היסטוריה של האנטישמיות

איבה מוקדמת כלפי יהודים

דוגמאות ראשונות ברורות לרגשות אנטי-יהודיים ניתן למצוא באלכסנדריה במאה ה-3 לפנה"ס. 
העיר אלכסנדריה נוסדה על ידי אלכסנדר הגדול. יחסו של אלכסנדר כלפי היהודים היה ידידותי ומעודד. הוא אפשר להם לבנות אזור יהודי בעיר, שבו הם עסקו במסחר והפכוהו לאזור משגשג. אלכסנדריה הפכה לבירה המסחרית והרוחנית של העולם העתיק. בתחילתו של העידן המשותף, יהודים כבשו שתי חמישיות של העיר ומנו כ-100,000 אנשים.  העיר הייתה ביתה של הקהילה היהודית הגדולה ביותר בעולם, ותרגום השבעים - התרגום היווני של התנ"ך מעברית - נוצר שם. יוסף בן מתתיהו מספר שאלכסנדר אף פטר את היהודים מתשלום מיסים בשנות שמיטה, מאחר שהם אינם מעבדים את שדותיהם בשנים אלו. בין יהודי העיר המפורסמים מאותה התקופה היה הפילוסוף פילון האלכסנדרוני.

מצרים הייתה כאמור לב הפזורה היהודית, והמרכז המתקדם ביותר של התיוונות מחוץ ליוון עצמה. מצב זה לא היה חריג במיוחד, באופן כללי, העולם הפגאני היה מאוד סובלני כלפי גיוון דתי, ומצב זה אפשר ליהודים חופש דת ופולחן (מונותואיסטי) מלא. ואכן, היו דמויות בולטות מן התקופה שהחשיבו מאוד את היהודים כקבוצה, וכתבו עליהם בהערכה. הפילוסוף תאופרסטוס לדוגמה, שהיה מתלמידיו של אריסטו והתנגד להקרבת יצורים חיים על המזבח, כתב על דרך ההקרבה אצל היהודים:
כל אותה שעה (של ההקרבה), בהיותם פילוסופים מטבעם, הם משוחחים על האלוהות, ובלילה צופים הם בכוכבים, מתבוננים בהם וקוראים לאלוהים בתפילה. הם היו הראשונים להנהיג העלאת קורבנות ... אולם הם עשו זאת מתוך הכרח ולא מתוך רצונם לכך
— פורפיריוס, De Abstinentia, ספר 2, פרק 26
הדגש על חוסר הרצון היהודי לקבל מנהג שכזה (הקרבת יצורים חיים), תואם את הטון הכללי של כל הקטע, שהוא אוהד את היהודים. התבוננות בכוכבים היא מרכיב די חשוב בדת פילוסופית, על פי אסכולת אפלטון ואריסטו.
דוגמאות נוספות הן הפילוסוף קליארכוס שתיאר פגישה בין מורו אריסטו  לבין "חכם יהודי", והחוקר מגסטנס שכאשר נסע להודו כשגריר של סלאוקוס הראשון, הוא כתב עבודה שבה דיבר בשבח הממשל והחברה ההודית, וכלל גם את היהודים בתיאוריו האידיאליים. כן יש לציין את הסופר טימגנס, שהיה הסופר היווני-אלכסנדרוני היחיד שלא דיבר בגנות היהודים.
עם זאת הזרם המרכזי של ההיסטוריונים של אלכסנדריה היה ידוע לשמצה בשנאת היהודים שלו. אחת הסיבות לעוינות זו נבעה מן העובדה שילידים מצריים רבים, שחיו חיי אומללות תחת השליטה היוונית והרומית, לא יכלו לסבול את הפריחה והשגשוג שזכו בו היהודים הזרים. קנאה חברתית זו השתרשה כמעט בכל הכתבים של הסופרים ההלניסטיים באלכסנדריה ובסביבתה.
בספרות הפגאנית נעשה סילוף של ההיסטוריה היהודית, שבא לידי ביטוי בראש ובראשונה בסיפור מצרי-יווני אלטרנטיבי למוצא היהודים ומסורת יציאת מצרים. גרסתו הקדומה ביותר הידועה לנו הופיעה ככל הנראה בחיבורו של הקטאיוס איש אבדרה, היסטוריון יווני שחי סביב שנת 300 לפנה"ס, שם מסופר שבעקבות מגפה קטלנית שבאה על מצרים, גורשו ממנה כל הזרים, כאשר חלקם הגדול, בהנהגת משה, גורש לארץ ריקה שנקראה אחר כך "יהודה". גרסתו של הקטאיוס עברה שינויים וקיבלה תוספות פרי עטם של סופרים מאוחרים יותר, שהפכו אותה עם הזמן לעוינת יותר כלפי היהודים, תוך שימוש במוטיבים של כפירה, טומאה, שנאת זרים ואף שנאת אדם.
בחיבורו של מנתון (אגיפטיקה), כומר והיסטוריון מצרי-הלני מן התקופה, מופיעה הטענה, כי בני עם החיקסוס (קבוצה ממוצא שמי ששלטה בצפון מזרח מצרים) היו "אבות היהודים". בכך שולל מנתון את הסיפור המקראי ואת תפיסת הזהות העצמית של היהודים ומנסה להשפילם. הנואם היווני אפיון, שחי במאה הראשונה לספירה באלכסנדריה ונודע בשנאתו ליהודים, טען בחיבוריו (שהתבססו על כתביו של מנתון), כי בני ישראל הם צאצאי אנשים מצורעים  שהונהגו על ידי כהן דת מורד בשם 'אוסרסף' (Osarseph) "שלא מעריץ את האלים", מרד בפרעה בשיתוף מורדים כנענים, וכאשר פרעה התגבר על המרד הוא גירש את המורדים המצורעים הללו למדבר שבו שינה אוסרסף את שמו למשה. אפיון טען כי סיפורו הוא למעשה הגרסה ה"אמיתית" לסיפור יציאת מצרים שאותו מספרים היהודים, ובכך רצה לציירם כמצרים מצורעים וטמאים שצריך לגרשם ולנדותם. 
רעיונות אלו חזרו רבות בעבודותיהם של כאירמון מאלכסנדריה, ליסימכוס, פוסידוניוס, אפולוניוס מולון, אפיון וטקיטוס, והיוו למעשה "היסטוריה נגדית" - הגרסה המצרית-יוונית לסיפור יציאת מצרים במסורת היהודית, ומטרתם המוצהרת הייתה כאמור ניסיון לבזותם, והתכחשות לזכות הגדרתם העצמית של היהודים.
ניתן למצוא גם דיווחים המציגים תיאורים שמעורבים בהם דעות קדומות כלפי היהודים והיהדות בעבודותיהם של סופרים פגאנים יווניים ורומיים רבים. הכומר והסופר אדוארד פלאנרי כותב כי היה זה סירובם של היהודים לקבל את הסטנדרטים הדתיים והחברתיים היווניים שסימנו אותם לרעה, וגרמו להתפתחותם של סטריאוטיפים אלו.
הקטאיוס איש אבדרה כתב כי משה "בגלל זיכרון הגלות של עמו, (כתוצאה מטראומת גירוש העם ממצרים) הנהיג עבורם דרך חיים של מיזנתרופיה ועוינות כלפי זרים." 

לשתי האשמות עיקריות אלו (גירושם של היהודים ממצרים והיותר מיזנתרופים), הוסיף ההיסטוריון אגאתרכידס מקנידוס את השלישית כשכתב על "השיטות המגוחכות" של היהודים, ועל "האבסורד בחוקיהם", ותיאר כיצד תלמי לאגוס היה מסוגל לפלוש לירושלים ב-320 לפנה"ס, בגלל שתושביה שמרו על השבת: 
אלה הנקראים בשם יהודים היושבים בעיר חזקה ובצורה מכל הערים, אשר קראו לה בני המקום בשם ירושלים, רגילים לנוח ביום השביעי ואינם חוגרים חרב ביום הזה ואינם עובדים את אדמתם ואינם עושים בו כל מלאכה, רק פורשים את ידיהם בבתי מקדשיהם ומתפללים (כל היום) עד בוא הערב. וכאשר בא בשערי העיר הזאת תלמי בן לגוס עם חילו, ויושביה שמרו את חוקי ההבל אשר להם תחת לשמור על עירם נפלה נחלת אבותיהם בידי אדון קשה, וככה נגלתה ערות חוקיהם, כי נמצא בהם מנהג רע. והנה המעשה הזה לימד את הכל, מלבד אותם עצמם, לעזוב דברי חלומות כאלה, ואת אמונת ההבל בחוקי משה, לעת אשר ישפט שכל האדם, כי אין בהם כדי להחזיק מעמד בשעת פורענות.
— קדמות היהודים (נגד אפיון), א, כב
הפילוסוף היהודי העתיק פילון האלכסנדרוני מתאר מתקפה יוונית, בסיועו של הנציב הרומאי, על יהודים באלכסנדריה בשנת 38 לספירה שבה מתו אלפי יהודים. האלימות באלכסנדריה יכולה הייתה להיגרם בשל הצטיירות היהודים באותה תקופה כמיזנתרופים. ההיסטוריון אביגדור צ'ריקובר טוען כי הסיבה לשנאת היהודים בתקופה ההלניסטית הייתה נטייתם להתבדל מן החברה הכללית אף בערים יווניות. אך עם זאת, טוען הפרופסור גדעון בוהק, כי איבה מוקדמת זו כלפי היהודים איננה יכולה להיחשב כאנטי-יהודית או אנטישמית אלא אם כן התעוררה ממניעים שניתן להבינם בהקשר של היהודים בלבד, מאחר שיוונים רבים באותה תקופה (שראו את עצמם כנעלים על שאר העמים) הראו עוינות כלפי כל קבוצה זרה שכונתה בפיהם ברברים (במקור: אלו שלא מדברים יוונית). 

ביטויי האנטישמיות הגדולים והמובהקים ביותר שהגיעו אלינו מן העת העתיקה מצויים כנראה בתיאורו של אפיון (ממנהיגי הקהילה היוונית-מצרית באלכסנדריה במאה הראשונה לסה"נ) ביחס למה שגילה אנטיוכוס הרביעי (אפיפנס) בפריצתו לבית קודשי הקודשים בירושלים:
אנטיוכוס מצא בבית המקדש מיטה ואדם שוכב עליה, ולפניו שולחן מלא דשן מבשר דגת הים ובהמת הארץ… והאיש השוכב חרד לקראת המלך כמי שעומד להושיעו ישועה רבה… והמלך הרגיעו וביקשו לשבת ולספר לו מי הוא ולמה הוא שוכן במקום הזה… והאיש סיפר לו בבכי ובדמעות וביללה את צרת לבבו… ואמר כי הוא איש יווני ובעוברו במדינה הזאת לצורכי מחייתו חטפו אותו פתאום… והוליכו אותו אל ההיכל הזה וסגרו עליו, ואין איש רואה את פניו רק מפטמים אותו בכל דבר תאווה…
כי יש חוק ליהודים שאין לבטאו… במועד קבוע מדי שנה בשנה, הם תופסים איש יווני הבא מארץ נוכרייה ומפטמים אותו שנה שלמה. ואחרי זאת הם מוציאים את האיש אל אחד היערות וממיתים אותו שם, בזבחם אותו לקרבן על פי משפטיהם ומנהגיהם, וטועמים מבשרו, ונשבעים איש לרעהו על בשר הזבח היווני לנטור שנאה ליוונים…
— יוסף בן מתתיהו (נגד אפיון, ב, ח)
עלילה זו, (המכונה עלילת קרבן האדם), המביאה לשיא את הסטריאוטיפ המתמשך של היהודים בעת העתיקה כשונאי אדם (מיזנתרופים) ואף כורכת אותו בעבודה הרוחנית-דתית שלהם, חזרה על עצמה בחיבורו של דאמוקריטוס "על היהודים" בסגנון דומה. לדבריו: היהודים משתחווים לראש מוזהב של חמור, ואחת לשבע שנים הם תופסים נכרי, מקריבים אותו על ידי "קריעת בשרו קרעים קרעים", בכך שוזר דאמוקריטוס את עלילת קרבן האדם עם עלילת פולחן החמור. דאמוקריטוס הוא הסופר היווני היחיד הידוע לנו מלבד אפיון שטען שהיהודים נהגו לבצע רצח פולחני של נוכרים, אולם הוא נבדל ממנו בפרטים: בזמן שאפיון מדגיש שהקורבן הוא יווני והטקס מתרחש בכל שנה, דמוקריטוס מתייחס לנוכרי באופן כללי והטקס מתרחש בכל 7 שנים. ייתכן וציון המחזוריות של 7 שנים קשור לשנת השמיטה היהודית, שהייתה ידועה לכמה סופרים פגאניים. 
ניתן לקשר את האנטישמיות הקדומה לתפיסת היוונים, שכאמור ראו את עצמם כנעלים על שאר העמים הברברים מן העולם העתיק. אחד ממאפייני התרבות ה'ברברית' היו הקרבת קורבנות אדם. ההשקפה הנאורה ביוון ורומא ראתה בכך ביטוי גס של אמונה טפלה ברברית, והשלטון הרומי אסר קורבן אדם ברומא וראה חובה לחסל את המנהג בקרב עמים אחרים שנפלו תחת שלטון רומא. ניתן להבין, לפיכך שמעשים כאלו יוחסו לדת היהודית מאחר שבמתחם בית המקדש לא נמצא אף פסל ותמונה, ולנכרים אסור היה כלל להיכנס אל המתחם. על רקע זה ניתן להבין מדוע נקל היה להעליל על היהודים שהם עובדים חפץ נקלה ושפל.  
אחת הגזירות האנטי-יהודיות המוקדמות, נגזרה על ידי אנטיוכוס אפיפנס באזור השנים 170-167 לפני הספירה, וגרמה להצתת מרד החשמונאים ביהודה.

האימפריה הרומית

היחסים בין היהודים בארץ ישראל לבין האימפריה הרומית הכובשת היו יחסים עוינים מאד כבר מתחילתם והביאו לכמה מרידות. ביסוד מדיניותם של הקיסרים הרומיים עמדיה השאיפה לאחדות האימפריה. היהודים שחיו בכל רחבי האימפריה שמרו בדבקות על צביונם התרבותי והדתי הייחודי, וכך, ככל שהאימפריה נעשתה הומוגנית יותר מבחינה מדינית ותרבותית, הם בלטו כגורם מפריע בדרך להשגת האחדות.
החברה הרומית ספגה את הדעות הקדומות נגד היהודים מן התרבות ההלניסטית (גזע מצורעים, בדלנות, דת מגוחכת) ודעות קדומות אלה עמדו במרכז החשיבה של התקופה. הקהילה היהודית ברומא הייתה שנייה רק לאלכסנדריה, וכמו באלכסנדריה, הרשאות שניתנו ליהודים על ידי הקיסרים הרומיים גרמו לשנאה מצד השכנים המקנאים. בנוסף, התיעוב היהודי כלפי כל סוג של פולחן לפסל או תמונה נתפסה בעיני החברה הרומאית כהתנשאות והיווה מקור למתח. כבר ב-59 לפנה"ס מזכיר המדינאי מרקוס קיקרו בטיעונו "Flacco Pro" "כמה מרובים הם היהודים, שבטיהם והשפעתם באספות".
כמה היסטוריונים מן העת העתיקה מספרים כי בשנת 19 לספירה הקיסר הרומי טיבריוס ציווה על גירוש היהודים מרומא. לדברי ההיסטוריון הרומי סווטוניוס, טיבריוס שלח גברים יהודים צעירים לפרובינציות שאקלימן קשה ולא נוח, תחת העמדת פנים של שירות צבאי. את כל שאר היהודים הוא הרחיק מהעיר, תחת איום של עבדות עולם לאלה שלא ישמעו. יוסף בן מתתיהו, בספרו קדמוניות היהודים, מאשר גם הוא כי טיבריוס הורה לגרש את כל היהודים מרומא. 4000 צעירים יהודים הוגלו לסרדיניה לשם שירות צבאי, אך הרוב, שלא היו מוכנים להפוך לחיילים, נענשו. פילון האלכסנדרוני מציע כי ייתכן שסיאנוס, אחד מסגניו של טיבריוס, היה המניע והדוחף העיקרי לרדיפת היהודים. לדברי ההיסטוריון דיו קסיוס, המניע לגירוש זה היה עיסוקם של היהודים בפעילות דתית מסיונרית בקרב הרומאים. לאור זאת ייתכן כי האנטי-יהודיות הקדומה נבעה בעצם מן התחרות מול היהודים על נאמנותם הדתית של הגויים, תוך שימוש בהעללת עלילות נגד היהודים.
השנאה כלפי היהודים גרמה למתח גדול בקרב היהודים, והוא אכן התפרץ בדמות שלוש מרידות קשות שלהם כנגד האימפריה הרומית: המרד הגדול (66-73/74) שבסופו חרבו ירושלים ובית המקדש. מרד התפוצות (115-117), שגרם לקיסר הרומי טראיאנוס לעצור את מסע כיבושיו במזרח האימפריה כנגד הפרתים ולהתמקד בדיכוי המרידה. ומרד בר כוכבא (132-136) שתוצאותיו היו קשות ביותר. התלמוד הירושלמי מספר, כי בעקבות מרד בר כוכבא, הרומאים החריב ערים רבות והרגו יהודים רבים "עד שסוסיהם היו שקועים בדם עד לנחיריהם". עם זאת, כמה היסטוריונים טוענים כי רומא דיכאה בדרקוניות מרידות בכל השטחים שנכבשו ולאו דווקא באזורים היהודיים, ומציינים שטיבריוס גירש את כל בעלי הדתות הזרות מרומא, לא רק היהודים.
לאחר המרד הגדול פרסם הקיסר אספסיאנוס צו שהטיל על היהודים שישבו בארץ ישראל ובכל רחבי האימפריה הרומית חובת תשלום מס בסך שתי דרכמות לשנה. הייתה בכך משום סטייה מן המצב שממנו נהנו היהודים לפני חורבן המקדש, שכן המס הזה, שנועד לכאורה כדי לממן את מקדש יופיטר ברומא, בא במקום התרומה בסך חצי שקל שהעלו היהודים מרצונם לבית המקדש.
כישלון המרד הגדול הביא בעקבותיו את חורבן בית המקדש השני שנהרס בידי טיטוס בשנת 70 לספירה. במשך מאות שנים סירבו הרומאים להתיר ליהודים לבנותו מחדש. בנוסף, שינו הרומאים את השם מחוז יהודה לסוריה פלסתינה ואת שמה של ירושלים לאיליה קפיטולינה, בניסיון למחוק את הקשר ההיסטורי של העם היהודי לאזור.
עם זאת, זכויות אחרות של היהודים לא בוטלו ויהודים בודדים שירשו או שרכשו אזרחות רומית הוסיפו ליהנות מן הזכויות שהקנה להם מעמד זה. בשנת 212 פרסם הקיסר קרקלה חוק שהעניק אזרחות רומית לרוב האוכלוסייה באימפריה הרומית. גם היהודים קיבלו זכויות מלאות, ובכללן הזכות לתפוס משרות צבוריות. כמו כן, בניגוד לדתות אחרות באותה תקופה, ליהודים באימפריה הרומית היה את הזכות לשמור על דתם, ולא צופה מהם להתאים את עצמם למנהגים המקומיים.
מרד בר כוכבא ודיכויו הביא בעקבותיו את גזירות אדריאנוס, שכללו איסורים על המילה, על סמיכת חכמים ועל שמירת השבת, באמצעות גזירות אלו ביקש הקיסר לפתור את "בעיית היהודים". מטרת הגזירות הייתה לעקור את האלמנטים הלאומיים והדתיים מהקהילה היהודית ביהודה, והן בוצעו במלוא חומרתן.

האימפריה הרומית המאוחרת

הנצרות החלה את דרכה ככת משיחית ביהדות של המאה הראשונה לספירה, אולם התפתחה לדת עצמאית, בעיקר עקב השפעתו של פאולוס, אחד מהשליחים - תלמידיו של ישו. הנצרות והיהדות הפכו לדתות מתחרות, והדבר ניכר היטב בדמותו של פאולוס עצמו, שהיה יהודי פרושי שעסק על-פי עדותו ברדיפת הנוצרים, אך בסופו של דבר התנצר. במטרה לזכות בהכרה מצד רומא האלילית ולהצדיק את תחושת עליונותה, הכנסייה החדשה פיתחה דוקטרינה תאולוגית אנטי-יהודית בשילוב אלמנטים דתיים פגנים. 
עם הפיכתה של הנצרות לדת המדינה של רומא במאה ה-4, היהודים הפכו למושא של חוסר סובלנות דתית ודיכוי פוליטי. ספרות נוצרית החלה להציג עוינות קיצונית כלפי יהודים, שמדי פעם באו לידי ביטוי בהתקפות ושריפת בתי כנסת. עוינות זו התבטאה גם בגזרות שני מועצות הכנסייה ובחוקי המדינה. בראשית המאה ה-4, הקיסר הרומי קונסטנטינוס אף הנהיג מספר חוקים הנוגעים ליהודים: נאסרו נישואים בין יהודים לנוצרים, איסור שעונשו מוות. עונש מוות נגזר גם על מילת עבדים נוצריים בידי יהודים, ומאוחר יותר אסר על החזקת עבדים נוצריים בידי יהודים בכלל, והבעלות עליהם הועברה לידי הכנסייה. המרה של נוצרים ליהדות נאסרה בחוק. קונסטנטינוס חידש גם את אכיפת האיסור על התיישבות יהודים בירושלים, ויהודים הורשו להיכנס לירושלים רק בתשעה באב, יום השנה לחורבן בית המקדש. מועצת אנטיוכיה (341) אסרה על נוצרים מלחוג את חג הפסח עם היהודים, ואילו מועצת לאונדיקא אסרה על נוצרים את שמירת השבת היהודית. 
במאה ה-5 האפליה כלפי היהודים אף הפכה גרועה יותר. הקיסר תיאודוסיוס השני פרסם קובץ חוקים שנודע בשם הקודקס התאודוסיאני ובו 44 חוקים שטיפלו בענייני יהדות ויהודים. בין היתר הקודקס אסר על היהודים מלעבוד בשירות המדינה, הצבא והמשפט. היקף בתי המשפט היהודים הוגבל. בתי כנסת נהרסו או הוסבו לכנסיות, ונאסר על שיפוץ בתי כנסת ישנים מלבד במצב של סכנת קריסה. בתי כנסת נהרסו בטורטונה (350), רומא (388 ו-500), רקה (388) מנורקה (418), דפנה (ליד אנטיוכיה, 489 ו-507), גנואה (500), רוונה (495), טור (585) ובאורליאן (590).

הקוראן ואנטישמיות מוסלמית

תולדות היחסים בין המדינה האסלאמית לבין הנתינים הלא מוסלמים, במקרה זה יהודים, מתחילים כבר עם תולדות חייו של הנביא, מוחמד. הקוראן, הספר הקדוש למוסלמים, מכיל פסוקים רבים שעשויים להתפרש כהבעת דעות שליליות מאוד כלפי חלק לפחות מן היהודים. אמנם בתחילה, כאשר מוחמד עבר לעיר מדינה בשנת 622 לספירה, הוא ניהל מגעים ואף עשה הסכמי שלום עם יהודים ושבטים אחרים, אך לאחר דחייתו של מוחמד על ידי היהודים וסירובם להכיר בו ולקבלו כנביא, הפכה מערכת היחסים בין החסידים של הדת החדשה (האסלאם) ליהודים בעיר קשה ומתוחה. באווירה המתוחה התגלעו מהר מאד סכסוכים קשים בינו לבין השבטים היהודיים באל-מדינה ובח'ייבר, ומוחמד החל לרדוף את היהודים בחצי האי. בשלב מסוים החל מוחמד לגרש את כל היהודים מחצי האי. בשנת 624  גורשו שבט בני קיינוקאע מאל-מדינה לאל-קורה. שנה לאחר מכן גורשו יהודי שבט בני נדיר מאל-מדינה לאזור ח'ייבר. בשלב זה הקוראן הורה למוחמד לשנות את כיוון התפילה מירושלים למכה, ומנקודה זו והלאה, הטון הכללי של פסוקי הקוראן הפך עוין יותר כלפי יהדות ויהודים בכלל.
בשנת 627 צרו שבטו של מוחמד יחד עם בעלי בריתם, שבט קורייש, על שבט כהנים יהודי בשם קוריט'ה ששכן בנווה המדבר ית'רב (כיום אל-מדינה), בקרב שנקרא קרב השוחה. בני שבט קוריט'ה, שהואשמו בבגידה, קיימו משא ומתן עם מקימי המצור, ללא תועלת, ובסופו של דבר הם נאלצו להיכנע למוסלמים. המוסלמים, תחת פיקודו של מוחמד, הרגו כמעט את כל הגברים בעריפה, מלבד כמה מן הגברים, שהתאסלמו. הנשים והילדים של השבט נשבו, אולצו להתאסלם ונמכרו לעבדות. עם זאת, יש לסייג ולומר כי ישנם חוקרים המפקפקים באמיתות אירוע זה, וטוענים כי הוא מומצא, ולכל הפחות מוגזם.
מאוחר יותר, התעוררו מספר עימותים נוספים בין יהודי ערב הסעודית לבין מוחמד ומאמיניו, כשהבולט בהם היה בח'ייבר, שם יהודים רבים נהרגו, ובקרבות נוספים.

ימי הביניים

עוינות ואפליה זו כלפי היהודים נמשכו מן התקופה הרומית המאוחרת לימי הביניים. בימי הביניים באירופה הייתה רדיפה בקנה מידה מלא של יהודים במקומות רבים, שכללה עלילות דם, גירושים, התנצרות כפויה והרג. במאה ה-12, היו נוצרים שהאמינו כי חלק, או אפילו כל היהודים שרויים בידי ברשות כוחות מאגיים ויונקים מהם את כוחם. הסיבה שהיהודים זכו ל"כוחות" אלה הייתה, לפי אותם מאמינים, בשל חתימת ברית עם השטן. איורים המציגים את "חזירת־היהודים" נוצרו  בראשית המאה ה-13, בעיקר בגרמניה.
רדיפת היהודים באירופה הגיעה לשיאה במהלך מסעי הצלב. רטוריקה אנטי-יהודית כמו  Goad of Love החלה להופיע ולהשפיע על התודעה הציבורית. בעת מסע הצלב הראשון, שנערך בשנת 1096, עברו הצלבנים בעמק הריין, דרך הערים שקהילות אשכנז  שכנו בהן. תוך כדי המעבר הם פרעו ביהודים שבאותן הקהילות. בקהילות של וורמס ומַיינץ קרעו הצלבנים ספרי תורה, שרפו בתי כנסת והעמידו בפני היהודים את הברירה בין טבילה לבין מוות, כשרבים מהיהודים בוחרים למות על קידוש השם ולא להתנצר. הקהילות בערים וורמס ומיינץ חרבו. במסע הצלב השני ב-1147, היהודים בצרפת היו הקורבנות העיקריים לרצח ומעשי זוועה תכופים. הפרעות החלו בצרפת בערים האם שבמחוז הסום, סולי ורמרו, גם בתקופה ההיא הועמדו היהודים  בפני הברירה של להמיר את דתם או למות. היהודים היו נתונים להתקפות גם במהלך מסעי צלב נוספים בשנים 1190, 1248 ועוד. בעקבות מסעי צלב אלה, היהודים היו נתונים לגירושים במקומות רבים, כולל בשנת 1290, אז גורשו כל היהודים מאנגליה. בשנת 1396, 100,000 יהודים גורשו מצרפת ובשנת 1421, אלפים גורשו מאוסטריה. רבים מאלה שגורשו ברחו לפולין. 
מגפת המוות השחור ששטפה את אירופה באמצע המאה ה-14, והשמידה בין רבע למחצית מהאוכלוסייה, הביאה גם היא להגברת השנאה ליהודים, ולהפיכתם לשעירים לעזאזל. במהלך השנים 1347-1348 נפוצה שמועה שיהודים הרעילו במכוון את בארות המים הנוצריים והם הגורמים לפרוץ מגפת הדבר, במטרה להשמיד את הנוצרים ולהשתלט על העולם. כתוצאה מכך, מאות קהילות יהודיות נהרסו בשל השנאה והאלימות שהתפתחה. האפיפיור קלמנט השישי ניסה להגן על יהודים כשפרסם בתגובה שתי בולות, האחת ב-6 ביולי 1348, והשנייה ב-26 בספטמבר אותה שנה, המגינות על היהודים מההאשמות, שכן המגפה היא משמים ותובעת קרבנות גם מהיהודים. לדברי האפיפיור, מי שטופל עלילות אלה על היהודים הוא "מוּנַע על ידי השקרן, השטן". בצווים אלה אסר האפיפיור להרוג יהודים, להמיר דתם בכפייה או להחרים את רכושם ללא משפט. אולם הבולות לא הועילו במיוחד, וההסתה גרמה למהומות ופרעות ביהודים. עיקר הרדיפות היו בצרפת, שווייץ וגרמניה, שם קהילות שלמות נכחדו. כמה חודשים לאחר מכתבי האפיפיור, 900 יהודים נשרפו חיים בשטרסבורג, על אף ששם המגפה לא השפיעה עדיין. בכמה מהמקרים היהודים הועמדו למשפט, עונו, והתוודו ואז הועלו על המוקד. כששככה המגפה בסוף המאה ה-14, כמעט שלא נותרו יהודים במערב אירופה.

הגבלים תעסוקתיים ואחרים

הרשויות הנוצריות הטילו הגבלות רבות על עיסוקים של היהודים. שליטים מקומיים ואנשי הכנסייה סגרו את שעריהם של מקצועות רבים ליהודים, במטרה לדחוף אותם לעסוק בתפקידים שוליים הנחשבים נחותים מבחינה חברתית, כמו גביית מיסים, השכרת דירות והלוואה בריבית, עיסוקים שהיהודים אולצו לראותם כ"רע הכרחי" וכברירת מחדל. הדוקטרינה הקתולית בזמנו קבעה כי להלוות כסף בריבית הוא חטא, כך שמקצוע זה היה אסור לנוצרים. יהודים רבים שלא היו כפופים למגבלה זו, אולצו למצוא בזה את פרנסתם, על אף הסיכון הכספי הכרוך בכך והדאגה התמידית הנובעת מהלוואה ללא-יהודים. עיסוק זה, הוביל להרבה סטריאוטיפים שליליים על היהודים ולתיאורם כחצופים, חמדנים ונצלנים. המתחים המובנים הקיימים בהלוואת כסף בין הנושים (בדרך כלל יהודים) לבעלי החוב (בדרך כלל נוצרים) הוסיפו גם הם למתיחות החברתית, הפוליטית, הדתית והכלכלית. איכרים רבים שנזקקו להלוואה ונאלצו לשלם את הרבית לאחר מכן, נחשפו באופן אישי כיצד היהודי כביכול גוזל את כספם שעבדו למענו ומנצל את מצבם.
בכל תקופת ימי הביניים היו היהודים נתונים למגוון רחב של מגבלויות משפטיות וחברתיות, שחלקם נמשכו עד סוף המאה ה-19. גם העיסוק בהלוואת כספים וברוכלות נאסר על היהודים בתקופות מסוימות. מספר היהודים שהורשו להתגורר במקומות שונים היה מוגבל. הם רוכזו בגטאות ולא הורשו להחזיק בקרקע. הם היו כפופים למיסים מפלים בכניסה לערים או מחוזות אחרים ונאלצו להישבע שבועה יהודית מיוחדת, מלבד זאת, סבלו היהודים מעוד מגוון רחב של הגבלות. ועידת לטראנו הרביעית שהתכנסה בשנת 1215 קבעה כי יהודים ומוסלמים חייבים ללבוש מלבושים ייחודיים על מנת שאפשר שיהיה להבחין בהם. פריט לבוש כזה שהיה נפוץ ביותר היה הכובע היהודי, שיהודים רבים כבר חבשו אותו מרצונם, כסממן לזיהוי עצמי, אבל הרשויות עיגנו זאת כחובה במטרה להשפילם.

מסעי הצלב

מסעי הצלב היו סדרה של מבצעים צבאיים ביוזמתה או בעידודה של האפיפיורות ברומא, שנערכו מסוף המאה ה-11 עד המאה ה-13. הם החלו כמאמצים לשחרר את ירושלים מידי המוסלמים, אך מהר מאד הם התפתחו למלחמות טריטוריאליות.

היחסים בעולם המוסלמי

מן המאה ה-9 ואילך, העולם האיסלאמי של ימי הביניים העניק מעמד של חסות לשני מיעוטים נוצרים ויהודים. בניגוד למצב אצל עובדי האלילים שם הייתה הבחירה ברורה: אסלאם או מוות, בנוגע ליהודים ולנוצרים שהן בעלי דתות: "מוכרות", כלומר מבוססים על התגלות אמיתית (גם אם זמנן חלף) הייתה אפשרות שלישית: אסלאם מוות או כניעה. מעמד זה, הקרוי ד'ימי, כלל שורת מגבלות על מקבל החסות. ההגבלות כללו מגורים ברבעים נפרדים, חובה ללבוש בגדים ייחודיים, איסורים על הטפה נגד התאסלמות ונגד נשיאת נשים מוסלמיות, וגישה מוגבלת למערכת המשפטית (עדותו של יהודי לא נחשבה אם נסתרה על ידי עדותו של מוסלמי). ד'ימי נאלצו לשלם מס גולגולת מיוחד (ה"ג'זיה").
ככלל, התייחסו המוסלמים אל המיעוט היהודי שבתחומן כאל אזרחים מדרגה שנייה, ותמיד נדרש ממנו להיות כנוע כלפי המוסלמי. שורת חוקים אף דאגו להדגיש זאת. נאסר למשל על היהודים לרכב על סוס (רק על חמור), ונאסר עליו לרכב כלל בפיסוק רגליים אלא רק מן הצד. ליהודי נאסר להיות בעליו של עבד ונאסר עליו להכות מוסלמי (גם אם הלה תקף אותו).
למרות כל זאת, יש לציין כי למרבית המגבלות הללו היה אופי חברתי וסמלי יותר מאשר מוחשי ומעשי. העונש הכלכלי הממשי היחיד שהוטל על הד'ימים היה כספי. הם שילמו מיסים גבוהים יותר כחלק ממערכת אפליה מורשת האימפריה הביזנטית, וסבלו מחוסר שויון בחוקי הירושה. לא היו עיסוקים סגורים בפניהם ולא נכפו עליהם עיסוקים מבזים אחרים. בנוסף, בעולם המוסלמי חופש הדת שניתן למיעוטים בכלל וליהודים בפרט היה גדול לאין ערוך ממה שהיה להם באירופה הנוצרית, היהודים ניהלו את ענייניהם הפנימיים במידה רבה של אוטונומיה, ולפחות בענייני משפחה, אישות ודת התנהלו חייהם על פי הדת היהודית. 
בספרד המוסלמית, היהודים שגשגו תחת שלטונה הסובלני של ח'ליפות בית אומיה, והעיר קורדובה הפכה למרכז תרבות יהודית. תקופה זו המכונה בתרבות היהודית תור הזהב, הצמיחה ענקי דת ורוח כמו הרמב"ם, רבי יהודה הלוי, רבי חסדאי אבן שפרוט, רבי שמואל הנגיד, ועוד. עם זאת, כניסתם של שושלת המוואחידון במאה ה-12 מצפון אפריקה שנקטו בצעדים קשים נגד הנוצרים והיהודים, סיימה את הדו-קיום הדתי בספרד. כחלק מדיכוי זה נערכו פוגרומים בקרב יהודי קורדובה בשנת 1011 וביהודי גרנדה ב-1066. המווחדיון דגל בתפיסה הרבה פחות סובלנית כלפי הכופרים, ובני החסות טופלו בחריפות. בהתמודדות בין הבחירה למות או להמיר את דתם, יהודים ונוצרים רבים בחרו באפשרות שלישית במידה והיא התאפשרה, ונמלטו מהמדינה. כך, משפחות יהודיות רבות כמו משפחת הרמב"ם נדדו דרומה לעבר מדינות סובלניות יותר, בעוד אחרים הפליגו צפונה והתיישבו בממלכות הנוצריות הגדלות. 
בתקופות מסוימות בימי הביניים, במצרים, סוריה, עיראק ותימן, נגזרו גזרות שונות שפקדו על הריסת בתי כנסת. יהודים אולצו להתאסלם או להתייצב מול חשש מתמיד של מוות בחלקים של תימן, מרוקו ובגדאד.

גירוש ספרד ופורטוגל

בממלכות הקתוליות של ספרד המודרנית של סוף ימי הביניים ותחילת העת החדשה, מדיניות של דיכוי הביאה יהודים רבים לאמץ את הנצרות לדתם. יהודים אלו היו ידועים בשם אנוסים. החשד כי בסתר יהודים אלה עדיין שומרים את דתם נאמנה הובילו את פרדיננד השני, מלך אראגון ואת איזבלה הראשונה, מלכת קסטיליה להקמת האינקוויזיציה הספרדית. האינקוויזיציה השתמשה בשיטות חקירה שכללו עינויים קשים במטרה להוציא הודאה מן הנאשם. תחת שלטון האינקוויזציה כ-30,000 נידונו למוות והוצאו להורג בשריפה בעודם בחיים. 
בשנת 1492, פרדיננד השני, מלך אראגון ואשתו איזבלה הראשונה, מלכת קסטיליה, הוציאו צו גירוש היהודים משני הממלכות. צו זה העמיד בפני היהודים את הברירה שבין התנצרות לגירוש מן המדינה בתוך ארבעה חודשים. חלקם הגדול של היהודים בחרו באפשרות השנייה כאשר 165,000 יהודים יצאו מספרד בתוך פרק זמן זה, אך מספר גבוה של יהודים, כ-50,000, שהגירה היה עבורם קשה מאד עד בלתי אפשרית בחרו להתנצר, לפחות למראית עין. בעקבות ספרד הלכה גם פורטוגל כאשר בדצמבר 1496 הוצא צו דומה נגד היהודים. 
על היהודים המגורשים נאסר לקחת דברי ערך כמו זהב, כסף ותכשיטים, והם יכלו לעזוב את הארץ רק בספינות שסופקו על ידי המלך. כאשר אלה שבחרו לעזוב את הארץ הגיעו לנמל בליסבון, הם נתקלו באנשי דת וחיילים שהשתמשו בכוח, כפייה והבטחות שונות בניסיון להטביל אותם לנצרות ולמנוע מהם לעזוב את הארץ. בפורטוגל פרק זה סיים טכנית את הימצאותם של היהודים במדינה. 
לאחר הגירוש כונו היהודים המומרים 'הנוצרים החדשים' או 'אנוסים'. הם זכו לתקופת חסד של 30 שנה שבהן בדיקה וחקירה על כנות אמונתם הייתה אסורה. תקופה זו הוארכה מאוחר יותר עד 1534. עם זאת, התפרעות המונית בשנת 1506 הביאה למותם של עד 4,000-5,000 יהודים, ולהוצאה להורג של מנהיגי המהומות בידי המלך מנואל. משנת 1536 ועד 1821 היו הנוצרים החדשים תחת המעקב של האינקוויזיציה הפורטוגזית.
פליטים יהודים מספרד ופורטוגל, (המכונים יהודים ספרדים), ברחו למדינות צפון אפריקה, טורקיה וארץ ישראל שבתחומי האימפריה העות'מאנית, כמו גם להולנד, צרפת ואיטליה. בתחומי האימפריה העות'ומנית, התאפשר ליהודים אלה לשמור על יהדותם בגלוי. העיר אמסטרדם שבהולנד הפכה למוקד התיישבות גדול של יהודים שנרדפו מארצות רבות ובתקופות שונות במשך מאות שנים.

אנטישמיות במהפכה הלותרנית

מרטין לותר, נזיר המסדר האוגוסטיני ומחולל הרפורמציה הפרוטסטנטית, התייחס ליהודים בעוינות רבה והחזיק בתפיסות אנטישמיות מובהקות. על אף שבתחילה נטה להם שלום והזדהה עם התלאות שעברו, החל מ-1537, משנוכח כי לא יעלה בידו להמיר את דתם לנצרות, נהפך ליבו לרעה והחל לשפוך עליהם בוז וחרפות. בחיבור שהוציא בשנת 1543 הנקרא 'על היהודים ושקריהם' חוזר לותר על טענות השווא המסורתיות נגד היהודים בדבר רצח נוצרים לשם פולחן דתי, הרעלת בארות ושתית דם נוצרים. הוא מתאר את היהודים במונחים קשים ביותר, מגנה אותם, קורא לדיכויים ולגירושם הסופי, ואף מספק המלצות מפורטות בדבר ביצוע פוגרומים נגדם. בשלב מסוים, הוא כותב: "אנחנו אשמים בכך שאיננו הורגים אותם". לדעת חוקרים רבים, ספר זה הנו ציון דרך משמעותי בהתפתחות האנטישמיות המודרנית, וכפי שכתב ההיסטוריון והסופר פול ג'ונסון: "אפשר לכנות חיבור זה כעבודה הראשונה של אנטישמיות מודרנית, וצעד ענק קדימה לכיוון השואה."
הדברים הקשים של לותר על היהודים נתפסים על ידי רבים כהמשך של האנטישמיות הנוצרית הימיביניימית, אך יש הטוענים כי היא הייתה חריפה אף יותר. החוקרים פיטר מולסוו' וריצ'רד פופקין משוכנעים כי "האנטישמיות של ראשית התקופה המודרנית הייתה אפילו גרועה יותר מזו של ימי הביניים, ובשום מקום לא זה ברור יותר כמו באזורים אלה אשר מקיפים בערך את גרמניה של ימינו, במיוחד בקרב הלותרנים".
עם זאת, בדרשתו האחרונה של לותר שנאמרה זמן קצר לפני מותו הוא הטיף: "אנחנו רוצים להתייחס אליהם באהבה נוצרית ולהתפלל עבורם, כך שהם עשויים יהיו להמיר את דתם ולקבל את דבר האל".

עלילת הדם בטרנטו

סימונינו (סימון) אונפרדורבן היה ילד מהעיר טרנטו, איטליה, אשר בשנת 1475 נמצא מת בגיל שנתיים בביתו של יהודי תושב העיר בשם שמואל, לאחר שלכאורה נחטף, עונה ורוקן מדמו. באותה עת הייתה טרנטו בישופות תחת השפעת האימפריה הרומית הקדושה, בשליטת פרידריך השלישי. מיד לאחר שהתגלתה הגופה הכריז הבישוף כי קהילת טרנטו היהודית כולה, כולל מספר מומרים לדת הנוצרית, אשמים ברצח הילד. יהודי העיר כולם נעצרו, עונו וחלקם הוצאו להורג במוקד או בעריפת ראשם. עלילת הדם בטרנטו ליבתה אף פעולות נגד היהודים בערים אחרות באיטליה, בהן ונציה, מילאנו ופדובה. משך מאות שנים נחשב סימון לקדוש עד לחקירה מחודשת של נסיבות מותו במאה ה-20, ובשנת 1965 הכריז האפיפיור פאולוס השישי על הסרת התואר קדוש מסימון.