Pokémon Detective Pikachu

Juoni

Tim Goodman on 21-vuotias vakuutusyhtiön työntekijä, joka oli luopunut unelmastaan tulla pokémon-kouluttajaksi äitinsä kuoleman ja rikosetsivänä työskennelleen isänsä työkiireiden vuoksi. Eräänä päivänä Tim saa kuulla isänsä Harryn joutuneen onnettomuuteen ja oletettavasti kuolleen. Hän matkustaa Ryme Cityyn, kaupunkiin, jossa ihmiset ja pokémonit elävät sovussa keskenään ja pokémon-ottelut ovat laittomia, keräämään Harryn tavarat. Tim tapaa siellä toimittajan nimeltä Lucy Stevens, joka yhdessä Psyduckinsa kanssa yrittää selvittää, millaista tapausta Harry oli tutkinut ennen onnettomuutta. Harryn asunnossa Tim löytää myös pienen putkilon violettia kaasua ja heittää sen pois. Hän tapaa myös etsivähattua päässään pitävän Pikachun, jonka puheen hän kuulee ihmisten kielenä. Sitten lauma Aipomeita, jotka olivat villiintyneet Timin vapauttaman kaasun vaikutuksesta hyökkäävät ja Tim ja Pikachu joutuvat pakenemaan.
He pakenevat kahvilaan, jossa Pikachu paljastaa olleensa Harryn työpari, mutta oli menettänyt muistinsa Harryn katoamisen aikana tutkiessaan tapausta yhdessä tämän kanssa. He etsivät käsiinsä Lucyn, joka kertoi saaneensa selville, että Harry oli etsinyt johtolankoja Ryme Cityn satamalaiturilta. Tim ja Pikachu kuulustelevat Mr. Mimea, joka opastaa nämä laittomalle taisteluareenalle, jonka omistaja Sebastian yhdessä Charizardinsa kanssa haastaa Harryn Pikachun uusintaotteluun. Pikachu ei kuitenkaan muista omia liikkeitään ja Sebastian antaa Charizardilleen annoksen samaa violettia kaasua, jota kutsuttiin nimellä ”R”. Timin pelastettua Pikachun, Sebastian tulee vahingossa vapauttaneeksi kaiken R-kaasun kaikkien paikalla oleviin pokémoneihin. Panikoitunut Sebastian paljastaa saaneensa kaasua ”tohtorilta”, minkä jälkeen poliisit pidättävät kaikki paikallaolijat.
Tim yrittää kertoa komisario Hideo Yoshidalle, että Harry saattaa olla vielä elossa, mutta Yoshida näyttää valvontakamerakuvaa Harryn onnettomuudesta, jonka perusteella hän uskoo ettei sellaisesta olisi voinut selvitä hengissä. Tämän jälkeen salaperäinen neiti Norman opastaa Timin ja Pikachun tapaamaan kaupungin rakennuttanutta ja pyörätuoliin joutunutta miestä Howard Cliffordia. Howard oli alun perin rakennuttanut kaupungin edistääkseen ihmisten ja pokémonien rinnakkaiseloa, mutta nyt hänen poikansa Roger oli viemässä häneltä pois Clifford-yhtiöiden hallinnan. Howard näyttää holograafisen videokuvan, joka vahvistaa Harryn selvinneen onnettomuudesta, ja kertoi Rogerin myös onnistuneen vangitsemaan Mewtwon, Kanton alueelta karanneen pokémonin, jonka tiedemiehet olivat kloonanneet 20 vuotta sitten Mew’n DNA:asta. Paettuaan Rogerin laboratoriosta Mewtwo oli seurannut Harrya, aiheuttaen onnettomuuden ja pyyhkinen Pikachulta tämän muistot.
Tim ja Pikachu pyytävät Lucyn ja Psyduckin avukseen etsimään Rogerin laboratoriota, jossa he saavat selville Sebastianin mainitseman tohtorin, Ann Laurentin, tehneen kokeita Mewtwolla ja mahdollisesti palkanneen Harryn auttamaan varmistamaan, ettei Mewtwo pakenisi. Mutta sitten lauma geenimanipuloituja Greninjoja hyökkää heidän kimppuunsa, kunnes Psyduck tyrmää ne psyykkisillä voimillaan. Tämä herättää jättiläiskokoon kasvatetut Torterrat, joiden alueelta paettuaan Pikachu haavoittuu vakavasti. Tim pyytää apua laumalta Bulbasaureja ja Morelulleja, jotka vievät Timin ja Pikachun tapaamaan Mewtwoa. Mewtwo parantaa Pikachun, mutta sitten Rogerin tiedemiehet vagintsevat Mewtwon. Pikachu muistaa auttaneensa Mewtwon aikoinaan pakenemaan ja pakenee syyttäen itseään Harryn pettämisestä, Timin ja Lucyn lähtiessä Ryme Cityyn varoittamaan Howardia.
Pikachu löytää Harryn onnettomuuspaikan ja löytää todisteita siitä, että onnettomuus on Greninjojen aikaansaannosta eikä Mewtwon. Kun Tim tapaa Howardin, Howard paljastaa todellisen suunnitelmansa olleen siirtää tietoisuutensa Mewtwon kehoon ja käyttää R-kaasua, jotta muutkin ihmiset voitaisiin siirtää omistamiensa pokémonien kehoihin. Kaasu oli piilotettu pian järjestettävän paraatin jättiläisilmapalloihin, jotka Howard tuhoaa Mewtwon voimilla kaasun vapauttamiseksi. Pikachu palaa Ryme Cityyn ja saa voimansa takaisin hallintaansa taistellakseen Mewtwoa vastaan. Tim puolestaan saa selville, että laboratoriota tarkkaillut ”Roger” ja neiti Norman olivat oikeasti geenimanipuloidun Ditton olomuotoja, oikean Rogerin ollessa vangittuna. Tim pysäyttää Ditton R-kaasulla ja Pikachu hämää Mewtwoa siihen asti, kunnes Tim irrottaa Mewtwon hallintaan käytetyn laitteen Howardin päästä.
Howard pidätetään ja Mewtwo palauttaa kaiken ennalleen. Vaikuttuneena Lucyn osuudesta kaupungin pelastamiseen Roger antaa tälle ylennyksen ja Mewtwo paljastaa Timille Harryn olleen siirrettynä Pikachun sisään ja aiheuttaneen Pikachun muistinmenetyksen, kunnes voisi Timin saavuttua palauttaa Harryn ja Pikachun ennalleen. Tim päättää jäädä Ryme Cityyn tullakseen itsekin rikosetsiväksi ja viettääkseen enemmän aikaa isänsä ja Pikachun kanssa.