Afganistanin historia

Esihistoria

Nykyisen Afganistanin alueella oletetaan olleen paleoliittista asutusta jo 100 000 vuotta sitten. Varhaisimmat alueelta löydetyt kivityökalut on ajoitettu 50 000 vuoden taakse, ja ne viittaavat siihen, että alueella on elänyt neandertalinihmisiä jo ennen nykyihmistä. Varhaiset asukkaat olivat metsästäjä-keräilijöitä, jotka hyödynsivät riistaeläimiä, kuten tasankojen hevosia ja nautoja ja vuoriston villilampaita ja vuohia. Neoliittiselle kaudelle noin vuosiin 9000-6000 eaa. ajoitettuja löydöksiä on löytynyt Balkhin alueen luolista. Niistä on löydetty todisteita kotieläinten pidosta sekä varhaisesta maanviljelyksestä.
Sijaintinsa vuoksi Afganistan on jo muinaisista ajoista lähtien ollut eri suunnilta vaeltaneiden kansojen vaellusreitillä, minkä vuoksi se on saanut kulttuurivaikutteita useasta suunnasta. Maa on saanut etelän suunnalta vaikutteita vuosina 3000-1500 eaa. kukoistaneesta Indus-kulttuurista, jonka kanssa käytiin varhaista kauppaa. Arkeologiset tutkimukset ovat löytäneet todisteita pronssikautisesta vaihdantataloudesta myös mesopotamialaisten ja muinaisten egyptiläisten kanssa.
Toisella vuosituhannella eaa. Afganistanin alueelle alkoi muuttaa indoiranilaisia heimoja, ja aikaisemmat asukkaat joko väistyivät heidän tieltään tai sulautuivat heihin. Heidän levittäytymisensä selittyy korkeammalla teknisellä tasolla, sillä he hallitsivat sotavaunujen käytön. Indoiranilaiset muodostivat indoeurooppalaisten kansojen reuna-alueen. Varhaisista kansoista indoarjalaiset ovat jättäneet jälkeensä merkittävimmän kulttuuriperinnön, kun he levittäytyivät vuosina 1600-1300 eaa. Afganistanin alueelta nykyisen Intian alueelle. Heidän perintöään ovat veda-kirjat, jotka ovat hindulaisuuden pyhiä tekstejä.

Akhaimedinit

Merkittävimmät kulttuurivaikutteensa Afganistanin alue on saanut lännestä. Alue sai vaikutteita jo protoelamilaiselta sivilisaatiosta, joka vaikutti nykyisen Iranin alueella 3000-luvulla eaa. Myöhemmin 600-luvulla eaa. Afganistan saattoi olla Iranin Hamadanin kaupungin paikalla keskuspaikkaansa pitäneen Meedian valtakunnan hallinnassa. 500-luvulla eaa. persialainen akhaimedinien dynastian hallitsija Kyyros II Suuri perusti alueelle oman valtakuntansa. Akhaimedinien valta oli laajimmillaan Dareios I:n valtakaudella, noin vuosina 522-485 eaa. Hän liitti Akhaimedinien imperiumiin Afganistanin ja Indusjoen laakson. Akhaimedinien imperiumi ei ollut yhtenäinen, vaan se koostui useista satraappikunnista, jotka maksoivat veroa ja antoivat alamaisuutta osoittavia lahjoja Akhaimedinien dynastialle. Akhaimedinien dynastialla ei ollut tarkasti määriteltyjä rajoja, eikä Akhaimedinien valta yltänyt varsinkaan valtakunnan reuna-alueille, ja Akhaimedinien ylivalta saatettiin tunnustaa, mutta veroja ei maksettu. Akhaimedinien mukana Afganistaniin levisi heidän uskontonsa zarathustralaisuus, joka oli yli vuosituhannen ajan alueen valtauskonto.

Hellenismin aika

Akhaimedinien imperiumi hallitsi osia Egyptistä, Lähi-idästä ja Keski-Aasiasta kaksisataa vuotta mutta luhistui lopulta vain muutamassa vuodessa, vuosina 334-331 eaa, Makedonian kuninkaan Aleksanteri Suuren valloitettua suuren osan Akhaimedinien valtakunnasta. Akhaimedinien kuningas Dareios III pakeni itään, missä Baktrian satraappi murhautti hänet. Aleksanteri Suuri saapui nykyisen Afganistanin alueelle vuonna 330 eaa. ja suuntasi sen jälkeen kohti Baktriaa, joka oli viimeinen Akhaimedinien valloittamaton alue. Baktrian valloituksen jälkeen Aleksanteri Suuren joukot jatkoivat Aasian valloitusta ja etenivät nykyisen Tadžikistanin, Pakistanin ja Intian alueelle. Aleksanterin joukot kukistivat vuonna 326 eaa. Hydaspesjoen taistelussa intialaisen kuninkaan Poroksen joukot, mutta pian Aleksanterin sotajoukot kyllästyivät jatkuvaan sotimiseen ja vetäytyivät Intiasta. Paluumatkalla Aleksanteri Suuri kuoli vain 32-vuotiaana. Hänen sotaretkensä Aasiaan oli lyhyt, mutta hän jätti jälkeensä useita vuosisatoja kestäneen kreikkalaisen kulttuurin vaikutuksen. Aleksanterin jälkeisten vuosisatojen aikaa kutsutaan hellenistiseksi kaudeksi, sillä valloitusretkensä aikana hän jätti kreikkalaisia veteraaneja perustamiinsa kaupunkeihin, joista tuli valtakeskuksia. Näin kreikkalainen kulttuuri ulottui Välimereltä Pohjois-Intiaan ja Keski-Aasiaan.
Aleksanteri Suuren kuoleman jälkeen hänen sotapäällikkönsä alkoivat valtataistelun alueiden hallinnasta. Aleksanterin valtakunta ei koskaan vakiinnuttanut valtaansa Aasiassa. Itäiset satraapit yhdistyivät pian Seleukidien hallitsijasuvun valtaan voimakkaan sotapäällikön Seleukos I:n otettua alueet hallintaansa 323 eaa. Laajimmillaan seleukidit hallitsivat lähes Akhaimedinien valtakunnan kokoista aluetta.
[[Tiedosto:CapitalSharp.jpg|thumb|[[Korinttilainen pylväsjärjestelmä|Arkeologisissa kaivauksissa Ai Khanumista löytynyt korinttilainen pylväs]] kertoo vahvasta kreikkalaiskulttuurin vaikutuksesta.]]
Seleukidien ohella Aleksanterin kuoleman jälkeen Intiassa järjestäytyi voimakas Maurya-valtakunta. Ennen vuotta 300 eaa. Maurya-valtakunta oli valloittanut hallintaansa kreikkalaisvallan jäänteet Indusjokilaakson itäpuolella. Nykyisen Afganistanin alueella kreikkalaisvaikutus oli voimakasta. Seleukidien jälkeen alueelle syntyi Kreikkalais-baktrialainen kuningaskunta, kun Baktrian satraappi Diodotos I käytti hyväkseen seleukidien epäonnea läntisissä sodissa. Hän julisti noin vuonna 250 eaa Afganistanin tasangon itsenäiseksi. Baktrialaiset kykenivät torjumaan myös seleukidien yritykset alueen valtaamiseksi takaisin. Kreikkalais-baktrialaisten ohella ja mahdollisesti liittoutuneena heidän kanssaan, myös Parthian satraappi Kaspianmeren kaakkoispuolella nousi kapinaan seleukideja vastaan ja irtautui seleukidivallasta.
Kreikkalais-baktrialaisen hallinnon aikana alueella oli hyvin vahva kulttuurinen yhteys Välimerelle. Kreikkalaiskulttuuri oli kuitenkin vain yläluokan kulttuuri, ja tavallinen kansa pysyi edelleen uskollisena alkuperäisille tavoilleen. Maurya-vallan laajetessa nykyisen Afganistanin alueelle levisi myös intialaisen kulttuurin piirteitä. Heidän mukanaan alueelle levisi buddhalaisuus. Maurya-valtakunta alkoi kuitenkin hajota kuningas Ašokan kuoltua vuonna 232 eaa. Maurya-vallan rapistuminen jätti Pohjois-Intiaan valtatyhjiön, jonka täyttivät kreikkalais-baktrialaiset. Kreikkalais-baktrialainen kuningaskunta hyökkäsi Pohjois-Intiaan ja alisti alueet valtaansa. Intian pohjoisosiin muodostui näin useita pieniä hellenistisiä valtakeskuksia. Aikaa kutsutaan Intian historiassa indokreikkalaiseksi ajanjaksoksi. Buddhalaisuuden leviämistä kreikkalaisvalta ei pysäyttänyt, vaan helleenikuninkaat saattoivat itsekin omaksua buddhalaisuuden.

Parthialaiset

Kreikkalais-baktrialaisen kuningaskunnan länsipuolella sijainnut Parthia aloitti voimakkaan laajenemiskauden kuningas Mithridateen valtakaudella noin 160-luvulla eaa. ja valloitti suuren osan valtakunnan läntisistä alueista, mikä heikensi merkittävästi helleenien kykyä puolustautua paimentolaisilta tulevina vuosikymmeninä. Kreikkalais-baktrialainen kuningaskunta alkoi kärsiä yuezhi-paimentolaisheimon hyökkäyksistä noin vuoden 125 eaa. tienoilla, mikä koitui lopulta valtakunnan tuhoksi. Viimeinen kuningas Heliokles I vetäytyi Kabulin laaksoon, mikä oli helpommin puolustettavissa ja Ai-Khanoumin hellenistinen kaupunki jäi yuezhien tuhottavaksi. Myös indokreikkalaiset olivat sotilaallisesti niin heikkoja, etteivät enää kyenneet säilyttämään asemaansa alueella.

Kušana-valtakunta

Yuezhit ajoivat muitakin paimentolaiskansoja pois alueiltaan, ja heidän edellään nykyisen Afganistanin alueelle saapuivat skyytit eli sakat. Heitä oli kuitenkin vastassa indokreikkalaisten vastarinta, ja skyytit asettuivat aloilleen Hindukušvuoriston lounaispuolelle, nykyisen Afganistanin ja Pakistanin alueelle, missä heidän elinaluettaan kutsuttiin heidän mukaansa nimellä Sakastan, ja siitä juontuu alueen nykyinen nimi Sistan. Indoskyytit pitäytyivät heimokantaisessa paimentolaiselämässä, mutta vaiheittain he laajensivat elinalueitaan indokreikkalaisten kuninkaiden hallitsemille alueille. Ajanlaskun alun tienoilla kreikkalaiskulttuuri alkoi hiipua nykyisen Afganistanin, Pakistanin ja Intian alueella.
Parthialaiset hallitsivat nykyisen Afganistanin länsiosia parin sadan vuoden ajan. Valtakunnan itäkolkassa aika oli suhteellisen rauhallista, sillä parthialaiset kävivät merkittävimmät sotansa Rooman valtakuntaa vastaan lännessä. Roomalaisten sotaretket eivät koskaan yltäneet Mesopotamiaa idemmäs. Koska parthialaisten sotajoukot oli sidottu länteen, valtakunnan itäosat saattoivat irtaantua. Parthia oli ottanut skyyttien elinalueen omaan hallintaansa, ja alueen satraapin irtauduttua Parthian valtakunnasta alueelle muodostui Indoparthialainen kuningaskunta. Valtakunta kesti kuitenkin vain muutamien sukupolvien ajan. Parin vuosisadan ajan aloillaan olleet yuezhit alkoivat jälleen liikehtiä ensimmäisellä vuosisadalla jaa. He valloittivat sekä indoskyyttien että indokreikkalaisten valtakuntien rippeet ja perustivat valloittamilleen alueille Kušana-valtakunnan.
Kušana-valtakunta hallussa oli laajimmillaan Hindukuš, Baktria, Pohjois-Intia ja Keski-Aasiassa sijaitseva Ferganan laakso, joka oli strategisesti tärkeä, sillä se oli keskeinen Keski-Aasian ja Kiinan välinen kulkureitti. Kušanat pystyivät näin kontrolloimaan idän ja lännen välistä silkkitietä. Laajimmillaan Kušana-valtakunta oli kuningas Kaniškan valtakaudella, joka hallitsi noin vuosina 78-144. Kušana-valtakunnan aikakausi toi nykyisen Afganistanin alueelle huomattavaa vaurautta, sillä verrattain rauhallinen ajanjakso mahdollisti kaupan kukoistuksen. Ainoan merkittävän uhan muodostivat aluksi indoparthialaiset, mutta heidänkin muodostama uhka torjuttiin. Pohjois-Intia taas oli poliittisesti hajanainen, eikä kilpailevia valtakeskuksia ollut. Myöskään uusia paimentolaisheimojen vaellusaaltoja Keski-Aasiasta ei tullut. Rauhan aikana myös kulttuuri pääsi kukoistmaan, ja kušanahallitsijat omaksuivat alueen valtauskonnon buddhalaisuuden.
200-luvulla Kušana-valtakunta alkoi hajota voimakkaiden kuninkaiden puutteessa. Myös ulkoisia uhkia alkoi ilmaantua, kun Persiaan oli muodostunut uusi supervalta Sassanidi-dynastia. Sassanidit valloittivat Baktrian, nykyisen Afganistanin länsiosat ja osan Pohjois-Intiaa. Osan Pohjois-Intian alueistaan kušanat menettivät Intiassa voimistuneelle Gupta-valtakunnalle. Kušana-hallitsijat joutuivat vetäytymään helpommin puolustettavalle nykyisen Afganistanin vuoristoalueelle, joka jäi heidän valtakuntansa viimeiseksi linnakkeeksi. Lopullisesti Kušana-valtakunnan rippeet kukistivat 400-luvulla Keski-Aasiasta vaeltaneet paimentolaiset, hefthaliitit.

Hefthaliitit

Hefthaliitteja oli muuttanut alueelle jo 300-luvulta lähtien. Myöskään sassanidien kiistaton valta nykyisen Afganistanin alueella ei kestänyt pitkään hefthaliittien muutettua alueelle. Hefthaliitit asettuivat Amudarjajoen varrelle, jossa he muodostivat merkittävän uhan sassanideille. Seuraavia vuosisatoja leimasi hefthaliittien ja sassanidien jatkuva sodankäynti sassanidivaltakunnan raja-alueella. Sassanidiarmeijasta suurin osa oli sidottu valtakunnan länsiosaan torjumaan Rooman muodostama uhka. Sassanidien kuningas Šahanšah Šapur II joutui tyytymään diplomatiaan hefthaliittien suhteen ja luopumaan Baktrian alueista, ja vastineeksi hefthaliitit lähettivät sotilaita sassanidien tueksi Roomaa vastaan. 400-luvulla alkanut uusi hefthaliittien muuttoaalto kasvatti kuitenkin hefthaliittien sassanideille muodostamaa uhkaa. Sassanidivaltakunta ei kyennyt neutraloimaan tätä uhkaa, ja sassanidien sotiessa lännessä Roomaa vastaan hefthaliitit ryöstelivät valtakunnan itäosia. Ainoastaan säännöllisesti maksetut lahjukset pitivät hefhaliitit rauhallisina.
Hefthaliittien vallan huippukausi ajoittuu 500-luvun ensimmäiselle puoliskolle. Tuona aikakautena hefthaliitit hyökkäsivät Intian Gupta-valtakuntaan ja saivat haltuunsa suuren osan Pohjois-Intiaa. Hefthaliittien valtakunta oli kuitenkin pikemminkin eri päällikkökuntien muodostama löyhä liitto, jossa paikallishallitsijoita kiinnosti enemmän oma etu. Tämänkaltainen hallintorakenne ei ollut pitkän päälle kestävä. Intialaiset ajoivat hefthaliitit pois Intiasta jo 500-luvun puolivälissä. Hefthaliiteille muodostui ulkoinen uhka 500-luvulla myös pohjoisesta, kun turkkilaisheimot hyökkäsivät Baktriaan ja valloittivat alueen. Myös sassanidit käyttivät hefthaliittien heikentymistä hyväkseen, ja he saattoivat marssittaa armeijansa nyt itään, kuningas Khusrau I:n solmittua sodan jälkeen rauhan itäroomalaisten kanssa. Hefthaliitit lyötiin, ja sassanidit palasivat valtaan nykyisen Afganistanin alueelle vuonna 565.
Historiankirjoitus kuvaa hefthaliitit usein barbaareina, mutta arkeologiset löydöt todistavat, että he jatkoivat Kušana-aikakauden perinteitä ja omaksuivat buddhalaisuuden. Paimentolaisheimojen aikakauden ja buddhalaisen kulttuurin kukoistuksen merkittävimpiä saavutuksia ovat 300-400-luvuilta peräisin olevat Bamiyanin laakson buddhapatsaat, jotka tuhoutuivat vuonna 2001.
Vuosisatoja kestäneet roomalaisten ja persialaisten väliset sodat periytyivät Välimeren rannikkoa hallinneelta Rooman valtakunnalta Bysantille ja Persiaa hallinneilta parthialaisilta sassanideille. Roomalaisten ja persialaisten valtapiirit pysyivät suunnilleen samana satojen vuosien ajan. Tämän poliittisen tilanteen muuttuminen oli lopulta osasyynä uuden uskonnon, islamin leviämiselle.
Sekä Bysantin että Sassanidien valtakunnissa oli usein tapana valtion sisäisissä vallanperimyskiistoissa turvautua vihollismaan apuun. Tähän apuun usein myönnyttiin, jotta valtaan saataisiin naapurimaata hallitsemaan itselle suotuisasti suhtautuva hallitsija. Vuonna 590 sassanidien hallitsijaksi nousi Bysantin hallitsijan Maurikioksen tuella Khosrau II. Vuonna 602 Bysantin uudeksi hallitsijaksi nousi sisäisen kapinan jälkeen Fokas, ja Maurikios teloitettiin. Khosrau II sai tästä syyn aloittaa sodan kostaakseen liittolaisensa kuoleman. Bysantin sisäisen hajaannuksen vuoksi persialaiset saavuttivat aluksi suurta sotamenestystä ja etenivät aina Syyriaan, Anatoliaan ja Egyptiin asti. Sassanidien eteneminen oli yhtenä syynä uusille valtataisteluille Bysantissa. Vuonna 610 vallan kaappasi Herakleios, joka teloitutti Fokasin. Herakleios ei edes yrittänyt vallata takaisin menetettyjä alueita, vaan hän hyökkäsi Kaukasuksen kautta suoraan Persian ydinalueille, ja 620-luvulla persialaiset lyötiin useissa taisteluissa. Persialaiset joutuivat aloittamaan vetäytymisen valloittamiltaan alueilta takaisin itään. Sassanidien kuningas Khosrau II kuitenkin kieltäytyi ryhtymästä rauhantunnusteluihin Bysantin kanssa. Niinpä persialaisylimystö nousi kapinaan ja nosti vuonna 628 valtaistuimelle tämän pojan, joka murhautti Khosrau II:n. Kun valtakuntien välille saatiin vuonna 629 rauha, molemmat osapuolet olivat kärsineet raskaita tappioita.

Arabien valloitusretket

Bysantin ja sassanidien merkittävästi heikennyttyä keskinäisten sotiensa vuoksi molempiin alkoi kohdistua uusi uhka uudelta suunnalta. Arabit olivat vuosisatoja olleet hajanaisia ja poliittisesti järjestäytymättömiä. Nyt heidät kuitenkin yhdisti 600-luvulla syntynyt islam. Arabit valloittivat Bysantilta Syyrian ja Palestiinan ja sassanideilta Mesopotamian. Bysantin hallitsija Herakleios kykeni järjestämään armeijansa uudelleen ja torjumaan arabien uhkan. sassanidit eivät kyenneet samaan, sillä valtakunta oli ajautunut Khosrau II:n jälkeen kaaokseen ja heikompien hallitsijoiden aikakauteen. Arabiarmeija kukisti sassanidit Qadisiyyan taistelussa vuonna 636 ja vuonna 642 Nahavandin taistelussa, mistä sassanidivaltakunta ei enää toipunut. Viimeinen sassanidikuningas Yazdegerd III joutui pakenemaan itään, missä hänet murhattiin Mervissä vuonna 651.
Arabien valloitusretkien tarkoitus oli ryöstösaaliin hankinta eikä suinkaan alueiden liittäminen omaan valtakuntaansa. Arabien valloitusretket etenivät hyvin pitkälti arabeille itselleen tuttuja maastoja, aavikoita ja tasankoja pitkin. He välttelivät vuoristojen suojaamia alueita, kuten Kabulin laaksoa, missä maasto oli hankalakulkuista eikä ryöstettäviä kaupunkeja juuri ollut tarjolla. Kun arabien armeijat lähestyivät nykyisen Afganistanin aluetta, oli alue paikallisten dynastioiden hallinnassa. Merkittävin valtakeskus oli Afganistanin lounaisosassa, jossa Zunbil-dynastia esti yli sadan vuoden ajan arabeja tunkeutumasta Hindukušin vuoristoon. Zunbilien oletetaan polveutuvat hefthaliiteista tai vielä heitäkin vanhemmista kansoista. Afganistanin pohjoisrajalla arabeja taas oli vastassa turkkilaiset paimentolaisheimot, eivätkä arabit lähteneet epävarmoille sotaretkille helposti puolustettaviin vuoristosoliin. Afganistanin alueen hallitsijat tunnustivat myös Kiinan Tang-dynastian ylivallan alueella, eivätkä arabit ottaneet riskiä joutumisesta konfliktiin kiinalaisten kanssa. Afganistanin vuoristolaaksot jäivät arabeilta pysyvästi valloittamatta. Sen sijaan he etenivät Hindukušin eteläpuolelta Sindhiin, nykyiseen Pakistaniin, ja he onnistuivat ulottamaan islamilaisen kalifaatin vallan Indusjoen laaksoon asti.

Persialaisten dynastioiden kausi

Islamilaisen maailma kärsi 700-luvun puolivälissä sisäisestä hajaannuksesta, joka toi vallankumouksen jälkeen valtaan Bagdadissa valtaa pitäneet abbasidit, jotka syrjäyttivät arabivaltakunnan johdosta umaijadit. Arabien sotaretkiin kaukana idässä ei sisäisillä kiistoilla ja vallanvaihdoksella ollut juuri vaikutusta, sillä sotapäälliköt toimivat melko itsenäisesti ja pystyivät silti laajentamaan kalifaatin hallitsemaa aluetta. 800-luvulla Bagdadin abbasidi-dynastian kalifin arvovalta alkoi kuitenkin hiipua. Hänen muodollinen kunnioituksensa säilyi, mutta valtakunnan sisään alkoi syntyä käytännössä itsenäisesti toimineita dynastioita.
Abbasidikalifaatin reuna-alueilla Sistanissa, nykyisen Iranin ja Afganistanin rajaseuduilla, keskushallinnon ote alueesta oli heikko. Alue ajautui eri ryhmien väliseen sisällissotaan, josta merkittävimmäksi sotapäälliköksi nousi persialainen Ja'qub ibn al-Laith al-Saffar. Hän kukisti kilpailijansa ja perusti vuonna 861 saffaridien dynastian, jonka pääkaupunki oli Zaranj. Suurimman uhan saffarideille dynastian alkuaikoina muodosti Zunbil-valtakunta, joka myös liittoutui ibn al-Laithin vastustajien kanssa. Tämä päätti ratkaista asian hyökkäämällä Zunbil-valtakuntaan vuonna 865. Zunbil-armeija tuhottiin lähellä nykyistä Kandaharia käydyssä taistelussa, ja Zunbil-hallitsija surmattiin. Zunbilien kukistuttua Saffaridit jatkoivat valloituksiaan pohjoiseen, ja nykyisen Afganistanin alue joutui ensimmäisen kerran osaksi islamilaista valtakuntaa.
Saffarididynastian perustaja Ja'qub ibn al-Laith al-Saffar oli alkujaan alhaissyntyinen sotaherra, eikä hänellä ollut Bagdadin abbasidikalifin mandaattia toimilleen. Suhteet kalifiin katkesivat, ja saffaridit ja abbasidit ajautuivat vuonna 876 keskinäiseen taisteluun, jossa abbasidit estivät saffaridivallan leviämisen Bagdadiin. Ibn al-Laith kuoli kolme vuotta myöhemmin. Häntä seurasi saffaridivaltakunnan johdossa hänen veljensä Amr ibn al-Laith al-Saffar.
Amr omaksui hieman toisenlaisen politiikan ja onnistui parantamaan suhteita abbasidikalifiin. Hänen kohtalokseen koitui kuitenkin suuruusharha. Hänen veljensä kuoleman jälkeen monet heidän alaisuudessaan olleet paikallishallitsijat alkoivat kapinoida. Amrin onnistui kukistaa kapinat Khorasmiassa, joka sijaitsi nykyisen Afganistanin pohjoisosassa. Hän halusi tämän jälkeen liittää saffaridien hallintaan myös Transoksanian, joka sijaitsi nykyisen Afganistanin pohjoispuolella. Transoksaniaa hallitsivat samanidit, jotka olivat olleet huomattavasti uskollisempia Bagdadin kalifille. Amr yritti liittää alueen saffaridivaltaan vaikka väkivalloin, mutta saffaridiarmeijan sotaretki epäonnistui kohtalokkaasti. Samanidien sotajoukot olivat huomattavasti Amrin ennakoimaa vahvemmat, ja saffaridiarmeija kärsi tappion vuonna 900 Balkhin lähellä käydyssä taistelussa. Amr vangittiin, ja samanidihallitsija Ismai'l ibn Ahmad lähetti hänet Bagdadiin, missä kalifi sai päättää hänen tuomiostaan. Abbasidikalifi Al-Mu'tadid oli tyytyväinen päästessään viimein eroon saffarideista, ja Amr teloitettiin. Amrin jälkeen saffaridivaltakunta alkoi nopeasti rapistua, ja samanidit kohosivat islamilaisen maailman itäosien voimakkaimmaksi dynastiaksi.
Samanidit poikkesivat saffarideista siinä, että he olivat taustaltaan persialaista ylimystöä, joka osasi toimia diplomaattisemmin, ja he ymmärsivät myös kalifin arvon islamilaisen maailman ideologisena keulakuvana. Kalifi oli teoriassa ylin auktoriteetti, eivätkä samanidihallitsijat käyttäneet itsestään emiiriä korkeampaa arvonimeä. Todellisuudessa kalifi ei samanidien itäisen valtakunnan asioihin juuri puuttunut. Samanidien valtakaudella persialainen kulttuuri alkoi elpyä ja arabialaisen kulttuurin vaikutus alkoi hiipua. Islam oli kasvanut jo maailmanuskonnoksi, jonka harjoittaminen ei enää ollut arabien yksinoikeus.

Samanidit

Persialaisen kulttuurin elpymisestä huolimatta turkkilaisheimot alkoivat ensimmäisen vuosituhannen jälkipuoliskolla syrjäyttää persialaiskulttuuria Keski-Aasiassa. Turkkilaisheimot olivat jo omaksuneet islamin ja Hindukušvuorten pohjoispuoliset tasangot alkoivat vakiintua heidän asuinalueekseen. Aluetta alettiin kutsua heidän mukaansa Turkestaniksi. 800-luvulta lähtien islamilaisissa dynastioissa alkoi yleistyä tapa hankkia nuoria sotilasorjia, jotka olivat yleensä pakanakansojen ja usein juuri turkkilaisheimojen jäseniä. Sotilasorjista monet kohosivat maan armeijassa johtavaan asemaan ja etenivät hallinnollisiin virkoihin. 900-luvun lopulla muodostunut Ghaznavidien valtakunta on pohjimmiltaan sotilasorjien perustama.
Vuosina 954-961 samanidien valtakuntaa hallitsi heikko emiiri Abd al-Malik, jonka valtakaudella todellista valtaa piti hänen henkivartiostonsa komentaja, turkkilaistaustainen Alp Tegin. Emiirin kuoltua Alp Tegin ei halunnut luopua asemastaan, ja hän yritti nostaa valtaistuimelle oman suosikkinsa, jota hän kykenisi ohjailemaan. Suunnitelman epäonnistuttua hän joutui pakenemaan Transoksaniasta Kabulin laaksoon, jossa intialainen hindukulttuuri vaikutti yhä vahvemmin kuin islamilaistunut persialainen kulttuuri. Alp Teginin onnistui syrjäyttää Ghaznia hallinnut paikallinen dynastia, mutta Ghaznin valta alkoi kasvaa vasta Alp Teginin kuoltua 977. Häntä seurasi vallassa Sebük Tegin, joka oli Alp Teginin sotapäällikkö ja alkujaan tämän turkkilaistaustainen sotilasorja. Sebük Teginin johdolla Ghaznin valta alkoi kasvaa itään hindulaisten hallitsijoiden kustannuksella. Muodollisesti Sebük Tegin oli kuitenkin edelleen samanidien kuvernööri.
Samanidivaltakuntaa uhkasi 900-luvun lopulta alkaen Keski-Aasian suunnasta karakhanidien eli ilek-kaanien muodostama turkkilainen heimoliitto, joka pyrki laajentamaan vaikutusvaltaansa Syrdarjajoen eteläpuolelle. Samaan aikaan samanidineja uhkasi lännen suunnalla bujidien dynastia. Samadiniemiirien ote turkkilaisiin sotapäälliköihin oli myös löystynyt näiden ajaessa vain omia etujaan. Emiiri joutui kääntymään Sebük Teginin puoleen, joka vastineeksi vaati hallintaansa suurempia alueita. Samanidien kohtaloksi koitui karakhanidien invaasio vuonna 996, jolloin myös Sebük Tegin katsoi parhaaksi katkaista suhteensa muodolliseen vasalliherraansa ja solmia sopimuksen karakhanidien kaanin kanssa. Samanidien pääkaupunki Buhara antautui karakhanideille vuonna 999, ja Karakhanidit ja Ghaznavidit jakoivat entiset samanidien alueet. Valtakuntien rajaksi muodostui Amudarjajoki.

Ghaznavidit

Sebük Tegin kuoli vuonna 997, ja hänen jälkeensä Ghaznavidien johtoon nousi hänen poikansa Mahmud Ghaznilainen. Hänen johdollaan Ghaznavidivalta laajeni käsittämään Kaspianmereltä Indusjoelle ulottuvan alueen. Mahmudin aikana ghaznavidit tekivät sotaretkiä Intian niemimaalle, jossa pienet ja hajanaiset ruhtinaskunnat eivät kyenneet muodostamaan yhteistä rintamaa Mahmudia vastaan. Mahmud osoitti kunnioitusta Bagdadin abbasidikalifille, vaikka käytännössä ghaznavidit toimivat täysin itsenäisesti. Mahmud Ghaznilainen on jäänyt historiaan sunnalaisuuden esitaistelijana, vaikka hänen motiivinsa eivät olleet puhtaasti uskonnollisia vaan pikemminkin sotasaaliiden ryöstäminen.
Ghaznavidien vallan laajenemista Mahmudin aikana edesauttoi se, ettei hänellä ollut Persian alueella vertaisiaan vastustajia. Hänen seuraajiensa aikana tilanne alkoi muuttua, sillä 1000-luvun alussa turkkilaiskansoihin kuuluneet seldžukit alkoivat 1000-luvun alussa kasvattaa vaikutusvaltaansa Keski-Aasiassa. Mahmudin poika Mas'ud I pyrki valtakaudellaan vuosina 1030-1040 kukistamaan nämä paimentolaiset, mutta suuremmasta armeijastaan huolimatta ghaznavidit sotanorsuineen eivät menestyneet taistelussa nopeammin liikkuvia ratsastavia jousimiehiä vastaan. Ghaznavidit menettivät valtakuntansa länsiosat seldžukkivaltakunnalle. Vähitellen ghaznavidit ajautuivat seldžukkien vasalleiksi, mutta lopullisesti ghaznavidit kuitenkin kukistuivat, kun heidän entinen vasallinsa, Ghurin maakuntaa hallinnut hallitsijasuku, nousi kapinaan. Ghurideina tunnettu dynastia pystyi vuonna 1150 tai 1151 kukistamaan ghaznavidit ja valloittamaan heidän pääkaupunkinsa Ghaznin. Ghaznavidien kukistuttua ghuridit hallitsivat suurinta osaa nykyisestä Afganistanista, Pakistanista ja Iranin itäosista. Ghuridit laajensivat valtaansa myös pohjoiseen, sillä seldžukkien valtakunta kukistui vuonna 1157 ghuzz-turkkilaisen paimentolaisheimon kyettyä kukistamaan seldžukkiarmeijan. Tapahtuneen seurauksena entiset seldžukkien vasallit huomasivat tilaisuutensa tulleen ja koettivat täyttää syntyneen valtatyhjiön. Parhaiten tässä onnistui ghurididynastia.

Ghuridit

Ghuridien valtakunta oli laajimmillaan 1190-luvulla, jolloin maata hallitsi sulttaani Mu'izz ad-Din Muhammad. Mutta sotiessaan sekä nykyisen Pohjois-Intian että Iranin ylängöllä ghuridit kuluttivat omia voimavarojaan loppuun. Dynasstian valtaa alkoi myös uhata yhä vahvemmin Amudarjan alajuoksulla sijaitseva Khorasmia, joka oli myös laajentunut seldžukkivallan kukistuttua. Khorasmian šaahin Ala ad-Din Muhammadin joukot löivät ghuridiarmeijan nykyisen Pohjois-Afganistanin alueella käydyssä taistelussa. Tappio horjutti ghurididynastian arvovaltaa niin pahasti, että valtakunta hajosi kymmenessä vuodessa.
Ghuridivaltaa kesti vain viisikymmentä vuotta, mutta sillä oli suuri merkitys nykyisen Afganistanin ja myös Intian alueelle. Kun ghuridit valloittivat Delhin vuonna 1192, sulttaani Muhammad jätti alueen paikallishallitsijaksi orjasotilas Qutb al-Din Aibakin, joka ghuridivallan kukistuttua huomasi olevansa omillaan ja käytännössä riippumaton hallitsija. Hän perusti vuonna 1206 Delhin sulttaanikunnan, joka hallitsi Pohjois-Intiaa seuraavien vuosisatojen ajan.

Mongolien invaasio

Khorasmian kukistettua ghuridit ja seldžukkien valtakunnan rippeet Khorasmian šaahit kohosivat 1200-luvun alussa nykyisen Afganistanin ja sen lähialueiden valtiaiksi. Samoihin aikoihin syvemmällä Keski-Aasiassa muodostui Tšingis-kaanin johtamien mongolien heimoliitto, joka kehittyi mongolivaltakunnaksi 1200-luvun alussa. Mongolit onnistuivat 1210-luvulla alistamaan valtaansa kitaanien karakitain valtakunnan, jonka läntiset alueet Khorasmian šaahi liitti omaan valtakuntaansa. Mongolivaltakunta ja Khorasmia laajenivat näin toistensa rajanaapureiksi, eikä yhteiselosta tullut rauhanomaista. 
Tšingis-kaani lähetti vuonna 1218 lähetystön šaahi Ala ad-Din Muhammadin hoviin, mutta šaahi mestautti suurlähettilään. Seuraavana vuonna Tšingis-kaani ryhtyi kostotoimiin, ja mongolit hyökkäsivät Khorasmiaan ja kukistivat šaahin armeijan . Šaahi Ala ad-Din Muhammad pakeni itse pienelle Kaspianmeren saarelle, missä hän pian kuoli. Ala ad-Din Muhammadin poika Džalal al-Din asettui Ghazniin, mistä käsin hän muodosti liittouman, joka kukisti mongolit Kabulin pohjoispuolella Parvanin taistelussa. Taistelu oli mongolien ainoa merkittävä tappio Khorasmian sotaretken aikana. Džalal al-Dinin muodostama liittouma kuitenkin hajosi pian keskinäisiin kiistoihin, eikä se enää kyennyt torjumaan vuonna 1221 Tšingis-kaanin johtamaa uutta mongolien sotaretkeä, jossa Ghazni tuhottiin maan tasalle ja asukkaat surmattiin. Džalal al-Din pakeni Delhin sulttaanikuntaan. Khorasmian lopullisen kukistumisen jälkeen mongoleille oli tie auki islamilaisen maailman hävitykselle. Tuhoa kylväen mongoliarmeija vyöryi halki Keski-Aasian Lähi-itään. Alueen kokema mullistus oli suurin sitten arabien invaasion kuusisataa vuotta aiemmin, mutta tuhot olivat suuremmat. Mongolit loivat valtakunnan, joka ulottui Kiinasta Kaspianmerelle, mutta islamin voima Keski-Aasiassa säilyi.

Il-kaanit

Tšingis-kaani kuoli vuonna 1227, minkä jälkeen valtava imperiumi jaettiin hänen jälkeläistensä kesken. Suurin osa nykyisen Afganistanin alueesta jäi Tšingis-kaanin pojanpojan Hülegün perustaman Il-kaanien valtakunnan osaksi. Il-kaanien valtaan kuului Iranin ylänkö Afganistanista Anatoliaan saakka. Il-kaanien valtakunta rajautui kahteen muuhun mongolivaltakuntaan, pohjoisessa Kultaiseen ordaan ja idässä Tšagataihin, joka hallitsi Kabulin laaksoa. Hallitsijoiden sukulaisuudesta huolimatta Il-kaanien valtakunnan suhde naapurivaltoihin oli vihamielinen.
Il-kaanit pyrkivät säilyttämään oman identiteettinsä alamaisiinsa nähden, mutta ajan myötä he persialaistuivat ja omaksuivat islamilaisen kulttuurin. Mongolit olivat valtakunnassa vain harvalukuinen eliitti, jonka alaisina toimineet paikalliset dynastiat ja virkamiehet hoitivat käytännön asioita. Merkittävän käännekohdan muodosti vuosina 1295-1304 hallinneen kaani Ghazanin kääntyminen islamiin. Hän teki sunnalaisuudesta valtionuskonnon.
Il-kaanien valtaa kesti lähes vuosisata, mutta sen valta alkoi taantua vuosina 1316-1335 hallinneen kaani Abu Sa'idin jälkeen, jolloin vahvan johtajan puutteessa paikalliset mahtisuvut kasvattivat valtaansa. Tämän seurauksena Persia hajosi useaan pieneen valtakeskukseen. Merkittävimpiä niistä olivat Mesopotamian dzelajiridit, Persian keskiosien muzaffaridit ja Khorasanin alueen kartit, jotka vaikuttivat nykyisen Afganistin alueella. Kartit hallitsivat Heratin aluetta mongolien aiheuttaman hävityksen jälkeen 1200-luvun puolivälistä lähtien 150 vuotta. He olivat olleet mongolien vasalleja, mutta heidän valta-asemansa säilyi pitempään kuin mongolien. Il-kaanien vallan rapistuttua Kart-hallitsijat laajensivat alueitaan muiden vasallihallitsijoiden kustannuksella.
Nykyisen Afganistanin itärajalle asti Kurt-hallitsijoiden valta ei yltänyt. Afganistanin nykyinen pääkaupunki Kabul lähiympäristöineen oli Tšagatai-kaanien hallinnassa. Hindukušin vuoristo oli muodostanut puskurivyöhykkeen toisilleen vihamielisten Il-kaanien ja Tšagatai-kaanien väliin, eikä kumpikaan pyrkinyt aktiivisesti kehittämään hyökkäyksille altista aluetta ja raunioitunutta Ghaznia. Monet merkittävät kaupungit olivat tuhoutuneet, jolloin Kabulista alkoi kehittyä alueen merkittävin keskus. Islamilaisen korkeakulttuurin keskus siirtyi kuitenkin mongolikaudella Delhin sulttaanikuntaan, vaikka väestön enemmistö nykyisen Pohjois-Intian alueella ei ollutkaan islamilaista.

Timuridit

Mongolit jäivät pysyvästi Keski-Aasiaan, toisin kuin Kiinassa, missä Yuan-dynastia kukistui vuonna 1368. Keski-Aasiassa mongolihallitsijat omaksuivat islamilaisen kulttuurin, ja mongoliperintö alkoi hiipua hallitsevan mongolieliitin sulautuessa persialaiseen yläluokkaan. Samalla hiipui heidän poliittinen auktoriteettinsa. 1300-luvun puolivälissä Tšagatain kaanikunta oli jakaantunut poliittisesti kahtia hallitsevan dynastian eri haarojen kesken. Sisäisiä kiistoja hyödynsi sotapäällikkö Timur Lenk, joka sai huomattavaa poliittista valtaa maan länsiosassa. 1370-luvulla hän oli jo maan tosiasiallinen hallitsija, joka piti valtaistuimella nukkehallitsijaa. Kaanin kuoltua 1400-luvun alussa Timur ei enää vaivautunut nimittämään tilalle uutta hallitsijaa. Valtansa laajentamiseksi hän ryhtyi tekemään sotaretkiä ympäröiviä valtakuntia vastaan. Hän perusti pääkaupungin Samarkandiin. Timurin armeijat sotivat yhtäjaksoisesti 35 vuotta, ja ryöstelevät joukot etenivät lännessä aina Syyriaan ja Anatoliaan asti, etelässä Delhiiin ja pohjoisessa Kultaisen ordan alueelle.
Nykyisen Afganistanin alueella kart-dynastian hallitsemat alueet joutuivat osaksi timuridien valtaa. Timur Lenk kuoli vuonna 1405. Ennen kuolemaansa hän oli valloittanut suuren imperiumin, mutta se ei ollut kestävä. Valloitusretkillään timuridit eivät järjestäneet alistettujen alueiden hallintoa, vaan vanhat dynastiat jäivät usein valtaan. Vain voimakkaimmat valtakeskukset, kuten kart-hallitsijoiden valtakeskus Khorasanissa, tuhottiin. Timurin kuoltua alistetut dynastiat eivät enää tunnustaneet Timurin jälkeläisten heikompaa auktoriteettia. Timurin kuoltua timuridi-prinssit ryhtyivät valtataisteluun keskenään. Voimakkaimmaksi heistä nousi Šahrokh, joka hallitsi valtakuntaansa 42 vuoden ajan. Vanhan pääkaupungin Samarkandin sijasta hän piti valtakunnan pääkaupunkina Heratia nykyisen Afganistanin alueella. Heratista muodostui näin Keski-Aasian voimakkaimman valtakunnan pääkaupunki, jolloin se koki historiansa loistokkaimman ajanjakson. Timuridit hallitsivat Keski-Aasiaa koko 1400-luvun. Keskeisimpänä syynä tähän oli heidän sodankäyntitaitonsa, mutta myös se, ettei todellista uhkaajaa ollut. Keski-Aasiasta ei saapunut enää uusia voimakkaita paimentolaisheimoja, lisäksi Persia oli hajaannuksen tilassa. Timuridit heikkenivät itse sisäisesti, kun dynastian eri sukuhaarat eivät tunnustaneet toisia itseään ylemmiksi, ja alue alkoi jakaantua useampaan valtakeskukseen. Hajanaisinakin he kuitenkin onnistuivat säilyttämään valta-asemansa Keski-Aasiassa vuosisadan loppuun asti.

Safavidit

1400-luvun jälkipuoliskolla Keski-Aasiassa turkkilais-mongolilaiset paimentolaisheimot, joita kutsuttiin nimellä uzbekit, ryhmittyivät šaibanidien dynastian taakse, ja he alkoivat levittää elinpiiriään etelään Amudarjajoen jokilaaksoa kohti. Vuosisadan loppuun mennessä uzbekkien emiirit olivat jo syrjäyttäneet keskenään kiistelevät timuridit Keski-Aasiassa.
Samaan aikaan nykyisen Afganistanin alueen hallitsevaksi kansanryhmäksi nousivat paštut eli afgaanit, jotka olivat aiemmin asuttaneet lähinnä Sulaimanvuoristoa. Heidän muuttoliikkeestään ei ole tarkkaa kuvaa, mutta on arveltu, että timuridien vallan rapistuttua vuoristoheimojen siirtyminen uusille asuinalueille mahdollistui. Paštut olivat sotilaallisesti heikkoja, mutta laajentaessaan elinpiiriään he sulauttivat itseensä muita kansoja, mikä nosti heidät poliittisesti ja sotilaallisesti merkittävään asemaan. Paštut asuttivat alueita keskeisellä Keski-Aasian kauppareitillä, ja he pystyivät valvomaan keskeisimpiä solia ja nousivat siksi merkittäväksi voimatekijäksi. Paštujen poliittinen valta ulottui aina Delhin sulttaanikuntaan asti, kun paštutaustainen Bahlul Lodi nousi valtaistuimelle 1451 ja perusti lodi-dynastian.
Il-kaanien kauden loppupuolella oli nykyisen Azerbaidžanin alueella saanut alkunsa myös uusi safavidien dynastia. Alueella vaikutti tuolloin vuosina 1252–1334 elänyt mystikko Šaikh Safa al-Din al-Ardabili. Safavidien tausta poikkeaa muista hallitsijoista, sillä he eivät olleet alkujaan heimoylimyksiä eivätkä alueellisia hallitsijoita vaan uskonnollisia johtajia. Safavidien nimi juontuu islamin mystisestä suuntauksesta suufilaisuudesta. Suufilaisuuden tulkinta oli avointa, joten se oli helppo sovittaa uusien kansojen uskonnollisiin käsityksiin. Uudet kansat omaksuivat suufilaisuuden kautta islamilaisen kulttuurin, ja safavidien valta vahvistui heidän ideologiansa saadessa uusia kannattajia. Oppi oli aluksi hyvin epäpoliittinen ja rauhanomainen, mutta 1400-luvulla safalaisuus alkoi erota suufilaisuuden muista suunnista. Se militarisoitui ja sai šiialaisia piirteitä. Safalaiset nousivat Azerbaidžanin alueella hallinnutta šervanšah-dynastiaa ja Lähi-idän Ak Koyunlu -ruhtinaita vastaan, mikä oli vähällä koitua safavidien kohtaloksi. Ak Koyunlu surmasi safavidien johtajan Sultan Alin vuonna 1494, minkä jälkeen liikkeen johto siirtyi hänen alaikäiselle veljelleen Isma'ilille. Isma'il johti safavidiarmeijan kostoretkeä vuonna 1499, ja safavidit valloittivat hallintaansa Persian luoteisosat. Isma'il julistautui šaahiksi.
Safavidien valtapiirin laajeneminen toi Isma'ilin törmäyskurssille uzbekkien Šaibanien kanssa näiden saatua hallintaansa viimeisetkin timuridivaltakunnan rippeet Khorasanin viimeisen timuridihallitsijan kuoltua 1506. Safavidien ja šaibanidien välillä käytiin vuonna 1510 taistelu lähellä Merviä, jossa uzbekit lyötiin ja heidän johtajansa Muhammad Šaibani sai surmansa. Taistelun jälkeen safavidit hallitsivat koko Iranin ylänköä. Lännessä osmanit pysäyttivät safavidien vallan laajenemisen nykyisen Turkin ja Iranin rajan lähistölle vuonna 1514 käydyssä taistelussa.
Safavidien valtakunnan aikakaudella oli kauaskantoisia seurauksia nykyisen Keski-Aasian uskonnolliseen jakoon. Isma'il oli alkujaan uskonnollisen ääriliikkeen johtaja, mutta hänen oli sovitettava uskontonsa yhteen alamaisten enemmistön uskonnon kanssa. 1500-luvun alussa Iranin ylänkö oli enimmäkseen sunnalaista, joten šiialaisen ääriliikkeen johtajan oli hankala perustella valtansa oikeutus. Siksi Isma'il päätti käännyttää persialaiset kaksitoistašiialaisuuteen, joka oli lähempänä islamilaisten enemmistön tulkintaa kuin safavidien oma lahko. Uusi uskonto vakiintui hitaasti, mutta Persia šiialaistui, mikä erotti sen sunnalaisista naapureistaan osmaneista, uzbekeista ja paštuista. Nykyisen Afganistanin alueella jakolinja on periytynyt nykyhetkeen saakka. Maan länsiosat olivat hallinnollisesti persialaisia ja šiialaisia, kun taas lännessä valtaosa väestöstä tunnustaa sunnalaisuutta.

Mogulivaltakunta

Uzbekkien tunkeutuessa timuridien hallitsemille alueille joutuivat timuridiruhtinaat väistymään heidän tieltään. Paremmin nimellä Babur tunnettu Ferganan timuridihallitsija Muhammad Zahir al-Din joutui vuonna 1501 pakenemaan sotajoukkoineen Ferghanasta Muhammad Šaibanin uzbekkiarmeijaa. Babur tukijoineen vetäytyi Kabulin laaksoon, joka oli viimeisiä uzbekeilta suojassa olevia alueita. Kabulissa Baburia vastaan nousi kuitenkin paikallinen arghunidien dynastia, joka oli ennen toiminut timuridien alaisuudessa. Timuridivallan rapistuttua he olivat kasvattaneet oman valtakuntansa nykyisen Etelä-Afganistanin ja Länsi-Pakistanin alueelle pääkaupunkinaan Kandahar. Babur onnistui ajamaan arghunidit pois Kabulista vuonna 1504, mutta Kandahar kukistui vasta vuonna 1522.
Babur ryhtyi laajentamaan valtakuntaansa edelleen Intian suuntaan, missä Delhin sulttaanikuntaa hallinnut paštutaustainen lodi-dynastia oli menettämässä vaikutusvaltaansa. Lodi-dynastiaa vastustanut ylimystö kääntyi Baburin puoleen lodien syrjäyttämiseksi, mihin hän myöntyi. Baburin paljon lodi-armeijaa pienempi armeija kukisti Panipatin taistelussa vuonna 1526. Lodien armeijan sotanorsut olivat kenttätaistelussa alakynnessä Baburin musketein ja tykein varustautunutta armeijaa vastaan. Panipatin taistelun myötä Delhin sulttaanikunnan 300-vuotinen historia päättyi ja Intiassa alkoi Baburin perustama Suurmogulien valtakunnan aikakausi. Babur itse kuoli 1530, ja hänen seuraajakseen nousi hänen poikansa Humayun.
Humayun koki valtakuntaansa kohdistuneen suurimman uhan paštukuvernööri Sher Shah Surin taholta, joka armeijoineen ajoi Humayunin pakoon Persiaan. Vallatakseen Intian takaisin Humayun liittoutui Persiassa safavidien kanssa. Hän organisoi hyökkäyksiä Intiaan esi-isiensä mailta nykyisen Afganistanin alueelta. Kohtalo kuitenkin puuttui peliin, ja Sher Shah Suri sai surmansa vuonna 1545 ollessaan piirittämättä rajputien hallitsemaa Kalinjarin linnaketta. Hänen seuraajansa Islam Shah Surin kuoltua vuonna 1554 ilman vahvaa johtajaa jäänyt sur-dynastia hajosi nopeasti. Humayun armeijoineen saattoi valloittaa valtakuntansa takaisin ilman suurta vastarintaa vuonna 1555. Humayun kuoli seuraavana vuonna. Mogulivaltakunta hallitsi Intiaa aina 1800-luvulle saakka.
Seuraavina vuosisatoina nykyisen Afganistanin alue joutui osaksi mogulien ja safavidien välistä valtataistelua, jossa merkittävimpänä kysymyksenä oli Kandaharin hallinta. Safavideille merkittävintä oli torjua osmanien uhka lännessä, jolloin idässä sijaitseva Kandahar tarjoaisi hyvän etuvartioaseman Hindukušin suunnalta tulevia hyökkäyksiä vastaan. Safavidit onnistuivat vuonna 1648 vakiinnuttamaan valtansa Kandaharissa. Safavidien ja mogulien lisäksi nykyisen Afganistanin alueita havittelivat pohjoisen uzbekit. Uzbekit kykenivät 1500-luvun puolivälissä hyödyntämään mogulien ja safavidien sisäisen sekaannuksen aiheuttamaa tilapäistä heikkouden kautta ja valloittivat laajoja alueita nykyisen Afganistanin alueella. Safavidien šaahi Abbas onnistui vuonna 1598 palauttamaan persialaisten vallan Khorasanissa. Mogulit kukistivat uzbekit vuonna 1646 ja valloittivat Balkhin ja Termezin, mutta he joutuivat toteamaan, että alueet olivat liian kaukana heidän tukialueiltaan Pohjois-Intiasta, joten mogulivalta ei pystynyt vakiintumaan nykyisen Pohjois-Afganistanin alueella.
Safavidien ja mogulien valtataistelua alueella käyttivät hyväkseen onnistuneesti paštut, jotka hankkivat molemmilta osapuolilta myönnytyksiä. Sekä mogulien että safavidien sotavoimissa toimi merkittävässä määrin paštuja. Paštuheimojen elinalueet laajenivat voimakkaasti 1600-luvulla, jolloin he eivät enää olleet puhtaasti vuoristokansaa. Heidän elinalueensa laajeni turkkilaisten ja persialaisten kustannuksella siinä määrin, että nykyinen Länsi-Afganistan alkoi muuttua paštuenemmistöiseksi alueeksi. Paštut eivät muodostaneet yhtenäistä kansakuntaa, vaan he koostuivat hajanaisista heimoista. Merkittävimmiksi nousivat Kandahariin asettuneet ghelzai-paštut ja pohjoisen abdali-paštut. Paštujen yläheimojen välisistä valtakamppailuista muodostui Afganistaniin vakava sisäisten konfliktien lähde.

Paštuvalta

Sekä Safavidien valtakunta että Mogulivaltakunta alkoivat heikentyä 1600-luvulla. Mogulivallan kohtaloksi koitui uskonnollinen suvaitsemattomuus. Suurmoguli Aurangzebin aikana valtakuntaa alettiin islamilaistaa, mitä maan hinduenemmistö ei voinut hyväksyä. Mogulit alkoivat menettää kannatustaan, ja sen entiset vasallikuninkaat alkoivat irtautua mogulien otteesta. Voimakkaimmiksi pohjoisintialaisiksi valtakunniksi muodostuivat mogulivallasta irtautuneet Marathivaltakunta ja Sikhivaltio. Myös safavidit heikkenivät sisältä päin. Maan voimakas hallitsija Abbas oli noussut valtaan syrjäyttämällä oman isänsä, ja varmistaakseen ettei hänelle itselleen kävisi samoin, piti safavidiprinssien kasvaa haaremissa ulkomaailmasta eristettyinä siihen saakka, kunnes heidän oli aika astua valtaistuimelle. Siksi kruununperillisillä ei ollut minkäänlaista kokemusta politiikasta, eivätkä he olleet voineet rakentaa omaa valtapohjaansa. He olivat siksi neuvonantajiensa ohjailtavissa, jotka pystyivät käyttämään todellista valtaa, ja valta alkoi luisua paikallisille ylimystöille. Safavidien dynastia kuitenkin säilyi 1700-luvulle saakka, mutta merkittävä tekijä oli se, ettei sillä ollut vahvoja ulkoisia vihollisia. Osmanit ja uzbekit eivät yrittäneet tunkeutua Iranin ylängölle.
Safavidien vallan hiipuessa paštut pysyivät kuitenkin uskollisina šaahille. Paštut tukivat šiialaisia safavideja sunnalaisia moguleja vastaan, mutta myös safavidit alkoivat sortua uskonnolliseen suvaitsemattomuuteen. Safavidi-šaahi yritti saada paštuja kääntymään viralliseen valtionuskontoon, mikä käänsi paštujen mielipiteen safavidivastaiseksi. Lopullinen käännekohta safavidien ja paštujen suhteessa tapahtui vuonna 1706, kun ghelzai-paštuihin kuuluneen hutak-klaanin päällikkö Mirwais Amir Khan surmasi taistelussa safavidivaltaa Kandaharissa pitäneen kuvernöörin. Hutakit tunnustivat mogulivallan yliherruuden, mutta todellisuudessa Kandahariin oli syntynyt riippumaton Hutak-dynastia. Safavidit yrittivät valloittaa Kandaharin takaisin Abdali-paštujen tuella, mutta valtausyritykset epäonnistuivat. Huomatessaan safavidien heikkouden myös Heratissa valtakeskustaan pitävä abdalien johtaja Abd Allah Khan Saduzai sanoutui irti safavidien vallasta. Safavidit eivät onnistuneet valtaamaan myöskään Heratia enää takaisin, ja Keski-Aasiaan oli näin syntynyt kaksi riippumatonta paštuvaltakuntaa.
Paštuvaltakunnat olivat vihamielisissä väleissä keskenään ja kärsivät myös sisäisistä kiistoista. Sekään ei estänyt paštuvaltaa vahvistumasta safavidien kustannuksella. Vuonna 1722 Mirwaisin seuraaja Mir Mahmud marssi armeijoineen Persiaan ja valloitti Safavidien pääkaupungin Esfahanin, ja safavidien šaahi vangittiin. Mir Mahmud pyrki nostamaan itsensä šaahiksi, mutta luhistumaisillaan olevan safavidivaltakunnan ylimystö ei suostunut kunnioittamaan Mir Mahmudin valtaa. Myös safavidiprinssi Tahmasp II julistautui šaahiksi Qazvinissa, jonne muodostui kilpaileva valtakeskus. Lisäksi tilanteeseen sekaantuivat länsirajalla osmanit ja Pietari Suuren johtama Venäjän imperiumi, jotka havittelivat safavidivaltakunnan rippeitä. Myöskään hutak-dynastia ei elänyt kauaa Mir Mahmudin jälkeen. Hänet murhattiin 1725. Hänen tilalleen nimitettiin hutak-ylimys Ašraf Khan, mutta Kandaharissa valtaa pitänyt Mir Mahmudin veli ei tunnustanut tätä, ja ghelzaiden valtakunta jakaantui näin kahtia.

Nadir Šah

Persialaisen väestön enemmistön mielessä safavidit olivat edelleen Persian ainoita laillisia hallitsijoita. Sekava poliittinen tilanne aiheutti maan hovissa valtataistelun, jossa ylimystö koitti hyötyä tilanteesta käyttämällä šaahi Tahmasp II:ta hyväkseen toimimalla nimellisesti tämän tukena. Verisen valtataistelun voittajaksi selviytyi afšarideja edustanut Nadir Khan, joka tunnettiin myöhemmin Nadir Šahina.
Nadir ryhtyi uudelleen yhdistämään pirstoutunutta valtakuntaa. Hän hyökkäsi ensin abdalien kimppuun nykyisen Afganistanin länsiosissa, minkä jälkeen hän suuntasi kohti hutakien hallitsemaa Esfahania. Nadirin armeija kukisti hutakit, ja Ašraf Khan joutui pakenemaan Kandahariin, missä hänet surmattiin. Esfahanin valloituksen jälkeen Nadir hyökkäsi ghelzaiden viimeiseen linnakkeeseen Kandahariin, missä kaupunki kukistui vuonna 1738 lähes vuoden kestäneen piirityksen jälkeen. Kandahar hävitettiin ja ghelzaiden valta tuhottiin täydellisesti. Tahmasp II nostettiin vanhan safavidipääkaupungin Esfahanin hallitsijaksi, mutta pian Nadir tunsi valtansa olevan jo tarpeeksi vahva ja syrjäytti viimeisen safavidihallitsijan, ja hän julistautui šaahiksi. Nadirin sotaretket olivat menestyksekkäitä myös lännessä, missä he valtasivat osmaneilta takaisin entiset safavidialueet. Pohjoisrajalla persialaisten valta levisi uzbekkien alueille, kun Nadir valloitti Buharan ja Khivan. Venäläisten kanssa löydettiin diplomaattinen ratkaisu näiden palautettua safavideilita valloittamansa alueet.
Nadir Šahille ei riittänyt Persian rajojen palautus ja poliittisen yhtenäisyyden saavuttaminen ghelzaiden kukistuttua. Hänen armeijansa jatkoi valloitussotiaan mogulien alueille, missä nämä lyötiin Karnalin taistelussa vuonna 1739. Persialaisjoukot marssivat Delhiin, missä kaupunki hävitettiin, mutta mogulihallitsija Muhammad Šah jätettiin kuitenkin valtaan ja Nadir liitti omaan valtakuntaansa ainoastaan Indusjoen länsipuoliset alueet. Tärkeintä Nadirille ei ollut uusien maiden valloittaminen, vaan ryöstösaaliin saaminen. Valtavat määrät Intian aarteita ryöstettiin Persiaan, mukaan lukien riikinkukkovaltaistuin ja Koh-i-Noor-timantti, joka myöhemmin päätyi briteille.
Nadir Šahin valloitusten myötä Persia saavutti suurimman laajuutensa puoleentoista vuosituhanteen. Sen valta ulottui Kaukasukselta Indusjoelle asti. Valtakunnan rakenne ei kuitenkaan ollut kestävä, valloitettujen alueiden hallintoon ei juuri panostettu. Lisäksi Nadir tuli yhä vainoharhaisemmaksi ja alkoi nähdä vihollisia joka puolella. Hänen lähimmät upseerinsa surmasivat hänet vuonna 1747, ennen kuin arvaamaton šaahi ehtisi tehdä saman heille. Voimakkaan hallitsijan puutteessa Afsaridien valtakunta alkoi hajota Nadir Šahia edeltäneeseen hajaannuksen aikaan. Afsaridien vallassa pysyi ainoastaan Nadir Šahin vanha pääkaupunki Mašhad. 1700-luvun lopulla voimakkaimmaksi persialaiseksi dynastiaksi nousseet qadžarit ottivat viimeisetkin Nadir Šahin valtakunnan jäänteet hallintaansa. Nadir Šahin jälkeen alkoi nykyisen Afganistanin alue hahmottua, kun Dorrani-valtakunta alkoi muodostua Kandaharin ympärille.

Dorrani-valtakunta

Nadir Šahin kuoltua valtakunnan itäosat alkoivat välittömästi irtaantua afsaridien otteesta. Merkittävimmäksi hallitsijaksi nousi Saduzai-klaaniin kuulunut abdali-ylimys Ahmad Khan, joka myöhemmin tunnettiin paremmin nimellä Ahmad Šah Dorrani, oli Nadirin eläessä kuulunut tämän luottoupseereihin. Nadir Šahin kuoltua Ahmad Khan palasi komentamansa neljäntuhannen miehen abdali-ratsuväkijoukon kanssa Kandahariin, missä abdali-ylimysten neuvosto valitsi hänet uudeksi kuninkaaksi vuonna 1747. Abdalit nousivat hallitsevaan asemaan erityisesti sen vuoksi, että ghelzait oli murskattu Nadir Šahin valloitusretkillä perusteellisesti.
Ahmad Šah Dorrani alkoi rakentaa uutta valtakuntaa Kandaharin ympärille, mikä onnistui aluksi hyvin, sillä Nadir Šah oli jo kukistanut lähialueiden vahvimmat kilpailijat, ghelzait ja uzbekit, eikä heikentynyt mogulivalta enää kyennyt uhkaamaan Dorrani-valtakuntaa. Ahmad Šah pystyi alistamaan Hindukušin alueen tadžikit, turkmeenit ja hazarat tunnustamaan ylivaltansa.
Ahmad Šah yritti alistaa valtansa alle myös Iranin ylänköön kuuluneet, Nadir Šahin aikaiset afsaridivaltakunnan alueet, mutta hyökkäykset torjuttiin. Koska valtakunta ei kyennyt laajenemaan länteen, Ahmad Šah kohdisti katseensa itään. Ahmad Šah teki useita sotaretkiä Intiaan, missä rappeutuva Mogulivaltakunta ei kyennyt estämään paštujen hyökkäyksiä. Delhi ryöstettiin jälleen, ja Kashmir, Punjab ja Sindh liitettiin Dorrani-valtakunnan hallitsemiin alueisiin, mutta paštujen valta alueella ei kuitenkaan vakiintunut. Paštujen sotaretkien vuoksi Mogulivaltakunta menetti lopullisesti otteensa Pohjois-Intiassa. Sen sijaan Mogulivaltakunnan rippeille syntynyt Marathivaltakunta vastusti edelleen paštujen valtaa alueella.
Marathit olivat laajentaneet merkittävästi valtakuntaansa Pohjois-Intiassa luhistuvan Mogulivaltakunnan kustannuksella. Mogulien lopullisen rappion jälkeen laajentumishaluisten Dorrani-valtakunnan ja Marathivaltakunnan välinen yhteenotto oli väistämätön. Marathit saivat aluksi taistelussa yliotteen ja työnsivät paštut takaisin lähtöalueilleen. Asetelma alkoi kuitenkin kääntyä Ahmad Šahin joukkojen eduksi. Hindulaisilla maratheilla oli ylivoimainen tykistö paštuihin nähden, mutta heidän uskonnollinen ehdottomuutensa karkotti liittolaiset. Sen sijaan Ahmad Šah sai houkutelluksi tuekseen islamilaisia liittolaisia. Viimeinen valtakuntien välinen taistelu käytiin vuonna 1761, samalla taistelukentällä, jolla Baburin ja Ibrahim Lodin joukot olivat kohdanneet kaksisataa vuotta aiemmin. Panipatin kolmannessa taistelussa marathit kokivat murskaavan tappion, ja jäljelle jääneet marathijoukot joutuivat perääntymään takaisin etelään. Tappion myötä Marathivaltakunta ei enää kyennyt nousemaan merkittäväksi voimatekijäksi Pohjois-Intiassa. Sen sijaan sikhit vastustivat edelleen paštujen vallan leviämistä alueelle. Sikhijoukot valloittivat ajoittain Lahoren kaupungin hallintaansa, ja paštut ryöstivät sikhien pyhän kaupungin Amritsarin, mutta kumpikaan osapuoli ei saavuttanut ratkaisevaa voittoa.
Dorrani-valtakunnan pohjoisrajalla taistelut eivät olleet yhtä kiivaita. Uzbekkien Buharan kaanikunta pyrki valtaamaan takaisin alueitaan nykyisessä Pohjois-Afganistanissa, mutta uzbekkiemiirin kanssa päädyttiin sopimukseen, jolla valtakuntien rajaksi tuli Amudarjajoki. Ahmad Šah Dorrani kuoli 1773. Elinaikanaan hän yhdisti paštuheimot, ja siksi nykyinen afganistanilainen historiankirjoitus pitää häntä valtakunnan perustajana. Puolueeton historiantulkinta pitää kuitenkin todennäköisempänä, että tämänkaltaista kansallista suunnitelmallisuutta ei ollut, vaan hän koetti valloittaa takaisin Nadir Šahin rakentaman imperiumin rajat. Valtakunnan perustaminen ja sotamenestys perustuivat pitkälti paštujen vahvaan sotilasvoimaan. Afganistanin kuivilla ja vuoristoisilla seuduilla on vain vähän laidun- ja viljelysmaata, ja koska kaikille ei ole maata viljeltäväksi, on sotaväkeen liittyminen tarjonnut elinkeinon. Satojen vuosien ajan sekä Delhin sulttaanit että mogulikeisarit olivat värvänneet armeijoihinsa paštuja. Ahmad Šah käytti tätä perinteistä yhteiskuntarakennetta Dorrani-valtakunnan hyväksi. Hän kuitenkin myös ymmärsi paštujoukkojen aiheuttaman sisäisen uhan, mikäli vuoristoheimot eivät saisi vastinetta keskusvallan hyväksi lähettämilleen sotilaille.
Ahmad Šahin kuoltua valtaan nousi hänen poikansa Timur Šah. Hänellä ei ollut paštuylimysten keskuudessa samaa auktoriteettia kuin isällään, ja Dorrani-valtakunnan tasapaino alkoi horjua paštuheimojen kääntyessä toisiaan vastaan. Syntynyttä heikkoutta käyttivät hyväkseen pohjoisessa Buharaa hallinneet manghitit ja idässä sikhit, jotka laajensivat valtakuntiaan Dorrani-valtakunnan kustannuksella. Lännessä taas Persian qadžar-dynastia valloitti Nadir Šahin aikaisen pääkaupungin Mašhadin. Dorranien onneksi persialaisten huomio kiinnittyi venäläisten uhan torjumiseen näiden hyökättyä Luoteis-Persiaan. Timur Šahin kuoli vuonna 1793, ja hänen jälkeensä Dorrani-valtakunnan sisäpolitiikkaa leimasi hänen poikiensa välinen valtataistelu. Vuosina 1793–1823 maata hallitsi viisi Timur Šahin poikaa, eikä yksikään poistunut valtaistuimelta luonnollisen kuoleman kautta. Epävakaan hallinnon vuoksi keskusvalta pystyi pitämään hallussaan vain tukialueidensa lähiympäristöä. Timur Šahia on pidetty afganistanilaisessa historiankirjoituksessa taitamattomana hallitsijana, joka romutti isänsä rakentaman Dorrani-valtakunnan. Todellisuudessa kuitenkin valtakunnan rakenne oli hatara, käytännössä paštuheimojen löyhä liitto, ja se saattoi menestyä niin kauan kuin lähialueilla oli ryöstettävää. Ryöstelyä taas helpotti lähialueiden valtatyhjiö, joka oli syntynyt mogulien ja safavidien vallan romahtaessa. Mutta tyhjiö oli 1700-luvun lopulla täyttymässä. Tällä kertaa sen täyttivät britit ja venäläiset, joista tuli paštuille täysin uudenlainen uhka.

Barakzai-emiraatti

Dorrani-valtakunta ei vielä 1700-luvulla joutunut tekemisiin Itä-Intian kauppakomppanian kanssa, sillä sikhit toimivat maiden välissä puskurina. Tilanne oli kuitenkin muuttumassa, ja Dorrani-valtakunta ajautui osaksi siirtomaavaltojen politiikkaa. Alkusysäyksenä oli se, että Persian qadžar-dynastia solmi vuonna 1807 liittosopimuksen Napoleonin Ranskan kanssa. Se sai britit huolestumaan Intian puolustuksesta. 1700-luvun seitsenvuotinen sota ja suuri siirtomaasota muuttivat brittien tavoitteita Intian niemimaalla, kun britit ja ranskalaiset kilpailivat kauppavallasta Intiassa. Mountstuart Elphinstonen johtama brittilähetystö saapui vuonna 1809 Peshawariin solmimaan dorranihallitsija Šudža' Šah Dorranin kanssa puolustussopimusta Persian uhkaa vastaan, mutta pian Dorrani-hovi ajautui jälleen valtataisteluihin.
Šudža' Šah oli itse noussut valtaistuimelle syrjäyttämällä vuonna 1803 veljensä Mahmud Šahin. Hän oli hyödyntänyt Mahmudin sotavoimien poissaoloa Kabulista ja lähettänyt veljensä vangiksi Bala Hisarin linnoitukseen, mistä tämän kuitenkin onnistui paeta ja koota sotaväkensä uudelleen. Šudža'an ja Mahmudin joukkojen yhteenotossa taistelu kääntyi Mahmudin voitoksi. Šudža Šah joutui pakenemaan brittien suojelukseen, missä oli jo hänen veljensä ja entinen hallitsija, vuosina 1790–1800 hallinnut Zaman Šah, jonka Mahmud oli syrjäyttänyt ja sokaissut vuonna 1800. Vallankaappauksen vuoksi brittien solmima sopimus Dorrani-hovin kanssa valui hukkaan. Brittien tilannetta kuitenkin helpotti se, että myös Persian ja Ranskan sopimus jäi lyhytaikaiseksi ja myös Napoleonin sodat päättyivät. Muuttuneen tilanteen vuoksi brittien kiinnostus nykyisen Afganistanin alueeseen lopahti, sillä Intian koilliskolkan puolustus muita siirtomaavaltoja vastaan ei ollut enää polttava kysymys.
Mahmud Šahin ulkopoliittisiin ongelmiin kuului 1800-luvun alussa myös Randžit Singhin johtama, Punjabissa sijainnut Sikhivaltio. Sikhit voittivat paštujen armeijan ja valloittivat Kashmirin ja Peshawarin Dorraneilta. Dorrani-valtakunnan johdossa Mahmud Šah onnistui kuitenkin suututtamaan saduzai-dynastian merkittävimmän tukijan, voimakkaan Barakzai-klaanin, joka oli tukenut häntä valtaannousussa ja Sudža' Šah'n syrjäyttämisessä. Mahmud surmasi merkittävän Barakzai-klaanin jäsenen, mutta on epävarmaa, olivatko Mahmudin motiivit henkilökohtaiset vai katsoiko hän Barakzai-klaanin vaikutusvallan kasvaneen liikaa. Teko oli kuitenkin Mahmud Šahille kohtalokas virhearvio, sillä valtakunta lipesi hänen otteestaan ja Barakzait valtasivat Kabulin. Mahmud pakeni Heratiin, missä hän hallitsi kuolemaansa asti, vuoteen 1829. Barakzait asettivat uudeksi kuninkaaksi Timurin kaksi muuta poikaa, jotka olivat käytännössä Barakzai-klaanin nukkehallitsijoita. Vuosina 1818–1819 valtakunnan nimellinen hallitsija oli Sultan Ali Šah ja tämän jälkeen vuoteen 1823 asti Aijub Šah.
Barakzai-klaani ajautui kuitenkin sisäiseen valtataisteluun merkittävän klaanijohtajan kuoltua. Tämän poikien keskuudesta voimakkaimmaksi nousi veljeksistä nuorin Dust Muhammad. Barakzai-veljeksillä oli sama isä, mutta Dust Muhammad oli äitinsä puolelta sukua voimakkaammalle heimoryhmälle, joiden tuella hän sai Kabulin haltuunsa ja nousi valtaistuimelle.
Dust Muhammadin hallitsema valtakunta ei ollut kuitenkaan enää käytännössä ollut Dorrani-valtakunta, eikä myöskään Dust Muhammad kutsunut itseään arvonimellä šah, vaan hän omaksui alemman emiiri-arvon ja valtakuntaa hallittiin Barakzai-emiraattina. Valtakunta oli pirstoutunut useisiin pieniin osiin, joita hallitsi nimellisesti paštupäällikkö. Pienistä valtakunnista itäsimmät olivat alistuneet sikhien vasalleiksi. Hajanaisuus alkoi huolestuttaa myös Intian brittejä, jotka kutsuivat aluetta nimellä Afganistan. Britit pelkäsivät, että keskenään kilpailevista ryhmistä jotkut saattavat liittoutua Venäjän kanssa.
Britit liittoutuivat sikhien kanssa Kabulin valloittamiseksi ja Šudža' Šah'n asettamiseksi uudelleen valtaistuimelle. Brittiläisille ei ollut merkitystä sille, kuka Afganistania hallitsisi, kunhan hallitsija olisi heille myötämielinen. Dust Muhammad ei kuitenkaan hyväksynyt sitä, että Peshawar jäisi sikhien hallintaan, eivätkä britit halunneet palauttaa kaupungin hallintaa paštuille, sillä sikhit olivat briteille tärkeä liittolainen.
Tilanne alkoi kiristyä Afganistanin länsirajalla, missä venäläisten tukemana Persian hallitsija Muhammad Šah piiritti vuonna 1837 Heratin, jota edelleen hallitsi Saduzai-dynastian Mahmud Šah'n poika. Britit kokivat tilanteen uhkaavaksi, sillä Heratin menetyksen katsottiin avaavan tien Intiaan. Nyt myös venäläiset lähestyivät Dust Muhammadia, jonka asema alkoi muuttua tukalaksi. Hän tiesi tarvitsevansa brittien tuen Peshawarin takaisin saamiseksi. Eikä hän voinut suututtaa venäläisiä, joiden persialaiset liittolaiset olivat jo uhkaavasti asemissa Heratin ympärillä. Afganistanin Barakzai-emiraatin neuvottelut sekä brittien että venäläisten kanssa päättyivät tuloksettomina. Heratin piiritys laukesi lopulta, kun persialaiset joutuivat vetäytymään brittilaivaston lähdettyä valtaamaan Persianlahden saaria. Persialaisten vetäytyminen Heratista ei kuitenkaan riittänyt briteille, jotka päättivät turvautua voimatoimiin Dust Mohammadin syrjäyttämiseksi ja Šudža' Šah'n nostamiseksi Afganistaniin kuninkaaksi.

Ensimmäinen afgaanisota

Britit ryhtyivät vuonna 1839 liittolaistensa sikhien kanssa suunnittelemaan iskua Afganistaniin. Sotaretkelle lähtemisestä ei ollut yksimielisyyttä brittien keskuudessa, sillä Dust Muhammad ei ollut provosoinut brittejä, eikä hän myöskään muodostanut uhkaa brittien hallitsemalle Intialle. Epäillen suhtauduttiin myös sikhien liittolaisuuteen ja Sudža Šah'n kykyyn toimia kuninkaana. Sotatoimiin päätettiin kuitenkin ryhtyä, ja ensimmäinen afgaanisota alkoi keväällä 1839. Briteille sodasta tuli katastrofi, vaikka Sudža Šah'n nostaminen uudelleen valtaan onnistui.
Suurin osa brittien armeijasta koostui intialaisista sepoy-sotilaista, joita brittiupseerit johtivat. Afganistanin valloitus sujui helposti, sillä osa paikallisista ylimyksistä lahjottiin ja paikallisväestöstä suurin osa ei vastustanut brittejä. Kandahar vallattiin ilman taistelua huhtikuussa 1839, ja elokuussa brittiarmeija valtasi Kabulin, missä Sudža Šah asetettiin valtaistuimelle. Dust Muhammad pakeni uzbekkialueelle pohjoiseen, mutta myöhemmin hän antautui briteille, jotka lähettivät hänet Intiaan.
Sotatoimien päätyttyä osa brittijoukoista palasi Intiaan. Varsin pian kuitenkin ilmeni, ettei Šudža' Šah nauttinut alamaistensa luottamusta eikä hänellä ollut voimavaroja Afganistanin hallitsemiseksi. Hänen hallintonsa toimi vain silloin, kun brittiarmeija oli tukena.
Afganistaniin jätettyjen brittiläis-intialaisten joukkojen läsnäolo ei kuitenkaan saanut tuekseen väestön hyväksyntää. Kun loppuvuodesta 1841 huoltoreitit Intiaan katkesivat lumen tukkiessa solat, alkoivat kaukaisimmat varuskunnat kärsiä hyökkäyksistä. Tilanteen lipeämisen brittien käsistä huomasi myös Dust Muhammadin poika Muhammad Akbar Khan, joka alkoi koota brittejä vastustavaa kansanjoukkoa. Tilanne alkoi muuttua tukalaksi myös Kabulissa, missä Intian hallinnon pääsihteeri William Hay Macnaghten surmattiin hänen ollessaan yrittämässä neuvotteluja kapinallisten kanssa. Tapauksen jälkeen kenraaliluutnantti William Elphinstone teki päätöksen koko Kabulin 16 500-henkisen varuskunnan evakuoimisesta Jalalabadiin keskellä talvea, tammikuussa 1842, ilman asianmukaisia varusteita. Suurin osa marssireitistä oli ghelzaiden hallussa, ja brittikolonna joutui joka suunnasta tulevien hyökkäyksien kohteeksi. Ne, joita paštut eivät surmanneet, kuolivat kylmyyteen. Perille Jalalabadiin selviytyi vain yksi britti ja muutama sepoy. Brittiläisten suojelijoiden lähdettyä myös Sudža' Šah murhattiin muutaman kuukauden kuluttua.
Akbar Khan sai kunnian brittien ajamisessa pois maasta. Brittejä ei kuitenkaan lyöty sotilaallisesti. Kabulin varuskunta tuhoutui, mutta muut varuskunnat pysyivät brittien hallussa. Kun lumet olivat keväällä sulaneet, britit tekivät kostoiskun Kabuliin, missä kapinaan osalliseksi epäiltyjä surmattiin, ja lisäksi armeija ryösti kaupungin ja poltti basaarin. Kostoretken jälkeen britit päättivät vetäytyä, sillä voimavaroja ei enää uskallettu sitoa epävakaaseen Afganistaniin. Lisäksi briteille oli tullut muita huolia, sillä tilanne ei ollut vakaa edes heidän omilla alueillaan Pohjois-Intiassa. Lisäksi Randžit Singhin kuoltua myös Sikhivaltio oli ajautunut kaoottiseen tilanteeseen. Britit päättivät vapauttaa Dust Muhammadin ja toivoivat, että hän rauhoittaisi tilanteen Afganistanissa. Brittien vetäytyminen osoittautui tulevina vuosina hyväksi päätökseksi, sillä he joutuivat läpikäymään kaksi sikhisotaa 1840-luvulla ja sepoykapinan 1857. Nämä sodat muodostivat briteille todellisen uhan, toisin kuin taloudellisesti merkityksetön Afganistan, jolla oli merkitystä vain puskurivyöhykkeenä Venäjän imperiumia vastaan.

Afganistan muotoutuu

Dust Muhammadin toisen kauden alussa yksi hänen kohtaamistaan ongelmista oli hänen poikansa Muhammad Akbar Khanin nauttima suuri kansansuosio. Akbar Khan tahtoi jatkaa taistelua brittien kanssa, kun taas Dust Muhammad näki tilanteen realistisemmin ja halusi lähestyä brittihallintoa. Tilanne ratkesi, kun Akbar Khan yllättäen kuoli sairauteen vuonna 1847, mutta on epävarmaa, myrkyttikö Dust Muhammad poikansa, joka oli hänen poliittinen vastustajansa.
Dust Muhammadin aikana hahmottuivat nykyisen Afganistanin rajat suurin piirtein nykyiseen muotoonsa. Hänen onnistui palauttaa Kabulin valta itsenäisiksi pienoisvaltioiksi hajonneessa maassa. Keskusvallan alaisuuteen alistuivat jälleen uzbekkien ja tadžikkien asuttamat pohjoiset alueet ja etelässä ghelzaiden asuttamat alueet ja Kandahar. Dust Muhammad joutui kuitenkin luopumaan vaatimuksistaan Peshawariin, jolloin hän sai myös britit puolelleen. Kun vuonna 1856 Persian šaahi Nasir al-Dinin armeija valtasi Heratin, britit ajoivat hyökkääjän nopeasti pois. Se oli myös brittien oma etu, sillä Persiaa pidettiin venäläisten liittolaisena, jota vastaan tarvittiin vahva puskurivyöhyke. Kun Intiassa puhkesi brittivastainen sepoykapina vuonna 1857, koitti myös Kabulin näkökulmasta tilaisuus kiristää briteiltä myönnytykseksi takaisin Peshawar ja Indusjokilaakson paštualueet. Dust Muhammad ei kuitenkaan päättänyt toimia näin, mikä vahvisti brittien luottamusta häneen. Nykyistä Afganistania määrittää myös se, mitä hän ei toisen hallintokautensa aikana onnistunut saavuttamaan. Peshawar ja Induksen paštualueet siirtyivät 1840-luvulla sikhien hallinnasta brittien etupiiriin, ja aikanaan alueista muodostettiin Pakistan. Merkittävin menetys Afganistanille saattoi olla dorranivallan tunnustaneen Belutšistanin alueen jääminen brittihallintaan, mikä tarkoitti, että Afganistan jäi ilman yhteyttä Intian valtamerelle.

Toinen afgaanisota

Venäjän etupiiri laajeni ensimmäistä afgaanisotaa seuranneina vuosikymmeninä kovaa vauhtia kohti etelää. Vuonna 1842 Venäjän raja oli vielä Araljärven pohjoispuolella, mutta 1860-luvun loppuun mennessä tsaarin valtaan oli jo alistettu uzbekkien Buharan kaanikunta sekä Taškent ja Samarkand. Uzbekkialueiden jouduttua venäläisten etupiiriin briteille tuli kiire määritellä, missä Afganistanin raja alkaa. Vuonna 1873 suurvallat sopivat, että Afganistanin pohjoinen rajalinja kulkee Amudarja jokea pitkin.
Myös britit olivat lujittaneet otettaan Intiasta sepoykapinan jälkeen, jolloin Intiasta muodostettiin Brittiläinen Intia ja sen hallinta otettiin kauppakomppanialta suoraan kruunun alaisuuteen. Se tarkoitti myös Iso-Britannian ja Venäjän välisen suuren pelin kiihtymistä, ja siten Afganistanin merkitys puskurivyökykkeenä imperiumien välissä kasvoi. 
Dust Muhammad kuoli 1863. Hän oli jakanut maan provinssien hallinnon poikiensa kesken, jotka komensivat myös omia sotavoimiaan. Kyseinen hallintotapa oli yleinen Keski-Aasiassa, mutta hallitsijan kuoleman jälkeen se johti monesti sisällissotaan. Näin kävi myös Dust Muhammadin jälkeen, ja maa ajautui kuusi vuotta kestäneeseen veljesten väliseen sotaan. Hän oli nimennyt perijäkseen Šir 'Ali Khanin, sillä hänen äitinsä kuului merkittävään Dorrani-klaaniin, ja hän oli myös osoittanut kykynsä kukistamalla useita ghelzaiden kapinoita. Šir 'Alin nimitystä eivät hänen vanhemmat veljensä hyväksyneet, ja Sir 'Ali syrjäytettiin vuonna 1866. Hänellä oli kuitenkin myös brittien taloudellinen tuki, ja hänen onnistui palata valtaan vuonna 1869.
Šir 'Alin saama tuki briteiltä ei ollut omiaan nostamaan hänen suosiotaan kansan keskuudessa, sillä ensimmäinen afgaanisota ja sen aiheuttama brittiläisvastaisuus olivat tuoreessa muistissa. Šir 'Alin oli pakko myötäillä brittivastaisia asenteita maansa sisäpolitiikassa, mutta samalla hän pyrki liittoutumaan brittien kanssa tiiviimmin saadakseen takuut brittien avusta, mikäli Venäjä hyökkäisi maahan. Venäjän eteneminen Keski-Aasiassa jatkui 1870-luvulla, ja se alisti valtaansa Hivan ja Kokandin kaanikunnat. Sen jälkeen oli ilmeistä, että seuraavaksi tsaarin armeijat suuntaisivat turkmeeneja vastaan Kaspianmeren länsipuolella. Se toisi heidät jo iskuetäisyydelle Afganistanista, mikä sai britit painostamaan Šir 'Alia aggressiivisemmin, jotta tämä hyväksyisi brittiläisten asiamiesten sijoittamisen Heratiin ja Kabuliin. Siihen ei Šir 'Ali suostunut, sillä hän tiesi, että britit pyrkisivät vaikuttamaan myös Afganistanin politiikkaan, mikä oli sisäpoliittisesti hyvin räjähdysaltis asia.
Brittien ja venäläisten välit kiristyivät entisestään Venäjän ja Osmanien välisen sodan jälkeen, jolloin venäläisten valta uhkasi kasvaa Välimerellä, mitä britit eivät voineet hyväksyä. Vuonna 1878 jännitteiden ollessa kireimmillään venäläinen lähetystö lähestyi Šir 'Alia, mikä sai britit vaatimaan entistä äänekkäämmin emiiriä päästämään brittiedustajat Afganistaniin. Vastauksen viipyessä britit sijoittivat tuhannen miehen vahvuisen sotilasosaston Afganistanin rajalle. Šir 'Ali ei liittoutunut venäläisten kanssa, mutta silti brittiarmeija marssi Afganistaniin 1878 ja aloitti toisen afgaanisodan.
Afganistanin valloitus onnistui jälleen helposti, ja Kabul vallattiin tammikuussa 1879. Šir 'Ali pakeni brittiläisiä pohjoiseen, missä hän pian kuoli. Uudeksi emiiriksi nimitettiin Šir 'Alin poika Muhammad Ja’qub Khan. Hänen kanssaan britit solmivat sopimuksen, jonka mukaan britit saivat sijoittaa delegaationsa Kabuliin ja Afganistan luopui oikeudestaan harjoittaa itsenäistä ulkopolitiikkaa ja antoi Brittiläisen Intian rajan vastaisia alueita brittien hallittaviksi. Vastineeksi britit tarjosivat taloudellista ja sotilaallista apua ulkomaista hyökkääjää vastaan. Tilanne ei kuitenkaan kestänyt kuin muutaman kuukauden. Kabulissa puhkesi saman vuoden syksyllä brittivastaisia levottomuuksia, ja brittineuvonantaja ja tämän 75-henkinen seurue surmattiin. Myös emiiri Ja’qub Khan erosi, sillä hän ei halunnut olla pelkkä nukkehallitsija eikä hän myöskään halunnut kokea Sudža Šahin osaksi ensimmäisen afgaanisodan jälkeen koitunutta kohtaloa.
Brittikenraali Frederick Robertsin johtama armeija marssi Kabuliin pidättämään lähetystön surmaan osalliset, mitä seurasi joukkopidätyksiä ja teloituksia. Roberts hoiti käytännössä itse emiirin tehtäviä Kabulissa, mutta muu Afganistan luisui brittien otteesta. Paštuheimot maan vuoristoseuduilla alkoivat järjestää sotajoukkojaan, ja kun huoltoyhteydet Intiaan talven tullen katkesivat, Kabulin brittiarmeija oli piiritetty. Muistaen ensimmäisen afgaanisodan tapahtumat Roberts ei suostunut tarttumaan piirittäjien tarjoamaan tarjoukseen esteettömästä vetäytymisestä takaisin Intiaan. Brittiläis-intialaiset joukot pitivät Kabulissa puolensa piirittäjiä vastaan. Piirittäjien liittouma kärsi suuria tappioita hyvin varustettuja brittiarmeijaa vastaan, ja pian heidän liittoumansa alkoi hajota sisäisiin erimielisyyksiin. Ainoan merkittävän tappion britit kärsivät Maiwandin taistelussa, jossa Muhammad ’Aijub Khanin johtamat paštut löivät brittien joukko-osaston ja pakottivat rippeet linnottautumaan Kandahariin. Sotilaallinen voitto oli kuitenkin sodan kokonaiskulun kannalta merkityksetön, sillä pian Roberts marssitti 10 000 miehen vahvuisen armeijan Kabulista ja Aijub Khanin joukot lyötiin.
Sotilaallisesti emiraatin joukot eivät kyenneet vastustamaan brittejä. Hallinnollisesti britit kuitenkin totesivat jälleen, että Afganistanin hallitseminen suoraan tulisi kalliiksi ja edellyttäisi suuren armeijan sijoittamista maahan. Resursseja kaivattiin muuallakin, eikä köyhä Afganistan tarjoaisi sijoituksille juurikaan vastinetta. Niinpä brittihallinto päätti hallita Afganistania epäsuorasti, mihin tarvittiin itsenäisesti toimiva mutta brittimielinen hallitsija. Brittien etsimäksi henkilöksi osoittautui Abd al-Rahman Khan. Hän kuului Barakzai-klaaniin ja oli Šir Ali Khanin veljenpoika, joka oli joutunut pakenemaan tätä Transoksaniaan. Abd al-Rahman Khanin valtaannousua helpottivat britit, jotka kukistivat hänen puolestaan mahdolliset kilpailijat. Britit vetäytyivät maasta vuonna 1881 ja luovuttivat vallan Abd al-Rahman Khanille.

Rautaemiirin aikakausi

Vuonna 1880 Abd al-Rahman Khanin valtakauden alussa Afganistan oli kaoottisessa tilanteessa. Kaupankäynti oli pysähdyksissä, vähäisetkin nykyaikaistamiseen tähtäävät uudistukset olivat toisen afgaanisodan jäljiltä pyyhkiytyneet pois, eikä Kabulin keskusvaltaa kaikkialla tunnustettu. Maata hallitsivat useat klaanipäälliköt ja paikalliset mahtimiehet. Abd al-Rahman Khanin tukena oli kuitenkin brittien taloudellinen tuki, minkä turvin hän kykeni alistamaan kapinoivat heimot valtaansa käyttämällä tarvittaessa raakojakin otteita, mistä hän sai briteiltä lempinimen Rautaemiiri.
Abd al-Rahman Khania ja Kabulin keskusvaltaa vastustivat useat itsenäisesti toimineet heimot, jotka eivät nähneet syytä maksaa veroja eivätkä luovuttaa miehiä keskushallinnon armeijaan, sillä vastineeksi ei ollut tarjolla juuri mitään. Sellaisissa pienyhteisöissä eli suurin osa maan väestöstä, joko tiettömien taipaleiden takana tai viettäen paimentolaiselämää. Heimot kykenivät järjestäytymään myös sotilaallisesti, ja ne vastustivat ankarasti Abd al-Rahmanin suunnitelmia maan valtarakenteen muuttamiseksi. Abd al-Rahmanin tavoite oli perustaa suoraan hallitsijalle uskolliset asevoimat ja hänen alaisuudessaan oleva hallintorakenne. Abd al-Rahman Khan käytti hyväkseen heimojen kyvyttömyyttä muodostaa yhteinen rintama. Brittien aseistamat Afganistanin hallituksen joukot kukistivat kapinoivat heimot yksi kerrallaan. Kaikkiaan hän teki valtakautensa aikana oman valtakuntansa sisällä eri kansanryhmiä vastaan nelisenkymmentä sotaretkeä. Kapinat kukistettiin verisesti. Abd al-Rahmanin oman arvion mukaan näissä sai surmansa 120 000 henkeä. Kukistettujen heimojen alueista luotiin maakunnat, joiden rajat olivat erilaiset kuin heimojen hallitsemien alueiden rajat. Maakuntien johtoon asetettiin hallinnon alaisuudessa toimineet virkamiehet. Heikentääkseen vahvimpien väestöryhmien, kuten maan eteläosissa asuneiden ghelzaiden, asemaa heitä pakkosiirrettiin pohjoiseen heihin vihamielisesti suhtautuvien tadžikkien ja uzbekkien asuinalueille. Näin ehkäistiin mahdollisten kapinoiden syntyminen.
Abd al-Rahman ymmärsi, että pelkästään kovat otteet eivät pidä valtakuntaa koossa loputtomiin, vaan keskushallinnon oikeuttamiseksi tarvitaan yhteinen valtionideologia. Nationalismin kaltainen aate ei ollut vielä ulottunut syrjäiseen Afganistaniin, joten Abd al-Rahman haki yhdistävää tekijää islamilaisesta poliittisesta teoriasta, joka korostaa muslimien yhtenäisyyttä. Valtionideologiaksi nostettu sunnalainen islam liittyi myös Abd al-Rahmanin harjoittamaan maan sisäiseen imperialismiin, ja šiialaiset hazarat joutuivat väkivaltaisuuksien kohteeksi. Heidän asuinalueensa Hazaradžat sijaitsee maan keskiosissa, mutta paštuhallitsijoiden ote alueesta oli jo vuosisatojen ajan ollut heikko. Abd al-Rahman lupasi sotaretkelle osallistuville paštuheimoille hazarojen parhaat laidunalueet, jolloin keskushallinnon ja heimojen yhteinen armeija kukisti hazarat raaoin ottein ja ajoi tuhansia hazaroja pakolaisiksi Afganistanin ulkopuolelle.
Abd al-Rahmanin menestyksekkäiden toimien takana oli pitkälti brittien tuki, minkä ansiosta hänen ei tarvinnut pelätä ulkopuolista hyökkääjää. Vastineeksi hän kuitenkin joutui luopumaan itsenäisestä ulkopolitiikasta. Valtakunnan sisällä Abd al-Rahmanin piti kuitenkin esiintyä avoimen brittivastaisena, ja hän myös vastusti useasti brittejä, mutta usein hän joutui vastahakoisesti taipumaan. Yksi merkittävä myönnytys oli Afganistanin itärajaa koskevat kysymykset. Abd al-Rahman joutui taipumaan Brittiläisen Intian ulkoministerin Henry Mortimer Durandin vetämään Durand-linjaan, joka muodosti Brittiläisen Intian ja Afganistanin välisen rajan. Durand-linja ei noudattanut poliittisia eikä etnisiä rajoja, vaan se vedettiin paštualueiden halki välittämättä klaanien asuinalueista ja paimentolaisten vaellusreiteistä ja laidunalueista. Ongelmallinen rajalinja aiheutti heti toistuvia levottomuuksia. Erityisesti Brittiläisen Intian puolelle jäänyt alue oli hyvin levotonta aluetta, mutta britit eivät edes pyrkineet järjestämään alueen hallintoa, vaan se jätettiin tarkoituksellisesti puskurivyöhykkeeksi ja heimot saivat pitää autonomiansa. Toinen Afganistanin itärajaa koskeva ongelma liittyi brittien ja venäläisten etupiirijakoon. Venäläiset valtasivat turkmeenien asuinalueet 1880-luvulla, ja heidän imperiuminsa laajeni jo aivan Afganistanin naapuriin, iskuetäisyydelle Heratin kaupungista. Tilannetta seurannut Pandjehin kriisi ratkaistiin kuitenkin diplomatialla, eikä pelättyä venäläisten hyökkäystä tullut. Venäläiset pitivät nykyisen Turkmenistanin alueella sijainneen Pandjehin, mutta Herat jäi Afganistaniin. Britit ja venäläiset solmivat vuonna 1895 keskenään sopimuksen, jolla Afganistanin rajat vakiinnutettiin. Sopimuksen mukaan Afganistanin alueeseen liitettiin Pamirvuoristosta Wakhanin käytävän alue, ja siten Kiinasta tuli Afganistanin rajanaapuri. Alueen ainoa tarkoitus oli estää Britannian ja Venäjän imperiumien yhteisen rajan muodostuminen. Abd al-Rahman ei itse pitänyt alueen liittämisestä Afganistaniin, sillä se oli lähes asumatonta ja siellä asuneita harvalukuisia kirgiisejä oli vaikea hallita.
Abd al-Rahman Khan kuoli 1901. Elinaikanaan hän onnistui luomaan Afganistanin valtion perustan, jonka rajat oli määritetty ja sisäinen hallinto suhteellisen yhtenäinen. Itsenäistä ulkopolitiikkaa Afganistanilla ei kuitenkaan ollut oikeutta harjoittaa, joten sitä ei vielä voitu pitää täysivaltaisena valtiona maailman valtioiden joukossa. Epäkohdan korjaamista Abd al-Rahman valmisteli jo viimeisinä vuosinaan, mutta brittihallitus ei siihen vielä taipunut.

Liberalisoinnin aika

Abd al-Rahman Khanin jälkeen emiiriksi julistettiin hänen poikansa Habib Allah Khan. Habib Allah peri isältään maan, jossa tunnettiin syvää katkeruutta keskushallintoa kohtaan. Habib Allah uskoi olevansa tarpeeksi vahvassa asemassa ja ryhtyi lieventämään maan ankaraa hallintojärjestelmää. Maata alettiin myös nykyaikaistaa. Infrastruktuuria parannettiin, ja ensimmäinen puhelinlinja rakennettiin Jalalabadin ja Kabulin välille. Maahan rakennettiin kouluja ja nykyaikainen sairaala. Koulutusjärjestelmän kehitys antoi alkusysäyksen myös koulutetun keskiluokan synnylle. Nykyaikaistamisen myötä maan harvalukuinen uskonnollinen oppineisto joutui sen kysymyksen eteen, miten sovittaa länsimainen teknologia ja kulttuuri islamin oppeihin. Pohdintojen tuloksena muslimiälymystö jakautui kolmeen suuntaukseen. Konservatiivisimmat kannattivat entisiä käsityksiä ja noudattavat edelleen uskonnollisia tulkintoja. Modernistit ajoivat nykyaikaisen tieteen ja teknologian sulauttamista islamilaiseen kulttuuriin. Kolmannen ryhmän muodostivat eurooppalaistyylisen yhteiskunnan kannattajat, jotka halusivat omaksua eurooppalaisen kulttuurin ja yhteiskuntarakenteen sellaisenaan ja tehdä uskonnosta länsimaalaiseen tapaan yksityisasian. Yksi merkittävimmistä uudistushaluisista poliittisen eliitin edustajista oli Mahmud Tarzi, joka suhtautui kriittisesti Afganistanin uskonnolliseen oppineistoon ja maan takapajuisuuteen.
Ulkopoliittisesti Abd al-Rahmanin Afganistan oli edelleen osa Britannian ja Venäjän suurta peliä, jossa Afganistanin hallitsija ei ollut osallisena. Suuri peli ja suurvaltojen laatima sopimus takasivat kuitenkin Afganistanille puolueettomuuden, josta Habib Allah tahtoi pitää kiinni. Brittiläisen Intian varakuningas George Curzon piti kuitenkin brittien ja Abd al-Rahman Khanin välistä sopimusta liian myötämielisenä Afganistanille, ja hän yritti painostaa emiiriä myöntymään brittien vaikutusvallan lisäämiseen. Siihen Habib Allah ei kuitenkaan taipunut.
Ensimmäisen maailmansodan puhjettua vuonna 1914 brittijoukot olivat sidottuja Euroopan rintamalle. Tällöin myös sisäpoliittinen paine Habib Allahia kohtaan kasvoi, kun vaatimukset Durand-linjan takaisten paštualueiden valtaamiseksi voimistuivat. Myös keskusvallat lähestyivät Habib Allahia Saksan johdolla ja tarjosivat aseapua ja taloudellista tukea, mikäli tämä julistaisi sodan Britannialle. Habib Allah torjui tarjouksen, sillä sotaan ryhtymisen riskit olivat hyvin suuret. Afganistanin kannalta päätös olisi myös ollut huono, sillä maa olisi ollut vihollismaiden Britannian ja Venäjän ympäröimä ja liittolaiset olisivat olleet kaukana. Luvatusta aseavusta ei myöskään ollut minkäänlaisia takeita. Habib Allah toivoi, että pysymällä liittoutumattomana ja uskollisena briteille, britit myöntäisivät Afganistanille lopullisen itsenäisyyden. Habib Allahin päätöksellä pysytellä erossa ensimmäisestä maailmansodasta oli kuitenkin vastustajansa Afganistanissa. Muun muassa paštuheimot, joiden elinalueen Durand-linja halkaisi, kannattivat sotatoimiin ryhtymistä. Radikaaleimmat eivät ajatelleet sotaan ryhtymisen riskejä, vaan he halusivat ainoastaan korjata historialliset vääryydet. Heitä yllytti lisäksi Venäjällä sodan jälkeen puhjennut lokakuun vallankumous, mikä tarkoitti että Venäjän invaasiota ei enää tarvinnut pelätä. Habib Allah onnistui pitämään Afganistanin sodan ulkopuolella, ja hän oli siten hyvissä neuvotteluasemissa lopullisen itsenäisyyden saavuttamiseksi. Hänet kuitenkin surmattiin helmikuussa vuonna 1919. Surmatyön tekijät ja tarkat motiivit eivät ole selvinneet.

Kolmas afgaanisota ja itsenäisyys

Habib Allah Khanin kuoltua vahvin ehdokas hänen seuraajakseen oli hänen veljensä Nasr Allah, jolla oli takanaan paštuheimojen ja konservatiivisten uskonoppineiden tuki. Surmatun emiirin poika Aman Allah Khan kuitenkin toimi Kabulin kuvernöörinä ja pystyi ylivoimaisten taloudellisten resurssien tukemana ostamaan maan armeijan puolelleen. Aman Allah nostettiin emiiriksi, ja Nasr Allah joutui vankilaan, jossa hän pian kuoli.
Emiiriksi noussut Aman Allah oli yksi Afganistanin modernistisen siiven johtohahmoista. Hänen tavoitteenaan oli luoda Afganistanista nykyaikainen ja täysivaltaisesti itsenäinen valtio. Tavoitteen eteen hän oli jopa valmis ryhtymään sotatoimiin. Hän vaati brittejä poistamaan Afganistanin itsenäiselle ulkopolitiikalle annetut rajoitukset, mihin britit eivät olleet halukkaita, eivätkä he uskoneet, että Aman Allah toteuttaisi uhkauksiaan. Oltuaan vallassa vasta muutaman kuukauden emiiri päätti aloittaa sotatoimet Brittiläistä imperiumia vastaan, ja kolmas afgaanisota alkoi toukokuussa 1919.
Britannian sotilaalliset resurssit olivat paljon Afganistania suuremmat, mutta briteillä ei juuri ollut halua ryhtyä sotaan. Ensimmäinen maailmansota oli juuri päättynyt, ja brittiarmeija oli jo kyllästynyt sotimiseen, eivätkä kaikki brittiläis-intialaiset joukot olleet vielä edes palanneet Euroopan rintamalta Intiaan. Lisäksi Intian itsenäisyysliike aiheutti levottomuuksia Intiassa, ja resursseja tarvittiin sodan jälkeen muuallakin. Aman Allahilla oli myös tukenaan Venäjällä valtaan nousseet bolševikit, jotka tukivat Afganistanin itsenäistymistä. Kolmas afgaanisota ei kuitenkaan muodostanut Brittiläiselle Intialle suurta uhkaa. Brittiläis-intialainen armeija tyytyi vain puolustamaan omaa aluettaan verrattain heikkoa emiraatin armeijaa vastaan. Britti-imperiumilla oli tukenaan myös Britannian kuninkaalliset ilmavoimat, jotka pystyivät tekemään iskuja rintamalinjojen taakse  pommittamaan Jalalabadia ja Kabulia. Kolmas afgaanisota jäi lyhyeksi, sillä kumpikaan osapuoli ei edennyt, ja aselepo solmittiin kesäkuussa 1919.
Britit solmivat Aman Allahin kanssa rauhansopimuksen Rawalpindissä 19. elokuuta 1919. Päivää juhlitaan nykyisin virallisena Afganistanin itsenäisyyspäivänä. Britit sanelivat hyvin pitkälti sopimuksen ehdot, mutta he myöntyivät Aman Allahin vaatimukseen saada harjoittaa itsenäistä ulkopolitiikkaa.
Afganistanin ja Britannian välit pysyivät viileinä koko Aman Allahin hallintokauden ajan. Britit pelkäsivät bolševikkien vallan kasvua Keski-Aasiassa ja Afganistanin liittoutumista Neuvostoliiton kanssa. Pian kuitenkin kävi ilmi, että vaikka Venäjän vallankumouksen jälkeen Keski-Aasian emiraatit olivat julistautuneet itsenäiseksi, ei neuvostohallinnolla ollut aikomusta luopua alueista. Päästyään voitolle sisällissodassa puna-armeija aloitti hyökkäyksen Keski-Aasiaan ja ajoi suuret joukot turkmeeneja, tadžikkeja ja uzbekkeja pakolaisiksi Afganistaniin.

Uudistusten kausi

Sodan jälkeen suurkuningas-arvonimen omaksunut Aman Allah Khan oli kotimaassaan arvostettu sankari, joten hänellä oli hyvät lähtökohdat ajaa läpi kehittymättömän Afganistanin nykyaikaistamiseen tähtäävät suunnitelmat. Afganistanissa toteutettiin 1920-luvulla voimakas nykyaikaistamiskausi. Tukenaan hänellä oli toinen Afganistanin merkittävä uudistusmielinen Mahmud Tarzi, joka kehotti Aman Allahia vahvistamaan maan armeijaa ennen radikaalien uudistusten toteuttamista, mutta tämä ei halunnut lykätä muutosten toteuttamista. Esikuvinaan Aman Allahilla oli Persia ja Turkki, joissa nykyaikaiseen kansallisvaltioon tähdänneet uudistukset olivat edenneet jo pidemmälle. Vuonna 1923 Afganistanissa julkistettiin ensimmäinen perustuslaki. Sen mukaan Afganistan määritettiin perustuslailliseksi monarkiaksi, jossa kaikki kansalaiset olivat yhdenvertaisia. Kansalaisille taattiin oikeus yksityisomaisuuteen, koulutukseen, vapaaseen elinkeinon harjoittamiseen, ja maahan taattiin lehdistönvapaus. Pakkotyö, kidutus ja orjuus kiellettiin. Valtakunnan uskonnoksi määritettiin islam, mutta uskonnonvapaus taattiin. Vanhoillisten uskonoppineiden lepyttämiseksi maassa kuitenkin sovellettiin šaria-lakia. Naisten asemaan tehtiin myös merkittäviä muutoksia, kun huntupakko poistettiin ja naisia rohkaistiin kouluttautumaan. Aman Allah itse näytti kansalaisille esimerkkiä rikkomalla vuosisataisia perinteitä. Hän oli yksiavioinen, ja hänen vaimonsa, Mahmud Tarzin tytär Soraja, esiintyi miehensä rinnalla kaikissa tilaisuuksissa länsimaalaiseen tyyliin pukeutuneena, mikä oli ennenkuulumatonta.
Aman Allahin uudistukset eivät kuitenkaan kantaneet hedelmää kuin suhteellisen kansainvälisessä ja avomielisessä Kabulissa. Maan pienen koulutetun yläluokan ulkopuolella Aman Allahin uudistuksia ei ymmärretty, eikä naisten aseman parantaminen sopinut maaseudun ikiaikaisiin uskonnollisiin käsityksiin. Myös maan siirtyminen parlamentarismiin takkuili. Perustuslain määritelmästä huolimatta maan hallintotapa ei ollut demokraattinen, vaan vaalien osuus oli hallintojärjestelmässä marginaalinen, sillä kansalaiset valitsivat vaaleilla vain osan hallintoneuvostojen jäsenistä ja osan nimitti kuningas itse. Näidenkin neuvostojen rooli oli vain neuvoa antava. Maan perinteinen džerga-instituutio, jossa päätöksistä ei äänestetä, vaan konsensukseen pyritään keskustelemalla, säilyi edelleen. Maan hallintoa vaivasivat myös taloudelliset ongelmat, sillä itsenäistymisen myötä briteiltä ei enää tullut avustuksia, jotka olivat olleet maan hallinnon merkittävin tulonlähde. Maan talous oli kehittymätöntä, joten verotulot olivat vähäiset.
Aman Allahin uudistuksiin olivat erityisen tyytymättömiä maan vanhoilliset uskonnolliset johtajat. Ensimmäinen kapina hallintoa vastaan puhkesi jo 1924, mutta tilanne saatiin rauhoittumaan. Uudelleen tilanne kärjistyi vuonna 1928, kun kuningas ilmoitti ulkomaanmatkalta palattuaan uusista uudistustoimista, kuten moniavoisuuden rajoittamisesta ja pakollisesta oppivelvollisuudesta molemmille sukupuolille. Toimet olivat liikaa vanhoilliselle yhteiskunnalle. Lisäksi maahan levisi sanomalehtikuvia diplomaattisilta illallisilta, joissa kuningatar Soraja esiintyi iltapukuun pukeutuneena, mikä oli vanhoillisten moraalikäsitysten mukaan pöyristyttävää. Maassa alkoi levitä huhuja, joiden mukaan kuningas oli luopunut islamista. Levottomuudet alkoivat marraskuussa 1928, kun šinwari-paštut tuhosivat Jalalabadissa kuninkaan talvipalatsin. Armeija ei enää kyennyt estämään kansannousua, vaan se alkoi hajota, kun sotilaat liittyivät omien heimojensa puolelle. Aman Allah yritti rauhoittaa tilanteen tekemällä joukon myönnytyksiä, mutta tilanne oli jo karannut käsistä. Kabulia lähestyi myös kapinoivien tadžikkien sotajoukko, jota johti Habib Allah Kalakani. Aman Allah pakeni Kabulista Kandahariin ja luovutti vallan veljelleen Inajat Allahille, joka ehti olla vallassa vain kolme päivää, kun Habib Allah Kalakani pakotti hänet eroamaan. Aman Allah, kuningatar Soraja ja Mahmud Tarzi joutuivat pakenemaan Afganistanista ja jäivät pysyvästi ulkomaille.
Kabulin valtauksen jälkeen Habib Allah Kalakani julistautui emiiriksi ja peruutti kaikki maahan tehdyt uudistukset. Naiset pakotettiin jälleen käyttämään huntua. Koulu- ja oikeusjärjestelmää alkoivat pyörittää vanhoilliset uskonoppineet. Kalakani pyrki esiintymään hurskaana islamin suojelijana ja toivoi pystyvänsä näin vahvistamaan asemansa maan johdossa. Afganistanin paštuheimot eivät häntä kuitenkaan hyväksyneet maan johtoon. Kalakani ei ollut ylhäistä sukua, ja kaiken lisäksi hän oli tadžikki.

Mosaheban-veljekset

Paštut kääntyivät varsin nopeasti Habib Allah Kalakania vastaan, eikä hänen valtakautensa kestänyt kuin seitsemän kuukautta. Kalakanin syrjäytti vallasta Muhammad Nadir Šah, joka oli Afganistanin armeijan entinen komentaja. Muhammad Nadir Šahin Mosaheban-perhe kuului vaikutusvaltaiseen Barakzai-klaaniin, ja hänen isoisänsä oli Dust Muhammedin veli. Muhammad Nadir Šah oli näin ollen myös paštukansojen hyväksymä hallitsija. Muhammad Nadir Šah oli riitautunut Aman Allahin kanssa ja lähtenyt ulkomaille, mutta vallankaappauksen jälkeen hän palasi Afganistaniin ja kokosi joukkonsa uudelleen viiden veljensä tuella. Mosaheban veljekset kokosivat paštuarmeijaansa Durand-linjan molemmin puolin, mutta britit eivät puuttuneet tilanteeseen, sillä heitä huolestutti Kalakanin tuki keskiaasialaisille neuvostovaltaa vastaan nousseille kapinoitsijoille. Sen pelättiin johtavan Neuvostoliiton hyökkäykseen Afganistaniin. Elokuussa 1929 Mosaheban-veljesten johtama armeija valtasi Kabulin. Habib Allah Kalakani antautui valloittajille, ja hänet teloitettiin myöhemmin.
Muhammad Nadir Šah oli hallitsijana varovaisempi toimissaan kuin Aman Allah Khan. Hän ymmärsi, ettei merkittäviä uudistuksia voi toteuttaa ilman vahvan armeijan tukea. Siksi hän asetti etusijalle hallinnolliset ja taloudelliset uudistukset. Aman Allahin aikaiset sosiaaliset ja kulttuuriset muutokset kumottiin. Vanhoillisten islamistien rauhoittamiseksi sunnalaisesta islamista tehtiin valtionuskonto ja kaikkien lakien edellytettiin olevan linjassa šarian kanssa. Kädenojennukseksi uudistusmielisille perustuslakiin määritettiin edelleen lehdistönvapaus, mutta käytännössä se ei toteutunut.
Vaikka Muhammad Nadir Šah pyrki toimissaan ottamaan huomioon maan taantumukselliset uskonnolliset perinteet, hän teki myös uudistuksiin tähtääviä toimia. Vanhoja uskonoppineiden johtamia kouluja ja oikeuslaitoksia ei lakkautettu, vaan niiden rinnalle perustettiin maalliset laitokset. Lasten oppivelvollisuus palautettiin, ja perustettiin lääketieteellinen oppilaitos, josta muodostui sittemmin Kabulin yliopisto. Taloudellisiin uudistuksiin kuului Afganistanin keskuspankin perustaminen ja kansainvälisten kauppasuhteiden solmiminen. Infrastruktuuria parannettiin kehittämällä tieverkostoa ja viestintäyhteyksiä. Parempaa tieverkostoa tarvittiin maan tärkeimpien vientituotteiden hedelmien, puuvillan ja karakul-lampaiden vuotien kuljetusta varten. 
Uudistusten onnistuminen taattiin keskushallinnon armeijalla, joka paransi kuninkaan mahdollisuuksia hallita maan hajanaisia heimoja tarvittaessa pakkotoimin. Muhammad Nadir Šahin kuollessa maan keskushallinnon armeija oli 40 000 miehen vahvuinen. Vahva armeija ei kuitenkaan lopulta pelastanut Muhammad Nadir Šahia. Hänet surmattiin vuonna 1933. Surmatyön takana oli Mosahebanin suvun kanssa kiistoissa ollut Čarkin suku, joka piti Nadiria vallankaappaajana.
Mosahebanin veljekset valitsivat Muhammad Nadir Šahin seuraajan oman suvun keskuudesta. Kuninkaaksi nostettiin edesmenneen kuninkaan poika Muhammad Zahir, vaikka aluksi todellista valtaa käyttivät hänen setänsä. Käytännössä pääministeristä tuli maan politiikassa vaikutusvaltaisin henkilö. Maan hallinto oli autoritaarinen, mutta Mosahebanin veljekset jatkoivat maan varovaista uudistamista. Lehdistölle sallittiin vapauksia, koulujärjestelmää ja maan taloutta kehitettiin edelleen. Myös naisten aseman parantamisesta keskusteltiin maltillisempien uskonoppineiden kanssa, jolloin koko ulamaa ei sivuutettu. 
Ulkopolitiikassa Mosaheban-hallinto noudatti puolueetonta linjaa ja kieltäytyi ottamasta vastaan avustuksia sekä Neuvostoliitolta että Iso-Britannialta. Toinen maailmansota puhkesi vuonna 1939, mikä hankaloitti puolueettomuuspolitiikan noudattamista. Afganistanissa oli paljon saksalaisia, japanilaisia ja italialaisia asiantuntijoita kartoittamassa mineraalivaroja ja toteuttamassa kasteluprojekteja. Liittoutuneet vaativat vuonna 1941 pääministerinä toiminutta Muhammad Hašim Khania karkottamaan akselivaltojen kansalaiset maasta. Mosaheban-hallinto joutui hankalaan välikäteen, sillä sisäpolitiikassa tämä olisi saatettu tulkita Neuvostoliiton ja Iso-Britannian nöyristelyksi, mikä olisi saattanut aiheuttaa levottomuuksia. Toisaalta uhkana oli liittoutuneiden interventio Afganistaniin, kuten oli käynyt naapurimaa Iranissa. Mosaheban-hallinto ratkaisi asian karkottamalla diplomaatteja lukuun nottamatta Afganistanista kaikkien sotaa käyvien maiden kansalaiset tasapuolisesti. 
Toisen maailmansodan jälkeen Afganistanin Mosaheban-hallinto katsoi ilmapiirin olevan riittävän vakaa, jotta keskushallinnon otetta voitaisiin hellittää. Pääministeri Muhammad Hašim Khanin tilalle tuli tämän vapaamielisempi veli Šah Mahmud Khan. Hänen aikanaan lehdistönvapautta lisättiin ja poliittisia vankeja vapautettiin. Maan uudistusmielinen eliitti ja keskiluokkaiset ja liberaalit opiskelijat hyödynsivät uusia vapauksiaan arvostelemalla hallintoa. He vaativat vanhakantaisten tapojen uudenaikaistamista ja täysien kansalaisoikeuksien myöntämistä naisille. Kun kritiikki kävi liian voimakkaaksi liberaali kokeilu lopetettiin, ja äänekkäimmät arvostelijat joutuivat vankilaan ja ei-valtiolliset sanomalehdet lakkautettiin.

Paštunestan-kysymys ja kylmä sota

Afganistanin geopoliittinen asema muuttui vuonna 1947 Brittiläisen Intian itsenäistyttyä. Brittien vetäytyessä he jättivät jälkeensä itsenäiset Intian ja Pakistanin valtiot. Tämä herätti Afganistanissa toiveita siitä, että Durand-linjan taakse jääneet paštualueet voitaisiin palauttaa Afganistanille. Intian jaon yhteydessä britit antoivat Brittiäisen Intian provinssien päättää itse, halusivatko ne liittyä Intiaan vai Pakistaniin. Šah Mahmud Khan pyrki saamaan äänestykseen mukaan vaihtoehdoksi myös liittymisen Afganistaniin, alueen itsenäistymisen Paštunestan nimellä tai päätöksen lykkäämistä myöhemmäksi. Britit eivät kuitenkaan kuunnelleet Šah Mahmud Khania eivätkä alueen asukkaiden mielipiteitä. Paštualueiden vaihtoehdoksi jäi näin ollen vain liittyminen Intiaan tai Pakistaniin, joten islamilaisilla alueilla ratkaisu oli selvä. liittovaltion heimoalue ja Luoteisprovinssi liitettiin itsenäiseen Pakistaniin.
Brittien välinpitämättömyys asiassa varmisti myös sen, että heti Pakistanin muodostumisen jälkeen sillä ja Afganistanilla oli hyytävät välit. Afganistan esti Pakistanin liittymisen YK:n jäseneksi vuonna 1947. Tilanne kiristyi entisestään 1940-luvun viimeisinä vuosina, kun Afganistan alkoi tukea Pakistanin puolella olevia paštunationalisteja. Pakistan ei kuitenkaan suostunut luopumaan alueistaan, ja lisäksi maassa pelättiin, että Afganistan saattaa ulottaa vaatimuksensa Dorrani-valtakunnan aikaisiin rajoihin ja vaatia itselleen myös Belutšistania, joka tarjoaisi yhteyden Intian valtamerelle.
Pakistan oli sotilaallisesti Afganistania vahvempi, mutta se ei kuitenkaan ollut Brittiläisen imperiumin veroinen sotilasmahti. Afganistan oli aiemmin pystynyt tasapainoilemaan Neuvostoliiton ja Brittiläisen Intian välisenä puskurivyöhykkeenä, mutta brittien vetäydyttyä Pakistan ei enää ollut minkäänlainen vastavoima Neuvostoliitolle, mikä saattoi Afganistanin haavoittuvaan asemaan suhteessa pohjoiseen rajanaapuriinsa. Uudessa tilanteessa Yhdysvallat oli ainoa, joka tarjosi vahvan vastavoiman Neuvostoliitolle.
Maan hallinnossa tapahtui sukupolvenvaihdos vuonna 1953, kun Mosahebanin veljekset siirsivät maan hallinnon poikiensa ikäpolvelle. Šah Mahmudin paikalle pääministeriksi nostettiin hänen veljenpoikansa, kuningas Muhammad Zahir Šahin serkku Mohammed Daud Khan. Hän peri vaikean Paštunestan-kysymyksen, joka oli tulehduttanut välit Pakistaniin. Pakistan oli kiistassa huomattavasti vahvemmassa asemassa, sillä kaikki Afganistanin ulkomaankauppa kulki maitse Pakistanin satamien kautta. Suhteiden kiristyessä Pakistan saattoi kiristää Afganistania estämällä polttoaineiden ja muiden kauppatavaroiden kulun. Afganistan kaipasi tässä tilanteessa kipeästi liittolaisia. Afganistan yritti noudattaa edelleen puolueettomuuspolitiikkaa ja kääntyi Yhdysvaltojen puoleen, sillä sen katsottiin olevan riittävän kaukana, jotta puolueettomuus ei vaarantuisi. Yhdysvalloilla ei kuitenkaan ollut mielenkiintoa avustaa Afganistania, sillä Afganistanilla ei aluksi katsottu olevan merkittävää strategista roolia kylmän sodan aikana.
Neuvostoliitto sen sijaan tarjosi Afganistanille apua vuonna 1950, kun Pakistan katkaisi polttoainekuljetukset Afganistaniin. Afganistan ja Neuvostoliitto solmivat kauppasopimuksen, jonka mukaan Neuvostoliitto toimitti Afganistaniin polttoaineita ja muita hyödykkeitä vastineeksi villasta ja raakapuuvillasta. Afganistan olisi puolueettomuuspolitiikkansa mukaisesti aiemmin torjunut tarjouksen, mutta muuttuneessa tilanteessa Mohammed Daud Khanilla ei juuri ollut vaihtoehtoja. Neuvostoliitto sai kauppasopimuksen ansiosta jalansijaa Afganistanista, ja kun Pakistan vuonna 1955 allekirjoitti puolustusliitto CENTOn perustavan Bagdadin sopimuksen, joka oli suunnattu Neuvostoliittoa vastaan, Pakistan oli sidottu entistä tiukemmin Yhdysvaltojen johtamaan länsiblokkiin. Se tarkoitti, että kylmän sodan hengessä Afganistanin ei kannattanut odottaa apua Yhdysvalloista. Neuvostoliiton näkökulmasta Pakistanin pääviholliset Intia ja Afganistan olivat neuvostohallinnon luonnollisia liittolaisia. Myöhemmin vuonna 1955 pääsihteeri Nikita Hruštšov tapasi Muhammad Daudin Kabulissa ja tarjosi Afganistanille vastineeksi liittolaisuudesta taloudellista ja sotilaallista tukea ja tuen Paštunestan-kysymyksessä.
Neuvostoliiton tuen avulla Afganistanissa käynnistyi 1950-luvun jälkipuoliskolla huomattava kehityskausi, jolloin muun muassa maan koululaitos ja asevoimat kehittyivät. Myös naisten huntupakko poistettiin jälleen vuonna 1959, mikä aiheutti vastustusta vanhoillisissa islamisteissa. Neuvostoliiton tuki aiheutti myös huolta maan eliitin jäsenten keskuudessa, sillä hee olivat hyvin tietoisia Itä-Euroopan valtioiden ajautumisesta Neuvostoliiton satelliittivaltioiksi. Muhammad Daud pyrki estämään kehityksen solmimalla suhteet myös Yhdysvaltoihin. Nyt myös Yhdysvallat alkoi ymmärtää Afganistanin tilannetta, ja maahan alkoi tulla taloudellista apua myös lännestä. Ylläpitämällä hyviä suhteita molempiin kylmän sodan osapuoliin Afganistan yritti tasapainoilla puolueettomana valtiona.
Paštunestanin kysymys ei saanut ratkaisua Neuvostoliiton tuesta huolimatta. Kiista kärjistyi jälleen 1950- ja 1960-lukujen vaihteessa Mohammad Ajub Khanin noustua Pakistanin presidentiksi. Hän oli paštu ja kotoisin Luoteisprovinssista, eikä Afganistanin hallitsija siten voinut enää sanoa edustavansa kaikkia paštuheimoja. Durand-linjaa pidettiin historiallisena vääryytenä Afganistanissa, mutta Pakistanin puolella kaikki paštut eivät näkemystä enää kannattaneet. Monet Pakistanin puolella asuneista paštuista kannattivat pysymistä Pakistanissa, sillä osa heistä oli huomattavissa asemissa maan hallinnossa ja armeijassa. Pakistanin puolella oli myös paštunationalisteja, joita Muhammad Daud alkoi tukea aseellisesti. Yritys epäonnistui kuitenkin surkeasti, kun vastakkaista näkökantaa edustaneiden paštuheimojen sotajoukot ajoivat Pakistanin armeijan tuella afganistanilaiset rajan taakse. Rajaselkkaus ei päättynyt afganistanilaisten vetäytymiseen, ja maiden väliset suhteet heikkenivät entisestään. Ajub Khan sulki kaikki Pakistanin konsulaatit Afganistanissa, mihin Muhammad Daud vastasi sulkemalla koko maiden välisen rajan.
Rajan sulkeminen vahingoitti kuitenkin enemmän Afganistania. Maan talouselämä pysähtyi täysin, kun Pakistanin satamien ja rautatieverkon kautta ei enää tullut Afganistaniin saakka elintarvikkeita ja muita hyödykkeitä. Siten myöskään tulli- ja verotuloja ei enää tullut, ja Afganistanin talous ajautui kriittiseen tilaan. Kriisi jatkui puolitoista vuotta, mutta tilanne oli edennyt jo niin pitkälle, että Muhammad Daud ei voinut enää antaa periksi asiassa. Lopulta Afganistanin kuningashuoneen muut jäsenet olivat saaneet tarpeekseen, ja kuningas Zahir Šah ilmoitti pääministerin erosta maaliskuussa 1963. Muhammad Daudin tilalle pääministeriksi nimitettiin Mohammad Yusuf. Muhammad Daudin eron jälkeen suhteet Pakistaniin normalisoituivat Iranin šaahin toimiessa välittäjänä. Paštunestan-kysymys jäi ratkaisematta, mutta Afganistan ei kriisin jälkeen enää vaarantanut suhteitaan Pakistaniin. Kun Pakistan ajautui kaksi vuotta myöhemmin sotaan Intiaa vastaan, Afganistan ei hyödyntänyt tilannetta ratkaistakseen Paštunestanin-kysymyksen edukseen.

Kuningasvalta

Pääministeriksi noussut Muhammad Yusuf poikkesi edeltäjistään siinä, että hän ei ollut kuningassuvun jäsen. Hänellä ei myöskään ollut samaa valtaa, sillä nyt maan poliittisen järjestelmän huipulle nousi kuningas itse. Kuningas Zahir Šah oli jo vuosikymmeniä toiminut setiensä varjossa ja sillä aikaa kiertänyt maata ja kerännyt laajan kansansuosion. Kuningas oli myös ollut huolissaan Muhammad Daudin autoritaarisesta hallitustavasta, sillä se nakersi hallinnon kannatusta.
Zahir Šahin johdolla maahan säädettiin vuonna 1964 uusi perustuslaki, joka toi merkittäviä muutoksia maan poliittiseen ajatteluun. Kuninkaan koolle kutsuma džerga hyväksyi uuden perustuslain, jonka mukaan Afganistanista tehtiin perustuslaillinen monarkia. Laissa taattiin oikeus koulutukseen, yksityisomaisuuteen, kokoontumisvapauteen, ja äänioikeus myönnettiin myös naisille. Maahan määritettiin uskonnonvapaus, mutta vanhoillisten uskonoppineiden lepyttämiseksi sovellettiin šaria-lakia. Käytännössä laki määritteli kaikille kuitenkin tasavertaiset oikeudet, joten Afganistanista muodostui sekularistinen valtio. Erityisen merkittävä muutos menneisyyteen oli säädös, jonka mukaan hallitsijahuoneen jäsenet eivät saaneet toimia pääministerinä, korkeimman oikeuden tuomareina eivätkä kansanedustajina. Säädöksen tarkoitus oli pitää Muhammad Daud pois maan politiikasta.
Ensimmäiset vaalit pidettiin vuonna 1965. Vaalien järjestämisessä oli omat ongelmansa, sillä arviolta vain kymmenesosa väestöstä oli lukutaitoisia eikä parlamentarismin periaatteita ymmärretty. Zahir Šah onnistui kuitenkin pitämään valtakunnan rauhallisena lähes kymmenen vuoden ajan. Tyytymättömyys maassa kasvoi silti monesta syystä. Vanhoillisten uskonryhmien lisäksi myös uudistusmielisen eliitin keskuudessa alkoi muodostua radikaaleja liikkeitä. Maan koulutusjärjestelmän kehittyessä koululaitoksista valmistuneet eivät enää löytäneet oman alansa töitä, sillä valmistuneita oli aivan liikaa suhteessa työpaikkoihin, joita Afganistanin kehittymätön talous ei pystynyt tarjoamaan. Samaan aikaan myös voimakas kaupungistuminen horjutti perinteistä yhteiskuntarakennetta, kun työn tai koulutuksen perässä kaupunkeihin muutti nuoria miehiä ja samalla kaupunkiin muuttanut väestönosa alkoi vieraantua paimentolaisista juuristaan. Nämä olosuhteet tekivät kaupunkilaisväestöstä helposti värvättäviä erilaisille aatesuunnille, kuten islamismille ja kommunismille.
Kaikki islamismin kannattajat eivät suinkaan olleet vanhoillisia uskontulkitsijoita, vaan islamistit muodostivat hyvin epäyhtenäisen ryhmän. Ääriajattelua edustavat jihadistit taas kannattivat aseellista vallankumousta, mutta kannatusta sai myös nykyaikainen islamismi, jonka kannattajakunnasta osa kannatti länsimaisen yhteiskuntajärjestyksen omaksumista. Heidän aatteensa ovat monesti olleet hyvin maltillisia, ja tavoitteita ajettiin poliittisin keinoin. Osa nykyaikaisen islamismin kannattajakunnasta sulautui maallistuneisiin kansallismielisiin. Myös nationalismi oli paštujen keskuudessa kannatusta saanut aate ja eräänlainen epävirallinen valtionideologia.
Myös kommunismin ideologia sai Afganistanissa jalansijaa, sillä suuri osa maan oppineistosta oli saanut koulutuksensa Neuvostoliitossa. Palattuaan he olivat vakaumuksellisia marxilais-leninistejä, minkä tiedosti myös Afganistanin hallinto. Pelko kommunistien organisoitumisesta oli syynä siihen, että poliittisia puolueita ei sallittu, vaikka maa siirtyikin perustuslailliseen monarkiaan. Kielto ei kuitenkaan estänyt maanalaista organisoitumista, ja vuonna 1965 perustettiin Afganistanin kansandemokraattinen puolue (People's Democratic Party of Afganistan, PDPA). Sen merkittäviä voimahahmoja olivat Nur Muhammad Taraki ja Babrak Karmal. Jo muutaman vuoden kuluttua perustamisesta PDPA hajosi kahteen leiriin. Tarakin johtama Khalq-ryhmittymä yhdisti marxilaisuuden ja paštunationalismin, ja se sai kannatusta etenkin paštujen parissa. Karmalin johtama Parcham vetosi etnisesti laajempaan kannattajakuntaan. Khalq ja Parcham muodostuivat käytännössä toisilleen vihamielisiksi kilpaileviksi puolueiksi.

Tasavaltalainen vallankumous

Vaikka Muhammad Daud oli syrjäytetty valtakunnan politiikasta, hänellä oli kuitenkin vankka kannattajakunta etenkin paštunationalistien keskuudessa. Merkittävintä oli kuitenkin hänen nauttimansa armeijan tuki, sillä häntä oli kiittäminen Afganistanin armeijan nykyaikaisesta aseistuksesta ja upseerien korkeasta yhteiskunnallisesta asemasta. Daud liittoutui PDPA:n Parcham-siiven kanssa, mikä toi hänelle arvokkaita liittolaisia.
1970-luvun alussa Afganistanissa kasvoi tyytymättömyys Zahir Šahin hallintoa kohtaan. Suuri ongelma oli, että suurin osa maan väestöstä työskenteli alkutuotannon aloilla. Alueella, jolla luonnonolot ovat epävakaat ja viljelymaata vähän, se aiheuttaa suuren riskin. Riski toteutui 1960- ja 1970-lukujen taitteessa, kun maata koetteli peräkkäisinä vuosina ankara kuivuus, jonka vuoksi sadot tuhoutuivat ja karjaa kuoli. Seurauksena oli nälänhätä erityisesti köyhemmillä alueilla. Afganistan oli myös hyvin riippuvainen ulkomaisesta talousavusta, mutta tulot alkoivat ehtyä 1960-luvulla. Valtionvelka etenkin Neuvostoliitolle kasvoi kestämättömän suureksi. Maa ajautui vakavaan talouskriisin, kun kehittymätön yksityinen sektori ei kyennyt luomaan työpaikkoja, eikä verotulojakaan siten tullut. Etenkin neuvostovelkaan oli Muhammad Daud itse paljolti syyllinen, mutta hän pani syyn Zahir Šahin hallinnon niskoille. Lisäkannatusta Muhammad Daud sai myös, kun Pakistan ajautui sisällissotaan, jonka seurauksena Bangladesh irtautui Pakistanista. Tilanne herätti jälleen toiveita Paštunestanin perustamisesta, kun muuallakin Pakistanissa oltiin tyytymättömiä Punjabin hallintoon, erityisesti paštualueilla ja Belutšistanissa.
Muhammad Daudin johtama salaliitto sai tilaisuutensa heinäkuussa 1973, kun Zahir Šah oli poistunut maasta. Sotilasosastot valtasivat Kabulin, ja operaatiosta tuli lähes veretön. Muhammad Daud julisti Afganistanin tasavallaksi, ja hän otti itse hoitaakseen sekä presidentin että pääministerin virat. Zahir Šah ei voinut tehdä asian hyväksi mitään. Hän luopui kruunusta ja jäi Roomaan. Samalla tuli päätökseensä Afganistania 226 vuotta hallinnut Dorrani-dynastia, vaikkakin Muhammad Daud kuului samaan sukuun kuin vallasta syrjäytetty serkkunsa.

Muhammad Daudin tasavalta

Maa oli vallankaappauksen jälkeen nimellisesti tasavalta, mutta todellisuudessa Daud keskitti vallan itselleen. Ainoa taho, joka oli otettava mukaan päätöksentekoon, oli vallankumouksessa avustanut kommunistinen Parcham. Ulkopolitiikassa Daud otti jälleen asiakseen Paštunestan-kysymyksen. Daudin hallinto tuki Pakistanin puolella Belutšistanissa ja paštualueilla toimivia separatisteja. Pakistanin johtoon noussut Zulfiqar Ali Bhutto onnistui kuitenkin saamaan Neuvostoliiton asettumaan Pakistanin kannalle muistuttamalla Leonid Brežneviä siitä, että Pakistanin hajoaminen saattaisi johtaa nationalistiseen kaaokseen koko Keski-Aasiassa, mikä ei ollut Neuvostoliiton etujen mukaista. Neuvostoliiton vetäessä tukensa Afganistanilta Pastuneštan-kysymyksessä oli Daudin sopeuduttava siihen, ettei hän kykene horjuttamaan Pakistanin hallintoa vastoin Neuvostoliiton ja Yhdysvaltojen tahtoa.
Sisäpolitiikassa Daud jatkoi maan nykyaikaistamista. Hän toteutti maauudistuksen, niin että viljelyalueita jaettiin suurmaanomistajilta talonpojille ja maaomistukselle määritettiin katto. Hän ymmärsi kuitenkin olla suututtamatta vaikutusvaltaisia suurmaanomistajia, joten heidän menetyksensä hyvitettiin valtion varoista. Uudistuspyrkimyksistä huolimatta maan talousrakenteen ongelmia ei ollut mahdollista korjata hetkessä. Vuoteen 1978 mennessä Daudin hallinnon saavutukset olivat edelleen hyvin vähäiset. Vaikka 1950-luvulta lähtien oli saavutettu huomattavaa edistystä koulutetun väestön määrässä, suurin osa lapsista oli edelleen vailla peruskoulutusta. Maaseudun tytöistä peruskoulutuksen sai vain hyvin pieni osa. Kansalaisten elintaso ei ollut parantunut Daudin aikana, maaseudulla oltiin edelleen ilman sähköä ja vailla mahdollisuutta perusterveydenhuoltoon.
Viidessä vuodessa Daud oli vieraantunut useimmista poliittisista ryhmistä keskittämällä kaiken vallan itselleen ja kieltäytymällä hyväksymästä poliittista oppositiota. Daud pyrki varmistamaan hallintonsa murskaamalla armeijan tuella maan sisäisen opposition. Maan hallinnosta puhdistettiin kaikki Zahir Šahin hallinnon avainhenkilöt, kuten entinen pääministeri Mohammad Hashim Maiwandwal, joka vangittiin ja kuoli myöhemmin vankilassa hämärissä olosuhteissa. Pian valtaannousunsa jälkeen Daud aloitti iskut islamisteja vastaan. Monet islamistijohtajat, kuten Gulbuddin Hikmatyar ja Burhanuddin Rabbani, pakenivat Pakistanin puolelle, mistä he Pakistanin hallinnon hiljaisella hyväksynnällä jatkoivat aseellista vastarintaa Daudin hallintoa vastaan. Islamisteista ei kuitenkaan ollut vastusta Afganistanin hallituksen joukoille. Islamistien ollessa vankiloissa tai maanpaossa Daud käänsi katseensa voimakkaimpaan oppositioryhmään eli kommunisteihin.

Saur-vallankumous

Muhammad Daud oli noussut valtaan kommunistisen Parchamin tuella, mutta valtaan noustuaan hän pyrki heti asettamaan omat tukijansa merkityksellisimpiin hallinnollisiin virkoihin ja kommunistiedustajat lähetettiin maakuntien vähämerkityksisimpiin virkoihin. Kommunisteilla oli kuitenkin Neuvostoliiton tuki takanaan, joten heidän syrjäyttämisensä ei ollut enää pelkästään maan sisäinen asia. Daud oli itse solminut Neuvostoliiton kanssa yhteistyösopimuksen kaksi vuosikymmentä aiemmin, mutta Neuvostoliiton ote Afganistanista oli Daudin näkökulmasta liian tiukka, sillä marxilaisuudella oli Afganistanissa jo paljon kannatusta ja maa oli hyvin riippuvainen Neuvostoliiton talousavusta.
Daudin ja Parchamin välirikko oli jo ilmiselvä, kun presidentin vuonna 1977 koolle kutsumaan džergaan ei sallittu osanottajia Parchamista. Tässä Daud pyrki houkuttelemaan kommunisteja omiin tukijoukkoihinsa toteuttamalla osan näiden asialistasta kansallistamalla tuotantolaitokset ja pankit. Korjaavat liikkeet olivat kuitenkin jo auttamatta myöhässä. Neuvostoliitossa katsottiin, että Afganistan on luisumassa lännen leiriin, ja Moskovassa painostettiin Parcham- ja Khalq-ryhmittymiä unohtamaan erimielisyytensä ja liittoutumaan presidenttiä vastaan. Se katsottiin myös kommunistien leirissä parhaaksi vaihtoehdoksi, sillä he olivat itse olleet toteuttamassa puhdistuksia, jotka kohdistuivat rojalisteihin ja islamisteihin, joten he tiesivät, mikä heitä saattaisi odottaa. PDPA yhdistyi heinäkuussa 1977, mutta todellisuudessa kyseessä oli vain aselepo eikä PDPA:n todellinen yhdistyminen.
Tilanne vain kiristyi, ja kommunistien leirissä suunniteltiin vallankumousta. Lopulta tapahtumat laukesivat, kun Parchamin merkittävä ideologi Mir Akbar Khaibar surmattiin helmikuussa 1978. Surmaaja ei selvinnyt, mutta PDPA syytti teosta presidentti Daudia. Khaibarin hautajaiset muuttuivat Daudin vastaiseksi mielenosoitukseksi, jossa oli koolla 10 000–30 000 henkeä kuulemassa kommunistijohtajien Nur Muhammad Tarakin ja Babrak Karmalin puheita. Daud päätti, että oli tullut aika kukistaa PDPA, ja määräsi sen johtajat pidätettäviksi. Daud reagoi kuitenkin liian hitaasti. Taraki vangittiin, mutta Khalq-johtaja Hafiz Allah Amin asetettiin vain kotiarestiin, mikä oli kohtalokas virhe. Amin kykeni edelleen olemaan yhteydessä liittolaisiinsa ja johtamaan vallankumoustoimintaa.
Saur-vallankumous käynnistyi 27. huhtikuuta 1978. Nimityksensä se on saanut persialaisen kalenterin mukaan, sillä tuolloin elettiin saur-kuuta. Vallankumous oli lyhyt ja verinen, ja sen johdossa olivat samat henkilöt, jotka olivat auttaneet Daudin valtaan viisi vuotta aiemmin. Vallankumoukselliset joukot hyökkäsivät presidentin palatsiin, mutta Daudin henkikaarti teki ankaraa vastarintaa ja kukistui vasta, kun kapinalliset kutsuivat ilmavoimat apuun. Tulitaistelussa Muhammad Daud perheineen ja lähimpine miehineen saivat surmansa.
Kapinalliset valtasivat taistelun vielä ollessa käynnissä radioasemat ja lukivat kansalaisille tiedotteen, jossa kerrottiin vallan vaihtumisesta. Vallan otti kahtia jakaantunut PDPA, ja maan johtoon nostettiin Khalq-johtaja Nur Muhammad Taraki.

Kommunistien valtaannousu

Kommunismin ideologia oli suurimmalle osalle maan väestöstä täysin vierasta, mutta PDPA:lla oli tukenaan maan armeija ja kommunismilla oli kannatusta kaupunkien koulutetun eliitin keskuudessa. Suuri osa maan väestöstä piti vallankaappausta maan hallitsevan eliitin keskinäisenä välienselvittelynä, joka ei juuri vaikuttanut tavallisiin kansalaisiin. Etenkin maaseudulla elämä jatkui entisenlaisena, eivätkä Kabulin tapahtumat näkyneet millään tavalla.
Heti vallankumouksen jälkeen jatkuivat PDPA:n sisällä Parchamin ja Khalqin keskinäiset välienselvittelyt. Khalqin Nur Muhammad Taraki otti Daudin tavoin itselleen sekä pääministerin että presidentin virat. Varsin pian Parchamin jäseniä alettiin siirtää vähemmän merkityksellisiin virkoihin. Merkittävät Parcham-poliitikot nimitettiin suurlähettiläiksi, Mohammad Najibullah Iraniin ja Babrak Karmal Prahaan. Taraki alkoi luoda ympärilleen henkilökulttia, ja hallinto alkoi muuttua yhä stalinistisemmaksi. Tarakiin viitattiin suurena johtajana, mutta todellista valtaa Tarakin takana käytti toinen Khalq-johtaja, Hafiz Allah Amin. Amin ja Taraki puhdistivat PDPA:n tehokkaasti Parchamin jäsenistä, joista useimpien kohtalona oli vankeus tai teloitus. Karmal ja Najibullah eivät käskyistä huolimatta palanneet Afganistaniin vaan katsoivat viisaimmaksi pysytellä ulkomailla.
Kun PDPA oli puhdistettu Parchamin jäsenistä, alkoi Tarakin ja Aminin välinen valtataistelu. Heidän valtansa kasvoi Parchamin jäsenten eliminoinnin myötä, mutta kansansuosio rapistui, sillä merkittävien vähemmistöjen edustajat olivat useimmiten Parchamin tukijoita, kuten tadžikkeja tai šiioja, kun taas Khalqin tukijat olivat enimmäkseen sunnalaisia paštuja. Kannatuspohjan koventuessa otettiin yhä useammin käyttöön voimakeinot, jotta poliittiset vastustajat saatiin vaiennettua.

Tie neuvostomiehitykseen

Kommunistisen ideologian mukaan Afganistanista pyyhittiin pois kaikki viralliset viittaukset islamiin ja sukupuolet määritettiin tasa-arvoisiksi. Nämä määritteet eivät olleet omiaan nostamaan kommunistihallinnon suosiota vanhoillisten uskonoppineiden keskuudessa. Suosion lisäämiseksi talonpoikaisväestön keskuudessa toteutettiin maauudistus, jolla maattomalle väestönosalle jaettiin maata ja lainojen vakuuksina olleiden maiden kiinnitykset mitätöitiin. Näin pyrittiin saamaan väestö ymmärtämään kommunismin ideologia. Kommunismin periaatteita oli tarkoitus opettaa väestölle myös lukutaitokampanjan avulla, jolla väestö pyrittiin saamaan lukutaitoiseksi vuoden sisällä. Hanke oli täysin epärealistinen, ja se epäonnistui surkeasti, sillä valtaapitävillä ei juuri ollut käsitystä maaseudun oloista. Maaseudun asukkaat eivät kauan suostuneet istumaan kaupunkilaisopiskelijoiden opetettavana, ja tilannetta pahensi myös naisten ja vieraiden miesten istuminen yhdessä. Vastoin odotuksia maareformi ei nostanut hallinnon suosiota. Suurmaanomistajat eivät suostuneet luopumaan maistaan, ja myös talonpoikaisväestö piti maan takavarikointia epäoikeudenmukaisena. Köyhät talonpojat eivät myöskään enää kyenneet hankkimaan siemenviljaa, koska maata ei enää voinut kiinnittää. Sen seurauksena maatalouden tuottavuus laski jyrkästi, mistä kärsivät eniten vähäosaiset.
Muidenkin Khalqin tekemien uudistusten vaikutus oli enimmäkseen kielteinen. Tilanne pysyi rauhallisena pitkään, sillä Khalq oli paštujen hallinnassa. Ensimmäisenä Khalqin valtaa vastaan ryhtyivät kapinoimaan vaikeakulkuiset Nurestan ja Hazaradžat, jotka olivat pian maan keskushallinnon ulottumattomissa. Lisäksi Iranin islamilainen vallankumous aiheutti levottomuutta Iraniin rajautuvissa maakunnissa. Maaliskuussa 1979 Heratissa alkoi laaja kapina, johon osallistui Iranista palanneita työläisiä. Kapinaan liittyi myös Heratin varuskunta, ja kapinan yhteydessä surmattiin Khalq-hallinnon virkamiehiä. Keskushallinto kukisti kapinan verisesti ja kovensi otteitaan vastaavien levottomuuksien välttämiseksi.
Vuoden 1979 edetessä Khalqin hallinnon tilanne alkoi muuttua yhä tukalammaksi. Tilanteen rauhoittamista tärkeämmäksi tuli kuitenkin Khalq-johtajien Nur Muhammad Tarakin ja Hafiz Allah Aminin keskinäinen välienselvittely. Khalq oli jakautunut kahteen leiriin, ja sen johtohahmojen välit olivat jo avoimen vihamieliset. Syyskuussa 1979 kansalaisille kerrottiin, että Taraki oli vakavasti sairas, ja muutaman viikon päästä tiedotettiin hänen kuolemastaan. Lopullista selvyyttä hänen viimeisten viikkojensa tapahtumiin ei ole saatu, mutta epäilemättä hänet tapettiin. Tarakin kuoltua Hafiz Allah Amin oli Afganistanin yksinvaltias, mutta kommunistihallinnon tilanne oli jo muuttunut peruuttamattoman tukalaksi. Suurin osa maasta oli jo irtautunut Kabulin komennosta, ja kaikkialla oli sotilaskapinoita ja kansannousuja. Myös Pakistanin puolelle paenneet islamistit huomasivat tilaisuutensa tulleen ja liittyivät taisteluun. Amin pyrki rauhoittamaan tilanteen syyttämällä Tarakia ja perumalla joitakin uudistuksia, kuten maauudistuksen, ja hän turvautui korostetun islamilaiseen retoriikkaan. Afganistanin kansa ymmärsi kuitenkin, että äkillinen linjanmuutos johtui hallinnon tilanteen toivottomuudesta.

Neuvostomiehitys

Neuvostoliitossa tilanteen kehitystä seurattiin huolestuneena. Saur-vallankumouksen jälkeen valtaan noussut Afganistanin kommunistihallinto osoittautui yhteistyökyvyttömäksi muiden kommunistihallitusten kanssa. Neuvostoliitto pelkäsi, että Iranin islamilainen vallankumous saattaisi toteutua myös Afganistanissa, mikä voisi aiheuttaa ketjureaktion, joka leviäisi Keski-Aasian sosialistisiin neuvostotasavaltoihin. Iranin vallankumouksen vuoksi Yhdysvallat menetti tärkeimmän liittolaisensa alueella, ja Moskovassa pelättiin Afganistanin luisumista lännen leiriin. Viimeinen pisara neuvostohallinnolle oli, kun marraskuussa 1979 Amin vaati Neuvostoliittoa kutsumaan suurlähettiläänsä kotiin Kabulista.
Puna-armeijan joukot alkoivat 27. joulukuuta 1979 siirtyä Uzbekistanin neuvostotasavallan Termezistä rajan yli Afganistanin puolelle. Vielä samana päivänä Neuvostoliiton erikoisjoukot tunkeutuivat presidentin päämajaan ja tulitaistelun jälkeen surmasivat Hafiz Allah Aminin. Neuvostoliiton tarkoituksena oli asettaa Afganistaniin itselleen myötämielinen hallitus ja vetäytyä sen jälkeen mahdollisimman nopeasti maasta. Uudeksi presidentiksi nimitettiin Babrak Karmal, joka palasi Afganistaniin Neuvostoliiton miehitysjoukkojen mukana. Karmal pyrki retoriikallaan oikeuttamaan vallankaappauksen ja esiintyi Aminin hirmuvallan vastakohtana. Hän pyrki myös korostamaan maan perinteisiä uskonnollisia arvoja ja häivyttämään näin hallinnon kommunistisen ideologian taustalle. Poliittiset vangit määrättiin vapautettavaksi, mutta todellisuudessa he olivat Khalq-hallinnon aikana vangittuja Parchamin jäseniä. Pian heidän tilalleen vankiloihin joutuivat Parchamin hallinnon vastustajat.
Kansan silmissä Karmal oli kuitenkin Neuvostoliiton valtaan nostama nukkehallitsija. Neuvostoliiton väliintulolla olikin täysin päinvastainen vaikutus kuin Kremlissä oli laskelmoitu. Varsin pian kasvoi Neuvostoliittoon ja Karmaliin kohdistunut poliittinen vastustus, joka levisi nopeasti.
Neuvostomiehityksen ja sitä seuranneiden levottomuuksien vuoksi Afganistanista alkoi vyöryä pakolaisia Durand-linjan yli Pakistaniin. Vuonna 1988 afganistanilaisia oli paennut Pakistaniin jo yli kolme miljoonaa. Pakistanissa sotilasvallankaappauksella maan johtoon noussut Muhammad Zia ul-Haq näki Afganistanin sekavan tilanteen myös mahdollisuutena vahvistaa omaa asemaansa. Hän sai tilaisuuden esiintyä kommunismin vastaisena islamin puolustajana ja lännen liittolaisena. Zian hallinto otti afganistanilaiset pakolaiset vastaan, ja Pakistanin puolella heille tarjottiin aseita ja sotilaskoulutusta, minkä jälkeen heidät lähetettiin takaisin Afganistaniin taistelemaan Neuvostoliiton ja Afganistanin hallituksen joukkoja vastaan. Myös Yhdysvallat antoi tukensa afganistanilaisille sissisotilaille. Operaatio syklonina tunnettu salainen operaatio takasi kapinallisille Yhdysvaltojen taloudellisen tuen ja aseistuksen. Virallisesti Yhdysvallat kielsi avustavansa afgaanisissejä, ja heille toimitettiin vain neuvostomallista aseistusta. Kommunismin vastaisen taistelun hengessä Pakistanista tuli alueella Yhdysvaltojen tärkein liittolainen, ja Zian hallinnon ihmisoikeusrikkomukset ja demokratiakysymykset sivuutettiin. Pian afganistanilaisia sissejä alkoi tukea myös Saudi-Arabia, joka pelkäsi, että neuvostovalta saattaisi levitä myös vallankumouksesta toipuvaan Iraniin. Tällöin kommunistisen suurvallan vaikutus ulottuisi jo Persianlahden vastarannalle. Pakistanissa maan sotilastiedustelupalvelu (Inter-Services Intelligence, ISI) otti ulkomaiset aseet ja käteisavustukset vastaan ja jakoi ne edelleen paikallisille sissiryhmien johtajille. Pakistanin oli tärkeä pitää sissiryhmien avustusten koordinointi omissa käsissään, sillä aseistetut paštutaistelijat olivat potentiaalinen uhka myös Pakistanille.
Ulkovaltojen tukemat sissiryhmät, joille Pakistan kanavoi aseavun ja taloudellisen avun, alettiin pian tuntea yhteisnimityksellä mujahideenit. Todellisuudessa he eivät muodostaneet missään vaiheessa yhtenäistä ryhmää. Heitä yhdisti ainoastaan islamilainen retoriikka, ja he uskoivat taistelevansa islamin puolesta, mutta käsitykset erosivat hyvin paljon, siitä minkälaisen islamin. Sissiryhmien hajaannus oli myös ISI:n politiikan tulos, sillä Pakistanin rajojen sisäpuolelle ei haluttu paštunationalistisen aatteen leviämistä, joten tuki kanavoitiin islamistisille liikkeille. Pakistan tunnusti seitsemän järjestöä Afganistanin edustajiksi, mikä sai sissijoukot taistelemaan myös keskenään. Mujahideenit rekrytoivat suuren joukon Pakistanin pakolaisleireillä asuvia nuoria afgaaneja, mutta myös arabimaista saapui tuhansia vapaaehtoisia. Arabien taloudellisen tuen ja arabivapaaehtoisten avulla Afganistaniin syntyi radikaali islamismi. Näiden vapaaehtoisten mukana Afganistaniin saapui myös Osama bin Laden.
Pakistanin tukemat sissijoukot olivat vahvimmillaan lähellä Pakistanin rajaa, mutta Afganistanin länsi- ja pohjoisosiin ei ulkovaltojen tuki yltänyt. Yksi tehokkaimmista neuvostovaltaa vastustaneista oli Ahmad Shah Massoudin johtama vastarintaliike, joka toimi käytännössä Kabulin vallan ulottumattomissa. Massoud kykeni ylläpitämään armeijaa, jonka turvin itsenäisen hallintorakenteen ylläpito oli mahdollista. Hänen hallinnoimallaan alueella elinkeinoelämä, terveydenhuolto ja koululaitos pysyivät toiminnassa. Massoud toimi kuitenkin ISI:n näkökulmasta katsoen liian itsenäisesti, eikä hänelle annettu läheskään yhtä suurta apua kuin sai hänen puoluetoverinsa Gulbuddin Hikmatyar, joka lisäksi yritti katkaista huoltoreitit Massoudin hallitsemille alueille.
Heratin maakuntaan taas muodostui Mohammad Ismail Khanin johtama valtakeskus, joka toimi myös riippumattomana Kabulin keskushallinnon vallasta. Hänen tukialueensa sijaitsi Iranin vastaisella rajalla, joten hän oli ulkomaisen avun saavuttamattomissa. Oma lukunsa kommunistihallintoa vastustavista kapinallisista olivat šiialaiset ryhmät, joille ei annettu ISI:n kanavoimia avustuksia. Hazaradžat kääntyi šiialaisena alueena Iranin puoleen, josta tuli sen tärkein tukija. Hazaradžat kärsi kuitenkin sisäisistä kiistoista, ja siellä puhkesi eri heimojen ja poliittisten ryhmien välinen sisäinen konflikti. Hazaradžat oli ainoa Afganistanin alue, joka  kärsi enemmän tuhoja sisällissodan vuoksi kuin taisteluista neuvostomiehittäjää vastaan.
Koko Afganistanin sodan anatomia oli hyvin sekalainen, eikä tilanne ollut Kabulin kommunistihallinnon käsissä. PDPA:n sisällä Khalq ja Parcham eivät edelleenkään kyenneet yhteistyöhön. Parchamin Karmal oli maan johdossa, mutta maan armeija ja poliisivoimat antoivat tukensa Khalqille. Karmal ei voinut syrjäyttää vaikutusvaltaisia jäseniä armeijan ja poliisin johdosta, jolloin sotilastiedustelun sai hoidettavakseen Parchamille uskollinen uusi valtion tiedustelupalvelu KhAD, jonka johtoon asetettiin Mohammad Nadžib Allah. KhADista tuli maan hallinnon tärkein kontrollin välikappale, joka soluttautui kapinallissoluihin ja yllytti näitä kääntymään toisiaan vastaan, teki sabotaaseja Pakistanin puolella ja lahjoi heimoja kääntymään maan hallituksen puolelle. KhADilla oli myös omat taistelujoukkonsa, ja siksi Khalq ryhtyi vahvistamaan myös omia rivejään kehittämällä poliisivoimista puolisotilaallisen organisaation, joka alettiin tuntea nimellä Sarandoi. KhAD ja Sarandoi joutuivat keskenään useasti yhteenottoihin, mikä heikensi hallinnon mahdollisuuksia tukahduttaa kapinallisten vastarintaa. Afganistanin varsinainen armeija taas oli konfliktin aikana pitkään lähes hyödytön, sillä maan hallinnon ristiriidat näkyivät myös upseerikunnan keskuudessa. Lisäksi armeijaa heikensi värvättävien puute. Kommunistihallinto piti hallussaan vain kaupunkeja, kun maaseutu oli eri sissiryhmien hallinnassa. Lisäksi suuri osa maan väestöstä oli paennut Pakistaniin ja Iraniin, missä kapinalliset saattoivat harjoittaa omaa värväystoimintaansa.
Sodan pitkittyessä Neuvostoliitto alkoi kyllästyä Babrak Karmaliin ja Afganistanin hallituksen kyvyttömyyteen toimia. Karmalin suurin ongelma oli, että hän oli noussut valtaan puna-armeijan tukemana, ja hänet nähtiin Neuvostoliiton nukkehallitsijana. Neuvostoliitto halusi Afganistanin johtoon hallitsijan, joka kykenisi selviytymään ilman puna-armeijan tukea, jolloin Neuvostoliitto voisi vetäytyä Afganistanista. Vuonna 1986 Karmal kutsuttiin Moskovaan, ja hänen poissa ollessaan maan johtoon asetettiin Mohammad Nadžib Allah.

Neuvostoliiton vetäytyminen

Neuvostoliitolle Afganistanin sota tuli kalliiksi. Vastarintaan oli Moskovassa varauduttu, mutta sen kukistamisen piti jäädä pääosin Afganistanin oman hallituksen vastuulle. Vastarinnan laajuus kuitenkin yllätti neuvostoliittolaiset, eikä puna-armeija myöskään ollut tottunut sissisotaan, jota Afganistanin sota luonteeltaan oli. Neuvostoliitto ei myöskään ollut ottanut huomioon ulkovaltojen sekaantumista konfliktiin. Puna-armeija yritti tehdä laajoista alueista elinkelvottomia tuhoamalla sadot, tappamalla karjan ja miinoittamalla pellot, mutta se ei pysäyttänyt sissijoukkoja vaan sen seurauksena kuoli siviilejä ja kyliä autioitui. Mujahideen-sissit pystyivät vetäytymään Iranin tai Pakistanin puolelle huollattamaan itseään, missä he olivat puna-armeijan ulottumattomissa. Sota jumiutui pattitilanteeseen, sillä mujahideeneilla ei juuri ollut keinoja valloittaa neuvostotukikohtia. Sissijoukot taas palasivat aina, kun neuvostojoukot vetäytyivät tilapäisesti valloittamiltaan alueilta. Uudistusmielisen Mihail Gorbatšovin noustua Neuvostoliiton johtoon vuonna 1985 neuvostohallinto päätti, että Afganistanista vetäydytään, oli sen poliittinen hinta mikä hyvänsä.
Rauhanneuvottelut olivat käynnistyneet jo ennen Gorbatšovin aikaa, mutta niissä ei ollut tapahtunut edistystä. Neuvostoliitto vaati, että Nadžib Allahin hallinto saisi pysyä vallassa ja että muut osapuolet lopettavat tukensa kapinallisjoukoille. Yhdysvallat ja Pakistan eivät suostuneet Neuvostoliiton vaatimuksiin. Sissijoukoilla ei neuvotteluissa ollut edustusta. Vasta Gorbatšovin tulo mukaan neuvotteluihin toi edistystä tilanteeseen. Hän suostui riskeeraamaan Afganistanin kommunistihallinnon tulevaisuuden kompromissiratkaisulla, jossa kaikki osapuolet jatkoivat omien suojattiensa tukemista. Osapuolten välinen rauhansopimus solmittiin huhtikuussa 1988. Kysymys vallansiirrosta jäi ratkaisematta, mikä piti Afganistanin tilanteen kaoottisena vielä seuraavankin vuosikymmenen ajan. Neuvostoliitto sitoutui vetämään kaikki joukkonsa pois yhdeksässä kuukaudessa, ja viimeisetkin puna-armeijan joukot poistuivat Afganistanista helmikuussa 1989. Virallisten tietojen mukaan Neuvostoliitto menetti Afganistanin sodassa 15 000 sotilasta, mutta todellinen luku on huomattavasti suurempi. Afganistanilaisia siviilejä sodassa arvellaan kuolleen ainakin miljoona. Lisäksi maa jäi ennennäkemättömään kaaokseen ja Afganistan vain ajautui toiseen sisällissotaan.

Kommunistihallinnon kukistuminen

Neuvostoliiton vetäydyttyä Nadžib Allah menetti tärkeimmän tukijansa. Hän onnistui lähentämään Parchamin ja Khalqin välisiä suhteita PDPA:n sisällä ja alkoi esiintyä kommunistihallinnon sijasta ensisijaisesti muslimien edustajana. Hän teki myös sovittelevia tarjouksia vastarintaliikkeille, jotka kuitenkin hylkäsivät kaikki tarjoukset rauhanneuvotteluista.
Nadžib Allah onnistui kuitenkin saamaan tukea Afganistanin vähemmistöryhmiltä. Šiialaiset antoivat tukensa hallinnolle, sillä kommunistihallinnon vallassa pysyminen oli heille pienempi paha kuin maan ajautuminen Gulbuddin Hikmatyarin johtamien äärisunnalaisten valtaan. Myös pohjoisen uzbekit järjestäytyivät hallinnon tueksi. Heitä johti Abdul Rashid Dostum, joka loi Pohjois-Afganistaniin käytännössä itsenäisen valtakunnan, mutta toisin kuin neuvostomiehityksen aikaiset itsenäisesti toimineet alueet, Dostum oli Afganistanin kommunistihallinnon liittolainen.
Nadžib Allah kykeni myös vahvistamaan Afganistanin armeijaa neuvostoliittolaisten jättämällä kalustolla. Nadžib Allah tiesi, etteivät maan hallinnon joukot kykene ottamaan haltuunsa sissien hallitsemaa maaseutua, mutta toisaalta sissien on vaikea kukistaa hallituksen valvomia kaupunkeja. Kapinallisjoukkojen johtajat eivät edelleenkään kyenneet yhteistyöhön, vaan etenkin vahvimmat mujahideen-johtajat Gulbuddin Hikmatyar ja Ahmad Shah Massoud taistelivat vallasta keskenään. ISI:n antamasta sotilaskoulutuksesta huolimatta mujahideenit eivät osanneet toimia yhtenäisenä armeijana, eivätkä he kyenneet valloittamaan kaupunkeja hallituksen joukoilta. Pattitilanne osapuolten välillä jatkui seuraavien vuosien ajan.
Käänne sodassa tapahtui joulukuussa 1991. Neuvostoliiton hajoamisen myötä Nadžib Allahin hallinto jäi paitsi Neuvostoliiton toimittamia rahoja ja aseita. Pian myös ruoka ja polttoaine lakkasivat virtaamasta Kabuliin. Neuvostoliiton romahdettua myös Afganistanin kommunistihallinnon olemassaolon edellytys katosi. Myös aiemmin maan hallituksen kanssa liittoutuneet sotilasjohtajat päättivät jättää uppoavan laivan, ja he liittoutuivat Massoudin kanssa. Pian muutkin hallituksen armeijan varuskunnat alkoivat liittyä eri kapinallisryhmiin. Nadžib Allah yritti paeta maasta huhtikuussa 1992, mutta kapinallisjoukkojen suljettua tien lentokentälle hän hakeutui turvaan YK:n rakennukseen, missä hän vietti seuraavat vuodet.

Taistelu Kabulista

PDPA kukistuttua katosi myös vastarintaliikkeitä yhdistänyt yhteinen vihollinen. Vastarintaliikkeillä ei ollut vallansiirrolle mitään yhteistä suunnitelmaa, eivätkä ne olleet halukkaita jakamaan valtaa kilpailevien ryhmittymien kanssa, joten edessä oli väistämättä uusi sisällissota.
Etulyöntiasemassa oli Ahmad Shah Massoudin johtama liike, sillä sen tukialue sijaitsi lähellä pääkaupunki Kabulia ja Massoudin tadžikkijoukot kaappasivat suuremman osan edellisen hallinnon raskaista aseista. Tukea Massoud sai Dostumin uzbekkijoukoilta, joiden avulla he löivät Gulbuddin Hikmatyarin sotajoukot taistelussa Kabulin hallinnasta.
Massoud oli hyvin tietoinen siitä, että tadžikkina hänen asemaansa Afganistanin johdossa ei hyväksyttäisi, sillä Dorrani-valtakunnan syntymisen jälkeen maan hallitsija oli aina ollut paštu. Hän esiintyi vain väliaikaishallinnon edustajana ja laati huhtikuussa 1992 useimpien kapinallisryhmien kanssa sopimuksen, jonka mukaan maan johtoon asetetaan kahden kuukauden siirtymäkaudeksi Sibghatullah Mojadedi ja sen jälkeen neljäksi kuukaudeksi Burhanuddin Rabbani, joka oli etninen tadžikki. Hikmatyar ei sopimusta suostunut allekirjoittamaan, ja sota alkoi saada etnisempää sävyä, sillä Kabulia hallitsivat tadžikit, uzbekit ja šiialaiset, kun taas etniset paštut oli karkotettu Kabulista. Kommunismin kukistumisen jälkeen puoliaan hakivat myös PDPA:n ryhmittymät, joista paštutaustaiset Khalqin jäsenet ja Sarandoi-joukot asettuivat Hikmatyarin taakse, kun taas Parchamin yksiköt liittyivät Massoudin joukkoihin.
Kabul oli selviytynyt vähäisin vaurioin neuvostomiehityksen ajasta, mutta se raunioitui pahoin uudessa sisällissodassa. Hikmatyarin joukkojen raketti-iskut aiheuttivat suuria tuhoja, ja kaupunki tuli riippuvaiseksi kansainvälisten avustusjärjestöjen elintarvikeavusta. Ulkovallat pyrkivät turhaan tarjoutumaan välittäjiksi kiistassa, mutta aselevotkin olivat vain hetkellisiä. Myöskään Dostumin yllättävä puolenvaihto Hikmatyarin tukijaksi ei ratkaissut tilannetta, vaan Massoudin joukot onnistuivat ajamaan takinkääntäjät ulos kaupungista. Dostumin joukkojen valtakeskus sijaitsi Mazar-i-Sharifissa lähellä vasta itsenäistyneen Uzbekistanin rajaa. Kabuliin verrattuna maan pohjoisosissa tilanne oli rauhallinen, ja kauppaa käytiin rajan yli Uzbekistanin puolelle. Myös maan länsiosissa Herat oli käytännössä Ismail Khanin johtama pienoisvaltakunta, jota ylläpiti tiiviit yhteydet Iranin puolelle. Verrattain rauhallisina alueina Khanin ja Dostumin hallitsemat alueet houkuttelivat pakolaisia rauhattomammilta alueilta.
Afganistanin paštuenemmistöiset alueet idässä ja etelässä olivat huomattavasti rauhattomampia. Kaikki hallintorakenteet olivat tuhoutuneet neuvostomiehityksen aikana tai sitä seuranneen sodan aikana. Naapurimaista ei tullut rajan yli hyödykkeitä kuten pohjoisessa ja lännessä, eivätkä valtion ulkopuoliset voimat ottaneet tilannetta hallintaansa, kuten Dostumin ja Khanin hallitsemilla alueilla. Ainoastaan Hikmatyarin johtama Hezb-e-Islami olisi saattanut saada tilanteen hallintaansa, mutta tämä oli keskittynyt Kabulin pommittamiseen eikä luonut hallintorakenteita Afganistanin etelä- ja itäosiin. Sekasortoa hämmensi lisäksi ISI:n manipulointi ja maan heimojen ja klaanien valtapiirirajat. Aluetta hallitsivat paikalliset sotaherrat, joista osa oli taantunut pelkiksi rosvopäälliköiksi, jotka taistelivat keskenään ja terrorisoivat alueen väestöä. Tilanne huolestutti myös Yhdysvaltoja, missä George H. W. Bushin hallinto pelkäsi, että Afganistan muuttuu terroristien turvapaikaksi, mutta kaoottisessa tilanteessa se pystyi vain yrittämään haalia maahan toimitettuja aseita takaisin ennen niiden päätymistä terroristien käsiin. Aseapua oli saanut myös Hikmatyarin johtama järjestö, johon Yhdysvallat otti etäisyyttä liikkeen radikalisoituessa. Persianlahden sodan sytyttyä Hikmatyar antoi tukensa Saddam Husseinille, mikä sai Yhdysvallat painostamaan Pakistania Hikmatyarin poistamiseksi Afganistanin poliittiselta kentältä. Pakistan ei vastustellut, sillä sen Hikmatyarille antaman tuen tarkoitus oli saada tämä muodostamaan Afganistaniin Pakistanille myötämielinen hallinto, mutta Hikmatyarin uskottavuus vakaan hallinnon muodostajana oli jo mennyt, joten Pakistan tarvitsi hänen tilalleen uuden liittolaisen.

Talibanin nousu

Afganistanin levottomimmilla alueilla vallinnut sotaherrojen mielivaltainen hallinto tekaistuine veroineen ja tietulleineen sekä jatkuvat väkivallanteot ja ryöstöt saivat maan väestön epätoivon tilaan. Sekasortoisessa tilanteessa näyttämölle astui entinen mujahideen-sotilas Mullah Omar. Hän oli elantonsa saadakseen siirtynyt koraanikoulun opettajaksi, mutta kyllästyttyään sotaherrojen mielivaltaan hän kokosi oppilaistaan joukon mielivaltaisen ryöstelyn lopettamiseksi. Omarin joukko kukisti ja surmasi pienen sotaherrojen joukkion, ja kun viesti sankariteosta eteni, pieni ryhmä sai useita tukijoita ja se alkoi kasvaa suureksi liikkeeksi. Omar itse alkoi kutsua joukkoaan nimellä Taliban, joka tarkoittaa paštuksi opiskelijaa.
Talibanin kansansuosio kasvoi voimakkaasti, sillä kansa uskoi sen olevan vastavoima vallitsevalle anarkialle. Pian alkujaan pelkkä koraanikoulujen opiskelijoiden liike sai seuraajia myös entisistä kommunistien liittolaisista ja mujahideen-loikkareista, joista osa toi mukanaan Saudi-Arabian hallituksen tuen. Alkuvuonna 1995 Taliban oli vielä täysin tuntematon liike, mutta kolmessa kuukaudessa se otti hallintaansa tuolloisista 31 maakunnasta kaksitoista, ja enimmäkseen valloitus tapahtui ilman taistelua.
Talibanin menestyksessä merkittäväksi tekijäksi muodostui Pakistanin tuki. Pakistanille oli tärkeää luoda maitse kauppayhteys Neuvostoliitosta itsenäistyneisiin Keski-Aasian maihin, mutta levottoman Afganistanin vuoksi Pakistan oli logistisesti eristyksissä. Pakistanin pääministeri Benazir Bhutto neuvotteli oikeudet läpikulkuun Dostumin ja Ismail Khanin kanssa näiden hallitsemilla alueilla, mutta muilla alueilla valtaa pitäneiden sotaherrojen mielivaltaiset tiemaksut tekivät kauttakulun mahdottomaksi. Talibanin tiedettiin vuonna 1994 vapauttaneen pakistanilaisen autosaattueen, jonka paikallinen sotaherra oli pysäyttänyt. Pakistanin tiedustelupalvelu ISI lähestyi siten Talibania ja ryhtyi tukemaan Mullah Omarin joukkoja. Todennäköisesti Pakistanin tarkoitus oli tukea talibaneja vain paikallisina miliisijoukkoina, jotka turvaisivat kulkuväyliä, eivätkä he osanneet aavistaa liikkeen tulevaa voittokulkua.
Talibanjoukot valtasivat Kandaharin marraskuussa 1994, ja vain muutaman kuukauden kuluttua joukot olivat jo Kabulin lähettyvillä. Kabulia piirittänyt Gulbuddin Hikmatyar huomasi olevansa kahden tulen välissä, ja hänen joukkonsa joutuivat perääntymään Jalalabadiin. Hikmatyar oli menettänyt paštujen keskuudessa suosiotaan Talibanille, eikä hän enää palannut Afganistanin sisällissodassa merkittäväksi voimatekijäksi. Taliban ei hyväksynyt tadžikkivetoista hallitusta ja vaati presidentti Burhanuddin Rabbania luopumaan vallasta ja Ahmad Shah Massoudia laskemaan aseensa, mutta he eivät suostuneet vaatimuksiin. Taliban ei myöskään aluksi kyennyt kukistamaan Massoudin joukkoja, vaan Taliban lyötiin Kabulin valloitusyrityksessä alkuvuonna 1995. Talibanin laajentumisvaihe oli saanut uuden piirteen, sillä paštualueiden ulkopuolella sitä ei enää pidetty tervetulleena vaan ulkoisena valloittajana. Taliban sai liittolaisen Dostumista
Talibanin eduksi kääntyi lopulta sen vihollisten hajanaisuus. Vähemmistöjen toisiaan kohtaan tuntema epäluulo oli yhtä suurta kuin Talibaniakin kohtaan, jolloin Taliban onnistui saamaan liittolaisia vihollisalueiden sisältä. Kabulin tappion jälkeen ISI ja Saudi-Arabia lisäsivät tukeaan Talibanille, ja lisäksi he saivat liittolaisen Dostumista. Niiden avulla Taliban valloitti Heratin elokuussa 1995. Ismail Khan pakeni talibaneja Iraniin. Seuraavana vuonna Taliban valloitti Kabulin ja oli saanut tuekseen myös suurimman osan hazaroista. Syyskuussa 1996 Massoud vetäytyi Kabulista kohti pohjoista ja jätti Kabulin talibanien käsiin. Ensi töikseen he tunkeutuivat YK:n rakennukseen ja teloittivat siellä piileskelleen entisen presidentin Nadžib Allahin ja ripustivat hänen ruumiinsa näytteille.

Talibanin Afganistan

Taliban mielsi oman ideologiansa puhdasoppiseksi islamilaisuudeksi, mutta todellisuudessa se oli kaukana perinteisestä islamin tulkinnasta. Taliban oli äärikonservatiivinen liike ja otteiltaan raaka. Se pani hallitsemillaan alueilla toimeen ankaran omaan islamin tulkintaansa perustuvan yhteiskuntajärjestyksen. Tytöiltä kiellettiin koulunkäynti, naisten oli pukeuduttava burkhaan, ja miesten piti käyttää turbaania ja kasvattaa pitkä parta. Kaikki toiminta, jota pidettiin epäislamilaisena, kiellettiin, kuten television katselu ja musiikin kuuntelu. Monet uskonoppineet arvostelivat Talibanin islamintulkintaa, mutta Mullah Omarin järjestö oli omassa tulkinnassaan ehdoton. Taliban ei myöskään kunnioittanut perinteisiä paštujen heimorakenteen muodostamaa yhteiskuntajärjestystä. Tämä selittyy sillä, että suurin osa järjestön rivisotilaista oli värvätty Pakistanin pakolaisleireiltä, missä he olivat eläneet koko ikänsä. Monet heistä olivat myös orpoja. Niissä oloissa heille ei ollut kehittynyt käsitystä perinteisestä paštuyhteiskunnasta, vaan he olivat helposti värvättävissä Talibanin riveihin.
Talibanin varsinainen hallinto oli hyvin pieni. Se valvoi erilaisten kieltojen ja määräysten noudattamista, mutta varsinaiset valtion tehtävät jäivät hoitamatta, eikä niiden hoitoon ollut kykyjäkään. Taliban ei kyennyt organisoimaan minkäänlaista koulutusta eikä terveydenhuoltoa, eikä infrastruktuuria korjattu sotien jäljiltä. Huonosta hallinnosta huolimatta Taliban oli kahteen vuosikymmeneen ensimmäinen voima, joka hallitsi suurinta osaa Afganistanista.
Talibanin valtaa vastaan noustiin ensin alueilla, joissa paštut olivat vähemmistönä. Persialaisenemmistöisellä alueella Heratissa väestö oli tottunut liberaaliin uskontulkintaan. Naisten koulunkäynti ja työssäkäynti oli tavallista, ja nyt heidän käskettiin verhoutua burkhaan, eivätkä he saaneet edes poistua kotoaan ilman miespuolista lähisukulaista. Kun tiedot Talibanin määräyksistä levisivät ulkomaailmaan, haihtuivat järjestön positiiviset saavutukset ja järjestöön alettiin suhtautua kielteisesti.
Taliban yritti edelleen valloittaa vielä valloittamattomat Afganistanin alueet, mutta siihen kohdistui yhä suurempaa vastarintaa. Dostum liittotui jälleen Massoudin kanssa Talibania vastaan, jolloin syntyi talibanvaltaa vastustanut Pohjoinen liitto. Liittoon liittyivät myös hazarat ja šiiamuslimit. Myös Iran, Venäjä ja Keski-Aasian valtiot alkoivat tukea Pohjoista liittoa, sillä ne eivät halunneet äärisunnalaisuuden leviävän omille alueilleen. Taliban onnistui Pohjoisen liiton sisäisen kapinan vuoksi vielä valloittamaan Mazar-i-Sharifin, jota Dostum hallitsi. Pohjois-Afganistanissa uskontulkinta oli myös hyvin avointa ja alkoholia oli vapaasti saatavilla. Väestön oli mahdotonta alkaa noudattaa Talibanin mielivaltaisia uskontulkintoja.

Talibanin tuho

Sodan taistelujen jatkuessa Taliban oli Afganistanin vähemmistöjen keskuudessa vihattu järjestö, mutta sen suosio alkoi laskea myös paštujen keskuudessa. Taliban ei ollut kyennyt muodostamaan mainostamaansa islamilaista ihanneyhteiskuntaa, vaan Mullah Omarin hallinnon aikana asiat olivat vain huonontuneet. Maa oli riippuvainen ulkomaisista avustusjärjestöistä, mutta Taliban ei suostunut yhteistyöhön niiden kanssa. Viimeisenä epätoivoisena voimannäyttönään Talibanin tuhosi vuonna 2001 Bamiyanin laakson buddhapatsaat epäislamilaisina. Patsaat olivat seisseet paikallaan hefthaliittien ajoista saakka.
Taliban alkoi 1990-luvun lopulla olla yhä ahtaammalla. Sillä oli kuitenkin edelleen takanaan Pakistanin tuki. Talibanin tukijoukkoihin liittyi myös Osama bin Ladenin johtama al-Qaida terrorijärjestö. Bin Laden perusti järjestön tukikohdan sekasortoiseen Afganistaniin, ja Talibanin suhteet al-Qaidaan alkoivat lähentyä. Taliban hyödynsi myös al-Qaidan teknistä kykyä poliittisten vastustajiensa salamurhien tekemisessä. Vuonna 1999 Taliban salamurhasi merkittävän klaanin päämiehen Abdul Ahad Karzain, tulevan presidentti Hamid Karzain isän. Syyskuussa vuonna 2001 Taliban onnistui salamurhaamaan Ahmad Shah Massoudin tämän tukikohtaan soluttautuneiden terroristien avulla. Massoudin murha oli Pohjoiselle liitolle valtava menetys, mutta Pohjoinen liitto oli pian saamassa vahvan liittolaisen. Massoudin kuolinpäivänä kaksi lentokonetta iskeytyi New Yorkin World Trade Centerin kaksoistorneihin.
Terrori-iskun jäljet johtivat al-Qaidaan ja Afganistanissa piileksivään bin Ladeniin. Yhdysvaltojen presidentti George W. Bush vaati Talibania luovuttamaan Osama bin Ladenin Yhdysvaltoihin tuomittavaksi, mutta Mullah Omar ei suostunut. Bin Ladenin ja Mullah Omarin keskinäisistä suhteista ei ole varmaa tietoa, mutta Mullah Omar ei varmasti halunnut saada Yhdysvalloista Talibanin vihollista, kun taas bin Laden haki avointa konfliktia sen kanssa. Bushin hallinto julisti terrorismin vastaisen sodan alkaneeksi ja teki ulkovalloille selväksi, että kukin oli joko heidän puolellaan tai heitä vastaan. Mullah Omarin osoituttua yhteistyökyvyttömäksi Yhdysvallat käänsi katseensa Pakistanin suuntaan ja kehotti presidentti Pervez Musharrafia lopettamaan tukensa Talibanille. Pakistanille tilanne ei ollut yhtä yksinkertainen, sillä Taliban oli sen aluepoliittinen liittolainen Intiaa vastaan ja se piti myös paštunestan-kysymyksen pois asialistalta. Pakistan yritti taivuttaa Mullah Omaria luovuttamaan bin Laden yhdysvaltalaisille, mutta sen epäonnistuttua Pakistanin ainoaksi vaihtoehdoksi jäi liittyminen Yhdysvaltain johtamaan koalitioon. Monet ISI:n jäsenet jatkoivat silti edelleen yhteistyötä Talibanin kanssa.
Afganistanissa Yhdysvaltojen rinnalle Talibania vastaan liittyivät Pohjoinen liitto ja paštujen oppositiovoimat. Lokakuussa 2001 Afganistanissa käynnistyi jälleen uusi sota, kun Yhdysvallat ja Iso-Britannia aloittivat ilmahyökkäykset Talibania vastaan tuhotakseen näiden puolustusasemat ja tehdäkseen tietä Pohjoisen liiton maajoukoille. Liittouman hämmästykseksi Taliban kukistui jo muutamassa viikossa. Joulukuussa talibanjoukot vetäytyivät viimeisestä tukikohdastaan Kandaharista. Mullah Omar pakeni useiden muiden Talibanin johtohenkilöiden tavoin Pakistanin puolelle.

Talibanin jälkeinen Afganistan

Joulukuussa 2001 ulkovaltojen edustajat ja heidän afganistanilaiset liittolaisensa kokoontuivat Bonnissa ja laativat sopimuksen olojen vakauttamiseksi. Virkaa tekeväksi presidentiksi nimitettiin Hamid Karzai, ja puolen vuoden kuluttua oli määrä kutsua kokoon džerga nimittämään siirtymäkauden hallitus. Vuonna 2004 oli määrä järjestää presidentinvaalit.
Hamid Karzai nostettiin nimellisesti maan valtionpäämieheksi, mutta todellisuudessa hänellä ei ollut valtiota mitä hallita, sillä valtiorakennetta ei kahdenkymmenen sotaisan vuoden jälkeen enää ollut. Maan infrastruktuuri oli myös pahoin vaurioitunut, eikä pääkaupunki Kabulista ollut minkään näköistä yhteyttä suureen osaan maata. Alueilla, joilla edelleen oli toiminnassa jonkinasteinen hallinto, eivät paikalliset vallanpitäjät olleet halukkaita jakamaan valtaansa Karzain hallinnon kanssa. Valtio piti näin ollen luoda tyhjästä, mutta varoja siihen ei ollut. Verotulojen kerääminen oli hankalaa hallintorakenteiden puuttumisen vuoksi. Maatalous oli kärsinyt pahoin sodasta, eikä sen tuotanto riittänyt ruokkimaan koko väestöä. Elinkeinoelämän tilanne oli yhtä lohduton. Maan taloudelliseksi valtakeskukseksi nousi Herat, jossa Ismail Khan kykeni verottamaan Iranista Keski-Afganistaniin ja Keski-Aasiaan kulkevia kauppareittejä. Myös Dostum keräsi verotuloja kauttakulkuliikenteestä Pohjois-Afganistaniin. Kabul sen sijaan oli riippuvainen kansainvälisestä avusta. Vielä ulkomaista apuakin suuremmaksi tulonlähteeksi muodostui kuitenkin huumetalouden osuus, sillä oopiumiunikko oli maassa perinteinen viljelykasvi. Viljelysalan supistuessa helposti viljeltävä oopiumiunikko oli köyhille talonpojille monesti helpoin tapa parhaan tuoton saamiseksi.
Maan talous oli niin huonossa tilassa, että ainoa suunta oli ylöspäin. 2000-luvulla maahan synnytettiin uudestaan koulu- ja terveydenhuoltojärjestelmät, jotka olivat Talibanin aikana taantuneet olemattomiin. Myös tytöt päästettiin jälleen kouluun, ja kaikki inhimillistä elämää rajoittaneet esteet poistettiin. Maan hallintomuoto määritettiin vuonna 2004 tasavallaksi, ja samana vuonna pidetyt presidentinvaalit voitti virkaatekevä presidentti Hamid Karzai. Edistysaskeleet olivat selkeitä, mutta Karzain keskushallinnon valta ei ulottunut huonojen viesti- ja kulkuyhteyksien takaisille alueille, joten hallinto oli hyvin tehotonta.
Talibanin kukistuttua Yhdysvaltojen mielenkiinto kohdistui Irakin sotaan, eikä Afganistaniin enää haluttu sitoa sotilaallisia ja taloudellisia resursseja. Talibania ja al-Qaidaa ei kuitenkaan ollut vielä lyöty, vaan niiden Durand-linjan taakse Pakistaniin vetäytyneet johtohenkilöt pystyivät järjestäytymään uudelleen. Virallisesti Pakistanin armeija ja ISI ovat kiistäneet tietävänsä järjestöjen jäsenten oleskelun alueellaan. Pakistanilla olisi ollut Yhdysvaltojen liittolaisena velvollisuus vangita Karzain hallinnon aseelliset vastustajat, mutta sen intressit olivat muualla, sillä Intialla oli hyvät suhteet Karzain hallintoon, mikä oli Pakistanille suurempi huolenaihe kuin maassa lymyilevät muslimimilitantit. Yhdysvallat vähensi joukkojaan Irakin sodan vuoksi, ja NATOn ISAF-joukot korvasivat ne vuonna 2006 sotilasoperaation johtajina Afganistanin itä- ja eteläosissa. Taistelut Afganistanissa jatkuivat edelleen, ja myös Yhdysvallat lisäsi joukkojaan vuonna 2009, ja Afganistanin omien turvallisuusjoukkojen koulutusta kiihdytettiin, jotta Afganistanin omat joukot kykenisivät tulevaisuudessa takaamaan maan turvallisuuden ja vakauden.
Nato-vetoiset joukot vetäytyivät Afganistanista vuonna 2014, ja samalla päävastuu sodasta luovutettiin Afganistanin omille turvallisuusjoukoille. Sota ei kuitenkaan päättynyt vielä tähän, sillä Taliban kiihdytti pian iskujaan, ja Yhdysvallat teki Afganistanissa edelleen sotilasoperaatioita. Länsimaissa tiedotusvälineet eivät ole Afganistanin tapahtumista aina ajan tasalla, ja kaikki Afganistanin keskushallintoa vastustavat mielletään yleisesti talibaneiksi, vaikka kapinallisten rivit ovat hyvin hajanaiset. Presidentiksi vuonna 2014 nousseen Ashraf Ghanin hallinto yritti saavuttaa keskusteluyhteyden kapinallisiin, ja toiseksi suurimman sotilaallisen ryhmän Hezb-e-Islamin kanssa päästiin sopuun vuonna 2016. Tämän toivottiin tasoittavan tietä sovulle Talibanin kanssa, ja myös Yhdysvallat on avannut Talibaniin keskusteluyhteyden, mutta sopua ei ole vielä vuonna 2019 saatu aikaan