם על כך שהציונות תאמץ קו דתי־מסורתי יותר. בכמה מקרים הציב הרב קוק מועמדים למשרות נגד מועמדים של המזרחי. לאחר מותו של הרב קוק ניסה חוגו להעמיד במקומו את הרב חרל"פ כרב ראשי אשכנזי (בתמיכת חלק מן החרדים), בעוד אנשי המזרחי (בתמיכת גורמים חרדיים אחרים) ניסו לקדם, ואף הצליחו, את מועמדותו של הרב ד"ר יצחק אייזיק הלוי הרצוג.
ראו גם יחסם של תומכים ומתנגדים לספרו של הרב קוק אורות.

לקריאה נוספת

בקטלוג הספרייה הלאומית ישנם מאות ספרים העוסקים בחייו ובמשנתו של הרב קוק.