יהדות מצרים

התקופה ההלניסטית

תלמי הראשון ששלט במצרים שלח לגבולות מצרים לוחמים יהודים שיגנו על ממלכתו. יוספוס פלביוס בחיבורו "הפולמוס נגד אפיון" מצטט מקורות רשמיים לפיהם המלך תלמי העביר 120.000 יהודים לשמירה על הגבולות במזרח ובדרום. עדות לכך שאכן מספר גדול של היהודים הגיעו לאזור אפשר לקבל מכתביו של הפילוסוף היהודי פילון האלכסנדרוני (30 לפנה"ס - 40 לספירה) שחי באלכסנדריה. הוא כותב כי בתקופתו התגוררו מיליון יהודים במצרים, בלוב ובכוש.
היהודים קיבלו רשות לחיות על פי חוקיהם והם היו חלק חשוב מצבא הממלכה התלמית והשלטון, במיוחד בתקופות מאוחרות יותר נשען על תמיכתם.

התקופה הרומאית

אנשי הצבא היהודים שישבו במצרים, בהשפעתם של אנטיפטרוס האדומי והורקנוס השני, שוכנעו לנטוש את נאמנותם למלך תלמי השלושה עשר ולהעבירה ליוליוס קיסר שנלחם במלך במהלך השנים 47-48 לפנה"ס.
בעקבות תבוסתם של מרקוס אנטוניוס וקלאופטרה השביעית בקרב אקטיום מצרים סופחה לקיסרות הרומית בשנת 30 לפנה"ס. אוקטביוס שכעת היה מנהיגה היחיד של רומא הבטיח להמשיך את הסובלנות הדתית שיהודי מצרים נהנו ממנה. אולם מלבד זאת הכיבוש הרומאי סימן ירידה במעמדם של יהודי מצרים, הרומאים לא נזקקו לשירותיהם כחיילים ובכך הם איבדו את מעמדם וההשפעה שהייתה להם ונחשבו כמצריים החייבים בתשלום מס גולגולת.
היחסים בין האוכלוסייה ההלניסטית ליהודים היו מתוחים ביותר ומהומות על רקע זה היו נפוצות. נפילה נוספת במעמדם של היהודים קרתה כתוצאה מכישלון המרד הגדול וההכרח לתשלום המס היהודי.
יהדות מצרים הצטרפה למרד התפוצות בשנים 115–117. היסטוריון מצרי מעיד על בריחת היהודים אל ביצות הנילוס. המושל הרומאי של מצרים מרקוס רוטיליוס רופוס היה חסר אונים אל מול ההצלחה היהודית הראשונית במרד. הוא שלח שני גדודים להגן על תושבי ממפיס. טראיאנוס הקיסר שלח חילות משלוח למצרים, דיכא את המרד היהודי, ציווה עליהם לשלם עבור תיקון המקדשים הרומאים ובסופו של דבר הושיב בלוב אוכלוסייה נוכרית. בסופו של המרד הושמדו כ-90% מיהדות מצרים.

התקופה הערבית הקדומה

בתקופה שלטון האסלאם במצרים היה היחס ליהודים היה כאל אנשי חסות. מהותו של ההסדר בין המדינה המוסלמית ובין העדות הלא-מוסלמיות המאמינות בדת מונותאיסטית המבוססת על פי חוזה שנקרא ד'ימה. היהודים נחשבו אנשי הספר (אהל אלכתאב) וכתוצאה מכך הוגדרו כאנשי חסות (אהל א-ד'ימה) והיו זכאים להגנה של השלטונות המוסלמים. הדימים זכו לביטחון אישי ולזכות לקיים את אמונתם בתמורה להכרה בעליונות האסלאם, בתשלום מס מיוחד (שנקרא ה"ג'זיה") ששילמו ובכפוף למיגבלות שהוטלו עליהם. בין המגבלות נמנו הגבלות שהתייחסו לבגדים שמותר לדימים ללבוש, לבהמות עליהן הדימים יכולים לרכוב, איסור נשיאת נשק ואיסור בניית מקומות פולחן חדשים. המגבלות נשאו אופי חברתי וסמלי יותר מאשר מוחשי ומעשי, כאשר המגבלות הכלכליות הן אלה אשר היו ממשיות יותר - נוסף על מס הג'זיה, היו מיסים נוספים כמו מסי מעבר ומכסים, וכן חוקי ירושה שקבעו שמומר לאסלאם לא יכול להוריש לקרוביו הד'ימים. בעתות של התאסלמות בכפייה, גם אם זמנית, מגבלה זו הסבה סבל רב ליהודים.
היהודים נהנו בדרך כלל ממידה של אוטונומיה. הם היו כפופים למרות המנהיגים שלהם (נגידים, דיינים), דבר אשר איפשר להם לנהל את ענייני המשפחה, האישות והדת על פי תורתם. בתקופות מסוימות הקהילות היהודיות היו אחראיות אף להטלת וגבייה של מיסים, שנמסרו אחר כך לשלטונות. אף על פי שבדרך כלל פנו היהודים לבתי הדין היהודיים, ששפטו על פי ההלכה היהודית, לעיתים פנו יהודים לבתי הדין המוסלמים, לבירור משפטי בנוגע לסכסוכים שנתגלעו בינם לבין עצמם. לעיתים יהדות מצרים חוותה רדיפות אלימות מצד השלטון, בפרט על ידי הח'ליף הפאטמי אל-חאכם שאף כפה על יהודים להמיר את דתם לאסלאם והורה לשרוף את הרובע היהודי בעיר אל-ג'וואדריה. עם זאת מירב האלימות כלפי היהודים הייתה לא-ממוסדת, ונערכה על ידי ההמונים בתקופות של אי-יציבות.

הקראים

לפי אחת ההשערות הקראים ישבו במצרים עוד לפני הכיבוש הערבי 641. ענן בן דוד נשיא הקראים, הוא זה שחיזק וביסס את הקהילה הקראית במצרים, שהייתה מרכז קראי חשוב במשך דורות. החל מחזקיהו הנשיא (1064), ישבו במצרים הנשיאים מבית דוד המלך, צאצאי ענן בן דוד הנשיא, שנשאו בתואר "נשיא" ובתואר "ראש הגולה".
הקהילה הקראית התקיימה לאורך מאות שנים בפוסטאט (קהיר העתיקה), ונראה שהייתה לה השפעה רבה בעיר. בבית הכנסת "בן עזרא" שבפוסטאט התגלתה הגניזה המפורסמת - גניזת קהיר, שבה, בין היתר, נמצא חומר קראי רב. נראה שבית הכנסת היה שייך לקראים ועבר לידי היהודים הרבניים רק במאה ה-14.]
ידועות גם קהילות בצהרג'ת, בתניס, בדמיאט ובאלכסנדריה. עם ייסוד העיר קהיר ושרפתה של פֻסְטאט בשנת 1168 עבר חלק גדול מהקראים מפסטאט לקהיר, שם התקיימה הקהילה לאורך מאות שנים, והיו תקופות בהן הייתה לאחד מהמרכזים הקראיים החשובים.
נראה שבמאה ה-12 הייתה לקראים השפעה רבה גם על הרבניים, ויש מהרבניים שעברו לקראות. כאשר בא הרמב"ם למצרים בשנת 1166 הוא מצא כי מנהגי הקראים פשטו בקרב הרבניים, למשל דרך טהרה באמצעות יציקת מים ותפילה קראית. הרמב"ם יעץ לקרב את הקראים ולהתנהג עמם כאחים. יחס האחווה כלפיהם מותנה, לפי הרמב"ם, בכך שלא יביעו זלזול פומבי בתלמוד וברבנים. אך עם זאת הוא ניסה למנוע השפעות קראיות ונראה שגם הצליח.

השלטון הממלוכי


הממלוכים, בהנהגתו של הסולטאן קוטוז הגנו על מצרים מפני הצבא המונגולי הפולש, וכן גירשו הממלוכים תחת הנהגתם של הסולטאנים בייברס, קלאון וח'ליל את הצלבנים מארץ ישראל ומסוריה. תקופתם הייתה מאופיינת ברמת הביטחון הפנימי ובשמירה על נתיבי דרכים חופשיות לטובת פיתוחו של המסחר.
התקופה הממלוכית הייתה תקופה קשה עבור יהדות מצרים ביחס לתקופה הפאטמית. במהלך התקופה נפוצו עמדות עוינות ללא-מוסלמים כחלק מהמאבק המוסלמי נגד הצלבנים הנוצרים. חוקי עומר נאכפו באדיקות על ידי הממלוכים והיהודים היו נתונים תחת איום תמידי לחייהם ורכושם. במהלך התקופה הממלוכית היו מקרים רבים של התפרעויות אנטי-נוצריות של מוסלמים, שלעיתים התגלגלו גם להיות התפרעויות אנטי-יהודיות. זכורים במיוחד מקרים שבהם פורעים נטפלו להתלוכות הלוויה של יהודים, דבר שמוסלמים רבים ראו כפולחן פומבי של דת המיעוט ולכן כהפרה של חוקי עומר. המס שהוטל על היהודים עקב מעמדם כבני חסות הוכפל תחת סולטאנים ממלוכים מסוימים. השליט הממלוכי ביברס, לאחר שחזר מסוריה ממלחמה, אסף יהודים ונוצרים רבים, והורה על חפירת בור עבורם ועל שריפתם בעודם בחיים. עם זאת לאחר שהובטח לו שהם ישלמו לו סכום נכבד של כסף הוא התרצה והורה לשחררם. בשנת 1301 פרצו פרעות נגד נוצרים ויהודים ברחבי מצרים, רבים נהרגו, ורבים אחרים נאלצו לאמץ את האסלאם, כולל כל יהודי העיר בילביס במצרים התחתונה.

התקופה העות'מאנית


שלטונם של הממלוכים במצרים הסתיים בשנת 1517 לאחר שזו נכבשה על ידי האימפריה העות'מאנית. הממלוכים המשיכו לשלוט במידת מה במצרים שנותרה לה אוטונומיה בענייני פנים.
על פי מקורות פורטוגולים בשנת 1735 התרחש טבח המוני ביהודי קהיר בהתפרצות קנאית מצד ההמונים, שצבאו על הרובע היהודי בעיר והרגו את רוב תושביו היהודים. בעשרות השנים לאחר מכן מתמעטות הידיעות על יהודי מצרים, ובעת פלישת נפוליאון בשנת 1798 נמצאו בקהיר כ-3,000 יהודים בלבד. פעילותם הכלכלית של היהודים בתקופה זאת ירדה, מספר בתי הכנסת פחת, והמצב הביטחוני הרעוע גרם לכך שכל הלוויה יהודית לוותה בשומרי ראש שכירים.
נפוליאון הביס את הכוחות הממלוכים בשנת 1798 כאשר פלש למצרים, ולאחר שנפוליאון עזב את מצרים הכוחות הצבאיים שהשאיר לא הצליחו לדכא את המרד הממלוכי, ובעקבותיו, בשנת 1801 נאלצו הכוחות הצרפתיים שהשאיר לברוח ממצרים.
בשנת 1806 מונה מוחמד עלי פאשא למושל מצרים, ובשנת 1811 הזמין אליו את מנהיגי הממלוכים והרג את כולם למעט ניצול אחד. החיילים הממלוכים נמלטו לסודאן בעקבות אירוע זה, ובכך הסתיימה שליטתם במצרים. בהובלתו של מוחמד עלי וצאצאיו (במיוחד אסמאעיל פאשא) מחוז מצרים עבר תהליכי מודרניזציה בהשפעה אירופאית שכללו הקמת מערכת חינוך מודרנית, ייסוד תעשייה מודרנית, פתיחת תעלת סואץ, רפורמות אגרריות ורפורמות כלכליות וחברתיות שונות, מהם נהנו גם יהודי מצרים.

התנועות הלאומיות המצריות והשפעתן על הקהילה היהודית

הקהילה היהודית במצרים עברה שינויים בגודלה במשך המאה ה-19 וה-20. היא נוהלה כאוטונומיה בידי נכבדיה, בקהיר ובערים אחרות. נבנו בתי כנסת, נוסדו אגודות שונות לעזרה הדדית, הוקמו בתי ספר שונים, בתי חולים והיו בה חיי תרבות עשירים. במהלך השנים האלו ידעו היהודים עליות ומורדות ביחס כלפיהם דבר שהשפיע על גודל האוכלוסייה. בשנים של פריחה כלכלית במצרים ופתיחת תעלת סואץ הגיעו למצרים יהודים רבים ממגרב ומארצות המזרח התיכון, ובשנים של התעוררות לאומנית ודתית שהביאו בעקבותן פרעות והתעמרות באוכלוסייה היהודית חלה הדלדלות מספרית. בוויכוח על עקרונות הלאומיות ניצחה המפלגה העל-מצרית. בניצחונה התוותה דרך חדשה שהובילה לנאמנות דתית והקצנה בכל הנוגע לאסלאם. אורח החיים היהודי תחילה היה במצב טוב, שגשוג כלכלי, תרבותי וחברתי ויכולת השתלבות מספקת עם החברה המצרית. הקהילה היהודית במהלך השנים נקלעה למשבר זהות בין היהדות והרצון לשמור על המסורת לבין הרצון להשתייך ללאום המצרי. היו תקופות בהן מערכת היחסים בינם לבין החברה המצרית פרחה בכל התחומים ותקופות בהן הקהילה היהודית סבלה מפרעות ומדיכוי על ידי שכניהם המצרים. בסופו של יום מערכת היחסים בין הקהילה היהודית לבין המצרים כשלה וחוסר התיאום בין הלאומים בהשפעת הקמת מדינת ישראל הוביל להגירה של יהודים אל מחוץ גבולות מצרים עד שלאחר מלחמת יום הכיפורים נותרו במצרים מאות אחדות של יהודים. התנגשות האינטרסים בין השאיפה ללאומיות דתית של המצרים לבין הרצון הלאומי מצרי של היהודים היא שגרמה לכשל במערכת היחסים הזו. תהליך המודרניזציה השפיע גם הוא על הקהילה היהודית במצרים, על הפערים בתוכה, על התקשורת בינה לבין החברה המצרית, על הדמוגרפיה ועל כמות האוכלוסייה.
ניתן לראות כי היה ברצונם של היהודים להיות חלק מהלאום המצרי ועם זאת לשמור על המסורת ועל הדת היהודית. השפעתה של התנועה הלאומית המצרית על הקהילה היהודית היוותה בסופו של דבר כגורם מרכזי להתרחקות הקהילה היהודית מהלאום המצרי עד לניתוק כמעט מוחלט שלה.

העת החדשה

תקופה זו מתחילה עם החדירה של מדינות אירופה, בעיקר צרפת ובריטניה, למצרים. ליהודים הייתה זו תקופת פריחה היות שהם יכלו לגשר בין שתי התרבויות: המערב-ארופאית והערבית-מצרית. הם הכירו את התרבויות השונות, היו להם קשרי משפחה ומסחר עם שתי התפוצות וידעו את השפות. בקהיר, עברו היהודים בהדרגה מהרובע העתיק לאזור אסמאעיליה הקרוב יותר למרכז קהיר המודרנית. חנויות ובתי מסחר שפתחו שם נהפכו לחלק משמעותי בחיי המסחר והתרבות של קהיר. באזור זה נבנה בשנת 1905  בית הכנסת שער השמים שנהפך לבית הכנסת הראשי של הקהילה.
אשר למספר היהודים במצרים קיימים אומדנים שונים: לפי אתר משרד החוץ בירושלים במאה ה-20 הגיע מספר היהודים ל-75,000 נפש ויש האומדים את מספרם ב-85,000. באנציקלופדיה אוצר ישראל מצוטטים מפקדי האוכלוסין שבוצעו על ידי השלטון הבריטי. לפיהם, מספר היהודים בשנת 1898 היה 25,000, מהם 9,946 באלכסנדריה, ובשנת 1907 - 38,000 נפש. ב"אוצר ישראל" נאמר כי הקהילה שגשגה יותר מכל הקהילות היהודיות בארצות ערב והיוותה גורם מרכזי בכלכלת מצרים.
יהדות מצרים הייתה קהילה מגוונת ביותר בתחילת המאה ה-20. רוב יהודי מצרים היו ספרדים, חלקם הגיעו למצרים לאחר גירוש ספרד, ואחרים הגיעו בתקופות מאוחרות יותר מקהילות כגון ליבורנו באיטליה או מחלקים אחרים של האימפריה העות'מאנית. מתוך הספרדים יצאה האליטה של הקהילה, שעסקה בבנקאות ומסחר בינלאומי. השפות המדוברות הנפוצות בקרבם היו צרפתית, לדינו, איטלקית, ערבית, טורקית, יוונית (מהגרים מסלוניקי) ועוד. במצרים הייתה גם קהילה אשכנזית קטנה שהוקמה על ידי מהגרים יהודים שהגיעו אליה ממזרח אירופה, הגירה אשר התחזקה בעיקר לאחר פוגרום קישינב בשנת 1903. השפות הנפוצות בקרבם היו רוסית, יידיש ופולנית, אך בהדרגה גם הם אימצו את הצרפתית. העדה הקראית במצרים שימרה בעיקר את הערבית כשפת דיבור, וכך גם רוב בני המעמדות הנמוכים בחברה היהודית (חלק אחר מבני המעמדות הנמוכים היו המהגרים דוברי היידיש). ערבית הייתה גם שפתם של מספר קטן של מלומדים ואנשי רוח שהשתלבו בזירת התרבות המקומית, כגון דאוד חוסני, יעקב צנוע, ד"ר הלל בן יעקב פרחי ואחרים.
בערים החשובות של מצרים, קהיר ואלכסנדריה, היו בתי ספר יהודיים. היה גיוון רב בסוגי מוסדות הלימוד וזאת בהתאם למצב הכלכלי ולפי מבחר השפות והתרבות האירופית שהורי התלמידים בחרו. בשנת 1886 לערך ייסד הרב מימון בן עטר (לימים רבה של אלכסנדריה) ואחיו הרב יעקב תלמוד תורה מסורתי לילדים, שהכיל בשיאו כ-300 תלמידים, ולימד בין היתר בשפות ערבית, אנגלית וצרפתית. הקהילה היהודית הפעילה גם בתי חולים בקהיר ואלכסנדריה, בתי אבות, מוסדות צדקה ותרבות שונים (כולל תיאטרון קהילתי), בתי ספר מקצועיים, עיתונות יהודית ענפה ועוד. בקהיר לבדה פעלו עשרים ותשעה בתי כנסת. שנים עשר מתוכם קיימים כיום, ובית הכנסת שער השמים הוא היחידי שעודנו פעיל. כ-90 כתבי עת, ירחונים ועיתונים יצאו לאור על ידי יהודים במצרים מסוף המאה ה-19 עד שנות ה-60 של המאה ה-20. מתוכם 60 היו עיתונים יהודיים במוצהר ו-30 יועדו לקהל הכללי. רוב העיתונים היו בצרפתית, השפה העיקרית של בני הקהילה, בעוד חלקם בערבית, ערבית-יהודית, עברית או שפות אירופאיות אחרות מלבד צרפתית.

השתתפות בציונות

פעילות ציונית במובן המודרני החלה במצרים עוד בסוף המאה ה-19. אחד מראשוני הפעילים הציונים היה יוסף מרקו ברוך, שייסד במצרים את אגודת "בר כוכבא" בשנת 1897 שהפעילה בין היתר בית קפה, ספרייה ומועדון מפגש בקהיר.  מספר עיתונים ציונים יצאו לאור במצרים עוד בתחילת המאה ה-20, כולל העיתון "מצרים" בשפה ערבית יהודית ו-Le Messager Sioniste בצרפתית. ארגונים ציונים אחרים שהוקמו במצרים מתחילת המאה ה-20 היו "ההסתדרות הציונית של מצרים", שלוחה של ארגון מכבי, תנועת צופים עבריים ועוד. אנשי עסקים מהאליטה הוותיקה של יהודי מצרים כגון הברון פליקס דה מנשה, יעקב (ז'ק) מוצרי ואחרים תרמו ליוזמות בניין בארץ ישראל וכן להפצת הרעיון הלאומי היהודי במצרים. מספר יישובים בארץ ישראל (כגון כפר ידידיה) הוקמו בזכות כספים שגויסו על ידי יהודי מצרים בתקופה הזאת.
בתקופת מלחמת העולם הראשונה מצרים הייתה מקלט ללמעלה מעשרת אלפים פליטים יהודים מהיישוב היהודי בארץ ישראל, מה שתרם להתבססות הציונות במדינה. בעקבות הצהרת בלפור נערכו אירועי שמחה המוניים מצד היהודים ברחובות קהיר ואלכסנדריה. במשך תקופה ארוכה לא היה נדמה שיש עימות אינטרסים בין התנועה הלאומית היהודית לבין התנועה הלאומית המצרית ומטרותיה, ועל כן פעילות ציונית לא נתקלה בהתנגדות רבה, אך אין לראות בזה אינדיקציה לפעילות ציונית ענפה; גם בשיא התרחבותה של התנועה הציונית עם בואם של המתנדבים של היישוב מארץ ישראל לצבא הבריטי במלחמת העולם השנייה, אז הקלו חיילי בעלות-הברית שהוצבו במצרים על הקמת קשר עם ארץ-ישראל, מרבית יהודי מצרים נותרו אדישים לה ולקסמיה. יתר על כן, היו כאלה שהבחינו בפוטנציאל של הפעילות הציונית - דלה ככל שתהיה - להביא פורענויות על יהודי מצרים, ועל כן, לצד מנהיגים שעודדו אותה בגלוי גם אחרי פרוץ המלחמה, נעמדו אלו שהפצירו על נאמנותם לאומה המצרית וביקשו להניא מהפגנות פומביות של ציונות.

יהודים מצרים אחדים כגון עו"ד ליאון קסטרו ועו"ד פליקס בן זקן אף היו פעילים במקביל הן בדרגים הבכירים של מפלגות לאומיות מצריות כגון מפלגת הופד והן בדרגים הבכירים של המוסדות הציונים במצרים. ארגון ציוני נוסף בשם "המועצה הפרו-פלשתינאית" הוקם באלכסנדריה בשנת 1918, ובין מייסדיו היה הסנטור יוסף דה פיצ'וטו ביי, החבר היהודי הראשון בפרלמנט המצרי. הקמת העיתון הציוני ישראל (Israël) על ידי בני הזוג מזל (מתילדה) ואלברט מוצרי בשנת 1920 הייתה גם כן בעלת חשיבות רבה לקידום הציונות במצרים.

סוף הקהילה והעלייה לישראל

לאחר סיום מלחמת העולם השנייה נרשמו במצרים כ65 אלף יהודים אשר מתגוררים שם, אך לא כולם היו רשומים והיסטוריונים מעריכים כי היו במצרים כ-100 אלף יהודים לאחר סיום מלחמת העולם.] רובם היו נמצאים במעמד הבינוני ועסקו במקצועות חופשיים דוגמת מסחר ובנקאות. רק 20%-15% מיהודי מצרים היו בעלי אזרחות מצרית בשנת 1947, כאשר השאר היו חסרי נתינות או בעלי דרכונים זרים, בעיקר איטלקים, צרפתים ואנגלים.
המתיחות שהייתה בארץ לאחר מלחמת העולם השנייה והדיבורים על רצון להקים מדינה יהודית בארץ ישראל, כמו כן כתב המנדט שקיבלו הבריטים מחבר הלאומים על ארץ ישראל גרם להרעה ביחסים בין היהודים למצרים: המצרים הטילו חוקים המגבילים את היהודים במשלח ידם ובחופש שלהם במדינה, והחוקים החמירו עם פרוץ מלחמת העצמאות וקום המדינה. הממשלה המצרית נקטה באמצעים חמורים בכל אזרח אשר נחשד כפעיל ציוני ואף כלאו אותם במחנות ריכוז. המצרים החרימו רכוש יהודי של יהודים בקהיר ובאלכסנדריה, בתים וחנויות של יהודים עלו באש ונבזזו. מאות יהודים נפגעו, אלפים נכלאו ותנועתם הוגבלה. יהודים אשר השפיעו על הכלכלה המצרית ועסקו במקצועות חופשיים כגון ניהול, שיווק, מכירות, משפטים, רפואה וכיוצא בזה איבדו את מעמדם הגבוה ואת נכסיהם. חשבונות בנק של יהודים הוקפאו ורכוש פרטי וציבורי של יהודים הוחרם. בתחילת מלחמת העצמאות התנפלו קבוצות של מצרים על הרובע היהודי בקהיר והרגו, פצעו ובזזו מאות יהודים. מרבית יהודי מצרים עזבו את מצרים בין השנים 1948–1956 בעיקר לאחר מהפכת הקצינים החופשיים שהתרחשה. רוב רובם של היהודים עלה לארץ ישראל והיתר גלו לתפוצות העולם.

מלחמת העצמאות

בליל הכרזת המדינה ופלישת צבאות ערב לשטחה של מדינת ישראל עצרה המשטרה המצרית גברים ונשים יהודים בטווח הגילאים 16–67. העצורים נכלאו בארבעה מחנות מעצר ברחבי מצרים: 'בית הסוהר לזרים' במרכז קהיר, מחנה 'האקסטפ' בהליופוליס, מחנה א-טור ומחנה באבוקיר. העצורים הוחזקו במחנות אלו עד שנה וחצי מבלי שנמסר לבני משפחותיהם היכן הם. בתום התקופה שוחררו בלא שהוגשו נגדם כתבי אישום.
כתוצאה ממלחמת העצמאות הוצאו נגד היהודים איסורים, תחילה השלטון גזר מכל המבקשים לעזוב את אדמת מצרים להצטייד באשרה מיוחדת המאשרת זאת, באופן שיטתי את האשרה הזו מנעו מהיהודים. אחר כך קבעו כי כל הנכסים של אנשים שנמצאים במעצר או כל אגודה או מוסד שמנוהל על ידי אדם שיושב במעצר יעברו לחסותו של מנכ"ל מטעם הממשלה והוא האחראי לעשות ככל העולה על רוחו בנוגע לאותם נכסים. פורסמו עוד המון איסורים דבר שערער את המבנה הכלכלי של הקהילה היהודית במצרים, רכושם הוחרם, העובדים בקהילה גורשו ובאופן כללי היה ניסיון לנדות את הקהילה מהחברה ולשבור את רוחה באופן חוקי שכן רוב רובם של האסירים היו יהודים ולכן הטענה שמה כל הסנקציות הן אנטישמיות התבטלה.
ב-30 במאי 1948 הודיעה הממשלה שתפקיע את רכושו של כל מצרי אם מעשיו מסכנים את ביטחון המדינה. בדרך כלל החוק כוון נגד יהודים שהואשמו באופן גורף בתמיכה בציונות. מאות חברות ובתי מסחר של יהודים הופקעו וחברות אחרות הושמו תחת פיקוח. בנוסף נאסר על יהודים להתאסף וארגונים יהודיים חויבו למסור את שמותיהם וכתובותיהם של חבריהם. יהודים שנודעו בפעילותם למען הציונות סבלו מהתנכלויות, מאסרים, וגירוש. ביניהם הרב ד"ר משה ונטורה, הרב הראשי של יהודי אלכסנדריה, שגורש ממצרים בשנת 1948.
לאחר תבוסת הצבא המצרי במלחמת השחרור ונסיגתו גברו ההתנכלויות ליהודים. ב-19 ביוני 1948 אירע פיצוץ ברובע היהודי קראי בקהיר. עשרות נהרגו ונפצעו. מספר הנפגעים בחודש יולי היה כ-250. לאחר הפסקה קצרה חודשו הפעולות האלימות בספטמבר 1948 ונמשכו גם באוקטובר. לאורך כל שנת 1948 התרחשו פיגועים, הפגנות, מקרי הרג וחטיפות כנגד יהודים. חוסר הביטחון הניע רבים מיהודי מצרים לעזוב את המדינה.
לאחר עליית נאצר לשלטון החריפה ההתנכלות של השלטון ליהודים, המוסדות היהודים הרשמיים ובהם בתי ספר יהודים, בתי חולים, ארגוני רווחה ותנועות נוער הולאמו או הוצאו מחוץ לחוק. בנובמבר 1956 חתם נאצר על צו המורה על הפקעת רכושם של אזרחים שנעצרו או על מי שמוגדרים כ"נתון תחת פיקוח", או על כל חברה או תאגיד שנמצאים בשליטה של אדם שנכלל בקטגוריה זו. הגדרות אלו היו המשך והרחבה של ההגדרות שנקבעו ב-1948 ואפשרו אז הפקעות נרחבות של רכוש ופיטורים המוניים של יהודים.
בעקבות הרדיפות נאלצו רבים מיהודי מצרים (כ-30,000) לעזוב את מצרים. רבים עזבו בספינות אל אתונה, נפולי ומרסיי. הממשלה החרימה את כל רכושם של היהודים שיצאו ממצרים, והם אולצו לחתום על הצהרה שאין להם תביעות ממצרים ולא יחזרו אליה לעולם.
לאחר התבוסה שחוו המדינות הערביות והטענה כי שביתת הנשק נכפתה עליהן בכוח על ידי מעצמות אירופה, השנאה במצרים ליהודים הגיעה לנקודת שיא והאחים המוסלמים חסידי האלימות הגבירו את ההתנקשויות ואת מסע הטרור נגד היהודים.
מאז 1948 היו יהודי מצרים שרויים בבידוד, הם היו מנותקים מהעולם היהודי שמחוץ למצרים והם נכנסו לתקופה של התפוררות ובדידות.

עסק הביש ומלחמת סיני

הרעה חלה במצבם של יהדות מצרים לאחר פרשת העסק הביש. הרקע לאירועים היו השיחות שהתנהלו בין מצרים לבריטניה, בתחילת שנות ה-50, על פינוי הצבא הבריטי מתעלת סואץ. אלו גרמו לדאגה בישראל. מודיעין צה"ל העלה רעיון לחבל בחשאי במתקנים מערביים במצרים, כך שהפעולה תיראה כאילו נעשתה על ידי מחתרת לאומנית מצרית, ובכך לפגוע ביחסים שבין מדינות המערב למצרים. לביצוע פעולות החבלה הפעיל המודיעין הישראלי חוליה מקומית של יהודים מצרים. אנשי החוליה הטמינו פצצות בבתי קולנוע, במשרד דואר ובמרכזי מידע של ארצות הברית בקהיר ובאלכסנדריה.
ביולי 1954 נלכדו רוב חברי החוליה והועמדו לדין. שניים מחברי החוליה, ד"ר משה מרזוק ושמואל עזר, נידונו למוות, והוצאו להורג ב-31 בינואר 1955. חלקם שוחררו במסגרת עסקת חילופי שבויים.
ב-29 באוקטובר 1956 פרצה מלחמת סיני ועמה גם בא גל נוסף של פרעות נגד היהודים, במשך ארבעה חודשים הוחרמו 500 בתי עסק יהודיים וכספיהם הוקפאו בבנקים, 800 יהודים נוספים הוכנסו לרשימה השחורה של השלטונות מצרים ללא סיבה והונם נחסם. בנובמבר 1956 חוקק חוק האזרחות החדש וקבע כי ציוניים אינם יכולים להשיג אזרחות מצרית, ואם כבר יש להם אזרחות היא תישלל מהם. מטרת המצרים הייתה לחסל את היהודים במהירות, ביעילות אך בשקט. המצרים הפעילו כמה שיטות במטרה לחסל את היהודים, תחילה היו מחלקים צווי גירוש ליהודים, לעיתים היו לוקחים אותם מביתם או ממקום עבודתם למקום מעצר לא ידוע או שחלק מהיהודים היו נתונים להשגחה ונאסר עליהם לעזוב את ביתם.
אחרים היו נתונים תחת מעקב משטרתי, קיבלו מכתבי איומים, פוטרו מעבודתם ולא קיבלו פיצויים, סבלו מעלבונות ברחובות ומאיומים רבים. תחושה זו של חשדנות מכל עבר גרמה לתחושה של פחד ואימה מה שהוביל לרצון העז של היהודים לעזוב את ארץ מולדתם מצרים שהייתה להם גיהנום.
המוני יהודים חיפשו דרך להמלט ממצרים, ומספר אלפים מתוכם עשו זאת על גבי ספינות שהושכרו על ידי הצלב האדום לשם מטרה זאת. תנאי היציאה ממצרים היו קשים מאוד ועל מנת להצליח לצאת היו צריכים היהודים להשיג תעודת מסע שניתנה תמורת סכום כסף ניכר, מלבד זאת על היהודי היה לוותר על כל רכושו ולהתחייב שלא לשוב לאדמת מצרים.
עד 1957 נותרו במצרים רק כ-3,000 יהודים, מקהילה שמנתה 80,000 קודם לכן.
בתחילת 1957 החלה התפוררות הקהילה היהודית במצרים, 4500 יהודים נטשו את פרנסתם, כל מוסדות הקהילה שותקו וכספיהם הוקפאו, בית החולים היהודי בקאהיר שנתן טיפול ל-800 יהודים הוחרם על ידי הצבא המצרי, כל העובדים בו פוטרו. בתי ספר יהודים הוחרמו והפכו מחנות מעצר, ראשי הקהילה נאסרו, גורשו או הודרו מנכסיהם. שוב מצאו עצמם היהודים ניצבים במצב בו הם לא רצויים, הם עברו אפליה קשה וכן התעללות. באותה תקופה היו שמועות על מעשים אלו של המצרים כלפי היהודים בארצות שונות, בתגובה הגיב שר הפנים כי אין היהודים סובלים משום אפליות אלא שהממשל המצרי נוקט אמצעי זהירות נגד אנשים מסוכנים שאחדים מהם היו יהודים.

מלחמת ששת הימים וסופה של הקהילה

ביום הראשון למלחמה נאסרו כמעט כל הגברים בקהילה בין 500 ל-600 גברים, הם הובאו לתחנות המשטרה ושם הוחזקו למשך כמה ימים ללא אוכל או מים. במהלך מלחמת ששת הימים, מרבית היהודים שנותרו במצרים עברו התעללות קשה מאוד, הוא נכלאו בתת-תנאים, הושפלו והוכו עד זוב דם. מתואר כי הקצינים המצרים אשר היו צמאים לדמם של היהודים התענגו להתעלל באותם יהודים. בסוף המלחמה זכו האסירים לשחרור ולגירוש מידי.
מתוך ישוב של קרוב ל-90,000 ערב מלחמת העולם השנייה בשנת 1967 נותרו רק 2,000-2,500 יהודים אשר היו כפופים להשגחה קפדנית. בשנת 1971 כבר לא נותרו יהודים במצרים מלבד מספר בודד של יהודים שהתנצרו או התאסלמו.
כיום לא נותר דבר מן הקהילה היהודית העתיקה מלבד בתי קברות שהמצבות בהן הושמדו, כמה בתי כנסת נטושים שנבזזו. למעשה סוף הקהילה היה טרגי, שכן משפחות נטשו את מולדתם, אחרות גורשו ובסופו של דבר הקהילה היהודית במצרים התמעטה והתמעטה עד שכיום היא לא קיימת.

הקמת מוזיאון מורשת יהדות מצרים

בקונגרס העולמי הראשון בראשותו של היו"ר לייבש מישורי ויהודים יוצאי מצרים שנערך ב-29.5.1987 במלון הילטון תל אביב הוחלט על מספר פעולות לשימור מורשת יהדות מצרים, כגון: הקמת מוזיאון, העלאת ספרי תורה ממצרים, תביעות של רכוש יהודי שנשאר במצרים, ועוד פעילויות תרבות אחרות.