קלאופטרה

תקופת מלכותה

קלאופטרה הייתה השליטה האחרונה בשושלת בית תלמי, ששלטה במצרים במשך כ-300 שנים. תקופת הזוהר של בית תלמי הייתה בימי שלושת המלכים הראשונים שלה, ולאחר מכן החלה ירידה במעמדה ובכוחה של מצרים התלמיית. במקביל לירידתה החלה הרפובליקה הרומית, שהייתה הכוח העולה במערב, להתפשט מזרחה. מלכי בית תלמי נשאו עיניים לרומא כדי לבקש סיוע במאבקי הירושה ביניהם, ומצרים הפכה בהדרגה למעין מדינת חסות רומית. המאבקים המשפחתיים על השלטון, ורצח יריבים בני משפחה, הפכו למאפיין בולט של השושלת התלמיית. תלמי התשיעי, שמלך במצרים בסוף המאה ה-2 לפנה"ס (107-116 לפנה"ס) ובראשית המאה ה-1 לפנה"ס (81-88 לפנה"ס) הוריש בצוואתו את מצרים לרומא, ובכך סיפק לגיטימציה לשאיפותיהם של מספר אישים בולטים ברומא להשתלט על מצרים, ולספח אותה לאימפריה הרומית.
במקביל התחוללו ברפובליקה הרומית תהליכים שהובילו בסופו של דבר לקיצה ולכינונה של הקיסרות הרומית במקומה. תלמי השנים עשר, אביה של קלאופטרה, היה בנו הבלתי חוקי של תלמי התשיעי. הוא שלט במצרים בשנים 51-80 לפנה"ס, היה שליט חלש, ונזקק לתמיכתה של רומא כדי לשמור על כיסאו נגד מתמודדים אחרים על הכתר. תלמי השנים עשר הפך תלוי לחלוטין ברומא, ובמיוחד במצביא הרומאי פומפיוס, אשר סייע לו לתפוס מחדש את השלטון במצרים (55 לפנה"ס), לאחר שהודח מכיסאו בשנת 58 לפנה"ס. הוא אף נאלץ לוותר על שלטון בית תלמי באי קפריסין, שעבר לשליטת רומא.
עלייתו של תלמי השנים עשר לשלטון במצרים אירעה בסוף תקופת שלטונו של הדיקטטור לוקיוס קורנליוס סולה ברומא. בשנות ה-60 של המאה הראשונה לפנה"ס החלו להתבלט בפוליטיקה הרומאית יוליוס קיסר, מרקוס ליקיניוס קראסוס וגנאיוס פומפיוס מגנוס, שהקימו בשנת 60 לפנה"ס את הטריאומווירט הראשון, שהיה הכוח הפוליטי הדומיננטי ברפובליקה הרומית עד שנת 53 לפנה"ס. בתקופה זו שהה תלמי השנים עשר ברומא, אליה ברח בעקבות המרד במצרים נגד שלטונו. פירוק הטריאומווירט, עקשנות הסנאטורים האופטימאטים ושאיפותיו של יוליוס קיסר, הובילו לפרוץ מלחמת האזרחים ברומא בשנת 49 לפנה"ס.
המאבקים הפנימיים ברומא גרמו לכך שמקבלי ההחלטות ברומא לא היו פנויים לעסוק בגורלה של מצרים, כך שקיצה של מצרים התלמיית נדחה במספר שנים, ובכך התארכו פרפורי הגסיסה שלה. לאחר ניצחונו של קיסר במלחמת האזרחים, הוא הכריז על עצמו כדיקטטור לכל חייו. ההתנגדות לשלטונו של קיסר ברומא הובילה בסופו של דבר לרציחתו על ידי קבוצת סנאטורים בשנת 44 לפנה"ס.
רצח זה הוביל למאבק פנימי נוסף ברומא בין תומכי הרפובליקה רוצחי קיסר, שבראשם עמדו גאיוס קסיוס לונגינוס ומרקוס יוניוס ברוטוס, ובין תומכי קיסר ובראשם מרקוס אנטוניוס, אוקטביאנוס אחיינו של קיסר ויורשו ומרקוס איימיליוס לפידוס. שלושת האחרונים הקימו בשנת 43 לפנה"ס את הטריאומווירט השני ששלט ברומא, וניצח סופית את תומכי הרפובליקה בקרב פיליפי בשנת 42 לפנה"ס. בעקבות ניצחונם חילקו חברי הטריאומוויראט ביניהם את האימפריה הרומית לאזורי שליטה והשפעה. אנטוניוס קיבל את הפרובינקיות המזרחיות, ובתקופה זו פגש את קלאופטרה בטרסוס. בין השניים נוצר קשר אישי שהשפיע רבות על מהלכיו והחלטותיו של אנטוניוס, והוביל לנתק בינו לבין אוקטביאנוס. הנתק בין שני הטריומווירים הוביל בסופו של דבר לפרוץ מלחמה גלויה בין כוחותיהם של אנטוניוס וקלאופטרה מצד אחד, ואוקטביאנוס מצד שני. בעקבות ניצחונו של אוקטביאנוס במלחמה, נאלצה קלאופטרה להתאבד, ומצרים העצמאית חדלה להתקיים.

ראשית תקופת שלטונה של קלאופטרה

קלאופטרה ירשה את כס המלוכה עם מות אביה בשנת 51 לפנה"ס. הצוואה שכתב אביה, ככל הנראה בשנת 53 או 52 לפנה"ס, נשלחה למשמרת ברומא אצל פטרונו פומפיוס. בצוואתו, הוא הוריש את השלטון לבתו קלאופטרה השביעית בת ה-18 ולאחיה תלמי השלושה עשר בן ה-10, שמפאת גילו הצעיר נמנעה ממנו האפשרות להיות שליט יחיד. אין כל מידע לגבי מערכת היחסים שהתנהלה בין האב תלמי השנים עשר ובתו קלאופטרה, אך נראה שבחר לא להתעלם ממעמדה הבכיר ומגילה, שעלולים היו להביאה להתמודד על הירושה בכל מקרה.
כבר מתחילת שלטונה מנעה קלאופטרה מאחיה ליהנות מסממני שלטון אופייניים, ודאגה ששמה בלבד יופיע על המסמכים הרשמיים ועל מטבעות הממלכה. קלאופטרה בלטה מאוד בחינוכה הטוב ובהשכלתה הרחבה. היה לה ידע רב במדע, בספרות ובאמנות והיא שלטה במספר רב של שפות. האידאולוגיה השלטונית של קלאופטרה הושתתה על ניסיונה להחזיר למצרים את כוחה וזוהרה ההיסטורי מחד, ועל רצונה לטפח קשרים עם הרפובליקה הרומית הגדולה והחזקה מאידך. קלאופטרה עשתה מאמצים רבים לחדש מסורות דתיות עתיקות של ימי פרעוני מצרים יחד עם הפצת ההשכלה ההלניסטית, והפיכת בירתה אלכסנדריה למרכז תרבות מודרני.
אנשי החצר לא אהבו את עצמאותה בקביעת מדיניות וכן את אי תלותה הגוברת במנגנון, ופעלו נגדה. הם העדיפו להתחבר לתלמי השלושה עשר, שבשל גילו הצעיר היה נתון להשפעתם. קלאופטרה התעלמה מצוואת אביה לשלטון משותף של שני האחים, ושלטה לבדה. מסמך רשמי משנת 51 לפנה"ס אינו מזכיר כלל את שמו של תלמי וקלאופטרה מופיעה בו כשליטה יחידה. בסתיו של שנת 50 לפנה"ס קודם תלמי השלושה עשר על ידי אנשי החצר, להיות שליט בכיר על פני קלאופטרה. הצו המלכותי הראשון שבו שמו מופיע לפני שם אחותו הוצא ב-27 באוקטובר שנת 50 לפנה"ס. למרות זאת, השלטון המעשי לא היה בידי תלמי, אלא בידי הסריס פותינוס ששימש עוצר בשמו של תלמי. עצמאותה של קלאופטרה באה לידי ביטוי כששלחה בשנת 49 לפנה"ס שייטת בת 60 אוניות עם דגן לעזרת פומפיוס. מעשה זה עורר זעם באלכסנדריה, כי התושבים ראו בו מעשה של חנופה כלפי רומא, והמשך המדיניות שבה נהג אביה של העדפת האינטרסים של רומא על פני האינטרסים של מצרים. חוגי החצר, שחששו מפני עצמאותה הגוברת, העדיפו את אחיה הצעיר הנתון להשפעתם, והיא הואשמה בכך שהיא רוצה להדיחו. בקיץ 49 לפנה"ס נעלם שמה של קלאופטרה מהמסמכים הרשמיים.
באביב 48 לפנה"ס נאלצה קלאופטרה לברוח מחצר המלכות, ותלמי השלושה עשר נותר השליט היחיד. קלאופטרה ברחה כדי לגייס צבא שיסייע לה במאבקה על השלטון, ואחותה ארסינואי הצטרפה אליה למסע. לפי מקור מאוחר יותר, היא ברחה קודם לתבאי במצרים העליונה בניסיון לקבל סיוע, אך לא הצליחה בכך. לאחר מכן ברחה לסוריה. משם עברה לאשקלון, שתושביה קיבלו אותה בהתלהבות רבה. העיר הייתה בעלת ברית של מלכי בית תלמי לאחר שהאחרונים עזרו לה להתנתק משלטון החשמונאים, והפכו את העיר לאוטונומיה. לאות תודה טבעה אשקלון מטבעות שנשאו את דיוקנה של קלאופטרה. היא קיבלה כנראה גם סיוע בגיוס צבא מהממלכה הנבטית.
בקיץ 48 לפנה"ס הייתה קלאופטרה מוכנה לחזור למצרים עם הצבא אותו גייסה כדי להיאבק על השלטון. תלמי השלושה עשר ויועציו ידעו על גיוס הצבא על ידי קלאופטרה, והיו מוכנים לכך. הצבא שגויס למאבק נגדה כלל 20,000 חיילים, והורכב משרידי צבאו של גביניוס, שודדי ים מסוריה ואזור קיליקיה ועבדים נמלטים. צבאו של תלמי היה חזק יותר מצבאה של קלאופטרה, ונמצא תחת פיקוד מצביא בשם אכילאס. האחרון צעד עם צבאו מזרחה למרחק 50 ק"מ מהעיר פלוסיום ותפס עמדה בנקודה אסטרטגית ליד הר קסיוס . קלאופטרה וצבאה הגיעו למצרים דרך מדבר סיני ונערכו מול צבאו של תלמי. שני הצבאות ניצבו זה מול זה במשך ימים, אך נמנעו מלפתוח בקרב. האירוע ששינה את המצב היה הגעתו של המצביא הרומי גנאיוס פומפיוס מגנוס לחופי מצרים.
בשנת 48 לפנה"ס הייתה מלחמת האזרחים ברומא בשיאה. הצבא של הסיעה האופטימטית ברומא, בפיקודו של פומפיוס, הובס בקרב פרסלוס על ידי צבאו של יוליוס קיסר. בעקבות התבוסה נאלץ פומפיוס לנוס על נפשו למצרים, בה בחר בגלל העזרה הרבה שהגיש לתלמי השנים עשר במאבקו לחזור לשלטון במצרים בעת המרד נגדו. מטרתו הייתה לבקש את עזרת תלמי השלושה עשר בהמשך מלחמתו נגד יוליוס קיסר. ספינתו הגיעה ב-28 בספטמבר 48 לפנה"ס לחוף המצרי ליד הר קסיוס ממזרח לפלוסיום. למחרת הגיעה משלחת מצרית קטנה, שכללה את נציגיו של המלך תלמי בראשות המצביא אכילאס, אל ספינתו של פומפיוס. הם שכנעו את פומפיוס לרדת לחוף בסירתם, ובדרך מהספינה לחוף רצחו אותו וערפו את ראשו, כשתלמי צופה במעשה מרחוק. תלמי השלושה עשר הורה לרצוח את פומפיוס בתקווה להוכיח לקיסר את נאמנותו, ולהימנע מלספק לקיסר סיבה לפלוש למצרים ולהשתלט עליה. שלושה ימים לאחר מכן, ב-2 באוקטובר 48 לפנה"ס, הגיע קיסר לאלכסנדריה. עוד בהיותו על הספינה, הגיע אליו תאודוטוס, שהיה המורה לרטוריקה של תלמי ומאנשי פמלייתו, והגיש לו כמתנה את ראשו הכרות ואת טבעת החותם של פומפיוס. מסופר שקיסר הזדעזע ממראה ראשו הכרות של אויבו.

במצרים

קיסר הגיע למצרים בראש כוח חלוץ קטן, שכלל כשמונה מאות פרשים ושלושת אלפים מאתיים רגלים כבדים (לגיונרים). הוא נכנס לאלכסנדריה בתהלוכה צבאית, השתלט על חלק ממתחם ארמון המלוכה, והחרים אותו לצורך מגוריו. התנהגותו ככובש ולא כבעל ברית, פגעה ברגשותיהם של תושבי אלכסנדריה. על פי גולדסוורת'י, אחת ממטרותיו של קיסר במסעו למצרים הייתה להשיג כסף כדי לממן את שכר החיילים בצבאו. מסיבה זו הוא החליט להישאר במצרים לאחר שהושגה מטרתו המקורית, תפיסתו או חיסולו של פומפיוס. גם השינוי לרעה שחל במזג האוויר מנע מספינותיו לעזוב את נמל אלכסנדריה. מיד לאחר הגעתו זימן קיסר כוחות נוספים לתגבר את צבאו באלכסנדריה. הוא טען, שעל תלמי השלושה עשר לשלם לו סכום של 17.5 מיליון דינרים, בהתאם להסכם שנערך עם אביו תלמי השנים עשר בשנת 59 לפנה"ס. בנוסף, הוא דרש ממנו לשלם חוב של תלמי השנים עשר לרביריוס פוסטומוס (Rabirius Postumus), חוב שקיסר ערב לו. הוא דרש מתלמי תשלום מידי של 10 מיליון דנארים כדי לממן את הוצאות צבאו. תלמי השלושה עשר ויועציו זעמו על דרישותיו של קיסר.
קיסר הגיע למסקנה כי מניעת מלחמה בין קלאופטרה ובין אחיה תלמי היא אינטרס חיוני עבורו, ולפיכך הזמין אותם לבוררות בפניו. פותינוס הגיע לאלכסנדריה עם תלמי אך לא פיזר את צבאו, שהמתין ממזרח לפלוסיום. מצבה של קלאופטרה היה קשה, והסיכוי שצבאה החלש יצליח להביס את צבאו של תלמי היה נמוך מאוד. הדרך היחידה שבה יכלה לשנות את מצבה, הייתה לנסות להשפיע על קיסר לעמוד לצדה בפגישה אישית עמו. על פי ההיסטוריון היווני פלוטרכוס (120-45 לספירה), הגיעה קלאופטרה לאלכסנדריה בסתר בסירה, והצליחה לחדור לתוך הארמון כשהיא מלווה רק על ידי החצרן הנאמן שלה, אפולודורוס מסיציליה. כדי שלא יחשפו חיכו השניים לחשכה, ואז נכנסה קלאופטרה לשק עם כלי מיטה. אפולודורוס הביא את השק לחדר שבו ישב קיסר, ואז פתח אותו וקלאופטרה התגלתה לפני קיסר במלוא הדרה. יש חוקרים המפקפקים באמינות סיפורו של פלוטרכוס, בטענה שלא סביר שאדם זר הנושא שק היה מורשה להיכנס לחדרו של קיסר, וטוענים שאין לו אישוש ממקורות נוספים.
בעת המפגש ביניהם הייתה קלאופטרה בת 21 וקיסר בן 52. על פי המקורות העתיקים היא הייתה אישה יפה ובטוחה בעצמה. גם דיו קסיוס וגם פלוטרכוס טוענים שהיא תכננה את המפגש לפרטי פרטים, כך שתופיע בפניו בצורה מושכת. גולדסוורת'י מעלה את ההשערה שהיא הייתה בתולה בעת המפגש ביניהם. הוא לא בטוח כלל שנישאה לתלמי השלושה עשר, וגם אם נישאה, ייתכן והנישואים לא מומשו. לעומתה היה קיסר גבר מנוסה מאוד (באותה עת היה נשוי בשלישית) ובעל עבר עשיר של פרשיות אהבים עם נשות אצילים וסנטורים ברומא.
את הלילה בילתה קלאופטרה במיטתו של קיסר. למחרת בבוקר גילו תלמי השלושה עשר ויועציו את דבר בואה של קלאופטרה לארמון והמפגש האינטימי שלה עם קיסר. תלמי יצא במהירות מהארמון, השליך את כתרו וצעק באוזני ההמון שקיסר בגד בו, אך קיסר החזיר אותו לארמון, וערך את הליך הבוררות שהתחייב לבצע. בעקבות הבוררות פרסם קיסר הודעה המבטיחה את קיום צוואת תלמי השנים עשר לשלטון משותף של שני האחים. פרסום ההחלטה הרגיע את זעם ההמון שהתאסף סביב הארמון. בנוסף, וכחלק ממאמצי ההרגעה, מינה קיסר את ארסינואי יחד עם אחיה תלמי הארבעה עשר למושלי קפריסין, ובכך החזיר את האי לשלטון בית תלמי לאחר שסופח לאימפריה הרומית בשנת 58 לפנה"ס.
קיסר השתכן בארמון, וקלאופטרה שכנעה אותו ברצונה להיות בעלת ברית של רומא, ובכך רכשה את תמיכתו בתביעתה לכתר מצרים, ורתמה אותו לשירות האינטרסים שלה.
החלטת הבוררות לא תאמה את רצונם של אנשי החצר בראשות פותינוס, והם הסיתו את תלמי השלושה עשר נגד קיסר וקלאופטרה. הם גם הפעילו את אכילאס שהחל לצעוד בראש צבא של 20,000 איש ממזרח לפלוסיום עד אלכסנדריה, והטיל מצור על קיסר. צבאו של קיסר התבצר בארמון, בנמל הסמוך לארמון ובאי פארוס, וחיכה לכוח תגבור שעמד להגיע מפרגמון. הוא הצליח לשמור על קשר בדרך הים עם כוחותיו מחוץ למצרים, באמצעות שריפת הצי התלמיי שנותר ללא הגנה בנמל. במהלך השריפה אחזה האש גם בספרייה הגדולה ונשרפו כ-40,000 ספרים. יחד עמו שהו בארמון קלאופטרה השביעית, אחותה ארסינואי, תלמי השלושה עשר, תלמי הארבעה עשר ופותינוס. קיסר פיקד על הלחימה בשעות היום ובערב חזר לארמון ובילה עם קלאופטרה ועם חבריו במשתה.
במהלך המצור על הארמון הוצא פותינוס להורג כמשתף פעולה עם התוקפים. לקראת סוף שנת 48 לפנה"ס הצליחו אנשי החצר לשכנע את ארסינואי הרביעית להצטרף לצבא הצר על הארמון ולעמוד בראשו, והיא ברחה מהארמון עם הסריס שגידל אותה, גנימדס (Ganymedes). לאחר שפרץ עימות בין המצביא אכילאס לגנימדס, הורתה ארסינואי להרוג את אכילאס. בתחילת שנת 47 לפנה"ס, לאחר שהמצור על קיסר התהדק, התנהל משא ומתן בין הצדדים. הכוח הצר, בראשותו של גנימדס, הציע לתת לתלמי השלושה עשר לעזוב את הארמון, תוך הבטחה שבתמורה תימסר ארסינואי לידי קיסר, והם יקבלו את מרותו של תלמי השלושה עשר. קיסר שגם רצה להראות שאין לו כוונה לפגוע בתלמי השלושה עשר, נענה להצעה ונתן לו לעזוב בשלום את הארמון, אך מיד לאחר ששוחרר העמיד תלמי את עצמו בראש הצבא הצר על הארמון ובראש המחנה המתנגד לרומאים.
כוח התגבורת שהזעיק קיסר לעזרתו, היה מורכב מחילות עזר מאסיה הקטנה בפיקודו של מיתרידטס מפרגמון, שהיה אחד מבעלי בריתו של קיסר במלחמת האזרחים ברומא. הכוח כלל גם שלושת אלפים חיילים יהודים בפיקודו של אנטיפטרוס האדומי. הכוח צעד למצרים דרך ארץ ישראל, חצה את מדבר סיני, הגיע לפלוסיום, ודרך הזרוע המזרחית של הנילוס, הגיע לממפיס ומשם לאלכסנדריה, כדי לחבור לצבאו של קיסר. צבאו של תלמי השלושה עשר ניסה למנוע את הגעת כוח התגבורת לאלכסנדריה, אך צבאו של קיסר היה מהיר ממנו, עקף את אגם מריוט והתאחד עם כוחו של מיתרידטס. הכוח המשותף תקף את הצבא המצרי, ובקרב בן יומיים שהתקיים במרץ 47 לפנה"ס, נטבח חלק גדול מצבאו של תלמי. תלמי השלושה עשר עצמו ניסה לחצות את הנילוס בסירה כדי להימלט, אך טבע יחד עם נמלטים נוספים. לאחר הניצחון המכריע בקרב זה, נכנעה אלכסנדריה בפני קיסר.
תומכיו של תלמי בקרב אנשי החצר, וראשי המתנגדים להחלטת הבוררות של קיסר שעדיין נותרו בחיים, הוצאו להורג או נמלטו. אחותה של קלאופטרה ארסינואי נלקחה בשבי. קיסר דאג להשיא את קלאופטרה לתלמי הארבעה עשר, והפך אותו למלך שותף לצידה. תלמי הארבעה עשר היה אז בגיל 12–13 שנים וקלאופטרה בגיל 22–23, ולכן הוא לא היווה איום על שלטונה במצרים. השניים קיבלו את הכינוי המשותף "תאוס פילופטור" שמשמעותו "אלים אוהבי אביהם". בנוסף, הם קיבלו מידי קיסר את השלטון על קפריסין ובכך החזירו למצרים מקצת מתהילת עברה. בפועל היה השלטון בידיה של קלאופטרה והתואר מלך ניתן לתלמי הארבעה עשר רק פורמלית. הנישואים ביניהם נערכו בשל מסורת בית תלמי שקבעה שאישה לא תוכל לשלוט לבדה במצרים. למרות נישואיה, המשיכה קלאופטרה את הקשר האינטימי שלה עם קיסר.
אף שמלחמת האזרחים ברומא עדיין לא הסתיימה, נשאר קיסר עוד מספר חודשים עם קלאופטרה במצרים. זאת הייתה חופשתו הראשונה הארוכה לאחר שנים רבות של מסעות מלחמה. הם בילו חלק מזמן זה במסע שיט על הנילוס למצרים העליונה, הגיעו עד גבול אתיופיה של היום, וביקרו גם במקדשים של תבאי. בראשית יוני 47 לפנה"ס עזב קיסר את מצרים לרומא, והשאיר במצרים שלושה לגיונות רומאיים, כשהסיבה הרשמית להשארת הכוח הייתה להגן על קלאופטרה ותלמי.
ב-23 ביוני 47 לפנה"ס ילדה קלאופטרה בן, שקיבל את השם תלמי קיסר. אנשי אלכסנדריה כינו אותו "קיסריון" (קיסר הקטן). קלאופטרה קיוותה שבן מזרעו של יוליוס קיסר יוכל לשלוט בעתיד במצרים ולקבל הכרה בשלטונו מרומא, ואילו קיסר ראה בו אמצעי לשלוט באופן עקיף על מצרים, שהייתה מדינה עשירה ביותר, ושימשה גם כאסם התבואה של רומא. שהייתו הממושכת של קיסר במצרים אפשרה לאויביו ברחבי האימפריה הרומית להתארגן מחדש ולהמשיך במלחמה נגדו. קיסר מעולם לא הכיר פורמלית בקיסריון כבנו. קלאופטרה לא הייתה אזרחית רומאית ובנה נולד מחוץ למסגרת הנישואים, כך שלפי חוקי רומא ממילא לא יכול היה לשמש כיורשו.

ברומא

בקיץ של שנת 46 לפנה"ס הפליגה קלאופטרה לרומא כדי להיות בחברתו של קיסר, וגם רצתה לזכות בברית כתובה עם הרפובליקה הרומית. היא צירפה לפמליה גם את תלמי הארבעה עשר ואת בנה. באותה עת שהה קיסר ברומא, לאחר שהביס את צבאות תומכי הסנאט בצפון אפריקה באביב אותה שנה. הייתה זו הפעם הראשונה שקיסר ראה את בנו, קיסריון. בתקופת שהותה ברומא התגוררה קלאופטרה בביתו של קיסר (למרות היותו נשוי לאישה רומית) מעבר לטיבר, שהיה מחוץ לתחום המקודש של העיר רומא (הפומריום Pomerium). אירוח כזה של שליטים זרים היה חלק מהמסורת הפוליטית ברומא, כפי שתלמי השנים עשר התארח בביתו של פומפיוס כעשר שנים קודם לכן. בין 21 בספטמבר ו-2 באוקטובר שנת 46 לפנה"ס, ערך קיסר ארבעה מצעדי ניצחון. מצעד הניצחון השני הוענק לו עבור ניצחונו במערכה במצרים. בין השבויים במצעד זה הייתה גם ארסינואי, שנשלחה לאחר מכן לגלות במקדש של ארטמיס באפסוס שבאסיה הקטנה. קיסר לא חי ביחד עם קלאופטרה בווילה. הקשר האינטימי ביניהם נמשך, אך הוא לא שמר על נאמנות לה. הוא היה עסוק מאוד במימוש תוכניותיו ובהשלמת השתלטותו על כל שטחי האימפריה הרומית, שחלקם נשלטו עדיין בידי תומכי הסנאט. בעת היותו באפריקה ניהל קיסר פרשת אהבים גם עם אונואה (Eunoe), אשתו של בוגוד מלך מאוריטניה. במהלך שהותה ברומא בשנת 46 לפנה"ס הצליחה קלאופטרה, בעזרתו של קיסר, להשיג את מטרותיה העיקריות. היא ותלמי קיבלו הכרה הרשמית של הסנאט הרומאי כשליטים של מצרים, ובנוסף הם קיבלו את התואר "בני ברית וידידים של העם הרומי".
בנובמבר 46 לפנה"ס יצא קיסר לספרד כדי להכניע את כוחות תומכי הסנאט (ה"פומפיאניים") בשטח זה, במסגרת מלחמת האזרחים שעדיין לא הסתיימה. גולדסוורת'י טוען שקלאופטרה ופמלייתה חזרו למצרים בסמוך ליציאת קיסר לספרד. לטענתו אין מקורות התומכים בהשערה שהיא נשארה ברומא במשך שנה וחצי בהמתנה לשובו של קיסר, ולא סביר שהשאירה את מצרים ללא נוכחותה למשך פרק זמן ארוך כל כך. קלאופטרה, קיסריון וכנראה גם תלמי הארבעה עשר יצאו שוב לרומא בסוף 45 או בתחילת 44 לפנה"ס, והשתכנו שוב בווילה של קיסר מעבר לטיבר. התנהלות זו נראתה לאזרחי רומא כגינונים של מלך הלניסטי. אולם לקיסר לא הייתה כוונה להכיר בקיסריון כיורשו. לאחר חזרתו ממסע המלחמה בספרד כתב קיסר צוואה חדשה, שבה קבע את אוקטביאנוס כבנו המאומץ וכיורשו, ולא הזכיר כלל את קיסריון.
חלק מהחוקרים סוברים שבאותה תקופה שימשה קלאופטרה כיועצת ראשית לקיסר והשפיעה רבות על מהלכיו הפוליטיים ועל הפיכתו ההדרגתית לדיקטטור ברומא. גולדסוורת'י טוען שאין כל הגיון בטענה זאת. הרומאים לא אהבו את "הפילגש המצרית" של מנהיגם, במיוחד לאחר שקיסר הציב פסל מזהב בדמותה במקדש ונוס גֶנֶטְריקְס (ונוס האם) שעמד בפורום קיסר (ונוס גנטריקס הייתה האם המיתית של בית האב הפטריקי של קיסר, ה"יוליי"). המקור לסיפור על הפסל היה אפיאנוס, ועל פיו הפסל שכן במקדש גם 150 שנים לאחר מכן. גולדסוורת'י מעלה השערה שהפסל אולי היה של אחת האלות או של איזיס שתכופות זוהתה איתה, ולא פסל של קלאופטרה. הקשר האינטימי שלו עם קלאופטרה הקשה על קיסר להשיג תמיכה ציבורית במהלכיו הפוליטיים. מתנגדי קיסר חששו שהוא שואף להפוך למלך או לשליט יחיד ברומא, ופרשת האהבים שניהל עם קלאופטרה הוצגה על ידי מתנגדיו כתשוקה לנשים שהיא תכונה של מלך עריץ. בנוסף נפוצה שמועה ברומא שהסנאט עומד לאשר הצעת חוק של טריבון הפלבס הלוויוס קינה (Helvius Cinna) שלפיה קיסר יוכל לשאת נשים רבות. קלאופטרה, כאביה בשעתו, טיפחה את קשריה עם רומאים חשובים בעזרת מתנות שנתנה להם. בין השאר, הבטיחה להעניק לקיקרו ספר נדיר, אך לא עמדה בהבטחתה ובכך עוררה את איבתו.
מצב דברים זה נמשך עד אידו של מארס, 15 במרץ 44 לפנה"ס, כשברוטוס ושותפיו לקשר רצחו את קיסר בבניין הסנט הרומי. רצח קיסר, שהיה מגינה של קלאופטרה, העמיד אותה במצב קשה, משום ששלטונה במצרים היה תלוי בתמיכתו ובהגנתו של קיסר. היא איבדה את מגינה הפוליטי ואת מאהבה. היא גם לא ידעה מה תהיה עמדתו של מפקד הכוח הצבאי הרומאי שקיסר השאיר במצרים כדי להגן על שלטונה. אישית לא נשקפה לה סכנה, משום שהיא לא הייתה אזרחית רומא ולא הייתה לה יכולת השפעה על המאבק הפנימי שהתחולל ברומא לאחר הרצח. מתוך חשש לחייה ולחיי בנה, היא המתינה ברומא מספר שבועות עד התבהרות המצב, תוך שהיא עוקבת אחר האירועים. גולדסוורת'י מניח שהיא חיכתה במטרה לקבל הכרה רשמית בשלטונה על מצרים ואולי אישור למעמדה כבעלת ברית של רומא. כחודש לאחר הרצח, ולאחר שהשקיעה מאמצים להבטחת מעמדה, הפליגה קלאופטרה חזרה למצרים כדי להבטיח את המשך שלטונה שם. מכתב של קיקרו מתאריך 16 באפריל 44 לפנה"ס מציין שקלאופטרה עזבה את רומא.

חזרתה של קלאופטרה למצרים

באפריל 44 לפנה"ס יצאו קלאופטרה ופמלייתה בחזרה למצרים כדי לחזק את שלטונה, כשיוליוס קיסר כבר לא נמצא כדי לתמוך בה. במאי 44 לפנה"ס הפיץ קיקרו ברומא שמועה שהיא ובנה מתו בדרך. חודש לאחר מכן כתב "אני שונא את המלכה". קלאופטרה השאירה ברומא סוכן שידאג לאינטרסים שלה, וזאת בהתאם לנוהג שהיה קיים ברומא, שבה סוכנים היו משחדים את הסנטורים כדי שיתמכו בהם. באוגוסט 44 לפנה"ס, תלמי הארבעה עשר כבר לא היה בחיים. יוסף בן מתתיהו, ששנא את קלאופטרה, כתב שהיא הרעילה אותו. אם אמנם כך הוא מת, זה תואם את שיטת בית המלוכה התלמיי, שבו רבים מבניו ובנותיו נרצחו על ידי בני משפחתם במסגרת מאבקי שלטון. מותו של תלמי הארבעה עשר, שהיה באותה עת כבן 15, הסיר מעל קלאופטרה איום של מאבק נוסף עם אח מתבגר וצובר כוח. מכל ילדיו של תלמי השנים עשר נשארו רק קלאופטרה וארסינואי שהייתה בשבי נוח באפסוס.
קלאופטרה ניצלה את מותו של תלמי הארבעה עשר כדי להכתיר את בנה קיסריון בן ה-4 כמלך לצידה בשם תלמי החמישה עשר.
בעקבות רצח קיסר, התנהל ברומא מאבק בין תומכי קיסר, בראשותם של אוקטביאנוס ומרקוס אנטוניוס, ומתנגדיו, תומכי שלטון הסנאט, בראשות מרקוס יוניוס ברוטוס וגאיוס קסיוס לונגינוס. השפעה רבה הייתה גם למרקוס אמיליוס לפידוס, שהיה תומך בולט נוסף של קיסר. במצרים נשארו ארבעה הלגיונות שהושארו במצרים על ידי קיסר כדי להגן על שלטונה. לאחר רצח קיסר, נוכחות כוח צבאי במצרים יכולה הייתה להביא למעורבות קלאופטרה במאבק, ובכך הפכה נוכחותם לגורם המסכן את המשך שלטונה של קלאופטרה. ארבעת הלגיונות בפיקודו של הלגאטוס אולוס אליאנוס, העבירו את תמיכתם למחנה הקושרים, בראשותו של קסיוס, ועזבו את מצרים צפונה כדי לסייע לו במלחמת האזרחים הרומאית החדשה. לאחר עזיבתם נותרה קלאופטרה עם כוח קטן של שכירי חרב, שלא היה מסוגל להתמודד כנגד צבא רומאי. קסיוס ביקש מקלאופטרה סיוע בכסף, דגן וספינות, אך היא סירבה בטענה שהמצב הכלכלי הקשה של מצרים אינו מאפשר זאת. באותה עת סבלה מצרים מרעב ומחלות בעקבות הזנחה ארוכת שנים של תעלות ההשקיה. שלטונה של קלאופטרה נותר תלוי לחלוטין בתמיכת רומא. בשנת 44 לפנה"ס, בעיצומה של המלחמה, הציע אנטוניוס להעניק לארסינואי את השלטון על קפריסין. הצעה זאת לא הגיעה לידי מימוש.
בנובמבר 43 לפנה"ס, לאחר משא ומתן ממושך, החליטו אוקטביאנוס, אנטוניוס ולפידוס לייסד את הטריאומווירט השני. קלאופטרה שמעה על כך והדבר חיזק את החלטתה להתנגד לקסיוס ולתמוך במחנה הטריאומווירט. היא המשיכה למצוא תירוצים מדוע אינה יכולה לסייע לקסיוס. הוא החל לחשוד בה ושלח הוראות לסרפיון (Serapion), מושלה של קלאופטרה בקפריסין, שנמנה עם תומכיו. קלאופטרה חששה תמיד שארסינואי תוחזר לשלוט על קפריסין. קסיוס ששלט על אפסוס, מקום שהותה של ארסינואי, השתמש בכך כאיום נגדה. קלאופטרה ארגנה פלגה של ספינות בהתאם להוראותיו של קסיוס, אבל במקום לבוא לעזרתו, הובילה בשנת 42 לפנה"ס את הצי לעזרת כוחות הטריאומוויראט. המהלך הנועז נכשל כתוצאה ממזג האוויר הקשה, שגרם לטביעת ספינות רבות, ואילץ את שרידי המשלחת לחזור לאלכסנדריה. קלאופטרה הורתה על בניית ספינות נוספות במקום הספינות שאבדו, אבל בינתיים הוכרעה מלחמת האזרחים ברומא לטובת הטריאומווירט השני בקרב פיליפי באוקטובר 42 לפנה"ס, שבמהלכו הובסו צבאותיהם של קסיוס וברוטוס. העלות של בניית הצי על ידי קלאופטרה הייתה גדולה מאוד, וכתוצאה מכך היא נאלצה להפחית את כמות הכסף במטבעות, צעד שפגע ביציבות הכלכלית של מצרים, שגם קודם לכן לא הייתה במצב שפיר.
במהלך מלחמת האזרחים השנייה ברומא ניסתה קלאופטרה להלך בין הטיפות, ולהימנע מתמיכה גלויה באחד הצדדים היריבים, כדי לשמור על שלטונה במצרים. הניסיונות החוזרים של אנטוניוס מצד אחד, וקסיוס מצד השני, להמליך את יריבתה, ארסינואי, על קפריסין, היוו איום ממשי על שלטונה. היא ניסתה לעשות את המינימום כדי לזכות בתמיכת הצד המנצח במלחמת האזרחים ברומא, מבלי להתגרות יותר מדי ביריבו.
השנים הרבות של חוסר יציבות שלטונית פגעו קשות בכלכלת מצרים. בשנים 41-43 לפנה"ס סבלה מצרים מיבולים דלים עקב הנזק שנגרם למערכות ההשקיה וירידת מפלס נהר הנילוס. האדמיניסטרציה השלטונית דאגה שתושבי הערים, במיוחד תושבי אלכסנדריה, לא יסבלו יותר מדי ממחסור במזון, כדי למנוע תסיסה חברתית שעלולה לסכן את השלטון. הפקידים התבקשו להימנע מהטלת מיסים כבדים מדי על בעלי האדמות הגדולים, כדי לא לפגוע בתמיכתם בשלטונה של קלאופטרה. למרות זאת ציין יוסף בן מתתיהו שהקהילה היהודית סבלה מאוד. קלאופטרה ניסתה להחזיק את נתיניה מרוצים כדי שיקבלו את שלטונה.
קלאופטרה ראתה בבנה קיסריון את יורשו של קיסר. היא הקימה מקדשים רבים ברחבי מצרים שבחלקם הוצג קיסריון כאל האור, בנו של אוזיריס.

קלאופטרה ואנטוניוס

בשנת 42 לפנה"ס, לאחר קרב פיליפי, נשאר אנטוניוס במזרח, וקיבל את האחריות על השטחים שהיו תחת שליטת האימפריה באזור זה, כולל מצרים. זו הייתה חלוקת עבודה הגיונית בין שלושת חברי הטריאומוויראט. לפידוס נמצא בצפון אפריקה, ונשאר רק לחלק את שאר חלקי האימפריה הרומית בין אנטוניוס לאוקטביאנוס. אנטוניוס היה מבוגר יותר, מעורה בתרבות ההלניסטית ומנוסה יותר. המלחמה הארוכה פגעה קשות בכלכלה ובארגון של הפרובינקיות הרומיות במזרח והייתה לפניו עבודה רבה. הוא החל לטפל בהבטחת נאמנותם של המלכים הקליינטים של רומא ומושלי המחוזות השונים, תוך שהוא מעניש בחומרה את השליטים שהתייצבו לצד הקושרים ברוטוס וקסיוס במהלך מלחמת האזרחים שפרצה לאחר רצח יוליוס קיסר.

המפגש בטרסוס והביקור הראשון של אנטוניוס במצרים

בתחילת שנת 41 לפנה"ס זימן אנטוניוס את קלאופטרה לפגוש אותו בעיר טרסוס בקיליקיה שבאסיה הקטנה. קלאופטרה הייתה מעוניינת מאוד לפגוש אותו, כדי להבטיח את תמיכתו בהמשך שלטונה על מצרים. מצרים העשירה הייתה המקור הגדול ביותר לחיטה ולכסף במזרח אגן הים התיכון, ואנטוניוס רצה להיות בטוח שיוכל להסתמך על משאביה במסגרת מסע המלחמה שתיכנן כנגד האימפריה הפרתית. נאמנותה של קלאופטרה הייתה מוטלת בספק בעיני אנטוניוס עקב העזרה שהושיט מושל קפריסין מטעם בית תלמי לרוצחיו של קיסר, וכן הבטחותיה לקסיוס. מצד שני, הספינות ששלחה לעזרת הטריאומוויראט לא הגיעו ליעדן. אנטוניוס ביקר במסגרת סיוריו באסיה הקטנה גם באפסוס, שם שהתה ארסינואי, וייתכן שבדק את האפשרות להחליף את קלאופטרה בה, מתוך מחשבה שהיא תהיה שליטה נוחה יותר עבורו לצורך קבלת משאבים ממצרים.
אנטוניוס שלח לאלכסנדריה את קווינטוס דליוס (Quintus Dellius) כדי לזמן אותה למפגש. דליוס תיאר את האירועים בכתביו שלא שרדו, אך ככל הנראה שימשו כאחד המקורות של פלוטרכוס. על פי דיווחו (של דליוס), הוא זיהה מיד שאישה כמו קלאופטרה יכולה להקסים את אנטוניוס ולהשפיע עליו, ולכן החליט לעזור לה כדי שהיא תהיה חייבת לו. קלאופטרה לא מיהרה להיענות לזימון. היא הייתה נחושה להגיע לטרסוס במלוא הדרה, ודאגה לבנות ספינה מיוחדת שתשמש את חלקו האחרון של המסע במעלה נהר קידנוס (Cydnus, כיום נהר ברדן). מפרשי הספינה היו בצבע סגול, החרטום מזהב, והחותרים חתרו עם משוטים שקצותיהם מוכספים, לצלילי מוזיקה של חלילים, אבובים ולירות. קלאופטרה הייתה שרועה מתחת לחופה רקומה בזהב, מקושטת כמו ציור של אפרודיטה, מוקפת בנערי עבדים מחופשים לארוס, שקיררו אותה עם מניפות. קטורת בכמות גדולה הפיצה ריח נעים שהגיע לחוף. בנוסף הציבה את אמתה היפה ביותר לבושה כדמות מיתולוגית באזור ההגאים והחבלים. האפקט שקלאופטרה ניסתה לעשות, הצליח. קהל רב התאסף לאורך גדות הנהר באומרו שאפרודיטה הגיעה. אנטוניוס הוקסם ממנה ומצא אותה מאוד מושכת ומאתגרת. בעת המפגש ביניהם קלאופטרה הייתה בת 28 בשיא יופייה, אנטוניוס היה בן 42, גבר נאה, מנוסה, בטוח בעצמו ובעל עוצמה מתוקף תפקידו. כל אלה הפכו אותו לגבר מושך למלכה המצרית. זמן קצר לאחר המפגש ביניהם הם הפכו לנאהבים.
בעקבות הביקור שלה, בחר אנטוניוס לבלות את החורף של שנת 41–40 לפנה"ס עם קלאופטרה באלכסנדריה. אלכסנדריה הייתה עיר חשובה, דבר שהיה יכול להצדיק את שהייתו בה, אבל מוקד המשיכה העיקרי היה קלאופטרה. עבודתו השוטפת נמשכה, ומשלחות של שליטים מקומיים וערים מהמזרח הקרוב הגיעו לעיר כדי להיפגש איתו. עם זאת הם השקיעו חלק גדול מזמנם בבילוי, במשתה ובהימורים בקנה מידה מוגזם. ההגזמה באה לידי ביטוי גם בקישוטים ובבגדי המשתה. הכל נעשה בפאר של חצר מלוכה הלניסטי. מיחסים אלה נולדו בשנת 40 לפנה"ס התאומים קלאופטרה סלנה השנייה ואלכסנדר הליוס.
לדרישתה של קלאופטרה, הורה מרקוס אנטוניוס לרצוח בשנת 41 לפנה"ס את ארסינואי. הרצח זעזע את העולם העתיק, שכן ארסינואי הייתה בשלב זה נטולת שאיפות וכוח פוליטי ולא היוותה איום ממשי על שלטונה של קלאופטרה, ולכן הרצח נתפס כסתמי. בנוסף הרצח תרם לדימויו של אנטוניוס כמשרתה ועושה דברה של קלאופטרה, דימוי שיריביו הפוליטיים עשו בו שימוש נגדו בהמשך.
למרות קשרי האהבה ביניהם, האינטרסים הפוליטיים של אנטוניוס אילצו אותו לעזוב באביב 40 לפנה"ס את מצרים ואת קלאופטרה ולחזור לרומא. בספטמבר 40 לפנה"ס הגיע אנטוניוס להסכם עם אוקטביאנוס בברונדיסיום לגבי חלוקת שטחי פיקוד והשפעה של האימפריה הרומית ביניהם. הצורך בהסכם ברונדיסיום נוצר על רקע הסכסוך המתמיד ביניהם, ונבע גם ממעשיהם של אחיו של אנטוניוס לוקיוס אנטוניוס ואשתו המתה פולביה שפעלו נגד אוקטביאנוס בניסיון לבסס את משפחתם כשליטים היחידים ברומא. במסגרת הסכם זה הוגדר תחום שליטת אנטוניוס במזרח. לחיזוק הברית ביניהם, נשא אנטוניוס לאישה את אוקטביה, אחותו של אוקטביאנוס. הוא שהה באיטליה כשנה, כאשר חזר לאזור שליטתו במזרח יחד עם אשתו שאותה כנראה אהב, הוא העדיף לקבוע את מקום מושבו באתונה ולא באלכסנדריה. בשנת 39 לפנה"ס נולדה בתו אנטוניה, הבת הראשונה מתוך שתי בנות שילדה לו אוקטביה.

המלחמה בפרתים והמפגש השני בין קלאופטרה ואנטוניוס

אנטוניוס שאף להאדיר את שמו ולבסס את עליונותו כמצביא, על ידי ניצחון מרשים על הפרתים. מרד שפרץ בסיציליה, בהנהגתו של סקסטוס פומפיוס בנו של גנאיוס פומפיוס מגנוס, העסיק את הצבא שהובטח לו לצורך המלחמה, ואנטוניוס נותר בחוסר מעש. סכסוך חדש עם אוקטביאנוס הביא לחתימת ברית חדשה ביניהם בשנת 38 לפנה"ס. הטריאומווירט חודש למשך חמש שנים נוספות עד לשנת 33 לפנה"ס, ואוקטביאנוס הבטיח לשלוח את הלגיונות למזרח לצורך מלחמותיו של אנטוניוס.
בשנת 37 לפנה"ס, כשלוש וחצי שנים לאחר המפגש האחרון ביניהם, הזמין אנטוניוס את קלאופטרה למטה שלו באנטיוכיה, כדי לדון בהיקף הסיוע שמצרים תושיט למסע המלחמה שלו. קלאופטרה הופיעה בסוריה כפי שהתבקשה. במפגש ביניהם היא הצליחה להשפיע עליו עד כדי כך, שהוא העביר אליה נכסים שונים ונחלות שהיו בשליטה של רומא בחילת סוריה, קפריסין, כרתים, יריחו, שטח ליד ים המלח שהיה שייך לממלכה הנבטית וחוף צידון. העברת הנחלות נתנה לקלאופטרה מקורות הכנסה רבים ששימשו אותה, אבל גם סייעה לאנטוניוס מתוך ידיעה שנכסים אלה יועמדו לשירותו בכל עת שיזדקק להם. בעקבות העברת הנחלות האלה, קלאופטרה שלטה על טריטוריה שהייתה כמעט כגודלה של הטריטוריה בשיא גדולתו של בית תלמי, במאה השלישית לפנה"ס. אנטוניוס לא הסכים להעביר אליה את השליטה על ארץ ישראל, על שטח הממלכה שהיה בשליטת הורדוס. בדרכה חזרה מאנטיוכיה למצרים, ביקרה קלאופטרה אצל הורדוס, הם דנו בהעברת האזור ליד יריחו לשליטתה והחכרתו מחדש להורדוס, ששילם לה דמי חכירה ומיסים.
קלאופטרה הפכה שוב למאהבת של אנטוניוס, על פי פלוטרכוס ודיו קסיוס הוא הכיר רשמית בשני הילדים שילדה לו, ולקראת סוף החורף היא הייתה בהריון עם ילדם השלישי.
המסע נגד הפרתים, שהתקיים בקיץ 36 לפנה"ס, לא הצליח. אנטוניוס היה נחוש לצאת למסע מלחמה נוסף בשנה שאחר מכן. אוקטביאנוס ברומא החליט לשלוח לאנטוניוס צבא, ושלח את אוקטביה עם אלפיים חיילים וכסף למזרח. אוקטביה שלחה אליו מאתונה מכתב המודיע על התגבורת. תגובת אנטוניוס הייתה שמוטב שתישאר באתונה. מאז לא ראה יותר את אוקטביה, שהייתה בהריון באותה עת. בינתיים נולד לאנטוניוס וקלאופטרה בן נוסף, תלמי פילדלפוס.
מסע המלחמה השני נגד הפרתים היה מוצלח יותר, ובין השבויים החשובים היו גם מלך ארמניה ובניו. אנטוניוס, שרצה מצעד ניצחון, הבין שבאותה עת, סתיו 34 לפנה"ס, לא יוכל לקבלו ברומא, והחליט לקיימו באלכסנדריה. נערכו שתי חגיגות ניצחון, אחת לאנטוניוס ומספר ימים לאחר מכן לקלאופטרה. בחגיגת הניצחון לאנטוניוס, ישבה קלאופטרה על כיסא מוגבה מזהב שהזדקר מעל ההמונים, וקיבלה מהקהל כיבודי אלים. חגיגת הניצחון של קלאופטרה התקיימה בגימנסיון של אלכסנדריה. במקום הוקמה במה מוגבהת שעוטרה בכסף, על הבמה הונחו שני כיסאות מזהב עליהם ישבו אנטוניוס וקלאופטרה, ולמרגלותיהם ישבו הנסיכים. אנטוניוס הכריז על קלאופטרה שהיא עתה "מלכת המלכים" וקיסריון הוא "מלך המלכים". במעמד זה הוכתרו קלאופטרה וקיסריון כשליטי מצרים, קפריסין ולוב. לאלכסנדר הליוס הובטח השלטון על ארמניה, מדי ושאר ארצות מעבר לנהר פרת. קלאופטרה סלנה הוכתרה לשליטת קירנאיקה וכרתים, ותלמי פילדלפוס הוכתר לשליט פניקיה, סוריה עד נהר פרת וקיליקיה. בנוסף לקחה לעצמה קלאופטרה את הכינוי "ניאה איסיס" שפירושו איזיס החדשה, ודאגה שאנטוניוס יוכר בכינוי "אוזיריס-דיוניסוס".
ייתכן שבמועד חגיגת הניצחון קלאופטרה ואנטוניוס היו נשואים. המקורות בנושא בעייתיים. הנושא מוזכר רק כבדרך אגב על ידי בן־מתתיהו ופלוטרכוס. אין התייחסות לכך אצל דיו קסיוס וגם במקורות המצריים הנושא אינו מופיע. רולר מעלה תהייה לגבי ההיגיון שבנישואים כאלה, שהיו פוגעים במעמדו של אנטוניוס ברומא. אי הבהירות גוברת בעקבות דבריו של אנטוניוס בחגיגת הניצחון שקלאופטרה הייתה נשואה לקיסר. ייתכן שהאזכור נוצר כדי לשמש את התעמולה ברומא כנגד אנטוניוס.
ייתכן שקלאופטרה, ואולי גם אנטוניוס, תכננו לייסד שושלת רומית-תלמאית אשר תשלוט על כל מזרח הים התיכון. כך תהפוך מצרים ממדינת חסות רומית למעצמה מזרחית אדירה השווה בגודלה ועוצמתה לממלכתו של אלכסנדר מוקדון. הזוג אנטוניוס וקלאופטרה חיו חיי מותרות כזוג אלים מלכותיים, בהתאם לכינויים שבחרו לעצמם.
קלאופטרה עשתה מאמצים לשמור על היציבות במצרים. מסיבות מעשיות היא נתנה העדפה לקבוצות האוכלוסייה החשובות יותר, ואלה שהיה בהן פוטנציאל של סכנה לשלטונה. העדפה הייתה גם לתושבי אלכסנדריה על פני התושבים בשאר חלקי הארץ. היא המשיכה במסורת של בניית מקדשים כמו מקדש דנדרה, שבנייתו החלה בתקופת אביה. כדי לשמור את תמיכת כוהני כתות הפולחנים השונים, המשיכה לתמוך בתחזוקתם. אין כל התייחסות במקורות האם דאגה גם לשיפור מצבם של פשוטי העם.
בתקופה זו חל שיפור במצב מערכת תעלות המים, שהוזנחו מאוד בעבר בגלל המצב הפוליטי. חל שיפור בתנובה, אבל היא עדיין לא הגיעה לרמה שבה הייתה בשנות היציבות המדינית במצרים. מקורות הכנסה נוספים היו הטריטוריות החדשות שניתנו לקלאופטרה על ידי אנטוניוס. העצים שהגיעו מקיליקיה שימשו לבניית הספינות ולבנייה כללית. בנוסף היא דאגה לפתח את הסחר מנמלי הים האדום עם האזורים בחצי האי ערב, וגם מעבר לו לאזור הודו וסרי לנקה של היום. היא ייבאה למצרים מיריחו את עצי בושם האפרסמון, כדי שהאספקה תהיה מהירה יותר. היא הפכה לאישה עשירה, מקורות ההכנסה, שלה שבאו בחלקם הגדול ממסים, שימשו אותה כדי לתגמל אנשים חשובים במצרים וברומא, לתחזק חצר מלכות מפוארת ברמה גבוהה מאוד, ולממן את כל צרכיו של אנטוניוס, ששימש מגינה, וכך להחזיקו מרוצה ומסופק.

התאבדותם של אנטוניוס וקלאופטרה וסופה של מצרים הפרעונית

למרות המצב אליו נקלעה קלאופטרה בעקבות הניצחון של אוקטביאנוס, היא לא הפסיקה במאמציה לנסות ולשמר משהו מכוחה וחיי ילדיה. את קיסריון, בנה הבכור שמצבו היה המסוכן ביותר בשל היותו בנו של יוליוס קיסר, שלחה עם סכום כסף גדול לכיוון הודו. מצבם של ילדיה האחרים היה פחות מסוכן. היא הבינה שלא ניתן להציל את אנטוניוס, והחליטה לדאוג לעצמה ולילדיה. היא נכנסה למבנה המאוזוליאום שלה שהיה בבנייה, והסתגרה בפנים עם אוצר הכסף שלה, שתי משרתות (איראס וכארמיוֹן) וסריס אחד, ולאחר מכן חתמה את שער הכניסה. היא הורתה לאנשי החצר שלה להודיע לאנטוניוס שהיא התאבדה. בהיוודע לאנטוניוס שהיא מתה, הכעס שלו עליה הפך לצער. על פי פלוטרכוס, הוא הצטער שהיא עשתה את הצעד האמיץ הזה לפניו, ורצה להצטרף אליה. אנטוניוס הסיר את שריון גופו וביקש מאחד מעבדיו להרוג אותו, אך העבד במקום זאת הרג את עצמו. אנטוניוס לקח את החרב ודקר את בטנו. פלוטרכוס מספר שכשקלאופטרה שמעה על כך היא ביקשה להביא את גופתו למאוזוליאום שבו הסתתרה. דיו קסיוס מספר, שהצעקות של עוזריו גרמו לקלאופטרה להציץ מחלון המאוזוליאום, אחד מעוזריו ראה אותה וסיפר על כך לאנטוניוס הגוסס והוא ביקש מהם להביא אותו אליה. כיוון שדלת הכניסה הייתה חתומה, קלאופטרה ועוזריה משכו אותו בעזרת חבל דרך החלון והכניסו אותו למבנה. הוא ביקש ממנה אוכל ויין, וזמן קצר לאחר מכן, ב-1 באוגוסט 30 לפנה"ס, הוא מת.
אוקטביאנוס נכנס לאלכסנדריה ב-1 באוגוסט 30 לפנה"ס, וזימן את אנשיה לגימנסיון, שם נאם בפניהם ביוונית והבטיח להם הסכם ראוי. התאבדותו של אנטוניוס חסכה ממנו התלבטות כיצד לטפל בו והוא יכול היה לגלות נדיבות ולהביע צער על מותו. קלאופטרה היוותה בעיה גדולה יותר, היא הסתגרה במאוזוליאום ואיימה לשרוף עצמה עם כל אוצרותיה. הוא שלח אליה שליח לנהל משא ומתן אבל היא לא בטחה ברצונו הטוב. שליח נוסף נשלח אליה, ובזמן שהוא שוחח איתה דרך הדלת בקומה הראשונה, אחרים נכנסו באמצעות סולם דרך החלון בקומה השנייה, וירדו לתפוס אותה. במאבק נהרג הסריס, וקלאופטרה ושתי המשרתות נתפסו בחיים והובאו כאסירות לארמון.
קלאופטרה נפלה למשכב והייתה חולה מספר ימים. הרופא שטיפל בה דיווח על ימיה האחרונים. דיווח זה הגיע לידי פלוטרכוס שסיפר שהיא איבדה את רצונה לחיות. היא התאוששה מעט כשנאמר לה שאוקטביאנוס רוצה לפגוש אותה תוך שהוא מאיים שיפגע בילדיה. על פי דיו קסיוס היא דאגה להיראות יפה ומוכת צער. במפגש ביניהם היא הקריאה לו מכתב מקיסר, ואוקטביאנוס הבטיח לה שחייה אינם בסכנה. היא התחננה וירדה על ברכיה כשהיא מביעה את רצונה להתאבד, אבל הוא לא נענה לה. בשום שלב לא הועלתה האפשרות שהיא תוצא להורג לאחר המצעד. מעשה כזה מעולם לא נעשה לנשים לאחר מצעדים. אוקטביאנוס יצא מהמפגש בתחושה שהוא החזיר לה את הרצון לחיות.
ב-10 באוגוסט 30 לפנה"ס, קלאופטרה הלכה כנראה לראות את גופתו של אנטוניוס בפעם האחרונה. היא חזרה לארמון, התרחצה ולבשה את בגדי המלכות שלה, ובחברת שתי משרתותיה אכלה ארוחת בוקר מפוארת ואז הרגה את עצמה. משרתותיה דאגו להשכיבה על ספה כשבגדיה ותכשיטיה יראו במיטבם ולאחר מכן נטלו רעל בעצמן. מוקדם יותר היא שלחה מכתב לאוקטביאנוס, מתוך ביטחון שהמכתב לא יגיע אליו בזמן והוא לא יוכל לעצור בעדה, שבו ביקשה ממנו להיקבר לצד אנטוניוס. כשאוקטביאנוס קיבל את המכתב, הוא הבין מיד מה עשתה, אבל זה היה מאוחר מכדי להצילה. שליחיו מצאו אותה מתה ושתי משרתותיה גוססות, כשכארמיון עוד מסדרת את הכתר שעל ראשה. המידע ההיסטורי במקורות העתיקים על דרך התאבדותה של קלאופטרה אינו חד משמעי. על פי פלוטרכוס, היא מתה על ידי הכשת נחש אפעה ארסי שהוברח לחדרה בתוך סל של תאנים. דיו קסיוס טוען שאף אחד לא יודע כיצד מתה, ייתכן שהסל שבו הוברח הנחש היה של פרחים. ייתכן והרעל הוכנס בתוך קנקן מים. שניהם מדווחים גם על מקורות אחרים, על פיהם היא התאבדה בדקירה של סיכת שיער טבולה ברעל, ייתכן והיה זה ארס נחש שנאסף לפני כן. סטראבון מדבר על משחה רעילה. אחד המקורות מספר על שריטה או דקירה על הזרוע שלה. לא ברור מה גרם לכך. אחד עשר ימים לאחר מותו של אנטוניוס, ב-12 באוגוסט 30 לפנה"ס, בגיל 39 או 40, שמה גם קלאופטרה קץ לחייה. התאבדות זאת מנעה מאוקטביאנוס את מימוש שאיפתו להוביל אותה כשבויה במצעד הניצחון ברומא. לאחר מותה גופתה הונחה במאוזוליאום שבנתה לעצמה ליד גופתו של אנטוניוס.
קיסריון, בנה הבכור שנשלח לשם הגנתו למזרח, נבגד על ידי המורה שלו רודיון (Rhodion). בעת היותו בדרכו לים האדום, פותה לחזור לאלכסנדריה ומיד בהגיעו הוצא להורג. כך באה לקיצה שושלת תלמי המפוארת. מצרים הפכה לפרובינקיה רומית בשליטתו הישירה של אוקטביאנוס.
אוקטביאנוס חס על חייהם של שלושת ילדיהם של אנטוניוס וקלאופטרה ושלח אותם לרומא אל אחותו (ואשתו של אנטוניוס) אוקטביה.
מצעד הניצחון על כיבוש אלכסנדריה התקיים ברומא במחצית אוגוסט שנת 29 לפנה"ס. במסגרת המצעד נישאה גם בובה של קלאופטרה וכנראה גם תמונתה. היא תוארה עם שני נחשים. גולדסוורת'י טוען שתיאור זה אינו הוכחה לכך שכך היא מתה, אלא ייתכן גם שזו הייתה הדרך הקלה לתאר את דרך מותה בצורה ויזואלית. במצעד השתתפו גם ילדיה של קלאופטרה. שני הילדים הבוגרים, קלאופטרה סלנה ואלכסנדר הליוס, היו בני אחת עשרה. במצעד השתתף כנראה גם בנה הצעיר, תלמי פילדלפוס, שהיה בן שבע באותה עת. עד שנת 26 לפנה"ס לערך, שני הבנים היו כבר בין המתים. הבת קלאופטרה סלנה נישאה בהמשך ליובה השני מנומידיה ולאחר מכן נשלחה על ידי אוגוסטוס קיסר, יחד עם בעלה, למלוך על מאוריטניה.
הדרך בה מתה קלאופטרה והצעד האמיץ שבו נקטה, השפיעו על דעת הקהל הרומית ודמותה הציבורית החלה להצטייר במשך הזמן באור חיובי יותר. המשורר הרומי המפורסם הורטיוס כתב שיר לכבוד האירוע שבו אמר: "עכשיו זה הזמן לשתייה, עכשיו זה הזמן להחתים את הארץ בריקודים" בהמשך של אותה יצירה הוא מתייחס לאומץ לבה של קלאופטרה שבאה לידי ביטוי במעשה התאבדותה.

קלאופטרה וממלכת יהודה

על פי פלוטרכוס, קלאופטרה "ידעה את לשונותיהם של עמים רבים" ולרוב לא נזקקה למתורגמן, גם עם שכניה מצפון-מזרח: "לרובם השיבה את תשובותיה בעצמה...לעברים, לערבים, לסורים". יש להניח שהכוונה הייתה לארמית, השפה הנפוצה בקרב היהודים באותה עת, אך ייתכן והשימוש במילה "עברים" ולא במילה "יהודים", כמו גם ציונם הנפרד מה"סורים", מרמז דווקא על השפה העברית.
רוב הידוע על קשריה של מלכת מצרים עם ממלכת יהודה מקורו בספריו של יוסף בן מתתיהו, שנכתבו מעל מאה שנים לאחר מותה.
יוסף בן מתתיהו קובע שהייתה "בעלת חשיבות גדולה ביותר מכל נשי זמנה", אך עם זאת אינו מסתיר את העוינות שלו כלפיה. הוא מכנה אותה "מרשעת", "שטופה במותרות" ו"משועבדת ליצריה" וטוען כי "לא נבצר ממנה כל עָול וכל מעשה רשע, על כל אשר עוללה". הוא טוען גם כי לא נמנעה משוד מקדשים וקברים "בעד בצע כסף" וששום דבר לא הספיק לה ולכן "הייתה מציקה תמיד לאנטוניוס שיגזול משהו מאחרים ויעניק לה". הוא מדגיש את שליטתה באנטוניוס, שאת לבו צדה "בנאפופיה" והוא "נלכד בשחיתות אהבתה" ואף "היה לה לעבד", וטוען כי "כוחה היה גדול ביותר מחמת תשוקתו אליה" והיא לא פסקה מלהסית אותו לפגוע בכל שליטי האזור ולתת לה את מדינותיהם ומלבדו עוד "רבים הסיתה בשגעונה לעשות מעשי רעה".
בשנת 40 לפנה"ס ברח הורדוס מפני הפרתים ונסע למצרים. כאשר הגיע לאלכסנדריה, קיבלה קלאופטרה את פניו והציעה לו לפקד על צבאה במלחמה שתכננה לאסור על אויביה, אבל הורדוס דחה את בקשתה והמשיך בדרכו לרומא, לקבל מאנטוניוס ואוקטביאנוס את מלכות יהודה.
יוסף בן מתתיהו כותב כי קלאופטרה "פרשה את רשת תאות בצעה על היהודים והערבים וחבלה מזמות למגר למות את שני מלכיהם, את הורדוס ואת מַלְכּוּ".
לטענתו היא זממה לעשות את סוריה קניין לעצמה ודרשה מאנטוניוס "את יהודה ואת ארץ הערבים", וכדי שלא להיראות בגלוי "כאדם עלוב, בעשותו כל מה שביקשה ממנו", הוא נמנע מלפגוע במלכים עצמם ולקח רק חלקים מכל אחת משתי הארצות ונתן לה ובכללם גם את "ארץ התמרים בחבל יריחו, אשר שם מקום הצרי".
בשנת 37 לפנה"ס, במקביל לפתיחת מסע המלחמה של אנטוניוס בפרתים, ביקרה קלאופטרה בארץ יהודה, שם הצליח המלך הטרי הורדוס "לשכך את כעסה" על כך שלא קיבלה את כל מבוקשה וחכר ממנה את חבלי ארץ יהודה וערב שנתן לה אנטוניוס, בנוסף להכנסות הצרי והתמר. יוסף בן מתתיהו מספר שבפגישותיהם הרבות בזמן שהותה ביהודה, ניסתה קלאופטרה "להתייחד עם המלך, בהיותה על פי טבעה להוטה אחר תענוגות כאלה" ומוסיף שרמזה להורדוס בגלוי שהיא "כורעת תחת התשוקה" אליו. עם זאת, הוא מסייג וטוען שאמנם ייתכן "שרחשה גם שמץ של אהבה אליו", אך מתקבל יותר על הדעת כי זממה לטמון לו פח - "שיעשה בה מעשה אונס". ההיסטוריון בן זמננו גולדסוורת'י, מטיל ספק באמינות הסיפור הזה ואומר שזו כנראה הייתה רק משאלה של הורדוס, אבל ייתכן גם שקלאופטרה ניסתה להוציא אותו משיווי משקלו, בעת המשא ומתן ביניהם. הורדוס דחה את הצעתה של קלאופטרה ואף שקל להרוג אותה כל עוד היא בידיו, אבל ידידיו שכנעו אותו לא לעשות זאת והוא החליט להחניף לה במתנות ולשלוח אותה למצרים.
קלאופטרה התעניינה מאוד בנעשה בממלכת יהודה ושמרה על קשר קרוב עם אלכסנדרה החשמונאית, שהפכה לחמותו של הורדוס. אלכסנדרה ביקשה מקלאופטרה שתדרוש מאנטוניוס להכריח את הורדוס למנות את בנה, אריסטובולוס השלישי בן ה-16, למשרת הכהונה הגדולה. אלכסנדרה גם קיבלה את הצעת ידידו של אנטוניוס ושלחה לאנטוניוס את דיוקנאותיהם של בנה ובתה. הידיד, שהתפעל מיופיים, ביקש "למשוך את אנטוניוס לתוך תענוגות" ואנטוניוס אכן הזמין אליו את הנער, אולם "נזהר מפני התרסותיה של קלאופטרה" ולכן נמנע מלהזמין גם את אחותו - מרים החשמונאית, אשתו של הורדוס. הורדוס חשש לשלוח את הנער לאנטוניוס וטען בפני מקורביו שאלכסנדרה פועלת בעזרת קלאופטרה שהמלוכה תילקח ממנו לטובת בנה. כדי למנוע זאת, נאלץ למנות אותו לכהן גדול, אך גזר על אלכסנדרה לשבת בארמונו תחת פיקוח על כל מעשיה. בתגובה לכך, שלחה אלכסנדרה מכתב לקלאופטרה, בו קבלה על מצבה "והתחננה אליה לבוא לעזרתה כפי יכולתה". קלאופטרה הציעה לה לברוח עם בנה אליה למצרים. אלכסנדרה ניסתה לברוח, אך נתפסה בשעת מעשה, אלא שהורדוס לא העז להעניש אותה, כי סבור היה שקלאופטרה, בשל שנאתה אליו, לא תסכים לכך. תחת זאת, העמיד פנים שהוא סולח לה ולבנה. אולם שנה אחת בלבד לאחר מינויו לכהן גדול, נרצח אריסטובולוס השלישי בהוראת הורדוס. אלכסנדרה התמלאה במחשבות אובדניות, אך גם ברגשות נקם, ולכן כתבה לקלאופטרה על כך שהייתה זו מזימה של הורדוס. קלאופטרה, שעוד קודם "הייתה מצרה באסונותיה" של חברתה והשתדלה לספק את רצונה, "עשתה את העניין כולו לשלה" והחלה "להסית את אנטוניוס לנקום את רצח הנער". אנטוניוס זימן את הורדוס להתנצל על פשעו, והורדוס, שפחד "מפני שנאתה של קלאופטרה, שלא פסקה מלהשתדל שאנטוניוס ינהג בו מנהג של אויב", נאלץ לציית. כשהגיע אל אנטוניוס, השתמש בחנופה ומתנות שכוחם היה גדול יותר מדבריה של קלאופטרה ואנטוניוס אמר לה שהתערבותה בענייני השלטון של הורדוס אינה מועילה. במכתב ששלח הורדוס לירושלים, האשים את קלאופטרה "שחומדת היא את ארצו" ודורשת בתוקף שמלכותו תסופח לה ולכן משתדלת להזיזו מדרכה בכל דרך אפשרית, אולם לא תשיג את מבוקשה, כי אנטוניוס נתן לה את חילת-סוריה במקום מה שדרשה ובכך פטר עצמו מטענותיה ליהודה.
למרות זאת, מספר בן מתתיהו שאימת מוות נפלה על הורדוס בעקבות "עלילות קלאופטרה הנוראות", שהביאו למותם של שליטים אחרים באזור וש"אימת קלאופטרה" הייתה הגורם העיקרי להכנת מצדה כמקום מקלט לשהות ארוכה, שניתן להתבצר בו מפניה, שכן פעם אחר פעם דרשה קלאופטרה מאנטוניוס להרוג את הורדוס ולתת לה את מלכות יהודה.
הורדוס שילם לקלאופטרה את מלוא המיסים תמורת חבלי ארץ יהודה וערב שחכר ממנה, משום שחשב שתהיה זו סכנה בשבילו אם ייתן לה עילה לשנאה. אבל המלך הערבי מַלְכּוּ, שהורדוס היה אחראי לגביית המס ממנו עבור קלאופטרה, הפסיק כעבור זמן מה לשלם את חלקו להורדוס. אנטוניוס שמע על כך מקלאופטרה וציווה על הורדוס לצאת למלחמה במַלְכּוּ, במקום לעזור לו בקרב אקטיום. לטענת יוסף, קלאופטרה היא זו שיזמה את המלחמה הזאת - היא הסיתה את אנטוניוס להפקיד את הורדוס על המלחמה בערבים כדי ששני המלכים יגרמו נזק זה לזה, ובכך קיוותה להשיג אחת מהשתיים: אם ינצח הורדוס – היא תמשול בארץ ערב, ואם יפסיד – תשלוט ביהודה. כך קיוותה להפיל את אחד השליטים בידי השני. לאחר שניצח בקרב הראשון נגד הערבים, עמד הורדוס לנצח גם בשני. אבל אתיניון, אחד משרי הצבא של קלאופטרה והממונה על השטחים החכורים מטעמה שהיה עוין את הורדוס, ראה שידם של היהודים על העליונה, התערב בקרב והכריע אותו לטובת הערבים.
לאחר תבוסת אנטוניוס וקלאופטרה בקרב אקטיום, נסע הורדוס להיפגש עם אוקטביאנוס וטען בפניו שיעץ לאנטוניוס להרוג את קלאופטרה, כדי למנוע מלחמה ולהציל את עצמו.
יוסף בן מתתיהו טוען שכאשר נכבשה אלכסנדריה בידי אוקטביאנוס, הראו לו היהודים את נאמנותם כשנלחמו נגד המצרים, וקובע שבמותה קיבלה קלאופטרה בצדק את "גמול רשעתה".
לאחר התאבדותם של אנטוניוס וקלאופטרה, החזיר אוקטביאנוס להורדוס את חבל הארץ שקלאופטרה לקחה ממנו ונתן לו במתנה 400 משומרי ראשה.
בכתובת משנת 36/37 לפנה"ס מופיעה הקדשה לכבוד קלאופטרה ובנה קיסריון מטעם בית כנסת יהודי במערב אלכסנדריה בסביבות מפרץ אוינוסטוס, ליד הנמל הגדול, שם היה מרכז עסקים גדול של יהודים רבים.

בספרות חז"ל

בספרות חז"ל מצטיירת קלאופטרה כאשה חכמה ונבונה, המתעניינת ביהדות ועומדת לשם כך בקשרי שאלות ותשובות עם גדולי החכמים. הם מצטטים את שאלותיה ותשובותיהם, ודנים במחקרים שערכה.
במסכת נדה מובא דיון שראשיתו בתוספתא, הכרוך בניתוח מסקנות מחקר אמבריולוגי שערכה קלאופטרה. לפי המסופר ביקשה קלאופטרה לקבוע האם הזמן הדרוש ליצירת גוף שלם של עובר, משתנה בין המינים. שאלה שהעסיקה מאוחר יותר את התנאים מאחר שלא היה ניתן להשתמש במקרים של הפלות לשם כך, לקחו שפחות שנידונו למוות, ועיברו אותן על מנת לנתחן בבוא העת, תוך גרימת מיתתן. ישנן שתי גרסאות לסיפור, באחת זמנם של שני המינים שווה, לאחר 41 יום צורת העובר שלמה. באחרת, הזמן שונה, צורת הזכר שלמה ב-41 יום ואילו צורת הנקבה ב-81 יום. בהמשך מתנהל דיון פרשני בניתוח המתודולוגיה:
אמרו לו לר' ישמעאל: מעשה בקליאופטרא מלכת אלכסנדרוס שנתחייבו שפחותיה הריגה למלכות, ובדקן ומצאן זה וזה למ"א! אמר להן: אני מביא לכם ראייה מן התורה, ואתם מביאין לי ראייה מן השוטים? ... ומאי ראיה מן השוטים? אימר: נקבה קדים ואיעבור ארבעין יומין קמי זכר. ורבנן? - סמא דנפצא אשקינהו; ור' ישמעאל? - איכא גופא דלא מקבל סמא. אמר להם ר' ישמעאל: מעשה בקלפטרא מלכת יוונית שנתחייבו שפחותיה הריגה למלכות, ובדקן ומצאן זכר לארבעים ואחד, ונקבה לשמונים ואחד. אמרו לו: אין מביאין ראיה מן השוטים. מאי טעמא? - הך דנקבה אייתרה ארבעין יומין, והדר איעבר. ורבי ישמעאל? - לשומר מסרינהו, ורבנן? - "אין אפוטרופוס לעריות", אמא שומר גופיה בא עליה. ודילמא אי קרעוהו להך דנקבה בארבעין וחד הוה משתכחא כזכר אמר אביי: בסימניהון שוין
— תלמוד בבלי, מסכת נדה, דף ל', עמוד ב'
במסכת סנהדרין מובאת שאלתה של קלאופטרה לגבי תחיית המתים, ותשובתו של רבי מאיר לשאלתה. בשאלתה מניחה קלאופטרה כאמת מוכחת את מציאות תחיית המתים, עליה למדה מדברי ספר תהילים:
שאלה קליאופטרא מלכתא את רבי מאיר; אמרה: ידענא דחיי שכבי דכתיב: "וְיָצִיצוּ מֵעִיר כְּעֵשֶׂב הָאָרֶץ" (תהלים עב, טז). אלא כשהן עומדין, עומדין ערומין? או בלבושיהן עומדין?
אמר לה: קל וחומר מחיטה, ומה חיטה שנקברה ערומה, יוצאה בכמה לבושין; צדיקים שנקברים בלבושיהן, על אחת כמה וכמה!
— תלמוד בבלי, מסכת סנהדרין, דף צ', עמוד ב'
מקריאה במקור זה עולה כי התנהל דיאלוג ממשי בין קלאופטרה לרבי מאיר, ואם כך ספק רב אם מקור זה עוסק בקלאופטרה השביעית, מאחר שרבי מאיר, תנא בן הדור הרביעי, חי למעלה ממאה וחמישים שנה אחרי מותה. מאידך, רבי גדליה אבן יחייא (1526-1588), בספרו שלשלת הקבלה גורס כי אכן מדובר בקלאופטרה מלכת מצרים, אך החכם היהודי המוזכר, אינו רבי מאיר בן הדור הרביעי של התנאים, אלא חכם מוקדם יותר בעל שם זהה.

יופייה של קלאופטרה וחוכמתה

הפילוסוף הצרפתי בלז פסקל שחי במאה השבע עשרה כתב בספרו "הגיגים": "אילו אפה של קלאופטרה היה קצר יותר, פני ההיסטוריה היו משתנים". ציטוט זה שנאמר כמעט 1,800 שנים לאחר מותה, מוכיח עד כמה דמותה והמיתוס של יופייה, והשפעתו על המהלכים ההיסטוריים בסוף תקופת הרפובליקה הרומית, לא רק שלא קטן, אלא התעצם במהלך השנים.
גם דיו קסיוס וגם פלוטרכוס מייחסים לקלאופטרה יופי רב, כריזמה ונוכחות כובשת. דיו קסיוס כתב בהתייחס לפגישה הראשונה שלה עם יוליוס קיסר: "כי היא הייתה אישה בעלת שיעור יופי, ובאותו הזמן, בהיותה בשיא פריחת הנעורים שלה, היא הייתה מרשימה ביותר. היא גם הייתה בעל קול מקסים וידע ויכולת להפוך את עצמה נעימה לכל אחד. הייתה מבריקה והסתכלה על אנשים תוך הקשבה, בעלת כוח לשעבד כל אחד, גם אדם שבע אהבה הנמצא מעבר לשיאו" בהמשך לתיאורו של פלוטרכוס, כיצד התגנבה לארמון ופגישתה עם קיסר הוא כתב: " קיסר נשבה לראשונה, כי היא הראתה שהיא גנדרנית נועזת".
פלוטרכוס חזר לעסוק ביופייה כשעסק במפגש בין קלאופטרה ואנטוניוס בטרסוס. היא התכוננה למפגש והכינה אותו כמחזה מפואר ומתוזמן. הוא כתב שהיא הייתה בעלת ביטחון עצמי לשבות את לבו של אנטוניוס, כי באותה עת בהיותה כבת 28 שנים, היא הייתה בשיא יופייה ובשיא עוצמתה האינטלקטואלית. בתיאור נוסף שלו עליה הוא כתב: "אומרים שלא יופיה כשלעצמו היה לאין ערוך, ולא היא עצמה היה בה כדי להפליא את רואיה בראייה ראשונה, אלא הישיבה איתה הייתה פיתוי שאין לעמוד בו, שבחן דיבורה ובאופיה, שהיה מורגש בכל מה שעשתה ואמרה, הייתה דמותה שובה את לב בן־שיחתה. קול דיבורה היה מלא נועם, וככלי רב־מיתרים נענה פיה בקלות לכל לשון שרצתה". במקום אחר לעומת זאת, הוא השווה בינה לבין אוקטביה אשת אנטוניוס וקבע "שאין היא עולה על אוקטביה לא ביופי ולא בחן־נעורים" ואף כינה אותה בבוז "אותה גנדרנית, שכל־כך החשיבה את יופיה".
אזכורים המתייחסים ליופייה מופיעים גם בכתביו של פלורוס, היסטוריון רומאי שחי בסוף המאה ה-1 תחילת המאה ה-2 לספירה וכן אצל אפיאנוס שהתייחס ליופייה וגם לשנינותה.
התייחסות ליופייה נמצאה גם אצל שונאיה. המשורר הרומי מרקוס אנאוס לוקאנוס חזר והתייחס ליופייה, וביקר אותה על השימוש שעשתה בו. הוא אמר שהיא ניצלה את יופייה למטרותיה ואמר "כמו שהיופי המזיק של הלנה הביא חורבן על טרויה, כך גם זה של קלאופטרה, שהבעיר את מלחמת האזרחים של רומא". היא הושמצה על ידי משוררים רומים שונים כמפתה זרה. לו באמת לא הייתה אטרקטיבית, סביר שהיו מציינים זאת. המשורר פרופרטיוס  שחי במאה ה-1 לפנה"ס כינה אותה "המלכה הזונה", הורטיוס כינה אותה "הבושה של מצרים".
גולדסוורתי' מתייחס לחכמתה ואומר שהיא הייתה יותר אינטליגנטית והרבה יותר משכילה מאנטוניוס. יכולתה הפוליטית הצליחה להחזיק אותה בשלטון במשך שני עשורים.
נושא יופייה ממשיך להעסיק את ההיסטוריונים. אין פרוטומות שניתן לייחס לה בוודאות. דמותה הופיעה על גבי מטבעות, אבל אין ביטחון שהן מייצגות את המראה שלה. ייתכן והדמות שתוארה בהן, נועדה להידמות לשליטים הזכרים מבית תלמי, וזאת כדי לסייע בלגיטימציה של שלטון של אישה ומלכה צעירה.
בשנת 2001 הציג המוזיאון הבריטי תערוכה בשם "Cleopatra of Egypt: From History to Myth". בתערוכה הוצגו 7 פסלים ושני ציורים, שלדעת האוצרים של התערוכה מתארים את קלאופטרה, אם כי אין לכך הוכחות. הפסלים והציורים מנסים להראות שיופיה היה מיתוס ולא מציאות. התערוכה לא כללה את הפרוטומה הידועה שלה המוצגת במוזיאון ברלין.