שייטת ספינות הטילים

משימות

משימות שייטת ספינות הטילים נגזרות מיעוד חיל הים הישראלי: "לתת חוף בטוח ושיט פתוח לישראל". בעת מלחמה תפקידי השייטת הם לוחמה ימית כנגד ציי האויב, סיוע לכוחות היבשה, הפגזת מתקנים וצירי תנועה בחוף האויב, אבטחת נתיבי השיט לישראל והגנת חופי המדינה.
שלא בזמן מלחמה מוטלות על השייטת משימות שונות: פעולות לאיסוף מודיעין, סיורי ביטחון שוטף נגד פעילות חבלנית עוינת ומניעת אספקת נשק לגורמי טרור ומתן גיבוי לכוחות קרקע בפעולות המבצעיות. בעשור ה-2 של המאה ה-21, עם הקמת מערכי הקידוחים והפקת הגז, קידוחי: תמר, לוויתן ותנין בים התיכון, הורחבו משימות השייטת והן כוללות גם אבטחה של נכסי המדינה בים.

תורת הלחימה ומימושה

תורת הלחימה המקורית עוצבה בשייטת בראשית שנות ה-70 של המאה ה-20. תורת לחימה זו התבססה על הפעלת יחידות לחימה רבות ביזמה התקפית על מנת להשיג עדיפות מקומית ולהתגבר על יתרון הטווח של טילי הסטיקס שבידי האויבים. נקבע שיחידת הלחימה הטקטית המינימלית תהיה זוג ספינות סער. במטרה להתגבר על יתרון טווח הטילים של האויב גובשה דרך להיערכות חשאית מבלי להתגלות לחיישני האויב. התורה גובשה על ידי מפקד השייטת, אל"ם הדר קמחי, בהתאם לנתוני המודיעין הימי. התורה תורגלה כך שכל מפקד ידע מה נדרש ממנו בכל שלב של הקרב. אמצעי חיוני להטמעתה היה "התחקיר השייטתי" שנערך לאחר כל תרגיל והפלגה מיוחדת. התחקירים בוצעו בצורה חושפנית ובהדרגה נבנה ביטחון בכוח ואמון ביכולת הצוותים והמפקדים.
שייטת הסטי"לים מימשה את תורת הלחימה במלחמת יום הכיפורים ב-1973. ספינות הסער הופעלו ביוזמה התקפית והפגינו מיומנות בקרב. הקרבות נערכו בקרבת חופי האויב שהייתה לו עדיפות רבה במספר כלי השיט. תפישת ספינות הסער מומשה בכך שבכל קרב הייתה עדיפות טקטית ישראלית. הניצחונות בקרבות הטילים בקרבת החוף גרמו לכך שהמצור שהוכרז על ישראל בים התיכון לא מומש. משחתות הסקורי המצריות שעסקו בכך נסוגו מהגזרה ללא קרב ואספקת תחמושת ומטוסים לישראל התאפשרה בנתיבים הימיים גם תוך כדי הלחימה. הקרבות הימיים בקרבת חופי האויב והסרת המצור הימי חדרו לתודעת האויב והציגו את חיל הים הישראלי ככוח מרתיע ובעל כושר הכרעה.
מאז ממשיכה שייטת ספינות הטילים להוות את הכוח העיקרי לביצוע משימות חיל הים.

הכנות למלחמה 1973-1969

כושר לחימה בטילים - הגעת "ספינות שרבורג" סימלה את תחילתה של תקופת ארגון השייטת כיחידה לוחמת. טיל "גבריאל" ראשון בעל ראש קרבי נורה ב-7 באפריל 1969 מאח"י חיפה (סער 2) בפיקודו של אלי רהב לעבר המשחתת אח"י חיפה שהוצאה משירות. שיגור מוצלח זה היה עדיין במסגרת ניסויי הטיל והיה צורך לסיים את התקנת מערכות הטילים, נשק ואמצעים אלקטרוניים על הספינות.
בתחילת 1970 מנתה השייטת 12 ספינות משלושה דגמים: סער 1 ו-2 - שש ספינות שתוכננו והוזמנו מהגרמנים אך ייצורן נעשה בשרבורג. ספינות אלה היו חמושות בתותחי 40 מ"מ כאשר המונח "סער 1" ציין את המצב בהן היו ספינות תותחים ונצ"ל בלבד, עד שהותקנו בהן מערכות הטילים. שש ספינות נוספות היו מדגם סער 3 שתוכנן לשאת תותח 76 מ"מ והוזמנו בשרבורג. עד 1973 הותקנו טילים גם בספינה "מזנק" וכך הפכה לדגם "סער 2". בשנים אלה פותחה תורת הקרב לספינות הסער והשייטת ביצעה תרגילים שבהם נבחנו טקטיקות לחימה הכוללות הפעלה מתואמת של מרבית כלי השיט להשגת עדיפות טקטית. מתקן אימונים טקטי שנבנה בבסיס ההדרכה איפשר ניהול תרגילים ואימון הקצינים בתרחישי קרב שונים ודימוי מצבים שלא היה ניתן לייצר בתנאים אמיתיים.
בניית ספינות לים האדום - ספינות הסער שנבנו בשרבורג תוכננו לזירת הים התיכון והוצבו שם. לאחר כיבוש סיני במלחמת ששת הימים ראה שר הביטחון משה דיין צורך להפעיל כוחות ימיים בזירה זאת שיהיו מסוגלים למנוע הסגר ימי. הריחוק של זירת העימות באב אל מאנדב מנמל הבית - בסיס מפרץ שלמה בשארם א-שייח' - תנאי הים ומזג האוויר הקשה של הים האדום דרש ספינות גדולות יותר. על פי הנחיית שר הביטחון הוזמנו שש ספינות במספנות ישראל שיתאימו לזירת ים סוף. ספינות אלה תוכננו על ידי אותם המתכננים של הספינות שנבנו בשרבורג ושולבו בהן הלקחים שנלמדו מהפעלתן. הספינה הראשונה מהדגם החדש סער 4 אח"י רשף הצטרפה בתחילת שנת 1973 והשנייה אח"י קשת הושקה בסוף אוגוסט באותה שנה. ספינות אלה תוכננו לצאת למסע סביב אפריקה ב-15 באוקטובר 1973, אך פריצת מלחמת יום הכיפורים דחתה את ההפלגה.
סיורי ביטחון שוטף - ספינות השייטת סייעו במשימות ביטחון שוטף. במרוצת שנים אלה לכדו ספינות השייטת ארבע ספינות מחבלים שהיו בדרכן לפיגועים בישראל. הלכידה הראשונה של סירת מחבלים על ידי סטי"ל אירעה ב-27 ביולי 1970. אח"י "חץ" מדגם סער 3 לכדה סירה ובה שלושה מחבלים בדרכם לרצועת עזה, ממערב לראש הכרמל.
הסיורים נערכו גם ביוזמה התקפית מול בסיסי היציאה של המחבלים בלבנון. ב-7 בספטמבר 1972, הסטי"ל אח"י "חנית" מדגם סער 3 בפיקודו של אלי רהב השמיד סירת מחבלים לא הרחק מצור. הייתה זו הפעם הראשונה בה הופעל תותח ה-76 מ"מ בקרב ימי תוך שימוש בבקרת מכ"ם בלבד. בדיעבד הייתה זו התגובה הראשונה לטבח הספורטאים באולימפיאדת מינכן שהתרחש יומיים קודם לכן. האירוע המחיש את הצורך להצטייד באמצעי זיהוי מעבר לטווח הנשק הקל של המחבלים. בשל הגברת פעילות הסטי"לים בתחום הפעילות נגד סירות מחבלים, נעשו גם שיפורים בכוח האש הקל והותקנו מקלעים בצדי סיפוני הספינות. בסטי"לים מדגם "סער 3" אף הוחלף מוצב טילים מצטודד בתותח 20 מ"מ, דבר שפגם במוכנות ללחימת הטילים.
הובלת כוחות פשיטה - לאחר שהמחבלים הקימו בלבנון מחנות אימונים בתחילת שנות ה-70 של המאה ה-20 ואף הגיעו בסירות לחופי ישראל החל צה"ל לפעול נגדם. בליל 14/15 בינואר 1971 הופעלו לראשונה בדרך הים כוחות צנחנים ושייטת 13 במבצע מבצע ברדס 20, בפיקודם של חיים נדל - מפקד הכוח הפושט, והדר קמחי - מפקד הכוח הימי. היעדים נמצאו בסרפנד ובראס א-שייח, דרומית לצידון בחוף לבנון. שש ספינות השייטת, אח"י "חנית" בפיקוד אפרים אשד שימשה ספינת חפ"ק, ארבע ספינות בפיקוד שבתאי לוי - אח"י "חץ" בפיקוד אברהם בן שושן, אח"י "משגב" בפיקוד גדי בן זאב, אח"י "מזנק" בפיקוד אברהם אשור ואח"י חיפה (סער 2) בפיקוד אלי רהב נשאה את כוח הצנחנים. אח"י מבטח בפיקוד רפי אפל נשאה את כוח שייטת 13 שהיה פיקודו של חנינא עמישב. כוחות הפשיטה הובלו מהסטי"לים לחוף בסירות גומי. הותקפו והושמדו שני בסיסים של החבלה הימית ובסיס אימונים יבשתיים.
השימוש בסטי"לים להובלת כוחות פשיטה הורחב באורח ניכר בראשית 1973, הן בהיקף הכוחות הפושטים והן במספר הספינות שנטלו חלק במבצעים. באותה שנה נטלה השייטת חלק בפשיטות עומק בלבנון נגד יעדי פח"ע (פעילות חבלנית עוינת) במבצע ברדס 54–55 ובמבצע אביב נעורים. על הסטי"לים, שחלקם שימש להובלת כוחות הפשיטה וחלקם לאבטחה, פיקד מפקד השייטת - שבתאי לוי (קצין).
מבצע ברדס 54-55 - בלילה שבין 22 ל-23 בפברואר 1973, פשטו כוחות צנחנים ולוחמי שייטת 13 על יעדי מחבלים צפונית לטריפולי בלבנון ופגעו בהם. הלוחמים פונו במסוקים וחלקם בסטי"לים.
מבצע אביב נעורים - בליל 9–10 באפריל 1973, הובילו ספינות השייטת כוחות מצנחנים, שייטת 13 וסיירת מטכ"ל לפשיטות במקביל על בסיסי מחבלים בביירות ובצידון. ההצלחה העיקרית של המבצע הייתה חיסולם של מספר בכירים בפת"ח. במבצע השתתפו 10 סטי"לים ושני דבורים. הכוחות הובלו ליעדם ובחזרה בסטי"לים.

התארגנות ויציאה

אף כי המודיעין הימי התריע על מלחמה קרבה, השייטת קיבלה את הידיעה על כך רק בבוקר יום ו', 5 באוקטובר 1973. פעילות ההתארגנות נעשתה בלחץ רב. הבעיה העיקרית שעמדה הייתה התחמשות בטילי גבריאל, מאחר שכל ספינות השייטת נשאו רק מחצית מהחימוש המלא. בספינות מדגם סער 3 הייתה בעיה חריפה יותר: משגר מצטודד לשלושה טילים מבין שני המשגרים שהיו, הוחלף בתקופה שלפני המלחמה בתותח 20 מ"מ, על מנת שספינות אלה תוכלנה לסייע בלחימה בסירות מחבלים במסגרת סיורי הבט"ש. אספקת הטילים הייתה לפי קצב הכשרתם בבית המלאכה לטילים והתקנתם בספינה חייבה עבודה עם מנוף. הגישה לספינות הייתה דרך כביש צר על שובר הגלים והיו רק שני רציפים שאפשרו את ההעמסה. ההתארגנות הטכנית נמשכה עד צהרי יום הכיפורים, שבת 6.10.1973, ונעשתה על חשבון תדרוכים ותכנונים אחרונים.
אף על פי שהשאיפה הייתה לריכוז כוח בגזרה אחת לעדיפות אופרטיבית, חיל הים נאלץ בלילה הראשון לפצל את כוח השייטת בין הגזרה הסורית והגזרה המצרית. יציאת הכוחות נעשתה ללא נוהל קרב מסודר והספינות שיצאו בזוגות הצטברו ככוח בים. תורת הקרב שימשה כשפה משותפת ואפשרה ציוות ספינות והבנה מלאה בין המפקדים.
תורת הקרב לספינות סער העניקה עדיפות ללחימה בלילה. הקרבות נוהלו ביוזמה התקפית בקרבת חופי אויב. כוחות אוויר של האויב לא הופעלו מעל הים. הספינות יצאו בגיחות ליליות וחזרו מדי יום לבסיס להתחמשות ותדלוק.

החפה וחילוץ אח"י חנית

בלילה השני של המלחמה, ליל 7–8 באוקטובר 1973, נעשה שוב ריכוז כוח לגזרת פורט סעיד. אח"י "חנית" (סער 3) נשלחה כבת זוג לאח"י סופה (סער 3) ויחד הפליגו לקיים מארב בחוף מערב סיני. עקב חוסר מקצועיות לא בוצע ניווט והספינה עלתה על החוף מערבית לבסיס דפנה. נוצרה בעיה בטווח קרוב יחסית לנמל פורט סעיד. ספינות אחרות ניסו לסייע בחילוץ. המצרים תקפו את אח"י מזנק (סער 2) בטילים, אבל הספינה קיבלה התראה מספר דקות קודם לכן, התרחקה ולא נפגעה. אח"י חנית (סער 3), חולצה רק יומיים אחר כך בעזרת גוררת מגויסת שהגיעה מנמל אשדוד.

הגנת החוף הישראלי

במקביל לפעילויות התקיפה, שמרו ספינות השייטת את חופי המדינה והשיט אליה. בשני אירועים, ב-10 וב-19 באוקטובר 1973, הגיעו דיווחים על גילוי צוללות מצריות בקרבת חופי ישראל. (מול גבעת אולגה ומול חיפה). סטי"לים נצ"ל הוזנקו למקום ובמקרה הראשון, באזור גבעת אולגה, נורו טורפדות נגד צוללות, אך בתום המלחמה הוברר כי לא פגעו בצוללת. המצרים הסיגו את הצוללות שלהם מחופי ישראל להגנת הנמלים שלהם.

אבטחת השיט לישראל

המצרים והסורים נמנעו מקרב ימי מכריע, אולם רצף ההישגים של ספינות הסער הרתיע את האויב מפעילות התקפית. ההישג הגדול של ספינות הטילים היה הסרת המצור הימי שהכריזה מצרים בים התיכון. לבקשת ישראל נאותה ממשלת ארצות הברית לחדש את המלאים שהידלדלו. האישור להעברת האספקה הצבאית הרבה בים ניתן רק לאחר שהיה ברור כי לא תדרש אבטחה של הצי האמריקני. הצי הסובייטי הכפיל את עצמתו בים התיכון. מנגד, הצי הששי היה פרוס במתח רב והפנטגון לא היה מוכן להטיל עליו משימה נוספת. השייטת איבטחה את נתיבי השיט משלהי המלחמה ועד סוף שנת 1973. המצרים הציבו בים התיכון צוללת ומשחתת שהועברה לנמל בנגאזי שבלוב.
בים סוף לא נמצאו ספינות סער במלחמת יום הכיפורים. בפרוץ הקרבות הודיעו המצרים על הטלת מצור ימי על השיט הישראלי במצרי באב אל-מנדב שבדרום ים סוף. כמו כן פסקה בתקופת המלחמה העברת נפט במכליות בין שדה הנפט במפרץ סואץ לנמל אילת מסיבות בטיחות. המצור המצרי אילץ את מכליות הנפט שנרכש מאירן להפליג סביב אפריקה והדרך התארכה בכחודש ימים. תנועת המכליות במפרץ סואץ חודשה בתום הקרבות. המצור הימי הוסר במסגרת משא ומתן עם מצרים שבו ישראל הסירה את המצור על הארמייה השלישית המצרית שכותרה בסיני.
בים התיכון השייטת נערכה בשלושה זוגות ספינות טילים שנפרשו לאורך הנתיב של כ–1,000 מיל ימי ממצר מסינה שבאיטליה עד לחוף ישראל. הספינות מדגם סער 4 - אח"י רשף ואח"י קשת - בעלות כושר טווח הפלגה עדיף, היו הרחוקות ביותר. מסיבות פוליטיות לא נכנסו הספינות לנמלים זרים לתדלוק. במקום זאת נפגשו עם אניות אם לצורך אספקה ותדלוק. 
ב-22 באוקטובר, בסמיכות ליום הזיכרון לאח"י אילת היו אח"י רשף ואח"י קשת קרובות למשחתת סקורי מצרית ונערכו כדי לתקוף אותה. ברם, השיחות על הפסקת האש היו כבר בשלב מתקדם ומפקדת חיל הים העדיפה להימנע מקרב והורתה לכוח להתרחק. נראה שהמשחתת המצרית הבינה את הרמז והסתלקה מהאזור. המבצעים שכונו מבצעי "לינול" נחלו הצלחה – אף אנייה המובילה אספקה לישראל או ממנה לא נפגעה או נעצרה בדרכה לישראל במהלך המלחמה ולאחריה.

בין מלחמת יום הכיפורים למלחמת לבנון הראשונה, 1982-1974

בתקופה שלאחר מלחמת יום הכיפורים, בשנים 1974–1982, עסקה השייטת בהתעצמות מאסיבית וקיימה פעילות לחימה שוטפת בעצימות נמוכה כנגד הפעילות החבלנית של ארגוני הטרור הפלסטינים.

מבצע פעמון החירות

בשנת 1976 ערכו זוג ספינות סער 4 בפיקוד אל"ם אלי רהב, אח"י תרשיש (סער 4) בפיקוד רס"ן שאול חורב ואח"י יפו (סער 4), בפיקוד רס"ן בני אריאלי, הפלגה לחוף המזרחי של ארצות הברית לכבוד שנת ה-200 לעצמאותה. הספינות יצאו בהתרעה קצרה ביותר וחצו את הים התיכון והאוקיינוס האטלנטי. בדרכן נכנסו לתדלוק בנמלי גיברלטר וברמודה. הן הגיעו לנמל נורפוק בחוף המזרחי (ארצות הברית) והשתתפו במפגן הצדעה לארצות הברית שנערך בנמל ניו יורק.
צוותי הספינות ניצלו כל הזדמנות כדי לעשות רושם טוב. הן הניפו דגל ישראל ענקי בראש התורן ואירחו רבבות מבקרים על הסיפונים. מחלקה מאנשי הצוות צעדה במצעד הכבוד בניו יורק, בנוכחות ראש העיר ניו יורק וראש עיריית ירושלים טדי קולק. ספינות הסער זכו להערכה בהיותן הספינות הקטנות ביותר שהגיעו מעבר לאוקיינוס האטלנטי. הספינות ביקרו בנורפוק, ניו יורק, פילדלפיה, בולטימור ומיאמי.
במיאמי הסתיים הביקור בארצות הברית. משם חצו את הים הקריבי לקרטחנה, לצורך הצגה שיווקית של מערכות לחימה לצי הקולומביאני. בעת השהייה בקרטחנה הגיעו גם קצינים מהצי של צ'ילה לבדוק את הספינות. הדו"ח שהגישו בעקבות הסיקור היה צעד ראשון לרכישת ספינות סער 4 על ידי מדינה זו. בדרכן חזרה עגנו הספינות בנמלי ברמודה, פונטה דלגדה באיים האזוריים וגיברלטר. המסע הכולל עד חזרה לחיפה ארך קרוב לחודשיים.

ביקורים במצרים

כחלק מהסכמי השלום עם מצרים נפתחה תעלת סואץ שוב לשיט לאחר שהייתה סגורה ממלחמת ששת הימים. נתיב זה הפסיק להיות נתיב עוין. כלי שיט ישראליים וספינות החיל יכלו לשוט בו למפרץ אילת וחזרה.
אח"י תרשיש (סער 4) הייתה ספינת הטילים הראשונה שעברה בתעלת סואץ. המעבר היה בדצמבר 1979, אורח הכבוד היה מפקד חיל הים, ולהפלגה הצטרפו מפקד בסיס חיפה ומפקד שייטת ספינות הטילים. הספינה התקבלה בנמל פורט סעיד בארוח של מפקד בסיס חיל הים המצרי. באותו לילה הודלק בספינה נר חמישי של חנוכה שצוין בחנוכיה מוארת על תורן הספינה. 

בספטמבר 1979 במסגרת ביקור אנוואר סאדאת בחיפה ביקרו גם משחתות מהצי המצרי. זוג ספינות בפיקוד אברהם בן שושן במבצע פעולה מוצלחת ביקרו הספינות אח"י מולדת בפיקוד אלי רגב ואח"י קוממיות בפיקוד יעקב גז גמלו בביקור בנמל אלכסנדריה ב-4 במאי 1980.

מבצע ליטני

הפעילות המבצעית בשנים אלה כוונה נגד פעילות חבלנית עוינת. השייטת השתתפה בפעולות לחימה בלכידת מחבלים בדרכם לפיגוע, ספינות אם וספינות נשק.
בעקבות "פיגוע אוטובוס הדמים" בכביש החוף, ב-11 במרץ 1978 ואירועים דומים נוספים, יצא צה"ל ל"מבצע ליטני" שנערך בין 14 ל-21 במרץ 1978. 10 ספינות הטילים נטלו חלק בסיוע וחיפוי לכוחות שפעלו בחוף. הוטל סגר ימי על נמל צור והופגזו דרכים לשיבוש תנועת אויב.
אח"י יפו (סער 4), בפיקוד סא"ל חנינא עמישב, נטלה חלק פעיל בהפגזות מהים. הספינה ירתה בסיכום כללי כ-1000 פגזי 76 מ"מ. במאמץ לאתר ולפגוע בתותח נייד של המחבלים התקרבה הספינה באור יום לטווח קצר מאוד מהחוף. המחבלים שהגיחו, ירו והסתתרו חליפות, הצליחו לפגוע בבסיס תותח אוטו מלרה 76 מ"מ בירכתיי הספינה. פגז חדר לתוכה ונתקע בקרוסלת הפגזים  אך לא התפוצץ. טען התותח שנמצא במקום אף לא נפצע. הספינה נאלצה להפסיק את הירי וחזרה לנמל לתיקון התותח.

פעילות נגד כלי שיט של המחבלים

בין השנים 1973 עד 1982 השמידו או עצרו הסטי"לים שלוש ספינות אם של מחבלים, ביניהן הספינה שהובילה את המחבלים שהשתלטו על "מלון סבוי" בתל אביב ב-5 במרץ 1975. הספינה נלכדה ב-7 במרץ 1975 על ידי אח"י געש ואח"י מזנק, בפיקוד המש"ט אלי רהב, 70 מיל מערבית מתל אביב.
באותה תקופה נלכדו או הושמדו ארבע סירות עם מחבלים בדרכם לפיגוע, אניית תופת במפרץ אילת וגם שחיין בודד על מזרן ים. נוסף על כך נתפסו עוד שתי ספינות, שנשאו אמצעי לחימה ומשאיות עבור הפת"ח, בדרכן ללבנון.
ב-1 באוקטובר 1976 תפסה אח"י משגב (סער 2) בפיקוד רס"ן יעקב צוק שתי סירות מחבלים. אחת ניסתה לברוח והושמדה, הסירה השנייה נכנעה. שלושה מחבלים חוסלו ושלושה נשבו. בחקירה התברר כי המחבלים היו בדרך לפיגוע.
ב-30 באוקטובר אותה שנה תפסה אח"י חרב (סער 3) בפיקוד רס"ן דוד עצמון שתי סירות מחבלים אחת הושמדה והשנייה נגררה לחיפה ואנשיה נמסרו לחקירה.
חסימת אוניית תופת - אח"י רשף בפיקוד רס"ן הרצל שחף, השתתפה בחסימת אגיוס דמטריוס בדרום מפרץ אילת ב-30 בספטמבר 1978. האנייה שחומשה ברקטות ונשאה מטען חמרי נפץ יועדה להתפוצץ בחוף אילת בין המוני נופשים לקראת ראש השנה. לאחר תפישתה ושביית המחבלים, טובעה האנייה בתותחי ה-76 מ"מ של הרשף.
מניעת פיגוע המוני - בליל 3–4 במרץ 1979 לכדה אח"י געש (סער 3) בפיקוד רס"ן רוני פלג, את אניית המחבלים 'ג'ינאן', 35 מייל מערבית לדאמור, כשעל סיפונה 10 מחבלים ואמל"ח רב, בדרכה לפיגוע.
תפיסת סטפני (אונייה) - ב-29 במרץ 1979, יירטה אח"י אילת (סער 2) בפיקוד אודי דביר את אוניית המחבלים 'סטפני' ועליה חמישה מחבלים ואמצעי לחימה, 50 מיל ממערב לראש הנקרה. נמנע פיגוע המוני באזור תל אביב.

בין מלחמות לבנון, 2006-1983

מבצע של"ג התרחב למלחמה כוללת ולשהיה ממושכת של צה"ל בלבנון. בכל התקופה ועד לנסיגה הסופית של צה"ל מלבנון בשנת 2000 וגם אחריה, השייטת עסקה בלכידת ספינות שנשאו אמצעי חבלה ונשק לארגוני המחבלים ובסיוע למבצעים יזומים של כוחות מיוחדים וחיל האוויר נגד יעדים בלבנון. משנת 2000, עם פרוץ האינתיפאדה השנייה, הורחבה הפעילות גם מול חוף רצועת עזה.

התהליכים שחלו בשייטת בשני העשורים שלאחר מלחמת לבנון הראשונה: הצטמצמות ניכרת בכמות יחידות הלחימה יחד עם חידוש הצי ושיפור החימוש ואמצעי לחימה אלקטרונית, המשך פעילות נגד מחבלים בים וביבשה ויצירת שיתוף פעולה עם ציים זרים. כפועל יוצא מירידת כמות כלי השיט הועברה פלגת הסטי"לים שהייתה מבוססת בבסיס אשדוד לבסיס חיפה.
נפילת מסוק ימי - בשנת 1996 נפל מסוק "דולפין" לים בתאונה במהלך אימון במבואות מפרץ חיפה. שני הטייסים וקצין חיל הים נהרגו. ללא קשר לתאונה זו, הוחלף המסוק שהיה בשירות כעשר שנים במסוק חדש "עטלף".
שיתוף פעולה בינלאומי - מאמצע שנות ה-80 של המאה ה-20 החל שיתוף פעולה עם ציים זרים. מדי שנה מתקימים תרגילים נרחבים, הכוללים כוחות נוספים, עם צי ארצות הברית. החל מ-1998 הורחבה המסגרת ונכללו בה הצי הטורקי ובהמשך גם ציים נוספים. תרגילים אלה כללו בדרך כלל אימונים בחילוץ והצלה וכן פעילות נגד טרור ימי. האחרון שבהם היה תרגיל גדול של נאט"ו שכונה Cooperative Mako ביוני 2006. התרגיל התקיים בים השחור ברומניה ונטלו בו חלק ציי צרפת, בריטניה, ספרד, בולגריה, רומניה, יוון, טורקיה וישראל.
ביקור ביוון וטקס זיכרון - באוגוסט 2003 ביקרו הסטי"לים אח"י אילת (סער 5), ואח"י חרב (סער 4.5 נירית), באי היווני קפלוניה. הביקור נערך לפי הזמנת היוונים, לציון 50 שנה לאירועי רעש האדמה בשנת 1953 שבו נפגע האי קשה והשייטת הגדולה של חיל הים סייעה רבות בפעולות ההצלה. שלטונות האי הביעו תודה לציים שהשתתפו בפעולות ההצלה וביניהם לסיוע חיל הים הישראלי לנפגעי הרעש באיי יוון.

פעילות כנגד החזבאללה

בשנות ה-90 של המאה ה-20 האיום הפעיל מצפון היה ארגון חזבאללה. צה"ל ביצע מספר מבצעים רחבי היקף כנגד ארגון זה. בתקופה בין 25 ביולי 1993 ועד 31 ביולי 1993 נערך "מבצע דין וחשבון" שמטרתו הייתה תקיפת אזור דרום לבנון ויצירת לחץ על ממשלת לבנון. בלילה הראשון של המבצע הפגיזו ספינות השייטת בסיסים בצפון לבנון ובימים שלאחר מכן הטילו סגר ימי על אזור צור וצידון.
ב-1996 יצא צה"ל למבצע נוסף בלבנון, "מבצע ענבי זעם". המבצע נערך בדרום לבנון בין 11 באפריל ו-27 באפריל בעקבות ירי רקטות קטיושה של ארגון החזבאללה לעבר יישובים בגבול הצפון. הסטי"לים שוב הפגיזו יעדים בחוף, הטילו סגר ימי על חוף לבנון מביירות דרומה וכן הובילו כוחות של הקומנדו הימי למשימותיהם.

בניין הכוח

ב-1983 הושקה במספנות ישראל ספינת הידרופויל (סנפירית), שתוכננה על ידי חברת גרומן והצטרפה לספינה מאותו דגם שהושק בארצות הברית. התוכנית הקודמת שהייתה להמשך בנייה של עוד 16 ספינות נגנזה. הסיבות לכך היו הגדלת עלויות הבנייה לעומת התחזית ושינוי יסודי בעקרונות בניין הכוח במפקדת חיל הים.

ב-1989 החלו להיקלט בשייטת ספינות מדגם "סער 4.5 נירית". ספינות אלה נבנו במספנות ישראל. החידוש העיקרי בהן היה תורן מחופה וצירוף טילים נגד טילים מסוג "ברק".

במקביל להוצאת הספינות מדגם "סער 2" מהשירות, הוחל ב-1993 להקנות לארבע ספינות מדגם "סער 4" כושר לחימה נגד צוללות. תותח 76 מ"מ בירכתיים הוסר ובמקומו הותקן סונר נגרר. כמו כן נוספו לחימוש הספינה שישה טורפדות נגד צוללות. לסטי"לים אלה טווח פעולה וכמות אמצעי לחימה גדולים יותר מאשר בספינות הנצ"ל הישנות.
בשנים 1994–1995 הגיעו ארצה שלושה סטי"לים מדגם "סער 5" שנבנו בארצות הברית. ספינות אלה גדולות פי 2.8 מהסטי"לים מדגם "סער 4.5 נירית" והיוו קפיצת מדרגה בהתפתחות וביכולת הסטי"לים בחיל הים.

מבצע גשמי קיץ ומלחמת לבנון השנייה, 2006

באמצע 2006 התרחשו אירועים ביטחוניים רצופים שהביאו את מדינת ישראל למלחמה בשתי חזיתות: ברצועת עזה כנגד החמאס וארגונים אחרים מבצע גשמי קיץ ולחימה בלבנון כנגד החזבאללה שהתפתחה למלחמת לבנון השנייה.

מבצע גשמי קיץ

לאחר ההתנתקות מרצועת עזה חלה בשנת 2006 הסלמה. החמאס וארגוני מחבלים חידשו והגבירו את ירי רקטות הקסאם על יישובי צפון מערב הנגב. ב-25 ביוני תקפו מחבלים מהחמאס וקבוצות נוספות מוצב צה"ל, נגמ"ש וטנק. בהתקפה נהרגו שני חיילי צה"ל וחייל שלישי נחטף. בתגובה על כך ועל הירי הנמשך של הקסאמים פתח צה"ל בסדרת מבצעים שהראשון בהם נקרא "גשמי קיץ". במסגרת המבצע ירו סטי"לים אש תותחים אל עבר מרחבי שיגור הקסאמים. המבצעים נמשך עד סוף נובמבר 2006.

מלחמת לבנון השנייה

בעוד מבצע גשמי קיץ מול רצועת עזה נמשך, פתחו כוחות של חזבאללה ב-12 ביולי 2006 באש קטיושות על כל אזור צפון הארץ. תחת פעולת הסחה זו הותקף סיור של צה"ל, שלושה חיילים נהרגו ושני אחרים נחטפו. בתגובה פתח צה"ל ביום שלמחרת במתקפה מהאוויר, הים והיבשה במבצע "שינוי כיוון" אשר התפתח למלחמת לבנון השנייה, שנמשכה עד ל-14 באוגוסט 2006. שייטת הסטי"לים פעלה במלחמה בעיקר בשתי משימות: ירי לעבר יעדים בחוף וסגר ימי.
פגיעה באח"י חנית - יומיים לאחר פרוץ הקרבות, ב-14 ביולי 2006, בשעה 20:30, נפגעה אח"י חנית (סער 5), מטיל חוף ים מול חופי ביירות. חזבאללה הצליח להפתיע כשהכין סוללת טילים מדגם C-802 הסיני שסופקו לו מתוצרת איראנית. מידע מודיעיני על קיום האיום בגזרה לא היה ברור ולא הופץ לספינות. מערכות יירוט הטילים האוטומטיות של הספינה לא הופעלו עקב פעילות אינטנסיבית של כלי טיס של חיל האוויר הישראלי באזור.
הטיל פגע במנוף בירכתי הספינה כמטר אחד מעל הסיפון. המנוף ספג את עצמת ההתפוצצות מחוץ למבנה גוף הטיל חדר לסיפון ויצא מהדופן. הנזקים לגוף הספינה קלים אך במקום נוצרה שריפה. ארבעה חיילים, שנמצאו בתא המגורים נשרפו: שני אנשי טייסת 193 מחיל אוויר, איש המודיעין הימי ואיש צוות. יתר אנשי הצוות היו במשמרת, או שנמצאו בחדר מגורי חרטום, שם נערך באותה עת קידוש ליל השבת ולא נפגעו. מפקד הספינה סא"ל יורם ישראלי ואנשי הצוות הצליחו להתגבר על האש, לבצע בקרת נזקים ולמנוע טביעת הספינה. לספינה נגרם נזק כבד, אולם לאחר תיקון במערכת ההיגוי הפליגה בכוחות עצמה לבסיס אשדוד.
סיוע באש מהים - לאחר הפגיעה באח"י חנית זירת הלחימה הימית הוגדרה כאזור מוכה טילים (אמ"ט). לאחר שהתברר שיתוף הפעולה והעברת המידע במטרה מהצבא הלבנוני לחזבאללה ובמטרה להשיג חופש פעלה ימי, תקפו הסטי"לים בירי תחנות מכ"ם בחוף לבנון ושני שדות תעופה של חיל האוויר הלבנוני, בקלעת ובראיק. בנוסף הופגזו מהים מרחבי שיגור רקטות, משגרים מוכנים לפעולה, מחסני אמצעי לחימה, מפקדות חזבאללה, צירי החוף, תחנות וחוות דלק ומכוניות בתנועה על כביש החוף הלבנוני. מידע שהגיע מהמודיעין הימי תורגם לשטחי הפגזה ובתגובה מהירה ביותר בוצעה היערכות והפגזות. עמדות החזבאללה הניידות לאורך כל קו החוף הושמדו. בכך נמנע שיגורן של מאות קטיושות נגד יישובי הצפון ונגד כוחות צה”ל בגזרת לבנון. הספינות ירו כ-3,000 פגזי תותח אוטו מלרה 76 מ"מ לעבר מטרות בחופי לבנון. ההפגזות התאפיינו בדרך כלל בפגיעות טובות.
סגר ימי על לבנון - בסגר הימי על חופי לבנון נטלו חלק סטי"לים, גף סיורי אוויר, דבורות וצוללות. ספינות השייטת קיימו סגר צמוד על חופי לבנון. נמנע מכלי שיט שלא קיבלו אישור מוקדם להיכנס ללבנון או לצאת ממנה. במהלך הסגר תושאלו כ-2,000 כלי שיט. לשבע אניות סוחר אושר להיכנס לנמלים בלבנון כאשר התברר שהביאו ציוד לכוחות או”ם ותרופות. סה”כ עוכבו 42 כלי שיט. נפתח חלון ארעי למספר ימים כדי לאפשר פינוי נתיני מדינות זרות מלבנון. במהלך הסגר בוצעה שהייה ממושכת בים של מרבית ספינות השייטת. תחלופת הספינות נעשתה לשם תספוק מהיר וחזרה לגזרת הפעולה.
כתוצאה מהסגר הימי מחירי הביטוח הימי האמירו באורח ניכר, הדיג פסק ולבנון נקלעה למשבר אנרגיה ששיבש את אספקת החשמל והמסחר. הסגר הימי שהטיל חיל הים נמשך עד 8 בספטמבר 2006 והשפיע על ממשלת לבנון ועל החזבאללה לקבל תנאי הפסקת האש.
תוצאות המלחמה - הסגר הימי פגע קשות בכלכלה הלבנונית. ההפגזות מהים מנעו פגיעות חמורות יותר ברקטות. כל הפעילות העניפה לא קיבלה הכרה בציבור עקב הפגיעה באח"י חנית. ועדת חקירה שמונתה על ידי מפקד חיל הים בראשות תא"ל (מיל') ניר מאור מצאה כשלים רבים בהכנת הכוח הימי ובהפעלתו. לדברי מפקד חיל הים, דוד בן בעש"ט "התקיים כשל תודעתי".

מבצע עופרת יצוקה

בין 27 בדצמבר 2008 ל-18 בינואר 2009, צה"ל יצא למבצע צבאי נרחב ברצועת עזה. מטרת המבצע הייתה לפגוע בארגון החמאס ולהביא לצמצום בירי הרקטות מהרצועה על יישובי הנגב. חיל הים קיים סגר על הרצועה באמצעות ספינות השייטת וספינות הבט"ש. הספינות קיימו נוכחות רצופה למניעת הברחות נשק לעזה דרך הים ולמניעת יציאה לפיגועים בישראל בדרך הים. בוצעו הפגזות חוף למטרות נקודתיות עם תותח אוטו מלרה 76 מ"מ.
מערכות הנשק המדויקות השיגו פגיעות טובות. הותקפו משגרי רקטות, בונקרים ובתים שבהם התבצרו מחבלים. הפעילות נעשתה בתיאום ישיר עם כוחות הקרקע שפעלו בגזרה. הספינות פגעו גם בסירות של משטרת חמאס.

מבצע ארבעת המינים

ב-3 בנובמבר 2009 הוזנקו ספינות השייטת, ליירוט אוניית מכולות FRANCOP שנשאה דגל אנטיגואה וברבודה, כ-100 מייל מחופי ישראל. אח"י אילת (סער 5), ביצעה נוהל תשאול ודרשה חיפוש. רב החובל, אזרח פולין, אישר לבצע סריקה באניה. צוות בדיקה של שייטת 13 עיין במסמכי המטען שבהם נרשם כי המכולות ממוענות מאיראן לסוריה. נתגלו נשק ותחמושת בכמויות גדולות, שהוסתרו מאחורי שקים של פוליאתילן המיועד לתעשייה אזרחית.
האנייה נעצרה והועברה לנמל אשדוד בלווי אח"י אילת (סער 5) ואח"י תרשיש (סער 4.5). בעת סריקת 300 המכולות שנתפסו, התגלו כמויות גדולות של אמצעי לחימה: כ-2,700 רקטות של 107 ו-122 מ"מ, כ-8,800 פצצות מרגמה בקוטר 81 ו-120 מ”מ, 100 רימונים, כ-556,000 כדורים לרובה קלצ'ניקוב. הושם דגש על כך שכל הפעילות בוצעה בהקפדה על החוק הימי ובהפעלת כוח מינימלית.

חסימת המשט לעזה (2010)

ישראל הטילה סגר על רצועת עזה על מנת למנוע התחמשות החמאס. במאי 2010 יצא מאיסטנבול משט שכלל שש אניות עם פעילים פרו פלסטיניים, במטרה לפרוץ את הסגר. ישראל עמדה בסירובה לאפשר לאוניות לפרוק בנמל עזה ודרשה את העברתו דרך נמל אשדוד לבדיקה מוקדמת. מארגני המשט סירבו לכך והמשיכו לדרכם. הטלת הסגר הימי על רצועת עזה נעשתה בהתאם לדין הבינלאומי ולהנחיות אמנת סן רמו הנוגעות להטלת מצור ימי.
ב-30 במאי 2010, בפעולה שנקראה "רוחות שמיים 7", ביצעו ספינות השייטת את עצירת המשט במים בינלאומיים במרחק מחוף עזה. חמש אוניות נענו לדרישה והועברו לנמל אשדוד. לוחמי שייטת 13, שהגיעו בסירות מהירות ובמסוקים, ביצעו את עצירת מאווי מרמרה האנייה היחידה שלא נענתה להוראות הסגר. תשעה מהתוקפים החמושים מנוסעי האנייה נהרגו ו-20 נפצעו, מרביתם מארגון IHH ומארגונים אסלמיים טורקיים. עשרה מלוחמי שייטת 13 נפצעו.

מבצע חוק ברזל

ב-16 במרץ 2011 הגיעו אל המודיעין הימי ידיעות על העברת חימוש מאירן המיועד לרצועת עזה באניית הסוחר VICTORIA שנשאה דגל ליבריה. שלושה סטי"לים - אח"י סופה, אח"י כידון (סער 4.5) ואח"י להב (סער 5), כשעליה מפקד השייטת אלי שרביט - ועמם כוח השתלטות משייטת 13 הוזנקו לירוט. המפגש עם האנייה נעשה במרחק 200 מיל מחוף ישראל. ההשתלטות נעשתה ללא הפעלת כח והאנייה הובלה לנמל אשדוד.
בחיפוש יסודי במטען התגלו כ-50 טון אמצעי לחימה מסוגים שונים. ממצא מיוחד היו שישה טילי חוף ים מדגם C-704 עם ביות מכ"ם לטווח 35 ק"מ וכמויות גדולות של פצצות מרגמה. הטיל (סיני במקור), מותקן באירן על סירות מהירות המיועדות להפעלה בכמות רבה כנגד כלי שיט חמושים.
הצטיידות החמאס ברצועת עזה בנשק מתביית נגד ספינות הייתה מקשה על הפעילות הישראלית ולכידת המטען מנעה זאת. באוגוסט 2011 פרסם החמאס כי ירה טיל מהדגם הזה כנגד ספינה ישראלית. לא הייתה פגיעה ולא היה לכך אישור נוסף.

מבצע עמוד ענן

ב-14 עד 21 בנובמבר 2012 השתתפו ספינות הטילים יחד עם ספינות הביטחון השוטף במבצע בחסימת רצועת עזה מהים. ספינות השייטת הפגיזו עשרות מטרות בחוף ומפקדות ומבנים של החמאס. המבצע ארך שמונה ימים. הספינות דיווחו על פגיעות טובות.

מבצע חשיפה מלאה

בפברואר-מרץ 2014 נערך מבצע לירוט אניית נשק בדרום הים האדום. מפקד המבצע בים היה מפקד חיל הים אלוף רם רוטברג. הפעולה נעשתה על ידי אח"י חץ (סער 4.5) ואח"י חנית (סער 5) ששימשה כספינת הפיקוד. לוחמי שייטת 13 שהצטרפו לספינות היוו את צוות ההשתלטות.
אוניית הסוחר KLOS C הפליגה מאיראן כאשר בבטנה נשק מתקדם אשר ייעודו היה פגיעה במדינת ישראל. יעד ההפלגה של הספינה היה פורט סודאן, אך היעד הסופי של המטען היה החמאס ברצועת עזה. הכוונה הייתה ליירטה לפני שתפרוק את המטען בפורט סודאן. על תנועת האנייה לא היה מידע מדויק. כלי השייט נדרשו לשהות זמן רב בים. ב-5 במרץ 2014 נעצרה האנייה כ-1,500 ק"מ דרומית לאילת סמוך לגבול דרום סודאן עם אריתראה והובאה לאילת.
בתוך המכולות נמצאו עשרות טילי קרקע קרקע M302 מתוצרת סוריה ומגוון פצצות מרגמה מסוגים שונים. הנשק שנשאה ב-150 מכולות נפרש על הרציף לתצוגה בפני ראש הממשלה, שר הביטחון ואמצעי תקשורת.

פעילות במבצע צוק איתן

ב-8 יולי 2014 יצא צה"ל למבצע צבאי ברצועת עזה שנמשך עד 26 באוגוסט 2014. ספינות הטילים פעלו בגזרה בתיאום עם פיקוד הדרום בתקיפת מטרות טרור ברצועה.

שמות הספינות

כלי השיט בשייטת ובכל חיל הים הישראלי נושאים את הקידומת "אח"י" שמשמעותו: "אוניית חיל הים". בחיל הים נהוג כמקובל בציי העולם לקרוא לספינות חדשות בשמות של ספינות קודמות שיצאו מהשירות. לכן יש ספינות בשייטת עם שמות חוזרים. בתקופה שלאחר מלחמת יום הכיפורים הפסיק חיל הים להשתמש במספרי צי. בניגוד לכל ציי העולם שמספר הצי מגדיר את כלי השיט כמספר זהות שאינו משתנה, בשייטת ספינות הטילים ובחיל הים הישראלי בכלל אין מספרי צי. כדי להבדיל בין ספינות עם שם זהה מצמידים לשם את הדגם או את שנת ההשקה.

תרשים

סדר כלים נוכחי של השייטת:

כוננות תרגולים והכשרות

כתפישת קיום של כוח הלחימה העיקרי בזירה הימית וכלקח ממלחמת יום הכיפורים שפרצה בהפתעה, ספינות השייטת היוצאות לים במשימה כלשהי נמצאות בכשירות מלאה ומידית ללחימה: כל המערכות פועלות והחימוש מלא בהתאם לתקן. בעת העגינה בנמל מתקיימת תורנות כוננות ליציאה לים המאפשרת הצבר כוח בלוח זמנים קצר.
צוותי הספינות מתרגלים את כשירותם ללחימה ברמת הספינה הבודדת. הפלגה מתרגלת הפעלת מספר ספינות בקרב משולב והשייטת מתרגלת הפעלת מרבית ספינות הטילים בשליטה על קרב מרובה יחידות לחימה. השייטת משתתפת בימי קרב חיליים בהם מתורגל שיתוף פעולה בין יחידתי ותרגול פיקוד חיל הים.
השייטת מעמידה את ספינותיה לרשות צוערי קורס חובלים וחניכים אחרים של בסיס ההדרכה לצורך הכשרה ואימון במהלך הקורסים.

ציונים לשבח ופרסים

במלחמת יום הכיפורים - מפקד שייטת ספינות הטילים אל"מ מיכאל ברקאי, באתר הגבורה קיבל בחודש מאי 1975, את עיטור המופת מהרמטכ"ל מרדכי גור, על פעילותו בזירה הימית במלחמת יום הכיפורים. עם קבלת העיטור הכריז ברקאי כי הוא "מקבל את עיטור המופת עבור כל השייטת." לוחמי השייטת באותה תקופה חשבו שהעיטור מגיע למפקדם.
מבצעי תרומת דם החל משנת 1972 משתתף צה"ל במאמץ לספק את צורכי הדם הדרושים בזמני רגיעה ומלחמה. התרומה נעשית כתחרות בין היחידות. בשנת 1974 זכה חיל הים במקום הראשון בתחרות הכלל צה"לית. בתחרות הפנים חילית זכתה השייטת פעם שנייה ברציפות במקום הראשון. אחוז התורמים היה 100%. פרסבכספי של 1,500 ל"י.
במלחמת לבנון הראשונה - ב-14 ביוני 1982 הוציא שר הביטחון אריאל שרון ציון לשבח לחיל הים. מנוסח המכתב עולה כי לשייטת ספינות הטילים היה בכך חלק משמעותי. השר הסביר במכתבו כי "חיל הים הפליא לעשות בשליטה מלאה על נתיבי הים, בהנחתת כוחותינו ...". הנחתת כוחותינו נעשתה על ידי פלגת הנחתות השליטה על נתיבי הים, בידוד הגזרה והפגזות מהים אל יעדים בחוף נעשו על ידי ספינות הטילים.
על תפיסת היכטה המהירה 'גנדה'  - שארעה ב-25 באוגוסט 1985, קיבל רס"ן זאב ינובסקי מפקד אח"י רומח (סער 4) מכתב הוקרה ממפקד חיל הים אברהם בן שושן.
במלחמת לבנון השנייה - בעת כיבוי השריפה שפרצה מפגיעת הטיל באח"י חנית ב-14 יולי 2006, פעלו מרבית אנשי צוות הספינה בצורה ראויה לציון וארבעה צוינו לשבח.
מפקד חיל הים דוד בן בעש"ט ציין שלושה לשבח: סרן אדם להב, באתר הגבורה, קצין הסיור במסוק על כך שגילה כושר מנהיגות, יוזמה ואומץ לב תוך סיכון חייו, חרף פציעתו. סגן אמיר יבניאלי, באתר הגבורה קצין המנחת באח"י חנית. סמ”ר רמי זיתוני, באתר הגבורה, נגד הגשר של אח"י חנית. שלושתם נמצאו "ראויים לציון לשבח, על כך שהתנדבו ונכנסו שוב ושוב למדורים בוערים בספינה על מנת לאתר ניצולים ולחלצם."
שמואל קופרמן, באתר הגבורה, קצין מכונה של אח"י להב, צוין לשבח על ידי מפקד בסיס חיפה תא"ל יוחאי בן יוסף, על כך ש"התנדב והחליף את קצין המכונה באח"י חנית לאחר שזה נפצע, ולקח חלק מרכזי במניעת התפשטות האש תוך כדי סיכון חייו."
פרס הרמטכ"ל - שייטת ספינות הטילים זכתה בפרס הרמטכ"ל ליחידה המבצעית המצטיינת בצה"ל על פעילותה בשנת 2009. ב-2012 זכתה השייטת פעם שנייה בפרס.
ב-2019 זכתה שייטת ספינות הטילים באות הערכה מטעם הרמטכ"ל.

תרבות והנצחה

ספינות סער ופעילות שייטת ספינות הטילים מקבלות ביטוי במוזיאון ההעפלה וחיל הים בחיפה.
דן אלמגור חיבר שיר בשם אנשי הסטי"ל, אשר הולחן והושר בערב "חיפה מצדיעה לחיל הים", לרגל 60 שנות אימוץ שנערך ב-1 במאי 2014 אך לא זכה לפרסום.
יוסי גמזו מילים ואפי נצר לחן, כתבו את שיר הסטי"לים
שנעשה המנון השייטת.

הנצחת חללי השייטת

מהקמת השייטת עד שנת 2016 כולל אבדו לשייטת 27 חללים. מתוכם 4 נהרגו מפעולת האויב. אחד נהרג מתקלה באימונים. שלושה מנפילת מסוק לים במהלך טיסת אימונים לילית. ארבעה נהרגו בתאונות דרכים. שישה נפטרו ממחלה. אחד נרצח מחוץ ליחידה ושישה נפטרו בנסיבות טרגיות. כל האנשים שהלכו לעולמם מוגדרים כחללי צה"ל.
פיקוד חיל הים בכלל ופיקוד השייטת בפרט מקדישים תשומת לב רבה לקשר עם המשפחות השכולות ולהנצחת זכר החללים. מפגש שנתי נקבע לחודש אוקטובר בכל שנה שבו מגיעות המשפחות לבסיס השייטת ונפגשות עם צוותי הספינות ומפקדיהן.
נפילת מסוק לים - ב-16 ספטמבר 1996, במהלך טיסת אימונים לילית, התרסק מסוק דולפין, מטייסת 193 שמספרו 905, לים וכל הנמצאים בו נהרגו. הדבר אירע כ-20 מיל ימי מערבית לנהריה. ההרוגים הם מפקד טייסת המסוקים הימיים סגן אלוף בנצי בכר, טייס המשנה סרן שחק סלע וקצין הסיור המוטס סרן ערן גרביה. גופתו של סרן ערן גרביה לא נמצאה והוא נחשב חלל שמקום קבורתו לא נודע. סיבת ההתרסקות נחקרה על ידי חיל האוויר אך הממצאים לא פורסמו.
במלחמת לבנון השנייה  – בעת מלחמת ההתשה ומלחמת לבנון הראשונה לא היו פגיעות שגרמו לאבדות בנפש בשייטת. במהלך מלחמת לבנון השנייה ארעה ב-14 ביולי 2006, פגיעת טיל אויב באח"י חנית. מהפגיעה נהרגו 4 אנשים: רס"ר דב שטרנשוס ו סמל ראשון טל אמגר מחיל האוויר. סמל יניב הרשקוביץ וסמל שי אטיאס מחיל הים.
 חללי שייטת המשחתות - בשנת 2012 החליט מפקד השייטת דוד סער סלמה על אימוץ משפחות חללי שייטת המשחתות מרביתם חללי טיבוע המשחתת אילת. מאז נערכים האזכרות ומפגשי המשפחות השכולות במשותף.

שאיפה לעליונות טכנולוגית

השאיפה לעדיפות טכנולוגית על האויב נותרה בעינה. המגמה שמערכי החימוש וההתגוננות של יחידת הלחימה הבודדת יאפשרו לפגוע בכלי השיט של האויב ולהימנע מפגיעה מקבלת חשיבות רבה. בניגוד לאיום היחיד כמעט של טילי הסטיקס שהיה בעבר, ליחידות הלחימה של האויב בעימותים אפשריים בעתיד חימוש מגוון. כלי שיט ומטוסים בעימות עתידי נושאים חימוש מתקדם מתוצרת רוסיה, סין, צרפת או ארצות הברית. ההתבססות על חימוש מתוצרת ישראל נותנת תקווה שהעליונות הטכנולוגית תישמר.

קיצוץ במספר יחידות הלחימה

כמות כלי השיט בשייטת היה במשך השנים תוצאה של מגמות סותרות במערכת הביטחון. במלחמת יום הכיפורים כללה השייטת 14 יחידות לחימה. היה זה רק קצת מעל המסה הקריטית שאפשרה היערכות אופרטיבית בשתי גזרות בים התיכון. באותה עת היו עוד ארבע ספינות סער 4 בבנייה עבור זירת הים האדום. לאחר המלחמה היה ברור כי יש צורך ב-18 יחידות לחימה על מנת להתמודד עם המשימות בים התיכון. 

הצהרת הכוונות של מפקד חיל הים יוחאי בן-נון בתחילת שנות הששים של המאה העשרים כי "חיל הים יוצא למרחב עם כמה עשרות, ספינות מהירות נושאות נשק קטלני" התקיימה רק עשרים שנה מאוחר יותר, במחצית הראשונה של שנות השמונים: בתקופה זו הגיעה השייטת לשיא כוחה עם 26 יחידות לחימה. 24 מהן מדגמי ספינות הסער 2 3 ו-4 ועוד שתי סנפיריות נושאות טילים מדגם זיוונית.
ב-1985 החל תהליך הדרגתי של הוצאת ספינות מהשירות ורק במקום חלק מהם נבנו ספינות חדשות. הדעה שרווחה במטה הכללי הייתה שיש להקטין את חיל הים. עקב אילוצים תקציביים הוציא חיל הים בשנת 2015 את שתי ספינות הטילים האחרונות מדגם סער 4, אח"י עצמאות ואח"י ניצחון מהשירות. לאחר השבתת הספינות מבוסס כושר לוחמת השטח של חיל הים על 11 יחידות לחימה.

הקטנת מהירות הספינות

הדגש על מהירות עליונה גבוהה כדי להכתיב את הקרב עבר מהסדר העקרונות של חיל הים. מהירות זו ירדה מ40 קשר בסער 2 ל-35 קשר בסער 4 30 קשר בקורבטות סער 5 ל-24 קשר בקורבטות מדגם סער 6. ההנמקה לויתור על העדיפות במהירות העליונה שנמסרת היא שעם הארכת טווח החימוש אין צורך לסגור טווח כדי להכריע את הקרב הטקטי. 

גם הדגש על מהירות קבועה גבוהה שהיה בבסיס התפיסה של ספינות סער ואיפשר ליצור היערכות מהירה בין הגזרות השונות ירד מעיקרי החשיבה. מהירות להיערכות של 30 קשר בדגמי סער 2 סער 4 וסער 4.5 ירדה ל-20 קשר בסער 5 ובסער 6.

בנייה מקומית לעומת בנייה חיצונית

התבססות על בניית כלי שיט מחוץ לישראל עלולה לאפשר אמברגו, כפי שקרה עם ספינות סער שנבנו בצרפת, לאחר מלחמת ששת הימים. למדיניות של בניית כל השיט בישראל אין המשכיות. בשנת 2002 מסרו מספנות ישראל את אח"י חרב (סער 4.5) לחיל הים. מאז לא הוזמנו ספינות טילים במספנות ישראל. הצעת המספנות לספינה מדגם סער 72, בגודל סער 5 משופרת, לא אושרה.
בשנת 2015 פורסם על רכישת ארבע קורבטות סער 6, מדובר באוניות דגם Korvette 130 תוצרת גרמניה, שיצטרפו לסדר הכוחות בתחילת העשור השלישי במאה ה-21.