Vladimír Mečiar

Itsenäisen Slovakian johdossa

Uuden perustuslain mukaan valta oli pääministerillä ja 1. lokakuuta 1992 perustettu kansalliskokous (Národná rada Slovenskej republiky) valitsi presidentiksi HZDS:n ehdokkaan Michal Kováčin. Kahdeksan HZDS:n jäsenen jätettyä parlamentin maaliskuussa 1993 Mečiar menetti parlamenttienemmistönsä ja riitautui pian presidentin kanssa. Hän pysyi kuitenkin vallassa maaliskuuhun 1994 asti, jolloin oppositiopuolueet saivat muodostettua hallituksen Jozef Moravčík pääministerinä. Syys–lokakuun vaihteessa 1994 pidetyt vaalit, joissa HZDS sai 35 % äänistä, toivat kuitenkin taas Mečiarin valtaan. 
Mečiar ja presidentti Kováč olivat pysyvässä sotatilassa koko ajan 1993–1998. Vuonna 1995 HZDS käynnisti menettelyn presidentin erottamiseksi, mahdollisesti perustuslain vastaisesti, koska edellytyksiä siihen ei ollut. Kun Kováčia ei saatu erotettua, hallitus leikkasi huomattavasti hänen budjettiaan. Virkamiehiä uhkailtiin allekirjoittamaan adressi presidentin erottamiseksi. Slovakian liittymisestä NATO:on ja tasavallan presidentin vaalitavan muuttamisesta suoralla kansanvaalilla valittavaksi järjestettiin 23.–24. toukokuuta kansanäänestys, jonka toteutuksen keskusvaalilautakunta katsoi lain vastaiseksi.
Salaista poliisia SIS johtajansa Ivan Lexan ohella syytetään lukuisista rikoksista Mečiarin hallituksen aikana. SIS:iä syytetään presidentti Kováčin hämäriin liiketoimiin osallistuneen pojan Michal Kováč Jr:in kaappaamisesta, ja todistaja Robert Remiašin murhaan osallistumisesta. Tapaukset jäivät selvittämättä ja Mečiar armahti 1998 presidenttinä toimiessaan kaappaukseen osallistuneet.
Marraskuussa 1995 säädettiin laki kansalliskielestä, joka kumosi mahdollisuuden käyttää vähemmistökieliä virallisissa yhteyksissä. Kuponkiyksityistämisellä suoritettiin yksityistämisen ensimmäinen vaihe jo Tšekkoslovakian aikana. Omistuksen liiallisen hajautumisen estämiseksi kuponkiyksityistämisen toinen vaihe peruutettiin ja yhtiöt myytiin suoraan niiden johdolle ja työntekijöille erityishintaan pitkällä maksuajalla.
Slovakia haki EU:n jäsenyyttä, mutta sitä ei otettu neuvotteluihin, koska hallitus ei kunnioittanut perustuslakia tai opposition oikeuksia ja käytti salaista poliisia.
Hallituksen säätämän vaalilain vuoksi viisi oppositiopuoluetta muodosti 1997 Slovakian demokraattisen koalition (SDK), jonka puhemieheksi ja myöhemmin sen puheenjohtajaksi nousi Mikuláš Dzurinda.
Michal Kovácin kauden päättyessä 1998 kukaan ehdokas ei saanut kansalliskokouksessa tarvittavaa 3/5:n enemmistöä, joten Mečiar otti myös presidentin valtuudet. Hän hyödynsi tätä erottamalla puolet maan lähettiläistä ja peruuttamalla Kováčin päätöksiä. Kováč halusi presidentin vaalin järjestettäväksi suoralla kansanäänestyksellä, jota ei järjestetty. Vielä syyskuun 1998 vaaleissa HZDS oli taas suurin puolue 28 %:n ääniosuudella, mutta ei saanut muodostettua hallitusta, joten opposition Mikuláš Dzurindasta tuli uusi pääministeri.
Mečiar oli johtavana ehdokkaana vuoden 2000 presidentinvaaleissa, mutta hävisi Rudolf Schusterille. HZDS oli jälleen suurin puolue 2002 vaaleissa, muttei taaskaan saanut yhteistyökumppaneita hallitukseen. Alentunut kannatus oli sisäisten riitojen syytä, ja osa puolueen jäsenistä lähti ja perusti uuden HZD:n Ivan Gašparovičin johdolla.
Vuoden 2003 presidentinvaaleissa Mečiar pääsi jälleen toiselle kierrokselle, mutta hävisi entiselle liittolaiselleen Gašparovičille. Mečiar ei osallistunut seuraaviin presidentinvaaleihin, vaan tuki Gašparovičia, joka valittiin uudelleen. Mečiarin tukipuolue HZDS menetti kaikki parlamenttipaikkansa kesän 2010 vaaleissa, mikä sai hänet harkitsemaan politiikasta luopumista.