הזירה הימית במלחמת ששת הימים

חיל הים הישראלי

מלחמת ששת הימים פרצה בתקופה בעייתית מאוד מבחינת חיל הים הישראלי. עד שנות ה-60 של המאה ה-20 התבסס חיל הים על משחתות וטרפדות, אוניות מלחמה מימי מלחמת העולם השנייה ומהעשור שלאחריה. כלי הנשק העיקריים של ספינות אלה היו תותחים וטורפדו. כלי שיט אלו הלכו והתיישנו, היו איטיים יחסית ובנחיתות טכנולוגית מול האויב. בתחילת שנות ה-60 החל חיל הים באפיון, תכנון וביצוע תהליך התחדשות מקיף, שעיקרו היה במעבר להתבססות על ספינות סער - ספינות טילים קטנות בהרבה מן המשחתות, זריזות ומהירות, בעלות מכשור אלקטרוני מתקדם, שהחימוש העיקרי שלהן הוא טילי ים-ים. עם פרוץ המלחמה היו ספינות הטילים המתוכננות בשלבי בנייה במספנות מחוץ לישראל, וחיל הים היה מבוסס עדיין על משחתות מיושנות, ונמצא בשפל כמותי ובנחיתות טכנולוגית לעומת כלי השיט שהפעיל האויב.
התחום היחיד בו ניתן היה לדעת פיקוד חיל הים להגיע להישגים בקרב, להערכת מפקדת החיל, היה תחום הלוחמה הזעירה: אנשי צפרדע וסירות נפץ.
בים התיכון היה על חיל הים הישראלי להתמודד מול חיל הים הסורי בצפון וחיל הים המצרי בדרום. בים סוף התמודד חיל הים הישראלי מול חיל הים המצרי בלבד. משמר החופים הירדני בעקבה נמנע מפעילות עוינת גם במהלך הלחימה בין ישראל לירדן בגדה המערבית. ליתר מדינות ערב לא היה צי בעל יכולת לסכן את חופי ישראל.

חיל הים המצרי

עיקר כוחו של הצי המצרי התרכז בנמל אלכסנדריה, בו היו גם מפקדת הצי ומתקני התחזוקה שלו. הנמל השני בגודלו במצרים היה נמל פורט סעיד, אך בו לא החזיקו המצרים יחידות צי גדולות דרך קבע, אלא השתמשו בו בעיקר כבסיס מעבר לים סוף. למרות זאת הייתה חשיבותו המבצעית של נמל זה רבה, בהיותו בסיס יציאה לעבר חופי ישראל: בשל המרחק הגדול מאלכסנדריה לחיפה, כ-400 קילומטר, היה על ספינות הטילים והטרפדות של חיל הים המצרי לתדלק בפורט סעיד כדי לפעול ביעילות מול חופי ישראל.
בזירת ים סוף התארגן חיל הים המצרי בשני בסיסים: בנמל סואץ ובמעגן ע'רדקה. נמל ערד'קה היה הקרוב ביותר למצרי טיראן ומצרי יובל, המצרים בין ים סוף ומפרץ סואץ, ואיפשר שליטה עליהם. בנוסף לבסיסי הקבע היו לחיל הים המצרי מעגנים נוספים, בהם עדביה במפרץ סואץ, שארם א-שייח' בסיני, ספאגה וראס בנאס בים סוף. יתרון נוסף שעמד לרשות חיל הים המצרי היה היכולת להעביר ולהחליף כלי שיט בין שתי הזירות, זירת ים סוף וזירת הים התיכון, באמצעות הפלגה בתעלת סואץ. יתרון זה התבטל במהלך המלחמה לאחר סגירת התעלה בפקודת נשיא מצרים, גמאל עבדול נאצר.

חיל הים הסורי

בסיסו העיקרי של חיל הים הסורי היה במעגן מינת אל-ביידה, בצפון סוריה. בנוסף נהגו הסורים לפרוס כלי שיט בנמל לטקיה, במעגן בניאס, ובנמל טרטוס. זה האחרון היה עדיין בשלבי בנייה, והיה בו רציף אחד שכבר שימש לעגינת כלי שיט, אם כי הנמל טרם נפתח לאוניות אזרחיות. בנמל בניאס היה מסוף הדלק של צינור הנפט מכירכוכ שהיה בבעלות חברה אמריקאית. המסוף כלל מקשרי מצופים למכליות, מעגן לגוררות וסירות שירותים.
פעילות הצי הסורי -
חיל הים הסורי כמו שאר הכוחות הסוריים הופתע מפריצת המלחמה. עם תחילת המלחמה הועלתה הכוננות בחיל הים והסורים פרסו את ספינות הטילים והטורפדו מבסיס הצי במינת אל-ביידה לנמל לטקיה טרטוס והאי ארווד. המקשות זרעו מוקשים בקרבת החוף הדרומי מקומות שלפי הערכתם עלולים לשמש להנחתת כוחות מהים. חיל הים הגביר תצפיות וקיים סיורים לאורך החוף. ופרש את מחסניו ומפקדותיו למקומות מסתור.
הסורים לא קיבלו מידע בזמן אמת על ניסיונות הישראליים לפגוע בנמלים. להערכתם פעל הצי הסורי בהצלחה כדי להגן על התנועה הימית לסוריה שכללה הובלת אספקה צבאית. גם תנועת המכליות למסוף הנפט בבניאס לא הופרעה.

הצי הסובייטי בים התיכון

מאז משבר הטילים בקובה נמצא הצי הסובייטי בתהליך בנייה והתרחבות, לאחר שההנהגה הסובייטית נוכחה בחוסר יכולתה להשפיע במרחק מגבולותיה. על הצי, שמשימתו המסורתית הייתה הגנת החוף, הוטלה המשימה להקים צי שישייט בכל הימים. במאי 1965, במפגש הצי הצפוני, הכריז מפקד הצי, אדמירל סרגיי גורשקוב, על הצורך להציב יחידות צי סובייטי באופן קבוע בים התיכון, כמשקל נגד לצי השישי האמריקני. ואכן, החל מ-1966 החל הצי הסובייטי להפעיל בים התיכון צוללות גרעיניות, אוניות שטח, סיירות, משחתות וכלי שיט קטנים יותר, אם כי מספר כלי השיט של הצי הסובייטי היה קטן מזה של אוניות הצי השישי, ורמתם הייתה נחותה. האספקה לאניות הצי נעשתה בלב ים, מחוץ למים הטריטוריאליים של המדינות לחופי הים התיכון, והתבצעה באזורים שונים: בים האגאי ליד קיתרה, ליד כרתים, בים אלבוראן (חלקו המערבי של הים התיכון, בין ספרד לצפון אפריקה), מפרץ גבס ומפרץ חממת (ליד תוניסיה), ואתרים אחרים. במקביל החלו הסובייטים במגעים שנועדו לאפשר להם שימוש בנמלי ארצות ערב. במקביל לכניסת הצי החלו גם טייסות מפציצים ארוכי טווח מדגם טופולב Tu-95 לסייר בים התיכון.
בתחילת 1967 הוקמה לכוחות אלה מסגרת שנקראה השייטת החמישית. באפריל אותה שנה הצטרפה לכוח הצוללת K-131, צוללת טילי שיוט מהדגם שכונה על ידי הסובייטים "פרויקט 675", ובנאט"ו כונה Echo II‏. הצוללת הצליחה לעבור בחשאי במצר גיברלטר, והייתה תוספת חשובה לשייטת. קיום הכוח הימי בים התיכון נסך ביטחון בהנהגה הסובייטית. בכנס מדינות ברית ורשה, שהתקיים ב-24 באפריל בקרלובי וארי, צ'כוסלובקיה, הציע ליאוניד ברז'נייב לעשות את הים התיכון למקום של שלום על ידי פינוי הצי השישי והשייטת הסובייטית. הייתה זו הפעם הראשונה שנעשה שימוש בצי הסובייטי ככלי להשגת מטרות מדיניות של ברית המועצות.

הצי השישי של ארצות הברית

עצמתו של הצי השישי של ארצות הברית בים התיכון הייתה גדולה ונוכחותו שימשה כמכשיר להשפעה מדינית של ארצות הברית באזור. בסיסי הצי השישי היו ברוטה שבספרד, בנפולי שבאיטליה ובמפרץ סודה באי כרתים. אוניות הצי קיימו ביקורים סדירים בנמלי מדינות הים התיכון.
הצי השישי כלל בדרך כלל שתי קבוצות לחימה שבמרכז כל אחת מהן נושאת מטוסים: אמריקה (CV-66) וסרטוגה (CV-60). קבוצות הלחימה כללו שתי סיירות טילים, גאלווסטון (CL-93) וליטל רוק (CL-92), שהייתה אונית הדגל; 10 משחתות, 4 פריגטות ו-4 צוללות, אחת מהן גרעינית. כוח הנחיתה של הצי כלל שלוש נושאות גייסות, שתי נחתות מבדוק ושתי נחתות טנקים.

הצי המלכותי הבריטי

נושאת המטוסים אה"מ הרמס (R12) ואיתה שש פריגטות ושולות מוקשים נמצאו בנמל עדן, ולא לקחו חלק במלחמה. נושאת המטוסים אה"מ ויקטוריוס (R38) הייתה בנמל ולטה במלטה עם כעשרה כלי שיט, אך גם היא לא יצאה מהנמל בעת המלחמה.

פיקוד, שליטה ונוהל קרב

מוצב הפיקוד הימי, ממנו נשלטו הכוחות בים, ומפקדת חיל הים נמצאו באזור סטלה מאריס בחיפה. משרדי המטה הכללי ומוצב הפיקוד העליון נמצאו בקריה בתל אביב. מפקד חיל הים, שלמה אראל, נדרש להמצא גם בתל אביב וגם בחיפה. ראש מחלקת ים, יצחק רהב, ניהל את פעולות חיל הים באופן קבוע בחיפה. צוות קבוע של חיל הים בראשות שבתאי לוי נמצא בתל אביב. פיזור המפקדים בין שתי מפקדות פגע בניהול.
האלוף אראל הוזעק מחוץ לישראל ב-19 במאי וקיבל את תוכניות המלחמה כפי שנערכו על ידי יצחק רהב. דב שפיר חזר לפקד על שייטת 13, לאחר שבמהלך הכוננות שב מלימודים מחוץ לישראל. אל"ם בנימין תלם הוחזר מצרפת, שם נמצא במשלחת קליטת ספינות הסער, וקיבל לפיקודו את המשחתת אח"י יפו ואת הפיקוד על פעולת פורט סעיד. מפקד שייטת המשחתות, אל"ם נפתלי רוזן, קיבל אחריות על מבצע הנחיתה וקבע את מטהו באח"י נגה (ק-22).
בהפעלת צוללים וצוללות, המרחקים הגדולים בין מרכיבי הכוח כמו גם הצורך לשמור על דממת אלחוט, יוצרים תקופות ארוכות של חוסר קשר בין המבצעים במהלך הפעולה. גם כאשר קיימת אפשרות לקשר, נעשה בו שימוש מוגבל, כדי לא לאפשר איכון על ידי האויב. מצב זה של חוסר קשר אינו מקובל בחילות האחרים בצה"ל ויוצר מתח רב במפקדות. במבצעי קומנדו ימי קיים עקרון של הצבת מקצוען, בצמוד למקבל ההחלטות, במוצב הפיקוד של כל מבצע. היו אלה יוסף דרור - מינת אל-ביידה, זאב אריאל - בניאס, יוחאי בן-נון - טרטוס, ואברהם דרור - אלכסנדריה. מפקד שייטת 13, סא"ל דב שפיר נמצא יחד עם ראש מחלקת ים, אל"ם יצחק רהב, במפקדת חיל הים.
מבצעי קומנדו ימי תוכננו לכל נמל סורי או מצרי והשתנו במהלך ימי הכוננות. לבסוף הופעלו הכוחות בלילה הראשון בשישה מוקדים בו זמנית. נוהל הקרב לפעולות האלה לא היה ברמה הנדרשת להצלחה.

חסימת השיט לאילת

התנועה אל נמל אילת וממנו עוברת במצרי טיראן המצויים בתחום המים הטריטוריאליים של מצרים וסעודיה שהחכירה את האיים למצרים. לפי החוק הימי המצרים הם בינלאומיים והתנועה בהם חופשית. חסימתם בשנת 1956 הייתה עילה למלחמת סיני. נסיגת צה"ל מסיני ומעזה נעשתה רק לאחר קבלת ערבויות בכתב בדבר חופש השיט במפרץ אילת מנשיא ארצות הברית, דווייט אייזנהאואר, לראש הממשלה הישראלי דוד בן-גוריון, ב-20 בפברואר 1957.
נמל אילת שימש מוצא לכיוון המזרח. בשנת 1965 הסתיימה בניית הנמל החדש ובשנת 1966 - בניית מזח הדלק. היצוא דרך נמל אילת, בנוסף לפוספטים, היה ביטחוני, בעיקר לאיראן. תעשיית המכוניות היפנית נכנעה לחרם הערבי ומכוניות עדיין יובאו מאירופה לנמל חיפה. הדלק לישראל הגיע ברובו מדרום אמריקה לנמל חיפה. למעגן הדלק באילת הגיעו מכליות נפט מאיראן. על הקו שייטו המכליות PATRIA של חברת צים, SAMSON של חברת אל-ים ו-SIRIS של חברת אייזיק וולפסון, שלושתן בדגל ליבריה. צינור בקוטר 16 אינץ' הוביל את הדלק למרכז הארץ. חסימת השיט לאילת כשלעצמה לא היוותה נזק אסטרטגי או כלכלי רב, אך הזלזול באינטרס הישראלי סימן את אבדן כושר ההרתעה בעיני מדינות ערב.
כניסת הצבא המצרי לסיני החלה ב-18 במאי, וחסימת מצרי טיראן לשיט לישראל וממנה הוכרזה על ידי נאצר ב-23 במאי. ישראל ראתה בפעולה זו הכרזת מלחמה עליה. ספינת הדיג "ניצן", שעבדה בדרך כלל באריתריאה, יצאה לדרכה ב-22 במאי. בקרבת המצרים קיבלה הוראה להתעכב. בהוראת הרמטכ"ל יצחק רבין המשיכה בדרכה ועברה ללא עיכוב מצד מצרים. ב-23 במאי התקבלה ידיעה שהמצרים החלו בפעילות מיקוש במעבר גרפטון בים סוף. הידיעה לא אומתה.
ב-24 במאי חוזק אזור שארם א-שייח' והוצבו בו ארבעה תותחים 130 מ"מ ואנשי צפרדע של חיל הים המצרי. למצרים הייתה שליטה מלאה באזור אכיפת החסימה, משום שהמעבר במצרי טיראן היה בטווח תותחי החוף של ראס נצרני. בנוסף לחסימה היבשתית נשלח כוח ימי גדול שערך סיורים באזור המצרים ונכנס גם לתוך מפרץ אילת. מטרתו של נאצר בהצבת הכוח הייתה להרתיע את ציי המערב, בעיקר ארצות הברית ואנגליה, מלהתערב בנעשה.
כדי להדגיש את החסימה פרסמו עיתוני מצרים כי ב-30 במאי הורחקה מכלית אמריקנית תחת דגל ליבריה ממצרי טיראן, לאחר שספינת סיור מצרית ירתה יריית אזהרה מעבר לחרטומה. בוושינגטון ובשגרירות האמריקנית בקהיר אמרו שהם לא יודעים על הימצאה של ספינה אמריקנית באזור. הייתה זו מעין לוחמה פסיכולוגית מצד המצרים.
בשעות הבוקר של 31 במאי, במרכז מפרץ אילת (בין דהב לוואסט), עצרה המשחתת "אל-פאתח" אניית סוחר דנית שהייתה בדרכה מעקבה לג'דה והיא הוחזרה כלעומת שבאה. מאוחר יותר קיבלו כלי השיט המצרים הוראות לתת אפשרות למעבר לתנועה בינלאומית ולאכוף את המצור רק לגבי התנועה לאילת ואניות ישראליות בלבד.
בפגישה שנערכה ב-1 ביוני אמר גמאל עבדול נאצר לשגריר הסובייטי בקהיר, פוזידייב, כי הנחה את משמר החופים בשארם א-שייח' וספינות חיל הים המצרי לא לעצור לבדיקה ספינות צבאיות זרות העוברות דרך מצרי טיראן. נאצר הוסיף כי גם אם אוניית מלחמה אמריקנית או בריטית תפתח באש על העמדות בחוף, התותחנים קיבלו הוראה לא לענות באש. נאצר אמר כי אמצעים אלה ננקטו כדי למנוע התנגשויות "בלהט ועצבנות." ואכן ב-2 ביוני הועברה לכוחות המצרים בים סוף הודעה על כך שהאוניה "דולפין" תעשה ניסיון מעבר. ניתנו הוראות לא לעכב את האונייה כי בשלב זה חששו המצרים שזה ניסיון של מעצמות המערב לבדוק את ההסגר ובאותו שלב לא רצו בהחרפה נוספת של יחסים עם המערב. נאצר פנה לנשיא ליבריה, ויליאם טאבמן- (William Tubman), וביקש ממנו לאסור על אוניות הנושאות דגל ליבריה להוביל דלק לאילת.
הכוח המצרי בים סוף גדל וב-4 ביוני כלל שתי צוללות, שלוש משחתות, פריגטה, מקשת, 4 ספינות טילים קומאר, 9 טרפדות וסד"ג (ספינת דיג) חמוש. סיורים של משחתת ושלוש ספינות טורפדו קוימו במפרץ אילת מדי פעם. ב-4 ביוני הייתה למצרים כוונה לבצע מפגן כוח של הנחתת טנקים אמפיביים בדהב ונבק, על ידי שתי נחתות בחיפוי משחתת ומטוסי קרב, אך ההנחתה לא בוצעה. במקביל הוכנו כוחות סעודיים לפרישה באיים טיראן וסנפיר על מנת למנוע תקיפתם. כוונת הסעודים לא מומשה וכוחות אלה לא נפרשׂו.

פעילות ההונאה

עקב הפעילות המצרית שהחלה בחסימת מצרי טיראן החליטה ממשלת ישראל על מלחמה כוללת. תוכנית המתקפה הצה"לית קבעה את מאמץ ההבקעה לצפון סיני. התוכנית כללה צעדי הונאה במגמה להציג את המאמץ העיקרי לפריצה בדרום הנגב בציר נח'ל-כונתילה, בדומה לפריצה במלחמת סיני. מטרת ההונאה בזירה הימית הייתה למשוך כלי שיט מזירת הים התיכון החיונית, לזירת ים סוף שהוערכה כמשנית. על בסיס אילת הוטל לביים הכנות להנחתת כוחות במפרץ אילת.
מול התצפיות שהציבו המצרים בנמל עקבה נערכו מ-28 במאי מדי יום הצגות של כלי נחיתה המגיעים במשאיות ויורדים למים. כמו כן הועמסו טנקים מסוג AMX-13 לנחתת ובלילה הונחתו הטנקים בחוף הדרומי וגם הנחתות הועלו לחוף והוסתרו בוואדי מאחרי הבסיס. בוימו גם תנועות של כוחות צבא אל הנמל והעמסת רכב משוריין על אוניית משא "עמליה" שנרכשה בנוהל מזורז מבעליה היווניים. לפנות ערב יצאו הטרפדות ברעש גדול דרומה ובמהירות רבה ובלילה שבו בשקט לבסיס.
הפעילות נקלטה היטב אצל המצרים: משחתת Z דיווחה כי רדפה אחרי מטרות מהירות שגילתה במכ"ם מצפון לדהב, ונערכו סיורים של טרפדות. היו ידיעות על הכנת כוח סעודי לאיים, אך במקום זאת הועברו חיילים מצריים לאי טיראן במסוקים. להונאה הייתה השפעה רבה על עריכת כוחות היבשה המצריים ומועד תחילת המלחמה ל-5 ביוני נקבע כדי לאפשר להם לדלל את הכוחות בגזרה הצפונית.
כהצלחת ההונאה ניתן לראות שהכוח הימי המצרי בים סוף תוגבר עד כדי שליש מכלי השיט הפעילים. ב-4 ביוני כלל הכוח 3 משחתות, פריגטה אחת, מקשת אחת, 9 טרפדות, 4 סטי"לי קומאר, שתי צוללות, שני סמ"רים וסד"ג חמוש. חלק מצבר הכוחות נעשה עוד לפני תחילת ההונאה ומטרתו הייתה הרתעת ציי מעצמות המערב מלפתוח בכוח את המצור על מצרי טיראן.

הגנת העיר אילת

במהלך ימי הכוננות התקבלה ב-25 במאי ידיעה שהמצרים יפתחו בעוד יומיים במתקפה על אילת. ידיעות המודיעין הועברו לאבא אבן בניו יורק שהתריע לאמריקאים. אלה פנו לסובייטים והשגריר הסובייטי במצרים הזדעק לשיחה עם גמאל עבדול נאצר ומסר לו שברית המועצות לא תתמוך במהלך כזה. לציבור בישראל לא נודע דבר עד אחרי המלחמה.
לאחר פתיחת המלחמה, בצהרי היום ב-5 ביוני, התקבלו במפקדת חיל הים ידיעות על כוח ימי מצרי, המונה שתי משחתות מדגם Z ו-6 ספינות טורפדו P-183, שמשימתו הפגזת אילת. מפקד הזירה, אל"ם אברהם בוצר, קיבל הוראה להציב את הטרפדות במארב מכיוון החוף הסעודי. במקביל נדרש ביצוע סיור אווירי לאיתור הכוח המצרי.
בוצר החליט לשלב במארב כוחות נוספים שעמדו לרשות חיל הים בזירה - סירות מרוץ ואמצעים של שייטת 13. המטרה שקבע לכוח הייתה פגיעה במשחתות שתותחיהן היוו את עיקר האיום על אילת. צורף כוח שייטת 13 בפיקוד שאול זיו, שכלל שתי סירות נפץ מוכוונות מספינת ברטראם שהפעילה מכ"ם והגוררת "צאלה" לתמונה ופיקוד.
היערכות הכוחות נעשתה כאשר שלוש ספינות הטורפדו בפיקוד רס"ן אברבנאל ימצאו דרומיות ביותר בצמוד לחוף המערבי, סירות שייטת 13 בצמוד לחוף הסעודי. תוכנן לתת לטרפדות המצריות לעבור ואז לתקוף את המשחתות בטורפדו ממערב ובסירות נפץ ממזרח. סירות המירוץ בפיקוד רס"ן שני ימצאו בצד המערבי כשישה קילומטר צפונה מהטרפדות. משימתן להעסיק באש את הטרפדות המצריות על מנת להגדיל את סיכויי התקפת הטורפדו וסירות הנפץ על המשחתות. והגוררת "צאלה" בפיקוד רס"ן מגורי נערכה במרכז המפרץ בראש המארב. הוזמן סיוע במטוסי תקיפה לשעת העימות המשוערת.
התנועה להיערכות הייתה קשה. רוח צפונית חזקה וגלים גבוהים יצרו תקלות בכלי השיט הקטנים. סירת מרוץ אחת לא הגיעה למקום המארב, סירת נפץ אחת התמלאה מים וטבעה. בוצר החליט שלא לפתוח בפעילות הנצלה ונתן עדיפות לביצוע המשימה. הכוח המשולב התמקם במקומות המיועדים בשעה 21:30 כלי השיט ציפו למגע עם אויב בעוד 4.5 שעות.
מכ"מי "צאלה"' והטרפדות לא איתרו מטרות עד 55 קילומטר דרומה מאילת. התברר שהכוח הימי המצרי חזר בו מכוונתו לתקוף את אילת. מטוסים שהוזנקו בשעה היעודה כסיוע למארב חזרו. בקשת מפקד חיל הים מחיל האוויר לזנב במצרים הנסוגים כל עוד הם במפרץ אילת נדחתה. משחתת נחשבת כסוללת תותחי נ"מ מוכווני מכ"ם ניידת והיא מטרה לא קלה למטוסים בלילה.
בכל ימי הלחימה, גם בעת הקרבות בירושלים ובגדה המערבית, הקפידו הירדנים על שקט באזור עקבה. עם זאת עמדות התותחים באילת התכוננו לכל תרחיש.

כיבוש שארם א-שייח'

לצורך השטת כוחות הקרקע ביצע חיל הים נוהל החרמת אונייה באילת תוך פיצוי הבעלים. האונייה נרשמה כ"עמליה", רב חובל מונה רמי זולברג. האונייה הוכנה להעברת טנקים למפרץ שלמה.
ב-6 ביוני הוחלט על כיבוש שארם א-שייח', על חיל הים הוטל לסייע לכיבוש בהנחתת 4 טנקים והובלת אספקה בנחתות בליווי ספינות הטורפדו. לאחר שהתקבלו ידיעות על נסיגת הצבא המצרי בסיני הוקדם הביצוע ל-7 ביוני.
ספינות פירקו את הטורפדו ונעשו ספינות תותחים. בשעה 07:01 יצא מאילת כוח שכלל 4 נחתות שנשאו 4 טנקים מסוג AMX-13 וג'יפ, בליווי 3 טרפדות, סירת ברטראם והגוררת "צאלה" כספינת הפיקוד וכוננות לגרירה. כאשר הכוח הגיע למחצית הדרך הגיעה הודעה כי מתנהלת לחימה במצרי טיראן. מפקד הכוח אברהם בוצר עבר ל"אח"י תרשיש" ונע במהירות למצרי טיראן. בטרפדת "אח"י שבא" חל קלקול במנוע והיא נשארה מאחור עם הנחתות.
בשעה 09:00 הגיעה הודעה שצניחה מתוכננת של כוח צנחנים ישראלי תתקיים בשעה 12:30. בוצר החליט להגיע למפרץ שארם א-שייח' עם שתי טרפדות במקביל לצניחה ולסייע בכיבוש המקום. באותה עת לא היה ברור האם עמדת התותחים המצרים ברס נצראני, החוסמת את המצר, מאוישת. כאשר הגיעו לטווח התותחים מרס נצראני התברר כי היו עזובים.
הטרפדות הגיעו למפרץ בשעה 11:30 ובשעה 12:12 הונף דגל ישראל על בנין בית החולים של כוחות האו"ם בשארם א-שייח'. בוצר התקשר למפקד כוח הצנחנים והודיע לו על תפיסת המקום. כתוצאה מכך בוטלה הצניחה ובשעה 14:00 נחתו הצנחנים במסוקים.
אחרי הצהריים התגלו שתי ספינות דיג שנעצרו רק לאחר ירי לפני החרטום. הסירות לא היו חמושות אך נשאו בתוכם 33 חיילים מצריים עם נשק וציוד מחלקתי. היו אלה אנשי הקומנדו המצרי שהונחתו על האי טיראן ערב המלחמה. השבויים נמסרו לכוח היבשתי והספינות נקשרו לרציף. בשעה 17:00 הגיע כוח הנחיתה והנחית את הטנקים בחוף המפרץ. למחרת נכנסה הכבאית של נמל אילת, שהביאה כ-60 חביות דלק לטרפדות.
עם כיבוש שארם א-שייח' הסתיים גם ההסגר על אילת. האנייה הראשונה שעברה הייתה ה"דולפין" בפיקודו של רב חובל מנחם כהן ב-9 ביוני 1967 והגיעה לאילת באותו יום.

התוכנית שבוטלה לתקיפת מעגן ע'רדקה

בזירת ים סוף הייתה תוכנית לפעולת קומנדו ימי של פריצה למעגן ע'רדקה. הצוללים בכלי שיט קטנים היו מתוכננים להגיע במסוקים לקרבת היעד. מפקד הפעולה היה שאול זיו וכוונת חיל הים הייתה לבצע אותה בלילה הראשון. תוך כדי תכנון הוברר שלא יועמדו מסוקים לעניין והתוכנית נפלה. ציוד חיוני של ראיית לילה ומפגש שנמצא בידי הצוללים בזירה היה חסר בפעולת אלכסנדריה.

התוכנית שבוטלה למבצע נחיתה ממזרח לאל עריש

הוטל על חיל הים לסייע לכוחות היבשה הפועלים בגזרת אל עריש על ידי הנחתה מהים. בכך היה נוצר איגוף למערך המוצבים המצריים במעבר הג'יראדי ושיח' זוויד.
כוח הנחיתה כלל שלוש נחתות 60 מטר ושלוש נחתות 36 מטר. בתקופת ההמתנה השלימו מספנות ישראל בעבודה מאומצת את בניית הנחתת אח"י אכזיב שהשלמתה תוכננה לאוגוסט 1967.
למפקד מבצע הנחיתה מונה אל"ם נפתלי רוזן, מפקד שייטת המשחתות. כאניית פיקוד תוכננה אח"י נגה (ק-22). כוח האבטחה הצמודה כלל 5 טרפדות ושתי ספינות משמר שגויסו ממשטרת ישראל.
תוכנית המבצע הייתה העמסת הכוח היבשתי - חטיבה 55 בפיקוד מרדכי גור - על הנחתות בנמל אשדוד, יציאה בליווי כוח האבטחה בנתיב קרוב אך מעבר לטווח ראייה מחוף רצועת עזה, הורדת כוח ראש החוף בסירות גומי מהטרפדות, סימון החוף וביצוע הנחיתה. בהמשך התכנון הוכנסה תוכנית לתקיפת נמל פורט סעיד בסירות נפץ במקביל לנחיתה, אם על ידי מארב מחוץ לנמל או פריצה לנמל עצמו.
מבצע הנחיתה בוטל ב-5 ביוני ובוטלה גם פעולת סירות הנפץ על נמל פורט סעיד.

גזרת סוריה בים התיכון

כחצי שנה לפני המלחמה, בעת הקרבות על תעלת ההטיה של הירדן, הוטל על חיל הים להכין פעולת גמול נרחבת נגד ארבעת נמלי סוריה, בשיטת קומנדו ימי. הפעולה תוכננה עם כל כוחות שייטת 13 לביצוע וכל כלי השיט של חיל הים להובלה ואבטחה. הכוננות לביצוע אמנם בוטלה אך ההכנות לה השפיעו על תכנוני חיל הים למבצעי הקומנדו במלחמת ששת הימים.
בשונה מתכנוני קרבות תעלת ההטיה, לא ניתן היה לרכז כוחות לגזרה הסורית ובמועד התקיפה לא היה ניתן להשיג הפתעה. האישור של ראש הממשלה איפשר לחיל הים לתכנן שלוש פעולות בליל 5/6 ביוני גם בזירה הסורית. זו לא הייתה דרישת המטה הכללי אלא בחירה של חיל הים עצמו. כלי השיט המובילים את הכוחות היו אח"י נגה ושתי ספינות דיג מגויסות ולא היו כוחות לגיבוי ואבטחת החילוץ.

פעולת מינת אל-ביידה

מעגן מינת אל-ביידה נמצא 10 קילומטר צפונית ללטקיה והיווה את הבסיס הראשי של הצי הסורי. צורת החוף מאפשרת התמצאות וזיהוי טוב של פתח המעגן.
ב-25 במאי יצאה הסד"ג המגויסת "גלים" בפיקודו של סא"ל (מיל') יוסף דרור ועליה אנשי שייטת 13 לסיורי יום ולילה בקרבת החוף הסורי. כן בוצעו אימוני שחיית לילה והורדת והרמת סירות. הכוח שהה בשטח עד 30 במאי והוחזר לחיפה.
ב-1 ביוני קיבל יוסף דרור שוב את כוח שייטת 13 על ה"גלים". הכוח, בפיקוד חנוך מנור, כלל 12 לוחמים, שלוש סירות גומי, ציוד צלילה וחבלה. ב-4 ביוני בשעות הערב יצאה "גלים" לדרכה. למחרת בשעה 16:00 קיבלה אישור לביצוע. הגיעה לנקודת ההורדה כמתוכנן, על אף שנדרשה לשנות נתיב כדי להימנע מקרבת אוניות סוחר. בעת הורדת הסירות נפגעה אחת מסירות הגומי והחלפתה בסירת העתודה לקחה כ-40 דקות.
מנור האריך את הדרך על מנת להגיע לחוף מצפון לנמל. בשעה 01:00 היו סירות הגומי בקרבת פתח מעגן מינת אל-ביידה לקראת הורדה, כאשר המגדלור החל לנצנץ ו-3 כלי שיט סוריים הדליקו אורות ונכנסו למעגן. תנועת כלי השיט הסוריים בפתח עיכבה את הורדת הצוללים. סירות הגומי נחבאו בקרבת סלעי החוף.
נותרו שעתיים עד אור ראשון. מפקד הכוח חנוך מנור חישב את הזמן הדרוש לתנועה, הורדת הצוללים והפעילות ביעד, ונוכח כי למועד האיסוף כבר יאיר היום. ידע שעליו לבצע את כל הפעולה ואי איסוף הצוללים לא יתקבל כהצלחה. לאחר שלא הצליח להקים קשר עם מפקד הפעולה החליט לחזור. בשעה 03:30 נפגשו הסירות עם ספינת הדיג ונאספו.
הסירות לא התגלו מהחוף ולא נתקלו בדרכן בכלי שיט סוריים. מפקד הפעולה יוסף דרור דיווח למפקדת חיל הים וביקש אישור לביצוע חוזר באותו לילה - 6/7 יוני. מפקדת חיל הים שקלו שיש צורך במנוחה והורו לדרור להתכונן לביצוע בליל 7/8 ביוני. אך ב-7 ביוני בבוקר התקבלה הוראה לחזור.

פעולת לטקיה / בניאס

במסגרת ההכנות לתקיפה בחוף הסורי תוכננה פעולה על כלי שיט של הצי הסורי בנמל לטקיה. ארגון הכוח כלל ארבעה צוללים, ארבע סירות גומי על אח"י נגה (ק-22) ומפקד אח"י נגה, רס"ן זאב אריאל, יוצא שייטת 13, כמפקד הפעולה. המשחתת אח"י יפו תוכננה להמצא באזור לסריקת פעילות מכ"ם ומידע בזמן אמת, כאשר המפקד הבכיר בזירה, אל"ם נפתלי רוזן, על אח"י יפו. עם הטלת משימת הנחיתה יועדה אח"י נגה להיות אניית הפיקוד של הכוח הנוחת. ב-5 ביוני בוטלה משימת הנחיתה, והנגה קיבלה את משימת הובלת הצוללים לחוף הסורי.
באותו יום נמצא בצילום אוויר כי חמש טרפדות מדגם K-123 עוגנות על הרציף במעגן הבניאס, על כן שונה היעד מלטקיה לבניאס. הפעולה בנמל בניאס לא הייתה אחת מהאלטרנטיבות שכוח התקיפה היה ערוך להן. רמ"ח ים יצחק רהב העריך שהיות ומעגן בניאס הוא מקום קטן ניתן יהיה לבצע ללא תיק מודיעין. אחד מקציני שייטת 13 שעל הסיפון, סגן רפי מילוא, היה היחידי שזכר פרטים מתכנון קודם.
האונייה הגיעה לנקודת ההורדה בשעה 23:00. מפקד כוח הסירות קיבל תדרוך על מכ"ם האנייה לזיהוי החוף. כאן יש חילוקי דעות. מפקד הנוגה טען שניתן היה לראות את מפרץ בניאס בבירור אך מפקד כוח הסירות טוען שתמונת המכ"ם הייתה לא ברורה ולא שוכנע במיקום שקיבל. על הגשר הראו לו מצפון את מגדלור לטקיה ואחר כך התברר שמגדלור לטקיה לא עבד באותו לילה. הסירות התקרבו לחוף במגמה להגיע מצפון למעגן אך נראה שהגיעו מדרומו. בתנועה דרומה לאורך החוף מעגן בניאס לא נמצא.
בעת שאח"י נגה (ק-22) חיכתה בנקודת האיסוף, התגלו בשעה 01:10 בצג המכ"ם שלוש מטרות בכיוון 220 ובטווח 7 קילומטר. המטרות נצנצו באור לבן בדומה לסימן המוסכם עם סירות הגומי. השעה הייתה מוקדמת והכיוון היה שונה מהצפוי. באח"י נגה תפשו עמדות קרב והמתינו לבאות. היו אלה שלוש טרפדות סוריות מדגם K-123 שעברו במהירות רבה בטווח קרוב אך נראה כי חשבוה לספינה סורית ולא פתחו באש. גם אח"י נגה לא פתחה באש, מעייניו של מפקד הנגה היו לאסוף את הסירות החוזרות.
סירות הגומי החוזרות לא ידעו מהאירועים ליד הנגה. בשעה 02:50 החלו הסירות לנוע לנקודת המפגש. כאשר לא מצאו את הנגה כי זו הרחיקה ל-45 קילומטר מהחוף, הורה מפקד הכוח על השמדת סירה אחת. חילק את הדלק והאנשים בין שלוש סירות וכך המשיכו מערבה. הטווח היה גדול ורק בשעה 04:00 נוצר קשר בין הסירות לאנייה, ובשעה 05:00 נוצר מפגש והסירות הועלו. מטוסים שנשלחו לעזרת הכוח הוחזרו. בשעה 07:55 נוצר מפגש עם זוג טרפדות בפיקוד אלי רהב שנשלחו לאבטחה.
מפקד הפעולה, זאב אריאל, שלח מברק על אי ביצוע פעולת שייטת 13 בגלל טעות בניווט. במשך היום ב-6 ביוני נודע כי המצרים והסורים הפנימו את תקיפות חיל הים והכוחות הימיים שלהם קיבלו הוראה להיכנס לנמלים ולאבטח אותם היטב. הוראת מפקדת חיל הים הייתה להשאר בים ולהתכונן לפעולה בליל 7/8 ביוני באותו יעד.
בחקירות מאוחרות התברר כי הסירות שהוכוונו בקורס 070 הגיעו דרומה למעגן בניאס. הקורס הנכון היה צריך להיות 045.

פעולת טרטוס

נמל טרטוס נמצא בשלבי בנייה סופיים אך טרם הופעל רשמית ולא הייתה אליו תנועת אניות. עם הגברת הכוננות בצי הסורי התבססו בו באופן זמני כלי שיט של הצי הסורי שכללו 6 טרפדות ק-123 ושתי ספינות טילים קומאר.
מתוך כוונה לפגוע בכלי שיט אלה כחלק מפעולה כוללת נגד הצי הסורי. גויסה ב-27 במאי ספינת הדיג "שקמונה" שהייתה בבעלות המכון לחקר ימים ואגמים שמנהלו, אלוף (מיל') יוחאי בן-נון, מונה למפקד הפעולה. על סיפון השקמונה הועמסו שני חזירים, 3 סירות גומי וקבוצה כוללת של 12 לוחמים משייטת 13. סגנו של בן-נון היה מפקד השייטת לשעבר סא"ל אהרון בן יוסף והצטרף גם קצין המכונה חנוך בן אליהו. מפקד הלוחמים משייטת 13 היה סרן עמנואל פז (פאולין), שהתמחה בחזירים. יעד אלטרנטיבי של כוח ה"שקמונה" היה מעגן בניאס.
"שקמונה" חומשה בשני מקלעים, כמו יתר ספינות הדיג לסיור הגנתי, ונקבעו התקנים לנשיאת החזירים על סיפון הירכתיים. ב-4 ביוני בשעות הערב הועמסו הלוחמים, החזירים וסירות הגומי בנמל חיפה. הספינה יצאה לים לנקודה מתוכננת בטווח 80 קילומטר מהחוף הסורי. ב-5 ביוני בצהריים נתקבל אישור עקרוני לביצוע הפעולה. הספינה יצאה לים ונתקלה בים צפוני גלים חזקים מול כיוון התנועה שהאטו את התקדמותה.
בשעה 18:45 התקבל אישור סופי והספינה הגיעה לנקודת ההורדה, 18 קילומטר מהיעד, בשעה 22:40. כאן שקל מפקד הפעולה, יוחאי בן-נון, כי לוח הזמנים לא יאפשר ביצוע ואיסוף בחשיכה והחליט לדחות את ביצוע הפעולה. השקמונה התרחקה לכיוון קפריסין ובן-נון דיווח למפקדת חיל הים " לא מבצע.....הורדת כלים לא לפני 23:30 העמידה בספק סיום ביצוע לפני אור ראשון. יוצא לנקודת המתנה באזור שנקבע." בן-נון חשב לבצע בליל 6/7 יוני. מפקדת חיל הים הורתה על כוננות לביצוע בליל 7/8 ביוני אך מאוחר יותר הוברר שהמטכ"ל לא ייתן לכך אישור, והחזירה את הכוח לחיפה.

הגנה מפני צוללות

משימת הגנת החוף מפני צוללות הוטלה על המשחתות אח"י אילת, אח"י יפו ואח"י חיפה שהוחזרה לפעולה. כן הופעלה הצוללת אח"י רהב בפיקודו של מיכאל ברקאי, שכבר לא יכלה לצלול, ככלי שיט נצ"ל. לפי נתוני המודיעין נמצאו מול חופי ישראל שלוש צוללות מצריות. כל משחתת בתורה איתרה צוללת ואף תקפה אותה. פריסקופ שהתגלה ביום השני למלחמה מול נמל אשדוד הותקף בירי על ידי הטרפדות הצוללת עצמה כנראה לא נפגעה. הצוללות חזרו למצרים בלא שהצליחו לפגוע בשיט ישראלי. צוללת אחת מתוכן נזקקה לתיקונים במבדוק.
מספר ספינות דיג גויסו וחומשו בפצצות עומק, והצוותים עברו הכשרה בתחום הלוחמה נגד צוללות. הסד"גים המגויסים סיירו בקרבת הנמלים, רעש מדחפיהן ופצצות העומק שהטילו מדי פעם השפיעו על צוללת האויב לצלול ולהתרחק.
קוים שיתוף פעולה בין הצוללת אח"י רהב לבין סד"גים המגויסים. הצוללת לא הייתה כשירה לצלילה, אולם הייתה מצוידת בסונאר לגילוי צוללות, ואילו הסד"גים המגויסים צוידו בנשק ללוחמה בצוללות, אולם לא עמדו לרשותם אמצעי גילוי תת-מימיים. מסיבה זו הוחלט להפעיל את אח"י רהב יחד עם סד"גים כדי שישלימו זה את זה. אח"י רהב בפיקודו של מיכאל ברקאי סיירה על פני השטח ועסקה בגילוי מטרות תת-מימיות. כאשר היא גילתה מטרה, היא כיוונה אליה את הסד"גים באמצעות הקשר, ואלה תקפו את המטרה בפצצות עומק. לא הובחן מגע עם צוללת אויב בצורה הזאת.

אבטחת החוף

חיל הים נערך למשימת הגנת החוף בהקמת תחנות מכ"ם, תצפיות עין, ביצוע סיורי כלי שיט וסיורי אוויר. פלגת הטרפדות חומשה בטורפדו והייתה בכוננות ליירוט כלי שיט.
תחנות המכ"ם הוקמו בראש הנקרה, בחיפה, בגבעת אולגה, ביפו ובאשקלון. טווחי הגילוי לכלי שיט מתחנות אלה היו כ-20 קילומטר לגבי ספינות דיג ו-50 קילומטר למשחתות או אניות סוחר. בנוסף לתחנות אלה ניתנה תשומת לב גם בשתי תחנות מכ"ם של חיל האוויר שיכלו לגלות כלי שיט בגודל משחתת בטווחים גדולים.
סיורי האוויר נערכו במטוסי נורד שנשאו איתם צופי אוויר אנשי חיל הים. גזרות הסיור היו כ-140 קילומטר מהחוף. סיורים ימיים נערכו בטווח כ-20 קילומטר מהחוף על ידי משחתות ובקרבת החוף על ידי ספינות משטרת ישראל שגויסו לצורך כך.
הגנת נמלי חיפה ואשדוד הוטלה על גונדת הנ"מ בפיקודו של רס"ן אריה מוריס, שהקים יחידת הגנת נ"מ של תותחי 40 מ"מ, וערב מלחמת ששת הימים קרא לחבריו מקורס חובלים א', אברהם לוכסמבורג ואמנון תדמור, להצטרף במילואים ליחידה זו.
האירוע היחיד שנרשם היה הודעה בליל 5/6 ביוני על הפגזת תל אביב מהים. אח"י חיפה, שהייתה בקרבת מקום, הופנתה למטרה שהתגלתה במכ"ם בקרבת החוף ואף ירתה שני פגזי תאורה. לבסוף הוברר שהיו אלה תותחי "לונג טום" ירדניים מאזור קלקיליה שירו על העיר, וגילויי המכ"ם היו מצופי מעגן הדלק בתחנת הכוח רדינג.

מסע הצוללת אח"י לויתן

הצוללת אח"י לויתן הייתה בתום עבודות השיפוץ, בוצעה סדרת ניסויי הנמל, בוצעו בדיקות הצלילה במים רדודים שעם השלמתן יצאה הצוללת לסקוטלנד לביצוע סדרת ניסויי ים בעומק צלילה מרבי. בפרק זמן זה בסיס האם היה בסיס פזליין (Faslane) שבמערב סקוטלנד, בסיסה של שייטת הצוללות השלישית של הצי המלכותי הבריטי. ניסויי הים, כולל בדיקות ב"שדה רעש", וניסויי מהירות מרבית, ניסויי תמרון וניסויי סונר בוצעו בהצלחה.
צוות ה"לויתן" נערך לתקופה אינטנסיבית של אימוני היבנות (working up), אולם, באחד הלילות בזמן ניסויי מהירות ב"" התקבלה פקודה ממפקדת חיל הים לטעון טורפדו קרבי, לתדלק מלא, לטעון הספקה למלחמה (Store for War) ולהפליג במהירות לישראל.
לאחר שהתחמשה ב-12 טורפדות חמושים בראשים קרביים, עזבה ב-25 במאי 1967 אח"י לויתן את בסיס פזליין, בהפלגה לנמל הבית בחיפה במטרה להצטרף למלחמה הממשמשת ובאה. להפלגה הצטרף המש"ט הדר קמחי.
כדי להגיע מהר לחיפה נעשתה ההפלגה על פני המים ללא צלילה. כדי למנוע אפשרות זיהוי הצוללת בדרכה, הוחלט על מחיקת מספר הצוללת צ-75 שהיה רשום בלבן על סנפיר הצוללת משני עבריו. בליל 27/26 במאי, בהיות הצוללת צפונית לוויילס, בכניסה לים האירי, יצאו שני אנשי צוות יעקב תמיר ו גרשון בן-יהודה לבצע את המחיקה בגריז שחור. למרות אמצעי הזהירות נשטפו האנשים למים. כעבור שלושה שבועות נמצאה גופת יעקב תמיר על החוף האירי. גופתו של גרשון בן-יהודה (גלקופ) לא נמצאה.
כאשר פרצה מלחמת ששת הימים, הייתה הצוללת בדרכה, 11 ימים לאחר יציאתה מסקוטלנד. ביום כיבוש רמת הגולן וסיום המלחמה הגיעה אח"י לוויתן לקרבת קפריסין, ונכנסה לחיפה ב-11 ביוני 1967, כך שלא הספיקה לקחת חלק בפעילות הקרבית.

הפעילות בכנרת

בים כנרת הופעלה על ידי חיל הים יחידת שיטור ימי שכללה מספר נמ"כים. הפעילות כללה אבטחת הדיג נוכח מוצבים סוריים על החוף שפתחו באש מדי פעם. במהלך כיבוש רמת הגולן יצאו הספינות וליוו את הכוחות לאורך החוף. כיבוש הרמה איפשר לסיים את תפקיד חיל הים בכנרת. בימה חזרה לפעול יחידת השיטור הימי של משטרת ישראל.

הספנות הישראלית

בנפרד מחסימת המצרים והפעילות נגדו בים סוף לא סבל צי הסוחר הישראלי מהתנכלויות ברחבי הימים. לאוניות המשייטות בכניסה לים התיכון ממצר גיברלטר מזרחה יש מסלול מועדף בקרבת החוף האפריקאי. כאן הזרם המזרחי החזק מסייע לתנועה וחוסך זמן ודלק. אגף הספנות הוציא הוראה להתרחק צפונה מחופי מרוקו, אלג'יריה ותוניסיה, על מנת להימנע ממפגש. לא ידוע על פעילות ציים אלה לאיתור שיט בקרבת חופיהן.
אגף הספנות תיפקד בעת המלחמה כמשק לשעת חירום. פעילות המוקד נעשתה במשרד תת-קרקעי מתחת למשרדי האגף, ובראשו עמד האלוף (מיל') שמואל טנקוס.

הצי השישי של ארצות הברית

למרות מכתב הערבויות של נשיא ארצות הברית על שיט חופשי לאילת, גם אחרי הודעת מצרים על סגירת המצרִים לא נעשתה שום הפגנת כוח מערבית כנגד חסימת מצרי טיראן. נושאית המטוסים אינטרפיד עברה בתעלת סואץ ב-25 במאי והמשיכה בדרכה לוייטנאם.
המשחתת האמריקאית "דיאס" עברה בתעלת סואץ, מהים התיכון לים סוף, ב-5 ביוני מתוך כוונה להחליף את המשחתת "גוז'ף קנדי" אך זו כבר לא יכלה לעבור לים התיכון. "דיאס" נשארה בים סוף מזרחית למסאווה בכוננות לפינוי אזרחים אמריקאים. שם התנגשה בה ספינת דיג מצרית ולאחר מכן הוטרדה על ידי טרפדת תימנית שדרשה ממנה להתרחק 18 קילומטר מהחוף התימני – אך שמרה על איפוק.
בפריצת המלחמה קיבל מפקד הצי הנחיה שיחידות הצי השישי לא יתקרבו יותר ממאה וחמישים קילומטר (בהתחלה 300 קילומטר) מחופי המדינות הלוחמות. בערב 5 ביוני הנשיא נאצר סיכם עם המלך חוסיין בשיחה מוקלטת להאשים את ארצות הברית כשותפה בלחימה. ארצות הברית הודיעה באו"ם כי "אין יחידות צי אמריקני בטווח כמה מאות קילומטר מחופי סיני."
בבוקר 7 ביוני התגלתה צוללת סובייטית לפני הכוח האמריקאי והועסקה על ידי מסוקים ומטוס סיור נצ"ל. האירוע נמשך כל הלילה. הסובייטים רצו להסב את תשומת הלב מהצוללת והתקרבו עם משחתת לנושאת המטוסים "אמריקה". בהוראת מפקד הצי נשלחה המשחתת "לויד תומאס" שכמעט נגחה את המשחתת הסובייטית. נראה שבסופו של דבר הצליחה הצוללת הסובייטית להימלט.
ב-8 ביוני אחרי הצהריים התרחשה תקרית ליברטי ונשלחו מטוסים לסייע. יציאת המטוסים הייתה עשויה להתפרש כהשתתפות במלחמה, ולכן שלח הנשיא ג'ונסון הסבר לראש הממשלה אלכסיי קוסיגין בקו האדום. נושאות המטוסים היו במרחק רב ממקום התקרית וכאשר התברר שזו פעולה ישראלית בטעות, קיבל מפקד הצי, אדמירל מרטין, הוראה להחזיר את מטוסי התקיפה. שוב נשלחו מטוסים ושר ההגנה רוברט מקנמארה הורה שוב להחזירם.
ב-10 ביוני פינתה האוניה היוונית "קראנה" אזרחים אמריקאים מנמל אלכסנדריה שבמצרים בליווי שתי משחתות אמריקאיות. באותו יום כבר היו הצלחות ישראליות ברמת הגולן נכבשה עיר המחוז קוניטרה. החל לחץ סובייטי בקו האדום לוושינגטון לדרוש מישראל להפסיק את הלחימה ולהסיג את כוחותיה.
מרבית יחידות הצי השישי של ארצות הברית נמצאו במערב הים התיכון לקראת תרגיל באזור גיברלטר. המרחק היה גדול מכדי להתערב אך הנשיא ג'ונסון העביר את ההוראה והצי השישי כולו סב על עקביו והחל לנוע מזרחה. כדי להגיע עד 80 קילומטר מחופי סוריה. היה זה איתות שייקלט על ידי כלי השיט הסובייטיים העוקבים שארצות הברית אינה נוטשת את האזור. הסכם הפסקת האש עם סוריה נכנס לתוקף בשעות אחרי הצהריים והמתח פג. האמריקאים פנו מערבה והמשחתת הסובייטית "פלאמני" הפסיקה את המעקב הצמוד ל"סרטוגה".
באוגוסט 1967 הודה מפקד הצי השישי אדמירל מרטין בראיון עיתונאי כי: "הים התיכון איננו מה שהכרנו קודם, היינו יכולים לעשות בו כל מה שרצינו, אך לא עוד."

הרחבת הזירה הימית

כיבוש סיני הרחיב את גזרת השליטה של חיל הים בקילומטרים רבים של חוף. המשימות בים התיכון היו לשמור על הדיג, למנוע גישה של כוחות מצריים והברחות מהים. בחופי ים סוף נוצרה זירה גדולה שחייבה סיורים ומניעת הברחות ופעולות מודיעין. מפקדת הזירה עברה מבסיס אילת לשארם א-שייח', שנקרא מאז מפרץ שלמה.
ההתבססות בשארם א-שייח' הביאה לשר הביטחון משה דיין הארה לגבי המעמד והקשר הראוי שיהיה לישראל עם ארצות המזרח. את הארתו הביע בביטוי "טוב שארם א-שייח' בלי שלום משלום בלי שארם א-שייח'." לחיל הים הייתה לכך משמעות מעשית חיובית ביותר כאשר בנוהל מזורז אושרה בנייה של 6 ספינות טילים במספנות ישראל – דגם סער 4.

שבויי חיל הים הישראלי

ששת לוחמי הקומנדו הימי שביצעו את פעולת אלכסנדריה לא הצליחו לחבור לצוללת בליל 5–6 ביוני, חזרו לחוף והסתתרו במעין מערה על שובר הגלים של הנמל. היו אלה איתן ליפשיץ, זאב בן-יוסף, דניאל ברעם, גדי פטיש, אילן אגוזי וגלעד שני. ב-6 ביוני בשעות אחרי הצהריים התגלו על ידי דייגים שהחלו לזרוק עליהם אבנים. הלוחמים היו כבר ללא נשק וכדי להינצל מלינץ' הציגו עצמם כבריטים, עד שהגיעה המשטרה. זוג אחד הסתלק ונתפס רק בשעה 22:00 בפרברי אלכסנדריה.
בימים הראשונים עברו השבויים חקירות קשות כולל מכות ועינויים, בתחילה התעניינו החוקרים בפעולה עצמה ואחר כך על שיטות עבודה בקומנדו הימי.
חודש מאוחר יותר שבו המצרים את סג"ם יעקב כהנוב ורב"ט אברהם יסעור (וידומלנסקי) בפורט תאופיק. לאחר תקופת חקירות, צורפו השנים ל"חבורת אלכסנדריה". לכלא הובאו גם שני טייסים שנשבו, והטייס יאיר ברק בן ה-29 קיבל תואר "בכיר השבויים".
השבויים הוחזרו לישראל בחילופי שבויים, במקביל להחזרת השבויים המצריים, בסוף ינואר ותחילת פברואר 1968.

העברת מפקדים מתפקיד

כמו כל צמרת הפיקוד המצרית גם מפקד חיל הים המצרי, אדמירל סולימאן עיזאת הועבר מתפקידו על ידי הנשיא גמאל עבדול נאצר ביום הפסקת האש, 10 יוני 1967. היה בכך ביטוי לחוסר שביעות רצון מתפקוד חיל הים המצרי בעת המלחמה. מאוחר יותר נחקר על כך ש"כוחותיו לא זזו ממקומם בעת המערכה עם ישראל".
בחיל הים הישראלי הועברו מספר קצינים מתפקידם בתקופת הכוננות ובמהלך המלחמה:
מפקד זירת ים סוף - מפקד בסיס אילת סא"ל מנשה ליפשיץ נשא בתואר הרשמי של מפקד זירת ים סוף. להערכת מפקד חיל הים שלמה אראל חייבו המצור והאיום הימי המצרי מפקד מנוסה יותר. אל"ם מנחם כהן (קצין) שפיקד בשנים 60–1959 יועד לקבל את הפיקוד על זירת ים סוף. ואילו סא"ל מנשה ליפשיץ ישאר בתפקיד מפקד בסיס אילת. כהן, שנמצא באותה עת במסאווה והכין את אנית המבחן "דולפין", קיבל הוראה לחזור לישראל. מאוחר יותר ההוראה שונתה וכהן נשאר באנייה. 

מפקד חיל הים שלמה אראל הגיע למסקנה שהוראותיו של ליפשיץ הכניסו עודף לחץ על אנשי בסיס אילת שהועמדו בכוננות זמן רב, שלא לצורך. 

סיבה נוספת שהכריעה הייתה פינוי משפחות אנשי הבסיס ומשפחת המפקד בכלל זה מאילת לצפון הארץ בתקופת הכוננות למלחמה. פעולה זאת שהיה לה הגיון משפחתי רב ואף סייעה לייעל את תפקוד אנשי הבסיס, התקבלה באופן שלילי על ידי הציבור באילת.

את הפיקוד על הזירה הדרומית קיבל אל"ם אברהם בוצר שהוחזר מלימודים והוא הכין ופיקד על הזירה במהלך המלחמה. מנשה ליפשיץ לא הוחזר עם שוך הקרבות ובוצר מסר את התפקיד לאל"ם נפתלי רוזן.
מפקד כלי שיט - רס"ן זאב אריאל, הועבר מתפקידו כמפקד אח"י נגה (ק-22) בעקבות החלטתו שלא לפתוח באש על כלי שיט מתקרבים, שהתבררו כטרפדות סוריות. המחדל לכאורה קרה בעת שהמתין לאיסוף סירות גומי, בפעולת בניאס בליל 5/6 יוני. מפקד חיל הים שלמה אראל רצה להמחיש למפקדי כלי השיט את ההתנהגות התוקפנית המצופה מול אויב.

אריאל שזכה 8 שנים קודם לכן בעיטור העוז, על פעילותו בנמל ביירות, לא הסכים עם ההדחה.  לדעתו הייתה זו התנקמות באנשי שייטת 13. מפקד חיל הים אברהם בוצר מינה אותו לפקד על אח"י בת גלים (ת-81). אריאל עלה בדרגה, נעשה מפקד פלגת נחתות וקצין מטה עד לפרישתו לגמלאות.
ראש מחלקת ים אל"ם יצחק רהב, שהיה הקצין הבכיר ביותר בחיל אחרי מפקד חיל הים, התפטר מתפקידו בעקבות תקרית ליברטי. מפקד חיל הים שלמה אראל קיבל את ההתפטרות. לאחר מספר ימים נמלך רהב בדעתו וביקש לבטל את מכתב ההתפטרות אך אראל לא הסכים לכך. רהב, שראה עצמו מועמד לקבל את הפיקוד על החיל, לא אמר נואש ופנה אל הרמטכ"ל, אך יצחק רבין הודיע כי יכבד כל החלטה של שלמה אראל ורהב פרש מהשירות.

ציונים למורשת

השירות הבולאי הוציא ב-16 באוגוסט 1967 סדרה של 3 בולים לציון מלחמת ששת הימים: האחד שחרור הכותל המערבי, השני בול כללי של צה"ל, והשלישי מראה את מצרי טיראן, האונייה "עמליה" וחרטום ה"דולפין".

הפקת לקחים בחיל הים

ההצלחות המרשימות של חיל האוויר וקרבות היבשה הקשים שהביאו לתפישת שטחים יצרו הרגשת עליונות ודרישה להישגים דומים גם בים. העובדות שהחוף הישראלי היה מוגן כל ימי המלחמה והשיט לישראל וממנה נשאר חופשי למרות הכרזות מצרים וסוריה על מצור ימי לא בלטו לעין. הפגיעה שלא במתכוון באונייה אמריקאית עוד הוסיפה לביקורת. תחלופת מפקדים ומעורבות עמוקה של הפיקוד לא ניתן היה להגיע לתחקירים חושפניים ומסקנות תקפות. בציבור הישראלי התמסדה הדעה כי חיל הים נכשל במלחמה.
ראש מחלקת ים, יצחק רהב, פרש מהחיל. אל"ם בנימין תלם נמצא בצרפת ועסק בספינות הסער. המפקדים הבכירים הוותיקים יוחאי בן-נון ויוסף דרור לא זומנו להציג עמדתם. מפקד שייטת 13, דב שפיר, קיים תחקירים לפעולות השייטת כאשר הצוללים מפעולת אלכסנדריה עדיין נמצאו בשבי. תרבות ההתחקיר החושפני עוד לא הייתה מקובלת אז בחיל הים. אירועים שקרו מאוחר יותר באותה שנה האפילו את זכרונות המלחמה.
המחלקה להיסטוריה של צה"ל, בראשות אל"ם אברהם איילון (לנטש), ערכה מחקרים על מלחמת ששת הימים. דו"ח מה"ד היסטוריה שנעשה בדצמבר 1970 לתפוצה מוגבלת עוסק בפירוט המבצעים ברמת הביצוע ללא מסקנות ולקחים. מעבר לכך לא נעשתה עבודת מטה מרוכזת לסיכום לקחי המלחמה בזירה הימית, אך בשייטת 13 נערכו דיוני מקיפים במבצעיה במלחמה.
ההיסטוריון הרוסי אלכסנדר רוזין, אשר בתיאור המלחמה שלו אוהד באופן ברור את הצד הערבי, מגדיר זאת כך: "חיל הים הישראלי, למרות המצב העגום של החלק המהותי של הצי והמחסור בציוד מודרני, הצליח למנוע את ההתקפה על האוכלוסייה האזרחית בחופי הארץ מהים. (חיל הים) איפשר מעבר חופשי של אוניות סוחר בהצלחה לנמלי המדינה בים התיכון ועוד היו מסוגלים לבצע במהלך המלחמה תקיפות על בסיסי הצי העיקריים של האויב - אלכסנדריה ופורט סעיד - מתחת לאף של חיל הים המצרי."
נראה כי הייתה לפיקוד חיל הים הערכה מוגזמת לכוח הקומנדו הימי ופיתח ציפיות להישגים שהיו מעבר ליכולת ריאלית. מעט הכוח שהיה פוצל בין מטרות רבות וברגעי העימות נמצא בנחיתות. סגן מפקד החיל אברהם בוצר רואיין ב-1968 לכתב העת "מערכות" והסביר "שצריך מזל ולא היה".
בעוד שבהישג של מניעת הפגזת העיר אילת ב-5–6 ביוני על חיל הים להתחלק עם חיל האוויר הרי שסילוק שלוש הצוללות המצריות שנמצאו מול חופי ישראל נרשם לזכות חיל הים. צוללת אחת (לפחות) חזרה עם נזקים ונזקקה למבדוק. על הזכות לפגיעה בצוללת זו טוענים ארבעה כלי שיט בנפרד אך נראה שהיא של אח"י חיפה.
את ההישג של חיל הים הישראלי במלחמת ששת הימים אפשר למצוא בשמות הפעולות. לא עוד נקראו אלה "קרב תל אביב" או "קרב אשקלון" כבמלחמת השחרור וגם לא "קרב חיפה" של מלחמת סיני. הפעם היו אלה "אלכסנדריה", "פורט סעיד", "טרטוס", "בניאס", "מינת אל ביידה" ו"שארם א-שייח'".
בתחום בניין הכוח, חיל הים יישם לקחים שאת רובם ידע עוד לפני המלחמה. לאחר שהשתלט על טכנולוגית טילים ונגד טילים עדיפה, פיתח ובנה לעצמו ספינות סער בכמות מספקת. כך הביא ניצחון מוחץ על הצי הסורי וחיל הים המצרי בזירה הימית במלחמת יום הכיפורים.

הפסקת אש - אך בים נמשכה הלחימה

כפי שאירועי הלחימה בזירה הימית קדמו לתחילת הקרבות כך גם המשיכה הזירה הימית לרתוח לאחר הקרבות. בעוד שבזירות היבשתיות נעשה שקט יחסי לאחר הפסקת האש ב-11 ביוני 1967, בזירה הימית נמשכו פעולות האיבה, ברוח הצהרתו של גמאל עבדול נאצר שיש לראות במלחמת ששת הימים מערכה שלא נסתיימה.
כלי השיט המצריים עזבו את נמל פורט סעיד לאלכסנדריה, במרחק הפלגה של 150 מיל ימי. באלכסנדריה לא היו מאוימים על ידי מטוסי ישראל אבל גם לא יכלו לפעול במהלך לילה אחד כנגד חופי סיני וישראל. כאשר הלחימה פסקה ישבו כוחות צה"ל בצד המזרחי של התעלה עד כ-20 ק"מ מדרום לים התיכון. מפקד חיל הים ביקש לתפוש את יתרת הגדה המזרחית כדי שרציפי הנמל יכוסו בשליטה באש. מניעת התבססות מחודשת בפורט סעיד הייתה אינטרס חשוב למדינת ישראל ומרכיב חשוב להגנת החוף. אנשי המטה הכללי היו משוכנעים שהמצרים הוכו מספיק, ולא רצו להשקיע כוחות במה שנראה להם מיותר. הכוח המצרי היחיד שלא סבל אבדות היה הכוח הימי. על כן אחרי תקופה קצרה, כשהתברר כי ניתן לפעול מנמל פורט סעיד, חזרו אליו ספינות טורפדו וספינות טילים מצריות.

העימות על השיט בתעלה

כאשר התברר שסירות שירות מצריות שטות באופן חופשי בתעלת סואץ ובאגמים הסתבר בדיונים מול האו"ם, כי המצרים רואים את קו הפסקת האש על הגדה המזרחית של התעלה, בעוד שישראל ראתה את הקו כעובר במרכז התעלה, מרחק שווה מגדותיה. ב-14 ביולי 1967 נקבעה לשר הביטחון משה דיין פגישה עם ראש המשקיפים הגנרל אוד בול לדון בסוגיה. דיין שאף להציג שיט ישראלי בתעלה כעובדה. 5 סירות גומי נושאות דגל ישראל הושטו על ידי אנשי חיל הים במספר מוקדים לאורך תעלת סואץ. הפעילות זכתה מאוחר יותר לשם 'מבצע ברק'.
קצין משייטת 13, גדי שפי, הביא ספינה מסוג ברטראם שהגיעה למוצב המזח במגמה לרדת למים. המצרים הופתעו מסירות הגומי וכשהגיעה סירה גדולה על משאית, הגיבו על כך בירי. כוחות צה"ל באזור פורט תאופיק נערכו לתגובה אך לא יכלו לתת חיפוי ישיר על סירות הדגל בגזרה. האש המצרית פגעה בסירה ומשיטי הסירות נאלצו להפסיק את השיט ולחפש מסתור.
זוג שייטים שהיה קרוב למזח ומפעיל נוסף שחיכה לתורו בחוף הצליחו להתחמק. לזוג השני סג"ם יעקב כהנוב ורב"ט אברהם יסעור שהיו במרכז התעלה ומול משטח רדוד. לאחר שסירתם טובעה, הסתתרו מאחורי עמוד עיגון. כוח מצרי בשתי סירות חתירה, הגיע בלא הפרעה, ושבה אותם. סירה אחרת באזור קנטרה הותקפה באש מהחוף המצרי. אך שם נענו המצרים באש חזקה. שתי סירות שהפגינו שיט באגם המר עשו זאת ללא הפרעה.

עיטורים וציונים לשבח

רס"ן אברהם דרור קיבל את עיטור העוז על כי חזר וחדר עם הצוללת אח"י תנין ב-7 ביוני 1967 אל מעבר למערך ההגנה בנמל אלכסנדריה, לצורך איסוף צוללי שייטת 13 שיצאו לפעולה בלילה הקודם.
על "מבצע ייצוב", הצגת הדגל בתעלת סואץ ב-14 ביולי 1967, הוענקו עיטורי אות המופת למשיטי הסירות שהיו חשופים לאש, סג"ם יעקב כהנוב ורב"ט אברהם יסעור, מחולית החוף של שייטת הנחתות, שנשבו בעת התקרית. עיטורים נוספים הוענקו לסמ"ר אורי בארי, סמ"ר חיים שטורמן, סמ"ר גיל חי ורס"ר אבישי בן יוסף משייטת 13. על אותו אירוע קיבל רב"ט יצחק דורוחונצנו את עיטור המופת על פינוי פצוע תחת אש ליד ספינת הברטראם שנשרפה על הרציף.
על פעולתו הכפולה ככוון וטען בתותח אורליקון, בטרפדת ט-203, בקרב רומני הועלה רב"ט אלי רגב (הוניגספלד) לדרגת סמל וקיבל ציון לשבח ממפקד חיל הים.
על פעילות הלחימה באלכסנדריה זכה צוות הצוללת אח"י תנין לרקע אדום לאות הצוללן. על פעילות בנמלי אלכסנדריה ופורט סעיד, כובדו קבוצות הצוללים וצוות החילוץ בסירת ה"ציפור", לרקע אדום מתחת לכנפי העטלף שלהם.