Orgaaninen kemia

Orgaaninen kemia on hiiliyhdisteiden kemiaa. Se on luonnon ja synteettisten orgaanisten yhdisteiden kemiaa.

Orgaaninen kemia nykyisin

Kemiallisia yhdisteitä tunnetaan jo yli 50 miljoonaa ja orgaanisten yhdisteiden osuus kaikista tunnetuista kemiallisista yhdisteistä on yli 95 %. Orgaanisen kemian hiilirakenteilla on keskeinen merkitys nanotieteisiin.
Orgaanisen kemian moderni tutkimus voidaan jakaa karkeasti orgaanisten yhdisteiden valmistamisen tutkimukseen eli syntetiikkaan ja orgaanisten yhdisteiden ominaisuuksien ja pitoisuuksien tutkimukseen eli analytiikkaan. Synteettinen orgaaninen kemia tuottaa uusia orgaanisia yhdisteitä, esimerkiksi lääkkeiden aktiivisia komponentteja, lääkeaineita. Uusien synteesimenetelmien kehittäminen on tärkeä orgaanisen kemian tutkimusalue. Analytiikka keskittyy synteettisten tai luonnossa esiintyvien aineiden rakenteiden, ominaisuuksien ja pitoisuuksien tutkimiseen. Orgaanisten yhdisteiden rakenteita määritetään spektrometrisillä menetelmillä (UV, IR, NMR ja massaspektrit). Orgaanisia yhdisteitä voidaan erottaa toisistaan ja niiden pitoisuuksia voidaan määrittää kromatografisilla menetelmillä. Orgaaninen kemia tutkii ja vertailee hiiliyhdisteiden rakenteita ja ominaisuuksia.
Nykyisin pelkästään elollisen luontoon keskittyvää kemianalaa kutsutaan biokemiaksi.

Funktionaaliset ryhmät

Orgaaniset yhdisteet luokitellaan usein niiden sisältämien toiminnallisten eli funktionaalisten ryhmien mukaan. Kaksois- ja kolmoissidokset katsotaan myös funktionaalisiksi ryhmiksi ja niiden perusteella tapahtuu orgaanisten yhdisteiden luokittelu alkeeneihin ja alkyyneihin. Funktionaalisella ryhmällä on suuri merkitys siihen, miten orgaaninen yhdiste reagoi.

Orgaanisten yhdisteiden mallintaminen

Yhdisteen molekyylikaavasta käy ilmi, kuinka monta kunkin alkuaineen atomia on yhdessä yhdisteen molekyylissä. Monesti molekyylikaavan kirjoitusasusta voidaan päätellä myös yhdisteen isomeeri.
Kun molekyylin rakenne kaikkine sidoksineen halutaan kuvata tarkasti, käytetään rakennekaavaa.

Rakennekaava

Rakennekaavasta käy ilmi molekyylin atomien ja sidosten järjestys. Orgaanisten yhdisteiden atomit merkitään rakennekaavoissa alkuainemerkein ja niiden väliset kovalenttiset sidokset viivoin. Yksi sidosviiva tarkoittaa yksinkertaista kovalenttista sidosta, kaksi rinnakkaista sidosviivaa tarkoittaa kaksoissidosta ja kolme sidosviivaa kolmoissidosta. Kahden hiilen välinen yksinkertainen kovalenttinen sidos mallinnetaan siis kahtena C:nä ja niiden välisenä sidosviivana: C-C.
Koska rakennekaava on kaksiulotteinen, siitä ei käy ilmi molekyylin todellinen muoto. Siitä ei myöskään selviä molekyylin atomien kokojen suhteet. Suurimmat molekyylit voivat olla lisäksi vaikeasti luettavia ja työläitä piirtää. Ilman oikeita sidoskulmia eli suorin kulmin piirrettynä piirros on lisäksi epärealistinen eikä kerro aineen reaktiivisuudesta.

Viivakaava

Hiilien ja vetyjen väliset sidokset jätetään viivakaavoissa merkitsemättä helpomman luettavuuden vuoksi. Tällöin paitsi vetyjen myös hiilten kemiallinen merkki jätetään kirjoittamatta – hiilet ilmaistaan sidosten välisinä kulmina.
Viivakaava on yleinen mallintamistapa yksinkertaisuutensa vuoksi. Sillä on myös helpompaa mallintaa kolmiulotteisia rakenteita. Orgaanisen kemian alan julkaisuissä käytetään viivakaavoja.

Kolmiulotteinen malli

Molekyylit voidaan piirtää myös palloiksi mallinnettujen atomien rypäinä. Tällöin molekyylin todellinen kolmiulotteinen muoto elektroniverhoineen käy selvimmin ilmi. Atomit esitetään yleensä värillisinä selkeyden vuoksi (atomeilla ei ole oikeasti väriä). Erityisesti isommissa yhdisteissä molekyylin osia voi jäädä piiloon.