סטפאן באטורי

רקע משפחתי ושנות צעירותו

סטפאן באטורי או אישטוון באטורי התשיעי נולד ב-1534 כבנו של אישטוואן באטורי שומיואי האב (אישטוואן באטורי השמיני) (1534-1477), אציל הונגרי מהאזור פרטיום, ושל קטלין (קאטה) טלגדי, בתו של שר האוצר המנוח של הונגריה, אישטוואן טלגדי. אישטוואן באטורי האב שירת שנים רבות את שליט טרנסילבניה ובהמשך מלך הונגריה, יאנוש זאפויאי, עלה לדרגות הבכירות של אישפאן ושל סגן ווייווד של טרנסילבניה, ובשנים 1529-1530 מילא את התפקיד של שליט (ווייווד) טרנסילבניה. הוא נפטר כמה חדשים אחרי לידת בנו, ב-17 במרץ 1534. גם אמו מתה בעודו נער. הילד אישטוואן נמסר לחסותם של המגנט המלומד טאמאש נאדאשדי ושל הבישוף של אסטרגום פאל וארדאי שדאג לחינוכו במסגרת בית ספר שניהל בטרנבה (נאג'סומבט), בשטח ההונגרי שבשליטה אוסטרית. בשנות ה-40 של המאה ה-16 נשלח אישטוואן על ידי אחיו הבכור אנדראש באטורי להתחנך כנושא כלים בחצרו של פרדיננד הראשון, קיסר אוסטריה ומלך הונגריה, בווינה.
קיבל השכלה הומניסטית, אך קיימים ספקות גדולים לגבי לימודיו באוניברסיטת פדובה המצוינים בהרבה מהביוגרפיות שלו.
בשנת 1549 היה, יחד עם אחיו מיקלוש, חבר בפמליית בתו של פרדיננד, קטרינה, שהתחתנה במנטובה עם הדוכס המקומי, פרנצ'סקו השלישי לבית גונזגה (1550-1540). לא ידוע מתי חזרו לווינה או לטרנסילבניה.
ייתכן כי באותה תקופה למד איטלקית ואולי למד באוניברסיטה, אך המידע על כך אינו מבוסס דיו.
בימי הרפורמה, אישטוואן באטורי דווקא התחזק באמונתו הקתולית ברוח האווירה ששלטה בחצר ההבסבורגים.

הקריירה בטרנסילבניה. המאבק באוסטרים

בשובו לטרנסילבניה נקלע באטורי אל תוך העימות שבין המחנה של פרדיננד שירש את כתר הממלכה ההונגרית אחרי מותו של יאנוש סאפויאי ובין המחנה של האלמנה, המלכה איזבלה יאגלונקה וילדה הקטן, יאנוש ז'יגמונד, שנתמכו על ידי הטורקים ושלטו בחלקים המזרחיים של הממלכה, רובם בטרנסילבניה. באטורי בחר לתמוך במלכה איזבלה ומשחזרה מפולין, ב-22 באוקטובר 1556 קיבל את פניה בשם האצילים ההונגרים וליווה אותה עד למושבה בעיר קולוז'וואר (קלוז'). בשנת 1559 התמנה על ידה מפקד של העיר נאג' ואראד (אוראדיה) והפך בדרך זו לאיש החזק של המחוז ביהאר, שהייתה לו חשיבות אסטרטגית גדולה. באותם הימים היה באטורי לגדול בעלי האחוזות בממלכה של משפחת סאפויה. 
אולם אחרי מות המלכה איזבלה בנובמבר 1559 ראש צבאה, מנהרט באלאשה (Balassa Ményhert; ‏1568-1511), ערק למחנה של פרדיננד. אישטוואן באטורי ניסה להתנגד לכוחות התומכים בהבסבורגים, אבל ב-4 במרץ 1562 הובס על ידי באלאשה במצור המפורסם על הודוד. באטורי עצמו נפצע בקרב.
בהמשך, אחרי הסכם שביתת הנשק, שרת באטורי פעמיים כשגריר של שליט טרנסילבניה בווינה.
ב-1563 ביקש לשווא את ידה של אחת הבנות של הקיסר פרדיננד בשביל אדונו, יאנוש ז'יגמנד.
בשנת 1564 ניסה באטורי להפסיק את מה שכונתה "מלחמת הטירות" באזורי קאשה (קושיצה) וסטמאר והצליח לשחרר את אחוזות משפחתו שנכבשו על ידי באלאשה בסטמאר ובנאג'באניה (באיה מארה). הודות למאמציו ידו של בית סאפויה הייתה זמנית על העליונה.
אחרי מותו של פרדיננד, עלה על כס האימפריה הרומית הקדושה וכס הונגריה (בחלק המערבי שלה) מקסימיליאן השני לבית הבסבורג.
תוך ניסיון להשתלט על טרנסילבניה, בשנת 1565 גייס מקסימיליאן כוחות צבאיים בפיקודו של לאזאר פון שוונד. שוונד יחד עם באלאשה ניצחו את לוחמיו של הנסיך-מלך יאנוש ז'יגמונד ואילצו אותו להסכים לפתיחת משא ומתן. אישטוואן באטורי ניהל את המשלחת הטרנסילבנית וחתם בסאטמר על הסכם שלום זמני.
כשהטורקים, בני ברית של יאנוש ז'יגמונד, יצאו למתקפה רבת עוצמה נגד ההבסבורגים ובני בריתם בטרנסילבניה, מקסימיליאן ראה בכך הפרת ההסכם בסטמאר והורה לעצור את באטורי ששהה שוב כשגריר בווינה. הוא נכלא למשך לא פחות משנתיים במעצר בית בתוך אכסניה וינאית.
בהיעדרו של באטורי, יריבו, גאשפאר בֶּקֶש, רכש את אמונו של יאנוש ז'יגמונד והפך ליד ימינו. כשבאטורי חזר ב-1567 מהמאסר באוסטריה, השליט גרש אותו מהחצר.

בחירתו לשליט טרנסילבניה

האוסטרים, שחתמו בפברואר 1568 הסכם שלום באדירנה עם הסולטאן סלים השני, השתכנעו כי המעצמה העות'מאנית לא תאפשר להם לכבוש את טרנסילבניה.
בנסיבות אלה בשנת 1570 גאשפאר בקש נשא ונתן עם ההבסבורגים והוביל לחתימת הסכם חשאי בשפייר בין הקיסר מקסימיליאן ובין יאנוש ז'יגמונד סאפויאי. הסכם זה קבע כי יאנוש ז'יגמונד ויתר על כתר הונגריה לטובת הקיסר, ובתמורה הכיר בו מקסימיליאן כנסיך של טרנסילבניה. הסכם שפייר נתן בפועל גושפנקה לחלוקת הממלכה ההונגרית לשעבר לשלושה חלקים: החלק המערבי בשליטת קיסר האימפריה הרומית הקדושה שקרא לעצמו גם מלך הונגריה, החלק המרכזי בשליטת האימפריה העות'מאנית (הפאשאליק של בודה ובאנאט) ובמזרח - הנסיכות העצמאית של טרנסילבניה, בהנהגה של אצילים הונגרים ובמידה רבה בחסות טורקית.
במרץ 1571 מת הנסיך יאנוש ז'יגמונד ולפי ההסכם בשפייר טרנסילבניה הייתה אמורה לעבור לידי הקיסר מקסימיליאן, כשגשפאר בקש, שר האוצר, עמד להתמנות ל"וויווד" בחסות ההבסבורגים.
מהלך זה לא היה ישים בגלל העות'מאנים. ב-25 במאי 1571 אספת האצילים ההונגרים הטרנסילבנים (הדיאטה) שהתכנסה בבירה אלבה יוליה בחרה בבכיר האצילים, אישטוואן באטורי, כשליט. גם הטורקים העדיפו את בחירתו כנגד זו של היריב הפרו-הבסבורגי, בקש. נוכח העובדות בשטח החליט הסולטאן סלים השני להכיר בבאטורי באמצעות צו -"אתנאמה"- שנמסר על ידי שליח (צ'בוש) בשם אמהט, שבו הכריז כי טרנסילבניה נמצאת כמו הונגריה המרכזית בתחום חסותו, אבל הוא הסמיך את באטורי לנהל אותה כווייווד מטעמו.
מקסימיליאן לא יכול היה מיד אחרי ההסכם באדירנה להתערב צבאית בטרנסילבניה. בשנת 1572 אף הסכים הסולטאן לתת גושפנקה למעמדו של אישטוואן באטורי כיורש החוקי של כתר טרנסילבניה במקום המלכים ממשפחת סאפויאי. ברוח הכרה זו, באטורי היה רשאי אפילו להוריש את כסאו לבני משפחתו.
בחשאי, בדומה לקודמו, יאנוש ז'יגמונד, באטורי נשבע אמונים גם לקיסר מקסימיליאן. כעבור זמן מסוים, מקסימיליאן נאלץ להשלים עם בחירתו של באטורי. להשלמה זו לכאורה יכלו לשרת גם נימוקים דתיים: בסופו של דבר, אם יאנוש ז'יגמונד המנוח הפך לחסיד של הכנסייה היוניטרית החדשה, השנואה על המונרכיה האוסטרית, אישטוואן באטורי נשאר לפחות קתולי טוב.

מלחמת אזרחים

היחסים הטובים עם הקיסר לא ארכו ימים. כבר ב-1573 חידש מקסימיליאן את תמיכתו בבני בריתו בתוך טרנסילבניה בראשותו של גאשפאר בקש. באטורי הצליח לנצח אותו ולכבוש את מבצרו בפגראש. בקש נמלט לאזורים שבשליטה הבסבורגית, גייס כוחות טריים וחזר איתם לטרנסילבניה, כשבמקביל מנסה להסית נגד השליט גם את הסקלרים ואת הסקסונים המקומיים. כשהתפנה כיסא המלכות בפולין, מקסימיליאן הציג את מועמדות בנו, ארנסט. אחיזה עתידית בטרנסילבניה רק יכלה לחזק את מעמדו ולשפר את סיכוייו בזירה הפולנית. 
אבל בקש, נאמנו, הובס על ידי אישטוואן באטורי בקרב קֶרֶלֶא-סֶנטפּאל (Kerelőszentpál) ב-8 ביולי 1575. בקרבות נגד בקש - בראדנוט ובקרלא-סנטפאל הצטיין האציל מוזש סֵיקיי (כלומר "מוזש הסקלר").
באטורי מינה אותו למפקד משמרו האישי. חמשה אצילים אויבים שנתפסו בשדה הקרב הוצאו להורג בתליה ב-8 באוגוסט 1575. 34 לוחמים סקלרים נענשו על ידי כריתת אפיהם ואוזניהם. כעבור חודש, באישור הדיאטה הוציא באטורי להורג עוד 43 מאנשיו של בקש, כולל שבעה אצילים נוספים וסקלרים רבים. עם הנופלים בשבי נמנה גם המשורר הנודע באלינט באלאשי, אחיין של מנהרט באלאשה המנוח, והוא הוחזק בחצרו של באטורי עד שנת 1577.

מרקם היחסים עם הסולטאן

שלטונו של באטורי התחזק ורבו סיכוייו לזכות בעצמו בכתר של פולין.
במישור יחסיו עם השער העליון באטורי נאלץ לנהל מדיניות זהירה. הסולטאנים ביקשו לכפות בהדרגה על טרנסילבניה את משטר החסות שנהגו כלפי הנסיכויות הרומניות ולאכיה ומולדובה. על מנת ללחוץ על באטורי, אף לא נרתע הסולטאן סלים השני לאיים כי יתמוך ביריבו, גשפאר בקש.
באטורי נאלץ להסכים להרבה מן התנאים המשפילים והעושקים של הטורקים. בין היתר באוגוסט 1575, אחרי שגבר על בקשי, עליו היה להסכים לתשלומי דמי חסות שהועלו על ידי הסולטאן מורד השלישי מ-10,000 ל-15,000 פלורינים לשנה. היה צריך גם לספק לסולטאן כוח צבאי במקרה מלחמה.
כאמצעי סחיטה החזיק הסולטאן באיסטנבול אציל הונגרי, טוען לכתר בכוח בשם פאל מארקהאזי, לפי המנהג הסחטני שנהג כלפי שליטי הנסיכויות הרומניות בוולאכיה ומולדובה.
בנסיבות אלה דאג גם באטורי לשחד פקידים בכירים בחצר העות'מאנית, ריסן את שומרי הגבול שלו מלבצע תקיפות נגד האזורים שנצאו בשליטה טורקית, ורדף אחרי בוגדן, שליט רומני שנמלט מפני הטורקים.
בעת העימות בין הטורקים ובין שליט אחר של מולדובה, יון האיום או האמיץ, ריכז באטורי כוחות על יד הגבול עם מולדובה, עקב אחרי האירועים ונמנע מלבוא לעזרת הטורקים בתירוץ שהוא נזקק לחיילים במאבקו נגד גשפר בקש.
ההיסטוריונים הטורקים חלוקים לגבי יחסיו של באטורי אל האימפריה העות'מאנית. חלק מהם נוטים להחשיבו כבלתי נאמן ו"כפוי טובה". בפועל, בזמן שלטונו לא פרצו מלחמות בין שני הצדדים. לא היו סיבות שבאטורי יכרות בריתות נגד הטורקים עם שני האויבים העיקריים של הסולטאן באותה תקופה - האימפריה ההבסבורגית, שהייתה עוינת לו, ורוסיה, שהייתה יריבתה של פולין. זאת אף-על-פי שהיו לו חלומות ארוכי טווח על התקוממות נגד העות'מאנים. 
בכמה מקרים באטורי הוציא להורג מפקדים קוזקים ואצילים פולנים שהעזו לפלוש לשטחי החסות בח'נות של קרים, בת בריתם של הטורקים מצפון לים השחור.]

מדיניות הפנים בטרנסילבניה

במישור הפנימי לקח אמצעים לחזק את השלטון המרכזי של המדינה הצעירה. בחן מחדש את זכויות הבעלות על האחוזות הגדולות, פיתח את המסחר ואת תעשיית המכרות. השתדל שלא להפר את הסטטוס קוו של שלום בין-דתי בקרב האתניות המועדפות - הונגרים והגרמנים (בין קתולים ובין הרוב הפרוטסטנטי) שהתקיים באותו זמן בטרנסילבניה אך התכוון לחזק את מעמד הדת הרומית-קתולית. אסר על הקמת תנועות רפורמיות חדשות ולקח אמצעים נגד הכנסייה האוניטריאנית החדשה. את הבישוף שלה, פרנץ דוד, שלח לבית הסוהר בעיר דווה.
באטורי, שבינתיים עבר להיות מלך בפולין, והיה מעוניין בהתפתחות החינוך, פתח ב-1579 את שערי הנסיכות למסדר הישועים והקים אוניברסיטה בניהולם בעיר קלוז' (קולוז'וואר). כמו כן קמו בתי ספר ישועיים גם באלבה יוליה ובמנשטור. 
עם זאת יחסו לכנסייה האורתודוקסית הרומנית היה חיובי. באטורי הורה בשנת 1571 על חופש פעולה של המטיף הירומונאך איפטימיה בקרב האוכלוסייה הרומנית. כעבור שנה, ב-1572 אישר את מינויו כבישוף. יש משערים כי יחס זה לאורתודוקסים ביקש מצד אחד להחליש את האחיזה וההתפשטות של הדת הפרוטסטנטית, ומצד שני להבטיח שביעות רצונם של הרובאים הרומנים שבצבא הטרנסילבני.
הקיף עצמו באצילים מלומדים, חלקם בוגרי אוניברסיטת פדובה. בזמנו עלו קרנן של משפחות כמו וסלני (Wesselényi) ובתלן (Bethlen) שתשחקנה תפקיד חשוב בעתיד האזור.
אדם מלומד ושוחר אמנויות, הצטיין הנסיך גם בכישוריו ככותב מאמרים פוליטיים בסגנון משובח. בשעות הפנאי נהג לנגן בכלי המקלדת הידוע כ"וירג'ינל", אחד מאבות הפסנתר. 
שנות מלכותו נחשבות לאחת מתקופות הפריחה של נסיכות טרנסילבניה.

בחירתו למלך פולין. מעבר השלטון

עם מותו של זיגמונט השני אוגוסט ללא ילדים וסופה של שושלת יוגאילה בפולין (1572), מדינה זו עברה לשיטת הבחירה החופשית של המלך.
באפריל 1573, אנה יגיילונקה (1596-1523), אחות המלך המנוח, שכנעה את הסיים לבחור בנסיך אנרי לבית ולואה, אחיו הצעיר של המלך הצרפתי שארל התשיעי, למלך פולין. נישואים בינה ובין אנרי היו עשויים לחזק את חוקיות המהלך.
האצולה הפולנית חתמה עם המלך הזר החדש את ההסכם הידוע כ"ארטיקולי אנריקאני" ("Articuli Henricani), שנתן תוקף להחלשת סמכויות המלך לטובת האריסטוקרטיה. אולם אנרי לא מיהר להתחתן עם אנה יאגיילונקה וכעבור שנה בלבד מאז בחירתו ולאחר ארבעה חודשי מלוכה בפועל - ב-12 ביוני 1574 - ברח מפולין, אחרי מות אחיו הבכור, על מנת לתפוס את כס המלכות בצרפת.
בנסיבות אלה המצב בפולין חזר להיות בלתי יציב והתחרות על כתר המלוכה התעוררה מחדש למשך חצי שנה. מועמד בעל סיכויים טובים ביותר נחשב בהתחלה הקיסר הגרמני ומלך הונגריה, מקסימיליאן השני, שהתכוון להפקיד את כתר פולין לידי בנו, הארכידוכס ארנסט.
טוען אחר לכתר פולין היה הצאר של רוסיה, איוואן הרביעי, הידוע גם כאיוואן האיום. שליח של הסולטאן מוראט השלישי נאם בפני האצילים הפולנים והמליץ לבחור בין שלושה מועמדים: יאן קוסטקה, פלטין של סנדומיר, יוהאן השלישי, מלך שוודיה, ואישטוואן באטורי, שליט טרנסילבניה.
לבסוף הצאר יצא מן המשחק תמורת כמה הטבות טריטוראליות מצידו של מקסימיליאן. 
למרות התמיכה של האפיפיור ושל ראשי הכנסייה הקתולית בפולין בקיסר, המצב הגאופוליטי החדש גרם לחששות רבים בקרב פולנים רבים (שהתאחדו לא מזמן עם ליטא במדינה אחת בעקבות איחוד לובלין ב-1569) שהרוסים והגרמנים יחלקו ביניהם את הממלכה המאוחדת, בעוד הטורקים ימשיכו מצידם להוות איום מדרום.
באותה תקופה סוכן של באטורי באיסטנבול, בשם ראץ, הפיץ שם שמועות על סיכוייו כביכול של איוואן האיום להיבחר כמלך פולין, מה שגרם לווזיר הגדול מהמט סוקולו להזכיר לפולנים כי האימפריה העות'מאנית מעוניינת לומר דבר או שניים לגבי בחירת מלך פולין. הווזיר הורה לטטרים בפיקודו של הביי מפילק לבצע כמה פשיטות לשטח הממלכה הפולנית-ליטאית במטרה זו. הסוכן ראץ שכנע את הווזיר הגדול כי לבאטורי יש סיכויים טובים בקרב האצולה הפולנית. בנסיבות אלה הוסיף השליח של סוקולו בפולין  את שמו של באטורי לרשימת המועמדים הנהנים מתמיכת השער הנשגב.
 
בהשפעת הנציג של האפיפיור, הנונטיוס ויצ'נצו לאורו והקרדינל יאקוב יוחנסקי, הסנאט של פולין,
שהתכנס ב-12 בדצמבר 1575, בחר במקסימיליאן למלך. לעומת זאת באטורי, שהיה ידוע בסובלנותו הדתית היחסית בטרנסילבניה, זכה לתמיכת האצולה הבינונית הפולנית, ובמיוחד של האצילים האוהדים את הרפורמה הפרוטסטנטית ואחדים מהם אפילו את הסוציניאניזם, שפחדו מאוד ממדיניות הרפורמה הנגדית של בית הבסבורג ורצו למנוע דריסת רגל של השושלת הזאת בפולין. 
אחרי יומיים של סערת רוחות ציבורית, שבה חלק מהאצולה ובראשה יאן זאמויסקי איימה במלחמת אזרחים אם לא ייבחר מלך פולני שורשי מבית פיאסט, אומצה החלטה אחרת, מיוזמתו של הקסטלן מבייץ', סטניסלב שפרנייץ: לבחור באנה יאגיילונקה למלכת פולין ולחתנה עם המועמד הסביר יותר מבחינת האינטרסים של פולין, סטפאן באטורי. באטורי הסכים מיד.
לפיכך, על אף שהאצולה העליונה יחד עם הכמורה הצביעו בעד מקסימיליאן וההבסבורגים, באספה שהתקיימה ביידזייוב, על יד ורשה, 15 בדצמבר 1575, קולות האצולה הבינונית הכריעו את הכף לטובת בחירתם של אנה ושל באטורי.
נציגי ליטא עזבו במחאה את הפרלמנט ולא השתתפו בהצבעה.
ב-18 בינואר 1576 הגיע מידזייוב לקרקוב כוח צבאי של כ-20,000 לוחמים והטילו אימה על נאמני ההבסבורגים בעיר ובאקדמיה היאגיילונית. בחירתו של באטורי קיבלה אישור סופי.
ב-16 בפברואר 1576 חתם סטפאן באטורי, בעיר מדיאש, את ההסכם pacta conventa
שבו התחייב בפני האצולה הפולנית, בין השאר, להחזיר לפולין את השטחים שסופחו על ידי רוסיה במלחמת ליבוניה. כעבור חודש, ב-16 במרץ חצה את גבול פולין על מנת להגיע אל מחנה תומכיו בקראקוב.
ב-1 במאי 1576 באטורי התחתן עם אנה יאגיילונקה והוכתר בקתדרלת ואוול למלך פולין תחת השם סטפאן הראשון. הטקס נוהל אל ידי הבישוף של קויאבה, סטניסלב קארנקובסקי, שהשתכנע מאמונתו הקתולית של באטורי, בעוד הקרדינל הפרימאט של פולין, יאקוב אוכנסקי סירב לעשות זאת. 
ב-24 במאי הצליח כוח צבאי בשרות המלך החדש להתגבר על מגיני הטירה בלאנצקורונה של אלברט לאסקי, הפלטין משייראדז, שנמנה עם התומכים הכי גדולים של ההבסבורגים. 
לרגע איחוד לובלין נראה כעומד להתבטל, בגלל התנגדותם של נציגי ליטא ששקלו ברצינות לבחור בקיסר מקסימיליאן כדוכס גדול של ליטא. אחרי משא ומתן קדחתני והבטחות כי ליטא תמשיך לשמור על זכויותיה במסגרת ה"רפובליקה" הוכר גם סטפאן באטורי כדוכס גדול של ליטא, דוכס של רוטניה וסמוגיטיה.
כגמול להכרתו, הקים סטפאן, בעזרת הישועים, את אוניברסיטת וילנה - 
Alma Academia et Universitas Vilnensis Societatis Iesu.

נסיך טרנסלבניה

על אף שהפך למלך פולין, לא ויתר באטורי, בהסכמת הסולטאן (שבאה ליד ביטוי בפירמן ב-23 בינואר 1576),על השליטה בטרנסילבניה. בני חבל ארץ זה שבו נולד, תפסו מקום נכבד בחצרו ובצבאו. בין פולין ובין טרנסילבניה נוצר מצב של "אוניה פרסונלית". סטפאן באטורי אימץ לעצמו את התואר של נסיך טרנסילבניה (בדומה ליאנוש ז'יגמונד סאפויאי בעבר) ומינה ל"וייבוד" של טרנסילבניה וכממלא מקום שלו שם, את אחיו הבכור, קרישטוף באטורי.
אחרי מותו של זה ב-1581 מינה במקומו את בנו של המנוח, ז'יגמונד באטורי. מפני שז'יגמונד היה קטין, מינה לצידו את יאנוש גיצי כמושל ועוד יועצים נוספים כדי שינהלו בפועל את הנסיכות.
כנסיך של טרנסילבניה, החליש באטורי את כוחה של הדיאטה וחיזק את השלטון המרכזי
נקט במדיניות לא פופולרית, לטובת האצילים. בשנת 1577 הורה על החזרתם בכוח של הצמיתים העריקים לאחוזות אדוניהם. כמו כן דיכא ללא רחמים את מרידות הסקלרים. 
התושבים העניים שילמו מחיר כבד על השתתפות טרנסילבניה במאמציה הצבאיים של פולין נגד רוסיה. הוטלו מיסים כבדים ואלפי לוחמים טרנסילבנים, רובם סקלרים, השתתפו במלחמה בתקווה להיחלץ מהחיים הקשים בבית.

אצילים הונגרים מטרנסילבניה בחצר הפולנית

באטורי הקים לעצמו בקרקוב "קנצלריה" בראשותו של מרטון ברזביצי, שאחרי מותו של קרישטוף באטורי ניהל בפועל את עיניני טרנסלבניה, כשההקנצלריה המקומית בטרנסילבניה בראשותו של פרקש קובאצ'וצי, הייתה כפופה לה. עם אנשי המלך שליוו אותו לפולין, נמנו אנדראש באטורי, בולדיז'אר באטורי, ז'יגמונד פורגאץ',מיקלוש אורבאי ויאנוש צ'פי, מוזש סקיי, איש צבא, כמו כן פרנץ וסלני, שמבלאן, שהיה היחיד שנשאר בפולין עד מותו של המלך, ולא עורר עוינות בקרב הפולנים ] ופרקש קובאצ'וצי, ראש הקנצלריה של טרנסילבניה, שהשנתיים בהן שהה בקרב האריסטוקרטים הפולנים היו לדבריו שנות סבל. בין אצילים הארנסילבנים ששהו בפולין ניתן לציין גם שמות כמו בולדיז'אר קארוי, בולדיז'אר קמן, בני משפחת באנפי (אישטוואן, קרישטוף וגיירג'), פרנץ בזרדי, גאבור מאילאט, גיירג' איריני, שצאצאיהם עוד ישחקו תפקידים חשובים בהיסטוריה של טרנסילבניה והונגריה.

שאיפותיו של באטורי והאינטרסים הפולניים

באטורי שאף לקבל את כתר הונגריה. בחירתו של באטורי בפולין הייתה כרוכה בחפיפה חלקית בין שאיפותיו הפוליטיות והאינטרסים של הממלכה פולנית. באטורי שאף לטווח ארוך לנהל מלחמת שחרור נגד הטורקים העות'מאנים ובו זמנית לחבל בתביעות ההבסבורגים לכתר הונגריה. סיכוייו למלוך בפולין חוזקו על ידי מות יריבו, מקסימיליאן השני בנובמבר 1575.
האצולה הפולנית חששה שלא ישים את יעדיו בהונגריה מעל האינטרסים של פולין.

המצור על גדנסק

בהתחלה נקלע באטורי במצב פוליטי וכלכלי קשה. המדינה נפגעה מאוד מתקופת האינטרגנום. הקיסר מקסימיליאן השני התעקש לממש את בחירתו על ידי הסנאט הפולני, תמך בהתנגדות פנימית ובברית עם רוסיה, התכונן לפעולה צבאית.
אולם מותו הפתאומי עקב מחלה גרם להתהפכות המצב. 
העיר שהפגינה ההתנגדות הכי עזה לשלטונו של סטפאן הייתה גדנסק, בגרמנית דנציג. עתירת נכסים, כחברה בברית ההאנזה ובתור נהנית מהתמיכה החשאית של דנמרק ושל הקיסר הגרמני, דנציג תמכה בבחירתו של מקסימיליאן והייתה נחושה שלא להכיר בבאטורי. 
אחרי מצור של ששה חדשים, הצבא של דנציג, שכללה 5,000 שכירי-חרב נוצחה בקרב בשדה פתוח ב-16 בדצמבר 1577. 
אך מפני שצבאו לא היה מסוגל לכבוש את העיר בכוח, ומכיוון שלא הצליח להשיג מספיק כסף מהאצולה הפולנית, נאלץ באטורי להגיע לפשרה:
הסכים להכיר במעמד המיוחד של העיר ובפריבילגיות שלה, כפי שהוכרו על ידי מלכי פולין הקודמים. יתרה מזו, ביטל את הצ'רטר שהעניק לכתר הפולני מונופול על המדיניות הימית ושהבטיח את שלטון פולין בנמל. בתמורה הכירה בו העיר כשליט של פולין ושילמה לו סכום עתק של 200,000 גולדנים בתור פיצויים.
בהמשך גדנסק נשארה נאמנה לפולין בימי המלחמות עם שוודיה ועם רוסיה וסיפקה לרפובליקה את הסיוע הנדרש.
עם זאת לטווח ארוך הוויתורים לגדנסק נחשבו להחלטה מזיקה. הם החלישו את הקשרים החוקיים בין פולין לדנציג ופגעו בזכויות הכתר הפולני לבנות צי צבאי בים הבלטי מבלי לקבל את אישור שלטונות הנמל.

חיזוק השלטון המרכזי

הניצחון בדנציג איפשר לסטפאן לחזק את סמכותו המלכותית, בתמיכת הקנצלר שלו, יאן זמויסקי, שהיה פוליטיקאי מוכשר. שניהם הצליחו לגבור על סיעות השלאכטה הליטאית והפולנית
על ידי הטלת מיסים גבוהים יותר על אדמות הכתר ועל הרכוש המלכותי שהוחכרו לאצילים. 
באטורי הודיע שלא יגביר את סמכויות הסיים והעדיף לפנות ישירות לאסיפות מחוזיות שיכלו להשתכנע יותר בקלות לתמוך במלך.
סטפאן באטורי ארגן מחדש את הצבא הפולני. בין החידושים שהנהיג היה הקמת כוח רגלי חצי-מקצועי, המורכב מאיכרים מאומנים בלחימה רגלית ובהנדסה קרבית. הוא הצליח לגייס גם את הקוזקים מאוקראינה ומגדות הדנייפר בתוך כוח צבאי סדיר שהיווה מחסום נגד הטטרים, הטורקים והצבא הרוסי. בזמנו הונהג התפקיד של יסאול, סגן האוטמאן, בצבא הקוזאקים. 
בעמדות מפתח בצבא, וגם במנהל, מינה באטורי אנשים מחוץ לממסד והפחית בדרך זו את תלותו באצולה ואת יכולתה לכפות עליו ויתורים. 
לעומת זאת הוא עודד את צמיחת כוחן של כמה משפחות אצילים שחבו למלך את עושרם ואת מעמדם, כגון משפחת זמויסיקי. 
הוא ביצע גם רפורמה של המוסדות המשפטיים על ידי הקמת בתי משפט לערעורים - בפולין ב 1578 ובליטא ב-1580.
באטורי תמך בהקמת בתי דין של האצולה, מה שהפחית את כוח המלך מול האצולה אך הרגיע את חששותיה ועזר להשגת תמיכתה ביעדי המלך. 
כדוגמה להפעלת החוק והסדר הורה באטורי להוציא להורג את האציל סמואל זבורובסקי שהוגלה בעבר בגלל אשמת רצח ושהעז תוך הפרת צו ההגליה, לחזור למדינה. באטורי נקט בענישה זאת על אף שמשפחתו של זבורובסקי סייעה לבחירתו למלך פולין.
שוחר תרבות ומדעים, סטפאן באטורי הפך בשנת 1579 את המכללה של הישועים בווילנה לאוניברסיטה, מוסד שלישי מסוג זה במדינה.

התערבויות במולדובה

על אף שגייס קוזאקים לצבאו, במדיניותו כלפי מולודובה נזהר המלך באטורי שלא להכעיס את הסולטאן העות'מאני והתנגד לניסיונות של קוזאקים להתערב במולדובה. על מנת להראות נאמנות כלפי הסולטאן הוא עצר את השליט לשעבר של מולדובה איוואן ניקוארה פוטקובה, האנטי-טורקי, שחיפש באופן טבעי מקלט בפולין, והוציא אותו להורג בלבוב ב-16 ביוני 1578. כמו כן שיגר חיל משלוח למולדובה בפיקודו של גאשפאר בקשי על מנת לדכא ניסיון בהשתתפות של הקוזאקים להדיח את השליט פטרה הפיסח.

מחלתו ומותו - במרכז מחלוקת רפואית

בשנותיו האחרונות סבל המלך ממרה שחורה וכתב צוואה.
ב-3 בדצמבר 1586, בשובו מציד הרגיש כאב עז בחזה ועייפות רבה. תסמינים אלו חזרו כעבור יומיים, בליווי קשיי נשימה, רעד, חיוורון והתעלפויות. שני רופאיו האיטלקים היו חלוקים בדעותיהם. הם איבחנו אבחנות שונות והמליצו על טיפולים סותרים. סימון סימוניוס, איש לוקאנה ובוגר האוניברסיטאות של ז'נבה והיידלברג, שיער כי מדובר ב"דיסקראסיה פריגאטה" (dyscrasia frigata) - הפרת איזון הליחות עקב קור והמליץ על חימום הגוף, בעוד עמיתו בוגר האוניברסיטה של פדובה, ניקולאוס בוּצ'לה, חשד כי מדובר במורסה בקרום המוח והמליץ על אמצעי קירור הגוף; המלך נפטר תוך זמן קצר, ב-12 בדצמבר 1586, ב"טירה הישנה" בגרודנו (הורדנה). היה בן 54 במותו. הנתיחה שלאחר המוות של גופתו שבוצעה על ידי הכירורג יאן זיגוליץ ולצידו, ניקולאוס בוצ'לה, הייתה הראשונה מסוג זה במזרח אירופה. המנתחים שמו לב להגדלה ניכרת של הכליות ("כמו של פר") ומהמורות מוזרות על פניהן, אך לא ייחסו את מוות לכך. את הגולגולת לא פתחו. גופת המלך הועברה מגרודנו לקרקוב, שם נקברה בקתדרלה המלכותית על הגבעה ואוול.
היו שהאשימו את הרופאים בגרימת מותו (turba medicorum perdidit cesarem), והריב ביניהם נמשך גם לאחר מכן במשך שנים, תוך הטחת עלבונות זה בזה. בשנת 1933 לרגל מלאת 400 שנה להולדתו של סטפאן באטורי התקיימה התיעצות רופאים בראשותו של פרופ' פרנצישק וולטר מבית הספר לרפואה בקרקוב, והועלתה ההשערה שהמלך נפטר עקב כליות פוליציסטיות עם אורמיה.
סטפאן באטורי לא השאיר יורשים ולא הצליח להוריש את כס המלכות מפולין לאחד מבני משפחתו.
חיי נישואיו עם אנה יגיילונקה, שהייתה עשר שנים מבוגרת ממנו, (בשנת הנישואים בת 52) לא היו מוצלחים.
לא יכלו להביא ילדים לעולם ולמלך שחי תקופות ארוכות רחוק מהבית, היו מספר מאהבות. המלכה אנה אף שקלה משום כך להתגרש ממנו.

תאריו אחרי 1576

תאריו בלטינית, אחרי הכתרתו כמלך פולין, היו כדלקמן:
Stephanus, Dei gratia rex Poloniae et magnus dux Lithuaniae, Russiae, Prussiae, Masoviae, Samogitiae, Kiioviae, Volhyniae, Podlachiae, Livoniaeque, necnon princeps Transylvaniae.
 בתרגום לעברית: 
שטפאן, בחסד אלהים מלך פולין ודוכס גדול של ליטא, רוס, פרוסיה, מזוביה, סמוגיטיה, קייב, ווהלין, פודלסיה, ליבוניה, כמו כן נסיך של טרנסילבניה.

יחסו ליהודים

שנות מלכותו נחשבות לתקופה טובה בחיי הקהילה היהודית בפולין. בהגיעו לשלטון אישר באטורי מחדש את הזכויות שהוענקו להם בצ'רטרים של קודמיו. בזמנו התחזקה ההנהגה המרכזית של יהודי פולין וליטא -ועד ארבע ארצות, שהתכנסה במליאתה בלובלין בשנת 1579 ובחרה במועצה ובראשה פרנס - marszalek generalnosci, רב כולל, ונאמן (wiernik).
הוועד נהנה מאוטונומיה בניהול חיי היהודים. הוא נדרש על ידי המלך לגבות גם את מסי הגולגולת שהוטלו על היהודים החל משנת 1549. היהודים השתתפו במאמץ המלחמתי של הממלכה לא רק על ידי מיסים, אלא גם על ידי השתתפות בהגנת הערים. ידוע המקרה של מנדל איזקוביץ' מקזימיר שתרם את הידע שלו בבניית גשרים ובביצוע עבודות אחרות בעלות חשיבות צבאית.
דמות אחרת מקרב מנהיגי היהודים שייצג אותם בפני המלך ולפי מקורות יהודים זכה להערכתו היה הרב שאול בן יהודה קצנלבוגן, איש פדובה שהקים ישיבה חשובה בבריסק.
המלך הוציא בשנת 1576 שני צווים להגנת היהודים מפני עלילות דם שנפוצו בקרב האוכלוסייה הפולנית והליטאית על ידי גורמים עוינים שפעלו בשם האמונה הנוצרית. המלך דרש להטיל על המסיתים עונש מוות. בזמנו של סטפאן באטורי קהילות יהודיות רבות קיבלו זכויות למסחר ולחכירה וההתיישבות היהודית התרחבה במזרח המדינה.
מצד שתי הערים שביקשו להמשיך לשמור עצמן מנוכחות של יהודים על ידי הזכויות שנקראו privilegia de non tolerandis judeis, קיבלו אישור לכך, כולל ורשה בה אף הורחב התחום האסור להתיישבות יהודים.
בשנת 1580 בהתאם לצו המלך, אסר ועד ארבע הארצות חכירה של נכסים מלכותיים - כמו מכרות מלח, מיסים, בניינים, בכל שטחי פולין גדול, פולין קטן ומזוביה. לעומת זאת לא חלו איסורים כאלה ברוסיה (רוטניה) האדומה, פודוליה, ווהלין, מערב אוקראינה וליטא.