אקס-מן: סאגת הפניקס האפלה

עלילה

בחזרתה ממשימה בחלל, ג'ין גריי נחשפת לקרינה הקטלנית של התפרצות סולארית, ולרגע קצר משיגה את מלוא הפוטנציאל של כוחות הטלפתיה והטלקינזיס שלה. ג'ין נהפכת למחשבה טהורה חסרת גוף, ואז מייצרת לעצמה גוף כשהיא חוזרת לכדור הארץ עם תחפושת חדשה, והזהות והכוח של "הפניקס". עם כוח אדיר זה, ג'ין מצליחה לתקן את קריסטל המקראן השבור, אבל אחרי כן מרסנת את כוחותיה מרצון כדי לשמור אותם תחת שליטתה.
הפוטנציאל העצום של ג'ין תופס את תשומת ליבו של מאסטרמיינד, שמנסה להוכיח את עצמו במטרה להתקבל לחוג הפנימי היוקרתי של מועדון הלפייר. תחת הזהות הבדוייה ג'ייסון ווינגארד, מאסטרמיינד מחל בפיתוי ג'ין. באמצעות מכשיר טלפתי שיצרה עבורו אמה פרוסט, המלכה הלבנה של מועדון הלפייר, מאסטרמיינד מקרין את אשליותיו ישירות לתוך מוחה של הפניקס. אשליות אלו גורמות לה להאמין שהיא מחיה מחדש את זיכרונותיה של ליידי גריי, אחת מאבות-אבותיה, כאשר באשליות מאסטרמיינד היא הייתה בעבר המלכה השחורה של מועדון הלפייר, וכן המאהבת של אחד מאבות-אבותי ווינגארד. הפניקס מקבלת בסופו של דבר את המלכה השחורה כזהותה האמיתית, תפקיד דקדנטי המאפשר לה לדחוף את עצמה ואחרים לגבולות הרגשות האנושיים, והיא שוברת את המחסומים והרסנים שהיא עצמה הקימה לכוחותיה.
ג'ין עוזרת למועדון הלייפר ללכוד את האקס-מן, ואהובה האמיתי של ג'ין, סייקלופס, מוצא את עצמו בקרב טלפתי מול מאסטרמיינד. כאשר מאסטרמיינד הורג את סייקלופס בקרב המוחי, ג'ין מאבדת את אחיזתה בזהותה הישנה והמחסומים המנטליים האחרונים שהקימה נשברים. הכוח האדיר שמציף אותה מהמם אותה, והיא משנה את שמה ל"פניקס האפלה". היא מבינה את אשר מאסטרמיינד עשה לה, וכעונש יוצרת אשליה טלפתית שגורמת לו לחוות אלוהות, מה שמוציא אותו מעשתונותיו.  הפניקס, שרוצה להתנתק מזהותה של ג'ין גריי, רומסת את האקס-מן, ובורחת לגלקסיה רחוקה. עם זאת, נראה שכוחה אינו גדול כפי שקיוותה, שכן המסע הבין-גלקטי משאיר אותה כמעט סחוטה לחלוטין. כדי להתאושש, הפניקס האפלה שואבת את האנרגיה של כוכב שלידה, וגורמת לסופרנובה שהורגת את כל אוכלוסיית כוכב הלכת היחיד של הכוכב. ספינת חלל של אימפריית השי'אר מחלה לתקוף אותה כדי למנוע השמדת כוכבים נוספים. הפניקס האפלה משמידה את ספינת החלל בקלות, אך לא לפני שהם מדווחים עליה לקיסרית השי'אר לילינדרה. מועצה גלקטית מתאספת, הכוללת את אימפריות הקרי והסקראל, ומחליטה שהפניקס האפלה מהווה איום אף יותר חמור מגלקטוס, ויש להשמידה.  
בכדור הארץ, האקס-מן פוגשים את חיה, אקס-מן לשעבר שכרגע באוונג'רס. הפניקס האפלה חוזרת לכדור הארץ, לבית משפחתה, ומוצאת עצמה נקרעת בין רגשותיה האנושים ליקיריה, ודחפיה ההרסניים החדשים כפניקס האפלה. האקס-מן תוקפים אותה, אבל מובסים פעם נוספת. צ'ארלס אקסבייר, המנטור של ג'ין, מופיע ואחרי דו-קרב טלפתי מצליח ליצור מערכת מחסומים מנטליים חדשים במוחה של ג'ין, שמאפשר לה להשתמש רק בכוחותיה המקוריים, ומחזיר אותה לאישיותיה המקורית.
השי'אר חוטפים את האקס-מן, מספרים להם על רצח העם שהפניקס האפלה אחראית לו, ודורשים החלת גזר דין מוות. אקסבייר מתעמת עם לילנדרה ודורש ממנה ארינ'ן הלאר, דו-קרב שי'ארי של כבוד שלא ניתן לסרב לו. אחרי התייעצות עם הקרי והסקראל, לילנדרה מסכימה.  
למחרת, האקס-מן ומשמר השי'אר הקיסרי משוגרים לאזור הכחול של הירח כדי להלחם על גורלה של הפניקס. משמר השי'אר מביס את רוב האקס-מן, כאשר רק סייקלופס וג'ין נשארים לבדם. כשנראה שסקיילופס נהרג, צערה של ג'ין גובר על המחסומים המנטלים שאקסבייר שם במוחה, והיא חוזרת להיות הפניקס האפלה. לילנדרה מפעילה את תוכנית אומגה, שתכליתה השמדת כל מערכת השמש, בתקווה שהדבר יהרוג את הפניקס האפלה. אקסבייר מורה לאקס-מן לעצור את ג'ין כדי שלילנדרה תעצור את תוכנית החירום שלה. הם נלחמים עד שהיא חוזרת לעשתונותיה. תוך כדי שהיא מתאמצת להשאיר את כוחות הפניקס בשליטתה, ג'ין נפרדת מסקיילופס ומפעילה נשק קרי עתיק שמאדה אותה. הוא מסיק שהיא תכננה להקריב את עצמה מהרגע שהם נחתו על הירח.
הסיפור מסתיים בסצנה עם אואטו הצופה, שמעיר כי "ג'ין גריי יכלה להמשיך לחיות כאלה, אבל היה לה יותר חשוב שהיא תמות כבת אנוש."