יוסף בן מתתיהו

משפחתו, ילדותו ונעוריו

קורות חייו ידועים לנו רק על סמך חיבוריו, ובייחוד מספרו האוטוביוגרפי המכונה לימים: "חיי יוסף". על פי דבריו הוא נולד בירושלים למשפחת כהנים מיוחסת למשמרת הראשונה מבין הכ"ד משמרות כהונה, ואף מצד אמו הוא היה נצר למשפחת החשמונאים, דור שביעי ליונתן הוופסי.
יוסף מספר על עצמו שחונך ביחד עם אחיו, מתתיהו, וטוען כי בהיותו ילד היה נחשב לתלמיד מצטיין, בזכרונו ובשכלו. ככל הנראה למד בצעירותו יוונית בסיסית, כמו ילדים אחרים שהשתייכו למעמדו החברתי.
לדבריו, בגיל 16 החליט לבחון את שלוש הכתות שהיו ביהדות באותה העת: הצדוקים, הפרושים והאיסיים. לאחר מכן שהה כ-3 שנים במדבר כתלמידו של אדם בשם 'בנוס' שהיה לבוש קליפת עצים, ניזון מצמחי בר בלבד והיה נוהג לטבול פעמים רבות במים קרים "לשם פרישות וטהרה". בגיל 19 חזר לירושלים, בחר להצטרף לפרושים והחל לעסוק בעניינים ציבוריים. אלא שהנתונים בדבריו אלו מעלים בעיה כרונולוגית, מאחר שלא ברור מתי הספיק להתנסות בכל אחת משלוש הכתות.

שליחות לרומא

בגיל 26 נסע לרומא, כדי ללמד זכות על כמה כהנים ממקורביו, שאנטוניוס פליקס - נציב יהודה, שלח אותם לקיסר רומי שידון אותם לענישה. בדרכו לרומא, בעודו בים האדריאטי, טבעה ספינתו, אולם הוא הצליח להימלט מטביעה ולעלות על ספינה קירנאית. ברומא פגש שחקן ממוצא יהודי בשם אליטורוס, אשר בקשריו סייע בעדו לפגוש את פופאה סבינה , אשת הקיסר נירון, שעזרה לו לשחרר את הכהנים ואף העניקה לו מתנות. שיגורו לרומא בא ככל הנראה בזכות ייחוסו המשפחתי ככהן וקשריו החברתיים בתוך האריסטוקרטיה השלטת שבראשה עמדו משפחות הכהונה הגדולה.

מפקד הגליל במרד הגדול

לאחר ששהה כשנתיים ברומא, חזר יוסף ליהודה בתחילת שנת 66, כאשר כבר החלו המהומות בירושלים ונתרבו בה הקריאות למרד בשלטון הרומי. לאחר מפלת קסטיוס גאלוס, הבינו "נכבדי ירושלים" כי המורדים מחזיקים בנשק רב שעלול להיות מופנה גם נגדם. כאשר נודע להם כי חלקים בגליל עדיין לא מרדו ברומאים, נשלח לשם יוסף יחד עם שני אנשים נוספים ממשפחות כהנים, כדי לשכנע את המורדים למסור את נשקם לידי "נכבדי העם", שהחליטו לאסוף נשק ולהתכונן לעימות עם הרומאים, אך לעת עתה לחכות. כשהגיע לגליל, סיפרו לו התושבים על האירועים שקרו בציפורי, טבריה, גוש חלב וגמלא, והוא דיווח על הכל בכתב לסנהדרין בירושלים. בעקבות זאת קיבל פקודה להישאר "ולדאוג לביטחון הגליל".
בסוף שנת 66, כאשר הוקמה ממשלת המרד בתקופת המרד הגדול, הוחלט למנות את יוסף המתון, שהיה אז בן 29, למפקד הגליל, וזאת למרות חוסר ניסיונו בארגון צבאי. כמו שליחותו לרומא שלוש שנים לפני כן, גם מינויו למשרה זו, השנייה בחשיבותה בממשלה הצעירה, מקורו ככל הנראה בייחוסו המשפחתי-חברתי. בן מתתיהו ארגן את החיים בגליל, ביצר ערים וכפרים, הקים לצדו סנהדרין בת 70 זקנים, מינה מנהיגות מקומית בת 7 שופטים בכל עיר, ואסף צבא גדול שמנה מעל מאה אלף לוחמים. יוסף מעיד כי לצורך הכנת הנשק וביצור הערים, החליט קודם כל "להשליט שלום בגליל". לשם כך נאלץ להשתמש בתחבולות שונות כלפי הגורמים השונים שפעלו שם. בין השאר, הוא הזמין אליו את הקשוחים שבמורדים וכשהבין כי לא יוכל לפרוק אותם מנשקם, שכנע את התושבים לקבוע להם "משכורת" תמורת ישיבתם בשקט עד שייקראו לדגל.
כשהלך יוסף לציפורי כדי לברר את מוכנותה למרד, תושביה, שהחליטו להישאר נאמנים לרומא, חששו מהצקותיו ושכרו את יהושע, "ראש השודדים" שעמד בראש 800 איש, שיתקוף אותו כשיגיע אל העיר. יוסף, שהוזהר מראש, אסף אנשים חמושים ומנע מהחיל להיכנס אל תוך העיר והתיר זאת רק ליהושע ומפקדיו. הוא ציווה עליו להתפרק מנשקו והבטיח לסלוח לו ולשחרר אותו אם יהיה נאמן לו. יהושע הסכים ויוסף הזהיר את תושבי ציפורי שאם ימשיכו בדרך זו יעניש אותם.
כאשר שלח המלך אגריפס השני צבא לכבוש את גמלא, שמע אבוטיוס, שר-עשרה, שיוסף נמצא בכפר קרוב למקום בו חנה, ויצא בלילה עם פרשיו וחייליו לתקוף את יוסף, שהתייצב מולו עם חיל גדול. לאחר שלא הצליח להביא את הקרב אל המישור, בו יש לפרשיו יתרון, עזב אבוטיוס את האזור, אולם יוסף המשיך בעקבותיו ועמו אלפיים חמושים, עד בית שערים, שם החרים מאסמיה של ברניקי את התבואה שאספה מכפרי הסביבה ושלח אותה לגליל. לאחר שאבוטיוס חשש להתמודד עם חילו של יוסף, פנה יוסף לטפל בניאופוליטנוס, שלישו של קסטיוס גאלוס, שהופקד לשמור על בית שאן והיה שודד את מחוז טבריה.

הניסיונות להעבירו מהתפקיד

על רקע מתינותו ופשרנותו הוא נתקל באויבים ובעימותים. יריבו הגדול בגליל היה יוחנן מגוש חלב, יצואן שמן עשיר שאף בנה את חומות גוש חלב מכספו. יריבות זו נבעה מרקע אידאולוגי ואישי כאחד.
בפגישתם הראשונה, בגוש חלב, ביקש יוחנן מיוסף רשות להחרים את התבואות שנשמרו בכפרי הגליל העליון כמס-התבואה לקיסר, ולהשתמש בכסף תמורתן לבניית חומה לעירו. יוסף לא הסכים, אך היה בדעת מיעוט, כאשר שני השליחים האחרים שהגיעו אתו מירושלים הסכימו להעניק לו את הרישיון. מאוחר יותר ביקש יוחנן רישיון למכירת שמן ליהודי קיסריה פיליפי הסגורים בעיר. יוסף נאלץ להסכים בניגוד לרצונו, מתוך פחד שאם יסרב - יסקול אותו ההמון. לטענת יוסף, בזכות רישיון זה "צבר יוחנן הון עצום".
כמה צעירים, מהצופים שהציב יוסף בעמק יזרעאל, ארבו לשיירה של תלמי, מנהל המשק של אגריפס וברניקי, שדדו אותה והביאו אליו את השלל במגדל. יוסף התכוון להשיב את הרכוש לבעליו וסירב לתת להם חלק מהשלל. בתגובה, הלכו הצעירים הזועמים בלילה לכפרים באזור טבריה והודיעו לתושביהם שיוסף הוא בוגד. לפנות בוקר הגיעו אלפי אנשים חמושים להיפודרום במגדל ודרשו "להוריד את יוסף ממשרתו". כמה אנשים חמושים הגיעו לביתו של יוסף, שננטש על ידי שומריו, בכוונה להרוג אותו. שומר הראש היחיד שנשאר העיר אותו משנתו. יוסף חמק מביתו והגיע אל ההיפודרום כדי לדבר אל ההמון וטען כי שמר את השלל לצורך בניית החומה של מגדל והבטיח לבצר גם את טבריה. הקהל האמין לדבריו והתפזר לביתו.
מאוחר יותר, ירד יוחנן לרחוץ בחמי טבריה לאחר שקיבל את רשותו של יוסף. כשהגיע לעיר, הסית את אנשיה, ובראשם יוסטוס איש טבריה ואביו פיסטוס, למרוד ביוסף ולהתחבר אליו. ליוסף נודע על כך בכפר קנה בו התגורר, ויחד עם 200 איש יצא בלילה לטבריה. הוא התקבל על ידי התושבים ובהם גם יוחנן ולכן שחרר את שומרי ראשו מלבד אחד מהם. באצטדיון של העיר הזהיר את התושבים מפני בגידה במושל החוקי של הגליל. כששמע יוחנן שיוסף נותר כמעט ללא שמירה, פקד על אנשיו להרוג אותו. יוסף הצליח לברוח עם שומר ראשו ואחד התושבים הבריח אותו אל הכנרת, שם קפץ לסירה והגיע לעיר מגדל. כאשר הגיע למגדל, זעמו התושבים על התמרדותם של תושבי טבריה. הם פרסמו את הדבר בקרב תושבי הגליל ודרשו להסתער על טבריה, אולם יוסף הרגיע את זעמם וטען בפניהם כי "הרומאים רק מצפים לזה שתשמידו איש את אחיו במלחמת אחים". לאחר שחזר יוחנן לגוש חלב, שלח מכתב אל יוסף ובו נשבע כי המקרה קרה בניגוד לרצונו.
תושבי טבריה החליטו לפעול בשני ערוצים במקביל. הם דרשו מיוסף להתחיל בבניית החומה שהבטיח להם, אך גם כתבו לאגריפס שהחליטו לעבור לצדו וביקשו ממנו שישלח צבא להגן עליהם. כעבור 3 ימים מתחילת בניית החומה, נראו כמה פרשים רומיים בקרבת העיר, מה שעורר בקרב התושבים את התקוה שצבאו של אגריפס הגיע ואלה החלו בקריאות תמיכה במלך וקללות נגד יוסף. אחד התושבים הגיע למגדל והודיע ליוסף על החלטת תושבי טבריה להפר את בריתם איתו. יוסף החליט להשיב את מרותו עליהם מיד, אך מכיוון שהיה זה ערב שבת, שחרר קודם לכן את חייליו ונותר עם 7 מלווים חמושים בלבד. במקום עימות חזיתי, בחר שוב להשתמש בתחבולה. הוא ציווה על הגברים במגדל להוריד סירות לים ולשוט כל אחד עם מלח אחד לטבריה.
אנשי טבריה, שנוכחו לדעת שצבא אגריפס לא הגיע, אך לעומת זאת הגיעו מן הים 230 סירות, חשבו כי הן מלאות חיילים ונכנעו מיד וביקשו מיוסף שיחוס על עירם. יוסף נזף בהם על כך שהם "מכלים את כוחם במלחמות אחים", אף על פי שהחליטו על מלחמה ברומאים, ומלחמות אלו הן "לשמחת נפש שונאיהם". הוא דרש וקיבל את "עשרת ראשי העיר" ומיד אחריהם את כל חברי המועצה ורבים מ"נכבדי העם" ושלח אותם בסירות למגדל כבני-ערובה. התושבים, שראו את נכבדיהם נלקחים למאסר, ביקשו מיוסף שיעניש את מעורר המרד, יהודי "צעיר עז לב ואמיץ" בשם קליטוס. בהוראת יוסף נאלץ הצעיר לקצץ בעצמו בחרבו את ידו השמאלית והמרד הגיע לסיומו. כשחזר למגדל, הוציא יוסף את ראשי טבריה מהמאסר, ובהם גם יוסטוס ואביו, והזמין אותם לסעודה, במהלכה אמר להם כי הוא מכיר את עוצמת כוחו של הצבא הרומי אך נמנע מלדבר על כך בפני המורדים, והוא מייעץ גם להם לעשות כך לגבי המרד ברומא - "לחכות לשעת הכושר". הוא הוסיף כי אל להם לכעוס שהוא נתמנה למפקד כי יהיה זה "קשה למצוא אדם נוח להם כמוני".
יוחנן שלח שליחים לירושלים, את שמעון אחיו ואת יונתן בן סיסנה בלווית כמאה אנשים חמושים, לבקש משמעון בן גמליאל שישכנע את חבריו בממשלת המרד להעביר את יוסף מתפקידו בגליל, ולטענת יוסף, ביקש ממנו לקבל בעצמו את התפקיד ואף הזהיר כי אם לא ייעצר בזמן, יבוא יוסף לירושלים להיות בה "מושל עריץ". שמעון בן גמליאל היה חברו של יוחנן, אך יוסף מתוודה גם כי איתו, עם יוסף, "לא היה לבו שלם". שמעון שכנע את הכהנים הגדולים לשעבר חנן בן חנן ויהושע בן גמלא ואישים נוספים להעביר את יוסף מתפקידו ולהרחיק אותו מהגליל והאיץ בחנן וחבריו למהר לעשות זאת, לפני שהעניין ייוודע ליוסף, שעלול להגיע עם צבאו ולהשתלט על ירושלים. לטענת יוסף, חנן חשב כי הדבר אינו פשוט, מאחר שיש ליוסף תמיכה בקרב "רבים מן הכהנים הגדולים ומראשי העם" ומלבד זאת "אין זה מעשה הוגן להאשים איש באין הוכחות נגדו". בסופו של דבר החליטו חנן ואנשיו לגרש את יוסף מהגליל ושלחו 4 שליחים לגליל, ובראשם פרושי בשם יונתן, להודיע על פיטוריו של יוסף. השליחים יצאו בלווית מאות חמושים, והפקודה שניתנה להם הייתה להביא את יוסף חי לירושלים, ואם יתנגד - להורגו. במקביל נשלח מכתב ליוחנן שיתכונן להלחם בו ומכתבים לציפורי, גברה (נ"א גמלא) וטבריה, שישלחו ליוחנן עזרה.
יוסף מספר כי הדברים הללו נודעו לו ממכתב שקיבל מאביו בירושלים, שקיבל את המידע הפנימי מיהושע בן גמלא, שהיה ידידו של יוסף. יוסף מספר כי נעצב מאד על יחסם של בני עירו הירושלמים אליו והצטער מאד בשל בקשותיו של אביו במכתבו לבוא אליו לירושלים, כדי שיוכל לראותו לפני מותו. הוא החליט שכעבור 3 ימים יעזוב את הגליל ויחזור לירושלים ועדכן את ידידיו בגליל על החלטתו. לדבריו, ידידיו הפצירו בו שלא יעזוב אותם אך הוא בחר להתעלם מבקשותיהם כי חשש לחייו. מתוך פחדם מפני אנארכיה ושלטונם של "השודדים", הפיצו ידידיו את השמועה על עזיבתו הצפויה, שהביאה תושבים רבים מהגליל להגיע לשיחין, המקום בו חנה יוסף באותו הזמן, כדי לבקשו להישאר. יוסף מסביר באופן מפוכח את המניע לבואם: "לא מרוב אהבתם אלי כי אם מחרדתם לנפשותיהם". באותו הלילה שינה את דעתו. בעקבות חלום שחלם לדבריו, ובו נאמר לו "מנע את נפשך מעצב וגרש ממך כל פחד... כי עליך עוד להלחם ברומאים", נעתר לבקשת תושבי הגליל והחליט להשאר. הוא אסף אלפי אנשים חמושים, בנוסף לאלפי החיילים והפרשים שאיתו ויצא לכבול ליד עכו, שם נערך לקרב נגד פלקידוס, שנשלח על ידי קסטיוס גאלוס לשרוף את הכפרים הקרובים לעכו וכבר שפך סוללה לפני העיר. אולם מלבד "קרבות זעירים", עימות רציני לא התרחש.

המשלחת מירושלים בגליל

המשלחת מירושלים הגיעה לגליל ויוסף מספר על המלחמה הפסיכולוגית שהתנהלה בינו ובינה. יונתן שלח מכתב אל יוסף ובו ביקש ממנו להגיע בלווית אנשים מעטים בלבד אל הכפר כסלות בו חנתה המשלחת, כביכול כדי לדון בדרך הטיפול בהטלת מרות על יוחנן. יוסף השיב במכתב למשלחת כי ישמח למסור להם את הפיקוח על הגליל ולחזור לירושלים, אולם לא יוכל להגיע אליהם כי הוא עסוק במערכה נגד פלקידוס, שמתכנן לעלות על הגליל, ולכן הוא מזמין את המשלחת אליו. את המכתב שלח עם 30 "מנכבדי הגליל" שנצטוו לברך את צירי המשלחת אך נאסר עליהם לדבר איתם מעבר לכך ולכל אחד מהם הצמיד חייל שישגיח על כך. המשלחת שלחה מכתב שני ובו פקדה על יוסף להגיע בתוך יומיים אל הכפר גברות (גברה) ללא אנשי צבא. בינתיים, עברה המשלחת בין כמה כפרים בגליל ולטענת יוסף, בכל אחד מהם התקבלה על ידי התושבים בקריאות תמיכה בו ועוינות כלפיה. כאשר הגיעה לגברה נפגשה המשלחת עם יוחנן וחייליו. יוסף לקח איתו את חייליו והגיע ליודפת ומשם כתב למשלחת תשובה, כי הוא מוכן לפגוש אותה בכל מקום בגליל, מלבד גוש חלב, עירו של יוחנן וגברה, הכפר שכרת איתו ברית. המשלחת לא השיבה, אלא כנסה אספה אליה הוזמן גם יוחנן, כדי להחליט מה לעשות.
יוסף טוען כי אחד המשתתפים באספה מיהר להודיע לו את תוכנה: על פי הצעת יוחנן, החליטה המשלחת לשלוח מכתבים לכל הערים והכפרים בגליל וגם לירושלים, הקוראים למלחמה ביוסף "כבאויב העם" ויטילו פחד על תומכיו ויגרמו להם לנטוש אותו. יוסף ציווה להציב משמר של מאות חיילים על הדרכים המובילות מגברה אל הגליל ואל ירושלים ולאסור את כל העוברים והשבים שיש בידם מכתבים. במקביל, אסף צבא וחנה מול גברה. המשלחת התבצרה בבניין גבוה בכפר וחיכתה לכניסתו של יוסף פנימה. כאשר נכנס יוסף לכפר, נכנס למלון מול הבית בו התבצרו ועשה עצמו ישן. המשלחת המתבצרת ניצלה את ההזדמנות ויצאה לשכנע את אנשיו של יוסף כי יש להם "מפקד רע". הגליליים הביעו תמיכה במפקדם ויוסף יצא להתעמת עם המשלחת. הוא ציווה על חבריה להישאר במקומם בזמן שהוא מוכיח אותה ומראה וקורא את מכתביה לקהל האוהד. ההמון הזועם התנפל על חברי המשלחת, אך יוסף בלם אותו ושחרר את המותקפים, אז הוציאו האנשים את זעמם על הבית בו התבצרה המשלחת. כדי שלא יואשם "כמעורר למלחמת אחים", ציווה יוסף על ההמון ללכת אחריו לכפר סיכני, שם הרגיע את האנשים ופקד על מאה אנשים זקנים ללכת לירושלים, להתלונן על חברי המשלחת "מחרחרי הריב" ולבקש מהשלטון שיורה לו להישאר בגליל ויורה למשלחת לשוב לירושלים.
כעבור 3 ימים שלח יוסף בסודיות את המשלחת שלו בלווית 500 נושאי נשק וביקש מ"ידידיו" בשומרון, שהייתה כבר בידי הרומאים, שידאגו לשלומם בדרכם. את מקום מושבו העביר אז לכפר יפיע. המשלחת מירושלים לא עזבה את הגליל ובהזמנת ראש העיר, נסעו חבריה לטבריה וניסו לשכנע את יריביו של יוסף למרוד בו. המפקח שהשאיר יוסף בטבריה הודיע לו על כך במכתב ויוסף הגיע אל העיר. חברי המשלחת מירושלים קיבלו אותו בחנופה מתוך פחד וטענו כי הם מעוניינים להישאר בגליל עד שימסרו בידיו את יוחנן, אך ביקשו ממנו לעזוב את העיר כדי לא "לעורר מבוכה" בעיר בערב שבת. יוסף עזב למגדל, אך השאיר בטבריה "מרגלים אחדים שעליהם היה להקשיב ולשמוע את המדובר" עליו ובנוסף להם הציב אנשים "במרחקים קטנים" על הדרך בין טבריה למגדל, שיודיעו לו את מה שמדובר בעיר "במסירת דברים מאחד למשנהו".
למחרת התאספו תושבי טבריה בבית הכנסת הגדול בעיר. יונתן, ראש המשלחת הירושלמית, חשש לדבר בגלוי נגד יוסף ואמר רק כי לטבריה "נחוץ מפקד מעולה". ראש העיר, לעומתו, פנה אל התושבים ואמר שמוטב להם להישמע לראשי המשלחת. דבריו קיבלו את תמיכתו של יוסטוס אך נותרו ללא הסכמת הנאספים והמשלחת דחתה את האספה למחרת. בבוקר חזר יוסף לטבריה והאספה בבית הכנסת כבר בעיצומה. יונתן וחבריו האשימו את יוסף בכך שחי חיי מותרות ולא הקל את סבל המלחמה של העם והראו 4 מכתבים שנכתבו אליהם מתושבים בגבולות הגליל, שמבקשים עזרה כנגד התקפה רומית שעתידה להתרחש כעבור יומיים. התושבים האמינו לתוכן המכתבים והחלו להפציר ביוסף שיצא לעזרתם. בתגובה לכך, הציע יוסף לחלק את הצבא ל-5 חלקים ולשים בראש כל אחד מהם את אחד מראשי המשלחת, מאחר שמהמכתבים משתמע כי הרומאים מתכוונים לתקוף בארבעה מקומות שונים. אחד מראשי המשלחת הציע להמון שלמחרת יכריזו יום תענית, יום שבו אסור גם לחגור נשק. יוסף נאלץ להסכים לכך וראשי המשלחת הודיעו ליוחנן להגיע בבוקר עם חייליו.
למחרת בבוקר, התכונן יוסף להתנפלות. הוא לבש שריון וחגר חרב תחת מעילו והורה לשניים משומרי ראשו לבוא איתו ולהסתיר חרבות קצרות תחת בגדיהם. כאשר הגיע לבית הכנסת, חיכה לו ראש העיר בשעריו והתיר רק לכמה מידידיו להיכנס איתו פנימה. בעוד הם מתכוננים לתפילה, החל ראש העיר להתעמת עם יוסף על ענייני כספי הציבור וראשי המשלחת הצטרפו אליו. העם החל להתקומם כנגד טענות חברי המשלחת ויוסף החליט לנצל זאת והודיע כי אם עשה שימוש שלא כדין בכספי ציבור, ישיב את הסכום מכספו הפרטי. דברים אלה שכנעו את הנוכחים כי חברי המשלחת שונאים את יוסף "שנאת חינם" והחלה מהומה. ראש העיר ניסה לפזר את האנשים לביתם אך הם סירבו לעזוב ואז הגיע שליח והודיע לראש העיר שיוחנן הגיע עם צבאו. ראשי המשלחת "לא יכלו להתאפק" לשמע הידיעה ומיד פנו לתושבי טבריה בהדגישם כי לא מדובר בכספים: "לא בגללם בן מוות הוא יוסף, אפס בגלל שאיפתו לשלטון עריץ ועל תפסו את השלטון בהוליכו שולל בדבריו את המוני הגליל".
בדברים אלה הרימו יד על יוסף כדי להורגו, אך אז שלפו חבריו של יוסף את חרבותיהם ואיימו על התוקפים שיכו בהם אם לא יעזבו אותו. האנשים סביב הרימו אבנים וחפצים כדי לרגום את יונתן ויוסף חולץ מהמקום. כדי לא להיתקל ביוחנן וחייליו, הלך דרך רחוב צר, ברח לכנרת, עלה על סירה והגיע למגדל. כעבור מספר ימים שבו שליחיו של יוסף מירושלים והביאו איתם מכתבים בהם אישרו "יקירי ירושלים" את שלטונו בגליל ופקדו על המשלחת מירושלים לחזור. יוסף מיהר לשלוח את המכתב לראשי המשלחת, שהחליטו בעצת יוחנן ששניים מראשי המשלחת, יונתן וחנניה, יחזרו לירושלים ויאשימו שם את יוסף במעשים לא ישרים ואיום עליהם בהתנפלות.

יוסף כובש את טבריה

אנשי טבריה החלו לבצר את החומות והורו לתושבים להצטייד בנשק. בדרכם מטבריה אל הכפר דברת, נעצרו יונתן וחבריו בחצות הלילה על ידי משמרותיו של יוסף. הם פורקו מנשקם והוחזקו כבולים באזיקים. כעבור יומיים שלח יוסף שליחים לאנשי טבריה בהצעה שיפרקו את נשקם, אך נענה בקללות. כדי להימנע ממלחמת אחים, לטענתו, החליט להשתמש בתחבולה כדי להוציא את חברי המשלחת מטבריה. הוא הורה לאלפים מחייליו להסתתר בכפרים מסביב ולהמתין במארב. יוסף עצמו חנה מול העיר ואנשי טבריה יצאו אליו בהמוניהם בקללות. מתוך צחוק, הם העמידו מיטת מת, התייצבו מסביב לה והספידו אותו. יוסף דרש ששני ראשי המשלחת שנותרו בטבריה, יועזר ושמעון, יצאו מהעיר והציע להם לחלוק איתם את השלטון בגליל. רק שמעון, הצעיר, התפתה לצאת. יוסף תפס אותו ופקד על חייליו להסתער על העיר. אנשי טבריה עמדו לנצח, עד שחייליו של יוסף שנשלחו דרך הים, העלו באש את הבית הראשון שתפסו, מה שגרם לאנשי טבריה לחשוב שעירם נכבשה והם נכנעו.
למחרת אסף יוסף את ראשי העיר באצטדיון, דרש מהם את שמות האשמים במרד, ואלה נלקחו כבולים ליודפת. את ארבעת ראשי המשלחת שלח בחזרה לירושלים. אנשי טבריה ביקשו מיוסף שיוחזר להם שלל שנלקח על ידי חייליו. הוא ציווה על אנשיו שאם יש בידיהם ביזה, יביאו אותה אל המגרש, אולם אף אחד לא נענה. כאשר ראה את אחד מחייליו לבוש בבגד יקר מן הרגיל, העניש אותו במלקות והזהיר את האחרים שייענשו באופן חמור יותר אם לא יביאו את מה שבזזו. אז הובאו חפצים רבים וכל אחד מהתושבים קיבל בחזרה את הדברים שזיהה כשלו. לאחר שלקח לידיו את השלטון בטבריה, חקר מי הם האנשים תומכי יוחנן והבטיח להם שאם ינטשו את יוחנן - יסלח להם, אך גם הציב להם אולטימטום: אם לא יפרקו את נשקם - ישרוף את בתיהם ויחרים את רכושם. אלפי אנשים, לטענתו, נענו לקריאה ופרקו את נשקם.

ציפורי

תושבי ציפורי שלחו שליחים אל נציב סוריה קסטיוס גאלוס, וביקשו שיבוא ויציב חיל משמר רומאי בעיר. יוסף שמע על כך ומיהר לכבוש אותה. לדבריו, תושבי הגליל שנאו את ציפורי וחייליו החליטו לפרוע בתושביה. הם שדדו ושרפו את הבתים הריקים, לאחר שיושביהם ברחו אל המצודה. יוסף טוען כי ניסה לעצור בעדם וטען כנגדם כי אין לעשות דבר כזה "לאחיהם בני עמם", אך הם התעלמו מדבריו. כדי להפסיק את הפרעות "ולהציל את העיר", ציווה להפיץ שמועה שהרומאים פלשו אליה מצדה השני ונהג בעצמו כאילו הוא מאמין לה. כששמעו זאת הפורעים, עזבו את השלל ונמלטו אחרי מפקדם.
יוסף נכשל בשכנוע תושבי ציפורי לחזור בהם מנטישתם את המרד והם שוב שלחו שליחים אל קסטיוס גאלוס, שהפעם נענה לבקשתם ושלח חיל פרשים ורגלים, שהוכנס בלילה אל תוך העיר. יוסף יצא עם חייליו והסתער על העיר, ולמרות ביצוריה שהוכנו במקור נגד הרומאים, הצליחו חייליו לכבוש חלק גדול ממנה, אך נאלצו לסגת בשל חוסר התמצאות בתוכה. הקרב עם הפרשים הרומיים עבר למישור שמחוץ לה ובסופו נחל צבא יוסף מפלה.
חיל פרשים ורגלים של אגריפס, תחת פיקודו של סולא, מפקד שומרי ראשו של המלך, חסם באזור יוליאס בקרבת נהר הירדן את הדרכים אל סלבקיה וגמלא שבגולן. יוסף יצא אליו ולאחר שהכין לו מארב, ניצח את צבאו של המלך, שחייליו ברחו מהמקום. סוסו של יוסף נפל באזור ביצתי והשליך אותו ארצה. הוא נפצע בכתפו ונלקח לכפר נחום. הוא נשאר שם במשך כל היום, קודח מחום, ובעצת רופאיו הובא למגדל.

אספסיאנוס מגיע אל הגליל

כוחות הצבא ששלח אספסינוס לעזרת ציפורי בפיקודו של שר האלף פלקידוס פשטו על הגליל והביאו להימלטותם של הלוחמים היהודים אל ערי המבצר. לכן, החליט פלקידוס לנסות לכבוש את יודפת, אחד מ"משגבי הארץ" אותם ביצר יוסף מבעוד מועד, שהייתה לאחת הערים הבצורות ביותר בגליל. לאחר כישלונו של פלקידוס בכיבוש העיר, הגיע אספסיאנוס עם חילו אל הגליל. בהלת תושבי הגליל דבקה גם בלוחמים של יוסף, שחנה אז בעיר גריס, לא רחוק מציפורי. עוד לפני שראו את צבאו של אספסיאנוס בעיניהם, רוב חייליו של יוסף ברחו מהמקום. לטענתו, חשש מאד "לגורל כל המלחמה" ולכן החליט גם הוא לברוח עם החיילים שנשארו איתו, לטבריה.
הגעתו של יוסף לטבריה עוררה חרדה גדולה בקרב התושבים, שהבינו כי מפקד הגליל נואש מתקוותו לנצח במלחמה. הוא כתב מכתב לראשי הממשלה בירושלים, בו תיאר להם את המצב החמור, ודרש לקבל תשובה מהירה אם הם בוחרים להגיע להסכם עם הרומאים, או שאם הם מחליטים להמשיך את המלחמה ישלחו לו תגבורת צבאית רצינית.

המצור על יודפת

אספסיאנוס היה להוט להחריב את יודפת, מכיוון שנודע לו שרוב המורדים נמלטו אליה. ניצחון רומאי על יודפת הבצורה היה יכול לגרום לרפיון ידיים אצל כל המורדים בגליל ואולי אף לדכא את המרד כולו. על כן, הרומאים השקיעו מאמץ רב בכיבוש העיר. לאחר 4 ימים של הכנות למצור, הגיע יוסף ביום החמישי (כ"א באייר) אל יודפת מטבריה ופיקד עליה בזמן המצור. בארבעת הימים הראשונים למצור, תקפו הרומאים את החומות, ויוסף, שחשש שהעיר תיכבש, יצא עם "המון היהודים" בגיחות אל מחוץ לחומה להתקפות שהדפו את הרומאים ממנה שוב ושוב.
כאשר הגיעה הסוללה כמעט עד לגובה פתחי החומה, החל יוסף במבצע להגבהת החומה וביצורה. הגבהת הביצורים אפשרה את חידוש הגיחות, שהביאו את אספסיאנוס להפסיק את הלחימה ולהמשיך במצור עד להתשתם או הרעבתם של מגני העיר. לנצורים היה מספיק מזון אך הם סבלו ממחסור במים, מכיוון שהמצור היה בקיץ ובתוך העיר לא היה מעיין. יוסף הנהיג חלוקת מים במשורה כבר מתחילת המצור, אבל הצמצום בחלוקת המים דיכא את רוחם של היהודים והרומאים ידעו זאת. משום כך פתח במלחמה פסיכולוגית. הוא ציווה על אנשיו לטבול את בגדיהם במים ולתלות אותם על מעקה החומה, כדי שהרומאים יראו מים נוזלים לאורכה ויתייאשו מתקוותם לכבוש את העיר בעזרת המחסור, ואכן יאוש זה גרם לאספסיאנוס לשוב ללחימה.
לאחר שהרומאים גילו שהיהודים שולחים מכתבים ומקבלים מזון דרך נקיק שהגישה אליו קשה מאד, הם סגרו עליו ויוסף הבין אז כי העיר לא תוכל להחזיק מעמד לאורך זמן ו"אין לו סיכוי להינצל אם יישאר בה". הוא רצה לעזוב את העיר עם חייליו כדי לאסוף "את בני הגליל מן הכפרים" ולהסית את הרומאים מיודפת למלחמה חדשה, אך תושבי העיר הניאו אותו מהמעשה והוא החליט להישאר. מתוך ייאוש כללי, יצא עם לוחמיו, פרץ למחנה הרומאי ותקף את מקימי הסוללה. גיחות אלו נמשכו מדי יום במשך ימים רבים. כאשר התקרבה הסוללה לחומה, הביאו אליה את איל הברזל, שבמהלומותיו החוזרות באותה נקודה, עמד למוטט את החומה. יוסף ציווה אז למלא שקים במוץ ולשלשל אותם אל המקום בו נגח האיל, כדי להפחית מעוצמת הנגיחה. פעולה זו עכבה את הרומאים, אך אלה נקטו בתחבולה נגדית: הם קשרו מגלים לקצותיהם של מוטות ארוכים ובעזרתם חתכו את החבלים הנושאים את השקים.
"כמוצא אחרון", פנה יוסף לשימוש באש. לוחמיו פרצו החוצה ושרפו את המכונות של הרומאים. אולם אלה הקימו מחדש את איל הברזל והמשיכו בניגוח החומה עד שנפרצה לפנות בוקר, אך בטרם הספיקו הרומאים להציב את מתקני העלייה על החומה, מיהרו היהודים לחסום את הפרצים ולבצרם. בזמן שאספסיאנוס התכונן להסתער על העיר ב-כ' בסיוון, הפקיד יוסף את החזקים שבלוחמיו על פרצות החומה ואילו את הזקנים והמותשים שלח לשמור על יתר חלקיה. בראש כל קבוצה שהופקדה על הפרצות, הציב 6 אנשים שעלו בגורל, והוא ביניהם. הוא הורה להם לאטום את אוזניהם כדי שלא ייבהלו מקול תרועת הלגיונות, לכרוע על הברכיים ולכסות עצמם במגניהם נגד החצים ואבני הקלע, לסגת מעט לאחור עד שיתרוקנו אשפות החצים ולהתכונן לרגע בו יטילו הרומאים את מתקני העלייה - אז צריכים הם להסתער על החיילים הרומאים בעודם על הגשרים שלהם.
בשיחת ההכנה שערך לפני ההתקפה של אספסיאנוס, כבר לא ראה יוסף סיכוי להמשך העמידה במצור וניסה לעורר מוטיבציה מתוך ייאוש: "היום הזה ילחם כל איש מכם לא למען הצל את עירו, רק למען קחת נקם על חורבנה, על־כן ישים לנגד עיניו את מראה הזקנים והטף הנשחטים בידי האויב ואת פני הנשים העתידות להרג במהרה ויאסוף את כל זעמו על הצרות הבאות וישפוך אותו על ראשי עושי הרעה". העיר המוקפת צבא ומראה ההרים שמעליה "נוצצים מרוב נשק" הטילו אימה על הנשים והילדים, שהקימו קול זעקה מרה. יוסף חשש שהבכי ירפה את לב הלוחמים וציווה לסגור את הנשים בבתיהן ולהשתיקן באיומים. כשנשמעה תרועת מחצצרי הלגיונות, החלה ההסתערות הרומאית והלוחמים היהודים נהגו לפי ההוראות שקיבלו. כאשר הטילו הרומאים את הגשרים על החומה, קפצו עליהם היהודים עוד לפני שעשו זאת אלה שהטילו אותם והסתערו על הרומאים העולים עליהם. לאחר זמן מה, נחלשו היהודים והרומאים התקבצו תחת מגניהם לגוש אחד. מתוך יאוש, פקד יוסף לשפוך עליהם שמן רותח, שהפיץ את גוש החיילים מעל החומה והפיל אותם מהגשרים.
ביום ה-47 למצור, התרוממה הסוללה הרומאית מעל לחומת העיר. אחד מתושבי העיר יצא אל הרומאים וסיפר לאספסיאנוס כי רק מעטים נשארו להגן עליה והם חלשים מאד. הוא הציע כי הרומאים ינסו להתנפל על העיר באשמורת האחרונה (אשמורת הבוקר), בשעה שהשומרים לא יעמדו ערים על משמרתם. אספסיאנוס הטיל ספק בכך שהאיש אכן דובר אמת, מאחר שאחד הפליטים, שנתפס עוד קודם לכן, "לא הוציא אף הגה מפיו" אף על פי שעונה למוות על הצלב. אף על פי כן החליט להאמין לו ולעשות כעצתו, כי העריך שהסיכון אינו גדול, גם במקרה של נפילה בפח. הרומאים עלו על החומה במועד המתוכנן על פי המידע שמסר הבוגד. טיטוס עלה ראשון עם חייליו, ואלה שחטו את הצופים הישנים ונכנסו אל העיר, שהייתה באותו זמן בתוך ענן-ערפל. החיילים הרומאים, מלאי זעם על התלאות שעברו עליהם בזמן המצור, "לחצו את העם מראש העיר אל המורד בחמת רצח". יוסף בן מתתיהו טוען כי מקרב הרומאים נפל רק חלל אחד, אנטוניוס שר המאה. בקרב היהודים, נהרגו לטענתו בכל תקופת המצור קרוב ל-40 אלף איש ונלקחו 1,200 שבויים. אספסיאנוס ציווה להרוס את העיר עד היסוד ולשרוף את מצודותיה.
עם נפילת יודפת (יולי 67), ירד יוסף אל "בור עמוק המחובר אל מערה רחבת-ידיים", הנסתרת מעיני העומד למעלה, ובה מצא 40 מנכבדי העיר, שהסתתרו במקום עם מלאי מזון המספיק לימים רבים. במשך היום נשאר יוסף במערה, אך בלילה עלה ממנה וחיפש לו דרך מילוט, וכאשר נוכח לראות שהרומאים הציבו משמרות בכל מקום, נאלץ לשוב אל המערה. ביום השלישי להסתתרותם, אשה שנתפסה גילתה לרומאים את המקום ואספסיאנוס שלח למערה שני שרי-אלף כדי לשכנע את יוסף להיכנע. לאחר שנכשלו במשימתם, מאחר שיוסף פחד כי "הרומאים יעשו בו שפטים", שלח אספסיאנוס שר-אלף שלישי - ניקנור - שהיה ידידו של יוסף. יוסף שמע את קולו של חברו על רקע קולותיהם הזועמים של אנשי הצבא שרצו לשלוח אש במערה אך הדבר נאסר עליהם, והחליט להיכנע. בתגובה לכך, הקיפו אותו האנשים במערה, הטיחו בו שהפך את עורו ואיימו עליו ברצח אם יבחר להסגיר את עצמו. הם טענו שעליהם למות בחרבם ולא להיכנע והציבו לו אולטימטום: עליו למות בכבוד או שימות מידיהם.
יוסף ניסה לשכנע אותם שאל להם לשלוח יד בנפשם, אולם האנשים כעסו עליו מאד וקיללו אותו על פחדנותו. הם הקיפו אותו בחרבות שלופות ואיימו להכותו. אז פנה אליהם יוסף בהצעה: אם החליטו להתאבד, יטילו פור ביניהם הקובע את סדר הריגתם (שיטה שנודעה לאחר מכן כבעיית יוספוס), כאשר כל פעם מי שעולה בגורל יומת על ידי חברו הבא אחריו. בדרך זו לא יצטרך אף אחד להרוג את עצמו ולא יוכל להתחרט לאחר מות חברו. האנשים הסכימו להצעה ומעשה ההתאבדות יצא לפועל, ובסופו נשאר יוסף אחרון יחד עם אדם נוסף. מכיוון שלא רצה למות "וגם לא לטמא את ידו בדם אחים", שכנע את חברו שלא להתאבד ולמסור את עצמם לרומאים על מנת להציל את חייהם.

הנבואה לאספסיאנוס

יוסף בן מתתיהו הובל על ידי ניקנור אל אספסיאנוס דרך ההמון הרומאי, שנדחק לראות מקרוב את המפקד היהודי. אספסיאנוס ציווה לשים עליו "משמר חזק" והחליט לשלוח אותו אל נירון קיסר. כאשר שמע זאת יוסף, ביקש שיודיעו לאספסיאנוס כי יש לו סוד לספר לו ביחידות. בנוכחות טיטוס ושניים מחבריו של המצביא, ניבא יוסף לאספסיאנוס נבואה, שנזכרה גם אצל ההיסטוריונים הרומאים סויטוניוס ודיו קסיוס:
"אחד השבויים מבני האצילים, יוספוס שמו, בשעה שנאסר בשלשלאות, טען בביטחון ובתקיפות-הדעת, כי עוד מעט ואספסיאנוס יתיר את כבליו, אלא שאותה שעה כבר יהיה קיסר."
ה"נבואה" המחמיאה הייתה עלולה להיחשב לבגידה בקיסר השליט באותו הזמן, אך כנראה הצילה את חייו, שכן הרומאים נהגו לצלוב את ראשי המורדים למען יראו וייראו. יוסף בן מתתיהו מספר כי אספסיאנוס לא שחרר אותו ממאסרו, "אך נתן לו בגדי־כבוד והעניק לו דברי־חפץ שונים בעין יפה והאיר לו את פניו מן היום ההוא והלאה". יוסף הוחזק כשבוי מלחמה וטוען כי אספסיאנוס וטיטוס שמו עליו משמר ואילצו אותו "לשבת בקרבם תמיד", כאשר בתחילה היה "אסור באזיקים".
כאשר הגיע אספסיאנוס לקיסריה, דרש ההמון היווני שיוסף יוצא להורג, אולם אספסיאנוס התעלם.
בשנת 69 נעשה אספסיאנוס קיסר רומא ונבואתו של יוסף התגשמה. בעקבות זאת הורה אספסיאנוס לשחרר את יוסף מן המאסר ובפקודתו בותקה השלשלת שלו במכת גרזן. לאחר שחרורו נסע עם אספסיאנוס לאלכסנדריה. משם נשלח עם טיטוס בשנת 70 למצור על ירושלים והיה עד לדיכוי המרד.

עם טיטוס במצור על ירושלים

במקביל לעבודת המצור (לאחר כיבוש שתי החומות הראשונות), ניסה טיטוס גם לדבר על לבם של הלוחמים היהודים, ולצורך כך גם שלח את יוסף לדבר אליהם "בשפת אבותיהם", בתקוה שאולי יקשיבו לדברי יהודי בן עמם. יוסף סבב את חומת העיר ובחר מקום ממנו יישמע קולו, אך גם כזה שבו לא יוכל לפגוע בו חץ, ופנה בנאום ארוך אל תושבי העיר - שבתוכם היו גם הוריו ואשתו - שיחוסו על נפשותיהם, על עיר אבותיהם ועל מקדשם, ויואילו להיכנע. בנאומו דיבר על כך שהרומאים יצליחו לכבוש את העיר ואין טעם להתנגד כי "כל העולם עובד להם", וכן גם על הרעב בעיר, שהוא כ"אויב מבית". בזמן "דברי התוכחות" שלו, רבים מהעומדים על החומה לעגו לו וקיללו אותו וכמה אף ירו לעברו חצים. כשראה שנכשל בניסיונו לשכנעם, עבר לדבר על כך שכל הניצחונות בהיסטוריה של עם ישראל לא נעשו "בחרב ובזרוע" אלא על ידי אלוהים, שעל פי כל הסימנים נמצא לצד הרומאים, ובין הדוגמאות שהביא הייתה גם זו של צדקיהו, שנלחם במלך בבל "ולא שמע לנבואות ירמיהו...ועיניו ראו בחרבן העיר וההיכל".
יוסף הצליח לעורר את התושבים לברוח אל הרומאים, אולם לא הצליח לשכנע את המורדים, ששמרו על מוצאי העיר והרגו את הבורחים. בין פעולות הענישה שנעשו נגד "אנשי המעלה בקרב העם" שהואשמו בנטייה לטובת הרומאים, הושיבו המורדים את הוריו של יוסף בבית כלא תחת שמירה. באותו הזמן המשיך יוסף להקיף את החומה ולדבר אל תושבי העיר. אבן שנזרקה לעברו פגעה בראשו והוא נפל ואיבד את הכרתו. יהודים מן העיר מיהרו להגיח החוצה כדי לסחוב אותו לתוכה, אולם טיטוס שלח אנשי צבא להגן עליו. אלה הרימו אותו מן הארץ, והמורדים שראו זאת "הריעו תרועת־ששון" כי חשבו שהצליחו להורגו. אולם כעבור תקופה קצרה יוסף התאושש והמשיך לדבר אל העם.
לאחר כיבוש מצודת אנטוניה, בי"ז בתמוז - שבת קרבן התמיד, שוב שלח טיטוס לקרוא ליוסף וציווה עליו לדבר אל יוחנן מגוש חלב ולקרוא לו לצאת עם לוחמיו מבית המקדש ולהלחם מחוצה לעיר, כדי להימנע מחילול המקדש והחרבת ירושלים כולה, ובתמורה לכך יתיר את חידוש עבודת הזבחים. יוסף בחר מקום שממנו ישמעו את קולו גם יתר היהודים המתבצרים וקרא את הדברים בעברית. הוא הוסיף לכך תחינות אל יוחנן, שיציל את ירושלים, אולם אלו נענו על ידו בקללות. יוסף פתח בתגובה בנאום תוכחה ובו הפציר ביוחנן לנהוג כמו יכניה מלך יהודה, שכאשר עלה עליו מלך בבל, מיהר לצאת אליו וללכת עם משפחתו לשבי, ובלבד שהעיר לא תיפול בידי האויב והוא יאלץ לראות את בית המקדש נשרף. יוסף הבטיח ליוחנן, שאם ייכנע יקבל חנינה מהרומאים. את דבריו סיים באומרו כי גורל העיר כפי הנראה כבר נגזר על ידי אלוהים, שהרי נביאי ישראל חזו "כי נפול תיפול העיר הזאת, כאשר יחל איש לשפוך בה את דם אחיו". גם לאחר שרפת המקדש וכיבוש העיר התחתונה, המשיך יוסף לבקש מהמורדים לרחם על העיר - הפעם על העיר העליונה, אליה נסוגו - ולגנות את מעשיהם, אולם דבריו זכו ל"לעג וקלס".
יוסף מספר כי ברשותו של טיטוס זכה לשחרר אסירים יהודים ובהם אחיו יחד עם 50 מחבריו, וכן 190 שבויים שהיו כלואים במקדש, ובהם נשים וילדים, שהיו חבריו או קרוביו. כמו כן, קיבל מטיטוס גם את ספרי הקודש ששרדו את החורבן. לאחר שהסתיים דיכוי המרד ביהודה, קיבל מטיטוס "כברת אדמה במישור" לנחלה, במקום שדותיו שבאזור ירושלים, שעליהם חנה משמר רומאי.

ברומא

באביב שנת 71, נסע יוסף בן מתתיהו עם טיטוס לרומא, שם נתן לו אספסיאנוס להתגורר בבית שהתגורר בו בעצמו לפני שהפך לקיסר. הוא העניק לו את האזרחות הרומית ובנוסף לכך גם סכום כספי.
על פי הנוהג המשפטי של רומא, זכה יוסף בן מתתיהו לשלושה שמות: הצמד הראשון היה טיטוס פלאביוס (על שם משפחת הקיסר, הפטרון החדש של יוסף) והשם השלישי היה פשוט "יוסף" (או "יוספוס" בתעתיק היווני-רומי).
בשנת 74, יונתן, אחד הסיקריים, נתפס בקירניה לאחר שניסה להמריד את העניים מקרב יהודיה. כאשר הובא לפני הנציב הרומי, קטולוס, העליל יונתן על עשירי היהודים כי הם הורו לו לעשות את המהומה. קטולוס ניפח את העלילה כדי ש"ייראה גם הוא כגיבור מנצח את היהודים במלחמה". הוא החל להוציא להורג יהודים עשירים והחרים את כספם לאוצר הקיסר. לאחר מכן פיתה את יונתן ואסירים אחרים להטיל את האשמה על "טובי היהודים" שישבו באלכסנדריה ורומא, ובהם גם יוסף בן מתתיהו, אותו האשים כי שלח לו נשק וכסף לצורך המרד. הוא הוביל את יונתן ואנשיו אזוקים לרומא, אך אספסיאנוס קבע כי מדובר בשקר וזיכה את "טובי היהודים".
יוסף מספר שזכה לחסדיהם של שלושת הקיסרים הפלביים. אספסיאנוס נתן לו במתנה "כברת ארץ גדולה ביהודה" ודומיטיאנוס, בנו, שירש את טיטוס, שחרר את האחוזה הזו ממסים.
ברומא כתב יוסף את יצירותיו, החל מחיבורו הראשון, "מלחמת היהודים", אותו פרסם בין השנים 75–79 לספירה.
את חיבורו השני, "קדמוניות היהודים", הקדיש יוסף לאדם פרטי, אפאפודריטוס, שתמך ביוסף בזמן כתיבתו ויוסף הקדיש לו לאחר מכן גם את "חיי יוסף" ו"נגד אפיון". ייתכן והדבר מצביע על כך שיוסף לא יכול היה יותר להסתמך על תמיכתו של הקיסר והוא חדל להיות פטרונו לאחר כתיבת "מלחמת היהודים". כתיבת "קדמוניות היהודים" מעידה על ייעודו של יוסף ברומא כסנגור על היהודים ועל היהדות בעולם הלא-יהודי.
יוספוס מעיד על עצמו כי השקיע מאמץ בקריאת הספרות היוונית, לאחר שהפך בקיא בשפה זו, אולם בדברו אותה נותר לו המבטא של שפת אמו.
במקורות הרבים יחסית שיש בידינו על התקופה בה שהה ברומא, הוא לא נזכר אפילו פעם אחת.
תולדות חייו דומות לאלו של ההיסטוריון היווני פוליביוס (המאה ה-2 לפנה"ס), שהשפעתו ניכרת בחיבורו הראשון של יוספוס: עירו התנגדה לרומאים, הוא עצמו נתפס והובא לרומא כבן ערובה, קשר שם קשרי ידידות עם מדינאים רומיים בכירים, השתכנע שהאימפריה הרומית בלתי מנוצחת, וכתב את תולדותיה, הכוללות גם את האירועים שהתרחשו בימיו ובארצו, במטרה להרתיע את נתיניה מלמרוד בה.

נשותיו וילדיו

רעיתו הראשונה של יוסף בן מתתיהו נותרה בירושלים בזמן המלחמה. עוד במהלך המרד, לאחר שנישבה ביודפת, נישא יוסף "לפי פקודתו" של טיטוס ל"בתולה" יהודיה, שבויה מקיסריה (וזאת על אף שנישואים בין כהן לשבויה לא נראו בעין טובה על ידי המשפט העברי ואפילו יוסף בעצמו מזכיר זאת). כאשר יצא לחופשי מן המאסר ונסע עם אספסיאנוס לאלכסנדריה, עזבה אותו אשה זו והוא לקח לו אשה אחרת באלכסנדריה (כאשר אשתו הראשונה כלואה בירושלים), ולהם נולדו שלושה ילדים, אך רק אחד מהם, ושמו הורקנוס (נולד בשנת 73/72), נשאר בחיים. בשנת 74 או 75 התגרש מבת אלכסנדריה ונישא ליהודיה מיוחסת בת כרתים, שילדה שני בנים, יוסטוס (נולד בשנת 76/75) וסימונידס אגריפס (נולד בשנת 78/77).
יוסף בן-מתתיהו נפטר זמן קצר לאחר שנת 100. זמן מותו המדויק אינו ידוע.

שאלת בגידתו של יוספוס

בשל החלטתו של יוסף בן מתתיהו במערה לצאת לשבי ולא להתאבד, כמו גם בשל העברת נאמנותו למצביאים הרומאים, רבים ראו בו בוגד בעמו. הוויכוח סביב דמותו ממשיך להתקיים עד עצם היום הזה. לשאלת בגידתו של יוספוס קיימות השלכות לא רק בראי התקופה - ימי המרד, אלא היא רבת משמעות גם לגבי המוסר האנושי כיום, אמינות כתביו (בהתחשב בעובדה שכתבי יוספוס הם המקור העיקרי כיום לידע על תקופת הבית השני והמרידות ברומאים), וצדקת המעבר לצד הרומאי בראייה של ימינו.
מרבית החוקרים של המאות הקודמות סברו שמעברו של יוספוס לצד הרומאי אכן היה בגידה. חלק מן החוקרים סוברים שיוספוס עשה יד אחת עם הרומאים עוד בביקורו הראשון ברומא ] וקיבל על הבגידה תשלום נכבד וכבוד אצל הרומאים. אחרים סוברים שבמהלך המרד השתנתה דעתו והוא חשק בצד הרומאי. אולם עם השנים השתנתה דעת החוקרים ורבים מן החוקרים החלו מצדיקים את מעשיו. חלק מהחוקרים (לדוגמה יעקב נפתלי שמחוני ודוד פלוסר) בוחנים את מעשהו של יוספוס בראי מעשיהם והשקפתם של בני התקופה. הללו בוחנים כיצד התנהגו מנהיגי המרד האחרים כמו יוחנן מגוש חלב או שמעון בר גיורא. האם היו נאמנים לאידאולוגיה שלהם שאמרה שיש למות בכבוד, מוות של גיבורים, או שגם הם השאירו את מלאכת המוות לסרדיוט הרומאי? גם ביחס לרבן יוחנן בן זכאי ומעברו לצד הרומאי קיימת שאלה במה שונה מעשה יוספוס ממעשה ריב"ז? האם רק משום שבתחילה תמך במרד שלאמתו של דבר מרבית העם תמכו בו?
בשאלת השפעת יוספוס על ההיסטוריה יש שרואים (לדוגמה יוסף קלוזנר) ביציאת יוספוס אל הרומאים צעד מוצדק וזאת בשל תרומתו הספרותית הגדולה הן באותה תקופה - בהצגת היהודים באור חיובי (אברהם שליט) ומניעת האנטישמיות, והן בימינו, שספריו של יוספוס מאפשרים לנו לחקור את תקופת הבית השני.

בזמן היותו מפקד הגליל

יוסף מספר שהואשם בבגידה עוד בזמן היותו מפקד הגליל. לטענתו, יוחנן מגוש חלב הפיץ את השמועה שהוא מתכוון "למסור את הארץ בידי הרומאים", וזאת מכיוון שרצה להיות מפקד הגליל בעצמו.
הוא מספר שהצעירים שברחו בלילה אל הכפרים באזור טבריה, לאחר שנזף בהם על החרמת הרכוש של אגריפס וברניקי, הודיעו לתושביהם שיוסף הוא בוגד ושבכוונתו "למסור את ארצם בידי הרומאים". הוא טוען כי "השמועה נפוצה בכל הגליל", ושמבין אלפי האנשים החמושים שהגיעו לפנות בוקר למגדל, "להנקם ביוסף", חלקם צעקו "לשרוף את הבוגד באש", כאשר ראש המסיתים היה ראש העיר טבריה, שלקח לידיו ספר תורה והכריז כי מדובר בבגידה בחוקיה. כאשר יצא יוסף אל ההמון, חלק מהמתגודדים "הוסיפו לקלל אותו ודרשו ממנו להוציא אליהם כרגע את כסף הציבור ולהודות על הברית אשר כרת בבגד".
ההיסטוריון מנחם שטיין, שתרגם את "חיי יוסף" לעברית, ראה גם בפעולות אחרות של יוסף בתקופה זו בגידה: אם יוסף אכן התכוון לשמור את התבואה שנאספה בגליל כמס לקיסר בשביל הרומאים, במקום להחרים אותה לטובת המרד; דבריו בסעודה עם ראשי טבריה על כך שהוא נמנע מלהודות בעליונותו של הצבא הרומי בפני המורדים הגליליים, וכן גם עצם העובדה שהוא, כמפקדם, מכנה אותם "שודדים". שטיין סבר גם ש"ידידיו" של יוסף בשומרון, מהם ביקש להגן על שליחיו לירושלים, היו בוודאי רומיים או "אוהבי הרומיים", מאחר שיוסף עצמו מציין שהשומרון נשלט אז על ידי הרומאים.
יוסף מספר לאחר מכן בפירוש על אובדן אמונתו בהצלחת המרד. הוא מספר כי עם פלישת אספסיאנוס לגליל, "כל יושבי הגליל נבהלו מפניו" והוא נואש כליל "מתקוות הניצחון במלחמה". הוא טוען "כי כבר צפה את אחרית היהודים הרעה" והבין שהדרך היחידה בה יוכלו להציל עצמם מחורבן היא להפסיק את המרד. הוא מצהיר כי "נקל היה לו למות שבעתיים מבגוד בארץ אבותיו", כמו גם במשרת הפיקוד הצבאי שהופקדה בידיו, ומשום כך החליט "לכתוב אל ראשי הממשלה בירושלים ולהודיעם את הדברים לאשורם", מבלי להפריז במידת כוחם של הרומאים - שלא יצא עליו שם של פחדן, וגם מבלי להקטין את מידת הסכנה - כדי לא לגרום לראשי העם "להתחזק במרדם". אולם אספסיאנוס עלה אז על יודפת ויוסף מיהר אליה כדי לפקד עליה בזמן המצור.

יציאתו אל הרומאים ביודפת

בדבריו על יציאתו אל הרומאים ביודפת, יוסף מספר שלצורך שכנועו לצאת מהמערה, נשלח אליו הטריבון הצבאי ניקנור, "אחד ממיודעי יוסף ואנשי שלומו מלפנים", שהדגיש בדבריו אל יוסף את היותם ידידים.
יוסף קלוזנר הביע את התהייה: "מנין לו ליוסף 'ידיד' בחיל הרומי?", וגם השיב עליה: "ניקנור הכיר את היהודים עוד מקודם", כפי שמתברר בהמשך, בזמן המצור על ירושלים, כאשר נקנור התקרב עם יוסף אל החומה "וניסה לדבר שלום אל העומדים עליה למעלה, אשר היה מיודעם מכבר".
ייתכן גם שניקנור שירת בצבאו של אגריפס או פיקד על יחידה של חיל העזר הרומי ביהודה, וכך התחילה ההיכרות בינו לבין יוסף.
יוסף מעניק ליציאתו אל הרומאים הילה מיסטית. הוא מספר כי לשמע קולות נקנור והרומאים מחוץ למערה, "נחה עליו רוח ממרום" והוא נזכר בחזיונות שראה בחלומותיו. הוא גם מספר שנשא תפילה קצרה: "בורא ישראל... בי בחרת לגלות את העתידות, על-כן אני תוקע את כפי לרומאים ברצון למען אחיה, ואתה עדי, כי לא בוגד אני בלכתי אליהם, רק עבדך, עושה רצונך". בראות האנשים שהיו איתו במערה, שהוא עומד לצאת אל הרומאים הקוראים אליו, הקיפו אותו וצעקו עליו: "מה מהרת להתכחש לנפשך! התזכור כמה אנשים פיתית לצאת אלי מוות בעד החרות?... אם תבחר במוות, תמות כראש צבאות היהודים, ואם תמאן, תמות מות בוגדים". יוסף משיב לדבריהם בנאום השולל התאבדות: "אין זה מעשה גבורה, רק מורך-לב מאין כמוהו...כי איש רך-לבב הוא הקברניט, אשר ירא את רוח הסערה והטביע את אניתו בים. הן בשלחנו יד בנפשנו נעבור על חוקי הטבע... הלא אין בקרב היצורים אף אחד מאבד את עצמו לדעת, כי חוק הטבע הנאמן גוזר על כולם לבחור בחיים".
יוסף קלוזנר מצביע על כך שהנאום המופנה כנגדו על ידי האנשים שהיו איתו במערה, הוא כתב-אשמה שיוסף בן מתתיהו חיבר נגד עצמו.
קלוזנר מציין שלדעת ההיסטוריונים היהודים "הלאומיים" שקדמו לו - יוסף סלבדור, צבי גרץ וזאב יעבץ - יוסף בן מתתיהו היה אוהב-הרומיים, בוגד פשוט, וכל מה שעשה להגנת הגליל לא היה אלא אחיזת עיניים, אולם לדעתו אין כאן בגידה ממש ובן מתתיהו לא יצא אל הרומאים מתוך אהבת-חיים פשוטה, אלא "מפני שתעודתו בחיים לא נתמלאה עוד". יוסף טוען, שחשב שיבגוד בפקודת אלהים אם ימות קודם "הבשורה". לדעת קלוזנר, הכוונה ב"בשורה" אינה הודעתו לאספסיאנוס שיהיה קיסר, אלא היא עמוקה יותר: ייעודו החשוב הוא "לספר ולבשר, להכריז ולהודיע בעולם את תולדות עמו בימי קדם ובזמנו ואת מהות תורתו הנעלה של ישראל ולהגן על עמו ודתו מכל המשטינים והמקטרגים עליהם". לדעתו של קלוזנר, ייעודו של יוסף בן מתתיהו היה "להישאר ולהתגלות בחיים כאחד מגדולי ההיסטוריונים העבריים שבכל הדורות".
עצם כתיבת הספר "קדמוניות היהודים" מעידה על ייעודו החדש של יוסף ברומא כסניגור על היהודים והיהדות בעולם הלא יהודי.
את תוצאות ההגרלה הנוחות מבחינתו, שבה הוא נותר אחד משני האחרונים לשלוח יד בנפשם במערה, הסביר יוסף: "אולי היה זה מקרה ואולי אצבע אלהים".
קלוזנר מציע אפשרות שבהישארותו של יוסף אחרון בגורל, לא הייתה שום הערמה, מאחר שבתור מצביא היה צריך להשגיח על נטילת הגורלות. קלוזנר סבור שיוסף אינו מסביר זאת בכוונה: כדי שיחשבו שההשגחה העליונה דאגה לו שלא ימות.

עם טיטוס במצור על ירושלים

יוסף מספר כי לתושבי ירושלים נאמר כי "יוסף נפל חלל בעת מפלת יודפת, ולשמע הדבר הזה היה אבל גדול בירושלים", אולם כאשר נתגלו להם הדברים שקרו ביודפת ושהשמועה על מותו הייתה שמועת שוא, חלקם "חרפו אותו על מֹרך־לבו" וחלקם על בגידתו, "וכל העיר מלאה גדופים וקללות, אשר נשפכו על ראשו".
יוסף התלווה לטיטוס במצור על העיר ונשלח על ידו לדבר אל יוחנן מגוש חלב ואנשיו העומדים על החומה, ולשכנעם להיכנע. בדברו אליהם בעברית, הדגיש: "יהודי אני... לא בחרתי להשאר בחיים בשבי האויב, למען אתנכר לעמי ואשכח את אבותי".
הוא מספר שאמר את דבריו "בדמעות על עיניו, עד אשר שם בכיו מחנק לגרונו ולא הוסיף לדבר". לטענתו, למרות התגובה העוינת שקיבל מאנשי יוחנן, דבריו "עשו רושם על נדיבי ירושלים", ורבים מהם העזו לחמוק ממשמרות המורדים ולברוח אל הרומאים, ובהם גם כהנים גדולים ובני כהנים גדולים. מאוחר יותר ציווה טיטוס להעביר אותם יחד עם יוסף מסביב לחומה. הם התחננו אל המורדים לפתוח את שערי העיר, אולם קיבלו תגובה דומה לזו שקיבל יוסף.
יוסף מספר שלא רק היהודים האשימו אותו בבגידה בזמן המצור על ירושלים, אלא גם החיילים הרומאים, שמדי פעם כאשר נחלו מפלה, חשבו כי הדבר קרה בשל בגידה מצדו ודרשו מטיטוס להעניש אותו "כאיש אשר בגד גם בהם". אולם טיטוס בחר שלא להגיב על טענותיהם.

הפולמוס עם יוסטוס מטבריה

רוב ספרו האוטוביוגרפי של יוסף בן מתתיהו, "חיי יוסף", מוקדש לפולמוס עם יוסטוס איש טבריה ולתיאור מחודש של פעולותיו של יוסף כמפקד הגליל, כאשר ישנן סתירות רבות בין תיאור זה לבין תיאור המאורעות בספרו הראשון, "מלחמת היהודים". כעדותו של יוסף עצמו, ספרו של יוסטוס הוא שאילץ אותו לכתוב את האוטוביוגרפיה שלו: "יוסטוס לקח על עצמו לכתוב בספר את תולדות המלחמה ההיא, וברצותו להיראות כדייקן ושקדן בעבודתו, בדה עלי דברים... בעבור זה הנני נאלץ כעת להגן עלי מפני עדות השקר הזאת".
יוסף מדגיש בספרו את התנגדותו של יוסטוס למינויו כמפקד הגליל. הוא מספר שכאשר הגיע יוחנן מגוש חלב אל טבריה, יוסטוס ואביו היו הראשונים להצטרף אליו כנגד מרותו של יוסף, ושמאוחר יותר שיבח יוסטוס את דבריו של יהושע, ראש העיר, באספה בבית הכנסת בטבריה, על כך שצריך להישמע למשלחת מירושלים ולמרוד במרותו של יוסף. נראה שיוסטוס, כמו מנהיגים אחרים בגליל, לא אהב את העובדה שאיש מחוץ לגליל נכפה על אנשי הגליל כמפקדם, והדבר תרם ליריבות ביניהם עוד בזמן המלחמה.
יוסף בן מתתיהו מייחד בספר פרק נכבד לוויכוח עם יוסטוס ומכנה אותו "נספח". בספר "מלחמת היהודים", לעומת זאת, יוסף כלל אינו מזכיר את יוסטוס. משום כך נראה כי האיבה ביניהם הפכה לקשה רק בשנות ה-90, עם פרסום ספרו של יוסטוס על המלחמה, בו מתח יוסטוס ככל הנראה ביקורת קשה על התנהלותו של יוסף בגליל. על פי הנספח המכוון נגד יוסטוס ב"חיי יוסף", ברור שיוסטוס התקיף את יוסף והאשים אותו באחריות למרד בטבריה. עם הופעת הספר של יוסטוס, יוסף היה חייב להתגונן, משום שגרסתו של יוסטוס האשימה אותו הן במרדנות נגד רומא, מעבר למה שכבר סיפר בעצמו ב"מלחמת היהודים" והן משום שיוסטוס הטיל דופי באמינותו. ההאשמה באחריות למרד בטבריה הייתה מסוכנת עבורו, אפילו זמן רב לאחר המלחמה, ובמיוחד בזמן דומיטיאנוס, אליו היה פחות מקורב מאשר לשני קודמיו. ספרו של יוסטוס כלל כנראה האשמות חריפות נגד יוסף וחלק מדברי יוסף ב"חיי יוסף" מתפרשים כתגובה להאשמותיו, גם אם אינם נאמרים ישירות נגד יוסטוס.
הספר "חיי יוסף" כתוב באופן רשלני ונראה שנכתב מהר. ייתכן שהדבר מעיד על כך שספרו של יוסטוס הכניס את יוסף למצב שחייב אותו להתגונן במהירות.
מאחר שיוסטוס סיגל לעצמו את ההשכלה היוונית וככל הנראה קישט את ספרו בתפארת המליצה הרטורית, נאלץ יוסף להתמודד איתו באותו הכלי: הנספח נגד יוסטוס כתוב בסגנון נמלץ ומלא חיים, ויוסף פונה בו אל יוסטוס "כמדבר לנוכח". הוא מלגלג על כך שיוסטוס הילל את עצמו כ"גדול ההיסטוריונים" ומאשים אותו בכך שכתב שקרים. הוא טוען שנאלץ עתה לגלות דברים שהסתיר עד עכשיו, ומנמק את הסתרתם בכך שהיסטוריון רשאי, לדבריו, "להימנע מהוציא משפט על תועבות אנשי רשע...בגלל מידת המתינות שהיא חובה עליו".
ניתן לשער כי יוסטוס אכן שיבח את ספרו שלו כעולה על ספרי האחרים בנושא וכאמין יותר מהחיבורים שנכתבו לפניו, וכיוון כנראה קודם כל לספר "מלחמת היהודים". יוסטוס היה בן הגליל ומהשכבה המכובדת של החברה והשתתף בחלק מהמאורעות או שהיה קרוב אליהם – עקרון שנתפס חשוב באסכולה ההיסטוריוגרפית שיוסף ויוסטוס נמנו עליה. בדומה לטענת יוסף, ששירת בשני המחנות וראה את המלחמה משני עברי המתרס, גם יוסטוס עבר אל בעל בריתם של הרומאים, אגריפס.
מעבר לכך, ישנו דמיון נוסף בין יוספוס ויוסטוס: לשניהם היו גישות דו משמעיות כלפי השלטון הרומי והסיכויים של מרד נגדו.

על פרסום הספרים

יוסף מתפלא כיצד מעז יוסטוס לומר שסיפר טוב יותר על האירועים, וזאת בזמן שלא ידע מה התרחש בגליל, כי כבר היה עם אגריפס בביירות ולא יכול היה לדעת היטב מה התרחש במצור על יודפת. בדומה לכך, לא נכח במצור על ירושלים ולא קרא את כתבי הזכרונות של הקיסר, שהרי החיבור שלו נוגד את הכתוב בהם. מאזכור ירושלים משתמע שספרו של יוסטוס הקיף את כל המלחמה, כולל המצור על ירושלים. יוסף טוען שספרו של יוסטוס נכתב 20 שנה לפני שפורסם, ויוסטוס עיכב את הוצאתו לאור עד לאחר מותם של אספסיאנוס, טיטוס ואגריפס ובני משפחתו, כדי שלא יהיה מי שיזים את דבריו. ניתן להציג את פרסומו המאוחר של ספרו של יוסטוס כיתרון, שכן יכול היה לכתוב ללא פחד, אולם קשה לומר שתקופת דומיטיאנוס הייתה נוחה יותר לפרסום ספרו, מאחר שלקיסר זה היה יחס עוין ליהודים וליהדות. אך מכיוון שאספסיאנוס וטיטוס היו פטרוניו של יוסף, סביר יותר כי לאחר מותם היה יוסטוס חופשי יותר לכתוב את טענותיו נגד יוסף. ניתן ללמוד מכך שיוסטוס לא החניף לקיסר ולאגריפס ולכן לא הוציא את ספרו בחייהם, בשל הסכנה לחייו. יוסף מספר שטיטוס "חתם בידו" את ספרו וציווה להפיץ אותו. סביר שכדי לקבל את הסכמתו, היה מוכרח להסתיר בספר כל דבר שעלול להעליב את הרומים, דבר שיוסטוס לא נאלץ לעשות.
יוסף מספר שבאחד המכתבים שקיבל מאגריפס, הזמין אותו המלך לבוא אליו, כדי שיספר לו "כמה דברים שאינם ידועים לאיש". בכך בעצם אגריפס רמז ליוסף שאינו מסכים לדבריו בכל הפרטים. יוסף טוען שבדברים אלה, אגריפס לא החניף לו וגם לא התל בו כפי שטען יוסטוס.
השמצתו של יוסטוס את יוסף כמורד ברומאים, העמידה אותו תחת התקפות משני הצדדים: גם על בגידתו ביהודים וגם על מרידתו ברומאים. אולם על אף שההאשמה השנייה אמינה באותה מידה, היא כמעט ואינה מושמעת עוד.

ספריו בראייה היסטורית

על אף תפקידו הבולט של יוסף בן מתתיהו במרד היהודי ברומאים וחשיבותו כעד ראייה לאירועים, אין סימן להשפעתו על הכתבים ההיסטוריוגרפיים שהגיעו לידינו מאותה תקופה ואין אפילו רמז לכך שההיסטוריונים מהמאה ה-2, טקיטוס ואפיאנוס מאלכסנדריה (שכלל לא הזכיר את המרד הגדול בספריו) הכירו את חיבוריו. סווטוניוס, בן זמנם, ודיו קסיוס המעט מאוחר יותר אמנם מזכירים את נפילתו בשבי ונבואתו לאספסיאנוס, אולם מאופן דבריהם עולה כי הם כלל לא קראו את ספריו וכך גם בעלי המקורות שעליהם הסתמכו. עד לזמנו של פורפיריוס (המאה ה-3), שבהתפלמסו עם הנצרות ציטט מ"קדמוניות היהודים", הפגנים היחידים שידוע כי קראו את חיבוריו היו פטרוניו: הקיסרים ואפאפרודיטוס. האחרים היו יהודים או נוצרים כמו אוריגנס וטטיאנוס  (המאה ה-2).
אוסביוס (מאבות הכנסייה, מאות 3–4 לספירה), לעומת זאת, מצטט ממנו רבות, תוך שהוא מדגיש את מעלת חיבוריו ואף מוסיף לציין כי יוספוס היה המפורסם ביותר בין היהודים בתקופתו, לא רק בין בני עמו, אלא גם בין הרומאים, כך שזכה להצבת פסל לכבודו ברומא וספריו הוערכו כראויים למקום בספרייה בעיר. פטרוס קומסטור בן המאה ה-12, מחבר ספר הלימוד ההיסטורי הנפוץ ביותר בימי הביניים Historia Scholastica ("היסטוריה לימודית"), השתמש בכתבי יוספוס כמקור עיקרי.
כתבי בן-מתתיהו, כיתר הספרות היהודית בשפה היוונית שחוברה טרם וסביב החורבן, לא שומרה על ידי המסורת הרבנית שהכלילה יצירות בעברית וארמית בלבד (מצדו, יוספוס לא הזכיר כלל בספריו את בית הלל ובית שמאי). מגע ראשון בין הספרות הרבנית ליצירתו אירע רק במאה העשירית, באיטליה, עם חיבור "ספר יוסיפון" ששאב מכתביו אך התאים את החומר לתפישה הרבנית, תוך שינויים נרחבים: לדוגמה, קנאי מצדה הוצגו כנופלים בקרב ולא כמתאבדים. בין היתר, הביא "ספר יוסיפון" לראשונה את דמותו של יהודה המכבי, לאחר מאות שנים בהן נזכר רק בנצרות. עם גל החילון הגדול של המאה ה-19, פנו סופרים יהודים מודרניים ישירות לבן-מתתיהו. ב-1862 יצא התרגום הראשון שלו לעברית, "מלחמות היהודים" לקלמן שולמן. ההיסטוריוגרפיה הציונית גילתה עניין עז ביוספוס והעלתה אפיזודות שכוחות כמו ההתאבדות במצדה לדרגת מיתוס מכונן.
ספריו של בן מתתיהו משמשים כיום למקור העיקרי של ההיסטוריה היהודית בתקופה זו. חשיבות מיוחדת ניתנת לו לחקר כתות בית שני ובמיוחד הצדוקים והאיסיים, שהידיעות אודותיהם מחוץ לספר זה הן קלושות ביותר.
בנוסף, בספר "קדמוניות היהודים" ישנה התייחסות לישו וליוחנן המטביל, אם כי הסברה המקובלת היא כי הספר עבר עריכה נוצרית, ולא ברור מה מהדברים נכתב במקור (ראו העדות הפלוויאנית).
תיאורו את הטריומף ברומא לציון הניצחון על היהודים הוא התיאור המפורט ביותר של מצעד ניצחון רומי בכל הספרות הקלאסית.
ישנן השגות באשר לעובדות מסוימות בספריו, בטענה שבן מתתיהו ביקש להחמיא לקיסרים הפלאביים שבקרבם ישב ולהציג את ההתנגדות לרומא כחסרת תועלת וכנובעת מדמגוגיה של המורדים החותרים מתחת לשלטון היהודי השוחר שלום. כמו כן הועלו נגדו טענות שיחסו למורדים היהודים הוא מגמתי וששאיפתו המרכזית היא להפריך את הטענה שהוא בגד בעם היהודי.
תיאורי הארץ אצל יוספוס די מדויקים. המחקר הארכאולוגי גילה מספר מכובד של ממצאים אשר מאששים את תיאוריו של יוספוס, אך גם מספר ממצאים אשר סותרים את דבריו - לדוגמה, סיפורו המפורט אודות מצדה, אשר ישנם חוקרים החולקים על מהימנותו ההיסטורית. המחקר הארכאולוגי יוצא גם נשכר מהבחנתו של יוספוס וציונו המדויק יחסית של הטופוגרפיה, אשר לא השתנתה מאז תקופתו באופן ניכר, ועל כן מאפשרת לחופרים להבין את המפה אותה מצייר יוספוס.

הפרוטומה המזוהה עם יוספוס

ההיסטוריון מגן ברושי מביא במאמר שכתב את סיפור זיהויה של הפרוטומה המוכרת של יוסף בן מתתיהו. פרוטומת השיש שנשתמרה יפה, נרכשה בשנת 1891 על ידי מוזיאון Ny Carlsberg Glyptotek  בקופנהגן מהנסיכה פּיומבינו (Piombino) לבית בורגזה. בעת הרכישה, לא הייתה ידועה זהותו של האיש שבפסל וגם לא מקורו. כשתמונת הפסל פורסמה לראשונה בקטלוג המוזאון ב-1925, הוא הוצג כ-"ללא ספק יהודי צעיר". שום סיבה לא ניתנה לקביעה זו, אולם ב-1930, חוקר יהודי-אוסטרי בשם רוברט אייזלר כתב מאמר הגנה מפורט לזיהויו של האיש כיהודי, בו אף הוסיף וטען ש"היהודי הצעיר" הוא לא אחר מאשר יוספוס פלביוס.
הראיות שעליהן התבסס אייזלר לכך שמדובר בפסל של אישיות יהודית, נשענו על תוי פנים "אופייניים": "אף עקום או 'שבור', שהוא די עבה בחלקו התחתון, שונה מאד מהאף הנשרי שניתן למצוא לעיתים קרובות אצל הרומאים", וכן עיניים "יהודיות", אותן אפיין כ"עצובות, חסרות-שקט ודרוכות".
אם ואכן מדובר באישיות יהודית, ומכיוון שלא ידוע לנו על תמונות כלשהן של אישים יהודים מהעת העתיקה (מלבד כמה פורטרטים של אישים מהשושלת ההרודיאנית המופיעים על מטבעות ברונזה), יש מקום להשערתו של אייזלר כי מדובר ביוסף בן מתתיהו, השערה שיכולה להתבסס על עדותו של אוסביוס, על כך שפסל לכבודו של יוסף עמד ברומא.
ברושי דוחה את הזיהוי. הוא טוען שאין בעדותו של אוסביוס כדי לאמת את השערתו של אייזלר ובלא תיעוד עובדתי, ביסס אייזלר את הזיהוי שלו על ראיות קלושות כמו צורתם "היהודית" של האף והעיניים ובכך אימץ אייזלר, יהודי בעצמו, סטריאוטיפים אנטישמיים קלאסיים.