יגאל אלון

מסחה וכדורי

יגאל פייקוביץ' נולד במושבה מֶסְחָה (כפר תבור), לחיה וראובן פייקוביץ, שהיו מחלוצי ההתיישבות בגליל התחתון. אביו, ראובן פייקוביץ (1876–1962), נולד בהורדנה שבאימפריה הרוסית (רוסיה הלבנה), עלה לארץ ישראל עם משפחתו ב-1890, בגיל 16, ונודע כאיכר חרוץ במושבות הגליל התחתון.
אמו, חיה לבית שורץ (1876–1924), הייתה ממשפחת אברכים ותיקה מצפת ואביה, אלתר שורץ, היה ממייסדי המושבה ראש פינה, שם גדלה ושם הכירה את ראובן. ברצונו להיות איכר עצמאי, קיבל ראובן ב-1908 מיק"א חלקת אדמה להחכרה במסחה, שהיה בזמנו יישוב עני, צחיח ויבש ממים, שסבל מהתנכלויות הערבים הבדואים והפלאחים בסביבה.
אחרי ארבעה בנים ובת, שעזרו לאביהם בניהול המשק ועבדו עמו בשדה, נולד יגאל, בן הזקונים של המשפחה. כשהיה בן 5, ערב עלייתו לכיתה א', נפטרה אמו, בגיל 49. עד מהרה עזבו האחים הבוגרים את הבית לחיים עצמאיים, ויגאל גדל בצריף דל רק עם אביו הקפדן והסגפן, שלא נישא שוב, ועם אחותו הגדולה דבורה, שמילאה את מקומה של אמו בחייו.
מילדותו עבד במשק של אביו והיה ער לבעיות שמירה וביטחון של המושבה. אלה השנים שחינכו אותו לעצמאות והעמידו אותו במצבים לא קלים. במסחה נזדמן לו מדי פעם חוויות מרדף אחרי כנופיות ערבים שפשטו על שדות המושבה. מנגד, אביו העסיק דרך קבע פועלים ערבים לעיבוד אדמתו, ויגאל נקשר אליהם מאוד.
אחד האירועים המכוננים בימי נעוריו היה בהגיעו לגיל בר מצווה, אז אמר לו אביו שהוא נעשה לאיש ומעכשיו יהיה לו נשק משלו. הוא מסר לו אקדח, ועוד באותו הערב שלח אותו לשמור על חלקה מרוחקת ששמה "בלוּט" (פרי עץ אלון). כשהבחין יגאל בכמה רוכבי-סוסים ערבים שנכנסו לשדה והחלו לגנוב את התבואה, הוא קרא לעברם, ירה באוויר, וכשהם דרכו את נשקם בתגובה, הניס אותם אביו שהשגיח עליו בהיחבא. לאחר מכן, כששאל את אביו למה לא ירה בהם, השיב לו בדברים שילוו את יגאל כמוטו לחיים: "ירייה עלולה להסתיים במוות. מותו של ערבי פותח חשבון-דמים העלול לארוך עשרות שנים. אנחנו חיים כאן איתם, וכל סכסוך שניתן לפתור בידיים ובמקל, יש לסיימו ללא נשק. בו יש להשתמש רק כאשר נשקפת סכנה ממשית לחייך".
לימים, כשתבע בן-גוריון מאלופי צה"ל לעַבְרת את שם משפחתם ורצה לקרוא לו "הגלעדי", העדיף יגאל את השם "אלון", על שמו של עץ האלון שבאותה חלקת בלוט; אביו היה מרוצה שהשם שבחר בנו נלקח מאדמתו.
ב-1934, בגיל 16, התקבל אלון ללימודים במחזור הראשון של בית הספר החקלאי כדורי שאך נוסד בסמוך למסחה, ואף עסק בבנייתו על מנת לעזור לממן את לימודיו. ב'כדורי' התחוור לו כי השכלתו הייתה מצומצמת לעומת חבריו שבאו מהעיר, אך המורים עודדו אותו כשהרגישו שהוא זקוק לעזרה, היה להם חוש שטמון פה "יהלום המכוסה אבק". למרות חולשתו בלימודים, שמר על מעמדו החברתי בהיותו בן כפר הבקיא בחקלאות וברכיבה. בשנת 1936 הוזעק עם חבריו ב'כדורי' לעימות עם רועים ערבים שפלשו לשדות מסחה. הם נעצרו על ידי הבריטים אך יצאו זכאים בדין, כשאלון שימש כעד המרכזי במשפט. כבן של איכר שהעסיק עובדים שכירים, השתייך אלון בנעוריו לימין החקלאי המתון וייסד בכפרו את הסניף של תנועת הנוער ה"בורגנית" "המכבי הצעיר", אך ב'כדורי' הוא החל לנטות מעט שמאלה, והעיד כי "משכמו ומעלה היה שלמה צמח מנהל בית הספר, שקרע בפני צוהר לערכי חברה ואדם ובעקיפין – אל תנועת העבודה".
את המעבר המלא לתנועת העבודה הגשים אלון עם הצטרפותו שלו ושל חבריו מ'כדורי' בשנת 1937 לקיבוץ הטרי גינוסר. אביו לא עמד בדרכו להגיע לקיבוץ וביקש רק כי עם סיום הלימודים יבוא לעזור לו לסיים את עונת הקציר, אך לאחר מכן התאשפז ונדרש להחלמה ארוכה מחוץ למשק. אלון החליט לחסל את משק אביו ובלי לשאול איש, מכר את בעלי החיים שלו ויצא עם זוג פרדות ועגלה על מנת למסור אותן לאחיו ביישובים הסמוכים. אחיו כעסו עליו מאוד על שחיסל את המשק, אך כששמע זאת אביו, הוא רק העיר להם "ואתם נתתם לו לנסוע לבד בעגלה בימים כאלה?" יש הרואים במעשה זה את תחילת דרכו העצמאית של אלון.

גינוסר

לאחר שנה של שירות כנוטר (ראו להלן) הצטרף אלון לקיבוץ גינוסר יחד עם חבריו מ'כדורי'. הוא הסביר את הסיבות להצטרפותו לקיבוץ, השונה מבית גידולו, בכך ש"לא מהפכנים ולא להט המילים הובילו אותי, אלא משמעות הימים ההם – הקיבוץ נתן תשובה נאותה לביטחון, להתיישבות ולתיקון עולם חברתי".
גינוסר באותה התקופה הייתה חצר קטנה באזור מסוכן ומבודד, רוחש כנופיות ערבים. בנוסף לכך, חברת ההתיישבות פיק"א שאפה להורידו מהקרקע בטענה שמדובר בהשתלטות על אדמותיה. באוקטובר 1939, עקב הטיית מי הקיבוץ והתקפה על שלושה נוטרים ששמרו על המים על ידי אנשי הכפר הסמוך אבו שושה, הוביל אלון מספר חברי קיבוץ להתקפה בתוך הכפר הערבי. ההתקפה, שגררה שני נפגעים ערבים, הובילה את הבריטים לפתוח בחקירה ולכלוא את ראשי הקיבוץ, ואלון התמנה במקומם למזכיר המשק. בתפקידו זה, שנמשך כשנה וחצי, הוא קבע עובדות בשטח בסכסוך הקרקעות מול פיק"א, כשהחליט לחרוש שטחים מעוּבּדים הסמוכים לגינוסר ולהגדיל בכך את שטח הקיבוץ, גם תוך עימות עם פיק"א ועם המושבה הסמוכה מגדל. כמו כן, הוא דחף את הקבוצה להצטרף לתנועת הקיבוץ המאוחד, שנראתה לו ולחבריו כמי שתיתן את הגב החזק ביותר לבעיות הקיבוץ; נאם בשם הקיבוץ בכנס התנועה בגבעת השלושה ועשה רושם רב על ראשיה. במיוחד התיידד עם המנהיג ברל כצנלסון, שגם עזר לו ליישב את הסכסוך מול פיק"א. כך השלים למעשה את המעבר הרעיוני והמעשי לתנועת העבודה.
באותה התקופה פגש אלון בגינוסר ברות אֶפּיסדורף, שעלתה מגרמניה ב-1934 והצטרפה לחברת נוער גרמנית בתל יוסף. לאחר רומן קצר נישאו השניים, כנראה ב-1939.

נוטרות ופו"ש

בקיץ 1936, עוד בטרם סיים את לימודיו ב'כדורי', החל גל פעולות איבה של הערבים בארץ (המרד הערבי הגדול). בתגובה למאורעות אלה התגייס אלון לנוטרות – כוח הגנה על היישובים העבריים שהוקם באותה עת בחסות בריטית. הוא ביצע הגנה ניידת בלילות באזור הגליל התחתון על גבי טנדרים בפיקודו של נחום שדמי, ועד מהרה התבלט והתמנה למפקד טנדר ועליו צוות נוטרים, שהגן על גוש טבריה. ב-1937 פגש במסחה ביצחק שדה, שגייס באותה עת צעירים לפלוגות השדה (הפו"ש) שהקים במסגרת ארגון "ההגנה", והגיע למסחה לאחר ששמע על מפקד הנוטרים הצעיר. שדה הורה לו לאסוף את חבריו, וכולם יצאו למארב לילי ליד אחד מכפרי הערבים בסביבה. לאחר מכן שטח את מטרתו בפניהם – יציאה למארבים והתקפות בכפרים ערביים בשעות הלילה, על מנת להקשות על הערבים לתקוף את היישובים היהודיים. "אם נשכיל לשנות את התכסיסים, הערבים יעברו למגננה ויצומצם כוח ההגנה שלנו. לא נלך בדרכי רצח ולא נפעיל טרור אישי" אמר להם. רעיון זה הרשים מאוד את הצעירים ובמיוחד את אלון: "רסיסי מחשבה שהתרוצצו זמן רב בראשנו התגבשו לפתע לדוקטרינה שלמה" אמר. מכאן ואילך, הפך שדה לחונכו ומפקדו של אלון למשך שנים ארוכות.
אלון עבר קורס מ"כים של הפו"ש, ובסוף 1937 יצא לקורס מפקדי מחלקות בכפר ויתקין ובג'וערה (שבו השתתף גם משה דיין) והתבלט שם מאוד. במרץ 1938 השתתפו דיין ואלון במבצע העלייה לחניתה במסגרת חומה ומגדל כמפקדי טנדרים של הפו"ש, וכוחותיהם הניסו כנופיה שתקפה פועלים בדרך לקיבוץ (שם גם צולמה התמונה המפורסמת שבה יצחק שדה מחבק את שני "יורשיו" לעתיד, אלון ודיין). אלון הפך למפקד המשמר הנע של גוש הגליל התחתון ונודע בשיטות הפעולה שלו לגירוש ערבים שעלו עם עדריהם על שדות היהודים ובמארבים שטמן לכנופיות שחדרו ליישובים. בתגובה לרציחות שביצעו כנופיות ערביות על יהודים, הוא פיקד על פעולות תגמול שכללו פיצוץ בתים (לאחר שהוצאו מהם האנשים) בכפרים מהם פשטו הרוצחים.
עם פירוק הפו"ש ב-1939, עזב אלון את הנוטרות ונשלח להדריך בקורס מפקדי מחלקות של "ההגנה" ביבנאל. בעקבות גילוי המחנה על ידי שני שוטרים בריטים, הוא תכנן והוביל קבוצה מחניכי הקורס במסע רגלי לג'וערה עם חניית ביניים במסחה. הם הגיעו בשלום, אך הקבוצה השנייה, שהלכה בדרך אחרת ונודעה לימים כ"המ"ג", נתפסה עם נשקה על ידי חיל הספר העבר-ירדני ונכלאה למשך כשנתיים.

בפלמ"ח

במאי 1941 החליטה המפקדה הארצית של "ההגנה" להקים את הפלמ"ח, מתוך הכרה כי היישוב זקוק לכוח צבאי עצמאי וסדיר המתאמן באופן קבוע, שייטול את היוזמה מאויביו ויהיה בהיכון בעת אפשרית של פלישת גרמניה הנאצית לארץ ישראל. מפקדי שתי הפלוגות הראשונות של הפלמ"ח גייסו בעצמם את אנשיהם: אלון נקרא לעמוד בראש פלוגה א' בכפר גלעדי, שאת אנשיה גייס ממושבות הגליל והעמק, רובם יוצאי הפו"ש, ומשה דיין עמד בראש פלוגה ב' שהתאמנה בחניתה.
תוך כדי האימונים, נקראו שתי הפלוגות בראשותם של אלון ודיין לסייע לשתי הבריגדות האוסטרליות שעמדו לפלוש לשטחי לבנון ביוני 1941, כחלק מהמערכה במלחמת העולם השנייה. הן נדרשו לשמש כמורי דרך ולהחזיק בגשרים. עקב הזמן הקצר שעמד לרשותם הם לא הספיקו להתאמן, לא היה ביניהם אנשים שהכירו את סוריה והם נאלצו לגייס ערבים מהסביבה כסיירים. הכוח של אלון הצליח לתפוס את הגשרים על הליטאני באזור מרג' עיון, אך הסתבכותו של הכוח האוסטרלי מנעה את חבירת האוסטרלים אליהם, ולאחר שהחזיקו בגשרים כ-24 שעות, נאלצו אלון ואנשיו לסגת, והצבא הצרפתי פוצץ אותם. דיין החליט לכבוש תחנת משטרה והתפתח שם קרב קשה בו איבד את עינו. זו הייתה ההשתתפות הישירה הראשונה של הפלמ"ח בפעולת מלחמה בחזית, ולמרות תרומתה המוגבלת, היא הפכה למיתוס בפלמ"ח ובסיס לבנייתו ככוח לוחם.
לאחר הפעולה בסוריה המשיך אלון לעמוד בראש פלוגה א', ובינואר 1942 מונה לעמוד בראש המחלקה הסורית, שהייתה יחידת המסתערבים הראשונה של הפלמ"ח. היחידה פעלה בסוריה ובלבנון במטרה להכין תשתית למודיעין ופעולות חבלה למקרה של כיבוש גרמני. אלון פעל לקידום המחלקה בשלושה מישורים: הגדלתה, שיפור מיומנות המסתערבים והכשרתם בהתחזות ובפעילות סמויה מן העין במדינה ערבית, וחתירה לעצמאות המחלקה מפיקוד הבריטים. הוא לא נטה לשתף פעולה עם הבריטים שפיקחו על המחלקה, אותם ראה עדיין בחזקת אויב שלא נטה חסד עם אנשי הארגון (דבר שהרגיז אותם מאוד). עם ירידת הסיכוי לפעילות מבצעית עקב התרחקות הסכנה הנאצית בגזרת הים התיכון וירידת המורל של אנשיה, הוחלט לפרק את היחידה, שלא זכתה להצלחה ממשית.

בפיקוד הפלמ"ח

בשנת 1943, לאחר שדוד נמרי החליט לעבור לתפקיד אחר, מונה אלון להחליפו כסגנו של מפקד הפלמ"ח, יצחק שדה. מינוי זה התקבל בפלמ"ח כבחירה טבעית ללא עוררין, ושדה נתן לו גיבוי מוחלט. אלון עסק בעיקר בארגון, מנהל ותקציבים, על מנת שהפלמ"ח ימשיך לתפקד בפועל. הוא זה שניהל את ישיבות מטה הפלמ"ח במקומו של שדה, עיבד את רעיונותיו לתוכניות מעשיות בפועל, היה נושא ונותן עם סגל המפקדים בפלמ"ח והשתתף יחד עם שדה בדיונים עם רמטכ"ל "ההגנה", יעקב דורי.
אלון דגל במערכת יחסים בלתי פורמלית בין המפקדים לטוראים בפלמ"ח. הוא הרבה להסתובב בין היחידות השונות, לדבר עם האנשים ולשאוב רעיונות, וביצע שיחות חתך עם המפקדים. לאחר שהבריטים הפסיקו את מימון הפלמ"ח עם הצלחתם בקרב אל-עלמיין השני, ובעקבות זאת הפך הפלמ"ח ל"צבא עובד", שחבריו עבדו בקיבוצים, הטיל אלון את כל כובד משקלו בשכנוע החברים הממורמרים להמשיך לשרת בפלמ"ח למרות חוסר המעש באותו זמן, לאחר שרבים השתוקקו להתגייס לצבא הבריטי ולהילחם בנאצים. הוא עבר בין אוהלי הפלמ"ח וקרא להם את קריאתו של שדה: "חברים, מי יישא את הרובה העברי?"
בשנת 1944 דחף אלון להקמת גדודי הפלמ"ח, במטרה שיאגדו תחתם את הפלוגות השונות ויקלו בכך על מטה הפלמ"ח את הטיפול בהן. כמו כן, הוקמה המחלקה הימית על מנת להכשיר ימאים לפעולות ההעפלה שלאחר המלחמה. בסוף אותה שנה התמנה אלון לסגן ראש מטה הסֶזוֹן, קרי, פעולות של "ההגנה" שנועדו לשבש ולבלום את מחתרות האצ"ל והלח"י שפתחו במרד נגד הבריטים. עד מהרה, משהוחלט לשתף פעולה בעניין זה עם הבריטים, הודיע שהוא מתנגד לשיתוף הפלמ"ח בפעולות של חטיפות ופרש מתפקידו זה. היה מי שטען שאלון פרש מהמבצע לא מטעמים הומניים אלא פוליטיים, כשלא רצה "ללכלך את הידיים" בעניין לא נעים מבחינה חברתית.
עם תום מלחמת העולם השנייה תמך אלון ביציאתו של הפלמ"ח למאבק חמוש וגלוי בבריטים, כנגד המגמות שהנהיג הממשל נגד היישוב היהודי באותה עת, שכלל בין היתר את צמצום העלייה. ב-1945 הוקמה תנועת המרי העברי, שהפלמ"ח היה שותף לו יחד עם האצ"ל והלח"י. הוא הקפיד עם זאת, שהפלמ"ח לא ישפוך דם של חפים מפשע, הן בקרב הערבים והן בקרב הבריטים, ואף היה מוכן לקחת סיכונים מבצעיים לשם כך. הפלמ"ח, כעת תחת פיקודו המלא של אלון (לאחר שיצחק שדה מונה לרמטכ"ל "ההגנה"), התמקד במסגרת תנועת המרי בפעולות התקפיות למען ההעפלה לארץ – בהן בין היתר פריצת מחנה עתלית ושחרור המעפילים שנכלאו בו באוקטובר 1945; התקפה על תחנות משטרת החופים הבריטית; ופיצוץ תחנות הרדאר שעל הר הכרמל, שאיתרו את ספינות המעפילים, בינואר 1946 – וכן בפעולות למען ההתיישבות כמו העלייה לביריה. הפעילויות הללו סיפקו לפלמ"ח ניסיון מבצעי רב, ולאלון – הזדמנות לפעילות צבאית רחבת היקף כמפקד בכיר. הפעולה הגדולה והמסובכת ביותר של אלון כמפקד הפלמ"ח הייתה ליל הגשרים ב-16 ביוני 1946, שבמהלכו פוצצו מאות אנשי פלמ"ח בו-זמנית 11 גשרים בכל גבולות הארץ. אלון תכנן את המבצע, שהצריך תיאום והכנה דקדקניים, ירד לכל פרטי הפעולה מבחינה טקטית ותרם בסופו של דבר להצלחתה.
לאחר התפרקות תנועת המרי, החליטה הנהגת היישוב על הפסקת המאבק המיליטנטי בבריטים והעברתו לפסים המדיניים תוך המשך ההעפלה, למורת רוחו של אלון, ששאף להמשיך במאבק הצבאי והתבטא כי ההנהגה בראשות בן-גוריון לקתה "בעודף רגש אחריות, הגובל בחוסר אחריות". הוא אף ננזף על ידי משה שרת על שכתב אליו מכתב ברוח זו. אלון הורה למפקדי ספינות המעפילים לבצע התנגדות לא חמושה של המעפילים עצמם, כמו סירוב לרדת מהספינות אם הן נתפסות, על מנת לאותת לבריטים לא לגרשם לארצות המוצא שלהם. דבר זה גרר את הבריטים להשתמש בנשק ובזריקת פצצות גז מדמיע על המעפילים, אך אלון לא נרתע מכך, גם מול הביקורת על כך שתינוקות המעפילים סובלים מן הגז.

המסע באירופה

בדצמבר 1946 נסעו יגאל ורות לאירופה. רות נסעה למשך שנה בשליחות לגרמניה ובתם נורית בת השש, שהייתה על הספקטרום האוטיסטי, נמסרה לטיפול במעון. אלון ובכיר "ההגנה" ישראל גלילי ערכו סיור באירופה לצורך השתתפות בקונגרס הציוני ה-22 בבזל. הם ביקרו בין יחידותיהם ביבשת ופגשו את פעילי הבריחה וההעפלה וגם את שרידי השואה ששאפו לעלות לארץ ישראל. המסע באירופה נמשך כארבעה חודשים. בבזל פגש אלון את אנטק צוקרמן והשתתף בוועידה זוטא של אנשי ההגנה, שהשתתפו בה משה סנה, שאול אביגור, גלילי, יעקב דורי ונחום שדמי. מבזל נסעו אלון וגלילי דרך אוסטריה לגרמניה. מאינסברוק לגרמניה נסעו במכוניתו של שמעון אבידן. בגרמניה נסע אלון לבקר את רות במחנה העקורים בלנדסברג, לשם נסעה כשליחה לבית ילדים יתומים ניצולי שואה. אלון וגלילי חצו בהדרכת צבי נצר את הגבול לצ'כוסלובקיה ובתחילת ינואר 1947 חצו את הגבול לפולין, בעזרת תעודות מזויפות של אזרחים פולנים, ושהו בה כעשרה ימים. הם נסעו ברכבת לקיבוץ הכשרה בקטוביץ ושוחחו עם הפעילים. פעילי הבריחה המקומיים היו נרגשים מן המפגש עם מפקדי ההגנה. אלון וגלילי נסעו מקטוביץ לאושוויץ ולבירקנאו. אלון הזדעזע לנוכח המראות ולא חדל לומר שזה מעבר להשגת אנוש. במכתביו לרות מאותה תקופה, כינה את אירופה "היבשת הארורה". לאחר מכן חזר אלון לצרפת ויצא ממנה לסיור בנמלי היציאה של אניות המעפילים. הוא שב מאירופה במרץ 1947 אך לא השיב את נורית בתו מהמעון. עם זאת הוא הקפיד לבקרה לעיתים תכופות. לרות כתב: "ביקוריי אצלה גורמים לי תמיד עונג רב וקורת־רוח, אך לא אכחד ממך ששמחתי מהולה תמיד בטיפת יגון על גורלה של יקירתנו".

במבצע יפתח

לאחר פינוי מצודת נבי יושע על ידי הבריטים, העברתה לידי הערבים וכישלון הגדוד השלישי של הפלמ"ח לכובשה, עלה אלון לאצבע הגליל ב-25 באפריל 1948, על מנת לפקד על מבצע יפתח (שם שניתן לו על ידי יגאל ידין – ראשי תיבות של יגאל פייקוביץ' תל חי). כצעד ראשון, כינס את נציגי היישובים באזור וביקש מהם, וגם נענה, לתת לו את הנשק שנמצא ביישוביהם וכן כוח אדם, על מנת לרכז את כל הכוח ליציאה להתקפה במקום פיזורו.
על מנת להצליח לכבוש את צפת, החל אלון לנהל לוחמה פסיכולוגית נגד ערביי האזור, שנחשבו בעיניו "מהעזים והמחוצפים ביותר". הפעולה הראשונה הייתה העלאת הגדוד הראשון של הפלמ"ח לגליל המזרחי על נשקו לאור היום, בשיירה שהתפרשה על פני קילומטרים. תחילה נכבשה עין זיתון אחרי קרב קשה, ובתיה פוצצו לנגד עיניי ערביי צפת על מנת לזרוע בהם בהלה. כאשר החלו ההפגזות על רמות נפתלי ב-1 במאי 1948, הוא לא שעה להפצרות לשלוח אליהם תגבורת, מכיוון שרצה לרכז את הכוחות לכיבוש העיר ולא לשחק לידי האויב הערבי, שנאלץ בשל כך לשנות את תוכניותיו. מגיני רמות נפתלי שלחו לו מברק ובו אולטימטום, שאם לא ישלח תגבורת בהקדם, הם יפנו את היישוב עם רדת החשכה. אלון שלח אליהם מברק ובו הודיע שבקצה השביל היורד מהיישוב תמתין חוליה עם מקלע לעצירת המתפנים, אך הוא דאג גם לשלוח אליהם תגבורת מאנשי המשקים בסביבה ומטוס פרימוס, מה שעצר את ההתקפה. ב-6 במאי תקפו כוחותיו של אלון מחטיבת יפתח (הגדודים הראשון והשלישי של הפלמ"ח יחד עם גדוד חי"ש) את צפת, אך ההתקפה נכשלה. אלון שינה טקטיקה והחליט קודם כל לתקוף את המשטרה וה"מצודה" הגבוהה בצפת – נקודות המפתח שהכשילו את ההתקפה הראשונה על העיר – וב-10 במאי הצליחו כוחות הפלמ"ח לשחרר את צפת. בעקבות הבהלה העצומה שפשטה ברובע הערבי של העיר, החלה מנוסה המונית וזרם של פליטים פנה אל הדרך של ואדי עמוד לכיוון מירון-סעסע שנשארה פתוחה. לדברי אניטה שפירא, אלון "דאג תמיד להשאיר דרך פתוחה לבריחת הערבים". למחרת נכנסו אנשי הפלמ"ח אל הרובע הערבי ומצאו "עיר רפאים".
אלון ניהל לוחמה פסיכולוגית גם כלפי אלפי הבדואים שישבו מצידי הכבישים באזור גינוסר ועמק החולה, נפגש עם מוכתרי הסביבה ויעץ להם שמוטב להם להתפנות עקב כניסת כוחות יהודיים עצומים לאזור. אלפים נסו על נפשם וכך הצליח לכבוש את השטח ללא קרב (עם זאת, הוא כרת ברית עם שבט הבדואים אל-הייב מטובא, השאירוֹ במקומו ואף גייסו לפלמ"ח.). על מנת לכבוש את מאלכיה, כפר ערבי שכוחותיו הקיזו עליו דם בזמן המבצע ולא הצליחו לכובשו, ביצע אלון פעולת הסחה כאילו נערכת התקפה על חזית הכפר, וכשהערבים הפנו אליה את כוחותיהם, הוא ביצע איגוף רכוב עם כוחותיו, נכנס מאחורי היישוב תוך הפתעת מגניה הערבים והצליח לכובשו. כמו כן, נכבשו חלקים מהגליל העליון המזרחי, ולצורך כך חדר הפלמ"ח זמנית לשטחים בדרום לבנון. אלון תכנן לאגף את הסורים בעורפם, אך הכוח שעמד לרשותו לא הספיק והדבר נכשל לבסוף.

בחזית המרכז

בסוף מאי 1948 הוחלט להעביר את חטיבת יפתח מהצפון לגזרת לטרון, ואלון הועבר להיות סגן מפקד חזית ירושלים, כסגנו של האלוף דוד מרכוס ומפקד מבצע יורם ב-3 עד 9 ביוני 1948. במסגרת מבצע יורם עשה צה"ל את ניסיונו השלישי לכבוש את לטרון ולפרוץ את הדרך לירושלים הנצורה, אך המבצע לא צלח, בין היתר בגלל מחסור במודיעין יעיל.
לדברי יצחק רבין, כאשר נשלח על ידי מפקדי החזית, מיקי סטון ואלון סגנו, לבשר לדוד בן-גוריון על כישלון המבצע והמלצתם לוותר על כיבוש לטרון לטובת השתלטות על דרך אלטרנטיבית לירושלים, צעק עליו בן-גוריון: "צריך לירות ביגאל!".

בפרשת אלטלנה

בזמן ההפוגה הראשונה, בצהרי ה-22 ביוני 1948, מונה אלון לפקד על כוחות צה"ל שפעלו מול כוחות אצ"ל חמושים שהיו בחוף תל אביב ובסביבתה, כחלק מפרשת אוניית הנשק "אלטלנה".
בשלב זה בפרשה כבר היו הרוגים ופצועים לשני הצדדים, בקרבות שונים ברחבי הארץ, כולל בחוף מול כפר ויתקין. הממשלה דרשה מאנשי האצ"ל להכנע ללא תנאי, ולמסור את הנשק לידי צה"ל, אולם למרות הוראות מפורשות וניסיונות משא ומתן ארוכים בין נציגי הממשלה לאנשי האצ"ל, אנשי האצ"ל סירבו לשמוע לפקודות הצבא. לדברי אלון הוא מונה לפיקוד זמני על מבצע שנועד "להדביר את התמרדות האצ"ל ולמנוע השתלטותו על תל אביב."
החל משעות הבוקר של אותו יום, היו מטה הפלמ"ח ומטה חיל הים בחוף נצורים על ידי כוחות גדולים של אנשי אצ"ל, והתקיים ירי, כולל שימוש במקלעים, רימונים ומטולי פיאט, בין אנשי אצ"ל לחיילי צה"ל סביב מטה הפלמ"ח. אלון העריך שבלי תגבור כוח צה"ל, הוא לא יצליח לגבור על כוחות אצ"ל. הוא הורה להעביר כוח מחטיבות יפתח והנגב לתל אביב. כוח זה טיהר את הרחובות והסיר את המצור משתי המפקדות. בנוסף שלח אלון גדוד נוסף של צה"ל, לעצור ולפרוק את הנשק של כוח של אנשי אצ"ל שערקו מיחידותיהם בצה"ל והתקדמו מכיוון צריפין אל תל אביב.
אלון מעריך שיש לו שלוש אפשרויות - לפתוח באש כבדה על "אלטלנה" ולגרום אבדות כבדות, להניח לאנשי האניה לרדת לחוף עם עוד נשק, דבר שהוא מעריך שיגרום עוד קרבות רחוב עקובים מדם. במקום שתי אפשרויות אלה, הוא פונה למטכ"ל של צה"ל וביקש שיטיל על חיל התותחנים - שלא נתון לפיקודו, לירות כמה פגזי הזהרה לקרבת האלטלנה, לפני הגשת אולטימטום לכניעה. ההפגזה בוצעה בשעה ארבע. לטענת אלון, פגז פגע בטעות באלטלנה וגרם בה לדלקה. מרגע שנודע לו, הוא פקד על חלק מאנשיו להניח את נשקם, לקפוץ לים והחיש עזרה לאנשי האניה. לאחר מכן התקשר למטכ"ל לבקש מהם שיורו להפסיק את אש התותחים, וכן להזעיק את חיל הים לפעולות הצלה של אלטלנה. בו בזמן, כוחות צה"ל השתלטו על אנשי אצ"ל שנמצאו במבואות העיר ובתוכה.

במבצע דני

לקראת סיום ההפוגה הראשונה, ביולי 1948 ביקש יגאל ידין למנות את אלון למפקד חזית המרכז, אך דוד בן-גוריון סירב והעדיף את מרדכי מקלף, יוצא הצבא הבריטי. הסירוב הביא להתפטרות של ידין ושאר המטכ"ל ולהתפטרות של בן-גוריון. בסופו של דבר הושגה פשרה שאלון יפקד על מבצע דני אך לא יהיה מפקד החזית, וכל המתפטרים שבו לתפקידיהם.
במבצע דני, מ-10 ביולי עד ל-18 ביולי, פיקד אלון על כיבוש רמלה ולוד והכפרים הערביים בשפלה, ניצח את הכוחות העיראקיים שהתמקמו באזור וכוחות ערביים מקומיים, ואף הביא לגירוש תושביהן הערביים של הערים הכבושות. בכך הסיר את האיום מעל תל אביב. המבצע הצריך מאלון ללמוד בזמן קצר ותוך כדי לחימה, על מורכבות ההפעלה של עוצבה בעלת ארבע חטיבות יחד עם כוחות מסייעים, ולדעת לתאם ביניהם. על גירוש ערביי לוד ורמלה אמר, שלא הייתה ברירה אחרת אלא לפנות את הערבים מהערים האלה: "לא יכולתי להרשות שאלפי ערבים יישארו מאחורי קווי החזית שלי", ושפיקוק הצירים בפליטים ימנע התקדמות אפשרית של הלגיון הערבי מערבה. עוד טען, כי זוהי תוצאה כפויה של מלחמה שלא אנו בחרנו בה.

מפקד חזית הדרום

באוגוסט 1948, עם העתקת כובד המערכה מהמרכז לדרום, מונה אלון למפקד חזית הדרום בדרגת אלוף, והוא כבן 30 בלבד. למטהו מינה בעיקר קציני פלמ"ח שהיו תחת פיקודו במבצעים הקודמים, ובראשם יצחק רבין כקצין המבצעים. אחד ממפקדי חטיבותיו היה מפקדו לשעבר, יצחק שדה.
ב-15 באוקטובר פיקד על מבצע יואב לפתיחת הדרך לנגב הנצור, ולאחר קרבות קשים הצליח לכבוש את משלטי חוליקאת, ששלטו על הדרך ליישובי הנגב. אלון נכשל בהתקפה הראשונה, שינה את התוכנית והצליח בשנייה. הדרך לנגב נפתחה, ובמקום התקפה ישירה, העדיף לכתר אלפי חיילים מצרים בכיס פלוג'ה. הוא ביקש להמשיך בתנופה לניצול ההצלחה מול המצרים הנסוגים, כשלחץ על המטכ"ל לכבוש את באר שבע, שלא נכללה בתוכניות המבצע. למרות הסתייגותם של בן-גוריון וידין, ניתן לבסוף האישור והעיר נכבשה בידי חטיבת הנגב בפיקודו של נחום שריג. לדעת אלון, "יואב" היה המבצע החשוב ביותר בקרבות הנגב, והוא סימל לראשונה את המעבר ממגננה למתקפה באזור.
בין המבצעים השונים מימש ראש הממשלה בן-גוריון ב-7 בנובמבר את מהלך פירוק מטה הפלמ"ח והכפפת חטיבותיו ישירות לצה"ל. אלון ניסה להיאבק בהחלטה זו, אך ללא הועיל.
בנובמבר נולד לאלון בנו יפתח.
ב-22 בדצמבר פיקד על מבצע חורב, במטרה לגרש את הכוחות המצריים שנותרו בנגב. במסגרת המבצע החדיר אלון טור ישראלי אל תחומי חצי האי סיני שהגיע עד לאל עריש כמהלך עוקף, שמטרתו הייתה להוציא את המערך המצרי משיווי משקלו ולפצל את כוחותיו על מנת להקל על המערכה, או לחלופין, לכתר אותו ברצועת עזה. ארצות הברית דרשה מבן-גוריון שישראל תיסוג מהמובלעת בסיני. אלון נסע במיוחד לטבריה לנסות להניא את בן-גוריון מכניעה ללחץ האמריקני, אך דעתו לא התקבלה והוא החזיר את כוחותיו אל הנגב.
עוד בסיום מבצע יואב, האיץ אלון במטכ"ל לנצל את ההזדמנות לכיבוש אילת. בן-גוריון, שחשש מהתערבות בריטית, אישר לבסוף את מבצע עובדה להשתלטות על האזור, רק לאחר מבצע חורב ולאחר שאילץ את אלון ואת מפקדי חטיבותיו להתחייב בכתב שלא יגררו לעימות עם הלגיון הירדני. ב-10 במרץ הגיעו כוחותיו לאילת. אלון ניסה לשכנע את בן-גוריון לא לסיים את המלחמה ללא כיבוש הגדה המערבית, וכשלא נענה עקב שיקולים מדיניים, טען שבכך ישראל הפסידה את השלום.

הדחתו

לאחר סיום המלחמה המשיך אלון לשרת כמפקד פיקוד הדרום עוד מספר חודשים.
בספטמבר 1949 הפקידו יגאל ורות את בתם נורית במוסד באברדין. משם המשיך אלון לסיור הכרות מקצועי בלונדון ולאחר מכן לסיור צבאי בפריז, ובין היתר סייר גם ביחידות הצבא הצרפתי באלג'יריה. בסוף נובמבר חזר לישראל. באוקטובר, ששה שבועות לפני כן, בזמן שהותו בצרפת, נודע לו שמשה דיין התמנה במקומו למפקד הפיקוד. הייתה זו הדחה שהגיעה ישירות מבן-גוריון. הוא התלבט אם לעזוב את הצבא, ובשתי פגישות שקיים עם בן-גוריון הובהר לו, לטענתו, שראש הממשלה חושד במפלגה שהשתייך אליה, מפ"ם, ב"אי-נאמנות למדינה" וכי עליו להתנער ממנה אם ברצונו להמשיך בצבא. אלון העדיף לפרוש מאשר להתנכר לאנשי הקיבוץ המאוחד. בן-גוריון העריך מאוד את יכולותיו הצבאיות של אלון, אך גם ביקר אותו על כך שלא תמיד קיבל את מרותו ואת מרות המטכ"ל, ולפעמים "עשה דין לעצמו". אלון התעמת עמו לא פעם, למשל בהגנתו על כמה ממפקדי הפלמ"ח שבן-גוריון ביקש להדיחם. בן-גוריון גם חשד בו שלא תמיד שיתף את הפיקוד העליון בתוכניותיו הצבאיות והעדיף לדווח לאנשי מפלגתו על פניו, וכן חשד שהוא קידם מפקדים בהתאם להזדהותם הפוליטית עם מפ"ם. צמרת הצבא הפכה למורכבת מאנשי מפא"י (כגון דיין) ומאישים בלתי-מפלגתיים.

מאבקים פוליטיים

מלחמת העצמאות הקנתה לאלון פופולריות רבה בציבור, בייחוד בקרב בני הדור הצעיר של שנות המדינה הראשונות, "דור תש"ח", שרבים מהם ראו בו את נציגם בהנהגה הפוליטית וציפו ממנו לגדולות. הוא חזר לגינוסר והשתלב בפעילות פוליטית במוסדות הקיבוץ המאוחד ובפטרונה הפוליטי, "אחדות העבודה", שהייתה אז חלק ממפלגת מפ"ם. אלון הזדהה עם הקיבוץ המאוחד עוד כשהוביל לצירוף גינוסר אליו ב-1939 ולאורך שנותיו הביטחוניות, ובייחוד הזדהה עם ראשיו, יצחק טבנקין וישראל גלילי (שאלון היה תחת פיקודו בהגנה לאורך שנים רבות).
אלון ומרבית אנשי "אחדות העבודה" התקשו להתיישר לפי הקו היוני של מפ"ם. הם לא אהדו את ברית המועצות, היו אקטיביסטים מבחינה ביטחונית, הטיפו למדיניות של נקיטת יד קשה כנגד מדינות ערב בנוגע לאיומים על ישראל ועל גבולותיה, ולמדיניות של אי-התערבות במאבק בין הגושים, צעד שימנע מישראל הסתבכות במלחמה הקרה. בכלכלה הם היו קרובים למפ"ם בתמיכה בקו סוציאל-דמוקרטי מלא. כאשר אלון הגיע למסקנה כי אין הצדקה לקיומה של מפ"ם המאוחדת, היה בין יוזמי התפלגות "אחדות העבודה" ממנה.
בשנת 1952 שב לישראל לאחר שנתיים של לימודים בלונדון ובאוקספורד.
לאחר הפילוג בשנת 1954 שימש אלון כמזכ"ל אחדות העבודה - פועלי ציון, שהפכה למפלגה עצמאית. בשנים 1955–1960 כיהן כחבר הכנסת מטעם המפלגה בכנסות השלישית והרביעית, והיה חבר בוועדת הכלכלה, בוועדת החינוך והתרבות ובוועדת חוקה, חוק ומשפט. הוא היה נואם מבוקש לאספות בחירות והביא אליהן קהל רב, אם כי הומוגני יחסית. הוא זכה לפופולריות רבה בקרב ילידי הארץ, אך למרות ניסיונותיו, לא הצליח לחדור ללבם של העולים החדשים יוצאי מדינות ערב, שפחות הכירו אותו כאיש צבא, או שלא הזדהו עם האידאולוגיה שהציג. כנץ פוליטי, התנגד אלון יחד עם אנשי מפלגתו לנסיגת צה"ל מסיני לאחר מלחמת סיני, והיה ממובילי הפגנת המונים ב-1957 כנגד הנסיגה. בקיץ 1957 יצא אלון לסמינר מדיני בינלאומי באוניברסיטת הרווארד בארצות הברית, שם הכיר את מי שיהיה בעל בריתו במאבקים המדיניים בשנות ה-70': הד"ר הנרי קיסינג'ר. בסמינר זה השתתפו עשרות מנהיגים צעירים מרחבי העולם, כולל ממצרים ומלבנון. בשנת 1960 יצא אלון ללימודים באוניברסיטת אוקספורד באנגליה, ולמד פילוסופיה, פוליטיקה וכלכלה.
בשנת 1961 שב אלון ארצה וחזר לכהן כחבר כנסת מטעם מפלגתו, ובאותה שנה התמנה לתפקיד שר העבודה בממשלת בן-גוריון; המשרד, שהיה מופרד ממשרד הסעד, התמקד בזכויות עובדים, כמו מתן פיצויי פיטורים, ובמציאת עבודה לעולים החדשים. הוא המשיך להתעניין גם בענייני ביטחון, ובדיון חשאי התנגד, יחד עם גלילי, להצעת דיין ופרס להעדיף את תקצוב הכור הגרעיני על חשבון התעצמות הצבא, בטענה שהכור לא ימנע מלחמות וכי יש לחזק במקום זאת את צה"ל.
אלון לא השלים עם היותו חבר במפלגה קטנה יחסית, וחשב שהשפעה אמיתית על המדינה והחברה הישראלית יכולה להיעשות רק כחלק ממפלגה גדולה, שתאחד את כל מפלגות הפועלים הציוניות. אחרי בחירות נובמבר 1961 בה קיבלה מפלגת 'אחה"ע' 8 מנדטים בלבד הצליח אלון לחבור לאשכול ולהצטרף לממשלה בתור גורם משמעותי, זאת בניגוד לרצונו של בן-גוריון ליצור קואליציה עם הליברלים. אלון מונה לשר העבודה ולחבר בוועדת השרים לענייני ביטחון שהנושא המרכזי שעמד על סדר יומה היה התווית מדיניות הגרעין הישראלית, זאת לאחר חשיפת פרויקט דימונה על ידי האמריקנים בדצמבר 1960. מתוך אותו הגיון, אחרי פרישת בן-גוריון מהממשלה ביוני 1963, המשיכו אלון וישראל גלילי את המאבק בתוך מפלגתם לאיחוד הסיעה עם מפא"י לקראת ריצה משותפת לכנסת לקראת בחירות 1965. מאמציהם נתקלו בהתנגדות מצד קבוצת ותיקי המפלגה בראשות יצחק טבנקין, שהציבה תנאים מוקדמים לאיחוד שכזה. מאבק זה כמעט ופילג את המפלגה, עד שבשנת 1965 אכן התבצע האיחוד (במקביל להקמת מפלגת רפ"י ופרישת אנשיה ממפא"י) והוקמה סיעת המערך (אז הוא נודע בשם 'המערך הזוגי'), שהשתתפה באותה שנה בבחירות לכנסת. בממשלה שהוקמה לאחריהן בראשותו של לוי אשכול, הפך אלון לסגן ראש הממשלה והמשיך לכהן כשר עבודה וכן כשר הקליטה. הוא גם תפקד על תקן הביטחוניסט של הממשלה, היה שותף לוועדת השרים לענייני ביטחון, וקולו בתחום המדיני-ביטחוני תפס מקום חשוב בישיבות הממשלה. לאור הצלחת האיחוד הפוליטי, פעל אלון במרץ לאיחוד המערך עם רפ"י להקמת מפלגת העבודה (שהוקמה לבסוף ב־1968) ונמנה עם ראשיה.
בתקופת ההמתנה שלפני מלחמת ששת הימים, עם עליית המתיחות הביטחונית בעיקר מול מצרים, רבו גם הגישושים הפוליטיים. רבים במערכת הפוליטית סברו שראש הממשלה לוי אשכול צריך לפנות את תיק הביטחון, שאותו החזיק, לאישיות ביטחונית, שתוכל לעמוד בפרץ אם וכאשר תפרוץ מלחמה. אלון שהה באותו זמן בסיור מדיני בברית המועצות, וישראל גלילי הפעיל את השפעתו למנות את אלון לתפקיד, ואף נפגש בעניין זה עם אשכול. ואולם מינויו של משה דיין, רמטכ"ל הניצחון של מלחמת סיני, נראה נכון יותר בעיני ראש המפד"ל, משה חיים שפירא, שאיים בפרישת המפד"ל אם לא תקום ממשלת אחדות הכוללת את מינויו של דיין לשר ביטחון. אליו הצטרפו סיעות רפ"י, גח"ל ול"ע, שעמדו להצטרף לקואליציה ותמכו בדיין, אשר זכה גם לתמיכה ציבורית גדולה. למרות זאת, שרי מפא"י החליטו על מינוי של אלון לשר ביטחון ושדיין ימונה כבכיר בפיקוד דרום. אולם הלחצים להקמת ממשלת ליכוד לאומי הכריעו לבסוף את הכף במזכירות מפא"י לטובת דיין, ואלון נאלץ להסיר את מועמדותו לתפקיד שבו חשק.
במהלך המלחמה האיץ אלון בממשלה, יחד עם מנחם בגין, להחלטה על כיבוש מזרח ירושלים בפריצה מידית אל העיר, בניגוד לעמדת דיין, שרצה לעשות איגוף דרך רמאללה או יריחו עד להפלת העיר. לאחר המלחמה טען כי אלמלא היסוסי הדרג המדיני, ניתן היה לקצר את המלחמה ולהגיע להישגים טובים עוד יותר, בעיקר באמצעות מתקפה מידית בחזית הסורית.
זמן קצר אחרי מלחמת ששת הימים החליטה ממשלת ישראל לשקם את הרובע היהודי בעיר העתיקה בירושלים ולהקים בו יחידות דיור במהירות האפשרית. בין היתר קודמה תוכנית להקים מספר דירות שרד לשרי הממשלה. בפועל, יגאל אלון היה הפוליטיקאי היחיד שעבר לגור ברובע, בבית שתוכנן ועוצב עבורו (לאחר פטירתו של אלון בשנת 1980, עברה דירתו לשימוש של בית דין רבני, בשנת 2000, נמכרה לישיבת "אש התורה" על ידי החברה לשיקום ולפיתוח הרובע היהודי).
מיד לאחר מלחמת ששת הימים הציע אלון, להחיל על הגולן את ריבונות ישראל. כעבור שנה הציע זאת רשמית במכתב לראש הממשלה, שבו ביקש להעלות את הנושא לדיון ולהצבעה בממשלה. לוי אשכול סירב אפילו לקיים דיון מכיוון שחשש שדיון על ריבונות יחבל במאמץ ההתיישבותי.

כשר חינוך וחוץ

לאחר מותו של ראש הממשלה לוי אשכול ב-26 בפברואר 1969, כיהן אלון למשך 19 יום בתפקיד ראש ממשלה בפועל. הייתה ציפייה הן בציבור הרחב והן בתוך מפלגת העבודה, כי תפקיד ראש הממשלה יאויש על ידי אחד משני היריבים הפוליטיים הבולטים מדור הביניים של המפלגה: משה דיין או יגאל אלון. כל אחד מהם אף גיבש מחנה סביבו, אך שניהם נאלצו לדחות את מאבק הירושה. אלון לא הצליח לגבש אחריו את ותיקי מפא"י, בין היתר מפני שעדיין נחשב נטע זר שלא צמח במפלגה, וכן הייתה צפויה לו התנגדות תקיפה של אנשי רפ"י. פנחס ספיר העלה את שמה של גולדה מאיר כמועמדת לראשות הממשלה והצליח לשכנע את אנשי המפלגה לתמוך בה.
לאחר בחירות 1969 התמנה אלון לתפקיד שר החינוך בממשלת גולדה מאיר. הוא דגל בהעמקת האינטגרציה בקרב תלמידים מאוכלוסיות שונות, ולשם כך הרחיב מאוד את גני הילדים בגיל הרך, תמך בפתיחת חטיבות ביניים ובהרחבת אפשרויות הבחירה של התלמידים לבחירת מקצוע לימוד לבחינות הבגרות. הוא היה שותף ליוזמתה של אורנה פורת להקמת תיאטרון לילדים שיופיע בפני בתי הספר וינחיל לתלמידים את אהבת התיאטרון, ובתחום הלימודים הגבוהים הוא הקים את האוניברסיטה הפתוחה, מהלך שנועד לפתוח שערי האקדמיה גם לאוכלוסייה שלא יכלה ללמוד בה בעבר, וכן ייסד את הוועדה לתכנון ולתקצוב, שתתקצב את המוסדות להשכלה הגבוהה על פי קריטריון מקצועי.
מעמדו הפוליטי של אלון התחזק בממשלה, וגולדה מאיר הרבתה להתייעץ איתו ועם גלילי בענייני ביטחון. הוא הפעיל את השפעתו על מהלכים שונים, כמו בחירת הממשלה בדוד אלעזר לרמטכ"ל בניגוד לרצון שר הביטחון דיין, וכחבר בקבינט הביטחוני, השתתף בכל ההכרעות הביטחוניות שקדמו למלחמת יום הכיפורים ואלה שהתקבלו בזמן המלחמה. עוד לפני המלחמה, היה אלון ער לסכנה שהפסקת האש עם מצרים היא זמנית וקרא ב-1972 לפתוח במשא ומתן עמה בשני ערוצים מקבילים, להסדר חלקי ולהסדר כולל, אך כמו דיין ואחרים, גם הוא חשב שאין למצרים אופציה צבאית מיידית לפתוח במלחמה. אלון לא צבר לעצמו בסיס תמיכה חזק במפלגתו, ובמאבק הירושה שהתפתח עם התפטרותה של גולדה מאיר ב-1974 הסתבר שוותיקי המפלגה העדיפו לתמוך ברמטכ"ל הניצחון של ששת הימים, יצחק רבין, ולא בו. הדבר היווה מכה קשה עבורו, בייחוד עקב היותו של רבין בן טיפוחיו בפלמ"ח, אך הוא נרתם לסייע לרבין במרכז המפלגה. לאחר היבחרו של רבין הִתנו אנשי רפ"י לשעבר את תמיכתם בממשלה במינויו של שמעון פרס לשר ביטחון, ואלון שוב נאלץ לוותר על התפקיד והתמנה לשר החוץ.
כשר חוץ ניהל אלון יחד עם רבין את המגעים עם מזכיר המדינה האמריקאי, הנרי קיסינג'ר, להסדר ביניים עם מצרים, שהובילו בסופו של דבר להסכם הביניים בין ישראל למצרים בשנת 1975, שאִשרר את מחויבות שתי המדינות להמשך הפסקת האש ולפתרון הסכסוך ביניהן, וכלל נסיגה של צה"ל מרצועה צרה לאורך מפרץ סואץ. ההסכם היווה נקודת מפנה במערכת היחסים עם מצרים. אלון העיד שההסכם חשוב כשלעצמו, אך עיקר חשיבותו הוא בתרומתו הגדולה ליחסי ישראל-ארצות הברית, וכי הצליחו לסכל את הלחץ האמריקאי לוויתורים נוספים מצד ישראל (כנראה בנושא הגרעין) במסגרת הסכם הביניים. מראשית כינון הממשלה העלה אלון על סדר היום את הבעיה הפלסטינית ותמך בהסדר הסיפוח החלקי עם ממלכת ירדן בהתאם לתוכנית אלון. לאחר שהמלך חוסיין דחה את הצעתו להסכם ביניים עם ירדן ברוח זו, הוא חזר לתמוך בישות פלסטינית עצמאית באזורי הערים על מנת להרחיק את אש"ף מהגדה, אך הממשלה לא אישרה זאת. במסגרת תפקידו גם חתם על הסכמי סחר חופשי, שקירבו את ישראל לאירופה מבחינה כלכלית. יחסיו של אלון עם רבין בתקופה זו ידעו עליות וירידות, לא תמיד התנהלו על מי מנוחות ואף לוו בהתנצחויות בדיוני הממשלה.
לאחר המהפך הפוליטי בשנת 1977 המשיך אלון לשרת כחבר הכנסת במקביל לעבודה במפעל האלקטרוניקה בגינוסר, והתמנה ליושב ראש תנועת העבודה העולמית. הוא נמנע בהצבעה על אישור הסכם השלום עם מצרים, מפני שישראל יכולה היתה, לדעתו, להשיג הישגים טובים יותר במשא ומתן וויתרה על כמה נכסים ביטחוניים חשובים, וכן עקב התקדים שיכול היה להיות לפינוי כל היישובים בסיני ביחס ליישובי הגולן במשא ומתן העתידי עם סוריה. למרות זאת הצהיר, שטוב שההסכם נחתם. הוא החל להכין את עצמו למרוץ לראשות מפלגת העבודה כנגד שמעון פרס, בשאיפה להיבחר לראשות הממשלה. "כראש ממשלה אוכל להגשים כמה וכמה חלומות חברתיים ופוליטיים. אני מרגיש שיש ברשותי שליחות סגולית מיוחדת לתרום למשרה הזו" אמר.

מותו והנצחתו

יגאל אלון נפטר ב-29 בפברואר 1980, בגיל 61, מדום לב פתאומי. מותו אירע בעת שהתמודד על ראשות מפלגת העבודה. יום קודם לכן אירח בגינוסר את שר ההגנה המצרי כמאל חסן עלי, אך במהלך הביקור חש שלא בטוב והוא אושפז בבית החולים העמק בעפולה. למחרת בבוקר חלה החמרה במצבו, ומספר שעות אחר כך נפטר. הוא נקבר בהלוויה בקיבוץ גינוסר בנוכחות ראשי המדינה.
בהספד שפרסם נשיא המדינה, יצחק נבון, הוא הזכיר את הדמות התנ"כית שאלון העריץ משחר ילדותו: "בתחנות השונות בחייו, עלה בחלקו של יגאל אלון מה שנאמר על שאול המלך, שמלכותו לא התקיימה בידו, משום שלא היה בו דופי. חבל על יגאל וצר גם עלינו".
לזכרו והנצחתו הוקם בגינוסר המוזיאון לתולדות הגליל והמרכז החינוכי בית יגאל אלון. על שמו נקראו היישובים אלון וקלע אלון, בסיס צה"ל מחו"ה אלון, וכן שכונות (בהן רמות אלון בירושלים, קריית אלון בפתח תקווה ורמת אלון בחיפה), רחובות ובתי ספר בערים רבות בישראל. ב-2016 נחנך פסל ברונזה בדמותו בכיכר "יגאל אלון" שבכפר תבור, מעשה ידיו של הפסל אסף ליפשיץ. כמו כן, המרכז הקהילתי בכפר תבור קרוי על שמו "בית יגאל אלון". מדי שנה מחלקת עמותת דור הפלמ"ח את פרס יגאל אלון למעשה מופת חלוצי.

כמפקד

אם יצחק שדה התווה את דרכו של הפלמ"ח, הרי שיגאל אלון היה המוציא לפועל של תורתו. הוא נטע בפקודיו הרגשת ביטחון שכל אחד מהם ממלא תפקיד חשוב, והטמיע בפועל את הדוקטרינה של שדה, לחנך את המפקד הצעיר לא להיות רק מפקד כיתה אלא גנרל-מפקד כיתה, שכל מפקד ידע לתפקד גם כסמכות עליונה בשטח. הוא התבלט ביחסו האישי והחברי לפקודיו, והשתמש במערכת היחסים האישית שפיתח עמם, כדי להקנות להם מוטיבציה ואחריות וגם כדי לגייסם לפעילות. תרם לכך ההווי החברתי המיוחד שהתפתח אצל הפלמ"חניקים, אשר ראו באלון ידיד-מפקד והרבו לספר שיש להיזהר מיגאל, כי "אם הוא טופח לך על הכתף- אתה נשאר בפלמ"ח עוד שנתיים. לחץ לך את היד – אתה נשאר שלוש".
אלון היה לאחד האישים המשפיעים ביותר על קביעת קווי הפסקת האש ועיצוב גבולות המדינה במלחמת העצמאות. במהלך המלחמה התגלה כמצביא וטקטיקן רב-תחבולות ונחוש, המבכר את היוזמה ההתקפית והגישה העקיפה; הללו אפשרו לו להשיג את המטרות הצבאיות בכוחות שהיו לרוב, ובעיקר בהתחלה, נחותים במספר הלוחמים, באמצעי לחימה ובציוד – מול כוחות של צבאות מדינות ערב הפולשים וערביי ארץ ישראל. אלון העדיף בדרך כלל את התחבולה, ההפתעה והלוחמה הפסיכולוגית על פני ההתקפה החזיתית בלחימה, בוודאי עבור יחידות צה"ל הצעירות, שעדיין לא התגבשו לצבא מאומן וחזק דיו. ההיסטוריון הצבאי והאסטרטג באזיל לידל הארט ראה במבצעיו של אלון, כדוגמת מבצע יואב, הגשמה של אסטרטגית הגישה העקיפה שלו. הוא גם שאף תמיד לנצל את ההצלחה עד תום, גם תוך לקיחת סיכון מדיני וצבאי, כך למשל כשדחף לכיבוש מיידי של באר שבע ואילת (שהתבצע) או מצד שני, כשלחץ לכיבוש הגדה המערבית (הצעה שלא התקבלה).

כפוליטיקאי ומדינאי

אלון הצליח להגיע לצמרת מפלגת השלטון בישראל ולשרת בהצלחה במשרדים חשובים כמו החינוך והחוץ, לפרסם תוכנית מדינית לעתיד השטחים שהייתה ראשונה בזמנה, ולהיות שותף להסדרים הראשונים מול מצרים ב-1975. עם זאת, אנשים רבים, גם מתומכיו, הודו שפעילותו הפוליטית הייתה למעשה החמצה. עקב חולשה פוליטית בתוך מפלגתו, הוא לא התמנה לשני התפקידים שחשק בהם: שר ביטחון וראש הממשלה, על אף שרבים בציבור ובתקשורת ראו בו את ממשיך דרכם של אשכול וגולדה מאיר.
הכריזמה של אלון וההערצה שנלוותה אליו עם כניסתו לפוליטיקה הלכה ודעכה עם השנים. הילת הפלמ"ח ומלחמת העצמאות נמוגה, והוא לא הצליח לסחוף אחריו תומכים מאוכלוסיות חדשות. אלון היה לדעת רבים ישר, נאמן למפלגה ולחברים, תמים מדי וותרן מדי בכל הנוגע למעמדו, ולא יכול היה להתחרות בכריזמה הגדולה ובהערצת ההמון בעמיתו-יריבו, משה דיין. יגאל ידין תיאר אותו כ"שתיל שצמח בערוגה - שתיל בריא וחזק לתפארת, אבל נשאר חלק מן הערוגה" לעומת דיין, שהומשל לעץ בודד שצמח מחוץ לערוגה. אלון ודיין נחשבו בזמנו ליורשים הפוטנציאליים לראשות הממשלה, והיריבות הסמויה-גלויה ביניהם השפיעה רבות על הפוליטיקה הישראלית למשך למעלה מעשור, למשל באי ההסכמה ביניהם על עתיד השטחים וההסדרים המדיניים.
אלון החל את פעילותו הפוליטית כנץ מדיני בתוך תנועת העבודה ועם השנים פנה מעט שמאלה, בעיקר לאור הצעת הפשרה המדינית של תוכנית אלון, אך לא הפך ליונה פוליטית (תוכניתו כללה למשל סיפוח חלק מהשטחים), לצד היותו איש שמאל מובהק מבחינה כלכלית-חברתית. לדברי אודי מנור (שכתב עליו ביוגרפיה פוליטית), אלון, כמו אשכול וגלילי, היה חסיד התפיסה של יצירת תהליך מדיני מול הערבים, בניגוד לבן-גוריון, פרס ודיין שתמכו בזמנו בשמירה על סטטוס-קוו בטענה ש'אין עם מי לדבר'. אלון חשב שכיבוש שטחים במלחמה מהווה פתח למשא ומתן לשלום ולקבלת תמורה מדינית. תמיכתו בכיבוש הגדה המערבית במלחמת העצמאות ובששת הימים היה להשגת שתי מטרות: גבולות בני הגנה שיפרידו בינינו לבין מדינות ערב, ויצירת תהליך מדיני שיוביל לשלום שיושג משילוב של אינטרסים הדדיים. זה גם מה שהוביל אותו בהסכם הביניים עם מצרים.
בניגוד לאלון הפוליטיקאי, אלון האדם היה דמות מקובלת הן בציבור הרחב והן במערכת הפוליטית. אנשים משני צידי הקשת הפוליטית נטו לאהוב אותו בזכות דימויו כסמל הצבר "יפה הבלורית והתואר", אופיו הנוח ונועם הליכותיו. כך למשל תיארה אותו גאולה כהן: "עם כל חילוקי הדעות, לא גיליתי בו ולו אבק של שנאה. יתר על-כן, נמשכתי אל האש השקטה והעצורה של אחוות הלוחמים על ארץ-ישראל, שהייתה בו".

יחסו לערבים

עוד בנעוריו התייחס אלון לערבים בחשדנות ובקשיחות, בהגנתו מפני פשיטות הכנופיות על שדות מסחה. המרדפים והפשיטות על היישובים הערביים כמפקד בפו"ש, בפלמ"ח ובצה"ל, ותמיכתו בבריחת הערבים ביישובים שכבש במלחמת העצמאות תוך השארתו נתיב מילוט בשבילם, הראו על מפקד קשוח וחסר רחמים. אולם, הוא תמיד התייחס לערבים בכבוד, גם כשניצב מולם במערכה, ולא המעיט בערכם.
יחסו לערביי ארץ ישראל היה יחס של בן הארץ, המכיר אותם היטב ואף אוהד אותם במישור האישי, אך עם זאת מודע למציאות של העימות הלאומי. אף על פי שהיה מודע לטרגדיה של ערביי ארץ ישראל במלחמת העצמאות, לא הביע אלון חרטה: "אני לא מציע לעצמנו להלקות את עצמנו על התופעה הזאת. מלחמה היא מלחמה. במלחמה יש למדוד את העניינים לפי אמת־מידה של מהפכה. זו הייתה אחת המהפכות שלנו. זו הייתה מהפכה לאומית". ב-17 ביוני 1950 נשא אלון הרצאה על מלחמת העצמאות, בה התייחס לתופעת ההגירה ההמונית של ערביי ארץ ישראל בזמן המלחמה והסביר אותה ב-3 גורמים. הגורם הראשון היה אימת היהודים: "היה כאן משהו שנבע מהרהורי לבם הם: הם חשבו מה הם היו עושים אילו כבשו יישוב שלנו". הגורם השני היה עידודם על ידי מנהיגיהם ועל ידי הבריטים להתפנות מהמקומות בהם הייתה ידם על התחתונה, כדי שלא ישמשו בני ערובה אצל היהודים, בהנחה שישובו למקומותיהם עם ניצחון צבאות ערב. הגורם השלישי: "היו תופעות די רבות וגדולות של גירוש האוכלוסייה הערבית". אלון ראה בפינוי האוכלוסייה הערבית את הגורם לבלימת התקפות הלגיון הערבי: "כל זמן שהערבים היו בלוד ורמלה, הלגיון לא פסק מערוך התקפות-נגד על המשלטים שלנו במגמה להתחבר מחדש עם הערבים בלוד ורמלה... אולם מרגע שחל הפינוי... נחלשו התקפות הלגיון". אלון טען שאי אפשר להשאיר בזמן מלחמה ריכוזי אוכלוסייה עוינים, "אפילו אם הם מעמידים פני נכנעים זמנית", משום שהם עלולים לשמש "מכשיר לפעולות חבלה, לפעולות ריגול ואפילו לפעולות מתואמות עם צבאות הפולשים". בהתייחסו לבריחת הערבים באופן כללי, אמר: "אני סבור כי תהליך הבריחה הערבית היה תהליך חיובי... פעילותנו לפינוי שטחים גדולים בעלי ערך צבאי מאוכלוסייה ערבית עוינת, גם היא הייתה אין-ברירה שיש לה הצדקה, לא רק לשעה אחת, שעת הקרבות, אלא הצדקה לאורך ימים". אלון התייחס גם לאפשרות של כיבוש הארץ עד לירדן: "אילו קרה שעל ידי השלמת שחרור הארץ בגבולות עבר הירדן המערבי, הייתה מתפנה אוכלוסייה ערבית נוספת ועוברת לארצות ערב השכנות, לא היה בכך משום עוול היסטורי; הייתה בכך שאנסה היסטורית שהתגלגלה לא בזכותנו אלא רק נוצלה על ידינו לפתור בעיה זאת, שהייתה נשארת במשך הרבה זמן בעיה קשה גם מבחינה מדינית וגם מבחינה צבאית".
לאחר שפשט את מדיו, התבלט אלון ביחסו החם אל ערביי ישראל ואל אוכלוסיית הבדואים, נהג להתארח תכופות ביישוביהם, חדר אל לבם בהכירו את המנהגים, המסורת והשפה הערבית עוד מנעוריו, ופעל למען שוויון זכויותיהם. הוא נהג לומר כי "היחס אל הערבי כיחיד ואל הערבי כקולקטיב הוא מן המבחנים ההומניים הראשיים שבו עומדת החברה הישראלית". בשנת 1954 ייסד את "מפגשי האביב" ואירח מדי שנה בחורשת האקליפטוסים בגינוסר מפגש של מנהיגים יהודים וערבים. בשנת 1972 תמך מאוד בחזרת עקורי איקרית ובירעם לכפריהם. בעת ההפגנות הסוערות של ערביי ישראל ביום האדמה בשנת 1976, לא היסס להגיע לביקורים אצל ידידיו ביישובים הערביים ללא ליווי משטרתי, למרות האזהרות שקיבל, על מנת לנסות להרגיע את השטח. ידידו מחמוד דיאב מטירה אמר עליו: "אני חושב שכל ערביי ישראל ראו בו מנהיג גדול וכתובת לכל הבעיות הרציניות שלהם... השוללים אותו ראו אותו יותר מסוכן, מפני שהוא מעביר את ההחלטות הקשות בדרכי נועם".

משפחתו

אחיו הבכור, משה פייקוביץ (אלון), כיהן כמנהלה הראשון של רכבת ישראל. בנו של משה, דרור אלון, היה מראשוני רכבת ישראל. דרור היה נשוי לסופרת והמתרגמת חמדה אלון (נכדתה של פועה רקובסקי); בנם, פרופ' נוגה אלון, הוא מתמטיקאי ומדען מחשב.
אחיו של יגאל, צבי אלון (פייקוביץ), היה יו"ר ועד הכפר נתניה הראשון ("מוכתר" הכפר).
אחיו הצעיר של יגאל, מרדכי אלון (פייקוביץ), היה מראשוני המושבה בנימינה ועסקן ציבור שכיהן במשך עשרות שנים כראש המועצה.
אשתו של יגאל, רות אלון (אפיסדורף) (2016-1919), הייתה ממייסדי גינוסר, שליחה לילדים ניצולי שואה בגרמניה ב-1946, נמנתה עם מייסדי מלון "נוף גינוסר" בקיבוץ.
בתם הבכורה נורית, נולדה ב-1940, ונמצאת על הספקטרום האוטיסטי.
בנובמבר 1948 נולד בנם יפתח, שנקרא על שם המבצע הצבאי והחטיבה שעליה פיקד אביו. יפתח היה צייר, מאייר וכותב ספרי ילדים, שנפטר מדום לב בשנת 1999, בגיל 51.
הבת השלישית גוני נולדה ביוני 1953.