פרנסיסקו חאווייר

נעוריו ותחילת דרכו

חאווייר נולד כ"פרנסיסקו דה יאסו אי אזפילקוטה" (Francisco de Jaso y Azpilcueta) בטירת חאווייר (בספרדית מודרנית Javier, בבסקית Xabier בקטלאנית Xavier) בסמוך לפמפלונה בנווארה שבצפון ספרד. מוצאו ממשפחת אצילים בסקית ואביו שימש כנשיא המועצה של מלך נווארה. בשנת 1512 פלשה ממלכת קסטיליה לנווארה. רבים מהמבצרים הוחרבו, ביניהם המבצר המשפחתי, והאדמות הוחרמו. אביו של פרנסיסקו מת ב-1515.
חאווייר היה צעיר הבנים במשפחתו, וכמקובל בקרב בני האצולה באותה תקופה הוא היה מיועד לשירות בכנסייה. בגיל 19 החל פרנסיסקו חאווייר ללמוד בקולז' סנט-בארב שבאוניברסיטה של פריז, המרכז התאולוגי של אירופה באותו הזמן, שם הוא התרועע עם פייר פאבר, סטודנט צרפתי מסבויה. ב-1530 קיבל חאווייר תואר "Licence ès arts" (המקביל לתואר שלישי של ימינו).
ב-1529 צורף לחדר בו התגורר חאווייר, איניגו לופז דה לויולה, סטודנט שהיה בסקי כמוהו. לויולה, חייל לשעבר שהיה מבוגר ב-15 שנים מחאווייר, עבר תהליך של "חזרה בתשובה" וארגן קבוצה של חסידים שהיו שותפים לרעיונותיו. בהדרגה הצליח לויולה לשכנע גם את חאווייר, ביעילות התרגילים הרוחניים שפיתח, וכיצד הם מסייעים להתקרב לאלוהים. ב-15 באוגוסט 1534 באו לויולה, חאווייר, פאבר וארבעה חברים נוספים לקפלה שבראש גבעת מונמרטר שבפריז ונדרו כי מעתה יהיו חייהם חיי עוני ופרישות כחיקוי למעשיו של ישו וכי הם מתחייבים לעלות לרגל לארץ הקודש ואחר־כך יקדישו את עצמם לגאולת המאמינים והלא־מאמינים. מאורע זה נחשב כיום כתאריך ההקמה של מסדר הישועים. שבעת הנודרים הם האבות המייסדים של המסדר ולויולה הוכר לאחר מותו כקדוש נוצרי בשם איגנטיוס מלויולה.
לאחר סיום לימודיו בפריז עבד חאווייר כמורה למשך זמן מה בהמתנה לכך שכל חבריו יסיימו אף הם את לימודיהם. חאווייר וחבריו עזבו את פריז ב-15 בנובמבר 1536 ונסעו לוונציה ועסקו שם בעזרה לחולים. ב-24 ביוני 1537 הוסמך חאווייר ככומר. למרות מאמציהם נכשלו השבעה בניסיונותיהם להגיע לארץ הקודש כפי שנדרו בשל מלחמה בין הרפובליקה של ונציה לאימפריה העות'מאנית, ולכן בנובמבר 1538 נסעו השבעה מלווים בקבוצה של מגויסים חדשים לרעיון לרומא על מנת להעמיד עצמם למרותו הישירה של האפיפיור.
באביב 1539 השתתף חאווייר בכינוסים שארגן לויולה עם חבריו על מנת להכין את תקנון מסדר הישועים. המסדר קיבל את אישור האפיפיור בעל פה ב-3 בספטמבר, אך ב-16 במרץ 1540, חצי שנה לפני שהתקבל האישור הרשמי בבולה אפיפיורית בשם "מסדר צבא הכנסייה", שלח לויולה את חאווייר לליסבון על פי בקשתו של ז'ואו השלישי מלך פורטוגל. המלך הפורטוגלי ביקש לשלוח כמרים חרוצים למושבות פורטוגל שמעבר לים שיטפלו בצורכיהם הרוחניים של הנוצרים וינצרו את העמים שבמושבותיו החדשות באסיה. חאווייר הגיע לליסבון ביוני 1540 ושהה בה כתשעה חודשים.

בהודו

ב-7 באפריל 1541 הפליג חאווייר בחברת שני ישועים נוספים והמשנה למלך החדש מרטים אפונסו דה סוזה (Martim Afonso de Sousa‏; 1571-1500) על סיפון ה"סנטיאגו". הוא שהה במוזמביק מאוגוסט 1541 ועד מרץ 1542 והגיע לגואה שבהודו, אז בירת המושבות הפורטוגזיות במזרח, ב-6 במאי 1542 בתפקיד שגריר האפיפיור (נונציוס אפוסטולי). בשלוש השנים הבאות פעל מהבסיס בגואה.
בחצי השנה הראשונה פעל בגואה בעיקר בהטפה ועזרה לחולים והדרכת נערים בעיקרי האמונה הנוצרית (קטכיזם). ב-20 בספטמבר 1542 החל חאווייר לעסוק בפעילות מיסיונרית.
פעולתו המיסיונרית הראשונה הייתה בקרב ה"פראוואס", קאסטה טמילית של שולי פנינים שחיו לאורך החוף המזרחי של דרום הודו, צפונית לכף קומורין (הקצה הדרומי ביותר של הודו). שבע שנים לפני כן הבטיחו שולי הפנינים כי יתנצרו אם הפורטוגזים יעזרו להם כנגד המוסלמים בהם נאבקו. העזרה ניתנה וכ-20,000 שולי פנינים נטבלו לנצרות, אולם מאז לא הגיע אליהם כומר או מורה דת וההתנצרות הייתה להלכה בלבד. חאווייר סייר ללא לאות בין כפרי הפראוואס והדריך אותם בכללי האמונה תוך שימוש במדריך להליכות הדת והאמונה הנוצרית שתורגם לטמילית בעזרת מתורגמנים. הוא התגבר על הקשיים בתקשורת המילולית בכוח האמונה העזה ובטוב הלב שהפגין. שנתיים אחר־כך הטביל חאווייר לנצרות כ-10,000 מבני עם המאקואן שחיו לאורך החוף הדרום מערבי של הודו. שני עממים אלה נשארו קתוליים עד ימינו.
כמו כן עשה חאווייר מאמצים לשכנע את מלך ונאד, ממלכה קטנה בדרום הודו, להמיר את דתו. ב-1544, בזמן שהותו בוונאד, פלש אליה צבא אימפריית ויג'איאנגר, ביצע טבח בתושבים והחריב יישובים, ואחר כך חזר לבסיסו. על הסיבות לפלישה ועל מה שקרה במהלכה חלוקות הדעות. המסורת הנוצרית טוענת כי המטרה הייתה לכבוש את ונאד וכי חאווייר חולל נס ועצר במו ידיו את הפלישה. חאווייר התגורר אז בקוטאר (כיום חלק מהעיר נגרקויל), הבירה הדרומית של ונאד. כששמע על הפלישה, עלה על גבעה בוודאסרי (Vadasery, אף היא חלק מנגרקויל כיום), כשני קילומטרים מקוטאר, עמד כפסל כשהוא נושא צלב בידיו והמראה הפחיד את הפולשים שנסוגו. המסורת ההינדית טוענת כי הפלישה נועדה להעניש את האוכלוסייה שהתנצרה עקב פעולותיו של חאווייר, וכי לאחר שהמשימה הושלמה בהצלחה חזר הצבא כמנצח. בכל מקרה וודאי שחאווייר הקים כנסייה קטנה בקוטאר על חלקת קרקע שקיבל במתנה ממלך ונאד שהורחבה עם השנים, וכיום היא קתדרלה, מקום מושב הבישוף של הדיוקסיה של קוטאר.
בעקבות התנהגותם המופקרת לטעמו של ראשי הממשל בגואה, וראיות לקיום יהדות בסתר של האנוסים (יהודים שהתנצרו בכפייה) שהתגוררו בגואה, כתב חאווייר ב-1545 למלך פורטוגל ז'ואו השלישי וביקש כי תוקם אינקוויזיציה בגואה. בקשה זו מולאה שמונה שנים לאחר מותו. האינקוויזיציה של גואה שהוקמה ב-1560 ופעלה עד 1774 כונתה "חסרת הרחמים ביותר בכל עולם הנצרות", והוציאה להורג בשריפה אלפי אנשים.
בסתיו 1545 הפנה חאווייר את מאמציו מזרחה ותכנן מסע מיסיונרי למקאסאר שבאי סולאווסי, כיום באינדונזיה. הוא הגיע למלאקה באוקטובר אותה שנה והטיף לאוכלוסייה במרכז מסחרי זה, אך לאחר שחיכה במשך שלושה חודשים לשווא לספינה למקאסאר הוא ויתר על תוכניתו. הוא עזב את מלאקה ב-1 בינואר 1546 ונחת באי אמבון שבקבוצת איי מלוקו (המכונים איי התבלינים), שם שהה באי עד אמצע יוני. הוא ביקר אז באיים נוספים בקבוצת איי מולוקו ובכלל זה טרנאטה ומורוטאי. אחרי חג הפסחא של 1546 הוא חזר לאמבון ואז למלאקה. כמה כותבים מהמאה ה-17 טענו כי במהלך מסעו זה הגיע חאווייר גם למינדנאו שבפיליפינים. טענה זו הופיעה גם בבולה שהכריזה עליו כקדוש והתפרסמה ב-1623 ולכן מכונה חאווייר גם ה"שליח הראשון לפיליפינים", אך אין שום הוכחה כי היה בפיליפינים.

"נס האצ'ין"

בשלהי שנת 1547 חזר חאווייר למלאקה, ופגש לראשונה בפרנאו מנדש פינטו, הרפתקן ומגלה ארצות, שבעקבות המפגש עם חאווייר הפך לחסיד נלהב שלו והקדיש לו קטעים ארוכים בספרו האוטוביוגרפי "מסעות". פינטו מנדש מתאר בספרו כי באותה תקופה היה המושל הפורטוגזי של מלאקה סימאו דה מלו (Simão de mello), שקיבל את מינויו ב-1545 והיה המושל הרביעי של מלאקה בתוך שלוש שנים. בהגיעו למלאקה מצא דה מלו כי כמות החיילים שעמדו לרשותו על מנת להגן על העיר הייתה בלתי מספקת, בין השאר, משום שחיילים שקיבלו תעודות מסע למלאקה העדיפו להציע את שירותם כשכירי חרב לכל מלך באזור שהיה מוכן לשלם. עובדה זו הייתה ידועה גם לאויביהם של הפורטוגזים, ובליל 9 באוקטובר 1547 תקף צי, ובו שבעים ספינות של סולטנות אצ'ה שעל סיפונן כ-5,000 חיילים, את נמל מלאקה והעלה באש שבע ספינות שעגנו בנמל. חבל אצ'ה שבצפון מערב סומטרה (כיום מחוז באינדונזיה) היה אז מקום מושבה של אחת הסולטנות המוסלמיות החזקות בדרום מזרח אסיה שנתכנתה בפי הפורטוגזים אצ'ין (Achin). הצי של אצ'ה לא תקף את המבצר והתרחק מטווח התותחים שבו. בבוקר לכדו האצ'ינים סירה ועליה שבעה דייגים מלאים ממלאקה. לאחר שכרתו את אוזניהם ואפם הם שלחו אותם בחזרה למלאקה בלוויית מכתב שבו התרברב מפקד הצי האצ'יני בכוונתו לסייר לאורך המצרים וללכוד כל ספינה שיחפוץ והתריס בפני מושל מלאקה שינסה לעצור בעדו.
מושל מלאקה התייעץ עם חאווייר, שבתקופה זו כבר יצא שמעו לפניו, שהציע לו לתקוף. מכיוון שלרשות המושל עמדו שבע ספינות בלבד שלא היו ראויות לצאת לים, נשא חאוויר נאום נלהב בפני הקצינים על חובתם כלפי האל. השפעת הנאום על הפורטוגזים הייתה עזה, ובמשך 5 ימים עמלו 700 איש לטפל בספינות. אלא שכשיצא הכוח שמנה 120 לוחמים בלבד לים במטרה לרדוף אחרי הצי של אצ'ין טבעה אחת הספינות מיד, ושאר הספינות חזרו מיד לנמל כשאנשיהם מסרבים להמשיך בטענה שהטביעה היא אות אזהרה מאלוהים. דה מלו שלח לקרוא לחאווייר, והלה הבטיח לחיילים שבתמורה לספינה שאבדה ישלח להם אלוהים עוד באותו יום שתי ספינות אחרות. ואכן, לפנות ערב הופיעו באופק שתי ספינות. בירור העלה שמדובר בספינות עליהם פיקד דיוגו סאורש דה מלו (Diogo Saurez de Mello), שעמד בראש שכירי החרב הפורטוגזים בשירות מלך בורמה. דה מלו היה בדרכו חזרה לבורמה, לאחר שהביא עמו סחורות, ולא התכוון לעגון במלאקה. בתמורה להבטחה של חאווייר כי לא יושת עליו מכס הסכים דה מלו להצטרף למסע העונשין כנגד אצ'ין. שמונה הספינות הפליגו במעלה החוף המערבי של חצי האי המלאי בפיקודו של דום פרנשיסקו דה סה (Dom Francisco de Sá) על מנת לגלות כי הצי של אצ'ה עוגן בנהר פרליס (Perlis, כיום במדינה בעלת אותו שם במלזיה). בקרב שהתחולל ב-25 באוקטובר 1547 השמיד הצי הפורטוגזי את הצי של אצ'ה.
לטענת מנדש פינטו ידע חאווייר מיד באותו רגע על הניצחון, עליו הכריז תוך כדי תפילה, אף על פי שהאישור הרשמי על כך הגיע רק שישה ימים אחר-כך, כשהגיעה ספינה מהירה מהצי הפורטוגזי למלאקה. אירוע זה לכינוי "נס האצ'ין".

המפגש עם אנג'ירו

האירופאים הראשונים שהגיעו ליפן היו צמד סוחרים פורטוגזים שנחתו בכף קדוקורה, בקצה הדרומי של האי טנגשימה, דרומית לאי קיושו על סיפונה של ג'ונקה סינית ב-23 בספטמבר 1543. לאחר שנפוצה השמועה על עושרה של יפן החלו סוחרים פורטוגזים לפקוד את נמלי דרום יפן. ב-1547 ביקר רב החובל ז'ורז'י אלוורש (Jorge Alvarez) ביפן. בעת שעמד לעזוב את נמל ימאגאווה (山川町) שליד קגושימה שבקיושו בדרכו בחזרה למלאקה הוא הסכים להעלות לספינתו שלושה יפנים: סמוראי בן 35 ששמו אנג'ירו (או יאג'ירו לפי גרסה אחרת), אחיו ומשרתו. אנג'ירו ביקש להימלט מיפן לאחר שהואשם ברצח. בסוף דצמבר 1547 הפגיש אלוורש בין פרנסיסקו חאווייר, שעצר במלאקה בדרכו מאיי מאלוקו לגואה, לאנג'ירו שכבר ידע לדבר בפורטוגזית רצוצה.
אנג'ירו סיפר לחאווייר על חייו ביפן ועל המנהגים והתרבות של מולדתו, וחאווייר היה מוקסם ממה ששמע על הארץ החדשה שנתגלתה לאירופאים לא מכבר. בעיני רוחו הוא ראה בארץ רבת האוכלוסין ובעלת התרבות העשירה כר פורה לפעילות מיסיונרית, והוא החל לתכנן את הפעילות המיסיונרית לארץ שנתגלתה לאירופאים לראשונה רק חמש שנים לפני־כן. "שאלתי את אנג'ירו האם היפנים יהפכו לנוצרים אם אצטרף עמו לארץ זו, והוא ענה כי הם לא ימירו דתם מיד, ובתחילה ישאלו אותי שאלות רבות ויראו מהם ידיעותיי. מעל לכל הם ירצו להיווכח שאני חי לפי העקרונות שאני מטיף להם. כל הסוחרים הפורטוגליים שביקרו ביפן מבטיחים כי בלכתי לשם אעשה שרות רב לאל, ויותר מאשר בקרב עמי הודו, שכן היפנים הם גזע המושפע בעיקר מההיגיון." כשחזר חאווייר לגואה ב-1548 הוא לקח עמו את אנג'ירו, משרתו ואחיו, ובחג הפנטקוסט של 1548 הוטבלו השלושה לנצרות. אנג'ירו, שנקרא מעתה פאולו דה סנטה פה (פאולו של האמונה הקדושה), ושני היפנים הנוספים החלו ללמוד פורטוגזית בקולג' הישועי של סאו פאולו (Collegio de São Paulo) בגואה.

המסע ליפן

חאווייר לא היה יכול לצאת למסע ליפן מיד. חובותיו כמנהל הכללי של הישועים במזרח הרחוק חייבו אותו לטפל בעניינים מנהליים הקשורים למסדר. בנוסף, מותו הפתאומי של המושל הפורטוגזי של המושבות במזרח הרחוק, המשנה למלך דום ז'ואאו דה קסטרו (João de Castro‏; 1548-1500), ביוני 1548 אילץ את חאווייר להמתין למחליף דום גרסיה דה סה (Garcia de Sá). במשך 15 חודשים עסק חאווייר בפעילות אדמיניסטרטיבית של הקמת המרכז הישועי בגואה. בשיתוף ישועים נוספים, שהגיעו לגואה על מנת להצטרף אליו, הקים חאווייר ב"קולג' האמונה הקדושה", שנוסד כמה שנים לפני כן והועבר לישועים, מרכז לחינוך של כמרים ילידים ומומרים עבור הדיוקסיה של גואה שהשתרעה מכף התקווה הטובה שבדרום אפריקה ועד סין. במכתביו מתקופה זו הוא מציין לרעה את התנהגותם של הפורטוגזים ואת אורח חייהם הבלתי־נוצרי.
ב-15 באפריל 1549 יצא חאווייר למסע ליפן כשהוא מצויד במכתב המלצה מהמשנה למלך החדש למושל מלאקה. התלוו אליו שני משרתיו (סיני והודי ממלבר), אנג'ירו ושני היפנים הנוספים, ושני ישועים מקסטיליה: קוסמה דה טורס (Cosme de Torrès‏; 1570-1510), כומר ספרדי שהיה בעברו חייל שחאווייר פגש בגואה ושכנע אותו להצטרף למסדר הישועים, והאח חואן פרננדס (Juan Fernández 1526-1567). הוא עזב את גואה בספינה פורטוגלית בדרכו למלאקה. לפני צאתו ליפן כתב חאווייר מכתב לאיגנטיוס מלויולה ראש המסדר ובו פרט את מיקומם ומספרם של חברי המסדר במזרח הרחוק וסיפר על הכוונה לבקר ביפן:
למדתי מהשלטונות הטובים כי יש ארץ הקרובה לסין הקרויה יפן, כל תושביה עובדי אלילים שלא הושפעו ממוסלמים או מיהודים, ולהוטים ללמוד מה שאינם יודעים הן על דברים שבקודש והן על דברים טבעיים. החלטתי להגיע לשם מוקדם ככל שאוכל..
— The Jesuit Missionary who introduced Christianity to Japan in 1549 St. Francis Xavier (1506-1552)
למסע זה נשא חאווייר עמו מתנות ל"מלך יפן" כיוון שהתכוון להציג את עצמו כשגריר האפיפיור. חאווייר וחבורתו הגיעו למלאקה ב-31 במאי 1549. במלאקה עברה החבורה לג'ונקה של שודדי ים סיניים שהייתה הספינה היחידה שהפליגה ממלאקה ליפן, כאשר מושל מלאקה, דום פדרו דה סילבה (Dom Pedro da Silva) מסייע להם בכסף ואספקה. הג'ונקה הפליגה ממלאקה ב-24 ביוני 1549.

קגושימה

חאווייר הגיע ליפן ב-15 באוגוסט 1549 ונחת בקגושימה, הנמל העיקרי של האן סצומה בדרום האי קיושו, והתארח אצל משפחתו של אנג'ירו. ב-29 בספטמבר הוא התקבל בסבר פנים יפות על ידי הדאימיו המקומי שימאזו טקאהיסה (島津 貴久‏; 1571-1514) שהיה מעוניין לחזק את הקשרים עם הסוחרים הפורטוגזים, ולכן התיר לחאווייר להטיף בתחום שלטונו. במכתב הראשון שכתב חאווייר מקגושימה ב-5 בנובמבר 1549 הוא מתאר את היפנים כעם הטוב ביותר בין עובדי האלילים שנתקל בו עד כה. את השנה הראשונה לשהותו ביפן הקדיש חאווייר ללימוד השפה היפנית. בעזרת אנג'ירו תורגמו ליפנית עיקרי האמונה הנוצרית ומסות קצרות, תרגום שחאווייר כתב באותיות לטיניות, ובו השתמש להטפה וללימוד. אנג'ירו לא היה משכיל ואיכות התרגום של הדוקטרינה הנוצרית שכתב הייתה ירודה ביותר. האב הישועי אלסנדרו ואליניאנו, שמונה ל"מבקר הכללי של המיסיונים בהודו המזרחי" ב-1573, כ-20 שנה אחרי ביקורו של חאווייר ביפן, ושבתקופתו גדלה מאוד הקהילה הנוצרית ביפן, כתב כי התרגום היה עבודה כה רשלנית וקלוקלת עד כי היא עוררה "קריאות בוז וצחוק, הן משום שהאמת בדבריו של האב לא נוסחה היטב, והן משום שהיא נכתבה באופן כזה שלא ניתן היה לקרוא אותה לפני אנשים משכילים מבלי שתעורר צחוק". הבעיה הלשונית הקשה ביותר שעמדה בפני חאווייר הייתה כיצד יש לומר אלוהים ביפנית. המושג היה זר לתרבות היפנית, וכשנשאל אנג'ירו איך מכנים ביפנית את האל הכל יכול הוא הציע את המונח "דאיניצ'י" (大日如来), מונח הלקוח מאסכולת שינגון (真言宗) בבודהיזם היפני (שאליה השתייך אנג'ירו במקור) והמתאר את ויירוקאנה, הבודהה הקוסמי, אחד מחמשת בודהות החוכמה. רק זמן רב אחר כך הבין חאווייר את משמעות הביטוי והחל להשתמש במקום זאת בביטוי הלטיני המקובל "דאוס" (Deus). משום כך התקבל חאווייר בתחילה בסבר פנים יפות גם על ידי הנזירים הבודהיסטים. השימוש במונח הבודהיסטי והעובדה שחאווייר הגיע מטנג'יקו (שמה של הודו בפי היפנים), מולדת הבודהיזם, גרם להם לחשוב כי חאווייר מטיף לסוג חדש של בודהיזם. למרות קשיים אלו הצליחו חאווייר ועוזריו להמיר את דתם של יותר ממאה יפנים בקגושימה לנצרות, חלקם הגדול קרובי משפחה של אנג'ירו, ושל קבוצה נוספת שהתגוררה בטירת איצ'יקו הסמוכה.
מכיוון שחאווייר נהג לתקוף בהטפותיו את הפעילות הבלתי מוסרית לדעתו של הנזירות הבודהיסטית, הבינו הנזירים בקגושימה כי חאווייר חותר תחתיהם, והם החלו להסית כנגדו ופנו לדאימיו בדרישה שיפסיק את פעילותו של חאווייר. בסופו של דבר נעתר להם הדאימיו ואסר על המרות דת נוספות, איסור שהמעבר עליו היה עונש מוות. חאווייר הבין שלא יוכל יותר לקדם את מטרותיו בקגושימה וביקש את רשותו של הדאימיו להגיע למייאקו (都 ביפנית עיר בירה), כינויה של קיוטו. על סמך הניסיון באירופה ניסה חאווייר להגיע לקיסר יפן בהנחה שאם יצליח לשכנעו להמיר את דתו ילכו ההמונים אחריו. הדאימיו הסכים והעמיד לרשותו של חאווייר ספינה שהובילה אותו להיראדו, עיר ונמל מסחר באי באותו שם סמוך לקצה המערבי של קיושו. חאווייר הפליג להיראדו בסוף אוגוסט 1550, כשהוא משאיר את הטיפול בקהילת המומרים של קגושימה לאנג'ירו. חמישה חודשים אחר כך הצליחו הנזירים הבודהיסטים של קגושימה לגרשו מהעיר. הוא הפך לשודד ים ונהרג זמן קצר אחר כך.

היראדו וימאגוצ'י

חאווייר הגיע להיראדו בספטמבר 1550. קבלת הפנים שהעניקו לו הסוחרים הפורטוגזים שבנמל שכנעו את מצואורה טקאנובו (松浦 隆信‏; 1599-1529), הדאימיו המקומי, בחשיבותו של האיש והוא דאג לארח אותו. חאווייר שהה בהיראדו חודש ימים, ובתקופה קצרה זו הצליח לשכנע כמאה מתושבי האי להמיר את דתם לנצרות. הוא המשיך בדרכו לקיוטו יחד עם חואן פרננדס כשהוא משאיר לכומר הישועי קוסמה דה טורס לטפל בקהילה שבאי. אחד מבני הקהילה, סבסטיאן קימורה, היה ליפני הראשון שהוסמך לכמורה, אך הוא סיים את חייו על המוקד ב-1597.
מאוקטובר ועד דצמבר 1550 התגוררו חאווייר ובני לווייתו בימאגוצ'י שבקצה הדרומי של האי הונשו. כדרכו הטיף חאווייר לתושבי העיר מתוך הספר הכתוב באותיות לטיניות כשהאח פרננדס, שהצליח יותר מהאירופאים האחרים ללמוד יפנית, משמש כמתורגמן לשאלות הקהל. העניין שעורר גרם להזמנתו לחצרו של הדאימיו המקומי, אוצ'י יושיטאקה (大内 義隆‏; 1551-1507). הפגישה כמעט והסתיימה באסון. פרננדס קרא בקול קטעים מהדוקטרינה הנוצרית המתורגמת ליפנית שבה תקף, בין השאר, את תופעת מעשה סדום שאת מבצעיה כינה "מזוהמים יותר מחיה חסרת שכל". הגדרה זו הרגיזה מאוד את הדאימיו, אך הוא הסתפק בהפסקת הפגישה בחטף.

קיוטו

זמן קצר לפני חג המולד החל חאווייר במסעו צפונה לבירה קיוטו על מנת להיפגש עם הקיסר. חאווייר ופרננדס הלכו במזג אוויר חורפי קשה בדרך ארוכה לנמל הקרוב (ככל הנראה איוואקוני - 岩国市), ומשם הפליגו דרך הים הפנימי סטו לנמל סאקאי הסמוכה לאוסקה. על סמך מכתב המלצה שהביא עמו הוא שוּכן בביתו של אדם בשם קוּדוֹ שגם ארגן את המשך מסעו של חאווייר לקיוטו בחברת אציל יפני. לאכזבתו הגדולה התברר לו שקיוטו היא עיר הרוסה בעקבות סדרה של מלחמות אזרחים, ושהופעתו בבלויי סחבות כתוצאה מהמסע המפרך מונעת ממנו כל מפגש עם הקיסר היפני, שממילא התברר כחסר כל השפעה של ממש על הפוליטיקה של יפן. אף שהניסיון הסתיים בכישלון למד ממנו חאווייר כי הדרך לנצר את האוכלוסייה עוברת דרך השליטים המקומיים (הדאימיו) כיוון שאין ביפן שלטון מרכזי, וכי עוניו המופגן ששבה את לבם של הפראוואס בהודו והמלאים באיי מאלוקו דחה את היפנים.

ימאגוצ'י

הוא חזר במסע מזורז להיראדו וממנה הגיע לימאגוצ'י במרץ 1551. הפעם הוא התלבש בצורה מהודרת והוא הביא עמו את המתנות שייעד במקור ל"מלך יפן". הדאימיו המקומי, אוצ'י יושיטאקה שאותו הרגיז בביקורו הקודם בימאגוצ'י התרשם והרשה לחאווייר להטיף בתחומי שלטונו. הידיעות על הזרים ועל כך שיש בידם ידע רב, נפוצו בעיר ואל חאווייר הגיע זרם של מבקרים שהתעניינו בהסברים על תופעות הטבע כמו ליקויי חמה, שביט ותופעות שונות של מזג האוויר וחאוויר השתמש בהסברים על מנת לחתור למטרתו העיקרית, דיון ב"יוצר" של כל תופעות הטבע. לאחר התחלה מהוססת הגיעה ההצלחה. תוך ארבעה חודשים הצליח חאווייר להמיר את דתם של כ-500 איש, מרביתם סמוראים או אנשים הקשורים לחצר הדאימיו.

פונאי

באוגוסט 1551 הגיעה שמועה לאוזניו של חאווייר כי ספינה פורטוגזית הגיעה לפונאי (府内 כיום אויטה), בירת מחוז בונגו בחלקו הצפון מזרחי של קיושו. במקביל קיבל חאווייר הזמנה מאוטומו יושישיגה (大友 義鎮, ידוע יותר בשם אוטומו סורין; 1587-1530), הדאימיו של בונגו, לבקר בפונאי. לאחר שלא קיבל שום דואר מאבות המסדר הישועי מאז שהגיע ליפן, החליט חאווייר לעבור לפונאי והוא הורה לאב טורס, ששהה אז בהיראדו, לעבור לימאגוצ'י על מנת לטפל בקהילה המקומית. בספטמבר 1551 התקבל חאווייר על ידי הפורטוגזים בנמל של פונאי בתהלוכה ובמטחי תותחים שהרשימו את השליט בן ה-22. בין השוהים על הספינות של הפורטוגזים היה גם ההרפתקן ומגלה הארצות פרנאו מנדש פינטו, והוא השאיר תיאור מפורט של המפגש בין הדאימיו לחאווייר ושל הוויכוחים התאולוגים בין חאווייר לנזירים הבודהיסטים בפונאי בספרו "מסעות". מנדש פינטו גם תרם כסף לחאווייר עבור הקמת הכנסייה הראשונה ביפן שהוקמה בימאגוצ'י. בפונאי התברר לחאווייר כי לא התקבלו מכתבים עבורו, והוא חש כי הזניח את תפקידו כראש מסדר הישועים במזרח הרחוק ולכן הוא חייב לחזור להודו.

נס החד-תרנית והחזרה להודו

בסוף של דבר נשאה שהותו של חאווייר בת השנתיים וחצי ביפן פירות וקהיליות נוצריות הוקמו בקגושימה, בהיראדו, בימאגוצ'י ובפונאי. בסוף 1551, חזר חאווייר להודו לאחר שהשאיר לאב קוסמה דה טורס, ולאח חואן פרננדס את המשך הטיפול בקהילות הנוצרים שכללו כ-1,000 מומרים. חאווייר סלל את הדרך למיסיונרים הנודעים שבאו אחריו, אלסנדרו ואליניאנו ומטאו ריצ'י בכך שקבע שאין לנסות לכפות את התרבות האירופית על היפנים, אלא אם יש בתרבות זו אלמנטים המתנגשים בנצרות, והוא הקפיד לחיות ולאכול על פי מנהג המקום.
פרנאו מנדש שליווה אותו בקטע הראשון של מסעו מיפן מספר על "נס" נוסף שבו נטל חאווייר חלק. בקטע זה פרצה סופה עזה והקברניט דוראטה דה גמה (Duarte da Gama) החליט לאייש את החד-תרנית הקטנה שהייתה קשורה לספינה ותפקדה כסירת הצלה, על מנת להבטיח שלא תתנגש בספינה. בסופה נקרע החבל שקשר בין הספינה לחד-תרנית, והחד-תרנית ובה 15 איש התרחקה חיש מהר בסופה. כולם כבר הספידו את הצוות בחד-תרנית, אבל חאווייר התעקש להתפלל לשלומם ולדרוש מהקברניט להמשיך לחפש אותם. בדרך נס נמצאה החד-תרנית, ב-17 בדצמבר 1551, כמעט יומים אחר-כך, כשאנשיה עדיין בחיים. עובדה שחיזקה את המוניטין שיצא לחאווייר כעושה ניסים. הסופה אילצה את הספינה לעצור באי שאנגצ'ואן בסמוך לגואנגג'ואו בסין שם הייתה לפורטוגזים תחנת מסחר. בשאנגצ'ואן עבר חאווייר לספינתו של דיוגו פריירה (Diogo Pereira), סוחר עשיר ומכר ותיק מקוצ'ין שבהודו, שהפליגה למלאקה. חאוויר הגיע למלאקה ב-27 בדצמבר 1551 ולגואה בינואר 1552.

ניסיון הכניסה לסין

כבר בדרכו חזרה להודו מיפן, תכנן חאווייר את צעדיו הבאים כמיסיונר. בביקורו ביפן למד על הכבוד שרחשו היפנים לסין כארץ ממנה הגיעה החוכמה ליפן. על אף שלא ידע מה גודלה של סין, הבין חאווייר את חשיבותה ולכן את הצורך להביא את "הבשורה" לתושבי ארץ זו. בהיותו על ספינתו של דיוגו פריירה בדרכו משאנגצ'ואן למלאקה הוא התייעץ עם אנשי צוות הספינה, שהיה להם מידע רב על סין, כיצד ניתן להיכנס למדינה. מהם למד שהדרך היחידה להיכנס לסין היא בלוויית שגריר רשמי של מלך פורטוגל, ועל מנת להיפגש עם קיסר סין יש להביא לו מתנות יקרות ערך. דיוגו פריירה הציע את ספינתו למסע זה, ואף תרם כסף רב על מנת לרכוש את המתנות. פריירה נשאר במלאקה בשעה שחאוויר המשיך לגואה. עם זאת, כשחזר חאווייר להודו הוא היה צריך לטפל בבעיות אדמיניסטרטיביות כממונה על שטחי הפעילות הישועית בהודו, וליישב מחלוקות עם האחראי על המיסיונים ומנהל המכללה. כשבעיות אלה נפתרו החל חאווייר לטפל בכניסה לסין. הוא נפגש עם דום אפונסו דה נורוניה (Dom Afonso de Noronha), שהיה המשנה למלך ומושל הודו הפורטוגזית בין 1550 ל-1554. על פי בקשתו של חאוויר הכין המושל מכתב רשמי על פיו מינה את דיוגו פריירה לשגריר מטעם מלך פורטוגל לסין. ב-17 באפריל 1552 הפליג חאווייר מגואה למלאקה בדרכו לסין שהוא מתעתד להציג עצמו שם כשליח האפיפיור (נונציוס אפוסטולי) המלווה את פריירה כשגריר מטעם מלך פורטוגל לקיסר סין.
בהגיעו למלאקה על מנת להיפגש עם פריירה התברר לו פרץ ריב בין מושל מלאקה (capitão) אלווארו דה אטאידה דה גאמה (Álvaro de Ataíde da Gama), בנו הצעיר של ואסקו דה גאמה (האירופאי הראשון שהגיע להודו בדרך הים) לבין פריירה. לטענת פרנאו מנדש פינטו הסיבה לריב הייתה סירובו של פריירה להלוות עשרת אלפים קרוסאדו (Cruzado – מטבע פורטוגזי מתקופה זו) לדה גאמה. על רקע העימות סירב דה גאמה להרשות לפריירה לצאת ממלאקה לסין. הוא טען כי דיוגו פריירה המוזכר בכתב המינוי של המשנה למלך היה אדם אחר, וכי בלתי סביר שלמשימה כל כך חשובה כמו שליחות לקיסר סין יישלח סוחר שהיה בעברו משרת של אחד האצילים. כל הניסיונות של חאווייר, של סוחרים ממלאקה, ושל פקידים בממשל המקומי לשכנע את דה גאמה להרשות לפריירה לצאת לסין נתקלו בסירוב. דה גאמה טען כי פריירה בעצם מתכנן מסע עסקים, וכל עוד הוא מושל מלאקה פריירה לא יצא לסין, לא כסוחר, ובוודאי שלא כשגריר. בסופו של דבר הפליג חאוויר ממלאקה בספינתו של פריירה, סנטה קרוס (Santa Cruz), שאוישה בצוות חדש שנבחר על ידי דה גאמה, כשפריירה והמתנות עבור קיסר סין נשארו במלאקה. בספרו טוען מנדש פינטו כי חאווייר חש כי קיצו קרב משום שדבריו לפני שהפליג היו "אני ודום אלווארו כבר לא ניפגש בעולם הזה, אלא ביום הדין בעולם הבא".
בתחילת ספטמבר 1552 הגיעה ה"סנטה קרוס" לאי הסיני שאנגצ'ואן, 14 קילומטר מהחוף הדרומי של סין, (כיום חלק מהנפה העירונית טאישאן שבגואנגדונג), כ-170 קילומטרים דרומית-מערבית להונג קונג של ימינו. חאווייר היה מלווה בסטודנט ישועי, אלווארו פריירה, סיני המכונה אנטוניו ומשרת ממלבר המכונה כריסטופר. בסביבות אמצע נובמבר שלח חאווייר מכתב ובו כתב כי פגש אדם המוכן לקחתו ללב סין בתמורה לסכום כסף גדול. לאחר ששלח את אלווארו פריירה בחזרה נשאר חאווייר לבדו עם אנטוניו.

אחרית דבר

ב-21 בנובמבר התעלף חאווייר לאחר קיום המיסה. וכיוון שתנועות האונייה החריפו את מחלתו נבנתה בקתה על האי והוא הועבר אליה. פרנסיסקו חאווייר מת על האי ב-3 בדצמבר 1552 בהיותו בן 46, מבלי שהצליח להיכנס לסין.
הוא נקבר תחילה על חוף האי שאנגצ'ואן. הגופה הוצאה מקברה בפברואר 1553 על מנת להעבירה לקבורה במלאקה. הוא נקבר תחילה בכנסיית סנט פאול במלאקה ב-22 במרץ 1553. קבר פתוח בכנסייה מסמן כיום את מקום קבורתו של חאווייר. פריירה שחזר בינתיים מגואה הוציא את הגופה מהקבר אחרי 15 באפריל 1553 והעביר אותה לביתו. ב-11 בדצמבר 1553 הועברה גופתו של חאווייר ממלאקה והגיעה לגואה העתיקה בפברואר 1554. ב-1614 על פי הנחיותיו של קלאודיו אקוּאַוויווה, ראש מסדר הישועים החמישי, נוסרה יד ימין של הגופה מהמרפק והועברה לרומא ונקברה מתחת למזבח של כנסיית ג'זו (Chiesa del Gesù), כנסיית האם של הישועים.
הגופה, שלא נרקבה, מצויה כיום בבזיליקת בום ז'זוש בגואה העתיקה, בתוך ארון קבורה מזכוכית שהוכנס לארון קבורה מכסף ב-2 בדצמבר 1637. ארון הקבורה מכסף מורד לצפייה על ידי קהל המאמינים רק בתצוגה פומבית המתרחשת במשך ששה שבועות פעם בעשר שנים. התצוגה הפומבית האחרונה הייתה בשנת 2014. קיים ויכוח בשאלה כיצד נשמרה הגופה במשך זמן כה רב. יש האומרים כי הגופה עברה חניטה ויש הרואים בכך מעשה נס.

מורשתו

עם השנים, צמח המיתוס סביב אישיותו של חאווייר, נוצרו אגדות סביב יכולתו ללמוד שפות חדשות בקלות והיו שנים בהם אף נטען כי גרם להתנצרותם של מעל למיליון איש. במציאות נראה כי התקשה ברכישת שפות חדשות ומספר המתנצרים בעטיו מוערך כיום בכ-30,000. עם זאת, הוא היה בין המיסיונרים הראשונים שראו את היתרון בלימוד שפתם של העמים בהם פעלו, בהכרת מנהגיהם ובשילוב ילידים בכמורה. חאווייר הקפיד כי הקשר עם הקהילות הנוצריות החדשות יהיה רצוף וכי יזכו להשגחה נמשכת של כוהני דת נוצריים.
העמים בקרבם פעל בהודו נותרו נוצרים עד היום, אך הקהילות הנוצריות שקמו עקב פעילותו באיי מולוקה וביפן חוסלו במאה ה-17 לאחר שהשליטים רדפו את הנוצרים ורבים מהם הוצאו להורג.
עוד בחייו נחשב חאווייר כקדוש, תואר שאושר רשמית על ידי האפיפיור גרגוריוס החמישה עשר ב-12 במרץ 1622, כשבעים שנה אחרי מותו. יחד איתו הוכרז כקדוש גם מורהו, איגנטיוס מלויולה. ב-1927 הוכרז חאווייר כקדוש הפטרון של כל המיסיונים. חאווייר הוא גם הקדוש הפטרון של נווארה, אוסטרליה, בורנאו, סין, גואה, יפן וניו זילנד. יומו של הקדוש הוא 3 בדצמבר.
על שמו קרויים בתי ספר, קולג'ים ואוניברסיטאות בהודו, בפיליפינים, בקנדה, באוסטרליה ובארצות הברית, כנסיות רבות בעולם (בארצות הברית, לדוגמה, ישנן 52 כנסיות על שמו) ואף תחנת מטרו בפריז.
החל מ-1940 מתקיימת תהלוכת החאוויראדה, עלייה לרגל המתקיימת מדי שנה מפמפלונה לחאווייר.
הפורטוגזים הכירו בתרומתו לעידן התגליות כאשר החליטו לכלול את דמותו באנדרטת התגליות שהוקמה בבלן (חלק מליסבון) על שפך הנהר טז'ו.