Atlantis – kadonnut kaupunki

Juoni

Eletään loppuvuotta 1914. Milo James Thatch (Pete Lattu) on nuori kielitieteilijä sekä kartanpiirtäjä, joka työskentelee Smithsonian-instituutin pannuhuoneessa. Milo tahtoo kovasti seurata kuolleen isoisänsä Thaddeus Thatchin jalanjäljissä ja löytää Suojelijan Eepokseksi kutsutun kirjan, jolla löytäisi myyttisen, mereen uponneen Atlantiksen kaupungin. Instituutin johtokunta ei kuitenkaan suostu uskomaan Miloa, että Atlantis on joskus ollut olemassa. Myöhemmin Milon isoisän ystävä, miljonääri Preston B. Whitmore (Seppo Mäki), ottaa yhteyttä Miloon ja ojentaa tälle Suojelijan Eepoksen, jonka Milon isoisä oli ehtinyt löytää ennen kuolemaansa. Whitmore paljastaa, että hän on kerännyt kokoon suuren tutkimusryhmän sekä erilaisia varusteita Atlantiksen löytämistä varten, ja tarjoaa Milolle mahdollisuutta johtaa ryhmä Atlantikselle Eepoksen avulla. Milo suostuu tarjoukseen.
Tutkimusretkeläiset sukeltavat meren alle huipputeknologiaa edustavalla sukellusveneellä, jota johtaa komentaja Lyle Rourke (Tapani Perttu) yhdessä apulaisensa luutnantti Helga Sinclairin (Sari Siikander) kanssa. Ryhmä menettää kuitenkin useita henkiä, kun heidän kimppuunsa hyökkää jättimäinen mekaaninen leviathan. Eloonjääneet onnistuvat löytämään suuren ilmataskun sekä tunnelin, joka on lokikirjan mukaan johtava heidät Atlantikseen. Ryhmä menettää vielä lisää tarvikkeitaan, kun he ja heidän ajoneuvonsa putoavat uinuvan tulivuoren kraatteriin. Ryhmäläiset onnistuvat kuitenkin lopulta löytämään valtavan maanalaisen onkalon, jonka keskellä lepää itse Atlantiksen kaupunki. Ryhmä tapaa joukon atlantislaisia, joista yksi on prinsessa Kidagakash ”Kida” Nedakh (Vuokko Hovatta). Ryhmä tuodaan kuningas Kashekim Nedakhin (Esa Saario), Kidan isän, eteen. Kuningas käskee ryhmää lähtemään pois kaupungista, mutta Rourke pyytää, että he saisivat jäädä sinne yhdeksi yöksi kerätäkseen tarpeeksi tarvikkeita paluumatkaa varten.
Kida saa tietää, että Milo osaa lukea Atlantiksen muinaisia kirjoituksia, joten hän vie Milon katsomaan useita seinäkirjoituksia ja pyytää tätä kääntämään ne. Milo selittää, että Atlantis ja sen asukkaat saavat energiaa ”Atlantiksen sydämeksi” kutsutun suuren sinisen ”kristallin” elinvoimasta. Kristallin voimaa on säilötty kaikkien atlantislaisten käyttämiin hohtaviin sinisiin kristallikaulakoruihin. Kida muistelee, miten hänen äitinsä kuoli tuhansia vuosia sitten, kun ”Atlantiksen sydän” valitsi tämän suojellakseen kaupunkia jättimäiseltä tsunamilta, jonka atlantislaiset olivat saaneet aikaan käyttäessään ”Sydämen” voimia väärin. Kaksikko palaa takaisin retkeltään ja saa tietää, että Rourke ja muut ryhmäläiset ovat juonitelleet saadakseen ”Atlantiksen sydämen” haltuunsa ja viedäkseen sen sitten yläpuoliseen maailmaan. Rourke pahoinpitelee kuninkaan kohtalokkaasti pakottaakseen tämän paljastamaan ”Sydämen” olinpaikan, joka sattuu olemaan aivan valtaistuinsalin alapuolella. Rourke, Sinclair, Milo ja Kida laskeutuvat luolaan, jossa ”Sydän” leijuu korkealla ilmassa ympärillään Atlantiksen muinaisten kuninkaiden kiviveistoksia. ”Sydän” vetää Kidaa puoleensa, niin että se lopulta imeytyy prinsessan sisään ja lakkaa tuottamasta energiaa Atlantikselle ja sen asukkaille. Rourken miehet säilövät Kidan metallikonttiin ja valmistautuvat kuljettamaan sen takaisin pinnalle. Siinä samalla Milon ystävät kuitenkin hylkäävät Rourken, kun he ymmärtävät, että ”Sydämen” vieminen tarkoittaa atlantislaisille kuolemaa. Kuningas tekee kuolemaa, mutta ehtii kertoa Milolle totuuden "Sydämestä" ja pyytää häntä pelastamaan sekä sen että Kidan.
Milo usuttaa atlantislaiset ja ystävänsä hyökkäämään Rourken kimppuun. He ottavat käyttöönsä useita lentäviä kulkuneuvoja ja saavuttavat lopulta Rourken uinuvan tulivuoren kraatterissa. Rourke on parhaillaan valmistautumassa nostamaan Kidan maanpinnalle kuumailmapalloa muistuttavan ilmalaivan avulla. Seuraa taistelu, jonka aikana sankarit onnistuvat estämään Rourkea pakenemasta maanpinnalle. Milo hyökkää Rourken kimppuun ja aiheuttaa lopulta tämän kuoleman. Kun ilmalaiva rysähtää takaisin alas kraatteriin, se räjähtää herättäen uinuvan tulivuoren. Milo, hänen ystävänsä ja atlantislaiset pakenevat purkautuvaa tulivuorta Kida mukanaan. Pian he saavat kuitenkin huomata, että tulivuori uhkaa peittää myös Atlantiksen laavallaan. Kida vapautetaan metallikontista, jolloin ”Atlantiksen sydämen” voima aktivoi useita kaupungin laitamilla seisovia jättimäisiä ihmispatsaita. Patsaat muodostavat voimakentän kaupungin ympärille, niin ettei laava pysty tuhoamaan Atlantista. Tämän jälkeen "Sydän" vapauttaa Kidan otteestaan.
Milon ystävät valmistautuvat palaamaan maanpinnalle, kun taas Milo päättää jäädä Atlantikseen Kidan luokse, sillä hän on ehtinyt rakastua prinsessaan. Hän tahtoo myös auttaa atlantislaisia palauttamaan Atlantiksen sen entiseen loistoonsa. Maanpinnalla Milon ystävät harjoittelevat herra Whitmoren johdolla peitetarinaa kokemuksistaan, jotta muut ihmiset luulisivat, etteivät he ikinä Atlantista löytäneetkään. Elokuva päättyy Milon ja Kidan viimeistellessä Kidan isän kuvapatsaan, joka nousee ilmaan muiden ”Atlantiksen sydäntä” kiertävien kivipatsaiden joukkoon kukoistavan kaupungin ylle.