ישיבת נתיבות יוסף

הקמת הישיבה

בתחילת שנת 1982 - תשמ"ב, התקבצה קבוצה של כ-15 אברכים סביב הרב שבתי סבתו ללימוד כל התלמוד הבבלי. לאחר כשבע שנים סיימו האברכים את המסלול וחלקם הוסמכו לרבנות על ידי הרבנות הראשית לישראל.
בשלב זה הוחלט להקים ישיבה תיכונית שבה ילמדו חלק נכבד מן התלמוד במשך 5 שנים. הישיבה הוקמה בשנת תש"ן (1990) ברובע היהודי בעיר העתיקה בירושלים, כאשר חלק מאברכי הכולל שימשו כרמי"ם, והרב סבתו עמד בראש הישיבה. כעבור שנה עברה הישיבה למצפה יריחו.
מהמחזור השני ואילך התוכנית היא ארבע-שנתית - מכיתה ט' עד י"ב ובה מספיקים כשליש מהתלמוד הבבלי.
בשנת תשנ"ה הוקם במקום מסלול המשך, הישיבה הגבוהה מאור טוביה, וכיום משמש לצידו כראש ישיבה, בנו, הרב יצחק סבתו.
הישיבה הוקמה בברכתו של הראשון לציון הרב מרדכי אליהו, ששימש כנשיא הישיבה.

הישיבה מגדירה את חזונה כך:
מגמת הקריה החינוכית לגדל תלמידי חכמים בני תורה, אנשי מידות, בעלי חזון, המעורים בצרכי הדור והשעה ופועלים למען גאולת ישראל, כל אחד לפי כישוריו.
אחד התוצרים של חזון זה הוא גרעינים התורניים השונים שיצאו מן הישיבה - ברמת השרון, בנתניה, בקריית אונו, בכפר יונה, בגדרה, בגבעתיים ובפסגת זאב.

דרכה של הישיבה התיכונית

שיטת הלימוד בישיבה היא שקודם כל יש להשיג בקיאות. בכל יום לומדים בישיבה התיכונית בין דף (בתחילת כיתה ט') לכשני דפים (בכיתה י"ב) גמרא עם פירוש רש"י, וחוזרים עליהם לאחר השיעור עוד 3 פעמים: בסדר בוקר, בסדר ערב, וב"משמר" - לימוד לילי ביום חמישי לאורך הלילה. ביום שישי בבוקר התלמידים נבחנים על כל הדפים שנלמדו במשך השבוע.
התלמידים שממשיכים במסגרת הישיבה הגבוהה ממשיכים ללמוד את התלמוד לפי הקצב האישי.

לימוד משנה

מסלול לימודים נוסף הקיים בישיבה הוא סיום כל מסכתות המשנה. שיטת הלימוד מתבססת על הספר "משנה סדורה", שנערך על ידי אחד הרמי"ם בישיבה, הרב אליהו דורדק. התלמידים מכינים את הפרק, שומעים הסבר תמציתי (או לומדים עצמאית) ורושמים הערותיהם בספר. השיטה מעודדת חזרות רבות.
בשנתיים הראשונות ללימודיהם התלמידים מחויבים בשיעורי משנה בשעות הצהריים, על מנת לסיים 3 סדרים: זרעים-מועד בשנה הראשונה וקדשים בשנייה. לאחר מכן התלמידים לומדים את יתר סדרי המשנה באופן עצמאי או בחבורות מיוחדות לשם מטרה זו. המסיימים נבחנים וניתנות להם מלגות בסוף כיתה י"ב.

לימודי התיכון

בשעות אחר הצהריים נלמדים בישיבה לימודי תיכון לבגרות מלאה. קיימות מגמות פיזיקה, מחשבים, ספרות, והיסטוריה וניתן ללמוד בכמה מגמות במקביל.

דרכה של הישיבה הגבוהה

גם כאן מודגשים לימודי הבקיאות, תוך שאיפה להקיף את כל התלמוד הבבלי, תוך שינון וחזרות. בכל מוצאי שבת נערכים בישיבה סיומי מסכתות. עם זאת, בשונה מן הישיבה התיכונית, בישיבה הגבוהה מרכז הלימוד בגמרא הוא הלימוד בעיון ולא בבקיאות.
לימודי העיון מתמקדים בדברי הגמרא ושיטות הראשונים והאחרונים, תוך הקפדה שכלי ההיגיון והמושגים הישיבתיים ישמשו כלי להבנת הסוגיה ולא להפך. לתלמידים בשיעורים הגבוהים ישנו מסלול שבו לומדים שני סדרי עיון, או לימוד עיון יסודי ומתון עד לפסיקת ההלכה (אליבא דהילכתא).
כולל ההלכה לומד את הנושאים הנדרשים למבחני ההסמכה לרבנות, על פי תוכנית לימודים שייסד הרב שמואל קדר (מחבר שו"ת היכל שלמה), ששימש כראש הכולל הראשון, עד לפטירתו בשנת תשס"ז.
שיעורי האמונה מועברים על ידי רבנים בסגנונות מגוונים, אך הרוח המרכזית הנושבת בישיבה היא של הראי"ה קוק. באופן יחסית חריג בעולם הישיבות, מועבר בישיבה לתלמידי השיעורים הגבוהים שיעור בתיקוני הזוהר על ידי ראש הישיבה.
הגיוס לצה"ל בישיבה נעשה דרך 'איגוד הישיבות הגבוהות'. כל תלמיד מחליט מתי להתגייס. הישיבה מעודדת פרק זמן משמעותי של לימוד בישיבה לפני הגיוס.
ישיבת מאור טוביה היא אחת הישיבות הראשונות שהכניסו לתפילה ניגונים של הרב שלמה קרליבך, כבר בשנת תשנ"ד]. בתפילות הישיבה יש ניסיון להביא לידי ביטוי הן את נוסח התפילה האשכנזי והן את זה הספרדי.