X-Men (elokuva)

Juoni

Teini-ikäinen Magneto on puolalaisessa keskitysleirissä vuonna 1944. Magneton vanhempia ollaan viemässä kohti kaasukammiota, ja epätoivoisesti huutaen Magneto kurkottaa kohti heidän välissään olevaa metallista porttia. Magneton mutanttikyvyt ilmaantuvat, ja tukeva portti taipuu häntä kohden vetäen häntä samalla puoleensa. Kaksi vartijaa yrittää turhaan kiskoa häntä toiseen suuntaan kunnes kolmas lyö häntä niin, että hän menettää tajuntansa.
Lähitulevaisuuden Maridian Mississippissä Rogue kertoo kehittelemästään Pohjois-Amerikan kiertomatkasta poikaystävälleen. Kun he suutelevat, Roguen mutanttikyvyt, joihin kuuluu elinvoiman imeminen pääsevät valloilleen ja saattavat pojan koomaan aiheuttaen Roguelle valtavat tunnontuskat. 
Samaan aikaan Yhdysvalloissa pidetään kokousta siitä ovatko mutantit vaarallisia. Jean Grey on puolustamassa mutanttien oikeuksia. Vanha Magneto on kuuntelemassa kokousta mutta lähtee pois kun senaattori Kelly alkaa nimitellä mutantteja aseiksi. Charles Xavier näkee Magneton, joka on hänen vanha ystävänsä ja menee pyörätuolillaan hänen peräänsä. Käytävällä he kaksi puhuvat, ja Xavier sanoo etsivänsä toivoa. Magneto lupaa tuoda sitä hänelle, kunhan Xavier vain pysyy poissa hänen tieltään.
Rogue on karannut kotoaan ja saapunut Kanadan Pohjois-Albertaan. Baarissa on käynnissä vapaapainiottelu, jossa Wolverine kukistaa kaikki vastustajansa. Kun kaksi miestä uhkaa Wolverinea veitsellä, tämän molempien käsien rystysten välistä syöksähtää esiin kolme kynttä, joiden avulla Wolverine puolustautuu miehiä vastaan. Baarin omistaja häätää Wolverinen ulos, jolloin tämä jatkaa matkaansa asuntoautollaan. Wolverine huomaa peräkärryyn piiloutuneen Roguen ja syyttää tätä salamatkustajaksi, mutta ei kuitenkaan henno jättää tyttöä tien päälle ja päättää ottaa tämän kyytiinsä. Magneton käskyläinen Sapelihammas kaataa puun auton eteen niin, että Wolverine lentää ulos ohjaamosta. Wolverine  ja Sapelihammas taistelevat samalla kun Rogue yrittää päästä pois liekehtivästä autosta. Sapelihammas tyrmää Wolverinen ja lähestyy autoa, mutta Storm ja Kyklooppi saapuvat paikalle ja pelastavat Wolverinen ja Roguen.
Wolverine herää Xavierin koulussa siihen, että Jean Grey on pistämässä hänelle neulaa käsivarteen. Wolverine yrittää paeta, mutta Xavier johdattaa telepatiansa avulla Wolverinen luokseen. Xavier kertoo Wolverinelle perustamastaan mutanttikoulusta, Magnetosta ja Ryhmä-X:stä. Wolverine lupaa jäädä kouluun kahdeksi vuorokaudeksi, jotta Xavier voi selvittää miksi Magneto järjesti hyökkäyksen. Vastalahjaksi Xavier lupaa auttaa Wolverinea tämän menneisyyden selvittämisessä.
Senaattori Kelly on helikopterissa matkalla kokoukseen ja puhuu matkapuhelimeensa mutanttien vastaisten toimenpiteiden aloittamisesta. Kun hän huomaa, että he ovat matkalla väärään suuntaan, Magneton apuri Mystikko, joka on ottanut Kellyn avustajan ulkonäön, muuttuu omaksi itsekseen ja tyrmää Kellyn. He lentävät Magneton piilopaikkaan, ja palatessaan tajuihinsa Kelly saa kuulla Magneton suunnitelmista. Voimansa keräten Magneto käynnistää kehittelemänsä laitteen, joka aktivoi Kellyn mutanttigeenin muuttaen tämän yhdeksi heistä. Kelly onnistuu myöhemmin pakenemaan sellistään, kiitos uusien kykyjensä, joiden avulla hän voi venyttää itseään lähes rajattomasti.
Wolverine näkee painajaisia menneisyydestään, ja Rogue menee hänen luokseen aikomuksenaan herättää hänet. Wolverine herää, mutta luulee Rogueta yhdeksi painajaistensa kiduttajaksi ja iskee kyntensä tytön läpi. Hädissään Rogue tarttuu Wolverinen kasvoihin ja imee tältä elinvoimaa ja kykyä parantua. Wolverine menee šokkiin, ja Rogue kuvittelee muiden vihaavan häntä sen takia.
Mystikko on naamioitunut Roguen ystäväksi Bobbyksi, ja väittää Xavierin olevan raivoissaan siitä mitä hän on tehnyt saatuaan Roguen lähtemään koululta. Kun Ryhmä-X huomaa hänen kadonneen, Xavier etsii häntä Cerebron, telepaattisia kykyjä vahvistavan laitteen avulla, ja löytääkin hänet rautatieasemalta. Wolverine lähtee kielloista piittaamatta hakemaan Rogueta sekä Storm ja Kyklooppi hänen perässään. Asemalla heitä odottaa väijytys, sillä Sapelihammas ja Sammakko ovat siellä Magneton kanssa. Kun Storm ja Kyklooppi taistelevat Sapelihampaan ja Sammakon kanssa, Magneto kaappaa Roguen. Magneto käyttää kykyjään päästäkseen paikalle saapuneista poliiseista eroon. Paikalle saapuva Xavier käyttää voimiansa saadakseen Roguen turvaan, mutta kun Magneto uhkaa tappaa kaikki poliisit, Xavier päästää hänet menemään.
Senaattori Kelly on hakeutunut koululle, koska ei halua itseään kohdeltavan mutanttina sairaalassa. Hänen elimistönsä taistelee mutantoitumista vastaan, ja hän menehtyy kerrottuaan Ryhmä-X:lle Magneton suunnitelmista. Ryhmä-X tajuaa, että Magneto aikoo siirtää voimansa Roguelle ja käyttää tätä laittensa voimanlähteenä. Xavier käyttää Cerebroa löytääkseen Roguen ja Magneton olinpaikan. Mystikko on kuitenkin käpälöinyt Cerebroa, niin että Xavier vaipuu koomaan. Jean löytää vian ja käyttää itse Cerebroa, koska hän on halunnut kokeilla sitä, vaikka tietää sen olevan hänelle vaarallista. Hän saa tietää, että Magneto on matkalla Vapaudenpatsaalle.
Ryhmä-X menee heidän peräänsä, ja voitettuaan Sammakon, Mystikon ja Sapelihampaan he yrittävät pysäyttää Magneton. Stormin ja Jeanin voimien avulla Wolverine pääsee Magneton lähelle, mutta ei kykene vahingoittamaan tätä. Kyklooppi pysäyttää Magneton, ja Wolverine rikkoo laitteen kynsiensä avulla löytäen Roguen sen sisältä. Wolverine luulee tämän jo kuolleen, mutta sitten Roguen voimat alkavat toimia ja tämä imee melkein kaiken Wolverinen elinvoiman ja paranemiskyvyn.
Koululla Xavier palaa vihdoin tajuihinsa, ja pian Wolverine paranee. Xavier sanoo Wolverille, että tämä voi löytää joitain vastauksia menneisyytensä kysymyksiin Alkalijärveltä Kanadan Kalliovuorilla, jossa on vanha ja hylätty armeijan tukikohta. Ennen lähtöään Wolverine lupaa Roguelle palaavansa vielä takaisin. 
Magneto on vangittu muoviseen vankilaan, jossa hän pelaa Xavierin kanssa shakkia. Magneto sanoo, ettei muovivankila pidättele häntä ikuisesti ja että sota on vielä tulossa, ja hän aikoo voittaa sen. Ennen lähtöään Xavier sanoo, että hän tulee aina olemaan siinä mukana.