ג'וזף א' ג'ונסטון

שנים מוקדמות

ג'ונסטון נולד ב-3 בפברואר 1807, בלוֹנְגווּד הָאוּס אשר ליד פארמוויל (Farmville), וירג'יניה. סבו, פיטר ג'ונסטון, היגר לוירג'יניה מסקוטלנד בשנת 1726. ג'ונסטון היה הבן השביעי של השופט פיטר ג'ונסטון (1763–1831) ומארי וָלנטין ווּד (1769–1825), אחיינית של פטריק הנרי (Patrick Henry), מושל וירג'יניה הראשון. הוא נקרא על שם מייג'ור ג'וזף אגלסטון (Joseph Eggleston), אשר תחתיו שירת אביו במלחמת העצמאות האמריקנית. אביו שירת בבריגדה של הנרי לי III (Henry Lee III) אביו של רוברט אדוארד לי. אחיו, צ'ארלס קלמנט ג'ונסטון, שירת כחבר קונגרס, ואחיינו, ג'ון וורפילד ג'ונסטון, היה סנטור; שניהם יצגו את וירג'יניה. בשנת 1811 עברה המשפחה לעיירה אבינגטון (Abington), וירג'יניה, ליד הגבול עם טנסי; שם בנה אביו בית אשר קרא לו פָּאנֵצ'ילו.
ג'ונסטון למד באקדמיה הצבאית של ארצות הברית. את ההמלצה לאקדמיה קיבל מאת ג'ון קלהון כאשר היה זה שר המלחמה, ימים לפני שמונה לסגן נשיא ב-1825. הוא סיים מדורג 13 מתוך 46 צוערים, קיבל דרגת סגן משנה, ומונה לרגימנט הארטילריה ה-4 בצבא ארצות הברית. לימים הפך לבוגר ווסט פוינט הראשון שקודם לדרגת גנרל בצבא הסדיר, והגיע לדרגה גבוהה יותר מאשר בן כיתתו רוברט אדוארד לי (אשר סיים מדורג 2 מתוך 46).

שירות בצבא ארצות הברית

ג'ונסטון התפטר מצבא ארצות הברית בשנת 1837 ופנה ללימודי הנדסה אזרחית. במהלך מלחמת הסמינול השנייה  הוא היה מהנדס טופוגרפיה אזרחי על ספינה בפיקוד ויליאם פופ מקארתור. ב-12 בינואר 1838, ליד ג'ופיטר (Jupiter), פלורידה, המלחים אשר ירדו לחוף הותקפו. ג'ונסטון סיפר שהיו "לא פחות משלושים חורי קליע" בבגדיו, וקליע אחד ששרט את קרקפתו והותיר צלקת אותה נשא בשארית חייו. לאחר שהיה מעורב ביותר פעילויות קרביות כאזרח מאשר בשירותו הצבאי כקצין ארטילריה, החליט ג'ונסטון לשוב אל הצבא. הוא נסע באפריל לוושינגטון הבירה, וב-7 ביולי 1838 מונה כמהנדס טופוגרפיה בדרגת סגן. באותו יום קיבל דרגת יצוג של קפטן בעקבות פעולותיו בפלורידה ובמשלחת החקר לאברגליידס (Everglades).
ב-10 ביולי 1845 נשא ג'ונסטון לאישה את לידיה מוליגן סימס מקליין (1822–1887), בתו של לואיס מקליין (Louis McLane). אביה היה נשיא חברת הרכבת בולטימור-אוהיו, ופוליטיקאי בולט (חבר קונגרס וסנאטור מטעם מדינת דלוואר, שגריר בלונדון, וחבר קבינט בממשלו של אנדרו ג'קסון). לא היו להם ילדים.
ג'ונסטון היה נלהב מפריצתה של מלחמת ארצות הברית-מקסיקו. הוא שירת במטהו של לוטננט ג'נרל וינפילד סקוט בזמן המצור על וֶרָה קרוּז , ונבחר על ידו להיות השליח שיעביר את דרישת הכניעה למושל המחוז. הוא היה במשמר הקידמי בזמן התנועה אל עומק היבשת, תחת פיקודו של בריגדיר ג'נרל דייוויד א' טוויגס (David A. Twiggs), ונפצע קשה מפגיעת פגז רסס כאשר היה במשימת סיור לקראת קרב סֶרוֹ גוֹרדוֹ . הוא קודם לדרגת יצוג של לוטננט קולונל בעקבות פעולותיו בקרב סֶרוֹ גוֹרדוֹ. לאחר שהתאושש בבית חולים שדה, הוא הצטרף לצבא בפּּוּאבְּלָה. במהלך ההתקדמות לעבר מקסיקו סיטי הוא היה סגן המפקד של רגימנט חיל רגלים. הוא הצטיין בקרב קונטררס  וקרב צ'ורובוסקו , ונפצע שוב בקרב צ'פולטפק . הוא קודם פעמיים בעקבות ביצועיו בקרבות אלו, וסיים את המלחמה בדרגת יצוג של קולונל בצבא המתנדבים. (באותה תקופה הענקת דרגת יצוג (Brevet) הייתה דרך מקובלת לציין לשבח את פועלו של חייל בקרב. לאחר תום המלחמה חזר ג'ונסטון לדרגה בה החזיק בעת שלום – קפטן ביחידת מהנדסי הטופוגרפיה.) וינפילד סקוט העיר בהומור ש"ג'ונסטון הוא חייל מצוין, אבל למרבה הצער היה לו כישרון מיוחד לחטוף כדור כמעט בכול היתקלות." המכה הקשה ביותר שקיבל ג'ונסטון במהלך המלחמה הייתה מותו של אחיינו, פרסטון ג'ונסטון. כאשר בישר רוברט אדוארד לי לג'ונסטון על מותו של אחיינו בקרב קונטררס מפגיעת פגז ארטילריה מקסיקני, בכו שני הקצינים, וג'ונסטון התאבל על מותו בשארית חייו.
ג'ונסטון היה מהנדס בזמן סקר גבול מקסיקו ארצות הברית בשנת 1841; הוא חזר לאזור כמהנדס הטופוגרפיה הראשי של מחלקת טקסס, ושירת שם בין 1848 ל-1853. במהלך שנות ה-50 ניסה ג'ונסטון לקבל בחזרה את דרגתו הקודמת, ושלח מכתבים למשרד המלחמה בהם הציע שיינתן לו תפקיד ביחידה קרבית תחת דרגת לוטננט קולונל. מזכיר המלחמה ג'פרסון דייוויס, מכר של גיונסטון מווסט פוינט, דחה הצעות אלה, כפי שעשה לאחר מכן במהלך מלחמת האזרחים, למרבה רוגזו של ג'ונסטון. למרות חילוקי דעות אלה, דייוויס העריך את ג'ונסטון במידה מספקת על מנת למנות אותו ב-1 במרץ 1855 כלוטננט קולונל ביחידה חדשה - רגימנט הפרשים ה-1 בפורט לוונוורת', קנזס, תחת קולונל אדווין סאמנר (Edwin V. Sumner). (באותו זמן מונה רוברט אדוארד לי כלוטננט קולונל ברגימנט הפרשים ה-2 תחת קולונל אלברט סידני ג'ונסטון.) בתפקיד זה השתתף ג'ונסטון במבצעים כנגד שבט הסו בטריטוריית ויומינג, ובפעולות האיבה סביב עתיד העבדות בקנזס טרם היותה למדינה, פרשה הידועה בשם "קנזס המדממת". הוא פיתח ידידות קרובה ויחסי חונך עם אחד הקצינים הזוטרים שלו, קפטן ג'ורג' מקללן. שנים אחר כך יפגוש ג'ונסטון את מקללן מן העבר השני של המתרס, כגנרל בצבא האיחוד.
בסתיו 1856 הועבר ג'ונסטון לבסיס גיוס בג'פרסון באראקס , מיזורי. ב-1857 הוא הוביל משלחת מדידה וסיור על מנת לקבוע את גבולה של קנזס. שנה לאחר מכן הוחלף שר המלחמה דייוויס בג'ון ב' פלויד, יליד אבינגטון ודודן של ג'ונסטון מצד אשתו. פלויד היה אפוטרופוס של פרסטון ג'ונסטון. פלויד העניק לג'ונסטון דרגת יצוג קולונל על פעולותיו בקרב סרו גורדו, קידום אשר עורר מירמור בקרב הצבא עקב העדפת קרובים. בשנת 1859 מינה הנשיא ג'יימס ביוקנן את רוברט מקליין, גיסו של ג'ונסטון, כשגריר למקסיקו, וג'ונסטון נילווה אליו לביקור בוורה קרוז. הוא קיבל גם הוראה לבחון נתיבי תנועה צבאיים למקרה של פעולות איבה נוספות מול מקסיקו.
ב-10 ביוני 1860 נפטר בריגדיר ג'נרל תומאס ג'סופ (Thomas Jesup), שהיה קצין אפסנאות ראשי של צבא ארצות הברית . על וינפילד סקוט היה למנות מחליף, אולם הוא נקב בשמות ארבעה מועמדים במקום אחד: אלברט סידני ג'ונסטון, ג'וזף א' ג'ונסטון, רוברט אדוארד לי, וצ'ארלס פ' סמית' (Charles F. Smith). למרות שג'פרסון דייוויס, כעת חבר ועדת הסנאט לעניינים צבאיים, העדיף את אלברט סידני ג'ונסטון, מינה פלויד את ג'וזף א' ג'ונסטון לתפקיד.
ב-28 ביוני 1860 קודם ג'ונסטון לדרגת בריגדיר ג'נרל. ג'ונסטון לא נהנה מתפקידו, בהעדיפו תפקיד שטח על פני עבודת אדמיניסטרציה בוושינגטון. בנוסף, הוא סבל מן הלחצים שהביא עימו הסכסוך המתגבר בין הצפון לדרום, ומן הדילמה המוסרית של ניהול משאבי הצבא אשר יכולים היו להביא תועלת לדרום, מקום מוצאו. למרות זאת, הוא לא נכנע לפיתוי, בניגוד לפלויד אשר הואשם בהטיה לטובת הדרום.

מערכת חצי האי

באמצע מרץ נחת מקללן עם חייליו בפורט מונרו , בקצה המזרחי של חצי האי וירג'יניה, ובתחילת אפריל החל לנוע באיטיות מערבה, לכיוון יורקטאון . תוכניתו של ג'ונסטון להגנת ריצ'מונד בירת הקונפדרציה הייתה שנויה במחלוקת. ביודעו שצבאו של מקללן כפול משלו, ובהבינו כי צי האיחוד יוכל לתת סיוע מכל אחד משני הנהרות החובקים את חצי האי, ניסה ג'ונסטון לשכנע את דייוויס ולי לרכז את ההגנה בביצורים סביב ריצ'מונד. הוא לא הצליח לשכנעם, ופרש את רוב כוחו לאורך חצי האי. מקללן השתהה ארוכות בהכנות למצור על יורקטאון, אך ג'ונסטון נסוג משם לפני שהחל המצור, נלחם בקרב הגנה עז בוויליאמסבורג  (5 במאי), ולאחר מכן סיכל ניסיון איגוף אמפיבי באלת'מס לאנדינג  (7 במאי). לקראת סוף מאי הגיע צבא האיחוד עד מרחק של כ-10 קילומטרים מריצ'מונד.
בהבינו שלא יוכל להגן על ריצ'מונד לנצח מפני כוחות הצפון העדיפים מספרית וארטילריית המצור הכבדה שלהם, החליט ג'ונסטון לעבור למתקפה. הוא זיהה נקודת תורפה בהיערכות כוחותיו של מקללן, אשר היו מפוצלים על ידי נהר צ'יקהומיני  שעלה על גדותיו עקב הגשמים, וסחף את רוב הגשרים שחיברו בין הצד הצפוני של החזית לדרומי. ב-31 במאי תקף ג'ונסטון מדרום לנהר בקרב סבן פיינס. תוכניתו הייתה אגרסיבית, אולם מסובכת מכדי שפקודיו יבצעוה כהלכה, והוא לא וידא שהם מבינים את תוכניתו או פיקח עליה מקרוב. הקרב נגמר ללא הכרעה טקטית ברורה, אולם עצר את התקדמותו של מקללן לעבר ריצ'מונד, והתברר בדיעבר כנקודת השיא בפלישתו של מקללן. אירוע משמעותי בקרב היה פציעתו של ג'ונסטון מרסיס פגז ארטילריה שפגע בחזהו וכתפו הימינית. פציעתו הובילה את דייוויס להעביר את הפיקוד לרוברט אדוארד לי האגרסיבי, אשר הוביל את ארמיית צפון וירג'יניה במהלך יתר המלחמה. לי החל לדחוק את מקללן מחצי האי במהלך קרבות שבעת הימים  בסוף יוני, והנחיל תבוסה לכוחות הצפון בקרב בול ראן השני  באוגוסט, קרב אשר היווה את השיא במערכת צפון וירג'יניה.

מינוי לפיקוד זירת המערב ומערכת ויקסבורג

ב-24 בנובמבר 1862 שוחרר ג'וסטון טרם הזמן מבית החולים, ומונה כמפקד פיקוד המערב, הפיקוד העיקרי בזירה המערבית. מינוי זה נתן לו שליטה בארמיית טנסי של גנרל ברקסטון בראג ובפיקוד המיסיסיפי ומזרח לואיזיאנה של לוטננט ג'נרל ג'ון ק' פמברטון. (הכוח המשמעותי הנוסף בזירה היה פיקוד הטרנס-מיסיסיפי, אשר בראשו עמד לוטננט ג'נרל תאופיליוס ה' הולמס , שהיה מוצב בעיקר בארקנסו. ג'ונסטון טען לכל אורך תקופת שירותו כי על כוחותיו של הולמס לשתף פעולה עם פמברטון תחת פיקודו של ג'ונסטון, או לכל הפחות לתגבר את כוחותיו של פמברטון, אולם הוא לא הצליח לשכנע את ממשלת הקונפדרציה לנקוט באף אחד מצעדים אלה.)
הנושא הראשון בו היה על ג'ונסטון לטפל בזירת המערב היה גורלו של ברקסטון בראג. ממשלת הקונפדרציה לא הייתה מרוצה מביצועיו של בראג בקרב נהר סטונס , תחושה אשר הייתה גם נחלת חלק ניכר מפקודיו הבכירים. דייוויס הורה על ג'ונסטון לבקר את בראג ולקבוע האים יש להחליפו. ג'ונסטון הבין שאים ימליץ על החלפת בראג, יהיה הוא עצמו הבחירה הגיונית להחליפו. ג'ונסטון העדיף פיקוד קרבי בשדה על פני מינויו האדמיניסטרטיבי הנוכחי, אולם תחושת הכבוד שלו מנעה ממנו להעדיף את טובתו שלו על חשבון בראג. לאחר שראיין את בראג ומספר מן הכפופים לו, הפיק ג'ונסטון דוח חיובי בעיקרו, וסירב להדיח את מפקד הארמייה. בתגובה, זימן דייוויס את בראג לפגישה בריצ'מונד ומינה את ג'ונסטון למפקד בשדה. אולם, אשתו של בראג חלתה אנושות, והוא לא יכול היה לנסוע. בנוסף לכך, בראשית אפריל נפל ג'ונסטון למשכב עקב סיבוכים מן הפציעה שספג במערכת חצי האי, ותשומת לב ממשלת הקונפדרציה עברה מטנסי למיסיסיפי, שם החל גרנט במערכת ויקסבורג השנייה, מה שהותיר את בראג במקומו כמפקד ארמיית טנסי של הקונפדרציה.
המשבר העיקרי אל מולו ניצב ג'ונסטון היה להגן על שליטת הקונפדרציה בוויקסבורג, מיסיסיפי, אשר אויימה על ידי כוחות האיחוד בפיקודו של מייג'ור ג'נרל יוליסס גרנט. במהלך חורף 1862–1863 ביצע גרנט מספר תמרונים לא מוצלחים מצפון לעיר המבצר, אולם באפריל 1863 פתח במערכה שאפתנית שהחלה בתנועת איגוף ממערב לנהר המיסיסיפי ובצליחה של הנהר מדרום מערב לוויקסבורג. הצליחה ומיקומה הפתיעו את פמברטון, וכוחות האיחוד ניהלו מספר קרבות מוצלחים תוך כדי התקדמות לצפון מזרח, אל עבר ג'קסון, בירת מדינת מיסיסיפי. ב-9 במאי הורה שר המלחמה של הקונפדרציה לג'ונסטון "לנוע מיידית אל מיסיסיפי ולתפוס פיקוד על הכוחות בשדה." ג'ונסטון הודי לריצ'מונד שהוא עדיין לא כשיר רפואית, אך שיציית לפקודה. כאשר הגיע לריצ'מונד ב-13 במאי לאחר מסע מטנסי, גילה כי אל מול העיר התקדמו שני גייסות של האיחוד, וכי רק 6000 חיילים היו זמינים להגנתה. הוא הורה על על פינוי העיר תוך כדי קרב נסיגה (קרב ג'קסון, 14 במאי), ונסוג לכיוון צפון. גרנט כבש את העיר ופנה מערבה לעבר ויקסבורג.
ג'ונסטון החל להניע את כוחותיו מערבה על מנת לחבור אל פמברטון כאשר שמע על תבוסתו של זה בקרב צ'מפיון היל (16 במאי) ובקרב נהר ביג בלאק (17 במאי). הניצולים מן הקרב נסוגו אל תוך ביצורי ויקסבורג. ג'ונסטון דחק בפמברטון להימנע מכיתור ולעזוב את העיר על מנת להתאחד עם כוחותיו, שיחד היו רבים משל גרנט, אולם דייוויס הורה לפמברטון להגן על העיר בעדיפות עליונה. גרנט ביצע שתי התקפות חזיתיות אל מול ביצורי העיר שנכשלו שתיהן, ואז פתח במצור. החיילים והאזרחים הנצורים בעיר חיכו לשווא לכוח הקטן של ג'ונסטון שיבוא לעזרם. עד סוף מאי אסף ג'ונסטון כ-24,000 חיילים אך דרש תגבורות נוספות לפני התקפה על גרנט. הוא שקל להורות על בראג לשלוח תגבורות, אך חשש שדילול כוחו יביא לאובדן טנסי. בתקופה זו תוגברה ארמיית הטנסי של גרנט בכ-30,000 חיילים וכוחו הגיע לכ-77,000 חיילים, מה שאיפס למעשה כל סיכוי לפרוץ את המצור על העיר. פמברטון וחיל המצב בוויקסבורג נכנעו ב-4 ביולי 1863. עם נפילת פורט האדסון שבוע אחר כך עברה השליטה על המיסיסיפי לכול אורכו לידי האיחוד, והקונפדרציה בותרה לשניים. נשיא הקונפדרציה דייוויס כתב כי ויקסבורג נפלה "עקב מחסור באספקה מבפנים, וגנרל מבחוץ [ג'ונסטון] שלא רצה להילחם."
היחסים בין ג'ונסטון לדייוויס, שהיו מתוחים מתחילת המלחמה, הפכו מרים עקב חילופי האשמות פומביים על מי נושא באחריות לכישלון בוויקסבורג. דייוויס שקל לפטר את ג'ונסטון, אולם הוא נותר מפקד אהוב על ידי חייליו וקצין פופולרי, והיו לו בני ברית פוליטיים בריצ'מונד, במיוחד הסנטור לואיס ויגפול (Louis Wigfall). במקום זאת צבאו של בראג נותק מפיקודו של ג'ונסטון, מה שהותיר בשליטתו את אלבמה ומיסיסיפי בלבד.
בזמן השלבים האחרונים של המצור על ויקסבורג, החל מייג'ור ג'נרל ויליאם רוזקרנס מן האיחוד במערכת טולהומה, ובתוך עשרה ימים דחק את צבאו של בראג ממרכז טנסי, ולאחר מכן מן העיר האסטרטגית צ'טנוגה. בראג השיג ניצחון משמעותי מול רוזקרנס בקרב צ'יקמוגה (19–20 בספטמבר), אולם הובס בידי גרנט במערכת צ'טנוגה בנובמבר. עקב התבוסה התפטר בראג מפיקוד על ארמיית טנסי ונסע לריצ'מונד לשמש יועץ צבאי לנשיא. דייוויס הציע את הפיקוד לוויליאם הארדי (William Hardee), מפקד הגייס הבכיר, אולם הוא סירב. דייוויס שקל את מינויו של פ.ג.ט. בורגארד, עוד גנרל עימו היו לו יחסים רעועים, ואת רוברט אדוארד לי, אשר סירב לעזוב את וירג'יניה. לי המליץ בתחילה על בורגארד, אולם כאשר ראה את חוסר הנוחות של הנשיא מהצעה זו, שינה את המלצתו לג'ונסטון. לאחר לבטים קשים, ב-27 בדצמבר 1863, מינה דייוויס את ג'ונסטון למפקד ארמיית טנסי, בדאלטון, ג'ורג'יה.

מערכת אטלנטה

באביב 1864 התקדם מייג'ור ג'נרל ויליאם שרמן מן האיחוד עם קבוצת ארמיות מצ'טנוגה לאטלנטה. אל מול התקדמותו של שרמן ביצע ג'ונסטון סידרה של נסיגות, בדומה לאסטרטגיה שנקט במערכת חצי האי. הוא בנה עמדות הגנה חזקות, רק כדי לראות את שרמן מאגף אותן במומחיות ומכריח אותו לסגת לקו הגנה אחורי יותר בכיוון אטלנטה. ג'ונסטון בחר בשימור צבאו כערך עליון, ולכן נקט בגישה זהירה מאוד. הוא ניהל את צבאו היטב, האט את התקדמות צבא האיחוד, והנחיל יותר אבידות מאשר ספג.
שרמן פתח במערכת אטלנטה ב-4 במאי. ארמיית טנסי של ג'ונסטון לחמה בקרבות הגנה  בדרכי הגישה אל דלטון, אשר פונתה ב-13 במאי, ונסוגה 12 מייל דרומה אל רסאקה (Resaca), שם בנתה עמדות הגנה. אולם, לאחר קרב קצר, ויתר ג'ונסטון על המשך המאבק ונסוג מרסאקה ב-15 במאי. ג'ונסטון ריכז כוחות למען התקפה בקאסוויל (Cassville). בעוד חייליו מתקדמים, הופיע במפתיע כוח אויב בגודל לא ידוע באגפו הימני. התקלויות ראשוניות החלו, והאיום הכריח את מפקד הגייס, לוטננט ג'נרל ג'ון בל הוד (John Bell Hood), לעצור את ההתקדמות ולמקם מחדש את הכוחות על מול האיום המפתיע מן האגף. בעקבות האיום הבלתי צפוי, ביטל ג'ונסטון את ההתקפה וחידש את הנסיגה. ב-20 במאי נסוגו כוחותיו עוד 8 מייל דרומה אל קרטרסוויל (Cartersville). חודש מאי 1864 הסתיים כאשר כוחות האיחוד ניסו לבצע תנועת איגוף הרחק מקו הרכבת שתיספק אותם, אך נתקעו אל מול ההגנה העזה של כוחות הקונפדרציה בקרב ניו הופ צ'רץ' ב-25 במאי, קרב פיקט'ס מיל ב-27 במאי, ובקרב דאלאס ב-28 במאי.
ביוני המשיכו כוחותיו של שרמן לתמרן באזור דרכי הגישה הצפוניות לאטלנטה, וב-22 ביוני התלקח קרב קולב'ס פארם, ומייד אחריו ב-27 ביוני פרץ קרב קנסו מאונטיין, שבו בפעם הראשונה (והיחידה) תקף שרמן התקפה חזיתית את הביצורים שהכין ג'ונסטון, מתקפה אשר נהדפה תוך ספיגת אבידות כבידות. עם זאת, בשלב הזה כבר היו כוחות האיחוד במרחק 27 קילומטר מאטלנטה, ואיימו על העיר מצפון ומערב. במהלך חודשיים נסוג ג'ונסטון לאורך 175 קילומטרים של שטח הררי נוח להגנה, בעוד הממשל בווירג'יניה הופך מתוסכל ומודאג. כאשר נסוג ג'ונסטון אל מעבר לנהר הצ'טאהוצ'י, המכשול הטבעי האחרון לפני אטלנטה, איבד נשיא הקונפדרציה דייוויס את סבלנותו.
בתחילת יולי שלח דייוויס את ברקסטון בראג לאטלנטה על מנת לאמוד את המצב. לאחר מספר פגישות עם מנהיגים אזרחיים ופקודיו של ג'ונסטון, חזר בראג לריצ'מונד ודחק בדייוויס להחליף את ג'ונסטון. ב-17 ביולי 1864, בפאתי אטלנטה, הדיח דייוויס את ג'ונסטון מתפקידו. במקומו מינה את לוטננט ג'נרל ג'ון בל הוד, אשר בחיקו נותרה המשימה הבילתי אפשרית להגן על אטלנטה, אותה נאלץ לנטוש בספטמבר. החלטתו של דייוויס להדיח את ג'ונסטון הייתה אחת השנויות במחלוקת בכל המלחמה. בניגוד לג'ונסטון השקול והזהיר, היה ג'ון בל הוד קצין אגרסיבי, תוקפני, אך נמהר. הוא נטש את אסטרטגיית הנסיגה וההשהיה שבה נקט ג'ונסטון, והוביל את ארמיית טנסי של הקונפדרציה למתקפה על עורף מערכי האיחוד במערכת פרנקלין-נאשוויל, שם נחל תבוסה מוחצת אשר מחקה צבאו ככוח לוחם. העדר כוחות קונפדרציה מאורגנים בג'ורג'יה והקרוליינות פתחה בפני שרמן את האפשרות להתקדמות מהירה לסוואנה (הצעדה אל הים) ומשם צפונה אל הקרוליינות.

קרוליינה הצפונית וכניעה בבנט פלייס

ג'ונסטון נסע לקולומביה בקרוליינה הדרומית, והתכונן לצאת לגמלאות. אולם, בעוד שהקונפדרציה הפכה מודאגת מן הצעדה אל הים של שרמן, ולאחר מכן מסעו צפונה דרך הקרוליינות, עלו קריאות מן הציבור להחזרת ג'ונסטון אל תפקידו. פ.ג.ט. בורגארד, הגנרל האחראי על זירת המערב, הראה התקדמות מועטה מאוד בבלימת כוחות האיחוד. יריבים פוליטיים של ג'פרסון דייוויס, כגון הסנטור לואיס ויגפול, הוסיפו ללחץ בתוך הקונגרס. מרי צ'סנאט, אשר תיעדה ביומנה את מאורעות המלחמה, כתבה "חשבנו כי זה מאבק לעצמאות. כעת נדמה כי זה רק קרב בין ג'ו ג'ונסטון וג'ף דייוויס." בינואר 1865 העביר הקונגרס חוק המעניק לרוברט אדוארד לי את סמכויות הגנרל המפקד, והמליץ להחזיר את ג'ונסטון לפיקוד על ארמיית טנסי. דייוויס מינה מיד את לי לתפקיד, אולם סירב להחזיר את ג'ונסטון לתפקידו. בתזכיר ארוך שלא פורסם כתב דייוויס "דעתי על חוסר התאמתו של ג'ונסטון לפיקוד הבשילה לאט, בניגוד לנטייתי, אל אמונה כה מוצקה עד שיהיה זה בילתי אפשרי מבחינתי לבטוח בו שוב כמפקד צבא כלשהו בשדה." סגן הנשיא אלכסנדר סטפנס (Alexander H. Stephens) ביחד עם 17 סנטורים עתרו לרוברט אדוארד לי על מנת שינצל את סמכותו החדשה על מנת למנות את ג'ונסטון תוך עקיפת הנשיא, אולם הוא סירב. במקום זאת, הוא המליץ לדייוויס למנותו.
למרות הסתגיותיו הקשות, החזיר דייוויס את ג'ונסטון לשירות פעיל ב-25 בפברואר 1865. תחת אחריותו היו שני מחלקות: מחלקת קרוליינה הדרומית, ג'ורג'יה ופלורידה, ומחלקת קרוליינה הצפונית ודרום ג'ורג'יה; הוא קיבל פיקוד על האחרון ב-6 במרץ. מחלקות אלה כללו שלוש ארמיות, ובכללן את שארית ארמיית טנסי העוצמתית בעבר, אולם היו אלה ארמיות בתואר בלבד. ארמיית טנסי נשחקה עד דק במערכת פרנקלין-נאשוויל, וחסרה ציוד ואספקה. אנשיה לא קיבלו את שכרם במשך חודשים, ורק כ-6,600 היגיעו לקרוליינה הדרומית. בשירות ג'ונסטון היו גם כ-12,000 איש תחת ויליאם הארדי , אשר ניסו ללא הצלחה לבלום את התקדמותו של שרמן, את כוחו של ברקסטון בראג שחשב בווילמינגטון, קרוליינה הצפונית, וכ-6,000 פרשים תחת וויד המפטון .
ג'ונסטון, שהיה בנחיתות מספרית עצומה, קיווה לאחד כוחות עם חלק מכוחותיו של רוברט אדוארד לי אשר ניצבו בווירג'יניה, להביס ביחד את שרמן, ואחר כך לפנות חזרה לווירג'יניה ולהתמודד עם גרנט. לי סירב בתחילה לשתף פעולה עם התוכנית. (לאחר נפילת ריצ'מונד באפריל ניסה לי להמלט לקרוליינה הצפונית ולאחד כוחות עם ג'ונסטון, אולם אז כבר היה מאוחר מדי.) בהבינו כי שרמן נע במהירות, תיכנן ג'ונסטון לאחד את הארמיות הקטנות שלו כח שיוכל להנחית מכה אל מול חלק מבודד מכוחותיו של שרמן, אשר התקדם בשני ראשים נפרדים. ב-19 במרץ 1865 הצליח ג'ונסטון להפתיע את האגף השמאלי של שרמן בקרב בנטונוויל, ונחל הצלחה טקטית ראשונית. עם זאת כוחות האיחוד העדיפים מספרית אילצו אותו לבסוף לסגת אל ראלי, בירת קרוליינה הצפונית. כיוון שלא יכול היה להגן על הבירה, נסוג אל גרינסבורו.
לאחר שנודע לו על כניעתו של רוברט אדוארד לי באפומטוקס קורט האוס ב-9 באפריל, הסכים ג'ונסטון להפגש עם גנרל שרמן בין קווי החזית, בחווה קטנה שנודעה בשם בנט פלייס, סמוך להיכן ששוכנת היום העיר דרהאם, בקרוליינה הצפונית. לאחר שלושה ימים של משא ומתן (ב-17, 18, ו-26 באפריל), הסכים ג'ונסטון לכניעת ארמיית הטנסי וכל הכוחות הסרים למרותו בקרוליינה הצפונית, קרוליינה הדרומית, ג'ורג'יה, ופלורידה. הייתה זו הכניעה הגדולה ביותר במלחמה, וכללה 98,270 חיילים. הנשיא דייוויס חשב שג'ונסטון ביצע מעשה בגידה כיוון שנכנע עם כל כך הרבה חיילים שלא הובסו באופן מפורש בקרב. ג'ונסטון קיבל חנינה ב-2 במאי בגרינסבורו.
לאחר הכניעה היקצה שרמן עשרה ימים של מנות קרב לחיילי הקונפדרציה הרעבים, ואישר להם גם לקחת עימם את הסוסים והפרידות, על מנת שיוכלו לשוב ולעבד את אדמתם. הוא הורה גם על חלוקת תירס, סובין, וקמח לאזרחים ברחבי הדרום. היה זה מעשה נדיבות שג'ונסטון לא שכח מעולם; הוא כתב לשרמן שהתנהגותו "פִּיְיסָה במעט את מה שקודם חשבתי שהוא האסון של חיי, זאת שנאלצתי להתמודד מולך בשדה הקרב."