Mega Man ZX Advent

Greyn juoni

Kaksi Hunters-leirin jäsentä on tutkimassa vanhan laboratorion raunioita. He huomaavat kapselin, jonka sisällä Grey-niminen reploidi on parhaillaan kehittymässä. Yllättäen mechaniloidit hyökkäävät Huntersien kimppuun eliminoiden nämä. Samalla Greyn kapseli vaurioituu, ja Grey herää henkiin kesken hänen kehityksensä.
Hetken kuluttua Pandora-niminen reploidi saapuu paikalle ja kertoo Greylle tulleensa eliminoimaan tämän, koska hän on jäänyt puutteelliseksi kapselin vaurioitumisen takia. Grey onnistuu pakenemaan Pandoran kynsistä, mutta pyörtyy myöhemmin taistellessa jättiläismäistä mechaniloidia vastaan.
Grey herää ja huomaa olevansa Hunters-leirillä. Hän saa kuulla, että hänet oli löydetty ulkoa tajuttomana ja tuotu suojaan. Grey kiittää Hunterseja avusta ja liittyy heihin.
Myöhemmin Grey päättää lähteä junalla Legionin päämajaan, jossa saattaisi olla tietoa siitä, kuka hän oikeasti on ja miksi hänet on luotu. Samassa junassa on biometalli model A, jota monet ihmiset ja reploidit havittelevat (biometallit ovat esineitä, joiden avulla ihmiset ja reploidit voivat saada Mega Man -supervoimia).
Yllättäen Pandora saapuu junalle hänen ystävänsä Prometheuksen kanssa. Nämä kaksi ovat tulleet hakemaan biometalli model A:n itselleen ja eliminoimaan Greyn. Suunnitelma ei kuitenkaan onnistu. Biometalli model A muuttaa Greyn voimakkaaksi Mega Man model A:ksi.
Prometheus ja Pandora epäonnistuivat, mutta he kertovat Greylle merkillisestä kohtalon pelistä (game of destiny), jossa Mega Manit taistelevat toisiaan vastaan niin kauan, kunnes vain yksi heistä on hengissä. Tästä selviytyjästä tulisi lopulta koko maailman kuningas.
Grey ja biometalli model A päättävät mennä yhdessä Legionin päämajaan keräämään tietoa itsestään ja kohtalon pelistä.

Ashen juoni

Maverickit tuhosivat Ashen kotikaupungin, kun Ashe oli vasta pieni lapsi. Ashe oli ainut selviytyjä tapahtumassa, ja hänet vietiin Hunters-leirille kasvatettavaksi. Kukaan ei varsinaisesti tiedä kuka Ashe on, ei edes hän itse.
Monia vuosia myöhemmin Ashe on suorittamassa tehtävää muiden Huntersien kanssa. Tehtävänä on saada biometalli model A ja viedä se Legionin päämajaan tutkittavaksi ennen Raiderseja, jotka ovat laittomia aarteenetsijiä.
Tehtävää suorittaessaan Ashe törmää Prometheukseen, joka lyö häneltä tajun kankaalle. Myöhemmin Ashe herää leirillä ja saa kuulla, että asiat ovat hyvin. Ashe on hengissä, biometalli on nyt Hunterseilla, ja se viedään Legionin päämajaan pian. Ashen tavoitteena on kuitenkin saada biometalli itselleen, joten hän lähtee samaan junaan.
Yllättäen Pandora saapuu junalle hänen ystävänsä Prometheuksen kanssa. Nämä kaksi ovat tulleet hakemaan biometalli model A:n itselleen. Ashe yrittää estää heitä, mutta saa osuman Prometheuksen viikatteesta. Biometalli model A päättää auttaa Ashea ja muuttaa hänet voimakkaaksi Mega Man model A:ksi.
Prometheus ja Pandora epäonnistuivat biometallin hankkimisessa, mutta he kertovat Ashelle merkillisestä kohtalon pelistä (game of destiny), jossa Mega Manit taistelevat toisiaan vastaan niin kauan, kunnes vain yksi heistä on hengissä. Tästä selviytyjästä tulisi lopulta koko maailman kuningas.
Ashe ja biometalli model A päättävät mennä yhdessä Legionin päämajaan keräämään tietoa itsestään ja kohtalon pelistä.