יחסי טורקיה–ישראל

1967 - 1986 - תחילתה של מדיניות ההצמדה

בעקבות מלחמת ששת הימים שפרצה ביוני 1967, החלה "מדיניות ההצמדה" - כינוי למדיניות שבה "מוצמדים" יחסי ישראל טורקיה ליחסי ישראל והפלסטינים. במהלך המלחמה ולאחריה הפגינה טורקיה סולידריות איתנה עם העולם הערבי: אנקרה הבטיחה שלא תאפשר שימוש כלשהו בבסיסים הצבאיים שבשטחה כנגד מדינות ערביות ומיד לאחר המלחמה היא מיהרה לתמוך בעמדות הערביות בדבר הצורך בנסיגה ישראל מכל השטחים הכבושים.
מלחמת יום כיפור באוקטובר 1973 הייתה נקודת ציון נוספת בהתדרדרות היחסים שבין טורקיה וישראל וגם במהלכה תמכה טורקיה בתקיפות רבה בעולם הערבי.
התמיכה הטורקית בהחלטות עצרת האו"ם ב-20 בנובמבר 1974 (בדבר הענקת מעמד משקיף לארגון לשחרור פלסטין) והחלטה 3379 מ-10 בנובמבר 1975 (בדבר הגדרת הציונות כתנועה גזענית), הבהירו בצורה חדה ביותר את העדפותיה של טורקיה בסכסוך הישראלי ערבי, ודרדרו את היחסים לשפל שלא היה כמוהו מאז כינונם ב-1950.
במהלך המחצית השנייה של שנות השבעים, הופעל לחץ כבד על טורקיה לנתק את קשריה עם ישראל, לחץ אשר נבע מתלותה של טורקיה בנפט ערבי. עם זאת, העמידה התקיפה של טורקיה על זכותה לקיים את הקשר הדיפלומטי עם ישראל הבהירה למדינות ערב שהסיכוי להביא לניתוק הקשר בין אנקרה ות"א הוא קלוש ביותר – והלחצים בנושא אכן פחתו במידה רבה בין 1975-1979.
בשבוע האחרון של יולי 1980 פרץ משבר חמור ביחסי טורקיה – ישראל על רקע הדיון בכנסת על חוק יסוד: ירושלים בירת ישראל. כבר ב-25 ביולי 1980, עוד בטרם אושר החוק רשמית, פרסם ראש הממשלה דמירל הודעת גינוי חריפה לניסיון להחיל את החוק הישראלי על שני חלקי ירושלים. מיד לאחר אישורו הרשמי של החוק, ב-30 ביולי 1980, החזירה טורקיה את מיופה הכוח בת"א להתייעצויות באנקרה וב-28 באוגוסט 1980 הודיעה ממשלת טורקיה כי החליטה לסגור את הקונסוליה הכללית שלה בירושלים בתגובה למהלך הישראלי. אולם שר החוץ הטורקי ארקמן הודיע במקביל כי לסגירת הקונסוליה לא תהיה השלכה על דרג היחסים שבין טורקיה וישראל. למרות זאת, ב-26 בנובמבר 1980 הודיעה ממשלת טורקיה לממשלת ישראל, דרך צינורות דיפלומטיים, על כוונתה להוריד את דרג היחסים בין המדינות. מיד לאחר מסירת ההודעה לממשלת ישראל קראה טורקיה לסגל הדיפלומטי שלה בת"א לשוב לאנקרה כאשר היא מחליטה להשאיר בישראל דיפלומט בדרג של מזכיר שני. במקביל נתבקש הסגל הדיפלומטי של ישראל באנקרה, למעט המזכיר השני, לעזוב את טורקיה תוך שלושה חודשים. גם קווי התעופה והים בין ישראל לטורקיה הפסיקו לפעול. מאז, במשך מספר שנים, טורקיה נקטה במדיניות אנטי-ישראלית. למשל, בינואר 1984 קרא נשיא טורקיה לבאי ועידת קזבלנקה לנקוט אסטרטגיה משותפת נגד ישראל.

1986 - 2000 - התחממות היחסים והברית האסטרטגית

החל מ-1986 החלה התחממות מחודשת בקשרים בין ישראל לטורקיה שהתבטאה במינוי דיפלומטים בדרג בכיר לתחזוק הקשרים בין המדינות, אולם עדיין התנגדה ממשלת טורקיה לקשרים קרובים מידי. למשל, הממשלה ביקשה מחברי פרלמנט שלא לבקר בישראל. בספטמבר 1987 נפגשו שרי החוץ של המדינות בעצרת האו"ם. בפגישה סוכם על הידוק היחסים הכלכליים בין המדינות ושר החוץ של טורקיה נענה להזמנה לבקר בישראל. בעקבות הפגישה הורחב שיתוף הפעולה בין המדינות באקדמיה, במסחר ובחקלאות.
בשנים 1988 ו-1989 הועמדו שוב היחסים בצלו של הסכסוך הישראלי-ערבי. השנה הראשונה של האינתיפאדה הייתה רצופת גינויים פומביים מצד אנקרה למעשי צה"ל, לצד הודעות תמיכה חד משמעיות בזכות הפלסטינים להגדרה עצמית, "על כל המשתמע מכך". בנובמבר 1988 מיהרה טורקיה להכריז על הכרה במדינה הפלסטינית החדשה, שעל כינונה הכריזה המועצה הלאומית הפלסטינית – והדבר עורר בישראל תגובה נזעמת. טורקיה הייתה המדינה הרביעית שהכירה במדינה זו, והראשונה מבין המדינות המקיימות יחסים דיפלומטיים עם ישראל. מיופה הכוח הטורקי זומן למשרד החוץ בירושלים, שם הובעה מורת רוחה של ישראל על שטורקיה לא מצאה לנכון לשמוע את עמדתו של נציג ישראל רשמי בטרם החליטה על המהלך.
בשנת 1991, לאחר מלחמת המפרץ והצהרת ועידת השלום במדריד, השתפרו היחסים באופן דרמטי ובנובמבר אותה שנה החליפו שתי המדינות שגרירים.
בינואר 1992 הועלה דרג היחסים בין ישראל לטורקיה. היחסים עם ישראל החלו להתמלא בתוכן, תחילה כלכלי ותיירותי ובהמשך גם מדיני וצבאי, למורת רוחו של העולם הערבי, אך לא במידה שיכלה עוד להשפיע על מדיניות של אנקרה. בין יוני 1992 ונובמבר 1994 נערכה סידרה של ביקורים רמי דרג, חסרי תקדים ביחסים בין שתי המדינות שבמסגרתם ביקרו הנשיא עזר ויצמן ושר החוץ שמעון פרס בטורקיה, וראש ממשלת טורקיה טאנסו צ'ילר בישראל. טורקיה ניצבה איתן מאחורי מסכת היחסים הענפה עם ישראל והתנערה מההתקפות הערביות בנושא.
בשנת 1996 החלה להסתמן ביחסי טורקיה ישראל תמונה שהזכירה לרבים את הברית האסטרטגית בין שתי המדינות ב-1958. אמנם בשתי הבירות עשו מאמץ ניכר להציג את היחסים המתהווים, כולל הצבאיים, כבעלי אופי בילטראלי וכבלתי מכוונים נגד צד שלישי כלשהו, אך הפילוסופיה הפרו-מערבית והפרו-דמוקרטית של שתי המדינות יצרה תחושה אצל שאר מדינות המזרח התיכון, כי נרקמת כאן ברית שמטרותיה רחוקות יותר מהידוק הקשר הבילטראלי. במהלך ביקור בישראל של סגן שר החוץ הטורקי אונור אויימן בינואר 1996, הוא הגדיר את היחסים בין שתי המדינות כ"מצוינים בכל היבט שהוא".
במרס 1996 הגיע הנשיא דמירל לביקור רשמי בישראל – ביקור ראשון מסוגו של נשיא טורקיה. ביקורו של דמירל העלה לשיא את היחסים הכלכליים בין שתי המדינות. במהלך הביקור נחתם הסכם סחר המסיר את מגבלות המכסים בין שתי המדינות עד שנת 2000, והוחלט על עיבוי הקשרים בתחומי החקלאות, התעשייה, התקשורת והרפואה כאשר הדגש הוא על תחומי ההיי טק, שהכלכלה הישראלית כה מצטיינת בהם. בין ישראל וטורקיה נוצרו יחסים קרובים במיוחד, שניתן אפילו להגדירם כ"יחסים מיוחדים" וישראל הפכה לאחת המדינות הקרובות ביותר לטורקיה, אם לא הקרובה ביותר.

2008 - 2016 - השפל בתקופת ארדואן

בתקופת רג'פ טאיפ ארדואן חלה התדרדרות משמעותית ביחסים בין שתי המדינות עקב הקו האנטי-ישראלי והרטוריקה האנטי-ישראלית החריפה שנקט ארדואן.
בדצמבר 2008 תקף ארדואן בחריפות את ישראל על מבצע עופרת יצוקה. בתחילת המבצע כינה אותו "פשע נגד האנושות", וכעבור ימים אחדים הוסיף: "ישראל עושה מעשים לא אנושיים ברצועת עזה, שיגרמו לה להשמיד עצמה". ימים אחדים לאחר החלטת מועצת הביטחון על הפסקת אש קרא להרחיק את ישראל מהאו"ם, כל עוד אינה נשמעת להחלטה. בכנס הפורום הכלכלי העולמי בדאבוס, לאחר שנשיא מדינת ישראל שמעון פרס הגן בנאומו על עמדת ישראל, נטש ארדואן בזעם את הבמה. במהלך מבצע עופרת יצוקה גם התקיימו בטורקיה הפגנות רבות כנגד ישראל, כולל במהלך משחקיהן של קבוצות ספורט ישראליות ונציגים ישראליים המשחקים בטורקיה.
באוקטובר 2009 ביטלה טורקיה את השתתפות ישראל בתרגיל האווירי אנטוליאן איגל. ובינואר 2010 ארדואן תקף את מדיניות ישראל כלפי הפלסטינים ולבנון, וקבל על העדר הביקורת העולמית על מדיניות הגרעין של ישראל, ביחס לביקורת על הפיתוח הגרעיני באיראן. במקביל, התלוננה ישראל רשמית על שידורן בטורקיה של סדרות טלוויזיה בעלות טונים אנטישמיים ומסרים אנטי-ישראליים בוטים. כתגובה, השפיל סגן שר החוץ, דני אילון במכוון את שגריר טורקיה בישראל לעיני המצלמות. בעקבות זעמה של טורקיה וביקורת קשה מתוך משרד החוץ וגורמים בכירים במערכת הפוליטית, נאלץ אילון להתנצל.
בשנת 2010 חלה הידרדרות נוספת ביחסים בין שתי המדינות, בעקבות אירועי המשט לעזה, אותו הוביל ארגון IHH הטורקי בתמיכת ממשלת טורקיה, ונוצר המשבר הדיפלומטי החמור ביותר מאז כינון היחסים בין המדינות. טורקיה החזירה את שגרירה מתל אביב לאנקרה, בוטלו משחקי ידידות בין שתי המדינות, וברחובות הערים בשתי המדינות התקיימו הפגנות כנגד המדינה השנייה. מול השגרירות הטורקית. ארדואן כינה את פעולות ישראל - בהם נהרגו תשעה אזרחים טורקים שתקפו חיילים- כ"פיראטיות" ואיים כי "אם אתם -ישראל - רוצים את טורקיה כאויב, היא תהיה אויב חזק וקשה".
עם זאת, ב-2 בדצמבר 2010, שלחה טורקיה 2 מטוסי כיבוי כדי לעזור לכוחות הכיבוי בישראל לכבות את השריפה בכרמל. ארדואן טען, שהסיוע ניתן "מתוך מניעים הומניטריים וחובה איסלאמית", ושטרם הגיע הזמן לשיפור ביחסי שתי המדינות - עד אשר ישראל תתנצל ותפצה את נפגעי המשט. ביולי 2011 הוסיף ארדואן דרישה שלישית, שישראל תסיר את הסגר על עזה, כתנאי לנרמול היחסים עם טורקיה.
ב-1 בספטמבר 2011 פורסמו מסקנות דו"ח פאלמר של ועדת האו"ם לבדיקת אירועי המשט לעזה והחריף המשבר בין טורקיה לישראל. טורקיה הודיעה על הורדת דרג היחסים הדיפלומטיים למזכיר שני בלבד, ועל גירוש שגריר ישראל בטורקיה. ב-6 בספטמבר 2011, הודיע ראש הממשלה ארדואן על ניתוק כל קשרי המסחר והקשרים הצבאיים עם ישראל אולם בהמשך היום, התפרסמה הודעה מטעם הממשל הטורקי כי מדובר אך ורק בהפסקת קשרי המסחר הצבאיים והביטחוניים בין שתי הממשלות. מאוחר יותר הודיע ארדואן כי צוטט שלא כהלכה גם לגבי אמירותיו שספינות מלחמה של טורקיה ילוו ספינות סיוע לעזה לצורך הגנה עליהן מפני ישראל, ואמר כי אם ישראל לא תתערב בחופש התנועה לא ישלחו ספינות קרב. התובע הכללי בטורקיה דרש כי יועברו אליו שמות החיילים הישראליים שפעלו לעצירת המשט, לנקיטת הליכים משפטיים נגדם וארגון IHH העביר אליו 10 שמות וביקש הוצאת צווי מעצר נגדם. עיתון טורקי דיווח שארדואן הורה שלא למנוע ממטוסי קרב טורקיים ירי על מטרות ישראליות. במאי 2012 הוגשו בטורקיה כתבי אישום, ובהם תביעה לגזור תשעה מאסרי עולם, נגד ארבעה קציני צה"ל בכירים, עקב מעורבותם בהשתלטות על המרמרה במשט לעזה.
בפברואר 2013 אהמט דבוטואולו, שר החוץ הטורקי, מתח ביקורת על ישראל על תקיפתה את שיירת הנשק בסוריה.
ב-22 במרץ 2013, בסיום ביקורו של נשיא ארצות הברית ברק אובמה בישראל, ובתיווכו, התקשר ראש ממשלת ישראל בנימין נתניהו למקבילו הטורקי, ארדואן והתנצל על תקרית המרמרה. בשיחה זו, החליטו השניים על נירמול היחסים והחזרת השגרירים לפעילות.
באוגוסט 2013 טען ארדואן שישראל עומדת מאחורי ההפיכה במצרים. ארצות הברית גינתה בחריפות טענה זו, ואביגדור ליברמן, יו"ר ועדת החוץ והביטחון של הכנסת אמר שארדואן הוא "ממשיך דרכו של גבלס".
ביולי 2014 במהלך מבצע צוק איתן תקף ארדואן את חברת הכנסת איילת שקד בטענה שהיא מזכירה את היטלר. מאוחר יותר גינה את ישראל בחריפות, הסית נגדה והאשים אותה ב"רצח עם" נגד הפלסטינים. בעקבות דבריו אלפי מפגינים אלימים תקפו את נציגויות ישראל בטורקיה, דבר שהוביל את משרד החוץ להורות על פינוי משפחות נציגי ישראל בטורקיה מחשש לשלומן, ולפרסום אזהרת מסע לטורקיה.
בדצמבר 2015 פורסם שישראל תקים קרן אשר תפצה את נפגעי המרמרה, התביעות של טורקיה כנגד ישראל יבוטלו, השגרירים יחזרו ובכיר בארגון חמאס, סאלח אל-עארורי לא ייכנס לטורקיה.
ב-19 במרץ 2016 התרחש פיגוע התאבדות באיסטנבול, שבו נרצחו גם שלושה תיירים ישראלים ונפצעו 11. בהתייחס לפיגוע, אירם אקטאש (İrem Aktaş), הממונה על התקשורת הדיגיטלית במפלגתו של ארדואן, פרסמה בחשבונה בטוויטר כי היא מייחלת לכך שכל הפצועים הישראלים בפיגוע ימותו. בתגובה להתבטאות זו נמסר, כי החלו להינקט צעדים להדחתה מתפקידה במפלגה.
ב-27 ביוני 2016 כינסו בנפרד ראש ממשלת ישראל בנימין נתניהו וראש הממשלה הטורקי בינאלי יילדרים מסיבות עיתונאים, והכריזו כי הושג הסכם פיוס בין המדינות לאחר נתק של 6 שנים. עיקרי ההסכם: ישראל תשלם פיצויים בסך 21 מיליון דולרים למשפחות הרוגי משט המרמרה, החזרת השגרירים לתל אביב ולאנקרה, העברת סחורות טורקיות לעזה דרך נמל אשדוד, הקמת תחנת כוח ומתקן התפלה בעזה, פתיחת משא ומתן לרכישת גז טבעי מישראל ומניעת פעילות טרור של חמאס מטורקיה.

2016 - נרמול היחסים מחדש

אחרי 6 שנות משבר ביחסים, חתמו ממשלות ישראל וטורקיה על הסכם הפיוס. כתוצאה מההסכם ישראל פתחה משרד במטה ארגון נאט"ו בבריסל וכך תשלים את תהליך ההאמנה הרשמי לברית הצפון אטלנטית.
ביום ה-12 בדצמבר 2016 הגיש השגריר הטורקי כמאל אוקם, את כתב האמנתו לנשיא מדינת ישראל ראובן ריבלין.

2017 - היחסים יורדים ועולים

במאי 2017, נשיא טורקיה ארדואן יצא במתקפה קשה על ישראל בהאשימה כי "העולם מתעלם ממעשי הטבח והאכזריות - והיא (ישראל) מרגישה חסינה". בנוסף, ארדואן קרא לטורקים לעלות במאות אלפים למסגד אל-אקצה בירושלים והשמיע ביקורת על חוק המואזין: "מביש שזה עולה בכלל לסדר היום, אתם מדברים על חופש וחירויות?" בנאומו הזהיר ארדואן גם מהעברת שגרירות ארצות הברית לירושלים ואמר כי יש להסיר את האפשרות הזו מסדר היום. הוא האשים את ישראל באפליה ובגזענות כלפי הפלסטינים, והצהיר שלסגר הישראלי על עזה "אין מקום באנושות". גורמי משרד החוץ הישראלי פרסמו תגובה חריפה: "מי שמפר זכויות אדם באופן שיטתי בארצו, שלא יטיף מוסר לדמוקרטיה האמיתית היחידה במרחב. ישראל שומרת באדיקות על חופש פולחן מלא ליהודים, מוסלמים ונוצרים - ותמשיך לעשות זאת חרף השמצות חסרות שחר". לאחר מכן הנשיא ראובן ריבלין ניהל שיחה עם נשיא טורקיה ארדואן על נרמול היחסים, שיחה אשר תרמה לשיפור היחסים בין המדינות.

2018 - על רקע המהומות בעזה, השגריר מגורש

על רקע המהומות בגבול עזה במאי 2018, גירשה טורקיה את שגריר ישראלהשגריר עבר בדיקות ביטחוניות קפדניות בנמל התעופה באנקרה. בתגובה לגירוש השגריר גירשה ישראל את הקונסול הטורקי מירושלים. עם זאת היחסים הדיפלומטיים בין המדינות לא נותקו לחלוטין.
ב11 באוקטובר 2019 גינה ראש ממשלת ישראל בנימין נתניהו את המבצע הטורקי בצפון-מזרח סוריה נגד הכוחות הכורדים.

יחסים צבאיים

בין ישראל וטורקיה התקיימו קשרים צבאיים הדוקים שבאו לידי ביטוי בין היתר בתמרונים ימיים משותפים לחיל הים הישראלי והטורקי ואימונים אוויריים משותפים לחיל האוויר הישראלי והטורקי בתרגיל האנטוליאן איגל. בנוסף, תעשיות הנשק הישראליות ייצאו אמצעי לחימה שונים לטורקיה והשביחו אמצעי לחימה קיימים שלה. חיל האוויר הישראלי נהג לבצע חלק מאימוני הטייסות שלו בטורקיה עקב הצורך במרחקים גדולים. במהלך שנת 2009 התערערו היחסים הצבאיים של טורקיה וישראל כאשר ביטלה טורקיה את האימון המשותף עם חיל האוויר הישראלי.
טענה ישראלית נוספת הייתה שטורקיה מבקשת להוות את חלק הארי בכוח הרב-לאומי בלבנון, משום שאין היא בוטחת במדינות מוסלמיות אחרות, דוגמת בנגלדש ומלזיה.
באפריל 2010 דווח שישראל הקפיאה עסקה למכירת מערכות נשק מתקדמות לטורקיה, לטענתה, עקב היחס העוין של ראש ממשלת טורקיה כלפי ישראל.
חרף המתיחות בין המדינות, בין השנים 2017 - 2019 העבירו גורמי ביון ישראלים לעמיתיהם הטורקים מידע מודיעיני שמנע 12 פיגועים שתוכננו להתבצע על אדמת טורקיה.

כלכלה ותיירות

ב-1988 מחתה ממשלת טורקיה על מה שבעיניה נראה כניצול פועלים טורקים שעבדו בישראל.
החל בשנות התשעים התקיימו מגעים בין טורקיה לישראל כמו גם עם ירדן וערב הסעודית בדבר ייצוא מים מטורקיה למדינות אלה. מטרת הפרויקט הייתה להזרים את מי הג'ייהאן והסייהאן בצינור או באמצעות מיכליות אל מדינות אלה, זכה לשם "נהר השלום" או "מי השלום" (Barış Suyu), אך לא יצא לבסוף אל הפועל, בין היתר בשל עלותם הגבוהה של המים.
בשנת 1997 חתמו ישראל וטורקיה על הסכם לאזור סחר חופשי (אס"ח). הסכם זה מהווה את התשתית החוקתית לסחר בין המדינות. ההסכם מכסה תוצרת תעשייתית אך כמעט ולא תוצרת חקלאית.
הסחר ההדדי בין המדינות הסתכם בשנת 2007 בכ-3 מיליארד דולר. טורקיה מייצאת לישראל: כלי רכב, טקסטיל, חומרי גלם לבנייה ופירות יבשים. ישראל מייצאת לטורקיה אמצעי לחימה, כימיקלים, מערכות השקיה ובקרת מים, ציוד תקשורת וציוד רפואי.
הקרבה הגאוגרפית, הסכם האס"ח והכלכלות המשלימות באו לידי ביטוי בגידול הניכר בסחר בין המדינות מהיקף של 300 מיליון דולר ב-1997 (עת כניסת האס"ח לתוקף) להיקף של יותר מ-4 מיליארד דולר בשנים האחרונות.
טורקיה היא המדינה השביעית מבחינת היקף היצוא הישראלי אליה. ענפי היצוא העיקריים: תזקיקי נפט, כימיקלים, ציוד חקלאי, זרעים, מכונות  ופלסטיק. ענפי היבוא העיקריים: כלי רכב, טקסטיל, מינרלים, מכונות ומכשירים, פלסטיק ומוצריו.
מינהל סחר חוץ במשרד הכלכלה מפעיל נספחות כלכלית באיסטנבול. הנספח הכלכלי בטורקיה הוא מוניר אגבאריה.
בין השאר נרקמה תוכנית להקמת צינור שיספק חשמל, גז ונפט מטורקיה לישראל, שכונתה מסדרון התשתיות. במהלך שנת 2010, לאחר פרשת המשט לעזה, הוקפא המיזם על ידי ממשלת טורקיה.
טורקיה נחשבה כיעד פופולרי ביותר בקרב תיירים ישראלים, ומדי שבוע יצאו עשרות טיסות מנמל תעופה בן-גוריון לאיסטנבול ולאנטליה, ועל בסיס עונתי גם לשדות התעופה הסמוכים למרמריס ובודרום, ולעיתים גם לטרבזון. בימי ראשון וחמישי בתקופת הקיץ והחגים עשוי היה מספר הטיסות היומי לעמוד על עשרות. מספר התיירים הישראלים היוצאים לטורקיה עמד בשנת 2007 על כ-400,000, שהיוו כ-2% מסך התיירים הפוקדים את המדינה. לאחר פרשת "המשט לעזה", והתקררות היחסים בין המדינות פחתה התיירות הישראלית לטורקיה באופן ניכר ואף כמעט הופסקה לחלוטין. בעקבות כך ובהמשך לצעדים קודמים, באוקטובר 2011 הוחזר נספח התיירות הטורקי בישראל למולדתו.

היחס לרצח העם הארמני

מדינת ישראל מצניעה את רצח העם הארמני ולא הכריזה על הכרה בו, כדי שלא לפגוע ביחסים עם טורקיה.
ב-1997 מינה שר החוץ דוד לוי לשגריר בטורקיה את אהוד טולידאנו, פרופסור לתולדות האימפריה העות'מאנית. ב-1 באוגוסט הודיע על כך משרד החוץ באופן רשמי, אולם בסוף אותו חודש מסרה סוכנות הידיעות הטורקית הממלכתית שב-1981 האשים טולידאנו את טורקיה בביצוע טבח בזמן מלחמת העולם הראשונה. טולידאנו טען שהראיון איתו תורגם שלא כהלכה. בראיון לעיתון הארץ ב-10 בספטמבר אותה שנה, הוא עשה מאמצים נוספים לזכות במינוי ואמר: "תמיד תמכתי בטורקיה...בכל נושא שהיה על הפרק... במסגרת מחקרי תרמתי רבות לבניית דימויה החיובי של המורשת העות'מאנית". משרד החוץ הישראלי ניסה להסביר שדבריו של טולידאנו הוצאו מהקשרם, אולם בפברואר 1998 מונה אורי בר-נר לשגריר בטורקיה.
בשנת 2000 נערך באוניברסיטת תל אביב (3–6 באפריל) ובאיסטנבול (9–12 באפריל) כינוס בין-לאומי ישראלי-טורקי, תחת הכותרת "מלחמת העולם הראשונה - היבטים מזרח תיכוניים". בסדר היום של הכינוס, שנערך במימון גופים ישראלים רשמיים, השאלה הארמנית לא עלתה כלל.
בשנת 2007 החליטה הכנסת להסיר מסדר היום הצעה של ח"כ חיים אורון (מרצ) לדון בוועדת החינוך והתרבות של הכנסת ברצח העם הארמני. ההחלטה התקבלה בעקבות הוראה של ראש הממשלה אהוד אולמרט ושרת החוץ ציפי לבני, בשל החשש שהמשך העיסוק בנושא הזה יגרום למשבר ביחסים הדיפלומטיים בין ישראל לטורקיה. כעבור שנה החליטה הכנסת לאפשר דיון בנושא, למרות לחץ שהפעיל משרד החוץ.
באוקטובר 2007 התפרסם כי טורקיה תבעה מישראל להפעיל לחץ על הקונגרס האמריקני לבל יכיר ברצח העם הארמני ואיימה כי היחסים בין טורקיה לישראל יפגעו, במידה שתהיה הכרה אמריקנית בעניין.

יחסי טורקיה-כורדים

ישראל הרשמית מאז ומעולם נמנעה מלבקר את טורקיה בנושא מלחמת החורמה ההיסטורית שלה נגד הבדלנים הכורדים (בעיקר מפלגת הפועלים של כורדיסטן מאז שנות השמונים), אך גורמים ישראליים פרטיים לא מעטים ביקרו את הממשל הטורקי על יחסו למיעוט כורדי ועל התנהלות הצבאית הברוטלית נגד מורדים ונגד האכלוסיה הכורדית באזורי המרד במזרח טורקיה ובצפון עיראק. באופן היסטורי שלושה גורמים מרכזיים עיכבו את פיתוח יחסי ישראל עם הכורדים בטורקיה: ההתחשבות ברגישויותיה של טורקיה, התחשבות בעמדת ארצות הברית באשר לסוגיה הכורדית וחששות הכורדים עצמם. לדעת פרופ' עפרה בנג'יו הדבר המרכזי שהתחולל בתחילת המאה ה-21 היה שטורקיה עצמה פיתחה יחסים הדוקים ביותר עם הכורדים בעיראק ופתחה אף בתהליך שלום עם מפלגת הפועלים של כורדיסטן. במקביל, טורקיה הפכה את ישראל לשק החבטות הקבוע שלה וגם קידמה יחסים קרובים עם ארגון חמאס הנחשב לארגון טרור. על כן, השוט הטורקי בנושא הכורדי איבד הרבה מתוקפו ואין הכרח על ישראל להמשיך ולהתחשב ברגישויותיה של טורקיה בעניין זה.