Jōmon-kausi

Jōmon-kauden alku (10 000–4 000 eaa.)

Pysyvämpi asutus antoi sysäyksen noin vuoden 10 000 eaa. mesoliittiselle tai neoliittiselle kulttuurille. Nykyisten ainujen kaukaiset esi-isät – jotka kuuluivat monimuotoisen Jōmon-kulttuurin piiriin (10 000 eaa. – 300 eaa.), jättivät selkeimmät jäljet historiaan. Heidän kulttuurinsa oli olemassa suurin piirtein samaan aikaan kuin Mesopotamian, Niilin ja Indus-virran kulttuurien kanssa.

Varhainen keramiikka

Löytöihin perustuen arvellaan, että jōmon-ihmiset olisivat saattaneet valmistaa ensimmäisenä kivikauden keramiikkaa maailmassa (ajoitettu 11 000 eaa.). Näiden saviastioiden ikä määritettiin toisen maailmansodan jälkeen radiohiilimenetelmällä. Kuitenkin jotkut tutkijat epäilevät, että saviastioita olisi valmistettu Manner-Aasiassa jo ennen Japania, sillä Venäjältä ja Kiinasta löydetyt saviastiat ovat joko yhtä vanhoja tai vanhempia. Jōmon-ihmiset valmistivat astioita kasvavalla taidolla painelemalla kepeillä ja naruilla märkiä saviastioita. Jōmon-kaudella tyyli muuttui, ja yleiseksi tuli koristelu, jossa astian yläosa muistutti liekkejä, minkä takia sitä on kutsuttu liekehtiväksi keramiikaksi. Uskotaan, että näillä astioilla oli ennen kaikkea kultillinen merkitys samoin kuin löydetyillä rehevillä naishahmoilla (dogu).

Neoliittiset piirteet

Saviastioiden valmistaminen viittaa yleisesti pysyvämpään asutukseen, tai asutukseen joka on pysähtymässä yhdelle paikalle. Siispä jōmon-ihmiset olivat yksiä ensimmäisistä paikallaan tai osittain paikallaan pysyvistä ihmisistä. He käyttivät kivityökaluja, jousia, ansoja sekä olivat luultavasti taitavia rannikko- ja syvänveden kalastajia. He harjoittivat alkeellista maanviljelyä ja asuivat luolissa. Myöhemmin he muuttivat pieniin ryhmiin asumaan kuopissa tai pienissä maan päällisissä majoissa jättäen jälkeensä runsaasti jätteitä nykyaikaisen arkeologian tutkijoille. Toisinaan sanotaan Japanissa olleen varhaisimmat maanviljelyn muodot (Ingpen & Wilkinson) jo 10 000 eaa. – 2 000 vuotta ennen kuin viljely alkoi Lähi-idässä. Kuitenkin jotkut tutkimukset osoittavat että Syyriassa, Jordaniassa, Turkissa ja Irakissa olisi ollut maanviljelyä jopa 11 000 vuotta sitten.

Väestön kasvu

Osittain paikoillaan pysynyt asutus nopeutti väestönkasvua huomattavasti alkeellisen viljelyn ohella ja jōmon-kaudella on Japanissa asunut poikkeuksellisen tiheässä ihmisiä. Cavalli-Sforzan tekemien tutkimuksien pohjalta on havaittavissa geneettistä liikuntaa Japaninmereltä kohti muuta Itä-Aasiaa. Tämä näkyy kolmantena suurena geneettisenä liikkeenä ("suuren laajentumisen" jälkeen Afrikasta ja toisen Pohjois-Siperiasta) joka kertoo ihmisten laajentaneen alueitaan varhaisen jōmon-kauden aikana. Nämä samat tutkimukset myös ehdottavat, että ihmiset olisivat liikkuneet Tyynenmeren rantoja jopa Amerikkaan asti.

Varhaisesta myöhäiseen Jōmoniin (4 000 eaa. – 400 eaa.)

Varhaisella ja myöhäisellä Jōmon-kaudella tapahtui väestönkasvun räjähdys. On arvioitu, että Japanissa oli noin 100 000 Jōmon-kulttuurin asuinpaikkaa ja että vuoden 2400 eaa. tienoilla väestön suuruus olisi ollut noin 265 000. Toisin sanoen jo silloin Japanin saarten väestötiheys olisi ollut yksi maailman korkeimpia.
Nämä kaksi kautta osuvat juuri maailmanlaajuiseen lämpöiseen kauteen, jolloin ilmasto oli muutamia asteita nykyistä lämpimämpi ja meret 5–6 metriä nykyistä korkeammalla. Useita kauniisti muotoiltuja ja suunniteltuja astioita on säilynyt tuolta ajalta, esimerkiksi saviastioita joiden koristelut kuvaavat tulta. Vuoden 1500 eaa. jälkeen ilmasto kylmeni ja väestön määrä nopeasti supistui. Verrattain vähän arkeologisia kohteita on löydetty sitä myöhemmältä ajalta.
Arkeologisista tutkimuksista voidaan nähdä, että jōmon-kauden lopussa tapahtui dramaattisia muutoksia. Alkeellinen viljely oli muuttunut hienostuneeksi riisiviljelykseksi ja oli hallinnon alaisuudessa. Monia muita japanilaisen kulttuurin elementeistä saattaa olla peräisin tältä ajalta, heijastaen muuttovirtaa Japaniin mantereelta ja etelän saarilta. Näihin elementteihin kuuluu esimerkiksi šinto-mytologia, naimisiinmenotavat, arkkitehtuurinen tyyli ja monet teknologiset keksinnöt kuten lakattuja puuesineitä, tekstiilejä, metalliesineitä ja lasiesineitä.