Kesäsota

Taustaa

Neuvostoliiton suorittamat vangitsemiset ja pakkosiirtotoimet 1940–1941 olivat nostattaneet Virossa voimakasta kommunisminvastaista ja venäläisvastaista mielialaa. Neuvostoliiton viranomaiset lakkauttivat Viron suojeluskunnan, Kaitseliiton, mutta suojeluskuntalaiset kätkivät osan aseistaan metsiin ja perustivat maanalaisia järjestöjä, jotka häiritsivät miehittäjää. Vastarintaryhmien jäseniä soluttautui kommunistihallintoon, ja he saivat hankittua tietoa neuvostoviranomaisten toiminnasta. Neuvostolähteiden mukaan keväällä 1941 sabotaasi-iskut lisääntyivät. Kesäkuun ensimmäisellä viikolla virolaiset sissit hyökkäsivät koko Virossa neuvostoviranomaisia vastaan ja valtasivat hallintorakennuksia. 
Metsäveljet piileskelivät neuvostoliittolaisia ja odottivat Saksan hyökkäystä Neuvostoliittoon. Saksan toivottiin palauttavan Viron itsenäisyyden. Kesäkuussa 1941 Saksan aloitettua operaatio Barbarossan metsäveljet aloittivat sissisodan NKVD:tä ja puna-armeijan hävityspataljoonia vastaan lieventääkseen niiden aihettamaa tuhoa. Josif Stalin oli määrännyt perääntyvät joukkonsa käyttämään poltetun maan taktiikkaa.
Osa virolaisista liittyi Saksan armeijaan. Yhteensä kesäsodassa taisteli Saksan alaisuudessa toimineissa  virolaisyksiköissä yli 4 000 virolaista vapaaehtoista, joista kaatui 107, lisäksi Omakaitsessa kaatui 498.

Sotatoimet

Saksan 18. armeija ylitti Viron rajan 7–9. heinäkuuta. Neuvostoarmeija luopui Etelä-Virosta ilman suurempaa vastarintaa. 8. päivä saksalaiset valtasivat Pärnun ja Viljandin. 10. heinäkuuta Viron eteläosa oli tyhjä neuvostoliittolaisista sotilaista ja rintama Keski-Virossa. Saksan armeijan pääjoukot ja huolto eivät olleet pystyneet etenemään yhtä nopeasti kuin hyökkäävät kärkijoukot, joten niitä jouduttiin odottamaan. Tällöin sota muuttui asemasodaksi ja Pohjois-Virossa neuvostohallinnolle tuli tilaisuus vahvistaa valtaansa ja puna-armeijalle mahdollisuus järjestää sekasortoiseksi muuttunut vetäytyminen järjestäyneemmäksi vastarinnaksi. 
Taistelu Tartosta alkoi 10. päivä ja kesti kaksi viikkoa. Taistelu käytiin aluksi virolaisten sissien ja Neuvostoliiton armeijan hävityspataljoonien välillä saksalaisten pysäytettyä hyökkäyksensä. Heinäkuun viimeisellä viikolla Saksan armeija jatkoi etenemistään virolaisten sissien avustamana ja valtasi Tarton 25. heinäkuuta, Narvan 17. elokuuta sekä Tallinnan 28. elokuuta. 
Pohjois-Virossa toimi suomalaisten kouluttama tiedusteluryhmä Erna, joka teki myös sotilaallisia häirintäoperaatioita kuten neuvostoliittolaisten autosaattueiden väijytyksiä maanteillä ja neuvostojoukkoja avustaneiden murhia. Ernaan liittyi runsaasti metsäveljiä. Myöhemmin ryhmän pohjalta muodostettiin pataljoona Erna I, joka osallistui Tallinnan valloitukseen Jumindan metsissä ja Pärispean niemessä, Tarton ja Raudulun maanteiden väilisellä alueella. Sen ei kuitenkaan sallittu marssia Tallinnan keskustaan Saksan armeijan mukana. Pataljoona järjestettiin uudelleen nimellä Erna II, joka osallistui taisteluihin Muhun ja Saarenmaan saarilla Viron länsirannikolla. Se lakkautettiin syyskuun lopulla.
Viimeiset neuvostojoukot poistuivat manner-Virosta 21. lokakuuta 1941, minkä jälkeen Saksa riisui metsäveljet aseista, perusti Viroon oman miehityshallintonsa ja aloitti Viron juutalaisten tuhoamisen. Loput neuvostojoukot vetäytyivät 2. joulukuuta Osmussaaresta.
Saksa kohteli kuitenkin virolaisia lähinnä liittolaisena johtuen muuan muassa siitä, että virolaisjoukot olivat osallistuneet innokkaasti sissisotaan ja Neuvostoliiton ajamiseen pois Virosta.