ישיבת שבות ישראל

ייסוד הישיבה

הישיבה נוסדה על ידי הרב בן-מאיר בחודש אלול תשל"ח (1978) בתקוע. היא שכנה שם מספר חודשים עד גיוס התלמידים הראשונים לשירות פעיל. את שנתה השנייה פתחה הישיבה באלעזר בתקופה שבה התפרק המושב שהוקם במקום. לאחר תקופה קצרה באלעזר עברה למשכנה הנוכחי באפרת, במקום שמוכר היום כשכונת "גבעת הדקל".

הקמת העיר אפרת

הישיבה התיישבה באפרת כשנתיים וחצי לפני אכלוס היישוב והייתה נקודה מבודדת. מבני הישיבה הוקמו תוך ימים ספורים, כאשר גגות המבנים הועמדו באוויר לפני הקמת הקירות כדי שייראו בתצלומי האוויר של האמריקאים במהלך שיחות השלום בשנת 1980. טקס הנחת אבן הפינה להקמת העיר אפרת התקיים בישיבה עצמה בחודש אוגוסט 1980, זמן קצר לאחר אכלוס המקום על ידי הישיבה. 
בתקופה זו קיבלה הישיבה מעמד של יישוב במועצה אזורית גוש עציון ושלחה נציג למליאת המועצה. ב-1983 התלמידים חזו בהפגנה גדולה של שלום עכשיו בשיתוף תנועת האוהלים אשר השחיתו בתים בשלב בנייה מתקדם בעיר העתידית והותירו כתובת ענק "הקץ לכיבוש" על הקיר החצוב לאורך הכניסה לעיר החדשה (הכתובת מעולם לא נמחקה אלא כוסתה בסלעים). תלמידי הישיבה התנדבו בלילות לתיקון הנזק. בתקופה זו נרקמו יחסי ידידות בין תלמידי הישיבה לתושבי הכפר הסמוך אום אל סלמונה, שרועיו היו עוברים בסמיכות למתחם הישיבה.
גם לאחר אכלוסה של שכונת הרימון, השכונה הראשונה של אפרת, עדיין הייתה הישיבה מרוחקת מרחק של כ-1.5 ק"מ מהשכונה והמשיכה להתנהל כישות כמעט עצמאית. הישיבה קיבלה נציג במליאת המועצה המקומית החדשה, מועצה מקומית אפרת. 
בשנים הראשונות פעל החשמל של הישיבה על בסיס גנרטור ולאחר מאמצים רבים להתחבר למערכת החשמל של חברת החשמל, התקבל אישור לא רשמי ממפקד אזור יהודה ושומרון דאז בנימין בן אליעזר לחבר את הישיבה לחשמל דרך הואדי המוליך ליישוב אלעזר השוכן מעבר לכביש 60. לאחר מספר שנים החלה הישיבה לקבל חשמל ממערכת החשמל של אפרת. כיום ממוקמת הישיבה במרכזה של אפרת. 
למשך מעט יותר משנה, הישיבה התחברה לישיבת המבתר של הרב ברוונדר, השייכת למוסדות אור תורה סטון.

המעבר לגבעות והחזרה לאפרת

בשנת תשנ"ז (1997) נתבקשה הישיבה על ידי הרשויות להתיישב בהיאחזות נח"ל גבעות שבמערב גוש עציון. הישיבה שכנה במקום כשבע שנים והקימה בו ב-1998 שכונת אברכים שנקראה "גבעת אריה" על שם אריה בוירסקי, תלמיד הישיבה שנהרג במלחמת שלום הגליל. לאחר שנואשה מהאפשרות הנראית לעין לבנות במקום קמפוס בנוי, למרות ההבטחות שניתנו לה על ידי ההסתדרות הציונית העולמית, חזרה הישיבה למשכנה הקודם באפרת. את שכונת המשפחות במקום המשיכה הישיבה להפעיל עד 2011. באותה שנה הצטרף לראשות הישיבה הרב ברוך אפרתי, אך פרש מתפקידו כעבור זמן קצר. באייר תשע"ג הצטרפו לישיבה שני ראשי ישיבה חדשים, הרב יוני רוזנצווייג והרב שאול יונתן וינגורט, אחד מבוגרי הישיבה, לקראת יציאתו לגמלאות של הרב בן-מאיר בסוף תשע"ג.
בשנת 2016 ניסתה הישיבה לפתוח מסלול מוזיקלי כדי למשוך תלמידים, אך המהלך כשל והישיבה הודיעה על סגירתה המתוכננת בסוף שנת הלימודים.
בשנת 2017 נפתח במקום כולל אברכים מישיבת מרכז הרב שעברו להתגורר במקום.

תלמידי הישיבה

בישיבה למדו יוצאי ישיבות תיכוניות בולטות, בדרך כלל מרקע סוציו-אקונומי גבוה, עם יוצאי ישיבות מקצועיות - נערים שנטו בדרך כלל למקצועות ריאליים. הרב בן-מאיר הוביל בשנים אלו קו של מיזוג בין מנהגים. הישיבה עודדה את התלמידים מכל עדות להישאר בימים הנוראים, והתפילה בה נערכה בנוסח "מעורב" שהוכן בידי תלמידים ורבנים. שיעורים מיוחדים נערכו לפני התפילה שבהם נלמדות המנגינות. רבים מראשוני העיר אפרת (משכונת התאנה - היחידה באותם ימים) הגיעו לתפילה זו. הישיבה המשיכה את הקו האידאולוגי של ישיבת מרכז הרב וחלק מהרבנים, כולל הרב בן מאיר, הם בוגריה. 
לאחר הצטרפותו של הרב שבתי רפפורט לראשות הישיבה, קיבלה הישיבה תלמידים רבים בעיקר מישיבות תיכוניות ידועות.
במהלך השנים הגיע מספר התלמידים בישיבה לכ-150.

צוות

מלבד ראשי הישיבה לימדו בה במהלך השנים מורים רבים. בין היתר התקיים בה שיעור שבועי של נחמה ליבוביץ (מחזה נדיר של שיעור בישיבה הניתן בידי אישה), הרב מרדכי הלפרין שלימד שינון משניות בעל פה (נוהג בלתי מוכר בעולם הישיבות), הרב מרדכי סבתו לימד נביא, הרב יעקב מדן לימד את שיעוריו הראשונים בשפת אמת, והרב יעקב חרל"פ (ראש ישיבת שילה לשעבר) לימד גמרא בעיון. כן לימדו דוד נתיב - תנ"ך ואקטואליה, והרב מרדכי ברויאר - ביקורת ואיחוד המקרא. 
בין הרבנים הצעירים שהתחילו את דרכם כר"מים בישיבה זו היו הרב רא"ם הכהן - כמפקד פלוגה שזה עתה השתחרר, הרב ישראל סמט שהתמקד במחשבת ישראל ויוחנן ברויאר שלימד בלשון.

בוגרי הישיבה

בין בוגרי הישיבה שהתפרסמו - מזכ"ל בני עקיבא ומנכ"ל מרכז ישיבות בני עקיבא לשעבר, אלחנן גלט, הרב שמואל לורנץ - כיום ראש ישיבת נחלים ועו"ד שלמה פילבר שהיה ראש לשכת בנימין נתניהו.