Digimon Fusion

Kausi 1 (jaksot 1–30)

Sarja kertoo nuoresta, 13-vuotiaasta pojasta nimeltään Mikey Kudo, joka eräänä päivänä näkee unta suuresta digimon-armeijasta. Samana päivänä hän kuulee mystisen äänen, jota lähtee seuraamaan, ja saa pian laitteen nimeltä Fusion Loader, joka vaihtaa väriään punaiseksi Mikeyn sanottuaan siihen nimensä, ja joutuu Digimaailmaan yhdessä lapsuudenystävänsä Angie Hinomoton ja Mikeya kendo-taisteluun haastaneen Jeremy Tsurugin kanssa.
Digimaailmassa lapset tutustuvat Shoutmoniin, joka kertoo heille Digimaailmasta ja siellä vallitsevasta sodasta, jota käydään Digimaailman herruuden takia. Tämä ilmoittaa myös, että Mikeysta, joka omaa Fusion Loaderin, on täten tullut omaa Digimon-armeijaansa ohjaava kenraali. Digimaailma on jakautunut erilaisiin alueisiin, joita jokaisen armeijan kenraalit haluavat hallita ja viedä kyseisen alueen koodikruunun. Alun vastustelun jälkeen Mikey päättää tehdä Shoutmonin kanssa yhteistyötä tehdäkseen Shoutmonista Digimaailman kuninkaan, luodakseen Digimaailmasta paremman paikan ja suojellakseen tätä pahan Bagra-armeijan vallan alta. He perustavat armeijan nimeltään Fusion Fighters (Japanissa Xros Heart), koska he taistelevat yhdistäen sydämensä yhdeksi.
Lapset tutustuvat julmaan ja kylmään, Blue Flare -armeijan kenraaliin, sinisen Fusion Loaderin omaavaan Christopher Aonumaan, joka haluaa tehdä Mikeysta alaisensa. Siitä Mikey kieltäytyy, koska ei pidä Christopherin sydämettömästä persoonasta, joka ei välitä Digimoneista ja haluaa tehdä Digimaailmasta paikan, jossa vain vahvat voivat elää.
Christopher auttaa Mikeya ja muita sarjan alkupuolella, mutta jaksossa 21 tämä sanoo Mikeylle, ettei enää halua tätä alaisekseen.
Lapset tapaavat myös mysteerisen Nene Amanon, joka kertoo heille yhtä sun toista Digimaailmasta ja koodikruunuista. Myöhemmin selviää, että Nene on Midnight (Japanissa Twilight) -nimisen armeijan mustan Fusion Loaderin omaava kenraali, ja että tämä työskentelee pahalle AxeKnightmon-nimiselle Digimonille, joka olitodellisuudessa Bagra-armeijan johtajan Bagramonin (Pohjois-Amerikassa Lordi Bagra) veli, jotta saisi löydettyä Digimaailmaan kadonneen pikkuveljensä, Ewan Amanon. Mikey saa lopulta Nenen puolelleen, jolloin tästä tulee Fusion Fightersin jäsen ja tämän Fusion Loader muuttuu laventelin väriseksi.
Myöhemmin Mikey, Angie ja Jeremy joutuvat Bagra-armeijan upseerin Tactimonin hyökkäyksen kohteeksi ja joutuvat takaisin ihmisten maailmaan yhdessä Shoutmonin kanssa. Piakkoin Tactimon ilmestyy ihmisten maailmaan, ja epätoivoinen Mikey ei pärjää tälle kaksin Shoutmonin kanssa, mutta kiitos Angien rohkeuden ja Jeremyn ystävyyden, Shoutmon onnistuu Super-Digivoitumaan OmniShoutmoniksi ja kukistaa Tactimonin. Mikey löytää Omnimonin DigiMemoryn, joka sallii hänen ja Shoutmonin palata Digimaailmaan, täten Angie ja Jeremy jäävät ihmisten maailmaan.

Kausi 2 (jaksot 31–54)

Tämä osa sarjasta tunnettiin japanissa nimellä The Evil Death Generals and the Seven Kingdoms. Mikeyn palattua Digimaailmaan, siellä on vierähtänyt jo tovi. Digimaailma on muuttunut Bagra-armeijan hallinnassa Seitsemäksi valtakunnaksi, joita pitävät yllä pahat Pimeyden Kenraalit (Japanissa Kuoleman Kenraalit).
Yhdessä Christopherin ja Nenen kanssa he lähtevät pelastamaan hirmuvallan alla olevia Digimoneja kukistaen Pimeyden Kenraalit yksi kerrallaan.
He törmäävät myös Nenen veljeen Ewaniin, josta on tullut Bagra-armeijan jäsen, koska tämä olettaa Digimaailman olevan pelkkää peliä. Myöhemmin Mikey saa Ewanin takaisin järkiinsä ja viimeisessä jaksossa hänen Darkness Loaderinsa muuttuu kullankeltaiseksi Fusion Loaderiksi.
Lapset kohtaavat myös itse Bagramonin, jonka AxeKnightmon pettää, mutta Bagramon tuhoaa AxeKnightmonin ja muuttuu MegaDarknessBagramoniksi. DarknessBagramon surmaa Shoutmonin ja hyökkää armeijoineen ihmisten maailmaan, mutta lapset kukistavat DarknessBagramonin joukot. MegaDarknessBagramon on voitolla lapsia vastaan, kunnes he kaikki suorittavat Final Fusionin, jossa henkiin herännyt Shoutmon yhdistyy kaikkien maailman digimonien kanssa Shoutmon X7F Superior Modeen ja tuhoaa MegaDarknessBagramonin.

Kausi 3: The Young Hunters Who Leap Through Time (jaksot 55–79)

Bagramonia vastaan käydystä taistelusta on kulunut vuosi, ja 8-luokkalainen Mikey on perustanut yhdessä 7-luokkalaisen Ewanin sekä uuden päähenkilön, Tagiru Akashin, kanssa katukoripallojoukkueen entisen armeijansa nimen mukaan. Muut edellisten osan ihmishahmot näkyvät vain sivurooleissa. Nene on nykyään idoli Hong Kongissa, mutta Angien, Jeremyn ja Christopherin vaiheista ei ole tarkemmin kerrottu. 
Pian Tagiru löytää uuden maailman nimeltä DigiQuartz, jossa Fusion Loadereita käyttävät lapset, Digimon-metsästäjät, pyydystävät digimaailmasta karanneita digimoneja. Tagiru saa salaperäiseltä kellokaupan omistajalta oman Fusion Loaderin. Digimonista nimeltä Gumdramon tulee hänen digimonkumppaninsa.
Jonkin ajan kuluttua Mikey, Ewan, Tagiru ja metsästäjät kohtaavat Quartzmonin, DigiQuartzin luojan, joka oli syntynyt Digimaailmassa leijuneesta Bagramonin datasta. Quartzmonin tavoite oli muuttaa todellinen maailma osaksi DigiQuartzia. Tämän uhan torjumiseksi kellokaupan omistaja kutsuu muista todellisuuksista valitut lapset, digimon-kesyttäjät, legendaariset soturit sekä DATSin jäsenet auttamaan Mikeya ja muita Quartzmonin tuhoamisessa.