סדר תפילות יום הכיפורים

במהלך יום הכיפורים מתפללים 5 תפילות, בהן משולבות תוספות ייחודיות ליום הכיפורים, כסדר וידוי בתוך תפילת העמידה, וסדר העבודה באמצע תפילת מוסף. כן מתפללים בסוף היום את תפילת נעילה, שכיום אין מתפללים אותה באף יום חוץ מיום הכיפורים.
סדר התפילות הנהוג כיום הוא תולדה של חורבן בית המקדש השני, שלאחריו לא התאפשרה עבודת בית המקדש ביום הכיפורים, שהייתה מרכזו של יום הכיפורים בזמן בית המקדש, והתפילה מהווה תחליף לה. ככל הנראה שורשיהם של החלקים הקדומים ביותר הם עוד בתקופת בית המקדש עצמו, והם באו לידי הלכה מחייבת בתקופת התנאים. בין חלקים אלו אנו מוצאים את הוידוי, הברכה האמצעית של תפילת העמידה והוספה של תפילה חמישית ביום: תפילת נעילה. סביר להניח שגם אמירת סדר העבודה בתפילת מוסף החלה בתקופה קדומה יחסית, כנראה בתקופת האמוראים. בשל המנהג להתפלל בבית הכנסת רוב רובו של היום ואף לישון בבית הכנסת נוספו גם פיוטים רבים, שבתקופה מאוחרת קוצצו בקצת מקומות. נהוג להתפלל עטופים בטלית בכל התפילות. בקהילות רבות נהוג ללבוש בגדים לבנים לפי הפסוק "אם יהיו חטאיכם כשנים - כשלג ילבינו, אם יאדימו כתולע - כצמר יהיו" ובחלק מקהילות האשכנזים נוהגים גם ללבוש קיטל.

תפילת העמידה

תפילת העמידה זהה בכל תפילות היום, למעט תפילת מוסף. היא כוללת את כלל ההוספות שאומרים בעשרת ימי תשובה. כמו כן בברכת אתה קדוש ישנה תוספת ארוכה כמו בראש השנה שלא נאמרת בשאר עשרת ימי תשובה (למעט למנהג תימן שאומרים אותה בכל עשרת ימי תשובה). 
סדר הקטעים בברכה האמצעית משתנה בין המנהגים השונים. אצל הספרדים נאמרים הקטעים: אתה בחרתנו (נאמר בכל החגים), אלהינו ואלהי אבותינו מחול לעוונותינו (ייחודי ליום כיפור), יעלה ויבוא (בכל החגים ובראשי חודשים), אלהינו ואלהי אבותינו מלוך על כל העולם כולו (רק בראש השנה ויום הכיפורים), קדשנו במצוותיך (שבתות וחגים). אצל התימנים הסדר שונה: אתה בחרתנו, יעלה ויבוא, מחול לעוונותינו, מלוך על כל העולם ולבסוף קדשנו במצוותיך. במנהגי איטליה ואשכנז הסדר זהה כמעט לתימן, רק שמשמיטים את הקטע מלוך על כל העולם ובאיטליה גם את קדשנו במצוותיך, אלהינו ואלהי אבותינו מחול לעוונותינו נאמר אחרי יעלה ויבא.
חתימת הברכה: 
לפי רוב הנוסחים: ברוך אתה ה' מלך מוחל וסולח לעוונותינו ולעוונות עמו (נוסח אשכנז ונוסח ספרד מוסיפים: בית) ישראל ומעביר אשמותינו בכל שנה ושנה, מלך על כל הארץ מקדש (בשבת: השבת ו)ישראל ויום הכיפורים.
לפי תימן בלאדי: ברוך אתה ה' מלך על כל הארץ מוחל וסולח לעונות עמו בית ישראל מקדש (בשבת: השבת ו)יום הכיפורים.
בתפילת מוסף אומרים את הקטע "מפני חטאינו גלינו מארצנו" המזכיר את קרבנות היום. ברוב המנהגים הוא נאמר במקום "יעלה ויבוא" הנאמר בשאר התפילות (כמו בשאר תפילות המועדים בהם בתפילת מוסף משמיטים את הקטע יעלה ויבוא הנאמר בברכה האמצעית של שאר התפילות), אך אצל הספרדים הוא נאמר כתוספת מיד לאחר "אתה בחרתנו" ולא במקום יעלה ויבוא (כלומר אומרים יעלה ויבוא גם במוסף, בניגוד לברכה האמצעית בתפילות שלוש הרגלים).

וידוי

לאחר סיום תפילת העמידה אומרים וידוי. בכל התפילות למעט נעילה (לגבי הוידוי הנאמר בתפילת נעילה ראו בערך תפילת נעילה) כולל הוידוי את הקטעים "(אנא ה') אלהינו ואלהי אבותינו", "אשמנו, בגדנו" (מסודר לפי אותיות אלף-בית), "מה נאמר", "על חטא" ו"אלהי עד שלא נוצרתי" (יש מוסיפים לאחר מכן את הקטע "אלהי נצור לשוני מרע" כמו בכל יום ויש שמשמיטים אותו). 
לגבי הקטע "על חטא" ישנם שני מנהגים: מנהג תימן והספרדים במערב אירופה שאומרים נוסח קצר, ומנהג רוב הספרדים, האשכנזים והאיטלקים שאומרים בסדר אלף-בית (גם כאן יש מספר מנהגים, יש נוהגים אלף בית רגיל, יש אלף בית כפול ויש בסדר ישר ולאחר מכן בסדר תשר"ק).
הוידוי גם נאמר בחזרת הש"ץ באמצע ברכת קדושת היום, ובתפילת ערבית בה אין חזרה, לאחר הסליחות. אצל פייטני ספרד נתחברו פיוטי וידוי לכל אחת מתפילות היום. כיום ברוב קהילות הספרדים נהוג להשמיט וידויים אלו בשל חשש להפסק בתפילה או בשל אריכותה, ואומרים רק את פיוט הוידוי של תפילת ערבית שבו אין חשש הפסק ("רבונו של עולם אתוודה על עבירות קלות וחמורות") ואת הוידוי של שחרית לרב נסים גאון.

סליחות

עיקרו של יום הכיפורים הוא בקשת הסליחה והמחילה על העוונות, לפיכך החלק המרכזי בתפילות הוא אמירת פיוטי הסליחות, משולבות בשלוש עשרה מידות הרחמים. המנהג הקדום לומר את הסליחות בחזרת הש"ץ באמצע הברכה הרביעית של כל תפילות היום, ובתפילת ערבית בה אין חזרה - לאחר תפילת העמידה, השתמר בצורתו המקורית רק בכמנהג איטליה (וגם שם אינן נאמרות בתפילת מוסף) ובקצת קהילות האשכנזים (בעיקר קהילות שיצאו מגרמניה ומהונגריה, וכן יש תלמידי הגרי"ד סולובייצ'יק שאומרים סליחות בכל התפילות). במנהג אשכנז המאוחר אמנם שמרו על מיקום הסליחות בתוך החזרה - אך ברוב רובם של הקהילות ויתרו על אמירתן והן נאמרות רק בתפילת ערבית ובתפילת נעילה. אין לטעות בין פיוטי הסליחות לבין הקרובות (שהן סוג אחר של פיוט הנקרא "קרובץ") הנאמרות אף כיום בחזרת הש"ץ של כל תפילות היום במנהג אשכנז אפילו בקהילות שנשמטו הסליחות.
מנגד אצל הספרדים והתימנים שנהגו על פי סידורי בבל בהם אין משלבים קטעים נוספים בתוך חזרת הש"ץ, אלא אומרים את הסליחות בנפרד מהתפילה כאשר לפניהן אומרים קדיש לעילא ולאחריהן קדיש תענו ותעתרו.

פיוטים

בתקופת הפייטנות הקלאסית של ארץ ישראל, וכן בתקופת תור הזהב של שירת ספרד בימי הביניים התחברו פיוטים רבים שנועדו לעטר (או אף להחליף, במסורת הארץ ישראלית) את קטעי התפילה השונים כגון נשמת כל חי (רק במסורת ספרד), כמה קטעים בברכת יוצר וכן קרובה לחזרת הש"ץ (אוסף רחב של פיוטים המעטר את שלוש הברכות הראשונות והקדושה). בתקופות מאוחרות יותר קוצצו הפיוטים ברוב הקהילות והוזזו ממקומם בשל החשש ההלכתי להפסק בתפילה וגם בשל התפתחות החזנות שהאטה את התפלה בהכניסה תכנים מוזיקליים שלא אפשרו אמירה של קטעי פיוט רבים כל כך. 
בקרב קהילות אשכנזיות רבות נהוג כיום לומר רק קטעים מתוך הקרובות לחזרת הש"ץ בארבע תפילות היום, ורק קהילות בודדות אומרות אותן בשלמותן ואף אומרות את פיוטי היוצר. ברם, האשכנזים שמרו על המיקום המקורי של הפיוטים. גישה דומה קיימת גם אצל האיטלקים, אלא שאצלם המגמה שמרנית יותר, והם אף אומרים פיוט יוצר (אם כי לא במקומו המקורי אלא בין הקדיש לברכו).
ברוב הקהילות הספרדיות, בהן אומרים פיוטי רשות לנשמת וקדיש, העבירו את הפיוטים לאחר חזרת הש"ץ והסליחות (אף הסליחות עצמן הועברו לשם חרף מיקומן המקורי בתוך החזרה), וכיום ישנה מגמה לצמצם אותם למינימום (במספר קהילות נאמר רק הפיוט "שנאנים שאננים" לר' שלמה אבן גבירול). קהילות מעטות עדיין שומרות על המנהג לומר את הפיוטים הללו במקומם המקורי, בעיקר הקהילות במערב צפון אפריקה ובמערב אירופה. הקרובות לחזרת הש"ץ קוצצו כמעט לגמרי והן מכילות כיום רק פיוטי קדושה. באשר למיקומם של פיוטי הקדושה, במרבית הקהילות הספרדיות התקבל פתרון ביניים לפיו הם נאמרים אמנם במקומם המקורי (בניגוד לרשויות), אלא שהחזן עצמו אינו אומרם אלא הסומך שלו (אדם שעומד ליד החזן). בקצת קהילות החזן עצמו אומרם ומנגד קהילות אחרות דוחות את אמירתם לאחר הסליחות, יחד עם פיוטי הרשויות לנשמת והקדיש. המגמה הכללית אצל הספרדים היא אפוא, למעט בפיוטים ככל שניתן, מגמה הקיימת גם בתכלאל הבלדי.

תפילת מנחה של ערב יום כיפור

התלמוד במסכת יומא קובע כי יש לומר את הוידוי גם לפני הצום "שמא תטרף דעתו בסעודה", ולהלכה נפסק שמזכירים את הוידוי בתפילת מנחה, אותה יש להתפלל לפני הסעודה המפסקת. 
הוידוי נאמר על ידי היחידים לאחר תפילת העמידה. בנוגע לחזרת הש"ץ מציין אבודרהם כי "רב עמרם כתב שליח ציבור אומר וידוי במנחה לאחר שיסיים תפילתו כדי להוציא את הרבים ידי חובתן...נהגו בספרד שחוזר שליח ציבור התפילה וכשיגיע לברכת סלח לנו אבינו...אומר הוידוי...". ברם מובאת שם גם תשובה לרב האי גאון שלא ראוי ששליח ציבור יאמר את הוידוי בחזרת הש"ץ של ערב יום הכיפורים. הבית יוסף מציין כי לא נהגו ששליח ציבור אומר וידוי בתפילתו כי נהגו להתפלל תפילה אחת בקול רם ללא חזרה, ומביא את דברי הר"ן שכתב שכיוון ששליח ציבור אומר וידוי לאחר תפילתו כמו שאר היחידים אין הוא אומר אותו בקול רם. ברם המהרי"ץ בתכלאל עץ חיים מציין כי בתימן נהגו שכאשר מתפללים תפילה אחת בקול רם (ללא חזרה) שליח ציבור אומר את הוידוי בקול רם לאחר תפילתו והציבור אומר עמו, וכך גם נהוג בקהילות הספרדים במערב אירופה.
אין אומרים תחנון. אצל יהודי אשכנז נהוג להשמיט את תפילת אבינו מלכנו שבדרך כלל נאמרת בתפילות שחרית ומנחה של עשרת ימי תשובה, אך בשאר המנהגים אומרים אותו כרגיל, ולאחר מכן קדיש תתקבל ומסיימים את התפילה כרגיל. אצל הספרדים במקום (או בנוסף ל)מזמור ס"ז אומרים את המזמורים פ"ה וק"ל.

תפילת ערבית

החלק המרכזי הפותח את תפילת ערבית של יום הכיפורים ולמעשה את תפילות יום הכיפורים כולן הוא תפילת כל נדרי. לפני אמירת תפילה זו נהוג לומר מספר פיוטים בקהילות השונות. ברוב קהילות ספרד ותימן מקובל לומר את הפיוטים "לך אלי תשוקתי", שיש מייחסים לר' אברהם אבן עזרא ו"שמע קולי" המיוחס לרב האי גאון (בקהילות הספרדיות של מערב אירופה לא אומרים את "לך אלי תשוקתי" ומתחילים ישר מ"שמע קולי"). ברבות מקהילות האשכנזים (בעיקר במזרח אירופה) נהוג לומר "תפילה זכה", שבה האדם מתוודה וסולח לאנשים שפגעו בו. תפילה זו נעשית בשקט בין האדם לעצמו. בקהילות איטליה אין מנהג אחיד, יש אומרים מספר מזמורי תהלים העוסקים בנושא התשובה ויש המוסיפים לומר את הפיוט "שמע קולי" הלקוח מן המסורת הספרדית.
בנוסח איטליה, נוהגים לומר את הנוסח הרגיל של הוצאת והכנסת ספר תורה בשעה שמוציאים ומחזירים את ספרי התורה לאמירת "כל נדרים" (כל נדרי).
לאחר אמירת כל נדרי נהוג בקהילות רבות לומר פרקי מי שברך, תפילה לשלום המלכות, הזכרת נשמות (של חכמים וחברי הקהלה) ועוד. בולט במיוחד מנהג שנהוג בכמה מקהילות הספרדים להזכיר את נשמות כל הרבנים שפעלו בקהילה (ראו למשל את נוסח ההשכבות של בית הכנסת הפורטוגזי באמסטרדם). 
לאחר מכן, כבכל חג, מברכים את ברכת שהחיינו. את ברכת שהחיינו נוהגים לומר בכל חג בעת הקידוש (אם כי מדין התלמוד ניתן לאומרה אפילו בשוק), אך ביום הכיפורים, בו אין קידוש, אומרים את הברכה לפני תפילת ערבית.
לאחר מכן פותחים בתפילת ערבית עצמה. בניגוד לתפילות שבתות וימים טובים ובדומה לתפילות יום חול, תפילת ערבית של יום הכיפורים פותחת במרבית המנהגים (למעט מנהג אשכנז וקצת קהילות הספרדים) בפסוק "והוא רחום יכפר עוון" (תהילים ע"ח,לח), כבקשה למחילת החטאים. תפילת ערבית היא רגילה ללא פיוטי מעריב (למעט מחזור רומניא). לפני חצי קדיש אומרים את הפסוק "כי ביום הזה יכפר עליכם" (ויקרא טז,ל) אך במנהג איטליה אומרים את הפסוק "אלה מועדי ה'" (ויקרא כ"ג, ד'). בחלק מקהילות האשכנזים לא אומרים פסוק בכלל.
בניגוד לשאר ימים טובים, באשכנז לא נהגו לומר פיוטי מערבית ביום כיפור.  במחזור רומניא, מופיע מעריב "מי אל כמוך אדיר המלוכה", והוא מופיע גם בקטעי גניזה ובכתבי יד של נוסח איטליה.
מיד לאחר תפילת העמידה אומרים ברוב המנהגים קטעי סליחות בצירוף שלוש עשרה מידות הרחמים, אך אצל התימנים אומרים אותן רק לאחר סיום כל התפילה ומיד לאחר תפילת העמידה אומרים נפילת אפיים. לאחר סיום אמירת הסליחות אומרים קדיש תתקבל (או קדיש תענו ותעתרו אצל הספרדים), ובהרבה מקומות מוסיפים לומר קטעים נוספים, כל מקום לפי מנהגו (למשל תפילה על הפרנסה, מזמורי תהלים ועוד).

נטילת ידיים

קיימת מחלוקת אצל הראשונים האם יש לקיים נטילת ידיים של שחרית ביום הכיפורים. המצדדים שלא ליטול סוברים שכיוון שיום הכיפורים אסור ברחיצה אין ליטול ידיים, וכן דעת הרמב"ם (מאותו טעם אין מברכים לשיטתו גם את ברכת "המעביר שינה מעיני") ורש"י. לעומתם יש סוברים שכשם שהותר ליטול ידיים כאשר ידיו מטונפות כך נוטלים ידיים בקימה בבוקר משום רוח רעה השורה על ידיו של האדם במהלך השינה, וכן דעת רבנו תם, הר"ן, הטור וכן נפסק להלכה בשולחן ערוך.

ברכת שעשה לי כל צורכי

המחלוקת במהותן של ברכות השחר, האם הן ברכות על כלל העולם או ספציפיות לאדם מסוים עוררה את הסוגיה האם יש לברך את ברכת "שעשה לי כל צורכי" (שהיא ברכה על נעילת הנעליים) ביום הכיפורים (ואף בתשעה באב). הסוברים שהן ברכות הספציפיות לאדם מסוים, ומימלא במידה ולא ביצע אותן אינו מברך, כך אין מברכים ברכה זו ביום הכיפורים שכן יום הכיפורים אסור בנעילת הסנדל. לדברי האומרים שהיא ברכה על כלל העולם הדבר נשאר תלוי במחלוקת: יש הסוברים שאף לשיטה זו אין לברך, שכן כל העולם אסור בנעילת הסנדל ולא רק אדם ספציפי. ברם יש חולקים וסוברים שיש לברך ברכה זו ככל יום רגיל שכן מותר לנעול נעליים שאינן מעור או אפילו נעלי עור במקרים מסוימים (כגון שחושש מעקרב). גם למעשה חלוקים המנהגים: אצל האיטלקים והאשכנזים (למעט ההולכים בדעת הגר"א) נהוג לברך. אצל התימנים נהוג שלא לברך, ואילו אצל הספרדים הדבר שנוי במחלוקת עד היום: יש נוהגים לברך ויש שאינם מברכים. יש נוהגים כפשרה לנעול נעלי עור בצאת הצום ואז לברך, ויש מברכים כרגיל.

עשרה מזמורי תשובה

בסידור רב עמרם גאון מובא שאומרים בפסוקי דזמרא מזמורי תהילים נוספים, רובם מעניין התשובה. המנהג הובא באבודרהם ובטור ולמעשה נוהגים כך כיום רק הספרדים. מוסיפים את המזמורים לאחר מזמור צ"א בזמירות, שהוא המקום בו נוהגים הספרדים להוסיף מזמור מעניינו של יום בחגים. המזמורים שמוסיפים הם: י"ז, כ"ה, ל"ב, נ"א, ס"ה, פ"ה, פ"ו, ק"ב, ק"ג, ק"ד.

הוספות בתפלת נשמת כל חי ובברכות קריאת שמע

כפי שהוסבר לעיל, בעבר היו נאמרים פיוטים בנקודות מסוימות בתפילה החל מלפני תפילת נשמת כל חי, בינה לבין הקדיש, ובברכות קריאת שמע. כיום הנטייה במרבית הקהילות לדלג עליהם או לדחות את אמירתם לאחר מכן, אבל יש בהחלט קהילות שנוהגות כפי המנהג המקורי.

קריאה בתורה והפטרה

הקריאה בתורה היא בספר ויקרא, בקטע הלקוח מפרשת אחרי מות (ספר ויקרא, פרק ט"ז), הדן בסדר העבודה במשכן ביום הכיפורים. האיטלקים נוהגים להוסיף גם את פרק י"ז, ככל הנראה על מנת להשלים ביום הכיפורים את הקריאה של כל פרשת אחרי מות (שכן בתפילת מנחה קוראים את פרק י"ח), וכן נהגו גם בנוסח רומניא.
ביום הכיפורים ישנם שישה עולים (אחד יותר מיום טוב רגיל ואחד פחות משבת) אבל אם חל יום הכיפורים בשבת ישנם שבעה עולים. בקהילות ספרדיות מסוימות קיים מנהג שכל בית הכנסת עולה לתורה כמוסיפים, או לכל הפחות להוסיף עולים רבים.
אצל האשכנזים ישנם טעמי מקרא מיוחדים לימים נוראים. הקריאה בתורה של שחרית נעשית בטעמים אלו, ויש שינויי מנהגים באיזה ניגון לקרוא את המפטיר.
למפטיר קוראים (בדומה למועדים אחרים) קטע העוסק בקרבנות היום מפרשת פינחס (ספר במדבר, פרק כ"ט, פסוקים ז'-י"א).

ההפטרה היא בספר ישעיה (נ"ז, י"ד - נ"ח י"ד; האיטלקים והתימנים מוסיפים גם את נ"ט, כ-כ"א). עיקר ההפטרה היא דברי ביקורת על הצמים ואינם משנים את מעשיהם: 
לָמָּה צַּמְנוּ וְלֹא רָאִיתָ עִנִּינוּ נַפְשֵׁנוּ וְלֹא תֵדָע הֵן בְּיוֹם צֹמְכֶם תִּמְצְאוּ חֵפֶץ וְכָל עַצְּבֵיכֶם תִּנְגֹּשׂוּ. הֵן לְרִיב וּמַצָּה תָּצוּמוּ וּלְהַכּוֹת בְּאֶגְרֹף רֶשַׁע לֹא תָצוּמוּ כַיּוֹם לְהַשְׁמִיעַ בַּמָּרוֹם קוֹלְכֶם. הֲכָזֶה יִהְיֶה צוֹם אֶבְחָרֵהוּ יוֹם עַנּוֹת אָדָם נַפְשׁוֹ הֲלָכֹף כְּאַגְמֹן רֹאשׁוֹ וְשַׂק וָאֵפֶר יַצִּיעַ הֲלָזֶה תִּקְרָא צוֹם וְיוֹם רָצוֹן לַ-ה'. הֲלוֹא זֶה צוֹם אֶבְחָרֵהוּ פַּתֵּחַ חַרְצֻבּוֹת רֶשַׁע הַתֵּר אֲגֻדּוֹת מוֹטָה וְשַׁלַּח רְצוּצִים חָפְשִׁים וְכָל מוֹטָה תְּנַתֵּקוּ. הֲלוֹא פָרֹס לָרָעֵב לַחְמֶךָ וַעֲנִיִּים מְרוּדִים תָּבִיא בָיִת כִּי תִרְאֶה עָרֹם וְכִסִּיתוֹ וּמִבְּשָׂרְךָ לֹא תִתְעַלָּם. אָז יִבָּקַע כַּשַּׁחַר אוֹרֶךָ וַאֲרֻכָתְךָ מְהֵרָה תִצְמָח וְהָלַךְ לְפָנֶיךָ צִדְקֶךָ כְּבוֹד ה' יַאַסְפֶךָ.
— ספר ישעיה, פרק נ"ח, פסוקים ג'-ח', מתוך ההפטרה לשחרית יום הכיפורים

תפילת מוסף

לפני תחילת התפילה נהוג ברוב קהילות אשכנז שהחזן אומר תפילה הפותחת במילים "הנני העני ממעש".  בקהילות אשכנז המזרחי, הוא בדרך כלל נאמר בקול עם ניגון מרשים, ואילו בקהילות אשכנז המערבי, הוא נאמר בלחש. בתוך חזרת הש"ץ (או לאחריה) נאמרים, בדומה לתפלת שחרית, קרובה, סליחות ווידויים. בקהילות אשכנז המזרח ואיטליה בולט במיוחד הסילוק ונתנה תוקף שנאמר גם במספר קהילות ספרדיות בודדות.

סדר העבודה

חלקה המרכזי של חזרת הש"ץ של תפילת מוסף (למעט מנהג תימן שדוחה את אמירתו לאחר החזרה מחשש להפסק) הוא אמירת פיוטים המזכירים את סדר העבודה של הכהן הגדול בבית המקדש. במרוצת תקופת הפייטנות הארץ ישראלית הקלאסית ותור הזהב של שירת ספרד נתחברו עשרות פיוטים מסוג זה, עד כדי כך שניתן להגדירם כסוגה פיוטית בפני עצמה, המכונה בדרך כלל "סדר העבודה". 
אחד מסדרי העבודה הקדומים והחשובים ביותר הוא סדר העבודה "אתה כוננת עולם מראש", שמקורו בארץ ישראל. הראשונים (כדוגמת ר' דוד אבודרהם והריטב"א) סברו שמחברו הוא הפייטן יוסי בן יוסי (ועוד כתבו שהיה כהן גדול בבית המקדש), אך עם גילויים של קטעי גניזה מתקופת הגאונים מסתבר שהמחבר אינו יוסי בן יוסי (למשל סידור רס"ג המייחס סדר אחר ליוסי בן יוסי, ואת הסדר "אתה כוננת" אינו מייחס לפייטן כלשהו). סדר עבודה זה היה מקובל בקהילות קסטיליה שבספרד כפי עדות ר' דוד אבודרהם. מאוחר יותר, עם גירוש ספרד והתגבשות מחזור התפילה הספרדי אימצו כמעט כל קהילות הספרדים את נוסח זה. הרבה מקהילות נוסח ספרד גם קיבלו עליהם את סדר העבודה הזה מן הספרדים. מאוחר יותר סדר זה חדר אף לקצת קהילות המתפללות בנוסח אשכנז במזרח אירופה, אבל ברוב קהילות נוסח אשכנז שמרו על "אמיץ כח". גם ברוב קהילות תימן נהוג כיום סדר "אתה כוננת עולם מראש".
סדר העבודה בנוסח אשכנז הוא "אמיץ כח", שנתחבר על ידי ר' משולם בן קלונימוס.
בנוסח איטליה אומרים סדר עבודה "אזכר סלה", המיוחס לר' יוחנן הכהן.
בנוסח צרפת (ואפ"ם) אמרו "אתה כוננת עולם ברב חסד" ליוסי בן יוסי (שחיבר ככל הנראה שלושה סדרי עבודה שונים).
בנוסח רומניא אמרו "אדרת תלבושת" לר' שלמה הבבלי.
בנוסח פרובנס (וכן במספר תכאליל קדומים ובמחזורים בכתבי יד של נוסח איטליה) אמרו "אמוני לבב הבינו" לר' אברהם אבן עזרא.
בקהילות קטלוניה ואראגון את סדר העבודה של ר' יוסף אבן אביתור, במחזור שפתי רננות כמנהג ג'רבא וטריפולי - ר' יצחק אבן גיאת.
סוגיה שהעסיקה את פוסקי ההלכה היא אי התאמתם של סדרי העבודה למה שנפסק להלכה בתלמוד הבבלי במסכת יומא (הסיבה לכך היא ככל הנראה שהפייטנים היו מבני ארץ ישראל וכתבו את הפיוטים על פי המסורת הארץ ישראלית). עובדה זו הביאה להגהות רבות של סדרי העבודה (ובעיקר של סדר העבודה "אתה כוננת עולם מראש", וקצת ב"אמיץ כח") כך שנוסחו השתנה רבות ואין דומה נוסחו במחזור אחד למשנהו.
במנהגי ספרד ואשכנז, לאחר סדר העבודה באים מספר פיוטים לתיאור מראה הכהן הגדול בצאתו מקודש הקודשים, העבודה במקדש לעומת חסרונה בתקופת הגלות, ותקווה לבנין בית המקדש וחידוש העבודה.
במרבית קהילות הספרדים והאשכנזים נהוג ליפול על פניהם במהלך סדר העבודה כאשר החזן מגיע לתיאור הכריעה של העם שעמדו בעזרה בעת שהכהן הגדול היה מזכיר את השם המפורש.

המשך התפילה

לאחר סדר העבודה נאמרו בעבר הסליחות; במנהג איטליה ומרבית קהילות אשכנז כיום הן לא נאמרות בכלל, ובמנהג ספרד הן נאמרות לאחר חזרת הש"ץ.  בקהילות אשכנז שכן אומרים סליחות כפי מנהג המקורי, אומרים אותם מיד אחרי הפיוטים הנ"ל שאחרי העבודה.  במנהג אשכנז המערבי, אין מעבר ברור בין הפיוטים והסליחות, ולא אומרים "אל ארך אפים אתה" כמו בי"ג המידות הראשון בשאר התפילות. שריד לסליחות במנהג אשכנז (המזרחי בלבד) הוא הקינה אלה אזכרה על עשרה הרוגי מלכות שנאמרת אצל הספרדים בתשעה באב.
לאחר חזרת הש"ץ הספרדים אומרים את הסליחות, התימנים אומרים את סדר העבודה ונפילת אפיים והאיטלקים אומרים פיוט מסוג עושה שלום. לאחר מכן (ואצל האשכנזים מיד לאחר החזרה) אומרים קדיש תתקבל (או קדיש תענו ותעתרו אצל הספרדים).
לאחר הקדיש, ברוב קהילות משלמים את התפלה כבכל יום (אין כאלהינו, פיטום הקטורת וכדומה, בהתאם למנהג הקיים בשבתות ובמועדים, הספרדים מוסיפים גם תפילה על הפרנסה), אך בנוסח אשכנז (המערבי והמזרחי כאחד, וכן בנוסח ספרד) לא מסיימים את תפילת מוסף כמו בשאר הימים, אלא מיד לאחר סיום החזרה מתחילים בהוצאת ספר תורה של תפילת מנחה.

תחילת התפילה

המנהג הקדום באשכנז היה להמשיך את התפילה כל היום ולא לעשות שום הפסק בין מוסף למנחה, וכן נוהגים עד היום בקצת קהילות.  בקהילות אחרות (וכן היום בהרבה קהילות אשכנז, מאחר שהשמיטו הרבה פיוטים), קיים פער בזמן בין סיום תפילת מוסף לתפלת מנחה. בפרק זמן זה יש נוהגים לקרוא מזמורי תהילים, משניות מסכת יומא, נבואת יחזקאל על בנין בית המקדש השלישי, מדרש על הריגת רבי עקיבא, הפיוט כתר מלכות לרשב"ג (יש שקוראים אותו בלילה או לפני תפילת שחרית) או פיוטים אחרים עד לתפילת מנחה.
סדר תפלת המנחה מתחיל ברוב העדות כבכל יום עם אשרי ובהוספת ובא לציון כמו בשבתות וימים טובים, ואצל חלק מקהילות הספרדים נהוג להוסיף לפני תחילת התפילה גם את פרשת העקדה. הרבה מהספרדים מוסיפים בקריאת הקרבנות של מנחה סדר עבודה מקוצר של בין הערביים, כיוון שחביבה מצווה בשעתה. אצל האשכנזים (נוסח אשכנז המערבי והמזרחי, וכן בנוסח ספרד), פותחים מיד בקריאה בתורה ולא אומרים קטעים אלו (אותם משלימים בתפילת נעילה).

קריאה בתורה והפטרה

הקריאה בתורה, בדומה לתפילה שחרית, לקוחה מפרשת אחרי מות (ספר ויקרא, פרק י"ח). הפרשה עוסקת בעניין האיסור על גילוי עריות. שני טעמים לקריאת פרשה זו דווקא ביום הכיפורים מובאים באבודרהם: "ומה שקורין בפרשת העריות אומר הטעם במדרש: רבונו של עולם! אתה הזהרתנו שלא לגלות ערוה - אף אתה לא תגלה ערותנו ותכפר לנו. ויש אומרים טעם אחר, לפי שנפשו של אדם מתאוה להם ובני אדם נכשלין בהם כל השנה וגם ביום הכיפורים...וכל מי שיש בידו אחת מהן יפרוש ממנה ויחזור בתשובה ויתכפר לו".  ויש מסבירים משום שהוא המשך של הקריאת בשחרית.
כזכור לעיל, אצל האשכנזים יש טעמי המקרא מיוחדים לימים נוראים, אבל קריאת התורה במנחה נעשית בטעמים הרגילים.
הקריאה בהפטרה היא בספר יונה, וברוב הקהילות נהגו להוסיף שלושת הפסוקים האחרונים של ספר מיכה (פרק ז', פסוקים י"ח-כ'). במנהג אשכנז המקורי, אין מוסיפים פסוקים אלו, ובקצת קהילות האשכנזים הנהיגו בתקופה המאוחרת להוסיפם. ספר יונה וכן הפסוקים הנוספים של מיכה עוסקים בעניין התשובה ולפיכך קוראים אותם כהפטרה.
אצל האיטלקים מוסיפים לפני תחילת ההפטרה את הפסוק האחרון של ספר עובדיה (פסוק כ"א). הסיבה לכך היא ככל הנראה השפעה של החלוקה לסדרים של התנ"ך במסורת הארץ ישראלית הקדומה. הסדר בו נמצא ספר יונה התחיל בפסוק האחרון של ספר עובדיה, וזו הסיבה להכללתו בהפטרה בה קוראים את ספר יונה.
בברכות שאחרי ההפטרה נהוג ברוב המנהגים לברך את כל ארבע הברכות, ואם חל יום הכיפורים בשבת מוסיפים לברכה הרביעית איזכור של השבת, למרות שאלמלא יום הכיפורים לא היו קוראים הפטרה. מנהג האשכנזים שלא לברך את הברכה הרביעית, שכן בקהילות אשכנז מקובל להפטיר בתעניות ציבור, וכשם שביתר הצומות לא מברכים את הברכה הרביעית של ההפטרה, כך נהגו גם ביום הכיפורים.

ברכת כהנים

בתלמוד בבלי מסכת תענית מובאת מחלוקת תנאים בין רבי מאיר הסובר שיש לשאת כפים (כלומר לברך ברכת כהנים) בתפילת מנחה ובתפילת נעילה, רבי יהודה הסובר שאין לשאת כלל ורבי יוסי הסובר שיש לברך רק בנעילה אך לא במנחה. התלמוד עצמו מביא מחלוקת אמוראים האם הלכה (או המנהג) כרבי מאיר או כרבי יוסי. ככל הנראה בארץ ישראל נהגו כרבי מאיר, אך בבבל נהגו כרבי יוסי, וכן נפסק להלכה בשולחן ערוך שאין נושאים כפים במנחה, וכן המנהג כיום בכל הקהילות. ברם בשל הדעות החולקות נפסק כי כהן שעלה בטעות לברך ברכת כהנים - נושא כפיו ואין מורידים אותו. ומכל מקום, פוסק הרמ"א שאומרים א-להינו וא-להי אבותינו ברכנו בברכה המשולשת כיון שאם עלה אין מורידים אותו, וכן נוהגים בקהילות האשכנזים.