האגודה לזכויות האזרח בישראל

שנות השבעים

האגודה הוקמה בשנת 1972. בין המייסדים היו ארנסט סטוק, נסים רג'ואן, ברני רזניקוף, פרד וייסגל, דוד קרצמר, לסלי סבה, אליעזר דוד יפה, מנחם אמיר ודניאל עמית, אשר חשו בצורך בארגון עצמאי, חוץ פרלמנטרי, שיגן על זכויות האדם בישראל, כחלק בלתי-נפרד מהתנועה הבינלאומית לזכויות אדם שהתחזקה מאוד לאחר מלחמת העולם השנייה. הדגם שאליו שאפו מייסדי האגודה להדמות הוא האיגוד האמריקאי לחירויות אזרחיות (ACLU - American Civil Liberties Union) שנוסד בידי ליברלים שנאבקו על חופש הביטוי בזמן מלחמת העולם הראשונה, ומאז התפתח וצבר השפעה רבה בארצות הברית.
האגודה לזכויות האזרח השתיתה את חזונה על בסיס הזכויות שהוכרו בההכרזה לכל באי עולם בדבר זכויות האדם, שהתקבלה על ידי עצרת האו"ם בשנת 1948, ועל ערכי מגילת העצמאות.
בהצהרת מטרות האגודה מ-1972 נכתב:
"בתוך הקשת הרחבה של ארגונים המאפיינת את החברה הישראלית, אפשר לחפש לשווא אחר ארגון יעיל המייצג את הליגה להגנת זכויות האזרח. לעומת זאת, קיים גוף שכזה כמעט בכל מדינה מערבית, ומהווה כתובת לפניות הפרט שזכויותיו האזרחיות נפגעו והמבקש עזרה או ייעוץ. הגיע איפוא הזמן להקמת ארגון דומה בישראל. מן המוסכמות הוא שהישגי ישראל בשטח זכויות האזרח ראויים לקנאה. המערכת המשפטית בישראל מצטיינת בהגינותה ובהיותה נקיה משחיתות, מידת החופש שהפרט נהנה ממנה בולטת במדינה שזמן כה רב נתונה במצור. אולם ברור גם כן שבתנאים כאלה קיימים בכוח אזורי סכנה הטעונים פיקוח והשגחה באמצעות גוף בלתי תלוי ובלתי מעורב מסוג זה שבהקמתו מדובר כאן. משום שכאשר טובתו וביטחונו של הציבור כולו מהווים שיקולים עליונים, עמדתו ומצבו של האזרח הפרטי עלולים להיות מוזנחים. ובמדינה בעלת מיעוט אתני ודתי מרובה, טבעי הוא גם בזמנים תקינים שהרוב ישתדל לקיים את עליונותו, בעוד שהמיעוט יחתור לא רק לשוויון בטיפול, אלא גם למידה של אוטונומיה כדי לאפשר לו לקיים את צביונו הבסיסי. במצב מסובך זה ישראל עדיין חסרה "מגילת זכויות" שתמנה זכויות אזרחיות בסיסיות ותבטיח את הגנתם של כל הפרטים והקבוצות בפני פעילות כפייתית בלתי חוקית הן מטעם מוסדות ממשלתיים והן גורמים פרטיים. להבטיח את הגינות תהליכי הפעולה של המוסדות המשפטיים, לקדם אווירה של סובלנות מרבית של חילוקי הדעות ולהתנגד לכל צורה של הסגת גבול זכויותיו של הפרט מכל צד שהוא - אלה יהיו בחלקן המטרות שהאגודה החדשה תציב לעצמה".
ב-1974, עם הצטרפותה של ד"ר רות גביזון לשורות האגודה, החל להיווצר גרעין של אנשי הפקולטה למשפטים באוניברסיטה העברית, שהעניקו לארגון צביון משפטי. בתקופה זו הצטרפו לפעילות בין היתר, אלי שאלתיאל, יהודה כהן, מיכאל ברגר, פנינה להב וקנת מן.
ב-1976 נענה פרופ' יצחק-הנס קלינגהופר, שהיה ממייסדי המפלגה הליברלית וחבר כנסת מטעמה (וגח"ל), לפנייה לכהן כנשיא הראשון של האגודה (כיהן עד 1982).
ב-1979 הצטרפה האגודה לליגה הבינלאומית לזכויות האדם. אף שמטרותיה המוצהרות היו הגנה על זכויות האדם בישראל ובשטחים הנתונים לשליטתה בלבד, פרסמה האגודה בשנותיה הראשונות מספר פעמים גינויים להפרה של זכויות אדם במדינות חוץ, כגון פנייה לממשלת קוריאה הדרומית בעניין עונש מוות, והצהרה המגנה מעצר פעילי זכויות אדם בארגנטינה בתקופת החונטה הצבאית. בשנים הבאות לא שבה האגודה להביע עמדה בענייני הפרת זכויות אדם בחו"ל.
ב-1980 עתרה האגודה לבג"ץ בעקבות סירובו של משרד הפנים לאשר הוצאת שבועון בערבית. בג"ץ דחה את העתירה וקיבל את עמדת המדינה, לאחר שעיין בחומר חסוי שהוצג על ידי השב"כ. לימים הגישה האגודה שלוש עתירות לביטול פקודת העיתונות, שהובילו בסופו של דבר לביטול הפקודה בשנת 2017, ופעלה נגד הפרקטיקה של הסתמכות בתי המשפט על חומרים חסויים של מערכת הביטחון.

שנות השמונים

בתחילת שנות ה-80 נפתח המשרד הראשון של האגודה, והחלה העסקת כוח אדם שכיר. בין העובדים בשנים אלה היו עו"ד יהושע שופמן, לימים המשנה ליועץ המשפטי לממשלה, עו"ד אביגדור פלדמן, לימים מבכירי עורכי הדין בישראל, והסטודנטית שלי יחימוביץ', שהייתה רכזת סניף באר שבע של האגודה, ולימים עיתונאית וחברת הכנסת. הבסיס העיקרי לתנופה זו היה תמיכה כספית שהחלה האגודה לקבל מהקרן החדשה לישראל.
ב-1981 פרסמה האגודה את תוצאות הבדיקה שערכה ברמת הגולן, לאחר קבלת חוק הגולן. החוק עורר תסיסה בקרב תושבים דרוזים בגולן ורובם סירבו לקבל תעודת זהות ישראלית. בעקבות זאת נקטו הרשויות שורה של צעדים כגון איסוף כפוי של תעודות הזיהוי הישנות וחלוקת תעודות חדשות, פיזור אלים של מפגינים שביקשו למחות על כך והפעלת אמצעי לחץ כגון ניתוק קווי טלפון וחשמל, מניעת יציאה מהאזור לטיפול רפואי, ואף הטלת עוצר. חיים כהן, לשעבר שר המשפטים והיועץ המשפטי לממשלה, שפרש מבית המשפט העליון זמן קצר קודם לכן וקיבל על עצמו את נשיאות האגודה (כיהן בין 1982 ל-1988), מתח ביקורת חריפה על פעולות הצבא ואף כינה אותן "התנהגות ברברית". הדברים משכו ביקורת נוקבת נגד האגודה, והיו חוליה ראשונה בשורה ארוכה של עניינים ופרשיות בהן עמדה האגודה לזכויות האזרח במרכז הוויכוח הציבורי בישראל.
בפברואר 1983 נרצח אמיל גרינצווייג בתום הפגנה של "שלום עכשיו" בירושלים. גרינצווייג היה חבר האגודה והרצח הסעיר רבים מחבריה. חודש לאחר מכן עתרה האגודה לבג"ץ עקב סירוב המשטרה להתיר מצעד בירושלים לציון שלושים יום למקרה. שופטי בג"ץ קבעו כי על המשטרה לספק הגנה נאותה למפגינים, ולא לאסור את קיומה של ההפגנה בשל חשש לאלימות כלפי המפגינים. דוד חשין, כיום שופט בבית המשפט המחוזי בירושלים, שהגיש את העתירה בהתנדבות, ציין כי "בכך נקבע תקדים חשוב על חופש ההפגנה והמשטרה נאלצה להתרגל לכך שלא כל סירוב שלה יתקבל ויהיה עליה לתת היתרים באופן שגרתי".
זמן קצר לאחר מכן שבה האגודה ועתרה לבג"ץ בשל סירוב המשטרה להתיר לנאמני הר הבית להתפלל ביום ירושלים ליד שער הכניסה להר הבית. בג"ץ קיבל את העתירה. נדבך נוסף בביצור חופש ההפגנה הושג בעקבות פעילות האגודה נגד הנוהג המשטרתי לבדוק את זהותם של מפגינים (כגון משתתפי משמרות המחאה מול בית ראש הממשלה של מתנגדי מלחמת לבנון הראשונה ותומכיה) ואף לעצור מפגינים דרך שגרה. היועץ המשפטי לממשלה, יצחק זמיר, הבהיר למשטרה שקיום משמרת מחאה אינו דורש רישיון, ולכן אין לעצור מפגינים במשמרת מחאה ללא סיבה מוצדקת.
ב-1984 ניהלה האגודה מספר מאבקים למען זכויות האסירים והעצירים. בעקבות זאת הוגבל השימוש בגז מדמיע כאמצעי ענישה בבתי הכלא, ובעקבות עתירה לבג"ץ תוקן החוק (ב-1986) באופן שאפשר לעצירים ולאסירים לבחור בבחירות לכנסת, בין כותלי הכלא. מאוחר יותר, ב-1995, ייצגה את האסיר מרדכי ואנונו, בדרישה לשיפור תנאי כליאתו, ובעיקר כדי להוציאו משנות בידוד ממושכות.
ב-1985 פסלה המועצה לביקורת סרטים ומחזות את המחזה "אפרים חוזר לצבא", בטענה שהוא מציג את הממשל הצבאי בצורה מסולפת ומרושעת. המחזאי, יצחק לאור, והאגודה עתרו לבג"ץ נגד ההחלטה. בית המשפט קיבל את העתירה, וקבע כי המועצה חרגה מסמכותה וכי יש חובה להשתמש בזהירות בכלי של הצנזורה. פסיקה זו הביאה בסופו של דבר לביטולה של הצנזורה על מחזות.
ב-1988 נקטה האגודה לראשונה בהליך משפטי בעניין אשפוז כפוי של חולי נפש. בעקבות הערעור שהגישה על אשפוז כפוי, קיבל בית המשפט המחוזי בת"א החלטה תקדימית לגבי הזכות להליך הוגן בדיון בוועדה הפסיכיאטרית ותפקיד המשפטן בוועדה. בנושא זה המשיכה האגודה לעסוק ביתר שאת בעשור שלאחר מכן.
בעקבות האינתיפאדה שפרצה בסוף שנת 1987, פנתה האגודה בהדרגה לעיסוק נרחב בהפרת זכויות האדם ביהודה ושומרון וברצועת עזה. אחת הפעולות הראשונות הייתה עתירה לבג"ץ על תנאי העצורים בכלא דהרייה. בצעד חריג החליטו השופטים, בראשות נשיא בית המשפט העליון, מאיר שמגר, לסייר בכלא. האירועים בשטחים השתלטו במידה רבה על סדר היום של האגודה, וחלק ניכר מהפעילות המשפטית והציבורית הוקדש לתחום זה. פורסמו מודעות בעיתונות ובהן הבהרה מהי פקודה בלתי חוקית בעליל וחוות דעת השוללת את השימוש במעצר מנהלי. עם התמשכות האינתיפאדה, החלה מסכת ארוכה של התדיינויות והתכתבויות עם הרשויות. עורכי דין מטעם האגודה הופיעו באלפי ערעורים על מעצרים מנהליים, והאגודה פעלה נגד הריסת בתים, הגבלות על תנועת תושבים, ובעיקר נגד צעדים אלימים של כוחות הביטחון כלפי תושבים בשטחים. ביוני 1989 עתרה האגודה לבג"ץ בדרישה להעמיד לדין את אל"ם יהודה מאיר, בטענה שהורה לחייליו לשבור ידיים ורגליים לתושבי שני כפרים בשטחים - חווארה וביתא. בית המשפט קיבל את העתירה ובפסק דין שחולל סערה ציבורית, הורה לפרקליט הצבאי הראשי להעמיד את מאיר לדין. "מעשים מסוג זה מקוממים כל בן-תרבות ושום עירפול או אי-בהירות אינם יכולים לחפות עליהם", כתב השופט משה בייסקי. בית הדין הצבאי הרשיע את אל"ם מאיר, ב-1991, וגזר עליו הורדה לדרגת טוראי. פסק הדין שימש בסיס למערך שיעור של קצין חינוך ראשי, כדי ללמד את חיילי צה"ל מהי פקודה בלתי חוקית בעליל.
ב-1988, לאחר פרישת חיים כהן מנשיאות האגודה, תפס את מקומו נשיא בית המשפט העליון בדימוס, שמעון אגרנט (כיהן עד 1992).
ב-1989 פנה אל האגודה יונתן דנילוביץ', דייל אל על, שחי עם בן זוגו מאז 1979. חברת אל על סירבה לבקשת דנילוביץ' לקבל כרטיסי טיסה עבור בן זוגו, כפי שמקובל באל על לגבי בני זוג ידועים בציבור. האגודה הגישה בשמו תביעה לבית הדין לעבודה. הייתה זו פעם ראשונה שהומוסקסואל תבע בבית משפט זכויות שוות. במקביל לדיונים בתיק, התקבל תיקון לחוק שוויון ההזדמנויות בעבודה שאסר אפליה בעבודה בשל נטייה מינית. בהסתמך על התיקון קבע ביה"ד כי מדיניות אל-על מפלה בשל נטייה מינית ולפיכך היא בלתי חוקית. לאחר שערעורה של אל על נדחה בבית הדין הארצי לעבודה, הגישה החברה ב-1994 עתירה לבג"ץ, שנדחתה אף היא. בג"ץ קבע כי מדיניותה של אל על פוגעת בזכות לשוויון והיא פסולה. האגודה ממשיכה לפעול לקידום זכויות קהילת הלהט"ב, ובמיוחד להכרה בזכויות הנובעות מזוגיות של בני אותו מין, כגון הכרה באלמן צה"ל, זכויות פנסיה, פטור ממס שבח, זכאות לקצבת שארים והכרה בנישואים שנרשמו בחו"ל.
ב-1990 הצטרפה לאגודה לזכויות האזרח עמותת "אור אדום", שפעלה נגד אלימות המשטרה כלפי אזרחים. מאז טיפלה האגודה בתלונות רבות בנושא. המודעות הגוברת לאלימות משטרתית הביאה ב-1993 להקמת ועדה על ידי שר המשטרה. לראש הוועדה מונה מרדכי קרמניצר, חבר מרכזי באגודה. בדו"ח הוועדה שפורסם ב-1994 נקבע כי התופעות של שימוש בכוח מופרז והתעמרות באזרחים מצד שוטרים חמורות יותר בישראל מאשר במדינות רבות בעולם. כדי להביא לתיקון המצב, יזמה האגודה פרויקט חינוך רב שנים לכוחות הביטחון, במסגרתו הועברו סדנאות והשתלמויות לשוטרים, אנשי מג"ב, סוהרים וחיילי צה"ל.

שנות התשעים

ב-1991, בעקבות החלטת האגודה שנה קודם לכן להרחיב את עיסוקה גם לתחום הזכויות החברתיות, החלה האגודה לפעול למען זכויות אנשים עם מוגבלות, ובמיוחד כאלה הלוקים בפיגור שכלי. עד מהרה הובהר הצורך לעסוק בכל קשת המוגבלויות והלקויות, בכל תחומי החיים. משום כך הקימה האגודה ב-1992 ארגון נפרד בשם "בזכות - המרכז לזכויות אדם של אנשים עם מוגבלויות".
ב-1992 חלה עליה בפיגועים שביצעו אנשי החמאס והג'יהאד האסלאמי נגד ישראלים, וב-16 בדצמבר 1992 החליטה הממשלה לגרש ללבנון "מסיתים לפעולות טרור". נציגי האגודה באו בלילה לביתו של השופט אהרון ברק, שנתן צו ביניים שמנע באופן זמני את הגירוש. בדיון עצמו החליטו רוב השופטים לבטל את צו המניעה הזמני, ואנשי החמאס גורשו ללבנון. עם זאת הורה בג"ץ לשר הביטחון ולצה"ל לנמק את החלטת הגירוש, וראש הממשלה יצחק רבין תקף את האגודה בחריפות וכינה אותה "האגודה לזכויות החמאס". בדיון לגופה של העתירה, נקבע כי לא ניתן לגרש ללא מתן זכות טיעון, וכי המגורשים רשאים לממש את זכות השימוע שלהם בדיעבד. למחרת, חובלה מכוניתו של עו"ד יהושע שופמן, שייצג את האגודה בפרשה.
במחצית שנות ה-90 החלה האגודה לעסוק בזכויות העובדים הזרים ושיתפה פעולה עם ארגונים אחרים, בהם "קו לעובד", "רופאים לזכויות אדם", ו"המועצה לשלום הילד". במסגרת שיתוף פעולה זה קמה ב-1997 קואליציה של ארגונים בשם "אצבע על הדופק", שפעלה לשימור העקרונות הבסיסיים של חוק ביטוח בריאות ממלכתי: שוויון בשירות הרפואי ואי-התניית שירות בתשלום.
באותן שנים הגבירה האגודה את טיפולה בזכויותיהם של האזרחים הבדואים בנגב. האגודה הגישה שורה של עתירות נגד אפליית הבדואים, בהן עתירה נגד אי ההכרה המתמשכת ביישובי הבדואים, ועתירות לפיתוח שירותים ביישובים הללו כגון בתי ספר ומרפאות.
ב-1994, לאחר טבח מערת המכפלה, בוצעו מעצרים מנהליים בקרב פעילים בתנועת כך. נועם פדרמן ושנים אחרים מן העצורים מהם ביקשו וקיבלו מהאגודה ייצוג משפטי, נוכח התנגדותה העקרונית של האגודה למעצרים המתבצעים על ידי הרשות המבצעת ולא על ידי הרשות השופטת. היה זה מקרה ראשון של ייצוג אנשי ימין על ידי האגודה בנסיבות שכאלה, שכן רוב רובם של המעצרים המנהליים באותן שנים היו של פלסטינים תושבי יהודה ושומרון ורצועת עזה.
ב-1995 קיבל בג"ץ את עתירתה של אליס מילר, שיוצגה על ידי עורכי-הדין של האגודה ושדולת הנשים, בעניין סירוב צה"ל לקבל את מילר לקורס טיס. "מבחנו האמיתי של שוויון הוא בהגשמתו, הלכה למעשה, כנורמה חברתית תוצאתית", כתב השופט אליהו מצא. בעקבות פסק הדין נפתחו בפני נשים הכשרות שונות שהיו עד אז סגורות בפניהן, בהן קורס טיס, קורס חובלים, קורסים שונים בחיל התותחנים, מערך הנ"מ בחיל האוויר הישראלי, משמר הגבול ועוד. התיקון לחוק שירות ביטחון, מינואר 2000, השלים את פסיקת בג"ץ בעגנו את זכותה של חיילת להתנדב למקצועות לחימה, שנקבעו על ידי שר הביטחון. מילר עצמה לא התקבלה לקורס הטיס, משום שנמצאה כלא מתאימה, אך הפכה מאז לאחד מסמלי המאבק לשוויון בצה"ל. בעקבות פסק הדין, פנו לאגודה נשים שביקשו להתגייס למשטרה אך נדחו בטענות שוביניסטיות. האגודה עתרה לבג"ץ, עתירה שאמנם לא נתנה מענה לעותרות עצמן, אך הביאה לשינוי ביחס המשטרה לנושא, ולבחינה מחדש של יעדי גיוס הנשים וקידומן במשטרת ישראל.
באפריל 1995 מת עבד אל סאמד חריזאת, כתוצאה מחקירתו בשב"כ שבה טולטל ונוער בחוזקה פעמים אחדות. פרקליטות המדינה החליטה להעמיד לדין משמעתי את אחד החוקרים. הפרשה עוררה ביקורת ציבורית ביחס לשימוש בעינויים, והאגודה דרשה מוועדת השרים לענייני השב"כ ומהיועץ המשפטי לממשלה לאסור לאלתר על שימוש בשיטת הטלטולים. משהדרישה לא נענתה, עתרה האגודה לבג"ץ. העתירה הצטרפה לעתירה אחרת שהגיש שנה קודם לכן הוועד הציבורי נגד עינויים בישראל. בג"ץ לא מיהר לפסוק בעניין זה, ורק במרץ 1998 החליט לקיים דיון עקרוני משותף בכל העתירות הרבות שהוגשו עד אז נגד שימוש בעינויים בחקירות שב"כ. בספטמבר 1999 קיבל הרכב מורחב של תשעה שופטים, בראשות הנשיא אהרון ברק, את העתירות, וקבע כי אסור לשב"כ להשתמש בטלטולים או בעינויים פיזיים אחרים בחקירותיו.
בג"ץ קעדאן - החל משנת 1995 ייצגה האגודה בעתירה לבג"ץ את משפחת קעדאן מבאקה אל-גרבייה שביקשה לרכוש מגרש ולבנות בית ביישוב קציר, אך הובהר להם כי מדיניות היישוב אינה מאפשרת מגורים לערבים, אלא ליהודים בלבד. בפסק-הדין שניתן במרץ 2000, נקבע כי הקצאת קרקעות וייחוד יישובים ליהודים בלבד על מקרקעי ציבור איננה חוקית.
ב-1996 החליפה רות גביזון את שמעון אגרנט כנשיאת האגודה (כיהנה עד 1999).

המאה ה-21

ב-2000 קיבל בג"ץ עתירה שהגישה האגודה בשם רותי וניקול ברנר-קדיש, זוג לסבי, עקב סירובו של משרד הפנים לרשום את ניקול כאם המאמצת של מתן, בנה של בת זוגה רותי. למרות ניסיונות משרד הפנים למנוע את הדבר, ביולי 2001 נרשמה ניקול כאמו השנייה של מתן, ובכך נקבע התקדים של שתי אמהות.
עם תחילת האינתיפאדה השנייה, פרצו הפגנות מחאה של ערביי ישראל, שהפכו להתנגשויות אלימות עם המשטרה, ו-13 בני אדם נהרגו מירי המשטרה. האגודה פעלה, יחד עם ארגונים אחרים, להקמת ועדת חקירה ממלכתית, שתחקור את האירועים, ולאחר הקמתה פרסמה, יחד עם ארגון "עדאלה" והאגודה הערבית לזכויות האדם, דו"ח על האירועים ובו עדויות ראייה. האגודה הגישה שורה של עתירות לבג"ץ ופעלה במישור הציבורי כדי להביא לידיעת הציבור את הנעשה בשטחים. פעולות האגודה עוררו ביקורת קשה עליה, הן בקרב הציבור והן בקרב הרשויות, ובראשן על ידי היועץ המשפטי לממשלה, שתקף את האגודה בחריפות על התבטאויותיה.
בעקבות האינתיפאדה וגל פיגועי ההתאבדות, החלה ישראל באמצע 2002 בהקמת גדר ההפרדה. האגודה התריעה כי תוואי הגדר גורם לפגיעה קשה ורחבה בזכויות האדם של התושבים הפלסטינים, ומנתקת רבים מהם מאדמתם, ממקומות עבודתם ומשירותים חיוניים. בעקבות עתירות ופעילות האגודה שונה תוואי הגדר באופן משמעותי בגזרות שונות. בשנת 2002, לאחר אירועי הפיגוע במלון פארק בנתניה ומבצע חומת מגן פרץ עימות פנימי באגודה סביב מה שנתפס בעיני יו"ר ההנהלה, נעמה כרמי, כהצדקה של חלק מהעובדים - רובם ערבים - לפיגועי טרור נגד יהודים, ובעיניהם - כהזדהות של האגודה עם הנראטיב של צה"ל ומדינת ישראל. בד בבד עם פעילותה זו, התקבלה באגודה החלטה לפיה הפגיעות בזכויות אדם של האוכלוסייה הפלסטינית, הנובעות מההתנחלויות, הן פרי המשטר בשטחים המקיים להשקפתה שתי מערכות נורמטיביות שונות, הנותנות עדיפות למתיישבים היהודים בשטח על פני התושבים המקומיים הפלסטינים. מצב זה, לדעת האגודה, מנוגד מעצם טיבו לזכויות אדם. עם זאת האגודה אינה נוקטת בעמדה ישירה באשר להחלטות מדיניות, כדוגמת הסדרים ביחס לסיום הסכסוך, אלא רק באשר להשלכותיהם על זכויות אדם ואזרח.
בעשור הרביעי לפעילותה פנתה האגודה לעיסוק גובר והולך בתחום הזכויות החברתיות-כלכליות. במאי 2003 התקבלה בישראל תוכנית כלכלית, במסגרתה קוצצו גמלאות הבטחת הכנסה במאות שקלים. האגודה הגישה עתירה לבג"ץ בדרישה שיכריז על ביטול הקיצוץ בשל פגיעתו ביכולתם של אנשים החיים מתחת לקו העוני להתקיים, עתירה שנדונה ביחד עם עתירות שהגישו ארגונים נוספים. בפסק-דין שניתן בדצמבר 2005, קבעו שבעת שופטי ההרכב פה אחד כי קיימת במשפט הישראלי זכות חוקתית לקיום בכבוד של כל תושב בישראל, זכות הנגזרת מחוק יסוד: כבוד האדם וחירותו, ואף נקבע כי בסמכותו של בית המשפט לאכוף אותה על המדינה גם באמצעות חוקים במקרים המתאימים. עם זאת, ברוב של 6 מול 1 הוחלט לדחות את העתירות, לאחר שנקבע כי במקרה הקונקרטי לא הוכח שקיצוץ הקצבאות גרם לפגיעה לא חוקתית בזכות לקיום בכבוד.
ב-2004, לאחר שחרורו של מרדכי ואנונו מהכלא, עתרה האגודה בשמו לבג"ץ בניסיון לבטל את הגבלות התנועה הקשות שהוטלו עליו. ב-2005 הסכימה האגודה לייצג את יגאל עמיר, רוצח ראש הממשלה יצחק רבין, בתביעתו לאפשר לו להינשא ללריסה טרימבובלר. האגודה הסבירה כי עונש המאסר פוגע בחופש תנועתו של האסיר, אך עדיין שמורות לו שאר זכויות האדם, ובהן הזכות לחיי משפחה.
ב-2006 עתרה האגודה לבג"ץ בעניינם של מספר זוגות גברים שהתחתנו בקנדה לפי החוק המאפשר שם נישואים חד-מיניים. בבג"ץ יוסי בן-ארי נגד מנהל מינהל האוכלוסין במשרד הפנים ביקשו הזוגות לרשום את הנישואין הללו בישראל. עמדת המדינה הייתה כי בעוד שיש לתת לזוגות הומו-לסביים שוויון זכויות מלא בכל הנוגע לזכויות כלכליות, בית המשפט אינו רשאי להכיר בתבנית משפטית חדשה למיסוד הזוגיות, אלא עליו להשאיר עניין זה למחוקק. בג"ץ קיבל את העתירה וחייב את המדינה לרשום כנשואים את הזוגות שנישאו בקנדה, בין השאר בהסתמך על הלכת פונק שלזינגר, שבה חויבה המדינה לרשום נישואים אזרחיים שנעשו בחו"ל.
עקב התרחבות ניכרת של העסקת עובדי קבלן בישראל, יזמה האגודה ב-2006 מהלך ציבורי נרחב נגד ניצולם של עובדי הקבלן בידי חברות כוח האדם ומי שמזמין שירותים של חברות אלה. לצד פעילות משפטית קיימה האגודה קמפיין ציבורי בתקשורת ("עושק מורשה") ובקרב המעסיקים תוך הבהרת חובותיהם כלפי עובדי הקבלן ודרישה למימושן המלא. האגודה פרסמה דו"ח על זכויות העובדים בישראל. שבו נטען כי עובדי הקבלן אינם נהנים בדרך כלל מתשלום עבור תנאי עבודה נלווים, וזכויותיהם מופרות כדבר שבשגרה, בניגוד לחוק.
ב-2008 החלה האגודה לעסוק באופן אינטנסיבי בזכות לדיור. היא פועלת לקידום דיור ציבורי, דיור בר השגה, זכויות שוכרים ועוד. האגודה גם נאבקת נגד אפליה והדרה בדיור. בתחום הבריאות הייתה האגודה פעלה בעשור הראשון של המאה ה-21 בקואליציית ארגונים שנאבקה לצמצום פערים בשירותי הבריאות בין המרכז לפריפריה ובין אוכלוסיות שונות, ובקואליציה שפעלה להכנסת רפואת השיניים לילדים לסל הבריאות. בעשור השני מתמקדת פעילות האגודה בזכות לאשפוז סיעודי. 
עם ההתרחבות הניכרת של השימוש ברשתות תקשורת ממוחשבות, באינטרנט, בטכנולוגיות תקשורת חדישות, גבר הלחץ מצד גורמי שלטון לגישה קלה למידע הפרטי הרב המועבר באפיקים אלה, ובמקביל להטיל פיקוח על גישת הציבור לתכנים באינטרנט ובטלפון. בתחילת 2008 יצאה האגודה למערכה ציבורית נגד הצעת החוק סינון תכנים באינטרנט - הצעה ראשונה מסוגה בישראל לצנזורה באינטרנט - בטענה כי הדבר יביא להקמת מנגנוני צנזורה כנהוג במשטרים אפלים. ב-2008 עתרה האגודה לבג"ץ נגד חוק נתוני תקשורת, שזכה לכינוי "חוק האח הגדול". בעתירה נטען, בין היתר, כי החוק עומד בסתירה לזכות החוקתית לפרטיות וכי אינו מספק הגנה לבעלי מקצועות הנהנים מחיסיון, דוגמת עיתונאים, עורכי דין, רופאים או פסיכולוגים. פעילות האגודה בתחום הזכות לפרטיות מתמקדת גם במאבק להגביל גישה ושימושים מסחריים בנתונים אישיים הנמצאים במאגרי מידע ובמאבק בחוק המידע הביומטרי.
בתחילת מבצע עופרת יצוקה הביעה האגודה מחאה נגד הפגיעה באוכלוסייה אזרחית ברצועת עזה, וציינה: "ההתקפות הפסולות על אוכלוסייה אזרחית בישראל אינן יכולות לספק הצדקה כלשהי, מוסרית או חוקית, לפגיעה חסרת הבחנה באזרחים פלסטינים חפים מפשע". בהמשך המבצע הביעה האגודה מחאה על הפגיעה בבית חולים בעזה. עוד פרסמה האגודה מודעת מחאה בעיתון "הארץ" שיצאה נגד הרג ילדים.
בשנים 2012-2009 קיימה האגודה בתחילת דצמבר מצעד זכויות אדם לציון יום זכויות האדם. בכל אחד מארבעת המצעדים השתתפו למעלה ממאה ארגונים ואלפי צועדים
בשנת 2011 קיבלה האגודה את פרס גורני למשפט ציבורי.
בשנת 2011 פרסמה האגודה דוח ובו טענה כי ישראל מקיימת ביהודה ושומרון שתי מערכות חוק נפרדות: האחת, ישראלית-אזרחית, לאזרחים ישראלים, והשנייה, צבאית, לתושבים הפלסטינים. בדוח נטען כי התוצאה היא אפליה ממוסדת של הפלסטינים, שאינה מסתכמת בעניינים ביטחוניים ופליליים אלא נוגעת כמעט לכל תחומי החיים. בשנת 2013 הביעה האגודה התנגדות להצעת החוק להחיל את חוק עבודת נשים ביהודה שומרון.
בשנת 2012 עתרה האגודה עם עמותות נוספות בבג"ץ נגד ההיתר להפעיל בבית החולים אסותא אשדוד שירותי רפואה פרטית בתשלום. העתירה נדחתה והעותרים חויבו בהוצאות משפט בסך של 45,000 ש"ח. מאוחר יותר הגיעה המדינה להסכם על ביטול שירותי הרפואה הפרטית בתשלום בבית החולים שם.
בשנת 2012 החלה האגודה במעקב אחרי יוזמות חקיקה אנטי-דמוקרטיות לטעמה: יוזמות המאיימות לצמצם את המרחב הדמוקרטי בישראל, לפגוע בחופש הביטוי ובחופש האמנות, בזכויות מיעוטים, בהפרדת הרשויות ועוד. האגודה מעדכנת את רשימת היוזמות מעת לעת.
בשנים 2015-2013 נאבקה האגודה עם ארגונים עמיתים בתיקונים ל"חוק למניעת הסתננות" על גלגוליו השונים, והצליחה לצמצם משמעותית את מדיניות הכליאה של מבקשי מקלט. בהמשך הגישו הארגונים שורת עתירות שהביאו לשיפור תנאי השהייה של מבקשי המקלט במתקן חולות.
תחום עיסוק בולט של האגודה במשך השנים הוא חופש הביטוי והזכות להפגין. האגודה ניהלה הליכים משפטיים רבים שביססו את הזכות להפגין ואת זכויות המפגינים, ומפעילה עם ארגונים עמיתים את פרויקט "דוקורייטס" המסייע למפגינות ולמפגינים בייעוץ, במידע ובהשאלת ציוד צילום. 

ביקורת על פעילות האגודה

אף שלאורך כל השנים נמנעת האגודה מהזדהות פוליטית גלויה, הועלתה ביקורת על פעילויות שונות של האגודה, בטענה שהן סייעו לארגונים הפוגעים בביטחון ישראל. ביקורת כזו הושמעה מפי ראש הממשלה יצחק רבין, שבעקבות העתירה בעניין גירוש 400 פעילי החמאס ללבנון, כינה אותה "האגודה לזכויות החמאס". פעילים בימין כינו אותה "האגודה לזכויות האזרח הפלסטיני". כך גם השר זאב בוים, שאמר בתגובה לדו"ח שפרסמה האגודה: "האגודה לזכויות האזרח הפכה מזמן לאגודה לזכויות הערבים, ולא לזכויות האזרחים היהודים. הנטייה הפרו ערבית-פלסטינית שלה ראויה לבדיקה מעמיקה. האגודה לא שואלת למשל האם יהודים יכולים לגור ביישובים ערביים". טענות נוספות כנגד האגודה היו שהיא לא סברה שתוכנית ההתנתקות פגעה בזכויות אדם,, וכי היא לא מוחה באופן מספק על הפרות זכויות אדם שמבצעים כלפי המתנחלים.
בתגובה שפרסם היישוב היהודי בחברון לדו"ח משותף של האגודה ו"בצלם", כונו הארגונים "אנטי לאומיים", והואשמו כי מימונם על ידי גורמי חוץ שבחלקם עוינים את ישראל משפיע על עמדותיהם, כמו גם זהות העובדים במחלקות השטחים של הארגונים, שרבים מהם ערבים. עוד נטען כי זה שנים שארגונים אלה מציגים נתונים שקריים וחצאי-אמיתות. אחד הנימוקים להקמת ארגון זכויות האדם ביש"ע היה טענה שהאגודה אינה נותנת הגנה מספקת למתנחלים שזכויות האדם שלהם נפגעות.
מן העבר השני של המתרס הפוליטי, הועלו במהלך השנים טענות מחוגי שמאל על היותה של האגודה "ממסדית" מדי, ושעקב כך היא מסייעת במידה רבה לשימור הסדר החברתי הקיים. כדוגמאות לכך הובא עיסוקה המועט מדי של האגודה, לדעת המבקרים, בהגנה על זכויות פלסטינים בשטחים. ביקורת דומה הופנתה על התנגדותה הנחרצת של האגודה למעצרים מנהליים של אנשי ימין, על תמיכתה בזכותו של יגאל עמיר להינשא, על מאבקה להגנה על חופש הביטוי של מתנגדי תוכנית ההתנתקות, ועל תמיכתה בזכותם של פעילי הימין הרדיקלי איתמר בן גביר וברוך מרזל לצעוד באום אל פאחם.
הביקורת כלפי האגודה אינה מוגבלת לביקורת מימין ומשמאל, שעניינה בקו התפר שבין זכויות האדם לפוליטיקה. כך למשל, על אף שהאגודה עוסקת בנושא אשפוז כפוי הופנתה נגדה ביקורת על פעולה לא מספקת נגד "כפייה פסיכיאטרית" ופגיעה בזכויותיהם של נפגעי הנפש. בנוסף, עד לעשור האחרון, נהגו פעילים בארגונים חברתיים להתריס כנגדה שהיא מחויבת רק לזכויות קלאסיות, שאינן בסדר עדיפויות של מי שנמצאים מתחת לקו העוני, אולם מאז הרחיבה האגודה את פעילותה בתחום הזכויות הכלכליות-חברתיות.
בנובמבר 2017 שלחו 45 משפחות שכולות מכתב לשר החינוך, נפתלי בנט, ובו מחו על כנס משותף למשרד החינוך ולאגודה בנושא זכויות עובדים, בנימוק שהאגודה מסייעת למחבלים שפגעו בבני משפחתם ובין היתר עתרה לבג"ץ נגד הריסת בתיהם. השר הורה על ביטול השתתפות אנשי משרדו בכנס האמור. היועץ המשפטי לממשלה, אביחי מנדלבליט מתח ביקורת על החלטה זו של בנט, וכתב לו: "האגודה לזכויות האזרח היא ארגון חברה אזרחית ותיק ורב זכויות, הפועל זה עשרות שנים לקידום ההגנה על זכויות האדם באשר הוא אדם. הארגון פועל במגוון רחב של תחומים, ופעילותו תרמה ותורמת באופן משמעותי להגנה על זכויות האדם במדינת ישראל".