דוד בן-גוריון

נעוריו ותחילת דרכו 1886–1906

בן-גוריון נולד בשם דוד יוסף גרין לשיינדל ואביגדור גרין, בעיירה פלונסק שבפולין (אז בתחום האימפריה הרוסית). במשפחה היו חמישה ילדים - שלושה בנים ושתי בנות. דוד היה הבן הרביעי. אפשר שנולד עמו בן תאום שנפטר בשעת הלידה.
ביתם שכן בקצה "רחוב העזים". המשפחה התגוררה בקומה התחתונה. בקומה העליונה התגוררה משפחה שטיפלה בבעלי החיים שבחצר האחורית והייתה מופקדת על ניקיון הבית ובישול הארוחות, ואילו בבית הסמוך התגורר אברהם, אחיו הנשוי של דוד.
דוד בן-גוריון, שכונה בילדותו "דובצ'ה", למד מגיל 5 אצל מלמד בחדר מסורתי, ובגיל 7 עבר למלמד "מודרני". מאוחר יותר עבר לחדר מתוקן שהקים אביו, חבר בתנועת "חובבי ציון". בגיל 11 התייתם מאִמו, שנפטרה כתוצאה מסיבוכי לידה. לאחר מכן נשא אביו אשה שנייה.
הוא למד בחדר עד גיל הבר מצווה ולאחר מכן למד במשך שנה או שנתיים אצל מלמד בבית המדרש, ואז הפסיק את לימודיו. בערך באותו הזמן, חדל גם לקיים מצוות, אולם המשיך ללבוש את הבגדים המסורתיים עד נסיעתו לוורשה בגיל 18. מלבד החינוך היהודי, למד גם בבית ספר ממשלתי רוסי, בו למד את השפה הרוסית.
בשנת 1900, חרף גילו הצעיר, בעידודו של אביו, הקים יחד עם חבריו, שלמה צמח ושלמה לביא (לבקוביץ'), את אגודת "עזרא", שהכשירה את חבריה לקראת עלייה לארץ ישראל ושמה לעצמה מטרה להחיות את השפה העברית. חברי האגודה התחייבו לדבר עברית בינם לבין עצמם ופעלו ללימוד השפה בקרב צעירי העיירה.
בשלב מסוים בתקופה זו, הפסיק בן-גוריון להניח תפילין. ב-1 בנובמבר 1901, כשהיה בן 15, שלח אביו בקשה לתיאודור הרצל, לסייע במתן השכלה לבנו.
ב-1904 עבר לוורשה. תחילה התגורר אצל משפחת קרובים, ולאחר שהשיג עבודה חלקית כמורה פרטי ב"חדר מתוקן", שכר חדר במשותף עם ידיד.
ביולי אותה שנה נפטר בנימין זאב הרצל. הייתה זו מהלומה עבור בן-גוריון. הוא כתב לשמואל פוקס: "נתיתמו תקוותינו, חלומותינו! מחוללן ומטפחן מת... קר וחושך מסביב, אין שפעת אור התקוה... השמש איננו, אבל אורו עוד זורח!... רק פעם במשך אלפי שנים ייולד איש פלאים כזה".
בן-גוריון שהה בוורשה במשך שנה וחצי, שם התפרנס מהוראה והצטרף לחוגים ציוניים.
במרץ 1905 חזר בן-גוריון לפלונסק. באמצע 1905, בעקבות המהפכה ברוסיה באותה שנה, הצטרף למפלגת "פועלי ציון" הפולנית, שחיברה ציונות וסוציאליזם מרקסיסטי על פי תורת בר בורוכוב, לאחר שהשתתף בוועידת היסוד שלה בביתו של יצחק טבנקין. הוא השתתף בישיבות המפלגה והפיץ חומרי תעמולה. הוא יסד סניף של המפלגה בפלונסק וארגן את השביתות הראשונות של החייטים ופועלי החבלים וניהל את מאבקם לשיפור תנאי עבודתם. הוא צירף את שוליות בעלי המלאכה כחברים במפלגה ואף ארגן אותם לשביתה למען יום עבודה של 12 שעות, שהשיגה את יעדה. הוא נאבק נגד תועמלנים של הבונד שהגיעו אל פלונסק לעשות נפשות לאידאולוגיה שלהם, והצליח לבלום אותם ולהפוך את "פועלי ציון" לזרם המרכזי בקרב צעירי העיר. מרכז המפלגה בוורשה החל לשגר אותו בשליחויות שונות למחוזות הסמוכים. כאשר נוצרה מתיחות עקב חשש מפוגרום, החל בן-גוריון לשאת אקדח, ארגן את שוליות בעלי המלאכה להגנה עצמית והדריך באגודת עזרא שימוש בנשק. על פעילותו המהפכנית נאסר פעמיים. בפעם הראשונה שיחדו חבריו למפלגה פקיד, שמסר להם את החומר האסור שנמצא אצל בן-גוריון, וזה שוחרר מבית הסוהר בשל חוסר הוכחות. בפעם השנייה הצליח אביו לשכנע את קצין המשטרה לשחרר אותו באמצעות שוחד.

במושבות יהודה והגליל 1906–1910

ב-1906, בגיל 20, עלה לארץ ישראל כחלק מגל העלייה השנייה. אביו מימן את נסיעתו. בן-גוריון עזב את פלונסק בסוף חודש אוגוסט יחד עם חבריו בקבוצת עולים גדולה. לקבוצת העולים נערכה מסיבת פרידה, וממנה הם הוסעו בכרכרה אל תחנת הרכבת במצודת מודלין. משם נסעו לוורשה ולאודסה. הם סיירו בעיר וביקרו אצל מנחם אוסישקין, לילינבלום ובר בורוכוב. הם הפליגו במחלקה הרביעית של אניה רוסית רעועה, חנו חניית ביניים בסמירנה, וב-6 בספטמבר 1906 (ט"ז באלול תרס"ו) הגיעו ליפו.
כעבור שנים, אמר כי יום עלייתו לארץ ישראל היה היום הגדול בחייו. עוד באותו היום, יצא אחר הצהריים מיפו אל המושבה פתח תקווה בקבוצה שמנתה 14 חברים. הם הלכו ברגל והגיעו אליה בלילה. למחרת שכר עם שלמה צמח חדר משותף. בבוקר הראשון כבר עבד בפרדסי פתח תקווה. הוא עבד בעבודות חקלאיות: הובלת זבל וטמינתו בבורות הנטיעה, הכשרת הקרקע, סיקול אבנים, חפירת בורות, חרישת אדמת בור, כריית תעלות השקיה ונטיעת עצים. כעבור שבועיים כבר חלה בקדחת, שהמשיכה אחר כך לפקוד אותו בתדירות קבועה. בנוסף על כך, התמודד עם רעב, במיוחד בימים שבהם היה מחוסר עבודה.
בסוכות 1906 השתתף בוועידה הראשונה של מפלגת פועלי ציון בארץ ישראל, שנערכה ביפו. הוא היה בין ראשי האגף ה"ציוני" (הימני) במפלגה ונבחר לאחד מחמשת חברי הוועד המרכזי שלה, וכן לוועדה בת עשרה חברים שעליה הוטל לנסח את מצע המפלגה. באספה זו הציע להקים הסתדרות כללית של כל הפועלים היהודים בארץ ישראל, מה שגרר ויכוח לגבי ציון המילה "יהודים". כעבור מספר ימים הוחלט ברוב מכריע לכתוב את המילה. במושב השני של ועידת פועלי ציון, שהתכנס ביפו ב-1907, מספר שבועות לאחר הוועידה הראשונה (באמצע טבת), הצליח להוסיף למצעהּ את הסעיף "המפלגה שואפת לעצמאות מדינית לעם היהודי בארץ הזאת", ואף להיבחר (יחד עם ישראל שוחט) לוועד זמני בן שני חברים, שעליו הוטל ארגון מחדש של המפלגה. בינואר 1907 נאם בשם "פועלי ציון" בעצרת לכבוד נשיא הקונגרס הציוני, דוד וולפסון, שהגיע לביקור בארץ ישראל.
את חורף 1906–1907 חילק בן-גוריון בין יפו ופתח תקווה. באביב 1907, אחרי ועידת פסח של המפלגה, נדד לכפר סבא. כעבור מספר שבועות עבר לראשון לציון ועבד ביקב בדריכה על ענבים. לאחר מכן שהה גם ברחובות במשך מספר שבועות. באוקטובר 1907 עבר מיהודה אל הגליל. יחד עם שלמה צמח, הלך ברגל במשך שלושה ימים לסג'רה. בלילות לנו בבת שלמה ובמסחה, ובבוקר של היום השלישי הגיעו לסג'רה. בסתיו 1908 נסע לפלונסק כדי להתייצב לשירות בצבא הרוסי - כדי שאביו לא יאלץ לשלם קנס. הוא נפגש עם משפחתו, הוכר כשיר לשירות והושבע אמונים לצאר, אך ערק מהמחנה, עבר את הגבול לגרמניה באמצעות מסמכים מזויפים ובסוף דצמבר שב לארץ ישראל. בעת היעדרו קמה המושבה כנרת ולאחר שובו עבד בה במשך מספר שבועות. משם ירד למושבה מלחמיה וגם בה עבד במשך מספר שבועות. מספר ימים לאחר שובו לסג'רה, ב-29 במרץ 1909, הגיע המשורר הלאומי חיים נחמן ביאליק בפעם הראשונה לארץ ישראל. בן-גוריון היה בין מקבלי פניו בנמל יפו ולאחר מכן בין המברכים בנשף שנערך לכבודו בביקורו בסג'רה.
בן-גוריון היה מסתגר מדי ערב במחסן תבואה מחוץ לחומת המושבה וקורא. בחלק מהערבים היה מלמד את חבריו עברית במסגרת האגודה המקומית "עבריה".
לאחר פיטורי השומרים הצ'רקסים של סג'רה, היה בן-גוריון, לדבריו, השומר היהודי הראשון של המושבה. מתחילת חורף 1908–1909, הלכו ורבו ההתנגשויות בין תושבי סג'רה לערביי הסביבה. ביום האחרון של חג הפסח 1909, נרצח שומר החווה על ידי שני תוקפים ערבים. קבוצות פועלים יצאו בעקבות הרוצחים, אולם שלושה מהם, ובהם בן-גוריון, נקלעו למארב, וחברו, שמעון מלמד, נורה ונהרג לנגד עיניו. הרצח גרם לו לזעזוע נפשי והשפיע מאד על השקפותיו בנושאי ביטחון וכוח עצמי. לאחר האירוע, נבחר בן-גוריון לוועד פועל גלילי בן 10 אנשים, שתפקידו היה לדאוג לביטחון מושבות הגליל. נראה כי בן-גוריון הוא האיש שכתב את הכרוז שפורסם אז מטעם "פועלי ציון": "המובחרים שבנו נופלים חללים מחץ הפרא הערבי, ואנו שואלים בדאגה: איכם, איכם, בני המכבים? צאצאי בר־גיורא ובר־כוכבא, בואו לרשת מקום הגיבורים הנופלים, אשר נפלו במלחמתם בעד חירותם ועמם!". אולם אף על פי שעסק בשמירה באופן פעיל, בן-גוריון לא קיבל הזמנה להצטרף לארגון בר גיורא ולא לארגון השומר. על פי חישובי הביוגרף שבתאי טבת, בן-גוריון שהה בסג'רה שנה וחודש ולא שלוש שנים כדברי בן-גוריון עצמו. באמצע סתיו 1909 עזב את סג'רה והלך לעבוד בימה (יבנאל). בדרכו לשם התנפל עליו ערבי, ששדד ממנו את כל רכושו. מאחר שהיו בקרבת כפר ערבי, בחר שלא לשלוף את נשקו כדי להגן על עצמו, אך התלונן במשטרה הטורקית והגנב נשפט ונכלא. בן-גוריון נשאר בימה מספר שבועות ולאחר מכן עבר למושבה זכרון יעקב. הוא החליט ללכת אליה משום שקיווה שאחיותיו תחלטנה לעלות לארץ ישראל וסבר כי זו "המושבה היחידה" בה תוכלנה למצוא עבודה, אולם הן נשארו בפלונסק. במשך מספר החודשים בהם שהה במושבה, החל ללמוד מעט ערבית וצרפתית, והחליט ללמוד משפטים. לשם כך הקדיש את רוב לילותיו ללימודים. הוא התגורר יחד עם פועל אחר באסם של אחד מאיכרי המושבה.

בירושלים 1910–1911

בוועידת "פועלי ציון" שהתקיימה באביב 1910, תבעו יצחק בן-צבי ורחל ינאית לצרף את בן-גוריון למערכת עיתון "האחדות", ביטאונה של מפלגת "פועלי ציון". באמצע השנה התבשר בן-גוריון כי נבחר, ובעקבות זאת עבר להתגורר בירושלים. הוא שכר חדר-מרתף ב"חצר פלויד" וסבל רעב גם במשך השנה שחי בירושלים, אולם רכש לו במהלכה שני חברים קרובים: רחל ינאית ויצחק בן-צבי. בגיליון הראשון של "האחדות", כתב בן-גוריון שני מאמרים לרגל ביקורו של החכם באשי בארץ ישראל, בעילום שם. בגיליון השני כבר העז לחתום בשם החדש שבחר לעצמו: "בן-גוריון". בשם זה נקראו שני אישים מתקופת המרד הגדול של היהודים ברומאים במאה ה-1 לספירה: נקדימון בן-גוריון, מפרנסי ירושלים, ויוסף בן-גוריון, מראשי "ממשלת החירות" בעיר בתחילתו של המרד. ייתכן ועמידתו של יוסף בן-גוריון בראשות הממשלה היהודית העצמאית הנאבקת לשחרור, היא זו שהשפיעה על דוד גרין הצעיר לאמץ לעצמו את שמו.
במחצית 1911 שהה יותר מחודש בפולין ונפגש עם משפחתו. בסוף יולי נסע משם עם יצחק בן-צבי לווינה, לייצג את "פועלי ציון" של ארץ ישראל בוועידה השלישית של הברית העולמית של המפלגה. בהזדמנות זו ביקר לראשונה בבית נבחרים - הפרלמנט האוסטרי. צירי הוועידה כעסו על הצהרתם של בן-גוריון ובן-צבי, כי הפועלים בארץ ישראל הם שיגשימו את הציונות ולא הציונים היושבים בגולה וכי אחדותם של כל הפועלים בארץ ישראל חשובה בעיניהם מהקשר שלהם אל מפלגתם בגולה, וקיבלו החלטה המאשימה את שני הצירים מארץ ישראל ב"ספאראטיזם" (בדלנות).

התעת'מנות 1911–1914

עוד בסג'רה הבשיל בבן-גוריון רעיון ה"התעת'מנות": ויתור של יהודי ארץ ישראל על נתינותם הזרה והפיכתם לאזרחי האימפריה העות'מאנית, כדי שיוכלו לפעול בתוך מסגרותיה החוקיות. לצורך כך נדרשת הייתה מנהיגות שתכיר את שפת המדינה ואת חוקיה, ותזכה למעמד רשמי במוסדות השלטון בבירה. באופן זה תוכל להיאבק על עלייה והתיישבות יהודית בארץ ישראל.
מתוך כוונה לארגן כוח פוליטי שייצג את יהודי האימפריה העות'מאנית בפרלמנט הטורקי, החליט בן-גוריון ללמוד משפטים באיסטנבול. כדי להתקבל ללימודים, נדרשו תעודת בגרות וידיעת השפה הטורקית. יצחק בן-צבי הצליח להשיג עבורו תעודת בגרות מזויפת, וכדי ללמוד טורקית, הפליג בן-גוריון לסלוניקי, משום ששם היה מספר רב של פועלים יהודים שפועלי ציון קיוו לארגן אותם ולהחדיר בהם תודעה ציונית. ב-7 בנובמבר 1911 ירד בנמל סלוניקי. הוא התגורר אצל משפחה יהודית שומרת מצוות, ולמד טורקית מסטודנט יהודי בפקולטה למשפטים. בנוסף לכך, למד גם צרפתית. לאחר שעבר בהצלחה את מבחני הבגרות בטורקית, נסע בשנת 1912 לאיסטנבול. ביוני ניגש לבחינות הכניסה לאוניברסיטה, בהן נחל הצלחה מלאה, ובאוקטובר החלו לימודיו באוניברסיטה. בין הסטודנטים הציונים שהתקבצו סביב בן-גוריון ובן-צבי היו גם סטודנטים מארץ ישראל, ובהם: ישראל שוחט, דוד רמז ומשה שרתוק. בן-גוריון נבחר למזכיר אגודת הסטודנטים היהודים. אולם באוקטובר גם פרצה מלחמת הבלקן הראשונה ולאחר כחודש אחד של לימודים, החליטו בן-גוריון ובן-צבי לחזור לארץ ישראל עד שיתבהר המצב. לבקשתו של בן-גוריון, תמך בו אביו כלכלית: הוא שילם עבורו את החובות שצבר בארץ ישראל, את הוצאות שהותו בסלוניקי ואת שכר הלימוד והוצאות המחיה שלו באיסטנבול. בתחילת מרץ 1913 חזר בן-גוריון עם בן-צבי לאיסטנבול, שם חלק איתו חדר, ובסוף אפריל נתחדשו הלימודים. במהלך השנה, נסע בן-גוריון לווינה, לוועידה העולמית של פועלי ציון ולקונגרס הציוני. בדצמבר 1913 נפתחה שנת הלימודים השנייה, אך בינואר 1914 סבל מקדחת, אושפז בבית חולים ונסע להתאושש בבית אחותו בלודז'. בסוף אפריל חזר לבחינות באיסטנבול, ועמד בהן בהצלחה. ב-28 ביולי הפליג יחד עם בן-צבי באנייה רוסית לחופשה בארץ ישראל, וב-1 באוגוסט נודע לנוסעים בלב-ים על פרוץ המלחמה בין רוסיה לגרמניה. בן-גוריון ובן-צבי חזרו לארץ ישראל בחזות עות'מאנית: חליפה על פי האופנה הטורקית, תרבוש אדום ושפם עבות. בן-גוריון לא סיים את לימודי המשפטים באיסטנבול.
לאחר כניסת טורקיה למלחמה לצד מעצמות המרכז באוקטובר 1914, נדרשו נתיני מדינות אויב, ובהן רוסיה, להתעת'מן או לצאת מארץ ישראל. בתוך ההתלבטות בציבור העולים היהודי, החליטה מפלגת פועלי ציון להתעת'מן ולהישאר בארץ, ובן-גוריון ובן-צבי עשו כן. הנימוק לכך היה החשש מתגובה טורקית קשה נגד היישוב היהודי וכן החשש מאובדן האחיזה היהודית בארץ עקב היציאה ממנה. בן-גוריון ובן-צבי הצטרפו ל"וועד ההתעת'מנות" שהוקם בירושלים, ואף ביקשו וקיבלו את רשותו של המפקד הטורקי בעיר לגייס גדוד-מיליציה יהודי להגנה על ארץ ישראל, שהחל להתאמן ב"מגרש הרוסים". אולם לאחר שהופסקו הגירושים ההמוניים של נתינים זרים עקב התערבות הדיפלומטים הזרים, החליט ג'מאל פאשא לגרש מארץ ישראל את כל מי שקשור בפעילות ציונית. בן-גוריון ובן-צבי נאסרו ונחקרו על קשריהם עם התנועה הציונית העולמית. הם שוחררו בערבות וכינסו את חברי הוועד המרכזי של "פועלי ציון", שהחליט שאם יגורשו, יקימו בארצות הברית תנועה חלוצית. מאחר ששמותיהם הופיעו ברשימת הצירים לקונגרס הציוני, הם קיבלו זמן קצר לאחר מכן צו גירוש מהקיסרות העות'מאנית. על הצו כתב המושל כי הם מגורשים "לעולם ועד". כשסיפר ליחיא אפנדי, חבר ערבי שלמד איתו באיסטנבול על קבלת הצו, אמר לו חברו: "כידיד שלך – אני מצטער. כערבי לאומי – אני שמח". הייתה זו הפעם הראשונה שבן-גוריון נתקל בגילוי של לאומנות ערבית. בסוף מרץ 1915 הועלו בן-גוריון ויצחק בן-צבי על ספינה לאלכסנדריה, ללא מסמכים, וכשהגיעו אליה נאסרו על ידי הבריטים כאזרחי אויב. בהתערבות קונסול ארצות הברית הם שוחררו. השניים טיילו בפירמידות ובקברי הפרעונים, אך ברוב הזמן קיימו פגישות ציוניות. בקהיר התווכחו עם יוסף טרומפלדור, וטענו בפניו כי הקמת יחידה צבאית יהודית (גדוד נהגי הפרדות) שתצורף לצבא הבריטי במלחמתו בטורקיה, עלולה לגרום לממשלה הטורקית להגיב בפרעות ביהודים בארץ ישראל ולהביא לחורבן היישוב העברי. לאחר מספר שבועות הפליגו לניו יורק. את דמי הנסיעה הם קיבלו לבקשתם מציוני ארצות הברית. ההפלגה ארכה חודש ימים, כולל חניית ביניים באתונה, במהלכה ביקר בן-גוריון באקרופוליס.

בארצות הברית 1915–1918

בן-גוריון ובן-צבי הגיעו לניו יורק ב-17 במאי 1915 והורשו לרדת כמהגרים. תחנתו הראשונה של בן-גוריון בארצות הברית הייתה משרד פועלי ציון. עוד לפני היציאה מהארץ, הוחלט בישיבת מנהיגי פועלי ציון שחבריה יקימו בארצות הברית את תנועת החלוץ - יאתרו צעירים יהודים שמוכנים לעלות לארץ ישראל ולעבוד בה. מנגנון המפלגה בניו יורק ארגן לבן-גוריון ובן-צבי מסעות ברחבי ארצות הברית ומפגשים בקהילות היהודיות, אולם אלה נכשלו והשניים הצליחו לגייס רק כ-150 מתנדבים לתנועה. כחודש לאחר בואו לארצות הברית, התפרסם מאמרו "לקראת העתיד", בו ניסח לראשונה את השקפותיו המדיניות ואת התביעות שלדעתו העם היהודי צריך להעמיד בפני ועידת השלום לאחר המלחמה, ובראשן: הכרה "בזכות העם העברי לכונן מולדת בארץ ישראל". לצורך כך, יש "להתרכז, להתערות ולהתאחז" בה. אולם לטענתו, "כיבוש ארץ למטרה שכזו אינו בא על ידי הבטחת זכויות פוליטיות וערובות דיפלומטיות, אלא על ידי עבודה ישובית ממושכת, השתרשות והתערות בקרקע... והתרבות האוכלוסייה היהודית עד כדי היות רוב גדול ומכריע בארץ". בהמשך כתב: "ארץ לא מקבלים, אלא כובשים, אנחנו נכבוש את הארץ בבנותנו אותה".
בן-גוריון, שהיה אז אנונימי לחלוטין בארצות הברית, התפרסם בה לראשונה עם הוצאתו לאור מחדש של ספר יזכור (שכבר יצא לאור בעברית בארץ ישראל ב-1911), שכלל, הפעם ביידיש, קטעי ספרות והספדים על אנשי השומר שנהרגו, וכן את זיכרונותיו של בן-גוריון מתקופת העלייה השנייה. בתקופת שהותו בארצות הברית למד לנאום ולכתוב מאמרים ביידיש, שפת אמו. המהדורה הצליחה מאד ובן-גוריון החליט לפרסם מהדורה מורחבת בצורת אלבום: במקום המבוא של בן-צבי, הוא צירף גרסה מורחבת של זיכרונותיו "ביהודה ובגליל". הצלחתו הגדולה של הספר החדש פרסמה את בן-גוריון בציבור היהודי באמריקה. בעקבות ההצלחה, הקציבה הנהגת פועלי ציון לבן-גוריון ובן-צבי שכר חודשי עבור כתיבת הספר "ארץ ישראל", ששני שלישים ממנו היו פרי עטו של בן-גוריון.
במהלך עבודת המחקר לספר, בילה בן-גוריון ימים רבים בספרייה העירונית של ניו יורק ברחוב 42, וקיבל עזרה בעבודתו זו. מוקד ההתכנסות של פועלי ציון היה בבית של רופא יהודי, בו גרה ועבדה פאולין מונבז, צעירה יהודיה שהגיעה לבדה ממינסק מספר שנים לפני כן ולמדה להיות אחות. פולה, כפי שקרא לה בן-גוריון, כבר ידעה היטב אנגלית, ובקיץ 1916 הציעה לסייע לו להעתיק עבורו בספרייה קטעים מן הספרים שנזקק להם. החיזור נמשך כשנה, וב-5 בדצמבר 1917 נישאו השניים בטקס אזרחי אצל רשם הנישואים בעיריית ניו יורק, בנוכחות הפקידים בלבד. הזוג שכר דירה בברוקלין, אולם כעבור ארבעה חודשים לאחר נישואיהם, נפרדו לתקופה ארוכה.

בגדוד העברי 1918–1919

עם כניסת ארצות הברית למלחמה, ניצחון מעצמות ההסכמה החל להיראות ודאי. עם השינוי בנסיבות, השתנה במהלך שנת 1917 לחלוטין יחסם של בן-גוריון ובן-צבי לרעיון הגדוד היהודי. בעקבות הצהרת בלפור, ועל סף כיבוש ארץ ישראל על ידי הבריטים, הם החלו להטיף ולפעול להקמת "הגדודים העבריים". בן-גוריון נפגש בוושינגטון עם השופט העליון הציוני לואי ברנדייס, והציע לו תוכנית להקים גדוד עברי במסגרת הצבא האמריקאי, שילחם בארץ ישראל. ברנדייס הציג את הרעיון בפני הנשיא וודרו וילסון, אולם הוא דחה את ההצעה, בנימוק שארצות הברית הכריזה מלחמה רק על גרמניה, לא על טורקיה. אף על פי כן, ביוזמת ז'בוטינסקי הוקמו הגדודים בצבא הבריטי, והוחלט שהיהודים באמריקה יוכלו להתנדב במסגרתו ללגיון מיוחד שיוקם בקנדה. בן-גוריון היה ממעוררי תנועת ההתנדבות לגדודים בארצות הברית. 150 חברי גדוד העבודה "החלוץ", שגויסו בשנתיים הקודמות על ידי בן-גוריון ובן-צבי, התנדבו עתה ללגיון, יחד עם 200 גולים מארץ ישראל. ב-26 באפריל 1918 התגייס בן-גוריון ל"גדוד האמריקאי", הוא גדוד 39 של קלעי המלך בצבא הבריטי.
ב-28 במאי נשבע אמונים לכתר במשרד הקונסול הבריטי בניו יורק ולמחרת יצא למחנה האימונים של הגדוד בוינדזור, קנדה, שם נפגש עם בן-צבי. שלושה ימים לאחר מכן, נבחרו השניים לוועד הגדוד. כעבור כחודש, מונה בן-גוריון ל"קורפורל" (רב-טוראי). בין היתר, ייצג את החיילים היהודים בפני מפקדי הגדוד בתביעותיהם בנושא כשרות ונאבק בהצלחה על הנפת הדגל העברי ביום החג הלאומי של קנדה לצד הדגל הבריטי. ב-11 ביולי הפליג בשיירה של אניות מלחמה לבריטניה וב-22 ביולי נחתה הפלוגה שלו באנגליה, שם שהה הגדוד האמריקאי כשלושה שבועות. ב-12 באוגוסט קיבל את נשקו האישי וב-14 באוגוסט הפליג הגדוד למצרים. ב-28 באוגוסט נחת בפורט סעיד, וכעבור שבוע נסע לקהיר ונפגש עם הגדוד העברי הארצישראלי, אולם באותו יום חלה בדיזנטריה ואושפז בבית חולים, שם שכב במשך מספר שבועות. בבית החולים חיכה לו מברק מפולה שבישר על הולדת בתו ב-11 בספטמבר 1918, שנקראה בשם "גאולה", כפי שביקש בצוואה שהשאיר לפני צאתו לאנגליה. כשהבריא, נשלח עם פלוגתו לתפקידי שמירה על שבויים טורקים וגרמנים. ב-6 בנובמבר הגיע לחופשה בתל אביב. ב-5 בדצמבר נע הגדוד לארץ ישראל. בן-גוריון עזב את הבסיס בסרפנד ללא אישור כדי לגייס תמיכה לאיחוד מפלגות הפועלים. לאחר שנעדר ממחנהו ארבעה ימים, נתפס, הועמד למשפט והורד לדרגת טוראי. זה היה השירות הצבאי היחיד בחייו.

הקמת "אחדות העבודה" ושליחות בלונדון ובווינה 1919–1921

בפברואר 1919, עדיין מנהיג זוטר, הביא בן-גוריון את הצעת איחוד מפלגות הפועלים בפני ועידת "פועלי ציון". כעבור שלושה ימים החליטה הוועידה לתמוך באיחוד, אולם הוועידה של "הפועל הצעיר" החליטה לשלול אותו. בן-גוריון וברל כצנלסון כינסו עתה "ועידה כללית של כל פועלי ארץ ישראל", ללא "הפועל הצעיר", שאימצה את תוכנית האיחוד. להתארגנות החדשה, שהייתה איחוד בין מפלגת פועלי ציון ובין "הבלתי מפלגתיים", ניתן השם "אחדות העבודה".
בשנת 1919 קבע בן-גוריון בהרצאה לפני חברי מפלגתו, כי תפקידם "אינו של מהפכנים, כי אם של בוני חברה חדשה". בן-גוריון וראשי "אחדות העבודה" האחרים, נטשו את תפיסתו של בר בורוכוב, שחזה מלחמת מעמדות גם בארץ ישראל, והגיעו למסקנה כי יש לבנות את החברה החדשה בארץ ישראל מהתחלה, כחברה סוציאליסטית וקואופרטיבית. בן-גוריון ראה אז זהות בין הקונספציה הסוציאליסטית הזו לבין הקומוניזם של ברית המועצות. ב-1919 קבע גם כי הוא "בולשביק" וכי הוא "מאמין בדיקטטורה של הפרולטריון": הוא שאף ל"דיקטטורה של הפועל העברי בכל העניינים הלאומיים".
ב-15 בנובמבר 1919 הגיעו פולה וגאולה לארץ ישראל. את אשתו לא ראה בן-גוריון במשך 18 חודשים ואת בתו ראה לראשונה בחייו. זמן קצר לאחר מכן, השתחרר מהצבא. בתחילת יוני 1920 נשלח ללונדון להקים שם את המשרד של הברית העולמית של "פועלי ציון", לצורך טיפוח הקשרים עם מפלגת הלייבור, ומשפחתו הצטרפה אליו. זמן קצר לאחר מכן יצא לווינה, להשתתף בוועידת הברית העולמית. צירי האגף השמאלי הפרו-קומוניסטי דגלו בהצטרפות לאינטרנציונל השלישי ולניתוק מהקונגרס הציוני העולמי. בן-גוריון וחבריו, מהאגף הימני יותר, דגלו גם הם בהצטרפות זו, אולם רק בתנאי שיכיר בציונות, וכן סירבו לניתוק מהקונגרס הציוני. הוועידה התפוצצה. במהלך הדיונים, קיבל בן-גוריון מברק מפולה והוא שב מיד ללונדון. כעבור שבוע, ב-28 באוגוסט 1920, נולד בנו, עמוס. לאחר שחודשו הקשרים עם פלונסק, שנותקו בזמן מלחמת העולם ומלחמת רוסיה-פולין, יצא בן-גוריון במרץ 1921 לשליחות בווינה מטעם תנועתו ואת פולה והילדים שלח לפלונסק, להכיר את אביו ולהתארח בביתו. במאי הגיע לביקור בפלונסק, אך כעבור זמן קצר נסע לוועידות ומפגשים שונים והשאיר את אשתו ושני ילדיו הקטנים בבית אביו. לאחר שהפסיקו פועלי ציון בארצות הברית את התמיכה הכספית בסניף הלונדוני הכושל, שב בן-גוריון באוגוסט 1921 לארץ ישראל. פולה והילדים שבו לארץ רק כעבור יותר משנה.
לאחר שובו, הציע ב-1921 להפוך את "אחדות העבודה" לקומונה כלל-ארצית, שתפעל כגוף אחד בהשפעתה על ההסתדרות. אולם תוכניתו זו נדחתה על ידי מרכז המפלגה, והוא התפטר מהוועד הפועל שלה.
בחורף שנת תר"ף פרסם בן-גוריון מאמר בשם "על הפלח ואדמתו", בו הופיעה לראשונה תזה חדשה שפיתח עם שובו לארץ ישראל לאחר מלחמת העולם הראשונה. הגישה הרומנטית בה החזיק לגבי הבדווים והפלאחים הערבים החל מעלייתו לארץ, התחלפה עתה בתפיסה מרקסיסטית: הפועלים הערבים והיהודים שייכים לאותו מעמד חברתי, הוא מעמד העובדים, ועליהם להיאבק יחדיו נגד בעלי ההון המסיתים אותם אלה נגד אלה. בן-גוריון דבק בתזה הזאת כעשר שנים.

המזכיר הכללי של הסתדרות העובדים 1921–1935

בן-גוריון נמנה עם מקימי ההסתדרות הכללית ב-1920.
הוא החזיק בפנקס חבר מספר 3.
בדצמבר 1921 הוא נבחר למזכיר הכללי שלה. ניתן לומר כי רק עתה פרץ לראשונה לעמדת מנהיגות. בראשית שנות ה-20 הוא הפך לאחד המנהיגים הבולטים של היישוב. הוא כיהן בתפקיד מזכ"ל ההסתדרות במשך 15 שנה. הוא ראה בה, מלבד איגוד מקצועי שיגן על ציבור הפועלים בארץ, גם כלי חברתי וכלכלי שיקים משק עובדים עצמאי. כמו כן, ראה בו מוסד פוליטי שינהיג את ההתיישבות היהודית ויניח יסודות למדינה שתקום.
בן-גוריון תבע להעביר את משרד ההסתדרות מתל אביב לירושלים, "מסיבות לאומיות", והדבר נעשה ב-2 בפברואר 1922. בירושלים התגורר בחדר במוסררה, יחד עם דוד זכאי, שותפו לעריכת בטאון ההסתדרות "הפנקס". ממשכורתו הנמוכה כמזכיר ההסתדרות, היה שולח מדי חודש כסף לפולה ולאביו בפלונסק. בתקופה זו החל לרכוש ולקרוא ספרים רבים בכמויות עצומות. את רוב זמנו הפנוי הקדיש ללימוד וקריאה, וכך הרחיב את השכלתו. מאחורי העסקן המפלגתי צמח אדם רחב-אופקים בעל השכלה לא-פורמלית עשירה ותרבות רחבה. ב-5 באפריל, כשמונה חודשים לאחר ששב לארץ ישראל, הגיעו גם פולה והילדים והצטרפו אליו לירושלים.

ביקורו בברית המועצות 1923

בן-גוריון המשיך בנסיעותיו לחוץ לארץ בשליחות ההסתדרות ותנועת הפועלים. בשנים הללו בילה כמחצית מזמנו במסעות ארוכים לאירופה. ב-1923 קיבלה ההסתדרות הזמנה להציג את תוצרתה בתערוכה חקלאית במוסקבה. ב-4 באוגוסט אותה שנה, בן-גוריון ומאיר רוטברג, שני נציגי ההסתדרות, יצאו לרוסיה דרך קהיר וקושטא וב-24 באוגוסט הפליגו לאודסה. באוקראינה הצביעו עבור בן-גוריון על המקומות בהם התרחשו פוגרומים ביהודים. הם המשיכו ברכבת למוסקבה, שם שיכנה הנהלת התערוכה את בן-גוריון בארמון מפואר שהיה שייך לאציל העשיר ממנוב. בן-גוריון ורוטברג ארגנו את המוצרים החקלאיים בביתן הארצישראלי בתערוכה והניפו בו שני דגלים: דגל אדום שנשא את שם ההסתדרות ואת הדגל הציוני הכחול-לבן ועליו הכתובת "ארץ־ישראל". בביתן הארץ-ישראלי ביקרו רבבות אנשים והוא נחל הצלחה גדולה. עם זאת, בן-גוריון נאלץ להתמודד עם התנכלויות מצד ה"יבסקציה", המחלקה היהודית במפלגה הבולשביקית. העיתון "עמעס" ("אמת") פרסם מאמרי השמצה נגד ההסתדרות ושני נציגיה. הוועד המרכזי של "פועלי ציון" ניתק את יחסיו עם בן-גוריון כאשר סירב להסיר את הדגל הציוני מהביתן. ביקורו במוסקבה ארך שלושה חודשים ועורר בו סערת רגשות. בזמן הביקור, נפגש במחתרת עם חברי "החלוץ" וגם הוזמן להרצות בכנס מחתרתי בפני כ-90 מהם. הוא צפה בתיאטרון הבימה במוסקבה בהצגה "הדיבוק", בעברית, שהותירה בו רושם רב. ב-7 בנובמבר נכח במצעד "יום המהפכה" בכיכר האדומה. הוא עזב את רוסיה בתחילת דצמבר. בשובו לארץ, הבריח בחפציו את אוסף המכתבים של הסופר יוסף חיים ברנר.
השנים 1919–1923 היו השנים "האדומות" בהתפתחותו האידאולוגית. זו הייתה "התקופה הסובייטית" בחייו. התקופה בה שהה בן-גוריון בלונדון, בשנים 1920–1921, העמיקה את תפיסתו הקומוניסטית–רדיקאלית, אך הוא הכריז כי הקומוניזם שלו "נובע מתוך ציונות". הרעיון הציוני-לאומי היה חשוב בעיניו הרבה יותר מהרעיון הקומוניסטי. כמו כן, נרתע מהאופי הטוטליטארי של המשטר הסובייטי וסבר כי בחברה סוציאליסטית חייבת לשרור מידה רבה של דמוקרטיה.

1923–1925

בוועידה השלישית של "אחדות העבודה" ב-1923, ביטא בן-גוריון שינוי בדעתו לגבי העימות בין היהודים לערבים בארץ ישראל, כאשר קבע כי זו "השאלה המרכזית" העומדת בפני התנועה הציונית. הוא הכיר בקיומה של "התנועה הלאומית של העם הערבי" והודה כי מתנהלת נגד הציונים "מלחמה לאומית", אלא שעדיין סבר כי מלחמה זו מונהגת על ידי גורמים חיצוניים בעלי אינטרס. בהתאם לכך, הציע בשנה שלאחר מכן להקים הסתדרות עובדים ערבית מקבילה לזו היהודית וללכד את שתיהן תחת מועצה משותפת של "ברית עובדים בינלאומית".
בן-גוריון היה אמנם מזכירו של ארגון פועלים, אולם למעשה היה מנהיג מדיני. הוא ראה בהסתדרות אמצעי להגשמת תוכניותיו הציוניות, המדיניות והלאומיות.
הוא שאף לחולל מהפכה בציונות – כיבוש הנהגת התנועה הציונית על ידי תנועת הפועלים בארץ ישראל, אולם לא האמין כי ניתן לעשות זאת בהסתדרות הציונית הקיימת, בשל יחסי הכוחות בין הפועלים לבין שאר הזרמים. בתחילת 1924 דרש מחבריו בתנועת העבודה, לפרוש מההסתדרות הציונית ולהקים הסתדרות ציונית חדשה – תנועה ציונית עולמית בהנהגת מפלגה סוציאליסטית גדולה. אלא שהוא נתקל בהתנגדות תקיפה מצד חברים מרכזיים בתנועה, בעיקר משום שבאותה תקופה עברה תנועת העבודה מאופוזיציה לשיתוף פעולה עם נשיא ההסתדרות הציונית חיים ויצמן, וזאת במקביל להתחזקות האגף הבורגני בעקבות העלייה הרביעית.
במרץ 1925 נולדה בתו, רננה. בן-גוריון התנגד במשך תקופה ארוכה לעליית אביו ובני משפחתו לארץ ישראל, למרות בקשותיו של אביו, עד שביולי אותה שנה עלה אביו לארץ ישראל. בשנים 1922–1927 הרבה בן-גוריון בנסיעות ארוכות ותכופות בשליחות ההסתדרות והשתתף בוועידות בינלאומיות שונות. רוב נסיעותיו היו מוקדשות לגיבוש תמיכה יהודית ובינלאומית בתנועת הפועלים בארץ ישראל. ב-1925 השתתף בקונגרס הציוני בווינה. באותה שנה גם נאם לראשונה באנגלית, בוועידה הקיסרית בלונדון.

מאורעות תרפ"ט והספר הלבן של פאספילד 1929–1930

ב-4 בספטמבר 1929 שב בן-גוריון לארץ ישראל. פרעות תרפ"ט, שפסקו רק מספר ימים קודם לכן, הביאו למפנה בהשקפתו בסוגיית ערביי ארץ ישראל. בעוד שב-1924 הכריז כי אין תנועה לאומית ערבית, באוקטובר 1929 קבע: "הוויכוח אם יש תנועה לאומית ערבית או לא הוא ויכוח טפל של מילים...התנועה מרכזת המונים... אין אנו רואים בה תנועת תחייה, וערכה המוסרי מפוקפק. אולם במובן הפוליטי זוהי תנועה לאומית".
בהשפעת המאורעות, העלתה באותו הזמן בפני בן-גוריון קבוצת אישים, ובהם מניה שוחט, תוכניות להסדר עם הערבים, שהתבססו על ויתור על הכוונה ליצור רוב יהודי בארץ ישראל, תוך הסכמה לקבלת הדרישה הערבית להקמת פרלמנט אחד, בו ייוצגו האוכלוסיות הערבית והיהודית באופן יחסי למספרם בארץ (באותה תקופה היו בארץ 800 אלף ערבים ורק 150 אלף יהודים). כנגד התוכניות הללו, העלה בן-גוריון תוכנית ארוכת-טווח משלו להסדר השלטון בארץ: הארץ תחולק לקנטונים אוטונומיים, יהודים וערבים; שני בתי מחוקקים, שבאחד מהם יהיה שוויון במספר הנציגים הערבים והיהודים; הקנטונים יהיו מאוחדים תחת ממשלה פדרלית יהודית-ערבית בפיקוח נציב מטעם חבר הלאומים.
מאורעות תרפ"ט מוטטו את תפיסותיו הנאיביות של בן-גוריון לגבי הבעיה הערבית. המשימה המכרעת בעיניו הייתה עתה יצירה מידית של רוב יהודי, באשר רק אז יתחילו הערבים לחיות עם היהודים בשלום.
בזמן פעילותה של ועדת שו לחקירת המאורעות, לא הורשו נציגי ההסתדרות להופיע בפניה ובן-גוריון נאלץ להסתפק בשליחת תזכירים לחבריה. ביוני 1930 השתתף בישיבה של המוסדות הציוניים בלונדון. הייתה זו הפעם הראשונה שבה נטל חלק פעיל בטיפול במשבר מדיני. יחד עם חברי משלחת מארץ ישראל, נפגש לשיחות עם מנהיגים של מפלגת הלייבור וביולי נשא נאום תקיף בוועידת העבודה האימפריאלית. אולם המאמצים לא הועילו. ב-20 באוקטובר הוגש דו"ח הופ-סימפסון וכעבור מספר ימים פורסם הספר הלבן של פאספילד, שהטיל הגבלות קשות על עליית היהודים ורכישת קרקע על ידם. בן-גוריון שלח מארץ ישראל חוזר לכל הגורמים הקשורים בתנועת הפועלים ברחבי העולם ודרש מהם לפעול נגד הבריטים. במושב השני של מועצת מפא"י אף קרא למרד נגד אנגליה. הוא טען כי הספר הלבן "רצוף צביעות ובגידה" ואינו אלא "תעודה רצופה אנטישמיות".

הקמת מפא"י וכניסתו להנהלה הציונית 1930–1934

בן גוריון פעל למען איחודן של מפלגות הפועלים. פעילות זו נחלה הצלחה, כאשר בתחילת ינואר 1930 התאחדו מפלגות אחדות העבודה והפועל הצעיר והקימו את מפלגת פועלי ארץ ישראל (מפא"י), שבן-גוריון נבחר למנהיגה, ויחד עם התנועות האחיות שלה בחוץ לארץ הפכה למפלגה הגדולה ביותר בתנועה הציונית.
בן-גוריון שאף להרחיב את השפעתה של תנועת הפועלים מחוץ לארץ ישראל ויזם קונגרס עולמי של מפלגות הפועלים למען ארץ ישראל העובדת, כאלטרנטיבה לקונגרס הציוני, מתוך כוונה להקים תנועת פועלים עולמית. בסוף אוגוסט 1930 הוא נסע מלונדון לברלין, להשתתף בכינוס הוועד הפועל הציוני. ב-27 בספטמבר נפתח בברלין קונגרס העבודה, עבורו רכשו 240,000 בוחרים "כרטיסים" דוגמת השקל הציוני. בקונגרס השתתפו 196 צירים מ-19 מדינות, שייצגו את הארגונים והמפלגות הציונים הסוציאליסטיים בעולם. בן-גוריון פתח בנאומו את טקס הפתיחה, בעברית וביידיש. רק מספר ימים קודם לכן, נחלה המפלגה הנאצית הצלחה גדולה בבחירות לרייכסטאג בגרמניה. באגרת שכתב להשל פרומקין למחרת הבחירות, השווה את הנאצים לרוויזיוניסטים ואת הדברים שקרא בביטאון המפלגה הנאצית לאלה של זאב ז'בוטינסקי בעיתון "דואר היום". במחצית השנייה של אוקטובר שב לארץ ישראל. בכוונתו היה להפסיק בהדרגה את פעילות מפא"י ובעלות בריתה בקונגרס הציוני, ולהעביר את כל הפעילות לקונגרס "ארץ ישראל העובדת". במועצת מפא"י במאי 1931 הציע שהמפלגה תפרוש מההנהלה הציונית, אך נתקל בהתנגדות חריפה מצד חבריו בראשות המפלגה ונאלץ לסגת מכוונתו. בנאומו בקונגרס הציוני ה-17 בבזל ביולי אותה שנה, תקף בחריפות את ז'בוטינסקי ואנשיו. הוא כינה את מפלגתם "הציונות הקלה", האשים אותם ב"חינוך שוביניסטי רווי שנאה גזעית ושנאת פועלים", וטען כי הם מערערים את העמדה הפוליטית של הציונות בדעת הקהל העולמית. לדבריו, בין תפיסת "הציונות הפוליטית" של מפלגות הפועלים לזו של הרוויזיוניסטים "רובצת תהום שאין לגשרה". על רקע מעמדו הרעוע של חיים ויצמן כנשיא הקונגרס הציוני, נראה כי בן-גוריון החל בקונגרס זה את מלחמת הירושה על הנהגת התנועה הציונית. במהלך הקונגרס, ביקש ויצמן מבן-גוריון לטוס בחשאי ללונדון, כדי להיפגש עם ראש ממשלת בריטניה, רמזי מקדונלד, ולהשיג את הסכמתו לעקרון ה"פאריטט" – ייצוג שווה של יהודים וערבים במסגרת השלטונית בארץ ישראל (בניגוד לייצוג יחסי, אותו דרשו הערבים). ב-11 ביולי המריא ללונדון ולמחרת נפגש עם מקדונלד במעונו הכפרי. הוא טען בפניו כי בנוגע לזכויות היהודים בארץ ישראל, "אין לראות רק את היהודים היושבים כבר בארץ, אלא את כל העם היהודי בעולם", אולם, אף על פי שמספר היהודים בעולם גדול יותר ממספרם של ערביי ארץ ישראל, היהודים יסתפקו בייצוג שווה. מקדונלד הביע את הסכמתו ובן-גוריון שב לקונגרס בבזל, בו הודח ויצמן מתפקידו כנשיא ההסתדרות הציונית.
ביולי 1932 קרא בן-גוריון במועצת מפא"י לתנועת הפועלים "לכבוש את ההסתדרות הציונית", כלומר: להפוך לרוב בהסתדרות הציונית. לשם כך יצא למסע בן שלושה חודשים, בו נסע בין ריכוזי היהודים במזרח אירופה כדי לבדוק את סיכויי תוכניתו ולהשתתף בהקמת "האיחוד העולמי" של מפלגות הפועלים הציוניות. ב-27 באוקטובר הציג בפני מרכז מפא"י תוכנית להשגת רוב בקונגרס הציוני הבא, אולם נתקל בספקנות רבה. כעבור שלושה ימים העלה את תוכניתו בפני ועידת מפא"י ודרש בנאומו להפוך את תנועת הפועלים "ממעמד לעם", כלומר: לרכז סביבה גם כוחות לא-סוציאליסטיים. דרישתו זו נתקבלה בחששות שתנועת הפועלים תאבד את צביונה. באמצע מרץ 1933 דרש בכינוס מרכז מפא"י שלא להעמיד במרכז תעמולת הבחירות את התמיכה בויצמן, ובמקום זאת להתרכז במאבק נגד הרוויזיוניסטים. בסופו של דבר התקבלה החלטה ברוח זו. ב-31 במרץ יצא שוב למזרח אירופה, למסע בן ארבעה חודשים של מערכת בחירות לקונגרס הציוני. ב-9 באפריל הגיע לוורשה מצויד בחומרי תעמולה. הוא גייס בוחרים וגייס פעילים צעירים מחברי החלוץ ותנועות הנוער ושלח אותם למכור שקלים (שהעניקו את זכות ההצבעה בקונגרס ל"שוקלי השקל") ברחבי פולין. הוא עצמו נסע לנאום באולמות מלאים בערים שונות בפולין, בגליציה ובמדינות הבלטיות. הוא התנייד בין הערים והעיירות ברכבת, במכונית ובמטוס. כבר באספת הבחירות הראשונה בה השתתף בווינה, השווה את ז'בוטינסקי להיטלר. עוד ב-18 בפברואר 1933, באספה בבית העם בתל אביב, כינה את ז'בוטינסקי, "ולדימיר היטלר". מערכת הבחירות כללה השמצות הדדיות והתקפות אישיות, שלוו באלימות. ב-17 ביוני הגיע בן-גוריון לוילנה והתעלף כאשר נודע לו על רצח ארלוזורוב. הרצח הפך לנושא העיקרי במערכת הבחירות, ובמשך כל תקופה זו לא חדל בן-גוריון להתקיף על כך את הרוויזיוניסטים. כמו כן, הוא התנגד לדחיית הבחירות. תנועות הפועלים זכו בניצחון גדול ובן-גוריון הוכר עתה כמנהיג תנועת הפועלים בארץ ישראל. לאחר הבחירות נערך הקונגרס הציוני בפראג ובן-גוריון זכה לתשואות. הוא הפך למנהיג המדיני הבכיר בתנועה ובעקבות לחץ מצד מנהיגי אגף הפועלים, הסכים להיכנס להנהלה הציונית, אולם בתנאי שלא יקבל על עצמו שום תיק. בתוקף תפקידו החדש, הוכנס לביתו בתל אביב מכשיר טלפון ו"ההגנה" הפקידה עליו שומר-ראש. ענייני התנועה הציונית והנושאים המדיניים מילאו עתה את זמנו. במהירות רבה למד את רזי הדיפלומטיה הציונית בלונדון ואת הפוליטיקה הבריטית. לאחר קיום הקונגרס, נתמנה במקום ארלוזורוב למנהל המחלקה המדינית של הסוכנות היהודית. עד 1935 כיהן בתפקיד זה במקביל לתפקידו כמזכיר ההסתדרות.
בתחילת שנות ה-30, בנה בן-גוריון בית בשכונת העובדים סמוך לים (כיום בשדרות בן-גוריון). הבית בן שתי הקומות היה גדול מכל הבתים בשכונה, והוסיף לעול החובות שבן-גוריון כבר היה שקוע בו.
בינואר 1934, לאחר שקנה וקרא את הספר "מיין קאמפף" ופחות משנה לאחר עליית היטלר לשלטון בגרמניה, חזה בן-גוריון בוועידת ההסתדרות את העתיד לבוא: "שלטונו של היטלר מעמיד בסכנה את העם היהודי כולו ... משטר היטלר אינו יכול להתקיים זמן רב בלי מלחמת נקם נגד צרפת, פולין, צ'כיה ושאר הארצות השכנות ... אין ספק שאנו עומדים עכשיו לפני סכנת מלחמה לא פחות מאשר לפני 1914, והמלחמה אשר תפרוץ הפעם...תעלה בחורבנה ובמוראותיה על מלחמת העולם האחרונה ... אולי רק ארבע או חמש שנים (אם לא פחות) עומדות בינינו לבין היום הנורא ההוא".

הסכמים עם ז'בוטינסקי 1934–1935

בן-גוריון היה התקיף ביותר בתוך קבוצת חבריו לגבי האמצעים שיש לנקוט במאבק נגד הרוויזיוניסטים. בפברואר 1934 דרש להקים כוח מאורגן שיופקד "נגד האלימות הרוויזיוניסטית" של אנשי בית"ר. דעתו נתקבלה וכך הוקמו "פלוגות הפועל". ב-31 ביולי 1934 ניסח זאב ז'בוטינסקי, מנהיג התנועה הרוויזיוניסטית, מכתב להנהגת מפא"י, בו הציע לפתוח בשיחות ישירות, כדי לעקור את מעשי האלימות בין יהודים. לאור המצב בתנועה הציונית והחמרת מצב היהודים באירופה, סבר בן-גוריון כי המשך המאבק האלים עלול לפלג את התנועה ולחבל במאמץ הציוני לעלייה והתיישבות, ולכן החליט לפנות להידברות. הוא תבע ממפלגתו להיענות להצעה ולהיכנס למשא ומתן, אולם תביעתו נדחתה, ובמקומה הצליח להעביר החלטה ליזום פגישות עם מספר מפלגות, ובהן גם הרוויזיוניסטים. לאחר ביקור בפולין ובגרמניה, הגיע ב-8 באוקטובר ללונדון ונענה להצעת פנחס רוטנברג להיפגש עם ז'בוטינסקי. ב-10 באוקטובר קיים בלונדון פגישה ראשונה מתוך סדרת פגישות עם ז'בוטינסקי שנערכו במשך חודש ימים, שבסופה חתמו השניים על מספר הסכמים (הסכמי בן-גוריון - ז'בוטינסקי). בן-גוריון ניסה לשכנע את חבריו במפלגה לאשר את ההסכם עם ז'בוטינסקי. היה לו אמנם רוב במרכז מפא"י, אולם כדי למנוע פילוג, נאלץ בן-גוריון, באופן יוצא דופן, להביא אותו לאישור במשאל עם בהסתדרות, שם הוא נדחה ברוב ברור ב-24 במרץ 1935. יוקרתו של בן-גוריון נפגעה אמנם, אולם מעמדו כמנהיגה העולה של תנועת הפועלים לא נתערער. ב-30 במרץ כתב ז'בוטינסקי לבן-גוריון: "לא נשתנתה בי ההערכה שלמדתי בלונדון להעריך את האיש בן-גוריון ואת שאיפתו". אולם כשבועיים בלבד לאחר הכשלת ההסכם, החליטו הרוויזיוניסטים לפרוש מההסתדרות הציונית. לאחר מכן השיב בן-גוריון לז'בוטינסקי: "פרק לונדון לא יימחה מלבי... ואם נגזר עלינו להילחם – תדע, שבין 'אויביך' יש אדם המוקיר אותך וכואב את כאבך [...] עודני מאמין באפשרות 'השלום הגדול'".

פגישות עם מנהיגים פלסטינים בשנות ה-30

בתחילת שנות ה-30 החל בן-גוריון לעבור תהליך של התפכחות בנוגע לבעיה הערבית, שנמשך עד לשלהי אותו עשור. הוא הבין כי מול התנועה הציונית עומדת תנועה לאומית ערבית-פלסטינית חזקה, והגיע למסקנה שעליו ליצור קשר עם מנהיגיה ולשאת ולתת עמם. הוא בחר לפנות אל הפרקליט האמיד מוסא אל-עלמי, שהיה מקורב הן אל המופתי אמין אל-חוסייני והן אל ראשי מפלגת אל-איסתקלאל ("העצמאות"), ובתחילת אפריל 1934 נפגש עמו לראשונה בביתו של משה שרת בירושלים. בן-גוריון תיאר בפניו עד כמה מועילה העלייה היהודית לארץ ישראל ולתושביה הערבים, אולם עלמי השיב: "אני בוחר שהארץ תהיה עניה ושוממה אפילו עוד מאה שנה, עד שאנחנו הערבים נהיה מוכשרים בכוח עצמנו להפריחה ולפתחה". הייתה זו הפעם הראשונה ששמע מפיו של מנהיג ערבי משכיל וכנה, כיצד משתקפת הציונות בעיני הערבים. הוא הציע בפני עלמי הקמת פדרציה ערבית, שאליה תצטרף המדינה היהודית, וכך יהוו ערביי ארץ ישראל מיעוט במדינה היהודית, אך חלק מהרוב הערבי הגדול בפדרציה. עלמי הסכים לדון בכך ובאמצע אוגוסט ביקר אותו בן-גוריון בביתו הכפרי ליד ירושלים. בן-גוריון הציע תוכנית בת שני שלבים: שלטון יהודי-ערבי משותף, שבו מעמד שווה לשתי הקהילות, שלא על פי יחס מספרי, ומאוחר יותר מדינה יהודית משני עברי הירדן, שתהיה חלק מפדרציה אזורית שתכלול את עיראק. הייתה זו הראשונה בסדרת שיחות שקיימו השניים בביתו הכפרי של עלמי ובדירתו בירושלים. תמורת הסכמה לתוכניתו, הציע בן-גוריון עזרה לערביי ארץ ישראל בחקלאות ובתעשייה ואת עזרת יהודי העולם לפיתוח ארצות ערב. לאחר מספר שיחות, דיווח עליהן עלמי למופתי אל-חוסייני. בהמלצת עלמי, נסע בן-גוריון לז'נבה ונפגש עם שכיב ארסלן ואחסאן ביי אל-ג'ברי, ראשי ה"אסתקלאל". אלה דחו את כל הצעותיו ועמדו על כך שהתנאי להסכם הוא מעמד של מיעוט נצחי ליהודים בארץ ישראל. בדצמבר 1934 פרסמו את שיחתם הסודית בבטאון של המשלחת הסורית-פלסטינית לחבר הלאומים. במקביל, נפגש בחשאי בירושלים עם ריאד א-סולח, ובביתו של יהודה לייב מאגנס נפגש עם עווני עבד אל-האדי, מנהיג ה"אסתקלאל" בארץ ישראל. באפריל 1936, בזמן המרד הערבי הגדול, נפגש בחשאי מספר פעמים עם ג'ורג' אנטוניוס, בדירתו של מאגנס ובביתו של אנטוניוס. בשנים 1937–1938 נפגש גם עם בכירים בממשל הסעודי ובלונדון שוחח עם מוסא כאט'ם אל-חוסייני. כל השיחות נסתיימו בלא כלום.

יושב ראש הנהלת הסוכנות היהודית 1935–1948

באוגוסט 1935 נבחר בן-גוריון מטעם מפא"י ליושב ראש הנהלת הסוכנות היהודית, שהייתה הגוף המרכזי בניהול היישוב היהודי בארץ ישראל, וליושב ראש ההנהלה הציונית, שהיא הוועד הפועל המצומצם של ההסתדרות הציונית העולמית. בקונגרס הציוני ה-19 בלוצרן באותה שנה, החליט לנאום ביידיש, כדי להביא את חזון ההגשמה הציונית לצירים, שרובם לא הבינו עברית, וזאת אף על פי שעבורו היה כרוך בכך קושי אידאולוגי ומעשי.
עם כניסתו לתפקיד ראש ההנהלה הציונית, העביר את מחלקת הארגון לירושלים ובכך העביר את מוקד הפעולה מלונדון לארץ ישראל. כדי לייעל את ההנהלה, צמצם את מספר חבריה לשבעה.

בזמן מאורעות 1936–1939

עם פרוץ מאורעות תרצ"ו-תרצ"ט (1936) היה בן-גוריון מיוזמי מדיניות ההבלגה.
הוא דרש בתוקף שה"הגנה" לא תיגרר לטרור נגדי וסבר שאסור ליישוב להגיע לעימות עם הבריטים, כדי לשמור על אהדתם. מתוך חשש שבריטניה תשלח ועדת חקירה לארץ ישראל שתוליד "ספר לבן" נוסף, יצא ללונדון והצטרף אל ויצמן בניהול המערכה לגיוס תמיכה בעמדה הציונית, שאכן זכתה לתמיכת רוב המשתתפים בוויכוח שהתקיים בפרלמנט, וגם לתמיכת העיתונות.
הוא העיד בפני ועדת פיל, שחקרה את הסיבות למרד הערבי, ובתגובה לדברי אחד מחברי הוועדה, ש"המנדט הוא התנ"ך של הציונות", טען בן-גוריון את ההפך: "התנ"ך הוא המנדט שלנו". בשנת 1937 תמך בהמלצתה של הוועדה על חלוקת ארץ ישראל בין היהודים לערבים. אלא שבן-גוריון הבין שהתלהבות מצד היהודים תעורר התנגדות מצד הערבים ולכן סבר כי על הצד היהודי למלא את תפקיד "הכלה הסרבנית", שיש לשכנע אותה כדי שתסכים. בפברואר 1937 הכין תוכנית חלוקה משלו והביא אותה לדיון במרכז מפא"י, בליווי מפה מפורטת. הייתה זו הפעם הראשונה שתוכנית חלוקה עלתה לדיון. לשאלת גולדה מאיר לגבי גידול האוכלוסייה היהודית בעתיד, השיב: "הדורות הבאים ידאגו לעצמם, עלינו לדאוג לדור הזה".
בן-גוריון לא ראה את גבולות החלוקה כסופיים, אלא כשלב בלבד: עצם הקמתה של מדינה יהודית תאפשר עלייה יהודית גדולה וכתוצאה מכך יתחזק היישוב העברי מבחינה כלכלית וצבאית, מה שעשוי לאפשר בעתיד התיישבות יהודית בחלקים אחרים של ארץ ישראל. במאי 1937 שוב הגיע בן-גוריון ללונדון, הפעם כדי להמריץ את הלובי הפרו-ציוני לקראת פרסום דו"ח ועדת פיל. הדו"ח פורסם ביולי והמליץ על חלוקה לשתי מדינות, ערבית ויהודית. בן-גוריון שמח מאד כשקרא את המלצותיו, אולם דבק בטקטיקה שהתווה קודם לכן והודיע לשר המושבות כי התנועה הציונית כולה מתנגדת לחלוקה. עמדה פומבית זו גרמה לידידי הציונות לתקוף את הדו"ח בחריפות בדיון בפרלמנט (שביציע האורחים שלו ישב גם בן-גוריון), וכך, במקום לאשר את תוכנית החלוקה, החליט הפרלמנט רק להביא אותה בפני חבר הלאומים. לאחר פיזור הקונגרס הציוני ה-20, נסע בן-גוריון בספטמבר לז'נבה, ונכח בדיוני מועצת חבר הלאומים בתוכנית. אלא שלאחר דחיית התוכנית על ידי הערבים בוועידת בלודאן וחידוש המהומות בארץ ישראל, שלחה בריטניה את ועדת וודהד כדי לבדוק כיצד ניתנת החלוקה לביצוע. בספטמבר–אוקטובר 1938 שהה בן-גוריון בלונדון ופעל עם ויצמן במוקדי ההכרעה בממשל הבריטי ובפגישה עם שר המושבות מקדונלד, נוכח בשינוי הקו המדיני הבריטי – נסיגה מהתחייבויותיה בהצהרת בלפור ומרעיון החלוקה. התפנית במדיניות הבריטית חוללה מפנה בתפיסתו של בן-גוריון לגבי שיתוף הפעולה עם בריטניה. הוא סבר עתה שיש לבצר את כוחו הצבאי של היישוב לקראת עימות אפשרי עם הצבא הבריטי.
בזמן שהותו בלונדון בסתיו 1938, נרקם הסכם בין ה"הגנה" לאצ"ל, בו הוסכם שעל פעולות תגובה לטרור הערבי יוחלט בוועדה שבה יהיה ייצוג שווה לשני הארגונים. אולם בן-גוריון התנגד להסכם בחריפות ואיים בהתפטרות, ובסופו של דבר ההסכם לא נחתם. הוא שאף להסדר כללי עם ז'בוטינסקי, שיכלול את התפרקות ההסתדרות הציונית החדשה שלו והתמזגותה מחדש בתוך ההסתדרות הציונית. ביולי 1939 ביקש ז'בוטינסקי מאליהו גולומב לפעול שוב להשגת הסכם, אולם גם הפעם הכשיל בן-גוריון את התוכנית.
בפברואר 1939 כונסה בלונדון ועידת סנט ג'יימס, ובן-גוריון עמד לצדו של ויצמן בראשות המשלחת הציונית. ב-15 בפברואר אמר בן-גוריון לשר המושבות, מלקולם מקדונלד, כי לא ניתן יהיה למנוע את עליית היהודים לארץ ישראל, "אלא בכוח הכידונים הבריטיים". היה זה חידוש בנימת דבריו אל האנגלים: איום בכוח והתנגדות אלימה. במהלך הוועידה נפגש יחד עם ויצמן עם ראש הממשלה נוויל צ'מברליין במעונו, וב-7 במרץ השתתף בפגישה בלתי רשמית משולשת בארמון סנט ג'יימס, שכללה ארבעה אנגלים, ארבעה יהודים ושלושה ערבים, שדוברם המרכזי היה עלי מאהר המצרי. ב-15 במרץ הגישה ממשלת בריטניה את תוכניתה למשלחות. בן גוריון וויצמן לא נכחו בישיבת הנעילה, לאחר שהתברר כי לאור הצעות ממשלת בריטניה, תגרע נוכחותם במקום מכבודם.
לאחר כישלון הוועידה, פרסמו שלטונות המנדט הבריטי ב-17 במאי 1939 ספר לבן שבו הוגבלה לראשונה מכסת עליית יהודים לארץ ישראל ורכישת קרקעות על ידי יהודים.
ב-24 במאי אמר בן-גוריון בנאום בפני בני נוער בירושלים: "בתולדות הציונות מתחיל פרק חדש – הציונות הלוחמת... המשך פעולתנו הציונית ייתכן אך ורק תוך מלחמה". עם חזרתו לארץ ישראל, החל למקד את רוב פעולתו בהכנת "ההגנה" למלחמה ב"ספר הלבן". בתחילת יוני השיג את אישור הנהלת הסוכנות היהודית להקים ב"הגנה" את הפו"ם – גוף חשאי ל"פעולות מיוחדות" נגד הבריטים, טרוריסטים ערבים ומלשינים יהודים. בן-גוריון שינה עתה לחלוטין את דעתו לגבי ההעפלה. הוא החל לראות בה נשק מדיני חשוב ביותר: גירוש מעפילים ילווה בהפגנות ומהומות שייצרו הד עצום בתקשורת העולמית ויסייעו לגייס את דעת הקהל בעולם. הוא יזם את "עלייה ג'", שכללה הבאת אניות מעפילים לחופי הארץ בכוח והורדת העולים תחת חיפוי ה"הגנה". בעת הגעתה של אניית המעפילים "קולורדו", דרש בן-גוריון לממש את תוכניתו, אולם היא נתקלה בהתנגדות ורעיון "עלייה ג'" נגנז.
הוא הכריז על מאבק שקט בבריטים, שכלל, מלבד ההעפלה, הקמת נקודות התיישבות, גם במקומות האסורים על פי החוק הבריטי.

בזמן מלחמת העולם השנייה 1939–1945

ב-1 בספטמבר 1939 היה בן-גוריון על האנייה בחזרה לארץ ישראל מהקונגרס הציוני ה-21, כאשר נודע לו על פרוץ מלחמת העולם השנייה. ב-3 בספטמבר הגיע לארץ ישראל ודן בירושלים עם דב הוז וגולומב על גיוס "צבא יהודי". כעבור חמישה ימים תיאר בפני מפקדי "ההגנה" את המטרה שהוא שואף להשיגה באמצעות המלחמה: "להביא לידי מדינה יהודית". זמן קצר לאחר שובו, הודיע ליצחק שדה על חיסול הפו"ם. ב-12 בספטמבר 1939 הצהיר בישיבת מרכז מפא"י: "עלינו לעזור לאנגלים במלחמתם כאילו לא היה ספר לבן, ועלינו לעמוד נגד הספר הלבן כאילו לא הייתה מלחמה".
הוא תמך בהתנדבות יהודים לצבא הבריטי הנלחם בנאצים, מבלי לזנוח את התנגדותו למדיניות "הספר הלבן".
בנובמבר 1939 טס בן-גוריון דרך רודוס ואתונה לאיטליה, שעדיין לא נכנסה למלחמה, ומשם המשיך לפריז, שכבר הייתה שרויה בהאפלה. כעבור ימים אחדים, במהלכם חווה התקפה של מפציצים גרמניים, טס ללונדון, שהייתה מואפלת גם היא. הוא נפגש עם מקדונלד והודיע לו "שאם יישפך דם יהודי" כתוצאה מפירוק היהודים מנשקם, האחריות תהיה מוטלת על ממשלת בריטניה. בסוף נובמבר שב לארץ ישראל. ב-28 בפברואר 1940 פרסמה ממשלת בריטניה את "חוק הקרקעות", על בסיס המלצות "הספר הלבן", שהגביל את זכות היהודים לרכוש קרקע בתחום של 5% בלבד מאדמת ארץ ישראל המערבית. בעקבות זאת, הודיע בן-גוריון על התפטרותו מההנהלה הציונית. באמצעות הודעת ההתפטרות ביקש להשתחרר מתפקידו הרשמי, כדי שיוכל לפנות למאבק אלים נגד ממשלת המנדט. הוא השיג את הסכמת ההנהלה הציונית לערוך הפגנות תוקפניות נגד הממשלה וניהל אותן, באמצעות "ההגנה", מבית הנהלת הסוכנות. אלא שהמאבק האלים הביא לקיטוב עמדות בהנהגת היישוב, ובן-גוריון, שעמד בראש מחנה האקטיביסטים במפא"י, מצא עצמו במיעוט בהנהלת הסוכנות. הוא הציע לפעול בשתי דרכים במקביל: ניתוק הקשרים עם ממשלת המנדט ולחץ מדיני והסברתי על בריטניה, לצד תגובה אלימה על כל פעולת דיכוי נגד היהודים בארץ ישראל. אלא שתוכניתו זו לא התקבלה בהנהלה הציונית. ב-18 באפריל אמר בישיבת הוועד הפועל המצומצם כי "ציונות של דיבורים לא תקום ולא תהיה" ודרש "התנגדות מתמדת, מאורגנת, שאינה נרתעת מהשתמשות בכוח", אולם נותר כמעט בודד בעמדתו. ב-1 במאי 1940 הגיע שוב ללונדון. במהלך שהותו שם, פלשו הגרמנים לבלגיה ולהולנד וקמה ממשלה חדשה בראשות וינסטון צ'רצ'יל. אירועים אלה גרמו לו לגנוז הן את תוכניתו להתפטר והן את הצעותיו למאבק אלים. בימי הבליץ סירב לרדת למקלט.
כבר מאז פרסום הספר הלבן, החל בן-גוריון לראות בארצות הברית מועמדת להחליף את בריטניה כבעלת הברית המועדפת של התנועה הציונית.
עם פרוץ מלחמת העולם השנייה, הוא הגיע למסקנה שאחריה כוחה של בריטניה כמעצמה הגדולה בעולם ירד והיא תיסוג משטחים נרחבים שבשליטתה, ושמנהיגות העולם החופשי תעבור לארצות הברית והיא זו שתהפוך למעצמה החזקה בעולם, ולכן יש להפנות את המאמץ ההסברתי הציוני אל מוקדי הממשל האמריקאי. בנוסף על כך, ניתוקה של יהדות אירופה תחת הכיבוש הנאצי, הפך בעיניו את יהדות אמריקה למרכז העיקרי של יהדות העולם.
ב-21 בספטמבר 1940 עזב את אנגליה ובתחילת אוקטובר הגיע לניו יורק. במהלך שהותו שם הגיע לתובנה כי הדרך להשפיע על הממשל האמריקני היא "רכישת דעת הקהל". הוא הכריז כי רק כאשר תשיג התנועה הציונית את תמיכת העיתונות, חברי הקונגרס, הכנסיות, מנהיגי הפועלים והאינטלקטואלים - תקבל גם את תמיכת הממשל. לדעת ההיסטוריונית אניטה שפירא, נסיעתו זו לארצות הברית מסמנת את תחילת הפיכתו ממנהיג היישוב היהודי בארץ ישראל למנהיג התנועה הציונית ובשל נסיבות התקופה גם לקולו של העם היהודי כולו. באמצע ינואר 1941 עזב את ניו יורק ושב לארץ ישראל. בשל המצב המלחמתי, נסע הפעם מצדו השני של כדור הארץ, ממזרח למערב, וב-13 בפברואר, כעבור עשרה חודשים מאז עזב את הארץ, נחת במימי הכנרת.
ב-22 ביוני 1941 יצא שוב ללונדון, במסע שארך חודש ימים דרך ארצות אפריקה, לפגישת היכרות עם שר המושבות החדש, האנטי-ציוני, הלורד מוין, שהציע להקים מדינה יהודית בפרוסיה המזרחית במקום בארץ ישראל. בנובמבר הפליג בן-גוריון לניו יורק. לדעת הביוגרף שלו, מיכאל בר-זוהר, זהו המועד שבו נפתח "העידן הבן-גוריוני" בתולדות הציונות. הפעם שהה בארצות הברית יותר מעשרה חודשים. עם התפתחות תמונת המלחמה, ובמקביל למדיניותה השלילית של בריטניה כלפי הציונות, התחזקה אצלו האוריינטציה לארצות הברית.
בינואר ופברואר 1942 הוא הצליח להשיג את תמיכתם של הארגונים הציוניים הגדולים באמריקה. במאי 1942 כונסה בניו יורק ועידת בילטמור של ציוני אמריקה, שבשל מלחמת העולם, הפכה למעין קונגרס ציוני. בן-גוריון היה הנואם המרכזי והציג בוועידה תוכנית מדינית. למחרת הוגשה הצעת החלטה שנוסחה על פי תוכניתו ואושרה על ידו, ונתקבלה פה אחד על ידי צירי הוועידה.תוכנית בילטמור פתחה את המאבק להקמת המדינה היהודית, על אף ההתנגדות הרבה בתנועה הציונית ואף במפלגתו של בן-גוריון, בשל המשמעויות הטריטוריאליות שלה.
לאחר ועידת בילטמור חל קרע בינו לבין חיים ויצמן, נשיא ההסתדרות הציונית. לקראת פגישתו של ויצמן עם נשיא ארצות הברית, פרנקלין רוזוולט, חיבר בן-גוריון לבקשת אחד ממקורבי הנשיא תזכיר לגבי יכולת הקליטה של ארץ ישראל לאחר המלחמה וזו הועברה לנשיא. ב-19 בספטמבר 1942 עזב את ארצות הברית בטיסה, ודרך דרום אמריקה, סודאן ומצרים, הגיע ב-2 באוקטובר לארץ ישראל לאחר 14 חודשי היעדרות. כעבור מספר ימים אמצה ההנהלה הציונית את החלטות בילטמור, וב-10 בנובמבר אישר גם הוועד הפועל הציוני את התוכנית, ובכך היא הפכה למדיניותה המוצהרת של התנועה הציונית.
בתקופה זו קיבל בן-גוריון את הכינוי "הזקן".
באוגוסט 1944 נפטר ברל כצנלסון. בן-גוריון נסע לירושלים והתעלף כשראה את פניו של חברו המת. בצאתו מהחדר, אמר לבנו עמוס: "הוא היה הידיד האמיתי היחיד שהיה לי". למחרת ליווה את ארונו לתל אביב ולבית הקברות כנרת. בהספדו כינה אותו "מורה הדור". לידידתו, מרים כהן, כתב בן-גוריון: "דבר מכל מה שאירע לי אישית לא השפיע עלי השפעה כה עמוקה", והוסיף: "אני מרגיש כאילו חצי ממני מת". תמונתו של כצנלסון הייתה התמונה היחידה על שולחן עבודתו של בן-גוריון עד יום מותו.
בסתיו 1944 ניסה בן-גוריון להגיע לרומניה, לקהילה היהודית הגדולה ביותר שנותרה באירופה, אולם ביקור זה טורפד על ידי הבריטים והסובייטים, ובמקום ברומניה נסע לבקר בבולגריה, ששוחררה ונשלטה על ידי הקומוניסטים, וזכה לקבלת פנים נלהבת מהיהודים.
לאחר רצח הלורד מוין, קבלה הנהלת הסוכנות ב-7 בנובמבר 1944 החלטה בהשראת בן-גוריון, נגד חברי האצ"ל: "היישוב נתבע להקיא מתוכו את כל אנשי הכנופיה המהרסת והמחריבה הזאת. לשלול מהם כל מחסה ומקלט...ולהושיט את כל העזרה הדרושה לשלטונות למניעת מעשי־הטרור". ב-20 בנובמבר הציג בן-גוריון בוועידת ההסתדרות ארבע הנחיות לפעולה נגד "הפורשים": יש להרחיק את תומכיהם ממקומות העבודה; אין לתת להם מקלט; אין להיכנע לאיומיהם שפעולה נגדם תביא למלחמת אחים, מאחר שהם עצמם "כבר הכניסו מלחמת־אזרחים בישוב"; יש לשתף פעולה עם השלטונות בביעור הטרור. בן-גוריון הצליח לגייס את תמיכת הרוב בוועידה. הוא היה זקוק להחלטה מחייבת של ההסתדרות, כדי שיוכל להשתמש בפלמ"ח (שהשתייך לסיעה ב' שהתפלגה ממפא"י) לביצוע ה"סזון". הציבור הרחב התנגד אמנם למעשי הטרור, אולם לא נענה לקריאתו הפומבית של בן-גוריון לא להעניק לחברי אצ"ל ולח"י מקלט ולמסור אותם לשלטונות.
במרץ 1945 נסע בן-גוריון ללונדון כשבאמתחתו תוכנית שתאמה לתוכנית בילטמור, אלא שבשל השואה, דרישתו הצטמצמה לעלייה מיידית של מיליון יהודים בלבד, ובהם כלולים הפעם גם יהודי ארצות המזרח. בלונדון נפגע בתאונת דרכים, יצא בזעזוע מוח ונאלץ לנוח במלון מספר שבועות. מחלונו צפה בחגיגות סיום המלחמה באירופה. במאי הציג את תוכניתו בפני שר המושבות, אוליבר סטנלי . ביוני נסע לארצות הברית. המטרה העיקרית של נסיעתו הייתה להשיג כסף לקניית נשק ומכונות לתעשייה צבאית. ב-1 ביולי כינס ישיבה בביתו של רודולף סונבורן בניו יורק, בה השתתפו 17 יהודים עשירים מרחבי ארצות הברית שהתבקשו להקים קרן מיוחדת שתרכוש ציוד מעודפי הצבא האמריקני לצורך הקמת תעשייה צבאית בארץ ישראל. שם הקוד של הקרן היה "מכון סונבורן", ולימים מנה בן-גוריון את הקמתו בין שלושת המעשים הגדולים בחייו, לצד עלייתו לארץ ישראל והקמת מדינת ישראל. בסוף יולי חזר לאנגליה על סיפונה של אניית הפאר "קווין אליזבת" . ב-29 בספטמבר 1945 טס בן-גוריון לפריז, משם שלח ב-1 באוקטובר מברק מוצפן למשה סנה, עליו חתם בשמו המחתרתי "אבי־עמוס", ופקד בו על ה"הגנה" לפתוח בהתקוממות אלימה נגד הבריטים. בביקוריו בפריז במאי ובאוקטובר, השקיע מאמץ רב בהקמת מרכז מבצעי ל"הגנה" בעיר. ב-30 באוקטובר חנך את תחנת השידור החשאית של ה"הגנה" בצרפת.

לאחר מלחמת העולם השנייה 1945–1947

באוקטובר 1945 ערך בן-גוריון את הביקור הראשון של מנהיג יהודי במחנות העקורים בגרמניה. למחנה הראשון, זלצהיים, הגיע במכוניתו של הרב הראשי של צבא הכיבוש האמריקני והתקבל בו בהתלהבות רבה. כשהחל את נאומו ביידיש בפני הניצולים, נחנק קולו ודמעות עלו בעיניו. קבלת הפנים הנלהבת חזרה על עצמה גם במחנות האחרים בהם ביקר. בין היתר ביקר גם בדכאו וברגן-בלזן, שאחד מיושביו היה בן-דודו מלודז'. בנובמבר נפגש עם שר החוץ הצרפתי, ז'ורז' בידו , שאמר לו כי ממשלת צרפת "מתייחסת באהדה לציונות". ב-21 בנובמבר שב לארץ ישראל. בתקופה זו נאלץ בן-גוריון לשהות זמן ניכר מחוץ לארץ ישראל. בשנים 1945–1946 נעדר ממנה ברוב ימות השנה.
גם לאחר מלחמת העולם השנייה, המשיך השלטון הבריטי להתנגד להתיישבות היהודית ולעלייה לארץ ישראל והתעלם ממצוקת היהודים באירופה ומהשואה. הנהגת היישוב החריפה לאחר המלחמה את מאבקה בבריטים ובסוף אוקטובר 1945 הוקמה תנועת המרי העברי, שאגדה את שלוש המחתרות. במקביל נמשכה הפעילות המדינית להקמת מדינה יהודית.
ב-13 בנובמבר 1945 השמיע שר החוץ של בריטניה, ארנסט בווין, הודעה בבית הנבחרים על הקמת ועדת חקירה אנגלית-אמריקנית, שתקבע אם ניתן לאפשר הגירת יהודים עקורים לארץ ישראל. ב-28 בנובמבר נשא בן-גוריון בפני אספת הנבחרים נאום "תשובה לבווין", בו אמר: "עוד ששת המיליונים של מתינו באירופה מוטלים לפנינו, וכבר ניגר דמנו מחדש כאן על אדמת־המולדת...הנשפך בידי עושי דברו של בווין וחבריו". את נאומו סיים באזהרה לממשלת בריטניה: "גם לנו היהודים, כמו לאנגלים ולאחרים, יש זכות לחיות כיחידים וכעם, אולם גם לנו כמו לאנגלים יש משהו, שהוא יקר לנו גם מהחיים... אנו מוכנים ליהרג ולא נוותר על שלושה דברים: על חירות העלייה היהודית, על זכותנו לבנות שממות מולדתנו, על עצמאותו המדינית של עמנו בארצו".
בינואר 1946, כשנודע שהוועדה האנגלו-אמריקאית תסייר במחנות העקורים בגרמניה, נסע לשם בן-גוריון שוב, כדי לוודא שהעקורים יתודרכו כראוי על ידי הנהגתם. בביקורי הוועדה במחנות התברר לה שרובם המוחלט של העקורים אכן מבקשים לעלות לארץ ישראל וכתוצאה מכך באחד הסעיפים במסקנותיה היא תבעה 100 אלף סרטיפיקטים (אשרות עלייה) מיד. ב-11 במרץ מסר בן-גוריון את עדותו לוועדה בירושלים. בין היתר אמר: "גם לנו יש דברים, היקרים לנו מחיינו. בארץ זו ובארצות אחרות יש מאות אלפי יהודים אשר ימסרו נפשם...למען המדינה היהודית". מתוך חשש שהשלטונות הבריטיים מתכוונים לפרק את הסוכנות היהודית, ומשום שהודאה בקשר בינה לבין "ההגנה" עלולה הייתה לשמש עילה לחיסולה, טען בן-גוריון בפני הוועדה כי אינו מכיר ארגון בשם זה. ב-1 במאי פורסם דו"ח ממצאי הוועדה, שדחה את התביעה להקמת מדינה יהודית והמליץ על משטר נאמנות, אולם המליץ גם על ביטול חוק הקרקעות ועל מתן מידי של 100 אלף היתרי עלייה לפליטים היהודים. אלא שבווין ואטלי נסוגו מהבטחתם לבצע את מסקנות הוועדה ובן-גוריון הורה מפריז על חידוש פעולותיה של תנועת המרי העברי. במהלך "השבת השחורה" (29 ביוני 1946) נעצרו חברי ההנהלה הציונית שהיו בארץ. בן-גוריון חמק ממעצר, מכיוון שבאותו הזמן שהה בפריז. במלונו בפריז פגש את הו צ'י מין, שהציע לו להקים ממשלה גולה בצפון וייטנאם, אולם בן-גוריון העדיף ממשלה שתקבל הכרה בינלאומית. ב-22 ביולי 1946 אירע פיצוץ מלון המלך דוד. בן-גוריון גינה בחריפות את הפעולה ואת האצ"ל, אולם דוברים בשני בתי הפרלמנט בלונדון גינו בעקבות הפעולה את בן-גוריון עצמו. בעקבות הפעולה, פורקה תנועת המרי העברי והאצ"ל והלח"י חזרו לפעול באופן עצמאי.
ב-2 באוגוסט 1946 נפתחה ישיבת ההנהלה הציונית בפריז במקום בלונדון, משום שמאז "השבת השחורה" עמדה נגד בן-גוריון וסנה פקודת מעצר בכל רחבי האימפריה הבריטית. בן-גוריון לא היה מוכן לקבל שום פתרון אחר חוץ ממדינה, ולכן דחה בתוקף כל הצעה להידברות עם ממשלת בריטניה על תוכנית מוריסון גריידי. לעומת זאת, הודיע שהוא מקבל את עקרון החלוקה, ובכך נסוג מההגדרה הטריטוריאלית שבתוכנית בילטמור, משום שהניח שלתוכנית חלוקה יש סיכוי להשיג את תמיכתו הפומבית של הנשיא טרומן. ההנהלה קיבלה גם היא את עקרון החלוקה, אך בן-גוריון נמנע בהצבעה על הסעיף הזה, כדי להבטיח לעצמו את תמיכתם של האקטיביסטים בארץ ישראל ובארצות הברית. באותה ישיבה, דרש בן-גוריון וגם קיבל הקצאת שלושה מיליון דולר לרכישת נשק כבד. לקראת הקונגרס הציוני בבזל, נחלקה ההנהלה הציונית בין תומכי הקו המתון של ויצמן - הפסקת הפעולות האלימות נגד הבריטים, ובין האקטיביסטים שדגלו בהמשך הפעולות, בהנהגת בן-גוריון. הצדדים הסכימו להימנע מחידוש הפעולות עד הקונגרס. באוקטובר 1946 נסע בן-גוריון למחנות העקורים בגרמניה בפעם השלישית. נאום הפתיחה שלו בקונגרס (דצמבר 1946) הוקדש לגינוי תוכנית מוריסון גריידי והוא התייחס בו גם למאבק המזוין: "תנועתנו מוכרחה לקבוע רק עקרון אחד – התנגדות!". לאחר הקונגרס, הכריז בן-גוריון בישיבת הוועד הפועל הציוני כי הוא מקבל לידיו את תיק הביטחון בהנהלת הסוכנות היהודית. הוא החל במאמצים נמרצים לרכישת נשק ובהכנות לוגיסטיות כדי להפוך את ארגון ההגנה לצבא שיוכל לעמוד לא רק נגד הכוחות הבלתי-סדירים של ערביי ארץ ישראל, אלא גם נגד מתקפת הצבאות של מדינות ערב. הוא הסביר לפעילי ההגנה שרצו לחדש את המאבק האלים, כי יש להימנע מפעולות שתספקנה לבריטים עילה להרוס את כח המגן של היישוב העברי, לפני העימות עם צבאות ערב.
בסוף ינואר 1947 נסע בן-גוריון דרך קהיר ללונדון, שם השתתף עם משלחת גדולה בוועידה אנגלית-ערבית-יהודית (בה סירבו הערבים להיפגש עם הציונים), במהלכה נפגש עם שר החוץ בווין בפעם הראשונה מאז עליית מפלגת הלייבור לשלטון. עד אז סירב בווין לפגוש אותו ותיאר אותו כקיצוני קנאי. השיחות בין חברי ההנהלה הציונית והפקידות הבכירה של משרד החוץ הבריטי הסתיימו ללא תוצאות ובתחילת פברואר הודיעה ממשלת בריטניה על העברת בעיית ארץ ישראל לטיפול האו"ם.
ב-26 במרץ 1947 פתח בן גוריון בתהליך למידה שכונה לאחר מכן "הסמינר של בן גוריון". במשך מספר חודשים התמסר ללימוד הבעיות הצבאיות העומדות בפני היישוב היהודי. הוא הזמין אליו את אנשי המנגנון של ה"הגנה" מכל הדרגים ושאב מהם מידע פרטני בנוגע לתחומים עליהם הם אחראים. הוא גם קרא את ספריהם של גדולי התאורטיקנים של תורת המלחמה וספרי הדרכה צבאיים. במהלך החודשים הללו התברר לו כי יש הכרח לערוך ב"הגנה" ארגון מחדש – להתאים את הארגון למשימתו החדשה: עמידה בפני התקפה של הצבאות הערביים הסדירים. בהתאם לכך קבע את מטרתו: הקמת צבא עברי סדיר. במהלך חודש אפריל, הגיע למסקנה כי ה"הגנה" אינה מסוגלת להפוך לצבא סדיר בכוחות עצמה. בסוף מאי סיכם את השלב הראשון ל"סמינר" במסקנה שיש להחליף את השלד הפיקודי שלה, והחליט לפנות אל הקצינים יוצאי הבריגדה והצבא הבריטי. את ה"סמינר" סיים ב-7 בנובמבר, היום בו פורסמה פקודת "המבנה הארצי" של ה"הגנה", שהניחה את היסוד להקמת צה"ל.

החלטת החלוקה ומלחמת העצמאות 1947–1948

ב-4 ביולי 1947 הופיע בן-גוריון בפני ועדת אונסקו"פ ששוגרה לארץ ישראל על ידי האו"ם, וטען בפני חבריה שכדי להבטיח שלא תתרחש שואה נוספת, "ישנה אך ערובת־ביטחון אחת: מולדת ומדינה". בסוף אוגוסט פרסמה הוועדה את מסקנותיה: רוב חבריה תמכו בחלוקת ארץ ישראל ובהקמת מדינה יהודית. חרף ההתנגדות בתנועה הציונית לחלוקת הארץ מצד גורמים רבים בסיעות השמאל, הימין והדתיים, העביר בן-גוריון בישיבת הוועד הפועל הציוני בציריך החלטה בזכות תוכנית החלוקה. בכ"ט בנובמבר 1947 התקבלה בעצרת הכללית של האומות המאוחדות ההחלטה על חלוקת ארץ ישראל לשתי מדינות – יהודית וערבית.
לאחר החלטת האו"ם, החל בן-גוריון לשלוח שליחים לרכוש נשק באירופה לקראת המלחמה שעמדה לפרוץ.
עם פרוץ הקרבות, סבר בן-גוריון שמוטב שיהיה קרוב למטה ה"הגנה" ב"בית האדום", וב-9 בדצמבר עזב את ירושלים ועבר לגור בביתו בתל אביב, ואת משרדו קבע במטה. ה"הגנה" הפקידה עליו משמר של אנשי פלמ"ח. בראשם עמד נחמיה ארגוב, שמונה כעבור מספר חודשים לשלישו.
בדצמבר דרש בן-גוריון מהמטה הכללי של ה"הגנה" לשנות את האסטרטגיה ולעבור ל"התגוננות תוקפנית".
ב-19 במרץ 1948, הציע ראש משלחת ארצות הברית באו"ם הקמת "משטר נאמנות זמני" בחסות האו"ם ודרש להפסיק את פעולות הוועדה שמינה האו"ם לענייני ארץ ישראל. משמעות ההצעה הייתה ביטול החלטת החלוקה וביטול הקמתה של מדינה יהודית. בן-גוריון פרסם הודעה חריפה לעיתונות, בה כינה את שינוי עמדת ארצות הברית "כניעה בפני הטרור של הכנופיות הערביות" והצהיר: "לא נקבל על עצמנו עוד שום שלטון זר". ב-30 במרץ, יום לפני המועד שקבע האו"ם להקמת הממשלות הזמניות של שתי המדינות בארץ ישראל, הודיע בן-גוריון על הקמת "מנהלת העם" – ממשלה בת 13 חברים, הנשענת על "מועצת העם".
במחצית הראשונה של אפריל 1948 נערך מבצע נחשון, שפרץ את הדרך לירושלים הנצורה. לצורך ביצועו, הורה בן-גוריון להוציא לוחמים ונשק מיישובים ומחזיתות אחרות. הייתה זו ההכרעה האסטרטגית הראשונה שקיבל אישית במהלך המלחמה.
ב-18 באפריל הודיע בן-גוריון בישיבה הראשונה של מנהלת העם, כי הועברה אליה הסמכות הבלעדית לגבי עניינים שונים ובראשם נושא הביטחון. הדבר העניק לו את הבסיס החוקתי לביצוע שינוי מקיף בפיקוד ה"הגנה", ובאותה הזדמנות הודיע על ביטול תפקיד ראש המפקדה הארצית (רמ"א), שעמד בין שר הביטחון והמטה הכללי. ב-26 באפריל נתכנסה מנהלת העם ולבן-גוריון הוצע תפקיד ראש הממשלה ושר הביטחון. ב-3 במאי הודיע רשמית על ביטול משרת הרמ"א לנושא בתפקיד, ישראל גלילי, ולמטה הכללי. ב-6 במאי הציבו ראשי ה"הגנה" אולטימטום לבן-גוריון, במה שכונה "מרד האלופים": עליו להחזיר את גלילי לתפקידו, אחרת יחדל המטה הכללי לפעול. בן-גוריון סירב להחזירו לתפקיד הרמ"א, אולם הבטיח להחזירו למטה, ללא הגדרת סמכויות.
ב-12 במאי 1948 התכנסה מנהלת העם כדי להחליט סופית אם להכריז על הקמת מדינה יהודית בתום המנדט הבריטי ב-14 במאי. בישיבה נידונה ההצעה האמריקנית לשביתת-נשק, שפירושה דחיית ההכרזה על הקמת המדינה. בן-גוריון התנגד להצעה. הוא הסביר כי שביתת נשק בין היהודים והערבים בארץ ישראל אינה כוללת את מדינות ערב, ואלו ישיגו בינתיים נשק ויתחזקו, בזמן שידי היהודים תהיינה כבולות. בהצבעה התקבל רוב נגד שביתת הנשק ובעד הכרזה מידית על הקמת המדינה. באותו דיון התנגד בן-גוריון לכלול בהכרזת העצמאות את גבולות המדינה ודעתו נתקבלה בהצבעה.
בדיון שנערך במטה הכללי בבוקר 14 במאי, התווה בן-גוריון את האסטרטגיה החדשה שלו במלחמה, לנוכח הופעת הצבאות הסדירים של המדינות השכנות: במקום הגנה על כל יישוב יהודי מפני הכנופיות הפלסטיניות, הוצאת כוחות ונשק מיישובים רבים וצירופם לכוחות צבא סדירים וניידים, שיוכלו להתמודד עם הצבאות הפולשים.

הקמת מדינת ישראל ומלחמת העצמאות 1948–1949

ב-14 במאי 1948 (ה' באייר תש"ח) קרא דוד בן-גוריון את "מגילת העצמאות", שאותה עיצב בנוסחה הסופי, בטקס ההכרזה על הקמת מדינת ישראל שנערך בתל אביב, והיה ראשון החותמים עליה.
למחרת, יזם יחד עם פנחס רוזן את החלטת מועצת המדינה הזמנית לבחור בחיים ויצמן לנשיאה.
בן-גוריון התמנה לראש הממשלה ולשר הביטחון בממשלה הזמנית של המדינה החדשה.
הוא קיבל את כתבי ההאמנה מהנציגים הדיפלומטיים הראשונים ששוגרו לישראל (וביניהם הצירים של ארצות הברית וברית המועצות), מכיוון שהנשיא ויצמן הגיע לישראל רק כמה חודשים לאחר הקמת המדינה.
לאחר הקמת מדינת ישראל פלשו חמישה צבאות ערב לישראל.
ב-24 במאי ניסח בן-גוריון בפני המטה הכללי את מטרותיו האסטרטגיות: להכות בצבאות ערב בזה אחר זה, ולא במקביל: קודם חזית ירושלים, ובזמן זה על החזיתות האחרות להחזיק מעמד. לאחר מכן החזית הסורית ובסוף הנגב. הוא ייחס לירושלים משמעות מדינית עליונה. לדעתו, האויב המסוכן ביותר היה הלגיון הערבי, בחזית המזרחית, ומשום כך יש לרכז נגדו את מרב הכוחות. אולם אנשי המטה הכללי התנגדו לריכוז המאמץ במרחב סביב כביש תל אביב–ירושלים. ב-22 במאי דרש בן-גוריון התקפה מידית על הדרך לירושלים, שפירושה היה התקפה על מצודת לטרון, שחלשה על הדרך. שוב ושוב הוא דרש לכבוש את המצודה, אולם כל הניסיונות נסתיימו בכישלון ובמספר גבוה של הרוגים. לטענת יגאל ידין, ההחלטה לכבוש את לטרון בתנאים שהיו קיימים אז, "היא אחד מכשלונותיו הגדולים של בן־גוריון". עם זאת, הלחץ של צה"ל על לטרון חייב את הלגיון הערבי לדלל כוחות באזור ירושלים הנצורה, שאלמלא כן, ייתכן שהייתה נופלת בידיו.
ב-26 במאי 1948 אשרה הממשלה הזמנית את "פקודת צבא הגנה לישראל" וכעבור חמישה ימים פרסם בן-גוריון (כשר הביטחון) "פקודת יום להקמת צבא הגנה לישראל". הרמטכ"ל יעקב דורי היה חולה בתקופה זו ובן-גוריון התערב בעניינים רבים בצבא, קטנים כגדולים. הוא סירב לדרישת מפ"ם לייפות את כוחו של ישראל גלילי לתת הוראות לצבא. במהלך המלחמה, החליט כי יש לבצע ארגון מחדש במבנה הצבא ולחלק את הקרבות לשלוש "חזיתות".
ב-20 ביוני 1948 הגיעה ה"אלטלנה" – ספינת הנשק של האצ"ל, לכפר ויתקין. בדיון בממשלה באותו ערב, אמר בן-גוריון כי "לא יהיו שתי מדינות ולא יהיו שני צבאות", וכי על מנחם בגין "להפסיק את פעולותיו הבדלניות. אם הוא לא ייכנע – נפתח באש". בתום הדיון החליטה הממשלה לייפות את כוחו של שר הביטחון (בן-גוריון) "לפעול בעניין בהתאם לחוקי הארץ". ב-21 ביוני דיווח ישראל גלילי לבן-גוריון על סירובו של בגין להישמע לאולטימטום. בן-גוריון כתב לו בתשובה כי "יש להשתמש בכוח בלי היסוסים". בבוקר 22 ביוני הורה לידין: "עליך לעשות כל הצעדים: ריכוז צבא, כוח אש (תותחים, מכונות־יריה)... למען הבא האניה לידי כניעה בלי תנאי. כל הכוחות האלה יופעלו אם תינתן הוראה מאת הממשלה". בישיבה מיוחדת של הממשלה, אמר: "זהו ניסיון לרצוח את המדינה". בשעה 16:00 הורה לידין להפגיז את האניה בחוף תל אביב. בישיבה של מועצת העם שנתכנסה למחרת, השיב למבקריו ואמר, בין היתר: "מבורך הוא התותח שהפציץ את האניה הזאת!".
ב-27 ביוני השביע בן-גוריון אמונים למדינת ישראל את המפקדים הבכירים הראשונים של צה"ל. כאשר הודיע לקציני המטכ"ל על החלטתו למנות לחלק מראשי האגפים את יוצאי הצבא הבריטי, במקום אנשי פלמ"ח וחברי מפ"ם, הוגשו לו ב-1 ביולי ארבעה מכתבי התפטרות (מאת ידין, גלילי, סגן הרמטכ"ל צבי איילון ואליהו כהן), אותם הגדיר כ"מרידה פוליטית". בעקבות זאת, הקימה הממשלה ועדת בדיקה של חמישה שרים, שדו"ח המסקנות שלה צמצם את סמכויותיו של שר הביטחון והקים מחדש את תפקיד הרמ"א, בשם "המנהל הכללי לענייני הצבא". בתגובה לדו"ח, הגיש בן-גוריון לוועדה מכתב התפטרות. ב-7 ביולי החליטה הממשלה לגנוז את מסקנות הוועדה לטובת שובו של בן-גוריון, שקיבל עתה יד חופשית לנהל את ענייני הביטחון. הוא שימש כמצביא העליון וניהל את מלחמת העצמאות עד סופה.
לאחר רצח המתווך פולקה ברנדוט ב-17 בספטמבר 1948, הורה בן-גוריון לאיסר הראל ולראש המשטרה הצבאית לאסור את כל אנשי לח"י בשטח מדינת ישראל. בן-גוריון הטיל על היועץ המשפטי לממשלה להכין הצעת חוק נגד טרור ונגד קיום ארגונים טרוריסטיים. אולם בניגוד לדעת היועץ, העדיף בן-גוריון שלא להעמיד לדין את מרבית חברי אצ"ל ולח"י שנעצרו ומרביתם שוחררו.
עוד ביוני 1948 האשים בן-גוריון את מפ"ם בניסיון "להקים כוח פרטי, סיעתי... מין חטיבה צבאית של המפלגה" וטען כי הדבר מהווה "פגיעה קשה במאמץ המלחמה". בן-גוריון נמנע במשך זמן רב מעימות עם הפלמ"ח, אולם לאחר חיסול "הפורשים", התעצמות הצבא הסדיר ככוח בלתי תלוי בפלמ"ח ופרישתו הסופית של ישראל גלילי, מולאו התנאים לפעולה נגד קיומו הנפרד של מטה הפלמ"ח. באוגוסט 1948 הורה בן-גוריון על הקמת הנח"ל – מהלך שמטרתו הייתה להעביר את נושא ההתיישבות מהפלמ"ח למסגרת ממלכתית. ב-14 בספטמבר אמר בפגישה עם 64 מפקדי פלמ"ח (60 מהם חברי מפ"ם): "אוי ואבוי לנו אם צבאנו, או חלק מצבאנו, לא יהיה כפוף לפקודת מוסדות מוסמכים... צבאנו כפוף לממשלה". ב-29 בספטמבר מסר למטה הכללי על החלטתו לפרק את מטה הפלמ"ח וב-7 באוקטובר מסר הרמטכ"ל יעקב דורי למטה הפלמ"ח אגרת בנושא שנוסחה על פי הוראות בן-גוריון. ראשי מפ"ם ערערו על ההחלטה בפני הוועד הפועל של ההסתדרות, ובדיון שנערך בהסתדרות ב-14 באוקטובר, הגדיר בן-גוריון את המעשה של מפ"ם: "הסכנה הכי גדולה שהתעוררה מאז הוקמה המדינה". הערעור של מפ"ם נדחה בהצבעה וב-28 באוקטובר הורה בן-גוריון לדורי להוציא לפועל את הוראתו לגבי מטה הפלמ"ח.
במהלך מלחמת השחרור התרחשה בריחה המונית של ערבים מהשטחים שנכבשו על ידי צה"ל, ובן-גוריון יישם מדיניות של הריסת הכפרים שננטשו, כדי שתושביהם לא יחזרו אליהם. ליוסף ויץ הציע ליישב אותם מיד ביהודים. בישיבות הממשלה ביוני 1948 כבר קבע בגלוי כי יש למנוע החזרת פליטים ערבים, מאחר שהבין כי ניתן יהיה לקיים מדינה יהודית רק אם יישאר בתחומה מספר קטן ככל האפשר של ערבים. זמן קצר לאחר הקמת המדינה, הקים "ועדת טרנספר", שטיפלה בנושאים הקשורים בבעיית הפליטים הפלסטינים והקרקעות הערביות שנתפנו. עוד בעיצומם של הקרבות, דחף להקמת גרעיני התיישבות חדשים בגליל, בנגב ובפרוזדור ירושלים, כדי למלא את השטחים הנרחבים שנתרוקנו בגושי התיישבות יהודית. מאוחר יותר הורה להדפיס ולהפיץ בצה"ל את שירו של נתן אלתרמן, "על זאת", בו התקומם המשורר נגד מעשי הרג באזרחים ערבים על ידי חיילים ישראלים באזורים הכבושים.
ב-26 בספטמבר 1948, הציע לכבוש את הר חברון ואת מרחב ירושלים–רמאללה, עד הירדן וים המלח, מתוך הנחה שרוב ערביי ירושלים, בית לחם וחברון יברחו כפי שעשו בערים אחרות. אולם הצעתו נדחתה על ידי הכרעת הרוב בממשלה. ב-22 באוקטובר, לעומת זאת, סירב לדרישת הפיקוד הבכיר של חזית הדרום וחזית ירושלים לכבוש את הר חברון. ב-4 באפריל 1949 הסביר זאת בכנסת: "נניח כרגע שהיינו יכולים לכבוש את כל [הר] חברון ... ואז מה יהיה? נעשה מדינה אחת, אלא שהמדינה הזאת תרצה להיות דמוקרטית. יהיו בחירות ואנו נהיה במיעוט. ובכן, כשעמדה שאלת שלמות הארץ בלי מדינה יהודית, או מדינה יהודית בלי שלמות הארץ, בחרנו במדינה יהודית בלי שלמות הארץ". אף על פי כן, ב-1962 כינה בכנסת את אי-כיבוש חבלי הארץ הללו, "בכייה לדורות".
לאחר שהכשילה הממשלה את תוכניתו לתקיפה בחזית המזרחית, פנה בן-גוריון לתכנון התקפה בחזית הדרומית. הנגב היה נצור ובן-גוריון רצה לשחרר אותו מידי המצרים לפני שתחליט העצרת הכללית של האו"ם לנתקו משטח המדינה היהודית (לפי תוכנית ברנדוט). הייתה זו תקופת ההפוגה השנייה ומצרים הפרה את ההסכם בכך שמנעה את מעברן של שיירות אספקה לנגב. תוכניתו של בן-גוריון הייתה להוציא שיירה כזו, כדי שעצירתה על ידי המצרים תספק תואנה למתקפה ישראלית. ב-15 באוקטובר החל "מבצע עשר המכות" וצה"ל כבש את אזור השפלה הדרומית. ב-19 באוקטובר תבעה מועצת הביטחון של האו"ם הפסקת אש וראלף באנץ' דרש מישראל ליישם זאת מיד. בן-גוריון נקט בטקטיקת השהיית התשובות, במטרה להרויח זמן להשלמת המשימות הצבאיות, ובשני הלילות העוקבים הספיק צה"ל לשחרר את הדרך הראשית לנגב ולכבוש את באר שבע. שיטת ההשהיה נעשתה למרכיב מובנה במלחמותיה הבאות של מדינת ישראל. לאחר כיבוש הגליל המרכזי עד לנהר הליטני, נתחזקה בבן-גוריון השאיפה לכבוש את הארץ כולה, עם זאת, נתחזקו בו החששות מפני אובדן ההישגים שכבר הושגו. על ישראל הופעלו לחצים לסגת מהשטחים שכבשה, אך בן-גוריון סירב לסגת משטחי הנגב שנכבשו ובסוף דצמבר הורה על מבצע חורב לסילוק המצרים מהנגב הישראלי. במהלך המבצע, חצו כוחות צה"ל את הגבול וחדרו לסיני, אולם לאחר שנתקבלה ידיעה על התערבות בריטית, החליט בן-גוריון להסיג את הכוחות אל הגבול הבינלאומי. לקראת השיחות עם מצרים על שביתת נשק בינואר 1949, הסכים להסיר את החסימה מכביש רפיח ולהחזיר את צה"ל אל גבול ישראל. לאחר שנחתם ההסכם עם מצרים בפברואר 1949, הורה בן-גוריון על מבצע עובדה לכיבוש אילת.
כראש הממשלה ושר הביטחון, היה בן-גוריון המצביא העליון של מדינת ישראל במלחמת העצמאות. בשל מצבו הבריאותי של הרמטכ"ל יעקב דורי, פוצל התפקיד למעשה בין בן-גוריון וראש אג"ם יגאל ידין. בן-גוריון שימש מעין רמטכ"ל-על וניהל אישית את המלחמה. רוב הכרעותיו האסטרטגיות נתקבלו על דעת מפקדי הצבא, למעט שאלת העדפת ירושלים או הנגב ושאלת ההתקפות על לטרון. במהלך המלחמה, נקט בן-גוריון בצעדים מוגבלים שהיו למעשה בסיס לסיפוח ירושלים העברית למדינת ישראל. באוגוסט 1948 מינה את דב יוסף למושל העיר ובסוף אותה שנה הועברו אליה מספר מוסדות ממשלה. מלחמת העצמאות הסתימה בניצחון ובשנת 1949 נחתמו הסכמי שביתת הנשק.

לקראת פרישה 1953

בשנת 1953 החליט בן-גוריון לסיים את כהונתו בממשלה, בשל עייפות שהצטברה בו. לקראת פרישתו, יצא ב-19 ביולי לחופשה שארכה שלושה חודשים, אולם הוא לא סיפר על כוונותיו להתפטר. בתקופת חופשתו נתמנו למלא את מקומו, לפי המלצתו, משה שרת כראש הממשלה ופנחס לבון כשר הביטחון. ב-5 באוקטובר 1953 הודיע לשרי מפא"י כי הוא מתכנן לפרוש לשנתיים.
במהלך חופשתו עמל על תוכנית ביטחונית לתקופת היעדרו, ובעת שובו לממשלה, ב-18 באוקטובר, הייתה תוכניתו מוכנה. אחד החשובים ב-18 סעיפיה, היה סעיף "ייהוד הגליל ונצרת".
לקראת סיום חופשתו, ב-12 באוקטובר, בוצע הפיגוע ביהוד, ויחד עם לבון, מקלף ודיין היה שותף להחלטה (אף על פי שבחר לשתוק בעת שהתקבלה) על היציאה לפעולת התגמול בקיביה, ללא ידיעתו של שרת. הפעולה עוררה סערה בדעת הקהל העולמית. ב-18 באוקטובר 1953 חזר בן-גוריון מחופשתו וניהל את ישיבת הממשלה. למחרת שידר ברדיו הודעה, בה הביע צער על האירוע, אולם הסיר את האחריות מצה"ל וטען כי "בדיקה מדויקת" העלתה כי "אף יחידה צבאית אחת, אף הקטנה ביותר, לא נפקדה מהמחנה בליל ההתקפה על קיביה". את האחריות למעשה, הטיל על תושביהם של "כמה ישובי ספר" "שפקעה סבלנותם" לאחר הרצח ביהוד.
ב-2 בנובמבר הודיע בן-גוריון על פרישתו במכתב לנשיא המדינה. בכינוס הוועדה המדינית של מפא"י באותו יום, הציע כיורשיו את לוי אשכול כראש ממשלה ואת פנחס לבון כשר ביטחון. אולם אשכול סירב לקבל על עצמו את התפקיד. ב-23 בנובמבר כונסה הוועדה המדינית של המפלגה ובן-גוריון מסר לה כי הוא תומך במשה שרת. חברי הוועדה בחרו בשרת כראש ממשלה ולבון נבחר כשר ביטחון. ב-7 בדצמבר עזב בן-גוריון את ראשות הממשלה ושידר לעם דברי פרידה, בתוכם ציטוט מתהילים: "לֹא גָבַהּ לִבִּי וְלֹא רָמוּ עֵינַי וְלֹא הִלַּכְתִּי בִּגְדֹלוֹת וּבְנִפְלָאוֹת מִמֶּנִּי". לרגל עזיבתו, כתב עליו המשורר נתן אלתרמן שיר: "אזרח מדינת ישראל – דוד בן-גוריון, 1953". עם עזיבתו, העביר את ראשות הממשלה למשה שרת. הוא סירב לעמוד בראש ממשלת מעבר עד הרכבת ממשלתו החדשה של שרת. לדעת הביוגרף מיכאל בר-זוהר, סיום תפקידיו בממשלה בשנת 1953 מסמל גם את סיום "העידן הבן-גוריוני" בתולדות הציונות, שנמשך כעשר שנים, ואת סוף תקופת השיא של בן-גוריון עצמו. בעוד שבתקופה זו היה בן-גוריון היוזם של ההחלטות, בשנים שלאחר מכן היו אלה עוזריו וחבריו במשרדי הממשלה ובצה"ל שיזמו את המהלכים וההחלטות.

פרישה לשדה בוקר 1953–1955

בן-גוריון החזיק בהשקפה כי עתיד היישוב היהודי בארץ הוא בנגב על מרחביו, העצומים ביחס לחלק הצפוני קטן-הממדים של המדינה.
באביב 1953, הבחין בדרכו חזרה מאילת בקבוצת צעירים ליד מספר צריפים, שסיפרו לו כי החליטו להקים במקום קיבוץ חדש, שדה בוקר. כעבור זמן מה, החליט לעזוב את הממשלה ולהצטרף לקיבוץ. ב-14 בדצמבר 1953 יצאו פולה ודוד בן-גוריון לשדה בוקר, שם התגוררו בצריף שנבנה עבורם. אחד ממניעיו של בן-גוריון לצאת לנגב, היה לשמש דוגמה אישית ולמשוך את העם אחריו במפעל חלוצי של הפרחת השממה. החל מיומו השלישי בקיבוץ, החל לבצע עבודות שונות בשדה – זיבול וחרישה, במשך 4 שעות ביום. אולם בשל גילו, הוצב רוב הזמן בדיר העזים וחברי הקיבוץ הפקידו בידיו את הטיפול בתחנה המטאורולוגית. העבודה הפיזית גרמה לו התקפים קשים של מתנת. במשך ששת החודשים הראשונים היו בני הזוג בן-גוריון רק מועמדים לחברות. לאחר שנתקבלו כחברים, החל בן-גוריון להשתתף באספות. בהצבעה היחידה בה נטל חלק, הצביע נגד הצטרפות הקיבוץ ל"איחוד הקבוצות והקיבוצים", משום שתמך ב"איחוד כללי של כל הקיבוצים בארץ". בין חברי הקיבוץ, חבריו הקרובים היו חגי אבריאל ונחמה ויהושע כהן, זוג אנשי לח"י. פולה ודוד בן-גוריון היו החברים המבוגרים ביותר במשק הצעיר, ולדברי בן-גוריון, הוא הגיע לשדה-בוקר משום שאהב את המקום ורצה להשתתף בעצמו בהפרחת השממה.
ביוני 1954 יזם בן-גוריון את מפעל תנועת בני המושבים, שיצאו עם משפחותיהם לישובי עולים בנגב. לאחר מכן קרא ל"התיישבות אזורית", וביולי הציג את תוכניותיו להתיישבות בחבל לכיש בדרום וחבל תענך בצפון.
בן-גוריון סבר שיש להחליף את שיטת הבחירות היחסיות הקיימת, היוצרת ממשלות קואליציה, שיציבותן מלוות לחצים וסחטנות. עוד ב-6 באוקטובר 1948 הציע בישיבת ממשלה להנהיג שיטת בחירות אזוריות–רוביות, אולם הצעתו נפלה. במאי 1954 הציג בפני מנהיגי מפא"י תוכנית שכללה את שינוי שיטת הבחירות לשיטה אזורית שתביא להקמת שני גושים גדולים. לקראת הבחירות הבאות, רצה להקים "חזית עם" – תנועה על-מפלגתית שתורכב ממפא"י וסביבה נציגי מפלגות אחרות, שמצעה היחיד יהיה שינוי שיטת הבחירות. במידה וזו תשיג רוב מוחלט, תעביר מיד חוק שינהיג את שיטת הבחירות החדשה ולאחר מכן תפזר את הכנסת וייערכו שוב בחירות, הפעם בשיטה החדשה, שתביא להתגבשותן של שתי מפלגות גדולות. ביולי הסכימו ראשי מפא"י לרעיון שינוי שיטת הבחירות, אולם הסתייגו מרעיון "חזית העם" ובן-גוריון ויתר על התוכנית לרשימה על-מפלגתית. ב-16 בספטמבר קיבל מרכז מפא"י את הצעתו של בן-גוריון לשינוי שיטת הבחירות והנושא הפך לחלק ממצע המפלגה בבחירות הבאות. אלא שמפ"ם ו"לאחדות העבודה" התנגדו לשיטת הבחירות האזוריות, משום שסברו כי היא מהווה סכנה לקיומן.
בתקופה שישב בשדה בוקר, הגיעו אליו תדירות מבקרים רבים שבאו לבקש את עצתו: שרים, קצינים, פקידים בכירים ועסקני מפלגה. אחד המבקרים התדירים ביותר היה הרמטכ"ל משה דיין, ובמהלך אותה שנה חלה בין השניים התקרבות. תלונותיו של דיין על שר הביטחון פנחס לבון השפיעו על בן-גוריון לשנות את דעתו החיובית מאד על לבון. ב-24 באוגוסט 1954 שמע לראשונה מדיין על דבר קיומו של "העסק הביש" במצרים ושלבון היה האיש שנתן את ההוראה לפעולה. עם התגברות המתיחות האישית בין שרת ולבון, החלו באותה שנה שתי קבוצות מתוך מפא"י לנסות ולהחזיר את בן-גוריון לשלטון. היו אלה קבוצת "הצעירים" ובהם יצחק נבון, שמעון פרס, טדי קולק ואהוד אבריאל, וקבוצת הוותיקים, אנשי צמרת מפא"י, ובהם שמואל דיין, קדיש לוז ומרדכי נמיר. המתח בגבולות וערעור האמון של הציבור במנהיגות המדינה הביאו בסוף 1954 לדרישות רבות להחזיר את בן-גוריון להנהגת המדינה. ב-1 בפברואר 1955, יום למחרת הוצאתם להורג של נידוני קהיר עזר ומרזוק, הגיעה משלחת ראשי מפא"י (שרת, מאיר, ארן, אשכול ואביגור) לשדה בוקר להתיעצות עם בן גוריון לגבי הדחתו של לבון ממשרד הביטחון. דבר הביקור פורסם וב-17 בפברואר התפטר לבון מהממשלה. בעקבות לחץ מצד ראשי מפא"י, הסכים בן-גוריון לשוב לממשלה כשר הביטחון.

שר הביטחון 1955

ב-21 בפברואר 1955 הושבע בן-גוריון בכנסת לתפקיד שר הביטחון בממשלתו של משה שרת. בפגישתו הראשונה עם הרמטכ"ל דיין, הורה לו להעביר את ראש אמ"ן, בנימין גיבלי, לתפקיד אחר, אולם נמנע מלטפל בפרשת לבון ולא ניסה לברר מי נתן את ההוראה לפעולה במצרים. ב-27 בפברואר, לאחר פעולה של חוליית מסתננים מרצועת עזה שפעלה בשליחות המודיעין המצרי, הציעו בן-גוריון ודיין לראש הממשלה פעולת תגמול: פגיעה במחנה צבאי מצרי ליד עזה. שרת אישר את המבצע וב-28 בפברואר יצא לפועל מבצע חץ שחור. לאחר הפיגוע במושב פטיש, הציע בן-גוריון בישיבת הממשלה ב־29 במרץ לכבוש את עזה. בתגובה לחששם של חלק מהמתנגדים לגבי צירוף מספר כה גדול של ערבים לאוכלוסיית ישראל, השיב כי ניתן לפתוח עבורם שני מעברים, למצרים ולעבר הירדן. בעת הוויכוח בישיבה, בתגובה לדברי שרת לגבי חשיבותו של האו"ם, טבע את הביטוי "או"ם שמום!". ב-3 באפריל נערכה הצבעה בממשלה והצעתו של בן-גוריון נדחתה על ידי הממשלה. ההצבעה הציתה מחדש את הריב בין בן-גוריון לשרת, שעמד בראש המתנגדים, ויחסיהם החריפו מאד. בתקופה זו התגבשה בנושא מדיניות הביטחון חזית מתונה סביב שרת ובן-גוריון נותר במיעוט בממשלה. ב-27 באפריל, ביום העצמאות השביעי, נשא בן-גוריון נאום במפגן צה"ל באצטדיון רמת גן, בו תקף את שרת מבלי להזכיר את שמו וביטא את ה"אני מאמין" הביטחוני–מדיני שלו עצמו: "לרבים מתושבי הארץ נדמה, כאילו כבר באנו אל המנוחה ואל הנחלה, ורק דאגה אחת מקננת בלבם: מה אומרים הגויים [...] אין יסוד לבהלה מאמרות הגויים... ההיסטוריה אינה נעשית על ידי דיבורים, אלא על ידי מעשים [...] לא ניתפש לבהלה ולפחדנות הלובשת מחלצות של תבונה ומעשיות מדומה [...] עתידנו אינו תלוי במה יאמרו הגויים, אלא במה יעשו היהודים".
ב-26 ביולי 1955 נערכו הבחירות לכנסת השלישית, בהן איבדה מפא"י חמישה מושבים. בן-גוריון תקף את מדיניותו הביטחונית הפשרנית של שרת והודיע כי לא ישתתף בממשלה שזו מדיניותה וכי בדעתו לפרוש ולשוב לשדה בוקר. לאחר שקיבל פניות רבות מחברי מפלגתו לחזור בו, הסכים ב-12 באוגוסט רשמית להרכיב את הממשלה הבאה. שרת לא רצה לכהן כשר החוץ בממשלתו של בן-גוריון, אולם הסכים לבסוף, לאחר שבן-גוריון איים שלא יקבל על עצמו אם כך את תפקיד ראש הממשלה. באוגוסט 1955 החריף המצב הביטחוני לאורך גבול רצועת עזה. לנוכח התנגדותו של שרת לפעולות תגמול, מסר דיין לבן-גוריון מכתב התפטרות. בעקבות זאת, תבע בן-גוריון בממשלה לקבוע קו ברור – של שרת או שלו – ולאחר מכן פרש לביתו. שרת נכנע ואישר באותו יום את פעולת ח'אן יונס, ודיין ובן-גוריון שבו לתפקידיהם.
בספטמבר 1955 הרחיב נאצר את ההסגר על מיצרי טיראן גם על התחום האווירי שמעליהם ונחתמה עסקת הנשק הצ'כוסלובקית-מצרית, ובאמצע אוקטובר הקימו סוריה ומצרים פיקוד צבאי משותף. בעקבות זאת, הורה בן-גוריון באותו חודש למשה דיין להכין תוכנית מבצעית לכיבוש המיצרים ולפריצת המצור המצרי.
לאחר שובו מ"שנת שדה בוקר", חלה שחיקה בכוחו של בן-גוריון והוא החל להסתמך יותר על יוזמותיהם של עוזריו הצעירים.
באוקטובר 1955 סבל מ"מחלת מנייר", שפגעה בו במרכזי שיווי המשקל באזניים וגרמה לו לסחרחורות קשות ואיבוד שיווי משקל. הוא נפגש עם משה פלדנקרייז, ממציא שיטת פלדנקרייז, ובהדרכתו החל לצעוד מדי יום כחמישה קילומטרים ושב לאיתנו.
הוא סבל מכאבי גב והיה מבצע אימון יומי שכלל צעידה מהירה וטבילה בים ולאחריהן עמידת ראש, אותה ביצע על פי הדרכתו של פלדנקרייז. את העמידה על הראש לימד אותו החל מיולי 1957.

1955–1956

ב-2 בנובמבר 1955 הציג בן-גוריון את ממשלתו החדשה בכנסת. בדצמבר 1955 הפגיזו הסורים ספינות דיג ומשטרה בכנרת, ובן-גוריון הורה בתגובה על "פעולת כנרת" נגד הצבא הסורי, שעוררה ביקורת חריפה בישראל ומחוצה לה. ב-18 באפריל 1956 הסכימו ישראל ומצרים לקיים את שביתת הנשק, תוך ויתורים מסוימים מצד ישראל, אולם שבוע לאחר שהודיע על כך בן-גוריון בכנסת, נרצח רועי רוטברג ופעולות הפידאיון התחדשו.
בעקבות מלחמת אלג'יריה והמשבר בין צרפת ומצרים בשנים 1954–1955, חלה התקרבות מצד צרפת לישראל. בין בן-גוריון לשרת היה ויכוח חריף לגבי יעדי מדיניות החוץ והביטחון של ישראל, לגבי דרכי הפעולה שלה במערכות החוץ ולגבי שינוי האוריינטציה הבינלאומית מארצות הברית ואנגליה לצרפת. בעקבות זאת, הפקיע בן-גוריון ב-10 באפריל את תחום הרכש הצבאי ממשרד החוץ ומסר אותו לידי משרד הביטחון. למחרת הגיעו לישראל מטוסי הקרב הראשונים שנרכשו מצרפת. הגורם העיקרי להחמרת היחסים בין בן-גוריון ושרת היה לגבי שאלת היציאה למלחמת מנע נגד מצרים, אותה שלל שרת בתוקף. ב-2 ביוני הסכים שרת לדרישת בן-גוריון שיתפטר, אחרת יעזוב הוא את הממשלה. ב-18 ביוני סיפר שרת בישיבת הממשלה על האולטימטום מצד בן-גוריון והודיע על התפטרותו. ב-20 ביוני אמר בן-גוריון בכנסת כי "הדבר מועיל למדינה".
במקום שרת, מונתה גולדה מאיר לשרת החוץ. בשונה משרת, היא הייתה שותפה להשקפותיו המדיניות של בן-גוריון. בתקופת כהונתה הוא התערב רבות בענייני משרדה.

מבצע קדש והנסיגה מסיני 1956–1957

התחמשותה של מצרים בנשק סובייטי רב וחדיש יצרה איום על ישראל.
ב-10 ביוני 1956 נתן בן-גוריון את הסכמתו למשא ומתן עם הצרפתים על שיתוף פעולה נגד נאצר. בשבוע האחרון של יוני נחתמה עסקה חשאית שכללה רכישת נשק צרפתי, וב-24 ביולי הגיעה לישראל אניית הנשק הראשונה מצרפת. ב-26 ביולי הכריז נאצר על הלאמת תעלת סואץ. ב-21 באוקטובר יצא בן-גוריון לצרפת והשתתף בוועידת פסגה חשאית בפרוור סוור ליד פריז עם ראש הממשלה גי מולה, שר החוץ כריסטיאן פינו ושר ההגנה מוריס בורז'ס-מונורי, בה דנו בתכנון הפעולה הצבאית המשותפת נגד מצרים. ב-24 באוקטובר חתם בן-גוריון על הסכם משולש עם צרפת ובריטניה על מבצע צבאי נגד מצרים (מבצע מוסקטר). החלק הישראלי במבצע קיבל את השם "מבצע קדש". ב"ועידת סוור" נסוג בן-גוריון מדרישתו להתקפה בו-זמנית והסכים לתוכנית הבריטית, לפיה ישראל תיקח על עצמה את תפקיד התוקפן: היא תתקוף ראשונה ובכך תספק לבריטניה וצרפת את האמתלה לתקיפה לשם הגנה על תעלת סואץ. זו הייתה הפעם היחידה בחייו בה הכריע בעד יציאה למלחמה ביוזמת ישראל.
המבצע החל ב-29 באוקטובר, וב-5 בנובמבר השלים צה"ל את כיבוש חצי האי סיני כולו, כולל האיים טיראן וסנפיר. באותו יום שיגר ראש ממשלת ברית המועצות, ניקולאי בולגנין, אגרות חריפות לצרפת, בריטניה וישראל. באגרת לבן-גוריון איים בולגנין על קיומה של ישראל: "ממשלת ישראל משחקת בצורה נפשעת וחסרת אחריות בגורל העולם, בגורל עמה היא. היא זורעת איבה כזאת לישראל בין עמי המזרח, שאינה יכולה לא להשאיר רישומה על עתיד ישראל ומעמידה בסימן שאלה את עצם קיומה של ישראל בתור מדינה". לשם "הבטחת השלום במזרח התיכון, נוקטת הממשלה הסוביטית ברגע זה אמצעים על מנת להפסיק המלחמה ולרסן התוקפים". לצד האיומים הללו, הפיצה ברית המועצות שמועה כי היא מגייסת "מתנדבים" שישרתו בצבא המצרי. ב-6 בנובמבר הקריא הרמטכ"ל דיין בפני אלפי חיילים בשארם א-שייח' אגרת מאת בן-גוריון למסדר סיום המלחמה, בה הכריז: "יטבת (טיראן) תהיה שוב לחלק ממלכות ישראל השלישית!". ב-7 בנובמבר נאם בן-גוריון בכנסת נאום ניצחון אודות "המערכה הגדולה ביותר בתולדות עמנו" ואחד המבצעים "הגדולים בתולדות העמים". הוא טען כי "מעמד הר סיני נתחדש בימינו אלה" וכי צה"ל "לא פגע בשטחה של מצרים" אלא "אך ורק בשטח חצי האי סיני". כמו כן, טען לזכותה של ישראל על האי "יטבת" (טיראן), בהסתמכו על אזכור ההתיישבות היהודית באי בכתבי פרוקופיוס. בהתייחסו ללחצי ארצות הברית וברית המועצות, טען כי אלו העדיפו "פיוסו של נאצר על שמירת החוק הבינלאומי" ועשו זאת "על חשבון ישראל", והכריז: "לא נתבטל מפני תקיפי עולם". הוא קבע בנאומו כי "הסכם שביתת הנשק עם מצרים מת" וכי "ישראל לא תסכים בשום תנאי שכוח זר" יוצב "בתחומיה או באחד השטחים המוחזקים על ידיה". סקירתו זכתה בתמיכה מלאה מצד כל הסיעות מלבד הקומוניסטים, אולם בראיון בשנת 1966 התוודה כי טעה בהשמעת נאומו בכנסת והסביר: "הניצחון היה מהיר מדי. הייתי יותר מדי שיכור ניצחון". למחרת התקבלו תגובות נרגזות על הנאום מהעולם, ובאותו ערב הצביעה עצרת האו"ם ברוב מוחלט שעל ישראל לסגת ללא תנאים. ב-8 בנובמבר קיבל בן-גוריון שדר חריף מאד מהנשיא אייזנהאואר, בו דרש מישראל "לחזור מטריטוריה מצרית". אל המכתב צורף שדר בעל פה בשם מזכיר המדינה דאלס, שאיים כי אם תסרב ישראל לסגת, יופסק לה כל סיוע כספי מארצות הברית, ממשלתי או פרטי, ויוטלו עליה סנקציות על ידי האו"ם. באותו יום הגיעו ידיעות רבות לגבי התערבות צבאית סובייטית. אלו הביאו לבהלה כללית בהנהגת המדינה וגם בן-גוריון חרד מפני התקפה רוסית. הוא החליט לסגת וכתב שני מכתבי תשובה לאגרות מנהיגי ארצות הברית וברית המועצות. לבולגנין כתב: "מדיניות החוץ שלנו מוכתבת על ידי צרכינו החיוניים ועל ידי שאיפתנו לשלום, ושום גורם זר אינו קובע אותה ולא יקבע אותה". לאייזנהאואר, לעומת זאת, כתב כי הוא מוכן להיענות לדרישתו לסגת. ב-9 בנובמבר קרא את אגרותיו בשידור רדיו לאומה.
ב-12 בנובמבר יצא בן-גוריון בטיסה לסיור בן יומיים בסיני. הוא נחת בשארם א-שייח' וביום השני סייר באזור עזה. הוא ניסה להאט את הנסיגה, במטרה לנסות לספח את מיצרי טיראן ולהחליף את צה"ל בכוח בינלאומי במקום צבא מצרי. הוא בחר בטקטיקה של השהייה, בתקוה שככל שהזמן יעבור, יפחת הפחד מהאיום הרוסי והעולם ינקוט בגישה מאוזנת יותר כלפי ישראל. בתקופה זו תוכל ישראל להסביר את עמדתה בארצות הברית ולרכוש את דעת הקהל. ההשהיה נועדה גם להפוך את הנסיגה לקלף מיקוח תמורת הישגים מדיניים. בן-גוריון קיווה גם שלאחר פינוי חלק מסיני, יפחת הלחץ הבינלאומי והעולם ישלים עם הישארות ישראל ברצועת עזה ובמיצרי טיראן. אולם הלחץ על ישראל לא פחת. ב-15 בנובמבר קיבל בן-גוריון אגרת-איום נוספת מבולגנין. עצרת האו"ם תבעה שישראל תיסוג, תוך איום בסנקציות כלכליות. הנסיגה מסיני התבצעה בשלבים, אך במקביל אישר בן-גוריון את הצעת דיין להקים היאחזויות נח"ל בשארם א-שייח' ובטיראן והחיל את החוק הישראלי על תושבי רצועת עזה. הוא סירב להתפנות מהמקומות הללו ללא תנאי ובינואר 1957 הורה ללוי אשכול ולדיין להיערך לקראת סנקציות. ב-3 בפברואר קיבל מאייזנהאואר אגרת חריפה שכללה איום בסנקציות, אך סירב לדרישתו לסגת. המאבק המדיני של ישראל הפך לעימות אישי עם נשיא ארצות הברית. בסופו של דבר נאלצה ישראל לסגת מהמיצרים ומרצועת עזה. הניצחון הצבאי הגדול הסתיים אמנם בתבוסה מדינית, אולם בעקבותיו הובטח חופש המעבר לספינות והגבולות שקטו במשך עשר שנים. "מבצע סיני" הביא לפריחה ביחסי החוץ של ישראל ולגל של גאווה בקרב יהודי התפוצות. הוא חיזק את מעמדו של בן-גוריון ואת כוחה של מפלגתו.

ענייני חוץ והכור בדימונה 1957–1961

ב-18 בינואר 1957 נאם בן-גוריון בכנס בקיבוץ גבעת חיים ובדבריו נשתמעה ביקורת חריפה נגד אופי עבודתו של משה שרת במשרד החוץ. שרת תבע את עלבונו בבירור בוועדה המדינית של מפא"י, אולם בן-גוריון סירב להתנצל. בעקבות זאת, סיים שרת את חברותו עם בן-גוריון וסירב לכל ניסיונות הפיוס שלו.
ב-29 באוקטובר 1957 הושלך רימון בכנסת. הרימון התפוצץ ובן-גוריון נפצע קל מרסיסים בזרועו וברגלו. הוא אושפז בבית החולים ובמשך מספר ימים ישב ליד מיטתו מזכירו הצבאי ומקורבו נחמיה ארגוב. ב-2 בנובמבר התאבד ארגוב, לאחר שבדרכו לבית החולים בירושלים פגע ברוכב אופניים. דבר התאבדותו הוסתר מבן גוריון בעזרתם של מספר עיתונים שהדפיסו גיליון אחד של מהדורה מיוחדת, בה לא הוזכר דבר מותו של ארגוב, וגיליונות אלה הם שנמסרו לבן-גוריון. ב-5 בנובמבר בישר לו משה דיין את הבשורה הקשה וכעבור שבועיים עמד בן-גוריון דום לזכרו של ארגוב על דוכן הנואמים של הכנסת.
שנת 1958 הייתה שנה מוצלחת מאד במדיניות החוץ של בן-גוריון.
בשנה זו הוא החל לגבש "ברית פריפרית" פרו-מערבית עם חבש, איראן וטורקיה. המשותף לגוש המדינות הללו היה התנגדות להתפשטות של נאצר ולהשפעה הסובייטית. בינואר 1958 החליף בן-גוריון מכתבים עם השאה הפרסי. ב-29 באוגוסט אותה שנה, נפגש באנקרה עם ראש ממשלת טורקיה, אדנאן מנדרס, ושר החוץ פטין רישטי זורלו . בפגישה סוכם על העלאת הנציגויות הדיפלומטיות לדרגת שגרירויות.
במהלך שנת 1958 טיפח בן-גוריון בהדרגה גם את הקשרים המדיניים עם גרמניה המערבית, חרף ההתנגדות הציבורית.
בתקופה שלאחר מבצע סיני, פרחה ידידות גדולה בין צרפת וישראל. התקיים שיתוף פעולה הדוק בין שתי המדינות ששיאו אספקת נשק רב לצה"ל, ובפרט לחיל האוויר, והקמת הקריה למחקר גרעיני בדימונה. בן-גוריון ראה בכור האטומי אמצעי להבטחת קיומה של ישראל והוא הוקם בניגוד לדעתם של רוב מנהיגי מפא"י ושריה הבכירים. ב-31 במאי 1958 נתמנה שארל דה גול, כלפיו רכש בן-גוריון הערצה עמוקה, לראש ממשלת צרפת.
במחצית שנת 1958 יזם בן-גוריון את פריצתם של צעירי מפא"י (ובראשם דיין ופרס) לצמרת המפלגה, כדי להתחיל בה תהליך הדרגתי של חילופי דורות.
ב-3 בנובמבר 1959 נערכו הבחירות לכנסת הרביעית. למערכת הבחירות שקדמה להן נבחרה למפא"י הסיסמה "הגידו כן לזקן". בן-גוריון התלהב מאד מדרך ההסברה החדשה של חוגי בית והשתתף בעצמו באחדים מהם. הנושא העיקרי בנאומיו היה שינוי שיטת הבחירות. בזמן מערכת הבחירות הרבה להשתמש כלפי בגין בכינוי "המוקיון". ערב הבחירות ביקר בין היתר בכפר בקה אל-גרבייה – ככל הנראה ביקורו היחיד בכפר ערבי בכל שנות שלטונו. בבחירות זכתה מפא"י ב-47 מושבים – הניצחון הגדול ביותר בתולדותיה עד אז. ב-16 בדצמבר הציג בן-גוריון בכנסת את ממשלתו החדשה, בה היו חברים גם השרים החדשים משה דיין ואבא אבן.
במרץ 1960 ביקר בן-גוריון בארצות הברית, לראשונה זה תשע שנים, שם נועד עם מנהיגים יהודים, עם אלינור רוזוולט ונלסון רוקפלר, עם מספר סנטורים ועם הנשיא אייזנהאואר. ב-14 במרץ נפגש לראשונה עם קנצלר גרמניה קונראד אדנאואר במלון וולדורף אסטוריה בניו יורק, בו שהו שניהם, בדירת השרד בה התגורר הקנצלר. השיחה נמשכה קרוב לשעתיים. אדנאואר דיבר גרמנית. בן-גוריון הבין אותו אך דיבר באנגלית ודבריו תורגמו לגרמנית. בן-גוריון ביקש סיוע כלכלי: מלווה בסך חצי מיליארד דולר, שיינתן במשך עשר שנים ויוקדש לפיתוח התעשייה והחקלאות. הוא ביקש מאדנאואר "להשתתף בבניית הארץ אחרי שקודמיך גרמו לכך שאבדו לנו ששה מיליונים אחים". הוא הסביר את בקשתו בנימוק מוסרי: "שהנוער בגרמניה...ימצא סיפוק מוסרי כלשהו כשידע שעמו...עזר להתפתחותה ולעצמאותה של ישראל". אדנאואר הסכים מיד. הוא הסכים גם לבקשת בן-גוריון לספק חינם נשק לישראל. מניו יורק טס בן-גוריון ללונדון ונפגש עם ראש ממשלת בריטניה, הרולד מקמילן.
במהלך שנת 1959 חל שינוי לרעה ביחס לישראל מצד חלק ממערכות השלטון בצרפת, וב-14 במאי 1960 פרץ משבר בין המדינות, לאחר ששר החוץ הצרפתי הודיע כי ממשלת צרפת החליטה שלא לספק אורניום לכור האטומי בדימונה. בעקבות זאת, ביקשה ישראל פגישה בין בן-גוריון לנשיא דה-גול. ב-23 במאי 1960 הכריז בן-גוריון מעל דוכן הכנסת על לכידת אדולף אייכמן והעמדתו למשפט בישראל. בעקבות גילוי עובדת מקום לכידתו, פרץ משבר דיפלומטי חריף עם ארגנטינה, שדרשה את החזרתו, אולם בן-גוריון התעקש על שפיטת אייכמן בישראל. ב-14 ביוני נערכה עבור בן-גוריון קבלת פנים מפוארת בארמון האליזה בפריז, שם נפגש עם דה-גול. בפגישה דיבר דה-גול צרפתית ובן-גוריון באנגלית, כמעט ללא עזרת המתורגמנים. דה-גול הבטיח כי צרפת לא תיתן להשמיד את ישראל. בן-גוריון הגיע למסקנה שפינוי אלג'יריה יחבל בידידות בין צרפת וישראל, ולכן הציג בפני דה-גול את תוכניתו לפתרון בעיית אלג'יריה באמצעות חלוקה והעברת מיליון צרפתים לאלג'יריה. אולם תוכניתו לא שכנעה איש מאנשי הממשל הצרפתי. בשל התארכות הפגישה, הזמין דה-גול את בן-גוריון לפגישה נוספת. ב-17 ביוני נפגשו שוב ובן-גוריון הבטיח כי אין בכוונת ישראל לבנות נשק גרעיני בכור המוקם בדימונה. דה-גול הבטיח לו שצרפת תגן על ישראל ושישראל תקבל את "המטוסים הטובים ביותר" של צרפת. בעקבות הפגנת התמיכה של דה-גול בישראל, התיישרו הפקידות האזרחית והצבאית בצרפת בהתאם לקו של הנשיא. בין דה-גול ובן-גוריון נוצרה ידידות אישית.
באישורו של בן-גוריון, הגיעה ישראל להסכם פשרה עם צרפת, לפיו תמשיך ישראל בהקמת הכור האטומי ובן-גוריון יודיע פומבית על הקמתו. אולם הממשל האמריקני גילה את הדבר לפני ההודעה הפומבית, ונושא "הפצצה האטומית הישראלית" פורסם בעיתונות האמריקנית ונודע ברחבי העולם. ב-21 בדצמבר 1960 מסר בן-גוריון הודעה בכנסת, כי בנגב מוקם כור מחקר אך הידיעות על פצצה אטומית אינן נכונות. ב-3 בינואר 1961 מסרה מחלקת המדינה האמריקנית לישראל חמש שאלות לגבי הכור, שיש להשיב עליהן עד חצות הלילה. בן-גוריון סירב לדרישה להשיב עד חצות. הוא זימן לשדה בוקר את השגריר האמריקני, אוגדן ריד, השיב לו על השאלות והוסיף בתקיפות: "לא נהיה גרורים של אמריקה. עליכם לדבר אתנו כדבר שוה אל שוים, או לא תדברו אתנו". סירובה של ישראל לאפשר ביקור מיידי של אנשי מדע אמריקנים בכור הוביל לעימות חריף עם הממשל האמריקני, והלחץ על ישראל אף גבר לאחר בחירתו של ג'ון קנדי לנשיא ארצות הברית. בסוף מאי יצא בן-גוריון לביקור רשמי בקנדה, בהזמנת ראש ממשלה, ג'ון דיפנבייקר. בתום חמשת ימי ביקורו, טס לניו יורק, שם נפגש עם הנשיא קנדי. לקראת הפגישה, התירה ישראל ביקור של שני מומחים אמריקנים בכור, וקנדי סיפר לבן-גוריון כי הם השתכנעו שהכור נועד לצורכי שלום. בזמן שהותו בארצות הברית, ביקר אותו במלונו הנשיא לשעבר הארי טרומן. בן-גוריון אמר לו: "בעיני העם היהודי אתה תחיה לנצח!". טרומן התרגש ופרץ בבכי. בלונדון התקבל בן-גוריון על ידי גיבורו, וינסטון צ'רצ'יל, שאמר לו: "אתה מנהיג אמיץ של אומה גדולה!". לאחר כישלון מרד הגנרלים באלג'יריה, שלח בן-גוריון ב-26 באפריל מברק ברכה לדה גול. ב-6 ביוני התקבל בלשכתו. בתום ארוחת הצהריים, הרים דה גול כוס "לישראל, ידידתנו ובת־בריתנו" – הכרזה בעלת משמעות רבה בעיצומם של מלחמת אלג'יריה והמגעים החשאיים עם החזית הלאומית לשחרור אלג'יריה.

פרשת לבון 1960–1961

לדעת הביוגרף מיכאל בר-זוהר, לאחר ארבע "שנות זוהר" מאז מבצע סיני, בשנת 1960 החל תהליך ממושך ובלתי-רצוף של שקיעתו של בן-גוריון.
ב-5 במאי 1960 ביקש בן-גוריון לשמוע ממזכיר ההסתדרות, פנחס לבון, מה יש בלבו בנוגע ל"מאורע מצרים" ("העסק הביש" – הפרשה שבמרכזה עמדה השאלה מי נתן את ההוראה להפעלתה של רשת ריגול וחבלה ישראלית שנלכדה במצרים בשנת 1954). לבון סיפר כי יש בידו עדות חשובה על זיוף התעודות באמ"ן. בן-גוריון ביקש את החומר והבטיח "לעשות בירור". כך התפוצצה מחדש "פרשת לבון". בן-גוריון הורה לרמטכ"ל חיים לסקוב למנות ועדת חקירה וזו הוקמה ב-12 בספטמבר בראשות השופט העליון חיים כהן. ב-26 בספטמבר דרש לבון מבן-גוריון לבטל את ועדת החקירה החדשה, לטהר אותו מאחריות לפעולה במצרים ולהטיל את האשמה על בנימין גיבלי, אולם בן-גוריון סירב. למחרת החלה העיתונות לפרסם קטעים מהשיחה. רובם הגדול של מאמרי העיתונים צידדו בלבון וביקרו את בן-גוריון. בזמן ההמתנה לסיום עבודת ועדת החקירה, החליט בן-גוריון להיכנס לעובי הקורה ולקרוא פרוטוקולים מתקופת "העסק הביש", כדי שיוכל להתמודד עם התקפות העיתונים. ב-2 באוקטובר העלה את "הפרשה" בישיבת הממשלה ודיבר עליה בוועדת החוץ והביטחון. הוא הציג את עמדתו החדשה, שמדובר ב"שני מאורעות נפרדים": האירוע במצרים והתפטרות לבון ממשרד הביטחון מפני שהצעותיו לשינוי מערכת הביטחון לא נתקבלו על ידי ראש הממשלה שרת. הוא גם פרסם הודעה לעיתונים, בה הדגיש: "כל העניין הזה אין לו שום נגיעה למפא"י. במידה שאני מטפל בדבר זה – אני מטפל אך ורק כשר ביטחון". לבון החליט לפנות לוועדת החוץ והביטחון. ב-4 באוקטובר העיד בפניה ומתח ביקורת על בן-גוריון. כשנודע לבן-גוריון תוכן עדותו, הפך הקרע הסמוי ביניהם לריב מלא שנאה. לאחר שגילה שתוכן מכתב ששלח ללבון הודלף לעיתון, נוצר ביניהם עימות חריף ובמכתב ששלח אליו ב-10 באוקטובר שם בן-גוריון קץ ליחסיהם. באותו יום חזר לתל אביב מחופשתו וחקר את שרי המפלגות האחרות בממשלת שרת לגבי מעשיו של לבון כשר הביטחון. לבון העיד בארבע ישיבות של הוועדה, בהן גולל את גרסתו ל"עסק הביש" ודחה את ההצעה לחקירה משפטית. דיוני הוועדה היו אמנם סודיים, אולם דיווחים מדבריו פורסמו בעיתונים וחוללו רעידת אדמה פוליטית. דיווחים אלה היו מצונזרים וכללו שמות-צופן מוסכמים. הציבור הרחב לא יכול היה להבין על איזו פרשה מדובר, אולם הבין כי מדובר בשבר גדול בצמרת מפלגת השלטון. הנהגת מפא"י החליטה לעשות כל שביכולתה כדי להוציא את הטיפול בפרשה מידי הוועדה ולהשתיק את הפרשה, אולם בן-גוריון החליט לנטוש את עמדתו הנייטרלית ולצאת למאבק גלוי נגד לבון. מרגע שהפך לצד בפרשה, נראתה תביעתו העקרונית לערוך בירור משפטי בפרשה כניסיון להפריע למאבקו של לבון להשגת צדק.
ועדת כהן הגישה לבן-גוריון את ממצאיה, לפיהם נעלמו מסמכים והייתה הדחה לעדות שקר. בן-גוריון העביר את הממצאים ליועץ המשפטי לממשלה והשעה את גיבלי משירות בצה"ל. אולם הוא התנגד ל"טיהור" לבון ללא חקירה משפטית והתעמת בכך עם צמרת מפלגתו. ב-21 באוקטובר נפגש עם גיבלי, שטען בפניו כי אכן קיבל מלבון את ההוראה. בן-גוריון השיב כי עליו לדרוש ועדת חקירה משפטית, וב-23 באוקטובר הגיש את בקשתו של גיבלי לממשלה. מספר שרים, ובהם אשכול ומאיר, התנגדו לוועדת חקירה משפטית והצהירו כי הם מעדיפים חקירה על ידי הממשלה עצמה, אולם בן-גוריון התנגד בתוקף. כדי למצוא פשרה, פנה לוי אשכול אל משה שרת, שהיה ראש הממשלה בזמן התפטרות לבון, וזה פרסם ב-25 באוקטובר הודעה שאמרה כי על פי ממצאי ועדת כהן נראה כי "האשמה שהוטלה על פנחס לבון, לגבי האחריות הישירה ל'פרשה', היא אשמת שוא". לבון מיהר לפרסם הודעה משלו, בה קבע כי דברי שרת מחסלים את הפרשה. מתוך מכתב סודי שכתב לשרת ב-28 באוקטובר, מתברר שבן-גוריון סבר כי אשמתו של גיבלי אינה מוכיחה שלבון לא נתן לו את ההוראה לפעולה במצרים או לפחות גרם לו "להניח שזהו רצונו של שר הביטחון".
ב-30 באוקטובר החליטה הממשלה להקים ועדת שרים שתבדוק את החומר הנוגע לפרשה. בן-גוריון לא התנגד להצעה, לא השתתף בהצבעה ולאורך עבודת הוועדה לא התעניין בדיוניה. ב-20 בדצמבר הגישה "ועדת השבעה" בראשות שר המשפטים פנחס רוזן את מסקנותיה לממשלה. היא פסקה כי "לבון לא נתן את ההוראה" וכי "מעשה 'העסק הביש' לא בוצע בידיעתו". דו"ח המסקנות הסופיות של הוועדה, שהובא לממשלה ב-25 בדצמבר, קבע כי "יש לראות את בירור הפרשה כנגמר ומסוכם". הממשלה החליטה לאשר את המסקנות, אולם בן-גוריון ראה "משוא פנים" בהתנהלות הוועדה ו"העדר אמת וצדק" במסקנותיה, ולא השתתף בהצבעה. הוא הודיע כי אינו יכול לקחת חלק באחריות המשותפת להחלטה ולכן אינו עוד "חבר בממשלה". לפני התפטרותו, יצא לחופשה בת מספר שבועות. ב-10 בינואר הורה לפטר את גיבלי מצה"ל, על סמך מסקנות היועץ המשפטי לממשלה. ב-12 בינואר חתמו 150 אנשי רוח, שבמרכזם בכירי המרצים באוניברסיטה העברית, על גילוי דעת נגד סירובו של בן-גוריון לקבל את מסקנות ועדת השבעה ונגד הדרישה להדיח את לבון "מתפקידיו הציבוריים". ב-31 בינואר 1961 הגיש בן-גוריון את התפטרותו לנשיא המדינה.
חילוקי הדעות בין צמרת מפא"י לבן-גוריון הובילו להחלטת מזכירות המפלגה להדיח את לבון מתפקיד מזכ"ל ההסתדרות. ב-4 בפברואר כונס מרכז המפלגה כדי להצביע על ההחלטה. בן-גוריון לא הגיע לישיבה, שבה תקף אותו משה שרת בנאום נגד הדחת לבון: "לא הכבוד והצדק משמשים נר לרגלינו, כי־אם הפחד והחשבון [...] חבר אחד ויחיד בתוכנו, בא לידי מסקנה כי לבון אינו יכול להמשיך בתפקידו כמזכיר ההסתדרות, ואם לא יסולק, אז החבר ההוא יסיק מזה מסקנות [...] אצלנו לא ייתכנו תכתיבים". חברי המרכז הצביעו בעד ההדחה, שהביאה לקרע גלוי בין בן-גוריון לבין הצמרת הוותיקה. בן-גוריון ניהל בו-זמנית שני מאבקים, פוליטי נגד לבון ועקרוני בעד חקירה משפטית, אך עירב אותם זה בזה, והמאבק הפוליטי שמט את היסוד המוסרי של המאבק העקרוני. בציבור הרחב הצטייר בן-גוריון כצד בפרשה וכדורש ועדת חקירה, אף על פי שאת האשם כבר מצא. לדברי מיכאל בר-זוהר, הדחת לבון פגעה קשות בתדמיתו המוסרית: היא "ערערה את אמינותו, הציגה אותו כנקמן וכדיקטטור הכופה רצונו". לדבריו, "הדחת לבון סימלה את ראשית הקץ של שלטונו".

1961–1963

מספר ימים לאחר הדחת לבון, ניסה בן-גוריון להקים ממשלה חדשה, אולם מפ"ם ואחדות העבודה סירבו להצטרף לממשלה בראשותו והוא נכשל גם בהקמת קואליציה צרה עם הפרוגרסיבים והדתיים. מפ"ם ו"אחדות העבודה" הסכימו להצטרף לממשלה בראשות לוי אשכול, בה יכהן בן-גוריון כשר ביטחון, אולם הוא סירב לשבת בממשלה עם שתי המפלגות שפסלו אותו. הוא הציע למזכירות המפלגה שיצא מהממשלה והמליץ על אשכול להחליפו בראשותה. אלא שהצמרת הוותיקה של מפא"י סירבה לקבל את תכתיבי מפלגות המיעוט והחליטה ללכת לבחירות. ב-15 באוגוסט 1961 נערכו "בחירות הפרשה", בהן הפסידה מפא"י חמישה מושבים בכנסת. בשל הביקורת הציבורית הקשה שהופנתה נגדו, העדיף בן-גוריון בספטמבר להתבודד בשדה בוקר ולוי אשכול לקח על עצמו את מלאכת הרכבת הממשלה. ב-2 בנובמבר הציג בן-גוריון את ממשלתו החדשה, שכללה בסופו של דבר את "אחדות העבודה".
בדצמבר 1961 נסע בן-גוריון לבורמה כדי להתבודד במנזר בודהיסטי ולהתעמק בתורת בודהה.
בשנת 1962 קיבל מן הטכניון בחיפה תואר כבוד של "דוקטור לאדריכלות" (היחיד בקטגוריה זו) על בניית המדינה.
ביולי 1962 שיגרה מצרים ארבעה טילי קרקע-קרקע בעלי טווח ארוך, ואילו עשרים אחרים הוצגו בקהיר במצעד של יום המהפכה. בעקבות זאת, התחולל משבר המדענים הגרמנים במצרים, שעורר חרדה רבה בקרב ראשי מערכת הביטחון, משום שהמומחים הישראלים חששו שמצרים תחמש את טיליה בראשי חץ לא-קונבנציונליים. ישראל פנתה בנושא לשר הביטחון של גרמניה, אולם בן-גוריון לא רצה לפגוע ביחסים איתה וסירב לפנות לאדנאואר. במקום זאת, אישר לאיסר הראל לפעול באופן סמוי נגד המדענים. לאחר מעצרם של שני סוכני "מוסד" ישראלים בשווייץ, חשף הראל בפני עורכי העיתונים את נושא המדענים. בעקבות הסערה הציבורית שהתחוללה, אישר בן-גוריון למסור הודעה מדינית, שקבעה כי "העם הגרמני לא יוכל לפטור עצמו מאחריות" לפעילות המדענים וכי "מחובתה של ממשלת גרמניה להפסיק לאלתר" את פעילותם זו של אזרחיה. רוב הנואמים בישיבת הכנסת ביקרו את מדיניותו של בן-גוריון כלפי גרמניה. ב-25 במרץ 1963 מסר ראש אמ"ן, מאיר עמית, לבן-גוריון הערכת מצב שונה מאד מזו שמסר לו ראש המוסד לגבי סכנת המדענים, ונתברר כי הבהלה שאחזה בצמרת המדינה הייתה מוגזמת מאד. בן-גוריון הודיע להראל כי בכוונתו להביא את הדברים לוועדת החוץ והביטחון. בעקבות זאת, התפטר הראל מתפקידו ובן-גוריון מינה את עמית לראש המוסד.
בין דצמבר 1961 למאי 1963, יזם בן-גוריון שלושה ניסיונות להיפגש עם נשיא מצרים, נאצר, באמצעות ראש ממשלת בורמה, או נו, נשיא יוגוסלביה, טיטו, ועורך סאנדיי טיימס הלונדוני, צ'ארלס ד. המילטון , אולם כל היוזמות נתקלו בסירוב.
בפברואר ומרץ 1963 חוללה מפלגת הבעת' הפיכות בעיראק ובסוריה ובאפריל הקימו שתי המדינות עם מצרים את "הפדרציה הערבית". בן-גוריון נתקף חרדה עמוקה ושלח עשרות מכתבים לראשי מדינות בעולם, ובראשם קנדי וחרושצ'וב, מהם ביקש לדרוש בעצרת הכללית הקרובה ממדינות ערב, "שיכבדו עקרונות האו"ם" ויתחייבו "לכבד שלמותה הטריטוריאלית, עצמאותה וריבונותה של כל אומה". אלא ש"הפדרציה הערבית" נתגלתה כריקה מתוכן, כל בקשותיו של בן-גוריון נדחו והמתקפה הדיפלומטית שלו נחלה כישלון.
בעקבות הבחירות ב-1961, גבר חששו של בן-גוריון מפני עליית "חירות" לשלטון, והדבר הניע אותו לחדש את יוזמתו לאיחוד מפא"י עם "אחדות העבודה". במכתב שכתב למשה שרת ב-21 במרץ 1963, הזהיר מפני "השתלטות בגין, תלמיד היטלר מובהק לגבי משטר ממלכתי", שינהיג "דיקטטורה". שלטונו "יביא אחריו חורבן המדינה" ו"יהפוך את ישראל למפלצת". ב-15 במאי 1963 הסביר במכתב לחיים גורי כי "בגין הוא טיפוס היטלריסטי מובהק, גזעני, מוכן להשמיד את כל הערבים למען שלמות הארץ...ואני רואה בו סכנה חמורה למצב הפנימי והחיצוני של ישראל". הוא התנבא שאם בגין יתפוס את השלטון, הוא "ישלוט כמו שהיטלר שלט בגרמניה...בהרפתקאות מדיניות יחריב את המדינה... אין לי ספק שבגין שונא להיטלר – אבל אין שנאה זו מוכיחה שהוא שונה ממנו".
באפריל 1963 נפטר הנשיא יצחק בן-צבי. למחרת מותו, הציע בן-גוריון את נשיאות המדינה לזלמן שזר, שנבחר לנשיא השלישי של מדינת ישראל.
במאי 1963 שלח נשיא ארצות הברית, ג'ון קנדי, אגרת חריפה לבן-גוריון, בה תבע בתוקף לאפשר ביקורים נוספים של מומחים אמריקנים בכור האטומי בנגב. בן-גוריון השיב שישראל לא תסכים ליותר מביקור אחד בשנה.
ב-16 ביוני 1963 הודיע בן-גוריון על התפטרותו מראשות הממשלה. הוא הסביר כי הוא מתפטר "מתוך צרכים אישיים", אולם סירב לפרט את הסיבות. עם זאת, נראה כי התפטרותו באה כשהיה במתח נפשי רב.
בן-גוריון שימש בתפקיד ראש ממשלת ישראל בשתי תקופות, שמנו 13 שנים ו-127 ימים בסך הכול.

1963–1965

בן-גוריון המליץ על לוי אשכול כיורשו בראשות הממשלה, אך במהלך השנה הראשונה לכהונתו של אשכול, חלה החרפה משמעותית ביחסים ביניהם, בשל שני נושאים עיקריים: התעוררותה מחדש של פרשת לבון ביוזמת בן-גוריון, ויוזמת הצמרת הוותיקה של מפא"י לכונן "מערך" בין מפא"י ואחדות העבודה - פועלי ציון, שמשמעותה בלימת מחנה "הצעירים" בני טיפוחיו של בן-גוריון. מלבד זאת, ניסה אשכול לבסס את מעמדו כראש המפלגה והמדינה באמצעות מספר יוזמות שנגדו את הקו הישן של בן-גוריון.
לאורך כל תקופת כהונתו כראש הממשלה, התעקש בן-גוריון שלא למלא את בקשת זאב ז'בוטינסקי בצוואתו, שממשלה יהודית תעלה את עצמותיו לארץ ישראל. מתוך רצון לשנות את הקו של בן-גוריון לקו פייסני יותר, החליטה ממשלת אשכול במרץ 1964 להעלות את עצמותיו של ז'בוטינסקי לישראל. בן-גוריון חשש כי העלאת העצמות תעניק ל"חירות" לגיטימציה בציבור הרחב ובאפריל תקף את ההחלטה באמצעות סדרת מאמרים חריפים ב"דבר", בהם תקף את ז'בוטינסקי.
עוד בסוף 1962 פנה בן-גוריון לעיתונאי חגי אשד, בבקשה שיחקור את נושא "הפרשה". אשד חקר את כל החומר הנוגע ל"עסק הביש" ב-1954 וגם את התנהלותה של "ועדת השבעה" ב-1960. יום לאחר התפטרותו ב-1963, קיבל בן-גוריון את חיבורו של אשד, שהגיע למסקנה כי לבון אכן נתן את ההוראה לפעולה במצרים. ב-14 במרץ 1964 דרש בן-גוריון מאשכול "בירור משפטי" להתנהלותה של "ועדת השבעה" ונענה בשלילה. ב-2 במאי שלח אשכול מכתב לשלושה מראשי קבוצת "מן היסוד" (שתמכה בלבון), בו כתב כי אין הוא רואה עוד משמעות להחלטה על הדחת לבון. בן-גוריון תקף את ביטול ההדחה בנאומים ובעיתונות, תוך שימוש בביטויים חריפים שעוררו כלפיו ביקורת ציבורית קשה, וכך, בזמן שאשכול זכה לאהדה ציבורית, עיסוקו של בן-גוריון ב"פרשה" נראה בעיני הציבור כנקמנות. באוגוסט תקף בן-גוריון גם את החלטת מפא"י לוותר על סעיף שינוי שיטת הבחירות במצעה, בהתאם לדרישת אחדות העבודה.
ב-22 באוקטובר 1964 הגיש בן-גוריון לשר המשפטים דב יוסף את תביעתו לפתוח בחקירה מחודשת של "הפרשה", בצירוף תזכיר על מעורבותו האישית, המחקר של חגי אשד וחוות דעת משפטית על התנהלות "ועדת השבעה". יוסף המליץ בפני הממשלה על חקירה מחודשת, ואף הציע כי החקירה תעסוק ב"עסק הביש" ב-1954 ולא בוועדה של 1960. בן-גוריון הודיע כי הוא מסכים להמלצה, אולם אשכול סירב להקים ועדת חקירה משפטית וב-13 בדצמבר הגיעו הדברים לכדי עימות גלוי ביניהם בישיבת מרכז מפא"י. אלא שלמחרת הודיע אשכול לממשלה על התפטרותו וכך העמיד את מפלגתו בפני ברירה. ב-16 וב-17 בדצמבר החליטו מזכירות ומרכז מפא"י לקרוא לאשכול להרכיב ממשלה חדשה ודחו את ההצעה לחקור את פרשת 1954. אשכול הרכיב מחדש את אותה ממשלה והמלצת דב יוסף לא הועלתה בה. בפברואר 1965 נערכה בוועידת מפא"י בהיכל התרבות בתל אביב ההתמודדות האחרונה בין בן-גוריון לבין אשכול. ב-17 בפברואר אמר בן-גוריון בנאומו: "אמת וצדק נעשו בפי רבים מלים בטלניות וסיסמאות מלוגלגות. לא האמת קודמת לכל – אלא הכיסא קודם לכל. לא הצדק קובע – אלא הפחד מהתפטרות הממשלה... אם הלילה אעמוד בפני ברירה... אני בוחר בגילוי האמת". הוא דחה את הטיעון כי העם אינו רוצה בחידוש הפרשה: "אינני יודע מה רוצה ומה לא רוצה העם. אני יודע רק – כך נדמה לי – מה רצוי לעם... לעם רצוי שבארצנו ישלטו האמת והצדק". מיד אחרי בן-גוריון, נאם משה שרת, אשר היה על ערש דווי והגיע על כיסא גלגלים. הוא טען כי "המשבר הזה הוא פרי עמדה, קו, דרישה, מגמה של איש אחד ויחיד". נאומה של גולדה מאיר היה אחד הקשים שנישאו אי פעם כלפי בן-גוריון. בן-גוריון ויתר על דברי התשובה שלו ועזב את הישיבה. ביומה האחרון של הוועידה נשא אשכול נאום שבו קבע כי הממשלה החליטה לא לעסוק ב"פרשה". הוא התגונן בפני התקפותיו של בן-גוריון על הקמת "המערך החדש", ולקראת סיום דבריו פנה אליו בקריאה נרגשת: "תן לי אשראִי!". בסיום הוועידה הצביעו רוב הצירים כנגד הצעת בן-גוריון לבירור "הפרשה" בוועדת חקירה משפטית.
בן-גוריון לא ויתר. ב-13 במאי 1965 אמר לעיתון "דבר" כי אשכול "אינו רשאי לעמוד על־יד הגה המדינה", באותו יום אמר ל"מעריב" כי במפא"י שורר משטר "הפחד והרמיה", וב-18 במאי אמר לעיתון "הבוקר" כי יהיה מוכן להרכיב ממשלה בעצמו. אלא שב-3 ביוני בחר מרכז מפא"י את מועמד המפלגה לראשות הממשלה (ללא השתתפות בן-גוריון), ואשכול זכה ברוב גדול של 63.5% לעומת 36.5% לבן-גוריון.

הקמת רפ"י (1965)

ב-29 ביוני אסף בן-גוריון את תומכיו והודיע על הקמת רשימה עצמאית. הוא העריך כי היא עתידה לקבל בין 20 ל-25 מנדטים, בעיקר על חשבון המערך, ותכנן לאחר הבחירות להציע לחברי מפא"י להתאחד שוב. הוא קרא לרשימה "רשימת פועלי ישראל" (רפ"י). הוא טען כי חבריה נשארים חברי מפא"י, אולם מזכירות מפא"י פסקה כי ראשי הרשימה הוציאו עצמם מהמפלגה. יחד עם כמה מתומכיו, גורש בן-גוריון מן המפלגה שבראשהּ עמד עשרות שנים, על ידי בית דין מפלגתי שבראשו עמד יעקב שמשון שפירא, שגם כינה את בן-גוריון "פחדן" ואת רפ"י "קבוצה נאו-פאשיסטית". ב-2 בנובמבר עזב בן-גוריון את מפא"י והקים את מפלגתו החדשה. מצע רפ"י היה ממלכתי וקרא לשינוי במשטר ובחברה הישראלית, אולם המפלגה לא זכתה לאמון הציבור, שלא הסכים לקבל את אנשיה, שהיו עד עתה סמל הממסד, כ"מהפכנים" שעתידים לחולל שינוי במדינה. תדמיתו של בן-גוריון נותרה של מנהיג נוטר הקם על יורשו. בבחירות לכנסת השישית ב-1965 זכתה רפ"י בעשרה מושבים בלבד ונותרה באופוזיציה.

מלחמת ששת הימים 1967

ב-15 במאי 1967 חצו יחידות של הצבא המצרי את תעלת סואץ ונכנסו לתוך שטח סיני. נאצר דרש מהכוח הבינלאומי של משקיפי האו"ם לצאת מהאזור וב-19 במאי החליטה ישראל על גיוס מילואים חלקי. בן-גוריון סבר שיש לעשות הכל כדי למנוע מלחמה חדשה והאשים את אשכול במצב. ב-22 במאי, בתקופת ההמתנה המתוחה, הגיע הרמטכ"ל יצחק רבין, על פי בקשתו, לפגישה עם בן-גוריון בביתו בתל אביב, כדי לשמוע את הערכתו על המצב ולקבל את עצתו. אולם רבין לא קיבל ממנו עידוד והגדיר את השיחה "זעזוע גדול". בן-גוריון טען בפניו כי "אסור בשום פנים ואופן שתפרוץ מלחמה" וכי גיוס המילואים "סיכן את עם ישראל". דעתו זו נגדה לחלוטין את תדמיתו בציבור באותה עת. עם החמרת המשבר, גברה הביקורת הציבורית על אשכול, שאינו מעז לצאת למלחמה, ורבו הקולות שדרשו להחזיר את בן-גוריון להנהגת המדינה.
ב-24 במאי הציע מנחם בגין לאשכול להעמיד את בן-גוריון בראש ממשלת ליכוד לאומי, אולם אשכול סירב. הערכתו של בן-גוריון הוצגה על ידי שמעון פרס בפני אישים מרכזיים בצמרת במדינה, להם סיפר שבן-גוריון סבור כי יש להמתין, להתחמש ולצאת למלחמה במועד נוח יותר. למשה דיין הסביר בן-גוריון כי "אם נצא עכשיו בהתקפה, כל העולם יהיה נגדנו ולא נוכל לקבל סיוע". דיין חלק על הערכתו וטען כי המתנה תעניק את היתרון הצבאי למצרים. בן-גוריון השיב: "השיקול המדיני עדיף ואם נצא עתה להתקפה, יהיה זה אסון". ב-27 במאי הגיעו לביתו ראשי גח"ל ושמעו ממנו את הערכותיו. בגין וחבריו התאכזבו מעמדתו ונסוגו מהצעתם להחזרתו לממשלה. התנועה להחזרתו גוועה והתחלפה בלחץ ציבורי על אשכול למנות את דיין לשר הביטחון. ב-1 ביוני נכנע אשכול לדרישה ורפ"י הצטרפה לממשלת ליכוד לאומי. ב-5 ביוני פרצה מלחמת ששת הימים, שהסתיימה בניצחון ישראלי גדול. לדברי מיכאל בר-זוהר, מינוי דיין וההחלטה לצאת למלחמה, "הביאו לשקיעתו הסופית של בן-גוריון כמדינאי" – תהליך שארך "כימי מלחמתה של ישראל".

1967–1970

לאחר שישב שלושה חודשים בתל אביב, שב בן-גוריון לשדה בוקר. לאחר המלחמה הרפה מפרשת לבון וחדל לתבוע חקירה משפטית, אולם המשיך לבקר בחריפות את אשכול. בינואר 1968 נפטרה אשתו, פולה. באותה שנה התאחדה רפ"י עם מפא"י ואחדות העבודה למפלגה משותפת – מפלגת העבודה, אולם בן-גוריון התנגד לאיחוד, סירב להצטרף למפלגה ונותר למעשה כסיעת יחיד בכנסת. לקראת יום העצמאות באותה שנה סירב לקבל את פרס ישראל שהוצע לו על "תרומה מיוחדת לחברה ולמדינה", ונימק: "לא מגיע לי פרס בעד מילוי חובתי לארצי".
בשנת 1969 ניסה בן-גוריון לרתום את מנחם בגין למאבקו באשכול וכתב לו: "מבחינה אישית לא הייתה לי אף פעם טינה אישית נגדך וכל מה שהכרתי אותך יותר בשנים האחרונות – הוקרתי אותך יותר". בפברואר אותה שנה נפטר אשכול ובן-גוריון סירב להשתתף בלוייתו. באוקטובר אותה שנה התקיימו הבחירות לכנסת השביעית, בהן עמד בן-גוריון בראש הרשימה הממלכתית. זו זכתה בארבעה מושבים ואחד מנציגיה בכנסת היה איסר הראל. ב-1970 התפטר בן-גוריון מהכנסת. באותה שנה הודיע במכתב לאחד מצעירי המפלגה, כי אינו שייך יותר לרשימה הממלכתית, וכי פרש מפעילות פוליטית.

שנותיו האחרונות 1970–1973

את שארית חייו הקדיש בן-גוריון לכתיבה, בעיקר של זיכרונותיו.
ביום הולדתו ה-85, בשנת 1971, ביקרה אצלו הממשלה בראשות גולדה מאיר בשדה בוקר והכנסת חוקקה חוק מיוחד, כדי שיוכל לנאום בפניה. הוא נאם על עתיד עם ישראל בארצו והתקבל בקימה ובתשואות מצד כל סיעות הבית. באותה שנה ערך את נסיעתו האחרונה מחוץ לישראל, לוועידה בבריסל למען יהודי ברית המועצות. באותה שנה גם חדל לכתוב ביומנו.
בזמן מלחמת יום הכיפורים היה בן-גוריון בודד בביתו בתל אביב. כעבור מספר שבועות לקה בשטף דם במוח. שטף הדם גרם לו לשיתוק חלקי, ובזמן שהיה בהכרה מלאה לא יכול היה לדבר. במשך שבועיים נאבק על חייו בבית החולים, ונפטר ב-1 בדצמבר 1973 (ו' בכסלו תשל"ד), בגיל 87. קבריהם של דוד ופולה בן-גוריון נמצאים בגן לאומי קבר בן גוריון סמוך למדרשת בן-גוריון, מול נחל צין. בן-גוריון ביקש כי לא יינשאו הספדים על קברו ולא יירו מטחי כבוד בטקס הלוויה.

משפחתו

בשנת 1917, במהלך שהותו בניו יורק, נישא בן-גוריון לפולה מונבז, אחות במקצועה ופעילה במפלגה הציונית פועלי ציון. פולה לקחה חלק פעיל בפעילותו הציבורית של בן-גוריון והתלוותה אליו בסיורים ובשליחויות.
לזוג בן-גוריון נולדו שלושה ילדים: גאולה (בן אליעזר, לאחר נישואיה), עמוס, שהיה ניצב במשטרת ישראל, ורננה (לשם, לאחר נישואיה), פרופסור למיקרוביולוגיה.
אחד מנכדיו הוא חוקר התקשורת יריב בן אליעזר.

יחסו לדת היהודית

יחסו של בן-גוריון לדת המסורתית היה עוין ושלילי. הוא דחה את קיומם של אלוהות פרסונלית ושל מושג ההתגלות. הוא לא היה אתאיסט משום שמעולם לא שלל את קיומו של אלוהים. בראיון ב-1968 נשאל אם הוא מאמין באלוהים, וענה: "השאלה היא מיהו אלוהים... אני לא מאמין שאלוהים דיבר עם משה. משה שמע קול אדם בלבו וכך ידע שהוא צריך לעשות את זה." בשנותיו האחרונות אמר שמושג האלוהות שלו הוא הפנתאיזם של שפינוזה, ואף שוחח עם איינשטיין על הנושא. אניטה שפירא העריכה כי בן-גוריון היה אגנוסטיקן. עם זאת לא היה היה בהכרח נטורליסט לגמרי. באותו ראיון הצהיר: "אינני מאמין שיש רק כוחות פיזיים בעולם... שמוח זה רק פרוצס (=תהליך) טבעי... יש משהו מעל זה". לדברי מיכאל בר-זוהר, בן-גוריון "בערוב ימיו נכבש בכל לבו לאמונה בקיומו של אלוהים".
ב-1936 טען בן-גוריון בפני ועדת פיל: "זכותנו ביחס לארץ-ישראל נובעת לא מהמנדט והצהרת-בלפור. היא קודמת לאלה... התנ"ך הוא המנדט שלנו". מאוחר יותר הקים את החוג לתנ"ך בבית ראש הממשלה. הוא ראה את מדינת ישראל כממשיכת ממלכת יהודה והסמיך את מלחמת העצמאות והקמת המדינה למלחמות ישראל בסוף תקופת בית שני (עד תום מרד בר כוכבא). בעיניו המשמעות של תולדות עם ישראל הייתה רק בתקופת ישיבתו בארצו ועצמאותו המדינית, תוך המעטת החשיבות של כל מה שביניהן. בן-גוריון עשה שימוש רב בתנ"ך, כולל שימוש פוליטי ואקטואלי שעורר את זעם החוגים החרדים. הוא נהג להתפלמס איתם, תוך המעטת ערכה של הספרות היהודית הבתר-מקראית.
כפי שרווח בחוגי הציונות, בן-גוריון דחה את סמכות התורה שבעל פה ובייחוד את התלמוד הבבלי, בהם ראה תוצרים של תרבות גלותית מנוונת. ב-1968 אמר בראיון: "אינני מחשיב את התלמוד, אינני יכול להעמיד את התלמוד בשורה אחת עם התנ"ך". המקור הבלעדי בעיניו היה התנ"ך, אותו פירש עצמאית, ושאותו שאף להפוך לבסיס לזהות הלאומית הישראלית, בייחוד אחרי הפסקת השליטה הבריטית והתווסדות המדינה. התנ"ך עבורו, כמו מרבית ההוגים הציונים, היה יצירה היסטורית-תרבותית אנושית ששיקפה את הגניוס הלאומי של העם, לא תיעוד של התגלות אלוהית. בד ובד עם שלילתו את מקורם האלוהי של הכתובים, גם התעקש על כך שבעיקרם הם מדויקים היסטורית ודחה את התפישה שלהם כפולקלור, שכל חשיבותו בהיותו מסורת ושאלת אמינותו שולית (כפי שגרס למשל אחד העם). הוא היה אוהד גדול של יחזקאל קאופמן, שדגל בגישה שמרנית לביקורת המקרא ושאף להוכיח את קדמותו ואחדותו היחסית של הטקסט המקראי. בנימין בית-הלחמי ייחס לבן-גוריון ולאופן חשיבתו השפעה מכרעת על האופן בו התקבל התנ"ך בחברה החילונית בישראל, כטקסט המעוקר ממשמעות אמונית אך גם חסין ברובו בפני מסקנות הביקורת הרדיקלית, כשהכרונולוגיה המקראית ואירועיה עצמם מקובלים כאמת היסטורית למעט פרשיות ההתערבות האלוהית.
מאז שעלה לארץ ישראל, ביקר בן-גוריון רק פעמיים בבית כנסת: הפעם הראשונה הייתה בעלייה לתורה של נכדו, על פי דרישתם של הוריו, מרי ועמוס. על פי עדותו, הפעם השנייה הייתה ערב הקמת המדינה. עם זאת, סמוך לפתיחת המושב הראשון של האספה המכוננת, הלך לבקשת הרב מאיר בר-אילן לבית הכנסת ישורון בירושלים לשמוע תפילת הודיה, וציין ביומנו: "זו לי הפעם הראשונה בארץ ישראל שאני נוכח בבית כנסת בשעת תפילה".
בשאלות הפוליטיות של דת ומדינה היה יחסו של בן-גוריון זהיר ומחושב. ביוני 1947 הוא ניצב בראש החותמים על מכתב הסטטוס קוו שנשלח לראשי אגודת ישראל, בו נקבעו יחסי דת ומדינה במדינה העתידית. המכתב הבטיח להפוך את יום השבת ליום המנוחה הרשמי של המדינה לכשתוקם והבטיח את האוטונומיה של זרמי החינוך הדתיים. מטרת המכתב הייתה ליצור הבנה עם אגודת ישראל כדי שזו תסייע להקמת מדינה יהודית בארץ ישראל בעדותה בפני ועדת אונסקו"פ. המכתב עיצב למעשה את אופייה של מדינת ישראל בנושאי דת ומדינה למשך עשרות בשנים.
ביוני 1954 הזהיר בן-גוריון את ראש הממשלה שרת: "אין לנו להפריד הדת והמדינה". הוא נימק זאת בכך ש"קיימת שותפות גורל בין מדינת ישראל ובין העם היהודי", וכפי הנראה סבר שהפרדת הדת מהמדינה תיצור קרע בין העם היהודי למדינת ישראל.
פרופ' ישעיהו ליבוביץ, שהיה ממבקריו החריפים של בן-גוריון, כתב על שיחה פרטית שהייתה להם בתחילת שנות ה-50 בנושא הפרדת הדת מהמדינה, בה בן-גוריון אמר לו: "אתה דורש את הפרדת הדת והמדינה כדי שהדת תשוב להיות גורם עצמאי אשר השלטון המדיני יצטרך להתמודד עמו. אני שולל הפרדה זו - אני רוצה שהמדינה תחזיק את הדת בידה".
בראשית מלחמת העצמאות נעתר לבקשת ראשי היהדות החרדית לדחיית שירותם הצבאי לשלושה חודשים של כ-400 בחורי ישיבה במסגרת הסדר "תורתו אומנותו". עם השנים גדל מאוד היקף השחרור שניתן לתלמידי ישיבות חרדיות ומספרם הגיע לכמה אלפים מדי שנה. ב-1958 נודע על כוונתו של בן-גוריון לשנות את המעמד הקיים של מתן הדחייה (אשר בפועל הפכה לפטור) לתלמידי הישיבות החרדיות. כוונתו הייתה לגייס את כולם מלבד מי שמקדיש את כל חייו ללימוד תורה, שגם הוא ילך לאימונים בסיסיים של שלושה חודשים. ההצעה עוררה חשש בקרב חלק ממנהיגי הציבור החרדי והדתי, והרב הרצוג שלח לבן-גוריון מכתב בו הביע את דאגתו וביקש "שחרור מכל חובת גיוס כל דהו, כל עוד הם יושבים באהלה של תורה". על כך בן-גוריון השיב לו: "כשפטרתי לפני עשר שנים בחורי הישיבה משרות בצבא היה מספרם מועט וגם, כפי שנאמר לי אז, הייתה זו הארץ היחידה, שבה נשארו לומדי תורה לשמה, אם כי עלי לציין בשמחה כי בחורי הישיבה לקחו חלק במלחמה על הגנת ירושלם כשאר צעירי ירושלם. המצב מאז השתנה. בחורי הישיבות רבו".
ב-20 באוקטובר 1952 נערכה פגישה בין בן-גוריון והחזון איש בביתו של הרב בבני ברק, ביוזמתו של ראש הממשלה. במהלך הפגישה שאל אותו בן-גוריון: "איך יהודים דתיים ולא-דתיים יחיו יחד בארץ הזאת, בלי שנתפוצץ מבפנים?". החזון איש המשיל את היהודים הדתיים לגמל טעון משא (עול המצוות), העומד מול גמל שאין עליו מטען - הם היהודים החילוניים, ש"צריכים לפנות את הדרך". לדברי יצחק נבון, אמר לו בן-גוריון: "ומצוות יישוב הארץ אינה מצווה? וזה לא משא? ומצוות ההגנה על החיים אינה מצווה? ומה שעושים הבחורים שאתם כל כך מתנגדים להם, והם יושבים על הגבולות ושומרים עליכם, האין זו מצווה?".
בן-גוריון התנגד עקרונית לנישואי תערובת ביהדות. הוא סבר כי הן "תופעה לא טובה", אך עם זאת "יש יוצאים מהכלל". הוא סבר כי החיים בישראל מבטיחים שילדים מנישואים כאלה יחיו כיהודים, בזמן שילדים כאלה החיים מחוץ לישראל יתרחקו מהיהדות. בשנות ה-50 תמך בהגירתם לישראל של בני-זוג וצאצאים לא-יהודים ממשפחות מעורבות, בעיקר ממדינות מזרח אירופה. הוא שלל הליך גיור כלשהו עבורם אף למול הפצרות השרים הדתיים בממשלתו, וטען בתוקף שההזדהות הלאומית והמגורים במדינה הם שהופכים אדם ליהודי. בן-גוריון סבר כי יש לרשום ככזה כל המצהיר זאת בתום לב ואל לה למדינה להתערב בענייני דת; הוא הצדיק רבנים שסירבו לגייר חלק מהעולים שפנו אליהם, באמרו שהללו אינם מתעתדים לקיים אורח חיים דתי. עד 1958 אכן נוהלו הדברים ברוחו, אם כי באופן לא רשמי, והרשויות רשמו כל מהגר שהצהיר על כך כיהודי. ניסיון הממשלה למסד זאת כמדיניות גלויה הוביל לפרישת המפד"ל מהקואליציה ביולי, וכדי לפתור את המשבר החריף שנודע בשם "מיהו יהודי?", פנה בן-גוריון למי שהגדיר כ"חכמי ישראל" בעת ההיא: 51 רבנים, פילוסופים, סופרים ואנשי אקדמיה, כולם גברים. מתוך 45 שהשיבו, תמכו 37 בהגדרה המקובלת. בינואר 1960 נקבע שיירשם כיהודי "מי שנולד לאם יהודייה ואינו בן דת אחרת, או מי שנתגייר כהלכה."
במאי 1961 נערך בישראל מפקד אוכלוסין וראשון המתפקדים היה ראש הממשלה בן גוריון. בסעיף הדת ענה לפוקד: "יהודי. לא דת. יהודי. אני אומר, לא לא-דת, אבל יהודי".
לדברי הביוגרף מיכאל בר-זוהר, "היה בן-גוריון בראש־ובראשונה מנהיג יהודי", מושרש "בתולדות היהדות ובתרבותה" ו"אוהב אהבה עזה את מורשתו התרבותית וההיסטורית". לדבריו, "הוא רחש כבוד עצום לדת היהודית ולמי שהיה מעורה בה".

יחסו לשטחי יהודה ושומרון, רצועת עזה, רמת הגולן וסיני

בספטמבר 1954 כתב בן-גוריון לצעיר שהציע לו לכבוש את יהודה ושומרון: "לא שטח חסר לנו בשלב זה אלא יהודים. וכיבוש שטח נוסף - לא יוסיף יהודים אלא ערבים". בישיבת הממשלה ב-28 באוקטובר 1956, ערב מבצע קדש, התייחס לכיבוש הצפוי של רצועת עזה: "אילו הייתי מאמין בנס, הייתי רוצה שתיבלע בים".
ביום שחרור הר הבית והכותל המערבי במלחמת ששת הימים ב-1967, אמר בן-גוריון כי זהו היום השני הגדול בחייו, שני רק ליום עלייתו לארץ ישראל. במהלך המלחמה החל לגבש את תפיסתו לגבי עתיד השטחים שנכבשו. מיד עם שחרור ירושלים העתיקה, הפציר בראש העיר טדי קולק ובשר הפנים חיים משה שפירא ליישב אותה במהירות ביהודים. ב-8 ביוני כתב ביומנו: "מירושלים אסור לזוז, יש למהר ולהקים בתוכה ישוב יהודי גדול, כמו כן בחברון. הגדה המערבית אין להחזיר לחוסיין, אבל סיפוחה לישראל פירושו תוספת מיליון ערבים למדינה. זוהי סכנה חמורה. יש גם בעיה של הפליטים ברצועת עזה".
בתום המלחמה תמך בן-גוריון בנסיגה "תמורת שלום אמת", מכל השטחים פרט לירושלים ורצועת עזה. בעקבות סיור שערך באוגוסט 1967 ברמת הגולן, צירף אותה אל השטחים שלדעתו אסור להחזיר גם תמורת הסכם שלום. ב-1968 תרם לישיבת מתנחלי חברון, כחלק מתמיכתו בהתיישבות יהודית בעיר. בינואר 1970 כתב על הצורך הדחוף בהתיישבות יהודית נרחבת בעיר: "נעשה משגה עצום ונורא אם לא ניישב את חברון, שכנתה וקודמתה של ירושלים, ביישוב יהודי גדול והולך בזמן הקצר ביותר. זה יביא גם ברכה לשכנים הערבים".
בן-גוריון תמך ביוזמת רוג'רס להסדר מדיני ולנסיגה מהשטחים וב-1970 הפציר בראש הממשלה גולדה מאיר לקבלה. בתשובה למכתב שנשלח אליו, כתב באותה שנה: "אם אנו עומדים לפני ברירה - ואנו עומדים בפני ברירה זו - שלמות הארץ או שלום, בעיניי שלום קודם, כי בשטח שהיה בידינו לפני מלחמת ששת הימים יש מקום לכל עם ישראל... יודע אני שלא רק חברון ובית לחם אלא כל הארץ קדושה לנו, וכאשר יבוא משיח ישובו כל היהודים לארץ, אבל לפני בוא משיח - שלום עם שכנינו קודם לתפיסת כל הארץ". נכדו של בן-גוריון, יריב בן אליעזר, סיפר שסבו הסביר לו: "בחיים צריך סינתזה בין הרצוי, האפשרי וההכרחי. הייתי רוצה עד הפרת והחידקל, אבל זה לא אפשרי. תמורת שלום אמת נוכל להחזיר את הכל מלבד ירושלים".
ב-1971 סבר כי תמורת שלום על ישראל לסגת מכל השטחים פרט לירושלים ולרמת הגולן. באוגוסט 1972 הוסיף לירושלים גם את סביבותיה, כולל חברון, והוסיף סייג נוסף, בנוגע להתנחלויות בסיני: "כיום השתנה המצב, המנהיגים הערבים אינם מסכימים לכרות עמנו שלום, וההתנחלות בסיני משנה פני המדבר. אילו הייתה היום הסמכות בידי, לא היתי פוקד על פירוק היישובים ועל החזרת שטחם למצרים". הוא טען כי "יש להבחין בין החזרת מדבר שומם לבין שטחים מיושבים". באותו חודש גם אמר: "יש לדאוג ליישוב גדול וגדל בחברון שתהא מסוגלת במשך הזמן להיות חלק ממדינת ישראל".
בן-גוריון החזיק בעמדתו הבסיסית, כי תמורת שלום יש להחזיר את רוב השטחים, עד יום מותו.

יחסו לשלטון החוק ולמערכת המשפטית

לימודי המשפטים בטורקיה ניכרו לאורך השנים במחשבתו ובתפיסת העולם של בן-גוריון. הוא האמין במרכזיות שלטון החוק כתנאי לקיום חברה צודקת ומתפקדת. את מגילת העצמאות ראה כמסמך בעל תוקף משפטי, עירב בכתיבתה משפטנים מומחים ועיצב את נוסחה הסופי בתבנית זו. אחרי הקמת המדינה התנגד לחקיקת חוקה כתובה, בעיקר משום שגרס, ששיטת המשפט הבריטית מתאימה יותר לאומה, למדינה ולמערכת משפט בהתהוות ובהתעצבות. יש הגורסים שהביא בחשבון גם את התנגדותן של המפלגות הדתיות לחוקה כתובה.] בסופו של דבר, תמך בהצעת חה"כ יזהר הררי, שלפיה החוקה תיכתב פרקים פרקים, בדמות חוקי יסוד, שיצטברו ברבות הימים לכדי חוקה כתובה.
כאמור, העדיף את שיטת המשפט הבריטית משום שהסתייג מהמודל האמריקני של הפיקוח המשפטי על השלטון.
לבריטניה אין חוקה כתובה, שלדעתו מגבילה את המשטר הפרלמנטרי, ואילו זכותו של בית המשפט העליון בארצות הברית לבטל חוק שנחקק על ידי הקונגרס או הנשיא, נראתה בעיניו כפוגעת בדמוקרטיה, משום שהיא מעמידה אותו מעל למוסדות הנבחרים. לטעמו, שיטת "האיזונים והבלמים" האמריקנית הייתה מושתתת לעיתים קרובות על ערכים קיצוניים, המאיימים על יכולתן של מערכות שלטוניות ופוליטיות לתפקד כהלכה. הוא לא חשב שמערכת המשפט יכולה או צריכה להחליף את המערכת הפוליטית בעיצוב החברה, אך תמך בעקרון עצמאות מערכת המשפט. הוא ראה בשופטים רשות שלטונית נפרדת שאינה חלק ממנגנון השלטון, ויש להעניק להם תנאי שכר טובים כדי לשמור על עצמאותם. כך גם גרס בנוגע לעצמאות המוחלטת של היועץ המשפטי לממשלה כתובע כללי. מאבקו לחקירת פרשת לבון באמצעות ועדת חקירה משפטית נכשל מבחינה פוליטית ומעשית, אבל היה, בסופו של דבר, הבסיס לחקיקת חוק ועדות חקירה.
בן-גוריון חשב שזכות הקולקטיב להגן על עצמו גוברת על זכויות הפרט ולכן גם התנגד לתביעתו של גוסטב שוקן את הזכות לחופש מצנזורה על העיתונות, משום שחשב שלמדינה מותר להגן על האינטרסים שלה על ידי שמירת סודותיה.

השפה העברית

לדברי בן-גוריון, הוא עצמו למד עברית מסבו כבר בגיל שלוש. הוא דיבר וכתב עברית עוד לפני עלייתו לארץ ישראל.
בן-גוריון הרבה להביע דעתו בענייני השפה העברית, לעיתים בניגוד לעמדה המקובלת בקרב בלשנים, ופעל להנחיל את גישתו במאמרים ואף בהנחיות מחייבות. בין השאר התנגד לשימוש במילה "אקדמיה", ועקב כך החוק העוסק באקדמיה ללשון העברית קרוי "חוק המוסד העליון ללשון העברית", ללא המילה "אקדמיה" בשמו. ב-1955 קבע, בתפקידו כשר הביטחון, שרק אנשי צבא בעלי שמות עבריים יוכלו לייצג את צה"ל מחוץ לישראל. כן דרש בן גוריון מחברי הממשלה ומקציני הצבא לשנות את שמות המשפחה הלועזיים לשמות עבריים. הוא סבר שבכתיב של מילים שמקורן יווני יש להעדיף את האות סמ"ך על-פני זי"ן, ולכן יש לכתוב מוסיאון ולא "מוזיאון", מוסיקה ולא "מוזיקה" וכדומה. עמדתו זו הופצה כהנחיה למשרדי הממשלה, ובהתאם לכך השתמש משרד הביטחון במשך שנים רבות, אף לאחר פטירתו של בן-גוריון, בכתיב הלא מקובל מוסיאון. הבלשן יצחק אבינרי מתח ביקורת על גישתו זו של בן-גוריון.
בן-גוריון סבר שיש להימנע בדרך כלל מהשימוש במילת היחס "את", שכן אין בה צורך להבנת המשפט, ומיעט להשתמש בה. כחיזוק לעמדתו הביא את המסופר על רבי עקיבא: "חכמינו הרגישו בדבר ור' עקיבא היה משום כך דורש תלי תלים של הלכות על "את" כשם שהוא עשה זאת על "אך" ו"גם". סימן ש"את" אינו נחוץ לגופו." מעמדו הציבורי עורר עניין בעמדתו בסוגיה זו. עם החולקים על בן-גוריון נמנה הבלשן יצחק אבינרי, שגרס כי "בלשון חיה יש הכרח להקפיד על ה"את" לשם בהירות ודיוק", ואף הדגיש: "כל העוקר "את" מתוך המשפט בכוונה ומדעת - כאילו עוקר מפיו שן בריאה".
חוקר התקשורת רפי מן כתב על עיסוקו זה של בן-גוריון: "היה זה חלק מניסיונו המתמשך להיות מעורב אישית בקביעת תקנים לסמלים לאומיים שנועדו לשמש כלים בתהליך כור ההיתוך, לאיחוד ולגיבוש חוויה לאומית משותפת. ... עיסוקו בשאלות הלשון חרג על כן משיח תאורטי. הוא ביקש להתוות דרך ולהשפיע בפועל על דרך השימוש בשפה כחלק מתפישת הממלכתיות."