הנרי נוקס

ראשית חייו

הוריו של הנרי נוקס, ויליאם ומרי נוקס (לבית קמפבל), היו סקוטים-אירים שהיגרו מדרי שבאירלנד לבוסטון ב-1729. ויליאם נוקס היה בונה ספינות שעקב קשיים כספיים עזב את משפחתו לסנט אוסטטיוס שבקריביים, שם הוא מת מסיבות בלתי ידועות ב-1762. 
הנרי התקבל ל"בית הספר הלטיני של בוסטון", שם הוא למד יוונית, לטינית, אריתמטיקה והיסטוריה אירופאית. מאחר והוא היה הגדול מבין ילדי המשפחה שנותרו בבית לאחר מות האב, הוא עזב את בית הספר בגיל 9 והיה לפקיד בחנות ספרים כדי לסייע לאמו בכלכלת המשפחה. בעל החנות, ניקולס בווס, שהיה לדמות אב חליפית עבור הנער, הרשה לו לסרוק את מדפי הספרים בחנות ולקחת הביתה כל ספר שהוא חפץ לקרוא בו. כאשר הוא לא היה עסוק בשליחויות מטעם החנות, הוא לימד את עצמו צרפתית, למד מעט פילוסופיה ומתמטיקה מתקדמת וקרא בשקיקה סיפורים על גיבורים עתיקים ועל קרבות מפורסמים. כבר מגיל צעיר הוא הקדיש זמן לקריאת ספרות. עם זאת היה נוקס גם מעורב בחבורות הרחוב של בוסטון, והיה לאחד מהלוחמים הקשוחים ביותר בשכונה. בגיל 18, לאחר שהתרשם ממפגן צבאי, הוא הצטרף ליחידת תותחנים מקומית שנקראה "השיירה" (The Train).
ב-5 במרץ 1770 היה נוקס עד לטבח בוסטון. על פי תצהיר בשבועה שהוא הגיש, הוא ניסה להרגיע את המצב, בנסותו לשכנע את החיילים הבריטים לשוב לבסיסם. הוא גם העיד במשפט שנערך לחיילים שביצעו את הטבח, שבו כולם למעט שניים הורשעו. ב-1771 הוא פתח בבוסטון חנות ספרים משל עצמו שנקראה "חנות הספרים של לונדון" (London Book Store). חנות זו הייתה, על פי תיאור מהתקופה, "מקום בילוי לקצינים הבריטים ולגברות השמרניות שנתנו את הטון באותה תקופה". בהיותה חנות שהתפארה במבחר מצוין של ספרות אנגלית ובהיותה מנוהלת על ידי בעל חנות ידידותי, היא הפכה עד מהרה ליעד פופולרי לחברה הגבוהה של בוסטון. כמוכר ספרים, בנה נוקס לעצמו קשרי עסקים יציבים עם הספקים הבריטים (כמו תומאס לונגמן) ופיתח קשרי ידידות עם לקוחותיו תוך שהוא דובק בשאיפותיו מילדות. בהיותו אוטודידקט, הוא אגר ספרים בתחום הצבא ואף נהג לשאול שאלות רבות בנושא את החיילים שפקדו את חנותו. בתחילה הוא נהנה מהצלחתו הכספית, אך רווחיו צנחו לאחר חוק נמל בוסטון והחרם העירוני על הסחורות הבריטיות שבא בעקבותיו. ב-1772 הוא היה שותף לייסוד "גיס הגרנדירים של בוסטון", שהייתה שלוחה של "השיירה" ושירת כמספר שניים בשרשרת הפיקודית שלו. זמן קצר לאחר יום הולדתו ה-23 ירה נוקס בטעות ברובה בשתיים מאצבעות ידו השמאלית. הוא הצליח לחבוש את הפצע ולהגיע לרופא שתפר אותו.
נוקס תמך בבני החירות, ארגון שנאבק כנגד מה שהוא ראה כמדיניות הדיכוי הקולוניאלית הבריטית. לא ידוע אם הוא לקח חלק במסיבת התה של בוסטון ב-1773, אך הוא היה בתפקיד לפני התקרית כדי לוודא שלא נפרק שום מטען תה מה"דרתמות'", אחת מהספינות שהיו מעורבות בפעולה. בשנה שלאחר מכן הוא סירב לקבל משלוח של תה שנשלח אליו על ידי ג'יימס ריווינגטון, לויאליסט מניו יורק.
ב-16 ביוני 1774 נשא נוקס לאישה את לוסי פלקר, בתו של לויאליסט בוסטוני, זאת על אף התנגדות אביה. אחיה של לוסי שירת בצבא הבריטי ומשפחתה ניסתה לשכנע את נוקס שיתגייס גם הוא. על אף תקופות פרידה ארוכות שנבעו משירותו הצבאי, היו בני הזוג מסורים זה לזו עד ליומו האחרון של נוקס והם הקפידו לשמור על קשר מכתבים. לאחר שבני הזוג נמלטו מבוסטון ב-1775, נותרה לוסי חסרת בית עד לפינוי העיר על ידי הבריטים במרץ 1776. גם לאחר מכן, היא נסעה לעתים קרובות לבקר את בן זוגה בשדה הקרב. הוריה של לוסי עזבו את העיר ומעולם לא שבו אליה יחד עם הכוחות הבריטים לאחר שהצבא הקונטיננטלי ביצר את רמת דורצ'סטר, הצלחה שנזקפה לזכותו של נוקס.

המצור על בוסטון

כאשר פרצה מלחמת העצמאות של ארצות הברית עם קרבות לקסינגטון וקונקורד ב-19 באפריל 1775, חמקו נוקס ורעייתו לוסי מבוסטון והוא הצטרף למליצית הצבא שצרה על העיר. חנות הספרים הנטושה של נוקס נבזזה וכל המלאי שלה הושמד או נגנב. הוא שירת תחת גנרל ארטמס וורד ותרם מכישוריו ההנדסיים לבניית הביצורים סביב לבוסטון. בקרב גבעת בנקר הוא פיקד על כוח ארטילרי. כאשר הגיע הגנרל ג'ורג' וושינגטון ביולי לקחת את הפיקוד על הצבא, הוא התרשם מהעבודה של נוקס. עד מהרה פיתחו השניים יחסי חיבה ונוקס קיים קשר סדיר עם וושינגטון ועם הגנרלים האחרים של הצבא הקונטיננטלי המתהווה. לנוקס לא היה מינוי רשמי בצבא, אך בזכות פועלו של ג'ון אדמס בקונגרס הקונטיננטלי השני, הוא קיבל מינוי של קולונל ברגימנט הארטילרי של הצבא. נוקס הועיל לקידומו כאשר כתב לאדמס שריצ'רד גרידלי, מפקד הארטילריה הזקן שפעל תחת פיקודו של וורד, לא היה חביב על אנשיו ובריאותו הייתה לקויה. 
עם התקדמות המצור, עלה הרעיון שהתותח שנלקח שלל קודם לכן בנפילת המבצרים של טיקונדרוגה וקראון פוינט בצפון ניו יורק, יוכל להועיל באופן משמעותי. מקובל ליחס לנוקס את העלאת ההצעה הזאת בפני וושינגטון, שלאחר מכן מינה את נוקס כאחראי על המשלחת להבאתו, אף על פי שמינויו של נוקס טרם אושר. כשהגיע נוקס לטיקונדרוגה ב-5 בדצמבר נודע הכוח שעליו פיקד נוקס כ"שיירת הארטילריה הנאצלת" (noble train of artillery) שהובילה באמצעות מזחלת רתומה לשוורים תותח במשקל 60 טונות ושאר אמצעי חימוש בנתיב באורך של 480 ק"מ שעבר בנהרות מכוסים בקרח והרי ברקשייר המכוסים בשלג אל מחנות המצור של בוסטון.
האזור היה מיושב בדלילות ועל נוקס היה להתגבר על קשיים בשכירת כוח אדם ובהמות משא. בכמה הזדמנויות בקע משקל התותח את שכבת הקרח בחציית הנהרות אך אנשיו של נוקס הצליחו להציל אותו. בסופו של דבר המסע שנוקס צפה שיארך שבועיים ארך למעשה שישה שבועות הוא דיווח לוושינגטון על הגעת שיירת הנשק ב-27 בינואר 1776. ההיסטוריון ויקטור ברוקס כינה את מבצעו של נוקס "אחד מההישגים הלוגיסטיים המדהימים ביותר" של כל המלחמה, והוא מונצח בסדרה של לוחות זיכרון לאורך נתיב שיירתו במדינות ניו יורק ומסצ'וסטס.
עם הגעת התותח לקיימברידג' הם הוצבו עד מהרה למשימת ביצור רמת דורצ'סטר שנכבשה זמן קצר קודם לכן על ידי וושינגטון. עמדת התותחים החדשה שחלשה על נמל בוסטון אילצה את הבריטים להסיג את הצי שלהם להליפקס. עם תום המצור דאג נוקס לשיפור הגנתן של קונטיקט, רוד איילנד והעיר ניו יורק בצפייה למתקפה בריטית עליהן. בניו יורק פגש נוקס את אלכסנדר המילטון שפיקד על כוח הארטילריה המקומי. השניים יצרו ידידות קרובה שנמשכה עד למותו של המילטון ב-1804. במהלך שירותו הצבאי יצר נוקס גם ידידות קרובה עם בן עירו, בנג'מין לינקולן.

המערכה על ניו יורק וניו ג'רזי

נוקס היה חלק מצבאו של וושינגטון במהלך המערכה על ניו יורק וניו ג'רזי, כולל המהלכים העיקריים שכתוצאה מהן אבדה העיר ניו יורק. הוא בקושי ניצל משבי בעקבות הפלישה הבריטית למנהטן והגיע לקווי הצבא הקונטיננטלי דרך משרדיו של ארון בר. הוא היה האחראי על הלוגיסטיקה במהלך חציית הדלאוור שקדמה לקרב טרנטון ב-26 בדצמבר 1776. על אף שדרכו נחסמה על ידי קרח וקור, יחד עם אנשי הרגימנט הקונטיננטלי ה-14 בפיקודו של ג'ון גלובר שאיישו את הסירות, עלה בידו להעביר את כוח התקיפה את הנהר, על סוסיו ועל תותחיו, ללא שום אבדות. לאחר הקרב הוא שב עם אותו כוח ועם מאות שבויים, עם שלל ועם כל הסירות בחזרה אל מעבר לנהר עד אחר הצהריים של אותו יום. על הישגו זה קודם נוקס לדרגת בריגדיר גנרל, והוא מונה לפקד על גיס ארטילריה שכלל חמישה רגימנטים. כמה ימים לאחר מכן חצה הצבא שוב את הנהר לאחר שהתקבלה החלטה להחזיק בטרנטון. נוקס היה עם הצבא ב-2 בינואר 1777 בקרב ערוץ אסונפינק וביום המחרת בקרב פרינסטון.
ב-1777, כשהצבא היה במוריסטאון שבניו ג'רזי, שב נוקס למסצ'וסטס לשפר את יכולת ייצור התותחים של הצבא. הוא הקים גדוד ארטילריה נוסף ופתח נשקייה בספרינגפילד שבמסצ'וסטס לפני ששב אל הכוח העיקרי של הצבא באביב. נשקייה זו, ואחת נוספת ביורקטאון שבפנסילבניה, הוקמו על ידי אחד מפקודיו של נוקס והיוו מקור רב ערך לאספקה עד תום המלחמה.

המערכה על פילדלפיה

נוקס שב אל הגוף העיקרי של הצבא למערכה של 1777. ביוני נודע לו שהקונגרס מינה את פיליפ שארל טרונסון דו קורדיי, איש צבא צרפתי בעל הון, לפקד על כוחות הארטילריה. מינויו של דו קורדיי הרגיז לא רק את נוקס, שמיד איים על הקונגרס שיתפטר מתפקידו, אלא גם את ג'ון סליבן ואת  נתנאל גרין שמחו גם הם על המינוי הפוליטי הזה. דו קרודיי הוצב בסופו של דבר מחדש לתפקיד המפקח הכללי ומת כתוצאה מנפילה מסוסו כשחצה את נהר סקולקיל בספטמבר 1777.
נוקס השתתף בקרב ברנדיווין, הקרב החשוב הראשון במערכה על פילדלפיה ובקרב ג'רמנטאון. בזה האחרון הוא השיא עצה קריטית שאושרה על ידי וושינגטון, לכבוש ולא לעקוף את בית צ'ו, אחוזת אבן שהבריטים כבשו כעמדת הגנה חזקה. מהלך זה התברר כצעד שעיכב באופן משמעותי את התקדמות הצבא ונתן לבריטים הזדמנות לשפר את מערך הקווים  שלהם. לאחר מכן כתב נוקס ללוסי, "ניתן לייחס את אובדן הניצחון לערפל הבוקר ולכיבוש בניין אבן על ידי האויב בג'רמנטאון". נוקס גם השתתף בקרב מונמאות' ביולי 1778, שם פקד עליו וושינגטון להפעיל את הארטילריה. בהמשך השנה לא השתתף הצבא בפעילות נוספת, אך הפריבטירים שנוקס ובן מושבתו, הנרי ג'קסון, הפעילו, לא הגיעו להישגים כפי שצופה מהם. רבים מהם נשבו על ידי הבריטים.

בית הספר לארטילריה והמצור על יורקטאון

נוקס הקים קסרקטין חורף בפלוקמין (פרבר של בדמינסטר שבניו ג'רזי). שם ייסד נוקס את בית הספר הראשון של הצבא הקונטיננטלי לארטילריה ולהכשרת קצינים. מתקן זה נחשב כזה שקדם לאקדמיה הצבאית של ארצות הברית בווסט פוינט. בהיותו שם במהלך קיץ 1779, בילה נוקס את רוב זמנו באימונם של יותר מ-1,000 חיילים בתנאים של מוראל ירוד ואספקה מצומצמת. התנאים היו קשים במיוחד בימים של חורף 1779-1780 וצבאו של וושינגטון שב לפעילות אינטנסיבית ב-1780 כאשר מהלכי המלחמה העיקריים הופנו לכוון דרום.
בסוף ספטמבר 1780 היה נוקס חבר בבית הדין הצבאי שהרשיע את מייג'ור ג'ון אנדרה, קצין בריטי שמעצרו גרם לחשיפת בגידתו של בנדיקט ארנולד. (בצירוף מקרים מעניין חלק נוקס מגורים עם אנדרה כאשר היה ב-1775 בדרקו לטיקונדרוגה). באותם שנים של כמעט חוסר פעילות מוחלט, קיים נוקס מספר מסעות למדינות הדרומיות כנציגו של וושינגטון להגדיל את גיוס האנשים והאספקה לצבא. ב-1781 התלווה נוקס לצבאו של וושינגטון דרומה והשתתף במצור על יורקטאון. הוא היה פעיל בשדה הקרב באופן אישי וניהל את הצבת התותחים ואת מטרותיהם. המרקיז משסטלו, שעמו פיתח נוקס קשריי ידידות קרובים, כתב עליו, "אין אנו יכולים להעריץ במידה מספקת את האינטיליגנציה ואת הפעילות שבאמצעותם הוא ליקט ממקומות שונים והעביר אל הסוללות יותר משלושים קנים...". ו"רק מחצית מהשבח שהוא היה ראוי לו נאמר על גאוניותו הצבאית". וושינגטון שיבח במיוחד הן את נוקס והן את הקצין הצרפתי על תפקודם במצור והמליץ לקונגרס על קידומו של נוקס.

השחרור

ב-22 במרץ 1782 קודם נוקס לדרגת מייג'ור גנרל. הוא היה לקצין הצעיר ביותר בצבא שנשא דרגה זו. יחד עם גוברנר מוריס הוא התמנה לנהל את המשא והמתן על חילופי השבויים עם הבריטים. משא ומתן זה כשל בשל העובדה ששני הצדדים לא יכלו להגיע לידי הסכמה על התהליכים והתנאים להתאמת המעמדות השונים של השבויים. הוא הצטרף לחלק העיקרי של הצבא בניוברג שבניו יורק ופיקח על המחנה בווסט פוינט, שנחשב לעמדת הגנה חיונית ביותר. לאחר שעמד על הליקויים ועל הצרכים, מינה אותו וושינגטון כמפקד המקום באוגוסט 1782. בחודש שלאחר מכן הוא התבשר על מותו של בנו בן תשעת החודשים ושקע בדיכאון עמוק. עם זאת, הוא המשיך בפועלו, והיה מעורב במשא ומתן עם קונגרס הקונפדרציה ועם מזכיר המלחמה, בנג'מין לינקולן על סוגיית הפנסיות והאיחור בתשלום הפיצויים לחיילים. נוקס כתב מזכר שנחתם על ידי שורה של קצינים בכירים, שבו הוא הציע שהקונגרס ישלם מידית את כל התשלומים רטרואקטיבית והציע שישולם סכום חד-פעמי במקום תשלום מחצית סכום הפנסיה לכל החיים. אי-ההסכמה של הקונגרס לטפל בסוגיה הובילו את נוקס לכתיבת מכתב התראה, שבו הוא כתב "אני רואה במוניטין של הצבא האמריקאי כדבר שאף אחד בעולם לא יכול להטיל בו רבב, וכך עלינו אף לסבול עוולות ונזקים עד קצה גבול הסבלנות שלנו ולא להכפיש אותו ברמה הנמוכה ביותר. אך קיימת נקודה שמעבר לה אין סבל. אני מתפלל בכל ליבי שלא נגיע אליה". במרץ 1783, כאשר נפוצו שמועות על מרד בקרב הקצונה הבכירה, קיים וושינגטון פגישה שבה הוא קרא קריאה נרגשת לאיפוק. בפגישה זו הוא אישר מחדש את מסירותם של הקצינים לוושינגטון ולקונגרס וסייע להרגיע את המשבר. עם זאת, בשל בעיות בלתי פתורות, היו נוקס ואחרים לתומכים נמרצים בממשלה לאומית חזקה, דבר שהמנהיגים הפוליטיים המובילים, כולל תומאס ג'פרסון, ג'ון הנקוק וסמואל אדמס, התנגדו לו באותה עת. 
עם היוודע דבר חתימת הסכם השלום המקדים באפריל 1783, החל הקונגרס להורות על שיחרור הצבא וג'ורג' וושינגטון העביר לנוקס פקודות יומיומיות על היקף הכוח שייוותר. באותה עת אירגן נוקס את הקמתה של "אגודת סינסינטי" (Society of the Cincinnati), ארגון אחווה של קציני מלחמת העצמאות ששרדו עד לאותה עת. הקמת אחווה זו גרמה להרמת גבות, אך באופן כללי היא התקבלה בברכה. הוא גם ניסח טיוטת תכנית להקמת צבא בעתות שלום, שרוב סעיפיה יושמו בסופו של דבר. תכניות אלו כללו את הקמתן של שתי אקדמיות צבאיות (אחת של הצי ואחת של הצבא, זו האחרונה התמקמה במבצר החשוב שבווסט פוינט), ויחידות צבא שנועדו להגן על גבולותיה של ארצות הברית.
כאשר נסוגו אחרוני החיילים הבריטים מניו יורק ב-21 בנובמבר 1783, הוביל נוקס את הכוחות האמריקאים שהשתלטו עליה. הוא ניצב בסמוך לוושינגטון במהלך נאום הפרידה שלו ב-4 בדצמבר. לאחר שוושינגטון התפטר מתפקידו כמפקד העליון ב-23 בדצמבר קיבל נוקס במקומו את תפקיד הגנרל המפקד של צבא ארצות הברית.
בנובמבר 1783 התפנתה משרת "המזכיר במלחמה" (Secretary at War), עם התפטרותו של בנג'מין לינקולן, שהמליץ על נוקס כמחליפו. אף על פי שקונגרס הקונפדרציה היה מודע לכוונתו של לינקולן להתפטר עם חתימת הסכם השלום הרשמי, הוא לא נקב מבעוד מועד בשם יורשו. נוקס נחשב כמי שראוי לתפקיד כאשר הוא אויש בלינקולן ב-1781, והוא הביע את כוונתו לרשת אותו. עם זאת, בהעדר יד מכוונת למחלקת המלחמה, ניסה הקונגרס ליישם את הרעיון של הקמת כוח מיליציה סדיר כצבא של עתות שלום. בראשית 1784 התפטר נוקס מתפקידו הצבאי, "שבע רצון דיו שלא למלא יותר שם אחריות לצעדים שהם בלתי אפשריים לביצוע".
נוקס שב למסצ'וסטס, שם בנתה המשפחה בית בדורצ'סטר. הוא פעל לאיחוד מחדש של שטחי אדמה נרחבים במיין שהוחרמו מקרובי משפחת אשתו הלויאליסטים. הוא הצליח ליצור שטח אדמה ענק של מיליוני אקרים, כולל כמעט כל שטחי האדמה בבעלות משפחת פלקר, בין השאר על ידי הצלחתו להתמנות לפקיד הרשמי מטעם המדינה האחראי על הפרטת האדמות המוחרמות ולאחר מכן הוא דאג למכירת הקרקעות של משפחת אשתו לאיש קש שפעל מטעמו. הוא גם מונה כחבר בוועדה שהייתה אחראית על המשא ומתן על תנאי ההסכם עם שבטי הפנבוסקוט האינדיאנים במרכז מיין. ועדה זו גם הייתה מעורבת בחקירת שאלת הגבולות בין מזרח מיין עם נובה סקוטיה (כיום שטחי ניו ברונזוויק) סוגיה שנפתרה רק ב-1842 עם חתימת הסכם ובסטר-אשברטון.

מזכיר המלחמה

ב-8 במרץ 1785 אישר הקונגרס בסופו של דבר את מינויו של נוקס לתפקיד "המזכיר במלחמה", לאחר ששקל את מועמדותם של אישים אחרים. באותה עת דווח שמשקלו עמד על כ-130 ק"ג וגובהו היה 190 ס"מ. הצבא היה אז חלק קטן מגודלו הקודם והתרחבותה מערבה של האומה החדשה התבטאה בעימותים חמורים עם שבטי האינדיאנים. מחלקת המלחמה שנוקס קיבל לנהל כללה שני עובדים אזרחיים ורגימנט אחד קטן. הקונגרס של 1785 אישר את הקמתו של צבא שמנה 700 איש. נוקס יכול היה לגייס רק שש מתוך עשר הפלוגות שאושרו ושהוצבו בחזית המערבית.
כמה מחברי הקונגרס של הקונפדרציה התנגדו להקמתו של צבא בעתות שלום וכן התנגדו להקמתה של אקדמיה צבאית (אחת מהצעותיו העיקריות של נוקס) על בסיס הטענה שייווצר מעמד צבאי בעל יכולת לשלוט על החברה. בתחילה הציע נוקס להקים צבא שיכלול בעיקר מליציות מדינתיות, ובמיוחד שאף לשנות את גישתו של הקונגרס בנוגע לצבא המנוהל באורח דמוקרטי. אף על פי שהתכנית נדחתה בשלב הראשון, רבים מפרטיה אומצו בסופו של דבר כאשר עוצב המבנה המנהלי של צבא ארצות הברית. הצורך בשיפור מעמדו של הצבא קיבל דחיפות ב-1786 כאשר פרץ מרד שייז במסצ'וסטס שאיים להשתלט על נשקיית ספרינגפילד. נוקס יצא לספרינגפילד בעצמו לדאוג למערך ההגנה שם. אף על פי שבנג'מין לינקולן הקים מיליציה ודיכא את המרד, המרד הדגיש הן את החולשה של הצבא והן את הליקויים בתקנון הקונפדרציה שהפריעו ליכולות הקונגרס בפרשה זו. לאחר המרד כינס הקונגרס את  ועידת החוקה, שבה נוסחה חוקת ארצות הברית התקפה עד היום. בראשית 1787 שלח נוקס לוושינגטון טיוטת הצעה להקמת ממשלה שדמתה בסופו של דבר למבנה הממשלה שעליה הוחלט. כאשר שאל וושינגטון את נוקס אם עליו להשתתף בוועידה הוא הסכים ואמר: "יהיו אלו נסיבות מכובדות ביותר שיובילו לתהילתך, זאת בהתחשב בתקופה הנוכחית ובתקופות לעתיד לבוא, והן יזכו אותך בכינוי המפואר של 'אבי האומה'". זהו ככל הנראה המסמך המוקדם ביותר בו נעשה שימוש בכינוי זה בהקשר של וושינגטון. נוקס פעל לקידום החוקה החדשה, שיגר תכתובות רבות במושבות רבות בנוגע לכך,אך בעיקרה הוא התרכז בקבלת ההחלטה על אימוץ החוקה במסצ'וסטס, שם נראה היה שהתמיכה בה מצומצמת. לאחר קבלת החוקה ראו בו רבים כמועמד ראוי לתפקיד סגן הנשיא, אך הוא העדיף להישאר במחלקת המלחמה ולתפקיד סגן הנשיא נבחר ג'ון אדמס. עם קבלת החוקה החדשה והקמתה של מחלקת המלחמה שונה תוארו של נוקס למזכיר המלחמה (Secretary of War).
כחלק מתפקידיו כמזכיר המלחמה, היה נוקס אחראי על יישום "חוק המיליציה של 1792" (Militia Acts of 1792). חוק זה כלל את הנחת היסוד שרק 20% מ-450,000 חברי המיליציות היו מסוגלים לממן בעצמם את רכישת כלי הנשק שלהם כפי שנדרש על פי החוק. כדי לפתור את הבעיה, המליץ נוקס לקונגרס שהממשלה הפדרלית תרחיב את רכישת כלי הנשק המיובאים, תאסור ייצוא של כלי נשק מתוצרת מקומית ותקים מתקנים לייצור מקומי של כלי נשק ואגירתם. מתקנים אלו כללו את נשקיית ספרינגפילד שכבר הייתה קיימת ואחת נוספת בהרפרס פיירי שבווירג'יניה. ב-1792 הקים הקונגרס, על פי הצעה מפורטת של נוקס, את "הלגיון של ארצות הברית" (Legion of the United States) קצר הימים. עם פרוץ מלחמות המהפכה הצרפתית ב-1793, החלו ספינות סוחר אמריקאיות להיות מושפעות מהן לאחר שוושינגטון הכריז על נייטרליות בסכסוך. הן צרפת והן בריטניה החלו להפריע לתנועת הספנות האמריקאית. רוב הספינות המעטות של הצי הקונטיננטלי נמכרו בתום מלחמת העצמאות, וכך נותר צי הסוחר של ארצות הברית ללא אמצעי הגנה מפני שוד ימי או השתלטות בימים. נוקס דחק להקמתו של צי ארצות  הברית הסדיר ולבניית סדרה של מבצרי חוף.

היחסים עם האינדיאנים

נוקס היה אחראי על ניהול היחסים של ארצות הברית עם האינדיאנים שישבו באדמות שהיא טענה לריבונות עליהם, בעקבות חוק של הקונגרס משנת 1789. בכמה מסמכים שניסח עבור וושינגטון ועבור הקונגרס התווה נוקס את מדיניותה המוקדמת של האומה כלפי הילידים האמריקאים. הוא ציין שהאומות האמריקאיות היו הריבוניות ובעלות הקרקעות שבהן הם החזיקו ושהממשלה הפדרלית (ולא המדינות) צריכות לפיכך להיות אחראיות על היחסים עמם. מדיניות זו יושמה בין השאר על ידי העברת "חוק הסחר והיחסים עם האינדיאנים של 1790" (Indian Trade and Intercourse Act), שאסר על סחר עם הילידים האמריקאים שלא במסגרת הסכם שלהם מול הממשלה הפדרלית. נוקס כתב, "האינדיאנים, בהיותם בעלי הקרקע הקודמים, מחזיקים את הזכות עליה. אין לקחת אותה מידיהם שלא בהסכמתם, או במסגרת זכות הכיבוש במקרה של מלחמה צודקת. לקיחת הבעלות מידיהם בשם כל עקרון אחר תהיה הפרה של החוקים היסודיים של הטבע". ההיסטוריון רוברט מילר טוען שהצהרות מסוג זה מביעות תמיכה בזכות הילידית על הקרקעות, אך בשם "דוקטרינת הגילוי" (Discovery doctrine), שנועדה להצדיק את השליטה באדמות האינדיאנים, התעלמו ממנה.
מלחמות האינדיאנים, כולל "מלחמות האמריקאים והצ'רוקים" וכולל "מלחמת האינדיאנים הצפון-מערבית" היוו את רוב תקופת כהונתו של נוקס בתפקידו כמזכיר המלחמה. במהלך שנות הקונפדרציה, לא הייתה תמיכה מספקת של הקונגרס בכל פעולה משמעותית כנגד האומות של הספר המערבי. הבריטים העניקו את תמיכתם לשבטים הצפון-מערביים מבסיסי הספר שהם המשיכו להחזיק בהם לאחר תום מלחמת העצמאות של ארצות הברית (תוך כדי הפרת חוזה פריז) ושבטי הצ'רוקי והמוסקוגי המשיכו לראות בהתיישבות הקולוניאלית על אדמותיהם כבלתי חוקית. באוקטובר 1790 ארגן נוקס מערכה בהובלת הגנרל ג'וזייה הרמר אל הטריטוריה הצפון-מערבית כנקמה על פשיטות האינדיאנים כנגד המתיישבים בטריטוריה עצמה ובתחומי קנטקי של היום. מערכה זו נחלה כישלון ומערכה שנייה אורגנה על ידי נוקס, מומנה על ידי ויליאם דואר והונהגה על ידי מושל הטריטוריה ארתור סט. קלייר. נוקס ודואר כשלו לספק מספיק ציוד לצבא, מה שהוביל לתבוסה הקשה ביותר בהיסטוריה של הצבא האמריקאי. מערכות אלו כשלו בהשכנת השלום מול האינידאנים ונוקס הואשם במידה רבה בכישלון בהגנת הגבול.
מתוך רצון לפתור את הסוגיה לפני סיום תפקידו, ארגן נוקס חיל משלוח בהנהגת אנתוני ויין שהביא את הסכסוך לסיום משמעותי ב"קרב העצים הכרותים" (Battle of Fallen Timbers) ב-1794. "כוחותיו של ויין שרפו 'שדות עצומים של תירס' בשטח של כ-80 ק"מ לאורך הנהר", במהלך שהשפיע על האוכלוסייה הלא-לוחמת. תוצאות הפעולה הצבאית האמריקאית בצפון-המערב הובילה לחתימת הסכם גרינוויל שאילץ את האינדיאנים המובסים לוותר על שטחים באזור אוהיו. המערכות העקובות  מדם שהוביל נוקס עירבו במקרים מסוימים צבאות שהיו גדולים הרבה יותר בהשוואה לקרבות שאירעו בשנות ה-70 של המאה ה-19.
האומות האינדיאניות סירבו להתפנות מאדמותיהם ללא מאבק והם התנגדו לניסיונות של האמריקאים לפנותם בכוח, בתחבולות או בהסכמים, מאחר והם החזיקו את האדמות וחיו בהן במשך אלפי שנים. קבוצה אחת של אמריקאים רצתה שיתקיים "סילוק של האינדיאנים" והכחדה כללית של כל שבט שישב באדמות בהן הם חפצו. וושינגטון ונוקס רצו גם הם להשתלט על האדמות. בדרך כלל, אם כי לא תמיד, הם חשו שהשימוש בכוח יגבה מחיר גבוה מדי מהאמריקאים ושאפו לעשות שימשו באמצעים אחרים כדי להשיג את המטרה. תחת זאת, בתחילה המליץ נוקס שהמדיניות הבריטית תמשיך, כלומר שיסופקו לאינדיאנים עדרי בהמות וציוד חקלאי ויקומו מיסיונים, זאת כדי להרגיע אותם. לאחר שכשל בפיוס שבטי הצ'רוקי והמוסקוגי באמצעות מצבור גדול של מתנות ב-1789, חתם בסופו של דבר נוקס על "הסכם ניו יורק" של 1790 בשמה של ארצות הברית ושם קץ לסכסוך עם חלק, אם כי לא עם כל, שבטי הצ'רוקי. על רצח העם של אוכלוסיית האינדיאנים בשטחים שהיו מאוכלסים בצפיפות, כתב נוקס, "היסטוריון כלשהו בעתיד עשוי לתאר את הסיבות לחורבן זה של גזע אנושי בצבעים קודרים". נועם חומסקי טוען שמנהיגי האומה "ידעו מה שהם עושים", ולעתים קרובות הם אמרו שהם היו "המיטיבים", "הנדבנים" ו"הדואגים לרווחתם" של הילידים, כאשר במציאות הם עסקו ב"פרקטיקות של רצח עם" להכחדת ו"סילוק האינדיאנים". למעשה, נוקס אמר שמה שאירופאים והאמריקאים עשו לאומות הילידיות היה כה מזיק כך ש"הסגנון שלנו היה יותר הרסני לאינדיאנים בהשוואה לכיבושים של מקסיקו ופרו". הוא המשיך וציין את העובדה שבמקום בו הייתה תרבות לבנה, הייתה "הכחדה מוחלטת" של כל הילידים, או כמעט כולם. ללא קשר אם האמריקאים רצו להשיג את אדמות הילידים באמצעות רכישה, כיבוש או באמצעים אחרים, "לא ישכון שלום נצחי כל עוד הקרקעות ימשיכו להיות מושא המדיניות כלפי האינדיאנים", גישה שהמשיכה גם לאחר שנוקס סיים את תפקידו. מדיניותו של וושינגטון, כפי שבוצעה על ידי נוקס, גרמה לעלייתו של טקומסה. אלפים רבים של אינדיאנים סרבו לקבל את ההסכמים שנחתמו, בטענה שהם לא אישרו אותם ושמטרתם היחידה הייתה לנשל אותם מאדמותיהם. הם התכוונו במיוחד להסכם גרינוויל, וכבשו מחדש את אדמותיהם במסגרת ההתנגדות המחודשת בצפון-המערב שבסופו של דבר דוכאה רק במלחמת 1812.
ב-2 בינואר 1795 סיים נוקס את תפקידו בממשלה וחזר לביתו בתומאסטון שבמחוז מיין (אז חלק ממסצ'וסטס), כדי להקדיש את עצמו לדאגה למשפחתו המתרחבת. במקומו התמנה לתפקיד מזכיר המלחמה טימות'י פיקרינג.

עסקים פרטיים

נוקס התיישב בתומאסטון ובנה מעון מפואר בן שלוש קומות שהיה מוקף במבני חוץ ויצר אחוזה בשם מונטפלייר, שלא ניתן היה להשוות את כל "היופי, הסימטריה וההדר" שבה לשום מקום אחר במדינה. את שארית חייו הוא בילה בניהול חוואות בקר, בניית ספינות, ייצור לבנים ועסקאות מקרקעין. הקשרים שיצר במהלך שנות המלחמה הועילו לו מאוד, שכן הוא השקיע כספים רבים באדמות באזורי הספר בכל השטחים מאוהיו ועד מיין (אם כי רוב השקעותיו היו במיין). אף על פי שהוא טען שהוא התייחס בהגינות למתיישבים בקרקעותיו במיין, הוא עשה שימוש באנשים מטעמו כדי לפנות את אלו שלא שילמו את דמי השכירות או פלשו לאדמותיו. צעדים אלו הכעיסו את המתיישבים עד שברגע מסוים הם איימו לשרוף את אחוזת מונטפלייר. אחד מהאנשים שמהם לקח נוקס את אדמתו היה ג'וזף פלם מרטין, איש צבא שהתיישב במיין וכתב את זיכרונות המלחמה שלו. נוקס ייצג את תומאסטון בבית הנבחרים של מסצ'וסטס, אך בסופו של דבר הוא איבד את חנו בעיני הציבור ואיבד את מושבו.
תקריות רבות בקריירה של נוקס העידו על אופיו, הן לטובה והן לרעה. במקרה אחד, כאשר הוא ורעייתו לוסי נאלצו לעזוב את בוסטון ב-1775, שימש ביתם ללינתם של קצינים בריטים שבזזו את חנות הספרים. על אף הקשיים הכלכליים שסבל מהם, עלה בידו להעביר את התשלום האחרון של 1,000 ליש"ט להוצאת לונגמן בלונדון כדי לכסות את עלות המשלוח של ספרים שהוא מעולם לא קיבל. עם זאת, במיין הוא ייזכר כעריץ רודף בצע והוא הונצח ברומן של נתניאל הות'ורן "בית שבעת הגגות", שבו הוא היה ההשראה לדמותו של קולונל פינצ'און".
ב-1805 נבחר נוקס כחבר באקדמיה האמריקאית לאמנויות ולמדעים.
בנוסף לבניית אחוזתו הכפרית, עשה נוקס ניסיון להגדיל את הונו באמצעות מיזמי תעשייה. הוא התעניין בסחר בעץ, בבניית ספינות, בגידול מקנה ובייצור לבנים. לרוע מזלו כשלו עסקים אלו, בין השאר בשל חוסר התמקדות בתחום מסוים, והוא צבר חובות משמעותיים. הוא אולץ למקור שטחים נרחבים של אדמות במיין כדי לרצות כמה מבעלי חובו. האיש שרכש את אדמותיו במיין היה הבנקאי מפנסילבניה ויליאם בינגהאם, וקרקעות אלו נודעו במיין כ"רכישת בינגהאם".

מותו

הנרי נוקס מת בביתו ב-25 באוקטובר 1806 בגיל 56, שלושה ימים לאחר שבלע עצם של עוף שנתקעה בגרונו וגרמה לו לזיהום קטלני. הוא נקבר באחוזת מונטפלייר בהלוויה צבאית.
לוסי נוקס מתה ב-1824 לאחר שמכרה חלקים נוספים של רכוש המשפחה כדי לשלם לבעלי החוב של בן זוגה. לזוג נולדו 13 ילדים, אך רק בן אחד הגיע לבגרות. הבן, הנרי ג'קסון נוקס, נודע כאדם לא יוצלח בשל הרגלי השתייה שלו והתנהגותו השערורייתית. לפני מותו ב-1832 "הוא הכיר בתחושה העמוקה של חוסר הערך שלו", והוא הביע את רצונו שהוא לא ייקבר לצד קרוביו המכובדים, אלא בבית קברות ציבורי "ללא מצבה שתוצב על קברו".
אחוזת  מונטפלייר נותרה בבעלות משפחת נוקס אך ב-1871 היא נהרסה במסגרת עבודות סלילת קו רכבת. המבנה היחיד של האחוזה ששרד הוא אחד המבנים ההיקפיים שב-1972 הועבר לאגודה ההיסטורית של תומאסטון. מוזיאון מונטפלייר הנוכחי הוא שחזור מהמאה ה-20 שדומה במידה רבה לזה המקורי.

הנצחתו

על שמו של נוקס נקראו ערים ועיירות במיין, אינדיאנה, איווה, אילינוי, מרילנד והעיר נוקסוויל שבטנסי. על שמו גם קרויים מחוזות באילינוי, אינדיאנה, קנטקי, מיין, מיזורי, נברסקה, אוהיו, טנסי וטקסס. הבית ששימש כמפקדתו בניו וינדזור שבניו יורק במהלך מלחמת העצמאות שומר כמבנה היסטורי.
שירות הדואר של ארצות הברית הוציא ב-1985 בול עם דמותו.
שני מבצרים הקרויים Fort Knox נקראו על שמו בקנטקי ובמיין. על שמו נקרא גם אולם בבית הספר לתותחנות של צבא ארצות הברית בפורט סיל שבאוקלהומה, וכן פרס שנתי שמוענק ליחידות התותחנים האמריקאיות. ספינת גרר של צבא ארצות הברית קרויה על שמו. מסמכיו שמורים בחברה ההיסטורית של מסצ'וסטס וספרייתו האישית שמורה בספריית בוסטון בסמיכות לזו של ידידו, ג'ורג' וושינגטון.