הפועל באר שבע

שנים ראשונות

ראשיתה של הקבוצה בשנת 1949, כאשר זלמן כספי בעברו כדורגלן בהפועל רמת-גן גבעתיים, הקים מחלקה למציאת כשרונות צעירים במעברות באזור באר שבע, על מנת לייסד בסופו של דבר קבוצת כדורגל. באפריל 1950 הוקמה הקבוצה בפועל, במסגרת מרכז "הפועל".
הפועל באר שבע שיחקה לראשונה במשחק ידידות לרגל האחד במאי ב-1950, וניצחה 5–4 את הפועל מפלסים, קבוצה שהורכבה משחקנים שעלו לישראל מדרום אמריקה. את השערים לזכות הקבוצה כבשו מרכוס אברג'יל (צמד), הנרי לב (צמד) וברוך כהן. באותה עת השתתפה הקבוצה במשחקי ידידות מול קבוצות משתי הליגות הבכירות, וכן נערך דרבי מול מכבי באר שבע, אשר הסתיים בתיקו 3–3.
בשנת 1952 הופסקה פעילותו הרשמית של המועדון, לאחר שהוחלט בהתאחדות כי המרחק הגאוגרפי אינו מאפשר את השתתפותו, אך בשנת 1954 נרשמה הקבוצה מחדש בהתאחדות לעונת 1954/1955 במחוז הנגב של ליגה ג', הליגה השלישית דאז. את העונה סיימה במקום השביעי והאחרון במחוז הנגב עם ניצחון אחד מ-12 משחקים, 22 שערי חובה, ו-5 שערי זכות בלבד.
את עונת 1955/1956, תחת הדרכתו של המאמן יוסף עזרן, סיימה הקבוצה במקום הראשון במחוז דרום של ליגה ג', הליגה הרביעית דאז. במשחקי המבחן על העלייה לליגה ב' התמודדה מול הפועל לוד, הפועל רמלה והפועל חולון, ובמשחק הקובע ברחובות ניצחה את הפועל יפו 5–0 והעפילה לליגה ב'. בעונת 1956/1957 סיימה הקבוצה במקום השביעי בליגה ב' מחוז דרום.
בעונת 1957/1958 החליף לוניה דבורין את עזרן בעמדת האימון. באותה עונה עצרה ההתאחדות לכדורגל את כל הליגות מתחת לליגה הראשונה לקראת סופן, כשבאר שבע במקום השני שמוביל לשלב המבחנים לליגה א', בעקבות חשדות לקבלת שוחד והטיות משחקים, בגינן הוקפאו כל העולות והיורדות בליגות אלה לעונה זו. בסיום העונה הגיעה הקבוצה לגמר "גביע ההתאחדות לכדורגל", אך הפסידה 1–7 להפועל טבריה.
בעונת 1958/1959 סיימה הקבוצה במקום השני בליגה ב' מחוז דרום והעפילה לשלב המבחנים לליגה א'. במשחק המבחן הראשון הפסידה 0–5 להפועל עפולה ודבורין התפטר מאימון הקבוצה. מאמן נבחרת ישראל לשעבר ג'ק גיבונס מונה במקומו, והוביל את הקבוצה לליגה א' לאחר ניצחון במשחק המכריע מול הפועל נתניה ברחובות בתוצאה 2–1.

שנות השישים

בעונת 1959/1960 עברה הפועל באר שבע לשחק על מגרש דשא באצטדיון העירוני בבאר שבע. בעונה זו הצטרף לקבוצה יחיאל מור, בלם הפועל רמת-גן גבעתיים בן ה-27, והחל לשמש כמאמן-שחקן. תחת הדרכתו סיימה הקבוצה במקום התשיעי בליגה א'. לקראת עונת 1960/1961 ערכה לראשונה משחק מול קבוצה בינלאומית, כשאירחה את אנורתוסיס פמגוסטה הקפריסאית למשחק ידידות, אשר הסתיים בהפסד 1–2. בעונה זו סיימה שוב במקום התשיעי.
בעונת 1961/1962 מונה רוברט שרף למאמן הקבוצה, אך לאחר חמישה מחזורים נותרה באר שבע ללא נקודות, ובמועדון החליטו לפטר את שרף ולהזעיק בחזרה את המאמן יחיאל מור. באותה עונה הגיעה הקבוצה למעמד חצי גמר גביע המדינה לראשונה בהיסטוריה, כשהיא בליגה השנייה, לאחר שבשמינית הגמר ניצחה 2–1 את הפועל רמלה מליגה א', ברבע גמר ניצחה 3–1 את הפועל תל אביב, והודחה לאחר הפסד 0–3 למכבי תל אביב בחצי גמר.
בעונת 1963/1964 חולקה הליגה לשני מחוזות - צפון ודרום, ובאר שבע סיימה כ"אלופת החורף" בליגה א' דרום. באר שבע נאבקה עם בית"ר תל אביב על העלייה לליגה הלאומית במחוז דרום, ובסוף העונה סיימה בית"ר תל אביב במקום הראשון בזכות הפרש שערים טוב יותר.
בעונת 1964/1965, תחת הדרכתו של המאמן היוגוסלבי סלבקו מילושביץ', התמודדה הקבוצה על העלייה לליגה הלאומית מול בית"ר רמלה ובית"ר ירושלים, ולבסוף סיימה במקום הראשון בליגה א' דרום, בפער של תשע נקודות מהמקום השני, והעפילה לליגה הלאומית לראשונה בתולדותיה. בנוסף הגיעה הקבוצה לרבע גמר גביע המדינה, לאחר שניצחה בשמינית הגמר 2–1 את הפועל חיפה מהליגה הלאומית. ברבע הגמר הפסידה 2–4 להפועל תל אביב לאחר הארכה. בעונת העלייה בלטו בקבוצה הקשר אליהו עופר, הקשר-חלוץ אברהם נומה ושחקן הרכש חיים כהן שהיה מלך השערים של הקבוצה עם 20 שערים בעונה זו.
בעונת 1965/1966 מונה סלבוליו סטנקוביץ' היוגוסלבי למאמן הקבוצה, והצטרף הקשר-חלוץ יצחק גוזלן שהגיע מהפועל אופקים. בעונה זו הבטיחה באר שבע את הישארותה רק במחזור האחרון, כשניצחה בבית 4–0 את מכבי נתניה, וסיימה במקום ה-13 בליגה.
בקיץ 1966 מונה שוב יחיאל מור למאמן הקבוצה, והקשר ההתקפי מאיר ברד צורף ממחלקת הנוער לסגל הקבוצה הבוגרת. לאחר 12 מחזורים הובילה הקבוצה את טבלת הליגה ובהמשך צורף לסגל שחקן הנוער רפי אליהו. בתום העונה הכפולה 1966/1968 סיימה הקבוצה במקום התשיעי בטבלה, ושחקנה אברהם נומה זכה בתואר כדורגלן העונה בישראל.
לקראת עונת 1968/1969 מונה סלבוליו סטפנוביץ' למאמן הקבוצה, אך כבר בתחילת העונה היא ונקלעה למקומות האחרונים בליגה. בעקבות כך הזעיקה ההנהלה את מאמנה לשעבר של הקבוצה, לוניה דבורין, כדי שישמש כמנהל מקצועי. לאחר המחזור ה-16 פוטר סטפנוביץ' ובמקומו מונה משה ליטבק, אשר תחת הדרכתו הצליחה הקבוצה לסיים במקום ה-14 ולהישאר בליגה. בנוסף, הגיעה הקבוצה לרבע גמר גביע המדינה לאחר ניצחון 2–1 על בני יהודה תל אביב בשמינית הגמר. ברבע הגמר הפסידה הקבוצה 2–3 למכבי שעריים.

תחילת שנות השבעים

בעונת 1969/1970, תחת הדרכתו של אברהם מנצ'ל, מיעטה הקבוצה להבקיע שערים, כשהיא מסיימת עם 24 שערי זכות בלבד, והרבתה לספוג, כשהיא מסיימת עם 49 שערים לחובתה. בין היתר, הקבוצה הפסידה 0–8 להפועל תל אביב. את העונה סיימה הקבוצה במקום ה-16 והאחרון בטבלה, וירדה לליגה א' אחרי חמש שנים בליגה הלאומית.
בעונת 1970/1971 שב משה ליטבק לתפקיד מאמן הקבוצה, אשר החלה להתבסס על שחקניה הצעירים. בסיום העונה שבה הקבוצה לליגה העליונה מהמקום הראשון בליגה א' דרום, בפער של 14 נקודות מהשנייה הפועל יהוד, כשמאיר ברד מסיים את העונה כמלך השערים של הקבוצה עם 19 כיבושים. בסוף העונה ניצחה הקבוצה בבעיטות הכרעה את אלופת ליגה א' צפון, מכבי יפו, במשחק אלוף האלופים לליגה השנייה.
בתחילת עונת 1971/1972 התברגה באר שבע בצמרת הליגה הלאומית, אך פציעתו של מאיר ברד וסכסוך בין הנהלת המועדון לברד ורפי אליהו דרדרו את הקבוצה לתחתית הליגה. גם חזרתם של ברד ואליהו כעבור כחודשיים לא שינתה את היכולת הרעה, והקבוצה סיימה לבסוף במקום ה-12 בטבלה, עם 25 שערי זכות בלבד, כשברד מסיים את העונה כמלך שערי הקבוצה עם 10 כיבושים. באותה עונה נפגשה הקבוצה למשחק ידידות עם אסטון וילה, קבוצה מצמרת הליגה השלישית באנגליה דאז, וניצחה אותה בתוצאה 3–1.
בעונת 1972/1973 מונה אלי פוקס למאמן הקבוצה, והצטרף אליה החלוץ שלום אביטן מבית"ר באר שבע. הקבוצה פתחה בתחתית, אך השתפרה עם התקדמות העונה הודות לאברהם נומה שהיה מלך השערים של הקבוצה עם 14 שערים בעונה זו, וסיימה במקום החמישי בטבלה, המיקום הטוב בתולדותיה עד אותה עת.
את עונת 1973/1974 פתחה הקבוצה בצורה לא טובה, ובתום 18 מחזורים התמקמה במקום ה-14 בליגה, אך עם התקדמות הליגה הצליחה להשתפר, ולסיים את העונה במקום השביעי בטבלה. בנוסף, הגיעה הקבוצה שוב לרבע גמר גביע המדינה, בו הפסידה 1–3 להפועל פתח תקווה בסיכום שני משחקים.

תארים ראשונים

בעונת 1974/1975 מונה אמציה לבקוביץ' למאמן הקבוצה כאשר הוא בן 37, ונחשב למאמן צעיר ביחס למאמנים הבכירים והמובילים בארץ. לבקוביץ' היה המאמן הראשון שהחדיר את סגנון המשחק של המגנים התוקפים בישראל], סגנון אשר נלקח מהכדורגל הגרמני. לבקוביץ' שילב בהרכב הקבוצה שחקנים צעירים, בהם אורי בנימין בן ה-20 כמגן ימני ויעקב כהן בן ה-18 כמגן שמאלי. סגל הקבוצה היה מהצעירים בליגה, וכלל בתוכו רק ארבעה שחקנים שעברו את גיל 25. הקבוצה התחילה את העונה עם שלושה ניצחונות, כולל ניצחון על אלופת העונה שעברה מכבי נתניה, מבלי לספוג ולו שער אחד. במהלך העונה התמודדה על האליפות מול מכבי נתניה, וההכרעה הגיעה מחזור אחד לפני סיום העונה. באר שבע שיחקה מול מכבי יפו, כאשר נקודה אחת מפרידה בינה לבין מכבי נתניה מהמקום השני, וניצחה 1–0 משער של אפרים צבי הפועל באר שבע הוכתרה לאלופת המדינה בכדורגל לראשונה בתולדותיה, כאשר מרבית שחקני הסגל היו שחקני בית. אפרים צבי סיים את העונה כמלך השערים של הקבוצה עם 10 כיבושים, ואורי בנימין זכה בתואר כדורגלן העונה בישראל.
בקיץ 1975 השתתפה הקבוצה במשחק אלוף האלופים לראשונה בתולדותיה, וזכתה בתואר לאחר ניצחון 2–1 על הפועל כפר סבא.
בעונת 1975/1976 פתחה הפועל באר שבע את הליגה בצורה מאכזבת כאשר סיימה פעמיים בתיקו בשני המחזורים הראשונים, אולם במחזורים הבאים השתפרה, וכבר במחזור החמישי התמקמה לראשונה בעונה זו במקום הראשון בטבלה. במהלך העונה נאבקה על המקום הראשון מול בית"ר ירושלים, ובמחזור הנעילה פגשה באר שבע שוב את מכבי יפו למשחק מכריע, כשהפעם נלחמה יפו נגד הירידה והייתה חייבת לנצח על מנת להישאר בליגה, בעוד באר שבע רצתה לנצח כדי להבטיח את האליפות. מנגד, פגשה בית"ר ירושלים את מכבי תל אביב, שנלחמה גם היא נגד הירידה, והייתה חייבת לנצח. מכבי יפו ניצחה 1–0, אך בעקבות הפסדה של בית"ר ירושלים השיגה הפועל באר שבע אליפות שנייה ברציפות. שלום אביטן, שחזר לקבוצה בתחילת העונה, סיים אותה כמלך השערים של הקבוצה עם 11 כיבושים.
בקיץ 1976 היו הפועל באר שבע ובית"ר ירושלים הקבוצות הראשונות בתולדות הכדורגל הישראלי ששיחקו במפעל אירופאי, גביע האינטרטוטו. באר שבע הוגרלה לבית ב' וקיימה שישה משחקים בשיטת "בית-חוץ" נגד הקבוצות קוגה מדנמרק, הרטה ברלין מגרמניה וסטנדרד ליאז' מבלגיה. מאזן הקבוצה במפעל היה ניצחון אחד, 2–1 על קוגה באצטדיון וסרמיל, שלוש תוצאות תיקו ושני הפסדים. בהמשך השתתפה בפעם השנייה ברציפות במשחק אלוף האלופים, בו הפסידה למחזיקת הגביע בית"ר ירושלים 2–3 לאחר הארכה.

סוף שנות השבעים

בעונת 1976/1977 כמעט הפכה הפועל באר שבע לאלופה מכהנת ראשונה שיורדת ליגה. תחת הדרכתו של אלי פוקס, ששב לאימון הקבוצה, פתחה באר שבע רע את העונה ונקלעה לתחתית. בעקבות כך, לאחר 16 מחזורים התפטר פוקס מאימון הקבוצה, ואליהו עופר, שפרש מפעילות סדירה כשחקן במהלך העונה ושימש גם כעוזרו של פוקס, נקרא לתפקיד המאמן. שני מחזורים לסיום העונה נפגשה הקבוצה בחוץ עם מכבי חיפה למשחק הישרדות, כשרק הפרש שערים מפריד בין שתי הקבוצות בטבלה. הפועל באר שבע ניצחה 1–0 והצליחה להישאר בליגה בעוד מכבי חיפה ירדה לליגת המשנה. בנוסף, הגיעה הקבוצה שוב לרבע גמר גביע המדינה, לאחר שניצחה 2–0 את מכבי חיפה בתוצאה בשמינית הגמר, והודחה לאחר הפסד 0–3 לבית"ר תל אביב.
בעונת 1977/1978 הציגה הקבוצה יכולת התקפית טובה לאורך כל העונה, בניצוחם של מלך השערים שלה שלום אביטן, עם 12 שערים וסגנו ויקטור סרוסי, עם 10 שערים, אך לצד זאת הציגה יכולת הגנתית פחות טובה. באר שבע סיימה את העונה כשהיא במקום החמישי בטבלה עם 43 שערי זכות, המספר הגבוה ביותר בעונה אחת בתולדותיה של הקבוצה בליגה הראשונה עד אז (מלבד העונה הכפולה של 1966/1968, בה הובקעו 71 שערים).
את עונת 1978/79 סיימה הקבוצה במקום התשיעי. בנוסף, הגיעה בפעם השישית בתולדותיה למעמד רבע גמר גביע המדינה, לאחר ניצחון 2–1 על הפועל כפר סבא בשמינית הגמר. ברבע הגמר הפסידה לבית"ר תל אביב בבעיטות הכרעה.

שנות השמונים

לקראת עונת 1979/1980 שב אמציה לבקוביץ' לאימון הקבוצה, והצטרף אליה אפרים דוידי הצעיר ממכבי באר שבע. הקבוצה לא פתחה טוב את העונה לאחר מכן נתן לבקוביץ' הזדמנות לשחקני הגנה צעירים נוספים. מספר שערי החובה, 27, היה הנמוך ביותר מאז עונת האליפות הראשונה תחת לבקוביץ' (1974/1975), אך ההתקפה לקתה בחסר והקבוצה מיעטה לכבוש שערים. את העונה סיימה הקבוצה במקום העשירי בטבלה עם שבעה ניצחונות בלבד.
לקראת עונת 1980/1981 חזר אליהו עופר לעמדת המאמן והיא פתחה היטב את העונה, אולם כשם שהרבתה הקבוצה להבקיע שערים כך גם הרבתה לספוג, והיא סיימה את העונה כשהיא במקום ה-11 בטבלה.
לקראת עונת 1981/1982 מינתה הקבוצה את שמעון שנהר, והקבוצה פתחה את העונה עם ארבעה הפסדים, שתי תוצאות תיקו וניצחון, שהובילו למקום ה-15 והלפני אחרון בליגה. מהמחזור השמיני ואילך השיגה הקבוצה רצף של 11 מחזורים ללא הפסד ובתום המחזור ה-18 התמקמה הקבוצה במקום הרביעי בטבלה, עליו הצליחה לשמור עד סוף העונה.
באר שבע הציגה יכולת התקפית טובה במהלך העונה, הבקיעה 43 שערי זכות, והשוותה בכך את שיא הכיבושים לעונה אחת. מלך שערי הקבוצה היה שלום אביטן עם 14 שערים. בנוסף, הגיעה הקבוצה בפעם השנייה בתולדותיה לחצי גמר גביע המדינה, לאחר שניצחה בשמינית הגמר 1–0 את מכבי נתניה, וברבע הגמר ניצחה 4–0 את הכח רמת גן. בחצי הגמר פגשה את הפועל תל אביב והפסידה 3–5 בבעיטות הכרעה לאחר 2–2 בתום ההארכה.
המקום הרביעי בליגה הקנה לבאר שבע כרטיס לגביע ליליאן, טורניר אשר שוחק בשנות ה-80. לקראת עונת 1982/1983 שיחקה הקבוצה בטורניר ונוצחה בגמר 1–3 מול מכבי נתניה. בעונה זו הציגה באר שבע יכולת הגנתית טובה מאוד וספגה 23 שערי חובה בלבד, מספר שערי החובה הנמוך ביותר מאז עונת האליפות הראשונה. את העונה סיימה באר שבע במקום השלישי בטבלה, ומלך שעריה היה שוב שלום אביטן עם 11 כיבושים.
לקראת עונת 1983/1984 שב אליהו עופר לתפקיד המאמן. הקבוצה שיחקה שוב מול מכבי נתניה בגמר גביע ליליאן והפסידה 2–3. בליגה לא הצליחה הקבוצה לשמור על יציבות, התנדנדה לאורך כל העונה בין אמצע הטבלה לתחתית, ולבסוף סיימה במקום השביעי בטבלה. בנוסף, הגיעה לראשונה בתולדותיה לגמר גביע המדינה, לאחר שניצחה ברבע הגמר 4–2 את הפועל תל אביב בבעיטות הכרעה לאחר משחק חוזר, ובחצי הגמר ניצחה 2–0 את האלופה היוצאת מכבי נתניה. בגמר הפסידה הקבוצה 2–3 בבעיטות הכרעה להפועל לוד, לאחר 0–0 בתום ההארכה.
לקראת עונת 1984/1985 מונה צבי רוזן לתפקיד מאמן הקבוצה, שמיעטה לכבוש שערים וסיימה את העונה עם מספר הכיבושים הנמוך ביותר מאז עונת 1976/1977, ועמדה בפני סכנת ירידה לליגת המשנה. שלושה מחזורים לסיום העונה, בפיגור של 5 נקודות מהמקום בו נשארים ליגה, פוטר רוזן ובמקומו מונה שחקן העבר של הקבוצה ג'קי דקל, שהצליח להשאיר את הקבוצה בליגה הבכירה.
לקראת עונת 1985/1986 מונה נחום סטלמך לתפקיד המאמן, ולעוזרו מונה שחקן העבר של הקבוצה אלון בן דור. בעונה זו הגיעה הקבוצה לראשונה בתולדותיה למעמד גמר גביע הטוטו, לאחר שניצחה בחצי הגמר 2–1 את מכבי תל אביב. בגמר הפסידה 1–2 להפועל פתח תקווה. בליגה מיעטה הקבוצה לספוג שערים וסיימה את העונה עם 24 שערי חובה, אך גם מיעטה להבקיע וסיימה עם 24 שערי זכות, המספר הנמוך ביותר מאז עונת הירידה של 1969/1970. לאורך כל העונה נדדה הקבוצה בין התחתית לאמצע הטבלה, וסיימה לבסוף במקום השמיני בטבלה.
לקראת עונת 1986/1987 מונה נינו ברגיג למאמן הקבוצה, שהחלה את העונה עם שני הפסדים ותיקו. בעקבות כך פוטר ברגיג ובמקומו מונה דרור בר-נור, אשר תחתיו שיפרה הקבוצה את משחק ההגנה, והיא סיימה אותה עם 19 שערי חובה בלבד, אך מנגד המשיכה להתקשות במשחק ההתקפה, מיעטה להבקיע, וסיימה את העונה עם 20 שערי זכות בלבד. מספר שערי הזכות והחובה של הקבוצה היו הנמוכים בתולדותיה בליגה הראשונה. במהלך כל העונה נאבקה בתחתית, וסיימה אותה במקום ה-11 בטבלה.
לקראת עונת 1987/1988 מינתה הקבוצה את ניסים בכר לתפקיד המאמן. בעונה זו שמרה הקבוצה על יכולת הגנתית גבוהה, ושיפרה את היכולת ההתקפית שלה. את העונה סיימה הקבוצה במקום השלישי בטבלה וזכתה בכרטיס לגביע ליליאן בפעם השלישית מאז הוקם הטורניר.
לקראת עונת 1988/1989 ניצחה הקבוצה 1–0 את הפועל תל אביב בגמר גביע ליליאן. בהמשך העונה הגיעה הקבוצה בפעם השנייה למעמד גמר גביע הטוטו, וזכתה בגביע לראשונה בתולדותיה לאחר ניצחון על מכבי נתניה. בליגה הקבוצה לא הרשימה, ובמחזור ה-22 נפרדה מהמאמן ניסים בכר, כשבמקומו הגיע שמעון שנהר לקדנציה שנייה כמאמן הקבוצה. באר שבע מיעטה להבקיע במהלך העונה, עם 22 שערי זכות בלבד, לצד 29 שערי חובה, וסיימה את העונה במקום החמישי בטבלה.

שנות התשעים

עונת 1989/1990 הייתה העונה הראשונה בה הותר לשתף שחקנים זרים בליגה הישראלית, ובאר שבע צירפה את שחקני ההתקפה הארגנטינאים קלאודיו דיקסטרה וריקרדו קאצ'יונה. במהלך העונה החליפה הקבוצה ארבעה מאמנים: שמעון שנהר שסיים את דרכו במחזור החמישי, שחקני העבר חיים כהן ואלון בן דור, ואליהו עופר שמונה לקראת תום העונה בה סיימה הקבוצה במקום התשיעי בליגה.
בעונת 1990/1991 העפילה הקבוצה לפלייאוף העליון, וסיימה את העונה במקום השישי בטבלה. בעונת עונת 1991/1992 ספגה הקבוצה 43 שערי חובה, מספר שערי החובה הגבוה ביותר של הקבוצה מאז עונת הירידה, עונת 1969/1970. מנגד, הרבתה הקבוצה גם להבקיע, וסיימה את העונה עם 40 שערי זכות, מספר שערי הזכות הגבוה ביותר שלה מאז עונת 1981/1982, וסיימה את העונה במקום העשירי בטבלה.
לקראת עונת 1992/1993 הצטרפו לקבוצה אורי מלמיליאן והישאם זועבי. לאחר חמישה מחזורים פוטר אליהו עופר והוחלף בעוזר המאמן ויקו חדד ובעקבות כך עזב מלמיליאן את הקבוצה. באר שבע הציגה יכולת התקפית טובה במהלך העונה, כשזועבי מסיים כסגן מלך שערי הליגה עם 17 שערים, וקובע שיא כיבושים לשחקן באר שבעי בליגה הבכירה. הקבוצה כולה סיימה את העונה עם 52 שערי זכות, מספר שערי הזכות הגבוה ביותר של הקבוצה אי פעם בעונה אחת בליגה הבכירה, כמו גם עם הפרש השערים הטוב ביותר שלה אי פעם בליגה הבכירה, ובמקום הרביעי בטבלה.
בעונת 1993/1994 שברה הקבוצה שוב את שיא השערים שלה לעונה בליגה הבכירה וכבשה 54 שערים, ושחזרה את הפרש השערים הטוב ביותר שלה עד אז בליגה הבכירה. אמיר אביגדור סיים את העונה כמלך השערים של הקבוצה עם 16 כיבושים, הקבוצה סיימה במקום השלישי וזכתה בכרטיס לגביע אופ"א בפעם הראשונה בה השתתפו קבוצות ישראליות במפעל.
בעונת 1994/1995 מונה ויטלי שבצ'נקו האוקראיני לאימון הקבוצה. בגביע אופ"א הוגרלה הקבוצה מול אריס סלוניקי מיוון, הפסידה לה פעמיים והודחה מהמפעל. בליגה המשיכה הקבוצה להציג יכולת גבוהה, השוותה את שיא שערי הזכות שקבעה בעונה הקודמת, וסיימה בפעם השנייה ברציפות במקום השלישי.
בעונת 1995/1996 מונה שוב ויקו חדד לאימון הקבוצה. בשלב המוקדמות הראשון של גביע אופ"א ניצחה הקבוצה את קיי אף טירנה מאלבניה, ולאחר מכן הודחה מהמפעל לאחר מפגש כפול מול ברצלונה בו הפסידה 0–7 בבית ו-5–0 בחוץ. בהמשך העונה פוטר חדד והוחלף על ידי המאמן הקודם ויטלי שבצ'נקו. הקבוצה זכתה בפעם השנייה בתולדותיה בגביע הטוטו, לאחר ניצחון על הפועל כפר סבא במשחק הגמר. בליגה הציגה הקבוצה יכולת ירודה ומיעטה להבקיע, ושבצ'נקו הוחלף על ידי אלי גוטמן. באר שבע סיימה את העונה כשהיא עם 32 שערי זכות ובמקום העשירי בטבלה.
בעונת 1996/1997 הוביל גוטמן את הקבוצה לזכייה ראשונה בתולדותיה בגביע המדינה, לאחר ניצחון 1–0 על מכבי תל אביב במשחק הגמר, משער של ג'ובאני רוסו. בליגה סיימה הקבוצה את העונה במקום השלישי, לאחר שפספסה את המקום השני במחזור האחרון של העונה, עם 25 שערי חובה ועם הפרש השערים הטוב ביותר בתולדותיה בליגה הבכירה.
בקיץ 1997 החליט הבעלים דאז אלי להב לשחרר רבים מהשחקנים המובילים בקבוצה וביניהם רוסו, סיאד חלילוביץ' ושי הולצמן, ולאחר מכן עזב את הקבוצה והעביר את הבעלות לאלי זינו. בעקבות כך, פתחה הקבוצה את עונת 1997/1998 עם סגל מצומצם. בשל המחסור בשחקנים העלתה הקבוצה את שחקן הנוער יוסי בניון לסגל הקבוצה הבוגרת כבר בגיל 17, ולמאמן מונה בני טבק. בשלב המוקדמות הראשון של גביע אירופה למחזיקות גביע הדיחה הקבוצה את ז'לגיריס וילנה הליטאית, ולאחר מכן הודחה מהמפעל על ידי רודה ההולנדית, לה הפסידה 4–1 בבית ו-10–0 בחוץ. לאחר התבוסה התפטר טבק, ובמקומו מונה שוב ג'קי דקל. יוסי בניון הבקיע 15 שערים בעונה זו, כולל שער דרמטי בניצחון 1–0 על מכבי חיפה במחזור הסיום, אך עקב ניצחונה של יריבתה לתחתית בני יהודה תל אביב ירדה הקבוצה לליגת המשנה לאחר 27 שנים רצופות בליגה הבכירה, כשהיא מסיימת את העונה עם 57 שערי חובה, מספר שערי החובה הגבוה בתולדותיה בעונה אחת בליגה הבכירה.
לקראת עונת 1998/1999 בליגת המשנה מונה שייע פייגנבוים למאמן הקבוצה, ובמהלך העונה הוחלף על ידי גילי לנדאו. הקבוצה נאבקה עם מכבי נתניה על ההעפלה לליגת העל, אך לבסוף סיימה במקום השלישי בטבלה.

תחילת שנות האלפיים

לקראת עונת 1999/2000 חזר אליהו עופר לאימון הקבוצה, ולאחר מכן הוחלף במוטי איווניר. לקראת סיום העונה הוחלף איווניר באייל לחמן, והקבוצה נכשלה שוב בניסיונה להעפיל לליגה הראשונה, לאחר שסיימה במקום השביעי בטבלה, בעת שיריבתה העירונית בית"ר באר שבע במקום החמישי ומעליה בטבלה.
בעונת 2000/2001 המשיך אייל לחמן על הקווים, אך הוא פוטר במהלך העונה, והוחלף על ידי שלמה שרף, שהתפטר לאחר שני מחזורים, ולופא קדוש החליף אותו בתפקיד ותחתיו הפועל באר שבע חזרה לצמרת הליגה הלאומית להלחם על עלייה לליגת העל, בעונה זו נפגשה הקבוצה מול בית"ר ירושלים מליגת העל במסגרת גביע המדינה, וניצחה 3–2 לאחר הארכה. במחזור האחרון של העונה נפגשה הפועל באר שבע מול הפועל רמת-גן גבעתיים על משחק העלייה לליגה הראשונה, ובו ניצחה 5–0 והבטיחה את עלייתה לליגת העל מהמקום הראשון.
בשתי העונות הראשונות לאחר חזרתה לליגת העל סיימה הקבוצה פעמיים במקום החמישי, ובעונת 2002/2003 אף הגיעה למעמד גמר גביע המדינה, לאחר שחלפה בשמינית גמר על פני הפועל תל אביב עם ניצחון 1–0 בבלומפילד, ובחצי גמר ניצחה 3–0 מכבי חיפה. בגמר פגשה הפועל באר שבע את הפועל רמת-גן גבעתיים מהליגה הלאומית, אך נוצחה בבעיטות הכרעה מ-11 מטר לאחר 1–1 בתום ההארכה.
בעונת 2003/2004 חזר אלי גוטמן לתפקיד המאמן, ובסגל הקבוצה בלטו אלון מזרחי, דדי בן-דיין, אופיר חיים, ובלסינג קאקו. בעונה זו סיימה באר שבע במקום הרביעי אשר הקנה לה כרטיס למפעל גביע האינטרטוטו.
בעונת 2004/2005 נקלעה הקבוצה לבעיות כלכליות ובסיומה נשרה הקבוצה לליגה הלאומית לאחר שרוב שחקני הסגל שוחררו. הבעיות הכלכליות המשיכו ללוות את הקבוצה גם בשתי העונות הבאות, בהן סיימה במקום הרביעי בליגה הלאומית.

תחילת עידן אלונה ברקת

ביולי 2007 רכשה אשת העסקים אלונה ברקת את הקבוצה מידיו של אלי זינו. ב-29 באוגוסט 2007, במהלך משחק אימון נגד מכבי באר שבע, קרס חלוצה של הקבוצה צ'אסווה נסופוואה ומת כתוצאה מדום לב.
בעונה הראשונה בעידן אלונה ברקת, עונת 2007/2008, סיימה הקבוצה במקום הרביעי בליגה הלאומית ולא הצליחה להעפיל לליגת העל. בעונת 2008/2009 מונה גיא לוי למאמן הקבוצה, והוחתם הקשר ההתקפי מאור מליקסון. בעונה זו הצליחה הקבוצה לשוב לליגת העל לאחר ארבע שנים בליגה הלאומית. באותה עונה זכתה הקבוצה גביע הטוטו לליגה הלאומית, לאחר שגברה בגמר 1–0 בהארכה על מכבי הרצליה.
לקראת עונת 2009/2010 מונה גיא עזורי למאמן הקבוצה, אשר החתים בקבוצה מספר שחקנים חדשים, ביניהם דוד רביבו, סיראז' נסאר וויליאם סוארס הברזילאי שהצטרף בינואר. הקבוצה הציגה יכולת חלשה ואוהדיה מחו ודרשו את התפטרותו של עזורי. במרץ 2010, בעקבות תקרית אלימה של אוהד כלפי המאמן, החליט עזורי להתפטר מתפקידו. הבעלים ברקת הודיעה שבעקבות התנהגות האוהדים היא תעזוב את הקבוצה בתום העונה. האוהדים פתחו בקמפיין להשארתה במועדון, ובסופו של דבר נשארה ברקת בהפועל באר שבע. המנהל המקצועי של מחלקת הנוער דאז, ויקו חדד, שימש כמאמן עד סוף העונה, בה סיימה הקבוצה במקום התשיעי.
בעונת 2010/2011 מונה ניר קלינגר למאמן הקבוצה. הקבוצה התחילה את העונה בצורה טובה, אך בינואר 2011 נמכר כוכב הקבוצה מאור מליקסון לויסלה קרקוב, ולאחר מכן חלה ירידה משמעותית ביכולתה. במחזור האחרון של העונה הסדירה הצליחה להעפיל לפלייאוף האמצעי, לאחר ניצחון חוץ 2–0 על מכבי תל אביב, ואת העונה סיימה בפעם השנייה ברציפות במקום התשיעי.
בעונת 2011/2012 החליטה הבעלים אלונה ברקת, להתבסס על שחקני בית צעירים, ביניהם המגן השמאלי אופיר דוידזאדה, בשילוב שחקנים מנוסים, אך העונה נפתחה בצורה רעה, כאשר הקבוצה הפסידה שישה משחקים רצופים. במחזור השביעי ניצחה הקבוצה 0–2 את הפועל חיפה, ובתום המשחק החליט קלינגר להתפטר. במקומו מונה גיא לוי שחזר לקדנציה נוספת כמאמן הקבוצה, וחתם על חוזה עד תום העונה. במחזור האחרון ניצחה הקבוצה בבית 3–1 את בית"ר ירושלים, ובעקבות כך סיימה במקום ה-13 ונשארה בליגת העל.
בעונת 2012/2013 החתימה הבעלים אלונה ברקת את המאמן היוצא של מכבי חיפה אלישע לוי. בעונה זו החתימו שוער בכיר בדמותו של אוסטין אג'ידה. באותה עונה הגיעה הקבוצה למעמד גמר גביע הטוטו מול הפועל חיפה והפסידה בהארכה 0–1, כאשר עידו אקסברד חלוץ הפועל באר שבע החטיא פנדל בדקה 88. בעונה זו הגיעה הקבוצה לפלייאוף התחתון, וניצלה מירידה רק במחזור האחרון, לאחר ניצחון חוץ 0–3 על מכבי נתניה. בעקבות הניצחון סיימה באר שבע במקום השמיני, והנחילה למכבי נתניה ירידת ליגה.

החזרה לצמרת

לקראת עונת 2013/2014 החליטה הבעלים אלונה ברקת להחתים לעונה נוספת את אלישע לוי, ולצרף שחקנים בעלי שם ופוטנציאל לעתיד, בעקבות כך הגדילה אלונה ברקת את התקציב בהתאם והחתימה שחקנים בכירים בדמותם של אליניב ברדה, מאור בוזגלו, וגליינור פלט. החתמות אלו הובילו את הקבוצה לעונה הטובה ביותר שלה מאז עונות האליפות, וסיימה את העונה במקום השני. בעקבות כך המועדון קיבל כרטיס למוקדמות הליגה האירופית.
בעונת 2014/2015 חזרה הקבוצה למפעלים האירופאים לאחר 18 שנות היעדרות, הקבוצה הוגרלה לשחק מול רדניצ'קי ספליט הקרואטית במסגרת מוקדמות הליגה האירופית, לצמד משחקים בשיטת בית-חוץ. עקב המצב ביטחוני לאותה עת (מבצע צוק איתן), נאלצו הקבוצות ישראליות לארח את משחק הבית בקפריסין. המשחק הראשון נערך בקרואטיה ונגמר 1–2 לטובת הקרואטים, באר שבע הודחה מאירופה מאחר שסיימה בתיקו 0–0 בקפריסין. בעונה זו הוחתמו מספר שחקנים בכירים בדמותם של מאור מליקסון ושלומי ארבייטמן שחזרו מאירופה. בנוסף, הוחתם ג'ון אוגו הניגרי ואובידיו הובאן הרומני. בחצי גמר גביע המדינה הביסה באר שבע 7–0 את הפועל עפולה, התוצאה הגבוהה ביותר אי פעם בשלב חצי הגמר, והעפילה לגמר הגביע בו הפסידה 2–6 לאלופה מכבי תל אביב - ההפסד הכי גדול בגמר הגביע מאז קום המדינה. בליגה סיימה הקבוצה את העונה במקום השלישי.
בעונת 2015/2016 מונה ברק בכר למאמנה החדש של הקבוצה. בנוסף, הוחתמו מספר שחקנים מובילים בדמותם של אנתוני ואקמה, שיר צדק, מהראן ראדי ובן שהר. במסגרת הליגה האירופית הוגרלה באר שבע מול פ.צ. תון השווייצרית למפגש משחקים בשיטת בית-חוץ. במשחק הראשון שנערך באצטדיון טדי הסתיים המשחק בתוצאה תיקו 1–1, במשחק הגומלין שנערך באצטדיון הארנה שבתון, הסתיים המשחק בתוצאה 1–2 לפ.צ. תון, ובעקבות כך הודחה באר שבע מהמפעל האירופאי. במחזור הרביעי של העונה חנכה הקבוצה את אצטדיון טרנר שנבנה בעיר, במשחק מול מכבי חיפה לעיני 16,126 צופים. ב-21 במאי 2016 זכתה הקבוצה באליפות השלישית בתולדותיה אחרי 40 שנה. במהלך העונה היה לקבוצה רצף של 29 משחקים ללא הפסד, ובכל העונה ספגה באר שבע רק שלושה הפסדים. במשחק ההכרעה במחזור האחרון ניצחה באר שבע את בני סכנין 3–1 באצטדיון טרנר וזכתה בתואר האליפות.
בעונת 2016/2017 זכתה הפועל באר שבע בתואר אלוף האלופים לאחר שניצחה 4–2 את מחזיקת הגביע מכבי חיפה. בעונה זו השתתפה הקבוצה במוקדמות ליגת האלופות, והגיעה לשלב הפלייאוף לאחר שחלפה על שריף טירספול ואולימפיאקוס. בשלב הפלייאוף הודחה הקבוצה מול סלטיק, וכתוצאה מכך נשרה לשלב הבתים של הליגה האירופית. בשלב הבתים ניצחה פעמיים את אינטר, סיימה פעמיים בתיקו מול סאות'המפטון, ועל אף שני הפסדים לספרטה פראג סיימה במקום השני בבית והעפילה לשלב 32 האחרונות. בשלב 32 האחרונות הוגרלה באר שבע מול בשיקטש הטורקית, והודחה לאחר שהפסידה 2–5 בסיכום שני המשחקים. ב-28 בדצמבר 2016 זכתה הקבוצה בגביע הטוטו, לאחר ניצחון 4–1 על עירוני קריית שמונה במשחק הגמר. ב-29 באפריל 2017 ניצחה באר שבע 2–1 בחוץ את מכבי תל אביב וזכתה באליפות השנייה ברציפות כאשר נשארו שלושה משחקים לסיום העונה.
בעונת 2017/2018 זכתה הפועל באר שבע בתואר אלוף האלופים לאחר שניצחה 4–2 את מחזיקת הגביע בני יהודה תל אביב. במוקדמות ליגת האלופות הדיחה הקבוצה את בודפשט הונבד ואת לודוגורץ ראזגרד, אך בשלב הפלייאוף הודחה על ידי מריבור ונשרה לשלב הבתים של הליגה האירופית. בשלב הבתים הוגרלה לבית עם ויקטוריה פלזן, סטיאווה בוקרשט ולוגאנו, וסיימה במקום האחרון בבית. ב-12 במאי הפסידה הקבוצה לראשונה באצטדיון טרנר במסגרת הליגה, 0–1 למכבי תל אביב, אך למרות זאת זכתה באליפות שלישית ברציפות. 
בעונת 2018/2019 הפסידה הקבוצה להפועל חיפה במשחק אלוף האלופים, בתוצאה 4–5 בבעיטות הכרעה לאחר 1–1 בתום 120 דקות. במוקדמות ליגת האלופות הדיחה הקבוצה את פלורה טאלין והודחה על ידי דינמו זאגרב, ונשרה לשלב המוקדמות השלישי של הליגה האירופית, בו הודחה על ידי אפואל ניקוסיה. בליגה לא הצליחה הקבוצה לשחזר את הצלחותיה מהעונות הקודמות, וסיימה את העונה במקום השלישי.

מתחם וסרמיל

במהלך שנת 2015 החליטה עיריית באר שבע להנציח את ארתור וסרמיל בשם מתחם האימונים שלה. מתחם זה משרת בעיקר את קבוצות מחלקת הנוער של הפועל באר שבע, אך לעיתים גם את הקבוצה הבוגרת. במתחם חמשת מגרשי האימונים הכוללת גם מגרש עם דשא סינתטי לפי דרישות פיפ"א.
בשנת 2013 נחנך מבנה "בית האגודות". הפרויקט כולל 750 מ"ר של חדרי מחשבים, חללים מקצועיים, חדרי הלבשה, חדר רופא, חדר מאמנים, אזור להתכנסויות וחדרים לוגיסטיים.

סמל המועדון

עם הקמת המועדון הוחלט על ידי ההנהלה להטביע על חולצות הקבוצה את סמל הפועל, תחילה באופן עצמאי ובהמשך עם הכיתוב באר שבע מתחתיו. סמל זה שירת את המועדון עד שנת 1993.
בשנת 1993 הוחלט לשנות את הסמל הקבוצה ולמתג אותה כקבוצה של אזור הנגב וספר המדבר עם מוטיב מרכזי של גמל. בין שנת 1993 ל-1995 שונה הסמל לגמל כשעל דבשתו סמל הפועל ומתחתיו עיגול שבמרכזו כדורגל ובקצוות נכתב שם הקבוצה בעברית ובאנגלית.
משנת 1995 ועד 2016 כלל חציו התחתון של הסמל כחצי כדור כדורגל, וחציו העליון הכיל ארובה שמסמלת את מבנה העירייה, סמל הפועל המקורי, וכיתוב עם השם של המועדון. בשנת 2008, שונה עיצוב הסמל, ונוסף לו הסלוגן "גאוות הנגב" לתיאור הקבוצה מבירת הנגב.
ב-21 ביוני 2016 הציגה הנהלת המועדון את סמלה הרשמי החדש במעמד מסיבת העיתונאים לעונת 2016/2017. הסמל הנוכחי מבוסס על הסמל אשר שירת את המועדון מעונת 1995/1996 עד עונת 2015/2016, כאשר הסמל מוצג בצורת עיגול שחציו התחתון כחצי כדור כדורגל, וחציו העליון מכיל ארובה שמסמלת את מבנה העירייה, סמל הפועל המקורי, שבקצוות העיגול העליון מוצג הכיתוב עם השם של המועדון בעברית ובאנגלית. בנוסף, מוצג כוכב מעל הסמל העגול, אשר מייצג את האליפויות בהן זכה המועדון.

נותני חסות

מיום הקמתה הפועל באר שבע עבדה עם מספר נותני חסות מוכרים בארץ כמו סולל בונה בשנות השמונים, וחברת המכוניות הדרום קוריאנית קיה ומועדון הפורום בתחילת ואמצע שנות האלפיים.
בין 2012 ל-2015 נותנת החסות הראשית הייתה חברת "מובלי", ובין 2015 ל-2016 חברת "גט סטוקס". משנת 2016 נותנת החסות העיקרית היא חברת תדיראן הולדינגס. בין נותני החסות המשניים של הפועל באר שבע ניתן למנות את חברת גיגסי, מטרופולין, אביסרור, בריאותא, גדות כימיקלים, וובי, פתאל, אופקים נסיעות ותיירות, דלתא ושפע הפקות.

עמותת האוהדים וסרמיליה

עמותת אוהדי הפועל באר שבע קמה בתחילת שנת 2013 על ידי דור שוקר, בן בודה, וירון אלפי. ואושרה על ידי רשם העמותות. השם "וסרמיליה" נבחר כדי לשמר ולזכור את שמו של ארתור וסרמיל, ילד יהודי שנספה בשואה ועל שמו נקרא האצטדיון שליווה את הקבוצה במהלך השנים והיה לבית של אוהדי הכדורגל בעיר. מטרת העמותה היא פעילות ברשתות החברתיות. העמותה מעבירה לאוהדים מידע הכולל חדשות, תמונות, אירועים של העמותה ועדכון בזמן אמת על תוצאות משחקים. בנוסף, לעמותה תוכנית אוהדים ברדיו דרום בשם "קול היציע" בהגשת דור שוקר ובן בודה.
בתחילת עונת 2017/2018 זכתה העמותה בפרס הקהל המצטיין של בית הנשיא ומנהלת הליגות לכדורגל, הפרס הוענק על ידי נשיא המדינה ראובן ריבלין.

אולטרה דרום

ארגון האוהדים אולטרה דרום (באנגלית: Ultra South) נוסד בשנת 2014 לאחר איחוד שני ארגוני האוהדים THE CAMELS 05 ביחד עם SOUTH SIDE ופעילותו התרכזה בשער 5 באצטדיון וסרמיל. באצטדיון טרנר הוא פועל מאחורי השער ביציע הדרומי. הארגון מתמקד בעידוד הקבוצה ובהכנת תפאורה למשחקים. כמו כן, מסייע הארגון לארגן לאוהדי הקבוצה בדרכי הגעה למשחקי חוץ. מאז שעברה הקבוצה לאצטדיון טרנר, החל הארגון להציג תפאורות עידוד מתקדמות. בעונת 2016/2017 ארגון האוהדים החל בקמפיין גיוס כספים וזאת על מנת לרכוש ארכובה ליציע הדרומי שתסייע בפריסת התפאורות. הסכום אליו שאפו להגיע בארגון היה מאה אלף שקלים ומועד סיום הקמפיין עמד על כחודש, אולם לאחר 24 שעות הכסף גויס במלואו. הארגון דוגל בהיבדלות פוליטית וחרט על עצמו את המוטו ULTRAS NO POLITICA.

בספרות

האהבה לקבוצת הפועל באר שבע נמצאת במרכז ספרו של אשר הלפרין, הסנגור הצבאי הראשי לשעבר, "השתגעתי בגללה: סיפור על אהבה וכדורגל".

מחלקת הנוער

הפועל "השלושה" באר שבע, המייצגת העיקרית של דרום הארץ בכדורגל, ואחת ממחלקות הנוער הגדולות ביותר בישראל.
ברוב שנות המועדון, המועדון נהנה ממחלקת נוער חזקה. עד שנת 1969 הייתה להפועל באר שבע קבוצת נוער אחת, והיא אף זכתה לראשונה באליפות ישראל לנוער בשנה זו. בסוף עונת האליפות הוקמה קבוצה נוספת, הפועל "השלושה" באר שבע על שם שלושה מעובדי מפעל "מכתשים" שנספו בתאונת עבודה. מאמן "השלושה" היה חיים סנה ותוך זמן קצר הפכה "השלושה" לקבוצת הנוער הבכירה בעיר כשבמשך מספר שנים פעלו שתי קבוצות הנוער במקביל. "השלושה" זכתה לראשונה באליפות ישראל לנוער בעונת 1973/1974. עד סוף שנות השמונים הפועל "השלושה" באר שבע דורגה בקביעות בצמרת ליגת העל לנוער ואף זכתה בארבע אליפויות המדינה לנוער. מאמצע שנות השישים נסמכו קבוצות הנוער של הפועל באר שבע על הכישרונות שהתגלו בליגות הנוער העירוניות, מיסודו של אהרון בן יעקב, שמנו בשנות השיא שלהן אלפי נערים ששיחקו במאות קבוצות. עם מעבר הקבוצה לידיים פרטיות בשנות התשעים של המאה העשרים, ירדה ההשקעה במחלקת הנוער וקבוצת הנוער ירדה אחרי מספר שנים לליגת המשנה. משנת 2007 כאשר רכשה אלונה ברקת את המועדון, הושקעו כספים רבים על מנת להחזיר את מחלקות הנוער לקדמת הבמה, ובשנים האחרונות חזרה בהדרגתיות קבוצת הנוער לצמרת בליגת העל לנוער.