Watch Dogs

עלילת המשחק

באוקטובר 2012, איידן פירס ודיימיאן ברנקס מבצעים שוד בנק וירטואלי במלון בשם "Merlaut" כאשר איידן מעביר את הכסף באמצעות הטלפון חכם שלו אל דמיאן. לאחר זמן מה ברנקס ופירס נתקלים בהתראה על האקר לא מזוהה, דמיאן מנסה למצוא את ההאקר הלא מזוהה, בעוד שאיידן מנסה לשכנע אותו שלא. לבסוף איידן עוצר אותו על ידי התנתקות דרך הטלפון החכם, ומאז הם לא מתראים שנית. מחשש לבטיחות משפחתו, ניקול פירס וילדיה ג'קסון ולינה פירס, הוא מחליט להסיע אותם בתואנה שזהו טיול הפתעה. בדרך, מופיעים משני צדי המכונית מתנקשים שנשלחו כדי ליירט את המכונית של איידן, ואחד מהם שהתברר כבעל השם מוריס וגה, יורה בגלגל המכונית וכתוצאה מכך מתרחשת תאונת דרכים בה המכונית מתנגשת ומתהפכת, ולינה פירס נהרגת כאשר הבובה שלה נשמטת מידה אל מחוץ לחלון המכונית ההפוכה.
שנה אחרי המאורעות, איידן פירס, הידוע כשומר אזרחי המונע פשעים בעיר והקרוי בשם "השועל" בתקשורת, מוצא את מוריס ומנסה להוציא ממנו מידע אודות מי ששלח את הפקודה לירות. לאחר מכן, הוא משאיר את מוריס בידי ג'ורדי צ'ין, אחד מה'עוזרים' של איידן, ובורח משם על ידי פריצות במערכת ה-ctOS.
זמן מה לאחר מכן, איידן מגיע למסיבת יום הולדתו של ג'קסון בביתה של ניקול, אמנם באיחור כבד, ושוהה שם זמן מה. בעת שניקול מדברת בטלפון ולאיידן השיחה נראית חשודה, הוא מחליט לפרוץ לטלפון של ניקול בו הוא שומע אדם מטריד אותה כאשר הוא אומר שהוא "יודע עד כמה הדלתות נעולות". איידן מוצא והורג את מי שהתקשר ומי שפקד עליו להתקשר, ובדרך החיפוש הוא נתקל בדיימיאן, שמבקש ממנו להביא לו את מה שה 'האקר הלא מזוהה' הוציא ממלון Merlaut, מה שמאוחר יותר התברר כי נמצא שם קוד בעל יכולות גדולות, אשר אותו דיימיאן רצה. בשביל לקבל את הקבצים, דיימיאן חוטף את ניקול, ומכריח את איידן להיענות לדרישותיו אם הוא רוצה את אחותו חזרה.
בעזרתה של קלרה ליל, חברה בארגון האנונימי DedSec, הוא מצליח למצוא את אחד מהמפתחים הראשיים של ctOS, אדם בשם Raymond Kenny, שהסווה את עצמו בשם גריידי T-Bone, ביחד הם נותנים לאיידן גישה ל'האקר הלא מזוהה' שמתברר בהמשך כאדם בשם Iraq, אותו איידן הורג, לחסל האקר מיומן בשם Defalt שגונב לכנופיה את הקבצים, אך גם מראה הקלטה שחושפת את קלרה מספרת לאדם כלשהו פרטים אודות איידן ודיימיאן. כתגובה, איידן עוזב את קלרה בזעם, מוצא את ניקול ואת ג'קסון ומבריח אותם מחוץ לעיר, מוצא אדם מבוגר בעזרת T-Bone בשם Lucky Quinn שהתגלה כאדם שפקד על היריה במכונית, שם הוא מציג לו סרטון שחשב שאותו רצה איידן, סרטון חסוי ושמור שלו ושל DedSec, בו נצפה ראש העיר ראשמור הורג את אחת ממפתחי ה-ctOS, אישה בשם Rose Washington מול המצלמה. לאחר מכן איידן רואה ש-Quinn עבר לאחרונה ניתוח בלב והושתל לו קוצב לב, אז איידן פורץ לקוצב הלב שלו ועוצר אותו, ובכך מחסל את Lucky Quinn. 
לאחר מכן הוא מקבל רמיזה מדיימיאן, שכבר מוכר כאויב רשמי אחרי החטיפה של ניקול, שמשהו עומד לקרות לקלרה. אז איידן מגיע אל קלרה, ומוצא את חברי הכנופיה החמושה של דיימיאן אורבת לקלרה, וכתגובה איידן מנסה לקרוא לקלרה שתברח. קלרה מסתובבת רואה סביבה את המתנקשים, עד שיריה אחת הורגת את קלרה במקום, ואיידן מחסל את כל היורים.
אחרי שכל האויבים חוסלו, איידן מגיע עם רובה שלוף אל דיימיאן שמחכה במגדל האור של שיקגו, שם מתגלה ג'ורדי כ'עוזר' של דיימיאן משום שזה שילם לו יותר, והוא מכוון את הרובה שלו אליו. כאשר ג'ורדי אומר לאיידן להביא לו את הטלפון שלו, איידן מפוצץ את החלון דרך הטלפון החכם שלו, מפיל את ג'ורדי מהמגדל, ולפני שדיימיאן מצליח לכוון את הרובה של ג'ורדי אל איידן, איידן יורה לדיימיאן כדור בראש.
לאחר מכן, מתקבלת שיחה מג'ורדי, שחזר לעבוד לאיידן אחרי שדיימיאן מת, שיש בידיו את מוריס. איידן מגיע אל מוריס היושב על ארגז באמצע חדר כלשהו, שם הוא בוחר - אם להרוג את מוריס או להשאיר אותו בחיים. אחרי ההחלטה מתקבלת הודעה מ-Blume, החברה המפתחת את ctOS על מערכת הפעלה חדשה בשם ctOS 2.0, שתהיה מחוץ לשיקגו, בעוד מדינות.