ג'ון אלכסנדר מקדונלד

ראשית חייו

ג'ון אלכסנדר מקדונלד נולד בעיר גלאזגו שבסקוטלנד. אביו היה יו מקדונלד, סוחר כושל, שנשא לאשה את אמו של ג'ון, הלן שאו, ב-21 באוקטובר 1811. ג'ון היה השלישי מבין חמישה ילדים. לאחר שעסקיו של יו מקדונלד גרמו לו לשקוע בחובות, היגרה המשפחה ב-1820 לקינגסטון שבקנדה העילית (כיום חלקיה הדרומיים והמזרחיים של אונטריו), שם השתקעו כבר כמה מקרובי משפחתם.
בתחילה התגוררה משפחת מקדונלד אצל משפחה אחרת, אך לאחר מכן התגוררה מעל חנות שניהל אבי המשפחה. זמן קצר לאחר שהגיעו לקינגסטון, מת ג'יימס, אחיו הצעיר של ג'ון, ממכה בראשו שספג ממשרת שהיה אמור להשגיח על הבנים. לאחר שחנותו של יו מקדונלד לא נחלה הצלחה, עברה המשפחה להיי ביי (מדרום לנפני שבאונטריו), ממערב לקינגסטון, שם ניסה יו מקדונלד לנהל, שוב ללא הצלחה, חנות נוספת וב-1829 מונה להיות שופט שלום במחוז מידלנד. לאמו של ג'ון מקדונלד הייתה השפעה עמוקה על בנה, והיא סייעה לו במהלך נישואיו הראשונים שהיו קשים והמשיכה לתמוך בו עד למותה ב-1862.
בתחילה למד ג'ון בבתי ספר מקומיים. כשמלאו לו עשר שנים, גייסה משפחתו את סכום הכסף שנדרש לשלוח אותו לבית הספר היסודי של מחוז מידלנד בקינגסטון. לימודיו בבית הספר הסתיימו כשהיה בן 15, גיל שהיה מקובל לסיים בו את הלימודים באותה תקופה, שכן רק ילדים ממשפחות עשירות יכלו להרשות לעצמם ללמוד באוניברסיטה. על כל פנים, לימים הצר מקדונלד על כך שעזב את בית הספר בציינו באוזני מזכירו, ג'וזף פופ, שאם הוא היה לומד באוניברסיטה, הוא היה עשוי לפתוח בקריירה ספרותית.

הכשרה משפטית וראשית הקריירה

הוריו של מקדונלד החליטו כי לאחר סיום לימודיו עליו לעבור הכשרה כעורך דין. כפי שכתב דונלד קרייטון (שהוציא לאור ביוגרפיה של שני כרכים על מקדונלד בשנות החמישים של המאה ה-20): "תחום המשפטים היה נתיב בטוח לרווחה, להשפעה ואף לעוצמה". זו הייתה גם "הבחירה הברורה לנער שנראה היה שהוא נמשך ללימודים מול חוסר העניין שלו במסחר". בנוסף, היה למקדולנד צורך להתחיל ולהרוויח כסף באופן מיידי כדי לפרנס את משפחתו, שכן עסקיו של אביו החלו שוב להתדרדר. "לא היו לי נעורים", הוא הלין שנים רבות לאחר מכן. "מגיל 15 התחלתי להרוויח בעצמי את לחמי".
מקדונלד הפליג בספינת קיטור לטורונטו (שעד 1834 נקראה יורק), שם הוא עבר את הבחינות של האגודה המשפטית של קנדה העליונה, כולל בחינות במתמטיקה, לטינית והיסטוריה. בצפון אמריקה הבריטית לא היו ב-1830 בתי ספר למשפטים והסטודנטים נבחרו בתחילת ובסיום הכשרתם. בין שתי הבחינות הם הועסקו כשוליות של עורכי דין מבוססים. מקדונלד החל את תקופת החונכות שלו  עם ג'ורג' מקנזי, עורך דין צעיר ובולט שהיה חבר מכובד בקהילה הסקוטית המתפתחת של קינגסטון. מקנזי עסק במשפט תאגידי, התמחות מכניסת כסף שמאוחר יותר עסק בה גם מקדונלד. הוא היה תלמיד מבטיח, ובקיץ 1833 הוא ניהל את משרדו של מקנזי כאשר מעסיקו יצא לרגל עסקיו למסע למונטריאול ולקוויבק סיטי. מאוחר יותר באותה שנה נשלח מקדונלד לנהל את משרד עורכי הדין של בן דודו של מקנזי שנפל למשכב.
באוגוסט 1834 מת ג'ורג' מקנזי מכולרה. מקדולנד המשיך את חניכותו במשרדו של בן דודו של מעסיקו המנוח בהאלוול (כיום פיקטון, אונטריו). ב-1835 שב מקדולנד לקינגסטון ואף על פי שהוא עדיין היה צעיר ועדיין לא הוסמך, הוא החל לעסוק בעריכת דין, בתקווה שיוכל לקבל את לקוחותיו של מעסיקו לשעבר. הוריו ואחיותיו של מקדונלד שבו לקינגסטון ויו מקדונלד החל לעבוד כפקיד בנק.
זמן קצר לאחר שבפברואר 1836 הוסמך מקדונלד כעורך דין, הוא הצליח לקבל לחסותו שני מתמחים. שניהם, כמו מקדולנד עצמו, היו גם הם לימים אבות האיחוד. אוליבר מווט היה לראש ממשלת אונטריו ואלכסנדר קמפבל היה חבר הקבינט הפדרלי ווהמשנה למושל אונטריו. בין לקוחותיו הראשונים של מקדונלד נמנתה אלייזה גרימסון, מהגרת אירית שהייתה אז בת 16 ושנזקקה לייעוץ בנוגע לחנות שהיא ובעלה רצו לרכוש. גרימסון הייתה לאחת מתומכותיו העשירות והנאמנות ביותר של מקדונלד וייתכן שהייתה המאהבת שלו. מקדונלד הצטרף לארגונים מקומיים רבים מתוך רצון להיות דמות מוכרת בעיר. הוא גם שאף לטפל בתיקים משפטיים חשובים, ובין השאר ייצג את אנס הילדים ויליאם בראס. בראס הוצא להורג בתלייה בעוון פשעו, אך מקדונלד זכה בהערות חיוביות מהעיתונות על איכות ההגנה המשפטית שהעניק למרשו. על פי הביוגרף שלו, ריצ'רד גווין:
כעורך דין פלילי שלקח על עצמו תיקים דרמטיים, מקדונלד משך תשומת לב הרבה מעבר לתחום הצר של הקהילה העסקית של קינגסטון. הוא פעל כעת בזירה בה הוא יכול היה לבלות חלק ניכר מחייו, הזירה הציבורית. ובהיותו שם, הוא למד את אומנות הוויכוח והשכנוע שתועיל לו בחייו הפוליטיים.

התבלטות מקצועית

כל הגברים בקנדה העלית בגילאים 18 עד 60 היו חברי מיליציית העתודה, שנקראה לשירות פעיל במהלך המרידות של 1837. מקדונלד שירת כטוראי במיליציה, בה הוא עסק במשימות סיור סביב לקינגסטון, אך בעיר לא אירעו אירועים מיוחדים והוא לא השתתף בשום פעילות קרבית תחת אש.
אף על פי שרוב המשפטים שנוהלו כתוצאה מהמרידה של צפון קנדה התקיימו בטורונטו, מקדונלד ייצג את אחד מהנאשמים במשפט שהתנהל בקינגסטון. כל אלו שנשפטו בקינגסטון זוכו ועיתון מקומי תיאר את מקדונלד כ"אחד מעורכי הדין הצעירים בפרובינציה שעולה כפורח במהירות במקצועו".
בסוף שנת 1838 הסכים מקדונלד לייעץ לאחד מחברי קבוצת הפולשים האמריקאים שחצו את הגבול כדי לשחרר את קנדה ממה שהם ראו כעול הדיכוי הקולוניאלי הבריטי. הפולשים חסרי הכישרון נלכדו לאחר קרב טחנת הרוח (ליד פרסקוט, אונטריו), בו 16 קנדים נהרגו ו-60 נפצעו. דעת הקהל הוסתה כנגד השבויים, שכן הם הואשמו בהתעללות בגווייתו של קצין קנדי שנהרג. הביוגרף של מקדונלד, דונלד קרייטון כתב שקינגסטון הייתה "מטורפת מרוב צער, זעם ואימה" לשמע ההאשמות. מקדונלד לא היה יכול לייצג את האסירים, שכן הם נשפטו בפני בית דין צבאי שעורך דין אזרחי לא היה יכול לטעון בו. לבקשת קרובי משפחתו תושבי קינגסטון של דניאל ג'ורג', שלם כוח הפלישה הכושל, הסכים מקדונלד לייעץ לג'ורג', שכמו שאר השבויים, היה עליו לנהל את הגנתו בעצמו. ג'ורג' הורשע ונתלה. על פי הביוגרף של מקדונלד, דונלד סווינסון, "ב-1838 מעמדו של מקדונלד היה בטוח. הוא היה דמות ציבורית, צעיר פופולרי ועורך דין בכיר".
מקדונלד המשיך לעסוק בעריכת דין ובמקביל מונה כחבר דירקטוריון בחברות רבות, בעיקר בקינגסטון. הוא היה הן המנהל והן העורך דין של "הבנק המסחרי של מחוז מידלנד" החדש. במהלך שנות הארבעים של המאה ה-19 השקיע מקדונלד כספים רבים במקרקעין, כולל בנכסים מסחריים במרכז העיר טורונטו. באותה תקופה הוא סבל מכמה מחלות וב-1841 מת אביו. כשהוא חולה ואבל, הוא החליט בראשית 1842 לצאת לחופשה ארוכה בבריטניה. הוא יצא למסעו כשברשותו סכום כסף מכובד, שכן בשלושת הימים האחרונים טרם צאתו למסע הוא בילה במשחק קלפים והרוויח סכום משמעותי. בהזדמנויות שונות במהלך שני החודשים בהם שהה בבריטניה, הוא פגש את דודניתו, איזבלה קלארק. בשל העובדה שהוא לא הזכיר אותה במכתבים ששלח הבייתה, נסיבות היכרותם לא ידועות. בסוף 1842 נסעה איזבלה לקינגסטון לביקור יחד עם אחותה. הביקור נמשך כמעט שנה עד שב-1 בספטמבר 1843 באו השניים בברית הנישואים.

ההתקדמות הפרלמנטרית

בפברואר 1843 הכריז מקדונלד על הצגת מועמדותו כנציג בחבר מועצת העיר קינגסטון. ב-29 במרץ אותה שנה הוא חגג את ניצחונו הראשון בבחירות כלשהן, עם 156 שהצביעו בעדו ו-43 שהצביעו ליריבו, קולונל ג'קסון. הוא נחל גם את מה שהוא הגדיר כתבוסתו הראשונה, שכן תומכיו, שנשאו על כתפיהם את המנצח, הפילו אותו בטעות על הרחוב המרופש.
ב-1841 החליט הפרלמנט הבריטי לאחד את קנדה העלית ואת קנדה התחתית ל"פרובינציית קנדה". קינגסטון הייתה לבירה העיקרית של הפרובינציה החדשה וקנדה העלית וקנדה התחתונה היו למערב קנדה ומזרח קנדה. במרץ 1844 התבקש מקדונלד על ידי איש עסקים מקומי להתמודד כמועמד המפלגה השמרנית מטעם קינגסטון בבחירות למועצה המחוקקת. מקדונלד נהג על פי מנהגי התקופה וסיפק כמות גדולה של אלכוהול למצביעים הפוטנציאליים. בעידן שלפני קיום הצבעה חשאית, כאשר ההצבעות פורסמו בפומבי, מקדונלד הביס את יריבו, אנטוני מנהאן, וזכה ב-275 קולות מול 42 הקולות של יריבו. באותה עת התכנסה המועצה המחוקקת במונטריאול. מקדונלד מעולם לא ניחן בכישורי נאום ובמיוחד הוא סלד מהנאומים המליציים של התקופה. תחת זאת, הוא מצא את מקומו כמומחה בחוקי הבחירות וההליכים הפרלמנטריים.
ב-1844 חלתה איזבלה. היא החלימה, אך המחלה שבה בשנה שלאחר מכן והיא לקתה בנכות. ב-1845 לקח מקדונלד את רעייתו לסוואנה, ג'ורג'יה, ארצות הברית בתקווה שאוויר הים ומזג האוויר החם ייטיב עמה. אף על פי שלאחר שישה חודשים התאפשר לו לשוב לקנדה, נותרה איזבלה בארצות הברית במשך שלוש שנים. הוא ביקר אותה שוב בניו יורק ב-1846 ושב כמה חודשים לאחר מכן לאחר שהיא בישרה לו על הריונה. באוגוסט 1847 נולד בניו יורק בנם, ג'ון אלכסנדר מקדונלד הצעיר, אך איזבלה לא החלימה וקרובי משפחתם דאגו לתינוק.
אף על פי שהוא נעדר תכופות עקב מחלת אשתו, הצליח מקדונלד להתקדם בעיסוקיו המקצועיים והפוליטיים. ב-1846 הוא מונה כ"יועץ הכתר" (Queen's Counsel). באותה שנה הוצע לו תפקיד מחוץ לקבינט כ"פרקליט הראשי" (Solicitor General), אך הוא דחה את ההצעה. ב-1847 מינה אותו ראש ממשלת הפרובינציה, ויליאם הנרי דרפר, לתפקיד האחראי על תשלומי הממשלה (Receiver General). קבלת תפקיד זה חייבה את מקדונלד לוותר על עיסוקו הפרטי כעורך דין והוא בילה את רוב זמנו במונטריאול, הרחק מאיזבלה. כאשר נערכו הבחירות בדצמבר 1848 ובינואר 1849, נבחר מקדונלד מחדש בקלות בקינגסטון, אך השמרנים איבדו מושבים ונאלצו לוותר על השלטון כאשר התכנסה אספת המחוקקים במרץ 1849. בפגרות שבין כינוסי המועצה המחוקקת נהג מקדונלד לשוב לקינגסטון וביוני הצטרפה אליו איזבלה. באוגוסט מת לפתע בנם ג'ון. במרץ 1850 ילדה איזבלה בן נוסף, יו ג'ון מקדונלד, ואביו כתב: "קיבלנו את ג'וני מחדש, כמעט בדמותו". מקדונלד החל להרבות בשתייה באותה תקופה, הן בציבור והן לבדו, תופעה שפטרישיה פליקס, שחקרה את חייו הפרטיים, ייחסה לצרותיו המשפחתיות.
הליברלים החזיקו בשלטון עד לבחירות של 1851, אך עד מהרה הם התפלגו על רקע שערורייה פרלמנטרית. בספטמבר התפטרה הממשלה וממשלת קואליציונית שהתאחדה ממפלגות משני חלקי הפרובינציה בהנהגתו של סר אלן מקנאב, תפסה את השלטון. מקדונלד פעל רבות לאחד את הממשלה ושימש בתפקיד התובע הכללי. הקואליציה, שעלתה לשלטון ב-1854, הייתה ידועה כליברלית-שמרנית. ב-1855 הצטרף לקבינט ז'ורז' אטיין קרטייה ממזרח קנדה (כיום קוויבק). עד למותו של קרטייה ב-1873 הוא היה שותפו הפוליטי של מקדונלד. ב-1856 הודח מקנאב מתפקידו כראש ממשלת הפרובינציה על ידי מקדונלד, שהיה למנהיגם של השמרנים במערב קנדה. אף על פי שהוא נותר האיש החזק ביותר בממשלה כתובע הכללי, ראש הממשלה היה סר אטיין פסקאל טאש.

מנהיג קולוניאלי

ביולי 1857 יצא מקדונלד לבריטניה כדי לקדם מיזמים של ממשלת פרובינציית קנדה. בשובו לקנדה הוא מונה לתפקיד ראש ממשלת הפרובינציה במקומו של טאש שפרש, בדיוק בזמן כדי להוביל את המפלגה השמרנית במערכת הבחירות הכלליות. בבחירות במחוז הבחירה של קינגסטון ניצח מקדונלד כאשר זכה ב-1,189 קולות מול 9 קולות של ג'ון שאו. שמרנים אחרים במערב קנדה זכו להצלחה פחותה ורק תמיכה של הקנדים צרפתים השאירה את מקדונלד בשלטון. ב-28 בדצמבר הלכה איזבלה מקדונלד לעולמה והותירה את ג'ון מקדונלד כאלמן עם ילד בן שבע שנים. יו ג'ון מקדונלד יגדל בעיקר אצל דודתו מצד אביו ובן זוגה.
אספת הנבחרים של הפרובינציה הצביעה להעביר באופן קבוע את מקום מושב הממשלה לקוויבק סיטי. מקדונלד התנגד לצעד זה והפעיל את כל כוחו כדי לאלץ את המועצה לשקול שוב את החלטתה. הוא הציע שההחלטה תתקבל על ידי המלכה ויקטוריה בנוגע לזהות בירת הפרובינציה. המתנגדים לכך, בעיקר ממזרח קנדה, טענו שהמלכה לא תקבל את ההחלטה באופן עצמאי ושהיא מחויבת לקבל את הצעתם של שרי ממשלת הפרובינציה. על כל פנים, הצעתו של מקדונלד התקבלה ותמיכתה של מזרח קנדה הבטיחה שתתקבל החלטה שקוויבק סיטי תשמש כבירת הפרובינציה למשך שלוש שנים עד אשר האספה תעבור לבירה קבועה. מקדונלד ביקש בחשאיות ממשרד המושבות להבטיח שהמלכה לא תשיב לשאלה לפחות במשך עשרה חודשים, או עד לעריכת בחירות כלליות. בפברואר 1858 הוכרזה בחירתה של המלכה. לתדהמתם של מחוקקים רבים משני חלקי הפרובינציה נבחרה העיירה המבודדת שבמערב קנדה, אוטווה.
ב-28 ביולי 1858 הציע חבר אופוזיציה ממזרח קנדה לפנות למלכה וליידע אותה שאוטווה היא לא מקום מתאים לבירה לאומית. חבריו למפלגה של מקדונלד ממזרח קנדה חצו את הקווים והצביעו בעד ההצעה והממשלה הובסה. מקדונלד התפטר והמושל הכללי, סר אדמונד ווקר הד, הזמין את מנהיג האופוזיציה, ג'ורג' בראון, להרכיב ממשלה חדשה. על פי החוק באותה תקופה, בראון וחבריו לממשלה איבדו את מושביהם באספה המחוקקת עם קבלת משרותיהם החדשות, והיה עליהם להתמודד בבחירות ביניים כדי לשמור על מושביהם במועצה. מצב זה זיכה בהמשך את מקדונלד ברוב ועד מהרה הוא הביס את הממשלה. הד סירב לבקשתו של בראון לפזר את האספה המחוקקת ובראון ושריו התפטרו. לאחר מכן ביקש הד ממקדונלד להרכיב מחדש ממשלה. החוק התיר לכל מי שהחזיק במשרה מיניסטריאלית בשלושים יום שקדמו להרכבת הממשלה לקבל את משרתו החדשה ללא צורך להתמודד בבחירות ביניים. מקדונלד ושריו קיבלו את המשרות החדשות. כדי לשוות למהלך מראית עין הוגנת, עמד הד על כך שקרטייה יהיה ראש ממשלה מתלמד ושמקדונלד יכהן כסגנו.
בסוף שנות החמישים ובתחילת שנות השישים של המאה ה-19 נהנתה פרובינציית קנדה מתקופה של שגשוג. רשת הרכבות ורשת הטלגרף השתפרו. על פי הביוגרף של מקדונלד, ריצ'רד גווין, "בקצרה, הקנדים החלו להיות קהילה מאוחדת". באותה עת החלו קשיים בניהול ממשלת הפרובינציה. הצעת חוק שהייתה אמורה להשפיע הן על מזרח קנדה והן על מערב קנדה הצריכה "רוב כפול" – רוב של מחוקקים משני חלקי הפרובינציה שיצביעו בעדה. מצב זה הוביל למבוי סתום באספת המחוקקים. שני חלקי הפרובינציה שלחו למועצה 65 נציגים כל אחת, אף על פי שאוכלוסיית מערב קנדה הייתה גדולה יותר. אחת מדרישותיו העיקריות של בראון הייתה ייצוג על פי גודל האוכלוסייה, וכתוצאה מכך הייתה מערב קנדה מקבלת יותר מושבים באספה, דרישה שבמזרח קנדה התנגדו לה נחרצות.
מלחמת האזרחים האמריקנית גרמה לחרדה הן בקנדה והן בבריטניה מכך שברגע שהאמריקאים יסיימו את הלוחמה הפנימית, הם יפלשו שוב לקנדה. בריטניה ביקשה שהקנדים ייקחו חלק במימון הוצאות ההגנה שלהם וחוק המיליציה הוגש לאספה המחוקקת ב-1862. האופוזיציה התנגדה להוצאת הכספים והנציגים ממזרח קנדה חששו שקנדים צרפתים יאלצו לקחת חלק במלחמה פנים-בריטית. באותה עת הרבה מקדונלד בשתיית אלכוהול ולא עלה בידו להשפיע ממנהיגותו לתמיכה בהצעת החוק. עם כישלון הצעת החוק נפלה הממשלה והליברלים תפסו את השלטון בהנהגתו של ג'ון סנדפילד מקדונלד (שום קשר משפחתי לג'ון אלכסנדר מקדונלד). ג'ון אלכסנדר מקדונלד לא נותר מחוץ לממשלה זמן רב. המפלגות נשארו במצב של שוויון כוחות והיה גם מספר לא מבוטל של חברי אספה עצמאיים שיכלו בכל רגע נתון למוטט כל ממשלה. במאי 1863 נפלה הממשלה החדשה, אך הד אפשר לקיים בחירות חדשות, שבעקבותיהם חלו שינויים קלים בלבד במאזן הכוחות הפוליטי. בדצמבר אותה שנה קיבל חבר הפרלמנט ממערב קנדה, אלברט נורטון ריצ'רדס את משרת הפרקליט הראשי, וכך היה עליו להתמודד בבחירות ביניים. ג'ון אלכסנדר מקדונלד הוביל מערכה אישית נגדו וריצ'רדס הובס על ידי המועמד השמרני. ניצחון זה עלה לליברלים ברוב שהיה להם במועצה והם התפטרו במרץ. מקדונלד שב למשרתו הקודמת כשטאש מכהן שוב כראש ממשלה מתלמד. ממשלת טאש-מקדונלד הובסה שוב ביוני. המפלגות הגיעו למבוי סתום עד כדי כך, על פי סווינסון, "שהיה ברור לכולם שחוקתה של פרובינציית קנדה הפכה לאות מתה".

ראש ממשלת קנדה

בין השנים 1867 – 1896 היה שיעור צמיחתה של כלכלת קנדה כ-1% לשנה.  הארץ הייתה במצב של קיפאון כך שאנשים רבים היגרו לארצות הברית, שם הצמיחה הייתה הרבה יותר מהירה. הפתרון של מקדונלד היה לסלול מסילת ברזל שתחצה את היבשת כדי לזרז את הצמיחה וליישם "מדיניות לאומית" של העלאת מכסים שתגן על החברות הקנדיות הקטנות מפני תחרות אמריקאית.

הממשלה הראשונה (1871-1867)

מקדונלד וממשלתו התמודדו עם בעיות מיד עם הקמתה של המדינה החדשה. נותרה עבודה רבה ביצירת הממשל הפדרלי החדש. נובה סקוטיה כבר החלה לאיים בנטישת האיחוד. הרכבת האינטרקולוניאלית, שהייתה אמורה לפייס את הפרובינציות הימיות ולקשר אותן באופן הדוק יותר לשאר שטחי קנדה, טרם החלה להיבנות. יחסי ארצות הברית-בריטניה היו בשפל ויחסי החוץ של קנדה נוהלו על ידי הממשלה בלונדון. פרישתם של האמריקאים ב-1866 מההסכם ההדדי העלתה את תעריפי הסחורות הקנדיות בשוקי ארצות הברית. רוב שטחה של קנדה המודרנית נותר מחוץ לתחומי האיחוד: בנוסף למושבות הנפרדות של אי הנסיך אדוארד, ניופאונדלנד וקולומביה הבריטית, שנותרו תחת ממשל בריטי ישיר, רוב השטחים מצפון וממערב היו בבעלותה של חברת מפרץ הדסון הבריטית. בארצות הברית ובבריטניה לא היה ברור אם ניסיון האיחוד ינחל הצלחה והדעות שם היו שהאומה המתהווה תבלע על ידי ארצות הברית.
באוגוסט 1867 נערכו הבחירות הכלליות הראשונות בקנדה. מפלגתו של מקדונלד ניצחה בהן בקלות, עם תמיכה חזקה בשתי הפרובינציות הגדולות וכן ברוב בניו ברנזוויק. הפרלמנט של קנדה התכנס בנובמבר, למרבית ההפתעה ללא בראון, שהובס באונטריו ומעולם לא כיהן כחבר בית הנבחרים של קנדה. ב-1869 הסכימה נובה סקוטיה להישאר כחלק מקנדה לאחר שהובטחו לה תנאים פיננסיים טובים יותר, הראשונה מבין פרובינציות רבות שתישא ותיתן על תנאים עם אוטווה. לחצים מלונדון ומאוטווה כשלו בהשגת הצטרפותה של ניופאונדלנד, שמצביעיה דחו את רעיון האיחוד בבחירות הכלליות שנערכו בה באוקטובר 1869.
באותה שנה נולדה לג'ון ואגנס מקדונלד בת בשם מרי. עד מהרה התברר שהילדה סובלת מבעיות התפתחותיות. היא מעולם לא הצליחה להתהלך והתפתחותה השכלית מעולם לא הייתה מושלמת. יואיט ברנרד, ששימש כסגן שר המשפטים וקודם לכן כמזכירו של מקדונלד, התגורר יחד עם משפחת מקדונלד בביתם שבאוטווה, יחד עם אמו האלמנה. במאי 1870 נפל מקדונלד למשכב עקב אבנים בכיס המרה. בנוסף לבעיות השתייה התכופות שלו, הוא לקה ככל הנראה בדלקת לבלב חריפה. ביולי הוא נסע לאי הנסיך אדוארד לצורך החלמה, וככל  הנראה קיים שם דיונים שמטרתם הייתה צירוף האי לאיחוד בה בעת כשעלו שם כמה רעיונות להצטרפות לארצות הברית. בסופו של דבר הצטרף האי לאיחוד הקנדי ב-1873.
בעבר היה יחסו של מקדונלד פושר בנוגע לשאלת התפשטותה מערבה של קנדה. כראש הממשלה הוא הפך לתומך נלהב של קנדה המשתרעת מחוף אל חוף. מיד עם כניסת האיחוד לתוקף הוא שלח שליחים ללונדון שהצליחו להשיג את העברתם של שטחי ארץ הנסיך רופרט והטריטוריה הצפון-מערבית לריבונות קנדית. חברת מפרץ הדסון קיבלה סכום של 1,500,00 דולר ונותרו בידיה זכויות סחר מסוימות בנוסף לבעלות על 5% מהשטחים הראויים לעיבוד. קודם לתאריך העברת השטחים הללו התמודדה ממשלת קנדה עם אי-שקט במושבת הנהר האדום (כיום חלקה הדרום-מזרחי של מניטובה בסביבות העיר ויניפג). המקומיים, כולל המסטיסים, חששו שהשלטון הקנדי ייכפה עליהם והדבר לא עלה בקנה אחד עם האינטרסים שלהם וכתוצאה מכך התעורר מרד הנהר האדום בהנהגתו של לואי ריאל. מתוך אי-רצון לשלם עבור טריטוריה שנמצאת במצב של התקוממות, שיגר מקדונלד כוחות כדי לדכא את המרד לפני מועד ההעברה הרשמי, ה-15 ביולי 1870, אך כתוצאה מאי-השקט הצטרפה מושבת הנהר האדום לאיחוד לצד פרובינציית מניטובה, בעוד ששארית השטח שנרכש היה לטריטוריות הצפון-מערביות. בעקבות המרד הצפון-מערבי של שנת 1885 יישם מקדונלד הגבלות על תנועתם של הילידים והם נדרשו לקבל אישור רשמי מפקיד של "המשרד לענייני אינדיאנים" כדי לצאת מתחומי השמורה שלהם.
מקדונלד גם שאף להבטיח את הצטרפותה של מושבת קולומביה הבריטית. לארצות הברית היה אינטרס לספח את המושבה לשטחה ומקדונלד היה מעוניין שלארצו תהיה גישה לחופי האוקיינוס השקט. המועצה צברה חוב כספי הולך וגדל וההנחה הייתה שזה יגרום לה להצטרף לאיחוד. הדיונים התנהלו במהלך 1870, בעיקר במהלך מחלתו והחלמתו של מקדונלד, כשבראש המשלחת הקנדית עמד קרטייה. קרטייה הציע לקולומביה הבריטית מסילת ברזל שתקשר אותה לפרובינציות המזרחיות ושתיסלל תוך עשר שנים. נציגי המושבה, שהיו מוכנים גם לקבל פחות מכך, הסכימו עד מהרה וקולומביה הבריטית הצטרפה לקנדה ב-1871. הפרלמנט של קנדה אשרר את תנאי ההצטרפות לאחר ויכוח על העלות הגבוהה שחבר הקבינט, אלכסנדר מוריס, תיאר אותו כמאבק הגרוע שהשמרנים ניהלו מאז האיחוד.
היו עימותים ממושכים עם האמריקאים בנוגע לזכויות הדיג במים עמוקים ובראשית 1871 מונתה ועדה אנגלו-אמריקאית ליישב את העניינים החריגים בין הבריטים (והקנדים) לבין ארצות הברית. קנדה קיוותה להבטיח את תשלום הנזק שנגרם על ידי פלישות הפניאנים  שיצאו מבסיסים בארצות הברית. מקדונלד הבין שהאינטרסים הקנדיים יוקרבו לטובתה של ארץ האם, חשש שהתברר כנכון. קנדה לא קיבלה שום פיצויים על הפלישות ולא זכתה בשום יתרונות מסחריים במסגרת ההבנות. היא נדרשה לפתוח את מימיה לדייגים אמריקאים. מקדונלד שב לקנדה כדי להגן על הסכם וושינגטון  כנגד ההתנגדויות מבית.

הממשלה השנייה (1873-1872) והשערורייה הפסיפית

במהלך מערכת הבחירות של 1872 שקד מקדונלד על ניסוח מדינות סלילת מסילת הברזל, או לתכנן את הערבויות להלוואות שהיו דרושות למיזם הבנייה. במהלך השנה שלאחר מכן נפגש מקדונלד עם משקיעים פוטנציאלים ברכבת כמו יו אלן והתקיימו שיחות מעמיקות בתחום הפיננסי. על כל פנים, הבעיה הפוליטית החמורה ביותר שבפניה ניצב מקדונלד הייתה הסכם וושינגטון, שעדיין לא התקיים עליו דיון בפרלמנט.
בראשית השנה הניח מקדונלד את ההסכם לאשרור על שולחן בית הנבחרים והוא עבר ברוב של 66 קולות. בסוף אוגוסט ובתחילת ספטמבר נערכו הבחירות הכלליות (בעתיד יתקיימו הבחירות הכלליות בקנדה ביום אחד). חלוקה מחדש של מחוזות הבחירה העניקה לאונטריו ייצוג רחב יותר בבית הנבחרים. מקדונלד בילה זמן רב במערכת הבחירות שנערכה בפרובינציה, בעיקר מחוץ לקינגסטון. מעשי שוחד ששולם לבוחרים אירעו בכל רחבי קנדה, נוהג שפשה במיוחד בתקופה בה ההצבעות הוכרזו בפומבי. בעתיד יערכו הבחירות בהצבעה חשאית. מקדונלד והשמרנים ראו כיצד הרוב שלהם יורד מ-35 ל-8 מושבים. הליברלים הצליחו יותר מהשמרנים באונטריו ואילצו את הממשלה להישען על קולות הפרובינציות המערביות והימיות שלא העניקו את מלוא תמיכתן למפלגה.
מקדונלד קיווה למסור את הזיכיון לבניין קו הרכבת הקנדית הפסיפית בראשית 1872, אך המשא ומתן נגרר בין הממשלה לבין המשקיעים. בסופו של דבר העניקה ממשלת מקדונלד את הזיכיון לקבוצת אלן. ב-1873, עם פתיחת הפרלמנט, טען חבר הפרלמנט הליברלי, לוציוס סת' הנטינגטון, ששרי הממשלה קיבלו שוחד כבד ומימון למטרות פוליטיות בתמורה למתן הזיכיון. עד מהרה נחשפו מסמכים שנתנו תימוכין למה שנקרא "השערורייה הפסיפית" . המשקיעים בהובלתו של אלן, שבחשאי קיבלו גיבוי מ"חברת הרכבת הצפון פסיפית" האמריקאית, תרמו סכום של 179,000 דולר לקרנות הבחירות של השמרנים בקנדה ובתמורה קיבלו את הזיכיון. עיתוני האופוזיציה החלו לפרסם מברקים שנחתמו על ידי שרי ממשלה שביקשו סכומי כסף גדולים מהמשקיעים בתקופה בה התנהל הדיון על הזיכיון.  מקדונלד עצמו קיבל סכום של 45,000 דולר בתרומות מהמשקיעים. לקרטייה שולמו סכומים ניכרים, ששימשו אותו למימון המאבק הקשה שלו לנסות ולשמור על מושבו במונטריאול מזרח (הוא הובס, אך בסופו של דבר שב לפרלמנט כשנבחר במחוז הבחירה פרווונצ'ר שבמניטובה). במהלך מערכת הבחירות נפל קרטייה למשכב עקב מחלת כליות, שעשויה הייתה להיות הסיבה לשיקול הדעת המוטעה שלו. קרטיה נפטר במאי 1873 בעודו ממתין לקבלת טיפול בלונדון.
עוד קודם מותו של קרטייה עשה מקדונלד מאמצים לחילוץ הממשלה מן הצרה. האופוזיציה הגיבה בהדלפת מסמכים לעיתונים שרחשו לה אהדה. ב-18 ביולי פרסמו שלושה עיתונים מברק מאוגוסט 1872 בו ביקש מקדונלד סכום נוסף של 10,000 דולר ובו הוא הבטיח "זהו הסכום האחרון אותו אבקש". הוא היה יכול להשיג דחייה של סיום מושב הפרלמנט באוגוסט באמצעות מינוי ועדה מלכותית שתבדוק את העניין, אך הפרלמנט התכנס מחדש בסוף אוקטובר. הליברלים, שחשו שיעלה בידם להביס את מקדונלד על רקע הפרשה, הפעילו לחץ כבד על חברי פרלמנט שהתלבטו כיצד להצביע.
ב-3 בנובמבר הגן מקדונלד על הממשלה בפרלמנט ועל פי הביוגרף שלו פ.ב ואייט, הוא נשא "את הנאום של חייו, ובמובן מסוים, את הנאום להצלת חייו". הוא החל בנאום בשעה 9 בערב, כשהוא נראה חלוש וחולה, הופעה שעד מהרה השתפרה. בעודו מדבר הוא לגם כוס אחר כוס של מים ושל ג'ין. הוא הכחיש את קיומן של עסקאות שוחד והצהיר שתרומות כאלה היו מקובלות בשתי המפלגות הפוליטיות. לאחר חמש שעות סיכם מקדונלד את נאומו:
אני מותיר זאת בידי הבית עם כל האמון. אני שקול כנגד כל סכום. דרך החלטות הבית הזה, בין אם נגדי, בין אם בעדי, אני יודע, ואין זו התרברבות שתאמר לשווא, שכן גם אויביי יודו שאין אני רברבן, שאין קיום בקנדה לאדם שנתן יותר ממני מזמנו, יותר מליבו, יותר מעושרו, או יותר משכלו וכוחו, כפי שנראה, למען טובתו של הדומיניון של קנדה.
נאומו של מקדונלד נראה כניצחון אישי, אך עשה מעט כדי לחלץ את ממשלתו מגורלה. עם שחיקה בתמיכה, הן בבית הנבחרים והן בקרב הציבור, הגיע מקדונלד ב-5 בנובמבר למושל הכללי, הלורד דפרין והגיש את התפטרותו. מנהיג הליברלים, אלכסנדר מקנזי, היה לראש הממשלה השני של קנדה. בעקבות התפטרותו שב מקדונלד עם רעייתו אגנס לביתו ואמר, "ובכן, זה מסתדר", וכאשר הוא נשאל על ידיה למה התכוון, הוא השיב לה על התפטרותו ואמר, "זוהי הקלה להיות מחוץ לכל זה". לאחר מכן הוא לא דיבר שוב מעולם בציבור על אירועי השערורייה הפסיפית. כאשר הכריז מקדונלד בבית הנבחרים על התפטרותו, חברי הפרלמנט מהמפלגה השמרנית ומהמפלגה הליברלית התחלפו במקומותיהם, למרות שאחד השמרנים, חבר הפרלמנט מקולומביה הבריטית, אמור דה קוסמוס, נותר במקומו, שכן הוא הצטרף לליברלים.
ב-6 בנובמבר 1873 הציע מקדונלד לאספת חברי המפלגה השמרנית את התפטרותו כמנהיג המפלגה וההצעה נדחתה. מקנזי קרא לעריכת בחירות בינואר 1874. מספר חברי השמרנים בבית הנבחרים פחת ל-70 מתוך 206 המושבים בכל הבית, ובמקנזי תמך רוב מסיבי. רק בקולומביה הבריטית עלו השמרנים על הליברלים במספר הנציגים. מקנזי תיאר את התנאים שלפיהם הצטרפה הפרובינציה לאיחוד כ"בלתי אפשריים". מקדונלד שב לקינגסטון, אך המשיך להתמודד בבחירות כאשר הוכחו מעשי השוחד. בבחירות הביניים הבאות הוא זכה במושבו בפרלמנט על חודן של 17 קולות. על פי סוויינסון, רוב המשקיפים ראו במקדונלד כמחוסל מבחינה פוליטית, "אדם מבוזה שאבד עליו הקלח".

באופוזיציה (1878-1873)

מקדונלד היה שבע רצון להנהיג את השמרנים באופן רגוע באופוזיציה ולהמתין לשגיאותיהם של הליברלים. הוא יצא לחופשות ארוכות, חידש את עיסוקו כעורך דין, עבר עם משפחתו לטורונטו ונכנס לשותפות עם בנו, יו ג'ון. אחת מהשגיאות שהליברלים ביצעו לדעתו היה הסכם הסחר החופשי עם וושינגטון, שהדיונים עליו התקיימו ב-1874. מקדונלד האמין שמדיניות הפרוטקציוניזם חיונית לבניית התעשייה הקנדית. המשבר הפיננסי של 1873 גרם לשפל כלכלי עולמי. הליברלים הבינו שיהיה קשה לממן את מסילת הברזל באקלים כלכלי כזה ובאופן כללי הם התנגדו לסלילת הקו. הקצב האיטי בו התקדם המיזם הוביל את קולומביה הבריטית לטעון שהסכם ההצטרפות הופר.
ב-1876 אימצו מקדונלד וחברי המפלגה השמרנית את הפרוטקציוניזם כמדיניות רשמית. גישה זו קודמה בנאומים במספר פיקניקים פוליטיים שנערכו ברחבי אונטריו במהלך הקיץ של אותה שנה. הצעותיו של מקדונלד הכו את הציבור בתדהמה והשמרנים החלו לנצח בשורה של מערכות בחירות ביניים. עד סוף השנה גרפו השמרנים 14 מושבים כתוצאה ממערכות בחירות אלו, ובסך הכל הפחיתו את הרוב הליברלי של מקנזי מ-70 בתחילת הקדנציה ל-42. על אף הצלחה זו, שקל מקדונלד פרישה, וקיווה רק להפוך את פסק הדין של ציבור הבוחרים מ-1874 וראה בצ'ארלס טאפר כיורשו בכוח.
כאשר התכנס הפרלמנט ב-1877 היו השמרנים חדורי ביטחון והליברלים נכנסו למגננה. לאחר שהשמרנים ניהלו מושב מוצלח בחלקה הראשון של השנה, נערכה סדרה נוספת של פיקניקים באזור סביב לטורונטו. מקדונלד אף הוביל מערכה בקוויבק, דבר שעשה רק לעיתים רחוקות, אך הותיר את מלאכת הנאומים לקרטייה. ב-1878 נערכו פיקניקים נוספים על רקע קידום ההצעות שנקראו באופן קולקטיבי "המדיניות הלאומית" (The National Policy): העלאת מכסים, בנייה מהירה של מסילת הברזל הטרנס-יבשתית, פיתוח חקלאי מהיר של המערב תוך שימוש ברכבת וצעדי מדיניות שנועדו למשוך תנועת הגירה לקנדה. פיקניקים אלו היו ההזדמנות של מקדונלד להראות את כישוריו בניהול קמפיינים ולעיתים קרובות הם היו משעשעים. באחד מהם האשים מנהיג השמרנים את הליברלים בקיומם של המזיקים לחקלאות והבטיח שהחרקים ייעלמו ברגע שהשמרנים ייבחרו מחדש לממשלה.
ימיו האחרונים של הפרלמנט השלישי של קנדה עמדו בסימן של סכסוך נפיץ, שכן מקדולנד וטאפר האשימו את חבר הפרלמנט והמשקיע ברכבת, דונלד סמית', שהוא הורשה לבנות את הסניף של העיירה פמבינה שבדקוטה הצפונית ושקישר את מיזם הרכבות לרשת הקווים האמריקאית, כגמול לבגידתו בשמרנים במהלך השערורייה הפסיפית. ההתנצחות נמשכה גם כאשר חברי בית הנבחרים זומנו לאולם הסנאט כדי לשמוע את נאום הפיזור של הפרלמנט, אז נשא מקדונלד את המילים האחרונות שתועדו בפרלמנט זה: "ברנש זה סמית' הוא השקרן הגדול ביותר שראיתי מימי!".
הבחירות הכלליות נקבעו ל-17 בספטמבר 1878. מתוך חשש שמקדונלד יובס בקינגסטון, ניסו תומכיו לשכנע אותו להתמודד במחוז בחירה שמרני בטו בקרדוול שבאונטריו. לאחר שייצג את עיר מגוריו במשך 35, הוא התמודד שם שוב. בבחירות הובס מקדונלד על ידי אלכסנדר גן, אך השמרנים נחלו ניצחון גורף. מקדונלד נשאר בבית הנבחרים לאחר שעד מהרה הבטיח את בחירתו במחוז הבחירה של מרקט שבמניטובה. הבחירות נערכו שם מאוחר יותר מאשר באונטריו. לאחר מכן הוא התמודד מטעם מחוז ויקטוריה שבקולומביה הבריטית וניצח גם שם, אף על פי שהוא מעולם לא ביקר בשני מחוזות הבחירה הללו.

הממשלות השלישית והרביעית (1887-1878)

חלק מ"המדיניות הלאומית" יושם במסגרת התקציב שהוגש בפברואר 1879. במסגרת התקציב הפכה קנדה לאומה ששיעור המכסים שלה היה גבוה כמו ארצות הברית וגרמניה. מערכת המכסים תוכננה כך שתגן על בנייתה של התעשייה הקנדית, על מוצרי טקסטיל מוגמרים הוטל מכס של 34%, אך על יבוא המכונות לייצורם לא הוטל מכס. מקדונלד המשיך להיאבק למען הטלת מכסים גבוהים עד ליומו האחרון.
בשנות השמונים של המאה ה-19 נעשה מקדונלד חלש יותר מבחינה בריאותית, אך שמר על חדותו הפוליטית. ב-1883 הוא העביר את "חוק המשקאות המשכרים" שנטל את תפקיד הפיקוח על תחום זה מידי הפרובינציות, בין השאר כדי להכשיל את יריבו, ראש ממשלת אונטריו, אוליבר מווט. במקרה הפרטי שלו, עלה בידו של מקדונלד לשלוט טוב יותר בהרגלי השתייה שלו והתקופות בהן הרגל זה היה מופרז באו לקיצן. עם התקדמות הטיפול בתקציב, למד מקדונלד את נושא הרכבת ומצא שהתמונה ורודה יותר ממה שציפה. אף על פי שבתקופתו של מקנזי הוצא סכום כסף קטן יחסית על המיזם, נסללו כמה מאות מיילים של מסילה וכמעט כל הנתיב עבר את שלב המדידות. ב-1880 איתר מקדונלד סינדיקציה בהנהגתו של ג'ורג' סטפן שהייתה נכונה לקחת על עצמה את סלילת הקו. דונלד סמית' היה השותף העיקרי בסינדיקציה, אך בשל יחסיו הגרועים עם השמרנים, בתחילה שותפותו לא פורסמה בפומבי, אף על פי שהדבר היה ידוע למקדונלד. באותה שנה סופחו לקנדה שארית השטחים בטריטוריות הארקטיות, ושטחה של קנדה הגיע לממדיה הסופיים, להוציא את ניופאונדלנד, שהצטרפה לאיחוד רק ב-1949. באותה שנה שלחה קנדה גם את הנציגות הדיפלומטית הראשונה שלה מעבר לים, כאשר מונה סר אלכסנדר גאלט לתפקיד הנציב העליון הראשון של קנדה בבריטניה. עם מצב כלכלי טוב, מקדונלד והשמרנים הגדילו את הרוב שלהם בבית הנבחרים בבחירות של 1882. באותן בחירות שב מקדונלד להיבחר במחוז בחירה באונטריו, מחוז קרלטון.
מיזם מסילת הברזל הטרנס-יבשתית סובסד באופן רחב על ידי הממשלה. לרשות המיזם הוקצו שטחים של 100,000 קמ"ר לאורך נתיב המסילה ו-25 מיליון דולר מכספי הממשלה. בנוסף, התחייבה הממשלה להקצות סכום נוסף של 32 מיליון דולר לסלילת מסילות משנה שיתחברו למסילה הראשית. כל המיזם היה כרוך בהוצאת סכומים אדירים, על אחת כמה וכמה עבור אומה שב-1881 מנתה רק 4.1 מיליון תושבים. בין השנים 1880 – 1885, כשמסילת הברזל נבנתה לאיטה, עמדה חברת קו הרכבת הפסיפי בפני התמוטטות מספר פעמים. לא רק שהשטחים באזור הרי הרוקי היו קשים למעבר, אלא גם שהשטחים שבסמוך לימת סופיריור הוכחו כבוגדניים, שכן המסילות והקטרים שקעו בשטחים הביצתיים. כאשר הערבויות הממשלתיות לאיגרות החוב של חברת הרכבת לא הצליחו למשוך אליהן משקיעים בכלכלה השוקעת, השיג מקדונלד הלוואה לתאגיד מקופת האוצר והחוק שאישר זאת עבר בסנאט זמן קצר לפני שהתאגיד היה הופך לפושט רגל.
בצפון-מערב קנדה חזר שוב אי-השקט. רבים מהמסטיסים של מניטובה עברו לשטחי הטריטוריות הצפון-מערביות. המשא ומתן שהתנהל בין המסטיסים לבין הממשלה ליישוב התרעומת על זכויות הקרקע לא היה קל כלל וכלל. ריאל חי בגלות בארצות הברית מאז 1870 והוא שב אז לרג'יינה בהסכמה שבשתיקה של ממשלת מקדונלד, שהאמינה שהוא יוכל להיות מנהיג שניתן יהיה לנהל אותו משא ומתן. תחת זאת פרץ בשנה שלאחר מכן תחת הנהגתו של ריאל המרד הצפון-מערבי. מקדונלד דיכא את המרד כשהוא עושה שימשו בכוחות מיליציה שהועברו לאזור ברכבות וריאל נלכד, נשפט בעוון בגידה ונתלה. מקדונלד דחה את הבקשות לחנון את ריאל, שללא ספק  בריאותו הנפשית הייתה לקויה. תלייתו של ריאל הייתה שנויה במחלוקת וגרמה לניכור כלפי המפלגה השמרנית מצדם של רבים מתושבי קוויבק, שהיו כמו ריאל, קתולים ומבחינה תרבותית קנדים צרפתים ועד מהרה הם התקרבו יותר ויותר למפלגה הליברלית.
חברת קו הרכבת כמעט ועמדה לפני פשיטת רגל, אך תפקידה החיוני בהזרמת כוחות לטיפול במשבר הוכיח את כדאיות התמיכה בה והפרלמנט הקצה כספים להשלמת בניית המסילה. ב-7 בנובמבר 1885 דיווח מנהל חברת קו הרכבת הפסיפית במברק ששיגר למקדונלד מקרגלצ'י שבקולומביה הבריטית, שהיתד האחרון במסילה ננעץ במקומו.
בקיץ 1886 נסע מקדונלד בפעם האחת והיחידה למערב קנדה ועבר מעיר לעיר בקרון רכבת פרטי תוך שהוא נושא נאומים בפני קהל רב. למסע זה יצא מקדונלד עם רעייתו וכדי שיוכלו ליהנות מהנוף ישבו השניים לעיתים בחזית הקטר. ב-13 באוגוסט  אותה שנה השתמש מקדונלד בפטיש עשוי כסף לנעיצת יתד זהב להשלמת קו הרכבת של אסקימלט וננאימו.
באותה שנה התעורר שוב סכסוך עם ארצות הברית בנוגע לזכויות הדיג. הדייגים האמריקאים ניצלו את תנאי ההסכם שאפשרו להם לעגון על קרקע קנדית כדי לחטוב עצים ולשאוב מים במסווה של דיג חופים. כמה מספינות הדיג עוקבו בנמלים קנדיים, לזעמם של האמריקאים שדרשו לשחררם. מקדונלד שאף להעביר את חוק הדיג, שהיה אמור לעקוף חלק מתנאי ההסכם, לתדהמתם של הבריטים, שעדיין ניהלו את יחסי החוץ של קנדה. ממשלת בריטניה הורתה למושל הכללי, הלורד לנסדאון, לעכב את ההסכמה המלכותית לחוק כדי להשהות את תוקפו. לאחר דיונים מעמיקים, אישרה ממשלת בריטניה את החוק וההסכמה המלכותית הוענקה לו בסוף השנה. בתוקף כך איימה בריטניה לשגר ספינות מלחמה להגנת שדות הדיג אם לא יושג הסכם עם האמריקאים.

הממשלות החמישית והשישית (1891-1887)

מתוך חשש מאובדן כוח פוליטי עם התמשכות המצב הכלכלי הקשה, תכנן מקדונלד קיום בחירות בסוף 1886, אך לא היה סיפק בידו לפזר את הפרלמנט לפני שהוכרז על קיום בחירות באונטריו על ידי תלמידו לשעבר, ראש ממשלת אונטריו הליברלי, אוליבר מווט. הבחירות בפרובינציה בישרו את שעתיד היה להתרחש בבחירות הכלליות. על אף מערכת בחירות מחושבת מצדו של מקדונלד, הליברלים של מווט שבו לשלוט באונטריו והגדילו את הרוב שלהם. בסופו של דבר פיזר מקדונלד את הפרלמנט ב-15 בינואר 1887 והבחירות נקבעו ל-22 בפברואר. במהלך מערכת הבחירות ספג מקדונלד מכה נוספת כאשר הליברלים בקוויבק הצליחו להרכיב ממשלה, לאחר הבחירות שהתקיימו שם באוקטובר 1886 והדיחו את השמרנים מממשלת הפרובינציה. על כל פנים, מקדונלד והקבינט שלו ניהלו מערכת בחירות קשה בחורף, שטאפר (שמונה לתפקיד הנציב העליון של קנדה בלונדון) דחה את יציאתו כדי לנסות ולחזק את תקוותיהם של השמרנים בנובה סקוטיה. מנהיג הליברלים, אדוארד בלייק, ניהל מערכת בחירות חסרת השראה והשמרנים זכו ברוב ארצי של 35 מושבים וניצחו בקלות באונטריו, בנובה סקוטיה ובמניטובה. השמרנים אף זכו ברוב דחוק בקוויבק, על אף התרעומת הקשה על תלייתו של ריאל. מקדונלד ניצח בקינגסטון ושב לייצג את מחוז נעוריו. אפילו השרים הצעירים, כמו ראש הממשלה לעתיד, ג'ון תומפסון, שלעיתים חלקו על מדיניותו של מקדונלד, הודו שראש ממשלה הוא נכס אלקטורלי חיוני עבור המפלגה השמרנית.
בלייק, אותו תיאר הביוגרף של מקדונלד, גווין, כ"מנהל מערכת הבחירות הגרוע ביותר של המפלגה הליברלית עד סטפן דיון בראשית המאה ה-21", התפטר בעקבות תבוסת מפלגתו והוחלף בוילפריד לורייה. בימי ראשית מנהיגותו של לורייה, המפלגה הליברלית, שאנשיה קיבלו את רוב חלקי המדיניות הלאומית בתקופתו של בלייק עם הסתייגויות מסוימות, דחו אותה לחלוטין וקראו ל"הדדיות בלתי מוגבלת", או להסכם סחר חופשי עם ארצות הברית. תומכי תוכניתו של לורייה טענו שהסחר בכיוון של צפון-דרום הוא יותר הגיוני מבחינה כלכלית בהשוואה לניסיונות לסחור במרחבי הישימון הריק תוך עשיית שימוש בקו הרכבת הפסיפית שכבר עוררה מורת רוח על מה שנראה כתעריפי תובלה גבוהים. מקדונלד שאף לקיומן של יחסי גומלין עם ארצות הברית, אך סירב להוריד את שיעור המכסים. אמריקאים שתמכו במה שהם כינו "איחוד מסחרי", ראו אותו כהקדמה לאיחוד פוליטי, ולא היססו לומר זאת, תוך שהם גורמים למחלוקות נוספות בתוככי קנדה.
מקדונלד הכריז על עריכת בחירות ב-5 במרץ 1891. הליברלים נתמכו כספית על ידי בעלי אינטרסים אמריקאים והשמרנים קיבלו תמיכה כספית רבה מחברת הרכבת הפסיפית. במהלך מערכת הבחירות התמוטט ראש הממשלה שהיה אז כבר בן 76 וניהל את הפעילות הפוליטית מבית גיסו בקינגסטון. השמרנים הצליחו לשמור על כוחם בהצבעה הכללית, אך במספר המושבים בבית הנבחרים הצטמצם הרוב שלהם ל-27. שתי המפלגות הגדולות הגיעו לשוויון בחלקים המרכזיים של קנדה, אך השמרנים שלטו בפרובינציות הימיות ובמערב קנדה, ועל רקע זה טען חבר הפרלמנט הליברלי, ריצ'רד ג'ון קרטרייט, שהרוב של מקדונלד נשען על "הקרעים והטלאים של האיחוד". לאחר הבחירות קיבלו לורייה והליברלים בהדרגה את המדיניות הלאומית וכאשר לורייה עצמו כיהן לימים כראש הממשלה, הוא אימץ אותה עם שינויים קלים בלבד.

מותו

לאחר הבחירות לקה מקדונלד בשבץ מוחי, שהותיר אותו משותק חלקית ונטול יכולת דיבור. "ראש השבט הזקן" גסס במשך כמה ימים כשהוא מודע חלקית לנעשה סביבו. ג'ון אלכסנדר מקדונלד מת בשבת בערב, ה-6 ביוני 1891. אלפים עברו לפני ארונו הפתוח שהוצב באולם הסנאט. גופתו הועברה ברכבת לעיר נעוריו קינגסטון, כשההמונים חולקים לו כבוד בעצירותיה בערים השונות שעל הדרך. עם הגעת ארונו לקינגסטון, הוא הוצב בבניין העירייה המקומי, כשהוא לבוש במדי חבר המועצה המלכותית. מקדונלד נטמן בבית הקברות קטרקי שבעיר, לצד אשתו הראשונה, איזבלה.
וילפריד לורייה הספיד את מקדונלד בדברים שנשא בבית הנבחרים:
למעשה מקומו של סר ג'ון א. מקדונלד בחייה של ארצנו היה כה גדול וכה מרתק, שכמעט בלתי אפשרי להעלות על הדעת שמדיניותה של הארץ הזו, גורלה של הארץ הזו, יימשך בלעדיו. הליכתו הכתה אותנו בהלם.

מורשתו והנצחתו

מקדונלד כיהן בסך הכל קצת פחות מ-19, תקופת כהונה שהייתה שנייה באורכה רק לזו של ויליאם ליון מקנזי קינג. שלא כמו מקבילו האמריקאי, ג'ורג' וושינגטון, לא נקראו על שמו שמות יישובים או אפילו מחוזות בחירה (למעט כפר קטן במניטובה), ולא הוצבו לזכרו אנדרטאות גדולות כלשהן. פסגת הר מקדונלד ברכס רוג'רס שבהרי הרוקי, נקראה על שמו. ב-2001 קבע הפרלמנט את ה-11 בינואר, יום הולדתו, כיום לזכרו, אך יום זה הוא לא יום חג פדרלי ולא מצוין באופן מיוחד. דמותו של מקדונלד הופיעה על שטר של 10 דולר קנדי שהודפס בין השנים 1971 – 2018. ב-2015, במלאת מאתיים שנה להולדתו, הוטבעה דמותו על מטבע של שני דולר קנדי. שמו גם מונצח בטיילת שעל גדת הנהר באוטווה, בנמל התעופה הבינלאומי מקדונלד-קרטייה שבאוטווה ובכביש המהיר מספר 401 (מקדונלד-קרטייה), אם כי לעיתים נדירות נעשה שימוש רגיל בשמו כאשר מתייחסים למקומות אלה.
מספר אתרים הקשורים למקדונלד התשמרו. קברו הוכרז כאתר היסטורי לאומי בקנדה. בית בלוויו בקינגסטון, ששימש כמעונה של משפחת מקדונלד בשנות הארבעים של המאה ה-19, הוכרז גם הוא כאתר היסטורי לאומי ומנוהל על ידי רשות הפארקים הקנדית ושוחזר למראהו בתקופת מגוריו של מקדונלד שם. ביתו באוטווה עדיין ניצב במקומו וכיום משמש כמעונו הרשמי של הנציב העליון הבריטי בקנדה. ברחבי קנדה הוצבו פסלים לזכרו. אחד מהם ניצב על גבעת הפרלמנט באוטווה. פסל של מקדונלד ניצב גם על גבי מסד גרניט שיועד במקור לפסלה של המלכה ויקטוריה בפארק המלכה שבטורונטו ופניו מופנים דרומה לכוון שדרת האוניברסיטה. פסל של מקדונלד ניצב גם בפארק העירוני של קינגסטון והחברה ההיסטורית של קינגסטון עורכת מדי שנה טקס לזכרו. בעתיד מתוכנן לקרוא על שמו כיכר שמחוץ לתחנת הרכבת יוניון שבטורונטו. בשנת 1895 לערך הוקמה אנדרטה לזכרו בחזית כנסיית סנט דייוויד שברחוב אינגרם שבגלאזגו, בסמוך לבית הקברות רמשורן, ליד מקום הולדתו.
הסנאטור השמרני, יו סיגל, מאמין שהאנדרטה האמיתית לזכרו של מקדונלד היא קנדה עצמה: "ללא מקדונלד היינו ארץ שגבולותיה משתרעים לא יותר מערבה מגבול מניטובה-אונטריו ועד קו כלשהו מזרחה. ניופאונדלנד הייתה משהו שדומה לאלסקה ואני סבור שאותו דבר היה קורה למניטובה, ססקצ'ואן, אלברטה וקולומביה הבריטית ואנו היינו רוכשים את הנפט שלנו מארצות הברית. מצב זה היה מוריד את איכות חיינו ואת אפשרויות התעסוקה שלנו ותפקידנו במפה העולמית היה מצומצם עד מאוד". הביוגרפים של מקדונלד ציינו את תרומתו לאיחוד קנדה וייסודה כאומה. סווינסון גורס ששאיפתו של מקדונלד לקנדה חופשית וסובלנית הפכו לחלק מתפיסתה הלאומית: "לא רק שהוא סייע ליצור את קנדה, אלא שהוא תרם ללא ליאות לדמותה". גווין אמר על מקדונלד:
הישגיו היו מדהימים: האיחוד מעל הכל, אך חשוב לא פחות, אם לא יותר, הרחבת גבולות הארץ לרוחב היבשת באמצעות מסילת הברזל שהייתה, באופן אובייקטיבי, שטות כלכלית ופיננסית... מאידך, הוא היה אחראי לשערורייה הפסיפית, להוצאתו להורג של לואי ריאל ועל הטלת מס הגולגולת על הפועלים הסינים. לפיכך קשה לשפוט אותו. חייו האישיים היו לא קלים לחלוטין. אך עדיין רק למנהיגים קנדים מעטים – פייר אליוט טרודו, ג'ון דיפנבייקר ווילפריד לורייה – היה את אותה יכולת להשרות אהבה.