קונפדרציית המערכות העצמאיות

השנים המוקדמות

הניסיון השלילי של פדרציית הסחר עם הרפובליקה הגלקטית החל ב-32 BBY, כאשר הפדרצייה הטילה מצור על הכוכב נאבו, בדרישה לתשלום מיסים עבור שימוש בנתיבי סחר. בן בריתה של הפדרצייה היה דארת' סידיוס, סית' לורד שהבטיח להם כי יקדם את עניין הפלישה, ויעזור בקרבות.
ניוט גאנריי, ראש הפדרצייה, השתלט על ארמון הכוכב בעיר ת'יד, וניסה להכריח את מלכת נאבו, המלכה אמידאלה, לחתום על אמנה האומרת כי הפלישה היא חוקית. כשאמידאלה סירבה לחתום, גונריי החל לענות את תושביה בעזרת דרואידי הקרב בהם שלט. אמידאלה הצליחה לברוח, בעזרת שני אבירי ג'דיי הנשלחו מטעם הנשיא העליון וואלורום, שליט הרפובליקה.
המלכה, מגיניה ופמילייתה טסו אל עבר בירת הרפובליקה, הכוכב קורוסנט, בו אמידאלה הציגה את עניין הפלישה, וקיוותה כי תקבל עזרה וסיוע מהסנאט. אולם וואלורום הציע כי תשלח משלחת שתבדוק את עניין הפלישה, ורק לאחר מכן תקבע החלטה. אמידאלה, אשר ידעה כי בני עמה סובלים, דחתה את הצעתו, והציעה הצעה משלה - הצעת אי אמון בוואלורום, ובחירות נשיא עליון חדש. כך אכן קרה, והסנטור של נאבו, סנטור פלפטין, נבחר.
לבסוף, גונריי נתפס, צבא הדרואידים של הפדרצייה נחל כישלון אל מול תושבי נאבו, וספינת הפיקוד פוצצה על ידי אנאקין סקייווקר, ילד צעיר מכוכב טטואין, שהצטרף לכוחות הכוכב. גונריי הובא אל הכוכב קורוסנט, שם הועמד לדין עבור פשעיו. הוא הרגיש נבגד על ידי הרפובליקה, ובמיוחד על ידי סידיוס, אשר נטש אותו כשהחלה התבוסה. פגוע ומושפל, גונריי פרש מהרפובליקה, וביחד איתו, פדרציית הסחר כולה.
גונריי פנה אל הרוזן דוקו, אביר ג'דיי שפרש מהמסדר, וביקש עזרה בביצוע נקמתו ברפובליקה, ובאמידאלה עצמה. דוקו סיפר לו אודות הקמת הקונפדרציה, והציע לו להצטרף. גונריי הסכים, אך הציב תנאי אחד: מותה של אמידאלה. דוקו, אשר היה מעוניין בהצטרפות פדרציית הסחר לקונפדרציה, שכר את שירותיו של צייד הראשים ג'נגו פאט, בהריגת אמידאלה, שכעת נהפכה לסנטורית הכוכב, לאחר שהקדנציה שלה בתור מלכה נגמרה.
ב-22 BBY, מועצת הבדלנים נפגשה בכוכב ג'נוסיס, שם הקים "האיחוד הטכני" מפעלי בניית דרואידי-הקרב של הקונפדרצייה. אובי-וואן קנובי, בעבר פדוואן וכעת מאסטר, עקב אחרי פאט לכוכב, והיה עד לשיחה שהתנהלה בין מנהיגי המערכות השונות. הוא נתפס, ואחריו חניכו, אנאקין סקייווקר, ולמרבה שמחתו של גונריי, גם אמידאלה. השלושה נשלחו להוצאה להורג על ידי שחרור חיות טרף פראיות. ההוצאה להורגה נכשלה, ואל האצטדיון פרצו עשרות אבירי ג'דיי. חברי הבדלנים המפוחדים שחררו את צבא הדרואידים שלהם, שהוכיח את עצמו כקטלני אל מול אבירי הג'דיי.
לבסוף, דרואידי-הקרב גברו על אבירי הג'דיי, והיה נראה כי זהו ניצחונה הראשון של הקונפדרצייה. דוקו הציע למייס ווינדו, מנהיג אבירי הג'דיי שפרצו לאצטדיון להיכנע, ועל כן, הוא יחוס על חייהם. כשווינדו סירב להצעתו, דרואידי-הקרב התכוונו להנחית את מכתם האחרונה, אך מהלך זה הופרע על ידי הגעתו של יודה, וביחד איתו, צבא הרפובליקה, המורכב ממשובטים שנוצרו בכוכב קאמינו. קרב אדיר התחולל בכוכב שבסופו גברו כוחות הרפובליקה על כוחות הבדלנים, והכריחו אותם לסגת. דוקו, כמו שאר חברי מועצת הבדלנים, ברח מהכוכב.
מאותו קרב, החלה לה המלחמה בת 3 השנים, שנקראה מלחמת המשובטים.

מלחמת המשובטים

זמן קצר לאחר הקרב בכוכב ג'נוסיס, גנרל גריווס הפך למנהיג צבא דרואידי-הקרב. לאחר שורת ניצחונות של הבדלנים על צבאות הרפובליקה, הרוזן דוקו גילה למנהיגי הבדלנים כי דארת' סידיוס הוא מנהיגם, וכי התוכנית האולטימטיבית שלהם תהיה לעכב את הרפובליקה מספיק זמן עד להשלמת בניית נשקם האדיר, כוכב המוות, הנבנה על ידי הג'נוסיסאנים.
במהלך המלחמה, מנהיגי הבדלנים (למעט מדוקו) לא ידעו על זהותו האמיתית של סידיוס.